{"words": ["(", "A", ")", "CP20", "and", "OVCAR4", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "non", "-", "target", "miRNA", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", ",", "miR", "-", "15a", ",", "or", "miR", "-", "195", ".", "72h", "following", "transfection", ",", "cells", "were", "lysed", "and", "immunoblotted", "for", "detection", "of", "MICU1", ",", "BMI1", ",", "BCL2", ",", "and", "MFN2", ".", "GAPDH", "and", "VDAC", "were", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CP20 and OVCAR4 cells were transfected with either non-target miRNA control (miR-CTL), miR-15a, or miR-195. 72h following transfection, cells were lysed and immunoblotted for detection of MICU1, BMI1, BCL2, and MFN2. GAPDH and VDAC were used as loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "miR", "-", "195", "expression", "in", "FTE188", "and", "ovarian", "cell", "lines", "as", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "normalized", "with", "U6", ".", "Data", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", ",", "n", "=", "3", "(", "Biological", "repeats", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) miR-195 expression in FTE188 and ovarian cell lines as determined by RT-qPCR normalized with U6. Data are mean ± S.D., n=3 (Biological repeats). *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "C", ")", "Expression", "of", "MICU1", "in", "FTE188", "and", "various", "ovarian", "cell", "lines", "as", "determined", "by", "immunoblotting", ".", "Actin", "is", "used", "as", "the", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Expression of MICU1 in FTE188 and various ovarian cell lines as determined by immunoblotting. Actin is used as the loading control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Anti", "-", "miR", "-", "195", "was", "transfected", "in", "the", "FTE188", "cell", "line", ",", "level", "of", "miR", "-", "195", "was", "measured", "using", "RT", "-", "qPCR", "(", "left", ")", "and", "MICU1", "levels", "were", "measured", "using", "immunoblotting", "(", "right", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", ",", "n", "=", "3", "(", "Biological", "repeats", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Anti-miR-195 was transfected in the FTE188 cell line, level of miR-195 was measured using RT-qPCR (left) and MICU1 levels were measured using immunoblotting (right). Data are mean ± S.D., n=3 (Biological repeats). *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "CP20", ",", "OVCAR4", ",", "and", "OVSAHO", "cells", "were", "transfected", "with", "non", "-", "target", "micro", "RNA", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "or", "miR", "-", "195", ",", "24", "h", "post", "-", "transfection", ",", "cells", "were", "recounted", "and", "plated", "as", "single", "cells", "for", "anchorage", "-", "dependent", "(", "A", ")", "or", "anchorage", "-", "independent", "(", "B", ")", "clonal", "growth", ".", "After", "10", "(", "CP20", ")", "or", "14", "(", "OVCAR4", "and", "OVSAHO", ")", "days", ",", "colonies", "were", "quantified", "using", "an", "Optronix", "GelCount", "colony", "counter", ".", "The", "left", "panel", "shows", "representative", "images", "of", "the", "colonies", "and", "the", "right", "panel", "depicts", "a", "graphical", "representation", "of", "data", "presented", "as", "percent", "clonal", "growth", "relative", "to", "the", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) CP20, OVCAR4, and OVSAHO cells were transfected with non-target micro RNA control (miR-CTL) or miR-195, 24 h post-transfection, cells were recounted and plated as single cells for anchorage-dependent (A) or anchorage-independent (B) clonal growth. After 10 (CP20) or 14 (OVCAR4 and OVSAHO) days, colonies were quantified using an Optronix GelCount colony counter. The left panel shows representative images of the colonies and the right panel depicts a graphical representation of data presented as percent clonal growth relative to the control (miR-CTL)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Migration", "of", "miR", "-", "CTL", ",", "miR", "-", "195", ",", "and", "miR", "-", "195", "+", "MICU1", "(", "pLYS1", "-", "MICU1", "-", "Flag", ")", "transfected", "cells", ",", "towards", "serum", "gradient", "was", "examined", "and", "the", "number", "of", "cells", "per", "field", "was", "counted", ".", "The", "left", "panel", "shows", "representative", "images", "and", "the", "right", "panel", "depicts", "a", "graphical", "representation", "of", "relative", "migration", "compared", "to", "the", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Migration of miR-CTL, miR-195, and miR-195+ MICU1 (pLYS1-MICU1-Flag) transfected cells, towards serum gradient was examined and the number of cells per field was counted. The left panel shows representative images and the right panel depicts a graphical representation of relative migration compared to the control (miR-CTL)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Invasion", "of", "miR", "-", "CTL", ",", "miR", "-", "195", ",", "and", "miR", "-", "195", "+", "MICU1", "cells", "through", "fibronectin", "-", "coated", "filters", "was", "examined", "using", "Boyden", "chamber", "and", "number", "of", "cells", "per", "field", "was", "counted", ".", "Left", "panel", "shows", "representative", "images", "and", "the", "right", "panel", "depicts", "a", "graphical", "representation", "of", "relative", "invasion", "compared", "to", "the", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Invasion of miR-CTL, miR-195, and miR-195 + MICU1 cells through fibronectin-coated filters was examined using Boyden chamber and number of cells per field was counted. Left panel shows representative images and the right panel depicts a graphical representation of relative invasion compared to the control (miR-CTL)."}
{"words": ["(", "B", ")", "MICU1", "3", "'", "UTR", "in", "LightSwitch", "™", "3", "′", "UTR", "Reporter", "Vector", "(", "wild", "type", "or", "miR", "-", "195", "binding", "site", "deleted", ")", "was", "co", "-", "transfected", "with", "either", "non", "-", "target", "miR", "control", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "or", "different", "concentrations", "of", "miR", "-", "195", ".", "Post", "24h", "transfection", "luciferase", "(", "Renilla", ")", "activity", "was", "measured", ".", "Relative", "light", "units", "(", "RLU", ")", "compared", "to", "miR", "-", "CTL", "were", "plotted", ".", "Data", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "n", "=", "3", "(", "Biological", "repeats", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) MICU1 3'UTR in LightSwitch™ 3′UTR Reporter Vector (wild type or miR-195 binding site deleted) was co-transfected with either non- target miR control (miR-CTL) or different concentrations of miR-195. Post 24h transfection luciferase (Renilla) activity was measured. Relative light units (RLU) compared to miR-CTL were plotted. Data are mean ± S.D. n=3 (Biological repeats). *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["CP20", "cells", "were", "transfected", "as", "indicated", ",", "48", "h", "post", "transfection", "4x106", "cells", "were", "permeabilized", ",", "and", "extra", "-", "mitochondrial", "calcium", "(", "[", "Ca2", "+", "]", "out", ")", "clearance", "was", "measured", ",", "representative", "traces", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "out", "‑", "clearance", "in", "miR", "-", "CTL", "and", "miR", "-", "195", "transfected", "cells", ".", "[", "Ca2", "+", "]", "out", "pulses", "and", "FCCP", "were", "delivered", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CP20 cells were transfected as indicated, 48 h post transfection 4x106 cells were permeabilized, and extra-mitochondrial calcium ([Ca2+]out) clearance was measured, representative traces of [Ca2+]out‑ clearance in miR-CTL and miR-195 transfected cells. [Ca2+]out pulses and FCCP were delivered as indicated."}
{"words": ["CP20", "cells", "were", "transfected", "as", "indicated", ",", "48", "h", "post", "transfection", "4x106", "cells", "were", "permeabilized", ",", "and", "extra", "-", "mitochondrial", "calcium", "(", "[", "Ca2", "+", "]", "out", ")", "clearance", "was", "measured", ",", "representative", "traces", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "out", "‑", "clearance", "in", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "and", "siMICU1", "transfected", "cells", ".", "[", "Ca2", "+", "]", "out", "pulses", "and", "FCCP", "were", "delivered", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CP20 cells were transfected as indicated, 48 h post transfection 4x106 cells were permeabilized, and extra-mitochondrial calcium ([Ca2+]out) clearance was measured, representative traces of [Ca2+]out‑ clearance in control siRNA (siCTL) and siMICU1 transfected cells. [Ca2+]out pulses and FCCP were delivered as indicated."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bar", "graph", "illustrating", "the", "number", "of", "Ca2", "+", "pulses", "handled", "by", "control", "miR", ",", "miR", "-", "195", ",", "siCTL", "and", "siMICU1", "transfected", "cells", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "(", "Biological", "repeats", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bar graph illustrating the number of Ca2+ pulses handled by control miR, miR-195, siCTL and siMICU1 transfected cells. Mean ±SEM; n=3-4 (Biological repeats). *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "[", "Ca2", "+", "]", "(", "m", ")", "traces", "after", "addition", "of", "FCCP", "(", "10", "µM", ")", "in", "permeabilized", "CP20", "cells", "transfected", "with", "non", "-", "target", "miR", "-", "CTL", "or", "miR", "-", "195", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "resting", "matrix", "[", "Ca2", "+", "]", "(", "m", ")", "after", "addition", "of", "FCCP", ".", "n", "=", "5", "(", "Biological", "repeats", ")", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative [Ca2+](m) traces after addition of FCCP (10 µM) in permeabilized CP20 cells transfected with non-target miR-CTL or miR-195. (G) Quantification of resting matrix [Ca2+](m) after addition of FCCP. n=5 (Biological repeats) *P<0.05, Student's t-test, "}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "traces", "of", "mitochondrial", "membrane", "potential", "(", "∆", "Ψμ", ")", "in", "CP20", "cells", "transfected", "with", "miR", "-", "CTL", "or", "miR", "-", "195", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "relative", "∆", "Ψμ", ".", "(", "n", "=", "5", ",", "Biological", "repeats", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative traces of mitochondrial membrane potential (∆Ψμ) in CP20 cells transfected with miR-CTL or miR-195. (I) Quantification of relative ∆Ψμ. (n=5, Biological repeats). "}
{"words": ["(", "J", ")", "Intracellular", "lactate", "was", "measured", "in", "miR", "-", "CTL", ",", "miR", "-", "195", ",", "siCTL", ",", "and", "siMICU1", "expressing", "OVCAR4", ",", "CP20", ",", "and", "OVSAHO", "cells", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "repeats", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Intracellular lactate was measured in miR-CTL, miR-195, siCTL, and siMICU1 expressing OVCAR4, CP20, and OVSAHO cells. n=3, biological repeats *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "K", "&", "L", ")", "miR", "-", "CTL", ",", "miR", "-", "195", ",", "or", "miR", "-", "195", "+", "pLYS1", "-", "MICU1", "-", "Flag", "transfected", "cells", "were", "stained", "with", "MitoSOX", "Red", ",", "and", "mitochondrial", "ROS", "levels", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "The", "histogram", "shows", "representative", "staining", "and", "bar", "graph", "(", "right", ")", "shows", "results", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "repeats", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "when", "comparing", "with", "miR", "-", "CTL", ",", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "when", "comparing", "with", "miR", "-", "195", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K&L) miR-CTL, miR-195, or miR-195 + pLYS1-MICU1-Flag transfected cells were stained with MitoSOX Red, and mitochondrial ROS levels were determined by flow cytometry. The histogram shows representative staining and bar graph (right) shows results of three independent experiments. Mean ± SEM; . n=3, biological repeats. *P<0.05 when comparing with miR-CTL, # P<0.05 when comparing with miR-195 by Student's t-test."}
{"words": ["(", "A", "&", "B", ")", "Stable", "cell", "lines", "for", "CP20", "and", "OVCAR4", "expressing", "GFP", "-", "miR", "-", "195", "or", "non", "-", "target", "miR", "-", "GFP", "were", "generated", "using", "lentiviral", "mediated", "transduction", "and", "were", "selected", "using", "puromycin", ";", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A&B) Stable cell lines for CP20 and OVCAR4 expressing GFP-miR-195 or non-target miR-GFP were generated using lentiviral mediated transduction and were selected using puromycin; representative images are shown. Scale bars, 50 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Relative", "miR", "-", "195", "expression", "was", "measured", "using", "RT", "-", "qPCR", "in", "stable", "cell", "lines", ",", "normalized", "with", "U6", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", ",", "Biological", "repeats", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Relative miR-195 expression was measured using RT-qPCR in stable cell lines, normalized with U6. Mean ± SEM; n=3, Biological repeats. *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "D", ")", "CP20", "and", "OVCAR4", "stable", "cell", "lines", "were", "transfected", "as", "either", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "or", "pLYS1", "-", "MICU1", "-", "Flag", "(", "MICU1", ")", "and", "relative", "MICU1", "levels", "were", "evaluated", "using", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CP20 and OVCAR4 stable cell lines were transfected as either empty vector (EV) or pLYS1-MICU1-Flag (MICU1) and relative MICU1 levels were evaluated using immunoblotting."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "CP20", "and", "OVCAR4", "stable", "cell", "lines", "transfected", "as", "in", "(", "D", ")", "were", "counted", "and", "re", "-", "plated", "for", "anchorage", "-", "dependent", "(", "E", ")", "and", "independent", "clonal", "growth", "(", "F", ")", ".", "Quantification", "compared", "to", "the", "miR", "-", "CTL", "stable", "cells", "transfected", "with", "EV", "is", "shown", ".", "Mean", "±", "SD", ";", "n", "=", "3", ",", "Biological", "repeats", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "when", "comparing", "with", "miR", "-", "CTL", ",", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "when", "comparing", "with", "miR", "-", "195", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) CP20 and OVCAR4 stable cell lines transfected as in (D) were counted and re-plated for anchorage-dependent (E) and independent clonal growth (F). Quantification compared to the miR-CTL stable cells transfected with EV is shown. Mean ± SD; n=3, Biological repeats. *P<0.05 when comparing with miR-CTL, # P<0.05 when comparing with miR-195 by Student's t-test."}
{"words": ["(", "A", ")", "Female", "athymic", "mice", "were", "injected", "subcutaneously", "with", "either", "CP20", "GFP", "-", "miR", "-", "CTL", "or", "CP20", "-", "GFP", "-", "miR", "-", "195", "cells", ".", "Mice", "injected", "with", "the", "miR", "-", "195", "expressing", "cells", "(", "miR", "-", "195", ")", "had", "significantly", "smaller", "tumor", "volumes", "than", "control", "mice", "(", "miR", "-", "CTL", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ",", "n", "=", "10", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Female athymic mice were injected subcutaneously with either CP20 GFP-miR-CTL or CP20- GFP-miR-195 cells. Mice injected with the miR-195 expressing cells (miR-195) had significantly smaller tumor volumes than control mice (miR-CTL). Data are mean ± S.D, n=10. *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Tumor", "doubling", "time", "was", "significantly", "longer", "in", "the", "mice", "injected", "with", "miR", "-", "195", "expressing", "cells", "than", "in", "control", "mice", ".", "Data", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ",", "n", "=", "10", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Tumor doubling time was significantly longer in the mice injected with miR-195 expressing cells than in control mice. Data are mean ± S.D, n=10. *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "C", ")", "Percent", "survival", "based", "on", "humane", "endpoint", "criteria", ",", "was", "calculated", "by", "the", "Kaplan", "-", "Meier", "method", "and", "P", "values", "determined", "by", "Log", "Rank", "Test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Percent survival based on humane endpoint criteria, was calculated by the Kaplan-Meier method and P values determined by Log Rank Test."}
{"words": ["(", "D", ")", "Four", "tumor", "samples", "from", "each", "group", "were", "analyzed", "for", "the", "expression", "of", "MICU1", ",", "pPDH", ",", "PDH", ",", "PARP", ",", "and", "BCL2", "using", "immunoblotting", ".", "α", "tubulin", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Four tumor samples from each group were analyzed for the expression of MICU1, pPDH, PDH, PARP, and BCL2 using immunoblotting. α tubulin was used as the loading control."}
{"words": ["Representative", "histology", "images", "of", "tumors", "from", "mice", "xenografts", "of", "CP20", "-", "GPF", "-", "miR", "-", "CTL", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "or", "CP20", "-", "GPF", "-", "miR", "-", "195", "(", "miR", "-", "195", ")", "cells", "with", "Ki67", "expression", "(", "Scale", "Bar", "=", "50", " ", "μm", ")", "(", "E", ")", ",", "CD31", "positive", "vessels", "(", "Scale", "Bar", "=", "100", " ", "μm", ")", "and", "TUNEL", "staining", "(", "Scale", "Bar", "=", "50", " ", "μm", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative histology images of tumors from mice xenografts of CP20-GPF-miR-CTL (miR-CTL) or CP20-GPF-miR-195 (miR-195) cells with Ki67 expression (Scale Bar = 50 μm) (E), CD31 positive vessels (Scale Bar = 100 μm) and TUNEL staining (Scale Bar = 50 μm)"}
{"words": ["Representative", "histology", "images", "of", "tumors", "from", "mice", "xenografts", "of", "CP20", "-", "GPF", "-", "miR", "-", "CTL", "(", "miR", "-", "CTL", ")", "or", "CP20", "-", "GPF", "-", "miR", "-", "195", "(", "miR", "-", "195", ")", "cells", "with", "Ki67", "expression", "(", "Scale", "Bar", "=", "50", " ", "μm", ")", "(", "F", ")", "graph", "showing", "quantification", "of", "each", "marker", "in", "tumors", "from", "the", "experimental", "mice", ";", "values", "are", "mean", "±", "SD", ",", "n", "=", "10", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative histology images of tumors from mice xenografts of CP20-GPF-miR-CTL (miR-CTL) or CP20-GPF-miR-195 (miR-195) cells with Ki67 expression (Scale Bar = 50 μm) (F) graph showing quantification of each marker in tumors from the experimental mice; values are mean ±SD, n=10, *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["(", "G", ")", "Female", "athymic", "mice", "were", "injected", "subcutaneously", "with", "either", "CP20", "GFP", "-", "miR", "-", "CTL", "or", "CP20", "-", "GFP", "-", "miR", "-", "195", "or", "CP20", "-", "GFP", "-", "miR", "-", "195", "+", "MICU1", "cells", "and", "tumor", "volume", "was", "measured", ",", "values", "are", "mean", "±", "SE", ",", "n", "=", "10", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Female athymic mice were injected subcutaneously with either CP20 GFP-miR-CTL or CP20- GFP-miR-195 or CP20- GFP-miR-195 + MICU1 cells and tumor volume was measured, values are mean ±SE, n=10. *P<0.05, Student's t-test."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "HeLa", "(", "B", ")", "or", "HCT", "-", "8", "(", "C", ")", "cells", "infected", "with", "Shigella", "WT", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", ",", "analyzed", "at", "the", "indicated", "times", "post", "-", "infection", "Cfu", "quantification", "of", "intracellular", "bacteria", "in", "HeLa", "and", "HCT", "-", "8", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "and", "infected", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Representative images of HeLa (B) or HCT-8 (C) cells infected with Shigella WT pre-treated or not with arsenite, analyzed at the indicated times post-infection Cfu quantification of intracellular bacteria in HeLa and HCT-8 cells pre-treated or not with arsenite and infected with Shigella"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "E", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "F", ")", "of", "intracellular", "bacteria", "in", "HeLa", "cells", "infected", "with", "Shigella", "WT", "after", "pre", "-", "treatment", "with", "TNF", "-", "α", ",", "H2O2", ",", "anisomycin", ",", "hypoxia", "and", "corresponding", "controls", ",", "analyzed", "at", "0", ".", "5"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (E) and cfu quantification (F) of intracellular bacteria in HeLa cells infected with Shigella WT after pre-treatment with TNF-α, H2O2, anisomycin, hypoxia and corresponding controls, analyzed at 0.5 hpi"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "G", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "H", ")", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "arsenite", ",", "anisomycin", ",", "stressors", "plus", "NAC", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Representative images (G) and cfu quantification (H) of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated with arsenite, anisomycin, stressors plus NAC, and corresponding controls"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "A", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "B", ")", "of", "Shigella", "WT", "or", "ΔipaB", "mutant", "strain", "bound", "to", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", ".", "Ruffle", "formation", "induced", "by", "Shigella", "WT", "in", "panel", "(", "A", ")", "is", "indicated", "by", "white"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (A) and cfu quantification (B) of Shigella WT or ΔipaB mutant strain bound to HeLa cells pre-treated or not with arsenite. Ruffle formation induced by Shigella WT in panel (A) is indicated by white arrowheads"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "Shigella", "WT", "or", "ΔipaB", "mutant", "strain", "bound", "to", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "anisomycin", "or", "DMSO", "(", "control", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Cfu quantification of Shigella WT or ΔipaB mutant strain bound to HeLa cells pre-treated with anisomycin or DMSO (control)"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "D", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "E", ")", "of", "Shigella", "WT", "or", "ΔipaB", "mutant", "bound", "to", "HCT", "-", "8", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (D) and cfu quantification (E) of Shigella WT or ΔipaB mutant bound to HCT-8 cells pre-treated or not with arsenite"}
{"words": ["Representative", "image", ")", ",", "cf", "and", "qRT", "-", "PCR", "quantification", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "arsenite", "in", "the", "presence", "or", "not", "of", "amitriptyline", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Representative image ), cf and qRT-PCR quantification of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated with arsenite in the presence or not of amitriptyline, and corresponding controls"}
{"words": ["Representative", "image", "cf", "and", "qRT", "-", "PC", "quantification", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "wit", "anisomycin", "in", "the", "presence", "or", "not", "of", "amitriptyline", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Representative image cf and qRT-PC quantification of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated wit anisomycin in the presence or not of amitriptyline, and corresponding controls"}
{"words": ["Representative", "image", "cf", "and", "qRT", "-", "PC", "quantification", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "ASM", "siRNA", "or", "control", "siRNA", "and", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "prior", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "Representative image cf and qRT-PC quantification of intracellular Shigella in HeLa cells transfected with ASM siRNA or control siRNA and pre-treated or not with arsenite prior to infection"}
{"words": ["3D", "reconstruction", "of", "representative", "images", "of", "ASM", "(", "J", ",", "K", ")", "or", "ceramide", "(", "L", ",", "M", ")", "staining", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "arsenite", "or", "anisomycin", "and", "corresponding", "controls", ".", "ASM", ",", "ceramide", "and", "Hoechst", "staining", "were", "surface", "converted", "by", "voxel"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstruction of representative images of ASM (J, K) or ceramide (L, M) staining in HeLa cells treated with arsenite or anisomycin and corresponding controls. ASM, ceramide and Hoechst staining were surface converted by voxel distance"}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "p38", "MAPK", "phosphorylation", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "arsenite", ",", "TNF", "-", "α", ",", "H2O2", "or", "anisomycin", ";", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of p38 MAPK phosphorylation in HeLa cells treated with arsenite, TNF-α, H2O2 or anisomycin; β-actin was used as loading control"}
{"words": ["Representative", "image", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "arsenite", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "the", "p38", "inhibitor", "SB203580", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Representative image of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated with arsenite in the absence or presence of the p38 inhibitor SB203580, and corresponding controls"}
{"words": ["cfu", "quantificatio", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "arsenite", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "the", "p38", "inhibitor", "SB203580", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "cfu quantificatio of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated with arsenite in the absence or presence of the p38 inhibitor SB203580, and corresponding controls"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "p38", "siRNA", "or", "control", "siRNA", "and", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "prior", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "Cfu quantification of intracellular Shigella in HeLa cells transfected with p38 siRNA or control siRNA and pre-treated or not with arsenite prior to infection"}
{"words": ["cfu", "quantificatio", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "wit", "anysomycin", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "the", "p38", "inhibitor", "SB203580", ",", "and", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "cfu quantificatio of intracellular Shigella in HeLa cells pre-treated wit anysomycin in the absence or presence of the p38 inhibitor SB203580, and corresponding controls"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "intracellular", "Shigella", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "p38", "siRNA", "or", "control", "siRNA", "and", "pre", "-", "treated", "or", "not", "wit", "anisomycin", "prior", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "Cfu quantification of intracellular Shigella in HeLa cells transfected with p38 siRNA or control siRNA and pre-treated or not wit anisomycin prior to infection"}
{"words": ["3D", "reconstruction", "of", "representative", "images", "of", "ceramide", "staining", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "arsenite", ")", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "SB203580", ",", "and", "corresponding", "controls", ".", "Ceramide", "and", "Hoechst", "staining", "were", "surface", "converted", "by", "voxel"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstruction of representative images of ceramide staining in HeLa cells treated with arsenite ), in the presence or absence of SB203580, and corresponding controls. Ceramide and Hoechst staining were surface converted by voxel distance"}
{"words": ["3D", "reconstruction", "of", "representative", "images", "of", "ceramide", "staining", "in", "HeLa", "cells", "treated", "wit", "anisomyci", ")", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "SB203580", ",", "and", "corresponding", "controls", ".", "Ceramide", "and", "Hoechst", "staining", "were", "surface", "converted", "by", "voxel"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstruction of representative images of ceramide staining in HeLa cells treated wit anisomyci ), in the presence or absence of SB203580, and corresponding controls. Ceramide and Hoechst staining were surface converted by voxel distance"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "A", ")", ",", "cfu", "(", "B", "and", "qRT", "-", "PCR", "quantification", "of", "intracellular", "Salmonella", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "with", "arsenite", "or", "anisomycin", "and", "corresponding", "controls", "Infection", "was", "performed", "with", "Salmonella", "WT", "and", "analyzed", "at", "0", ".", "5"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (A), cfu (B and qRT-PCR quantification of intracellular Salmonella in HeLa cells pre-treated with arsenite or anisomycin and corresponding controls Infection was performed with Salmonella WT and analyzed at 0.5 hpi"}
{"words": ["Representative", "images", "of", "bacteria", "bound", "to", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "followed", "by", "incubation", "with", "Salmonella", "WT", "or", "Δ4", "mutant", "strain", "for", "10"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of bacteria bound to HeLa cells pre-treated or not with arsenite followed by incubation with Salmonella WT or Δ4 mutant strain for 10 min"}
{"words": ["Violin", "plots", "showing", "the", "distribution", "of", "the", "number", "of", "bacteria", "bound", "per", "infected", "cell", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "followed", "by", "incubation", "with", "Salmonella", "WT", "(", "E", ")", "or", "Δ4", "mutant", "strain", "(", "F", ")", "for", "10"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Violin plots showing the distribution of the number of bacteria bound per infected cell in HeLa cells pre-treated or not with arsenite followed by incubation with Salmonella WT (E) or Δ4 mutant strain (F) for 10 min"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "G", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "H", ")", "of", "bacteria", "bound", "to", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "followed", "by", "incubation", "with", "Salmonella", "mutant", "strains", "ΔfliC", ",", "ΔfliC", "/", "pFliC", "or", "ΔflhC", "for", "10"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (G) and cfu quantification (H) of bacteria bound to HeLa cells pre-treated or not with arsenite followed by incubation with Salmonella mutant strains ΔfliC, ΔfliC/pFliC or ΔflhC for 10 min"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "I", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "J", ")", "of", "Listeria", "bound", "to", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "followed", "by", "incubation", "with", "the", "bacteria", "for", "20"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (I) and cfu quantification (J) of Listeria bound to HeLa cells pre-treated or not with arsenite followed by incubation with the bacteria for 20 min"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "K", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "L", ")", "of", "Yersinia", "bound", "/", "internalized", "by", "HeLa", "cells", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "arsenite", "followed", "by", "70", "min", "incubation", "with", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (K) and cfu quantification (L) of Yersinia bound/internalized by HeLa cells pre-treated or not with arsenite followed by 70 min incubation with the bacteria"}
{"words": ["Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "design", "for", "reinfection", "experiments", ".", "Cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "-", "mCherry", "(", "primary", "infection", ")", "or", "mock", "-", "treated", ".", "At", "3", "hpi", ",", "cells", "were", "re", "-", "infected", "with", "Shigella", "expressing", "GFP", "(", "secondary", "infection", ")", ".", "Secondary", "infection", "was", "analyzed", "at", "0", ".", "5", "hpi", "(", "i", ".", "e", ".", "1", "h", "after", "addition", "of", "bacteria", "to", "cells", ")", "Representative", "image", "and", "cfu", "quantification", "of", "re", "-", "infection", "assays", "with", "Shigella", "W", "of", "HeLa", "cells", "primarily", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "ΔipaB", "/", "Inv", "mutant", "strain", ",", "or", "mock", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Schematic representation of the experimental design for reinfection experiments. Cells were infected with Shigella-mCherry (primary infection) or mock-treated. At 3 hpi, cells were re-infected with Shigella expressing GFP (secondary infection). Secondary infection was analyzed at 0.5 hpi (i.e. 1 h after addition of bacteria to cells) Representative image and cfu quantification of re-infection assays with Shigella W of HeLa cells primarily infected with Shigella WT or ΔipaB/Inv mutant strain, or mock-treated"}
{"words": ["Representative", "image", "and", "cfu", "quantificatio", "of", "re", "-", "infection", "assays", "wit", "Salmonella", "W", "of", "HeLa", "cells", "primarily", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "ΔipaB", "/", "Inv", "mutant", "strain", ",", "or", "mock", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative image and cfu quantificatio of re-infection assays wit Salmonella W of HeLa cells primarily infected with Shigella WT or ΔipaB/Inv mutant strain, or mock-treated"}
{"words": ["Representative", "images", "(", "F", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "G", ")", "of", "the", "re", "-", "infection", "assays", "with", "Salmonella", "ΔfliC", ",", "ΔfliC", "/", "pFliC", "or", "ΔflhC", "mutant", "strains", "in", "HeLa", "cells", "primarily", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "mock", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (F) and cfu quantification (G) of the re-infection assays with Salmonella ΔfliC, ΔfliC/pFliC or ΔflhC mutant strains in HeLa cells primarily infected with Shigella WT or mock-treated"}
{"words": ["Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "design", "for", "reinfections", "upon", "knockdown", "or", "inhibitor", "treatment", ".", "I", "and", "J", ".", "Representative", "images", "(", "I", ")", "and", "cfu", "quantification", "(", "J", ")", "of", "the", "secondary", "infection", "with", "Shigella", "WT", ",", "in", "cells", "transfected", "with", "ASM", "siRNA", "or", "control"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Schematic representation of the experimental design for reinfections upon knockdown or inhibitor treatment. I and J. Representative images (I) and cfu quantification (J) of the secondary infection with Shigella WT, in cells transfected with ASM siRNA or control siRNA"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "the", "secondary", "infection", "with", "Shigella", "WT", "in", "HeLa", "cells", "following"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cfu quantification of the secondary infection with Shigella WT in HeLa cells following amitriptyline"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "the", "secondary", "infection", "with", "Shigella", "WT", "in", "HeLa", "cells", "followin", "transfectio", "with", "MAPK", "p38"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1], "text": "Cfu quantification of the secondary infection with Shigella WT in HeLa cells followin transfectio with MAPK p38 siRN"}
{"words": ["Cfu", "quantification", "of", "the", "secondary", "infection", "with", "Shigella", "WT", "in", "HeLa", "cells", "followin", "SB203580"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2], "text": "Cfu quantification of the secondary infection with Shigella WT in HeLa cells followin SB203580 treatmen"}
{"words": ["3D", "reconstruction", "of", "representative", "images", "of", "ASM", "(", "A", ")", "or", "ceramide", "(", "B", ")", "staining", "in", "HeLa", "cells", "infected", "with", "Shigella", "WTor", "mock", "-", "treated", ",", "analyzed", "at", "3", "hpi", ".", "ASM", ",", "ceramide", ",", "Hoechst", "and", "Shigella", "staining", "were", "surface", "converted", "by", "voxel"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstruction of representative images of ASM (A) or ceramide (B) staining in HeLa cells infected with Shigella WTor mock-treated, analyzed at 3 hpi. ASM, ceramide, Hoechst and Shigella staining were surface converted by voxel distance"}
{"words": ["ASM", "enzymatic", "activity", "measurement", "in", "HeLa", "cells", "infected", "with", "Shigella", "-", "WT", "or", "mock", "-", "treated", ",", "analyzed", "at", "3", "hpi", ".", "The", "ASM", "enzymatic", "activity", "was", "determined", "in", "the", "membrane", "fraction", "corresponding", "to", "3", ".", "0", "×", "105", "cells", "per"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ASM enzymatic activity measurement in HeLa cells infected with Shigella-WT or mock-treated, analyzed at 3 hpi. The ASM enzymatic activity was determined in the membrane fraction corresponding to 3.0×105 cells per condition"}
{"words": ["ceramide", "measurement", "in", "HeLa", "cells", "infected", "with", "Shigella", "-", "WT", "or", "mock", "-", "treated", ",", "analyzed", "at", "3", "hpi", "Ceramide", "is", "shown", "normalized", "to", "mock", "-", "treated"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ceramide measurement in HeLa cells infected with Shigella-WT or mock-treated, analyzed at 3 hpi Ceramide is shown normalized to mock-treated cells"}
{"words": ["Representative", "spinning", "-", "disk", "confocal", "images", "of", "colon", "tissue", "sections", "of", "non", "-", "infected", "(", "E", "and", "F", ")", "and", "Shigella", "infected", "(", "G", "and", "H", ")", "guinea", "pigs", ",", "collected", "at", "4", "hpi", ".", "E", "and", "G", "are", "montages", "of", "multiple", "image", "fields", ";", "dashed", "boxes", "in", "(", "E", "and", "G", ")", "are", "shown", "enlarged", "in", "(", "F", "and", "H", ")", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative spinning-disk confocal images of colon tissue sections of non-infected (E and F) and Shigella infected (G and H) guinea pigs, collected at 4 hpi. E and G are montages of multiple image fields; dashed boxes in (E and G) are shown enlarged in (F and H), respectively"}
{"words": ["Mean", "fluorescence", "intensity", "of", "ceramide", "signal", "in", "surface", "epithelial", "cells", "(", "outermost", "tissue", "layer", ")", "of", "non", "-", "infected", "or", "Shigella", "-", "infected", "guinea", "pig", "colon", "tissue"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean fluorescence intensity of ceramide signal in surface epithelial cells (outermost tissue layer) of non-infected or Shigella-infected guinea pig colon tissue sections"}
{"words": ["(", "B", ")", "Wild", "type", "mice", "received", "strain", "GFP", "-", "K79", "via", "the", "tail", "vein", "and", "1", "hr", "later", ",", "animals", "were", "perfused", "and", "the", "meninges", ",", "cortex", "and", "choroid", "plexus", "were", "obtained", "for", "demonstration", "of", "intravenously", "injected", "bacteria", ".", "The", "arrows", "represent", "bacteria", "co", "-", "localized", "with", "capillaries", "(", "e", ".", "g", ".", ",", "within", "capillaries", ")", "and", "arrowheads", "represent", "bacteria", "outside", "the", "capillaries", "(", "e", ".", "g", ".", ",", "exited", "from", "the", "capillaries", ")", ".", "A", "few", "bacteria", "were", "successfully", "passed", "through", "the", "meningeal", "and", "cortex", "capillaries", ",", "but", "no", "bacteria", "were", "demonstrated", "in", "the", "choroid", "plexus", "at", "this", "time", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Wild type mice received strain GFP-K79 via the tail vein and 1 hr later, animals were perfused and the meninges, cortex and choroid plexus were obtained for demonstration of intravenously injected bacteria. The arrows represent bacteria co-localized with capillaries (e.g., within capillaries) and arrowheads represent bacteria outside the capillaries (e.g., exited from the capillaries). A few bacteria were successfully passed through the meningeal and cortex capillaries, but no bacteria were demonstrated in the choroid plexus at this time."}
{"words": ["(", "C", ")", "Sulfo", "-", "NHS", "-", "biotin", "was", "administered", "via", "intraperitoneal", "injection", "10", "min", "before", "perfusion", "for", "assessing", "the", "blood", "-", "brain", "barrier", "permeability", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "extravasation", "is", "indicative", "of", "leakage", "from", "the", "intravascular", "lumen", ".", "Sulfo", "-", "NHS", "-", "Biotin", "was", "confined", "to", "the", "capillaries", "of", "the", "meninges", "and", "cortex", "(", "as", "shown", "with", "arrows", ")", ",", "and", "there", "was", "no", "evidence", "of", "extravasation", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Sulfo-NHS-biotin was administered via intraperitoneal injection 10 min before perfusion for assessing the blood-brain barrier permeability, i.e., extravasation is indicative of leakage from the intravascular lumen. Sulfo-NHS-Biotin was confined to the capillaries of the meninges and cortex (as shown with arrows), and there was no evidence of extravasation. Scale bar = 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Relative", "invasion", "frequency", "of", "GBS", "strain", "K79", "in", "HBMEC", "with", "or", "without", "EGFR", "inhibitor", "(", "gefitinib", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(D) Relative invasion frequency of GBS strain K79 in HBMEC with or without EGFR inhibitor (gefitinib)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bacterial", "counts", "recovered", "from", "the", "blood", "and", "brain", "in", "wild", "type", "mice", "receiving", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "5", ")", "or", "gefitinib", "(", "10", "mg", "/", "kg", ")", "(", "n", "=", "6", ")", ",", "infected", "with", "strain", "K79", "for", "1", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bacterial counts recovered from the blood and brain in wild type mice receiving vehicle control (n = 5) or gefitinib (10 mg/kg) (n = 6), infected with strain K79 for 1 h."}
{"words": ["(", "F", ")", "Tyrosine", "phosphorylation", "of", "EGFR", "in", "HBMEC", "in", "response", "to", "GBS", "strain", "K79", "infection", "at", "15", "min", "and", "60", "min", "post", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Tyrosine phosphorylation of EGFR in HBMEC in response to GBS strain K79 infection at 15 min and 60 min post infection."}
{"words": ["(", "G", ")", "EGFR", "protein", "expression", "in", "EGFR", "knockout", "HBMEC", "using", "CRISPR", "/", "Cas9", "(", "left", "panel", ")", "and", "relative", "invasion", "frequency", "of", "8", "meningitis", "isolates", "of", "GBS", "strains", "in", "EGFR", "knockout", "and", "control", "HBMEC", "(", "right", "panel", ")", ".", "From", "left", "to", "right", ",", "p", "value", "of", "K79", "is", "0", ".", "0059", ",", "p", "value", "of", "K160", "is", "0", ".", "00024", ",", "p", "value", "of", "K161", "is", "0", ".", "00080", ",", "p", "value", "of", "K181", "is", "0", ".", "00042", ",", "p", "value", "of", "K226", "is", "0", ".", "00011", ",", "p", "value", "of", "K237", "is", "0", ".", "00072", ",", "p", "value", "of", "K238", "is", "0", ".", "0093", ",", "p", "value", "of", "P539", "is", "0", ".", "00013", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) EGFR protein expression in EGFR knockout HBMEC using CRISPR/Cas9 (left panel) and relative invasion frequency of 8 meningitis isolates of GBS strains in EGFR knockout and control HBMEC (right panel). From left to right, p value of K79 is 0.0059, p value of K160 is 0.00024, p value of K161 is 0.00080, p value of K181 is 0.00042, p value of K226 is 0.00011, p value of K237 is 0.00072, p value of K238 is 0.0093, p value of P539 is 0.00013 (right panel)."}
{"words": ["(", "H", ")", "GBS", "strain", "K79", "traversal", "of", "HBMEC", "monolayer", "was", "significantly", "decreased", "in", "EGFR", "knockout", "HBMEC", "compare", "to", "control", "HBMEC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) GBS strain K79 traversal of HBMEC monolayer was significantly decreased in EGFR knockout HBMEC compare to control HBMEC."}
{"words": ["(", "I", ")", "Bacterial", "counts", "recovered", "from", "the", "blood", "and", "brain", "of", "EGFR", "conditional", "knockout", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "1", "h", "after", "intravenous", "inoculation", "with", "strain", "K79", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Bacterial counts recovered from the blood and brain of EGFR conditional knockout (n = 5) and control mice (n = 5) 1 h after intravenous inoculation with strain K79."}
{"words": ["(", "A", ")", "Tyrosine", "phosphorylation", "of", "EGFR", "in", "HBMEC", "pre", "-", "treated", "with", "20", "μM", "S1P2", "antagonist", "(", "JTE", "-", "013", ")", "or", "vehicle", "control", "and", "infected", "with", "GBS", "strain", "K79", "infection", "for", "60", "min", ".", "EGFR", "phosphorylation", "in", "control", "and", "S1P2", "knockout", "HBMEC", "infected", "with", "K79", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Tyrosine phosphorylation of EGFR in HBMEC pre-treated with 20 μM S1P2 antagonist (JTE-013) or vehicle control and infected with GBS strain K79 infection for 60 min. EGFR phosphorylation in control and S1P2 knockout HBMEC infected with K79."}
{"words": ["(", "B", ")", "Relative", "invasion", "frequency", "of", "strain", "K79", "in", "HBMEC", "with", "or", "without", "SphK1", "and", "SphK2", "inhibitors", ".", "All", "the", "inhibitors", "were", "used", "at", "10", "μM", ".", "From", "left", "to", "right", ",", "p", "value", "of", "DJB", "-", "V", "-", "39", "is", "0", ".", "0047", ",", "p", "value", "of", "SKI", "is", "0", ".", "0062", ",", "p", "value", "of", "FTY720", "is", "0", ".", "0022", ",", "and", "p", "value", "of", "HB56", "is", "0", ".", "0045", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Relative invasion frequency of strain K79 in HBMEC with or without SphK1 and SphK2 inhibitors. All the inhibitors were used at 10 μM. From left to right, p value of DJB-V-39 is 0.0047, p value of SKI is 0.0062, p value of FTY720 is 0.0022, and p value of HB56 is 0.0045."}
{"words": ["(", "C", ")", "S1P2", "protein", "expression", "in", "S1P2", "knockout", "HBMEC", "using", "CRISPR", "/", "Cas9", "(", "left", "panel", ")", ".", "Relative", "invasion", "frequency", "of", "8", "meningitis", "isolates", "of", "GBS", "in", "S1P2", "knockout", "HBMEC", ".", "From", "left", "to", "right", ",", "p", "value", "of", "K79", "is", "0", ".", "0018", ",", "p", "value", "of", "K160", "is", "0", ".", "0091", ",", "p", "value", "of", "K161", "is", "0", ".", "0054", ",", "p", "value", "of", "K181", "is", "0", ".", "00040", ",", "p", "value", "of", "K226", "is", "0", ".", "00032", ",", "p", "value", "of", "K237", "is", "0", ".", "040", ",", "p", "value", "of", "K238", "is", "0", ".", "041", "and", "p", "value", "of", "P539", "is", "0", ".", "0025", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) S1P2 protein expression in S1P2 knockout HBMEC using CRISPR/Cas9 (left panel). Relative invasion frequency of 8 meningitis isolates of GBS in S1P2 knockout HBMEC. From left to right, p value of K79 is 0.0018, p value of K160 is 0.0091, p value of K161 is 0.0054, p value of K181 is 0.00040, p value of K226 is 0.00032, p value of K237 is 0.040, p value of K238 is 0.041 and p value of P539 is 0.0025."}
{"words": ["(", "D", ")", "GBS", "strain", "K79", "traversal", "of", "HBMEC", "monolayer", "was", "significantly", "decreased", "in", "S1P2", "knockout", "HBMEC", "compare", "to", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) GBS strain K79 traversal of HBMEC monolayer was significantly decreased in S1P2 knockout HBMEC compare to control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bacterial", "counts", "recovered", "from", "the", "blood", "and", "brain", "of", "wild", "type", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "S1P2", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "infected", "with", "strain", "K79", "for", "1h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bacterial counts recovered from the blood and brain of wild type (n = 5) and S1P2-/- mice (n = 5) infected with strain K79 for 1h."}
{"words": ["(", "A", ")", "Serine", "phosphorylation", "of", "cPLA2α", "in", "response", "to", "GBS", "strain", "K79", "in", "HBMEC", "pretreated", "with", "gefitinib", "or", "vehicle", "control", "and", "in", "EGFR", "knockout", "HBMEC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Serine phosphorylation of cPLA2α in response to GBS strain K79 in HBMEC pretreated with gefitinib or vehicle control and in EGFR knockout HBMEC."}
{"words": ["(", "B", ")", "Serine", "phosphorylation", "of", "cPLA2α", "in", "response", "to", "GBS", "strain", "K79", "in", "control", ",", "EGFR", "knockout", "and", "S1P2", "knockout", "HBMEC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) Serine phosphorylation of cPLA2α in response to GBS strain K79 in control, EGFR knockout and S1P2 knockout HBMEC."}
{"words": ["(", "C", ")", "Bacterial", "counts", "recovered", "from", "the", "blood", "and", "brain", "in", "wild", "type", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "CysLT2", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "infected", "with", "strain", "K79", "for", "1h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Bacterial counts recovered from the blood and brain in wild type mice (n = 5) and CysLT2-/- mice (n = 5) infected with strain K79 for 1h."}
{"words": ["(", "D", ")", "CysLT1", "protein", "expression", "in", "CysLT1", "knockdown", "HBMEC", "using", "shRNA", "(", "left", "panel", ")", "and", "relative", "invasion", "frequency", "of", "8", "GBS", "isolates", "in", "CysLT1", "knockdown", "and", "control", "HBMEC", ".", "t", "-", "test", ".", "From", "left", "to", "right", ",", "p", "value", "of", "K79", "is", "0", ".", "0039", ",", "p", "value", "of", "K160", "is", "0", ".", "0082", ",", "p", "value", "of", "K161", "is", "0", ".", "00091", ",", "p", "value", "of", "K181", "is", "0", ".", "0087", ",", "p", "value", "of", "K226", "is", "0", ".", "00020", ",", "p", "value", "of", "K237", "is", "0", ".", "0039", ",", "p", "value", "of", "K238", "is", "0", ".", "00066", ",", "p", "value", "of", "P539", "is", "1", ".", "76E", "-", "05", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CysLT1 protein expression in CysLT1 knockdown HBMEC using shRNA (left panel) and relative invasion frequency of 8 GBS isolates in CysLT1 knockdown and control HBMEC. t-test. From left to right, p value of K79 is 0.0039, p value of K160 is 0.0082, p value of K161 is 0.00091, p value of K181 is 0.0087, p value of K226 is 0.00020, p value of K237 is 0.0039, p value of K238 is 0.00066, p value of P539 is 1.76E-05 (right panel)."}
{"words": ["(", "E", ")", "GBS", "strain", "K79", "traversal", "of", "HBMEC", "monolayer", "was", "significantly", "decreased", "in", "CysLT1", "knockdown", "HBMEC", "compare", "to", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) GBS strain K79 traversal of HBMEC monolayer was significantly decreased in CysLT1 knockdown HBMEC compare to control."}
{"words": ["(", "F", ")", "Bacterial", "counts", "recovered", "from", "the", "blood", "and", "brain", "in", "wild", "type", "mice", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "CysLT1", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "7", ")", "infected", "with", "strain", "K79", "for", "1h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Bacterial counts recovered from the blood and brain in wild type mice (n = 7) and CysLT1-/- mice (n = 7) infected with strain K79 for 1h."}
{"words": ["(", "G", ")", "Ezrin", "protein", "expression", "in", "ezrin", "knockdown", "HBMEC", "using", "shRNA", "(", "left", "panel", ")", "and", "relative", "invasion", "frequency", "of", "GBS", "strain", "K79", "in", "ezrin", "knockdown", "and", "control", "HBMEC", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Ezrin protein expression in ezrin knockdown HBMEC using shRNA (left panel) and relative invasion frequency of GBS strain K79 in ezrin knockdown and control HBMEC (right panel)."}
{"words": ["(", "H", "Ezrin", "phosphorylation", "in", "HBMEC", "pre", "-", "treated", "with", "CysLT1", "antagonist", "(", "montelukast", ")", "and", "infected", "with", "GBS", "strain", "K79", "for", "60", "min", "(", "left", "panel", ")"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H Ezrin phosphorylation in HBMEC pre-treated with CysLT1 antagonist (montelukast) and infected with GBS strain K79 for 60 min (left panel)"}
{"words": ["I", ")", "ezrin", "phosphorylation", "in", "the", "homogenates", "of", "brain", "capillaries", "of", "CysLT1", "-", "/", "-", "and", "control", "mice", "infected", "with", "GBS", "strain", "K79", "for", "1h", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I) ezrin phosphorylation in the homogenates of brain capillaries of CysLT1-/- and control mice infected with GBS strain K79 for 1h (right panel)."}
{"words": ["(", "J", ")", "Intracellular", "K79", "co", "-", "localization", "with", "EGFR", "and", "ezrin", "in", "control", "and", "S1P2", "knockout", "HBMEC", "(", "as", "shown", "by", "arrows", ",", "cyan", ")", ".", "Percentage", "of", "co", "-", "localization", "was", "calculated", "by", "counting", "numbers", "of", "all", "GBS", "and", "co", "-", "localized", "intracellular", "GBS", "from", "at", "least", "three", "representative", "fields", ",", "and", "expressing", "as", "numbers", "of", "co", "-", "localized", "GBS", "/", "all", "GBS", "x", "100", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Intracellular K79 co-localization with EGFR and ezrin in control and S1P2 knockout HBMEC (as shown by arrows, cyan). Percentage of co-localization was calculated by counting numbers of all GBS and co-localized intracellular GBS from at least three representative fields, and expressing as numbers of co-localized GBS/all GBS x 100."}
{"words": ["(", "A", ")", "Survival", "of", "wild", "type", "mice", "receiving", "drug", "administration", "for", "7", "days", "after", "infection", "with", "GBS", "strain", "K79", ".", "Data", "are", "presented", "as", "a", "Kaplan", "-", "Maier", "plot", "with", "a", "log", "rank", "test", "used", "to", "compare", "percentage", "of", "survival", "between", "the", "groups", ",", "CFX", "group", "n", "=", "18", ",", "and", "CFX", "+", "MONT", "group", "n", "=", "10", "*", "p", "=", "0", ".", "015", ".", "(", "CFX", ":", "ceftriaxone", ";", "MONT", ":", "montelukast", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0], "text": "(A) Survival of wild type mice receiving drug administration for 7 days after infection with GBS strain K79. Data are presented as a Kaplan-Maier plot with a log rank test used to compare percentage of survival between the groups, CFX group n = 18, and CFX + MONT group n = 10*p = 0.015. (CFX: ceftriaxone; MONT: montelukast)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Nissl", "staining", "of", "the", "hippocampus", "CA1", ",", "CA2", "&", "CA3", "regions", "(", "low", "magnification", ")", "and", "cortex", "region", "(", "higher", "magnification", ")", "(", "left", ")", "and", "histograms", "showing", "the", "number", "of", "Nissl", "-", "stained", "bodies", "(", "right", ")", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Data", "represent", "the", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "with", "statistical", "analysis", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "p", "value", "between", "control", "group", "and", "Ceftriaxone", "group", "is", "0", ".", "00021", ",", "p", "value", "between", "Ceftriaxone", "group", "and", "Ceftriaxone", "+", "Montelukast", "group", "is", "0", ".", "013", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Nissl staining of the hippocampus CA1, CA2 & CA3 regions (low magnification) and cortex region (higher magnification) (left) and histograms showing the number of Nissl-stained bodies (right) Scale bar, 50 μm. Data represent the means ± SEM from three independent experiments, with statistical analysis by One-way ANOVA, p value between control group and Ceftriaxone group is 0.00021, p value between Ceftriaxone group and Ceftriaxone + Montelukast group is 0.013."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Representative", "immunofluorescence", "images", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "TUNEL", "bodies", ",", "astrocyte", "(", "GFAP", ")", ",", "microglia", "(", "Iba1", ")", "in", "cortex", "of", "wild", "type", "mice", "after", "7", "days", "of", "therapy", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Data", "represent", "the", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "with", "statistical", "analysis", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "p", "value", "of", "TUNEL", "bodies", "between", "CFX", "group", "and", "MONT", "+", "CFX", "group", "is", "0", ".", "0012", ",", "p", "value", "of", "astrocyte", "between", "CFX", "group", "and", "MONT", "+", "CFX", "group", "is", "0", ".", "0068", ",", "and", "p", "value", "of", "microglia", "cells", "between", "CFX", "group", "and", "MONT", "+", "CFX", "group", "is", "0", ".", "0029", ".", "(", "E", ")", "Y", "-", "maze", "test", "for", "spatial", "learning", "and", "memory", "of", "different", "group", "of", "wild", "type", "mice", ".", "The", "total", "duration", "of", "time", "spent", "at", "novel", "arm", "(", "left", ")", "and", "the", "percentage", "of", "entries", "to", "novel", "arm", "of", "Y", "-", "maze", "(", "right", ")", ".", "Data", "represent", "the", "means", "±", "SEM", "was", "statistically", "analyzed", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "p", "value", "of", "total", "duration", "of", "time", "spent", "at", "novel", "arm", "between", "control", "group", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "CFX", "group", "(", "n", "=", "5", ")", "is", "0", ".", "00012", ",", "p", "value", "between", "CFX", "group", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "MONT", "+", "CFX", "group", "(", "n", "=", "6", ")", "is", "0", ".", "00017", ";", "p", "value", "of", "total", "duration", "of", "%", "of", "entry", "to", "novel", "arm", "between", "control", "group", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "CFX", "group", "(", "n", "=", "5", ")", "is", "0", ".", "0102", ",", "and", "p", "value", "between", "CFX", "group", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "MONT", "+", "CFX", "group", "(", "n", "=", "6", ")", "is", "0", ".", "0216", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Representative immunofluorescence images (left) and quantification (right) of TUNEL bodies, astrocyte (GFAP), microglia (Iba1) in cortex of wild type mice after 7 days of therapy. Scale bar, 50 μm. Data represent the means ± SEM from three independent experiments, with statistical analysis by One-way ANOVA, p value of TUNEL bodies between CFX group and MONT + CFX group is 0.0012, p value of astrocyte between CFX group and MONT + CFX group is 0.0068, and p value of microglia cells between CFX group and MONT + CFX group is 0.0029. (E) Y-maze test for spatial learning and memory of different group of wild type mice. The total duration of time spent at novel arm (left) and the percentage of entries to novel arm of Y-maze (right). Data represent the means ± SEM was statistically analyzed by One-way ANOVA, p value of total duration of time spent at novel arm between control group (n = 6) and CFX group (n = 5) is 0.00012, p value between CFX group (n = 5) and MONT + CFX group (n = 6) is 0.00017; p value of total duration of % of entry to novel arm between control group (n = 6) and CFX group (n = 5) is 0.0102, and p value between CFX group (n = 5) and MONT + CFX group (n = 6) is 0.0216."}
{"words": ["ZO", "-", "1", "and", "GAPDH", "protein", "levels", "assessed", "in", "Epi", "cells", "by", "Western", "blot", "of", "whole", "protein", "extracts", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ZO-1 and GAPDH protein levels assessed in Epi cells by Western blot of whole protein extracts."}
{"words": ["ZO", "-", "1", "quantification", "of", "IF", "images", "performed", "using", "the", "Fiji", "software", "and", "bar", "-", "plotted", "as", "normalized", "integrated", "densities", "per", "cell", "(", "grey", "dots", ")", "with", "bars", "corresponding", "to", "Mean", "±", "Standard", "Error", "of", "the", "Mean", "(", "SEM", ")", "for", "at", "least", "11", "high", "-", "field", "units", "of", "at", "least", "100", "cells", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "N", "=", "11", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ZO-1 quantification of IF images performed using the Fiji software and bar-plotted as normalized integrated densities per cell (grey dots) with bars corresponding to Mean ± Standard Error of the Mean (SEM) for at least 11 high-field units of at least 100 cells; * P-value < 0.05 (Student's t-test, N=11)."}
{"words": ["LMS", "(", "red", ")", "and", "HMS", "(", "black", ")", "gene", "expression", "quantification", "in", "Epi", "cells", "by", "random", "-", "primed", "RT", "-", "qPCR", "relative", "to", "RPL11", "and", "represented", "as", "log2", "fold", "change", "to", "CTR", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "an", "independent", "replicate", ",", "bars", "represent", "Mean", "±", "Standard", "Deviation", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LMS (red) and HMS (black) gene expression quantification in Epi cells by random-primed RT-qPCR relative to RPL11 and represented as log2 fold change to CTR. Each dot corresponds to an independent replicate, bars represent Mean ± Standard Deviation values."}
{"words": ["Metagene", "profiling", "within", "the", "10", "kb", "window", "around", "TSS", "of", "H3K27ac", ",", "LSD1", "and", "H3K4me2", "over", "IgG", "in", "Epi", "cells", "expressing", "none", "(", "CTR", ")", "or", "different", "HOTAIR", "variants", "(", "HOT", ",", "HOTΔP", "and", "HOTΔL", ")", ".", "bp", "stands", "for", "base", "pairs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profiling within the 10 kb window around TSS of H3K27ac, LSD1 and H3K4me2 over IgG in Epi cells expressing none (CTR) or different HOTAIR variants (HOT, HOTΔP and HOTΔL). bp stands for base pairs."}
{"words": ["Heatmap", "of", "unsupervised", "hierarchical", "clustering", "based", "on", "H3K27ac", "mean", "values", "at", "gene", "promoters", "showing", "separation", "of", "two", "phenotypic", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap of unsupervised hierarchical clustering based on H3K27ac mean values at gene promoters showing separation of two phenotypic groups."}
{"words": ["Metagene", "profiling", "of", "H3K27ac", ",", "LSD1", "and", "H3K4me2", "over", "IgG", "within", "the", "5", "kb", "window", "of", "enhancers", "in", "Epi", "cells", "expressing", "none", "(", "CTR", ")", "or", "different", "HOTAIR", "variants", "(", "HOT", ",", "HOTΔP", "and", "HOTΔL", ")", ".", "bp", "stands", "for", "base", "pairs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profiling of H3K27ac, LSD1 and H3K4me2 over IgG within the 5 kb window of enhancers in Epi cells expressing none (CTR) or different HOTAIR variants (HOT, HOTΔP and HOTΔL). bp stands for base pairs."}
{"words": ["WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "103", "PFU", "of", "CHIKV", ".", "(", "E", ")", "Viral", "tissue", "burdens", "were", "analyzed", "at", "1", "day", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "by", "FFA", ".", "Mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the left rear footpad with 103 PFU of CHIKV. (E) Viral tissue burdens were analyzed at 1 day post inoculation (dpi) by FFA. Mean ± SEM."}
{"words": ["WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "103", "PFU", "of", "ONNV", "(", "F", ")", "Tissues", "and", "serum", "were", "collected", "at", "1", "dpi", "and", "analyzed", "by", "plaque", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the left rear footpad with 103 PFU of ONNV (F) Tissues and serum were collected at 1 dpi and analyzed by plaque assay."}
{"words": ["WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "103", "PFU", "of", "RRV", "(", "G", ")", ".", "Tissues", "and", "serum", "were", "collected", "at", "1", "dpi", "and", "analyzed", "by", "plaque", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the left rear footpad with 103 PFU of RRV (G). Tissues and serum were collected at 1 dpi and analyzed by plaque assay."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "and", "Clec4F", "-", "DTR", "+", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "treated", "with", "diphtheria", "toxin", "(", "DT", ")", "either", "intraperitoneally", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "24", "h", "prior", "to", "inoculation", "(", "n", "=", "10", ",", "data", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "black", "dots", ")", "or", "intravenously", "(", "i", ".", "v", ".", ")", "48", "and", "24", "h", "prior", "to", "inoculation", "(", "n", "=", "4", ",", "one", "experiment", ",", "grey", "dots", ")", "to", "deplete", "KCs", "and", "inoculated", "i", ".", "v", ".", "with", "108", "CHIKV", "particles", ".", "Viral", "genomes", "in", "the", "inoculum", "and", "serum", "at", "45", "minutes", "(", "min", ")", "-", "post", "inoculation", "were", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "three", "experiments", ",", "n", "=", "14", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT and Clec4F-DTR+ C57BL/6 mice were treated with diphtheria toxin (DT) either intraperitoneally (i.p.) 24 h prior to inoculation (n=10, data pooled from two experiments, black dots) or intravenously (i.v.) 48 and 24 h prior to inoculation (n=4, one experiment, grey dots) to deplete KCs and inoculated i.v. with 108 CHIKV particles. Viral genomes in the inoculum and serum at 45 minutes (min)-post inoculation were determined by RT-qPCR. Mean ± SD. Data are pooled from three experiments, n= 14. Mann-Whitney test; ****P < 0.0001."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", "or", "CD169", "-", "DTR", "+", "mice", "were", "treated", "i", ".", "p", ".", "with", "DT", "prior", "to", "i", ".", "v", ".", "inoculation", "of", "108", "CHIKV", "particles", ".", "Viral", "genomes", "were", "quantified", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "7", "-", "8", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT or CD169-DTR+ mice were treated i.p. with DT prior to i.v. inoculation of 108 CHIKV particles. Viral genomes were quantified as in (A). Mean ± SD. Data are pooled from two experiments, n=7-8. Mann-Whitney test; ***P < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "Livers", "from", "WT", ",", "Clec4F", "-", "DTR", "+", "or", "CD169", "-", "DTR", "+", "mice", "treated", "i", ".", "p", ".", "with", "DT", ",", "or", "WT", "mice", "treated", "i", ".", "v", ".", "with", "PLL", "or", "CLL", "were", "analyzed", "by", "IHC", "to", "visualize", "F4", "/", "80", "+", "macrophages", "(", "brown", ")", ".", "Two", "representative", "sections", "for", "each", "group", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Livers from WT, Clec4F-DTR+ or CD169-DTR+ mice treated i.p. with DT, or WT mice treated i.v. with PLL or CLL were analyzed by IHC to visualize F4/80+ macrophages (brown). Two representative sections for each group are shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "or", "Clec4F", "-", "DTR", "+", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "treated", "i", ".", "v", ".", "with", "DT", "prior", "to", "s", ".", "c", ".", "inoculation", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "103", "PFU", "of", "CHIKV", ".", "Infectious", "virus", "was", "quantified", "at", "24", "hpi", "by", "FFA", ".", "Mean", "±", "SEM", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "8", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "P", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT or Clec4F-DTR+ C57BL/6 mice were treated i.v. with DT prior to s.c. inoculation in the left rear footpad with 103 PFU of CHIKV. Infectious virus was quantified at 24 hpi by FFA. Mean ± SEM. Data are pooled from two experiments, n=8. Mann-Whitney test; P > 0.05."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "treated", "i", ".", "v", ".", "with", "PLL", "or", "CLL", "42", "h", "prior", "to", "s", ".", "c", ".", "inoculation", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "103", "PFU", "of", "CHIKV", ".", "Infectious", "virus", "at", "24", "hpi", "was", "quantified", "by", "FFA", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "8", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT C57BL/6 mice were treated i.v. with PLL or CLL 42 h prior to s.c. inoculation in the left rear footpad with 103 PFU of CHIKV. Infectious virus at 24 hpi was quantified by FFA. Mean ± SD. Data are pooled from two experiments, n=8. Mann-Whitney test; ***P < 0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "108", "particles", "of", "WT", "CHIKV", "or", "CHIKV", "E2", "K200R", ".", "Viral", "genomes", "in", "the", "dLN", "and", "serum", "at", "2", "hpi", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "10", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the left rear footpad with 108 particles of WT CHIKV or CHIKV E2 K200R. Viral genomes in the dLN and serum at 2 hpi were quantified by RT-qPCR. Mean ± SD. Data are pooled from two experiments, n=10. Two-way ANOVA with Bonferroni's multiple comparisons test; ***P < 0.001, ****P < 0.0001."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "108", "particles", "of", "RRV", ".", "Viral", "genomes", "in", "the", "dLN", "and", "serum", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "8", "-", "9", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the left rear footpad with 108 particles of RRV. Viral genomes in the dLN and serum were quantified by RT-qPCR. Mean ± SD. Data are pooled from two experiments, n=8-9. Mann-Whitney test; ***P < 0.001, ****P < 0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CD169", "-", "DTR", "+", "mice", "were", "treated", "i", ".", "p", ".", "with", "PBS", "or", "DT", "prior", "to", "collection", "of", "the", "popliteal", "LN", ".", "Frozen", "LN", "sections", "were", "stained", "for", "CD169", "+", "macrophages", "(", "green", ")", ",", "B220", "+", "B", "cells", "(", "blue", ")", "or", "ERTR", "-", "7", "+", "stromal", "cells", "(", "red", ")", ".", "Image", "shown", "is", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Scale", "bars", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CD169-DTR+ mice were treated i.p. with PBS or DT prior to collection of the popliteal LN. Frozen LN sections were stained for CD169+ macrophages (green), B220+ B cells (blue) or ERTR-7+ stromal cells (red). Image shown is representative of three biological replicates. Scale bars: 200 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "or", "CD169", "-", "DTR", "+", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "treated", "i", ".", "p", ".", "with", "DT", "prior", "to", "s", ".", "c", ".", "inoculation", "in", "the", "left", "rear", "footpad", "with", "108", "particles", "of", "WT", "CHIKV", ".", "Viral", "genomes", "in", "the", "dLN", "and", "serum", "at", "2", "hpi", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Mean", "±", "SD", ".", "Data", "are", "pooled", "from", "two", "experiments", ",", "n", "=", "8", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ";", "P", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT or CD169-DTR+ C57BL/6 mice were treated i.p. with DT prior to s.c. inoculation in the left rear footpad with 108 particles of WT CHIKV. Viral genomes in the dLN and serum at 2 hpi were quantified by RT-qPCR. Mean ± SD. Data are pooled from two experiments, n=8. Mann-Whitney test; P > 0.05."}
{"words": ["WT", "or", "MARCO", "-", "/", "-", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "inoculated", "s", ".", "c", ".", "in", "the", "rear", "feet", "with", "5", "*", "104", "PFU", "of", "CHIKV", "-", "E2", "-", "mCherry", "and", "the", "popliteal", "dLNs", "were", "collected", "at", "2", "hpi", ".", "(", "A", ")", "Frozen", "dLN", "sections", "were", "stained", "for", "Lyve", "-", "1", "+", "LECs", "(", "white", ")", ",", "MARCO", "(", "green", ")", ",", "B220", "(", "blue", ")", "and", "mCherry", "+", "CHIKV", "particles", "(", "red", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT or MARCO-/- C57BL/6 mice were inoculated s.c. in the rear feet with 5*104 PFU of CHIKV-E2-mCherry and the popliteal dLNs were collected at 2 hpi. (A) Frozen dLN sections were stained for Lyve-1+ LECs (white), MARCO (green), B220 (blue) and mCherry+ CHIKV particles (red). Scale bars: 200 μm. "}
{"words": ["(", "H", ",", "I", ")", "MARCO", "(", "H", ")", "and", "Mxra8", "(", "I", ")", "expression", "is", "shown", "for", "MARCO", "+", "LECs", "for", "mock", "-", "infected", "cells", "and", "CHIKV", "-", "infected", "cells", "classified", "as", "either", "CHIKV", "-", "low", "or", "CHIKV", "-", "high", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "a", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "-", "sum", "test", "with", "Bonferroni", "correction", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "represent", "medians", ",", "the", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", ",", "and", "min", "/", "max", "values", "that", "are", "not", "outliers", ",", "respectively", ".", "Outliers", "are", "shown", "as", "points", "and", "include", "any", "values", "that", "are", "more", "than", "1", ".", "5x", "IQR", "away", "from", "the", "box", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H, I) MARCO (H) and Mxra8 (I) expression is shown for MARCO+ LECs for mock-infected cells and CHIKV-infected cells classified as either CHIKV-low or CHIKV-high. P values were calculated using a two-sided Wilcoxon rank-sum test with Bonferroni correction. In the boxplot, the central lines, the box limits, and the whiskers represent medians, the interquartile range (IQR), and min/max values that are not outliers, respectively. Outliers are shown as points and include any values that are more than 1.5x IQR away from the box."}
{"words": ["(", "B", ")", "HCT116", "cells", "in", "which", "eIF3k", "was", "homozygously", "modified", "with", "the", "mAID", "domain", "to", "trigger", "auxin", "-", "dependent", "degradation", "were", "exposed", "to", "500", "μM", "indole", "-", "3", "-", "acetic", "acid", "(", "IAA", ")", "for", "the", "periods", "shown", ",", "and", "cell", "lysate", "was", "subjected", "to", "immunoblotting", "with", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HCT116 cells in which eIF3k was homozygously modified with the mAID domain to trigger auxin-dependent degradation were exposed to 500 μM indole-3-acetic acid (IAA) for the periods shown, and cell lysate was subjected to immunoblotting with the indicated antibodies"}
{"words": ["(", "A", ")", "Parental", "HCT116", "and", "the", "five", "different", "conditional", "eIF3", "-", "mAID", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "the", "vehicle", "DMSO", "or", "with", "IAA", "for", "the", "periods", "indicated", ".", "Metabolic", "activity", "(", "i", ".", "e", ".", "NAD", "(", "P", ")", "H", ")", "as", "a", "proxy", "of", "cell", "proliferation", "was", "determined", "by", "MTT", "assay", ".", "Graphs", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "5", "-", "6", ".", "Asterisks", "denote", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "00005", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Parental HCT116 and the five different conditional eIF3-mAID cell lines were treated with the vehicle DMSO or with IAA for the periods indicated. Metabolic activity (i.e. NAD(P)H) as a proxy of cell proliferation was determined by MTT assay. Graphs represent means ± SD, n = 5 - 6. Asterisks denote: * p < 0.005 , ** p < 0.00005, *** p < 0.000005"}
{"words": ["(", "D", ")", "1", "x", "106", "eIF3", "-", "mAID", "cells", "were", "injected", "into", "nude", "mice", ".", "When", "tumors", "reached", "a", "diameter", "of", "~", "4", "mm", ",", "mice", "were", "treated", "with", "vehicle", "or", "500", "mg", "/", "kg", "IAA", ",", "and", "tumor", "growth", "was", "measured", "for", "2", "weeks", ".", "Graphs", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "5", "to", "7", ".", "Numbers", "indicate", "p"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) 1 x 106 eIF3-mAID cells were injected into nude mice. When tumors reached a diameter of ~ 4 mm, mice were treated with vehicle or 500 mg/kg IAA, and tumor growth was measured for 2 weeks. Graphs represent means ± SD, n = 5 to 7. Numbers indicate p values"}
{"words": ["(", "E", ")", "Expression", "of", "the", "indicated", "eIF3", "proteins", "in", "97", "colon", "adenocarcinomas", "versus", "100", "normal", "colonic", "mucosae", "and", "110", "clear", "cell", "renal", "cell", "carcinomas", "versus", "84", "normal", "kidney", "samples", ".", "Log2", "spectral", "count", "data", "from", "CPTAC", "via", "UALCAN"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Expression of the indicated eIF3 proteins in 97 colon adenocarcinomas versus 100 normal colonic mucosae and 110 clear cell renal cell carcinomas versus 84 normal kidney samples. Log2 spectral count data from CPTAC via UALCAN portal"}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "indicated", "conditional", "eIF3", "cell", "lines", "were", "exposed", "to", "500", "μM", "IAA", "for", "12", "h", "to", "induce", "the", "degradation", "of", "the", "respective", "eIF3", "subunits", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "to", "quantify", "the", "expression", "of", "the", "indicated", "eIF3", "subunits", ".", "Signals", "were", "normalized", "to", "the", "reference", "signal", "of", "actin", "and", "plotted", "relative", "to", "the", "vehicle", "DMSO", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "Numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The indicated conditional eIF3 cell lines were exposed to 500 μM IAA for 12 h to induce the degradation of the respective eIF3 subunits. Cell lysates were subjected to immunoblotting to quantify the expression of the indicated eIF3 subunits. Signals were normalized to the reference signal of actin and plotted relative to the vehicle DMSO. Bars represent means ± SD, n = 3. Numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "indicated", "cell", "lines", "were", "exposed", "to", "IAA", "for", "12", "h", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "separated", "by", "sucrose", "density", "gradient", "centrifugation", ".", "The", "monosomal", "(", "M", ")", "and", "polysomal", "(", "P", ")", "peaks", "were", "quantified", ",", "and", "P", "/", "M", "ratios", "relative", "to", "the", "vehicle", "DMSO", "were", "plotted", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "Numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The indicated cell lines were exposed to IAA for 12 h, and cell lysates were separated by sucrose density gradient centrifugation. The monosomal (M) and polysomal (P) peaks were quantified, and P/M ratios relative to the vehicle DMSO were plotted. Bars represent means ± SD, n = 3. Numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Scatter", "plots", "of", "changes", "in", "polysomal", "mRNA", "versus", "total", "mRNA", "upon", "depletion", "of", "the", "indicated", "eIF3", "subunits", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Scatter plots of changes in polysomal mRNA versus total mRNA upon depletion of the indicated eIF3 subunits."}
{"words": ["(", "A", ")", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "were", "maintained", "in", "media", "containing", "different", "concentrations", "of", "FBS", "and", "DMSO", "or", "IAA", "as", "indicated", ",", "and", "cell", "numbers", "were", "determined", "at", "various", "time", "points", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Numbers", "indicate", "p"], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) eIF3k-mAID cells were maintained in media containing different concentrations of FBS and DMSO or IAA as indicated, and cell numbers were determined at various time points. Data represent means ± SD, n = 3 biological replicates. Numbers indicate p values"}
{"words": ["(", "B", ")", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "were", "serum", "starved", "by", "maintaining", "in", "media", "containing", "0", "%", "FBS", "for", "24", "h", ".", "During", "the", "last", "12", "h", "of", "starvation", ",", "DMSO", "or", "IAA", "was", "added", "as", "indicated", ".", "Cells", "were", "re", "-", "stimulated", "with", "media", "containing", "10", "%", "FBS", ",", "and", "the", "expression", "of", "the", "indicated", "proteins", "was", "followed", "of", "a", "period", "of", "120", "minutes", ".", "The", "data", "from", "triplicate", "experiments", "were", "quantified", "and", "plotted", "as", "relative", "ratios", "of", "phosphorylated", "to", "unphosphorylated", "species", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", "Numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) eIF3k-mAID cells were serum starved by maintaining in media containing 0% FBS for 24 h. During the last 12 h of starvation, DMSO or IAA was added as indicated. Cells were re-stimulated with media containing 10% FBS, and the expression of the indicated proteins was followed of a period of 120 minutes. The data from triplicate experiments were quantified and plotted as relative ratios of phosphorylated to unphosphorylated species. Bars represent means ± SD, n = 3 Numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "were", "exposed", "to", "IAA", "or", "DMSO", "for", "12", "hours", ",", "followed", "by", "the", "addition", "of", "increasing", "concentrations", "of", "rapamycin", "for", "1", "h", ".", "The", "expression", "of", "the", "indicated", "proteins", "was", "determined", "by", "immunoblotting", ".", "The", "data", "from", "triplicate", "experiments", "were", "quantified", "and", "plotted", "as", "relative", "ratios", "of", "phosphorylated", "to", "unphosphorylated", "species", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", "Numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) eIF3k-mAID cells were exposed to IAA or DMSO for 12 hours, followed by the addition of increasing concentrations of rapamycin for 1 h. The expression of the indicated proteins was determined by immunoblotting. The data from triplicate experiments were quantified and plotted as relative ratios of phosphorylated to unphosphorylated species. Bars represent means ± SD, n = 3 Numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Total", "ribosome", "occupancy", "of", "the", "indicated", "mRNAs", "in", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "exposed", "to", "DMSO", "or", "IAA", "for", "12", "hours", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "of", "RNA", "across", "a", "sucrose", "density", "gradient", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ";", "numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Triplicate", "RT", "-", "qPCR", "data", "across", "the", "sucrose", "gradient", "are", "shown", "below", "the", "bar", "graphs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Total ribosome occupancy of the indicated mRNAs in eIF3k-mAID cells exposed to DMSO or IAA for 12 hours was determined by RT-qPCR of RNA across a sucrose density gradient Bars represent means ± SD, n = 3; numbers indicate p values (unpaired Student's t-test). Triplicate RT-qPCR data across the sucrose gradient are shown below the bar graphs."}
{"words": ["(", "D", ")", "Equal", "numbers", "of", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "stably", "expressing", "ectopic", "RPS15A", "(", "pCDH", "-", "RPS15A", ")", "or", "empty", "vector", "(", "pCDH", ")", "were", "plated", "and", "counted", "over", "a", "period", "of", "6", "days", ".", "Graphs", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "Numbers", "indicate", "p"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Equal numbers of eIF3k-mAID cells stably expressing ectopic RPS15A (pCDH-RPS15A) or empty vector (pCDH) were plated and counted over a period of 6 days. Graphs represent means ± SD, n = 3. Numbers indicate p values"}
{"words": ["(", "G", ")", "Equal", "numbers", "of", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "stably", "expressing", "ectopic", "RPS4X", "(", "pCDH", "-", "RPS4X", ")", "or", "empty", "vector", "(", "pCDH", ")", "were", "plated", "and", "counted", "over", "a", "period", "of", "6", "days", ".", "Graphs", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "Numbers", "indicate", "p", "values", "Total", "ribosome", "content", "of", "these", "cells", "was", "determined", "as", "described", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Equal numbers of eIF3k-mAID cells stably expressing ectopic RPS4X (pCDH-RPS4X) or empty vector (pCDH) were plated and counted over a period of 6 days. Graphs represent means ± SD, n = 3. Numbers indicate p values Total ribosome content of these cells was determined as described in (A)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Parental", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "or", "S15A", "-", "eIF3KO", "cells", "(", "clones", "#", "45", "and", "#", "361", ")", "were", "maintained", "in", "standard", "media", ",", "and", "cell", "numbers", "were", "determined", "at", "various", "time", "points", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "Asterisks", "denote", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "00005", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Parental eIF3k-mAID cells or S15A-eIF3KO cells (clones #45 and # 361) were maintained in standard media, and cell numbers were determined at various time points. Data represent means ± SD, n = 3. Asterisks denote: * p < 0.005, ** p < 0.00005, *** p < 0.000005"}
{"words": ["(", "D", ")", "Relative", "translational", "efficiencies", "(", "TEs", ")", "of", "mRNAs", "encoding", "RPS15A", ",", "RPS4X", ",", "and", "RPL7A", "before", "and", "after", "depletion", "of", "eIF3k", "were", "determined", "in", "the", "indicated", "cell", "lines", ".", "RT", "-", "qPCR", "was", "performed", "on", "total", "RNA", "and", "on", "RNA", "contained", "within", "polysomal", "fractions", ">", "2", "ribosomes", ",", "and", "TE", "was", "calculated", "according", "to", "the", "formula", "TE", "=", "polysomal", "mRNA", "/", "total", "mRNA", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ";", "numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Relative translational efficiencies (TEs) of mRNAs encoding RPS15A, RPS4X, and RPL7A before and after depletion of eIF3k were determined in the indicated cell lines. RT-qPCR was performed on total RNA and on RNA contained within polysomal fractions > 2 ribosomes, and TE was calculated according to the formula TE = polysomal mRNA / total mRNA. Bars represent means ± SD, n = 3; numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Parental", "eIF3k", "-", "mAID", "cells", "or", "S15A", "-", "eIF3KO", "cells", "(", "clones", "#", "45", "and", "#", "361", ")", "were", "maintained", "in", "media", "with", "DMSO", "or", "IAA", ",", "and", "cell", "numbers", "were", "determined", "at", "various", "time", "points", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", "(", "too", "small", "to", "be", "visible", ")", ",", "n", "=", "3", ".", "All", "p", "values", "were", ">", "0", ".", "45", "except", "at", "the", "single", "time", "point", "where", "indicated", "otherwise", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Parental eIF3k-mAID cells or S15A-eIF3KO cells (clones #45 and # 361) were maintained in media with DMSO or IAA, and cell numbers were determined at various time points. Data represent means ± SD (too small to be visible), n = 3. All p values were > 0.45 except at the single time point where indicated otherwise."}
{"words": ["(", "D", ")", "Total", "ribosome", "occupancy", "of", "the", "indicated", "mRNAs", "in", "S15A", "-", "eIF3KO", "(", "clone", "#", "361", ")", "cells", "exposed", "to", "DMSO", "or", "IAA", "for", "12", "hours", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "of", "RNA", "across", "a", "sucrose", "density", "gradient", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ";", "numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Triplicate", "RT", "-", "qPCR", "data", "across", "the", "sucrose", "gradient", "are", "shown", "below", "the", "bar", "graphs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Total ribosome occupancy of the indicated mRNAs in S15A-eIF3KO (clone #361) cells exposed to DMSO or IAA for 12 hours was determined by RT-qPCR of RNA across a sucrose density gradient Bars represent means ± SD, n = 3; numbers indicate p values (unpaired Student's t-test). Triplicate RT-qPCR data across the sucrose gradient are shown below the bar graphs."}
{"words": ["(", "E", ")", "RNA", "immunoprecipitation", ".", "eIF3k", "-", "mAID", "and", "S15A", "-", "eIF3KO", "(", "clone", "#", "361", ")", "cells", "were", "exposed", "to", "DMSO", "or", "IAA", "for", "12", "hours", ".", "Cell", "lysates", "were", "employed", "in", "immunoprecipitation", "with", "eIF3c", "antibodies", "and", "co", "-", "precipitated", "mRNAs", "were", "quantified", "by", "qPCR", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "4", ";", "numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) RNA immunoprecipitation. eIF3k-mAID and S15A-eIF3KO (clone #361) cells were exposed to DMSO or IAA for 12 hours. Cell lysates were employed in immunoprecipitation with eIF3c antibodies and co-precipitated mRNAs were quantified by qPCR. Bars represent means ± SD, n = 4; numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "indicated", "eIF3", "-", "mAID", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "IAA", "for", "12", "hours", ",", "followed", "by", "exposure", "to", "2", "μg", "/", "ml", "tunicamycin", "for", "up", "to", "72", "hours", ".", "Metabolic", "activity", "(", "i", ".", "e", ".", "NAD", "(", "P", ")", "H", ")", "as", "a", "proxy", "of", "cell", "viability", "was", "determined", "by", "CCK8", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "percentage", "of", "change", "in", "cell", "viability", "upon", "downregulating", "eIF3", "subunits", "with", "IAA", ".", "Date", "are", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", ".", "(", "B", ")", "Same", "experiment", "as", "in", "(", "A", ")", "but", "cells", "were", "exposed", "to", "increasing", "concentrations", "of", "the", "oxidative", "stress", "inducer", "tert", "-", "butyl", "hydroperoxide", "(", "TBHP", ")", "for", "2", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The indicated eIF3-mAID cell lines were treated with DMSO or IAA for 12 hours, followed by exposure to 2 μg/ml tunicamycin for up to 72 hours. Metabolic activity (i.e. NAD(P)H) as a proxy of cell viability was determined by CCK8 assay. Graphs represent the percentage of change in cell viability upon downregulating eIF3 subunits with IAA. Date are means ± SD, n = 3. (B) Same experiment as in (A) but cells were exposed to increasing concentrations of the oxidative stress inducer tert-butyl hydroperoxide (TBHP) for 2 hours."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "indicated", "eIF3", "-", "mAID", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "IAA", "for", "12", "hours", ",", "followed", "by", "exposure", "to", "2", "μg", "/", "ml", "tunicamycin", "for", "24", "hours", ".", "The", "expression", "of", "individual", "eIF3", "subunits", ",", "ribosomal", "proteins", ",", "and", "the", "ER", "stress", "marker", "BIP", "were", "assessed", "by", "immunoblotting", ".", "Tubulin", "is", "show", "for", "reference", ".", "The", "data", "from", "triplicate", "experiments", "were", "quantified", "and", "to", "avoid", "overcrowding", "of", "the", "graph", "data", "obtained", "from", "IAA", "-", "treated", "cells", "were", "not", "plotted", ".", "Bars", "represent", "means", "±", "SD", ",", "n", "=", "3", "Numbers", "indicate", "p", "values", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) The indicated eIF3-mAID cell lines were treated with DMSO or IAA for 12 hours, followed by exposure to 2 μg/ml tunicamycin for 24 hours. The expression of individual eIF3 subunits, ribosomal proteins, and the ER stress marker BIP were assessed by immunoblotting. Tubulin is show for reference. The data from triplicate experiments were quantified and to avoid overcrowding of the graph data obtained from IAA-treated cells were not plotted. Bars represent means ± SD, n = 3 Numbers indicate p values (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["Comparison", "of", "constitutively", "active", "rhodopsin", "mutants", "M257Y6", ".", "40", "(", "left", "[", "21", "]", ")", ",", "T94I2", ".", "61", "(", "middle", ")", "and", "G90D2", ".", "57", "(", "right", "[", "16", "]", ")", ".", "All", "-", "trans", "(", "yellow", ")", "and", "cis", "retinal", "isomers", "(", "orange", ")", ",", "the", "side", "of", "retinal", "attachment", "K2967", ".", "43", "(", "blue", "slate", ")", ",", "the", "retinal", "counterion", "E1133", ".", "28", "(", "blue", "slate", ")", ",", "GαCT", "peptides", "(", "cyan", ")", "and", "the", "constitutively", "activating", "mutations", "M257Y6", ".", "40", ",", "T94I2", ".", "61", ",", "and", "G90D2", ".", "57", "(", "green", ")", "are", "shown", "as", "spheres", ".", "Palmitoylation", "at", "C323H8", "and", "glycosylation", "at", "N15NT", "are", "shown", "as", "sticks", ".", "The", "lower", "panels", "compare", "the", "M257Y6", ".", "40", ",", "T94I2", ".", "61", "and", "G90D2", ".", "57", "retinal", "-", "binding", "pockets", ".", "All", "constructs", "also", "contain", "an", "additional", "thermostabilizing", "disulfide", "bridge", ",", "depicted", "as", "(", "c", "-", "c", ")", ",", "to", "enhance", "the", "stability", "[", "18", "]", "and", "crystallizability", "[", "19", "]", "without", "changing", "the", "rhodopsin", "activation", "pathway", "[", "20", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of constitutively active rhodopsin mutants M257Y6.40 (left [21]), T94I2.61 (middle) and G90D2.57 (right [16]). All-trans (yellow) and cis retinal isomers (orange), the side of retinal attachment K2967.43 (blue slate), the retinal counterion E1133.28 (blue slate), GαCT peptides (cyan) and the constitutively activating mutations M257Y6.40, T94I2.61, and G90D2.57 (green) are shown as spheres. Palmitoylation at C323H8 and glycosylation at N15NT are shown as sticks. The lower panels compare the M257Y6.40, T94I2.61 and G90D2.57 retinal-binding pockets. All constructs also contain an additional thermostabilizing disulfide bridge, depicted as (c-c), to enhance the stability [18] and crystallizability [19] without changing the rhodopsin activation pathway [20]."}
{"words": ["Kinetic", "characterization", "of", "the", "rhodopsin", "dark", "state", ".", "Thermal", "decay", "of", "dark", "state", "rhodopsin", ":", "A", ")", "WT", ",", "B", ")", "T94I", "and", "C", ")", "G90D", "rhodopsin", ".", "The", "spectra", "are", "normalized", "to", "the", "OD280", "and", "OD500", "/", "OD480", "at", "t", "=", "0", ".", "D", ")", "Absorption", "maximum", "plotted", "as", "a", "function", "of", "time", "and", "fitted", "to", "a", "single", "exponential", "decay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kinetic characterization of the rhodopsin dark state. Thermal decay of dark state rhodopsin: A) WT, B) T94I and C) G90D rhodopsin. The spectra are normalized to the OD280 and OD500/OD480 at t=0. D) Absorption maximum plotted as a function of time and fitted to a single exponential decay."}
{"words": ["Retinal", "isomerization", "in", "the", "rhodopsin", "dark", "state", ":", "E", ")", "WT", ",", "F", ")", "T94I", "and", "G", ")", "G90D", "rhodopsin", ",", "H", ")", "The", "fraction", "of", "11", "-", "cis", "retinal", "is", "plotted", "as", "a", "function", "of", "time", "and", "fitted", "to", "a", "single", "exponential", "decay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Retinal isomerization in the rhodopsin dark state: E) WT, F) T94I and G) G90D rhodopsin, H) The fraction of 11-cis retinal is plotted as a function of time and fitted to a single exponential decay."}
{"words": ["SB", "stability", "in", "dark", "state", "rhodopsin", ":", "I", ")", "WT", ",", "J", ")", "T94I", "and", "K", ")", "G90D", "rhodopsin", ".", "L", ")", "OD440", "is", "plotted", "as", "a", "function", "of", "time", "and", "fitted", "to", "a", "single", "exponential", "decay", ".", "All", "decay", "rates", "were", "measured", "at", "55", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SB stability in dark state rhodopsin: I) WT, J) T94I and K) G90D rhodopsin. L) OD440 is plotted as a function of time and fitted to a single exponential decay. All decay rates were measured at 55 C."}
{"words": ["Accelerated", "molecular", "dynamic", "simulation", "of", "the", "rhodopsin", "dark", "state", ":", "WT", ",", "G90D2", ".", "57", ",", "T94I2", ".", "61", "and", "T94I2", ".", "61", "with", "protonated", "E1133", ".", "28", ".", "In", "the", "absence", "of", "the", "G90D2", ".", "57", "and", "T94I2", ".", "61", "dark", "state", "structure", ",", "both", "aspartate", "and", "isoleucine", "were", "placed", "in", "the", "WT", "(", "1GZM", "[", "48", "]", ")", "using", "a", "favorable", "rotamer", "without", "introducing", "major", "clashes", "with", "the", "rest", "of", "the", "protein", ".", "However", ",", "both", "isoleucine", "and", "aspartate", "in", "the", "dark", "state", "structures", "introduced", "clashes", "with", "several", "amino", "acids", "and", "were", "therefore", "optimized", "using", "energy", "minimization", "before", "simulation", ".", "WT", "simulation", "was", "done", "with", "the", "protonated", "SB", "while", "in", "the", "G90D2", ".", "57", "system", ",", "both", "E1133", ".", "28", "and", "SB", "were", "protonated", "[", "36", "]", ".", "The", "protonated", "state", "of", "E1133", ".", "28", "was", "unknown", "in", "T94I2", ".", "61", ",", "therefore", "simulation", "were", "done", "for", "both", "deprotonated", "and", "protonated", "E1133", ".", "28", ".", "The", "T94I2", ".", "61", "dark", "state", "conformation", "with", "deprotonated", "E1133", ".", "28", "was", "similar", "to", "that", "of", "the", "WT", "and", "was", "stable", ",", "whereas", "the", "dark", "state", "of", "G90D2", ".", "57", "and", "T94I2", ".", "61", "with", "protonated", "E1133", ".", "28", "was", "unstable", "with", "a", "concomitant", "movement", "of", "E1133", ".", "28", "residue", "away", "from", "the", "SB", ",", "thereby", ",", "causing", "movement", "of", "TM3", "and", "opening", "of", "the", "E1133", ".", "28", "-", "SB", "activation", "switch", ".", "In", "contrast", "to", "the", "crystal", "structures", "the", "orientation", "of", "the", "retinal", "-", "ionone", "ring", "in", "the", "simulations", "was", "variable", "with", "respect", "to", "the", "polyene", "chain", ".", "This", "indicates", "a", "degree", "of", "positional", "freedom", "within", "the", "hydrophobic", "binding", "pocket", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Accelerated molecular dynamic simulation of the rhodopsin dark state: WT, G90D2.57, T94I2.61 and T94I2.61 with protonated E1133.28. In the absence of the G90D2.57 and T94I2.61 dark state structure, both aspartate and isoleucine were placed in the WT (1GZM [48]) using a favorable rotamer without introducing major clashes with the rest of the protein. However, both isoleucine and aspartate in the dark state structures introduced clashes with several amino acids and were therefore optimized using energy minimization before simulation. WT simulation was done with the protonated SB while in the G90D2.57 system, both E1133.28 and SB were protonated [36]. The protonated state of E1133.28 was unknown in T94I2.61, therefore simulation were done for both deprotonated and protonated E1133.28. The T94I2.61 dark state conformation with deprotonated E1133.28 was similar to that of the WT and was stable, whereas the dark state of G90D2.57 and T94I2.61 with protonated E1133.28 was unstable with a concomitant movement of E1133.28 residue away from the SB, thereby, causing movement of TM3 and opening of the E1133.28-SB activation switch.In contrast to the crystal structures the orientation of the retinal -ionone ring in the simulations was variable with respect to the polyene chain. This indicates a degree of positional freedom within the hydrophobic binding pocket."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "immunoblot", "of", "Nrxn1β", "-", "Fc", "variants", "harvested", "from", "HEK293", "cell", "media", "and", "subjected", "to", "heparinase", "treatment", "(", "'", "Heps", "'", ")", ".", "Samples", "were", "analyzed", "by", "reducing", "SDS", "/", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "antibodies", "against", "the", "Fc", "-", "tag", "and", "the", "3G10", "epitope", "(", "to", "detect", "the", "HS", "stub", "which", "reveal", "HS", "after", "heparinase", "digestion", ")", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "3G10", "(", "reflecting", "HS", ")", "signal", "normalized", "to", "that", "of", "Fc", "(", "Nrxn1", ")", ".", "Bar", "graph", "shows", "means", "±", "SEM", "of", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative immunoblot of Nrxn1β-Fc variants harvested from HEK293 cell media and subjected to heparinase treatment ('Heps'). Samples were analyzed by reducing SDS/PAGE and immunoblotting with antibodies against the Fc-tag and the 3G10 epitope (to detect the HS stub which reveal HS after heparinase digestion). (C) Quantification of 3G10 (reflecting HS) signal normalized to that of Fc (Nrxn1). Bar graph shows means ±SEM of 3 independent experiments. "}
{"words": ["HEK293", "cells", ":", "(", "B", ")", "Representative", "immunoblots", "(", "of", "three", "independent", "experiments", ")", "with", "antibodies", "against", "HA", ",", "the", "3G10", "epitope", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "V5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "HEK293 cells: (B) Representative immunoblots (of three independent experiments) with antibodies against HA, the 3G10 epitope (for the HS stub) and V5."}
{"words": ["HEK293", "cells", ":", "(", "D", ")", "Representative", "immunoblots", "(", "of", "three", "independent", "experiments", ")", "analyzed", "as", "described", "for", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK293 cells: (D) Representative immunoblots (of three independent experiments) analyzed as described for (B)."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "Primary", "cortical", "neurons", ":", "Cortical", "neurons", "were", "infected", "with", "control", "lentivirus", "(", "empty", "vector", ")", "or", "lentivirus", "expressing", "FLAG", "-", "tagged", "CA10", ",", "and", "cell", "lysates", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "for", "neurexin", "and", "heparinase", "treatment", ".", "(", "F", ")", "Samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "using", "antibodies", "against", "neurexins", ",", "3G10", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "FLAG", "(", "for", "CA10", ")", ".", "Stars", "indicate", "non", "-", "neurexin", "bands", "(", "see", "results", ")", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "low", "molecular", "weight", "neurexin", "(", "LMW", ";", "white", "arrowhead", ")", "in", "relation", "to", "total", "neurexin", "amounts", "[", "upper", "band", "(", "line", ")", "+", "LMW", "]", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "3G10", "signal", "normalized", "to", "the", "signal", "of", "the", "corresponding", "neurexin", "band", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "biological", "replicates", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) Primary cortical neurons: Cortical neurons were infected with control lentivirus (empty vector) or lentivirus expressing FLAG-tagged CA10, and cell lysates subjected to immunoprecipitation for neurexin and heparinase treatment. (F) Samples were analyzed by immunoblotting using antibodies against neurexins, 3G10 (for the HS stub) and FLAG (for CA10). Stars indicate non-neurexin bands (see results). (G) Quantification of low molecular weight neurexin (LMW; white arrowhead) in relation to total neurexin amounts [upper band (line) + LMW]. Data shown as mean ±SEM (n=3 independent experiments); *, p< 0.05 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests. (H) Quantification of the 3G10 signal normalized to the signal of the corresponding neurexin band. Data shown as mean ±SEM of biological replicates. *, p< 0.05 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests (n=3)."}
{"words": ["(", "I", "-", "K", ")", "Mouse", "brains", ":", "Neurexins", "and", "CA10", "were", "immunoprecipitated", "from", "total", "mouse", "brain", "lysates", "and", "subject", "to", "heparinase", "treatment", ".", "(", "I", ")", "Samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "using", "antibodies", "against", "neurexins", ",", "the", "3G10", "epitope", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "CA10", ".", "Stars", "indicate", "non", "-", "neurexin", "bands", "(", "see", "results", ")", ".", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "low", "molecular", "weight", "neurexin", "(", "LMW", ";", "white", "arrowhead", ")", "in", "relation", "to", "total", "neurexin", "amounts", "[", "upper", "band", "(", "line", ")", "+", "LMW", "]", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", ".", "(", "K", ")", "Quantification", "of", "the", "3G10", "signal", "normalized", "to", "the", "signal", "of", "the", "corresponding", "neurexin", "band", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-K) Mouse brains: Neurexins and CA10 were immunoprecipitated from total mouse brain lysates and subject to heparinase treatment. (I) Samples were analyzed by immunoblotting using antibodies against neurexins, the 3G10 epitope (for the HS stub) and CA10. Stars indicate non-neurexin bands (see results). (J) Quantification of low molecular weight neurexin (LMW; white arrowhead) in relation to total neurexin amounts [upper band (line) + LMW]. Data shown as mean ±SEM (n=3 independent experiments); *, p< 0.05 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests. (K) Quantification of the 3G10 signal normalized to the signal of the corresponding neurexin band. Data shown as mean ±SEM of 3 biological replicates. *, p< 0.05 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "immunoblot", "of", "the", "indicated", "proteins", "harvested", "from", "HEK293", "cell", "media", "and", "subjected", "to", "heparinase", "treatment", "(", "'", "Heps", "'", ")", ".", "Samples", "were", "analyzed", "by", "reducing", "SDS", "/", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "antibodies", "against", "Fc", "(", "for", "Nrxn1β", ")", ",", "the", "3G10", "epitope", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "V5", "(", "for", "CA10", ")", ".", "Input", "samples", "were", "analyzed", "separately", "for", "CA10", "to", "ensure", "equal", "expression", "(", "lower", "panel", ")", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "3G10", "epitope", "signal", ",", "normalized", "to", "Fc", "(", "Nrxn1β", ")", ".", "Data", "shown", "are", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "independent", "replicates", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "by", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "comparing", "each", "Nrxn1", "mutant", "with", "and", "without", "CA10", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "No", "significance", "difference", "was", "observed", "for", "S", "&", "T", ">", "G", "(", "p", "=", "0", ".", "1143", ")", ",", "GIGG", "(", "p", "=", "0", ".", "9714", ")", "or", "DIRR", "(", "p", "=", "0", ".", "4857", ")", "variants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative immunoblot of the indicated proteins harvested from HEK293 cell media and subjected to heparinase treatment ('Heps'). Samples were analyzed by reducing SDS/PAGE and immunoblotting with antibodies against Fc (for Nrxn1β), the 3G10 epitope (for the HS stub) and V5 (for CA10). Input samples were analyzed separately for CA10 to ensure equal expression (lower panel). (C) Quantification of the 3G10 epitope signal, normalized to Fc (Nrxn1β). Data shown are mean ±SEM of 3 independent replicates. *, p< 0.05; by Mann-Whitney tests comparing each Nrxn1 mutant with and without CA10 (n=3). No significance difference was observed for S&T>G (p=0.1143), GIGG (p=0.9714) or DIRR (p=0.4857) variants. "}
{"words": ["(", "E", ")", "representative", "immunoblots", "analyzed", "using", "antibodies", "against", "the", "Fc", "-", "tag", "(", "for", "Nrxn1β", "-", "Fc", ")", "the", "3G10", "epitope", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "V5", "(", "CA10", "-", "V5", ")", ",", "as", "indicated", ".", "CA10", "in", "input", "samples", "is", "shown", "for", "demonstration", "of", "equal", "expression", ".", "(", "F", ",", "Quantification", "of", "the", "3G10", "epitope", "signal", "normalized", "to", "Fc", "(", "for", "Nrxn1β", "-", "Fc", ")", "signals", ",", "Data", "shown", "are", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) representative immunoblots analyzed using antibodies against the Fc-tag (for Nrxn1β-Fc) the 3G10 epitope (for the HS stub) and V5 (CA10-V5), as indicated. CA10 in input samples is shown for demonstration of equal expression. (F, Quantification of the 3G10 epitope signal normalized to Fc (for Nrxn1β-Fc) signals, Data shown are mean ±SEM of 3 biological replicates. *, p< 0.05; ***, p<0.001 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests."}
{"words": ["(", "G", ")", "show", "representative", "immunoblots", "analyzed", "using", "antibodies", "against", "the", "HA", "tag", "(", "Nrxn1α", "-", "HA", ")", ",", "the", "3G10", "epitope", "(", "for", "the", "HS", "stub", ")", "and", "V5", "(", "CA10", "-", "V5", ")", ",", "as", "indicated", ".", "CA10", "in", "input", "samples", "is", "shown", "for", "demonstration", "of", "equal", "expression", ".", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "3G10", "epitope", "signal", "normalized", "to", "HA", "(", "for", "Nrxn1α", "-", "HA", ")", "signals", ",", "respectively", ".", "Data", "shown", "are", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) show representative immunoblots analyzed using antibodies against the HA tag (Nrxn1α-HA), the 3G10 epitope (for the HS stub) and V5 (CA10-V5), as indicated. CA10 in input samples is shown for demonstration of equal expression. H) Quantification of the 3G10 epitope signal normalized to HA (for Nrxn1α-HA) signals, respectively. Data shown are mean ±SEM of 3 biological replicates. *, p< 0.05; ***, p<0.001 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests."}
{"words": ["(", "D", ")", "Comparison", "of", "1H", "-", "13C", "HSQC", "spectra", "of", "Nrxn1", "stalk", "(", "red", ")", "and", "Nrxn1", "stalk", "/", "CA10", "(", "black", ")", "at", "a", "2", ":", "1", "molar", "ratio", "(", "50", "mM", "phosphate", "buffer", ",", "pH", "7", ".", "4", ",", "0", ".", "5", "mM", "d10", "-", "DTT", ",", "10", "%", "D2O", ")", ".", "Nrxn1", "residues", "with", "stronger", "chemical", "shift", "changes", "are", "indicated", "blue", "boxes", ".", "Asterisk", "(", "*", ")", "indicates", "an", "impurity", "from", "glycerol", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(D) Comparison of 1H-13C HSQC spectra of Nrxn1 stalk (red) and Nrxn1 stalk/CA10 (black) at a 2:1 molar ratio (50 mM phosphate buffer, pH 7.4, 0.5 mM d10-DTT, 10% D2O). Nrxn1 residues with stronger chemical shift changes are indicated blue boxes. Asterisk (*) indicates an impurity from glycerol."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Extracted", "ion", "chromatograms", "(", "EIC", ")", "of", "DDILVASAECPSDDE", "peptides", "and", "its", "glycosylated", "forms", ",", "from", "Nrxn1β", "expressed", "in", "HEK293", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Extracted ion chromatograms (EIC) of DDILVASAECPSDDE peptides and its glycosylated forms, from Nrxn1β expressed in HEK293 cells."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "occupancy", "of", "each", "glycosylation", "form", ",", "upon", "control", "and", "CA10", "expression", "conditions", ".", "Bar", "graph", "shows", "means", "±", "SEM", "of", "4", "biological", "replicates", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "comparing", "the", "occupancy", "of", "each", "glycosylation", "with", "and", "without", "CA10", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification, expressed as % of total occupancy of each glycosylation form, upon control and CA10 expression conditions. Bar graph shows means ±SEM of 4 biological replicates; *, p<0.05 by Mann-Whitney tests comparing the occupancy of each glycosylation with and without CA10 (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "α", "-", "showing", "neurexin", "isoform", "distribution", "in", "cortex", ",", "hippocampus", ",", "midbrain", "and", "cerebellum", "dissected", "from", "8", "-", "week", "-", "old", "mice", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "lower", "molecular", "weight", "neurexin", "(", "LMW", ";", "white", "arrowhead", ")", "in", "relation", "to", "total", "levels", "of", "α", "-", "neurexins", "[", "upper", "band", "(", "line", ")", "+", "LMW", "]", ".", "Bar", "graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "independent", "replicates", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", ",", "comparing", "to", "levels", "in", "cerebellum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot α-showing neurexin isoform distribution in cortex, hippocampus , midbrain and cerebellum dissected from 8-week-old mice. (B) Quantification of lower molecular weight neurexin (LMW; white arrowhead) in relation to total levels of α-neurexins [upper band (line) + LMW]. Bar graphs show mean ± SEM of 3 independent replicates***, p<0.001 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests, comparing to levels in cerebellum. "}
{"words": ["(", "C", ")", "α", "-", "Neurexin", "immunoprecipitated", "from", "forebrain", "(", "Fb", ")", "and", "cerebellum", "(", "Cb", ")", "using", "an", "anti", "-", "pan", "-", "neurexin", "antibody", "was", "heparinase", "-", "treated", "(", "'", "Heps", "'", ")", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "antibodies", "against", "neurexin", "and", "the", "3G10", "monoclonal", "(", "to", "detect", "the", "HS", "stub", ")", ".", "Stars", "indicate", "non", "-", "neurexin", "bands", "(", "see", "results", ")", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "low", "molecular", "weight", "neurexin", "(", "LMW", ";", "white", "arrowhead", ")", "in", "relation", "to", "total", "levels", "of", "α", "-", "neurexins", "[", "upper", "band", "(", "line", ")", "+", "LMW", "]", ".", "Bar", "graphs", "show", "mean", "±", "SEMof", "3", "biological", "replicates", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "comparing", "forebrain", "and", "cerebellum", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "3G10", "signal", "normalized", "to", "the", "signal", "of", "the", "corresponding", "neurexin", "band", ".", "Bar", "graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "2", "-", "way", "ANOVA", "and", "Holm", "-", "Sidak", "tests", "comparing", "forebrain", "and", "cerebellum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) α-Neurexin immunoprecipitated from forebrain (Fb) and cerebellum (Cb) using an anti-pan-neurexin antibody was heparinase-treated ('Heps') and analyzed by immunoblotting with antibodies against neurexin and the 3G10 monoclonal (to detect the HS stub). Stars indicate non-neurexin bands (see results). (D) Quantification of low molecular weight neurexin (LMW; white arrowhead) in relation to total levels of α-neurexins [upper band (line) + LMW]. Bar graphs show mean ±SEMof 3 biological replicates. ***, p<0.001 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests comparing forebrain and cerebellum. (E) Quantification of the 3G10 signal normalized to the signal of the corresponding neurexin band. Bar graphs show mean ±SEM of 3 biological replicates. ***, p<0.001 by 2-way ANOVA and Holm-Sidak tests comparing forebrain and cerebellum. "}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Cell", "surface", "binding", "to", "endogenous", "neurexins", ".", "(", "A", ")", "Recombinant", "Fc", "-", "tagged", "LRRTM2", "was", "added", "to", "day", "10", "hippocampal", "neurons", "expressing", "CA10", "or", "control", "(", "empty", "vector", ")", "by", "lentiviral", "transduction", ".", "Surface", "-", "bound", "protein", "was", "quantified", "as", "the", "Fc", "signal", "of", "and", "normalized", "to", "a", "staining", "for", "endogenous", "neurexin", "(", "n", "=", "4", "cultures", ";", "three", "fields", "imaged", "and", "averaged", "per", "well", ")", ".", "Scatchard", "analysis", "for", "LRRTM2", "revealed", "an", "apparent", "Kd", "of", "29", ".", "5", "nM", "and", "a", "Bmax", "of", "0", ".", "49", "nM", "for", "control", "and", "Kd", "35", ".", "3", "nM", ",", "Bmax", "0", ".", "28", "nM", "upon", "expression", "of", "CA10", ";", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "0006", ")", "by", "non", "-", "linear", "regression", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "(", "B", ")", "Increasing", "amounts", "of", "recombinant", ",", "Fc", "-", "tagged", "Nlgn1", "was", "added", "to", "immature", "hippocampal", "neurons", "expressing", "CA10", "or", "control", "(", "empty", "vector", ")", "by", "lentiviral", "transduction", ",", "and", "analyzed", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "The", "apparent", "Kd", "for", "Nlgn1", "was", "186", "nM", "and", "Bmax", "1", ".", "65", "nM", "for", "control", "and", "Kd", "223", "nM", ",", "Bmax", "1", ".", "49", "nM", "when", "CA10", "was", "overexpressed", ".", "The", "difference", "was", "not", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "20", ")", "by", "non", "-", "linear", "regression", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Cell surface binding to endogenous neurexins. (A) Recombinant Fc-tagged LRRTM2 was added to day 10 hippocampal neurons expressing CA10 or control (empty vector) by lentiviral transduction. Surface-bound protein was quantified as the Fc signal of and normalized to a staining for endogenous neurexin (n=4 cultures; three fields imaged and averaged per well). Scatchard analysis for LRRTM2 revealed an apparent Kd of 29.5 nM and a Bmax of 0.49 nM for control and Kd 35.3 nM, Bmax 0.28 nM upon expression of CA10; significant (p=0.0006) by non-linear regression. Data shown as mean ± SEM of biological replicates (n=4). (B) Increasing amounts of recombinant, Fc-tagged Nlgn1 was added to immature hippocampal neurons expressing CA10 or control (empty vector) by lentiviral transduction, and analyzed as in (A). The apparent Kd for Nlgn1 was 186 nM and Bmax 1.65 nM for control and Kd 223 nM, Bmax 1.49 nM when CA10 was overexpressed. The difference was not significant (p=0.20) by non-linear regression. Data shown as mean ± SEM of biological replicates (n=4)."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Artificial", "synapse", "formation", "assays", ".", "(", "C", ")", "Confocal", "images", "of", "hippocampal", "neurons", "transduced", "to", "express", "CA10", "-", "FLAG", "or", "control", "(", "empty", "vector", ")", "and", "co", "-", "cultured", "with", "HEK293", "cells", "expressing", "GFP", ",", "Nlgn1", "-", "YFP", ",", "LRRTM2", "-", "YFP", "or", "TrkC", "-", "YFP", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "the", "synaptic", "marker", "SV2", "(", "red", ")", "and", "somatodendritic", "MAP2", "(", "blue", ")", ";", "GFP", "/", "YFP", "is", "shown", "in", "green", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "D", ")", "Quantifications", "of", "SV2", "signal", "overlapping", "GFP", "/", "YFP", "-", "positive", "cells", ".", "Data", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "with", "the", "n", ",", "reflecting", "number", "of", "independent", "cover", "slips", "analyzed", ",", "indicated", "in", "each", "bar", "with", "the", "total", "number", "of", "cells", "imaged", "in", "parenthesis", ".", "Comparisons", "were", "made", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "posthoc", "test", "for", "multiple", "comparisons", "between", "the", "indicated", "groups", "(", "GFP", "condition", "was", "omitted", "from", "analysis", "due", "to", "unequal", "variance", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Artificial synapse formation assays. (C) Confocal images of hippocampal neurons transduced to express CA10-FLAG or control (empty vector) and co-cultured with HEK293 cells expressing GFP, Nlgn1-YFP, LRRTM2-YFP or TrkC-YFP. Cells were stained with antibodies against the synaptic marker SV2 (red) and somatodendritic MAP2 (blue); GFP/YFP is shown in green. Scale bar 20 μm. (D) Quantifications of SV2 signal overlapping GFP/YFP-positive cells. Data shown as means ±SEM with the n, reflecting number of independent cover slips analyzed, indicated in each bar with the total number of cells imaged in parenthesis. Comparisons were made by one-way ANOVA with Holm-Sidak's posthoc test for multiple comparisons between the indicated groups (GFP condition was omitted from analysis due to unequal variance; ***, p<0.001."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "Analysis", "of", "cerebellin", "(", "Cbln", ")", "-", "induced", "artificial", "synapse", "formation", ".", "(", "E", ")", "Confocal", "images", "of", "hippocampal", "neurons", "transduced", "to", "express", "CA10", "-", "FLAG", "or", "control", "(", "empty", "vector", ")", "and", "co", "-", "cultured", "exposed", "to", "anti", "-", "V5", "-", "coupled", "beads", "pre", "-", "incubated", "with", "recombinant", "V5", "-", "tagged", "Cbln1", "or", "empty", "anti", "-", "V5", "beads", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "the", "synaptic", "marker", "synapsin", "(", "green", ")", ",", "somatodendritic", "MAP2", "(", "blue", ")", ";", "beads", "are", "colored", "red", "and", "indicated", "by", "arrowheads", ".", "Scale", "bar", "10", "μm", ".", "(", "F", ")", "Quantifications", "of", "the", "synapsin", "signal", "overlapping", "red", "beads", ".", "Data", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "each", "data", "point", "corresponding", "to", "58", "-", "171", "analyzed", "beads", ")", ",", "with", "comparisons", "made", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "posthoc", "test", "for", "multiple", "comparisons", "between", "the", "indicated", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) Analysis of cerebellin(Cbln)-induced artificial synapse formation. (E) Confocal images of hippocampal neurons transduced to express CA10-FLAG or control (empty vector) and co-cultured exposed to anti-V5-coupled beads pre-incubated with recombinant V5-tagged Cbln1 or empty anti-V5 beads. Cells were stained with antibodies against the synaptic marker synapsin (green), somatodendritic MAP2 (blue); beads are colored red and indicated by arrowheads. Scale bar 10 μm. (F) Quantifications of the synapsin signal overlapping red beads. Data shown as means ±SEM (n=3 independent experiments, each data point corresponding to 58-171 analyzed beads), with comparisons made by two-way ANOVA with Holm-Sidak's posthoc test for multiple comparisons between the indicated groups."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblots", "analysis", "of", "TOMM34", "expression", "in", "parental", "and", "metformin", "adaptive", "HCC", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblots analysis of TOMM34 expression in parental and metformin adaptive HCC cells."}
{"words": ["(", "G", ")", "The", "morphology", "(", "Left", ")", ",", "migration", "(", "Middle", ")", "and", "invasion", "(", "Right", ")", "of", "metformin", "adaptive", "Huh7", "cells", "with", "(", "shTOM", ")", "or", "without", "(", "shNC", ")", "knockdown", "of", "TOMM34", "are", "shown", "(", "5", "×", "104", "cells", "for", "Transwell", "assay", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "25", "μm", ",", "(", "Middle", ")", "and", "(", "Right", ")", "100", "μm", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "Two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) The morphology (Left), migration (Middle) and invasion (Right) of metformin adaptive Huh7 cells with (shTOM) or without (shNC) knockdown of TOMM34 are shown (5×104 cells for Transwell assay). Scale bars, (Left) 25 μm, (Middle) and (Right) 100 μm. (n=3 biological replicates, Two-way ANOVA). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "I", ")", "A", "tail", "vein", "injection", "model", "was", "established", "using", "adaptive", "Huh7", "cells", "to", "assess", "cell", "migratory", "ability", ".", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "1000", "μm", ",", "(", "Right", ")", "25", "μm", ".", "(", "n", "=", "6", "mice", "for", "each", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) A tail vein injection model was established using adaptive Huh7 cells to assess cell migratory ability. Scale bars, (Left) 1000 μm, (Right) 25 μm. (n=6 mice for each group, Student's t-test). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["The", "effects", "of", "TOMM34", "on", "HCC", "lung", "metastasis", "in", "the", "tail", "vein", "injection", "mouse", "model", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "1000", "μm", ",", "(", "Right", ")", "25", "μm", ".", "(", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effects of TOMM34 on HCC lung metastasis in the tail vein injection mouse model (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; Scale bars, (Left) 1000 μm, (Right) 25 μm. (n=5 mice for each group, Student's t-test). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["The", "effects", "of", "TOMM34", "on", "HCC", "lung", "metastasis", "in", "the", "tail", "vein", "injection", "mouse", "model", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "overexpressed", "cells", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "1000", "μm", ",", "(", "Right", ")", "25", "μm", ".", "(", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effects of TOMM34 on HCC lung metastasis in the tail vein injection mouse model OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34 overexpressed cells). Scale bars, (Left) 1000 μm, (Right) 25 μm. (n=5 mice for each group, Student's t-test). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "L", ")", "Western", "blot", "analysis", "showing", "the", "effects", "of", "TOMM34", "on", "the", "expression", "of", "EMT", "markers", "in", "HCC", "cells", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "overexpressed", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Western blot analysis showing the effects of TOMM34 on the expression of EMT markers in HCC cells (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34 overexpressed cells)."}
{"words": ["(", "M", ")", "The", "protein", "expression", "of", "TOMM34", "in", "clinical", "HCC", "samples", "with", "or", "without", "metastasis", ".", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "100", "μm", ",", "(", "Right", ")", "25", "μm", ".", "(", "n", "=", "33", "in", "metastasis", "present", "group", ",", "n", "=", "53", "in", "metastasis", "absent", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) The protein expression of TOMM34 in clinical HCC samples with or without metastasis. Scale bars, (Left) 100 μm, (Right) 25 μm. (n = 33 in metastasis present group, n = 53 in metastasis absent group, Student's t-test). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "C", ")", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "of", "Huh7", "shNC", "and", "shTOM", "(", "shTOMM34", ")", "cells", ".", "Yellow", "arrowheads", "indicate", "mitochondria", ",", "bule", "arrowheads", "indicate", "nucleus", ",", "red", "arrowheads", "indicate", "endoplasmic", "reticulum", ".", "Scale", "bars", ",", "(", "Left", ")", "20", "μm", ",", "(", "Middle", ")", "4", "μm", ",", "(", "Right", ")", "1", "μm", ".", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Transmission electron microscopy (TEM) of Huh7 shNC and shTOM (shTOMM34) cells. Yellow arrowheads indicate mitochondria, bule arrowheads indicate nucleus, red arrowheads indicate endoplasmic reticulum. Scale bars, (Left) 20 μm, (Middle) 4 μm, (Right) 1 μm. (n=5 biological replicates, One-way ANOVA). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blot", "analysis", "showing", "the", "protein", "expression", "of", "the", "main", "mitochondrial", "respiratory", "chain", "complex", "subunit", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "overexpressed", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Western blot analysis showing the protein expression of the main mitochondrial respiratory chain complex subunit (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34 overexpressed cells)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Co", "-", "IP", "assays", "indicate", "the", "interaction", "between", "exogenous", "TOMM34", "and", "ATP5B", "in", "HEK293T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Co-IP assays indicate the interaction between exogenous TOMM34 and ATP5B in HEK293T cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "Co", "-", "IP", "assays", "indicate", "the", "interaction", "between", "endogenous", "TOMM34", "and", "ATP5B", "in", "Huh7", "HCC", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Co-IP assays indicate the interaction between endogenous TOMM34 and ATP5B in Huh7 HCC cells."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "mRNA", "and", "protein", "expression", "of", "ATP5B", "in", "indicated", "cells", "were", "determined", "by", "qPCR", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ",", "Two", "-", "way", "ANOVA", ")", "or", "immunoblotting", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "-", "overexpressed", "cells", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The mRNA and protein expression of ATP5B in indicated cells were determined by qPCR (n=3 technical replicates, Two-way ANOVA) or immunoblotting (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34-overexpressed cells). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Western", "blot", "showing", "protein", "level", "of", "ATP5B", "in", "Huh7", "(", "F", ")", "or", "PLC", "/", "PRF", "/", "5", "(", "G", ")", "cells", "treated", "with", "or", "without", "10", "mg", "/", "mL", "CHX", "for", "12", "hours", "or", "25", "μM", "MG132", "for", "8", "hours", ".", "Relative", "grey", "value", "of", "ATP5B", "was", "calculated", "using", "Image", "J", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "overexpressed", "cells", ";", "CHX", ",", "cyclohexane", ")", ".", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) Western blot showing protein level of ATP5B in Huh7 (F) or PLC/PRF/5 (G) cells treated with or without 10 mg/mL CHX for 12 hours or 25 μM MG132 for 8 hours. Relative grey value of ATP5B was calculated using Image J (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34 overexpressed cells; CHX, cyclohexane). (n=3 technical replicates, Student's t-test). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "H", ")", "Tissue", "immunofluorescence", "assay", "showing", "the", "co", "-", "localization", "of", "TOMM34", "and", "ATP5B", "at", "the", "invasive", "front", "of", "clinical", "HCC", "tissues", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Tissue immunofluorescence assay showing the co-localization of TOMM34 and ATP5B at the invasive front of clinical HCC tissues. Scale bars, 20 μm."}
{"words": ["(", "I", ")", "A", "positive", "correlation", "between", "TOMM34", "and", "ATP5B", "levels", "in", "human", "HCC", "samples", "was", "shown", "by", "representative", "immunohistochemical", "images", "Scale", "bars", ",", "50", "μm", ".", "(", "n", "=", "72", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) A positive correlation between TOMM34 and ATP5B levels in human HCC samples was shown by representative immunohistochemical images Scale bars, 50 μm. (n=72)."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Western", "blot", "showing", "the", "expression", "of", "indicated", "proteins", "in", "adaptive", "HCC", "cells", "with", "or", "without", "ATP5B", "silencing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B-C) Western blot showing the expression of indicated proteins in adaptive HCC cells with or without ATP5B silencing."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Transwell", "assays", "showing", "the", "migration", "and", "invasion", "of", "adaptive", "HCC", "cells", "with", "or", "without", "the", "silence", "of", "ATP5B", "(", "5", "×", "104", "adaptive", "Huh7", "cells", ",", "1", "×", "105", "adaptive", "PLC", "/", "PRF", "/", "5", "cells", ")", ",", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "Two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Transwell assays showing the migration and invasion of adaptive HCC cells with or without the silence of ATP5B (5×104 adaptive Huh7 cells, 1×105 adaptive PLC/PRF/5 cells), Scale bars, 100 μm. (n=3 biological replicates, Two-way ANOVA). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blot", "showing", "the", "expression", "of", "EMT", "markers", "in", "cells", "with", "(", "shTOM", ")", "or", "without", "(", "shNC", ")", "knockdown", "of", "TOMM34", "or", "overexpression", "of", "ATP5B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(G) Western blot showing the expression of EMT markers in cells with (shTOM) or without (shNC) knockdown of TOMM34 or overexpression of ATP5B."}
{"words": ["(", "H", ")", "Transwell", "assays", "showing", "the", "migration", "and", "invasion", "of", "indicated", "cells", "(", "5", "×", "104", "cells", ";", "shTOM", ",", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Transwell assays showing the migration and invasion of indicated cells (5×104 cells; shTOM, shTOMM34, TOMM34 knockdown cells). Scale bars, 100 μm. (n=4 biological replicates, two-way ANOVA). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Co", "-", "IP", "assay", "was", "performed", "to", "detect", "the", "interaction", "between", "TOMM34", "and", "ATP5B", "treated", "with", "or", "without", "Gboxin", "for", "24", "hours", "in", "parental", "or", "adaptive", "PLC", "/", "PRF", "/", "5", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Co-IP assay was performed to detect the interaction between TOMM34 and ATP5B treated with or without Gboxin for 24 hours in parental or adaptive PLC/PRF/5 cells."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Immunoblotting", "of", "EMT", "markers", "of", "HCC", "cells", "treated", "with", "or", "without", "200", "nM", "Gboxin", "for", "24", "hours", "(", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ";", "OE", "-", "TOM", ":", "OE", "-", "TOMM34", ",", "TOMM34", "overexpressed", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Immunoblotting of EMT markers of HCC cells treated with or without 200 nM Gboxin for 24 hours (shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells; OE-TOM: OE-TOMM34, TOMM34 overexpressed cells)."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "Transwell", "assay", "showing", "the", "migration", "and", "invasion", "of", "HCC", "cells", "treated", "with", "or", "without", "200", "nM", "Gboxin", "for", "36", "hours", "(", "5", "×", "104", "cells", ";", "shTOM", ":", "shTOMM34", ",", "TOMM34", "knockdown", "cells", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) Transwell assay showing the migration and invasion of HCC cells treated with or without 200 nM Gboxin for 36 hours (5×104 cells; shTOM: shTOMM34, TOMM34 knockdown cells). Scale bars, 100 μm. (n=3 biological replicates, two-way ANOVA). Data information: Data are presented as means ± S.D."}
{"words": ["(", "A", "RNA", "sequencing", "of", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "retinal", "endothelial", "cells", "from", "P5", "wild", "-", "type", "mice", ".", "(", "A", ")", "RNA", "levels", "(", "FPKM", ";", "fragments", "per", "kilobase", "million", ")", "of", "marker", "genes", "of", "endothelial", "cells", "(", "green", ";", "CD31", "(", "gene", "name", "PECAM1", ")", ",", "CD34", ",", "von", "Willebrand", "Factor", "(", "vWF", ")", ",", "tyrosine", "-", "protein", "kinase", "receptor", "Tie2", "(", "TEK", ")", ",", "VE", "-", "cadherin", "(", "CDH5", ")", ",", "endoglin", "(", "ENG", ")", ",", "CD146", "(", "MCAM", ")", "and", "VEGFR2", "(", "KDR", ")", ")", ",", "astrocytes", "(", "blue", ",", "GFAP", ")", ",", "immune", "cells", "(", "red", ";", "T", "-", "cells", "(", "CD3E", ")", ",", "B", "-", "cells", "(", "CD19", ")", ",", "all", "leucocytes", "(", "CD45", ",", "PTPRC", ")", ",", "and", "monocytes", "/", "macrophages", "(", "F4", "/", "80", ",", "EMR1", ")", ")", ",", "Müller", "glia", "cells", "(", "orange", ";", "aquaporin", "4", "(", "AQP4", ")", ")", ",", "neurons", "(", "yellow", ";", "retinal", "ganglion", "cells", "(", "RNA", "binding", "fox", "-", "1", "homolog", "3", ",", "RBFOX3", ")", ",", "amacrine", "cells", "(", "parvalbumin", ",", "PVALB", ")", ",", "bipolar", "cells", "(", "PKC", "-", "α", ",", "PRKCA", ")", ",", "horizontal", "cell", "(", "calbindin", ",", "CALB1", ")", ",", "photoreceptors", "(", "rods", ",", "CD73", "(", "NT5E", ")", ";", "cones", ",", "transducing", "(", "GNAT1", ")", ")", ",", "and", "retinal", "pigment", "epithelial", "cells", "(", "magenta", ";", "retinal", "pigment", "epithelium", "-", "specific", "65", "kDa", "protein", "(", "RPE65", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0], "text": " (A RNA sequencing of CD31 and CD34 double-positive retinal endothelial cells from P5 wild-type mice. (A) RNA levels (FPKM; fragments per kilobase million) of marker genes of endothelial cells (green; CD31 (gene name PECAM1), CD34, von Willebrand Factor (vWF), tyrosine-protein kinase receptor Tie2 (TEK), VE-cadherin (CDH5), endoglin (ENG), CD146 (MCAM) and VEGFR2 (KDR)), astrocytes (blue, GFAP), immune cells (red; T-cells (CD3E), B-cells (CD19), all leucocytes (CD45, PTPRC), and monocytes/macrophages (F4/80, EMR1)), Müller glia cells (orange; aquaporin 4 (AQP4)), neurons (yellow; retinal ganglion cells (RNA binding fox-1 homolog 3, RBFOX3), amacrine cells (parvalbumin, PVALB), bipolar cells (PKC-α, PRKCA), horizontal cell (calbindin, CALB1), photoreceptors (rods, CD73 (NT5E); cones, transducing (GNAT1)), and retinal pigment epithelial cells (magenta; retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein (RPE65). "}
{"words": ["(", "A", "RNA", "sequencing", "of", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "retinal", "endothelial", "cells", "from", "P5", "wild", "-", "type", "mice", ".", "(", "A", ")", "RNA", "levels", "(", "FPKM", ";", "fragments", "per", "kilobase", "million", ")", "of", "marker", "genes", "of", "endothelial", "cells", "(", "green", ";", "CD31", "(", "gene", "name", "PECAM1", ")", ",", "CD34", ",", "von", "Willebrand", "Factor", "(", "vWF", ")", ",", "tyrosine", "-", "protein", "kinase", "receptor", "Tie2", "(", "TEK", ")", ",", "VE", "-", "cadherin", "(", "CDH5", ")", ",", "endoglin", "(", "ENG", ")", ",", "CD146", "(", "MCAM", ")", "and", "VEGFR2", "(", "KDR", ")", ")", ",", "astrocytes", "(", "blue", ",", "GFAP", ")", ",", "immune", "cells", "(", "red", ";", "T", "-", "cells", "(", "CD3E", ")", ",", "B", "-", "cells", "(", "CD19", ")", ",", "all", "leucocytes", "(", "CD45", ",", "PTPRC", ")", ",", "and", "monocytes", "/", "macrophages", "(", "F4", "/", "80", ",", "EMR1", ")", ")", ",", "Müller", "glia", "cells", "(", "orange", ";", "aquaporin", "4", "(", "AQP4", ")", ")", ",", "neurons", "(", "yellow", ";", "retinal", "ganglion", "cells", "(", "RNA", "binding", "fox", "-", "1", "homolog", "3", ",", "RBFOX3", ")", ",", "amacrine", "cells", "(", "parvalbumin", ",", "PVALB", ")", ",", "bipolar", "cells", "(", "PKC", "-", "α", ",", "PRKCA", ")", ",", "horizontal", "cell", "(", "calbindin", ",", "CALB1", ")", ",", "photoreceptors", "(", "rods", ",", "CD73", "(", "NT5E", ")", ";", "cones", ",", "transducing", "(", "GNAT1", ")", ")", ",", "and", "retinal", "pigment", "epithelial", "cells", "(", "magenta", ";", "retinal", "pigment", "epithelium", "-", "specific", "65", "kDa", "protein", "(", "RPE65", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(A RNA sequencing of CD31 and CD34 double-positive retinal endothelial cells from P5 wild-type mice. (A) RNA levels (FPKM; fragments per kilobase million) of marker genes of endothelial cells (green; CD31 (gene name PECAM1), CD34, von Willebrand Factor (vWF), tyrosine-protein kinase receptor Tie2 (TEK), VE-cadherin (CDH5), endoglin (ENG), CD146 (MCAM) and VEGFR2 (KDR)), astrocytes (blue, GFAP), immune cells (red; T-cells (CD3E), B-cells (CD19), all leucocytes (CD45, PTPRC), and monocytes/macrophages (F4/80, EMR1)), Müller glia cells (orange; aquaporin 4 (AQP4)), neurons (yellow; retinal ganglion cells (RNA binding fox-1 homolog 3, RBFOX3), amacrine cells (parvalbumin, PVALB), bipolar cells (PKC-α, PRKCA), horizontal cell (calbindin, CALB1), photoreceptors (rods, CD73 (NT5E); cones, transducing (GNAT1)), and retinal pigment epithelial cells (magenta; retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein (RPE65)."}
{"words": ["B", ")", "RNA", "sequencing", "of", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "retinal", "endothelial", "cells", "from", "P5", "wild", "-", "type", "mice", ".", "(", "B", ")", "RNA", "levels", "of", "VASP", "(", "red", ")", ",", "EVL", "(", "green", ")", "and", "Mena", "(", "blue", ")", "in", "the", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "P5", "retinal", "endothelial", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ";", "n", "=", "18", "animals", "(", "36", "retinas", ")", "from", "six", "independent", "litters", ";", "four", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B) RNA sequencing of CD31 and CD34 double-positive retinal endothelial cells from P5 wild-type mice. (B) RNA levels of VASP (red), EVL (green) and Mena (blue) in the CD31 and CD34 double-positive P5 retinal endothelial cells. Error bars represent SEM; n = 18 animals (36 retinas) from six independent litters; four independent experiments. ***p<0.001, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test. "}
{"words": ["B", ")", "RNA", "sequencing", "of", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "retinal", "endothelial", "cells", "from", "P5", "wild", "-", "type", "mice", ".", "(", "B", ")", "RNA", "levels", "of", "VASP", "(", "red", ")", ",", "EVL", "(", "green", ")", "and", "Mena", "(", "blue", ")", "in", "the", "CD31", "and", "CD34", "double", "-", "positive", "P5", "retinal", "endothelial", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ";", "n", "=", "18", "animals", "(", "36", "retinas", ")", "from", "six", "independent", "litters", ";", "four", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) RNA sequencing of CD31 and CD34 double-positive retinal endothelial cells from P5 wild-type mice. (B) RNA levels of VASP (red), EVL (green) and Mena (blue) in the CD31 and CD34 double-positive P5 retinal endothelial cells. Error bars represent SEM; n = 18 animals (36 retinas) from six independent litters; four independent experiments. ***p<0.001, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "Staining", "of", "Ena", "/", "VASP", "proteins", "in", "blood", "vessels", "of", "P5", "mouse", "retinas", ".", "P5", "wild", "-", "type", "mouse", "retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and", "VASP", "-", "(", "C", ")", ",", "EVL", "-", "(", "D", ")", ",", "or", "Mena", "-", "specific", "(", "E", ")", "antibodies", "(", "red", ")", ".", "Yellow", "color", "in", "the", "merged", "images", "indicates", "the", "expression", "of", "VASP", "and", "EVL", "proteins", "in", "endothelial", "cells", ".", "No", "Mena", "protein", "expression", "was", "detected", "in", "P5", "retinal", "endothelial", "cells", "(", "E", ")", ".", "Representative", "images", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C-E) Staining of Ena/VASP proteins in blood vessels of P5 mouse retinas. P5 wild-type mouse retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and VASP - (C), EVL- (D), or Mena-specific (E) antibodies (red). Yellow color in the merged images indicates the expression of VASP and EVL proteins in endothelial cells. No Mena protein expression was detected in P5 retinal endothelial cells (E). Representative images from three independent experiments are shown. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "Staining", "of", "Ena", "/", "VASP", "proteins", "in", "blood", "vessels", "of", "P5", "mouse", "retinas", ".", "P5", "wild", "-", "type", "mouse", "retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) Staining of Ena/VASP proteins in blood vessels of P5 mouse retinas. P5 wild-type mouse retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and VASP"}
{"words": ["(", "A", ")", "Wild", "-", "type", "and", "EVL", "-", "/", "-", "P5", "retinas", "were", "digested", ",", "labelled", "with", "CD31", "-", ",", "CD34", "-", "and", "EVL", "-", "specific", "antibodies", "and", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Endothelial", "cells", "were", "defined", "as", "CD31", "/", "CD34", "-", "double", "positive", "cells", "(", "gate", "indicated", "in", "the", "left", "panel", ")", "and", "analyzed", "for", "EVL", "expression", "(", "middle", "panel", ")", ".", "Mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "EVL", "in", "wild", "-", "type", "(", "magenta", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "(", "black", ")", "cells", "is", "shown", "in", "the", "right", "panel", ".", "WT", ":", "n", "=", "3", ",", "EVL", "-", "/", "-", ":", "n", "=", "2", ";", "two", "retinas", "per", "animal", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Wild-type and EVL-/- P5 retinas were digested, labelled with CD31-, CD34- and EVL-specific antibodies and analyzed by flow cytometry. Endothelial cells were defined as CD31/CD34-double positive cells (gate indicated in the left panel) and analyzed for EVL expression (middle panel). Mean fluorescence intensity (MFI) of EVL in wild-type (magenta) and EVL-/- (black) cells is shown in the right panel. WT: n=3, EVL-/-: n=2; two retinas per animal. Error bars represent SEM. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Wild", "-", "type", "and", "EVL", "-", "/", "-", "P5", "retinas", "were", "digested", ",", "labelled", "with", "CD31", "-", ",", "CD34", "-", "and", "EVL", "-", "specific", "antibodies", "and", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Endothelial", "cells", "were", "defined", "as", "CD31", "/", "CD34", "-", "double", "positive", "cells", "(", "gate", "indicated", "in", "the", "left", "panel", ")", "and", "analyzed", "for", "EVL", "expression", "(", "middle", "panel", ")", ".", "Mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "EVL", "in", "wild", "-", "type", "(", "magenta", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "(", "black", ")", "cells", "is", "shown", "in", "the", "right", "panel", ".", "WT", ":", "n", "=", "3", ",", "EVL", "-", "/", "-", ":", "n", "=", "2", ";", "two", "retinas", "per", "animal", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Wild-type and EVL-/- P5 retinas were digested, labelled with CD31-, CD34- and EVL-specific antibodies and analyzed by flow cytometry. Endothelial cells were defined as CD31/CD34-double positive cells (gate indicated in the left panel) and analyzed for EVL expression (middle panel). Mean fluorescence intensity (MFI) of EVL in wild-type (magenta) and EVL-/- (black) cells is shown in the right panel. WT: n=3, EVL-/-: n=2; two retinas per animal. Error bars represent SEM."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "EVL", "protein", "expression", "in", "sparse", "/", "migrating", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "mouse", "brain", "endothelial", "cells", "(", "MBEC", ")", "and", "mouse", "lung", "endothelial", "cells", "(", "MLEC", ")", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B-C) EVL protein expression in sparse/migrating wild-type (WT) and EVL-/- mouse brain endothelial cells (MBEC) and mouse lung endothelial cells (MLEC). Actin was used as loading control. Western blots are representative of three independent experiments. "}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "EVL", "protein", "expression", "in", "sparse", "/", "migrating", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "mouse", "brain", "endothelial", "cells", "(", "MBEC", ")", "and", "mouse", "lung", "endothelial", "cells", "(", "MLEC", ")", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) EVL protein expression in sparse/migrating wild-type (WT) and EVL-/- mouse brain endothelial cells (MBEC) and mouse lung endothelial cells (MLEC). Actin was used as loading control. Western blots are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "MLEC", "from", "wild", "-", "type", "(", "upper", "panel", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "(", "lower", "panel", ")", "mice", "stimulated", "with", "10", "ng", "/", "ml", "VEGF", "were", "stained", "for", "actin", "(", "cyan", ")", "and", "EVL", "(", "magenta", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "focal", "adhesions", ",", "white", "arrows", "indicate", "filopodia", "and", "white", "arrowheads", "indicate", "the", "leading", "edge", "of", "lamellipodia", ".", "Representative", "images", "from", "four", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) MLEC from wild-type (upper panel) and EVL-/- (lower panel) mice stimulated with 10 ng/ml VEGF were stained for actin (cyan) and EVL (magenta). Asterisks indicate focal adhesions, white arrows indicate filopodia and white arrowheads indicate the leading edge of lamellipodia. Representative images from four independent experiments are shown. Scale bar, 20 µm. "}
{"words": ["(", "D", ")", "MLEC", "from", "wild", "-", "type", "(", "upper", "panel", ")", "and", "EVL", "-", "/", "-", "(", "lower", "panel", ")", "mice", "stimulated", "with", "10", "ng", "/", "ml", "VEGF", "were", "stained", "for", "actin", "(", "cyan", ")", "and", "EVL", "(", "magenta", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "focal", "adhesions", ",", "white", "arrows", "indicate", "filopodia", "and", "white", "arrowheads", "indicate", "the", "leading", "edge", "of", "lamellipodia", ".", "Representative", "images", "from", "four", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) MLEC from wild-type (upper panel) and EVL-/- (lower panel) mice stimulated with 10 ng/ml VEGF were stained for actin (cyan) and EVL (magenta). Asterisks indicate focal adhesions, white arrows indicate filopodia and white arrowheads indicate the leading edge of lamellipodia. Representative images from four independent experiments are shown. Scale bar, 20 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Isolectin", "B4", "stained", "vasculature", "in", "whole", "mount", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "on", "postnatal", "days", "3", ",", "5", "and", "7", "(", "P3", ",", "P5", ",", "P7", ")", "assessed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", "200", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Isolectin B4 stained vasculature in whole mount retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice on postnatal days 3, 5 and 7 (P3, P5, P7) assessed by confocal microscopy. Scale bars 200 µm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Isolectin", "B4", "stained", "vasculature", "in", "whole", "mount", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "on", "postnatal", "days", "3", ",", "5", "and", "7", "(", "P3", ",", "P5", ",", "P7", ")", "assessed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", "200", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Isolectin B4 stained vasculature in whole mount retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice on postnatal days 3, 5 and 7 (P3, P5, P7) assessed by confocal microscopy. Scale bars 200 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Analysis", "of", "the", "radial", "vascular", "outgrowth", "relative", "to", "retinal", "radius", "and", "normalized", "to", "wild", "-", "type", "littermates", ".", "(", "C", ")", "Impact", "of", "individual", "and", "combined", "VASP", "/", "EVL", "deletion", "on", "sprouting", "angiogenesis", "in", "the", "postnatal", "mouse", "retina", "at", "P5", "(", "EVL", "-", "deficient", "animals", "(", "E", "-", "/", "-", ")", ",", "green", ";", "VASP", "-", "deficient", "animals", "(", "V", "-", "/", "-", ")", ",", "red", ";", "VASP", "/", "EVL", "-", "double", "deficient", "animals", "(", "EV", "-", "/", "-", ")", ",", "orange", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Analysis of the radial vascular outgrowth relative to retinal radius and normalized to wild-type littermates. (C) Impact of individual and combined VASP/EVL deletion on sprouting angiogenesis in the postnatal mouse retina at P5 (EVL-deficient animals (E-/-), green; VASP-deficient animals (V-/-), red; VASP/EVL-double deficient animals (EV-/-), orange). "}
{"words": ["(", "B", ")", "Analysis", "of", "the", "radial", "vascular", "outgrowth", "relative", "to", "retinal", "radius", "and", "normalized", "to", "wild", "-", "type", "littermates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Analysis of the radial vascular outgrowth relative to retinal radius and normalized to wild-type littermates."}
{"words": ["The", "retinal", "vasculature", "of", "endothelial", "cell", "specific", "EVL", "knockout", "mice", "(", "EVLΔEC", ")", "and", "littermate", "controls", "(", "EVLfl", "/", "fl", ")", "on", "P5", "was", "analyzed", "by", "Isolectin", "B4", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0], "text": " The retinal vasculature of endothelial cell specific EVL knockout mice (EVLΔEC) and littermate controls (EVLfl/fl) on P5 was analyzed by Isolectin B4 staining. "}
{"words": ["The", "retinal", "vasculature", "of", "endothelial", "cell", "specific", "EVL", "knockout", "mice", "(", "EVLΔEC", ")", "and", "littermate", "controls", "(", "EVLfl", "/", "fl", ")", "on", "P5", "was", "analyzed", "by", "Isolectin", "B4", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0], "text": "The retinal vasculature of endothelial cell specific EVL knockout mice (EVLΔEC) and littermate controls (EVLfl/fl) on P5 was analyzed by Isolectin B4 staining."}
{"words": ["Radial", "outgrowth", "of", "the", "retinal", "vasculature", ";", "in", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "are", "shown", "for", "comparison", ";", "4", "-", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Radial outgrowth of the retinal vasculature; in global EVL-/- mice are shown for comparison; 4 - 5 independent experiments. "}
{"words": ["Radial", "outgrowth", "of", "the", "retinal", "vasculature", ";", "in", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "are", "shown", "for", "comparison", ";", "4", "-", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Radial outgrowth of the retinal vasculature; in global EVL-/- mice are shown for comparison; 4 - 5 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "branch", "points", "in", "a", "field", "of", "170", "μm", "x", "300", "μm", "directly", "behind", "the", "vascular", "front", ".", "(", "D", ")", "Tipp", "cells", "numbers", "per", "field", "of", "view", "(", "387", ",", "5", "x", "387", ",", "5", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Quantification of the branch points in a field of 170 μm x 300 μm directly behind the vascular front. (D) Tipp cells numbers per field of view (387,5 x 387,5 µm). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "branch", "points", "in", "a", "field", "of", "170", "μm", "x", "300", "μm", "directly", "behind", "the", "vascular", "front", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification of the branch points in a field of 170 μm x 300 μm directly behind the vascular front."}
{"words": ["(", "E", ")", "Filopodia", "numbers", "normalized", "to", "the", "length", "of", "the", "angiogenic", "front", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Filopodia numbers normalized to the length of the angiogenic front. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Filopodia", "numbers", "normalized", "to", "the", "length", "of", "the", "angiogenic", "front", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Filopodia numbers normalized to the length of the angiogenic front."}
{"words": ["(", "F", ")", "Endothelial", "cell", "proliferation", "analyzed", "by", "BrdU", "incorporation", "(", "red", ")", "of", "ERG", "positive", "(", "blue", ")", "endothelial", "nuclei", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Endothelial cell proliferation analyzed by BrdU incorporation (red) of ERG positive (blue) endothelial nuclei. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Endothelial", "cell", "proliferation", "analyzed", "by", "BrdU", "incorporation", "(", "red", ")", "of", "ERG", "positive", "(", "blue", ")", "endothelial", "nuclei", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Endothelial cell proliferation analyzed by BrdU incorporation (red) of ERG positive (blue) endothelial nuclei."}
{"words": ["CD31", "and", "CD34", "double", "positive", "endothelial", "cells", "were", "isolated", "from", "wild", "-", "type", "or", "EVL", "-", "/", "-", "P5", "retinas", "by", "FACS", "and", "analyzed", "by", "RNA", "-", "sequencing", ".", "Two", "independent", "experiments", ";", "in", "total", "18", "retinas", "from", "WT", "mice", "and", "18", "retinas", "from", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "from", "three", "different", "litters", ",", "each", ".", "(", "A", ")", "RNA", "levels", "(", "FPKM", ")", "of", "VASP", ",", "EVL", "and", "Mena", "in", "endothelial", "cells", "from", "wild", "-", "type", "or", "EVL", "-", "/", "-", "retinas", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " CD31 and CD34 double positive endothelial cells were isolated from wild-type or EVL-/- P5 retinas by FACS and analyzed by RNA-sequencing. Two independent experiments; in total 18 retinas from WT mice and 18 retinas from EVL-/- mice from three different litters, each. (A) RNA levels (FPKM) of VASP, EVL and Mena in endothelial cells from wild-type or EVL-/- retinas. Error bars represent SEM. "}
{"words": ["CD31", "and", "CD34", "double", "positive", "endothelial", "cells", "were", "isolated", "from", "wild", "-", "type", "or", "EVL", "-", "/", "-", "P5", "retinas", "by", "FACS", "and", "analyzed", "by", "RNA", "-", "sequencing", ".", "Two", "independent", "experiments", ";", "in", "total", "18", "retinas", "from", "WT", "mice", "and", "18", "retinas", "from", "EVL", "-", "/", "-", "mice", "from", "three", "different", "litters", ",", "each", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CD31 and CD34 double positive endothelial cells were isolated from wild-type or EVL-/- P5 retinas by FACS and analyzed by RNA-sequencing. Two independent experiments; in total 18 retinas from WT mice and 18 retinas from EVL-/- mice from three different litters, each."}
{"words": ["(", "D", ")", "Analysis", "of", "mRNA", "levels", "of", "Esm1", ",", "Ptgs2", "(", "cyclooxygenase", "2", ")", ",", "serpine", "1", "and", "paxillin", "in", "EVL", "-", "deficient", "MLEC", "relative", "to", "WT", "controls", "set", "to", "100", ".", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Analysis of mRNA levels of Esm1, Ptgs2 (cyclooxygenase 2), serpine 1 and paxillin in EVL-deficient MLEC relative to WT controls set to 100. n = 3-4 independent experiments, error bars represent SEM, one sample t-test, *p<0.05; **p<0.01. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Analysis", "of", "mRNA", "levels", "of", "Esm1", ",", "Ptgs2", "(", "cyclooxygenase", "2", ")", ",", "serpine", "1", "and", "paxillin", "in", "EVL", "-", "deficient", "MLEC", "relative", "to", "WT", "controls", "set", "to", "100", ".", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Analysis of mRNA levels of Esm1, Ptgs2 (cyclooxygenase 2), serpine 1 and paxillin in EVL-deficient MLEC relative to WT controls set to 100. n = 3-4 independent experiments, error bars represent SEM, one sample t-test, *p<0.05; **p<0.01."}
{"words": ["(", "E", ")", "ESM1", "protein", "expression", "in", "P5", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", ".", "Retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and", "antibodies", "directed", "against", "the", "tip", "cell", "marker", "ESM1", "(", "red", ")", ".", "Representative", "images", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) ESM1 protein expression in P5 retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice. Retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and antibodies directed against the tip cell marker ESM1 (red). Representative images from three independent experiments are shown. Scale bars, 100 µm. "}
{"words": ["(", "E", ")", "ESM1", "protein", "expression", "in", "P5", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", ".", "Retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and", "antibodies", "directed", "against", "the", "tip", "cell", "marker", "ESM1", "(", "red", ")", ".", "Representative", "images", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) ESM1 protein expression in P5 retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice. Retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and antibodies directed against the tip cell marker ESM1 (red). Representative images from three independent experiments are shown. Scale bars, 100 µm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Analysis", "of", "retinal", "ESM1", "protein", "levels", "normalized", "to", "wild", "-", "type", "littermates", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "three", "different", "litters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Analysis of retinal ESM1 protein levels normalized to wild-type littermates. Error bars represent SEM; ***p<0.001, unpaired Student's t-test; three different litters. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Analysis", "of", "retinal", "ESM1", "protein", "levels", "normalized", "to", "wild", "-", "type", "littermates", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "three", "different", "litters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Analysis of retinal ESM1 protein levels normalized to wild-type littermates. Error bars represent SEM; ***p<0.001, unpaired Student's t-test; three different litters."}
{"words": ["(", "A", ")", "Proliferation", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "MLEC", "was", "assessed", "by", "BrdU", "incorporation", ".", "The", "number", "of", "BrdU", "positive", "cells", "(", "red", ")", "was", "normalized", "to", "the", "total", "number", "of", "cells", "(", "white", ")", ".", "Eight", "fields", "of", "view", "per", "condition", "and", "genotype", "for", "each", "of", "5", "independent", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "cell", "batches", ";", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "#", "p", "=", "0", ".", "171", "non", "-", "significant", "vs", ".", "Basal", "EVL", "-", "/", "-", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", ";", "scale", "bar", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Proliferation of WT and EVL-/- MLEC was assessed by BrdU incorporation. The number of BrdU positive cells (red) was normalized to the total number of cells (white). Eight fields of view per condition and genotype for each of 5 independent WT and EVL-/- cell batches; error bars represent SEM; **p<0.01, ***p<0.001, #p=0.171 non-significant vs. Basal EVL-/-, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test; scale bar = 50 µm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Proliferation", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "MLEC", "was", "assessed", "by", "BrdU", "incorporation", ".", "The", "number", "of", "BrdU", "positive", "cells", "(", "red", ")", "was", "normalized", "to", "the", "total", "number", "of", "cells", "(", "white", ")", ".", "Eight", "fields", "of", "view", "per", "condition", "and", "genotype", "for", "each", "of", "5", "independent", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "cell", "batches", ";", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "#", "p", "=", "0", ".", "171", "non", "-", "significant", "vs", ".", "Basal", "EVL", "-", "/", "-", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", ";", "scale", "bar", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Proliferation of WT and EVL-/- MLEC was assessed by BrdU incorporation. The number of BrdU positive cells (red) was normalized to the total number of cells (white). Eight fields of view per condition and genotype for each of 5 independent WT and EVL-/- cell batches; error bars represent SEM; **p<0.01, ***p<0.001, #p=0.171 non-significant vs. Basal EVL-/-, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test; scale bar = 50 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Sprouting", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "primary", "MLEC", "spheres", "in", "the", "absence", "(", "Basal", ")", "or", "presence", "of", "VEGF", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", ";", "asterisks", "indicate", "sprouts", ";", "scale", "bars", ",", "100", "µm", ".", "(", "D", ")", "Solid", "bars", "represent", "proportion", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "MLEC", "spheres", "forming", "sprouts", "in", "the", "absence", "(", "−", ")", "or", "presence", "(", "+", ")", "of", "VEGF", ".", "n", "-", "numbers", "are", "indicated", ";", "n", ".", "s", ".", "non", "-", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "557", ")", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "MLEC", "sphere", "sprout", "length", "without", "or", "with", "VEGF", ".", "Dots", "represent", "individual", "sprouts", ".", "Horizontal", "lines", "represent", "mean", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ".", "n", "=", "20", "-", "30", "beads", "(", "from", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "n", ".", "s", ".", "non", "-", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "543", ")", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Sprouting of WT and EVL-/- primary MLEC spheres in the absence (Basal) or presence of VEGF (50 ng/ml); asterisks indicate sprouts; scale bars, 100 µm. (D) Solid bars represent proportion of WT and EVL-/- MLEC spheres forming sprouts in the absence (−) or presence (+) of VEGF. n-numbers are indicated; n.s. non-significant (p=0.557); ***p<0.001, Fisher's exact test. (E) Quantification of MLEC sphere sprout length without or with VEGF. Dots represent individual sprouts. Horizontal lines represent mean, error bars represent SEM. n = 20-30 beads (from three independent experiments). ***p<0.001, n.s. non-significant (p=0.543), one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Sprouting", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "primary", "MLEC", "spheres", "in", "the", "absence", "(", "Basal", ")", "or", "presence", "of", "VEGF", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", ";", "asterisks", "indicate", "sprouts", ";", "scale", "bars", ",", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Sprouting of WT and EVL-/- primary MLEC spheres in the absence (Basal) or presence of VEGF (50 ng/ml); asterisks indicate sprouts; scale bars, 100 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "VEGFR2", "protein", "levels", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "EVL", "-", "deficient", "(", "EVL", "-", "/", "-", ")", "endothelial", "cells", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "The", "lower", "panel", "shows", "quantification", "of", "VEGFR2", "to", "actin", "ratios", "from", "five", "independent", "cell", "batches", ";", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "n", ".", "s", ".", "non", "-", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "388", ")", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) VEGFR2 protein levels in wild-type (WT) and EVL-deficient (EVL-/-) endothelial cells. Actin was used as loading control. The lower panel shows quantification of VEGFR2 to actin ratios from five independent cell batches; error bars represent SEM; n.s. non-significant (p=0.388), unpaired Student's t-test. "}
{"words": ["(", "A", ")", "VEGFR2", "protein", "levels", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "EVL", "-", "deficient", "(", "EVL", "-", "/", "-", ")", "endothelial", "cells", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "The", "lower", "panel", "shows", "quantification", "of", "VEGFR2", "to", "actin", "ratios", "from", "five", "independent", "cell", "batches", ";", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "n", ".", "s", ".", "non", "-", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "388", ")", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) VEGFR2 protein levels in wild-type (WT) and EVL-deficient (EVL-/-) endothelial cells. Actin was used as loading control. The lower panel shows quantification of VEGFR2 to actin ratios from five independent cell batches; error bars represent SEM; n.s. non-significant (p=0.388), unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Antibody", "feeding", "assay", "to", "monitor", "VEGFR2", "internalization", "after", "VEGF", "stimulation", ".", "Left", "panel", ":", "schematic", "diagram", "showing", "the", "two", "step", "staining", "procedure", "of", "surface", "and", "internalized", "VEGFR2", "antibodies", ",", "which", "are", "displayed", "in", "yellow", "and", "green", "in", "the", "merged", "confocal", "images", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "(", "middle", "panel", ")", ",", "respectively", ";", "scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "The", "bar", "graphs", "show", "quantification", "of", "the", "number", "of", "VEGFR2", "clusters", "and", "the", "ratio", "of", "internalized", "to", "total", "VEGFR2", "ratios", "normalized", "to", "wild", "-", "type", ";", "n", "=", "4", "-", "6", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Antibody feeding assay to monitor VEGFR2 internalization after VEGF stimulation. Left panel: schematic diagram showing the two step staining procedure of surface and internalized VEGFR2 antibodies, which are displayed in yellow and green in the merged confocal images of WT and EVL-/- endothelial cells (middle panel), respectively; scale bar, 10 µm. The bar graphs show quantification of the number of VEGFR2 clusters and the ratio of internalized to total VEGFR2 ratios normalized to wild-type; n = 4-6 independent cell batches, error bars represent SEM; **p<0.01, ***p<0.001, unpaired Student's t-test. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Antibody", "feeding", "assay", "to", "monitor", "VEGFR2", "internalization", "after", "VEGF", "stimulation", ".", "Left", "panel", ":", "schematic", "diagram", "showing", "the", "two", "step", "staining", "procedure", "of", "surface", "and", "internalized", "VEGFR2", "antibodies", ",", "which", "are", "displayed", "in", "yellow", "and", "green", "in", "the", "merged", "confocal", "images", "of", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "(", "middle", "panel", ")", ",", "respectively", ";", "scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "The", "bar", "graphs", "show", "quantification", "of", "the", "number", "of", "VEGFR2", "clusters", "and", "the", "ratio", "of", "internalized", "to", "total", "VEGFR2", "ratios", "normalized", "to", "wild", "-", "type", ";", "n", "=", "4", "-", "6", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Antibody feeding assay to monitor VEGFR2 internalization after VEGF stimulation. Left panel: schematic diagram showing the two step staining procedure of surface and internalized VEGFR2 antibodies, which are displayed in yellow and green in the merged confocal images of WT and EVL-/- endothelial cells (middle panel), respectively; scale bar, 10 µm. The bar graphs show quantification of the number of VEGFR2 clusters and the ratio of internalized to total VEGFR2 ratios normalized to wild-type; n = 4-6 independent cell batches, error bars represent SEM; **p<0.01, ***p<0.001, unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blots", "and", "quantification", "of", "VEGFR2", "phosphorylation", "levels", "relative", "to", "total", "VEGFR2", "levels", "in", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "under", "basal", "and", "VEGF", "-", "stimulated", "conditions", "(", "80", "ng", "/", "ml", ")", ";", "n", "=", "5", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Western blots and quantification of VEGFR2 phosphorylation levels relative to total VEGFR2 levels in WT and EVL-/- endothelial cells under basal and VEGF-stimulated conditions (80 ng/ml); n = 5 independent cell batches, error bars represent SEM; *p<0.05, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blots", "and", "quantification", "of", "VEGFR2", "phosphorylation", "levels", "relative", "to", "total", "VEGFR2", "levels", "in", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "under", "basal", "and", "VEGF", "-", "stimulated", "conditions", "(", "80", "ng", "/", "ml", ")", ";", "n", "=", "5", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blots and quantification of VEGFR2 phosphorylation levels relative to total VEGFR2 levels in WT and EVL-/- endothelial cells under basal and VEGF-stimulated conditions (80 ng/ml); n = 5 independent cell batches, error bars represent SEM; *p<0.05, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blots", "and", "quantification", "of", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "levels", "relative", "to", "total", "ERK", "levels", "in", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "under", "basal", "and", "VEGF", "-", "stimulated", "conditions", "(", "80", "ng", "/", "ml", ")", ";", "n", "=", "6", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Western blots and quantification of ERK1/2 phosphorylation levels relative to total ERK levels in WT and EVL-/- endothelial cells under basal and VEGF-stimulated conditions (80 ng/ml); n = 6 independent cell batches, error bars represent SEM; *p<0.05, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blots", "and", "quantification", "of", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "levels", "relative", "to", "total", "ERK", "levels", "in", "WT", "and", "EVL", "-", "/", "-", "endothelial", "cells", "under", "basal", "and", "VEGF", "-", "stimulated", "conditions", "(", "80", "ng", "/", "ml", ")", ";", "n", "=", "6", "independent", "cell", "batches", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multi", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blots and quantification of ERK1/2 phosphorylation levels relative to total ERK levels in WT and EVL-/- endothelial cells under basal and VEGF-stimulated conditions (80 ng/ml); n = 6 independent cell batches, error bars represent SEM; *p<0.05, one-way ANOVA with Bonferroni's multi comparison test."}
{"words": ["(", "C", ")", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "in", "P5", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", ".", "Retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and", "antibodies", "directed", "against", "phospho", "-", "ERK1", "/", "2", "(", "red", ")", ".", "Representative", "images", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "µm", ".", "(", "D", ")", "Analysis", "of", "endothelial", "ERK1", "/", "2", "-", "phosphorylation", "normalized", "to", "wild", "-", "type", "littermates", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "two", "different", "litters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) ERK1/2 phosphorylation in P5 retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice. Retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and antibodies directed against phospho-ERK1/2 (red). Representative images from three independent experiments are shown. Scale bars, 100 µm. (D) Analysis of endothelial ERK1/2-phosphorylation normalized to wild-type littermates. Error bars represent SEM; ***p<0.001, unpaired Student's t-test; two different litters. "}
{"words": ["(", "C", ")", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "in", "P5", "retinas", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "global", "EVL", "-", "/", "-", "mice", ".", "Retinas", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "IB4", ",", "green", ")", "to", "visualize", "endothelial", "cells", "and", "antibodies", "directed", "against", "phospho", "-", "ERK1", "/", "2", "(", "red", ")", ".", "Representative", "images", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) ERK1/2 phosphorylation in P5 retinas of wild-type (WT) and global EVL-/- mice. Retinas were fixed and stained with isolectin B4 (IB4, green) to visualize endothelial cells and antibodies directed against phospho-ERK1/2 (red). Representative images from three independent experiments are shown. Scale bars, 100 µm."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "MITOL", "-", "HA", "formed", "small", "dot", "-", "like", "structures", "following", "CCCP", "treatment", ".", "HeLa", "cells", "transiently", "expressing", "Flag", "-", "Parkin", "and", "MITOL", "-", "HA", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", ".", "MITOL", "and", "Tom20", "(", "mitochondrial", "marker", ";", "A", ")", "signals", "co", "-", "localized", "well", "without", "CCCP", "treatment", ",", "whereas", "the", "MITOL", "-", "positive", "small", "dots", "were", "not", "coincident", "with", "Tom20", ",", "Sec61β", "(", "ER", "marker", ";", "B", ")", ",", "or", "LAMP1", "(", "lysosomal", "marker", ";", "C", ")", "after", "CCCP", "treatment", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "(", "D", ")", "MITOL", "-", "HA", "co", "-", "localized", "with", "catalase", "(", "peroxisome", "marker", ")", "following", "CCCP", "treatment", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "MITOL", "-", "HA", "co", "-", "localization", "with", "catalase", ".", "(", "E", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "MITOL", "-", "HA", "and", "Tom20", ",", "Sec61β", ",", "LAMP1", ",", "or", "catalase", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "(", "F", ")", "The", "line", "-", "graph", "shows", "a", "line", "scan", "of", "fluorescence", "through", "three", "MITOL", "-", "positive", "peroxisomes", "(", "red", "bar", "in", "Fig", "1D", ")", "that", "clearly", "indicates", "co", "-", "localization", "of", "MITOL", "(", "green", "line", ")", "and", "catalase", "(", "magenta", "line", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) MITOL-HA formed small dot-like structures following CCCP treatment. HeLa cells transiently expressing Flag-Parkin and MITOL-HA were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry. MITOL and Tom20 (mitochondrial marker; A) signals co-localized well without CCCP treatment, whereas the MITOL-positive small dots were not coincident with Tom20, Sec61β (ER marker; B), or LAMP1 (lysosomal marker; C) after CCCP treatment. Scale bars, 10 µm. (D) MITOL-HA co-localized with catalase (peroxisome marker) following CCCP treatment. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. Arrowheads indicate representative examples of MITOL-HA co-localization with catalase. (E) Correlation statistics for the localization of MITOL-HA and Tom20, Sec61β, LAMP1, or catalase. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test. (F) The line-graph shows a line scan of fluorescence through three MITOL-positive peroxisomes (red bar in Fig 1D) that clearly indicates co-localization of MITOL (green line) and catalase (magenta line). "}
{"words": ["(", "G", ")", "Peroxisomal", "membrane", "protein", "(", "PMP", ")", "34", "-", "FusionRed", "also", "co", "-", "localized", "with", "MITOL", "-", "GFP", "in", "Parkin", "-", "expressing", "HeLa", "cells", "after", "3", "hours", "of", "CCCP", "treatment", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "(", "H", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "MITOL", "-", "GFP", "and", "PMP34", "-", "FusionRed", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Peroxisomal membrane protein (PMP) 34-FusionRed also co-localized with MITOL-GFP in Parkin-expressing HeLa cells after 3 hours of CCCP treatment. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. (H) Correlation statistics for the localization of MITOL-GFP and PMP34-FusionRed. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test. "}
{"words": ["(", "A", ")", "MITOL", "-", "HA", "did", "not", "move", "to", "peroxisomes", ",", "but", "was", "rather", "retained", "on", "mitochondria", "even", "after", "CCCP", "treatment", "in", "HeLa", "cells", "lacking", "endogenous", "Parkin", ".", "Wild", "-", "type", "HeLa", "cells", "or", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "MITOL", "-", "HA", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "Tom20", "antibodies", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) MITOL-HA did not move to peroxisomes, but was rather retained on mitochondria even after CCCP treatment in HeLa cells lacking endogenous Parkin. Wild-type HeLa cells or HeLa cells stably expressing GFP-Parkin were transfected with MITOL-HA, treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-HA and anti-Tom20 antibodies. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "MITOL", "-", "HA", "and", "Tom20", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "GFP", "-", "Parkin", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Correlation statistics for the localization of MITOL-HA and Tom20 in the absence or presence of GFP-Parkin. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "C", ")", "MITOL", "was", "not", "degraded", "following", "mitochondrial", "depolarization", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "Parkin", "plasmid", "or", "the", "pEGFP", "-", "C1", "vector", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "+", "/", "-", "10", "µM", "MG132", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "ubiquitin", ",", "and", "anti", "-", "tubulin", "antibodies", ".", "Black", "arrowheads", "indicate", "3Flag", "-", "MITOL", "in", "the", "upper", "panel", "and", "mono", "-", "ubiquitin", "in", "the", "middle", "panel", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) MITOL was not degraded following mitochondrial depolarization. HeLa cells stably expressing 3Flag-MITOL were transfected with a GFP-Parkin plasmid or the pEGFP-C1 vector, treated with 15 µM CCCP +/- 10 µM MG132 for 3 hours, and then immunoblotted with anti-Flag, anti-ubiquitin, and anti-tubulin antibodies. Black arrowheads indicate 3Flag-MITOL in the upper panel and mono-ubiquitin in the middle panel, respectively."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "total", "cellular", "amount", "of", "MITOL", "was", "not", "dramatically", "reduced", "following", "extended", "valinomycin", "treatment", ".", "Immunoblotting", "combined", "with", "fractionation", "analysis", "showed", "that", "Mitofusin2", "(", "MFN2", ")", "underwent", "rapid", "degradation", "within", "3", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", ",", "in", "particular", "in", "the", "3", ",", "000", "g", "pellet", "(", "mitochondria", "-", "rich", "fractions", ")", ".", "Cytochrome", "c", "oxidase", "subunit", "2", "(", "MTCO2", ",", "inner", "mitochondrial", "protein", ")", "was", "significantly", "reduced", "at", "24", "hours", "10", "μM", "valinomycin", "treatment", ".", "In", "contrast", "to", "those", "two", "proteins", ",", "MITOL", "degradation", "was", "minimal", ".", "Note", "that", "the", "chemical", "apoptosis", "inhibitor", "ZVAD", "-", "FMK", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "to", "cells", "along", "with", "valinomycin", "to", "prevent", "cell", "death", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The total cellular amount of MITOL was not dramatically reduced following extended valinomycin treatment. Immunoblotting combined with fractionation analysis showed that Mitofusin2 (MFN2) underwent rapid degradation within 3 hours of valinomycin treatment, in particular in the 3,000 g pellet (mitochondria-rich fractions). Cytochrome c oxidase subunit 2 (MTCO2, inner mitochondrial protein) was significantly reduced at 24 hours 10 μM valinomycin treatment. In contrast to those two proteins, MITOL degradation was minimal. Note that the chemical apoptosis inhibitor ZVAD-FMK (10 μM) was added to cells along with valinomycin to prevent cell death."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "3Flag", "-", "MITOL", ",", "MFN2", ",", "and", "MTCO2", "protein", "levels", "in", "the", "PNS", "and", "3", ",", "000", "g", "pellet", "fraction", "following", "10", "µM", "valinomycin", "+", "ZVAD", "-", "FMK", "treatment", "at", "the", "indicated", "times", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "fold", "change", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "relative", "to", "untreated", "samples", "in", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of 3Flag-MITOL, MFN2, and MTCO2 protein levels in the PNS and 3,000 g pellet fraction following 10 µM valinomycin + ZVAD-FMK treatment at the indicated times. Data represent the mean fold change ± s.e.m relative to untreated samples in three biological replicates."}
{"words": ["(", "F", ")", "Pre", "-", "existing", "MITOL", "on", "mitochondria", "moves", "to", "peroxisomes", "following", "CCCP", "treatment", ".", "Following", "doxycycline", "treatment", "for", "3", "hours", "to", "induce", "MITOL", "expression", ",", "cells", "were", "washed", "with", "fresh", "medium", "to", "stop", "the", "synthesis", "of", "new", "MITOL", ".", "After", "treatment", "with", "or", "without", "CCCP", "for", "more", "than", "3", "hours", ",", "cells", "were", "immunostained", "using", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "Pex14", "(", "peroxisomal", "membrane", "protein", ")", ",", "and", "anti", "-", "Hsp60", "antibodies", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "bottom", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Pre-existing MITOL on mitochondria moves to peroxisomes following CCCP treatment. Following doxycycline treatment for 3 hours to induce MITOL expression, cells were washed with fresh medium to stop the synthesis of new MITOL. After treatment with or without CCCP for more than 3 hours, cells were immunostained using anti-Flag, anti-Pex14 (peroxisomal membrane protein), and anti-Hsp60 antibodies. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the bottom panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Wild", "-", "type", "or", "PINK1", "knock", "out", "(", "KO", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "Parkin", "wild", "-", "type", "or", "the", "C431S", "mutant", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", ",", "and", "then", "immuno", "-", "stained", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Wild", "-", "type", "Parkin", ",", "but", "not", "the", "catalytically", "inactive", "Parkin", "(", "C431S", ")", "mutant", ",", "mediated", "3Flag", "-", "MITOL", "translocation", "to", "peroxisomes", "following", "mitophagy", "stimulation", ".", "In", "PINK1", "KO", "HeLa", "cells", ",", "the", "redistribution", "of", "MITOL", "to", "peroxisomes", "was", "not", "observed", "even", "in", "the", "presence", "of", "wild", "-", "type", "Parkin", "when", "mitochondria", "were", "damaged", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "MITOL", "-", "peroxisome", "co", "-", "localization", "observed", "only", "in", "the", "presence", "of", "wild", "-", "type", "Parkin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Wild-type or PINK1 knock out (KO) HeLa cells were transfected with GFP-Parkin wild-type or the C431S mutant, treated with 15 µM CCCP, and then immuno-stained with anti-Flag and anti-catalase antibodies. Wild-type Parkin, but not the catalytically inactive Parkin (C431S) mutant, mediated 3Flag-MITOL translocation to peroxisomes following mitophagy stimulation. In PINK1 KO HeLa cells, the redistribution of MITOL to peroxisomes was not observed even in the presence of wild-type Parkin when mitochondria were damaged. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. Arrowheads indicate representative examples of MITOL-peroxisome co-localization observed only in the presence of wild-type Parkin."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "redistribution", "of", "MITOL", "from", "mitochondria", "to", "peroxisomes", "does", "not", "require", "its", "own", "E3", "activity", ".", "The", "E3", "-", "inactive", "MITOL", "Cys65Ser", "/", "Cys68Ser", "(", "CS", ")", "and", "H43W", "mutants", "were", "transfected", "into", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "After", "3", "hours", "of", "CCCP", "treatment", ",", "both", "the", "CS", "and", "H43W", "mutants", "co", "-", "localized", "with", "catalase", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "co", "-", "localization", "with", "catalase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(B) The redistribution of MITOL from mitochondria to peroxisomes does not require its own E3 activity. The E3-inactive MITOL Cys65Ser/Cys68Ser (CS) and H43W mutants were transfected into HeLa cells stably expressing HA-Parkin, treated with 15 µM CCCP, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag and anti-catalase antibodies. After 3 hours of CCCP treatment, both the CS and H43W mutants co-localized with catalase. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. Arrowheads indicate representative examples of 3Flag-MITOL co-localization with catalase."}
{"words": ["(", "C", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "and", "catalase", "in", "the", "presence", "of", "GFP", "-", "Parkin", "wild", "-", "type", "or", "an", "inactive", "C431S", "mutant", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "MITOL", "overlapped", "with", "catalase", "only", "in", "the", "presence", "of", "wild", "-", "type", "Parkin", "in", "wild", "-", "type", "HeLa", "cells", ".", "In", "PINK1", "knockout", "(", "KO", ")", "HeLa", "cells", ",", "wild", "-", "type", "Parkin", "was", "unable", "to", "induce", "the", "peroxisomal", "translocation", "of", "MITOL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) Correlation statistics for the localization of 3Flag-MITOL and catalase in the presence of GFP-Parkin wild-type or an inactive C431S mutant. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test. MITOL overlapped with catalase only in the presence of wild-type Parkin in wild-type HeLa cells. In PINK1 knockout (KO) HeLa cells, wild-type Parkin was unable to induce the peroxisomal translocation of MITOL."}
{"words": ["(", "D", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "wild", "-", "type", "or", "inactive", "mutants", "with", "catalase", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Correlation statistics for the localization of 3Flag-MITOL wild-type or inactive mutants with catalase. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Peroxisomal", "translocation", "of", "other", "mitochondrial", "proteins", "such", "as", "MitoNEET", "/", "CISD1", ",", "Fis1", ",", "Miro1", "/", "2", ",", "and", "Tom70", "(", "mitochondrial", "outer", "membrane", "proteins", ")", ",", "and", "Hsp60", "(", "mitochondrial", "matrix", "protein", ")", "was", "not", "observed", "in", "CCCP", "-", "treated", "cells", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "immuno", "-", "stained", "with", "anti", "-", "MitoNEET", "/", "CISD1", ",", "anti", "-", "Fis1", ",", "anti", "-", "Miro1", "/", "2", ",", "anti", "-", "Tom70", ",", "anti", "-", "Hsp60", ",", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Peroxisomal translocation of other mitochondrial proteins such as MitoNEET/CISD1, Fis1, Miro1/2, and Tom70 (mitochondrial outer membrane proteins), and Hsp60 (mitochondrial matrix protein) was not observed in CCCP-treated cells. HeLa cells stably expressing HA-Parkin were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then immuno-stained with anti-MitoNEET/CISD1, anti-Fis1, anti-Miro1/2, anti-Tom70, anti-Hsp60, and anti-catalase antibodies. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "A", "multi", "-", "spanning", "outer", "membrane", "protein", "PBR", "(", "Peripheral", "Benzodiazepine", "Receptor", ")", "did", "not", "co", "-", "localize", "with", "catalase", ",", "but", "did", "with", "Tom20", "during", "mitophagy", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "immuno", "-", "stained", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "Tom20", ",", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) A multi-spanning outer membrane protein PBR (Peripheral Benzodiazepine Receptor) did not co-localize with catalase, but did with Tom20 during mitophagy. HeLa cells stably expressing HA-Parkin were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then immuno-stained with anti-Flag, anti-Tom20, and anti-catalase antibodies. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "siRNA", "-", "based", "knockdown", "of", "endogenous", "Tom70", ",", "Tom20", ",", "Tom40", ",", "and", "Sam50", ".", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "corresponding", "siRNAs", "and", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "AIF", ",", "Apoptosis", "-", "inducing", "factor", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "(A) siRNA-based knockdown of endogenous Tom70, Tom20, Tom40, and Sam50. HeLa cells treated with the corresponding siRNAs and immunoblotted with the indicated antibodies. AIF, Apoptosis-inducing factor."}
{"words": ["(", "B", ")", "HeLa", "cells", "were", "immuno", "-", "stained", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", "after", "treatment", "of", "each", "siRNA", ".", "Tom20", "-", "and", "Tom40", "-", "siRNA", "treatment", "inhibited", "import", "of", "Su9", "-", "GFP", "(", "the", "targeting", "sequence", "of", "the", "FoF1", "ATPase", "subunit", "9", ")", "into", "the", "mitochondria", ",", "leading", "to", "an", "accumulation", "of", "Su9", "-", "GFP", "precursor", "proteins", "in", "the", "cytosol", "and", "cell", "nucleus", ".", "3Flag", "-", "MITOL", "still", "localized", "to", "mitochondria", "in", "Tom20", ",", "Tom40", ",", "and", "Sam50", "siRNA", "-", "treated", "cells", ".", "In", "contrast", ",", "3Flag", "-", "MITOL", "dispersed", "into", "the", "cytosol", "when", "Tom70", "was", "knocked", "down", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HeLa cells were immuno-stained with anti-Flag and anti-catalase antibodies after treatment of each siRNA. Tom20- and Tom40-siRNA treatment inhibited import of Su9-GFP (the targeting sequence of the FoF1 ATPase subunit 9) into the mitochondria, leading to an accumulation of Su9-GFP precursor proteins in the cytosol and cell nucleus. 3Flag-MITOL still localized to mitochondria in Tom20, Tom40, and Sam50 siRNA-treated cells. In contrast, 3Flag-MITOL dispersed into the cytosol when Tom70 was knocked down. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Statistical", "analysis", "of", "the", "MITOL", "subcellular", "localization", "following", "15", "µM", "CCCP", "treatment", "for", "3", "hours", "in", "cells", "treated", "with", "control", ",", "Tom70", ",", "Tom20", ",", "Tom40", ",", "or", "Sam50", "siRNAs", ".", "Su9", "-", "GFP", "was", "not", "imported", "into", "the", "mitochondria", ",", "but", "rather", "localized", "to", "the", "cytosol", "and", "nucleus", "following", "Tom20", "and", "Tom40", "knockdown", ".", "The", "number", "of", "HeLa", "cells", "with", "cytosol", "-", "localized", "Su9", "-", "GFP", "or", "3Flag", "-", "MITOL", "in", "each", "siRNA", "experiment", "were", "determined", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "from", ">", "100", "cells", "in", "three", "biological", "replicates", ".", "(", "In", "case", "of", "Tom40", ",", "and", "Sam50", "siRNAs", ",", "data", "represent", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "from", ">", "60", "cells", "in", "three", "biological", "replicates", ".", ")", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Statistical analysis of the MITOL subcellular localization following 15 µM CCCP treatment for 3 hours in cells treated with control, Tom70, Tom20, Tom40, or Sam50 siRNAs. Su9-GFP was not imported into the mitochondria, but rather localized to the cytosol and nucleus following Tom20 and Tom40 knockdown. The number of HeLa cells with cytosol-localized Su9-GFP or 3Flag-MITOL in each siRNA experiment were determined. Data represent the mean ± s.e.m from > 100 cells in three biological replicates. (In case of Tom40, and Sam50 siRNAs, data represent the mean ± s.e.m from > 60 cells in three biological replicates.) Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "D", ")", "HeLa", "cells", "treated", "with", "siControl", "or", "siTom70", "were", "fractionated", "into", "cytosolic", "and", "mitochondrial", "fractions", "and", "then", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ",", "anti", "-", "Tom20", ",", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", ".", "LDH", "was", "used", "as", "a", "cytosolic", "marker", ".", "Although", "some", "MITOL", "detached", "from", "mitochondria", "during", "fractionation", ",", "sufficient", "amounts", "of", "MITOL", "were", "collected", "in", "the", "mitochondria", "-", "enriched", "fraction", "in", "control", "cells", ".", "In", "contrast", ",", "almost", "all", "of", "the", "MITOL", "was", "collected", "in", "the", "cytosolic", "fraction", "in", "siTom70", "-", "treated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HeLa cells treated with siControl or siTom70 were fractionated into cytosolic and mitochondrial fractions and then immunoblotted with anti-lactate dehydrogenase (LDH), anti-Tom20, and anti-Flag antibodies. LDH was used as a cytosolic marker. Although some MITOL detached from mitochondria during fractionation, sufficient amounts of MITOL were collected in the mitochondria-enriched fraction in control cells. In contrast, almost all of the MITOL was collected in the cytosolic fraction in siTom70-treated cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "CRISPR", "/", "Cas9", "gene", "editing", "was", "used", "to", "generate", "peroxisome", "-", "null", "cell", "lines", "by", "knocking", "out", "PEX19", ".", "In", "wild", "-", "type", "HCT116", "cells", ",", "catalase", "localized", "to", "peroxisomes", "(", "dot", "-", "like", "structures", ")", ",", "whereas", "in", "PEX19", "-", "/", "-", "cells", "catalase", "was", "diffusely", "localized", "throughout", "the", "cytosol", ",", "indicating", "loss", "of", "peroxisomes", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CRISPR/Cas9 gene editing was used to generate peroxisome-null cell lines by knocking out PEX19. In wild-type HCT116 cells, catalase localized to peroxisomes (dot-like structures), whereas in PEX19 -/- cells catalase was diffusely localized throughout the cytosol, indicating loss of peroxisomes. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["Wild", "-", "type", "and", "PEX19", "-", "/", "-", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "treated", "with", "10", "µM", "valinomycin", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "catalase", ",", "and", "anti", "-", "Hsp60", "(", "B", ")", "antibodies", ".", "In", "wild", "-", "type", "HCT116", "cells", ",", "MITOL", "translocated", "to", "peroxisomes", ",", "whereas", "MITOL", "remained", "associated", "with", "mitochondria", "in", "PEX19", "-", "/", "-", "cells", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "co", "-", "localization", "with", "catalase", "rather", "than", "Hsp60", "in", "wild", "-", "type", "HCT116", "cells", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild-type and PEX19 -/- HCT116 cells stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL were treated with 10 µM valinomycin for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag, anti-catalase, and anti-Hsp60 (B) antibodies. In wild-type HCT116 cells, MITOL translocated to peroxisomes, whereas MITOL remained associated with mitochondria in PEX19 -/- cells. Arrowheads indicate representative examples of 3Flag-MITOL co-localization with catalase rather than Hsp60 in wild-type HCT116 cells. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["Wild", "-", "type", "and", "PEX19", "-", "/", "-", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "treated", "with", "10", "µM", "valinomycin", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "anti", "-", "Tom20", "(", "C", ")", "antibodies", ".", "In", "wild", "-", "type", "HCT116", "cells", ",", "MITOL", "translocated", "to", "peroxisomes", ",", "whereas", "MITOL", "remained", "associated", "with", "mitochondria", "in", "PEX19", "-", "/", "-", "cells", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild-type and PEX19 -/- HCT116 cells stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL were treated with 10 µM valinomycin for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag anti-Tom20 (C) antibodies. In wild-type HCT116 cells, MITOL translocated to peroxisomes, whereas MITOL remained associated with mitochondria in PEX19 -/- cells. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "siRNA", "-", "based", "knockdown", "of", "Pex3", ",", "Pex16", ",", "and", "Pex19", ".", "HeLa", "cell", "lysates", "treated", "with", "the", "indicated", "plasmids", "and", "siRNAs", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) siRNA-based knockdown of Pex3, Pex16, and Pex19. HeLa cell lysates treated with the indicated plasmids and siRNAs were immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "B", ")", "A", "comparable", "amount", "of", "MITOL", "was", "detected", "in", "control", ",", "PEX3", "-", ",", "PEX16", "-", ",", "and", "PEX19", "-", "knockdown", "cells", ".", "HeLa", "cell", "lysates", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "treated", "with", "the", "corresponding", "siRNAs", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) A comparable amount of MITOL was detected in control, PEX3-, PEX16-, and PEX19-knockdown cells. HeLa cell lysates stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL treated with the corresponding siRNAs were immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "C", ")", "MITOL", "translocation", "from", "the", "mitochondria", "to", "peroxisomes", "is", "highly", "dependent", "on", "Pex3", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "3Flag", "-", "MITOL", "and", "HA", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "control", ",", "PEX3", ",", "PEX16", ",", "or", "PEX19", "siRNA", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) MITOL translocation from the mitochondria to peroxisomes is highly dependent on Pex3. HeLa cells stably expressing 3Flag-MITOL and HA-Parkin were transfected with control, PEX3, PEX16, or PEX19 siRNA, treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag and anti-catalase antibodies. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "and", "catalase", "in", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Correlation statistics for the localization of 3Flag-MITOL and catalase in cells transfected with the indicated siRNAs. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "A", ")", "MITOL", "did", "not", "merge", "with", "Hsp60", "in", "control", "siRNA", "-", "treated", "cells", ",", "whereas", "most", "MITOL", "co", "-", "localized", "with", "Hsp60", "in", "p97", "/", "VCP", "knockdown", "cells", "in", "response", "to", "mitophagy", "stimuli", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "3Flag", "-", "MITOL", "and", "HA", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "control", "or", "p97", "/", "VCP", "siRNA", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "catalase", ",", "and", "anti", "-", "Hsp60", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) MITOL did not merge with Hsp60 in control siRNA-treated cells, whereas most MITOL co-localized with Hsp60 in p97/VCP knockdown cells in response to mitophagy stimuli. HeLa cells stably expressing 3Flag-MITOL and HA-Parkin were transfected with control or p97/VCP siRNA, treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag, anti-catalase, and anti-Hsp60 antibodies. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "HeLa", "cell", "lysates", "treated", "with", "control", "or", "p97", "/", "VCP", "siRNA", "were", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "p97", "/", "VCP", "and", "anti", "-", "tubulin", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) HeLa cell lysates treated with control or p97/VCP siRNA were immunoblotted with anti-p97/VCP and anti-tubulin antibodies."}
{"words": ["(", "C", ")", "Overexpression", "of", "an", "p97", "/", "VCP", "ATP", "hydrolysis", "-", "defective", "mutant", ",", "E305Q", "/", "E578Q", "(", "p97QQ", ")", ",", "blocked", "MITOL", "redistribution", "from", "mitochondria", "to", "peroxisomes", ",", "while", "overexpression", "of", "wild", "-", "type", "p97", "/", "VCP", "had", "no", "effect", "on", "MITOL", "redistribution", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "MITOL", "-", "HA", "and", "Flag", "-", "p97", "/", "VCP", "wild", "-", "type", "or", "p97QQ", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "MITOL", "-", "peroxisome", "co", "-", "localization", "that", "was", "only", "observed", "in", "the", "presence", "of", "a", "functional", "VCP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) Overexpression of an p97/VCP ATP hydrolysis-defective mutant, E305Q/E578Q (p97QQ), blocked MITOL redistribution from mitochondria to peroxisomes, while overexpression of wild-type p97/VCP had no effect on MITOL redistribution. HeLa cells stably expressing GFP-Parkin were transfected with MITOL-HA and Flag-p97/VCP wild-type or p97QQ, treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-HA and anti-catalase antibodies. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. Arrowheads indicate representative examples of MITOL-peroxisome co-localization that was only observed in the presence of a functional VCP."}
{"words": ["(", "D", ")", "NMS", "-", "873", ",", "a", "specific", "inhibitor", "of", "p97", "/", "VCP", ",", "prevented", "MITOL", "translocation", "following", "CCCP", "-", "treatment", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "3Flag", "-", "MITOL", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "10", "µM", "NMS", "-", "873", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immuno", "-", "staining", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "catalase", ",", "and", "anti", "-", "HA", "antibodies", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "representative", "examples", "of", "MITOL", "-", "peroxisome", "co", "-", "localization", "that", "was", "only", "observed", "in", "the", "presence", "of", "a", "functional", "VCP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) NMS-873, a specific inhibitor of p97/VCP, prevented MITOL translocation following CCCP-treatment. HeLa cells stably expressing HA-Parkin were transfected with 3Flag-MITOL, treated with 15 µM CCCP in the presence or absence of 10 µM NMS-873 for 3 hours, and then subjected to immuno-staining with anti-Flag, anti-catalase, and anti-HA antibodies. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm. Arrowheads indicate representative examples of MITOL-peroxisome co-localization that was only observed in the presence of a functional VCP."}
{"words": ["(", "E", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "and", "catalase", "in", "the", "presence", "of", "NMS", "-", "873", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Correlation statistics for the localization of 3Flag-MITOL and catalase in the presence of NMS-873. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "A", ")", "MITOL", "was", "ubiquitylated", "only", "in", "the", "presence", "of", "Parkin", "when", "the", "mitochondrial", "membrane", "was", "decreased", ".", "After", "15", "µM", "CCCP", "treatment", "for", "3", "hours", ",", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "magnetic", "beads", ",", "and", "then", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Red", "bars", "indicate", "ubiquitylation", ";", "the", "black", "arrowhead", "indicates", "3Flag", "-", "MITOL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(A) MITOL was ubiquitylated only in the presence of Parkin when the mitochondrial membrane was decreased. After 15 µM CCCP treatment for 3 hours, HeLa cells stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL were immunoprecipitated with anti-Flag magnetic beads, and then immunoblotted with the indicated antibodies. Red bars indicate ubiquitylation; the black arrowhead indicates 3Flag-MITOL."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "characteristic", "ubiquitylation", "ladder", "was", "observed", "for", "wild", "-", "type", "MITOL", ",", "but", "was", "absent", "in", "the", "K268A", "and", "K54A", "/", "K268A", "mutants", ".", "Black", "arrowhead", "indicates", "3Flag", "-", "MITOL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(B) The characteristic ubiquitylation ladder was observed for wild-type MITOL, but was absent in the K268A and K54A/K268A mutants. Black arrowhead indicates 3Flag-MITOL."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "MITOL", "K268A", "and", "K268R", "mutants", "were", "targeted", "to", "mitochondria", "under", "steady", "-", "state", "conditions", ",", "whereas", "peroxisomal", "localization", "following", "CCCP", "treatment", "was", "considerably", "disrupted", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "were", "transfected", "with", "3Flag", "-", "MITOL", "wild", "-", "type", ",", "K268A", ",", "or", "K268R", "mutants", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immuno", "-", "staining", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "catalase", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) The MITOL K268A and K268R mutants were targeted to mitochondria under steady-state conditions, whereas peroxisomal localization following CCCP treatment was considerably disrupted. HeLa cells stably expressing HA-Parkin were transfected with 3Flag-MITOL wild-type, K268A, or K268R mutants, treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immuno-staining with anti-Flag and anti-catalase antibodies. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "double", "K54", "/", "K268", "mutation", "did", "not", "change", "the", "MITOL", "localization", "pattern", ".", "The", "subcellular", "localization", "of", "the", "MITOL", "K268A", "or", "K268R", "mutants", "was", "not", "drastically", "changed", "by", "inclusion", "of", "the", "K54A", "or", "K54R", "mutations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The double K54/K268 mutation did not change the MITOL localization pattern. The subcellular localization of the MITOL K268A or K268R mutants was not drastically changed by inclusion of the K54A or K54R mutations. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "wild", "-", "type", ",", "K268A", ",", "or", "K268R", "mutants", "with", "catalase", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "indicate", "the", "medians", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "in", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "the", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Correlation statistics for the localization of 3Flag-MITOL wild-type, K268A, or K268R mutants with catalase. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines indicate the medians, the box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined in the R software package, and the whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "fold", "change", "in", "ubiquitylation", "of", "MITOL", "K268", ",", "K40", ",", "and", "K54", "in", "valinomycin", "-", "treated", "samples", "versus", "untreated", "samples", ".", "After", "3", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", ",", "PEX19", "-", "/", "-", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "magnetic", "beads", ",", "and", "then", "subjected", "to", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "for", "label", "-", "free", "quantification", "of", "ubiquitylated", "peptides", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "in", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The fold change in ubiquitylation of MITOL K268, K40, and K54 in valinomycin-treated samples versus untreated samples. After 3 hours of valinomycin treatment, PEX19 -/- HCT116 cells stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL were immunoprecipitated with anti-Flag magnetic beads, and then subjected to LC-MS/MS analysis for label-free quantification of ubiquitylated peptides. Error bars represent the mean ± s.e.m in three biological replicates."}
{"words": ["(", "A", ")", "To", "generate", "MITOL", "-", "3Flag", "knock", "-", "in", "(", "KI", ")", "HCT116", "cell", "lines", ",", "3xFlag", "gene", "cassettes", "were", "inserted", "upstream", "of", "the", "MITOL", "stop", "codon", "using", "CRISPR", "/", "Cas9", "-", "based", "gene", "editing", ".", "Insertion", "of", "the", "3Flag", "-", "tag", "was", "verified", "by", "immunoblotting", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "Asterisk", "indicates", "a", "cross", "-", "reacting", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) To generate MITOL-3Flag knock-in (KI) HCT116 cell lines, 3xFlag gene cassettes were inserted upstream of the MITOL stop codon using CRISPR/Cas9-based gene editing. Insertion of the 3Flag-tag was verified by immunoblotting with an anti-Flag antibody. Asterisk indicates a cross-reacting band."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "MITOL", "subcellular", "localization", "was", "observed", "in", "MITOL", "-", "3Flag", "KI", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "catalase", ",", "and", "anti", "-", "Hsp60", "antibodies", ".", "Endogenous", "MITOL", "(", "detectable", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "overlapped", "with", "Hsp60", "under", "steady", "-", "state", "conditions", ",", "whereas", "3", "hours", "of", "valinomycin", "(", "10", "µM", ")", "treatment", "induced", "translocation", "of", "endogenous", "MITOL", "from", "mitochondria", "to", "peroxisomes", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "bottom", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The MITOL subcellular localization was observed in MITOL-3Flag KI HCT116 cells stably expressing HA-Parkin with anti-Flag, anti-catalase, and anti-Hsp60 antibodies. Endogenous MITOL (detectable with an anti-Flag antibody) overlapped with Hsp60 under steady-state conditions, whereas 3 hours of valinomycin (10 µM) treatment induced translocation of endogenous MITOL from mitochondria to peroxisomes. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the bottom panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "endogenous", "MITOL", "-", "3Flag", "with", "catalase", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "show", "the", "medians", ",", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "by", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "the", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Correlation statistics for the localization of endogenous MITOL-3Flag with catalase. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines show the medians, box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined by the R software package, and whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and the X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "extraction", "of", "endogenous", "MITOL", "from", "depolarized", "mitochondria", "is", "blocked", "by", "the", "p97", "/", "VCP", "inhibitor", "NMS", "-", "873", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "lower", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The extraction of endogenous MITOL from depolarized mitochondria is blocked by the p97/VCP inhibitor NMS-873. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the lower panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Correlation", "statistics", "for", "the", "localization", "of", "endogenous", "MITOL", "and", "PMP70", "in", "the", "presence", "of", "NMS", "-", "873", ".", "Dots", "indicate", "individual", "Pearson", "correlation", "coefficient", "data", "points", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "the", "center", "lines", "show", "the", "medians", ",", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "by", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "the", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Correlation statistics for the localization of endogenous MITOL and PMP70 in the presence of NMS-873. Dots indicate individual Pearson correlation coefficient data points. In the box-plots, the center lines show the medians, box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined by the R software package, and whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and the X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "F", ")", "Endogenous", "MITOL", "is", "ubiquitylated", "following", "valinomycin", "treatment", ".", "After", "MITOL", "-", "3Flag", "KI", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "were", "treated", "with", "valinomycin", "for", "3", "hours", ",", "the", "collected", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "magnetic", "beads", ".", "The", "immunoprecipitates", "were", "blotted", "using", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "ubiquitin", "antibodies", ".", "Red", "bars", "indicate", "ubiquitylation", ";", "the", "black", "arrowhead", "indicates", "MITOL", "-", "3Flag", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(F) Endogenous MITOL is ubiquitylated following valinomycin treatment. After MITOL-3Flag KI HCT116 cells stably expressing HA-Parkin were treated with valinomycin for 3 hours, the collected cell lysates were immunoprecipitated with anti-Flag magnetic beads. The immunoprecipitates were blotted using anti-Flag and anti-ubiquitin antibodies. Red bars indicate ubiquitylation; the black arrowhead indicates MITOL-3Flag."}
{"words": ["(", "A", ")", "Distribution", "of", "exogenous", "3Flag", "-", "MITOL", "in", "the", "mitochondria", "‐", "rich", "or", "peroxisome", "-", "rich", "fraction", "following", "cellular", "fractionation", ".", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "3Flag", "-", "MITOL", "were", "subjected", "to", "fractionation", "and", "detected", "using", "anti", "‐", "Tom20", ",", "anti", "‐", "PMP70", ",", "and", "anti", "‐", "Flag", "antibodies", ".", "Tom20", "and", "PMP70", "were", "used", "as", "mitochondrial", "and", "peroxisomal", "markers", ",", "respectively", ".", "The", "3", ",", "000", "g", "and", "100", ",", "000", "g", "pellets", "represent", "the", "mitochondria", "‐", "rich", "and", "peroxisomes", "-", "rich", "fractions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Distribution of exogenous 3Flag-MITOL in the mitochondria‐rich or peroxisome-rich fraction following cellular fractionation. HCT116 cells stably expressing HA-Parkin and 3Flag-MITOL were subjected to fractionation and detected using anti‐Tom20, anti‐PMP70, and anti‐Flag antibodies. Tom20 and PMP70 were used as mitochondrial and peroxisomal markers, respectively. The 3,000 g and 100,000 g pellets represent the mitochondria‐rich and peroxisomes-rich fractions."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "recovery", "ratio", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "between", "the", "mitochondria", "-", "enriched", "(", "3", ",", "000", "g", "pellet", ")", "and", "peroxisome", "-", "enriched", "fraction", "(", "100", ",", "000", "g", "pellet", ")", "following", "valinomycin", "treatment", "for", "the", "indicated", "times", ".", "The", "ratio", "of", "peroxisome", "-", "localized", "3Flag", "-", "MITOL", "to", "mitochondria", "-", "localized", "3Flag", "-", "MITOL", "increased", "with", "valinomycin", "treatment", "for", "3", "hours", ".", "Graphic", "data", "represent", "results", "of", "two", "biological", "replicates", ".", "In", "scatter", "plot", ",", "dots", "indicate", "individual", "data", "points", ".", "Black", "dots", "indicate", "the", "ratio", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "collected", "in", "the", "mitochondria", "-", "enriched", "fractions", ",", "and", "red", "dots", "are", "the", "ratio", "of", "3Flag", "-", "MITOL", "collected", "in", "the", "peroxisome", "-", "enriched", "fractions", ".", "Mean", "values", "are", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The recovery ratio of 3Flag-MITOL between the mitochondria-enriched (3,000 g pellet) and peroxisome-enriched fraction (100,000 g pellet) following valinomycin treatment for the indicated times. The ratio of peroxisome-localized 3Flag-MITOL to mitochondria-localized 3Flag-MITOL increased with valinomycin treatment for 3 hours. Graphic data represent results of two biological replicates. In scatter plot, dots indicate individual data points. Black dots indicate the ratio of 3Flag-MITOL collected in the mitochondria-enriched fractions, and red dots are the ratio of 3Flag-MITOL collected in the peroxisome-enriched fractions. Mean values are also shown."}
{"words": ["Distribution", "of", "endogenous", "MITOL", "in", "the", "mitochondria", "‐", "rich", "or", "peroxisome", "-", "rich", "fraction", "following", "cellular", "fractionation", ".", "The", "distribution", "of", "endogenous", "MITOL", "was", "examined", "using", "MITOL", "-", "3Flag", "knock", "-", "in", "HCT116", "cells", ".", "Treatment", "of", "cells", "with", "valinomycin", "for", "3", "hours", "reduced", "the", "amount", "of", "endogenous", "MITOL", "in", "the", "mitochondria", "-", "enriched", "fraction", ",", "but", "concomitantly", "increased", "endogenous", "MITOL", "in", "the", "peroxisomes", "-", "enriched", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of endogenous MITOL in the mitochondria‐rich or peroxisome-rich fraction following cellular fractionation. The distribution of endogenous MITOL was examined using MITOL-3Flag knock-in HCT116 cells. Treatment of cells with valinomycin for 3 hours reduced the amount of endogenous MITOL in the mitochondria-enriched fraction, but concomitantly increased endogenous MITOL in the peroxisomes-enriched fraction."}
{"words": ["Distribution", "of", "endogenous", "MITOL", "in", "the", "mitochondria", "‐", "rich", "or", "peroxisome", "-", "rich", "fraction", "following", "cellular", "fractionation", ".", "The", "distribution", "of", "endogenous", "MITOL", "was", "examined", "using", "MITOL", "-", "3Flag", "knock", "-", "in", "HCT116", "cells", ".", "Graphic", "data", "represent", "results", "of", "two", "biological", "replicates", ".", "In", "scatter", "plot", ",", "dots", "indicate", "individual", "data", "points", ".", "Black", "dots", "indicate", "the", "ratio", "of", "MITOL", "-", "3Flag", "collected", "in", "mitochondria", "-", "enriched", "fractions", ",", "and", "red", "dots", "are", "the", "ratio", "of", "MITOL", "-", "3Flag", "collected", "in", "the", "peroxisome", "-", "enriched", "fractions", ".", "Mean", "values", "are", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of endogenous MITOL in the mitochondria‐rich or peroxisome-rich fraction following cellular fractionation. The distribution of endogenous MITOL was examined using MITOL-3Flag knock-in HCT116 cells. Graphic data represent results of two biological replicates. In scatter plot, dots indicate individual data points. Black dots indicate the ratio of MITOL-3Flag collected in mitochondria-enriched fractions, and red dots are the ratio of MITOL-3Flag collected in the peroxisome-enriched fractions. Mean values are also shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "wild", "type", "3Flag", "-", "MITOL", "or", "3Flag", "-", "MITOL", "lacking", "C", "-", "terminal", "8", "amino", "acids", "(", "∆", "C8", ")", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "PMP70", "antibodies", ".", "Expanded", "peroxisomes", "were", "observed", "in", "MITOL", "∆", "C8", "-", "expressing", "cells", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells expressing HA-Parkin and wild type 3Flag-MITOL or 3Flag-MITOL lacking C-terminal 8 amino acids (∆C8) were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag and anti-PMP70 antibodies. Expanded peroxisomes were observed in MITOL∆C8-expressing cells. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "3Flag", "-", "MITOL", "∆", "C8", "with", "the", "E3", "-", "inactive", "Cys65Ser", "/", "Cys68Ser", "(", "CS", ")", "and", "H43W", "mutations", "were", "transfected", "into", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "HA", "-", "Parkin", ",", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "PMP70", "antibodies", ".", "After", "3", "hours", "of", "CCCP", "treatment", ",", "both", "the", "CS", "and", "H43W", "mutants", "localized", "on", "peroxisomes", "but", "expansion", "was", "not", "observed", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) 3Flag-MITOL∆C8 with the E3-inactive Cys65Ser/Cys68Ser (CS) and H43W mutations were transfected into HeLa cells stably expressing HA-Parkin, treated with 15 µM CCCP, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag and anti-PMP70 antibodies. After 3 hours of CCCP treatment, both the CS and H43W mutants localized on peroxisomes but expansion was not observed. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "HeLa", "cells", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "MITOL", "wild", "-", "type", "or", "∆", "C8", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "the", "number", "of", "peroxisomes", "was", "counted", "as", "PMP70", "-", "positive", "dots", "per", "100", "μm2", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "dots", "indicate", "individual", "data", "points", ",", "the", "center", "lines", "show", "the", "medians", ",", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "by", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "the", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "abundance", "of", "peroxisomes", "in", "cells", "expressing", "MITOL", "∆", "C8", "was", "significantly", "decreased", "as", "compared", "with", "cells", "expressing", "wild", "-", "type", "MITOL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) HeLa cells expressing HA-Parkin and MITOL wild-type or ∆C8 were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and the number of peroxisomes was counted as PMP70-positive dots per 100 μm2. In the box-plots, dots indicate individual data points, the center lines show the medians, box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined by the R software package, and whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and the X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test. The abundance of peroxisomes in cells expressing MITOL∆C8 was significantly decreased as compared with cells expressing wild-type MITOL."}
{"words": ["(", "D", ")", "MITOL", "∆", "C8", "causes", "a", "drastic", "expansion", "of", "peroxisomes", "following", "CCCP", "treatment", ".", "HeLa", "cells", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "wild", "-", "type", "or", "∆", "C8", "MITOL", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "the", "approximate", "size", "of", "peroxisomes", "was", "determined", "as", "the", "number", "of", "pixels", "occupied", "by", "one", "peroxisome", ".", "The", "PMP70", "-", "positive", "pixels", "per", "100", "µm2", "were", "divided", "by", "the", "number", "of", "peroxisomes", "in", "the", "same", "area", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", ",", "dots", "indicate", "individual", "data", "points", ",", "the", "center", "lines", "show", "the", "medians", ",", "box", "limits", "indicate", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "as", "determined", "by", "the", "R", "software", "package", ",", "and", "whiskers", "extend", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "Means", "and", "the", "number", "of", "samples", "are", "shown", "on", "the", "box", "and", "the", "X", "-", "axis", ",", "respectively", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "a", "one", "-", "tailed", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) MITOL∆C8 causes a drastic expansion of peroxisomes following CCCP treatment. HeLa cells expressing HA-Parkin and wild-type or ∆C8 MITOL were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and the approximate size of peroxisomes was determined as the number of pixels occupied by one peroxisome. The PMP70-positive pixels per 100 µm2 were divided by the number of peroxisomes in the same area. In the box-plots, dots indicate individual data points, the center lines show the medians, box limits indicate the 25th and 75th percentiles as determined by the R software package, and whiskers extend 1.5 times the interquartile range from the 25th and 75th percentiles. Means and the number of samples are shown on the box and the X-axis, respectively. Statistical significance was calculated using a one-tailed Welch's t-test."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "HeLa", "cells", "expressing", "HA", "-", "Parkin", "and", "MITOL", "∆", "C8", "(", "A", ")", "or", "MITOL", "∆", "C8", "lacking", "E3", "activity", "(", "B", ")", "were", "treated", "with", "15", "µM", "CCCP", "for", "3", "hours", ",", "and", "then", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "anti", "-", "ubiquitin", "antibodies", ".", "Expanded", "peroxisomes", "were", "ubiquitylated", "upon", "E3", "activity", "of", "MITOL", ".", "Higher", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "are", "shown", "in", "the", "small", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) HeLa cells expressing HA-Parkin and MITOL∆C8 (A) or MITOL∆C8 lacking E3 activity (B) were treated with 15 µM CCCP for 3 hours, and then subjected to immunocytochemistry with anti-Flag and anti-ubiquitin antibodies. Expanded peroxisomes were ubiquitylated upon E3 activity of MITOL. Higher magnification images of the boxed regions are shown in the small panel. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["T", "cell", "interface", "actin", "(", "phalloidin", ")", "re", "-", "organization", "during", "synapse", "symmetry", "breaking", ",", "imaged", "using", "SIM", ".", "Quantification", "of", "the", "shape", "elongation", "(", "AR", ";", "B", ",", "n", "=", "44", "for", "5", "'", ",", "39", "for", "20", "'", ")", ",", "or", "relative", "fluorescence", "signal", "of", "the", "indicated", "proteins", "in", "the", "SIM", "images", "(", "C", ",", "D", ")", "normalized", "to", "the", "mean", "of", "values", "at", "5", "'", ";", "points", "represent", "values", "for", "individual", "cells", ".", "Arrowheads", "in", "(", "C", ")", "indicate", "foci", ".", "p", "values", "are", ":", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "for", "AR", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "003", "for", "foci", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "008", "for", "talin", ",", "and", "p", "=", "0", ".", "36", "for", "total", "F", "-", "actin", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", ".", "Relationship", "between", "AR", "and", "foci", "at", "individual", "cell", "level", ",", "each", "point", "in", "the", "scatter", "plot", "represents", "value", "obtained", "from", "a", "single", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "T cell interface actin (phalloidin) re-organization during synapse symmetry breaking, imaged using SIM. Quantification of the shape elongation (AR; B, n= 44 for 5', 39 for 20'), or relative fluorescence signal of the indicated proteins in the SIM images (C, D) normalized to the mean of values at 5'; points represent values for individual cells. Arrowheads in (C) indicate foci. p values are: ***P< 0.0001 for AR, **P =0.003 for foci, **P= 0.008 for talin, and p =0.36 for total F-actin using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment. Relationship between AR and foci at individual cell level, each point in the scatter plot represents value obtained from a single cell."}
{"words": ["Integrin", "augmentation", "does", "not", "rescue", "synapse", "symmetry", "breaking", ".", "Cells", "were", "allowed", "to", "adhere", "to", "the", "APS", "for", "5", "'", "or", "10", "'", ",", "and", "were", "then", "treated", "with", "vehicle", "control", ",", "0", ".", "5mM", "MnCl2", "or", "100nM", "A286982", "for", "subsequent", "10", "'", ".", "Cells", "were", "fixed", ",", "stained", "with", "phalloidin", "and", "anti", "-", "Talin", "antibody", ",", "and", "imaged", "using", "SIM", "(", "F", ")", "and", "analyzed", "for", "AR", "(", "G", ")", "as", "well", "as", "talin", ",", "total", "F", "-", "actin", "and", "actin", "foci", "at", "the", "synapse", "(", "H", ")", ".", "In", "(", "E", "-", "H", ")", ",", "n", "for", "5", "'", "=", "40", ",", "for", "20", "'", "=", "62", ",", "for", "MnCl2", "=", "59", ",", "for", "A286982", "=", "53", ".", "The", "values", "in", "the", "plots", "represent", "the", "intensity", "values", "normalized", "to", "the", "mean", "of", "5", "'", "in", "each", "set", ".", "p", "values", "in", "the", "graph", ",", "n", ".", "s", ".", ">", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "009", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Integrin augmentation does not rescue synapse symmetry breaking. Cells were allowed to adhere to the APS for 5' or 10', and were then treated with vehicle control, 0.5mM MnCl2 or 100nM A286982 for subsequent 10'. Cells were fixed, stained with phalloidin and anti-Talin antibody, and imaged using SIM (F) and analyzed for AR (G) as well as talin, total F-actin and actin foci at the synapse (H). In (E-H), n for 5'= 40, for 20'= 62, for MnCl2= 59, for A286982= 53. The values in the plots represent the intensity values normalized to the mean of 5' in each set. p values in the graph, n.s. > 0.05; ***P <0.001; *P= 0.01; **P<0.009 using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment."}
{"words": ["Time", "-", "lapse", "imaging", "of", "LifeAct", "-", "GFP", "expressing", "T", "cell", "using", "Lattice", "lightsheet", "microscopy", "(", "LLSM", ")", "during", "synapse", "polarization", ".", "Shown", "are", "snapshots", "at", "selected", "timepoints", "(", "left", ")", "and", "a", "kymograph", "of", "actin", "foci", "(", "denoted", "by", "arrows", "in", "the", "first", "image", "panel", ")", "over", "time", "(", "right", ")", "for", "a", "representative", "T", "cell", ".", "Quantification", "of", "changes", "in", "actin", "foci", "and", "cellular", "aspect", "ratio", "in", "LLSM", "images", "during", "symmetry", "breaking", ".", "The", "values", "in", "the", "plot", "are", "the", "raw", "values", "normalized", "to", "their", "mean", "in", "each", "case", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time-lapse imaging of LifeAct-GFP expressing T cell using Lattice lightsheet microscopy (LLSM) during synapse polarization. Shown are snapshots at selected timepoints (left) and a kymograph of actin foci (denoted by arrows in the first image panel) over time (right) for a representative T cell. Quantification of changes in actin foci and cellular aspect ratio in LLSM images during symmetry breaking. The values in the plot are the raw values normalized to their mean in each case."}
{"words": ["T", "cells", "incubated", "with", "APS", "for", "the", "indicated", "time", "periods", "were", "processed", "for", "phalloidin", "-", "or", "immune", "-", "staining", "(", "C", ",", "D", ")", "Graph", "in", "(", "D", ")", "shows", "relative", "levels", "of", "total", "and", "active", "WASP", "(", "WASP", "-", "phosphorylated", "at", "Y293", ",", "pWASP", ")", ",", "normalized", "to", "the", "mean", "levels", "at", "5", "'", ";", "for", "pWASP", "n", "in", "5", "'", "=", "49", ",", "in", "20", "'", "=", "44", ";", "for", "WASP", ",", "n", "in", "5", "'", "=", "56", ",", "20", "'", "=", "56", ".", "P", "values", ",", "P", "*", "*", "=", "0", ".", "0027", "for", "pWASP", "and", "P", "*", "*", "=", "0", ".", "0035", "for", "WASP", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", ".", "The", "scatterplot", "in", "(", "D", ")", "shows", "the", "relationship", "between", "active", "WASP", "and", "foci", "on", "a", "per", "cell", "basis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "T cells incubated with APS for the indicated time periods were processed for phalloidin- or immune-staining (C, D) Graph in (D) shows relative levels of total and active WASP (WASP-phosphorylated at Y293, pWASP), normalized to the mean levels at 5'; for pWASP n in 5'= 49, in 20'= 44; for WASP, n in 5'= 56, 20'= 56. P values, P**= 0.0027 for pWASP and P**= 0.0035 for WASP using Mann-Whitney two-tailed test. The scatterplot in (D) shows the relationship between active WASP and foci on a per cell basis."}
{"words": ["T", "cells", "incubated", "with", "APS", "for", "the", "indicated", "time", "periods", "were", "processed", "for", "for", "western", "blotting", "(", "E", ")", ".", "Numbers", "in", "the", "graph", "in", "(", "E", ")", "indicate", "WASP", "band", "intensity", "divided", "by", "the", "actin", "band", "intensity", ",", "and", "resulting", "ratios", "normalized", "to", "the", "values", "at", "the", "0", "'", "time", "point", "(", "non", "-", "activated", "cells", ")", ",", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "P", "value", "*", "=", "0", ".", "025", ",", "using", "paired", "two", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "T cells incubated with APS for the indicated time periods were processed for for western blotting (E). Numbers in the graph in (E) indicate WASP band intensity divided by the actin band intensity, and resulting ratios normalized to the values at the 0' time point (non-activated cells), from three independent experiments (n=3). P value *= 0.025, using paired two tailed t-test."}
{"words": ["Actin", "dynamics", "in", "mature", "synapse", "of", "LifeAct", "-", "GFP", "expressing", "T", "cell", "using", "TIRFM", ".", "The", "images", "show", "the", "foci", "(", "pseudocolored", "red", ")", "extracted", "from", "the", "total", "synaptic", "F", "-", "actin", "(", "F", "-", "G", ")", ",", "and", "kymograph", "shows", "the", "time", "course", "of", "foci", "and", "lamellar", "activity", "over", "a", "period", "of", "210", "sec", ".", "Histograms", "of", "foci", "and", "lamellar", "protrusion", "and", "retraction", "(", "fluctuations", ")", "dynamics", "in", "WT", "T", "cell", "(", "H", ")", ";", "Lifetime", "of", "individual", "foci", "and", "lamellar", "events", "(", "graph", "on", "the", "bottom", "right", ",", "each", "dot", "represents", "a", "single", "foci", "/", "lamellar", "protrusion", "-", "retraction", "event", "n", "=", "126", "for", "foci", "and", "n", "=", "77", "for", "lamellar", "protrusions", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Actin dynamics in mature synapse of LifeAct-GFP expressing T cell using TIRFM. The images show the foci (pseudocolored red) extracted from the total synaptic F-actin (F-G), and kymograph shows the time course of foci and lamellar activity over a period of 210 sec. Histograms of foci and lamellar protrusion and retraction (fluctuations) dynamics in WT T cell (H); Lifetime of individual foci and lamellar events (graph on the bottom right, each dot represents a single foci/lamellar protrusion-retraction event n= 126 for foci and n= 77 for lamellar protrusions). ***P<0.0001 using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment."}
{"words": ["Kymograph", "of", "the", "lamellar", "activity", "of", "WASP", "-", "deficient", "cells", "that", "lack", "actin", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Kymograph of the lamellar activity of WASP-deficient cells that lack actin foci."}
{"words": ["Foci", "-", "deficient", "cells", "display", "poor", "traction", "forces", "in", "their", "synapse", ".", "WT", "or", "WASP", "-", "/", "-", "T", "cells", "were", "incubated", "on", "polyacrylamide", "substrates", "covalently", "functionalized", "with", "anti", "-", "CD3", "and", "ICAM1", ",", "and", "traction", "force", "measurements", "were", "carried", "out", "as", "described", "in", "'", "Methods", "'", ".", "The", "images", "in", "the", "right", "show", "traction", "force", "maps", "without", "(", "left", "panels", ")", "or", "with", "(", "right", "panels", ")", "force", "vectors", ".", "p", "value", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "005", "as", "determined", "by", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", ",", "n", "=", "9", "and", "11", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Foci -deficient cells display poor traction forces in their synapse. WT or WASP-/- T cells were incubated on polyacrylamide substrates covalently functionalized with anti-CD3 and ICAM1, and traction force measurements were carried out as described in 'Methods'. The images in the right show traction force maps without (left panels) or with (right panels) force vectors. p value, **P<0.005 as determined by using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment, n = 9 and 11."}
{"words": ["SIM", "imaging", "of", "WT", "or", "WASP", "-", "/", "-", "T", "cells", "activated", "by", "APS", "for", "5", "'", ".", "The", "graphs", "show", "quantification", "of", "actin", "foci", "(", "derived", "from", "phalloidin", "staining", ")", ",", "pCasL", "and", "talin", "levels", "in", "the", "synapse", "normalized", "to", "the", "'", "WT", "'", "mean", "value", "in", "each", "case", "(", "Middle", "graph", ";", "in", "the", "case", "of", "foci", ",", "n", "=", "63", "for", "WT", "and", "86", "for", "WASP", "-", "/", "-", ";", "in", "the", "case", "of", "pCasL", "n", "=", "63", "for", "WT", "and", "78", "for", "WASP", "-", "/", "-", ";", "in", "the", "case", "of", "Talin", ",", "n", "=", "59", "for", "WT", "and", "73", "for", "WASP", "-", "/", "-", ";", "in", "the", "case", "of", "AR", ",", "n", "=", "46", "for", "WT", "and", "42", "for", "WASP", "-", "/", "-", ")", ";", "right", "graph", "shows", "AR", "measurement", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "p", "value", "for", "talin", "*", "P", "=", "0", ".", "07", ",", "as", "determined", "by", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SIM imaging of WT or WASP-/- T cells activated by APS for 5'. The graphs show quantification of actin foci (derived from phalloidin staining), pCasL and talin levels in the synapse normalized to the 'WT' mean value in each case (Middle graph; in the case of foci, n= 63 for WT and 86 for WASP-/-; in the case of pCasL n= 63 for WT and 78 for WASP-/-; in the case of Talin, n= 59 for WT and 73 for WASP-/-; in the case of AR, n= 46 for WT and 42 for WASP-/-); right graph shows AR measurement. ***P <0.0001; p value for talin *P=0.07, as determined by using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment."}
{"words": ["Human", "WAS", "patient", "CD4", "+", "T", "cells", "-", "APC", "conjugates", "display", "synapse", "symmetry", "defects", "similar", "to", "those", "observed", "in", "mouse", "WASP", "-", "/", "-", "CD4", "+", "T", "cells", ".", "CD4", "+", "T", "cells", "purified", "from", "healthy", "controls", "or", "WAS", "patients", "were", "incubated", "with", "superantigen", "loaded", "HUVEC", "cells", "for", "5", "'", "(", "APC", ";", "see", "'", "Methods", "'", ")", "and", "imaged", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Each", "image", "represents", "a", "maximum", "intensity", "projection", "of", "the", "synaptic", "area", ".", "Graph", "in", "the", "middle", "shows", "values", "normalized", "to", "the", "mean", "value", "of", "the", "'", "Healthy", "'", "case", ".", "In", "the", "case", "of", "'", "actin", "'", "and", "'", "actin", "foci", "'", ",", "n", "=", "87", "for", "healthy", "and", "n", "=", "63", "for", "WAS", ";", "in", "the", "case", "of", "pCasL", ",", "n", "=", "56", "for", "healthy", "and", "n", "=", "21", "for", "WAS", ";", "for", "'", "AR", "'", "graph", ",", "n", "=", "88", "for", "healthy", "and", "n", "=", "63", "for", "WAS", "case", ".", "P", "values", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "P", "=", "0", ".", "09", ",", "as", "determined", "by", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "between", "populations", "of", "cells", "within", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human WAS patient CD4+T cells- APC conjugates display synapse symmetry defects similar to those observed in mouse WASP-/- CD4+ T cells. CD4+T cells purified from healthy controls or WAS patients were incubated with superantigen loaded HUVEC cells for 5' (APC; see 'Methods') and imaged using confocal microscopy. Each image represents a maximum intensity projection of the synaptic area. Graph in the middle shows values normalized to the mean value of the 'Healthy' case. In the case of 'actin' and 'actin foci', n= 87 for healthy and n= 63 for WAS; in the case of pCasL, n=56 for healthy and n= 21 for WAS; for 'AR' graph, n= 88 for healthy and n= 63 for WAS case. P values; ***P <0.001; n.s. P=0.09, as determined by using Mann-Whitney two-tailed test between populations of cells within the same experiment."}
{"words": ["Simulation", "of", "T", "cell", "IS", "F", "-", "actin", "behavior", "and", "resultant", "mechanical", "tension", "incorporating", "the", "differential", "dynamics", "and", "positioning", "of", "foci", "and", "lamella", "across", "the", "synaptic", "interface", ",", "using", "Brownian", "dynamics", "equation", "with", "no", "inertia", "(", "see", "'", "Methods", "'", ")", ".", "The", "images", "show", "simulation", "snapshots", "at", "the", "beginning", "(", "0", "min", ";", "soon", "after", "the", "attachment", "and", "spreading", "of", "T", "cells", "on", "the", "substrates", ")", "and", "the", "end", "of", "the", "simulations", "for", "the", "three", "IS", "cases", "-", "with", "persistent", "foci", "(", "WT", ",", "left", "most", "panels", ")", ",", "with", "no", "foci", "(", "WASP", "-", "/", "-", ",", "middle", "right", "panels", ")", ",", "and", "with", "WASP", "and", "consequently", "foci", "downregulated", "after", "a", "period", "of", "synapse", "maturation", "(", "WT", "transitional", ")", ".", "The", "colors", "in", "the", "images", "indicate", "myosin", "II", "motor", "(", "pseudocolored", "teal", ")", ",", "F", "-", "actin", "crosslinking", "proteins", "(", "pseudocolored", "yellow", ")", ",", "and", "the", "F", "-", "actin", "filaments", "(", "pseudocolored", "blue", "for", "the", "low", "tension", "and", "the", "red", "for", "thigh", "tension", "actin", "filaments", ")", ";", "middle", "left", "image", "panels", "show", "the", "distribution", "of", "the", "aforementioned", "proteins", "at", "individual", "foci", "site", "at", "a", "higher", "magnification", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Simulation of T cell IS F-actin behavior and resultant mechanical tension incorporating the differential dynamics and positioning of foci and lamella across the synaptic interface, using Brownian dynamics equation with no inertia (see 'Methods'). The images show simulation snapshots at the beginning (0 min; soon after the attachment and spreading of T cells on the substrates) and the end of the simulations for the three IS cases - with persistent foci (WT, left most panels), with no foci (WASP-/-, middle right panels), and with WASP and consequently foci downregulated after a period of synapse maturation (WT transitional). The colors in the images indicate myosin II motor (pseudocolored teal), F-actin crosslinking proteins (pseudocolored yellow), and the F-actin filaments (pseudocolored blue for the low tension and the red for thigh tension actin filaments); middle left image panels show the distribution of the aforementioned proteins at individual foci site at a higher magnification."}
{"words": ["Predicted", "stress", "(", "tension", "normalized", "to", "the", "area", ")", "profiles", "within", "the", "cytoskeletal", "architecture", "as", "the", "synaptic", "contact", "progresses", "in", "time", ",", "corresponding", "to", "the", "three", "cases", "shown", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Predicted stress (tension normalized to the area) profiles within the cytoskeletal architecture as the synaptic contact progresses in time, corresponding to the three cases shown in (D)."}
{"words": ["Live", "imaging", "of", "a", "T", "cell", "using", "SIM", "shows", "the", "inter", "-", "foci", "connections", "(", "arrows", "in", "the", "inset", ")", "as", "predicted", "in", "the", "simulations", ";", "and", "their", "loss", "concomitant", "with", "loss", "of", "actin", "foci", ",", "as", "the", "T", "cell", "polarizes", "to", "initiate", "motility", "(", "compare", "insets", "between", "0", "and", "120", "sec", ")", ".", "'", "0", "sec", "'", "refers", "to", "the", "beginning", "of", "the", "observation", "of", "the", "cell", ",", "after", "it", "has", "attached", "to", "the", "substrate", ",", "spread", "and", "maintained", "synapse", "for", "12", "min", ".", "Scale", "bar", ",", "5µm", "in", "main", "images", "and", "1", ".", "5μm", "in", "the", "magnified", "insets", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Live imaging of a T cell using SIM shows the inter-foci connections (arrows in the inset) as predicted in the simulations; and their loss concomitant with loss of actin foci, as the T cell polarizes to initiate motility (compare insets between 0 and 120 sec). '0 sec' refers to the beginning of the observation of the cell, after it has attached to the substrate, spread and maintained synapse for 12 min. Scale bar, 5µm in main images and 1.5μm in the magnified insets."}
{"words": ["Ultrastructural", "visualization", "of", "detergent", "extracted", "WT", "and", "WASP", "-", "/", "-", "T", "cell", "synaptic", "cytoskeleton", "using", "platinum", "replica", "electron", "microscopy", "(", "top", "images", ")", ".", "Each", "image", "shows", "individual", "synapse", ",", "dark", "zone", "in", "the", "middle", "of", "the", "synapse", "represents", "cell", "nucleus", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5μm", ".", "The", "bottom", "left", "micrograph", "is", "the", "magnified", "inset", "from", "WT", "synapse", "and", "shows", "actin", "foci", "(", "identified", "as", "globular", "cluster", "of", "short", "filaments", "in", "the", "inset", ",", "marked", "with", "arrows", ")", "-", "dependent", "interconnected", "cytoskeletal", "architecture", "that", "is", "associated", "with", "synapse", "symmetry", "as", "predicted", "in", "the", "model", ",", "and", "is", "lacking", "in", "the", "WASP", "-", "/", "-", "cell", "synapse", "(", "bottom", "right", "micrograph", "-", "magnified", "inset", "from", "WASP", "-", "/", "-", "synapse", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "1μm", ".", "This", "experiment", "was", "repeated", "at", "least", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ultrastructural visualization of detergent extracted WT and WASP-/- T cell synaptic cytoskeleton using platinum replica electron microscopy (top images). Each image shows individual synapse, dark zone in the middle of the synapse represents cell nucleus. Scale bar, 2.5μm. The bottom left micrograph is the magnified inset from WT synapse and shows actin foci (identified as globular cluster of short filaments in the inset, marked with arrows)-dependent interconnected cytoskeletal architecture that is associated with synapse symmetry as predicted in the model, and is lacking in the WASP-/- cell synapse (bottom right micrograph- magnified inset from WASP-/- synapse). Scale bars, 1μm.This experiment was repeated at least twice with similar results."}
{"words": ["Schematic", "of", "the", "cytoskeletal", "inhibitors", "and", "their", "targets", "used", "in", "the", "experiments", ".", "SIM", "imaging", "of", "mouse", "T", "cells", "activated", "for", "5", "'", "on", "APS", ",", "then", "treated", "with", "the", "indicated", "inhibitors", "or", "vehicle", "control", ".", "Shown", "are", "the", "representative", "SIM", "images", "(", "B", ")", ",", "and", "quantification", "of", "actin", "foci", "(", "from", "the", "phalloidin", "images", ")", ",", "talin", ",", "or", "pCasL", "in", "the", "contact", "interface", "(", "normalized", "to", "the", "mean", "value", "in", "the", "control", "case", ",", "C", ")", ",", "and", "measured", "cell", "morphology", "aspect", "ratios", "(", "D", ",", "E", ")", ".", "Since", "CK666", "treatment", "reduces", "F", "-", "actin", "intensity", "Kumari", "et", "al", ".", ",", "2015", "(", ")", ",", "the", "'", "actin", "'", "image", "of", "the", "CK666", "treated", "cell", "in", "(", "B", ")", "was", "contrasted", "differently", "than", "the", "'", "control", "'", "and", "'", "Blebb", ".", "'", "cases", "for", "a", "clearer", "visualization", "of", "F", "-", "actin", ".", "p", "values", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "02", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "001", ",", "n", ".", "s", ".", ">", "0", ".", "05", ".", "For", "the", "rest", "of", "the", "comparisons", "between", "the", "control", "and", "treatment", "cases", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "For", "the", "bar", "graph", "in", "(", "B", ")", ",", "n", "for", "foci", "groups", "are", "214", ",", "83", ",", "92", ",", "98", ";", "for", "pCasL", "groups", "are", "100", ",", "68", ",", "91", ",", "92", ";", "and", "for", "Talin", "groups", "are", "102", ",", "70", ",", "89", ",", "93", "respectively", ".", "p", "value", "for", "the", "n", ".", "s", ".", "cases", "is", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "02", ".", "In", "the", "foci", ",", "pCasL", "and", "talin", "groups", ",", "when", "not", "indicated", ",", "the", "p", "values", "are", "<", "0", ".", "0001", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", ".", "Central", "values", "in", "the", "graphs", "represent", "Mean", "and", "error", "bars", "represent", "±", "SEM", ".", "These", "experiments", "were", "repeated", "at", "least", "thrice", "with", "similar", "results", ".", "Scale", "bar", ",", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Schematic of the cytoskeletal inhibitors and their targets used in the experiments. SIM imaging of mouse T cells activated for 5' on APS, then treated with the indicated inhibitors or vehicle control. Shown are the representative SIM images (B), and quantification of actin foci (from the phalloidin images), talin, or pCasL in the contact interface (normalized to the mean value in the control case, C), and measured cell morphology aspect ratios (D, E). Since CK666 treatment reduces F-actin intensity Kumari et al., 2015(), the 'actin' image of the CK666 treated cell in (B) was contrasted differently than the 'control' and 'Blebb.' cases for a clearer visualization of F-actin. p values, *P =0.02, **P =0.001, n.s. >0.05. For the rest of the comparisons between the control and treatment cases, p <0.0001. For the bar graph in (B), n for foci groups are 214, 83, 92, 98; for pCasL groups are 100, 68, 91, 92; and for Talin groups are 102, 70, 89, 93 respectively. p value for the n.s. cases is > 0.05, *P =0.02. In the foci, pCasL and talin groups, when not indicated, the p values are <0.0001 using Mann-Whitney two-tailed test. Central values in the graphs represent Mean and error bars represent ± SEM. These experiments were repeated at least thrice with similar results. Scale bar, 5µm."}
{"words": ["Simulation", "of", "synaptic", "F", "-", "actin", "network", "following", "localized", "myosin", "inactivation", "and", "inactivated", "myosin", "-", "mediated", "F", "-", "actin", "cross", "-", "linking", "within", "the", "area", "marked", "with", "dotted", "line", "in", "the", "left", "image", ".", "The", "graph", "shows", "the", "predicted", "alteration", "in", "mechanical", "stress", "profile", ",", "as", "myosin", "is", "inactivated", "crosslinked", "in", "the", "defined", "region", "(", "marked", "by", "an", "arrow", ")", ",", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Simulation of synaptic F-actin network following localized myosin inactivation and inactivated myosin-mediated F-actin cross-linking within the area marked with dotted line in the left image. The graph shows the predicted alteration in mechanical stress profile, as myosin is inactivated crosslinked in the defined region (marked by an arrow), (G)."}
{"words": ["Experimental", "confirmation", "of", "localized", "actomyosin", "crosslinking", "and", "symmetry", "breaking", ".", "LifeAct", "-", "GFP", "expressing", "T", "cells", "were", "incubated", "with", "activating", "substrates", ",", "treated", "with", "vehicle", "control", "or", "1µM", "Azido", "-", "blebb", "and", "their", "contact", "interface", "imaged", "using", "low", "excitation", "laser", "power", "(", "0", ".", "5", "mW", ")", ",", "using", "a", "spinning", "disc", "confocal", "microscope", "(", "H", ")", ".", "The", "montage", "shows", "the", "shape", "change", "and", "movement", "that", "synapse", "undergoes", "after", "it", "is", "exposed", "to", "a", "brief", "flash", "of", "blue", "light", "crosslinking", "Azido", "-", "Blebb", "and", "actomyosin", "network", "within", "the", "illuminated", "area", "(", "shown", "with", "a", "box", "in", "the", "image", ")", ".", "The", "deflection", "in", "center", "of", "mass", "(", "COM", ")", "within", "a", "minute", "was", "calculated", "and", "plotted", "for", "at", "least", "10", "cells", "in", "each", "case", "(", "graphs", "in", "I", ")", ".", "The", "left", "graphs", "in", "(", "I", ")", "show", "individual", "COM", "trajectory", ",", "and", "the", "graph", "on", "the", "right", "shows", "average", "COM", "movement", "of", "cells", "within", "a", "minute", "post", "photo", "-", "inactivation", "of", "myosinII", ".", "This", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", ".", "Scale", "bar", ",", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Experimental confirmation of localized actomyosin crosslinking and symmetry breaking. LifeAct-GFP expressing T cells were incubated with activating substrates, treated with vehicle control or 1µM Azido-blebb and their contact interface imaged using low excitation laser power (0.5 mW), using a spinning disc confocal microscope (H). The montage shows the shape change and movement that synapse undergoes after it is exposed to a brief flash of blue light crosslinking Azido-Blebb and actomyosin network within the illuminated area (shown with a box in the image). The deflection in center of mass (COM) within a minute was calculated and plotted for at least 10 cells in each case (graphs in I). The left graphs in (I) show individual COM trajectory, and the graph on the right shows average COM movement of cells within a minute post photo-inactivation of myosinII. This experiment was repeated twice with similar results. Scale bar, 5µm."}
{"words": ["T", "cells", "were", "activated", "using", "Alexa568", "-", "2C11", "and", "ICAM1", "reconstituted", "lipid", "bilayers", "for", "5", "min", ",", "fixed", ",", "stained", "with", "phalloidin", "and", "imaged", "using", "SIM", ".", "In", "the", "graph", ",", "n", "=", "50", "for", "WT", "and", "61", "for", "WASP", "-", "/", "-", ",", "P", "value", ",", "P", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0001", ",", "obtained", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", ".", "The", "graphs", "in", "(", "B", ")", "show", "synaptic", "levels", "of", "indicated", "proteins", ",", "normalized", "to", "the", "mean", "levels", "of", "'", "+", "WASP", "'", "in", "each", "case", ".", "For", "the", "left", "graph", ",", "n", "=", "48", ",", "46", ",", "52", ",", "46", "respectively", ",", "and", "p", "value", ",", "P", "*", "=", "0", ".", "03", ".", "For", "the", "right", "graph", ",", "n", "=", "50", "for", "WT", "and", "n", "=", "61", "for", "WASP", "-", "/", "-", "in", "'", "Actin", "'", ",", "'", "Foci", "'", ",", "as", "well", "as", "'", "pCasL", "'", "cases", ".", "P", "values", "P", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0001", ",", "obtained", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "T cells were activated using Alexa568-2C11 and ICAM1 reconstituted lipid bilayers for 5 min, fixed, stained with phalloidin and imaged using SIM. In the graph, n= 50 for WT and 61 for WASP-/-, P value, P***<0.0001, obtained using Mann-Whitney two-tailed test. The graphs in (B) show synaptic levels of indicated proteins, normalized to the mean levels of '+WASP' in each case. For the left graph, n= 48, 46, 52, 46 respectively, and p value, P *= 0.03. For the right graph, n= 50 for WT and n= 61 for WASP-/- in 'Actin', 'Foci', as well as 'pCasL' cases. P values P*** <0.0001, obtained using Mann-Whitney two-tailed test."}
{"words": ["Synapse", "breaking", "behavior", "of", "T", "cells", "on", "hydrogels", "of", "indicated", "stiffness", ",", "covalently", "conjugated", "with", "2C11", "and", "ICAM1", ".", "These", "experiments", "were", "repeated", "at", "least", "thrice", "with", "similar", "results", ".", "In", "the", "left", "graph", ",", "n", "for", "WT", "=", "14", ",", "for", "WASP", "-", "/", "-", ",", "n", "=", "19", ";", "P", "*", "*", "=", "0", ".", "0015", ";", "in", "the", "graph", "on", "the", "right", ",", "n", "for", "WT", "=", "40", ",", "n", "for", "WASP", "-", "/", "-", "=", "36", ",", "P", "*", "*", "*", "=", "0", ".", "0006", ",", "as", "assessed", "using", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "tailed", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Synapse breaking behavior of T cells on hydrogels of indicated stiffness, covalently conjugated with 2C11 and ICAM1. These experiments were repeated at least thrice with similar results. In the left graph, n for WT= 14, for WASP-/-, n= 19; P**= 0.0015; in the graph on the right, n for WT= 40, n for WASP-/-= 36, P***= 0.0006, as assessed using Mann-Whitney two-tailed test."}
{"words": ["IncuCyte", "cell", "proliferation", "curves", "of", "PC3", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "ASNase", ".", "Data", "information", ":", "For", "IncuCyte", "proliferation", "assays", ",", "images", "were", "taken", "every", "4", "hours", "and", "the", "cell", "confluence", "was", "calculated", "by", "averaging", "three", "mapped", "images", "per", "well", ".", "All", "results", "were", "calculated", "from", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "by", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IncuCyte cell proliferation curves of PC3 cells treated with the indicated concentrations of ASNase. Data information: For IncuCyte proliferation assays, images were taken every 4 hours and the cell confluence was calculated by averaging three mapped images per well. All results were calculated from three replicates and presented as mean ± SD, unless otherwise stated. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test by Prism7. **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["IncuCyte", "cell", "proliferation", "curves", "for", "ASNS", "knockout", "(", "sgASNS", ")", "and", "control", "(", "sgNon", "-", "targeting", ")", "PC3", "cells", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "ASNase", ".", "Data", "information", ":", "For", "IncuCyte", "proliferation", "assays", ",", "images", "were", "taken", "every", "4", "hours", "and", "the", "cell", "confluence", "was", "calculated", "by", "averaging", "three", "mapped", "images", "per", "well", ".", "All", "results", "were", "calculated", "from", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "by", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IncuCyte cell proliferation curves for ASNS knockout (sgASNS) and control (sgNon-targeting) PC3 cells in the absence and presence of ASNase. Data information: For IncuCyte proliferation assays, images were taken every 4 hours and the cell confluence was calculated by averaging three mapped images per well. All results were calculated from three replicates and presented as mean ± SD, unless otherwise stated. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test by Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. "}
{"words": ["Volcano", "plots", "for", "the", "MAGeCK", "pipeline", "analysis", "of", "the", "sgRNA", "abundance", "from", "the", "screen", ".", "Green", "dots", "indicate", "positive", "controls", "and", "red", "dots", "indicate", "candidates", "with", "a", "fold", "discovery", "rate", "(", "FDR", ")", "<", "0", ".", "003", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Volcano plots for the MAGeCK pipeline analysis of the sgRNA abundance from the screen. Green dots indicate positive controls and red dots indicate candidates with a fold discovery rate (FDR) <0.003."}
{"words": ["IncuCyte", "cell", "proliferation", "curves", "of", "SLC1A3", "knockout", "(", "sgSLC1A3", ")", "and", "control", "(", "sgNon", "-", "targeting", ")", "PC3", "cells", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "ASNase", "treatment", ".", "#", "3", "and", "#", "4", "represent", "2", "different", "sgRNAs", "targeting", "SLC1A3", ".", "Data", "information", ":", "For", "IncuCyte", "proliferation", "assays", ",", "images", "were", "taken", "every", "4", "hours", "and", "the", "cell", "confluence", "was", "calculated", "by", "averaging", "three", "mapped", "images", "per", "well", ".", "All", "results", "were", "calculated", "from", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "by", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IncuCyte cell proliferation curves of SLC1A3 knockout (sgSLC1A3) and control (sgNon-targeting) PC3 cells in the absence and presence of ASNase treatment. #3 and #4 represent 2 different sgRNAs targeting SLC1A3. Data information: For IncuCyte proliferation assays, images were taken every 4 hours and the cell confluence was calculated by averaging three mapped images per well. All results were calculated from three replicates and presented as mean ± SD, unless otherwise stated. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test by Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. "}
{"words": ["Radioactive", "labeled", "aspartate", "and", "glutamate", "uptake", "measurement", "in", "control", "(", "sgNon", "-", "targeting", ")", "and", "SLC1A3", "knockout", "(", "sgSLC1A3", ")", "PC3", "cells", ".", "#", "3", "and", "#", "4", "represent", "two", "different", "sgRNAs", "targeting", "SLC1A3", ".", "Radioactive", "labeled", "leucine", "uptake", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "Data", "was", "normalized", "to", "the", "reads", "of", "control", "PC3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Radioactive labeled aspartate and glutamate uptake measurement in control (sgNon-targeting) and SLC1A3 knockout (sgSLC1A3) PC3 cells. #3 and #4 represent two different sgRNAs targeting SLC1A3. Radioactive labeled leucine uptake was used as a control. Data was normalized to the reads of control PC3 cells."}
{"words": ["Endogenous", "levels", "of", "aspartate", ",", "asparagine", ",", "glutamate", "and", "glutamine", "in", "control", "(", "sgNon", "-", "targeting", ")", "and", "SLC1A3", "knockout", "(", "sgSLC1A3", ")", "PC3", "cells", "with", "or", "without", "ASNase", "for", "3", "days", ".", "Median", "peak", "intensity", "was", "used", "for", "the", "read", "normalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Endogenous levels of aspartate, asparagine, glutamate and glutamine in control (sgNon-targeting) and SLC1A3 knockout (sgSLC1A3) PC3 cells with or without ASNase for 3 days. Median peak intensity was used for the read normalization."}
{"words": ["IncuCyte", "cell", "proliferation", "curves", "of", "SLC1A3", "knockout", "(", "sgSLC1A3", "#", "3", ")", "PC3", "cells", "treated", "with", "ASNase", "and", "supplemented", "with", "either", "esterified", "-", "aspartate", "(", "6mM", ")", "or", "esterified", "-", "glutamate", "(", "6mM", ")", ",", "and", "esterified", "-", "leucine", "(", "6mM", ")", "as", "a", "control", ".", "Data", "information", ":", "For", "IncuCyte", "proliferation", "assays", ",", "images", "were", "taken", "every", "4", "hours", "and", "the", "cell", "confluence", "was", "calculated", "by", "averaging", "three", "mapped", "images", "per", "well", ".", "All", "results", "were", "calculated", "from", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "by", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IncuCyte cell proliferation curves of SLC1A3 knockout (sgSLC1A3#3) PC3 cells treated with ASNase and supplemented with either esterified-aspartate (6mM) or esterified-glutamate (6mM), and esterified-leucine (6mM) as a control. Data information: For IncuCyte proliferation assays, images were taken every 4 hours and the cell confluence was calculated by averaging three mapped images per well. All results were calculated from three replicates and presented as mean ± SD, unless otherwise stated. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test by Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. "}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "was", "used", "to", "determine", "the", "relative", "SLC1A3", "mRNA", "expression", "(", "to", "GAPDH", ")", "in", "different", "prostate", "and", "breast", "cancer", "cell", "lines", ",", "as", "indicated", ".", "Data", "information", ":", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "(", "except", "for", "SUM159", "and", "BT549", "in", "B", ",", "n", "=", "2", ")", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "a", ".", "u", ".", "indicates", "arbitrary", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis was used to determine the relative SLC1A3 mRNA expression (to GAPDH) in different prostate and breast cancer cell lines, as indicated. Data information: Results were calculated based on three replicates (except for SUM159 and BT549 in B, n=2) and presented as mean ± SD. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. a.u. indicates arbitrary unit."}
{"words": ["cell", "lines", "were", "transduced", "with", "either", "control", "(", "sgNon", "-", "targeting", ")", "or", "sgSLC1A3", ".", "Aspartate", "uptake", "levels", "were", "determined", "and", "compared", "between", "control", "and", "SLC1A3", "KO", "in", "these", "cell", "lines", ".", "Leucine", "uptake", "level", "was", "used", "for", "normalization", ".", "The", "numbers", "above", "the", "control", "column", "denote", "the", "basal", "aspartate", "uptake", "capacity", ".", "Data", "information", ":", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "(", "except", "for", "SUM159", "and", "BT549", "in", "B", ",", "n", "=", "2", ")", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "a", ".", "u", ".", "indicates", "arbitrary", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "cell lines were transduced with either control (sgNon-targeting) or sgSLC1A3. Aspartate uptake levels were determined and compared between control and SLC1A3 KO in these cell lines. Leucine uptake level was used for normalization. The numbers above the control column denote the basal aspartate uptake capacity. Data information: Results were calculated based on three replicates (except for SUM159 and BT549 in B, n=2) and presented as mean ± SD. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. a.u. indicates arbitrary unit."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "was", "used", "to", "determine", "the", "relative", "mRNA", "levels", "(", "to", "GAPDH", ")", "of", "aspartate", "/", "glutamate", "transporter", "genes", "(", "SLC1A1", ",", "SLC1A2", ",", "SLC1A3", ",", "SLC1A6", "and", "SLC1A7", ")", "in", "LNCaP", ",", "BT549", "and", "SUM159PT", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "(", "except", "for", "SUM159", "and", "BT549", "in", "B", ",", "n", "=", "2", ")", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "a", ".", "u", ".", "indicates", "arbitrary", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR was used to determine the relative mRNA levels (to GAPDH) of aspartate/glutamate transporter genes (SLC1A1, SLC1A2, SLC1A3, SLC1A6 and SLC1A7) in LNCaP, BT549 and SUM159PT cells. Data information: Results were calculated based on three replicates (except for SUM159 and BT549 in B, n=2) and presented as mean ± SD. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. a.u. indicates arbitrary unit."}
{"words": ["batch", "of", "cancer", "cells", "subjected", "to", "IncuCyte", "cell", "proliferation", "assays", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "ASNase", "at", "indicated", "concentrations", ".", "'", "ns", "'", "indicates", "no", "significant", "difference", ".", "Data", "information", ":", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "(", "except", "for", "SUM159", "and", "BT549", "in", "B", ",", "n", "=", "2", ")", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "a", ".", "u", ".", "indicates", "arbitrary", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "batch of cancer cells subjected to IncuCyte cell proliferation assays in the absence or presence of ASNase at indicated concentrations. 'ns' indicates no significant difference. Data information: Results were calculated based on three replicates (except for SUM159 and BT549 in B, n=2) and presented as mean ± SD. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7. **p<0.01, ***p<0.001. a.u. indicates arbitrary unit."}
{"words": ["MCF7", "and", "DU145", "cells", "were", "transduced", "with", "either", "lentiviral", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "lentiviral", "vector", "containing", "a", "V5", "-", "tagged", "SLC1A3", "coding", "sequence", "(", "V5", "-", "SLC1A3", ")", ".", "Relative", "SLC1A3", "mRNA", "levels", "(", "to", "GAPDH", ")", "were", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MCF7 and DU145 cells were transduced with either lentiviral empty vector (control) or lentiviral vector containing a V5-tagged SLC1A3 coding sequence (V5-SLC1A3). Relative SLC1A3 mRNA levels (to GAPDH) were determined by RT-qPCR."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "the", "V5", "-", "tagged", "SLC1A3", "in", "MCF7", "and", "DU145", "cells", "using", "anti", "-", "V5", "antibody", ".", "Green", "staining", "indicates", "the", "plasma", "membrane", "localization", "of", "V5", "-", "SLC1A3", "and", "blue", "DAPI", "staining", "marks", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "stands", "for", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of the V5-tagged SLC1A3 in MCF7 and DU145 cells using anti-V5 antibody. Green staining indicates the plasma membrane localization of V5-SLC1A3 and blue DAPI staining marks the nuclei. Scale bar stands for 5 μm."}
{"words": ["Relative", "aspartate", "uptake", "levels", "in", "control", "and", "V5", "-", "SLC1A3", "-", "expressed", "MCF7", "and", "DU145", "cells", ".", "Leucine", "uptake", "level", "was", "used", "for", "normalization", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative aspartate uptake levels in control and V5-SLC1A3-expressed MCF7 and DU145 cells. Leucine uptake level was used for normalization."}
{"words": ["Control", "and", "V5", "-", "SLC1A3", "expressed", "MCF7", "and", "DU145", "cells", "were", "subjected", "to", "IncuCyte", "cell", "proliferation", "assays", "with", "or", "without", "ASNase", "at", "indicated", "concentrations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Control and V5-SLC1A3 expressed MCF7 and DU145 cells were subjected to IncuCyte cell proliferation assays with or without ASNase at indicated concentrations."}
{"words": ["DU145", "cells", "were", "supplemented", "with", "cell", "-", "permeable", "aspartate", "(", "6mM", ",", "esterified", ")", "or", "glutamate", "(", "3mM", ",", "esterified", ")", "following", "ASNase", "treatment", ",", "with", "esterified", "leucine", "(", "6mM", "or", "3mM", ")", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "DU145 cells were supplemented with cell-permeable aspartate (6mM, esterified) or glutamate (3mM, esterified) following ASNase treatment, with esterified leucine (6mM or 3mM) as control."}
{"words": ["PC3", ",", "DU145", "and", "V5", "-", "SLC1A3", "-", "DU145", "cells", "were", "subjected", "to", "ASNase", "and", "TFB", "-", "TBOA", "treatment", "at", "indicated", "concentrations", "and", "cell", "proliferation", "was", "measured", "by", "IncuCyte", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PC3, DU145 and V5-SLC1A3-DU145 cells were subjected to ASNase and TFB-TBOA treatment at indicated concentrations and cell proliferation was measured by IncuCyte assay."}
{"words": ["PC3", "cells", "were", "treated", "under", "indicated", "conditions", "for", "9", "days", "and", "subjected", "to", "BrdU", "assays", "to", "determine", "cell", "cycle", "distributions", ".", "ASNase", "(", "0", ".", "3", "U", "/", "ml", ")", ",", "TFB", "-", "TBOA", "(", "5", "μM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PC3 cells were treated under indicated conditions for 9 days and subjected to BrdU assays to determine cell cycle distributions. ASNase (0.3 U/ml), TFB-TBOA (5 μM)."}
{"words": ["DU145", "and", "V5", "-", "SLC1A3", "-", "DU145", "cells", "were", "treated", "under", "indicated", "conditions", "with", "ASNase", "(", "0", ".", "2", "U", "/", "ml", ")", "or", "TFB", "-", "TBOA", "(", "20μM", ")", "or", "both", ",", "and", "subjected", "to", "IncuCyte", "analysis", "for", "apoptotic", "cell", "counts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "DU145 and V5-SLC1A3-DU145 cells were treated under indicated conditions with ASNase (0.2 U/ml) or TFB-TBOA (20μM) or both, and subjected to IncuCyte analysis for apoptotic cell counts."}
{"words": ["PC3", "cells", "were", "treated", "under", "ASNase", "(", "0", ".", "3", "U", "/", "ml", ")", ",", "or", "TFB", "-", "TBOA", "(", "5", "μM", ")", "conditions", "for", "3", "days", "and", "cell", "lysates", "were", "extracted", "and", "intracellular", "contents", "of", "aspartate", ",", "asparagine", ",", "glutamate", "and", "glutamine", "were", "determined", "by", "liquid", "-", "chromatography", "mass", "spectrometry", "(", "LC", "-", "MS", ")", ".", "Data", "information", ":", "Median", "peak", "intensity", "was", "used", "for", "raw", "data", "normalization", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "unless", "otherwise", "stated", ")", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "from", "Prism7", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PC3 cells were treated under ASNase (0.3 U/ml), or TFB-TBOA (5 μM) conditions for 3 days and cell lysates were extracted and intracellular contents of aspartate, asparagine, glutamate and glutamine were determined by liquid-chromatography mass spectrometry (LC-MS). Data information: Median peak intensity was used for raw data normalization Results were calculated based on three replicates and presented as mean ± SD (unless otherwise stated). The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test from Prism7. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["key", "metabolites", "involved", "in", "urea", "cycle", ",", "pyrimidine", "synthesis", ",", "TCA", "cycle", ",", "oxidation", ",", "glycolysis", "and", "carnitines", "metabolism", "were", "determined", ".", "The", "NAD", "+", "/", "NADH", "ratio", "of", "the", "indicated", "conditions", "was", "calculated", "and", "normalized", "to", "control", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "Dash", "line", "indicates", "indirect", "effect", ".", "TCA", "cycle", ":", "tricarboxylic", "acid", "cycle", ";", "OAA", ":", "oxaloacetic", "acid", ";", "UMP", ":", "uridine", "monophosphate", ";", "CMP", ":", "cytidine", "monophosphate", ";", "PEP", ":", "phosphoenolpyruvate", ";", "NADH", ":", "nicotinamide", "adenine", "dinucleotide", "(", "reduced", "form", ")", ";", "NAD", "+", ":", "nicotinamide", "adenine", "dinucleotide", "(", "oxidized", "form", ")", ";", "NADPH", ":", "nicotinamide", "adenine", "dinucleotide", "phosphate", "(", "reduced", "form", ")", ";", "NADP", "+", ":", "nicotinamide", "adenine", "dinucleotide", "phosphate", "(", "oxidized", "form", ")", ";", "FAD", ":", "flavin", "adenine", "dinucleotide", ";", "GSSG", ":", "glutathione", "disulfide", ";", "HMG", "-", "CoA", ":", "3", "-", "hydroxy", "-", "3", "-", "methylglutaryl", "-", "CoA", ".", "Data", "information", ":", "Median", "peak", "intensity", "was", "used", "for", "raw", "data", "normalization", "Results", "were", "calculated", "based", "on", "three", "replicates", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "unless", "otherwise", "stated", ")", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "from", "Prism7", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "key metabolites involved in urea cycle, pyrimidine synthesis, TCA cycle, oxidation, glycolysis and carnitines metabolism were determined. The NAD+/NADH ratio of the indicated conditions was calculated and normalized to control (mean± SEM). Dash line indicates indirect effect. TCA cycle: tricarboxylic acid cycle; OAA: oxaloacetic acid; UMP: uridine monophosphate; CMP: cytidine monophosphate; PEP: phosphoenolpyruvate; NADH: nicotinamide adenine dinucleotide (reduced form); NAD+: nicotinamide adenine dinucleotide (oxidized form); NADPH: nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (reduced form); NADP+: nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (oxidized form); FAD: flavin adenine dinucleotide; GSSG: glutathione disulfide; HMG-CoA: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA. Data information: Median peak intensity was used for raw data normalization Results were calculated based on three replicates and presented as mean ± SD (unless otherwise stated). The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test from Prism7. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["A", "-", "C", ".", "PC3", "(", "A", ")", ",", "DU145", "(", "B", ")", "and", "DU145", "-", "V5", "-", "SLC1A3", "(", "C", ")", "cells", "were", "treated", "with", "ASNase", "(", "0", ".", "3", "U", "/", "ml", "in", "A", ";", "0", ".", "2", "U", "/", "ml", "in", "B", "and", "C", ")", ",", "TFB", "-", "TBOA", "(", "5", "μM", ")", "for", "3", "days", "as", "indicated", "and", "subjected", "to", "transcriptome", "analysis", ".", "Bioinformatics", "pathway", "or", "gene", "ontology", "(", "GO", ")", "biological", "process", "analysis", "was", "performed", "on", "the", "sets", "of", "genes", "that", "were", "upregulated", "or", "downregulated", "when", "PC3", "cells", "were", "treated", "with", "ASNase", "and", "TFB", "-", "TBOA", "compared", "to", "mock", ".", "Transcriptome", "analysis", "was", "based", "on", "one", "biological", "replicate", "for", "each", "cell", "line", "and", "validated", "by", "real", "-", "time", "PCR", "experiments", "in", "Figures", "EV4A", "-", "C", ".", "Heatmap", "presents", "row", "scaled", "normalized", "read", "counts", "and", "the", "biological", "signaling", "pathway", "enrichment", "analysis", "was", "performed", "by", "ToppGene", "online"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C. PC3 (A), DU145 (B) and DU145-V5-SLC1A3 (C) cells were treated with ASNase (0.3 U/ml in A; 0.2 U/ml in B and C), TFB-TBOA (5 μM) for 3 days as indicated and subjected to transcriptome analysis. Bioinformatics pathway or gene ontology (GO) biological process analysis was performed on the sets of genes that were upregulated or downregulated when PC3 cells were treated with ASNase and TFB-TBOA compared to mock. Transcriptome analysis was based on one biological replicate for each cell line and validated by real-time PCR experiments in Figures EV4A-C. Heatmap presents row scaled normalized read counts and the biological signaling pathway enrichment analysis was performed by ToppGene online program"}
{"words": ["SUM159PT", "human", "breast", "cancer", "cells", "were", "orthotopically", "injected", "into", "the", "mammary", "glands", "of", "NSG", "mice", ".", "Once", "SUM159PT", "tumors", "reached", "250mm3", "volume", ",", "mice", "were", "treated", "with", "mock", "or", "ASNase", "(", "60U", "per", "day", ")", "for", "5", "consecutive", "days", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Following", "treatment", ",", "mice", "were", "sacrificed", ",", "and", "blood", ",", "mammary", "glands", "and", "tumors", "were", "collected", "and", "subjected", "to", "mass", "spectrometry", "to", "determine", "the", "asparagine", "level", ".", "Essential", "amino", "acids", "were", "used", "for", "the", "raw", "data", "normalization", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "The", "pretreatment", "started", "2", "days", "before", "the", "injection", "of", "cancer", "cells", ".", "And", "mice", "were", "either", "injected", "with", "60", "U", "ASNase", "or", "saline", "per", "day", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SUM159PT human breast cancer cells were orthotopically injected into the mammary glands of NSG mice. Once SUM159PT tumors reached 250mm3 volume, mice were treated with mock or ASNase (60U per day) for 5 consecutive days (n=3). Following treatment, mice were sacrificed, and blood, mammary glands and tumors were collected and subjected to mass spectrometry to determine the asparagine level. Essential amino acids were used for the raw data normalization. Data are presented as mean ± SD. Data information: The pretreatment started 2 days before the injection of cancer cells. And mice were either injected with 60 U ASNase or saline per day. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7, unless otherwise stated. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["The", "mouse", "breast", "cancer", "cell", "lines", "4T1", "and", "4T1", "-", "V5", "-", "SLC1A3", "were", "orthotopically", "implanted", "into", "the", "mammary", "glands", "of", "pretreated", "NSG", "mice", ".", "Presented", "is", "the", "volume", "measurements", "of", "arising", "tumors", "at", "day", "9", ".", "(", "n", "=", "13", "mice", "for", "each", "group", ",", "except", "for", "4T1", "+", "ASNase", ",", "n", "=", "12", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Data", "information", ":", "The", "pretreatment", "started", "2", "days", "before", "the", "injection", "of", "cancer", "cells", ".", "And", "mice", "were", "either", "injected", "with", "60", "U", "ASNase", "or", "saline", "per", "day", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The mouse breast cancer cell lines 4T1 and 4T1-V5-SLC1A3 were orthotopically implanted into the mammary glands of pretreated NSG mice. Presented is the volume measurements of arising tumors at day 9. (n=13 mice for each group, except for 4T1+ASNase, n=12). Data are presented as mean ± SEM. Data information: The pretreatment started 2 days before the injection of cancer cells. And mice were either injected with 60 U ASNase or saline per day. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7, unless otherwise stated. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["tumors", "were", "surgically", "removed", "once", "reached", "a", "volume", "of", "~", "500mm3", "and", "collected", "and", "subjected", "to", "LC", "-", "MS", "to", "determine", "the", "levels", "of", "asparagine", ",", "aspartate", ",", "glutamine", "and", "glutamate", ".", "Leucine", "level", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "Results", "are", "based", "on", "five", "tumor", "samples", "and", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Data", "information", ":", "The", "pretreatment", "started", "2", "days", "before", "the", "injection", "of", "cancer", "cells", ".", "And", "mice", "were", "either", "injected", "with", "60", "U", "ASNase", "or", "saline", "per", "day", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "tumors were surgically removed once reached a volume of ~500mm3 and collected and subjected to LC-MS to determine the levels of asparagine, aspartate, glutamine and glutamate. Leucine level was used as a control. Results are based on five tumor samples and presented as mean ± SEM. Data information: The pretreatment started 2 days before the injection of cancer cells. And mice were either injected with 60 U ASNase or saline per day. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7, unless otherwise stated. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["The", "human", "breast", "cancer", "cell", "lines", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "-", "V5", "-", "SLC1A3", "cells", "were", "intravenously", "injected", "into", "pretreated", "NSG", "mice", ".", "Once", "mice", "showed", "breathing", "problems", ",", "they", "were", "sacrificed", ",", "and", "lung", "and", "liver", "were", "collected", "and", "blindly", "scored", "for", "metastasis", "lesions", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "one", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "8", ")", ".", "Data", "information", ":", "The", "pretreatment", "started", "2", "days", "before", "the", "injection", "of", "cancer", "cells", ".", "And", "mice", "were", "either", "injected", "with", "60", "U", "ASNase", "or", "saline", "per", "day", ".", "The", "p", "-", "value", "was", "calculated", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "test", "in", "Prism7", ",", "unless", "otherwise", "stated", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The human breast cancer cell lines MDA-MB-231 and MDA-MB-231-V5-SLC1A3 cells were intravenously injected into pretreated NSG mice. Once mice showed breathing problems, they were sacrificed, and lung and liver were collected and blindly scored for metastasis lesions. The p-value was calculated by one-tailed unpaired t test in Prism7. Data are presented as mean ± SEM (n=8). Data information: The pretreatment started 2 days before the injection of cancer cells. And mice were either injected with 60 U ASNase or saline per day. The p-value was calculated by two-tailed unpaired t test in Prism7, unless otherwise stated. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["I", "Correlation", "between", "peptide", "-", "spectrum", "matches", "(", "PSMs", ")", "of", "identified", "proteins", "and", "their", "fold", "change", "calculated", "by", "SAINTexpress", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Correlation between peptide-spectrum matches (PSMs) of identified proteins and their fold change calculated by SAINTexpress."}
{"words": ["A", "Pulldown", "and", "Western", "blot", "analysis", "validated", "the", "interaction", "between", "the", "viral", "protein", "ORF3a", "and", "its", "interactors", ",", "VPS11", "and", "CLCC1", ",", "and", "the", "binding", "of", "S", "protein", "to", "SPCS2", ".", "HEK293T", "cells", "with", "SFB", "-", "tagged", "bait", "expression", "were", "collected", "and", "lysed", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "pulldown", "assay", "using", "S", "-", "protein", "beads", ".", "Western", "blot", "analysis", "was", "conducted", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Cells", "transfected", "with", "vector", "or", "construct", "encoding", "control", "genes", "were", "included", "as", "controls", "in", "these", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Pulldown and Western blot analysis validated the interaction between the viral protein ORF3a and its interactors, VPS11 and CLCC1, and the binding of S protein to SPCS2. HEK293T cells with SFB-tagged bait expression were collected and lysed. Cell lysates were subjected to pulldown assay using S-protein beads. Western blot analysis was conducted with the indicated antibodies. Cells transfected with vector or construct encoding control genes were included as controls in these experiments."}
{"words": ["B", "Immunostaining", "analysis", "of", "protein", "localization", ".", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "construct", "encoding", "ORF3a", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "green", "signal", "is", "CLCC1", "or", "lysosome", "marker", "LAMP1", ",", "the", "red", "signal", "is", "flag", "(", "for", "SFB", "-", "ORF3a", ")", ",", "and", "the", "blue", "signal", "indicates", "DAPI", "/", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Immunostaining analysis of protein localization. U2OS cells were transfected with construct encoding ORF3a. Cells were fixed and stained with the indicated antibodies. The green signal is CLCC1 or lysosome marker LAMP1, the red signal is flag (for SFB-ORF3a), and the blue signal indicates DAPI/nuclei. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["B", "Comparison", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "virus", "-", "host", "interaction", "to", "the", "genetic", "screening", "with", "CRISPR", "technique", ".", "Two", "different", "MOIs", "(", "MOI", "0", ".", "01", "and", "MOI", "0", ".", "3", ")", "were", "used", "in", "these", "screens", "and", "we", "compared", "our", "results", "with", "both", "of", "these", "datasets", ".", "Blue", "dots", "are", "the", "identified", "genes", "from", "the", "genetic", "screening", ".", "Orange", "dots", "are", "the", "highlighted", "overlapped", "genes", "between", "our", "virus", "-", "host", "interaction", "study", "and", "the", "results", "from", "the", "genetic", "screening", ".", "Top", "five", "overlapped", "genes", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Comparison of SARS-CoV-2 virus-host interaction to the genetic screening with CRISPR technique. Two different MOIs (MOI 0.01 and MOI 0.3) were used in these screens and we compared our results with both of these datasets. Blue dots are the identified genes from the genetic screening. Orange dots are the highlighted overlapped genes between our virus-host interaction study and the results from the genetic screening. Top five overlapped genes are indicated."}
{"words": ["C", "Analyzing", "the", "number", "of", "HCIPs", "with", "RNA", "expression", "changes", "identified", "by", "single", "-", "cell", "RNA", "sequencing", "using", "cells", "from", "COVID", "-", "19", "patients", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Analyzing the number of HCIPs with RNA expression changes identified by single-cell RNA sequencing using cells from COVID-19 patients."}
{"words": ["D", "Pulldown", "and", "Western", "blot", "validation", "of", "the", "interaction", "between", "human", "coronavirus", "NSP1", "proteins", "and", "the", "human", "proteins", "PYCR1", "/", "PYCR2", ".", "Cells", "transfected", "with", "vector", "or", "construct", "encoding", "GFP", "were", "included", "as", "controls", "in", "these", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Pulldown and Western blot validation of the interaction between human coronavirus NSP1 proteins and the human proteins PYCR1/PYCR2. Cells transfected with vector or construct encoding GFP were included as controls in these experiments."}
{"words": ["C", "Heat", "map", "of", "the", "N", "protein", "HCIPs", "identified", "by", "SFB", "-", "tandem", "affinity", "purification", ".", "N", "protein", "HCIPs", "were", "compared", "among", "seven", "human", "coronaviruses", "using", "the", "preys", "'", "spectral", "counts", ".", "Three", "areas", "of", "the", "heat", "map", "are", "manually", "selected", ",", "enlarged", "and", "labeled", "as", "(", "1", ")", ",", "(", "2", ")", ",", "and", "(", "3", ")", ",", "which", "are", "enriched", "by", "all", "N", "proteins", "of", "the", "seven", "human", "coronaviruses", ".", "Functional", "characterization", "for", "each", "protein", "is", "shown", "with", "the", "red", "circles", "below", "the", "enlarged", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Heat map of the N protein HCIPs identified by SFB-tandem affinity purification. N protein HCIPs were compared among seven human coronaviruses using the preys' spectral counts. Three areas of the heat map are manually selected, enlarged and labeled as (1), (2), and (3), which are enriched by all N proteins of the seven human coronaviruses. Functional characterization for each protein is shown with the red circles below the enlarged images."}
{"words": ["A", "Preys", "identified", "showing", "significant", "enrichment", "by", "N", "proteins", "specifically", "from", "one", "or", "more", "human", "coronaviruses", ".", "PSM", ",", "peptide", "-", "spectrum", "match", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Preys identified showing significant enrichment by N proteins specifically from one or more human coronaviruses. PSM, peptide-spectrum match."}
{"words": ["B", "Pulldown", "and", "Western", "blot", "validation", "of", "the", "interaction", "between", "N", "protein", "and", "G3BP1", "/", "G3BP2", ".", "Cells", "transfected", "with", "vector", "or", "construct", "encoding", "GFP", "or", "N", "protein", "from", "different", "human", "coronaviruses", "were", "compared", "in", "these", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Pulldown and Western blot validation of the interaction between N protein and G3BP1/G3BP2. Cells transfected with vector or construct encoding GFP or N protein from different human coronaviruses were compared in these experiments."}
{"words": ["C", ",", "D", "Effect", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "N", "protein", "on", "stress", "granule", "formation", ".", "A549", "(", "C", ")", "and", "MCF10A", "(", "D", ")", "cells", "were", "transfected", "with", "pinducer20", "-", "N", "protein", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", ".", "All", "the", "cells", "are", "treated", "with", "sodium", "arsenite", "but", "with", "or", "without", "Dox", "to", "induce", "N", "protein", "expression", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "green", "signal", "is", "G3BP1", ",", "the", "red", "signal", "is", "HA", "(", "for", "N", "protein", ")", ",", "and", "the", "blue", "signal", "indicates", "DAPI", "/", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C,D Effect of SARS-CoV-2 N protein on stress granule formation. A549 (C) and MCF10A (D) cells were transfected with pinducer20-N protein of SARS-CoV-2. All the cells are treated with sodium arsenite but with or without Dox to induce N protein expression. Cells were fixed and stained with the indicated antibodies. The green signal is G3BP1, the red signal is HA (for N protein), and the blue signal indicates DAPI/nuclei. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "the", "stress", "granule", "formation", "in", "A549", "and", "MCF10A", "cells", ".", "Total", "of", "30", "cells", "were", "counted", "and", "a", "student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Box", "limits", "represent", "25th", "percentile", "and", "75th", "percentile", ";", "horizontal", "line", "represents", "median", ".", "Whiskers", "display", "min", ".", "to", "max", ".", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of the stress granule formation in A549 and MCF10A cells. Total of 30 cells were counted and a student's t test was used for the statistical analysis (***, p<0.001). Box limits represent 25th percentile and 75th percentile; horizontal line represents median. Whiskers display min. to max. values."}
{"words": ["(", "A", ")", "Stable", "RNAi", "screening", "of", "cancer", "-", "related", "genes", "was", "conducted", "to", "identify", "gene", "knockdowns", "that", "enhance", "reprogramming", "of", "MEFs", "into", "iPSCs", ".", "The", "graph", "shows", "the", "10", "shRNAs", "that", "were", "most", "strongly", ",", "positively", "selected", "in", "iPSCs", "compared", "to", "non", "-", "reprogrammed", "cells", "on", "day", "14", "of", "reprogramming", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Stable RNAi screening of cancer-related genes was conducted to identify gene knockdowns that enhance reprogramming of MEFs into iPSCs. The graph shows the 10 shRNAs that were most strongly, positively selected in iPSCs compared to non-reprogrammed cells on day 14 of reprogramming (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", "-", "E", ")", "Mouse", "embryonic", "fibroblasts", "(", "MEFs", ")", "were", "co", "-", "infected", "with", "shRNAs", "against", "Tnfaip2", "or", "a", "scramble", "shRNA", "and", "reprogramming", "factors", ".", "The", "co", "-", "transduced", "cells", "were", "sorted", "and", "were", "reprogrammed", "for", "14", "days", ":", "(", "B", ")", "Representative", "images", "and", "(", "C", ")", "quantification", "of", "alkaline", "-", "phosphatase", "-", "positive", "(", "AP", "+", ")", "iPSC", "colonies", "on", "day", "14", "of", "reprogramming", "by", "transfection", "of", "4", "reprogramming", "factors", "(", "=", "4F", ":", "Oct4", ",", "Sox2", ",", "Klf4", ",", "c", "-", "Myc", "=", "OSKM", ")", "or", "3", "factors", "(", "=", "3F", ":", "OSK", ")", ".", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "per", "group", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "testing", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-E) Mouse embryonic fibroblasts (MEFs) were co-infected with shRNAs against Tnfaip2 or a scramble shRNA and reprogramming factors. The co-transduced cells were sorted and were reprogrammed for 14 days: (B) Representative images and (C) quantification of alkaline-phosphatase-positive (AP+) iPSC colonies on day 14 of reprogramming by transfection of 4 reprogramming factors (=4F: Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc = OSKM) or 3 factors (=3F: OSK). [n=3 biological replicates per group; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by one-sided t-test analyzed by one-sided t-test with Holm-Sidak correction for multiple testing]."}
{"words": ["Mouse", "embryonic", "fibroblasts", "(", "MEFs", ")", "were", "co", "-", "infected", "with", "shRNAs", "against", "Tnfaip2", "or", "a", "scramble", "shRNA", "and", "reprogramming", "factors", ".", "The", "co", "-", "transduced", "cells", "were", "sorted", "and", "were", "reprogrammed", "for", "14", "days", ":", "(", "D", ")", "Representative", "FACS"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse embryonic fibroblasts (MEFs) were co-infected with shRNAs against Tnfaip2 or a scramble shRNA and reprogramming factors. The co-transduced cells were sorted and were reprogrammed for 14 days: (D) Representative FACS profiles"}
{"words": ["(", "E", ")", "percentage", "of", "Oct4", "-", "GFP", "+", "iPSCs", "obtained", "after", "14", "days", "of", "reprogramming", "of", "MEFs", "from", "Oct4", "-", "eGFP", "mice", "using", "4F", "-", "transduction", "on", "day", "zero", "that", "were", "infected", "with", "shRNAs", "targeting", "Tnfaip2", "or", "a", "scrambled", "shRNA", "control", "[", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "testing", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) percentage of Oct4-GFP+ iPSCs obtained after 14 days of reprogramming of MEFs from Oct4-eGFP mice using 4F-transduction on day zero that were infected with shRNAs targeting Tnfaip2 or a scrambled shRNA control [n=5 biological replicates; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by one-sided t-test with Holm-Sidak correction for multiple testing]."}
{"words": ["]", ".", "(", "F", ")", "mRNA", "of", "Tnfaip2", "was", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", "at", "the", "indicated", "days", "of", "reprogramming", "by", "4F", "-", "transduction", "on", "day", "zero", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "not", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", ",", "P", "value", "for", "the", "upregulation", "of", "Tnfaip2", "on", "consecutive", "test", "days", "-", "9", ",", "-", "12", "and", "-", "14", "was", "calculated", "starting", "with", "the", "probability", "of", "maximum", "rank", "-", "based", "difference", ",", "i", ".", "e", ".", "having", "two", "groups", "of", "three", "data", "points", "perfectly", "separating", ",", "p1", ",", "b", "=", "0", ".", "1", "(", "bidirectional", ")", "and", "p1", ",", "u", "=", "0", ".", "05", "(", "unidirectional", ")", ";", "the", "probability", "of", "finding", "a", "triple", "series", "of", "max", ".", "difference", "starting", "at", "some", "timepoint", "is", "Ptriple", ",", "tp", "=", "p1", ",", "b", "·", "p1", ",", "u", "·", "p1", ",", "u", ",", "and", "finding", "such", "a", "triple", "somewhere", "across", "the", "5", "-", "step", "time", "series", "is", "Ptriple", "=", "Ptriple", ",", "tp", "+", "2", "·", "(", "1", "-", "p1", ",", "u", ")", "·", "Ptriple", ",", "tp", "=", "0", ".", "0007", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "]. (F) mRNA of Tnfaip2 was measured by RT-qPCR at the indicated days of reprogramming by 4F-transduction on day zero [n=3 biological replicates; log-transformed data were not normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test), P value for the upregulation of Tnfaip2 on consecutive test days-9,-12 and -14 was calculated starting with the probability of maximum rank-based difference, i.e. having two groups of three data points perfectly separating, p1,b = 0.1 (bidirectional) and p1,u = 0.05 (unidirectional); the probability of finding a triple series of max. difference starting at some timepoint is Ptriple,tp = p1,b · p1,u · p1,u, and finding such a triple somewhere across the 5-step time series is Ptriple = Ptriple,tp + 2 · (1- p1,u) · Ptriple,tp = 0.0007."}
{"words": ["(", "C", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Smed", "-", "exoc3", "mRNA", "expression", "of", "total", "RNA", "(", "whole", "body", "-", "derived", ")", "from", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "compared", "to", "control", "-", "injected", "planarians", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "scheme", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", ";", "data", "were", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RT-qPCR analysis of Smed-exoc3 mRNA expression of total RNA (whole body-derived) from exoc3(RNAi)-treated planarians compared to control-injected planarians on day-38 of the injection scheme [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test); data were analyzed by one-sided t-test]."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "photographs", "of", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "vs", ".", "control", "planarians", "at", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", "as", "shown", "in", "panel", "B", "(", "n", "=", "4", "experimental", "replicates", "with", "6", "-", "10", "biological", "replicates", "per", "experiment", ",", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ")", ".", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "depict", "the", "total", "number", "of", "animals", "showing", "the", "indicated", "phenotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative photographs of exoc3(RNAi)-treated planarians vs. control planarians at day-38 of the injection protocol as shown in panel B (n=4 experimental replicates with 6-10 biological replicates per experiment, scale bar: 0.5 mm). Number ratios in the photographs depict the total number of animals showing the indicated phenotype."}
{"words": ["Planarians", "were", "injected", "with", "Smed", "-", "exoc3", "dsRNA", "=", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "or", "with", "control", "gfp", "(", "RNAi", ")", "injections", ".", "(", "A", ")", "The", "representative", "photographs", "show", "staining", "for", "phosphorylation", "of", "10th", "serine", "residue", "of", "Histone", "3", "(", "H3S10p", ",", "a", "stem", "cell", "marker", "in", "planarians", ")", "at", "days", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", "(", "n", "=", "3", "experimental", "replicates", "with", "8", "-", "10", "biological", "replicates", "per", "experiment", ",", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Planarians were injected with Smed-exoc3 dsRNA = exoc3(RNAi) or with control gfp(RNAi) injections. (A) The representative photographs show staining for phosphorylation of 10th serine residue of Histone 3 (H3S10p, a stem cell marker in planarians) at days-38 of the injection protocol (n=3 experimental replicates with 8-10 biological replicates per experiment, scale bar: 0.5 mm)."}
{"words": ["exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "versus", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "controls", "were", "analyzed", "at", "the", "indicated", "time", "-", "points", "of", "the", "dsRNA", "injection", "protocol", ":", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "H3S10p", "+", "cells", "per", "mm2", "in", "planarians", "at", "day", "-", "30", ",", "-", "34", "and", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", "[", "n", "=", "3", "experimental", "replicates", "with", "5", "-", "7", "biological", "replicates", "per", "experiment", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "exoc3(RNAi)-treated planarians versus gfp(RNAi)-treated controls were analyzed at the indicated time-points of the dsRNA injection protocol: (B) Quantification of H3S10p+ cells per mm2 in planarians at day-30, -34 and -38 of the injection protocol [n=3 experimental replicates with 5-7 biological replicates per experiment; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["FACS", "-", "based", "time", "-", "course", "analysis", "on", "changes", "in", "the", "fraction", "of", "somatic", "stem", "cells", "(", "X1", "-", "population", ")", "at", "indicated", "time", "points", ".", "Cells", "were", "obtained", "from", "whole", "body", "-", "trypsinized", "planarians", "of", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "injected", "controls", "and", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "and", "stained", "with", "the", "cytoplasmic", "dye", "Calcein", "-", "AM", "and", "the", "nuclear", "(", "DNA", ")", "dye", "Hoechst", "33342", ":", "(", "C", ")", "Representative", "FACS"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS-based time-course analysis on changes in the fraction of somatic stem cells (X1-population) at indicated time points. Cells were obtained from whole body-trypsinized planarians of gfp(RNAi)-injected controls and exoc3(RNAi)-treated planarians and stained with the cytoplasmic dye Calcein-AM and the nuclear (DNA) dye Hoechst 33342: (C) Representative FACS profiles"}
{"words": ["(", "D", ")", "quantification", "of", "the", "relative", "number", "of", "X1", "cells", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) quantification of the relative number of X1 cells [n=3 biological replicates; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "for", "makers", "of", "differentiating", "progenitor", "cells", "from", "the", "epidermal", "lineage", "on", "total", "(", "whole", "body", "derived", ")", "RNA", "from", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "(", "E", ")", "Expression", "analysis", "of", "differentiation", "marker", "prog", "-", "2", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "scheme", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "]", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis for makers of differentiating progenitor cells from the epidermal lineage on total (whole body derived) RNA from exoc3(RNAi)-treated planarians (E) Expression analysis of differentiation marker prog-2 on day-38 of the injection scheme [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test and analyzed by one-sided t-test],"}
{"words": ["(", "F", ")", "Expression", "analysis", "of", "marker", "genes", "of", "differentiated", "cells", "(", "prog", "-", "1", "and", "Smed", "-", "odc", "-", "1", ";", "on", "day", "-", "30", ",", "-", "34", "and", "-", "38", "of", "the", "injection", "scheme", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "per", "group", "and", "time", "point", "except", "for", "prog", "-", "1", "expression", "at", "day", "38", ",", "which", "includes", "6", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", ".", "For", "Smed", "-", "odc", "-", "1", "log", "-", "transformed", "mean", "centered", "group", "data", "were", "normally", "distributed", "and", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Expression analysis of marker genes of differentiated cells (prog-1 and Smed-odc-1; on day-30, -34 and -38 of the injection scheme [n= 3 biological replicates per group and time point except for prog-1 expression at day 38, which includes 6 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]. For Smed-odc-1 log-transformed mean centered group data were normally distributed and and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["Planarians", "were", "injected", "with", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "or", "with", "control", "gfp", "(", "RNAi", ")", "injections", ".", "Organ", "phenotypes", "were", "analyzed", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", ".", "Organ", "homeostasis", "was", "analyzed", "by", "staining", "against", "specific", "markers", ":", "(", "A", ")", "The", "structure", "of", "the", "brain", "/", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "was", "analyzed", "by", "staining", "against", "synapsin", "(", "3C11", ")", ".", "The", "cartoon", "represents", "the", "phenotypic", "change", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Representative", "photographs", "are", "shown", "in", "the", "lower", "panel", "(", "3", "experimental", "replicates", "with", "2", "-", "3", "biological", "replicates", "per", "experiment", ",", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ")", ".", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "indicate", "the", "total", "number", "of", "animals", "exhibiting", "the", "represented", "phenotype", ".", "There", "was", "a", "significant", "increase", "in", "the", "occurrence", "of", "atrophic", "cephalic", "ganglia", "and", "sensory", "neuron", "loss", "in", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "vs", ".", "controls", "(", "cg", ":", "cephalic", "ganglia", ";", "sn", ":", "sensory", "neurons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Planarians were injected with exoc3(RNAi) or with control gfp(RNAi) injections. Organ phenotypes were analyzed on day-38 of the injection protocol. Organ homeostasis was analyzed by staining against specific markers: (A) The structure of the brain/central nervous system (CNS) was analyzed by staining against synapsin (3C11). The cartoon represents the phenotypic change (upper panel). Representative photographs are shown in the lower panel (3 experimental replicates with 2-3 biological replicates per experiment, scale bar: 0.5 mm). Number ratios in the photographs indicate the total number of animals exhibiting the represented phenotype. There was a significant increase in the occurrence of atrophic cephalic ganglia and sensory neuron loss in exoc3(RNAi)-treated planarians vs. controls (cg: cephalic ganglia; sn: sensory neurons)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Planarian", "visual", "system", "was", "analyzed", "by", "staining", "against", "VC1", ".", "Schematic", "cartoon", "(", "upper", "panel", ")", "and", "representative", "images", "(", "lower", "panel", ")", "are", "shown", "(", "3", "experimental", "replicates", "with", "3", "biological", "replicates", "per", "experiment", ",", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ")", ".", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "indicate", "the", "total", "number", "of", "animals", "exhibiting", "the", "represented", "phenotype", ".", "Arrows", "point", "to", "photosensitive", "cells", "(", "ps", ")", ";", "pigmentary", "cells", "(", "pc", ")", "and", "to", "the", "optic", "chiasm", "(", "oc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Planarian visual system was analyzed by staining against VC1. Schematic cartoon (upper panel) and representative images (lower panel) are shown (3 experimental replicates with 3 biological replicates per experiment, scale bar: 0.5 mm). Number ratios in the photographs indicate the total number of animals exhibiting the represented phenotype. Arrows point to photosensitive cells (ps); pigmentary cells (pc) and to the optic chiasm (oc)."}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "was", "conducted", "on", "freshly", "isolated", "X1", "cells", "from", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "compared", "to", "X1", "cells", "from", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", ".", "The", "histograms", "depict", "the", "overlap", "(", "blue", ")", "of", "DEGs", "in", "X1", "cells", "of", "Smed", "-", "exoc3", "-", "depleted", "planarians", "versus", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "adjusted", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "with", "genes", "expressed", "in", "the", "indicated", "sample", "sets", "of", "(", "A", ")", "neoblast", "stem"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq was conducted on freshly isolated X1 cells from exoc3(RNAi)-treated compared to X1 cells from gfp(RNAi)-treated planarians on day-38 of the injection protocol. The histograms depict the overlap (blue) of DEGs in X1 cells of Smed-exoc3-depleted planarians versus controls (n=3 biological replicates; adjusted P< 0.05) with genes expressed in the indicated sample sets of (A) neoblast stem cells"}
{"words": ["(", "B", "-", "E", ")", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "strong", "expression", "signals", "(", "log2", "fold", "change", ">", "0", ".", "5", "or", "<", "-", "0", ".", "5", ")", "discovered", "in", "X1", "cells", "of", "exoc3", "-", "depleted", "planarians", "versus", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "with", "the", "indicated", ",", "previously", "published", "data", "sets", "on", "gene", "expression", "profiles", "in", "(", "B", "-", "D", ")", "neoblast", "cells", "or", "(", "E", ")", "differentiating", "progenitor", "cells", "of", "epidermal", "lineage", ".", "The", "colour", "scale", "represents", "the", "gene", "-", "wise", "z", "-", "score", "calculated", "from", "normalized", "gene", "expression", "levels", "while", "purple", "and", "green", "indicate", "upregulated", "and", "downregulated", "genes", "in", "X1", "cells", "of", "exoc3", "-", "depleted", "planarians", "versus", "controls", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-E) The heat maps depict the intersection of DEGs with strong expression signals (log2 fold change > 0.5 or < -0.5) discovered in X1 cells of exoc3-depleted planarians versus controls (n= 3 biological replicates) with the indicated, previously published data sets on gene expression profiles in (B-D) neoblast cells or (E) differentiating progenitor cells of epidermal lineage. The colour scale represents the gene-wise z-score calculated from normalized gene expression levels while purple and green indicate upregulated and downregulated genes in X1 cells of exoc3-depleted planarians versus controls, respectively."}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "was", "conducted", "on", "freshly", "isolated", "X1", "cells", "from", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "compared", "to", "X1", "cells", "from", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "injection", "protocol", ".", "The", "histograms", "depict", "the", "overlap", "(", "blue", ")", "of", "DEGs", "in", "X1", "cells", "of", "Smed", "-", "exoc3", "-", "depleted", "planarians", "versus", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "adjusted", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "with", "genes", "expressed", "in", "the", "indicated", "sample", "sets", "of", "(", "F", ")", "differentiating", "progenitor", "cells", "of", "epidermal", "lineage", "from", "the", "indicated", "publications", "while", "the", "sum", "of", "overlapping", "(", "blue", ")", "and", "set", "-", "exclusive", "(", "grey", ")", "genes", "represents", "the", "total", "number", "of", "genes", "of", "a", "cluster", "that", "were", "analyzed", "in", "this", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq was conducted on freshly isolated X1 cells from exoc3(RNAi)-treated compared to X1 cells from gfp(RNAi)-treated planarians on day-38 of the injection protocol. The histograms depict the overlap (blue) of DEGs in X1 cells of Smed-exoc3-depleted planarians versus controls (n=3 biological replicates; adjusted P< 0.05) with genes expressed in the indicated sample sets of (F) differentiating progenitor cells of epidermal lineage from the indicated publications while the sum of overlapping (blue) and set-exclusive (grey) genes represents the total number of genes of a cluster that were analyzed in this study."}
{"words": ["Planarians", "(", "S", ".", "mediterranea", ")", "were", "injected", "with", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "or", "with", "control", "gfp", "(", "RNAi", ")", ".", "(", "B", ")", "Representative", "photographs", "of", "morphology", "of", "exoc3", "knockdown", "planarian", "vs", ".", "control", "planarian", "on", "days", "-", "29", ",", "-", "31", "and", "-", "37", "of", "the", "protocol", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "indicate", "the", "photographically", "represented", "phenotypes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Planarians (S. mediterranea) were injected with exoc3(RNAi) or with control gfp(RNAi). (B) Representative photographs of morphology of exoc3 knockdown planarian vs. control planarian on days-29, -31 and -37 of the protocol Number ratios in the photographs indicate the photographically represented phenotypes."}
{"words": ["Organ", "regeneration", "was", "analyzed", "by", "immunostaining", "of", "different", "organ", "compartments", "in", "regenerating", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "vs", ".", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "control", "on", "day", "37", "of", "the", "protocol", "(", "C", ")", "Eyes", "were", "analyzed", "by", "staining", "against", "VC1", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "(", "3", "experimental", "replicates", "with", "4", "-", "5", "biological", "replicates", "per", "experiment", ")", ".", "Arrows", "point", "to", "photosensitive", "cells", "(", "ps", ")", ";", "pigmentary", "cells", "(", "pc", ")", "and", "to", "the", "optic", "chiasm", "(", "oc", ")", ".", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "refer", "to", "planarians", "with", "regenerative", "defects", "for", "the", "indicated", "phenotype", "(", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Organ regeneration was analyzed by immunostaining of different organ compartments in regenerating exoc3(RNAi)-treated planarians vs. gfp(RNAi)-treated control on day 37 of the protocol (C) Eyes were analyzed by staining against VC1. Representative images are shown (3 experimental replicates with 4-5 biological replicates per experiment). Arrows point to photosensitive cells (ps); pigmentary cells (pc) and to the optic chiasm (oc). Number ratios in the photographs refer to planarians with regenerative defects for the indicated phenotype (scale bar: 0.5 mm)."}
{"words": ["Organ", "regeneration", "was", "analyzed", "by", "immunostaining", "of", "different", "organ", "compartments", "in", "regenerating", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "vs", ".", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "control", "on", "day", "37", "of", "the", "protocol", "(", "D", ")", "Representative", "photographs", "of", "staining", "with", "planarian", "pan", "-", "neural", "marker", "3C11", "(", "alias", "Synapsin", ")", "marking", "cephalic", "ganglia", "and", "sensory", "neurons", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "refers", "to", "planarians", "with", "regenerative", "exhibiting", "the", "photographically", "represented", "phenotype", ",", "characterized", "by", "underdeveloped", "bilobed", "cephalic", "ganglia", "and", "atrophy", "of", "sensory", "neurons", "in", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "versus", "controls", "(", "scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "mm", ",", "cg", ":", "cephalic", "ganglia", ";", "sn", ":", "sensory", "neurons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Organ regeneration was analyzed by immunostaining of different organ compartments in regenerating exoc3(RNAi)-treated planarians vs. gfp(RNAi)-treated control on day 37 of the protocol (D) Representative photographs of staining with planarian pan-neural marker 3C11 (alias Synapsin) marking cephalic ganglia and sensory neurons Number ratios in the photographs refers to planarians with regenerative exhibiting the photographically represented phenotype, characterized by underdeveloped bilobed cephalic ganglia and atrophy of sensory neurons in exoc3(RNAi)-treated planarians versus controls (scale bar: 0.5 mm, cg: cephalic ganglia; sn: sensory neurons)."}
{"words": ["One", "thousand", "ESCs", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "placed", "into", "hanging", "-", "drop", "cultures", "to", "form", "embryoid", "bodies", "(", "EBs", ")", ".", "After", "3", "days", "(", "referred", "to", "as", "day", "-", "0", ")", ",", "differentiation", "was", "induced", "by", "exposure", "to", "differentiation", "medium", "(", "days", "-", "1", "to", "days", "-", "3", "after", "medium", "change", ")", ".", "(", "A", ")", "Representative", "photographs", "of", "EBs", "of", "the", "indicated", "genotypes", "at", "day", "-", "0", "and", "day", "-", "3", "after", "differentiation", "induction", "(", "experiments", "were", "conducted", "in", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "5", "-", "42", "EBs", "per", "biological", "replicate", ",", "scale", "bar", ":", "0", ".", "02", "mm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "One thousand ESCs of the indicated genotypes were placed into hanging-drop cultures to form embryoid bodies (EBs). After 3 days (referred to as day-0), differentiation was induced by exposure to differentiation medium (days-1 to days-3 after medium change). (A) Representative photographs of EBs of the indicated genotypes at day-0 and day-3 after differentiation induction (experiments were conducted in 3 biological replicates; n=5-42 EBs per biological replicate, scale bar: 0.02 mm)."}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "analysis", "was", "conducted", "on", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "vs", ".", "WT", "EBs", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "EBs", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "sets", "(", "B", ")", "\"", "stem", "cell", "maintenance", ":", "positive", "and", "negative", "regulators", "\"", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq analysis was conducted on Tnfaip2-/- EBs vs. WT EBs on day-3 of differentiation induction of EBs (n=3 biological replicates). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene sets (B) \"stem cell maintenance: positive and negative regulators\","}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "analysis", "was", "conducted", "on", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "vs", ".", "WT", "EBs", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "EBs", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "sets", ";", ",", "(", "C", ")", "\"", "mesoderm", "development", "\""], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq analysis was conducted on Tnfaip2-/- EBs vs. WT EBs on day-3 of differentiation induction of EBs (n=3 biological replicates). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene sets ;, (C) \"mesoderm development\""}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "analysis", "was", "conducted", "on", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "vs", ".", "WT", "EBs", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "EBs", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "(", "D", ")", "\"", "ectoderm", "development", "\"", "Tnfaip2", "and", "5", "other", "stem", "cell", "-", "related", "genes", "(", "Tfcp2l1", ",", "Dppa3", ",", "Fbxo15", ",", "Zfp42", "and", "Klf2", ")", "were", "additionally", "incorporated", "based", "on", "literature", "searches", ".", "The", "color", "scale", "represents", "the", "gene", "-", "wise", "z", "-", "score", "calculated", "from", "normalized", "gene", "expression", "levels", ".", "The", "asterisk", "refers", "to", "the", "gene", "identified", "in", "this", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq analysis was conducted on Tnfaip2-/- EBs vs. WT EBs on day-3 of differentiation induction of EBs (n=3 biological replicates). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene (D) \"ectoderm development\" Tnfaip2 and 5 other stem cell-related genes (Tfcp2l1, Dppa3, Fbxo15, Zfp42 and Klf2) were additionally incorporated based on literature searches. The color scale represents the gene-wise z-score calculated from normalized gene expression levels. The asterisk refers to the gene identified in this study."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "image", "of", "immunofluorescence", "staining", "against", "the", "ectodermal", "marker", "(", "SOX1", ")", "and", "the", "mesodermal", "marker", "(", "T", "alias", "Brachyury", ")", "in", "WT", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", ".", "(", "3", "repeat", "experiments", "were", "conducted", "on", "a", "total", "number", "of", "9", "-", "10", "EBs", "per", "genotype", ",", "scale", "bar", ":", "20µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative image of immunofluorescence staining against the ectodermal marker (SOX1) and the mesodermal marker (T alias Brachyury) in WT and Tnfaip2-/- EBs on day-3 of differentiation induction. (3 repeat experiments were conducted on a total number of 9-10 EBs per genotype, scale bar: 20µm)."}
{"words": ["(", "F", ")", "mRNA", "expression", "of", "Tnfaip2", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "ESCs", "on", "the", "indicated", "days", "of", "differentiation", "induction", "of", "WT", "EBs", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", ",", "the", "P", "value", "for", "the", "upregulation", "of", "Tnfaip2", "on", "consecutive", "time", "points", "(", "day", "-", "0", ",", "-", "2", "and", "-", "3", ")", "was", "calculated", "starting", "with", "the", "probability", "of", "maximum", "rank", "-", "based", "difference", ",", "i", ".", "e", ".", "having", "two", "groups", "of", "three", "data", "points", "perfectly", "separating", ",", "p1", ",", "b", "=", "0", ".", "1", "(", "bidirectional", ")", "and", "P1", ",", "u", "=", "0", ".", "05", "(", "unidirectional", ")", ";", "the", "probability", "of", "finding", "a", "triple", "series", "of", "max", ".", "difference", "starting", "at", "some", "timepoint", "is", "Ptriple", ",", "tp", "=", "p1", ",", "b", "·", "p1", ",", "u", "·", "p1", ",", "u", ",", "and", "finding", "such", "a", "triple", "somewhere", "across", "the", "4", "-", "step", "time", "series", "is", "Ptriple", "=", "Ptriple", ",", "tp", "+", "(", "1", "-", "p1", ",", "u", ")", "·", "Ptriple", ",", "tp", "=", "0", ".", "0005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) mRNA expression of Tnfaip2 measured by RT-qPCR in ESCs on the indicated days of differentiation induction of WT EBs [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test), the P value for the upregulation of Tnfaip2 on consecutive time points (day-0, -2 and -3) was calculated starting with the probability of maximum rank-based difference, i.e. having two groups of three data points perfectly separating, p1,b = 0.1 (bidirectional) and P1,u = 0.05 (unidirectional); the probability of finding a triple series of max. difference starting at some timepoint is Ptriple,tp = p1,b · p1,u · p1,u, and finding such a triple somewhere across the 4-step time series is Ptriple = Ptriple,tp + (1- p1,u) · Ptriple,tp = 0.0005."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "Volcano", "plots", "show", "the", "differentially", "expressed", "proteins", "identified", "from", "the", "proteome", "analysis", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "versus", "WT", "EBs", "at", "the", "indicated", "days", "after", "induction", "of", "differentiation", ".", "Vim", "(", "marked", "in", "blue", "asterisk", ")", "was", "the", "only", "protein", "that", "featured", "among", "top", "100", "differentially", "expressed", "proteins", "at", "all", "time", "points", "by", "implementing", "selection", "criteria", "of", "an", "average", "log2ratio", ">", "+", "/", "-", "1", ".", "2", "and", "a", "-", "log10Qvalue", "<", "2", ".", "Vim", "expression", "was", "reduced", "at", "all", "timepoints", "of", "in", "vitro", "differentiation", "in", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "vs", ".", "WT", "EBs", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ",", "see", "also", "Dataset", "EV8", "for", "top", "100", "regulated", "proteins", ")", ".", "Sphere", "size", "illustrates", "the", "magnitude", "of", "log2fold", "changes", "as", "does", "color", "coding", ":", "blue", "-", "downregulated", "proteins", ",", "red", "-", "upregulated", "proteins", ";", "log2fold", "marking", "by", "color", "intensity", ":", "strong", "intensity", ">", "2", ",", "medium", "intensity", ">", "1", ".", "5", ",", "faded", "color", ">", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The Volcano plots show the differentially expressed proteins identified from the proteome analysis of Tnfaip2-/- EBs versus WT EBs at the indicated days after induction of differentiation. Vim (marked in blue asterisk) was the only protein that featured among top 100 differentially expressed proteins at all time points by implementing selection criteria of an average log2ratio > +/-1.2 and a -log10Qvalue <2. Vim expression was reduced at all timepoints of in vitro differentiation in Tnfaip2-/- EBs vs. WT EBs (n=5 biological replicates, see also Dataset EV8 for top 100 regulated proteins). Sphere size illustrates the magnitude of log2fold changes as does color coding: blue-downregulated proteins, red-upregulated proteins; log2fold marking by color intensity: strong intensity >2, medium intensity > 1.5, faded color >1."}
{"words": ["(", "C", ")", "mRNA", "expression", "of", "Vim", "on", "indicated", "days", "of", "WT", "EB", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EB", "differentiation", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "testing", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) mRNA expression of Vim on indicated days of WT EB and Tnfaip2-/- EB differentiation (n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple testing)."}
{"words": ["FACS", "analysis", "of", "lipid", "droplet", "(", "LD", ")", "content", "of", "WT", "(", "blue", ")", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "(", "red", ")", "EBs", "by", "BODIPY493", "/", "503", "staining", "at", "the", "indicated", "days", "after", "differentiation", "induction", ":", "(", "D", ")", "Representative", "FACS", "blot", "of", "BODIPY", "staining", ".", "Unstained", "WT", "EBs", "served", "as", "a", "negative", "control", "(", "grey", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS analysis of lipid droplet (LD) content of WT (blue) and Tnfaip2-/- (red) EBs by BODIPY493/503 staining at the indicated days after differentiation induction: (D) Representative FACS blot of BODIPY staining. Unstained WT EBs served as a negative control (grey)."}
{"words": ["FACS", "analysis", "of", "lipid", "droplet", "(", "LD", ")", "content", "of", "WT", "(", "blue", ")", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "(", "red", ")", "EBs", "by", "BODIPY493", "/", "503", "staining", "at", "the", "indicated", "days", "after", "differentiation", "induction", ":", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "staining", "intensity", "[", "n", "=", "3", "independent", "cultures", "per", "genotype", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS analysis of lipid droplet (LD) content of WT (blue) and Tnfaip2-/- (red) EBs by BODIPY493/503 staining at the indicated days after differentiation induction: (E) Quantification of staining intensity [n=3 independent cultures per genotype; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["Transmission", "Electron", "Microscopy", "(", "TEM", ")", "was", "used", "to", "determine", "the", "number", "of", "LDs", "in", "EB", "cultures", "derived", "from", "WT", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "ES", "cells", "on", "day", "-", "1", "after", "differentiation", "induction", ".", "(", "n", "=", "5", "independent", "cultures", "per", "genotype", ",", "n", "=", "100", "images", "per", "replicate", ")", ".", "(", "F", ")", "Representative", "micrographs", "of", "TEM", "analysis", "of", "EB", "cells", "of", "the", "indicated", "genotype", ".", "Yellow", "arrows", "point", "to", "LDs", ",", "scale", "bars", ":", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Transmission Electron Microscopy (TEM) was used to determine the number of LDs in EB cultures derived from WT and Tnfaip2-/- ES cells on day-1 after differentiation induction. (n=5 independent cultures per genotype, n=100 images per replicate). (F) Representative micrographs of TEM analysis of EB cells of the indicated genotype. Yellow arrows point to LDs, scale bars: 1 µm."}
{"words": ["Electron", "Microscopy", "(", "TEM", ")", "was", "used", "to", "determine", "the", "number", "of", "LDs", "in", "EB", "cultures", "derived", "from", "WT", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "ES", "cells", "on", "day", "-", "1", "after", "differentiation", "induction", ".", "(", "n", "=", "5", "independent", "cultures", "per", "genotype", ",", "n", "=", "100", "images", "per", "replicate", ")", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "LDs", "per", "TEM", "field", ".", "Data", "were", "not", "normally", "distributed", "(", "P", "<", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Electron Microscopy (TEM) was used to determine the number of LDs in EB cultures derived from WT and Tnfaip2-/- ES cells on day-1 after differentiation induction. (n=5 independent cultures per genotype, n=100 images per replicate). (G) Quantification of LDs per TEM field. Data were not normally distributed (P<0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by Mann-Whitney test."}
{"words": ["(", "H", ")", "UPLC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "revealed", "a", "reduction", "in", "triacylglycerol", "(", "TAG", ")", "content", "in", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "compared", "to", "WT", "EBs", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "differentiation", "induction", "[", "n", "=", "3", "independent", "cultures", "of", "EBs", "per", "time", "point", ";", "data", "of", "EBs", "on", "day", "-", "0", "to", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "were", "statistically", "analyzed", ";", "mean", "centered", "group", "data", "were", "normally", "distributed", "and", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "with", "Holm", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "testing", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) UPLC-MS/MS analysis revealed a reduction in triacylglycerol (TAG) content in Tnfaip2-/- EBs compared to WT EBs at the indicated time points after differentiation induction [n=3 independent cultures of EBs per time point; data of EBs on day-0 to day-3 of differentiation were statistically analyzed; mean centered group data were normally distributed and (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by one-sided t-test with Holm Sidak correction for multiple testing]."}
{"words": ["(", "A", ")", "Heatmap", "of", "CPT1A", "protein", "expression", "as", "measured", "in", "proteome", "analysis", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "and", "WT", "ESCs", "and", "during", "differentiation", "induction", "of", "EB", "cultures", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "colour", "scale", "represents", "average", "log2ratios", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Heatmap of CPT1A protein expression as measured in proteome analysis of Tnfaip2-/- and WT ESCs and during differentiation induction of EB cultures (n=5 biological replicates). The colour scale represents average log2ratios."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "Cpt1a", "mRNA", "as", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "WT", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "at", "the", "indicated", "days", "of", "differentiation", "induction", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of Cpt1a mRNA as determined by qRT-PCR in WT and Tnfaip2-/- EBs at the indicated days of differentiation induction [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by multiple t-tests with Holm-Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["Differentiation", "-", "induced", "WT", "EBs", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "were", "treated", "with", "palmitic", "acid", "(", "PA", ")", "and", "palmitoyl", "-", "L", "-", "carnitine", "(", "PC", ")", "(", "8μM", "each", ")", "or", "a", "vehicle", "control", "(", "C", ",", "D", ")", "The", "diameters", "of", "the", "rosette", "structure", "of", "differentiated", "WT", "EBs", "and", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "were", "measured", "on", "day", "-", "3", "after", "differentiation", "induction", ".", "(", "n", "=", "3", "repeat", "experiments", "with", "7", "-", "62", "EBs", "per", "experiment", "per", "group", ")", ":", "(", "C", ")", "Representative", "photographs", "(", "scale", "bar", ":", "0", ".", "02", "mm", ")", "and", "(", "D", ")", "quantification", "of", "the", "diameter", "of", "the", "rosette", "structure", "of", "the", "indicated", "groups", "[", "data", "were", "not", "normally", "distributed", "(", "P", "<", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "thus", "analyzed", "by", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "with", "Holm", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Differentiation-induced WT EBs and Tnfaip2-/- EBs were treated with palmitic acid (PA) and palmitoyl-L-carnitine (PC) (8μM each) or a vehicle control (C,D) The diameters of the rosette structure of differentiated WT EBs and Tnfaip2-/- EBs were measured on day-3 after differentiation induction. (n=3 repeat experiments with 7-62 EBs per experiment per group): (C) Representative photographs (scale bar: 0.02 mm) and (D) quantification of the diameter of the rosette structure of the indicated groups [data were not normally distributed (P<0.05 as per Shapiro-Wilk test) and thus analyzed by Mann-Whitney U test with Holm Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "was", "conducted", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "that", "were", "either", "treated", "with", "PA", "/", "PC", "or", "with", "a", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "3", "independent", "pools", "of", "7", "-", "62", "EBs", "per", "group", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "sets", "(", "E", ")", "\"", "stem", "cell", "maintenance", ":", "positive", "and", "negative", "regulators", "\"", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq was conducted on day-3 of differentiation induction of Tnfaip2-/- EBs that were either treated with PA/PC or with a vehicle control (n=3 independent pools of 7-62 EBs per group). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene sets (E) \"stem cell maintenance: positive and negative regulators\","}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "was", "conducted", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "that", "were", "either", "treated", "with", "PA", "/", "PC", "or", "with", "a", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "3", "independent", "pools", "of", "7", "-", "62", "EBs", "per", "group", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "sets", ";", ",", "(", "F", ")", "\"", "mesoderm", "development", "\""], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq was conducted on day-3 of differentiation induction of Tnfaip2-/- EBs that were either treated with PA/PC or with a vehicle control (n=3 independent pools of 7-62 EBs per group). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene sets ;, (F) \"mesoderm development\""}
{"words": ["RNA", "-", "seq", "was", "conducted", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "that", "were", "either", "treated", "with", "PA", "/", "PC", "or", "with", "a", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "3", "independent", "pools", "of", "7", "-", "62", "EBs", "per", "group", ")", ".", "The", "heat", "maps", "depict", "the", "intersection", "of", "DEGs", "with", "the", "following", "gene", "sets", "(", "G", ")", "\"", "ectoderm", "development", "\"", ".", "Five", "other", "stem", "cell", "-", "related", "genes", "(", "Tfcp2l1", ",", "Dppa3", ",", "Fbxo15", ",", "Zfp42", "and", "Klf2", ")", "were", "additionally", "incorporated", "based", "on", "literature", "searches", ".", "The", "asterisks", "indicate", "the", "reverted", "changes", "in", "gene", "expression", "that", "were", "seen", "in", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "versus", "WT", "EBs", "The", "color", "scale", "represents", "the", "gene", "-", "wise", "z", "-", "score", "calculated", "from", "normalized", "gene", "expression", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA-seq was conducted on day-3 of differentiation induction of Tnfaip2-/- EBs that were either treated with PA/PC or with a vehicle control (n=3 independent pools of 7-62 EBs per group). The heat maps depict the intersection of DEGs with the following gene sets (G) \"ectoderm development\". Five other stem cell-related genes (Tfcp2l1, Dppa3, Fbxo15, Zfp42 and Klf2) were additionally incorporated based on literature searches. The asterisks indicate the reverted changes in gene expression that were seen in Tnfaip2-/- EBs versus WT EBs The color scale represents the gene-wise z-score calculated from normalized gene expression levels."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "image", "of", "immunofluorescence", "staining", "against", "ectodermal", "marker", "(", "SOX1", ")", "and", "the", "mesodermal", "marker", "(", "T", "alias", "Brachyury", ")", "on", "day", "-", "3", "of", "differentiation", "induction", "of", "Tnfaip2", "-", "/", "-", "EBs", "+", "/", "-", "co", "-", "treatment", "with", "PA", "/", "PC", ".", "Three", "repeat", "experiments", "were", "conducted", "with", "a", "total", "number", "of", "9", "EBs", "per"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative image of immunofluorescence staining against ectodermal marker (SOX1) and the mesodermal marker (T alias Brachyury) on day-3 of differentiation induction of Tnfaip2-/- EBs +/- co-treatment with PA/PC. Three repeat experiments were conducted with a total number of 9 EBs per group"}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "infected", "with", "shRNAs", "Cells", "were", "co", "-", "infected", "with", "4", "reprogramming", "factors", "(", "OSKM", ")", "(", "A", ")", "Representative", "images", "of", "AP", "staining", "of", "iPSC"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were infected with shRNAs Cells were co-infected with 4 reprogramming factors (OSKM) (A) Representative images of AP staining of iPSC colonies"}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "infected", "with", "shRNAs", "Cells", "were", "co", "-", "infected", "with", "4", "reprogramming", "factors", "(", "OSKM", ")", "and", "double", "-", "infected", "cells", "were", "FACS", "sorted", "and", "grown", "for", "14", "days", ",", "when", "reprogramming", "efficiencies", "were", "determined", "by", "FACS", ".", "(", "B", ")", "representative", "FACS", "profiles", "of", "Oct4", "-", "positive", "iPSCs", "on", "day", "14", ",", "(", "C", ")", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "Oct4", "-", "GFP", "+", "iPSCs", "in", "MEF", "cultures", "that", "were", "infected", "with", "2", "different", "shRNAs", "targeting", "Vim", "or", "a", "scrambled", "shRNA", "control", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "per", "group", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "t", "-", "test", "with", "Holm", "-", "Sidak", "correction", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were infected with shRNAs Cells were co-infected with 4 reprogramming factors (OSKM) and double-infected cells were FACS sorted and grown for 14 days, when reprogramming efficiencies were determined by FACS. (B) representative FACS profiles of Oct4-positive iPSCs on day 14, (C) quantification of the percentage of Oct4-GFP+ iPSCs in MEF cultures that were infected with 2 different shRNAs targeting Vim or a scrambled shRNA control [n=3 biological replicates per group; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by t-test with Holm-Sidak correction multiple comparisons]."}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "infected", "with", "combinations", "of", "shRNAs", ".", "(", "D", ")", "Representative", "FACS", "profiles", "of", "mouse", "-", "specific", "pluripotency", "cell", "surface", "marker", "SSEA1", "+", "iPSCs", "on", "day", "14", "of", "reprogramming", "and", "(", "E", ")", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "SSEA1", "+", "iPSCs", "in", "MEF", "cultures", "that", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "shRNAs", "targeting", "Vim", "and", "/", "or", "Tnfaip2", "[", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "but", "showed", "unequal", "variance", ";", "data", "were", "analyzed", "by", "Brown", "-", "Forsythe", "and", "Welch", "ANOVA", "and", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were infected with combinations of shRNAs. (D) Representative FACS profiles of mouse-specific pluripotency cell surface marker SSEA1+ iPSCs on day 14 of reprogramming and (E) quantification of the percentage of SSEA1+ iPSCs in MEF cultures that were infected with the indicated shRNAs targeting Vim and/or Tnfaip2 [n=5 biological replicates; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) but showed unequal variance; data were analyzed by Brown-Forsythe and Welch ANOVA and Dunnett's multiple comparisons test]."}
{"words": ["combinations", "of", "shRNAs", ".", "RT", "-", "qPCR", "was", "performed", "to", "determine", "(", "F", ")", "Vim", "mRNA", "expression", "in", "scrambled", "-", "shRNA", "infected", "MEFs", "versus", "shRNA", "-", "Tnfaip2", "-", "infected", "MEFs", "or", "Infected", "cells", "were", "purified", "by", "BFP", "-", "sorting", "on", "day", "-", "4", "after", "infection", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "t", "-", "test", "with", "Holm", "-", "Sidak", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "combinations of shRNAs. RT-qPCR was performed to determine (F) Vim mRNA expression in scrambled-shRNA infected MEFs versus shRNA-Tnfaip2-infected MEFs or Infected cells were purified by BFP-sorting on day-4 after infection [n=3 biological replicates; log transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by t-test with Holm-Sidak for multiple comparisons]."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "was", "performed", "to", "determine", "(", "G", ")", "Tnfaip2", "mRNA", "expression", "in", "scrambled", "-", "shRNA", "infected", "MEFs", "versus", "shRNA", "-", "Vim", "-", "infected", "MEFs", ".", "G", ")", "Infected", "cells", "were", "purified", "by", "BFP", "-", "sorting", "on", "day", "-", "4", "after", "infection", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "t", "-", "test", "with", "Holm", "-", "Sidak", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR was performed to determine (G) Tnfaip2 mRNA expression in scrambled-shRNA infected MEFs versus shRNA-Vim-infected MEFs. G) Infected cells were purified by BFP-sorting on day-4 after infection [n=3 biological replicates; log transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by t-test with Holm-Sidak for multiple comparisons]."}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "infected", "with", "a", "vector", "expressing", "the", "indicated", "shRNA", "in", "combination", "with", "the", "indicated", "cDNA", "(", "OE", "indicates", "overexpression", ")", ",", "Cells", "were", "co", "-", "infected", "with", "4", "reprogramming", "factors", "(", "4F", "=", "Oct4", ",", "Sox2", ",", "Klf4", ",", "c", "-", "myc", "=", "OSKM", ")", "and", "double", "-", "infected", "cells", "were", "FACS", "sorted", "for", "analysis", ".", "(", "A", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "on", "day", "-", "4", "after", "infection", "to", "determine", "RNA", "expression", "of", "Tnfaip2", "or", "Vim", "in", "Tnfaip2", "-", "depleted", "cells", "with", "ectopic", "expression", "of", "Vim", "(", "left", ")", "or", "in", "Vim", "-", "depleted", "cells", "with", "ectopic", "expression", "of", "Tnfaip2", "(", "right", ")", ".", "Scramble", "shRNA", "(", "shScr", ")", "-", "infected", "MEFs", "served", "as", "a", "control", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "t", "-", "test", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were infected with a vector expressing the indicated shRNA in combination with the indicated cDNA (OE indicates overexpression), Cells were co-infected with 4 reprogramming factors (4F= Oct4, Sox2, Klf4, c-myc = OSKM) and double-infected cells were FACS sorted for analysis. (A) RT-qPCR analysis on day-4 after infection to determine RNA expression of Tnfaip2 or Vim in Tnfaip2-depleted cells with ectopic expression of Vim (left) or in Vim-depleted cells with ectopic expression of Tnfaip2 (right). Scramble shRNA (shScr)-infected MEFs served as a control [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by t-test]."}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "infected", "with", "a", "vector", "expressing", "the", "indicated", "shRNA", "in", "combination", "with", "the", "indicated", "cDNA", "(", "OE", "indicates", "overexpression", ")", ",", "(", "B", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "on", "day", "-", "4", "after", "infection", "to", "determine", "RNA", "expression", "of", "Vim", "or", "Tnfaip2", "in", "Tnfaip2", "-", "depleted", "cells", "with", "ectopic", "expression", "of", "Vim", "(", "left", ")", "or", "in", "Vim", "-", "depleted", "cells", "with", "ectopic", "expression", "of", "Tnfaip2", "(", "right", ")", ".", "Scramble", "shRNA", "(", "shScr", ")", "-", "infected", "MEFs", "served", "as", "a", "control", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "t", "-", "test", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were infected with a vector expressing the indicated shRNA in combination with the indicated cDNA (OE indicates overexpression), (B) RT-qPCR analysis on day-4 after infection to determine RNA expression of Vim or Tnfaip2 in Tnfaip2-depleted cells with ectopic expression of Vim (left) or in Vim-depleted cells with ectopic expression of Tnfaip2 (right). Scramble shRNA (shScr)-infected MEFs served as a control [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by t-test]."}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "(", "A", "-", "D", ")", "infected", "with", "a", "vector", "expressing", "the", "indicated", "shRNA", "in", "combination", "with", "the", "indicated", "cDNA", "(", "OE", "indicates", "overexpression", ")", ",", "]", ".", "(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "FACS", "profiles", "and", "(", "D", ")", "quantification", "of", "SSEA1", "+", "iPSCs", "on", "day", "14", "after", "infection", "of", "MEF", "cultures", "with", "the", "indicated", "combination", "of", "shRNAs", "plus", "cDNAs", "(", "OE", ")", "or", "scrambled", "shRNA", "control", "[", "n", "=", "3", "independent", "cultures", "per", "group", ";", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", "]"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were (A-D) infected with a vector expressing the indicated shRNA in combination with the indicated cDNA (OE indicates overexpression), ]. (C) Representative images of FACS profiles and (D) quantification of SSEA1+ iPSCs on day 14 after infection of MEF cultures with the indicated combination of shRNAs plus cDNAs (OE) or scrambled shRNA control [n=3 independent cultures per group; data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by one-way ANOVA and Dunnett's multiple comparison test ]"}
{"words": ["Oct4", "-", "eGFP", "reporter", "MEFs", "or", "WT", "MEFs", "were", "(", "E", ",", "F", ")", "infected", "with", "the", "indicated", "shRNA", "with", "or", "without", "combined", "treatment", "with", "Etomoxir", "-", "a", "chemical", "inhibitor", "of", "CPT1A", ".", "(", "E", ")", "Representative", "FACS", "profiles", "and", "(", "F", ")", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "SSEA1", "+", "iPSCs", "in", "MEF", "cultures", "on", "day", "-", "18", "after", "infection", "with", "shRNAs", "targeting", "Tnfaip2", "or", "a", "scrambled", "shRNA", "control", "with", "or", "without", "continuous", "treatment", "with", "Etomoxir", "[", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "data", "were", "not", "normally", "distributed", "(", "P", "<", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "with", "Holm", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "]", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4-eGFP reporter MEFs or WT MEFs were (E,F) infected with the indicated shRNA with or without combined treatment with Etomoxir - a chemical inhibitor of CPT1A. (E) Representative FACS profiles and (F) quantification of the percentage of SSEA1+ iPSCs in MEF cultures on day-18 after infection with shRNAs targeting Tnfaip2 or a scrambled shRNA control with or without continuous treatment with Etomoxir [n=5 biological replicates; data were not normally distributed (P<0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by Mann-Whitney U test with Holm Sidak correction for multiple comparisons]."}
{"words": ["(", "A", ")", "TAG", "levels", "in", "exoc3", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "planarians", "vs", ".", "gfp", "(", "RNAi", ")", "-", "treated", "controls", "as", "determined", "by", "UPLC", "-", "MS", "/", "MS", ",", "[", "n", "=", "4", "experimental", "replicates", "on", "pools", "of", "25", "planarians", "per", "group", "per", "experiment", ";", "data", "were", "normally"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) TAG levels in exoc3(RNAi)-treated planarians vs. gfp(RNAi)-treated controls as determined by UPLC-MS/MS, [n=4 experimental replicates on pools of 25 planarians per group per experiment; data were normally distributed"}
{"words": ["(", "C", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "exoc3", "mRNA", "expression", "in", "planarians", "of", "the", "indicated", "genotypes", "and", "treatment"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RT-qPCR analysis of exoc3 mRNA expression in planarians of the indicated genotypes and treatment schedule"}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "images", "of", "regenerating", "planarians", "that", "were", "injected", "with", "gfp", "-", "RNAi", ",", "Smed", "-", "β", "-", "catenin", "-", "1", "-", "RNAi", "or", "Smed", "-", "β", "-", "catenin", "-", "1", "-", "RNAi", "in", "combination", "with", "PA", "/", "PC", "injection", "Heads", "and", "tails", "were", "cut", "on", "day", "-", "10", ",", "images", "were", "taken", "on", "day", "-", "17", "after", "amputation", ".", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "indicate", "the", "total", "number", "of", "animals", "exhibiting", "the", "represented", "phenotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative images of regenerating planarians that were injected with gfp-RNAi, Smed-β-catenin-1-RNAi or Smed-β-catenin-1-RNAi in combination with PA/PC injection Heads and tails were cut on day-10, images were taken on day-17 after amputation. Number ratios in the photographs indicate the total number of animals exhibiting the represented phenotype."}
{"words": ["(", "E", ")", "Images", "of", "body", "plan", "maintenance", "in", "non", "-", "injured", "planarians", "that", "were", "injected", "with", "gfp", "-", "RNAi", ",", "exoc3", "-", "RNAi", "or", "exoc3", "-", "RNAi", "in", "combination", "with", "PA", "/", "PC", "injection", "Number", "ratios", "in", "the", "photographs", "indicate", "the", "total", "number", "of", "animals", "exhibiting", "the", "represented", "phenotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Images of body plan maintenance in non-injured planarians that were injected with gfp-RNAi, exoc3-RNAi or exoc3-RNAi in combination with PA/PC injection Number ratios in the photographs indicate the total number of animals exhibiting the represented phenotype."}
{"words": ["(", "F", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "marker", "genes", "of", "early", "stem", "cell", "differentiation", "(", "prog", "-", "1", "and", "prog", "-", "2", ")", "and", "late", "stem", "cell", "differentiation", "(", "Smed", "-", "odc1", ")", "in", "planarians", "exposed", "to", "the", "indicated", "treatment", "regiments", "on", "day", "-", "38", "of", "the", "experiment", "as", "indicated", "in", "panel", "-", "B", "[", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "log", "-", "transformed", "data", "were", "normally", "distributed", "(", "P", ">", "0", ".", "05", "as", "per", "Shapiro", "-", "Wilk", "test", ")", "and", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) RT-qPCR analysis of marker genes of early stem cell differentiation (prog-1 and prog-2) and late stem cell differentiation (Smed-odc1) in planarians exposed to the indicated treatment regiments on day-38 of the experiment as indicated in panel-B [n=3 biological replicates; log-transformed data were normally distributed (P>0.05 as per Shapiro-Wilk test) and analyzed by one-way ANOVA and Dunnett's multiple comparison test]."}
{"words": ["A", "SHP1immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "from", "Jurkat", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "Upper", "panel", "of", "immunoblots", "shows", "expression", "levels", "in", "the", "input", "lysates", ",", "and", "isolated", "protein", "complexes", "are", "shown", "at", "the", "bottom", ".", "Rabbit", "IgGIP", "(", "isotype", ")", "is", "shown", "as", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A SHP1immunoprecipitation (IP) from Jurkat 1G4‐CD8 cells. Upper panel of immunoblots shows expression levels in the input lysates, and isolated protein complexes are shown at the bottom. Rabbit IgGIP (isotype) is shown as control."}
{"words": ["B", "Lentiviral", "knock", "‐", "down", "/", "re", "‐", "expression", "constructs", "for", "THEMIS", "‐", "wt", "‐", "Strep", "and", "THEMIS", "‐", "dPRR1", "‐", "Strep", "in", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "Knock", "‐", "down", "/", "re", "‐", "expression", "constructs", "are", "based", "on", "shTHEMIS", "‐", "128476", ".", "Red", "arrowheads", "indicate", "the", "specific", "signal", "for", "endogenous", "THEMIS", "and", "re", "‐", "expressed", "THEMIS", "‐", "Strep", ".", "The", "higher", "molecular", "weight", "band", "observed", "in", "all", "lanes", "is", "a", "non", "‐", "specific", "signal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Lentiviral knock‐down/re‐expression constructs for THEMIS‐wt‐Strep and THEMIS‐dPRR1‐Strep in 1G4‐CD8 cells. Knock‐down/re‐expression constructs are based on shTHEMIS‐128476. Red arrowheads indicate the specific signal for endogenous THEMIS and re‐expressed THEMIS‐Strep. The higher molecular weight band observed in all lanes is a non‐specific signal."}
{"words": ["C", "Streptactinpull", "‐", "downs", "(", "PDs", ")", "of", "THEMIS", "‐", "Strep", "from", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "Cells", "as", "described", "in", "(", "B", ")", "were", "stimulated", "with", "6V", "tetramers", ",", "followed", "by", "Streptactin", "PDs", "of", "THEMIS", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "isolated", "protein", "complexes", ".", "Separate", "experiments", "for", "SHP1", "and", "SHP2", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C Streptactinpull‐downs (PDs) of THEMIS‐Strep from 1G4‐CD8 cells. Cells as described in (B) were stimulated with 6V tetramers, followed by Streptactin PDs of THEMIS and immunoblot analysis of isolated protein complexes. Separate experiments for SHP1 and SHP2 are shown."}
{"words": ["D", "SHP1IP", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "SHP1", "tail", "phosphorylation", ".", "SHP1", "was", "immunoprecipitated", "from", "J", ".", "CaM1", ".", "6LCK", "‐", "Tet", "cells", ".", "Where", "indicated", ",", "LCK", "expression", "was", "induced", "with", "doxycycline", "prior", "to", "the", "experiment", "or", "Src", "‐", "kinase", "inhibitor", "PP2", "was", "used", "to", "abolish", "residual", "SHP1", "‐", "pY564", ".", "The", "upper", "panel", "of", "immunoblots", "shows", "the", "effect", "of", "LCK", "activity", "on", "SHP1", "‐", "pY564", "levels", ".", "The", "red", "arrowhead", "indicates", "residual", "pY564", ".", "Isolated", "protein", "complexes", "are", "shown", "in", "the", "lower", "panels", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D SHP1IP in the presence and absence of SHP1 tail phosphorylation. SHP1 was immunoprecipitated from J.CaM1.6LCK‐Tet cells. Where indicated, LCK expression was induced with doxycycline prior to the experiment or Src‐kinase inhibitor PP2 was used to abolish residual SHP1‐pY564. The upper panel of immunoblots shows the effect of LCK activity on SHP1‐pY564 levels. The red arrowhead indicates residual pY564. Isolated protein complexes are shown in the lower panels."}
{"words": ["E", "In", "vitro", "phosphatase", "treatment", "of", "the", "THEMIS", ":", "GRB2", ":", "SHP1", "complex", ".", "Bead", "‐", "bound", "THEMIS", "‐", "Strep", "complexes", "from", "1G4", "‐", "CD8", "cells", "were", "incubated", "in", "alkaline", "phosphatase", "(", "AP", ")", "buffer", "in", "the", "absence", "(", "lane", "1", ")", "or", "presence", "of", "AP", "(", "lane", "2", ")", ",", "or", "left", "completely", "untreated", "(", "lane", "3", ")", ",", "prior", "to", "washing", "and", "elution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E In vitro phosphatase treatment of the THEMIS:GRB2:SHP1 complex. Bead‐bound THEMIS‐Strep complexes from 1G4‐CD8 cells were incubated in alkaline phosphatase (AP) buffer in the absence (lane 1) or presence of AP (lane 2), or left completely untreated (lane 3), prior to washing and elution."}
{"words": ["F", "Anti", "‐", "HAIP", "from", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "HA", "‐", "SHP1", "and", "GRB2", "‐", "Myc", "constructs", ".", "GRB2", "mutants", "used", ":", "W36K", ",", "N", "‐", "SH3", "mutant", ";", "W193K", ",", "C", "‐", "SH3", "mutant", ".", "Upper", "panels", "show", "expression", "levels", "in", "the", "input", ";", "isolated", "proteins", "complexes", "are", "shown", "at", "the", "bottom", ".", "Relative", "amounts", "of", "GRB2", "‐", "Myc", "are", "normalized", "to", "the", "bait", "HA", "‐", "SHP1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "F Anti‐HAIP from HEK293 cells transfected with HA‐SHP1 and GRB2‐Myc constructs. GRB2 mutants used: W36K, N‐SH3 mutant; W193K, C‐SH3 mutant. Upper panels show expression levels in the input; isolated proteins complexes are shown at the bottom. Relative amounts of GRB2‐Myc are normalized to the bait HA‐SHP1."}
{"words": ["G", "Far", "‐", "Western", "blot", "of", "GRB2", "‐", "SH3", "domains", "binding", "to", "full", "‐", "length", "SHP1", ".", "HA", "IPs", "from", "empty", "vector", "or", "HA", "‐", "SHP1", "‐", "transfected", "HEK293", "cells", "were", "subjected", "to", "far", "‐", "Western", "blotting", "using", "recombinant", "GST", "‐", "tagged", "N", "‐", "or", "C", "‐", "SH3", "domains", "of", "GRB2", ".", "GST", "alone", "served", "as", "a", "background", "control", ".", "Blots", "were", "re", "‐", "probed", "for", "SHP1", "loading", "for", "normalization", "of", "anti", "‐", "GST", "signals", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Far‐Western blot of GRB2‐SH3 domains binding to full‐length SHP1. HA IPs from empty vector or HA‐SHP1‐transfected HEK293 cells were subjected to far‐Western blotting using recombinant GST‐tagged N ‐or C‐SH3 domains of GRB2. GST alone served as a background control. Blots were re‐probed for SHP1 loading for normalization of anti‐GST signals. Data shown are representative of three independent experiments."}
{"words": ["A", "Lentiviral", "knock", "‐", "down", "(", "KD", ")", "of", "THEMIS", "expression", "in", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "The", "efficiency", "of", "the", "THEMIS", "KD", "was", "assessed", "using", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Lentiviral knock‐down (KD) of THEMIS expression in 1G4‐CD8 cells. The efficiency of the THEMIS KD was assessed using immunoblotting."}
{"words": ["B", "Phospho", "‐", "flow", "cytometry", "analysis", "of", "pERK", "responses", "in", "THEMIS", "KD", "cells", ".", "1G4", "‐", "CD8", "control", "and", "THEMIS", "KD", "cells", "were", "stimulated", "with", "NY", "‐", "ESO", "‐", "1", "pMHC", "tetramers", "and", "analysed", "for", "ERK", "phosphorylation", "using", "flow", "cytometry", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "C", "Quantification", "of", "pERK", "‐", "positive", "cells", "from", "(", "B", ")", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SEM", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Phospho‐flow cytometry analysis of pERK responses in THEMIS KD cells. 1G4‐CD8 control and THEMIS KD cells were stimulated with NY‐ESO‐1 pMHC tetramers and analysed for ERK phosphorylation using flow cytometry. Data shown are representative of three independent experiments.C Quantification of pERK‐positive cells from (B). Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SEM are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, *P 0.05, **P 0.01."}
{"words": ["D", "Phospho", "‐", "flow", "cytometry", "analysis", "of", "pERK", "responses", "against", "titrated", "concentrations", "of", "9V", "tetramer", ".", "Time", "point", "was", "fixed", "at", "60", "s", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "E", "Quantification", "of", "pERK", "‐", "positive", "cells", "from", "(", "D", ")", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SEM", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Phospho‐flow cytometry analysis of pERK responses against titrated concentrations of 9V tetramer. Time point was fixed at 60 s. Data shown are representative of three independent experiments.E Quantification of pERK‐positive cells from (D). Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SEM are shown."}
{"words": ["A", "1G4", "‐", "CD8", "control", "and", "THEMIS", "KD", "cells", "were", "stimulated", "with", "NY", "‐", "ESO", "‐", "1", "pMHC", "tetramers", "and", "analysed", "for", "pY142", "‐", "CD3", "‐", "ζ", "phosphorylation", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "B", "Quantification", "of", "pY142", "‐", "CD3", "‐", "ζ", "responses", "of", "cells", "from", "(", "A", ")", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "Responses", "are", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "positive", "control", "sodium", "pervanadate", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SEM", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A 1G4‐CD8 control and THEMIS KD cells were stimulated with NY‐ESO‐1 pMHC tetramers and analysed for pY142‐CD3‐ζ phosphorylation by flow cytometry. Data shown are representative of three independent experiments.B Quantification of pY142‐CD3‐ζ responses of cells from (A). Data from three independent experiments were used in the analysis. Responses are expressed as percentage of the positive control sodium pervanadate. n = 3, means ± SEM are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, **P 0.01."}
{"words": ["A", "Lentiviral", "knock", "‐", "down", "of", "THEMIS", "expression", "in", "primary", "humanCD4", "+", "T", "cells", ".", "Following", "transduction", ",", "cells", "were", "expanded", "on", "CD3", "/", "CD28", "beads", "in", "the", "presence", "of", "exogenous", "IL", "‐", "2", "and", "analysed", "for", "THEMIS", "KD", "by", "immunoblotting", "on", "day", "4", "post", "‐", "transduction", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Lentiviral knock‐down of THEMIS expression in primary humanCD4+T cells. Following transduction, cells were expanded on CD3/CD28 beads in the presence of exogenous IL‐2 and analysed for THEMIS KD by immunoblotting on day 4 post‐transduction. Data shown are representative of three independent experiments."}
{"words": ["B", "pERK", "response", "in", "THEMIS", "KD", "humanCD4", "+", "T", "cells", ".", "Transduced", "CD4", "+", "cells", "were", "removed", "from", "beads", ",", "rested", "overnight", "and", "stimulated", "with", "CD3", "mAb", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "ERK", "phosphorylation", "was", "assessed", "by", "immunoblotting", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B pERK response in THEMIS KD humanCD4+T cells. Transduced CD4+ cells were removed from beads, rested overnight and stimulated with CD3 mAb for the indicated time points. ERK phosphorylation was assessed by immunoblotting. Data shown are representative of three independent experiments."}
{"words": ["C", "Expression", "of", "CD25", "and", "CD69", "surface", "markers", "of", "THEMIS", "KD", "humanCD4", "+", "T", "cells", "was", "assessed", "on", "day", "4", "post", "‐", "transduction", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Expression of CD25 and CD69 surface markers of THEMIS KD humanCD4+T cells was assessed on day 4 post‐transduction by flow cytometry. Data shown are representative of three independent experiments."}
{"words": ["D", "CD69", "up", "‐", "regulation", "on", "re", "‐", "stimulated", "THEMIS", "KD", "CD4", "+", "T", "cells", ".", "CD3", "/", "CD28", "beads", "were", "removed", "on", "day", "1", "post", "‐", "transduction", ",", "and", "cells", "were", "cultured", "in", "IL", "‐", "2", "and", "IL", "‐", "7", ".", "After", "removal", "of", "cell", "debris", "at", "day", "4", ",", "cells", "were", "restimulated", "with", "CD3", "/", "CD28", "beads", "at", "the", "indicated", "bead", "to", "cell", "ratio", ".", "CD69", "surface", "expression", "was", "assessed", "by", "flow", "cytometry", "24", "h", "later", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D CD69 up‐regulation on re‐stimulated THEMIS KD CD4+T cells. CD3/CD28 beads were removed on day 1 post‐transduction, and cells were cultured in IL‐2 and IL‐7. After removal of cell debris at day 4, cells were restimulated with CD3/CD28 beads at the indicated bead to cell ratio. CD69 surface expression was assessed by flow cytometry 24 h later. Data shown are representative of two independent experiments. n = 3, means ± SD are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, *P 0.05, ***P 0.001."}
{"words": ["A", "Donor", "‐", "derived", "humanCD4", "+", "T", "cells", "transduced", "as", "in", "Fig", "A", "were", "analysed", "for", "apoptosis", "by", "Annexin", "‐", "V", "surface", "staining", "on", "day", "4", "post", "‐", "transduction", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Donor‐derived humanCD4+T cells transduced as in Fig A were analysed for apoptosis by Annexin‐V surface staining on day 4 post‐transduction. Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SD are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, **P 0.01."}
{"words": ["B", "Annexin", "‐", "V", "staining", "of", "THEMIS", "KD", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "THEMIS", "KD", "and", "control", "1G4", "‐", "CD8", "cells", "were", "stimulated", "for", "24", "h", "with", "plate", "‐", "bound", "6V", "tetramers", ".", "Annexin", "‐", "V", "surface", "expression", "was", "analysed", "by", "flow", "cytometry", "and", "is", "shown", "as", "fold", "‐", "increase", "over", "non", "‐", "stimulated", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Annexin‐V staining of THEMIS KD 1G4‐CD8 cells. THEMIS KD and control 1G4‐CD8 cells were stimulated for 24 h with plate‐bound 6V tetramers. Annexin‐V surface expression was analysed by flow cytometry and is shown as fold‐increase over non‐stimulated. Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SD are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, *P 0.05, **P 0.01, ***P 0.001; ns, not significant."}
{"words": ["C", "Poly", "‐", "caspase", "activity", "in", "THEMIS", "KD", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "Cells", "were", "stimulated", "for", "24", "h", "with", "NY", "‐", "ESO", "‐", "1", "pMHC", "tetramers", ".", "Camptothecin", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", "for", "caspase", "activation", ".", "A", "FAM", "‐", "FLICA", "detection", "probe", "was", "used", "to", "assess", "poly", "‐", "caspase", "activity", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "shown", "are", "a", "representative", "example", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "D", "Quantification", "of", "poly", "‐", "caspase", "activity", "of", "cells", "from", "(", "C", ")", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SEM", "are", "shown", ";", "two", "‐", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Poly‐caspase activity in THEMIS KD 1G4‐CD8 cells. Cells were stimulated for 24 h with NY‐ESO‐1 pMHC tetramers. Camptothecin was used as a positive control for caspase activation. A FAM‐FLICA detection probe was used to assess poly‐caspase activity by flow cytometry. Data shown are a representative example of three independent experiments.D Quantification of poly‐caspase activity of cells from (C). Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SEM are shown; two‐tailed unpaired Student's t‐test, *P 0.05, **P 0.01; ns, not significant."}
{"words": ["A", "Lentiviral", "KD", "of", "SHP1", "expression", "in", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "KD", "efficiency", "was", "assessed", "using", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Lentiviral KD of SHP1 expression in 1G4‐CD8 cells. KD efficiency was assessed using immunoblotting."}
{"words": ["B", "Annexin", "‐", "V", "staining", "of", "THEMIS", "and", "SHP1", "KD", "1G4", "‐", "CD8", "cells", ".", "Control", ",", "THEMIS", "and", "SHP1", "knock", "‐", "down", "Jurkat", "1G4", "‐", "CD8", "cells", "were", "stimulated", "for", "24", "h", "with", "plate", "‐", "bound", "6V", "tetramers", ".", "Annexin", "‐", "V", "surface", "expression", "was", "analysed", "by", "flow", "cytometry", "and", "is", "shown", "as", "fold", "‐", "increase", "over", "non", "‐", "stimulated", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "used", "in", "the", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", "are", "shown", ";", "two", "‐", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "‐", "test", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Annexin‐V staining of THEMIS and SHP1 KD 1G4‐CD8 cells. Control, THEMIS and SHP1 knock‐down Jurkat 1G4‐CD8 cells were stimulated for 24 h with plate‐bound 6V tetramers. Annexin‐V surface expression was analysed by flow cytometry and is shown as fold‐increase over non‐stimulated. Data from three independent experiments were used in the analysis. n = 3, means ± SD are shown; two‐way ANOVA, Bonferroni post‐test, *P 0.05, **P 0.01, ***P 0.001."}
{"words": ["C", "Lentiviral", "knock", "‐", "down", "of", "THEMIS", "and", "SHP1", "expression", "in", "primary", "humanCD4", "+", "T", "cells", ".", "Following", "transduction", ",", "cells", "were", "expanded", "on", "CD3", "/", "CD28", "beads", "in", "the", "presence", "of", "exogenous", "IL", "‐", "2", ".", "Knock", "‐", "down", "efficiency", "was", "analysed", "by", "immunoblotting", "on", "day", "4", "post", "‐", "transduction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Lentiviral knock‐down of THEMIS and SHP1 expression in primary humanCD4+T cells. Following transduction, cells were expanded on CD3/CD28 beads in the presence of exogenous IL‐2. Knock‐down efficiency was analysed by immunoblotting on day 4 post‐transduction."}
{"words": ["D", "Expression", "of", "CD25", ",", "CD69", "and", "Annexin", "‐", "V", "surface", "markers", "of", "cells", "from", "(", "C", ")", "was", "assessed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Expression of CD25, CD69 and Annexin‐V surface markers of cells from (C) was assessed by flow cytometry. Data shown are representative of three independent experiments."}
{"words": ["E", "Annexin", "‐", "V", "staining", "of", "1G4", "‐", "CD8", "cells", "re", "‐", "expressing", "a", "SHP1", "tail", "tyrosine", "mutant", ".", "Jurkat", "1G4", "‐", "CD8", "cells", "were", "transduced", "with", "Knock", "‐", "down", "/", "re", "‐", "expression", "constructs", "for", "HA", "‐", "SHP1", "wild", "‐", "type", "(", "wt", ")", "or", "Tyr536", "/", "564", "to", "Phe", "double", "mutant", "(", "YYFF", ")", ".", "Cells", "were", "stimulated", "and", "analysed", "by", "flow", "cytometry", "as", "in", "(", "B", ")", ".", "Data", "shown", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Annexin‐V staining of 1G4‐CD8 cells re‐expressing a SHP1 tail tyrosine mutant. Jurkat 1G4‐CD8 cells were transduced with Knock‐down/re‐expression constructs for HA‐SHP1 wild‐type (wt) or Tyr536/564 to Phe double mutant (YYFF). Cells were stimulated and analysed by flow cytometry as in (B). Data shown are representative of three independent experiments. n = 3, means ± SD are shown."}
{"words": ["A", "CD8", "+", "T", "cells", "from", "OT", "‐", "I", "Rag2", "−", "/", "−", "mice", "expressing", "wild", "‐", "type", "(", "LCK", ")", "or", "LCKS59A", "proteins", "were", "stimulated", "with", "H", "‐", "2Kb", "‐", "positive", "antigen", "‐", "presenting", "cells", "pulsed", "with", "serial", "dilutions", "of", "the", "OVA", "(", "257", "-", "264", ")", "peptide", ",", "the", "OVA", "peptide", "variants", "Q4", "and", "T4", ",", "and", "VSV", ",", "a", "peptide", "that", "is", "not", "recognized", "by", "the", "OT", "‐", "I", "TCR", ".", "CD69", "up", "‐", "regulation", "(", "left", ")", "and", "TCR", "down", "‐", "regulation", "(", "right", ")", "were", "analysed", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A CD8+T cells from OT‐I Rag2−/−mice expressing wild‐type (LCK) or LCKS59A proteins were stimulated with H‐2Kb‐positive antigen‐presenting cells pulsed with serial dilutions of the OVA (257-264) peptide, the OVA peptide variants Q4 and T4, and VSV, a peptide that is not recognized by the OT‐I TCR. CD69 up‐regulation (left) and TCR down‐regulation (right) were analysed. Data are representative of three independent experiments."}
{"words": ["B", "CD8", "+", "T", "cells", "from", "OT", "‐", "I", "Rag2", "−", "/", "−", "mice", "expressing", "wild", "‐", "type", "(", "LCK", ")", "or", "LCKS59A", "proteins", "were", "labelled", "with", "CFSE", "and", "stimulated", "with", "serial", "dilution", "of", "H", "‐", "2Kb", "‐", "OVA", "or", "H", "‐", "2Kb", "‐", "Q4R7", "peptide", "‐", "MHC", "tetramers", ".", "After", "3", "days", ",", "the", "absolute", "numbers", "of", "divided", "T", "cells", "were", "determined", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B CD8+T cells from OT‐I Rag2−/−mice expressing wild‐type (LCK) or LCKS59A proteins were labelled with CFSE and stimulated with serial dilution of H‐2Kb‐OVA or H‐2Kb‐Q4R7 peptide‐MHC tetramers. After 3 days, the absolute numbers of divided T cells were determined. Data are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "confocal", "microscopy", "sections", "of", "m6A", "-", "Tracer", "signal", "in", "HAP", "-", "1", "cells", "following", "pA", "-", "DamID", "with", "indicated", "antibodies", ".", "pA", "-", "Dam", "only", ":", "primary", "antibody", "was", "omitted", ",", "the", "dotted", "yellow", "line", "indicates", "DAPI", "segmentation", ".", "Free", "Dam", ":", "permeabilized", "cells", "were", "treated", "with", "freely", "diffusing", "pure", "Dam", "protein", "and", "SAM", "for", "30", "min", ".", "Scale", "bar", "corresponds", "to", "2", "µm", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "peripheral", "enrichment", "of", "antibody", "staining", "and", "m6A", "-", "Tracer", "signals", "after", "pA", "-", "DamID", "with", "indicated", "antibodies", ".", "The", "nuclear", "rim", "and", "interior", "were", "segmented", "using", "DAPI", "signal", "and", "the", "mean", "m6A", "or", "antibody", "signal", "was", "determined", "and", "tranformed", "to", "a", "log2", "-", "ratio", ".", "The", "nuclear", "rim", "mask", "extends", "slightly", "beyond", "the", "NL", ",", "resulting", "in", "underestimation", "of", "the", "real", "enrichment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative confocal microscopy sections of m6A-Tracer signal in HAP-1 cells following pA-DamID with indicated antibodies. pA-Dam only: primary antibody was omitted, the dotted yellow line indicates DAPI segmentation. Free Dam: permeabilized cells were treated with freely diffusing pure Dam protein and SAM for 30 min. Scale bar corresponds to 2 µm. (C) Quantification of peripheral enrichment of antibody staining and m6A-Tracer signals after pA-DamID with indicated antibodies. The nuclear rim and interior were segmented using DAPI signal and the mean m6A or antibody signal was determined and tranformed to a log2-ratio. The nuclear rim mask extends slightly beyond the NL, resulting in underestimation of the real enrichment. "}
{"words": ["(", "D", ")", "HT1080", "cells", "expressing", "inducible", "Dam", "-", "Lamin", "B1", "were", "treated", "with", "Shield1", "to", "induce", "m6A", "methylation", ".", "Cells", "were", "either", "fixed", "immediately", "or", "processed", "according", "to", "the", "pA", "-", "DamID", "protocol", "(", "as", "negative", "controls", ")", "and", "then", "fixed", "on", "poly", "-", "L", "-", "lysine", "coated", "cover", "slips", ".", "Cells", "were", "imaged", "by", "confocal", "microscopy", "for", "the", "NL", "(", "Lamin", "B2", "antibody", ")", "and", "methylation", "(", "m6A", "-", "Tracer", ")", "for", "both", "conditions", ".", "Laser", "settings", "were", "changed", "between", "images", "to", "optimize", "image", "quality", ".", "The", "mask", "for", "defining", "the", "nuclear", "rim", "was", "obtained", "by", "segmentation", "of", "the", "DAPI", "image", ".", "The", "scale", "bar", "corresponds", "to", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HT1080 cells expressing inducible Dam-Lamin B1 were treated with Shield1 to induce m6A methylation. Cells were either fixed immediately or processed according to the pA-DamID protocol (as negative controls) and then fixed on poly-L-lysine coated cover slips. Cells were imaged by confocal microscopy for the NL (Lamin B2 antibody) and methylation (m6A-Tracer) for both conditions. Laser settings were changed between images to optimize image quality. The mask for defining the nuclear rim was obtained by segmentation of the DAPI image.The scale bar corresponds to 2 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "For", "every", "cell", ",", "the", "50", "%", "decay", "distance", "from", "the", "nuclear", "periphery", "was", "determined", "for", "Lamin", "B2", "and", "m6A", "-", "Tracer", "by", "fitting", "exponential", "decay", "functions", "from", "the", "nuclear", "rim", "as", "defined", "by", "segmentation", "of", "the", "DAPI", "image", "The", "difference", "in", "50", "%", "decay", "distance", "between", "Lamin", "B2", "and", "m6A", "-", "Tracer", "was", "used", "as", "a", "measure", "of", "the", "thickness", "of", "the", "m6A", "-", "Tracer", "layer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) For every cell, the 50% decay distance from the nuclear periphery was determined for Lamin B2 and m6A-Tracer by fitting exponential decay functions from the nuclear rim as defined by segmentation of the DAPI image The difference in 50% decay distance between Lamin B2 and m6A-Tracer was used as a measure of the thickness of the m6A-Tracer layer."}
{"words": ["(", "F", ")", "Distribution", "of", "the", "m6A", "-", "Tracer", "layer", "thickness", "for", "HT1080", "cells", "expressing", "Dam", "-", "Lamin", "B1", ",", "visualized", "before", "and", "after", "the", "pA", "-", "DamID", "protocol", ".", "For", "comparison", ",", "a", "similar", "analysis", "was", "performed", "with", "HT1080", "cells", "not", "expressing", "Dam", "-", "LaminB1", ",", "subjected", "to", "Lamin", "B2", "pA", "-", "DamID", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0], "text": "(F) Distribution of the m6A-Tracer layer thickness for HT1080 cells expressing Dam-Lamin B1, visualized before and after the pA-DamID protocol. For comparison, a similar analysis was performed with HT1080 cells not expressing Dam-LaminB1, subjected to Lamin B2 pA-DamID."}
{"words": ["(", "A", ")", "Example", "of", "raw", "pA", "-", "DamID", "data", "tracks", "from", "2", "million", "HAP", "-", "1", "cells", "for", "Lamin", "B2", ",", "H3K27me3", "and", "the", "Dam", "control", "from", "a", "single", "experiment", ".", "Sequenced", "reads", "are", "counted", "in", "20kb", "bins", "and", "normalized", "for", "library", "size", ".", "(", "B", ")", "Same", "pA", "-", "DamID", "tracks", "of", "Lamin", "B2", "and", "H3K27me3", "as", "in", "(", "A", ")", "but", "after", "normalization", "to", "the", "Dam", "-", "only", "control", "(", "to", "correct", "for", "accessibility", "and", "amplification", "biases", ")", "and", "log2", "-", "transformation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Example of raw pA-DamID data tracks from 2 million HAP-1 cells for Lamin B2, H3K27me3 and the Dam control from a single experiment. Sequenced reads are counted in 20kb bins and normalized for library size. (B) Same pA-DamID tracks of Lamin B2 and H3K27me3 as in (A) but after normalization to the Dam-only control (to correct for accessibility and amplification biases) and log2-transformation. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Correlation", "between", "the", "median", "peripheral", "enrichment", "of", "m6A", "-", "Tracer", "determined", "by", "confocal", "microscopy", "and", "enrichment", "of", "sequencing", "reads", "within", "LADs", "in", "HAP", "-", "1", "cells", ".", "The", "LAD", "definition", "is", "based", "on", "conventional", "Lamin", "B1", "DamID", "data", ".", "Every", "point", "represents", "a", "single", "pA", "-", "DamID", "experiment", "for", "which", "both", "microscopy", "and", "sequencing", "data", "were", "generated", ",", "colored", "by", "the", "antibody", "used", ".", "The", "blue", "line", "represents", "a", "linear", "model", "with", "a", "standard", "error", "confidence", "interval", "in", "grey", ".", "The", "red", "dashed", "line", "represents", "the", "diagonal", ".", "The", "Pearson", "correlation", "coefficient", "was", "converted", "to", "a", "t", "-", "statistic", "and", "a", "one", "-", "sided", "t", "-", "test", "with", "n", "-", "2", "degrees", "of", "freedom", "was", "used", "to", "determine", "statistical", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Correlation between the median peripheral enrichment of m6A-Tracer determined by confocal microscopy and enrichment of sequencing reads within LADs in HAP-1 cells. The LAD definition is based on conventional Lamin B1 DamID data. Every point represents a single pA-DamID experiment for which both microscopy and sequencing data were generated, colored by the antibody used. The blue line represents a linear model with a standard error confidence interval in grey. The red dashed line represents the diagonal. The Pearson correlation coefficient was converted to a t-statistic and a one-sided t-test with n-2 degrees of freedom was used to determine statistical significance."}
{"words": ["(", "D", ")", "Comparisons", "of", "pA", "-", "DamID", "genome", "-", "wide", "data", "(", "bin", "size", "20", "kb", ")", "for", "different", "lamin", "antibodies", "in", "hTERT", "-", "RPE", "cells", ":", "Lamin", "B1", "vs", ".", "Lamin", "B2", "(", "left", "panel", ")", "and", "Lamin", "B2", "vs", ".", "Lamin", "A", "/", "C", "(", "right", "panel", ")", ".", "n", "denotes", "the", "number", "of", "independent", "biological", "experiments", "that", "were", "averaged", "for", "each", "data", "track", ".", "The", "blue", "line", "represents", "a", "linear", "model", ".", "The", "red", "dashed", "line", "represents", "the", "diagonal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Comparisons of pA-DamID genome-wide data (bin size 20 kb) for different lamin antibodies in hTERT-RPE cells: Lamin B1 vs. Lamin B2 (left panel) and Lamin B2 vs. Lamin A/C (right panel). n denotes the number of independent biological experiments that were averaged for each data track. The blue line represents a linear model. The red dashed line represents the diagonal."}
{"words": ["(", "A", ")", "Comparison", "of", "pA", "-", "DamID", "and", "DamID", "data", "for", "for", "various", "lamins", "across", "a", "representative", "genomic", "locus", "in", "HAP", "-", "1", "and", "hTERT", "-", "RPE", "cells", ".", "Arrow", "indicates", "a", "region", "with", "dissimilar", "pA", "-", "DamID", "and", "DamID", "scores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) Comparison of pA-DamID and DamID data for for various lamins across a representative genomic locus in HAP-1 and hTERT-RPE cells. Arrow indicates a region with dissimilar pA-DamID and DamID scores."}
{"words": ["(", "B", ")", "Genome", "-", "wide", "correlation", "of", "Lamin", "B1", "pA", "-", "DamID", "and", "Lamin", "B1", "DamID", "data", ".", "The", "blue", "line", "represents", "a", "linear", "model", ".", "The", "red", "dashed", "line", "represents", "the", "diagonal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Genome-wide correlation of Lamin B1 pA-DamID and Lamin B1 DamID data. The blue line represents a linear model. The red dashed line represents the diagonal."}
{"words": ["(", "D", ")", "Multidimensional", "scaling", "(", "MDS", ")", "plot", "showing", "all", "individual", "replicates", "of", "DamID", "and", "pA", "-", "DamID", "experiments", "for", "various", "lamins", "and", "cell", "types", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Multidimensional scaling (MDS) plot showing all individual replicates of DamID and pA-DamID experiments for various lamins and cell types."}
{"words": ["(", "B", ")", "NL", "interactions", "in", "hTERT", "-", "RPE", "cells", "at", "indicated", "times", "after", "mitosis", "for", "chromosome", "2", ",", "as", "determined", "by", "Lamin", "B2", "pA", "-", "DamID", ".", "Log2", "-", "ratios", "were", "convered", "to", "z", "-", "scores", "to", "account", "for", "differences", "in", "dynamic", "range", "between", "replicates", "Average", "of", "two", "independent", "biological", "replicates", ".", "LADs", "are", "colored", "by", "their", "differential", "class", "(", "down", ":", "red", ",", "stable", ":", "grey", ",", "up", ":", "green", ",", "The", "centromere", "is", "shown", "as", "grey", "box", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) NL interactions in hTERT-RPE cells at indicated times after mitosis for chromosome 2, as determined by Lamin B2 pA-DamID. Log2-ratios were convered to z-scores to account for differences in dynamic range between replicates Average of two independent biological replicates. LADs are colored by their differential class (down:red, stable:grey, up:green, The centromere is shown as grey box."}
{"words": ["(", "C", ")", "pA", "-", "DamID", "signal", "as", "a", "function", "of", "time", "after", "mitosis", ",", "for", "stable", "(", "grey", ",", "n", "=", "717", ")", "and", "dynamic", "LADs", "(", "red", "and", "green", ":", "decreasing", "(", "n", "=", "234", ")", "and", "increasing", "(", "n", "=", "225", ")", "NL", "interactions", ",", "respectively", ")", ".", "Lines", "represent", "mean", "signals", "of", "the", "three", "LAD", "classes", "and", "the", "shaded", "area", "one", "standard", "deviation", "on", "both", "sides", ".", "(", "D", ")", "Rate", "of", "changes", "in", "NL", "interactions", "(", "average", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "score", "per", "hour", ")", "as", "function", "of", "time", "after", "mitosis", "for", "stable", "and", "dynamics", "LADs", "Boxplots", ":", "horizontal", "lines", "represent", "25th", ",", "50th", "and", "75th", "percentiles", ";", "whiskers", "extend", "to", "the", "smallest", "values", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "times", "distance", "between", "25th", "and", "75th", "percentiles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) pA-DamID signal as a function of time after mitosis, for stable (grey, n=717) and dynamic LADs (red and green: decreasing (n=234) and increasing (n=225) NL interactions, respectively). Lines represent mean signals of the three LAD classes and the shaded area one standard deviation on both sides. (D) Rate of changes in NL interactions (average pA-DamID z-score per hour) as function of time after mitosis for stable and dynamics LADs Boxplots: horizontal lines represent 25th, 50th and 75th percentiles; whiskers extend to the smallest values no further than 1.5 times distance between 25th and 75th percentiles."}
{"words": ["(", "E", "-", "G", ")", "LAD", "size", "distribution", "in", "basepairs", "(", "E", ")", ",", "density", "of", "active", "genes", "(", "F", ")", "and", "Repli", "-", "seq", "score", "distributions", "(", "G", ")", "for", "stable", "and", "dynamic", "LADs", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "a", "two", "‐", "way", "Wilcoxin", "test", "with", "Benjamini", "-", "Hochberg", "p", "-", "value", "correction", "to", "account", "for", "multiple", "testing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-G) LAD size distribution in basepairs (E), density of active genes (F) and Repli-seq score distributions (G) for stable and dynamic LADs Statistical significance was determined using a two‐way Wilcoxin test with Benjamini-Hochberg p-value correction to account for multiple testing."}
{"words": ["(", "H", ")", "Difference", "in", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "between", "1h", "and", "21h", "time", "points", ",", "plotted", "against", "the", "distance", "to", "telomeres", "(", "leftpanel", ")", "or", "centromeres", "(", "rightpanel", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "single", "LAD", ".", "Chromosomes", "are", "colored", "and", "ordered", "by", "size", ".", "Red", "line", "is", "a", "fitted", "loess", "curve", ".", "The", "Spearman", "correlation", "coefficient", "(", "ρ", ")", "was", "used", "to", "test", "for", "a", "significant", "monotonic", ",", "non", "-", "linear", "association", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Difference in pA-DamID z-scores between 1h and 21h time points, plotted against the distance to telomeres (leftpanel) or centromeres (rightpanel). Each dot represents a single LAD. Chromosomes are colored and ordered by size. Red line is a fitted loess curve. The Spearman correlation coefficient (ρ) was used to test for a significant monotonic, non-linear association."}
{"words": ["Difference", "in", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "plotted", "against", "the", "distance", "to", "telomeres", "(", "leftpanel", ")", "or", "centromeres", "(", "rightpanel", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "single", "LAD", ".", "Chromosomes", "are", "colored", "and", "ordered", "by", "size", ".", "Red", "line", "is", "a", "fitted", "loess", "curve", ".", "The", "Spearman", "correlation", "coefficient", "(", "ρ", ")", "was", "used", "to", "test", "for", "a", "significant", "monotonic", ",", "non", "-", "linear", "association", ".", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "for", "individual", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Difference in pA-DamID z-scores plotted against the distance to telomeres (leftpanel) or centromeres (rightpanel). Each dot represents a single LAD. Chromosomes are colored and ordered by size. Red line is a fitted loess curve. The Spearman correlation coefficient (ρ) was used to test for a significant monotonic, non-linear association. pA-DamID z-scores for individual time points."}
{"words": ["(", "A", ")", "Lamin", "B2", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "of", "a", "representative", "locus", "in", "HAP", "-", "1", "cells", "sorted", "for", "G1", ",", "mid", "-", "S", "and", "G2", "phases", ".", "Arrows", "point", "to", "regions", "that", "lose", "NL", "interaction", "from", "G1", "to", "G2", ".", "The", "red", "star", "indicates", "the", "end", "of", "the", "chromosome", ".", "Average", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Lamin B2 pA-DamID z-scores of a representative locus in HAP-1 cells sorted for G1, mid-S and G2 phases. Arrows point to regions that lose NL interaction from G1 to G2. The red star indicates the end of the chromosome. Average of three biological replicates."}
{"words": ["difference", "in", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "between", "G2", "and", "G1", "sorted", "pools", "as", "function", "of", "distance", "to", "either", "telomere", "or", "centromere", "for", "HAP", "-", "1", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "HCT116", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "K562", "cells", "(", "n", "=", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "difference in pA-DamID z-scores between G2 and G1 sorted pools as function of distance to either telomere or centromere for HAP-1 (n=3), HCT116 (n=2) and K562 cells (n=2)."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "LAD", "size", "distribution", "in", "basepairs", "(", "C", ")", ",", "density", "of", "active", "genes", "(", "D", ")", "and", "Repli", "-", "seq", "scores", "(", "E", ")", "for", "stable", "and", "dynamic", "LADs", ".", "Repli", "-", "seq", "data", "are", "not", "available", "for", "HAP", "-", "1", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) LAD size distribution in basepairs (C), density of active genes (D) and Repli-seq scores (E) for stable and dynamic LADs. Repli-seq data are not available for HAP-1 cells."}
{"words": ["(", "F", ")", "Overlapping", "fractions", "of", "stable", "and", "dynamic", "LADs", "and", "iLADs", "with", "Hi", "-", "C", "subcompartments", "in", "HAP", "-", "1", "and", "K562", "cells", ",", "as", "imputed", "by", "SNIPER", "A", "permutation", "test", "with", "1000", "permutations", "(", "R", "-", "package", "regioneR", "was", "used", "to", "test", "for", "a", "significant", "enrichment", "of", "B1", "subcompartments", "in", "decreasing", "LADs", ",", "resulting", "in", "P", "-", "values", "of", "1e", "-", "3", "and", "1e", "-", "3", "for", "HAP", "-", "1", "and", "K562", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Overlapping fractions of stable and dynamic LADs and iLADs with Hi-C subcompartments in HAP-1 and K562 cells, as imputed by SNIPER A permutation test with 1000 permutations (R-package regioneR was used to test for a significant enrichment of B1 subcompartments in decreasing LADs, resulting in P-values of 1e-3 and 1e-3 for HAP-1 and K562, respectively."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "K562", "locus", "comparing", "Lamin", "B2", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "in", "cell", "cycle", "sorted", "cells", "with", "replication", "timing", ".", "Arrows", "point", "to", "regions", "with", "increased", "mid", "-", "S", "signal", "compared", "to", "G1", "and", "G2", ",", "which", "tend", "to", "overlap", "with", "regions", "that", "exhibit", "intermediate", "replication", "timing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative K562 locus comparing Lamin B2 pA-DamID z-scores in cell cycle sorted cells with replication timing. Arrows point to regions with increased mid-S signal compared to G1 and G2, which tend to overlap with regions that exhibit intermediate replication timing."}
{"words": ["(", "B", ")", "Difference", "tracks", "in", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "between", "the", "cell", "cycle", "stages", "Data", "were", "smoothed", "by", "a", "running", "mean", "of", "5"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Difference tracks in pA-DamID z-scores between the cell cycle stages Data were smoothed by a running mean of 5 bins"}
{"words": ["(", "C", ")", "Scatterplots", "of", "Repli", "-", "seq", "vs", ".", "the", "difference", "in", "smoothed", "pA", "-", "DamID", "z", "-", "scores", "between", "mid", "-", "S", "sorted", "cells", "and", "either", "G1", "or", "G2", "sorted", "cells", "for", "K562", "and", "HCT116", "cells", "(", "two", "replicates", ")", ".", "Bins", "with", "pA", "-", "DamID", "differences", "between", "G1", "and", "G2", "bigger", "than", "0", ".", "2", "were", "filtered", "out", "to", "prevent", "artifacts", "from", "cell", "cycle", "dynamics", ".", "Blue", "line", "shows", "a", "fitted", "loess", "curve", ".", "The", "Spearman", "correlation", "coefficient", "(", "ρ", ")", "between", "the", "absolute", "Repli", "-", "seq", "signal", "and", "pA", "-", "DamID", "difference", "was", "used", "as", "a", "measure", "of", "the", "enriched", "signal", "at", "mid", "-", "S", "replicating", "DNA", "(", "with", "a", "Repli", "-", "seq", "score", "around", "zero", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Scatterplots of Repli-seq vs. the difference in smoothed pA-DamID z-scores between mid-S sorted cells and either G1 or G2 sorted cells for K562 and HCT116 cells (two replicates). Bins with pA-DamID differences between G1 and G2 bigger than 0.2 were filtered out to prevent artifacts from cell cycle dynamics. Blue line shows a fitted loess curve. The Spearman correlation coefficient (ρ) between the absolute Repli-seq signal and pA-DamID difference was used as a measure of the enriched signal at mid-S replicating DNA (with a Repli-seq score around zero)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Scatterplots", "of", "changes", "in", "pA", "-", "DamID", "signal", "versus", "the", "pA", "-", "DamID", "signal", "in", "G1", "(", "left", "-", "hand", "panels", ")", "or", "G2", "cells", "(", "right", "-", "hand", "panels", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Scatterplots of changes in pA-DamID signal versus the pA-DamID signal in G1 (left-hand panels) or G2 cells (right-hand panels)"}
{"words": ["(", "A", ")", "Ribbon", "diagram", "of", "the", "HsAtg4B", "-", "LC3", "(", "1", "-", "120", ")", "complex", ".", "HsAtg4B", "is", "coloured", "salmon", "red", ",", "and", "LC3", "is", "coloured", "green", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Ribbon diagram of the HsAtg4B-LC3(1-120) complex. HsAtg4B is coloured salmon red, and LC3 is coloured green."}
{"words": ["(", "B", ")", "Structural", "comparison", "between", "free", "and", "HsAtg4B", "‐", "bound", "LC3", ".", "Crystal", "structure", "of", "free", "LC3", "(", "1", "-", "120", ")", "(", "PDB", "code", "1UGM", ")", "is", "superimposed", "on", "the", "HsAtg4B", "‐", "bound", "LC3", ".", "HsAtg4B", "‐", "bound", "LC3", "is", "coloured", "green", ",", "and", "free", "LC3", "is", "coloured", "grey", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Structural comparison between free and HsAtg4B‐bound LC3. Crystal structure of free LC3(1-120) (PDB code 1UGM) is superimposed on the HsAtg4B‐bound LC3. HsAtg4B‐bound LC3 is coloured green, and free LC3 is coloured grey."}
{"words": ["(", "C", ")", "Structural", "comparison", "between", "free", "and", "LC3", "‐", "bound", "HsAtg4B", ".", "Crystal", "structure", "of", "free", "HsAtg4B", "(", "PDB", "code", "2CY7", ")", "is", "superimposed", "on", "the", "LC3", "‐", "bound", "HsAtg4B", ".", "LC3", "‐", "bound", "HsAtg4B", "is", "coloured", "salmon", "red", ",", "and", "free", "HsAtg4B", "is", "coloured", "grey", ".", "The", "regions", "with", "large", "conformational", "differences", "between", "free", "and", "LC3", "‐", "bound", "forms", "are", "coloured", "black", "(", "free", ")", "and", "red", "(", "LC3", "bound", ")", ".", "All", "the", "figures", "representing", "molecular", "structures", "were", "generated", "with", "PyMOL", "(", "DeLano", ",", "2002", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Structural comparison between free and LC3‐bound HsAtg4B. Crystal structure of free HsAtg4B (PDB code 2CY7) is superimposed on the LC3‐bound HsAtg4B. LC3‐bound HsAtg4B is coloured salmon red, and free HsAtg4B is coloured grey. The regions with large conformational differences between free and LC3‐bound forms are coloured black (free) and red (LC3 bound). All the figures representing molecular structures were generated with PyMOL ( DeLano, 2002)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Interaction", "between", "HsAtg4B", "and", "the", "ubiquitin", "core", "of", "LC3", ".", "HsAtg4B", "is", "coloured", "salmon", "red", ",", "and", "LC3", "is", "coloured", "green", ".", "The", "side", "chains", "of", "the", "residues", "involved", "in", "the", "HsAtg4B", "-", "LC3", "interaction", "are", "shown", "as", "stick", "models", ".", "Possible", "hydrophilic", "interactions", "are", "shown", "as", "broken", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Interaction between HsAtg4B and the ubiquitin core of LC3. HsAtg4B is coloured salmon red, and LC3 is coloured green. The side chains of the residues involved in the HsAtg4B-LC3 interaction are shown as stick models. Possible hydrophilic interactions are shown as broken lines."}
{"words": ["(", "B", ")", "Interaction", "between", "HsAtg4B", "and", "the", "C", "‐", "terminal", "tail", "of", "LC3", ".", "Trp142", "and", "the", "regulatory", "loop", "of", "HsAtg4B", "are", "coloured", "blue", ",", "whereas", "the", "remainder", "is", "coloured", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "As", "the", "side", "chain", "of", "Cys74", "has", "two", "conformations", ",", "both", "conformations", "are", "shown", ".", "Possible", "hydrophilic", "interactions", "are", "shown", "as", "broken", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Interaction between HsAtg4B and the C‐terminal tail of LC3. Trp142 and the regulatory loop of HsAtg4B are coloured blue, whereas the remainder is coloured as in (A). As the side chain of Cys74 has two conformations, both conformations are shown. Possible hydrophilic interactions are shown as broken lines."}
{"words": ["(", "C", ")", "In", "vitro", "proteolysis", "assay", ".", "Left", ",", "LC3", "mutants", "fused", "to", "GST", "were", "incubated", "with", "HsAtg4B", ".", "Right", ",", "LC3", "-", "GST", "was", "incubated", "with", "HsAtg4B", "mutants", ".", "Procedures", "are", "described", "in", "detail", "in", "Materials", "and", "methods", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) In vitro proteolysis assay. Left, LC3 mutants fused to GST were incubated with HsAtg4B. Right, LC3-GST was incubated with HsAtg4B mutants. Procedures are described in detail in Materials and methods."}
{"words": ["(", "A", ")", "Annealed", "Fo", "−", "Fc", "electron", "density", "map", "for", "the", "C", "‐", "terminal", "region", "(", "residues", "119", "-", "122", ")", "of", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", ".", "Left", ",", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "bound", "to", "the", "HsAtg4B", "H280A", "mutant", ";", "right", ",", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "bound", "to", "the", "HsAtg4B", "C74S", "mutant", ".", "Structure", "of", "the", "C", "‐", "terminal", "region", "of", "LC3", "is", "also", "shown", "as", "a", "stick", "model", ",", "in", "which", "carbon", ",", "nitrogen", "and", "oxygen", "atoms", "are", "coloured", "green", ",", "blue", "and", "red", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Annealed Fo−Fc electron density map for the C‐terminal region (residues 119-122) of LC3(1-124). Left, LC3(1-124) bound to the HsAtg4B H280A mutant; right, LC3(1-124) bound to the HsAtg4B C74S mutant. Structure of the C‐terminal region of LC3 is also shown as a stick model, in which carbon, nitrogen and oxygen atoms are coloured green, blue and red, respectively."}
{"words": ["(", "B", ")", "Structure", "of", "the", "C", "‐", "terminal", "tail", "of", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "and", "the", "catalytic", "site", "of", "HsAtg4B", ".", "Left", ",", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "bound", "to", "HsAtg4B", "H280A", "mutant", ",", "right", ",", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "bound", "to", "the", "HsAtg4B", "C74S", "mutant", ".", "HsAtg4B", "is", "shown", "as", "a", "ribbon", "model", ",", "whereas", "LC3", "is", "shown", "as", "a", "stick", "model", ".", "The", "side", "chains", "of", "the", "residues", "comprising", "the", "catalytic", "triad", "and", "Tyr54", "of", "HsAtg4B", "are", "also", "shown", "as", "a", "stick", "model", ".", "Carbon", ",", "nitrogen", ",", "oxygen", "and", "sulphur", "atoms", "are", "coloured", "green", ",", "blue", ",", "red", "and", "yellow", ",", "respectively", ".", "Mutated", "catalytic", "residues", "are", "coloured", "cyan", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Structure of the C‐terminal tail of LC3(1-124) and the catalytic site of HsAtg4B. Left, LC3(1-124) bound to HsAtg4B H280A mutant, right, LC3(1-124) bound to the HsAtg4B C74S mutant. HsAtg4B is shown as a ribbon model, whereas LC3 is shown as a stick model. The side chains of the residues comprising the catalytic triad and Tyr54 of HsAtg4B are also shown as a stick model. Carbon, nitrogen, oxygen and sulphur atoms are coloured green, blue, red and yellow, respectively. Mutated catalytic residues are coloured cyan."}
{"words": ["(", "C", ")", "Structural", "comparison", "between", "the", "HsAtg4B", "-", "LC3", "precursor", "and", "SENP2", "-", "SUMO", "‐", "3", "precursor", "complexes", ".", "Left", ",", "structure", "of", "the", "HsAtg4B", "-", "LC3", "precursor", "complex", ";", "right", ",", "structure", "of", "the", "SENP2", "-", "SUMO", "‐", "3", "precursor", "complex", ".", "HsAtg4B", "and", "SENP2", "are", "shown", "as", "a", "ribbon", "model", ",", "whereas", "LC3", "and", "SUMO", "‐", "3", "precursors", "are", "shown", "as", "a", "stick", "model", ".", "The", "side", "chains", "of", "the", "important", "residues", "at", "the", "catalytic", "site", "are", "also", "shown", "as", "a", "stick", "model", ".", "Atom", "colouring", "is", "the", "same", "as", "in", "(", "A", ",", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Structural comparison between the HsAtg4B-LC3 precursor and SENP2-SUMO‐3 precursor complexes. Left, structure of the HsAtg4B-LC3 precursor complex; right, structure of the SENP2-SUMO‐3 precursor complex. HsAtg4B and SENP2 are shown as a ribbon model, whereas LC3 and SUMO‐3 precursors are shown as a stick model. The side chains of the important residues at the catalytic site are also shown as a stick model. Atom colouring is the same as in (A, B)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Surface", "model", "of", "free", "(", "left", ")", "and", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "‐", "bound", "(", "right", ")", "HsAtg4B", ".", "W142", "and", "the", "regulatory", "loop", "are", "coloured", "blue", ",", "and", "the", "N", "‐", "terminal", "tail", "is", "coloured", "cyan", ".", "The", "catalytic", "Cys74", "is", "coloured", "red", ".", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "is", "shown", "as", "a", "ribbon", "model", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Surface model of free (left) and LC3(1-124)‐bound (right) HsAtg4B. W142 and the regulatory loop are coloured blue, and the N‐terminal tail is coloured cyan. The catalytic Cys74 is coloured red. LC3(1-124) is shown as a ribbon model."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vitro", "proteolysis", "assay", "using", "N", "‐", "terminal", "tail", "‐", "deleted", "HsAtg4B", ".", "LC3", "-", "GST", "was", "incubated", "with", "either", "wild", "‐", "type", "or", "N", "‐", "terminally", "truncated", "HsAtg4B", "and", "was", "subjected", "to", "SDS", "–", "PAGE", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) In vitro proteolysis assay using N‐terminal tail‐deleted HsAtg4B. LC3-GST was incubated with either wild‐type or N‐terminally truncated HsAtg4B and was subjected to SDS–PAGE analysis."}
{"words": ["(", "C", ")", "Structural", "comparison", "between", "free", "and", "LC3", "(", "1", "-", "124", ")", "‐", "bound", "HsAtg4B", "and", "SENP2", "-", "SUMO", "‐", "3", "precursor", "complexes", ".", "Left", ",", "free", "HsAtg4B", ";", "middle", ",", "the", "HsAtg4B", "-", "LC3", "precursor", "complex", ";", "right", ",", "the", "SENP2", "-", "SUMO", "‐", "3", "precursor", "complex", ".", "The", "three", "structures", "are", "shown", "in", "the", "same", "orientation", ".", "Model", "colouring", "is", "the", "same", "as", "in", "Figure", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Structural comparison between free and LC3(1-124)‐bound HsAtg4B and SENP2-SUMO‐3 precursor complexes. Left, free HsAtg4B; middle, the HsAtg4B-LC3 precursor complex; right, the SENP2-SUMO‐3 precursor complex. The three structures are shown in the same orientation. Model colouring is the same as in Figure 3."}
{"words": ["(", "D", ")", "urface", "model", "of", "LC3", "(", "1", "-", "120", ")", "bound", "to", "HsAtg4B", ".", "Atom", "colouring", "is", "the", "same", "as", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) urface model of LC3(1-120) bound to HsAtg4B. Atom colouring is the same as in (A)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Overall", "structure", "of", "Hs", "bound", "to", "both", "substrate", "and", "non", "‐", "substrate", "LC3", ".", "Substrate", "LC3", "is", "designated", "as", "LC3", "(", "S", ")", "and", "coloured", "green", ",", "whereas", "non", "‐", "substrate", "LC3", "is", "designated", "as", "LC3", "(", "N", ")", "and", "coloured", "blue", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Overall structure of Hs bound to both substrate and non‐substrate LC3. Substrate LC3 is designated as LC3(S) and coloured green, whereas non‐substrate LC3 is designated as LC3(N) and coloured blue."}
{"words": ["(", "B", ")", "Stereo", "‐", "view", "of", "the", "N", "‐", "terminal", "tail", "of", "HsAtg4B", "bound", "to", "the", "WXXL", "‐", "binding", "site", "of", "LC3", ".", "The", "side", "chains", "of", "the", "residues", "involved", "in", "the", "interaction", "between", "HsAtg4B", "and", "LC3", "are", "labelled", "and", "shown", "with", "a", "stick", "model", ".", "Model", "colouring", "is", "the", "same", "as", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Stereo‐view of the N‐terminal tail of HsAtg4B bound to the WXXL‐binding site of LC3. The side chains of the residues involved in the interaction between HsAtg4B and LC3 are labelled and shown with a stick model. Model colouring is the same as in (A)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Structural", "comparison", "of", "the", "N", "‐", "terminal", "tail", "-", "LC3", "interaction", "with", "the", "p62", "-", "LC3", "interaction", ".", "The", "structure", "of", "LC3", "complexed", "with", "a", "p62", "peptide", "is", "superimposed", "on", "that", "complexed", "with", "the", "N", "‐", "terminal", "tail", "peptide", ".", "As", "the", "structure", "of", "LC3", "is", "almost", "identical", "to", "each", "other", ",", "only", "that", "bound", "to", "the", "N", "‐", "terminal", "tail", "peptide", "of", "Hs", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Structural comparison of the N‐terminal tail-LC3 interaction with the p62-LC3 interaction. The structure of LC3 complexed with a p62 peptide is superimposed on that complexed with the N‐terminal tail peptide. As the structure of LC3 is almost identical to each other, only that bound to the N‐terminal tail peptide of Hs is shown."}
{"words": ["(", "D", ")", "Chemical", "shift", "perturbations", "of", "the", "LC3", "backbone", "amide", "groups", "upon", "complex", "formation", "with", "the", "N", "‐", "terminal", "‐", "tail", "peptide", ".", "The", "combined", "1H", "and", "15N", "chemical", "shift", "differences", ",", "calculated", "using", "the", "equation", "Δp", ".", "p", ".", "m", ".", "=", "[", "(", "ΔδHN", ")", "2", "+", "(", "ΔδN", "/", "5", ")", "2", "]", "1", "/", "2", "were", "plotted", "against", "residue", "numbers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Chemical shift perturbations of the LC3 backbone amide groups upon complex formation with the N‐terminal‐tail peptide. The combined 1H and 15N chemical shift differences, calculated using the equation Δp.p.m.=[(ΔδHN)2+(ΔδN/5)2]1/2 were plotted against residue numbers."}
{"words": ["(", "E", ")", "Mapping", "of", "chemical", "shift", "perturbation", "results", "on", "the", "crystal", "structure", "of", "LC3", "bound", "to", "HsAtg4B", ".", "The", "residues", "with", "Δp", ".", "p", ".", "m", ".", ">", "0", ".", "4", "are", "shown", "in", "blue", ",", "0", ".", "4", ">", "Δp", ".", "p", ".", "m", ".", ">", "0", ".", "3", "in", "cyan", "and", "0", ".", "3", ">", "Δp", ".", "p", ".", "m", ".", ">", "0", ".", "2", "in", "green", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Mapping of chemical shift perturbation results on the crystal structure of LC3 bound to HsAtg4B. The residues with Δp.p.m. >0.4 are shown in blue, 0.4>Δp.p.m.>0.3 in cyan and 0.3>Δp.p.m. >0.2 in green."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "images", "(", "and", "details", "from", "boxed", "regions", ")", "of", "WT", "MEF", "cells", "transfected", "with", "YFPParkin", "(", "green", ")", "and", "treated", "with", "FCCP", "(", "10", "μM", ")", "to", "induce", "mitophagy", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Tom20", "(", "magenta", ")", "to", "reveal", "the", "mitochondrial", "network", ".", "Each", "row", "represents", "one", "stage", "in", "the", "process", "of", "mitophagy", "that", "has", "been", "used", "to", "score", "the", "progression", "of", "mitophagy", "at", "different", "time", "-", "points", "for", "the", "different", "conditions", "tested", "(", "the", "specific", "time", "-", "point", "of", "each", "example", "is", "indicated", "in", "the", "image", ")", ".", "From", "top", "to", "bottom", ":", "i", ")", "\"", "Diffuse", "Parkin", "\"", "defines", "cells", "in", "where", "Parkin", "expression", "is", "homogenously", "distributed", "throughout", "the", "cytoplasm", "(", "quantified", "in", "B", ")", ".", "ii", ")", "Soon", "after", "mitochondrial", "damage", "Parkin", "appears", "enriched", "in", "small", "\"", "puncta", "\"", "throughout", "the", "cytoplasm", "localizing", "within", "isolated", "mitochondria", "(", "quantified", "in", "C", ")", ".", "iii", ")", "Later", "in", "the", "process", "these", "puncta", "structures", "aggregate", "in", "bigger", "structures", "accumulating", "in", "perinuclear", "regions", "(", "quantified", "in", "D", ")", ".", "iv", ")", "The", "process", "of", "Parkin", "translocation", "eventually", "affects", "all", "the", "mitochondrial", "population", "and", "usually", "collapses", "in", "few", "large", "structures", "possibly", "forming", "part", "of", "big", "autolysosomes", "in", "the", "perinuclear", "region", "(", "quantified", "in", "D", ")", ".", "Scoring", "was", "performed", "from", "3", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ";", "one", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "post", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative images (and details from boxed regions) of WT MEF cells transfected with YFPParkin (green) and treated with FCCP (10 μM) to induce mitophagy. Cells were immunostained with anti-Tom20 (magenta) to reveal the mitochondrial network. Each row represents one stage in the process of mitophagy that has been used to score the progression of mitophagy at different time-points for the different conditions tested (the specific time-point of each example is indicated in the image). From top to bottom: i) \"Diffuse Parkin\" defines cells in where Parkin expression is homogenously distributed throughout the cytoplasm (quantified in B). ii) Soon after mitochondrial damage Parkin appears enriched in small \"puncta\" throughout the cytoplasm localizing within isolated mitochondria (quantified in C). iii) Later in the process these puncta structures aggregate in bigger structures accumulating in perinuclear regions (quantified in D). iv) The process of Parkin translocation eventually affects all the mitochondrial population and usually collapses in few large structures possibly forming part of big autolysosomes in the perinuclear region (quantified in D). Scoring was performed from 3 independent experiments (n=3; one way ANOVA with Dunnett post test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05 and **p<0.01"}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "images", "(", "and", "details", "from", "boxed", "regions", ")", "of", "WT", "MEFs", "cells", "transfected", "with", "GFPPINK1", "(", "green", ")", "and", "treated", "with", "FCCP", "(", "10", "μM", ")", "to", "induce", "mitophagy", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Tom20", "(", "magenta", ")", "to", "reveal", "the", "mitochondrial", "network", ".", "Each", "row", "represents", "one", "of", "the", "three", "categories", "of", "GFP", "signal", "used", "to", "describe", "PINK1", "translocation", "to", "mitochondria", "after", "mitochondrial", "damage", "(", "cytoplasmic", ",", "intermediate", "and", "mitochondrial", ")", ".", "The", "scoring", "of", "these", "categories", "was", "used", "to", "describe", "PINK1", "translocation", "to", "mitochondria", "in", "WT", "and", "MiroDKO", "cells", "at", "different", "time", "-", "points", "shortly", "after", "mitochondrial", "insult", "(", "G", ")", ".", "Data", "collected", "from", "3", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative images (and details from boxed regions) of WT MEFs cells transfected with GFPPINK1 (green) and treated with FCCP (10 μM) to induce mitophagy. Cells were immunostained with anti-Tom20 (magenta) to reveal the mitochondrial network. Each row represents one of the three categories of GFP signal used to describe PINK1 translocation to mitochondria after mitochondrial damage (cytoplasmic, intermediate and mitochondrial). The scoring of these categories was used to describe PINK1 translocation to mitochondria in WT and MiroDKO cells at different time-points shortly after mitochondrial insult (G). Data collected from 3 independent experiments (n=3). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05 and **p<0.01 "}
{"words": ["B", ")", "Representative", "images", "showing", "full", "length", "control", "and", "selected", "Miro1", "lysine", "mutants", "(", "Miro15R", ",", "Miro1allR", "and", "Miro1R572K", ")", "expressing", "in", "MiroDKO", "MEF", "cells", ".", "All", "constructs", "(", "myc", "-", "tag", ",", "green", ")", "localise", "to", "mitochondria", "(", "Tom20", ",", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Representative images showing full length control and selected Miro1 lysine mutants (Miro15R, Miro1allR and Miro1R572K) expressing in MiroDKO MEF cells. All constructs (myc-tag, green) localise to mitochondria (Tom20, red)."}
{"words": ["C", ")", "Immunoblot", "showing", "efficient", "expression", "of", "Miro1", "lysine", "mutants", "in", "FlagParkin", "expressing", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Immunoblot showing efficient expression of Miro1 lysine mutants in FlagParkin expressing SH-SY5Y cells."}
{"words": ["D", ")", "Ubiquitination", "assay", "showing", "that", "Miro1", "lysine", "mutants", "have", "reduced", "ubiquitination", "upon", "FCCP", "treatment", "(", "1h", ",", "10", "μM", ")", "in", "FlagParkin", "overexpressing", "SH", "-", "SY5Y", ".", "The", "effect", "is", "quantified", "in", "(", "E", ")", "(", "n", "=", "4", "independent", "experiments", "for", "Miro1WT", "and", "Miro15R", "and", "n", "=", "3", "for", "Miro1allR", "and", "Miro1R572K", ",", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Ubiquitination assay showing that Miro1 lysine mutants have reduced ubiquitination upon FCCP treatment (1h, 10 μM) in FlagParkin overexpressing SH-SY5Y. The effect is quantified in (E) (n=4 independent experiments for Miro1WT and Miro15R and n=3 for Miro1allR and Miro1R572K, ANOVA with Sidak's post hoc test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001."}
{"words": ["F", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "a", "degradation", "assay", "in", "FlagParkin", "overexpressing", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "transfected", "with", "Miro1WT", ",", "Miro15R", "or", "Miro1allR", "constructs", "and", "treated", "with", "FCCP", "(", "10", "μM", ")", "for", "3", "or", "6", "hours", ".", "Quantification", "of", "Miro1", "levels", "(", "G", ")", "the", "matrix", "protein", "PDH", "E1α", "in", "(", "H", ")", "and", "Parkin", "levels", "(", "I", ")", "(", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ";", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Representative western blot showing a degradation assay in FlagParkin overexpressing SH-SY5Y cells transfected with Miro1WT, Miro15R or Miro1allR constructs and treated with FCCP (10 μM) for 3 or 6 hours. Quantification of Miro1 levels (G) the matrix protein PDH E1α in (H) and Parkin levels (I) (n=4 independent experiments; ANOVA with Sidak's post hoc test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "images", "at", "3", "hours", "of", "FCCP", "treatment", "(", "10", "μM", ")", "of", "YFPParkin", "(", "green", ")", "expressing", "MiroDKO", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "the", "specified", "myc", "-", "tagged", "versions", "of", "Miro1", "(", "cyan", ")", ".", "Tom20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "reveal", "the", "mitochondrial", "network", ".", "A", "detail", "of", "YFPParkin", "translocation", "onto", "the", "mitochondrial", "network", "is", "also", "shown", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative images at 3 hours of FCCP treatment (10 μM) of YFPParkin (green) expressing MiroDKO cells co-transfected with the specified myc-tagged versions of Miro1 (cyan). Tom20 (red) was used to reveal the mitochondrial network. A detail of YFPParkin translocation onto the mitochondrial network is also shown for each condition."}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "fraction", "of", "cells", "showing", "advanced", "stages", "of", "the", "mitophagic", "process", "(", "cells", "showing", "mitochondrial", "aggregation", "due", "to", "advanced", "Parkin", "translocation", "or", "the", "complete", "translocation", "of", "Parkin", "onto", "all", "the", "mitochondrial", "network", ")", "at", "1", "hour", "(", "B", ")", "or", "3", "hours", "(", "C", ")", "after", "FCCP", "treatment", "(", "data", "collected", "from", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ":", "WT", "n", "=", "7", ",", "MiroDKO", "n", "=", "8", ",", "+", "mycMiro1WT", "=", "7", ",", "mycMiro15R", "=", "3", ",", "mycMiro1allR", "=", "3", ";", "mycMiro2", "=", "3", ";", "one", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "post", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) Quantification of the fraction of cells showing advanced stages of the mitophagic process (cells showing mitochondrial aggregation due to advanced Parkin translocation or the complete translocation of Parkin onto all the mitochondrial network) at 1 hour (B) or 3 hours (C) after FCCP treatment (data collected from at least 3 independent experiments: WT n=7, MiroDKO n=8, +mycMiro1WT=7, mycMiro15R=3, mycMiro1allR=3; mycMiro2=3; one way ANOVA with Dunnett post test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001"}
{"words": ["D", ")", "Western", "blots", "and", "quantification", "of", "Miro1", "degradation", "in", "MiroDKO", "cells", "co", "-", "expressing", "YFPParkin", "and", "the", "indicated", "myc", "-", "tagged", "Miro1", "constructs", "and", "treated", "with", "FCCP", "(", "10", "μM", ")", "for", "the", "indicated", "times", "(", "n", "=", "3", "different", "experiments", ";", "2", "-", "way", "-", "ANOVA", "with", "Dunnett", "post", "test", ";", "comparisons", "between", "Miro1WT", "and", "Miro1allR", "are", "represented", "with", "yellow", "asteriscs", ",", "comparisons", "between", "Miro1WT", "and", "Miro15R", "are", "represented", "in", "green", "and", "comparisons", "between", "Miro15R", "and", "Miro1allR", "are", "represented", "in", "black", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Western blots and quantification of Miro1 degradation in MiroDKO cells co-expressing YFPParkin and the indicated myc-tagged Miro1 constructs and treated with FCCP (10 μM) for the indicated times (n=3 different experiments; 2-way-ANOVA with Dunnett post test; comparisons between Miro1WT and Miro1allR are represented with yellow asteriscs, comparisons between Miro1WT and Miro15R are represented in green and comparisons between Miro15R and Miro1allR are represented in black)."}
{"words": ["E", ")", ".", "Representative", "images", "at", "24", "hours", "of", "FCCP", "treatment", "(", "10", "μM", ")", "of", "YFPParkin", "(", "green", ")", "expressing", "MiroDKO", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "the", "specified", "myc", "-", "tagged", "versions", "of", "Miro1", "(", "cyan", ")", ".", "Tom20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "reveal", "the", "mitochondrial", "network", ".", "Expression", "of", "both", "ubiquitin", "mutants", "(", "Miro15R", "and", "Miro1allR", "-", "arrowheads", ")", "protects", "from", "the", "mitophagic", "clearance", "of", "mitochondria", "(", "arrows", ")", "after", "damage", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "the", "fraction", "of", "cells", "showing", "the", "complete", "loss", "of", "Tom20", "signal", "of", "mitochondria", "after", "24", "hours", "of", "FCCP", "treatment", "(", "data", "collected", "from", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ":", "MiroDKO", "n", "=", "8", ",", "mycMiro1WT", "=", "7", ",", "mycMiro15R", "=", "3", ",", "mycMiro1allR", "=", "3", ";", "one", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "post", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E). Representative images at 24 hours of FCCP treatment (10 μM) of YFPParkin (green) expressing MiroDKO cells co-transfected with the specified myc-tagged versions of Miro1 (cyan). Tom20 (red) was used to reveal the mitochondrial network. Expression of both ubiquitin mutants (Miro15R and Miro1allR - arrowheads) protects from the mitophagic clearance of mitochondria (arrows) after damage. (F) Quantification of the fraction of cells showing the complete loss of Tom20 signal of mitochondria after 24 hours of FCCP treatment (data collected from at least 3 independent experiments: MiroDKO n=8, mycMiro1WT=7, mycMiro15R=3, mycMiro1allR=3; one way ANOVA with Dunnett post test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001 "}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "the", "soma", "of", "WT", "and", "Miro1KO", "cortical", "neurons", "expressing", "YFPParkin", "and", "MtDsRed", "after", "valinomycin", "treatment", "at", "the", "indicated", "time", "points", "(", "scale", "bars", "=", "5", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative confocal images of the soma of WT and Miro1KO cortical neurons expressing YFPParkin and MtDsRed after valinomycin treatment at the indicated time points (scale bars = 5 µm)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Airyscan", "confocal", "images", "of", "Parkin", "recruitment", "after", "5", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", "in", "WT", "and", "Miro1KO", "neuronal", "processes", "(", "scale", "bars", "=", "2", ".", "5", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Airyscan confocal images of Parkin recruitment after 5 hours of valinomycin treatment in WT and Miro1KO neuronal processes (scale bars = 2.5 µm)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Fluorescent", "linescans", "of", "YFPParkin", "and", "MtDsRed", "signal", "in", "WT", "and", "Miro1KO", "neurons", "after", "5", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", "(", "lines", "shown", "in", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Fluorescent linescans of YFPParkin and MtDsRed signal in WT and Miro1KO neurons after 5 hours of valinomycin treatment (lines shown in A)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "Parkin", "recruitment", "to", "mitochondria", "(", "YFPParkin", "signal", "overlapping", "MtDsRed", "signal", "-", "intensity", "-", "adjusted", "and", "normalised", "to", "t", "=", "0", ")", "in", "WT", "and", "Miro1KO", "neurons", "following", "valinomycin", "treatment", "(", "n", "=", "15", "cells", "all", "conditions", "per", "genotype", "over", "3", "neuronal", "preparations", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of Parkin recruitment to mitochondria (YFPParkin signal overlapping MtDsRed signal - intensity-adjusted and normalised to t=0) in WT and Miro1KO neurons following valinomycin treatment (n=15 cells all conditions per genotype over 3 neuronal preparations; two-way ANOVA). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001"}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "mitochondrial", "occupancy", "(", "area", "of", "MtDsRed", "signal", "in", "soma", "/", "entire", "area", "of", "soma", ")", "in", "the", "somas", "of", "WT", "and", "Miro1KO", "neurons", "following", "valinomycin", "treatment", "(", "n", "=", "15", "cells", "all", "conditions", "per", "genotype", "over", "3", "neuronal", "preparations", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of mitochondrial occupancy (area of MtDsRed signal in soma / entire area of soma) in the somas of WT and Miro1KO neurons following valinomycin treatment (n=15 cells all conditions per genotype over 3 neuronal preparations; two-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "mitochondrial", "clearance", "in", "somas", "of", "WT", "and", "Miro1KO", "neurons", "between", "2", "and", "5", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", "(", "n", "=", "15", "cells", "all", "conditions", "per", "genotype", "over", "3", "neuronal", "preparations", ";", "Unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of mitochondrial clearance in somas of WT and Miro1KO neurons between 2 and 5 hours of valinomycin treatment (n=15 cells all conditions per genotype over 3 neuronal preparations; Unpaired t-test)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "WT", ",", "Miro1KO", "and", "PINK1KO", "cortical", "neurons", "immunostained", "with", "MAP2", "(", "cyan", ")", "and", "s65", "-", "phospho", "-", "ubiquitin", "(", "green", ")", "after", "valinomycin", "treatment", "(", "Scale", "bars", "=", "20µm", ")", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "s65", "-", "phospho", "-", "ubiquitin", "signal", "intensity", "within", "MAP2", "signal", "(", "normalised", "to", "MAP2", "area", "and", "t", "=", "0", ")", "in", "Miro1WT", ",", "Miro1KO", "and", "PINK1KO", "neurons", "following", "valinomycin", "treatment", "n", "=", "3", ",", "4", "and", "3", "embryos", "from", "WT", ",", "Miro1KO", "and", "PINK1KO", "embryos", ",", "respectively", "(", "6", "ROIs", "per", "condition", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative confocal images of WT, Miro1KO and PINK1KO cortical neurons immunostained with MAP2 (cyan) and s65-phospho-ubiquitin (green) after valinomycin treatment (Scale bars = 20µm). (H) Quantification of s65-phospho-ubiquitin signal intensity within MAP2 signal (normalised to MAP2 area and t=0) in Miro1WT, Miro1KO and PINK1KO neurons following valinomycin treatment n= 3, 4 and 3 embryos from WT, Miro1KO and PINK1KO embryos, respectively (6 ROIs per condition; two-way ANOVA). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001"}
{"words": ["(", "I", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "the", "soma", "of", "Miro1KO", "cortical", "neurons", "expressing", "Miro1WT", "and", "mutant", "forms", "of", "Miro1", ",", "YFPParkin", "and", "MtDsRed", "without", "valinomycin", "treatment", "(", "Scale", "bars", "=", "10", "µm", ")", ".", "Quantification", "of", "parkin", "colocalization", "with", "MtDsRed", "(", "YFPParkin", "signal", "overlapping", "MtDsRed", "signal", "-", "intensity", "-", "adjusted", ")", "in", "the", "soma", "of", "Miro1KO", "and", "PINK1KO", "cortical", "neurons", "(", "n", "=", "12", "cells", "all", "conditions", "per", "genotype", "over", "3", "neuronal", "preparations", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Representative confocal images of the soma of Miro1KO cortical neurons expressing Miro1WT and mutant forms of Miro1, YFPParkin and MtDsRed without valinomycin treatment (Scale bars = 10 µm). Quantification of parkin colocalization with MtDsRed (YFPParkin signal overlapping MtDsRed signal - intensity-adjusted) in the soma of Miro1KO and PINK1KO cortical neurons (n=12 cells all conditions per genotype over 3 neuronal preparations; one-way ANOVA). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001"}
{"words": ["(", "J", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "the", "soma", "of", "Miro1KO", "cortical", "neurons", "expressing", "WT", "and", "mutant", "forms", "of", "Miro1", ",", "YFPParkin", "and", "MtDsRed", "after", "5", "hours", "of", "valinomycin", "treatment", "(", "Scale", "bars", "=", "10", "µm", ")", ".", "Quantification", "of", "Parkin", "recruitment", "to", "mitochondria", "(", "Normalised", "to", "t", "=", "0", ")", "in", "Miro1KO", "and", "PINK1KO", "cortical", "neurons", "following", "valinomycin", "treatment", "(", "n", "=", "12", "cells", "all", "conditions", "per", "genotype", "over", "3", "neuronal", "preparations", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Representative confocal images of the soma of Miro1KO cortical neurons expressing WT and mutant forms of Miro1, YFPParkin and MtDsRed after 5 hours of valinomycin treatment (Scale bars = 10 µm). Quantification of Parkin recruitment to mitochondria (Normalised to t=0) in Miro1KO and PINK1KO cortical neurons following valinomycin treatment (n=12 cells all conditions per genotype over 3 neuronal preparations, two-way ANOVA). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001 "}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "blots", "of", "4", "and", "12", "months", "old", "hippocampal", "lysates", "from", "control", ",", "Miro1CKO", "and", "Miro2KO", ".", "B", ")", "Quantification", "of", "protein", "levels", "in", "4", "month", "lysates", "and", "12", "month", "lysates", "(", "n", "=", "3", "animals", "/", "genotype", "at", "4", "months", "and", "n", "=", "4", "animals", "/", "genotype", "at", "12", "months", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "post", "-", "hoc", "Dunnett", "'", "s", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative blots of 4 and 12 months old hippocampal lysates from control, Miro1CKO and Miro2KO. B) Quantification of protein levels in 4 month lysates and 12 month lysates (n=3 animals / genotype at 4 months and n=4 animals / genotype at 12 months; one-way ANOVA with post-hoc Dunnett's test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001."}
{"words": ["C", ")", "Representative", "images", "of", "hippocampal", "regions", "from", "control", "and", "Miro1CKO", "crossed", "with", "MitoDendra", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "C) Representative images of hippocampal regions from control and Miro1CKO crossed with MitoDendra animals."}
{"words": ["(", "D", ")", "Details", "from", "cortical", "regions", "of", "control", ",", "Miro1CKO", "and", "Miro2KO", "animals", "at", "12", "months", "of", "age", "showing", "large", "mitochondrial", "structures", "occurring", "only", "in", "the", "case", "of", "Miro1CKO", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Details from cortical regions of control, Miro1CKO and Miro2KO animals at 12 months of age showing large mitochondrial structures occurring only in the case of Miro1CKO animals."}
{"words": ["(", "E", ")", "Electron", "microcopy", "images", "of", "control", "and", "Miro1CKO", "brains", "showing", "the", "ultrastructure", "of", "the", "mitochondrial", "compartment", ".", "The", "mitochondrial", "units", "in", "Miro1CKO", "cells", "are", "enlarged", "and", "show", "altered", "cristae", "structure", "at", "4", "months", "of", "age", ".", "This", "process", "is", "progressive", "as", "mitochondrial", "structures", "appear", "larger", "and", "with", "reduced", "intramitochondrial", "complexity", "at", "12", "months", "of", "age", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Electron microcopy images of control and Miro1CKO brains showing the ultrastructure of the mitochondrial compartment. The mitochondrial units in Miro1CKO cells are enlarged and show altered cristae structure at 4 months of age. This process is progressive as mitochondrial structures appear larger and with reduced intramitochondrial complexity at 12 months of age."}
{"words": ["Representative", "images", "(", "F", ")", "and", "quantification", "(", "G", ")", "of", "Mfn1", "and", "Mfn2", "staining", "in", "cortical", "slices", "from", "12", "month", "WT", "and", "Miro1CKO", "mice", "(", "n", "=", "4", "animals", "/", "genotype", ";", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (F) and quantification (G) of Mfn1 and Mfn2 staining in cortical slices from 12 month WT and Miro1CKO mice (n=4 animals / genotype; student's t-test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "western", "blot", "images", "of", "brain", "lysates", "from", "12", "-", "month", "WT", ",", "Miro1CKO", "and", "Miro2KO", "mice", "immunoblotted", "with", "the", "antibodies", "stated", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "eIF2α", "and", "P", "-", "eIF2α", "band", "intensity", "(", "normalised", "to", "actin", "band", "intensity", ")", "from", "12", "-", "month", "WT", ",", "Miro1CKO", "and", "Miro2KO", "brain", "lysates", ".", "Phosphorylation", "of", "eIF2α", "is", "defined", "as", "P", "-", "eIF2α", "/", "eIF2α", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", ",", "unpaired", "t", "-", "test", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Significance", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative western blot images of brain lysates from 12-month WT, Miro1CKO and Miro2KO mice immunoblotted with the antibodies stated. (B) Quantification of eIF2α and P-eIF2α band intensity (normalised to actin band intensity) from 12-month WT, Miro1CKO and Miro2KO brain lysates. Phosphorylation of eIF2α is defined as P-eIF2α/eIF2α (n=4 mice per genotype, unpaired t-test). Error bars represent s.e.m. Significance: *p<0.05, **p<0.01 and ***p<0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "cortical", "regions", "of", "12", "-", "month", "mitoDendra", "-", "crossed", "WT", "and", "Miro1CKO", "mice", "stained", "with", "MAP2", "and", "P", "-", "eIF2α", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "P", "-", "eIF2α", "signal", "intensity", "from", "cortical", "regions", "of", "12", "-", "month", "mitoDendra", "-", "crossed", "WT", "and", "Miro1CKO", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", ";", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative confocal images of cortical regions of 12-month mitoDendra-crossed WT and Miro1CKO mice stained with MAP2 and P-eIF2α. (D) Quantification of P-eIF2α signal intensity from cortical regions of 12-month mitoDendra-crossed WT and Miro1CKO mice (n=4 mice per genotype; unpaired t-test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "confocal", "images", "(", "63x", ")", "of", "cortical", "regions", "of", "12", "-", "month", "mitoDendra", "-", "crossed", "WT", "and", "Miro1CKO", "mice", "stained", "with", "MAP2", "and", "P", "-", "eIF2α", ".", "Arrows", "indicate", "the", "presence", "of", "megamitochondria", "(", ">", "2", ".", "5", "µm2", ")", ",", "stars", "indicate", "neuronal", "somas", "without", "megamitochondria", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative confocal images (63x) of cortical regions of 12-month mitoDendra -crossed WT and Miro1CKO mice stained with MAP2 and P-eIF2α. Arrows indicate the presence of megamitochondria (>2.5 µm2), stars indicate neuronal somas without megamitochondria."}
{"words": ["(", "F", ")", "Example", "zoom", "images", "of", "neuronal", "somas", "with", "and", "without", "megamitochondria", "from", "cortical", "regions", "of", "12", "-", "month", "mitoDendra", "-", "crossed", "Miro1CKO", "mice", "stained", "with", "P", "-", "eIF2α", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "P", "-", "eIF2α", "signal", "intensity", "(", "a", ".", "u", ".", ")", "from", "neuronal", "somas", "with", "and", "without", "megamitochondria", "from", "cortical", "regions", "of", "12", "-", "month", "mitoDendra", "-", "crossed", "Miro1CKO", "(", "n", "=", "16", "sections", "from", "4", "mice", ";", "paired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Example zoom images of neuronal somas with and without megamitochondria from cortical regions of 12-month mitoDendra -crossed Miro1CKO mice stained with P-eIF2α. (G) Quantification P-eIF2α signal intensity (a.u.) from neuronal somas with and without megamitochondria from cortical regions of 12-month mitoDendra-crossed Miro1CKO (n=16 sections from 4 mice; paired t-test)."}
{"words": ["A", "Mpc1", "and", "Mpc2", "are", "present", "under", "fermentative", "conditions", ",", "while", "Mpc1", "and", "Mpc3", "are", "present", "under", "respiratory", "conditions", ".", "MPC", "subunits", "were", "detected", "by", "Western", "blot", "in", "mitochondria", "isolated", "from", "yeast", "cells", "grown", "in", "glucose", "(", "YPD", ")", "or", "glycerol", "(", "YPG", ")", ".", "Mitochondrial", "matrix", "protein", "aconitase", "(", "Aco1", ")", ",", "23", "‐", "kDa", "translocase", "of", "the", "inner", "membrane", "subunit", "(", "Tim23", ")", ",", "and", "70", "‐", "kDa", "translocase", "of", "the", "outer", "membrane", "subunit", "(", "Tom70", ")", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Mpc1 and Mpc2 are present under fermentative conditions, while Mpc1 and Mpc3 are present under respiratory conditions. MPC subunits were detected by Western blot in mitochondria isolated from yeast cells grown in glucose (YPD) or glycerol (YPG). Mitochondrial matrix protein aconitase (Aco1), 23‐kDa translocase of the inner membrane subunit (Tim23), and 70‐kDa translocase of the outer membrane subunit (Tom70) were used as loading controls."}
{"words": ["B", "Kinetics", "of", "the", "switch", "from", "Mpc2", "to", "Mpc3", ".", "Yeast", "cells", "were", "grown", "in", "YPD", "until", "mid", "‐", "log", "phase", "and", "then", "shifted", "to", "YPG", "medium", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "the", "shift", ",", "and", "HA", "‐", "tagged", "Mpc2", "and", "Mpc3", "detected", "by", "Western", "blotting", ".", "Mpc3", "is", "induced", "very", "rapidly", "by", "switch", "from", "YPD", "to", "YPG", ",", "while", "Mpc2", "levels", "decrease", "only", "gradually", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Kinetics of the switch from Mpc2 to Mpc3. Yeast cells were grown in YPD until mid‐log phase and then shifted to YPG medium. Whole cell extracts were taken at the indicated time points after the shift, and HA‐tagged Mpc2 and Mpc3 detected by Western blotting. Mpc3 is induced very rapidly by switch from YPD to YPG, while Mpc2 levels decrease only gradually."}
{"words": ["C", "Alternative", "pyruvate", "carrier", "complexes", "MPCFERM", "and", "MPCOX", "are", "detected", "by", "BN", "‐", "PAGE", ".", "Isolated", "mitochondria", "expressing", "HA", "‐", "tagged", "MPC", "proteins", "were", "run", "on", "blue", "native", "gels", ",", "and", "MPC", "complexes", "detected", "with", "an", "HA", "‐", "specific", "antibody", ".", "MPCFERM", "consisting", "of", "Mpc1", "and", "Mpc2", "is", "present", "under", "fermentative", "conditions", ",", "and", "MPCOX", "consisting", "of", "Mpc1", "and", "Mpc3", "is", "present", "under", "respiratory", "conditions", ".", "In", "addition", ",", "a", "complex", "of", "˜", "300", "kDa", "is", "observed", "under", "respiratory", "conditions", "that", "contains", "Mpc1", "and", "Mpc3", ".", "Non", "‐", "specific", "reactivity", "of", "the", "anti", "‐", "HA", "antibody", "toward", "respiratory", "chain", "complexes", "that", "are", "highly", "abundant", "in", "oxidative", "growth", "conditions", "is", "denoted", "by", "an", "asterisk", "(", "*", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Alternative pyruvate carrier complexes MPCFERM and MPCOX are detected by BN‐PAGE. Isolated mitochondria expressing HA‐tagged MPC proteins were run on blue native gels, and MPC complexes detected with an HA‐specific antibody. MPCFERM consisting of Mpc1 and Mpc2 is present under fermentative conditions, and MPCOX consisting of Mpc1 and Mpc3 is present under respiratory conditions. In addition, a complex of ˜300 kDa is observed under respiratory conditions that contains Mpc1 and Mpc3. Non‐specific reactivity of the anti‐HA antibody toward respiratory chain complexes that are highly abundant in oxidative growth conditions is denoted by an asterisk (*)."}
{"words": ["A", "Constitutive", "expression", "of", "either", "MPCFERM", "or", "MPCOX", "can", "rescue", "the", "slow", "growth", "phenotype", "of", "the", "mpc1Δmpc2Δmpc3Δ", "triple", "deletion", "mutant", ".", "Growth", "tests", "were", "performed", "with", "cells", "transformed", "with", "MPC1", ",", "MPC2", ",", "or", "MPC3", "expression", "plasmids", "or", "with", "empty", "vectors", "in", "indicated", "combinations", ".", "A", "serial", "dilution", "of", "yeast", "cells", "was", "spotted", "on", "agar", "plates", "with", "glucose", "‐", "containing", "synthetic", "minimal", "medium", "with", "(", "SD", "+", "AA", ")", "or", "without", "(", "SD", "−", "AA", ")", "amino", "acids", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "A Constitutive expression of either MPCFERM or MPCOX can rescue the slow growth phenotype of the mpc1Δmpc2Δmpc3Δ triple deletion mutant. Growth tests were performed with cells transformed with MPC1, MPC2, or MPC3 expression plasmids or with empty vectors in indicated combinations. A serial dilution of yeast cells was spotted on agar plates with glucose‐containing synthetic minimal medium with (SD+AA) or without (SD−AA) amino acids."}
{"words": ["B", "Plasmid", "‐", "encoded", "MPC", "proteins", "can", "be", "detected", "in", "isolated", "mitochondria", "when", "Mpc1", "is", "co", "‐", "expressed", "with", "either", "Mpc2", "or", "Mpc3", ".", "Cells", "were", "grown", "in", "selective", "medium", "containing", "glycerol", "as", "a", "carbon", "source", ".", "MPC", "subunits", "were", "constitutively", "expressed", "from", "plasmids", "in", "indicated", "combinations", "in", "the", "mpc1Δmpc2Δmpc3Δ", "background", "and", "detected", "by", "Western", "blot", "using", "anti", "‐", "HA", "or", "anti", "‐", "Flag", "antibodies", ".", "Mitochondrial", "enzymes", "aconitase", "(", "Aco1", ")", "and", "malate", "dehydrogenase", "(", "Mdh1", ")", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Plasmid‐encoded MPC proteins can be detected in isolated mitochondria when Mpc1 is co‐expressed with either Mpc2 or Mpc3. Cells were grown in selective medium containing glycerol as a carbon source. MPC subunits were constitutively expressed from plasmids in indicated combinations in the mpc1Δmpc2Δmpc3Δ background and detected by Western blot using anti‐HA or anti‐Flag antibodies. Mitochondrial enzymes aconitase (Aco1) and malate dehydrogenase (Mdh1) were used as loading controls."}
{"words": ["C", "BN", "‐", "PAGE", "confirms", "the", "formation", "of", "MPCFERM", "and", "MPCOX", "complexes", "after", "constitutive", "plasmid", "‐", "based", "protein", "expression", ".", "Non", "‐", "specific", "reactivity", "of", "the", "antibody", "is", "denoted", "by", "an", "asterisk", "(", "*", ")", ".", "It", "has", "to", "be", "noted", "that", "all", "complexes", "migrate", "slightly", "faster", "than", "in", "Fig", "C", ",", "most", "likely", "because", "MPC", "proteins", "are", "tagged", "with", "a", "single", "epitope", "tag", "as", "opposed", "to", "the", "3HA", "‐", "tag", "in", "Fig", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C BN‐PAGE confirms the formation of MPCFERM and MPCOX complexes after constitutive plasmid‐based protein expression. Non‐specific reactivity of the antibody is denoted by an asterisk (*). It has to be noted that all complexes migrate slightly faster than in Fig C, most likely because MPC proteins are tagged with a single epitope tag as opposed to the 3HA‐tag in Fig C."}
{"words": ["D", "Mpc1", "is", "co", "‐", "immunoprecipitated", "with", "Mpc2", "or", "Mpc3", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "cells", "harboring", "appropriate", "expression", "plasmids", "and", "grown", "in", "glycerol", "‐", "containing", "medium", "were", "lysed", "in", "1", "%", "digitonin", ",", "and", "either", "Mpc2", "‐", "Flag", "or", "Mpc3", "‐", "Flag", "was", "immunoprecipitated", ".", "Mpc1", "‐", "HA", "was", "detected", "by", "Western", "blot", "with", "an", "antibody", "directed", "against", "the", "epitope", "tag", ".", "The", "matrix", "protein", "aconitase", "(", "Aco1", ")", "and", "40", "‐", "kDa", "translocase", "of", "the", "outer", "membrane", "subunit", "(", "Tom40", ")", "were", "not", "co", "‐", "immunoprecipitated", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Mpc1 is co‐immunoprecipitated with Mpc2 or Mpc3. Mitochondria isolated from cells harboring appropriate expression plasmids and grown in glycerol‐containing medium were lysed in 1% digitonin, and either Mpc2‐Flag or Mpc3‐Flag was immunoprecipitated. Mpc1‐HA was detected by Western blot with an antibody directed against the epitope tag. The matrix protein aconitase (Aco1) and 40‐kDa translocase of the outer membrane subunit (Tom40) were not co‐immunoprecipitated."}
{"words": ["E", ",", "F", "Stoichiometry", "of", "Mpc1", "complexes", ".", "Chemical", "cross", "‐", "linking", "indicates", "that", "Mpc1", "/", "Mpc2", "and", "Mpc1", "/", "Mpc3", "form", "heterodimers", "of", "the", "predicted", "molecular", "weight", ".", "DSG", ",", "disuccimidyl", "glutarate", ".", "Cross", "‐", "linking", "products", "with", "unknown", "partners", "are", "labeled", "with", "a", "question", "mark", "(", "?", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Stoichiometry of Mpc1 complexes. Chemical cross‐linking indicates that Mpc1/Mpc2 and Mpc1/Mpc3 form heterodimers of the predicted molecular weight. DSG, disuccimidyl glutarate. Cross‐linking products with unknown partners are labeled with a question mark (?)."}
{"words": ["A", ",", "B", "Determination", "of", "MPC", "membrane", "topology", "by", "IASD", "labeling", "of", "isolated", "mitochondria", "expressing", "the", "indicated", "single", "cysteine", "variants", "of", "Mpc1", "(", "A", ")", "and", "Mpc3", "(", "B", ")", ".", "Mitochondria", "were", "treated", "with", "IASD", "as", "indicated", ".", "Negative", "[", "quenching", "by", "pretreatment", "with", "DTT", "(", "pre", "‐", "DTT", ")", "]", "and", "positive", "[", "lysis", "with", "0", ".", "5", "%", "Triton", "X", "‐", "100", "(", "T", "‐", "X100", ")", "]", "controls", "for", "the", "labeling", "reaction", "are", "shown", ".", "As", "a", "further", "control", ",", "also", "translocase", "of", "the", "inner", "membrane", "subunit", "Tim23", "is", "detected", "by", "Western", "blot", ",", "which", "contains", "three", "endogenous", "cysteines", ",", "all", "of", "which", "are", "located", "in", "membrane", "‐", "embedded", "regions", ".", "Labeling", "of", "an", "IMS", "‐", "exposed", "cysteine", "with", "IASD", "is", "indicated", "by", "a", "mobility", "shift", "on", "SDS", "-", "PAGE", "corresponding", "to", "the", "molecular", "weight", "of", "IASD", "(", "˜", "500", "Da", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Determination of MPC membrane topology by IASD labeling of isolated mitochondria expressing the indicated single cysteine variants of Mpc1 (A) and Mpc3 (B). Mitochondria were treated with IASD as indicated. Negative [quenching by pretreatment with DTT (pre‐DTT)] and positive [lysis with 0.5% Triton X‐100 (T‐X100)] controls for the labeling reaction are shown. As a further control, also translocase of the inner membrane subunit Tim23 is detected by Western blot, which contains three endogenous cysteines, all of which are located in membrane‐embedded regions. Labeling of an IMS‐exposed cysteine with IASD is indicated by a mobility shift on SDS-PAGE corresponding to the molecular weight of IASD (˜500 Da)."}
{"words": ["C", "Protease", "protection", "assay", "in", "mitochondria", "expressing", "Mpc1", "‐", "GFP", ",", "Mpc2", "‐", "GFP", ",", "or", "Mpc3", "‐", "GFP", ".", "Intact", "mitochondria", "(", "M", ")", ",", "mitoplasts", "with", "a", "ruptured", "outer", "membrane", "after", "hypo", "‐", "osmotic", "swelling", "(", "Sw", ")", ",", "or", "mitochondrial", "lysates", "with", "0", ".", "5", "%", "Triton", "X", "‐", "100", "(", "Tr", ")", "were", "treated", "with", "proteinase", "K", "(", "PK", ")", ".", "Loading", "controls", "are", "Tom70", "(", "outer", "membrane", ")", ",", "Tim23", "(", "inner", "membrane", ")", ",", "and", "Mdh1", "(", "matrix", ")", ".", "GFP", "‐", "fused", "Mpc2", "and", "Mpc3", "are", "degraded", "in", "mitoplasts", ",", "whereas", "Mpc1", "‐", "GFP", "is", "not", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C Protease protection assay in mitochondria expressing Mpc1‐GFP, Mpc2‐GFP, or Mpc3‐GFP. Intact mitochondria (M), mitoplasts with a ruptured outer membrane after hypo‐osmotic swelling (Sw), or mitochondrial lysates with 0.5% Triton X‐100 (Tr) were treated with proteinase K (PK). Loading controls are Tom70 (outer membrane), Tim23 (inner membrane), and Mdh1 (matrix). GFP‐fused Mpc2 and Mpc3 are degraded in mitoplasts, whereas Mpc1‐GFP is not."}
{"words": ["A", "MPCOX", "has", "higher", "transport", "activity", "than", "MPCFERM", ".", "The", "uptake", "of", "14C", "‐", "labeled", "pyruvate", "into", "intact", "mitochondria", "was", "measured", "in", "vitro", ".", "Mitochondria", "had", "been", "isolated", "from", "cells", "grown", "in", "glycerol", "‐", "containing", "medium", "and", "expressing", "no", "subunit", "(", "vectors", ")", ",", "MPCFERM", ",", "MPCOX", ",", "Mpc2", ",", "or", "Mpc3", ".", "Imported", "pyruvate", "was", "quantified", "by", "re", "‐", "isolation", "of", "mitochondria", "and", "subsequent", "scintillation", "counting", "after", "1", ",", "2", ",", "or", "5", "min", "of", "incubation", "with", "[", "14C", "]", "‐", "pyruvate", ".", "B", "Imported", "[", "14C", "]", "‐", "pyruvate", "as", "in", "(", "A", ")", "after", "5", "‐", "min", "incubation", ".", "The", "difference", "between", "MPCOX", "and", "MPCFERM", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0037", ")", "was", "significant", "(", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A MPCOX has higher transport activity than MPCFERM. The uptake of 14C‐labeled pyruvate into intact mitochondria was measured in vitro. Mitochondria had been isolated from cells grown in glycerol‐containing medium and expressing no subunit (vectors), MPCFERM, MPCOX, Mpc2, or Mpc3. Imported pyruvate was quantified by re‐isolation of mitochondria and subsequent scintillation counting after 1, 2, or 5 min of incubation with [14C]‐pyruvate.B Imported [14C]‐pyruvate as in (A) after 5‐min incubation. The difference between MPCOX and MPCFERM (**P = 0.0037) was significant (unpaired t‐test)."}
{"words": ["C", "Pyruvate", "dehydrogenase", "activity", "was", "measured", "in", "lysates", "of", "mitochondria", "expressing", "no", "subunit", "(", "vectors", ")", ",", "MPCFERM", ",", "or", "MPCOX", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Pyruvate dehydrogenase activity was measured in lysates of mitochondria expressing no subunit (vectors), MPCFERM, or MPCOX."}
{"words": ["The", "chimeric", "construct", "Mpc2C3", "is", "expressed", "in", "isolated", "mitochondria", ",", "while", "Mpc3C2", "is", "not", ".", "Mpc1", "‐", "HA", "and", "the", "Flag", "‐", "tagged", "chimeric", "proteins", "were", "detected", "by", "Western", "blotting", "in", "isolated", "mitochondria", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The chimeric construct Mpc2C3 is expressed in isolated mitochondria, while Mpc3C2 is not. Mpc1‐HA and the Flag‐tagged chimeric proteins were detected by Western blotting in isolated mitochondria."}
{"words": ["Mpc2C3", "forms", "a", "carrier", "complex", "with", "Mpc1", ",", "as", "analyzed", "by", "BN", "‐", "PAGE", ".", "When", "co", "‐", "expressed", "with", "Mpc1", ",", "Mpc2C3", "shows", "the", "same", "complex", "pattern", "as", "Mpc3", ",", "including", "the", "300K", "complex", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mpc2C3 forms a carrier complex with Mpc1, as analyzed by BN‐PAGE. When co‐expressed with Mpc1, Mpc2C3 shows the same complex pattern as Mpc3, including the 300K complex."}
{"words": ["Pyruvate", "transport", "activity", "of", "the", "Mpc1", "/", "Mpc2C3", "complex", "reaches", "˜", "85", "%", "of", "MPCOX", "activity", ".", "Uptake", "of", "[", "14C", "]", "‐", "pyruvate", "into", "mitochondria", "isolated", "from", "yeastcells", "expressing", "the", "indicated", "MPC", "protein", "combinations", "was", "measured", "in", "vitro", ".", "Difference", "between", "MPCFERM", "and", "Mpc1", "/", "Mpc2C3", "is", "significant", "(", "unpaired", "t", "‐", "test", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "02", ")", ".", "Means", "of", "n", "=", "4", "experiments", "are", "shown", ",", "with", "error", "bars", "representing", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Pyruvate transport activity of the Mpc1/Mpc2C3 complex reaches ˜85% of MPCOX activity. Uptake of [14C]‐pyruvate into mitochondria isolated from yeastcells expressing the indicated MPC protein combinations was measured in vitro. Difference between MPCFERM and Mpc1/Mpc2C3 is significant (unpaired t‐test; *P = 0.02). Means of n = 4 experiments are shown, with error bars representing SEM."}
{"words": ["a", ",", "A", "TRPML1Va", "-", "expressing", "HEK293T", "cell", "showed", "a", "large", "inwardly", "rectifying", "whole", "-", "cell", "current", "elicited", "by", "voltage", "steps", "(", "from", "-", "140", "mV", "to", "+", "80", "mV", "in", "increments", "of", "20", "mV", ")", "in", "the", "standard", "extracellular", "(", "Tyrode", "'", "s", ")", "bath", "solution", ".", "Step", "duration", ",", "90", "ms", ";", "holding", "potential", ",", "0", "mV", ";", "Vm", ",", "membrane", "potential", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, A TRPML1Va-expressing HEK293T cell showed a large inwardly rectifying whole-cell current elicited by voltage steps (from -140 mV to +80 mV in increments of 20 mV) in the standard extracellular (Tyrode's) bath solution. Step duration, 90 ms; holding potential, 0 mV; Vm, membrane potential."}
{"words": ["b", ",", "No", "significant", "inward", "current", "was", "detected", "in", "NMDG", "+", "(", "Na", "+", "-", "free", ",", "Ca2", "+", "-", "free", ",", "pH", "4", ".", "6", ")", "solution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, No significant inward current was detected in NMDG+ (Na+-free, Ca2+-free, pH 4.6) solution."}
{"words": ["c", ",", "Inwardly", "rectifying", "step", "currents", "were", "evoked", "by", "30", "mM", "Fe2", "+", "solution", "(", "pH", "4", ".", "6", ")", "in", "the", "same", "cell", "as", "shown", "in", "a", "and", "b", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Inwardly rectifying step currents were evoked by 30 mM Fe2+ solution (pH 4.6) in the same cell as shown in a and b."}
{"words": ["d", ",", "pH", "-", "dependence", "of", "IFe", "/", "TRPML1Va", ".", "Whole", "-", "cell", "currents", "were", "elicited", "by", "repeated", "voltage", "ramps", "(", "-", "100", "to", "+", "100", "mV", ";", "400", "ms", ")", "with", "a", "4", "-", "s", "interval", "between", "ramps", ".", "Only", "a", "portion", "of", "the", "voltage", "protocol", "is", "shown", ".", "Holding", "potential", ",", "0", "mV", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, pH-dependence of IFe/TRPML1Va. Whole-cell currents were elicited by repeated voltage ramps (-100 to +100 mV; 400 ms) with a 4-s interval between ramps. Only a portion of the voltage protocol is shown. Holding potential, 0 mV."}
{"words": ["e", ",", "Large", "IFe", "/", "TRPML2Va", "was", "seen", "in", "the", "presence", "of", "30", "and", "105", "mM", "Fe2", "+", "(", "pH", "4", ".", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Large IFe/TRPML2Va was seen in the presence of 30 and 105 mM Fe2+ (pH 4.6)."}
{"words": ["f", ",", "Little", "or", "no", "IFe", "was", "seen", "in", "a", "TRPML3Va", "-", "expressing", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "f, Little or no IFe was seen in a TRPML3Va-expressing cell."}
{"words": ["a", ",", "Current", "densities", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "4", "-", "10", ")", "of", "IFe", "(", "30", "mM", "Fe2", "+", ",", "pH", "4", ".", "6", ")", "for", "TRPML1Va", "and", "ML4", "mutant", "TRPML1Va", "channels", ".", "Asterisk", "indicates", "statistical", "difference", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "compared", "to", "TRPML1Va", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Current densities (mean ± s.e.m., n = 4-10) of IFe (30 mM Fe2+, pH 4.6) for TRPML1Va and ML4 mutant TRPML1Va channels. Asterisk indicates statistical difference (P < 0.01) compared to TRPML1Va."}
{"words": ["b", ",", "55Fe2", "+", "uptake", "(", "normalized", ")", "in", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "vector", "control", ",", "with", "TRPML1Va", ",", "with", "F408D", "-", "TRPML1Va", "and", "with", "T232P", "-", "TRPML1Va", "constructs", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "standard", "deviation", "on", "the", "basis", "of", "two", "independent", "triplicate", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, 55Fe2+uptake (normalized) in HEK293T cells transfected with vector control, with TRPML1Va, with F408D-TRPML1Va and with T232P-TRPML1Va constructs. Error bars indicate the standard deviation on the basis of two independent triplicate experiments."}
{"words": ["c", ",", "[", "Fe2", "+", "]", "o", "-", "dependent", "quenching", "of", "Fura", "-", "2", "fluorescence", "in", "TRPML1Va", "-", "transfected", "cells", "(", "arrows", ")", ",", "but", "not", "in", "non", "-", "transfected", "control", "cells", "(", "arrowheads", ")", "or", "T232P", "-", "TRPML1Va", "-", "transfected", "cells", "(", "bottom", "row", ")", ".", "The", "fluorescence", "intensity", "was", "measured", "at", "an", "excitation", "wavelength", "of", "360", "nm", "(", "F360", ")", ".", "The", "original", "magnification", "used", "for", "all", "micrographs", "was", "×", "200", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, [Fe2+]o-dependent quenching of Fura-2 fluorescence in TRPML1Va-transfected cells (arrows), but not in non-transfected control cells (arrowheads) or T232P-TRPML1Va-transfected cells (bottom row). The fluorescence intensity was measured at an excitation wavelength of 360 nm (F360). The original magnification used for all micrographs was ×200."}
{"words": ["d", ",", "Average", "normalized", "responses", "of", "EGFP", "-", "positive", "TRPML1Va", "-", "transfected", "cells", "(", "typically", "n", "=", "20", "-", "40", "cells", ")", "to", "1", "or", "10", "mM", "Fe2", "+", "(", "pH", "4", ".", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Average normalized responses of EGFP-positive TRPML1Va-transfected cells (typically n = 20-40 cells) to 1 or 10 mM Fe2+ (pH 4.6)."}
{"words": ["e", ",", "No", "significant", "quenching", "was", "seen", "in", "T232P", "-", "TRPML1Va", "-", "transfected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "e, No significant quenching was seen in T232P-TRPML1Va-transfected cells."}
{"words": ["f", ",", "Slightly", "less", "quenching", "was", "observed", "for", "the", "F408Dgr", ";", "-", "TRPML1Va", "-", "expressing", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "f, Slightly less quenching was observed for the F408Dgr;-TRPML1Va-expressing cells."}
{"words": ["g", ",", "A", "small", "but", "significant", "quenching", "reaction", "was", "detected", "(", "with", "10", "mM", "Fe2", "+", ")", "in", "R403C", "-", "TRPML1Va", "-", "expressing", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, A small but significant quenching reaction was detected (with 10 mM Fe2+) in R403C-TRPML1Va-expressing cells."}
{"words": ["a", ",", "Co", "-", "localization", "of", "mCherry", "-", "TRPML1", "and", "EGFP", "-", "LAMP1", "at", "the", "membrane", "of", "an", "isolated", "enlarged", "LEL", "(", "see", "Methods", ")", ".", "The", "patch", "pipette", "was", "filled", "with", "red", "rhodamine", "B", "dye", "(", "shown", "in", "blue", "for", "the", "purpose", "of", "illustration", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Co-localization of mCherry-TRPML1 and EGFP-LAMP1 at the membrane of an isolated enlarged LEL (see Methods). The patch pipette was filled with red rhodamine B dye (shown in blue for the purpose of illustration)."}
{"words": ["c", ",", "Lysosomal", "ITRPML1Va", ".", "Switching", "from", "lysosome", "-", "attached", "to", "(", "lysosome", ")", "luminal", "-", "side", "-", "out", "configuration", "significantly", "reduced", "the", "amplitude", "of", "the", "current", ".", "The", "luminal", "-", "side", "-", "out", "patch", "was", "exposed", "to", "the", "Tyrode", "'", "s", "solution", ".", "A", "Cs", "+", "-", "based", "solution", "(", "147", "mM", "Cs", "-", "methanesulphonate", "(", "Cs", "-", "MSA", ")", ")", "was", "used", "as", "a", "pipette", "solution", "for", "both", "configurations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Lysosomal ITRPML1Va. Switching from lysosome-attached to (lysosome) luminal-side-out configuration significantly reduced the amplitude of the current. The luminal-side-out patch was exposed to the Tyrode's solution. A Cs+-based solution (147 mM Cs-methanesulphonate (Cs-MSA)) was used as a pipette solution for both configurations."}
{"words": ["d", ",", "NMDG", "+", "-", "impermeable", "lysosomal", "ITRPML1Va", "was", "much", "larger", "in", "the", "absence", "of", "divalent", "cations", "(", "nominal", "divalent", "-", "free", ")", ".", "e", ",", "Lowering", "pH", "potentiated", "lysosomal", "ITRPML1Va", ".", "f", ",", "IFe", "/", "TRPML1Va", "induced", "by", "30", " ", "mM", "and", "105", " ", "mM", "Fe2", "+", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "d, NMDG+-impermeable lysosomal ITRPML1Va was much larger in the absence of divalent cations (nominal divalent-free). e, Lowering pH potentiated lysosomal ITRPML1Va. f, IFe/TRPML1Va induced by 30 mM and 105 mM Fe2+."}
{"words": ["g", ",", "Whole", "-", "lysosome", "current", "in", "an", "enlarged", "lysosome", "expressing", "wild", "-", "type", "TRPML1", ".", "The", "pipette", "(", "lumen", ")", "solution", "contained", "nominal", "divalent", "-", "free", "Tyrode", "solution", ".", "A", "Cs", "+", "-", "based", "bath", "solution", "(", "147", " ", "mM", "Cs", "-", "MSA", ")", "was", "used", ".", "h", ",", "Whole", "-", "lysosome", "ITRPML1Va", ".", "i", ",", "Whole", "-", "lysosome", "IFe", "/", "TRPML1", ".", "The", "pipette", "(", "lumen", ")", "solution", "contained", "105", " ", "mM", "Fe2", "+", "(", "pH", " ", "4", ".", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, Whole-lysosome current in an enlarged lysosome expressing wild-type TRPML1. The pipette (lumen) solution contained nominal divalent-free Tyrode solution. A Cs+-based bath solution (147 mM Cs-MSA) was used. h, Whole-lysosome ITRPML1Va. i, Whole-lysosome IFe/TRPML1. The pipette (lumen) solution contained 105 mM Fe2+ (pH 4.6)."}
{"words": ["a", ",", "Cultured", "TRPML1", "-", "/", "-", "(", "ML1", "-", "/", "-", ")", "skin", "fibroblasts", "showed", "less", "de", "-", "quenching", "of", "the", "iron", "-", "sensitive", "fluorescence", "than", "ML1", "+", "/", "-", "cells", "did", ".", "De", "-", "quenching", "was", "achieved", "by", "preloading", "the", "fibroblasts", "with", "an", "iron", "-", "sensitive", "dye", ",", "Phen", "Green", "SK", "(", "PG", "SK", ")", ",", "and", "then", "adding", "the", "membrane", "-", "permeable", "transition", "metal", "chelator", ",", "2", ",", "2", "′", "-", "bipyridyl", "(", "BPD", ")", ".", "2", ",", "2", "′", "-", "BPD", "is", "predicted", "to", "chelate", "free", "cellular", "iron", "(", "also", "referred", "to", "as", "chelatable", "or", "labile", "iron", ")", ",", "which", "subsequently", "increases", "PG", "SK", "fluorescence", ".", "The", "original", "magnification", "used", "was", "×"], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Cultured TRPML1-/- (ML1-/-) skin fibroblasts showed less de-quenching of the iron-sensitive fluorescence than ML1+/- cells did. De-quenching was achieved by preloading the fibroblasts with an iron-sensitive dye, Phen Green SK (PG SK), and then adding the membrane-permeable transition metal chelator, 2,2′-bipyridyl (BPD). 2,2′-BPD is predicted to chelate free cellular iron (also referred to as chelatable or labile iron), which subsequently increases PG SK fluorescence. The original magnification used was ×200"}
{"words": ["b", ",", "The", "average", "2", ",", "2", "′", "-", "BPD", "induced", "normalized", "change", "of", "fluorescence", "(", "Dgr", ";", "F", "/", "F0", ")", "for", "ML4", "cells", "(", "ML1", "-", "/", "-", ";", "n", "=", "6", "experiments", ")", "is", "significantly", "(", "asterisk", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "lower", "than", "for", "the", "parental", "ML1", "+", "/", "-", "cells", ".", "Fibroblast", "cells", "(", "n", "=", "10", "-", "20", ")", "were", "analysed", "for", "each", "individual", "experiment", ".", "4", ",", "4", "′", "-", "BPD", ",", "a", "2", ",", "2", "′", "-", "BPD", "analogue", "that", "cannot", "bind", "Fe2", "+", ",", "did", "not", "induce", "any", "significant", "restoration", "of", "PG", "SK", "fluorescence", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, The average 2,2′-BPD induced normalized change of fluorescence (Dgr;F/F0) for ML4 cells (ML1-/-; n = 6 experiments) is significantly (asterisk, P < 0.01) lower than for the parental ML1+/- cells. Fibroblast cells (n = 10-20) were analysed for each individual experiment. 4,4′-BPD, a 2,2′-BPD analogue that cannot bind Fe2+, did not induce any significant restoration of PG SK fluorescence. Error bars, s.e.m."}
{"words": ["c", ",", "An", "ML1", "-", "/", "-", "skin", "fibroblast", "cell", "showed", "autofluorescence", "in", "LAMP1", "-", "positive", "compartments", ".", "Autofluorescence", "(", "green", ")", "was", "detected", "within", "a", "range", "of", "excitation", "wavelengths", "(", "shown", "with", "excitation", "at", "480", "nm", ")", ".", "No", "significant", "autofluorescence", "was", "observed", "for", "a", "ML1", "+", "/", "+", "cell", ".", "Lysosomes", "were", "stained", "with", "a", "LAMP1", "antibody", "(", "red", ")", ".", "Differential", "interference", "contrast", "(", "DIC", ")", "images", "are", "shown", "for", "comparison", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, An ML1-/- skin fibroblast cell showed autofluorescence in LAMP1-positive compartments. Autofluorescence (green) was detected within a range of excitation wavelengths (shown with excitation at 480 nm). No significant autofluorescence was observed for a ML1+/+ cell. Lysosomes were stained with a LAMP1 antibody (red). Differential interference contrast (DIC) images are shown for comparison."}
{"words": ["(", "A", ")", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "−", "and", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "+", "bone", "marrow", "‐", "derived", "macrophages", "(", "BMMs", ")", ",", "pretreated", "overnight", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", ",", "were", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "the", "inflammasome", "agonist", "nigericin", "(", "20", "μM", ")", "with", "(", "Starvation", ";", "EBSS", ")", "or", "without", "(", "Full", ";", "full", "medium", ")", "autophagic", "induction", ".", "Cell", "culture", "supernatants", "were", "assayed", "for", "murine", "IL", "‐", "1β", "by", "ELISA", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "≥", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Atg5fl/fl Cre− and Atg5fl/fl Cre+ bone marrow‐derived macrophages (BMMs), pretreated overnight with 100 ng/ml LPS, were stimulated for 1 h with the inflammasome agonist nigericin (20 μM) with (Starvation; EBSS) or without (Full; full medium) autophagic induction. Cell culture supernatants were assayed for murine IL‐1β by ELISA. Data represent mean values±s.d. (n≥3); *P0.05."}
{"words": ["(", "B", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "−", "and", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "+", "BMMs", "were", "stimulated", "with", "20", "μM", "nigericin", "for", "1", "h", "in", "OptiMEM", "and", "the", "release", "of", "active", "caspase", "‐", "1", "and", "IL", "‐", "1β", "was", "determined", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) LPS‐pretreated Atg5fl/fl Cre− and Atg5fl/fl Cre+ BMMs were stimulated with 20 μM nigericin for 1 h in OptiMEM and the release of active caspase‐1 and IL‐1β was determined by immunoblotting."}
{"words": ["(", "C", ")", "As", "in", "(", "A", ")", ",", "assayed", "for", "IL", "‐", "18", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "≥", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) As in (A), assayed for IL‐18. Data represent mean values±s.d. (n≥3); *P0.05."}
{"words": ["(", "D", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "BMMs", "were", "exposed", "to", "alum", "(", "250", "μg", "/", "ml", ")", "for", "1", "h", "with", "or", "without", "autophagic", "induction", "by", "starvation", ".", "Secreted", "IL", "‐", "1β", "was", "measured", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) LPS‐pretreated BMMs were exposed to alum (250 μg/ml) for 1 h with or without autophagic induction by starvation. Secreted IL‐1β was measured as in (A). Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "BMMs", "were", "exposed", "to", "silica", "(", "250", "μg", "/", "ml", ")", "for", "1", "h", "with", "or", "without", "autophagic", "induction", "by", "starvation", ".", "Secreted", "IL", "‐", "1β", "was", "measured", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) LPS‐pretreated BMMs were exposed to silica (250 μg/ml) for 1 h with or without autophagic induction by starvation. Secreted IL‐1β was measured as in (A). Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "F", ")", "BMMs", "were", "transfected", "with", "scramble", "(", "Scr", ")", "control", "siRNA", "or", "siRNAs", "against", "ASC", "and", "NLRP3", ".", "After", "48", "h", "following", "transfection", ",", "cells", "were", "treated", "overnight", "with", "LPS", "and", "subjected", "to", "nigericin", "(", "20", "μM", ")", "and", "starvation", "for", "1", "h", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) BMMs were transfected with scramble (Scr) control siRNA or siRNAs against ASC and NLRP3. After 48 h following transfection, cells were treated overnight with LPS and subjected to nigericin (20 μM) and starvation for 1 h. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "ASC", "and", "NLRP3", "knockdowns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(G) Immunoblot analysis of ASC and NLRP3 knockdowns."}
{"words": ["(", "H", ")", "BMMs", "were", "transfected", "with", "scramble", "(", "Scr", ")", "control", "siRNA", "or", "siRNAs", "against", "ASC", "and", "NLRP3", ".", "After", "48", "h", "following", "transfection", ",", "cells", "were", "treated", "overnight", "with", "LPS", "and", "subjected", "to", "silica", "(", "250", "μg", "/", "ml", ")", "and", "starvation", "for", "1", "h", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) BMMs were transfected with scramble (Scr) control siRNA or siRNAs against ASC and NLRP3. After 48 h following transfection, cells were treated overnight with LPS and subjected to silica (250 μg/ml) and starvation for 1 h. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "I", ")", "Colocalization", "of", "IL", "‐", "1β", "with", "the", "basal", "autophagic", "machinery", "factor", "LC3", ".", "Fluorescence", ":", "LC3", "(", "green", ",", "Alexa488", ")", ";", "IL", "‐", "1β", "(", "red", ",", "Alexa568", ")", ".", "BMMs", "were", "from", "GFP", "-", "LC3", "knock", "‐", "in", "mice", ",", "treated", "with", "LPS", "then", "prepared", "for", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "fluorescently", "labelled", "antibodies", "against", "GFP", "and", "IL", "‐", "1β", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(I) Colocalization of IL‐1β with the basal autophagic machinery factor LC3. Fluorescence: LC3 (green, Alexa488); IL‐1β (red, Alexa568). BMMs were from GFP-LC3 knock‐in mice, treated with LPS then prepared for immunofluorescence microscopy using fluorescently labelled antibodies against GFP and IL‐1β."}
{"words": ["(", "J", ",", "K", ")", "A", "line", "fluorescence", "tracing", "from", "images", "in", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J, K) A line fluorescence tracing from images in (I)."}
{"words": ["(", "L", ")", "Pearson", "'", "s", "colocalization", "coefficient", "for", "IL", "‐", "1β", "and", "LC3", ".", "Pearson", "'", "s", "coefficient", "was", "derived", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "five", "fields", "per", "experiment", ",", "for", "a", "total", "of", "15", "fields", "contributing", "to", "the", "cumulative", "result", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Pearson's colocalization coefficient for IL‐1β and LC3. Pearson's coefficient was derived from three independent experiments with five fields per experiment, for a total of 15 fields contributing to the cumulative result. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "BMMs", "were", "treated", "with", "20", "μM", "nigericin", "(", "Nig", ")", "and", "100", "nM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "with", "(", "Starvation", ")", "or", "without", "(", "Full", ")", "autophagic", "induction", "for", "1", "h", "and", "secreted", "IL", "‐", "1β", "(", "A", ")", "and", "IL", "‐", "18", "(", "B", ")", "were", "measured", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) LPS‐pretreated BMMs were treated with 20 μM nigericin (Nig) and 100 nM bafilomycin A1 (Baf) with (Starvation) or without (Full) autophagic induction for 1 h and secreted IL‐1β (A) and IL‐18 (B) were measured. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "C", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "BMMs", "were", "treated", "with", "250", "μg", "/", "ml", "of", "silica", "and", "100", "nM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "with", "(", "Starvation", ")", "or", "without", "(", "Full", ")", "autophagic", "induction", "for", "1", "h", "and", "secreted", "IL", "‐", "1β", "were", "measured", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) LPS‐pretreated BMMs were treated with 250 μg/ml of silica and 100 nM bafilomycin A1 (Baf) with (Starvation) or without (Full) autophagic induction for 1 h and secreted IL‐1β were measured. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "D", ")", "Colocalization", "of", "cathepsin", "B", "with", "the", "basal", "autophagic", "machinery", "factor", "LC3", "and", "IL", "‐", "1β", ".", "Fluorescence", ";", "LC3", "(", "green", ",", "Alexa488", ")", ",", "IL", "‐", "1β", "(", "red", ",", "Alexa568", ")", ",", "and", "cathepsin", "B", "(", "blue", ",", "Alexa633", ")", ".", "BMMs", "from", "GFP", "-", "LC3", "knock", "‐", "in", "mice", "were", "treated", "with", "LPS", "and", "then", "analysed", "for", "immunofluorescence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Colocalization of cathepsin B with the basal autophagic machinery factor LC3 and IL‐1β. Fluorescence; LC3 (green, Alexa488), IL‐1β (red, Alexa568), and cathepsin B (blue, Alexa633). BMMs from GFP-LC3 knock‐in mice were treated with LPS and then analysed for immunofluorescence."}
{"words": ["(", "E", ")", "Colocalization", "line", "tracing", "analysis", "from", "images", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Colocalization line tracing analysis from images in (D)."}
{"words": ["(", "F", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "BMMs", "were", "treated", "with", "20", "μM", "nigericin", "and", "cathepsin", "B", "inhibitor", "CA", "‐", "074", "Me", "(", "10", "μM", ")", ",", "with", "(", "Starvation", ")", "or", "without", "(", "Full", ")", "autophagic", "induction", ",", "for", "1", "h", "and", "secreted", "IL", "‐", "1β", "was", "measured", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) LPS‐pretreated BMMs were treated with 20 μM nigericin and cathepsin B inhibitor CA‐074 Me (10 μM), with (Starvation) or without (Full) autophagic induction, for 1 h and secreted IL‐1β was measured. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "G", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "−", "and", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "+", "BMMs", "were", "stimulated", "with", "20", "μM", "nigericin", "for", "1", "h", "in", "OptiMEM", "and", "release", "of", "cathepsin", "B", "was", "determined", "by", "immunoblotting", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) LPS‐pretreated Atg5fl/fl Cre− and Atg5fl/fl Cre+ BMMs were stimulated with 20 μM nigericin for 1 h in OptiMEM and release of cathepsin B was determined by immunoblotting. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["(", "A", ")", "Colocalization", "of", "Rab8a", "with", "the", "basal", "autophagic", "machinery", "factor", "LC3", "and", "IL", "‐", "1β", ".", "Fluorescence", ";", "LC3", "(", "green", ",", "Alexa488", ")", ",", "IL", "‐", "1β", "(", "red", ",", "Alexa568", ")", ",", "Rab8a", "(", "blue", ",", "Alexa633", ")", ".", "BMMs", "from", "GFP", "-", "LC3", "knock", "‐", "in", "mice", "were", "pretreated", "with", "LPS", "and", "analysed", "by", "immunofluorescence", "microscopy", ".", "Arrows", "indicate", "triple", "colocalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Colocalization of Rab8a with the basal autophagic machinery factor LC3 and IL‐1β. Fluorescence; LC3 (green, Alexa488), IL‐1β (red, Alexa568), Rab8a (blue, Alexa633). BMMs from GFP-LC3 knock‐in mice were pretreated with LPS and analysed by immunofluorescence microscopy. Arrows indicate triple colocalization."}
{"words": ["(", "B", ")", "Line", "tracing", "analysis", "of", "fluorescence", "signal", "intensity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Line tracing analysis of fluorescence signal intensity."}
{"words": ["(", "C", ")", "Pearson", "'", "s", "colocalization", "coefficient", "for", "IL", "‐", "1β", "and", "Rab8a", ".", "Pearson", "'", "s", "coefficients", "were", "derived", "from", "three", "completely", "independent", "experiments", "with", ">", "5", "fields", "per", "experiment", ",", "for", "a", "total", "of", "⩾", "15", "fields", "contributing", "to", "the", "cumulative", "result", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Pearson's colocalization coefficient for IL‐1β and Rab8a. Pearson's coefficients were derived from three completely independent experiments with >5 fields per experiment, for a total of ⩾15 fields contributing to the cumulative result."}
{"words": ["(", "D", ")", "BMMs", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "against", "Rab8a", "or", "scramble", "(", "Scr", ")", "control", ".", "At", "24", "h", "after", "the", "first", "transfection", ",", "cells", "were", "transfected", "again", "with", "siRNA", ",", "treated", "with", "LPS", "and", "the", "day", "after", "subjected", "to", "nigericin", "in", "full", "medium", "for", "1", "h", ",", "and", "IL", "‐", "1β", "secretion", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(D) BMMs were transfected with siRNAs against Rab8a or scramble (Scr) control. At 24 h after the first transfection, cells were transfected again with siRNA, treated with LPS and the day after subjected to nigericin in full medium for 1 h, and IL‐1β secretion measured."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "Rab8a", "knockdown", "in", "BMMs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of Rab8a knockdown in BMMs."}
{"words": ["(", "F", ")", "RAW", "264", ".", "7", "macrophages", "were", "transfected", "with", "GFP", "‐", "tagged", "Rab8a", "constructs", "(", "WT", ",", "wild", "type", ";", "S22N", ",", "dominant", "‐", "negative", "mutant", ")", ",", "treated", "overnight", "with", "LPS", "and", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "20", "μM", "nigericin", "along", "with", "induction", "of", "autophagy", "by", "starvation", ".", "IL", "‐", "1β", "secretion", "was", "measured", "by", "ELISA", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "≥", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) RAW 264.7 macrophages were transfected with GFP‐tagged Rab8a constructs (WT, wild type; S22N, dominant‐negative mutant), treated overnight with LPS and stimulated for 1 h with 20 μM nigericin along with induction of autophagy by starvation. IL‐1β secretion was measured by ELISA. Data represent mean values±s.d. (n≥3); *P0.05. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["(", "A", ")", "BMM", "cells", "were", "transfected", "with", "scramble", "(", "Scr", ")", "control", "siRNA", "or", "siRNA", "against", "GRASP55", ".", "After", "48", "h", "of", "transfection", ",", "cells", "were", "treated", "with", "LPS", "and", "the", "day", "after", "subjected", "to", "20", "μM", "nigericin", "in", "EBSS", ",", "and", "secreted", "IL", "‐", "1β", "was", "measured", "by", "ELISA", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", ".", "Inset", ":", "Immunoblot", "analysis", "of", "GRASP55", "knockdown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) BMM cells were transfected with scramble (Scr) control siRNA or siRNA against GRASP55. After 48 h of transfection, cells were treated with LPS and the day after subjected to 20 μM nigericin in EBSS, and secreted IL‐1β was measured by ELISA. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05. Inset: Immunoblot analysis of GRASP55 knockdown."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunofluorescence", "confocal", "microscopy", "analysis", "of", "LC3", "and", "GRASP55", "distribution", ".", "LC3", "(", "green", ",", "Alexa488", ")", ",", "GRASP55", "(", "red", ",", "Alexa568", ")", ".", "BMMs", "were", "pretreated", "overnight", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "either", "not", "stimulated", "(", "Ctrl", ")", "or", "stimulated", "(", "Nig", ")", "for", "30", "min", "with", "the", "inflammasome", "agonist", "nigericin", "(", "20", "μM", ")", "in", "full", "medium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunofluorescence confocal microscopy analysis of LC3 and GRASP55 distribution. LC3 (green, Alexa488), GRASP55 (red, Alexa568). BMMs were pretreated overnight with 100 ng/ml LPS and either not stimulated (Ctrl) or stimulated (Nig) for 30 min with the inflammasome agonist nigericin (20 μM) in full medium."}
{"words": ["(", "C", ")", "Line", "tracings", ",", "analysis", "of", "fluorescence", "signal", "intensity", "from", "images", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Line tracings, analysis of fluorescence signal intensity from images in (B)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Pearson", "'", "s", "coefficients", "for", "LC3", "and", "GRASP55", "were", "quantified", "using", "SlideBook", "morphometric", "analysis", "software", "as", "a", "measure", "of", "adjacency", "between", "GRASP55", "and", "LC3", "profiles", ".", "Pearson", "'", "s", "coefficients", "were", "derived", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "five", "fields", "per", "experiment", ",", "for", "a", "total", "of", "15", "fields", "contributing", "to", "the", "cumulative", "result", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Pearson's coefficients for LC3 and GRASP55 were quantified using SlideBook morphometric analysis software as a measure of adjacency between GRASP55 and LC3 profiles. Pearson's coefficients were derived from three independent experiments with five fields per experiment, for a total of 15 fields contributing to the cumulative result. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Effect", "of", "GRASP55", "on", "autophagy", "induction", "by", "measuring", "LC3", "‐", "II", ".", "BMM", "cells", "were", "transfected", "with", "GRASP55", "siRNAs", "or", "scramble", "(", "Scr", ")", "control", ".", "At", "72", "h", "post", "transfection", ",", "cells", "were", "induced", "for", "autophagy", ",", "treated", "or", "not", "with", "Bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "to", "inhibit", "autophagic", "degradation", "and", "LC3", "‐", "II", "/", "actin", "ratios", "determined", "by", "immunoblotting", "(", "A", ")", "followed", "by", "densitometry", "(", "B", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Effect of GRASP55 on autophagy induction by measuring LC3‐II. BMM cells were transfected with GRASP55 siRNAs or scramble (Scr) control. At 72 h post transfection, cells were induced for autophagy, treated or not with Bafilomycin A1 (Baf) to inhibit autophagic degradation and LC3‐II/actin ratios determined by immunoblotting (A) followed by densitometry (B). Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "RAW", "264", ".", "7", "was", "transfected", "with", "GRASP55", "siRNAs", "or", "scramble", "(", "Scr", ")", "siRNA", "control", ".", "Following", "48", "h", "of", "siRNA", "treatment", ",", "cells", "were", "transfected", "with", "RFP", "-", "GFP", "-", "LC3", "plasmid", "(", "GFP", "is", "sensitive", "to", "acidification", ",", "whereas", "RFP", "is", "not", ")", ",", "after", "24", "h", "induced", "for", "autophagy", "in", "EBSS", "for", "1", "h", "and", "autophagic", "induction", "and", "flux", "quantified", "(", "graph", "in", "D", ")", "by", "determining", "the", "number", "of", "early", "autophagic", "organelles", "(", "GFP", "+", "RFP", "+", "puncta", ")", "and", "autolysosomal", "organelles", "(", "GFP", "−", "RFP", "+", "puncta", ")", "per", "cell", "as", "illustrated", "in", "fluorescent", "images", "(", "yellow", "arrows", ",", "GFP", "+", "RFP", "+", ";", "red", "arrows", ",", "GFP", "−", "RFP", "+", ")", ".", "Total", ",", "yellow", "+", "red", "puncta", "per", "cell", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) RAW 264.7 was transfected with GRASP55 siRNAs or scramble (Scr) siRNA control. Following 48 h of siRNA treatment, cells were transfected with RFP-GFP-LC3 plasmid (GFP is sensitive to acidification, whereas RFP is not), after 24 h induced for autophagy in EBSS for 1 h and autophagic induction and flux quantified (graph in D) by determining the number of early autophagic organelles (GFP+RFP+ puncta) and autolysosomal organelles (GFP−RFP+ puncta) per cell as illustrated in fluorescent images (yellow arrows, GFP+RFP+; red arrows, GFP−RFP+). Total, yellow+red puncta per cell. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["(", "A", ")", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "−", "and", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "+", "bone", "marrow", "‐", "derived", "macrophages", "(", "BMMs", ")", ",", "pretreated", "overnight", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", ",", "were", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "the", "inflammasome", "agonist", "nigericin", "(", "20", "μM", ")", "with", "(", "Starvation", ";", "EBSS", ")", "or", "without", "(", "Full", ";", "full", "medium", ")", "autophagic", "induction", ".", "Cell", "culture", "supernatants", "were", "assayed", "for", "murine", "IL", "‐", "1β", "by", "ELISA", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "⩾", "3", ")", ";", "*", "P0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Atg5fl/fl Cre− and Atg5fl/fl Cre+ bone marrow‐derived macrophages (BMMs), pretreated overnight with 100 ng/ml LPS, were stimulated for 1 h with the inflammasome agonist nigericin (20 μM) with (Starvation; EBSS) or without (Full; full medium) autophagic induction. Cell culture supernatants were assayed for murine IL‐1β by ELISA. Data represent mean values±s.d. (n⩾3); *P0.05."}
{"words": ["(", "B", ")", "LPS", "‐", "pretreated", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "−", "and", "Atg5fl", "/", "fl", "Cre", "+", "BMMs", "were", "stimulated", "with", "20", "μM", "nigericin", "for", "1", "h", "in", "OptiMEM", "and", "the", "release", "of", "HMGB1", "was", "determined", "by", "immunoblotting", ".", "Figure", "source", "data", "can", "be", "found", "in", "Supplementary", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) LPS‐pretreated Atg5fl/fl Cre− and Atg5fl/fl Cre+ BMMs were stimulated with 20 μM nigericin for 1 h in OptiMEM and the release of HMGB1 was determined by immunoblotting. Figure source data can be found in Supplementary data."}
{"words": ["Percent", "body", "weight", "of", "male", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "mice", "over", "the", "72", "h", "course", "of", "LPS", "(", "4", ".", "5", "mg", "/", "kg", "BW", ")", "or", "PBS", "injection", "(", "i", ".", "p", ".", ")", ".", "Each", "circle", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "7", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Percent body weight of male Prdx4 WT and KO mice over the 72 h course of LPS (4.5 mg/kg BW) or PBS injection (i.p.). Each circle represents a mean of n=7 mice, vertical lines indicate SEM"}
{"words": ["Cytokine", "concentration", "in", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "mice", "in", "response", "to", "LPS", "injection", ".", "(", "B", ")", "Cxcl1", "levels", "in", "serum", "(", "left", ")", "or", "peritoneal", "lavage", "(", "right", ")", "at", "indicated", "time", "points", "after", "LPS", "or", "PBS", "injection", ".", "(", "C", ")", "TNF", "-", "α", "levels", "in", "serum", "(", "left", ")", "or", "peritoneal", "lavage", "(", "right", ")", "at", "indicated", "time", "points", "after", "LPS", "or", "PBS", "injection", ".", "(", "D", ")", "IL", "-", "1β", "levels", "in", "serum", "(", "left", ")", "or", "peritoneal", "lavage", "(", "right", ")", "at", "indicated", "time", "points", "after", "LPS", "or", "PBS", "injection", ".", "Each", "dot", "(", "B", "-", "D", ")", "represents", "an", "individual", "mouse", ".", "Horizontal", "lines", "indicate", "mean", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cytokine concentration in Prdx4 WT and KO mice in response to LPS injection. (B) Cxcl1 levels in serum (left) or peritoneal lavage (right) at indicated time points after LPS or PBS injection. (C) TNF-α levels in serum (left) or peritoneal lavage (right) at indicated time points after LPS or PBS injection. (D) IL-1β levels in serum (left) or peritoneal lavage (right) at indicated time points after LPS or PBS injection. Each dot (B-D) represents an individual mouse. Horizontal lines indicate mean."}
{"words": ["Percent", "body", "weight", "of", "male", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "mice", "over", "the", "48", "h", "course", "of", "LPS", "(", "4", ".", "5", "mg", "/", "kg", "BW", ")", "injection", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "and", "treatment", "with", "IL", "-", "1", "receptor", "antagonist", "(", "IL", "-", "1RA", ")", "Anakinra", "(", "200", "µg", "/", "mouse", ")", "or", "control", ".", "Arrows", "indicate", "time", "point", "of", "Anakinra", "injection", ".", "Each", "circle", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "5", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Percent body weight of male Prdx4 WT and KO mice over the 48 h course of LPS (4.5 mg/kg BW) injection (i.p.) and treatment with IL-1 receptor antagonist (IL-1RA) Anakinra (200 µg/mouse) or control. Arrows indicate time point of Anakinra injection. Each circle represents a mean of n=5 mice, vertical lines indicate SEM."}
{"words": ["Serum", "concentration", "of", "Cxcl1", ",", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "1β", "in", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "mice", "injected", "with", "LPS", ",", "LPS", "and", "IL", "-", "1RA", "or", "control", ".", "Horizontal", "lines", "indicate", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Serum concentration of Cxcl1, TNF-α and IL-1β in Prdx4 WT and KO mice injected with LPS, LPS and IL-1RA or control. Horizontal lines indicate mean."}
{"words": ["Percent", "body", "weight", "of", "male", "Prdx4", "-", "flox", "and", "Prdx4", "-", "∆", "LysMCre", "mice", "over", "the", "48", "h", "course", "of", "4", ".", "5", "mg", "/", "kg", "BW", "LPS", "(", "i", ".", "p", ".", ")", ".", "Each", "circle", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "7", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Percent body weight of male Prdx4-flox and Prdx4-∆LysMCre mice over the 48 h course of 4.5 mg/kg BW LPS ( i.p.). Each circle represents a mean of n=7 mice, vertical lines indicate SEM."}
{"words": ["Serum", "concentration", "of", "Cxcl1", ",", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "1β", "in", "Prdx4", "-", "flox", "and", "Prdx4", "-", "∆", "LysMCre", "mice", "injected", "with", "LPS", ".", "Each", "dot", "(", "B", ",", "D", ")", "represents", "an", "individual", "mouse", ".", "Horizontal", "lines", "indicate", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Serum concentration of Cxcl1, TNF-α and IL-1β in Prdx4-flox and Prdx4-∆LysMCre mice injected with LPS. Each dot (B, D) represents an individual mouse. Horizontal lines indicate mean."}
{"words": ["Concentration", "of", "Cxcl1", ",", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "1β", "in", "the", "supernatants", "of", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", "in", "response", "to", "a", "time", "course", "of", "LPS", "stimulation", "(", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", ",", "time", "points", "indicated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Concentration of Cxcl1, TNF-α and IL-1β in the supernatants of Prdx4 WT and KO BMDMs in response to a time course of LPS stimulation (100 ng/ml LPS, time points indicated)."}
{"words": ["IL", "-", "1β", "release", "of", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", ",", "untreated", "or", "primed", "for", "6", "h", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "and", "then", "pulsed", "for", "indicated", "time", "points", "with", "ATP", "(", "5", "mM", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IL-1β release of Prdx4 WT and KO BMDMs, untreated or primed for 6 h with LPS (100 ng/ml) and then pulsed for indicated time points with ATP (5 mM)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "IL", "-", "1β", "in", "cell", "lysates", "and", "supernatants", "of", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", ",", "primed", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "and", "pulsed", "with", "ATP", "(", "5", "mM", ")", "for", "4", "h", "or", "left", "untreated", ".", "Dashed", "line", "indicates", "vertical", "slice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of IL-1β in cell lysates and supernatants of Prdx4 WT and KO BMDMs, primed with LPS (100 ng/ml) and pulsed with ATP (5 mM) for 4 h or left untreated. Dashed line indicates vertical slice."}
{"words": ["Immunofluorescence", "microscopy", "of", "ASC", "speck", "formation", "in", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", "in", "response", "to", "Nigericin", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "stimulation", "for", "45", "min", "of", "LPS", "-", "primed", "cells", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "an", "antibody", "to", "ASC", "and", "nuclei", "were", "counterstained", "using", "DAPI", ".", "Scale", "bar", "indicates", "20", "µm", ".", "ASC", "speck", "-", "positive", "cells", "were", "counted", "and", "expressed", "as", "percentage", "of", "total", "cells", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "of", "n", "=", "4", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence microscopy of ASC speck formation in Prdx4 WT and KO BMDMs in response to Nigericin (10 µg/ml) stimulation for 45 min of LPS-primed cells. Cells were stained with an antibody to ASC and nuclei were counterstained using DAPI. Scale bar indicates 20 µm. ASC speck-positive cells were counted and expressed as percentage of total cells. Bars represent a mean of n=4 mice, vertical lines indicate SD. n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "caspase", "-", "1", "cleavage", "in", "the", "supernatant", "of", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", "in", "response", "to", "Nigericin", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "stimulation", "for", "1", "h", "after", "priming", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", ",", "LPS", "-", "priming", "alone", "or", "without", "stimulation", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "for", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "and", "Gapdh", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Western blot analysis of caspase-1 cleavage in the supernatant of Prdx4 WT and KO BMDMs in response to Nigericin (10 µg/ml) stimulation for 1 h after priming with LPS (100 ng/ml), LPS-priming alone or without stimulation. Whole cell lysates were analyzed for pro-caspase-1 and Gapdh levels."}
{"words": ["IL", "-", "1β", "release", "in", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", ",", "untreated", "or", "primed", "for", "6", "h", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "and", "then", "pulsed", "for", "3", "h", "with", "ATP", "(", "5", "mM", ")", "or", "Nigericin", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "or", "transfected", "for", "3", "h", "with", "poly", "(", "dA", ":", "dT", ")", "or", "Flagellin", "(", "1", "µg", "/", "ml", "each", ")", "or", "treated", "with", "transfection", "agent", "only", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IL-1β release in Prdx4 WT and KO BMDMs, untreated or primed for 6 h with LPS (100 ng/ml) and then pulsed for 3 h with ATP (5 mM) or Nigericin (10 µg/ml) or transfected for 3 h with poly (dA:dT) or Flagellin (1 µg/ml each) or treated with transfection agent only."}
{"words": ["Quantification", "of", "cell", "death", "by", "LDH", "-", "release", "in", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", ",", "untreated", "or", "primed", "for", "6", "h", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "and", "then", "pulsed", "for", "3", "h", "with", "ATP", "(", "5", "mM", ")", "or", "Nigericin", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "or", "transfected", "for", "3", "h", "with", "poly", "(", "dA", ":", "dT", ")", "or", "flagellin", "(", "1", "µg", "/", "ml", "each", ")", "or", "treated", "with", "transfection", "agent", "only", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of cell death by LDH-release in Prdx4 WT and KO BMDMs, untreated or primed for 6 h with LPS (100 ng/ml) and then pulsed for 3 h with ATP (5 mM) or Nigericin (10 µg/ml) or transfected for 3 h with poly (dA:dT) or flagellin (1 µg/ml each) or treated with transfection agent only."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "rPRDX4", ",", "rCASP", "-", "1", "and", "co", "-", "incubated", "rPRDX4", "and", "rCASP", "-", "1", "after", "non", "-", "reducing", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Black", "arrows", "at", "250", "kDa", "indicate", "the", "corresponding", "molecular", "weights", "of", "rCASP", "-", "1", "and", "rPRDX4", "oligomers", "and", "decrease", "of", "the", "Prdx4", "band", "intensity", "upon", "co", "-", "incubation", "with", "rCASP", "-", "1", ".", "Black", "arrow", "at", "approx", ".", "50", "kDa", "indicates", "the", "appearance", "of", "an", "additional", "rPRDX4", "band", "which", "corresponds", "to", "the", "molecular", "weight", "of", "a", "Prdx4", "dimer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Western blot analysis of rPRDX4, rCASP-1 and co-incubated rPRDX4 and rCASP-1 after non-reducing SDS-PAGE. Black arrows at 250 kDa indicate the corresponding molecular weights of rCASP-1 and rPRDX4 oligomers and decrease of the Prdx4 band intensity upon co-incubation with rCASP-1. Black arrow at approx. 50 kDa indicates the appearance of an additional rPRDX4 band which corresponds to the molecular weight of a Prdx4 dimer."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "rPRDX4", "(", "=", "P", ")", "and", "rCASP", "-", "1", "(", "=", "C", ")", "after", "alkylation", "(", "=", "A", ")", "and", "non", "-", "reducing", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Black", "arrows", "indicate", "the", "termination", "of", "the", "integration", "of", "rCASP", "-", "1", "into", "the", "rPRDX4", "decamer", "/", "HMWC", "upon", "alkylation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of rPRDX4 (=P) and rCASP-1 (=C) after alkylation (=A) and non-reducing SDS-PAGE. Black arrows indicate the termination of the integration of rCASP-1 into the rPRDX4 decamer/HMWC upon alkylation."}
{"words": ["Rate", "of", "caspase", "-", "1", "activity", "in", "the", "presence", "of", "non", "-", "reduced", "decameric", "rPrdx4", ",", "reduced", "dimeric", "and", "monomeric", "rPRDX4", ",", "YVAD", "or", "control", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Rate of caspase-1 activity in the presence of non-reduced decameric rPrdx4, reduced dimeric and monomeric rPRDX4, YVAD or control."}
{"words": ["Foldchange", "in", "IL", "-", "1β", "concentration", "in", "supernatants", "of", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "plasmids", "for", "NLRP3", ",", "ASC", ",", "IL", "-", "1β", "and", "caspase", "-", "1", "WT", "or", "Cys", "-", "to", "-", "Ser", "mutants", "C362S", "or", "C397S", "and", "co", "-", "transfected", "with", "Prdx4", "or", "control", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "2", ".", "5", "mM", "ATP", "for", "30", "min", "before", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Foldchange in IL-1β concentration in supernatants of HEK293 cells transfected with plasmids for NLRP3, ASC, IL-1β and caspase-1 WT or Cys-to-Ser mutants C362S or C397S and co-transfected with Prdx4 or control. Cells were stimulated with 2.5 mM ATP for 30 min before analysis."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "non", "-", "reducing", "SDS", "-", "PAGE", "of", "cell", "lysates", "from", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "caspase", "-", "1", "WT", ",", "C362S", ",", "C397S", ",", "or", "C362S", "plus", "C397S", "mutants", "and", "co", "-", "transfected", "with", "Prdx4", "-", "GFP", "or", "GFP", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of non-reducing SDS-PAGE of cell lysates from HEK293 cells transfected with caspase-1 WT, C362S, C397S, or C362S plus C397S mutants and co-transfected with Prdx4-GFP or GFP as control."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "co", "-", "immunoprecipitation", "using", "HA", "-", "magnetic", "beads", "from", "cell", "lysates", "of", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "caspase", "-", "1", "WT", ",", "C362S", ",", "C397S", ",", "or", "C362S", "plus", "C397S", "mutants", "and", "co", "-", "transfected", "with", "Prdx4", "-", "GFP", "or", "GFP", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of co-immunoprecipitation using HA-magnetic beads from cell lysates of HEK293 cells transfected with HA-tagged caspase-1 WT, C362S, C397S, or C362S plus C397S mutants and co-transfected with Prdx4-GFP or GFP as control."}
{"words": ["IL", "-", "1β", "concentration", "in", "supernatants", "of", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "plasmids", "for", "NLRP3", ",", "ASC", ",", "IL", "-", "1β", "and", "caspase", "-", "1", "and", "co", "-", "transfected", "with", "Prdx4", "WT", "or", "Cys", "-", "to", "-", "Ala", "mutants", "C51A", ",", "C124A", ",", "C245A", "or", "DM", "C124A", "/", "C245A", "or", "control", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "2", ".", "5", "mM", "ATP", "for", "30", "min", "before", "analysis", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IL-1β concentration in supernatants of HEK293 cells transfected with plasmids for NLRP3, ASC, IL-1β and caspase-1 and co-transfected with Prdx4 WT or Cys-to-Ala mutants C51A, C124A, C245A or DM C124A/C245A or control. Cells were stimulated with 2.5 mM ATP for 30 min before analysis."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "co", "-", "immunoprecipitation", "using", "HA", "-", "magnetic", "beads", "from", "cell", "lysates", "of", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "caspase", "-", "1", "WT", "or", "control", "and", "co", "-", "transfected", "with", "Prdx4", "WT", "or", "Cys", "-", "to", "-", "Ala", "mutants", "C51A", ",", "C124A", ",", "C245A", "or", "DM", "C124A", "/", "C245A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of co-immunoprecipitation using HA-magnetic beads from cell lysates of HEK293 cells transfected with HA-tagged caspase-1 WT or control and co-transfected with Prdx4 WT or Cys-to-Ala mutants C51A, C124A, C245A or DM C124A/C245A."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "Prdx4", ",", "pro", "-", "caspase", "‑", "1", ",", "Gapdh", "and", "E", "-", "Cadherin", "from", "the", "cytosolic", "and", "insoluble", "cell", "fraction", "of", "LPS", "and", "/", "or", "ATP", "-", "stimulated", "BMDMs", "or", "untreated", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of Prdx4, pro-caspase‑1, Gapdh and E-Cadherin from the cytosolic and insoluble cell fraction of LPS and/or ATP-stimulated BMDMs or untreated controls."}
{"words": ["Prdx4", "concentration", "in", "supernatants", "of", "Prdx4", "WT", "or", "KO", "BMDMs", ",", "primed", "for", "6", "h", "with", "LPS", "and", "pulsed", "for", "indicated", "time", "points", "with", "5", "mM", "ATP", ".", "Each", "circle", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Prdx4 concentration in supernatants of Prdx4 WT or KO BMDMs, primed for 6 h with LPS and pulsed for indicated time points with 5 mM ATP. Each circle represents a mean of n=3 mice, vertical lines indicate SD. **, p < 0.01; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Concentration", "of", "Prdx4", "in", "the", "serum", "of", "WT", "mice", ",", "injected", "with", "LPS", "(", "4", ".", "5", "mg", "/", "kg", "BW", ")", "for", "the", "time", "points", "indicated", ".", "Each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", ".", "Horizontal", "lines", "indicate", "mean", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Concentration of Prdx4 in the serum of WT mice, injected with LPS (4.5 mg/kg BW) for the time points indicated. Each dot represents an individual mouse. Horizontal lines indicate mean. *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Concentration", "of", "Prdx4", "in", "supernatants", "of", "Prdx4", "WT", "and", "KO", "BMDMs", ".", "Cells", "were", "primed", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "for", "6", "h", ",", "followed", "by", "pretreatment", "with", "20", "µM", "YVAD", "or", "DMSO", "as", "control", "for", "30", "min", "and", "stimulated", "with", "5", "mM", "ATP", "for", "4", "h", "or", "no", "further", "stimulation", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "mice", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Concentration of Prdx4 in supernatants of Prdx4 WT and KO BMDMs. Cells were primed with LPS (100 ng/ml) for 6 h, followed by pretreatment with 20 µM YVAD or DMSO as control for 30 min and stimulated with 5 mM ATP for 4 h or no further stimulation. Each bar represents a mean of n=3 mice, vertical lines indicate SD. **, p < 0.01; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Relative", "levels", "of", "Prdx4", "secretion", "in", "response", "to", "LPS", "+", "ATP", "stimulation", "and", "pretreatment", "with", "either", "Glycine", ",", "NSA", "or", "GW4869", "and", "relative", "levels", "of", "caspase", "-", "1", "secretion", "in", "response", "to", "LPS", "+", "ATP", "stimulation", "and", "pretreatment", "with", "in", "response", "to", "LPS", "+", "ATP", "stimulation", "and", "pretreatment", "with", "GW4869", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "biological", "with", "2", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative levels of Prdx4 secretion in response to LPS+ATP stimulation and pretreatment with either Glycine, NSA or GW4869 and relative levels of caspase-1 secretion in response to LPS+ATP stimulation and pretreatment with in response to LPS+ATP stimulation and pretreatment with GW4869. Each bar represents a mean of n=3 biological with 2 technical replicates, vertical lines indicate SD. *, p < 0.05; **, p < 0.01; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "organelle", "fractions", ".", "OptiPrep", "density", "gradient", "ultracentrifugation", "was", "used", "to", "fractionate", "subcellular", "organelles", "from", "Prdx4", "WT", "BMDMs", "that", "were", "primed", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "for", "12", "h", "and", "stimulated", "with", "5", "mM", "ATP", "for", "4", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of subcellular organelle fractions. OptiPrep density gradient ultracentrifugation was used to fractionate subcellular organelles from Prdx4 WT BMDMs that were primed with LPS (100 ng/ml) for 12 h and stimulated with 5 mM ATP for 4 h."}
{"words": ["BCA", "analysis", "of", "EV", "protein", "concentration", "in", "EVs", "isolates", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BCA analysis of EV protein concentration in EVs isolates. Each bar represents a mean of n=3 technical replicates, vertical lines indicate SD. *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Exocet", "quantification", "assay", "of", "EVs", "particle", "numbers", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Exocet quantification assay of EVs particle numbers. Each bar represents a mean of n=3 technical replicates, vertical lines indicate SD. *, p < 0.05; ***, p < 0.001; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "of", "EV", "isolates", ".", "Three", "representative", "pictures", "are", "displayed", ".", "Scale", "bar", "indicates", "200", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Transmission electron microscopy (TEM) of EV isolates. Three representative pictures are displayed. Scale bar indicates 200 nm."}
{"words": ["Analysis", "of", "size", "distribution", "of", "EVs", ".", "Each", "dot", "indicates", "the", "diameter", "in", "nm", "of", "an", "individual", "vesicle", ".", "SD", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "followed", "by", "a", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of size distribution of EVs. Each dot indicates the diameter in nm of an individual vesicle. SD. ***, p < 0.001; n.s. not significant (one-way ANOVA, followed by a Tukey multiple comparison test)."}
{"words": ["Prdx4", "concentration", "in", "EV", "lysates", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "2", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Prdx4 concentration in EV lysates. Each bar represents a mean of n= 2 technical replicates, vertical lines indicate SD. **, p < 0.01; ***, p < 0.001; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Caspase", "-", "1", "and", "IL", "-", "1β", "concentration", "in", "EV", "lysates", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "2", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Caspase-1 and IL-1β concentration in EV lysates. Each bar represents a mean of n= 2 technical replicates, vertical lines indicate SD. **, p < 0.01; ***, p < 0.001; n.s. not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "Prdx4", ",", "NLRP3", ",", "ASC", ",", "caspase", "‑", "1", ",", "IL", "-", "1β", "and", "CD63", "from", "EV", "lysates", "(", "upper", "panel", ")", "or", "caspase", "-", "1", "after", "immunoprecipitation", "against", "caspase", "-", "1", "(", "lower", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of Prdx4, NLRP3, ASC, caspase‑1, IL-1β and CD63 from EV lysates (upper panel) or caspase-1 after immunoprecipitation against caspase-1 (lower panel)."}
{"words": ["Cxcl1", "concentration", "in", "supernatants", "of", "caspase", "-", "1", "-", "deficient", "BMDMs", "stimulated", "with", "EVs", "from", "LPS", ",", "LPS", "and", "ATP", "or", "control", "-", "treated", "Prdx4", "WT", "or", "KO", "BMDMs", ",", "as", "well", "as", "caspase", "-", "1", "-", "deficient", "BMDMs", "pre", "-", "treated", "with", "Anakinra", "and", "stimulated", "with", "EVs", "from", "LPS", "and", "ATP", "-", "treated", "Prdx4", "WT", "or", "KO", "BMDMs", ".", "Each", "bar", "represents", "a", "mean", "of", "n", "=", "3", "biological", "with", "2", "technical", "replicates", ",", "vertical", "lines", "indicate", "SD", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cxcl1 concentration in supernatants of caspase-1-deficient BMDMs stimulated with EVs from LPS, LPS and ATP or control-treated Prdx4 WT or KO BMDMs, as well as caspase-1-deficient BMDMs pre-treated with Anakinra and stimulated with EVs from LPS and ATP-treated Prdx4 WT or KO BMDMs. Each bar represents a mean of n=3 biological with 2 technical replicates, vertical lines indicate SD."}
{"words": ["Serum", "Cxcl1", "in", "C57Bl6", "/", "N", "mice", "injected", "with", "either", "PBS", "or", "EVs", "from", "LPS", "and", "ATP", "or", "control", "-", "treated", "Prdx4", "WT", "or", "KO", "or", "ASC", "KO", "BMDMs", ".", "Each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", ".", "Horizontal", "lines", "indicate", "mean", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Serum Cxcl1 in C57Bl6/N mice injected with either PBS or EVs from LPS and ATP or control-treated Prdx4 WT or KO or ASC KO BMDMs. Each dot represents an individual mouse. Horizontal lines indicate mean."}
{"words": ["Changes", "with", "time", "in", "amounts", "of", "SH", "-", "EP", ",", "α", "-", "amylase", ",", "and", "VmPE", "-", "1", "in", "cotyledons", "of", "V", ".", "mungo", "seedlings", "(", "Attached", "cotyledons", ")", "or", "embryo", "axis", "-", "removed", "cotyledons", "of", "V", ".", "mungo", "seeds", "(", "Detached", "cotyledons", ")", ".", "Attached", "or", "detached", "cotyledons", "were", "prepared", "as", "described", "in", "Materials", "and", "methods", ".", "10", "pairs", "of", "cotyledons", "were", "homogenized", "with", "3", "ml", "of", "50", "mM", "Tris", "-", "Cl", "(", "pH", "7", ".", "4", ")", ",", "and", "the", "homogenates", "were", "centrifuged", "at", "15", ",", "000", "g", "for", "10", "min", ".", "Supernatants", "(", "10", "μl", "each", ")", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "SH", "-", "EP", ",", "α", "-", "amylase", ",", "or", "VmPE", "-", "1", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "Changes with time in amounts of SH-EP, α-amylase, and VmPE-1 in cotyledons of V. mungo seedlings (Attached cotyledons) or embryo axis-removed cotyledons of V. mungo seeds (Detached cotyledons). Attached or detached cotyledons were prepared as described in Materials and methods. 10 pairs of cotyledons were homogenized with 3 ml of 50 mM Tris-Cl (pH 7.4), and the homogenates were centrifuged at 15,000 g for 10 min. Supernatants (10 μl each) were analyzed by SDS-PAGE immunoblotting with anti-SH-EP, α-amylase, or VmPE-1 antibody."}
{"words": ["Subcellular", "distribution", "of", "α", "-", "amylase", "in", "V", ".", "mungo", "cotyledon", "cells", ".", "Microsome", "and", "PSV", "fractions", "were", "prepared", "from", "cotyledons", "of", "day", "3", "seedlings", "as", "described", "in", "Materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "from", "dry", "seeds", "and", "day", "3", "cotyledons", ",", "microsomes", ",", "and", "PSV", "fractions", "(", "20", "μg", "protein", "each", ")", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Proteins", "in", "the", "gel", "were", "analyzed", "by", "Coomassie", "Brilliant", "blue", "staining", "(", "A", ")", ",", "or", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "SH", "-", "EP", "antibody", "(", "B", ")", "or", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", "(", "C", ")", ".", "Bracket", "indicates", "the", "polypeptides", "derived", "from", "storage", "globulins", ".", "Arrowhead", "indicates", "α", "-", "amylase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "Subcellular distribution of α-amylase in V. mungo cotyledon cells. Microsome and PSV fractions were prepared from cotyledons of day 3 seedlings as described in Materials and methods. Extracts from dry seeds and day 3 cotyledons, microsomes, and PSV fractions (20 μg protein each) were separated by SDS-PAGE. Proteins in the gel were analyzed by Coomassie Brilliant blue staining (A), or by immunoblotting with anti-SH-EP antibody (B) or anti- α-amylase antibody (C). Bracket indicates the polypeptides derived from storage globulins. Arrowhead indicates α-amylase."}
{"words": ["Electron", "micrographs", "showing", "the", "immunogold", "localization", "of", "α", "-", "amylase", "in", "attached", "cotyledons", "cells", "(", "A", "-", "E", ")", ",", "detached", "cotyledons", "cells", "(", "F", ")", ",", "or", "control", "for", "immunogold", "labeling", "(", "G", ")", ".", "(", "A", ")", "Anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", "immunogold", "-", "stained", "PSV", ",", "but", "not", "SG", ".", "(", "B", "and", "C", ")", "Golgi", "complex", "and", "PSVs", "were", "both", "immunogold", "-", "labeled", "with", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", ".", "(", "D", ")", "Immunogold", "localization", "of", "α", "-", "amylase", "(", "15", "-", "nm", "particles", ")", "and", "SH", "-", "EP", "(", "10", "-", "nm", "particles", ")", ".", "α", "-", "Amylase", "and", "SH", "-", "EP", "were", "localized", "in", "PSVs", "and", "KVs", ",", "respectively", ".", "(", "E", ")", "Gold", "particles", "from", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", "were", "detected", "in", "LVs", "as", "well", "as", "PSVs", ".", "(", "F", ")", "PSVs", "in", "detached", "cotyledons", "were", "immunogold", "labeled", "with", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", ".", "(", "G", ")", "Immunogold", "staining", "of", "detached", "cotyledon", "cells", "without", "first", "antibody", "(", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", ")", ".", "No", "gold", "particles", "were", "observed", "in", "the", "cell", ".", "CW", ",", "cell", "wall", ";", "G", ",", "Golgi", "complex", ";", "KV", ",", "KDEL", "-", "tailed", "cysteine", "proteinase", "-", "accumulating", "vesicle", ";", "LV", ",", "lytic", "vacuole", ";", "Mt", ",", "mitochondrion", ";", "PSV", ",", "protein", "storage", "vacuole", ";", "SG", ",", "starch", "granule", ".", "Bars", ",", "200", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Electron micrographs showing the immunogold localization of α-amylase in attached cotyledons cells (A-E), detached cotyledons cells (F), or control for immunogold labeling (G). (A) Anti-α-amylase antibody immunogold-stained PSV, but not SG. (B and C) Golgi complex and PSVs were both immunogold-labeled with anti- α-amylase antibody. (D) Immunogold localization of α-amylase (15-nm particles) and SH-EP (10-nm particles). α-Amylase and SH-EP were localized in PSVs and KVs, respectively. (E) Gold particles from anti-α-amylase antibody were detected in LVs as well as PSVs. (F) PSVs in detached cotyledons were immunogold labeled with anti- α-amylase antibody. (G) Immunogold staining of detached cotyledon cells without first antibody (anti-α-amylase antibody). No gold particles were observed in the cell. CW, cell wall; G, Golgi complex; KV, KDEL-tailed cysteine proteinase-accumulating vesicle; LV, lytic vacuole; Mt, mitochondrion; PSV, protein storage vacuole; SG, starch granule. Bars, 200 nm."}
{"words": ["Electron", "micrographs", "showing", "ultrastructures", "of", "cotyledon", "cells", "of", "germinatedV", ".", "mungo", "seeds", "(", "A", "-", "G", ")", ",", "immunogold", "localization", "of", "α", "-", "amylase", "in", "cotyledon", "cells", "(", "H", ")", ",", "and", "ultrastructure", "of", "cells", "of", "detached", "cotyledons", "(", "I", ")", ".", "Toluidine", "blue", "(", "TB", ")", "staining", "of", "sections", "from", "cotyledons", "of", "day", "3", "V", ".", "mungo", "seedlings", ".", "Conversion", "from", "TB", "-", "stained", "cells", "(", "region", "I", ")", "to", "TB", "-", "stainless", "cells", "(", "region", "III", ")", "was", "accompanied", "with", "that", "of", "the", "PSV", "to", "LV", ".", "(", "B", ")", "SGs", "and", "PSVs", "in", "TB", "-", "stained", "cells", "(", "A", ",", "region", "I", ")", ".", "The", "PSV", "was", "filled", "with", "storage", "proteins", ".", "Arrowheads", "indicate", "border", "between", "SGs", "and", "the", "cytoplasm", ".", "(", "C", ")", "SGs", "and", "PSVs", "in", "cotyledons", "at", "region", "II", "in", "A", ".", "Electron", "density", "of", "PSVs", "became", "low", ".", "SGs", "were", "surrounded", "with", "membranous", "structure", "(", "arrows", ")", ".", "LED", "areas", "were", "found", "between", "SGs", "and", "the", "cytoplasm", ".", "(", "D", ")", "SG", "and", "LV", "in", "TB", "-", "stainless", "cells", "(", "region", "III", "in", "A", ")", ".", "The", "PSV", "was", "converted", "to", "the", "LV", "in", "the", "cells", ".", "The", "areas", "around", "SG", "with", "LED", "were", "enlarged", ".", "(", "E", ")", "Ultrastructure", "of", "TB", "-", "stainless", "cells", ".", "SGs", "wrapped", "with", "a", "LED", "area", "contacted", "with", "LVs", "(", "arrowheads", ")", ".", "Vesicles", "with", "similar", "density", "to", "LVs", "were", "observed", ".", "(", "F", ")", "LED", "membranes", "around", "the", "SGs", "fused", "with", "the", "LV", "membranes", "(", "arrow", ")", ".", "(", "G", ")", "SGs", "were", "observed", "in", "LVs", ".", "The", "shape", "of", "SGs", "were", "largely", "different", "from", "those", "in", "B", "-", "E", ".", "(", "H", ")", "An", "Immunogold", "image", "representing", "degradation", "of", "SGs", "by", "α", "-", "amylase", "localized", "in", "LVs", ".", "Gold", "particles", "from", "anti", "-", "α", "-", "amylase", "antibody", "were", "densely", "detected", "in", "the", "peripheral", "region", "of", "SGs", ",", "which", "is", "inserted", "into", "the", "inside", "of", "the", "LV", ".", "(", "I", ")", "PSVs", "were", "not", "converted", "to", "LVs", ",", "and", "SGs", "were", "not", "taken", "up", "into", "PSVs", "in", "the", "cells", "of", "detached", "cotyledons", ".", "Neither", "low", "density", "areas", "around", "SGs", "nor", "vesicles", "with", "similar", "density", "to", "LV", "was", "observed", "in", "the", "cells", ".", "LV", ",", "lytic", "vacuole", ";", "Mt", ",", "mitochondrion", ";", "PSV", ",", "protein", "storage", "vacuole", ";", "SG", ",", "starch", "granule", ".", "Bars", ":", "(", "A", ")", "50", "μm", ";", "(", "E", "and", "G", ")", "2", "μm", ";", "(", "D", ",", "F", ",", "and", "I", ")", "1", "μm", ";", "(", "B", ",", "C", ",", "and", "H", ")", "200", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Electron micrographs showing ultrastructures of cotyledon cells of germinatedV. mungo seeds (A-G), immunogold localization of α-amylase in cotyledon cells (H), and ultrastructure of cells of detached cotyledons (I). Toluidine blue (TB) staining of sections from cotyledons of day 3 V. mungo seedlings. Conversion from TB-stained cells (region I) to TB-stainless cells (region III) was accompanied with that of the PSV to LV. (B) SGs and PSVs in TB-stained cells (A, region I). The PSV was filled with storage proteins. Arrowheads indicate border between SGs and the cytoplasm. (C) SGs and PSVs in cotyledons at region II in A. Electron density of PSVs became low. SGs were surrounded with membranous structure (arrows). LED areas were found between SGs and the cytoplasm. (D) SG and LV in TB-stainless cells (region III in A). The PSV was converted to the LV in the cells. The areas around SG with LED were enlarged. (E) Ultrastructure of TB- stainless cells. SGs wrapped with a LED area contacted with LVs (arrowheads). Vesicles with similar density to LVs were observed. (F) LED membranes around the SGs fused with the LV membranes (arrow). (G) SGs were observed in LVs. The shape of SGs were largely different from those in B-E. (H) An Immunogold image representing degradation of SGs by α-amylase localized in LVs. Gold particles from anti-α-amylase antibody were densely detected in the peripheral region of SGs, which is inserted into the inside of the LV. (I) PSVs were not converted to LVs, and SGs were not taken up into PSVs in the cells of detached cotyledons. Neither low density areas around SGs nor vesicles with similar density to LV was observed in the cells. LV, lytic vacuole; Mt, mitochondrion; PSV, protein storage vacuole; SG, starch granule. Bars: (A) 50 μm; (E and G) 2 μm; (D, F, and I) 1 μm; (B, C, and H) 200 nm."}
{"words": ["LysoTracker", "red", "staining", "of", "partially", "broken", "cotyledon", "cells", ",", "SGs", ",", "or", "cotyledon", "sections", ".", "Cotyledon", "cells", ",", "SGs", ",", "and", "sections", "were", "prepared", "from", "day", "3", "attached", "or", "detached", "cotyledons", "and", "stained", "with", "LysoTracker", "red", "as", "described", "in", "Materials", "and", "methods", ".", "(", "A", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "a", "broken", "cell", ".", "(", "B", ")", "Fluorescent", "image", "of", "A", ".", "(", "C", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "a", "broken", "cell", ".", "(", "D", ")", "Fluorescent", "image", "of", "C", ".", "(", "E", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "cells", "of", "a", "section", "from", "attached", "cotyledons", ".", "(", "F", ")", "Fluorescent", "image", "of", "E", ".", "(", "G", ")", "Magnified", "image", "of", "E", ".", "(", "H", ")", "Magnified", "image", "of", "F", ".", "(", "I", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "an", "SG", ".", "(", "J", ")", "Fluorescent", "image", "of", "I", ".", "(", "K", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "an", "SG", ".", "(", "L", ")", "Fluorescent", "image", "of", "K", ".", "(", "M", ")", "Differential", "interface", "-", "contrast", "image", "of", "cells", "of", "a", "section", "from", "detached", "cotyledons", ".", "(", "N", ")", "Fluorescent", "image", "of", "M", ".", "(", "O", ")", "Magnified", "image", "of", "M", ".", "(", "P", ")", "Magnified", "image", "of", "O", ".", "Bars", ":", "(", "A", "-", "D", ",", "G", "-", "L", ",", "O", ",", "and", "P", ")", "20", "μm", ";", "(", "E", ",", "F", ",", "M", ",", "and", "N", ")", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LysoTracker red staining of partially broken cotyledon cells, SGs, or cotyledon sections. Cotyledon cells, SGs, and sections were prepared from day 3 attached or detached cotyledons and stained with LysoTracker red as described in Materials and methods. (A) Differential interface-contrast image of a broken cell. (B) Fluorescent image of A. (C) Differential interface-contrast image of a broken cell. (D) Fluorescent image of C. (E) Differential interface-contrast image of cells of a section from attached cotyledons. (F) Fluorescent image of E. (G) Magnified image of E. (H) Magnified image of F. (I) Differential interface-contrast image of an SG. (J) Fluorescent image of I. (K) Differential interface-contrast image of an SG. (L) Fluorescent image of K. (M) Differential interface-contrast image of cells of a section from detached cotyledons. (N) Fluorescent image of M. (O) Magnified image of M. (P) Magnified image of O. Bars: (A-D, G-L, O, and P) 20 μm; (E, F, M, and N) 50 μm."}
{"words": ["Electron", "micrographs", "showing", "autophagosome", "-", "mediated", "autophagy", "in", "attached", "(", "A", "-", "C", ")", "and", "detached", "(", "D", "and", "E", ")", "cotyledon", "cells", ".", "(", "A", ")", "Two", "autophagosomes", "containing", "cytoplasm", "were", "observed", ".", "Mitochondria", "and", "the", "cytoplasm", "appeared", "to", "be", "enclosed", "with", "an", "ER", "-", "like", "double", "membrane", ".", "(", "B", ")", "An", "autophagosome", "containing", "mitochondria", "and", "cytoplasm", "was", "fused", "with", "LV", "(", "arrowheads", ")", ".", "(", "C", ")", "Autophagic", "body", "containing", "mitochondria", "was", "found", "in", "LV", ".", "(", "D", ")", "An", "autophagosome", "containing", "mitochondria", "and", "cytoplasm", "was", "observed", ".", "The", "PSV", "was", "not", "converted", "into", "the", "LV", ".", "(", "E", ")", "Autophagic", "body", "was", "observed", "in", "the", "PSV", "of", "detached", "cotyledon", "cells", ".", "AB", ",", "autophagic", "body", ";", "AP", ",", "autophagosome", ";", "ER", ",", "endoplasmic", "reticulum", ";", "LV", ",", "lytic", "vacuole", ";", "Mt", ",", "mitochondrion", ";", "PSV", ",", "protein", "storage", "vacuole", ";", "SG", ",", "starch", "granule", ".", "Bars", ",", "200", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Electron micrographs showing autophagosome-mediated autophagy in attached (A-C) and detached (D and E) cotyledon cells. (A) Two autophagosomes containing cytoplasm were observed. Mitochondria and the cytoplasm appeared to be enclosed with an ER-like double membrane. (B) An autophagosome containing mitochondria and cytoplasm was fused with LV (arrowheads). (C) Autophagic body containing mitochondria was found in LV. (D) An autophagosome containing mitochondria and cytoplasm was observed. The PSV was not converted into the LV. (E) Autophagic body was observed in the PSV of detached cotyledon cells. AB, autophagic body; AP, autophagosome; ER, endoplasmic reticulum; LV, lytic vacuole; Mt, mitochondrion; PSV, protein storage vacuole; SG, starch granule. Bars, 200 nm."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "HEK293T", "cells", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "the", "indicated", "constructs", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "using", "anti", "‐", "FLAG", "antibodies", ".", "The", "resulting", "precipitates", "were", "examined", "by", "immunoblot", "analysis", "with", "anti", "‐", "FLAG", "and", "anti", "‐", "HA", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B,C) HEK293T cells were co‐transfected with the indicated constructs. Cell lysates were subjected to IP using anti‐FLAG antibodies. The resulting precipitates were examined by immunoblot analysis with anti‐FLAG and anti‐HA antibodies."}
{"words": ["(", "D", ")", "HEK293T", "cells", "were", "cultured", "in", "regular", "or", "starvation", "medium", "for", "2", "h", ".", "Cells", "were", "harvested", "and", "treated", "with", "DSP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(D) HEK293T cells were cultured in regular or starvation medium for 2 h. Cells were harvested and treated with DSP."}
{"words": ["(", "E", ")", "HEK293T", "cells", "were", "harvested", "and", "treated", "with", "DSP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(E) HEK293T cells were harvested and treated with DSP."}
{"words": ["(", "F", ")", "HEK293T", "cells", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", "or", "starvation", "medium", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "200", "nM", "wortmannin", "for", "2", "h", ".", "After", "treatment", "with", "DSP", ",", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HEK293T cells were cultured in regular DMEM or starvation medium in the presence or absence of 200 nM wortmannin for 2 h. After treatment with DSP, cell lysates were subjected to IP analysis."}
{"words": ["(", "G", ")", "Atg14F", "/", "F", "(", "undeleted", ")", "or", "Atg14Δ", "/", "Δ", "(", "deleted", ")", "MEFs", "were", "harvested", "and", "treated", "with", "DSP", ".", "*", "(", "E", ")", "and", "*", "*", "(", "G", ")", "indicate", "the", "positions", "of", "the", "immunoglobulin", "light", "and", "heavy", "chains", ",", "respectively", ".", "aa", ",", "amino", "acid", ";", "DSP", ",", "dithiobis", "(", "succinimidyl", "propionate", ")", ";", "IP", ",", "immunoprecipitation", ";", "MEFs", ",", "mouse", "embryonic", "fibroblasts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Atg14F/F (undeleted) or Atg14Δ/Δ (deleted) MEFs were harvested and treated with DSP. * (E) and ** (G) indicate the positions of the immunoglobulin light and heavy chains, respectively. aa, amino acid; DSP, dithiobis(succinimidyl propionate); IP, immunoprecipitation; MEFs, mouse embryonic fibroblasts."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "Atg", "proteins", "in", "the", "indicated", "MEFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot analysis of Atg proteins in the indicated MEFs."}
{"words": ["(", "B", ")", "m5", "‐", "7", "cells", "were", "cultured", "in", "regular", "medium", "containing", "10", "ng", "/", "ml", "Dox", "for", "8", "days", ",", "and", "then", "cultured", "in", "the", "absence", "of", "Dox", "for", "a", "further", "2", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) m5‐7 cells were cultured in regular medium containing 10 ng/ml Dox for 8 days, and then cultured in the absence of Dox for a further 2 days."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "m5", "‐", "7", "cells", "were", "cultured", "in", "regular", "medium", "with", "or", "without", "10", "ng", "/", "ml", "Dox", "for", "4", "days", ",", "and", "then", "cultured", "in", "the", "presence", "of", "50", "μg", "/", "ml", "CHX", "for", "the", "indicated", "time", "periods", "(", "C", ")", ".", "mRNA", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "were", "measured", "by", "quantitative", "PCR", "following", "the", "4", "‐", "day", "Dox", "treatment", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "(", "*", "P0", ".", "05", ")", "(", "D", ")", ".", "CHX", ",", "cycloheximide", ";", "Dox", ",", "doxycycline", ";", "MEFs", ",", "mouse", "embryonic", "fibroblasts", ";", "mRNA", ",", "messenger", "RNA", ";", "WT", ",", "wild", "‐", "type", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) m5‐7 cells were cultured in regular medium with or without 10 ng/ml Dox for 4 days, and then cultured in the presence of 50 μg/ml CHX for the indicated time periods (C). mRNA levels of the indicated genes were measured by quantitative PCR following the 4‐day Dox treatment. Data represent mean±s.e. (*P0.05) (D). CHX, cycloheximide; Dox, doxycycline; MEFs, mouse embryonic fibroblasts; mRNA, messenger RNA; WT, wild‐type."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "HEK293T", "cells", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "the", "indicated", "constructs", ".", "Cell", "lysates", "were", "analysed", "by", "IP", ".", "IP", ",", "immunoprecipitation", ";", "ND", ",", "not", "determined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) HEK293T cells were co‐transfected with the indicated constructs. Cell lysates were analysed by IP. IP, immunoprecipitation; ND, not determined."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "MEFs", ",", "Atg16L1", "KO", "MEFs", "or", "Atg16L1", "KO", "MEFs", "stably", "expressing", "either", "full", "‐", "length", "Atg16L1", "(", "1", "-", "588", ")", ",", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "or", "Atg16L1Δ", "(", "230", "-", "300", ")", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", "or", "starvation", "medium", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "100", "nM", "BafA1", "for", "2", "h", ".", "*", "indicates", "nonspecific", "immunoreactive", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT MEFs, Atg16L1 KO MEFs or Atg16L1 KO MEFs stably expressing either full‐length Atg16L1(1-588), Atg16L1(1-230) or Atg16L1Δ(230-300) were cultured in regular DMEM or starvation medium in the presence or absence of 100 nM BafA1 for 2 h. * indicates nonspecific immunoreactive bands."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Atg16L1", "KO", "MEFs", "stably", "expressing", "GFP", "-", "ULK1", "and", "either", "full", "‐", "length", "Atg16L1", "(", "1", "-", "588", ")", ",", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "or", "Atg16L1Δ", "(", "230", "-", "300", ")", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", "(", "C", ")", "or", "starvation", "medium", "(", "B", ",", "C", ")", "for", "1", "h", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "analysed", "by", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "anti", "‐", "GFP", ",", "anti", "‐", "Atg16L1", "and", "anti", "‐", "LC3", "antibodies", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "perinuclear", "localization", "of", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", ".", "The", "number", "of", "dots", "was", "quantified", "from", "more", "than", "30", "randomly", "selected", "cells", "from", "three", "independent", "samples", "as", "described", "in", "the", "Methods", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "(", "*", "P0", ".", "001", ",", "analysis", "of", "variance", "followed", "by", "Bonferroni", "/", "Dunn", "post", "hoc", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ",", "and", "2", "μm", "in", "inset", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Atg16L1 KO MEFs stably expressing GFP-ULK1 and either full‐length Atg16L1(1-588), Atg16L1(1-230) or Atg16L1Δ(230-300) were cultured in regular DMEM (C) or starvation medium (B,C) for 1 h. Cells were fixed and analysed by immunofluorescence microscopy using anti‐GFP, anti‐Atg16L1 and anti‐LC3 antibodies. Arrowheads indicate the perinuclear localization of Atg16L1(1-230). The number of dots was quantified from more than 30 randomly selected cells from three independent samples as described in the Methods. Data represent mean±s.e. (*P0.001, analysis of variance followed by Bonferroni/Dunn post hoc test). Scale bar, 10 μm, and 2 μm in inset."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", ",", "starvation", "medium", "or", "starvation", "medium", "in", "the", "presence", "of", "0", ".", "2", "μM", "WM", "or", "100", "nM", "BafA1", "for", "6", "h", ".", "Total", "cellular", "GFP", "-", "LC3", "signals", "were", "analysed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "FACS", "data", "were", "shown", "(", "D", ")", ".", "The", "geometric", "mean", "of", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "mean", "of", "control", "cells", "cultured", "in", "regular", "DMEM", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "(", "*", "P0", ".", "05", ")", "(", "E", ")", ".", "BafA1", ",", "bafilomycin", "A1", ";", "GFP", ",", "green", "fluorescent", "protein", ";", "KO", ",", "knockout", ";", "MEFs", ",", "mouse", "embryonic", "fibroblasts", ";", "NS", ",", "not", "significant", ";", "WM", ",", "wortmannin", ";", "WT", ",", "wild", "‐", "type", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Cells stably expressing GFP-LC3 were cultured in regular DMEM, starvation medium or starvation medium in the presence of 0.2 μM WM or 100 nM BafA1 for 6 h. Total cellular GFP-LC3 signals were analysed by flow cytometry. Representative FACS data were shown (D). The geometric mean of fluorescence intensity was determined. Values are expressed as a percentage of the mean of control cells cultured in regular DMEM. Data represent mean±s.e. (*P0.05) (E). BafA1, bafilomycin A1; GFP, green fluorescent protein; KO, knockout; MEFs, mouse embryonic fibroblasts; NS, not significant; WM, wortmannin; WT, wild‐type."}
{"words": ["(", "A", ")", "Atg16L1", "KO", "MEFs", "stably", "expressing", "either", "full", "‐", "length", "Atg16L1", "(", "1", "-", "588", ")", ",", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "or", "Atg16L1Δ", "(", "230", "-", "300", ")", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", "or", "starvation", "medium", "for", "1", "h", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "subjected", "to", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "anti", "‐", "Atg16L1", "antibody", ".", "Note", "that", "full", "‐", "length", "Atg16L1", "and", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", ",", "but", "not", "Atg16L1Δ", "(", "230", "-", "300", ")", ",", "showed", "punctate", "structures", "under", "starvation", "conditions", "(", "inset", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Atg16L1 KO MEFs stably expressing either full‐length Atg16L1(1-588), Atg16L1(1-230) or Atg16L1Δ(230-300) were cultured in regular DMEM or starvation medium for 1 h. Cells were fixed and subjected to immunofluorescence microscopy using anti‐Atg16L1 antibody. Note that full‐length Atg16L1 and Atg16L1(1-230), but not Atg16L1Δ(230-300), showed punctate structures under starvation conditions (inset)."}
{"words": ["(", "B", ")", "FIP200", "KO", "MEFs", "stably", "expressing", "either", "CFP", "-", "Atg16L1", "(", "1", "-", "588", ")", ",", "CFP", "-", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "or", "CFP", "-", "Atg16L1Δ", "(", "230", "-", "300", ")", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", "or", "starvation", "medium", "for", "1", "h", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "analysed", "by", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "anti", "‐", "GFP", "antibody", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "perinuclear", "localization", "of", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) FIP200 KO MEFs stably expressing either CFP-Atg16L1(1-588), CFP-Atg16L1(1-230) or CFP-Atg16L1Δ(230-300) were cultured in regular DMEM or starvation medium for 1 h. Cells were fixed and analysed by immunofluorescence microscopy using anti‐GFP antibody. Arrowheads indicate the perinuclear localization of Atg16L1(1-230)."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "FIP200", "KO", "MEFs", "stably", "expressing", "CFP", "-", "Atg16L1", "(", "1", "-", "230", ")", "were", "cultured", "in", "regular", "DMEM", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ",", "and", "2", "μm", "in", "inset", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) FIP200 KO MEFs stably expressing CFP-Atg16L1(1-230) were cultured in regular DMEM. Scale bar, 10 μm, and 2 μm in inset."}
{"words": ["(", "a", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "plot", "of", "cohorts", "of", "induced", "Vil", "Apc", ",", "Vil", "Apc", "Huwe1het", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", ".", "Deletion", "of", "Huwe1", "led", "to", "a", "significant", "reduction", "in", "survival", "of", "these", "animals", "(", "Vil", "Apc", "vs", "Vil", "Apc", "Huwe1het", "/", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", ",", "Log", "Rank", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "n", "≥", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Kaplan-Meier survival plot of cohorts of induced Vil Apc, Vil Apc Huwe1het and Vil Apc Huwe1hom mice. Deletion of Huwe1 led to a significant reduction in survival of these animals (Vil Apc vs Vil Apc Huwe1het / Vil Apc Huwe1hom, Log Rank, p < 0.001, n ≥ 10)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Wholemount", "isolation", "of", "small", "intestines", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", "culled", "at", "clinical", "endpoint", ".", "Note", "the", "huge", "numbers", "of", "tiny", "macroscopic", "adenomas", "visible", "in", "the", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "intestine", "(", "red", "arrows", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Wholemount isolation of small intestines from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom mice culled at clinical endpoint. Note the huge numbers of tiny macroscopic adenomas visible in the Vil Apc Huwe1hom intestine (red arrows)."}
{"words": ["(", "c", ")", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", "of", "intestinal", "cross", "sections", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", "demonstrating", "the", "increased", "adenoma", "burden", "following", "Huwe1", "deletion", ".", "Black", "arrows", "indicate", "individual", "adenomas", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) H&amp;amp;E staining of intestinal cross sections from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom mice demonstrating the increased adenoma burden following Huwe1 deletion. Black arrows indicate individual adenomas. Scale bars = 200 µm."}
{"words": ["(", "d", ")", "Quantification", "of", "total", "tumour", "numbers", "per", "gut", "in", "sacrificed", "Vil", "Apc", ",", "Vil", "Apc", "Huwe1het", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", ".", "Deletion", "of", "Huwe1", "led", "to", "a", "significant", "increase", "in", "the", "number", "of", "tumours", "per", "gut", "(", "Mann", "Whitney", ",", "n", "≥", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Quantification of total tumour numbers per gut in sacrificed Vil Apc, Vil Apc Huwe1het and Vil Apc Huwe1hom mice. Deletion of Huwe1 led to a significant increase in the number of tumours per gut (Mann Whitney, n ≥ 5)."}
{"words": ["(", "a", ")", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", "of", "control", "and", "Huwe1", "deleted", "intestinal", "epithelium", ".", "Shortened", "villi", "in", "Huwe1", "deficient", "tissue", "are", "indicated", ".", "Scale", "bars", "=", "100", "µm", ".", "(", "b", ")", "BrdU", "IHC", "of", "control", "and", "Huwe1", "deleted", "intestinal", "epithelium", ".", "Scale", "bars", "=", "100", "µm", ".", "(", "c", ")", "PAS", "staining", "identifying", "Goblet", "cells", ".", "No", "gross", "changes", "were", "observed", ".", "Scale", "bars", "=", "100", "µm", ".", "(", "d", ")", "Lysozyme", "staining", "(", "Paneth", "cell", "marker", ")", "of", "control", "and", "Huwe1", "deleted", "small", "intestine", ".", "Note", "the", "occurrence", "of", "lysozyme", "positive", "cells", "away", "from", "the", "crypt", "base", "(", "black", "arrows", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) H&amp;amp;E staining of control and Huwe1 deleted intestinal epithelium. Shortened villi in Huwe1 deficient tissue are indicated. Scale bars = 100 µm. (b) BrdU IHC of control and Huwe1 deleted intestinal epithelium. Scale bars = 100 µm. (c) PAS staining identifying Goblet cells. No gross changes were observed. Scale bars = 100 µm. (d) Lysozyme staining (Paneth cell marker) of control and Huwe1 deleted small intestine. Note the occurrence of lysozyme positive cells away from the crypt base (black arrows). Scale bars = 100 µm."}
{"words": ["(", "e", ")", "Dual", "Periodic", "acid", "-", "Schiff", "/", "Alcian", "blue", "staining", "to", "identify", "Paneth", "cell", "secretory", "vesicles", "(", "light", "blue", "/", "pink", "-", "marked", "with", "black", "arrows", ")", "and", "goblet", "cells", "(", "dark", "blue", "/", "purple", "-", "marked", "with", "red", "arrows", ")", ".", "Note", "Paneth", "cell", "secretory", "vesicles", "are", "restricted", "to", "crypt", "base", "in", "both", "control", "and", "Huwe1", "deficient", "small", "intestines", "(", "inset", "-", "black", "arrows", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Dual Periodic acid-Schiff / Alcian blue staining to identify Paneth cell secretory vesicles (light blue / pink - marked with black arrows) and goblet cells (dark blue / purple - marked with red arrows). Note Paneth cell secretory vesicles are restricted to crypt base in both control and Huwe1 deficient small intestines (inset - black arrows). Scale bars = 100µm."}
{"words": ["(", "f", ")", "MMP7", "staining", "of", "control", "and", "Huwe1", "deleted", "small", "intestine", ".", "Note", "MMP7", "staining", "is", "restricted", "to", "crypt", "base", "in", "Huwe1", "deficient", "intestines", ".", "Scale", "bars", "=", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) MMP7 staining of control and Huwe1 deleted small intestine. Note MMP7 staining is restricted to crypt base in Huwe1 deficient intestines. Scale bars = 100µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "HUWE1", "and", "MYC", "Western", "blot", "analysis", "of", "epithelial", "cell", "extractions", "from", "control", "and", "Huwe1", "deficient", "intestines", ".", "Levels", "of", "MYC", "protein", "are", "significantly", "increased", "in", "normal", "intestines", "lacking", "HUWE1", "(", "Mann", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) HUWE1 and MYC Western blot analysis of epithelial cell extractions from control and Huwe1 deficient intestines. Levels of MYC protein are significantly increased in normal intestines lacking HUWE1 (Mann Whitney, p = 0.04, n = 3)."}
{"words": ["(", "b", ")", "QRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Myc", "expression", "in", "control", "and", "Huwe1", "deficient", "intestines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(b) QRT-PCR analysis of Myc expression in control and Huwe1 deficient intestines."}
{"words": ["(", "c", ")", "MYC", "IHC", "in", "tumours", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) MYC IHC in tumours from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom mice. Scale bars = 50 µm."}
{"words": ["(", "d", ")", "MYC", "Western", "blot", "in", "protein", "extracts", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "tumours", ".", "Levels", "of", "MYC", "protein", "are", "significantly", "increased", "in", "tumours", "lacking", "HUWE1", "(", "Mann", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) MYC Western blot in protein extracts from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom tumours. Levels of MYC protein are significantly increased in tumours lacking HUWE1 (Mann Whitney, p = 0.04, n = 3)."}
{"words": ["(", "e", ")", "QRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Myc", "expression", "in", "tumours", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(e) QRT-PCR analysis of Myc expression in tumours from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom mice."}
{"words": ["(", "a", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "plot", "of", "cohorts", "of", "induced", "Vil", "Apc", "Pten", ",", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", ",", "Vil", "Apc", "Pten", "Myc", "and", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "Myc", "mice", ".", "Heterozygous", "deletion", "of", "Myc", "led", "to", "a", "specific", "and", "significant", "increase", "in", "survival", "of", "Huwe1", "deleted", "animals", "(", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "vs", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "Myc", ",", "Log", "Rank", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "n", "≥", "16", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Kaplan-Meier survival plot of cohorts of induced Vil Apc Pten, Vil Apc Pten Huwe1, Vil Apc Pten Myc and Vil Apc Pten Huwe1 Myc mice. Heterozygous deletion of Myc led to a specific and significant increase in survival of Huwe1 deleted animals (Vil Apc Pten Huwe1 vs Vil Apc Pten Huwe1 Myc, Log Rank, p < 0.001, n ≥ 16)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Quantification", "of", "total", "tumour", "numbers", "per", "gut", "in", "sacrificed", "Vil", "Apc", "Pten", ",", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", ",", "Vil", "Apc", "Pten", "Myc", "and", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "Myc", "mice", ".", "Heterozygous", "deletion", "of", "Myc", "did", "not", "reduce", "the", "number", "of", "tumours", "in", "Huwe1", "deleted", "mice", "(", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "vs", "Vil", "Apc", "Pten", "Huwe1", "Myc", ".", "Mann", "Whitney", ",", "n", "≥", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Quantification of total tumour numbers per gut in sacrificed Vil Apc Pten, Vil Apc Pten Huwe1, Vil Apc Pten Myc and Vil Apc Pten Huwe1 Myc mice. Heterozygous deletion of Myc did not reduce the number of tumours in Huwe1 deleted mice (Vil Apc Pten Huwe1 vs Vil Apc Pten Huwe1 Myc. Mann Whitney, n ≥ 10)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "plot", "of", "cohorts", "of", "induced", "AhCre", "-", "ERT", "Apc", "Pten", "and", "AhCre", "-", "ERT", "Apc", "Pten", "MycT58A", "mice", ".", "Overexpression", "of", "proteolytically", "stabilised", "MYC", "led", "to", "a", "significant", "reduction", "in", "survival", "(", "Log", "Rank", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "n", "=", "14", "vs", "21", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Kaplan-Meier survival plot of cohorts of induced AhCre-ERT Apc Pten and AhCre-ERT Apc Pten MycT58A mice. Overexpression of proteolytically stabilised MYC led to a significant reduction in survival (Log Rank, p < 0.001, n = 14 vs 21)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Quantification", "of", "total", "tumour", "numbers", "per", "gut", "in", "sacrificed", "Apc", "Pten", "and", "Apc", "Pten", "MycT58A", "mice", ".", "Overexpression", "of", "proteolytically", "stabilised", "MYC", "did", "not", "increase", "the", "number", "of", "tumours", "in", "Apc", "Pten", "mice", "(", "Mann", "Whitney", ",", "n", "=", "9", "vs", "19", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Quantification of total tumour numbers per gut in sacrificed Apc Pten and Apc Pten MycT58A mice. Overexpression of proteolytically stabilised MYC did not increase the number of tumours in Apc Pten mice (Mann Whitney, n = 9 vs 19)."}
{"words": ["(", "a", ")", "H2AX", "Western", "blot", "in", "protein", "extracts", "from", "control", "and", "Huwe1", "deficient", "intestinal", "epithelial", "cells", ".", "Band", "intensity", "relative", "to", "βactin", "displayed", "under", "each", "lane", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "3", "vs", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) H2AX Western blot in protein extracts from control and Huwe1 deficient intestinal epithelial cells. Band intensity relative to βactin displayed under each lane (Mann-Whitney, p = 0.04, n = 3 vs 3)."}
{"words": ["(", "b", ")", "γ", "-", "H2AX", "IHC", "showing", "increased", "positivity", "in", "Huwe1", "deleted", "intestinal", "cells", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) γ-H2AX IHC showing increased positivity in Huwe1 deleted intestinal cells. Scale bars = 50 µm."}
{"words": ["(", "c", ")", "γ", "-", "H2AX", "Western", "blot", "in", "protein", "extracts", "from", "control", "and", "Huwe1", "deficient", "intestinal", "epithelial", "cells", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "3", "vs", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) γ-H2AX Western blot in protein extracts from control and Huwe1 deficient intestinal epithelial cells (Mann-Whitney, p = 0.04, n = 3 vs 3)."}
{"words": ["(", "d", ")", "γ", "-", "H2AX", "IHC", "of", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "tumours", ",", "note", "increased", "positivity", "in", "Huwe1", "deficient", "tumours", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) γ-H2AX IHC of Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom tumours, note increased positivity in Huwe1 deficient tumours. Scale bars = 50 µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Caspase", "3", "IHC", "of", "tumours", "from", "Lgr5", "Apc", "and", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "mice", "either", "untreated", "or", "6h", "post", "treatment", "with", "7", ".", "5mg", "/", "kg", "cisplatin", ".", "Arrows", "identify", "caspase", "3", "positive", "cells", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "(", "b", ")", "Quantification", "of", "cisplatin", "treatment", "showing", "a", "significant", "increase", "in", "apoptosis", "in", "Huwe1", "deficient", "tumour", "cells", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "n", "=", "3", "vs", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Caspase 3 IHC of tumours from Lgr5 Apc and Lgr5 Apc Huwe1 mice either untreated or 6h post treatment with 7.5mg/kg cisplatin. Arrows identify caspase 3 positive cells. Scale bars = 50 µm. (b) Quantification of cisplatin treatment showing a significant increase in apoptosis in Huwe1 deficient tumour cells (Mann-Whitney, n = 3 vs 5)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Comparison", "of", "somatic", "mutation", "rate", "(", "mutations", "/", "Mb", ")", "between", "human", "tumours", "carrying", "HUWE1", "mutations", "or", "not", ".", "Note", "the", "significant", "increase", "in", "mutational", "burden", "in", "HUWE1", "mutated", "tumours", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "0002", ",", "n", "≥", "15", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Comparison of somatic mutation rate (mutations / Mb) between human tumours carrying HUWE1 mutations or not. Note the significant increase in mutational burden in HUWE1 mutated tumours (Mann-Whitney, p = 0.0002, n ≥ 15)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Comparison", "of", "somatic", "mutation", "rate", "(", "mutations", "/", "Mb", ")", "between", "human", "tumours", "carrying", "HUWE1", "mutations", "or", "not", "grouped", "according", "to", "MLH1", "status", ".", "Note", "that", "the", "increased", "mutation", "rate", "is", "found", "primarily", "in", "tumours", "where", "MLH1", "is", "not", "silenced", "indicating", "increased", "mutation", "rate", "(", "and", "HUWE1", "mutation", "itself", ")", "is", "not", "due", "to", "silencing", "of", "MLH1", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "0007", ",", "n", "≥", "11", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Comparison of somatic mutation rate (mutations / Mb) between human tumours carrying HUWE1 mutations or not grouped according to MLH1 status. Note that the increased mutation rate is found primarily in tumours where MLH1 is not silenced indicating increased mutation rate (and HUWE1 mutation itself) is not due to silencing of MLH1 (Mann-Whitney, p = 0.0007, n ≥ 11)."}
{"words": ["(", "e", ")", "Survival", "analysis", "of", "colorectal", "cancer", "patients", "treated", "with", "adjuvant", "chemotherapy", "divided", "by", "HUWE1", "expression", "levels", ".", "Note", "the", "lowest", "HUWE1", "expressing", "quartile", "of", "patients", "respond", "significantly", "better", "to", "chemotherapy", ".", "(", "f", ")", "Survival", "analysis", "of", "colorectal", "cancer", "patients", "not", "treated", "with", "adjuvant", "chemotherapy", "divided", "by", "HUWE1", "expression", "levels", ".", "Note", "the", "lowest", "HUWE1", "expressing", "quartile", "of", "patients", "do", "not", "survive", "significantly", "longer", "than", "those", "expressing", "higher", "levels", "of", "HUWE1", "if", "not", "treated", "with", "chemotherapy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Survival analysis of colorectal cancer patients treated with adjuvant chemotherapy divided by HUWE1 expression levels. Note the lowest HUWE1 expressing quartile of patients respond significantly better to chemotherapy. (f) Survival analysis of colorectal cancer patients not treated with adjuvant chemotherapy divided by HUWE1 expression levels. Note the lowest HUWE1 expressing quartile of patients do not survive significantly longer than those expressing higher levels of HUWE1 if not treated with chemotherapy."}
{"words": ["(", "b", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "plot", "of", "cohorts", "of", "induced", "Lgr5", "Apc", "and", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "mice", ".", "Deletion", "of", "Huwe1", "led", "to", "a", "significant", "reduction", "in", "survival", "of", "these", "animals", "(", "Log", "Rank", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "n", "≥", "15", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Kaplan-Meier survival plot of cohorts of induced Lgr5 Apc and Lgr5 Apc Huwe1 mice. Deletion of Huwe1 led to a significant reduction in survival of these animals (Log Rank, p < 0.001, n ≥ 15)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Lysozyme", "IHC", "demonstrating", "increased", "lysozyme", "positive", "cell", "numbers", "in", "tumours", "from", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "mice", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "µm", "(", "low", "magnification", ")", ",", "100", "µm", "(", "high", "magnification", "inset", ")", ".", "(", "d", ")", "OLFM4", "IHC", "demonstrating", "expanded", "stem", "cell", "population", "in", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "tumours", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "µm", "(", "low", "magnification", ")", ",", "100", "µm", "(", "high", "magnification", "inset", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Lysozyme IHC demonstrating increased lysozyme positive cell numbers in tumours from Lgr5 Apc Huwe1 mice. Scale bars = 200 µm (low magnification), 100 µm (high magnification inset). (d) OLFM4 IHC demonstrating expanded stem cell population in Lgr5 Apc Huwe1 tumours. Scale bars = 200 µm (low magnification), 100 µm (high magnification inset)."}
{"words": ["(", "a", ")", "MCL1", "Western", "blot", "in", "protein", "extracts", "from", "Vil", "Apc", "and", "Vil", "Apc", "Huwe1hom", "tumours", ".", "Levels", "of", "MCL1", "protein", "are", "significantly", "increased", "in", "tumours", "lacking", "HUWE1", "(", "Mann", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) MCL1 Western blot in protein extracts from Vil Apc and Vil Apc Huwe1hom tumours. Levels of MCL1 protein are significantly increased in tumours lacking HUWE1 (Mann Whitney, p = 0.04, n = 3)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "plot", "of", "cohorts", "of", "induced", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "and", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "Mcl1", "mice", ".", "Deletion", "of", "one", "copy", "of", "Mcl1", "led", "to", "a", "significant", "increase", "in", "survival", "of", "these", "animals", "(", "Log", "Rank", ",", "p", "=", "0", ".", "0052", ",", "n", "=", "9", "vs", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Kaplan-Meier survival plot of cohorts of induced Lgr5 Apc Huwe1 and Lgr5 Apc Huwe1 Mcl1 mice. Deletion of one copy of Mcl1 led to a significant increase in survival of these animals (Log Rank, p = 0.0052, n = 9 vs 10)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Ratio", "of", "adenoma", "/", "indolent", "lesions", "observed", "in", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "and", "Lgr5", "Apc", "Huwe1", "Mcl1het", "mice", ".", "Note", "the", "decreased", "ration", "of", "adenoma", "/", "indolent", "lesions", "observed", "upon", "Mcl1", "deletion", "(", "Mann", "-", "Whitney", ",", "p", "=", "0", ".", "0281", ",", "n", "=", "8", "v", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Ratio of adenoma / indolent lesions observed in Lgr5 Apc Huwe1 and Lgr5 Apc Huwe1 Mcl1het mice. Note the decreased ration of adenoma / indolent lesions observed upon Mcl1 deletion (Mann-Whitney, p=0.0281, n = 8 v 8)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Ookinetes", "sandwiched", "between", "two", "hydrogel", "surfaces", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(A) Ookinetes sandwiched between two hydrogel surfaces."}
{"words": ["(", "B", ")", "Percentage", "of", "ookinetes", "moving", "for", "more", "than", "one", "parasite", "length", "within", "the", "time", "of", "observation", "(", "5", "-", "10", "min", ")", "if", "sandwiched", "between", "soft", ",", "medium", "(", "med", ")", "or", "stiff", "hydrogel", "or", "glass", ".", "Bars", "represent", "the", "mean", "and", "error", "bars", "the", "standard", "deviation", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "(", "C", ")", "Speed", "of", "motile", "ookinetes", "on", "substrates", "of", "different", "stiffnesses", "as", "indicated", "in", "panel", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Percentage of ookinetes moving for more than one parasite length within the time of observation (5-10 min) if sandwiched between soft, medium (med) or stiff hydrogel or glass. Bars represent the mean and error bars the standard deviation of at least three independent experiments. (C) Speed of motile ookinetes on substrates of different stiffnesses as indicated in panel B."}
{"words": ["(", "D", ")", "Percentage", "of", "motile", "ookinetes", "after", "20", "-", "26", "hours", "of", "incubation", "between", "hydrogels", "compared", "to", "parasites", "directly", "imaged", "after", "setting", "up", "the", "experiment", "as", "shown", "in", "(", "B", ")", ".", "Shown", "is", "the", "average", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "(", "E", ")", "Speed", "of", "motile", "ookinetes", "after", "20", "-", "26", "hours", "of", "incubation", "between", "hydrogels", ".", "Speed", "on", "glass", "was", "not", "analyzed", "(", "n", ".", "a", ".", ")", "due", "to", "the", "low", "fraction", "of", "motile", "ookinetes", "at", "this", "timepoint", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Percentage of motile ookinetes after 20-26 hours of incubation between hydrogels compared to parasites directly imaged after setting up the experiment as shown in (B). Shown is the average ± S.D. from at least two independent experiments. (E) Speed of motile ookinetes after 20-26 hours of incubation between hydrogels. Speed on glass was not analyzed (n.a.) due to the low fraction of motile ookinetes at this timepoint."}
{"words": ["(", "F", ")", "Migration", "patterns", "of", "ookinetes", ".", "Image", ":", "Overlay", "of", "tracked", "migration", "paths", "(", "black", ")", "and", "DIC", "image", "showing", "ookinetes", "at", "the", "end", "of", "the", "recorded", "image", "sequence", ".", "Graph", ":", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "indicated", "different", "migration", "patterns", "on", "soft", ",", "medium", "(", "med", ")", "and", "stiff", "hydrogels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(F) Migration patterns of ookinetes. Image: Overlay of tracked migration paths (black) and DIC image showing ookinetes at the end of the recorded image sequence. Graph: Quantitative analysis of the indicated different migration patterns on soft, medium (med) and stiff hydrogels."}
{"words": ["(", "G", ")", "Mean", "square", "displacement", "of", "ookinetes", "moving", "on", "hydrogels", "of", "different", "stiffnesses", "at", "two", "timepoints", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Mean square displacement of ookinetes moving on hydrogels of different stiffnesses at two timepoints."}
{"words": ["(", "A", ")", "Infected", "salivary", "glands", "were", "sandwiched", "between", "a", "soft", "PA", "hydrogel", "and", "a", "glass", "coverslip", "inducing", "sporozoites", "to", "move", "into", "the", "hydrogel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Infected salivary glands were sandwiched between a soft PA hydrogel and a glass coverslip inducing sporozoites to move into the hydrogel."}
{"words": ["(", "B", ")", "Overlay", "of", "sporozoite", "tracks", "(", "black", ")", "and", "DIC", "image", "showing", "sporozoites", "inside", "a", "soft", "hydrogel", "at", "the", "end", "of", "a", "recorded", "image", "sequence", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Overlay of sporozoite tracks (black) and DIC image showing sporozoites inside a soft hydrogel at the end of a recorded image sequence. Scale bar, 20 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Speed", "of", "WT", "sporozoites", "moving", "in", "the", "skin", "in", "vivo", "(", "Douglas", "et", "al", ",", "2018b", ")", "and", "in", "soft", "hydrogels", "with", "small", "or", "large", "pores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Speed of WT sporozoites moving in the skin in vivo (Douglas et al, 2018b) and in soft hydrogels with small or large pores."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Speed", "of", "indicated", "mutant", "and", "control", "(", "Ctrl", ")", "parasites", "in", "hydrogels", "with", "small", "(", "D", ")", "and", "large", "(", "E", ")", "pores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Speed of indicated mutant and control (Ctrl) parasites in hydrogels with small (D) and large (E) pores."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Speed", "of", "drug", "-", "treated", "and", "control", "parasites", "in", "hydrogels", "with", "small", "(", "F", ")", "and", "large", "(", "G", ")", "pores", ".", "Data", "information", ":", "Note", "the", "faster", "speed", "in", "gels", "with", "larger", "pores", ".", "Data", "from", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Numbers", "above", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "sporozoites", "analyzed", ".", "Significance", "determined", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Box", "-", "and", "-", "whisker", "plots", "(", "C", "-", "G", ")", "depict", "the", "25", "%", "quantile", ",", "median", ",", "75", "%", "quantile", "and", "nearest", "observations", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "(", "whiskers", ")", ".", "Outliers", "beyond", "this", "range", "are", "shown", "as", "black", "dots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Speed of drug-treated and control parasites in hydrogels with small (F) and large (G) pores. Data information: Note the faster speed in gels with larger pores. Data from at least two independent experiments. Numbers above bars indicate the number of sporozoites analyzed. Significance determined by Mann-Whitney test. Box-and-whisker plots (C-G) depict the 25% quantile, median, 75% quantile and nearest observations within 1.5 times the interquartile range (whiskers). Outliers beyond this range are shown as black dots."}
{"words": ["(", "A", ")", "Percentage", "of", "motile", "sporozoites", "on", "endothelial", "cells", "(", "LSECs", ")", "versus", "glass", ".", "Shown", "is", "average", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Significance", "determined", "using", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Percentage of motile sporozoites on endothelial cells (LSECs) versus glass. Shown is average ± S.D. from three independent experiments. Significance determined using an unpaired t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Left", ":", "Merged", "fluorescence", "images", "showing", "sporozoites", "on", "cultured", "HFF", "cells", ".", "Actin", "filaments", "of", "HFF", "cells", "were", "stained", "with", "phalloidin", "(", "shown", "in", "red", ")", ",", "nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", "and", "sporozoites", "expressed", "GFP", "(", "green", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ".", "Right", ":", "Maximum", "projection", "of", "sporozoites", "moving", "for", "3", "min", "on", "cultured", "HFF", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Left: Merged fluorescence images showing sporozoites on cultured HFF cells. Actin filaments of HFF cells were stained with phalloidin (shown in red), nuclei were stained with Hoechst (blue) and sporozoites expressed GFP (green). Scale bar, 50 µm. Right: Maximum projection of sporozoites moving for 3 min on cultured HFF cells. Scale bar, 50 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Percentage", "of", "motile", "sporozoites", "on", "confluent", "layers", "of", "endothelial", "cells", "(", "HUVEC", ")", ",", "fibroblasts", "(", "HFF", ")", "and", "on", "glass", ".", "Shown", "is", "average", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "two", "independent", "experiments", ".", "No", "significant", "differences", "as", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Percentage of motile sporozoites on confluent layers of endothelial cells (HUVEC), fibroblasts (HFF) and on glass. Shown is average ± S.D. from two independent experiments. No significant differences as determined by One-way analysis of variance with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["(", "D", ")", "Sporozoite", "on", "planar", "uncoated", "hydrogels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(D) Sporozoite on planar uncoated hydrogels."}
{"words": ["(", "E", ")", "Overlay", "of", "sporozoite", "tracks", "(", "black", ")", "and", "DIC", "image", "showing", "sporozoites", "on", "a", "hydrogel", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ".", "(", "F", ")", "Percentage", "of", "motile", "sporozoites", "on", "soft", ",", "medium", "(", "med", ")", "or", "stiff", "hydrogel", "or", "glass", "30", "min", "after", "activation", "with", "BSA", ".", "Shown", "is", "the", "average", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Significance", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Overlay of sporozoite tracks (black) and DIC image showing sporozoites on a hydrogel. Scale bar, 50 µm.(F) Percentage of motile sporozoites on soft, medium (med) or stiff hydrogel or glass 30 min after activation with BSA. Shown is the average ± S.D. from at least three independent experiments. Significance determined by One-way analysis of variance with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["(", "G", ")", "Migration", "persistance", "as", "determined", "by", "the", "number", "of", "circles", "performed", "within", "100", "s", "on", "hydrogels", "of", "different", "stiffnesses", "and", "glass", "30", "min", "after", "activation", "with", "BSA", ".", "All", "sporozoites", "moving", "for", "more", "than", "one", "parasite", "length", "within", "the", "time", "of", "observation", "were", "analyzed", ",", "even", "if", "they", "stopped", "moving", "or", "detached", "during", "imaging", ".", "Significance", "determined", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Migration persistance as determined by the number of circles performed within 100 s on hydrogels of different stiffnesses and glass 30 min after activation with BSA. All sporozoites moving for more than one parasite length within the time of observation were analyzed, even if they stopped moving or detached during imaging. Significance determined by Kruskal-Wallis test with Dunn's Multiple Comparison test."}
{"words": ["(", "H", ")", "Speed", "of", "sporozoites", "moving", "consistently", "for", "at", "least", "60", "s", "on", "substrates", "of", "different", "stiffnesses", ".", "Note", "that", "not", "all", "sporozoites", "analyzed", "in", "(", "G", ")", "complied", "with", "that", "requirement", ".", "To", "be", "able", "to", "analyze", "a", "high", "number", "of", "sporozoites", ",", "movies", "were", "taken", "10", "to", "45", "min", "after", "activation", "with", "BSA", ".", "Speed", "of", "sporozoites", "on", "soft", "hydrogels", "was", "not", "analyzed", "(", "n", ".", "a", ".", ")", "due", "to", "the", "low", "fraction", "of", "motile", "sporozoites", "on", "these", "hydrogels", ".", "No", "significant", "differences", "as", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Speed of sporozoites moving consistently for at least 60 s on substrates of different stiffnesses. Note that not all sporozoites analyzed in (G) complied with that requirement. To be able to analyze a high number of sporozoites, movies were taken 10 to 45 min after activation with BSA. Speed of sporozoites on soft hydrogels was not analyzed (n.a.) due to the low fraction of motile sporozoites on these hydrogels. No significant differences as determined by One-way analysis of variance with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["A", "The", "family", "pedigree", ",", "where", "circles", "denote", "female", "members", ",", "squares", "male", "members", ",", "solid", "symbols", "affected", "members", ",", "and", "white", "symbols", "asymptomatic", "members", "with", "normal", "physical", "exam", ";", "the", "dots", "indicate", "heterozygous", "carriers", "and", "double", "line", "denotes", "a", "consanguineous", "marriage", ".", "The", "pictures", "show", "scapular", "winging", "which", "is", "a", "consistent", "clinical", "sign", "in", "affected", "individuals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The family pedigree, where circles denote female members, squares male members, solid symbols affected members, and white symbols asymptomatic members with normal physical exam; the dots indicate heterozygous carriers and double line denotes a consanguineous marriage. The pictures show scapular winging which is a consistent clinical sign in affected individuals."}
{"words": ["B", "Hematoxylin", "and", "eosin", "staining", "(", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", ")", "of", "skeletal", "muscle", "from", "patient", "II", ".", "1", "shows", "histological", "features", "of", "moderate", "to", "severe", "dystrophic", "pattern", ".", "(", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Hematoxylin and eosin staining (H&amp;amp;E) of skeletal muscle from patient II.1 shows histological features of moderate to severe dystrophic pattern. (Scale bar, 50 μm)."}
{"words": ["C", "T1", "-", "weighted", "MRI", "axial", "images", "at", "thigh", "and", "calf", "levels", "show", "that", "the", "fatty", "degeneration", "is", "more", "prominent", "in", "thigh", "muscles", ",", "equally", "affecting", "posterior", "and", "anterior", "compartment", ",", "with", "relative", "sparing", "of", "the", "rectus", "femoris", ",", "sartorius", "and", "gracilismuscles", "until", "late", "stages", "(", "4", ",", "10", "and", "11", ",", "respectively", ")", ".", "Strikingly", ",", "the", "fatty", "tissue", "is", "located", "in", "the", "internal", "parts", "of", "almost", "all", "the", "affected", "muscles", "in", "thigh", "(", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "5", "-", "9", ")", ",", "while", "the", "external", "regions", "are", "spared", ".", "At", "calf", "level", ",", "only", "the", "gastrocnemius", "medialis", "muscle", "(", "12", ")", "shows", "this", "pattern", ",", "while", "the", "soleus", "(", "13", ")", "is", "diffusely", "involved", ".", "Patient", "II", ".", "2", "(", "PII", ".", "2", ")", "shows", "late", "-", "stage", "thigh", "muscles", "with", "an", "unusual", "involvement", "of", "the", "tibialis", "posteriormuscle", "(", "14", ")", "in", "the", "lower", "leg", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C T1-weighted MRI axial images at thigh and calf levels show that the fatty degeneration is more prominent in thigh muscles, equally affecting posterior and anterior compartment, with relative sparing of the rectus femoris, sartorius and gracilismuscles until late stages (4, 10 and 11, respectively). Strikingly, the fatty tissue is located in the internal parts of almost all the affected muscles in thigh (1, 2, 3, 5-9), while the external regions are spared. At calf level, only the gastrocnemius medialis muscle (12) shows this pattern, while the soleus (13) is diffusely involved. Patient II.2 (PII.2) shows late-stage thigh muscles with an unusual involvement of the tibialis posteriormuscle (14) in the lower leg."}
{"words": ["A", "Muscle", "sections", "show", "variable", "labeling", "using", "an", "antibody", "against", "glycosylated", "α", "-", "dystroglycan", "(", "αDG", "-", "IIH6", ")", ",", "whereas", "labeling", "using", "antibodies", "against", "α", "-", "dystroglycan", "core", "protein", "(", "αDG", "-", "Core", ")", ",", "β", "-", "dystroglycan", "(", "βDG", ")", "and", "laminin", "-", "2", "is", "similar", "to", "control", "(", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Muscle sections show variable labeling using an antibody against glycosylated α-dystroglycan (αDG-IIH6), whereas labeling using antibodies against α-dystroglycan core protein (αDG-Core), β-dystroglycan (βDG) and laminin-2 is similar to control (Scale bar, 100 μm)."}
{"words": ["B", "Western", "blots", "and", "ligand", "-", "overlay", "(", "O", "/", "L", ")", "of", "wheat", "-", "germ", "agglutinin", "-", "enriched", "muscle", "and", "fibroblasts", "lysates", "from", "PII", ".", "2", ",", "PII", ".", "5", ",", "the", "healthy", "sibling", "(", "HII", ".", "3", ")", "and", "healthy", "controls", "(", "Ctr", ",", "Ctr1", ",", "and", "Ctr2", ")", "(", "Muscle", ":", "250μg", "protein", "/", "lane", ",", "Fibroblasts", ":", "800μg", "/", "lane", ")", ".", "In", "muscle", ",", "expression", "of", "αDG", "-", "IIH6", "is", "reduced", "but", "the", "αDG", "-", "Core", "shows", "similar", "expression", "as", "controls", ",", "with", "a", "slight", "reduction", "in", "molecular", "weight", ";", "laminin", "overlay", "assay", "detected", "some", "binding", "activity", "but", "was", "diminished", "compared", "to", "controls", ",", "whereas", "agrin", "-", "binding", "activity", "showed", "no", "difference", "with", "controls", ".", "In", "fibroblasts", ",", "both", "αDG", "-", "IIH6", "and", "αDG", "-", "Core", "expression", "and", "laminin", "-", "binding", "activity", "were", "normal", ",", "suggesting", "that", "unlike", "other", "muscular", "dystrophies", ",", "α", "-", "dystroglycan", "glycosylation", "defect", "is", "muscle", "-", "specific", "in", "POGLUT1", "patients", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B Western blots and ligand-overlay (O/L) of wheat-germ agglutinin-enriched muscle and fibroblasts lysates from PII.2, PII.5, the healthy sibling (HII.3) and healthy controls (Ctr, Ctr1, and Ctr2) (Muscle: 250μg protein/lane, Fibroblasts: 800μg/lane). In muscle, expression of αDG-IIH6 is reduced but the αDG-Core shows similar expression as controls, with a slight reduction in molecular weight; laminin overlay assay detected some binding activity but was diminished compared to controls, whereas agrin-binding activity showed no difference with controls. In fibroblasts, both αDG-IIH6 and αDG-Core expression and laminin-binding activity were normal, suggesting that unlike other muscular dystrophies, α-dystroglycan glycosylation defect is muscle-specific in POGLUT1 patients."}
{"words": ["C", "No", "ultrastructural", "alterations", "are", "observed", "in", "muscle", "by", "electron", "microscopy", "(", "6", "-", "7", "fields", "were", "captured", "from", "PII", ".", "1", ",", "PII", ".", "3", ",", "and", "PII", ".", "5", ")", ".", "Note", "normal", "basement", "membrane", "compactation", "(", "arrowheads", ")", ".", "Original", "magnification", ":", "26", ",", "700", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C No ultrastructural alterations are observed in muscle by electron microscopy (6-7 fields were captured from PII.1, PII.3, and PII.5). Note normal basement membrane compactation (arrowheads). Original magnification: 26,700."}
{"words": ["A", "Protein", "O", "-", "glucosyltransferase", "activity", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "D233E", "mutant", "POGLUT1", "protein", "toward", "human", "factor", "IX", "EGF", "repeat", "(", "hFIX", "-", "EGF", ")", ".", "Wild", "-", "type", "shows", "higher", "O", "-", "glucosyltransferase", "activity", "than", "D233E", ",", "and", "this", "activity", "is", "dependent", "on", "the", "concentration", "of", "the", "acceptor", "substrate", "hFIX", "-", "EGF", "repeat", "(", "left", ")", "and", "on", "the", "concentration", "of", "donor", "substrate", "UDP", "-", "glucose", "(", "UDP", "-", "Glc", ")", "(", "right", ")", ".", "Values", "indicate", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "assays", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Protein O-glucosyltransferase activity of wild-type (WT) or D233E mutant POGLUT1 protein toward human factor IX EGF repeat (hFIX-EGF). Wild-type shows higher O-glucosyltransferase activity than D233E, and this activity is dependent on the concentration of the acceptor substrate hFIX-EGF repeat (left) and on the concentration of donor substrate UDP-glucose (UDP-Glc) (right). Values indicate mean ± SEM from three independent assays."}
{"words": ["B", "O", "-", "glucosyltransferase", "activity", "towards", "five", "different", "single", "EGF", "repeats", "from", "mouse", "Notch1", ".", "Wild", "-", "type", "POGLUT1", "shows", "higher", "activity", "toward", "all", "EGF", "repeats", "tested", "than", "POGLUT1D233E", ".", "The", "Y", "-", "axis", "shows", "the", "normalized", "activity", "relative", "to", "wild", "-", "type", "POGLUT1", ".", "EGF", "repeats", "were", "at", "10", "μM", ".", "Values", "indicate", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "assays", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B O-glucosyltransferase activity towards five different single EGF repeats from mouse Notch1. Wild-type POGLUT1 shows higher activity toward all EGF repeats tested than POGLUT1D233E. The Y-axis shows the normalized activity relative to wild-type POGLUT1. EGF repeats were at 10 μM. Values indicate mean ± SEM from three independent assays."}
{"words": ["C", "Elution", "profiles", "of", "the", "POGLUT1", "reaction", "products", "on", "reverse", "phase", "HPLC", ".", "hFIX", "-", "EGF", "repeat", "was", "incubated", "with", "wild", "-", "type", "or", "D233E", "mutant", "POGLUT1", "and", "donor", "substrate", ",", "UDP", "-", "Glc", "or", "UDP", "-", "xylose", "(", "UDP", "-", "Xyl", ")", ",", "at", "37ºC", "overnight", ".", "Values", "on", "top", "of", "the", "peaks", "indicate", "the", "measured", "masses", ".", "Addition", "of", "Glc", "(", "162", "Da", ")", "or", "xylose", "(", "132", "Da", ")", "to", "hFIX", "-", "EGF", "(", "5696", ".", "2", "Da", ")", "by", "wild", "-", "type", "POGLUT1", "caused", "a", "shift", "to", "an", "earlier", "retention", "time", "(", "left", ")", ".", "Similarly", ",", "the", "products", "exhibited", "a", "similar", "shift", "after", "incubation", "with", "POGLUT1D233E", "(", "right", ")", ".", "These", "results", "indicate", "that", "POGLUT1D233E", "can", "add", "a", "single", "glucose", "or", "xylose", "to", "hFIX", "-", "EGF", "repeats", "and", "thus", "has", "residual", "enzymatic", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Elution profiles of the POGLUT1 reaction products on reverse phase HPLC. hFIX-EGF repeat was incubated with wild-type or D233E mutant POGLUT1 and donor substrate, UDP-Glc or UDP-xylose (UDP-Xyl), at 37ºC overnight. Values on top of the peaks indicate the measured masses. Addition of Glc (162 Da) or xylose (132 Da) to hFIX-EGF (5696.2 Da) by wild-type POGLUT1 caused a shift to an earlier retention time (left). Similarly, the products exhibited a similar shift after incubation with POGLUT1D233E (right). These results indicate that POGLUT1D233E can add a single glucose or xylose to hFIX-EGF repeats and thus has residual enzymatic activity."}
{"words": ["A", "Western", "blot", "of", "muscle", "homogenates", "shows", "reduced", "expression", "of", "Notch1", "intracellular", "domain", "(", "NICD", ")", "in", "patients", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Western blot of muscle homogenates shows reduced expression of Notch1 intracellular domain (NICD) in patients."}
{"words": ["B", "-", "C", "qRT", "-", "PCR", "on", "RNA", "extracted", "from", "skeletal", "-", "muscle", "shows", "that", "expression", "of", "HES1", "(", "B", ")", "and", "PAX7", "(", "C", ")", "was", "significantly", "lower", "in", "D233E", "patients", "compared", "to", "healthy", "controls", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Student", "´", "s", "t", "-", "test", "(", "B", ")", "and", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-C qRT-PCR on RNA extracted from skeletal-muscle shows that expression of HES1 (B) and PAX7 (C) was significantly lower in D233E patients compared to healthy controls. Mean ± SEM, Student´s t-test (B) and Mann-Whitney U test (C)."}
{"words": ["D", "PAX7", "+", "cells", "in", "skeletal", "muscle", "sections", ",", "demonstrating", "that", "satellite", "cells", "are", "less", "abundant", "in", "D233E", "patients", "than", "in", "controls", "(", "n", "=", "3", "muscles", "with", "10", "-", "15", "fields", "analyzed", "per", "muscle", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D PAX7+ cells in skeletal muscle sections, demonstrating that satellite cells are less abundant in D233E patients than in controls (n = 3 muscles with 10-15 fields analyzed per muscle). Mean ± SEM; Mann-Whitney U test; Scale bar, 50 μm."}
{"words": ["A", "-", "A", "\"", "Staining", "of", "Drosophila", "indirect", "flight", "muscles", "at", "25", "%", "pupal", "development", "with", "22C10", "antibody", "(", "myotube", "marker", ")", "and", "anti", "-", "Twist", "antibody", "(", "myoblast", "marker", ")", "indicates", "that", "in", "wild", "-", "type", "animals", ",", "indirect", "flight", "muscles", "are", "formed", "from", "6", "myotubes", ",", "and", "a", "large", "number", "of", "Twist", "+", "myoblasts", "are", "present", ".", "B", "-", "B", "\"", "rumi79", "/", "79", "mutants", "raised", "at", "18C", "show", "no", "obvious", "defects", "in", "myoblast", "number", "or", "myotube", "morphology", ".", "C", "-", "D", "\"", "rumi79", "/", "79", "mutants", "exhibit", "decreased", "number", "of", "myoblasts", "at", "25", "°", "-", "30", "°", "C", "and", "either", "an", "incomplete", "set", "of", "short", "myotubes", "when", "raised", "at", "25C", "or", "aberrant", "morphology", "of", "myotubes", "when", "raised", "at", "30C", ".", "E", "-", "E", "\"", "rumi79", "/", "79", "animals", "overexpressing", "FLAG", "-", "tagged", "POGLUT1WT", "in", "the", "muscle", "compartment", "using", "Mef2", "-", "GAL4", "and", "raised", "at", "25C", "during", "the", "pupal", "stage", "show", "a", "rescue", "of", "the", "rumi79", "/", "79", "muscle", "phenotype", ".", "F", "-", "G", "\"", "Overexpression", "of", "FLAG", "-", "tagged", "POGLUT1D233E", "only", "partially", "rescues", "the", "rumi79", "/", "79", "muscle", "phenotype", ",", "with", "some", "variation", "in", "the", "myotube", "length", "and", "the", "number", "of", "restored", "Twist", "+", "cells", "(", "compare", "G", "and", "F", ")", ".", "Note", "that", "the", "number", "of", "Twist", "+", "cells", "restored", "by", "POGLUT1D233E", "is", "much", "smaller", "than", "that", "restored", "by", "POGLUT1WT", ".", "Scale", "bar", "in", "A", "'", "is", "50", "µm", "and", "applies", "to", "A", "-", "G", "\"", ".", "H", "Quantification", "of", "myotube", "lengths", "in", "rumi79", "/", "79", "mutants", "with", "or", "without", "POGLUT1", "expression", "indicates", "a", "weak", "rescue", "of", "the", "phenotypes", "by", "POGLUT1D233E", "compared", "to", "POGLUT1WT", ".", "Mean", "±", "standard", "deviation", "is", "shown", ".", "The", "differences", "in", "myotube", "lengths", "are", "statistically", "significant", "(", "n", "=", "22", "-", "54", ")", ".", "Mean", "±", "standard", "deviation", "is", "shown", ";", "One", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-A\" Staining of Drosophila indirect flight muscles at 25% pupal development with 22C10 antibody (myotube marker) and anti-Twist antibody (myoblast marker) indicates that in wild-type animals, indirect flight muscles are formed from 6 myotubes, and a large number of Twist+myoblasts are present.B-B\" rumi79/79 mutants raised at 18C show no obvious defects in myoblast number or myotube morphology.C-D\" rumi79/79 mutants exhibit decreased number of myoblasts at 25°-30°C and either an incomplete set of short myotubes when raised at 25C or aberrant morphology of myotubes when raised at 30C.E-E\" rumi79/79 animals overexpressing FLAG-tagged POGLUT1WT in the muscle compartment using Mef2-GAL4 and raised at 25C during the pupal stage show a rescue of the rumi79/79 muscle phenotype.F-G\" Overexpression of FLAG-tagged POGLUT1D233E only partially rescues the rumi79/79 muscle phenotype, with some variation in the myotube length and the number of restored Twist+cells (compare G and F). Note that the number of Twist+cells restored by POGLUT1D233E is much smaller than that restored by POGLUT1WT. Scale bar in A' is 50 µm and applies to A-G\".H Quantification of myotube lengths in rumi79/79 mutants with or without POGLUT1 expression indicates a weak rescue of the phenotypes by POGLUT1D233E compared to POGLUT1WT. Mean ± standard deviation is shown. The differences in myotube lengths are statistically significant (n = 22-54). Mean ± standard deviation is shown; One-way Anova with Bonferroni´s multiple comparisons test."}
{"words": ["A", "-", "F", "Proliferation", "assays", "examined", "proliferating", "(", "PAX7", "+", "MyoD", "+", ",", "arrows", ")", ",", "self", "-", "renewing", "(", "PAX7", "+", "MyoD", "−", ",", "open", "arrows", ")", ",", "and", "differentiating", "(", "PAX7", "−", "MyoD", "+", ",", "arrowheads", ")", "cells", "from", "D233E", "patients", "(", "n", "=", "2", ")", ",", "healthy", "controls", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "disease", "controls", "(", "n", "=", "3", ")", "at", "1", ",", "4", ",", "and", "8", "days", "growing", "in", "proliferation", "medium", ".", "(", "A", ")", "shows", "representative", "images", "from", "day", "8", ".", "The", "number", "of", "patientmyoblasts", "is", "lower", "than", "that", "of", "controls", "at", "all", "three", "time", "points", ",", "indicating", "a", "slower", "proliferation", "rate", "in", "patientmyoblasts", "(", "B", ")", ",", "and", "accordingly", ",", "the", "percentage", "of", "proliferating", "cells", "(", "C", ")", "is", "smaller", "in", "the", "patient", ".", "(", "D", ")", "The", "percentage", "of", "self", "-", "renewing", "cells", "is", "small", "in", "patient", "´", "s", "culture", ",", "reflecting", "a", "poor", "capacity", "for", "maintaining", "the", "pool", "of", "quiescent", "SCs", ".", "In", "addition", ",", "the", "percentage", "of", "PAX7", "+", "cells", "(", "E", ")", "is", "smaller", "in", "patient", "´", "s", "culture", ",", "similarly", "to", "what", "was", "found", "in", "adult", "D233E", "muscle", "(", "shown", "in", "Fig", "5D", ")", ".", "(", "F", ")", "The", "percentage", "of", "differentiating", "cells", "is", "higher", "in", "the", "patient", ".", "We", "examine", "proliferation", "capturing", "7", "-", "12", "randomly", "fields", "per", "day", "and", "condition", "(", "mean", "±", "SEM", "is", "shown", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunn", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F Proliferation assays examined proliferating (PAX7+MyoD+, arrows), self-renewing (PAX7+ MyoD−, open arrows), and differentiating (PAX7− MyoD+, arrowheads) cells from D233E patients (n = 2), healthy controls (n = 3) and disease controls (n = 3) at 1, 4, and 8 days growing in proliferation medium. (A) shows representative images from day 8. The number of patientmyoblasts is lower than that of controls at all three time points, indicating a slower proliferation rate in patientmyoblasts (B), and accordingly, the percentage of proliferating cells (C) is smaller in the patient. (D) The percentage of self-renewing cells is small in patient´s culture, reflecting a poor capacity for maintaining the pool of quiescent SCs. In addition, the percentage of PAX7+ cells (E) is smaller in patient´s culture, similarly to what was found in adult D233E muscle (shown in Fig 5D). (F) The percentage of differentiating cells is higher in the patient. We examine proliferation capturing 7-12 randomly fields per day and condition (mean ± SEM is shown; Kruskal-Wallis with Dunn´s multiple comparisons test; Scale bar, 50 µm)."}
{"words": ["G", "-", "I", "When", "myoblasts", "started", "to", "be", "confluent", ",", "the", "proliferation", "medium", "was", "replaced", "with", "differentiation", "medium", ",", "and", "the", "myoblasts", "started", "to", "fuse", "yielding", "myotubes", ",", "which", "were", "analyzed", "after", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "(", "H", ")", "The", "fusion", "index", ",", "which", "measures", "the", "percentage", "of", "nuclei", "in", "myotubes", "with", "respect", "to", "the", "total", "number", "of", "nuclei", "in", "myogenic", "cells", ",", "was", "higher", "in", "D233E", "cultures", "than", "in", "controls", ".", "(", "I", ")", "Besides", ",", "myogenin", "showed", "increased", "expression", "in", "D233E", "myoblast", "cultures", "compared", "to", "controls", ".", "The", "data", "support", "that", "differentiation", "process", "is", "facilitated", "in", "patient", "´", "s", "muscle", ".", "Data", "was", "collected", "from", "3", "-", "10", "randomly", "chosen", "areas", "per", "condition", "(", "mean", "±", "SEM", "is", "shown", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunn", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "H", ")", "and", "One", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "I", ")", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-I When myoblasts started to be confluent, the proliferation medium was replaced with differentiation medium, and the myoblasts started to fuse yielding myotubes, which were analyzed after four days of differentiation. (H) The fusion index, which measures the percentage of nuclei in myotubes with respect to the total number of nuclei in myogenic cells, was higher in D233E cultures than in controls. (I) Besides, myogenin showed increased expression in D233E myoblast cultures compared to controls. The data support that differentiation process is facilitated in patient´s muscle. Data was collected from 3-10 randomly chosen areas per condition (mean ± SEM is shown; Kruskal-Wallis with Dunn´s multiple comparisons test (H) and One-way Anova with Bonferroni´s multiple comparisons test (I); Scale bar, 50 µm)."}
{"words": ["A", "-", "C", "We", "overexpressed", "GFP", "-", "tagged", "NICD", "in", "immortalized", "primary", "myoblasts", "to", "rescue", "the", "features", "displayed", "by", "immortalized", "D233E", "myoblasts", ".", "(", "B", ")", "We", "analyzed", "the", "proliferation", "at", "1", ",", "3", "and", "5", "days", ",", "and", "proliferation", "rate", "in", "patient", "-", "LV", "-", "NICD", "-", "GFP", "reached", "the", "level", "observed", "in", "control", "-", "LV", "-", "GFP", ",", "which", "were", "higher", "than", "in", "patient", "-", "LV", "-", "GFP", ".", "(", "C", ")", "However", ",", "the", "percentage", "of", "PAX7", "+", "cells", "in", "patient", "-", "LV", "-", "NICD", "-", "GFP", "showed", "the", "same", "reduced", "value", "as", "in", "patient", "-", "LV", "-", "GFP", ",", "which", "were", "significantly", "lower", "than", "in", "control", "-", "LV", "-", "GFP", ".", "The", "majority", "of", "control", "myoblasts", "were", "proliferating", "cells", "(", "PAX7", "+", "MyoD", "+", ",", "arrows", ")", ",", "with", "no", "quiescent", "cells", "and", "few", "differentiating", "cells", "detected", ".", "Data", "were", "collected", "from", "n", "=", "2", "independent", "assays", "(", "5", "-", "8", "images", "per", "condition", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", ";", "One", "-", "way", "Anova", "with", "Tukey", "multiple", "comparisions", "test", "(", "B", ")", "and", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunn", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "C", ")", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C We overexpressed GFP-tagged NICD in immortalized primary myoblasts to rescue the features displayed by immortalized D233E myoblasts. (B) We analyzed the proliferation at 1, 3 and 5 days, and proliferation rate in patient-LV-NICD-GFP reached the level observed in control-LV-GFP, which were higher than in patient-LV-GFP. (C) However, the percentage of PAX7+cells in patient-LV-NICD-GFP showed the same reduced value as in patient-LV-GFP, which were significantly lower than in control-LV-GFP. The majority of control myoblasts were proliferating cells (PAX7+ MyoD+, arrows), with no quiescent cells and few differentiating cells detected. Data were collected from n = 2 independent assays (5-8 images per condition). Mean ± SEM is shown; One-way Anova with Tukey multiple comparisions test (B) and Kruskal-Wallis with Dunn´s multiple comparisons test (C); Scale bar, 50 µm)."}
{"words": ["D", "-", "F", "As", "previously", "described", "in", "patient", "'", "s", "primary", "myoblasts", ",", "patient", "-", "LV", "-", "GFPmyoblasts", "showed", "a", "striking", "facilitated", "differentiation", "compared", "to", "control", "-", "LV", "-", "GFP", "-", "myoblasts", ".", "This", "phenotype", "fully", "disappeared", "in", "patient", "-", "LV", "-", "GFP", "-", "NICD", "myoblasts", ",", "as", "quantification", "of", "the", "fusion", "index", "(", "E", ")", ",", "and", "myogenin", "expression", "(", "F", ")", "demonstrated", ".", "The", "data", "support", "a", "pathogenic", "role", "for", "Notch", "inhibition", "on", "the", "altered", "differentiation", "in", "our", "patients", ".", "Data", "were", "collected", "from", "n", "=", "3", "independent", "assays", "(", "13", "-", "17", "images", "per", "condition", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunn", "´", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-F As previously described in patient's primary myoblasts, patient-LV-GFPmyoblasts showed a striking facilitated differentiation compared to control-LV-GFP-myoblasts. This phenotype fully disappeared in patient-LV-GFP-NICD myoblasts, as quantification of the fusion index (E), and myogenin expression (F) demonstrated. The data support a pathogenic role for Notch inhibition on the altered differentiation in our patients. Data were collected from n = 3 independent assays (13-17 images per condition). Mean ± SEM is shown; Kruskal-Wallis with Dunn´s multiple comparisons test; Scale bar, 50 µm)."}
{"words": ["A", "Immortalized", "primary", "myoblasts", "from", "a", "healthy", "control", "showed", "a", "progressive", "pattern", "of", "α", "-", "dystroglycan", "glycosylation", "during", "five", "days", "of", "differentiation", "(", "D0", "-", "D5", ")", ",", "as", "has", "been", "previously", "described", "by", "Goddeeris", "et", "al", ".", "Immortalized", "primary", "myoblasts", "from", "patients", "displayed", "an", "irregular", "pattern", "of", "glycosylation", ",", "with", "a", "final", "level", "of", "glycosylated", "α", "-", "dystroglycan", "that", "was", "lower", "than", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Immortalized primary myoblasts from a healthy control showed a progressive pattern of α-dystroglycan glycosylation during five days of differentiation (D0-D5), as has been previously described by Goddeeris et al. Immortalized primary myoblasts from patients displayed an irregular pattern of glycosylation, with a final level of glycosylated α-dystroglycan that was lower than control."}
{"words": ["B", "α", "-", "dystroglycan", "glycosylation", "of", "infected", "immortalized", "myoblasts", "from", "patient", "-", "LV", "-", "NICD", "-", "GFP", "at", "differentiation", "day", "5", "(", "D5", ")", "showed", "a", "striking", "reduction", ",", "in", "line", "with", "the", "strong", "inhibition", "of", "myotubes", "formation", "and", "differentiation", "induced", "by", "NICD", "overexpression", ".", "α", "-", "dystroglycan", "in", "myoblasts", "from", "patient", "-", "LV", "-", "GFP", "showed", "a", "reduction", "of", "glycosylation", "compared", "to", "control", "-", "LV", "-", "GFP", "at", "D5", ",", "similar", "to", "the", "results", "obtained", "in", "the", "adult", "muscle", "from", "patients", "(", "Fig", ".", "2", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B α-dystroglycan glycosylation of infected immortalized myoblasts from patient-LV-NICD-GFP at differentiation day 5 (D5) showed a striking reduction, in line with the strong inhibition of myotubes formation and differentiation induced by NICD overexpression. α-dystroglycan in myoblasts from patient-LV-GFP showed a reduction of glycosylation compared to control-LV-GFP at D5, similar to the results obtained in the adult muscle from patients (Fig. 2)."}
{"words": ["C", "-", "D", "C2C12", "myogenic", "cells", "showed", "a", "reduced", "level", "of", "glycosylated", "α", "-", "dystroglycan", "when", "the", "Notch", "signaling", "inhibitor", "DAPT", "or", "LY3039478", "was", "added", "to", "the", "differentiation", "medium", ".", "This", "indicates", "that", "reducing", "Notch", "signaling", "can", "affect", "α", "-", "dystroglycan", "glycosylation", "in", "wild", "-", "type", "C2C12", "myoblasts", "cells", ",", "which", "do", "not", "harbor", "any", "known", "mutations", "in", "α", "-", "dystroglycan", "glycosyltransferases", "or", "Poglut1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "C-D C2C12 myogenic cells showed a reduced level of glycosylated α-dystroglycan when the Notch signaling inhibitor DAPT or LY3039478 was added to the differentiation medium. This indicates that reducing Notch signaling can affect α-dystroglycan glycosylation in wild-type C2C12 myoblasts cells, which do not harbor any known mutations in α-dystroglycan glycosyltransferases or Poglut1."}
{"words": ["E", "-", "F", "qRT", "-", "PCR", "experiments", "show", "that", "upon", "DAPT", "or", "LY3039478", "treatment", ",", "a", "remarkable", "decrease", "in", "Hes1", "mRNA", "is", "induced", "in", "C2C12", "cells", "during", "differentiation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F qRT-PCR experiments show that upon DAPT or LY3039478 treatment, a remarkable decrease in Hes1 mRNA is induced in C2C12 cells during differentiation."}
{"words": ["K", "-", "P", "Realtime", "qRT", "-", "PCR", "revealed", "the", "expression", "profiles", "of", "four", "zebrafish", "chs", "genes", "in", "different", "tissues", "(", "K", ")", ",", "different", "gut", "sections", "(", "L", ")", ",", "and", "different", "developmental", "stages", "(", "M", "-", "P", ")", ".", "One", "representative", "example", "of", "three", "repeat", "experiments", "is", "shown", ".", "Data", "were", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ".", "n", ".", "s", ".", "no", "significant", ",", "no", "label", "P", "<", "0", ".", "05", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K-P Realtime qRT-PCR revealed the expression profiles of four zebrafish chs genes in different tissues (K), different gut sections (L), and different developmental stages (M-P). One representative example of three repeat experiments is shown. Data were the mean ± SEM of n=3 technical replicates. n.s. no significant, no label P < 0.05 by student's t-test."}
{"words": ["F", "-", "M", "Compared", "with", "wild", "-", "types", "(", "F", "-", "I", ")", ",", "mutants", "(", "J", "-", "M", ")", "completely", "lost", "the", "CM", "(", "red", ")", "in", "the", "gut", "of", "7dpf", "larva", "(", "F", ",", "J", ")", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "intestinal", "bulb", "(", "G", ",", "K", ")", ",", "middle", "intestine", "(", "H", ",", "L", ")", "and", "posterior", "intestine", "(", "I", ",", "M", ")", "of", "adults", ".", "Red", ",", "SNAP", "-", "CBD", "stain", ";", "blue", ",", "DAPI", "stain", ";", "WT", ",", "wild", "-", "type", ";", "MU", ",", "chs1", "-", "/", "-", "mutant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-M Compared with wild-types (F-I), mutants (J-M) completely lost the CM (red) in the gut of 7dpf larva (F, J), as well as in the intestinal bulb (G, K), middle intestine (H, L) and posterior intestine (I, M) of adults. Red, SNAP-CBD stain; blue, DAPI stain; WT, wild-type; MU, chs1-/- mutant."}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "survival", "rates", "of", "wild", "-", "types", "and", "mutants", "in", "the", "first", "eight", "days", "(", "A", ")", "and", "the", "first", "six", "months", "(", "B", ")", ".", "Two", "independent", "batches", "(", "1", "and", "2", ")", "were", "conducted", "for", "each", "experiment", ".", "n", ",", "the", "initial", "numbers", "of", "zebrafish", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "by", "long", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ".", "Please", "see", "Table", "EV1", "for", "data", "on", "another", "three", "batches", "of", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B The survival rates of wild-types and mutants in the first eight days (A) and the first six months (B). Two independent batches (1 and 2) were conducted for each experiment. n, the initial numbers of zebrafish. * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001 by long-rank (Mantel-Cox) test. Please see Table EV1 for data on another three batches of independent experiments."}
{"words": ["E", "-", "J", "6", "/", "7", "dpf", "larva", "mutants", "were", "fed", "with", "6", "-", "μm", "polystyrene", "beads", ".", "The", "beads", "jammed", "in", "the", "intestinal", "bulb", "and", "middle", "intestine", "(", "E", ",", "F", ",", "H", ",", "I", ")", ".", "In", "some", "cases", ",", "the", "beads", "escaped", "the", "bead", "cord", "and", "stuck", "between", "villi", "(", "white", "triangles", ")", "(", "E", ",", "G", ",", "I", ",", "J", ")", ".", "Blue", "rectangle", "indicates", "the", "intestinal", "bulb", ".", "Right", "panels", "were", "magnification", "of", "the", "red", "rectangle", "area", "in", "left", "panels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-J 6/7 dpf larva mutants were fed with 6-μm polystyrene beads. The beads jammed in the intestinal bulb and middle intestine (E, F, H, I). In some cases, the beads escaped the bead cord and stuck between villi (white triangles) (E, G, I, J). Blue rectangle indicates the intestinal bulb. Right panels were magnification of the red rectangle area in left panels."}
{"words": ["B", "Comparison", "of", "3", "-", "month", "-", "old", "wild", "-", "types", "and", "mutants", "in", "the", "pairwise", "microbiota", "compositional", "dissimilarity", "(", "Jaccard", "distance", ")", "between", "the", "digesta", "(", "niche1", ")", "and", "the", "epithelia", "(", "niche2", ")", ".", "This", "metric", "represents", "the", "radial", "gradient", "of", "the", "gut", "bacterial", "composition", ".", "The", "comparison", "was", "done", "on", "four", "taxonomy", "levels", ".", "Data", "of", "n", "=", "14", "individuals", "were", "represented", "in", "box", "(", "interquartile", "range", ")", "and", "whisker", "(", "min", "to", "max", ")", "plots", ".", "Individual", "data", "points", "were", "plotted", "as", "black", "dots", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "by", "the", "conservative", ",", "nonparametric", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "Please", "see", "Appendix", "Fig", "S10", "for", "another", "way", "of", "data", "presentation", ",", "and", "Dataset", "EV1", "for", "the", "details", "of", "the", "sample", "information", "and", "raw", "statistics", ".", "Note", "that", "each", "16S", "-", "rRNA", "library", "contains", "only", "one", "sample", "from", "one", "animal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Comparison of 3-month-old wild-types and mutants in the pairwise microbiota compositional dissimilarity (Jaccard distance) between the digesta (niche1) and the epithelia (niche2). This metric represents the radial gradient of the gut bacterial composition. The comparison was done on four taxonomy levels. Data of n=14 individuals were represented in box (interquartile range) and whisker (min to max) plots. Individual data points were plotted as black dots. * P < 0.05, ** P < 0.01 by the conservative, nonparametric Kruskal-Wallis test. Please see Appendix Fig S10 for another way of data presentation, and Dataset EV1 for the details of the sample information and raw statistics. Note that each 16S-rRNA library contains only one sample from one animal."}
{"words": ["Comparison", "of", "the", "bacterial", "community", "richness", "of", "the", "intestine", "samples", "(", "S3", "-", "S6", ";", "including", "both", "the", "digesta", "and", "the", "epithelia", ")", "between", "six", "3", "-", "month", "-", "old", "wild", "-", "types", "and", "six", "3", "-", "month", "-", "old", "mutants", ".", "Three", "alpha", "diversity", "metrics", "were", "used", ":", "Ace", "(", "abundance", "-", "based", "coverage", "estimator", ")", ",", "Chao1", "Data", "of", "n", "=", "6", "individuals", "were", "represented", "in", "box", "(", "interquartile", "range", ")", "and", "whisker", "(", "min", "to", "max", ")", "plots", ".", "Individual", "data", "points", "were", "plotted", "as", "black", "dots", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of the bacterial community richness of the intestine samples (S3-S6; including both the digesta and the epithelia) between six 3-month-old wild-types and six 3-month-old mutants. Three alpha diversity metrics were used: Ace (abundance-based coverage estimator), Chao1 Data of n=6 individuals were represented in box (interquartile range) and whisker (min to max) plots. Individual data points were plotted as black dots. * P < 0.05 by Kruskal-Wallis test."}
{"words": ["E", "Immunohistochemical", "detection", "of", "BrdU", "-", "labeled", "cells", "in", "the", "intestine", "bulb", "(", "section", "S2", ")", "of", "two", "3", "-", "month", "-", "old", "adult", "wild", "-", "types", "and", "two", "3", "-", "month", "-", "old", "adult", "mutants", "to", "measure", "the", "rate", "of", "cell", "proliferation", "(", "new", "cells", "were", "stained", "bright", "green", ")", "and", "migration", ".", "Compared", "with", "wild", "-", "types", "(", "WT", ")", ",", "the", "mutants", "had", "more", "green", "spots", "along", "the", "villi", "2", "hours", "after", "treatment", ",", "and", "mutants", "also", "have", "more", "green", "spots", "concentrated", "in", "the", "tip", "of", "villi", "12", "hours", "after", "treatments", ".", "The", "violin", "plots", "(", "interquartile", "range", "with", "mean", "line", ")", "show", "the", "relative", "numbers", "of", "green", "puncta", "from", "tip", "to", "base", "of", "villi", ",", "which", "were", "calculated", "from", "3", "-", "5", "villi", "from", "the", "raw", "version", "of", "these", "images", ".", "Please", "see", "Appendix", "Fig", "S19", "for", "the", "images", "of", "more", "animals", "and", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Immunohistochemical detection of BrdU-labeled cells in the intestine bulb (section S2) of two 3-month-old adult wild-types and two 3-month-old adult mutants to measure the rate of cell proliferation (new cells were stained bright green) and migration. Compared with wild-types (WT), the mutants had more green spots along the villi 2 hours after treatment, and mutants also have more green spots concentrated in the tip of villi 12 hours after treatments. The violin plots (interquartile range with mean line) show the relative numbers of green puncta from tip to base of villi, which were calculated from 3-5 villi from the raw version of these images. Please see Appendix Fig S19 for the images of more animals and time points."}
{"words": ["Comparison", "of", "the", "body", "length", ",", "weight", "and", "external", "appearance", "of", "five", "wild", "-", "types", "and", "five", "mutants", "after", "the", "alternative", "treatments", "of", "two", "sets", "of", "antibiotic", "mixtures", ".", "The", "treatments", "were", "started", "with", "8", "-", "week", "-", "old", "fish", "and", "continued", "for", "six", "weeks", ".", "The", "measurements", "and", "photoshoots", "were", "conducted", "five", "weeks", "later", ".", "Data", "of", "n", "=", "5", "are", "represented", "in", "box", "(", "min", "to", "max", "with", "mean", "line", ")", "plots", ".", "Individual", "data", "points", "for", "each", "animal", "were", "plotted", "as", "grey", "dots", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "no", "significant", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "raw", "statistics", "was", "listed", "in", "Table", "EV3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of the body length, weight and external appearance of five wild-types and five mutants after the alternative treatments of two sets of antibiotic mixtures. The treatments were started with 8-week-old fish and continued for six weeks. The measurements and photoshoots were conducted five weeks later. Data of n=5 are represented in box (min to max with mean line) plots. Individual data points for each animal were plotted as grey dots. n.s., no significant, ** P < 0.01 by student's t-test. The raw statistics was listed in Table EV3."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Snapshots", "from", "confocal", "live", "imaging", "movies", "of", "a", "representative", "embryo", "(", "N", "=", "7", ")", "during", "cellularisation", "co", "-", "expressing", "opto", "-", "Notch", ",", "Mito", "-", "Zdk", ",", "MCP", ":", ":", "GFP", "and", "sim", "-", "MS2", ".", "Continuous", "photo", "-", "activation", "from", "the", "onset", "of", "cellularisation", "with", "a", "stack", "size", "of", "z", "=", "25μm", "(", "λ", "=", "488", "nm", ")", "was", "alternated", "with", "mCherry", "excitation", "(", "λ", "=", "561", "nm", ")", "at", "1", "min", "intervals", ".", "Single", "confocal", "z", "-", "slices", "of", "the", "mCherry", "channel", "are", "shown", "to", "record", "opto", "-", "Notch", "localization", "before", ",", "and", "10", "minutes", "after", "sustained", "photo", "-", "activation", ".", "Magnified", "insets", "show", "opto", "-", "Notch", "bound", "to", "the", "mitochondrial", "anchor", "in", "the", "dark", "(", "C", ")", "and", "in", "the", "nucleus", "upon", "photo", "-", "activation", "(", "D", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Snapshots from confocal live imaging movies of a representative embryo (N=7) during cellularisation co-expressing opto-Notch, Mito-Zdk, MCP::GFP and sim-MS2. Continuous photo-activation from the onset of cellularisation with a stack size of z= 25μm (λ=488 nm) was alternated with mCherry excitation (λ=561 nm) at 1 min intervals. Single confocal z-slices of the mCherry channel are shown to record opto-Notch localization before, and 10 minutes after sustained photo-activation. Magnified insets show opto-Notch bound to the mitochondrial anchor in the dark (C) and in the nucleus upon photo-activation (D). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "Maximum", "intensity", "z", "-", "projections", "(", "z", "=", "25", "μm", ")", "of", "the", "same", "embryo", "simultaneously", "photoactivated", "and", "imaged", "in", "the", "GFP", "channel", "(", "λ", "=", "488", "nm", ")", "to", "record", "sim", "expression", "at", "a", "time", "resolution", "of", "30", "s", ".", "Shown", "are", "the", "first", "cycle", "of", "photo", "-", "activation", ",", "which", "approximates", "the", "dark", "state", "(", "F", ")", ",", "15", "min", "(", "G", ")", ",", "and", "35", "min", "(", "H", ")", "after", "continuous", "photo", "-", "activation", ".", "Magnified", "insets", "show", "that", "sim", "is", "not", "expressed", "in", "the", "dark", "at", "this", "stage", "(", "F", ")", ",", "but", "it", "is", "expressed", "in", "lateral", "ectodermal", "cells", "after", "15", "min", "of", "photo", "-", "activation", "(", "G", ")", ",", "and", "appeared", "to", "be", "shut", "off", "in", "most", "nuclei", "after", "35", "mins", "(", "H", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) Maximum intensity z-projections (z = 25 μm) of the same embryo simultaneously photoactivated and imaged in the GFP channel (λ=488 nm) to record sim expression at a time resolution of 30 s. Shown are the first cycle of photo-activation, which approximates the dark state (F), 15 min (G), and 35 min (H) after continuous photo-activation. Magnified insets show that sim is not expressed in the dark at this stage (F), but it is expressed in lateral ectodermal cells after 15 min of photo-activation (G), and appeared to be shut off in most nuclei after 35 mins (H). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["The", "number", "of", "sim", "-", "expressing", "nuclei", "as", "counted", "by", "automated", "spot", "detection", "over", "time", "(", "A", ")", "Continuous", "opto", "-", "Notch", "activation", "initially", "induces", "sim", "expression", "across", "a", "large", "number", "of", "nuclei", ".", "Over", "time", ",", "the", "majority", "of", "nuclei", "adapt", "to", "the", "input", "and", "terminate", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The number of sim-expressing nuclei as counted by automated spot detection over time (A) Continuous opto-Notch activation initially induces sim expression across a large number of nuclei. Over time, the majority of nuclei adapt to the input and terminate expression."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Quantification", "of", "nuclear", "localisation", "of", "mCherry", ":", ":", "NICD", "during", "opto", "-", "Notch", "photo", "-", "activation", ".", "Raw", "data", "was", "bleaching", "-", "corrected", "with", "an", "exponential", "fit", "and", "shown", "is", "the", "nuclear", "/", "total", "ratio", ",", "which", "further", "normalises", "bleaching", "and", "embryo", "-", "to", "-", "embryo", "variability", ".", "NICD", "displays", "persistent", "nuclear", "enrichment", "during", "continuous", "activation", "(", "D", ")", "and", "shuttles", "back", "and", "forth", "between", "nucleus", "and", "cytoplasm", "under", "the", "pulsatile", "protocol", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Quantification of nuclear localisation of mCherry::NICD during opto-Notch photo-activation. Raw data was bleaching-corrected with an exponential fit and shown is the nuclear/total ratio, which further normalises bleaching and embryo-to-embryo variability. NICD displays persistent nuclear enrichment during continuous activation (D) and shuttles back and forth between nucleus and cytoplasm under the pulsatile protocol (E)."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Results", "of", "continuous", "activation", "experiments", "in", "a", "Hairless", "heterozygous", "hypomorphic", "mutant", "(", "Hairless", "H2", ")", "and", "under", "overexpression", "of", "Twist", "(", "Twist", "OE", ")", "The", "observed", "outcomes", "are", "most", "consistent", "with", "the", "predictions", "from", "the", "state", "-", "dependent", "inactivation", "model", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Results of continuous activation experiments in a Hairless heterozygous hypomorphic mutant (Hairless H2) and under overexpression of Twist (Twist OE) The observed outcomes are most consistent with the predictions from the state-dependent inactivation model."}
{"words": ["(", "D", ")", "Absolute", "cell", "numbers", "of", "the", "indicated", "cell", "types", "were", "determined", "by", "flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "the", "bone", "marrow", "from", "3", "-", "week", "-", "old", "Pax5", "+", "/", "+", "and", "Pax5Jak2", "/", "+", "mice", ".", "Average", "cell", "numbers", "are", "shown", "with", "SEM", "and", "were", "statistically", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "(", "unpaired", "two", "-", "tailed", "with", "Holm", "-", "Šídák", "'", "s", "correction", ")", ";", "ns", ",", "not", "significant", "(", "P", ">", "0", ".", "05", ")", ".", "One", "of", "3", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Absolute cell numbers of the indicated cell types were determined by flow-cytometric analysis of the bone marrow from 3-week-old Pax5+/+ and Pax5Jak2/+ mice. Average cell numbers are shown with SEM and were statistically analyzed by multiple t-tests (unpaired two-tailed with Holm-Šídák's correction); ns, not significant (P > 0.05). One of 3 independent experiments is shown."}
{"words": ["(", "F", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "Pax5Jak2", "/", "+", "(", "black", ")", "and", "control", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "grey", ")", "mice", ".", "n", ",", "number", "of", "mice", "analyzed", ".", "A", "P", "value", "of", "<", "0", ".", "0001", "was", "determined", "for", "the", "survival", "curves", "by", "statistical", "analysis", "with", "the", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Kaplan-Meier survival analysis of Pax5Jak2/+ (black) and control Pax5+/+ (grey) mice. n, number of mice analyzed. A P value of < 0.0001 was determined for the survival curves by statistical analysis with the log-rank (Mantel-Cox) test."}
{"words": ["(", "H", ")", "Eosin", "-", "hematoxylin", "-", "stained", "sections", "of", "the", "lung", "and", "liver", "of", "a", "Pax5Jak2", "/", "+", "tumor", "mouse", ".", "Infiltrating", "and", "blasting", "tumor", "cells", "are", "indicated", "by", "an", "arrow", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Eosin-hematoxylin-stained sections of the lung and liver of a Pax5Jak2/+ tumor mouse. Infiltrating and blasting tumor cells are indicated by an arrow."}
{"words": ["(", "I", ")", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "lymph", "node", "cells", "from", "a", "control", "Pax5", "+", "/", "+", "mouse", "and", "a", "10", "-", "week", "-", "old", "Pax5Jak2", "/", "+", "tumor", "mouse", ".", "(", "J", ")", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "B220lowCD19", "+", "B", "cells", "from", "the", "bone", "marrow", "of", "a", "4", "-", "week", "-", "old", "Pax5Jak2", "/", "+", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Flow-cytometric analysis of lymph node cells from a control Pax5+/+ mouse and a 10-week-old Pax5Jak2/+ tumor mouse. (J) Flow-cytometric analysis of B220lowCD19+ B cells from the bone marrow of a 4-week-old Pax5Jak2/+ mouse."}
{"words": ["(", "D", "-", "G", ")", "GSEA", "analysis", "of", "327", "repressed", "(", "D", ")", "or", "330", "activated", "(", "F", ")", "Pax5", "target", "genes", "identified", "in", "pro", "-", "B", "cells", "as", "compared", "with", "the", "ranked", "log2", "-", "fold", "gene", "expression", "changes", "in", "Pax5Jak2", "/", "+", "(", "PJ", ")", "B", "-", "ALLs", "versus", "control", "(", "Ctrl", ")", "Pax5", "+", "/", "-", "Cdkn2ab", "+", "/", "-", "B", "-", "ALLs", "(", "left", ")", ".", "NES", ",", "normalized", "enrichment", "score", ".", "The", "expression", "of", "five", "genes", "that", "are", "upregulated", "in", "Pax5Jak2", "/", "+", "B", "-", "ALL", "cells", "(", "upper", "row", ")", "and", "Pax5", "-", "/", "-", "(", "KO", ")", "pro", "-", "B", "cells", "(", "lower", "row", ")", "is", "shown", "in", "(", "E", ")", ".", "Likewise", ",", "the", "expression", "of", "five", "genes", "that", "are", "upregulated", "in", "control", "B", "-", "ALL", "cells", "(", "upper", "row", ")", "and", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "pro", "-", "B", "cells", "(", "lower", "row", ")", "is", "shown", "in", "(", "G", ")", ".", "TPM", ",", "transcripts", "per", "million", ".", "Mean", "TPM", "values", "with", "SEM", "are", "shown", "for", "the", "following", "RNA", "-", "seq", "experiments", ":", "3", "(", "WT", "pro", "-", "B", ")", ",", "2", "(", "KO", "pro", "-", "B", ")", ",", "2", "(", "Ctrl", "B", "-", "ALL", ")", ",", "and", "4", "(", "PJ", "B", "-", "ALL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-G) GSEA analysis of 327 repressed (D) or 330 activated (F) Pax5 target genes identified in pro-B cells as compared with the ranked log2-fold gene expression changes in Pax5Jak2/+ (PJ) B-ALLs versus control (Ctrl) Pax5+/- Cdkn2ab+/- B-ALLs (left). NES, normalized enrichment score. The expression of five genes that are upregulated in Pax5Jak2/+ B-ALL cells (upper row) and Pax5-/- (KO) pro-B cells (lower row) is shown in (E). Likewise, the expression of five genes that are upregulated in control B-ALL cells (upper row) and Pax5+/+ (WT) pro-B cells (lower row) is shown in (G). TPM, transcripts per million. Mean TPM values with SEM are shown for the following RNA-seq experiments: 3 (WT pro-B), 2 (KO pro-B), 2 (Ctrl B-ALL), and 4 (PJ B-ALL)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Expression", "of", "the", "Ptprc", "(", "CD45", ")", "gene", "from", "exon", "3", "to", "exon", "8", ",", "as", "determined", "by", "RNA", "-", "seq", "of", "Pax5Jak2", "/", "+", "and", "Pax5", "+", "/", "-", "Cdkn2ab", "+", "/", "-", "B", "-", "ALL", "cells", ".", "The", "alternatively", "spliced", "exons", "4", "(", "A", ")", ",", "5", "(", "B", ")", "and", "6", "(", "C", ")", "are", "indicated", "in", "orange", "in", "the", "respective", "exon", "-", "intron", "structure", "of", "the", "Ptprc", "gene", ".", "Ptprc", "transcripts", "of", "B220", "+", "Pax5", "+", "/", "-", "Cdkn2ab", "+", "/", "-", "B", "-", "ALL", "cells", "contain", "all", "three", "exons", ",", "thus", "giving", "rise", "to", "expression", "of", "the", "CD45", "isoform", "RABC", "(", "known", "as", "B220", ")", ".", "In", "contrast", ",", "reads", "at", "exon", "4", "are", "barely", "detectable", "and", "reads", "at", "exon", "6", "are", "strongly", "reduced", "in", "the", "mRNA", "of", "Pax5Jak2", "/", "+", "B", "-", "ALL", "cells", ",", "which", "likely", "gives", "rise", "to", "the", "CD45", "isoforms", "RBC", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(H) Expression of the Ptprc (CD45) gene from exon 3 to exon 8, as determined by RNA-seq of Pax5Jak2/+ and Pax5+/- Cdkn2ab+/- B-ALL cells. The alternatively spliced exons 4 (A), 5 (B) and 6 (C) are indicated in orange in the respective exon-intron structure of the Ptprc gene. Ptprc transcripts of B220+ Pax5+/- Cdkn2ab+/- B-ALL cells contain all three exons, thus giving rise to expression of the CD45 isoform RABC (known as B220). In contrast, reads at exon 4 are barely detectable and reads at exon 6 are strongly reduced in the mRNA of Pax5Jak2/+ B-ALL cells, which likely gives rise to the CD45 isoforms RBC and RB"}
{"words": ["(", "D", ")", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "bone", "marrow", "cells", "from", "4", "-", "week", "-", "old", "Pax5ihCd2", "/", "+", "and", "Pax5Jak2", "/", "ihCd2", "mice", ".", "The", "expression", "of", "human", "(", "h", ")", "CD2", "from", "the", "Pax5ihCd2", "allele", "is", "shown", "for", "CD19", "+", "B220", "+", "(", "grey", ")", "and", "CD19", "+", "B220low", "(", "black", ")", "B", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Flow-cytometric analysis of bone marrow cells from 4-week-old Pax5ihCd2/+ and Pax5Jak2/ihCd2 mice. The expression of human (h) CD2 from the Pax5ihCd2 allele is shown for CD19+B220+ (grey) and CD19+B220low (black) B cells."}
{"words": ["(", "G", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "Cd79a", "-", "Cre", "Ikzf1neo", "/", "+", "Pax5LSL", "-", "Jak2", "/", "+", "(", "black", ")", "and", "Cd79a", "-", "Cre", "Pax5LSL", "-", "Jak2", "/", "+", "(", "grey", ")", "mice", ".", "Statistical", "analysis", "of", "the", "survival", "curves", "was", "performed", "with", "the", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "n", ",", "number", "of", "mice", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Kaplan-Meier survival analysis of Cd79a-Cre Ikzf1neo/+ Pax5LSL-Jak2/+ (black) and Cd79a-Cre Pax5LSL-Jak2/+ (grey) mice. Statistical analysis of the survival curves was performed with the log-rank (Mantel-Cox) test; ****P < 0.0001. n, number of mice analyzed."}
{"words": ["(", "H", ")", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "B220", "and", "CD19", "expression", "in", "B", "-", "ALL", "tumor", "cells", "from", "the", "lymph", "node", "of", "a", "Cd79a", "-", "Cre", "Ikzf1neo", "/", "+", "Pax5LSL", "-", "Jak2", "/", "+", "mouse", "(", "black", ";", "left", ")", ".", "Pax5", "expression", "in", "these", "B", "-", "ALL", "tumor", "cells", "(", "black", "line", ")", "and", "control", "Pax5", "+", "/", "+", "lymph", "node", "B", "cells", "(", "grey", "filled", ")", "was", "determined", "by", "intracellular", "Pax5", "staining", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Flow-cytometric analysis of B220 and CD19 expression in B-ALL tumor cells from the lymph node of a Cd79a-Cre Ikzf1neo/+ Pax5LSL-Jak2/+ mouse (black; left). Pax5 expression in these B-ALL tumor cells (black line) and control Pax5+/+ lymph node B cells (grey filled) was determined by intracellular Pax5 staining (right)."}
{"words": ["(", "B", ",", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "bone", "marrow", "and", "spleen", "from", "Pax5Jak2", "-", "KD", "/", "+", "(", "black", ";", "n", "=", "11", ")", "and", "control", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "grey", ";", "n", "=", "7", ")", "mice", "at", "the", "age", "of", "6", "-", "8", "weeks", ".", "The", "frequencies", "of", "the", "indicated", "B", "cell", "types", "are", "shown", "for", "each", "organ", "(", "B", ")", ".", "The", "data", "are", "presented", "as", "mean", "percentages", "with", "SEM", "and", "were", "statistically", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "(", "unpaired", "and", "two", "-", "tailed", "with", "Holm", "-", "Šídák", "'", "s", "correction", ")", ";", "ns", "(", "P", ">", "0", ".", "5", ")", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, Flow-cytometric analysis of bone marrow and spleen from Pax5Jak2-KD/+ (black; n = 11) and control Pax5+/+ (grey; n = 7) mice at the age of 6-8 weeks. The frequencies of the indicated B cell types are shown for each organ (B). The data are presented as mean percentages with SEM and were statistically analyzed by multiple t-tests (unpaired and two-tailed with Holm-Šídák's correction); ns (P > 0.5), *P < 0.05, **P < 0.01."}
{"words": ["(", "D", ",", "Tumor", "progression", "in", "mice", ",", "transplanted", "with", "Pax5Jak2", "-", "Luc", "/", "+", "tumor", "cells", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "JAK1", "/", "2", "inhibitor", "ruxolitinib", ".", "At", "day", "14", "after", "cell", "transfer", ",", "the", "transplanted", "mice", "were", "treated", "twice", "daily", "with", "ruxolitinib", "or", "vehicle", ",", "and", "the", "tumor", "mass", "was", "monitored", "by", "bioluminescence", "measurements", ".", "Images", "of", "three", "representative", "mice", "with", "or", "without", "ruxolitinib", "treatment", "are"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(D, Tumor progression in mice, transplanted with Pax5Jak2-Luc/+ tumor cells, in the presence or absence of the JAK1/2 inhibitor ruxolitinib. At day 14 after cell transfer, the transplanted mice were treated twice daily with ruxolitinib or vehicle, and the tumor mass was monitored by bioluminescence measurements. Images of three representative mice with or without ruxolitinib treatment are shown"}
{"words": ["(", "F", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "the", "transplanted", "mice", "upon", "prolonged", "treatment", "with", "ruxolitinib", "(", "black", ")", "and", "vehicle", "(", "grey", ")", ".", "Statistical", "analysis", "of", "the", "survival", "curves", "(", "F", ")", "was", "performed", "with", "the", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Kaplan-Meier survival analysis of the transplanted mice upon prolonged treatment with ruxolitinib (black) and vehicle (grey). Statistical analysis of the survival curves (F) was performed with the log-rank (Mantel-Cox) test; **P < 0.01."}
{"words": ["(", "B", ")", "Genome", "-", "wide", "binding", "of", "Pax5", "-", "Jak2", "in", "in", "vitro", "cultured", "pro", "-", "B", "cells", "from", "Pax5Jak2", "/", "+", "Rosa26BirA", "/", "+", "mice", "at", "the", "age", "of", "3", "weeks", "(", "expressing", "Pax5", ")", "and", "ex", "vivo", "Pax5Jak2", "/", "+", "Rosa26BirA", "/", "+", "B", "-", "ALL", "tumors", "(", "lacking", "Pax5", ")", ",", "as", "determined", "by", "Bio", "-", "ChIP", "-", "seq", "analysis", "The", "DNA", "-", "binding", "pattern", "of", "full", "-", "length", "Pax5", "was", "determined", "by", "Bio", "-", "ChIP", "-", "seq", "analysis", "of", "ex", "vivo", "sorted", "Pax5Bio", "/", "Bio", "pro", "-", "B", "cells", ",", "which", "carried", "a", "C", "‐", "terminal", "biotin", "acceptor", "sequence", "together", "with", "an", "IRES", "‐", "BirA", "gene", "insertion", "in", "the", "3", "'", "untranslated", "region", "of", "Pax5", "Two", "independent", "Bio", "-", "ChIP", "-", "seq", "experiments", "were", "performed", "for", "each", "cell", "type", ".", "Representative", "binding", "patterns", "of", "Pax5", "and", "Pax5", "-", "Jak2", "in", "the", "three", "B", "cell", "types", "are", "shown", "for", "a", "selected", "genomic", "region", ",", "with", "horizontal", "bars", "indicating", "Pax5", "or", "Pax5", "-", "Jak2", "peaks", "that", "were", "identified", "by", "MACS", "peak", "calling", "(", "left", ")", ".", "The", "number", "of", "Pax5", "(", "white", ")", "and", "Pax5", "-", "Jak2", "(", "grey", "or", "black", ")", "peaks", ",", "which", "were", "defined", "by", "stringent", "MACS", "peak", "calling", "with", "a", "P", "value", "of", "<", "10", "-", "10", "in", "the", "three", "B", "cell", "types", ",", "are", "shown", "to", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Genome-wide binding of Pax5-Jak2 in in vitro cultured pro-B cells from Pax5Jak2/+ Rosa26BirA/+ mice at the age of 3 weeks (expressing Pax5) and ex vivo Pax5Jak2/+ Rosa26BirA/+ B-ALL tumors (lacking Pax5), as determined by Bio-ChIP-seq analysis The DNA-binding pattern of full-length Pax5 was determined by Bio-ChIP-seq analysis of ex vivo sorted Pax5Bio/Bio pro-B cells, which carried a C‐terminal biotin acceptor sequence together with an IRES‐BirA gene insertion in the 3' untranslated region of Pax5 Two independent Bio-ChIP-seq experiments were performed for each cell type. Representative binding patterns of Pax5 and Pax5-Jak2 in the three B cell types are shown for a selected genomic region, with horizontal bars indicating Pax5 or Pax5-Jak2 peaks that were identified by MACS peak calling (left). The number of Pax5 (white) and Pax5-Jak2 (grey or black) peaks, which were defined by stringent MACS peak calling with a P value of < 10-10 in the three B cell types, are shown to the right."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "the", "bone", "marrow", "and", "spleen", "from", "Pax5Prd", "*", "-", "Jak2", "/", "+", "(", "black", ";", "n", "=", "6", ")", "and", "control", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "grey", ";", "n", "=", "5", ")", "mice", "at", "the", "age", "of", "6", "-", "7", "weeks", ".", "The", "frequency", "of", "the", "indicated", "B", "cell", "types", "in", "each", "organ", "is", "indicated", "in", "(", "F", ")", ",", "and", "the", "flow", "-", "cytometric", "analysis", "of", "CD19", "and", "B220", "expression", "on", "bone", "marrow", "B", "cells", "is", "shown", "in", "(", "G", ")", ".", "Statistical", "data", "are", "shown", "as", "mean", "percentages", "with", "SEM", "and", "were", "analyzed", "by", "multiple", "t", "-", "tests", "(", "unpaired", "and", "two", "-", "tailed", "with", "Holm", "-", "Šídák", "'", "s", "correction", ")", ":", "ns", ">", "0", ".", "05", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "one", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Flow-cytometric analysis of the bone marrow and spleen from Pax5Prd*-Jak2 /+ (black; n = 6) and control Pax5+/+ (grey; n = 5) mice at the age of 6-7 weeks. The frequency of the indicated B cell types in each organ is indicated in (F), and the flow-cytometric analysis of CD19 and B220 expression on bone marrow B cells is shown in (G). Statistical data are shown as mean percentages with SEM and were analyzed by multiple t-tests (unpaired and two-tailed with Holm-Šídák's correction): ns > 0.05; *P < 0.05; **P < 0.01. Each dot corresponds to one mouse."}
{"words": ["(", "H", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "Pax5Prd", "*", "-", "Jak2", "/", "+", "(", "black", ")", "and", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "grey", ")", "mice", ".", "A", "P", "value", "of", "<", "0", ".", "0001", "was", "determined", "for", "the", "survival", "curves", "by", "statistical", "analysis", "with", "the", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ".", "n", ",", "number", "of", "mice", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Kaplan-Meier survival analysis of Pax5Prd*-Jak2 /+ (black) and Pax5+/+ (grey) mice. A P value of < 0.0001 was determined for the survival curves by statistical analysis with the log-rank (Mantel-Cox) test. n, number of mice analyzed."}
{"words": ["(", "C", ")", "Specificity", "of", "the", "anti", "-", "H3Y41ph", "antibody", ",", "as", "shown", "by", "immunoblot", "analysis", ".", "One", "phosphorylated", "(", "pY41", ")", "or", "non", "-", "phosphorylated", "peptide", "was", "coupled", "to", "ubiquitin", "(", "Ubi", ",", "8", ".", "5", "kDa", ")", ",", "followed", "by", "separation", "of", "the", "protein", "conjugates", "on", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblot", "detection", "with", "the", "anti", "-", "H3Y41ph", "antibody", "present", "in", "the", "8B2", "-", "C1", "cell", "supernatant", ".", "Following", "treatment", "with", "calf", "intestinal", "alkaline", "phosphatase", "(", "CIP", ")", ",", "the", "dephosphorylated", "Ubi", "-", "pY41", "peptide", "conjugate", "could", "no", "longer", "be", "detected", "with", "the", "anti", "-", "H3Y41ph", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Specificity of the anti-H3Y41ph antibody, as shown by immunoblot analysis. One phosphorylated (pY41) or non-phosphorylated peptide was coupled to ubiquitin (Ubi, 8.5 kDa), followed by separation of the protein conjugates on SDS-PAGE and immunoblot detection with the anti-H3Y41ph antibody present in the 8B2-C1 cell supernatant. Following treatment with calf intestinal alkaline phosphatase (CIP), the dephosphorylated Ubi-pY41 peptide conjugate could no longer be detected with the anti-H3Y41ph antibody."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "whole", "-", "cell", "extracts", "prepared", "from", "Pax5Jak2", "/", "+", "and", "control", "Pax5Etv6", "/", "+", "Cdkn2ab", "+", "/", "-", "B", "-", "ALL", "cells", "as", "well", "as", "from", "the", "human", "HEL", ",", "TMD8", "and", "K1106", "cell", "lines", ".", "Phosphorylated", "(", "p", ")", "STAT5", "was", "detected", "with", "an", "anti", "-", "STAT5", "(", "pY694", ")", "antibody", "and", "the", "pY41", "-", "peptide", "with", "the", "purified", "anti", "H3Y41ph", "antibody", "One", "to", "five", "pY41", "-", "peptides", "were", "coupled", "to", "ubiquitin", ",", "which", "was", "added", "in", "the", "range", "of", "50", "ng", "per", "well", ".", "The", "Gapdh", "and", "histone", "H3", "proteins", "were", "analyzed", "as", "loading", "control", ".", "An", "unspecific", "protein", "is", "denoted", "by", "an", "asterisk", ".", "One", "representative", "of", "5", "immunoblot", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of whole-cell extracts prepared from Pax5Jak2/+ and control Pax5Etv6/+ Cdkn2ab+/- B-ALL cells as well as from the human HEL, TMD8 and K1106 cell lines. Phosphorylated (p) STAT5 was detected with an anti-STAT5 (pY694) antibody and the pY41-peptide with the purified anti H3Y41ph antibody One to five pY41-peptides were coupled to ubiquitin, which was added in the range of 50 ng per well. The Gapdh and histone H3 proteins were analyzed as loading control. An unspecific protein is denoted by an asterisk. One representative of 5 immunoblot experiments is shown."}
{"words": ["(", "A", ",", "Tumor", "progression", "in", "Il7", "+", "/", "+", "(", "grey", ")", ",", "Il7", "+", "/", "-", "(", "dashed", ")", "and", "Il7", "-", "/", "-", "(", "black", ")", "mice", "transplanted", "with", "Pax5Jak2", "-", "Luc", "/", "+", "tumor", "cells", ",", "as", "determined", "by", "bioluminescence", "measurements", "at", "the", "indicated", "days", "after", "cell", "transfer", ".", "Images", "of", "three", "transplanted", "mice", "for", "each", "Il7", "genotype", "are", "shown", "at", "the", "indicated", "days", "after", "cell"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, Tumor progression in Il7+/+ (grey), Il7+/- (dashed) and Il7-/- (black) mice transplanted with Pax5Jak2-Luc/+ tumor cells, as determined by bioluminescence measurements at the indicated days after cell transfer. Images of three transplanted mice for each Il7 genotype are shown at the indicated days after cell transfer"}
{"words": ["(", "C", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "Il7", "+", "/", "+", ",", "Il7", "+", "/", "-", "and", "Il7", "-", "/", "-", "mice", "transplanted", "with", "Pax5Jak2", "-", "Luc", "/", "+", "tumors", "cells", ".", "Statistical", "analysis", "of", "the", "survival", "curves", "was", "performed", "with", "the", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ";", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Kaplan-Meier survival analysis of Il7+/+, Il7+/- and Il7-/- mice transplanted with Pax5Jak2-Luc/+ tumors cells. Statistical analysis of the survival curves was performed with the log-rank (Mantel-Cox) test; ns P > 0.05, *P < 0.05, **P < 0.01."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "median", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "values", "of", "the", "p", "-", "STAT5", "levels", "determined", "by", "intracellular", "staining", "of", "splenic", "FO", "B", "cells", "from", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "grey", ")", ",", "Pax5Jak2", "/", "+", "(", "black", ")", "and", "Pax5Jak2", "-", "KD", "/", "+", "(", "white", ")", "mice", "at", "the", "age", "of", "3", "-", "10", "weeks", "Statistical", "data", "are", "presented", "as", "mean", "values", "with", "SEM", "and", "were", "analyzed", "by", "the", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ":", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "one", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of the median fluorescence intensity (MFI) values of the p-STAT5 levels determined by intracellular staining of splenic FO B cells from Pax5+/+ (grey), Pax5Jak2/+ (black) and Pax5Jak2-KD/+ (white) mice at the age of 3-10 weeks Statistical data are presented as mean values with SEM and were analyzed by the two-tailed unpaired Student's t-test: *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001. Each dot corresponds to one mouse."}
{"words": ["(", "F", ")", "Flow", "cytometric", "analysis", "of", "p", "-", "STAT5", "levels", "in", "pro", "-", "B", "cells", "(", "B220", "+", "CD19", "+", "Kit", "+", "IgM", "-", ")", "and", "leukemic", "B220low", "B", "cells", "of", "Pax5Jak2", "/", "+", "mice", "(", "black", ")", "as", "well", "as", "in", "control", "pro", "-", "B", "cells", "of", "Pax5", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "mice", "(", "grey", ")", "at", "the", "age", "of", "4", "-", "5", "weeks", ".", "A", "representative", "flow", "cytometric", "analysis", "of", "the", "bone", "marrow", "of", "a", "Pax5Jak2", "/", "+", "mouse", "(", "left", ")", "and", "representative", "intracellular", "p", "-", "STAT5", "stainings", "(", "middle", ")", "are", "shown", ".", "The", "p", "-", "STAT5", "levels", "in", "pro", "-", "B", "and", "leukemic", "B220low", "B", "cells", "(", "right", ")", "are", "quantified", "as", "MFI", "values", "relative", "to", "that", "of", "Pax5", "+", "/", "+", "pro", "-", "B", "cells", ".", "Statistical", "data", "are", "presented", "as", "mean", "values", "with", "SEM", "and", "were", "analyzed", "by", "the", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ":", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "one", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Flow cytometric analysis of p-STAT5 levels in pro-B cells (B220+CD19+Kit+IgM-) and leukemic B220low B cells of Pax5Jak2/+ mice (black) as well as in control pro-B cells of Pax5+/+ (WT) mice (grey) at the age of 4-5 weeks. A representative flow cytometric analysis of the bone marrow of a Pax5Jak2/+ mouse (left) and representative intracellular p-STAT5 stainings (middle) are shown. The p-STAT5 levels in pro-B and leukemic B220low B cells (right) are quantified as MFI values relative to that of Pax5+/+ pro-B cells. Statistical data are presented as mean values with SEM and were analyzed by the two-tailed unpaired Student's t-test: *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001. Each dot corresponds to one mouse."}
{"words": ["(", "I", ")", "Upregulation", "of", "the", "genes", "Cxcr5", ",", "Syndig1l", "and", "Sema4a", "in", "Pax5Jak2", "/", "+", "(", "PJ", ")", "B", "-", "ALL", "cells", ".", "Mean", "TPM", "values", "with", "SEM", "are", "shown", "for", "the", "following", "RNA", "-", "seq", "experiments", ":", "2", "(", "Ctrl", "B", "-", "ALL", ")", ",", "4", "(", "PJ", "B", "-", "ALL", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Upregulation of the genes Cxcr5, Syndig1l and Sema4a in Pax5Jak2/+ (PJ) B-ALL cells. Mean TPM values with SEM are shown for the following RNA-seq experiments: 2 (Ctrl B-ALL), 4 (PJ B-ALL)"}
{"words": ["K", ")", "Identification", "of", "Cxcr5", ",", "Syndig1l", "and", "Sema4a", "as", "activated", "STAT5", "target", "genes", ".", "ChIP", "-", "seq", "analysis", "identified", "STAT5", "-", "binding", "regions", "at", "all", "three", "loci", "(", "K", ")", ".", "Horizontal", "bars", "below", "the", "ChIP", "-", "seq", "track", "indicate", "STAT5", "-", "binding", "regions", "identified", "by", "MACS", "peak", "calling", ".", "RPM", ",", "reads", "per", "million", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K) Identification of Cxcr5, Syndig1l and Sema4a as activated STAT5 target genes. ChIP-seq analysis identified STAT5-binding regions at all three loci (K). Horizontal bars below the ChIP-seq track indicate STAT5-binding regions identified by MACS peak calling. RPM, reads per million."}
{"words": ["(", "A", ",", "Neutrophils", "isolated", "from", "tamoxifen", "-", "treated", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "CreT", "+", "and", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "CreT", "-", "mice", "were", "incubated", "with", "LPS", "(", "3", "hr", ")", "before", "culture", "media", "were", "analysed", "for", "secreted", "IL", "-", "1β", "(", "A", ")", "Cytokine", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "and", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", ".", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, Neutrophils isolated from tamoxifen-treated Nlrp3A350V/wt CreT+ and Nlrp3A350V/wt CreT- mice were incubated with LPS (3 hr) before culture media were analysed for secreted IL-1β (A) Cytokine values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA and P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni). **, p ≤ 0.01."}
{"words": ["B", ")", ".", "Neutrophils", "isolated", "from", "tamoxifen", "-", "treated", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "CreT", "+", "and", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "CreT", "-", "mice", "were", "incubated", "with", "LPS", "and", "cell", "lysates", "and", "culture", "media", "were", "immunoblotted", "for", "β", "-", "actin", ",", "caspase", "-", "1", "and", "IL", "-", "1β", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B). Neutrophils isolated from tamoxifen-treated Nlrp3A350V/wt CreT+ and Nlrp3A350V/wt CreT- mice were incubated with LPS and cell lysates and culture media were immunoblotted for β-actin, caspase-1 and IL-1β (B)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "pictures", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "and", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "mice", "on", "days", "4", "and", "8", "after", "birth", ".", "Left", "side", "in", "each", "picture", ":", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "mice", ";", "right", "side", "in", "each", "picture", ":", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", ".", "Abscesses", "(", "day", "4", ")", "and", "scaling", "erythema", "(", "day", "8", ")", "are", "observed", "in", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Representative pictures of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg and Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- mice on days 4 and 8 after birth. Left side in each picture: Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- mice; right side in each picture: Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg. Abscesses (day 4) and scaling erythema (day 8) are observed in Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg mice."}
{"words": ["(", "D", ")", "Survival", "curves", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "(", "n", "=", "22", ")", "and", "littermate", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "(", "n", "=", "21", ")", "mice", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "the", "log", "-", "rank", "Mantel", "-", "Cox", "test", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Survival curves of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg (n=22) and littermate Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- (n=21) mice. Statistical significance was analysed by the log-rank Mantel-Cox test. ****, p ≤0.0001."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "H", "&", "E", "-", "stained", "sections", "of", "spleen", "(", "top", ",", "scale", "bar", ":", "100", "µM", ")", "and", "liver", "(", "bottom", ",", "scale", "bar", ":", "200", "µM", ")", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "and", "littermate", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "mice", ".", "Spleens", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "control", "mice", "(", "top", "left", ")", "display", "characteristic", "white", "pulp", "(", "WP", ")", "regions", "(", "example", "shown", "surrounded", "by", "dashed", "line", ")", "composed", "of", "lymphoid", "follicles", "and", "periarteriolar", "lymphoid", "sheaths", "(", "PALS", ")", ",", "which", "at", "this", "magnification", "are", "recognized", "by", "dark", "-", "purple", "staining", ",", "large", "aggregates", "of", "lymphocytes", "surrounding", "the", "central", "artery", "(", "CA", ")", "and", "their", "distinctive", "separation", "from", "the", "red", "-", "staining", "red", "pulp", "(", "RP", ")", ".", "WP", "was", "largely", "absent", "in", "spleens", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "(", "top", "middle", ")", ".", "Megakaryocytes", "(", "MK", ")", "are", "indicated", "for", "easier", "recognition", "of", "areas", "of", "extramedullary", "hematopoiesis", "(", "EMH", ")", ".", "Most", "of", "the", "spleen", "parenchyma", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "animals", "was", "replaced", "by", "EMH", "of", "mostly", "myeloid", "lineage", ",", "which", "can", "be", "recognized", "by", "the", "medium", "-", "sized", "cells", "with", "more", "cytoplasm", ",", "giving", "a", "lighter", "appearance", "(", "inset", ")", ".", "In", "both", "the", "overview", "picture", "(", "top", "middle", "picture", ")", "and", "inset", "(", "top", "right", ")", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "spleen", ",", "a", "small", "amount", "of", "EMH", "of", "the", "erythroid", "lineage", "is", "present", "that", "can", "be", "recognized", "by", "small", "aggregates", "of", "darker", "-", "stained", ",", "smaller", "cells", "(", "asterix", ",", "*", ")", ".", "Liver", "sections", "of", "both", "Nlrp3A350V", "/", "wtMRP8", "-", "Cre", "-", "control", "mice", "and", "diseased", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "pups", "displayed", "comparable", "EMH", "of", "the", "erythroid", "lineage", "(", "bottom", "left", "picture", ",", "indicated", "with", "yellow", "arrows", ")", ".", "Liver", "sections", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "pups", "also", "showed", "a", "modest", "increase", "in", "EMH", "of", "the", "myeloid", "lineage", "(", "bottom", "middle", "picture", "and", "inset", "(", "scale", "bar", ":", "100", "µM", ")", "in", "bottom", "right", ",", "indicated", "with", "yellow", "arrowheads", ")", ",", "as", "well", "as", "hepatocyte", "enlargement", ".", "(", "F", "-", "I", ")", "H", "&", "E", "-", "stained", "histological", "sections", "of", "spleen", "(", "F", ",", "G", ")", "or", "liver", "(", "H", ",", "I", ")", "of", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "(", "Cre", "-", ",", "n", "=", "8", ")", "and", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "(", "CreTg", ",", "n", "=", "6", ")", "mice", "were", "assigned", "a", "score", "of", "0", "-", "5", "for", "lymphoid", "depletion", "(", "F", ")", "or", "EMH", "(", "G", ",", "H", ")", "or", "hepatocyte", "enlargement", "(", "I", ")", "by", "a", "board", "-", "certified", "pathologist", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "6", "-", "8", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "the", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative H&E-stained sections of spleen (top, scale bar: 100 µM) and liver (bottom, scale bar: 200 µM) of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg and littermate Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- mice. Spleens of Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- control mice (top left) display characteristic white pulp (WP) regions (example shown surrounded by dashed line) composed of lymphoid follicles and periarteriolar lymphoid sheaths (PALS), which at this magnification are recognized by dark-purple staining, large aggregates of lymphocytes surrounding the central artery (CA) and their distinctive separation from the red-staining red pulp (RP). WP was largely absent in spleens of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg (top middle). Megakaryocytes (MK) are indicated for easier recognition of areas of extramedullary hematopoiesis (EMH). Most of the spleen parenchyma of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg animals was replaced by EMH of mostly myeloid lineage, which can be recognized by the medium-sized cells with more cytoplasm, giving a lighter appearance (inset). In both the overview picture (top middle picture) and inset (top right) of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg spleen, a small amount of EMH of the erythroid lineage is present that can be recognized by small aggregates of darker-stained, smaller cells (asterix,*). Liver sections of both Nlrp3A350V/wtMRP8-Cre- control mice and diseased Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg pups displayed comparable EMH of the erythroid lineage (bottom left picture, indicated with yellow arrows). Liver sections of Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg pups also showed a modest increase in EMH of the myeloid lineage (bottom middle picture and inset (scale bar: 100 µM) in bottom right, indicated with yellow arrowheads), as well as hepatocyte enlargement. (F-I) H&E-stained histological sections of spleen (F, G) or liver (H, I) of Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- (Cre-, n=8) and Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg (CreTg, n=6) mice were assigned a score of 0-5 for lymphoid depletion (F) or EMH (G, H) or hepatocyte enlargement (I) by a board-certified pathologist. Values represent mean ± SEM of n=6-8 biological repeats. Statistical significance was analysed by the Mann-Whitney U-test. ***, p ≤0.001."}
{"words": ["(", "J", "-", "L", ")", "Cytokine", "secretion", "analysis", "(", "Luminex", ")", "of", "serum", "samples", "obtained", "at", "day", "7", "from", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "Cre", "-", "(", "Cre", "-", ",", "n", "=", "8", ")", "and", "Nlrp3A350V", "/", "wt", "MRP8", "-", "CreTg", "(", "CreTg", ",", "n", "=", "6", ")", "pups", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "6", "-", "8", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "analysis", "of", "serum", "cytokine", "levels", "was", "performed", "by", "the", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-L) Cytokine secretion analysis (Luminex) of serum samples obtained at day 7 from Nlrp3A350V/wt MRP8-Cre- (Cre-, n=8) and Nlrp3A350V/wt MRP8-CreTg (CreTg, n=6) pups. Values represent mean ± SEM of n=6-8 biological repeats. Statistical analysis of serum cytokine levels was performed by the Welch's t-test. *, p ≤0.05; **, p ≤0.01."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "LeTx", "(", "3", "hr", ")", "(", "A", ",", "B", ")", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "in", "culture", "media", "(", "A", ",", "and", "combined", "cell", "lysates", "and", "culture", "media", "(", "Lys", "+", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "(", "B", ",", "Cytokine", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "and", "immunoblots", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with LeTx (3 hr) (A, B) IL-1β secretion levels were determined in culture media (A, and combined cell lysates and culture media (Lys+Sup) were immunoblotted for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) (B, Cytokine values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats and immunoblots are representative of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "TcdA", "(", "3", "hr", ")", "(", "C", ",", "D", ")", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "in", "culture", "media", "C", ",", "and", "combined", "cell", "lysates", "and", "culture", "media", "(", "Lys", "+", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "D", ",", "Cytokine", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "and", "immunoblots", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with TcdA (3 hr) (C, D) IL-1β secretion levels were determined in culture media C, and combined cell lysates and culture media (Lys+Sup) were immunoblotted for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) D, Cytokine values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats and immunoblots are representative of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "F", ".", "tularensis", "(", "18", "hr", ")", "(", "E", ",", "F", ")", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "in", "culture", "media", "E", ",", "and", "combined", "cell", "lysates", "and", "culture", "media", "(", "Lys", "+", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "F", ",", "Cytokine", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "and", "immunoblots", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with F. tularensis (18 hr) (E, F) IL-1β secretion levels were determined in culture media E, and combined cell lysates and culture media (Lys+Sup) were immunoblotted for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) F, Cytokine values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats and immunoblots are representative of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "Flatox", "(", "3", "hr", ")", "(", "G", ",", "H", ")", ".", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "in", "culture", "media", "G", ")", ";", "and", "combined", "cell", "lysates", "and", "culture", "media", "(", "Lys", "+", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "H", ")", ".", "Cytokine", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "and", "immunoblots", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with Flatox (3 hr) (G, H). IL-1β secretion levels were determined in culture media G); and combined cell lysates and culture media (Lys+Sup) were immunoblotted for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) H). Cytokine values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats and immunoblots are representative of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "LeTx", "(", "A", ")", ",", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with LeTx (A), PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Error bars represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni). All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "TcdA", "(", "B", ")", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with TcdA (B) PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Error bars represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni). All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "ATP", "(", "C", ")", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with ATP (C) PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Error bars represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni). All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "FlaTox", "(", "D", ")", ".", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with FlaTox (D). PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Error bars represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni). All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["(", "E", ")", "LPS", "-", "primed", "B6", "BMNs", "were", "left", "untreated", "(", "LPS", ")", "or", "subsequently", "stimulated", "with", "FlaTox", "(", "LPS", "+", "FlaTox", ")", "for", "3", "hr", ".", "Data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Culture", "media", "(", "Sup", ")", "and", "whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "were", "immunoblotted", "for", "release", "of", "cytosolic", "GAPDH", "into", "culture", "media", ".", "Data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) LPS-primed B6 BMNs were left untreated (LPS) or subsequently stimulated with FlaTox (LPS+FlaTox) for 3 hr. Data are representative of n=3 biological repeats. Culture media (Sup) and whole cell lysates (Lys) were immunoblotted for release of cytosolic GAPDH into culture media. Data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["(", "F", ")", "B6", "BMNs", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "Culture", "media", "(", "Sup", ")", "and", "whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "were", "immunoblotted", "for", "release", "of", "cytosolic", "GAPDH", "into", "culture", "media", ".", "Data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) B6 BMNs were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. Culture media (Sup) and whole cell lysates (Lys) were immunoblotted for release of cytosolic GAPDH into culture media. Data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "TcdA", "(", "3", "hr", ")", "(", "A", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "separately", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "and", "cleaved", "GSDMD", "(", "p30", ")", ".", "*", "with", "Western", "blots", "indicates", "non", "-", "specific", "cross", "-", "reactivity", "of", "the", "antibody", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with TcdA (3 hr) (A Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted separately for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) and cleaved GSDMD (p30). * with Western blots indicates non-specific cross-reactivity of the antibody. All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "FlaTox", "(", "3", "hr", ")", "(", "B", ",", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "separately", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "and", "cleaved", "GSDMD", "(", "p30", ")", ".", "*", "with", "Western", "blots", "indicates", "non", "-", "specific", "cross", "-", "reactivity", "of", "the", "antibody", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with FlaTox (3 hr) (B, Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted separately for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) and cleaved GSDMD (p30). * with Western blots indicates non-specific cross-reactivity of the antibody. All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "(", "C", ",", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "separately", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "and", "cleaved", "GSDMD", "(", "p30", ")", ".", "*", "with", "Western", "blots", "indicates", "non", "-", "specific", "cross", "-", "reactivity", "of", "the", "antibody", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with nigericin (100 mins) (C, Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted separately for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) and cleaved GSDMD (p30). * with Western blots indicates non-specific cross-reactivity of the antibody. All data are representative of n=3 biological repeats."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "TcdA", "(", "3", "hr", ")", "D", ",", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with TcdA (3 hr) D, PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "FlaTox", "(", "3", "hr", ")", "E", ",", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with FlaTox (3 hr) E, PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "F", ",", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with nigericin (100 mins) F, PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: Values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "TcdA", "(", "3", "hr", ")", "G", ")", ",", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "by", "Luminex", "assay", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "(", "G", ",", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with TcdA (3 hr) G), IL-1β secretion levels were determined by Luminex assay. Values represent mean ± SEM of n=3 (G, biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "FlaTox", "(", "3", "hr", ")", ",", "H", ")", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "by", "Luminex", "assay", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "4", "(", "H", ")", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with FlaTox (3 hr) , H) IL-1β secretion levels were determined by Luminex assay. Values represent mean ± SEM of n=4 (H) biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "I", ")", ".", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "by", "Luminex", "assay", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "I", ")", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or stimulated with nigericin (100 mins) I). IL-1β secretion levels were determined by Luminex assay. Values represent mean ± SEM of n=3 I) biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: *, p ≤0.05; **, p ≤ 0.01."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "PMA", "(", "3", "hr", ")", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "cleavage", "of", "pro", "-", "IL", "-", "1β", "(", "~", "39", "kDa", ")", "into", "mature", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "and", "cleaved", "GSDMD", "(", "p30", ")", "(", "A", ")", "*", "with", "Western", "blots", "indicates", "non", "-", "specific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with PMA (3 hr) Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for cleavage of pro-IL-1β (~39 kDa) into mature IL-1β (p17) and cleaved GSDMD (p30) (A) * with Western blots indicates non-specific bands."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "PMA", "(", "3", "hr", ")", "(", "B", ",", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "ns", "=", "non", "-", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with PMA (3 hr) (B, PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: ***, p ≤ 0.001; ns= non-significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "PMA", "(", "3", "hr", ")", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "extracellular", "release", "of", "β", "-", "actin", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with PMA (3 hr) Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for extracellular release of β-actin and GAPDH"}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "PMA", "(", "3", "hr", ")", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "extracellular", "release", "of", "β", "-", "actin", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with PMA (3 hr) Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for extracellular release of β-actin and GAPDH"}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "extracellular", "release", "of", "β", "-", "actin", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with nigericin (100 mins) Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for extracellular release of β-actin and GAPDH"}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "extracellular", "release", "of", "β", "-", "actin", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with nigericin (100 mins) Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for extracellular release of β-actin and GAPDH"}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "nigericin", "(", "100", "mins", ")", "G", ")", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "ns", "=", "non", "-", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with nigericin (100 mins) G) PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: ***, p ≤ 0.001; ns= non-significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["LPS", "-", "primed", "neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "stimulated", "with", "TcDA", "(", "3", "hr", ")", "(", "H", ")", ".", "Whole", "cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "extracellular", "release", "of", "β", "-", "actin", "and", "GAPDH", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "LPS-primed neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock), stimulated with TcDA (3 hr) (H). Whole cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for extracellular release of β-actin and GAPDH H)."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "(", "A", ")", "Representative", "confocal", "micrographs", "taken", "at", "different", "time", "points", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "dark", "blue", "nuclei", ")", "and", "SYTOX", "Green", "(", "light", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. (A) Representative confocal micrographs taken at different time points were stained with DAPI (dark blue nuclei) and SYTOX Green (light blue). Scale bar: 20 μM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "confocal", "micrographs", "of", "untreated", "(", "Mock", ")", ",", "S", ".", "Typhimurium", "-", "infected", "or", "PMA", "-", "stimulated", "wildtype", "BMNs", "stained", "for", "neutrophil", "elastase", "(", "Red", ")", "and", "SYTOX", "Green", "(", "Green", ")", "(", "Scale", "bar", ":", "10", "μM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative confocal micrographs of untreated (Mock), S. Typhimurium-infected or PMA-stimulated wildtype BMNs stained for neutrophil elastase (Red) and SYTOX Green (Green) (Scale bar: 10 μM)."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "(", "C", ",", "Cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", "at", "1h", "and", "3", "hr", "post", "-", "infection", ".", "Data", "information", ":", "S", ".", "Typh", ".", ":", "S", ".", "Typhimurium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. (C, Cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for the indicated proteins at 1h and 3 hr post-infection. Data information: S. Typh.: S. Typhimurium."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "D", ")", "Cell", "lysates", "(", "Lys", ")", "and", "culture", "media", "(", "Sup", ")", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", "at", "1h", "and", "3", "hr", "post", "-", "infection", ".", "Data", "information", ":", "S", ".", "Typh", ".", ":", "S", ".", "Typhimurium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. D) Cell lysates (Lys) and culture media (Sup) were immunoblotted for the indicated proteins at 1h and 3 hr post-infection. Data information: S. Typh.: S. Typhimurium."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "(", "E", ")", "Cell", "death", "was", "measured", "by", "LDH", "assay", "3", "h", "post", "-", "infection", ".", "Data", "information", ":", "In", "E", ",", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. (E) Cell death was measured by LDH assay 3 h post-infection. Data information: In E, values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "(", "F", ")", "IL", "-", "1β", "secretion", "levels", "were", "determined", "by", "Luminex", "assay", "1", "hr", "post", "-", "infection", ".", "Data", "information", ":", "In", "F", ",", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. (F) IL-1β secretion levels were determined by Luminex assay 1 hr post-infection. Data information: In F, values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["Neutrophils", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "left", "untreated", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "at", "MOI", "25", ".", "(", "G", ")", "Representative", "confocal", "micrographs", "of", "neutrophils", "stained", "with", "DAPI", "(", "dark", "blue", "nuclei", ")", "and", "SYTOX", "Green", "(", "light", "blue", ")", "taken", "at", "different", "time", "points", "post", "-", "infection", "(", "scale", "bar", ":", "20", "μM", ")", ".", "(", "H", ")", "PMP", "was", "assessed", "by", "measurement", "of", "SYTOX", "Green", "incorporation", "over", "time", ".", "Data", "information", ":", "In", "H", ",", "values", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "analysed", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Bonferroni", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutrophils of the indicated genotypes were left untreated (Mock) or infected with S. Typhimurium at MOI 25. (G) Representative confocal micrographs of neutrophils stained with DAPI (dark blue nuclei) and SYTOX Green (light blue) taken at different time points post-infection (scale bar: 20 μM). (H) PMP was assessed by measurement of SYTOX Green incorporation over time. Data information: In H, values represent mean ± SEM of n=3 biological repeats. Statistical significance was analysed by two-way ANOVA: **, p ≤ 0.01; ***, p ≤ 0.001. P-values were corrected for multiple comparisons (Bonferroni)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Number", "of", "cell", "corpses", "at", "the", "L1", "stage", "of", "development", "per", "100", "animals", "carrying", "the", "neurotoxic", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "or", "deg", "‐", "3", "(", "d", ")", "alleles", "in", "SNT", "‐", "1", "‐", "deficient", "mutants", ".", "For", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "mutant", "animals", ",", "bars", "denote", "touch", "receptor", "neuron", "corpses", ".", "For", "deg", "‐", "3", "(", "d", ")", "mutants", ",", "bars", "denote", "inner", "labial", "neuron", "1", "(", "L1", ")", "sensory", "neuron", "and", "PVC", "interneuron", "corpses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Number of cell corpses at the L1 stage of development per 100 animals carrying the neurotoxic mec‐4(d) or deg‐3(d) alleles in SNT‐1‐deficient mutants. For mec‐4(d) mutant animals, bars denote touch receptor neuron corpses. For deg‐3(d)mutants, bars denote inner labial neuron 1 (L1) sensory neuron and PVC interneuron corpses."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "a", "full", "‐", "length", "MEC", "‐", "4", ":", ":", "GFP", "reporter", "fusion", "under", "the", "control", "of", "the", "mec", "‐", "4", "promoter", "in", "touch", "receptor", "neurons", "of", "wild", "‐", "type", ",", "snt", "‐", "1", "and", "unc", "‐", "57", "mutant", "animals", ".", "Representative", "photos", "of", "touch", "receptor", "neuron", "cell", "bodies", "are", "shown", ".", "Bar", "denotes", "6", "μm", ".", "The", "quantification", "(", "%", ")", "of", "GFP", "signal", "intensity", "from", "the", "animals", "examined", "is", "graphed", "below", "(", "n", "=", "100", "neurons", "per", "assay", ";", "P0", ".", "05", "compared", "with", "wild", "type", ";", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of a full‐length MEC‐4::GFP reporter fusion under the control of the mec‐4 promoter in touch receptor neurons of wild‐type, snt‐1 and unc‐57 mutant animals. Representative photos of touch receptor neuron cell bodies are shown. Bar denotes 6 μm. The quantification (%) of GFP signal intensity from the animals examined is graphed below (n=100 neurons per assay; P0.05 compared with wild type; t‐test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Percentage", "of", "SNT", "‐", "1", "‐", "deficient", "animals", "that", "survive", "near", "‐", "lethal", "treatment", "with", "sodium", "azide", ".", "This", "chemical", "inhibits", "the", "activity", "of", "the", "respiratory", "electron", "transport", "complex", "IV", "(", "cytochrome", "C", "oxidase", ")", "and", "simulates", "hypoxia", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Percentage of SNT‐1‐deficient animals that survive near‐lethal treatment with sodium azide. This chemical inhibits the activity of the respiratory electron transport complex IV (cytochrome C oxidase) and simulates hypoxia."}
{"words": ["(", "D", ")", "Number", "of", "touch", "receptor", "neuron", "corpses", ",", "at", "the", "L1", "stage", "of", "development", ",", "per", "100", "animals", "carrying", "the", "neurotoxic", "mec", "-", "4", "(", "d", ")", "or", "deg", "‐", "3", "(", "d", ")", "alleles", "in", "UNC", "‐", "57", "‐", "deficient", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Number of touch receptor neuron corpses, at the L1 stage of development, per 100 animals carrying the neurotoxic mec-4(d) or deg‐3(d) alleles in UNC‐57‐deficient animals."}
{"words": ["(", "E", ")", "Percentage", "of", "UNC", "‐", "57", "‐", "deficient", "animals", "that", "survive", "after", "the", "hypoxia", "‐", "inducing", "treatment", "with", "sodium", "azide", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "(E) Percentage of UNC‐57‐deficient animals that survive after the hypoxia‐inducing treatment with sodium azide."}
{"words": ["(", "F", ")", "Number", "of", "touch", "receptor", "neuron", "corpses", ",", "at", "the", "L1", "stage", "of", "development", ",", "per", "100", "animals", "carrying", "the", "neurotoxic", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "or", "deg", "‐", "3", "(", "d", ")", "alleles", "together", "with", "lesions", "in", "genes", "encoding", "key", "proteins", "that", "participate", "in", "all", "four", "steps", "of", "clathrin", "‐", "mediated", "endocytosis", ".", "UNC", "‐", "11", "and", "DPY", "‐", "23", "are", "adaptor", "proteins", "required", "for", "the", "formation", "of", "clathrin", "‐", "coated", "pits", ",", "DYN", "‐", "1", "is", "a", "GTPase", "necessary", "for", "fission", "of", "clathrin", "‐", "coated", "vesicles", "and", "UNC", "‐", "26", "participates", "in", "the", "uncoating", "of", "vesicles", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P0", ".", "001", ",", "compared", "with", "wild", "‐", "type", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Number of touch receptor neuron corpses, at the L1 stage of development, per 100 animals carrying the neurotoxic mec‐4(d) or deg‐3(d) alleles together with lesions in genes encoding key proteins that participate in all four steps of clathrin‐mediated endocytosis. UNC‐11 and DPY‐23 are adaptor proteins required for the formation of clathrin‐coated pits, DYN‐1 is a GTPase necessary for fission of clathrin‐coated vesicles and UNC‐26 participates in the uncoating of vesicles. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P0.001, compared with wild‐type animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "images", "of", "touch", "receptor", "neurons", "expressing", "a", "pmec", "‐", "17APS", "‐", "2GFP", "reporter", "transgene", ".", "During", "early", "necrosis", ",", "the", "number", "of", "APS", "‐", "2", ":", ":", "GFP", "puncta", ",", "corresponding", "to", "clathrin", "‐", "coated", "pits", "and", "vesicles", ",", "in", "touch", "receptor", "neurons", "ofmec", "‐", "4", "(", "d", ")", "animals", "does", "not", "change", "significantly", ",", "whereas", "at", "later", "stages", "it", "decreases", ".", "A", "similar", "decrease", "is", "also", "observed", "in", "unc", "‐", "57", "(", "e1190", ")", "mutants", ",", "defective", "for", "clathrin", "‐", "mediated", "endocytosis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal images of touch receptor neurons expressing a pmec‐17APS‐2GFP reporter transgene. During early necrosis, the number of APS‐2::GFP puncta, corresponding to clathrin‐coated pits and vesicles, in touch receptor neurons ofmec‐4(d) animals does not change significantly, whereas at later stages it decreases. A similar decrease is also observed in unc‐57(e1190) mutants, defective for clathrin‐mediated endocytosis."}
{"words": ["(", "B", ")", "Confocal", "images", "of", "touch", "receptor", "neurons", "expressing", "a", "pmec", "‐", "7GFP", ":", ":", "RAB", "‐", "5", "reporter", "transgene", ".", "The", "number", "of", "fluorescent", "puncta", "that", "correspond", "to", "early", "endosomes", "in", "touch", "receptor", "neurons", "of", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "animals", "significantly", "increases", "during", "early", "necrosis", ",", "whereas", "it", "declines", "later", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Confocal images of touch receptor neurons expressing a pmec‐7GFP::RAB‐5 reporter transgene. The number of fluorescent puncta that correspond to early endosomes in touch receptor neurons of mec‐4(d) animals significantly increases during early necrosis, whereas it declines later."}
{"words": ["(", "C", ")", "Confocal", "images", "of", "touch", "receptor", "neurons", "expressing", "a", "pmec", "‐", "7GFP", ":", ":", "RAB", "‐", "11", "reporter", "transgene", ".", "The", "number", "of", "GFP", ":", ":", "RAB", "‐", "11", "puncta", "that", "correspond", "to", "recycling", "endosomes", "in", "touch", "receptor", "neurons", "of", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "animals", "increases", "early", "during", "cell", "death", ",", "while", "it", "declines", "as", "degeneration", "proceeds", ".", "Both", "early", "and", "recycling", "endosomes", "tend", "to", "accumulate", "around", "a", "swollen", "structure", "that", "is", "probably", "the", "nucleus", ".", "Bars", "denote", "4", "μm", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P0", ".", "001", ",", "compared", "with", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Confocal images of touch receptor neurons expressing a pmec‐7GFP::RAB‐11 reporter transgene. The number of GFP::RAB‐11 puncta that correspond to recycling endosomes in touch receptor neurons of mec‐4(d) animals increases early during cell death, while it declines as degeneration proceeds. Both early and recycling endosomes tend to accumulate around a swollen structure that is probably the nucleus. Bars denote 4 μm. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P0.001, compared with control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["Endocytosis", "functions", "together", "with", "lysosomal", "proteolysis", "to", "facilitate", "necrotic", "cell", "death", ".", "(", "A", ")", "Depletion", "of", "synaptotagmin", "(", "SNT", "‐", "1", ")", "or", "endophilin", "(", "UNC", "‐", "57", ")", "does", "not", "further", "suppress", "MEC", "‐", "4", "(", "d", ")", "‐", "induced", "necrosis", "in", "cad", "‐", "1", "mutants", "with", "reduced", "cathepsin", "activity", "or", "with", "V", "‐", "ATPase", "dysfunction", "(", "B", ",", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Endocytosis functions together with lysosomal proteolysis to facilitate necrotic cell death. (A) Depletion of synaptotagmin (SNT‐1) or endophilin (UNC‐57) does not further suppress MEC‐4(d)‐induced necrosis in cad‐1 mutants with reduced cathepsin activity or with V‐ATPase dysfunction (B, C)."}
{"words": ["Similarly", ",", "no", "synthetic", "reduction", "of", "necrotic", "cell", "death", "is", "observed", "in", "calpain", "‐", "deficient", "animals", "that", "also", "carry", "lesions", "in", "the", "synaptotagmin", "(", "D", ")", "or", "endophilin", "(", "E", ")", "genes", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P", ">", "0", ".", "5", ",", "compared", "with", "single", "mutant", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Similarly, no synthetic reduction of necrotic cell death is observed in calpain‐deficient animals that also carry lesions in the synaptotagmin (D) or endophilin (E) genes. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P>0.5, compared with single mutant control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Synaptotagmin", "(", "SNT", "‐", "1", ")", "deficiency", "further", "suppresses", "MEC", "‐", "4", "(", "d", ")", "‐", "induced", "necrosis", "in", "animals", "with", "impaired", "autophagy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Synaptotagmin (SNT‐1) deficiency further suppresses MEC‐4(d)‐induced necrosis in animals with impaired autophagy."}
{"words": ["(", "B", ")", "Endophilin", "dysfunction", "enhances", "suppression", "of", "necrosis", "in", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", ";", "lgg", "‐", "1", "(", "RNAi", ")", "animals", ",", "where", "autophagy", "is", "impaired", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P0", ".", "01", ",", "compared", "with", "single", "mutant", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Endophilin dysfunction enhances suppression of necrosis in mec‐4(d);lgg‐1(RNAi) animals, where autophagy is impaired. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P0.01, compared with single mutant control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Depletion", "of", "the", "kinesin", "1", "heavy", "chain", "UNC", "‐", "116", "suppresses", "necrosis", "induced", "by", "both", "mec", "‐", "4", "(", "d", ")", "and", "deg", "‐", "3", "(", "d", ")", "toxic", "alleles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Depletion of the kinesin 1 heavy chain UNC‐116 suppresses necrosis induced by both mec‐4(d) and deg‐3(d) toxic alleles."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "a", "full", "‐", "length", "MEC", "‐", "4", ":", ":", "GFP", "reporter", "fusion", "under", "the", "control", "of", "the", "mec", "‐", "4", "promoter", "in", "touch", "receptor", "neurons", "of", "wild", "‐", "type", ",", "unc", "‐", "116", "and", "unc", "‐", "104", "mutant", "animals", ".", "Representative", "photos", "of", "touch", "receptor", "neuron", "cell", "bodies", "are", "shown", ".", "Bar", "denotes", "6", "μm", ".", "The", "quantification", "(", "%", ")", "of", "GFP", "signal", "intensity", "from", "the", "animals", "examined", "is", "graphed", "below", "(", "n", "=", "100", "neurons", "per", "assay", ";", "P0", ".", "05", "compared", "with", "wild", "type", ";", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of a full‐length MEC‐4::GFP reporter fusion under the control of the mec‐4 promoter in touch receptor neurons of wild‐type, unc‐116 and unc‐104 mutant animals. Representative photos of touch receptor neuron cell bodies are shown. Bar denotes 6 μm. The quantification (%) of GFP signal intensity from the animals examined is graphed below (n=100 neurons per assay; P0.05 compared with wild type; t‐test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Percentage", "of", "unc", "‐", "116", "animals", "that", "survive", "after", "treatment", "with", "sodium", "azide", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "(C) Percentage of unc‐116 animals that survive after treatment with sodium azide."}
{"words": ["(", "D", ")", "Depletion", "of", "the", "monomeric", "kinesin", "UNC", "‐", "104", "protects", "neurons", "against", "MEC", "‐", "4", "(", "d", ")", "‐", "induced", "degeneration", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Depletion of the monomeric kinesin UNC‐104 protects neurons against MEC‐4(d)‐induced degeneration."}
{"words": ["(", "E", ")", "unc", "‐", "104", "mutant", "animals", "are", "more", "resistant", "to", "hypoxic", "death", "induced", "by", "sodium", "azide", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "(E) unc‐104 mutant animals are more resistant to hypoxic death induced by sodium azide."}
{"words": ["(", "F", ")", "Combined", "inactivation", "of", "endocytosis", "and", "kinesin", "‐", "mediated", "intracellular", "trafficking", "does", "not", "enhance", "protection", "of", "touch", "receptor", "neurons", "against", "MEC", "‐", "4", "(", "d", ")", "‐", "induced", "degeneration", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P0", ".", "001", ",", "compared", "with", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Combined inactivation of endocytosis and kinesin‐mediated intracellular trafficking does not enhance protection of touch receptor neurons against MEC‐4(d)‐induced degeneration. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P0.001, compared with control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["Genetic", "interaction", "between", "kinesin", "‐", "mediated", "intracellular", "trafficking", "and", "cellular", "proteolytic", "pathways", "mediating", "necrotic", "cell", "death", ".", "Dysfunction", "of", "either", "kinesin", "1", "heavy", "chain", "(", "UNC", "‐", "116", ")", "or", "the", "monomeric", "kinesin", "UNC", "‐", "104", "does", "not", "significantly", "enhance", "suppression", "of", "neurodegeneration", "in", "aspartyl", "protease", "‐", "deficient", "mutant", "animals", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "in", "animals", "with", "compromised", "lysosomal", "acidification", "(", "C", ",", "D", ")", ",", "or", "in", "calpain", "protease", "‐", "deficient", "mutants", "animals", "(", "E", ",", "F", ")", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P", ">", "0", ".", "5", ",", "compared", "with", "single", "mutant", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genetic interaction between kinesin‐mediated intracellular trafficking and cellular proteolytic pathways mediating necrotic cell death. Dysfunction of either kinesin 1 heavy chain (UNC‐116) or the monomeric kinesin UNC‐104 does not significantly enhance suppression of neurodegeneration in aspartyl protease‐deficient mutant animals (A, B), in animals with compromised lysosomal acidification (C, D), or in calpain protease‐deficient mutants animals (E, F). Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P>0.5, compared with single mutant control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Kinesin", "1", "heavy", "chain", "(", "UNC", "‐", "116", ")", "deficiency", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Kinesin 1 heavy chain (UNC‐116) deficiency."}
{"words": ["(", "B", ")", "Monomeric", "kinesin", "UNC", "‐", "104", "deficiency", ".", "In", "both", "cases", ",", "no", "significant", "synthetic", "protection", "of", "neurons", "is", "observed", "in", "LGG", "‐", "1", "/", "LC3", "‐", "depleted", "animals", "with", "impaired", "autophagy", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "(", "n", ">", "250", "for", "all", "populations", "examined", ";", "P", ">", "0", ".", "5", ",", "compared", "with", "single", "mutant", "control", "animals", ",", "unpaired", "t", "‐", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Monomeric kinesin UNC‐104 deficiency. In both cases, no significant synthetic protection of neurons is observed in LGG‐1/LC3‐depleted animals with impaired autophagy. Error bars denote s.e.m. values (n>250 for all populations examined; P>0.5, compared with single mutant control animals, unpaired t‐test)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Enrichment", "profiles", "of", "TEAD4", "and", "AP", "-", "1", "consensus", "motifs", "in", "600", "bp", "regions", "centred", "on", "the", "ZEB1", "peak", "summits", ".", "The", "two", "grey", "dashed", "lines", "highlight", "the", "200", "bp", "regions", "around", "the", "ZEB1", "peak", "summits", "which", "were", "used", "for", "HOMER", "known", "motif"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Enrichment profiles of TEAD4 and AP-1 consensus motifs in 600 bp regions centred on the ZEB1 peak summits. The two grey dashed lines highlight the 200 bp regions around the ZEB1 peak summits which were used for HOMER known motif analysis"}
{"words": ["(", "D", ")", "Enrichment", "profile", "of", "JUN", "peak", "summit", "positions", "in", "1", "kb", "regions", "centred", "on", "the", "ZEB1", "peak", "summits", ".", "The", "two", "grey", "dashed", "lines", "highlight", "the", "region", "of", "+", "/", "-", "200", "bp", "around", "the", "ZEB1", "peak", "summit", "positions", "where", "JUN", "peaks", "are", "counted", "as", "overlapping", "with", "ZEB1", "peaks", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Enrichment profile of JUN peak summit positions in 1 kb regions centred on the ZEB1 peak summits. The two grey dashed lines highlight the region of +/- 200 bp around the ZEB1 peak summit positions where JUN peaks are counted as overlapping with ZEB1 peaks."}
{"words": ["(", "E", ")", "Heatmap", "representing", "the", "signal", "enrichment", "of", "JUN", "ChIP", "-", "seq", "reads", "in", "2", "kb", "regions", "centred", "on", "the", "ZEB1", "peak", "summits", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(E) Heatmap representing the signal enrichment of JUN ChIP-seq reads in 2 kb regions centred on the ZEB1 peak summits."}
{"words": ["(", "A", ")", "In", "situ", "proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", "of", "ZEB1", "with", "JUN", ",", "FOSL1", "and", "TAZ", "shows", "close", "proximity", "of", "ZEB1", "with", "JUN", "and", "FOSL1", "but", "not", "TAZ", "in", "the", "nucleus", "of", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "indicated", "by", "red", "fluorescent", "dots", ".", "As", "negative", "control", "ZEB1", "was", "transiently", "knocked", "down", "by", "siRNA", ".", "In", "the", "left", "panel", "representative", "microscopic", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "µm", ".", "Quantification", "of", "the", "PLA", "is", "shown", "on", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) In situ proximity ligation assay (PLA) of ZEB1 with JUN, FOSL1 and TAZ shows close proximity of ZEB1 with JUN and FOSL1 but not TAZ in the nucleus of MDA-MB-231 cells indicated by red fluorescent dots. As negative control ZEB1 was transiently knocked down by siRNA. In the left panel representative microscopic images are shown. Scale bar = 20 µm. Quantification of the PLA is shown on the right."}
{"words": ["(", "B", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "(", "Co", "-", "IP", ")", "of", "endogenous", "ZEB1", "and", "FOSL1", "or", "JUN", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "shows", "co", "-", "precipitation", "of", "ZEB1", "with", "FOSL1", "and", "JUN", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(B) Co-immunoprecipitation (Co-IP) of endogenous ZEB1 and FOSL1 or JUN in MDA-MB-231 cells shows co-precipitation of ZEB1 with FOSL1 and JUN."}
{"words": ["(", "A", ")", "Definition", "of", "two", "different", "ZEB1", "peak", "subsets", "based", "on", "the", "presence", "or", "absence", "of", "overlapping", "YAP", "and", "JUN", "peaks", ".", "The", "two", "illustrative", "genome", "browser", "images", "show", "one", "example", "of", "a", "ZEB1", "-", "only", "peak", "and", "one", "example", "of", "a", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "JUN", "peak", "(", "at", "the", "EFEMP1", "gene", "and", "within", "the", "SHROOM3", "gene", ",", "respectively", ")", ".", "Control", "(", "ctrl", ")", "is", "the", "input", "for", "ZEB1", "and", "IgG", "for", "the", "YAP", "and", "JUN", "ChIP", "-", "seqs", ".", "ChIP", "-", "seqs", "and", "respective", "controls", "were", "scaled", "accordingly", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Definition of two different ZEB1 peak subsets based on the presence or absence of overlapping YAP and JUN peaks. The two illustrative genome browser images show one example of a ZEB1-only peak and one example of a ZEB1/YAP/JUN peak (at the EFEMP1 gene and within the SHROOM3 gene, respectively). Control (ctrl) is the input for ZEB1 and IgG for the YAP and JUN ChIP-seqs. ChIP-seqs and respective controls were scaled accordingly."}
{"words": ["(", "C", ")", "Localisation", "of", "ZEB1", "peak", "summits", "relative", "to", "the", "closest", "TSS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Localisation of ZEB1 peak summits relative to the closest TSS."}
{"words": ["(", "A", ")", "qRT", "-", "PCR", "in", "TGFß", "treated", "MCF10A", "cells", "after", "siRNA", "mediated", "knockdown", "of", "ZEB1", ",", "FOSL1", "or", "YAP", "compared", "to", "control", "knockdown", "cells", ".", "Knockdown", "efficiency", "of", "all", "three", "factors", "is", "shown", "on", "the", "left", ".", "The", "right", "panel", "shows", "their", "effects", "on", "11", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "AP", "-", "1", "activated", "target", "genes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) qRT-PCR in TGFß treated MCF10A cells after siRNA mediated knockdown of ZEB1, FOSL1 or YAP compared to control knockdown cells. Knockdown efficiency of all three factors is shown on the left. The right panel shows their effects on 11 ZEB1/YAP/AP-1 activated target genes."}
{"words": ["(", "B", ")", "Overlap", "of", "ZEB1", ",", "YAP", "and", "JUN", "peaks", "at", "the", "promoter", "of", "CYR61", ",", "CTGF", "and", "ANKRD1", "and", "in", "a", "known", "enhancer", "region", "of", "the", "DOCK9", "gene", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Overlap of ZEB1, YAP and JUN peaks at the promoter of CYR61, CTGF and ANKRD1 and in a known enhancer region of the DOCK9 gene."}
{"words": ["(", "C", ")", "ZEB1", "-", "only", "peak", "at", "the", "promoter", "of", "LLGL2", ",", "a", "well", "-", "known", "ZEB1", "repressed", "target", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) ZEB1-only peak at the promoter of LLGL2, a well-known ZEB1 repressed target."}
{"words": ["(", "D", ")", "Luciferase", "reporter", "assay", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "comparing", "control", "and", "transient", "siRNA", "-", "mediated", "knockdown", "of", "ZEB1", ".", "Reporter", "constructs", "of", "regulatory", "regions", "of", "genes", "For", "reporter", "assays", ",", "firefly", "luciferase", "activity", "was", "normalized", "to", "co", "-", "transfected", "renilla", "luciferase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Luciferase reporter assay in MDA-MB-231 cells comparing control and transient siRNA-mediated knockdown of ZEB1. Reporter constructs of regulatory regions of genes For reporter assays, firefly luciferase activity was normalized to co-transfected renilla luciferase."}
{"words": ["(", "E", ")", "Luciferase", "reporter", "assays", "with", "the", "ANKRD1", "promoter", "and", "DOCK9", "enhancer", "constructs", "in", "MCF7", "cells", "upon", "overexpression", "of", "ZEB1", ",", "YAP", "and", "JUN", "/", "FOSL1", "(", "AP", "-", "1", ")", "or", "different", "combinations", "of", "the", "factors", ".", "n", "=", "5", "(", "ANKRD1", ")", "and", "n", "=", "3", "(", "DOCK9", ")", ";", "shown", "is", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "ratio", "paired", "t", "-", "test", ".", "For", "reporter", "assays", ",", "firefly", "luciferase", "activity", "was", "normalized", "to", "co", "-", "transfected", "renilla", "luciferase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Luciferase reporter assays with the ANKRD1 promoter and DOCK9 enhancer constructs in MCF7 cells upon overexpression of ZEB1, YAP and JUN/FOSL1 (AP-1) or different combinations of the factors. n = 5 (ANKRD1) and n = 3 (DOCK9); shown is mean ± s.e.m.; *P ≤ 0.05; ratio paired t-test. For reporter assays, firefly luciferase activity was normalized to co-transfected renilla luciferase."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "upper", "panel", "shows", "a", "schematic", "representation", "of", "the", "ANKRD1", "luciferase", "reporter", "constructs", ".", "The", "lower", "panel", "shows", "luciferase", "reporter", "assays", "with", "these", "different", "ANKRD1", "promoter", "constructs", "in", "MCF7", "cells", "upon", "overexpression", "of", "ZEB1", ",", "YAP", "and", "JUN", "/", "FOSL1", "or", "different", "combinations", "of", "the", "factors", ".", "n", "=", "4", "-", "5", ";", "shown", "is", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "ratio", "paired", "t", "-", "test", ".", "Firefly", "luciferase", "activity", "was", "normalized", "to", "co", "-", "transfected", "renilla", "luciferase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) The upper panel shows a schematic representation of the ANKRD1 luciferase reporter constructs. The lower panel shows luciferase reporter assays with these different ANKRD1 promoter constructs in MCF7 cells upon overexpression of ZEB1, YAP and JUN/FOSL1 or different combinations of the factors. n = 4-5; shown is mean ± s.e.m.; *P ≤ 0.05; **P ≤ 0.01; ratio paired t-test. Firefly luciferase activity was normalized to co-transfected renilla luciferase."}
{"words": ["(", "D", ")", "Left", "panel", ":", "EMSA", "using", "nuclear", "extracts", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "labelled", "TEAD", "binding", "side", "as", "probe", "(", "black", "arrow", ")", ".", "Competition", "of", "specific", "binding", "complex", "(", "read", "arrow", ")", "with", "cold", "probe", "(", "c", ")", ",", "anti", "-", "JUN", ",", "-", "panTEAD", ",", "and", "-", "ZEB1", "antisera", ".", "Right", "panel", ":", "recombinant", "GST", "-", "ZEB1", ",", "but", "not", "GST", "-", "Ctrl", ",", "only", "binds", "to", "Z", "-", "box", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Left panel: EMSA using nuclear extracts from MDA-MB-231 and labelled TEAD binding side as probe (black arrow). Competition of specific binding complex (read arrow) with cold probe (c), anti-JUN, -panTEAD, and -ZEB1 antisera. Right panel: recombinant GST-ZEB1, but not GST-Ctrl, only binds to Z-box."}
{"words": ["(", "B", ")", "Comparison", "of", "ZEB1", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "with", "ZEB1", "-", "dependent", "changes", "in", "chromatin", "activation", "status", "identified", "by", "ATAC", "-", "seq", "on", "control", "and", "ZEB1", "knock", "-", "down", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "Percentage", "of", "ZEB1", "-", "only", "(", "n", "=", "5", ",", "963", ")", "and", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "JUN", "peaks", "(", "n", "=", "1", ",", "993", ")", "falling", "into", "ZEB1", "repressed", "or", "activated", "genomic", "regions", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Comparison of ZEB1 ChIP-seq peaks with ZEB1-dependent changes in chromatin activation status identified by ATAC-seq on control and ZEB1 knock-down MDA-MB-231 cells. Percentage of ZEB1-only (n=5,963) and ZEB1/YAP/JUN peaks (n=1,993) falling into ZEB1 repressed or activated genomic regions are shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "Genome", "browser", "tracks", "of", "ZEB1", ",", "YAP", "and", "JUN", "ChIP", "-", "seq", "signal", "intensity", "in", "wild", "type", "cells", "overlaid", "to", "ATAC", "-", "seq", "signal", "intensity", "in", "wild", "type", ",", "control", "(", "shCtrl", ")", "and", "ZEB1", "(", "shZEB1", ")", "knock", "-", "down", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "One", "known", "ZEB1", "repressed", "target", "(", "CDH1", ")", "and", "one", "activated", "target", "(", "ANKRD1", ")", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Genome browser tracks of ZEB1, YAP and JUN ChIP-seq signal intensity in wild type cells overlaid to ATAC-seq signal intensity in wild type, control (shCtrl) and ZEB1 (shZEB1) knock-down MDA-MB-231 cells. One known ZEB1 repressed target (CDH1) and one activated target (ANKRD1) are shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Correlation", "of", "ZEB1", "mRNA", "expression", "with", "the", "expression", "of", "YAP", ",", "FOSL1", "and", "JUN", "across", "all", "breast", "cancer", "cell", "lines", "included", "in", "the", "cancer", "cell", "line", "encyclopedia", "(", "CCLE", ")", ".", "rs", ":", "Spearman", "'", "s", "rank", "correlation", "coefficient", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Correlation of ZEB1 mRNA expression with the expression of YAP, FOSL1 and JUN across all breast cancer cell lines included in the cancer cell line encyclopedia (CCLE). rs: Spearman's rank correlation coefficient."}
{"words": ["(", "B", ")", "Heatmap", "of", "RNA", "-", "seq", "expression", "data", "of", "all", "CCLE", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Heatmap of RNA-seq expression data of all CCLE breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "A", ")", "Kaplan", "Meier", "plots", "from", "survival", "analyses", "of", "human", "ER", "-", "/", "PR", "-", "breast", "cancers", "showing", "distant", "metastasis", "free", "survival", "(", "DMFS", ")", "based", "on", "the", "expression", "of", "the", "indicated", "genes", "or", "gene", "combinations", ".", "HR", ":", "hazard", "ratio", ".", "p", "-", "value", "from", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Kaplan Meier plots from survival analyses of human ER-/PR- breast cancers showing distant metastasis free survival (DMFS) based on the expression of the indicated genes or gene combinations. HR: hazard ratio. p-value from log-rank test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Hypergeometric", "testing", "showed", "a", "significant", "association", "of", "nuclear", "ZEB1", "and", "FOSL1", "expression", "on", "the", "protein", "level", "as", "determined", "by", "immunohistochemistry", "on", "81", "human", "breast", "cancer", "samples", ".", "The", "upper", "panel", "shows", "staining", "of", "a", "serial", "section", "of", "a", "negative", "and", "a", "positive", "case", ".", "Note", "that", "stromal", "cells", "(", "asterisks", ")", "are", "negative", "for", "FOSL1", ",", "and", "partially", "positive", "for", "ZEB1", "and", "YAP", ",", "and", "that", "expression", "of", "ZEB1", "in", "tumour", "cells", "(", "arrows", ")", "of", "positive", "cases", "is", "weaker", "than", "in", "stromal", "cells", ".", "Odds", "ratio", "(", "OR", ")", ":", "measure", "of", "association", "between", "categorical", "variables", "with", "OR", ">", "1", "indicating", "a", "positive", "association", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Hypergeometric testing showed a significant association of nuclear ZEB1 and FOSL1 expression on the protein level as determined by immunohistochemistry on 81 human breast cancer samples. The upper panel shows staining of a serial section of a negative and a positive case. Note that stromal cells (asterisks) are negative for FOSL1, and partially positive for ZEB1 and YAP, and that expression of ZEB1 in tumour cells (arrows) of positive cases is weaker than in stromal cells. Odds ratio (OR): measure of association between categorical variables with OR > 1 indicating a positive association."}
{"words": ["(", "C", ")", "Heatmap", "of", "mRNA", "expression", "data", "of", "ZEB1", ",", "YAP", ",", "JUN", "and", "9", "selected", "activated", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "AP", "-", "1", "target", "genes", "in", "breast", "cancer", "patient", "samples", "(", "GSE18229", ")", ".", "Genes", "were", "selected", "for", "known", "roles", "in", "tumour", "promoting", "properties", "like", "cell", "migration", ".", "Tumours", "in", "which", "≥", "6", "out", "of", "9", "genes", "of", "the", "selected", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "AP", "-", "1", "target", "gene", "set", "were", "expressed", "higher", "than", "the", "60th", "percentile", "of", "expression", "were", "defined", "as", "\"", "tumour", "promoting", "gene", "set", "high", "\"", ";", "when", "expression", "of", "≥", "6", "out", "of", "the", "9", "genes", "was", "below", "the", "40th", "percentile", ",", "tumours", "were", "defined", "as", "\"", "tumour", "promoting", "gene", "set", "low", "\"", ".", "Tumours", "were", "annotated", "according", "to", "their", "molecular", "subtype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Heatmap of mRNA expression data of ZEB1, YAP, JUN and 9 selected activated ZEB1/YAP/AP-1 target genes in breast cancer patient samples (GSE18229). Genes were selected for known roles in tumour promoting properties like cell migration. Tumours in which ≥ 6 out of 9 genes of the selected ZEB1/YAP/AP-1 target gene set were expressed higher than the 60th percentile of expression were defined as \"tumour promoting gene set high\"; when expression of ≥ 6 out of the 9 genes was below the 40th percentile, tumours were defined as \"tumour promoting gene set low\". Tumours were annotated according to their molecular subtype."}
{"words": ["(", "E", ")", "Kaplan", "Meier", "plots", "from", "survival", "analyses", "of", "human", "breast", "cancers", "patient", "samples", "(", "GSE18229", ")", "showing", "relapse", "free", "survival", "(", "RFS", ")", "based", "on", "the", "combined", "expression", "of", "the", "9", "selected", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "AP", "-", "1", "activated", "targets", "HR", ":", "hazard", "ratio", ".", "p", "-", "value", "from", "log", "-", "rank", "test", ".", "(", "F", ")", "Kaplan", "Meier", "plots", "from", "survival", "analyses", "of", "human", "ER", "-", "/", "PR", "-", "breast", "cancers", "showing", "distant", "metastasis", "free", "survival", "(", "DMFS", ")", "based", "on", "the", "combined", "expression", "of", "the", "9", "selected", "ZEB1", "/", "YAP", "/", "AP", "-", "1", "activated", "targets", "HR", ":", "hazard", "ratio", ".", "p", "-", "value", "from", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Kaplan Meier plots from survival analyses of human breast cancers patient samples (GSE18229) showing relapse free survival (RFS) based on the combined expression of the 9 selected ZEB1/YAP/AP-1 activated targets HR: hazard ratio. p-value from log-rank test. (F) Kaplan Meier plots from survival analyses of human ER-/PR- breast cancers showing distant metastasis free survival (DMFS) based on the combined expression of the 9 selected ZEB1/YAP/AP-1 activated targets HR: hazard ratio. p-value from log-rank test."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", ",", "snc1", ",", "and", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "SNIPER1", "OE", "into", "snc1", "background", ".", "OE", "stands", "for", "overexpression", "of", "SNIPER1", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", ".", "SNIPER1", "gene", "expression", "in", "the", "indicated", "plants", "as", "determined", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Quantification", "of", "H", ".", "a", ".", "Noco2", "sporulation", "in", "the", "indicated", "genotypes", "7", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "with", "105", "spores", "per", "ml", "water", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Growth", "of", "P", ".", "s", ".", "m", ".", "ES4326", "on", "four", "-", "week", "-", "old", "leaves", "of", "the", "indicated", "genotypes", "at", "0", "and", "3", "dpi", "with", "bacterial", "inoculum", "of", "OD600", "=", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", "for", "day", "0", ";", "n", "=", "5", "for", "day", "3", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0, snc1, and two independent transgenic lines of SNIPER1 OE into snc1 background. OE stands for overexpression of SNIPER1. Scale bar = 1 cm. SNIPER1 gene expression in the indicated plants as determined by RT-PCR. Error bars represent mean ± SD (n = 3). Two independent experiments were carried out with similar results. Quantification of H.a. Noco2 sporulation in the indicated genotypes 7 days post inoculation (dpi) with 105 spores per ml water. Error bars represent mean ± SD (n=4). Three independent experiments were carried out with similar results. Growth of P.s.m. ES4326 on four-week-old leaves of the indicated genotypes at 0 and 3 dpi with bacterial inoculum of OD600 = 0.001. Error bars represent mean ± SD (n=4 for day 0; n=5 for day 3). Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "SNIPER1", "OE", "in", "Col", "-", "0", "background", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", ".", "No", "difference", "in", "growth", "and", "development", "was", "observed", ".", "SNIPER1", "gene", "expression", "in", "the", "indicated", "plants", "as", "determined", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Quantification", "of", "H", ".", "a", ".", "Noco2", "sporulation", "in", "the", "indicated", "genotypes", "7", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "with", "105", "spores", "per", "ml", "water", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Growth", "of", "P", ".", "s", ".", "t", ".", "DC3000", "on", "four", "-", "week", "-", "old", "leaves", "of", "the", "indicated", "genotypes", "at", "0", "and", "3", "dpi", "with", "bacterial", "inoculum", "of", "OD600", "=", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", "for", "day", "0", ";", "n", "=", "5", "for", "day", "3", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of two independent transgenic lines of SNIPER1 OE in Col-0 background. Scale bar = 1 cm. No difference in growth and development was observed. SNIPER1 gene expression in the indicated plants as determined by RT-PCR. Error bars represent mean ± SD (n = 3). Two independent experiments were carried out with similar results. Quantification of H.a. Noco2 sporulation in the indicated genotypes 7 days post inoculation (dpi) with 105 spores per ml water. Error bars represent mean ± SD (n=4). Three independent experiments were carried out with similar results. Growth of P.s.t. DC3000 on four-week-old leaves of the indicated genotypes at 0 and 3 dpi with bacterial inoculum of OD600 = 0.001. Error bars represent mean ± SD (n=4 for day 0; n=5 for day 3). Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", ",", "chs1", "-", "2", "(", "A", ")", ",", "chs2", "-", "1", "(", "B", ")", "and", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "SNIPER1", "OE", "into", "chs1", "-", "2", "(", "A", ")", "and", "chs2", "-", "1", "(", "B", ")", "backgrounds", ".", "Plants", "were", "grown", "at", "16", "°", "C", "under", "long", "day", "conditions", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0, chs1-2 (A), chs2-1 (B) and two independent transgenic lines of SNIPER1 OE into chs1-2 (A) and chs2-1 (B) backgrounds. Plants were grown at 16 °C under long day conditions. Scale bar = 1 cm."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", ",", "chs3", "-", "2D", "(", "C", ")", ",", "snc2", "-", "1D", "eds5", "npr1", "(", "D", ")", "and", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "SNIPER1", "OE", "into", "chs3", "-", "2D", "(", "C", ")", "and", "snc2", "-", "1D", "eds5", "npr1", "(", "D", ")", "backgrounds", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0, chs3-2D (C), snc2-1D eds5 npr1 (D) and two independent transgenic lines of SNIPER1 OE into chs3-2D (C) and snc2-1D eds5 npr1 (D) backgrounds. Scale bar = 1 cm."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", ",", "mekk1", "-", "5", "ndr1", ",", "and", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "SNIPER1", "OE", "into", "mekk1", "-", "5", "ndr1", "background", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", ".", "The", "mekk1", "ndr1", "double", "mutant", "was", "used", "instead", "of", "the", "mekk1", "-", "5", "single", "mutant", "is", "to", "overcome", "the", "sterility", ".", "SNIPER1", "gene", "expression", "in", "the", "indicated", "plants", "as", "determined", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Quantification", "of", "H", ".", "a", ".", "Noco2", "sporulation", "in", "the", "indicated", "genotypes", "7", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "with", "105", "spores", "per", "ml", "water", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Growth", "of", "P", ".", "s", ".", "m", ".", "ES4326", "on", "four", "-", "week", "-", "old", "leaves", "of", "the", "indicated", "genotypes", "at", "0", "and", "3", "dpi", "with", "bacterial", "inoculum", "of", "OD600", "=", "0", ".", "001", ".", "mn", "stands", "for", "mekk1", "-", "5", "ndr1", "double", "mutant", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0, mekk1-5 ndr1, and two independent transgenic lines of SNIPER1 OE into mekk1-5 ndr1 background. Scale bar = 1 cm. The mekk1 ndr1 double mutant was used instead of the mekk1-5 single mutant is to overcome the sterility. SNIPER1 gene expression in the indicated plants as determined by RT-PCR. Error bars represent mean ± SD (n = 3). Two independent experiments were carried out with similar results. Quantification of H.a. Noco2 sporulation in the indicated genotypes 7 days post inoculation (dpi) with 105 spores per ml water. Error bars represent mean ± SD (n=4). Three independent experiments were carried out with similar results. Growth of P.s.m. ES4326 on four-week-old leaves of the indicated genotypes at 0 and 3 dpi with bacterial inoculum of OD600 = 0.001. mn stands for mekk1-5 ndr1 double mutant. Error bars represent mean ± SD (n=4). Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["In", "vitro", "ubiquitination", "assay", "using", "E", ".", " ", "coli", "-", "expressed", "SNIPER1", "-", "myc", "(", "E3", ")", ",", "AtUBC8", "(", "E2", ")", ",", "AtUBA1", "(", "E1", ")", "and", "/", "or", "HIS", "-", "FLAG", "-", "Ubiquitin", ".", "The", "molecular", "mass", "markers", "are", "indicated", "on", "the", "left", "(", "kDa", ")", ".", "Asterisk", "indicates", "SNIPER1", "-", "myc", ".", "Arrow", "points", "to", "His", "-", "FLAG", "-", "Ub", "and", "straight", "lines", "on", "the", "right", "indicate", "self", "-", "ubiquitinated", "SNIPER1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "In vitro ubiquitination assay using E. coli-expressed SNIPER1-myc (E3), AtUBC8 (E2), AtUBA1 (E1) and/or HIS-FLAG-Ubiquitin. The molecular mass markers are indicated on the left (kDa). Asterisk indicates SNIPER1-myc. Arrow points to His-FLAG-Ub and straight lines on the right indicate self-ubiquitinated SNIPER1."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "SNC1", "(", "A", "-", "B", ")", ",", "SUMM2", "-", "3HA", "(", "C", ")", ",", "RPS4HA", "(", "D", ")", ",", "RPP4myc", "(", "E", ")", ",", "RPS2HA", "(", "F", ")", "and", "RPM1myc", "(", "G", ")", "protein", "levels", "in", "the", "indicated", "genotypes", ".", "For", "all", "panels", ",", "equal", "loading", "is", "shown", "by", "Ponceau", "S", "staining", "of", "a", "non", "-", "specific", "band", ".", "The", "numbers", "below", "represent", "the", "normalized", "ratio", "between", "the", "intensity", "of", "the", "protein", "band", "and", "the", "Ponceau", "S", "band", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Molecular", "mass", "marker", "in", "kilo", "Daltons", "is", "indicated", "on", "the", "left", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of SNC1 (A-B), SUMM2-3HA (C), RPS4HA (D), RPP4myc (E), RPS2HA (F) and RPM1myc (G) protein levels in the indicated genotypes. For all panels, equal loading is shown by Ponceau S staining of a non-specific band. The numbers below represent the normalized ratio between the intensity of the protein band and the Ponceau S band ± SD (n=3). Molecular mass marker in kilo Daltons is indicated on the left. Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Growth", "of", "P", ".", "s", ".", "t", ".", "avrRps4", "(", "A", ")", ",", "avrRpt2", "(", "B", ")", "and", "avrRpm1", "(", "C", ")", "on", "four", "-", "week", "-", "old", "leaves", "of", "the", "indicated", "genotypes", "at", "3", "dpi", "with", "bacterial", "inoculum", "of", "OD600", "=", "0", ".", "0001", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", ".", "Appendix", "Figure", "S4", "shows", "the", "growth", "of", "P", ".", "s", ".", "t", ".", "avrRps4", ",", "avrRpt2", "and", "avrRpm1", "at", "0", "dpi", ".", "Quantification", "of", "H", ".", "a", ".", "Emwa1", "sporulation", "in", "the", "indicated", "genotypes", "7", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "with", "105", "spores", "per", "ml", "water", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Growth of P.s.t. avrRps4 (A), avrRpt2 (B) and avrRpm1 (C) on four-week-old leaves of the indicated genotypes at 3 dpi with bacterial inoculum of OD600 = 0.0001. Error bars represent mean ± SD (n=5). Three independent experiments were carried out with similar results. Appendix Figure S4 shows the growth of P.s.t. avrRps4, avrRpt2 and avrRpm1 at 0 dpi. Quantification of H.a. Emwa1 sporulation in the indicated genotypes 7 days post inoculation (dpi) with 105 spores per ml water. Error bars represent mean ± SD (n=4). Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", "and", "two", "independent", "transgenic", "lines", "of", "35S", "-", "SNIPER1H129Y", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0 and two independent transgenic lines of 35S-SNIPER1H129Y. Scale bar = 1 cm."}
{"words": ["PR1", "and", "PR2", "gene", "expression", "in", "the", "indicated", "plants", "as", "determined", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PR1 and PR2 gene expression in the indicated plants as determined by RT-PCR. Error bars represent mean ± SD (n = 3). Two independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Morphology", "of", "four", "-", "week", "-", "old", "soil", "-", "grown", "plants", "of", "Col", "-", "0", ",", "sniper1", "-", "1", ",", "sniper2", "-", "1", ",", "eds1", "-", "2", ",", "SNIPER1H129Y", ",", "SNIPER1H129Y", "eds1", "-", "2", ",", "sniper1", "-", "1", "sniper2", "-", "1", "eds1", "-", "2", "and", "sniper1", "-", "c1", "sniper2", "-", "1", "eds1", "-", "2", ".", "sniper1", "-", "1", "is", "an", "exonic", "T", "-", "DNA", "insertional", "mutant", ".", "sniper1", "-", "c1", "is", "a", "SNIPER1", "knockout", "mutant", "containing", "807bp", "deletion", "that", "was", "generated", "by", "CRISPR", "-", "Cas9", "system", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Morphology of four-week-old soil-grown plants of Col-0, sniper1-1, sniper2-1, eds1-2, SNIPER1H129Y, SNIPER1H129Y eds1-2, sniper1-1 sniper2-1 eds1-2 and sniper1-c1 sniper2-1 eds1-2. sniper1-1 is an exonic T-DNA insertional mutant. sniper1-c1 is a SNIPER1 knockout mutant containing 807bp deletion that was generated by CRISPR-Cas9 system. Scale bar = 1 cm."}
{"words": ["Quantification", "of", "H", ".", "a", ".", "Noco2", "sporulation", "in", "the", "indicated", "plants", "7", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", "with", "105", "spores", "per", "ml", "water", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of H.a. Noco2 sporulation in the indicated plants 7 days post inoculation (dpi) with 105 spores per ml water. Error bars represent mean ± SD (n=4). Two independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Immunoblot", "of", "RPS4HA", "(", "E", ")", ",", "SNC1", "(", "F", ")", ",", "RPS2HA", "(", "G", ")", ",", "and", "RPM1myc", "(", "H", ")", "in", "SNIPER1H129Y", "background", ".", "Equal", "loading", "is", "shown", "by", "Ponceau", "S", "staining", "of", "a", "non", "-", "specific", "band", ".", "The", "numbers", "below", "represent", "the", "normalized", "ratio", "between", "the", "intensity", "of", "the", "protein", "band", "and", "the", "Ponceau", "S", "band", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Molecular", "mass", "marker", "in", "kilo", "Daltons", "is", "indicated", "on", "the", "left", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot of RPS4HA (E), SNC1 (F), RPS2HA (G), and RPM1myc (H) in SNIPER1H129Y background. Equal loading is shown by Ponceau S staining of a non-specific band. The numbers below represent the normalized ratio between the intensity of the protein band and the Ponceau S band ± SD (n=3). Molecular mass marker in kilo Daltons is indicated on the left. Three independent experiments were carried out with similar results."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "and", "biotinylation", "of", "SUMM2NB", "-", "FLAG", "(", "A", ")", ",", "RPP4NB", "-", "FLAG", "(", "B", ")", ",", "or", "CHS1NB", "-", "FLAG", "(", "C", ")", "by", "SNIPER1", "H129Y", "-", "HATurboID", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Two", "biological", "repeats", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation and biotinylation of SUMM2NB-FLAG (A), RPP4NB-FLAG (B), or CHS1NB-FLAG (C) by SNIPER1 H129Y-HATurboID in N. benthamiana. Two biological repeats were carried out with similar results."}
{"words": ["Interaction", "of", "SNIPER1", "H129Y", "-", "CLuc", "and", "SUMM2NB", "-", "NLuc", "(", "D", ")", ",", "RPP4NB", "-", "NLuc", "(", "E", ")", "or", "CHS1NB", "-", "NLuc", "(", "F", ")", "as", "tested", "by", "split", "-", "luciferase", "complementary", "assay", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Three", "biological", "repeats", "with", "four", "technical", "repeats", "each", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Interaction of SNIPER1 H129Y-CLuc and SUMM2NB-NLuc (D), RPP4NB-NLuc (E) or CHS1NB-NLuc (F) as tested by split-luciferase complementary assay in N. benthamiana. Three biological repeats with four technical repeats each were carried out with similar results."}
{"words": ["Ubiquitination", "of", "the", "NB", "domains", "from", "SUMM2", "(", "A", ")", ",", "RPP4", "(", "B", ")", "and", "CHS1", "(", "C", ")", ".", "Immunoblot", "of", "bacterial", "lysates", "form", "E", ".", "coil", "strains", "expressing", "AtUBA1", "-", "S", ",", "MBP", "-", "NB", "-", "HA", ",", "AtUBC8", "-", "S", ",", "HIS", "-", "FLAG", "-", "UBQ10", "and", "SNIPER1", "-", "myc", ",", "or", "strains", "without", "one", "of", "these", "components", ".", "Two", "biological", "repeats", "were", "carried", "out", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ubiquitination of the NB domains from SUMM2 (A), RPP4 (B) and CHS1 (C). Immunoblot of bacterial lysates form E. coil strains expressing AtUBA1-S, MBP-NB-HA, AtUBC8-S, HIS-FLAG-UBQ10 and SNIPER1-myc, or strains without one of these components. Two biological repeats were carried out with similar results."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "BJAB", "lymphoma", "cells", "stably", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "were", "serially", "cultured", "at", "log", "phase", "followed", "by", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "for", "cells", "with", "high", "and", "low", "autophagic", "flux", "using", "the", "ratio", "of", "mCherry", "/", "GFP", "(", "a", ")", ".", "The", "high", "and", "low", "20", "%", "were", "sorted", "(", "a", ")", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) BJAB lymphoma cells stably expressing mCherry-GFP-LC3 were serially cultured at log phase followed by fluorescence-activated cell sorting for cells with high and low autophagic flux using the ratio of mCherry/GFP (a). The high and low 20% were sorted (a),"}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "BJAB", "lymphoma", "cells", "stably", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "were", "serially", "cultured", "at", "log", "phase", "followed", "by", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "for", "cells", "with", "high", "and", "low", "autophagic", "flux", "using", "the", "ratio", "of", "mCherry", "/", "GFP", "(", "a", ")", ".", "The", "high", "and", "low", "20", "%", "were", "sorted", "(", "a", ")", ",", "re", "-", "plated", "and", "treated", "with", "lysosomal", "protease", "inhibitors", "pepstatin", "and", "E", "-", "64d", "for", "1", " ", "h", ";", "lysates", "were", "then", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "b", ")", ".", "(", "c", ")", "Densitometry", "of", "LC3", "-", "II", "and", "p62", "western", "blots", "(", "normalized", "to", "actin", "and", "hour", "0", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "blots", "from", "2", "independent", "experiments", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "051", ",", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "0091", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) BJAB lymphoma cells stably expressing mCherry-GFP-LC3 were serially cultured at log phase followed by fluorescence-activated cell sorting for cells with high and low autophagic flux using the ratio of mCherry/GFP (a). The high and low 20% were sorted (a), re-plated and treated with lysosomal protease inhibitors pepstatin and E-64d for 1 h; lysates were then immunoblotted for the indicated proteins (b). (c) Densitometry of LC3-II and p62 western blots (normalized to actin and hour 0, mean ± s.e.m., n = 3 blots from 2 independent experiments, *P = 0.051, **P = 0.0091)."}
{"words": ["(", "d", ")", ";", "autophagic", "LC3", "puncta", "were", "assessed", "by", "quantitative"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d); autophagic LC3 puncta were assessed by quantitative microscopy"}
{"words": ["(", "d", ")", ";", "autophagic", "LC3", "puncta", "were", "assessed", "by", "quantitative", "microscopy", "(", "e", ";", "punctate", "area", "per", "cell", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "50", "fields", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "010", ",", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "053", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d); autophagic LC3 puncta were assessed by quantitative microscopy (e; punctate area per cell, mean ± s.e.m., n = 50 fields, *P = 0.010, **P = 0.053)."}
{"words": ["f", ")", "Electron", "micrographs", "of", "HeLa", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "cells", "sorted", "for", "autophagic", "flux", "as", "in", "a", ".", "Yellow", "arrows", "denote", "autophagosomes", ";", "red", "arrows", "indicate", "autolysosomes", ".", "(", "g", ")", "Quantification", "of", "autophagosomes", "and", "autolysomes", "from", "electron", "micrographs", "(", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "50", "fields", ")", ".", "Uncropped", "images", "of", "blots", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "f) Electron micrographs of HeLa mCherry-GFP-LC3 cells sorted for autophagic flux as in a. Yellow arrows denote autophagosomes; red arrows indicate autolysosomes. (g) Quantification of autophagosomes and autolysomes from electron micrographs (mean ± s.e.m., n = 50 fields). Uncropped images of blots are shown in Supplementary Fig. 6."}
{"words": ["a", "-", "c", ")", "BJAB", "lymphoma", "cells", "stably", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "were", "serially", "cultured", "at", "log", "phase", "followed", "by", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "for", "cells", "with", "high", "and", "low", "autophagic", "flux", "using", "the", "ratio", "of", "mCherry", "/", "GFP", ".", "Cells", "were", "then", "re", "-", "plated", "in", "growth", "medium", "and", "autophagic", "flux", "was", "again", "measured", "by", "flow", "cytometry", "at", "the", "indicated", "time", "points", "(", "median", "ratio", "of", "mCherry", "/", "GFP", "fluorescence", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ")", ".", "Lysates", "from", "cells", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "b", ")", ".", "Representative", "flow", "cytometry", "histograms", "for", "cells", "at", "0", " ", "h", "and", "24", " ", "h", "after", "sorting", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a-c) BJAB lymphoma cells stably expressing mCherry-GFP-LC3 were serially cultured at log phase followed by fluorescence-activated cell sorting for cells with high and low autophagic flux using the ratio of mCherry/GFP. Cells were then re-plated in growth medium and autophagic flux was again measured by flow cytometry at the indicated time points (median ratio of mCherry/GFP fluorescence ± s.e.m., n = 3 wells). Lysates from cells collected at the indicated time points were immunoblotted with the indicated antibodies (b). Representative flow cytometry histograms for cells at 0 h and 24 h after sorting (c)."}
{"words": ["(", "d", ")", "BJAB", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "cells", "were", "sorted", "for", "autophagic", "flux", "as", "in", "a", "(", "top", "and", "bottom", "20", "%", ")", ".", "Following", "treatment", "with", "Fas", "ligand", "(", "1", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "4", "ng", "ml", "−", "1", ")", ",", "cell", "viability", "was", "determined", "by", "MTS", "assay", "(", "a", "tetrazolium", "reduction", "-", "based", "metabolic", "measurement", ")", "at", "24", "h", "(", "percentage", "of", "untreated", "control", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "2", ".", "3", "×", "10", "−", "4", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0036", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) BJAB mCherry-GFP-LC3 cells were sorted for autophagic flux as in a (top and bottom 20%). Following treatment with Fas ligand (1.5 ng ml−1) or TRAIL (4 ng ml−1), cell viability was determined by MTS assay (a tetrazolium reduction-based metabolic measurement) at 24 h (percentage of untreated control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 2.3×10−4, **P = 0.0036)."}
{"words": ["(", "e", ")", "Long", "-", "term", "growth", "of", "BJAB", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "cells", "sorted", "for", "autophagic", "flux", "followed", "by", "treatment", "with", "Fas", "ligand", "(", "4", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "15", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", ".", "Cells", "were", "then", "re", "-", "plated", "and", "allowed", "to", "recover", "for", "5", "(", "Fas", "ligand", ")", "or", "6", "(", "TRAIL", ")", "days", "then", "assayed", "for", "viability", "(", "percentage", "of", "no", "ligand", "control", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "012", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Long-term growth of BJAB mCherry-GFP-LC3 cells sorted for autophagic flux followed by treatment with Fas ligand (4 ng ml−1) or TRAIL (15 ng ml−1) for 24 h. Cells were then re-plated and allowed to recover for 5 (Fas ligand) or 6 (TRAIL) days then assayed for viability (percentage of no ligand control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.012)."}
{"words": ["(", "f", ")", "BJAB", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "cells", "were", "sorted", "for", "autophagic", "flux", "as", "above", "and", "apoptosis", "was", "measured", "at", "1", "h", "by", "flow", "cytometry", "using", "AnnexinV", "and", "DAPI", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0046", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) BJAB mCherry-GFP-LC3 cells were sorted for autophagic flux as above and apoptosis was measured at 1 h by flow cytometry using AnnexinV and DAPI (mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.0046)."}
{"words": ["(", "g", ")", "Cells", "sorted", "as", "in", "a", ",", "were", "re", "-", "plated", "and", ",", "starting", "at", "the", "indicated", "times", "following", "sorting", ",", "treated", "with", "Fas", "ligand", "(", "4", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", ";", "cell", "viability", "was", "then", "determined", "by", "MTS", "(", "percentage", "of", "untreated", "control", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ")", ".", "Uncropped", "images", "of", "blots", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Cells sorted as in a, were re-plated and, starting at the indicated times following sorting, treated with Fas ligand (4 ng ml−1) for 24 h; cell viability was then determined by MTS (percentage of untreated control, mean ± s.e.m., n = 3 wells). Uncropped images of blots are shown in Supplementary Fig. 6."}
{"words": ["(", "a", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "with", "vehicle", "or", "chloroquine", "(", "BJAB", ",", "20", "μM", ";", "Jurkat", ",", "10", "μM", ")", "for", "16", "h", "followed", "by", "Fas", "ligand", "(", "1", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ")", ".", "Cell", "viability", "was", "determined", "by", "MTS", "24", "h", "later", "(", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0058", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) BJAB and Jurkat cells were treated with vehicle or chloroquine (BJAB, 20 μM; Jurkat, 10 μM) for 16 h followed by Fas ligand (1.5 ng ml−1). Cell viability was determined by MTS 24 h later (percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.0058)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Immunoblots", "of", "cells", "in", "a", ",", "c", "probed", "for", "the", "indicated", "antibodies", ".", "CQ", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Immunoblots of cells in a,c probed for the indicated antibodies. CQ, chloroquine"}
{"words": ["(", "c", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "with", "chloroquine", "(", "BJAB", ",", "20", " ", "μM", ";", "Jurkat", ",", "10", " ", "μM", ")", "for", "16", " ", "h", "followed", "by", "treatment", "with", "Fas", "ligand", "(", "4", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", " ", "h", "(", "same", "technical", "replicate", "as", "a", ")", ".", "Cells", "were", "then", "re", "-", "plated", "at", "low", "density", "in", "growth", "media", "and", "allowed", "to", "recover", "for", "5", "days", ",", "and", "then", "assayed", "for", "viability", "(", "percentage", "of", "no", "ligand", "control", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "0024", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) BJAB and Jurkat cells were treated with chloroquine (BJAB, 20 μM; Jurkat, 10 μM) for 16 h followed by treatment with Fas ligand (4 ng ml−1) for 24 h (same technical replicate as a). Cells were then re-plated at low density in growth media and allowed to recover for 5 days, and then assayed for viability (percentage of no ligand control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.0024)."}
{"words": ["(", "d", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "were", "transduced", "with", "the", "indicated", "lentiviral", "shRNA", "constructs", ",", "followed", "by", "3", "days", "of", "puromycin", "selection", ".", "Selected", "cells", "were", "plated", "and", "treated", "with", "Fas", "ligand", "(", "1", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "4", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", "and", "viability", "was", "assessed", "by", "MTS", "(", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ",", "*", "P", "=", "1", ".", "7", "×", "10", "−", "4", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "024", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) BJAB and Jurkat cells were transduced with the indicated lentiviral shRNA constructs, followed by 3 days of puromycin selection. Selected cells were plated and treated with Fas ligand (1.5 ng ml−1) or TRAIL (4 ng ml−1) for 24 h and viability was assessed by MTS (percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3, *P = 1.7×10−4, **P = 0.024)."}
{"words": ["(", "e", ")", "Immunoblots", "for", "Atg5", ",", "Atg7", "and", "p62", "confirm", "protein", "depletion", "and", "autophagy", "inhibition", "in", "d", ",", "f", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Immunoblots for Atg5, Atg7 and p62 confirm protein depletion and autophagy inhibition in d,f."}
{"words": ["(", "f", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "expressing", "control", "or", "Atg5", "shRNA", "were", "treated", "with", "Fas", "ligand", "(", "15", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "12", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", "(", "same", "technical", "replicate", "as", "d", ")", ".", "Cells", "were", "then", "re", "-", "plated", "at", "low", "density", "and", "allowed", "to", "recover", "for", "5", "-", "6", "days", ",", "and", "then", "assayed", "for", "viability", "(", "percentage", "of", "no", "ligand", "control", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0089", ")", ".", "Atg7", "knockdown", "data", "were", "not", "included", "for", "long", "-", "term", "viability", "owing", "to", "the", "growth", "suppressive", "effect", "of", "Atg7", "knockdown", "in", "the", "absence", "of", "drug", "treatment", ".", "Uncropped", "images", "of", "blots", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) BJAB and Jurkat cells expressing control or Atg5 shRNA were treated with Fas ligand (15 ng ml−1) or TRAIL (12.5 ng ml−1) for 24 h (same technical replicate as d). Cells were then re-plated at low density and allowed to recover for 5-6 days, and then assayed for viability (percentage of no ligand control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.0089). Atg7 knockdown data were not included for long-term viability owing to the growth suppressive effect of Atg7 knockdown in the absence of drug treatment. Uncropped images of blots are shown in Supplementary Fig. 6."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "stably", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3", "were", "flow", "sorted", "for", "high", "and", "low", "autophagic", "flux", ",", "treated", "with", "Fas", "ligand", "(", "1", ".", "5", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", " ", "h", "and", "viability", "was", "assessed", "by", "MTS", "(", "a", ";", "percentage", "of", "no", "ligand", "control", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "0046", ")", ".", "(", "b", ")", "Immunoblots", "following", "sorting", "of", "the", "samples", "in", "a", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) BJAB and Jurkat cells stably expressing mCherry-GFP-LC3 were flow sorted for high and low autophagic flux, treated with Fas ligand (1.5 ng ml−1) for 24 h and viability was assessed by MTS (a; percentage of no ligand control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.0046). (b) Immunoblots following sorting of the samples in a."}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", "The", "indicated", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "chloroquine", "(", "BJAB", ",", "CEM", "20", "μM", ";", "SKW6", ".", "4", ",", "25", "μM", ";", "Jurkat", ",", "10", "μM", ")", "for", "16", "h", ",", "followed", "by", "Fas", "ligand", "(", "BJAB", ",", "12", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ";", "SKW6", ".", "4", ",", "50", "ng", "ml", "−", "1", ";", "Jurkat", ",", "0", ".", "4", "ng", "ml", "−", "1", ";", "CEM", ",", "40", "ng", "ml", "−", "1", ")", ".", "Lysates", "from", "cells", "collected", "after", "chloroquine", "treatment", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c,d) The indicated cell lines were treated with chloroquine (BJAB, CEM 20 μM; SKW6.4, 25 μM; Jurkat, 10 μM) for 16 h, followed by Fas ligand (BJAB, 12.5 ng ml−1; SKW6.4, 50 ng ml−1; Jurkat, 0.4 ng ml−1; CEM, 40 ng ml−1). Lysates from cells collected after chloroquine treatment were immunoblotted with the indicated antibodies (c)."}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", "The", "indicated", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "chloroquine", "(", "BJAB", ",", "CEM", "20", " ", "μM", ";", "SKW6", ".", "4", ",", "25", " ", "μM", ";", "Jurkat", ",", "10", " ", "μM", ")", "for", "16", " ", "h", ",", "followed", "by", "Fas", "ligand", "(", "BJAB", ",", "12", ".", "5", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ";", "SKW6", ".", "4", ",", "50", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ";", "Jurkat", ",", "0", ".", "4", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ";", "CEM", ",", "40", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ")", ".", "Lysates", "from", "cells", "collected", "after", "chloroquine", "treatment", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "c", ")", ".", "Cell", "viability", "was", "assessed", "by", "MTS", "24", " ", "h", "following", "Fas", "ligand", "treatment", "(", "d", ";", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "2", ".", "7", "×", "10", "−", "4", ",", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "1", ".", "6", "×", "10", "−", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c,d) The indicated cell lines were treated with chloroquine (BJAB, CEM 20 μM; SKW6.4, 25 μM; Jurkat, 10 μM) for 16 h, followed by Fas ligand (BJAB, 12.5 ng ml−1; SKW6.4, 50 ng ml−1; Jurkat, 0.4 ng ml−1; CEM, 40 ng ml−1). Lysates from cells collected after chloroquine treatment were immunoblotted with the indicated antibodies (c). Cell viability was assessed by MTS 24 h following Fas ligand treatment (d; percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 2.7×10−4, **P = 1.6×10−4)."}
{"words": ["(", "e", ",", "f", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "were", "transduced", "with", "control", ",", "Atg5", ",", "Atg7", "or", "Vps34", "shRNA", "lentiviruses", ",", "followed", "by", "three", "days", "of", "puromycin", "selection", ".", "Cells", "were", "then", "treated", "with", "Fas", "ligand", "(", "1", ".", "25", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "1", ".", "25", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", "and", "viability", "was", "assessed", "by", "MTS", "(", "e", ";", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "1", ".", "4", "×", "10", "−", "6", ",", "*", "*", "P", "=", "2", ".", "3", "×", "10", "−", "5", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "3", ".", "9", "×", "10", "−", "5", ",", "§", "P", "=", "9", ".", "2", "×", "10", "−", "6", ",", "§", "§", "P", "=", "3", ".", "4", "×", "10", "−", "6", ",", "§", "§", "§", "P", "=", "1", ".", "7", "×", "10", "−", "5", ")", ".", "Immunoblots", "demonstrate", "Atg5", ",", "Atg7", "and", "Vps34", "knockdown", ",", "autophagy", "inhibition", "and", "altered", "Fap", "-", "1", "levels", ".", "The", "blots", "are", "separated", "because", "different", "exposures", "were", "required", "to", "detect", "the", "proteins", "in", "one", "cell", "line", "without", "overexposing", "the", "lanes", "for", "the", "other", ";", "the", "Fap", "-", "1", "blot", "is", "not", "separated", "to", "demonstrate", "the", "lack", "of", "Fap", "-", "1", "protein", "in", "Type", "II", "Jurkat", "cells", "(", "f", ")", ".", "Fap", "-", "1", "blots", "(", "b", ",", "c", ",", "f", ")", "were", "run", "on", "separate", "gels", "owing", "to", "the", "quantity", "of", "protein", "required", "for", "detection", "(", "see", "Methods", ")", ".", "Uncropped", "images", "of", "blots", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e,f) BJAB and Jurkat cells were transduced with control, Atg5, Atg7 or Vps34 shRNA lentiviruses, followed by three days of puromycin selection. Cells were then treated with Fas ligand (1.25 ng ml−1) or TRAIL (1.25 ng ml−1) for 24 h and viability was assessed by MTS (e; percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 1.4×10−6, **P = 2.3×10−5, ***P = 3.9×10−5, §P = 9.2×10−6, §§P = 3.4×10−6, §§§P = 1.7×10−5). Immunoblots demonstrate Atg5, Atg7 and Vps34 knockdown, autophagy inhibition and altered Fap-1 levels. The blots are separated because different exposures were required to detect the proteins in one cell line without overexposing the lanes for the other; the Fap-1 blot is not separated to demonstrate the lack of Fap-1 protein in Type II Jurkat cells (f). Fap-1 blots (b,c,f) were run on separate gels owing to the quantity of protein required for detection (see Methods). Uncropped images of blots are shown in Supplementary Fig. 6."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "BJAB", "and", "Jurkat", "cells", "expressing", "the", "indicated", "Fap", "-", "1", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "catalytically", "inactive", "(", "ΔCD", ")", "constructs", "were", "treated", "with", "chloroquine", "(", "BJAB", ",", "20", " ", "μM", ";", "Jurkat", ",", "10", " ", "μM", ")", "for", "16", " ", "h", "followed", "by", "Fas", "ligand", "(", "BJAB", ",", "1", ".", "5", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ";", "Jurkat", "15", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "viability", "was", "determined", "by", "MTS", "(", "a", ";", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "2", ".", "7", "×", "10", "−", "4", ",", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "2", ".", "4", "×", "10", "−", "5", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "0024", ")", ".", "Cell", "lysates", "were", "blotted", "and", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) BJAB and Jurkat cells expressing the indicated Fap-1 wild-type (WT) and catalytically inactive (ΔCD) constructs were treated with chloroquine (BJAB, 20 μM; Jurkat, 10 μM) for 16 h followed by Fas ligand (BJAB, 1.5 ng ml−1; Jurkat 15 ng ml−1) for 24 h. Cell viability was determined by MTS (a; percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 2.7×10−4, **P = 2.4×10−5, ***P = 0.0024). Cell lysates were blotted and probed with the indicated antibodies (b)."}
{"words": ["c", "-", "e", ")", "BJAB", "cells", "expressing", "control", "or", "Fap", "-", "1", "shRNAs", "were", "treated", "with", "20", "μM", "chloroquine", "for", "16", "h", "followed", "by", "Fas", "ligand", "(", "12", ".", "5", "ng", "ml", "−", "1", ")", "or", "TRAIL", "(", "25", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "24", "h", ";", "cell", "viability", "was", "then", "determined", "by", "MTS", "(", "c", ";", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "wells", ",", "*", "P", "=", "4", ".", "8", "×", "10", "−", "6", ",", "*", "*", "P", "=", "8", ".", "1", "×", "10", "−", "5", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "8", ".", "0", "×", "10", "−", "4", ",", "§", "P", "=", "0", ".", "013", ",", "NS", "P", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c-e) BJAB cells expressing control or Fap-1 shRNAs were treated with 20 μM chloroquine for 16 h followed by Fas ligand (12.5 ng ml−1) or TRAIL (25 ng ml−1) for 24 h; cell viability was then determined by MTS (c; percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 4.8×10−6, **P = 8.1×10−5, ***P = 8.0×10−4, §P = 0.013, NS P>0.05)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Immunoblots", "of", "lysates", "collected", "following", "chloroquine", "treatment", ".", "Long", "-", "term", "growth", "was", "assessed", "in", "cells", "from", "c", "by", "re", "-", "plating", "them", "at", "low", "density", "and", "allowing", "them", "to", "recover", "for", "5", "days", ",", "followed", "by", "viability", "assay", "(", "percentage", "of", "untreated", "control", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "043", ";", "e", ")", ".", "Fap", "-", "1", "blots", "(", "b", ",", "d", ")", "were", "run", "on", "separate", "gels", "owing", "to", "the", "quantity", "of", "protein", "required", "for", "detection", "(", "see", "Methods", ")", ".", "Uncropped", "images", "of", "blots", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Immunoblots of lysates collected following chloroquine treatment. Long-term growth was assessed in cells from c by re-plating them at low density and allowing them to recover for 5 days, followed by viability assay (percentage of untreated control, mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 0.043; e). Fap-1 blots (b,d) were run on separate gels owing to the quantity of protein required for detection (see Methods). Uncropped images of blots are shown in Supplementary Fig. 6."}
{"words": ["a", ",", "b", ")", "Cell", "viability", "was", "determined", "by", "MTS", "assay", "following", "Fas", "ligand", "(", "4", " ", "ng", " ", "ml", "−", "1", ")", "treatment", "in", "BJAB", "cells", "expressing", "control", "or", "p62", "lentiviral", "shRNAs", "(", "a", ";", "percentage", "of", "control", "(", "no", "ligand", ")", ",", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "wells", ",", "*", "P", " ", "=", " ", "3", ".", "2", "×", "10", "−", "5", ",", "*", "*", "P", " ", "=", " ", "1", ".", "8", "×", "10", "−", "6", ")", ".", "Immunoblots", "confirm", "p62", "depletion", "and", "Fap", "-", "1", "levels", "(", "b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a,b) Cell viability was determined by MTS assay following Fas ligand (4 ng ml−1) treatment in BJAB cells expressing control or p62 lentiviral shRNAs (a; percentage of control (no ligand), mean ± s.e.m., n = 3 wells, *P = 3.2×10−5, **P = 1.8×10−6). Immunoblots confirm p62 depletion and Fap-1 levels (b)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "p62", "and", "Fap", "-", "1", "in", "BJAB", "cells", "treated", "with", "20", "μM", "chloroquine", "for", "16", "h", ",", "followed", "by", "treatment", "with", "Fas", "ligand", "(", "50", "ng", "ml", "−", "1", ")", "for", "2", "h", "at", "4", "°", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Co-immunoprecipitation of endogenous p62 and Fap-1 in BJAB cells treated with 20 μM chloroquine for 16 h, followed by treatment with Fas ligand (50 ng ml−1) for 2 h at 4°C."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "BMDM", "were", "incubated", "for", "1", "h", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", "the", "TAK1", "inhibitor", "NG25", "(", "2", "μM", ")", ",", "the", "IKKβ", "inhibitor", "BI605906", "(", "5", "μM", ")", "or", "the", "IKKβ", "inhibitor", "PS1145", "(", "10", "μM", ")", ".", "The", "cells", "were", "then", "co", "-", "stimulated", "for", "30", "min", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "4", "mM", "ATP", ".", "Cell", "lysates", "(", "10", "μg", "protein", ")", "were", "denatured", "in", "SDS", ",", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "with", "the", "antibodies", "indicated", ".", "(", "B", ")", "As", "in", "A", ",", "except", "that", "the", "cells", "were", "co", "-", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "5", "μM", "nigericin", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", "in", "A", "and", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT BMDM were incubated for 1 h without (-) or with (+) the TAK1 inhibitor NG25 (2 μM), the IKKβ inhibitor BI605906 (5 μM) or the IKKβ inhibitor PS1145 (10 μM). The cells were then co-stimulated for 30 min with 100 ng/ml LPS and 4 mM ATP. Cell lysates (10 μg protein) were denatured in SDS, subjected to SDS-PAGE and immunoblotted with the antibodies indicated. (B) As in A, except that the cells were co-stimulated for 1 h with 100 ng/ml LPS and 5 μM nigericin. Similar results were obtained in three independent experiments in A and B. "}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "As", "in", "A", ",", "B", ",", "except", "that", "primary", "human", "monocyte", "-", "derived", "macrophages", "were", "used", "instead", "of", "mouse", "BMDM", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) As in A, B, except that primary human monocyte-derived macrophages were used instead of mouse BMDM. Similar results were obtained in two independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "The", "Mouse", "macrophage", "J774A", ".", "1", "cell", "line", "was", "transfected", "with", "control", "siRNA", "or", "siRNA", "against", "IKKβ", "(", "A", ")", "or", "IKKα", "(", "B", ")", ".", "72", "h", "post", "-", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "co", "-", "stimulated", "for", "60", "min", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "/", "or", "5", "μM", "nigericin", ".", "Cell", "lysates", "(", "10", "μg", ")", "were", "denatured", "in", "SDS", ",", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "with", "the", "antibodies", "indicated", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "(", "A", ")", "or", "two", "(", "B", ")", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) The Mouse macrophage J774A.1 cell line was transfected with control siRNA or siRNA against IKKβ (A) or IKKα (B). 72 h post-transfection, the cells were co-stimulated for 60 min without (-) or with (+) 100 ng/ml LPS and/or 5 μM nigericin. Cell lysates (10 μg) were denatured in SDS, subjected to SDS-PAGE and immunoblotted with the antibodies indicated. Similar results were obtained in three (A) or two (B) independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "As", "in", "(", "A", ",", "B", ")", "except", "that", "BMDM", "from", "IKKβ", "-", "LysM", "-", "Cre", "(", "flox", "/", "flox", ")", "(", "IKKβ", "(", "fl", "/", "fl", ")", ")", "or", "WT", "control", "mice", "were", "co", "-", "stimulated", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "/", "or", "4", "mM", "ATP", "(", "C", ")", "or", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "/", "or", "5", "μM", "nigericin", "(", "D", ")", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) As in (A, B) except that BMDM from IKKβ-LysM-Cre (flox/flox) (IKKβ (fl/fl)) or WT control mice were co-stimulated without (-) or with (+) 100 ng/ml LPS and/or 4 mM ATP (C) or with 100 ng/ml LPS and/or 5 μM nigericin (D). Similar results were obtained in two independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "WT", "BMDM", "were", "incubated", "for", "1", "h", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", ",", "the", "IKKβ", "inhibitors", "BI605906", "(", "5", "μM", ")", ",", "TPCA", "-", "1", "(", "5", "μM", ")", "or", "PS1145", "(", "10", "μM", ")", ",", "the", "TAK1", "inhibitor", "NG25", "(", "2", "μM", ")", "or", "the", "NLRP3", "inhibitor", "MCC950", ".", "The", "cells", "were", "then", "co", "-", "stimulated", "for", "30", "min", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "/", "or", "4", "mM", "ATP", "(", "A", ")", "and", "/", "or", "5", "μM", "nigericin", "(", "B", ")", ".", "The", "cell", "culture", "medium", "was", "removed", "and", "the", "cells", "lysed", ".", "Protein", "in", "the", "culture", "medium", "was", "precipitated", "(", "see", "Methods", ")", ",", "dissolved", "in", "SDS", ".", "and", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", ",", "along", "with", "cell", "lysates", ".", "After", "transfer", "to", "PVDF", "membranes", ",", "immunoblotting", "was", "performed", "with", "antibodies", "recognizing", "both", "full", "length", "(", "FL", ")", "and", "cleaved", "(", "CL", ")", "gasdermin", "D", "(", "GSDMD", ")", ",", "the", "p20", "and", "p10", "fragments", "of", "caspase", "-", "1", "and", "IL", "-", "18", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", ".", "(", "C", ")", "As", "in", "A", ",", "except", "that", "iBMDM", "from", "IKKβ", "-", "CXCR3", "-", "Cre", "(", "flox", "/", "flox", ")", "(", "IKKβ", "(", "fl", "/", "fl", ")", "and", "control", "WT", "cells", "were", "used", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) WT BMDM were incubated for 1 h without (-) or with (+), the IKKβ inhibitors BI605906 (5 μM), TPCA-1 (5 μM) or PS1145 (10 μM), the TAK1 inhibitor NG25 (2 μM) or the NLRP3 inhibitor MCC950. The cells were then co-stimulated for 30 min without (-) or with (+) 100 ng/ml LPS and/or 4 mM ATP (A) and/or 5 μM nigericin (B). The cell culture medium was removed and the cells lysed. Protein in the culture medium was precipitated (see Methods), dissolved in SDS. and subjected to SDS-PAGE, along with cell lysates. After transfer to PVDF membranes, immunoblotting was performed with antibodies recognizing both full length (FL) and cleaved (CL) gasdermin D (GSDMD), the p20 and p10 fragments of caspase-1 and IL-18. Similar results were obtained in two independent experiments. (C) As in A, except that iBMDM from IKKβ-CXCR3-Cre (flox/flox) (IKKβ (fl/fl) and control WT cells were used. Similar results were obtained in three independent experiments. "}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "BMDM", "were", "incubated", "for", "1", "h", "without", "(", "-", ")", "or", "with", "(", "+", ")", "5", "μM", "BI605906", ",", "then", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "(", "+", ")", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "/", "or", "5", "μM", "nigericin", "or", "left", "unstimulated", ".", "The", "cells", "were", "lysed", "in", "buffer", "containing", "1", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "Triton", "-", "X", "-", "100", ",", "and", "the", "Triton", "-", "X", "-", "100", "-", "soluble", "and", "Triton", "-", "X", "-", "100", "-", "insoluble", "fractions", "were", "prepared", "as", "in", "Methods", ".", "The", "Triton", "-", "X", "-", "100", "-", "insoluble", "fraction", "was", "dissolved", "SDS", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "with", "the", "antibodies", "indicated", ".", "The", "nuclear", "protein", "Histone", "H3B", "(", "H3B", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "in", "the", "Tritin", "X", "-", "100", "insoluble", "fraction", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "(", "B", ")", "As", "in", "A", ",", "except", "that", "the", "Triton", "-", "X", "-", "100", "-", "insoluble", "fraction", "was", "first", "subjected", "to", "crosslinking", "for", "45", "min", "at", "37oC", "with", "2", ".", "0", "mM", "DSS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) WT BMDM were incubated for 1 h without (-) or with (+) 5 μM BI605906, then stimulated for 1 h with (+) 100 ng/ml LPS and/or 5 μM nigericin or left unstimulated. The cells were lysed in buffer containing 1% (v/v) Triton-X-100, and the Triton-X-100-soluble and Triton-X-100-insoluble fractions were prepared as in Methods. The Triton-X-100-insoluble fraction was dissolved SDS subjected to SDS-PAGE and immunoblotted with the antibodies indicated. The nuclear protein Histone H3B (H3B) was used as a loading control in the Tritin X-100 insoluble fraction. Similar results were obtained in three independent experiments. (B) As in A, except that the Triton-X-100-insoluble fraction was first subjected to crosslinking for 45 min at 37oC with 2.0 mM DSS. "}
{"words": ["(", "C", ",", "As", "in", "A", ",", "B", "except", "that", "iBMDM", "from", "IKKβ", "-", "CXCR3", "-", "Cre", "(", "flox", "/", "flox", ")", "mice", "(", "IKKβ", "(", "fl", "/", "fl", ")", ")", "were", "used", ".", "The", "U2", "Small", "Nuclear", "RNA", "Auxiliary", "Factor", "1", "(", "U2AF1", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, As in A, B except that iBMDM from IKKβ-CXCR3-Cre (flox/flox) mice (IKKβ (fl/fl)) were used. The U2 Small Nuclear RNA Auxiliary Factor 1 (U2AF1) was used as a loading control. Similar results were obtained in two independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "As", "in", "A", ",", "B", "except", "that", "BMDM", "from", "caspase", "-", "1", "KO", "mice", "were", "used", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) As in A, B except that BMDM from caspase-1 KO mice were used. Similar results were obtained in two independent experiments."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "WT", "BMDM", "were", "incubated", "for", "1", "h", "without", "or", "with", "the", "IKKβ", "inhibitors", "TPCA", "-", "1", "(", "5", "μM", ")", "(", "C", ",", "G", ")", "or", "BI605906", "(", "5", "μM", ")", "(", "D", ",", "H", ")", ".", "The", "cells", "were", "then", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "(", "E", ")", "or", "5", "μM", "nigericin", "(", "F", ",", "G", ",", "H", ")", ",", "or", "co", "-", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "5", "μM", "nigericin", "(", "B", ",", "C", ",", "D", ")", "or", "left", "unstimulated", "(", "control", ")", "(", "A", ")", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "and", "processed", "for", "PLA", "using", "a", "rabbit", "polyclonal", "antibody", "against", "TGN38", "and", "a", "mouse", "monoclonal", "antibody", "against", "NLRP3", ".", "A", "PLA", "signal", "is", "only", "if", "the", "NLRP3", "antibody", "and", "the", "TGN38", "antibody", "come", "into", "close", "proximity", ".", "(", "A", "-", "H", ")", "the", "panel", "images", "show", "the", "PLA", "signal", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "staining", "for", "nuclei", "(", "blue", ")", ".", "Images", "were", "acquired", "by", "sequential", "laser", "scanning", "on", "a", "confocal", "microscope", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", "and", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) WT BMDM were incubated for 1 h without or with the IKKβ inhibitors TPCA-1 (5 μM) (C, G) or BI605906 (5 μM) (D, H). The cells were then stimulated for 1 h with 100 ng/ml LPS (E) or 5 μM nigericin (F, G, H), or co-stimulated with 100 ng/ml LPS and 5 μM nigericin (B, C, D) or left unstimulated (control) (A). The cells were fixed and processed for PLA using a rabbit polyclonal antibody against TGN38 and a mouse monoclonal antibody against NLRP3. A PLA signal is only if the NLRP3 antibody and the TGN38 antibody come into close proximity. (A-H) the panel images show the PLA signal (red) and DAPI staining for nuclei (blue). Images were acquired by sequential laser scanning on a confocal microscope. Similar results were obtained in three independent experiments and representative images are shown. Scale bar = 50 μm."}
{"words": ["(", "I", "-", "L", ")", "As", "in", "A", "-", "H", ",", "except", "that", "IKKβ", "inhibitors", "were", "omitted", "and", "iBMDM", "from", "IKKβ", "-", "CXCR3", "-", "Cre", "(", "flox", "/", "flox", ")", "(", "IKKβ", "(", "fl", "/", "fl", ")", ")", "or", "WT", "mice", "were", "co", "-", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "10", "μM", "nigericin", "or", "left", "unstimulated", "(", "control", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-L) As in A-H, except that IKKβ inhibitors were omitted and iBMDM from IKKβ-CXCR3-Cre (flox/flox) (IKKβ (fl/fl)) or WT mice were co-stimulated for 1 h with 100 ng/ml LPS and 10 μM nigericin or left unstimulated (control). Scale bar = 50 μm."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "The", "experiments", "were", "performed", "as", "in", "Figs", "5A", "-", "5H", ",", "except", "that", "the", "cells", "were", "fixed", "and", "prepared", "for", "immunofluorescence", "staining", "using", "a", "rabbit", "polyclonal", "TGN38", "antibody", ",", "which", "was", "visualized", "using", "a", "secondary", "antibody", "(", "red", ")", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Images", "were", "acquired", "by", "sequential", "laser", "scanning", "on", "a", "confocal", "microscope", ".", "Similar", "results", "were", "observed", "in", "many", "fields", "and", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "Data", "information", ":", "In", "all", "panels", ",", "scale", "bar", "=", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) The experiments were performed as in Figs 5A-5H, except that the cells were fixed and prepared for immunofluorescence staining using a rabbit polyclonal TGN38 antibody, which was visualized using a secondary antibody (red). Nuclei were counterstained with DAPI (blue). Images were acquired by sequential laser scanning on a confocal microscope. Similar results were observed in many fields and obtained in three independent experiments. Representative images are shown Data information: In all panels, scale bar = 50 μm."}
{"words": ["(", "I", "-", "L", ")", "As", "in", "A", "-", "H", ",", "except", "that", "iBMDM", "from", "IKKβ", "-", "CXCR3", "-", "Cre", "(", "flox", "/", "flox", ")", "(", "IKKβ", "(", "fl", "/", "fl", ")", "or", "WT", "mice", "were", "co", "-", "stimulated", "for", "1", "h", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "and", "10", "μM", "nigericin", "or", "left", "unstimulated", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "two", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "In", "all", "panels", ",", "scale", "bar", "=", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-L) As in A-H, except that iBMDM from IKKβ-CXCR3-Cre (flox/flox) (IKKβ (fl/fl) or WT mice were co-stimulated for 1 h with 100 ng/ml LPS and 10 μM nigericin or left unstimulated. Similar results were obtained in two independent experiments. Data information: In all panels, scale bar = 50 μm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blotting", "of", "Mcrs1", "at", "the", "GV", "(", "0", "h", ")", ",", "GVBD", "(", "4", "h", ")", ",", "MI", "(", "8", "h", ")", ",", "and", "MII", "(", "12", "h", ")", "stages", "of", "mouse", "oocyte", "meiosis", ".", "The", "blots", "were", "probed", "with", "anti", "-", "Mcrs1", "and", "anti", "-", "actin", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) Western blotting of Mcrs1 at the GV (0 h), GVBD (4 h), MI (8 h), and MII (12 h) stages of mouse oocyte meiosis. The blots were probed with anti-Mcrs1 and anti-actin antibodies."}
{"words": ["(", "G", ")", "Percentages", "of", "control", "(", "n", "=", "210", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "182", ")", ",", "and", "Mcrs1", "-", "rescue", "(", "n", "=", "201", ")", "oocytes", "that", "underwent", "GVBD", "and", "PBE", ".", "The", "bars", "are", "representing", "the", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ".", "The", "P", "-", "values", "were", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "GVBD", "%", ":", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0003", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "01", ",", "PB1", "%", ":", "*", "P", "=", "0", ".", "03", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "02", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Percentages of control (n = 210), Mcrs1-KD (n = 182), and Mcrs1-rescue (n = 201) oocytes that underwent GVBD and PBE. The bars are representing the mean ± SEM. The P-values were calculated using Student's t-test. GVBD%: ***P = 0.0003; *P = 0.01, PB1%: *P = 0.03; *P = 0.02."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "images", "of", "the", "occurrence", "of", "GVBD", "in", "control", ",", "Mcrs1", "-", "KD", ",", "and", "Mcrs1", "-", "rescue", "(", "Mcrs1", "siRNA", "+", "Mcrs1", "mRNA", ")", "oocytes", "at", "3", "h", "following", "release", "from", "IBMX", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "(", "B", ")", "The", "incidence", "of", "GVBD", "at", "1", ",", "2", ",", "and", "3", "h", "post", "-", "IBMX", "release", "in", "control", "(", "n", "=", "155", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "157", ")", ",", "and", "Mcrs1", "-", "rescue", "(", "n", "=", "150", ")", "oocytes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative images of the occurrence of GVBD in control, Mcrs1-KD, and Mcrs1-rescue (Mcrs1 siRNA + Mcrs1 mRNA) oocytes at 3 h following release from IBMX. Scale bar, 100 μm. (B) The incidence of GVBD at 1, 2, and 3 h post-IBMX release in control (n = 155), Mcrs1-KD (n = 157), and Mcrs1-rescue (n = 150) oocytes."}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "levels", "of", "CDK1", "in", "Mcrs1", "-", "KD", "and", "control", "oocytes", ".", "The", "bars", "represent", "the", "mean", "(", "±", "SEM", ")", "of", "5", "biological", "replicates", ".", "The", "P", "-", "values", "were", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "01", ".", "(", "E", ")", "Expression", "levels", "of", "p", "-", "CDK1", "(", "Y15", ")", "in", "Mcrs1", "-", "KD", "and", "control", "oocytes", "at", "1", "h", "following", "release", "from", "IBMX", "(", "200", "oocytes", "per", "sample", ")", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "006", ".", "(", "F", ")", "Expression", "levels", "of", "cyclin", "B1", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", "at", "1", "h", "following", "release", "from", "IBMX", "(", "200", "oocytes", "per", "sample", ")", ".", "The", "bars", "represent", "the", "mean", "(", "±", "SEM", ")", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "The", "P", "-", "values", "were", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0042", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Expression levels of CDK1 in Mcrs1-KD and control oocytes. The bars represent the mean (± SEM) of 5 biological replicates. The P-values were calculated using Student's t-test. *P = 0.01. (E) Expression levels of p-CDK1(Y15) in Mcrs1-KD and control oocytes at 1 h following release from IBMX (200 oocytes per sample). **P = 0.006. (F) Expression levels of cyclin B1 in control and Mcrs1-KD oocytes at 1 h following release from IBMX (200 oocytes per sample). The bars represent the mean (± SEM) of 3 biological replicates. The P-values were calculated using Student's t-test. **P = 0.0042."}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "incidence", "of", "GVBD", "at", "1", ",", "2", ",", "and", "3", "h", "post", "-", "IBMX", "release", "in", "control", "oocytes", "(", "n", "=", "112", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", "(", "n", "=", "98", ")", ",", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", "treated", "with", "5", "mM", "WEE1", "-", "1N", "-", "4", "(", "n", "=", "102", ")", ".", "(", "J", ")", "The", "incidence", "of", "GVBD", "at", "1", ",", "2", ",", "and", "3", "h", "post", "-", "IBMX", "release", "in", "control", "(", "n", "=", "123", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "134", ")", ",", "and", "Mcrs1", "siRNA", "+", "cyclin", "B1", "-", "GFP", "(", "n", "=", "95", ")", "oocytes", ".", "(", "K", ")", "The", "incidence", "of", "GVBD", "at", "1", ",", "2", ",", "and", "3", "h", "post", "-", "IBMX", "release", "in", "control", "(", "n", "=", "92", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "97", ")", ",", "and", "Mcrs1", "siRNA", "+", "cyclin", "B1", "-", "GFP", "oocytes", "treated", "with", "5", "mM", "WEE1", "-", "1N", "-", "4", "(", "n", "=", "106", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) The incidence of GVBD at 1, 2, and 3 h post-IBMX release in control oocytes (n = 112), Mcrs1-KD oocytes (n = 98), and Mcrs1-KD oocytes treated with 5 mM WEE1-1N-4 (n = 102). (J) The incidence of GVBD at 1, 2, and 3 h post-IBMX release in control (n = 123), Mcrs1-KD (n = 134), and Mcrs1 siRNA + cyclin B1-GFP (n = 95) oocytes. (K) The incidence of GVBD at 1, 2, and 3 h post-IBMX release in control (n = 92), Mcrs1-KD (n = 97), and Mcrs1 siRNA + cyclin B1-GFP oocytes treated with 5 mM WEE1-1N-4 (n = 106)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Detection", "of", "newly", "synthesized", "RNAs", "by", "EU", "incorporation", "in", "control", ",", "Mcrs1", "-", "KD", ",", "and", "Mcrs1", "-", "rescue", "GV", "oocytes", ".", "The", "scattergram", "shows", "the", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "EU", "in", "control", "(", "n", "=", "43", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "52", ")", ",", "and", "Mcrs1", "-", "rescue", "(", "n", "=", "30", ")", "GV", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Detection of newly synthesized RNAs by EU incorporation in control, Mcrs1-KD, and Mcrs1-rescue GV oocytes. The scattergram shows the relative fluorescence intensity of EU in control (n = 43), Mcrs1-KD (n = 52), and Mcrs1-rescue (n = 30) GV oocytes. Scale bar, 10 μm. ***P = 0.0001."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "H3K4me2", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Relative", "fluorescence", "intensity", "of", "H3K4me2", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "26", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "30", ")", "GV", "oocytes", ".", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunofluorescence analysis of H3K4me2 in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 10 μm. Relative fluorescence intensity of H3K4me2 signals in control (n = 26) and Mcrs1-KD (n = 30) GV oocytes. ***P = 0.0001."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "H3K9me2", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Relative", "fluorescence", "intensity", "of", "H3K9me2", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "29", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "22", ")", "GV", "oocytes", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0035", ".", "(", "F", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "H4K16ac", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Relative", "fluorescence", "intensity", "of", "H4K16ac", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "30", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "28", ")", "GV", "oocytes", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "022", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunofluorescence analysis of H3K9me2 in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 10 μm. Relative fluorescence intensity of H3K9me2 signals in control (n = 29) and Mcrs1-KD (n = 22) GV oocytes. **P = 0.0035. (F) Immunofluorescence analysis of H4K16ac in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 10 μm. Relative fluorescence intensity of H4K16ac signals in control (n = 30) and Mcrs1-KD (n = 28) GV oocytes. *P = 0.022."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "HDAC2", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Relative", "fluorescence", "intensity", "of", "HDAC2", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "27", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "24", ")", "GV", "oocytes", ".", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunofluorescence analysis of HDAC2 in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 10 μm. Relative fluorescence intensity of HDAC2 signals in control (n = 27) and Mcrs1-KD (n = 24) GV oocytes. ***P = 0.0005."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "images", "of", "spindle", "assembly", "at", "3", "h", "post", "-", "release", "from", "IBMX", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative images of spindle assembly at 3 h post-release from IBMX in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "H3S10ph", "and", "α", "-", "tubulin", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "The", "scattergram", "shows", "the", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "H3S10ph", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "21", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "23", ")", "oocytes", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "017", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunofluorescence analysis of H3S10ph and α-tubulin in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm. The scattergram shows the relative fluorescence intensity of H3S10ph signals in control (n = 21) and Mcrs1-KD (n = 23) oocytes. *P = 0.017."}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "γ", "-", "tubulin", "and", "α", "-", "tubulin", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "The", "histogram", "shows", "the", "percentages", "of", "control", "(", "n", "=", "55", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "63", ")", "oocytes", "with", "abnormal", "γ", "-", "tubulin", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "014", ".", "(", "I", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "acetylated", "tubulin", "and", "α", "-", "tubulin", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "The", "scattergram", "shows", "the", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "acetylated", "tubulin", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "83", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "66", ")", "oocytes", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0046", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunofluorescence analysis of γ-tubulin and α-tubulin in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm. The histogram shows the percentages of control (n = 55) and Mcrs1-KD (n = 63) oocytes with abnormal γ-tubulin. *P = 0.014. (I) Immunofluorescence analysis of acetylated tubulin and α-tubulin in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm. The scattergram shows the relative fluorescence intensity of acetylated tubulin signals in control (n = 83) and Mcrs1-KD (n = 66) oocytes. **P = 0.0046."}
{"words": ["(", "C", ")", "Levels", "of", "p", "-", "Aurka", "and", "p", "-", "Aurkc", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "MI", "oocytes", ".", "The", "blots", "were", "probed", "with", "anti", "-", "p", "-", "Aurora", "A", "/", "B", "/", "C", "and", "anti", "-", "actin", "antibodies", ".", "(", "D", ")", "Co", "-", "IP", "was", "performed", "with", "an", "anti", "-", "Mcrs1", "antibody", ".", "The", "immunoblots", "of", "protein", "precipitates", "were", "probed", "with", "an", "anti", "-", "Aurka", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Levels of p-Aurka and p-Aurkc in control and Mcrs1-KD MI oocytes. The blots were probed with anti-p-Aurora A/B/C and anti-actin antibodies. (D) Co-IP was performed with an anti-Mcrs1 antibody. The immunoblots of protein precipitates were probed with an anti-Aurka antibody."}
{"words": ["(", "G", ")", "Percentages", "of", "control", "(", "n", "=", "92", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "73", ")", ",", "and", "Aurka", "-", "rescue", "(", "n", "=", "67", ")", "oocytes", "that", "underwent", "PBE", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "033", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "018", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Percentages of control (n = 92), Mcrs1-KD (n = 73), and Aurka-rescue (n = 67) oocytes that underwent PBE. *P = 0.033; *P = 0.018."}
{"words": ["(", "H", ")", "Percentages", "of", "control", "(", "n", "=", "69", ")", ",", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "76", ")", ",", "and", "Aurka", "-", "rescue", "(", "n", "=", "43", ")", "oocytes", "with", "abnormal", "spindles", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "018", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "024", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Percentages of control (n = 69), Mcrs1-KD (n = 76), and Aurka-rescue (n = 43) oocytes with abnormal spindles. *P = 0.018; *P = 0.024."}
{"words": ["(", "K", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "Kif2A", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "The", "histogram", "shows", "the", "percentages", "of", "control", "(", "n", "=", "50", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "61", ")", "oocytes", "with", "abnormal", "Kif2A", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "003", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Immunofluorescence analysis of Kif2A in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm. The histogram shows the percentages of control (n = 50) and Mcrs1-KD (n = 61) oocytes with abnormal Kif2A. **P = 0.003."}
{"words": ["(", "L", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "TPX2", "and", "α", "-", "tubulin", "in", "control", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "The", "scattergram", "shows", "the", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "TPX2", "signals", "in", "control", "(", "n", "=", "48", ")", "and", "Mcrs1", "-", "KD", "(", "n", "=", "52", ")", "oocytes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Immunofluorescence analysis of TPX2 and α-tubulin in control and Mcrs1-KD oocytes. Scale bar, 20 μm. The scattergram shows the relative fluorescence intensity of TPX2 signals in control (n = 48) and Mcrs1-KD (n = 52) oocytes."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "active", "fragment", "of", "mTOR", "or", "active", "Akt2", "was", "incubated", "with", "Flag", "-", "RagC", "WT", "purified", "from", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "The", "kinase", "reaction", "was", "performed", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "mTOR", "inhibitor", "Torin", "or", "Akt", "inhibitor", "GDC", "-", "0068", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "(B) The active fragment of mTOR or active Akt2 was incubated with Flag-RagC WT purified from HEK-293E cells. The kinase reaction was performed in the presence or absence of mTOR inhibitor Torin or Akt inhibitor GDC-0068."}
{"words": ["(", "C", ")", "HEK", "-", "293E", "Cells", "were", "deprived", "of", "serum", "for", "2", "hr", "followed", "by", "insulin", "(", "100nM", ")", "stimulation", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Lysates", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "for", "phosphorylation", "of", "RagC", "and", "proteins", "known", "to", "belong", "to", "the", "Akt", "and", "mTOR", "pathways", ".", "Graph", "shows", "mean", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "Western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", "or", "the", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HEK-293E Cells were deprived of serum for 2 hr followed by insulin (100nM) stimulation for the indicated time. Lysates were analysed by Western blot for phosphorylation of RagC and proteins known to belong to the Akt and mTOR pathways. Graph shows mean of quantitative analyses of the Western blots after normalization for total protein or the loading controls."}
{"words": ["(", "D", ")", "HEK", "-", "293E", "cells", "were", "deprived", "of", "total", "amino", "acids", "for", "1hr", "followed", "by", "addition", "of", "amino", "acids", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Lysates", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "for", "phosphorylation", "of", "RagC", "and", "proteins", "known", "to", "belong", "to", "the", "Akt", "and", "mTOR", "pathways", ".", "Graph", "shows", "mean", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "Western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", "or", "the", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HEK-293E cells were deprived of total amino acids for 1hr followed by addition of amino acids for the indicated time. Lysates were analysed by Western blot for phosphorylation of RagC and proteins known to belong to the Akt and mTOR pathways. Graph shows mean of quantitative analyses of the Western blots after normalization for total protein or the loading controls."}
{"words": ["(", "E", ")", "Control", "or", "iRapKO", "MEFs", "were", "treated", "with", "or", "without", "2", "μM", "4", "-", "Hydroxytamoxifen", "(", "4", "-", "OHT", ")", "for", "4", "days", "to", "induce", "Raptor", "knockout", ".", "Treated", "cells", "were", "deprived", "of", "serum", "for", "2", "hr", ",", "followed", "by", "insulin", "(", "100", "nM", ")", "stimulation", "for", "10", "min", ",", "and", "samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Control or iRapKO MEFs were treated with or without 2 μM 4-Hydroxytamoxifen (4-OHT) for 4 days to induce Raptor knockout. Treated cells were deprived of serum for 2 hr, followed by insulin (100 nM) stimulation for 10 min, and samples were analysed by Western blot."}
{"words": ["(", "F", ")", "SIN1", "WT", "was", "expressed", "in", "SIN1", "KO", "MEFs", ",", "and", "cells", "were", "selected", "by", "FACS", ".", "Cell", "lines", "were", "deprived", "of", "serum", "for", "2", "hr", ",", "followed", "by", "insulin", "(", "100", "nM", ")", "stimulation", "for", "10", "min", ",", "and", "samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) SIN1 WT was expressed in SIN1 KO MEFs, and cells were selected by FACS. Cell lines were deprived of serum for 2 hr, followed by insulin (100 nM) stimulation for 10 min, and samples were analysed by Western blot."}
{"words": ["The", "active", "fragment", "of", "mTOR", "was", "incubated", "with", "Flag", "-", "RagC", "WT", "purified", "from", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "The", "kinase", "reaction", "was", "performed", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "mTOR", "inhibitor", "Torin", "or", "Rapamycin", ".", "Samples", "were", "analysed", "by", "Mass", "Spectrum", "for", "pRagC"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The active fragment of mTOR was incubated with Flag-RagC WT purified from HEK-293E cells. The kinase reaction was performed in the presence or absence of mTOR inhibitor Torin or Rapamycin. Samples were analysed by Mass Spectrum for pRagC T394"}
{"words": ["The", "active", "fragment", "of", "mTOR", "was", "incubated", "with", "Flag", "-", "RagC", "WT", "purified", "from", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "The", "kinase", "reaction", "was", "performed", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "mTOR", "inhibitor", "Torin", "or", "Rapamycin", ".", "Samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "for", "pRagC"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The active fragment of mTOR was incubated with Flag-RagC WT purified from HEK-293E cells. The kinase reaction was performed in the presence or absence of mTOR inhibitor Torin or Rapamycin. Samples were analysed by Western blot for pRagC S21"}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "HA", "-", "RagC", "HeLa", "Flp", "-", "In", "T", "-", "Rex", "stable", "cell", "lines", "were", "created", "(", "See", "methods", "for", "details", ")", "and", "the", "expression", "of", "RagC", "WT", "or", "mutants", "was", "induced", "by", "addition", "of", "tetracycline", "overnight", ".", "Cells", "were", "deprived", "of", "serum", "for", "2", "hr", "followed", "by", "insulin", "(", "100nM", ")", "stimulation", "for", "20", "min", ".", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "levels", "of", "the", "specified", "proteins", "and", "the", "phosphorylation", "state", "of", "S6K1", ".", "Graphs", "indicate", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "no", "significant", "difference", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "(", "B", ")", "Expression", "of", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "was", "induced", "by", "addition", "of", "tetracycline", "overnight", ".", "Cells", "were", "serum", "starved", "for", "2", "hr", "followed", "by", "insulin", "(", "100nM", ")", "stimulation", "for", "20", "min", ".", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "levels", "of", "the", "specified", "proteins", "and", "the", "phosphorylation", "state", "of", "S6K1", ".", "Graphs", "indicate", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "no", "significant", "difference", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "=", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) The HA-RagC HeLa Flp-In T-Rex stable cell lines were created (See methods for details) and the expression of RagC WT or mutants was induced by addition of tetracycline overnight. Cells were deprived of serum for 2 hr followed by insulin (100nM) stimulation for 20 min. Lysates were analyzed by Western blot for levels of the specified proteins and the phosphorylation state of S6K1. Graphs indicate the mean ± S.E.M. of quantitative analyses of the western blots after normalization for total protein (* p<0.05, # no significant difference, two tailed Student's t test, n=3). (B) Expression of RagC WT, 3A or 3E was induced by addition of tetracycline overnight. Cells were serum starved for 2 hr followed by insulin (100nM) stimulation for 20 min. Lysates were analyzed by Western blot for the levels of the specified proteins and the phosphorylation state of S6K1. Graphs indicate the mean ± S.E.M. of quantitative analyses of the western blots after normalization for total protein (* p<0.05, # no significant difference, two tailed Student's t test, n=3) "}
{"words": ["(", "C", ")", "Expression", "of", "RagC", "WT", "and", "3A", "was", "induced", "by", "addition", "of", "tetracycline", "overnight", ".", "Cells", "were", "serum", "starved", "for", "2", "hr", "followed", "by", "insulin", "(", "100nM", ")", "stimulation", "for", "indicated", "time", ".", "Left", ":", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "levels", "of", "the", "specified", "proteins", "and", "the", "phosphorylation", "state", "of", "S6K1", ".", "Right", ":", "Graph", "shows", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "Western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", ",", "n", "=", "3"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Expression of RagC WT and 3A was induced by addition of tetracycline overnight. Cells were serum starved for 2 hr followed by insulin (100nM) stimulation for indicated time. Left: Lysates were analyzed by Western blot for the levels of the specified proteins and the phosphorylation state of S6K1. Right: Graph shows mean ± S.E.M. of quantitative analyses of the Western blots after normalization for total protein, n=3 "}
{"words": ["(", "D", ")", "HEK", "-", "293E", "cells", "stably", "expressing", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "deprived", "of", "total", "amino", "acids", "for", "1hr", "followed", "by", "addition", "of", "amino", "acids", "for", "10", "min", ".", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "levels", "of", "the", "specified", "proteins", "and", "the", "phosphorylation", "state", "of", "S6K1", ".", "Graphs", "indicate", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "the", "western", "blots", "after", "normalization", "for", "total", "protein", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "=", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) HEK-293E cells stably expressing RagC WT, 3A or 3E were deprived of total amino acids for 1hr followed by addition of amino acids for 10 min. Lysates were analyzed by Western blot for the levels of the specified proteins and the phosphorylation state of S6K1. Graphs indicate the mean ± S.E.M. of quantitative analyses of the western blots after normalization for total protein (* p<0.05, ** p<0.01, two tailed Student's t test, n=3) "}
{"words": ["(", "A", ")", "Expression", "of", "RagC", "WT", ",", "3A", ",", "or", "3E", "was", "induced", "by", "overnight", "addition", "of", "tetracycline", "in", "HeLa", "cells", "followed", "by", "cell", "size", "analysis", "using", "a", "particle", "size", "counter", "(", "Horizontal", "lines", ",", "box", "limits", "and", "whiskers", "represent", "the", "median", ",", "the", "25th", "percentile", "ot", "the", "75th", "percentile", "and", "the", "minimum", "to", "the", "maximum", "respectively", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "no", "significant", "difference", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "multiple", "comparisons", ",", "n", "=", "4", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Expression of RagC WT, 3A, or 3E was induced by overnight addition of tetracycline in HeLa cells followed by cell size analysis using a particle size counter (Horizontal lines, box limits and whiskers represent the median, the 25th percentile ot the 75th percentile and the minimum to the maximum respectively. * p<0.05, # no significant difference, One-way ANOVA with Bonferroni multiple comparisons, n=4) "}
{"words": ["(", "B", ")", "Phospho", "-", "RagC", "positively", "regulates", "wing", "compartment", "size", "in", "Drosophila", ".", "Over", "-", "expression", "(", "OE", ")", "of", "dRagC", "WT", ",", "3A", ",", "or", "3E", "in", "wing", "posterior", "compartment", "using", "en", "-", "Gal4", "driver", "and", "the", "posterior", "compartment", "sizes", "were", "measured", "in", "each", "genotype", "(", "(", "Horizontal", "lines", ",", "box", "limits", "and", "whiskers", "represent", "the", "median", ",", "the", "25th", "percentile", "ot", "the", "75th", "percentile", "and", "the", "minimum", "to", "the", "maximum", "respectively", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "multiple", "comparisons", ",", "n", "≥", "63", "flies", "per", "condition", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Phospho-RagC positively regulates wing compartment size in Drosophila. Over-expression (OE) of dRagC WT, 3A, or 3E in wing posterior compartment using en-Gal4 driver and the posterior compartment sizes were measured in each genotype ((Horizontal lines, box limits and whiskers represent the median, the 25th percentile ot the 75th percentile and the minimum to the maximum respectively. ** p<0.01, *** p<0.001, **** p<0.0001, One-way ANOVA with Bonferroni multiple comparisons, n ≥ 63 flies per condition) "}
{"words": ["(", "C", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "transiently", "expressed", "in", "stable", "RagC", "knockdown", "HEK", "-", "293E", "cells", "followed", "by", "cell", "size", "analysis", "using", "a", "particle", "size", "counter", "(", "Horizontal", "lines", ",", "box", "limits", "and", "whiskers", "represent", "the", "median", ",", "the", "25th", "percentile", "ot", "the", "75th", "percentile", "and", "the", "minimum", "to", "the", "maximum", "respectively", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "#", "no", "significant", "difference", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "multiple", "comparisons", ",", "n", "=", "2", "for", "C2", "and", "n", "=", "4", "for", "other", "conditions", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Empty vector (EV), RagC WT, 3A or 3E were transiently expressed in stable RagC knockdown HEK-293E cells followed by cell size analysis using a particle size counter (Horizontal lines, box limits and whiskers represent the median, the 25th percentile ot the 75th percentile and the minimum to the maximum respectively. * p<0.05, ** p<0.01, **** p<0.0001, # no significant difference, One-way ANOVA with Bonferroni multiple comparisons, n=2 for C2 and n=4 for other conditions) "}
{"words": ["(", "D", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "HA", "-", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "expressed", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", "followed", "48", "hr", "later", "by", "incubation", "with", "DMEM", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "serum", "for", "4", "hr", ".", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "phosphorylation", "of", "ULK1", "and", "total"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": " (D) Empty vector (EV), HA-RagC WT, 3A or 3E were expressed in HEK-293E cells followed 48 hr later by incubation with DMEM in the presence or absence of serum for 4 hr. Lysates were analyzed by Western blot for phosphorylation of ULK1 and total ULK1"}
{"words": ["(", "E", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "HA", "-", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "expressed", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", "followed", "48", "hr", "later", "by", "incubation", "with", "DMEM", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "serum", "for", "4", "hr", ".", "Chloroquine", "(", "100μM", ")", "was", "added", "to", "media", "30", "min", "prior", "to", "harvest", ".", "Lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "levels", "of", "LC3", "-", "II", "and", "14", "-", "3", "-", "3", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "LC3", "-", "II", "blotting", "after", "normalization", "for", "14", "-", "3", "-", "3", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "=", "4"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Empty vector (EV), HA-RagC WT, 3A or 3E were expressed in HEK-293E cells followed 48 hr later by incubation with DMEM in the presence or absence of serum for 4 hr. Chloroquine (100μM) was added to media 30 min prior to harvest. Lysates were analyzed by Western blot for levels of LC3-II and 14-3-3.Graphs show mean ± S.E.M. of quantitative analyses of LC3-II blotting after normalization for 14-3-3. * p<0.05, two tailed Student's t test, n=4 "}
{"words": ["(", "F", ")", "GFP", "-", "LC3", "was", "co", "-", "expressed", "with", "empty", "vector", ",", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", "followed", "48", "hr", "later", "by", "serum", "deprivation", "for", "4", "hr", ".", "Chloroquine", "(", "100μM", ")", "was", "added", "to", "media", "30", "min", "prior", "to", "harvest", ".", "LC3", "and", "RagC", "were", "monitored", "by", "confocal", "fluorescence", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) GFP-LC3 was co-expressed with empty vector, RagC WT, 3A or 3E in HEK-293E cells followed 48 hr later by serum deprivation for 4 hr. Chloroquine (100μM) was added to media 30 min prior to harvest. LC3 and RagC were monitored by confocal fluorescence microscopy. Scale bar, 10 µm "}
{"words": ["(", "G", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "GFP", "puncta", "(", "F", ")", "(", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "≥", "21", ")", ".", "Mean", "value", "is", "shown", "as", "a", "horizontal", "bar"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Quantitative analysis of GFP puncta (F) (**** p<0.0001, two tailed Student's t test; n ≥ 21). Mean value is shown as a horizontal bar "}
{"words": ["(", "A", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "HA", "-", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "transiently", "expressed", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "RagC", "and", "lysosome", "maker", ",", "Lamp1", ",", "were", "monitored", "by", "confocal", "fluorescence", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Empty vector (EV), HA-RagC WT, 3A or 3E were transiently expressed in HEK-293E cells. RagC and lysosome maker, Lamp1, were monitored by confocal fluorescence microscopy. Scale bar, 10 μm "}
{"words": ["(", "B", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "HA", "-", "RagC", "WT", "or", "3A", "were", "transiently", "expressed", "with", "scramble", "or", "RagC", "&", "RagD", "shRNA", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "mTOR", "and", "HA", "-", "RagC", "were", "monitored", "by", "confocal", "fluorescence", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Empty vector (EV), HA-RagC WT or 3A were transiently expressed with scramble or RagC & RagD shRNA in HEK-293E cells. mTOR and HA-RagC were monitored by confocal fluorescence microscopy. Scale bar, 10 µm "}
{"words": ["(", "C", ")", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "Flag", "-", "RagC", "WT", ",", "3A", "or", "3E", "were", "transiently", "expressed", "with", "HA", "-", "RagA", "in", "HEK", "-", "293E", "cells", ".", "Total", "cell", "lysates", "and", "amounts", "of", "mTOR", ",", "Raptor", "and", "HA", "-", "RagA", "in", "the", "Flag", "-", "RagC", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "Western", "blots", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "≥", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Empty vector (EV), Flag-RagC WT, 3A or 3E were transiently expressed with HA-RagA in HEK-293E cells. Total cell lysates and amounts of mTOR, Raptor and HA-RagA in the Flag-RagC immunoprecipitates were analyzed by Western blot. Graphs show mean ± S.E.M. of quantitative analyses of Western blots (* p<0.05, two tailed Student's t test, n ≥ 3) "}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "of", "HA", "-", "RagC", "WT", ",", "3A", ",", "or", "3E", "was", "induced", "by", "overnight", "addition", "of", "tetracycline", "in", "HeLa", "cells", ".", "Total", "cell", "lysates", "(", "TCL", ")", "and", "amount", "of", "mTOR", "in", "the", "Raptor", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "quantitative", "analyses", "of", "Western", "blots", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "n", "=", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Expression of HA-RagC WT, 3A, or 3E was induced by overnight addition of tetracycline in HeLa cells. Total cell lysates (TCL) and amount of mTOR in the Raptor immunoprecipitates were analyzed by Western blot. Graphs show mean ± S.E.M. of quantitative analyses of Western blots (*** p<0.001, Student's t test, n=3)"}
{"words": ["A", ",", "Rb1", "protein", "(", "RB", ")", "was", "expressed", "in", "uterine", "luminal", "epithelium", "and", "stroma", "during", "early", "pregnancy", "in", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "arrowhead", ",", "embryo", ".", "B", ",", "Phosphorylated", "RB", "(", "pRB", ")", "protein", ",", "the", "inactive", "form", "of", "RB", ",", "was", "expressed", "in", "the", "luminal", "epithelium", "on", "days", "2", "and", "3", "of", "pregnancy", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Rb1 protein (RB) was expressed in uterine luminal epithelium and stroma during early pregnancy in mice. Scale bar = 100μm; arrowhead, embryo. B, Phosphorylated RB (pRB) protein, the inactive form of RB, was expressed in the luminal epithelium on days 2 and 3 of pregnancy. Scale bar = 100μm. "}
{"words": ["C", ",", "RB", "was", "efficiently", "deleted", "in", "the", "uterus", "of", "mice", "with", "uterine", "deletion", "of", "Rb1", "(", "Rb1d", "/", "d", "mice", ")", "on", "day", "4", "of", "pregnancy", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ".", "D", ",", "RB", "expression", "was", "normal", "in", "the", "ovary", "of", "Rb1d", "/", "d", "mice", "on", "day", "4", "of", "pregnancy", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, RB was efficiently deleted in the uterus of mice with uterine deletion of Rb1 (Rb1d/d mice) on day 4 of pregnancy. Scale bar = 100μm. D, RB expression was normal in the ovary of Rb1d/d mice on day 4 of pregnancy. Scale bar = 100μm."}
{"words": ["E", ",", "The", "number", "of", "new", "-", "born", "pups", "was", "decreased", "in", "Rb1d", "/", "d", "dams", "(", "n", "=", "37", "different", "dams", ")", "compared", "to", "their", "littermate", "controls", "(", "Rb1f", "/", "f", "mice", ",", "n", "=", "20", "different", "dams", ")", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, The number of new-born pups was decreased in Rb1d/d dams (n=37 different dams) compared to their littermate controls (Rb1f/f mice, n=20 different dams) (mean ± SEM, Student's t test)."}
{"words": ["A", "-", "C", ",", "Ovulation", ",", "fertilization", "and", "development", "of", "preimplantation", "embryos", "were", "normal", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", "(", "A", "&", "C", ",", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ";", "B", ",", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", ";", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C, Ovulation, fertilization and development of preimplantation embryos were normal in Rb1d/d mice (A&C, mean ± SEM, Student's t test; n=5 mice for each group; B, Fisher's exact test; n=5 mice for each group)."}
{"words": ["Number", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "on", "day", "4", "in", "uterine", "epithelium", "of", "Rb1d", "/", "d", "mice", "was", "higher", "than", "that", "of", "Rb1f", "/", "f", "mice", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of Ki67-positive cells on day 4 in uterine epithelium of Rb1d/d mice was higher than that of Rb1f/f mice (mean ± SEM, Student's t test; n=5 mice for each group). Scale bar, 100μm; le, luminal epithelium; s, stroma."}
{"words": ["Number", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "on", "day", "4", "in", "uterine", "epithelium", "of", "Rb1d", "/", "d", "mice", "was", "higher", "than", "that", "of", "Rb1f", "/", "f", "mice", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of Ki67-positive cells on day 4 in uterine epithelium of Rb1d/d mice was higher than that of Rb1f/f mice (mean ± SEM, Student's t test; n=5 mice for each group). Scale bar, 100μm; le, luminal epithelium; s, stroma."}
{"words": ["F", "-", "G", ",", "Embryo", "attachment", "occurred", "normally", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", "at", "0900h", "on", "day", "5", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "5", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "Arrow", ",", "implantation", "site", ";", "scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-G, Embryo attachment occurred normally in Rb1d/d mice at 0900h on day 5 (mean ± SEM, Student's t test; n=5 mice for each group). Arrow, implantation site; scale bar = 1 cm."}
{"words": ["H", "-", "I", ",", "Rb1d", "/", "d", "mice", "showed", "higher", "rate", "of", "embryo", "resorption", "on", "day", "8", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", ";", "n", "=", "45", "implantation", "sites", "for", "Rb1f", "/", "f", "mice", "and", "n", "=", "46", "implantation", "sites", "for", "Rb1d", "/", "d", "mice", ")", ".", "Arrow", ",", "implantation", "site", ";", "scale", "bar", "=", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H-I, Rb1d/d mice showed higher rate of embryo resorption on day 8 (*P<0.05; Fisher's exact test; n=45 implantation sites for Rb1f/f mice and n=46 implantation sites for Rb1d/d mice). Arrow, implantation site; scale bar = 1 cm."}
{"words": ["J", ",", "H", "&", "E", "staining", "showed", "embryo", "resorption", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", "on", "day", "8", "of", "pregnancy", ".", "Scale", "bar", "=", "200", "μm", ";", "arrowhead", ",", "embryo", ";", "arrow", ",", "broken", "embryo", "with", "blood", "cell", "infiltration", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J, H&E staining showed embryo resorption in Rb1d/d mice on day 8 of pregnancy. Scale bar = 200 μm; arrowhead, embryo; arrow, broken embryo with blood cell infiltration."}
{"words": ["K", ",", "Weight", "of", "implantation", "site", "was", "comparable", "between", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "on", "day", "6", ",", "but", "reduced", "on", "day", "8", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", "compared", "to", "Rb1f", "/", "f", "mice", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "6", "mice", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K, Weight of implantation site was comparable between Rb1f/f and Rb1d/d mice on day 6, but reduced on day 8 in Rb1d/d mice compared to Rb1f/f mice (mean ± SEM, Student's t test; n=6 mice for each group)."}
{"words": ["L", "-", "M", ",", "Expression", "of", "Cox2", "and", "Bmp2", ",", "markers", "of", "decidualization", ",", "was", "comparable", "in", "between", "Rb1d", "/", "d", "and", "Rb1f", "/", "f", "mice", "at", "0900h", "on", "day", "6", "in", "implantation", "sites", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "4", "mice", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L-M, Expression of Cox2 and Bmp2, markers of decidualization, was comparable in between Rb1d/d and Rb1f/f mice at 0900h on day 6 in implantation sites (mean ± SEM, Student's t test; n=4 mice for each group)."}
{"words": ["A", ",", "Immunostaining", "of", "cytokeratin", "8", "(", "CK8", ")", ",", "a", "marker", "of", "epithelial", "cell", "lineage", ",", "showed", "that", "epithelial", "alignment", "is", "collapsed", "and", "the", "trophoblast", "invades", "the", "stroma", "at", "implantation", "sites", "in", "Rb1f", "/", "f", "mice", ",", "while", "epithelial", "alignment", "is", "persistent", "and", "trophoblast", "invasion", "into", "the", "stroma", "is", "compromised", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", ";", "arrowhead", ",", "an", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Immunostaining of cytokeratin 8 (CK8), a marker of epithelial cell lineage, showed that epithelial alignment is collapsed and the trophoblast invades the stroma at implantation sites in Rb1f/f mice, while epithelial alignment is persistent and trophoblast invasion into the stroma is compromised in Rb1d/d mice. Scale bar = 200μm; arrowhead, an embryo."}
{"words": ["B", ",", "Transmission", "electron", "microscopic", "analyses", "(", "TEM", ")", "showed", "that", "the", "uterine", "epithelium", "surrounding", "the", "embryo", "disappears", "and", "the", "trophoblast", "contacts", "directly", "with", "the", "stroma", "at", "2000h", "on", "day", "5", "in", "Rb1f", "/", "f", "mice", ",", "while", "the", "uterine", "epithelium", "is", "persistent", "and", "the", "embryo", "does", "not", "attach", "to", "the", "stroma", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ";", "red", "dotted", "line", ",", "stroma", ";", "green", "dotted", "line", ",", "luminal", "epithelium", ";", "blue", "dotted", "line", ",", "trophoblast", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Transmission electron microscopic analyses (TEM) showed that the uterine epithelium surrounding the embryo disappears and the trophoblast contacts directly with the stroma at 2000h on day 5 in Rb1f/f mice, while the uterine epithelium is persistent and the embryo does not attach to the stroma in Rb1d/d mice. Scale bar = 10µm; red dotted line, stroma; green dotted line, luminal epithelium; blue dotted line, trophoblast."}
{"words": ["C", ",", "TEM", "showed", "that", "fragmented", "luminal", "epithelial", "cells", "with", "cytoplasmic", "lipid", "droplets", "are", "engulfed", "by", "the", "trophoblast", "in", "the", "control", "mice", "(", "Rb1f", "/", "f", "mice", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "2µm", ".", "Arrowhead", ",", "cytoplasmic", "fragments", "engulfed", "by", "trophoblast", ";", "yellow", "dotted", "line", "circle", ",", "cytoplasmic", "lipid", "droplets", "in", "the", "luminal", "epithelium", ";", "red", "dotted", "line", ",", "stroma", ";", "green", "dotted", "line", ",", "luminal", "epithelium", ";", "blue", "dotted", "line", ",", "trophoblast", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, TEM showed that fragmented luminal epithelial cells with cytoplasmic lipid droplets are engulfed by the trophoblast in the control mice (Rb1f/f mice). Scale bar = 2µm. Arrowhead, cytoplasmic fragments engulfed by trophoblast; yellow dotted line circle, cytoplasmic lipid droplets in the luminal epithelium; red dotted line, stroma; green dotted line, luminal epithelium; blue dotted line, trophoblast."}
{"words": ["D", ",", "TEM", "showed", "that", "the", "microvilli", ",", "markers", "of", "uterine", "receptivity", ",", "were", "observed", "at", "the", "surface", "of", "intact", "luminal", "epithelium", "on", "day", "4", "of", "pregnancy", "and", "epithelial", "cells", "with", "cytoplasmic", "lipid", "droplets", "were", "observed", "at", "2000h", "on", "day", "5", "of", "pregnancy", "in", "the", "control", "mice", "(", "Rb1f", "/", "f", "mice", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "2µm", ";", "red", "dotted", "line", ",", "stroma", ";", "green", "dotted", "line", ",", "luminal", "epithelium", ";", "blue", "dotted", "line", ",", "trophoblast", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, TEM showed that the microvilli, markers of uterine receptivity, were observed at the surface of intact luminal epithelium on day 4 of pregnancy and epithelial cells with cytoplasmic lipid droplets were observed at 2000h on day 5 of pregnancy in the control mice (Rb1f/f mice). Scale bar = 2µm; red dotted line, stroma; green dotted line, luminal epithelium; blue dotted line, trophoblast."}
{"words": ["E", ",", "Immunofluorescence", "of", "MFG", "-", "E8", ",", "a", "marker", "of", "programmed", "cell", "death", ",", "showed", "that", "MFG", "-", "E8", "is", "not", "expressed", "at", "the", "implantation", "sites", "of", "Rb1f", "/", "f", "mice", "at", "0900h", "on", "day", "5", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "at", "0900h", "and", "2000h", "on", "day", "5", ",", "but", "is", "expressed", "at", "the", "implantation", "sites", "of", "Rb1f", "/", "f", "mice", "at", "2000h", "on", "day", "5", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "blue", "signal", ",", "nuclei", "stained", "by", "DAPI", ";", "yellow", "signal", ",", "MFG", "-", "E8", ";", "arrowhead", ",", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Immunofluorescence of MFG-E8, a marker of programmed cell death, showed that MFG-E8 is not expressed at the implantation sites of Rb1f/f mice at 0900h on day 5 and Rb1d/d mice at 0900h and 2000h on day 5, but is expressed at the implantation sites of Rb1f/f mice at 2000h on day 5. Scale bar = 100μm; blue signal, nuclei stained by DAPI; yellow signal, MFG-E8; arrowhead, embryo."}
{"words": ["A", ",", "Serum", "estradiol", "-", "17β", "(", "E2", ")", "levels", "on", "days", "4", "and", "6", "of", "pregnancy", "were", "comparable", "between", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "4", "mice", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Serum estradiol-17β (E2) levels on days 4 and 6 of pregnancy were comparable between Rb1f/f and Rb1d/d mice (mean ± SEM, Student's t test; n=4 mice for each group)."}
{"words": ["B", ",", "Serum", "P4", "levels", "on", "days", "4", "and", "6", "of", "pregnancy", "were", "comparable", "between", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", ".", "In", "Rb1d", "/", "d", "mice", ",", "pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", "on", "days", "2", "and", "3", "increased", "serum", "P4", "levels", "on", "day", "4", "but", "did", "not", "affect", "those", "on", "day", "6", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "4", "mice", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Serum P4 levels on days 4 and 6 of pregnancy were comparable between Rb1f/f and Rb1d/d mice. In Rb1d/d mice, pre-implantation P4 treatment on days 2 and 3 increased serum P4 levels on day 4 but did not affect those on day 6 (mean ± SEM, Student's t test; n=4 mice for each group)."}
{"words": ["D", ",", "Persistent", "Ki67", "expression", "in", "the", "epithelium", "of", "Rb1d", "/", "d", "mice", "on", "day", "4", "was", "recovered", "by", "pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", "on", "days", "2", "and", "3", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ".", "E", ",", "Ratio", "of", "Ki67", "-", "positive", "epithelial", "cells", "in", "Rb1d", "/", "d", "mice", "was", "completely", "suppressed", "by", "pre", "-", "implantation", "P4", "supplementation", "on", "days", "2", "and", "3", ".", "The", "same", "data", "of", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "without", "P4", "treatment", "in", "Fig", "2D", "were", "used", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "5", "different", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "Three", "different", "high", "-", "powered", "fields", "per", "mouse", "were", "analyzed", "and", "each", "of", "the", "Ki67", "-", "posivie", "ratios", "was", "demonstrated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Persistent Ki67 expression in the epithelium of Rb1d/d mice on day 4 was recovered by pre-implantation P4 treatment on days 2 and 3. Scale bar = 100μm; le, luminal epithelium; s, stroma. E, Ratio of Ki67-positive epithelial cells in Rb1d/d mice was completely suppressed by pre-implantation P4 supplementation on days 2 and 3. The same data of Rb1f/f and Rb1d/d mice without P4 treatment in Fig 2D were used (mean ± SEM, Student's t test; n=5 different mice for each group). Three different high-powered fields per mouse were analyzed and each of the Ki67-posivie ratios was demonstrated. "}
{"words": ["G", ",", "Resorption", "rate", "was", "reduced", "on", "day", "8", "in", "Groups", "1", "(", "n", "=", "41", "different", "implantation", "sites", ")", "and", "2", "(", "n", "=", "30", "different", "implantation", "sites", ")", ",", "but", "not", "in", "Group", "3", "(", "n", "=", "40", "different", "implantation", "sites", ")", ".", "The", "same", "data", "of", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "without", "P4", "treatment", "in", "Fig", "2I", "were", "used", ".", "H", "&", "E", "staining", "was", "performed", "using", "all", "sections", "that", "shows", "the", "implantation", "sites", ",", "and", "resorption", "rate", "was", "evaluated", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "Rb1f", "/", "f", "mice", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "Rb1d", "/", "d", "mice", ";", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, Resorption rate was reduced on day 8 in Groups 1 (n=41 different implantation sites) and 2 (n=30 different implantation sites), but not in Group 3 (n=40 different implantation sites). The same data of Rb1f/f and Rb1d/d mice without P4 treatment in Fig 2I were used. H&E staining was performed using all sections that shows the implantation sites, and resorption rate was evaluated. *P<0.05 vs Rb1f/f mice; **P<0.05 vs Rb1d/d mice; Fisher's exact test."}
{"words": ["H", ",", "Number", "of", "pups", "delivered", "by", "Rb1d", "/", "d", "dams", "was", "normalized", "by", "pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", "on", "days", "2", "and", "3", "(", "Group", "2", ")", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "The", "same", "data", "of", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "dams", "without", "P4", "treatment", "in", "Fig", "1E", "were", "used", ".", "The", "numbers", "of", "pups", "in", "20", "Rb1f", "/", "f", "and", "37", "Rb1d", "/", "d", "dams", "without", "P4", "treatment", "and", "7", "Rb1d", "/", "d", "dams", "with", "P4", "treatment", "were", "evaluated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Number of pups delivered by Rb1d/d dams was normalized by pre-implantation P4 treatment on days 2 and 3 (Group 2)(mean ± SEM, Student's t test). The same data of Rb1f/f and Rb1d/d dams without P4 treatment in Fig 1E were used. The numbers of pups in 20 Rb1f/f and 37 Rb1d/d dams without P4 treatment and 7 Rb1d/d dams with P4 treatment were evaluated."}
{"words": ["A", ",", "pRIP3", ",", "a", "central", "mediator", "of", "necroptosis", ",", "was", "not", "expressed", "at", "the", "implantation", "sites", "of", "Rb1d", "/", "d", "mice", "but", "was", "expressed", "at", "those", "of", "Rb1f", "/", "f", "mice", "at", "1500h", "on", "day", "5", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "blue", "signal", ",", "nuclei", "stained", "by", "DAPI", ";", "purple", "signal", ",", "pRIP3", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ";", "arrowhead", ",", "embryo", ";", "green", "dotted", "line", ",", "luminal", "epithelium", ";", "red", "dotted", "line", ",", "stroma", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, pRIP3, a central mediator of necroptosis, was not expressed at the implantation sites of Rb1d/d mice but was expressed at those of Rb1f/f mice at 1500h on day 5. Scale bar = 100μm; blue signal, nuclei stained by DAPI; purple signal, pRIP3; le, luminal epithelium; s, stroma; arrowhead, embryo; green dotted line, luminal epithelium; red dotted line, stroma."}
{"words": ["B", ",", "TNFα", "stimulated", "the", "expression", "of", "pMLKL", ",", "a", "critical", "mediator", "of", "necroptosis", ",", "in", "the", "primary", "mouse", "uterine", "epithelial", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "50μm", ";", "blue", "signal", ",", "nuclei", "stained", "by", "DAPI", ";", "red", "signal", ",", "pMLKL", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, TNFα stimulated the expression of pMLKL, a critical mediator of necroptosis, in the primary mouse uterine epithelial cells. Scale bar = 50μm; blue signal, nuclei stained by DAPI; red signal, pMLKL."}
{"words": ["C", ",", "Uterine", "expression", "of", "Tnfα", "was", "elevated", "in", "the", "control", "mice", "(", "Rb1f", "/", "f", "mice", ")", "on", "days", "5", "and", "6", "compared", "to", "on", "day", "4", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "3", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "As", "for", "the", "uterine", "samples", "on", "days", "5", "and", "6", ",", "those", "with", "implantation", "sites", "were", "examined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Uterine expression of Tnfα was elevated in the control mice (Rb1f/f mice) on days 5 and 6 compared to on day 4 (mean ± SEM, Student's t test; n=3 mice for each group). As for the uterine samples on days 5 and 6, those with implantation sites were examined."}
{"words": ["D", ",", "The", "implanting", "embryo", "and", "the", "uterus", "produced", "TNFα", "at", "the", "implantation", "site", "of", "both", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", ".", "Immunostaining", "of", "TNFα", "at", "the", "implantation", "sites", "of", "Rb1f", "/", "f", "and", "Rb1d", "/", "d", "mice", "were", "performed", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "arrowhead", ",", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, The implanting embryo and the uterus produced TNFα at the implantation site of both Rb1f/f and Rb1d/d mice. Immunostaining of TNFα at the implantation sites of Rb1f/f and Rb1d/d mice were performed. Scale bar = 100μm; arrowhead, embryo."}
{"words": ["A", "-", "B", ",", "In", "vitro", "analyses", "using", "primary", "mouse", "uterine", "epithelial", "cells", "demonstrated", "that", "TNFα", "induces", "the", "expression", "of", "annexin", "V", ",", "a", "marker", "of", "PS", "presentation", "at", "the", "outer", "membrane", "of", "Rb1f", "/", "f", "epithelial", "cells", "but", "does", "not", "in", "Rb1d", "/", "d", "ones", ",", "and", "P4", "restores", "TNFα", "-", "primed", "annexin", "V", "expression", "in", "Rb1d", "/", "d", "uterine", "epithelial", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "Using", "three", "lines", "of", "primary", "mouse", "epithelial", "cells", "obtained", "from", "both", "Rb1f", "/", "fand", "Rb1d", "/", "d", "mice", ",", "the", "in", "vivo", "experiments", "were", "performed", "three", "times", ".", "Each", "of", "the", "annexin", "V", "-", "positive", "ratios", "was", "demonstrated", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "green", "signal", ",", "annexin", "V", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0], "text": "A-B, In vitro analyses using primary mouse uterine epithelial cells demonstrated that TNFα induces the expression of annexin V, a marker of PS presentation at the outer membrane of Rb1f/f epithelial cells but does not in Rb1d/d ones, and P4 restores TNFα-primed annexin V expression in Rb1d/d uterine epithelial cells (mean ± SEM, Student's t test). Using three lines of primary mouse epithelial cells obtained from both Rb1f/fand Rb1d/d mice, the in vivo experiments were performed three times. Each of the annexin V-positive ratios was demonstrated. Scale bar = 100μm; green signal, annexin V."}
{"words": ["C", "-", "D", ",", "Annexin", "V", "assay", "using", "primary", "mouse", "uterine", "epithelial", "cells", "showed", "that", "TNFα", "administration", "increases", "the", "expression", "of", "annexin", "V", "in", "growth", "-", "arrested", "mouse", "epithelial", "cells", "with", "thymidine", "treatment", ",", "but", "does", "not", "in", "the", "control", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "Using", "three", "lines", "of", "primary", "mouse", "epithelial", "cells", "obtained", "from", "both", "Rb1f", "/", "fand", "Rb1d", "/", "d", "mice", ",", "the", "in", "vivo", "experiments", "were", "performed", "three", "times", ".", "Each", "of", "the", "annexin", "V", "-", "positive", "ratios", "was", "demonstrated", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "green", "signal", ",", "annexin", "V", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0], "text": "C-D, Annexin V assay using primary mouse uterine epithelial cells showed that TNFα administration increases the expression of annexin V in growth-arrested mouse epithelial cells with thymidine treatment, but does not in the control cells (mean ± SEM, Student's t test). Using three lines of primary mouse epithelial cells obtained from both Rb1f/fand Rb1d/d mice, the in vivo experiments were performed three times. Each of the annexin V-positive ratios was demonstrated. Scale bar = 100μm; green signal, annexin V."}
{"words": ["E", ",", "The", "expression", "of", "TNF", "receptor", "type", "2", "(", "TNFR2", ")", "was", "upregulated", "in", "growth", "-", "arrested", "epithelial", "cells", "with", "thymidine", "and", "P4", "supplementation", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "Using", "three", "lines", "of", "primary", "mouse", "epithelial", "cells", "obtained", "from", "both", "Rb1f", "/", "fand", "Rb1d", "/", "d", "groups", ",", "qPCR", "was", "performed", "in", "duplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, The expression of TNF receptor type 2 (TNFR2) was upregulated in growth-arrested epithelial cells with thymidine and P4 supplementation (mean ± SEM, Student's t test). Using three lines of primary mouse epithelial cells obtained from both Rb1f/fand Rb1d/d groups, qPCR was performed in duplicate."}
{"words": ["A", ",", "In", "Rb1d", "/", "d", "mice", "with", "pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", ",", "the", "fragmented", "uterine", "epithelial", "cells", "with", "the", "cytoplasmic", "lipid", "droplets", "were", "engulfed", "by", "the", "trophoblast", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "2µm", ".", "Arrowhead", ",", "cytoplasmic", "fragments", "engulfed", "by", "trophoblast", ";", "dotted", "line", "circle", ",", "lipid", "droplets", "in", "the", "cytoplasm", ";", "tr", ",", "trophoblast", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ";", "red", "dotted", "line", ",", "stroma", ";", "green", "dotted", "line", ",", "luminal", "epithelium", ";", "blue", "dotted", "line", ",", "trophoblast", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, In Rb1d/d mice with pre-implantation P4 treatment, the fragmented uterine epithelial cells with the cytoplasmic lipid droplets were engulfed by the trophoblast cells. Scale bar = 2µm. Arrowhead, cytoplasmic fragments engulfed by trophoblast; dotted line circle, lipid droplets in the cytoplasm; tr, trophoblast; le, luminal epithelium; s, stroma; red dotted line, stroma; green dotted line, luminal epithelium; blue dotted line, trophoblast."}
{"words": ["B", ",", "Pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", "rescued", "the", "expression", "of", "MFG", "-", "E8", "on", "day", "5", "of", "pregnancy", "in", "Rb1d", "/", "d", "uteri", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ".", "Blue", "signal", ",", "nuclei", "stained", "by", "DAPI", ";", "yellow", "signal", ",", "MFG", "-", "E8", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ";", "arrowhead", ",", "embryo", ".", "C", ",", "Pre", "-", "implantation", "P4", "treatment", "recovered", "the", "expression", "of", "pRIP3", ",", "a", "mediator", "of", "necroptosis", ",", "on", "day", "5", "of", "pregnancy", "in", "Rb1d", "/", "d", "uteri", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "blue", "signal", ",", "nuclei", "stained", "by", "DAPI", ";", "purple", "signal", ",", "pRIP3", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ";", "arrowhead", ",", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Pre-implantation P4 treatment rescued the expression of MFG-E8 on day 5 of pregnancy in Rb1d/d uteri. Scale bar = 100μm. Blue signal, nuclei stained by DAPI; yellow signal, MFG-E8; le, luminal epithelium; s, stroma; arrowhead, embryo. C, Pre-implantation P4 treatment recovered the expression of pRIP3, a mediator of necroptosis, on day 5 of pregnancy in Rb1d/d uteri. Scale bar = 100μm; blue signal, nuclei stained by DAPI; purple signal, pRIP3; le, luminal epithelium; s, stroma; arrowhead, embryo. "}
{"words": ["A", ",", "RB", "was", "efficiently", "deleted", "in", "the", "uterine", "epithelium", "of", "uterine", "epithelium", "-", "specific", "conditional", "knockout", "mice", "(", "Rb1", "eKO", "mice", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ".", "Rb1", "eKO", "mice", ",", "Rb1loxP", "/", "loxPLtfCre", "/", "+", "mice", ";", "Rb1", "eControl", "mice", "(", "littermate", "controls", "of", "Rb1", "eKO", "mice", ")", ",", "Rb1loxP", "/", "loxP", "mice", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, RB was efficiently deleted in the uterine epithelium of uterine epithelium-specific conditional knockout mice (Rb1 eKO mice). Scale bar = 100μm. Rb1 eKO mice, Rb1loxP/loxPLtfCre/+ mice; Rb1 eControl mice (littermate controls of Rb1 eKO mice), Rb1loxP/loxP mice; le, luminal epithelium; s, stroma."}
{"words": ["B", ",", "Number", "of", "new", "-", "born", "pups", "was", "comparable", "between", "Rb1", "eKO", "and", "eControl", "dams", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "10", "different", "dams", "for", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Number of new-born pups was comparable between Rb1 eKO and eControl dams (mean ± SEM, Student's t test; n=10 different dams for each group)."}
{"words": ["C", ",", "The", "expression", "patterns", "of", "Ki67", "on", "day", "4", "in", "uterine", "epithelium", "were", "comparable", "between", "Rb1", "eKO", "and", "Rb1", "eControl", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, The expression patterns of Ki67 on day 4 in uterine epithelium were comparable between Rb1 eKO and Rb1 eControl mice. Scale bar, 100μm; le, luminal epithelium; s, stroma."}
{"words": ["A", ",", "Representative", "pictures", "of", "Ki67", "staining", "in", "the", "human", "endometria", "obtained", "from", "women", "at", "the", "time", "of", "embryo", "implantation", ".", "Samples", "were", "divided", "into", "two", "groups", "according", "to", "the", "outcome", "of", "clinical", "pregnancy", "following", "endometrial", "biopsy", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ";", "le", ",", "luminal", "epithelium", ";", "s", ",", "stroma", ".", "B", ",", "Ratio", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "in", "the", "human", "uterine", "luminal", "epithelium", "during", "the", "implantation", "period", "was", "lower", "in", "the", "group", "with", "pregnancy", "than", "the", "group", "without", "pregnancy", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ";", "n", "=", "10", "different", "individuals", "for", "each", "group", ")", ".", "Three", "different", "high", "-", "powered", "fields", "per", "sample", "were", "analyzed", "and", "each", "of", "the", "Ki67", "-", "posivie", "ratios", "was", "demonstrated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Representative pictures of Ki67 staining in the human endometria obtained from women at the time of embryo implantation. Samples were divided into two groups according to the outcome of clinical pregnancy following endometrial biopsy. Scale bar = 100μm; le, luminal epithelium; s, stroma. B, Ratio of Ki67-positive cells in the human uterine luminal epithelium during the implantation period was lower in the group with pregnancy than the group without pregnancy (mean ± SEM, Student's t test; n=10 different individuals for each group). Three different high-powered fields per sample were analyzed and each of the Ki67-posivie ratios was demonstrated."}
{"words": ["A", ".", "Live", "-", "cell", "imaging", "assay", "to", "detect", "mitotic", "perturbations", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "a", "chromatin", "marker", "(", "H2B", "-", "mCherry", ";", "red", ")", "and", "a", "nuclear", "import", "substrate", "(", "IBB", "-", "eGFP", ";", "green", ")", "were", "imaged", "by", "automated", "live", "-", "cell", "microscopy", "and", "the", "duration", "of", "mitosis", "from", "prometaphase", "to", "anaphase", "onset", "was", "automatically", "determined", "for", "each", "dividing", "cell", "based", "on", "the", "time", "from", "nuclear", "envelope", "breakdown", "(", "mitotic", "entry", ")", "until", "nuclear", "reassembly", "(", "mitotic", "exit", ")", "(", "Schmitz", "et", "al", ".", ",", "2010", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Live-cell imaging assay to detect mitotic perturbations. HeLa cells stably expressing a chromatin marker (H2B-mCherry; red) and a nuclear import substrate (IBB-eGFP; green) were imaged by automated live-cell microscopy and the duration of mitosis from prometaphase to anaphase onset was automatically determined for each dividing cell based on the time from nuclear envelope breakdown (mitotic entry) until nuclear reassembly (mitotic exit) (Schmitz et al., 2010)."}
{"words": ["B", ".", "miRNA", "mimic", "screen", "for", "miRNAs", "that", "regulate", "mitosis", "genes", ".", "miRNA", "-", "mimics", "from", "a", "library", "of", "all", "embryonic", "cortically", "expressed", "miRNAs", "were", "transfected", "individually", "into", "HeLa", "cells", "and", "prometaphase", "to", "anaphase", "onset", "duration", "was", "determined", "as", "in", "A", ".", "Individual", "points", "correspond", "to", "the", "mean", "z", "-", "score", "of", "the", "duration", "of", "prometaphase", "to", "anaphase", "onset", "determined", "in", "2", "independent", "experimental", "replicates", "for", "a", "given", "miRNA", "-", "mimic", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. miRNA mimic screen for miRNAs that regulate mitosis genes. miRNA-mimics from a library of all embryonic cortically expressed miRNAs were transfected individually into HeLa cells and prometaphase to anaphase onset duration was determined as in A. Individual points correspond to the mean z-score of the duration of prometaphase to anaphase onset determined in 2 independent experimental replicates for a given miRNA-mimic."}
{"words": ["C", ".", "Cumulative", "histograms", "of", "mitotic", "progression", "for", "control", "cells", "and", "for", "cells", "transfected", "with", "miRNA", "mimics", ".", "Nuclear", "envelope", "breakdown", "is", "at", "t", "=", "0", "min", ".", "(", "n", "≥", "71", "in", "all", "conditions", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Cumulative histograms of mitotic progression for control cells and for cells transfected with miRNA mimics. Nuclear envelope breakdown is at t = 0 min. (n ≥ 71 in all conditions)."}
{"words": ["D", ".", "Confocal", "time", "lapse", "microscopy", "images", "of", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "H2B", "-", "mCherry", "(", "red", ")", "and", "a", "microtubule", "marker", "(", "α", "-", "Tub", "-", "eGFP", ";", "green", ")", "48", "h", "after", "transfection", "of", "miR", "-", "449a", "mimic", ",", "or", "non", "-", "targeting", "control", "siRNA", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "spindle", "rotation", "and", "duration", "from", "prometaphase", "to", "anaphase", "onset", "in", "time", "-", "lapse", "movies", "as", "in", "D", ".", "miR", "-", "449a", "mimic", "promotes", "spindle", "rotation", ".", "Duration", "from", "prometaphase", "to", "anaphase", "onset", "was", "defined", "as", "the", "time", "from", "nuclear", "envelope", "breakdown", "to", "anaphase", "onset", ".", "Spindle", "rotation", "during", "metaphase", "was", "measured", "as", "described", "in", "methods", ".", "Individual", "data", "points", "correspond", "to", "single", "cells", "(", "n", "≥", "72", "in", "all", "conditions", ")", ".", "Normality", "was", "tested", "with", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Variance", "between", "samples", "was", "tested", "using", "F", "test", ".", "Significance", "was", "tested", "by", "Welch", "'", "s", "t", "test", ":", "p", "-", "value", "=", "2", ".", "598e", "-", "06", "comparing", "spindle", "rotation", "of", "negative", "control", "versus", "miR", "-", "449a", "mimic", "-", "transfected", "cells", "(", "all", "data", "points", "are", "compared", ")", ".", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "0005621", "(", "for", "cells", "with", "prometaphase", "-", "anaphase", "onset", "duration", "lower", "than", "60", "min", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Confocal time lapse microscopy images of HeLa cells stably expressing H2B-mCherry (red) and a microtubule marker (α-Tub-eGFP; green) 48 h after transfection of miR-449a mimic, or non-targeting control siRNA. Scale bar, 10 μm.E. Quantification of spindle rotation and duration from prometaphase to anaphase onset in time-lapse movies as in D. miR-449a mimic promotes spindle rotation. Duration from prometaphase to anaphase onset was defined as the time from nuclear envelope breakdown to anaphase onset. Spindle rotation during metaphase was measured as described in methods. Individual data points correspond to single cells (n ≥ 72 in all conditions). Normality was tested with Kolmogorov-Smirnov test. Variance between samples was tested using F test. Significance was tested by Welch's t test: p-value = 2.598e-06 comparing spindle rotation of negative control versus miR-449a mimic-transfected cells (all data points are compared). p-value = 0.0005621 (for cells with prometaphase-anaphase onset duration lower than 60 min."}
{"words": ["A", ".", "The", "expression", "levels", "of", "endogenous", "miR", "-", "34", "/", "449", "family", "members", "were", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "ventricular", "zone", "samples", "derived", "by", "laser", "microdissection", "of", "mouse", "cortices", "at", "E14", ".", "The", "levels", "of", "the", "different", "miR", "-", "34", "/", "449", "family", "members", "and", "miR", "-", "7a", "-", "1", ",", "a", "highly", "expressed", "miRNA", "relevant", "in", "cortical", "progenitor", "biology", ",", "were", "determined", ".", "All", "concentrations", "were", "normalized", "(", "norm", ".", ")", "using", "miR", "-", "7a", "-", "1", "concentration", "(", "n", "=", "8", "cortices", ",", "2", "different", "litters", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "standard", "error", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. The expression levels of endogenous miR-34/449 family members were measured by RT-qPCR in ventricular zone samples derived by laser microdissection of mouse cortices at E14. The levels of the different miR-34/449 family members and miR-7a-1, a highly expressed miRNA relevant in cortical progenitor biology, were determined. All concentrations were normalized (norm.) using miR-7a-1 concentration (n = 8 cortices, 2 different litters). Error bars indicate standard error."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "Expression", "analysis", "of", "miR", "-", "34", "/", "449", "by", "in", "situ", "hybridization", "using", "locked", "nucleic", "acid", "(", "LNA", ")", "probes", "in", "wild", "type", "cortices", "at", "E14", ".", "Mature", "miR", "-", "449", ",", "miR", "-", "34b", "and", "miR", "-", "34c", "are", "preferentially", "expressed", "in", "the", "subventricular", "(", "SVZ", ")", "and", "ventricular", "(", "VZ", ")", "zones", "of", "the", "neocortex", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "(", "A", ")", ",", "10", "μm", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. Expression analysis of miR-34/449 by in situ hybridization using locked nucleic acid (LNA) probes in wild type cortices at E14. Mature miR-449, miR-34b and miR-34c are preferentially expressed in the subventricular (SVZ) and ventricular (VZ) zones of the neocortex. Scale bar, 50 μm (A), 10 μm (B)."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "Expression", "analysis", "of", "miR", "-", "34", "/", "449", "by", "in", "situ", "hybridization", "using", "locked", "nucleic", "acid", "(", "LNA", ")", "probes", "in", "wild", "type", "cortices", "at", "E14", ".", "Mature", "miR", "-", "449", ",", "miR", "-", "34b", "and", "miR", "-", "34c", "are", "preferentially", "expressed", "in", "the", "subventricular", "(", "SVZ", ")", "and", "ventricular", "(", "VZ", ")", "zones", "of", "the", "neocortex", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "(", "B", ")", ",", "10", "μm", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. Expression analysis of miR-34/449 by in situ hybridization using locked nucleic acid (LNA) probes in wild type cortices at E14. Mature miR-449, miR-34b and miR-34c are preferentially expressed in the subventricular (SVZ) and ventricular (VZ) zones of the neocortex. Scale bar, 50 μm (B), 10 μm (C)."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Brains", "of", "adult", "mice", "(", "P23", ")", ",", "and", "quantification", "of", "brain", "weight", ".", "Dots", "indicate", "individual", "brains", ";", "red", "line", "indicates", "median", ".", "Mice", "lacking", "miR", "-", "449abc", "and", "miR", "-", "34bc", "(", "DKO", ")", "or", "miR", "-", "449abc", ",", "miR", "-", "34bc", ",", "and", "miR", "-", "34a", "(", "TKO", ")", "have", "significantly", "smaller", "brains", "compared", "to", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", ".", "Significance", "was", "tested", "by", "Pairwaise", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "correction", ";", "Het", "(", "n", "=", "6", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "vs", ".", "DKO", "(", "n", "=", "4", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "00215", ";", "Het", "(", "n", "=", "6", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "vs", ".", "TKO", "(", "n", "=", "4", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "00054", ".", "Subfigure", "G", "was", "statistically", "tested", "as", "in", "E", ".", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. Brains of adult mice (P23), and quantification of brain weight. Dots indicate individual brains; red line indicates median. Mice lacking miR-449abc and miR-34bc (DKO) or miR-449abc, miR-34bc, and miR-34a (TKO) have significantly smaller brains compared to littermate controls (Het). Significance was tested by Pairwaise t-test with Bonferroni correction; Het (n = 6 brains, 2 different litters) vs. DKO (n = 4 brains, 2 different litters) p-value = 0.00215; Het (n = 6 brains, 2 different litters) vs. TKO (n = 4 brains, 2 different litters) p-value = 0.00054. Subfigure G was statistically tested as in E. * indicates p ≤ 0.05, ** indicates p ≤ 0.01, *** indicates p ≤ 0.001."}
{"words": ["F", ",", "G", ".", "Confocal", "images", "of", "coronal", "brain", "sections", "(", "P23", ")", "and", "quantification", "of", "cortex", "width", "from", "miR", "-", "34", "/", "449", "DKO", "and", "TKO", "mice", "and", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", ".", "Sections", "were", "stained", "with", "DAPI", ".", "DKO", "or", "TKO", "mice", "have", "significantly", "thinner", "cortices", "compared", "to", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", "in", "adult", "mice", "(", "P23", ")", ".", "(", "n", "=", "6", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "vs", ".", "DKO", "(", "n", "=", "4", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "00084", ",", "Het", "(", "n", "=", "6", "brains", ",", "2", "different", "liters", ")", "vs", ".", "TKO", "(", "n", "=", "4", "brains", ",", "2", "different", "litters", ")", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "00211", ".", "Scale", "bar", ",", "500", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G. Confocal images of coronal brain sections (P23) and quantification of cortex width from miR-34/449 DKO and TKO mice and littermate controls (Het). Sections were stained with DAPI. DKO or TKO mice have significantly thinner cortices compared to littermate controls (Het) in adult mice (P23). (n = 6 brains, 2 different litters) vs. DKO (n = 4 brains, 2 different litters) p-value = 0.00084, Het (n = 6 brains, 2 different liters) vs. TKO (n = 4 brains, 2 different litters) p-value = 0.00211. Scale bar, 500 μm."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "images", "of", "coronal", "sections", "from", "E16", "brains", "of", "miR", "-", "34", "/", "449", "KO", "mice", "and", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", ",", "stained", "with", "anti", "-", "Satb2", "-", "antibody", "to", "label", "neurons", "of", "layers", "II", "-", "IV", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "to", "label", "all", "cell", "nuclei", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Satb2", "-", "positive", "cells", "per", "100", "μm", "ventricular", "zone", "surface", ".", "Bars", "indicate", "mean", "±", "SEM", ",", "as", "for", "all", "quantifications", "shown", "in", "this", "figure", ";", "n", "=", "3", "brains", "per", "genotype", "group", ",", "from", "two", "independent", "litters", ".", "Data", "was", "normalized", "(", "norm", ".", ")", "to", "the", "ventricular", "zone", "surface", "analyzed", "(", "100", "µm", ")", "and", "relativized", "to", "the", "heterozygous", "control", "average", "value", ".", "Significance", "was", "tested", "by", "Welch", "'", "s", "t", "test", ":", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "01146", "(", "Het", "vs", ".", "KO", ")", "(", "n", "=", "4", "cortices", "per", "genotype", "group", ",", "2", "independent", "litters", ")", ".", "All", "subfigures", "were", "statistically", "tested", "as", "in", "B", ".", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal images of coronal sections from E16 brains of miR-34/449 KO mice and littermate controls (Het), stained with anti-Satb2-antibody to label neurons of layers II-IV (green) and DAPI to label all cell nuclei (blue). Scale bars: 50 μm.B. Quantification of the number of Satb2-positive cells per 100 μm ventricular zone surface. Bars indicate mean ± SEM, as for all quantifications shown in this figure; n = 3 brains per genotype group, from two independent litters. Data was normalized (norm.) to the ventricular zone surface analyzed (100 µm) and relativized to the heterozygous control average value. Significance was tested by Welch's t test: p-value = 0.01146 (Het vs. KO) (n = 4 cortices per genotype group, 2 independent litters). All subfigures were statistically tested as in B. * indicates p ≤ 0.05, ** indicates p ≤ 0.01, *** indicates p ≤ 0.001."}
{"words": ["C", "-", "J", ".", "Confocal", "images", "and", "cell", "density", "quantifications", "as", "in", "A", "using", "molecular", "markers", "for", "different", "cell", "types", ":", "C", ",", "D", ".", "E16", "brains", "stained", "with", "anti", "-", "Ctip2", "antibody", "to", "label", "layer", "Vneurons", "(", "n", "=", "4", "brains", "per", "genotype", "group", ",", "2", "independent", "litters", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ".", "Images", "in", "C", "were", "taken", "from", "same", "brain", "slices", "as", "shown", "in", "A", ".", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "03224", "(", "Het", "vs", ".", "KO", ")", "(", "immuno", "co", "-", "staining", "of", "Ctip2", "(", "red", ",", "C", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-J. Confocal images and cell density quantifications as in A using molecular markers for different cell types:C, D. E16 brains stained with anti-Ctip2 antibody to label layer Vneurons (n = 4 brains per genotype group, 2 independent litters). Scale bars: 50 μm. Images in C were taken from same brain slices as shown in A. p-value = 0.03224 (Het vs. KO) (immuno co-staining of Ctip2(red, C))."}
{"words": ["C", "-", "J", ".", "Confocal", "images", "and", "cell", "density", "quantifications", "as", "in", "A", "using", "molecular", "markers", "for", "different", "cell", "types", ":", "E", ",", "F", ".", "E14", "brains", "stained", "with", "anti", "-", "Tbr1", "antibody", "to", "label", "layer", "IVneurons", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "01392", "(", "Het", "vs", ".", "KO", ")", "(", "n", "=", "3", "and", "4", "brains", "per", "genotype", "group", "from", "2", "independent", "litters", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-J. Confocal images and cell density quantifications as in A using molecular markers for different cell types:E, F. E14 brains stained with anti-Tbr1 antibody to label layer IVneurons p-value = 0.01392 (Het vs. KO) (n = 3 and 4 brains per genotype group from 2 independent litters). Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["C", "-", "J", ".", "Confocal", "images", "and", "cell", "density", "quantifications", "as", "in", "A", "using", "molecular", "markers", "for", "different", "cell", "types", ":", "G", ",", "H", ".", "E16", "brains", "stained", "with", "anti", "-", "Tbr2", "antibody", "to", "label", "intermediate", "progenitors", ".", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "01647", "(", "Het", "vs", ".", "KO", ")", "(", "n", "=", "7", "brains", "for", "each", "genotype", "group", ",", "5", "independent", "litters", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-J. Confocal images and cell density quantifications as in A using molecular markers for different cell types:G, H. E16 brains stained with anti-Tbr2 antibody to label intermediate progenitors. p-value = 0.01647 (Het vs. KO) (n = 7 brains for each genotype group, 5 independent litters). Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["C", "-", "J", ".", "Confocal", "images", "and", "cell", "density", "quantifications", "as", "in", "A", "using", "molecular", "markers", "for", "different", "cell", "types", ":", "I", ",", "J", ".", "E16", "brains", "stained", "with", "anti", "-", "Pax6", "antibody", "to", "label", "radial", "glia", "progenitors", ".", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "002768", "(", "n", "=", "5", "brains", "per", "genotype", "group", ",", "3", "independent", "litters", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-J. Confocal images and cell density quantifications as in A using molecular markers for different cell types:I, J. E16 brains stained with anti-Pax6 antibody to label radial glia progenitors. p-value = 0.002768 (n = 5 brains per genotype group, 3 independent litters). Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["K", ".", "3D", "reconstruction", "of", "a", "dividing", "radial", "glial", "progenitor", "at", "early", "anaphase", ".", "A", "coronal", "section", "of", "an", "E14", "brain", "of", "a", "heterozygous", "control", "mouse", "was", "stained", "with", "anti", "-", "phospho", "-", "Vimentin", "antibody", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "γ", "-", "tubulin", "antibody", "(", "green", "/", "yellow", ")", ",", "phalloidin", "(", "magenta", ")", ",", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "and", "imaged", "by", "3D", "confocal", "microscopy", ".", "\"", "s", "\"", "indicates", "spindle", "axis", ",", "\"", "α", "\"", "indicates", "angle", "relative", "to", "ventricular", "surface", "plane", ",", "which", "was", "determined", "by", "a", "vector", "path", "as", "indicated", "by", "thin", "white", "lines", "located", "on", "the", "left", "side", "of", "the", "image", ".", "Yellow", "dots", "highlight", "the", "centrosomes", "of", "the", "spindle", "poles", "from", "the", "analyzed", "dividing", "cell", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "L", ".", "Quantification", "of", "spindle", "orientation", "in", "radial", "glial", "cells", "as", "in", "K", "for", "E14", "brains", "of", "miR", "-", "34", "/", "449", "KO", "and", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "single", "dividing", "cell", ";", "p", "-", "value", "=", "3", ".", "166e", "-", "05", "(", "Het", "vs", ".", "KO", ")", "(", "n", "=", "131", "vs", ".", "107", "cells", ",", "n", "=", "4", "brains", "per", "genotype", "group", ",", "2", "independent", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. 3D reconstruction of a dividing radial glial progenitor at early anaphase. A coronal section of an E14 brain of a heterozygous control mouse was stained with anti-phospho-Vimentin antibody (red), anti-γ-tubulin antibody (green/yellow), phalloidin (magenta), and DAPI (blue) and imaged by 3D confocal microscopy. \"s\" indicates spindle axis, \"α\" indicates angle relative to ventricular surface plane, which was determined by a vector path as indicated by thin white lines located on the left side of the image. Yellow dots highlight the centrosomes of the spindle poles from the analyzed dividing cell. Scale bars: 5 μm.L. Quantification of spindle orientation in radial glial cells as in K for E14 brains of miR-34/449 KO and littermate controls (Het). Each dot represents a single dividing cell; p-value = 3.166e-05 (Het vs. KO) (n = 131 vs. 107 cells, n = 4 brains per genotype group, 2 independent litters)."}
{"words": ["A", ".", "Quantification", "of", "mRNA", "expression", "by", "RT", "-", "qPCR", "of", "candidate", "miR", "-", "34", "/", "449", "targets", "that", "might", "regulate", "spindle", "orientation", "in", "E14", "cortex", "samples", "from", "miR", "-", "34", "/", "449", "KO", "mice", "compared", "with", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", ".", "Expression", "was", "normlaized", "(", "norm", ".", ")", "to", "Phosphoglycerate", "kinase", "(", "PGK", ")", "mRNA", "levels", ".", "Significance", "was", "tested", "by", "Welch", "'", "s", "t", "test", ":", "p", "=", "0", ".", "009756", "(", "JAM", "-", "A", "(", "Het", ")", "vs", ".", "JAM", "-", "A", "(", "KO", ")", ")", ",", "all", "the", "rest", "Het", "vs", ".", "KO", "comparisons", "p", "=", "n", ".", "s", ".", "(", "n", "=", "4", "cortices", "per", "genotype", "group", ",", "2", "independent", "litters", ")", ".", "All", "subfigures", "were", "statistically", "tested", "as", "in", "A", ".", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "Red", "bar", "indicates", "median", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Quantification of mRNA expression by RT-qPCR of candidate miR-34/449 targets that might regulate spindle orientation in E14 cortex samples from miR-34/449 KO mice compared with littermate controls (Het). Expression was normlaized (norm.) to Phosphoglycerate kinase (PGK) mRNA levels. Significance was tested by Welch's t test: p = 0.009756 (JAM-A (Het) vs. JAM-A (KO)), all the rest Het vs. KO comparisons p=n.s. (n = 4 cortices per genotype group, 2 independent litters). All subfigures were statistically tested as in A. * indicates p ≤ 0.05, ** indicates p ≤ 0.01, *** indicates p ≤ 0.001. Red bar indicates median."}
{"words": ["B", ".", "RT", "-", "qPCR", "quantification", "of", "JAM", "-", "A", "mRNA", "expression", "in", "HeLa", "cells", "48", "h", "after", "transfection", "of", "miR", "-", "449a", "mimic", "compared", "to", "cells", "transfected", "with", "non", "-", "targeting", "negative", "control", "siRNA", ".", "JAM", "-", "A", "mRNA", "Expression", "was", "normalized", "(", "norm", ".", ")", "to", "Glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "(", "GAPDH", ")", "mRNA", "levels", ".", "p", "=", "0", ".", "0001218", "(", "Neg", ".", "ctrol", ".", "vs", ".", "miR", "-", "449a", "mimic", ")", "(", "n", "=", "9", "measurements", "from", "3", "independent", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. RT-qPCR quantification of JAM-A mRNA expression in HeLa cells 48 h after transfection of miR-449a mimic compared to cells transfected with non-targeting negative control siRNA. JAM-A mRNA Expression was normalized (norm.) to Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) mRNA levels. p = 0.0001218 (Neg. ctrol. vs. miR-449a mimic) (n = 9 measurements from 3 independent replicates)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "mouse", "J110", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "miR", "-", "449a", "mimic", "or", "a", "negative", "control", "mimic", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "to", "detect", "endogenous", "JAM", "-", "A", "and", "ACTIN", ".", "ACTIN", "was", "used", "to", "normalize", "JAM", "-", "A", "expression", "(", "norm", ".", ")", "as", "loading", "control", ".", "p", "=", "0", ".", "04454", "(", "Neg", ".", "ctrol", ".", "vs", ".", "miR", "-", "449a", "mimic", ")", "(", "n", "=", "4", "independent", "wells", ",", "2", "independent", "transfections", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. mouse J110 cells were transfected with either miR-449a mimic or a negative control mimic. Whole cell extracts were subjected to immunoblot analysis to detect endogenous JAM-A and ACTIN. ACTIN was used to normalize JAM-A expression (norm.) as loading control. p = 0.04454 (Neg. ctrol. vs. miR-449a mimic) (n = 4 independent wells, 2 independent transfections)."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "HeLa", "cells", "were", "cotransfected", "with", "either", "miR", "-", "449a", "mimic", "or", "a", "negative", "control", "mimic", ",", "together", "with", "JAM", "-", "A", "-", "GFP", "fusion", "protein", "and", "GFP", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "to", "detect", "GFP", ".", "GFP", "was", "used", "to", "normalize", "(", "norm", ".", ")", "by", "transfection", "efficiency", "as", "loading", "control", ".", "p", "=", "0", ".", "001176", "(", "JAM", "-", "A", "WT", "Neg", ".", "ctrol", ".", "vs", ".", "miR", "-", "449a", "mimic", ")", "(", "n", "=", "9", "independent", "wells", ",", "4", "independent", "transfections", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. HeLa cells were cotransfected with either miR-449a mimic or a negative control mimic, together with JAM-A-GFP fusion protein and GFP. Whole cell extracts were subjected to immunoblot analysis to detect GFP. GFP was used to normalize (norm.) by transfection efficiency as loading control. p = 0.001176 (JAM-A WT Neg. ctrol. vs. miR-449a mimic) (n = 9 independent wells, 4 independent transfections)."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Confocal", "images", "of", "coronal", "sections", "from", "E14", "brains", "of", "wild", "type", "mice", "stained", "with", "anti", "-", "JAM", "-", "A", "antibody", "(", "green", ")", ",", "phalloidin", "to", "label", "actin", "(", "gray", ")", "and", "DAPI", "to", "label", "cell", "nuclei", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "μm", "(", "G", ")", ",", "5", "μm", "(", "H", ")", ".", "I", ".", "Quantification", "of", "JAM", "-", "A", "protein", "expression", "in", "the", "ventricular", "zone", "of", "E14", "brain", "coronal", "sections", "from", "miR", "-", "34", "/", "449", "KO", "mice", "compared", "with", "littermate", "controls", "(", "Het", ")", "by", "immunofluorescence", ".", "ACTIN", "(", "phalloidin", "signal", ")", "was", "used", "to", "normalize", "(", "norm", ".", ")", "the", "expresion", "levels", "of", "JAM", "-", "A", ".", "p", "=", "0", ".", "04842", "(", "n", "=", "5", "(", "KO", ")", "or", "7", "(", "het", ")", "cortices", "per", "genotype", "group", ",", "3", "independent", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Confocal images of coronal sections from E14 brains of wild type mice stained with anti-JAM-A antibody (green), phalloidin to label actin (gray) and DAPI to label cell nuclei (blue). Scale bars: 10 μm (G), 5 μm (H).I. Quantification of JAM-A protein expression in the ventricular zone of E14 brain coronal sections from miR-34/449 KO mice compared with littermate controls (Het) by immunofluorescence. ACTIN (phalloidin signal) was used to normalize (norm.) the expresion levels of JAM-A. p = 0.04842 (n = 5 (KO) or 7 (het) cortices per genotype group, 3 independent litters)."}
{"words": ["A", ",", "D", ".", "Confocal", "time", "lapse", "images", "of", "metaphase", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "a", "centriole", "marker", "(", "Centrin2", "-", "GFP", ";", "green", ")", ",", "the", "microtubule", "marker", "(", "α", "-", "tubulin", "-", "mRFP", ";", "red", ")", "and", "no", "extra", "protein", "(", "A", ")", "or", "mouse", "JAM", "-", "A", "(", "D", ")", ",", "48", "h", "after", "transfection", "of", "miR", "-", "449a", "mimic", ",", "JAM", "-", "A", "siRNA", ",", "or", "non", "-", "targeting", "negative", "control", "siRNA", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "B", ",", "E", ".", "Quantification", "of", "spindle", "rotation", "for", "cells", "as", "shown", "in", "A", "and", "D", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "single", "cell", ".", "Red", "bar", "indicates", "median", ".", "Significance", "was", "tested", "by", "Pairwise", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "correction", ".", "p", "-", "value", "=", "2e", "-", "11", "(", "Neg", ".", "control", "versus", "miR449", "mimic", ")", ",", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "01928", "(", "Neg", ".", "control", "versus", "JAM", "-", "A", "siRNA", ")", ",", "p", "-", "value", "=", "0", ".", "17492", "(", "Neg", ".", "control", "versus", "miR449", "mimic", ",", "under", "JAM", "-", "A", "overexpression", ")", ".", "*", "indicates", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "p", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "for", "all", "panels", ".", "C", ",", "F", ".", "Cumulative", "histograms", "of", "mitotic", "duration", "from", "nuclear", "envelope", "breakdown", "until", "anaphase", "onset", ",", "measured", "for", "cells", "as", "shown", "in", "A", "and", "D", ";", "n", "≥", "20", "cells", "for", "all", "conditions", ",", "2", "independent", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, D. Confocal time lapse images of metaphase HeLa cells stably expressing a centriole marker (Centrin2-GFP; green), the microtubule marker (α-tubulin-mRFP; red) and no extra protein (A) or mouse JAM-A (D), 48 h after transfection of miR-449a mimic, JAM-A siRNA, or non-targeting negative control siRNA. Scale bar, 10 μm.B, E. Quantification of spindle rotation for cells as shown in A and D. Each dot represents a single cell. Red bar indicates median. Significance was tested by Pairwise t-test with Bonferroni correction. p-value = 2e-11 (Neg. control versus miR449 mimic), p-value = 0.01928 (Neg. control versus JAM-A siRNA), p-value = 0.17492 (Neg. control versus miR449 mimic, under JAM-A overexpression). * indicates p ≤ 0.05; ** p ≤ 0.01; p*** p ≤ 0.001 for all panels.C, F. Cumulative histograms of mitotic duration from nuclear envelope breakdown until anaphase onset, measured for cells as shown in A and D; n ≥ 20 cells for all conditions, 2 independent replicates."}
{"words": ["A", "-", "Distribution", "of", "Casp3", "+", "cells", "in", "rostral", "and", "ventral", "domains", "of", "an", "E11", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryo", ".", "NCx", ",", "neocortex", ";", "OB", ",", "olfactory", "bulb", ";", "Spt", ",", "septum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A - Distribution of Casp3+ cells in rostral and ventral domains of an E11.5 Rx-Dicer mutant embryo. NCx, neocortex; OB, olfactory bulb; Spt, septum."}
{"words": ["B", ",", "C", "-", "Marker", "analysis", "of", "Casp3", "+", "cells", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "E12", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", ".", "Most", "apoptotic", "cells", "are", "Pax6", "+", "RGCs", "(", "solid", "arrowheads", ")", "and", "not", "Tbr1", "+", "neurons", "(", "open", "arrowheads", ")", ".", "N", "=", "3", "replicates", "per", "marker", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B,C - Marker analysis of Casp3+ cells in the rostral telencephalon of E12.5 Rx-Dicer mutant embryos. Most apoptotic cells are Pax6+ RGCs (solid arrowheads) and not Tbr1+ neurons (open arrowheads). N = 3 replicates per marker."}
{"words": ["D", ",", "E", "-", "Distribution", "and", "abundance", "of", "apoptotic", "cells", "(", "Casp3", "+", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalic", "primordium", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", "at", "the", "indicated", "ages", ".", "Dotted", "line", "indicates", "basal", "surface", ",", "dashed", "line", "apical", "surface", ".", "N", "=", "3", "replicates", "per", "genotype", "and", "age", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D,E - Distribution and abundance of apoptotic cells (Casp3+) in the rostral telencephalic primordium of control and Rx-Dicer mutant embryos at the indicated ages. Dotted line indicates basal surface, dashed line apical surface. N = 3 replicates per genotype and age."}
{"words": ["F", ",", "G", "-", "Distribution", "and", "abundance", "of", "mitoses", "(", "PH3", "+", ")", "and", "neurons", "(", "Tuj1", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalic", "primordium", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", "at", "the", "indicated", "ages", ".", "Dotted", "line", "indicates", "basal", "surface", ",", "dashed", "line", "apical", "surface", ".", "N", "=", "3", "-", "4", "replicates", "per", "genotype", "and", "age", ".", "No", "significant", "differences", "were", "found", "between", "control", "and", "mutant", "embryos", "in", "apical", "nor", "basal", "mitoses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F,G - Distribution and abundance of mitoses (PH3+) and neurons (Tuj1) in the rostral telencephalic primordium of control and Rx-Dicer mutant embryos at the indicated ages. Dotted line indicates basal surface, dashed line apical surface. N = 3-4 replicates per genotype and age. No significant differences were found between control and mutant embryos in apical nor basal mitoses."}
{"words": ["A", "-", "DAPI", "stain", "of", "sagittal", "sections", "through", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "E17", ".", "5", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "littermates", "showing", "the", "neocortex", "(", "NCx", ")", "and", "olfactory", "bulb", "(", "OB", ";", "dashed", "line", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A - DAPI stain of sagittal sections through the rostral telencephalon of E17.5 control and Rx-Dicer mutant littermates showing the neocortex (NCx) and olfactory bulb (OB; dashed line)."}
{"words": ["B", "-", "Expression", "pattern", "of", "Grm1", "mRNA", "in", "OB", "(", "dotted", "line", ")", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", ".", "C", "-", "Quantification", "of", "OB", "perimeter", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "symbols", "indicate", "values", "for", "individual", "embryos", ")", ";", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "N", "=", "14", "replicates", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B - Expression pattern of Grm1 mRNA in OB (dotted line) of control and Rx-Dicer mutants. C - Quantification of OB perimeter (mean ± SEM; symbols indicate values for individual embryos); t-test, ***P < 0.001. N = 14 replicates per genotype. "}
{"words": ["D", "-", "Immunostains", "of", "E17", ".", "5", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "brains", "showing", "the", "distribution", "of", "progenitor", "cells", "(", "Ki67", ",", "red", ")", "and", "neurons", "(", "Tuj1", ",", "green", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "rosettes", ".", "Sp", ",", "septum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D - Immunostains of E17.5 control and Rx-Dicer mutant brains showing the distribution of progenitor cells (Ki67, red) and neurons (Tuj1, green). Arrowheads indicate rosettes. Sp, septum."}
{"words": ["E", "-", "Detail", "of", "a", "rosette", "from", "an", "E17", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryo", "displaying", "typical", "features", ":", "closed", "apical", "surface", "(", "dotted", "line", ")", "with", "PH3", "+", "apical", "mitoses", "(", "white", "arrowhead", ")", "and", "basal", "mitoses", ",", "surrounded", "by", "Tuj1", "+", "neurons", "(", "green", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "basal", "border", "of", "the", "rosette", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E - Detail of a rosette from an E17.5 Rx-Dicer mutant embryo displaying typical features: closed apical surface (dotted line) with PH3+ apical mitoses (white arrowhead) and basal mitoses, surrounded by Tuj1+ neurons (green). Dashed line indicates the basal border of the rosette."}
{"words": ["F", "-", "Rostral", "half", "of", "an", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "E17", ".", "5", "brain", "immunostained", "for", "Pax6", ",", "clarified", "and", "segmented", "to", "reveal", "rosettes", "(", "yellow", ")", ".", "C", ",", "caudal", ";", "R", ",", "rostral", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F - Rostral half of an Rx-Dicer mutant E17.5 brain immunostained for Pax6, clarified and segmented to reveal rosettes (yellow). C, caudal; R, rostral."}
{"words": ["G", ",", "H", "-", "BrdU", "incorporation", "and", "cell", "cycle", "re", "-", "entry", "analysis", "with", "the", "progenitor", "cell", "marker", "Ki67", "at", "E17", ".", "5", ",", "in", "the", "rostral", "cortex", "of", "control", "embryos", "compared", "to", "rostral", "rosettes", "of", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", ".", "Dotted", "lines", "indicate", "apical", "surface", ",", "dashed", "lines", "indicate", "basal", "border", "of", "VZ", ".", "Arrowheads", "indicate", "double", "-", "positive", "cells", ".", "Data", "in", "histograms", "are", "mean", "±", "SEM", ",", "symbols", "indicate", "values", "for", "individual", "embryos", ";", "n", "≥", "3", "embryos", ";", "X2", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G,H - BrdU incorporation and cell cycle re-entry analysis with the progenitor cell marker Ki67 at E17.5, in the rostral cortex of control embryos compared to rostral rosettes of Rx-Dicer mutants. Dotted lines indicate apical surface, dashed lines indicate basal border of VZ. Arrowheads indicate double-positive cells. Data in histograms are mean ± SEM, symbols indicate values for individual embryos; n ≥ 3 embryos; X2-test, *P < 0.05, ***P < 0.001."}
{"words": ["I", "-", "Apical", "lumen", "of", "rosettes", "immunostained", "against", "apical", "complex", "proteins", "(", "Par3", ",", "β", "-", "Catenin", ")", ",", "primary", "cilia", "(", "Arl13b", ")", ",", "apical", "mitoses", "(", "PhVim", ")", "and", "neurons", "(", "Tuj1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "I - Apical lumen of rosettes immunostained against apical complex proteins (Par3, β-Catenin), primary cilia (Arl13b), apical mitoses (PhVim) and neurons (Tuj1)."}
{"words": ["J", "-", "Coronal", "section", "through", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "an", "E14", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryo", "illustrating", "the", "high", "abundance", "and", "location", "of", "rosettes", "(", "arrows", ")", ",", "as", "revealed", "by", "the", "distribution", "of", "mitoses", "(", "PH3", ")", "and", "neurons", "(", "Tuj1", ")", ".", "K", "-", "S", "-", "Analysis", "of", "the", "regional", "identity", "of", "rosettes", "in", "E14", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", ".", "(", "K", ")", "Schema", "of", "normal", "transcription", "factor", "expression", "patterns", "defining", "telencephalic", "regional", "identity", ".", "Expression", "of", "Ngn2", ",", "Tbr2", "and", "Pax6", "identifies", "rosettes", "in", "the", "rostro", "-", "dorsal", "telencephalon", "as", "having", "dorsal", "identity", "(", "L", "-", "N", ",", "P", ")", ";", "Gsx2", ",", "Dlx2", "and", "Dlx5", "identify", "rosettes", "in", "the", "ventral", "telencephalon", "as", "having", "ventral", "identity", "(", "O", ",", "Q", ")", ";", "Nkx2", ".", "1", "identifies", "MGE", "rosettes", "as", "being", "normotopic", "(", "R", ")", ";", "absence", "of", "Gsx2", "in", "LGE", "rosette", "cells", "identifies", "them", "as", "ectopic", "(", "S", ")", ".", "Tuj1", "labels", "neurons", ".", "In", "(", "L", ",", "M", ")", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "border", "between", "dorsal", "and", "ventral", "territories", ",", "and", "dotted", "line", "indicates", "the", "outer", "border", "of", "the", "telencephalon", ".", "LGE", ",", "lateral", "ganglionic", "eminence", ";", "MGE", ",", "medial", "ganglionic", "eminence", ";", "P", ",", "pallium", ";", "SP", ",", "subpallium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J - Coronal section through the rostral telencephalon of an E14.5 Rx-Dicer mutant embryo illustrating the high abundance and location of rosettes (arrows), as revealed by the distribution of mitoses (PH3) and neurons (Tuj1). K-S - Analysis of the regional identity of rosettes in E14.5 Rx-Dicer mutants. (K) Schema of normal transcription factor expression patterns defining telencephalic regional identity. Expression of Ngn2, Tbr2 and Pax6 identifies rosettes in the rostro-dorsal telencephalon as having dorsal identity (L-N,P); Gsx2, Dlx2 and Dlx5 identify rosettes in the ventral telencephalon as having ventral identity (O,Q); Nkx2.1 identifies MGE rosettes as being normotopic (R); absence of Gsx2 in LGE rosette cells identifies them as ectopic (S). Tuj1 labels neurons. In (L,M), arrowheads indicate the border between dorsal and ventral territories, and dotted line indicates the outer border of the telencephalon. LGE, lateral ganglionic eminence; MGE, medial ganglionic eminence; P, pallium; SP, subpallium. "}
{"words": ["A", "-", "Coronal", "section", "through", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "an", "E14", ".", "5", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryo", "displaying", "the", "three", "types", "of", "rosettes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A - Coronal section through the rostral telencephalon of an E14.5 Rx-Dicer mutant embryo displaying the three types of rosettes."}
{"words": ["B", "-", "High", "magnification", "of", "rosettes", "in", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", "at", "E12", ".", "5", "(", "Type", "1", ")", ",", "E14", ".", "5", "(", "Type", "2", ")", "and", "E17", ".", "5", "(", "Type", "3", ")", ",", "immunostained", "for", "PH3", "and", "Tuj1", ".", "Dashed", "line", "indicates", "ventricular", "surface", ";", "arrowheads", "indicate", "basal", "mitoses", ";", "arrows", "indicate", "a", "stream", "of", "apical", "mitoses", "connecting", "the", "lumen", "of", "the", "rosette", "with", "the", "lumen", "of", "the", "telencephalic", "ventricle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B - High magnification of rosettes in Rx-Dicer mutants at E12.5 (Type 1), E14.5 (Type 2) and E17.5 (Type 3), immunostained for PH3 and Tuj1. Dashed line indicates ventricular surface; arrowheads indicate basal mitoses; arrows indicate a stream of apical mitoses connecting the lumen of the rosette with the lumen of the telencephalic ventricle."}
{"words": ["C", ",", "D", "-", "Abundance", "of", "rosette", "types", "at", "the", "indicated", "ages", "(", "C", ")", ",", "and", "rostro", "-", "caudal", "distribution", "of", "total", "rosette", "abundance", "per", "age", ",", "independent", "of", "type", "(", "D", ")", ".", "n", "≥", "2", "brains", "per", "age", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C,D - Abundance of rosette types at the indicated ages (C), and rostro-caudal distribution of total rosette abundance per age, independent of type (D). n ≥ 2 brains per age."}
{"words": ["F", ",", "G", "-", "Distribution", "of", "neurons", "(", "Tuj1", "+", "cells", ")", "and", "apical", "adherens", "junction", "protein", "Par3", "in", "the", "OB", "primordium", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", "at", "the", "indicated", "ages", ".", "Dotted", "lines", "indicate", "basal", "border", ",", "dashed", "lines", "indicate", "apical", "border", ".", "White", "arrowheads", "indicate", "ectopic", "neurons", "and", "/", "or", "absence", "of", "Par3", ".", "Arrow", "in", "(", "G", ")", "indicates", "accumulation", "of", "Par3", "at", "the", "lumen", "of", "a", "nascent", "rosette", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F,G - Distribution of neurons (Tuj1+ cells) and apical adherens junction protein Par3 in the OB primordium of control and Rx-Dicer mutant embryos at the indicated ages. Dotted lines indicate basal border, dashed lines indicate apical border. White arrowheads indicate ectopic neurons and/or absence of Par3. Arrow in (G) indicates accumulation of Par3 at the lumen of a nascent rosette."}
{"words": ["A", ",", "B", "-", "Changes", "in", "expression", "levels", "of", "miRNAs", "between", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", "at", "E11", ".", "5", "in", "the", "rostral", "telencephalon", ".", "Red", "dots", "indicate", "statistically", "differentially", "expressed", "miRNAs", "according", "to", "FDR", "correction", "of", "P", "values", "based", "on", "the", "Wald", "statistic", "(", "DESeq2", "analysis", ")", "(", "B", ")", ".", "Dashes", "lines", "indicate", "stringency", "limits", "in", "evaluation", "of", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,B - Changes in expression levels of miRNAs between control and Rx-Dicer mutants at E11.5 in the rostral telencephalon. Red dots indicate statistically differentially expressed miRNAs according to FDR correction of P values based on the Wald statistic (DESeq2 analysis) (B). Dashes lines indicate stringency limits in evaluation of results."}
{"words": ["D", ",", "E", "-", "Changes", "in", "mRNA", "expression", "levels", "between", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutants", "at", "E11", ".", "5", "in", "the", "rostral", "telencephalon", ".", "Statistically", "differentially", "expressed", "mRNAs", "according", "to", "FDR", "correction", "of", "P", "values", "based", "on", "the", "Wald", "statistic", "(", "DESeq2", "analysis", ";", "Adj", ".", "P", "<", "0", ".", "1", "and", "FC", ">", "1", ".", "25", ")", "are", "highlighted", "in", "red", ",", "and", "the", "three", "with", "the", "highest", "Adj", ".", "P", "value", "are", "identified", "by", "name", ".", "Blue", "dot", "indicates", "Irs2", ":", "FC", "=", "1", ".", "748", ",", "Adj", ".", "P", "=", "5", ".", "95e", "-", "08", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D,E - Changes in mRNA expression levels between control and Rx-Dicer mutants at E11.5 in the rostral telencephalon. Statistically differentially expressed mRNAs according to FDR correction of P values based on the Wald statistic (DESeq2 analysis; Adj. P < 0.1 and FC > 1.25) are highlighted in red, and the three with the highest Adj. P value are identified by name. Blue dot indicates Irs2: FC=1.748, Adj. P = 5.95e-08."}
{"words": ["G", "-", "Heatmaps", "of", "relative", "expression", "levels", "of", "DEGs", "related", "to", "apoptosis", "(", "top", ")", "and", "proliferation", "(", "bottom", ")", ".", "Rows", "correspond", "to", "independent", "biological", "replicates", ".", "Indicated", "are", "some", "example", "genes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G - Heatmaps of relative expression levels of DEGs related to apoptosis (top) and proliferation (bottom). Rows correspond to independent biological replicates. Indicated are some example genes."}
{"words": ["H", "-", "Enrichment", "plots", "from", "GSEA", "for", "MSigDB", "Hallmark", "Neurogenesis", "(", "NES", "=", "2", ".", "98", ";", "p", "=", "0", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "00045", ")", ",", "Regulation", "of", "cell", "proliferation", "(", "NES", "=", "2", ".", "40", ";", "p", "=", "0", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "0033", ")", ",", "Positive", "regulation", "of", "cell", "adhesion", "(", "NES", "=", "2", ".", "06", ";", "p", "=", "0", ".", "0058", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "013", ")", ",", "Regulation", "of", "response", "to", "stress", "(", "NES", "=", "2", ".", "50", ";", "p", "=", "0", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "0023", ")", ",", "Positive", "regulation", "of", "cell", "death", "(", "NES", "=", "1", ".", "84", ";", "p", "=", "0", ".", "0179", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "0326", ")", ",", "Apoptotic", "signaling", "pathway", "(", "NES", "=", "1", ".", "59", ";", "p", "=", "0", ".", "047", ";", "Adj", ".", "P", "=", "0", ".", "084", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H - Enrichment plots from GSEA for MSigDB Hallmark Neurogenesis (NES = 2.98; p = 0; Adj. P = 0.00045), Regulation of cell proliferation (NES = 2.40; p=0; Adj. P = 0.0033), Positive regulation of cell adhesion (NES = 2.06; p = 0.0058; Adj. P = 0.013), Regulation of response to stress (NES = 2.50; p = 0; Adj. P = 0.0023), Positive regulation of cell death (NES = 1.84; p = 0.0179; Adj. P = 0.0326), Apoptotic signaling pathway (NES = 1.59; p= 0.047; Adj. P = 0.084)."}
{"words": ["I", ",", "J", "-", "ISH", "stains", "of", "Irs2", "mRNA", ",", "and", "qPCR", "for", "Irs2", "mRNA", "and", "let", "-", "7", "-", "5p", "miRNA", ",", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", ".", "Dashed", "line", "indicates", "basal", "border", ",", "dotted", "line", "indicates", "apical", "surface", ".", "Arrowheads", "indicate", "area", "with", "the", "greatest", "increase", "in", "Irs2", "expression", ".", "BG", ",", "basal", "ganglia", ";", "H", ",", "hippocampus", ";", "NCx", ",", "neocortex", ";", "OB", ",", "olfactory", "bulb", ";", "Spt", ",", "septum", ".", "Histograms", "represent", "mean", "±", "SEM", "(", "logarithmic", "scale", ")", ";", "symbols", "in", "plots", "indicate", "values", "for", "individual", "embryos", ";", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "N", "=", "6", "-", "9", "replicates", "per", "group", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I,J - ISH stains of Irs2 mRNA, and qPCR for Irs2 mRNA and let-7-5p miRNA, in the rostral telencephalon of control and Rx-Dicer mutant embryos. Dashed line indicates basal border, dotted line indicates apical surface. Arrowheads indicate area with the greatest increase in Irs2 expression. BG, basal ganglia; H, hippocampus; NCx, neocortex; OB, olfactory bulb; Spt, septum. Histograms represent mean ± SEM (logarithmic scale); symbols in plots indicate values for individual embryos; t-test, *P <0.05, **P <0.01. N = 6-9 replicates per group. Scale bar, 100 µm."}
{"words": ["A", "-", "C", "-", "Immunostains", "for", "activated", "p53", "(", "red", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "control", "and", "Rx", "-", "Dicer", "mutant", "embryos", "at", "E12", ".", "5", ",", "and", "quantification", "of", "positive", "cells", "(", "C", ")", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "apical", "side", ",", "dotted", "lines", "indicate", "basal", "side", ".", "N", "=", "4", "replicates", "per", "genotype", ".", "Scale", "bar", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C - Immunostains for activated p53 (red) in the rostral telencephalon of control and Rx-Dicer mutant embryos at E12.5, and quantification of positive cells (C). Dashed lines indicate apical side, dotted lines indicate basal side. N = 4 replicates per genotype. Scale bar, 50µm."}
{"words": ["D", "-", "L", "-", "Rostral", "telencephalon", "of", "E12", ".", "5", "embryos", "of", "the", "indicated", "genotypes", "immunostained", "for", "the", "detection", "of", "apoptotic", "cells", "(", "Casp3", ")", ",", "neurons", "(", "Tuj1", ")", "and", "the", "apical", "complex", "protein", "Par3", ",", "and", "quantification", "of", "cells", "positive", "for", "Casp3", "(", "H", ")", ".", "N", "=", "4", "-", "7", "replicates", "per", "genotype", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-L - Rostral telencephalon of E12.5 embryos of the indicated genotypes immunostained for the detection of apoptotic cells (Casp3), neurons (Tuj1) and the apical complex protein Par3, and quantification of cells positive for Casp3 (H). N = 4-7 replicates per genotype. Scale bar, 50 µm."}
{"words": ["M", "-", "O", "-", "Sagittal", "sections", "through", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "E17", ".", "5", "embryos", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Note", "the", "rosettes", "and", "general", "disorganization", "in", "Rx", "-", "Dicer", "single", "mutants", ",", "and", "complete", "rescue", "of", "this", "phenotype", "in", "Rx", "-", "Dicer", "-", "p53", "double", "mutants", ".", "NCx", ",", "neocortex", ";", "OB", ",", "olfactory", "bulb", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M-O - Sagittal sections through the rostral telencephalon of E17.5 embryos of the indicated genotypes. Note the rosettes and general disorganization in Rx-Dicer single mutants, and complete rescue of this phenotype in Rx-Dicer-p53 double mutants. NCx, neocortex; OB, olfactory bulb. Scale bar, 1 mm."}
{"words": ["A", "-", "Relative", "Irs2", "mRNA", "levels", "in", "HEK", "cells", "upon", "transfection", "with", "Gfp", "-", "or", "Irs2", "-", "encoding", "plasmids", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "N", "=", "6", "replicates", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A - Relative Irs2 mRNA levels in HEK cells upon transfection with Gfp- or Irs2-encoding plasmids. Mean ± SEM; t-test, ****P < 0.0001. N = 6 replicates per group."}
{"words": ["B", "-", "D", "-", "Distribution", "of", "neurons", "(", "Tuj1", ",", "red", ")", ",", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mitoses", "(", "PH3", ",", "white", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "wild", "-", "type", "E14", ".", "5", "or", "E17", ".", "5", "mouse", "embryos", ",", "as", "indicated", ",", "electroporated", "at", "E12", ".", "5", "with", "the", "indicated", "plasmid", "combinations", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "apical", "surface", ".", "Insets", "show", "the", "same", "field", "of", "view", ",", "with", "location", "and", "extent", "of", "electroporations", ".", "Note", "the", "overlap", "of", "rosettes", "(", "arrows", ")", "with", "ectopic", "neurons", "at", "the", "apical", "surface", "(", "arrowheads", ")", "and", "increased", "basal", "mitoses", ",", "upon", "overexpression", "of", "Irs2", "(", "C", ")", ".", "Asterisk", "indicates", "absence", "of", "malformation", "in", "nearby", "cortex", ".", "At", "E17", ".", "5", "(", "D", ")", "GFP", "+", "rosettes", "remain", "in", "deep", "cortical", "layers", "(", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-D - Distribution of neurons (Tuj1, red), GFP (green) and mitoses (PH3, white) in the rostral telencephalon of wild-type E14.5 or E17.5 mouse embryos, as indicated, electroporated at E12.5 with the indicated plasmid combinations. Dashed line indicates the apical surface. Insets show the same field of view, with location and extent of electroporations. Note the overlap of rosettes (arrows) with ectopic neurons at the apical surface (arrowheads) and increased basal mitoses, upon overexpression of Irs2 (C). Asterisk indicates absence of malformation in nearby cortex. At E17.5 (D) GFP+ rosettes remain in deep cortical layers (arrowheads)."}
{"words": ["E", "-", "H", "-", "Details", "of", "rosettes", "(", "large", "arrows", "in", "E", ";", "dashed", "lines", "in", "F", "-", "H", ")", "from", "Irs2", "+", "Gfp", "-", "overexpressing", "E14", ".", "5", "embryos", "immunostained", "as", "indicated", ".", "Small", "arrows", "indicate", "apical", "mitoses", ",", "arrowheads", "indicate", "basal", "mitoses", "(", "F", ",", "G", ")", "and", "Par3", "+", "apical", "surface", "at", "the", "centre", "of", "rosettes", "(", "H", ")", ",", "dotted", "lines", "indicate", "apical", "surface", ",", "dashed", "lines", "indicate", "basal", "side", "of", "rosettes", ".", "Inset", "in", "(", "H", ")", "is", "at", "the", "same", "scale", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-H - Details of rosettes (large arrows in E; dashed lines in F-H) from Irs2+Gfp-overexpressing E14.5 embryos immunostained as indicated. Small arrows indicate apical mitoses, arrowheads indicate basal mitoses (F,G) and Par3+ apical surface at the centre of rosettes (H), dotted lines indicate apical surface, dashed lines indicate basal side of rosettes. Inset in (H) is at the same scale."}
{"words": ["I", "-", "M", "-", "Distribution", "of", "neurons", "(", "Tuj1", ",", "red", ")", ",", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mitotic", "(", "PH3", ",", "white", ")", "or", "apoptotic", "(", "Casp3", ",", "white", ")", "cells", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "wild", "-", "type", "E13", ".", "5", "embryos", "electroporated", "at", "E12", ".", "5", "with", "the", "indicated", "plasmids", ",", "and", "quantification", "of", "Casp3", "+", "cells", "(", "M", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "apical", "surface", ",", "dotted", "lines", "indicate", "borders", "of", "the", "cortical", "plate", "(", "CP", ")", ".", "Nascent", "rosettes", "(", "arrows", ")", "are", "next", "to", "ectopic", "ventricular", "neurons", "(", "arrowheads", "in", "K", "'", ")", "and", "basal", "mitoses", ",", "without", "significant", "apoptosis", "in", "VZ", "(", "L", "'", ",", "M", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "t", "-", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "N", "=", "3", "-", "6", "replicates", "per", "group", ".", "N", "-", "Distribution", "of", "neurons", "(", "Tuj1", ",", "red", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "wild", "-", "type", "E14", ".", "5", "embryos", "electroporated", "at", "E12", ".", "5", "with", "a", "combination", "of", "plasmids", "encoding", "Irs2", ",", "let", "-", "7a", ",", "let", "-", "7b", "and", "let", "-", "7c", ",", "and", "Gfp", ".", "Dashed", "line", "indicates", "apical", "surface", ".", "Formation", "of", "rosettes", "in", "Irs2", "-", "expressing", "embryos", "is", "rescued", "by", "overexpression", "of", "let", "-", "7", ".", "Inset", "shows", "the", "same", "field", "of", "view", ",", "with", "location", "and", "extent", "of", "electroporation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-M - Distribution of neurons (Tuj1, red), GFP (green) and mitotic (PH3, white) or apoptotic (Casp3, white) cells in the rostral telencephalon of wild-type E13.5 embryos electroporated at E12.5 with the indicated plasmids, and quantification of Casp3+ cells (M). Dashed line indicates apical surface, dotted lines indicate borders of the cortical plate (CP). Nascent rosettes (arrows) are next to ectopic ventricular neurons (arrowheads in K') and basal mitoses, without significant apoptosis in VZ (L',M). Mean ± SEM; t-test; ns, not significant, *P < 0.05. N = 3-6 replicates per group. N - Distribution of neurons (Tuj1, red) in the rostral telencephalon of wild-type E14.5 embryos electroporated at E12.5 with a combination of plasmids encoding Irs2, let-7a, let-7b and let-7c, and Gfp. Dashed line indicates apical surface. Formation of rosettes in Irs2-expressing embryos is rescued by overexpression of let-7. Inset shows the same field of view, with location and extent of electroporation. "}
{"words": ["A", "-", "Frequency", "of", "rosette", "formation", "in", "the", "experimental", "conditions", "indicated", ".", "n", ",", "number", "of", "embryos", "per", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A - Frequency of rosette formation in the experimental conditions indicated. n, number of embryos per condition."}
{"words": ["B", "-", "G", "-", "Distribution", "of", "neurons", "(", "Tuj1", ",", "red", ")", ",", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mitoses", "(", "PH3", ",", "white", ")", "in", "the", "rostral", "telencephalon", "of", "wild", "-", "type", "E14", ".", "5", "mouse", "embryos", "electroporated", "at", "E12", ".", "5", "with", "the", "indicated", "plasmid", "combinations", ".", "Inset", "shows", "the", "same", "field", "of", "view", ",", "with", "location", "and", "extent", "of", "electroporations", ".", "In", "(", "C", ")", "and", "(", "E", ")", ",", "arrows", "indicate", "rosettes", "and", "arrowheads", "indicate", "neuronal", "ventricular", "ectopias", ".", "(", "D", ")", "and", "(", "F", ")", "are", "high", "magnification", "details", "of", "individual", "rosettes", "(", "dashed", "lines", ")", ",", "where", "arrowheads", "indicate", "apical", "and", "basal", "mitoses", ".", "Loss", "of", "endogenous", "let", "-", "7", "drives", "the", "formation", "of", "rosettes", "and", "ventricular", "neuronal", "ectopias", "(", "C", ")", ",", "which", "is", "rescued", "with", "the", "additional", "loss", "of", "Irs2", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B-G - Distribution of neurons (Tuj1, red), GFP (green) and mitoses (PH3, white) in the rostral telencephalon of wild-type E14.5 mouse embryos electroporated at E12.5 with the indicated plasmid combinations. Inset shows the same field of view, with location and extent of electroporations. In (C) and (E), arrows indicate rosettes and arrowheads indicate neuronal ventricular ectopias. (D) and (F) are high magnification details of individual rosettes (dashed lines), where arrowheads indicate apical and basal mitoses. Loss of endogenous let-7 drives the formation of rosettes and ventricular neuronal ectopias (C), which is rescued with the additional loss of Irs2 (G)."}
{"words": ["B", "-", "G", "-", "Stains", "and", "quantifications", "of", "human", "cerebral", "organoids", "electroporated", "with", "the", "indicated", "construct", "combinations", ",", "to", "reveal", "the", "frequency", "of", "electroporated", "cells", "remaining", "as", "progenitors", "(", "%", "GFP", "+", "Ki67", "+", "/", "GFP", "+", ")", ".", "Histograms", "represent", "mean", "±", "SEM", ";", "symbols", "in", "plots", "indicate", "values", "for", "individual", "organoids", ";", "X2", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "N", "=", "8", "-", "11", "replicates", "per", "group", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "ventricular", "surface", ",", "solid", "arrowheads", "indicate", "Ki67", "+", "/", "GFP", "+", "cells", ",", "open", "arrowheads", "indicate", "Ki67", "-", "/", "GFP", "+", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-G - Stains and quantifications of human cerebral organoids electroporated with the indicated construct combinations, to reveal the frequency of electroporated cells remaining as progenitors (%GFP+Ki67+/GFP+). Histograms represent mean ± SEM; symbols in plots indicate values for individual organoids; X2-test, *P < 0.05. N = 8-11 replicates per group. Dashed lines indicate ventricular surface, solid arrowheads indicate Ki67+/GFP+ cells, open arrowheads indicate Ki67-/GFP+ cells. Scale bars, 50 µm."}
{"words": ["B", "Negative", "stain", "image", "of", "2D", "crystals", "containing", "the", "FERM", "-", "kinase", "region", "of", "FAK", "bound", "to", "a", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "monolayer", ".", "Top", "right", "insert", ":", "Fourier", "transform", "of", "the", "2D", "crystal", "image", ".", "Bottom", "right", "insert", ":", "2", ".", "5x", "zoom", "of", "the", "main", "image", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Negative stain image of 2D crystals containing the FERM-kinase region of FAK bound to a PI(4,5)P2 monolayer. Top right insert: Fourier transform of the 2D crystal image. Bottom right insert: 2.5x zoom of the main image."}
{"words": ["A", "Autophosphorylation", "as", "measured", "in", "a", "ELISA", "assay", "is", "shown", "for", "WT", "and", "interaction", "mutants", "in", "presence", "of", "control", "vesicles", "(", "PC", ";", "phosphatidylcholine", ")", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "containing", "vesicles", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "autophosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Mutant", "nomenclature", "is", "as", "shown", "in", "Table", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Autophosphorylation as measured in a ELISA assay is shown for WT and interaction mutants in presence of control vesicles (PC; phosphatidylcholine) or PI(4,5)P2 containing vesicles. Plotted are mean values from two independent autophosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4). Mutant nomenclature is as shown in Table 2. "}
{"words": ["A", "Autophosphorylation", "as", "measured", "in", "a", "ELISA", "assay", "is", "shown", "for", "WT", "and", "interaction", "mutants", "in", "presence", "of", "control", "vesicles", "(", "PC", ";", "phosphatidylcholine", ")", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "containing", "vesicles", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "autophosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Mutant", "nomenclature", "is", "as", "shown", "in", "Table", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Autophosphorylation as measured in a ELISA assay is shown for WT and interaction mutants in presence of control vesicles (PC; phosphatidylcholine) or PI(4,5)P2 containing vesicles. Plotted are mean values from two independent autophosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4). Mutant nomenclature is as shown in Table 2."}
{"words": ["B", "Catalytic", "turnover", "activity", "as", "measured", "in", "a", "coupled", "kinase", "assay", "is", "shown", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Catalytic turnover activity as measured in a coupled kinase assay is shown. Plotted are mean values from at least three independent experiments."}
{"words": ["C", "To", "determine", "whether", "autophosphorylation", "occurs", "in", "cis", "or", "trans", ",", "autophosphorylation", "was", "measured", "for", "WT", "or", "a", "kinase", "dead", "form", "of", "FAK", "(", "KD", ",", "contains", "K454R", "mutation", ")", "in", "presence", "or", "absence", "of", "a", "substrate", "deficient", "FAK", "mutant", "(", "Y397F", ")", "and", "/", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "vesicles", ".", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "negative", "experiments", "contain", "control", "PC", "vesicles", "instead", ".", "Note", "that", "the", "scales", "of", "the", "two", "plots", "are", "different", ",", "i", ".", "e", ".", "autophosphorylation", "is", "increased", "in", "presence", "of", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "phosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Left", ":", "Schematic", "of", "possible", "cis", "-", "and", "trans", "-", "autophosphorylation", "(", "red", "arrows", ")", "in", "mixtures", "of", "FAK", "-", "WT", "/", "FAK", "-", "Y397F", "and", "FAK", "-", "KD", "/", "FAK", "-", "Y397F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": " C To determine whether autophosphorylation occurs in cis or trans, autophosphorylation was measured for WT or a kinase dead form of FAK (KD, contains K454R mutation) in presence or absence of a substrate deficient FAK mutant (Y397F) and/or PI(4,5)P2 vesicles. PI(4,5)P2 negative experiments contain control PC vesicles instead. Note that the scales of the two plots are different, i.e. autophosphorylation is increased in presence of PI(4,5)P2. Plotted are mean values from two independent phosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4). Left: Schematic of possible cis- and trans-autophosphorylation (red arrows) in mixtures of FAK-WT/FAK-Y397F and FAK-KD/FAK-Y397F. "}
{"words": ["C", "To", "determine", "whether", "autophosphorylation", "occurs", "in", "cis", "or", "trans", ",", "autophosphorylation", "was", "measured", "for", "WT", "or", "a", "kinase", "dead", "form", "of", "FAK", "(", "KD", ",", "contains", "K454R", "mutation", ")", "in", "presence", "or", "absence", "of", "a", "substrate", "deficient", "FAK", "mutant", "(", "Y397F", ")", "and", "/", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "vesicles", ".", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "negative", "experiments", "contain", "control", "PC", "vesicles", "instead", ".", "Note", "that", "the", "scales", "of", "the", "two", "plots", "are", "different", ",", "i", ".", "e", ".", "autophosphorylation", "is", "increased", "in", "presence", "of", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "phosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Left", ":", "Schematic", "of", "possible", "cis", "-", "and", "trans", "-", "autophosphorylation", "(", "red", "arrows", ")", "in", "mixtures", "of", "FAK", "-", "WT", "/", "FAK", "-", "Y397F", "and", "FAK", "-", "KD", "/", "FAK", "-", "Y397F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C To determine whether autophosphorylation occurs in cis or trans, autophosphorylation was measured for WT or a kinase dead form of FAK (KD, contains K454R mutation) in presence or absence of a substrate deficient FAK mutant (Y397F) and/or PI(4,5)P2 vesicles. PI(4,5)P2 negative experiments contain control PC vesicles instead. Note that the scales of the two plots are different, i.e. autophosphorylation is increased in presence of PI(4,5)P2. Plotted are mean values from two independent phosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4). Left: Schematic of possible cis- and trans-autophosphorylation (red arrows) in mixtures of FAK-WT/FAK-Y397F and FAK-KD/FAK-Y397F."}
{"words": ["D", "Src", "phosphorylation", "of", "Y577", "in", "FAK", "in", "presence", "of", "PC", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "vesicles", "as", "determined", "by", "an", "ELISA", "method", ".", "The", "plot", "on", "the", "left", "is", "obtained", "in", "presence", "Src", "containing", "only", "the", "kinase", "domain", "(", "Src254", "-", "536", ")", "and", "the", "plot", "on", "the", "right", "with", "Src", "containing", "additionally", "the", "SH3", "and", "SH2", "domains", "(", "Src84", "-", "536", ")", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "phosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D Src phosphorylation of Y577 in FAK in presence of PC or PI(4,5)P2 vesicles as determined by an ELISA method. The plot on the left is obtained in presence Src containing only the kinase domain (Src254-536) and the plot on the right with Src containing additionally the SH3 and SH2 domains (Src84-536). Plotted are mean values from two independent phosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4). "}
{"words": ["D", "Src", "phosphorylation", "of", "Y577", "in", "FAK", "in", "presence", "of", "PC", "or", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "vesicles", "as", "determined", "by", "an", "ELISA", "method", ".", "The", "plot", "on", "the", "left", "is", "obtained", "in", "presence", "Src", "containing", "only", "the", "kinase", "domain", "(", "Src254", "-", "536", ")", "and", "the", "plot", "on", "the", "right", "with", "Src", "containing", "additionally", "the", "SH3", "and", "SH2", "domains", "(", "Src84", "-", "536", ")", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "phosphorylation", "reactions", ",", "each", "determined", "in", "duplicates", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Src phosphorylation of Y577 in FAK in presence of PC or PI(4,5)P2 vesicles as determined by an ELISA method. The plot on the left is obtained in presence Src containing only the kinase domain (Src254-536) and the plot on the right with Src containing additionally the SH3 and SH2 domains (Src84-536). Plotted are mean values from two independent phosphorylation reactions, each determined in duplicates (n=4)."}
{"words": ["Interactions", "between", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", "with", "a", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "containing", "membrane", "was", "probed", "using", "a", "pulldown", "assay", "with", "membrane", "coated", "silica", "beads", ".", "Plotted", "are", "bound", "protein", "relative", "to", "the", "binding", "for", "WT", "at", "the", "highest", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "concentration", ".", "Mutant", "naming", "is", "as", "in", "Table", "2", ".", "For", "WT", "the", "non", "-", "specific", "binding", "to", "a", "PC", "membrane", "is", "shown", "for", "comparison", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Interactions between WT or interface mutant FAK with a PI(4,5)P2 containing membrane was probed using a pulldown assay with membrane coated silica beads. Plotted are bound protein relative to the binding for WT at the highest PI(4,5)P2 concentration. Mutant naming is as in Table 2. For WT the non-specific binding to a PC membrane is shown for comparison. Plotted are mean values from at least three independent experiments. Error bars: s.d. "}
{"words": ["Interactions", "between", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", "with", "a", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "containing", "membrane", "was", "probed", "using", "a", "pulldown", "assay", "with", "membrane", "coated", "silica", "beads", ".", "Plotted", "are", "bound", "protein", "relative", "to", "the", "binding", "for", "WT", "at", "the", "highest", "PI", "(", "4", ",", "5", ")", "P2", "concentration", ".", "Mutant", "naming", "is", "as", "in", "Table", "2", ".", "For", "WT", "the", "non", "-", "specific", "binding", "to", "a", "PC", "membrane", "is", "shown", "for", "comparison", ".", "Plotted", "are", "mean", "values", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Interactions between WT or interface mutant FAK with a PI(4,5)P2 containing membrane was probed using a pulldown assay with membrane coated silica beads. Plotted are bound protein relative to the binding for WT at the highest PI(4,5)P2 concentration. Mutant naming is as in Table 2. For WT the non-specific binding to a PC membrane is shown for comparison. Plotted are mean values from at least three independent experiments. Error bars: s.d."}
{"words": ["A", "FAK", "phosphorylation", "of", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", "in", "SCC", "cells", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "pFAK", "Y397", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y576", "/", "577", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y861", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y925", "and", "anti", "-", "FAK", ".", "Anti", "-", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "pFAK", "/", "FAK", "ratios", "(", "mean", ")", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A FAK phosphorylation of WT or interface mutant FAK in SCC cells. Whole cell lysates were subjected to western blot analysis with anti-pFAK Y397, anti-pFAK Y576/577, anti-pFAK Y861, anti-pFAK Y925 and anti-FAK. Anti-GAPDH served as a loading control. The graph shows densitometric analysis of relative pFAK/FAK ratios (mean) from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data. "}
{"words": ["A", "FAK", "phosphorylation", "of", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", "in", "SCC", "cells", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "pFAK", "Y397", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y576", "/", "577", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y861", ",", "anti", "-", "pFAK", "Y925", "and", "anti", "-", "FAK", ".", "Anti", "-", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "pFAK", "/", "FAK", "ratios", "(", "mean", ")", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A FAK phosphorylation of WT or interface mutant FAK in SCC cells. Whole cell lysates were subjected to western blot analysis with anti-pFAK Y397, anti-pFAK Y576/577, anti-pFAK Y861, anti-pFAK Y925 and anti-FAK. Anti-GAPDH served as a loading control. The graph shows densitometric analysis of relative pFAK/FAK ratios (mean) from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data."}
{"words": ["B", "Downstream", "signaling", "in", "SCC", "cells", "expressing", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", ".", "Whole", "cell", "lysates", "are", "analyzed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "phospho", "/", "total", "protein", "ratios", "(", "mean", ")", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Downstream signaling in SCC cells expressing WT or interface mutant FAK. Whole cell lysates are analyzed by western blot analysis with the indicated antibodies. The graph shows densitometric analysis of relative phospho/total protein ratios (mean) from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data. "}
{"words": ["B", "Downstream", "signaling", "in", "SCC", "cells", "expressing", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", ".", "Whole", "cell", "lysates", "are", "analyzed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "phospho", "/", "total", "protein", "ratios", "(", "mean", ")", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Downstream signaling in SCC cells expressing WT or interface mutant FAK. Whole cell lysates are analyzed by western blot analysis with the indicated antibodies. The graph shows densitometric analysis of relative phospho/total protein ratios (mean) from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data."}
{"words": ["C", "Src", "phosphorylation", "and", "interactions", "between", "FAK", "and", "Src", "or", "pSrc", "Y416", "in", "SCC", "cells", ".", "FAK", ",", "Src", "or", "pSrc", "Y416", "were", "immunoprecipitated", "from", "whole", "cell", "SCC", "lysates", "using", "anti", "-", "pSrc", "Y416", ",", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "Src", "or", "non", "-", "specific", "IgG", "-", "agarose", ",", "followed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "pSrc", "Y416", "and", "anti", "-", "Src", ".", "Anti", "-", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Src phosphorylation and interactions between FAK and Src or pSrc Y416 in SCC cells . FAK, Src or pSrc Y416 were immunoprecipitated from whole cell SCC lysates using anti-pSrc Y416, anti-FAK, anti-Src or non-specific IgG-agarose, followed by western blot analysis with anti-FAK, anti-pSrc Y416 and anti-Src. Anti-GAPDH served as a loading control. For full blots see source data. "}
{"words": ["C", "Src", "phosphorylation", "and", "interactions", "between", "FAK", "and", "Src", "or", "pSrc", "Y416", "in", "SCC", "cells", ".", "FAK", ",", "Src", "or", "pSrc", "Y416", "were", "immunoprecipitated", "from", "whole", "cell", "SCC", "lysates", "using", "anti", "-", "pSrc", "Y416", ",", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "Src", "or", "non", "-", "specific", "IgG", "-", "agarose", ",", "followed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "pSrc", "Y416", "and", "anti", "-", "Src", ".", "Anti", "-", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Src phosphorylation and interactions between FAK and Src or pSrc Y416 in SCC cells . FAK, Src or pSrc Y416 were immunoprecipitated from whole cell SCC lysates using anti-pSrc Y416, anti-FAK, anti-Src or non-specific IgG-agarose, followed by western blot analysis with anti-FAK, anti-pSrc Y416 and anti-Src. Anti-GAPDH served as a loading control. For full blots see source data."}
{"words": ["FAK", "-", "expressing", "SCC", "cells", "were", "grown", "on", "glass", "coverslips", ",", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "FAK", "anti", "-", "Paxillin", "and", "DAPI", "Representative", "immunofluorescence", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FAK-expressing SCC cells were grown on glass coverslips, fixed and stained with anti-FAK anti-Paxillin and DAPI Representative immunofluorescence images are shown. Scale bars, 20 μm."}
{"words": ["B", "FAK", "-", "expressing", "SCC", "cells", "were", "grown", "on", "glass", "coverslips", ",", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "pSrc", "Y416", ",", "anti", "-", "Paxillin", "and", "DAPI", "Representative", "immunofluorescence", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "The", "graph", "(", "B", ")", "shows", "the", "quantification", "of", "internalized", "active", "Src", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B FAK-expressing SCC cells were grown on glass coverslips, fixed and stained with anti-pSrc Y416 , anti-Paxillin and DAPI Representative immunofluorescence images are shown. Scale bars, 20 μm. The graph (B) shows the quantification of internalized active Src from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars, s.d. * = p < 0.01. "}
{"words": ["B", "FAK", "-", "expressing", "SCC", "cells", "were", "grown", "on", "glass", "coverslips", ",", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "pSrc", "Y416", ",", "anti", "-", "Paxillin", "and", "DAPI", "Representative", "immunofluorescence", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "The", "graph", "(", "B", ")", "shows", "the", "quantification", "of", "internalized", "active", "Src", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B FAK-expressing SCC cells were grown on glass coverslips, fixed and stained with anti-pSrc Y416 , anti-Paxillin and DAPI Representative immunofluorescence images are shown. Scale bars, 20 μm. The graph (B) shows the quantification of internalized active Src from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars, s.d. * = p < 0.01."}
{"words": ["C", "Subcellular", "fractionation", "of", "SCC", "cells", "expressing", "FAK", "-", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", ".", "Whole", "cell", "lysates", "(", "WCL", ")", "and", "subcellular", "fractions", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "Tubulin", "(", "marker", "for", "cytoplasmic", "fraction", ";", "C", ")", ",", "anti", "-", "RCAS", "(", "marker", "for", "perinuclear", "fraction", ";", "PN", ")", "and", "anti", "-", "H4", "(", "marker", "for", "nuclear", "fraction", ";", "N", ")", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "FAK", "amount", "of", "the", "FAK", "mutants", "in", "the", "different", "fractions", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Subcellular fractionation of SCC cells expressing FAK-WT or interface mutant FAK. Whole cell lysates (WCL) and subcellular fractions were subjected to western blot analysis with anti-FAK, anti-Tubulin (marker for cytoplasmic fraction; C), anti-RCAS (marker for perinuclear fraction; PN) and anti-H4 (marker for nuclear fraction; N). The graph shows densitometric analysis of relative FAK amount of the FAK mutants in the different fractions from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data. "}
{"words": ["C", "Subcellular", "fractionation", "of", "SCC", "cells", "expressing", "FAK", "-", "WT", "or", "interface", "mutant", "FAK", ".", "Whole", "cell", "lysates", "(", "WCL", ")", "and", "subcellular", "fractions", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "FAK", ",", "anti", "-", "Tubulin", "(", "marker", "for", "cytoplasmic", "fraction", ";", "C", ")", ",", "anti", "-", "RCAS", "(", "marker", "for", "perinuclear", "fraction", ";", "PN", ")", "and", "anti", "-", "H4", "(", "marker", "for", "nuclear", "fraction", ";", "N", ")", ".", "The", "graph", "shows", "densitometric", "analysis", "of", "relative", "FAK", "amount", "of", "the", "FAK", "mutants", "in", "the", "different", "fractions", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ":", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "For", "full", "blots", "see", "source", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Subcellular fractionation of SCC cells expressing FAK-WT or interface mutant FAK. Whole cell lysates (WCL) and subcellular fractions were subjected to western blot analysis with anti-FAK, anti-Tubulin (marker for cytoplasmic fraction; C), anti-RCAS (marker for perinuclear fraction; PN) and anti-H4 (marker for nuclear fraction; N). The graph shows densitometric analysis of relative FAK amount of the FAK mutants in the different fractions from three independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars: s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. For full blots see source data."}
{"words": ["A", "FAK", "-", "WT", ",", "interface", "mutant", "FAK", "or", "FAK", "-", "/", "-", "SCC", "cells", "were", "resuspended", "in", "methylcellulose", "solution", "in", "growth", "medium", "on", "a", "layer", "of", "agarose", "and", "observed", "for", "3D", "sphere", "formation", ".", "Images", "were", "taken", "from", "10", "random", "fields", "after", "nine", "days", "(", "representative", "images", "are", "shown", ")", "and", "the", "relative", "colony", "size", "(", "top", "graph", ")", "as", "well", "as", "the", "number", "of", "colonies", "(", "bottom", "graph", ")", "were", "assessed", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A FAK-WT, interface mutant FAK or FAK -/- SCC cells were resuspended in methylcellulose solution in growth medium on a layer of agarose and observed for 3D sphere formation. Images were taken from 10 random fields after nine days (representative images are shown) and the relative colony size (top graph) as well as the number of colonies (bottom graph) were assessed from three independent experiments. Scale bars, 200 μm. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05. "}
{"words": ["A", "FAK", "-", "WT", ",", "interface", "mutant", "FAK", "or", "FAK", "-", "/", "-", "SCC", "cells", "were", "resuspended", "in", "methylcellulose", "solution", "in", "growth", "medium", "on", "a", "layer", "of", "agarose", "and", "observed", "for", "3D", "sphere", "formation", ".", "Images", "were", "taken", "from", "10", "random", "fields", "after", "nine", "days", "(", "representative", "images", "are", "shown", ")", "and", "the", "relative", "colony", "size", "(", "top", "graph", ")", "as", "well", "as", "the", "number", "of", "colonies", "(", "bottom", "graph", ")", "were", "assessed", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", "s", ".", "d", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A FAK-WT, interface mutant FAK or FAK -/- SCC cells were resuspended in methylcellulose solution in growth medium on a layer of agarose and observed for 3D sphere formation. Images were taken from 10 random fields after nine days (representative images are shown) and the relative colony size (top graph) as well as the number of colonies (bottom graph) were assessed from three independent experiments. Scale bars, 200 μm. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars s.d. * = p < 0.01, # = p < 0.05."}
{"words": ["B", "FAK", "-", "WT", ",", "interface", "mutant", "FAK", "or", "FAK", "-", "/", "-", "SCC", "cells", "were", "seeded", "on", "growth", "factor", "-", "reduced", "Matrigel", "in", "serum", "-", "free", "media", ".", "After", "72", "h", ",", "invasion", "towards", "a", "serum", "gradient", "was", "analyzed", "by", "staining", "the", "cells", "with", "calcein", "and", "taking", "images", "at", "10", "μm", "increments", "through", "the", "matrigel", ".", "Representative", "images", "of", "the", "invasion", "assay", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "The", "graph", "shows", "relative", "invasion", "from", "five", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B FAK-WT, interface mutant FAK or FAK -/- SCC cells were seeded on growth factor-reduced Matrigel in serum-free media. After 72 h, invasion towards a serum gradient was analyzed by staining the cells with calcein and taking images at 10 μm increments through the matrigel. Representative images of the invasion assay are shown. Scale bars, 200 μm. The graph shows relative invasion from five independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars, s.e.m. * = p < 0.01, # = p < 0.05. "}
{"words": ["B", "FAK", "-", "WT", ",", "interface", "mutant", "FAK", "or", "FAK", "-", "/", "-", "SCC", "cells", "were", "seeded", "on", "growth", "factor", "-", "reduced", "Matrigel", "in", "serum", "-", "free", "media", ".", "After", "72", "h", ",", "invasion", "towards", "a", "serum", "gradient", "was", "analyzed", "by", "staining", "the", "cells", "with", "calcein", "and", "taking", "images", "at", "10", "μm", "increments", "through", "the", "matrigel", ".", "Representative", "images", "of", "the", "invasion", "assay", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "The", "graph", "shows", "relative", "invasion", "from", "five", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "carried", "out", "to", "calculate", "the", "statistical", "significance", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B FAK-WT, interface mutant FAK or FAK -/- SCC cells were seeded on growth factor-reduced Matrigel in serum-free media. After 72 h, invasion towards a serum gradient was analyzed by staining the cells with calcein and taking images at 10 μm increments through the matrigel. Representative images of the invasion assay are shown. Scale bars, 200 μm. The graph shows relative invasion from five independent experiments. Student's t-test was carried out to calculate the statistical significance. Error bars, s.e.m. * = p < 0.01, # = p < 0.05."}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", "and", "2", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Weights", "were", "compared", "over", "15", "days", "post", "infection", "(", "pi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group) and 2 mice were uninfected (UI). Weights were compared over 15 days post infection (pi). "}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", "and", "2", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Weights", "were", "compared", "over", "15", "days", "post", "infection", "(", "pi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group) and 2 mice were uninfected (UI). Weights were compared over 15 days post infection (pi)."}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", "and", "2", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "were", "compared", "over", "15", "days", "post", "infection", "(", "pi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group) and 2 mice were uninfected (UI). Kaplan-Meier survival were compared over 15 days post infection (pi). "}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", "and", "2", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "were", "compared", "over", "15", "days", "post", "infection", "(", "pi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group) and 2 mice were uninfected (UI). Kaplan-Meier survival were compared over 15 days post infection (pi)."}
{"words": ["C", ")", "Sera", "from", "WT", "mice", "was", "analysed", "for", "N", "protein", "(", "N", ")", "and", "glycoprotein", "(", "GP", ")", "-", "specific", "antibodies", "by", "ELISA", ",", "each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "mouse", "from", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C) Sera from WT mice was analysed for N protein (N) and glycoprotein (GP)-specific antibodies by ELISA, each data point corresponds to one mouse from the same experiment. "}
{"words": ["C", ")", "Sera", "from", "WT", "mice", "was", "analysed", "for", "N", "protein", "(", "N", ")", "and", "glycoprotein", "(", "GP", ")", "-", "specific", "antibodies", "by", "ELISA", ",", "each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "mouse", "from", "the", "same", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Sera from WT mice was analysed for N protein (N) and glycoprotein (GP)-specific antibodies by ELISA, each data point corresponds to one mouse from the same experiment."}
{"words": ["D", ")", "N", "-", "specific", "antibody", "ELISA", "was", "used", "to", "compare", "antibody", "responses", "in", "sera", "of", "WT", "and", "KO", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D) N-specific antibody ELISA was used to compare antibody responses in sera of WT and KO mice. "}
{"words": ["D", ")", "N", "-", "specific", "antibody", "ELISA", "was", "used", "to", "compare", "antibody", "responses", "in", "sera", "of", "WT", "and", "KO", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) N-specific antibody ELISA was used to compare antibody responses in sera of WT and KO mice."}
{"words": ["E", "-", "F", ")", "In", "vitro", "neutralisation", "experiments", "were", "performed", "with", "sera", "collected", "day", "8pi", "from", "WT", ",", "KO", "and", "UI", "mice", ".", "E", ")", "Sera", "was", "pre", "-", "incubated", "with", "LCMV", ",", "then", "the", "virus", "-", "serum", "mix", "was", "added", "to", "MEF", "cells", "and", "LCMV", "infection", "titre", "after", "16", "hours", "was", "measured", "by", "FFA", ".", "F", ")", "Sera", "was", "electroporated", "into", "MEFs", ",", "then", "cells", "were", "plated", "in", "triplicate", "and", "LCMV", "was", "added", "4", "hours", "later", ".", "LCMV", "infection", "titre", "after", "16", "hours", "was", "measured", "by", "FFA", "(", "three", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E-F) In vitro neutralisation experiments were performed with sera collected day 8pi from WT, KO and UI mice. E) Sera was pre-incubated with LCMV, then the virus-serum mix was added to MEF cells and LCMV infection titre after 16 hours was measured by FFA. F) Sera was electroporated into MEFs, then cells were plated in triplicate and LCMV was added 4 hours later. LCMV infection titre after 16 hours was measured by FFA (three replicates). "}
{"words": ["E", "-", "F", ")", "In", "vitro", "neutralisation", "experiments", "were", "performed", "with", "sera", "collected", "day", "8pi", "from", "WT", ",", "KO", "and", "UI", "mice", ".", "E", ")", "Sera", "was", "pre", "-", "incubated", "with", "LCMV", ",", "then", "the", "virus", "-", "serum", "mix", "was", "added", "to", "MEF", "cells", "and", "LCMV", "infection", "titre", "after", "16", "hours", "was", "measured", "by", "FFA", ".", "F", ")", "Sera", "was", "electroporated", "into", "MEFs", ",", "then", "cells", "were", "plated", "in", "triplicate", "and", "LCMV", "was", "added", "4", "hours", "later", ".", "LCMV", "infection", "titre", "after", "16", "hours", "was", "measured", "by", "FFA", "(", "three", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F) In vitro neutralisation experiments were performed with sera collected day 8pi from WT, KO and UI mice. E) Sera was pre-incubated with LCMV, then the virus-serum mix was added to MEF cells and LCMV infection titre after 16 hours was measured by FFA. F) Sera was electroporated into MEFs, then cells were plated in triplicate and LCMV was added 4 hours later. LCMV infection titre after 16 hours was measured by FFA (three replicates)."}
{"words": ["G", ")", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "was", "electroporated", "into", "WT", "and", "KO", "MEFs", "and", "subsequent", "LCMV", "infection", "titres", "were", "measured", "by", "FFA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G) Anti-N mAb KL53 was electroporated into WT and KO MEFs and subsequent LCMV infection titres were measured by FFA. "}
{"words": ["G", ")", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "was", "electroporated", "into", "WT", "and", "KO", "MEFs", "and", "subsequent", "LCMV", "infection", "titres", "were", "measured", "by", "FFA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Anti-N mAb KL53 was electroporated into WT and KO MEFs and subsequent LCMV infection titres were measured by FFA."}
{"words": ["H", ")", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "was", "co", "-", "electroporated", "with", "recombinant", "N", "protein", "into", "WT", "and", "KO", "MEFs", ",", "and", "immunoblotting", "for", "N", "was", "performed", "after", "3", "hours", ".", "Electroporation", "of", "recombinant", "KL53", "expressing", "the", "TRIM21", "non", "-", "binding", "mutation", "H433A", "was", "unable", "to", "mediate", "N", "protein", "degradation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0], "text": " H) Anti-N mAb KL53 was co-electroporated with recombinant N protein into WT and KO MEFs, and immunoblotting for N was performed after 3 hours. Electroporation of recombinant KL53 expressing the TRIM21 non-binding mutation H433A was unable to mediate N protein degradation. "}
{"words": ["H", ")", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "was", "co", "-", "electroporated", "with", "recombinant", "N", "protein", "into", "WT", "and", "KO", "MEFs", ",", "and", "immunoblotting", "for", "N", "was", "performed", "after", "3", "hours", ".", "Electroporation", "of", "recombinant", "KL53", "expressing", "the", "TRIM21", "non", "-", "binding", "mutation", "H433A", "was", "unable", "to", "mediate", "N", "protein", "degradation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0], "text": "H) Anti-N mAb KL53 was co-electroporated with recombinant N protein into WT and KO MEFs, and immunoblotting for N was performed after 3 hours. Electroporation of recombinant KL53 expressing the TRIM21 non-binding mutation H433A was unable to mediate N protein degradation."}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", ",", "and", "either", "received", "anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "(", "+", ")", "or", "control", "(", "-", ")", "intraperitoneally", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Two", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "A", ")", "Weights", "were", "monitored", "throughout", "infection", ",", "with", "final", "day", "8", "weights", "of", "individual", "mice", "presented", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group), and either received anti-N mAb KL53 (+) or control (-) intraperitoneally on days 1 and 3pi. Two mice were uninfected (UI). A) Weights were monitored throughout infection, with final day 8 weights of individual mice presented separately. "}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", ",", "and", "either", "received", "anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "(", "+", ")", "or", "control", "(", "-", ")", "intraperitoneally", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Two", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "A", ")", "Weights", "were", "monitored", "throughout", "infection", ",", "with", "final", "day", "8", "weights", "of", "individual", "mice", "presented", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group), and either received anti-N mAb KL53 (+) or control (-) intraperitoneally on days 1 and 3pi. Two mice were uninfected (UI). A) Weights were monitored throughout infection, with final day 8 weights of individual mice presented separately."}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", ",", "and", "either", "received", "anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "(", "+", ")", "or", "control", "(", "-", ")", "intraperitoneally", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Two", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Viral", "titres", "in", "the", "spleen", ",", "liver", ",", "lung", "and", "kidney", "of", "all", "mice", "were", "determined", "by", "FFA", "day", "8pi", ".", "Each", "data", "point", "represents", "one", "mouse", ",", "with", "results", "from", "two", "repeat", "experiments", "combined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group), and either received anti-N mAb KL53 (+) or control (-) intraperitoneally on days 1 and 3pi. Two mice were uninfected (UI). Viral titres in the spleen, liver, lung and kidney of all mice were determined by FFA day 8pi. Each data point represents one mouse, with results from two repeat experiments combined. "}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "TRIM21", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "clone", "13", "(", "6", "mice", "per", "group", ")", ",", "and", "either", "received", "anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "(", "+", ")", "or", "control", "(", "-", ")", "intraperitoneally", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Two", "mice", "were", "uninfected", "(", "UI", ")", ".", "Viral", "titres", "in", "the", "spleen", ",", "liver", ",", "lung", "and", "kidney", "of", "all", "mice", "were", "determined", "by", "FFA", "day", "8pi", ".", "Each", "data", "point", "represents", "one", "mouse", ",", "with", "results", "from", "two", "repeat", "experiments", "combined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type (WT) and TRIM21 knockout (KO) mice were infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV clone 13 (6 mice per group), and either received anti-N mAb KL53 (+) or control (-) intraperitoneally on days 1 and 3pi. Two mice were uninfected (UI). Viral titres in the spleen, liver, lung and kidney of all mice were determined by FFA day 8pi. Each data point represents one mouse, with results from two repeat experiments combined."}
{"words": ["A", ")", "CD8", "T", "cells", "in", "WT", "mice", "were", "depleted", "by", "administration", "of", "anti", "-", "CD8", "mAb", "1", "day", "prior", "to", "infection", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", ".", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "or", "PBS", "control", "was", "passively", "transferred", "IP", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Viral", "titres", "in", "the", "spleen", ",", "lung", ",", "liver", "and", "kidney", "of", "all", "mice", "were", "determined", "by", "FFA", "day", "8pi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A) CD8 T cells in WT mice were depleted by administration of anti-CD8 mAb 1 day prior to infection with 10^5 FFU LCMV. Anti-N mAb KL53 or PBS control was passively transferred IP on days 1 and 3pi. Viral titres in the spleen, lung, liver and kidney of all mice were determined by FFA day 8pi. "}
{"words": ["A", ")", "CD8", "T", "cells", "in", "WT", "mice", "were", "depleted", "by", "administration", "of", "anti", "-", "CD8", "mAb", "1", "day", "prior", "to", "infection", "with", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", ".", "Anti", "-", "N", "mAb", "KL53", "or", "PBS", "control", "was", "passively", "transferred", "IP", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Viral", "titres", "in", "the", "spleen", ",", "lung", ",", "liver", "and", "kidney", "of", "all", "mice", "were", "determined", "by", "FFA", "day", "8pi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) CD8 T cells in WT mice were depleted by administration of anti-CD8 mAb 1 day prior to infection with 10^5 FFU LCMV. Anti-N mAb KL53 or PBS control was passively transferred IP on days 1 and 3pi. Viral titres in the spleen, lung, liver and kidney of all mice were determined by FFA day 8pi."}
{"words": ["B", ")", "Spleens", "from", "WT", "and", "KO", "mice", "+", "/", "-", "mAb", "KL53", "day", "8pi", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "were", "analysed", "for", "the", "presence", "of", "LCMV", "N", "-", "specific", "CTLs", "by", "staining", "with", "the", "class", "I", "N396", "-", "404", "tetramer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B) Spleens from WT and KO mice +/- mAb KL53 day 8pi with 0.5 x 10^5 FFU LCMV were analysed for the presence of LCMV N-specific CTLs by staining with the class I N396-404 tetramer. "}
{"words": ["B", ")", "Spleens", "from", "WT", "and", "KO", "mice", "+", "/", "-", "mAb", "KL53", "day", "8pi", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "were", "analysed", "for", "the", "presence", "of", "LCMV", "N", "-", "specific", "CTLs", "by", "staining", "with", "the", "class", "I", "N396", "-", "404", "tetramer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Spleens from WT and KO mice +/- mAb KL53 day 8pi with 0.5 x 10^5 FFU LCMV were analysed for the presence of LCMV N-specific CTLs by staining with the class I N396-404 tetramer."}
{"words": ["C", ")", "Spleens", "from", "naïve", "WT", "and", "KO", "mice", "day", "10pi", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "were", "stained", "with", "N", "tetramer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C) Spleens from naïve WT and KO mice day 10pi with 0.5 x 10^5 FFU LCMV were stained with N tetramer. "}
{"words": ["C", ")", "Spleens", "from", "naïve", "WT", "and", "KO", "mice", "day", "10pi", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "were", "stained", "with", "N", "tetramer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Spleens from naïve WT and KO mice day 10pi with 0.5 x 10^5 FFU LCMV were stained with N tetramer."}
{"words": ["D", ")", "Macrophages", "were", "depleted", "in", "WT", "mice", "by", "administration", "of", "clodronate", "liposomes", "1", "day", "prior", "to", "infection", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", ".", "KL53", "was", "administered", "on", "days", "1", "and", "3pi", ",", "and", "N396", "-", "specific", "CTLs", "in", "the", "spleen", "were", "measured", "day", "8pi", "by", "tetramer", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D) Macrophages were depleted in WT mice by administration of clodronate liposomes 1 day prior to infection with 0.5 x 10^5 FFU LCMV. KL53 was administered on days 1 and 3pi, and N396-specific CTLs in the spleen were measured day 8pi by tetramer staining. "}
{"words": ["D", ")", "Macrophages", "were", "depleted", "in", "WT", "mice", "by", "administration", "of", "clodronate", "liposomes", "1", "day", "prior", "to", "infection", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", ".", "KL53", "was", "administered", "on", "days", "1", "and", "3pi", ",", "and", "N396", "-", "specific", "CTLs", "in", "the", "spleen", "were", "measured", "day", "8pi", "by", "tetramer", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Macrophages were depleted in WT mice by administration of clodronate liposomes 1 day prior to infection with 0.5 x 10^5 FFU LCMV. KL53 was administered on days 1 and 3pi, and N396-specific CTLs in the spleen were measured day 8pi by tetramer staining."}
{"words": ["A", ")", "Splenocytes", "from", "uninfected", "CD45", ".", "1", "mice", ",", "either", "pulsed", "with", "3", "concentrations", "of", "N", "peptide", "and", "cell", "trace", "violet", "(", "CTV", ")", "or", "unlabelled", "control", "cells", ",", "were", "transfused", "intravenously", "into", "WT", "and", "KO", "mice", "(", "CD45", ".", "2", ")", "that", "had", "been", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "8", "days", "earlier", ".", "After", "3", "hours", ",", "spleens", "from", "recipient", "mice", "were", "harvested", "and", "the", "proportion", "of", "CTV", "-", "labelled", "CD45", ".", "1", "cells", "was", "analysed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Histograms", "from", "single", "representative", "uninfected", "(", "UI", ")", ",", "WT", "and", "KO", "mice", "are", "presented", ",", "showing", "the", "proportion", "of", "CD45", ".", "1", "cells", "remaining", "for", "each", "of", "the", "labelled", "fractions", "normalised", "to", "mode", ".", "Summary", "data", "from", "all", "individual", "mice", "in", "the", "same", "experiment", "is", "presented", "in", "associated", "scatter", "plot", ",", "showing", "the", "mean", "±", "standard", "error", ".", "B", ")", "Labelled", "splenocytes", "as", "for", "(", "A", ")", "were", "transfused", "into", "WT", "and", "KO", "mice", "that", "had", "been", "infected", "with", "LCMV", "8", "days", "earlier", ",", "and", "received", "mAb", "KL53", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Flow", "cytometry", "histograms", "from", "single", "representative", "mice", "of", "each", "genotype", ".", "Summary", "data", "from", "all", "mice", "in", "the", "experiment", "is", "presented", ",", "showing", "the", "mean", "±", "standard", "error", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A) Splenocytes from uninfected CD45.1 mice, either pulsed with 3 concentrations of N peptide and cell trace violet (CTV) or unlabelled control cells, were transfused intravenously into WT and KO mice (CD45.2) that had been infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV 8 days earlier. After 3 hours, spleens from recipient mice were harvested and the proportion of CTV-labelled CD45.1 cells was analysed by flow cytometry. Histograms from single representative uninfected (UI), WT and KO mice are presented, showing the proportion of CD45.1 cells remaining for each of the labelled fractions normalised to mode. Summary data from all individual mice in the same experiment is presented in associated scatter plot, showing the mean ± standard error. B) Labelled splenocytes as for (A) were transfused into WT and KO mice that had been infected with LCMV 8 days earlier, and received mAb KL53 on days 1 and 3pi. Flow cytometry histograms from single representative mice of each genotype. Summary data from all mice in the experiment is presented, showing the mean ± standard error. "}
{"words": ["A", ")", "Splenocytes", "from", "uninfected", "CD45", ".", "1", "mice", ",", "either", "pulsed", "with", "3", "concentrations", "of", "N", "peptide", "and", "cell", "trace", "violet", "(", "CTV", ")", "or", "unlabelled", "control", "cells", ",", "were", "transfused", "intravenously", "into", "WT", "and", "KO", "mice", "(", "CD45", ".", "2", ")", "that", "had", "been", "infected", "with", "0", ".", "5", "x", "10", "^", "5", "FFU", "LCMV", "8", "days", "earlier", ".", "After", "3", "hours", ",", "spleens", "from", "recipient", "mice", "were", "harvested", "and", "the", "proportion", "of", "CTV", "-", "labelled", "CD45", ".", "1", "cells", "was", "analysed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Histograms", "from", "single", "representative", "uninfected", "(", "UI", ")", ",", "WT", "and", "KO", "mice", "are", "presented", ",", "showing", "the", "proportion", "of", "CD45", ".", "1", "cells", "remaining", "for", "each", "of", "the", "labelled", "fractions", "normalised", "to", "mode", ".", "Summary", "data", "from", "all", "individual", "mice", "in", "the", "same", "experiment", "is", "presented", "in", "associated", "scatter", "plot", ",", "showing", "the", "mean", "±", "standard", "error", ".", "B", ")", "Labelled", "splenocytes", "as", "for", "(", "A", ")", "were", "transfused", "into", "WT", "and", "KO", "mice", "that", "had", "been", "infected", "with", "LCMV", "8", "days", "earlier", ",", "and", "received", "mAb", "KL53", "on", "days", "1", "and", "3pi", ".", "Flow", "cytometry", "histograms", "from", "single", "representative", "mice", "of", "each", "genotype", ".", "Summary", "data", "from", "all", "mice", "in", "the", "experiment", "is", "presented", ",", "showing", "the", "mean", "±", "standard", "error", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Splenocytes from uninfected CD45.1 mice, either pulsed with 3 concentrations of N peptide and cell trace violet (CTV) or unlabelled control cells, were transfused intravenously into WT and KO mice (CD45.2) that had been infected with 0.5 x 10^5 FFU LCMV 8 days earlier. After 3 hours, spleens from recipient mice were harvested and the proportion of CTV-labelled CD45.1 cells was analysed by flow cytometry. Histograms from single representative uninfected (UI), WT and KO mice are presented, showing the proportion of CD45.1 cells remaining for each of the labelled fractions normalised to mode. Summary data from all individual mice in the same experiment is presented in associated scatter plot, showing the mean ± standard error. B) Labelled splenocytes as for (A) were transfused into WT and KO mice that had been infected with LCMV 8 days earlier, and received mAb KL53 on days 1 and 3pi. Flow cytometry histograms from single representative mice of each genotype. Summary data from all mice in the experiment is presented, showing the mean ± standard error."}
{"words": ["Untreated", "or", "Ruxolitinib", "(", "10", "µM", ")", "-", "treated", "PBMCs", "from", "four", "individual", "donors", "were", "exposed", "to", "SARS", "-", "CoV", "or", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "MOI", "0", ".", "5", ")", ".", "PBMCs", "inoculated", "with", "supernatant", "from", "Vero", "E6", "cell", "cultures", "mixed", "with", "PBS", "and", "OptiPro", "serum", "-", "free", "medium", "supplemented", "with", "0", ".", "5", "%", "gelatine", "were", "used", "as", "control", "condition", "(", "Mock", ")", ".", "Supernatants", "and", "individual", "cell", "fractions", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "inoculation", "and", "analyzed", "for", ":", "Infectivity", "in", "cell", "culture", "supernatants", "by", "plaque", "titration", "assay", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "cells", "from", "at", "least", "four", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "comparing", "mock", "-", "and", "Ruxolitinib", "-", "treated", "samples", ".", "p", "-", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "considered", "not", "significant", "and", "are", "not", "shown", "in", "the", "figure", ".", "n", ".", "d", ".", "=", "not", "detectable", ";", "h", ".", "p", ".", "e", ".", "=", "hours", "post", "-", "exposure", "Ruxo", ".", "=", "Ruxolitinib", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Untreated or Ruxolitinib (10 µM)-treated PBMCs from four individual donors were exposed to SARS-CoV or SARS-CoV-2 (MOI 0.5). PBMCs inoculated with supernatant from Vero E6 cell cultures mixed with PBS and OptiPro serum-free medium supplemented with 0.5% gelatine were used as control condition (Mock). Supernatants and individual cell fractions were collected at indicated time points post-inoculation and analyzed for: Infectivity in cell culture supernatants by plaque titration assay Data information: Data were generated in four individual experiments using cells from at least four individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M. Statistical significance was tested using paired Student's t-test comparing mock- and Ruxolitinib-treated samples. p-values > 0.05 were considered not significant and are not shown in the figure. n.d. = not detectable; h.p.e. = hours post-exposure Ruxo. = Ruxolitinib."}
{"words": ["PBMCs", "from", "four", "individual", "donors", "were", "exposed", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "MOI", "0", ".", "5", ")", ".", "PBMCs", "inoculated", "with", "supernatant", "from", "Vero", "E6", "cell", "cultures", "mixed", "with", "PBS", "and", "OptiPro", "serum", "-", "free", "medium", "supplemented", "with", "0", ".", "5", "%", "gelatine", "were", "used", "as", "control", "condition", "(", "Mock", ")", ".", "Supernatants", "and", "individual", "cell", "fractions", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "inoculation", "and", "analyzed", "for", ":", "Infectivity", "in", "cell", "culture", "supernatants", "by", "plaque", "titration", "assay", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "cells", "from", "at", "least", "four", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "p", "-", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "considered", "not", "significant", "and", "are", "not", "shown", "in", "the", "figure", ".", "n", ".", "d", ".", "=", "not", "detectable", ";", "h", ".", "p", ".", "e", ".", "=", "hours", "post", "-", "exposure", ";", "RMV", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "PBMCs from four individual donors were exposed to SARS-CoV-2 (MOI 0.5). PBMCs inoculated with supernatant from Vero E6 cell cultures mixed with PBS and OptiPro serum-free medium supplemented with 0.5% gelatine were used as control condition (Mock). Supernatants and individual cell fractions were collected at indicated time points post-inoculation and analyzed for: Infectivity in cell culture supernatants by plaque titration assay Data information: Data were generated in four individual experiments using cells from at least four individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M. Statistical significance was tested using paired Student's t-test p-values > 0.05 were considered not significant and are not shown in the figure. n.d. = not detectable; h.p.e. = hours post-exposure; RMV = Remdesivir"}
{"words": ["Untreated", "or", "Ruxolitinib", "(", "10", "µM", ")", "-", "treated", "PBMCs", "from", "four", "individual", "donors", "were", "exposed", "to", "SARS", "-", "CoV", "or", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "MOI", "0", ".", "5", ")", ".", "PBMCs", "inoculated", "with", "supernatant", "from", "Vero", "E6", "cell", "cultures", "mixed", "with", "PBS", "and", "OptiPro", "serum", "-", "free", "medium", "supplemented", "with", "0", ".", "5", "%", "gelatine", "were", "used", "as", "control", "condition", "(", "Mock", ")", ".", "Supernatants", "and", "individual", "cell", "fractions", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "inoculation", "and", "analyzed", "for", ":", "Viral", "RNA", "(", "genome", "equivalents", "/", "ml", ")", "concentrations", "in", "cell", "culture", "supernatants", "by", "Q", "-", "RT", "-", "PCR", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "cells", "from", "at", "least", "four", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "comparing", "mock", "-", "and", "Ruxolitinib", "-", "treated", "samples", ".", "p", "-", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "considered", "not", "significant", "and", "are", "not", "shown", "in", "the", "figure", ".", "n", ".", "d", ".", "=", "not", "detectable", ";", "h", ".", "p", ".", "e", ".", "=", "hours", "post", "-", "exposure", ";", "Ruxo", ".", "=", "Ruxolitinib", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Untreated or Ruxolitinib (10 µM)-treated PBMCs from four individual donors were exposed to SARS-CoV or SARS-CoV-2 (MOI 0.5). PBMCs inoculated with supernatant from Vero E6 cell cultures mixed with PBS and OptiPro serum-free medium supplemented with 0.5% gelatine were used as control condition (Mock). Supernatants and individual cell fractions were collected at indicated time points post-inoculation and analyzed for: Viral RNA (genome equivalents/ml) concentrations in cell culture supernatants by Q-RT-PCR Data information: Data were generated in four individual experiments using cells from at least four individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M. Statistical significance was tested using paired Student's t-test comparing mock- and Ruxolitinib-treated samples. p-values > 0.05 were considered not significant and are not shown in the figure. n.d. = not detectable; h.p.e. = hours post-exposure; Ruxo. = Ruxolitinib."}
{"words": ["PBMCs", "from", "four", "individual", "donors", "were", "exposed", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "MOI", "0", ".", "5", ")", ".", "PBMCs", "inoculated", "with", "supernatant", "from", "Vero", "E6", "cell", "cultures", "mixed", "with", "PBS", "and", "OptiPro", "serum", "-", "free", "medium", "supplemented", "with", "0", ".", "5", "%", "gelatine", "were", "used", "as", "control", "condition", "(", "Mock", ")", ".", "Supernatants", "and", "individual", "cell", "fractions", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "inoculation", "and", "analyzed", "for", ":", "Viral", "RNA", "(", "genome", "equivalents", "/", "ml", ")", "concentrations", "in", "cell", "culture", "supernatants", "by", "Q", "-", "RT", "-", "PCR", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "cells", "from", "at", "least", "four", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "p", "-", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "considered", "not", "significant", "and", "are", "not", "shown", "in", "the", "figure", ".", "n", ".", "d", ".", "=", "not", "detectable", ";", "h", ".", "p", ".", "e", ".", "=", "hours", "post", "-", "exposure", ";", "RMV", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "PBMCs from four individual donors were exposed to SARS-CoV-2 (MOI 0.5). PBMCs inoculated with supernatant from Vero E6 cell cultures mixed with PBS and OptiPro serum-free medium supplemented with 0.5% gelatine were used as control condition (Mock). Supernatants and individual cell fractions were collected at indicated time points post-inoculation and analyzed for: Viral RNA (genome equivalents/ml) concentrations in cell culture supernatants by Q-RT-PCR Data information: Data were generated in four individual experiments using cells from at least four individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M. Statistical significance was tested using paired Student's t-test p-values > 0.05 were considered not significant and are not shown in the figure. n.d. = not detectable; h.p.e. = hours post-exposure; RMV = Remdesivir"}
{"words": ["Untreated", "or", "Ruxolitinib", "(", "10", "µM", ")", "-", "treated", "PBMCs", "from", "four", "individual", "donors", "were", "exposed", "to", "SARS", "-", "CoV", "or", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "MOI", "0", ".", "5", ")", ".", "PBMCs", "inoculated", "with", "supernatant", "from", "Vero", "E6", "cell", "cultures", "mixed", "with", "PBS", "and", "OptiPro", "serum", "-", "free", "medium", "supplemented", "with", "0", ".", "5", "%", "gelatine", "were", "used", "as", "control", "condition", "(", "Mock", ")", ".", "Supernatants", "and", "individual", "cell", "fractions", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "inoculation", "and", "analyzed", "for", ":", "(", "E", ")", "Relative", "changes", "of", "cell", "-", "associated", "viral", "genomic", "RNA", "quantities", "by", "Q", "-", "RT", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "RNASEP", "levels", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "cells", "from", "at", "least", "four", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "comparing", "mock", "-", "and", "Ruxolitinib", "-", "treated", "samples", ".", "p", "-", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "considered", "not", "significant", "and", "are", "not", "shown", "in", "the", "figure", ".", "h", ".", "p", ".", "e", ".", "=", "hours", "post", "-", "exposure", "Ruxo", ".", "=", "Ruxolitinib", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Untreated or Ruxolitinib (10 µM)-treated PBMCs from four individual donors were exposed to SARS-CoV or SARS-CoV-2 (MOI 0.5). PBMCs inoculated with supernatant from Vero E6 cell cultures mixed with PBS and OptiPro serum-free medium supplemented with 0.5% gelatine were used as control condition (Mock). Supernatants and individual cell fractions were collected at indicated time points post-inoculation and analyzed for: (E) Relative changes of cell-associated viral genomic RNA quantities by Q-RT-PCR and normalized to RNASEP levels. Data information: Data were generated in four individual experiments using cells from at least four individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M. Statistical significance was tested using paired Student's t-test comparing mock- and Ruxolitinib-treated samples. p-values > 0.05 were considered not significant and are not shown in the figure. h.p.e. = hours post-exposure Ruxo. = Ruxolitinib."}
{"words": ["RNA", "extracted", "from", "Ruxolitinib", "-", "treated", "or", "mock", "-", "treated", ",", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "PBMCs", "was", "analyzed", "for", "(", "A", ")", "IFIT1", ",", "(", "B", ")", "IFNA1", "and", "IFNB1", "mRNA", "expression", "by", "Q", "-", "RT", "-", "PCR", "at", "indicated", "time", "points", ".", "Suspension", "and", "adherent", "cell", "fractions", "were", "analyzed", "separately", ",", "except", "at", "the", "four", "hours", "time", "point", ".", "Values", "were", "normalized", "to", "cellular", "RNASEP", "expression", "and", "are", "shown", "as", "fold", "change", "over", "mock", "-", "inoculated", "conditions", ".", "The", "dotted", "line", "indicates", "the", "expression", "level", "of", "mock", "-", "inoculated", "cell", "cultures", "and", "is", "set", "to", "1", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "PBMCs", "from", "four", "or", "more", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", "(", "A", "-", "B", "Statistical", "significance", "between", "mock", "-", "and", "Ruxolitinib", "-", "treated", "samples", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "testing", "and", "comparing", "SARS", "-", "CoV", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "treated", "samples", "from", "the", "same", "donor", "and", "time", "points", ".", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "(", "*", ")", ",", "<", "0", ".", "01", "very", "significant", "(", "*", "*", ")", "or", "≥", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "not", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA extracted from Ruxolitinib-treated or mock-treated, and SARS-CoV-, SARS-CoV-2- PBMCs was analyzed for (A) IFIT1, (B) IFNA1 and IFNB1 mRNA expression by Q-RT-PCR at indicated time points. Suspension and adherent cell fractions were analyzed separately, except at the four hours time point. Values were normalized to cellular RNASEP expression and are shown as fold change over mock-inoculated conditions. The dotted line indicates the expression level of mock-inoculated cell cultures and is set to 1. Data information: Data were generated in four individual experiments using PBMCs from four or more individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M (A-B Statistical significance between mock- and Ruxolitinib-treated samples was tested using paired Student's t-testing and comparing SARS-CoV to SARS-CoV-2-treated samples from the same donor and time points. P-values < 0.05 were considered significant (*), < 0.01 very significant (**) or ≥ 0.05 not significant (not shown)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Supernatants", "from", "Ruxolitinib", "-", "or", "mock", "-", "treated", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "or", "mock", "-", "inoculated", "PBMCs", "were", "collected", "48", "hours", "post", "exposure", "and", "cytokine", "expression", "of", "IFN", "-", "α2", ",", "IP", "-", "10", "/", "CXCL10", ",", "MCP", "-", "1", "/", "CCL2", "and", "MCP", "-", "3", "/", "CCL7", "were", "quantified", "using", "a", "Luminex", "-", "based", "immunoassay", ".", "PHA", "-", "or", "LPS", "-", "treated", "PBMCs", "were", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "Bars", "represent", "the", "results", "of", "a", "pool", "of", "four", "individual", "samples", "per", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "PBMCs", "from", "four", "or", "more", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "Statistical", "significance", "between", "mock", "-", "and", "Ruxolitinib", "-", "treated", "samples", "was", "tested", "using", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "testing", "and", "comparing", "SARS", "-", "CoV", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "treated", "samples", "from", "the", "same", "donor", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "(", "*", ")", ",", "<", "0", ".", "01", "very", "significant", "(", "*", "*", ")", "or", "≥", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "not", "shown", ")", ".", "n", ".", "d", ".", "=", "not", "detectable", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Supernatants from Ruxolitinib- or mock-treated and SARS-CoV-, SARS-CoV-2 or mock-inoculated PBMCs were collected 48 hours post exposure and cytokine expression of IFN-α2, IP-10/CXCL10, MCP-1/CCL2 and MCP-3/CCL7 were quantified using a Luminex-based immunoassay. PHA- or LPS-treated PBMCs were used as a positive control. Bars represent the results of a pool of four individual samples per condition. Data information: Data were generated in four individual experiments using PBMCs from four or more individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, Statistical significance between mock- and Ruxolitinib-treated samples was tested using paired Student's t-testing and comparing SARS-CoV to SARS-CoV-2-treated samples from the same donor P-values < 0.05 were considered significant (*), < 0.01 very significant (**) or ≥ 0.05 not significant (not shown). n.d. = not detectable."}
{"words": ["(", "D", ")", "Supernatants", "collected", "from", "SARS", "-", "CoV", "-", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "or", "mock", "-", "exposed", "PBMCs", "at", "indicated", "time", "points", "were", "analyzed", "for", "the", "release", "of", "bioactive", "IFN", "using", "the", "HL116", "reporter", "cell", "assay", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "generated", "in", "four", "individual", "experiments", "using", "PBMCs", "from", "four", "or", "more", "individual", "donors", "represented", "by", "different", "symbols", ",", "bars", "represent", "the", "mean", ",", "error", "bars", "indicate", "the", "S", ".", "E", ".", "M", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "(", "*", ")", ",", "<", "0", ".", "01", "very", "significant", "(", "*", "*", ")", "or", "≥", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "not", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Supernatants collected from SARS-CoV-, SARS-CoV-2- or mock-exposed PBMCs at indicated time points were analyzed for the release of bioactive IFN using the HL116 reporter cell assay. Data information: Data were generated in four individual experiments using PBMCs from four or more individual donors represented by different symbols, bars represent the mean, error bars indicate the S.E.M P-values < 0.05 were considered significant (*), < 0.01 very significant (**) or ≥ 0.05 not significant (not shown)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Pseudotime", "cell", "trajectory", "analysis", "and", "GSEA", "analysis", "using", "genes", "differentially", "regulated", "between", "mock", "-", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "challenged", "conditions", "for", "indicated", "cell", "types", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Pseudotime cell trajectory analysis and GSEA analysis using genes differentially regulated between mock-, SARS-CoV- and SARS-CoV-2-challenged conditions for indicated cell types. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "UMAPs", "showing", "IFIT1", "and", "ISG15", "mRNA", "expression", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative UMAPs showing IFIT1 and ISG15 mRNA expression in the indicated conditions. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "C", ")", "Volcano", "plot", "of", "all", "DEGs", "in", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "exposed", "cells", "compared", "to", "mock", "-", "exposed", "cells", "in", "the", "indicated", "cell", "types", ".", "Known", "ISGs", "were", "colored", "in", "green", "based", "on", "their", "presence", "in", "the", "interferome", "database", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Volcano plot of all DEGs in SARS-CoV-2-exposed cells compared to mock-exposed cells in the indicated cell types. Known ISGs were colored in green based on their presence in the interferome database Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cell", "trajectory", "maps", "of", "indicated", "cell", "types", "with", "cells", "colored", "by", "expression", "of", "the", "genes", "in", "an", "IFN", "-", "module", "gene", "set", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cell trajectory maps of indicated cell types with cells colored by expression of the genes in an IFN-module gene set. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "E", ")", "Dot", "plot", "depicting", "expression", "of", "selected", "ISGs", "and", "cytokines", ".", "Expression", "levels", "are", "color", "-", "coded", ",", "the", "percentage", "of", "cells", "expressing", "the", "respective", "gene", "is", "coded", "by", "symbol", "size", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Dot plot depicting expression of selected ISGs and cytokines. Expression levels are color-coded, the percentage of cells expressing the respective gene is coded by symbol size. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "C", ")", "Bar", "graph", "showing", "the", "absolute", "number", "(", "bars", ")", "and", "relative", "percentage", "of", "cells", "that", "were", "identified", "as", "virus", "RNA", "-", "Positive", "in", "SARS", "-", "CoV", "-", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "inoculated", "cultures", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Bar graph showing the absolute number (bars) and relative percentage of cells that were identified as virus RNA-Positive in SARS-CoV- and SARS-CoV-2-inoculated cultures, respectively. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "D", ")", "Plot", "of", "Log10", "average", "expression", "of", "genes", "showing", "a", "Log2", "(", "fold", "change", ")", ">", "0", ".", "2", "in", "viral", "RNA", "-", "Positive", "versus", "viral", "RNA", "-", "Negative", "monocytes", "from", "the", "SARS", "-", "CoV", "-", "(", "left", "panel", ")", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "(", "right", "panel", ")", "inoculated", "PBMCs", "with", "genes", "showing", "the", "highest", "expression", "fold", "change", "between", "both", "conditions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Plot of Log10 average expression of genes showing a Log2(fold change) >0.2 in viral RNA-Positive versus viral RNA-Negative monocytes from the SARS-CoV- (left panel) and SARS-CoV-2- (right panel) inoculated PBMCs with genes showing the highest expression fold change between both conditions. Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["(", "E", ")", "IFN", "Module", "Score", "of", "viral", "-", "RNA", "-", "negative", "(", "grey", ";", "715", "and", "958", "cells", "in", "SARS", "-", "CoV", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "exposed", "cultures", ",", "respectively", ")", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "RNA", "-", "Positive", "(", "blue", ";", "56", "cells", ")", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "-", "RNA", "-", "Positive", "(", "magenta", ";", "173", "cells", ")", "monocytes", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "using", "a", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "with", "continuity", "correction", ".", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "(", "*", ")", ",", "<", "0", ".", "01", "very", "significant", "(", "*", "*", ")", "or", "≥", "0", ".", "05", "not", "significant", "Data", "information", ":", "Data", "shown", "in", "this", "figure", "are", "based", "on", "the", "analysis", "of", "two", "donors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IFN Module Score of viral-RNA-negative (grey; 715 and 958 cells in SARS-CoV and SARS-CoV-2 exposed cultures, respectively), SARS-CoV-RNA-Positive (blue; 56 cells) and SARS-CoV-2-RNA-Positive (magenta; 173 cells) monocytes. Statistical significance was tested using a Wilcoxon rank sum test with continuity correction. P-values < 0.05 were considered significant (*), < 0.01 very significant (**) or ≥ 0.05 not significant Data information: Data shown in this figure are based on the analysis of two donors."}
{"words": ["F", ":", "IMAF", "for", "the", "CSF", ",", "plasma", "and", "urine", "of", "the", "patients", "with", "samples", "collected", "at", "6", "months", "follow", "-", "up", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Matched", "MRI", "scans", "are", "added", "for", "annotation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: IMAF for the CSF, plasma and urine of the patients with samples collected at 6 months follow-up (n=3). Matched MRI scans are added for annotation."}
{"words": ["A", ":", "Mutant", "allele", "fraction", "(", "MAF", ")", "measured", "in", "tumor", ",", "CSF", ",", "plasma", "and", "urine", "samples", "(", "on", "the", "y", "axis", ")", "for", "the", "detected", "mutations", ",", "in", "the", "52", "genes", "that", "are", "most", "frequently", "mutated", "in", "gliomas", "based", "on", "the", "TCGA", "databases", "(", "on", "the", "x", "axis", ")", ",", "for", "the", "8", "patients", "analysed", "by", "targeted", "sequencing", "panels", ".", "MAF", "from", "tumor", "are", "derived", "from", "exome", "sequencing", ".", "MAF", "from", "CSF", ",", "plasma", "and", "urine", "samples", "are", "derived", "from", "the", "capture", "panels", "sequencing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Mutant allele fraction (MAF) measured in tumor, CSF, plasma and urine samples (on the y axis) for the detected mutations, in the 52 genes that are most frequently mutated in gliomas based on the TCGA databases (on the x axis), for the 8 patients analysed by targeted sequencing panels. MAF from tumor are derived from exome sequencing. MAF from CSF, plasma and urine samples are derived from the capture panels sequencing."}
{"words": ["A", "-", "C", ":", "Fragment", "size", "distributions", "for", "mutant", "(", "blue", ")", "and", "non", "-", "mutant", "(", "red", ")", "cfDNA", "reads", ",", "determined", "from", "the", "capture", "sequencing", "data", "for", "CSF", "samples", "(", "A", ")", ",", "plasma", "samples", "(", "B", ")", "and", "urine", "samples", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C: Fragment size distributions for mutant (blue) and non-mutant (red) cfDNA reads, determined from the capture sequencing data for CSF samples (A), plasma samples (B) and urine samples (C)."}
{"words": ["A", "Arabidopsis", "seedlings", "grown", "for", "7", "days", "in", "LD", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", ".", "B", "Root", "lengths", "of", "seedlings", "from", "day", "2", "to", "day", "12", "after", "sowing", "(", "grown", "as", "in", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Arabidopsis seedlings grown for 7 days in LD at 20°C or 28°C. B Root lengths of seedlings from day 2 to day 12 after sowing (grown as in A)."}
{"words": ["C", "Seedlings", "of", "Brassica", "oleracea", "and", "Solanum", "lycopersicum", "(", "lycop", ".", ")", "grown", "for", "7", "days", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", ".", "D", "Root", "lengths", "of", "7", "days", "-", "old", "seedlings", "grown", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", "(", "n", "=", "18", "-", "22", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Seedlings of Brassica oleracea and Solanum lycopersicum (lycop.) grown for 7 days at 20°C or 28°C. D Root lengths of 7 days-old seedlings grown at 20°C or 28°C (n = 18-22)."}
{"words": ["A", "Elongation", "responses", "of", "detached", "roots", ".", "Shoots", "were", "removed", "from", "4", "days", "-", "old", "Arabidopsis", "thaliana", "(", "n", "=", "18", "-", "19", ")", ",", "4", "days", "-", "old", "Brassica", "oleracea", "(", "n", "=", "11", ")", "and", "5", "days", "-", "old", "Solanum", "lycopersicum", "(", "lycop", ".", ",", "n", "=", "10", "-", "12", ")", "seedlings", "grown", "at", "20", "°", "C", ".", "Detached", "roots", "were", "grown", "for", "additional", "4", "days", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Elongation responses of detached roots. Shoots were removed from 4 days-old Arabidopsis thaliana (n = 18-19), 4 days-old Brassica oleracea (n = 11) and 5 days-old Solanum lycopersicum (lycop., n = 10-12) seedlings grown at 20°C. Detached roots were grown for additional 4 days at 20°C or 28°C,"}
{"words": ["B", "-", "D", "9", "days", "-", "old", "seedlings", "were", "hypocotyl", "-", "grafted", ",", "recovered", "for", "7", "days", "and", "then", "cultivated", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", "for", "additional", "7", "days", "(", "n", "=", "16", "-", "26", ")", ".", "Boxplots", "show", "medians", ",", "interquartile", "ranges", "and", "min", "-", "max", "values", "with", "individual", "data", "points", "superimposed", "as", "colored", "dots", ".", "Different", "letters", "denote", "statistical", "differences", "at", "P", "<", "0", ".", "05", "as", "assessed", "by", "one", "-", "way", "two", "-", "way", "(", "A", "-", "D", ")", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", "posthoc", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-D 9 days-old seedlings were hypocotyl-grafted, recovered for 7 days and then cultivated at 20°C or 28°C for additional 7 days (n = 16-26). Boxplots show medians, interquartile ranges and min-max values with individual data points superimposed as colored dots. Different letters denote statistical differences at P < 0.05 as assessed by one-way two-way (A-D) ANOVA and Tukey's HSD posthoc test."}
{"words": ["Total", "length", "of", "root", "zones", "between", "days", "2", "and", "7", "after", "sowing", "of", "Arabidopsis", "seedlings", "grown", "in", "LD", "at", "20", "°", "C", "or", "28", "°", "C", ".", "A", "Meristem", ",", "B", "Elongation", "zone", ",", "C", "Differentiation", "zone", ".", "A", "-", "C", "Solid", "lines", "and", "points", "show", "mean", "root", "zone", "lengths", "with", "half", "-", "transparent", "ribbons", "denoting", "SEM", "(", "n", "=", "5", "-", "7", "individual", "roots", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Total length of root zones between days 2 and 7 after sowing of Arabidopsis seedlings grown in LD at 20°C or 28°C. A Meristem, B Elongation zone, C Differentiation zone. A-C Solid lines and points show mean root zone lengths with half-transparent ribbons denoting SEM (n = 5-7 individual roots)."}
{"words": ["E", "EdU", "staining", "marks", "cells", "that", "were", "in", "S", "-", "phase", "during", "the", "1h", "incubation", "time", "prior", "to", "microscopic", "imaging", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ",", "n", "=", "12", ".", "F", "DAPI", "staining", "was", "used", "to", "identify", "cells", "currently", "in", "mitosis", "(", "examples", "are", "highlighted", "by", "yellow", "asterisks", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E EdU staining marks cells that were in S-phase during the 1h incubation time prior to microscopic imaging. Scale bar = 50 µm, n= 12. F DAPI staining was used to identify cells currently in mitosis (examples are highlighted by yellow asterisks)."}
{"words": ["A", "Root", "growth", "assay", "of", "seedlings", "grown", "for", "7", "days", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "concentrations", "of", "auxin", "biosynthesis", "inhibitors", "kynurenine", "and", "yucasin", "(", "n", "=", "14", "-", "26", ",", "both", "inhibitors", "always", "in", "equal", "concentrations", ")", "at", "the", "indicated", "temperatures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Root growth assay of seedlings grown for 7 days in the presence of increasing concentrations of auxin biosynthesis inhibitors kynurenine and yucasin (n = 14-26, both inhibitors always in equal concentrations) at the indicated temperatures."}
{"words": ["D", "Temperature", "induced", "root", "growth", "is", "unaffected", "in", "8", "days", "-", "old", "seedlings", "if", "0", ".", "5", "mM", "NPA", "is", "applied", "to", "the", "root", "shoot", "junction", "on", "day", "5", "(", "n", "=", "13", "-", "16", ")", "at", "the", "indicated", "temperatures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Temperature induced root growth is unaffected in 8 days-old seedlings if 0.5 mM NPA is applied to the root shoot junction on day 5 (n = 13-16) at the indicated temperatures."}
{"words": ["G", "(", "Co", "-", ")", "incubation", "of", "5", "days", "-", "old", "seedlings", "for", "3h", "with", "10", "μM", "EdU", "only", "or", "in", "combination", "with", "either", "100", "nM", "NAA", "or", "50", "μM", "PEO", "-", "IAA", "(", "n", "=", "11", "-", "24", ")", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G (Co-)incubation of 5 days-old seedlings for 3h with 10 μM EdU only or in combination with either 100 nM NAA or 50 μM PEO-IAA (n = 11-24),"}
{"words": ["B", "Imaging", "and", "quantification", "of", "DR5", ":", ":", "GFP", "reporter", "activity", "in", "root", "tips", "of", "5", "days", "-", "old", "seedlings", "(", "scale", "bar", "=", "50", "µm", ",", "n", "=", "9", "-", "14", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Imaging and quantification of DR5::GFP reporter activity in root tips of 5 days-old seedlings (scale bar = 50 µm, n= 9-14)."}
{"words": ["C", "EdU", "staining", "of", "5", "days", "-", "old", "seedlings", "at", "indicated", "temperatures", "(", "n", "=", "11", "-", "14", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C EdU staining of 5 days-old seedlings at indicated temperatures (n = 11-14)."}
{"words": ["D", "qRT", "-", "PCR", "expression", "analyses", "of", "PIN1", "-", "4", "from", "whole", "root", "and", "roo", "tip", "samples", ",", "respectively", ",", "Col", "-", "0", "RNA", "was", "extracted", "with", "respective", "organs", "and", "first", "-", "strand", "cDNA", "was", "then", "synthesized", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D qRT-PCR expression analyses of PIN1-4 from whole root and roo tip samples, respectively, Col-0 RNA was extracted with respective organs and first-strand cDNA was then synthesized (n = 3)."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "Survival", "of", "wild", "-", "type", "(", "Oregon", "R", ")", ",", "yw", ",", "PGRP", "-", "LE112", ",", "PGRP", "-", "LC7454", "and", "PGRP", "-", "LE112", ",", "PGRP", "-", "LC7454", "flies", "after", "injection", "of", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "(", "a", ")", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "(", "b", ")", "at", "28", "°", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) Survival of wild-type (Oregon R), yw, PGRP-LE112, PGRP-LC7454 and PGRP-LE112,PGRP-LC7454 flies after injection of wild-type L. monocytogenes (a) or Δhly L. monocytogenes (b) at 28 °C."}
{"words": ["(", "c", ")", "Survival", "of", "wild", "-", "type", ",", "yw", "and", "PGRP", "-", "LE112", "flies", ",", "as", "well", "as", "flies", "treated", "with", "RNAi", "targeting", "PGRP", "-", "LE", "with", "the", "hml", "-", "Gal4", "driver", "(", "hml", "-", "Gal4", ">", "PGRP", "-", "LE", "RNAi", ")", "and", "PGRP", "-", "LE112", "flies", "with", "hml", "-", "Gal4", "-", "driven", "PGRP", "-", "LE", "expression", "(", "PGRP", "-", "LE112", ",", "hml", "-", "Gal4", ">", "PGRP", "-", "LE", ")", ",", "after", "injection", "of", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "at", "28", "°", "C", ".", "NS", ",", "not", "significant", ";", "*", ",", "P", "0", ".", "01", "(", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ":", "P", "=", "0", ".", "0006", ",", "0", ".", "0043", "or", "0", ".", "0043", ",", "for", "yw", "versus", "PGRP", "-", "LE112", ",", "PGRP", "-", "LC7454", "or", "PGRP", "-", "LE112", ",", "PGRP", "-", "LC7454", ",", "respectively", "(", "a", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0095", ",", "for", "yw", "versus", "RNAi", "targeting", "PGRP", "-", "LE", "(", "c", ")", ".", "Data", "represent", "the", "average", "of", "four", "independent", "experiments", "with", "over", "30", "flies", "of", "each", "genotype", "examined", "at", "the", "same", "time", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Survival of wild-type, yw and PGRP-LE112 flies, as well as flies treated with RNAi targeting PGRP-LE with the hml-Gal4 driver (hml-Gal4>PGRP-LE RNAi) and PGRP-LE112 flies with hml-Gal4-driven PGRP-LE expression (PGRP-LE112,hml-Gal4>PGRP-LE), after injection of wild-type L. monocytogenes at 28 °C. NS, not significant; *, P 0.01 (Wilcoxon-Mann-Whitney test): P = 0.0006, 0.0043 or 0.0043, for yw versus PGRP-LE112, PGRP-LC7454 or PGRP-LE112,PGRP-LC7454, respectively (a); P = 0.0095, for yw versus RNAi targeting PGRP-LE (c). Data represent the average of four independent experiments with over 30 flies of each genotype examined at the same time."}
{"words": ["(", "a", ")", "Microscopy", "of", "hemocytes", "from", "third", "instar", "larvae", "cultured", "ex", "vivo", "and", "infected", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", ".", "Hemocyte", "nuclei", "(", "filled", "arrowhead", ")", "and", "DNA", "of", "L", ".", "monocytogenes", "(", "open", "arrowhead", ")", "are", "visualized", "by", "DAPI", "staining", "(", "blue", "or", "white", ")", ";", "the", "actin", "cytoskeleton", "is", "stained", "with", "rhodamine", "-", "labeled", "phalloidin", "(", "red", ")", ".", "hml", "-", "Gal4", ">", "Atg5IR", ",", "expression", "of", "an", "inverted", "repeat", "sequence", "of", "Atg5", "to", "induce", "RNAi", "against", "Atg5", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Microscopy of hemocytes from third instar larvae cultured ex vivo and infected with wild-type L. monocytogenes. Hemocyte nuclei (filled arrowhead) and DNA of L. monocytogenes (open arrowhead) are visualized by DAPI staining (blue or white); the actin cytoskeleton is stained with rhodamine-labeled phalloidin (red). hml-Gal4>Atg5IR, expression of an inverted repeat sequence of Atg5 to induce RNAi against Atg5. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "b", ")", "Intracellular", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "(", "WT", "Lm", ")", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "(", "Δhly", "Lm", ")", "counted", "manually", "in", "DAPI", "-", "stained", "infected", "hemocytes", ".", "LE112", ",", "hml", ">", "LE", ",", "hml", "-", "Gal4", "-", "driven", "expression", "of", "PGRP", "-", "LE", "in", "PGRP", "-", "LE112", "hemocytes", ";", "imd1", ",", "imd", ";", "RelE20", ",", "RelishE20", ";", "hml", ">", "Atg5IR", ",", "inverted", "repeat", "sequence", "described", "in", "a", ";", "w", ",", "hml", ">", "Atg1", ",", "hml", "-", "Gal4", "-", "driven", "expression", "of", "Atg1", "in", "w", "hemocytes", ";", "LE112", ",", "hml", ">", "Atg1", ",", "hml", "-", "Gal4", "-", "driven", "expression", "of", "Atg1", "in", "PGRP", "-", "LE112", "hemocytes", ";", "PGRP", "-", "LE112", "+", "rap", ",", "PGRP", "-", "LE112", "hemocytes", "plus", "rapamycin", ".", "*", ",", "P", "0", ".", "001", ",", "compared", "with", "wild", "type", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "four", "experiments", "(", "a", ")", "or", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "(", "b", ";", "error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", "of", "triplicate", "measurements", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Intracellular wild-type L. monocytogenes (WT Lm) or Δhly L. monocytogenes (Δhly Lm) counted manually in DAPI-stained infected hemocytes. LE112,hml>LE, hml-Gal4-driven expression of PGRP-LE in PGRP-LE112 hemocytes; imd1, imd; RelE20, RelishE20; hml>Atg5IR, inverted repeat sequence described in a; w, hml>Atg1, hml-Gal4-driven expression of Atg1 in w hemocytes; LE112,hml>Atg1, hml-Gal4-driven expression of Atg1 in PGRP-LE112 hemocytes; PGRP-LE112+rap, PGRP-LE112 hemocytes plus rapamycin. *, P 0.001, compared with wild type (t-test). Data are representative of four experiments (a) or at least three independent experiments (b; error bars, s.d. of triplicate measurements)."}
{"words": ["Survival", "of", "yw", "flies", ",", "PGRP", "-", "LE112", "flies", ",", "flies", "treated", "with", "Atg5", "-", "directed", "RNAi", "(", "hml", "-", "Gal4", ">", "Atg5IR", ")", "and", "control", "flies", "carrying", "hml", "-", "Gal4", "(", "hml", "-", "Gal4", ">", "GFP", ")", ",", "after", "injection", "of", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "(", "a", ")", ",", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "(", "b", ")", "or", "E", ".", "carotovora", "(", "c", ")", "into", "adult", "flies", ".", "*", ",", "P", "0", ".", "01", "(", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ":", "P", "=", "0", ".", "0024", ",", "Atg5", "-", "directed", "RNAi", "versus", "control", "(", "a", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0007", ",", "PGRP", "-", "LE112", "versus", "control", "(", "a", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0055", ",", "PGRP", "-", "LC7454", "versus", "yw", "(", "c", ")", ".", "Data", "represent", "the", "average", "of", "four", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Survival of yw flies, PGRP-LE112 flies, flies treated with Atg5-directed RNAi (hml-Gal4>Atg5IR) and control flies carrying hml-Gal4 (hml-Gal4>GFP), after injection of wild-type L. monocytogenes (a), Δhly L. monocytogenes (b) or E. carotovora (c) into adult flies. *, P 0.01 (Wilcoxon-Mann-Whitney test): P = 0.0024, Atg5-directed RNAi versus control (a), P = 0.0007, PGRP-LE112 versus control (a); P = 0.0055, PGRP-LC7454 versus yw (c). Data represent the average of four independent experiments."}
{"words": ["(", "a", ")", "Growth", "of", "L", ".", "monocytogenes", "in", "S2", "cells", "(", "S2", ")", "or", "S2", "cells", "expressing", "PGRP", "-", "LE", "(", "S2", "-", "LE", ")", "transfected", "with", "double", "-", "stranded", "RNA", "(", "RNAi", ")", "specific", "for", "Atg5", ",", "Rel", "or", "Dif", "and", "dl", "(", "Dif", "-", "dl", ")", "and", "infected", "for", "1", ".", "5", "h", "with", "wild", "-", "type", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", ",", "followed", "by", "6", "h", "of", "incubation", "in", "medium", "containing", "CuSO4", "and", "gentamicin", ",", "quantified", "by", "plate", "assay", "of", "colony", "-", "forming", "units", ".", "*", ",", "P", "0", ".", "001", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "(", "error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Growth of L. monocytogenes in S2 cells (S2) or S2 cells expressing PGRP-LE (S2-LE) transfected with double-stranded RNA (RNAi) specific for Atg5, Rel or Dif and dl (Dif-dl) and infected for 1.5 h with wild-type or Δhly L. monocytogenes, followed by 6 h of incubation in medium containing CuSO4 and gentamicin, quantified by plate assay of colony-forming units. *, P 0.001 (t-test). Data are representative of two independent experiments (error bars, s.d.)."}
{"words": ["(", "b", ",", "c", ")", "Fluorescence", "confocal", "microscopy", "of", "the", "localization", "of", "PGRP", "-", "LE", "together", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "in", "S2", "cells", "engineered", "to", "express", "YFP", "-", "PGRP", "-", "LE", "(", "YFP", "-", "LE", ")", "and", "infected", "for", "0", ".", "5", "h", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "(", "b", ")", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "(", "c", ")", ",", "followed", "by", "1", "h", "of", "incubation", "in", "gentamicin", "-", "containing", "medium", ",", "then", "DAPI", "staining", ".", "Merge", ",", "YFP", "-", "PGRP", "-", "LE", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "magenta", ")", ".", "Filled", "arrowheads", "indicate", "L", ".", "monocytogenes", ";", "open", "arrowhead", "indicates", "accumulation", "of", "YFP", "-", "PGRP", "-", "LE", "around", "the", "bacteria", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b,c) Fluorescence confocal microscopy of the localization of PGRP-LE together with wild-type L. monocytogenes in S2 cells engineered to express YFP-PGRP-LE (YFP-LE) and infected for 0.5 h with wild-type L. monocytogenes (b) or Δhly L. monocytogenes (c), followed by 1 h of incubation in gentamicin-containing medium, then DAPI staining. Merge, YFP-PGRP-LE (green) and DAPI (magenta). Filled arrowheads indicate L. monocytogenes; open arrowhead indicates accumulation of YFP-PGRP-LE around the bacteria. Scale bars, 5 μm. Data are representative of three experiments."}
{"words": ["(", "a", ")", "Dot", "-", "or", "ring", "-", "shaped", "GFP", "-", "LC3", "(", "LC3", "dot", ")", "signals", "in", "S2", "cells", "expressing", "both", "PGRP", "-", "LE", "and", "GFP", "-", "LC3", "under", "the", "control", "of", "an", "actin", "promoter", "(", "PGRP", "-", "LE", "GFP", "-", "LC3", ")", "or", "GFP", "-", "LC3", "alone", "(", "GFP", "-", "LC3", ")", "after", "infection", "with", "wild", "-", "type", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "or", "after", "1", ".", "5", "h", "of", "incubation", "with", "5", "μM", "rapamycin", "(", "rap", ")", ".", "-", ",", "no", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Dot- or ring-shaped GFP-LC3 (LC3 dot) signals in S2 cells expressing both PGRP-LE and GFP-LC3 under the control of an actin promoter (PGRP-LE GFP-LC3) or GFP-LC3 alone (GFP-LC3) after infection with wild-type or Δhly L. monocytogenes or after 1.5 h of incubation with 5 μM rapamycin (rap). -, no infection."}
{"words": ["(", "b", ")", "Colocalization", "of", "GFP", "-", "LC3", "dots", "and", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "in", "S2", "cells", ",", "quantified", "by", "confocal", "microscopy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Colocalization of GFP-LC3 dots and wild-type L. monocytogenes in S2 cells, quantified by confocal microscopy."}
{"words": ["(", "c", ")", "Confocal", "microscopy", "of", "S2", "cells", "expressing", "PGRP", "-", "LE", "and", "GFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "infected", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "and", "stained", "with", "DAPI", "(", "magenta", ")", ".", "Arrow", "indicates", "colocalization", "of", "GFP", "-", "LC3", "and", "L", ".", "monocytogenes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Confocal microscopy of S2 cells expressing PGRP-LE and GFP-LC3 (green) infected with wild-type L. monocytogenes and stained with DAPI (magenta). Arrow indicates colocalization of GFP-LC3 and L. monocytogenes."}
{"words": ["(", "d", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "lysates", "of", "S2", "cells", "left", "untreated", "(", "-", ")", "or", "infected", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", "or", "treated", "with", "5", "μM", "rapamycin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(d) Immunoblot analysis of lysates of S2 cells left untreated (-) or infected with wild-type L. monocytogenes or treated with 5 μM rapamycin."}
{"words": ["(", "e", "-", "i", ")", "Ultrastructural", "analysis", "of", "S2", "cells", "expressing", "PGRP", "-", "LE", "and", "GFP", "-", "LC3", "and", "infected", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", ".", "(", "e", ",", "f", ")", "Fluorescence", "microscopy", "(", "e", ")", "and", "electron", "microscopy", "(", "f", ")", "of", "cells", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "and", "stained", "with", "DAPI", "(", "magenta", ")", ".", "(", "g", ")", "Enlargement", "of", "a", "bacteria", "-", "containing", "vacuole", "from", "f", ".", "(", "h", ",", "i", ")", "Enlargement", "of", "the", "fields", "outlined", "in", "g", ".", "Arrows", "indicate", "double", "-", "membrane", "structure", "that", "surrounds", "the", "bacteria", ";", "arrowheads", "indicate", "an", "endoplasmic", "reticulum", "-", "like", "membrane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e-i) Ultrastructural analysis of S2 cells expressing PGRP-LE and GFP-LC3 and infected with wild-type L. monocytogenes. (e,f) Fluorescence microscopy (e) and electron microscopy (f) of cells expressing GFP-LC3 (green) and stained with DAPI (magenta). (g) Enlargement of a bacteria-containing vacuole from f. (h,i) Enlargement of the fields outlined in g. Arrows indicate double-membrane structure that surrounds the bacteria; arrowheads indicate an endoplasmic reticulum-like membrane."}
{"words": ["(", "j", ")", "Confocal", "microscopy", "of", "hemocytes", "infected", "with", "wild", "-", "type", "L", ".", "monocytogenes", ".", "Green", ",", "GFP", "-", "LC3", ";", "magenta", ",", "DAPI", ".", "Arrow", "indicates", "colocalization", "of", "GFP", "-", "LC3", "and", "L", ".", "monocytogenes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(j) Confocal microscopy of hemocytes infected with wild-type L. monocytogenes. Green, GFP-LC3; magenta, DAPI. Arrow indicates colocalization of GFP-LC3 and L. monocytogenes."}
{"words": ["(", "k", ")", "Dot", "-", "or", "ring", "-", "shaped", "GFP", "-", "LC3", "signals", "in", "ex", "vivo", "-", "cultured", "hemocytes", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "(", "infection", "and", "treatment", ",", "horizontal", "axis", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(k) Dot- or ring-shaped GFP-LC3 signals in ex vivo-cultured hemocytes expressing GFP-LC3 (infection and treatment, horizontal axis)."}
{"words": ["(", "l", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "lysates", "of", "hemocytes", "from", "third", "instar", "larvae", "cultured", "ex", "vivo", "and", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", "or", "treated", "with", "rapamycin", ".", "Arrowhead", "indicates", "processed", "form", "of", "GFP", "-", "LC3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(l) Immunoblot analysis of lysates of hemocytes from third instar larvae cultured ex vivo and infected with L. monocytogenes or treated with rapamycin. Arrowhead indicates processed form of GFP-LC3."}
{"words": ["(", "m", ")", "GFP", "-", "LC3", "dots", "in", "S2", "cells", "expressing", "PGRP", "-", "LE", "and", "GFP", "-", "LC3", "and", "treated", "with", "RNAi", "(", "below", "graph", ")", "and", "infected", "for", "0", ".", "5", "h", "with", "L", ".", "monocytogenes", "then", "incubated", "for", "1", "h", "in", "gentamicin", "-", "containing", "medium", ";", "dots", "quantified", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "(", "c", ",", "j", ")", ",", "1", "μm", "(", "e", ",", "f", ")", "or", "500", "nm", "(", "g", ")", ".", "*", ",", "P", "0", ".", "001", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "(", "a", ",", "k", ",", "m", ")", ",", "two", "(", "b", ",", "e", "-", "i", ")", ",", "six", "(", "c", ")", ",", "four", "(", "d", ")", "or", "five", "(", "j", ",", "l", ")", "experiments", "(", "error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", "of", "triplicate", "measurements", "(", "a", ",", "b", ",", "l", ")", "or", "at", "least", "triplicate", "measurements", "(", "m", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(m) GFP-LC3 dots in S2 cells expressing PGRP-LE and GFP-LC3 and treated with RNAi (below graph) and infected for 0.5 h with L. monocytogenes then incubated for 1 h in gentamicin-containing medium; dots quantified by confocal microscopy. Scale bars, 5 μm (c,j), 1 μm (e,f) or 500 nm (g). *, P 0.001 (t-test). Data are representative of three (a,k,m), two (b,e-i), six (c), four (d) or five (j,l) experiments (error bars, s.d. of triplicate measurements (a,b,l) or at least triplicate measurements (m))."}
{"words": ["(", "a", ")", "GFP", "-", "LC3", "dots", "in", "S2", "cells", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "alone", "or", "PGRP", "-", "LE", "and", "GFP", "-", "LC3", ",", "treated", "for", "2", "h", "with", "TCT", "(", "100", "nM", ")", ",", "highly", "purified", "DAP", "-", "type", "PGN", "from", "L", ".", "plantarum", "(", "DAP", ";", "100", "μg", "/", "ml", ")", "or", "lysine", "-", "type", "PGN", "from", "S", ".", "epidermidis", "(", "Lys", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) GFP-LC3 dots in S2 cells expressing GFP-LC3 alone or PGRP-LE and GFP-LC3, treated for 2 h with TCT (100 nM), highly purified DAP-type PGN from L. plantarum (DAP; 100 μg/ml) or lysine-type PGN from S. epidermidis (Lys)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Dot", "-", "or", "ring", "-", "shaped", "GFP", "-", "LC3", "signals", "in", "hemocytes", "after", "infection", "with", "wild", "-", "type", "or", "Δhly", "L", ".", "monocytogenes", "or", "treatment", "with", "rapamycin", "(", "5", "μM", ")", "or", "with", "TCT", ",", "DAP", "-", "type", "PGN", "or", "lysine", "-", "type", "PGN", ".", "*", ",", "P", "0", ".", "001", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "(", "error", "bars", ",", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Dot- or ring-shaped GFP-LC3 signals in hemocytes after infection with wild-type or Δhly L. monocytogenes or treatment with rapamycin (5 μM) or with TCT, DAP-type PGN or lysine-type PGN. *, P 0.001 (t-test). Data are representative of two independent experiments (error bars, s.d.)."}
{"words": ["molecular", "detection", "of", "nCoV", "-", "2019", "in", "seven", "patients", "during", "two", "times", "of", "sampling", ".", "Patient", "information", "can", "be", "found", "in", "Extended", "Data", "Table", "1", "and", "2", ".", "Details", "on", "detection", "method", "can", "be", "found", "in", "material", "and", "methods", ".", "BALF", ",", "bronchoalveolar", "lavage", "fluid", ";", "OS", ",", "oral", "swab", ";", "AS", ",", "anal", "swab", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "molecular detection of nCoV-2019 in seven patients during two times of sampling. Patient information can be found in Extended Data Table 1 and 2. Details on detection method can be found in material and methods. BALF, bronchoalveolar lavage fluid; OS, oral swab; AS, anal swab."}
{"words": ["dynamics", "of", "nCoV", "-", "2019", "antibodies", "in", "one", "patient", "who", "showed", "sign", "of", "disease", "on", "2019", ".", "12", ".", "23", "(", "ICU", "-", "06", ")", ".", "For", "b", "and", "c", ",", "cut", "-", "off", "was", "set", "up", "as", "0", ".", "2", "for", "IgM", "test", "and", "0", ".", "3", "for", "IgG", "test", ",", "according", "to", "healthy", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "dynamics of nCoV-2019 antibodies in one patient who showed sign of disease on 2019.12.23 (ICU-06). For b and c, cut-off was set up as 0.2 for IgM test and 0.3 for IgG test, according to healthy controls."}
{"words": ["serological", "test", "of", "nCoV", "-", "2019", "antibodies", "in", "five", "patients", "(", "more", "information", "can", "be", "found", "in", "Extended", "Data", "Table", "2", ")", ".", "Star", "indicates", "data", "collected", "from", "patient", "ICU", "-", "06", "on", "2020", ".", "01", ".", "10", ".", "For", "b", "and", "c", ",", "cut", "-", "off", "was", "set", "up", "as", "0", ".", "2", "for", "IgM", "test", "and", "0", ".", "3", "for", "IgG", "test", ",", "according", "to", "healthy", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "serological test of nCoV-2019 antibodies in five patients (more information can be found in Extended Data Table 2). Star indicates data collected from patient ICU-06 on 2020.01.10. For b and c, cut-off was set up as 0.2 for IgM test and 0.3 for IgG test, according to healthy controls."}
{"words": ["viral", "particles", "in", "the", "ultrathin", "sections", "under", "electron", "microscope", "at", "200", "kV", ",", "sample", "from", "viral", "infected", "Vero", "E6"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "viral particles in the ultrathin sections under electron microscope at 200 kV, sample from viral infected Vero E6 cells"}
{"words": ["usage", ".", "Determination", "of", "virus", "infectivity", "in", "HeLa", "cells", "with", "or", "without", "the", "expression", "of", "ACE2", ".", "h", ",", "human", ";", "b", ",", "Rhinolophus", "sinicus", "bat", ";", "c", ",", "civet", ";", "s", ",", "swine", "(", "pig", ")", ";", "m", ",", "mouse", ".", "ACE2", "protein", "(", "green", ")", ",", "viral", "protein", "(", "red", ")", "and", "nuclei", "(", "blue", ")", "was", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "um", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "usage.Determination of virus infectivity in HeLa cells with or without the expression of ACE2. h, human; b, Rhinolophus sinicus bat; c, civet; s, swine (pig); m, mouse. ACE2 protein (green), viral protein (red) and nuclei (blue) was shown. Scale bar=10 um."}
{"words": ["A", ".", "Measurement", "of", "oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", ",", "extracellular", "acidification", "rate", "(", "ECAR", ")", "and", "oxidative", "burst", "of", "monocytes", "from", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ")", "and", "healthy", "controls", "(", "CTR", ")", ".", "OCR", "was", "measured", "in", "real", "time", ",", "under", "basal", "condition", "and", "in", "response", "to", "mitochondria", "inhibitors", ":", "oligomycin", "(", "Oligo", ",", "2", "μM", ")", ",", "cyanide", "-", "4", "-", "(", "trifluoromethoxy", ")", "phenylhydrazone", "(", "FCCP", ",", "0", ".", "5", "μM", ")", ",", "and", "antimycin", "A", "plus", "rotenone", "(", "Rot", "/", "AA", ",", "0", ".", "5", "μM", ")", ".", "Oxidative", "burst", "was", "measured", "in", "response", "to", "PMA", "/", "ionomycin", "(", "PMA", "/", "Iono", ",", "1", "μg", "/", "mL", ")", ".", "Scatter", "plots", "show", "the", "quantification", "of", "basal", "respiration", "(", "indicated", "as", "Basal", "OCR", ")", ",", "ATP", "-", "linked", "respiration", "(", "ATP", "-", "linked", ")", ",", "maximal", "respiration", "(", "Max", "Resp", ")", ",", "proton", "-", "leak", ",", "spare", "respiratory", "capacity", "(", "Spare", ")", ",", "oxidative", "burst", "immediate", "response", "and", "basal", "ECAR", ".", "The", "maximal", "respiration", "kinetic", "range", "and", "the", "oxidative", "burst", "kinetic", "range", "are", "also", "reported", "and", "were", "obtained", "by", "analyzing", "the", "area", "under", "the", "curve", "(", "AUC", ")", "from", "the", "sixth", "to", "the", "tenth", "measurement", "and", "from", "the", "tenth", "to", "the", "thirteenth", "measurement", ",", "respectively", ".", "Data", "represent", "individual", "values", ",", "mean", "and", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "CTR", ",", "n", "=", "12", ";", "COVID", ",", "n", "=", "13", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Exact", "p", "values", "are", "reported", "in", "the", "figure", ".", "Representative", "traces", "of", "OCR", "of", "monocytes", "from", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ")", "and", "healthy", "controls", "(", "CTR", ")", "are", "also", "reported", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Measurement of oxygen consumption rate (OCR), extracellular acidification rate (ECAR) and oxidative burst of monocytes from COVID-19 patients (COVID) and healthy controls (CTR). OCR was measured in real time, under basal condition and in response to mitochondria inhibitors: oligomycin (Oligo, 2 μM), cyanide-4-(trifluoromethoxy)phenylhydrazone (FCCP, 0.5 μM), and antimycin A plus rotenone (Rot/AA, 0.5 μM). Oxidative burst was measured in response to PMA/ionomycin (PMA/Iono, 1 μg/mL). Scatter plots show the quantification of basal respiration (indicated as Basal OCR), ATP-linked respiration (ATP-linked), maximal respiration (Max Resp), proton-leak, spare respiratory capacity (Spare), oxidative burst immediate response and basal ECAR. The maximal respiration kinetic range and the oxidative burst kinetic range are also reported and were obtained by analyzing the area under the curve (AUC) from the sixth to the tenth measurement and from the tenth to the thirteenth measurement, respectively. Data represent individual values, mean and standard error of the mean (CTR, n=12; COVID, n=13). Mann-Whitney test was used for statistical analysis. Exact p values are reported in the figure. Representative traces of OCR of monocytes from COVID-19 patients (COVID) and healthy controls (CTR) are also reported."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "electron", "micrographs", "of", "mitochondrial", "ultrastructural", "changes", "observed", "in", "COVID", "-", "19", "monocytes", ".", "Panels", "\"", "a", "\"", "and", "\"", "c", "\"", "are", "representative", "electron", "micrographs", "of", "monocytes", "from", "healthy", "controls", ",", "whereas", "panels", "\"", "b", "\"", ",", "\"", "d", "\"", "and", "\"", "e", "\"", "are", "representative", "electron", "micrographs", "of", "monocytes", "from", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "In", "panel", "\"", "f", "\"", "the", "quantification", "of", "mitochondrial", "area", ",", "external", "perimeter", ",", "Feret", "'", "s", "diameter", ",", "aspect", "ratio", "circularity", "and", "roundness", "are", "reported", "(", "n", "=", "225", "mitochondria", "for", "each", "group", ")", ".", "Black", "arrows", "in", "panel", "\"", "d", "\"", "indicate", "mitochondria", ";", "N", "refers", "to", "nucleus", ".", "Exact", "p", "values", "are", "reported", "in", "panel", "\"", "f", "\"", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative electron micrographs of mitochondrial ultrastructural changes observed in COVID-19 monocytes. Panels \"a\" and \"c\" are representative electron micrographs of monocytes from healthy controls, whereas panels \"b\", \"d\" and \"e\" are representative electron micrographs of monocytes from COVID-19 patients. In panel \"f\" the quantification of mitochondrial area, external perimeter, Feret's diameter, aspect ratio circularity and roundness are reported (n=225 mitochondria for each group). Black arrows in panel \"d\" indicate mitochondria; N refers to nucleus. Exact p values are reported in panel \"f\"."}
{"words": ["B", ".", "Heatmaps", "representing", "different", "monocyte", "clusters", "identified", "by", "FlowSOM", ",", "with", "percentages", "in", "healthy", "donors", "(", "CTR", ")", "and", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "The", "colors", "in", "the", "heat", "map", "represent", "the", "median", "of", "the", "arcsinh", ",", "0", "-", "1", "transformed", "marker", "expression", "calculated", "over", "cells", "from", "all", "the", "samples", ",", "varying", "from", "blue", "for", "lower", "expression", "to", "red", "for", "higher", "expression", ".", "Each", "cluster", "has", "a", "unique", "color", "assigned", "(", "bar", "on", "the", "left", "which", "colors", "correspond", "to", "those", "used", "in", "panel", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Heatmaps representing different monocyte clusters identified by FlowSOM, with percentages in healthy donors (CTR) and COVID-19 patients. The colors in the heat map represent the median of the arcsinh, 0-1 transformed marker expression calculated over cells from all the samples, varying from blue for lower expression to red for higher expression. Each cluster has a unique color assigned (bar on the left which colors correspond to those used in panel A)."}
{"words": ["C", ".", "Differential", "analysis", "between", "healthy", "donors", "(", "CTR", ",", "n", "=", "8", ")", "and", "COVID", "-", "19", "(", "COVID", ",", "n", "=", "7", ")", ".", "The", "heatmap", "represents", "arcsine", "-", "square", "-", "root", "transformed", "cell", "frequencies", "that", "were", "subsequently", "normalized", "per", "cluster", "(", "rows", ")", "to", "mean", "of", "zero", "and", "standard", "deviation", "of", "one", ".", "The", "color", "of", "the", "heat", "varies", "from", "blue", ",", "indicating", "relative", "under", "-", "representation", ",", "to", "red", "indicating", "relative", "over", "-", "representation", ".", "Bar", "and", "numbers", "at", "the", "right", "indicate", "significant", "differentially", "abundant", "clusters", "(", "green", ")", "and", "adjusted", "p", "values", "(", "Differential", "analysis", "performed", "by", "diffcyt", "package", "present", "in", "the", "Catalyst", "package", ")", ".", "The", "statistical", "analyses", "was", "done", "using", "GLMM", "(", "according", "to", "the", "actual", "guidelines", ")", "and", "all", "p", "-", "values", "were", "Bonferroni", "corrected", ".", "Clusters", "were", "sorted", "according", "to", "the", "adjusted", "p", "values", ",", "so", "that", "the", "cluster", "at", "the", "top", "shows", "the", "most", "significant", "abundance", "changes", "between", "the", "two", "conditions", ".", "D", ".", "Boxes", "and", "whiskers", "plots", "representing", "maximum", ",", "minimum", ",", "median", "value", ",", "25", "and", "75", "percentile", "of", "different", "subpopulations", "of", "monocytes", "in", "healthy", "donors", "(", "CTR", ",", "n", "=", "8", ")", "and", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ",", "n", "=", "7", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Differential analysis between healthy donors (CTR, n=8) and COVID-19 (COVID, n=7). The heatmap represents arcsine-square-root transformed cell frequencies that were subsequently normalized per cluster (rows) to mean of zero and standard deviation of one. The color of the heat varies from blue, indicating relative under-representation, to red indicating relative over-representation. Bar and numbers at the right indicate significant differentially abundant clusters (green) and adjusted p values (Differential analysis performed by diffcyt package present in the Catalyst package). The statistical analyses was done using GLMM (according to the actual guidelines) and all p-values were Bonferroni corrected. Clusters were sorted according to the adjusted p values, so that the cluster at the top shows the most significant abundance changes between the two conditions. D. Boxes and whiskers plots representing maximum, minimum, median value, 25 and 75 percentile of different subpopulations of monocytes in healthy donors (CTR, n=8) and COVID-19 patients (COVID, n=7)."}
{"words": ["E", ".", "Scatter", "plots", "showing", "the", "frequency", "of", "PD", "-", "1", "+", "cells", ",", "PD", "-", "L1", "+", "cells", "among", "total", "monocytes", "in", "healthy", "controls", "(", "CTR", ",", "n", "=", "8", ")", "and", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ",", "n", "=", "7", ")", ".", "A", "scatter", "plot", "reporting", "the", "median", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "PD", "-", "L1", "in", "total", "monocytes", "is", "also", "shown", ".", "Data", "represent", "individual", "values", ",", "mean", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Exact", "p", "values", "are", "reported", "in", "the", "figure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Scatter plots showing the frequency of PD-1+ cells, PD-L1+ cells among total monocytes in healthy controls (CTR, n=8) and COVID-19 patients (COVID, n=7). A scatter plot reporting the median fluorescence intensity (MFI) of PD-L1 in total monocytes is also shown. Data represent individual values, mean ± standard error of the mean. Mann-Whitney test was used for statistical analysis. Exact p values are reported in the figure."}
{"words": ["A", ".", "Quantification", "of", "cytokines", "and", "other", "mediators", "in", "plasma", "obtained", "from", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ",", "n", "=", "15", ")", "and", "healthy", "controls", "(", "CTR", ",", "n", "=", "15", ")", ".", "Data", "represent", "individual", "values", ",", "mean", "±", "standard", "error", "of", "the", "mean", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Exact", "p", "values", "are", "reported", "in", "the", "figure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Quantification of cytokines and other mediators in plasma obtained from COVID-19 patients (COVID, n=15) and healthy controls (CTR, n=15). Data represent individual values, mean ± standard error of the mean. Mann-Whitney test was used for statistical analysis. Exact p values are reported in the figure."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "dot", "plots", "showing", "percentages", "of", "immature", "and", "mature", "circulating", "monocytes", "in", "CTR", "and", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Scatter", "plots", "showing", "the", "quantification", "of", "immature", "and", "mature", "monocytes", "in", "healthy", "controls", "(", "CTR", ",", "n", "=", "6", ")", "and", "COVID", "-", "19", "patients", "(", "COVID", ",", "n", "=", "7", ")", "are", "reported", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Exact", "p", "values", "are", "reported", "in", "the", "figure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative dot plots showing percentages of immature and mature circulating monocytes in CTR and COVID-19 patients. Scatter plots showing the quantification of immature and mature monocytes in healthy controls (CTR, n=6) and COVID-19 patients (COVID, n=7) are reported. Mann-Whitney test was used for statistical analysis. Exact p values are reported in the figure."}
{"words": ["(", "A", ")", "Bar", "chart", "showing", "the", "relative", "abundance", "(", "signal", "intensity", ")", "of", "the", "phosphorylated", "tau", "species", "identified", "using", "an", "exploratory", "IP", "-", "MS", "approach", "using", "HT7", "antibody", "on", "TBS", "-", "soluble", "control", "and", "Alzheimer", "'", "s", "disease", "(", "AD", ")", "pools", ".", "Blue", "dashed", "line", "indicates", "the", "two", "phosphorylated", "tau", "peptides", "that", "underwent", "targeted", "IP", "-", "MS", ":", "mono", "-", "phosphorylated", "p", "-", "tau231", "and", "double", "phosphorylated", "p", "-", "tau", "(", "231", "+", "235", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Bar chart showing the relative abundance (signal intensity) of the phosphorylated tau species identified using an exploratory IP-MS approach using HT7 antibody on TBS-soluble control and Alzheimer's disease (AD) pools. Blue dashed line indicates the two phosphorylated tau peptides that underwent targeted IP-MS: mono-phosphorylated p-tau231 and double phosphorylated p-tau(231+235)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Box", "-", "and", "-", "whiskers", "plot", "showing", "the", "levels", "of", "CSF", "p", "-", "tau235", "in", "neurological", "controls", "(", "n", "=", "21", ")", "and", "biologically", "defined", "Alzheimer", "'", "s", "disease", "(", "AD", ")", "cases", "(", "n", "=", "19", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Box-and-whiskers plot showing the levels of CSF p-tau235 in neurological controls (n=21) and biologically defined Alzheimer's disease (AD) cases (n=19)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Box", "-", "and", "-", "whiskers", "plot", "showing", "CSF", "p", "-", "tau235", "concentrations", "in", "the", "different", "groups", ":", "amyloid", "-", "negative", "cognitively", "unimpaired", "(", "CU", "-", ")", "participants", "(", "n", "=", "50", ")", ",", "participants", "across", "the", "Alzheimer", "'", "s", "disease", "(", "AD", ")", "continuum", "(", "amyloid", "-", "positive", "cognitively", "unimpaired", "(", "CU", "+", ",", "n", "=", "32", ")", ";", "amyloid", "-", "positive", "mild", "cognitive", "impairment", "(", "MCI", "+", ",", "n", "=", "20", ")", ";", "AD", "(", "n", "=", "20", ")", "and", "non", "-", "AD", "cases", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "CSF", "p", "-", "tau235", "is", "highly", "specific", "for", "AD", "pathology", ".", "Cut", "-", "off", "value", "for", "CSF", "p", "-", "tau235", "positivity", "is", "displayed", "with", "black", "dashed", "line", "(", "19", ".", "92", "pg", "/", "mL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Box-and-whiskers plot showing CSF p-tau235 concentrations in the different groups: amyloid-negative cognitively unimpaired (CU-) participants (n=50), participants across the Alzheimer's disease (AD) continuum (amyloid-positive cognitively unimpaired (CU+, n=32); amyloid-positive mild cognitive impairment (MCI+, n=20); AD (n=20) and non-AD cases (n=19). CSF p-tau235 is highly specific for AD pathology. Cut-off value for CSF p-tau235 positivity is displayed with black dashed line (19.92 pg/mL)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Box", "-", "and", "-", "whiskers", "plot", "showing", "CSF", "p", "-", "tau235", "concentrations", "in", "A", "-", "T", "-", "participants", "and", "across", "preclinical", "Alzheimer", "'", "s", "disease", "(", "AD", ",", "dichotomised", "as", "A", "+", "T", "-", "and", "A", "+", "T", "+", ")", ".", "CSF", "p", "-", "tau235", "was", "increased", "already", "in", "A", "+", "T", "-", ",", "which", "represents", "the", "early", "cases", "within", "preclinical", "AD", ".", "A", "prominent", "increase", "was", "observed", "from", "A", "+", "T", "-", "to", "A", "+", "T", "+", "cases", ",", "the", "latter", "representing", "late", "preclinical", "AD", "cases", ".", "Cut", "-", "off", "value", "for", "CSF", "p", "-", "tau235", "positivity", "is", "displayed", "with", "black", "dashed", "line", "(", "19", ".", "92", "pg", "/", "mL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Box-and-whiskers plot showing CSF p-tau235 concentrations in A-T- participants and across preclinical Alzheimer's disease (AD, dichotomised as A+T- and A+T+). CSF p-tau235 was increased already in A+T-, which represents the early cases within preclinical AD. A prominent increase was observed from A+T- to A+T+ cases, the latter representing late preclinical AD cases. Cut-off value for CSF p-tau235 positivity is displayed with black dashed line (19.92 pg/mL)."}
{"words": ["Trajectories", "of", "the", "different", "tau", "biomarkers", "in", "preclinical", "AD", "using", "a", "local", "weighted", "regression", "method", "(", "Loess", "curve", ")", ".", "Changes", "on", "biomarkers", "levels", "in", "CSF", "are", "represented", "as", "z", "-", "scores", "using", "Aβ", "PET", "in", "centiloid", "scale", "(", "CL", ")", "as", "a", "proxy", "of", "disease", "progression", ".", "Abnormal", "biomarker", "levels", "were", "determined", "as", "two", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "above", "the", "mean", ".", "Incipient", "Aβ", "pathology", "positivity", "was", "determined", "as", "Aβ", "PET", "higher", "than", "CL", "12", "(", "Mila", "-", "Aloma", "et", "al", ".", ",", "2020", ")", ".", "All", "samples", "were", "run", "in", "singlicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Trajectories of the different tau biomarkers in preclinical AD using a local weighted regression method (Loess curve). Changes on biomarkers levels in CSF are represented as z-scores using Aβ PET in centiloid scale (CL) as a proxy of disease progression. Abnormal biomarker levels were determined as two standard deviations (SD) above the mean. Incipient Aβ pathology positivity was determined as Aβ PET higher than CL 12 (Mila-Aloma et al., 2020). All samples were run in singlicates."}
{"words": ["(", "A", ")", "Stacked", "bar", "chart", "depicting", "the", "percentages", "of", "[", "231", "+", "/", "235", "+", "]", ",", "[", "231", "+", "/", "235", "-", "]", ",", "[", "231", "-", "/", "235", "-", "]", "and", "[", "231", "-", "/", "235", "+", "]", "cases", "in", "each", "preclinical", "group", ".", "Table", "below", "indicates", "the", "exact", "percentages", "of", "participants", "in", "each", "group", "(", "exact", "number", "of", "participants", "in", "parenthesis", ")", ".", "Discordant", "cases", "with", "the", "sequential", "phosphorylation", "hypothesis", "[", "231", "-", "/", "+", "235", "]", "shown", "in", "grey", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Stacked bar chart depicting the percentages of [231+/235+], [231+/235-], [231-/235-] and [231-/235+] cases in each preclinical group. Table below indicates the exact percentages of participants in each group (exact number of participants in parenthesis). Discordant cases with the sequential phosphorylation hypothesis [231-/+235] shown in grey."}
{"words": ["(", "B", ")", "Correlation", "between", "CSF", "p", "-", "tau235", "and", "p", "-", "tau231", "in", "the", "whole", "ALFA", "+", "cohort", "(", "Spearman", "'", "s", "rank", "correlation", ":", "rS", "=", "0", ".", "80", ",", "P", "˂", "0", ".", "0001", ")", ".", "Assay", "cut", "-", "offs", "were", "determined", "as", "the", "mean", "+", "2", "SD", "of", "the", "A", "-", "T", "-", "group", "(", "defining", "p", "-", "tau231", "and", "p", "-", "tau235", "positivity", "or", "negativity", "in", "each", "participant", ")", ".", "Cut", "-", "off", "values", "are", "indicated", "in", "red", "(", "19", ".", "92", "and", "9", ".", "59", "pg", "/", "mL", "for", "CSF", "p", "-", "tau235", "and", "p", "-", "tau231", "respectively", ")", "and", "displayed", "with", "black", "dashed", "lines", ",", "resulting", "in", "four", "quadrants", ",", "each", "of", "them", "representing", "the", "four", "different", "positive", "or", "negatively", "status", "for", "each", "biomarker", ".", "Discordant", "cases", "with", "the", "sequential", "phosphorylation", "hypothesis", "(", "[", "231", "-", "/", "+", "235", "]", ")", "showed", "on", "the", "lower", "right", "quadrant", "(", "2", ".", "35", "%", "of", "the", "total", ",", "9", "participants", "out", "383", ")", ".", "All", "samples", "were", "run", "in", "singlicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Correlation between CSF p-tau235 and p-tau231 in the whole ALFA+ cohort (Spearman's rank correlation: rS = 0.80, P˂0.0001). Assay cut-offs were determined as the mean + 2 SD of the A-T- group (defining p-tau231 and p-tau235 positivity or negativity in each participant). Cut-off values are indicated in red (19.92 and 9.59 pg/mL for CSF p-tau235 and p-tau231 respectively) and displayed with black dashed lines, resulting in four quadrants, each of them representing the four different positive or negatively status for each biomarker. Discordant cases with the sequential phosphorylation hypothesis ([231-/+235]) showed on the lower right quadrant (2.35% of the total, 9 participants out 383). All samples were run in singlicates."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Two", "-", "dimensional", "tryptic", "mapping", "of", "YFP", "-", "p27", ",", "YFP", "-", "p27T198A", "and", "a", "mixture", "of", "both", "(", "A", ")", ".", "Phosphoamino", "-", "acid", "analysis", "of", "spots", "a", "and", "b", "(", "B", ")", ".", "The", "migration", "of", "phosphoserine", "(", "S", ")", ",", "phosphothreonine", "(", "T", ")", "and", "phosphotyrosine", "(", "Y", ")", "is", "marked", "with", "circles", "in", "B", ".", "The", "asterisk", "indicates", "the", "origin", "of", "migration", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Two-dimensional tryptic mapping of YFP-p27, YFP-p27T198A and a mixture of both (A). Phosphoamino-acid analysis of spots a and b (B). The migration of phosphoserine (S), phosphothreonine (T) and phosphotyrosine (Y) is marked with circles in B. The asterisk indicates the origin of migration."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "MCF", "-", "7", "transfected", "with", "YFP", "-", "p27", "or", "YFP", "-", "p27T198A", "mutant", "(", "C", ",", "D", ")", "or", "cotransfected", "with", "YFP", "-", "p27", "and", "an", "empty", "RFP", "vector", "in", "a", "5", ":", "1", "(", "YFP", "-", "p27", ":", "RFP", ")", "ratio", "(", "E", ")", "were", "treated", "with", "(", "+", ")", "or", "without", "(", "−", ")", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "12", "h", "before", "western", "blot", "analysis", "(", "C", ")", "and", "fluorescence", "microscopy", "(", "D", ",", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) MCF-7 transfected with YFP-p27 or YFP-p27T198A mutant (C, D) or cotransfected with YFP-p27 and an empty RFP vector in a 5:1 (YFP-p27: RFP) ratio (E) were treated with (+) or without (−) MG132 (10 μM) for 12 h before western blot analysis (C) and fluorescence microscopy (D, E)."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "MCF", "-", "7", "transfected", "with", "YFP", "-", "p27", "or", "YFP", "-", "p27T198A", "mutant", "(", "C", ",", "D", ")", "or", "cotransfected", "with", "YFP", "-", "p27", "and", "an", "empty", "RFP", "vector", "in", "a", "5", ":", "1", "(", "YFP", "-", "p27", ":", "RFP", ")", "ratio", "(", "E", ")", "were", "treated", "with", "(", "+", ")", "or", "without", "(", "−", ")", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "12", "h", "before", "western", "blot", "analysis", "(", "C", ")", "and", "fluorescence", "microscopy", "(", "D", ",", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) MCF-7 transfected with YFP-p27 or YFP-p27T198A mutant (C, D) or cotransfected with YFP-p27 and an empty RFP vector in a 5:1 (YFP-p27: RFP) ratio (E) were treated with (+) or without (−) MG132 (10 μM) for 12 h before western blot analysis (C) and fluorescence microscopy (D, E)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "extracts", "from", "MCF", "-", "7", "transfected", "with", "YFP", "-", "p27", ",", "YFP", "-", "p27T198A", "or", "YFP", "-", "p27T198D", "mutants", "following", "incubation", "with", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Uncropped", "images", "of", "the", "blots", "are", "shown", "in", "the", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Western blots of protein extracts from MCF-7 transfected with YFP-p27, YFP-p27T198A or YFP-p27T198D mutants following incubation with cycloheximide (CHX) for the indicated times. Uncropped images of the blots are shown in the Supplementary Information, Fig. S5."}
{"words": ["(", "a", ")", "Crystal", "violet", "staining", "of", "MCF", "-", "7", "cell", "transfected", "with", "YFP", "(", "C1", ")", ",", "YFP", "-", "p27", ",", "YFP", "-", "p27T198A", "or", "YFP", "-", "p27T198D", "and", "selected", "with", "G418", "for", "three", "weeks", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Crystal violet staining of MCF-7 cell transfected with YFP (C1), YFP-p27, YFP-p27T198A or YFP-p27T198D and selected with G418 for three weeks. Data are presented as mean ± s.d. (n = 3)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Flow", "cytometry", "analysis", "of", "MCF", "-", "7", "cells", "transfected", "with", "YFP", "(", "C1", ")", "or", "YFP", "-", "p27", ",", "YFP", "-", "p27T198A", "and", "YFP", "-", "p27T198D", "for", "48", "h", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Flow cytometry analysis of MCF-7 cells transfected with YFP (C1) or YFP-p27, YFP-p27T198A and YFP-p27T198D for 48 h. Data are presented as mean ± s.d. (n = 3)."}
{"words": ["(", "c", ")", "GFP", "-", "LC3", "U2OS", "cells", "48", "h", "post", "-", "transfection", "with", "RFP", ",", "RFP", "-", "p27", ",", "RFP", "-", "p27T198A", "or", "RFP", "-", "p27T198D", ".", "Data", "represent", "results", "of", "three", "independent", "experiments", ",", "from", "which", "a", "total", "of", "∼", "200", "cells", "were", "counted", "(", "s", ".", "d", ".", ",", "10", "∼", "15", "%", ")", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "50", "μm", "in", "c", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) GFP-LC3 U2OS cells 48 h post-transfection with RFP, RFP-p27, RFP-p27T198A or RFP-p27T198D. Data represent results of three independent experiments, from which a total of ∼200 cells were counted (s.d., 10∼15%). The scale bars represent 50 μm in c."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "MCF", "-", "7", "cells", "were", "cultured", "for", "24", "h", "following", "siRNA", "with", "or", "without", "FBS", "before", "western", "blot", "analysis", "(", "a", ")", "and", "cell", "-", "viability", "assays", "(", "b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) MCF-7 cells were cultured for 24 h following siRNA with or without FBS before western blot analysis (a) and cell-viability assays (b)."}
{"words": ["(", "c", ")", "MCF", "-", "7", "cells", "were", "transfected", "with", "vector", "alone", "(", "C1", ")", ",", "YFP", "-", "p27", "(", "WT", ")", ",", "or", "the", "siRNA", "-", "resistant", "constructs", "WT", "-", "R", "and", "T198A", "-", "R", "24", "h", "before", "RNA", "interference", "(", "RNAi", ")", ".", "PARP", "cleavage", "was", "determined", "by", "western", "blotting", "and", "densitometric", "scanning", ".", "Data", "represent", "three", "independent", "experiments", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) MCF-7 cells were transfected with vector alone (C1), YFP-p27 (WT), or the siRNA-resistant constructs WT-R and T198A-R 24 h before RNA interference (RNAi). PARP cleavage was determined by western blotting and densitometric scanning. Data represent three independent experiments (mean ± s.d.)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Western", "blots", "of", "lysates", "of", "MCF", "-", "7", "cells", "transfected", "with", "siRNA", "before", "serum", "-", "starvation", "or", "treatment", "with", "LY294002", "(", "LY", ",", "10", "μM", ")", "or", "rapamycin", "(", "Rap", ",", "100", "nM", ")", "for", "48", "h", "with", "or", "without", "methylpyruvate", "(", "MP", ",", "10", "mM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Western blots of lysates of MCF-7 cells transfected with siRNA before serum-starvation or treatment with LY294002 (LY, 10 μM) or rapamycin (Rap, 100 nM) for 48 h with or without methylpyruvate (MP, 10 mM)."}
{"words": ["(", "e", ")", "MCF", "-", "7", "cells", "treated", "with", "or", "without", "LY294002", "for", "48", "h", "following", "RNAi", ".", "p27", "siRNA", "pool", "-", "1", ",", "siRNA1", ",", "2", "and", "3", ";", "arrows", ",", "membrane", "blebbing", ";", "triangles", ",", "apoptotic", "bodies", ".", "The", "scale", "bar", "represents", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) MCF-7 cells treated with or without LY294002 for 48 h following RNAi. p27 siRNA pool-1, siRNA1, 2 and 3; arrows, membrane blebbing; triangles, apoptotic bodies. The scale bar represents 50 μm."}
{"words": ["(", "f", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "extracts", "from", "MCF", "-", "7", "cultured", "with", "(", "+", ")", "or", "without", "(", "−", ")", "glucose", "for", "24", "h", "following", "RNAi", ".", "Fr", ",", "fragment", ";", "percentage", "PARP", "cleavage", "=", "100", "×", "PARPFr", "/", "(", "PARP", "+", "PARPFr", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Western blots of protein extracts from MCF-7 cultured with (+) or without (−) glucose for 24 h following RNAi. Fr, fragment; percentage PARP cleavage = 100 × PARPFr / (PARP + PARPFr)."}
{"words": ["(", "a", ")", "Western", "blots", "of", "lysates", "from", "the", "indicated", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Western blots of lysates from the indicated cell lines."}
{"words": ["(", "b", ")", "Pearson", "correlation", "analysis", "of", "p27", "and", "LKB1", "protein", "levels", "quantified", "by", "reverse", "phase", "protein", "array", "assays", "in", "74", "randomly", "selected", "primary", "breast", "tumors", "(", "MDACC", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Pearson correlation analysis of p27 and LKB1 protein levels quantified by reverse phase protein array assays in 74 randomly selected primary breast tumors (MDACC)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "lysates", "from", "Hela", "cells", "transfected", "with", "either", "pCDNA3", "or", "wild", "-", "type", "LKB1", "cultured", "with", "or", "without", "glucose", "for", "24", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Western blots of protein lysates from Hela cells transfected with either pCDNA3 or wild-type LKB1 cultured with or without glucose for 24 h."}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "extracts", "from", "MEFs", "treated", "with", "AICAR", "(", "d", "and", "e", ")", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f) Western blots of protein extracts from MEFs treated with AICAR (d and e),"}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "extracts", "from", "MEFs", "treated", "with", "AICAR", "(", "d", "and", "e", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f) Western blots of protein extracts from MEFs treated with AICAR (d and e)"}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", "Western", "blots", "of", "protein", "extractsfrom", "3T3L1", "cells", "cultured", "with", "or", "without", "glucose", "for", "30", "min", "(", "f", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f) Western blots of protein extractsfrom 3T3L1 cells cultured with or without glucose for 30 min (f)."}
{"words": ["(", "g", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "3T3L1", "cells", "72", "h", "post", "-", "transfection", "RNAi", "with", "or", "without", "glucose", "starvation", "for", "1", "h", "before", "analysis", ".", "Densitometric", "quantification", "of", "western", "blots", "is", "shown", ".", "Uncropped", "images", "of", "the", "blots", "are", "shown", "in", "the", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Western blot analysis of 3T3L1 cells 72 h post-transfection RNAi with or without glucose starvation for 1 h before analysis. Densitometric quantification of western blots is shown. Uncropped images of the blots are shown in the Supplementary Information, Fig. S5."}
{"words": ["(", "A", ")", "FACS", "analysis", "of", "TUNEL", "positive", "p27", "+", "/", "+", "and", "p27", "−", "/", "−", "cells", "treated", "with", "AICAR", "for", "20", "h", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) FACS analysis of TUNEL positive p27+/+ and p27−/− cells treated with AICAR for 20 h. Data represent mean ± s.d. of three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Electron", "microscopy", "of", "p27", "+", "/", "+", "(", "a", ",", "c", "and", "e", ")", "and", "p27", "−", "/", "−", "(", "b", ",", "d", "and", "f", ")", "MEFs", "treated", "with", "(", "c", "and", "d", ")", ",", "or", "without", "(", "a", "and", "b", ")", "AICAR", "(", "1", "mM", ")", ",", "or", "without", "glucose", "(", "e", "and", "f", ")", "for", "14", "h", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "boxed", "areas", "were", "shown", "on", "the", "left", "(", "a", "′", ",", "b", "′", ",", "c", "′", ",", "d", "′", ",", "e", "′", "and", "f", "′", ")", "with", "arrowheads", "indicating", "autophagic", "vacuoles", "including", "autolysosomes", "(", "black", "arrowheads", ")", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "10", "μm", "in", "a", "-", "f", "and", "0", ".", "5", "μm", "in", "a", "′", "-", "f", "′", ".", "N", ",", "nucleus", ".", "Autophagic", "vacuoles", "were", "counted", "for", "three", "randomly", "selected", "cells", "from", "each", "electron", "microscopy", "section", "and", "data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Electron microscopy of p27+/+ (a, c and e) and p27−/− (b, d and f) MEFs treated with (c and d), or without (a and b) AICAR (1 mM), or without glucose (e and f) for 14 h. Magnified images of the boxed areas were shown on the left (a′, b′, c′, d′, e′ and f′) with arrowheads indicating autophagic vacuoles including autolysosomes (black arrowheads). The scale bars represent 10 μm in a-f and 0.5 μm in a′-f′. N, nucleus. Autophagic vacuoles were counted for three randomly selected cells from each electron microscopy section and data represent mean ± s.d. (C)."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Electron", "microscopy", "of", "p27", "+", "/", "+", "(", "a", ",", "c", "and", "e", ")", "and", "p27", "−", "/", "−", "(", "b", ",", "d", "and", "f", ")", "MEFs", "treated", "with", "(", "c", "and", "d", ")", ",", "or", "without", "(", "a", "and", "b", ")", "AICAR", "(", "1", "mM", ")", ",", "or", "without", "glucose", "(", "e", "and", "f", ")", "for", "14", "h", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "boxed", "areas", "were", "shown", "on", "the", "left", "(", "a", "′", ",", "b", "′", ",", "c", "′", ",", "d", "′", ",", "e", "′", "and", "f", "′", ")", "with", "arrowheads", "indicating", "autophagic", "vacuoles", "including", "autolysosomes", "(", "black", "arrowheads", ")", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "10", "μm", "in", "a", "-", "f", "and", "0", ".", "5", "μm", "in", "a", "′", "-", "f", "′", ".", "N", ",", "nucleus", ".", "Autophagic", "vacuoles", "were", "counted", "for", "three", "randomly", "selected", "cells", "from", "each", "electron", "microscopy", "section", "and", "data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Electron microscopy of p27+/+ (a, c and e) and p27−/− (b, d and f) MEFs treated with (c and d), or without (a and b) AICAR (1 mM), or without glucose (e and f) for 14 h. Magnified images of the boxed areas were shown on the left (a′, b′, c′, d′, e′ and f′) with arrowheads indicating autophagic vacuoles including autolysosomes (black arrowheads). The scale bars represent 10 μm in a-f and 0.5 μm in a′-f′. N, nucleus. Autophagic vacuoles were counted for three randomly selected cells from each electron microscopy section and data represent mean ± s.d. (C)."}
{"words": ["B", ".", "Left", ",", "representative", "images", "of", "Western", "blot", "for", "ARID1A", "expression", "in", "lysates", "extracted", "from", "the", "cortex", "of", "Arid1afl", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "cHet", ",", "and", "cKO", "mice", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Right", ",", "quantification", "of", "protein", "levels", "normalized", "to", "β", "-", "actin", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Left, representative images of Western blot for ARID1A expression in lysates extracted from the cortex of Arid1afl/+(WT), cHet, and cKO mice using the indicated antibodies. Right, quantification of protein levels normalized to β-actin (n = 3 mice per group)."}
{"words": ["C", ".", "Left", ",", "representative", "images", "of", "Western", "blot", "for", "ARID1A", "expression", "in", "lysates", "extracted", "from", "the", "hippocampi", "of", "Arid1afl", "/", "+", ",", "cHet", ",", "and", "cKO", "mice", ".", "Right", ",", "quantification", "of", "protein", "levels", "which", "were", "normalized", "to", "β", "-", "actin", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Left, representative images of Western blot for ARID1A expression in lysates extracted from the hippocampi of Arid1afl/+, cHet, and cKO mice. Right, quantification of protein levels which were normalized to β-actin (n = 4 mice per group)."}
{"words": ["D", ".", "Immunostaining", "against", "ARID1A", "(", "red", ")", "in", "the", "dentate", "gyrus", "(", "DG", ")", ",", "cortex", ",", "CA1", ",", "and", "CA3", "regions", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Immunostaining against ARID1A (red) in the dentate gyrus (DG), cortex, CA1, and CA3 regions of Arid1afl/+and cHet mice."}
{"words": ["E", ".", "cHet", "mice", "spent", "more", "time", "reaching", "the", "platform", "during", "5", "-", "day", "training", "in", "Morris", "water", "maze", "assay", "compared", "to", "the", "control", "group", "mice", ".", "Arid1afl", "/", "+", "(", "n", "=", "15", "mice", ")", ",", "cHet", "(", "n", "=", "13", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. cHet mice spent more time reaching the platform during 5-day training in Morris water maze assay compared to the control group mice. Arid1afl/+ (n = 15 mice), cHet (n = 13 mice)."}
{"words": ["F", ".", "In", "the", "probe", "trial", ",", "cHet", "mice", "displayed", "spatial", "learning", "disabilities", "compared", "with", "Arid1afl", "/", "+", "mice", ".", "Arid1afl", "/", "+", "(", "n", "=", "15", "mice", ")", ",", "cHet", "(", "n", "=", "13", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. In the probe trial, cHet mice displayed spatial learning disabilities compared with Arid1afl/+ mice. Arid1afl/+ (n = 15 mice), cHet (n = 13 mice)."}
{"words": ["G", ".", "cHet", "mice", "undertook", "fewer", "platform", "crossings", "than", "Arid1afl", "/", "+", "mice", "in", "the", "Morris", "water", "maze", "assay", ".", "Arid1afl", "/", "+", "(", "n", "=", "15", "mice", ")", ",", "cHet", "(", "n", "=", "13", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. cHet mice undertook fewer platform crossings than Arid1afl/+ mice in the Morris water maze assay. Arid1afl/+ (n = 15 mice), cHet (n = 13 mice)."}
{"words": ["H", "-", "J", ".", "cHet", "mice", "were", "evaluated", "using", "the", "Barnes", "maze", "test", ".", "During", "the", "training", "phase", ",", "the", "cHet", "mice", "(", "n", " ", "=", " ", "12", "mice", ")", "failed", "to", "diminish", "the", "latency", "of", "the", "first", "entrance", "to", "the", "hiding", "box", "(", "H", ")", ",", "indicating", "that", "Arid1a", "haploinsufficiency", "results", "in", "impaired", "spatial", "memory", ".", "Probe", "trials", "demonstrated", "that", "cHet", "mice", "also", "had", "spatial", "memory", "deficits", "(", "I", ")", ",", "as", "they", "visited", "the", "target", "hole", "less", "often", "than", "the", "Arid1afl", "/", "+", "mice", "(", "n", " ", "=", " ", "12", "mice", ")", "(", "J", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H-J. cHet mice were evaluated using the Barnes maze test. During the training phase, the cHet mice (n = 12 mice) failed to diminish the latency of the first entrance to the hiding box (H), indicating that Arid1a haploinsufficiency results in impaired spatial memory. Probe trials demonstrated that cHet mice also had spatial memory deficits (I), as they visited the target hole less often than the Arid1afl/+ mice (n = 12 mice) (J)."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "traces", "of", "spontaneous", "miniature", "excitatory", "postsynaptic", "currents", "(", "mEPSCs", ")", "in", "CA1", "hippocampal", "acute", "slices", "from", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "amplitude", "(", "B", ",", "left", ")", "and", "frequency", "(", "B", ",", "right", ")", "spontaneous", "miniature", "excitatory", "postsynaptic", "currents", "(", "mEPSCs", ")", "in", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "hippocampal", "CA1", "neurons", ".", "Arid1afl", "/", "+", "(", "17", "neurons", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "cHet", "(", "15", "neurons", "from", "n", "=", " ", "4", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative traces of spontaneous miniature excitatory postsynaptic currents (mEPSCs) in CA1 hippocampal acute slices from Arid1afl/+ and cHet mice. B. Quantification of amplitude (B, left) and frequency (B, right) spontaneous miniature excitatory postsynaptic currents (mEPSCs) in Arid1afl/+ and cHet hippocampal CA1 neurons. Arid1afl/+ (17 neurons from n =3 mice) and cHet (15 neurons from n = 4 mice)."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "recording", "of", "the", "paired", "-", "pulse", "ratio", "at", "the", "50", "-", "ms", "interpulse", "interval", "ms", "from", "slices", "prepared", "from", "Arid1afl", "/", "+", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cHet", "(", "n", "=", " ", "4", ")", "mice", ".", "D", ".", "Paired", "-", "pulse", "facilitation", "(", "PPF", ")", "studies", "across", "different", "interpulse", "intervals", "(", "20", " ", "ms", ",", "40", " ", "ms", ",", "50", " ", "ms", ",", "100", " ", "ms", ",", "200", " ", "ms", ",", "300ms", ",", "and", "500", " ", "ms", ")", "revealed", "a", "significant", "difference", "in", "paired", "-", "pulse", "ratios", "at", "50", "-", "ms", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative recording of the paired-pulse ratio at the 50-ms interpulse interval ms from slices prepared from Arid1afl/+ (n = 4) and cHet (n = 4) mice. D. Paired-pulse facilitation (PPF) studies across different interpulse intervals (20 ms, 40 ms, 50 ms, 100 ms, 200 ms, 300ms, and 500 ms) revealed a significant difference in paired-pulse ratios at 50-ms intervals."}
{"words": ["E", ".", "Summary", "plots", "showing", "the", "time", "course", "of", "long", "-", "term", "potentiation", "(", "LTP", ")", "induced", "by", "frequency", "stimulation", "in", "the", "CA1", "region", "from", "Arid1afl", "/", "+", "or", "cHet", "mice", ".", "Field", "excitatory", "postsynaptic", "potential", "(", "fEPSP", ")", "traces", "before", "(", "black", ")", "and", "after", "(", "black", "or", "red", ")", "are", "shown", "in", "the", "inset", "above", ".", "F", ".", "Average", "amplitude", "of", "LTP", "measured", "at", "55", "-", "60", " ", "min", "postinduction", "(", "n", "=", " ", "8", "slices", "from", "4", "mice", "per", "group", ";", "10", "fEPSP", "slope", "(", "%", ")", "values", "were", "collected", "from", "1", "slice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Summary plots showing the time course of long-term potentiation (LTP) induced by frequency stimulation in the CA1 region from Arid1afl/+or cHet mice. Field excitatory postsynaptic potential (fEPSP) traces before (black) and after (black or red) are shown in the inset above. F. Average amplitude of LTP measured at 55-60 min postinduction (n = 8 slices from 4 mice per group; 10 fEPSP slope (%) values were collected from 1 slice)."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "Western", "blot", "images", "for", "the", "expression", "of", "several", "LTP", "-", "related", "proteins", "in", "the", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "hippocampi", ".", "H", ".", "Quantification", "of", "the", "expression", "of", "each", "protein", "normalized", "to", "the", "β", "-", "actin", "level", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "G. Representative Western blot images for the expression of several LTP-related proteins in the Arid1afl/+ and cHet hippocampi. H. Quantification of the expression of each protein normalized to the β-actin level."}
{"words": ["A", ".", "Golgi", "-", "stained", "coronal", "section", "in", "the", "hippocampal", "CA1", "region", "of", "2", "-", "month", "-", "old", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", ".", "B", "-", "D", ".", "Partial", "loss", "of", "Arid1a", "significantly", "decreased", "dendritic", "length", "(", "B", ")", ",", "dendritic", "nodes", "(", "C", ")", ",", "and", "dendritic", "ends", "(", "D", ")", "in", "cHet", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Golgi-stained coronal section in the hippocampal CA1 region of 2-month-old Arid1afl/+ and cHet mice. Scale bar, 100µm. B-D. Partial loss of Arid1a significantly decreased dendritic length (B), dendritic nodes (C), and dendritic ends (D) in cHet neurons. E"}
{"words": ["A", ".", "Left", ",", "Western", "blot", "analysis", "of", "H3K27ac", "in", "forebrain", "tissues", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", ".", "Right", ",", "relative", "quantitation", "of", "the", "intensity", "of", "H3K27ac", "normalized", "to", "the", "H3", "level", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Left, Western blot analysis of H3K27ac in forebrain tissues of Arid1afl/+and cHet mice. Right, relative quantitation of the intensity of H3K27ac normalized to the H3 level (n=3 mice per group)."}
{"words": ["B", ".", "Left", ",", "Western", "blot", "analysis", "of", "H3K27ac", "in", "forebrain", "tissues", "of", "vehicle", "-", "or", "acetate", "-", "treated", "cHet", "mice", ".", "Right", ",", "relative", "quantitation", "of", "the", "intensity", "of", "H3K27ac", "which", "was", "normalized", "to", "the", "H3", "level", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Left, Western blot analysis of H3K27ac in forebrain tissues of vehicle- or acetate-treated cHet mice. Right, relative quantitation of the intensity of H3K27ac which was normalized to the H3 level (n=4 mice per group)."}
{"words": ["D", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "staining", "of", "H3K27ac", "(", "green", ")", "and", "Vgult1", "(", "red", ")", "in", "forebrain", "tissues", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", ",", "respectively", ".", "IF", "staining", "was", "performed", "on", "40", "-", "μm", "thick", "floating", "sections", ".", "Relative", "fluorescence", "intensities", "of", "H3K27ac", "decreased", "upon", "the", "haploinsufficiency", "of", "Arid1a", "in", "the", "cortex", ".", "Scale", "Bar", ",", "20μm", ".", "Arid1afl", "/", "+", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "cHet", "(", "n", "=", " ", "4", ")", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Immunofluorescence (IF) staining of H3K27ac(green) and Vgult1(red) in forebrain tissues of Arid1afl/+ and cHet mice, respectively. IF staining was performed on 40-μm thick floating sections. Relative fluorescence intensities of H3K27ac decreased upon the haploinsufficiency of Arid1a in the cortex. Scale Bar, 20μm. Arid1afl/+ (n = 7) and cHet (n = 4) mice."}
{"words": ["E", ".", "Immunofluorescence", "staining", "of", "H3K27ac", "(", "green", ")", "and", "Vgult1", "(", "red", ")", "in", "cortex", "tissues", "of", "vehicle", "-", "or", "acetate", "-", "treated", "cHet", "mice", ",", "respectively", ".", "IF", "staining", "was", "performed", "on", "40", "-", "μm", "thick", "floating", "sections", ".", "Relative", "fluorescence", "intensities", "of", "H3K27ac", "increased", "after", "treatment", "with", "acetate", "in", "the", "cortex", "of", "cHet", "mice", ".", "Scale", "Bar", ",", "20μm", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Immunofluorescence staining of H3K27ac (green) and Vgult1 (red) in cortex tissues of vehicle- or acetate-treated cHet mice, respectively. IF staining was performed on 40-μm thick floating sections. Relative fluorescence intensities of H3K27ac increased after treatment with acetate in the cortex of cHet mice. Scale Bar, 20μm (n=3 mice per group)."}
{"words": ["F", "-", "H", ".", "Morris", "water", "maze", "test", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "acetate", ".", "Acquisition", "task", ",", "the", "latency", "to", "find", "the", "platform", "was", "used", "to", "assess", "learning", "ability", ".", "Latency", "to", "the", "platform", "was", "measured", "during", "training", "trials", "(", "F", ")", ".", "Latency", "to", "the", "platform", "was", "measured", "during", "probe", "test", "(", "G", ")", ".", "(", "H", ")", "Retention", "task", ",", "the", "times", "in", "the", "target", "crossings", "were", "used", "to", "assess", "memory", "retention", ".", "The", "times", "in", "the", "target", "crossings", "were", "measured", "in", "probe", "tests", ",", "n", "=", "10", "-", "15", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H. Morris water maze test of Arid1afl/+ and cHet mice treated with vehicle or acetate. Acquisition task, the latency to find the platform was used to assess learning ability. Latency to the platform was measured during training trials (F). Latency to the platform was measured during probe test (G). (H) Retention task, the times in the target crossings were used to assess memory retention. The times in the target crossings were measured in probe tests, n = 10-15 mice per group."}
{"words": ["I", "-", "K", ".", "Barnes", "maze", "test", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "acetate", ".", "(", "I", ")", "During", "the", "training", "phase", ",", "the", "time", "to", "find", "the", "target", "in", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "that", "were", "treated", "with", "vehicle", "or", "acetate", "for", "28", "days", ".", "(", "J", ")", "In", "probe", "test", "trials", ",", "the", "time", "of", "latency", "to", "the", "platform", "to", "find", "the", "target", "in", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "acetate", ".", "(", "K", ")", "In", "probe", "trials", ",", "the", "numbers", "of", "target", "crossings", "of", "Arid1afl", "/", "+", "and", "cHet", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "acetate", "(", "n", " ", "=", " ", "12", "mice", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-K. Barnes maze test of Arid1afl/+ and cHet mice treated with vehicle or acetate. (I) During the training phase, the time to find the target in Arid1afl/+ and cHet mice that were treated with vehicle or acetate for 28 days. (J) In probe test trials, the time of latency to the platform to find the target in Arid1afl/+ and cHet mice treated with vehicle or acetate. (K) In probe trials, the numbers of target crossings of Arid1afl/+ and cHet mice treated with vehicle or acetate (n = 12 mice)"}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "of", "secondary", "branches", "of", "apical", "dendrites", "of", "vehicle", "-", "or", "acetate", "-", "treated", "cHet", "CA1", "pyramidal", "neurons", "stained", "by", "the", "Golgi", "-", "Cox", "method", "(", "at", "least", "20", "neurons", "from", "4", "mice", "for", "each", "group", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "F", ".", "Spine", "density", "per", "10", "μm", "was", "measured", "on", "secondary", "dendrites", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images of secondary branches of apical dendrites of vehicle- or acetate-treated cHet CA1 pyramidal neurons stained by the Golgi-Cox method (at least 20 neurons from 4 mice for each group). Scale bar, 5 μm. F. Spine density per 10 μm was measured on secondary dendrites in (E)."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "image", "of", "vehicle", "-", "and", "acetate", "-", "treated", "neurons", "derived", "from", "WT", "or", "ARID1A", "KO", "hESCs", "on", "day", "40", "of", "neural", "differentiation", "Scale", "Bar", ",", "20μm", "B", ".", "Quantification", "of", "total", "neurite", "length", "of", "hESC", "-", "derived", "neurons", "after", "treatment", "with", "acetate", "or", "vehicle", ".", "n", "=", "at", "least", "34", "neurons", "for", "each", "group", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative image of vehicle- and acetate-treated neurons derived from WT or ARID1A KO hESCs on day 40 of neural differentiation Scale Bar, 20μm B. Quantification of total neurite length of hESC-derived neurons after treatment with acetate or vehicle. n = at least 34 neurons for each group from 3 independent experiments. C"}
{"words": ["D", ".", "Representative", "images", "of", "dendrites", "(", "MAP2", ",", "green", ")", "showing", "localization", "of", "foci", "of", "the", "pre", "-", "and", "postsynaptic", "protein", "complexes", ",", "synaptophysin", "(", "red", ")", ",", "and", "PSD", "-", "95", "(", "white", ")", "protein", "in", "control", ",", "acetate", "treatment", "of", "WT", "and", "ARID1A", "KO", "hESC", "-", "derived", "neurons", "on", "day", "55", "of", "neural", "differentiation", ".", "Scale", "Bar", ",", "5μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Representative images of dendrites (MAP2, green) showing localization of foci of the pre- and postsynaptic protein complexes, synaptophysin (red), and PSD-95 (white) protein in control, acetate treatment of WT and ARID1A KO hESC-derived neurons on day 55 of neural differentiation. Scale Bar, 5μm."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "Quantification", "of", "the", "spine", "numbers", "from", "synaptophysin", "(", "E", ")", "and", "PSD", "-", "95", "protein", "(", "F", ")", "stained", "secondary", "dendrites", "of", "neurons", "on", "day", "55", "of", "neural", "differentiation", "(", "Data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. Quantification of the spine numbers from synaptophysin (E) and PSD-95 protein (F) stained secondary dendrites of neurons on day 55 of neural differentiation (Data are representative of three independent experiments.)"}
{"words": ["A", "In", "vitro", "differentiation", "to", "mature", "ookinete", "of", "wildtype", "(", "WT", ")", ",", "Δisp1", ",", "Δisp3", ",", "and", "Δisp1", "/", "3", "parasites", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ";", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A In vitro differentiation to mature ookinete of wildtype (WT), Δisp1, Δisp3, and Δisp1/3 parasites. Values are means ± SD (n=4 biological replicates); two-tailed t test, *, P<0.05, **, P<0.01, ***, P<0.001, ns: not significant."}
{"words": ["Giemsa", "staining", "of", "zygotes", "/", "ookinetes", "from", "in", "vitro", "culture", ".", "Upper", "diagrams", "indicate", "morphological", "changes", "from", "zygote", "to", "ookinete", ".", "Black", "arrow", "indicates", "the", "apical", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Giemsa staining of zygotes/ookinetes from in vitro culture. Upper diagrams indicate morphological changes from zygote to ookinete. Black arrow indicates the apical. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["C", "Time", "-", "course", "analysis", "of", "ookinete", "differentiation", "from", "in", "vitro", "culture", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Time-course analysis of ookinete differentiation from in vitro culture. Values are means ± SEM (n=3 biological replicates), two-tailed t test, ***, P<0.001."}
{"words": ["D", "In", "vivo", "ookinete", "differentiation", "in", "midgut", "of", "the", "infected", "mosquitos", ".", "Right", "panel", "indicates", "the", "parasite", "smear", "stained", "with", "Giemsa", "solution", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D In vivo ookinete differentiation in midgut of the infected mosquitos. Right panel indicates the parasite smear stained with Giemsa solution. Values are means ± SEM (n=3 biological replicates), two-tailed t test, **, P<0.01. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["E", "Number", "of", "oocysts", "in", "mosquito", "midgut", "7", "days", "post", "blood", "feeding", ".", "n", "is", "the", "number", "of", "mosquitoes", "in", "each", "group", ".", "The", "horizontal", "line", "shows", "the", "mean", "value", "of", "each", "group", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "Right", "panel", "shows", "mosquito", "midguts", "stained", "with", "0", ".", "5", "%", "mercurochrome", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", ".", "Three", "biological", "replicates", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Number of oocysts in mosquito midgut 7 days post blood feeding. n is the number of mosquitoes in each group. The horizontal line shows the mean value of each group, Mann-Whitney test, ****, P<0.0001. Right panel shows mosquito midguts stained with 0.5% mercurochrome. Scale bar = 50 μm. Three biological replicates performed."}
{"words": ["F", "Formation", "of", "salivary", "gland", "sporozoites", "in", "mosquitoes", "14", "days", "post", "blood", "feeding", ".", "In", "each", "group", ",", "at", "least", "twenty", "blood", "-", "fed", "mosquitoes", "were", "counted", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Formation of salivary gland sporozoites in mosquitoes 14 days post blood feeding. In each group, at least twenty blood-fed mosquitoes were counted. Values are means ± SEM (n=3 biological replicates), two-tailed t test, **, P<0.01."}
{"words": ["G", "Western", "blot", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "zygote", "of", "the", "Δisp1", "/", "3", "parasites", "episomally", "complemented", "with", "3V5", "-", "tagged", "isp1", "or", "6HA", "-", "tagged", "isp3", "genes", "from", "either", "P", ".", "yoelii", "or", "P", ".", "falciparum", ".", "P28", "as", "loading", "control", ".", "The", "DTS", "(", "isp1", ":", ":", "3V5", ";", "isp3", ":", ":", "6HA", ")", "is", "a", "doubly", "-", "tagged"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Western blot of ISP1 and ISP3 in zygote of the Δisp1/3 parasites episomally complemented with 3V5-tagged isp1 or 6HA-tagged isp3 genes from either P. yoelii or P. falciparum. P28 as loading control. The DTS (isp1::3V5;isp3::6HA) is a doubly-tagged parasite"}
{"words": ["H", "IFA", "analysis", "of", "tagged", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "zygotes", "of", "the", "complemented", "parasites", ".", "Nuclei", "are", "stained", "with", "Hoechst", "33342", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H IFA analysis of tagged ISP1 and ISP3 in zygotes of the complemented parasites. Nuclei are stained with Hoechst 33342. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["I", "In", "vitro", "ookinete", "differentiation", "of", "the", "complemented", "parasites", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I In vitro ookinete differentiation of the complemented parasites. Values are means ± SEM (n=3 biological replicates), two-tailed t test, **, P<0.01, ***, P<0.001."}
{"words": ["IFA", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "expression", "from", "zygote", "to", "ookinete", "of", "the", "isp1", ":", ":", "6HA", "and", "isp3", ":", ":", "6HA", "parasites", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IFA of ISP1 and ISP3 expression from zygote to ookinete of the isp1::6HA and isp3::6HA parasites, respectively. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["B", "Co", "-", "localization", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "from", "zygote", "to", "ookinete", "in", "the", "doubly", "-", "tagged", "strain", "(", "DTS", ",", "isp1", ":", ":", "3V5", ";", "isp3", ":", ":", "6HA", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Co-localization of ISP1 and ISP3 from zygote to ookinete in the doubly-tagged strain (DTS, isp1::3V5;isp3::6HA). Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["C", "Western", "blot", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "expression", "in", "zygotes", "of", "isp1", ":", ":", "6HA", "and", "isp3", ":", ":", "6HA", "parasites", ".", "The", "numbers", "are", "the", "relative", "intensities", "of", "band", "in", "blot", ".", "Right", "panel", ":", "the", "quantification", "of", "band", "intensity", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Western blot of ISP1 and ISP3 expression in zygotes of isp1::6HA and isp3::6HA parasites. The numbers are the relative intensities of band in blot. Right panel: the quantification of band intensity. Values are means ± SEM (n=4 biological replicates), two-tailed t test, ****, P<0.0001."}
{"words": ["D", "Western", "blot", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "expression", "in", "zygotes", "of", "DTS", ",", "DTS", "/", "Δisp1", ",", "and", "DTS", "/", "Δisp3", "parasites", ".", "The", "numbers", "are", "the", "relative", "intensities", "of", "band", "in", "blot", ".", "Three", "replicates", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Western blot of ISP1 and ISP3 expression in zygotes of DTS, DTS/Δisp1, and DTS/Δisp3 parasites. The numbers are the relative intensities of band in blot. Three replicates performed."}
{"words": ["E", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "isp1", "and", "isp3", "transcripts", "in", "zygotes", "of", "the", "WT", ",", "Δisp1", ",", "Δisp3", ",", "and", "Δisp1", "/", "3", "parasites", ".", "The", "expression", "is", "normalized", "to", "the", "18s", "rRNA", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E RT-qPCR analysis of isp1 and isp3 transcripts in zygotes of the WT, Δisp1, Δisp3, and Δisp1/3 parasites. The expression is normalized to the 18s rRNA. Values are means ± SEM (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["F", "IFA", "analysis", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "expression", "dynamic", "of", "DTS", "/", "Δisp1", "and", "DTS", "/", "Δisp3", "parasites", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F IFA analysis of ISP1 and ISP3 expression dynamic of DTS/Δisp1 and DTS/Δisp3 parasites. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["B", "Fluorescent", "microscopy", "of", "ISP", "and", "its", "N", "-", "terminal", "20", "residues", "(", "N20", ")", "fused", "with", "a", "BFP", ":", ":", "3V5", "peptide", "episomally", "expressed", "in", "zygotes", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Fluorescent microscopy of ISP and its N-terminal 20 residues (N20) fused with a BFP::3V5 peptide episomally expressed in zygotes. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["C", "Solubility", "assay", "detecting", "membrane", "association", "of", "ISP1", "_", "FL", "and", "ISP1", "_", "N20", "using", "different", "detergents", ".", "Cytosolic", "soluble", "proteins", "are", "in", "hypotonic", "buffer", "(", "Hypo", ")", ",", "peripheral", "membrane", "proteins", "in", "carbonate", "buffer", "(", "Carb", ")", "，", "integral", "membrane", "proteins", "in", "Triton", "X", "-", "100", "buffer", "(", "Trx", ")", ",", "and", "insoluble", "proteins", "in", "pellet", "(", "P", ")", ".", "BFP", ":", ":", "3V5", "is", "in", "the", "soluble", "fraction", ",", "while", "ISP1", "_", "FL", "and", "ISP1", "_", "N20", "are", "in", "the", "membrane", "-", "associated", "fractions", ".", "ER", "protein", "BiP", "is", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Solubility assay detecting membrane association of ISP1_FL and ISP1_N20 using different detergents. Cytosolic soluble proteins are in hypotonic buffer (Hypo), peripheral membrane proteins in carbonate buffer (Carb)，integral membrane proteins in Triton X-100 buffer (Trx), and insoluble proteins in pellet (P). BFP::3V5 is in the soluble fraction, while ISP1_FL and ISP1_N20 are in the membrane-associated fractions. ER protein BiP is a loading control."}
{"words": ["D", "Acyl", "-", "RAC", "method", "detecting", "palmitoylation", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "zygotes", "of", "the", "DTS", "strain", ".", "Proteins", "from", "F", "(", "flow", "-", "through", ")", ",", "W", "(", "wash", ")", ",", "and", "E", "(", "elution", ")", "are", "analyzed", ".", "P28", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Acyl-RAC method detecting palmitoylation of ISP1 and ISP3 in zygotes of the DTS strain. Proteins from F (flow-through), W (wash), and E (elution) are analyzed. P28 as a loading control."}
{"words": ["E", "Substitutions", "of", "N", "-", "terminal", "cysteine", "or", "glycine", "residues", "to", "alanine", "(", "G2A", "or", "C7A", "/", "C8A", ")", "ablates", "palmitoylation", "of", "ISP1", ".", "ISP1", "was", "fused", "with", "BFP", ":", ":", "3V5", "and", "episomally", "expressed", "in", "zygotes", ".", "Right", "panel", "shows", "quantification", "of", "palmitoylated", "protein", "band", "from", "two", "independent", "repeats", ",", "values", "are", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Substitutions of N-terminal cysteine or glycine residues to alanine (G2A or C7A/C8A) ablates palmitoylation of ISP1. ISP1 was fused with BFP::3V5 and episomally expressed in zygotes. Right panel shows quantification of palmitoylated protein band from two independent repeats, values are means ± SD."}
{"words": ["F", "G2A", "and", "C7AC8A", "mutations", "cause", "cytoplasmic", "distribution", "of", "ISP1", "during", "zygote", "to", "ookinete", "differentiation", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F G2A and C7AC8A mutations cause cytoplasmic distribution of ISP1 during zygote to ookinete differentiation. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["G", "Membrane", "association", "of", "ISP1", "with", "either", "G2A", "or", "C7AC8A", "substitutions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Membrane association of ISP1 with either G2A or C7AC8A substitutions."}
{"words": ["H", "Expression", "and", "palmitoylation", "of", "ISP1", "in", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", "complemented", "with", "the", "3V5", "tagged", "WT", "ISP1", "or", "C7AC8A", "mutant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "H Expression and palmitoylation of ISP1 in ∆isp1/3 parasites complemented with the 3V5 tagged WT ISP1 or C7AC8A mutant."}
{"words": ["I", "IFA", "of", "ISP1", "at", "zygote", "of", "the", "complemented", "parasites", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I IFA of ISP1 at zygote of the complemented parasites. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["In", "vitro", "differentiation", "to", "mature", "ookinete", "of", "the", "complemented", "parasites", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro differentiation to mature ookinete of the complemented parasites. Values are means ± SEM (n=4 replicates), two-tailed t test, ***, P<0.001, ns: not significant."}
{"words": ["A", "Two", "-", "colored", "IFA", "of", "ISP1", "/", "DHHC2", "and", "ISP3", "/", "DHHC2", "at", "zygotes", "of", "the", "triple", "tagged", "strain", "isp1", ":", ":", "3V5", "/", "isp3", ":", ":", "6HA", "/", "dhhc2", ":", ":", "4Myc", "(", "TTS", ")", ".", "Right", "graph", "shows", "overlay", "of", "fluorescence", "peaks", "along", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Two-colored IFA of ISP1/DHHC2 and ISP3/DHHC2 at zygotes of the triple tagged strain isp1::3V5/isp3::6HA/dhhc2::4Myc (TTS). Right graph shows overlay of fluorescence peaks along cell periphery. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["B", "Western", "blot", "of", "DHHC2", ",", "ISP1", ",", "and", "P28", "(", "plasma", "membrane", "protein", ")", "of", "the", "TTS", "zygotes", "treated", "with", "PBS", ",", "trypsin", "(", "Try", ")", ",", "or", "heat", "-", "inactivated", "(", "HI", ")", "trypsin", ".", "Upper", "panel", "shows", "the", "PPM", "and", "IMC", "structures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blot of DHHC2, ISP1, and P28 (plasma membrane protein) of the TTS zygotes treated with PBS, trypsin (Try), or heat-inactivated (HI) trypsin. Upper panel shows the PPM and IMC structures."}
{"words": ["C", "Knockdown", "of", "dhhc2", "expression", ".", "Upper", "panel", "shows", "the", "promoter", "swap", "strategy", "applied", "in", "TTS", "strain", ",", "generating", "the", "dhhc2kd", "mutant", "with", "endogenous", "dhhc2", "promoter", "replaced", "with", "clag", "promoter", ".", "Western", "blot", "confirming", "decreased", "expression", "of", "DHHC2", "in", "dhhc2kd", "zygotes", ".", "Three", "replicates", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Knockdown of dhhc2 expression. Upper panel shows the promoter swap strategy applied in TTS strain, generating the dhhc2kd mutant with endogenous dhhc2 promoter replaced with clag promoter. Western blot confirming decreased expression of DHHC2 in dhhc2kd zygotes. Three replicates performed."}
{"words": ["D", "Two", "-", "colored", "IFA", "of", "DHHC2", "and", "P28", "proteins", "in", "the", "TTS", "and", "dhhc2kd", "zygotes", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", ".", "Bottom", "panel", ",", "quantifications", "of", "DHHC2", "fluorescence", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "(", "n", ":", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Two-colored IFA of DHHC2 and P28 proteins in the TTS and dhhc2kd zygotes. Scale bar = 5 μm. Bottom panel, quantifications of DHHC2 fluorescence. Values are means ± SD (n: the number of cells analyzed). Mann-Whitney test, ****, P<0.0001."}
{"words": ["E", "Western", "blot", "of", "DHHC2", ",", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "the", "TTS", "and", "dhhc2kd", "zygotes", ".", "Two", "replicates", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Western blot of DHHC2, ISP1 and ISP3 in the TTS and dhhc2kd zygotes. Two replicates performed."}
{"words": ["F", "Palmitoylation", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "the", "TTS", "and", "dhhc2kd", "zygotes", "using", "Acyl", "-", "RAC", "method", ".", "NH", ":", "NH2OH", ".", "Right", "panel", "indicates", "quantification", "of", "protein", "band", "intensity", "from", "three", "replicates", ",", "values", "are", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Palmitoylation of ISP1 and ISP3 in the TTS and dhhc2kd zygotes using Acyl-RAC method. NH: NH2OH. Right panel indicates quantification of protein band intensity from three replicates, values are means ± SD."}
{"words": ["G", "IFA", "of", "ISP1", "and", "ISP3", "in", "zygotes", "of", "TTS", "and", "dhhc2kd", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G IFA of ISP1 and ISP3 in zygotes of TTS and dhhc2kd. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["H", "Giemsa", "staining", "of", "zygote", "/", "ookinete", "from", "in", "vitro", "cultured", "TTS", "and", "dhhc2kd", "parasites", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H Giemsa staining of zygote/ookinete from in vitro cultured TTS and dhhc2kd parasites. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["I", "Time", "-", "course", "analysis", "of", "in", "vitro", "ookinete", "differentiation", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "from", "three", "independent", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Time-course analysis of in vitro ookinete differentiation. Values are means ± SD from three independent tests."}
{"words": ["J", "IFA", "of", "DHHC2", "expression", "in", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "and", "dhhc2", ":", ":", "6HA", ";", "∆", "isp1", "/", "3", "zygotes", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J IFA of DHHC2 expression in the dhhc2::6HA and dhhc2::6HA;∆isp1/3 zygotes. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["K", "Western", "blot", "of", "DHHC2", "in", "zygotes", "of", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "and", "dhhc2", ":", ":", "6HA", ";", "∆", "isp1", "/", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "K Western blot of DHHC2 in zygotes of dhhc2::6HA and dhhc2::6HA;∆isp1/3."}
{"words": ["L", "IFA", "of", "DHHC2", "and", "ISP1", "in", "zygotes", "of", "dhhc2kd", "parasites", "complemented", "with", "4Myc", "tagged", "WT", "PyDHHC2", "of", "P", ".", "yoelii", ",", "PfDHHC2", "of", "P", ".", "falciparum", ",", "or", "PyDHHC2", "with", "PAT", "catalytic", "deficient", "mutation", "C128A", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L IFA of DHHC2 and ISP1 in zygotes of dhhc2kd parasites complemented with 4Myc tagged WT PyDHHC2 of P. yoelii, PfDHHC2 of P. falciparum, or PyDHHC2 with PAT catalytic deficient mutation C128A. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["M", "Western", "blot", "of", "DHHC2", "in", "the", "complemented", "dhhc2kd", "parasites", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "M Western blot of DHHC2 in the complemented dhhc2kd parasites as indicated."}
{"words": ["N", "In", "vitro", "differentiation", "to", "mature", "ookinetes", "of", "the", "complemented", "parasites", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "from", "three", "independent", "tests", ".", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "ns", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N In vitro differentiation to mature ookinetes of the complemented parasites. Values are means ±SD from three independent tests. two-tailed t test, ns: not significant."}
{"words": ["Western", "blot", "of", "episomally", "expressed", "DHHC2", ":", ":", "6HA", "or", "variants", "containing", "truncated", "segment", "(", "C1", ":", "210", "-", "232", ",", "C2", ":", "233", "-", "262", ",", "C3", ":", "263", "-", "284", "residues", ")", "in", "WT", "zygotes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot of episomally expressed DHHC2::6HA or variants containing truncated segment (C1:210-232, C2:233-262, C3:263-284 residues) in WT zygotes."}
{"words": ["C", "IFA", "of", "episomally", "expressed", "DHHC2", ":", ":", "6HA", "and", "three", "truncation", "mutants", "in", "zygotes", "and", "retorts", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C IFA of episomally expressed DHHC2::6HA and three truncation mutants in zygotes and retorts. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["D", "Acyl", "-", "RAC", "method", "detecting", "palmitoylation", "of", "endogenous", "DHHC2", "in", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "zygotes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D Acyl-RAC method detecting palmitoylation of endogenous DHHC2 in the dhhc2::6HA zygotes."}
{"words": ["E", "Palmitoylation", "of", "DHHC2", ":", ":", "6HA", "and", "C4A", "mutant", "episomally", "expressed", "in", "zygotes", ".", "C4A", ":", "substitutions", "of", "C", "-", "terminal", "four", "cysteine", "to", "alanine", ".", "Right", "panel", "indicates", "the", "quantification", "of", "protein", "band", "intensity", "from", "two", "replicates", ",", "values", "are", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Palmitoylation of DHHC2::6HA and C4A mutant episomally expressed in zygotes. C4A: substitutions of C-terminal four cysteine to alanine. Right panel indicates the quantification of protein band intensity from two replicates, values are means ± SD."}
{"words": ["F", "Cytoplasmic", "distribution", "of", "C4A", "mutant", "during", "zygote", "to", "ookinete", "differentiation", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Cytoplasmic distribution of C4A mutant during zygote to ookinete differentiation. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["G", "IFA", "of", "DHHC2", "at", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "zygotes", "treated", "with", "100", "μΜ", "2", "-", "BP", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G IFA of DHHC2 at the dhhc2::6HA zygotes treated with 100 μΜ 2-BP. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["H", "In", "vitro", "ookinete", "differentiation", "of", "the", "dhhc2kd", "parasites", "complemented", "with", "either", "WT", "DHHC2", "or", "C4A", "mutant", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "from", "three", "independent", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H In vitro ookinete differentiation of the dhhc2kd parasites complemented with either WT DHHC2 or C4A mutant. Values are means ± SD from three independent tests."}
{"words": ["I", "Palmitoylation", "of", "the", "episomally", "expressed", "DHHC2", ":", ":", "6HA", "with", "mutation", "in", "respective", "individual", "cysteine", "(", "C255A", ",", "C258A", ",", "C260A", ",", "and", "C262A", ")", ".", "Representative", "of", "three", "independent", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Palmitoylation of the episomally expressed DHHC2::6HA with mutation in respective individual cysteine (C255A, C258A, C260A, and C262A). Representative of three independent repeats."}
{"words": ["J", "Palmitoylation", "of", "HA", "-", "tagged", "and", "human", "codon", "optimized", "DHHC2", "ectopically", "expressed", "in", "human", "HEK293T", "cells", ".", "Both", "C4A", "and", "C128A", "mutations", "ablate", "DHHC2", "palmitoylation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "J Palmitoylation of HA-tagged and human codon optimized DHHC2 ectopically expressed in human HEK293T cells. Both C4A and C128A mutations ablate DHHC2 palmitoylation."}
{"words": ["K", "DHHC2", "_", "C128A", "-", "HA", "mutant", "protein", "could", "be", "palmitoylated", "by", "the", "co", "-", "transfected", "DHHC2WT", "-", "Myc", ",", "but", "not", "DHHC2", "_", "C128A", "-", "Myc", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Representative", "of", "two", "independent", "repeats", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K DHHC2_C128A-HA mutant protein could be palmitoylated by the co-transfected DHHC2WT-Myc, but not DHHC2_C128A-Myc in HEK293T cells. Representative of two independent repeats."}
{"words": ["L", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "the", "DHHC2", "_", "WT", "-", "HA", "and", "DHHC2", "_", "WT", "-", "Myc", "co", "-", "expressed", "in", "HEK293T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L Co-immunoprecipitation of the DHHC2_WT-HA and DHHC2_WT-Myc co-expressed in HEK293T cells."}
{"words": ["M", "C", "-", "terminus", "75", "residues", "peptide", "(", "Cter75", ")", "of", "DHHC2", "could", "be", "palmitoylated", "as", "an", "independent", "substrate", "by", "co", "-", "transfected", "DHHC2WT", "-", "HA", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Cter75", "is", "fused", "with", "a", "BFP", ":", ":", "Myc", "for", "easy", "detection", "via", "western", "blot", ".", "Cter75", "*", "peptide", "contains", "C4A", "mutation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M C-terminus 75 residues peptide (Cter75) of DHHC2 could be palmitoylated as an independent substrate by co-transfected DHHC2WT-HA in HEK293T cells. Cter75 is fused with a BFP::Myc for easy detection via western blot. Cter75* peptide contains C4A mutation."}
{"words": ["N", "Palmitoylation", "of", "tagged", "DHHC2", "ectopically", "expressed", "in", "bacteria", "E", ".", "coli", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N Palmitoylation of tagged DHHC2 ectopically expressed in bacteria E.coli."}
{"words": ["O", "Palmitoylation", "of", "DHHC2", "ectopically", "expressed", "in", "bacteria", "treated", "with", "2", "-", "BP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "O Palmitoylation of DHHC2 ectopically expressed in bacteria treated with 2-BP."}
{"words": ["B", "Endogenous", "DHHC2", "is", "palmitoylated", "in", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "gametocytes", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B Endogenous DHHC2 is palmitoylated in the dhhc2::6HA gametocytes."}
{"words": ["C", "Episomally", "expressed", "DHHC2", "driven", "by", "promoter", "of", "ccp2", "gene", "is", "palmitoylated", "in", "female", "gametocytes", ",", "female", "gametes", ",", "and", "zygotes", "of", "WT", "parasites", ".", "Left", "panel", "shows", "the", "expression", "of", "HA", "-", "tagged", "DHHC2", "in", "female", "gametocyte", "by", "co", "-", "staining", "with", "antibodies", "of", "HA", "and", "α", "-", "Tubulin", "II", "(", "male", "gametocyte", "specific", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Episomally expressed DHHC2 driven by promoter of ccp2 gene is palmitoylated in female gametocytes, female gametes, and zygotes of WT parasites. Left panel shows the expression of HA-tagged DHHC2 in female gametocyte by co-staining with antibodies of HA and α-Tubulin II (male gametocyte specific). Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["D", "IFA", "of", "DHHC2", "and", "P28", "in", "female", "gametocytes", ",", "female", "gametes", ",", "and", "zygotes", "of", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "parasite", ".", "Gametocytes", "were", "stimulated", "with", "XA", "and", "22", "°", "C", "in", "vitro", ".", "P28", "is", "expressed", "specifically", "in", "female", "gametes", "and", "zygotes", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D IFA of DHHC2 and P28 in female gametocytes, female gametes, and zygotes of the dhhc2::6HA parasite. Gametocytes were stimulated with XA and 22°C in vitro. P28 is expressed specifically in female gametes and zygotes. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "parasites", "with", "DHHC2", "polarization", "in", "P28", "positive", "cells", "during", "gametocyte", "to", "zygote", "differentiation", "x", "/", "y", ":", "the", "number", "of", "cells", "with", "DHHC2", "polarization", "and", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "from", "three", "independent", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of parasites with DHHC2 polarization in P28 positive cells during gametocyte to zygote differentiation x/y: the number of cells with DHHC2 polarization and the number of cells analyzed. Values are means ±SD from three independent tests."}
{"words": ["F", "No", "polarization", "of", "DHHC2", "in", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "gametocytes", "with", "only", "either", "XA", "or", "22", "°", "C", "stimulation", ".", "Three", "replicates", "performed", ",", "values", "are", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F No polarization of DHHC2 in the dhhc2::6HA gametocytes with only either XA or 22°C stimulation. Three replicates performed, values are means ± SD."}
{"words": ["G", "No", "change", "in", "DHHC2", "expression", "in", "zygotes", "of", "the", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "parasite", "-", "derived", "mutants", "with", "individual", "gene", "disruption", "of", "cdpk4", ",", "hap2", ",", "and", "dozi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "G No change in DHHC2 expression in zygotes of the dhhc2::6HA parasite-derived mutants with individual gene disruption of cdpk4, hap2, and dozi."}
{"words": ["H", "Quantification", "of", "parasite", "with", "DHHC2", "polarization", "in", "P28", "positive", "cells", ".", "Parasites", "are", "indicated", "in", "(", "G", ")", "or", "from", "a", "genetic", "cross", "(", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "/", "cdpk4", "and", "WT", ")", ".", "x", "/", "y", ":", "the", "number", "of", "cells", "with", "DHHC2", "polarization", "and", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "from", "three", "tests", ",", "two", "-", "tailed", "t", "test", ",", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Quantification of parasite with DHHC2 polarization in P28 positive cells. Parasites are indicated in (G) or from a genetic cross (dhhc2::6HA/cdpk4 and WT). x/y: the number of cells with DHHC2 polarization and the number of cells analyzed. Values are means ± SD from three tests, two-tailed t test, ***, P<0.001, ****, P<0.0001, ns, not significant."}
{"words": ["I", "Expression", "and", "localization", "of", "DHHC2", "and", "GAP45", "during", "female", "gamete", "to", "ookinete", "development", "of", "dhhc2", ":", ":", "6HA", "parasite", ".", "GAP45", "is", "an", "IMC", "marker", "and", "is", "only", "detected", "in", "zygote", "after", "fertilization", ",", "but", "not", "gametes", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Expression and localization of DHHC2 and GAP45 during female gamete to ookinete development of dhhc2::6HA parasite. GAP45 is an IMC marker and is only detected in zygote after fertilization, but not gametes. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["A", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "cross", "sections", "of", "WT", ",", "dhhc2kd", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", "showing", "the", "arrangement", "of", "SPM", "underneath", "IMC", ".", "Approximately", "60", "recognizable", "hollow", "microtubules", "(", "green", ")", "are", "associated", "with", "IMC", "(", "red", ")", ",", "distributing", "evenly", "around", "circumference", "with", "an", "interval", "of", "100", "-", "120", "nm", "in", "WT", "ookinetes", ".", "Microtubules", "lost", "association", "with", "IMC", "in", "the", "ookinetes", "of", "dhhc2kd", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", ".", "Left", ":", "one", "representative", "cell", "in", "each", "parasite", "is", "shown", ";", "Right", ":", "two", "areas", "are", "magnified", "to", "show", "the", "details", ".", "Lower", "panel", "is", "the", "quantification", "of", "distance", "between", "adjacent", "microtubules", "associated", "with", "IMC", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SD", "for", "n", "=", "204", "(", "WT", ")", ",", "189", "(", "dhhc2kd", ")", ",", "and", "211", "(", "∆", "isp1", "/", "3", ")", "measurements", "in", "20", "cells", "each", "group", "from", "two", "independent", "experiments", ";", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Transmission electron microscopy (TEM) cross sections of WT, dhhc2kd and ∆isp1/3 parasites showing the arrangement of SPM underneath IMC. Approximately 60 recognizable hollow microtubules (green) are associated with IMC (red), distributing evenly around circumference with an interval of 100-120 nm in WT ookinetes. Microtubules lost association with IMC in the ookinetes of dhhc2kd and ∆isp1/3 parasites. Left: one representative cell in each parasite is shown; Right: two areas are magnified to show the details. Lower panel is the quantification of distance between adjacent microtubules associated with IMC. Values are mean ± SD for n=204 (WT), 189 (dhhc2kd), and 211 (∆isp1/3) measurements in 20 cells each group from two independent experiments; Kolmogorov-Smirnov test, ****, P<0.0001."}
{"words": ["B", "Apical", "polar", "ring", "and", "the", "emanating", "SPM", "in", "WT", ",", "dhhc2kd", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", "examined", "by", "negative", "staining", "and", "TEM", ".", "A", "dome", "-", "like", "SPM", "structure", "radiating", "from", "the", "apical", "polar", "ring", "was", "observed", "in", "early", "(", "3", "hours", ")", "or", "mature", "(", "12", "hours", ")", "WT", "ookinetes", ",", "but", "impaired", "in", "mutant", "parasites", ".", "n", "is", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "More", "images", "in", "the", "Appendix", "Figure", "S5", ".", "Scale", "bar", "=", "1μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Apical polar ring and the emanating SPM in WT, dhhc2kd and ∆isp1/3 parasites examined by negative staining and TEM. A dome-like SPM structure radiating from the apical polar ring was observed in early (3 hours) or mature (12 hours) WT ookinetes, but impaired in mutant parasites. n is the number of cells analyzed from three independent experiments. More images in the Appendix Figure S5. Scale bar = 1μm."}
{"words": ["C", "SiR", "-", "tubulin", "staining", "show", "the", "SPM", "structures", "of", "WT", ",", "dhhc2kd", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", ".", "Arrowheads", "point", "to", "cell", "apical", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C SiR-tubulin staining show the SPM structures of WT, dhhc2kd and ∆isp1/3 parasites. Arrowheads point to cell apical. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["A", "GST", "-", "ISP1", "pulls", "down", "endogenous", "β", "-", "Tubulin", "from", "cell", "lysate", "of", "WT", "ookinetes", ".", "Lower", "panel", "indicates", "the", "Coomassie", "blue", "stain", "of", "recombinant", "GST", "and", "GST", "-", "ISP1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "A GST-ISP1 pulls down endogenous β-Tubulin from cell lysate of WT ookinetes. Lower panel indicates the Coomassie blue stain of recombinant GST and GST-ISP1."}
{"words": ["B", "Episomally", "expressed", "ISP1", ":", ":", "HA", "immunoprecipitated", "with", "β", "-", "Tubulin", "in", "WT", "ookinetes", ".", "Episomal", "vector", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Episomally expressed ISP1::HA immunoprecipitated with β-Tubulin in WT ookinetes. Episomal vector as control."}
{"words": ["C", "Endogenous", "ISP1", ":", ":", "3V5", "immunoprecipitated", "with", "β", "-", "Tubulin", "in", "the", "TTS", "ookinetes", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Endogenous ISP1::3V5 immunoprecipitated with β-Tubulin in the TTS ookinetes."}
{"words": ["D", "Co", "-", "localization", "of", "ISP1", ":", ":", "HA", "and", "β", "-", "Tubulin", "at", "ookinete", "periphery", "in", "IFA", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Co-localization of ISP1::HA and β-Tubulin at ookinete periphery in IFA. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["E", "Proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", "detecting", "interaction", "of", "ISP1", "-", "HA", "and", "β", "-", "Tubulin", "at", "ookinete", ".", "Episomal", "vector", "as", "control", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Proximity ligation assay (PLA) detecting interaction of ISP1-HA and β-Tubulin at ookinete. Episomal vector as control. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["F", "Solubility", "assay", "detecting", "membrane", "association", "of", "α", "-", "and", "β", "-", "Tubulins", "in", "WT", ",", "dhhc2kd", ",", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", ".", "GAPDH", "is", "a", "cytosol", "soluble", "protein", ",", "P28", "is", "a", "plasma", "membrane", "integral", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Solubility assay detecting membrane association of α- and β-Tubulins in WT, dhhc2kd, and ∆isp1/3 parasites. GAPDH is a cytosol soluble protein, P28 is a plasma membrane integral protein."}
{"words": ["G", "Quantification", "of", "α", "-", "and", "β", "-", "Tubulins", "membrane", "association", "in", "F", ".", "The", "membrane", "association", "index", "is", "defined", "as", "the", "ratio", "of", "Carb", "fraction", "to", "Hypo", "fraction", "in", "F", ",", "and", "normalized", "to", "that", "of", "WT", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "tests", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Quantification of α- and β-Tubulins membrane association in F. The membrane association index is defined as the ratio of Carb fraction to Hypo fraction in F, and normalized to that of WT. Values are means ± SEM from three independent tests."}
{"words": ["H", "Linear", "correlation", "of", "membrane", "association", "index", "of", "α", "-", "Tubulin", "and", "β", "-", "Tubulin", "with", "the", "conversion", "rate", "to", "mature", "ookinete", "among", "WT", ",", "dhhc2kd", "and", "∆", "isp1", "/", "3", "parasites", ".", "Horizontal", "and", "vertical", "values", "are", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Linear correlation of membrane association index of α-Tubulin and β-Tubulin with the conversion rate to mature ookinete among WT, dhhc2kd and ∆isp1/3 parasites. Horizontal and vertical values are means ± SD."}
{"words": ["I", "Membrane", "association", "of", "α", "-", "and", "β", "-", "Tubulins", "in", "WT", "ookinete", "culture", "after", "DMSO", ",", "2", "-", "BP", ",", "or", "colchicine", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "I Membrane association of α- and β-Tubulins in WT ookinete culture after DMSO, 2-BP, or colchicine treatment."}
{"words": ["J", "Quantification", "of", "α", "-", "and", "β", "-", "Tubulins", "membrane", "association", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Quantification of α- and β-Tubulins membrane association Values are means ± SEM from three independent repeats."}
{"words": ["C", ".", "cGAMP", "-", "VLPs", "induce", "an", "IFN", "-", "I", "response", "in", "target", "cells", ".", "HEK293", "cells", "were", "infected", "with", "decreasing", "amounts", "of", "cGAMP", "-", "VLPs", "and", "Empty", "-", "VLPs", "(", "1", "/", "5", "serial", "dilutions", "starting", "at", "2μL", "of", "VLP", "stocks", "per", "well", ")", "and", "the", "infection", "was", "monitored", "24", "hours", "later", "by", "quantifying", "GFP", "+", "cells", "by", "flow", "cytometry", ".", "Supernatants", "from", "the", "same", "infected", "cells", "were", "then", "transferred", "to", "a", "reporter", "cell", "line", "expressing", "firefly", "luciferase", "under", "a", "promoter", "induced", "by", "IFN", "-", "I", "(", "ISRE", ")", ".", "Luciferase", "activity", "measured", "24", "hours", "later", "indicated", "the", "presence", "of", "IFN", "-", "I", "in", "the", "supernatants", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "C. cGAMP-VLPs induce an IFN-I response in target cells. HEK293 cells were infected with decreasing amounts of cGAMP-VLPs and Empty-VLPs (1/5 serial dilutions starting at 2μL of VLP stocks per well) and the infection was monitored 24 hours later by quantifying GFP+ cells by flow cytometry. Supernatants from the same infected cells were then transferred to a reporter cell line expressing firefly luciferase under a promoter induced by IFN-I (ISRE). Luciferase activity measured 24 hours later indicated the presence of IFN-I in the supernatants."}
{"words": ["Immunisation", "with", "cGAMP", "-", "VLPs", "facilitates", "induction", "of", "HIV", "-", "1", "Gag", "-", "specific", "polyfunctional", "CD8", "T", "cell", "responses", ".", "Alternatively", ",", "cells", "were", "analysed", "by", "ICS", "six", "hours", "after", "stimulation", "with", "peptide", ".", "CD8", "T", "cells", "were", "gated", "as", "live", ",", "CD90", ".", "2", "+", ",", "CD8", "+", ".", "CD8", "T", "cells", "expressing", "CD107a", ",", "IFNγ", ",", "TNFα", "or", "IL2", "were", "analysed", "as", "shown", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunisation with cGAMP-VLPs facilitates induction of HIV-1 Gag-specific polyfunctional CD8 T cell responses. Alternatively, cells were analysed by ICS six hours after stimulation with peptide. CD8 T cells were gated as live, CD90.2+, CD8+. CD8 T cells expressing CD107a, IFNγ, TNFα or IL2 were analysed as shown in (E)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "cGAMP", "loading", "enhances", "IgG", "responses", "specific", "to", "VLP", "proteins", ",", "including", "VSV", "-", "G", ".", "ELISA", "plates", "were", "coated", "with", "lysate", "from", "cGAMP", "-", "VLPs", "(", "A", ")", "or", "recombinant", "VSV", "-", "G", "protein", "(", "B", ")", ".", "Antibodies", "of", "different", "isotypes", "specific", "for", "these", "proteins", "were", "measured", "in", "sera", "from", "immunised", "mice", "by", "ELISA", ".", "The", "optical", "density", "at", "increasing", "serum", "dilutions", "is", "shown", "in", "the", "first", "three", "graphs", "from", "the", "left", "and", "the", "EC50", "is", "on", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. cGAMP loading enhances IgG responses specific to VLP proteins, including VSV-G. ELISA plates were coated with lysate from cGAMP-VLPs (A) or recombinant VSV-G protein (B). Antibodies of different isotypes specific for these proteins were measured in sera from immunised mice by ELISA. The optical density at increasing serum dilutions is shown in the first three graphs from the left and the EC50 is on the right."}
{"words": ["C", ".", "Enhanced", "antibody", "production", "following", "immunisation", "with", "cGAMP", "-", "VLPs", "relies", "on", "STING", "signalling", ".", "WT", "or", "Sting", "-", "/", "-", "mice", "were", "immunised", "with", "PBS", ",", "cGAMP", "-", "VLPs", ",", "Empty", "-", "VLPs", "or", "Empty", "-", "VLPs", "+", "poly", "(", "I", ":", "C", ")", ".", "IgG2b", "antibodies", "recognising", "VLP", "proteins", "were", "assessed", "by", "ELISA", ".", "The", "optical", "density", "at", "increasing", "serum", "dilutions", "is", "shown", "in", "the", "first", "two", "graphs", "from", "the", "left", "and", "the", "EC50", "is", "on", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Enhanced antibody production following immunisation with cGAMP-VLPs relies on STING signalling. WT or Sting-/- mice were immunised with PBS, cGAMP-VLPs, Empty-VLPs or Empty-VLPs + poly(I:C). IgG2b antibodies recognising VLP proteins were assessed by ELISA. The optical density at increasing serum dilutions is shown in the first two graphs from the left and the EC50 is on the right."}
{"words": ["Immunisation", "with", "cGAMP", "-", "VLPs", "enhances", "accumulation", "of", "Tfh", "cells", "in", "the", "draining", "lymph", "node", ".", "T", "follicular", "(", "Tf", ")", "cells", "were", "identified", "by", "flow", "cytometry", "as", "CD4", "+", "CD44", "+", "CXCR5hiPD1hi", "cells", "and", "were", "further", "subdivided", "into", "Tfr", "cells", "(", "FoxP3", "+", ")", "and", "Tfh", "cells", "(", "FoxP3", "-", ")", ".", "the", "percentages", "of", "Tf", ",", "Tfh", "and", "Tfr", "cells", "within", "CD4", "+", "cells", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunisation with cGAMP-VLPs enhances accumulation of Tfh cells in the draining lymph node. T follicular (Tf) cells were identified by flow cytometry as CD4+CD44+CXCR5hiPD1hi cells and were further subdivided into Tfr cells (FoxP3+) and Tfh cells (FoxP3-). the percentages of Tf, Tfh and Tfr cells within CD4+ cells are shown in (B)."}
{"words": ["Immunisation", "with", "VLPs", "induces", "germinal", "centre", "formation", ".", "Germinal", "centre", "B", "cells", "were", "identified", "by", "flow", "cytometry", "as", "B220", "+", "IgD", "-", "CD95", "+", "GL7", "+", "cells", ".", "the", "percentage", "of", "germinal", "centre", "B", "cells", "amongst", "B220", "+", "cells", "is", "shown", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunisation with VLPs induces germinal centre formation. Germinal centre B cells were identified by flow cytometry as B220+IgD-CD95+GL7+ cells. the percentage of germinal centre B cells amongst B220+ cells is shown in (E)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Low", "doses", "of", "cGAMP", "-", "HA", "-", "VLPs", "confer", "protection", "following", "IAV", "challenge", ".", "One", "month", "after", "immunisation", "with", "the", "indicated", "doses", "of", "VLPs", ",", "animals", "were", "infected", "with", "104", "TCID50", "of", "IAV", "PR8", "virus", ".", "Weight", "loss", "was", "monitored", "over", "the", "following", "eleven", "days", "and", "is", "shown", "as", "a", "percentage", "of", "starting", "weight", "(", "C", ",", "upper", "graph", "shows", "mean", "and", "lower", "graphs", "show", "individual", "mice", "for", "each", "condition", ")", ".", "Animals", "approaching", "the", "humane", "end", "-", "point", "of", "20", "%", "weight", "loss", "were", "culled", "and", "survival", "to", "end", "-", "point", "curves", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Low doses of cGAMP-HA-VLPs confer protection following IAV challenge. One month after immunisation with the indicated doses of VLPs, animals were infected with 104 TCID50 of IAV PR8 virus. Weight loss was monitored over the following eleven days and is shown as a percentage of starting weight (C, upper graph shows mean and lower graphs show individual mice for each condition). Animals approaching the humane end-point of 20% weight loss were culled and survival to end-point curves are shown in (D)."}
{"words": ["B", ".", "cGAMP", "-", "HA", "-", "VLPs", "and", "Empty", "-", "HA", "-", "VLPs", "+", "AddaVax", "protect", "against", "IAV", "challenge", ".", "One", "month", "after", "immunisation", ",", "animals", "were", "infected", "with", "104", "TCID50", "of", "IAV", "PR8", "virus", ".", "Animals", "approaching", "the", "humane", "end", "-", "point", "of", "20", "%", "weight", "loss", "were", "culled", "and", "survival", "to", "end", "-", "point", "curves", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. cGAMP-HA-VLPs and Empty-HA-VLPs + AddaVax protect against IAV challenge. One month after immunisation, animals were infected with 104 TCID50 of IAV PR8 virus. Animals approaching the humane end-point of 20% weight loss were culled and survival to end-point curves are shown in (B)."}
{"words": ["A", ".", "cGAMP", "-", "S", "-", "VLPs", "and", "Empty", "-", "S", "-", "VLPs", "incorporate", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "S", ".", "Lysates", "from", "VLP", "producer", "cells", "and", "VLP", "preparations", "were", "analysed", "by", "western", "blot", "for", "the", "presence", "of", "the", "S2", "subunit", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "S", ",", "Gag", "-", "GFP", "and", "actin", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. cGAMP-S-VLPs and Empty-S-VLPs incorporate SARS-CoV-2 S. Lysates from VLP producer cells and VLP preparations were analysed by western blot for the presence of the S2 subunit of SARS-CoV-2 S, Gag-GFP and actin using the indicated antibodies."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "Immunisation", "with", "cGAMP", "-", "S", "-", "VLPs", "augments", "anti", "-", "Spike", "and", "anti", "-", "RBD", "antibody", "titres", ".", "Mice", "were", "immunised", "via", "the", "intra", "-", "muscular", "route", "with", "5x105", "IU", "of", "cGAMP", "-", "S", "-", "VLPs", ",", "Empty", "-", "S", "-", "VLPs", ",", "or", "PBS", "as", "a", "control", ".", "Three", "weeks", "after", "immunisation", ",", "sera", "were", "collected", ",", "heat", "-", "inactivated", ",", "and", "titres", "of", "antibodies", "capable", "of", "binding", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "S", "(", "B", ")", "or", "its", "RBD", "(", "C", ")", "were", "determined", "by", "ELISA", ".", "The", "antibody", "response", "was", "expressed", "as", "Endpoint", "titre", "defined", "as", "the", "reciprocal", "of", "the", "highest", "serum", "dilution", "that", "gives", "a", "positive", "signal", "(", "blank", "+", "10SD", ")", ".", "The", "dotted", "line", "shows", "the", "limit", "of", "detection", "(", "LOD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. Immunisation with cGAMP-S-VLPs augments anti-Spike and anti-RBD antibody titres. Mice were immunised via the intra-muscular route with 5x105 IU of cGAMP-S-VLPs, Empty-S-VLPs, or PBS as a control. Three weeks after immunisation, sera were collected, heat-inactivated, and titres of antibodies capable of binding to SARS-CoV-2 S (B) or its RBD (C) were determined by ELISA. The antibody response was expressed as Endpoint titre defined as the reciprocal of the highest serum dilution that gives a positive signal (blank+10SD). The dotted line shows the limit of detection (LOD)."}
{"words": ["D", ".", "Immunisation", "with", "cGAMP", "-", "S", "-", "VLPs", "induces", "neutralising", "antibodies", ".", "Using", "serum", "samples", "from", "(", "B", ")", ",", "antibody", "titres", "capable", "of", "neutralising", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "were", "determined", "by", "microneutralisation", "(", "MN", ")", "assay", ".", "Calculated", "IC50", "doses", "from", "multiple", "serum", "dilutions", "are", "shown", ".", "The", "dotted", "line", "shows", "the", "LOD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Immunisation with cGAMP-S-VLPs induces neutralising antibodies. Using serum samples from (B), antibody titres capable of neutralising SARS-CoV-2 were determined by microneutralisation (MN) assay. Calculated IC50 doses from multiple serum dilutions are shown. The dotted line shows the LOD."}
{"words": ["C", ".", "Tissue", "distribution", "of", "the", "Ldb2", "protein", ".", "Representative", "western", "-", "blot", "image", "is", "shown", ".", "Yellow", "asterisks", "indicate", "uncharacterized", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Tissue distribution of the Ldb2 protein. Representative western-blot image is shown. Yellow asterisks indicate uncharacterized bands."}
{"words": ["D", ".", "Expression", "of", "Ldb2", "in", "the", "cerebral", "cortex", ".", "DAPI", "-", "stained", "nuclei", "visualized", "(", "right", ")", "in", "the", "cerebral", "cortex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Expression of Ldb2 in the cerebral cortex. DAPI-stained nuclei visualized (right) in the cerebral cortex."}
{"words": ["E", ".", "Expression", "of", "Ldb2", "in", "the", "amygdala", ".", "LA", ";", "lateral", "amygdala", ",", "BLA", ";", "basolateral", "amygdala", ",", "Ce", ";", "central", "nucleus", "of", "amygdala", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Expression of Ldb2 in the amygdala. LA; lateral amygdala, BLA; basolateral amygdala, Ce; central nucleus of amygdala."}
{"words": ["F", "-", "G", ".", "Expression", "of", "Ldb2", "in", "neurons", ".", "The", "merged", "images", "obtained", "with", "Ldb2", "(", "stained", "in", "green", ")", "and", "NeuN", "(", "stained", "in", "red", ")", "antibodies", "are", "shown", "for", "cerebral", "cortex", "layers", "I", "-", "VI", "and", "the", "amygdala", "(", "F", ")", ".", "most", "of", "Ldb2", "-", "positive", "cells", "are", "NeuN", "-", "positive", ".", "G", ".", "NeuN", "-", "positive", "cells", "/", "Ldb2", "-", "positive", "cells", "(", "left", ")", "and", "Ldb2", "-", "positive", "cells", "/", "NeuN", "-", "positive", "cells", "were", "counted", "in", "cerebral", "cortex", "layers", "I", "-", "VI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-G. Expression of Ldb2 in neurons. The merged images obtained with Ldb2 (stained in green) and NeuN (stained in red) antibodies are shown for cerebral cortex layers I-VI and the amygdala (F). most of Ldb2-positive cells are NeuN-positive. G. NeuN-positive cells/Ldb2-positive cells (left) and Ldb2-positive cells/NeuN-positive cells were counted in cerebral cortex layers I-VI."}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Home", "cage", "-", "activity", "test", "(", "A", ")", ".", "Voluntary", "locomotor", "activities", "in", "the", "home", "cages", "were", "monitored", "for", "a", "week", ".", "Data", "of", "dark", "(", "left", ")", "and", "light", "(", "right", ")", "phases", "are", "indicated", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Home cage-activity test (A). Voluntary locomotor activities in the home cages were monitored for a week. Data of dark (left) and light (right) phases are indicated."}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Open", "-", "field", "test", "(", "B", ")"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Open-field test (B)"}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Acoustic", "startle", "response", "(", "C", ")"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Acoustic startle response (C)"}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Prepulse", "-", "inhibition", "test", "(", "D", ")"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Prepulse-inhibition test (D)"}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", ",", "Morris", "water", "-", "maze", "test", "(", "E", ")", "where", "data", "in", "hidden", "test", "(", "escape", "latency", "and", "moving", "speed", ",", "path", "length", "and", "no", "movement", "time", ")", "and", "probe", "test", "(", "path", "length", ")", "are"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in , Morris water-maze test (E) where data in hidden test (escape latency and moving speed, path length and no movement time) and probe test (path length) are shown"}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Y", "-", "maze", "test", "(", "F", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Y-maze test (F)."}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Fear", "-", "conditioning", "test", "(", "G", ")", ".", "Results", "of", "contextual", "(", "left", ")", "and", "cued", "(", "right", ")", "tests", "are", "shown", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Fear-conditioning test (G). Results of contextual (left) and cued (right) tests are shown."}
{"words": ["Ldb2", "KO", "mice", "(", "red", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "were", "compared", "to", "control", "(", "blue", ",", "n", "=", "10", "-", "11", ")", "in", "Hot", "-", "plate", "test", "(", "H", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ldb2 KO mice (red, n = 10-11) were compared to control (blue, n = 10-11) in Hot-plate test (H)."}
{"words": ["Locomotor", "activity", "was", "assessed", "in", "the", "same", "experimental", "set", "as", "in", "the", "open", "-", "field", "test", ".", "After", "acclimation", "for", "120", "min", ",", "mice", "(", "n", "=", "10", "-", "12", "/", "group", ")", "were", "injected", "(", "arrows", ")", "with", "methylphenidate", "(", "MPD", ":", "3", "mg", "/", "kg", ",", "A", ")", "and", "their", "locomotor", "activity", "was", "monitored", ".", "In", "the", "right", "panels", ",", "cumulative", "values", "for", "pre", "-", "and", "post", "-", "injection", "times", "are", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Locomotor activity was assessed in the same experimental set as in the open-field test. After acclimation for 120 min, mice (n = 10-12/group) were injected (arrows) with methylphenidate (MPD: 3 mg/kg, A) and their locomotor activity was monitored. In the right panels, cumulative values for pre- and post-injection times are also shown."}
{"words": ["Locomotor", "activity", "was", "assessed", "in", "the", "same", "experimental", "set", "as", "in", "the", "open", "-", "field", "test", ".", "After", "acclimation", "for", "120", "min", ",", "mice", "(", "n", "=", "10", "-", "12", "/", "group", ")", "were", "injected", "(", "arrows", ")", "with", "MK", "-", "801", "(", "0", ".", "2", "mg", "/", "kg", ",", "B", ")", "and", "their", "locomotor", "activity", "was", "monitored", ".", "In", "the", "right", "panels", ",", "cumulative", "values", "for", "pre", "-", "and", "post", "-", "injection", "times", "are", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Locomotor activity was assessed in the same experimental set as in the open-field test. After acclimation for 120 min, mice (n = 10-12/group) were injected (arrows) with MK-801 (0.2 mg/kg, B) and their locomotor activity was monitored. In the right panels, cumulative values for pre- and post-injection times are also shown."}
{"words": ["C", ".", "Popping", "behavior", "induced", "by", "the", "injection", "of", "MK", "-", "801", "(", "0", ".", "5", "mg", "/", "kg", ")", "was", "manually", "assessed", "in", "WT", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "KO", "(", "n", "=", "6", ")", "animals", ".", "Typically", ",", "each", "episode", "is", "constituted", "by", "blocks", "of", "5", "-", "15", "successive", "jumping", "behaviors", ".", "Episode", "numbers", "in", "20", "min", "(", "left", ")", "and", "total", "duration", "(", "right", ")", "are", "shown", "in", "a", "box", "-", "whisker", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Popping behavior induced by the injection of MK-801 (0.5 mg/kg) was manually assessed in WT (n = 4) and KO (n = 6) animals. Typically, each episode is constituted by blocks of 5-15 successive jumping behaviors. Episode numbers in 20 min (left) and total duration (right) are shown in a box-whisker plot."}
{"words": ["A", ".", "Fear", "-", "conditioning", "test", ".", "Freezing", "(", "%", ")", "was", "monitored", "in", "the", "cued", "(", "top", ")", "and", "contextual", "(", "bottom", ")", "tests", "before", "(", "pre", ")", "and", "after", "(", "post", ")", "administration", "of", "clozapine", "(", "left", ")", "or", "haloperidol", "(", "right", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "(", "n", "=", "7", "-", "9", "/", "group", ")", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Tukey", "test", ")", ";", "#", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "t", "-", "test", ",", "KO", "/", "saline", "vs", ".", "KO", "/", "clozapine", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "A. Fear-conditioning test. Freezing (%) was monitored in the cued (top) and contextual (bottom) tests before (pre) and after (post) administration of clozapine (left) or haloperidol (right). Data are presented as means ± S.E.M. (n = 7-9/group). *, p < 0.05; ***, p < 0.001 (Tukey test); #, p < 0.05 (t-test, KO/saline vs. KO/clozapine)."}
{"words": ["B", ".", "Home", "cage", "-", "activity", "test", ".", "Spontaneous", "locomotor", "activity", "of", "mice", "chronically", "fed", "chow", "with", "or", "without", "0", ".", "24", "%", "(", "w", "/", "w", ")", "lithium", "carbonate", "for", "two", "months", "was", "monitored", "for", "6", "days", "in", "the", "home", "cage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Home cage-activity test. Spontaneous locomotor activity of mice chronically fed chow with or without 0.24% (w/w) lithium carbonate for two months was monitored for 6 days in the home cage."}
{"words": ["A", ".", "Scatter", "plots", "showing", "Venus", "-", "fluorescent", "intensities", "and", "the", "median", "amplitude", "of", "miniature", "EPSCs", "(", "mEPSC", ")", "in", "the", "LA", "of", "the", "AV", "-", "KO", "mice", "and", "their", "littermates", "(", "AV", "-", "WT", ")", ".", "B", ".", "Scatter", "plots", "showing", "Venus", "-", "fluorescent", "intensities", "and", "the", "mean", "frequency", "of", "miniature", "EPSCs", "in", "the", "LA", "of", "the", "AV", "-", "KO", "and", "their", "control", "littermates", "(", "AV", "-", "WT", ")", ".", "Three", "typical", "pictures", "of", "Venus", "-", "positive", "cells", "with", "various", "fluorescent", "intensities", "are", "shown", ".", "Lines", "in", "each", "panel", "are", "regression", "lines", "showing", "inverse", "correlation", "of", "the", "fluorescent", "intensity", "with", "the", "mEPSC", "amplitude", "(", "A", ")", "or", "the", "mEPSC", "frequency", "(", "B", ")", ".", "The", "black", "dotted", "lines", "are", "regression", "lines", "for", "AV", "-", "WT", "mice", ",", "the", "red", "dotted", "lines", "are", "those", "for", "AV", "-", "KO", "mice", ",", "and", "black", "solid", "lines", "are", "those", "for", "all", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Scatter plots showing Venus-fluorescent intensities and the median amplitude of miniature EPSCs (mEPSC) in the LA of the AV-KO mice and their littermates (AV-WT). B. Scatter plots showing Venus-fluorescent intensities and the mean frequency of miniature EPSCs in the LA of the AV-KO and their control littermates (AV-WT). Three typical pictures of Venus-positive cells with various fluorescent intensities are shown. Lines in each panel are regression lines showing inverse correlation of the fluorescent intensity with the mEPSC amplitude (A) or the mEPSC frequency (B). The black dotted lines are regression lines for AV-WT mice, the red dotted lines are those for AV-KO mice, and black solid lines are those for all cells. "}
{"words": ["B", ".", "Numbers", "of", "Venus", "-", "positive", "neurons", "in", "the", "lateral", "nucleus", "(", "LA", ")", "and", "the", "lateral", "side", "of", "the", "basal", "nucleus", "(", "BAl", ")", "of", "Naive", ",", "Unpaired", ",", "and", "Paired", "groups", ".", "Open", "and", "filled", "bars", "represent", "AV", "-", "WT", "and", "AV", "-", "KO", "mice", ",", "respectively", ".", "Positive", "neurons", "of", "AV", "-", "WT", "was", "increased", "only", "in", "the", "Paired", "group", "compared", "to", "the", "Naïve", "and", "Unpaired", "groups", "in", "the", "LA", "(", "upper", "panel", ")", ".", "AV", "-", "KO", "was", "increased", "in", "the", "Unpaired", "as", "well", "as", "the", "Paired", "groups", "compared", "to", "the", "Naïve", "group", "Positive", "neurons", "both", "in", "the", "Unpaired", "and", "Paired", "AV", "-", "KO", "mice", "were", "increased", "compared", "to", "the", "same", "groups", "of", "the", "AV", "-", "WT", "mice", "In", "the", "BAl", ",", "positive", "neurons", "were", "increased", "both", "in", "the", "Unpaired", "and", "Paired", "groups", "compared", "to", "the", "Naïve", "group", "in", "both", "the", "AV", "-", "WT", "and", "AV", "-", "KO", "mice", "The", "error", "bars", "represent", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Numbers of Venus-positive neurons in the lateral nucleus (LA) and the lateral side of the basal nucleus (BAl) of Naive, Unpaired, and Paired groups. Open and filled bars represent AV-WT and AV-KO mice, respectively. Positive neurons of AV-WT was increased only in the Paired group compared to the Naïve and Unpaired groups in the LA (upper panel). AV-KO was increased in the Unpaired as well as the Paired groups compared to the Naïve group Positive neurons both in the Unpaired and Paired AV-KO mice were increased compared to the same groups of the AV-WT mice In the BAl , positive neurons were increased both in the Unpaired and Paired groups compared to the Naïve group in both the AV-WT and AV-KO mice The error bars represent S.E.M. (n =5/group)."}
{"words": ["C", ".", "Numbers", "of", "Venus", "-", "positive", "neurons", "classified", "by", "fluorescence", "intensities", "in", "the", "LA", "of", "the", "AV", "-", "WT", "and", "AV", "-", "KO", "mice", ".", "Weak", "positive", "neurons", "were", "increased", "in", "the", "Paired", "group", "compared", "to", "the", "Naïve", "group", "in", "AV", "-", "WT", "Both", "Weak", "and", "Middle", "positive", "neurons", "were", "increased", "in", "the", "Paired", "group", "compared", "to", "the", "Naïve", "group", "in", "AV", "-", "KO", "The", "increment", "of", "the", "Middle", "Venus", "-", "positive", "neurons", "was", "larger", "in", "the", "AV", "-", "KO", "compared", "to", "AV", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Numbers of Venus-positive neurons classified by fluorescence intensities in the LA of the AV-WT and AV-KO mice. Weak positive neurons were increased in the Paired group compared to the Naïve group in AV-WT Both Weak and Middle positive neurons were increased in the Paired group compared to the Naïve group in AV-KO The increment of the Middle Venus-positive neurons was larger in the AV-KO compared to AV-WT"}
{"words": ["Results", "of", "coimmunoprecipitation", "between", "overexpressed", "LDB2", "and", "interaction", "candidates", "LDB2", "vs", ".", "LDB2", "(", "A", ")", "LDB2", "(", "WT", ",", "T83N", "or", "P170L", ")", "and", "candidate", "interactors", "were", "tagged", "with", "Flag", "and", "HA", ",", "respectively", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "Flag", "-", "construct", "and", "HA", "-", "construct", "indicated", ".", "After", "Flag", "-", "LDB2", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "Flag", "antibody", ",", "the", "immunocomplexes", "were", "analyzed", "with", "western", "blotting", "with", "Flag", "and", "HA", "antibodies", ".", "The", "input", "samples", "(", "input", ")", "were", "also", "analyzed", ".", "Green", "and", "black", "arrowhead", "indicate", "positions", "for", "Flag", "-", "Ldb2", "and", "HA", "-", "proteins", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of coimmunoprecipitation between overexpressed LDB2 and interaction candidates LDB2 vs. LDB2 (A) LDB2 (WT, T83N or P170L) and candidate interactors were tagged with Flag and HA, respectively. HEK293T cells were transfected with the Flag-construct and HA-construct indicated. After Flag-LDB2 was immunoprecipitated with a Flag antibody, the immunocomplexes were analyzed with western blotting with Flag and HA antibodies. The input samples (input) were also analyzed. Green and black arrowhead indicate positions for Flag-Ldb2 and HA-proteins, respectively."}
{"words": ["Results", "of", "coimmunoprecipitation", "between", "overexpressed", "LDB2", "and", "interaction", "candidates", "LDB2", "vs", ".", "LHX2", "(", "B", ")", "LDB2", "(", "WT", ",", "T83N", "or", "P170L", ")", "and", "candidate", "interactors", "were", "tagged", "with", "Flag", "and", "HA", ",", "respectively", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "Flag", "-", "construct", "and", "HA", "-", "construct", "indicated", ".", "After", "Flag", "-", "LDB2", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "Flag", "antibody", ",", "the", "immunocomplexes", "were", "analyzed", "with", "western", "blotting", "with", "Flag", "and", "HA", "antibodies", ".", "The", "input", "samples", "(", "input", ")", "were", "also", "analyzed", ".", "Green", "and", "black", "arrowhead", "indicate", "positions", "for", "Flag", "-", "Ldb2", "and", "HA", "-", "proteins", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of coimmunoprecipitation between overexpressed LDB2 and interaction candidates LDB2 vs. LHX2 (B) LDB2 (WT, T83N or P170L) and candidate interactors were tagged with Flag and HA, respectively. HEK293T cells were transfected with the Flag-construct and HA-construct indicated. After Flag-LDB2 was immunoprecipitated with a Flag antibody, the immunocomplexes were analyzed with western blotting with Flag and HA antibodies. The input samples (input) were also analyzed. Green and black arrowhead indicate positions for Flag-Ldb2 and HA-proteins, respectively."}
{"words": ["Results", "of", "coimmunoprecipitation", "between", "overexpressed", "LDB2", "and", "interaction", "candidates", "LDB2", "vs", ".", "LMO2", "/", "3", "/", "4", "(", "C", ")", "LDB2", "(", "WT", ",", "T83N", "or", "P170L", ")", "and", "candidate", "interactors", "were", "tagged", "with", "Flag", "and", "HA", ",", "respectively", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "Flag", "-", "construct", "and", "HA", "-", "construct", "indicated", ".", "After", "Flag", "-", "LDB2", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "Flag", "antibody", ",", "the", "immunocomplexes", "were", "analyzed", "with", "western", "blotting", "with", "Flag", "and", "HA", "antibodies", ".", "The", "input", "samples", "(", "input", ")", "were", "also", "analyzed", ".", "Green", "and", "black", "arrowhead", "indicate", "positions", "for", "Flag", "-", "Ldb2", "and", "HA", "-", "proteins", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of coimmunoprecipitation between overexpressed LDB2 and interaction candidates LDB2 vs. LMO2/3/4 (C) LDB2 (WT, T83N or P170L) and candidate interactors were tagged with Flag and HA, respectively. HEK293T cells were transfected with the Flag-construct and HA-construct indicated. After Flag-LDB2 was immunoprecipitated with a Flag antibody, the immunocomplexes were analyzed with western blotting with Flag and HA antibodies. The input samples (input) were also analyzed. Green and black arrowhead indicate positions for Flag-Ldb2 and HA-proteins, respectively."}
{"words": ["Results", "of", "coimmunoprecipitation", "between", "overexpressed", "LDB2", "and", "interaction", "candidates", ",", "LDB2", "vs", ".", "SSBP2", "/", "3", "/", "4", "(", "D", ")", "LDB2", "(", "WT", ",", "T83N", "or", "P170L", ")", "and", "candidate", "interactors", "were", "tagged", "with", "Flag", "and", "HA", ",", "respectively", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "Flag", "-", "construct", "and", "HA", "-", "construct", "indicated", ".", "After", "Flag", "-", "LDB2", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "Flag", "antibody", ",", "the", "immunocomplexes", "were", "analyzed", "with", "western", "blotting", "with", "Flag", "and", "HA", "antibodies", ".", "The", "input", "samples", "(", "input", ")", "were", "also", "analyzed", ".", "Green", "and", "black", "arrowhead", "indicate", "positions", "for", "Flag", "-", "Ldb2", "and", "HA", "-", "proteins", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of coimmunoprecipitation between overexpressed LDB2 and interaction candidates , LDB2 vs. SSBP2/3/4 (D) LDB2 (WT, T83N or P170L) and candidate interactors were tagged with Flag and HA, respectively. HEK293T cells were transfected with the Flag-construct and HA-construct indicated. After Flag-LDB2 was immunoprecipitated with a Flag antibody, the immunocomplexes were analyzed with western blotting with Flag and HA antibodies. The input samples (input) were also analyzed. Green and black arrowhead indicate positions for Flag-Ldb2 and HA-proteins, respectively."}
{"words": ["Results", "of", "coimmunoprecipitation", "between", "overexpressed", "LDB2", "and", "interaction", "candidates", "LDB2", "vs", ".", "RLIM", "(", "E", ")", ".", "LDB2", "(", "WT", ",", "T83N", "or", "P170L", ")", "and", "candidate", "interactors", "were", "tagged", "with", "Flag", "and", "HA", ",", "respectively", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "Flag", "-", "construct", "and", "HA", "-", "construct", "indicated", ".", "After", "Flag", "-", "LDB2", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "Flag", "antibody", ",", "the", "immunocomplexes", "were", "analyzed", "with", "western", "blotting", "with", "Flag", "and", "HA", "antibodies", ".", "The", "input", "samples", "(", "input", ")", "were", "also", "analyzed", ".", "Green", "and", "black", "arrowhead", "indicate", "positions", "for", "Flag", "-", "Ldb2", "and", "HA", "-", "proteins", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of coimmunoprecipitation between overexpressed LDB2 and interaction candidates LDB2 vs. RLIM (E). LDB2 (WT, T83N or P170L) and candidate interactors were tagged with Flag and HA, respectively. HEK293T cells were transfected with the Flag-construct and HA-construct indicated. After Flag-LDB2 was immunoprecipitated with a Flag antibody, the immunocomplexes were analyzed with western blotting with Flag and HA antibodies. The input samples (input) were also analyzed. Green and black arrowhead indicate positions for Flag-Ldb2 and HA-proteins, respectively."}
{"words": ["F", ".", "Coimmunoprecipitation", "of", "endogenous", "Ssbp3", "and", "Lmo3", "with", "Ldb2", ".", "Immunocomplexes", "from", "mouse", "brain", "lysate", "using", "an", "antibody", "against", "Ldb2", ",", "Lmo3", "or", "Ssbp3", ",", "or", "a", "control", "antibody", "were", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "an", "anti", "-", "Ldb2", "(", "left", ")", "or", "anti", "-", "Ssbp3", "(", "right", ")", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Coimmunoprecipitation of endogenous Ssbp3 and Lmo3 with Ldb2. Immunocomplexes from mouse brain lysate using an antibody against Ldb2, Lmo3 or Ssbp3, or a control antibody were analyzed by western blotting using an anti-Ldb2 (left) or anti-Ssbp3 (right) antibody."}
{"words": ["A", ".", "Human", "neurosphere", "(", "bottom", ")", "induced", "from", "iPS", "cells", "(", "top", ")", "from", "a", "healthy", "control", "subject", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Human neurosphere (bottom) induced from iPS cells (top) from a healthy control subject."}
{"words": ["C", ".", "Overlap", "of", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "of", "LDB2", "in", "neurosphere", "cells", "and", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "of", "EGR1", "in", "human", "cultured", "cell", "lines", "ECC1", "and", "K562", ",", "at"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Overlap of ChIP-seq peaks of LDB2 in neurosphere cells and ChIP-seq peaks of EGR1 in human cultured cell lines ECC1 and K562, at ARC"}
{"words": ["D", ".", "Genome", "-", "wide", "pattern", "of", "overlap", "between", "the", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "of", "LDB2", "in", "neurosphere", "cells", "and", "the", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "of", "EGR1", "in", "the", "ECC1", "cell", "line", ".", "Fold", "enrichment", "(", "log2", ")", "of", "ChIP", "-", "seq", "reads", "against", "the", "input", "reads", "were", "calculated", "for", "each", "ChIP", "-", "seq", "peak", "region", "(", "summit", "±", "1", ",", "000", "bp", ")", "in", "each", "category", "(", "neurosphere", "specific", ",", "common", ",", "and", "ECC1", "specific", ")", "and", "displayed", "in", "a", "heatmap", "by", "ngs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Genome-wide pattern of overlap between the ChIP-seq peaks of LDB2 in neurosphere cells and the ChIP-seq peaks of EGR1 in the ECC1 cell line. Fold enrichment (log2) of ChIP-seq reads against the input reads were calculated for each ChIP-seq peak region (summit ± 1,000 bp) in each category (neurosphere specific, common, and ECC1 specific) and displayed in a heatmap by ngs.plot"}
{"words": ["E", ".", "Annotation", "of", "ChIP", "-", "seq", "peaks", ".", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "of", "LDB2", "in", "the", "neurosphere", "cells", "(", "all", ",", "neurosphere", "specific", ",", "and", "common", "were", "analyzed", "by", "the", "PAVIS"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Annotation of ChIP-seq peaks. ChIP-seq peaks of LDB2 in the neurosphere cells (all, neurosphere specific, and common were analyzed by the PAVIS program"}
{"words": ["Representative", "false", "colour", "images", "of", "leaf", "surface", "temperature", "captured", "by", "a", "thermal", "camera", "from", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", ",", "stp1stp4", ",", "stp13", ",", "stp1stp13", "and", "stp4stp13", "plants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Representative false colour images of leaf surface temperature captured by a thermal camera from WT, stp1-1, stp4-1, stp1stp4, stp13, stp1stp13 and stp4stp13 plants."}
{"words": ["Normalized", "leaf", "surface", "temperature", "over", "the", "phenotyping", "period", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "10", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Normalized leaf surface temperature over the phenotyping period. Data shown are means ± SEM; n = 10 per genotype and time point."}
{"words": ["Whole", "-", "plant", "recordings", "of", "changes", "in", "stomatal", "conductance", "(", "gs", ")", "from", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", "and", "stp1stp4", "plants", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "3", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole-plant recordings of changes in stomatal conductance (gs) from WT, stp1-1, stp4-1 and stp1stp4 plants. Data shown are means ± SEM; n ≥ 3 per genotype."}
{"words": ["Whole", "-", "plant", "recordings", "of", "changes", "in", "stomatal", "conductance", "(", "gs", ")", "from", "self", "-", "grafted", "donor", "lines", "(", "WT", "/", "WT", ",", "stp1stp4", "/", "stp1stp4", ")", "and", "reciprocal", "grafting", "of", "shoot", "/", "root", "(", "WT", "/", "stp1stp4", ",", "stp1stp4", "/", "WT", ")", "plants", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole-plant recordings of changes in stomatal conductance (gs) from self-grafted donor lines (WT/WT, stp1stp4/stp1stp4) and reciprocal grafting of shoot/root (WT/stp1stp4, stp1stp4/WT) plants. Data shown are means ± SEM; n = 3 per genotype."}
{"words": ["Content", "of", "soluble", "sugars", "in", "guard", "cell", "-", "enriched", "epidermal", "peels", "of", "WT", "and", "stp1stp4", "plants", "at", "the", "end", "of", "the", "night", "(", "EoN", ")", "and", "after", "40", "min", "of", "illumination", "with", "white", "light", "at", "150", "µmol", "m", "-", "2", "s", "-", "1", "following", "the", "EoN", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "7", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Content of soluble sugars in guard cell-enriched epidermal peels of WT and stp1stp4 plants at the end of the night (EoN) and after 40 min of illumination with white light at 150 µmol m-2 s-1 following the EoN. Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n ≥ 7 per genotype and time point."}
{"words": ["Representative", "confocal", "laser", "microscopy", "images", "of", "propidium", "iodide", "-", "stained", "guard", "cell", "starch", "granules", "of", "intact", "leaves", "of", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", ",", "stp1stp4", ",", "suc1", "and", "suc3", "plants", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative confocal laser microscopy images of propidium iodide-stained guard cell starch granules of intact leaves of WT, stp1-1, stp4-1, stp1stp4, suc1 and suc3 plants. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["Starch", "dynamics", "in", "guard", "cells", "of", "intact", "leaves", "of", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", ",", "stp1stp4", ",", "suc1", "and", "suc3", "plants", "at", "the", "end", "of", "the", "night", "(", "EoN", ")", "and", "after", "one", "and", "three", "hours", "of", "illumination", "with", "150", "µmol", "m", "-", "2", "s", "-", "1", "of", "white", "light", ".", "Data", "for", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "120", "individual", "guard", "cells", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Starch dynamics in guard cells of intact leaves of WT, stp1-1, stp4-1, stp1stp4, suc1 and suc3 plants at the end of the night (EoN) and after one and three hours of illumination with 150 µmol m-2 s-1 of white light. Data for three independent experiments are shown; means ± SEM; n = 120 individual guard cells per genotype and time point."}
{"words": ["Representative", "false", "colour", "images", "of", "photosystem", "II", "(", "PSII", ")", "operating", "efficiency", "(", "ΦPSII", ")", "captured", "by", "chlorophyll", "fluorescence", "imaging", "from", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", "and", "stp1stp4", "plants", ".", "ΦPSII", "was", "measured", "at", "a", "photosynthetically", "active", "radiation", "(", "PAR", ")", "of", "440", "µmol", "m", "-", "2", "s", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative false colour images of photosystem II (PSII) operating efficiency (ΦPSII) captured by chlorophyll fluorescence imaging from WT, stp1-1, stp4-1 and stp1stp4 plants. ΦPSII was measured at a photosynthetically active radiation (PAR) of 440 µmol m-2 s-1."}
{"words": ["ΦPSII", "quantified", "over", "the", "phenotyping", "period", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "10", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "   ΦPSII quantified over the phenotyping period. Data shown are means ± SEM; n = 10 per genotype and time point.   "}
{"words": ["Whole", "-", "plant", "recordings", "of", "changes", "in", "CO2", "assimilation", "(", "A", ")", "from", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", "and", "stp1stp4", "plants", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "3", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole-plant recordings of changes in CO2 assimilation (A) from WT, stp1-1, stp4-1 and stp1stp4 plants. Data shown are means ± SEM; n ≥ 3 per genotype."}
{"words": ["Whole", "-", "plant", "recordings", "of", "changes", "in", "CO2", "assimilation", "(", "A", ")", "from", "self", "-", "grafted", "donor", "lines", "(", "WT", "/", "WT", ",", "stp1stp4", "/", "stp1stp4", ")", "and", "reciprocal", "grafting", "of", "shoot", "/", "root", "(", "WT", "/", "stp1stp4", ",", "stp1stp4", "/", "WT", ")", "plants", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole-plant recordings of changes in CO2 assimilation (A) from self-grafted donor lines (WT/WT, stp1stp4/stp1stp4) and reciprocal grafting of shoot/root (WT/stp1stp4, stp1stp4/WT) plants. Data shown are means ± SEM; n = 3 per genotype."}
{"words": ["Quantification", "of", "leaf", "glucose", "(", "Glc", ")", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "8", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Quantification", "of", "leaf", "fructose", "(", "Fru", ")", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "8", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Quantification", "of", "leaf", "sucrose", "(", "Suc", ")", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "8", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of leaf glucose (Glc). Data shown are means ± SEM; n = 8 per genotype and time point.   Quantification of leaf fructose (Fru). Data shown are means ± SEM; n = 8 per genotype and time point.   Quantification of leaf sucrose (Suc). Data shown are means ± SEM; n = 8 per genotype and time point.   "}
{"words": ["Quantification", "of", "leaf", "starch", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "8", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of leaf starch. Data shown are means ± SEM; n = 8 per genotype and time point."}
{"words": ["Representative", "Red", "Green", "Blue", "(", "RGB", ")", "images", "of", "3", "-", "(", "day", "0", ")", "and", "4", "-", "week", "-", "old", "(", "day", "7", ")", "WT", ",", "stp1", "-", "1", ",", "stp4", "-", "1", "and", "stp1stp4", "plants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Representative Red Green Blue (RGB) images of 3-(day 0) and 4-week-old (day 7) WT, stp1-1, stp4-1 and stp1stp4 plants."}
{"words": ["Projected", "rosette", "area", "over", "the", "phenotyping", "period", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "10", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Projected rosette area over the phenotyping period. Data shown are means ± SEM; n = 10 per genotype and time point."}
{"words": ["Photosynthetic", "CO2", "assimilation", "(", "A", ")", "in", "dark", "-", "adapted", "WT", "and", "stp1stp4", "plants", "in", "response", "to", "a", "step", "increase", "in", "CO2", "concentrations", "from", "0", "to", "1000", "ppm", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Photosynthetic CO2 assimilation (A) in dark-adapted WT and stp1stp4 plants in response to a step increase in CO2 concentrations from 0 to 1000 ppm. Data shown are means ± SEM; n=3 per genotype."}
{"words": ["Quantification", "of", "leaf", "glucose", "(", "Glc", ")", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "17", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of leaf glucose (Glc). Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n ≥ 17 per genotype and time point."}
{"words": ["Quantification", "of", "leaf", "fructose", "(", "Fru", ")", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "17", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Quantification", "of", "leaf", "sucrose", "(", "Suc", ")", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "17", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Quantification", "of", "leaf", "starch", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "17", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of leaf fructose (Fru). Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n ≥ 17 per genotype and time point.   Quantification of leaf sucrose (Suc). Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n ≥ 17 per genotype and time point.   Quantification of leaf starch. Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n ≥ 17 per genotype and time point.   "}
{"words": ["Representative", "Red", "Green", "Blue", "(", "RGB", ")", "images", "of", "3", "-", "(", "day", "0", ")", "and", "4", "-", "week", "-", "old", "(", "day", "6", ")", "WT", "and", "stp1stp4", "plants", "grown", "under", "600", "ppm", "CO2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Representative Red Green Blue (RGB) images of 3-(day 0) and 4-week-old (day 6) WT and stp1stp4 plants grown under 600 ppm CO2."}
{"words": ["Projected", "rosette", "area", "over", "the", "phenotyping", "period", ".", "Data", "shown", "are", "from", "two", "independent", "experiments", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "24", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Projected rosette area over the phenotyping period. Data shown are from two independent experiments; means ± SEM; n ≥ 24 per genotype and time point."}
{"words": ["Representative", "confocal", "laser", "microscopy", "images", "of", "propidium", "iodide", "-", "stained", "guard", "cell", "starch", "granules", "of", "intact", "leaves", "of", "WT", "and", "stp1stp4", "plants", "grown", "under", "600", "ppm", "CO2", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative confocal laser microscopy images of propidium iodide-stained guard cell starch granules of intact leaves of WT and stp1stp4 plants grown under 600 ppm CO2. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["Starch", "dynamics", "in", "guard", "cells", "of", "intact", "leaves", "of", "WT", "and", "stp1stp4", "plants", "grown", "under", "600", "ppm", "CO2", "at", "the", "end", "of", "the", "night", "(", "EoN", ")", "and", "after", "one", "and", "three", "hours", "of", "illumination", "with", "150", "µmol", "m", "-", "2", "s", "-", "1", "of", "white", "light", ".", "Data", "for", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "80", "individual", "guard", "cells", "per", "genotype", "and", "time", "point", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Starch dynamics in guard cells of intact leaves of WT and stp1stp4 plants grown under 600 ppm CO2 at the end of the night (EoN) and after one and three hours of illumination with 150 µmol m-2 s-1 of white light. Data for two independent experiments are shown; means ± SEM; n = 80 individual guard cells per genotype and time point."}
{"words": ["A", ",", "Western", "blots", "in", "HCT116", "cells", "treated", "for", "24", "hrs", "with", "increasing", "concentrations", "of", "MPA", ",", "or", "5", "nM", "Actinomycin", "D", "(", "ActD", ")", ".", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Western blots in HCT116 cells treated for 24 hrs with increasing concentrations of MPA, or 5 nM Actinomycin D (ActD). GAPDH served as a loading control."}
{"words": ["B", ",", "HCT116", "cells", "were", "treated", "for", "24", "hrs", "with", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", ",", "1", "µM", "MPA", ",", "10", "µM", "MPA", ",", "or", "the", "combination", "of", "10", "µM", "MPA", "with", "400", "µM", "guanosine", ".", "Guanylate", "nucleotides", "levels", "were", "measured", "by", "LC", "-", "MS", ",", "and", "normalized", "to", "protein", "content", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", "carried", "out", "in", "triplicate", ".", "Data", "information", "data", "are", "presented", "as", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, HCT116 cells were treated for 24 hrs with vehicle alone (-), 1 µM MPA, 10 µM MPA, or the combination of 10 µM MPA with 400 µM guanosine. Guanylate nucleotides levels were measured by LC-MS, and normalized to protein content. Mean ± SEM is representative of 3 independent experiments carried out in triplicate. Data information data are presented as relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001 by two tail T-Student's test."}
{"words": ["Parental", "HCT116", "cells", "expressing", "a", "stable", "tetracycline", "-", "inducible", "shRNA", "against", "IMPDH2", "(", "IM2iKD", ")", "and", "either", "a", "stable", "inducible", "non", "-", "targeting", "(", "NT", ")", "shRNA", "(", "IM2iKD", "-", "shNT", ")", "or", "an", "shRNA", "targeting", "IMPDH1", "(", "IM2iKD", "-", "shIM1", ")", ",", "were", "grown", "for", "7", "days", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "doxycycline", "(", "2", "µg", "/", "mL", ")", "(", "-", "dox", "or", "+", "dox", ",", "respectively", ")", ".", "mRNAs", "of", "IMPDH1", "and", "IMPDH2", "were", "quantified", "by", "real", "-", "time", "qPCR", "in", "2", "independent", "experiments", "carried", "out", "in", "triplicate", "and", "normalized", "to", "β", "-", "actin", "mRNA", "(", "C", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Parental HCT116 cells expressing a stable tetracycline-inducible shRNA against IMPDH2 (IM2iKD) and either a stable inducible non-targeting (NT) shRNA (IM2iKD-shNT) or an shRNA targeting IMPDH1 (IM2iKD - shIM1), were grown for 7 days in the absence or presence of doxycycline (2 µg/mL) (- dox or + dox, respectively). mRNAs of IMPDH1 and IMPDH2 were quantified by real-time qPCR in 2 independent experiments carried out in triplicate and normalized to β-actin mRNA (C). Data information: data are presented as relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001 by two tail T-Student's test."}
{"words": ["Parental", "HCT116", "cells", "expressing", "a", "stable", "tetracycline", "-", "inducible", "shRNA", "against", "IMPDH2", "(", "IM2iKD", ")", "and", "either", "a", "stable", "inducible", "non", "-", "targeting", "(", "NT", ")", "shRNA", "(", "IM2iKD", "-", "shNT", ")", "or", "an", "shRNA", "targeting", "IMPDH1", "(", "IM2iKD", "-", "shIM1", ")", ",", "were", "grown", "for", "7", "days", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "doxycycline", "(", "2", "µg", "/", "mL", ")", "(", "-", "dox", "or", "+", "dox", ",", "respectively", ")", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "band", "intensity", "of", "p53", "and", "p21", "is", "shown", ".", "Mean", "±", "SD", "is", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", ".", "(", "right", "panel", ")", "(", "D", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Parental HCT116 cells expressing a stable tetracycline-inducible shRNA against IMPDH2 (IM2iKD) and either a stable inducible non-targeting (NT) shRNA (IM2iKD-shNT) or an shRNA targeting IMPDH1 (IM2iKD - shIM1), were grown for 7 days in the absence or presence of doxycycline (2 µg/mL) (- dox or + dox, respectively). Whole cell extracts were analyzed on Western blots with the indicated antibodies. GAPDH was used as a loading control. Quantification of band intensity of p53 and p21 is shown. Mean ± SD is representative of four independent experiments. (right panel) (D). Data information: data are presented as relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001 by two tail T-Student's test."}
{"words": ["E", ",", "Western", "blots", "in", "HCT116", "cells", "treated", "for", "24", "hrs", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "MPA", ",", "in", "presence", "of", "dimethyl", "sulfoxide", "(", "DMSO", ")", "or", "400", "µM", "guanosine", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Western blots in HCT116 cells treated for 24 hrs with the indicated concentration of MPA, in presence of dimethyl sulfoxide (DMSO) or 400 µM guanosine. GAPDH was used as a loading control."}
{"words": ["A", ",", "HCT116", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "a", "NT", "or", "a", "siRNA", "against", "RPL11", "for", "24", "hrs", "and", "treated", "with", "the", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", "or", "the", "indicated", "concentration", "of", "MPA", "for", "24", "hrs", ".", "The", "levels", "of", "p53", "and", "p21", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "band", "intensity", "of", "p53", "and", "p21", "of", "four", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "right", "panel", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "presented", "as", "Mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, HCT116 cells were transfected with either a NT or a siRNA against RPL11 for 24 hrs and treated with the vehicle alone (-) or the indicated concentration of MPA for 24 hrs. The levels of p53 and p21 were analyzed on Western blots. GAPDH was used as a loading control. Quantification of band intensity of p53 and p21 of four independent experiments is shown (right panel). Data information: All data are presented as Mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["B", ",", "HCT116", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNA", "and", "24", "hrs", "later", "treated", "with", "the", "vehicle", "alone", "or", "10", "µM", "MPA", "for", "6", "hrs", "and", "the", "levels", "of", "p53", "and", "p21", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "band", "intensity", "of", "p53", "of", "at", "least", "four", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "right", "panel", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "presented", "as", "Mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, HCT116 cells were transfected with the indicated siRNA and 24 hrs later treated with the vehicle alone or 10 µM MPA for 6 hrs and the levels of p53 and p21 were analyzed on Western blots. GAPDH was used as a loading control. Quantification of band intensity of p53 of at least four independent experiments is shown (right panel). Data information: All data are presented as Mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["C", ",", "HCT116", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "a", "NT", "siRNA", "or", "a", "siRNA", "against", "RPL11", "for", "24", "hrs", "and", "were", "pretreated", "for", "30", "mins", "in", "the", "absence", "(", "-", ")", "or", "the", "presence", "(", "+", ")", "of", "the", "combination", "of", "10", "µM", "of", "the", "ATR", "inhibitor", "VE", "-", "821", "(", "ATRi", ")", "and", "10", "µM", "the", "ATM", "inhibitor", "KU", "-", "55933", "(", "ATMi", ")", ",", "followed", "by", "addition", "of", "the", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", "or", "MPA", "10", "µM", "for", "additional", "24", "hrs", ".", "The", "levels", "of", "p53", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "band", "intensity", "of", "p53", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "right", "panel", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "presented", "as", "Mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, HCT116 cells were transfected with either a NT siRNA or a siRNA against RPL11 for 24 hrs and were pretreated for 30 mins in the absence (-) or the presence (+) of the combination of 10 µM of the ATR inhibitor VE-821 (ATRi) and 10 µM the ATM inhibitor KU-55933 (ATMi), followed by addition of the vehicle alone (-) or MPA 10 µM for additional 24 hrs. The levels of p53 were analyzed on Western blots. GAPDH was used as a loading control. Quantification of band intensity of p53 of at least two independent experiments is shown (right panel). Data information: All data are presented as Mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["A", ",", "HCT116", "cells", "were", "treated", "with", "either", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", ",", "1", "µM", "MPA", ",", "10", "µM", "MPA", "or", "5", "nM", "ActD", "for", "24", "hrs", "and", "mRNA", "levels", "of", "p21", "were", "quantified", "by", "real", "-", "time", "qPCR", "in", "2", "independent", "experiments", "carried", "out", "in", "triplicate", "and", "normalized", "to", "28S", "rRNA", ".", "Data", "information", ":", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, HCT116 cells were treated with either vehicle alone (-), 1 µM MPA, 10 µM MPA or 5 nM ActD for 24 hrs and mRNA levels of p21 were quantified by real-time qPCR in 2 independent experiments carried out in triplicate and normalized to 28S rRNA. Data information: , data are presented as mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["B", ",", "Autoradiogram", "(", "upper", "panel", ")", "and", "Ethidium", "Bromide", "(", "EtBr", ")", "-", "stained", "agarose", "gel", "(", "lower", "panel", ")", "of", "18S", "and", "28S", "rRNA", "from", "HCT116", "cells", "treated", "as", "indicated", "in", "the", "Methods", "section", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Autoradiogram (upper panel) and Ethidium Bromide (EtBr)-stained agarose gel (lower panel) of 18S and 28S rRNA from HCT116 cells treated as indicated in the Methods section."}
{"words": ["C", ",", "Autoradiogram", "(", "upper", "panel", ")", "and", "EtBr", "-", "stained", "TBE", "-", "urea", "polyacrylamide", "gel", "(", "lower", "panel", ")", "of", "5S", ",", "5", ".", "8S", "rRNA", "and", "tRNAs", "in"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0], "text": "C, Autoradiogram (upper panel) and EtBr-stained TBE-urea polyacrylamide gel (lower panel) of 5S, 5.8S rRNA and tRNAs in lysates"}
{"words": ["HCT116", "cells", "were", "treated", "for", "24", "hrs", ".", "Cell", "lysates", "were", "collected", ",", "subjected", "to", "ultracentrifugation", ",", "spiked", "with", "firefly", "luciferase", "mRNA", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HDM2", "rabbit", "antibody", "(", "IP", "HDM2", ")", "or", "the", "IgG", "control", "(", "IgG", ")", ".", "D", ",", "Levels", "of", "HDM2", ",", "RPL5", ",", "RPL11", ",", "and", "the", "IP", "negative", "control", "mTOR", "in", "the", "whole", "cell", "extract", "(", "WCE", ")", ",", "the", "post", "-", "ribosomal", "lysates", "(", "INPUT", ",", "left", "panel", ")", "and", "in", "the", "HDM2", "immunoprecipitated", "fraction", "(", "right", "panel", ")", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "Quantification", "of", "band", "intensity", "of", "HDM2", ",", "RPL5", "and", "RPL11", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "lower", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HCT116 cells were treated for 24 hrs. Cell lysates were collected, subjected to ultracentrifugation, spiked with firefly luciferase mRNA and immunoprecipitated with anti-HDM2 rabbit antibody (IP HDM2) or the IgG control (IgG). D, Levels of HDM2, RPL5, RPL11, and the IP negative control mTOR in the whole cell extract (WCE), the post-ribosomal lysates (INPUT, left panel) and in the HDM2 immunoprecipitated fraction (right panel) were analyzed on Western blots. The results are representative of two independent experiments. Quantification of band intensity of HDM2, RPL5 and RPL11 of at least two independent experiments is shown (lower right panel)."}
{"words": ["HCT116", "cells", "were", "treated", "for", "24", "hrs", ".", "Cell", "lysates", "were", "collected", ",", "subjected", "to", "ultracentrifugation", ",", "spiked", "with", "firefly", "luciferase", "mRNA", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HDM2", "rabbit", "antibody", "(", "IP", "HDM2", ")", "or", "the", "IgG", "control", "(", "IgG", ")", ".", "E", ",", "the", "Levels", "of", "immunoprecipitated", "5S", "rRNA", "were", "determined", "by", "real", "time", "qPCR", "and", "normalized", "to", "the", "firefly", "luciferase", "mRNA", ".", "Data", "are", "normalized", "and", "presented", "as", "relative", "to", "untreated", "cells", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HDM2", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "carried", "out", "in", "triplicates", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HCT116 cells were treated for 24 hrs. Cell lysates were collected, subjected to ultracentrifugation, spiked with firefly luciferase mRNA and immunoprecipitated with anti-HDM2 rabbit antibody (IP HDM2) or the IgG control (IgG). E, the Levels of immunoprecipitated 5S rRNA were determined by real time qPCR and normalized to the firefly luciferase mRNA. Data are normalized and presented as relative to untreated cells immunoprecipitated with anti-HDM2. The results are representative of three independent experiments carried out in triplicates. Data information: data are presented as mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["F", ",", "HCT116", "cells", "were", "pretreated", "with", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", ",", "1", "µM", ",", "or", "10", "µM", "MPA", "for", "24", "hrs", ",", "and", "the", "levels", "of", "p53", "and", "p21", "were", "followed", "on", "Western", "blots", "in", "presence", "of", "100", "µg", "/", "mL", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "time", ",", "in", "the", "continued", "presence", "of", "the", "treatment", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "band", "intensities", "is", "shown", "in", "the", "lower", "panels", "as", "relative", "to", "time", "0", "of", "CHX", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "F, HCT116 cells were pretreated with vehicle alone (-), 1 µM, or 10 µM MPA for 24 hrs, and the levels of p53 and p21 were followed on Western blots in presence of 100 µg/mL cycloheximide (CHX) for the indicated time, in the continued presence of the treatment. GAPDH was used as a loading control. Quantification of band intensities is shown in the lower panels as relative to time 0 of CHX treatment."}
{"words": ["G", ",", "HCT116", "cells", "were", "pretreated", "as", "in", "(", "F", ")", "and", "10", "µM", "of", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "was", "added", "for", "4", "hrs", "when", "indicated", ".", "The", "levels", "of", "p53", "and", "p21", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "p21", "band", "intensity", "of", "at", "least", "four", "independent", "experiments", "is", "shown", "in", "the", "lower", "panel", ".", "Data", "information", ":", "In", "panels", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "relative", "to", "control", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "tail", "T", "-", "Student", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, HCT116 cells were pretreated as in (F) and 10 µM of the proteasome inhibitor MG132 was added for 4 hrs when indicated. The levels of p53 and p21 were analyzed on Western blots. GAPDH was used as a loading control. Quantification of p21 band intensity of at least four independent experiments is shown in the lower panel. Data information: In panels data are presented as mean ± SD, relative to control. *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, by two tail T-Student's test."}
{"words": ["A", ",", "HCT116", "were", "treated", "as", "indicated", "for", "24", "hrs", ",", "subjected", "to", "propidium", "iodide", "staining", "and", "analyzed", "by", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "(", "FACS", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, HCT116 were treated as indicated for 24 hrs, subjected to propidium iodide staining and analyzed by fluorescence-activated cell sorting (FACS). Data are representative of at least three independent experiments."}
{"words": ["B", ",", "Colon", "adenocarcinoma", "cell", "lines", "HCT116", "(", "circles", ")", ",", "LoVo", "(", "squares", ")", ",", "LS174", "(", "triangles", ")", ",", "or", "RKO", "(", "inversed", "triangles", ")", "were", "treated", "with", "the", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", ",", "1", "µM", "MPA", "or", "10", "µM", "MPA", "for", "24", "hrs", "and", "subjected", "to", "propidium", "iodide", "staining", "and", "FACS", "analysis", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "fold", "induction", "of", "the", "cell", "number", "in", "G0", "/", "G1", "phases", "(", "blue", ")", ",", "S", "phase", "(", "red", ")", ",", "and", "G2", "/", "M", "phases", "upon", "treatment", "with", "1", "µM", "MPA", "(", "dark", ")", "or", "10", "µM", "MPA", "(", "clear", ")", "over", "vehicle", "treated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Colon adenocarcinoma cell lines HCT116 (circles), LoVo (squares), LS174 (triangles), or RKO (inversed triangles) were treated with the vehicle alone (-), 1 µM MPA or 10 µM MPA for 24 hrs and subjected to propidium iodide staining and FACS analysis. Data are shown as the fold induction of the cell number in G0/G1 phases (blue), S phase (red), and G2/M phases upon treatment with 1 µM MPA (dark) or 10 µM MPA (clear) over vehicle treated cells."}
{"words": ["C", ",", "IdU", "track", "length", "distribution", ",", "and", "distribution", "of", "long", "fork", "/", "short", "fork", "IdU", "track", "length", "ratios", "(", "insert", ")", ".", "IdU", "track", "length", "of", "at", "least", "300", "fibers", "was", "measured", "for", "each", "condition", ".", "For", "fork", "symmetry", "analyses", ",", "IdU", "track", "length", "was", "measure", "in", "at", "least", "38", "bidirectional", "forks", "(", "see", "methods", ")", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "of", "the", "means", ".", "D", ",", "Representative", "images", "from", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, IdU track length distribution, and distribution of long fork / short fork IdU track length ratios (insert). IdU track length of at least 300 fibers was measured for each condition. For fork symmetry analyses, IdU track length was measure in at least 38 bidirectional forks (see methods). ***p<0.001, ****p<0.0001 by Kruskal-Wallis test of the means. D, Representative images from (C). "}
{"words": ["E", ",", "HCT116", "cells", ",", "pre", "-", "incubated", "with", "10", "µM", "BrdU", "for", "48", "hrs", "were", "treated", "with", "Vehicle", "(", "-", ")", ",", "10µM", "MPA", "for", "6", "or", "24", "hrs", ",", "or", "20", "µM", "Hydroxyurea", "for", "4", "hrs", "before", "cell", "permeabilization", "and", "fixation", "(", "see", "Method", ")", ".", "Cells", "were", "immunostained", "for", "native", "BrDU", "(", "green", ")", ",", "or", "RPA", "(", "red", ")", ".", "DNA", "was", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "One", "representative", "z", "-", "confocal", "stack", "is", "shown", "per", "condition", ".", "Scale", "bars", "correspond", "to", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, HCT116 cells, pre-incubated with 10 µM BrdU for 48 hrs were treated with Vehicle (-), 10µM MPA for 6 or 24 hrs, or 20 µM Hydroxyurea for 4 hrs before cell permeabilization and fixation (see Method). Cells were immunostained for native BrDU (green), or RPA (red). DNA was counterstained with DAPI (blue). One representative z-confocal stack is shown per condition. Scale bars correspond to 5 μm."}
{"words": ["F", ",", "HCT116", "cells", "treated", "with", "10", "µM", "MPA", "for", "increasing", "time", "were", "analyzed", "by", "Western", "blots", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "α", "-", "tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, HCT116 cells treated with 10 µM MPA for increasing time were analyzed by Western blots for the indicated proteins. α-tubulin was used as a loading control."}
{"words": ["A", ",", "HCT116", "cells", "were", "treated", "with", "either", "the", "vehicle", "alone", "(", "-", ")", ",", "1", "µM", "MPA", "or", "10", "µM", "MPA", "for", "24", "hrs", ",", "before", "p21", "immuno", "-", "labeling", ",", "propidium", "iodide", "staining", "and", "FACS", "analysis", ".", "Cell", "cycle", "profiles", "of", "the", "total", "cell", "population", "(", "upper", "panel", ",", "left", ")", ",", "the", "total", "intensity", "of", "p21", "and", "propidium", "iodide", "were", "determined", "in", "20", ",", "000", "cells", "and", "plotted", "in", "a", "scatter", "diagram", "(", "lower", "panel", ",", "left", ")", ".", "The", "specific", "cell", "cycle", "profiles", "are", "shown", "of", "p21high", "(", "upper", "panel", ",", "right", ")", "and", "p21low", "(", "lower", "panel", ",", "right", ")", "cell", "populations", ".", "Mean", "±", "SD", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "in", "each", "cell", "cycle", "phase", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "is", "shown", "in", "the", "right", "panels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, HCT116 cells were treated with either the vehicle alone (-), 1 µM MPA or 10 µM MPA for 24 hrs, before p21 immuno-labeling, propidium iodide staining and FACS analysis. Cell cycle profiles of the total cell population (upper panel, left), the total intensity of p21 and propidium iodide were determined in 20,000 cells and plotted in a scatter diagram (lower panel, left). The specific cell cycle profiles are shown of p21high (upper panel, right) and p21low (lower panel, right) cell populations. Mean ± SD of the percentage of cells in each cell cycle phase of at least two independent experiments is shown in the right panels."}
{"words": ["B", ",", "HCT116", "p21", "-", "/", "-", "isogenic", "cell", "lines", "were", "transfected", "for", "24", "hrs", "with", "an", "empty", "plasmid", "(", "EV", ")", "or", "a", "plasmid", "encoding", "a", "p21wt", "cDNA", "(", "p21", "-", "OE", ")", ",", "then", "cells", "were", "serum", "-", "deprived", "for", "16", "hrs", "before", "the", "re", "-", "addition", "of", "serum", "for", "additional", "24", "hrs", "in", "absence", "or", "presence", "of", "10", "µM", "MPA", ".", "Cells", "were", "subjected", "to", "p21", "immunolabeling", ",", "propidium", "iodide", "staining", "and", "FACS", "analysis", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, HCT116 p21-/- isogenic cell lines were transfected for 24 hrs with an empty plasmid (EV) or a plasmid encoding a p21wt cDNA (p21-OE), then cells were serum-deprived for 16 hrs before the re-addition of serum for additional 24 hrs in absence or presence of 10 µM MPA. Cells were subjected to p21 immunolabeling, propidium iodide staining and FACS analysis. The results are representative of two independent experiments."}
{"words": ["A", ",", "HCT116", "cells", "were", "transfected", "for", "8", "hrs", "with", "the", "indicated", "siRNA", "then", "treated", "and", "analyzed", "as", "in", "(", "Fig", "5B", ")", ".", "Here", "are", "shown", "the", "cell", "cycle", "profiles", "after", "16", "hrs", "of", "serum", "deprivation", "(", "top", "panels", ")", ",", "or", "after", "an", "additional", "24", "hrs", "of", "serum", "re", "-", "addition", "in", "absence", "(", "middle", "panels", ")", ",", "or", "presence", "of", "10", "µM", "MPA", "(", "bottom", "panels", ")", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, HCT116 cells were transfected for 8 hrs with the indicated siRNA then treated and analyzed as in (Fig 5B). Here are shown the cell cycle profiles after 16 hrs of serum deprivation (top panels), or after an additional 24 hrs of serum re-addition in absence (middle panels), or presence of 10 µM MPA (bottom panels). The results are representative of at least three independent experiments."}
{"words": ["B", ",", "HCT116", "cells", "transfected", "with", "a", "NT", "siRNA", "or", "a", "siRNA", "against", "RPL11", "for", "24", "hrs", "were", "treated", "with", "10", "µM", "MPA", "for", "additional", "72", "hrs", ".", "The", "levels", "of", "γ", "-", "H2AX", "were", "analyzed", "on", "Western", "blots", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, HCT116 cells transfected with a NT siRNA or a siRNA against RPL11 for 24 hrs were treated with 10 µM MPA for additional 72 hrs. The levels of γ-H2AX were analyzed on Western blots. GAPDH was used as a loading control."}
{"words": ["Statistical", "analysis", "of", "the", "immunostaining", "of", "γ", "-", "H2AX", "(", "C", ")", "in", "HCT116", "cells", "treated", "Total", "nuclear", "intensities", "were", "obtained", "on", ">", "6000", "(", "γ", "-", "H2AX", ")", "individual", "cells", "for", "each", "condition", "from", "four", "or", "two", "independent", "biological", "replicates", ",", "respectively", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "A", ".", "U", ".", "Arbitrary", "Units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Statistical analysis of the immunostaining of γ-H2AX (C) in HCT116 cells treated Total nuclear intensities were obtained on >6000 (γ-H2AX) individual cells for each condition from four or two independent biological replicates, respectively. **p<0.01, ****p<0.0001 by Kruskal-Wallis test. A.U. Arbitrary Units."}
{"words": ["Statistical", "analysis", "of", "the", "immunostaining", "of", "53BP1", "(", "D", ")", "in", "HCT116", "cells", "treated", "Total", "nuclear", "intensities", "were", "obtained", "on", ">", "1000", "(", "53BP1", ")", "individual", "cells", "for", "each", "condition", "from", "four", "or", "two", "independent", "biological", "replicates", ",", "respectively", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "A", ".", "U", ".", "Arbitrary", "Units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Statistical analysis of the immunostaining of 53BP1 (D) in HCT116 cells treated Total nuclear intensities were obtained on > 1000 (53BP1) individual cells for each condition from four or two independent biological replicates, respectively. **p<0.01, ****p<0.0001 by Kruskal-Wallis test. A.U. Arbitrary Units."}
{"words": ["E", ",", "Representative", "images", "cells", "labeled", "with", "γ", "-", "H2AX", "(", "green", ")", ",", "53BP1", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", "correspond", "to", "10"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Representative images cells labeled with γ-H2AX (green), 53BP1 (red) and DAPI (blue). Scale bars correspond to 10 μm"}
{"words": ["F", ",", "HCT116", "cells", "treated", "were", "analyzed", "by", "the", "comet", "assay", ".", "The", "percentage", "of", "tail", "DNA", "/", "total", "DNA", "was", "analyzed", "in", "a", "total", "of", "300", "cells", "for", "each", "condition", "from", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "by", "Kruskal", "-", "Wallis"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, HCT116 cells treated were analyzed by the comet assay. The percentage of tail DNA/total DNA was analyzed in a total of 300 cells for each condition from three independent biological replicates. ****p<0.0001 by Kruskal-Wallis test"}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "THP", "-", "1", "cells", "infected", "with", "(", "A", ")", "HSV", "-", "1", "at", "MOI", "5", "for", "3", "h", ",", "6", "h", ",", "12", "h", ",", "18", "h", ",", "and", "24", "h", "(", "B", ")", "CHIKV", "at", "MOI", "5", "for", "3", "h", ",", "6", "h", ",", "12", "h", ",", "18", "h", ",", "and", "24", "h", "(", "C", ")", "JEV", "at", "MOI", "5", "for", "3", "h", ",", "6", "h", ",", "12", "h", ",", "and", "24", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Western blot analysis of THP-1 cells infected with (A) HSV-1 at MOI 5 for 3 h, 6 h, 12 h, 18 h, and 24 h (B) CHIKV at MOI 5 for 3 h, 6 h, 12 h, 18 h, and 24 h (C) JEV at MOI 5 for 3 h, 6 h, 12 h, and 24 h."}
{"words": ["(", "I", "-", "L", ")", "Control", "and", "IRGM", "knockdown", "THP", "-", "1", "IFN", "reporter", "cells", "were", "treated", "with", "(", "I", ")", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "for", "8", "h", ",", "12", "h", "and", "24", "h", "or", "(", "J", ")", "Poly", "dA", ":", "dT", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "for", "12", "h", "and", "24", "h", "or", "(", "K", ")", "IFN", "-", "β", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "8", "h", "and", "12", "h", "or", "(", "L", ")", "cGAMP", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "for", "12", "h", "and", "24", "h", "and", "the", "supernatant", "was", "subjected", "to", "luciferase", "reporter", "assay", "using", "QuantiLuc"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-L) Control and IRGM knockdown THP-1 IFN reporter cells were treated with (I) Poly I:C (1 μg/ml) for 8 h, 12 h and 24 h or (J) Poly dA:dT (1 μg/ml) for 12 h and 24 h or (K) IFN-β (500 ng/ml) for 8 h and 12 h or (L) cGAMP (1 μg/ml) for 12 h and 24 h and the supernatant was subjected to luciferase reporter assay using QuantiLuc reagent"}
{"words": ["(", "M", "-", "P", ")", "Control", "and", "IRGM", "knockdown", "THP", "-", "1", "cells", "were", "untreated", "and", "treated", "with", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "for", "8", "h", "and", "the", "total", "RNA", "was", "subjected", "to", "qRT", "PCR", "with", "primers", "of", "(", "M", ")", "MX2", "(", "N", ")", "ISG15", "(", "O", ")", "OAS1", "and", "(", "P", ")", "IFN", "-", "β", ".", "(", "Q", "-", "T", ")", "Control", "and", "IRGM", "knockdown", "THP", "-", "1", "cells", "were", "untreated", "and", "treated", "with", "Poly", "dA", ":", "dT", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "for", "8", "h", "and", "the", "total", "RNA", "was", "subjected", "to", "qRT", "PCR", "with", "primers", "of", "(", "Q", ")", "MX2", "(", "R", ")", "ISG15", "(", "S", ")", "OAS1", "and", "(", "T", ")", "IFN", "-", "β", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(M-P) Control and IRGM knockdown THP-1 cells were untreated and treated with Poly I:C (1 μg/ml) for 8 h and the total RNA was subjected to qRT PCR with primers of (M) MX2 (N) ISG15 (O) OAS1 and (P) IFN-β. (Q-T) Control and IRGM knockdown THP-1 cells were untreated and treated with Poly dA:dT (1 μg/ml) for 8 h and the total RNA was subjected to qRT PCR with primers of (Q) MX2 (R) ISG15 (S) OAS1 and (T) IFN-β."}
{"words": ["(", "D", ")", "RNA", "was", "isolated", "from", "irgm1", "+", "/", "+", "and", "irgm1", "-", "/", "-", "BMDMs", "and", "subjected", "to", "qRT", "-", "PCR", "with", "indicated", "viral", "restriction", "factor"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) RNA was isolated from irgm1+/+ and irgm1-/- BMDMs and subjected to qRT-PCR with indicated viral restriction factor genes"}
{"words": ["(", "H", "-", "J", ")", "RNA", "isolated", "from", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "HT", "-", "29", "cells", "and", "subjected", "to", "qRT", "-", "PCR", "with", "indicated", "genes", "of", "(", "H", ")", "Immunoproteasome", "complex", "(", "I", ")", "TAP", "complex", "(", "J", ")", "human", "leukocyte", "antigen", "(", "HLA", ")", "system", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-J) RNA isolated from control and IRGM knockdown HT-29 cells and subjected to qRT-PCR with indicated genes of (H) Immunoproteasome complex (I) TAP complex (J) human leukocyte antigen (HLA) system."}
{"words": ["(", "L", ",", "M", ")", "Antigen", "processing", "assay", "shown", "by", "representative", "confocal", "images", "of", "control", "and", "IRGM", "siRNA", "transfected", "THP", "-", "1", "cells", "treated", "with", "DQ", "-", "OVA", "(", "green", ")", "(", "10", "µg", "/", "ml", ",", "30", "min", ")", ".", "Scale", "Bar", ",", "10", "µm", ".", "(", "M", ")", "Graph", "depicts", "percentage", "of", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "THP", "-", "1", "cells", "with", "DQ", "-", "OVA", "puncta", "'"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "(L, M) Antigen processing assay shown by representative confocal images of control and IRGM siRNA transfected THP-1 cells treated with DQ-OVA (green) (10 µg/ml, 30 min). Scale Bar, 10 µm. (M) Graph depicts percentage of control and IRGM knockdown THP-1 cells with DQ-OVA puncta's"}
{"words": ["(", "P", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "H", "-", "2Kb", "-", "SIINFEKL", "(", "red", ")", "on", "the", "surface", "of", "Irgm1", "+", "/", "+", "and", "irgm1", "-", "/", "-", "mouse", "BMDMs", "treated", "with", "OVA", "(", "2", "mg", "/", "ml", ",", "3", "h", ")", ",", "Scale", "bar", "5", "µm", "or", "8", "µm", "(", "as", "indicated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) Representative confocal images of H-2Kb-SIINFEKL (red) on the surface of Irgm1+/+ and irgm1-/- mouse BMDMs treated with OVA (2 mg/ml, 3 h), Scale bar 5 µm or 8 µm (as indicated)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "the", "plaque", "assay", "in", "Vero", "cells", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "CHIKV", "(", "MOI", "1", ",", "24", "h", ")", "infected", "HT", "-", "29", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images of the plaque assay in Vero cells performed from the culture supernatant of CHIKV (MOI 1, 24 h) infected HT-29 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "images", "of", "plaque", "assay", "in", "Vero", "cells", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "HSV", "-", "1", "(", "MOI", "1", ",", "24", "h", ")", "infected", "HT", "-", "29", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative images of plaque assay in Vero cells performed from the culture supernatant of HSV-1 (MOI 1, 24 h) infected HT-29 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "I", ")", "Representative", "images", "of", "plaque", "assay", "in", "Vero", "cells", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "JEV", "(", "MOI", "1", ",", "24", "h", ")", "infected", "HT", "-", "29", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(I) Representative images of plaque assay in Vero cells performed from the culture supernatant of JEV (MOI 1, 24 h) infected HT-29 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "L", ")", "Representative", "images", "of", "plaque", "assay", "in", "Vero", "cells", "were", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "WNV", "(", "MOI", "0", ".", "3", ",", "16", "h", ")", "infected", "HuH7", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(L) Representative images of plaque assay in Vero cells were performed from the culture supernatant of WNV (MOI 0.3, 16 h) infected HuH7 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "O", ")", "Representative", "images", "of", "plaque", "assay", "in", "Vero", "cells", "were", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "ZIKV", "(", "MOI", "5", ",", "48", "h", ")", "infected", "Huh7", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(O) Representative images of plaque assay in Vero cells were performed from the culture supernatant of ZIKV (MOI 5, 48 h) infected Huh7 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "S", ")", "Representative", "images", "of", "plaque", "assay", "in", "Vero", "E6", "cells", "were", "performed", "from", "the", "culture", "supernatant", "of", "SARS", "-", "CoV2", "(", "MOI", "1", ",", "24", "h", ")", "infected", "THP", "-", "1", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(S) Representative images of plaque assay in Vero E6 cells were performed from the culture supernatant of SARS-CoV2 (MOI 1, 24 h) infected THP-1 control and IRGM knockdown cells."}
{"words": ["(", "D", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "graph", "depicts", "percentage", "survival", "of", "mock", "and", "CHIKV", "infected", "irgm1", "+", "/", "+", "and", "irgm1", "-", "/", "-", "neonates", "during", "the", "course", "of"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Kaplan-Meier survival graph depicts percentage survival of mock and CHIKV infected irgm1+/+ and irgm1-/- neonates during the course of infection"}
{"words": ["(", "H", ",", "I", ")", "Total", "RNA", "isolated", "from", "muscles", "and", "brains", "of", "mock", "and", "CHIKV", "infected", "(", "MOI", "1x107", "PFU", "/", "mouse", ")", "(", "6", "dpi", ")", "irgm1", "+", "/", "+", "and", "irgm1", "-", "/", "-", "mice", "and", "was", "subjected", "to", "qRT", "PCR", "with", "MX2", "The", "total", "RNA", "used", "for", "qRT", "PCR", "with", "the", "brain", "is", "four", "times", "more", "than", "muscles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H, I) Total RNA isolated from muscles and brains of mock and CHIKV infected (MOI 1x107 PFU/mouse) (6 dpi) irgm1+/+ and irgm1-/-mice and was subjected to qRT PCR with MX2 The total RNA used for qRT PCR with the brain is four times more than muscles."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Control", "and", "si", "-", "IRGM", "transfected", "THP", "-", "1", "IFN", "reporter", "cells", "were", "kept", "uninfected", "(", "Mock", ")", "or", "infected", "with", "(", "A", ")", "JEV", "(", "MOI", "5", ")", "or", "(", "B", ")", "CHIKV", "(", "MOI", "5", ")", "or", "(", "C", ")", "HSV", "-", "1", "(", "MOI", "2", ".", "5", ")", "or", "(", "D", ")", "VSV", "-", "eGFP", "(", "MOI", "1", ")", "and", "the", "supernatant", "collected", "8", "hpi", "were", "subjected", "to", "luciferase", "assay", ".", "The", "graphs", "depict", "fold", "change", "in", "interferon", "response", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A-D) Control and si-IRGM transfected THP-1 IFN reporter cells were kept uninfected (Mock) or infected with (A) JEV (MOI 5) or (B) CHIKV (MOI 5) or (C) HSV-1 (MOI 2.5) or (D) VSV-eGFP (MOI 1) and the supernatant collected 8 hpi were subjected to luciferase assay. The graphs depict fold change in interferon response."}
{"words": ["(", "L", ")", "Western", "blot", "analysis", "with", "cell", "lysates", "of", "mock", "and", "CHIKV", "(", "MOI", "5", ",", "24", "h", ")", "infected", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "HT", "-", "29", "cells", "and", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "(", "M", ")", "Western", "blot", "analysis", "with", "cell", "lysates", "of", "mock", "and", "JEV", "(", "MOI", "5", ",", "24", "h", ")", "infected", "control", "and", "si", "-", "IRGM", "transfected", "HT", "-", "29", "cells", "and", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Western blot analysis with cell lysates of mock and CHIKV (MOI 5, 24 h) infected control and IRGM knockdown HT-29 cells and probed with the indicated antibodies. (M) Western blot analysis with cell lysates of mock and JEV (MOI 5, 24 h) infected control and si-IRGM transfected HT-29 cells and probed with the indicated antibodies. "}
{"words": ["(", "Q", ")", "Western", "blot", "analysis", "with", "cell", "lysates", "of", "mock", "and", "CHIKV", "(", "MOI", "1", ",", "24", "h", ")", "infected", "control", "and", "IRGM", "knockdown", "HT", "-", "29", "cells", "transfected", "with", "indicated", "siRNA", "and", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Q) Western blot analysis with cell lysates of mock and CHIKV (MOI 1, 24 h) infected control and IRGM knockdown HT-29 cells transfected with indicated siRNA and probed with the indicated antibodies."}
{"words": ["A", "Representative", "immunofluorescence", "for", "PH3", "(", "green", ")", ",", "combined", "with", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "E14", ".", "5", "wildtype", "(", "WT", ")", "and", "11B", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "B", "Representative", "immunofluorescence", "for", "pVim", "(", "yellow", ")", ",", "combined", "with", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "E14", ".", "5", "WT", "and", "11B", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "Boxes", "(", "50", "µm", "x", "65", "µm", ")", "in", "(", "B", ")", "indicate", "areas", "that", "are", "shown", "at", "higher", "magnification", "in", "(", "B", "'", ")", ".", "Arrow", ",", "pVim", "+", "BP", "with", "basal", "process", "(", "mitotic", "bRG", ")", ";", "notched", "arrowheads", ",", "basal", "process", ";", "arrowhead", ",", "pVim", "+", "BP", "without", "basal", "process", "(", "mitotic", "bIP", ")", ".", "C", "-", "E", "Quantification", "of", "PH3", "+", "APs", "(", "C", ")", ",", "PH3", "+", "BPs", "(", "D", ")", "and", "pVim", "+", "bRG", "(", "E", "left", ")", "and", "bIPs", "(", "E", "right", ")", "in", "a", "200", "µm", "-", "wide", "field", "of", "E14", ".", "5", "WT", "(", "white", ")", "and", "11B", "(", "black", ")", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "Note", "the", "difference", "in", "ordinate", "scales", "in", "(", "E", ")", ".", "F", "Data", "information", ":", "Images", "are", "single", "optical", "sections", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", "10", "µm", "Data", "are", "the", "mean", "of", "6", "-", "19", "(", "WT", ")", "and", "6", "-", "26", "(", "11B", ")", "littermate", "embryos", ",", "which", "were", "derived", "from", "3", "-", "9", "separate", "litters", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "P", "=", "0", ".", "0269", "(", "D", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0302", "(", "E", ",", "left", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0139", "(", "E", ",", "right", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative immunofluorescence for PH3 (green), combined with DAPI staining (white), of E14.5 wildtype (WT) and 11B mouse dorsolateral neocortex rostrally. B Representative immunofluorescence for pVim (yellow), combined with DAPI staining (white), of E14.5 WT and 11B mouse dorsolateral neocortex rostrally. Boxes (50 µm x 65 µm) in (B) indicate areas that are shown at higher magnification in (B'). Arrow, pVim+ BP with basal process (mitotic bRG); notched arrowheads, basal process; arrowhead, pVim+ BP without basal process (mitotic bIP). C-E Quantification of PH3+ APs (C), PH3+ BPs (D) and pVim+ bRG (E left) and bIPs (E right) in a 200 µm-wide field of E14.5 WT (white) and 11B (black) mouse dorsolateral neocortex rostrally. Note the difference in ordinate scales in (E). F Data information: Images are single optical sections Scale bars, 50 µm 10 µm Data are the mean of 6-19 (WT) and 6-26 (11B) littermate embryos, which were derived from 3-9 separate litters. Error bars indicate SD, two-tailed unpaired Student's t-test, * P < 0.05; ** P < 0.01 P = 0.0269 (D); P = 0.0302 (E, left); P = 0.0139 (E, right)"}
{"words": ["F", "Representative", "immunofluorescence", "for", "Pax6", "(", "cyan", ")", "and", "Tbr2", "(", "magenta", ")", ",", "combined", "with", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "E14", ".", "5", "WT", "and", "11B", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "Boxes", "(", "25", "µm", "x", "25", "µm", ")", "in", "(", "F", ")", "indicate", "areas", "that", "are", "shown", "at", "higher", "magnification", "in", "(", "F", "'", ")", ".", "Outlined", "by", "dashed", "white", "lines", ",", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "+", "BP", ";", "outlined", "by", "solid", "white", "lines", ",", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "-", "BP", ".", "G", "-", "K", "Quantification", "of", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "-", "cells", "in", "VZ", "(", "G", ")", ",", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "+", "cells", "in", "VZ", "(", "H", ")", ",", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "-", "cells", "in", "SVZ", "and", "IZ", "(", "I", ")", ",", "Pax6", "+", "&", "Tbr2", "+", "cells", "in", "SVZ", "and", "IZ", "(", "J", ")", "and", "Pax6", "-", "&", "Tbr2", "+", "cells", "in", "SVZ", "and", "IZ", "(", "K", ")", "in", "a", "200", "µm", "-", "wide", "field", "of", "E14", ".", "5", "WT", "(", "white", ")", "and", "11B", "(", "black", ")", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "L", "Data", "information", ":", "Images", "are", "Z", "projections", "of", "4", "optical", "sections", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", "10", "µm", "Data", "are", "the", "mean", "of", "6", "-", "19", "(", "WT", ")", "and", "6", "-", "26", "(", "11B", ")", "littermate", "embryos", ",", "which", "were", "derived", "from", "3", "-", "9", "separate", "litters", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "P", "=", "0", ".", "0281", "(", "I", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0088", "(", "J", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0014", "(", "K", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative immunofluorescence for Pax6 (cyan) and Tbr2 (magenta), combined with DAPI staining (white), of E14.5 WT and 11B mouse dorsolateral neocortex rostrally. Boxes (25 µm x 25 µm) in (F) indicate areas that are shown at higher magnification in (F'). Outlined by dashed white lines, Pax6+ & Tbr2+ BP; outlined by solid white lines, Pax6+ & Tbr2- BP. G-K Quantification of Pax6+ & Tbr2- cells in VZ (G), Pax6+ & Tbr2+ cells in VZ (H), Pax6+ & Tbr2- cells in SVZ and IZ (I), Pax6+ & Tbr2+ cells in SVZ and IZ (J) and Pax6- & Tbr2+ cells in SVZ and IZ (K) in a 200 µm-wide field of E14.5 WT (white) and 11B (black) mouse dorsolateral neocortex rostrally. L Data information: Images are Z projections of 4 optical sections Scale bars, 50 µm 10 µm Data are the mean of 6-19 (WT) and 6-26 (11B) littermate embryos, which were derived from 3-9 separate litters. Error bars indicate SD, two-tailed unpaired Student's t-test, * P < 0.05; ** P < 0.01 P = 0.0281 (I); P = 0.0088 (J); P = 0.0014 (K)"}
{"words": ["L", "-", "N", ",", "Sequential", "BrdU", "-", "EdU", "labelling", ".", "BrdU", "was", "injected", "into", "pregnant", "mice", "at", "E13", ".", "5", ",", "i", ".", "e", ".", "24", "hr", "before", "sacrifice", "at", "E14", ".", "5", ",", "and", "EdU", "was", "injected", "into", "the", "same", "pregnant", "mice", "0", ".", "5", "hr", "before", "sacrifice", "at", "E14", ".", "5", ".", "(", "L", ")", "Representative", "immunofluorescence", "for", "BrdU", "(", "magenta", ")", ",", "combined", "with", "EdU", "staining", "(", "cyan", ")", "and", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "E14", ".", "5", "WT", "and", "11B", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "(", "M", ",", "N", ")", "Quantification", "of", "BrdU", "+", "&", "EdU", "+", "cells", "(", "M", ")", "and", "the", "percentage", "of", "BrdU", "+", "cells", "that", "are", "BrdU", "+", "&", "EdU", "+", "(", "N", ")", "in", "VZ", "and", "SVZ", "in", "a", "200", "µm", "-", "wide", "field", "of", "E14", ".", "5", "WT", "(", "white", ")", "and", "11B", "(", "black", ")", "mouse", "dorsolateral", "neocortex", "rostrally", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "the", "mean", "of", "6", "-", "19", "(", "WT", ")", "and", "6", "-", "26", "(", "11B", ")", "littermate", "embryos", ",", "which", "were", "derived", "from", "3", "-", "9", "separate", "litters", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "P", "=", "0", ".", "0049", "(", "M", ",", "SVZ", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0323", "(", "N", ",", "SVZ", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L-N, Sequential BrdU-EdU labelling. BrdU was injected into pregnant mice at E13.5, i.e. 24 hr before sacrifice at E14.5, and EdU was injected into the same pregnant mice 0.5 hr before sacrifice at E14.5. (L) Representative immunofluorescence for BrdU (magenta), combined with EdU staining (cyan) and DAPI staining (white), of E14.5 WT and 11B mouse dorsolateral neocortex rostrally. (M, N) Quantification of BrdU+ & EdU+ cells (M) and the percentage of BrdU+ cells that are BrdU+ & EdU+ (N) in VZ and SVZ in a 200 µm-wide field of E14.5 WT (white) and 11B (black) mouse dorsolateral neocortex rostrally. Data information: Data are the mean of 6-19 (WT) and 6-26 (11B) littermate embryos, which were derived from 3-9 separate litters. Error bars indicate SD, two-tailed unpaired Student's t-test, * P < 0.05; ** P < 0.01 P = 0.0049 (M, SVZ); P = 0.0323 (N, SVZ).  "}
{"words": ["H", "Representative", "immunofluorescence", "for", "Tbr1", "(", "cyan", ")", ",", "Ctip2", "(", "magenta", ")", "and", "Satb2", "(", "green", ")", ",", "combined", "with", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "E18", ".", "5", "WT", "and", "11B", "mouse", "neocortex", "at", "the", "position", "where", "cortical", "thickness", "was", "measured", "(", "A", ",", "red", "lines", ")", ".", "I", "Quantification", "of", "zone", "thickness", "of", "E18", ".", "5", "WT", "(", "white", ")", "and", "11B", "(", "black", ")", "mouse", "neocortex", "at", "the", "position", "where", "cortical", "thickness", "was", "measured", "(", "A", ",", "red", "lines", ")", ".", "J", "Data", "information", ":", "Images", "are", "single", "optical", "sections", "Scale", "bar", ",", "20", "µm", "Data", "are", "the", "mean", "of", "7", "(", "WT", ")", "and", "8", "-", "12", "(", "11B", ")", "littermate", "embryos", ",", "which", "were", "derived", "from", "4", "separate", "litters", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "B", "-", "D", ")", ";", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "P", "=", "0", ".", "0287", "(", "I", ",", "IZ", ")", ";", "P", "=", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Representative immunofluorescence for Tbr1 (cyan), Ctip2 (magenta) and Satb2 (green), combined with DAPI staining (white), of E18.5 WT and 11B mouse neocortex at the position where cortical thickness was measured (A, red lines). I Quantification of zone thickness of E18.5 WT (white) and 11B (black) mouse neocortex at the position where cortical thickness was measured (A, red lines). J Data information: Images are single optical sections Scale bar, 20 µm Data are the mean of 7 (WT) and 8-12 (11B) littermate embryos, which were derived from 4 separate litters. Error bars indicate SD. Two-way ANOVA, followed by Bonferroni's multiple comparisons test (B-D); two-tailed unpaired Student's t-test P = 0.0287 (I, IZ); P = 0.0039"}
{"words": ["A", "Dorsal", "view", "of", "adult", "wildtype", "(", "WT", ")", "and", "11B", "mouse", "brain", "at", "P56", ".", "Orange", "lines", "illustrate", "the", "measurements", "of", "neocortex", "width", "and", "length", ";", "red", "lines", "illustrate", "the", "measurements", "of", "neocortex", "area", ".", "B", ",", "C", "Quantification", "of", "neocortex", "width", ",", "length", "and", "area", ".", "D", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ",", "1", "mm", "Data", "are", "the", "mean", "of", "8", "(", "WT", ")", "and", "8", "(", "11B", ")", "adult", "littermate", "mice", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ".", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "B", ",", "neocortex", "width", ")", ";", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Dorsal view of adult wildtype (WT) and 11B mouse brain at P56. Orange lines illustrate the measurements of neocortex width and length; red lines illustrate the measurements of neocortex area. B, C Quantification of neocortex width, length and area. D Data information: Scale bar, 1 mm Data are the mean of 8 (WT) and 8 (11B) adult littermate mice. Error bars indicate SD, two-tailed unpaired Student's t-test , * P < 0.05, ** P < 0.01, **** P < 0.0001. P < 0.0001 (B, neocortex width); P < 0.0001 (C)"}
{"words": ["G", ",", "H", "Representative", "immunofluorescence", "for", "Ctip2", "(", "magenta", ")", ",", "Satb2", "(", "green", ")", "and", "Brn2", "(", "yellow", ")", ",", "combined", "with", "DAPI", "staining", "(", "white", ")", ",", "of", "P56", "adult", "WT", "and", "11B", "mouse", "neocortex", "at", "the", "position", "where", "cortical", "thickness", "was", "measured", "(", "D", ",", "red", "lines", ")", ".", "Data", "information", ":", "Images", "are", "single", "optical", "sections", "Scale", "bar", ",", "20"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H Representative immunofluorescence for Ctip2 (magenta), Satb2 (green) and Brn2 (yellow), combined with DAPI staining (white), of P56 adult WT and 11B mouse neocortex at the position where cortical thickness was measured (D, red lines). Data information: Images are single optical sections Scale bar, 20 µm"}
{"words": ["IntelliCage", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "memory", "flexibility", "of", "adult", "11B", "mice", ".", "Four", "separate", "sessions", "were", "carried", "out", ":", "(", "i", ")", "5", "WT", "males", "together", "with", "5", "11B", "males", ";", "(", "ii", ")", "5", "other", "WT", "males", "together", "with", "5", "other", "11B", "males", ";", "(", "iii", ")", "5", "WT", "females", "together", "with", "7", "11B", "females", ";", "(", "iv", ")", "4", "other", "WT", "females", "together", "with", "8", "other", "11B", "females", ".", "Data", "are", "the", "mean", "of", "the", "total", "10", "males", "(", "WT", ")", ",", "10", "males", "(", "11B", ")", ",", "9", "females", "(", "WT", ")", "and", "15", "females", "(", "11B", ")", "adult", "littermate", "mice", ".", "Data", "points", "were", "obtained", "at", "consecutive", "days", ",", "error", "bars", "indicate", "SD", ".", "(", "A", ",", "B", ")", "Quantification", "of", "the", "discrimination", "error", "rate", "in", "the", "first", "100", "visits", "during", "the", "drinking", "phase", "of", "the", "acquisition", "stage", "of", "adult", "wildtype", "(", "WT", ")", "and", "11B", "mice", "(", "male", ",", "A", ";", "female", ",", "B", ")", "in", "the", "IntelliCage", ".", "Overall", "place", "learning", "performance", "of", "WT", "and", "11B", "mice", "was", "analysed", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Fisher", "'", "s", "LSD", "test", ";", "all", "data", "points", "during", "the", "acquisition", "phase", "were", "included", ".", "For", "males", "(", "A", ")", ",", "WT", "vs", ".", "11B", ",", "P", ">", "0", ".", "05", ";", "data", "over", "time", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "interaction", ",", "P", ">", "0", ".", "05", ".", "For", "females", "(", "B", ")", ",", "WT", "vs", ".", "11B", ",", "P", ">", "0", ".", "05", ";", "data", "over", "time", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "interaction", ",", "P", ">", "0", ".", "05", ".", "Note", "that", "(", "i", ")", "the", "two", "male", "sessions", "and", "the", "two", "female", "sessions", "yielded", "essentially", "the", "same", "results", ",", "and", "(", "ii", ")", "not", "shown", "in", "panels", "the", "two", "separate", "male", "sessions", "yielded", "essentially", "the", "same", "results", ",", "and", "the", "two", "separate", "female", "sessions", "yielded", "essentially", "the", "same", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IntelliCage was used to evaluate the memory flexibility of adult 11B mice. Four separate sessions were carried out: (i) 5 WT males together with 5 11B males; (ii) 5 other WT males together with 5 other 11B males; (iii) 5 WT females together with 7 11B females; (iv) 4 other WT females together with 8 other 11B females. Data are the mean of the total 10 males (WT), 10 males (11B), 9 females (WT) and 15 females (11B) adult littermate mice. Data points were obtained at consecutive days, error bars indicate SD. (A, B) Quantification of the discrimination error rate in the first 100 visits during the drinking phase of the acquisition stage of adult wildtype (WT) and 11B mice (male, A; female, B) in the IntelliCage. Overall place learning performance of WT and 11B mice was analysed using two-way ANOVA followed by Fisher's LSD test; all data points during the acquisition phase were included. For males (A), WT vs. 11B, P > 0.05; data over time, **** P < 0.0001; interaction, P > 0.05. For females (B), WT vs. 11B, P > 0.05; data over time, **** P < 0.0001; interaction, P > 0.05. Note that (i) the two male sessions and the two female sessions yielded essentially the same results, and (ii) not shown in panels the two separate male sessions yielded essentially the same results, and the two separate female sessions yielded essentially the same results."}
{"words": ["Expression", "levels", "of", "the", "autophagosome", "marker", "LC3B", "-", "II", "were", "evaluated", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "by", "Western", "blot", "(", "WB", ")", ".", "Data", "are", "representative", "of", "five", "different", "experiments", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression levels of the autophagosome marker LC3B-II were evaluated in wild-type (WT) and Ctns−/− fibroblasts by Western blot (WB). Data are representative of five different experiments with similar results."}
{"words": ["WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "were", "stained", "using", "LC3B", "antibodies", "and", "analyzed", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "The", "number", "of", "LC3B", "-", "positive", "puncta", "was", "quantified", "by", "the", "ImagePro", "software", "and", "normalized", "per", "area", "arbitrary", "units", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "27", "WT", "and", "24", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and Ctns−/− fibroblasts were stained using LC3B antibodies and analyzed by fluorescence microscopy. The number of LC3B-positive puncta was quantified by the ImagePro software and normalized per area arbitrary units. Results are mean ± SEM (n = 27 WT and 24 Ctns−/− cells). ***P < 0.001 (unpaired t-test)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "liver", "(", "C", ")", "and", "kidney", "(", "D", ")", "tissues", "from", "WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "GFP", "-", "LC3", "transgenic", "mice", "using", "anti", "-", "GFP", "antibodies", ".", "Quantification", "of", "LC3", "puncta", "was", "obtained", "by", "counting", "the", "number", "of", "GFP", "-", "positive", "structures", "relative", "to", "the", "number", "of", "nuclei", "in", "the", "same", "field", ",", "using", "the", "ImagePro", "software", ".", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "were", "counted", "by", "analyzing", "6", "to", "10", "fields", "per", "tissue", "section", "(", "200", "-", "400", "nuclei", "per", "field", ")", ",", "in", "a", "total", "of", "3", "WT", "and", "3", "Ctns", "−", "/", "−", "mice", "expressing", "GFP", "-", "LC3", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "In", "(", "C", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0029", ";", "in", "(", "D", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0025", "(", "unpaired", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of liver (C) and kidney (D) tissues from WT and Ctns−/−GFP-LC3 transgenic mice using anti-GFP antibodies. Quantification of LC3 puncta was obtained by counting the number of GFP-positive structures relative to the number of nuclei in the same field, using the ImagePro software. GFP-LC3 puncta were counted by analyzing 6 to 10 fields per tissue section (200-400 nuclei per field), in a total of 3 WT and 3 Ctns−/−mice expressing GFP-LC3. Results are mean ± SEM. In (C), **P = 0.0029; in (D), **P = 0.0025 (unpaired t-test). Scale bar: 5 μm."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", "transfected", "with", "the", "ptfLC3", "vector", "under", "resting", "conditions", "(", "fed", ")", ",", "or", "after", "serum", "starvation", "(", "Serum", "Starv", ".", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "alkalinizing", "drug", "chloroquine", "(", "CQ", ")", ".", "GFP", "and", "RFP", "staining", "was", "analyzed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Examples", "of", "red", "-", "only", "puncta", "(", "mature", "autophagosomes", ")", "are", "indicated", "with", "arrows", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "μm", ".", "The", "percentage", "of", "mature", "autophagosomes", "(", "red", "-", "only", "vesicles", ")", "was", "calculated", "based", "on", "the", "ratio", "between", "the", "number", "of", "red", "-", "only", "puncta", "and", "the", "total", "number", "of", "autophagosomes", "(", "number", "of", "green", "and", "red", "+", "red", "-", "only", "puncta", ")", ".", "The", "graph", "is", "representative", "of", "three", "different", "experiments", "with", "similar", "results", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "7", "cells", "per", "condition", ")", ".", "In", "addition", "to", "the", "experimental", "conditions", "shown", "in", "(", "A", ")", ",", "the", "Aa", "/", "serum", "starvation", "condition", "is", "included", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of wild-type (WT) and Ctns−/− mouse fibroblasts transfected with the ptfLC3 vector under resting conditions (fed), or after serum starvation (Serum Starv.) in the presence or absence of the alkalinizing drug chloroquine (CQ). GFP and RFP staining was analyzed by confocal microscopy. Examples of red-only puncta (mature autophagosomes) are indicated with arrows. Scale bar: 5 μm.The percentage of mature autophagosomes (red-only vesicles) was calculated based on the ratio between the number of red-only puncta and the total number of autophagosomes (number of green and red + red-only puncta). The graph is representative of three different experiments with similar results. Results are mean ± SEM (n = 7 cells per condition). In addition to the experimental conditions shown in (A), the Aa/serum starvation condition is included."}
{"words": ["WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "under", "resting", "conditions", "were", "treated", "with", "100", "nM", "bafilomycin", "A", "(", "BafA", ")", "for", "2", "h", "and", "LC3B", "-", "II", "levels", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "(", "WB", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and Ctns−/− fibroblasts under resting conditions were treated with 100 nM bafilomycin A (BafA) for 2 h and LC3B-II levels were analyzed by Western blot (WB)."}
{"words": ["Phosphorylation", "levels", "of", "the", "mTOR", "complex", "kinase", "1", "substrate", "S6K", "and", "LC3B", "-", "II", "levels", "in", "WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "were", "measured", "by", "WB", "under", "resting", "conditions", "(", "−", ")", ",", "withdrawal", "of", "both", "amino", "acids", "and", "serum", "(", "Aa", "/", "Ser", ".", "Starv", ".", ")", "and", "subsequent", "recovery", "by", "replacement", "of", "starvation", "medium", "with", "normal", "cell", "growth", "medium", "(", "Rec", ")", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "100", "nM", "BafA", "for", "the", "indicated", "time", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phosphorylation levels of the mTOR complex kinase 1 substrate S6K and LC3B-II levels in WT and Ctns−/− fibroblasts were measured by WB under resting conditions (−), withdrawal of both amino acids and serum (Aa/Ser. Starv.) and subsequent recovery by replacement of starvation medium with normal cell growth medium (Rec), in the presence or absence of 100 nM BafA for the indicated time."}
{"words": ["WB", "analysis", "showing", "phosphorylation", "levels", "of", "the", "mTOR", "substrate", "S6K", "and", "expression", "of", "LC3B", "-", "II", "in", "resting", "or", "serum", "-", "starved", "WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "expressing", "GFP", "-", "CTNS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "WB analysis showing phosphorylation levels of the mTOR substrate S6K and expression of LC3B-II in resting or serum-starved WT,Ctns−/− and Ctns−/− fibroblasts expressing GFP-CTNS."}
{"words": ["Analysis", "of", "the", "expression", "of", "endogenous", "SQSTM1", "in", "wild", "-", "type", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", "under", "fed", "(", "serum", ")", "or", "starved", "(", "15", "h", "serum", "starvation", ")", "conditions", ".", "In", "these", "assays", ",", "20", "μg", "of", "total", "protein", "lysates", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "analyzed", "by", "Western", "blot", "(", "WB", ";", "A", ")", ".", "Equal", "loading", "was", "established", "by", "silver", "staining", "(", "B", ")", ".", "Quantification", "(", "mean", "±", "SEM", ")", "of", "five", "different", "areas", "of", "each", "silver", "-", "stained", "lane", "are", "shown", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of the expression of endogenous SQSTM1 in wild-type or Ctns−/− mouse fibroblasts under fed (serum) or starved (15 h serum starvation) conditions. In these assays, 20 μg of total protein lysates were resolved by SDS-PAGE and analyzed by Western blot (WB; A). Equal loading was established by silver staining (B). Quantification (mean ± SEM) of five different areas of each silver-stained lane are shown in (C)."}
{"words": ["Degradation", "of", "long", "-", "lived", "proteins", "using", "metabolic", "labeling", "was", "performed", "as", "described", "in", "Supplementary", "Materials", "and", "Methods", ".", "The", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "nine", "independent", "samples", "analyzed", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "009", "for", "WT", "and", "*", "P", "=", "0", ".", "0013", "for", "Ctns", "−", "/", "−", ",", "respectively", ".", "NS", ",", "not", "significant", "(", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Degradation of long-lived proteins using metabolic labeling was performed as described in Supplementary Materials and Methods. The data represent the mean ± SEM of nine independent samples analyzed in three independent experiments. *P = 0.009 for WT and *P = 0.0013 for Ctns−/−, respectively. NS, not significant (unpaired t-test)."}
{"words": ["The", "expression", "levels", "of", "the", "endogenous", "LAMP2A", "and", "LAMP1", "proteins", "were", "analyzed", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mousefibroblasts", "(", "A", ")", ",", "kidney", "(", "B", ")", "and", "liverlysosomes", "(", "C", ")", "by", "Western", "blot", ".", "Quantitative", "densitometry", "analysis", "of", "immunoblots", "obtained", "from", "different", "experiments", "was", "performed", "by", "calculating", "the", "ratio", "between", "LAMP2A", "and", "actin", "signals", "in", "each", "lane", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "of", "four", "independent", "experiments", "with", "mousefibroblasts", ",", "5", "WT", "and", "6", "Ctns", "−", "/", "−", "mousekidneys", ",", "3", "WT", "and", "3", "Ctns", "−", "/", "−", "mouselivers", "(", "lysosomal", "extracts", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The expression levels of the endogenous LAMP2A and LAMP1 proteins were analyzed in wild-type (WT) and Ctns−/−mousefibroblasts (A), kidney (B) and liverlysosomes (C) by Western blot. Quantitative densitometry analysis of immunoblots obtained from different experiments was performed by calculating the ratio between LAMP2A and actin signals in each lane. Results are mean ± SEM of four independent experiments with mousefibroblasts, 5 WT and 6 Ctns−/−mousekidneys, 3 WT and 3 Ctns−/−mouselivers (lysosomal extracts)."}
{"words": ["Comparative", "analysis", "of", "the", "amount", "of", "LAMP2A", "in", "wild", "-", "type", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "liverlysosomes", "was", "performed", "using", "two", "different", "anti", "-", "LAMP2A", "antibodies", ".", "15", "μg", "of", "lysosomal", "proteins", "were", "loaded", "in", "each", "lane", ".", "Ab1", ",", "anti", "-", "LAMP2A", "antibody", "raised", "against", "the", "twelve", "amino", "acids", "of", "the", "cytosolic", "region", "of", "ratLAMP2A", "largely", "validated", "to", "recognize", "mouseLAMP2A", "but", "not", "other", "LAMP2", "isoforms", "(", "Cuervo", "Dice", ",", "1996", ")", ".", "Ab2", ",", "anti", "-", "LAMP2A", "Abcam", "Ab18528", ".", "Decreased", "lysosomalLAMP2A", "was", "evident", "using", "either", "antibody", ".", "LAMP1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Representative", "of", "two", "independent", "experiments", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparative analysis of the amount of LAMP2A in wild-type or Ctns−/−liverlysosomes was performed using two different anti-LAMP2A antibodies. 15 μg of lysosomal proteins were loaded in each lane. Ab1, anti-LAMP2A antibody raised against the twelve amino acids of the cytosolic region of ratLAMP2A largely validated to recognize mouseLAMP2A but not other LAMP2 isoforms (Cuervo Dice, 1996). Ab2, anti-LAMP2A Abcam Ab18528. Decreased lysosomalLAMP2A was evident using either antibody. LAMP1 was used as a loading control. Representative of two independent experiments with similar results."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analyses", "of", "endogenous", "LAMP1", ",", "LAMP2A", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "LAMP2B", "(", "C", ")", "and", "total", "LAMP2", "(", "D", ")", "localization", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", ".", "(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "analysis", ".", "White", "arrows", "represent", "LAMP1", "-", "positive", "circular", "structures", "(", "lysosomes", ")", "which", "were", "visible", "in", "both", "WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ".", "Colocalization", "of", "LAMP1", "and", "LAMP2A", "was", "observed", "in", "WT", "fibroblasts", "(", "white", "arrows", ",", "merged", "panel", ")", "but", "rarely", "in", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "(", "red", "arrow", ")", ".", "Most", "LAMP2A", "showed", "a", "punctate", "pattern", "and", "lack", "of", "colocalization", "with", "LAMP1", "in", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "(", "arrowheads", ",", "lower", "panels", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "Inset", "scale", "bars", ":", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analyses of endogenous LAMP1, LAMP2A (A, B), LAMP2B (C) and total LAMP2 (D) localization in wild-type (WT) and Ctns−/− mouse fibroblasts. (A) Confocal microscopy analysis. White arrows represent LAMP1-positive circular structures (lysosomes) which were visible in both WT and Ctns−/− cells. Colocalization of LAMP1 and LAMP2A was observed in WT fibroblasts (white arrows, merged panel) but rarely in Ctns−/− cells (red arrow). Most LAMP2A showed a punctate pattern and lack of colocalization with LAMP1 in Ctns−/− cells (arrowheads, lower panels). Scale bars: 5 μm. Inset scale bars: 2 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analyses", "of", "endogenous", "LAMP1", ",", "LAMP2A", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "LAMP2B", "(", "C", ")", "and", "total", "LAMP2", "(", "D", ")", "localization", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", ".", "(", "B", ")", "High", "-", "resolution", "stochastic", "optical", "reconstruction", "microscopy", "(", "STORM", ")", "analysis", "of", "the", "localization", "of", "LAMP1", "and", "LAMP2A", "in", "wild", "-", "type", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ".", "In", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ",", "LAMP2A", "was", "detected", "near", "(", "arrowheads", ",", "estimated", "distance", ">", "50", "nm", ")", "but", "not", "always", "adjacent", "(", "10", "-", "50", "nm", ")", "to", "LAMP1", "or", "at", "LAMP1", "-", "negative", "structures", "(", "arrows", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analyses of endogenous LAMP1, LAMP2A (A, B), LAMP2B (C) and total LAMP2 (D) localization in wild-type (WT) and Ctns−/− mouse fibroblasts.(B) High-resolution stochastic optical reconstruction microscopy (STORM) analysis of the localization of LAMP1 and LAMP2A in wild-type and Ctns−/− cells. In Ctns−/− cells, LAMP2A was detected near (arrowheads, estimated distance > 50 nm) but not always adjacent (10-50 nm) to LAMP1 or at LAMP1-negative structures (arrows). Scale bar: 0.5 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analyses", "of", "endogenous", "LAMP1", ",", "LAMP2A", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "LAMP2B", "(", "C", ")", "and", "total", "LAMP2", "(", "D", ")", "localization", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", ".", "(", "C", ")", "Immunofluorescence", "showing", "colocalization", "of", "endogenous", "LAMP1", "and", "LAMP2B", "in", "both", "wild", "-", "type", "and", "CTNS", "-", "deficient", "fibroblasts", "(", "arrows", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analyses of endogenous LAMP1, LAMP2A (A, B), LAMP2B (C) and total LAMP2 (D) localization in wild-type (WT) and Ctns−/− mouse fibroblasts. (C) Immunofluorescence showing colocalization of endogenous LAMP1 and LAMP2B in both wild-type and CTNS-deficient fibroblasts (arrows). Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analyses", "of", "endogenous", "LAMP1", ",", "LAMP2A", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "LAMP2B", "(", "C", ")", "and", "total", "LAMP2", "(", "D", ")", "localization", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", ".", "(", "D", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "LAMP1", "and", "total", "LAMP2", "(", "antibody", "ABL93", "DSHB", ")", ".", "Arrows", "show", "colocalization", ".", "Arrowheads", "show", "LAMP2", "-", "positive", "LAMP1", "-", "negative", "vesicles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analyses of endogenous LAMP1, LAMP2A (A, B), LAMP2B (C) and total LAMP2 (D) localization in wild-type (WT) and Ctns−/− mouse fibroblasts. (D) Immunofluorescence analysis of LAMP1 and total LAMP2 (antibody ABL93 DSHB). Arrows show colocalization. Arrowheads show LAMP2-positive LAMP1-negative vesicles."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analyses", "of", "endogenous", "LAMP2A", ",", "ER", "(", "Grp78", "/", "94", ")", "(", "A", ")", ",", "which", "is", "expanded", "in", "cystinotic", "cells", "(", "white", "arrow", ")", ",", "VAMP7", "-", "positive", "vesicles", "(", "B", ")", "and", "Rab11a", "-", "positive", "structures", "(", "C", ")", "was", "performed", "using", "wild", "-", "type", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "At", "least", "2", "independent", "experiments", "were", "performed", "for", "each", "vesicular", "trafficking", "or", "ER", "marker", ".", "(", "B", ",", "C", ")", "Results", "are", "expressed", "as", "the", "percentage", "of", "LAMP2A", "that", "colocalizes", "with", "VAMP7", "or", "Rab11", ".", "For", "Rab11", "/", "LAMP2A", "colocalization", ",", "29", "wild", "-", "type", "and", "15", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "were", "quantified", ".", "For", "VAMP7", "/", "LAMP2A", "colocalization", "(", "white", "arrows", ")", ",", "49", "WT", "and", "57", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "were", "analyzed", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "unpaired", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analyses of endogenous LAMP2A, ER (Grp78/94) (A), which is expanded in cystinotic cells (white arrow), VAMP7-positive vesicles (B) and Rab11a-positive structures (C) was performed using wild-type or Ctns−/− fibroblasts as described in Materials and Methods. At least 2 independent experiments were performed for each vesicular trafficking or ER marker. (B, C) Results are expressed as the percentage of LAMP2A that colocalizes with VAMP7 or Rab11. For Rab11/LAMP2A colocalization, 29 wild-type and 15 Ctns−/− cells were quantified. For VAMP7/LAMP2A colocalization (white arrows), 49 WT and 57 Ctns−/− cells were analyzed. Data are expressed as mean ± SEM. *P < 0.001 (unpaired t-test). Scale bars: 20 μm."}
{"words": ["WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", "treated", "for", "20", "h", "with", "either", "a", "combination", "of", "both", "leupeptin", "and", "chloroquine", "(", "CQ", "/", "Leu", ")", "or", "bafilomycin", "A", "(", "BafA", ")", "alone", "were", "fixed", "and", "immunostained", "with", "antibodies", "recognizing", "endogenous", "LAMP1", "and", "LAMP2A", "proteins", "and", "samples", "were", "analyzed", "by", "confocal", "microscopy", "as", "described", "in", "Material", "and", "Methods", ".", "Lysosomal", "colocalization", "of", "LAMP1", "and", "LAMP2A", "was", "evident", "in", "treated", "(", "middle", "lower", "and", "bottom", "panels", ")", "but", "not", "in", "untreated", "(", "middle", "upper", "panels", ")", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "Inset", "scale", "bars", ":", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT,Ctns−/− or Ctns−/− mouse fibroblasts treated for 20 h with either a combination of both leupeptin and chloroquine (CQ/Leu) or bafilomycin A (BafA) alone were fixed and immunostained with antibodies recognizing endogenous LAMP1 and LAMP2A proteins and samples were analyzed by confocal microscopy as described in Material and Methods. Lysosomal colocalization of LAMP1 and LAMP2A was evident in treated (middle lower and bottom panels) but not in untreated (middle upper panels) Ctns−/− cells. Scale bars: 5 μm. Inset scale bars: 2 μm."}
{"words": ["Lysosomes", "were", "isolated", "from", "livers", "of", "starved", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mice", "as", "described", "in", "Supplementary", "Materials", "and", "Methods", "and", "incubated", "at", "37", "°", "C", "for", "30", "min", "with", "the", "CMA", "substrate", "GAPDH", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATP", "(", "necessary", "for", "CMA", ")", "and", "protease", "inhibitors", "(", "Prot", ".", "Inhib", ".", ")", ".", "A", "fraction", "of", "the", "CMA", "reactions", "was", "then", "mixed", "with", "sample", "buffer", "and", "boiled", "at", "95", "°", "C", "for", "5", "min", ",", "followed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "GAPDH", "and", "LAMP1", "immunoblotting", ".", "Quantitative", "densitometry", "analysis", "of", "CMA", "activity", "performed", "in", "independent", "experiments", "using", "lysosomes", "isolated", "from", "a", "total", "of", "11", "WT", "and", "10", "Ctns", "−", "/", "−", "mice", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0005", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0041", ";", "N", ".", "S", ".", ",", "not", "significant", "(", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lysosomes were isolated from livers of starved wild-type (WT) and Ctns−/− mice as described in Supplementary Materials and Methods and incubated at 37°C for 30 min with the CMA substrate GAPDH, in the presence or absence of ATP (necessary for CMA) and protease inhibitors (Prot. Inhib.). A fraction of the CMA reactions was then mixed with sample buffer and boiled at 95°C for 5 min, followed by SDS-PAGE and GAPDH and LAMP1 immunoblotting.Quantitative densitometry analysis of CMA activity performed in independent experiments using lysosomes isolated from a total of 11 WT and 10 Ctns−/− mice. Results are mean ± SEM. ***P = 0.0005; **P = 0.0041; N.S., not significant (unpaired t-test)."}
{"words": ["The", "ability", "of", "lysosomal", "proteases", "to", "mediate", "GAPDH", "degradation", "was", "assessed", "by", "incubating", "Triton", "X", "-", "100", "-", "treated", "WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "lysosomes", "with", "GAPDH", "for", "30", "min", "in", "acidic", "reaction", "buffer", "and", "compared", "with", "input", "(", "reaction", "with", "no", "lysosomes", ")", ".", "Quantitative", "densitometry", "analysis", "of", "independent", "reactions", "performed", "with", "lysosomes", "from", "a", "total", "of", "9", "WT", "and", "9", "Ctns", "−", "/", "−", "mice", "shows", "no", "significant", "difference", "in", "protease", "activity", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The ability of lysosomal proteases to mediate GAPDH degradation was assessed by incubating Triton X-100-treated WT and Ctns−/− lysosomes with GAPDH for 30 min in acidic reaction buffer and compared with input (reaction with no lysosomes). Quantitative densitometry analysis of independent reactions performed with lysosomes from a total of 9 WT and 9 Ctns−/− mice shows no significant difference in protease activity. Results are mean ± SEM."}
{"words": ["WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "fibroblasts", "were", "treated", "with", "either", "50", "μM", "H2O2", "or", "1", "mM", "paraquat", "(", "PQ", ")", "for", "4", "h", "and", "stained", "with", "(", "A", ")", "FITC", "-", "annexin", "V", "or", "(", "B", ")", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", "and", "analyzed", "by", "FACS", ".", "Results", "from", "3", "different", "experiments", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "In", "(", "A", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", ".", "In", "(", "B", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "046", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0065", ".", "Unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and Ctns−/− mouse fibroblasts were treated with either 50 μM H2O2 or 1 mM paraquat (PQ) for 4 h and stained with (A) FITC-annexin V or (B) propidium iodide (PI) and analyzed by FACS. Results from 3 different experiments are shown as mean ± SEM. In (A), *P = 0.05; ***P = 0.0002. In (B), *P = 0.046; **P = 0.0065. Unpaired t-test."}
{"words": ["WT", "and", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "were", "treated", "as", "described", "above", "and", "samples", "analyzed", "by", "Western", "blot", "using", "antibodies", "recognizing", "cleaved", "(", "active", ")", "caspase", "3", ".", "Data", "are", "representative", "of", "2", "independent", "experiments", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and Ctns−/− cells were treated as described above and samples analyzed by Western blot using antibodies recognizing cleaved (active) caspase 3. Data are representative of 2 independent experiments with similar results."}
{"words": ["Cystine", "content", "in", "WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", ",", "cysteamine", "-", "treated", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "expressing", "GFP", "-", "CTNS", "was", "assessed", "by", "mass", "spectrometry", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cystine content in WT,Ctns−/−, cysteamine-treated Ctns−/− fibroblasts or Ctns−/− fibroblasts expressing GFP-CTNS was assessed by mass spectrometry."}
{"words": ["WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", ",", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "treated", "with", "1", "mM", "cysteamine", "(", "48", "h", ")", ",", "or", "Ctns", "−", "/", "−", "fibroblasts", "expressing", "GFP", "-", "CTNS", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "LAMP1", "and", "LAMP2A", "antibodies", "as", "indicated", ".", "For", "better", "visualization", "of", "LAMP1", "/", "LAMP2A", "colocalization", ",", "GFP", "-", "CTNS", "was", "pseudocolored", "as", "magenta", "and", "LAMP1", "was", "pseudocolored", "as", "green", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Some", "lysosomes", "are", "indicated", "with", "arrows", ".", "Arrowheads", "indicate", "LAMP2A", "distribution", "to", "structures", "different", "from", "lysosomes", "(", "only", "observed", "in", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "and", "in", "cysteamine", "-", "treated", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ")", ".", "Rescue", "of", "the", "LAMP2A", "localization", "to", "lysosomes", "was", "observed", "in", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", "expressing", "GFP", "-", "CTNS", ".", "Scale", "bar", ":", "2", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "colocalization", "analysis", "described", "in", "(", "B", ")", ".", "Calculation", "of", "the", "Pearson", "'", "s", "colocalization", "coefficient", "was", "done", "by", "analyzing", "113", "WT", ",", "251", "Ctns", "−", "/", "−", ",", "88", "cysteamine", "-", "treated", "and", "164", "GFP", "-", "CTNS", "-", "expressing", "Ctns", "−", "/", "−", "cells", ",", "by", "using", "the", "ZEN", "2010", "software", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "NS", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT, Ctns−/−, Ctns−/− fibroblasts treated with 1 mM cysteamine (48 h), or Ctns−/− fibroblasts expressing GFP-CTNS were fixed and stained with anti-LAMP1 and LAMP2A antibodies as indicated. For better visualization of LAMP1/LAMP2A colocalization, GFP-CTNS was pseudocolored as magenta and LAMP1 was pseudocolored as green (lower panels). Some lysosomes are indicated with arrows. Arrowheads indicate LAMP2A distribution to structures different from lysosomes (only observed in Ctns−/− cells and in cysteamine-treated Ctns−/− cells). Rescue of the LAMP2A localization to lysosomes was observed in Ctns−/− cells expressing GFP-CTNS. Scale bar: 2 μm.Quantification of the colocalization analysis described in (B). Calculation of the Pearson's colocalization coefficient was done by analyzing 113 WT, 251 Ctns−/−, 88 cysteamine-treated and 164 GFP-CTNS-expressing Ctns−/− cells, by using the ZEN 2010 software. Results are mean ± SEM. ***P < 0.001; NS, not significant (one-way ANOVA, Bonferroni's multiple comparisons test)."}
{"words": ["Cystine", "content", "in", "WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", "and", "cysteamine", "-", "treated", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "livers", "was", "assessed", "by", "mass", "spectrometry", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0026", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cystine content in WT,Ctns−/− and cysteamine-treated Ctns−/− mouse livers was assessed by mass spectrometry. Results are mean ± SEM (n = 4). ***P < 0.001; **P = 0.0026 (one-way ANOVA, Bonferroni's multiple comparisons test)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "LAMP2A", "expression", "in", "lysosomes", "isolated", "from", "WT", ",", "Ctns", "−", "/", "−", "and", "cysteamine", "-", "treated", "Ctns", "−", "/", "−", "mouse", "livers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of LAMP2A expression in lysosomes isolated from WT,Ctns−/− and cysteamine-treated Ctns−/− mouse livers."}
{"words": ["Lysosomes", ",", "isolated", "as", "in", "(", "B", ")", ",", "were", "incubated", "with", "the", "CMA", "substrate", "GAPDH", ",", "and", "CMA", "activity", "was", "evaluated", "as", "in", "Fig8", "and", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "substrate", "degradation", "is", "expressed", "as", "percent", "of", "the", "residual", "amount", "of", "GAPDH", "in", "the", "full", "reaction", "relative", "to", "its", "amount", "in", "the", "presence", "of", "protease", "inhibitors", ".", "Results", "are", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0126", "for", "WT", "versus", "Ctns", "−", "/", "−", "and", "*", "P", "=", "0", ".", "0436", "for", "WT", "versus", "Ctns", "−", "/", "−", "+", "cysteamine", ";", "NS", ",", "not", "significant", ";", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lysosomes, isolated as in (B), were incubated with the CMA substrate GAPDH, and CMA activity was evaluated as in Fig8 and as described in Materials and Methods.Quantitative analysis of substrate degradation is expressed as percent of the residual amount of GAPDH in the full reaction relative to its amount in the presence of protease inhibitors. Results are mean ± SEM (n = 4). *P = 0.0126 for WT versus Ctns−/− and *P = 0.0436 for WT versus Ctns−/− + cysteamine; NS, not significant; unpaired t-test."}
{"words": ["A", "The", "intrinsic", "fluorescence", "of", "NAD", "(", "P", ")", "H", "co", "-", "localizes", "extensively", "with", "mitochondria", "(", "marked", "by", "Mitotracker", "CMXRos", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": " A The intrinsic fluorescence of NAD(P)H co-localizes extensively with mitochondria (marked by Mitotracker CMXRos) "}
{"words": ["B", "2P", "-", "FLIM", "detects", "the", "fraction", "of", "NAD", "(", "P", ")", "H", "bound", "to", "enzyme", "partners", "(", "a2", "%", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B 2P-FLIM detects the fraction of NAD(P)H bound to enzyme partners (a2%) "}
{"words": ["a2", "%", "values", "(", "starved", ",", "and", "after", "insulin", "or", "R", "+", "L", "addition", ")", "were", "recorded", "pixel", "by", "pixel", "for", "mouse", "cortical", "(", "C", "neurons", ".", "Each", "colored", "line", "in", "the", "center", "panel", "graphs", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", "before", "and", "after", "stimulation", ",", "respectively", ".", "Using", "the", "same", "raw", "data", ",", "the", "relative", "contributions", "of", "NADH", "and", "NADPH", "to", "the", "total", "a2", "%", "values", "were", "calculated", "(", "Blacker", "et", "al", ",", "2014", ")", "and", "are", "shown", "in", "the", "right", "panel", "bar", "graphs", ".", "NADH", "and", "NAD", "(", "P", ")", "H", "contributed", "an", "average", "of", "63", "%", "and", "37", "%", ",", "respectively", ",", "of", "the", "total", "a2", "%", "values", ".", "All", "statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a2% values (starved, and after insulin or R+L addition) were recorded pixel by pixel for mouse cortical (C neurons. Each colored line in the center panel graphs refers to a single field of view containing 2-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view before and after stimulation, respectively. Using the same raw data, the relative contributions of NADH and NADPH to the total a2% values were calculated (Blacker et al, 2014) and are shown in the right panel bar graphs. NADH and NAD(P)H contributed an average of 63% and 37%, respectively, of the total a2% values. All statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-tests"}
{"words": ["D", "a2", "%", "values", "(", "starved", ",", "and", "after", "insulin", "or", "R", "+", "L", "addition", ")", "were", "recorded", "pixel", "by", "pixel", "fo", "human", "(", "D", ")", "neurons", ".", "Each", "colored", "line", "in", "the", "center", "panel", "graphs", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", "before", "and", "after", "stimulation", ",", "respectively", ".", "Using", "the", "same", "raw", "data", ",", "the", "relative", "contributions", "of", "NADH", "and", "NADPH", "to", "the", "total", "a2", "%", "values", "were", "calculated", "(", "Blacker", "et", "al", ",", "2014", ")", "and", "are", "shown", "in", "the", "right", "panel", "bar", "graphs", ".", "NADH", "and", "NAD", "(", "P", ")", "H", "contributed", "an", "average", "of", "63", "%", "and", "37", "%", ",", "respectively", ",", "of", "the", "total", "a2", "%", "values", ".", "All", "statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D a2% values (starved, and after insulin or R+L addition) were recorded pixel by pixel fo human (D) neurons. Each colored line in the center panel graphs refers to a single field of view containing 2-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view before and after stimulation, respectively. Using the same raw data, the relative contributions of NADH and NADPH to the total a2% values were calculated (Blacker et al, 2014) and are shown in the right panel bar graphs. NADH and NAD(P)H contributed an average of 63% and 37%, respectively, of the total a2% values. All statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-tests"}
{"words": ["Wild", "type", "(", "WT", ")", "mouse", "cortical", "neurons", "cultured", "for", "10", "days", "in", "vitro", "(", "A", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ".", "Next", ",", "the", "cells", "were", "imaged", "immediately", "(", "starved", ")", ",", "after", "which", "either", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", ")", "or", "insulin", "were", "added", ".", "Thirty", "minutes", "later", "the", "cells", "were", "imaged", "again", ".", "Finally", ",", "the", "mTOR", "inhibitor", ",", "Torin1", "was", "added", ",", "and", "after", "an", "additional", "30", "minutes", ",", "the", "cells", "were", "imaged", "for", "the", "last", "time", ".", "Histograms", "represent", "changes", "in", "the", "fraction", "of", "enzyme", "-", "bound", "NAD", "(", "P", ")", "H", "(", "a2", "%", ")", "for", "each", "condition", ".", "Note", "that", "insulin", "and", "amino", "acids", "significantly", "increased", "the", "a2", "%", "values", ",", "which", "was", "reversed", "by", "Torin1", "-", "mediated", "inhibition", "of", "mTORC1", ".", "Average", "data", "from", "5", "fields", "of", "view", "per", "condition", "are", "shown", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type (WT) mouse cortical neurons cultured for 10 days in vitro (A were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours. Next, the cells were imaged immediately (starved), after which either amino acids (R+L) or insulin were added. Thirty minutes later the cells were imaged again. Finally, the mTOR inhibitor, Torin1 was added, and after an additional 30 minutes, the cells were imaged for the last time. Histograms represent changes in the fraction of enzyme-bound NAD(P)H (a2%) for each condition. Note that insulin and amino acids significantly increased the a2% values, which was reversed by Torin1-mediated inhibition of mTORC1. Average data from 5 fields of view per condition are shown. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["human", "neurons", "differentiated", "in", "culture", "for", "30", "days", "from", "ReNcell", "VM", "neuronal", "progenitor", "cells", "(", "B", ")", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ".", "Next", ",", "the", "cells", "were", "imaged", "immediately", "(", "starved", ")", ",", "after", "which", "either", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", ")", "or", "insulin", "were", "added", ".", "Thirty", "minutes", "later", "the", "cells", "were", "imaged", "again", ".", "Finally", ",", "the", "mTOR", "inhibitor", ",", "Torin1", "was", "added", ",", "and", "after", "an", "additional", "30", "minutes", ",", "the", "cells", "were", "imaged", "for", "the", "last", "time", ".", "Histograms", "represent", "changes", "in", "the", "fraction", "of", "enzyme", "-", "bound", "NAD", "(", "P", ")", "H", "(", "a2", "%", ")", "for", "each", "condition", ".", "Note", "that", "insulin", "and", "amino", "acids", "significantly", "increased", "the", "a2", "%", "values", ",", "which", "was", "reversed", "by", "Torin1", "-", "mediated", "inhibition", "of", "mTORC1", ".", "Average", "data", "from", "5", "fields", "of", "view", "per", "condition", "are", "shown", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "human neurons differentiated in culture for 30 days from ReNcell VM neuronal progenitor cells (B) were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours. Next, the cells were imaged immediately (starved), after which either amino acids (R+L) or insulin were added. Thirty minutes later the cells were imaged again. Finally, the mTOR inhibitor, Torin1 was added, and after an additional 30 minutes, the cells were imaged for the last time. Histograms represent changes in the fraction of enzyme-bound NAD(P)H (a2%) for each condition. Note that insulin and amino acids significantly increased the a2% values, which was reversed by Torin1-mediated inhibition of mTORC1. Average data from 5 fields of view per condition are shown. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["C", "Raptor", "-", "depleted", ",", "WT", "cortical", "neurons", "were", "imaged", "by", "2P", "-", "FLIM", "before", "and", "30", "minutes", "after", "treatment", "with", "insulin", ".", "Inhibiting", "mTORC1", "by", "depleting", "Raptor", "with", "shRNA", "made", "mitochondria", "insensitive", "to", "insulin", ".", "Shown", "here", "are", "average", "data", "from", "4", "fields", "of", "view", "of", "a", "single", "replicate", "out", "of", "a", "total", "of", "3", "replicates", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "assays", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test"], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Raptor-depleted, WT cortical neurons were imaged by 2P-FLIM before and 30 minutes after treatment with insulin. Inhibiting mTORC1 by depleting Raptor with shRNA made mitochondria insensitive to insulin. Shown here are average data from 4 fields of view of a single replicate out of a total of 3 replicates. Western blots are representative of 3 independent assays. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test "}
{"words": ["A", "Human", "neurons", "differentiated", "in", "culture", "for", "30", "days", "from", "ReNcell", "VM", "neuronal", "progenitor", "cells", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "(", "HBSS", ")", "for", "2", "hours", ".", "Next", ",", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", ")", ",", "insulin", ",", "insulin", "+", "R", "+", "L", ",", "or", "the", "oxidative", "phosphorylation", "inhibitor", ",", "NaN3", ",", "were", "added", ",", "or", "the", "HBSS", "was", "replaced", "with", "complete", "medium", ".", "One", "hour", "later", "cellular", "reactive", "oxygen", "species", "(", "ROS", ")", ",", "ATP", "levels", "and", "oxygen", "consumption", "were", "measured", ".", "The", "data", "were", "collected", "from", "3", "independent", "assays", "in", "which", "each", "experimental", "condition", "contained", "6", "-", "8", "replicates", ".", "Error", "bars", "represent", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Human neurons differentiated in culture for 30 days from ReNcell VM neuronal progenitor cells were serum-starved in Hank's balanced salt solution (HBSS) for 2 hours. Next, amino acids (R+L), insulin, insulin + R+L, or the oxidative phosphorylation inhibitor, NaN3, were added, or the HBSS was replaced with complete medium. One hour later cellular reactive oxygen species (ROS), ATP levels and oxygen consumption were measured. The data were collected from 3 independent assays in which each experimental condition contained 6-8 replicates. Error bars represent ± s.e.m. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["B", "MP", "-", "PAM", "imaging", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", "mouse", "cerebral", "cortex", "through", "an", "open", "-", "skull", "window", "1", "hour", "after", "topical", "application", "of", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", ")", ".", "A", "decrease", "in", "blood", "oxygenation", "of", "the", "cortical", "vasculature", "was", "observed", ",", "indicating", "elevated", "oxygen", "extraction", "and", "consumption", "due", "to", "upregulation", "of", "mitochondrial", "activity", ".", "Data", "were", "obtained", "from", "3", "mice", ",", "each", "of", "which", "was", "measured", "once", "for", "O2", "saturation", ",", "oxygen", "extraction", "fraction", "(", "OEF", ")", "and", "cerebral", "metabolic", "rate", "of", "oxygen", "(", "CMRO2", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "±", "s", ".", "e", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B MP-PAM imaging of wild type (WT) mouse cerebral cortex through an open-skull window 1 hour after topical application of amino acids (R+L). A decrease in blood oxygenation of the cortical vasculature was observed, indicating elevated oxygen extraction and consumption due to upregulation of mitochondrial activity. Data were obtained from 3 mice , each of which was measured once for O2 saturation, oxygen extraction fraction (OEF) and cerebral metabolic rate of oxygen (CMRO2). Error bars represent ± s.e.m"}
{"words": ["C", "MP", "-", "PAM", "imaging", "of", "WT", "mouse", "cerebral", "cortex", "through", "an", "open", "-", "skull", "window", "beginning", "at", "baseline", ",", "which", "corresponded", "to", "30", "minutes", "after", "suppression", "of", "mTORC1", "activity", "by", "a", "single", "topical", "application", "of", "1", "µM", "rapamycin", ".", "Baseline", "levels", "of", "O2", "saturation", "and", "blood", "flow", "speed", "were", "recorded", ",", "after", "which", "R", "+", "L", "was", "applied", "to", "the", "open", "skull", "window", ".", "One", "hour", "later", ",", "O2", "saturation", "and", "blood", "flow", "speed", "were", "recorded", "again", ".", "Data", "were", "obtained", "from", "4", "mice", ",", "each", "of", "which", "was", "measured", "once", "for", "O2", "saturation", ",", "oxygen", "extraction", "fraction", "(", "OEF", ")", "and", "cerebral", "metabolic", "rate", "of", "oxygen", "(", "CMRO2", ")", ".", "Note", "that", "no", "significant", "changes", "in", "O2", "saturation", "or", "OEF", "were", "observed", "after", "R", "+", "L", "stimulation", ",", "in", "contrast", "to", "what", "was", "observed", "in", "the", "absence", "of", "rapamycin", "(", "Fig", "3B", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "±", "s", ".", "e", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C MP-PAM imaging of WT mouse cerebral cortex through an open-skull window beginning at baseline, which corresponded to 30 minutes after suppression of mTORC1 activity by a single topical application of 1 µM rapamycin. Baseline levels of O2 saturation and blood flow speed were recorded, after which R+L was applied to the open skull window. One hour later, O2 saturation and blood flow speed were recorded again. Data were obtained from 4 mice, each of which was measured once for O2 saturation, oxygen extraction fraction (OEF) and cerebral metabolic rate of oxygen (CMRO2). Note that no significant changes in O2 saturation or OEF were observed after R+L stimulation, in contrast to what was observed in the absence of rapamycin (Fig 3B). Error bars represent ± s.e.m"}
{"words": ["A", "Human", "neurons", "differentiated", "in", "culture", "for", "30", "days", "from", "ReNcell", "VM", "neuronal", "progenitors", "(", "Control", ")", ",", "or", "otherwise", "identical", "cells", "expressing", "Flag", "-", "Raptor", "fused", "to", "either", "the", "plasma", "membrane", "targeting", "signal", "of", "H", "-", "Ras", "or", "the", "lysosomal", "targeting", "signal", "of", "Rheb", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ",", "and", "then", "imaged", "by", "2P", "-", "FLIM", "before", "and", "30", "minutes", "after", "addition", "of", "insulin", ".", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "5", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test", "(", "ns", ":", "not", "significant", ")", ".", "Expression", "of", "the", "Flag", "-", "Raptor", "fusion", "proteins", "was", "confirmed", "by", "western", "blotting", "(", "right", "panel", ")", ".", "Note", "that", "NiMA", "was", "supported", "when", "mTORC1", "was", "targeted", "to", "lysosomes", "(", "Flag", "-", "Raptor", "Rheb15", ")", ",", "but", "not", "to", "the", "plasma", "membrane", "(", "Flag", "-", "Raptor", "H", "-", "Ras25", ")", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Human neurons differentiated in culture for 30 days from ReNcell VM neuronal progenitors (Control), or otherwise identical cells expressing Flag-Raptor fused to either the plasma membrane targeting signal of H-Ras or the lysosomal targeting signal of Rheb were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours, and then imaged by 2P-FLIM before and 30 minutes after addition of insulin. Each colored line refers to a single field of view containing 5-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test (ns: not significant). Expression of the Flag-Raptor fusion proteins was confirmed by western blotting (right panel). Note that NiMA was supported when mTORC1 was targeted to lysosomes (Flag-Raptor Rheb15), but not to the plasma membrane (Flag-Raptor H-Ras25). Western blots are representative of 3 independent assays"}
{"words": ["B", "Mouse", "cortical", "neurons", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", "were", "treated", "with", "AβOs", ",", "insulin", "or", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", ")", "for", "30", "minutes", ",", "and", "then", "were", "fixed", "and", "double", "labeled", "with", "anti", "-", "mTOR", ",", "and", "either", "anti", "-", "LAMP1", "or", "Mitotracker", "CMXRos", ".", "Error", "bars", "represent", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Data", "are", "representative", "of", "3", "independent", "assays"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Mouse cortical neurons starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours were treated with AβOs, insulin or amino acids (R+L) for 30 minutes, and then were fixed and double labeled with anti-mTOR, and either anti-LAMP1 or Mitotracker CMXRos. Error bars represent ± s.e.m. Data are representative of 3 independent assays "}
{"words": ["C", "Reducing", "Bcl", "-", "xL", "expression", "in", "WT", "mouse", "cortical", "neurons", "does", "not", "affect", "NiMA", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "assays", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Reducing Bcl-xL expression in WT mouse cortical neurons does not affect NiMA. Western blots are representative of 3 independent assays. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test "}
{"words": ["A", "DNA", "replication", "in", "mitochondrial", "replisomes", "was", "detected", "in", "mouse", "cortical", "neurons", "after", "a", "3", "-", "hour", "pulse", "of", "the", "thymidine", "analog", ",", "EdU", ".", "Cells", "were", "labeled", "additionally", "with", "the", "mitochondrial", "marker", ",", "Mitotracker", "CMXRos", ",", "and", "with", "an", "antibody", "to", "the", "neuron", "marker", ","], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A DNA replication in mitochondrial replisomes was detected in mouse cortical neurons after a 3-hour pulse of the thymidine analog, EdU. Cells were labeled additionally with the mitochondrial marker, Mitotracker CMXRos, and with an antibody to the neuron marker, MAP2"}
{"words": ["B", "Quantification", "of", "EdU", "uptake", "into", "mouse", "cortical", "neuron", "replisomes", "showed", "that", "nutrients", "inhibit", "­", "mtDNA", "replication", "by", "~", "60", "%", ",", "an", "effect", "that", "was", "blocked", "by", "AβOs", ".", "Error", "bars", "represent", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "\"", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "are", "representative", "of", "3", "independent"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Quantification of EdU uptake into mouse cortical neuron replisomes showed that nutrients inhibit ­mtDNA replication by ~60%, an effect that was blocked by AβOs. Error bars represent ± s.e.m. Statistical analyses were performed using Student\"s two-tailed unpaired t-test and are representative of 3 independent a"}
{"words": ["C", "WT", "mouse", "cortical", "neurons", "expressing", "either", "Flag", "-", "Raptor", "H", "-", "Ras25", "or", "Flag", "-", "Raptor", "Rheb15", "were", "serum", "-", "starved", "in", "AβO", "-", "containing", "Hank", "\"", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ".", "Next", ",", "the", "cells", "were", "pulse", "-", "labeled", "for", "3", "hours", "with", "EdU", ".", "Note", "that", "forcing", "mTORC1", "to", "the", "plasma", "membrane", "(", "Flag", "-", "Raptor", "H", "-", "Ras25", ")", "yielded", "an", "~", "80", "%", "increase", "in", "EdU", "incorporation", "into", "mtDNA", "in", "the", "presence", "of", "AβOs", "regardless", "of", "whether", "or", "not", "the", "neurons", "had", "been", "stimulated", "with", "insulin", "+", "R", "+", "L", ".", "In", "contrast", ",", "EdU", "uptake", "into", "mitochondrial", "replisomes", "was", "not", "stimulated", "by", "AβOs", "in", "neurons", "whose", "mTORC1", "was", "forced", "to", "lysosomes", "(", "Flag", "-", "Raptor", "-", "Rheb15", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "±"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C WT mouse cortical neurons expressing either Flag-Raptor H-Ras25 or Flag-Raptor Rheb15 were serum-starved in AβO-containing Hank\"s balanced salt solution for 2 hours. Next, the cells were pulse-labeled for 3 hours with EdU. Note that forcing mTORC1 to the plasma membrane (Flag-Raptor H-Ras25) yielded an ~80% increase in EdU incorporation into mtDNA in the presence of AβOs regardless of whether or not the neurons had been stimulated with insulin+R+L. In contrast, EdU uptake into mitochondrial replisomes was not stimulated by AβOs in neurons whose mTORC1 was forced to lysosomes (Flag-Raptor-Rheb15). Error bars represent ±"}
{"words": ["A", "Unmodified", "ReNcell", "VM", "human", "neuronal", "progenitor", "cells", "were", "co", "-", "plated", "with", "comparable", "Ren", "-", "GFP", "or", "Ren", "-", "APPSL", "cells", "into", "3", "-", "dimensional", "Matrigel", "matrices", ",", "and", "differentiated", "into", "neurons", "for", "60", "days", ".", "Cytosolic", "GFP", "is", "produced", "by", "both", "Ren", "-", "GFP", "and", "Ren", "-", "APPSL", "cells", ",", "and", "the", "latter", "also", "produce", "pathogenic", "human", "APP", "with", "the", "Swedish", "and", "London", "mutations", ",", "and", "secrete", "Aβ", "that", "becomes", "entrapped", "in", "the", "Matrige", "Following", "neuronal", "differentiation", ",", "2P", "-", "FLIM", "was", "used", "to", "monitor", "NiMA", "in", "the", "ReNcell", "VM", "neurons", ",", "which", "were", "discriminated", "from", "Ren", "-", "GFP", "and", "Ren", "-", "APPSL", "neurons", "because", "they", "lack", "GFP", ".", "Note", "that", "NiMA", "was", "observed", "in", "ReNcell", "VM", "neurons", "when", "they", "were", "co", "-", "cultured", "with", "Ren", "-", "GFP", "neurons", ",", "but", "not", "when", "they", "were", "co", "-", "cultured", "with", "Ren", "-", "APPSL", "neurons", ".", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "5", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "of", "the", "same", "color", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Unmodified ReNcell VM human neuronal progenitor cells were co-plated with comparable Ren-GFP or Ren-APPSL cells into 3-dimensional Matrigel matrices, and differentiated into neurons for 60 days. Cytosolic GFP is produced by both Ren-GFP and Ren-APPSL cells, and the latter also produce pathogenic human APP with the Swedish and London mutations, and secrete Aβ that becomes entrapped in the Matrige Following neuronal differentiation, 2P-FLIM was used to monitor NiMA in the ReNcell VM neurons, which were discriminated from Ren-GFP and Ren-APPSL neurons because they lack GFP. Note that NiMA was observed in ReNcell VM neurons when they were co-cultured with Ren-GFP neurons, but not when they were co-cultured with Ren-APPSL neurons. Each colored line refers to a single field of view containing 5-15 cells, and each pair of solid and dotted lines of the same color refers to the same field of view. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["B", "ReNcell", "VM", "cells", "were", "differentiated", "into", "neurons", "for", "30", "days", "in", "2D", "cultures", ".", "Subsequent", "AβO", "exposure", "for", "16", "hours", "blocked", "NiMA", ",", "but", "expression", "of", "Flag", "-", "Raptor", "-", "Rheb15", ",", "which", "forces", "mTORC1", "to", "lysosomes", ",", "prevented", "NiMA", "inhibition", "by", "AβOs", ".", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "5", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "identically", "colored", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Flag", "-", "Raptor", "-", "Rheb15", "expression", "was", "confirmed", "by", "western", "blot", "­", "ting", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B ReNcell VM cells were differentiated into neurons for 30 days in 2D cultures. Subsequent AβO exposure for 16 hours blocked NiMA, but expression of Flag-Raptor-Rheb15, which forces mTORC1 to lysosomes, prevented NiMA inhibition by AβOs. Each colored line refers to a single field of view containing 5-15 cells, and each identically colored pair of solid and dotted lines refers to the same field of view. Flag-Raptor -Rheb15 expression was confirmed by western blot­ting. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test. Western blots are representative of 3 independent assays"}
{"words": ["A", "Cortical", "mouse", "neurons", "from", "tau", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ".", "The", "cells", "were", "then", "imaged", "for", "NiMA", ",", "after", "which", "insulin", "or", "amino", "acids", "were", "immediately", "added", ",", "and", "the", "cells", "were", "then", "imaged", "again", "30", "minutes", "later", "Data", "information", ":", "Each", "colored", "lin", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Cortical mouse neurons from tau knockout (KO) mice were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours. The cells were then imaged for NiMA, after which insulin or amino acids were immediately added, and the cells were then imaged again 30 minutes later Data information: Each colored lin refers to a single field of view containing 2-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["B", "Cortical", "mouse", "neurons", "from", "tau", "KO", "mice", "were", "treated", "with", "AβOs", "for", "18", "hours", "before", "being", "serum", "-", "starved", "in", "AβO", "-", "containing", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", ".", "The", "cells", "were", "then", "imaged", "for", "NiMA", ",", "after", "which", "insulin", "was", "immediately", "added", ",", "and", "the", "cells", "were", "then", "imaged", "again", "30", "minutes", "later", ".", "Note", "that", "NiMA", "occurred", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "AβOs", ",", "which", "inhibited", "NiMA", "in", "wild", "type", "human", "neuron", "Data", "information", ":", "Each", "colored", "lin", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Cortical mouse neurons from tau KO mice were treated with AβOs for 18 hours before being serum-starved in AβO-containing Hank's balanced salt solution for 2 hours. The cells were then imaged for NiMA, after which insulin was immediately added, and the cells were then imaged again 30 minutes later. Note that NiMA occurred in the absence or presence of AβOs, which inhibited NiMA in wild type human neuron Data information: Each colored lin refers to a single field of view containing 2-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["Wild", "type", "mouse", "cortical", "neurons", "depleted", "of", "Nprl", "with", "shRNA", "had", "mitochondria", "that", "were", "insensitive", "to", "amino", "acids", "(", "R", "+", "L", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "5", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Knockdown", "efficiency", "was", "monitored", "by", "western", "blotting", "of", "phosphorylated", "ribosomal", "S6", "protein", ",", "a", "downstream", "target", "of", "the", "mTORC1", "-", "S6K", "pathway", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "assays", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type mouse cortical neurons depleted of Nprl with shRNA had mitochondria that were insensitive to amino acids (R+L Each colored line refers to a single field of view containing 5-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view. Knockdown efficiency was monitored by western blotting of phosphorylated ribosomal S6 protein, a downstream target of the mTORC1-S6K pathway. Western blots are representative of 3 independent assays. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["Wild", "type", "mouse", "cortical", "neurons", "depleted", "o", "Tsc2", "with", "shRNA", "had", "mitochondria", "tha", "were", "insensitive", "t", "insuli", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "5", "-", "15", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "(", "same", "color", ")", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Knockdown", "efficiency", "was", "monitored", "by", "western", "blotting", "of", "phosphorylated", "ribosomal", "S6", "protein", ",", "a", "downstream", "target", "of", "the", "mTORC1", "-", "S6K", "pathway", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "assays", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type mouse cortical neurons depleted o Tsc2 with shRNA had mitochondria tha were insensitive t insuli Each colored line refers to a single field of view containing 5-15 cells, and each pair of solid and dotted lines (same color) refers to the same field of view. Knockdown efficiency was monitored by western blotting of phosphorylated ribosomal S6 protein, a downstream target of the mTORC1-S6K pathway. Western blots are representative of 3 independent assays. Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["(", "D", "Human", "fibroblasts", "deficient", "in", "Tsc2", "(", "TSC2", "Δexons1", "-", "14", ")", "were", "imaged", "before", "and", "30", "minutes", "after", "insulin", "addition", ".", "Lack", "of", "Tsc2", "made", "mitochondria", "insensitive", "to", "insulin", "Cultures", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", "before", "stimulation", "with", "insulin", "or", "amino", "acids", ",", "and", "were", "imaged", "before", "and", "30", "minutes", "after", "stimulation", ".", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "5", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "of", "the", "same", "color", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D Human fibroblasts deficient in Tsc2 (TSC2 Δexons1-14) were imaged before and 30 minutes after insulin addition. Lack of Tsc2 made mitochondria insensitive to insulin Cultures were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours before stimulation with insulin or amino acids, and were imaged before and 30 minutes after stimulation. Each colored line refers to a single field of view containing 2-5 cells, and each pair of solid and dotted lines of the same color refers to the same field of view Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test"}
{"words": ["(", "E", ")", "Re", "-", "expression", "of", "human", "Tsc2", "rescues", "mitochondrial", "responses", "to", "insulin", ".", "Cultures", "were", "serum", "-", "starved", "in", "Hank", "'", "s", "balanced", "salt", "solution", "for", "2", "hours", "before", "stimulation", "with", "insulin", "or", "amino", "acids", ",", "and", "were", "imaged", "before", "and", "30", "minutes", "after", "stimulation", ".", "Each", "colored", "line", "refers", "to", "a", "single", "field", "of", "view", "containing", "2", "-", "5", "cells", ",", "and", "each", "pair", "of", "solid", "and", "dotted", "lines", "of", "the", "same", "color", "refers", "to", "the", "same", "field", "of", "view", ".", "Re", "-", "expression", "of", "the", "Flag", "-", "WT", "Tsc2", "was", "corroborated", "by", "indirect", "immun", "­", "o", "­", "fluorescence", "(", "IF", ")", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Re-expression of human Tsc2 rescues mitochondrial responses to insulin. Cultures were serum-starved in Hank's balanced salt solution for 2 hours before stimulation with insulin or amino acids, and were imaged before and 30 minutes after stimulation. Each colored line refers to a single field of view containing 2-5 cells, and each pair of solid and dotted lines of the same color refers to the same field of view. Re-expression of the Flag-WT Tsc2 was corroborated by indirect immun­o­fluorescence (IF). Statistical analyses were performed using Student's two-tailed unpaired t-test "}
{"words": ["A", ".", "Immunofluorescence", "microscopy", "of", "control", ",", "parental", "and", "patient", "fibroblasts", "labeled", "for", "LAMP", "-", "1", ".", "Patient", "fibroblasts", "(", "VPS41S285P", "/", "R662", "*", "and", "VPS41c", ".", "1423", "-", "2A", ">", "G", "/", "R662", "*", ")", "show", "more", "LAMP", "-", "1", "puncta", ",", "which", "are", "distributed", "throughout", "the", "cell", ".", "(", "A", "'", ")", "Quantification", "shows", "a", "significant", "increase", "in", "the", "number", "of", "LAMP", "-", "1", "positive", "compartments", "for", "both", "patients", ".", ">", "15", "Cells", "per", "condition", "were", "quantified", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunofluorescence microscopy of control, parental and patient fibroblasts labeled for LAMP-1. Patient fibroblasts (VPS41S285P/R662* and VPS41c.1423-2A>G/R662*) show more LAMP-1 puncta, which are distributed throughout the cell. (A') Quantification shows a significant increase in the number of LAMP-1 positive compartments for both patients. >15 Cells per condition were quantified (n=3). Scale bars, 10µm."}
{"words": ["D", ".", "HeLaVPS41KO", "cells", "transfected", "with", "VPS41WT", "-", "APEX2", "-", "V5", ",", "VPS41S285P", "-", "APEX2", "-", "V5", "or", "VPS41R662", "*", "-", "APEX2", "-", "V5", "constructs", "labeled", "for", "LAMP", "-", "1", "and", "V5", "immunofluorescence", "microscopy", ".", "All", "VPS41", "variants", "co", "-", "localize", "with", "LAMP", "-", "1", ",", "indicating", "that", "VPS41S285P", "and", "VPS41R662", "*", "are", "recruited", "to", "late", "endosomes", "/", "lysosomes", ".", "Scale", "bars", "10µm", ";", "zoom", "of", "squared", "area", ",", "1µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. HeLaVPS41KO cells transfected with VPS41WT-APEX2-V5, VPS41S285P-APEX2-V5 or VPS41R662*-APEX2-V5 constructs labeled for LAMP-1 and V5 immunofluorescence microscopy. All VPS41 variants co-localize with LAMP-1, indicating that VPS41S285P and VPS41R662* are recruited to late endosomes/lysosomes. Scale bars 10µm; zoom of squared area, 1µm."}
{"words": ["H", ".", "VPS41WT", "/", "WT", ",", "VPS41WT", "/", "R662", "*", "and", "VPS41S285P", "/", "R662", "*", "primary", "fibroblasts", "incubated", "with", "Dextran", "-", "568", "for", "0", ".", "5", ",", "2", ",", "5", ",", "8", "and", "24", "hours", ".", "Colocalization", "of", "Dextran", "-", "568", "and", "SiR", "-", "Lysosome", "Cathepsin", "D", "(", "SiR", "-", "Lyso", ")", "reveals", "a", "delay", "in", "lysosomal", "delivery", "in", "maternal", "(", "VPS41WT", "/", "R662", "*", ")", "and", "patient", "(", "VPS41S285P", "/", "R662", "*", ")", "cells", "at", "2", "hours", "of", "Dextran", "uptake", ".", "After", "5", "hours", ",", "maternal", "cells", "show", "similar", "to", "control", "colocalization", "levels", ".", "Patient", "cells", "show", "only", "after", "24", "hours", "colocalization", "levels", "similar", "to", "control", ",", "indicating", "a", "delay", "rather", "than", "a", "block", "in", "late", "endosome", "-", "lysosome", "fusion", ".", ">", "10", "Cells", "per", "cell", "line", "were", "quantified", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. VPS41WT/WT, VPS41WT/R662* and VPS41S285P/R662* primary fibroblasts incubated with Dextran-568 for 0.5, 2, 5, 8 and 24 hours. Colocalization of Dextran-568 and SiR-Lysosome Cathepsin D (SiR-Lyso) reveals a delay in lysosomal delivery in maternal (VPS41WT/R662*) and patient (VPS41S285P/R662*) cells at 2 hours of Dextran uptake. After 5 hours, maternal cells show similar to control colocalization levels. Patient cells show only after 24 hours colocalization levels similar to control, indicating a delay rather than a block in late endosome - lysosome fusion. >10 Cells per cell line were quantified."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "of", "LC3", "expression", "levels", "in", "control", "and", "patient", "fibroblasts", ".", "In", "steady", "state", "(", "0", "hours", ")", "conditions", ",", "patient", "fibroblasts", "have", "a", "higher", "ratio", "of", "lipidated", "LC3", "(", "LC3II", ")", ":", "LC3I", "than", "control", "cells", ".", "Induction", "of", "autophagy", "by", "nutrient", "starvation", "(", "2", "hours", "incubation", "with", "minimal", "EBSS", "medium", ")", "results", "in", "a", "raise", "in", "LC3II", ":", "LC3I", "ratio", "in", "both", "control", "and", "patient", "cells", ",", "but", "in", "VPS41S285P", "/", "R662", "*", "fibroblasts", "this", "increase", "is", "only", "modest", "(", "quantified", "in", "A", "'", ")", "(", "n", "=", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot of LC3 expression levels in control and patient fibroblasts. In steady state (0 hours) conditions, patient fibroblasts have a higher ratio of lipidated LC3 (LC3II):LC3I than control cells. Induction of autophagy by nutrient starvation (2 hours incubation with minimal EBSS medium) results in a raise in LC3II:LC3I ratio in both control and patient cells, but in VPS41S285P/R662* fibroblasts this increase is only modest (quantified in A') (n=2)."}
{"words": ["E", ".", "Immunofluorescence", "of", "HeLaWT", "and", "HeLaVPS41KO", "cells", "transfected", "with", "LC3GFP", "/", "RFP", "tandem", "construct", ".", "The", "increased", "percentage", "of", "GFP", "/", "RFP", "-", "positive", "compartments", "in", "HeLaVPS41KO", "cells", "indicate", "a", "block", "in", "autophagic", "flux", "(", "quantified", "in", "E", "'", ")", ".", ">", "12", "Cells", "per", "cell", "line", "were", "quantified", ".", "Scale", "bars", "10µm", ";", "zoom", ",", "1µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Immunofluorescence of HeLaWT and HeLaVPS41KO cells transfected with LC3GFP/RFP tandem construct. The increased percentage of GFP/RFP-positive compartments in HeLaVPS41KO cells indicate a block in autophagic flux (quantified in E'). >12 Cells per cell line were quantified. Scale bars 10µm; zoom, 1µm."}
{"words": ["A", ".", "Immunofluorescence", "of", "control", ",", "parental", "and", "patient", "fibroblasts", "labeled", "for", "LAMP", "-", "1", "and", "mTOR", ".", "In", "steady", "state", "conditions", "(", "0", "hours", ")", "VPS41S285P", "/", "R662", "*", "fibroblasts", "show", "less", "colocalization", "between", "mTOR", "and", "LAMP", "-", "1", ".", "VPS41WT", "/", "WT", ",", "VPS41WT", "/", "S285P", "and", "VPS41WT", "/", "R662", "*", "show", "an", "appropriate", "mTOR", "response", "upon", "nutrient", "deprivation", "(", "2", "hours", ")", "or", "restimulation", "(", "2", "hours", "starvation", "followed", "by", "15", "minutes", "restimulation", ")", "(", "Appendix", "Fig", "S5A", ")", ".", ">", "10", "Cells", "per", "cell", "line", "were", "quantified", "(", "A", "'", ")", ".", "Quantifications", "are", "performed", "relative", "to", "colocalization", "under", "steady", "state", "conditions", "per", "cell", "line", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10µm", ";", "zoom", ",", "1µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunofluorescence of control, parental and patient fibroblasts labeled for LAMP-1 and mTOR. In steady state conditions (0 hours) VPS41S285P/R662* fibroblasts show less colocalization between mTOR and LAMP-1. VPS41WT/WT, VPS41WT/S285P and VPS41WT/R662* show an appropriate mTOR response upon nutrient deprivation (2 hours) or restimulation (2 hours starvation followed by 15 minutes restimulation) (Appendix Fig S5A). >10 Cells per cell line were quantified (A'). Quantifications are performed relative to colocalization under steady state conditions per cell line (n=3). Scale bars, 10µm; zoom, 1µm."}
{"words": ["D", ".", "Rescue", "experiments", "of", "HeLaVPS41KO", "cells", ".", "Expression", "of", "VPS41WT", "-", "APEX2", "-", "V5", ",", "VPS41S285P", "-", "APEX2", "-", "V5", "or", "VPS41R662", "*", "-", "APEX2", "-", "V5", ".", "Reintroduction", "of", "VPS41WT", "rescues", "TFE3", "localization", ",", "whereas", "expression", "of", "mutant", "VPS41", "has", "no", "effect", "(", "quantified", "in", "D", "'", ")", ".", ">", "83", "Cells", "per", "condition", "were", "quantified", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Rescue experiments of HeLaVPS41KO cells. Expression of VPS41WT-APEX2-V5, VPS41S285P-APEX2-V5 or VPS41R662*-APEX2-V5. Reintroduction of VPS41WT rescues TFE3 localization, whereas expression of mutant VPS41 has no effect (quantified in D'). >83 Cells per condition were quantified (n=3). Scale bars, 10µm."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "on", "cellular", "or", "secreted", "secretogranin", "II", "(", "SgII", ")", "of", "PC12", "cells", "VPS41KO", ",", "or", "VPS41KO", "transduced", "with", "HA", "-", "VPS41WT", "or", "HA", "-", "VPS41S285P", "lentivirus", ".", "Cells", "were", "washed", "and", "incubated", "for", "30", "minutes", "in", "Tyrode", "'", "s", "solution", "containing", "2", ".", "5", "mM", "K", "+", "(", "basal", ")", "or", "90", "mM", "K", "+", "(", "stimulated", ")", ".", "No", "difference", "in", "secreted", "sgII", "levels", "was", "observed", "between", "VPS41WT", "and", "VPS41S285P", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "B. Western blot on cellular or secreted secretogranin II (SgII) of PC12 cells VPS41KO, or VPS41KO transduced with HA-VPS41WT or HA-VPS41S285P lentivirus. Cells were washed and incubated for 30 minutes in Tyrode's solution containing 2.5 mM K+ (basal) or 90 mM K+ (stimulated). No difference in secreted sgII levels was observed between VPS41WT and VPS41S285P."}
{"words": ["C", ".", "Graph", "representing", "the", "percentage", "of", "animals", "with", "6", "normal", "dopaminergic", "neurons", "in", "the", "anterior", "region", "of", "Pdat", "-", "1", ":", ":", "GFP", ";", "Pdat", "-", "1", ":", ":", "α", "-", "syn", "(", "strain", "UA44", ")", "animals", "with", "heterozygous", "expression", "of", "hVPS41", "variants", ".", "Heterozygous", "expression", "of", "hVPS41WT", "with", "either", "variant", "(", "strains", "UA389", "or", "UA390", ")", "significantly", "rescues", "neurons", "from", "α", "-", "synuclein", "-", "induced", "degeneration", "at", "day", "7", "whereas", "compound", "heterozygous", "expression", "(", "strain", "UA391", ")", "fails", "to", "rescue", "neurodegeneration", ".", "At", "day", "10", ",", "none", "of", "the", "heterozygous", "backgrounds", "significantly", "rescues", "α", "-", "synuclein", "-", "induced", "neurodegeneration", ".", "n", "=", "30", "Adult", "worms", "for", "each", "of", "3", "independent", "experiments", "for", "the", "α", "-", "synuclein", "(", "α", "-", "syn", ")", "strain", "(", "total", "of", "90", "worms", ")", "and", "n", "=", "90", "for", "each", "independent", "transgenic", "strain", "(", "30", "worms", "/", "trial", "x", "3", "independent", "transgenic", "lines", "=", "270", "worms", ")", "for", "each", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "D", ".", "Representative", "images", "of", "DA", "neurons", "from", "C", ".", "elegans", "expressing", "Pdat", "-", "1", ":", ":", "GFP", ";", "Pdat", "-", "1", ":", ":", "α", "-", "syn", ",", "with", "or", "without", "hVPS41", "variants", ",", "as", "described", "in", "(", "C", ")", ".", "Intact", "DA", "neurons", "are", "indicated", "with", "arrowheads", "and", "missing", "neurons", "are", "indicated", "with", "arrows", ".", "Scale", "bar", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Graph representing the percentage of animals with 6 normal dopaminergic neurons in the anterior region of Pdat-1::GFP; Pdat-1:: α-syn (strain UA44) animals with heterozygous expression of hVPS41 variants. Heterozygous expression of hVPS41WT with either variant (strains UA389 or UA390) significantly rescues neurons from α-synuclein-induced degeneration at day 7 whereas compound heterozygous expression (strain UA391) fails to rescue neurodegeneration. At day 10, none of the heterozygous backgrounds significantly rescues α-synuclein-induced neurodegeneration. n=30 Adult worms for each of 3 independent experiments for the α-synuclein (α-syn) strain (total of 90 worms) and n=90 for each independent transgenic strain (30 worms/trial x 3 independent transgenic lines = 270 worms) for each of 3 independent experiments. D. Representative images of DA neurons from C. elegans expressing Pdat-1::GFP; Pdat-1:: α-syn, with or without hVPS41 variants, as described in (C). Intact DA neurons are indicated with arrowheads and missing neurons are indicated with arrows. Scale bar 20µm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunostaining", "of", "API", "in", "the", "vacuole", "of", "SEY6210", "(", "wild", "-", "type", ")", "cell", "showing", "a", "dispersed", "pattern", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunostaining of API in the vacuole of SEY6210 (wild-type) cell showing a dispersed pattern."}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "Immunostaining", "of", "TVY1", "(", "pep4", ")", "cells", "showing", "API", "in", "the", "Cvt", "complex", ".", "The", "arrow", "points", "to", "a", "Cvt", "complex", ".", "Higher", "magnification", "images", "are", "shown", "in", "C", "and", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-D) Immunostaining of TVY1 (pep4) cells showing API in the Cvt complex. The arrow points to a Cvt complex. Higher magnification images are shown in C and D."}
{"words": ["E", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "Cvt", "complex", "in", "TVY1", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Freeze-substitution fixation image of Cvt complex in TVY1 cell."}
{"words": ["(", "F", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "a", "Cvt", "complex", "in", "strain", "SEY6210", "transformed", "with", "a", "2μ", "plasmid", "encoding", "API", "grown", "in", "SD", "medium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Freeze-substitution fixation image of a Cvt complex in strain SEY6210 transformed with a 2μ plasmid encoding API grown in SD medium."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunostaining", "of", "strain", "SEY6210", "containing", "a", "2μ", "APE1", "plasmid", "grown", "in", "SD", "medium", ".", "N", ",", "Nucleus", ";", "V", ",", "vacuole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunostaining of strain SEY6210 containing a 2μ APE1 plasmid grown in SD medium. N, Nucleus; V, vacuole."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "Immunostaining", "image", "showing", "Cvt", "vesicles", "(", "marked", "with", "arrows", "in", "A", ")", "in", "the", "cytosol", ".", "Arrowhead", "and", "double", "arrowheads", "show", "the", "inner", "and", "outer", "membrane", "of", "Cvt", "vesicle", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) Immunostaining image showing Cvt vesicles (marked with arrows in A) in the cytosol. Arrowhead and double arrowheads show the inner and outer membrane of Cvt vesicle, respectively."}
{"words": ["(", "C", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "Cvt", "vesicles", "(", "marked", "with", "arrows", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Freeze-substitution fixation image of Cvt vesicles (marked with arrows)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunostaining", "of", "Cvt", "vesicle", "(", "marked", "with", "arrows", ")", "in", "the", "cytosol", "and", "Cvt", "body", "(", "marked", "with", "double", "arrows", ")", "in", "the", "vacuole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunostaining of Cvt vesicle (marked with arrows) in the cytosol and Cvt body (marked with double arrows) in the vacuole."}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "Cvt", "bodies", "in", "the", "vacuole", "(", "marked", "with", "arrows", ")", ".", "A", "Cvt", "vesicle", "is", "marked", "with", "an", "arrowhead", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Freeze-substitution fixation image of Cvt bodies in the vacuole (marked with arrows). A Cvt vesicle is marked with an arrowhead."}
{"words": ["(", "G", "and", "H", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "Cvt", "vesicle", "contacting", "and", "fusing", "to", "a", "vacuole", ".", "V", ",", "Vacuole", ";", "VM", ",", "vacuolar", "membrane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G and H) Freeze-substitution fixation image of Cvt vesicle contacting and fusing to a vacuole. V, Vacuole; VM, vacuolar membrane."}
{"words": ["Cvt", "complexes", "in", "TVY1", "(", "pep4", ")", "cells", "under", "nitrogen", "starvation", "conditions", ".", "Logarithmically", "growing", "cells", "in", "YEPD", "were", "transferred", "to", "nitrogen", "starvation", "medium", "(", "SD", "[", "-", "N", "]", ")", "at", "30", "°", "C", "for", "30", "min", "(", "A", "and", "B", ")", "or", "60", "min", "(", "C", "and", "D", ")", "and", "prepared", "for", "electron", "microscopy", "as", "described", "in", "Fig", ".", "1", ".", "(", "A", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "showing", "a", "Cvt", "complex", "in", "an", "autophagosome", "(", "marked", "by", "an", "arrow", ")", "in", "the", "cytosol", ".", "(", "B", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "showing", "a", "Cvt", "complex", "in", "an", "autophagic", "body", "in", "the", "vacuole", ".", "(", "C", ")", "Immunostaining", "of", "a", "Cvt", "complex", "in", "an", "autophagic", "body", "in", "the", "vacuole", ".", "(", "D", ")", "Immunostaining", "of", "Cvt", "vesicles", "(", "marked", "with", "arrows", ")", "in", "the", "vacuole", ".", "AB", ",", "Autophagic", "body", ";", "AP", ",", "autophagosome", ";", "V", ",", "vacuole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cvt complexes in TVY1 (pep4) cells under nitrogen starvation conditions. Logarithmically growing cells in YEPD were transferred to nitrogen starvation medium (SD[-N]) at 30°C for 30 min (A and B) or 60 min (C and D) and prepared for electron microscopy as described in Fig. 1. (A) Freeze-substitution fixation image showing a Cvt complex in an autophagosome (marked by an arrow) in the cytosol. (B) Freeze-substitution fixation image showing a Cvt complex in an autophagic body in the vacuole. (C) Immunostaining of a Cvt complex in an autophagic body in the vacuole. (D) Immunostaining of Cvt vesicles (marked with arrows) in the vacuole. AB, Autophagic body; AP, autophagosome; V, vacuole."}
{"words": ["Transport", "of", "Cvt", "complex", "in", "SEY6210", "(", "wild", "-", "type", ")", "harboring", "2μ", "plasmid", "encoding", "API", "under", "growing", "and", "nitrogen", "starvation", "conditions", ".", "Vegetative", "cells", "grown", "in", "SD", "medium", "were", "observed", "(", "A", "-", "E", ")", ".", "For", "starvation", ",", "logarithmically", "growing", "cells", "in", "SD", "were", "transferred", "to", "SD", "(", "-", "N", ")", "for", "25", "min", "(", "F", "-", "H", ")", "or", "1", "h", "(", "I", "-", "K", ")", "in", "the", "presence", "of", "1", "mM", "PMSF", ".", "Samples", "were", "prepared", "for", "electron", "microscopy", "as", "described", "in", "Fig", ".", "1", ".", "(", "A", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "Cvt", "vesicle", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", ".", "(", "B", ")", "Immunostaining", "of", "a", "Cvt", "vesicle", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "Higher", "magnification", "image", "of", "Cvt", "vesicle", ".", "Arrowhead", "and", "double", "arrowheads", "show", "the", "inner", "and", "outer", "membrane", "of", "a", "Cvt", "vesicle", ",", "respectively", ".", "(", "E", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "of", "a", "membrane", "sac", "enclosing", "small", "portion", "of", "a", "large", "Cvt", "complex", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", ".", "(", "F", ")", "Freeze", "-", "substitution", "image", "of", "the", "wrapping", "of", "a", "Cvt", "complex", "by", "the", "isolation", "membrane", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", ".", "(", "G", ")", "Freeze", "-", "substitution", "image", "of", "a", "Cvt", "vesicle", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", "fusing", "to", "a", "vacuole", ".", "(", "H", ")", "Freeze", "-", "substitution", "image", "of", "autophagic", "body", "containing", "a", "Cvt", "complex", ".", "(", "I", ")", "Immunostaining", "image", "depicting", "the", "wrapping", "of", "a", "Cvt", "complex", ".", "The", "arrow", "marks", "the", "enwrapping", "membrane", ".", "(", "J", ")", "Immunostaining", "of", "an", "autophagosome", "containing", "a", "Cvt", "complex", ".", "(", "K", ")", "Immunostaining", "of", "an", "autophagic", "body", "containing", "a", "Cvt", "complex", "in", "the", "vacuole", ".", "V", ",", "vacuole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Transport of Cvt complex in SEY6210 (wild-type) harboring 2μ plasmid encoding API under growing and nitrogen starvation conditions. Vegetative cells grown in SD medium were observed (A-E). For starvation, logarithmically growing cells in SD were transferred to SD(-N) for 25 min (F-H) or 1 h (I-K) in the presence of 1 mM PMSF. Samples were prepared for electron microscopy as described in Fig. 1. (A) Freeze-substitution fixation image of Cvt vesicle (marked with an arrow). (B) Immunostaining of a Cvt vesicle (marked with an arrow). (C and D) Higher magnification image of Cvt vesicle. Arrowhead and double arrowheads show the inner and outer membrane of a Cvt vesicle, respectively. (E) Freeze-substitution fixation image of a membrane sac enclosing small portion of a large Cvt complex (marked with an arrow). (F) Freeze-substitution image of the wrapping of a Cvt complex by the isolation membrane (marked with an arrow). (G) Freeze-substitution image of a Cvt vesicle (marked with an arrow) fusing to a vacuole. (H) Freeze-substitution image of autophagic body containing a Cvt complex. (I) Immunostaining image depicting the wrapping of a Cvt complex. The arrow marks the enwrapping membrane. (J) Immunostaining of an autophagosome containing a Cvt complex. (K) Immunostaining of an autophagic body containing a Cvt complex in the vacuole. V, vacuole."}
{"words": ["Mutant", "analysis", "allows", "for", "differentiation", "between", "vacuolar", "delivery", "by", "Cvt", "vesicles", "and", "autophagosomes", ".", "(", "A", ")", "SEY6210", "(", "wild", "-", "type", ")", ",", "cvt3", ",", "and", "cvt7", "yeast", "were", "grown", "in", "SD", "to", "1", "OD600", "U", "/", "ml", "and", "transferred", "to", "SD", "(", "-", "N", ")", ".", "Aliquots", "were", "collected", "after", "0", "h", "(", "+", ")", "and", "4", "h", "(", "−", ")", "incubation", "and", "subjected", "to", "immunoblotting", ".", "The", "positions", "of", "precursor", "(", "pro", ")", "and", "mature", "(", "m", ")", "API", "are", "indicated", ".", "(", "B", ")", "cvt3", "and", "cvt7", "cells", "were", "pulse", "labeled", "for", "10", "min", ".", "After", "addition", "of", "cold", "cysteine", "and", "methionine", ",", "the", "cells", "were", "harvested", ",", "washed", ",", "and", "resuspended", "in", "either", "SD", "or", "SD", "(", "-", "N", ")", "and", "chased", "for", "the", "indicated", "times", ".", "API", "was", "recovered", "by", "immunoprecipitation", ",", "resolved", "on", "SDS", "polyacrylamide", "gels", ",", "and", "quantified", "using", "a", "phosphorimager", "(", "STORM", ";", "Molecular", "Dynamics", ",", "Sunnyvale", ",", "CA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mutant analysis allows for differentiation between vacuolar delivery by Cvt vesicles and autophagosomes. (A) SEY6210 (wild-type), cvt3, and cvt7 yeast were grown in SD to 1 OD600 U/ml and transferred to SD (-N). Aliquots were collected after 0 h (+) and 4 h (−) incubation and subjected to immunoblotting. The positions of precursor (pro) and mature (m) API are indicated. (B) cvt3 and cvt7 cells were pulse labeled for 10 min. After addition of cold cysteine and methionine, the cells were harvested, washed, and resuspended in either SD or SD(-N) and chased for the indicated times. API was recovered by immunoprecipitation, resolved on SDS polyacrylamide gels, and quantified using a phosphorimager (STORM; Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA)."}
{"words": ["Analysis", "of", "the", "Cvt", "complex", "in", "the", "cvt3", "mutant", "under", "vegetative", "and", "starvation", "conditions", ".", "Vegetative", "cells", "were", "grown", "in", "SD", "medium", "at", "30", "°", "C", "to", "log", "phase", ".", "For", "starvation", ",", "logarithmically", "growing", "cells", "in", "SD", "medium", "were", "transferred", "to", "SD", "(", "-", "N", ")", "for", "5", "h", ".", "Samples", "were", "prepared", "for", "electron", "microscopy", "as", "described", "in", "Fig", ".", "1", ".", "(", "A", ")", "Immunostaining", "image", "depicting", "Cvt", "complex", "in", "the", "cytosol", ".", "Cvt", "vesicles", "are", "not", "detected", "in", "this", "strain", ".", "(", "B", ")", "Freeze", "-", "substitution", "fixation", "image", "showing", "Cvt", "complex", "in", "autophagosome", "(", "marked", "with", "an", "arrow", ")", "under", "starvation", "conditions", ",", "indicating", "that", "autophagy", "can", "still", "proceed", ".", "AP", ",", "Autophagosome", ";", "N", ",", "nucleus", ";", "V", ",", "vacuole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of the Cvt complex in the cvt3 mutant under vegetative and starvation conditions. Vegetative cells were grown in SD medium at 30°C to log phase. For starvation, logarithmically growing cells in SD medium were transferred to SD(-N) for 5 h. Samples were prepared for electron microscopy as described in Fig. 1. (A) Immunostaining image depicting Cvt complex in the cytosol. Cvt vesicles are not detected in this strain. (B) Freeze-substitution fixation image showing Cvt complex in autophagosome (marked with an arrow) under starvation conditions, indicating that autophagy can still proceed. AP, Autophagosome; N, nucleus; V, vacuole."}
{"words": ["A", "Heat", "map", "from", "RNA", "-", "Seq", "data", "from", "FACS", "-", "isolated", "muscle", "stem", "cells", "and", "single", "myofibers", "showing", "relative", "expression", "of", "Pax7", ",", "Myf5", ",", "MyoD", ",", "Myog", "and", "Myf6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "A Heat map from RNA-Seq data from FACS-isolated muscle stem cells and single myofibers showing relative expression of Pax7, Myf5, MyoD, Myog and Myf6."}
{"words": ["H", "Colormap", "of", "Myf5", ",", "MyoD", "and", "Myf6", "peaks", "within", "100kb", "of", "the", "Transcription", "Start", "Sites", "(", "TSS", ")", "of", "myokines", "(", "supplemental", "table", "EV3", ")", "ranging", "from", "zero", "(", "black", ")", "to", "six", "peaks", "(", "red", ")", "occupancy", ".", "The", "onset", "of", "differentiation", "coincides", "with", "increased", "binding", "of", "MRFs", "to", "the", "regulatory", "domains", "of", "the", "myokines", "genes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Colormap of Myf5, MyoD and Myf6 peaks within 100kb of the Transcription Start Sites (TSS) of myokines (supplemental table EV3) ranging from zero (black) to six peaks (red) occupancy. The onset of differentiation coincides with increased binding of MRFs to the regulatory domains of the myokines genes."}
{"words": ["A", "Gene", "expression", "analysis", "of", "myokines", "(", "table", "EV3", ")", "during", "a", "five", "day", "time", "course", "of", "myogenic", "differentiation", "going", "from", "cycling", "myoblasts", "in", "growth", "media", "(", "Ham", "'", "s", "F10", "supplemented", "with", "20", "%", "Fetal", "Bovine", "Serum", ",", "1", "%", "penicillin", "/", "streptomycin", ",", "2", ".", "5", "ng", "/", "ml", "basic", "Fibroblast", "Growth", "Factor", ")", "to", "terminally", "differentiated", "myocytes", "(", "2", "days", "in", "differentiation", "media", ",", "DMEM", "supplemented", "with", "5", "%", "horse", "serum", ")", "to", "post", "mitotic", "multinucleated", "myotubes", "(", "5", "days", "in", "differentiation", "media", ")", ".", "Gene", "expression", "was", "assayed", "in", "biological", "triplicate", "by", "microarray", "(", "Soleimani", "et", "al", ".", ",", "2018", ";", "Soleimani", "et", "al", ".", ",", "2012a", ")", ".", "Expression", "of", "each", "gene", "was", "averaged", "across", "three", "replicates", "and", "normalized", "to", "mean", "zero", "and", "standard", "deviation", "of", "one", ".", "Expression", "values", "were", "then", "truncated", "at", "+", "/", "-", "3", "for", "color", "display", ".", "Blue", "indicates", "lower", "than", "average", "expression", ",", "while", "red", "indicates", "higher", "than", "average", "expression", ".", "B", "Distribution", "of", "Myf6", "peaks", "within", "100kb", "of", "the", "TSS", "of", "the", "myokine", "genes", "(", "table", "EV3", ")", ",", "similar", "to", "the", "analysis", "shown", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Gene expression analysis of myokines (table EV3) during a five day time course of myogenic differentiation going from cycling myoblasts in growth media (Ham's F10 supplemented with 20% Fetal Bovine Serum, 1% penicillin/streptomycin, 2.5 ng/ml basic Fibroblast Growth Factor) to terminally differentiated myocytes (2 days in differentiation media, DMEM supplemented with 5% horse serum) to post mitotic multinucleated myotubes (5 days in differentiation media). Gene expression was assayed in biological triplicate by microarray (Soleimani et al., 2018; Soleimani et al., 2012a). Expression of each gene was averaged across three replicates and normalized to mean zero and standard deviation of one. Expression values were then truncated at +/- 3 for color display. Blue indicates lower than average expression, while red indicates higher than average expression. B Distribution of Myf6 peaks within 100kb of the TSS of the myokine genes (table EV3), similar to the analysis shown in (A)."}
{"words": ["C", "-", "E", "Snapshots", "of", "the", "UCSC", "genome", "browser", "showing", "enrichment", "of", "Myf6", "ChIP", "-", "Seq", "reads", "compared", "to", "control", "around", "EGF", "(", "C", ")", ",", "LIF", "and", "OSM", "(", "D", ")", ",", "and", "VEGFA", "(", "E", ")", "loci", "superimposed", "on", "reads", "for", "Histone", "H3", "lysine", "4", "mono", "methyl", "(", "H3K4me1", ")", ",", "Histone", "H3", "lysine", "4", "tri", "methyl", "(", "H3K4me3", ")", "and", "total", "H3", "in", "myoblasts", "(", "pink", ")", "and", "myotubes", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E Snapshots of the UCSC genome browser showing enrichment of Myf6 ChIP-Seq reads compared to control around EGF (C), LIF and OSM (D), and VEGFA (E) loci superimposed on reads for Histone H3 lysine 4 mono methyl (H3K4me1), Histone H3 lysine 4 tri methyl (H3K4me3) and total H3 in myoblasts (pink) and myotubes (green)."}
{"words": ["F", "Snapshots", "of", "representative", "IGV", "tracks", "displaying", "RNA", "-", "Seq", "data", "from", "WT", "whole", "muscle", "(", "WM", ")", ",", "single", "myofibers", "(", "SF", ")", "and", "satellite", "cells", "(", "SC", ")", "showing", "the", "expression", "of", "EGF", ",", "EGFR", "and", "VEGFA", ".", "Ckm", "and", "Myf6", "are", "used", "as", "positive", "controls", "for", "whole", "muscle", "and", "single", "fibers", ".", "PDGFRA", ",", "a", "marker", "of", "fibro", "/", "adipogenic", "progenitor", "cells", ",", "is", "used", "as", "a", "control", "to", "show", "the", "lack", "of", "niche", "cells", "in", "the", "single", "myofiber", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Snapshots of representative IGV tracks displaying RNA-Seq data from WT whole muscle (WM), single myofibers (SF) and satellite cells (SC) showing the expression of EGF, EGFR and VEGFA. Ckm and Myf6 are used as positive controls for whole muscle and single fibers. PDGFRA, a marker of fibro/adipogenic progenitor cells, is used as a control to show the lack of niche cells in the single myofiber samples."}
{"words": ["G", "-", "H", "RNA", "-", "Sequencing", "Reads", "Per", "Million", "(", "RPM", ")", "for", "EGF", "(", "G", ")", "and", "EGFR", "(", "H", ")", "in", "satellite", "cells", "and", "single", "myofibers", ".", "RNA", "-", "Sequencing", "libraries", "were", "prepared", "from", "1000", "satellite", "cells", "freshly", "-", "isolated", "by", "FACS", "or", "from", "a", "single", "myofiber", "as", "described", "in", "the", "Material", "and", "Methods", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "per", "group", ")", "bars", "=", "mean", "+", "/", "-", "SD", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H RNA-Sequencing Reads Per Million (RPM) for EGF (G) and EGFR (H) in satellite cells and single myofibers. RNA-Sequencing libraries were prepared from 1000 satellite cells freshly-isolated by FACS or from a single myofiber as described in the Material and Methods. (n=3 biological replicates per group) bars=mean +/- SD, two-tailed t-test)."}
{"words": ["I", "Activation", "of", "EGFR", "in", "MuSCs", "on", "EDL", "myofibers", "treated", "with", "EGF", "compared", "to", "untreated", "control", ".", "Myofibers", "were", "cultured", "for", "48", "hours", "and", "were", "treated", "with", "40ng", "/", "ml", "of", "EGF", "for", "10", "minutes", "before", "fixing", "and", "staining", "with", "antibodies", "for", "PAX7", "and", "phospho", "-", "EGFR", ".", "Scale", "bar", "=", "30μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Activation of EGFR in MuSCs on EDL myofibers treated with EGF compared to untreated control. Myofibers were cultured for 48 hours and were treated with 40ng/ml of EGF for 10 minutes before fixing and staining with antibodies for PAX7 and phospho-EGFR. Scale bar=30μm."}
{"words": ["J", "Activation", "of", "EGFR", "signaling", "in", "myoblasts", "treated", "with", "recombinant", "EGF", ".", "Myoblasts", "were", "treated", "with", "2", "ng", "/", "ml", "of", "recombinant", "protein", "in", "growth", "media", "(", "Ham", "'", "s", "F10", "supplemented", "with", "20", "%", "FBS", ",", "2", ".", "5", "ng", "/", "ml", "bFGF", ")", "for", "15", "minutes", "and", "lysed", "in", "RIPA", "lysis", "buffer", ".", "Western", "Blots", "were", "performed", "with", "antibodies", "against", "EGFR", "and", "phospho", "-", "EGFR", "(", "pEGFR", "-", "Y1068", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Activation of EGFR signaling in myoblasts treated with recombinant EGF. Myoblasts were treated with 2 ng/ml of recombinant protein in growth media (Ham's F10 supplemented with 20% FBS, 2.5 ng/ml bFGF) for 15 minutes and lysed in RIPA lysis buffer. Western Blots were performed with antibodies against EGFR and phospho-EGFR (pEGFR-Y1068)."}
{"words": ["K", "Depletion", "of", "Myf6", "transcript", "by", "siRNAs", "in", "differentiated", "primary", "myotubes", "(", "5DM", ")", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "=", "mean", "+", "/", "-", "SD", "L", "Depletion", "of", "Myf6", "expression", "by", "siRNAs", "leads", "to", "a", "significant", "reduction", "in", "the", "gene", "expression", "output", "of", "Epidermal", "Growth", "Factor", "(", "EGF", ")", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "=", "mean", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Depletion of Myf6 transcript by siRNAs in differentiated primary myotubes (5DM). (n=3 biological replicates), two-tailed t-test, bars = mean +/- SD L Depletion of Myf6 expression by siRNAs leads to a significant reduction in the gene expression output of Epidermal Growth Factor (EGF). (n=3 biological replicates), two-tailed t-test, bars = mean +/- SD"}
{"words": ["B", "Picture", "of", "8", "week", "-", "old", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Picture of 8 week-old Myf6-KO and WT mice."}
{"words": ["C", "Relative", "expression", "of", "Myf6", "transcript", "in", "the", "hindlimb", "skeletal", "muscles", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "measured", "by", "Quantitative", "Real", "-", "Time", "PCR", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "(", "n", "=", "4", "mice", ")", ".", "Boxes", "represent", "1st", "and", "3rd", "quartile", ",", "central", "line", "represents", "the", "median", ",", "whiskers", "represent", "the", "range", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Relative expression of Myf6 transcript in the hindlimb skeletal muscles of Myf6-KO and WT mice measured by Quantitative Real-Time PCR (RT-qPCR) (n=4 mice). Boxes represent 1st and 3rd quartile, central line represents the median, whiskers represent the range, two-tailed t-test."}
{"words": ["D", "Color", "map", "of", "genes", "that", "are", "up", "/", "down", "regulated", "in", "the", "whole", "muscle", "transcriptome", "(", "RNA", "-", "Seq", ")", "of", "injured", "and", "uninjured", "hindlimb", "muscles", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", ".", "Differential", "expression", "is", "Log2", "transformed", "and", "truncated", "at", "+", "/", "-", "3", ".", "Color", "scale", "goes", "from", "blue", "(", "-", "3", "=", "lower", "than", "mean", ")", ",", "to", "yellow", "(", "+", "3", "=", "higher", "than", "mean", ")", ".", "E", "Heat", "map", "showing", "the", "distribution", "of", "Myf6", "peaks", "within", "100kb", "of", "the", "TSS", "of", "the", "myokine", "genes", "ranging", "from", "zero", "(", "black", ")", "to", "six", "ChIP", "-", "Seq", "peaks", "(", "red", ")", "occupancy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Color map of genes that are up/down regulated in the whole muscle transcriptome (RNA-Seq) of injured and uninjured hindlimb muscles from Myf6-KO and WT counterparts. Differential expression is Log2 transformed and truncated at +/-3. Color scale goes from blue (-3=lower than mean), to yellow (+3=higher than mean). E Heat map showing the distribution of Myf6 peaks within 100kb of the TSS of the myokine genes ranging from zero (black) to six ChIP-Seq peaks (red) occupancy."}
{"words": ["F", "Expression", "of", "EGF", "protein", "in", "the", "blood", "serum", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "heterozygous", "counterparts", "as", "measured", "by", "Enzyme", "-", "Linked", "Immunosorbent", "Assay", "(", "ELISA", ")", ".", "(", "n", "=", "5", "heterozygous", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", "Myf6", "-", "KO", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "G", "Expression", "of", "VEGFA", "protein", "in", "the", "blood", "serum", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "heterozygous", "counterparts", "as", "measured", "by", "Enzyme", "-", "Linked", "Immunosorbent", "Assay", "(", "ELISA", ")", ".", "(", "n", "=", "5", "heterozygous", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", "Myf6", "-", "KO", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Expression of EGF protein in the blood serum from Myf6-KO and heterozygous counterparts as measured by Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). (n=5 heterozygous biological replicates, n=3 Myf6-KO biological replicates), two-tailed t-test, error bars = +/- SD G Expression of VEGFA protein in the blood serum from Myf6-KO and heterozygous counterparts as measured by Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). (n=5 heterozygous biological replicates, n=3 Myf6-KO biological replicates), two-tailed t-test, error bars = +/- SD."}
{"words": ["H", "Expression", "of", "VEGFA", "protein", "in", "the", "secretome", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "myotubes", "as", "measured", "by", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", ".", "Primary", "myotubes", "were", "derived", "from", "MuSCs", "isolated", "by", "Fluorescence", "Activated", "Cell", "Sorting", "(", "FACS", ",", "see", "the", "Extended", "Material", "and", "Methods", ")", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", ".", "Myotubes", "were", "obtained", "by", "feeding", ">", "90", "%", "confluent", "primary", "myoblasts", "with", "differentiation", "media", "(", "DMEM", "supplemented", "with", "5", "%", "horse", "serum", ")", "for", "seven", "days", ".", "Media", "from", "the", "last", "48", "hours", "of", "differentiation", "(", "days", "5", "to", "7", ")", "was", "collected", "for", "ELISA", "secretome", "analysis", ".", "Protein", "readouts", "were", "normalized", "to", "the", "total", "number", "of", "nuclei", "in", "each", "plate", ".", "(", "n", "=", "4", "WT", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", "Myf6", "-", "KO", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "I", "Expression", "of", "EGF", "protein", "in", "the", "secretome", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "myotubes", "as", "measured", "by", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", ".", "Primary", "myotubes", "were", "derived", "from", "MuSCs", "isolated", "by", "Fluorescence", "Activated", "Cell", "Sorting", "(", "FACS", ",", "see", "the", "Extended", "Material", "and", "Methods", ")", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", ".", "Myotubes", "were", "obtained", "by", "feeding", ">", "90", "%", "confluent", "primary", "myoblasts", "with", "differentiation", "media", "(", "DMEM", "supplemented", "with", "5", "%", "horse", "serum", ")", "for", "seven", "days", ".", "Media", "from", "the", "last", "48", "hours", "of", "differentiation", "(", "days", "5", "to", "7", ")", "was", "collected", "for", "ELISA", "secretome", "analysis", ".", "Protein", "readouts", "were", "normalized", "to", "the", "total", "number", "of", "nuclei", "in", "each", "plate", ".", "(", "n", "=", "4", "WT", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", "Myf6", "-", "KO", "biological", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "J", "Expression", "of", "EGF", "protein", "in", "the", "secretome", "of", "Myf6", "-", "HF", "expressing", "myotubes", "derived", "from", "Myf6", "-", "KO", "myoblasts", "(", "rescue", ")", "compared", "to", "Myf6", "-", "KO", "myotubes", "as", "measured", "by", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", ".", "Primary", "myotubes", "were", "derived", "from", "MuSCs", "isolated", "by", "Fluorescence", "Activated", "Cell", "Sorting", "(", "FACS", ",", "see", "the", "Extended", "Material", "and", "Methods", ")", "from", "Myf6", "-", "KO", "mice", ".", "Myotubes", "were", "obtained", "by", "feeding", ">", "90", "%", "confluent", "primary", "myoblasts", "with", "differentiation", "media", "(", "DMEM", "supplemented", "with", "5", "%", "horse", "serum", ")", "for", "five", "days", ".", "Media", "from", "the", "last", "48", "hours", "of", "differentiation", "(", "days", "3", "to", "5", ")", "was", "collected", "for", "ELISA", "secretome", "analysis", ".", "Protein", "readouts", "were", "normalized", "to", "the", "total", "number", "of", "nuclei", "in", "each", "plate", ".", "(", "n", "=", "3", "Myf6", "-", "KO", "technical", "replicates", ",", "n", "=", "4", "rescue", "technical", "replicates", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Expression of VEGFA protein in the secretome of Myf6-KO and WT myotubes as measured by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Primary myotubes were derived from MuSCs isolated by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS, see the Extended Material and Methods) from Myf6-KO and WT mice. Myotubes were obtained by feeding >90% confluent primary myoblasts with differentiation media (DMEM supplemented with 5% horse serum) for seven days. Media from the last 48 hours of differentiation (days 5 to 7) was collected for ELISA secretome analysis. Protein readouts were normalized to the total number of nuclei in each plate. (n=4 WT biological replicates, n=3 Myf6-KO biological replicates), two-tailed t-test, error bars = +/- SD I Expression of EGF protein in the secretome of Myf6-KO and WT myotubes as measured by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Primary myotubes were derived from MuSCs isolated by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS, see the Extended Material and Methods) from Myf6-KO and WT mice. Myotubes were obtained by feeding >90% confluent primary myoblasts with differentiation media (DMEM supplemented with 5% horse serum) for seven days. Media from the last 48 hours of differentiation (days 5 to 7) was collected for ELISA secretome analysis. Protein readouts were normalized to the total number of nuclei in each plate. (n=4 WT biological replicates, n=3 Myf6-KO biological replicates), two-tailed t-test, error bars = +/- SD J Expression of EGF protein in the secretome of Myf6-HF expressing myotubes derived from Myf6-KO myoblasts (rescue) compared to Myf6-KO myotubes as measured by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Primary myotubes were derived from MuSCs isolated by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS, see the Extended Material and Methods) from Myf6-KO mice. Myotubes were obtained by feeding >90% confluent primary myoblasts with differentiation media (DMEM supplemented with 5% horse serum) for five days. Media from the last 48 hours of differentiation (days 3 to 5) was collected for ELISA secretome analysis. Protein readouts were normalized to the total number of nuclei in each plate. (n=3 Myf6-KO technical replicates, n=4 rescue technical replicates), two-tailed t-test, error bars = +/- SD."}
{"words": ["K", "RT", "-", "qPCR", "of", "Myf6", "expression", "in", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "2", "technical", "replicates", ")", ",", "WT", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "and", "Myf6", "-", "HF", "(", "rescue", ")", "myotubes", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ")", "(", "5DM", ")", ".", "\"", "Rescue", "\"", "myotubes", "were", "generated", "from", "Myf6", "-", "KO", "myoblasts", "infected", "with", "a", "retrovirus", "containing", "Myf6", "-", "HF", ".", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K RT-qPCR of Myf6 expression in Myf6-KO (n=2 technical replicates), WT (n=3 biological replicates) and Myf6-HF (rescue) myotubes (n=3 technical replicates) (5DM). \"Rescue\" myotubes were generated from Myf6-KO myoblasts infected with a retrovirus containing Myf6-HF. two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["L", "-", "M", "RT", "-", "qPCR", "of", "EGF", "(", "L", ")", "and", "VEGFA", "(", "M", ")", "expression", "in", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "rescue", "(", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "primary", "myotubes", "(", "5DM", ")", ".", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L-M RT-qPCR of EGF (L) and VEGFA (M) expression in Myf6-KO (n=5) and rescue (n=3-4) primary myotubes (5DM). two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "WT", "(", "N", ")", "and", "Myf6", "-", "KO", "EDL", "(", "O", ")", "myofibers", "stained", "with", "PAX7", ",", "EGFR", ",", "and", "phospho", "-", "EGFR", "antibodies", ".", "Live", "fibers", "were", "maintained", "in", "culture", "media", "for", "44", "hours", ",", "followed", "by", "4", "hours", "of", "serum", "starving", "in", "non", "-", "supplemented", "DMEM", ".", "For", "treated", "samples", ",", "40ng", "/", "ml", "of", "recombinant", "EGF", "was", "added", "to", "the", "non", "-", "supplemented", "DMEM", "for", "10", "minutes", "before", "fixation", ".", "Activation", "status", "of", "EGFR", "was", "assessed", "using", "antibodies", "against", "phospho", "-", "EGFR", "(", "pEGFR", "-", "Y1068", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "30μm", "P", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "all", "pEGFR", "+", "/", "PAX7", "+", "cells", "(", "defined", "as", "PAX7", "+", "cells", "showing", "low", "or", "high", "pEGFR", "signal", ")", "on", "WT", "(", "n", "=", "24", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ",", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "22", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "Myf6", "-", "KO", "EDL", "myofibers", "treated", "with", "EGF", "(", "n", "=", "14", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ".", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "Q", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "EGFRhigh", "/", "PAX7", "+", "cells", "(", "defined", "as", "PAX7", "+", "cells", "showing", "high", "pEGFR", "signal", ")", "on", "WT", "(", "n", "=", "37", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ",", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "34", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "Myf6", "-", "KO", "EDL", "myofibers", "treated", "with", "EGF", "(", "n", "=", "11", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ".", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of WT (N) and Myf6-KO EDL (O) myofibers stained with PAX7, EGFR, and phospho-EGFR antibodies. Live fibers were maintained in culture media for 44 hours, followed by 4 hours of serum starving in non-supplemented DMEM. For treated samples, 40ng/ml of recombinant EGF was added to the non-supplemented DMEM for 10 minutes before fixation. Activation status of EGFR was assessed using antibodies against phospho-EGFR (pEGFR-Y1068). Scale bar=30μm P Quantification of the percentage of all pEGFR+/PAX7+ cells (defined as PAX7+ cells showing low or high pEGFR signal) on WT (n=24 fibers from n=3 mice) , Myf6-KO (n=22 fibers from n=3 mice) and Myf6-KO EDL myofibers treated with EGF (n=14 fibers from n=3 mice). two-tailed t-test, error bars = +/- SD Q Quantification of the percentage of EGFRhigh/PAX7+ cells (defined as PAX7+ cells showing high pEGFR signal) on WT (n=37 fibers from n=3 mice), Myf6-KO (n=34 fibers from n=3 mice) and Myf6-KO EDL myofibers treated with EGF (n=11 fibers from n=3 mice). two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["A", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "Laminin", "(", "LAMA1", ")", "antibodies", "at", "postnatal", "day", "7", ".", "Arrowheads", "indicate", "PAX7", "+", "satellite", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", "B", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "unit", "area", "(", "mm2", ")", "in", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", "at", "postnatal", "day", "7", ".", "(", "n", "=", "30", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", ".", "C", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "Laminin", "(", "LAMA1", ")", "antibodies", "at", "postnatal", "day", "21", ".", "Arrowheads", "indicate", "PAX7", "+", "satellite", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", "D", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "unit", "area", "(", "mm2", ")", "in", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", "at", "postnatal", "day", "21", ".", "(", "n", "=", "27", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", ",", "two", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", ")", ".", "E", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "Laminin", "(", "LAMA1", ")", "antibodies", "at", "3", "months", "of", "age", ".", "Arrowheads", "indicate", "PAX7", "+", "satellite", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", "F", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "unit", "area", "(", "mm2", ")", "in", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", "at", "3", "months", "of", "age", ".", "(", "n", "=", "52", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "5", "animals", ")", ",", "two", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", ".", "G", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "Laminin", "(", "LAMA1", ")", "antibodies", "at", "10", "months", "of", "age", ".", "Arrowheads", "indicate", "PAX7", "+", "satellite", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", "H", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "unit", "area", "(", "mm2", ")", "in", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", "at", "10", "months", "of", "age", ".", "(", "n", "=", "60", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", ",", "two", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and Laminin (LAMA1) antibodies at postnatal day 7. Arrowheads indicate PAX7+ satellite cells. Scale bar=200μm B Quantification of the number of PAX7+ cells per unit area (mm2) in TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT counterparts at postnatal day 7. (n=30 fields of view from n=3 animals), two-tailed t-test, error bars = +/- SD. C Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and Laminin (LAMA1) antibodies at postnatal day 21. Arrowheads indicate PAX7+ satellite cells. Scale bar=200μm D Quantification of the number of PAX7+ cells per unit area (mm2) in TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT counterparts at postnatal day 21. (n=27 fields of view from n=3 animals) , two tailed t-test, error bars = +/- SD). E Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and Laminin (LAMA1) antibodies at 3 months of age. Arrowheads indicate PAX7+ satellite cells. Scale bar=200μm F Quantification of the number of PAX7+ cells per unit area (mm2) in TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT counterparts at 3 months of age. (n=52 fields of view from n=5 animals), two tailed t-test, error bars = +/- SD. G Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and Laminin (LAMA1) antibodies at 10 months of age. Arrowheads indicate PAX7+ satellite cells. Scale bar=200μm H Quantification of the number of PAX7+ cells per unit area (mm2) in TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT counterparts at 10 months of age. (n=60 fields of view from n=3 animals), two tailed t-test, error bars = +/- SD."}
{"words": ["Immunofluorescent", "analysis", "of", "myofiber", "-", "associated", "MuSCs", "isolated", "from", "the", "EDL", "muscles", "of", "3", "month", "-", "old", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", ".", "Fibers", "were", "stained", "with", "PAX7", "antibody", "and", "counterstained", "with", "DAPI", "at", "time", "T", "=", "0", "hours", "post", "fiber", "isolation", ".", "Scale", "bar", "=", "25μm", "J", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "MuSCs", "per", "fiber", "between", "3", "month", "-", "old", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "41", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "WT", "(", "n", "=", "31", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "counterparts", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "K", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "myofiber", "-", "associated", "MuSCs", "isolated", "from", "the", "EDL", "muscles", "of", "10", "month", "-", "old", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", ".", "Fibers", "were", "stained", "with", "PAX7", "antibody", "and", "counterstained", "with", "DAPI", "at", "time", "T", "=", "0", "hours", "post", "fiber", "isolation", ".", "Scale", "bar", "=", "25μm", "L", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "MuSCs", "per", "fiber", "between", "10", "month", "-", "old", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "38", "fibers", "from", "n", "=", "2", "mice", ")", "and", "WT", "(", "n", "=", "67", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "counterparts", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescent analysis of myofiber-associated MuSCs isolated from the EDL muscles of 3 month-old Myf6-KO and WT counterparts. Fibers were stained with PAX7 antibody and counterstained with DAPI at time T=0 hours post fiber isolation. Scale bar=25μm J Quantification of the number of MuSCs per fiber between 3 month-old Myf6-KO (n=41 fibers from n=3 mice) and WT (n=31 fibers from n=3 mice) counterparts. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD K Immunofluorescent analysis of myofiber-associated MuSCs isolated from the EDL muscles of 10 month-old Myf6-KO and WT counterparts. Fibers were stained with PAX7 antibody and counterstained with DAPI at time T=0 hours post fiber isolation. Scale bar=25μm L Quantification of the number of MuSCs per fiber between 10 month-old Myf6-KO (n=38 fibers from n=2 mice) and WT (n=67 fibers from n=3 mice) counterparts. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "KI67", "antibodies", "at", "postnatal", "day", "7", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ",", "arrowheads", "highlight", "select", "MuSC", "B", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "KI67", "+", "over", "PAX7", "+", "MuSCs", "between", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "at", "postnatal", "day", "7", "(", "n", "=", "15", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", ".", "C", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "KI67", "antibodies", "at", "postnatal", "day", "21", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ",", "arrowheads", "highlight", "select", "MuSC", "D", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "KI67", "+", "over", "PAX7", "+", "MuSCs", "between", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "28", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", "and", "WT", "mice", "(", "n", "=", "31", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "animals", ")", "at", "postnatal", "day", "21", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "E", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "TA", "muscle", "cross", "-", "sections", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "with", "PAX7", "and", "KI67", "antibodies", "at", "3", "months", "of", "age", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", ",", "arrowheads", "highlight", "select", "MuSC", "F", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "KI67", "+", "over", "PAX7", "+", "MuSCs", "between", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "at", "3", "months", "of", "age", "(", "n", "=", "30", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "5", "mice", ")", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and KI67 antibodies at postnatal day 7. Scale bar=100μm, arrowheads highlight select MuSC B Quantification of the percentage of KI67+ over PAX7+ MuSCs between Myf6-KO and WT mice at postnatal day 7 (n=15 fields of view from n=3 animals) Two-tailed t-test, error bars = +/- SD. C Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and KI67 antibodies at postnatal day 21. Scale bar=100μm, arrowheads highlight select MuSC D Quantification of the percentage of KI67+ over PAX7+ MuSCs between Myf6-KO (n=28 fields of view from n=3 animals) and WT mice (n=31 fields of view from n=3 animals) at postnatal day 21. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD E Immunofluorescent analysis of TA muscle cross-sections from Myf6-KO and WT mice with PAX7 and KI67 antibodies at 3 months of age. Scale bar=100μm, arrowheads highlight select MuSC F Quantification of the percentage of KI67+ over PAX7+ MuSCs between Myf6-KO and WT mice at 3 months of age (n=30 fields of view from n=5 mice). Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["H", "(", "Left", ")", "Heat", "Map", "of", "up", "and", "down", "-", "regulated", "genes", "in", "the", "p38", "MAPK", "pathway", "(", "WP400", ")", "in", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "satellite", "cells", ".", "(", "Right", ")", "Gene", "set", "enrichment", "analysis", "of", "p38", "MAPK", "pathway", "genes", ".", "In", "each", "plot", ",", "the", "blue", "curve", "represents", "the", "gene", "set", "enrichment", "score", "profile", "(", "Subramanian", "et", "al", ".", ",", "2005", ")", "across", "p38", "MAPK", "pathway", "genes", "that", "are", "ranked", "by", "their", "differential", "expression", ".", "The", "grey", "curve", "represents", "the", "null", "expectation", ".", "P", "-", "values", "are", "based", "on", "permutation", "test", "(", "10", ",", "000", "permutations", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H (Left) Heat Map of up and down-regulated genes in the p38 MAPK pathway (WP400) in Myf6-KO and WT satellite cells. (Right) Gene set enrichment analysis of p38 MAPK pathway genes. In each plot, the blue curve represents the gene set enrichment score profile (Subramanian et al., 2005) across p38 MAPK pathway genes that are ranked by their differential expression. The grey curve represents the null expectation. P-values are based on permutation test (10,000 permutations)."}
{"words": ["Immunofluorescent", "analysis", "of", "WT", "and", "Myf6", "-", "KO", "primary", "myotubes", "cultured", "in", "differentiation", "media", "for", "7", "days", "and", "stained", "with", "MF20", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", "=", "200μm", "J", "Quantification", "of", "the", "fusion", "index", "between", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "54", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "WT", "(", "n", "=", "81", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "4", "mice", ")", "7DM", "myotubes", ".", "Fusion", "index", "is", "calculated", "as", "the", "percentage", "of", "myonuclei", "out", "of", "the", "total", "number", "of", "nuclei", "per", "field", "of", "view", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescent analysis of WT and Myf6-KO primary myotubes cultured in differentiation media for 7 days and stained with MF20 and DAPI. Scale bar=200μm J Quantification of the fusion index between Myf6-KO (n=54 fields of view from n=3 mice) and WT (n=81 fields of view from n=4 mice) 7DM myotubes. Fusion index is calculated as the percentage of myonuclei out of the total number of nuclei per field of view. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["EDL", "myofibers", "isolated", "from", "WT", "and", "Myf6", "-", "KO", "mice", "fixed", "at", "time", "T", "=", "0", "and", "stained", "with", "PAX7", ",", "MYOD", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", "=", "30μm", "L", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "MYOD", "+", "/", "PAX7", "+", "satellite", "cells", "per", "fiber", "in", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "88", "myofibers", ")", "vs", "WT", "(", "n", "=", "86", "myofibers", ")", "myofibers", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "M", "Quantification", "of", "the", "average", "percentage", "of", "MYOD", "+", "/", "PAX7", "+", "satellite", "cells", "per", "mouse", "in", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "myofibers", "(", "n", "=", "3", "mice", ")", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EDL myofibers isolated from WT and Myf6-KO mice fixed at time T=0 and stained with PAX7, MYOD and DAPI. Scale bar=30μm L Quantification of the percentage of MYOD+/PAX7+ satellite cells per fiber in Myf6-KO (n= 88 myofibers) vs WT (n= 86 myofibers) myofibers. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD M Quantification of the average percentage of MYOD+/PAX7+ satellite cells per mouse in Myf6-KO and WT myofibers (n=3 mice). Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["Staining", "for", "phospho", "-", "p38", "MAPK", "on", "EDL", "myofibers", "cultured", "for", "48", "hours", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "30μm", "O", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "phospho", "-", "p38", "+", "/", "PAX7", "+", "satellite", "cells", "per", "fiber", "in", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "56", "myofibers", ")", "vs", "WT", "(", "n", "=", "67", "myofibers", ")", "myofibers", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "P", "Quantification", "of", "the", "average", "percentage", "of", "phospho", "-", "p38", "+", "/", "PAX7", "+", "satellite", "cells", "per", "mouse", "in", "Myf6", "-", "KO", "vs", "WT", "myofibers", "(", "n", "=", "3", "mice", ")", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Staining for phospho-p38 MAPK on EDL myofibers cultured for 48 hours from Myf6-KO and WT mice. Scale bar=30μm O Quantification of the percentage of phospho-p38+/PAX7+ satellite cells per fiber in Myf6-KO (n=56 myofibers) vs WT (n=67 myofibers) myofibers. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD P Quantification of the average percentage of phospho-p38+/PAX7+ satellite cells per mouse in Myf6-KO vs WT myofibers (n=3 mice). Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "C2C12", "myoblasts", "treated", "with", "EGF", ",", "LIF", ",", "or", "EGF", "+", "LIF", "while", "in", "differentiation", "media", "and", "stained", "with", "phosphor", "-", "p38", ",", "total", "p38", ",", "myogenin", ",", "MF20", "and", "GAPDH", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "EGF", "(", "50ng", "/", "ml", ")", ",", "LIF", "(", "1000U", "/", "ml", ")", "or", "EGF", "+", "LIF", "after", "48", "hours", "in", "differentiation", "media", ",", "and", "every", "6", "hours", "following", "initial", "treatment", ",", "followed", "by", "cell", "lysis", "at", "72", "hours", ".", "R", "Phospho", "-", "p38", "western", "blot", "signal", "intensity", "normalized", "to", "total", "p38", "signal", "intensity", "in", "control", ",", "EGF", "-", "treated", ",", "LIF", "-", "treated", "and", "EGF", "+", "LIF", "-", "treated", "C2C12s", ".", "Signal", "intensity", "was", "measured", "by", "placing", "ROIs", "over", "western", "blot", "bands", "using", "LI", "-", "COR", "Image", "Studio", ".", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ")", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "S", "Myogenin", "western", "blot", "signal", "intensity", "normalized", "to", "GAPDH", "signal", "intensity", "in", "control", ",", "EGF", "-", "treated", ",", "LIF", "-", "treated", "and", "EGF", "+", "LIF", "-", "treated", "C2C12s", ".", "Signal", "intensity", "was", "measured", "by", "placing", "ROIs", "over", "western", "blot", "bands", "using", "LI", "-", "COR", "Image", "Studio", ".", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ")", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "T", "MF20", "western", "blot", "signal", "intensity", "normalized", "to", "GAPDH", "signal", "intensity", "in", "control", ",", "EGF", "-", "treated", ",", "LIF", "-", "treated", "and", "EGF", "+", "LIF", "-", "treated", "C2C12s", ".", "Signal", "intensity", "was", "measured", "by", "placing", "ROIs", "over", "western", "blot", "bands", "using", "LI", "-", "COR", "Image", "Studio", ".", "(", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ")", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of C2C12 myoblasts treated with EGF, LIF, or EGF+LIF while in differentiation media and stained with phosphor-p38, total p38, myogenin, MF20 and GAPDH. Cells were treated with EGF (50ng/ml), LIF (1000U/ml) or EGF+LIF after 48 hours in differentiation media, and every 6 hours following initial treatment, followed by cell lysis at 72 hours. R Phospho-p38 western blot signal intensity normalized to total p38 signal intensity in control, EGF-treated, LIF-treated and EGF+LIF-treated C2C12s. Signal intensity was measured by placing ROIs over western blot bands using LI-COR Image Studio. (n=3 technical replicates) Two-tailed t-test, error bars = +/- SD S Myogenin western blot signal intensity normalized to GAPDH signal intensity in control, EGF-treated, LIF-treated and EGF+LIF-treated C2C12s. Signal intensity was measured by placing ROIs over western blot bands using LI-COR Image Studio. (n=3 technical replicates) Two-tailed t-test, error bars = +/- SD T MF20 western blot signal intensity normalized to GAPDH signal intensity in control, EGF-treated, LIF-treated and EGF+LIF-treated C2C12s. Signal intensity was measured by placing ROIs over western blot bands using LI-COR Image Studio. (n=3 technical replicates) Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["EDL", "myofibers", "treated", "repeatedly", "with", "recombinant", "EGF", "protein", "(", "100ng", "/", "ml", ")", "at", "0h", ",", "24h", ",", "32h", ",", "40h", ",", "and", "48h", "in", "culture", ",", "and", "fixed", "at", "48", "hours", ",", "compared", "to", "untreated", "controls", ".", "V", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "fiber", "in", "EGF", "-", "treated", "(", "n", "=", "19", "fibers", "from", "n", "=", "1", "mouse", ")", "and", "untreated", "control", "EDL", "myofibers", "(", "n", "=", "16", "fibers", "from", "n", "=", "1", "mouse", ")", "after", "48", "hours", "in", "culture", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EDL myofibers treated repeatedly with recombinant EGF protein (100ng/ml) at 0h, 24h, 32h, 40h, and 48h in culture, and fixed at 48 hours, compared to untreated controls. V Quantification of the number of PAX7+ cells per fiber in EGF-treated (n=19 fibers from n=1 mouse) and untreated control EDL myofibers (n=16 fibers from n=1 mouse) after 48 hours in culture. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD"}
{"words": ["B", "Representative", "images", "of", "bioluminescent", "signal", "from", "hindlimbs", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "counterparts", "at", "day", "1", ",", "7", ",", "14", ",", "and", "21", "post", "transplantation", ".", "Scale", "bar", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative images of bioluminescent signal from hindlimbs of Myf6-KO and WT counterparts at day 1, 7, 14, and 21 post transplantation. Scale bar=1cm"}
{"words": ["C", "Time", "course", "of", "average", "bioluminescent", "signal", "(", "total", "flux", "in", "radiance", ")", "in", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "at", "1", ",", "7", ",", "14", "and", "21", "days", "post", "MuSC", "transplantation", "showing", "engraftment", "dynamics", "of", "donor", "MuSCs", "(", "mean", "across", "4", "-", "5", "animals", "per", "group", "±", "SEM", "at", "each", "time", "point", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Time course of average bioluminescent signal (total flux in radiance) in Myf6-KO and WT mice at 1, 7, 14 and 21 days post MuSC transplantation showing engraftment dynamics of donor MuSCs (mean across 4-5 animals per group ± SEM at each time point, two-tailed t-test)."}
{"words": ["D", "Bioluminescent", "signal", "(", "radiance", ")", "in", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "at", "each", "time", "point", "normalized", "to", "the", "bioluminescent", "signal", "at", "day", "1", "post", "MuSC", "transplantation", ".", "(", "n", "=", "4", "-", "5", "animals", "per", "group", "±", "SD", ")", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Bioluminescent signal (radiance) in Myf6-KO and WT mice at each time point normalized to the bioluminescent signal at day 1 post MuSC transplantation. (n=4-5 animals per group ± SD) two-tailed t-test, bars represent mean +/- SD."}
{"words": ["E", "-", "F", "Immunostaining", "of", "TA", "cross", "-", "sections", "of", "injured", "muscle", "from", "3", "month", "-", "old", "WT", "(", "E", ")", "and", "Myf6", "-", "KO", "(", "F", ")", "mice", "stained", "with", "laminin", "(", "LAMA1", ")", "and", "PAX7", "antibodies", ".", "Acute", "muscle", "injury", "was", "performed", "by", "injection", "of", "Cardiotoxin", "(", "CTX", ")", "into", "the", "TA", "muscle", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "(", "n", "=", "5", "animals", "per", "group", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "PAX7", "+", "MuSCs", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", "G", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "cells", "per", "unit", "area", "of", "TA", "muscle", "cross", "sections", "between", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", "(", "n", "=", "5", "animals", "per", "group", ")", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "represent", "mean", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F Immunostaining of TA cross-sections of injured muscle from 3 month-old WT (E) and Myf6-KO (F) mice stained with laminin (LAMA1) and PAX7 antibodies. Acute muscle injury was performed by injection of Cardiotoxin (CTX) into the TA muscle of Myf6-KO and WT mice (n=5 animals per group). Arrowheads indicate PAX7+ MuSCs. Scale bar=100μm G Quantification of the number of PAX7+ cells per unit area of TA muscle cross sections between Myf6-KO and WT mice (n= 5 animals per group) two-tailed t-test, bars represent mean +/- SD"}
{"words": ["H", "Immunofluorescent", "analysis", "of", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "EDL", "myofibers", "cultured", "in", "growth", "media", "for", "48", "hours", "and", "stained", "with", "PAX7", "and", "MYOD", "antibodies", ".", "Scale", "bar", "=", "20μm", "IQuantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "MuSCs", "per", "fiber", "in", "Myf6", "-", "KO", "(", "n", "=", "27", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "WT", "(", "n", "=", "29", "fibers", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "mice", "after", "48", "hours", "in", "culture", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "error", "bars", "=", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Immunofluorescent analysis of Myf6-KO and WT EDL myofibers cultured in growth media for 48 hours and stained with PAX7 and MYOD antibodies. Scale bar=20μm IQuantification of the number of PAX7+ MuSCs per fiber in Myf6-KO (n=27 fibers from n=3 mice) and WT (n=29 fibers from n=3 mice) mice after 48 hours in culture. Two-tailed t-test, error bars = +/- SD."}
{"words": ["J", "Immunofluorescence", "staining", "of", "WT", "EDL", "myofibers", "cultured", "in", "growth", "media", "for", "48", "hours", "and", "treated", "with", "LIF", "(", "1000U", "/", "ml", ")", "or", "EGF", "(", "80ng", "/", "ml", ")", "every", "8", "hours", ".", "Fibers", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "PAX7", "and", "MyoD", ".", "Scale", "bar", "=", "30μm", "K", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PAX7", "+", "and", "MYOD", "+", "cells", "on", "the", "EDL", "myofiber", "treated", "with", "recombinant", "LIF", "(", "n", "=", "80", "fibers", ")", ",", "EGF", "(", "n", "=", "50", "fibers", ")", "or", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "61", "fibers", ")", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "represent", "mean", "+", "/", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Immunofluorescence staining of WT EDL myofibers cultured in growth media for 48 hours and treated with LIF (1000U/ml) or EGF (80ng/ml) every 8 hours. Fibers were stained with antibodies against PAX7 and MyoD. Scale bar=30μm K Quantification of the number of PAX7+ and MYOD+ cells on the EDL myofiber treated with recombinant LIF (n=80 fibers), EGF (n=50 fibers) or vehicle control (n=61 fibers). Two-tailed t-test, bars represent mean +/- SD"}
{"words": ["EdU", "staining", "of", "cultured", "primary", "myoblasts", "isolated", "by", "FACS", "(", "see", "materials", "and", "methods", ")", "from", "Myf6", "-", "KO", "and", "WT", "mice", ".", "Staining", "was", "analyzed", "after", "6", ",", "12", "and", "24", "hours", "of", "EdU", "incorporation", ".", "Scale", "bar", "=", "100μm", "M", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "EdU", "+", "myoblasts", "after", "6", "hours", "(", "WT", "n", "=", "75", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ",", "Myf6", "-", "KO", "n", "=", "72", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ",", "12", "hours", "(", "WT", "n", "=", "82", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ",", "Myf6", "-", "KOn", "=", "82", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", ",", "and", "24", "hours", "(", "WT", "n", "=", "70", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ",", "Myf6", "-", "KO", "n", "=", "65", "fields", "of", "view", "from", "n", "=", "3", "mice", ")", "of", "EdU", "incorporation", ".", "Scale", "bar", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EdU staining of cultured primary myoblasts isolated by FACS (see materials and methods) from Myf6-KO and WT mice. Staining was analyzed after 6, 12 and 24 hours of EdU incorporation. Scale bar=100μm M Quantification of the percentage of EdU+ myoblasts after 6 hours (WT n=75 fields of view from n=3 mice, Myf6-KO n=72 fields of view from n=3 mice), 12 hours (WT n=82 fields of view from n=3 mice, Myf6-KOn=82 fields of view from n=3 mice), and 24 hours (WT n=70 fields of view from n=3 mice, Myf6-KO n=65 fields of view from n=3 mice) of EdU incorporation. Scale bar=100μm"}
{"words": ["Representative", "images", "of", "a", "co", "-", "culture", "assay", "between", "WT", "myotubes", "and", "either", "WT", "or", "Myf6", "-", "KO", "myoblasts", ".", "Briefly", ",", "WT", "myoblasts", "were", "differentiated", "for", "2", "days", "before", "adding", "equal", "numbers", "of", "either", "WT", "or", "Myf6", "-", "KO", "myoblasts", "for", "an", "additional", "2", "days", ",", "followed", "by", "immunostaining", "for", "MF20", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", "=", "400μm", "O", "Quantification", "of", "the", "average", "number", "of", "myoblasts", "per", "mm2", "that", "have", "remained", "mononuclear", "after", "their", "addition", "to", "2DM", "WT", "myotubes", ",", "for", "2", "additional", "days", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "bars", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of a co-culture assay between WT myotubes and either WT or Myf6-KO myoblasts. Briefly, WT myoblasts were differentiated for 2 days before adding equal numbers of either WT or Myf6-KO myoblasts for an additional 2 days, followed by immunostaining for MF20 and DAPI. Scale bar=400μm O Quantification of the average number of myoblasts per mm2 that have remained mononuclear after their addition to 2DM WT myotubes, for 2 additional days (n=3 biological replicates). Two-tailed t-test, bars represent mean +/- SD."}
{"words": ["B", "OsPRR73", "confers", "salinity", "stress", "tolerance", "in", "rice", ".", "The", "seedlings", "of", "Dongjin", "(", "DJ", ",", "the", "wild", "type", "control", ")", ",", "osprr73", ",", "and", "the", "complementation", "line", "of", "osprr73", "(", "abbreviated", "as", "Com", "-", "L1", ")", "grown", "under", "12", "h", "light", "/", "12", "h", "dark", "conditions", "for", "28", "days", "(", "left", "panel", ")", ",", "transferred", "to", "180", "mM", "NaCl", "for", "21", "days", "(", "middle", "panel", ")", "and", "recovered", "for", "12", "and", "24", "days", "(", "the", "two", "right", "panels", ")", "respectively", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "C", "Statistical", "analysis", "of", "the", "survival", "rate", "of", "DJ", ",", "osprr73", "and", "Com", "-", "L1", "plants", "in", "(", "B", ")", "after", "recovery", "12", "days", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "(", "n", "from", "4", "biological", "replicates", ",", "and", "24", "plants", "were", "tested", "in", "each", "of", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "were", "generated", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B OsPRR73 confers salinity stress tolerance in rice. The seedlings of Dongjin (DJ, the wild type control), osprr73, and the complementation line of osprr73 (abbreviated as Com-L1) grown under 12 h light/12 h dark conditions for 28 days (left panel), transferred to 180 mM NaCl for 21 days (middle panel) and recovered for 12 and 24 days (the two right panels) respectively. Scale bar, 5 cm. C Statistical analysis of the survival rate of DJ, osprr73 and Com-L1 plants in (B) after recovery 12 days. Data are presented as mean ± SD. (n from 4 biological replicates, and 24 plants were tested in each of biological replicates). (***) P ≤ 0.001 were generated by student's t-test."}
{"words": ["E", "Null", "mutant", "of", "osprr73", "in", "Nipponbare", "(", "NIP", ")", "background", "by", "genome", "editing", "displayed", "hypersensitivity", "to", "NaCl", "treatment", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "F", "Survival", "rate", "of", "NIP", "(", "wild", "type", "of", "CRISPR", "lines", ")", "and", "osprr73", "-", "C", "(", "C", "stands", "for", "CRISPR", ")", "plants", "in", "(", "E", ")", "after", "recovery", "9", "days", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ",", "24", "plants", "for", "each", "biological", "replicate", ".", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", "and", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "were", "generated", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Null mutant of osprr73 in Nipponbare (NIP) background by genome editing displayed hypersensitivity to NaCl treatment. Scale bar, 5 cm. F Survival rate of NIP (wild type of CRISPR lines) and osprr73-C (C stands for CRISPR) plants in (E) after recovery 9 days. Data are presented as mean ± SD. n = 4 biological replicates, 24 plants for each biological replicate. (*) P ≤0.05 and (***) P ≤ 0.001 were generated by student's t-test."}
{"words": ["Quantification", "of", "chlorophyll", "content", "of", "WT", "and", "osprr73", "mutants", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ",", "and", "asterisks", "represent", "significant", "difference", "among", "means", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "(", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of chlorophyll content of WT and osprr73 mutants Data are presented as mean ± SD. n = 3, biological replicates, and asterisks represent significant difference among means by student's t-test with (*) P ≤0.05, (**) P ≤ 0.01, (***) P ≤ 0.001."}
{"words": ["Quantification", "of", "electrolyte", "leakage", "of", "WT", "and", "osprr73", "mutants", "with", "or", "without", "180", "mM", "NaCl", "treatment", "for", "7", "days", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ",", "and", "asterisks", "represent", "significant", "difference", "among", "means", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "(", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of electrolyte leakage of WT and osprr73 mutants with or without 180 mM NaCl treatment for 7 days. Data are presented as mean ± SD. n = 3, biological replicates, and asterisks represent significant difference among means by student's t-test with (*) P ≤0.05, (**) P ≤ 0.01, (***) P ≤ 0.001."}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "Na", "+", "and", "K", "+", "contents", "in", "the", "shoots", "and", "roots", "of", "DJ", "and", "osprr73", "mutant", "plants", "with", "or", "without", "180", "mM", "NaCl", "treatment", "for", "7", "days", ".", "Na", "+", "(", "A", ")", "and", "K", "+", "(", "B", ")", "contents", "were", "measured", "with", "ICP", "method", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ",", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "and", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "indicate", "significant", "difference", "by", "student", "t", "-", "test", ".", "The", "abbreviation", "of", "n", ".", "s", ".", "stands", "for", "no", "significant", ".", "C", "Ratio", "of", "Na", "+", "to", "K", "+", "was", "calculated", "with", "their", "respective", "content", "in", "(", "A", ")", "and", "(", "B", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "For", "each", "of", "biological", "replicates", ",", "6", "individual", "plants", "were", "measured", ".", "The", "asterisk", "represents", "significant", "difference", "among", "means", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "indicates", "no", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B The Na+ and K+ contents in the shoots and roots of DJ and osprr73 mutant plants with or without 180 mM NaCl treatment for 7 days. Na+ (A) and K+ (B) contents were measured with ICP method. Data represent means ± SD, (n = 3, biological replicates). (**) P ≤ 0.001 and (*) P ≤ 0.001 indicate significant difference by student t-test. The abbreviation of n.s. stands for no significant. C Ratio of Na+ to K+ was calculated with their respective content in (A) and (B). Data represent mean ± SD (n = 3, biological replicates). For each of biological replicates, 6 individual plants were measured. The asterisk represents significant difference among means by student's t-test with (*) P ≤0.05, and n.s. indicates no significant."}
{"words": ["D", "Four", "-", "weeks", "old", "seedlings", "of", "DJ", "and", "osprr73", "were", "treated", "with", "90", "mM", "Na2SO4", "for", "14", "d", "(", "middle", "panel", ")", "and", "recovered", "for", "additional", "7", "days", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "E", "Statistical", "analysis", "of", "survival", "rates", "with", "Na2SO4", "treatment", "in", "(", "D", ")", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "24", "plants", "for", "each", "biological", "replicate", ".", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "indicates", "significant", "difference", "by", "student", "t", "-", "test", ".", "F", "The", "seedlings", "of", "DJ", "and", "osprr73", "mutant", "were", "treated", "with", "90", "mM", "MgCl2", "for", "14", "days", "(", "middle", "panel", ")", "and", "recovered", "for", "7", "days", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "G", "Statistical", "analysis", "of", "survival", "rates", "with", "MgCl2", "treatment", "in", "(", "F", ")", ".", "The", "survival", "rate", "of", "DJ", "and", "osprr73", "plants", "in", "MgCl2", "stress", "were", "calculated", "after", "recovery", "7", "days", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ",", "24", "plants", "of", "each", "replicate", ".", "H", "The", "seedlings", "of", "DJ", "and", "osprr73", "mutant", "were", "treated", "with", "180", "mM", "mannitol", "for", "36", "days", "(", "middle", "panel", ")", "and", "recovered", "for", "7", "days", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "I", "The", "survival", "rate", "of", "DJ", "and", "osprr73", "plants", "in", "mannitol", "stress", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "24", "plants", "of", "each", "replicate", ".", "The", "abbreviation", "of", "n", ".", "s", ".", "stands", "for", "no", "significant", "generated", "by", "student", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Four-weeks old seedlings of DJ and osprr73 were treated with 90 mM Na2SO4 for 14 d (middle panel) and recovered for additional 7 days (right panel). Scale bar, 5 cm. E Statistical analysis of survival rates with Na2SO4 treatment in (D). Data represent means ± SD. n = 3 biological replicates, 24 plants for each biological replicate. (***) P ≤ 0.001 indicates significant difference by student t-test. F The seedlings of DJ and osprr73 mutant were treated with 90 mM MgCl2 for 14 days (middle panel) and recovered for 7 days (right panel). Scale bar, 5 cm. G Statistical analysis of survival rates with MgCl2 treatment in (F). The survival rate of DJ and osprr73 plants in MgCl2 stress were calculated after recovery 7 days. Data represent means ± SD. n = 2 biological replicates, 24 plants of each replicate. H The seedlings of DJ and osprr73 mutant were treated with 180 mM mannitol for 36 days (middle panel) and recovered for 7 days (right panel). Scale bar, 5 cm. I The survival rate of DJ and osprr73 plants in mannitol stress. Data represent means ± SD. n = 3 biological replicates, 24 plants of each replicate. The abbreviation of n.s. stands for no significant generated by student t-test."}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "expression", "level", "of", "OsHKT2", ";", "1", "and", "OsHKT1", ";", "5", "in", "osprr73", "mutant", "and", "the", "wild", "control", "Dongjin", "(", "DJ", ")", "plants", "with", "or", "without", "salinity", "stress", "in", "multiple", "time", "points", ".", "DJ", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", ",", "technical", "replicates", ".", "The", "representative", "data", "is", "from", "at", "least", "two", "individual", "biological", "replicates", ".", "The", "asterisks", "represent", "significant", "difference", "among", "means", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "(", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "01", "and", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B The expression level of OsHKT2;1 and OsHKT1;5 in osprr73 mutant and the wild control Dongjin (DJ) plants with or without salinity stress in multiple time points. DJ Data represent means ± SD. n = 3, technical replicates. The representative data is from at least two individual biological replicates. The asterisks represent significant difference among means by student's t-test with (*) P ≤0.05, (**) P ≤ 0.01 and (***) P ≤ 0.001."}
{"words": ["C", "Transient", "expression", "assay", "in", "the", "infiltrated", "leaves", "of", "N", ".", "benthamiana", "showing", "OsPRR73", "can", "repress", "OsHKT2", ";", "1", "transcription", ".", "Left", "panel", "showing", "the", "bioluminescence", "signal", "of", "OsHKT2", ";", "1", "and", "OsPRR73", ".", "Bioluminescence", "of", "co", "-", "transformation", "of", "either", "GFP", "or", "35S", ":", "GFP", "-", "OsPRR73", "(", "GFP", "-", "OsPRR73", ")", "with", "OsHKT2", ";", "1pro", ":", "LUC", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "D", "Quantification", "of", "bioluminescence", "intensity", "of", "OsHKT2", ";", "1pro", ":", "LUC", "shown", "in", "(", "C", ")", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "10", ".", "The", "asterisks", "indicate", "the", "significant", "difference", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", ".", "At", "least", "two", "biological", "replicates", "were", "conducted", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Transient expression assay in the infiltrated leaves of N. benthamiana showing OsPRR73 can repress OsHKT2;1 transcription. Left panel showing the bioluminescence signal of OsHKT2;1 and OsPRR73. Bioluminescence of co-transformation of either GFP or 35S: GFP-OsPRR73 (GFP-OsPRR73) with OsHKT2;1pro: LUC in N. benthamiana. D Quantification of bioluminescence intensity of OsHKT2;1pro: LUC shown in (C). Data represent means ± SD. n = 10. The asterisks indicate the significant difference by student's t-test with (***) P ≤ 0.001. At least two biological replicates were conducted with similar results."}
{"words": ["E", "ChIP", "-", "qPCR", "assay", "showing", "the", "enriched", "DNA", "fragments", "including", "the", "S3", "and", "S4", "regions", "of", "OsHKT2", ";", "1", "promoter", "by", "OsPRR73", ",", "compared", "to", "wild", "type", "DJ", "controls", ".", "The", "amplicon", "of", "Ubiquitin", "was", "taken", "as", "a", "negative", "control", ".", "Two", "-", "week", "-", "old", "seedlings", "were", "harvested", "at", "ZT12", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ",", "technical", "repeats", ")", ".", "The", "experiments", "were", "performed", "at", "least", "two", "biological", "replicates", "with", "similar", "result", ".", "Top", "scheme", "indicates", "the", "locations", "of", "amplicons", "for", "ChIP", "analysis", ".", "The", "asterisks", "represent", "significant", "difference", "among", "means", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E ChIP-qPCR assay showing the enriched DNA fragments including the S3 and S4 regions of OsHKT2;1 promoter by OsPRR73, compared to wild type DJ controls. The amplicon of Ubiquitin was taken as a negative control. Two-week-old seedlings were harvested at ZT12. Data represent means ± SD (n =3, technical repeats). The experiments were performed at least two biological replicates with similar result. Top scheme indicates the locations of amplicons for ChIP analysis. The asterisks represent significant difference among means by student's t-test with (**) P ≤ 0.01."}
{"words": ["F", "EMSA", "assay", "with", "the", "OsPRR73", "incubated", "with", "the", "probes", "designed", "for", "the", "S4", "region", "of", "OsHKT2", ";", "1", "promoter", ".", "Unlabelled", "probes", "were", "used", "as", "competitor", "with", "indicated", "folds", ".", "MBP", "alone", "was", "used", "as", "negative", "control", ".", "Arrowhead", "marks", "the", "shifted", "positive", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F EMSA assay with the OsPRR73 incubated with the probes designed for the S4 region of OsHKT2;1 promoter. Unlabelled probes were used as competitor with indicated folds. MBP alone was used as negative control. Arrowhead marks the shifted positive bands."}
{"words": ["A", "Coimmunoprecipitation", "assay", "showing", "the", "physical", "interaction", "between", "OsPRR73", "and", "HDAC10", "in", "vivo", ".", "CoIP", "was", "conducted", "with", "GFP", "-", "Trap", "beads", ",", "and", "GFP", "and", "FLAG", "antibodies", "were", "used", "to", "detect", "OsPRR73", "and", "HDAC10", "in", "immunoprecipitants", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Coimmunoprecipitation assay showing the physical interaction between OsPRR73 and HDAC10 in vivo. CoIP was conducted with GFP-Trap beads, and GFP and FLAG antibodies were used to detect OsPRR73 and HDAC10 in immunoprecipitants as indicated."}
{"words": ["B", "Split", "luciferase", "complementation", "(", "SLC", ")", "assay", "showing", "OsPRR73", "interacts", "with", "HDAC10", "in", "the", "co", "-", "infiltrated", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Split luciferase complementation (SLC) assay showing OsPRR73 interacts with HDAC10 in the co-infiltrated N.benthamiana leaves."}
{"words": ["C", "Bimolecular", "-", "fluorescence", "complementation", "(", "BiFC", ")", "assay", "shows", "the", "interaction", "between", "OsPRR73", "and", "HDAC10", "occurs", "in", "nucleus", ".", "BF", "represents", "bright", "field", ".", "Scale", "bar", ",", "40", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Bimolecular-fluorescence complementation (BiFC) assay shows the interaction between OsPRR73 and HDAC10 occurs in nucleus. BF represents bright field. Scale bar, 40 µm."}
{"words": ["D", "N", "-", "terminus", "of", "OsPRR73", "containing", "PR", "domain", "is", "required", "and", "sufficient", "for", "interacting", "with", "HDAC10", ".", "Upper", "panel", "shows", "the", "schematic", "illustration", "of", "full", "-", "length", "and", "the", "truncated", "OsPRR73", "proteins", ".", "CoIP", "was", "performed", "with", "GFP", "-", "Trap", "beads", ",", "and", "immunoprecipitants", "were", "detected", "by", "FLAG", "for", "HADC10", "and", "GFP", "for", "truncated", "proteins", "of", "OsPRR73", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D N-terminus of OsPRR73 containing PR domain is required and sufficient for interacting with HDAC10. Upper panel shows the schematic illustration of full-length and the truncated OsPRR73 proteins. CoIP was performed with GFP-Trap beads, and immunoprecipitants were detected by FLAG for HADC10 and GFP for truncated proteins of OsPRR73 respectively."}
{"words": ["E", ",", "F", "Chromatin", "Immunoprecipitation", "-", "qPCR", "(", "ChIP", "-", "qPCR", ")", "assay", "to", "detect", "the", "enriched", "promoter", "regions", "of", "OsHKT2", ";", "1", "by", "using", "the", "H3K9ac", "(", "E", ")", "and", "H3", "(", "F", ")", "antibodies", ".", "Two", "-", "week", "-", "old", "seedlings", "were", "harvested", "at", "ZT12", ".", "The", "locations", "of", "amplicons", "were", "described", "in", "Figure", "4E", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ".", "The", "asterisk", "indicates", "the", "significant", "difference", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "with", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "at", "least", "twice", "with", "similar", "result", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Chromatin Immunoprecipitation-qPCR (ChIP-qPCR) assay to detect the enriched promoter regions of OsHKT2;1 by using the H3K9ac (E) and H3 (F) antibodies. Two-week-old seedlings were harvested at ZT12. The locations of amplicons were described in Figure 4E. Data represent means ± SD. n = 3 technical replicates. The asterisk indicates the significant difference by student's t-test with (*) P ≤ 0.05. The experiments were repeated at least twice with similar result."}
{"words": ["D", "The", "oshkt2", ";", "1", "seedling", "is", "more", "tolerant", "to", "the", "treatment", "of", "NaCl", ".", "The", "oshkt2", ";", "1", "and", "NIP", ",", "its", "wild", "type", ",", "four", "-", "week", "-", "old", "seedlings", "grown", "under", "NaCl", "conditions", "for", "0", "days", "(", "left", "panel", ")", ",", "then", "were", "transferred", "to", "200", "mM", "NaCl", "for", "28", "days", "(", "middle", "panel", ")", ",", "and", "recovered", "for", "7", "days", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "cm", ".", "E", "Statistical", "analysis", "of", "survival", "rate", "in", "(", "D", ")", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "24", "plants", "of", "each", "replicate", ".", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", "was", "generated", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D The oshkt2;1 seedling is more tolerant to the treatment of NaCl. The oshkt2;1 and NIP, its wild type, four-week-old seedlings grown under NaCl conditions for 0 days (left panel), then were transferred to 200 mM NaCl for 28 days (middle panel), and recovered for 7 days (right panel). Scale bar, 5 cm. E Statistical analysis of survival rate in (D). Data represent means ± SD. n = 3 biological replicates, 24 plants of each replicate. (*) P ≤ 0.05 was generated by student's t-test."}
{"words": ["A", "Malondialdehyde", "(", "MDA", ")", "content", "in", "leaves", "of", "14", "-", "d", "-", "old", "DJ", "and", "osprr73", "plants", "treated", "by", "180", "mM", "NaCl", "for", "3", "d", "and", "normal", "condition", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "6", ",", "biological", "replicates", ".", "The", "asterisks", "indicate", "the", "significant", "difference", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Malondialdehyde (MDA) content in leaves of 14-d-old DJ and osprr73 plants treated by 180 mM NaCl for 3 d and normal condition. Data represent means ± SD. n = 6, biological replicates. The asterisks indicate the significant difference (***) P ≤ 0.001 by student's t-test."}
{"words": ["B", "DAB", "staining", "showing", "the", "greater", "ROS", "accumulation", "in", "the", "leaves", "of", "osprr73", "mutant", "treated", "by", "180", "mM", "NaCl", "treatment", "for", "3", "days", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B DAB staining showing the greater ROS accumulation in the leaves of osprr73 mutant treated by 180 mM NaCl treatment for 3 days. Scale bar, 1 cm."}
{"words": ["C", "H2O2", "concentration", "was", "detected", "by", "using", "H2DCFDA", "in", "the", "root", "tip", "of", "DJ", "and", "osprr73", "mutant", "plants", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "mm", ".", "-", "NaCl", "and", "+", "NaCl", "represented", "the", "untreated", "or", "treated", "plants", "by", "NaCl", "respectively", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "C H2O2 concentration was detected by using H2DCFDA in the root tip of DJ and osprr73 mutant plants. Scale bar, 5 mm. -NaCl and +NaCl represented the untreated or treated plants by NaCl respectively."}
{"words": ["D", "Quantitative", "analysis", "of", "H2O2", "concentration", "in", "the", "root", "of", "DJ", "and", "osprr73", "mutant", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "≥", "6", ".", "The", "asterisks", "indicate", "the", "significant", "difference", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "001", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantitative analysis of H2O2 concentration in the root of DJ and osprr73 mutant. Data represent means ± SD. n ≥ 6. The asterisks indicate the significant difference (***) P ≤ 0.001 by student's t-test."}
{"words": ["E", ",", "F", "Measurement", "of", "SOD", "(", "Superoxide", "dismutase", ")", "(", "E", ")", "and", "CAT", "(", "Catalase", ")", "(", "F", ")", "enzymes", "activity", "in", "shoots", "of", "DJ", "and", "osprr73", "seedlings", "with", "or", "without", "NaCl", "stress", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ".", "Data", "are", "representative", "from", "two", "independent", "biological", "replicates", "with", "similar", "result", ".", "The", "asterisks", "indicate", "the", "significant", "difference", "(", "*", ")", "P", "≤", "0", ".", "05", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Measurement of SOD (Superoxide dismutase) (E) and CAT (Catalase) (F) enzymes activity in shoots of DJ and osprr73 seedlings with or without NaCl stress. Data represent means ± SD. n = 3 technical replicates. Data are representative from two independent biological replicates with similar result. The asterisks indicate the significant difference (*) P ≤ 0.05 by student's t-test."}
{"words": ["scRNA", "-", "Seq", "of", "the", "expression", "of", "the", "entire", "glycolytic", "pathway", "or", "of", "glucose", "phosphate", "isomerase", "only", "(", "GPI", ")", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "-", "cells", "infected", "in", "vitro", "(", "D", ",", "E", ")", "or", "CD4", "+", "T", "-", "cells", "of", "PLWH", "(", "F", ")", ".", "In", "panels", "(", "D", ",", "E", ")", ",", "cells", "were", "infected", "with", "VSVG", "-", "HIV", "-", "1", "-", "GFP", "and", "sorted", "for", "viral", "expression", "as", "detailed", "in", "(", "Golumbeanu", "et", "al", ",", "2018", ")", ".", "Following", "latency", "establishment", ",", "cells", "were", "left", "untreated", "or", "HIV", "-", "1", "expression", "was", "reactivated", "through", "suberoyl", "anilide", "hydroxamic", "acid", "(", "SAHA", ")", "or", "α", "-", "CD3", "-", "CD28", "engagement", ".", "Clusters", "1", "and", "2", "were", "identified", "by", "principal", "component", "analysis", "as", "described", "in", "(", "Golumbeanu", "et", "al", ",", "2018", ")", ".", "In", "panel", "(", "F", ")", ",", "CD4", "+", "T", "-", "cells", "were", "isolated", "from", "total", "blood", "of", "PLWH", "under", "ART", "as", "described", "in", "(", "Cohn", "et", "al", ",", "2018", ")", ".", "Viral", "expression", "was", "reactivated", "by", "treatment", "with", "phytohemagglutinin", "(", "PHA", ")", "and", "cells", "were", "sorted", "using", "antibodies", "against", "Env", "and", "Gag", ".", "Sorted", "cells", "were", "then", "subjected", "to", "scRNA", "-", "Seq", "analysis", ".", "The", "expression", "level", "of", "the", "HUMAN", "-", "GLYCOLYSIS", "pathway", "in", "(", "D", ")", "was", "calculated", "as", "the", "average", "expression", "of", "genes", "comprising", "the", "gene", "list", ";", "expression", "levels", "in", "cluster", "1", "and", "2", "were", "compared", "using", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ".", "For", "panels", "(", "E", ",", "F", ")", ",", "significance", "of", "GPI", "differential", "expression", "level", "between", "clusters", "(", "E", ")", "or", "between", "control", "and", "Env", "+", "Gag", "+", "conditions", "(", "F", ")", "was", "assessed", "by", "the", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "encoded", "in", "FindMarkers", "Seurat", "R", "function", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "For", "panels", "(", "D", ",", "E", ")", "n", "=", "1", "donor", ",", "43", "cells", "(", "untreated", ")", ",", "90", "cells", "(", "SAHA", ")", ",", "91", "cells", "(", "TCR", ")", ",", "for", "panel", "(", "F", ")", "n", "=", "3", "donors", ",", "109", "cells", "(", "control", ")", "and", "85", "cells", "(", "Gag", "+", "Env", "+", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "scRNA-Seq of the expression of the entire glycolytic pathway or of glucose phosphate isomerase only (GPI) in primary CD4+ T-cells infected in vitro (D,E) or CD4+ T-cells of PLWH (F). In panels (D, E), cells were infected with VSVG-HIV-1-GFP and sorted for viral expression as detailed in (Golumbeanu et al, 2018). Following latency establishment, cells were left untreated or HIV-1 expression was reactivated through suberoyl anilide hydroxamic acid (SAHA) or α-CD3-CD28 engagement. Clusters 1 and 2 were identified by principal component analysis as described in (Golumbeanu et al, 2018). In panel (F), CD4+ T-cells were isolated from total blood of PLWH under ART as described in (Cohn et al, 2018). Viral expression was reactivated by treatment with phytohemagglutinin (PHA) and cells were sorted using antibodies against Env and Gag. Sorted cells were then subjected to scRNA-Seq analysis. The expression level of the HUMAN-GLYCOLYSIS pathway in (D) was calculated as the average expression of genes comprising the gene list; expression levels in cluster 1 and 2 were compared using Wilcoxon rank sum test. For panels (E, F), significance of GPI differential expression level between clusters (E) or between control and Env+ Gag+ conditions (F) was assessed by the Wilcoxon rank sum test encoded in FindMarkers Seurat R function. ** p< 0.01, *** p< 0.001; *** p< 0.0001. For panels (D,E) n = 1 donor, 43 cells (untreated), 90 cells (SAHA ), 91 cells (TCR), for panel (F) n = 3 donors, 109 cells (control) and 85 cells (Gag+ Env+)."}
{"words": ["Relative", "ratios", "of", "NADH", "/", "NAD", "+", "(", "D", ")", "and", "ATP", "/", "ADP", "(", "E", ")", "in", "latently", "infected", "and", "reactivated", "cells", ".", "Data", "were", "normalized", "using", "the", "matching", "uninfected", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative ratios of NADH/NAD+ (D) and ATP/ADP (E) in latently infected and reactivated cells. Data were normalized using the matching uninfected control."}
{"words": ["Relative", "expression", "of", "HIV", "-", "1", "gag", "in", "cells", "infected", "with", "Tat", "-", "deficient", "HIV", "-", "1pNL4", "-", "3", "as", "compared", "to", "cells", "infected", "with", "wild", "type", "HIV", "-", "1", "pNL4", "-", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative expression of HIV-1 gag in cells infected with Tat-deficient HIV-1pNL4-3 as compared to cells infected with wild type HIV-1 pNL4-3."}
{"words": ["relative", "expression", "of", "the", "limiting", "rate", "enzyme", "of", "the", "pentose", "phosphate", "pathway", ",", "i", ".", "e", ".", "G6PD", "(", "B", ")", "in", "HIV", "-", "1", "infected", "as", "compared", "to", "mock", "infected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "relative expression of the limiting rate enzyme of the pentose phosphate pathway, i.e. G6PD (B) in HIV-1 infected as compared to mock infected cells."}
{"words": ["relative", "expression", "of", "genes", "regulating", "the", "thioredoxin", "and", "glutathione", "antioxidant", "pathways", ",", "i", ".", "e", ".", "TrxR1", "(", "C", ")", "and", "GCLC", "(", "D", ")", ",", "in", "HIV", "-", "1", "infected", "as", "compared", "to", "mock", "infected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "relative expression of genes regulating the thioredoxin and glutathione antioxidant pathways, i.e. TrxR1 (C) and GCLC (D), in HIV-1 infected as compared to mock infected cells."}
{"words": ["Reactivation", "from", "HIV", "-", "1", "latency", "(", "A", ")", "and", "relative", "cell", "viability", "(", "B", ")", "in", "primary", "Th17", "cells", "following", "24", "h", "treatment", "with", "the", "Trx", "inhibitor", "auranofin", "(", "AF", ";", "500", "nM", ")", ",", "the", "GSH", "inhibitor", "buthionine", "sulfoximine", "(", "BSO", ";", "250", "μM", ")", ",", "or", "a", "combination", "of", "the", "two", ".", "GFP", "-", "HIV", "-", "1", "expression", "was", "determined", "by", "FACS", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", "of", "three", "replicates", "and", "were", "analyzed", "by", "One", "-", "Way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "test", "(", "A", ")", "or", "Two", "-", "Way", "ANOVA", "followed", "by", "Sidak", "´", "s", "post", "-", "test", "(", "B", ")", ".", "Solid", "lines", "represent", "the", "means", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Reactivation from HIV-1 latency (A) and relative cell viability (B) in primary Th17 cells following 24 h treatment with the Trx inhibitor auranofin (AF; 500 nM), the GSH inhibitor buthionine sulfoximine (BSO; 250 μM), or a combination of the two. GFP-HIV-1 expression was determined by FACS. Data are expressed as mean ± SD of three replicates and were analyzed by One-Way ANOVA followed by Tukey's post-test (A) or Two-Way ANOVA followed by Sidak´s post-test (B). Solid lines represent the means."}
{"words": ["Levels", "of", "integrated", "HIV", "-", "1", "DNA", "following", "treatment", "for", "48", "h", "with", "AF", "and", "/", "or", "BSO", "in", "CD4", "+", "T", "-", "cells", "derived", "from", "PLWH", "under", "suppressive", "antiretroviral", "therapy", ".", "Live", "cells", "were", "sorted", "after", "treatment", ",", "and", "integrated", "DNA", "was", "measured", "by", "Alu", "-", "PCR", ".", "The", "latency", "reactivating", "agent", "SAHA", "was", "used", "as", "a", "reference", "compound", "(", "Archin", "et", "al", ",", "2012", ")", ".", "Data", "were", "analyzed", "by", "non", "-", "parametric", "Friedman", "´", "s", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "post", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Levels of integrated HIV-1 DNA following treatment for 48 h with AF and/or BSO in CD4+ T-cells derived from PLWH under suppressive antiretroviral therapy. Live cells were sorted after treatment, and integrated DNA was measured by Alu-PCR. The latency reactivating agent SAHA was used as a reference compound (Archin et al, 2012). Data were analyzed by non-parametric Friedman´s test followed by Dunn's post-test."}
{"words": ["EVs", "were", "isolated", "from", "CCM", "of", "uninfected", "or", "HIV", "-", "1", "-", "infected", "Jurkat", "cells", "by", "differential", "ultracentrifugation", "(", "A", "-", "C", ")", "(", "A", ",", "C", ")", "The", "successive", "pellets", "(", "2K", ",", "10K", ",", "100K", ")", "recovered", "from", "the", "CCM", "of", "20", "x", "106", "cells", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "indicated", "proteins", "side", "-", "by", "-", "side", "with", "the", "lysate", "of", "0", ".", "4", "x", "106", "producing", "cells", ":", "C", ".", "Images", "from", "two", "different", "representative", "experiments", "are", "shown", ".", "Amount", "of", "proteins", "recovered", "in", "2K", ",", "10K", "and", "100K", "pellets", "analyzed", "in", "stain", "-", "free", "gel", "images", "was", "similar", "between", "pellets", ":", "AU", "(", "protein", "amount", "in", "a", "given", "pellet", "/", "total", "protein", "amount", "in", "2K", "+", "10K", "+", "100K", ")", "for", "2K", ",", "10K", "and", "100K", "pellets", "were", "1", ".", "13", "±", "0", ".", "28", ",", "0", ",", "96", "±", "0", ".", "10", "and", "0", ".", "91", "±", "0", ".", "33", ",", "respectively", "in", "control", "cells", "(", "A", ")", ",", "and", "1", ".", "22", "±", "0", ".", "29", ",", "0", ",", "84", "±", "0", ".", "35", "and", "0", ".", "94", "±", "0", ".", "30", ",", "respectively", "in", "infected", "cells", "(", "C", ")", "(", "mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EVs were isolated from CCM of uninfected or HIV-1-infected Jurkat cells by differential ultracentrifugation (A-C) (A, C) The successive pellets (2K, 10K, 100K) recovered from the CCM of 20 x 106 cells were analyzed by Western blot for the indicated proteins side-by-side with the lysate of 0.4 x 106 producing cells: C. Images from two different representative experiments are shown. Amount of proteins recovered in 2K, 10K and 100K pellets analyzed in stain-free gel images was similar between pellets: AU (protein amount in a given pellet/total protein amount in 2K+10K+100K) for 2K, 10K and 100K pellets were 1.13±0.28, 0,96±0.10 and 0.91±0.33, respectively in control cells (A), and 1.22±0.29, 0,84±0.35 and 0.94±0.30, respectively in infected cells (C) (mean±SD)."}
{"words": ["EVs", "were", "isolated", "from", "CCM", "of", "uninfected", "Jurkat", "cells", "by", "differential", "ultracentrifugation", "SD", ")", ".", "(", "B", ")", "Whole", "-", "mount", "EM", "analysis", "showing", "representative", "images", "and", "size", "distribution", "of", "particles", "in", "2K", ",", "10K", "and", "100K", "pellets", "(", "Scale", "bar", ",", "200", "nm", ")", ".", "The", "diameter", "(", "nm", ")", "of", "particles", "was", "determined", "with", "ImageJ", "for", "five", "different", "experiments", ".", "387", ",", "363", "and", "385", "particles", "were", "counted", "for", "2K", ",", "10K", "and", "100K", "pellets", ",", "respectivelly", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EVs were isolated from CCM of uninfected Jurkat cells by differential ultracentrifugation SD). (B) Whole-mount EM analysis showing representative images and size distribution of particles in 2K, 10K and 100K pellets (Scale bar, 200 nm). The diameter (nm) of particles was determined with ImageJ for five different experiments. 387, 363 and 385 particles were counted for 2K, 10K and 100K pellets, respectivelly."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "EVs", "were", "isolated", "from", "CCM", "of", "uninfected", "or", "HIV", "-", "1", "-", "infected", "Jurkat", "cells", "by", "differential", "ultracentrifugation", "and", "sEVs", "contained", "in", "the", "100K", "pellet", "were", "further", "separated", "by", "velocity", "iodixanol", "gradient", "(", "D", ")", ".", "(", "D", ")", "12", "fractions", "were", "recovered", "from", "iodixanol", "gradients", "of", "the", "100K", "pellets", "obtained", "from", "CCM", "of", "non", "-", "infected", "and", "infected", "Jurkat", "cells", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) EVs were isolated from CCM of uninfected or HIV-1-infected Jurkat cells by differential ultracentrifugation and sEVs contained in the 100K pellet were further separated by velocity iodixanol gradient (D). (D) 12 fractions were recovered from iodixanol gradients of the 100K pellets obtained from CCM of non-infected and infected Jurkat cells and analysed by Western blot for the indicated proteins."}
{"words": ["(", "A", ")", "Proteomic", "profiles", "of", "different", "proteins", ",", "showing", "the", "relative", "abundance", "distribution", "across", "the", "3x3", "subfractions", "obtained", "from", "Jurkat", "cells", ".", "Proteins", "with", "very", "similar", "profiles", "(", "represented", "by", "the", "same", "colours", ")", "are", "likely", "part", "of", "the", "same", "EV", "subtypes", ".", "Each", "profile", "consists", "of", "three", "independent", "data", "triplets", "(", "F1", "-", "F2", "-", "F3A", ",", "F1", "-", "F2", "-", "F3B", "and", "F1", "-", "F2", "-", "F3C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Proteomic profiles of different proteins, showing the relative abundance distribution across the 3x3 subfractions obtained from Jurkat cells. Proteins with very similar profiles (represented by the same colours) are likely part of the same EV subtypes. Each profile consists of three independent data triplets (F1- F2- F3A, F1- F2- F3B and F1-F2-F3C)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Violin", "plots", "showing", "enrichment", "of", "the", "protein", "markers", "of", "intracellular", "organelles", "across", "the", "F1", "-", "F2", "-", "F3", "subfractions", "as", "compared", "to", "expression", "in", "the", "total", "cell", "proteome", ".", "Solid", "horizontal", "lines", "indicate", "medians", "and", "dashed", "line", "indicate", "quartiles", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Mitochondria", "and", "ER", "markers", "are", "de", "-", "enriched", ",", "and", "plasma", "membrane", "markers", "are", "enriched", "in", "EV", "fractions", ",", "with", "progressively", "pronounced", "effects", "from", "F1", "to", "F3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Violin plots showing enrichment of the protein markers of intracellular organelles across the F1-F2-F3 subfractions as compared to expression in the total cell proteome. Solid horizontal lines indicate medians and dashed line indicate quartiles (n=3). Mitochondria and ER markers are de-enriched, and plasma membrane markers are enriched in EV fractions, with progressively pronounced effects from F1 to F3."}
{"words": ["EVs", "were", "purified", "by", "SEC", "from", "supernatants", "of", "Jurkat", "cells", ".", "(", "A", ")", "EVs", "were", "subjected", "to", "immuno", "-", "isolation", "with", "beads", "coupled", "to", "antibodies", "against", "CD81", "or", "CD63", ".", "Bead", "-", "associated", "(", "Pull", "-", "down", ":", "PD", ")", "vesicles", "and", "those", "left", "behind", "(", "Flow", "-", "Through", ":", "FT", ")", "were", "loaded", "on", "a", "gel", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "antibodies", "specific", "for", "CD63", ",", "Syntenin", "-", "1", ",", "CD81", ",", "ADAM10", "and", "CD3G", ".", "A", "representative", "blot", "(", "top", "panel", ")", "and", "quantification", "(", "mean", "±", "SD", ")", "of", "the", "proportion", "of", "signal", "in", "FT", "as", "compared", "with", "total", "(", "PD", "+", "FT", ")", "from", "four", "independent", "experiments", "(", "bottom", "panel", ")", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EVs were purified by SEC from supernatants of Jurkat cells. (A) EVs were subjected to immuno-isolation with beads coupled to antibodies against CD81 or CD63. Bead-associated (Pull-down: PD) vesicles and those left behind (Flow-Through: FT) were loaded on a gel for Western blot analysis with antibodies specific for CD63, Syntenin-1, CD81, ADAM10 and CD3G. A representative blot (top panel) and quantification (mean ± SD) of the proportion of signal in FT as compared with total (PD+FT) from four independent experiments (bottom panel) are shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "images", "of", "double", "-", "immunogold", "labelling", "of", "EVs", "purified", "by", "SEC", "from", "Jurkat", "cells", ".", "Left", "panel", ",", "CD81", "/", "CD63", ";", "right", "panel", ",", "CD81", "/", "CD3E", ".", "Arrows", "show", "CD63", "staining", "in", "CD81", "+", "CD63", "+", "EVs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative images of double-immunogold labelling of EVs purified by SEC from Jurkat cells. Left panel, CD81/CD63; right panel, CD81/CD3E. Arrows show CD63 staining in CD81+CD63+ EVs."}
{"words": ["EVs", "were", "purified", "by", "SEC", "from", "supernatants", "of", "Jurkat", "cells", ".", "(", "C", ",", "D", ")", "Multiplex", "bead", "-", "based", "flow", "cytometry", "assay", "for", "detection", "of", "EV", "surface", "markers", ".", "Antibody", "-", "coated", "capture", "beads", "were", "incubated", "with", "2", "x", "109", "particles", ".", "Captured", "EVs", "were", "detected", "with", "either", "APC", "-", "labeled", "anti", "-", "CD81", ",", "anti", "-", "CD63", "or", "anti", "-", "CD3E", ".", "(", "C", ")", "Median", "APC", "fluorescence", "values", "for", "the", "different", "bead", "populations", "is", "shown", "as", "the", "ratio", "to", "the", "median", "APC", "fluorescence", "of", "control", "beads", "(", "log10", "scale", ")", ".", "shown", ".", "(", "D", ")", "Heat", "-", "map", "representation", "of", "the", "median", "APC", "fluorescence", "values", "for", "the", "different", "bead", "populations", "detected", "with", "anti", "-", "CD63", "or", "anti", "-", "CD3E", "antibodies", "relative", "to", "the", "values", "detected", "with", "anti", "-", "CD81", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "EVs were purified by SEC from supernatants of Jurkat cells. (C,D) Multiplex bead-based flow cytometry assay for detection of EV surface markers. Antibody-coated capture beads were incubated with 2 x 109 particles. Captured EVs were detected with either APC-labeled anti-CD81, anti-CD63 or anti-CD3E. (C) Median APC fluorescence values for the different bead populations is shown as the ratio to the median APC fluorescence of control beads (log10 scale). shown. (D) Heat-map representation of the median APC fluorescence values for the different bead populations detected with anti-CD63 or anti-CD3E antibodies relative to the values detected with anti-CD81."}
{"words": ["(", "B", ")", "Proteomic", "profiles", "of", "different", "proteins", "showing", "the", "relative", "abundance", "distribution", "across", "the", "six", "subfractions", ".", "Each", "profile", "consists", "of", "two", "independent", "data", "triplets", "(", "F1", "-", "F2", "-", "F3A", "and", "F1", "-", "F2", "-", "F3B", ")", ".", "Abundance", "profiles", "of", "the", "same", "groups", "of", "proteins", "showed", "the", "same", "clustering", "behaviour", ",", "although", "in", "this", "second", "dataset", ",", "the", "proportion", "of", "proteins", "recovered", "in", "the", "F2", "was", "more", "variable", ".", "These", "differences", ",", "however", ",", "did", "not", "affect", "the", "results", "of", "the", "NNP", "or", "movement", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Proteomic profiles of different proteins showing the relative abundance distribution across the six subfractions. Each profile consists of two independent data triplets (F1- F2- F3A and F1- F2- F3B). Abundance profiles of the same groups of proteins showed the same clustering behaviour, although in this second dataset, the proportion of proteins recovered in the F2 was more variable. These differences, however, did not affect the results of the NNP or movement analysis."}
{"words": ["(", "C", ")", "Unbiased", "identification", "of", "significant", "translocation", "events", "triggered", "by", "HIV", "-", "1", "infection", ".", "Each", "protein", "is", "scored", "for", "magnitude", "of", "translocation", "(", "M", "score", ",", "x", "-", "axis", ")", "and", "reproducibility", "of", "translocation", "direction", "(", "R", "score", ",", "y", "-", "axis", ")", "across", "the", "two", "replicates", ".", "MR", "plot", "analysis", "reveals", "significant", "translocations", "in", "the", "top", "right", "quadrant", ".", "Proteins", "with", "M", ">", "1", "and", "R", ">", "0", ".", "9", "are", "candidate", "hits", "for", "changing", "localization", "(", "estimated", "FDR", "=", "8", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Unbiased identification of significant translocation events triggered by HIV-1 infection. Each protein is scored for magnitude of translocation (M score, x-axis) and reproducibility of translocation direction (R score, y-axis) across the two replicates. MR plot analysis reveals significant translocations in the top right quadrant. Proteins with M>1 and R>0.9 are candidate hits for changing localization (estimated FDR = 8%)."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "(", "A", ")", "Analysis", "of", "the", "three", "candidate", "markers", "in", "EV", "pellets", "isolated", "from", "CCM", "of", "control", "and", "infected", "(", "red", "boxes", ")", "Jurkat", "cells", ".", "The", "successive", "pellets", "(", "2K", ",", "10K", ",", "100K", ")", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", ",", "using", "antibodies", "against", "SPN", ",", "MOV10", ",", "SERINC3", "and", "p24", "(", "HIV", "-", "1", "protein", ")", ".", "The", "2K", ",", "10K", ",", "and", "100K", "pellets", "obtained", "from", "20", "x", "106", "cells", "were", "loaded", "on", "the", "gel", ".", "Representative", "images", "(", "A", ")", "and", "quantifications", "in", "three", "to", "five", "independent", "experiments", "(", "B", ")", "are", "shown", ".", "For", "each", "pellet", ",", "arbitrary", "units", "(", "AU", ")", "represent", "the", "ratio", "of", "signal", "intensity", "for", "the", "analysed", "protein", "in", "the", "given", "pellet", "to", "the", "total", "amount", "of", "proteins", "in", "the", "same", "pellet", ".", "In", "cell", "lysates", "from", "the", "same", "experiments", ",", "AU", "(", "given", "protein", "/", "total", "amount", "of", "protein", ")", "for", "SPN", "and", "MOV10", "were", "1", ".", "29", "±", "0", ".", "15", "and", "0", ".", "84", "±", "0", ".", "33", "times", "the", "levels", "in", "control", "cells", ",", "respectively", "(", "Mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) (A) Analysis of the three candidate markers in EV pellets isolated from CCM of control and infected (red boxes) Jurkat cells. The successive pellets (2K, 10K, 100K) were analyzed by Western blot, using antibodies against SPN, MOV10, SERINC3 and p24 (HIV-1 protein). The 2K, 10K, and 100K pellets obtained from 20 x 106 cells were loaded on the gel. Representative images (A) and quantifications in three to five independent experiments (B) are shown. For each pellet, arbitrary units (AU) represent the ratio of signal intensity for the analysed protein in the given pellet to the total amount of proteins in the same pellet. In cell lysates from the same experiments, AU (given protein/total amount of protein) for SPN and MOV10 were 1.29±0.15 and 0.84±0.33 times the levels in control cells, respectively (Mean±SD)."}
{"words": ["(", "C", ")", "WB", "showing", "the", "distribution", "of", "the", "same", "proteins", "in", "six", "fractions", "recovered", "after", "velocity", "gradient", "separation", "of", "vesicles", "contained", "in", "the", "100K", "pellets", "of", "control", "or", "HIV", "-", "1", "infected", "(", "red", "boxes", ")", "cells", ".", "Viral", "p24", "protein", "was", "recovered", "in", "the", "bottom", "fractions", "of", "infected", "samples", "together", "with", "MOV10", "and", "SPN", ".", "SERINC3", "was", "recovered", "in", "the", "middle", "fractions", ".", "(", "T", "=", "top", ";", "B", "=", "bottom", ")", ".", "(", "D", ",", "E", ")", "Quantification", "of", "MOV10", ",", "SPN", ",", "SERINC3", "and", "p24", "signals", "in", "4", "to", "7", "independent", "Western", "blots", "from", "HIV", "-", "1", "infected", "samples", ".", "AU", "=", "band", "intensity", "in", "a", "given", "pellet", "/", "sum", "(", "band", "intensity", "in", "all", "six", "pellets", ")", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "SERINC3", "signals", "in", "the", "different", "fractions", "from", "control", "and", "infected", "samples", ".", "AU", "=", "band", "intensity", "in", "a", "given", "pellet", "/", "sum", "(", "band", "intensity", "in", "all", "12", "pellets", ")", ".", "Lines", "represent", "the", "medians", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WB showing the distribution of the same proteins in six fractions recovered after velocity gradient separation of vesicles contained in the 100K pellets of control or HIV-1 infected (red boxes) cells. Viral p24 protein was recovered in the bottom fractions of infected samples together with MOV10 and SPN. SERINC3 was recovered in the middle fractions. (T = top; B = bottom). (D, E) Quantification of MOV10, SPN, SERINC3 and p24 signals in 4 to 7 independent Western blots from HIV-1 infected samples. AU = band intensity in a given pellet / sum (band intensity in all six pellets). (F) Quantification of SERINC3 signals in the different fractions from control and infected samples. AU = band intensity in a given pellet / sum (band intensity in all 12 pellets). Lines represent the medians of three independent experiments. "}
{"words": ["(", "G", ",", "H", ")", "EVs", "from", "supernatant", "of", "HIV", "-", "infected", "Jurkat", "cells", "were", "subjected", "to", "immuno", "-", "isolation", "with", "beads", "coupled", "to", "antibody", "against", "SPN", ".", "Bead", "-", "associated", "(", "Pull", "-", "down", ":", "PD", ")", "vesicles", "and", "those", "left", "behind", "(", "Flow", "-", "Through", ":", "FT", ")", "were", "loaded", "on", "a", "gel", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "antibodies", "specific", "for", "SPN", ",", "MOV10", ",", "CD63", ",", "SERINC3", "and", "viral", "p24", ".", "A", "representative", "image", "(", "G", ")", "and", "quantification", "(", "H", ")", "Mean", "±", "SD", "of", "the", "proportion", "of", "signal", "in", "PD", "as", "compared", "with", "total", "(", "PD", "+", "FT", ")", "in", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G, H) EVs from supernatant of HIV-infected Jurkat cells were subjected to immuno-isolation with beads coupled to antibody against SPN. Bead-associated (Pull-down: PD) vesicles and those left behind (Flow-Through: FT) were loaded on a gel for Western blot analysis with antibodies specific for SPN, MOV10, CD63, SERINC3 and viral p24. A representative image (G) and quantification (H) Mean ± SD of the proportion of signal in PD as compared with total (PD+FT) in three independent experiments are shown."}
{"words": ["(", "I", ")", "EVs", "remaining", "in", "the", "FT", ",", "or", "EVs", "secreted", "by", "the", "same", "number", "of", "cells", "but", "not", "subjected", "to", "immuno", "-", "isolation", "(", "input", ")", "were", "used", "to", "infect", "a", "reporter", "cell", "line", ".", "Mean", "±", "SD", "of", "six", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) EVs remaining in the FT, or EVs secreted by the same number of cells but not subjected to immuno-isolation (input) were used to infect a reporter cell line. Mean± SD of six independent experiments is shown."}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", "(", "A", ")", "GFP", "+", "Ghost", "X4R5", "cells", "obtained", "after", "treatment", "with", "supernatant", "from", "infected", "SERINC3", "KD", "cells", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "a", "ratio", "to", "the", "number", "of", "GFP", "+", "cells", "after", "treatment", "with", "supernatant", "from", "infected", "control", "cells", ".", ".", "Mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3 (A) GFP+ Ghost X4R5 cells obtained after treatment with supernatant from infected SERINC3 KD cells. Results are expressed as a ratio to the number of GFP+ cells after treatment with supernatant from infected control cells. . Mean ± SD of three independent experiments is shown."}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", ",", "followed", "or", "not", "by", "infection", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "HIV", "-", "1", "(", "red", "boxes", ")", ".", "(", "B", ")", "Number", "of", "particles", "secreted", "were", "quantified", "by", "NTA", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "a", "ratio", "to", "the", "number", "of", "particles", "secreted", "by", "uninfected", "luciferase", "shRNA", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3, followed or not by infection with NL4-3 EGFP-Nef+ HIV-1 (red boxes). (B) Number of particles secreted were quantified by NTA. Results are expressed as a ratio to the number of particles secreted by uninfected luciferase shRNA cells."}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", ",", "followed", "or", "not", "by", "infection", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "HIV", "-", "1", "(", "red", "boxes", ")", ".", "(", "C", ")", "100K", "pellets", "from", "infected", "cells", "were", "subjected", "to", "iodixanol", "velocity", "gradient", "separation", ".", "Six", "fractions", "were", "recovered", "and", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "the", "presence", "of", "SPN", ",", "SERINC3", "and", "p24", ".", "(", "T", "=", "top", ";", "B", "=", "bottom", ")", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "SPN", "and", "p24", "signals", "in", "the", "different", "fractions", "of", "two", "independent", "iodixanol", "fractionations", "(", "exp", "1", ":", "open", "symbols", ",", "exp", "2", ":", "closed", "symbols", ")", ".", "AU", "=", "band", "intensity", "in", "a", "given", "pellet", "/", "sum", "(", "band", "intensity", "in", "all", "12", "pellets", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3, followed or not by infection with NL4-3 EGFP-Nef+ HIV-1 (red boxes). (C) 100K pellets from infected cells were subjected to iodixanol velocity gradient separation. Six fractions were recovered and analyzed by Western blot for the presence of SPN, SERINC3 and p24. (T = top; B = bottom). (D) Quantification of SPN and p24 signals in the different fractions of two independent iodixanol fractionations (exp 1: open symbols, exp 2: closed symbols). AU = band intensity in a given pellet / sum (band intensity in all 12 pellets). "}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", ",", "followed", "or", "not", "by", "infection", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "HIV", "-", "1", "(", "red", "boxes", ")", ".", "2K", ",", "10K", ",", "100K", "obtained", "from", "CCM", "of", "control", "cells", "and", "SERINC3", "KD", "cells", "either", "uninfected", "of", "infected", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "with", "antibodies", "against", "SPN", ",", "and", "p24", ".", "The", "2K", ",", "10K", ",", "and", "100K", "pellets", "obtained", "from", "20", "x", "106", "cells", "were", "loaded", "on", "the", "gel", ".", "Representative", "images", "(", "E", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3, followed or not by infection with NL4-3 EGFP-Nef+ HIV-1 (red boxes). 2K, 10K, 100K obtained from CCM of control cells and SERINC3 KD cells either uninfected of infected with NL4-3 EGFP-Nef+ were analyzed by Western blot with antibodies against SPN, and p24. The 2K, 10K, and 100K pellets obtained from 20 x 106 cells were loaded on the gel. Representative images (E)"}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", ",", "followed", "or", "not", "by", "infection", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "HIV", "-", "1", "(", "red", "boxes", ")", ".", "2K", ",", "10K", ",", "100K", "from", "CCM", "of", "control", "cells", "and", "SERINC3", "KD", "cells", "either", "uninfected", "of", "infected", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "were", "analyzed", "and", "quantification", "of", "SPN", "and", "p24", "signals", "(", "F", ")", "are", "shown", ".", "For", "each", "pellet", ",", "arbitrary", "units", "(", "AU", ")", "represent", "the", "ratio", "of", "signal", "intensity", "in", "the", "given", "pellet", "to", "the", "total", "amount", "of", "protein", "in", "the", "same", "given", "pellet", "and", "relative", "to", "the", "total", "amount", "in", "2K", "+", "10K", "+", "100K", "from", "control", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3, followed or not by infection with NL4-3 EGFP-Nef+ HIV-1 (red boxes). 2K, 10K, 100K from CCM of control cells and SERINC3 KD cells either uninfected of infected with NL4-3 EGFP-Nef+ were analyzed and quantification of SPN and p24 signals (F) are shown. For each pellet, arbitrary units (AU) represent the ratio of signal intensity in the given pellet to the total amount of protein in the same given pellet and relative to the total amount in 2K+10K+100K from control cells."}
{"words": ["Jurkat", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "control", "luciferase", "shRNA", "or", "shRNAs", "targeting", "SERINC3", ",", "followed", "or", "not", "by", "infection", "with", "NL4", "-", "3", "EGFP", "-", "Nef", "+", "HIV", "-", "1", "(", "red", "boxes", ")", ".", "(", "G", ")", "Multiplex", "bead", "-", "based", "flow", "cytometry", "assay", "for", "detection", "of", "EV", "surface", "markers", ".", "Antibody", "-", "coated", "capture", "beads", "were", "incubated", "with", "EV", "samples", ".", "Captured", "EVs", "were", "detected", "with", "a", "mixture", "of", "APC", "-", "labeled", "anti", "-", "CD9", ",", "anti", "-", "CD63", ",", "and", "anti", "-", "CD81", ".", "Quantification", "of", "the", "median", "APC", "fluorescence", "values", "for", "all", "bead", "populations", "after", "background", "and", "isotype", "antibody", "correction", ".", "Results", "were", "relativized", "to", "the", "values", "obtained", "with", "control", "sample", "for", "each", "experiment", ".", "Dotted", "line", "represents", "values", "obtained", "for", "EVs", "isolated", "from", "control", "cell", "CM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Jurkat cells were infected with lentivirus expressing control luciferase shRNA or shRNAs targeting SERINC3, followed or not by infection with NL4-3 EGFP-Nef+ HIV-1 (red boxes). (G) Multiplex bead-based flow cytometry assay for detection of EV surface markers. Antibody-coated capture beads were incubated with EV samples. Captured EVs were detected with a mixture of APC-labeled anti-CD9, anti-CD63, and anti-CD81. Quantification of the median APC fluorescence values for all bead populations after background and isotype antibody correction. Results were relativized to the values obtained with control sample for each experiment. Dotted line represents values obtained for EVs isolated from control cell CM."}
{"words": ["Immunostaining", "of", "H3K27ac", "in", "mouse", "germinal", "vesicle", "(", "GV", ")", "oocytes", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "metaphase", "II", "(", "MII", ")", "oocytes", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "zygotes", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "early", "2", "-", "cell", "(", "2C", ")", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "late", "2C", "(", "n", "=", "9", ")", "embryos", ".", "Right", "panel", "is", "the", "quantification", "of", "H3K27ac", "immunostaining", "relative", "signal", "intensities", "at", "different", "stages", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "For", "boxplots", "in", "A", "the", "central", "band", "represents", "the", "median", ".", "The", "lower", "and", "upper", "edges", "of", "the", "box", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "respectively", ".", "The", "whiskers", "of", "the", "boxplot", "extend", "to", "1", ".", "5", "times", "inter", "-", "quartile", "range", "(", "IQR", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunostaining of H3K27ac in mouse germinal vesicle (GV) oocytes (n = 8), metaphase II (MII) oocytes (n = 7), zygotes (n = 7), early 2-cell (2C) (n = 7) and late 2C (n = 9) embryos. Right panel is the quantification of H3K27ac immunostaining relative signal intensities at different stages. Scale bar: 20 μm. Data information: For boxplots in A the central band represents the median. The lower and upper edges of the box represent the first and third quartiles, respectively. The whiskers of the boxplot extend to 1.5 times inter-quartile range (IQR)."}
{"words": ["Immunostaining", "of", "H3K27ac", "in", "A", "-", "485", "treated", "embryos", "versus", "control", "(", "DMSO", "treated", ")", "at", "different", "time", "points", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunostaining of H3K27ac in A-485 treated embryos versus control (DMSO treated) at different time points. Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["Developmental", "rate", "of", "embryos", "treated", "with", "A", "-", "485", "versus", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0], "text": "Developmental rate of embryos treated with A-485 versus control."}
{"words": ["Immunostaining", "of", "H3K27ac", "in", "TSA", "treated", "embryos", "under", "different", "concentrations", "versus", "control", "(", "DMSO", "treated", ")", "at", "28", "hpi", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunostaining of H3K27ac in TSA treated embryos under different concentrations versus control (DMSO treated) at 28 hpi. Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["Developmental", "rate", "of", "embryos", "treated", "with", "TSA", "at", "different", "time", "points", "(", "0", "-", "20", "hpi", "and", "8", "-", "28", "hpi", ")", "versus", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Developmental rate of embryos treated with TSA at different time points (0-20 hpi and 8-28 hpi) versus control."}
{"words": ["(", "A", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "or", "ospD", "deletion", "mutants", ",", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity", "assays", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, or ospD deletion mutants, and incubated for 8 h. Aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assays. *P<0.05 (one-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "B", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "∆", "ospD3", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Infected", "cells", "were", "fixed", "and", "subjected", "to", "TUNEL", "and", "PI", "staining", ".", "Percentages", "of", "positive", "cells", "(", "TUNEL", ",", "green", ";", "PI", ",", "red", ")", "are", "shown", "in", "graph", "at", "right", ".", "The", "nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HT29 cells were infected with Shigella WT or ∆ospD3 and incubated for 8 h. Infected cells were fixed and subjected to TUNEL and PI staining. Percentages of positive cells (TUNEL, green; PI, red) are shown in graph at right. The nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bar: 100 μm. n.s., not significant; *P<0.05 (unpaired two-tailed Student's t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "or", "∆", "ospD3", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Infected", "cells", "were", "subjected", "to", "Giemsa", "staining", ".", "Arrows", "indicate", "cells", "in", "which", "the", "cytoplasm", "disappeared", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, or ∆ospD3 and incubated for 8 h. Infected cells were subjected to Giemsa staining. Arrows indicate cells in which the cytoplasm disappeared. Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "or", "ospD", "deletion", "mutants", ",", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, or ospD deletion mutants, and incubated for 8 h. Cell lysates were subjected to immunoblotting."}
{"words": ["(", "B", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "RIPK1", "inhibitor", ",", "RIPK3", "inhibitor", ",", "or", "caspase", "inhibitor", "(", "z", "-", "VAD", ")", ",", "and", "then", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains in the presence or absence of RIPK1 inhibitor, RIPK3 inhibitor, or caspase inhibitor (z-VAD), and then incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting"}
{"words": ["C", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "RIPK1", "inhibitor", ",", "RIPK3", "inhibitor", ",", "or", "caspase", "inhibitor", "(", "z", "-", "VAD", ")", ",", "and", "then", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains in the presence or absence of RIPK1 inhibitor, RIPK3 inhibitor, or caspase inhibitor (z-VAD), and then incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assay"}
{"words": ["(", "D", "HT29", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "∆", "ospD3", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "(", "top", ")", "and", "cytotoxicity", "assays", "(", "bottom", ")", ",", "respectively", ".", "The", "knockdown", "efficiency", "of", "the", "indicated", "siRNAs", "was", "assessed", "by", "immunoblotting", "(", "inset", ")", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D HT29 cells treated with the indicated siRNAs were infected with Shigella WT or ∆ospD3. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting (top) and cytotoxicity assays (bottom), respectively. The knockdown efficiency of the indicated siRNAs was assessed by immunoblotting (inset). n.s., not significant; *P<0.05 (unpaired two-tailed Student's t-test)."}
{"words": ["E", ")", "HT29", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "∆", "ospD3", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "(", "top", ")", "and", "cytotoxicity", "assays", "(", "bottom", ")", ",", "respectively", ".", "The", "knockdown", "efficiency", "of", "the", "indicated", "siRNAs", "was", "assessed", "by", "immunoblotting", "(", "inset", ")", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) HT29 cells treated with the indicated siRNAs were infected with Shigella WT or ∆ospD3. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting (top) and cytotoxicity assays (bottom), respectively. The knockdown efficiency of the indicated siRNAs was assessed by immunoblotting (inset). n.s., not significant; *P<0.05 (unpaired two-tailed Student's t-test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ",", "and", "then", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h, and then cell lysates were subjected to immunoblotting."}
{"words": ["(", "B", ")", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "tagged", "ospD", "expression", "plasmids", ".", "After", "24", "h", ",", "cells", "were", "harvested", "and", "subjected", "to", "immunoblotting", ".", "Arrows", "indicate", "cleaved", "RIPK1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(B) 293T cells were transfected with Myc-tagged ospD expression plasmids. After 24 h, cells were harvested and subjected to immunoblotting. Arrows indicate cleaved RIPK1."}
{"words": ["D", ")", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "series", "of", "plasmids", "expressing", "ospD3", "point", "mutants", ".", "After", "24", "h", ",", "cells", "were", "harvested", "and", "subjected", "to", "immunoblotting", ".", "Arrows", "indicate", "cleaved", "RIPK1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "D) 293T cells were transfected with a series of plasmids expressing ospD3 point mutants. After 24 h, cells were harvested and subjected to immunoblotting. Arrows indicate cleaved RIPK1."}
{"words": ["(", "E", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "∆", "ospD3", ",", "∆", "ospD3", "/", "D3", "(", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "wild", "-", "type", "ospD3", ")", ",", "or", "∆", "ospD3", "/", "D3CS", "(", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "a", "protease", "activity", "-", "deficient", "mutant", ",", "in", "which", "the", "cysteine", "residue", "at", "position", "64", "was", "replaced", "by", "serine", ")", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, ∆ospD3, ∆ospD3/D3 (∆ospD3 complemented with wild-type ospD3), or ∆ospD3/D3CS (∆ospD3 complemented with a protease activity-deficient mutant, in which the cysteine residue at position 64 was replaced by serine) strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting"}
{"words": ["F", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "∆", "ospD3", ",", "∆", "ospD3", "/", "D3", "(", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "wild", "-", "type", "ospD3", ")", ",", "or", "∆", "ospD3", "/", "D3CS", "(", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "a", "protease", "activity", "-", "deficient", "mutant", ",", "in", "which", "the", "cysteine", "residue", "at", "position", "64", "was", "replaced", "by", "serine", ")", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, ∆ospD3, ∆ospD3/D3 (∆ospD3 complemented with wild-type ospD3), or ∆ospD3/D3CS (∆ospD3 complemented with a protease activity-deficient mutant, in which the cysteine residue at position 64 was replaced by serine) strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assays"}
{"words": ["(", "A", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cells", "were", "harvested", "and", "subjected", "to", "measurement", "of", "caspase", "-", "8", "activation", ".", "Caspase", "-", "8", "activity", "is", "reported", "as", "relative", "light", "units", "(", "RLU", ")", "of", "infected", "samples", ",", "minus", "the", "value", "in", "uninfected", "samples", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h. Cells were harvested and subjected to measurement of caspase-8 activation. Caspase-8 activity is reported as relative light units (RLU) of infected samples, minus the value in uninfected samples. *P<0.05 (one-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "B", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", ".", "Arrows", "indicate", "cleaved", "forms", "of", "caspase", "-", "8", ",", "PARP", ",", "GSDMD", ",", "and", "IL", "-", "18", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h. Cell lysates were subjected to immunoblotting. Arrows indicate cleaved forms of caspase-8, PARP, GSDMD, and IL-18, respectively."}
{"words": ["(", "C", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity", "assay", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h. Aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assay. *P<0.05; n.s., not significant (one-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "D", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", "or", "∆", "ospC1", "mutant", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Infected", "cells", "were", "then", "fixed", "and", "stained", "with", "cleaved", "caspase", "-", "8", "(", "green", ")", ",", "rhodamine", "-", "phalloidin", "(", "red", ")", ",", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Percentages", "of", "positive", "cells", "are", "shown", "in", "the", "graph", "at", "right", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HT29 cells were infected with Shigella WT or ∆ospC1 mutant and incubated for 8 h. Infected cells were then fixed and stained with cleaved caspase-8 (green), rhodamine-phalloidin (red), and DAPI (blue). Percentages of positive cells are shown in the graph at right (*P<0.05; unpaired two-tailed Student's t-test). Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cells", "were", "harvested", "and", "subjected", "to", "measurement", "of", "caspase", "-", "3", "/", "7", "activation", ".", "Caspase", "-", "3", "/", "7", "activity", "is", "reported", "as", "relative", "light", "units", "(", "RLU", ")", "of", "infected", "samples", "minus", "uninfected", "samples", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) HT29 cells were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h. Cells were harvested and subjected to measurement of caspase-3/7 activation. Caspase-3/7 activity is reported as relative light units (RLU) of infected samples minus uninfected samples. *P<0.05 (one-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "F", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "S325", ",", "or", "∆", "ospC1", "strains", ",", "and", "incubated", "for", "up", "to", "8", "h", ".", "After", "incubation", "for", "the", "indicated", "times", ",", "cells", "were", "subjected", "to", "real", "-", "time", "Annexin", "V", "apoptosis", "assay", ".", "Annexin", "V", "binding", "is", "reported", "as", "relative", "light", "units", "(", "RLU", ")", "in", "infected", "samples", "minus", "the", "value", "in", "uninfected", "samples", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HT29 cells were infected with Shigella WT, S325, or ∆ospC1 strains, and incubated for up to 8 h. After incubation for the indicated times, cells were subjected to real-time Annexin V apoptosis assay. Annexin V binding is reported as relative light units (RLU) in infected samples minus the value in uninfected samples. *P<0.05 (one-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "A", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "∆", "ospC1", ",", "∆", "ospD3", ",", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", ",", "or", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "/", "ospC1", "(", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "ospC1", ")", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A HT29 cells were infected with Shigella WT, ∆ospC1, ∆ospD3, ∆ospC1∆ospD3, or ∆ospC1∆ospD3/ospC1 (∆ospC1∆ospD3 complemented with ospC1) strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting"}
{"words": ["B", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "∆", "ospC1", ",", "∆", "ospD3", ",", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", ",", "or", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "/", "ospC1", "(", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "complemented", "with", "ospC1", ")", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) HT29 cells were infected with Shigella WT, ∆ospC1, ∆ospD3, ∆ospC1∆ospD3, or ∆ospC1∆ospD3/ospC1 (∆ospC1∆ospD3 complemented with ospC1) strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assay"}
{"words": ["(", "C", ")", "HT29", "cells", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "∆", "ospD3", ",", "or", "∆", "ospC1", ".", "Cell", "lysates", "obtained", "at", "the", "indicated", "time", "points", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HT29 cells were infected with Shigella WT, ∆ospD3, or ∆ospC1. Cell lysates obtained at the indicated time points were subjected to immunoblotting."}
{"words": ["(", "D", "HT29", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "caspase", "-", "8", "inhibitor", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "∆", "ospC1", ",", "∆", "ospD3", ",", "or", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D HT29 cells treated with DMSO or caspase-8 inhibitor were infected with Shigella WT, ∆ospC1, ∆ospD3, or ∆ospC1∆ospD3 strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to immunoblotting"}
{"words": ["E", ")", "HT29", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "caspase", "-", "8", "inhibitor", "were", "infected", "with", "Shigella", "WT", ",", "∆", "ospC1", ",", "∆", "ospD3", ",", "or", "∆", "ospC1", "∆", "ospD3", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "and", "aliquots", "of", "cellular", "supernatants", "were", "subjected", "to", "cytotoxicity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) HT29 cells treated with DMSO or caspase-8 inhibitor were infected with Shigella WT, ∆ospC1, ∆ospD3, or ∆ospC1∆ospD3 strains and incubated for 8 h. Cell lysates and aliquots of cellular supernatants were subjected to cytotoxicity assay"}
{"words": ["(", "F", ")", "HT29", "cells", "treated", "with", "the", "control", "or", "caspase", "-", "8", "siRNAs", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "Shigella", "strains", "and", "incubated", "for", "8", "h", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", ".", "The", "knockdown", "efficiency", "of", "the", "indicated", "siRNAs", "was", "assessed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HT29 cells treated with the control or caspase-8 siRNAs were infected with the indicated Shigella strains and incubated for 8 h. Cell lysates were subjected to immunoblotting. The knockdown efficiency of the indicated siRNAs was assessed by immunoblotting."}
{"words": ["A", "Peroxisomes", "were", "induced", "by", "growing", "the", "WT", "strain", "expressing", "Pot1", "‐", "GFP", "in", "oleate", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", ",", "then", "transferred", "to", "SD", "‐", "N", "starvation", "medium", "with", "or", "without", "GABA", "to", "trigger", "pexophagy", "for", "6", "h", ".", "GFP", "cleavage", "was", "analyzed", "at", "the", "indicated", "time", "points", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Peroxisomes were induced by growing the WT strain expressing Pot1‐GFP in oleate medium to mid‐log‐phase, then transferred to SD‐N starvation medium with or without GABA to trigger pexophagy for 6 h. GFP cleavage was analyzed at the indicated time points by immunoblotting."}
{"words": ["B", "Mitochondria", "were", "induced", "by", "growing", "the", "WT", "strain", "expressing", "OM45", "‐", "GFP", "in", "YPL", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", "and", "subsequently", "transferring", "cells", "to", "either", "SD", "‐", "N", "with", "or", "without", "GABA", "to", "trigger", "mitophagy", "for", "12", "h", ".", "GFP", "cleavage", "was", "analyzed", "at", "the", "indicated", "time", "points", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Mitochondria were induced by growing the WT strain expressing OM45‐GFP in YPL medium to mid‐log‐phase and subsequently transferring cells to either SD‐N with or without GABA to trigger mitophagy for 12 h. GFP cleavage was analyzed at the indicated time points by immunoblotting."}
{"words": ["C", "Mitophagy", "was", "monitored", "by", "fluorescence", "microscopy", "using", "a", "WT", "strain", "expressing", "OM45", "‐", "GFP", "grown", "in", "YPL", "medium", "for", "12", "h", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", "in", "the", "presence", "of", "FM4", "‐", "64", ",", "and", "transferred", "to", "either", "SD", "‐", "N", "medium", "with", "or", "without", "GABA", "for", "24", "h", ".", "Bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Mitophagy was monitored by fluorescence microscopy using a WT strain expressing OM45‐GFP grown in YPL medium for 12 h to mid‐log‐phase in the presence of FM4‐64, and transferred to either SD‐N medium with or without GABA for 24 h. Bar, 5 μm."}
{"words": ["D", "The", "Cvt", "pathway", "was", "monitored", "using", "the", "WT", "strain", "in", "SD", "medium", "with", "or", "without", "GABA", ",", "grown", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", ",", "after", "which", "samples", "were", "analyzed", "for", "Ape1", "maturation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D The Cvt pathway was monitored using the WT strain in SD medium with or without GABA, grown to mid‐log‐phase, after which samples were analyzed for Ape1 maturation."}
{"words": ["E", "Ribophagy", "was", "monitored", "by", "growing", "the", "WT", "strain", "expressing", "Rpl25", "‐", "GFP", "in", "SD", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", "and", "transferring", "cells", "to", "SD", "‐", "N", "either", "with", "or", "without", "GABA", "for", "24", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "E Ribophagy was monitored by growing the WT strain expressing Rpl25‐GFP in SD medium to mid‐log‐phase and transferring cells to SD‐N either with or without GABA for 24 h."}
{"words": ["F", "Autophagy", "was", "monitored", "by", "growing", "the", "WT", "strain", "expressing", "GFP", "‐", "Atg8", "in", "SD", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", "and", "transferring", "cells", "to", "SD", "‐", "N", "either", "with", "or", "without", "GABA", "for", "6", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "F Autophagy was monitored by growing the WT strain expressing GFP‐Atg8 in SD medium to mid‐log‐phase and transferring cells to SD‐N either with or without GABA for 6 h."}
{"words": ["APeroxisomes", "were", "induced", "in", "oleate", "medium", "and", "pexophagy", "was", "monitored", "as", "described", "for", "Fig", "1A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "APeroxisomes were induced in oleate medium and pexophagy was monitored as described for Fig 1A."}
{"words": ["B", "Pexophagy", "was", "monitored", "by", "fluorescence", "microscopy", "using", "a", "WT", "strain", "expressing", "Pot1", "‐", "GFP", "grown", "in", "oleate", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", "in", "the", "presence", "of", "FM4", "‐", "64", ",", "and", "transferred", "to", "either", "SD", "‐", "N", "medium", "with", "or", "without", "GABA", "or", "to", "SD", "‐", "N", "with", "GABA", "and", "rapamycin", "for", "6", "h", ".", "Bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Pexophagy was monitored by fluorescence microscopy using a WT strain expressing Pot1‐GFP grown in oleate medium to mid‐log‐phase in the presence of FM4‐64, and transferred to either SD‐N medium with or without GABA or to SD‐N with GABA and rapamycin for 6 h. Bar, 5 μm."}
{"words": ["C", "Mitochondria", "were", "induced", "in", "YPL", "medium", "and", "mitophagy", "was", "assessed", "as", "described", "for", "Fig", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Mitochondria were induced in YPL medium and mitophagy was assessed as described for Fig ."}
{"words": ["A", "WT", "cells", "expressing", "OM45", "‐", "GFP", ",", "along", "with", "the", "uga2", "∆", "strain", "over", "‐", "expressing", "the", "GAD1", "gene", "and", "expressing", "OM45", "‐", "GFP", "were", "grown", "in", "YPL", "medium", "to", "mid", "‐", "log", "‐", "phase", ".", "To", "monitor", "mitophagy", ",", "strains", "were", "transferred", "to", "SD", "‐", "N", "starvation", "medium", "(", "with", "or", "without", "rapamycin", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "A WT cells expressing OM45‐GFP, along with the uga2∆ strain over‐expressing the GAD1 gene and expressing OM45‐GFP were grown in YPL medium to mid‐log‐phase. To monitor mitophagy, strains were transferred to SD‐N starvation medium (with or without rapamycin)."}
{"words": ["B", "WT", "strain", "along", "with", "the", "uga2", "∆", "strain", "over", "‐", "expressing", "the", "GAD1", "gene", "was", "grown", "in", "oleate", "medium", "and", "pexophagy", "was", "monitored", "as", "described", "in", "Fig", ",", "with", "or", "without", "rapamycin", ".", "Samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ",", "and", "Pot1", "degradation", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "(", "45", "kD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B WT strain along with the uga2∆ strain over‐expressing the GAD1 gene was grown in oleate medium and pexophagy was monitored as described in Fig , with or without rapamycin. Samples were taken at the indicated time points, and Pot1 degradation was analyzed by immunoblotting (45 kD)."}
{"words": ["C", "To", "monitor", "autophagy", ",", "WT", "cells", "expressing", "GFP", "‐", "Atg8", "along", "with", "the", "uga2", "∆", "strain", "over", "‐", "expressing", "the", "GAD1", "gene", "and", "expressing", "GFP", "‐", "Atg8", "were", "grown", "in", "SD", "medium", "and", "transferred", "to", "SD", "‐", "N", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C To monitor autophagy, WT cells expressing GFP‐Atg8 along with the uga2∆ strain over‐expressing the GAD1 gene and expressing GFP‐Atg8 were grown in SD medium and transferred to SD‐N."}
{"words": ["A", ",", "B", "WT", "cells", "were", "cultured", "under", "pexophagy", "(", "A", ")", "or", "mitophagy", "(", "B", ")", "conditions", "with", "or", "without", "GABA", "and", "rapamycin", ".", "S6", "phosphorylation", "at", "the", "indicated", "time", "points", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,B WT cells were cultured under pexophagy (A) or mitophagy (B) conditions with or without GABA and rapamycin. S6 phosphorylation at the indicated time points was analyzed by immunoblotting with a loading control."}
{"words": ["C", "Samples", "were", "analyzed", "for", "Pot1", "degradation", "by", "immunoblotting", "(", "45", "kD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Samples were analyzed for Pot1 degradation by immunoblotting (45 kD)."}
{"words": ["D", "GFP", "production", "during", "mitophagy", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D GFP production during mitophagy was analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["A", "S6", "phosphorylation", "after", "6", "h", "in", "SD", "‐", "N", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A S6 phosphorylation after 6 h in SD‐N was analyzed by immunoblotting with a loading control."}
{"words": ["B", "GFP", "production", "monitoring", "autophagy", "at", "the", "indicated", "time", "points", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B GFP production monitoring autophagy at the indicated time points was analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["A", ",", "B", "WT", ",", "WT", "with", "GABA", ",", "WT", "with", "GABA", "and", "10", "mM", "GSH", "and", "WT", "with", "GABA", "and", "200", "nM", "rapamycin", "were", "tested", "for", "intracellular", "ROS", "levels", "under", "(", "A", ")", "pexophagy", "and", "(", "B", ")", "mitophagy", "conditions", ".", "After", "24", "h", "incubation", ",", "cells", "were", "stained", "with", "DHR", "−", "123", "and", "propidium", "iodide", "for", "1", "h", ".", "Living", "cells", "were", "analyzed", "for", "DHR", "−", "123", "fluorescence", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,B WT, WT with GABA, WT with GABA and 10 mM GSH and WT with GABA and 200 nM rapamycin were tested for intracellular ROS levels under (A) pexophagy and (B) mitophagy conditions. After 24 h incubation, cells were stained with DHR−123 and propidium iodide for 1 h. Living cells were analyzed for DHR−123 fluorescence by flow cytometry. Data represent mean + s.d. (n = 3). *P < 0.005, **P < 0.01"}
{"words": ["C", ",", "D", "Yeast", "cells", "stained", "with", "5", "μM", "propidium", "iodide", "were", "used", "to", "differentiate", "between", "living", "and", "dead", "cells", "under", "(", "C", ")", "pexophagy", "or", "(", "D", ")", "mitophagy", "conditions", ".", "Significant", "differences", "between", "the", "treatments", "and", "strains", "were", "determined", "using", "an", "unpaired", "two", "‐", "tailed", "t", "‐", "test", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C,D Yeast cells stained with 5 μM propidium iodide were used to differentiate between living and dead cells under (C) pexophagy or (D) mitophagy conditions. Significant differences between the treatments and strains were determined using an unpaired two‐tailed t‐test. **P < 0.01."}
{"words": ["E", "Pexophagy", "assay", "was", "monitored", "by", "the", "degradation", "of", "Pot1", "‐", "GFP", "and", "analyzed", "for", "GFP", "cleavage", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "E Pexophagy assay was monitored by the degradation of Pot1‐GFP and analyzed for GFP cleavage by immunoblotting."}
{"words": ["F", "Mitophagy", "assay", "was", "monitored", "by", "the", "degradation", "of", "Om45", "‐", "GFP", "and", "analyzed", "for", "GFP", "cleavage", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "F Mitophagy assay was monitored by the degradation of Om45‐GFP and analyzed for GFP cleavage by immunoblotting."}
{"words": ["A", ",", "B", "Example", "images", "of", "Parkin", "‐", "expressing", "HeLa", "cells", "analyzed", "using", "a", "tandem", "fluorochrome", "protein", "(", "mito", "‐", "RFP", "‐", "GFP", ")", "mitophagy", "assay", "under", "(", "A", ")", "control", "conditions", "or", "(", "B", ")", "displaying", "mitophagy", "depicted", "by", "the", "red", "mitochondrial", "structures", "localized", "to", "lysosomes", ".", "Bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,B Example images of Parkin‐expressing HeLa cells analyzed using a tandem fluorochrome protein (mito‐RFP‐GFP) mitophagy assay under (A) control conditions or (B) displaying mitophagy depicted by the red mitochondrial structures localized to lysosomes. Bar, 10 μm."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "cells", "displaying", "mitophagy", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "using", "an", "unpaired", "two", "‐", "tailed", "t", "‐", "test", ",", "n", ">", "80", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of cells displaying mitophagy + s.d., **P < 0.01 using an unpaired two‐tailed t‐test, n > 80."}
{"words": ["A", "Electron", "microscopy", "images", "of", "mitochondria", "from", "WT", "(", "n", "=", "44", ")", "and", "SSADH", "‐", "deficient", "mice", "(", "Aldh5a1", "−", "/", "−", ")", "(", "n", "=", "80", ")", "were", "calculated", "for", "area", "size", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Electron microscopy images of mitochondria from WT (n = 44) and SSADH‐deficient mice (Aldh5a1−/−) (n = 80) were calculated for area size."}
{"words": ["B", "Electron", "microscopy", "images", "showing", "typical", "sizes", "of", "WT", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "liver", "mitochondria", ".", "Bar", ",", "0", ".", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Electron microscopy images showing typical sizes of WT and Aldh5a1−/− mice liver mitochondria. Bar, 0.5 μm."}
{"words": ["C", "Quantification", "of", "mitochondrial", "numbers", "from", "electron", "microscopy", "images", "of", "liver", "from", "WT", "(", "n", "=", "31", ")", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "n", "=", "39", ")", "or", "rapamycin", "(", "n", "=", "34", ")", "(", "5", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "per", "day", ")", "via", "intraperitoneal", "injections", "for", "3", "successive", "days", "starting", "at", "day", "7", "of", "life", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Quantification of mitochondrial numbers from electron microscopy images of liver from WT (n = 31) and Aldh5a1−/− mice treated with vehicle (n = 39) or rapamycin (n = 34) (5 mg/kg body weight per day) via intraperitoneal injections for 3 successive days starting at day 7 of life."}
{"words": ["D", "Quantification", "of", "mitochondrial", "numbers", "from", "electron", "microscopy", "images", "of", "brain", "from", "WT", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "n", "=", "30", ")", "or", "rapamycin", "(", "n", "=", "41", ")", "(", "5", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "per", "day", ")", "via", "intraperitoneal", "injections", "for", "3", "successive", "days", "starting", "at", "day", "7", "of", "life", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantification of mitochondrial numbers from electron microscopy images of brain from WT (n = 23) and Aldh5a1−/− mice treated with vehicle (n = 30) or rapamycin (n = 41) (5 mg/kg body weight per day) via intraperitoneal injections for 3 successive days starting at day 7 of life."}
{"words": ["E", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "were", "treated", "with", "vehicle", "or", "rapamycin", "(", "10", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "per", "day", ")", "via", "intraperitoneal", "injections", "for", "10", "successive", "days", "starting", "at", "day", "10", "of", "life", ".", "WT", "mice", "served", "as", "non", "‐", "disease", "controls", "(", "set", "to", "1", ")", ".", "After", "sacrifice", ",", "liver", "homogenates", "were", "used", "to", "measure", "SOD", "enzyme", "activity", "using", "a", "colorimetric", "SOD", "activity", "assay", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Aldh5a1−/− mice were treated with vehicle or rapamycin (10 mg/kg body weight per day) via intraperitoneal injections for 10 successive days starting at day 10 of life. WT mice served as non‐disease controls (set to 1). After sacrifice, liver homogenates were used to measure SOD enzyme activity using a colorimetric SOD activity assay."}
{"words": ["F", "Mitochondrial", "SOD2", "protein", "levels", "were", "quantified", "from", "liver", "microsections", "using", "immunofluorescence", "microscopy", "and", "automated", "image", "analysis", "(", "WT", "set", "to", "1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Mitochondrial SOD2 protein levels were quantified from liver microsections using immunofluorescence microscopy and automated image analysis (WT set to 1)."}
{"words": ["G", "Immunofluorescence", "images", "showing", "typical", "nuclear", "staining", "(", "DAPI", ",", "blue", ")", "and", "SOD2", "staining", "(", "red", ")", "from", "WT", ",", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "vehicle", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "rapamycin", ".", "Bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Immunofluorescence images showing typical nuclear staining (DAPI, blue) and SOD2 staining (red) from WT, Aldh5a1−/− mice treated with vehicle and Aldh5a1−/− mice treated with rapamycin. Bar, 10 μm."}
{"words": ["A", "Quantification", "of", "S6", "phosphorylation", "of", "liver", "lysates", "from", "WT", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "n", "=", "4", ")", "or", "rapamycin", "(", "n", "=", "5", ")", "after", "normalization", "(", "WT", "set", "to", "1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Quantification of S6 phosphorylation of liver lysates from WT (n = 5) and Aldh5a1−/− mice treated with vehicle (n = 4) or rapamycin (n = 5) after normalization (WT set to 1)."}
{"words": ["B", "S6", "phosphorylation", "of", "liver", "lysates", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B S6 phosphorylation of liver lysates analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["C", "Quantification", "of", "S6", "phosphorylation", "of", "brain", "lysates", "from", "WT", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "Aldh5a1", "−", "/", "−", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "n", "=", "3", ")", "or", "rapamycin", "(", "n", "=", "3", ")", "after", "normalization", "(", "WT", "set", "to", "1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Quantification of S6 phosphorylation of brain lysates from WT (n = 2) and Aldh5a1−/− mice treated with vehicle (n = 3) or rapamycin (n = 3) after normalization (WT set to 1)."}
{"words": ["D", "S6", "phosphorylation", "of", "brain", "lysates", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D S6 phosphorylation of brain lysates analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["(", "A", ")", "Serum", "levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "in", "IPAH", "patients", "(", "n", "=", "139", ")", "and", "HC", "(", "n", "=", "95", ")", "measured", "by", "qPCR", ".", "The", "data", "are", "fold", "change", "normalized", "to", "the", "averaged", "level", "of", "HC", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "test", ":", "Mann", "Whitney", "U", "test", "(", "A", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Serum levels of miR-483-3p/-5p in IPAH patients (n = 139) and HC (n = 95) measured by qPCR. The data are fold change normalized to the averaged level of HC. Data information: Values are expressed as median ± interquartile range. Statistical test: Mann Whitney U test (A)"}
{"words": ["(", "B", ")", "ROC", "curve", "with", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "serum", "levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "for", "differentiating", "IPAH", "patients", "from", "HCs", "at", "diagnosis", "(", "IPAH", ",", "n", "=", "139", ";", "HC", ",", "n", "=", "95", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) ROC curve with sensitivity and specificity of serum levels of miR-483-3p/-5p for differentiating IPAH patients from HCs at diagnosis (IPAH, n = 139; HC, n = 95). Data information: Values are expressed as median ± interquartile range."}
{"words": ["(", "C", ")", "Levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "associated", "with", "PAH", "risk", "in", "3", "groups", ".", "IPAH", "patients", "were", "divided", "into", "a", "low", "risk", "group", "(", "Low", ")", "and", "an", "intermediate", "plus", "high", "risk", "group", "(", "Inter", "&", "high", ")", "according", "to", "the", "World", "Symposium", "on", "Pulmonary", "Hypertension", "2018", "[", "14", "]", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "test", ":", "Kruskal", "-", "Wallis", "U", "test", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Levels of miR-483-3p/-5p associated with PAH risk in 3 groups. IPAH patients were divided into a low risk group (Low) and an intermediate plus high risk group (Inter&high) according to the World Symposium on Pulmonary Hypertension 2018 [14]. Data information: Values are expressed as median ± interquartile range. Statistical test: Kruskal-Wallis U test (C)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "were", "inversely", "correlated", "with", "serum", "levels", "of", "ET", "-", "1", "(", "IPAH", ",", "n", "=", "118", ";", "HC", ",", "n", "=", "95", ")", "and", "IL", "-", "6", "(", "IPAH", ",", "n", "=", "112", ";", "HC", ",", "n", "=", "93", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Levels of miR-483-3p were inversely correlated with serum levels of ET-1 (IPAH, n = 118; HC, n = 95) and IL-6 (IPAH, n = 112; HC, n = 93). Data information: Values are expressed as median ± interquartile range."}
{"words": ["(", "A", ")", "CD144", "-", "enriched", "EVs", "were", "isolated", "from", "serum", "of", "IPAH", "patients", "(", "n", "=", "37", ")", "and", "HCs", "(", "n", "=", "34", ")", ".", "The", "levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "were", "measured", "by", "qPCR", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "test", ":", "Mann", "Whitney", "U", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CD144-enriched EVs were isolated from serum of IPAH patients (n = 37) and HCs (n = 34). The levels of miR-483-3p/-5p were measured by qPCR. Data information: Values are expressed as median ± interquartile range. Statistical test: Mann Whitney U test."}
{"words": ["PAECs", "were", "transfected", "with", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "mimic", "or", "scramble", "RNA", "for", "36", "hr", "before", "RNA", "isolation", "and", "then", "analyzed", "by", "RNA", "-", "seq", ".", "Data", "are", "results", "from", "two", "biological", "repeats", ".", "(", "C", ")", "Heat", "map", "comparison", "of", "log2", "fold", "changes", "of", "the", "indicated", "genes", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "median", "±", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "test", ":", "Mann", "Whitney", "U", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were transfected with miR-483-3p/-5p mimic or scramble RNA for 36 hr before RNA isolation and then analyzed by RNA-seq. Data are results from two biological repeats. (C) Heat map comparison of log2 fold changes of the indicated genes. Data information: Values are expressed as median ± interquartile range. Statistical test: Mann Whitney U test."}
{"words": ["PAECs", "were", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "or", "Lenti", "-", "null", "for", "24", "hr", ".", "Expression", "levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "measured", "by", "qPCR", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were infected with Lenti-pre-miR-483 or Lenti-null for 24 hr. Expression levels of miR-483-3p/-5p measured by qPCR Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["PAECs", "were", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "or", "Lenti", "-", "null", "for", "24", "hr", ".", "Expression", "levels", "of", "TGF", "-", "β", ",", "TGFBR2", ",", "β", "-", "catenin", ",", "CTGF", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "ET", "-", "1", "mRNA", "were", "measured", "by", "qPCR", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were infected with Lenti-pre-miR-483 or Lenti-null for 24 hr. Expression levels of TGF-β, TGFBR2, β-catenin, CTGF, IL-1β, and ET-1 mRNA were measured by qPCR Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["PAECs", "were", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "or", "Lenti", "-", "null", "for", "24", "hr", ".", "Expression", "levels", "of", "TGF", "-", "β", ",", "TGFBR2", ",", "β", "-", "catenin", ",", "CTGF", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "ET", "-", "1", "protein", "were", "measured", "by", "Western", "blot", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were infected with Lenti-pre-miR-483 or Lenti-null for 24 hr. Expression levels of TGF-β, TGFBR2, β-catenin, CTGF, IL-1β, and ET-1 protein were measured by Western blot Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["(", "E", ")", "Bovine", "aortic", "ECs", "were", "transfected", "with", "a", "luciferase", "reporter", "fused", "with", "the", "3", "'", "UTR", "of", "TGF", "-", "β", "(", "Luc", "-", "TGF", "-", "β", "WT", ")", ",", "TGFBR2", "(", "Luc", "-", "TGFBR2", "WT", ")", ",", "IL", "-", "1β", "(", "Luc", "-", "IL", "-", "1β", "WT", ")", "or", "ET", "-", "1", "(", "Luc", "-", "ET", "-", "1", "WT", ")", "or", "a", "binding", "site", "mutation", "(", "Luc", "-", "TGF", "-", "β", "Mut", ",", "Luc", "-", "TGFBR2", "Mut", ",", "Luc", "-", "IL", "-", "1β", "Mut", ",", "ET", "-", "1", "-", "Mut", ")", ",", "then", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "for", "additional", "36", "hr", ".", "Luciferase", "activity", "was", "measured", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bovine aortic ECs were transfected with a luciferase reporter fused with the 3'UTR of TGF-β (Luc-TGF-β WT), TGFBR2 (Luc-TGFBR2 WT), IL-1β (Luc-IL-1β WT) or ET-1 (Luc-ET-1 WT) or a binding site mutation (Luc-TGF-β Mut, Luc-TGFBR2 Mut, Luc-IL-1β Mut, ET-1-Mut), then infected with Lenti-pre-miR-483 for additional 36 hr. Luciferase activity was measured. Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["PAECs", "were", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "or", "Lenti", "-", "null", "for", "36", "hr", ".", "The", "Ago1", "-", "or", "Ago2", "-", "associated", "miRNAs", "and", "mRNAs", "were", "enriched", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "Ago1", "or", "anti", "-", "Ago2", ".", "Levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "mRNA", "were", "detected", "by", "qPCR", "and", "normalized", "to", "those", "of", "Ago1", "or", "Ago2", "protein", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were infected with Lenti-pre-miR-483 or Lenti-null for 36 hr. The Ago1- or Ago2-associated miRNAs and mRNAs were enriched by immunoprecipitation with anti-Ago1 or anti-Ago2. Levels of miR-483-3p/-5p mRNA were detected by qPCR and normalized to those of Ago1 or Ago2 protein. Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["PAECs", "were", "infected", "with", "Lenti", "-", "pre", "-", "miR", "-", "483", "or", "Lenti", "-", "null", "for", "36", "hr", ".", "The", "Ago1", "-", "or", "Ago2", "-", "associated", "miRNAs", "and", "mRNAs", "were", "enriched", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "Ago1", "or", "anti", "-", "Ago2", ".", "Levels", "of", "TGF", "-", "β", ",", "TGFBR2", ",", "β", "-", "catenin", ",", "CTGF", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "ET", "-", "1", "mRNA", "were", "detected", "by", "qPCR", "and", "normalized", "to", "those", "of", "Ago1", "or", "Ago2", "protein", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAECs were infected with Lenti-pre-miR-483 or Lenti-null for 36 hr. The Ago1- or Ago2-associated miRNAs and mRNAs were enriched by immunoprecipitation with anti-Ago1 or anti-Ago2. Levels of TGF-β, TGFBR2, β-catenin, CTGF, IL-1β, and ET-1 mRNA were detected by qPCR and normalized to those of Ago1 or Ago2 protein. Data information: Values are expressed as mean ± SEM from 3 independent experiments. Statistical test: t-test (*P < 0.05 between the indicated groups"}
{"words": ["(", "A", ")", "Lung", "ECs", "were", "isolated", "from", "EC", "-", "miR", "-", "483", "transgenic", "rats", "(", "Tg", ")", "and", "their", "wild", "-", "type", "littermates", "(", "WT", ")", ",", "n", "=", "3", "in", "each", "group", ".", "MiR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "levels", "were", "measured", "by", "qPCR", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Lung ECs were isolated from EC- miR-483 transgenic rats (Tg) and their wild-type littermates (WT), n = 3 in each group. MiR-483-3p/-5p levels were measured by qPCR. Data information: Values are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Serum", "from", "WT", "and", "Tg", "rats", "(", "n", "=", "6", ")", "were", "collected", ".", "MiR", "-", "483", "-", "3p", "and", "-", "5p", "associated", "with", "CD144", "were", "enriched", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "CD144", ".", "Levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "were", "measured", "by", "qPCR", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Serum from WT and Tg rats (n = 6) were collected. MiR-483-3p and -5p associated with CD144 were enriched by immunoprecipitation with anti-CD144. Levels of miR-483-3p/-5p were measured by qPCR. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. "}
{"words": ["Lung", "ECs", "isolated", "from", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "rat", "and", "WT", "littermates", "were", "exposed", "to", "normoxia", "or", "hypoxia", "(", "0", ".", "2", "%", "O2", ")", "for", "24", "hr", ".", "Proliferation", "of", "ECs", "were", "measured", "by", "flow", "cytometry", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lung ECs isolated from miR-483-Tg rat and WT littermates were exposed to normoxia or hypoxia (0.2% O2) for 24 hr. Proliferation of ECs were measured by flow cytometry Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Data are representative of three independent experiments Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["Lung", "ECs", "isolated", "from", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "rat", "and", "WT", "littermates", "were", "exposed", "to", "normoxia", "or", "hypoxia", "(", "0", ".", "2", "%", "O2", ")", "for", "24", "hr", ".", "migration", "of", "ECs", "were", "measured", "by", "wound", "healing", "assay", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lung ECs isolated from miR-483-Tg rat and WT littermates were exposed to normoxia or hypoxia (0.2% O2) for 24 hr. migration of ECs were measured by wound healing assay Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Data are representative of three independent experiments Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Expression", "levels", "of", "TGF", "-", "β", ",", "TGFBR2", ",", "β", "-", "catenin", ",", "CTGF", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "ET", "-", "1", "mRNA", "and", "protein", "in", "lung", "tissues", "were", "measured", "by", "qPCR", "and", "Western", "blot", ",", "respectively", "(", "E", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Expression levels of TGF-β, TGFBR2, β-catenin, CTGF, IL-1β, and ET-1 mRNA and protein in lung tissues were measured by qPCR and Western blot, respectively (E). Data information: Values are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Levels", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "in", "serum", "and", "lung", "tissues", "were", "measured", "by", "qPCR", "(", "F", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Levels of miR-483-3p/-5p in serum and lung tissues were measured by qPCR (F). Data information: Values are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Ago1", "-", "or", "Ago2", "-", "associated", "miRNAs", "(", "G", ")", "were", "enriched", "from", "the", "isolated", "lung", "tissues", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "Ago1", "or", "anti", "-", "Ago2", "and", "quantified", "by", "qPCR", "(", "n", "=", "3", "×", "3", ",", "samples", "were", "pooled", "from", "three", "animals", "for", "each", "assay", ",", "and", "3", "independent", "experiments", "[", "a", "total", "of", "9", "animals", "]", "were", "performed", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Ago1- or Ago2-associated miRNAs (G) were enriched from the isolated lung tissues by immunoprecipitation with anti-Ago1 or anti-Ago2 and quantified by qPCR (n = 3×3, samples were pooled from three animals for each assay, and 3 independent experiments [a total of 9 animals] were performed). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. "}
{"words": ["Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Ago1", "-", "or", "Ago2", "-", "associated", "mRNAs", "(", "H", ")", "were", "enriched", "from", "the", "isolated", "lung", "tissues", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "Ago1", "or", "anti", "-", "Ago2", "and", "quantified", "by", "qPCR", "(", "n", "=", "3", "×", "3", ",", "samples", "were", "pooled", "from", "three", "animals", "for", "each", "assay", ",", "and", "3", "independent", "experiments", "[", "a", "total", "of", "9", "animals", "]", "were", "performed", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Ago1- or Ago2-associated mRNAs (H) were enriched from the isolated lung tissues by immunoprecipitation with anti-Ago1 or anti-Ago2 and quantified by qPCR (n = 3×3, samples were pooled from three animals for each assay, and 3 independent experiments [a total of 9 animals] were performed). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. "}
{"words": ["EC", "-", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Analysis", "of", "mPAP", "for", "the", "indicated", "groups", "(", "7", "rats", "per", "group", ")", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EC-miR-483-Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Analysis of mPAP for the indicated groups (7 rats per group) Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups)."}
{"words": ["EC", "-", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "and", "WT", "rats", "were", "injected", "with", "saline", "or", "MCT", ".", "Analysis", "of", "RV", "hypertrophy", "[", "RV", "/", "(", "LV", "+", "S", ")", "]", "for", "the", "indicated", "groups", "(", "7", "rats", "per", "group", ")", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EC-miR-483-Tg and WT rats were injected with saline or MCT. Analysis of RV hypertrophy [RV/(LV+S)] for the indicated groups (7 rats per group) Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups)."}
{"words": ["Vascularization", "evaluated", "by", "H", "&", "E", "staining", "of", "pulmonary", "arteries", "(", "C", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Vascularization evaluated by H&E staining of pulmonary arteries (C). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups). Scale bar: 20 µm (C)"}
{"words": ["Vascular", "integrity", "evaluated", "by", "intravenous", "injection", "of", "Evans", "blue", "dye", "(", "D", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "cm", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Vascular integrity evaluated by intravenous injection of Evans blue dye (D). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups). Scale bar: 0.5 cm (D)."}
{"words": ["EC", "-", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "rats", "and", "WT", "littermates", "were", "injected", "with", "SU5416", "and", "then", "exposed", "to", "hypoxia", "for", "3", "weeks", "and", "had", "reoxygenation", "for", "2", "weeks", "or", "injected", "with", "DMSO", "and", "exposed", "to", "normoxia", "for", "5", "weeks", ".", "Analysis", "of", "mPAP", "(", "E", ")", "for", "the", "indicated", "groups", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EC-miR-483-Tg rats and WT littermates were injected with SU5416 and then exposed to hypoxia for 3 weeks and had reoxygenation for 2 weeks or injected with DMSO and exposed to normoxia for 5 weeks. Analysis of mPAP (E) for the indicated groups. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups)."}
{"words": ["EC", "-", "miR", "-", "483", "-", "Tg", "rats", "and", "WT", "littermates", "were", "injected", "with", "SU5416", "and", "then", "exposed", "to", "hypoxia", "for", "3", "weeks", "and", "had", "reoxygenation", "for", "2", "weeks", "or", "injected", "with", "DMSO", "and", "exposed", "to", "normoxia", "for", "5", "weeks", ".", "Analysis", "of", "RV", "hypertrophy", "[", "RV", "/", "(", "LV", "+", "S", ")", "]", "(", "F", ")", "for", "the", "indicated", "groups", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EC-miR-483-Tg rats and WT littermates were injected with SU5416 and then exposed to hypoxia for 3 weeks and had reoxygenation for 2 weeks or injected with DMSO and exposed to normoxia for 5 weeks. Analysis of RV hypertrophy [RV/(LV+S)] (F) for the indicated groups. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups)."}
{"words": ["qPCR", "analysis", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "in", "serum", "from", "PH", "(", "MCT", "-", "treated", ")", "rats", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qPCR analysis of miR-483-3p/-5p in serum from PH (MCT-treated) rats. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["qPCR", "analysis", "of", "miR", "-", "483", "-", "3p", "/", "-", "5p", "in", "lung", "tissue", "from", "PH", "(", "MCT", "-", "treated", ")", "rats", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qPCR analysis of miR-483-3p/-5p in lung tissue from PH (MCT-treated) rats. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["(", "D", ")", "Protein", "and", "mRNA", "levels", "of", "TGF", "-", "β", ",", "TGFBR2", ",", "β", "-", "catenin", ",", "CTGF", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "ET", "-", "1", "measured", "by", "Western", "blot", "and", "qPCR", ",", "respectively", "(", "n", "=", "3", "×", "3", ",", "samples", "were", "pooled", "from", "three", "animals", "for", "each", "assay", ",", "and", "3", "independent", "experiments", "[", "a", "total", "of", "9", "animals", "]", "were", "performed", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Protein and mRNA levels of TGF-β, TGFBR2, β-catenin, CTGF, IL-1β, and ET-1 measured by Western blot and qPCR, respectively (n = 3×3, samples were pooled from three animals for each assay, and 3 independent experiments [a total of 9 animals] were performed). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["Analysis", "of", "mPAP", "(", "E", ")", "for", "the", "indicated", "groups", "(", "7", "rats", "in", "each", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of mPAP (E) for the indicated groups (7 rats in each group). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["Analysis", "of", "RV", "hypertrophy", "[", "RV", "/", "(", "LV", "+", "S", ")", "]", "for", "the", "indicated", "groups", "(", "7", "rats", "in", "each", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of RV hypertrophy [RV/(LV+S)] for the indicated groups (7 rats in each group). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["Analysis", "of", "systemic", "blood", "pressure", "(", "SBP", ")", "(", "G", ")", "for", "the", "indicated", "groups", "(", "7", "rats", "in", "each", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of systemic blood pressure (SBP) (G) for the indicated groups (7 rats in each group). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["(", "H", ")", "RV", "hypertrophy", "shown", "by", "the", "H", "&", "E", "staining", "and", "RV", "/", "(", "LV", "+", "S", ")", "quantification", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "cm", "(", "H", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) RV hypertrophy shown by the H&E staining and RV/(LV+S) quantification. Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups Scale bar: 0.5 cm (H)"}
{"words": ["(", "I", ")", "Vascularization", "revealed", "by", "H", "&", "E", "staining", "(", "n", "=", "7", "rats", "in", "each", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated", "groups", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Vascularization revealed by H&E staining (n = 7 rats in each group). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups Scale bar: 20 µm (I)."}
{"words": ["(", "J", ")", "Survival", "rate", "of", "3", "groups", "(", "n", "=", "15", "rats", "in", "each", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "test", ":", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", ".", "respective", "controls", "or", "between", "the", "indicated"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Survival rate of 3 groups (n = 15 rats in each group). Data information: Values are expressed as mean ± SEM. Statistical test: t-test (*P < 0.05 vs. respective controls or between the indicated groups"}
{"words": ["B", "The", "expression", "of", "mature", "miR", "-", "200b", "and", "miR", "-", "200a", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B The expression of mature miR-200b and miR-200a in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice, as revealed by qPCR analysis (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05, **p<0.01; Student's t-test)."}
{"words": ["C", "The", "expression", "of", "Ttll10", "(", "the", "host", "gene", "of", "miR", "-", "200b", "/", "a", ")", "mRNA", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "p", "=", "0", ".", "3540", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C The expression of Ttll10 (the host gene of miR-200b/a) mRNA in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice, as revealed by qPCR analysis (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; p=0.3540; Student's t-test)."}
{"words": ["D", "The", "locomotor", "activity", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "was", "similar", "to", "that", "of", "the", "NC", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "13", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "knockdown", ":", "n", "=", "15", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "p", "=", "0", ".", "5030", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D The locomotor activity of the miR-200b/a KD mice was similar to that of the NC mice (NC: n=13 mice, miR-200b/a knockdown: n=15 mice; data represent the mean±SEM; p=0.5030; Student's t-test)."}
{"words": ["E", "The", "odorant", "habituation", "results", "shown", "as", "the", "ratio", "of", "odor", "sniffs", "/", "water", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "were", "significantly", "reduced", "compared", "to", "those", "of", "the", "NC", "mice", ".", "These", "odorants", "included", "male", "urine", "(", "1", ":", "50", ")", ",", "female", "urine", "(", "1", ":", "50", ")", ",", "isopentyl", "acetate", "(", "50", "μM", ")", ",", "citral", "(", "50", "μM", ")", ",", "2", "-", "heptanone", "(", "50", "μM", ")", "and", "propyl", "propionate", "(", "50", "μM", ")", "(", "n", "=", "6", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E The odorant habituation results shown as the ratio of odor sniffs/water of the miR-200b/a KD mice were significantly reduced compared to those of the NC mice. These odorants included male urine (1:50), female urine (1:50), isopentyl acetate (50 μM), citral (50 μM), 2-heptanone (50 μM) and propyl propionate (50 μM) (n=6 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001; Student's t-test)."}
{"words": ["The", "resident", "/", "intruder", "experiment", "showed", "that", "the", "attack", "frequency", "(", "F", ")", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "were", "impaired", "compared", "to", "those", "of", "the", "NC", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "11", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "10", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The resident/intruder experiment showed that the attack frequency (F) of the miR-200b/a KD mice were impaired compared to those of the NC mice (NC: n=11 mice, miR-200b/a KD: n=10 mice; data represent the mean±SEM; ****p<0.0001; Student's t-test)."}
{"words": ["G", "The", "resident", "/", "intruder", "experiment", "showed", "that", "the", "attack", "duration", "(", "G", ")", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "were", "impaired", "compared", "to", "those", "of", "the", "NC", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "11", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "10", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G The resident/intruder experiment showed that the attack duration (G) of the miR-200b/a KD mice were impaired compared to those of the NC mice (NC: n=11 mice, miR-200b/a KD: n=10 mice; data represent the mean±SEM; ****p<0.0001; Student's t-test)."}
{"words": ["H", ",", "I", "The", "analysis", "of", "male", "-", "female", "mating", "behaviors", "showed", "that", "the", "mating", "frequency", "(", "H", ")", "and", "duration", "(", "I", ")", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "were", "significantly", "reduced", "compared", "to", "those", "of", "the", "NC", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "11", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "10", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, I The analysis of male-female mating behaviors showed that the mating frequency (H) and duration (I) of the miR-200b/a KD mice were significantly reduced compared to those of the NC mice (NC: n=11 mice, miR-200b/a KD: n=10 mice; data represent the mean±SEM; **p<0.01, ***p<0.001; Student's t-test)."}
{"words": ["B", "Representative", "IF", "staining", "with", "Ki67", "antibody", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "C", "Quantification", "of", "the", "numbers", "of", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative IF staining with Ki67 antibody in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. Scale bars, 20 μm. C Quantification of the numbers of Ki67+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; **p<0.01, ****p<0.0001; Student's t-test). "}
{"words": ["D", "Representative", "IF", "costaining", "with", "both", "EdU", "and", "Ki67", "antibody", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "EdU", "+", "cells", "and", "the", "yellow", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "EdU", "and", "Ki67", ".", "D", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "middle", "and", "right", "images", ")", ".", "D", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "D", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", ".", "E", "Quantification", "of", "the", "numbers", "of", "costained", "Ki67", "+", "and", "EdU", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "F", "The", "proportion", "of", "GBCs", "that", "exited", "the", "cell", "cycle", "was", "significantly", "reduced", "in", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "compared", "with", "their", "NC", "controls", "[", "the", "cell", "cycle", "exit", "index", "was", "calculated", "using", "the", "following", "formula", ":", "(", "EdU", "+", "Ki67", "−", "cells", "/", "total", "EdU", "+", "cells", ")", "×", "100", ";", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative IF costaining with both EdU and Ki67 antibody in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the EdU+ cells and the yellow arrows indicate the cells positive for both EdU and Ki67. D' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (middle and right images). D: Scale bars, 20 μm; D': Scale bars, 2 μm. E Quantification of the numbers of costained Ki67+ and EdU+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=3 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05; Student's t-test). F The proportion of GBCs that exited the cell cycle was significantly reduced in the miR-200b/a KD mice compared with their NC controls [the cell cycle exit index was calculated using the following formula: (EdU+ Ki67− cells/total EdU+ cells)×100; n=3 mice each group; data represent the mean±SEM; **p<0.01; Student's t-test]. "}
{"words": ["G", "Representative", "IF", "costaining", "with", "both", "EdU", "and", "BrdU", "antibody", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "BrdU", "+", "cells", ",", "and", "the", "yellow", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "BrdU", "and", "EdU", ".", "G", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "middle", "and", "right", "images", ")", ".", "G", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "G", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Representative IF costaining with both EdU and BrdU antibody in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the BrdU+ cells, and the yellow arrows indicate the cells positive for both BrdU and EdU. G' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (middle and right images). G: Scale bars, 20 μm; G': Scale bars, 2 μm."}
{"words": ["H", "The", "S", "phase", "length", "of", "the", "GBCs", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "the", "S", "phase", "length", "was", "calculated", "using", "the", "following", "formula", ":", "3", "h", "×", "BrdU", "+", "/", "BrdU", "+", "EdU", "-", ";", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H The S phase length of the GBCs in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (the S phase length was calculated using the following formula: 3 h×BrdU+/BrdU+EdU-; n=3 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05; Student's t-test)."}
{"words": ["I", "Total", "cell", "cycle", "length", "of", "the", "GBCs", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "total", "cell", "cycle", "length", "was", "calculated", "using", "the", "following", "formula", ":", "20", "h", "+", "(", "Ts", "×", "EdU", "+", "BrdU", "-", "/", "Edu", "+", ")", ";", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ";", "p", "=", "0", ".", "9785", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Total cell cycle length of the GBCs in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (total cell cycle length was calculated using the following formula: 20 h+(Ts×EdU+BrdU-/Edu+); n=3 mice each group; p=0.9785; data represent the mean±SEM; Student's t-test)."}
{"words": ["B", "The", "mRNA", "levels", "of", "CK14", ",", "Trp63", ",", "Sox2", "and", "Mash1", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "CK14", ":", "p", "=", "0", ".", "2135", ",", "Trp63", ":", "p", "=", "0", ".", "1930", ",", "Sox2", ":", "p", "=", "0", ".", "5190", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B The mRNA levels of CK14, Trp63, Sox2 and Mash1 in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice, as revealed by qPCR analysis (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; CK14: p=0.2135, Trp63: p=0.1930, Sox2: p=0.5190, *p<0.05; Student's t-test)."}
{"words": ["C", "Representative", "IF", "staining", "for", "CK14", ",", "Sox2", ",", "and", "Mash1", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "D", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "CK14", "+", ",", "basal", "Sox2", "+", ",", "apical", "Sox2", "+", ",", "and", "Mash1", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "CK14", ":", "p", "=", "0", ".", "8998", ",", "basal", "Sox2", ":", "p", "=", "0", ".", "7056", ",", "apical", "Sox2", ":", "p", "=", "0", ".", "4455", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "E", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "Sox2", "and", "Mash1", "protein", "levels", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "2", "mice", "each", "group", ")", ".", "GAPDH", "and", "Tubulin", "served", "as", "loading", "controls", ".", "The", "molecular", "weight", "of", "each", "band", "is", "indicated", "at", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative IF staining for CK14, Sox2, and Mash1 in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. Scale bars, 20 μm. D Quantification of the number of CK14+, basal Sox2+, apical Sox2+, and Mash1+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; CK14: p=0.8998, basal Sox2: p=0.7056, apical Sox2: p=0.4455, **p<0.01; Student's t-test). E Western Blot analysis of the Sox2 and Mash1 protein levels in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=2 mice each group). GAPDH and Tubulin served as loading controls. The molecular weight of each band is indicated at the right. "}
{"words": ["F", "Representative", "IF", "costaining", "with", "Sox2", "antibody", "and", "EdU", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "Sox2", "and", "EdU", ".", "F", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "right", "images", ")", ".", "F", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "F", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", ".", "G", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Sox2", "+", "EdU", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "p", "=", "0", ".", "7988", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative IF costaining with Sox2 antibody and EdU in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the cells positive for both Sox2 and EdU. F' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (right images). F: Scale bars, 20 μm; F': Scale bars, 2 μm. G Quantification of the number of Sox2+EdU+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; p=0.7988; Student's t-test). "}
{"words": ["H", "Representative", "IF", "costaining", "with", "Mash1", "antibody", "and", "EdU", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "Mash1", "and", "EdU", ".", "H", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "right", "images", ")", ".", "H", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "H", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", ".", "I", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Mash1", "+", "EdU", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Representative IF costaining with Mash1 antibody and EdU in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the cells positive for both Mash1 and EdU. H' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (right images). H: Scale bars, 20 μm; H': Scale bars, 2 μm. I Quantification of the number of Mash1+EdU+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05; Student's t-test). "}
{"words": ["A", "Representative", "IF", "staining", "for", "Tuj1", ",", "GAP43", ",", "and", "OMP", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "B", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Tuj1", "+", ",", "GAP43", "+", ",", "and", "OMP", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "C", "The", "mRNA", "levels", "of", "Ngn1", ",", "GAP43", "and", "OMP", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative IF staining for Tuj1, GAP43, and OMP in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. Scale bars, 20 μm. B Quantification of the number of Tuj1+, GAP43+, and OMP+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001; Student's t-test). C The mRNA levels of Ngn1, GAP43 and OMP in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice, as revealed by qPCR analysis (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; *p<0.05; Student's t-test). "}
{"words": ["D", "Representative", "IF", "costaining", "with", "GAP43", "and", "BrdU", "antibodies", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "injected", "with", "BrdU", "at", "3", "d", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "GAP43", "and", "BrdU", ".", "D", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "middle", "and", "right", "images", ")", ".", "D", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "D", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", ".", "E", "Quantification", "of", "the", "ratio", "of", "the", "number", "of", "BrdU", "+", "GAP43", "+", "cells", "and", "the", "number", "of", "total", "GAP43", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "injected", "with", "BrdU", "at", "3", "d", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative IF costaining with GAP43 and BrdU antibodies in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice injected with BrdU at 3 d. The white arrows indicate the cells positive for both GAP43 and BrdU. D' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (middle and right images). D: Scale bars, 20 μm; D': Scale bars, 2 μm. E Quantification of the ratio of the number of BrdU+ GAP43+ cells and the number of total GAP43+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice injected with BrdU at 3 d (n=3 mice each group; data represent the mean±SEM; ****p<0.0001; Student's t-test). "}
{"words": ["F", "Representative", "IF", "staining", "with", "Cas3", "antibody", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "G", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Cas3", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative IF staining with Cas3 antibody in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. Scale bars, 20 μm. G Quantification of the number of Cas3+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; ***p<0.001; Student's t-test). "}
{"words": ["A", "The", "number", "of", "differentially", "expressed", "olfrs", "from", "RNA", "sequencing", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The number of differentially expressed olfrs from RNA sequencing in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice."}
{"words": ["C", "TET", "3", "'", "UTR", "-", "dependent", "expression", "of", "a", "luciferase", "reporter", "gene", "was", "suppressed", "by", "miR", "-", "200a", "overexpression", ".", "Luciferase", "reporter", "gene", "under", "the", "control", "of", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutant", "(", "Mut", ")", "TET3", "3", "'", "UTR", "was", "transfected", "along", "with", "the", "negative", "control", "(", "nc", ")", "RNA", "or", "miR", "-", "200a", "mimic", "duplexes", "into", "HeLa", "cells", "(", "n", "=", "6", "from", "six", "independent", "experiments", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "Mut", "-", "nc", "vs", ".", "Mut", "-", "mimic", ":", "p", "=", "0", ".", "3697", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C TET 3' UTR-dependent expression of a luciferase reporter gene was suppressed by miR-200a overexpression. Luciferase reporter gene under the control of the wild-type (WT) or mutant (Mut) TET3 3' UTR was transfected along with the negative control (nc) RNA or miR-200a mimic duplexes into HeLa cells (n=6 from six independent experiments; data represent the mean±SEM; Mut-nc vs. Mut-mimic: p=0.3697, *p<0.05; Student's t-test)."}
{"words": ["D", ",", "E", "The", "expression", "of", "mature", "miR", "-", "200a", "(", "D", ")", "and", "TET3", "(", "E", ")", "mRNA", "in", "the", "3T3", "-", "L1", "cells", "treated", "with", "miR", "-", "200a", "inhibitor", ",", "miR", "-", "200a", "mimic", "or", "control", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "(", "n", "=", "4", "from", "four", "independent", "experiments", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "D", ":", "F", "=", "66", ".", "37", ",", "E", ":", "F", "=", "16", ".", "39", ",", "NC", "vs", ".", "mimic", ":", "p", "=", "0", ".", "2597", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E The expression of mature miR-200a (D) and TET3 (E) mRNA in the 3T3-L1 cells treated with miR-200a inhibitor, miR-200a mimic or control, as revealed by qPCR analysis (n=4 from four independent experiments; data represent the mean±SEM; D: F=66.37, E: F=16.39, NC vs. mimic: p=0.2597, *p<0.05, ***p<0.001; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons)."}
{"words": ["F", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "TET3", "protein", "level", "in", "the", "3T3", "-", "L1", "cells", "treated", "with", "miR", "-", "200a", "inhibitor", ",", "miR", "-", "200a", "mimic", "or", "control", "(", "n", "=", "3", "from", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Actin", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "molecular", "weight", "of", "each", "band", "is", "indicated", "at", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Western Blot analysis of the TET3 protein level in the 3T3-L1 cells treated with miR-200a inhibitor, miR-200a mimic or control (n=3 from three independent experiments). Actin served as a loading control. The molecular weight of each band is indicated at the right."}
{"words": ["Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "TET3", "protein", "level", "in", "the", "MOE", "of", "the", "mice", "intranasally", "injected", "with", "miR", "-", "200a", "(", "G", ")", "NC", "mimic", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ")", ".", "Actin", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "molecular", "weight", "of", "each", "band", "is", "indicated", "at", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western Blot analysis of the TET3 protein level in the MOE of the mice intranasally injected with miR-200a (G) NC mimic (n=3 mice each group). Actin served as a loading control. The molecular weight of each band is indicated at the right."}
{"words": ["H", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "TET3", "protein", "level", "in", "the", "MOE", "of", "the", "mice", "intranasally", "injected", "with", "miR", "-", "200b", "(", "H", ")", "or", "NC", "mimic", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ")", ".", "Actin", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "molecular", "weight", "of", "each", "band", "is", "indicated", "at", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Western Blot analysis of the TET3 protein level in the MOE of the mice intranasally injected with miR-200b (H) or NC mimic (n=3 mice each group). Actin served as a loading control. The molecular weight of each band is indicated at the right."}
{"words": ["I", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "TET3", "protein", "level", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ")", ".", "Actin", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "molecular", "weight", "of", "each", "band", "is", "indicated", "at", "the", "right", ".", "The", "blue", "number", "shows", "the", "ratio", "of", "the", "average", "intensity", "of", "TET3", "/", "Actin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "I Western Blot analysis of the TET3 protein level in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=3 mice each group). Actin served as a loading control. The molecular weight of each band is indicated at the right. The blue number shows the ratio of the average intensity of TET3/Actin."}
{"words": ["J", "Representative", "IF", "staining", "of", "TET3", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Representative IF staining of TET3 in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. Scale bars: 20 μm."}
{"words": ["K", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "TET3", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Quantification of the number of TET3+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; ***p<0.001; Student's t-test)."}
{"words": ["L", "Representative", "IF", "staining", "of", "5mC", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "knockdown", "mice", ".", "L", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ".", "L", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "L", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L Representative IF staining of 5mC in the MOE of the NC and miR-200b/a knockdown mice. L' is shown at higher magnification of the boxed region. L: Scale bars, 20 μm; L': Scale bars, 2 μm."}
{"words": ["M", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "5mC", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M Quantification of the number of 5mC+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; ***p<0.001; Student's t-test)."}
{"words": ["N", "Representative", "IF", "staining", "of", "5hmC", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "knockdown", "mice", ".", "N", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ".", "N", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "N", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N Representative IF staining of 5hmC in the MOE of the NC and miR-200b/a knockdown mice. N' is shown at higher magnification of the boxed region. N: Scale bars, 20 μm; N': Scale bars, 2 μm."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "number", "of", "5hmC", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the number of 5hmC+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; **p<0.01; Student's t-test)."}
{"words": ["A", "Representative", "IF", "staining", "for", "costaining", "with", "TET3", "and", "Mash1", "antibodies", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "TET3", "and", "Mash1", ".", "A", "'", "is", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "middle", "and", "right", "images", ")", ".", "A", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "A", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", ".", "B", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "costained", "TET3", "+", "and", "Mash1", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative IF staining for costaining with TET3 and Mash1 antibodies in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the cells positive for both TET3 and Mash1. A' is shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (middle and right images). A: Scale bars, 20 μm; A': Scale bars, 2 μm. B Quantification of the number of costained TET3+ and Mash1+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; ***p<0.001; Student's t-test). "}
{"words": ["C", ",", "D", "The", "resident", "/", "intruder", "experiment", "showed", "that", "the", "attack", "frequency", "(", "C", ")", "and", "duration", "(", "D", ")", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", "were", "significantly", "improved", "compared", "with", "those", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "controls", ";", "[", "200", "KD", ":", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ";", "(", "200", "+", "T", ")", "DKD", ":", "(", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", ")", "DKD", ";", "(", "NC", ":", "n", "=", "18", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "14", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", ":", "n", "=", "16", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "C", ":", "F", "=", "17", ".", "84", ",", "D", ":", "F", "=", "12", ".", "06", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D The resident/intruder experiment showed that the attack frequency (C) and duration (D) of the miR-200b/a+TET3 DKD mice were significantly improved compared with those of the miR-200b/a KD controls; [200 KD: miR-200b/a KD; (200+T) DKD: (miR-200b/a+TET3) DKD; (NC: n=18 mice, miR-200b/a KD: n=14 mice, miR-200b/a+TET3 DKD: n=16 mice; data represent the mean±SEM; C: F=17.84, D: F=12.06, *p<0.05, ***p<0.001, ****p<0.0001; One-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons)]."}
{"words": ["E", ",", "F", "The", "analysis", "of", "male", "-", "female", "mating", "behaviors", "showed", "that", "the", "frequency", "(", "E", ")", "and", "duration", "(", "F", ")", "of", "mating", "to", "females", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", "were", "significantly", "reduced", "compared", "with", "those", "of", "their", "NC", "controls", "and", "were", "not", "dramatically", "different", "compared", "with", "those", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "18", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "14", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", ":", "n", "=", "16", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "E", ":", "F", "=", "15", ".", "62", ",", "F", ":", "F", "=", "15", ".", "56", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F The analysis of male-female mating behaviors showed that the frequency (E) and duration (F) of mating to females of the miR-200b/a+TET3 DKD mice were significantly reduced compared with those of their NC controls and were not dramatically different compared with those of the miR-200b/a KD mice (NC: n=18 mice, miR-200b/a KD: n=14 mice, miR-200b/a+TET3 DKD: n=16 mice; data represent the mean ±SEM; E: F=15.62, F: F=15.56, ***p<0.001, ****p<0.0001; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons)."}
{"words": ["G", "Representative", "IF", "staining", "for", "Mash1", ",", "Tuj1", ",", "Cas3", "and", "Ki67", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", ".", "H", "-", "K", "Quantification", "of", "the", "numbers", "of", "Mash1", "+", "(", "H", ")", ",", "Tuj1", "+", "(", "I", ")", ",", "Cas3", "+", "(", "J", ")", "and", "Ki67", "+", "(", "K", ")", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "Mash1", ":", "F", "=", "41", ".", "45", ",", "Tuj1", ":", "F", "=", "113", ".", "9", ",", "Cas3", ":", "F", "=", "92", ".", "51", ",", "Ki67", ":", "F", "=", "61", ".", "35", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Representative IF staining for Mash1, Tuj1, Cas3 and Ki67 in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a+TET3 DKD mice. Scale bars: 20 μm. H-K Quantification of the numbers of Mash1+(H), Tuj1+(I), Cas3+(J) and Ki67+(K) cells in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a+TET3 DKD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; Mash1: F=41.45, Tuj1: F=113.9, Cas3: F=92.51, Ki67: F=61.35, *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons). "}
{"words": ["A", "The", "REST", "mRNA", "expression", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", ",", "as", "revealed", "by", "qPCR", "analysis", "[", "200", "KD", ":", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ";", "(", "200", "+", "T", ")", "DKD", ":", "(", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", ")", "DKD", ";", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "F", "=", "9", ".", "409", ",", "NC", "vs", ".", "200", ":", "p", "=", "0", ".", "1367", ",", "200", "vs", ".", "200", "+", "T", ":", "p", "=", "0", ".", "1896", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The REST mRNA expression in the MOE of the NC, miR-200b/a KD and miR-200b/a+TET3 DKD mice, as revealed by qPCR analysis [200 KD: miR-200b/a KD; (200+T) DKD: (miR-200b/a+TET3) DKD; n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; F=9.409, NC vs. 200: p=0.1367, 200 vs. 200+T: p=0.1896, **p<0.01; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons"}
{"words": ["B", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "REST", "protein", "level", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", "(", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ")", ".", "Actin", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western Blot analysis of the REST protein level in the MOE of the NC, miR-200b/a KD and miR-200b/a+TET3 DKD mice (n=3 mice each group). Actin served as a loading control."}
{"words": ["C", "Representative", "IF", "staining", "for", "REST", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "and", "TET3", "DKD", "mice", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative IF staining for REST in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a and TET3 DKD mice. Scale bars: 20 μm."}
{"words": ["D", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "REST", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "TET3", "DKD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "F", "=", "12", ".", "11", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantification of the number of REST+ cells in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a+TET3 DKD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; F=12.11, *p<0.05; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons)."}
{"words": ["Representative", "IF", "costaining", "with", "REST", "and", "Mash1", "antibodies", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", ".", "The", "white", "arrows", "indicate", "the", "cells", "positive", "for", "both", "REST", "and", "Mash1", ".", "E", "'", "are", "shown", "at", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "region", ",", "as", "three", "channel", "merged", "images", "(", "left", "image", ")", "and", "the", "separated", "channel", "(", "middle", "and", "right", "images", ")", ".", "E", ":", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ";", "E", "'", ":", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative IF costaining with REST and Mash1 antibodies in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice. The white arrows indicate the cells positive for both REST and Mash1. E' are shown at higher magnification of the boxed region, as three channel merged images (left image) and the separated channel (middle and right images). E: Scale bars, 20 μm; E': Scale bars, 2 μm."}
{"words": ["F", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "costained", "REST", "+", "and", "Mash1", "+", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Quantification of the number of costained REST+ and Mash1+ cells in the MOE of the NC and miR-200b/a KD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; **p<0.01; Student's t-test)."}
{"words": ["G", "Mouse", "MOE", "proteins", "were", "immunoprecipitated", "with", "polyclonal", "antibodies", "against", "TET3", ".", "Input", "protein", "(", "100", "ug", ")", "and", "immunoprecipitates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "IgG", "antibodies", "were", "used", "as", "the", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Mouse MOE proteins were immunoprecipitated with polyclonal antibodies against TET3. Input protein (100 ug) and immunoprecipitates were subjected to immunoblot analysis with the indicated antibodies. IgG antibodies were used as the negative control."}
{"words": ["H", "Mouse", "MOE", "proteins", "were", "immunoprecipitated", "with", "polyclonal", "antibodies", "against", "REST", ".", "Input", "protein", "(", "100", "ug", ")", "and", "immunoprecipitates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "IgG", "antibodies", "were", "used", "as", "the", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Mouse MOE proteins were immunoprecipitated with polyclonal antibodies against REST. Input protein (100 ug) and immunoprecipitates were subjected to immunoblot analysis with the indicated antibodies. IgG antibodies were used as the negative control."}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "resident", "/", "intruder", "experiment", "showed", "that", "the", "attack", "frequency", "(", "A", ")", "and", "duration", "(", "B", ")", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", "mice", "were", "dramatically", "improved", "compared", "with", "those", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "[", "200", "KD", ":", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ";", "(", "200", "+", "R", ")", "DKD", ":", "(", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", ")", "DKD", ";", "NC", ":", "n", "=", "10", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "9", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", ":", "n", "=", "13", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "A", ":", "F", "=", "10", ".", "62", ",", "B", ":", "F", "=", "10", ".", "54", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B The resident/intruder experiment showed that the attack frequency (A) and duration (B) of the miR-200b/a+REST DKD mice were dramatically improved compared with those of the miR-200b/a KD mice [200 KD: miR-200b/a KD; (200+R) DKD: (miR-200b/a+REST) DKD; NC: n=10 mice, miR-200b/a KD: n=9 mice, miR-200b/a+REST DKD: n=13 mice; data represent the mean±SEM; A: F=10.62, B: F=10.54, ***p<0.001; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons]."}
{"words": ["C", ",", "D", "The", "analysis", "of", "male", "-", "female", "mating", "behaviors", "showed", "that", "the", "frequency", "(", "C", ")", "and", "duration", "(", "D", ")", "of", "mating", "to", "females", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", "mice", "were", "significantly", "improved", "compared", "with", "those", "of", "the", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", "mice", "(", "NC", ":", "n", "=", "10", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ":", "n", "=", "9", "mice", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", ":", "n", "=", "13", "mice", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "C", ":", "F", "=", "6", ".", "162", ",", "D", ":", "F", "=", "6", ".", "360", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D The analysis of male-female mating behaviors showed that the frequency (C) and duration (D) of mating to females of the miR-200b/a+REST DKD mice were significantly improved compared with those of the miR-200b/a KD mice (NC: n=10 mice, miR-200b/a KD: n=9 mice, miR-200b/a+REST DKD: n=13 mice; data represent the mean±SEM; C: F=6.162, D: F=6.360, *p<0.05, **p<0.01; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons)."}
{"words": ["Representative", "IF", "staining", "for", "Mash1", ",", "Tuj1", ",", "Cas3", "and", "Ki67", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", "mice", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", ".", "F", "-", "I", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Mash1", "+", "(", "F", ")", ",", "Tuj1", "+", "(", "G", ")", ",", "Cas3", "+", "(", "H", ")", "and", "Ki67", "+", "(", "I", ")", "cells", "in", "the", "MOE", "of", "the", "NC", ",", "miR", "-", "200b", "/", "a", "KD", ",", "and", "miR", "-", "200b", "/", "a", "+", "REST", "DKD", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ";", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ";", "Mash1", ":", "F", "=", "35", ".", "53", ",", "Tuj1", ":", "F", "=", "62", ".", "28", ",", "Cas3", ":", "F", "=", "115", ".", "7", ",", "Ki67", ":", "F", "=", "77", ".", "43", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "pairwise", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative IF staining for Mash1, Tuj1, Cas3 and Ki67 in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a+REST DKD mice. Scale bars: 20 μm. F-I Quantification of the number of Mash1+(F), Tuj1+(G), Cas3+(H) and Ki67+(I) cells in the MOE of the NC, miR-200b/a KD, and miR-200b/a+REST DKD mice (n=4 mice each group; data represent the mean±SEM; Mash1: F=35.53, Tuj1: F=62.28, Cas3: F=115.7, Ki67: F=77.43, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001; one-way ANOVA and Bonferroni pairwise comparisons). "}
{"words": ["The", "rate", "of", "glucose", "uptake", "(", "a", ",", "e", ")", ",", "lactate", "released", "after", "4", " ", "h", "of", "incubation", "(", "b", ",", "f", ")", ",", "glycolytic", "flux", "(", "c", ",", "g", ")", "and", "pentose", "-", "phosphate", "flux", "(", "d", ",", "h", ")", "were", "assessed", "in", "MEF", "and", "mouse", "cortical", "neurons", "in", "primary", "culture", ",", "as", "indicated", ",", "obtained", "from", "either", "WT", "or", "Pink1", "KO", "(", "Pink1", "−", "/", "−", ")", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The rate of glucose uptake (a,e), lactate released after 4 h of incubation (b,f), glycolytic flux (c,g) and pentose-phosphate flux (d,h) were assessed in MEF and mouse cortical neurons in primary culture, as indicated, obtained from either WT or Pink1 KO (Pink1−/−) mice."}
{"words": ["Blood", "concentrations", "of", "glucose", "(", "i", ")", "and", "lactate", "(", "j", ")", ",", "and", "the", "rate", "of", "14C", "-", "lactate", "appearance", "in", "the", "blood", "from", "acutely", "injected", "[", "U", "-", "14C", "]", "glucose", "in", "the", "tail", "vein", "(", "k", ")", "of", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mice", "were", "analysed", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Blood concentrations of glucose (i) and lactate (j), and the rate of 14C-lactate appearance in the blood from acutely injected [U-14C]glucose in the tail vein (k) of WT and Pink1 KO mice were analysed. Data are expressed as mean±s.e.m. *P0.05 (Student's t-test; n=3-4 independent experiments)."}
{"words": ["Quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "(", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "the", "relative", "mRNA", "abundances", "of", "Glut1", ",", "Glut3", ",", "Hk2", "and", "Gapdh", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "miceMEF", "(", "a", ")", "ß", "-", "Actin", "mRNA", "was", "used", "for", "normalization", ",", "and", "the", "Pink1", "KO", "data", "are", "expressed", "as", "the", "change", "relative", "to", "WT", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative real-time PCR (RT-qPCR analysis of the relative mRNA abundances of Glut1, Glut3, Hk2 and Gapdh in WT and Pink1 KO miceMEF (a) ß-Actin mRNA was used for normalization, and the Pink1 KO data are expressed as the change relative to WT."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "the", "protein", "abundances", "of", "PINK1", ",", "GLUT1", ",", "GLUT3", "(", "not", "detectable", "in", "MEF", ")", ",", "HK2", ",", "GAPDH", "and", "HIF1α", "in", "WT", "and", "Pink1", "-", "null", "mice", "MEF", "(", "b", ")", "ß", "-", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of the protein abundances of PINK1, GLUT1, GLUT3 (not detectable in MEF), HK2, GAPDH and HIF1α in WT and Pink1-null mice MEF (b) ß-Actin was used as loading control."}
{"words": ["Quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "(", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "the", "relative", "mRNA", "abundances", "of", "Glut1", ",", "Glut3", ",", "Hk2", "and", "Gapdh", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "neurons", "(", "c", ")", ".", "ß", "-", "Actin", "mRNA", "was", "used", "for", "normalization", ",", "and", "the", "Pink1", "KO", "data", "are", "expressed", "as", "the", "change", "relative", "to", "WT", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative real-time PCR (RT-qPCR analysis of the relative mRNA abundances of Glut1, Glut3, Hk2 and Gapdh in WT and Pink1 KO neurons (c). ß-Actin mRNA was used for normalization, and the Pink1 KO data are expressed as the change relative to WT."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "the", "protein", "abundances", "of", "PINK1", ",", "GLUT1", ",", "GLUT3", "(", "not", "detectable", "in", "MEF", ")", ",", "HK2", ",", "GAPDH", "and", "HIF1α", "in", "WT", "and", "Pink1", "-", "null", "neurons", "(", "d", ")", ";", "ß", "-", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of the protein abundances of PINK1, GLUT1, GLUT3 (not detectable in MEF), HK2, GAPDH and HIF1α in WT and Pink1-null neurons (d); ß-Actin was used as loading control."}
{"words": ["(", "e", ")", "Western", "blot", "against", "PINK1", ",", "GLUT1", ",", "GLUT3", "and", "HIF1α", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mice", "skeletal", "muscle", "samples", ";", "α", "-", "Tubulin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Only", "representative", "western", "blots", "are", "shown", "per", "condition", ";", "the", "replicates", "and", "the", "semi", "-", "quantitative", "estimation", "of", "the", "band", "intensities", "are", "shown", "in", "the", "Supplementary", "Information", ".", "The", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "values", "of", "the", "mRNA", "data", "were", "calculated", "from", "the", "fold", "change", "of", "each", "ß", "-", "Actin", "-", "normalized", "transcript", "abundance", "in", "the", "Pink1", "KO", "samples", "versus", "that", "in", "the", "WT", ".", "Thus", ",", "in", "all", "cases", ",", "the", "WT", "values", "were", "considered", "=", "1", ".", "00", ".", "*", "P0", ".", "05", "versus", "the", "corresponding", "WT", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Western blot against PINK1, GLUT1, GLUT3 and HIF1α in WT and Pink1 KO mice skeletal muscle samples; α-Tubulin was used as loading control. Only representative western blots are shown per condition; the replicates and the semi-quantitative estimation of the band intensities are shown in the Supplementary Information. The mean±s.e.m. values of the mRNA data were calculated from the fold change of each ß-Actin-normalized transcript abundance in the Pink1 KO samples versus that in the WT. Thus, in all cases, the WT values were considered=1.00. *P0.05 versus the corresponding WT (Student's t-test; n=3-4 independent experiments)."}
{"words": ["(", "a", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Hif1α", "mRNA", "abundance", "in", "MEF", "transfected", "with", "siHif1α", ",", "or", "siControl", "(", "100", " ", "nM", ")", ",", "after", "72", " ", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) RT-qPCR analysis of Hif1α mRNA abundance in MEF transfected with siHif1α, or siControl (100 nM), after 72 h."}
{"words": ["(", "b", ")", "siHif1α", "effectively", "knockdowns", "expressed", "Hif1α", "cDNA", "WT", ",", "but", "not", "a", "Hif1α", "cDNA", "silent", "mutant", "form", "refractory", "to", "siHif1α", "(", "Hif1α", "cDNA", "REFR", ".", ")", "in", "mice", "MEF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) siHif1α effectively knockdowns expressed Hif1α cDNA WT, but not a Hif1α cDNA silent mutant form refractory to siHif1α (Hif1α cDNA REFR.) in mice MEF."}
{"words": ["(", "c", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "the", "relative", "mRNA", "abundances", "of", "Glut1", ",", "Glut3", ",", "Hk2", "and", "Gapdh", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mice", "MEF", "transfected", "with", "siControl", "or", "siHif1α", ".", "ß", "-", "Actin", "mRNA", "was", "used", "for", "normalization", ",", "and", "all", "data", "are", "expressed", "as", "the", "change", "relative", "to", "WT", "-", "siControl", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) RT-qPCR analysis of the relative mRNA abundances of Glut1, Glut3, Hk2 and Gapdh in WT and Pink1 KO mice MEF transfected with siControl or siHif1α. ß-Actin mRNA was used for normalization, and all data are expressed as the change relative to WT-siControl."}
{"words": ["(", "d", ")", "Western", "blot", "against", "HIF1α", "in", "WT", "and", "in", "Pink1", "KO", "mice", "MEF", "transfected", "with", "siHif1α", "or", "siControl", "shows", "the", "efficacy", "of", "the", "siHif1α", "at", "knocking", "down", "endogenous", "HIF1α", ";", "ß", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "As", "shown", ",", "siHif1α", "partially", "prevented", "the", "increase", "in", "GLUT1", ",", "HK2", "and", "GAPDH", "protein", "abundances", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(d) Western blot against HIF1α in WT and in Pink1 KO mice MEF transfected with siHif1α or siControl shows the efficacy of the siHif1α at knocking down endogenous HIF1α; ß-actin was used as loading control. As shown, siHif1α partially prevented the increase in GLUT1, HK2 and GAPDH protein abundances."}
{"words": ["The", "increased", "rate", "of", "lactate", "released", "after", "4", " ", "h", "of", "incubation", "(", "e", ")", "and", "glycolytic", "flux", "(", "f", ")", "observed", "in", "the", "Pink1", "KO", "MEF", "was", "prevented", "by", "siHif1α", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The increased rate of lactate released after 4 h of incubation (e) and glycolytic flux (f) observed in the Pink1 KO MEF was prevented by siHif1α."}
{"words": ["siHif1α", "was", "also", "effective", "at", "preventing", "the", "endogenous", "increased", "HIF1α", "protein", "(", "g", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "increased", "glycolytic", "flux", "(", "h", ")", "observed", "in", "Pink1", "KO", "primary", "neurons", ".", "Only", "representative", "western", "blots", "are", "shown", ";", "the", "replicates", "and", "the", "semi", "-", "quantitative", "estimation", "of", "the", "band", "intensities", "are", "shown", "in", "the", "Supplementary", "Information", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siHif1α was also effective at preventing the endogenous increased HIF1α protein (g), as well as the increased glycolytic flux (h) observed in Pink1 KO primary neurons. Only representative western blots are shown; the replicates and the semi-quantitative estimation of the band intensities are shown in the Supplementary Information."}
{"words": ["(", "a", ")", "Mitochondrial", "respiratory", "chain", "complexes", "activity", "values", "normalized", "to", "citrate", "synthase", "(", "CS", ")", ",", "and", "(", "b", ")", "mitochondrial", "inner", "membrane", "potential", "(", "Δψm", ")", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mice", "MEF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Mitochondrial respiratory chain complexes activity values normalized to citrate synthase (CS), and (b) mitochondrial inner membrane potential (Δψm) in WT and Pink1 KO mice MEF."}
{"words": ["(", "c", ")", "Western", "blot", "against", "PDK1", "and", "HIF1α", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "MEF", "transfected", "with", "siHif1α", "(", "or", "its", "siControl", ")", ";", "ß", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Western blot against PDK1 and HIF1α in WT and Pink1 KO MEF transfected with siHif1α (or its siControl); ß-actin was used as loading control."}
{"words": ["d", ")", "PDH", "complex", "activity", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "MEF", "transfected", "with", "siHif1α", "or", "siControl", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) PDH complex activity in WT and Pink1 KO MEF transfected with siHif1α or siControl."}
{"words": ["Rate", "of", "whole", "-", "cell", "H2O2", "(", "e", ")", "and", "mitochondrial", "O2", "·", "−", "(", "f", ")", "detection", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Rate of whole-cell H2O2 (e) and mitochondrial O2·− (f) detection in WT and Pink1 KO MEF"}
{"words": ["(", "g", ")", "Detection", "of", "mitochondrial", "O2", "·", "−", "using", "the", "mitochondrial", "-", "specific", "probe", "MitoSox", "in", "MEF", "incubated", "in", "the", "absence", "(", "−", ")", "or", "in", "the", "presence", "(", "+", ")", "of", "the", "plasma", "membrane", "permeable", "GSH", "-", "EE", ",", "or", "by", "expressing", "mitochondrial", "-", "tagged", "forms", "of", "glutamate", "-", "cysteine", "ligase", ",", "(", "+", "mitoGCL", ";", "empty", "vector", ",", "pIRES2", "-", "EGFP", ",", "denoted", "as", "−", ")", "or", "catalase", "(", "+", "mitoCAT", ";", "empty", "vector", "denoted", "as", "−", ")", ",", "shows", "effective", "mitochondrial", "ROS", "removal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(g) Detection of mitochondrial O2·− using the mitochondrial-specific probe MitoSox in MEF incubated in the absence (−) or in the presence (+) of the plasma membrane permeable GSH-EE, or by expressing mitochondrial-tagged forms of glutamate-cysteine ligase, (+mitoGCL; empty vector, pIRES2-EGFP, denoted as −) or catalase (+ mitoCAT; empty vector denoted as −), shows effective mitochondrial ROS removal."}
{"words": ["(", "h", ")", "Western", "blot", "against", "HIF1α", "in", "Pink1", "KO", "MEF", "incubated", "with", "(", "or", "without", ")", "GSH", "-", "EE", ",", "or", "transfected", "with", "empty", "vector", ",", "mitoGCL", "or", "mitoCAT", ",", "showing", "reduction", "in", "HIF1α", "protein", "abundance", "by", "the", "treatments", "that", "remove", "mitochondrial", "ROS", ";", "α", "-", "TUBULIN", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Only", "representative", "western", "blots", "are", "shown", ";", "the", "replicates", "and", "the", "semi", "-", "quantitative", "estimation", "of", "the", "band", "intensities", "are", "shown", "in", "the", "Supplementary", "Information", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(h) Western blot against HIF1α in Pink1 KO MEF incubated with (or without) GSH-EE, or transfected with empty vector, mitoGCL or mitoCAT, showing reduction in HIF1α protein abundance by the treatments that remove mitochondrial ROS; α-TUBULIN was used as loading control. Only representative western blots are shown; the replicates and the semi-quantitative estimation of the band intensities are shown in the Supplementary Information. Data are expressed as mean±s.e.m. *P0.05 (Student's t-test; n=3-4 independent experiments)."}
{"words": ["(", "a", ")", "Proportion", "of", "BrdU", "incorporation", "into", "DNA", "and", "cell", "cycle", "phases", ",", "and", "(", "b", ")", "cell", "growth", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "MEF", "after", "72", " ", "h", "in", "the", "absence", "(", "denoted", "as", "-", "2DG", ")", "or", "in", "the", "presence", "(", "+", "2DG", ")", "of", "the", "glucose", "-", "metabolizing", "inhibitor", ",", "2", "-", "deoxyglucose", "(", "2DG", ",", "1", " ", "mM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Proportion of BrdU incorporation into DNA and cell cycle phases, and (b) cell growth in WT and Pink1 KO MEF after 72 h in the absence (denoted as -2DG) or in the presence (+2DG) of the glucose-metabolizing inhibitor, 2-deoxyglucose (2DG, 1 mM)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Proportions", "of", "BrdU", "incorporation", "into", "DNA", "and", "cell", "cycle", "phases", ",", "and", "(", "d", ")", "cell", "growth", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "MEF", "72", " ", "h", "after", "transfection", "with", "siHif1α", "(", "+", "siHif1α", ")", "or", "siControl", "(", "denoted", "as", "-", "siHif1α", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Proportions of BrdU incorporation into DNA and cell cycle phases, and (d) cell growth in WT and Pink1 KO MEF 72 h after transfection with siHif1α (+siHif1α) or siControl (denoted as -siHif1α)."}
{"words": ["(", "e", ")", "Ki67", ",", "Sox2", "and", "DAPI", "immunostaining", "in", "the", "subventricular", "zone", "of", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mouse", "brain", ",", "and", "the", "corresponding", "quantification", ".", "*", "P0", ".", "05", ";", "#", "P0", ".", "05", "versus", "all", "other", "conditions", "(", "analysis", "of", "variance", "followed", "by", "Bonferroni", "test", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ")", ".", "All", "data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Scale", "bar", ",", "100", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Ki67, Sox2 and DAPI immunostaining in the subventricular zone of WT and Pink1 KO mouse brain, and the corresponding quantification. *P0.05; #P0.05 versus all other conditions (analysis of variance followed by Bonferroni test; n=3-4 independent experiments). All data are expressed as mean±s.e.m. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["a", ")", "Rate", "of", "mitochondrial", "O2", "·", "-", "detection", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "mice", "primary", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a) Rate of mitochondrial O2·- detection in WT and Pink1 KO mice primary neurons."}
{"words": ["(", "b", ")", "Proportion", "of", "BrdU", "incorporation", "into", "DNA", "of", "WT", "and", "Pink1", "KO", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(b) Proportion of BrdU incorporation into DNA of WT and Pink1 KO neurons."}
{"words": ["(", "c", ")", "Proportion", "of", "apoptosis", "in", "WT", "and", "Pink1", "KO", "neurons", ",", "as", "assessed", "by", "the", "proportion", "of", "annexin", "V", "-", "positive", "/", "7", "-", "AAD", "-", "negative", "cells", ",", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "n", "=", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Proportion of apoptosis in WT and Pink1 KO neurons, as assessed by the proportion of annexin V-positive/7-AAD-negative cells, determined by flow cytometry. Data are expressed as mean±s.e.m. *P0.05 (Student's t-test; n=3-4 independent experiments)."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Airyscan", "confocal", "analysis", "of", "PC1", "(", "568", ",", "red", ")", "co", "-", "localization", "with", "GFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "in", "(", "A", ")", "MEF", "(", "B", ")", "Saos2", ".", "Scale", "bars", "=", "10", "µm", ".", "(", "C", ")", "Airyscan", "confocal", "analysis", "of", "PC2", "(", "647", ",", "red", ")", "co", "-", "localization", "with", "LC3", "(", "488", ",", "green", ")", "in", "RCS", "cells", ".", "Scale", "bars", "=", "10", "µm", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "The", "insets", "show", "higher", "magnification", "(", "A", "=", "x4", ".", "68", ";", "B", "=", "x6", ".", "76", ";", "C", "=", "x7", ".", "33", ")", "and", "single", "colour", "channels", "of", "the", "boxed", "area", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "GFP", "(", "A", ",", "B", ")", "or", "LC3", "(", "C", ")", "vesicles", "positive", "for", "PC1", "or", "PC2", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "LC3", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", ",", "n", "=", "18", "cells", "(", "MEFs", "and", "Saos2", ")", ";", "n", "=", "12", "(", "RCS", ")", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Airyscan confocal analysis of PC1 (568, red) co-localization with GFP-LC3 (green) in (A) MEF (B) Saos2. Scale bars = 10 µm. (C) Airyscan confocal analysis of PC2 (647, red) co-localization with LC3 (488, green) in RCS cells. Scale bars = 10 µm. (A-C) The insets show higher magnification (A = x4.68; B = x6.76; C = x7.33) and single colour channels of the boxed area. (D) Quantification of GFP (A,B) or LC3 (C) vesicles positive for PC1 or PC2, expressed as % of total LC3 (mean +/- SEM), n = 18 cells (MEFs and Saos2); n=12 (RCS) from 3 independent experiments. "}
{"words": ["(", "E", "-", "G", ")", "Scanning", "confocal", "microscopy", "analysis", "of", "MEFs", ",", "Saos2", "and", "RCS", "cells", "treated", "with", "BafA1", ",", "immunolabeled", "for", "PC1", "or", "PC2", "and", "LAMP1", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", ".", "(", "E", ",", "F", ")", "Scale", "bars", "=", "10", "µm", ",", "(", "G", ")", "Scale", "bars", "=", "5", "µm", ".", "The", "insets", "show", "higher", "magnification", "(", "E", "=", "x4", ".", "99", ";", "F", "=", "x6", ".", "49", ";", "G", "=", "x2", ".", "01", ")", "and", "single", "colour", "channels", "of", "the", "boxed", "area", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-G) Scanning confocal microscopy analysis of MEFs, Saos2 and RCS cells treated with BafA1, immunolabeled for PC1 or PC2 and LAMP1. Nuclei were stained with Hoechst. (E, F) Scale bars = 10 µm, (G) Scale bars = 5 µm. The insets show higher magnification (E = x4.99; F = x6.49; G = x2.01) and single colour channels of the boxed area."}
{"words": ["(", "H", ")", "Transmission", "EM", "analysis", "in", "Saos2", "cells", ",", "treated", "with", "BafA1", ",", "showing", "in", "detail", "a", "lysosome", "which", "contains", "immunolabeled", "PC1", "(", "with", "nanogold", "particles", ")", ",", "as", "indicated", "by", "arrows", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Transmission EM analysis in Saos2 cells, treated with BafA1, showing in detail a lysosome which contains immunolabeled PC1 (with nanogold particles), as indicated by arrows."}
{"words": ["(", "I", ")", "Scanning", "confocal", "microscopy", "analysis", "of", "Saos2", "WT", "and", "CRISPR", "-", "Cas9", "IDUA", "Saos2", "at", "steady", "state", ",", "immunolabeled", "for", "PC1", "and", "LAMP1", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "The", "insets", "show", "higher", "magnification", "(", "left", "=", "x3", ".", "09", ";", "right", "=", "x3", ".", "12", ")", "and", "single", "colour", "channels", "of", "the", "boxed", "area", ".", "Bar", "graph", "shows", "quantification", "of", "lysosomes", "containing", "PC1", "expressed", "as", "%", "of", "total", "LAMP1", "per", "cell", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", ".", "n", "=", "31", "WT", "cells", ",", "n", "=", "33", "CRISPR", "cells", "counted", ";", "3", "independent", "experiments", ".", "Student", "'", "s", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "T", "-", "Test", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Scanning confocal microscopy analysis of Saos2 WT and CRISPR-Cas9 IDUA Saos2 at steady state, immunolabeled for PC1 and LAMP1. Nuclei were stained with Hoechst. Scale bar = 10 µm. The insets show higher magnification (left = x3.09; right = x3.12) and single colour channels of the boxed area. Bar graph shows quantification of lysosomes containing PC1 expressed as % of total LAMP1 per cell (mean +/- SEM). n= 31 WT cells, n=33 CRISPR cells counted; 3 independent experiments. Student's unpaired, two-tailed T-Test *** P<0.0001."}
{"words": ["(", "J", ")", "WT", "and", "CRISPR", "IDUA", "Saos2", "lysed", "and", "analysed", "by", "western", "blot", ".", "Data", "are", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) WT and CRISPR IDUA Saos2 lysed and analysed by western blot. Data are representative of 3 independent experiments."}
{"words": ["U2OS", "expressing", "(", "A", ")", "GFP", "-", "LC3", "mCherry", "-", "PC2", "(", "red", ")", "and", "RDEL", "-", "HALO", "(", "blue", ")", "were", "imaged", "live", "by", "spinning", "disc", "microscopy", ".", "Single", "and", "merge", "channels", "time", "-", "lapse", "stills", "at", "higher", "magnification", "(", "A", "=", "x3", ".", "93", "from", "the", "boxed", "region", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS expressing (A) GFP-LC3 mCherry-PC2 (red) and RDEL-HALO (blue) were imaged live by spinning disc microscopy. Single and merge channels time-lapse stills at higher magnification (A = x3.93 from the boxed region are shown on the right. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["U2OS", "expressing", "(", "B", ")", "GFP", "-", "2", "-", "FYVE", "(", "green", ")", ",", "mCherry", "-", "PC2", "(", "red", ")", "and", "RDEL", "-", "HALO", "(", "blue", ")", "were", "imaged", "live", "by", "spinning", "disc", "microscopy", ".", "Single", "and", "merge", "channels", "time", "-", "lapse", "stills", "at", "higher", "magnification", "B", "=", "x3", ".", "42", "from", "the", "boxed", "region", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS expressing (B) GFP-2-FYVE (green), mCherry-PC2 (red) and RDEL-HALO (blue) were imaged live by spinning disc microscopy. Single and merge channels time-lapse stills at higher magnification B = x3.42 from the boxed region are shown on the right. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Airyscan", "analysis", "of", "Saos2", "cells", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "and", "immunolabeled", "for", "PC1", "(", "405", ",", "blue", ")", "and", "CANX", "(", "647", ",", "red", ")", ".", "The", "insets", "show", "higher", "magnification", "(", "x5", ".", "26", ")", "and", "single", "colour", "channels", "of", "the", "boxed", "area", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Airyscan analysis of Saos2 cells expressing GFP-LC3 (green) and immunolabeled for PC1 (405, blue) and CANX (647, red). The insets show higher magnification (x5.26) and single colour channels of the boxed area. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Correlative", "Light", "Electron", "Microscopy", "(", "CLEM", ")", "and", "Electron", "Tomography", "of", "Saos2", "cells", "transfected", "with", "GFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "and", "labelled", "for", "PC1", "(", "568", ",", "red", "and", "nanogold", "particles", ")", "and", "CANX", "(", "647", ",", "blue", ")", ".", "Cells", "were", "first", "imaged", "by", "confocal", "microscopy", "(", "top", "left", "panel", ")", "and", "then", "the", "same", "region", "was", "retraced", "in", "EM", "(", "upper", "middle", "panel", ")", "and", "overlay", "is", "shown", "(", "upper", "right", "panel", ")", ".", "Arrow", "indicates", "a", "LC3", "positive", "vesicle", "containing", "CANX", "and", "PC1", "molecules", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Correlative Light Electron Microscopy (CLEM) and Electron Tomography of Saos2 cells transfected with GFP-LC3 (green) and labelled for PC1 (568, red and nanogold particles) and CANX (647, blue). Cells were first imaged by confocal microscopy (top left panel) and then the same region was retraced in EM (upper middle panel) and overlay is shown (upper right panel). Arrow indicates a LC3 positive vesicle containing CANX and PC1 molecules."}
{"words": ["(", "E", ")", "Single", "tomography", "slice", "(", "left", "panel", ",", "taken", "from", "boxed", "are", "in", "D", "at", "a", "magnification", "of", "x2", ".", "84", ")", ",", "overlay", "with", "immunofluorescence", "(", "IF", ")", "(", "central", "panel", ")", "and", "IF", "3D", "rendering", "of", "AV", "(", "green", ")", "and", "the", "CANX", "positive", "vesicle", "containing", "gold", "particles", "of", "labelled", "collagen", "(", "blue", "and", "white", "respectively", ")", "inside", "an", "AV", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Single tomography slice (left panel, taken from boxed are in D at a magnification of x2.84), overlay with immunofluorescence (IF) (central panel) and IF 3D rendering of AV (green) and the CANX positive vesicle containing gold particles of labelled collagen (blue and white respectively) inside an AV (right panel)."}
{"words": ["(", "A", ")", ".", "Bar", "graph", "shows", "quantification", "of", "lysosomes", "(", "LAMP1", "+", ")", "containing", "PC1", "expressed", "as", "%", "of", "total", "number", "of", "lysosomes", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", "in", "Saos2", "cells", "mock", "transfected", "or", "transfected", "with", "SiRNA", "against", "the", "indicated", "genes", "and", "treated", "with", "100", "nM", "BafA1", "for", "9h", ".", "n", "=", "20", "cells", "per", "condition", ";", "three", "independent", "experiments", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "with", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "performed", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A). Bar graph shows quantification of lysosomes (LAMP1+) containing PC1 expressed as % of total number of lysosomes (mean +/- SEM) in Saos2 cells mock transfected or transfected with SiRNA against the indicated genes and treated with 100 nM BafA1 for 9h. n=20 cells per condition; three independent experiments. One-way ANOVA (P<0.0001) with Dunnett's multiple comparisons test performed, ***P<0.0001."}
{"words": ["(", "B", ")", "MEF", "cell", "lines", "lacking", "the", "expression", "of", "indicated", "genes", "were", "treated", "for", "12h", "with", "50", "nM", "BafA1", ",", "fixed", "and", "immunolabeled", "for", "PC1", "(", "568", ",", "red", ")", "and", "LAMP1", "(", "488", ",", "green", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "Insets", "show", "magnification", "of", "the", "boxed", "area", ".", "Bar", "graph", "(", "on", "the", "left", ")", "shows", "quantification", "of", "LAMP1", "vesicles", "positive", "for", "PC1", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "lysosomes", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", ",", "n", "=", "12", ",", "10", ",", "12", ",", "10", ",", "7", ",", "10", "cells", "per", "genotype", "respectively", ";", "3", "independent", "experiments", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "performed", "and", "P", "value", "adjusted", "for", "multiple", "comparisons", ".", "ns", "≥", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) MEF cell lines lacking the expression of indicated genes were treated for 12h with 50 nM BafA1, fixed and immunolabeled for PC1 (568, red) and LAMP1 (488, green). Scale bar = 10 µm. Insets show magnification of the boxed area. Bar graph (on the left) shows quantification of LAMP1 vesicles positive for PC1, expressed as % of total lysosomes (mean +/- SEM), n=12, 10, 12, 10, 7, 10 cells per genotype respectively; 3 independent experiments. One-way ANOVA with Dunnett's multiple comparisons test performed and P value adjusted for multiple comparisons. ns ≥0.05, *** P<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "and", "CRISPR", "-", "Cas9", "Fam134b", "knockout", "MEFs", "were", "treated", "as", "indicated", ",", "lysed", "and", "analysed", "by", "western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "4", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT and CRISPR-Cas9 Fam134b knockout MEFs were treated as indicated, lysed and analysed by western blot with the indicated antibodies. Western blots are representative of 4 independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "and", "CRISPR", "-", "Cas9", "Fam134b", "MEFs", "were", "immunolabeled", "for", "PC1", "(", "568", ",", "red", ")", ",", "nuclei", "stained", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", "and", "analysed", "by", "scanning", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT and CRISPR-Cas9 Fam134b MEFs were immunolabeled for PC1 (568, red), nuclei stained with Hoechst (blue) and analysed by scanning confocal microscopy. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "CRISPR", "FAM134B", "MEF", "mock", ",", "wild", "type", "FAM134B", "-", "HA", "or", "FAM134Blir", "-", "HA", "transfected", "were", "immunolabeled", "for", "PC1", "(", "568", ",", "red", ")", ",", "LAMP1", "(", "488", ",", "green", ")", "and", "HA", "(", "647", ",", "violet", ")", "and", "analysed", "by", "scanning", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "Inset", "panels", "show", "magnification", "of", "the", "boxed", "area", ".", "Bar", "graph", "shows", "quantification", "of", "LAMP1", "vesicles", "positive", "for", "PC1", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "lysosomes", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", ",", "quantification", "of", "n", "=", "10", "cells", "per", "treatment", ";", "3", "independent", "experiments", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "performed", ".", "ns", "≥", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CRISPR FAM134B MEF mock, wild type FAM134B-HA or FAM134Blir-HA transfected were immunolabeled for PC1 (568, red), LAMP1 (488, green) and HA (647, violet) and analysed by scanning confocal microscopy. Scale bar = 10 µm. Inset panels show magnification of the boxed area. Bar graph shows quantification of LAMP1 vesicles positive for PC1, expressed as % of total lysosomes (mean +/- SEM), quantification of n=10 cells per treatment; 3 independent experiments. One-way ANOVA with Dunnett's multiple comparisons test was performed. ns ≥0.05, *** P<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Bar", "graph", "shows", "quantification", "of", "lysosomes", "(", "LAMP1", "+", ")", "containing", "PC1", "expressed", "as", "%", "of", "lysosomes", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", "in", "Saos2", "cells", "mock", "transfected", "or", "transfected", "with", "SiRNA", "against", "the", "indicated", "genes", ",", "treated", "with", "100", "nM", "BafA1", "for", "9h", ".", "n", "=", "18", "cells", "/", "treatment", ";", "3", "independent", "experiments", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "with", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "performed", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Bar graph shows quantification of lysosomes (LAMP1+) containing PC1 expressed as % of lysosomes (mean +/- SEM) in Saos2 cells mock transfected or transfected with SiRNA against the indicated genes, treated with 100 nM BafA1 for 9h. n=18 cells/treatment; 3 independent experiments. One-way ANOVA (P<0.0001) with Dunnett's multiple comparisons test performed, ** P<0.005, *** P<0.0001."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "and", "Canx", "-", "/", "-", "MEFs", "were", "untreated", "or", "treated", "with", "BafA1", "(", "10", "μM", ")", "for", "6", "h", ",", "lysed", "and", "analysed", "by", "western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Filamin", "and", "β", "-", "actin", "were", "used", "as", "loading", "control", ".", "Dashed", "line", "indicates", "that", "unnecessary", "lanes", "were", "removed", ".", "Western", "blot", "is", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT and Canx-/- MEFs were untreated or treated with BafA1 (10 μM) for 6 h, lysed and analysed by western blot with indicated antibodies. Filamin and β-actin were used as loading control. Dashed line indicates that unnecessary lanes were removed. Western blot is representative of 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "MEF", "cell", "lines", "lacking", "the", "indicated", "genes", "were", "treated", "for", "12h", "with", "50", "nM", "BafA1", "fixed", "and", "immunolabeled", "for", "PC1", "(", "568", ",", "red", ")", "and", "LAMP1", "(", "488", ",", "green", ")", ".", "CST", "was", "added", "where", "indicated", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "Inset", "panels", "show", "magnification", "of", "the", "boxed", "area", ".", "Bar", "graph", "on", "the", "right", "shows", "quantification", "of", "LAMP1", "vesicles", "positive", "for", "PC1", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "lysosomes", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ")", ",", "n", "=", "8", ",", "8", ",", "12", ",", "8", ",", "8", ",", "8", "cells", "respectively", ";", "3", "independent", "experiments", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "performed", "and", "P", "value", "adjusted", "for", "multiple", "comparisons", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) MEF cell lines lacking the indicated genes were treated for 12h with 50 nM BafA1 fixed and immunolabeled for PC1 (568, red) and LAMP1 (488, green). CST was added where indicated. Scale bar = 10 µm. Inset panels show magnification of the boxed area. Bar graph on the right shows quantification of LAMP1 vesicles positive for PC1, expressed as % of total lysosomes (mean +/- SEM), n=8, 8, 12, 8, 8, 8 cells respectively; 3 independent experiments. One-way ANOVA with Dunnett's multiple comparisons test performed and P value adjusted for multiple comparisons. *** P<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Volcano", "plot", "comparing", "protein", "fold", "changes", "between", "WT", "versus", "Fam134b", "-", "/", "-", "(", "A", ")", "and", "WT", "versus", "Canx", "-", "/", "-", "MEFs", "(", "B", ")", ".", "Significantly", "regulated", "proteins", "are", "labelled", "in", "red", "(", "log2", "fold", "change", ">", "1", ",", "-", "log10", "p", ">", "1", ".", "3", ")", ".", "Red", "dots", "with", "blue", "ring", "indicate", "collagen", "1", "peptides", ".", "Graphs", "represent", "statistics", "from", "three", "separate", "experiments", "for", "each", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Volcano plot comparing protein fold changes between WT versus Fam134b-/- (A) and WT versus Canx-/- MEFs (B). Significantly regulated proteins are labelled in red (log2 fold change > 1, -log10 p>1.3). Red dots with blue ring indicate collagen 1 peptides. Graphs represent statistics from three separate experiments for each genotype."}
{"words": ["(", "B", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "control", "(", "pcDNA3", ")", ",", "FAM134B", "-", "HA", "WT", "or", "mutant", "constructs", "as", "indicated", ".", "Complexes", "were", "immune", "-", "isolated", "with", "HA", "-", "magnetic", "beads", ",", "separated", "by", "western", "blot", "and", "visualised", "with", "antibodies", "against", "CANX", ",", "FAM134B", "5", "%", "of", "the", "input", "is", "shown", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Dashed", "line", "indicates", "that", "unnecessary", "lanes", "were", "removed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) U2OS cells were transfected with empty vector control (pcDNA3), FAM134B-HA WT or mutant constructs as indicated. Complexes were immune-isolated with HA-magnetic beads, separated by western blot and visualised with antibodies against CANX, FAM134B 5% of the input is shown. Western blots are representative of 3 independent experiments. Dashed line indicates that unnecessary lanes were removed."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "HALO", "-", "PC2", ",", "FAM134B", "-", "HA", "or", "FAM134Blir", "-", "HA", "constructs", ",", "treated", "with", "100", "nM", "BafA1", "for", "6h", "and", "with", "CST", "where", "indicated", ".", "Complexes", "were", "immune", "-", "isolated", "with", "HA", "-", "magnetic", "beads", ",", "separated", "by", "western", "blot", "and", "visualised", "with", "antibodies", "against", "HALO", ",", "CANX", ",", "FAM134B", ",", "LC3", "5", "%", "of", "the", "input", "is", "shown", ".", "Western", "blots", "are", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Dashed", "line", "indicates", "that", "unnecessary", "lanes", "were", "removed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were transfected with HALO-PC2, FAM134B-HA or FAM134Blir-HA constructs, treated with 100 nM BafA1 for 6h and with CST where indicated. Complexes were immune-isolated with HA-magnetic beads, separated by western blot and visualised with antibodies against HALO, CANX, FAM134B, LC3 5% of the input is shown. Western blots are representative of 3 independent experiments. Dashed line indicates that unnecessary lanes were removed."}
{"words": ["(", "B", ")", "SEC", "trace", "and", "SDS", "-", "PAGE", "of", "purified", "NHE9", "*", "(", "residues", "8", "to", "and", "574", "out", "of", "644", ")", "as", "depicted", "by", "schematic", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) SEC trace and SDS-PAGE of purified NHE9* (residues 8 to and 574 out of 644) as depicted by schematic."}
{"words": ["(", "C", ")", "Activity", "of", "NHE9", "*", "co", "-", "reconstituted", "with", "ATPase", "into", "liposomes", "to", "mimic", "the", "in", "vivo", "situation", "(", "schematic", ")", ".", "Representative", "ACMA", "fluorescence", "traces", "of", "liposome", "reconstituted", "NHE9", "*", "(", "blue", ")", ",", "NHE9", "*", "double", "-", "mutant", "N243A", "-", "D244A", "(", "red", ")", ",", "and", "rat", "fructose", "transporter", "GLUT5", "(", "black", ")", ".", "ATP", "-", "driven", "H", "+", "pumping", "establishes", "a", "ΔpH", "(", "0", "-", "3", "min", ")", ".", "H", "+", "efflux", "is", "initiated", "by", "the", "addition", "of", "40", "mM", "NaCl", ",", "and", "subsequent", "addition", "of", "NH4Cl", "(", "4", "min", ")", "collapses", "the", "proton", "gradient", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(C) Activity of NHE9* co-reconstituted with ATPase into liposomes to mimic the in vivo situation (schematic). Representative ACMA fluorescence traces of liposome reconstituted NHE9* (blue), NHE9* double-mutant N243A-D244A (red), and rat fructose transporter GLUT5 (black). ATP-driven H+ pumping establishes a ΔpH (0-3 min). H+ efflux is initiated by the addition of 40 mM NaCl, and subsequent addition of NH4Cl (4 min) collapses the proton gradient."}
{"words": ["(", "D", ")", "Michaelis", "-", "Menten", "kinetics", "for", "NHE9", "*", "(", "red", ")", ",", "NHE9", "ΔCTD", "(", "green", ")", ",", "N243A", "-", "D244A", "(", "blue", ")", "and", "rat", "GLUT5", "(", "black", ")", "as", "detected", "by", "ACMA", "dequenching", "following", "substrate", "addition", ".", "In", "all", "experiments", "errors", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ";", "n", "=", "3", "technical", "repeats", ".", "The", "apparent", "KM", "values", "are", "an", "average", "from", "n", "=", "3", "separate", "protein", "reconstitutions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Michaelis-Menten kinetics for NHE9* (red), NHE9 ΔCTD (green), N243A-D244A (blue) and rat GLUT5 (black) as detected by ACMA dequenching following substrate addition. In all experiments errors bars, s.e.m.; n = 3 technical repeats. The apparent KM values are an average from n = 3 separate protein reconstitutions."}
{"words": ["A", ")", "Native", "mass", "spectrum", "of", "NHE9", "*", "purified", "in", "the", "presence", "(", "top", "panel", ")", "or", "the", "absence", "of", "additional", "brain", "lipids", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "In", "the", "presence", "of", "brain", "lipids", ",", "NHE9", "*", "is", "detected", "as", "exclusively", "dimeric", "protein", "with", "poorly", "resolved", "peaks", ",", "indicating", "the", "presence", "of", "multiple", "lipid", "adducts", ".", "Without", "brain", "lipid", "addition", ",", "NHE9", "*", "appears", "as", "sharp", "peaks", ",", "revealing", "several", "adducts", "of", "approximately", "1", "kDa", "each", ",", "as", "well", "as", "a", "minor", "monomer", "population", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Native mass spectrum of NHE9* purified in the presence (top panel) or the absence of additional brain lipids (bottom panel). In the presence of brain lipids, NHE9* is detected as exclusively dimeric protein with poorly resolved peaks, indicating the presence of multiple lipid adducts. Without brain lipid addition, NHE9* appears as sharp peaks, revealing several adducts of approximately 1 kDa each, as well as a minor monomer population."}
{"words": ["B", ")", "Thermal", "stabilization", "of", "purified", "dimeric", "NHE9", "*", "-", "GFP", "by", "lipids", ".", "Normalized", "mean", "FSEC", "peak", "fluorescence", "before", "heating", "(", "open", "bars", ")", ",", "and", "after", "heating", "and", "centrifugation", "(", "grey", "bars", ")", "in", "presence", "of", "different", "lipids", ".", "Data", "presented", "are", "mean", "values", "±", "data", "range", "of", "n", "=", "4", "experiments", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Thermal stabilization of purified dimeric NHE9*-GFP by lipids. Normalized mean FSEC peak fluorescence before heating (open bars), and after heating and centrifugation (grey bars) in presence of different lipids. Data presented are mean values ± data range of n = 4 experiments (see Materials and Methods)."}
{"words": ["C", ")", "Thermal", "shift", "stabilization", "of", "purified", "dimeric", "NHE9", "*", "-", "GFP", "in", "the", "presence", "of", "PIP2", "(", "red", ")", "compared", "to", "PIP2", "-", "free", "(", "black", ")", ".", "Data", "presented", "are", "normalized", "mean", "FSEC", "peak", "fluorescence", "as", "mean", "values", "±", "data", "range", "of", "n", "=", "2", "technical", "repeats", ";", "the", "apparent", "Tm", "was", "calculated", "with", "a", "sigmoidal", "4", "-", "parameter", "logistic", "regression", "function", ";", "the", "average", "ΔTm", "presented", "is", "calculated", "from", "n", "=", "2", "independent", "titrations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Thermal shift stabilization of purified dimeric NHE9*-GFP in the presence of PIP2 (red) compared to PIP2-free (black). Data presented are normalized mean FSEC peak fluorescence as mean values ± data range of n = 2 technical repeats; the apparent Tm was calculated with a sigmoidal 4-parameter logistic regression function; the average ΔTm presented is calculated from n = 2 independent titrations."}
{"words": ["E", ")", "Thermal", "shift", "stabilization", "of", "the", "dimeric", "NHE9", "*", "-", "K85Q", "-", "K105Q", "-", "K107Q", "-", "GFP", "by", "PIP2", "(", "red", ")", "compared", "with", "thermal", "shift", "in", "the", "absence", "(", "black", ")", "of", "PIP2", ";", "data", "shown", "are", "mean", "values", "±", "data", "range", "of", "n", "=", "2", "technical", "repeats", ";", "the", "apparent", "Tm", "was", "calculated", "with", "a", "sigmoidal", "4", "-", "parameter", "logistic", "regression", "function", ";", "the", "average", "ΔTm", "presented", "is", "calculated", "from", "n", "=", "2", "independent", "titrations", ".", "(", "F", ")", "Native", "MS", "of", "the", "triple", "mutant", "reveals", "monomeric", "NHE9", "with", "no", "notable", "lipid", "adducts", ";", "a", "peak", "highlighted", "by", "*", "was", "determined", "to", "be", "a", "soluble", "contaminant", "as", "it", "was", "also", "apparent", "at", "MS", "conditions", "where", "no", "NHE9", "was", "retained", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": " E) Thermal shift stabilization of the dimeric NHE9*-K85Q-K105Q-K107Q-GFP by PIP2 (red) compared with thermal shift in the absence (black) of PIP2; data shown are mean values ± data range of n = 2 technical repeats; the apparent Tm was calculated with a sigmoidal 4-parameter logistic regression function; the average ΔTm presented is calculated from n = 2 independent titrations. (F) Native MS of the triple mutant reveals monomeric NHE9 with no notable lipid adducts; a peak highlighted by * was determined to be a soluble contaminant as it was also apparent at MS conditions where no NHE9 was retained. "}
{"words": ["E", ")", "Thermal", "shift", "stabilization", "of", "the", "dimeric", "NHE9", "*", "-", "K85Q", "-", "K105Q", "-", "K107Q", "-", "GFP", "by", "PIP2", "(", "red", ")", "compared", "with", "thermal", "shift", "in", "the", "absence", "(", "black", ")", "of", "PIP2", ";", "data", "shown", "are", "mean", "values", "±", "data", "range", "of", "n", "=", "2", "technical", "repeats", ";", "the", "apparent", "Tm", "was", "calculated", "with", "a", "sigmoidal", "4", "-", "parameter", "logistic", "regression", "function", ";", "the", "average", "ΔTm", "presented", "is", "calculated", "from", "n", "=", "2", "independent", "titrations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Thermal shift stabilization of the dimeric NHE9*-K85Q-K105Q-K107Q-GFP by PIP2 (red) compared with thermal shift in the absence (black) of PIP2; data shown are mean values ± data range of n = 2 technical repeats; the apparent Tm was calculated with a sigmoidal 4-parameter logistic regression function; the average ΔTm presented is calculated from n = 2 independent titrations."}
{"words": ["Verification", "of", "screen", "hits", "by", "mtKeima", "-", "based", "FACS", "analysis", "of", "mitophagy", ".", "Upper", ":", "representative", "FACS", "analysis", "of", "mitophagy", "in", "HeLa", "cells", "expressing", "sgNTC", "and", "sgFBXL4", ".", "Bottom", ":", "quantitative", "analysis", "of", "mitophagy", "levels", "in", "HeLa", "cells", "expressing", "the", "indicated", "sgRNAs", ".", "The", "percentage", "of", "cells", "with", "high", "mitophagy", "level", "is", "indicated", "in", "red", ".", "Two", "independent", "sgRNAs", "were", "used", "for", "each", "gene", ".", "NTC", ":", "non", "-", "targeting", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Verification of screen hits by mtKeima-based FACS analysis of mitophagy. Upper: representative FACS analysis of mitophagy in HeLa cells expressing sgNTC and sgFBXL4. Bottom: quantitative analysis of mitophagy levels in HeLa cells expressing the indicated sgRNAs. The percentage of cells with high mitophagy level is indicated in red. Two independent sgRNAs were used for each gene. NTC: non-targeting control."}
{"words": ["Imaging", "analysis", "of", "mitophagy", "levels", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Left", ":", "sequencing", "result", "of", "WT", "and", "FBXL4", "-", "KO", "cells", "and", "representative", "mitophagy", "images", ",", "white", "arrows", "point", "to", "mitolysosomes", "(", "FBXL4", "-", "KO", "cells", "were", "not", "labeled", "because", "of", "the", "large", "numbers", "of", "mitolysosomes", ")", ";", "middle", ":", "percentage", "of", "cells", "with", "mitophagy", "(", "mitolysosome", "-", "positive", ")", ";", "right", ":", "quantification", "of", "mitolysosome", "/", "mitochondria", "area", ".", "n", ":", "number", "of", "cells", "analyzed", "(", "middle", ")", ";", "number", "of", "imaging", "areas", "(", "20", "-", "30", "cells", "/", "area", ")", "analyzed", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Imaging analysis of mitophagy levels in the indicated HeLa cells. Left: sequencing result of WT and FBXL4-KO cells and representative mitophagy images, white arrows point to mitolysosomes (FBXL4-KO cells were not labeled because of the large numbers of mitolysosomes); middle: percentage of cells with mitophagy (mitolysosome-positive); right: quantification of mitolysosome/mitochondria area. n: number of cells analyzed (middle); number of imaging areas (20-30 cells/area) analyzed (right)."}
{"words": ["FACS", "analysis", "of", "mitophagy", "levels", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Left", ":", "representative", "FACS", "results", ";", "right", ":", "quantitative", "analysis", "of", "mitophagy", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS analysis of mitophagy levels in the indicated HeLa cells. Left: representative FACS results; right: quantitative analysis of mitophagy levels."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "B", ":", "BNIP3", ";", "N", ":", "NIX", ".", "Two", "clones", "were", "shown", "for", "each", "double", "and", "triple", "knockout", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of the indicated HeLa cells. B: BNIP3; N: NIX. Two clones were shown for each double and triple knockout cells."}
{"words": ["Representative", "live", "cell", "imaging", "(", "E", ")", "of", "mitophagy", "levels", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "n", ":", "number", "of", "cells", "analyzed", "(", "left", ")", ";", "number", "of", "imaging", "areas", "analyzed", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative live cell imaging (E) of mitophagy levels in the indicated HeLa cells. n: number of cells analyzed (left); number of imaging areas analyzed (right). "}
{"words": ["Determination", "of", "the", "submitochondrial", "localization", "of", "FBXL4", "by", "Protease", "K", "and", "trypsin", "digestion", ".", "Mitochondria", "from", "HeLa", "FBXL4", "-", "FLAG", "stable", "line", "were", "purified", "and", "stored", "as", "intact", "mitochondria", "or", "treated", "with", "hypotonic", "swelling", "buffer", "or", "lysed", "with", "Triton", "X", "-", "100", "buffer", ".", "Different", "mitochondrial", "preparations", "were", "then", "digested", "with", "Protease", "K", "or", "trypsin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0], "text": "Determination of the submitochondrial localization of FBXL4 by Protease K and trypsin digestion. Mitochondria from HeLa FBXL4-FLAG stable line were purified and stored as intact mitochondria or treated with hypotonic swelling buffer or lysed with Triton X-100 buffer. Different mitochondrial preparations were then digested with Protease K or trypsin."}
{"words": ["Analysis", "of", "the", "association", "of", "FBXL4", "with", "membrane", "by", "alkaline", "carbonate", "extraction", ".", "Purified", "mitochondria", "from", "HeLa", "FBXL4", "-", "FLAG", "stable", "line", "were", "treated", "with", "alkaline", "carbonate", "buffer", "at", "the", "indicated", "pH", "and", "then", "centrifuged", "to", "collect", "the", "supernatant", "and", "the", "pellet", "fractions", ".", "S", ":", "supernatant", ";", "P", ":", "pellet", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of the association of FBXL4 with membrane by alkaline carbonate extraction. Purified mitochondria from HeLa FBXL4-FLAG stable line were treated with alkaline carbonate buffer at the indicated pH and then centrifuged to collect the supernatant and the pellet fractions. S: supernatant; P: pellet."}
{"words": ["Determination", "of", "the", "submitochondrial", "localization", "of", "FBXL4", "(", "1", "-", "23", ")", "-", "RFP", "by", "Protease", "K", "digestion", ".", "Experiments", "were", "performed", "similarly", "as", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Determination of the submitochondrial localization of FBXL4(1-23)-RFP by Protease K digestion. Experiments were performed similarly as (A)."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "the", "FBXL4", "-", "Skp1", "-", "Cullin1", "(", "SCF", "-", "FBXL4", ")", "complex", ".", "HeLa", "cells", "were", "infected", "with", "lentiviruses", "expressing", "the", "indicated", "genes", ".", "∆", "F", ":", "the", "F", "-", "box", "deletion", "mutant", "of", "FBXL4", "-", "FLAG", ";", "4A", ":", "FBXL4", "-", "4A", "mutant", "as", "shown", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of the FBXL4-Skp1-Cullin1 (SCF-FBXL4) complex. HeLa cells were infected with lentiviruses expressing the indicated genes. ∆F: the F-box deletion mutant of FBXL4-FLAG; 4A: FBXL4-4A mutant as shown in (A)."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "the", "ubiquitination", "of", "BNIP3", ".", "FLAG", "-", "BNIP3", "(", "knockin", ")", ",", "FBXL4", "-", "KO", ",", "HA", "-", "ubiquitin", "(", "Ub", ")", "HeLa", "cells", "were", "rescued", "with", "WT", "or", "∆", "F", "FBXL4", ",", "and", "treated", "with", "DMSO", "or", "MG132", "(", "20", "μM", ")", "for", "8", "hours", ".", "Immunoprecipitation", "analysis", "of", "the", "ubiquitination", "of", "NIX", ".", "FLAG", "-", "NIX", "(", "knockin", ")", ",", "FBXL4", "-", "KO", ",", "HA", "-", "Ub", "HeLa", "cells", "were", "treated", "the", "same", "as", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of the ubiquitination of BNIP3. FLAG-BNIP3 (knockin), FBXL4-KO, HA-ubiquitin (Ub) HeLa cells were rescued with WT or ∆F FBXL4, and treated with DMSO or MG132 (20 μM) for 8 hours.   Immunoprecipitation analysis of the ubiquitination of NIX. FLAG-NIX (knockin), FBXL4-KO, HA-Ub HeLa cells were treated the same as (F).  "}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "FBXL4", "-", "KO", "HeLa", "cells", "were", "rescued", "with", "vector", ",", "FBXL4", "-", "FLAG", ",", "FBXL4", "(", "4A", ")", "-", "FLAG", "or", "FBXL4", "(", "∆", "F", ")", "-", "FLAG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Immunoblot analysis of the indicated HeLa cells. FBXL4-KO HeLa cells were rescued with vector, FBXL4-FLAG, FBXL4(4A)-FLAG or FBXL4(∆F)-FLAG."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "WT", "and", "FBXL4", "-", "KO", "HeLa", "cells", "were", "rescued", "with", "vector", ",", "WT", "or", "mutant", "FBXL4", "-", "FLAG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "Immunoblot analysis of the indicated HeLa cells. WT and FBXL4-KO HeLa cells were rescued with vector, WT or mutant FBXL4-FLAG."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "FBXL4", "-", "substrate", "interaction", ".", "FBXL4", "-", "KO", "HeLa", "cells", "were", "rescued", "with", "vector", ",", "FBXL4", "(", "∆", "F", ")", "-", "FLAG", "or", "mutant", "FBXL4", "(", "∆", "F", ")", "-", "FLAG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of FBXL4-substrate interaction. FBXL4-KO HeLa cells were rescued with vector, FBXL4(∆F)-FLAG or mutant FBXL4(∆F)-FLAG."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "the", "integrity", "of", "the", "SCF", "-", "FBXL4", "complex", ".", "Upper", ":", "FBXL4", "-", "KO", "HeLa", "cells", "expressing", "vector", ",", "WT", "or", "mutant", "FBXL4", "-", "FLAG", "were", "crosslinked", "with", "DSP", "and", "subject", "to", "anti", "-", "FLAG", "immunoprecipitation", ";", "lower", ":", "quantification", "of", "the", "ratio", "of", "Cullin1", "/", "FLAG", "band", "intensities", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of the integrity of the SCF-FBXL4 complex. Upper: FBXL4-KO HeLa cells expressing vector, WT or mutant FBXL4-FLAG were crosslinked with DSP and subject to anti-FLAG immunoprecipitation; lower: quantification of the ratio of Cullin1/FLAG band intensities."}
{"words": ["Viability", "of", "the", "indicated", "mice", ".", "n", ":", "number", "of", "mice", "analyzed", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "organs", "from", "the", "indicated", "mice", "at", "P0", "of", "age", ".", "Elevated", "BNIP3", "and", "NIX", "levels", "are", "highlighted", "by", "red", "boxes", ";", "reduced", "mitochondrial", "proteins", "are", "highlighted", "by", "blue", "boxes", ".", "Three", "mice", "for", "each", "genotype", "were", "analyzed", ".", "Protein", "samples", "from", "HeLa", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "Actinomycin", "D", "(", "ActD", ")", "were", "used", "as", "positive", "control", "for", "PARP", "cleavage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Viability of the indicated mice. n: number of mice analyzed.   Immunoblot analysis of organs from the indicated mice at P0 of age. Elevated BNIP3 and NIX levels are highlighted by red boxes; reduced mitochondrial proteins are highlighted by blue boxes. Three mice for each genotype were analyzed. Protein samples from HeLa cells treated with DMSO or Actinomycin D (ActD) were used as positive control for PARP cleavage.  "}
{"words": ["Live", "cell", "confocal", "imaging", "of", "mitophagy", "level", "in", "the", "indicated", "mouse", "liver", ".", "Left", ":", "representative", "images", ".", "The", "dashed", "line", "indicates", "cell", "boundary", ".", "Right", ":", "quantitative", "analysis", "of", "mitophagy", "levels", "in", "hepatocytes", ".", "n", ":", "number", "of", "cells", "analyzed", ".", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SD", ".", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Live cell confocal imaging of mitophagy level in the indicated mouse liver. Left: representative images. The dashed line indicates cell boundary. Right: quantitative analysis of mitophagy levels in hepatocytes. n: number of cells analyzed. Data are mean ± SD. Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test; ***P < 0.001."}
{"words": ["Viability", "of", "the", "indicated", "mice", ".", "n", ":", "number", "of", "mice", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Viability of the indicated mice. n: number of mice analyzed."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "liver", "samples", "from", "the", "indicated", "mice", "at", "P0", "of", "age", ".", "Left", ":", "immunoblot", "analysis", ",", "three", "mice", "for", "each", "genotype", "were", "analyzed", ";", "right", ":", "quantification", "of", "the", "ratio", "of", "mitochondrial", "protein", "/", "actin", "band", "intensities", ".", "Data", "are", "mean", " ", "+", " ", "SD", "from", "three", "biological", "replicates", ".", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of liver samples from the indicated mice at P0 of age. Left: immunoblot analysis, three mice for each genotype were analyzed; right: quantification of the ratio of mitochondrial protein/actin band intensities. Data are mean + SD from three biological replicates. Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test; *P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001; ns, not significant."}
{"words": ["GPS", "reporter", "cells", "expressing", "peptide", "libraries", "ending", "with", "a", "random", "(", "X", ")", "or", "Gly", "(", "G", ")", "residue", "were", "treated", "with", "dominant", "-", "negative", "(", "DN", ")", "cullins", "and", "analyzed", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "standard", "deviation", "from", "nine", "replicates", ".", "GPS", "reporter", "cells", "carrying", "indicated", "libraries", "were", "treated", "with", "shRNAs", "against", "various", "BC", "-", "box", "proteins", "and", "analyzed", ".", "VHL", "and", "FEM1C", "serve", "as", "unrelated", "BC", "-", "box", "protein", "controls", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "standard", "deviation", "from", "nine", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GPS reporter cells expressing peptide libraries ending with a random (X) or Gly (G) residue were treated with dominant-negative (DN) cullins and analyzed. Data are presented as mean ± standard deviation from nine replicates. GPS reporter cells carrying indicated libraries were treated with shRNAs against various BC-box proteins and analyzed. VHL and FEM1C serve as unrelated BC-box protein controls. Data are presented as mean ± standard deviation from nine replicates."}
{"words": ["Comparisons", "of", "protein", "stability", "among", "wild", "-", "type", "protein", "and", "the", "mutants", "indicated", "on", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparisons of protein stability among wild-type protein and the mutants indicated on the right."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "relative", "frequency", "of", "Gly", "in", "the", "final", "50", "residues", "of", "functional", "human", "proteins", "with", "different", "subcellular", "localizations", ".", "The", "number", "on", "each", "graph", "denotes", "the", "left", "-", "tailed", "p", "-", "value", "of", "the", "-", "1", "residue", ".", "CT", "-", "inside", "and", "CT", "-", "outside", "represent", "membrane", "proteins", "with", "their", "C", "-", "termini", "facing", "the", "cytosol", "or", "extracellular", "space", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The relative frequency of Gly in the final 50 residues of functional human proteins with different subcellular localizations. The number on each graph denotes the left-tailed p-value of the -1 residue. CT-inside and CT-outside represent membrane proteins with their C-termini facing the cytosol or extracellular space, respectively."}
{"words": ["(", "G", ")", "Confocal", "images", "of", "U2OS", "cells", "expressing", "MTSGLUL", "-", "GFP", "proteins", "with", "or", "without", "a", "C", "-", "terminal", "diGly", "degron", ".", "MitoTracker", "staining", "shows", "mitochondria", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "µm", ".", "(", "H", ")", "Confocal", "images", "of", "U2OS", "cells", "expressing", "MTSGLUL", "-", "GFP", "-", "diGly", "degron", "fusion", "proteins", "co", "-", "stained", "with", "MitoTracker", ",", "and", "with", "or", "without", "DNCul2", "treatment", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Confocal images of U2OS cells expressing MTSGLUL-GFP proteins with or without a C-terminal diGly degron. MitoTracker staining shows mitochondria. Scale bar = 20 µm. (H) Confocal images of U2OS cells expressing MTSGLUL-GFP-diGly degron fusion proteins co-stained with MitoTracker, and with or without DNCul2 treatment. Scale bar = 20 µm."}
{"words": ["Stability", "analysis", "of", "indicated", "proteins", "in", "cells", "treated", "with", "shRNAs", "against", "various", "BC", "-", "box", "proteins", ".", "Since", "GFP", "was", "tagged", "at", "the", "protein", "N", "-", "terminus", "and", "signal", "peptide", "and", "MTSs", "need", "to", "be", "exposed", "to", "be", "functional", ",", "all", "tested", "proteins", "were", "mislocalized", ".", "Protein", "stability", "analyses", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "mutant", "proteins", "lacking", "their", "extreme", "terminal", "Gly", "(", "∆", "G", ")", "or", "having", "it", "masked", "by", "adding", "Leu", "(", "+", "L", ")", "in", "cells", "with", "or", "without", "BC", "-", "box", "protein", "knockdown", "(", "C", ")", "or", "overexpression", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Stability analysis of indicated proteins in cells treated with shRNAs against various BC-box proteins. Since GFP was tagged at the protein N-terminus and signal peptide and MTSs need to be exposed to be functional, all tested proteins were mislocalized. Protein stability analyses of wild-type (WT) and mutant proteins lacking their extreme terminal Gly (∆G) or having it masked by adding Leu (+L) in cells with or without BC-box protein knockdown (C) or overexpression (D)."}
{"words": ["Fractionation", "and", "Western", "blot", "analysis", "of", "wild", "-", "type", "and", "Flag", "-", "tagged", "PDP2", "(", "top", ")", ",", "and", "wild", "-", "type", "and", "MTS", "-", "deleted", "(", "∆", "MTS", ")", "MRPL28", "(", "bottom", ")", ".", "Flag", "-", "PDP2", "and", "∆", "MTS", "MRPL28", "were", "mislocalized", ".", "W", ",", "C", ",", "and", "M", "denote", "whole", "cell", "lysates", ",", "cytosol", "fraction", "and", "mitochondrial", "fraction", ",", "respectively", ".", "Tubulin", "and", "VDAC", "serve", "as", "fractionation", "quality", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fractionation and Western blot analysis of wild-type and Flag-tagged PDP2 (top), and wild-type and MTS-deleted (∆MTS) MRPL28 (bottom). Flag-PDP2 and ∆MTS MRPL28 were mislocalized. W, C, and M denote whole cell lysates, cytosol fraction and mitochondrial fraction, respectively. Tubulin and VDAC serve as fractionation quality controls."}
{"words": ["Protein", "abundance", "analysis", "of", "HA", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "secretory", "proteins", "with", "their", "signal", "peptide", "deleted", "(", "∆", "SP", ")", "in", "cells", "with", "or", "without", "KLHDC3", "or", "APPBP2", "expression", ".", "The", "HA", "epitope", "was", "inserted", "immediately", "after", "the", "signal", "peptide", "(", "SP", ")", ",", "which", "had", "no", "impact", "on", "protein", "secretion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Protein abundance analysis of HA-tagged wild-type or mutant secretory proteins with their signal peptide deleted (∆SP) in cells with or without KLHDC3 or APPBP2 expression. The HA epitope was inserted immediately after the signal peptide (SP), which had no impact on protein secretion."}
{"words": ["Fractionation", "and", "Western", "blot", "analysis", "of", "endogenous", "MIC19", "in", "U2OS", "cells", "with", "or", "without", "DNKLHDC2", ",", "DNCul2", "or", "IMP", "-", "1088", "treatments", ".", "IMP", "-", "1088", "inhibits", "NMTs", ".", "C", "and", "M", "denote", "cytosol", "and", "mitochondrial", "fractions", ",", "respectively", ".", "Tubulin", "and", "VDAC", "serve", "as", "fractionation", "quality", "controls", ".", "The", "relative", "abundance", "of", "cytosolic", "MIC19", "/", "tubulin", "was", "normalized", "to", "that", "of", "lane", "1", "and", "is", "indicated", "under", "each", "lane", "in", "red", ".", "Another", "replicate", "of", "this", "experiment", "is", "shown", "in", "Fig", ".", "EV3B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fractionation and Western blot analysis of endogenous MIC19 in U2OS cells with or without DNKLHDC2, DNCul2 or IMP-1088 treatments. IMP-1088 inhibits NMTs. C and M denote cytosol and mitochondrial fractions, respectively. Tubulin and VDAC serve as fractionation quality controls. The relative abundance of cytosolic MIC19/tubulin was normalized to that of lane 1 and is indicated under each lane in red. Another replicate of this experiment is shown in Fig. EV3B."}
{"words": ["Abundance", "comparison", "of", "GFP", "N", "-", "or", "C", "-", "terminal", "tagged", "with", "the", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "N", "-", "terminal", "(", "aa", ".", "1", "-", "24", ")", "or", "C", "-", "terminal", "(", "a", ".", "a", ".", "218", "-", "227", ")", "motif", "of", "MIC19", "in", "cells", "with", "indicated", "treatments", ".", "Data", "from", "sh", "#", "1", "is", "shown", "here", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Abundance comparison of GFP N- or C-terminal tagged with the wild-type or mutant N-terminal (aa. 1-24) or C-terminal (a.a. 218-227) motif of MIC19 in cells with indicated treatments. Data from sh#1 is shown here."}
{"words": ["Fractionation", "analysis", "of", "wild", "-", "type", "HA", "-", "MIC19", "in", "U2OS", "cells", "treated", "with", "IMP", "-", "1088", "and", "with", "or", "without", "inhibition", "of", "ZYG11B", "or", "KLHDC2", ".", "The", "normalized", "relative", "abundance", "of", "cytosolic", "HA", "-", "MIC19", "/", "tubulin", "is", "indicated", "under", "each", "lane", "in", "red", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fractionation analysis of wild-type HA-MIC19 in U2OS cells treated with IMP-1088 and with or without inhibition of ZYG11B or KLHDC2. The normalized relative abundance of cytosolic HA-MIC19/tubulin is indicated under each lane in red."}
{"words": ["GST", "pull", "-", "down", "assay", "using", "cells", "expressing", "GST", "or", "GST", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "KLHDC2", "and", "HA", "-", "tagged", "SDE2", ",", "FAU", "or", "TUG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "GST pull-down assay using cells expressing GST or GST-tagged wild-type or mutant KLHDC2 and HA-tagged SDE2, FAU or TUG."}
{"words": ["Relative", "stability", "analysis", "of", "GAPDH", "C", "-", "terminally", "tagged", "with", "the", "last", "12", "residues", "of", "indicated", "proteins", "with", "or", "without", "DNKLHDC2", "treatment", "by", "GPS", "assays", ".", "The", "-", "3", ",", "-", "4", "or", "-", "5", "residue", "of", "SARS", "-", "CoV", "NSP", "proteins", "was", "mutated", "to", "Ala", "(", "A", ")", "as", "indicated", ".", "The", "experiment", "was", "done", "in", "triplicate", "using", "three", "independently", "prepared", "viruses", "to", "express", "DNKLHDC2", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "value", "of", "GFP", "/", "RFP", "+", "/", "-", "standard", "deviation", "from", "triplicate", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative stability analysis of GAPDH C-terminally tagged with the last 12 residues of indicated proteins with or without DNKLHDC2 treatment by GPS assays. The -3, -4 or -5 residue of SARS-CoV NSP proteins was mutated to Ala (A) as indicated. The experiment was done in triplicate using three independently prepared viruses to express DNKLHDC2. Data are presented as the mean value of GFP/RFP +/- standard deviation from triplicate experiments."}
{"words": ["D", ",", "E", "Immunostaining", "of", "MCT2", "and", "SMCT1", "in", "tumors", "of", "KIC", "mice", "treated", "with", "βOHB", "(", "100mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "i", ".", "p", ".", ")", "or", "0", ".", "9", "%", "NaCl", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "(", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ")", ".", "Areas", "of", "MCT2", "(", "upper", "panel", ")", "and", "SMCT1", "(", "lower", "panel", ")", "stainings", "(", "D", ")", "are", "expressed", "as", "mean", "of", "percentage", "of", "total", "tissue", "area", "±", "SEM", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Representative", "images", "of", "MCT2", "and", "SMCT1", "stainings", "(", "E", ")", "in", "tumors", "from", "KIC", "mice", "treated", "with", "βOHB", "or", "NaCl", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Immunostaining of MCT2 and SMCT1 in tumors of KIC mice treated with βOHB (100mg/kg/day, i.p.) or 0.9% NaCl (i.p.) (n=5 mice/group). Areas of MCT2 (upper panel) and SMCT1 (lower panel) stainings (D) are expressed as mean of percentage of total tissue area ± SEM. Significance was defined by Mann-Whitney test. *: p<0.05, **p<0.01. Representative images of MCT2 and SMCT1 stainings (E) in tumors from KIC mice treated with βOHB or NaCl. Scale bar: 100 µm."}
{"words": ["B", "-", "D", "[", "U", "-", "13C", "]", "Glucose", "(", "n", "=", "3", "mice", ")", "(", "B", ")", ",", "[", "U", "-", "13C", "]", "Glutamine", "(", "n", "=", "5", "mice", ")", "(", "C", ")", "and", "[", "U", "-", "13C", "]", "Acetate", "(", "n", "=", "6", "mice", ")", "(", "D", ")", "tracing", "into", "βOHB", "in", "poorly", "differentiated", "PDA", "explants", "from", "KIC", "mice", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-D [U-13C]Glucose (n=3 mice) (B), [U-13C]Glutamine (n=5 mice) (C) and [U-13C]Acetate (n=6 mice) (D) tracing into βOHB in poorly differentiated PDA explants from KIC mice. Data are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["G", "Volcano", "plot", "illustrating", "proteins", "significantly", "under", "-", "or", "over", "-", "represented", "in", "sg", "-", "CTRL", "and", "sg", "-", "HMGCL", "PANC", "-", "1", "spheroids", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "one", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Protein", "levels", "with", "a", "q", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "(", "horizontal", "axis", ")", "and", "a", "fold", "change", "<", "-", "1", ".", "5", "or", ">", "+", "1", ".", "5", "(", "vertical", "axis", ")", "are", "considered", "as", "significantly", "down", "or", "up", "-", "regulated", "in", "sg", "-", "HMGCL", "PANC", "-", "1", "spheroids", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Volcano plot illustrating proteins significantly under- or over-represented in sg-CTRL and sg-HMGCL PANC-1 spheroids (n=3 independent experiments). Significance was defined by one-tailed Student's t-test. Protein levels with a q-value<0.05 (horizontal axis) and a fold change <-1.5 or >+1.5 (vertical axis) are considered as significantly down or up-regulated in sg-HMGCL PANC-1 spheroids."}
{"words": ["A", ",", "B", "Quantification", "of", "volume", "with", "representative", "images", "(", "A", ")", "and", "weight", "(", "B", ")", "of", "sg", "-", "CTRL", "(", "n", "=", "15", "for", "A", "and", "n", "=", "9", "for", "B", ")", ",", "sg", "HMGCL", "#", "2", "(", "n", "=", "19", "for", "A", "and", "n", "=", "8", "for", "B", ")", ",", "#", "3", "(", "n", "=", "7", "for", "A", "and", "B", ")", "pancreatic", "tumors", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "of", "tumor", "volume", "or", "weight", "±", "SEM", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Quantification of volume with representative images (A) and weight (B) of sg-CTRL (n=15 for A and n=9 for B), sg HMGCL #2 (n=19 for A and n=8 for B), #3 (n=7 for A and B) pancreatic tumors. Data are expressed as mean of tumor volume or weight ± SEM. Significance was defined by Mann-Whitney test. *: p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001."}
{"words": ["C", "Extracellular", "matrix", "quantification", "following", "trichrome", "staining", "in", "sg", "-", "CTRL", "and", "sg", "-", "HMGCL", "#", "2", "pancreatic", "tumors", "sections", "(", "n", "=", "8", "and", "9", "mice", "/", "group", "respectively", ",", "left", "panel", ")", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "of", "percentage", "of", "total", "tissue", "area", "±", "SEM", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Representative", "images", "of", "trichrome", "staining", "in", "sg", "-", "CTRL", "and", "sg", "-", "HMGCL", "pancreatic", "tumors", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "µm", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Extracellular matrix quantification following trichrome staining in sg-CTRL and sg-HMGCL #2 pancreatic tumors sections (n=8 and 9 mice/group respectively, left panel). Data are expressed as mean of percentage of total tissue area ± SEM. Significance was defined by Mann-Whitney test. **: p<0.01. Representative images of trichrome staining in sg-CTRL and sg-HMGCL pancreatic tumors. Scale bar: 100 µm (right panel)."}
{"words": ["D", ",", "E", "Quantification", "of", "volume", "(", "D", ")", "and", "weight", "(", "E", ")", "of", "sg", "-", "CTRL", "pancreatic", "tumors", "treated", "with", "0", ".", "9", "%", "NaCl", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "(", "n", "=", "4", ")", ",", "and", "pancreatic", "tumors", "from", "two", "different", "clones", "of", "sg", "-", "HMGCL", "treated", "with", "0", ".", "9", "%", "NaCl", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "or", "βOHB", "(", "100mg", "/", "kg", "/", "bi", "-", "weekly", ",", "i", ".", "p", ".", ")", "(", "n", "=", "10", "/", "group", ")", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "of", "tumor", "volume", "or", "weight", "±", "SEM", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "ns", ":", "not", "significant", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Quantification of volume (D) and weight (E) of sg-CTRL pancreatic tumors treated with 0.9% NaCl (i.p.) (n=4), and pancreatic tumors from two different clones of sg-HMGCL treated with 0.9% NaCl (i.p.) or βOHB (100mg/kg/bi-weekly, i.p.) (n=10/group). Data are expressed as mean of tumor volume or weight ± SEM. Significance was defined by Mann-Whitney test. ns: not significant, **p<0.01."}
{"words": ["H", "[", "U", "-", "13C", "]", "βOHB", "tracing", "into", "TCA", "intermediate", ":", "citrate", "in", "sg", "-", "CTRL", "and", "sg", "-", "HMGCL", "#", "2", "and", "#", "3", "PANC", "-", "1", "cells", "cultured", "in", "indicated", "glucose", "concentrations", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "(", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "a", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ",", "only", "significances", "between", "sg", "-", "HMGCL", "#", "2", ",", "#", "3", "PANC", "-", "1", "cells", "and", "sg", "-", "CTRL", "PANC", "-", "1", "cells", "under", "the", "same", "culture", "condition", "are", "mentioned", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H [U-13C]βOHB tracing into TCA intermediate: citrate in sg-CTRL and sg-HMGCL #2 and #3 PANC-1 cells cultured in indicated glucose concentrations. Data are expressed as mean ± SEM. (n=2 independent experiments). Significance was defined by one-way ANOVA followed by a Bonferroni's multiple comparisons test, only significances between sg-HMGCL #2, #3 PANC-1 cells and sg-CTRL PANC-1 cells under the same culture condition are mentioned. ***p<0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "Box", "-", "and", "-", "whisker", "plots", "of", "ketone", "bodies", "(", "KB", ")", "metagene", "score", "defined", "as", "first", "component", "of", "PCA", "of", "genes", "in", "primary", "tumors", "(", "n", "=", "728", ")", ",", "in", "all", "metastases", "(", "n", "=", "76", ")", ",", "and", "in", "liver", "metastases", "specifically", "(", "n", "=", "35", ")", ".", "Box", "-", "and", "-", "whisker", "plot", "were", "defined", "with", "default", "parameters", "by", "median", "value", "(", "central", "band", "at", "the", "50th", "percentile", ")", ",", "interquartile", "ranges", "(", "IQR", ",", "box", "limited", "by", "25th", "and", "75th", "percentile", ")", "and", "whisker", "boundaries", "defined", "at", "1", ".", "5x", "IQR", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Box-and-whisker plots of ketone bodies (KB) metagene score defined as first component of PCA of genes in primary tumors (n=728), in all metastases (n=76), and in liver metastases specifically (n=35). Box-and-whisker plot were defined with default parameters by median value (central band at the 50th percentile), interquartile ranges (IQR, box limited by 25th and 75th percentile) and whisker boundaries defined at 1.5x IQR. Significance was defined by Student's t-test."}
{"words": ["D", "-", "F", "Effect", "of", "βOHB", "treatment", "on", "liver", "metastatic", "incidence", ",", "size", "and", "status", ".", "Representative", "HPS", "staining", "of", "liver", "lobes", "from", "metastatic", "mice", "treated", "with", "βOHB", "(", "100mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "i", ".", "p", ".", ")", "or", "0", ".", "9", "%", "NaCl", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "(", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ")", ".", "Metastatic", "areas", "are", "separated", "from", "liver", "by", "yellow", "dotted", "lines", ".", "Scale", "bar", ":", "1mm", "and", "500", "µm", "for", "insets", "(", "D", ")", ".", "Number", "and", "size", "of", "metastasis", "per", "lobe", "and", "classified", "in", "small", ",", "medium", "and", "large", "size", "(", "E", ")", ".", "Pathological", "status", "of", "metastasis", "from", "mice", "treated", "with", "βOHB", "or", "NaCl", "(", "n", "=", "13", "or", "5", "lobes", "/", "group", ",", "respectively", ")", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "percentage", "of", "total", "metastasis", "in", "all", "liver", "lobes", "presenting", "metastasis", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-F Effect of βOHB treatment on liver metastatic incidence, size and status. Representative HPS staining of liver lobes from metastatic mice treated with βOHB (100mg/kg/day, i.p.) or 0.9% NaCl (i.p.) (n=8 mice/group). Metastatic areas are separated from liver by yellow dotted lines. Scale bar: 1mm and 500 µm for insets (D). Number and size of metastasis per lobe and classified in small, medium and large size (E). Pathological status of metastasis from mice treated with βOHB or NaCl (n=13 or 5 lobes/group, respectively). Data are expressed as percentage of total metastasis in all liver lobes presenting metastasis (F)."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "Isolated", "acini", "from", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "(", "ML1", "-", "/", "-", ")", "were", "used", "to", "determine", "the", "frequency", "of", "Ca2", "+", "oscillations", "in", "response", "to", "stimulation", "with", "3", "and", "10", "pM", "CCK", "(", "a", ")", "and", "the", "response", "to", "high", "concentrations", "of", "CCK", "(", "b", ")", ".", "The", "average", "frequency", "from", "multiple", "experiments", "is", "given", "in", "the", "columns", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "in", "(", "a", ")", ".", "The", "traces", "and", "columns", "in", "(", "b", ")", "show", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "3", "experiments", "each", "includes", "4", "-", "6", "acini", "composed", "of", "6", "-", "10", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) Isolated acini from wild-type (WT) and Trpml1-/- mice (ML1-/-) were used to determine the frequency of Ca2+ oscillations in response to stimulation with 3 and 10 pM CCK (a) and the response to high concentrations of CCK (b). The average frequency from multiple experiments is given in the columns as mean±s.e.m in (a). The traces and columns in (b) show the mean±s.e.m of 3 experiments each includes 4-6 acini composed of 6-10 cells."}
{"words": ["(", "c", "-", "e", ")", "pancreaticacini", "were", "used", "to", "measure", "exocytosis", "in", "response", "to", "stimulation", "with", "the", "indicated", "CCK", "concentrations", ".", "(", "c", ")", "shows", "exocytosis", "during", "the", "first", "5", "min", "of", "stimulation", ",", "(", "d", ")", "shows", "the", "two", "phases", ",", "first", "rapid", "and", "second", "sustained", "phase", ",", "of", "exocytosis", "and", "(", "e", ")", "shows", "exocytosis", "at", "the", "indicated", "CCK", "concentrations", "measured", "during", "30", "min", "of", "stimulation", ".", "The", "results", "are", "averages", "of", "3", "-", "4", "experiments", "with", "each", "mouse", "line", ".", "denotes", "p", "<", "0", ".", "01", "or", "better", "and", "#", "denotes", "p", "<", "0", ".", "05", "or", "better", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c-e) pancreaticacini were used to measure exocytosis in response to stimulation with the indicated CCK concentrations. (c) shows exocytosis during the first 5 min of stimulation, (d) shows the two phases, first rapid and second sustained phase, of exocytosis and (e) shows exocytosis at the indicated CCK concentrations measured during 30 min of stimulation. The results are averages of 3-4 experiments with each mouse line. denotes p<0.01 or better and # denotes p<0.05 or better."}
{"words": ["Panel", "(", "a", ")", "shows", "example", "TEM", "ultrastructure", "images", "obtained", "from", "male", "and", "female", "mice", "pancreas", "and", "the", "columns", "shows", "the", "granules", "size", "distribution", ".", "Granules", "size", "was", "analyzed", "in", "at", "least", "10", "images", "from", "3", "wild", "-", "type", "and", "5", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Panel (a) shows example TEM ultrastructure images obtained from male and female mice pancreas and the columns shows the granules size distribution. Granules size was analyzed in at least 10 images from 3 wild-type and 5 Trpml1-/- mice."}
{"words": ["(", "b", ")", "Fixed", "acini", "were", "co", "-", "stained", "with", "Amylase", "(", "granules", ")", "and", "LAMP1", "(", "lysosomes", ")", "and", "the", "fold", "overlap", "was", "calculated", "from", "14", "and", "11", "images", "obtained", "from", "3", "wild", "-", "type", "and", "3", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Fixed acini were co-stained with Amylase (granules) and LAMP1 (lysosomes) and the fold overlap was calculated from 14 and 11 images obtained from 3 wild-type and 3 Trpml1-/- mice, respectively."}
{"words": ["(", "c", ")", "Live", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "acini", "were", "labeled", "with", "mitotracker", "(", "green", ")", "and", "lysotracker", "(", "red", ")", ".", "The", "panels", "show", "the", "merged", "green", ",", "red", "and", "DIC", "images", ".", "The", "large", "vesicles", "are", "marked", "by", "white", "arrows", "and", "shown", "at", "higher", "magnification", "in", "the", "inserts", ".", "The", "overlap", "between", "lysosomes", "and", "granules", "was", "determined", "by", "ImageJ", "(", "see", "methods", ")", ".", "The", "results", "are", "from", "14", "wild", "-", "type", "and", "30", "Trpml1", "-", "/", "-", "acini", "each", "comprising", "3", "-", "7", "cells", "and", "obtained", "from", "3", "wild", "-", "type", "and", "4", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Live wild-type and Trpml1-/- acini were labeled with mitotracker (green) and lysotracker (red). The panels show the merged green, red and DIC images. The large vesicles are marked by white arrows and shown at higher magnification in the inserts. The overlap between lysosomes and granules was determined by ImageJ (see methods). The results are from 14 wild-type and 30 Trpml1-/- acini each comprising 3-7 cells and obtained from 3 wild-type and 4 Trpml1-/- mice."}
{"words": ["(", "d", ")", "Co", "-", "IP", "of", "lysosomal", "LAMP1", "and", "granules", "VAMP8", "and", "Rab27b", ".", "Note", "the", "increased", "lysosomal", "/", "granules", "interaction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Co-IP of lysosomal LAMP1 and granules VAMP8 and Rab27b. Note the increased lysosomal/granules interaction."}
{"words": ["(", "e", ")", "Enhanced", "exocytosis", "of", "the", "lysosomal", "acid", "phosphatase", "by", "Trpml1", "-", "/", "-", "acini", "stimulated", "with", "100", "pM", "CCK", ".", "The", "results", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "3", "experiments", "with", "acini", "obtained", "from", "3", "wild", "-", "type", "and", "3", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Enhanced exocytosis of the lysosomal acid phosphatase by Trpml1-/-acini stimulated with 100 pM CCK. The results are the mean±s.e.m of 3 experiments with acini obtained from 3 wild-type and 3 Trpml1-/-mice."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "Plasmaamylase", "(", "a", ")", "and", "pancreaticMPO", "(", "b", ")", "in", "3", "mice", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) Plasmaamylase(a) and pancreaticMPO(b) in 3 mice of each line."}
{"words": ["(", "c", ")", "Edema", "was", "evaluated", "in", "pancreas", "of", "mice", "treated", "with", "PBS", "or", "caerulein", "by", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", ".", "Shown", "are", "examples", "of", "images", "and", "the", "average", "damage", "in", "the", "columns", ",", "which", "show", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "4", "experiments", "with", "each", "mouse", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Edema was evaluated in pancreas of mice treated with PBS or caerulein by H&amp;amp;E staining. Shown are examples of images and the average damage in the columns, which show the mean±s.e.m of 4 experiments with each mouse line."}
{"words": ["(", "d", ")", "Intracellular", "trypsin", "activity", "was", "measured", "in", "isolated", "pancreatic", "acini", "before", "and", "after", "stimulation", "with", "10", "nM", "CCK", "for", "30", "min", ".", "Shown", "are", "example", "images", "and", "the", "averages", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Intracellular trypsin activity was measured in isolated pancreatic acini before and after stimulation with 10 nM CCK for 30 min. Shown are example images and the averages."}
{"words": ["(", "e", ")", "Isolated", "acini", "before", "and", "after", "stimulation", "with", "10", "nM", "CCK", "for", "30", "min", "were", "stained", "for", "the", "lipid", "ceramide", ".", "The", "figure", "shows", "example", "images", "before", "stimulation", "and", "the", "averaged", "fluorescence", "intensity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Isolated acini before and after stimulation with 10 nM CCK for 30 min were stained for the lipid ceramide. The figure shows example images before stimulation and the averaged fluorescence intensity."}
{"words": ["(", "f", ")", "Isolated", "acini", "before", "and", "after", "stimulation", "with", "10", "nM", "CCK", "for", "30", "min", "were", "stained", "with", "the", "autophagy", "marker", "LC3", ".", "The", "figure", "shows", "example", "images", "before", "stimulation", "and", "the", "columns", "depict", "the", "number", "of", "autophagosomes", "as", "determined", "by", "ImageJ", ".", "Results", "in", "(", "c", "-", "f", ")", "are", "given", "as", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "4", "experiments", "from", "4", "mice", "of", "each", "line", "and", "at", "least", "10", "acini", "in", "each", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Isolated acini before and after stimulation with 10 nM CCK for 30 min were stained with the autophagy marker LC3. The figure shows example images before stimulation and the columns depict the number of autophagosomes as determined by ImageJ. Results in (c-f) are given as the mean±s.e.m of 4 experiments from 4 mice of each line and at least 10 acini in each experiment."}
{"words": ["(", "a", ")", "Isolated", "acini", "from", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "(", "red", ")", "loaded", "with", "Fura2", "were", "used", "to", "determine", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "in", "response", "to", "stimulation", "with", "100", "µM", "carbachol", ".", "The", "traces", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "6", "acinar", "clusters", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "3", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Isolated acini from wild-type (black) and Trpml1-/- mice (red) loaded with Fura2 were used to determine [Ca2+]i in response to stimulation with 100 µM carbachol. The traces are the mean±s.e.m. of 6 acinar clusters. Similar results were obtained in 3 experiments."}
{"words": ["(", "b", ",", "c", ")", "Saliva", "was", "collected", "from", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "(", "red", ")", "injected", "I", ".", "P", ".", "with", "10", "mg", "/", "kg", "pilocarpine", "(", "b", ")", "or", "1", "mg", "/", "kg", "pilocarpine", "and", "0", ".", "6", "mg", "/", "kg", "isoproterenol", "(", "c", ")", "over", "20", "-", "40", "min", "to", "stimulate", "fluid", "secretion", "by", "pilocarpine", "and", "amylase", "secretion", "by", "isoproterenol", ".", "Each", "condition", "used", "4", "-", "5", "mice", "from", "each", "like", "and", "the", "results", "are", "given", "as", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b, c) Saliva was collected from wild-type (black) and Trpml1-/- mice (red) injected I.P. with 10 mg/kg pilocarpine (b) or 1 mg/kg pilocarpine and 0.6 mg/kg isoproterenol (c) over 20-40 min to stimulate fluid secretion by pilocarpine and amylase secretion by isoproterenol. Each condition used 4-5 mice from each like and the results are given as the mean±s.e.m."}
{"words": ["(", "d", ")", "the", "saliva", "collected", "in", "(", "c", ")", "was", "used", "to", "determine", "the", "amount", "of", "secreted", "amylase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(d) the saliva collected in (c) was used to determine the amount of secreted amylase."}
{"words": ["(", "e", ",", "f", ")", "Isolated", "acini", "from", "the", "parotid", "glands", "of", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "or", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "(", "red", ")", "were", "used", "to", "measure", "amylase", "secretion", "in", "response", "to", "50", "nM", "isoproterenol", "for", "the", "indicated", "times", "(", "e", ")", "and", "the", "indicated", "isoproterenol", "concentrations", "during", "30", "min", "stimulation", "(", "f", ")", ".", "The", "results", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "obtained", "from", "two", "mice", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e, f) Isolated acini from the parotid glands of wild-type (black) or Trpml1-/- mice (red) were used to measure amylase secretion in response to 50 nM isoproterenol for the indicated times (e) and the indicated isoproterenol concentrations during 30 min stimulation (f). The results are the mean±s.e.m obtained from two mice of each line."}
{"words": ["(", "a", ")", "shows", "example", "TEM", "images", "and", "(", "b", ")", "shows", "the", "granules", "size", "distribution", "in", "parotid", "glands", "determined", "from", "10", "images", "obtained", "from", "3", "wild", "-", "type", "mice", "and", "14", "images", "obtained", "from", "4", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) shows example TEM images and (b) shows the granules size distribution in parotid glands determined from 10 images obtained from 3 wild-type mice and 14 images obtained from 4 Trpml1-/- mice."}
{"words": ["(", "c", ")", "Co", "-", "IP", "of", "the", "lysosomal", "LAMP1", "and", "the", "secretory", "granules", "VAMP8", "and", "Rab27b", ".", "Input", "control", "is", "actin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(c) Co-IP of the lysosomal LAMP1 and the secretory granules VAMP8 and Rab27b. Input control is actin."}
{"words": ["(", "d", ")", "Acini", "isolated", "from", "the", "parotid", "glands", "of", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "were", "incubated", "with", "mitotracker", "(", "green", ")", "and", "lysotracker", ".", "The", "large", "vesicles", "in", "the", "secretory", "granules", "/", "lysosomal", "area", "are", "marked", "by", "white", "arrows", ".", "The", "average", "number", "of", "enlarged", "profiles", "is", "given", "in", "the", "columns", "and", "obtained", "from", "3", "acinar", "preparations", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Acini isolated from the parotid glands of wild-type and Trpml1-/- mice were incubated with mitotracker (green) and lysotracker. The large vesicles in the secretory granules/lysosomal area are marked by white arrows. The average number of enlarged profiles is given in the columns and obtained from 3 acinar preparations of each line."}
{"words": ["(", "e", ")", "Shown", "is", "the", "time", "course", "(", "left", "panel", ")", "and", "averaged", "10", "min", "secretion", "(", "columns", ")", "of", "the", "lysosomal", "marker", "acid", "phosphatase", "in", "the", "saliva", "collected", "from", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", "(", "red", ")", "stimulated", "with", "1", "mg", "/", "kg", "pilocarpine", "and", "0", ".", "6", "mg", "/", "kg", "isoproterenol", ".", "The", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "is", "from", "4", "mice", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Shown is the time course (left panel) and averaged 10 min secretion (columns) of the lysosomal marker acid phosphatase in the saliva collected from wild-type (black) and Trpml1-/- mice (red) stimulated with 1 mg/kg pilocarpine and 0.6 mg/kg isoproterenol. The mean±s.e.m is from 4 mice of each line."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "example", "traces", "of", "mEPSCs", "recorded", "from", "wild", "-", "type", "(", "a", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "(", "b", ")", "micebrain", "slices", "as", "detailed", "in", "Methods", ".", "The", "lower", "traces", "in", "each", "panel", "show", "the", "portion", "of", "the", "traces", "marked", "by", "dotted", "boxes", "in", "an", "expanded", "time", "scale", ".", "(", "c", ")", "histogram", "distribution", "of", "the", "events", "at", "each", "mEPSC", ".", "The", "lower", "columns", "show", "the", "distribution", "of", "the", "higher", "amplitude", "mEPSCs", ".", "(", "d", ")", "the", "frequency", "of", "mEPSCs", "in", "each", "line", ".", "The", "results", "in", "(", "c", ",", "b", ")", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "8", "experiments", "each", "obtained", "from", "4", "mice", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) example traces of mEPSCs recorded from wild-type (a) and Trpml1-/-(b) micebrain slices as detailed in Methods. The lower traces in each panel show the portion of the traces marked by dotted boxes in an expanded time scale. (c) histogram distribution of the events at each mEPSC. The lower columns show the distribution of the higher amplitude mEPSCs. (d) the frequency of mEPSCs in each line. The results in (c, b) are the mean±s.e.m of 8 experiments each obtained from 4 mice of each line."}
{"words": ["(", "e", ")", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "of", "the", "Ca2", "+", "signal", "in", "response", "to", "depolarization", "with", "30", "mM", "KCl", "of", "6", "and", "5", "experiments", "with", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "slices", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) the mean±s.e.m of the Ca2+ signal in response to depolarization with 30 mM KCl of 6 and 5 experiments with wild-type and Trpml1-/- slices, respectively."}
{"words": ["(", "a", ")", "example", "TEM", "images", "of", "synapses", "in", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "micebraincortex", ".", "(", "b", ")", "the", "distribution", "of", "synaptic", "vesicle", "size", "determined", "in", "10", "and", "14", "images", "obtained", "from", "3", "wild", "-", "type", "and", "3", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", ",", "respectively", ".", "(", "c", ")", "example", "TEM", "images", "at", "low", "magnification", "of", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "micebraincortical", "slices", "with", "the", "dark", "PSD", "profiles", "marked", "by", "white", "arrows", ".", "(", "d", ")", "average", "number", "of", "PSD", "/", "µm2", "analyzed", "in", "at", "least", "10", "images", "obtained", "from", "3", "mice", "of", "each", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) example TEM images of synapses in wild-type and Trpml1-/-micebraincortex. (b) the distribution of synaptic vesicle size determined in 10 and 14 images obtained from 3 wild-type and 3 Trpml1-/-mice, respectively. (c) example TEM images at low magnification of wild-type and Trpml1-/-micebraincortical slices with the dark PSD profiles marked by white arrows. (d) average number of PSD/µm2 analyzed in at least 10 images obtained from 3 mice of each line."}
{"words": ["(", "e", ")", "Glutamate", "levels", "and", "secretion", "by", "cultured", "cerebral", "cortical", "neurons", ".", "Total", "glutamate", "measured", "in", "non", "-", "stimulated", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "(", "green", ")", "neurons", "and", "neurons", "stimulated", "by", "depolarization", "with", "30", "mM", "KCl", "(", "blue", "and", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Glutamate levels and secretion by cultured cerebral cortical neurons. Total glutamate measured in non-stimulated wild-type (black) and Trpml1-/- (green) neurons and neurons stimulated by depolarization with 30 mM KCl (blue and red)."}
{"words": ["(", "f", ")", "Rescue", "of", "glutamate", "levels", "and", "secretion", "by", "expression", "of", "TRPML1", "in", "cultured", "cerebral", "cortical", "neurons", ".", "Total", "glutamate", "measured", "in", "non", "-", "stimulated", "Trpml1", "-", "/", "-", "neurons", "(", "green", ")", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "neurons", "transfected", "with", "TRPML1", "(", "black", ")", "and", "untransfected", "(", "red", ")", "and", "TRPML1", "-", "transfected", "(", "clue", ")", "Trpml1", "-", "/", "-", "neurons", "stimulated", "by", "depolarization", "with", "30", "mM", "KCl", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(f) Rescue of glutamate levels and secretion by expression of TRPML1 in cultured cerebral cortical neurons. Total glutamate measured in non-stimulated Trpml1-/- neurons (green) and Trpml1-/- neurons transfected with TRPML1 (black) and untransfected (red) and TRPML1-transfected (clue) Trpml1-/- neurons stimulated by depolarization with 30 mM KCl."}
{"words": ["(", "g", ")", "averaged", "Co", "-", "IP", "of", "SNAP25", "and", "VAMP2", "in", "three", "brain", "regions", "of", "wild", "-", "type", "and", "Trpml1", "-", "/", "-", "mice", ".", "The", "images", "of", "all", "blots", "are", "given", "in", "Extended", "view", "Figure", "E4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) averaged Co-IP of SNAP25 and VAMP2 in three brain regions of wild-type and Trpml1-/- mice. The images of all blots are given in Extended view Figure E4."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "FLAG", "-", "Stx17", "wild", "type", "(", "WT", ")", "or", "the", "indicated", "constructs", ".", "At", "24", "h", "after", "transfection", ",", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "(", "IP", ")", "with", "anti", "-", "FLAG", "M2", "beads", ",", "and", "analyzed", "by", "IB", "using", "antibodies", "against", "PGAM5", "and", "FLAG", ".", "Five", "percent", "of", "lysates", "was", "analyzed", "as", "input", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with a plasmid encoding FLAG-Stx17 wild type (WT) or the indicated constructs. At 24 h after transfection, cell lysates were immunoprecipitated (IP) with anti-FLAG M2 beads, and analyzed by IB using antibodies against PGAM5 and FLAG. Five percent of lysates was analyzed as input."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "FLAG", "-", "Stx17", "WT", "or", "the", "K254C", "mutant", "were", "fixed", "and", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "FLAG", "and", "PGAM5", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "WT", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing FLAG-Stx17 WT or the K254C mutant were fixed and subjected to PLA using antibodies against FLAG and PGAM5. Scale bar, 5 μm. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with WT (paired Student's t-test)."}
{"words": ["MBP", "or", "the", "MBP", "-", "Stx17", "constructs", "attached", "to", "amylose", "resin", "were", "mixed", "with", "GST", "-", "PGAM5", ",", "and", "the", "proteins", "bound", "to", "the", "resin", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "blotted", "onto", "PVDF", "membranes", ".", "The", "blots", "were", "detected", "by", "an", "anti", "-", "GST", "antibody", "(", "upper", "panels", ")", "or", "stained", "with", "Coomassie", "Brilliant", "Blue", "R", "-", "250", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Ten", "percent", "of", "the", "proteins", "used", "for", "each", "experiment", "was", "analyzed", "as", "input", ".", "Asterisks", "and", "double", "asterisk", "may", "represent", "MBP", "dimers", "and", "degradation", "products", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MBP or the MBP-Stx17 constructs attached to amylose resin were mixed with GST-PGAM5, and the proteins bound to the resin were separated by SDS-PAGE and blotted onto PVDF membranes. The blots were detected by an anti-GST antibody (upper panels) or stained with Coomassie Brilliant Blue R-250 (lower panels). Ten percent of the proteins used for each experiment was analyzed as input. Asterisks and double asterisk may represent MBP dimers and degradation products."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "cotransfected", "with", "plasmids", "encoding", "FLAG", "-", "Stx17", "WT", "and", "the", "indicated", "PGAM5", "-", "GFP", "constructs", ",", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "293T cells were cotransfected with plasmids encoding FLAG-Stx17 WT and the indicated PGAM5-GFP constructs, and analyzed"}
{"words": ["293T", "cells", "were", "cotransfected", "with", "plasmids", "encoding", "FLAG", "-", "Stx17", "or", "Stx18", "and", "the", "C", "-", "terminally", "GFP", "-", "tagged", "transmembrane", "domain", "of", "PGAM5", "（", "amino", "acids", "1", "-", "35", "）", "constructs", ",", "and"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were cotransfected with plasmids encoding FLAG-Stx17 or Stx18 and the C-terminally GFP-tagged transmembrane domain of PGAM5（amino acids 1-35）constructs, and analyzed"}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "Vehicle", ")", "or", "0", ".", "03", "mg", "/", "ml", "digitonin", "(", "+", "Digitonin", ")", ",", "fixed", "and", "then", "double", "immunostained", "for", "PGAM5", "and", "Tom20", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "The", "bar", "graph", "on", "the", "right", "shows", "the", "Manders", "'", "coefficients", "for", "the", "colocalization", "of", "PGAM5", "and", "Tom20", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "Vehicle", "(", "paired", "Student", "'"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were treated with DMSO (Vehicle) or 0.03 mg/ml digitonin (+Digitonin), fixed and then double immunostained for PGAM5 and Tom20. Scale bar, 5 μm. The bar graph on the right shows the Manders' coefficients for the colocalization of PGAM5 and Tom20. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with Vehicle (paired Student's"}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "FLAG", "-", "Stx17", "wild", "type", "(", "WT", ")", "were", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "Su9", "-", "GFP", "(", "mitochondria", ")", "or", "Sec61β", "-", "GFP", "(", "ER", ")", ".", "At", "24", "h", "after", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "FLAG", "and", "PGAM5", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "The", "bar", "graph", "on", "the", "right", "shows", "the", "Manders", "'", "coefficients", "for", "the", "colocalization", "of", "PLA", "dots", "and", "Su9", "-", "GFP", "or", "Sec61β", "-", "GFP", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing FLAG-Stx17 wild type (WT) were transfected with a plasmid encoding Su9-GFP (mitochondria) or Sec61β-GFP (ER). At 24 h after transfection, the cells were subjected to PLA using antibodies against FLAG and PGAM5. Scale bar, 5 μm. The bar graph on the right shows the Manders' coefficients for the colocalization of PLA dots and Su9-GFP or Sec61β-GFP. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 (paired Student's t-test)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "Vehicle", ")", "or", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", ",", "lysed", "and", "subjected", "to", "Percoll", "-", "based", "fractionation", ".", "Equal", "amounts", "of", "proteins", "were", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "PNS", ",", "postnuclear", "supernatant", ";", "MS", ",", "microsomes", ";", "Mt", ",", "mitochondria", ".", "The", "amounts", "of", "proteins", "recovered", "on", "fractionation", "were", "as", "follows", "for", "vehicle", "and", "CCCP", "treatment", ",", "respectively", ":", "PNS", "(", "6", ".", "6", "mg", "and", "5", ".", "5", "mg", ")", ",", "cytosol", "(", "4", ".", "8", "mg", "and", "4", ".", "9", "mg", ")", ",", "MS", "(", "2", ".", "0", "mg", "and", "2", ".", "2", "mg", ")", ",", "MAM", "(", "0", ".", "55", "mg", "and", "0", ".", "46", "mg", ")", "and", "Mt", "(", "0", ".", "30", "mg", "and", "0", ".", "28", "mg", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were treated with DMSO (Vehicle) or 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h, lysed and subjected to Percoll-based fractionation. Equal amounts of proteins were analyzed by IB using the indicated antibodies. PNS, postnuclear supernatant; MS, microsomes; Mt, mitochondria. The amounts of proteins recovered on fractionation were as follows for vehicle and CCCP treatment, respectively: PNS (6.6 mg and 5.5 mg), cytosol (4.8 mg and 4.9 mg), MS (2.0 mg and 2.2 mg), MAM (0.55 mg and 0.46 mg) and Mt (0.30 mg and 0.28 mg)."}
{"words": ["Electron", "microscopic", "analysis", "of", "HeLa", "cells", "expressing", "PGAM5", "-", "GFP", "and", "APEX2", "-", "GFP", "-", "binding", "peptide", ".", "Arrows", "indicate", "the", "position", "of", "3", ",", "3", "'", "-", "diaminobenzidine", "reaction", "at", "the", "ER", "-", "mitochondria", "interface", ".", "Scale", "bar", ",", "500", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Electron microscopic analysis of HeLa cells expressing PGAM5-GFP and APEX2-GFP-binding peptide. Arrows indicate the position of 3,3'-diaminobenzidine reaction at the ER-mitochondria interface. Scale bar, 500 nm."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "FLAG", "-", "Stx17", "WT", "were", "mock", "-", "transfected", "or", "transfected", "with", "siRNA", "for", "Mfn1", ",", "Mfn2", "or", "PACS", "-", "2", ".", "At", "72", "h", "after", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "FLAG", "and", "PGAM5", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing FLAG-Stx17 WT were mock-transfected or transfected with siRNA for Mfn1, Mfn2 or PACS-2. At 72 h after transfection, the cells were subjected to PLA using antibodies against FLAG and PGAM5. Scale bar, 5 μm. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with Mock (paired Student's t-test)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "mock", "-", "transfected", "or", "transfected", "with", "siRNA", "for", "Mfn1", ",", "Stx17", ",", "Mfn2", "or", "PACS", "-", "2", ".", "At", "72", "h", "after", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "Drp1", "and", "PGAM5", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were mock-transfected or transfected with siRNA for Mfn1, Stx17, Mfn2 or PACS-2. At 72 h after transfection, the cells were subjected to PLA using antibodies against Drp1 and PGAM5. Scale bar, 5 μm. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with Mock (paired Student's t-test)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "with", "mock", "treatment", "(", "Mock", ")", "or", "depleted", "of", "Stx17", "(", "Stx17", "KD", ")", "were", "fixed", "and", "double", "immunostained", "for", "PGAM5", "and", "Tom20", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells with mock treatment (Mock) or depleted of Stx17 (Stx17 KD) were fixed and double immunostained for PGAM5 and Tom20. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["293T", "cells", "with", "mock", "treatment", "or", "depleted", "of", "Stx17", "were", "incubated", "with", "ethanol", "(", "Vehicle", ")", "or", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", ",", "lysed", "and", "then", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells with mock treatment or depleted of Stx17 were incubated with ethanol (Vehicle) or 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h, lysed and then analyzed by IB using the indicated antibodies."}
{"words": ["293T", "cells", "transiently", "expressing", "FLAG", "-", "Stx17", "wild", "type", "(", "WT", ")", "or", "the", "K254C", "mutant", "were", "incubated", "with", "ethanol", "(", "Vehicle", ")", "or", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", ",", "lysed", ",", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "M2", "beads", "and", "then", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells transiently expressing FLAG-Stx17 wild type (WT) or the K254C mutant were incubated with ethanol (Vehicle) or 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h, lysed, immunoprecipitated with anti-FLAG M2 beads and then analyzed by IB using the indicated antibodies."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "FLAG", "-", "Stx17", "WT", "were", "incubated", "with", "ethanol", "(", "Vehicle", ")", "or", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", ",", "and", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "FLAG", "and", "PGAM5", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "Vehicle", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing FLAG-Stx17 WT were incubated with ethanol (Vehicle) or 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h, and subjected to PLA using antibodies against FLAG and PGAM5. Scale bar, 5 μm. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with Vehicle (paired Student's t-test)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "Parkin", "with", "mock", "treatment", "(", "Control", ")", "or", "depleted", "(", "KD", ")", "of", "Stx17", ",", "PGAM5", "or", "Drp1", "were", "incubated", "for", "16", "h", "with", "ethanol", "(", "Vehicle", ")", "or", "10", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", ",", "and", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing GFP-Parkin with mock treatment (Control) or depleted (KD) of Stx17, PGAM5 or Drp1 were incubated for 16 h with ethanol (Vehicle) or 10 μM CCCP (+CCCP), and analyzed by IB using the indicated antibodies."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "Parkin", "with", "mock", "treatment", "(", "Mock", ")", "or", "depleted", "of", "Stx17", ",", "PGAM5", "or", "Drp1", "were", "incubated", "in", "the", "absence", "(", "Vehicle", ")", "or", "presence", "of", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", "and", "analyzed", "by", "immunofluorescence", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "The", "bar", "graph", "on", "the", "right", "shows", "the", "Manders", "'", "coefficients", "for", "the", "colocalization", "of", "GFP", "-", "Parkin", "and", "Tom20", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing GFP-Parkin with mock treatment (Mock) or depleted of Stx17, PGAM5 or Drp1 were incubated in the absence (Vehicle) or presence of 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h and analyzed by immunofluorescence microscopy. Scale bar, 5 μm. The bar graph on the right shows the Manders' coefficients for the colocalization of GFP-Parkin and Tom20. Values are means ± SEM (n = 3). ***P<0.001 as compared with Mock (paired Student's t-test)."}
{"words": ["PINK1", "-", "FLAG", "and", "GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "with", "mock", "treatment", "or", "depleted", "of", "Stx17", "or", "PGAM5", "were", "incubated", "in", "the", "absence", "(", "ethanol", ")", "or", "presence", "of", "20", "μM", "CCCP", "for", "2", "h", "and", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "F", ",", "full", "-", "length", "PINK1", ";", "C", ",", "cleaved", "PINK1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "PINK1-FLAG and GFP-Parkin stably expressing HeLa cells with mock treatment or depleted of Stx17 or PGAM5 were incubated in the absence (ethanol) or presence of 20 μM CCCP for 2 h and analyzed by IB using the indicated antibodies. F, full-length PINK1; C, cleaved PINK1."}
{"words": ["GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "were", "mock", "-", "transfected", "(", "Mock", ")", "or", "transfected", "with", "siRNA", "(", "KD", ")", "for", "Stx17", "or", "PGAM5", ".", "At", "48", "h", "after", "siRNA", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "FLAG", "-", "DFCP1", ",", "incubated", "for", "24", "h", ",", "treated", "with", "20", "μM", "CCCP", "for", "2", "h", "and", "then", "immunostained", "for", "FLAG", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "The", "bar", "graph", "below", "shows", "the", "Manders", "'", "coefficients", "for", "the", "colocalization", "of", "GFP", "-", "Parkin", "and", "FLAG", "-", "DFCP1", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP-Parkin stably expressing HeLa cells were mock-transfected (Mock) or transfected with siRNA (KD) for Stx17 or PGAM5. At 48 h after siRNA transfection, the cells were transfected with a plasmid encoding FLAG-DFCP1, incubated for 24 h, treated with 20 μM CCCP for 2 h and then immunostained for FLAG. Scale bars, 5 μm. The bar graph below shows the Manders' coefficients for the colocalization of GFP-Parkin and FLAG-DFCP1. Values are means ± SEM (n = 3). **P<0.01 as compared with Mock (paired Student's t-test)."}
{"words": ["GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "with", "mock", "treatment", "or", "depleted", "of", "Stx17", "or", "PGAM5", "were", "incubated", "with", "20", "μM", "CCCP", "for", "2", "h", "and", "immunostained", "for", "LC3", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "The", "bar", "graph", "below", "shows", "the", "Manders", "'", "coefficients", "for", "the", "colocalization", "of", "GFP", "-", "Parkin", "and", "LC3", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP-Parkin stably expressing HeLa cells with mock treatment or depleted of Stx17 or PGAM5 were incubated with 20 μM CCCP for 2 h and immunostained for LC3. Scale bar, 5 μm. The bar graph below shows the Manders' coefficients for the colocalization of GFP-Parkin and LC3. Values are means ± SEM (n = 3). **P<0.01 as compared with Mock (paired Student's t-test)."}
{"words": ["GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "with", "mock", "treatment", "or", "depleted", "of", "Stx17", "or", "PGAM5", "were", "incubated", "in", "the", "absence", "(", "Vehicle", ")", "or", "presence", "of", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", "and", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP-Parkin stably expressing HeLa cells with mock treatment or depleted of Stx17 or PGAM5 were incubated in the absence (Vehicle) or presence of 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h and analyzed by IB using the indicated antibodies."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "Parkin", "with", "mock", "treatment", "(", "Control", ")", "or", "depleted", "of", "FUNDC1", "(", "FUNDC1", "KD", ")", "were", "incubated", "for", "16", "h", "with", "ethanol", "(", "Vehicle", ")", "or", "10", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", ",", "and", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing GFP-Parkin with mock treatment (Control) or depleted of FUNDC1 (FUNDC1 KD) were incubated for 16 h with ethanol (Vehicle) or 10 μM CCCP (+CCCP), and analyzed by IB using the indicated antibodies."}
{"words": ["GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "with", "mock", "treatment", "(", "Mock", ")", "or", "depleted", "of", "FUNDC1", "(", "FUNDC1", "KD", ")", "were", "incubated", "with", "20", "μM", "CCCP", "for", "2", "h", "and", "immunostained", "for", "Tom20", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP-Parkin stably expressing HeLa cells with mock treatment (Mock) or depleted of FUNDC1 (FUNDC1 KD) were incubated with 20 μM CCCP for 2 h and immunostained for Tom20. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["293T", "cells", "with", "mock", "treatment", "(", "Mock", ")", "or", "depleted", "of", "Stx17", "(", "Stx17", "KD", ")", "were", "incubated", "in", "the", "absence", "(", "Vehicle", ")", "or", "presence", "of", "20", "μM", "CCCP", "(", "+", "CCCP", ")", "for", "2", "h", ",", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "M2", "beads", "and", "then", "analyzed", "by", "IB", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Three", "percent", "of", "lysates", "was", "analyzed", "as", "input", ".", "During", "Stx17", "knockdown", ",", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "FLAG", "-", "FUNDC1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "293T cells with mock treatment (Mock) or depleted of Stx17 (Stx17 KD) were incubated in the absence (Vehicle) or presence of 20 μM CCCP (+CCCP) for 2 h, immunoprecipitated with anti-FLAG M2 beads and then analyzed by IB using the indicated antibodies. Three percent of lysates was analyzed as input. During Stx17 knockdown, cells were transfected with a plasmid encoding FLAG-FUNDC1."}
{"words": ["GFP", "-", "Parkin", "stably", "expressing", "HeLa", "cells", "were", "treated", "and", "then", "subjected", "to", "PLA", "using", "antibodies", "against", "FLAG", "and", "PGAM5", ".", "During", "Stx17", "knockdown", ",", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "FLAG", "-", "FUNDC1", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Values", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "as", "compared", "with", "Mock", "(", "+", "CCCP", ")", "by", "paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP-Parkin stably expressing HeLa cells were treated and then subjected to PLA using antibodies against FLAG and PGAM5. During Stx17 knockdown, cells were transfected with a plasmid encoding FLAG-FUNDC1. Scale bar, 5 μm. Values are means ± SEM (n = 3). *P<0.05 and **P<0.01 as compared with Mock (+CCCP) by paired Student's t-test."}
{"words": ["A", "PGAM5", "overexpression", "partially", "rescues", "the", "mitochondrial", "defects", "by", "Stx17", "loss", ".", "Transmission", "electron", "microscope", "images", "of", "the", "indirect", "flight", "muscle", "in", "the", "indicated", "genotypes", "(", "a", ",", "Control", ";", "b", ",", "Stx17", "-", "/", "-", ";", "c", ",", "Stx17", "-", "/", "-", "and", "Stx17", "overexpression", ";", "d", ",", "Stx17", "-", "/", "-", "and", "PGAM5", "overexpression", ")", "of", "7", "-", "day", "-", "old", "adult", "flies", "are", "shown", ".", "The", "bar", "graph", "on", "the", "right", "shows", "frequency", "of", "healthy", "and", "abnormal", "mitochondria", "presented", "as", "percentages", "(", "mean", "±", "SEM", ")", "using", "the", "scoring", "system", ":", "Class", "0", ",", "normal", ";", "Class", "1", ",", "fuzzy", "or", "dilated", "cristae", ";", "Class", "2", ",", "fragmented", "cristae", "and", "loss", "of", "electron", "density", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "vs", ".", "the", "same", "class", "of", "control", "(", "Dunnett", "'", "s", "test", ")", ".", "n", "=", "50", "-", "119", "mitochondria", "from", "three", "or", "four", "independent", "samples", ".", "Genotypes", "used", "were", ":", "+", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "+", "(", "a", ")", ",", "+", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "+", ";", "Stx17LL06330", "/", "Stx17LL06330", "(", "b", ")", ",", "+", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "UAS", "-", "FLAG", "-", "Stx17", ";", "Stx17LL06330", "/", "Stx17LL06330", "(", "c", ")", ",", "+", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "UAS", "-", "PGAM5", ";", "Stx17LL06330", "/", "Stx17LL06330", "(", "d", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "nm", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A PGAM5 overexpression partially rescues the mitochondrial defects by Stx17 loss. Transmission electron microscope images of the indirect flight muscle in the indicated genotypes (a, Control; b, Stx17-/-; c, Stx17-/- and Stx17 overexpression; d, Stx17-/- and PGAM5 overexpression) of 7-day-old adult flies are shown. The bar graph on the right shows frequency of healthy and abnormal mitochondria presented as percentages (mean ± SEM) using the scoring system : Class 0, normal; Class 1, fuzzy or dilated cristae; Class 2, fragmented cristae and loss of electron density. *p < 0.05, #p < 0.001 vs. the same class of control (Dunnett's test). n = 50-119 mitochondria from three or four independent samples. Genotypes used were: +/y; Act5c-GAL4/+ (a), +/y; Act5c-GAL4/+; Stx17LL06330/Stx17LL06330 (b), +/y; Act5c-GAL4/UAS-FLAG-Stx17; Stx17LL06330/Stx17LL06330 (c), +/y; Act5c-GAL4/UAS-PGAM5; Stx17LL06330/Stx17LL06330 (d). Scale bars, 200 nm."}
{"words": ["B", "Simultaneous", "reduction", "of", "Stx17", "and", "PGAM5", "results", "in", "mitochondrial", "degeneration", ".", "a", ",", "Stx17", "+", "/", "-", ";", "b", ",", "PGAM5", "-", "/", "-", ";", "c", ",", "Stx17", "+", "/", "-", ",", "PGAM5", "-", "/", "-", ".", "The", "bar", "graph", "on", "the", "right", "represents", "the", "mitochondrial", "phenotypes", "classified", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "vs", ".", "the", "same", "class", "of", "Stx17", "+", "/", "-", "(", "Dunnett", "'", "s", "test", ")", ".", "n", "=", "62", "-", "195", "mitochondria", "from", "three", "independent", "samples", ".", "Scale", "bars", "=", "1", "µm", ".", "Genotypes", "used", "were", ":", "+", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "+", ";", "Stx17LL06330", "/", "+", "(", "a", ")", ",", "PGAM51", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "+", "(", "b", ")", ",", "PGAM51", "/", "y", ";", "Act5c", "-", "GAL4", "/", "UAS", "-", "Stx17", "-", "FLAG", ";", "Stx17LL06330", "/", "+", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Simultaneous reduction of Stx17 and PGAM5 results in mitochondrial degeneration. a, Stx17+/-; b, PGAM5-/-; c, Stx17+/-, PGAM5-/-. The bar graph on the right represents the mitochondrial phenotypes classified p < 0.05, **p < 0.01 vs. the same class of Stx17+/- (Dunnett's test). n = 62-195 mitochondria from three independent samples. Scale bars = 1 µm. Genotypes used were: +/y; Act5c-GAL4/+; Stx17LL06330/+ (a), PGAM51/y; Act5c-GAL4/+ (b), PGAM51/y; Act5c-GAL4/UAS-Stx17-FLAG; Stx17LL06330/+ (c)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Mean", "current", "responses", "to", "rapid", "switching", "from", "140", "mM", "CholGluc", "to", "140", "mM", "KGluc", "of", "HEK293T", "cells", "expressing", "WT", "EAAT1", "(", "n", "=", "3", ")", "or", "WT", "EAAT2", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Cells", "were", "intracellularly", "dialyzed", "with", "a", "115mM", "KGluc", "-", "based", "solution", "and", "held", "at", "0", "mV", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Mean current responses to rapid switching from 140 mM CholGluc to 140 mM KGluc of HEK293T cells expressing WT EAAT1 (n=3) or WT EAAT2 (n=3). Cells were intracellularly dialyzed with a 115mM KGluc-based solution and held at 0 mV."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "WT", "and", "mutant", "whole", "-", "cell", "current", "responses", "to", "voltage", "jumps", "before", "and", "after", "removal", "of", "external", "K", "+", ".", "Cells", "were", "dialyzed", "with", "a", "KNO3", "-", "based", "pipette", "solution", "and", "the", "external", "solution", "contained", "either", "140", "mM", "CholineNO3", "or", "140", "mM", "KNO3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(B) Representative WT and mutant whole-cell current responses to voltage jumps before and after removal of external K+. Cells were dialyzed with a KNO3-based pipette solution and the external solution contained either 140 mM CholineNO3 or 140 mM KNO3."}
{"words": ["(", "C", ")", "Relative", "changes", "in", "fluorescence", "for", "WT", ",", "D312N", "and", "D405N", "GltPh", "upon", "a", "temperature", "jump", "in", "MST", "experiments", "as", "a", "function", "of", "[", "K", "+", "]", ".", "Solid", "lines", "represent", "non", "-", "parametric", "fits", ",", "and", "shaded", "area", "show", "bootstrapped", "99", "%", "confidence", "intervals", "for", "those", "fits", ".", "Non", "-", "overlapping", "confidence", "intervals", "indicate", "significant", "difference", "between", "WT", "and", "mutant", "binding", "curves", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "≥", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Relative changes in fluorescence for WT, D312N and D405N GltPh upon a temperature jump in MST experiments as a function of [K+]. Solid lines represent non-parametric fits, and shaded area show bootstrapped 99% confidence intervals for those fits. Non-overlapping confidence intervals indicate significant difference between WT and mutant binding curves. Values are given as mean ± SD (n≥3)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "whole", "-", "cell", "current", "recordings", "from", "cells", "internally", "dialyzed", "with", "NaNO3", "and", "glutamate", "in", "choline", "-", "NO3", "-", "based", "external", "solutions", "or", "in", "NaNO3", "-", "based", "solutions", "supplemented", "with", "1", "mM", "L", "-", "glutamate", ".", "Glutamate", "-", "induced", "changes", "in", "anion", "current", "amplitudes", "indicate", "that", "D399N", "and", "D486N", "EAAT2", "(", "GltPh", "D312", "and", "D405", ")", "are", "K", "+", "-", "independent", ",", "but", "are", "functionally", "expressed", "in", "the", "plasma", "membrane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative whole-cell current recordings from cells internally dialyzed with NaNO3 and glutamate in choline-NO3-based external solutions or in NaNO3-based solutions supplemented with 1 mM L-glutamate. Glutamate-induced changes in anion current amplitudes indicate that D399N and D486N EAAT2 (GltPh D312 and D405) are K+-independent, but are functionally expressed in the plasma membrane."}
{"words": ["(", "E", ")", "Current", "-", "voltage", "relationships", "of", "steady", "-", "state", "currents", "from", "cells", "dialyzed", "with", "a", "KNO3", "-", "based", "pipette", "solution", ".", "Currents", "were", "measured", "at", "external", "140", "mM", "KNO3", "and", "normalized", "to", "the", "current", "at", "-", "170", "mV", "from", "a", "consecutive", "recording", "of", "the", "same", "cell", "in", "K", "+", "-", "free", "external", "solutions", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "≥", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Current-voltage relationships of steady-state currents from cells dialyzed with a KNO3-based pipette solution. Currents were measured at external 140 mM KNO3 and normalized to the current at -170 mV from a consecutive recording of the same cell in K+-free external solutions. Values are given as mean ± SD (n≥3)"}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "transport", "current", "recordings", "from", "cells", "expressing", "L448A", "or", "L448T", "(", "GltPh", "A360", ")", "or", "WT", "EAAT1", "upon", "voltage", "jumps", "to", "˗", "140", "mV", "before", "and", "after", "superfusion", "with", "1", "mM", "l", "-", "glutamate", ".", "Cells", "were", "intracellularly", "dialyzed", "with", "a", "K", "+", "-", "free", "solution", "without", "permeating", "anions", "to", "isolate", "K", "+", "-", "independent", "transport", "currents", ".", "Transient", "capacitive", "currents", "during", "the", "first", "5", "ms", "after", "a", "voltage", "jump", "were", "blanked", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative transport current recordings from cells expressing L448A or L448T (GltPh A360) or WT EAAT1 upon voltage jumps to ˗140 mV before and after superfusion with 1 mM l-glutamate. Cells were intracellularly dialyzed with a K+-free solution without permeating anions to isolate K+-independent transport currents. Transient capacitive currents during the first 5 ms after a voltage jump were blanked."}
{"words": ["(", "F", ")", "Current", "-", "voltage", "relationship", "for", "net", "transport", "current", "amplitudes", "for", "WT", "and", "L448A", "/", "T", "EAAT1", "(", "GltPh", "A360", ")", "for", "choline", "-", "based", "pipette", "solutions", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "with", "indicated", "numbers", "of", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Current-voltage relationship for net transport current amplitudes for WT and L448A/T EAAT1 (GltPh A360) for choline-based pipette solutions. Values are given as mean ± SD with indicated numbers of experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "Time", "-", "dependent", "changes", "in", "L448A", "EAAT1", "(", "GltPh", "A360", ")", "uptake", "currents", "during", "two", "repetitive", "glutamate", "applications", "and", "subsequent", "removals", ".", "Current", "amplitudes", "were", "measured", "at", "the", "end", "of", "voltage", "jumps", "to", "-", "140mV", "and", "plotted", "versus", "the", "time", ".", "Glutamate", "application", "is", "indicated", "by", "green", "bars", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "of", "the", "last", "100", "data", "points", "in", "the", "current", "trace", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Time-dependent changes in L448A EAAT1 (GltPh A360) uptake currents during two repetitive glutamate applications and subsequent removals. Current amplitudes were measured at the end of voltage jumps to -140mV and plotted versus the time. Glutamate application is indicated by green bars. Values are given as mean ± SD of the last 100 data points in the current trace."}
{"words": ["(", "H", ")", "Net", "transport", "current", "amplitudes", "for", "WT", "and", "L448A", "/", "T", "EAAT1", "(", "GltPh", "A360", ")", "for", "different", "pipette", "solutions", ",", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "with", "indicated", "numbers", "of", "experiments", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Net transport current amplitudes for WT and L448A/T EAAT1 (GltPh A360) for different pipette solutions, Values are given as mean ± SD with indicated numbers of experiments (***, p<0.001 Student's t-test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "transport", "current", "recordings", "from", "a", "cell", "expressing", "R478A", "EAAT2", "(", "GltPh", "R397", ")", "in", "the", "absence", "of", "internal", "K", "+", ".", "Transport", "currents", "were", "elicited", "by", "voltage", "jumps", "to", "-", "140mV", "before", "and", "after", "superfusion", "with", "5", "mM", "l", "-", "serine", ".", "Transient", "capacitive", "currents", "during", "the", "first", "5", "ms", "after", "a", "voltage", "jump", "were", "blanked", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative transport current recordings from a cell expressing R478A EAAT2 (GltPh R397) in the absence of internal K+. Transport currents were elicited by voltage jumps to -140mV before and after superfusion with 5 mM l-serine. Transient capacitive currents during the first 5 ms after a voltage jump were blanked."}
{"words": ["(", "F", ")", "Time", "-", "dependent", "changes", "in", "steady", "-", "state", "R478A", "EAAT2", "(", "GltPh", "R397", ")", "uptake", "currents", "during", "two", "consecutive", "serine", "applications", "and", "subsequent", "removals", ".", "Current", "amplitudes", "were", "measured", "at", "the", "end", "of", "voltage", "jumps", "to", "-", "140mV", "and", "plotted", "versus", "time", ".", "Serine", "application", "is", "indicated", "by", "green", "bars", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "of", "the", "last", "100", "data", "points", "in", "the", "current", "trace", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Time-dependent changes in steady-state R478A EAAT2 (GltPh R397) uptake currents during two consecutive serine applications and subsequent removals. Current amplitudes were measured at the end of voltage jumps to -140mV and plotted versus time. Serine application is indicated by green bars. Values are given as mean ± SD of the last 100 data points in the current trace."}
{"words": ["(", "G", ")", "Current", "-", "voltage", "relationship", "for", "mean", "net", "transport", "currents", "for", "R478A", "EAAT2", "induced", "by", "5", "mM", "l", "-", "serine", "for", "different", "intracellular", "solutions", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "for", "the", "indicated", "number", "of", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Current-voltage relationship for mean net transport currents for R478A EAAT2 induced by 5 mM l-serine for different intracellular solutions. Values are given as mean ± SD for the indicated number of experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "Mean", "net", "transport", "currents", "for", "WT", "and", "R478A", "EAAT2", "(", "GltPh", "R397", ")", "induced", "by", "5", "mM", "l", "-", "serine", "for", "different", "intracellular", "solutions", ".", "Values", "are", "given", "as", "mean", "±", "SD", "for", "the", "indicated", "number", "of", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Mean net transport currents for WT and R478A EAAT2 (GltPh R397) induced by 5 mM l-serine for different intracellular solutions. Values are given as mean ± SD for the indicated number of experiments."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Western", "-", "Blotting", "(", "WB", ")", "of", "p53", "-", "negative", "lung", "cancer", "H1299", "cells", "stably", "expressing", "(", "A", ")", "or", "transiently", "expressing", "(", "B", ")", "the", "indicated", "constructs", ".", "Post", "-", "translationally", "modified", "Δ133p53", "and", "Δ160p53", "isoforms", "are", "indicated", "with", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Western-Blotting (WB) of p53-negative lung cancer H1299 cells stably expressing (A) or transiently expressing (B) the indicated constructs. Post-translationally modified Δ133p53 and Δ160p53 isoforms are indicated with *."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "same", "WB", "membrane", "containing", "lysates", "from", "R273Hp53", "-", "expressing", "A431cells", "was", "incubated", "with", "rabbit", "polyclonal", "CM", "-", "1", "antibody", "and", "mouse", "monoclonal", "1801", "antibody", "against", "the", "N", "-", "terminus", "of", "p53", ".", "Detection", "using", "anti", "-", "rabbit", "IRDye", "680LT", "(", "red", ")", "and", "anti", "-", "mouse", "IRDye", "800CW", "(", "green", ")", "secondary", "antibodies", "confirmed", "that", "the", "Δ160p53", "band", "corresponds", "to", "a", "C", "-", "terminal", "isoform", "of", "p53", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) The same WB membrane containing lysates from R273Hp53-expressing A431cells was incubated with rabbit polyclonal CM-1 antibody and mouse monoclonal 1801 antibody against the N-terminus of p53. Detection using anti-rabbit IRDye 680LT (red) and anti-mouse IRDye 800CW (green) secondary antibodies confirmed that the Δ160p53 band corresponds to a C-terminal isoform of p53."}
{"words": ["(", "D", ")", "WB", "of", "H1299", "cells", "transiently", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) WB of H1299 cells transiently expressing the indicated constructs."}
{"words": ["(", "E", ")", "WB", "of", "cell", "lines", "expressing", "wild", "-", "type", "(", "HCT116", ",", "U2OS", ",", "A549", ")", "or", "mutant", "(", "SW480", "[", "R273H", "/", "P309S", "]", ",", "MDAMB231", "[", "R280K", "]", ",", "A431", "[", "R273H", "]", ",", "HT29", "[", "R273H", "]", "and", "SKBR3", "[", "R175H", "]", ")", "p53", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) WB of cell lines expressing wild-type (HCT116, U2OS, A549) or mutant (SW480 [R273H/P309S], MDAMB231 [R280K], A431 [R273H], HT29 [R273H] and SKBR3 [R175H]) p53."}
{"words": ["(", "F", ")", "Cell", "lines", "harbouring", "endogenous", "wild", "-", "type", "(", "A549", ")", "or", "R273H", "mutant", "(", "A431", ")", "p53", "were", "treated", "or", "not", "with", "control", "siRNA", "(", "ctl", ")", "or", "siRNA", "targeting", "both", "p53", "transcripts", "(", "ex6", "and", "ex7", ")", ",", "full", "-", "length", "mRNA", "only", "(", "ex2", "/", "3", ")", "or", "Δ133p53", "mRNA", "only", "(", "in4", ")", "before", "lysis", "and", "WB", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Cell lines harbouring endogenous wild-type (A549) or R273H mutant (A431) p53 were treated or not with control siRNA (ctl) or siRNA targeting both p53 transcripts (ex6 and ex7), full-length mRNA only (ex2/3) or Δ133p53 mRNA only (in4) before lysis and WB."}
{"words": ["(", "G", ")", "WB", "of", "H1299", "cells", "stably", "expressing", "R273Hp53", "and", "treated", "with", "DMSO", ",", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "or", "mRNA", "translation", "inhibitor", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", ".", "Shown", "are", "representative", "data", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "numbers", "in", "parenthesis", "indicate", "the", "amounts", "of", "protein", "for", "the", "indicated", "bands", "according", "to", "WB", "quantifications", "and", "normalization", "against", "α", "-", "tubulin", "or", "GAPDH", "and", "relative", "to", "the", "value", "indicated", "in", "bold", "and", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "In", "WBs", "for", "endogenous", "p53", "cell", "lines", "the", "Δ160", "lane", "is", "used", "as", "a", "marker", "lane", "showing", "Δ160p53", "as", "transiently", "expressed", "in", "p53", "-", "null", "H1299", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) WB of H1299 cells stably expressing R273Hp53 and treated with DMSO, proteasome inhibitor MG132 or mRNA translation inhibitor cycloheximide (CHX). Shown are representative data of three independent experiments. The numbers in parenthesis indicate the amounts of protein for the indicated bands according to WB quantifications and normalization against α-tubulin or GAPDH and relative to the value indicated in bold and set to 1.0. In WBs for endogenous p53 cell lines the Δ160 lane is used as a marker lane showing Δ160p53 as transiently expressed in p53-null H1299 cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "Cell", "lines", "endogenously", "expressing", "mutant", "R273Hp53", "(", "A431", "and", "HT29", ")", "were", "treated", "with", "control", "siRNA", "(", "ctl", ")", "or", "siRNA", "targeting", "exon", "7", "of", "p53", ",", "submitted", "to", "endoplasmic", "reticulum", "(", "ER", ")", "stress", "by", "exposure", "to", "thapsigargin", "(", "Th", ")", "and", "then", "analysed", "for", "apoptosis", "by", "incubation", "with", "propidium", "-", "iodide", "(", "PI", ")", "and", "FACS", "analysis", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "si", "ctl", "condition", ",", "which", "was", "set", "to", "100", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Cell lines endogenously expressing mutant R273Hp53 (A431 and HT29) were treated with control siRNA (ctl) or siRNA targeting exon 7 of p53, submitted to endoplasmic reticulum (ER) stress by exposure to thapsigargin (Th) and then analysed for apoptosis by incubation with propidium-iodide (PI) and FACS analysis. Data was normalized against si ctl condition, which was set to 100."}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "A549", "(", "B", ")", "lung", "cancer", "cell", "lines", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "were", "counted", "with", "Trypan", "blue", "for", "several", "days", "following", "stress", "stimuli", "(", "over", "-", "confluency", "(", "O", "-", "C", ")", "for", "A549", ")", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "1st", "day", "values", ".", "Δ160p53", "shows", "similar", "pro", "-", "proliferative", "capacities", "as", "mutant", "R273Hp53", ".", "On", "the", "other", "hand", "R273Hp53", "lost", "pro", "-", "proliferative", "functions", "when", "deficient", "for", "Δ160p53", "expression", "(", "M160AR273Hp53", ")", ".", "Also", "shown", "is", "the", "WB", "of", "A549", "cells", "used", "in", "(", "B", ")", "and", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) A549 (B) lung cancer cell lines stably expressing the indicated constructs were counted with Trypan blue for several days following stress stimuli (over-confluency (O-C) for A549). Data was normalized against 1st day values. Δ160p53 shows similar pro-proliferative capacities as mutant R273Hp53. On the other hand R273Hp53 lost pro-proliferative functions when deficient for Δ160p53 expression (M160AR273Hp53). Also shown is the WB of A549 cells used in (B) and stably expressing the indicated constructs."}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "H1299", "(", "C", ")", "lung", "cancer", "cell", "lines", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "were", "counted", "with", "Trypan", "blue", "for", "several", "days", "following", "stress", "stimuli", "(", "thapsigargin", "(", "Th", ")", "for", "H1299", ")", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "1st", "day", "values", ".", "Δ160p53", "shows", "similar", "pro", "-", "proliferative", "capacities", "as", "mutant", "R273Hp53", ".", "On", "the", "other", "hand", "R273Hp53", "lost", "pro", "-", "proliferative", "functions", "when", "deficient", "for", "Δ160p53", "expression", "(", "M160AR273Hp53", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) H1299 (C) lung cancer cell lines stably expressing the indicated constructs were counted with Trypan blue for several days following stress stimuli (thapsigargin (Th) for H1299). Data was normalized against 1st day values. Δ160p53 shows similar pro-proliferative capacities as mutant R273Hp53. On the other hand R273Hp53 lost pro-proliferative functions when deficient for Δ160p53 expression (M160AR273Hp53)."}
{"words": ["(", "D", "to", "G", ")", "H1299", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "constructs", "were", "submitted", "to", "ER", "stress", "(", "E", "and", "G", ")", "or", "cultured", "under", "regular", "conditions", "(", "D", ")", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "empty", "vector", "(", "E", ")", "or", "p53", "(", "D", ")", "condition", ",", "which", "were", "set", "to", "100", ".", "Cells", "were", "then", "analysed", "for", "apoptosis", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Shown", "are", "representative", "data", "or", "averages", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "005", "and", "^", "P", ">", "0", ".", "05", "compared", "to", "control", "(", "\"", "Th", "+", "si", "ctl", "\"", "or", "\"", "-", "\"", ")", "or", "as", "indicated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D to G) H1299 cells transfected with the indicated constructs were submitted to ER stress (E and G) or cultured under regular conditions (D). Data was normalized against empty vector (E) or p53 (D) condition, which were set to 100. Cells were then analysed for apoptosis as in (A). Shown are representative data or averages + s.d. of three independent experiments (*P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.005 and ^P > 0.05 compared to control (\"Th + si ctl\" or \"-\" ) or as indicated)."}
{"words": ["(", "D", "to", "G", ")", "H1299", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "constructs", "were", "submitted", "to", "ER", "stress", "(", "E", "and", "G", ")", ",", "DNA", "-", "damage", "by", "36h", "3", "μM", "etoposide", "(", "Eto", ")", "treatment", "(", "F", ")", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "empty", "vector", "(", "E", ")", "or", "p53", "(", "D", ")", "condition", ",", "which", "were", "set", "to", "100", ".", "Cells", "were", "then", "analysed", "for", "apoptosis", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Shown", "are", "representative", "data", "or", "averages", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "005", "and", "^", "P", ">", "0", ".", "05", "compared", "to", "control", "(", "\"", "Th", "+", "si", "ctl", "\"", "or", "\"", "-", "\"", ")", "or", "as", "indicated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D to G) H1299 cells transfected with the indicated constructs were submitted to ER stress (E and G), DNA-damage by 36h 3 μM etoposide (Eto) treatment (F). Data was normalized against empty vector (E) or p53 (D) condition, which were set to 100. Cells were then analysed for apoptosis as in (A). Shown are representative data or averages + s.d. of three independent experiments (*P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.005 and ^P > 0.05 compared to control (\"Th + si ctl\" or \"-\" ) or as indicated)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Adhesion", "assay", "shows", "that", "MCF10A", "cells", "stably", "expressing", "Δ133p53", ",", "Δ160p53", ",", "R273HΔ160p53", "or", "missense", "mutant", "R273Hp53", "adhere", "more", "strongly", "than", "control", "cells", ".", "Excluding", "Δ160p53", "expression", "from", "the", "mutant", "background", "(", "M160A", "/", "R273Hp53", ")", "rescued", "control", "-", "cell", "phenotype", ".", "Scale", "bar", "represents", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Adhesion assay shows that MCF10A cells stably expressing Δ133p53, Δ160p53, R273HΔ160p53 or missense mutant R273Hp53 adhere more strongly than control cells. Excluding Δ160p53 expression from the mutant background (M160A/R273Hp53) rescued control-cell phenotype. Scale bar represents 200 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "WB", "of", "MCF10A", "cells", "used", "in", "(", "A", ")", "and", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", ".", "Shown", "are", "representative", "data", "of", "three", "independent", "experiments", "and", "quantifications", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WB of MCF10A cells used in (A) and stably expressing the indicated constructs. Shown are representative data of three independent experiments and quantifications."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "MCF10A", "human", "breast", "epithelial", "cells", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "were", "cultured", "in", "matrigel", ".", "Control", "-", "and", "Δ133p53", "-", "expressing", "cells", "formed", "regular", "three", "-", "dimensional", "(", "3D", ")", "mammary", "acinar", "structures", "with", "hollow", "lumina", "but", "Δ160p53", "-", ",", "R273HΔ160p53", "and", "to", "a", "smaller", "extent", "mutant", "R273Hp53", "-", "expressing", "cells", "formed", "acini", "with", "filled", "lumen", "and", "long", "invasive", "structures", "(", "n", ">", "30", "acini", "per", "experiment", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) MCF10A human breast epithelial cells stably expressing the indicated constructs were cultured in matrigel. Control- and Δ133p53-expressing cells formed regular three-dimensional (3D) mammary acinar structures with hollow lumina but Δ160p53-, R273HΔ160p53 and to a smaller extent mutant R273Hp53-expressing cells formed acini with filled lumen and long invasive structures (n > 30 acini per experiment per condition)."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "MCF10A", "human", "breast", "epithelial", "cells", "stably", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "were", "cultured", "in", "matrigel", ".", "Control", "-", "and", "Δ133p53", "-", "expressing", "cells", "formed", "regular", "three", "-", "dimensional", "(", "3D", ")", "mammary", "acinar", "structures", "with", "hollow", "lumina", "but", "Δ160p53", "-", ",", "R273HΔ160p53", "and", "to", "a", "smaller", "extent", "mutant", "R273Hp53", "-", "expressing", "cells", "formed", "acini", "with", "filled", "lumen", "and", "long", "invasive", "structures", "(", "n", ">", "30", "acini", "per", "experiment", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) MCF10A human breast epithelial cells stably expressing the indicated constructs were cultured in matrigel. Control- and Δ133p53-expressing cells formed regular three-dimensional (3D) mammary acinar structures with hollow lumina but Δ160p53-, R273HΔ160p53 and to a smaller extent mutant R273Hp53-expressing cells formed acini with filled lumen and long invasive structures (n > 30 acini per experiment per condition)."}
{"words": ["(", "E", ")", "H1299", "cells", "stably", "expressing", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "the", "indicated", "constructs", "were", "assessed", "by", "confocal", "microscopy", "for", "invasion", "further", "than", "30", "μm", "through", "a", "Matrigel", "-", "fibronectin", "matrix", "towards", "EGF", "-", "supplemented", "growth", "media", ".", "The", "30", "μm", "plane", "is", "indicated", "and", "scale", "bars", "represent", "100", "μm", ".", "Quantifications", "are", "shown", "in", "the", "right", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) H1299 cells stably expressing empty vector (control) or the indicated constructs were assessed by confocal microscopy for invasion further than 30 μm through a Matrigel-fibronectin matrix towards EGF-supplemented growth media. The 30 μm plane is indicated and scale bars represent 100 μm. Quantifications are shown in the right panel."}
{"words": ["(", "A", ")", "WB", "of", "H1299", "cells", "stably", "expressing", "Δ133p53", "and", "treated", "with", "control", "morpholino", "oligos", "(", "Ctl", "-", "1", "or", "Ctl", "-", "2", ")", "or", "antisense", "morpholino", "oligo", "targeting", "Δ160p53", "'", "s", "translation", "initiation", "(", "MO", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WB of H1299 cells stably expressing Δ133p53 and treated with control morpholino oligos (Ctl-1 or Ctl-2) or antisense morpholino oligo targeting Δ160p53's translation initiation (MO)"}
{"words": ["(", "B", ")", "A431", "and", "HT29", "cells", "expressing", "endogenous", "mutant", "R273Hp53", "were", "treated", "with", "control", "morpholinos", "(", "Ctl", "-", "2", "or", "Ctl", "-", "1", ")", "or", "antisense", "morpholino", "oligo", "targeting", "Δ160p53", "'", "s", "translation", "initiation", "site", "(", "MO", ")", "before", "lysis", "and", "WB", ".", "wtp53", "-", "expressing", "A549", "cells", "were", "used", "as", "reference", "for", "endogenous", "wtp53", "expression", "levels", ".", "Δ160", "lane", "was", "used", "as", "a", "marker", "lane", "showing", "Δ160p53", "as", "transiently", "expressed", "in", "p53", "-", "null", "H1299", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) A431 and HT29 cells expressing endogenous mutant R273Hp53 were treated with control morpholinos (Ctl-2 or Ctl-1) or antisense morpholino oligo targeting Δ160p53's translation initiation site (MO) before lysis and WB. wtp53-expressing A549 cells were used as reference for endogenous wtp53 expression levels. Δ160 lane was used as a marker lane showing Δ160p53 as transiently expressed in p53-null H1299 cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "Shown", "are", "the", "average", "Δ160p53", "protein", "levels", "expressed", "in", "R273Hp53", "versus", "other", "mutant", "p53cell", "lines", "that", "were", "treated", "with", "control", "morpholino", "(", "Ctl", "-", "1", ")", "or", "morpholino", "targeting", "160p53", "'", "s", "translation", "initiation", "site", "(", "MO", ")", ".", "MO", "efficiently", "targets", "160p53", "in", "endogenous", "R273Hp53", "cell", "lines", ".", "See", "also", "figure", "EV3", "for", "the", "raw", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Shown are the average Δ160p53 protein levels expressed in R273Hp53 versus other mutant p53cell lines that were treated with control morpholino (Ctl-1) or morpholino targeting 160p53's translation initiation site (MO). MO efficiently targets 160p53 in endogenous R273Hp53 cell lines. See also figure EV3 for the raw data."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "A431", "(", "D", ")", "and", "HT29", "(", "E", ")", "cells", "endogenously", "expressing", "mutant", "R273Hp53", "were", "treated", "with", "control", "siRNA", "(", "si", "Ctl", ")", "or", "control", "MO", "(", "MO", "Ctl", "-", "2", "or", "MO", "Ctl", "-", "1", ")", "or", "siRNA", "targeting", "exon", "7", "of", "p53", "(", "si", ")", "or", "MO", "targeting", "Δ160p53", "'", "s", "translation", "initiation", "site", "(", "MO", ")", ",", "as", "indicated", ",", "submitted", "to", "endoplasmic", "reticulum", "stress", "by", "exposure", "to", "thapsigargin", "(", "Th", ")", "and", "then", "analysed", "for", "apoptosis", "by", "incubation", "with", "propidium", "-", "iodide", "(", "PI", ")", "and", "FACS", "analysis", ".", "wtp53", "-", "expressing", "A549", "cells", "were", "similarly", "control", "-", "treated", "and", "used", "as", "comparison", ".", "Data", "was", "normalized", "against", "A549", "cell", "condition", ",", "which", "was", "set", "to", "100", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) A431 (D) and HT29 (E) cells endogenously expressing mutant R273Hp53 were treated with control siRNA (si Ctl) or control MO (MO Ctl-2 or MO Ctl-1) or siRNA targeting exon 7 of p53 (si) or MO targeting Δ160p53's translation initiation site (MO), as indicated, submitted to endoplasmic reticulum stress by exposure to thapsigargin (Th) and then analysed for apoptosis by incubation with propidium-iodide (PI) and FACS analysis. wtp53-expressing A549 cells were similarly control-treated and used as comparison. Data was normalized against A549 cell condition, which was set to 100."}
{"words": ["(", "F", ")", "A431", "and", "HT29", "cells", "endogenously", "expressing", "mutant", "R273Hp53", "were", "treated", "with", "control", "morpholino", "Ctl", "-", "1", "or", "morpholino", "targeting", "Δ160p53", "'", "s", "translation", "initiation", "site", "(", "MO", ")", "and", "then", "assessed", "by", "confocal", "microscopy", "for", "invasion", "further", "than", "30", "μm", "through", "a", "Matrigel", "-", "fibronectin", "matrix", "towards", "EGF", "-", "supplemented", "growth", "media", ".", "The", "30", "μm", "plane", "is", "indicated", "and", "scale", "bars", "represent", "100", "μm", ".", "Quantifications", "are", "shown", "in", "the", "right", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) A431 and HT29 cells endogenously expressing mutant R273Hp53 were treated with control morpholino Ctl-1 or morpholino targeting Δ160p53's translation initiation site (MO) and then assessed by confocal microscopy for invasion further than 30 μm through a Matrigel-fibronectin matrix towards EGF-supplemented growth media. The 30 μm plane is indicated and scale bars represent 100 μm. Quantifications are shown in the right panel."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "LC3B", "and", "GABARAP", "lipidation", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "ATG16L1", "-", "KO", "HEK293A", "cells", ",", "with", "or", "without", "stimulation", "for", "2h", "as", "indicated", ".", "BafA1", "stands", "for", "Bafilomycin", "A1", ".", "Gamma", "-", "Tubulin", "(", "γ", "-", "Tubulin", ")", "is", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "of", "lipidated", "LC3B", "(", "LC3B", "-", "II", ")", "to", "γ", "-", "tubulin", "(", "normalized", "to", "untreated", "WT", "cells", ")", "from", "immunoblots", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "presented", "as", "mean", " ", "+", " ", "SEM", ",", "from", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "-", "value", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of LC3B and GABARAP lipidation in wild-type (WT) and ATG16L1-KO HEK293A cells, with or without stimulation for 2h as indicated. BafA1 stands for Bafilomycin A1. Gamma-Tubulin (γ-Tubulin) is loading control. Densitometry analysis of lipidated LC3B (LC3B-II) to γ-tubulin (normalized to untreated WT cells) from immunoblots in (A). Data information: All data presented as mean + SEM, from n = 3 independent experiments. P-value determined using two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "-", "and", "ATG5", "-", "KO", "HEK293A", "cells", "treated", "for", "2h", "as", "indicated", ".", "Vinculin", "is", "loading", "control", ".", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "the", "specified", "proteins", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "Vinculin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "C", ")", "and", "normalized", "to", "MC3", "treated", "ATG16L1", "KO", "cells", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "presented", "as", "mean", " ", "+", " ", "SEM", ",", "from", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "-", "value", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1- and ATG5-KO HEK293A cells treated for 2h as indicated. Vinculin is loading control. Cell lysates were immunoblotted for the specified proteins. Ratio of LC3B-II to Vinculin quantified from immunoblots in (C) and normalized to MC3 treated ATG16L1 KO cells. Data information: All data presented as mean + SEM, from n = 3 independent experiments. P-value determined using two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "LC3B", "and", "GABARAP", "lipidation", "from", "WT", ",", "ATG16L1", "-", "KO", "(", "L1", "-", "KO", ")", ",", "ATG16L2", "-", "KO", "(", "L2", "-", "KO", ")", ",", "TECPR1", "-", "KO", "(", "TEC", "-", "KO", ")", ",", "ATG16L1", "/", "L2", "-", "DKO", "(", "L1", "/", "L2", "-", "DKO", ")", ",", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "(", "L1", "/", "TEC", "DKO", ")", ",", "and", "ATG16L1", "/", "L2", "/", "TECPR1", "-", "TKO", "(", "L1", "/", "L2", "/", "TEC", "-", "TKO", ")", "PC", "-", "3", "cells", ",", "treated", "as", "indicated", "for", "2h", ",", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "Vinculin", "is", "loading", "control", ".", "MRT68921", "and", "SAR405", "are", "ULK", "and", "VPS34", "inhibitors", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "presented", "as", "mean", " ", "+", " ", "SEM", ",", "from", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "-", "value", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of LC3B and GABARAP lipidation from WT, ATG16L1-KO (L1-KO), ATG16L2-KO (L2-KO), TECPR1-KO (TEC-KO), ATG16L1/L2-DKO (L1/L2-DKO), ATG16L1/TECPR1-DKO (L1/TEC DKO), and ATG16L1/L2/TECPR1-TKO (L1/L2/TEC-TKO) PC-3 cells, treated as indicated for 2h, were immunoblotted for the indicated proteins. Vinculin is loading control. MRT68921 and SAR405 are ULK and VPS34 inhibitors, respectively. Data information: All data presented as mean + SEM, from n = 3 independent experiments. P-value determined using two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "-", "KO", "and", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HEK293A", "cells", "with", "or", "without", "TECPR1", "rescue", ",", "treated", "as", "indicated", "for", "2h", ".", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "Vinculin", "is", "loading", "control", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "Vinculin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "G", ")", "and", "normalized", "to", "ATG16L1", "-", "KO", "cells", "treated", "with", "MC3", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "presented", "as", "mean", " ", "+", " ", "SEM", ",", "from", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "-", "value", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1-KO and ATG16L1/TECPR1-DKO HEK293A cells with or without TECPR1 rescue, treated as indicated for 2h. Cell lysates were immunoblotted against the indicated proteins. Vinculin is loading control. Ratio of LC3B-II to Vinculin quantified from immunoblots in (G) and normalized to ATG16L1-KO cells treated with MC3. Data information: All data presented as mean + SEM, from n = 3 independent experiments. P-value determined using two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "WT", ",", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HeLa", "cells", "with", "and", "without", "EGFP", "-", "TECPR1", "or", "EGFP", "-", "ATG16L1β", "rescue", ",", "treated", "for", "2h", "as", "indicated", ".", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "A", ")", "and", "normalized", "to", "untreated", "WT", "cells", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in WT, ATG16L1/TECPR1-DKO HeLa cells with and without EGFP-TECPR1 or EGFP-ATG16L1β rescue, treated for 2h as indicated. Cell lysates were immunoblotted for the indicated proteins. γ-Tubulin is loading control. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin quantified from immunoblots in (A) and normalized to untreated WT cells. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HeLa", "cells", "expressing", "mScarlet", "-", "LC3B", ",", "with", "or", "without", "EGFP", "-", "TECPR1", ",", "treated", "for", "2h", "with", "Cy5", "-", "labeled", "MC3", "particles", "(", "left", ")", "or", "LLOMe", "(", "right", ")", "as", "indicated", ".", "Scale", "bars", ":", "10", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of ATG16L1/TECPR1-DKO HeLa cells expressing mScarlet-LC3B, with or without EGFP-TECPR1, treated for 2h with Cy5-labeled MC3 particles (left) or LLOMe (right) as indicated. Scale bars: 10 µm."}
{"words": ["Confocal", "time", "lapse", "images", "of", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HeLa", "cells", ",", "showing", "localization", "of", "mScarlet", "-", "LC3B", "and", "EGFP", "-", "TECPR1", ",", "after", "treatment", "with", "400", "μM", "LLOMe", ".", "Scale", "bar", ":", "10", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal time lapse images of ATG16L1/TECPR1-DKO HeLa cells, showing localization of mScarlet-LC3B and EGFP-TECPR1, after treatment with 400 μM LLOMe. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "-", "KO", "HEK293A", "cells", ",", "treated", "with", "400µM", "LLOMe", "for", "indicated", "periods", "of", "time", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "E", ")", "and", "normalized", "to", "2hr", "(", "120min", ")", "LLOMe", "treatment", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "4", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1-KO HEK293A cells, treated with 400µM LLOMe for indicated periods of time. γ-Tubulin is loading control. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin quantified from immunoblots in (E) and normalized to 2hr (120min) LLOMe treatment. (Data presented as mean + SEM, n = 4 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test)."}
{"words": ["Time", "series", "of", "confocal", "images", "showing", "redistribution", "of", "EqtSM", "-", "mCherry", "(", "sphingomyelin", "(", "SM", ")", "probe", ")", "and", "EGFP", "-", "TECPR1", "in", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "cells", "with", "doxycycline", "-", "inducible", "(", "dox", ",", "2μg", "/", "ml", ")", "expression", "of", "EqtSM", "-", "mCherry", "cells", "following", "treatment", "with", "400µM", "LLOMe", ".", "Scale", "bar", ":", "10", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time series of confocal images showing redistribution of EqtSM-mCherry (sphingomyelin (SM) probe) and EGFP-TECPR1 in ATG16L1/TECPR1-DKO cells with doxycycline-inducible (dox, 2μg/ml) expression of EqtSM-mCherry cells following treatment with 400µM LLOMe. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "-", "and", "TECPR1", "-", "KO", "HEK293A", "cells", "with", "or", "without", "dox", "-", "inducible", "(", "2μg", "/", "ml", ")", "expression", "of", "nSMase2", "-", "mCherry", ",", "treated", "for", "2h", "as", "indicated", ".", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "B", ")", "and", "normalized", "to", "untreated", "ATG16L1", "-", "KO", "cells", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1- and TECPR1-KO HEK293A cells with or without dox-inducible (2μg/ml) expression of nSMase2-mCherry, treated for 2h as indicated. Cell lysates were immunoblotted against the indicated proteins. γ-Tubulin is loading control. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin quantified from immunoblots in (B) and normalized to untreated ATG16L1-KO cells. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HeLa", "cells", "expressing", "EGFP", "-", "TECPR1", ",", "with", "or", "without", "dox", "-", "inducible", "(", "2μg", "/", "ml", ")", "nSMase2", "overexpression", ",", "treated", "for", "2h", "as", "indicated", ".", "Scale", "bars", ":", "10", " ", "µm", ".", "Beeswarm", "-", "Superplot", "displaying", "mean", "number", "of", "EGFP", "-", "TECPR1", "dots", "per", "cell", "per", "image", "of", "data", "represented", "in", "(", "E", ")", "quantified", "by", "automated", "analysis", "using", "CellProfiler", ".", "Mean", "±", " ", "SEM", "from", "each", "independent", "experiment", "(", "3", "/", "group", ")", "presented", "as", "large", "data", "points", ",", "with", "the", "black", "line", "corresponding", "to", "the", "mean", "of", "means", ".", "Individual", "data", "points", "(", "small", ")", "corresponding", "to", "single", "images", "are", "color", "-", "coded", "and", "superimposed", "according", "to", "the", "biological", "replicate", "they", "originate", "from", ".", "Total", "cells", "per", "condition", "/", "images", "per", "condition", ":", "952", "/", "30", "(", "LLOMe", "treated", "-", "nSMase2", ")", "and", "1056", "/", "30", "(", "LLOMe", "treated", "+", "nSMase2", ")", "were", "analyzed", ".", "(", "P", "-", "values", "determined", "using", "Student", "'", "s", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of ATG16L1/TECPR1-DKO HeLa cells expressing EGFP-TECPR1, with or without dox-inducible (2μg/ml) nSMase2 overexpression, treated for 2h as indicated. Scale bars: 10 µm. Beeswarm-Superplot displaying mean number of EGFP-TECPR1 dots per cell per image of data represented in (E) quantified by automated analysis using CellProfiler. Mean ± SEM from each independent experiment (3/group) presented as large data points, with the black line corresponding to the mean of means. Individual data points (small) corresponding to single images are color-coded and superimposed according to the biological replicate they originate from. Total cells per condition/images per condition: 952/30 (LLOMe treated - nSMase2) and 1056/30 (LLOMe treated + nSMase2) were analyzed. (P-values determined using Student's unpaired t test)."}
{"words": ["Liposome", "co", "-", "sedimentation", "assay", "of", "the", "indicated", "recombinant", "proteins", "and", "liposomes", "with", "or", "without", "SM", ".", "S", ":", "supernatant", ";", "P", ":", "pellet", ".", "Liposome", "binding", "in", "(", "C", ")", "was", "quantified", "as", "percentage", "of", "total", "protein", "in", "the", "pellet", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liposome co-sedimentation assay of the indicated recombinant proteins and liposomes with or without SM. S: supernatant; P: pellet. Liposome binding in (C) was quantified as percentage of total protein in the pellet. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "-", "KO", "or", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HEK293A", "cells", "with", "or", "without", "rescue", "with", "TECPR1", "(", "WT", ")", ",", "TECPR1", "W77A", ",", "TECPR1", "W154A", ",", "TECPR1", "W829A", "or", "TECPR1", "F908A", ",", "and", "treated", "with", "400", "µM", "LLOMe", "for", "2h", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "C", ")", "and", "normalized", "to", "ATG16L1", "-", "KO", "cells", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "presented", "as", "mean", " ", "+", " ", "SEM", "(", "in", "(", "D", ")", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "-", "values", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "in", "D", "and", "H", ";", "ns", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1-KO or ATG16L1/TECPR1-DKO HEK293A cells with or without rescue with TECPR1 (WT), TECPR1 W77A, TECPR1 W154A, TECPR1 W829A or TECPR1 F908A, and treated with 400 µM LLOMe for 2h. γ-Tubulin is loading control. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin quantified from immunoblots in (C) and normalized to ATG16L1-KO cells. Data information: All data presented as mean + SEM (in (D) n = 3 independent experiments. P-values determined using one-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test in D and H; ns= not significant."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", "HEK293A", "cells", "rescued", "with", "TECPR1", "(", "WT", ")", ",", "TECPR1", "W77A", ",", "TECPR1", "W829A", "or", "TECPR1", "W77A", "/", "W829A", "(", "WAWA", ")", ",", "and", "treated", "with", "400", "µM", "LLOMe", "for", "2h", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in ATG16L1/TECPR1-DKO HEK293A cells rescued with TECPR1 (WT), TECPR1 W77A, TECPR1 W829A or TECPR1 W77A/W829A (WAWA), and treated with 400 µM LLOMe for 2h. γ-Tubulin is loading control."}
{"words": ["Maximum", "intensity", "projection", "of", "confocal", "images", "of", "HeLaK", "cells", "expressing", "EGFP", "-", "TECPR1", "(", "WT", ")", "or", "W77A", "/", "W829A", "(", "WAWA", ")", "mutant", ",", "with", "or", "without", "400µM", "LLOMe", "for", "30min", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "Hoechst", "33342", "(", "in", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10μm", "Beeswarm", "-", "Superplot", "displaying", "mean", "number", "of", "EGFP", "-", "TECPR1", "dots", "per", "cell", "per", "image", "of", "data", "represented", "in", "(", "G", ")", "quantified", "by", "automated", "analysis", "using", "CellProfiler", ".", "Mean", " ", "±", " ", "SEM", "from", "each", "independent", "experiment", "(", "3", "/", "group", ")", "presented", "as", "large", "data", "points", ",", "with", "the", "black", "line", "corresponding", "to", "the", "mean", "of", "means", ".", "Individual", "data", "points", "(", "small", ")", "corresponding", "to", "single", "images", "are", "color", "-", "coded", "and", "superimposed", "according", "to", "the", "biological", "replicate", "they", "came", "from", ".", "Total", "cells", "per", "condition", "/", "images", "per", "condition", ":", "2502", "/", "59", "(", "WT", "untreated", ")", ",", "2549", "/", "48", "(", "WT", "LLOMe", ")", ",", "2256", "/", "59", "(", "WAWA", "untreated", ")", "and", "2816", "/", "59", "(", "WAWA", "LLOMe", ")", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Maximum intensity projection of confocal images of HeLaK cells expressing EGFP-TECPR1 (WT) or W77A/W829A (WAWA) mutant, with or without 400µM LLOMe for 30min. Nuclei were counterstained with Hoechst 33342 (in blue). Scale bar: 10μm Beeswarm-Superplot displaying mean number of EGFP-TECPR1 dots per cell per image of data represented in (G) quantified by automated analysis using CellProfiler. Mean ± SEM from each independent experiment (3/group) presented as large data points, with the black line corresponding to the mean of means. Individual data points (small) corresponding to single images are color-coded and superimposed according to the biological replicate they came from. Total cells per condition/images per condition: 2502/59 (WT untreated), 2549/48 (WT LLOMe), 2256/59 (WAWA untreated) and 2816/59 (WAWA LLOMe) were analyzed."}
{"words": ["Coomassie", "-", "stained", "gel", "depicting", "in", "vitro", "LC3B", "lipidation", "reactions", "using", "the", "indicated", "combinations", "of", "proteins", "and", "liposomes", "(", "with", "or", "without", "SM", ")", ",", "after", "being", "subjected", "to", "a", "liposome", "co", "-", "sedimentation", "assay", ".", "LC3B", "-", "AMP", "is", "denoted", "with", "an", "asterix", "(", "*", ")", ".", "The", "extent", "of", "LC3B", "-", "I", "to", "-", "II", "conversion", "in", "(", "A", ")", "was", "determined", "and", "plotted", "as", "percentage", "of", "total", "LC3B", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Coomassie-stained gel depicting in vitro LC3B lipidation reactions using the indicated combinations of proteins and liposomes (with or without SM), after being subjected to a liposome co-sedimentation assay. LC3B-AMP is denoted with an asterix (*). The extent of LC3B-I to -II conversion in (A) was determined and plotted as percentage of total LC3B. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["Liposome", "co", "-", "sedimentation", "assay", "of", "the", "indicated", "recombinant", "proteins", "and", "liposomes", "with", "or", "without", "SM", ".", "S", ",", "supernatant", ";", "P", ",", "pellet", ".", "Liposome", "binding", "in", "(", "C", ")", "was", "quantified", "as", "percentage", "of", "total", "protein", "in", "the", "pellet", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liposome co-sedimentation assay of the indicated recombinant proteins and liposomes with or without SM. S, supernatant; P, pellet. Liposome binding in (C) was quantified as percentage of total protein in the pellet. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["Liposome", "co", "-", "sedimentation", "assay", "of", "the", "indicated", "recombinant", "proteins", "and", "liposomes", "with", "or", "without", "SM", ".", "S", ",", "supernatant", ";", "P", ",", "pellet", ".", "Liposome", "binding", "in", "(", "C", ")", "was", "quantified", "as", "percentage", "of", "total", "protein", "in", "the", "pellet", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liposome co-sedimentation assay of the indicated recombinant proteins and liposomes with or without SM. S, supernatant; P, pellet. Liposome binding in (C) was quantified as percentage of total protein in the pellet. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant)."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "WT", ",", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", ",", "ATG16L1", "-", "KO", "and", "TECPR1", "-", "KO", "HeLa", "cells", "with", "or", "without", "dox", "-", "inducible", "(", "2μg", "/", "ml", ")", "expression", "of", "mCherry", "-", "SopF", ",", "treated", "as", "indicated", "for", "2h", ",", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "MRT68921", "and", "SAR405", "are", "ULK", "and", "VPS34", "inhibitors", ",", "respectively", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "or", "Vinculin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "A", ")", "and", "normalized", "to", "WT", "monensin", "treated", "cells", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", ".", "(", "Data", "has", "skewed", "distribution", ".", "P", "-", "values", "were", "determined", "with", "Kruskal", "-", "Wallis", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in WT, ATG16L1/TECPR1-DKO, ATG16L1-KO and TECPR1-KO HeLa cells with or without dox-inducible (2μg/ml) expression of mCherry-SopF, treated as indicated for 2h, were immunoblotted for the indicated proteins. γ-Tubulin is loading control. MRT68921 and SAR405 are ULK and VPS34 inhibitors, respectively. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin or Vinculin quantified from immunoblots in (A) and normalized to WT monensin treated cells. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant). (Data has skewed distribution. P-values were determined with Kruskal-Wallis followed by Dunn's multiple comparisons test)."}
{"words": ["LC3B", "/", "GABARAP", "lipidation", "in", "WT", ",", "ATG16L1", "/", "TECPR1", "-", "DKO", ",", "ATG16L1", "-", "KO", "and", "TECPR1", "-", "KO", "HeLa", "cells", "with", "or", "without", "dox", "-", "inducible", "(", "2μg", "/", "ml", ")", "expression", "of", "mCherry", "-", "SopF", ",", "treated", "as", "indicated", "for", "2h", ",", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "γ", "-", "Tubulin", "is", "loading", "control", ".", "MRT68921", "and", "SAR405", "are", "ULK", "and", "VPS34", "inhibitors", ",", "respectively", ".", "Ratio", "of", "LC3B", "-", "II", "to", "γ", "-", "Tubulin", "or", "Vinculin", "quantified", "from", "immunoblots", "in", "(", "A", ")", "and", "normalized", "to", "WT", "monensin", "treated", "cells", ".", "(", "Data", "presented", "as", "mean", "+", " ", "SEM", ",", "n", " ", "=", " ", "3", "independent", "experiments", ",", "P", "-", "value", "from", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ";", "ns", "=", "not", "significant", ")", ".", "(", "Data", "has", "skewed", "distribution", ".", "P", "-", "values", "were", "determined", "with", "Kruskal", "-", "Wallis", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3B/GABARAP lipidation in WT, ATG16L1/TECPR1-DKO, ATG16L1-KO and TECPR1-KO HeLa cells with or without dox-inducible (2μg/ml) expression of mCherry-SopF, treated as indicated for 2h, Cell lysates were immunoblotted for the indicated proteins. γ-Tubulin is loading control. MRT68921 and SAR405 are ULK and VPS34 inhibitors, respectively. Ratio of LC3B-II to γ-Tubulin or Vinculin quantified from immunoblots in (A) and normalized to WT monensin treated cells. (Data presented as mean + SEM, n = 3 independent experiments, P-value from two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test; ns= not significant). (Data has skewed distribution. P-values were determined with Kruskal-Wallis followed by Dunn's multiple comparisons test)."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "WT", "and", "TECPR1", "-", "KO", "cells", "with", "or", "without", "dox", "-", "inducible", "(", "2μg", "/", "ml", ")", "expression", "of", "mCherry", "-", "SopF", ",", "treated", "as", "indicated", "for", "2h", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "Hoechst", "33342", "(", "in", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10μm", "Beeswarm", "-", "Superplot", "displaying", "number", "of", "LC3", "puncta", "per", "cell", "in", "the", "images", "represented", "in", "(", "E", ")", "quantified", "by", "automated", "analysis", "using", "CellProfiler", ".", "Mean", " ", "±", "SEM", "from", "each", "independent", "experiment", "(", "3", "/", "group", ")", "presented", "as", "large", "data", "points", ",", "with", "the", "black", "line", "corresponding", "to", "the", "mean", "of", "means", ".", "Individual", "data", "points", "(", "small", ")", "corresponding", "to", "single", "cells", "are", "color", "-", "coded", "and", "superimposed", "according", "to", "the", "biological", "replicate", "they", "originated", "from", ".", "Total", "cells", "per", "condition", "/", "images", "per", "condition", ":", "1169", "/", "30", "(", "WT", "LLOMe", ")", ",", "1064", "/", "29", "(", "WT", "-", "mcherrySopF", "LLOMe", ")", ",", "692", "/", "23", "(", "TECKO", "LLOMe", ")", "and", "983", "/", "30", "(", "TECKO", "-", "mcherrySopF", "untreated", ")", "were", "analyzed", ".", "(", "Data", "has", "skewed", "distribution", ".", "P", "-", "values", "were", "determined", "with", "Kruskal", "-", "Wallis", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of WT and TECPR1-KO cells with or without dox-inducible (2μg/ml) expression of mCherry-SopF, treated as indicated for 2h. Nuclei were counterstained with Hoechst 33342 (in blue). Scale bar: 10μm Beeswarm-Superplot displaying number of LC3 puncta per cell in the images represented in (E) quantified by automated analysis using CellProfiler. Mean ± SEM from each independent experiment (3/group) presented as large data points, with the black line corresponding to the mean of means. Individual data points (small) corresponding to single cells are color-coded and superimposed according to the biological replicate they originated from. Total cells per condition/images per condition: 1169/30 (WT LLOMe), 1064/29 (WT-mcherrySopF LLOMe), 692/23 (TECKO LLOMe) and 983/30 (TECKO-mcherrySopF untreated) were analyzed. (Data has skewed distribution. P-values were determined with Kruskal-Wallis followed by Dunn's multiple comparisons test)."}
{"words": ["A", "Analysis", "of", "published", "single", "-", "cell", "RNA", "sequencing", "data", "from", "lungs", "of", "non", "-", "infected", "mice", "and", "mice", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "MA10", "(", "GEO", "accession", "No", ".", "GSE186360", ")", ".", "Av", "Mφ", "=", "alveolar", "macrophages", ",", "DC", "=", "dendritic", "cells", ",", "infl", "mo", "=", "inflammatory", "monocytes", ",", "non", "clas", "mo", "=", "non", "-", "classical", "monocytes", ",", "trans", "mo", "=", "transitional", "/", "intermediate", "monocytes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Analysis of published single-cell RNA sequencing data from lungs of non-infected mice and mice infected with SARS-CoV-2 MA10 (GEO accession No. GSE186360). Av Mφ = alveolar macrophages, DC = dendritic cells, infl mo = inflammatory monocytes, non clas mo = non-classical monocytes, trans mo = transitional/intermediate monocytes."}
{"words": ["D", "Viral", "titers", "in", "lung", "homogenates", "at", "the", "indicated", "days", "post", "infection", "from", "mice", "infected", "as", "in", "B", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", ",", "data", "points", "at", "the", "x", "axis", "represent", "samples", "below", "the", "limit", "of", "detection", ",", "day", "3", "data", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "day", "2", "and", "5", "data", "are", "from", "single", "experiments", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Viral titers in lung homogenates at the indicated days post infection from mice infected as in B (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples, data points at the x axis represent samples below the limit of detection, day 3 data from two independent experiments, day 2 and 5 data are from single experiments, **p < 0.01, Mann-Whitney test)."}
{"words": ["E", "IL", "-", "6", "levels", "from", "lung", "homogenates", "and", "TNFα", "and", "IL", "-", "1β", "levels", "from", "serum", "on", "day", "3", "post", "infection", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", ",", "data", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E IL-6 levels from lung homogenates and TNFα and IL-1β levels from serum on day 3 post infection (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples, data from two independent experiments, ***p < 0.001, t-test)."}
{"words": ["F", "Viral", "titers", "in", "extrapulmonary", "organs", "on", "day", "3", "post", "infection", "were", "measured", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", "[", "n", "=", "7", "for", "heart", ",", "spleen", ",", "brain", ";", "n", "=", "5", "for", "kidney", "and", "liver", "]", ",", "data", "points", "at", "the", "x", "axis", "represent", "samples", "below", "the", "limit", "of", "detection", ",", "ns", ",", "multiple", "unpaired", "t", "-", "tests", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Viral titers in extrapulmonary organs on day 3 post infection were measured (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples [n=7 for heart, spleen, brain; n=5 for kidney and liver], data points at the x axis represent samples below the limit of detection, ns, multiple unpaired t-tests)."}
{"words": ["G", "Representative", "lung", "sections", "from", "WT", "or", "IFITM3", "KO", "animals", "stained", "for", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "N", "protein", ".", "Scale", "bars", "represent", "2", "mm", "for", "whole", "lung", "images", ".", "Colored", "boxes", "overlaying", "the", "whole", "lung", "images", "correspond", "to", "the", "displayed", "magnified", "regions", "and", "scale", "bars", "in", "these", "images", "represent", "0", ".", "2", "mm", ".", "Red", "triangles", ",", "infected", "airways", ";", "solid", "black", "arrow", ",", "non", "-", "infected", "blood", "vessels", ";", "open", "black", "arrow", ",", "infected", "blood", "vessels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Representative lung sections from WT or IFITM3 KO animals stained for SARS-CoV-2 N protein. Scale bars represent 2 mm for whole lung images. Colored boxes overlaying the whole lung images correspond to the displayed magnified regions and scale bars in these images represent 0.2 mm. Red triangles, infected airways; solid black arrow, non-infected blood vessels; open black arrow, infected blood vessels."}
{"words": ["K18", "-", "hACE2", "(", "hACE2", ")", "and", "K18", "-", "hACE2", "/", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "infected", "with", "104", "TCID", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "WA1", ".", "A", "Weight", "loss", "(", "data", "points", "represent", "mean", "and", "error", "bars", "represent", "SEM", ",", "data", "from", "two", "independent", "experiments", "[", "hACE2", "n", "=", "7", ",", "hACE2", "/", "IFITM3", "KO", "n", "=", "8", "]", ",", "skull", "/", "crossbones", "indicates", "that", "KO", "mice", "did", "not", "survive", "beyond", "this", "timepoint", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "ANOVA", "with", "Bonferoni", "'", "s", "multiple", "comparison", "'", "s", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K18-hACE2 (hACE2) and K18-hACE2/IFITM3 KO mice were infected with 104 TCID SARS-CoV-2 WA1. A Weight loss (data points represent mean and error bars represent SEM, data from two independent experiments [hACE2 n=7, hACE2/IFITM3 KO n=8], skull/crossbones indicates that KO mice did not survive beyond this timepoint, *p < 0.05, ** p < 0.01, ANOVA with Bonferoni's multiple comparison's test)."}
{"words": ["K18", "-", "hACE2", "(", "hACE2", ")", "and", "K18", "-", "hACE2", "/", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "infected", "with", "104", "TCID", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "WA1", ".", "C", "Viral", "titers", "in", "extrapulmonary", "organs", "on", "the", "indicated", "days", "post", "infection", "were", "measured", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", ",", "day", "3", "data", "for", "heart", ",", "spleen", ",", "and", "brain", "are", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "day", "3", "data", "for", "liver", "and", "kidney", "and", "day", "5", "data", "are", "from", "single", "experiments", ",", "data", "points", "at", "the", "x", "axis", "represent", "samples", "below", "the", "limit", "of", "detection", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K18-hACE2 (hACE2) and K18-hACE2/IFITM3 KO mice were infected with 104 TCID SARS-CoV-2 WA1. C Viral titers in extrapulmonary organs on the indicated days post infection were measured (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples, day 3 data for heart, spleen, and brain are from two independent experiments, day 3 data for liver and kidney and day 5 data are from single experiments, data points at the x axis represent samples below the limit of detection, **p < 0.01, Mann-Whitney test)."}
{"words": ["K18", "-", "hACE2", "(", "hACE2", ")", "and", "K18", "-", "hACE2", "/", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "infected", "with", "104", "TCID", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "WA1", ".", "D", "Representative", "lung", "sections", "from", "WT", "mice", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "MA10", "(", "105", "TCID", ")", "or", "K18", "-", "hACE2", "or", "K18", "-", "hACE2", "/", "IFITM3", "KO", "mice", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "WA1", "(", "104", "TCID", ")", "stained", "for", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "N", "protein", "at", "day", "5", "post", "infection", ".", "Scale", "bars", "represent", "2mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K18-hACE2 (hACE2) and K18-hACE2/IFITM3 KO mice were infected with 104 TCID SARS-CoV-2 WA1. D Representative lung sections from WT mice infected with SARS-CoV-2 MA10 (105 TCID) or K18-hACE2 or K18-hACE2/IFITM3 KO mice infected with SARS-CoV-2 WA1 (104 TCID) stained for SARS-CoV-2 N protein at day 5 post infection. Scale bars represent 2mm."}
{"words": ["WT", "and", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "intranasally", "infected", "with", "105", "TCID50", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "MA10", "or", "mock", "infected", "with", "PBS", "(", "Non", "-", "Infected", ",", "NI", ")", ".", "A", "Representative", "lung", "images", "from", "mice", "at", "the", "indicated", "times", "post", "infection", "were", "stained", "with", "hematoxylin", "and", "eosin", ".", "Scale", "bars", "represent", "2mm", "for", "whole", "lung", "images", "and", "500um", "for", "zoomed", "images", ".", "B", "Staining", "quantifications", "from", "multiple", "mice", "are", "shown", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "ANOVA", "with", "Bonferoni", "'", "s", "multiple", "comparison", "'", "s", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and IFITM3 KO mice were intranasally infected with 105 TCID50 SARS-CoV-2 MA10 or mock infected with PBS (Non-Infected, NI). A Representative lung images from mice at the indicated times post infection were stained with hematoxylin and eosin. Scale bars represent 2mm for whole lung images and 500um for zoomed images. B Staining quantifications from multiple mice are shown (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples, *p < 0.05, ANOVA with Bonferoni's multiple comparison's test)."}
{"words": ["WT", "and", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "intranasally", "infected", "with", "105", "TCID50", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "MA10", "or", "mock", "infected", "with", "PBS", "(", "Non", "-", "Infected", ",", "NI", ")", ".", "A", "Representative", "lung", "images", "from", "mice", "at", "the", "indicated", "times", "post", "infection", "were", "stained", "with", "anti", "-", "CD45", ".", "Scale", "bars", "represent", "2mm", "for", "whole", "lung", "images", "and", "500um", "for", "zoomed", "images", ".", "B", "Staining", "quantifications", "from", "multiple", "mice", "are", "shown", "(", "bars", "/", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SD", ",", "data", "points", "represent", "distinct", "biological", "samples", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "ANOVA", "with", "Bonferoni", "'", "s", "multiple", "comparison", "'", "s", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and IFITM3 KO mice were intranasally infected with 105 TCID50 SARS-CoV-2 MA10 or mock infected with PBS (Non-Infected, NI). A Representative lung images from mice at the indicated times post infection were stained with anti-CD45. Scale bars represent 2mm for whole lung images and 500um for zoomed images. B Staining quantifications from multiple mice are shown (bars/error bars represent mean ± SD, data points represent distinct biological samples, *p < 0.05, ANOVA with Bonferoni's multiple comparison's test)."}
{"words": ["WT", "and", "IFITM3", "KO", "mice", "were", "intranasally", "infected", "with", "105", "TCID50", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "MA10", ".", "RNA", "sequencing", "analysis", "was", "performed", "on", "RNA", "extracted", "from", "infected", "WT", "and", "IFITM3", "KO", "lungs", "on", "day", "2", "post", "infection", ".", "D", "Relative", "gene", "expression", "heat", "maps", "for", "genes", "from", "the", "top", "two", "most", "significant", "GO", "Biological", "Processes", "as", "shown", "in", "C", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and IFITM3 KO mice were intranasally infected with 105 TCID50 SARS-CoV-2 MA10. RNA sequencing analysis was performed on RNA extracted from infected WT and IFITM3 KO lungs on day 2 post infection. D Relative gene expression heat maps for genes from the top two most significant GO Biological Processes as shown in C."}
{"words": ["Primary", "skin", "fibroblasts", "from", "a", "normal", "individual", ",", "SLOS", "patient", ",", "ZS", "patients", ",", "X", "-", "ALD", "patient", ",", "and", "NPC", "patient", "incubated", "for", "24", "h", "without", "serum", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "pericentrin", "(", "red", ")", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "primary", "cilia", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "The", "intensity", "of", "Filipin", "III", "signal", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "a", ")", "was", "remarkably", "reduced", "in", "SLOS", "and", "ZS", "patient", "cells", "(", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "45", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Primary skin fibroblasts from a normal individual, SLOS patient, ZS patients, X-ALD patient, and NPC patient incubated for 24 h without serum were immunostained with anti-pericentrin (red) and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Arrows indicate primary cilia. Scale bar, 5 μm. The intensity of Filipin III signal at primary cilia from (a) was remarkably reduced in SLOS and ZS patient cells (**p<0.01: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 45-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Immunofluorescent", "staining", "of", "primary", "skin", "fibroblasts", "in", "quiescent", "G0", "phase", "treated", "with", "50", "nM", "Shh", "-", "N", "for", "24", "h", "using", "anti", "-", "Smo", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", ",", "and", "anti", "-", "γ", "-", "tubulin", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "Arrows", "indicate", "primary", "cilia", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "proportion", "of", "Smo", "-", "positive", "ciliated", "cells", "upon", "Shh", "-", "N", "stimulation", "from", "(", "C", ")", ".", "The", "populations", "of", "Smo", "-", "positive", "ciliated", "fibroblasts", "from", "the", "SLOS", "and", "ZS", "patients", "were", "significantly", "reduced", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "100", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "The", "Smo", "intensity", "at", "primary", "cilia", "in", "the", "fibroblasts", "from", "(", "C", ")", ".", "The", "ciliary", "localization", "of", "Smo", "upon", "Shh", "-", "N", "stimulation", "was", "significantly", "impaired", "in", "fibroblasts", "from", "the", "SLOS", "and", "ZS", "patients", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "90", "-", "100", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescent staining of primary skin fibroblasts in quiescent G0 phase treated with 50 nM Shh-N for 24 h using anti-Smo (green), anti-acetylated-tubulin (blue), and anti-γ-tubulin (red) antibodies. Arrows indicate primary cilia. Scale bar, 2.5 μm. Quantification of proportion of Smo-positive ciliated cells upon Shh-N stimulation from (C). The populations of Smo-positive ciliated fibroblasts from the SLOS and ZS patients were significantly reduced (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 100 cells per experiment). The Smo intensity at primary cilia in the fibroblasts from (C). The ciliary localization of Smo upon Shh-N stimulation was significantly impaired in fibroblasts from the SLOS and ZS patients (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 90-100 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Primary", "fibroblasts", "from", "a", "normal", "individual", ",", "and", "SLOS", "and", "ZS", "patients", "were", "treated", "with", "1", ".", "5", "%", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "for", "45", "min", "to", "remove", "cellular", "cholesterol", ",", "and", "then", "incubated", "with", "or", "without", "cholesterol", "(", "cholesterol", "/", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "complex", ")", "for", "1", "h", ".", "After", "washing", "out", "the", "exogenous", "cholesterol", ",", "the", "fibroblasts", "were", "stimulated", "with", "50", "nM", "Shh", "-", "N", "for", "24", "h", "in", "the", "presence", "of", "pravastatin", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "Smo", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", ",", "and", "anti", "-", "pericentrin", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "For", "the", "alternative", "cholesterol", "complementation", ",", "LDL", "(", "0", ".", "06", "mg", "/", "ml", ")", "was", "co", "-", "incubated", "with", "Shh", "-", "N", "and", "pravastatin", "for", "24", "h", "after", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "-", "mediated", "cholesterol", "depletion", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Smo", "intensity", "at", "primary", "cilia", "in", "the", "fibroblasts", "from", "(", "F", ")", ".", "The", "ciliary", "accumulation", "of", "Smo", "upon", "the", "Shh", "-", "N", "stimulation", "of", "fibroblasts", "from", "an", "SLO", "patient", "was", "restored", "by", "the", "complementation", "of", "both", "exogenous", "cholesterol", "/", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "complex", "and", "LDL", ",", "while", "that", "of", "cells", "from", "ZS", "patients", "was", "efficiently", "rescued", "by", "not", "LDL", "but", "cholesterol", "/", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "complex", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "90", "-", "100", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Primary fibroblasts from a normal individual, and SLOS and ZS patients were treated with 1.5% methyl-β-cyclodextrin for 45 min to remove cellular cholesterol, and then incubated with or without cholesterol (cholesterol/methyl-β-cyclodextrin complex) for 1 h. After washing out the exogenous cholesterol, the fibroblasts were stimulated with 50 nM Shh-N for 24 h in the presence of pravastatin, and then immunostained with anti-Smo (green), anti-acetylated-tubulin (blue), and anti-pericentrin (red) antibodies. For the alternative cholesterol complementation, LDL (0.06 mg/ml) was co-incubated with Shh-N and pravastatin for 24 h after methyl-β-cyclodextrin-mediated cholesterol depletion. Scale bar, 2.5 μm. Quantification of the Smo intensity at primary cilia in the fibroblasts from (F). The ciliary accumulation of Smo upon the Shh-N stimulation of fibroblasts from an SLO patient was restored by the complementation of both exogenous cholesterol/methyl-β-cyclodextrin complex and LDL, while that of cells from ZS patients was efficiently rescued by not LDL but cholesterol/methyl-β-cyclodextrin complex (*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 90-100 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "showing", "the", "depletion", "of", "PEX1", "and", "PEX14", "and", "the", "normal", "processing", "of", "Shh", "protein", "in", "the", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cell", "clones", ".", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis showing the depletion of PEX1 and PEX14 and the normal processing of Shh protein in the PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cell clones. GAPDH served as a loading control."}
{"words": ["Immunostaining", "with", "anti", "-", "PEX1", "(", "red", ")", "or", "PEX14", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "PMP70", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "ninein", "(", "blue", ")", ",", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "white", ")", "in", "wild", "-", "type", ",", "PEX1", "−", "/", "−", ",", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "in", "quiescent", "G0", "phase", ".", "Arrowheads", "indicate", "primary", "cilia", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "PMP70", "-", "positive", "peroxisomes", "per", "cell", "from", "(", "B", ")", ".", "Peroxisome", "formation", "in", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "was", "significantly", "impaired", "compared", "with", "that", "of", "the", "parental", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "20", "-", "25", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "Quantification", "of", "proportion", "of", "ciliated", "cells", "from", "(", "B", ")", ".", "Ciliogenesis", "in", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "was", "not", "significantly", "altered", "compared", "with", "that", "of", "the", "parental", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "190", "-", "200", "cells", "per", "experiment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunostaining with anti-PEX1 (red) or PEX14 (red), anti-PMP70 (green), anti-ninein (blue), and anti-acetylated tubulin (white) in wild-type, PEX1−/−, and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells in quiescent G0 phase. Arrowheads indicate primary cilia. Scale bar, 10 μm. Quantification of the number of PMP70-positive peroxisomes per cell from (B). Peroxisome formation in PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells was significantly impaired compared with that of the parental cells (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 20-25 cells per experiment). Quantification of proportion of ciliated cells from (B). Ciliogenesis in PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells was not significantly altered compared with that of the parental cells (mean ± s.d.: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 190-200 cells per experiment)."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "wild", "-", "type", ",", "PEX1", "−", "/", "−", ",", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "AcGFP1", "-", "tagged", "D4", "as", "a", "cholesterol", "probe", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "pericentrin", "(", "white", ")", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "red", ")", ".", "Arrows", "and", "arrowheads", "indicate", "primary", "cilia", "and", "cytosolic", "accumulations", "of", "AcGFP1", "-", "tagged", "D4", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "E", ")", ".", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "had", "significant", "reductions", "in", "the", "ciliary", "signal", "of", "Filipin", "III", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", ".", "Quantification", "of", "the", "AcGFP1", "-", "tagged", "D4", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "E", ")", ".", "The", "ciliary", "signal", "of", "AcGFP1", "-", "tagged", "D4", "in", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "was", "significantly", "diminished", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "25", "-", "30", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase wild-type, PEX1−/−, and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells transfected with AcGFP1-tagged D4 as a cholesterol probe were immunostained with anti-pericentrin (white) and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (red). Arrows and arrowheads indicate primary cilia and cytosolic accumulations of AcGFP1-tagged D4, respectively. Scale bar, 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (E). PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells had significant reductions in the ciliary signal of Filipin III (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively. Quantification of the AcGFP1-tagged D4 intensity at primary cilia from (E). The ciliary signal of AcGFP1-tagged D4 in PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells was significantly diminished (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 25-30 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "wild", "-", "type", ",", "PEX1", "−", "/", "−", ",", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "1", ".", "5", "%", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "for", "45", "min", ",", "and", "then", "incubated", "with", "or", "without", "cholesterol", "(", "cholesterol", "/", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "complex", ")", "for", "1", "h", ".", "After", "removing", "exogenous", "cholesterol", ",", "they", "were", "stimulated", "with", "50", "nM", "Shh", "-", "N", "for", "24", "h", "in", "the", "presence", "of", "pravastatin", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "Smo", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", ",", "and", "anti", "-", "γ", "-", "tubulin", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "For", "the", "alternative", "cholesterol", "complementation", ",", "LDL", "(", "0", ".", "06", "mg", "/", "ml", ")", "was", "co", "-", "incubated", "with", "Shh", "-", "N", "and", "pravastatin", "for", "24", "h", "after", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "-", "mediated", "cholesterol", "depletion", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Smo", "intensity", "at", "primary", "cilia", "in", "wild", "-", "type", ",", "PEX1", "−", "/", "−", ",", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "from", "(", "H", ")", ".", "PEX1", "−", "/", "−", "and", "PEX14", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "exhibited", "the", "dampened", "Shh", "-", "N", "ligand", "-", "induced", "ciliary", "accumulation", "of", "Smo", ".", "The", "complementation", "of", "exogenous", "cholesterol", "(", "cholesterol", "/", "methyl", "-", "β", "-", "cyclodextrin", "complex", ")", "restored", "the", "ciliary", "accumulation", "of", "Smo", "in", "both", "PEX", "-", "knockout", "cells", ",", "while", "the", "LDL", "complementation", "did", "not", "rescue", "the", "ciliary", "phenotypes", "efficiently", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "90", "-", "100", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase wild-type, PEX1−/−, and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells were treated with or without 1.5% methyl-β-cyclodextrin for 45 min, and then incubated with or without cholesterol (cholesterol/methyl-β-cyclodextrin complex) for 1 h. After removing exogenous cholesterol, they were stimulated with 50 nM Shh-N for 24 h in the presence of pravastatin, and then immunostained with anti-Smo (green), anti-acetylated-tubulin (blue), and anti-γ-tubulin (red) antibodies. For the alternative cholesterol complementation, LDL (0.06 mg/ml) was co-incubated with Shh-N and pravastatin for 24 h after methyl-β-cyclodextrin-mediated cholesterol depletion. Scale bar, 2.5 μm. Quantification of the Smo intensity at primary cilia in wild-type, PEX1−/−, and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells from (H). PEX1−/− and PEX14−/− hTERT-RPE1 cells exhibited the dampened Shh-N ligand-induced ciliary accumulation of Smo. The complementation of exogenous cholesterol (cholesterol/methyl-β-cyclodextrin complex) restored the ciliary accumulation of Smo in both PEX-knockout cells, while the LDL complementation did not rescue the ciliary phenotypes efficiently (*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 90-100 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "PEX14", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "ninein", "(", "white", ")", ",", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "Green", ")", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "showing", "peroxisome", "accompanied", "by", "cholesterol", "(", "arrows", ")", ".", "Three", "-", "dimensional", "reconstitution", "of", "the", "same", "cell", "indicates", "that", "Filipin", "III", "stains", "the", "membrane", "regions", "of", "ciliary", "axonemes", "and", "peroxisomes", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "2", ".", "5", "μm", "and", "1", ".", "25", "μm", "in", "lower", "-", "and", "higher", "-", "magnified", "images", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase hTERT-RPE1 cells were immunostained with anti-PEX14 (red), anti-ninein (white), and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (Green). Magnified images of the boxed regions showing peroxisome accompanied by cholesterol (arrows). Three-dimensional reconstitution of the same cell indicates that Filipin III stains the membrane regions of ciliary axonemes and peroxisomes. The scale bars indicate 2.5 μm and 1.25 μm in lower- and higher-magnified images, respectively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "wild", "-", "type", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "treated", "with", "Cytochalasin", "-", "D", "(", "200", "nM", ")", ",", "colcemid", "(", "50", "nM", ")", ",", "or", "Ciliobrevin", "-", "D", "(", "10", "μM", ")", "for", "6", "h", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "ARL13B", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "phospho", "-", "S473", "-", "Akt", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "ninein", "(", "green", ")", ",", "and", "anti", "-", "PMP70", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Arrows", "indicate", "the", "peroxisomes", "interacting", "with", "the", "ciliary", "pocket", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "proportion", "of", "primary", "cilia", "interacting", "with", "peroxisomes", "from", "(", "B", ")", ".", "Colcemid", "(", "50", "nM", ")", "and", "Ciliobrevin", "-", "D", "(", "10", "μM", ")", "significantly", "inhibited", "the", "spatial", "interaction", "between", "peroxisomes", "and", "primary", "cilia", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "45", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase wild-type hTERT-RPE1 cells treated with Cytochalasin-D (200 nM), colcemid (50 nM), or Ciliobrevin-D (10 μM) for 6 h were immunostained with anti-ARL13B (blue), anti-phospho-S473-Akt (red), anti-ninein (green), and anti-PMP70 (white) antibodies. Arrows indicate the peroxisomes interacting with the ciliary pocket. Scale bar, 5 μm. Quantification of proportion of primary cilia interacting with peroxisomes from (B). Colcemid (50 nM) and Ciliobrevin-D (10 μM) significantly inhibited the spatial interaction between peroxisomes and primary cilia (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 45-50 cells per experiment)."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "wild", "-", "type", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "treated", "with", "Cytochalasin", "-", "D", "(", "200", "nM", ")", ",", "Colcemid", "(", "50", "nM", ")", ",", "or", "Ciliobrevin", "-", "D", "(", "10", "μM", ")", "for", "6", "h", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "and", "anti", "-", "pericentrin", "(", "green", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "primary", "cilia", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "D", ")", ".", "Colcemid", "and", "Ciliobrevin", "-", "D", "interfered", "with", "the", "distribution", "of", "cholesterol", "in", "the", "ciliary", "membrane", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase wild-type hTERT-RPE1 cells were treated with Cytochalasin-D (200 nM), Colcemid (50 nM), or Ciliobrevin-D (10 μM) for 6 h and then immunostained with anti-acetylated tubulin (blue) and anti-pericentrin (green) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Arrows indicate primary cilia. Scale bar, 2.5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (D). Colcemid and Ciliobrevin-D interfered with the distribution of cholesterol in the ciliary membrane (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "transfected", "with", "AcGFP1", "-", "tagged", "EHD3", "and", "cultured", "without", "serum", "for", "24", "h", "before", "immunostaining", "with", "anti", "-", "GFP", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "ARL13B", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "PMP70", "(", "white", ")", ",", "and", "anti", "-", "phospho", "-", "S473", "-", "Akt", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "2", ".", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "hTERT-RPE1 cells were transfected with AcGFP1-tagged EHD3 and cultured without serum for 24 h before immunostaining with anti-GFP (green), anti-ARL13B (blue), anti-PMP70 (white), and anti-phospho-S473-Akt (red) antibodies. The scale bars represent 2.5 μm."}
{"words": ["3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "EHD1", "or", "EHD3", "and", "AcGFP1", "-", "tagged", "PEX14", "were", "coexpressed", "in", "HEK293T", "cells", "and", "then", "immunoprecipitated", "from", "whole", "-", "cell", "lysates", "using", "the", "anti", "-", "FLAG", "antibody", ".", "AcGFP1", "-", "tagged", "PEX14", "and", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "EHD1", "or", "EHD3", "fragments", "in", "the", "IP", "fractions", "and", "inputs", "were", "detected", "by", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3×FLAG-tagged EHD1 or EHD3 and AcGFP1-tagged PEX14 were coexpressed in HEK293T cells and then immunoprecipitated from whole-cell lysates using the anti-FLAG antibody. AcGFP1-tagged PEX14 and 3×FLAG-tagged EHD1 or EHD3 fragments in the IP fractions and inputs were detected by western blotting."}
{"words": ["Recombinant", "GST", "(", "0", ".", "2", "μg", ")", "or", "GST", "fused", "to", "PEX14", "proteins", "(", "1", "μg", ")", "and", "6", "×", "His", "-", "EHD3", "protein", "(", "1", "μg", ")", "were", "pulled", "down", "using", "glutathione", "-", "Sepharose", "beads", ".", "GST", "-", "tagged", "PEX14", "and", "6", "×", "His", "-", "tagged", "EHD3", "proteins", "in", "the", "pull", "-", "down", "fractions", "and", "inputs", "were", "detected", "by", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Recombinant GST (0.2 μg) or GST fused to PEX14 proteins (1 μg) and 6×His-EHD3 protein (1 μg) were pulled down using glutathione-Sepharose beads. GST-tagged PEX14 and 6×His-tagged EHD3 proteins in the pull-down fractions and inputs were detected by western blotting."}
{"words": ["3D", "reconstitution", "of", "the", "quiescent", "G0", "-", "phase", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "AcGFP1", "-", "tagged", "EHD3", "(", "white", ")", "immunostained", "with", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", "and", "anti", "-", "PEX14", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Cholesterol", "-", "containing", "peroxisome", "interacted", "with", "the", "ciliary", "pocket", "(", "arrow", ")", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstitution of the quiescent G0-phase hTERT-RPE1 cells transfected with AcGFP1-tagged EHD3 (white) immunostained with anti-acetylated-tubulin (blue) and anti-PEX14 (red) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Cholesterol-containing peroxisome interacted with the ciliary pocket (arrow). The scale bars indicate 2 μm."}
{"words": ["Maximum", "projection", "of", "z", "-", "stack", "sections", "of", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "expressing", "MCHR1", "-", "GFP", "(", "blue", ")", ",", "DsRed2", "-", "PACT", "(", "red", ")", "and", "ECFP", "-", "SKL", "(", "green", ")", "48", "h", "after", "serum", "starvation", ".", "The", "ECFP", "-", "SKL", "-", "positive", "cell", "with", "primary", "cilia", ",", "indicated", "by", "the", "red", "box", ",", "was", "analyzed", "by", "FIB", "-", "SEM", ".", "Top", ",", "differential", "interference", "contrast", "(", "DIC", ")", ";", "bottom", ",", "merged", "image", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Maximum projection of z-stack sections of hTERT-RPE1 cells expressing MCHR1-GFP (blue), DsRed2-PACT (red) and ECFP-SKL (green) 48 h after serum starvation. The ECFP-SKL-positive cell with primary cilia, indicated by the red box, was analyzed by FIB-SEM. Top, differential interference contrast (DIC); bottom, merged image. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["The", "fluorescent", "image", "of", "primary", "cilia", ",", "enlarged", "the", "area", "boxed", "in", "red", "in", "panel", "(", "A", ")", ".", "Arrow", "indicates", "the", "ECFP", "-", "SKL", "positive", "-", "peroxisome", "associated", "with", "primary", "cilium", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The fluorescent image of primary cilia, enlarged the area boxed in red in panel (A). Arrow indicates the ECFP-SKL positive-peroxisome associated with primary cilium. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["Single", "FIB", "-", "SEM", "image", "(", "left", ")", "showing", "a", "cross", "-", "section", "the", "ciliary", "pocket", "membrane", ",", "and", "3D", "surface", "model", "reconstructed", "from", "segmented", "FIB", "-", "SEM", "images", "(", "right", ")", ".", "Region", "of", "interest", "was", "coated", "by", "a", "protection", "layer", "of", "platinum", "before", "FIB", "milling", ".", "Plasma", "membrane", "(", "PM", ")", ",", "yellow", "(", "surface", "view", "75", "%", "transmission", ")", ";", "cilia", ",", "green", "(", "surface", "view", ")", ";", "ciliary", "pocket", "membrane", "(", "CPM", ")", ",", "red", "(", "surface", "view", "70", "%", "transmission", ")", ";", "mitochondria", "(", "Mito", ")", ",", "orange", "(", "surface", "view", ")", ";", "peroxisome", "(", "PO", ")", ",", "purple", "(", "surface", "view", ")", ";", "basal", "body", "(", "BB", ")", ",", "white", "(", "surface", "view", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", ".", "Enlarged", "3D", "view", "of", "peroxisome", "interacting", "with", "ciliary", "pocket", "and", "mitochondria", ".", "Left", ",", "x", "-", "y", "view", ";", "right", ",", "oblique", "view", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Single FIB-SEM image (left) showing a cross-section the ciliary pocket membrane, and 3D surface model reconstructed from segmented FIB-SEM images (right). Region of interest was coated by a protection layer of platinum before FIB milling. Plasma membrane (PM), yellow (surface view 75% transmission); cilia, green (surface view); ciliary pocket membrane (CPM), red (surface view 70% transmission); mitochondria (Mito), orange (surface view); peroxisome (PO), purple (surface view); basal body (BB), white (surface view). Scale bar, 1 µm. Enlarged 3D view of peroxisome interacting with ciliary pocket and mitochondria. Left, x-y view; right, oblique view. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "showing", "depletion", "of", "ORP3", "in", "the", "ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cell", "clones", ".", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis showing depletion of ORP3 in the ORP3−/− hTERT-RPE1 cell clones. GAPDH served as a loading control."}
{"words": ["ORP3", "+", "/", "+", "and", "ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "incubated", "for", "24", "h", "without", "serum", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "pericentrin", "(", "red", ")", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "primary", "cilia", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "C", ")", ".", "ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "exhibited", "a", "significant", "reduction", "of", "ciliary", "cholesterol", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ORP3+/+ and ORP3−/− hTERT-RPE1 cells incubated for 24 h without serum were immunostained with anti-pericentrin (red) and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Arrows indicate primary cilia. Scale bar, 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (C). ORP3−/− hTERT-RPE1 cells exhibited a significant reduction of ciliary cholesterol (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Three", "-", "dimensional", "reconstitution", "of", "the", "quiescent", "G0", "-", "phase", "ORP3", "+", "/", "+", "and", "ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "immunostained", "with", "anti", "-", "ARL13B", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "phospho", "-", "S473", "-", "Akt", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "ORP3", "(", "green", ")", ",", "and", "anti", "-", "PMP70", "(", "white", ")", "antibodies", "indicates", "that", "ORP3", "at", "the", "ciliary", "pocket", "(", "arrow", "and", "arrowhead", ")", "mediates", "the", "membrane", "regions", "of", "ciliary", "pocket", "and", "peroxisomes", "(", "arrowhead", ")", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "proportion", "of", "primary", "cilia", "interacting", "with", "peroxisomes", "from", "(", "E", ")", ".", "Depletion", "of", "ORP3", "significantly", "interfered", "with", "the", "spatial", "interaction", "between", "peroxisomes", "and", "primary", "cilia", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "45", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Three-dimensional reconstitution of the quiescent G0-phase ORP3+/+ and ORP3−/− hTERT-RPE1 cells immunostained with anti-ARL13B (blue), anti-phospho-S473-Akt (red), anti-ORP3 (green), and anti-PMP70 (white) antibodies indicates that ORP3 at the ciliary pocket (arrow and arrowhead) mediates the membrane regions of ciliary pocket and peroxisomes (arrowhead). The scale bars indicate 5 μm. Quantification of proportion of primary cilia interacting with peroxisomes from (E). Depletion of ORP3 significantly interfered with the spatial interaction between peroxisomes and primary cilia (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 45-50 cells per experiment)."}
{"words": ["3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "ORP3", "and", "AcGFP1", "-", "tagged", "PEX14", ",", "EHD1", "or", "EHD3", "were", "coexpressed", "in", "HEK293T", "cells", "and", "then", "immunoprecipitated", "from", "whole", "-", "cell", "lysates", "using", "the", "anti", "-", "FLAG", "antibody", ".", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "ORP3", "and", "AcGFP1", "-", "tagged", "PEX14", ",", "EHD1", "or", "EHD3", "fragments", "in", "the", "IP", "fractions", "and", "inputs", "were", "detected", "by", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3×FLAG-tagged ORP3 and AcGFP1-tagged PEX14, EHD1 or EHD3 were coexpressed in HEK293T cells and then immunoprecipitated from whole-cell lysates using the anti-FLAG antibody. 3×FLAG-tagged ORP3 and AcGFP1-tagged PEX14, EHD1 or EHD3 fragments in the IP fractions and inputs were detected by western blotting."}
{"words": ["ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "transfected", "with", "AcGFP1", "-", "tagged", "ORP3", ",", "PH", "domain", "deleted", "-", "ORP3", "mutant", "(", "ΔPH", ")", ",", "FFAT", "motif", "-", "deleted", "-", "ORP3", "mutant", "(", "ΔFFAT", ")", ",", "or", "OHD", "domain", "deleted", "-", "ORP3", "mutant", "(", "ΔOHD", ")", "and", "cultured", "without", "serum", "for", "24", "h", "before", "Filipin", "-", "III", "(", "green", ")", "-", "mediated", "cholesterol", "staining", "and", "immunostaining", "with", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "pericentrin", "(", "white", ")", ",", "and", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Arrows", "represent", "AcGFP1", "-", "tagged", "ORP3", "or", "the", "mutants", "localized", "to", "the", "ciliary", "pocket", ".", "AcGFP1", "-", "tagged", "ORP3ΔPH", "mutant", "mis", "-", "localized", "to", "the", "ciliary", "pocket", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "H", ")", ".", "AcGFP1", "-", "tagged", "ORP3", "deletion", "mutants", "did", "not", "restore", "the", "ciliary", "cholesterol", "insufficiency", "in", "the", "ORP3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ORP3−/− hTERT-RPE1 cells were transfected with AcGFP1-tagged ORP3, PH domain deleted-ORP3 mutant (ΔPH), FFAT motif-deleted-ORP3 mutant (ΔFFAT), or OHD domain deleted-ORP3 mutant (ΔOHD) and cultured without serum for 24 h before Filipin-III (green)-mediated cholesterol staining and immunostaining with anti-GFP (red), anti-pericentrin (white), and anti-acetylated-tubulin (blue) antibodies. Arrows represent AcGFP1-tagged ORP3 or the mutants localized to the ciliary pocket. AcGFP1-tagged ORP3ΔPH mutant mis-localized to the ciliary pocket. The scale bars indicate 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (H). AcGFP1-tagged ORP3 deletion mutants did not restore the ciliary cholesterol insufficiency in the ORP3−/− hTERT-RPE1 cells (*p<0.05, ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Rabin8", "+", "/", "+", "and", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "incubated", "for", "24", "h", "without", "serum", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "pericentrin", "(", "red", ")", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "A", ")", ".", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "exhibited", "a", "significant", "reduction", "of", "ciliary", "cholesterol", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rabin8+/+ and Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells incubated for 24 h without serum were immunostained with anti-pericentrin (red) and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Scale bar, 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (A). Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells exhibited a significant reduction of ciliary cholesterol (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "Rabin8", "+", "/", "+", "and", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "ARL13B", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "phospho", "-", "S473", "-", "Akt", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "ninein", "(", "green", ")", ",", "and", "anti", "-", "PMP70", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Arrow", "indicates", "the", "peroxisomes", "contacting", "the", "ciliary", "pocket", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "(", "C", ")", "indicating", "that", "disruption", "of", "the", "Rabin8", "gene", "significantly", "inhibited", "the", "spatial", "interaction", "between", "peroxisomes", "and", "primary", "cilia", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "45", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase Rabin8+/+ and Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells were immunostained with anti-ARL13B (blue), anti-phospho-S473-Akt (red), anti-ninein (green), and anti-PMP70 (white) antibodies. Arrow indicates the peroxisomes contacting the ciliary pocket. Scale bar, 5 μm. Quantification of (C) indicating that disruption of the Rabin8 gene significantly inhibited the spatial interaction between peroxisomes and primary cilia (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 45-50 cells per experiment)."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transiently", "expressing", "PEX3", "-", "GFP", "-", "FRB", "(", "green", ")", "and", "tdTomato", "-", "BicD2", "-", "FKBP", "(", "red", ")", "treated", "with", "rapamycin", "were", "imaged", "live", "for", "10", "min", "by", "confocal", "microscopy", "(", "Movie", "EV10", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase hTERT-RPE1 cells transiently expressing PEX3-GFP-FRB (green) and tdTomato-BicD2-FKBP (red) treated with rapamycin were imaged live for 10 min by confocal microscopy (Movie EV10). Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "Rabin8", "+", "/", "+", "and", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "PEX3", "-", "GFP", "-", "FRB", "(", "red", ")", "and", "tdTomato", "-", "BicD2", "-", "FKBP", "(", "white", ")", "were", "treated", "with", "or", "without", "100", "μM", "rapamycin", "for", "30", "min", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibody", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "Green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "enrichment", "of", "ciliary", "cholesterol", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "G", ")", ".", "Rapamycin", "-", "induced", "peroxisome", "targeting", "to", "the", "ciliary", "pocket", "restored", "the", "reduction", "of", "ciliary", "cholesterol", "in", "the", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase Rabin8+/+ and Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells transfected with PEX3-GFP-FRB (red) and tdTomato-BicD2-FKBP (white) were treated with or without 100 μM rapamycin for 30 min, and then immunostained with anti-acetylated-tubulin (blue) antibody. Cholesterol was stained with Filipin III (Green). Arrows indicate the enrichment of ciliary cholesterol. The scale bars represent 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (G). Rapamycin-induced peroxisome targeting to the ciliary pocket restored the reduction of ciliary cholesterol in the Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "transfected", "with", "AcGFP1", "-", "tagged", "Rabin8", ",", "GFP", "-", "tagged", "Rab8A", ",", "GFP", "-", "tagged", "Rab8A", "-", "Q67L", "(", "constitutively", "active", "form", ")", ",", "GFP", "-", "Rab8B", ",", "GFP", "-", "Rab8B", "-", "Q67L", "(", "constitutively", "active", "form", ")", ",", "AcGFP1", "-", "tagged", "Rab10", ",", "or", "AcGFP1", "-", "tagged", "Rab10", "-", "Q68L", "(", "constitutively", "active", "form", ")", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", ",", "and", "anti", "-", "ninein", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "Green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "enrichment", "of", "ciliary", "cholesterol", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "(", "I", ")", "showing", "that", "AcGFP1", "-", "tagged", "Rabin8", "and", "AcGFP1", "-", "tagged", "Rab10", "-", "Q68L", "effectively", "restored", "the", "defect", "in", "ciliary", "enrichment", "of", "cholesterol", "in", "Rabin8", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "35", "-", "40", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells were transfected with AcGFP1-tagged Rabin8, GFP-tagged Rab8A, GFP-tagged Rab8A-Q67L (constitutively active form), GFP-Rab8B, GFP-Rab8B-Q67L (constitutively active form), AcGFP1-tagged Rab10, or AcGFP1-tagged Rab10-Q68L (constitutively active form), and then immunostained with anti-GFP (red), anti-acetylated-tubulin (blue), and anti-ninein (white) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (Green). Arrows indicate the enrichment of ciliary cholesterol. The scale bars represent 5 μm. Quantification of (I) showing that AcGFP1-tagged Rabin8 and AcGFP1-tagged Rab10-Q68L effectively restored the defect in ciliary enrichment of cholesterol in Rabin8−/− hTERT-RPE1 cells (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 35-40 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Whole", "-", "cell", "lysates", "from", "HEK293T", "cells", "expressing", "AcGFP1", "or", "AcGFP1", "-", "tagged", "PEX14", "and", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "KIFC3", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "and", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Whole-cell lysates from HEK293T cells expressing AcGFP1 or AcGFP1-tagged PEX14 and 3×FLAG-tagged KIFC3 were immunoprecipitated with anti-FLAG antibody and immunoblotted with anti-GFP or anti-FLAG antibody."}
{"words": ["Whole", "-", "cell", "lysates", "from", "HEK293T", "cells", "expressing", "AcGFP1", "-", "tagged", "KIFC3", "and", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "Rab10", "or", "Rab10", "-", "Q68L", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "and", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Whole-cell lysates from HEK293T cells expressing AcGFP1-tagged KIFC3 and 3×FLAG-tagged Rab10 or Rab10-Q68L were immunoprecipitated with anti-FLAG antibody and immunoblotted with anti-GFP or anti-FLAG antibody."}
{"words": ["Whole", "-", "cell", "lysates", "from", "HEK293T", "cells", "expressing", "AcGFP1", "-", "tagged", "Pex14", "and", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "Rab10", "or", "Rab10", "-", "Q68L", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "and", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Whole-cell lysates from HEK293T cells expressing AcGFP1-tagged Pex14 and 3×FLAG-tagged Rab10 or Rab10-Q68L were immunoprecipitated with anti-FLAG antibody and immunoblotted with anti-GFP or anti-FLAG antibody."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "the", "ciliary", "cholesterol", "trafficking", "-", "associated", "components", "in", "Pex1", "+", "/", "+", "and", "Pex1", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", ".", "Total", "cell", "lysates", "were", "separated", "to", "crude", "peroxisomal", "(", "Crude", "Pex", ")", ",", "lysosomal", "and", "mitochondrial", "(", "Lyso", "/", "Mito", ")", ",", "and", "peroxisomal", "(", "PEX", ")", "fractions", ".", "CYPOR", ",", "a", "lysosomal", "and", "mitochondrial", "protein", ",", "served", "as", "a", "positive", "control", "for", "the", "Lyso", "/", "Mito", "fractionation", ".", "Total", "cell", "lysates", "were", "gradually", "injected", "at", "20", "µg", "and", "5", "µg", "into", "a", "gel", "for", "SDS", "-", "PAGE", ",", "while", "equal", "amounts", "(", "5", "µg", ")", "of", "protein", "from", "each", "fraction", "were", "loaded", ".", "Rabin8", ",", "Rab10", ",", "and", "KIFC3", "were", "concentrated", "in", "the", "PEX", "fraction", "in", "Pex1", "+", "/", "+", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", ".", "CYPOR", "(", "cytochrome", "P450", "reductase", ")", "is", "a", "mitochondrial", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of the ciliary cholesterol trafficking-associated components in Pex1+/+ and Pex1−/− hTERT-RPE1 cells. Total cell lysates were separated to crude peroxisomal (Crude Pex), lysosomal and mitochondrial (Lyso/Mito), and peroxisomal (PEX) fractions. CYPOR, a lysosomal and mitochondrial protein, served as a positive control for the Lyso/Mito fractionation. Total cell lysates were gradually injected at 20 µg and 5 µg into a gel for SDS-PAGE, while equal amounts (5 µg) of protein from each fraction were loaded. Rabin8, Rab10, and KIFC3 were concentrated in the PEX fraction in Pex1+/+ hTERT-RPE1 cells. CYPOR (cytochrome P450 reductase) is a mitochondrial protein."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "3", "×", "FLAG", "-", "tagged", "KIFC3", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "FLAG", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "PEX14", "(", "red", ")", ",", "and", "anti", "-", "α", "-", "tubulin", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Magnified", "3D", "-", "constituted", "images", "of", "the", "boxed", "regions", "showing", "peroxisomes", "are", "located", "on", "the", "microtubule", "arrays", "via", "KIFC3", "(", "arrows", ")", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase hTERT-RPE1 cells transfected with 3×FLAG-tagged KIFC3 were immunostained with anti-FLAG (green), anti-PEX14 (red), and anti-α-tubulin (white) antibodies. Magnified 3D-constituted images of the boxed regions showing peroxisomes are located on the microtubule arrays via KIFC3 (arrows). The scale bars indicate 5 μm."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "showing", "depletion", "of", "KIFC3", "in", "the", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cell", "clones", ".", "GAPDH", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis showing depletion of KIFC3 in the KIFC3−/− hTERT-RPE1 cell clones. GAPDH served as a loading control."}
{"words": ["KIFC3", "+", "/", "+", "and", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "incubated", "for", "24", "h", "without", "serum", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "pericentrin", "(", "red", ")", "and", "anti", "-", "acetylated", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "green", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "(", "G", ")", "indicating", "that", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "significantly", "reduced", "the", "ciliary", "accumulation", "of", "cholesterol", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KIFC3+/+ and KIFC3−/− hTERT-RPE1 cells incubated for 24 h without serum were immunostained with anti-pericentrin (red) and anti-acetylated tubulin (blue) antibodies. Cholesterol was stained with Filipin III (green). Scale bar, 5 μm. Quantification of (G) indicating that KIFC3−/− hTERT-RPE1 cells significantly reduced the ciliary accumulation of cholesterol (***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "KIFC3", "+", "/", "+", "and", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "ARL13B", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "phospho", "-", "S473", "-", "Akt", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "ninein", "(", "green", ")", ",", "and", "anti", "-", "PMP70", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Arrows", "represent", "the", "peroxisomes", "contacting", "the", "ciliary", "pocket", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "(", "I", ")", "showing", "that", "disruption", "of", "the", "KIFC3", "gene", "significantly", "interfered", "with", "the", "contact", "between", "peroxisomes", "and", "primary", "cilia", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "45", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase KIFC3+/+ and KIFC3−/− hTERT-RPE1 cells were immunostained with anti-ARL13B (blue), anti-phospho-S473-Akt (red), anti-ninein (green), and anti-PMP70 (white) antibodies. Arrows represent the peroxisomes contacting the ciliary pocket. Scale bar, 5 μm. Quantification of (I) showing that disruption of the KIFC3 gene significantly interfered with the contact between peroxisomes and primary cilia (mean ± s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 45-50 cells per experiment)."}
{"words": ["KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "were", "transfected", "with", "AcGFP1", ",", "AcGFP1", "-", "tagged", "KIFC3", ",", "rod", "domain", "-", "deleted", "KIFC3", "mutant", "(", "ΔRod", ")", ",", "or", "motor", "domain", "-", "deleted", "KIFC3", "mutant", "(", "ΔMotor", ")", "and", "cultured", "without", "serum", "for", "24", "h", "before", "Filipin", "-", "III", "(", "green", ")", "-", "mediated", "cholesterol", "staining", "and", "immunostaining", "with", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "pericentrin", "(", "white", ")", ",", "and", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Arrows", "represent", "ciliary", "localization", "of", "cholesterol", ".", "The", "scale", "bars", "indicate", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "K", ")", ".", "AcGFP1", "-", "tagged", "KIFC3", "deletion", "mutants", "did", "not", "restore", "the", "ciliary", "cholesterol", "insufficiency", "in", "the", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "d", ".", ":", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "40", "-", "50", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KIFC3−/− hTERT-RPE1 cells were transfected with AcGFP1, AcGFP1-tagged KIFC3, rod domain-deleted KIFC3 mutant (ΔRod), or motor domain-deleted KIFC3 mutant (ΔMotor) and cultured without serum for 24 h before Filipin-III (green)-mediated cholesterol staining and immunostaining with anti-GFP (red), anti-pericentrin (white), and anti-acetylated-tubulin (blue) antibodies. Arrows represent ciliary localization of cholesterol. The scale bars indicate 5 μm. Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (K). AcGFP1-tagged KIFC3 deletion mutants did not restore the ciliary cholesterol insufficiency in the KIFC3−/− hTERT-RPE1 cells (mean +/- s.d.: ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 40-50 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["Quiescent", "G0", "-", "phase", "wild", "-", "type", ",", "Rab10", "−", "/", "−", ",", "KIFC3", "−", "/", "−", ",", "ORP3", "−", "/", "−", ",", "and", "EHD3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "PEX3", "-", "GFP", "-", "FRB", "(", "red", ")", "and", "tdTomato", "-", "BicD2", "-", "FKBP", "(", "white", ")", "were", "treated", "with", "or", "without", "100", "μM", "rapamycin", "for", "30", "min", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "blue", ")", "antibody", ".", "Cholesterol", "was", "stained", "with", "Filipin", "III", "(", "Green", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "enrichment", "of", "ciliary", "cholesterol", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quiescent G0-phase wild-type, Rab10−/−, KIFC3−/−, ORP3−/−, and EHD3−/− hTERT-RPE1 cells transfected with PEX3-GFP-FRB (red) and tdTomato-BicD2-FKBP (white) were treated with or without 100 μM rapamycin for 30 min, and then immunostained with anti-acetylated-tubulin (blue) antibody. Cholesterol was stained with Filipin III (Green). Arrows indicate the enrichment of ciliary cholesterol. The scale bars represent 5 μm."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "Filipin", "III", "intensity", "at", "primary", "cilia", "from", "(", "A", ")", ".", "Rapamycin", "-", "induced", "peroxisome", "targeting", "to", "the", "ciliary", "pocket", "restored", "the", "insufficiency", "of", "ciliary", "cholesterol", "in", "the", "Rab10", "−", "/", "−", "and", "KIFC3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", ",", "but", "not", "in", "ORP3", "−", "/", "−", "and", "EHD3", "−", "/", "−", "hTERT", "-", "RPE1", "cells", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "n", "=", "3", ":", "35", "-", "40", "cells", "per", "experiment", ")", ".", "In", "the", "boxplot", ",", "medians", ",", "25th", "/", "75th", "percentile", "and", "min", "/", "max", "were", "represented", "by", "the", "central", "lines", ",", "the", "box", "limits", ",", "and", "the", "whiskers", "/", "error", "bars", ",", "representatively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the Filipin III intensity at primary cilia from (A). Rapamycin-induced peroxisome targeting to the ciliary pocket restored the insufficiency of ciliary cholesterol in the Rab10−/−and KIFC3−/−hTERT-RPE1 cells, but not in ORP3−/−and EHD3−/− hTERT-RPE1 cells (*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001: one-way ANOVA with Tukey's HSD, n=3: 35-40 cells per experiment). In the boxplot, medians, 25th/75th percentile and min/max were represented by the central lines, the box limits, and the whiskers/error bars, representatively."}
{"words": ["(", "B", ")", "Bar", "graph", "representing", "residual", "thrombin", "activity", "(", "ΔOD", "/", "min", ")", "in", "presence", "of", "the", "sdAbs", "without", "heparin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "(B) Bar graph representing residual thrombin activity (ΔOD/min) in presence of the sdAbs without heparin."}
{"words": ["(", "C", ")", "Bar", "graph", "representing", "residual", "thrombin", "activity", "(", "ΔOD", "/", "min", ")", "in", "presence", "of", "the", "sdAbs", "and", "heparin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "(C) Bar graph representing residual thrombin activity (ΔOD/min) in presence of the sdAbs and heparin."}
{"words": ["(", "D", ")", "Bar", "graph", "representing", "residual", "activated", "factor", "X", "(", "FXa", ")", "activity", "(", "ΔOD", "/", "min", ")", "in", "presence", "of", "the", "sdAbs", "and", "heparin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "(D) Bar graph representing residual activated factor X (FXa) activity (ΔOD/min) in presence of the sdAbs and heparin."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Graphs", "reporting", "the", "recovery", "of", "thrombin", "-", "and", "FXa", "-", "mediated", "substrate", "conversion", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "doses", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", ",", "in", "presence", "of", "antithrombin", "and", "heparin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0], "text": "(B-C) Graphs reporting the recovery of thrombin- and FXa-mediated substrate conversion in the presence of increasing doses of KB-AT-23, in presence of antithrombin and heparin."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Graphs", "reporting", "the", "recovery", "of", "thrombin", "-", "and", "FXa", "-", "mediated", "substrate", "conversion", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "doses", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", ",", "in", "presence", "of", "antithrombin", "and", "heparin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0], "text": "(B-C) Graphs reporting the recovery of thrombin- and FXa-mediated substrate conversion in the presence of increasing doses of KB-AT-23, in presence of antithrombin and heparin."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Thrombin", "generation", "profiles", "of", "FVIII", "-", "deficient", "plasma", "spiked", "with", "different", "concentrations", "of", "recombinant", "FVIII", "or", "2", "doses", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0], "text": "(D-E) Thrombin generation profiles of FVIII-deficient plasma spiked with different concentrations of recombinant FVIII or 2 doses of KB-AT-23."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Thrombin", "generation", "profiles", "of", "FVIII", "-", "deficient", "plasma", "spiked", "with", "different", "concentrations", "of", "recombinant", "FVIII", "or", "2", "doses", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0], "text": "(D-E) Thrombin generation profiles of FVIII-deficient plasma spiked with different concentrations of recombinant FVIII or 2 doses of KB-AT-23."}
{"words": ["(", "B", ")", "Purified", "KB", "-", "AT", "-", "23", "-", "fus", "and", "KB", "-", "hFX", "-", "11", "-", "fus", "were", "given", "intravenously", "to", "wild", "-", "type", "C57B6", "mice", "(", "10", "mg", "/", "kg", ")", ".", "At", "indicated", "time", "-", "points", ",", "blood", "was", "collected", "and", "residual", "protein", "was", "measured", ".", "Plotted", "is", "residual", "protein", "versus", "time", "after", "injection", ".", "Green", "circles", ":", "KB", "-", "AT", "-", "23", "-", "fus", ";", "Red", "circles", ":", "KB", "-", "hFX", "-", "11", "-", "fus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0], "text": "(B) Purified KB-AT-23-fus and KB-hFX-11-fus were given intravenously to wild-type C57B6 mice (10 mg/kg). At indicated time-points, blood was collected and residual protein was measured. Plotted is residual protein versus time after injection. Green circles: KB-AT-23-fus; Red circles: KB-hFX-11-fus."}
{"words": ["(", "D", ")", "Graph", "reporting", "the", "volume", "of", "blood", "loss", "(", "µL", ")", "in", "treated", "mice", "(", "n", "=", "4", "-", "9", "per", "group", ")", "observed", "during", "30", "minutes", "post", "TVT", ".", "Dosing", "was", "10", "mg", "/", "kg", "for", "KB", "-", "AT", "-", "23", "and", "1", "mg", "/", "kg", "for", "FVIIa", ".", "The", "grey", "area", "represents", "the", "range", "of", "blood", "loss", "in", "FVIII", "-", "treated", "mice", "(", "33", "-", "245", "μL", ")", ",", "which", "is", "similar", "to", "that", "of", "wild", "-", "type", "C57BL", "/", "6", "mice", "(", "49", "-", "308", "μL", ";", "Johansen", "et", "al", ".", "2016", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Graph reporting the volume of blood loss (µL) in treated mice (n=4-9 per group) observed during 30 minutes post TVT. Dosing was 10 mg/kg for KB-AT-23 and 1 mg/kg for FVIIa. The grey area represents the range of blood loss in FVIII-treated mice (33-245 μL), which is similar to that of wild-type C57BL/6 mice (49-308 μL; Johansen et al. 2016)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", "protein", "secretion", "in", "conditioned", "media", "72", "hours", "post", "-", "transfection", "of", "HuH7", "cells", ".", "In", "the", "lower", "panel", "the", "western", "blot", "quantification", "via", "densitometry", "analysis", "is", "depicted", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "and", "were", "analysed", "via", "1", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", ".", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blot analysis of KB-AT-23 protein secretion in conditioned media 72 hours post-transfection of HuH7 cells. In the lower panel the western blot quantification via densitometry analysis is depicted. Data are presented as mean ±SD, and were analysed via 1-way ANOVA with Dunnett's correction for multiple comparisons. ****p<0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "HuH7", "-", "celles", "were", "collected", "72", "hours", "post", "-", "transfection", ".", "Presented", "is", "the", "Western", "blot", "analysis", "of", "lysed", "cells", "for", "the", "presence", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", ".", "Cntr", "-", "refers", "to", "non", "-", "transfected", "cells", ",", "while", "Cntr", "+", "refers", "to", "purified", "recombinant", "KB", "-", "AT", "-", "23", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0], "text": "(C) HuH7-celles were collected 72 hours post-transfection. Presented is the Western blot analysis of lysed cells for the presence of KB-AT-23. Cntr- refers to non-transfected cells, while Cntr+ refers to purified recombinant KB-AT-23."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "western", "blot", "analyses", "of", "KB", "-", "AT", "-", "23", "and", "antithrombin", "expression", "on", "plasma", "samples", "(", "n", "=", "4", ")", "collected", "from", "animals", "27", "weeks", "post", "-", "AAV", "injection", ".", "kDa", ",", "molecular", "weight", "marker", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative western blot analyses of KB-AT-23 and antithrombin expression on plasma samples (n=4) collected from animals 27 weeks post-AAV injection. kDa, molecular weight marker."}
{"words": ["(", "C", ")", "Measurement", "of", "D", "-", "dimers", "(", "D2D", ")", "plasma", "concentration", "27", "weeks", "post", "vector", "administration", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "6", "-", "9", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Measurement of D-dimers (D2D) plasma concentration 27 weeks post vector administration. Data are presented as mean ±SD (n=6-9/group)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Measurement", "of", "anti", "-", "KB", "-", "AT", "-", "23", "mouse", "IgG", "in", "plasma", "samples", "collected", "from", "mice", "(", "n", "=", "6", "-", "9", "/", "group", ")", "8", "weeks", "post", "-", "AAV", "administration", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Measurement of anti-KB-AT-23 mouse IgG in plasma samples collected from mice (n=6-9/group) 8 weeks post-AAV administration. Data represent mean±SD."}
{"words": ["(", "E", ")", "TVT", "test", "on", "males", "and", "females", "(", "n", "=", "4", "-", "5", "per", "group", ")", "performed", "29", "weeks", "post", "vector", "administration", ".", "The", "volume", "of", "blood", "loss", "(", "µL", ")", "during", "30", "minutes", "observation", "time", "is", "reported", ".", "The", "grey", "area", "represents", "the", "range", "of", "blood", "loss", "in", "FVIII", "-", "treated", "mice", "(", "33", "-", "245", "μL", ")", ",", "which", "is", "similar", "to", "that", "of", "wild", "-", "type", "C57BL", "/", "6", "mice", "(", "49", "-", "308", "μL", ";", "Johansen", "et", "al", ".", "2016", ")", ".", "Boxes", "represent", "25", "-", "75", "%", "quartiles", ";", "the", "central", "line", "indicates", "the", "median", ".", "Whiskers", "span", "min", "to", "max", ".", "Data", "were", "analysed", "via", "1", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) TVT test on males and females (n=4-5 per group) performed 29 weeks post vector administration. The volume of blood loss (µL) during 30 minutes observation time is reported. The grey area represents the range of blood loss in FVIII-treated mice (33-245 μL), which is similar to that of wild-type C57BL/6 mice (49-308 μL; Johansen et al. 2016). Boxes represent 25-75% quartiles; the central line indicates the median. Whiskers span min to max. Data were analysed via 1-way ANOVA with Dunnett's correction for multiple comparisons."}
{"words": ["(", "F", ")", "Vector", "genome", "copy", "number", "(", "VGCN", ")", "per", "cell", "in", "liver", "samples", "collected", "at", "sacrifice", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Vector genome copy number (VGCN) per cell in liver samples collected at sacrifice (n=8/group). Data represent mean±SD."}
{"words": ["(", "C", ")", "Measurement", "of", "anti", "-", "hFIX", "mouse", "IgG", "in", "plasma", "samples", "collected", "from", "mice", "injected", "with", "FIX", "or", "PBS", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", "at", "different", "time", "points", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Measurement of anti-hFIX mouse IgG in plasma samples collected from mice injected with FIX or PBS (n=5/group) at different time points. Data represent mean±SEM."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "western", "blot", "analyses", "on", "plasma", "samples", "(", "n", "=", "4", ")", "collected", "from", "animals", "8", "weeks", "post", "-", "AAV", "injection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative western blot analyses on plasma samples (n=4) collected from animals 8 weeks post-AAV injection."}
{"words": ["(", "E", ")", "Antithrombin", "activity", "in", "plasma", "samples", "collected", "from", "mice", "at", "different", "time", "points", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "per", "datapoint", ")", ".", "Data", "were", "analyzed", "in", "a", "2", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "2", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Antithrombin activity in plasma samples collected from mice at different time points. Data are presented as mean±SD (n=3-4 per datapoint). Data were analyzed in a 2-way ANOVA with Tukey's correction for multiple comparisons. ***p<0.01 ****p<0.001 (2-way ANOVA with Tukey's multiple comparison test)"}
{"words": ["(", "F", ")", "Graph", "reporting", "the", "volume", "of", "blood", "loss", "(", "µL", ")", "over", "30", "minutes", "following", "the", "tail", "clip", ".", "WT", ":", "wild", "-", "type", "littermates", "of", "F9", "-", "/", "-", "mice", ".", "The", "grey", "area", "represents", "the", "range", "of", "blood", "loss", "of", "F9", "-", "/", "-", "mice", "that", "received", "AAV", "-", "vectors", "expressing", "human", "FIX", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "/", "group", ")", ",", "and", "were", "analyzed", "in", "a", "1", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "Boxes", "represent", "25", "%", "-", "75", "%", "quartiles", ",", "with", "the", "line", "indicating", "the", "median", ".", "Whiskers", "span", "min", "to", "max", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Graph reporting the volume of blood loss (µL) over 30 minutes following the tail clip. WT: wild-type littermates of F9-/- mice. The grey area represents the range of blood loss of F9-/- mice that received AAV-vectors expressing human FIX. Data are presented as mean±SD (n=3-4/group), and were analyzed in a 1-way ANOVA with Tukey's correction for multiple comparisons. **p<0.01 Boxes represent 25%-75% quartiles, with the line indicating the median. Whiskers span min to max."}
{"words": ["G", "Measurement", "of", "anti", "-", "KB", "-", "AT", "-", "23", "mouse", "IgG", "in", "plasma", "samples", "collected", "from", "mice", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", "8", "weeks", "post", "-", "AAV", "administration", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Measurement of anti-KB-AT-23 mouse IgG in plasma samples collected from mice (n=5/group) 8 weeks post-AAV administration. Data represent mean±SD."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "western", "blot", "analyses", "on", "plasma", "samples", "(", "n", "=", "4", ")", "collected", "from", "animals", "4", "weeks", "post", "-", "AAV", "injection", ".", "Cntrl", "+", ":", "positive", "controls", "represented", "by", "the", "loading", "of", "the", "purified", "KB", "-", "AT", "-", "23", "or", "KB", "-", "AT", "-", "113", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "(C) Representative western blot analyses on plasma samples (n=4) collected from animals 4 weeks post-AAV injection. Cntrl +: positive controls represented by the loading of the purified KB-AT-23 or KB-AT-113 proteins."}
{"words": ["(", "D", "-", "H", ")", "Measurement", "of", "anti", "-", "sdAbs", "mouse", "IgG", "in", "plasma", "samples", "collected", "at", "days", "28", "and", "57", "post", "-", "AAV", "injection", ".", "The", "ELISA", "plate", "was", "coated", "with", "the", "purified", "KB", "-", "AT", "-", "01", "(", "D", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0], "text": "(D-H) Measurement of anti-sdAbs mouse IgG in plasma samples collected at days 28 and 57 post-AAV injection. The ELISA plate was coated with the purified KB-AT-01 (D)"}
{"words": ["Measurement", "of", "anti", "-", "sdAbs", "mouse", "IgG", "in", "plasma", "samples", "collected", "at", "days", "28", "and", "57", "post", "-", "AAV", "injection", ".", "The", "ELISA", "plate", "was", "coated", "with", "the", "purified", "KB", "-", "AT", "-", "01", ",", "-", "02", "(", "E", ")", ",", "-", "03", "(", "F", ")", ",", "-", "23", "(", "G", ")", "or", "-", "113", "(", "H", ")", "sdAbs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Measurement of anti-sdAbs mouse IgG in plasma samples collected at days 28 and 57 post-AAV injection. The ELISA plate was coated with the purified KB-AT-01 , -02 (E), -03 (F), -23 (G) or -113 (H) sdAbs."}
{"words": ["(", "A", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Myh7b", "/", "miR", "-", "499", "and", "Myh7", "/", "miR", "-", "208b", "levels", "during", "differentiation", "of", "myoblasts", "into", "mature", "myotubes", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "0005", "(", "Myh7b", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "miR", "-", "499", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0002", "(", "Myh7", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "miR", "-", "208b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(A) RT-qPCR analysis of Myh7b/miR-499 and Myh7/miR-208b levels during differentiation of myoblasts into mature myotubes (n = 3 independent experiments). *p = 0.0005 (Myh7b), *p < 0.0001 (miR-499), *p = 0.0002 (Myh7), *p < 0.0001 (miR-208b)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Oxygen", "consumption", "rates", "(", "OCR", ")", "in", "primary", "myoblasts", "and", "differentiated", "myotubes", ".", "Basal", "OCR", "was", "first", "measured", ",", "followed", "by", "administration", "of", "10", "mM", "sodium", "pyruvate", ",", "and", "2", "μM", "oligomycin", "(", "to", "inhibit", "ATP", "synthase", ")", ",", "uncoupler", "FCCP", "(", "2", "μM", ")", ",", "or", "rotenone", "/", "antimycin", "(", "Rot", "/", "A", ")", "(", "1", "μM", ")", "as", "indicted", ".", "n", "=", "3", "separate", "experiments", "done", "with", "10", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "FCCP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(B) Oxygen consumption rates (OCR) in primary myoblasts and differentiated myotubes. Basal OCR was first measured, followed by administration of 10 mM sodium pyruvate, and 2 μM oligomycin (to inhibit ATP synthase), uncoupler FCCP (2 μM), or rotenone/antimycin (Rot/A) (1 μM) as indicted. n = 3 separate experiments done with 10 biological replicates. *p < 0.0001 (FCCP)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Mean", "expression", "levels", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "in", "white", "vastus", "(", "WV", ")", "and", "soleus", "(", "Sol", ")", "muscle", "from", "8", "-", "week", "-", "old", "male", "wild", "type", "mice", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "Myh7b", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "miR", "-", "499", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "Myh7", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "miR", "-", "208b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(C) Mean expression levels (RT-qPCR) in white vastus (WV) and soleus (Sol) muscle from 8-week-old male wild type mice (n = 5 mice per group). *p < 0.0001 (Myh7b), *p < 0.0001 (miR-499), *p < 0.0001 (Myh7), *p < 0.0001 (miR-208b)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Mitochondrial", "respiration", "rates", "were", "determined", "from", "mitochondria", "isolated", "from", "indicated", "muscle", "using", "pyruvate", "as", "substrate", ".", "ADP", "-", "dependent", "respiration", ",", "oligomycin", "-", "induced", "(", "oligo", ")", ",", "uncoupler", "FCCP", ",", "and", "antimycin", "A", "(", "AA", ")", "are", "shown", ".", "n", "=", "3", "separate", "experiments", "done", "with", "7", "-", "8", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "ADP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(D) Mitochondrial respiration rates were determined from mitochondria isolated from indicated muscle using pyruvate as substrate. ADP-dependent respiration, oligomycin-induced (oligo), uncoupler FCCP, and antimycin A (AA) are shown. n = 3 separate experiments done with 7-8 biological replicates. *p < 0.05 (ADP)."}
{"words": ["(", "E", ")", "(", "Left", ")", "Schematic", "depicts", "the", "increments", "of", "speed", "over", "time", ".", "(", "Right", ")", "Respiratory", "exchange", "ratio", "(", "RER", ")", "during", "a", "graded", "exercise", "regimen", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "Notably", ",", "MCK", "-", "miR", "-", "499", "mice", "were", "able", "to", "exercise", "at", "a", "higher", "speed", "before", "exhaustion", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) (Left) Schematic depicts the increments of speed over time. (Right) Respiratory exchange ratio (RER) during a graded exercise regimen as described in Materials and Methods (n = 5 mice per group). Notably, MCK-miR-499 mice were able to exercise at a higher speed before exhaustion. *p < 0.05."}
{"words": ["(", "F", ")", "Bars", "represent", "mean", "blood", "lactate", "levels", "for", "3", "-", "month", "and", "15", "-", "month", "old", "male", "MCK", "-", "miR", "-", "499", "and", "NTG", "mice", "following", "a", "25", "min", "run", "on", "a", "motorized", "treadmill", ".", "For", "3", "-", "month", "blood", "lactate", ",", "NTG", ",", "n", "=", "9", ";", "MCK", "-", "miR", "-", "499", ",", "n", "=", "10", ".", "For", "15", "-", "month", "blood", "lactate", ",", "NTG", ",", "n", "=", "7", ";", "MCK", "-", "miR", "-", "499", ",", "n", "=", "5", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "039", "(", "3", "-", "month", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "018", "(", "15", "-", "month", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Bars represent mean blood lactate levels for 3-month and 15-month old male MCK-miR-499 and NTG mice following a 25 min run on a motorized treadmill. For 3-month blood lactate, NTG, n = 9; MCK-miR-499, n = 10. For 15-month blood lactate, NTG, n = 7; MCK-miR-499, n = 5. *p = 0.039 (3-month), *p = 0.018 (15-month)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Mitochondrial", "respiration", "rates", "were", "determined", "from", "the", "plantaris", "muscle", "of", "the", "indicated", "genotypes", "using", "pyruvate", "/", "malate", "as", "substrate", ".", "Pyruvate", "/", "malate", "(", "Py", "/", "M", ")", "-", "stimulated", ",", "ADP", "-", "dependent", "respiration", ",", "oligomycin", "-", "induced", "(", "oligo", ")", "and", "the", "respiratory", "control", "ratio", "(", "RC", ")", "are", "shown", ".", "NTG", ",", "n", "=", "6", ";", "MCK", "-", "miR", "-", "499", ",", "n", "=", "4", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "015", "(", "Py", "/", "M", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "017", "(", "ADP", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "001", "(", "Oligo", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Mitochondrial respiration rates were determined from the plantaris muscle of the indicated genotypes using pyruvate/malate as substrate. Pyruvate/malate (Py/M)-stimulated, ADP-dependent respiration, oligomycin-induced (oligo) and the respiratory control ratio (RC) are shown. NTG, n = 6; MCK-miR-499, n = 4. *p = 0.015 (Py/M), *p = 0.017 (ADP), *p = 0.001 (Oligo)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "the", "nuclear", "-", "encoded", "and", "mitochondrial", "-", "encoded", "genes", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of the nuclear-encoded and mitochondrial-encoded genes (RT-qPCR) in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes (n = 5 mice per group). *p < 0.05."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "performed", "with", "gastrocnemius", "muscle", "total", "protein", "extracts", "prepared", "from", "the", "indicated", "mice", "using", "myoglobin", ",", "cytochrome", "c", ",", "and", "β", "-", "actin", "(", "control", ")", "antibodies", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative western blot analysis performed with gastrocnemius muscle total protein extracts prepared from the indicated mice using myoglobin, cytochrome c, and β-actin (control) antibodies (n = 8 mice per group)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "of", "genes", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "involved", "in", "muscle", "glucose", "and", "fatty", "acids", "metabolism", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Expression of genes (RT-qPCR) involved in muscle glucose and fatty acids metabolism in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes (n = 5 mice per group). *p < 0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "LDH", "isoenzymes", "were", "separated", "by", "polyacrylamide", "gel", "electrophoresis", "using", "whole", "cell", "extracts", "from", "NTG", "heart", "(", "Ht", ",", "control", ")", "and", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "mice", ".", "A", "representative", "gel", "showing", "3", "-", "4", "independent", "mice", "per", "group", "is", "shown", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "LDH", "isoenzyme", "activity", "gel", "electrophoresis", "in", "E", ".", "Values", "represent", "the", "mean", "%", "(", "+", "/", "-", "SEM", ")", "total", "LDH", "activity", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) LDH isoenzymes were separated by polyacrylamide gel electrophoresis using whole cell extracts from NTG heart (Ht, control) and gastrocnemius muscle from the indicated mice. A representative gel showing 3-4 independent mice per group is shown.(F) Quantification of LDH isoenzyme activity gel electrophoresis in E. Values represent the mean % (+/- SEM) total LDH activity. *p < 0.05."}
{"words": ["(", "G", ")", "Cross", "-", "section", "of", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "a", "3", "-", "month", "-", "old", "male", "NTG", "and", "MCK", "-", "miR", "-", "499", "stained", "for", "myosin", "I", "ATPase", "activity", "(", "Top", ")", ",", "SDH", "(", "Middle", ")", ",", "and", "α", "-", "GPDH", "(", "Bottom", ")", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Cross-section of the gastrocnemius muscle from a 3-month-old male NTG and MCK-miR-499 stained for myosin I ATPase activity (Top), SDH (Middle), and α-GPDH (Bottom). Representative images were shown. Scale bar: 500 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "(", "Left", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "of", "PGC", "-", "1α", "protein", "expression", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", ",", "heart", "(", "Ht", ")", "lysate", "from", "WT", "mice", "and", "PGC", "-", "1α", "mKO", "(", "MCK", "-", "Cre", ")", "mice", "as", "positive", "and", "negative", "controls", ",", "respectively", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "the", "PGC", "-", "1α", "/", "Tubulin", "signal", "ratios", "normalized", "(", "=", "1", ".", "0", ")", "to", "the", "NTG", "control", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "00017", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) (Left) Representative western blot analysis of PGC-1α protein expression in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes, heart (Ht) lysate from WT mice and PGC-1α mKO (MCK-Cre) mice as positive and negative controls, respectively. (Right) Quantification of the PGC-1α/Tubulin signal ratios normalized (=1.0) to the NTG control (n = 5 mice per group). *p = 0.00017."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "the", "Ldhb", ",", "Ldha", ",", "Mb", "(", "myoglobin", ")", ",", "and", "Cox5a", "genes", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "vs", ".", "NTG", ")", ",", "‡", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "vs", ".", "499Tg", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of the Ldhb, Ldha, Mb (myoglobin), and Cox5a genes (RT-qPCR) in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes (n = 5 mice per group). *p < 0.001 (vs. NTG), ‡p < 0.01 (vs. 499Tg)."}
{"words": ["(", "C", ")", "(", "Left", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "performed", "with", "gastrocnemius", "muscle", "total", "protein", "extracts", "prepared", "from", "the", "indicated", "mice", "using", "cytochrome", "c", ",", "myoglobin", ",", "and", "α", "-", "tubulin", "(", "control", ")", "antibodies", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "the", "Cyt", "c", "/", "Tubulin", "signal", "ratios", "normalized", "(", "=", "1", ".", "0", ")", "to", "the", "NTG", "control", ".", "NTG", ",", "n", "=", "5", ";", "499Tg", ",", "n", "=", "6", ";", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "5", ";", "499Tg", "/", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "5", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "vs", ".", "NTG", ")", ",", "‡", "p", "=", "0", ".", "00018", "(", "vs", ".", "499Tg", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) (Left) Representative western blot analysis performed with gastrocnemius muscle total protein extracts prepared from the indicated mice using cytochrome c, myoglobin, and α-tubulin (control) antibodies. (Right) Quantification of the Cyt c/Tubulin signal ratios normalized (=1.0) to the NTG control. NTG, n = 5; 499Tg, n = 6; PGC-1α mKO, n = 5; 499Tg/PGC-1α mKO, n = 5. *p < 0.01 (vs. NTG), ‡p = 0.00018 (vs. 499Tg)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cross", "-", "section", "of", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "mice", "stained", "for", "SDH", "activity", "(", "Top", ")", "as", "well", "as", "MHC1", "immunofluorescence", "(", "IF", ")", "(", "Bottom", ")", ",", "Representative", "images", "were", "shown", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cross-section of gastrocnemius muscle from the indicated mice stained for SDH activity (Top) as well as MHC1 immunofluorescence (IF) (Bottom), Representative images were shown. Scale bar: 500 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Respiratory", "exchange", "ratio", "(", "RER", ")", "during", "a", "graded", "exercise", "regimen", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Notably", ",", "no", "significant", "increase", "in", "exhaust", "speed", "was", "observed", "in", "499Tg", "/", "PGC", "-", "1α", "mKO", "mice", "compared", "to", "PGC", "-", "1α", "mKO", "mice", ".", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "5", ";", "499Tg", "/", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Respiratory exchange ratio (RER) during a graded exercise regimen as described in Materials and Methods. Notably, no significant increase in exhaust speed was observed in 499Tg/PGC-1α mKO mice compared to PGC-1α mKO mice. PGC-1α mKO, n = 5; 499Tg/PGC-1α mKO, n = 8."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "bars", "represent", "the", "mean", "blood", "lactate", "levels", "from", "the", "indicated", "mice", "following", "a", "25", "min", "run", "on", "a", "motorized", "treadmill", ".", "NTG", ",", "n", "=", "9", ";", "499Tg", ",", "n", "=", "7", ";", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "6", ";", "499Tg", "/", "PGC", "-", "1α", "mKO", ",", "n", "=", "9", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "0009", "(", "NTG", "vs", ".", "499Tg", ")", ",", "p", "=", "0", ".", "316", "(", "NS", ",", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The bars represent the mean blood lactate levels from the indicated mice following a 25 min run on a motorized treadmill. NTG, n = 9; 499Tg, n = 7; PGC-1α mKO, n = 6; 499Tg/PGC-1α mKO, n = 9. *p = 0.0009 (NTG vs. 499Tg), p = 0.316 (NS, not significant)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Luciferase", "reporters", "containing", "the", "wild", "-", "type", "Fnip1", "3", "'", "UTR", "or", "Fnip1", "3", "'", "UTR", "mutated", "in", "the", "predicted", "binding", "site", "of", "miR", "-", "499", "were", "used", "in", "cotransfection", "studies", "in", "HEK293T", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "plasmid", "expressing", "miR", "-", "499", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "Fnip1", "3", "'", "UTR", ")", ";", "*", "p", "=", "0", ".", "023", "(", "Mutated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Luciferase reporters containing the wild-type Fnip1 3'UTR or Fnip1 3'UTR mutated in the predicted binding site of miR-499 were used in cotransfection studies in HEK293T cells in the presence or absence of plasmid expressing miR-499 (n = 3 independent experiments). *p < 0.0001 (Fnip1 3'UTR); *p = 0.023 (Mutated)."}
{"words": ["(", "C", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Fnip1", "and", "Fnip2mRNA", "levels", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "of", "the", "indicated", "genotypes", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RT-qPCR analysis of Fnip1 and Fnip2mRNA levels in the gastrocnemius muscle of the indicated genotypes (n = 5 mice per group)."}
{"words": ["(", "D", ")", "(", "Top", ")", "Fnip1", "protein", "expression", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "mice", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "the", "Fnip1", "/", "Tubulin", "signal", "ratio", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "014", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) (Top) Fnip1 protein expression in the gastrocnemius muscle from the indicated mice. (Bottom) Quantification of the Fnip1/Tubulin signal ratio (n = 4 mice per group). *p = 0.014."}
{"words": ["(", "A", ")", "(", "Left", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "performed", "on", "extracts", "of", "myotubes", "subjected", "to", "Fnip1", "siRNA", "or", "control", "(", "Con", ")", "siRNA", "using", "phospho", "-", "AMPKα", "(", "Thr172", ")", "and", "AMPKα", "antibodies", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "the", "p", "-", "AMPKα", "/", "AMPKα", "signal", "ratios", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "037", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) (Left) Representative western blot analysis performed on extracts of myotubes subjected to Fnip1 siRNA or control (Con) siRNA using phospho-AMPKα (Thr172) and AMPKα antibodies. (Right) Quantification of the p-AMPKα/AMPKα signal ratios (n = 3 independent experiments). *p = 0.037."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Results", "of", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "for", "WT", "primary", "mouse", "myotubes", "after", "transfection", "with", "Fnip1", "siRNAs", "or", "scrambled", "Con", "siRNAs", "as", "indicated", ".", "For", "C", ",", "48", "h", "post", "-", "siRNA", "transfection", ",", "myotubes", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "DMSO", "or", "10", "μm", "compound", "C", "before", "harvest", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "Fnip1", "in", "B", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0001", "(", "PGC", "-", "1α", "in", "B", ")", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "vs", ".", "Con", "siRNA", "in", "C", ")", ",", "‡", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "vs", ".", "Fnip1", "siRNA", "in", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Results of RT-qPCR analysis for WT primary mouse myotubes after transfection with Fnip1 siRNAs or scrambled Con siRNAs as indicated. For C, 48 h post-siRNA transfection, myotubes were treated for 24 h with DMSO or 10 μm compound C before harvest (n = 3 independent experiments). *p < 0.0001 (Fnip1 in B), *p = 0.0001 (PGC-1α in B); *p < 0.0001 (vs. Con siRNA in C), ‡p < 0.0001 (vs. Fnip1 siRNA in C )."}
{"words": ["(", "D", ")", "(", "Top", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "performed", "on", "extracts", "of", "the", "gastrocnemius", "muscle", "isolated", "from", "NTG", "or", "MCK", "-", "miR", "-", "499", "mice", "using", "phospho", "-", "AMPKα", "(", "Thr172", ")", ",", "AMPKα", ",", "phospho", "-", "ACC", "(", "Ser79", ")", ",", "or", "total", "ACC", "antibodies", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "the", "p", "-", "AMPKα", "/", "AMPKα", "and", "p", "-", "ACC", "/", "ACC", "signal", "ratios", "normalized", "(", "=", "1", ".", "0", ")", "to", "the", "NTG", "control", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) (Top) Representative western blot analysis performed on extracts of the gastrocnemius muscle isolated from NTG or MCK-miR-499 mice using phospho-AMPKα (Thr172), AMPKα, phospho-ACC (Ser79), or total ACC antibodies. (Bottom) Quantification of the p-AMPKα/AMPKα and p-ACC/ACC signal ratios normalized (=1.0) to the NTG control (n = 8 mice per group). *p < 0.01."}
{"words": ["(", "E", ")", "Oxygen", "consumption", "rates", "(", "OCR", ")", "in", "primary", "mouse", "myotubes", "transfected", "with", "Fnip1", "siRNA", "or", "Con", "siRNA", ".", "n", "=", "7", "separate", "experiments", "done", "with", "5", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "Pyruvate", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "FCCP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(E) Oxygen consumption rates (OCR) in primary mouse myotubes transfected with Fnip1 siRNA or Con siRNA. n = 7 separate experiments done with 5 biological replicates. *p < 0.05 (Pyruvate), *p < 0.01 (FCCP)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Results", "of", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "for", "WT", "primary", "mouse", "myotubes", "subjected", "to", "inhibition", "of", "both", "miR", "-", "499", "and", "miR", "-", "208b", "(", "Anti", "-", "miRs", ")", "(", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "037", "(", "Ppargc1a", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0019", "(", "Fnip1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) Results of RT-qPCR analysis for WT primary mouse myotubes subjected to inhibition of both miR-499 and miR-208b (Anti-miRs) (n = 4 independent experiments). *p = 0.037 (Ppargc1a), *p = 0.0019 (Fnip1)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Oxygen", "consumption", "rates", "(", "OCR", ")", "in", "primary", "mouse", "myotubes", "transfected", "with", "miR", "-", "499", "/", "miR", "-", "208b", "inhibitors", "alone", "and", "together", "with", "the", "presence", "of", "Fnip1", "siRNA", ".", "n", "=", "4", "separate", "experiments", "done", "with", "5", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "Anti", "-", "miRs", "vs", ".", "Control", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Oxygen consumption rates (OCR) in primary mouse myotubes transfected with miR-499/miR-208b inhibitors alone and together with the presence of Fnip1 siRNA. n = 4 separate experiments done with 5 biological replicates. *p < 0.01 (Anti-miRs vs. Control)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Mean", "expression", "levels", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "in", "gastrocnemius", "muscle", "of", "8", "-", "week", "-", "old", "male", "WT", "and", "mdx", "mice", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "009", "(", "Myh7b", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0007", "(", "miR", "-", "499", ")", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0143", "(", "Myh7", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "0011", "(", "miR", "-", "208b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(A) Mean expression levels (RT-qPCR) in gastrocnemius muscle of 8-week-old male WT and mdx mice (n = 5 mice per group). *p = 0.009 (Myh7b), *p = 0.0007 (miR-499), *p = 0.0143 (Myh7), *p < 0.0011 (miR-208b)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Mitochondrial", "respiration", "rates", "were", "determined", "from", "mitochondria", "isolated", "from", "the", "hindlimb", "muscle", "of", "the", "indicated", "mice", "using", "pyruvate", "as", "substrate", ".", "n", "=", "3", "separate", "experiments", "done", "with", "7", "-", "8", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "ADP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(B) Mitochondrial respiration rates were determined from mitochondria isolated from the hindlimb muscle of the indicated mice using pyruvate as substrate. n = 3 separate experiments done with 7-8 biological replicates. *p < 0.01 (ADP)."}
{"words": ["(", "C", ")", "(", "Left", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "of", "PGC", "-", "1α", "(", "Top", ")", "and", "Fnip1", "(", "Bottom", ")", "protein", "expression", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", "with", "α", "-", "tubulin", "as", "the", "loading", "control", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "the", "PGC", "-", "1α", "/", "Tubulin", "and", "Fnip1", "/", "Tubulin", "signal", "ratios", "normalized", "(", "=", "1", ".", "0", ")", "to", "the", "WT", "control", ".", "WT", ",", "n", "=", "8", ";", "mdx", ",", "n", "=", "5", ";", "mdx", "/", "499Tg", ",", "n", "=", "7", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "vs", ".", "WT", ")", ",", "‡", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "vs", ".", "mdx", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) (Left) Representative western blot analysis of PGC-1α (Top) and Fnip1 (Bottom) protein expression in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes with α-tubulin as the loading control. (Right) Quantification of the PGC-1α/Tubulin and Fnip1/Tubulin signal ratios normalized (=1.0) to the WT control. WT, n = 8; mdx, n = 5; mdx/499Tg, n = 7. *p < 0.0001 (vs. WT), ‡p < 0.0001 (vs. mdx)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "of", "myoglobin", "protein", "expression", "in", "the", "gastrocnemius", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", "with", "α", "-", "tubulin", "as", "the", "loading", "control", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative western blot analysis of myoglobin protein expression in the gastrocnemius muscle from the indicated genotypes with α-tubulin as the loading control (n = 5 mice per group)."}
{"words": ["(", "E", ")", "(", "Top", ")", "Representative", "MHC1", "immunofluorescence", "(", "IF", ")", "in", "the", "soleus", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "μm", ".", "(", "Bottom", ")", "Representative", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", "of", "the", "gastrocnemius", "muscle", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) (Top) Representative MHC1 immunofluorescence (IF) in the soleus of the indicated genotypes. Scale bar: 500 μm. (Bottom) Representative H&amp;amp;E staining of the gastrocnemius muscle of the indicated genotypes. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "5", "-", "week", "-", "old", "male", "WT", ",", "mdx", ",", "and", "mdx", "/", "MCK", "-", "miR", "-", "499", "mice", "were", "euthanized", "and", "serum", "creatine", "kinase", "activity", "was", "determined", ".", "WT", ",", "n", "=", "10", ";", "mdx", ",", "n", "=", "10", ";", "mdx", "/", "499Tg", ",", "n", "=", "14", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "vs", ".", "WT", ")", ",", "‡", "p", "=", "0", ".", "0003", "(", "vs", ".", "mdx", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) 5-week-old male WT, mdx, and mdx/MCK-miR-499 mice were euthanized and serum creatine kinase activity was determined. WT, n = 10; mdx, n = 10; mdx/499Tg, n = 14. *p < 0.0001 (vs. WT), ‡p = 0.0003 (vs. mdx)."}
{"words": ["(", "G", ")", "The", "bars", "represent", "the", "mean", "running", "time", "and", "distance", "(", "±", "SEM", ")", "for", "8", "-", "week", "-", "old", "male", "mice", "on", "a", "motorized", "treadmill", ".", "WT", ",", "n", "=", "10", ";", "mdx", ",", "n", "=", "13", ";", "mdx", "/", "499Tg", ",", "n", "=", "8", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "01406", "(", "Running", "time", ",", "vs", ".", "WT", ")", ",", "‡", "p", "=", "0", ".", "005756", "(", "Running", "time", ",", "vs", ".", "mdx", ")", ".", "*", "p", "=", "0", ".", "004558", "(", "Running", "distance", ",", "vs", ".", "WT", ")", ",", "‡", "p", "=", "0", ".", "001668", "(", "Running", "distance", ",", "vs", ".", "mdx", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(G) The bars represent the mean running time and distance (± SEM) for 8-week-old male mice on a motorized treadmill. WT, n = 10; mdx, n = 13; mdx/499Tg, n = 8. *p = 0.01406 (Running time, vs. WT), ‡p = 0.005756 (Running time, vs. mdx). *p = 0.004558 (Running distance, vs. WT), ‡p = 0.001668 (Running distance, vs. mdx)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Respiratory", "exchange", "ratio", "(", "RER", ")", "during", "a", "graded", "exercise", "regimen", "on", "a", "motorized", "treadmill", ".", "mdx", ",", "n", "=", "8", ";", "mdx", "/", "499Tg", ",", "n", "=", "6", ".", "‡", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Respiratory exchange ratio (RER) during a graded exercise regimen on a motorized treadmill. mdx, n = 8; mdx/499Tg, n = 6. ‡p < 0.05."}
{"words": ["J", "Quantified", "fluorescence", "of", "UbG76V", "-", "GFP", "normalized", "to", "mRFP", "in", "the", "hypodermis", "of", "animals", "from", "the", "indicated", "time", "point", "(", "in", "hours", ")", "after", "the", "L4", "stage", ".", "Animals", "were", "exposed", "to", "the", "indicated", "knockdown", "RNAi", "bacterial", "strains", "or", "a", "strain", "that", "only", "contained", "the", "empty", "RNAi", "vector", "since", "hatching", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "using", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ",", "with", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Quantified fluorescence of UbG76V-GFP normalized to mRFP in the hypodermis of animals from the indicated time point (in hours) after the L4 stage. Animals were exposed to the indicated knockdown RNAi bacterial strains or a strain that only contained the empty RNAi vector since hatching. *P<0.001 using ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point, with N=20 animals per genotype and time point. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["L", "Quantified", "fluorescence", "of", "UbG76V", "-", "GFP", "normalized", "to", "mRFP", "in", "the", "hypodermis", "of", "animals", "from", "the", "indicated", "time", "point", "(", "in", "hours", ")", "and", "the", "indicated", "genotypes", "after", "the", "L4", "stage", ",", "as", "per", "(", "J", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "using", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ",", "with", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L Quantified fluorescence of UbG76V-GFP normalized to mRFP in the hypodermis of animals from the indicated time point (in hours) and the indicated genotypes after the L4 stage, as per (J). *P<0.001 using ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point, with N=20 animals per genotype and time point. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["K", ",", "L", "Quantified", "fluorescence", "of", "UbG76V", "-", "GFP", "normalized", "to", "mRFP", "in", "the", "hypodermis", "of", "animals", "of", "the", "indicated", "genotype", "at", "L4", "+", "48", "hours", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "using", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ",", "with", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Data", "has", "been", "normalized", "to", "wild", "type", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K,L Quantified fluorescence of UbG76V-GFP normalized to mRFP in the hypodermis of animals of the indicated genotype at L4+48 hours. *P<0.001 using ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point, with N=20 animals per genotype and time point. Data has been normalized to wild type. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["B", "A", "separate", "SDS", "-", "PAGE", "and", "Western", "blot", "of", "the", "same", "lysates", "from", "(", "A", ")", ",", "probed", "with", "antibodies", "recognizing", "ubiquitin", "or", "actin", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "position", "of", "molecular", "weight", "markers", "is", "shown", "on", "the", "left", "of", "each", "blot", ".", "The", "position", "of", "UbG76V", "-", "GFP", "protein", ",", "as", "well", "as", "UbG76V", "-", "GFP", "with", "the", "indicated", "number", "of", "additional", "ubiquitin", "moieties", ",", "based", "on", "molecular", "weight", ",", "is", "indicated", "to", "the", "right", "of", "each", "blot", ".", "Endogenous", "poly", "-", "ubiquitinated", "proteins", "are", "also", "detected", "in", "the", "80", "-", "200", "kDa", "range", ",", "as", "indicated", "by", "the", "bracket", ".", "Twenty", "animals", "were", "loaded", "per", "lane", "for", "each", "indicated", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B A separate SDS-PAGE and Western blot of the same lysates from (A), probed with antibodies recognizing ubiquitin or actin as a loading control. The position of molecular weight markers is shown on the left of each blot. The position of UbG76V-GFP protein, as well as UbG76V-GFP with the indicated number of additional ubiquitin moieties, based on molecular weight, is indicated to the right of each blot. Endogenous poly-ubiquitinated proteins are also detected in the 80-200 kDa range, as indicated by the bracket. Twenty animals were loaded per lane for each indicated genotype."}
{"words": ["B", "Heat", "map", "of", "log", "fold", "change", "(", "logFC", ",", "color", "scale", "at", "graph", "bottom", ")", "in", "the", "expression", "of", "C", ".", "elegans", "CYP", "genes", "between", "the", "indicated", "mutant", "and", "wild", "type", ".", "Genes", "whose", "expression", "is", "lower", "in", "a", "mutant", "relative", "to", "wild", "type", "are", "colored", "blue", ",", "whereas", "genes", "whose", "expression", "is", "higher", "in", "a", "mutant", "relative", "to", "wild", "type", "are", "colored", "yellow", ".", "Rows", "are", "labeled", "for", "the", "different", "CYP", "families", "and", "subfamilies", ".", "Specific", "genes", "(", "rows", ")", "are", "clustered", "according", "to", "sequence", "alignment", "(", "CLUSTAL", "W", ")", "to", "maintain", "the", "relationship", "of", "their", "molecular", "evolution"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Heat map of log fold change (logFC, color scale at graph bottom) in the expression of C. elegans CYP genes between the indicated mutant and wild type. Genes whose expression is lower in a mutant relative to wild type are colored blue, whereas genes whose expression is higher in a mutant relative to wild type are colored yellow. Rows are labeled for the different CYP families and subfamilies. Specific genes (rows) are clustered according to sequence alignment (CLUSTAL W) to maintain the relationship of their molecular evolution "}
{"words": ["D", "Abundance", "of", "the", "indicated", "free", "ω6", "PUFA", "-", "derived", "eicosanoid", ",", "normalized", "to", "total", "protein", ",", "for", "each", "indicated", "genotype", ".", "Red", ",", "gray", ",", "and", "blue", "stacked", "bars", "indicate", "hydroxides", ",", "epoxide", ",", "and", "epoxide", "diol", "forms", "of", "eicosanoids", ",", "respectively", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "wild", "type", ".", "N", "=", "3", "trials", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "E", "Abundance", "of", "the", "indicated", "free", "ω3", "PUFA", "-", "derived", "eicosanoid", ",", "as", "in", "(", "D", ")", ",", "normalized", "to", "total", "protein", ",", "for", "each", "indicated", "genotype", ".", "Red", ",", "gray", ",", "and", "blue", "stacked", "bars", "indicate", "hydroxides", ",", "epoxide", ",", "and", "epoxide", "diol", "forms", "of", "eicosanoids", ",", "respectively", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "wild", "type", ".", "N", "=", "3", "trials", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D Abundance of the indicated free ω6 PUFA-derived eicosanoid, normalized to total protein, for each indicated genotype. Red, gray, and blue stacked bars indicate hydroxides, epoxide, and epoxide diol forms of eicosanoids, respectively. ****P<0.0001, ***P<0.001, **P<0.01, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to wild type. N=3 trials. Error bars indicate SEM. E Abundance of the indicated free ω3 PUFA-derived eicosanoid, as in (D), normalized to total protein, for each indicated genotype. Red, gray, and blue stacked bars indicate hydroxides, epoxide, and epoxide diol forms of eicosanoids, respectively. ****P<0.0001, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to wild type. N=3 trials. Error bars indicate SEM "}
{"words": ["B", "Relative", "abundance", "of", "mRNA", "for", "the", "cyp", "-", "34A4", "gene", ".", "Values", "are", "based", "on", "qRT", "-", "PCR", "analysis", ",", "with", "the", "relative", "levels", "for", "each", "gene", "normalized", "to", "the", "value", "observed", "in", "the", "wild", "-", "type", "control", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "wild", "type", ".", "N", "=", "3", "trials", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Relative abundance of mRNA for the cyp-34A4 gene. Values are based on qRT-PCR analysis, with the relative levels for each gene normalized to the value observed in the wild-type control. ***P<0.001, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to wild type. N=3 trials. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["C", "Quantified", "fluorescence", "of", "UbG76V", "-", "GFP", "normalized", "to", "mRFP", "in", "the", "hypodermis", "of", "animals", "of", "the", "indicated", "genotype", "at", "L4", "+", "48", "hours", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ".", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Quantified fluorescence of UbG76V-GFP normalized to mRFP in the hypodermis of animals of the indicated genotype at L4+48 hours. ****P<0.001, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point. N=20 animals per genotype and time point. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["F", "Quantified", "fluorescence", "as", "in", "(", "B", ")", "for", "animals", "exposed", "to", "the", "indicated", "RNAi", "vector", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "control", ",", "and", "in", "either", "a", "wild", "type", "(", "WT", ")", "or", "fat", "-", "1", "(", "wa9", ")", "genetic", "background", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ".", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Quantified fluorescence as in (B) for animals exposed to the indicated RNAi vector or empty vector (EV) control, and in either a wild type (WT) or fat-1(wa9) genetic background. *P<0.001, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point. N=20 animals per genotype and time point. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["G", "Quantified", "fluorescence", "as", "in", "(", "B", ")", "for", "animals", "of", "the", "indicated", "genotype", "at", "the", "indicated", "time", "point", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "posthoc", "comparison", "to", "the", "wild", "-", "type", "control", "equivalent", "time", "point", ".", "N", "=", "20", "animals", "per", "genotype", "and", "time", "point", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Quantified fluorescence as in (B) for animals of the indicated genotype at the indicated time point. *P<0.001, ANOVA with Dunnett's posthoc comparison to the wild-type control equivalent time point. N=20 animals per genotype and time point. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["a", ")", "EGF", "enhances", "colocalization", "of", "phosphorylated", "(", "P", ")", "-", "bRAF", ",", "P", "-", "MEK", "and", "P", "-", "ERK", "with", "LC3", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "showing", "colocalization", "of", "P", "-", "bRAF", "(", "green", ")", ",", "P", "-", "MEK", "(", "green", ")", "and", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "with", "LC3", "(", "red", ")", "in", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "or", "absence", "of", "EGF", "(", "10", "min", "as", "shown", "in", "scheme", ")", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "analysed", "from", "two", "experiments", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a) EGF enhances colocalization of phosphorylated (P)-bRAF, P-MEK and P-ERK with LC3. Immunofluorescence (IF) showing colocalization of P-bRAF (green), P-MEK (green) and P-ERK (green) with LC3 (red) in NIH/3T3 cells in presence or absence of EGF (10 min as shown in scheme). The bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ***P0.001; Student's t-test, 60 cells analysed from two experiments. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "b", ")", "P", "-", "ERK", "colocalizes", "with", "pre", "-", "autophagosomal", "and", "autophagosomal", "structures", ".", "IF", "depicting", "colocalization", "of", "P", "-", "ERK", "(", "green", "or", "red", ")", "with", "LC3", "(", "red", ")", ",", "ATG5", "-", "ATG12", "(", "red", ")", ",", "ATG16", "(", "green", ")", ",", "vps34", "(", "red", ")", ",", "WIPI1", "(", "red", ")", ",", "WIPI2", "(", "red", ")", "and", "P", "-", "ULK1", "(", "red", ")", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "50", "cells", "analysed", "from", "two", "experiments", ".", "(", "c", ")", "Growth", "factors", "in", "serum", "maintain", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "colocalization", ".", "IF", "depicting", "colocalization", "of", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "with", "LC3", "(", "red", ")", "in", "2", "h", "serum", "-", "fed", "NIH", "/", "3T3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) P-ERK colocalizes with pre-autophagosomal and autophagosomal structures. IF depicting colocalization of P-ERK (green or red) with LC3 (red), ATG5-ATG12 (red), ATG16 (green), vps34 (red), WIPI1 (red), WIPI2 (red) and P-ULK1 (red) in EGF-treated NIH/3T3 cells. Scale bars, 10 μm. The bars represent mean±s.e.m. 50 cells analysed from two experiments. (c) Growth factors in serum maintain P-ERK/LC3 colocalization. IF depicting colocalization of P-ERK (green) with LC3 (red) in 2 h serum-fed NIH/3T3 cells."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", "Native", "merged", "images", "or", "images", "with", "colocalization", "highlighted", "in", "white", "pixels", "are", "shown", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-c) Native merged images or images with colocalization highlighted in white pixels are shown. Nuclei are blue (DAPI). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "a", ")", "P", "-", "and", "total", "MEK", "and", "ERK", "are", "enriched", "in", "APh", "in", "vivo", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "homogenate", "(", "Hom", ")", ",", "APh", ",", "APL", "and", "Lys", "fractions", "from", "livers", "of", "fed", "mice", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) P- and total MEK and ERK are enriched in APh in vivo. Immunoblots for indicated proteins in homogenate (Hom), APh, APL and Lys fractions from livers of fed mice, n=4."}
{"words": ["(", "b", ")", "EGF", "enhances", "enrichment", "of", "P", "-", "MEK", "and", "ERK", "in", "APh", "fractions", "in", "vitro", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "Hom", ",", "APh", "and", "APL", "fractions", "from", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "or", "absence", "of", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) EGF enhances enrichment of P-MEK and ERK in APh fractions in vitro. Immunoblots for indicated proteins in Hom, APh and APL fractions from NIH/3T3 cells in presence or absence of EGF (10 min). The bars represent mean±s.e.m. *P0.05, **P0.01; Student's t-test, n=3."}
{"words": ["(", "c", ")", "P", "-", "and", "total", "MEK", "and", "ERK", "localize", "on", "to", "the", "cytoplasmic", "/", "extra", "-", "luminal", "face", "of", "APh", "in", "vivo", ".", "Left", ";", "model", "depicting", "localization", "of", "MEK", "and", "ERK", "on", "the", "extra", "-", "luminal", "face", "of", "autophagic", "vesicles", "and", "the", "ability", "of", "trypsin", "to", "degrade", "extra", "-", "luminal", "MEK", "and", "ERK", ",", "and", "right", ";", "immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "APh", "fractions", "from", "mice", "livers", "untreated", "(", "−", ")", "or", "treated", "with", "increasing", "amounts", "of", "trypsin", "for", "15", " ", "min", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "corresponding", "trypsin", "-", "untreated", "value", ";", "ANOVA", "-", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ",", "n", "=", "3", ".", "The", "p44", ",", "p42", "forms", "of", "ERK", ",", "LC3", "-", "I", "and", "membrane", "-", "associated", "LC3", "-", "II", ",", "and", "37", " ", "kDa", "and", "25", " ", "kDa", "forms", "of", "cathepsin", "(", "Cath", ")", "B", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) P- and total MEK and ERK localize on to the cytoplasmic/extra-luminal face of APh in vivo. Left; model depicting localization of MEK and ERK on the extra-luminal face of autophagic vesicles and the ability of trypsin to degrade extra-luminal MEK and ERK, and right; immunoblots for indicated proteins in APh fractions from mice livers untreated (−) or treated with increasing amounts of trypsin for 15 min. The bars represent mean±s.e.m. *P0.05, **P0.01, ***P0.001 compared with corresponding trypsin-untreated value; ANOVA-Bonferroni post hoc test, n=3. The p44, p42 forms of ERK, LC3-I and membrane-associated LC3-II, and 37 kDa and 25 kDa forms of cathepsin (Cath) B are indicated."}
{"words": ["(", "a", ")", "EGF", "enhances", "nuclear", "LC3", "-", "II", "content", "in", "hepatocytes", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "depicting", "nuclear", "LC3", "-", "II", "in", "RALA", "hepatocytes", "in", "presence", "or", "absence", "of", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "Native", "/", "inverted", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "control", "(", "Con", ")", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "50", "cells", "from", "two", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) EGF enhances nuclear LC3-II content in hepatocytes. Immunofluorescence (IF) depicting nuclear LC3-II in RALA hepatocytes in presence or absence of EGF (10 min). Native/inverted images are shown. Scale bar, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with control (Con); Student's t-test, 50 cells from two experiments."}
{"words": ["(", "b", ")", "EGF", "enhances", "nuclear", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "-", "II", "colocalization", ".", "IF", "depicting", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "/", "LC3", "-", "II", "(", "red", ")", "colocalization", "in", "untreated", "(", "Con", ")", "or", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", ".", "Native", "images", "(", "top", ")", "/", "images", "with", "colocalization", "in", "white", "pixels", "(", "bottom", ")", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "50", "cells", "from", "two", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) EGF enhances nuclear P-ERK/LC3-II colocalization. IF depicting P-ERK (green)/LC3-II (red) colocalization in untreated (Con) or EGF-treated NIH/3T3 cells. Native images (top)/images with colocalization in white pixels (bottom) are shown. Scale bar, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, 50 cells from two experiments."}
{"words": ["(", "c", ")", "Adipogenic", "differentiation", "increases", "nuclear", "LC3", "-", "II", ".", "Images", "depict", "nuclear", "LC3", "-", "II", "in", "3T3", "-", "L1", "preadipocytes", "in", "maintenance", "or", "differentiation", "medium", "(", "2", " ", "h", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "50", "cells", "from", "two", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Adipogenic differentiation increases nuclear LC3-II. Images depict nuclear LC3-II in 3T3-L1 preadipocytes in maintenance or differentiation medium (2 h). Scale bar, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. **P0.01 compared with Con; Student's t-test, 50 cells from two experiments."}
{"words": ["(", "d", ")", "Nuclear", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "-", "II", "colocalization", "in", "serum", "-", "fed", "cells", ".", "IF", "showing", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "/", "LC3", "(", "red", ")", "colocalization", "in", "2", " ", "h", "serum", "-", "fed", "NIH", "/", "3T3", "cells", ".", "Native", "images", "(", "top", ")", "/", "images", "with", "colocalization", "in", "white", "pixels", "(", "bottom", ")", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Nuclear P-ERK/LC3-II colocalization in serum-fed cells. IF showing P-ERK (green)/LC3 (red) colocalization in 2 h serum-fed NIH/3T3 cells. Native images (top)/images with colocalization in white pixels (bottom) are shown. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["(", "e", ")", "LC3", "interacts", "with", "ERK", "in", "vivo", ".", "Immunoblots", "showing", "co", "-", "immunoprecipitation", "of", "LC3", "with", "ERK", ",", "MEK", "and", "bRAF", "in", "homogenate", "(", "Hom", ")", "(", "e", ",", "top", ")", ",", "and", "of", "LC3", "with", "P", "-", "and", "total", "ERK", "in", "nuclear", "fractions", "from", "mouse", "livers", "(", "e", ",", "bottom", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) LC3 interacts with ERK in vivo. Immunoblots showing co-immunoprecipitation of LC3 with ERK, MEK and bRAF in homogenate (Hom) (e, top), and of LC3 with P- and total ERK in nuclear fractions from mouse livers (e, bottom)."}
{"words": ["(", "f", ")", "Blocking", "nuclear", "transport", "decreases", "EGF", "-", "induced", "increase", "in", "nuclear", "LC3", "-", "II", ".", "LC3", "IF", "(", "red", ")", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", "pre", "-", "exposed", "(", "30", " ", "min", ")", "or", "not", "to", "WGA", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "to", "with", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "from", "n", "=", "3", ".", "Scale", "bar", ",", "10", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Blocking nuclear transport decreases EGF-induced increase in nuclear LC3-II. LC3 IF (red) in EGF-treated NIH/3T3 cells pre-exposed (30 min) or not to WGA. Bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared to with; Student's t-test, 60 cells from n=3. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "g", ")", "Blocking", "nuclear", "transport", "decreases", "nuclear", "ERK", "content", ".", "ERK", "IF", "(", "green", ")", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", "pre", "-", "exposed", "(", "30", " ", "min", ")", "or", "not", "to", "WGA", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Blocking nuclear transport decreases nuclear ERK content. ERK IF (green) in EGF-treated NIH/3T3 cells pre-exposed (30 min) or not to WGA. Bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with Con; Student's t-test."}
{"words": ["(", "h", ")", "Blocking", "nuclear", "transport", "does", "not", "modify", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "-", "II", "colocalization", ".", "IF", "depicting", "nuclear", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "/", "LC3", "(", "red", ")", "colocalization", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", "pre", "-", "exposed", "or", "not", "to", "WGA", ".", "For", "(", "g", ")", "and", "(", "h", ")", ":", "Scale", "bar", ",", "10", " ", "μm", ",", "bars", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "50", "cells", "from", "n", "=", "2", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", ".", "Arrows", "indicate", "LC3", "puncta", ",", "ERK", "or", "colocalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(h) Blocking nuclear transport does not modify P-ERK/LC3-II colocalization. IF depicting nuclear P-ERK (green)/LC3 (red) colocalization in EGF-treated NIH/3T3 cells pre-exposed or not to WGA. For (g) and (h): Scale bar, 10 μm, bars are mean±s.e.m. 50 cells from n=2. Nuclei are blue (DAPI). Arrows indicate LC3 puncta, ERK or colocalization."}
{"words": ["(", "a", ")", "Atg7", "−", "/", "−", "livers", "display", "decreased", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "the", "indicated", "proteins", "in", "liver", "homogenate", "(", "Hom", ")", "and", "cytosolic", "(", "Cyt", ")", "fractions", "of", "control", "(", "Con", ")", "and", "liver", "-", "specific", "Atg7", "−", "/", "−", "mice", "are", "shown", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Atg7−/− livers display decreased ERK phosphorylation. Immunoblots for the indicated proteins in liver homogenate (Hom) and cytosolic (Cyt) fractions of control (Con) and liver-specific Atg7−/− mice are shown. The bars represent mean±s.e.m. *P0.05, **P0.01, ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, n=4."}
{"words": ["(", "b", ")", "Atg7", "−", "/", "−", "livers", "display", "decreased", "ERK2", "dimers", ".", "Immunoblots", "show", "the", "indicated", "proteins", "in", "Hom", "from", "Con", "and", "Atg7", "−", "/", "−", "livers", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "to", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "-", "5", ".", "Arrows", "indicate", "p42", "monomers", "and", "dimers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Atg7−/− livers display decreased ERK2 dimers. Immunoblots show the indicated proteins in Hom from Con and Atg7−/− livers. The bars represent mean±s.e.m. *P0.05, ***P0.001 compared to Con; Student's t-test, n=4-5. Arrows indicate p42 monomers and dimers."}
{"words": ["(", "c", ")", "Atg7", "−", "/", "−", "brown", "adipose", "tissues", "(", "BAT", ")", "display", "decreased", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "Hom", "from", "Con", "and", "Atg7", "−", "/", "−", "BAT", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "-", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Atg7−/− brown adipose tissues (BAT) display decreased ERK phosphorylation. Immunoblots for indicated proteins in Hom from Con and Atg7−/−BAT. The bars represent mean±s.e.m. **P0.01 compared with Con; Student's t-test, n=4-6."}
{"words": ["(", "d", ")", "Atg7", "−", "/", "−", "livers", "exhibit", "decreased", "nuclear", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "show", "the", "indicated", "proteins", "in", "homogenate", "(", "Hom", ",", "lane", "1", ")", "and", "nuclear", "fractions", "(", "lanes", "2", "-", "5", ")", "from", "Con", "and", "Atg7", "−", "/", "−", "livers", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "-", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Atg7−/− livers exhibit decreased nuclear ERK phosphorylation. Immunoblots show the indicated proteins in homogenate (Hom, lane 1) and nuclear fractions (lanes 2-5) from Con and Atg7−/− livers. The bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, n=4-5."}
{"words": ["(", "e", ")", "LC3", "C", "terminus", "glycine", "-", "deleted", "(", "ΔG", ")", "mutants", "exhibit", "decreased", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "total", "lysates", "from", "CFP", "-", "LC3", "-", "and", "CFP", "-", "LC3ΔG", "-", "transfected", "NIH", "/", "3T3", "cells", "exposed", "or", "not", "to", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) LC3 C terminus glycine-deleted (ΔG) mutants exhibit decreased ERK phosphorylation. Immunoblots for indicated proteins in total lysates from CFP-LC3- and CFP-LC3ΔG-transfected NIH/3T3 cells exposed or not to EGF (10 min). The bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, n=8."}
{"words": ["(", "a", ")", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "display", "reduced", "ERK", "phosphorylation", "during", "nutrient", "deprivation", ".", "Quantification", "of", "P", "-", "ERK", "levels", "normalized", "to", "total", "ERK", "(", "detected", "by", "immunoblotting", ")", "in", "WT", "and", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "cultured", "in", "the", "absence", "of", "serum", "for", "indicated", "times", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", "compared", "with", "corresponding", "WT", "value", ";", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P0", ".", "0001", "compared", "with", "10", " ", "min", "serum", "-", "starved", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", ";", "ANOVA", "-", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Atg5−/− MEFs display reduced ERK phosphorylation during nutrient deprivation. Quantification of P-ERK levels normalized to total ERK (detected by immunoblotting) in WT and Atg5−/− MEFs cultured in the absence of serum for indicated times. The bars represent mean±s.e.m. *P0.05 compared with corresponding WT value; ***P0.001, ****P0.0001 compared with 10 min serum-starved Atg5−/− MEFs; ANOVA-Bonferroni post hoc test, n=3."}
{"words": ["(", "b", ")", "Serum", "-", "deprived", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "display", "decreased", "ERK", "and", "p90RSK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "the", "indicated", "proteins", "in", "total", "lysates", "from", "2", " ", "h", "serum", "-", "deprived", "WT", "and", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Serum-deprived Atg5−/− MEFs display decreased ERK and p90RSK phosphorylation. Immunoblots for the indicated proteins in total lysates from 2 h serum-deprived WT and Atg5−/− MEFs. The bars represent mean±s.e.m. *P0.05, ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, n=3."}
{"words": ["(", "c", ")", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "display", "decreased", "nuclear", "ERK", "activity", ".", "Immunoblots", "for", "phosphorylated", "HA", "(", "haemagglutinin", ")", "-", "tagged", "Elk1", "in", "total", "lysates", "from", "2", " ", "h", "serum", "-", "deprived", "WT", "and", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "cells", "exposed", "or", "not", "to", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Atg5−/− MEFs display decreased nuclear ERK activity. Immunoblots for phosphorylated HA (haemagglutinin)-tagged Elk1 in total lysates from 2 h serum-deprived WT and Atg5−/− MEFs cells exposed or not to EGF (10 min)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "display", "decreased", "Elk1", "-", "driven", "gene", "expression", ".", "Elk1", "-", "driven", "ZFP36", "mRNA", "levels", "from", "2", " ", "hserum", "-", "deprived", "WT", "and", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "cells", "exposed", "or", "not", "to", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "Con", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Atg5−/− MEFs display decreased Elk1-driven gene expression. Elk1-driven ZFP36 mRNA levels from 2 hserum-deprived WT and Atg5−/− MEFs cells exposed or not to EGF (10 min). The bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with Con; Student's t-test, n=3. ("}
{"words": ["(", "e", ")", "Decreased", "ERK", "phosphorylation", "in", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "occurs", "independently", "of", "changes", "in", "ERK", "phosphatases", ".", "Immunoblots", "for", "the", "indicated", "proteins", "in", "2", " ", "h", "serum", "-", "deprived", "WT", "MEFs", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "(", "scr", ")", ",", "and", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "transfected", "with", "scr", "or", "siRNAs", "against", "MKP3", "or", "PP2A", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "EGF", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Decreased ERK phosphorylation in Atg5−/− MEFs occurs independently of changes in ERK phosphatases. Immunoblots for the indicated proteins in 2 h serum-deprived WT MEFs transfected with scrambled siRNA (scr), and Atg5−/− MEFs transfected with scr or siRNAs against MKP3 or PP2A in the presence or absence of EGF. The bars represent mean±s.e.m., n=3."}
{"words": ["(", "a", ")", "Mutations", "in", "FRS", "on", "ERK2", "decrease", "colocalization", "of", "ERK2", "with", "ATG5", "-", "ATG12", ",", "LC3", "and", "WIPI1", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "showing", "colocalization", "(", "depicted", "as", "white", "pixels", "by", "'", "colocalization", "finder", "application", "'", ")", "of", "WT", "-", "ERK2", "-", "HA", ",", "FRS", "ERK2", "mutants", "(", "L198A", "-", ",", "L232A", "-", ",", "L198A", "/", "L232A", "-", ",", "Y261A", "-", "ERK2", "-", "HA", ")", "or", "common", "docking", "(", "CD", ")", "mutant", "(", "D319N", "-", "ERK2", "-", "HA", ")", "with", "ATG5", "-", "ATG12", "(", "panels", "1", "-", "6", ")", ",", "LC3", "(", "panels", "7", "-", "12", ")", "or", "WIPI1", "(", "panels", "13", "-", "18", ")", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", ".", "ERK2", "is", "stained", "in", "red", ",", "and", "autophagy", "proteins", "are", "stained", "in", "green", ".", "Scale", "bar", ",", "10", " ", "μm", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P0", ".", "0001", "compared", "with", "WT", "-", "ERK2", "-", "transfected", "cells", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "50", "cells", "analysed", "from", "n", "=", "2", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Mutations in FRS on ERK2 decrease colocalization of ERK2 with ATG5-ATG12, LC3 and WIPI1. Immunofluorescence (IF) showing colocalization (depicted as white pixels by 'colocalization finder application') of WT-ERK2-HA, FRS ERK2 mutants (L198A-, L232A-, L198A/L232A-, Y261A-ERK2-HA) or common docking (CD) mutant (D319N-ERK2-HA) with ATG5-ATG12 (panels 1-6), LC3 (panels 7-12) or WIPI1 (panels 13-18) in EGF-treated NIH/3T3 cells. ERK2 is stained in red, and autophagy proteins are stained in green. Scale bar, 10 μm. The bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ****P0.0001 compared with WT-ERK2-transfected cells; Student's t-test, 50 cells analysed from n=2. ("}
{"words": ["(", "b", ")", "Mutations", "in", "FRS", "on", "ERK2", "decrease", "colocalization", "of", "ERK2", "with", "nuclearATG5", "-", "ATG12", "or", "LC3", ".", "IF", "showing", "colocalization", "(", "white", "pixels", ")", "of", "WT", "-", "ERK2", "-", "HA", "(", "red", ")", ",", "FRS", "ERK2", "mutants", "(", "L198A", "-", ",", "L232A", "-", ",", "L198A", "/", "L232A", "-", ",", "Y261A", "-", "ERK2", "-", "HA", ")", "or", "common", "docking", "(", "CD", ")", "mutant", "(", "D319N", "-", "ERK2", "-", "HA", ")", "with", "ATG5", "-", "ATG12", "(", "panels", "1", "-", "6", ")", "or", "LC3", "-", "II", "(", "panels", "7", "-", "12", ")", "in", "EGF", "-", "treated", "NIH", "/", "3T3", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P0", ".", "0001", "compared", "with", "WT", "-", "ERK2", "-", "transfected", "cells", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "50", "cells", "analysed", "from", "n", "=", "2", ".", "Arrows", "depict", "colocalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Mutations in FRS on ERK2 decrease colocalization of ERK2 with nuclearATG5-ATG12 or LC3. IF showing colocalization (white pixels) of WT-ERK2-HA (red), FRS ERK2 mutants (L198A-, L232A-, L198A/L232A-, Y261A-ERK2-HA) or common docking (CD) mutant (D319N-ERK2-HA) with ATG5-ATG12 (panels 1-6) or LC3-II (panels 7-12) in EGF-treated NIH/3T3 cells. Scale bar, 5 μm. The bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ***P0.001, ****P0.0001 compared with WT-ERK2-transfected cells; Student's t-test, 50 cells analysed from n=2. Arrows depict colocalization."}
{"words": ["(", "c", ")", "ATG5", "-", "ATG12", "conjugation", "is", "required", "for", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "P", "-", "ERK", ",", "total", "ERK", "and", "β", "-", "actin", "in", "NIH", "/", "3T3", "cells", "transfected", "with", "WT", "ATG5", "or", "the", "conjugation", "-", "defective", "ATG5", "K130R", "mutant", "and", "treated", "with", "EGF", "(", "10", "min", ")", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", "compared", "with", "WT", "ATG5", "-", "transfected", "cells", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) ATG5-ATG12 conjugation is required for ERK phosphorylation. Immunoblots for P-ERK, total ERK and β-actin in NIH/3T3 cells transfected with WT ATG5 or the conjugation-defective ATG5 K130R mutant and treated with EGF (10 min). The bars represent mean±s.e.m. *P0.05 compared with WT ATG5-transfected cells; Student's t-test, n=3."}
{"words": ["a", ")", "ATG4B", "depletion", "increases", "steady", "-", "state", "LC3", "-", "II", "levels", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "NIH", "/", "3T3", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNAs", "(", "scr", ")", "or", "siRNAs", "against", "ATG4B", "(", "siATG4B", ")", "in", "presence", "/", "absence", "of", "EGF", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "scr", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a) ATG4B depletion increases steady-state LC3-II levels. Immunoblots for indicated proteins in NIH/3T3 cells transfected with scrambled siRNAs (scr) or siRNAs against ATG4B (siATG4B) in presence/absence of EGF. Bars represent mean±s.e.m. *P0.05, ***P0.001 compared with scr; Student's t-test, n=4."}
{"words": ["(", "b", ")", "siATG4B", "cells", "exhibit", "increased", "autophagic", "vesicles", ".", "Representative", "electron", "micrographs", "depicting", "autophagic", "vesicles", "(", "indicated", "by", "black", "arrows", ")", "in", "scr", "and", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) siATG4B cells exhibit increased autophagic vesicles. Representative electron micrographs depicting autophagic vesicles (indicated by black arrows) in scr and siATG4B NIH/3T3 cells."}
{"words": ["(", "c", ")", "ATG4B", "depletion", "does", "not", "increase", "autophagic", "flux", "in", "serum", "-", "fed", "cells", ".", "Immunoblots", "for", "indicated", "proteins", "in", "lysates", "from", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "/", "absence", "of", "lysosomal", "inhibitors", ",", "ammonium", "chloride", "and", "leupeptin", "(", "Inh", ")", "for", "2", " ", "h", ".", "Scale", "bars", ",", "1", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) ATG4B depletion does not increase autophagic flux in serum-fed cells. Immunoblots for indicated proteins in lysates from scr or siATG4B NIH/3T3 cells in presence/absence of lysosomal inhibitors, ammonium chloride and leupeptin (Inh) for 2 h. Scale bars, 1 μm. Bars represent mean±s.e.m., n=3."}
{"words": ["(", "d", ")", "siATG4B", "cells", "display", "increased", "nuclear", "LC3", "-", "II", ".", "Images", "for", "LC3", "-", "II", "(", "red", ")", "in", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "/", "absence", "of", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "scr", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "from", "n", "=", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) siATG4B cells display increased nuclear LC3-II. Images for LC3-II (red) in scr or siATG4B NIH/3T3 cells in presence/absence of EGF (10 min). Scale bar, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. ***P0.001 compared with scr; Student's t-test, 60 cells from n=2."}
{"words": ["(", "e", ")", "ATG4B", "deficiency", "increases", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "-", "II", "colocalization", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "for", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "/", "LC3", "(", "red", ")", "colocalization", "in", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "/", "absence", "of", "EGF", "(", "10", " ", "min", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "scr", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "from", "n", "=", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) ATG4B deficiency increases P-ERK/LC3-II colocalization. Immunofluorescence (IF) for P-ERK (green)/LC3 (red) colocalization in scr or siATG4B NIH/3T3 cells in presence/absence of EGF (10 min). Scale bars, 10 μm. Bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ***P0.001 compared with scr; Student's t-test, 60 cells from n=2."}
{"words": ["(", "f", ")", "ATG4B", "-", "deficient", "cells", "display", "increased", "nuclear", "P", "-", "ERK", "/", "LC3", "colocalization", ".", "IF", "depicting", "P", "-", "ERK", "(", "green", ")", "/", "LC3", "(", "red", ")", "colocalization", "in", "nuclei", "of", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "/", "absence", "of", "EGF", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "scr", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "from", "n", "=", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) ATG4B-deficient cells display increased nuclear P-ERK/LC3 colocalization. IF depicting P-ERK (green)/LC3 (red) colocalization in nuclei of scr or siATG4B NIH/3T3 cells in presence/absence of EGF. Scale bars, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ***P0.001 compared with scr; Student's t-test, 60 cells from n=2."}
{"words": ["(", "g", ")", "ATG4B", "deficiency", "augments", "EGF", "-", "induced", "MEK", "and", "ERK", "phosphorylation", ".", "Immunoblots", "for", "P", "-", "and", "total", "MEK", "and", "ERK", ",", "LC3", "and", "GAPDH", "in", "total", "lysates", "from", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "in", "presence", "/", "absence", "of", "EGF", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) ATG4B deficiency augments EGF-induced MEK and ERK phosphorylation. Immunoblots for P- and total MEK and ERK, LC3 and GAPDH in total lysates from scr or siATG4B NIH/3T3 cells in presence/absence of EGF. Bars represent mean±s.e.m., n=3."}
{"words": ["h", ")", "ATG4B", "deficiency", "increases", "nuclear", "P", "-", "ERK", "levels", ".", "Native", "(", "top", ")", "/", "inverted", "images", "(", "bottom", ")", "showing", "nuclear", "P", "-", "ERK", "content", ".", "P", "-", "ERK", "fluorescence", "in", "untreated", "(", "Con", ")", "/", "EGF", "-", "treated", "scr", "or", "siATG4B", "NIH", "/", "3T3", "cells", "is", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "compared", "with", "scr", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "60", "cells", "from", "n", "=", "2", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "h) ATG4B deficiency increases nuclear P-ERK levels. Native (top)/inverted images (bottom) showing nuclear P-ERK content. P-ERK fluorescence in untreated (Con)/EGF-treated scr or siATG4B NIH/3T3 cells is shown. Scale bars, 5 μm. Bars represent mean±s.e.m. **P0.01, ***P0.001 compared with scr; Student's t-test, 60 cells from n=2. Nuclei are blue (DAPI)."}
{"words": ["A", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "mCherry", "-", "tagged", "Parkin", "and", "FLAG", "-", "tagged", "UBQLN2", "for", "24", "h", ",", "and", "then", "were", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "Antimycin", "A", "and", "Oligomycin", "A", "(", "A", "/", "O", ")", "for", "4", "h", "and", "24", "h", ".", "The", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "FLAG", "(", "green", ")", "antibody", "and", "anti", "-", "TOM20", "(", "gray", ")", ",", "and", "then", "were", "visualized", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Insets", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bars", ",", "2", ".", "5", "µm", ".", "B", ",", "C", "The", "dashed", "square", "is", "magnified", "as", "shown", "in", "the", "boxed", "region", "in", "A", "with", "corresponding", "line", "scan", "indicating", "Parkin", "and", "UBQLN2", "co", "-", "localization", "on", "the", "depolarized", "mitochondria", "(", "the", "line", "scan", "indicates", "pixel", "intensity", "of", "Parkin", "and", "UBQLN2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "A HEK 293 cells were transfected with mCherry-tagged Parkin and FLAG-tagged UBQLN2 for 24 h, and then were treated with 5 µg/mL Antimycin A and Oligomycin A (A/O) for 4 h and 24 h. The cells were stained with anti-FLAG (green) antibody and anti-TOM20 (gray), and then were visualized using confocal microscopy. Scale bars, 10 µm. Insets were higher magnifications of the dashed box area. Scale bars, 2.5 µm. B, C The dashed square is magnified as shown in the boxed region in A with corresponding line scan indicating Parkin and UBQLN2 co-localization on the depolarized mitochondria (the line scan indicates pixel intensity of Parkin and UBQLN2)."}
{"words": ["D", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "mCherry", "-", "tagged", "Parkin", "and", "EGFP", "-", "tagged", "UBQLN2", ".", "24", "h", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "treated", "with", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "4", "h", ",", "and", "then", "were", "harvested", "for", "the", "isolation", "of", "mitochondria", ".", "Whole", "cell", "(", "Total", ")", ",", "cytosol", "(", "Cyto", ")", "and", "mitochondria", "(", "Mito", ")", "were", "lysed", "and", "analyzed", "by", "western", "blotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D HEK 293 cells were transfected with mCherry-tagged Parkin and EGFP-tagged UBQLN2. 24 h after transfection, cells were treated with 1 µg/mL A/O for 4 h, and then were harvested for the isolation of mitochondria. Whole cell (Total), cytosol (Cyto) and mitochondria (Mito) were lysed and analyzed by western blotting with the indicated antibodies."}
{"words": ["A", "Domain", "structure", "of", "Parkin", "in", "upper", "region", ".", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "and", "FLAG", "-", "tagged", "Parkin", "WT", "or", "mutants", "(", "K161N", ",", "T240R", ",", "C418R", ",", "C431F", "and", "P437L", ")", "for", "24", "h", ",", "and", "then", "were", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ".", "The", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "HA", "(", "green", ")", "and", "FLAG", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "Then", "the", "cells", "were", "visualized", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Lower", "panel", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bars", ",", "2", ".", "5", "µm", ".", "B", ",", "C", "The", "quantification", "data", "of", "the", "Parkin", "or", "UBQLN2", "with", "mitochondrial", "localization", "in", "A", ".", "At", "least", "60", "anti", "-", "HA", "-", "UBQLN2", "or", "anti", "-", "FLAG", "-", "Parkin", "positive", "cells", "were", "counted", "for", "each", "sample", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "represented", "as", "means", "±", "SD", ".", ",", "ns", ",", "not", "significantly", "different", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Domain structure of Parkin in upper region. HEK 293 cells were transfected with HA-tagged UBQLN2 and FLAG-tagged Parkin WT or mutants (K161N, T240R, C418R, C431F and P437L) for 24 h, and then were treated with 5 µg/mL A/O for 5 h. The cells were stained with anti-HA (green) and FLAG (red) antibodies. Then the cells were visualized using confocal microscopy. Scale bars, 10 µm. Lower panel were higher magnifications of the dashed box area. Scale bars, 2.5 µm. B, C The quantification data of the Parkin or UBQLN2 with mitochondrial localization in A. At least 60 anti-HA-UBQLN2 or anti-FLAG-Parkin positive cells were counted for each sample. Data from three independent experiments were represented as means ± SD., ns, not significantly different; **, p<0.01; ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["B", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNA", ".", "After", "48", "h", ",", "the", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "FLAG", "-", "Parkin", "and", "mt", "-", "mKeima", "for", "17", "h", ".", "Then", "the", "cells", "were", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ",", "and", "visualized", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Intracellular", "mt", "-", "mKeima", "signal", "excited", "at", "458", "nm", "(", "measuring", "mitochondria", "with", "a", "neutral", "pH", ")", "was", "shown", "in", "green", "color", ",", "while", "red", "color", "indicated", "the", "mt", "-", "mKeima", "fluorescence", "excited", "at", "561", "nm", "(", "measuring", "mitochondria", "with", "an", "acidic", "pH", ")", "in", "the", "same", "cell", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B HEK 293 cells were transfected with indicated siRNA. After 48 h, the cells were re-transfected with FLAG-Parkin and mt-mKeima for 17 h. Then the cells were treated with 5 µg/mL A/O for 5 h, and visualized using confocal microscopy. Intracellular mt-mKeima signal excited at 458 nm (measuring mitochondria with a neutral pH) was shown in green color, while red color indicated the mt-mKeima fluorescence excited at 561 nm (measuring mitochondria with an acidic pH) in the same cell. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["D", "The", "cells", "were", "transfected", "and", "treated", "as", "B", ".", "Cells", "were", "analyzed", "by", "FACS", ".", "The", "percentage", "of", "cells", "with", "lysosomal", "positive", "mt", "-", "mKeima", "are", "shown", "on", "the", "representative", "FACS", "data", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "represented", "as", "means", "±", "SD", ".", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D The cells were transfected and treated as B. Cells were analyzed by FACS. The percentage of cells with lysosomal positive mt-mKeima are shown on the representative FACS data. Data from three independent experiments were represented as means ± SD., **, p<0.01; ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["G", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "FLAG", "tag", "or", "FLAG", "-", "tagged", "UBQLN2WT", "or", "∆", "UBA", ",", "along", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "24", "h", ".", "The", "cells", "then", "were", "treated", "with", "or", "without", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "24", "h", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G HEK 293 cells were transfected with indicated siRNAs. After 24 h, the cells were re-transfected with FLAG tag or FLAG-tagged UBQLN2WT or ∆UBA, along with mCherry-Parkin for 24 h. The cells then were treated with or without 1 µg/mL A/O for 24 h. The cell lysates were subjected to immunoblot with indicated antibodies."}
{"words": ["A", "Domain", "structure", "of", "UBQLN2", "in", "upper", "region", ".", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", "or", "ALS", "-", "linked", "mutants", "(", "∆", "UBA", ",", "∆", "UBL", ",", "P497H", "or", "P509S", ")", ",", "along", "with", "mCherry", "-", "Parkin", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ".", "The", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "FLAG", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "TOM20", "(", "gray", ")", "antibodies", ",", "and", "then", "were", "visualized", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Insets", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bars", ",", "2", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Domain structure of UBQLN2 in upper region. HEK 293 cells were transfected with FLAG-tagged UBQLN2-WT or ALS-linked mutants (∆UBA, ∆UBL, P497H or P509S), along with mCherry-Parkin. After 24 h, the cells were treated with 5 µg/mL A/O for 5 h. The cells were stained with anti-FLAG (green) and anti-TOM20 (gray) antibodies, and then were visualized using confocal microscopy. Scale bars, 10 µm. Insets were higher magnifications of the dashed box area. Scale bars, 2.5 µm."}
{"words": ["C", "The", "cells", "were", "transfected", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "and", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", "or", "ALS", "-", "mutants", "as", "A", "and", "subjected", "to", "immunofluorescent", "assay", "as", "in", "A", ",", "but", "were", "treated", "with", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "24", "h", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "Yellow", "arrow", "indicates", "uncleared", "mitochondria", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C The cells were transfected with mCherry-Parkin and HA-tagged UBQLN2-WT or ALS-mutants as A and subjected to immunofluorescent assay as in A, but were treated with 1 µg/mL A/O for 24 h. Scale bar, 10 µm. Yellow arrow indicates uncleared mitochondria."}
{"words": ["E", "HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "FLAG", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", "or", "mutants", ",", "along", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "24h", ".", "Then", "the", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "18", "h", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs. After 24 h, the cells were re-transfected with FLAG-tagged UBQLN2-WT or mutants, along with mCherry-Parkin for 24h. Then the cells were treated with or without 1 µg/mL A/O for 18 h. The cell lysates were subjected to immunoblot with indicated antibodies."}
{"words": ["A", "HEK", "293", "cells", "were", "transfected", "with", "mCherry", "-", "tagged", "Parkin", ",", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", ",", "FLAG", "-", "tagged", "HSP70", "and", "BFP", "-", "mito", "for", "24", "h", ",", "and", "were", "then", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "4", "h", ".", "The", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "HA", "(", "green", ")", "and", "FLAG", "(", "gray", ")", "antibodies", ",", "and", "were", "visualized", "using", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "Right", "panel", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bars", ",", "2", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A HEK 293 cells were transfected with mCherry-tagged Parkin, HA-tagged UBQLN2, FLAG-tagged HSP70 and BFP-mito for 24 h, and were then treated with 5 µg/mL A/O for 4 h. The cells were stained with anti-HA (green) and FLAG (gray) antibodies, and were visualized using confocal microscopy. Scale bar, 10 µm. Right panel were higher magnifications of the dashed box area. Scale bars, 2.5 µm."}
{"words": ["D", "HEK", "293T", "cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "and", "FLAG", "-", "tagged", "HSP70", "(", "WT", "or", "ΔC", ")", "were", "incubated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ".", "The", "cells", "were", "then", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "assay", "using", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D HEK 293T cells expressing HA-tagged UBQLN2 and FLAG-tagged HSP70 (WT or ΔC) were incubated with 5 µg/mL A/O for 5 h. The cells were then subjected to immunoprecipitation assay using anti-FLAG antibody."}
{"words": ["E", "HEK", "293T", "cells", "expressing", "HA", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", ",", "ΔUBA", "or", "P497H", ")", "and", "FLAG", "-", "tagged", "HSP70", "were", "incubated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ".", "Immunoprecipitation", "assay", "were", "performed", "using", "UBQLN2", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "E HEK 293T cells expressing HA tagged UBQLN2-WT, ΔUBA or P497H) and FLAG-tagged HSP70 were incubated with 5 µg/mL A/O for 5 h. Immunoprecipitation assay were performed using UBQLN2 antibody."}
{"words": ["G", "The", "quantification", "data", "of", "UBQLN2", "recruitment", "to", "mitochondria", "after", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "treatment", ".", "HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", ".", "The", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", ",", "mCherry", "-", "Parkin", ",", "along", "with", "BFP", "-", "mito", ",", "and", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", ".", "The", "cells", "were", "subjected", "to", "immunofluorescent", "assay", "using", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "represented", "as", "means", "±", "SD", ".", ",", "Sixty", "cells", "were", "counted", "for", "each", "sample", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G The quantification data of UBQLN2 recruitment to mitochondria after 5 µg/mL A/O treatment. HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs. The cells were re-transfected with HA-tagged UBQLN2-WT, mCherry-Parkin, along with BFP-mito, and treated with 5 µg/mL A/O for 5 h. The cells were subjected to immunofluorescent assay using anti-HA antibody. Data from three independent experiments were represented as means ± SD., Sixty cells were counted for each sample. **, p<0.01, one-way ANOVA."}
{"words": ["A", "HEK", "293T", "cells", "expressing", "mCherry", "-", "Parkin", "were", "pre", "-", "treated", "with", "proteasome", "inhibitor", "(", "20", "µM", "MG132", ")", "for", "12", "h", ",", "and", "treated", "with", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "2", "h", ".", "Then", "the", "cells", "were", "fractionated", "and", "proteins", "were", "immunoblotted", "for", "relative", "antibodies", ".", "B", "The", "level", "of", "Mfn2", "(", "OMM", "protein", ")", ",", "TOM20", ",", "COXIV", "and", "HSP60", "was", "quantified", "and", "normalized", "relative", "to", "GAPDH", ",", "and", "was", "shown", "in", "A", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", ",", "ns", ",", "not", "significantly", "different", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A HEK 293T cells expressing mCherry-Parkin were pre-treated with proteasome inhibitor (20 µM MG132) for 12 h, and treated with 1 µg/mL A/O for 2 h. Then the cells were fractionated and proteins were immunoblotted for relative antibodies. B The level of Mfn2 (OMM protein), TOM20, COXIV and HSP60 was quantified and normalized relative to GAPDH, and was shown in A. The data from three independent experiments were presented as mean± SD., ns, not significantly different; **, p<0.01; ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "48", "h", ".", "C", "The", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "12", "h", "and", "were", "pre", "-", "treated", "with", "or", "without", "20", "µM", "MG132", "for", "12", "h", "and", "treated", "with1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "2", "h", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", ",", "ns", ",", "not", "significantly", "different", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs for 48 h. C The cells were re-transfected with mCherry-Parkin for 12 h and were pre-treated with or without 20 µM MG132 for 12 h and treated with1 µg/mL A/O for 2 h. The cell lysates were subjected to immunoblot with indicated antibodies. The data from three independent experiments were presented as mean± SD., ns, not significantly different; *, p<0.05; **, p<0.01, one-way ANOVA."}
{"words": ["HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "48", "h", ".", "The", "cells", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", "or", "∆", "379", "-", "462", ",", "along", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "12", "h", ".", "Then", "the", "cells", "were", "treated", "with", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "2", "h", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "using", "indicated", "antibodies", ".", "G", "Relative", "densities", "from", "F", "were", "shown", "in", "G", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "means", "±", "SD", ".", ",", "ns", ",", "not", "significantly", "different", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs for 48 h. The cells were transfected with HA-tagged UBQLN2-WT or ∆379-462, along with mCherry-Parkin for 12 h. Then the cells were treated with 1 µg/mL A/O for 2 h. The cell lysates were subjected to immunoblot using indicated antibodies. G Relative densities from F were shown in G. The data from three independent experiments were presented as means ± SD., ns, not significantly different; *, p<0.05; **, p<0.01, one-way ANOVA."}
{"words": ["HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "48", "h", ".", "H", "The", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "tagged", "UBQLN2", "-", "WT", ",", "along", "with", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "12", "h", ".", "Then", "the", "cells", "were", "pretreated", "with", "20", "µM", "MG132", "for", "12", "h", "and", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "4", "h", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "cell", "lysates", "were", "treated", "with", "or", "without", "10", "µg", "/", "mL", "proteinase", "K", "(", "Pro", ".", "K", ")", "and", "then", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Mito", ":", "the", "isolated", "mitochondria", ";", "Mito", "(", "Pro", ".", "K", ")", ":", "mitochondria", "after", "Pro", ".", "K", "treatment", ".", "COXIV", "level", "in", "\"", "Mito", "(", "Pro", ".", "K", ")", "\"", "group", "was", "quantified", "and", "normalized", "relative", "to", "HSP60", "in", "\"", "Mito", "group", "\"", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs for 48 h. H The cells were re-transfected with HA-tagged UBQLN2-WT, along with mCherry-Parkin for 12 h. Then the cells were pretreated with 20 µM MG132 for 12 h and treated with 5 µg/mL A/O for 4 h. Mitochondria isolated from cell lysates were treated with or without 10 µg/mL proteinase K (Pro.K) and then were subjected to immunoblot with indicated antibodies. Mito: the isolated mitochondria; Mito (Pro.K): mitochondria after Pro.K treatment. COXIV level in \"Mito (Pro.K)\" group was quantified and normalized relative to HSP60 in \"Mito group\". The data from three independent experiments were presented as mean± SD., ** p<0.01, ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["HEK", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "48", "h", ".", "I", "The", "cells", "were", "re", "-", "transfected", "with", "HA", ",", "HA", "-", "UBQLN2", "-", "WT", "or", "P497H", ",", "along", "with", "GFP", "-", "Parkin", "and", "FLAG", "-", "PHB2", "for", "20", "h", ",", "and", "then", "were", "treated", "with", "or", "without", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "4", "h", ".", "Images", "of", "situ", "PLA", "using", "rabbit", "anti", "-", "LC3B", "and", "mouse", "anti", "-", "FLAG", "antibodies", ".", "Blue", ":", "nuclei", "(", "DAPI", ")", ";", "white", "dots", ":", "PLA", "positive", "puncta", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "J", "Over", "500", "cells", "were", "counted", "for", "each", "sample", "in", "I", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK 293T cells were transfected with indicated siRNAs for 48 h. I The cells were re-transfected with HA, HA-UBQLN2-WT or P497H, along with GFP-Parkin and FLAG-PHB2 for 20 h, and then were treated with or without 5 µg/mL A/O for 4 h. Images of situ PLA using rabbit anti-LC3B and mouse anti-FLAG antibodies. Blue: nuclei (DAPI); white dots: PLA positive puncta. Scale bar, 10 µm. J Over 500 cells were counted for each sample in I. The data from three independent experiments were presented as mean± SD., *, p<0.05; ** p<0.01, ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["A", "Mouse", "cortical", "neurons", "(", "DIV", "7", ")", "were", "infected", "with", "lentivirus", "carrying", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "45", "h", ",", "and", "then", "the", "neurons", "were", "treated", "with", "5", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "5", "h", "and", "subjected", "to", "immunofluorescent", "assay", "using", "anti", "-", "UBQLN2", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "HSP60", "(", "gray", ")", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Lower", "panel", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bar", ",", "2", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Mouse cortical neurons (DIV 7) were infected with lentivirus carrying mCherry-Parkin for 45 h, and then the neurons were treated with 5 µg/mL A/O for 5 h and subjected to immunofluorescent assay using anti-UBQLN2 (green) and anti-HSP60 (gray) antibodies. Scale bars, 10 µm. Lower panel were higher magnifications of the dashed box area. Scale bar, 2.5 µm."}
{"words": ["Mouse", "cortical", "neurons", "(", "DIV", "7", ")", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "24", "h", ".", "B", "The", "neurons", "were", "infected", "with", "lentivirus", "carrying", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "24", "h", "and", "then", "were", "treated", "with", "1", "µg", "/", "mL", "A", "/", "O", "for", "48", "h", ".", "The", "neurons", "were", "stained", "with", "DAPI", ",", "anti", "-", "UBQLN2", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "HSP60", "(", "gray", ")", "antibodies", "and", "visualized", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "uncleared", "mitochondria", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse cortical neurons (DIV 7) were transfected with indicated siRNAs for 24 h. B The neurons were infected with lentivirus carrying mCherry-Parkin for 24 h and then were treated with 1 µg/mL A/O for 48 h. The neurons were stained with DAPI, anti-UBQLN2 (green) and anti-HSP60 (gray) antibodies and visualized. Scale bars, 10 µm. Yellow arrows indicate uncleared mitochondria."}
{"words": ["Mouse", "cortical", "neurons", "(", "DIV", "7", ")", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "24", "h", ".", "F", "The", "neurons", "were", "infected", "with", "lentivirus", "carrying", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "36", "h", "and", "were", "treated", "with", "100", "ng", "/", "mL", "Antimycin", "A", "(", "Antimycin", "A", "alone", ",", "AA", ")", "and", "1", "µM", "DFP", "for", "10", "h", ".", "The", "neurons", "were", "subjected", "to", "immunofluorescent", "assay", "using", "anti", "-", "TOM20", "(", "magenta", ")", "and", "anti", "-", "LAMP", "2", "(", "gray", ")", "antibodies", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Right", "panel", "were", "higher", "magnifications", "of", "the", "dashed", "box", "area", ".", "Scale", "bars", ",", "2", ".", "5", "µm", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "the", "co", "-", "localization", "between", "mitochondria", "and", "lysosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse cortical neurons (DIV 7) were transfected with indicated siRNAs for 24 h. F The neurons were infected with lentivirus carrying mCherry-Parkin for 36 h and were treated with 100 ng/mL Antimycin A (Antimycin A alone, AA) and 1 µM DFP for 10 h. The neurons were subjected to immunofluorescent assay using anti-TOM20 (magenta) and anti-LAMP 2 (gray) antibodies. Scale bars, 10 µm. Right panel were higher magnifications of the dashed box area. Scale bars, 2.5 µm. Yellow arrows indicate the co-localization between mitochondria and lysosomes."}
{"words": ["Mouse", "cortical", "neurons", "(", "DIV", "7", ")", "were", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "for", "24", "h", ".", "H", "The", "neurons", "were", "infected", "with", "lentivirus", "carrying", "mCherry", "-", "Parkin", "for", "24", "h", ".", "Then", ",", "the", "neurons", "were", "treated", "with", "100", "ng", "/", "mL", "Antimycin", "A", "and", "1", "µM", "DFP", "for", "another", "10", "h", "and", "subjected", "to", "immunofluorescent", "assay", "using", "anti", "-", "MAP2", "antibody", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "I", ",", "J", "The", "neurite", "length", "(", "I", ")", "and", "cell", "death", "(", "J", ")", "in", "more", "than", "30", "neurons", "were", "quantified", "from", "each", "group", "in", "H", ".", "The", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "presented", "as", "the", "means", "±", "SD", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse cortical neurons (DIV 7) were transfected with indicated siRNAs for 24 h. H The neurons were infected with lentivirus carrying mCherry-Parkin for 24 h. Then, the neurons were treated with 100 ng/mL Antimycin A and 1 µM DFP for another 10 h and subjected to immunofluorescent assay using anti-MAP2 antibody. Scale bars, 10 µm. I, J The neurite length (I) and cell death (J) in more than 30 neurons were quantified from each group in H. The data from three independent experiments were presented as the means ± SD., *, p<0.05; ***, p<0.001, one-way ANOVA."}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "LDH", "release", ",", "IL", "-", "1β", "secretion", "(", "a", ")", "and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", ",", "caspase", "-", "11", ",", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", "and", "IL", "-", "1α", "(", "b", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, LDH release, IL-1β secretion (a) and immunoblots for caspase-1, caspase-11, IL-1β, IL-18 and IL-1α(b)"}
{"words": ["and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", ",", "caspase", "-", "11", ",", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", "and", "IL", "-", "1α", "(", "b", ")", "from", "unprimed", "BMDMs", "infected", "for", "16h", "with", "the", "indicated", "bacteria", "(", "grown", "to", "stationary", "phase", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "and immunoblots for caspase-1, caspase-11, IL-1β, IL-18 and IL-1α (b) from unprimed BMDMs infected for 16h with the indicated bacteria (grown to stationary phase)."}
{"words": ["c", ",", "Time", "course", "measuring", "LDH", "release", "from", "unprimed", "or", "IFN", "-", "γ", "-", "primed", "BMDMs", "infected", "with", "S", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Time course measuring LDH release from unprimed or IFN-γ-primed BMDMs infected with S. typhimurium"}
{"words": ["d", ",", "e", ",", "LDH", "release", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "from", "primed", "BMDMs", "infected", "with", "SPI", "-", "1", "-", "expressing", "logarithmic", "phase", "S", ".", "typhimurium", ",", "treated", "with", "monosodium", "urate", ",", "alum", "and", "nigericin", "or", "transfected", "with", "poly", "(", "dA", ":", "dT", ")", "and", "LPS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0], "text": "d, e, LDH release and IL-1β secretion from primed BMDMs infected with SPI-1-expressing logarithmic phase S. typhimurium, treated with monosodium urate, alum and nigericin or transfected with poly(dA:dT) and LPS."}
{"words": ["LDH", "release", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "from", "unprimed", "wild", "-", "type", "and", "Gbp2", "−", "/", "−", "BMDMs", "infected", "for", "16h", "with", "the", "indicated", "bacteria", "(", "grown", "to", "stationary", "phase", ")", ".", "Graphs", "show", "mean", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "quadruplicate", "wells", "and", "data", "are", "representative", "of", "two", "(", "b", ")", "and", "three", "(", "a", ",", "c", "-", "f", ")", "independent", "experiments", ".", "*", "Crossreactive", "band", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "NS", ",", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LDH release and IL-1β secretion from unprimed wild-type and Gbp2−/− BMDMs infected for 16h with the indicated bacteria (grown to stationary phase). Graphs show mean and s.d. of quadruplicate wells and data are representative of two (b) and three (a, c-f) independent experiments. *Crossreactive band; **P<0.01; NS, not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "Quantification", "of", "live", "(", "mCherry", "-", "positive", ")", "and", "dead", "(", "mCherry", "-", "negative", ")", "S", ".", "typhimurium", "per", "cell", "by", "immunofluorescence", "(", "a", ")", "or", "as", "percent", "of", "total", "by", "flow", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, Quantification of live (mCherry-positive) and dead (mCherry-negative) S. typhimurium per cell by immunofluorescence (a) or as percent of total by flow-cytometry"}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "Quantification", "of", "live", "(", "mCherry", "-", "positive", ")", "and", "dead", "(", "mCherry", "-", "negative", ")", "S", ".", "typhimurium", "per", "cell", "by", "immunofluorescence", "(", "a", ")", "or", "as", "percent", "of", "total", "by", "flow", "-", "cytometry", "(", "b", ")", "in", "unprimed", "BMDMs", "at", "16", " ", "h", "post", "-", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, Quantification of live (mCherry-positive) and dead (mCherry-negative) S. typhimurium per cell by immunofluorescence (a) or as percent of total by flow-cytometry (b) in unprimed BMDMs at 16 h post-infection."}
{"words": ["c", ",", "Immunostaining", "for", "GBP2", "and", "quantification", "of", "live", "and", "dead", "Salmonella", "at", "4", "h", "post", "-", "infection", ".", "Arrowheads", ",", "bacteria", "shown", "in", "insets", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Immunostaining for GBP2 and quantification of live and dead Salmonella at 4 h post-infection. Arrowheads, bacteria shown in insets."}
{"words": ["d", ",", "Quantification", "of", "GBP", "-", "positive", "bacteria", ",", "LDH", "release", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "at", "indicated", "time", "points", "from", "BMDMs", "infected", "with", "Salmonella", ",", "live", "or", "killed", "by", "different", "means", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Quantification of GBP-positive bacteria, LDH release and IL-1β secretion at indicated time points from BMDMs infected with Salmonella, live or killed by different means."}
{"words": ["e", ",", "Immunohistochemistry", "for", "GBP2", "and", "Salmonella", "on", "spleen", "tissue", "from", "Salmonella", "(", "mCherry", "-", "positive", ")", "-", "infected", "mice", "(", "representative", "of", "n", "=", "3", "per", "group", ")", ".", "S", ".", "tm", ".", ",", "S", ".", "typhimurium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Immunohistochemistry for GBP2 and Salmonella on spleen tissue from Salmonella (mCherry-positive)-infected mice (representative of n = 3 per group). S. tm., S. typhimurium."}
{"words": ["f", ",", "g", ",", "Quantification", "of", "GBP", "-", "positive", "Salmonella", "in", "anti", "-", "IFN", "-", "γ", "-", "treated", "or", "control", "animals", "(", "f", ")", "and", "live", "and", "dead", "bacteria", "among", "GBP2", "-", "negative", "/", "-", "positive", "Salmonella", "(", "g", ")", "(", "n", "=", "3", "per", "group", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "µm", "(", "c", ")", ",", "1", " ", "µm", "(", "e", ")", ".", "Graphs", "show", "mean", "and", "5", "-", "95", "percentile", "(", "box", "plots", ")", "or", "s", ".", "d", ".", "of", "technical", "triplicates", ",", "and", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "f, g, Quantification of GBP-positive Salmonella in anti-IFN-γ-treated or control animals (f) and live and dead bacteria among GBP2-negative/-positive Salmonella (g) (n = 3 per group). Scale bars, 10 µm (c), 1 µm (e). Graphs show mean and 5-95 percentile (box plots) or s.d. of technical triplicates, and data are representative of three independent experiments. *P  0.05, **P  0.01 (two-tailed t-test)."}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "Unprimed", "BMDMs", "infected", "with", "S", ".", "typhimurium", "for", "4", "h", "and", "immunostained", "for", "LC3", "and", "GBP2", ".", "Arrowheads", ",", "bacteria", "shown", "in", "insets", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "&", "amp", ";", "amp", ";", "mgr", ";", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, Unprimed BMDMs infected with S. typhimurium for 4 h and immunostained for LC3 and GBP2. Arrowheads, bacteria shown in insets. Scale bars, 10 &amp;amp;mgr;m."}
{"words": [".", "c", ",", "Quantification", "of", "results", "from", "b", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". c, Quantification of results from b."}
{"words": ["b", ".", "d", "-", "g", ",", "LDH", "release", "and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", "and", "caspase", "-", "11", "from", "BMDMs", "infected", "for", "16", "h", "or", "transfected", "with", "LPS", "in", "presence", "or", "absence", "of", "3", "-", "methyladenine", "(", "3", "-", "MA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b. d-g, LDH release and immunoblots for caspase-1 and caspase-11 from BMDMs infected for 16 h or transfected with LPS in presence or absence of 3-methyladenine (3-MA)."}
{"words": ["b", ".", "d", "-", "g", ",", "LDH", "release", "and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", "and", "caspase", "-", "11", "from", "BMDMs", "infected", "for", "16", "h", "or", "transfected", "with", "LPS", "in", "presence", "or", "absence", "of", "3", "-", "methyladenine", "(", "3", "-", "MA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "b. d-g, LDH release and immunoblots for caspase-1 and caspase-11 from BMDMs infected for 16 h or transfected with LPS in presence or absence of 3-methyladenine (3-MA)."}
{"words": ["b", ".", "d", "-", "g", ",", "LDH", "release", "and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", "and", "caspase", "-", "11", "from", "BMDMs", "infected", "for", "16", "h", "or", "transfected", "with", "LPS", "in", "presence", "or", "absence", "of", "3", "-", "methyladenine", "(", "3", "-", "MA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "b. d-g, LDH release and immunoblots for caspase-1 and caspase-11 from BMDMs infected for 16 h or transfected with LPS in presence or absence of 3-methyladenine (3-MA)."}
{"words": ["b", ".", "d", "-", "g", ",", "LDH", "release", "and", "immunoblots", "for", "caspase", "-", "1", "and", "caspase", "-", "11", "from", "BMDMs", "infected", "for", "16", " ", "h", "or", "transfected", "with", "LPS", "in", "presence", "or", "absence", "of", "3", "-", "methyladenine", "(", "3", "-", "MA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "b. d-g, LDH release and immunoblots for caspase-1 and caspase-11 from BMDMs infected for 16 h or transfected with LPS in presence or absence of 3-methyladenine (3-MA)."}
{"words": ["h", ",", "i", ",", "LDH", "release", "and", "IL", "-", "1b", "secretion", "from", "BMDMs", "infected", "for", "16", " ", "h", "or", "transfected", "with", "LPS", ".", "Graphs", "show", "mean", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "quadruplicate", "wells", "and", "data", "are", "representative", "of", "two", "(", "e", ",", "i", ")", "and", "three", "(", "a", "-", "d", ",", "f", "-", "h", ")", "independent", "experiments", ".", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "01", ";", "NS", ",", "not", "significant", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "h, i, LDH release and IL-1b secretion from BMDMs infected for 16 h or transfected with LPS. Graphs show mean and s.d. of quadruplicate wells and data are representative of two (e, i) and three (a-d, f-h) independent experiments. *P  0.05, **P  0.01; NS, not significant (two-tailed t-test)."}
{"words": ["a", ",", "Quantification", "of", "galectin", "-", "8", "-", "positive", "Salmonella", "in", "unprimed", "BMDMs", "at", "4", " ", "h", "post", "-", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Quantification of galectin-8-positive Salmonella in unprimed BMDMs at 4 h post-infection. b"}
{"words": ["c", ",", "Unprimed", "BMDMs", "infected", "with", "S", ".", "typhimurium", "for", "4", " ", "h", "and", "immunostained", "for", "galectin", "-", "8", ",", "GBP2", "and", "LC3", ".", "Arrowheads", ",", "bacteria", "shown", "in", "insets", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "µm", ".", "d", ",", "Quantification", "of", "galectin", "-", "8", "/", "LC3", "-", "double", "-", "positive", "Salmonella", "at", "indicated", "time", "points", "post", "-", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Unprimed BMDMs infected with S. typhimurium for 4 h and immunostained for galectin-8, GBP2 and LC3. Arrowheads, bacteria shown in insets. Scale bars, 10 µm. d, Quantification of galectin-8/LC3-double-positive Salmonella at indicated time points post-infection."}
{"words": ["e", "-", "h", ",", "Quantification", "of", "cytosolic", "and", "vacuolar", "bacteria", "by", "flow", "cytometry", "in", "BMDMs", "infected", "with", "mCherry", "-", "positive", "S", ".", "typhimurium", "(", "e", "-", "g", ")", "or", "S", ".", "flexneri", "(", "h", ",", "wild", "-", "type", "or", "ΔT3SS", ")", "for", "4", " ", "h", ".", "Graphs", "show", "mean", "and", "s", ".", "d", ".", "or", "5", "-", "95", "percentile", "(", "Box", "plots", ")", "of", "technical", "triplicates", ".", "Data", "are", "representative", "of", "2", "(", "g", ",", "h", ")", ",", "3", "(", "a", "-", "d", ")", "and", "4", "(", "e", ",", "f", ")", "independent", "experiments", ".", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", " ", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e-h, Quantification of cytosolic and vacuolar bacteria by flow cytometry in BMDMs infected with mCherry-positive S. typhimurium (e-g) or S. flexneri (h, wild-type or ΔT3SS) for 4 h. Graphs show mean and s.d. or 5-95 percentile (Box plots) of technical triplicates. Data are representative of 2 (g, h), 3 (a-d) and 4 (e, f) independent experiments. *P  0.05, **P  0.01 (two-tailed t-test)."}
{"words": ["Determination", "of", "serum", "testosterone", "(", "B", ")", "and", "17β", "-", "estradiol", "levels", ",", "in", "post", "-", "pubescent", "male", ",", "castrated", "male", "(", "CtM", ")", ",", "and", "female", "Hanwoo", "(", "n", "=", "5", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Determination of serum testosterone (B) and 17β-estradiol levels, in post-pubescent male, castrated male (CtM), and female Hanwoo (n = 5 in each group)."}
{"words": ["Determination", "of", "the", "body", "weight", ",", "in", "post", "-", "pubescent", "male", ",", "castrated", "male", "(", "CtM", ")", ",", "and", "female", "Hanwoo", "(", "n", "=", "5", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Determination of the body weight , in post-pubescent male, castrated male (CtM), and female Hanwoo (n = 5 in each group)."}
{"words": ["D", ".", "PCoA", "of", "the", "rectal", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequences", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. PCoA of the rectal bacterial 16S rRNA gene sequences based on the weighted UniFrac distance matrix."}
{"words": ["E", ".", "Discriminant", "taxa", "of", "the", "male", "and", "CtM", "rectal", "microbiota", ",", "as", "determined", "by", "the", "linear", "discriminant", "analysis", "effect", "size", "(", "LEfSe", ")", ".", "The", "different", "abundances", "are", "represented", "by", "LDA", "scores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Discriminant taxa of the male and CtM rectal microbiota, as determined by the linear discriminant analysis effect size (LEfSe). The different abundances are represented by LDA scores."}
{"words": ["F", ".", "The", "serum", "metabolome", "profiles", "were", "analyzed", "using", "GC", "-", "TOF", "-", "MS", "and", "clustered", "by", "PCoA", "based", "on", "the", "Bray", "-", "Curtis", "dissimilarity", "matrix", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. The serum metabolome profiles were analyzed using GC-TOF-MS and clustered by PCoA based on the Bray-Curtis dissimilarity matrix."}
{"words": ["G", ".", "The", "relative", "abundances", "of", "serum", "metabolites", "displayed", "as", "bar", "graphs", "(", "n", "=", "5", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. The relative abundances of serum metabolites displayed as bar graphs (n = 5 in each group)."}
{"words": ["H", ".", "The", "BCAA", "serum", "levels", "quantified", "enzymatically", ",", "as", "described", "in", "the", "materials", "and", "methods", "section", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. The BCAA serum levels quantified enzymatically, as described in the materials and methods section."}
{"words": ["A", ".", "Serum", "testosterone", "levels", "in", "the", "adult", "male", "and", "CtM", "Hanwoo", "(", "n", "=", "10", "in", "each", "group", ")", ".", "The", "scattered", "dots", "in", "the", "bar", "graph", "represent", "the", "individual", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Serum testosterone levels in the adult male and CtM Hanwoo (n = 10 in each group). The scattered dots in the bar graph represent the individual replicates."}
{"words": ["PCoA", ",", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "of", "the", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", "for", "the", "rumen", ",", "ileum", ",", "and", "colon", ",", "shown", "for", "the", "different", "segments", "of", "the", "gastrointestinal", "tract", "(", "B", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PCoA, based on the weighted UniFrac distance matrix, of the bacterial 16S rRNA gene sequence data for the rumen, ileum, and colon, shown for the different segments of the gastrointestinal tract (B)"}
{"words": ["C", ".", "PCoA", ",", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "of", "the", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", "or", "the", "rumen", ",", "ileum", ",", "and", "colon", ",", "combined", "data", "(", "C", ")", ".", "D", ".", "Microbial", "dissimilarity", "(", "calculated", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "100", "values", "in", "each", "group", ")", "between", "the", "male", "and", "CtM", "groups", "in", "the", "different", "intestinal", "compartments", ".", "The", "lines", ",", "boxes", ",", "and", "whiskers", "in", "the", "box", "plot", "diagrams", "represent", "the", "median", ",", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "and", "min", "-", "to", "-", "max", "distribution", "of", "replicate", "values", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. PCoA, based on the weighted UniFrac distance matrix, of the bacterial 16S rRNA gene sequence data or the rumen, ileum, and colon, combined data (C). D. Microbial dissimilarity (calculated based on the weighted UniFrac distance matrix, 100 values in each group) between the male and CtM groups in the different intestinal compartments. The lines, boxes, and whiskers in the box plot diagrams represent the median, first and third quartiles, and min-to-max distribution of replicate values, respectively. "}
{"words": ["E", ".", "The", "relative", "abundances", "of", "abundant", "bacterial", "taxa", "(", ">", "0", ".", "5", "%", "of", "the", "mean", "abundance", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. The relative abundances of abundant bacterial taxa (> 0.5% of the mean abundance)."}
{"words": ["B", ".", "The", "intestinal", "branched", "-", "chain", "amino", "acid", "(", "BCAA", ")", "levels", "in", "the", "adult", "male", "and", "CtM", "Hanwoo", "(", "n", "=", "10", "in", "each", "group", ")", ".", "BCAA", "levels", "in", "the", "luminal", "contents", "of", "the", "ileum", ",", "cecum", ",", "and", "colon", "were", "quantified", "by", "an", "enzymatic", "method", "using", "a", "BCAA", "assay", "kit", ".", "The", "lines", ",", "boxes", ",", "and", "whiskers", "in", "the", "box", "plot", "diagrams", "represent", "the", "median", ",", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "and", "min", "-", "to", "-", "max", "distribution", "of", "replicate", "values", ",", "respectively", ".", "The", "scattered", "dots", "in", "the", "box", "plot", "diagrams", "represent", "the", "individual", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The intestinal branched-chain amino acid (BCAA) levels in the adult male and CtM Hanwoo (n = 10 in each group). BCAA levels in the luminal contents of the ileum, cecum, and colon were quantified by an enzymatic method using a BCAA assay kit. The lines, boxes, and whiskers in the box plot diagrams represent the median, first and third quartiles, and min-to-max distribution of replicate values, respectively. The scattered dots in the box plot diagrams represent the individual replicates."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "dressed", "bodies", "of", "the", "adult", "male", "and", "CtM", "Hanwoo", "(", "n", "=", "10", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of dressed bodies of the adult male and CtM Hanwoo (n = 10 in each group)."}
{"words": ["B", ".", "Dressed", "body", "weight", ",", "thickness", "of", "the", "dorsal", "subcutaneous", "fat", ",", "total", "weight", "of", "the", "extramuscular", "fat", "(", "posterior", "subcutaneous", "fat", ",", "mesenteric", "fat", ",", "and", "retroperitoneal", "fat", ")", ",", "and", "serum", "levels", "of", "the", "branched", "-", "chain", "amino", "acids", "(", "BCAAs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0], "text": "B. Dressed body weight, thickness of the dorsal subcutaneous fat, total weight of the extramuscular fat (posterior subcutaneous fat, mesenteric fat, and retroperitoneal fat), and serum levels of the branched-chain amino acids (BCAAs)."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "fresh", "striploin", "muscle", "from", "the", "adult", "male", "and", "CtM", "carcasses", "(", "n", "=", "5", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of fresh striploin muscle from the adult male and CtM carcasses (n = 5 in each group)."}
{"words": ["D", ".", "The", "intramuscular", "fat", "area", "in", "size", "-", "normalized", "muscle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The intramuscular fat area in size-normalized muscle."}
{"words": ["E", ".", "The", "intramuscular", "metabolome", "profiles", "analyzed", "using", "GC", "-", "TOF", "-", "MS", "and", "clustered", "by", "PCoA", "based", "on", "the", "Bray", "-", "Curtis", "dissimilarity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. The intramuscular metabolome profiles analyzed using GC-TOF-MS and clustered by PCoA based on the Bray-Curtis dissimilarity matrix"}
{"words": ["F", ",", "G", ".", "The", "relative", "abundances", "of", "intramuscular", "metabolites", "(", "F", ")", "and", "β", "-", "hydroxybutyrate", "(", "3", "-", "HB", ")", "(", "G", ")", "in", "the", "male", "and", "CtM", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G. The relative abundances of intramuscular metabolites (F) and β-hydroxybutyrate (3-HB) (G) in the male and CtM samples."}
{"words": ["H", ".", "The", "serum", "and", "mucle", "ketone", "body", "levels", ",", "quantified", "enzymatically", ",", "as", "described", "in", "the", "Materials", "and", "Methods", "section", "(", "n", "=", "10", "in", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. The serum and mucle ketone body levels, quantified enzymatically, as described in the Materials and Methods section (n = 10 in each group)."}
{"words": ["C", ".", "PCoA", ",", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "of", "the", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", "for", "the", "luminal", "contents", "of", "the", "ileum", "and", "colon", ",", "shown", "according", "to", "the", "different", "diets", "and", "antibiotic", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "C. PCoA, based on the weighted UniFrac distance matrix, of the bacterial 16S rRNA gene sequence data for the luminal contents of the ileum and colon, shown according to the different diets and antibiotic treatment."}
{"words": ["D", ".", "The", "relative", "abundances", "of", "the", "family", "Peptostreptococcaceae", "are", "displayed", "as", "a", "box", "and", "dot", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The relative abundances of the family Peptostreptococcaceae are displayed as a box and dot plot."}
{"words": ["E", ".", "The", "serum", "branched", "-", "chain", "amino", "acid", "(", "BCAA", ")", "levels", "quantified", "enzymatically", ",", "as", "described", "in", "the", "Materials", "and", "Methods", "section", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. The serum branched-chain amino acid (BCAA) levels quantified enzymatically, as described in the Materials and Methods section."}
{"words": ["F", ".", "The", "total", "weight", "of", "the", "extramuscular", "fat", ",", "including", "posterior", "subcutaneous", "fat", ",", "mesenteric", "fat", ",", "and", "retroperitoneal", "fat", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. The total weight of the extramuscular fat, including posterior subcutaneous fat, mesenteric fat, and retroperitoneal fat."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Representative", "images", "(", "G", ")", "and", "weight", "(", "H", ")", "of", "the", "hindlimb", "intermuscular", "fat", ".", "The", "images", "are", "from", "a", "longitudinal", "section", "of", "the", "hind", "leg", ".", "The", "fat", "weight", "data", "are", "presented", "as", "a", "percentage", "of", "the", "body", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Representative images (G) and weight (H) of the hindlimb intermuscular fat. The images are from a longitudinal section of the hind leg. The fat weight data are presented as a percentage of the body weight."}
{"words": ["I", ".", "Serum", "and", "hindlimb", "muscle", "ketone", "body", "levels", "quantified", "enzymatically", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Serum and hindlimb muscle ketone body levels quantified enzymatically."}
{"words": ["B", ".", "The", "serum", "testosterone", "levels", "in", "the", "Sham", "-", "R", "and", "castrated", "male", "(", "CtM", ")", "-", "R", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The serum testosterone levels in the Sham-R and castrated male (CtM)-R mice."}
{"words": ["C", ".", "PCoA", ",", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "of", "the", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", "for", "the", "luminal", "contents", "of", "the", "ileum", "and", "colon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. PCoA, based on the weighted UniFrac distance matrix, of the bacterial 16S rRNA gene sequence data for the luminal contents of the ileum and colon."}
{"words": ["E", ".", "The", "relative", "abundances", "of", "the", "family", "Peptostreptococcaceae", "are", "displayed", "as", "a", "box", "and", "dot", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. The relative abundances of the family Peptostreptococcaceae are displayed as a box and dot plot."}
{"words": ["F", ".", "Weights", "of", "the", "posterior", "subcutaneous", "fat", ",", "epididymal", "fat", ",", "mesenteric", "fat", ",", "and", "retroperitoneal", "fat", "in", "the", "Sham", "-", "R", "and", "CtM", "-", "R", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Weights of the posterior subcutaneous fat, epididymal fat, mesenteric fat, and retroperitoneal fat in the Sham-R and CtM-R mice."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Representative", "images", "(", "G", ")", "and", "weight", "(", "H", ")", "of", "the", "hindlimb", "intermuscular", "fat", "in", "the", "Sham", "-", "R", "and", "CtM", "-", "R", "mice", ".", "Images", "were", "obtained", "from", "a", "longitudinal", "section", "of", "the", "hind", "leg", ".", "The", "fat", "weight", "data", "are", "presented", "as", "a", "percentage", "of", "the", "body", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Representative images (G) and weight (H) of the hindlimb intermuscular fat in the Sham-R and CtM-R mice. Images were obtained from a longitudinal section of the hind leg. The fat weight data are presented as a percentage of the body weight."}
{"words": ["I", ".", "Serum", "and", "hindlimb", "muscle", "ketone", "body", "levels", ",", "quantified", "enzymatically", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Serum and hindlimb muscle ketone body levels, quantified enzymatically."}
{"words": ["B", ".", "Body", "weight", "gain", "in", "response", "to", "the", "different", "levels", "of", "dietary", "BCAAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "B. Body weight gain in response to the different levels of dietary BCAAs."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "gross", "anatomy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of gross anatomy."}
{"words": ["D", ".", "The", "total", "weight", "of", "the", "extramuscular", "fat", "(", "posterior", "subcutaneous", "fat", ",", "epididymal", "fat", ",", "mesenteric", "fat", ",", "and", "retroperitoneal", "fat", ")", "in", "the", "mice", "fed", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "with", "or", "without", "BCAAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "D. The total weight of the extramuscular fat (posterior subcutaneous fat, epididymal fat, mesenteric fat, and retroperitoneal fat) in the mice fed high-fat diet (HFD) with or without BCAAs."}
{"words": ["E", ".", "The", "serum", "BCAA", "levels", "in", "the", "mice", "fed", "HFD", "with", "or", "without", "BCAAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "E. The serum BCAA levels in the mice fed HFD with or without BCAAs."}
{"words": ["F", ".", "PCoA", ",", "based", "on", "the", "weighted", "UniFrac", "distance", "matrix", ",", "of", "the", "bacterial", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", "for", "the", "luminal", "contents", "of", "the", "ileum", "and", "colon", "are", "shown", ".", "The", "body", "weight", "gain", "data", "are", "presented", "as", "a", "percentage", "of", "the", "initial", "body", "weight", ".", "The", "fat", "weight", "data", "are", "presented", "as", "a", "percentage", "of", "the", "body", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. PCoA, based on the weighted UniFrac distance matrix, of the bacterial 16S rRNA gene sequence data for the luminal contents of the ileum and colon are shown. The body weight gain data are presented as a percentage of the initial body weight. The fat weight data are presented as a percentage of the body weight."}
{"words": ["G", ".", "Serum", "and", "hindlimb", "muscle", "ketone", "body", "levels", ",", "quantified", "enzymatically", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Serum and hindlimb muscle ketone body levels, quantified enzymatically."}
{"words": ["A", "-", "E", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "A", ")", "zygotene", "(", "Zyg", ".", ")", ",", "(", "B", ")", "pachytene", "(", "Pac", ".", ")", ",", "(", "C", ")", "diplotene", "(", "Dip", ".", ")", ",", "(", "D", ")", "late", "diplotene", "(", "L", ".", "dip", ".", ")", ",", "and", "(", "E", ")", "prometaphase", "I", "(", "ProM", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-E Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red) on spread spermatocytes at (A) zygotene (Zyg.), (B) pachytene (Pac.), (C) diplotene (Dip.), (D) late diplotene (L. dip.), and (E) prometaphase I (ProM I)."}
{"words": ["F", "-", "H", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP1", "(", "pseudocoloured", "in", "pink", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "F", ")", "zygotene", ",", "(", "G", ")", "pachytene", ",", "and", "(", "H", ")", "diplotene", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP1 (pseudocoloured in pink) on spread spermatocytes at (F) zygotene, (G) pachytene, and (H) diplotene."}
{"words": ["I", "-", "K", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "HORMAD1", "(", "pseudocoloured", "in", "blue", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "I", ")", "zygotene", ",", "(", "J", ")", "pachytene", ",", "and", "(", "K", ")", "diplotene", ".", "The", "sex", "bivalent", "(", "XY", ")", "and", "their", "pseudoautosomal", "regions", "(", "arrows", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "round", "body", "(", "arrowheads", ")", "are", "indicated", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-K Double-immunolabeling of Sororin (green) and HORMAD1 (pseudocoloured in blue) on spread spermatocytes at (I) zygotene, (J) pachytene, and (K) diplotene. The sex bivalent (XY) and their pseudoautosomal regions (arrows), as well as the round body (arrowheads) are indicated. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["A", ",", "C", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "A", ")", "early", "zygotene", "(", "E", ".", "zyg", ".", ")", "and", "(", "C", ")", "late", "zygotene", "(", "L", ".", "zyg", ".", ")", ".", "B", ",", "D", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "SMC3", "(", "pseudocoloured", "in", "cyan", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "B", ")", "early", "zygotene", "and", "(", "D", ")", "late", "zygotene", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,C Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red) on spread spermatocytes at (A) early zygotene (E. zyg.) and (C) late zygotene (L. zyg.).B,D Double-immunolabeling of SMC3 (pseudocoloured in cyan) and SYCP3 (red) on spread spermatocytes at (B) early zygotene and (D) late zygotene."}
{"words": ["E", "Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "REC8", "-", "myc", "(", "pseudocoloured", "in", "purple", ")", "on", "a", "spread", "mid", "zygotene", "spermatocyte", ".", "The", "sex", "univalents", "(", "X", ",", "Y", ")", "are", "indicated", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Double-immunolabeling of Sororin (green) and REC8-myc (pseudocoloured in purple) on a spread mid zygotene spermatocyte. The sex univalents (X,Y) are indicated. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", "on", "spread", "pachytene", "-", "like", "(", "Pac", ".", "-", "like", ")", "and", "zygotene", "-", "like", "(", "Zyg", ".", "-", "like", ")", "spermatocytes", "of", "different", "genotypes", ".", "Unsynapsed", "axial", "elements", "of", "sex", "chromosomes", "(", "X", ",", "Y", ")", "are", "indicated", ".", "Arrowheads", "indicate", "nucleolar", "-", "associated", "round", "bodies", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red) on spread pachytene-like (Pac.-like) and zygotene-like (Zyg.-like) spermatocytes of different genotypes. Unsynapsed axial elements of sex chromosomes (X,Y) are indicated. Arrowheads indicate nucleolar-associated round bodies. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", ",", "and", "counterstaining", "of", "the", "chromatin", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "A", ")", "metaphase", "I", "(", "M", "I", ")", ",", "(", "G", ")", "anaphase", "I", "(", "A", "I", ")", ",", "(", "H", ")", "interkinesis", "(", "Int", ".", ")", ",", "(", "I", ")", "prophase", "II", "(", "Pro", ".", "II", ")", ",", "and", "(", "J", ")", "metaphase", "II", "(", "M", "II", ")", ".", "The", "sex", "bivalent", "(", "XY", ")", "is", "indicated", ".", "Arrows", "indicate", "the", "centriolar", "area", "at", "cell", "poles", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "Sororin", "labeling", "at", "the", "centromere", "of", "Y", "chromosome", ".", "B", "-", "F", "Selected", "metaphase", "I", "autosomal", "(", "B", "and", "C", ")", "and", "sex", "(", "E", "and", "F", ")", "bivalents", ".", "The", "sex", "chromosomes", "(", "X", ",", "Y", ")", "are", "indicated", ".", "K", ",", "L", "Enlarged", "metaphase", "II", "centromeres", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red), and counterstaining of the chromatin with DAPI (blue) on spread spermatocytes at (A) metaphase I (M I), (G) anaphase I (A I), (H) interkinesis (Int.), (I) prophase II (Pro. II), and (J) metaphase II (M II). The sex bivalent (XY) is indicated. Arrows indicate the centriolar area at cell poles. Arrowheads indicate the Sororin labeling at the centromere of Y chromosome.B-F Selected metaphase I autosomal (B and C) and sex (E and F) bivalents. The sex chromosomes (X,Y) are indicated.K,L Enlarged metaphase II centromeres. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "kinetochores", "(", "ACA", "serum", ",", "red", ")", ",", "and", "counterstaining", "of", "the", "chromatin", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "on", "spread", "spermatocytes", "at", "(", "A", ")", "metaphase", "I", "(", "M", "I", ")", ",", "(", "B", ")", "metaphase", "II", "(", "M", "II", ")", ",", "and", "(", "C", ")", "anaphase", "II", "(", "A", "II", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "cell", "poles", ".", "The", "centromere", "of", "the", "Y", "chromosome", "and", "chromatids", "(", "Y", ")", "is", "indicated", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Double-immunolabeling of Sororin (green) and kinetochores (ACA serum, red), and counterstaining of the chromatin with DAPI (blue) on spread spermatocytes at (A) metaphase I (M I), (B) metaphase II (M II), and (C) anaphase II (A II). Arrowheads indicate the cell poles. The centromere of the Y chromosome and chromatids (Y) is indicated. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", ",", "and", "counterstaining", "of", "the", "chromatin", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "on", "spread", "Sgo2", "-", "/", "-", "spermatocytes", "at", "(", "A", ")", "pachytene", "(", "Pac", ".", ")", ",", "(", "B", ")", "diplotene", "(", "Dip", ".", ")", ",", "(", "C", ")", "metaphase", "I", "(", "M", "I", ")", ",", "and", "(", "D", ")", "metaphase", "II", "-", "like", "(", "M", "II", "-", "like", ")", ".", "The", "sex", "bivalent", "(", "XY", ")", "is", "indicated", ".", "Arrowheads", "indicate", "round", "bodies", ".", "Arrows", "in", "(", "A", ")", "indicate", "the", "pseudoautomal", "region", "in", "the", "sex", "bivalent", ",", "and", "the", "centriolar", "area", "at", "cell", "poles", "in", "(", "C", ",", "D", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red), and counterstaining of the chromatin with DAPI (blue) on spread Sgo2-/- spermatocytes at (A) pachytene (Pac.), (B) diplotene (Dip.), (C) metaphase I (M I), and (D) metaphase II-like (M II-like). The sex bivalent (XY) is indicated. Arrowheads indicate round bodies. Arrows in (A) indicate the pseudoautomal region in the sex bivalent, and the centriolar area at cell poles in (C,D). Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["Double", "-", "immunolabeling", "of", "Sororin", "(", "green", ")", "and", "SYCP3", "(", "red", ")", "on", "spread", "cultured", "wild", "-", "type", "control", "(", "WT", "Control", ")", ",", "and", "okadaic", "acid", "treated", "wild", "-", "type", "(", "WT", "+", "OA", ")", "and", "Smc1β", "-", "/", "-", "(", "Smc1β", "-", "/", "-", "+", "OA", ")", "spermatocytes", ".", "A", "-", "B", "WT", "control", "cultured", "spermatocytes", "in", "(", "A", ")", "late", "zygotene", "(", "L", ".", "zyg", ".", ")", "and", "(", "B", ")", "metaphase", "I", "(", "M", "I", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "cell", "poles", ".", "C", "-", "D", "WT", "cultured", "spermatocytes", "treated", "with", "okadaic", "acid", "in", "(", "C", ")", "late", "zygotene", "(", "L", ".", "zyg", ".", ")", "and", "(", "D", ")", "metaphase", "I", "-", "like", "(", "M", "I", "-", "like", ")", ".", "E", "-", "F", "Smc1β", "-", "/", "-", "cultured", "spermatocytes", "treated", "with", "okadaic", "acid", "in", "(", "E", ")", "pachytene", "-", "like", "(", "Pac", ".", "-", "like", ")", "and", "(", "F", ")", "metaphase", "I", "-", "like", "(", "M", "I", "-", "like", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "nucleolar", "-", "associated", "round", "bodies", ".", "The", "unsynapsed", "axial", "elements", "of", "the", "sex", "chromosomes", "(", "X", ",", "Y", ")", "in", "prophase", "I", ",", "as", "well", "as", "the", "sex", "bivalent", "(", "XY", ")", "in", "metaphases", "I", "are", "indicated", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Double-immunolabeling of Sororin (green) and SYCP3 (red) on spread cultured wild-type control (WT Control), and okadaic acid treated wild-type (WT + OA) and Smc1β-/- (Smc1β-/- + OA) spermatocytes.A-B WT control cultured spermatocytes in (A) late zygotene (L. zyg.) and (B) metaphase I (M I). Arrows indicate the cell poles.C-D WT cultured spermatocytes treated with okadaic acid in (C) late zygotene (L. zyg.) and (D) metaphase I-like (M I-like).E-F Smc1β-/- cultured spermatocytes treated with okadaic acid in (E) pachytene-like (Pac.-like) and (F) metaphase I-like (M I-like). Arrowheads indicate nucleolar-associated round bodies. The unsynapsed axial elements of the sex chromosomes (X,Y) in prophase I, as well as the sex bivalent (XY) in metaphases I are indicated. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "head", "homogenates", "from", "transgenic", "flies", "expressing", "a", "Myc", "-", "tagged", "PINK1", "genomic", "construct", "and", "a", "UAS", "-", "RNAi", "construct", "driven", "by", "elav", "-", "GAL4", ".", "The", "RNAi", "constructs", "used", "were", "as", "follows", ":", "the", "non", "-", "specific", "control", "mCherry", "-", "RNAi", "(", "Control", "-", "R", ")", ",", "Lon", "-", "RNAi1", "(", "Lon", "-", "R1", ")", ",", "and", "Lon", "-", "RNAi2", "(", "Lon", "-", "R2", ")", ".", "An", "anti", "-", "Myc", "antibody", "was", "used", "to", "detect", "PINK1", "and", "an", "anti", "-", "Actin", "antibody", "was", "used", "as", "a", "protein", "loading", "control", ".", "(", "B", ")", "Densitometry", "of", "the", "PINK1", "-", "Myc", "bands", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "using", "Fiji", "software", ".", "The", "PINK1", "-", "Myc", "band", "intensities", "were", "then", "normalized", "to", "their", "respective", "Actin", "loading", "controls", ",", "and", "these", "ratios", "were", "in", "turn", "normalized", "to", "the", "Control", "-", "R", "PINK1", "/", "Actin", "ratio", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis of whole head homogenates from transgenic flies expressing a Myc-tagged PINK1 genomic construct and a UAS-RNAi construct driven by elav-GAL4. The RNAi constructs used were as follows: the non-specific control mCherry-RNAi (Control-R), Lon-RNAi1 (Lon-R1), and Lon-RNAi2 (Lon-R2). An anti-Myc antibody was used to detect PINK1 and an anti-Actin antibody was used as a protein loading control. (B) Densitometry of the PINK1-Myc bands from the indicated genotypes was performed using Fiji software. The PINK1-Myc band intensities were then normalized to their respective Actin loading controls, and these ratios were in turn normalized to the Control-R PINK1/Actin ratio."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "Lon", "protease", "(", "Lon", ")", ",", "Mitochondrial", "transcription", "factor", "A", "(", "TFAM", ")", ",", "Heat", "shock", "protein", "60", "(", "Hsp60", ")", "and", "Actin", "in", "whole", "head", "homogenate", "from", "control", "and", "Lon", "deficient", "animals", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "Lon", "band", "intensities", "from", "the", "indicated", "genotypes", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "TFAM", "bands", "from", "the", "indicated", "genotypes", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "the", "Hsp60", "bands", "from", "the", "indicated", "genotypes", "performed", "as", "described", "in", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blot analysis of Lon protease (Lon), Mitochondrial transcription factor A (TFAM), Heat shock protein 60 (Hsp60) and Actin in whole head homogenate from control and Lon deficient animals. (D) Quantification of the Lon band intensities from the indicated genotypes performed as described in B. (E) Quantification of the TFAM bands from the indicated genotypes performed as described in B. (F) Quantification of the Hsp60 bands from the indicated genotypes performed as described in B."}
{"words": ["(", "G", ")", "Flow", "cytometry", "analysis", "of", "dissociated", "cells", "from", "the", "brains", "of", "flies", "expressing", "the", "indicated", "RNAi", "constructs", ".", "The", "graph", "shows", "the", "normalized", "fluorescence", "intensity", "of", "TMRE", ",", "an", "indicator", "of", "mitochondrial", "membrane", "potential", ",", "relative", "to", "age", "-", "matched", "control", "animals", ".", "Fluorescence", "intensity", "was", "normalized", "to", "control", "samples", "prepared", "and", "analyzed", "on", "the", "same", "day", "as", "experimental", "samples", ".", "The", "mitochondrial", "membrane", "potential", "uncoupling", "agent", "CCCP", "was", "added", "to", "samples", "of", "the", "indicated", "genotypes", "to", "illustrate", "the", "effect", "of", "mitochondrial", "depolarization", "on", "TMRE", "signal", "intensity", ".", "All", "experiments", "described", "in", "this", "figure", "were", "repeated", "at", "least", "three", "times", "per", "genotype", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "005", "by", "Student", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Flow cytometry analysis of dissociated cells from the brains of flies expressing the indicated RNAi constructs. The graph shows the normalized fluorescence intensity of TMRE, an indicator of mitochondrial membrane potential, relative to age-matched control animals. Fluorescence intensity was normalized to control samples prepared and analyzed on the same day as experimental samples. The mitochondrial membrane potential uncoupling agent CCCP was added to samples of the indicated genotypes to illustrate the effect of mitochondrial depolarization on TMRE signal intensity. All experiments described in this figure were repeated at least three times per genotype. Error bars represent the standard error of the mean (s.e.m.). *p<0.05, **p<0.005 by Student t test."}
{"words": ["PINK1", "accumulates", "in", "the", "mitochondrial", "and", "postmitochondrial", "supernatant", "fractions", "upon", "knockdown", "of", "Lon", ".", "(", "A", ")", "Mitochondrial", "(", "Mito", ")", "and", "postmitochondrial", "supernatant", "(", "Sup", ")", "protein", "fractions", "isolated", "from", "the", "heads", "of", "flies", "of", "the", "indicated", "genotypes", "were", "analyzed", "by", "western", "blot", "with", "antibodies", "to", "Myc", ",", "Complex", "V", "β", "(", "Comp", "V", "β", ")", ",", "NADH", "dehydrogenase", "(", "ubiquinone", ")", "Fe", "-", "S", "protein", "3", "(", "NDUFS3", ")", ",", "voltage", "-", "dependent", "anion", "channel", "(", "VDAC", ")", "and", "Actin", ".", "elav", "-", "GAL4", "was", "used", "to", "drive", "expression", "of", "the", "RNAi", "constructs", "used", "in", "these", "experiments", ".", "(", "B", ")", "Densitometry", "of", "the", "MPP", "-", "PINK1", "bands", "in", "the", "mitochondrial", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "using", "Fiji", "software", ".", "PINK1", "band", "intensities", "were", "normalized", "to", "VDAC", "intensity", ",", "and", "this", "ratio", "was", "in", "turn", "normalized", "to", "the", "MPP", "-", "PINK1", "/", "VDAC", "ratio", "in", "Control", "-", "R", "animals", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "Rho", "-", "PINK1", "band", "intensities", "in", "mitochondrial", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "AFG", "-", "PINK1", "band", "intensities", "in", "mitochondrial", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "MPP", "-", "PINK1", "band", "intensities", "in", "the", "supernatant", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "as", "described", "in", "B", "except", "that", "Actin", "rather", "than", "VDAC", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "the", "Rho", "-", "PINK1", "band", "intensities", "in", "supernatant", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "as", "described", "in", "E", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "the", "AFG", "-", "PINK1", "band", "intensities", "in", "supernatant", "fractions", "from", "the", "indicated", "genotypes", "was", "performed", "as", "described", "in", "E", ".", "Results", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "subcellular", "fractionation", "experiments", "per", "genotype", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "by", "Student", "t", "test", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PINK1 accumulates in the mitochondrial and postmitochondrial supernatant fractions upon knockdown of Lon.(A) Mitochondrial (Mito) and postmitochondrial supernatant (Sup) protein fractions isolated from the heads of flies of the indicated genotypes were analyzed by western blot with antibodies to Myc, Complex V β (Comp V β), NADH dehydrogenase (ubiquinone) Fe-S protein 3 (NDUFS3), voltage-dependent anion channel (VDAC) and Actin. elav-GAL4 was used to drive expression of the RNAi constructs used in these experiments. (B) Densitometry of the MPP-PINK1 bands in the mitochondrial fractions from the indicated genotypes was performed using Fiji software. PINK1 band intensities were normalized to VDAC intensity, and this ratio was in turn normalized to the MPP-PINK1/VDAC ratio in Control-R animals. (C) Quantification of the Rho-PINK1 band intensities in mitochondrial fractions from the indicated genotypes was performed as described in B. (D) Quantification of the AFG-PINK1 band intensities in mitochondrial fractions from the indicated genotypes was performed as described in B. (E) Quantification of the MPP-PINK1 band intensities in the supernatant fractions from the indicated genotypes was performed as described in B except that Actin rather than VDAC was used as the loading control. (F) Quantification of the Rho-PINK1 band intensities in supernatant fractions from the indicated genotypes was performed as described in E. (G) Quantification of the AFG-PINK1 band intensities in supernatant fractions from the indicated genotypes was performed as described in E. Results shown are representative of at least three independent subcellular fractionation experiments per genotype. Error bars represent s.e.m. *p<0.05 by Student t test."}
{"words": ["A", ")", "Mitochondrial", "fractions", "isolated", "from", "the", "heads", "of", "flies", "expressing", "Control", "-", "R", "were", "divided", "in", "half", ".", "One", "of", "the", "two", "samples", "was", "treated", "with", "0", ".", "5", "µg", "/", "ml", "Proteinase", "K", "and", "both", "samples", "were", "incubated", "at", "4", "°", "C", "for", "20", "minutes", ".", "Samples", "were", "then", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "using", "antibodies", "to", "the", "outer", "membrane", "protein", "Mitofusin", "(", "Mfn", ")", ",", "the", "inner", "membrane", "-", "associated", "matrix", "protein", "Complex", "V", "β", "(", "Comp", "V", "β", ")", ",", "and", "the", "matrix", "luminal", "protein", "pyruvate", "dehydrogenase", "(", "PDH", ")", ".", "elav", "-", "GAL4", "was", "used", "to", "drive", "expression", "of", "all", "the", "RNAi", "constructs", "used", "in", "this", "and", "the", "following", "experiments", ".", "(", "B", ")", "Densitometry", "of", "Mfn", ",", "Comp", "V", "β", ",", "and", "PDH", "bands", "from", "experiments", "represented", "by", "panel", "A", "were", "performed", "using", "Fiji", "software", ",", "and", "the", "ratios", "of", "the", "band", "intensities", "in", "the", "sample", "containing", "ProK", "to", "the", "sample", "lacking", "ProK", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A) Mitochondrial fractions isolated from the heads of flies expressing Control-R were divided in half. One of the two samples was treated with 0.5 µg/ml Proteinase K and both samples were incubated at 4°C for 20 minutes. Samples were then subjected to western blot analysis using antibodies to the outer membrane protein Mitofusin (Mfn), the inner membrane-associated matrix protein Complex V β (Comp V β), and the matrix luminal protein pyruvate dehydrogenase (PDH). elav-GAL4 was used to drive expression of all the RNAi constructs used in this and the following experiments. (B) Densitometry of Mfn, Comp V β, and PDH bands from experiments represented by panel A were performed using Fiji software, and the ratios of the band intensities in the sample containing ProK to the sample lacking ProK are shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "Mitochondrial", "fractions", "isolated", "from", "the", "heads", "of", "flies", "expressing", "Control", "-", "R", "and", "PINK1", "-", "Myc", "were", "divided", "in", "half", ".", "Each", "sample", "was", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "ProK", ".", "Following", "incubation", ",", "samples", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "using", "antibodies", "to", "the", "indicated", "proteins", ".", "(", "D", ")", "Densitometry", "of", "the", "PINK1", "-", "Myc", ",", "Comp", "V", "β", ",", "and", "PDH", "bands", "from", "experiments", "represented", "by", "panel", "C", "were", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "The", "Mfn", "quantification", "data", "from", "panel", "B", "is", "also", "included", "for", "comparison", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Mitochondrial fractions isolated from the heads of flies expressing Control-R and PINK1-Myc were divided in half. Each sample was treated with the indicated concentrations of ProK. Following incubation, samples were subjected to western blot analysis using antibodies to the indicated proteins. (D) Densitometry of the PINK1-Myc, Comp V β, and PDH bands from experiments represented by panel C were performed as described in B. The Mfn quantification data from panel B is also included for comparison."}
{"words": ["(", "E", ")", "Mitochondrial", "fractions", "isolated", "from", "the", "heads", "of", "Lon", "-", "R2", "and", "PINK1", "-", "Myc", "expressing", "flies", "were", "divided", "in", "half", ".", "Each", "sample", "was", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "ProK", ".", "Following", "incubation", ",", "samples", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "using", "antibodies", "to", "the", "indicated", "proteins", ".", "(", "F", ")", "Densitometry", "of", "the", "PINK1", "-", "Myc", ",", "Comp", "V", "β", ",", "and", "PDH", "bands", "from", "experiments", "represented", "by", "panel", "E", "were", "performed", "as", "described", "in", "B", ".", "All", "experiments", "described", "were", "repeated", "at", "least", "three", "times", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Mitochondrial fractions isolated from the heads of Lon-R2 and PINK1-Myc expressing flies were divided in half. Each sample was treated with the indicated concentrations of ProK. Following incubation, samples were subjected to western blot analysis using antibodies to the indicated proteins. (F) Densitometry of the PINK1-Myc, Comp V β, and PDH bands from experiments represented by panel E were performed as described in B. All experiments described were repeated at least three times. Error bars represent s.e.m."}
{"words": ["PINK1", "accumulates", "in", "the", "mitochondrialmatrix", "upon", "knockdown", "of", "Lon", ".", "Immunofluorescent", "staining", "of", "thoracic", "muscles", "expressing", "matrix", "-", "targeted", "YFP", "(", "Mito", "-", "YFP", ")", "under", "control", "of", "the", "sqh", "genomic", "promoter", ",", "together", "with", "either", "(", "A", ")", "Myc", "-", "tagged", "MitochondrialRho", "(", "Miro", "-", "Myc", ")", ",", "(", "B", ")", "FLAG", "-", "tagged", "Optic", "atrophy", "1", "(", "Opa1", "-", "FLAG", ")", ",", "(", "C", ")", "endogenous", "Cytochrome", "C", "(", "Cyto", "C", ")", ",", "(", "D", ")", "Myc", "-", "tagged", "PINK1", "(", "PINK1", "-", "Myc", ")", ",", "or", "(", "E", ")", "Lon", "-", "RNAi1", "(", "Lon", "-", "R1", ")", "and", "PINK1", "-", "Myc", ".", "The", "muscle", "-", "specific", "Mhc", "-", "GAL4", "driver", "was", "used", "to", "drive", "expression", "of", "Miro", "-", "Myc", "in", "panel", "A", "and", "Opa1", "-", "FLAG", "in", "panel", "B", ",", "and", "the", "muscle", "-", "specific", "Dmef2", "-", "GAL4", "driver", "was", "used", "to", "drive", "expression", "of", "Lon", "-", "R1", "in", "panel", "E", ".", "(", "F", ")", "We", "determined", "the", "percent", "volume", "shared", "between", "green", "objects", "(", "representing", "the", "matrix", "marker", "Mito", "-", "YFP", ")", "and", "red", "objects", "(", "representing", "the", "mitochondrial", "proteins", "analyzed", "in", "A", "-", "E", ")", ".", "Red", "objects", "that", "shared", "at", "least", "60", "%", "of", "their", "volume", "with", "Mito", "-", "YFP", "were", "considered", "to", "co", "-", "localize", ".", "Bar", "represents", "2", "µm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PINK1 accumulates in the mitochondrialmatrix upon knockdown of Lon.Immunofluorescent staining of thoracic muscles expressing matrix-targeted YFP (Mito-YFP) under control of the sqh genomic promoter, together with either (A) Myc-tagged MitochondrialRho (Miro-Myc), (B) FLAG-tagged Optic atrophy 1 (Opa1-FLAG), (C) endogenous Cytochrome C (Cyto C), (D) Myc-tagged PINK1 (PINK1-Myc), or (E) Lon-RNAi1 (Lon-R1) and PINK1-Myc. The muscle-specific Mhc-GAL4 driver was used to drive expression of Miro-Myc in panel A and Opa1-FLAG in panel B, and the muscle-specific Dmef2-GAL4 driver was used to drive expression of Lon-R1 in panel E. (F) We determined the percent volume shared between green objects (representing the matrix marker Mito-YFP) and red objects (representing the mitochondrial proteins analyzed in A-E). Red objects that shared at least 60% of their volume with Mito-YFP were considered to co-localize. Bar represents 2 µm."}
{"words": ["A", ")", "The", "eye", "severity", "score", "of", "flies", "co", "-", "overexpressing", "PINK1", "with", "Control", "-", "R", "(", "n", " ", "=", " ", "74", ")", ",", "Lon", "-", "R1", "(", "n", " ", "=", " ", "163", ")", ",", "or", "Lon", "-", "R2", "(", "n", " ", "=", " ", "90", ")", "using", "the", "ey", "-", "GAL4", "driver", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A) The eye severity score of flies co-overexpressing PINK1 with Control-R (n = 74), Lon-R1 (n = 163), or Lon-R2 (n = 90) using the ey-GAL4 driver."}
{"words": ["(", "B", ")", "Comparison", "of", "the", "frequency", "of", "thoracic", "indentations", "in", "flies", "expressing", "the", "PINK1", "-", "RNAi", "construct", "(", "PINK1", "-", "R", ")", "in", "an", "otherwise", "wild", "-", "type", "background", "to", "the", "frequency", "in", "animals", "that", "also", "bear", "heterozygous", "mutations", "in", "Lon", ":", "PINK1", "-", "RNAi", "+", "/", "+", "(", "n", " ", "=", " ", "306", ")", ",", "PINK1", "-", "RNAi", "LonEP", "/", "+", "(", "n", " ", "=", " ", "74", ")", ",", "and", "PINK1", "-", "RNAi", "LonDf", "/", "+", "(", "n", " ", "=", " ", "83", ")", ".", "LonEP", "refers", "to", "the", "LonG3998", "P", "-", "element", "allele", "of", "Lon", ",", "and", "LonDf", "refers", "to", "the", "Df", "(", "3L", ")", "Exel9011", "deletion", "that", "removes", "the", "Lon", "gene", "along", "with", "several", "other", "genes", ".", "The", "Dmef2", "-", "GAL4", "driver", "was", "used", "to", "drive", "expression", "of", "the", "PINK1", "-", "R", "construct", "in", "experiments", "described", "in", "panel", "B", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "005", "by", "Student", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Comparison of the frequency of thoracic indentations in flies expressing the PINK1-RNAi construct (PINK1-R) in an otherwise wild-type background to the frequency in animals that also bear heterozygous mutations in Lon: PINK1-RNAi +/+ (n = 306), PINK1-RNAi LonEP/+ (n = 74), and PINK1-RNAi LonDf/+ (n = 83). LonEP refers to the LonG3998 P-element allele of Lon, and LonDf refers to the Df(3L)Exel9011 deletion that removes the Lon gene along with several other genes. The Dmef2-GAL4 driver was used to drive expression of the PINK1-R construct in experiments described in panel B. Error bars represent s.e.m. *p<0.05, **p<0.005 by Student t test."}
{"words": ["B", "Representative", "images", "showing", "co", "-", "expression", "of", "the", "stage", "-", "specific", "markers", "Nestin", ",", "Tbr2", ",", "Doublecortin", "(", "DCX", ")", ",", "and", "Calbindin", "(", "all", "in", "green", ")", ",", "with", "the", "β", "-", "Galactosidase", "(", "β", "-", "Gal", ",", "red", ")", "reporter", "in", "8", "-", "week", "old", "BATGAL", "and", "Axin2LacZ", "/", "+", "mice", ".", "Nuclei", "are", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ".", "Insets", "show", "a", "1", ".", "5x", "magnification", "of", "selected", "cells", "(", "position", "indicated", "by", "dashed", "box", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative images showing co-expression of the stage-specific markers Nestin, Tbr2, Doublecortin (DCX), and Calbindin (all in green), with the β-Galactosidase (β-Gal, red) reporter in 8-week old BATGAL and Axin2LacZ/+ mice. Nuclei are counterstained with DAPI (in blue). Scale bar= 10µm. Insets show a 1.5x magnification of selected cells (position indicated by dashed box). Scale bar= 5µm."}
{"words": ["C", "Fraction", "of", "Nestin", "-", ",", "Tbr2", "-", ",", "DCX", "-", "and", "Calbindin", "-", "positive", "cells", "expressing", "β", "-", "Gal", "in", "BATGAL", "and", "Axin2LacZ", "/", "+", "animals", "show", "stage", "specific", "canonical", "Wnt", "signaling", "during", "adult", "hippocampal", "neurogenesis", "[", "BATGAL", ":", "Tbr2", "vs", ".", "DCX", "p", "=", "0", ".", "0056", ",", "DCX", "vs", ".", "Calbindin", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "Axin2LacZ", ":", "Nestin", "vs", ".", "Tbr2", "p", "=", "0", ".", "0003", ",", "Tbr2", "vs", ".", "DCX", "p", "=", "0", ".", "0115", ",", "DCX", "vs", ".", "Calbindin", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "n", "=", "3", "animals", "per", "mouse", "model", "and", "marker", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Fraction of Nestin-, Tbr2-, DCX- and Calbindin-positive cells expressing β-Gal in BATGAL and Axin2LacZ/+ animals show stage specific canonical Wnt signaling during adult hippocampal neurogenesis [BATGAL: Tbr2 vs. DCX p=0.0056, DCX vs. Calbindin p<0.0001; Axin2LacZ: Nestin vs. Tbr2 p=0.0003, Tbr2 vs. DCX p=0.0115, DCX vs. Calbindin p<0.0001] (n= 3 animals per mouse model and marker)."}
{"words": ["D", "Detection", "of", "the", "corrected", "total", "cell", "fluorescence", "(", "CTCF", ")", "of", "the", "β", "-", "Gal", "reporter", "in", "Nestin", "-", ",", "Tbr2", "-", ",", "DCX", "-", "and", "Calbindin", "-", "positive", "cells", "in", "BATGAL", "mice", "corroborate", "stage", "specific", "activity", "pattern", "of", "canonical", "Wnt", "signaling", "during", "lineage", "progression", "[", "Nestin", "vs", ".", "Tbr2", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "Tbr2", "vs", ".", "DCX", "p", "=", "0", ".", "0029", ",", "DCX", "vs", ".", "Calbindin", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "Nestin", ":", "n", "=", "236", "cells", ",", "Tbr2", ":", "n", "=", "134", "cells", ",", "DCX", ":", "n", "=", "200", "cells", ",", "Calbindin", ":", "n", "=", "300", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Detection of the corrected total cell fluorescence (CTCF) of the β-Gal reporter in Nestin-, Tbr2-, DCX- and Calbindin-positive cells in BATGAL mice corroborate stage specific activity pattern of canonical Wnt signaling during lineage progression [Nestin vs. Tbr2 p <0.0001, Tbr2 vs. DCX p=0.0029, DCX vs. Calbindin p<0.0001] (Nestin: n= 236 cells, Tbr2: n= 134 cells, DCX: n= 200 cells, Calbindin: n= 300 cells)."}
{"words": ["F", "Quantification", "of", "BrdU", "+", "cells", "expressing", "β", "-", "Gal", "reveals", "biphasic", "activity", "of", "canonical", "Wnt", "signaling", "during", "adult", "hippocampal", "neurogenesis", "[", "0", "vs", ".", "7dpi", "p", "=", "0", ".", "0036", ",", "7", "vs", ".", "28dpi", "p", "=", "0", ".", "0115", ",", "7", "vs", ".", "42dpi", "p", "=", "0", ".", "0007", "]", "(", "0dpi", "time", "-", "point", ";", "n", "=", "4", "animals", ")", ",", "3dpi", "(", "n", "=", "3", "animals", ")", ",", "7dpi", "(", "n", "=", "3", "animals", ")", ",", "14dpi", "(", "n", "=", "4", "animals", ")", ",", "28dpi", "(", "n", "=", "6", "animals", ")", "and", "42dpi", "(", "n", "=", "6", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Quantification of BrdU+ cells expressing β-Gal reveals biphasic activity of canonical Wnt signaling during adult hippocampal neurogenesis [0 vs. 7dpi p=0.0036, 7 vs. 28dpi p=0.0115, 7 vs. 42dpi p=0.0007] (0dpi time-point; n= 4 animals), 3dpi (n= 3 animals), 7dpi (n= 3 animals), 14dpi (n= 4 animals), 28dpi (n= 6 animals) and 42dpi (n= 6 animals)."}
{"words": ["G", "Total", "cell", "fluorescence", "of", "β", "-", "Gal", "in", "BrdU", "+", "cells", "indicate", "a", "biphasic", "pattern", "in", "canonical", "Wnt", "signaling", "strength", "during", "lineage", "progression", "[", "0", "vs", ".", "3dpi", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "7", "vs", ".", "14dpi", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "14", "vs", ".", "28dpi", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "28", "vs", ".", "42dpi", "p", "=", "0", ".", "0333", "]", "(", "0dpi", "n", "=", "194", "cells", ",", "3dpi", "n", "=", "245", "cells", ",", "7dpi", "n", "=", "224", "cells", ",", "14dpi", "n", "=", "72", "cells", ",", "28dpi", "n", "=", "103", "cells", "and", "42dpi", "n", "=", "114", "cells", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Total cell fluorescence of β-Gal in BrdU+ cells indicate a biphasic pattern in canonical Wnt signaling strength during lineage progression [0 vs. 3dpi p<0.0001, 7 vs. 14dpi p<0.0001, 14 vs. 28dpi p<0.0001, 28 vs. 42dpi p=0.0333] (0dpi n= 194 cells, 3dpi n= 245 cells, 7dpi n= 224 cells, 14dpi n= 72 cells, 28dpi n= 103 cells and 42dpi n= 114 cells)"}
{"words": ["B", "Representative", "images", "of", "transduced", "adult", "-", "born", "neurons", "at", "17dpi", ".", "CAG", "-", "dnLEF", "-", "IRES", "-", "GFP", "(", "dnLEF", ",", "green", ")", "and", "CAG", "-", "RFP", "(", "control", ",", "red", ")", "double", "transduced", "cells", "(", "arrows", ")", "and", "CAG", "-", "RFP", "single", "transduced", "cells", "(", "arrowheads", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "20"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative images of transduced adult-born neurons at 17dpi. CAG-dnLEF-IRES-GFP (dnLEF, green) and CAG-RFP (control, red) double transduced cells (arrows) and CAG-RFP single transduced cells (arrowheads). Scale bar= 20 µm"}
{"words": ["C", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "dnLEF", "neurons", ".", "Scale", "bar", "=", "20"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative reconstructions of control and dnLEF neurons. Scale bar= 20 µm"}
{"words": ["D", "Analysis", "of", "morphology", "showed", "a", "reduction", "in", "dendritic", "length", "in", "dnLEF", "transduced", "neurons", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", ",", "while", "the", "number", "of", "branch", "points", "remained", "comparable", "[", "p", "=", "0", ".", "7914", "]", ".", "Sholl", "analysis", "displayed", "a", "reduction", "in", "dendritic", "complexity", "in", "dnLEF", "transduced", "neurons", "and", "indicated", "decreased", "growth", "of", "terminal", "dendritic", "branches", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "3", "animals", ",", "dnLEF", ":", "n", "=", "38", "cells", "from", "6", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Analysis of morphology showed a reduction in dendritic length in dnLEF transduced neurons [p<0.0001], while the number of branch points remained comparable [p=0.7914]. Sholl analysis displayed a reduction in dendritic complexity in dnLEF transduced neurons and indicated decreased growth of terminal dendritic branches [p<0.0001] (control: n= 20 cells from 3 animals, dnLEF: n= 38 cells from 6 animals)."}
{"words": ["E", "DnLEF", "neurons", "displayed", "basal", "dendrites", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "3", "animals", ",", "dnLEF", ":", "n", "=", "38", "cells", "from", "6", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E DnLEF neurons displayed basal dendrites [p<0.0001] (control: n= 20 cells from 3 animals, dnLEF: n= 38 cells from 6 animals)."}
{"words": ["G", "Representative", "images", "depicting", "CAG", "-", "GFP", "-", "IRES", "-", "Cre", "transduced", "adult", "-", "born", "neurons", "in", "control", "and", "β", "-", "catex3", "mice", "at", "17dpi", ".", "Scale", "bar", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Representative images depicting CAG-GFP-IRES-Cre transduced adult-born neurons in control and β-catex3 mice at 17dpi. Scale bar= 20µm"}
{"words": ["H", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "β", "-", "catex3", "neurons", ".", "Scale", "bar", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Representative reconstructions of control and β-catex3 neurons. Scale bar= 20µm"}
{"words": ["I", "Quantification", "showed", "decreased", "dendritic", "length", "of", "β", "-", "catex3", "neurons", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", ";", "no", "difference", "was", "apparent", "in", "number", "of", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "3256", "]", ".", "Sholl", "analysis", "displayed", "a", "less", "complex", "dendritic", "tree", "of", "β", "-", "catex3", "neurons", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Quantification showed decreased dendritic length of β-catex3 neurons [p<0.0001]; no difference was apparent in number of branch points [p=0.3256]. Sholl analysis displayed a less complex dendritic tree of β-catex3 neurons [p<0.0001] (control: n= 20 cells from 5 animals, β-catex3: n= 20 cells from 5 animals)."}
{"words": ["J", "The", "number", "of", "basal", "dendrites", "was", "increased", "in", "β", "-", "catex3", "neurons", "[", "p", "=", "0", ".", "0003", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J The number of basal dendrites was increased in β-catex3 neurons [p=0.0003] (control: n= 20 cells from 5 animals, β-catex3: n= 20 cells from 5 animals)."}
{"words": ["B", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "at", "3dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative reconstructions of control and β-catex3 iDCX neurons at 3dpT. Scale bar= 20µm."}
{"words": ["C", "Analysis", "of", "morphology", "showed", "increased", "dendritic", "length", "in", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "at", "3dpT", "[", "p", "=", "0", ".", "0320", "]", ".", "The", "number", "of", "branch", "points", "was", "unaltered", "[", "p", "=", "0", ".", "0651", "]", ".", "Sholl", "analysis", "indicated", "increased", "growth", "of", "terminal", "dendrite", "branches", "in", "neurons", "of", "β", "-", "catex3", "iDCX", "mice", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "25", "cells", "from", "9", "animals", ";", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "25", "cells", "from", "8", "animals", ")", ".", "D", "Analysis", "of", "morphology", "showed", "no", "difference", "in", "dendritic", "length", "[", "p", "=", "0", ".", "1029", "]", "and", "branch", "point", "number", "[", "p", "=", "0", ".", "3726", "]", "between", "experimental", "groups", "at", "13dpT", ".", "Sholl", "analysis", "indicated", "a", "decrease", "in", "length", "of", "terminal", "dendrites", "in", "neurons", "of", "β", "-", "catex3", "iDCX", "mice", "[", "p", "<", "0", ".", "01", "]", "(", "control", ":", "n", "=", "23", "cells", "from", "9", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "26", "cells", "from", "8", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Analysis of morphology showed increased dendritic length in β-catex3 iDCX neurons at 3dpT [p=0.0320]. The number of branch points was unaltered [p=0.0651]. Sholl analysis indicated increased growth of terminal dendrite branches in neurons of β-catex3 iDCX mice [p<0.0001] (control: n = 25 cells from 9 animals; β-catex3 iDCX: n = 25 cells from 8 animals). D Analysis of morphology showed no difference in dendritic length [p=0.1029] and branch point number [p=0.3726] between experimental groups at 13dpT. Sholl analysis indicated a decrease in length of terminal dendrites in neurons of β-catex3 iDCX mice [p<0.01] (control: n= 23 cells from 9 animals, β-catex3 iDCX: n= 26 cells from 8 animals). "}
{"words": ["E", "Spine", "densities", "were", "comparable", "between", "experimental", "groups", "at", "3dpT", "[", "iML", "p", "=", "0", ".", "1512", ",", "oML", "p", "=", "0", ".", "3841", "]", ".", "13dpT", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "showed", "significantly", "increased", "spine", "density", "in", "the", "inner", "molecular", "layer", "[", "iML", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "oML", "p", "=", "0", ".", "0402", "]", "(", "3dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "3", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "4", "animals", ";", "13dpT", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "7", "animals", ")", ".", "Representative", "images", "showing", "dendritic", "segments", "in", "the", "inner", "molecular", "layer", "of", "the", "DG", "at", "13dpT", ".", "Scale", "bars", "=", "1µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Spine densities were comparable between experimental groups at 3dpT [iML p=0.1512, oML p=0.3841]. 13dpT β-catex3 iDCX neurons showed significantly increased spine density in the inner molecular layer [iML p<0.0001 , oML p=0.0402] (3dpT: control: n= 20 cells from 3 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 4 animals; 13dpT control: n= 20 cells from 5 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 7 animals). Representative images showing dendritic segments in the inner molecular layer of the DG at 13dpT. Scale bars= 1µm."}
{"words": ["F", "Representative", "images", "of", "recombined", "(", "GFP", "+", ")", "neurons", "co", "-", "expressing", "Prox1", "(", "grey", ")", "as", "a", "marker", "for", "neuronal", "fate", "and", "the", "stage", "specific", "markers", "DCX", "(", "red", ")", "for", "immature", "neurons", "and", "Calbindin", "(", "red", ")", "for", "mature", "neurons", ".", "Arrows", "and", "arrowheads", "indicate", "marker", "negative", "and", "marker", "positive", "cells", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ".", "G", "Fraction", "of", "DCX", "expressing", "neurons", "is", "slightly", "reduced", "in", "β", "-", "catex3", "iDCX", "at", "3dpT", "[", "p", "=", "0", ".", "0338", "]", ",", "while", "fraction", "of", "Calbindin", "expressing", "cells", "is", "slightly", "increased", "in", "β", "-", "catex3", "iDCX", "at", "3dpT", "[", "p", "=", "0", ".", "0345", "]", ".", "At", "13dpT", "no", "difference", "is", "visible", "in", "stage", "specific", "marker", "expression", "[", "DCX", "p", "=", "0", ".", "8564", ",", "Calbindin", "p", "=", "0", ".", "0841", "]", "(", "3dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "12", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "12", "animals", ",", "13dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "10", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "14", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative images of recombined (GFP+) neurons co-expressing Prox1 (grey) as a marker for neuronal fate and the stage specific markers DCX (red) for immature neurons and Calbindin (red) for mature neurons. Arrows and arrowheads indicate marker negative and marker positive cells, respectively. Scale bar = 10µm. G Fraction of DCX expressing neurons is slightly reduced in β-catex3 iDCX at 3dpT [p=0.0338], while fraction of Calbindin expressing cells is slightly increased in β-catex3 iDCX at 3dpT [p=0.0345]. At 13dpT no difference is visible in stage specific marker expression [DCX p=0.8564, Calbindin p=0.0841] (3dpT: control: n= 12 animals, β-catex3 iDCX: n= 12 animals, 13dpT: control: n= 10 animals, β-catex3 iDCX: n= 14 animals). "}
{"words": ["B", "Expression", "of", "DCX", "and", "Calbindin", "in", "BrdU", "+", "neurons", "was", "comparable", "between", "experimental", "groups", "at", "3dpT", "and", "13dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Expression of DCX and Calbindin in BrdU+ neurons was comparable between experimental groups at 3dpT and 13dpT (control: n= 5 animals, β-catex3 iDCX: n= 5 animals)."}
{"words": ["C", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "expressing", "RFP", "at", "3dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative reconstructions of control and β-catex3 iDCX neurons expressing RFP at 3dpT. Scale bar= 20µm."}
{"words": ["D", "Quantification", "of", "dendritic", "length", "[", "p", "=", "0", ".", "0003", "]", ",", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "0433", "]", ",", "and", "Sholl", "analysis", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "showed", "a", "higher", "dendritic", "complexity", "of", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "at", "3dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "22", "cells", "from", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "19", "cells", "from", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantification of dendritic length [p=0.0003], branch points [p=0.0433], and Sholl analysis [p<0.0001] showed a higher dendritic complexity of β-catex3 iDCX neurons at 3dpT (control: n= 22 cells from 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 19 cells from 5 animals)."}
{"words": ["E", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "expressing", "RFP", "at", "13dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Representative reconstructions of control and β-catex3 iDCX neurons expressing RFP at 13dpT. Scale bar= 20µm."}
{"words": ["F", "Quantification", "of", "dendritic", "length", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", ",", "and", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "0495", "]", ",", "and", "Sholl", "analysis", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "showed", "a", "lower", "dendritic", "complexity", "of", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "at", "13dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "19", "cells", "from", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Quantification of dendritic length [p<0.0001], and branch points [p=0.0495], and Sholl analysis [p<0.0001] showed a lower dendritic complexity of β-catex3 iDCX neurons at 13dpT (control: n= 20 cells from 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 19 cells from 5 animals)."}
{"words": ["A", "Representative", "overview", "images", "and", "quantification", "of", "the", "β", "-", "Galactosidase", "reporter", "signal", "in", "the", "DG", "of", "8", "-", "week", "old", ",", "24", "-", "week", "old", "and", "36", "-", "week", "old", "BATGAL", "mice", ".", "Note", "the", "decrease", "in", "reporter", "signal", "with", "increasing", "age", "(", "n", "=", "4", "animals", "per", "age", ",", "200", "-", "300", "cells", "per", "animal", ")", "[", "8", "weeks", "vs", "24", "weeks", "p", "=", "0", ".", "0268", ",", "8", "weeks", "vs", "36", "weeks", "p", "=", "0", ".", "0268", "]", ".", "Scale", "bar", "=", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative overview images and quantification of the β-Galactosidase reporter signal in the DG of 8-week old, 24-week old and 36-week old BATGAL mice. Note the decrease in reporter signal with increasing age (n= 4 animals per age, 200-300 cells per animal) [8 weeks vs 24 weeks p=0.0268, 8 weeks vs 36 weeks p=0.0268]. Scale bar= 100µm."}
{"words": ["B", "Representative", "images", "of", "BrdU", "+", "cells", "(", "red", ")", "expressing", "DCX", "(", "grey", ")", "or", "β", "-", "Galactosidase", "(", "green", ")", "at", "14", "days", "post", "BrdU", "injection", "(", "dpBrdU", ")", ",", "28dpBrdU", "and", "42dpBrdu", "in", "8", "-", "week", "old", "and", "24", "-", "week", "old", "BATGAL", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ".", "C", "Percentage", "of", "BrdU", "+", "cells", "expressing", "DCX", "in", "8", "-", "week", "old", "and", "24", "-", "week", "old", "BATGAL", "mice", "(", "14dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ",", "28dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ",", "42dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ")", ".", "Note", "the", "prolonged", "expression", "of", "DCX", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "[", "28dpBrdU", "p", "=", "0", ".", "0155", "]", ".", "D", "Percentage", "of", "BrdU", "+", "cells", "expressing", "the", "β", "-", "Galactosidase", "reporter", "in", "8", "-", "week", "old", "and", "24", "-", "week", "old", "BATGAL", "mice", "(", "14dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ",", "28dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ",", "42dpi", ":", "n", "=", "3", "animals", ")", ".", "Note", "the", "reduced", "reporter", "expression", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "[", "28dpBrdU", "p", "=", "0", ".", "0117", ",", "42dpBrdU", "p", "=", "0", ".", "0034", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative images of BrdU+ cells (red) expressing DCX (grey) or β-Galactosidase (green) at 14 days post BrdU injection (dpBrdU), 28dpBrdU and 42dpBrdu in 8-week old and 24-week old BATGAL mice. Scale bar= 10µm. C Percentage of BrdU+ cells expressing DCX in 8-week old and 24-week old BATGAL mice (14dpi: n= 3 animals, 28dpi: n= 3 animals, 42dpi: n= 3 animals). Note the prolonged expression of DCX in 24-week old mice [28dpBrdU p=0.0155]. D Percentage of BrdU+ cells expressing the β-Galactosidase reporter in 8-week old and 24-week old BATGAL mice (14dpi: n= 3 animals, 28dpi: n= 3 animals, 42dpi: n= 3 animals). Note the reduced reporter expression in 24-week old mice [28dpBrdU p=0.0117, 42dpBrdU p=0.0034]. "}
{"words": ["B", "Representative", "reconstructions", "of", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "at", "3dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative reconstructions of control and β-catex3 iDCX neurons in 24-week old mice at 3dpT. Scale bar = 20µm."}
{"words": ["C", "Dendritic", "length", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "and", "number", "of", "branch", "points", "[", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "was", "increased", "in", "24", "-", "week", "-", "old", "β", "-", "catex3", "iDCX", "compared", "to", "24", "-", "week", "-", "old", "controls", "at", "3dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "21", "cells", "from", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "6", "animals", ")", ".", "At", "13dpT", "dendritic", "length", "[", "p", "=", "0", ".", "5788", "]", "and", "number", "of", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "4978", "]", "were", "comparable", "(", "control", ":", "n", "=", "21", "cells", "from", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "8", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Dendritic length [p<0.0001] and number of branch points [p<0.0001] was increased in 24-week-old β-catex3 iDCX compared to 24-week-old controls at 3dpT (control: n= 21 cells from 5 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 6 animals). At 13dpT dendritic length [p=0.5788] and number of branch points [p=0.4978] were comparable (control: n= 21 cells from 5 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 8 animals)."}
{"words": ["D", "Representative", "images", "showing", "dendritic", "segment", "of", "the", "inner", "molecular", "layer", "of", "the", "DG", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "at", "13dpT", ".", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "spines", "showed", "increased", "spine", "density", "in", "inner", "molecular", "and", "outer", "molecular", "layer", "in", "24", "-", "week", "old", "β", "-", "catex3", "iDCX", "mice", "at", "13dpT", "[", "iML", "p", "=", "0", ".", "0047", ",", "oML", "p", "<", "0", ".", "0001", "]", "(", "control", "n", "=", "19", "cells", "from", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "4", "animals", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "1µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative images showing dendritic segment of the inner molecular layer of the DG in 24-week old mice at 13dpT. Quantification of the number of spines showed increased spine density in inner molecular and outer molecular layer in 24-week old β-catex3 iDCX mice at 13dpT [iML p=0.0047, oML p<0.0001] (control n=19 cells from 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 4 animals). Scale bars = 1µm."}
{"words": ["E", "Representative", "images", "of", "recombined", "(", "GFP", "+", ",", "green", ")", "neurons", "in", "24", "-", "week", "old", "animals", "at", "13dpT", "co", "-", "expressing", "Prox1", "(", "grey", ")", "as", "a", "marker", "for", "neuronal", "fate", "and", "the", "stage", "specific", "markers", "DCX", "(", "red", ")", "for", "immature", "neurons", "and", "Calbindin", "(", "red", ")", "for", "mature", "neurons", ".", "Arrows", "and", "arrowheads", "indicate", "marker", "negative", "and", "marker", "positive", "cells", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ".", "F", "Quantification", "of", "marker", "expression", ".", "The", "fraction", "of", "Calbindin", "expressing", "cells", "was", "increased", "in", "the", "recombined", "population", "in", "β", "-", "catex3", "iDCX", "at", "3dpT", "[", "p", "=", "0", ".", "0081", "]", "and", "13dpT", "[", "p", "=", "0", ".", "0259", "]", "(", "3dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "9", "animals", ",", "13dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "8", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "10", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Representative images of recombined (GFP+, green) neurons in 24-week old animals at 13dpT co-expressing Prox1 (grey) as a marker for neuronal fate and the stage specific markers DCX (red) for immature neurons and Calbindin (red) for mature neurons. Arrows and arrowheads indicate marker negative and marker positive cells, respectively. Scale bar= 10µm. F Quantification of marker expression. The fraction of Calbindin expressing cells was increased in the recombined population in β-catex3 iDCX at 3dpT [p=0.0081] and 13dpT [p=0.0259] (3dpT: control: n= 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 9 animals, 13dpT: control: n= 8 animals, β-catex3 iDCX: n= 10 animals). "}
{"words": ["B", "Representative", "images", "of", "recombined", "(", "GFP", "+", ",", "green", ")", "BrdU", "+", "(", "grey", ")", "neurons", "in", "24", "-", "week", "old", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "animals", "at", "13dpT", "expressing", "the", "stage", "specific", "markers", "DCX", "(", "red", ")", "for", "immature", "neurons", "and", "Calbindin", "(", "red", ")", "for", "mature", "neurons", ".", "Arrows", "and", "arrowheads", "indicate", "marker", "negative", "and", "marker", "positive", "cells", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", "=", "10µm", ".", "C", "Quantification", "of", "DCX", "and", "Calbindin", "expression", "in", "BrdU", "+", "recombined", "cells", ".", "At", "13dpT", ",", "labeled", "neurons", "in", "β", "-", "catex3", "iDCX", "animals", "show", "a", "shift", "towards", "a", "more", "mature", "marker", "profile", "[", "DCX", "p", "=", "0", ".", "0238", ",", "Calbindin", "p", "=", "0", ".", "0714", "]", "(", "3dpT", ":", "control", ":", "n", "=", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "8", "animals", ";", "13dpT", "control", ":", "n", "=", "5", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative images of recombined (GFP+, green) BrdU+ (grey) neurons in 24-week old control and β-catex3 iDCX animals at 13dpT expressing the stage specific markers DCX (red) for immature neurons and Calbindin (red) for mature neurons. Arrows and arrowheads indicate marker negative and marker positive cells, respectively. Scale bar= 10µm. C Quantification of DCX and Calbindin expression in BrdU+ recombined cells. At 13dpT, labeled neurons in β-catex3 iDCX animals show a shift towards a more mature marker profile [DCX p=0.0238, Calbindin p=0.0714] (3dpT: control: n= 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 8 animals; 13dpT control: n= 5 animals, β-catex3 iDCX: n= 5 animals). "}
{"words": ["D", "Representative", "reconstructions", "of", "RFP", "-", "birthdated", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "at", "3dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative reconstructions of RFP-birthdated control and β-catex3 iDCX neurons in 24-week old mice at 3dpT. Scale bar= 20µm."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "dendritic", "length", "[", "p", "=", "0", ".", "0007", "]", ",", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "3909", "]", ",", "and", "Sholl", "analysis", "[", "p", "=", "0", ".", "0001", "]", "showed", "increased", "complexity", "of", "birthdated", "β", "-", "catex3", "iDCX", "cells", "at", "3dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "19", "cells", "from", "5", "animals", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of dendritic length [p=0.0007], branch points [p=0.3909], and Sholl analysis [p=0.0001] showed increased complexity of birthdated β-catex3 iDCX cells at 3dpT (control: n= 20 cells from 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 19 cells from 5 animals)."}
{"words": ["F", "Representative", "reconstructions", "of", "RFP", "-", "birthdated", "control", "and", "β", "-", "catex3", "iDCX", "neurons", "in", "24", "-", "week", "old", "mice", "at", "13dpT", ".", "Scale", "bar", "=", "20µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative reconstructions of RFP-birthdated control and β-catex3 iDCX neurons in 24-week old mice at 13dpT. Scale bar= 20µm."}
{"words": ["G", "Quantification", "of", "dendritic", "length", "[", "p", "=", "0", ".", "1857", "]", ",", "branch", "points", "[", "p", "=", "0", ".", "1331", "]", ",", "and", "Sholl", "analysis", "[", "p", "=", "0", ".", "1501", "]", "showed", "no", "difference", "between", "β", "-", "catex3", "iDCX", "and", "control", "cells", "at", "13dpT", "(", "control", ":", "n", "=", "18", "cells", "from", "4", "animals", ",", "β", "-", "catex3", "iDCX", ":", "n", "=", "20", "cells", "from", "4", "animals", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Quantification of dendritic length [p=0.1857], branch points [p=0.1331], and Sholl analysis [p=0.1501] showed no difference between β-catex3 iDCX and control cells at 13dpT (control: n= 18 cells from 4 animals, β-catex3 iDCX: n= 20 cells from 4 animals)"}
{"words": ["A", "TRAF6", "expression", "in", "differentiating", "CD4", "+", "T", "cells", ".", "Naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "obtained", "from", "wild", "type", "C57BL", "/", "6", "mice", "by", "FACS", "and", "activated", "with", "anti", "-", "CD3", "/", "CD28", "(", "1µg", ",", "and", "2µg", "/", "ml", ")", "for", "the", "indicated", "times", "in", "the", "presence", "of", "distinct", "Thelper", "lineage", "-", "directing", "cytokines", "or", "under", "neutral", "activation", "conditions", "(", "Th0", ")", ".", "After", "total", "RNA", "extraction", "and", "cDNA", "conversion", ",", "RT", "-", "PCR", "determined", "of", "Traf6", "mRNA", "in", "differentiating", "Th0", ",", "Th1", ",", "Th17", "and", "iTregs", "was", "determined", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A TRAF6 expression in differentiating CD4+ T cells. Naïve CD4+ T cells were obtained from wild type C57BL/6 mice by FACS and activated with anti-CD3/CD28 (1µg, and 2µg/ml) for the indicated times in the presence of distinct Thelper lineage-directing cytokines or under neutral activation conditions (Th0). After total RNA extraction and cDNA conversion, RT-PCR determined of Traf6 mRNA in differentiating Th0, Th1, Th17 and iTregs was determined."}
{"words": ["B", "TRAF6", "mRNA", "expression", "by", "human", "Tregs", "and", "non", "-", "Treg", "CD4", "+", "T", "cell", ".", "Human", "Tregs", "(", "CD3", "+", "/", "CD4", "+", "/", "CD8", "-", "/", "CD25HIGH", "/", "CD127low", "/", "CD39", "+", ")", "and", "non", "-", "Treg", "CD4", "+", "T", "cells", "(", "CD3", "+", "/", "CD4", "+", "/", "CD8", "-", "/", "CD25", "-", ")", "were", "obtained", "from", "the", "peripheral", "blood", "of", "healthy", "donors", "by", "FACS", "after", "Ficoll", "-", "Paque", "PLUS", "gradient", "centrifugation", "and", "magnetic", "bead", "enrichment", "of", "CD4", "+", "T", "cells", ".", "TRAF6", "mRNA", "was", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B TRAF6 mRNA expression by human Tregs and non-Treg CD4+ T cell. Human Tregs (CD3+/CD4+/CD8-/CD25HIGH/CD127low/CD39+) and non-Treg CD4+ T cells (CD3+/CD4+/CD8-/CD25-) were obtained from the peripheral blood of healthy donors by FACS after Ficoll-Paque PLUS gradient centrifugation and magnetic bead enrichment of CD4+ T cells. TRAF6 mRNA was measured by qRT-PCR."}
{"words": ["C", ",", "D", "Evidence", "of", "lymphoproliferative", "disease", "in", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "mice", ".", "(", "C", ")", "Spleens", "and", "lymph", "nodes", "were", "recovered", "from", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "mice", "and", "Traf6fl", "/", "fl", "littermates", "at", "8", "weeks", "of", "age", "(", "Scale", "bars", ":", "5", "mm", ")", ".", "(", "D", ")", "The", "cellularity", "of", "the", "lymphoid", "tissues", "of", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "mice", "and", "their", "Traf6fl", "/", "fl", "Foxp3Cre", "-", "littermates", "was", "determined", "(", "8", "mice", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Evidence of lymphoproliferative disease in Traf6fl/flFoxp3Cre+ mice. (C) Spleens and lymph nodes were recovered from Traf6fl/flFoxp3Cre+ mice and Traf6fl/fl littermates at 8 weeks of age (Scale bars: 5 mm). (D) The cellularity of the lymphoid tissues of Traf6fl/flFoxp3Cre+ mice and their Traf6fl/fl Foxp3Cre- littermates was determined (8 mice/group)."}
{"words": ["E", ",", "H", "Effect", "of", "Treg", "-", "specific", "TRAF6", "-", "deficiency", "on", "baseline", "T", "cell", "activation", ".", "The", "frequencies", "of", "effector", "cells", "(", "CD44high", "/", "CD62Llow", ")", ",", "memory", "cells", "(", "CD44high", "/", "CD62Lhigh", ")", "and", "naïve", "cells", "(", "CD44low", "/", "CD62Lhigh", ")", "in", "the", "CD4", "+", "T", "cell", "compartments", "of", "Traf6fl", "/", "fl", "and", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "mice", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", "(", "5", "mice", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, H Effect of Treg-specific TRAF6-deficiency on baseline T cell activation. The frequencies of effector cells (CD44high/CD62Llow), memory cells (CD44high/CD62Lhigh) and naïve cells (CD44low/CD62Lhigh) in the CD4+ T cell compartments of Traf6fl/fl and Traf6fl/flFoxp3Cre+ mice were determined by flow cytometry (5 mice/group)."}
{"words": ["F", ",", "I", "Effect", "of", "Treg", "-", "specific", "TRAF6", "-", "deficiency", "on", "baseline", "T", "cell", "activation", ".", "The", "frequencies", "of", "effector", "cells", "(", "CD44high", "/", "CD62Llow", ")", ",", "memory", "cells", "(", "CD44high", "/", "CD62Lhigh", ")", "and", "naïve", "cells", "(", "CD44low", "/", "CD62Lhigh", ")", "in", "the", "CD8", "+", "T", "cell", "compartments", "of", "Traf6fl", "/", "fl", "Foxp3Cre", "-", "(", "wild", "type", ")", "and", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "mice", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", "(", "5", "mice", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, I Effect of Treg-specific TRAF6-deficiency on baseline T cell activation. The frequencies of effector cells (CD44high/CD62Llow), memory cells (CD44high/CD62Lhigh) and naïve cells (CD44low/CD62Lhigh) in the CD8+ T cell compartments of Traf6fl/fl Foxp3Cre- (wild type) and Traf6fl/flFoxp3Cre+ mice were determined by flow cytometry (5 mice/group)."}
{"words": ["G", ",", "J", "Impact", "of", "TRAF6", "-", "expression", "on", "in", "vitro", "Treg", "differentiation", ".", "naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "isolated", "from", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "and", "Traf6fl", "/", "fl", "mice", "and", "differentiated", "into", "iTregs", ".", "Conditions", "of", "sub", "-", "optimal", "TGFβ", "concentrations", "(", "0", ".", "5ng", "/", "ml", ",", "0", ".", "05ng", "/", "ml", ")", "were", "tested", "as", "well", "and", "intracellular", "FOXP3", "was", "measured", "after", "4", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, J Impact of TRAF6-expression on in vitro Treg differentiation. naïve CD4+ T cells were isolated from Traf6fl/flFoxp3Cre+ and Traf6fl/fl mice and differentiated into iTregs. Conditions of sub-optimal TGFβ concentrations (0.5ng/ml, 0.05ng/ml) were tested as well and intracellular FOXP3 was measured after 4 days."}
{"words": ["A", "In", "vivo", "suppressive", "function", "of", "WT", "and", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "Tregs", ".", "Tregs", "from", "the", "indicated", "mice", "(", "CD45", ".", "2", "+", ")", "were", "isolated", "by", "FACS", ",", "as", "were", "naïve", "(", "CD62Lhigh", "/", "CD25", "-", ")", "CD4", "+", "responder", "T", "cells", "from", "congenically", "distinct", "(", "CD45", ".", "1", "+", ")", "donor", "mice", ".", "Tregs", "and", "Tresponders", "were", "mixed", "at", "a", "1", ":", "5", "(", "2x105", ":", "10x105", ")", "ratio", "before", "injection", "into", "Rag2", "-", "/", "-", "mice", ".", "7", "days", "later", ",", "spleens", "were", "harvested", ",", "and", "the", "relative", "frequencies", "and", "absolute", "numbers", "of", "each", "transferred", "cell", "populations", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A In vivo suppressive function of WT and Traf6fl/flFoxp3Cre+ Tregs. Tregs from the indicated mice (CD45.2+) were isolated by FACS, as were naïve (CD62Lhigh/CD25-) CD4+ responder T cells from congenically distinct (CD45.1+) donor mice. Tregs and Tresponders were mixed at a 1:5 (2x105:10x105) ratio before injection into Rag2-/- mice. 7 days later, spleens were harvested, and the relative frequencies and absolute numbers of each transferred cell populations were determined by flow cytometry."}
{"words": ["B", "Implanted", "B16", "melanoma", "growth", "in", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "and", "wild", "type", "(", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "-", ")", "mice", ".", "1x105", "B16F10", "cells", "were", "injected", "subcutaneously", "(", "s", ".", "c", ".", ")", "into", "the", "shaved", "flanks", "of", "the", "indicated", "mice", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", ".", "Tumor", "volumes", "were", "monitored", "every", "3", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Implanted B16 melanoma growth in Traf6fl/flFoxp3Cre+ and wild type (Traf6fl/flFoxp3Cre-) mice. 1x105 B16F10 cells were injected subcutaneously (s.c.) into the shaved flanks of the indicated mice (n= 5/group). Tumor volumes were monitored every 3 days."}
{"words": ["C", ",", "D", "Proinflammatory", "cytokine", "production", "in", "tumor", "-", "bearing", "mice", "with", "and", "without", "Treg", "-", "specific", "TRAF6", "expression", ".", "Cell", "suspensions", "of", "the", "tumor", "-", "draining", "lymph", "node", "and", "tumor", "-", "infiltrating", "leukocytes", "(", "TILs", ")", "were", "recovered", "after", "21", "days", "of", "tumor", "growth", ".", "Ex", "vivo", "stimulation", "with", "PMA", "and", "ionomycin", "in", "the", "presence", "of", "Golgistop", "for", "5", "hour", "preceded", "intracellular", "staining", "for", "IFNγ", "and", "IL", "-", "17", "and", "flow", "cytometry", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Proinflammatory cytokine production in tumor-bearing mice with and without Treg-specific TRAF6 expression. Cell suspensions of the tumor-draining lymph node and tumor-infiltrating leukocytes (TILs) were recovered after 21 days of tumor growth. Ex vivo stimulation with PMA and ionomycin in the presence of Golgistop for 5 hour preceded intracellular staining for IFNγ and IL-17 and flow cytometry analysis."}
{"words": ["E", ",", "F", "FOXP3", "expression", "by", "CD4", "+", "T", "cells", "in", "tumor", "bearing", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "and", "wild", "type", "(", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "-", ")", "mice", ".", "The", "frequency", "of", "FOXP3", "+", "cells", "in", "the", "CD4", "+", "cells", "of", "tumor", "-", "draining", "lymph", "nodes", "(", "dLN", ")", ",", "peripheral", ",", "non", "-", "tumor", "draining", "lymph", "nodes", "(", "pLN", ")", ",", "spleens", ",", "and", "TILs", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F FOXP3 expression by CD4+ T cells in tumor bearing Traf6fl/flFoxp3Cre+ and wild type (Traf6fl/flFoxp3Cre-) mice. The frequency of FOXP3+ cells in the CD4+ cells of tumor-draining lymph nodes (dLN), peripheral, non-tumor draining lymph nodes (pLN), spleens, and TILs were determined by flow cytometry."}
{"words": ["A", "Assessment", "of", "K63", "-", "type", "ubiquitination", "of", "FOXP3", "upon", "expression", "of", "wild", "type", "and", "catalytically", "deficient", "TRAF6", "mutants", ".", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "given", "combinations", "of", "vectors", "encoding", "wild", "type", "TRAF6", ",", "the", "enzymatically", "deficient", "L74H", "or", "C70A", "TRAF6", "mutants", ",", "HA", "-", "FOXP3", ",", "and", "FLAG", "-", "labeled", "ubiquitin", "molecules", "possessing", "a", "single", "lysine", "residue", "(", "K63", ")", "that", "restrain", "the", "possible", "ubiquitin", "monomer", "linkages", "on", "polyubiquitinated", "proteins", "to", "the", "K63", "-", "type", "only", ".", "Cells", "were", "lysed", "and", "proteins", "modified", "by", "K63", "-", "ubiquitin", "chains", "were", "recovered", "from", "lysates", "by", "pulling", "down", "using", "a", "bead", "-", "immobilized", "K63", "-", "specific", "TUBE", "reagent", ".", "The", "presence", "of", "FOXP3", "among", "these", "modified", "proteins", "was", "determined", "by", "immunoblotting", "as", "were", "levels", "of", "FOXP3", "and", "TRAF6", "in", "the", "pre", "-", "IP", "whole", "cell", "lysate", "(", "WCL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Assessment of K63-type ubiquitination of FOXP3 upon expression of wild type and catalytically deficient TRAF6 mutants. 293T cells were transfected with the given combinations of vectors encoding wild type TRAF6, the enzymatically deficient L74H or C70A TRAF6 mutants, HA-FOXP3, and FLAG-labeled ubiquitin molecules possessing a single lysine residue (K63) that restrain the possible ubiquitin monomer linkages on polyubiquitinated proteins to the K63-type only. Cells were lysed and proteins modified by K63-ubiquitin chains were recovered from lysates by pulling down using a bead-immobilized K63-specific TUBE reagent. The presence of FOXP3 among these modified proteins was determined by immunoblotting as were levels of FOXP3 and TRAF6 in the pre-IP whole cell lysate (WCL)."}
{"words": ["B", "Co", "-", "immunoprecipitation", "(", "co", "-", "IP", ")", "of", "FOXP3", "with", "TRAF6", "and", "its", "facilitation", "of", "K63", "-", "linked", "ubiquitination", ".", "293T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "constructs", "encoding", "HA", "-", "FOXP3", "and", "FLAG", "-", "TRAF6", "were", "lysed", "and", "incubated", "with", "bead", "immobilized", "anti", "-", "FLAG", "antibodies", ".", "FOXP3", "molecules", "co", "-", "IPed", "in", "this", "manner", "were", "resolved", "by", "SDS", "PAGE", "and", "detected", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "HA", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B Co-immunoprecipitation (co-IP) of FOXP3 with TRAF6 and its facilitation of K63-linked ubiquitination. 293T cells expressing the indicated constructs encoding HA-FOXP3 and FLAG-TRAF6 were lysed and incubated with bead immobilized anti-FLAG antibodies. FOXP3 molecules co-IPed in this manner were resolved by SDS PAGE and detected by immunoblotting with anti-HA antibodies."}
{"words": ["C", "　", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "combinations", "of", "expression", "constructs", "encoding", "HA", "-", "FOXP3", ",", "Myc", "-", "TRAF6", ",", "and", "FLAG", "-", "tagged", "ubiquitin", "molecules", "-", "either", "wild", "type", "(", "FLAG", "-", "Ub", ")", ",", "or", "a", "variant", "with", "a", "K", "-", "to", "-", "R", "mutation", "at", "either", "lysine", "residue", "48", "(", "K48R", ")", "or", "63", "(", "K63R", ")", "responsible", "for", "preventing", "K48", "-", "and", "K63", "-", "type", "polyubiquitination", ",", "respectively", ".", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C　293T cells were transfected with the indicated combinations of expression constructs encoding HA-FOXP3, Myc-TRAF6, and FLAG-tagged ubiquitin molecules - either wild type (FLAG-Ub), or a variant with a K-to-R mutation at either lysine residue 48 (K48R) or 63 (K63R) responsible for preventing K48- and K63-type polyubiquitination, respectively. ."}
{"words": ["D", "Endogenous", ",", "reciprocal", "co", "-", "IP", "of", "FOXP3", "and", "TRAF6", "in", "murine", "iTreg", "lysate", ".", "Naïve", "CD62Lhigh", "/", "CD25", "-", "/", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "obtained", "by", "FACS", "and", "activated", "with", "anti", "-", "CD3", "/", "CD28", "antibodies", "(", "1ug", "and", "2ug", "/", "ml", ",", "respectively", ")", "in", "the", "presence", "of", "IL", "-", "2", "and", "TGFβ", "(", "100U", "/", "ml", "and", "5ng", "/", "ml", ",", "respectively", ")", "for", "four", "days", "before", "lysis", ".", "Antibodies", "against", "TRAF6", "(", "left", ")", "or", "FOXP3", "(", "right", ")", "were", "used", "to", "pull", "down", "target", "proteins", "and", "their", "interaction", "partners", ",", "which", "were", "resolved", "under", "denaturing", "conditions", "and", "visualized", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Endogenous, reciprocal co-IP of FOXP3 and TRAF6 in murine iTreg lysate. Naïve CD62Lhigh/CD25-/CD4+ T cells were obtained by FACS and activated with anti-CD3/CD28 antibodies (1ug and 2ug/ml, respectively) in the presence of IL-2 and TGFβ (100U/ml and 5ng/ml, respectively) for four days before lysis. Antibodies against TRAF6 (left) or FOXP3 (right) were used to pull down target proteins and their interaction partners, which were resolved under denaturing conditions and visualized by immunoblotting."}
{"words": ["E", "Degree", "of", "K63", "ubiquitination", "in", "the", "cellular", "FOXP3", "pools", "of", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "and", "Traf6wt", "/", "wtFoxp3Cre", "+", "mice", ".", "CD4", "+", "/", "YFP", "+", "cells", "from", "Traf6fl", "/", "flFoxp3Cre", "+", "(", "\"", "Traf6", "-", "/", "-", "\"", ")", "or", "wild", "type", "Traf6wt", "/", "wtFoxp3Cre", "+", "mice", "(", "\"", "Traf6", "+", "/", "+", "\"", ")", "were", "isolated", "by", "FACS", ",", "lysed", "and", "either", "total", "FOXP3", "(", "right", ")", "or", "K63", "-", "ubiquitin", "-", "modified", "proteins", "(", "left", ")", "were", "immunoprecipitated", ".", "Levels", "of", "polyubiquitinated", "FOXP3", "were", "observed", "in", "each", "by", "probing", "with", "antibodies", "specific", "for", "anti", "-", "K63", "-", "ubiquitin", "and", "FOXP3", ",", "respectively", ",", "and", "levels", "of", "total", "FOXP3", "and", "actin", "were", "also", "measured", "by", "immunoblot", "analysis", "of", "whole", "cell", "lysate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Degree of K63 ubiquitination in the cellular FOXP3 pools of Traf6fl/flFoxp3Cre+ and Traf6wt/wtFoxp3Cre+mice. CD4+/YFP+ cells from Traf6fl/flFoxp3Cre+ (\"Traf6-/-\") or wild type Traf6wt/wtFoxp3Cre+mice (\"Traf6+/+\") were isolated by FACS, lysed and either total FOXP3 (right) or K63-ubiquitin-modified proteins (left) were immunoprecipitated. Levels of polyubiquitinated FOXP3 were observed in each by probing with antibodies specific for anti-K63-ubiquitin and FOXP3, respectively, and levels of total FOXP3 and actin were also measured by immunoblot analysis of whole cell lysate."}
{"words": ["A", "Immunoblot", "analysis", "of", "TRAF6", "-", "mediated", "ubiquitination", "of", "wild", "type", ",", "and", "mutant", "FOXP3", "molecules", ".", "293T", "cell", "lines", "were", "transfected", "with", "a", "normal", "HA", "-", "tagged", "Foxp3", "construct", ",", "another", "encoding", "a", "ubiquitination", "resistant", "mutant", "in", "which", "all", "lysine", "residues", "were", "replaced", "by", "arginines", "(", "20R", ")", ",", "or", "one", "of", "20", "single", "lysine", "-", "containing", "constructs", "with", "only", "the", "indicated", "lysine", "residue", "available", "for", "modification", ".", "These", "cell", "lines", "also", "received", "expression", "vectors", "encoding", "TRAF6", "and", "ubiquitin", "molecules", "labeled", "with", "Myc", "and", "FLAG", "tags", ",", "respectively", ".", "Negative", "controls", "did", "not", "receive", "TRAF6", "or", "expressed", "FOXP3", "alone", ".", "Labeled", "FOXP3", "proteins", "were", "pulled", "down", "from", "cell", "lysates", "(", "anti", "-", "HA", ")", "and", "ubiquitinated", "species", "were", "visualized", "by", "immunoblotting", "for", "FLAG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "A Immunoblot analysis of TRAF6-mediated ubiquitination of wild type, and mutant FOXP3 molecules. 293T cell lines were transfected with a normal HA-tagged Foxp3 construct, another encoding a ubiquitination resistant mutant in which all lysine residues were replaced by arginines (20R), or one of 20 single lysine-containing constructs with only the indicated lysine residue available for modification. These cell lines also received expression vectors encoding TRAF6 and ubiquitin molecules labeled with Myc and FLAG tags, respectively. Negative controls did not receive TRAF6 or expressed FOXP3 alone. Labeled FOXP3 proteins were pulled down from cell lysates (anti-HA) and ubiquitinated species were visualized by immunoblotting for FLAG."}
{"words": ["B", "Assessing", "the", "impact", "of", "K262", "mutation", "on", "FOXP3", "ubiquitination", "by", "TRAF6", ".", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "combinations", "of", "expression", "constructs", "encoding", "Myc", "-", "TRAF6", ",", "FLAG", "-", "ubiquitin", ",", "and", "an", "HA", "-", "tagged", "FOXP3", "molecule", "that", "was", "either", "normal", "(", "HA", "-", "FOXP3", ")", "or", "possessed", "a", "K", "-", "to", "-", "R", "mutation", "at", "residue", "262", "(", "K262R", ")", ".", "FOXP3", "proteins", "were", "pulled", "down", "with", "anti", "-", "HA", "beads", "and", "either", "ubiquitinated", "proteins", "or", "total", "FOXP3", "proteins", "were", "detected", "by", "probing", "for", "FLAG", "and", "HA", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B Assessing the impact of K262 mutation on FOXP3 ubiquitination by TRAF6. 293T cells were transfected with combinations of expression constructs encoding Myc-TRAF6, FLAG-ubiquitin, and an HA-tagged FOXP3 molecule that was either normal (HA-FOXP3) or possessed a K-to-R mutation at residue 262 (K262R). FOXP3 proteins were pulled down with anti-HA beads and either ubiquitinated proteins or total FOXP3 proteins were detected by probing for FLAG and HA, respectively."}
{"words": ["A", "Impact", "of", "K63", "-", "ubiquitination", "loss", "on", "FOXP3", "'", "s", "gene", "silencing", "capacity", ".", "Jurkat", "T", "cells", "transfected", "with", "a", "wild", "type", "Foxp3", "expression", "vector", ",", "one", "encoding", "the", "K262R", "mutant", ",", "or", "an", "empty", "(", "control", ")", "vector", "also", "received", "a", "duel", "luciferase", "reporter", "construct", "where", "luciferase", "expression", "was", "under", "the", "control", "of", "the", "Il2", "promoter", ".", "After", "activation", "with", "PMA", "and", "ionomycin", "for", "8", "hours", ",", "luciferase", "activity", "was", "assayed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A Impact of K63-ubiquitination loss on FOXP3's gene silencing capacity. Jurkat T cells transfected with a wild type Foxp3 expression vector, one encoding the K262R mutant, or an empty (control) vector also received a duel luciferase reporter construct where luciferase expression was under the control of the Il2 promoter. After activation with PMA and ionomycin for 8 hours, luciferase activity was assayed."}
{"words": ["B", "IL", "-", "2", "production", "in", "the", "presence", "of", "wild", "type", "and", "K63", "-", "ubiquitination", "resistant", "FOXP3", ".", "Naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "isolated", "from", "Traf6fl", "/", "flCD4Cre", "+", "or", "WT", "mice", "were", "activated", "overnight", "by", "anti", "-", "CD3", "/", "CD28", "antibodies", ",", "then", "transduced", "by", "retroviruses", "carrying", "normal", "Foxp3", ",", "the", "K262R", "mutant", ",", "or", "an", "empty", "vector", ".", "Ires", "-", "GFP", "in", "the", "retroviral", "vector", "serves", "as", "an", "internal", "control", ".", "GFP", "+", "cells", "were", "sorted", "out", "48", "hours", "post", "-", "transduction", ".", "The", "sorted", "cells", "were", "cultured", "for", "one", "additional", "day", ".", "Culture", "supernatants", "were", "collected", "for", "measuring", "the", "levels", "of", "IL", "-", "2", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "B IL-2 production in the presence of wild type and K63-ubiquitination resistant FOXP3. Naïve CD4+ T cells isolated from Traf6fl/flCD4Cre+ or WT mice were activated overnight by anti-CD3/CD28 antibodies, then transduced by retroviruses carrying normal Foxp3, the K262R mutant, or an empty vector. Ires-GFP in the retroviral vector serves as an internal control. GFP+ cells were sorted out 48 hours post-transduction. The sorted cells were cultured for one additional day. Culture supernatants were collected for measuring the levels of IL-2 by ELISA."}
{"words": ["C", "Cellular", "distribution", "of", "wild", "type", "and", "K262R", "FOXP3", ".", "Hela", "cells", "were", "transfected", "with", "expression", "vectors", "encoding", "either", "wild", "type", "FOXP3", "or", "the", "K262R", "mutant", ".", "The", "relative", "overlap", "of", "FOXP3", "protein", "signal", "and", "DAPI", "-", "stained", "nuclei", "was", "observed", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "(", "blue", ":", "DAPI", ",", "green", ":", "FOXP3", ",", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Cellular distribution of wild type and K262R FOXP3. Hela cells were transfected with expression vectors encoding either wild type FOXP3 or the K262R mutant. The relative overlap of FOXP3 protein signal and DAPI-stained nuclei was observed by fluorescence microscopy. (blue: DAPI, green: FOXP3, Scale bars: 50 μm)."}
{"words": ["D", "Immunostaining", "of", "FOXP3", "in", "Traf6fl", "/", "flCD4Cre", "+", "and", "wild", "type", "(", "Traf6fl", "/", "flCD4Cre", "-", ")", "derived", "suspensions", "of", "lymph", "node", "and", "spleen", "cells", ".", "(", "blue", ":", "DAPI", ",", "green", ":", "FOXP3", ",", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Immunostaining of FOXP3 in Traf6fl/flCD4Cre+ and wild type (Traf6fl/flCD4Cre-) derived suspensions of lymph node and spleen cells. (blue: DAPI, green: FOXP3, Scale bars: 50 μm)."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "FOXP3", "distribution", "in", "murine", "Tregs", ".", "The", "degree", "of", "FOXP3", "-", "nuclear", "coIocalization", "in", "CD4", "+", "/", "FOXP3", "+", "cells", "isolated", "from", "the", "lymph", "nodes", "and", "spleens", "of", "Traf6fl", "/", "flCD4Cre", "+", "and", "wild", "type", "(", "Traf6fl", "/", "flCD4Cre", "-", ")", "mice", "was", "determined", "by", "Imagestream", "analysis", ",", "and", "the", "frequencies", "of", "cells", "with", "either", "a", "low", "or", "high", "probability", "of", "nuclear", "FOXP3", "distribution", "are", "shown", "(", "red", ":", "nuclear", "stain", ",", "green", ":", "FOXP3", ",", "Scale", "bars", ":", "10", "um", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of FOXP3 distribution in murine Tregs. The degree of FOXP3-nuclear coIocalization in CD4+/FOXP3+ cells isolated from the lymph nodes and spleens of Traf6fl/flCD4Cre+ and wild type (Traf6fl/flCD4Cre-) mice was determined by Imagestream analysis, and the frequencies of cells with either a low or high probability of nuclear FOXP3 distribution are shown (red: nuclear stain, green:FOXP3, Scale bars: 10 um)."}
{"words": ["The", "in", "vitro", "suppressive", "potency", "of", "wild", "type", "-", "and", "K262R", "Foxp3", "-", "expressing", "T", "cells", ".", "Naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "purified", "from", "Thy1", ".", "1", "+", "BALB", "/", "c", "mice", "and", "subjected", "to", "retroviral", "transduction", "to", "express", "either", "wild", "type", "FOXP3", "or", "a", "K262R", "mutant", "resistant", "to", "ubiquitination", "that", "lysine", "residue", "262", ".", "These", "engineered", "\"", "Tregs", "\"", "were", "then", "co", "-", "cultured", "with", "naïve", "responder", "CD4", "+", "T", "cells", "stained", "with", "CFSE", "at", "the", "indicated", "ratios", "and", "activated", "with", "anti", "-", "CD3", "/", "CD28", "antibodies", ".", "Dilution", "of", "CFSE", "signal", "by", "the", "responder", "populations", "(", "i", ".", "e", ".", "proliferation", ")", "was", "assessed", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The in vitro suppressive potency of wild type- and K262R Foxp3-expressing T cells. Naïve CD4+ T cells were purified from Thy1.1+ BALB/c mice and subjected to retroviral transduction to express either wild type FOXP3 or a K262R mutant resistant to ubiquitination that lysine residue 262. These engineered \"Tregs\" were then co-cultured with naïve responder CD4+ T cells stained with CFSE at the indicated ratios and activated with anti-CD3/CD28 antibodies. Dilution of CFSE signal by the responder populations (i.e. proliferation) was assessed by flow cytometry."}
{"words": ["The", "in", "vitro", "suppressive", "potency", "of", "wild", "type", "-", "and", "K262R", "Foxp3", "-", "expressing", "T", "cells", ".", "Naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "purified", "from", "Thy1", ".", "1", "+", "BALB", "/", "c", "mice", "and", "subjected", "to", "retroviral", "transduction", "to", "express", "either", "wild", "type", "FOXP3", "or", "a", "K262R", "mutant", "resistant", "to", "ubiquitination", "that", "lysine", "residue", "262", ".", "These", "engineered", "\"", "Tregs", "\"", "were", "then", "co", "-", "cultured", "with", "naïve", "responder", "CD4", "+", "T", "cells", "stained", "with", "CFSE", "at", "the", "indicated", "ratios", "and", "activated", "with", "anti", "-", "CD3", "/", "CD28", "antibodies", ".", "Dilution", "of", "CFSE", "signal", "by", "the", "responder", "populations", "(", "i", ".", "e", ".", "proliferation", ")", "was", "assessed", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The in vitro suppressive potency of wild type- and K262R Foxp3-expressing T cells. Naïve CD4+ T cells were purified from Thy1.1+ BALB/c mice and subjected to retroviral transduction to express either wild type FOXP3 or a K262R mutant resistant to ubiquitination that lysine residue 262. These engineered \"Tregs\" were then co-cultured with naïve responder CD4+ T cells stained with CFSE at the indicated ratios and activated with anti-CD3/CD28 antibodies. Dilution of CFSE signal by the responder populations (i.e. proliferation) was assessed by flow cytometry."}
{"words": ["C", "In", "vivo", "suppression", "of", "colitis", "by", "wild", "type", "-", "and", "K262R", "mutant", "-", "Foxp3", "expressing", "T", "cells", ".", "2x105", "naïve", "CD4", "+", "transductants", "from", "A", "were", "mixed", "with", "1x106", "colitogenic", "naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "from", "wild", "type", "mice", "and", "transferred", "i", ".", "v", ".", "into", "Rag2", "-", "/", "-", "mice", ".", "Rag2", "-", "/", "-", "mice", "receiving", "no", "cell", "transfers", ",", "naïve", "CD4", "+", "T", "cells", "alone", ",", "or", "purified", "wild", "type", "Tregs", "served", "as", "controls", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", ".", "Recipient", "mouse", "body", "weights", "were", "monitored", "weekly", "for", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C In vivo suppression of colitis by wild type- and K262R mutant-Foxp3 expressing T cells. 2x105 naïve CD4+ transductants from A were mixed with 1x106 colitogenic naïve CD4+ T cells from wild type mice and transferred i.v. into Rag2-/- mice. Rag2-/- mice receiving no cell transfers, naïve CD4+ T cells alone, or purified wild type Tregs served as controls (n= 6/group). Recipient mouse body weights were monitored weekly for each group."}
{"words": ["D", ",", "E", "After", "8", "weeks", ",", "colons", "were", "excised", ",", "fixed", "in", "buffered", "formalin", ",", "and", "processed", "for", "H", "and", "E", "staining", "(", "D", ")", "and", "histopathology", "scoring", "(", "E", ")", ".", "Scale", "bars", "shown", "in", "1", "mm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E After 8 weeks, colons were excised, fixed in buffered formalin, and processed for H and E staining (D) and histopathology scoring (E). Scale bars shown in 1 mm)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "IF", "images", "in", "CHME3", "stably", "expressing", "Flag", "alone", "control", "or", "the", "Flag", "-", "tagged", "EB1", "constructs", "depicted", "in", "A", "co", "-", "stained", "for", "Tyrosinated", "-", "MTs", "(", "Tyr", "-", "MTs", ")", ",", "and", "the", "nucleus", "(", "Hoechst", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative IF images in CHME3 stably expressing Flag alone control or the Flag-tagged EB1 constructs depicted in A co-stained for Tyrosinated-MTs (Tyr-MTs), and the nucleus (Hoechst). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "C", ")", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "infection", "is", "enhanced", "in", "CHME3", "depleted", "of", "endogenous", "EB1", "and", "stably", "expressing", "full", "-", "length", "(", "FL", ")", "EB1", ",", "but", "not", "in", "control", "Flag", "or", "any", "of", "the", "other", "EB1", "constructs", "depicted", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HIV-1-VSV-luc infection is enhanced in CHME3 depleted of endogenous EB1 and stably expressing full-length (FL) EB1, but not in control Flag or any of the other EB1 constructs depicted in A."}
{"words": ["(", "D", ")", "Increasing", "amount", "of", "FL", "-", "EB1", ",", "but", "not", "∆", "EEY", "results", "in", "a", "dose", "-", "dependent", "enhancement", "of", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "infection", "in", "transiently", "transfected", "CHME3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Increasing amount of FL-EB1, but not ∆EEY results in a dose-dependent enhancement of HIV-1-VSV-luc infection in transiently transfected CHME3 cells."}
{"words": ["HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "E", ")", "infection", "is", "reduced", "in", "differentiated", "THP", "-", "1", "depleted", "of", "CLIP170", "determined", "by", "luciferase", "assays", "or", "FACS", "analysis", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HIV-1-VSV-luc (E) infection is reduced in differentiated THP-1 depleted of CLIP170 determined by luciferase assays or FACS analysis, respectively."}
{"words": ["HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "ZsGreen", "at", "various", "dilutions", "(", "corresponding", "to", "multiplicities", "of", "infection", "(", "m", ".", "o", ".", "i", ")", "0", ".", "06", ",", "0", ".", "03", "and", "0", ".", "02", ")", "(", "F", ")", "infection", "is", "reduced", "in", "differentiated", "THP", "-", "1", "depleted", "of", "CLIP170", "determined", "by", "luciferase", "assays", "or", "FACS", "analysis", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HIV-1-VSV-ZsGreen at various dilutions (corresponding to multiplicities of infection (m.o.i) 0.06, 0.03 and 0.02) (F) infection is reduced in differentiated THP-1 depleted of CLIP170 determined by luciferase assays or FACS analysis, respectively."}
{"words": ["(", "G", ")", "HIV", "-", "1", "-", "WT", "-", "luc", "infection", "is", "decreased", "in", "CLIP170", "depleted", "CHME3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) HIV-1-WT-luc infection is decreased in CLIP170 depleted CHME3 cells."}
{"words": ["Effects", "of", "CLIP170", "on", "fusion", "of", "viral", "particles", "by", "endocytosis", ".", "CHME3", "cells", "either", "treated", "with", "control", "or", "CLIP170", "siRNAs", "(", "A", ")", "were", "infected", "with", "Mock", "or", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "BlaM", "-", "Vpr", ".", "Representative", "FACS", "analysis", "of", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", "showing", "∼", "9", "%", "(", "Control", "siRNA", ")", "and", "3", "%", "(", "CLIP170", "siRNA", ")", "shift", "(", "A", ")", "from", "green", "(", "uncleaved", "CCF2", ")", "to", "blue", "(", "cleaved", "CCF2", ")", ".", "%", "infected", "cells", "is", "indicated", "at", "the", "top", "left", "corner", "of", "each", "plot", "and", "quantification", "from", "independent", "repeats", "is", "presented", "as", "bar", "graphs", "at", "the", "right", "side", "of", "each", "FACS", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of CLIP170 on fusion of viral particles by endocytosis. CHME3 cells either treated with control or CLIP170 siRNAs (A) were infected with Mock or HIV-1-VSV-BlaM-Vpr. Representative FACS analysis of cells (n = 3) showing ∼ 9% (Control siRNA) and 3% (CLIP170 siRNA) shift (A) from green (uncleaved CCF2) to blue (cleaved CCF2). % infected cells is indicated at the top left corner of each plot and quantification from independent repeats is presented as bar graphs at the right side of each FACS plot."}
{"words": ["HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "infection", "is", "enhanced", "in", "Flag", "-", "CLIP170", ",", "but", "not", "in", "Flag", "control", ",", "expressing", "CHME3", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HIV-1-VSV-luc infection is enhanced in Flag-CLIP170, but not in Flag control, expressing CHME3 cells."}
{"words": ["Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "in", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs in C."}
{"words": ["Effects", "of", "CLIP170", "on", "fusion", "of", "viral", "particles", "by", "endocytosis", ".", "CHME3", "cells", "expressing", "Flag", "control", "or", "Flag", "-", "CLIP170", "(", "D", ")", "were", "infected", "with", "Mock", "or", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "BlaM", "-", "Vpr", ".", "Representative", "FACS", "analysis", "of", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", "showing", "no", "difference", "(", "D", ")", "from", "green", "(", "uncleaved", "CCF2", ")", "to", "blue", "(", "cleaved", "CCF2", ")", ".", "%", "infected", "cells", "is", "indicated", "at", "the", "top", "left", "corner", "of", "each", "plot", "and", "quantification", "from", "independent", "repeats", "is", "presented", "as", "bar", "graphs", "at", "the", "right", "side", "of", "each", "FACS", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of CLIP170 on fusion of viral particles by endocytosis. CHME3 cells expressing Flag control or Flag-CLIP170 (D) were infected with Mock or HIV-1-VSV-BlaM-Vpr. Representative FACS analysis of cells (n = 3) showing no difference (D) from green (uncleaved CCF2) to blue (cleaved CCF2). % infected cells is indicated at the top left corner of each plot and quantification from independent repeats is presented as bar graphs at the right side of each FACS plot."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "percentage", "fused", "double", "-", "labelled", "(", "GFP", "-", "Vpr", "+", "/", "S15", "-", "tomato", "-", ")", "HIV", "-", "1", "-", "DL", "-", "WT", "are", "not", "affected", "in", "CHME3", "cells", "depleted", "of", "CLIP170", ".", "Data", "represent", "mean", "of", "≥", "895", "virus", "particles", "analyzed", "in", "≥", "11", "fields", "of", "view", "(", "≥", "17", "cells", ")", "for", "each", "condition", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "to", "calculate", "statistical", "significance", "(", "mean", "±", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The percentage fused double-labelled (GFP-Vpr+/S15-tomato-) HIV-1-DL-WT are not affected in CHME3 cells depleted of CLIP170. Data represent mean of ≥895 virus particles analyzed in ≥11 fields of view (≥17 cells) for each condition. One-way ANOVA was used to calculate statistical significance (mean ±SEM)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Percentage", "HIV", "-", "1", "-", "WT", "-", "GFP", "-", "Vpr", "particles", "within", "2", "μm", "of", "the", "nucleus", "is", "reduced", "in", "CHME3", "depleted", "of", "CLIP170", "at", "2", "and", "4", "h", ".", "p", ".", "i", ",", "scatterplot", "with", "mean", "of", "≥", "354", "virus", "particles", "quantified", "in", "≥", "13", "cells", "per", "sample", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Percentage HIV-1-WT-GFP-Vpr particles within 2 μm of the nucleus is reduced in CHME3 depleted of CLIP170 at 2 and 4 h.p.i, scatterplot with mean of ≥354 virus particles quantified in ≥13 cells per sample. Statistical significance was determined by one-way ANOVA * = p<0.05, *** = p<0.001."}
{"words": ["Infected", "cells", "in", "F", "analyzed", "by", "live", "cell", "imaging", ".", "Scatterplots", "representing", "displacement", "over", "time", "(", "velocity", ")", "Each", "dot", "represents", "one", "viral", "particle", "tracked", ",", "red", "line", "indicates", "the", "mean", ".", "188", "trajectories", "were", "analyzed", "from", "25", "movies", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", ".", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Infected cells in F analyzed by live cell imaging. Scatterplots representing displacement over time (velocity) Each dot represents one viral particle tracked, red line indicates the mean. 188 trajectories were analyzed from 25 movies. Statistical significance was determined by t test. *** = p<0.001."}
{"words": ["Infected", "cells", "in", "F", "analyzed", "by", "live", "cell", "imaging", ".", "cumulative", "distance", "travelled", "over", "time", "(", "speed", ")", "(", "H", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "one", "viral", "particle", "tracked", ",", "red", "line", "indicates", "the", "mean", ".", "188", "trajectories", "were", "analyzed", "from", "25", "movies", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", ".", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Infected cells in F analyzed by live cell imaging. cumulative distance travelled over time (speed) (H). Each dot represents one viral particle tracked, red line indicates the mean. 188 trajectories were analyzed from 25 movies. Statistical significance was determined by t test. *** = p<0.001."}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "induction", "of", "Ac", "-", "MTs", "is", "blocked", "in", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "Virus", ")", "infected", ",", "but", "not", "in", "uninfected", "(", "NI", ")", "or", "Mock", "infected", "CHME3", "depleted", "of", "EB1", ",", "but", "not", "CLIP170", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "Tyrosinated", "MTs", "(", "Tyr", "-", "MTs", ")", "are", "not", "affected", ".", "Representative", "fields", "are", "shown", ".", "Similar", "results", "were", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) The induction of Ac-MTs is blocked in HIV-1-VSV-luc (Virus) infected, but not in uninfected (NI) or Mock infected CHME3 depleted of EB1, but not CLIP170 at 6 h.p.i. Tyrosinated MTs (Tyr-MTs) are not affected. Representative fields are shown. Similar results were obtained in three independent experiments. Scale bar, 50 μm."}
{"words": ["CHME3", "treated", "with", "negative", "control", ",", "EB1", "or", "CLIP170", "siRNAs", "were", "either", "lysed", "and", "analyzed", "by", "WB", "Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CHME3 treated with negative control, EB1 or CLIP170 siRNAs were either lysed and analyzed by WB Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs in A."}
{"words": ["CHME3", "treated", "with", "negative", "control", ",", "EB1", "or", "CLIP170", "siRNAs", "were", "infected", "with", "GFP", "-", "Vpr", "/", "S15", "-", "tomato", "-", "labeled", "VSV", "-", "G", "pseudotyped", "HIV", "-", "1", "(", "B", ")", ".", "Scatterplot", "of", "maximum", "p24", "intensity", "of", "fused", "viral", "particles", "normalized", "to", "the", "control", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CHME3 treated with negative control, EB1 or CLIP170 siRNAs were infected with GFP-Vpr/S15-tomato-labeled VSV-G pseudotyped HIV-1 (B). Scatterplot of maximum p24 intensity of fused viral particles normalized to the control mean."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Amounts", "of", "pelleted", "p24", "CA", "normalized", "to", "the", "input", "CA", "at", "3", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "with", "HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "in", "293A", "(", "C", ")", "or", "CHME3", "(", "D", ")", "treated", "with", "control", ",", "EB1", "or", "CLIP170", "siRNAs", ".", "Mean", "+", "/", "-", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Error", "bars", "=", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "*", "=", "p", "-", "value", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "p", "-", "value", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "-", "value", "≤", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Amounts of pelleted p24 CA normalized to the input CA at 3 h.p.i. with HIV-1-VSV-luc in 293A (C) or CHME3 (D) treated with control, EB1 or CLIP170 siRNAs. Mean +/- SEM from three independent experiments is shown. Statistical significance was determined by one-way ANOVA. Error bars = standard error of the mean (* = p-value ≤0.05, ** = p-value ≤0.01, *** = p-value ≤0.001)."}
{"words": ["Representative", "(", "n", "=", "3", ")", "WB", "analysis", "demonstrating", "that", "while", "GAPDH", "-", "HA", "control", "do", "not", "bind", "(", "A", "FEZ1", "-", "Flag", "control", "pelleted", "with", "in", "vitro", "assembled", "HIV", "-", "1", "CA", "-", "NC", "complexes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative (n=3) WB analysis demonstrating that while GAPDH-HA control do not bind (A FEZ1-Flag control pelleted with in vitro assembled HIV-1 CA-NC complexes."}
{"words": ["Representative", "(", "n", "=", "3", ")", "WB", "analysis", "demonstrating", "that", "while", "EB1", "-", "Flag", "do", "not", "bind", "pelleted", "with", "in", "vitro", "assembled", "HIV", "-", "1", "CA", "-", "NC", "complexes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative (n=3) WB analysis demonstrating that while EB1-Flag do not bind pelleted with in vitro assembled HIV-1 CA-NC complexes."}
{"words": ["Representative", "(", "n", "=", "3", ")", "WB", "analysis", "demonstrating", "that", "while", "Flag", "-", "CLIP170", "pelleted", "with", "in", "vitro", "assembled", "HIV", "-", "1", "CA", "-", "NC", "complexes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative (n=3) WB analysis demonstrating that while Flag-CLIP170 pelleted with in vitro assembled HIV-1 CA-NC complexes."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "levels", "of", "bound", "CLIP170", "as", "a", "ratio", "of", "total", "protein", "across", "experimental", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", "from", "C", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", "(", "mean", "±", "SEM", ")", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of the levels of bound CLIP170 as a ratio of total protein across experimental replicates (n=3) from C. Statistical significance was determined by t test (mean ±SEM) *** = p<0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "WB", "analysis", "(", "n", "=", "3", ")", "showing", "the", "levels", "of", "HIV", "-", "1", "p24", "CA", "in", "mock", "and", "virus", "fractions", "separated", "by", "sucrose", "gradient", "centrifugation", ".", "Fractions", "1", "-", "3", "contain", "free", "p24", "not", "associated", "with", "the", "intact", "cores", ",", "while", "fractions", "#", "8", "and", "#", "9", "harbouring", "intact", "HIV", "-", "1", "cores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative WB analysis (n=3) showing the levels of HIV-1 p24 CA in mock and virus fractions separated by sucrose gradient centrifugation. Fractions 1-3 contain free p24 not associated with the intact cores, while fractions #8 and # 9 harbouring intact HIV-1 cores."}
{"words": ["(", "F", ")", "Flag", "-", "CLIP170", ",", "but", "not", "Flag", "control", ",", "also", "binds", "to", "fractions", "containing", "intact", "HIV", "-", "1", "cores", "(", "Virus", "#", "8", "and", "#", "9", ")", "but", "not", "with", "Mock", "fractions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Flag-CLIP170, but not Flag control, also binds to fractions containing intact HIV-1 cores (Virus #8 and #9) but not with Mock fractions."}
{"words": ["(", "G", ")", "HIV", "-", "1", "-", "WT", "-", "luc", "infection", "is", "increased", "in", "CHME3", "cells", "stably", "expressing", "Flag", "-", "CLIP170", ",", "but", "not", "control", "Flag", "or", "Flag", "-", "CLIP170ΔCAPgly", ".", "Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) HIV-1-WT-luc infection is increased in CHME3 cells stably expressing Flag-CLIP170, but not control Flag or Flag-CLIP170ΔCAPgly. Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "images", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "CHME3", "expressing", "Flag", "-", "CLIP170", "or", "Flag", "-", "CLIP170ΔCAPgly", "stained", "for", "Flag", "and", "Tyr", "-", "MTs", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative images (n=3) of CHME3 expressing Flag-CLIP170 or Flag-CLIP170ΔCAPgly stained for Flag and Tyr-MTs. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Super", "resolution", "microscopy", "(", "SIM", ")", "imaging", "of", "Flag", "-", "tagged", "proteins", ",", "cyclophilin", "A", "(", "CypA", "-", "Flag", ")", ",", "EB1", "-", "Flag", ",", "or", "Flag", "-", "CLIP170", "bound", "to", "in", "vitro", "assembled", "CA", "-", "NC", "complexes", ",", "stained", "with", "anti", "-", "p24", "AG3", ".", "0", "(", "Red", ")", ",", "anti", "-", "Flag", "or", "anti", "-", "CLIP170", "(", "Green", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "2", "μm", ".", "Representative", "images", "from", "different", "fields", "of", "view", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Super resolution microscopy (SIM) imaging of Flag-tagged proteins, cyclophilin A (CypA-Flag), EB1-Flag, or Flag-CLIP170 bound to in vitro assembled CA-NC complexes, stained with anti-p24 AG3.0 (Red), anti-Flag or anti-CLIP170 (Green). Scale bar, 2 μm. Representative images from different fields of view are shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "WB", "analysis", "confirming", "protein", "expression", "in", "samples", "from", "A", "and", "C", ".", "Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WB analysis confirming protein expression in samples from A and C. Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "the", "association", "of", "each", "protein", "with", "97", "to", "137", "CA", "-", "NC", "complexes", ",", "using", "untransfected", "lysates", "(", "Control", ")", "and", "EB1", "-", "Flag", "as", "controls", "for", "non", "-", "specific", "background", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification (n=3) of the association of each protein with 97 to 137 CA-NC complexes, using untransfected lysates (Control) and EB1-Flag as controls for non-specific background staining."}
{"words": ["(", "D", ")", "Lysates", "from", "untransfected", ",", "CypA", "-", "Flag", "-", "or", "Flag", "-", "CLIP170", "-", "transfected", "cells", "were", "subjected", "to", "CA", "-", "NC", "binding", "assays", "and", "WB", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Lysates from untransfected, CypA-Flag- or Flag-CLIP170-transfected cells were subjected to CA-NC binding assays and WB analysis."}
{"words": ["(", "E", ")", "Levels", "of", "CypA", "or", "CLIP170", "bound", "to", "WT", "or", "R18L", "CA", "-", "NC", "assemblies", "in", "samples", "from", "D", "were", "quantified", "using", "Fiji", "(", "n", "=", "4", "experimental", "replicates", ";", "data", "is", "presented", "as", "a", "ratio", "of", "CypA", "or", "CLIP170", "in", "bound", "versus", "input", "for", "each", "CA", "-", "NC", "assembly", ",", "normalized", "to", "WT", "CA", "-", "NC", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Levels of CypA or CLIP170 bound to WT or R18L CA-NC assemblies in samples from D were quantified using Fiji (n = 4 experimental replicates; data is presented as a ratio of CypA or CLIP170 in bound versus input for each CA-NC assembly, normalized to WT CA-NC arbitrarily set to 1). Statistical significance was determined by t test (mean ±SEM). *** = p<0.001."}
{"words": ["Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "showing", "that", "GAPDH", "fused", "to", "the", "HIV", "-", "1", "MHR", "(", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ")", ",", "but", "not", "HA", "-", "tagged", "GAPDH", "(", "GAPDH", ")", "binds", "to", "Flag", "-", "CLIP170", "(", "C", ")", "in", "293T", "cells", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Anti-HA co-IP showing that GAPDH fused to the HIV-1 MHR (GAPDH-MHRhiv), but not HA-tagged GAPDH (GAPDH) binds to Flag-CLIP170 (C) in 293T cells. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "showing", "that", "GAPDH", "fused", "to", "the", "HIV", "-", "1", "MHR", "(", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ")", "endogenous", "forms", "of", "various", "human", "SxIP", "-", "containing", "+", "TIPs", ",", "but", "not", "vimentin", "(", "D", ")", "in", "293T", "cells", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Anti-HA co-IP showing that GAPDH fused to the HIV-1 MHR (GAPDH-MHRhiv) endogenous forms of various human SxIP-containing +TIPs, but not vimentin (D) in 293T cells. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "showing", "that", "GAPDH", "fused", "to", "the", "HIV", "-", "1", "MHR", "(", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ")", "or", "to", "Flag", "-", "tagged", "SxIP", "fragment", "(", "Flag", "-", "Clasp2M", ")", "(", "E", ")", "in", "293T", "cells", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Anti-HA co-IP showing that GAPDH fused to the HIV-1 MHR (GAPDH-MHRhiv) or to Flag-tagged SxIP fragment (Flag-Clasp2M) (E) in 293T cells. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "Virus", ")", ",", "but", "not", "uninfected", "(", "NI", ")", "or", "Mock", ",", "infection", "induces", "the", "formation", "of", "Ac", "-", "MTs", "in", "CHME3", "expressing", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ",", "but", "not", "GAPDH", ",", "as", "shown", "by", "WB", "analysis", "(", "F", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HIV-1-VSV-luc (Virus), but not uninfected (NI) or Mock, infection induces the formation of Ac-MTs in CHME3 expressing GAPDH-MHRhiv, but not GAPDH, as shown by WB analysis (F)"}
{"words": ["HIV", "-", "1", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "Virus", ")", ",", "but", "not", "uninfected", "(", "NI", ")", "or", "Mock", ",", "infection", "induces", "the", "formation", "of", "Ac", "-", "MTs", "in", "CHME3", "expressing", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ",", "but", "not", "GAPDH", "or", "imaging", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", "(", "G", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "15", "μm", ".", "Representative", "fields", "are", "shown", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HIV-1-VSV-luc (Virus), but not uninfected (NI) or Mock, infection induces the formation of Ac-MTs in CHME3 expressing GAPDH-MHRhiv, but not GAPDH or imaging at 6 h.p.i (G). Scale bar, 15 μm. Representative fields are shown. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["(", "H", ")", "GAPDH", "-", "MHRhiv", "expression", "in", "CHME3", "reduces", "infection", "with", "HIV", "-", "1", "-", "WT", "-", "luc", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "Data", "are", "mean", "values", "from", "three", "independent", "experiments", "+", "/", "-", "SEM", ".", "Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) GAPDH-MHRhiv expression in CHME3 reduces infection with HIV-1-WT-luc. Statistical significance was determined by t test. * = p<0.05. Data are mean values from three independent experiments +/- SEM. Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs."}
{"words": ["(", "C", ")", "Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "in", "CHME3", "expressing", "GAPDH", "-", "MHRhiv", ",", "GAPDH", "-", "MHRsiv", "or", "GAPDH", "-", "MHRmulv", "showing", "binding", "to", "endogenous", "CLIP170", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Anti-HA co-IP in CHME3 expressing GAPDH-MHRhiv, GAPDH-MHRsiv or GAPDH-MHRmulv showing binding to endogenous CLIP170. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "in", "Rhesus", "macaque", "FRhK4", "(", "D", ")", "cells", "expressing", "GAPDH", "alongside", "GAPDH", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "Anti-HA co-IP in Rhesus macaque FRhK4 (D) cells expressing GAPDH alongside GAPDH-MHRsiv"}
{"words": ["Anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", "in", "rat", "fibroblast", "Rat2", "(", "E", ")", "cells", "expressing", "GAPDH", "alongside", "GAPDH", "-", "MHRmulv", "Anti", "-", "EB1", "co", "-", "IP", "was", "included", "as", "positive", "control", "to", "demonstrate", "CLIP170", "binding", "by", "EB1", "in", "Rat2", "cells", ".", "Results", "are", "representative", "of", "three", "experimental", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Anti-HA co-IP in rat fibroblast Rat2 (E) cells expressing GAPDH alongside GAPDH-MHRmulv Anti-EB1 co-IP was included as positive control to demonstrate CLIP170 binding by EB1 in Rat2 cells. Results are representative of three experimental replicates."}
{"words": ["FRhK4", "cells", "infected", "with", "SIV", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "F", ")", "stained", "for", "Ac", "-", "MTs", ",", "Tyr", "-", "MTs", ",", "and", "the", "nucleus", "(", "Hoechst", ")", "at", "6", "h", ".", "p", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FRhK4 cells infected with SIV-VSV-luc (F) stained for Ac-MTs, Tyr-MTs, and the nucleus (Hoechst) at 6 h.p.i"}
{"words": ["Rat2", "cells", "infected", "with", "MuLV", "-", "VSV", "-", "luc", "(", "G", ")", "stained", "for", "Ac", "-", "MTs", ",", "Tyr", "-", "MTs", ",", "and", "the", "nucleus", "(", "Hoechst", ")", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rat2 cells infected with MuLV-VSV-luc (G) stained for Ac-MTs, Tyr-MTs, and the nucleus (Hoechst) at 6 h.p.i,"}
{"words": ["FRhK4", "cells", "infected", "with", "SIV", "-", "VSV", "-", "luc", "analyzed", "by"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "FRhK4 cells infected with SIV-VSV-luc analyzed by WB"}
{"words": ["Rat2", "cells", "infected", "with", "MuLV", "-", "VSV", "-", "luc", "analyzed", "by"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Rat2 cells infected with MuLV-VSV-luc analyzed by WB"}
{"words": ["Measurements", "of", "SIV", "-", "VSV", "-", "luc", "infectivity", "in", "FRhK4", "(", "J", ")", "cells", "depleted", "of", "CLIP170", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "test", ".", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "are", "mean", "values", "from", "two", "independent", "experiments", "+", "/", "-", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Measurements of SIV-VSV-luc infectivity in FRhK4 (J) cells depleted of CLIP170. Statistical significance was determined by t test. *** = p<0.001. Data are mean values from two independent experiments +/- SEM."}
{"words": ["Measurements", "of", "MuLV", "-", "VSV", "-", "luc", "infectivity", "in", "Rat2", "(", "K", ")", "cells", "depleted", "of", "CLIP170", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Measurements of MuLV-VSV-luc infectivity in Rat2 (K) cells depleted of CLIP170."}
{"words": ["(", "L", ")", "293T", "transfected", "with", "GAPDH", "-", "MHRhiv", "or", "R162Q", "mutant", "(", "GAPDH", "-", "MHRhivQ", ")", "were", "subjected", "to", "anti", "-", "HA", "co", "-", "IP", ".", "Representative", "WB", "analysis", "is", "shown", "(", "n", "=", "2", ")", ".", "Molecular", "weight", "markers", "(", "in", "kDa", ")", "are", "shown", "to", "the", "right", "of", "WBs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) 293T transfected with GAPDH-MHRhiv or R162Q mutant (GAPDH-MHRhivQ) were subjected to anti-HA co-IP. Representative WB analysis is shown (n = 2). Molecular weight markers (in kDa) are shown to the right of WBs."}
{"words": ["(", "A", ")", "Phenotypes", "of", "wild", "type", "(", "Col", ")", ",", "kup9", "mutants", "(", "kup9", "-", "1", "and", "kup9", "-", "2", ")", "and", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProKUP9", ":", "KUP9", "complementation", "lines", "(", "COM1", "and", "COM2", ")", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "low", "-", "K", "+", "(", "LK", ",", "50", "μM", ")", "or", "high", "-", "K", "+", "(", "HK", ",", "5", "mM", ")", "medium", "for", "7", "d", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Phenotypes of wild type (Col), kup9 mutants (kup9-1 and kup9-2) and the kup9-1/ProKUP9:KUP9 complementation lines (COM1 and COM2). Seeds were germinated and grown on low-K+ (LK, 50 μM) or high-K+ (HK, 5 mM) medium for 7 d. Scale bar, 1 cm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Primary", "root", "length", "of", "the", "plants", "tested", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Primary root length of the plants tested Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents the control."}
{"words": ["(", "D", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "KUP9", "transcript", "levels", "in", "various", "materials", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "120", "individual", "plants", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) RT-qPCR analysis of KUP9 transcript levels in various materials. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 120 individual plants)."}
{"words": ["(", "E", ")", "and", "(", "F", ")", "K", "+", "content", "of", "the", "various", "plant", "materials", "tested", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "120", "-", "150", "individual", "plants", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) and (F) K+ content of the various plant materials tested in (A). Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 120-150 individual plants)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Root", "meristem", "zones", "of", "wild", "type", "(", "Col", ")", ",", "kup9", "mutants", "(", "kup9", "-", "1", "and", "kup9", "-", "2", ")", "and", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProKUP9", ":", "KUP9", "complementation", "lines", "(", "COM1", "and", "COM2", ")", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "for", "7", "d", ".", "The", "meristem", "zone", "lengths", "are", "marked", "with", "red", "lines", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Root meristem zones of wild type (Col), kup9 mutants (kup9-1 and kup9-2) and the kup9-1/ProKUP9:KUP9 complementation lines (COM1 and COM2). Seeds were germinated and grown on LK or HK medium for 7 d. The meristem zone lengths are marked with red lines. Scale bars, 50 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", ",", "(", "C", ")", "and", "(", "D", ")", "represent", "different", "zone", "lengths", ",", "different", "zone", "cell", "numbers", ",", "and", "cell", "length", "of", "the", "indicated", "seedlings", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "for", "7", "d", ".", "MEZ", ",", "meristem", "zone", ";", "EZ", ",", "elongation", "zone", ";", "MAZ", ",", "maturation", "zone", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "10", "-", "15", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B), (C) and (D) represent different zone lengths, different zone cell numbers, and cell length of the indicated seedlings germinated and grown on LK or HK medium for 7 d. MEZ, meristem zone; EZ, elongation zone; MAZ, maturation zone. Data are means ± SE (n = 10-15, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents the control."}
{"words": ["(", "A", ")", "to", "(", "F", ")", "Expression", "of", "KUP9", "as", "determined", "in", "the", "ProKUP9", ":", "GUS", "line", ".", "GUS", "staining", "of", "5", "-", "day", "-", "old", "seedling", "(", "A", ")", ",", "root", "maturation", "zone", "(", "B", ")", ",", "transverse", "section", "of", "maturation", "zone", "(", "C", ")", "and", "(", "D", ")", ",", "primary", "root", "tip", "(", "E", ")", ",", "and", "root", "apex", "(", "F", ")", ".", "Ep", ",", "epidermis", ";", "Co", ",", "cortex", ";", "En", ",", "endodermis", ";", "Pe", ",", "pericyle", ";", "Xy", ",", "xylem", ";", "Ph", ",", "phloem", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "mm", "in", "(", "A", ")", ",", "1", "mm", "in", "(", "B", ")", ",", "10", "μm", "in", "(", "C", ")", ",", "5", "μm", "in", "(", "D", ")", ",", "1", "mm", "in", "(", "E", ")", ",", "and", "20", "μm", "in", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) to (F) Expression of KUP9 as determined in the ProKUP9:GUS line. GUS staining of 5-day-old seedling (A), root maturation zone (B), transverse section of maturation zone (C) and (D), primary root tip (E), and root apex (F). Ep, epidermis; Co, cortex; En, endodermis; Pe, pericyle; Xy, xylem; Ph, phloem. Scale bars, 5 mm in (A), 1 mm in (B), 10 μm in (C), 5 μm in (D), 1 mm in (E), and 20 μm in (F)."}
{"words": ["(", "G", ")", "and", "(", "H", ")", "Expression", "of", "KUP9", "protein", "as", "determined", "in", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProKUP9", ":", "KUP9", "-", "GFP", "transgenic", "plants", ".", "Green", "fluorescence", "shows", "the", "subcellular", "localization", "of", "KUP9", "-", "GFP", ".", "PI", "(", "propidium", "iodide", ")", "and", "ER", "tracker", "were", "used", "to", "indicate", "the", "positions", "of", "the", "plasma", "membrane", "(", "PM", ")", "and", "endoplasmic", "reticulum", "(", "ER", ")", "and", "are", "shown", "as", "red", "and", "cyan", "fluorescence", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "for", "root", "tip", ",", "10", "μm", "in", "(", "G", ")", "and", "5", "μm", "in", "(", "H", ")", ".", "Scale", "bars", "for", "EZ", "and", "MAZ", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) and (H) Expression of KUP9 protein as determined in the kup9-1/ProKUP9:KUP9-GFP transgenic plants. Green fluorescence shows the subcellular localization of KUP9-GFP. PI (propidium iodide) and ER tracker were used to indicate the positions of the plasma membrane (PM) and endoplasmic reticulum (ER) and are shown as red and cyan fluorescence, respectively. Scale bars for root tip, 10 μm in (G) and 5 μm in (H). Scale bars for EZ and MAZ, 20 μm."}
{"words": ["(", "I", ")", "Co", "-", "localization", "analyses", "of", "KUP9", "-", "GFP", "with", "ER", "marker", "NIP1", ";", "1", "-", "mCherry", "in", "their", "crossing", "line", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Co-localization analyses of KUP9-GFP with ER marker NIP1;1-mCherry in their crossing line. Scale bars, 20 μm."}
{"words": ["(", "J", ")", "Co", "-", "localization", "analyses", "of", "KUP9", "-", "GFP", "with", "the", "ER", "marker", "BIP2", "using", "immunological", "staining", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Co-localization analyses of KUP9-GFP with the ER marker BIP2 using immunological staining. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "QC", "cell", "observation", "in", "wild", "type", "and", "the", "kup9", "mutants", "using", "the", "QC", "marker", "lines", "ProWOX5", ":", "GFP", "and", "ProQC25", ":", "GUS", ".", "Seeds", "were", "germinated", "on", "HK", "medium", "for", "4", "d", ",", "then", "the", "seedlings", "were", "transferred", "to", "LK", "or", "HK", "medium", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) QC cell observation in wild type and the kup9 mutants using the QC marker lines ProWOX5:GFP and ProQC25:GUS. Seeds were germinated on HK medium for 4 d, then the seedlings were transferred to LK or HK medium for the indicated times. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "QC", "division", "rates", "of", "wild", "type", "and", "the", "kup9", "mutants", "after", "LK", "treatment", "for", "96", "h", ".", "The", "statistical", "method", "is", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "150", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) QC division rates of wild type and the kup9 mutants after LK treatment for 96 h. The statistical method is described in Materials and Methods. Data are means ± SE (n = 150, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control."}
{"words": ["(", "A", ")", "Auxin", "levels", "in", "root", "tips", ",", "as", "indicated", "by", "the", "ProDR5", ":", "GFP", "reporter", "line", ".", "Seeds", "were", "germinated", "on", "HK", "medium", "for", "4", "d", ",", "then", "the", "seedlings", "were", "transferred", "to", "LK", "or", "HK", "medium", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "GFP", "fluorescence", "in", "the", "QC", "cells", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "20", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Auxin levels in root tips, as indicated by the ProDR5:GFP reporter line. Seeds were germinated on HK medium for 4 d, then the seedlings were transferred to LK or HK medium for the indicated times. Scale bar, 10 μm. (B) Quantification of GFP fluorescence in the QC cells shown in (A). Data are means ± SE (n = 20, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Phenotypes", "of", "various", "plants", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "with", "or", "without", "NAA", "for", "7", "d", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Phenotypes of various plants. Seeds were germinated and grown on LK or HK medium with or without NAA for 7 d. Scale bar, 1 cm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Primary", "root", "length", "of", "the", "plants", "tested", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Primary root length of the plants tested Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents the control."}
{"words": ["(", "C", ")", "QC", "cell", "observation", "using", "the", "QC", "marker", "line", "ProWOX5", ":", "GFP", ".", "Seeds", "were", "germinated", "on", "HK", "medium", "for", "4", "d", ",", "then", "the", "seedlings", "were", "transferred", "to", "LK", "or", "HK", "medium", "with", "or", "without", "NAA", "(", "100", "nM", ")", "for", "96", "h", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) QC cell observation using the QC marker line ProWOX5:GFP. Seeds were germinated on HK medium for 4 d, then the seedlings were transferred to LK or HK medium with or without NAA (100 nM) for 96 h. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "QC", "division", "rates", "of", "the", "plants", "tested", "The", "statistical", "method", "is", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "50", "-", "60", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) QC division rates of the plants tested The statistical method is described in Materials and Methods. Data are means ± SE (n = 50-60, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProWOX5", ":", "AMI1", "(", "A", ")", "transgenic", "lines", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "with", "or", "without", "IAM", "for", "7", "d", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of the kup9-1/ProWOX5:AMI1 (A) transgenic lines. Seeds were germinated and grown on LK or HK medium with or without IAM for 7 d. Scale bars, 1 cm."}
{"words": ["Primary", "root", "length", "of", "the", "plants", "tested", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Primary root length of the plants tested Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProKUP9", ":", "AMI1", "(", "C", ")", "transgenic", "lines", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "with", "or", "without", "IAM", "for", "7", "d", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of the kup9-1/ProKUP9:AMI1 (C) transgenic lines. Seeds were germinated and grown on LK or HK medium with or without IAM for 7 d. Scale bars, 1 cm."}
{"words": ["Primary", "root", "length", "of", "the", "plants", "tested", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Primary root length of the plants tested Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control."}
{"words": ["(", "A", ")", "Expression", "of", "KUP9", "-", "GFP", "in", "BY", "-", "2", "tobacco", "cells", ".", "HDEL", "-", "mCherry", "was", "used", "as", "an", "ER", "marker", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Expression of KUP9-GFP in BY-2 tobacco cells. HDEL-mCherry was used as an ER marker. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "3H", "-", "IAA", "accumulation", "in", "the", "BY", "-", "2", "cells", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "PIN4", "-", "GFP", "and", "KUP10", "-", "GFP", "were", "used", "as", "positive", "control", "and", "negative", "control", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "3", "-", "4", "mL", "suspension", "cells", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represent", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) 3H-IAA accumulation in the BY-2 cells expressing the indicated proteins. PIN4-GFP and KUP10-GFP were used as positive control and negative control, respectively. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 3-4 mL suspension cells). Student's t-test (*P < 0.05, **P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represent control."}
{"words": ["(", "C", ")", "Expression", "of", "KUP9", "-", "GFP", "and", "OST4", "-", "GFP", "-", "KUP9", "in", "Xenopus", "oocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Expression of KUP9-GFP and OST4-GFP-KUP9 in Xenopus oocytes. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "3H", "-", "IAA", "accumulation", "in", "the", "oocytes", "expressing", "KUP9", "-", "GFP", "and", "PIN4", "at", "the", "indicated", "times", ".", "PIN4", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "The", "oocytes", "were", "incubated", "in", "the", "bath", "solution", "containing", "3H", "-", "IAA", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "6", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) 3H-IAA accumulation in the oocytes expressing KUP9-GFP and PIN4 at the indicated times. PIN4 was used as a positive control. The oocytes were incubated in the bath solution containing 3H-IAA for the indicated times. Data are means ± SE (n = 6, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes)."}
{"words": ["(", "E", ")", "IAA", "content", "in", "the", "oocytes", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "The", "oocytes", "were", "injected", "with", "the", "same", "amount", "of", "IAA", "and", "incubated", "in", "IAA", "-", "free", "bath", "solution", "for", "6", "h", ".", "IAA", "content", "was", "measured", "using", "UPLC", "-", "MS", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IAA content in the oocytes expressing the indicated proteins. The oocytes were injected with the same amount of IAA and incubated in IAA-free bath solution for 6 h. IAA content was measured using UPLC-MS. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes)."}
{"words": ["(", "F", ")", "K", "+", "efflux", "activity", "of", "the", "oocytes", "expressing", "KUP9", "and", "NRT1", ".", "5", ".", "The", "oocytes", "were", "not", "injected", "with", "IAA", ".", "The", "oocytes", "were", "incubated", "in", "K", "+", "-", "free", "bath", "solution", "for", "6", "h", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) K+ efflux activity of the oocytes expressing KUP9 and NRT1.5. The oocytes were not injected with IAA. The oocytes were incubated in K+-free bath solution for 6 h. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes)."}
{"words": ["(", "G", ")", "K", "+", "efflux", "activity", "of", "the", "oocytes", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "The", "oocytes", "were", "injected", "with", "H2O", ",", "IAA", ",", "or", "BA", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) K+ efflux activity of the oocytes expressing the indicated proteins. The oocytes were injected with H2O, IAA, or BA. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes)."}
{"words": ["(", "H", ")", "K", "+", "efflux", "activity", "of", "the", "oocytes", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "IAA", "was", "injected", "into", "the", "oocytes", ".", "Then", "the", "oocytes", "were", "incubated", "in", "K", "+", "-", "free", "bath", "solutions", "at", "different", "pH", "for", "6", "h", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", "-", "6", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) K+ efflux activity of the oocytes expressing the indicated proteins. IAA was injected into the oocytes. Then the oocytes were incubated in K+-free bath solutions at different pH for 6 h. Data are means ± SE (n = 3-6, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes)."}
{"words": ["(", "I", ")", "IAA", "efflux", "activity", "of", "oocytes", "expressing", "the", "indicated", "proteins", "under", "different", "external", "K", "+", "conditions", "(", "-", "K", ",", "0", "mM", ";", "+", "K", ",", "50", "mM", ")", ".", "The", "oocytes", "were", "injected", "with", "the", "same", "amount", "of", "IAA", ",", "and", "then", "incubated", "in", "IAA", "-", "free", "bath", "solution", "for", "6", "h", ".", "IAA", "content", "was", "measured", "using", "UPLC", "-", "MS", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "6", "oocytes", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represent", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) IAA efflux activity of oocytes expressing the indicated proteins under different external K+ conditions (-K, 0 mM; +K, 50 mM). The oocytes were injected with the same amount of IAA, and then incubated in IAA-free bath solution for 6 h. IAA content was measured using UPLC-MS. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 6 oocytes). Student's t-test (*P < 0.05, **P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represent control."}
{"words": ["(", "A", ")", "K", "+", "levels", "of", "various", "materials", "using", "the", "fluorescent", "dye", "Asante", "Potassium", "Green", "-", "2", "(", "AM", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "K", "+", "concentration", "under", "LK", "and", "HK", "conditions", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) K+ levels of various materials using the fluorescent dye Asante Potassium Green-2 (AM). Scale bar, 50 μm. (B) Quantification of K+ concentration under LK and HK conditions. Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control. "}
{"words": ["(", "C", ")", "to", "(", "E", ")", "The", "contents", "of", "free", "IAA", "(", "C", ")", ",", "IA", "-", "Asp", "(", "D", ")", ",", "and", "IA", "-", "Glu", "(", "E", ")", "in", "the", "root", "tips", "of", "wild", "type", "and", "the", "kup9", "-", "1", "mutant", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ";", "each", "replicate", "contains", "1000", "-", "1200", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", ",", "and", "\"", "#", "\"", "represents", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) to (E) The contents of free IAA (C), IA-Asp (D), and IA-Glu (E) in the root tips of wild type and the kup9-1 mutant. Data are means ± SE (n = 3, biological replicates; each replicate contains 1000-1200 individual plants). Student's t-test (*P < 0.05, **P < 0.01) was used to analyze statistical significance, and \"#\" represents control."}
{"words": ["(", "F", ")", "Phenotype", "of", "the", "kup9", "-", "1", "/", "ProKUP9", ":", "PIN8", "transgenic", "lines", ".", "Seeds", "were", "germinated", "and", "grown", "on", "LK", "or", "HK", "medium", "for", "7", "d", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Phenotype of the kup9-1/ProKUP9:PIN8 transgenic lines. Seeds were germinated and grown on LK or HK medium for 7 d. Scale bar, 1 cm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Primary", "root", "length", "of", "the", "plants", "tested", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "25", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Primary root length of the plants tested Data are means ± SE (n = 25, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance."}
{"words": ["(", "H", ")", "QC", "division", "rates", "of", "the", "indicated", "plants", ".", "The", "statistical", "method", "is", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Data", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "50", "-", "60", ",", "individual", "plants", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "used", "to", "analyze", "statistical"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) QC division rates of the indicated plants. The statistical method is described in Materials and Methods. Data are means ± SE (n = 50-60, individual plants). Student's t-test (**P < 0.01) was used to analyze statistical significance"}
{"words": ["a", ",", "TEM", "analysis", "of", "P7", "wt", "retinae", "(", "N", "=", "4", "eyes", ")", "showing", "a", "(", "photoreceptor", "-", "Multivesicular", "Body", ")", "PR", "-", "MVB", "in", "close", "proximity", "to", "(", "Muller", "glia", ")", "MG", "(", "red", "dashed", "box", ")", ".", "PR", "-", "photoreceptor", "cell", ",", "MG", "(", "blue", "dashed", "lines", ")", "-", "muller", "glia", "cell", ",", "MVB", "(", "yellow", "and", "yellow", "arrow", ")", "-", "multivesicular", "body", ",", "m", "(", "green", ")", "-", "mitochondria", ",", "cc", "(", "pink", ")", "-", "connecting", "cilium", ",", "RPE", "(", "purple", "and", "purple", "dashed", "line", ")", "-", "retina", "pigment", "epithelium", ",", "RPE", "melanin", "-", "black", "arrows", ".", "Scale", "bar", "=", "2µm", "left", ",", "1µm", "right", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, TEM analysis of P7 wt retinae (N = 4 eyes) showing a (photoreceptor- Multivesicular Body) PR-MVB in close proximity to (Muller glia) MG (red dashed box). PR-photoreceptor cell, MG (blue dashed lines) -muller glia cell, MVB (yellow and yellow arrow)- multivesicular body, m (green)-mitochondria, cc (pink)-connecting cilium, RPE (purple and purple dashed line) -retina pigment epithelium, RPE melanin-black arrows. Scale bar = 2µm left, 1µm right;"}
{"words": ["f", ",", "Representative", "Dot", "Blot", "of", "100K", "EV", "pellet", "(", "each", "dot", "represents", "3", "pooled", "EV", "isolations", ",", "derived", "from", "60", "*", "106", "cells", ";", "N", "=", "8", "experiments", ")", "vs", "cell", "lysate", "(", "CL", ")", "from", "P8", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "photoreceptors", ".", "EV", "markers", "=", "LAMP1", ",", "CD8", ",", "CD9", ";", "Golgi", "marker", "=", "GM130", ";", "phototransduction", "markers", "=", "Recoverin", ",", "Rhodopsin", ",", "Rod", "α", "-", "Transducin", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "f, Representative Dot Blot of 100K EV pellet (each dot represents 3 pooled EV isolations, derived from 60*106 cells; N = 8 experiments) vs cell lysate (CL) from P8 Nrl.Gfp+/+ photoreceptors. EV markers = LAMP1, CD8, CD9; Golgi marker = GM130; phototransduction markers = Recoverin, Rhodopsin, Rod α-Transducin;"}
{"words": ["g", ",", "RTqPCR", "analysis", "of", "100K", "P8", "photoreceptor", "pellets", "for", "Gnat1", ",", "Rec", ",", "Rho", ",", "Crx", ",", "Cre", "and", "Gfp", ",", "relative", "to", "β", "-", "actin", ",", "comparing", "EVs", "(", "N", "=", "8", ")", "against", "the", "appropriate", "(", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "or", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", ")", "photoreceptor", "cell", "lysate", "(", "N", "=", "3", ")", ".", "Gnat1", ",", "Cre", "and", "Gfp", "mRNA", "were", "present", "in", "all", "relevant", "samples", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, RTqPCR analysis of 100K P8 photoreceptor pellets for Gnat1, Rec, Rho, Crx, Cre and Gfp, relative to β-actin, comparing EVs (N = 8) against the appropriate (Nrl.Gfp+/+ or Nrl.Cre+/-) photoreceptor cell lysate (N = 3). Gnat1, Cre and Gfp mRNA were present in all relevant samples;"}
{"words": ["i", ",", "representative", "flow", "cytometry", "analysis", "of", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", "&", "mTmGfloxed", "co", "-", "cultures", ".", "Samples", "were", "analyzed", "for", "expression", "of", "myrGFP", "(", "recombination", ")", "and", "CD73", "(", "photoreceptor", "identity", ")", "versus", "CD73", "-", "ve", "fraction", "(", "other", "retinal", "cells", ")", ".", "N", ">", "3", "independent", "cultures", "for", "each", "condition", "with", "technical", "triplicate", "for", "each", "sample", ";", "One", "way", "ANOVA", ",", "non", "-", "parametric", ",", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunns", "'", "multiple", "comparisons"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "i, representative flow cytometry analysis of Nrl.Cre+/- & mTmGfloxed co-cultures. Samples were analyzed for expression of myrGFP (recombination) and CD73 (photoreceptor identity) versus CD73-ve fraction (other retinal cells). N > 3 independent cultures for each condition with technical triplicate for each sample; One way ANOVA, non-parametric, Kruskal-Wallis with Dunns' multiple comparisons test"}
{"words": ["g", ",", "Quantification", "of", "no", ".", "of", "TdTomato", "+", "ve", "host", "photoreceptor", "cells", "seen", "following", "transplantation", "of", "live", "(", "224", "±", "181", ")", "versus", "UV", "-", "treated", "(", "dead", ")", "(", "3", "±", "4", ")", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", "P8", "photoreceptors", "(", "N", "=", "4", "eyes", "per", "condition", ")", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, Quantification of no. of TdTomato+ve host photoreceptor cells seen following transplantation of live (224 ± 181) versus UV-treated (dead) (3 ± 4) Nrl.Cre+/- P8 photoreceptors (N = 4 eyes per condition). Graph shows mean ± S.D."}
{"words": ["i", "&", "j", ",", "Representative", "images", "of", "depth", "colour", "coding", "(", "ImageJ", ")", "of", "x", ",", "y", ",", "z", "live", "imaging", "of", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "photoreceptor", "cultures", "showing", "(", "i", ")", "neurites", "(", "blue", "arrows", ")", "growing", "along", "the", "substrate", "(", "asterisks", "denote", "secondary", "branching", "of", "long", "GFP", "+", "neurites", ")", ",", "and", "in", "(", "j", ")", ",", "a", "free", "-", "floating", "PhNT", "(", "magenta", "arrow", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "i & j, Representative images of depth colour coding (ImageJ) of x,y,z live imaging of Nrl.Gfp+/+ photoreceptor cultures showing (i) neurites (blue arrows) growing along the substrate (asterisks denote secondary branching of long GFP+ neurites), and in (j), a free-floating PhNT (magenta arrow). Scale bar = 10 µm;"}
{"words": ["k", "&", "l", ",", "Quantification", "of", "the", "localization", "of", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "processes", "in", "the", "z", "-", "axis", "(", "depth", ")", "(", "N", "=", "4", "independent", "cultures", ",", "n", "=", "1096", "cells", ",", "nneurites", "=", "440", ",", "nnanotubes", "=", "31", "where", "(", "k", ")", "neurites", ".", "P", "values", "=", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "bottom", "vs", "top", ")", ";", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "002", "(", "bottom", "vs", "middle", ")", ";", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "003", "(", "middle", "vs", "top", ")", "and", "(", "l", ")", "PhNTs", ";", "P", "-", "values", "=", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "bottom", "vs", "middle", "&", "middle", "vs", "top", ")", ".", "One", "way", "ANOVA", ",", "non", "-", "parametric", ",", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "Dunns", "'", "multiple", "comparisons", "test", "shows", "means", "vary", "significantly", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "k & l, Quantification of the localization of Nrl.Gfp+/+ processes in the z-axis (depth) (N = 4 independent cultures, n = 1096 cells, nneurites = 440, nnanotubes = 31 where (k) neurites. P values = **** p < 0.0001 (bottom vs top); **p = 0.002 (bottom vs middle); **p = 0.003 (middle vs top) and (l) PhNTs; P-values = **** p < 0.0001 (bottom vs middle & middle vs top) . One way ANOVA, non-parametric, Kruskal-Wallis with Dunns' multiple comparisons test shows means vary significantly."}
{"words": ["d", ",", "representative", "time", "lapse", "images", "of", "cGFP", "mobility", "between", "two", "PhNT", "-", "connected", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "photoreceptors", "(", "dashed", "ellipse", "=", "bleached", "area", ")", "versus", "an", "isolated", "cell", "(", "solid", "ellipse", "=", "bleached", "area", ")", "and", "clustered", "cells", "(", "dot", "ellipse", "=", "bleached", "area", ")", ".", "Images", "show", "pre", "-", "bleach", "(", "t", "=", "-", "5", "'", "'", ")", ",", "bleach", "(", "t", "=", "0", "'", "'", ")", ",", "and", "post", "-", "bleach", "(", "t", "=", "35", "'", "'", "and", "215", "'", "'", ")", ".", "Unbleached", "reference", "cells", "also", "indicated", "(", "arrows", ")", ";", "Green", "=", "cytoplasm", ";", "Scale", "bar", "=", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, representative time lapse images of cGFP mobility between two PhNT-connected Nrl.Gfp+/+ photoreceptors (dashed ellipse = bleached area) versus an isolated cell (solid ellipse = bleached area) and clustered cells (dot ellipse = bleached area). Images show pre-bleach (t = -5''), bleach (t = 0''), and post-bleach (t = 35'' and 215''). Unbleached reference cells also indicated (arrows); Green = cytoplasm; Scale bar = 5µm."}
{"words": ["d", ",", "Lysosomes", "can", "be", "exchanged", ",", "rarely", ",", "between", "PhNT", "-", "connected", "cells", ".", "Lysosomes", "were", "labelled", "with", "SiR", "-", "Lyso", "and", "their", "movements", "were", "analysed", "by", "TrackMate", "software", ".", "Images", "show", "deconvolution", "of", "3D", "reconstructions", "of", "lysosomes", "(", "surface", ";", "red", ")", "and", "cGFP", "(", "volume", ";", "green", ")", "from", "time", "-", "lapse", "live", "imaging", "series", "of", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "photoreceptor", "cultures", "(", "green", ")", ";", "the", "position", "of", "a", "transferred", "lysosome", "is", "marked", "as1", "(", "t", "=", "0", ")", ",", "2", "(", "t", "=", "3", "'", ")", ",", "3", "(", "t", "=", "6", "'", ")", ",", "4", "(", "t", "=", "9", "'", ")", ";", "N", ".", "B", ".", "Deconvolution", "shows", "a", "segment", "-", "like", "process", "extending", "from", "cell", "\"", "A", "\"", "and", "a", "PhNT", "connecting", "cells", "\"", "A", "\"", "and", "\"", "B", "\"", ";", "Scale", "bar", "=", "2", "µm", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Lysosomes can be exchanged, rarely, between PhNT-connected cells. Lysosomes were labelled with SiR-Lyso and their movements were analysed by TrackMate software. Images show deconvolution of 3D reconstructions of lysosomes (surface; red) and cGFP (volume; green) from time-lapse live imaging series of Nrl.Gfp+/+ photoreceptor cultures (green); the position of a transferred lysosome is marked as1 (t = 0), 2 (t = 3'), 3 (t = 6'), 4 (t = 9'); N.B. Deconvolution shows a segment-like process extending from cell \"A\" and a PhNT connecting cells \"A\" and \"B\"; Scale bar = 2 µm;"}
{"words": ["e", ",", "Mitochondria", "can", "be", "exchanged", ",", "rarely", ",", "between", "PhNT", "-", "connected", "cells", ".", "Mitochondria", "movements", "determined", "by", "TrackMate", "software", ".", "Images", "show", "deconvolution", "of", "3D", "reconstructions", "of", "mitochondria", "(", "surface", ";", "red", ")", "and", "cGFP", "(", "volume", ";", "green", ")", "from", "time", "-", "lapse", "live", "imaging", "series", ";", "position", "of", "transferred", "mitochondrion", "is", "marked", "as", "1", "(", "t", "=", "0", ")", ",", "2", "(", "t", "=", "6", "'", ")", ",", "3", "(", "t", "=", "12", "'", ")", ",", "4", "(", "t", "=", "18", "'", ")", ";", "Mitochondria", "labelled", "with", "mito", "-", "Tracker", "-", "Orange", ";", "Scale", "bar", "=", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Mitochondria can be exchanged, rarely, between PhNT-connected cells. Mitochondria movements determined by TrackMate software. Images show deconvolution of 3D reconstructions of mitochondria (surface; red) and cGFP(volume; green) from time-lapse live imaging series; position of transferred mitochondrion is marked as 1 (t = 0), 2 (t = 6'), 3 (t = 12'), 4 (t = 18'); Mitochondria labelled with mito-Tracker-Orange; Scale bar = 5 µm."}
{"words": ["a", ",", "MIP", "image", "of", "wildtype", "(", "wt", ")", "retina", "transplanted", "with", "P8", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "CD73", "+", "MACS", "-", "enriched", "photoreceptors", ";", "dashed", "box", "indicates", "ROI", "subjected", "to", "3D", "deconvolution", "and", "volume", "reconstruction", "(", "right", ")", "and", "shows", "PhNT", "-", "like", "connection", "between", "donor", "and", "host", "photoreceptor", "at", "the", "level", "of", "host", "inner", "segment", ".", "Additional", "images", "show", "3D", "segmentation", "of", "z", "=", "0", "and", "z", "=", "38", "focal", "planes", ",", "and", "reveal", "the", "PhNT", ";", "green", "=", "GFP", ",", "blue", "=", "nuclei", ";", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "in", "MIP", "and", "5", "µm", "volume", "reconstruction", ";", "b", "&", "c", ",", "assessment", "of", "properties", "of", "PhNT", "-", "like", "processes", "between", "donor", "and", "host", "photoreceptors", "(", "n", "=", "19", "PhNT", "-", "like", "processes", ";", "N", "=", "10", "eyes", ")", "showing", "(", "b", ")", "diameter", "and", "(", "c", ")", "length", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, MIP image of wildtype (wt) retina transplanted with P8 Nrl.Gfp+/+ CD73+ MACS-enriched photoreceptors; dashed box indicates ROI subjected to 3D deconvolution and volume reconstruction (right) and shows PhNT-like connection between donor and host photoreceptor at the level of host inner segment. Additional images show 3D segmentation of z = 0 and z = 38 focal planes, and reveal the PhNT; green = GFP, blue = nuclei; Scale bar = 10 µm in MIP and 5 µm volume reconstruction; b & c, assessment of properties of PhNT-like processes between donor and host photoreceptors (n = 19 PhNT-like processes; N = 10 eyes) showing (b) diameter and (c) length; "}
{"words": ["d", ",", "MIP", "image", "of", "wt", "retina", "transplanted", "with", "P8", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "x", "myrRFP", "/", "+", "photoreceptors", ";", "showing", "wt", "host", "ONL", "photoreceptor", "labeled", "with", "cGFP", "(", "green", ")", "but", "not", "with", "myrRFP", "(", "red", ")", ";", "Scale", "bar", "=", "50µm", ";", "e", ",", "quantification", "and", "statistical", "analysis", "of", "material", "transfer", "events", "following", "subretinal", "transplantation", "of", "live", "(", "cGFP", "=", "3775", "±", "804", ",", "myrRFP", "=", "436", "±", "145", ")", "or", "UV", "-", "treated", "(", "cGFP", "=", "1", ".", "3", "±", "2", ".", "5", ",", "myrRFP", "=", "4", ".", "3", "±", "5", ".", "7", ")", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "x", "myr", "-", "Rfp", "+", "/", "+", "photoreceptors", "into", "wt", "hosts", "(", "N", "=", "8", "and", "N", "=", "4", "retinae", ",", "respectively", ")", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "parametric", ",", "two", "tail", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", ";", "Graph", "shows", "mean", "±", "S", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, MIP image of wt retina transplanted with P8 Nrl.Gfp+/+ x myrRFP/+ photoreceptors; showing wt host ONL photoreceptor labeled with cGFP (green) but not with myrRFP (red); Scale bar = 50µm; e, quantification and statistical analysis of material transfer events following subretinal transplantation of live (cGFP = 3775 ± 804, myrRFP = 436 ± 145) or UV-treated (cGFP = 1.3 ± 2.5, myrRFP = 4.3 ± 5.7) Nrl.Gfp+/+x myr-Rfp+/+ photoreceptors into wt hosts (N = 8 and N = 4 retinae, respectively); One-way ANOVA, parametric, two tail, Tukey's multiple comparisons; Graph shows mean ± S.D. "}
{"words": ["f", "-", "h", ",", "Assessment", "of", "potential", "for", "transfer", "of", "donor", "Gfp", "and", "Gnat1", "mRNA", "during", "transplantation", "using", "RNAscopeTM", ".", "f", ",", "Representative", "MIP", "images", "of", "Gnat1", "-", "/", "-", "eyes", "transplanted", "with", "Nrl", ".", "Gfp", "+", "/", "+", "donor", "cells", "and", "processed", "in", "situ", "for", "Gfp", "mRNA", "(", "red", ")", "and", "Gnat1", "mRNA", "(", "magenta", ")", ";", "blue", "=", "nuclei", ";", "ROIs", "indicated", "in", "(", "f", ")", "show", "GFP", "+", "ve", "donor", "cell", "mass", "(", "CM", ")", "and", "GFP", "+", "ve", "cells", "within", "Gnat1", "-", "/", "-", "host", "outer", "nuclear", "layer", "(", "ONL", ")", ";", "g", "&", "h", ",", "quantification", "of", "Gfp", "and", "Gnat1", "mRNA", "(", "mean", "fluorescence", "intensity", "per", "cell", ")", ",", "respectively", "(", "N", "=", "3", "retinae", ")", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "non", "-", "parametric", ",", "two", "tailed", "analysis", "showed", "no", "significant", "differences", "in", "signal", "intensity", "for", "either", "Gnat1", "or", "Gfp", "mRNA", "between", "GFP", "+", "ve", "and", "GFP", "-", "ve", "host", "photoreceptors", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "f-h, Assessment of potential for transfer of donor Gfp and Gnat1 mRNA during transplantation using RNAscopeTM. f, Representative MIP images of Gnat1-/- eyes transplanted with Nrl.Gfp+/+ donor cells and processed in situ for Gfp mRNA (red) and Gnat1 mRNA (magenta); blue = nuclei; ROIs indicated in (f) show GFP+ve donor cell mass (CM) and GFP+ve cells within Gnat1-/- host outer nuclear layer (ONL); g & h, quantification of Gfp and Gnat1 mRNA (mean fluorescence intensity per cell), respectively (N = 3 retinae); One-way ANOVA, non-parametric, two tailed analysis showed no significant differences in signal intensity for either Gnat1 or Gfp mRNA between GFP+ve and GFP-ve host photoreceptors;"}
{"words": ["i", ",", "Manipulation", "of", "actin", "signalling", "alters", "material", "transfer", "in", "vivo", ":", "(", "far", "left", ")", "MIP", "image", "showing", "GFP", "+", "ve", "host", "photoreceptor", "(", "green", ")", "expressing", "Rod", "α", "-", "transducin", "(", "red", ")", "after", "transplantation", "of", "retinal", "cells", "transduced", "with", "lenti", "-", "CAG", "-", "P2A", ".", "Gfp", "(", "transduction", "control", ")", "into", "Gnat1", "-", "/", "-", "recipient", ";", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ";", "adjacent", "images", "show", "Gnat1", "-", "/", "-", "eyes", "transplanted", "with", "P2", "retinal", "cells", "transduced", "with", "(", "left", ")", "plenti", "-", "CAG", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "green", ")", ",", "or", "(", "middle", ")", "plenti", "-", "CAG", "-", "RhoA", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "green", ")", ",", "or", "(", "right", ")", "plenti", "-", "CAG", "-", "ΔΝRac1", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "green", ")", ";", "green", "=", "GFP", ",", "blue", "=", "nuclei", ";", "Scale", "bar", "=", "20", "µm", ";", "j", ",", "quantification", "of", "the", "number", "of", "GFP", "+", "cells", "in", "Gnat1", "-", "/", "-", "host", "ONL", ",", "(", "N", "=", "5", "retinae", "per", "condition", ")", ";", "plenti", "-", "CAG", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "2328", "±", "234", ")", ",", "plenti", "-", "CAG", "-", "RhoA", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "668", "±", "481", ")", ",", "plenti", "-", "CAG", "-", "ΔΝRac1", "-", "P2A", ".", "GFP", "(", "547", "±", "306", ")", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "non", "-", "parametric", ",", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "i, Manipulation of actin signalling alters material transfer in vivo: (far left) MIP image showing GFP+ve host photoreceptor (green) expressing Rod α-transducin (red) after transplantation of retinal cells transduced with lenti-CAG-P2A.Gfp (transduction control) into Gnat1-/- recipient; Scale bar = 10 µm; adjacent images show Gnat1-/- eyes transplanted with P2 retinal cells transduced with (left) plenti-CAG-P2A.GFP (green), or (middle) plenti-CAG-RhoA-P2A.GFP (green), or (right) plenti-CAG-ΔΝRac1-P2A.GFP (green); green = GFP, blue = nuclei; Scale bar = 20 µm; j, quantification of the number of GFP+ cells in Gnat1-/- host ONL, (N = 5 retinae per condition); plenti-CAG-P2A.GFP (2328 ± 234), plenti-CAG-RhoA-P2A.GFP (668 ± 481), plenti-CAG-ΔΝRac1-P2A.GFP (547 ± 306); One-way ANOVA, non-parametric, Dunn's multiple comparisons test. Graph shows mean ± SD. "}
{"words": ["b", ",", "Representative", "tile", "scan", "of", "un", "-", "injected", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", "/", "TdTomato", "+", "/", "-", "chimera", "showing", "endogenous", "recombination", "(", "white", ")", ";", "ROIs", ",", "as", "indicated", "with", "dashed", "or", "dot", "boxes", ";", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, Representative tile scan of un-injected Nrl.Cre +/-/TdTomato+/- chimera showing endogenous recombination (white); ROIs, as indicated with dashed or dot boxes; Scale bars = 50 µm;"}
{"words": ["c", "&", "d", ",", "ROI", "from", "un", "-", "injected", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", "/", "TdTomato", "+", "/", "-", "chimera", "showing", "spontaneous", "recombination", "presenting", "in", "mosaic", "stripe", "patterning", ";", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", "in", "c", "and", "10", "µm", "in", "d", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c & d, ROI from un-injected Nrl.Cre +/-/TdTomato+/- chimera showing spontaneous recombination presenting in mosaic stripe patterning; Scale bar = 50 µm in c and 10 µm in d;"}
{"words": ["e", "&", "f", ",", "Representative", "images", "of", "Nrl", ".", "Cre", "+", "/", "-", "/", "TdTomato", "+", "/", "-", "chimera", "after", "receiving", "a", "subretinal", "injection", "of", "AAV", "-", "Nrl", ".", "Cre", ".", "The", "injected", "eyes", "show", "widespread", "recombination", ",", "which", "also", "shows", "the", "anticipated", "mosaic", "stripe", "patterning", ";", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", "in", "(", "e", ")", "and", "10", "µm", "in", "(", "f", ")", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e & f, Representative images of Nrl.Cre+/-/TdTomato+/- chimera after receiving a subretinal injection of AAV-Nrl.Cre. The injected eyes show widespread recombination, which also shows the anticipated mosaic stripe patterning; Scale bar = 50 µm in (e) and 10 µm in (f);"}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Quantification", "of", "oryzalin", "root", "growth", "assays", "in", "single", "(", "A", ")", "and", "double", "(", "B", ")", "mutants", ".", "DAG", "=", "days", "after", "germination", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "with", "at", "least", "10", "plants", "per", "genotype", "per", "replicate", ".", "Asterisks", "indicate", "a", "significant", "difference", "in", "root", "length", "in", "a", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "and", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Quantification of oryzalin root growth assays in single (A) and double (B) mutants. DAG = days after germination. Graphs show mean ± SD of three biological replicates with at least 10 plants per genotype per replicate. Asterisks indicate a significant difference in root length in a two-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test (* P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001 and **** P < 0.0001)."}
{"words": ["E", ".", "Silique", "pictures", "of", "cycb1", "double", "mutant", "combinations", ".", "White", "arrowheads", "indicate", "aborted", "ovules", "and", "seeds", ".", "Scale", "bars", ":", "500", "μm", ".", "F", ",", "G", ".", "Quantification", "of", "aborted", "seeds", "in", "single", "(", "F", ")", "and", "double", "(", "G", ")", "mutants", ".", "Graphs", "represents", "the", "average", "seed", "abortion", "rate", "per", "plant", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "550", "-", "1029", "seeds", "analyzed", "per", "genotype", ".", "Asterisks", "indicate", "significant", "differences", "in", "seed", "abortion", "rate", "in", "an", "ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ",", "followed", "by", "a", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Silique pictures of cycb1 double mutant combinations. White arrowheads indicate aborted ovules and seeds. Scale bars: 500 μm. F, G. Quantification of aborted seeds in single (F) and double (G) mutants. Graphs represents the average seed abortion rate per plant ± SD of three biological replicates, n = 550-1029 seeds analyzed per genotype. Asterisks indicate significant differences in seed abortion rate in an ordinary one-way ANOVA test, followed by a Dunnett's multiple comparisons test (**** P < 0.0001)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Quantification", "of", "endosperm", "nuclei", "in", "cycb1", "single", "(", "C", ")", "and", "double", "(", "D", ")", "mutants", ".", "Boxes", "and", "whiskers", "represent", "min", "to", "max", "values", "with", "the", "median", "indicated", "as", "a", "central", "horizontal", "line", ",", "n", "=", "26", "-", "30", "seeds", "per", "genotype", ".", "Asterisks", "show", "significant", "differences", "in", "the", "number", "of", "endosperm", "nuclei", "per", "seed", "in", "a", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Quantification of endosperm nuclei in cycb1 single (C) and double (D) mutants. Boxes and whiskers represent min to max values with the median indicated as a central horizontal line, n = 26-30 seeds per genotype. Asterisks show significant differences in the number of endosperm nuclei per seed in a Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparisons test (**** P < 0.0001)."}
{"words": ["A", ".", "DIC", "images", "of", "abnormal", "embryo", "sacs", "in", "cycb1", "mutant", "combinations", ".", "Red", "arrowheads", "indicate", "the", "visible", "nuclei", "in", "Col", "-", "0", "embryo", "sacs", "(", "central", "and", "egg", "cells", ")", "and", "the", "corresponding", "structures", "in", "the", "quadruple", "cycb1", ";", "1", "-", "/", "-", "cycb1", ";", "2", "+", "/", "-", "cycb1", ";", "3", "+", "/", "-", "cyb1", ";", "4", "-", "mutant", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "the", "different", "abnormal", "embryo", "sac", "structures", "in", "cycb1", "mutant", "combinations", "(", "n", "=", "202", "-", "459", "embryo", "sacs", "per", "genotype", ")", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportion", "of", "abnormal", "embryo", "sacs", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", ".", "WT", "=", "wildtype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. DIC images of abnormal embryo sacs in cycb1 mutant combinations. Red arrowheads indicate the visible nuclei in Col-0 embryo sacs (central and egg cells) and the corresponding structures in the quadruple cycb1;1-/- cycb1;2+/- cycb1;3+/- cyb1;4- mutant. Scale bars: 20 μm. B. Quantification of the different abnormal embryo sac structures in cycb1 mutant combinations (n = 202-459 embryo sacs per genotype). Different letters indicate significant differences in the proportion of abnormal embryo sacs in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons. WT = wildtype."}
{"words": ["C", ".", "DIC", "images", "of", "embryo", "sacs", "3", "DAP", "with", "wildtype", "pollen", "(", "female", "x", "male", ")", ".", "Red", "arrowheads", "indicate", "the", "visible", "embryo", "sac", "nuclei", "in", "the", "crosses", "with", "the", "quadruple", "cycb1", ";", "1", "-", "/", "-", "cycb1", ";", "2", "+", "/", "-", "cycb1", ";", "3", "+", "/", "-", "cyb1", ";", "4", "-", "mutant", "as", "a", "female", "donor", ",", "while", "the", "control", "Col", "-", "0", "x", "Col", "-", "0", "cross", "exhibits", "a", "developing", "embryo", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "μm", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "seed", "abortion", "in", "different", "cycb1", "mutant", "combinations", ".", "Graph", "represents", "the", "average", "seed", "abortion", "rate", "per", "plant", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "463", "-", "579", "seeds", "analyzed", "per", "genotype", ".", "Asterisks", "indicate", "significant", "differences", "in", "seed", "abortion", "rate", "in", "an", "ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ",", "followed", "by", "a", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. DIC images of embryo sacs 3 DAP with wildtype pollen (female x male). Red arrowheads indicate the visible embryo sac nuclei in the crosses with the quadruple cycb1;1-/- cycb1;2+/- cycb1;3+/- cyb1;4- mutant as a female donor, while the control Col-0 x Col-0 cross exhibits a developing embryo. Scale bars: 20 μm. D. Quantification of seed abortion in different cycb1 mutant combinations. Graph represents the average seed abortion rate per plant ± SD of three biological replicates, n = 463-579 seeds analyzed per genotype. Asterisks indicate significant differences in seed abortion rate in an ordinary one-way ANOVA test, followed by a Dunnett's multiple comparisons test (**** P < 0.0001)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "DAPI", "staining", "of", "pollen", "in", "cycb1", "mutants", ",", "including", "pollen", "configurations", "found", "in", "cycb1", ";", "1", "-", "/", "-", "cycb1", ";", "2", "+", "/", "-", "cycb1", ";", "3", "+", "/", "-", "cycb1", ";", "4", "-", "/", "-", "mutants", "(", "B", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "DAPI", "-", "stained", "pollen", "configurations", "in", "different", "cycb1", "mutant", "combinations", ",", "n", "=", "420", "-", "616", "pollen", "grains", "per", "genotype", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportion", "of", "abnormal", "pollen", "(", "uni", "-", "and", "bicellular", ")", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. DAPI staining of pollen in cycb1 mutants, including pollen configurations found in cycb1;1-/- cycb1;2+/- cycb1;3+/- cycb1;4-/- mutants (B). Scale bars: 5 μm. C. Quantification of DAPI-stained pollen configurations in different cycb1 mutant combinations, n = 420-616 pollen grains per genotype. Different letters indicate significant differences in the proportion of abnormal pollen (uni- and bicellular) in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons."}
{"words": ["D", ".", "Alexander", "staining", "of", "mature", "pollen", "indicating", "pollen", "viability", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "Alexander", "-", "stained", "pollen", "viability", ",", "n", "=", "403", "-", "498", "pollen", "grains", "per", "genotype", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportion", "of", "dead", "pollen", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Alexander staining of mature pollen indicating pollen viability. Scale bars: 5 μm. E. Quantification of Alexander-stained pollen viability, n = 403-498 pollen grains per genotype. Different letters indicate significant differences in the proportion of dead pollen in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons."}
{"words": ["A", ",", "B", ",", "C", ".", "Co", "-", "immunolocalization", "against", "tubulin", "(", "magenta", ")", "and", "KNOLLE", "(", "green", ")", "in", "root", "meristematic", "cells", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "for", "the", "DNA", "(", "cyan", ")", ".", "White", "arrowheads", "indicate", "laggards", "in", "the", "metaphase", "stage", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B, C. Co-immunolocalization against tubulin (magenta) and KNOLLE (green) in root meristematic cells. Nuclei were counterstained with DAPI for the DNA (cyan). White arrowheads indicate laggards in the metaphase stage. Scale bars: 5 μm."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "wildtype", "(", "WT", ")", ",", "double", "and", "misplaced", "PPBs", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportions", "of", "the", "different", "arrays", "per", "category", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", ".", "Ten", "roots", "were", "analyzed", "per", "genotype", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "PPBs", "with", "prominent", "perinuclear", "microtubules", "(", "MTs", ")", ".", "Boxes", "and", "whiskers", "represent", "min", "to", "max", "values", "with", "the", "median", "indicated", "as", "a", "central", "horizontal", "line", ",", "n", "=", "10", "roots", "per", "genotype", ".", "Asterisks", "show", "significant", "differences", "in", "the", "percentage", "of", "PPBs", "with", "prominent", "perinuclear", "microtubules", "per", "root", "in", "an", "ANOVA", "test", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "F", ".", "Quantification", "of", "spindles", "with", "lagging", "chromosomes", ".", "Boxes", "and", "whiskers", "represent", "min", "to", "max", "values", "with", "the", "median", "indicated", "as", "a", "central", "horizontal", "line", ",", "n", "=", "10", "roots", "per", "genotype", ".", "Asterisks", "show", "significant", "differences", "in", "the", "percentage", "of", "spindles", "with", "lagging", "chromosomes", "per", "root", "in", "a", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "and", "ns", "=", "non", "-", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of wildtype (WT), double and misplaced PPBs. Different letters indicate significant differences in the proportions of the different arrays per category in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons. Ten roots were analyzed per genotype. E. Quantification of PPBs with prominent perinuclear microtubules (MTs). Boxes and whiskers represent min to max values with the median indicated as a central horizontal line, n = 10 roots per genotype. Asterisks show significant differences in the percentage of PPBs with prominent perinuclear microtubules per root in an ANOVA test followed by Dunnett's multiple comparisons test (** P < 0.01 and **** P < 0.0001). F. Quantification of spindles with lagging chromosomes. Boxes and whiskers represent min to max values with the median indicated as a central horizontal line, n = 10 roots per genotype. Asterisks show significant differences in the percentage of spindles with lagging chromosomes per root in a Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparisons test (** P < 0.01 and ns = non-significant)."}
{"words": ["A", ".", "Co", "-", "immunolocalization", "against", "tubulin", "(", "magenta", ")", "and", "KNOLLE", "(", "green", ")", "in", "root", "meristematic", "cells", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "for", "the", "DNA", "(", "cyan", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "wildtype", "(", "WT", ")", "and", "abnormal", "phragmoplasts", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportions", "of", "the", "different", "arrays", "per", "category", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", ".", "Ten", "roots", "were", "analyzed", "per", "genotype", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "the", "different", "mitotic", "stages", "in", "roots", "of", "the", "different", "genotypes", ".", "Different", "letters", "indicate", "significant", "differences", "in", "the", "proportions", "of", "the", "different", "arrays", "per", "category", "in", "a", "Chi", "-", "squared", "test", "followed", "by", "the", "Marascuilo", "procedure", "to", "identify", "significant", "pairwise", "comparisons", ".", "Ten", "roots", "were", "analyzed", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Co-immunolocalization against tubulin (magenta) and KNOLLE (green) in root meristematic cells. Nuclei were counterstained with DAPI for the DNA (cyan). Scale bars: 5 μm. B. Quantification of wildtype (WT) and abnormal phragmoplasts. Different letters indicate significant differences in the proportions of the different arrays per category in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons. Ten roots were analyzed per genotype. C. Quantification of the different mitotic stages in roots of the different genotypes. Different letters indicate significant differences in the proportions of the different arrays per category in a Chi-squared test followed by the Marascuilo procedure to identify significant pairwise comparisons. Ten roots were analyzed per genotype."}
{"words": ["A", ".", "Kinase", "assays", "against", "Histone", "H1", ".", "Top", "and", "middle", "panels", "indicate", "shorter", "and", "longer", "exposures", "respectively", "of", "the", "same", "kinase", "assays", ".", "Bottom", "panel", "is", "a", "CBB", "staining", "of", "Histone", "H1", "showing", "equal", "loading", "of", "the", "protein", ".", "A", ":", "CDKA", ";", "1", ",", "B1", ":", "CDKB1", ";", "1", ",", "B2", ":", "CDKB2", ";", "2", ".", "B", ".", "Kinase", "assays", "against", "GIP1", ".", "Top", "and", "and", "middle", "panels", "indicate", "shorter", "and", "longer", "exposures", "respectively", "of", "the", "same", "kinase", "assays", ".", "Bottom", "panel", "is", "a", "CBB", "staining", "of", "GIP1", "showing", "equal", "loading", "of", "the", "protein", ".", "A", ":", "CDKA", ";", "1", ",", "B1", ":", "CDKB1", ";", "1", ",", "B2", ":", "CDKB2", ";", "2", ".", "C", ".", "Western", "blot", "against", "StrepIII", "-", "tagged", "proteins", "to", "show", "loaded", "amounts", "of", "the", "CDKs", ".", "A", ":", "CDKA", ";", "1", ",", "B1", ":", "CDKB1", ";", "1", ",", "B2", ":", "CDKB2", ";", "2", ".", "Double", "CDKB2", ";", "2", "bands", "are", "likely", "due", "to", "a", "truncation", "of", "the", "expressed", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Kinase assays against Histone H1. Top and middle panels indicate shorter and longer exposures respectively of the same kinase assays. Bottom panel is a CBB staining of Histone H1 showing equal loading of the protein. A: CDKA;1, B1: CDKB1;1, B2: CDKB2;2. B. Kinase assays against GIP1. Top and and middle panels indicate shorter and longer exposures respectively of the same kinase assays. Bottom panel is a CBB staining of GIP1 showing equal loading of the protein. A: CDKA;1, B1: CDKB1;1, B2: CDKB2;2. C. Western blot against StrepIII-tagged proteins to show loaded amounts of the CDKs. A: CDKA;1, B1: CDKB1;1, B2: CDKB2;2. Double CDKB2;2 bands are likely due to a truncation of the expressed protein."}
{"words": ["D", ".", "Time", "-", "lapse", "of", "confocal", "microscope", "pictures", "of", "root", "meristematic", "cells", "tagged", "with", "GFP", "-", "GIP1", "in", "Col", "-", "0", "(", "top", "panel", ")", "and", "cycb1", ";", "1", "cycb1", ";", "2", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "GIP1", "localizes", "at", "the", "nuclear", "polar", "caps", ",", "followed", "by", "co", "-", "localization", "with", "microtubules", "at", "the", "spindle", "and", "phragmoplast", "arrays", ".", "In", "cycb1", ";", "1", "cycb1", ";", "2", "double", "mutants", ",", "GIP1", "exhibited", "an", "abnormal", "localization", ",", "being", "found", "at", "the", "spindle", "(", "magenta", "arrowheads", ")", "and", "phragmoplast", "(", "white", "arrowheads", ")", "midzones", ",", "which", "are", "normally", "devoid", "of", "the", "protein", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Time-lapse of confocal microscope pictures of root meristematic cells tagged with GFP-GIP1 in Col-0 (top panel) and cycb1;1 cycb1;2 (bottom panel). GIP1 localizes at the nuclear polar caps, followed by co-localization with microtubules at the spindle and phragmoplast arrays. In cycb1;1 cycb1;2 double mutants, GIP1 exhibited an abnormal localization, being found at the spindle (magenta arrowheads) and phragmoplast (white arrowheads) midzones, which are normally devoid of the protein. Scale bars: 5 μm."}
{"words": ["C", "Wild", "-", "type", "and", "tel1", "∆", "strains", "expressing", "a", "fully", "functional", "Top1", "-", "HA", "tagged", "protein", "were", "arrested", "in", "G1", "with", "α", "-", "factor", "(", "αf", ")", "and", "released", "into", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "Western", "blot", "with", "anti", "-", "HA", "antibodies", "(", "top", ")", "and", "Coomassie", "staining", "(", "bottom", ")", "of", "protein", "extracts", "prepared", "at", "the", "indicated", "time", "points"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Wild-type and tel1∆ strains expressing a fully functional Top1-HA tagged protein were arrested in G1 with α-factor (αf) and released into YEPD supplemented with CPT (50 μM). Western blot with anti-HA antibodies (top) and Coomassie staining (bottom) of protein extracts prepared at the indicated time points "}
{"words": ["A", "-", "C", "Exponentially", "growing", "cell", "cultures", "(", "exp", ")", "were", "arrested", "in", "G1", "with", "α", "-", "factor", "(", "αf", ")", "and", "released", "into", "YEPD", "with", "or", "without", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "Cell", "samples", "were", "harvested", "at", "the", "indicated", "time", "points", "to", "evaluat", "Rad53", "phosphorylation", "by", "western", "blot", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodies", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": " A-C Exponentially growing cell cultures (exp) were arrested in G1 with α-factor (αf) and released into YEPD with or without CPT (50 μM). Cell samples were harvested at the indicated time points to evaluat Rad53 phosphorylation by western blot with anti-Rad53 antibodies (C)"}
{"words": ["E", ",", "F", "G1", "-", "arrested", "cell", "cultures", "(", "αf", ")", "were", "released", "in", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", "(", "E", ")", "or", "in", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "10", "μM", ")", "with", "(", "+", "noc", ")", "or", "without", "(", "-", "noc", ")", "nocodazole", "(", "F", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodies"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " E, F G1-arrested cell cultures (αf) were released in YEPD supplemented with CPT (50 μM) (E) or in YEPD supplemented with CPT (10 μM) with (+noc) or without (-noc) nocodazole (F). Western blot analysis with anti-Rad53 antibodies "}
{"words": ["A", "-", "C", "Exponentially", "growing", "cell", "cultures", "were", "arrested", "in", "G1", "with", "α", "-", "factor", "(", "αf", ")", "and", "released", "in", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodies"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " A-C Exponentially growing cell cultures were arrested in G1 with α-factor (αf) and released in YEPD supplemented with CPT (50 μM). (A) Western blot analysis with anti-Rad53 antibodies "}
{"words": ["(", "B", "-", "E", ")", "G1", "-", "arrested", "cell", "cultures", "(", "αf", ")", "were", "released", "in", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "Sample", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodie"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " (B-E) G1-arrested cell cultures (αf) were released in YEPD supplemented with CPT (50 μM). Sample collected at the indicated time points were subjected to western blot analysis with anti-Rad53 antibodie "}
{"words": ["(", "B", "-", "E", ")", "G1", "-", "arrested", "cell", "cultures", "(", "αf", ")", "were", "released", "in", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "Sample", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "were", "subjected", "to", "western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodies", "(", "B", ",", "D"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B-E) G1-arrested cell cultures (αf) were released in YEPD supplemented with CPT (50 μM). Sample collected at the indicated time points were subjected to western blot analysis with anti-Rad53 antibodies (B, D "}
{"words": ["F", ",", "G", "G1", "-", "arrested", "cell", "cultures", "(", "αf", ")", "were", "released", "into", "YEPD", "supplemented", "with", "CPT", "(", "50", "μM", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "with", "anti", "-", "Rad53", "antibodies"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " F, G G1-arrested cell cultures (αf) were released into YEPD supplemented with CPT (50 μM). Western blot analysis with anti-Rad53 antibodies "}
{"words": ["A", "Agarose", "gel", "image", "illustrating", "PCR", "amplicons", "of", "ltaS", "(", "LBA0447", ")", ",", "slpB", ",", "and", "slpX", "deletions", "in", "NCK2187", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A Agarose gel image illustrating PCR amplicons of ltaS (LBA0447), slpB, and slpX deletions in NCK2187."}
{"words": ["B", "SDS", "-", "PAGE", "gel", "of", "5", "M", "LiCl", "‐", "purified", "S", "‐", "layer", "fractions", "from", "the", "parental", "strains", ",", "NCK56", "and", "NCK1909", ",", "NCK2030", "(", "LTA", "+", ",", "SlpA", "+", ",", "SlpB", "−", ",", "SlpX", "−", ")", ",", "and", "NCK2187", "(", "LTA", "−", ",", "SlpA", "+", ",", "SlpB", "−", ",", "SlpX", "−", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B SDS-PAGE gel of 5 M LiCl‐purified S‐layer fractions from the parental strains, NCK56 and NCK1909, NCK2030 (LTA+, SlpA+, SlpB−, SlpX−), and NCK2187 (LTA−, SlpA+, SlpB−, SlpX−)."}
{"words": ["C", "B6", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "109", "CFU", "erythromycin", "‐", "resistant", "NCK56", "or", "NCK2187", ".", "Fecal", "pellets", "were", "collected", "daily", "and", "tested", "for", "the", "presence", "of", "erythromycin", "‐", "resistant", "strains", ".", "n", "=", "3", "mice", "/", "group", ".", "Data", "are", "representative", "of", "five", "independent", "experiments", "and", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C B6 mice were orally gavaged with 109 CFU erythromycin‐resistant NCK56 or NCK2187. Fecal pellets were collected daily and tested for the presence of erythromycin‐resistant strains. n = 3 mice/group. Data are representative of five independent experiments and are shown as mean ± SEM."}
{"words": ["D", "ColonicLPL", "cells", "were", "co", "‐", "cultured", "with", "NCK56", "or", "NCK2187", "(", "1", ":", "1", ")", ",", "and", "secreted", "cytokines", "were", "measured", "in", "the", "supernatants", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "are", "representative", "of", "two", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D ColonicLPL cells were co‐cultured with NCK56 or NCK2187 (1:1), and secreted cytokines were measured in the supernatants. Data are shown as mean ± SEM and are representative of two experiments performed in triplicate. *P 0.05, **P 0.01, ***P 0.001."}
{"words": ["A", "B6", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "109CFU", "NCK56", "(", "blue", ")", "or", "NCK2187", "(", "green", ")", "on", "days", "0", ",", "3", ",", "6", ",", "and", "9", ",", "or", "left", "untreated", ",", "and", "immune", "responses", "in", "the", "colon", "analyzed", "at", "day", "14", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A B6 mice were orally gavaged with 109CFU NCK56 (blue) or NCK2187 (green) on days 0, 3, 6, and 9, or left untreated, and immune responses in the colon analyzed at day 14 by flow cytometry."}
{"words": ["B", ",", "C", "B6", "FoxP3", "‐", "GFP", "mice", "were", "treated", "and", "evaluated", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Regulatory", "cytokine", "production", "in", "FoxP3", "‐", "GFP", "+", "(", "green", "‐", "dotted", "bars", ")", "versus", "FoxP3", "‐", "GFP", "−", "(", "white", "bars", ")", "cells", "was", "measured", "by", "intracellular", "staining", "and", "FACS", "analyses", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C B6 FoxP3‐GFP mice were treated and evaluated as in (A). Regulatory cytokine production in FoxP3‐GFP+ (green‐dotted bars) versus FoxP3‐GFP− (white bars) cells was measured by intracellular staining and FACS analyses (C)."}
{"words": ["A", "B6", "Rag1", "−", "/", "−", "mice", "were", "injected", "with", "106CD4", "+", "CD45RBhiT", "cells", "and", "then", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", "(", "red", ")", ",", "NCK2187", "(", "green", ")", ",", "or", "SlpA", "(", "blue", ")", ",", "1", "and", "3", "days", "after", "transfer", ",", "and", "subsequently", "once", "a", "week", "for", "four", "consecutive", "weeks", ",", "or", "left", "untreated", "(", "magenta", ")", ".", "A", "group", "of", "mice", "was", "co", "‐", "transferred", "with", "CD4", "+", "CD25", "+", "T", "cells", "as", "a", "positive", "control", "for", "protection", "(", "Tregs", ";", "gray", ")", ".", "Colitis", "severity", "was", "determined", "in", "part", "by", "weight", "loss", ",", "diarrhea", "scores", ",", "and", "FOB", ".", "See", "Supplementary", "Tables", "S1", ",", "S2", "and", "S3", "for", "statistical", "analyses", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A B6 Rag1−/−mice were injected with 106CD4+CD45RBhiT cells and then orally gavaged with NCK56 (red), NCK2187 (green), or SlpA (blue), 1 and 3 days after transfer, and subsequently once a week for four consecutive weeks, or left untreated (magenta). A group of mice was co‐transferred with CD4+CD25+T cells as a positive control for protection (Tregs; gray). Colitis severity was determined in part by weight loss, diarrhea scores, and FOB. See Supplementary Tables S1, S2 and S3 for statistical analyses results."}
{"words": ["B", ",", "C", "Colitis", "scores", "based", "on", "histopathology", "and", "gross", "morphology", "of", "the", "colons", "of", "mice", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", "were", "also", "used", "as", "measures", "of", "disease", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C Colitis scores based on histopathology and gross morphology of the colons of mice treated as in (A) were also used as measures of disease. Scale bar = 50 μm."}
{"words": ["D", "Circulating", "levels", "of", "proinflammatory", "cytokines", "were", "measured", "in", "the", "sera", "of", "the", "mice", "transferred", "and", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "or", "sham", "adoptive", "transferred", "(", "white", "bars", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Circulating levels of proinflammatory cytokines were measured in the sera of the mice transferred and treated as in (A), or sham adoptive transferred (white bars)."}
{"words": ["Colitis", "was", "induced", "in", "B6", "Rag1", "−", "/", "−", "mice", "as", "described", "in", "Fig", ".", "A", ",", "B", "Colonic", "expression", "of", "tight", "junction", "‐", "associated", "genes", "Cldn3", "and", "Ocln", ",", "determined", "by", "RT", "-", "PCR", "relative", "to", "18S", "rRNA", "(", "A", ")", ",", "were", "used", "as", "measures", "of", "epithelial", "barrier", "integrity", ".", "Sham", "adoptive", "transferred", "B6", "Rag1", "−", "/", "−", "mice", "(", "white", "bars", ")", "were", "used", "as", "baseline", "controls", "in", "some", "cases", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Data", "represent", "three", "individual", "experiments", "and", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ".", "Black", "asterisks", "compare", "NCK2187", "to", "PBS", "‐", "treated", "adoptively", "transferred", "mice", ",", "and", "red", "asterisks", "to", "NCK56", "‐", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colitis was induced in B6 Rag1−/−mice as described in Fig .A, B Colonic expression of tight junction‐associated genes Cldn3 and Ocln, determined by RT-PCR relative to 18S rRNA (A), were used as measures of epithelial barrier integrity. Sham adoptive transferred B6 Rag1−/−mice (white bars) were used as baseline controls in some cases. n = 5 mice/group. Data represent three individual experiments and are shown as mean ± SEM. *P 0.05, **P 0.01. Black asterisks compare NCK2187 to PBS‐treated adoptively transferred mice, and red asterisks to NCK56‐treated mice."}
{"words": ["Colitis", "was", "induced", "in", "B6", "Rag1", "−", "/", "−", "mice", "as", "described", "in", "Fig", ".", "A", ",", "B", "Passive", "transepithelial", "absorption", "of", "FITC", "‐", "dextran", "(", "B", ")", ",", "was", "used", "as", "measures", "of", "epithelial", "barrier", "integrity", ".", "Sham", "adoptive", "transferred", "B6", "Rag1", "−", "/", "−", "mice", "(", "white", "bars", ")", "were", "used", "as", "baseline", "controls", "in", "some", "cases", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Data", "represent", "three", "individual", "experiments", "and", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ".", "Black", "asterisks", "compare", "NCK2187", "to", "PBS", "‐", "treated", "adoptively", "transferred", "mice", ",", "and", "red", "asterisks", "to", "NCK56", "‐", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colitis was induced in B6 Rag1−/−mice as described in Fig .A, B Passive transepithelial absorption of FITC‐dextran (B), was used as measures of epithelial barrier integrity. Sham adoptive transferred B6 Rag1−/−mice (white bars) were used as baseline controls in some cases. n = 5 mice/group. Data represent three individual experiments and are shown as mean ± SEM. *P 0.05, **P 0.01. Black asterisks compare NCK2187 to PBS‐treated adoptively transferred mice, and red asterisks to NCK56‐treated mice."}
{"words": ["A", "B6", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "109CFU", "NCK56", "or", "NCK2187", ",", "and", "the", "colonic", "gene", "expression", "of", "C", "‐", "type", "lectin", "receptors", "were", "measured", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "Each", "box", "represents", "an", "individual", "mouse", ";", "n", "=", "4", ".", "Data", "represent", "three", "individual", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A B6 mice were orally gavaged with 109CFU NCK56 or NCK2187, and the colonic gene expression of C‐type lectin receptors were measured by RT-PCR. Each box represents an individual mouse; n = 4. Data represent three individual experiments."}
{"words": ["B", "Binding", "of", "SlpA", "to", "various", "hFc", "fusion", "proteins", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Gray", "tinted", "line", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "only", ";", "orange", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "secondary", "antibody", ";", "green", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "control", "fusion", "protein", ";", "blue", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "SIGNR1", "‐", "hFc", ";", "red", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "SIGNR3", "‐", "hFc", ".", "Binding", "assay", "results", "were", "confirmed", "five", "independent", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Binding of SlpA to various hFc fusion proteins was analyzed by flow cytometry. Gray tinted line = SlpA‐coated beads only; orange = SlpA‐coated beads + secondary antibody; green = SlpA‐coated beads + control fusion protein; blue = SlpA‐coated beads + SIGNR1‐hFc; red = SlpA‐coated beads + SIGNR3‐hFc. Binding assay results were confirmed five independent times."}
{"words": ["C", "Binding", "of", "SlpA", "to", "SIGNR3", ",", "but", "not", "SIGNR1", "expressed", "by", "CHO", "‐", "S", "cells", ".", "Gray", "tinted", "line", "=", "untransfected", "CHO", "‐", "S", "cells", ";", "blue", "=", "untransfected", "CHO", "‐", "S", "cells", "+", "labeled", "SlpA", ";", "green", "=", "SIGNR1", "‐", "transfected", "CHO", "‐", "S", "cells", "+", "labeled", "SlpA", ";", "red", "=", "SIGNR3", "‐", "transfected", "CHO", "‐", "S", "cells", "+", "labeled", "SlpA", ".", "Binding", "assays", "in", "CHO", "‐", "S", "cells", "were", "performed", "three", "individual", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Binding of SlpA to SIGNR3, but not SIGNR1 expressed by CHO‐S cells. Gray tinted line = untransfected CHO‐S cells; blue = untransfected CHO‐S cells + labeled SlpA; green = SIGNR1‐transfected CHO‐S cells + labeled SlpA; red = SIGNR3‐transfected CHO‐S cells + labeled SlpA. Binding assays in CHO‐S cells were performed three individual times."}
{"words": ["D", "Binding", "of", "SlpA", "to", "recombinant", "human", "DC", "‐", "SIGN", "/", "CD209", "‐", "Fc", "chimera", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Gray", "tinted", "line", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "only", ";", "orange", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "secondary", "antibody", ";", "green", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "control", "fusion", "protein", ";", "red", "=", "SlpA", "‐", "coated", "beads", "+", "DC", "‐", "SIGN", "‐", "Fc", ".", "Binding", "assays", "were", "performed", "and", "confirmed", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Binding of SlpA to recombinant human DC‐SIGN/CD209‐Fc chimera was analyzed by flow cytometry. Gray tinted line = SlpA‐coated beads only; orange = SlpA‐coated beads + secondary antibody; green = SlpA‐coated beads + control fusion protein; red = SlpA‐coated beads + DC‐SIGN‐Fc. Binding assays were performed and confirmed three times."}
{"words": ["E", "Binding", "of", "SlpA", "to", "DC", "‐", "SIGN", "expressed", "by", "CHO", "‐", "S", "cells", ".", "Gray", "tinted", "line", "=", "untransfected", "CHO", "‐", "S", "cells", ";", "blue", "=", "untransfected", "CHO", "‐", "S", "cells", "+", "labeled", "SlpA", ";", "red", "=", "DC", "‐", "SIGN", "‐", "transfected", "CHO", "‐", "S", "cells", "+", "labeled", "SlpA", ".", "Binding", "assays", "in", "CHO", "‐", "S", "cells", "were", "performed", "three", "individual", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Binding of SlpA to DC‐SIGN expressed by CHO‐S cells. Gray tinted line = untransfected CHO‐S cells; blue = untransfected CHO‐S cells + labeled SlpA; red = DC‐SIGN‐transfected CHO‐S cells + labeled SlpA. Binding assays in CHO‐S cells were performed three individual times."}
{"words": ["F", ",", "G", "IL", "‐", "1β", "production", "by", "colonic", "DCs", "of", "naïve", "WT", "B6", "GF", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "treated", "with", "NCK56", "(", "blue", ")", "or", "NCK2187", "(", "green", ")", "four", "times", ",", "or", "left", "untreated", "(", "black", ")", ",", "as", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Data", "represent", "four", "individual", "experiments", "and", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ".", "Black", "asterisks", "compare", "NCK2187", "to", "untreated", "(", "PBS", ")", "mice", ",", "and", "red", "asterisks", "to", "NCK56", "‐", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G IL‐1β production by colonic DCs of naïve WT B6 GF or B6 Signr3−/− (KO) mice treated with NCK56 (blue) or NCK2187 (green) four times, or left untreated (black), as determined by flow cytometry. n = 5 mice/group. Data represent four individual experiments and are shown as mean ± SEM. *P 0.05. Black asterisks compare NCK2187 to untreated (PBS) mice, and red asterisks to NCK56‐treated mice."}
{"words": ["H", "Frequency", "of", "colonic", "FoxP3", "+", "Tregs", "in", "KO", "mice", "treated", "with", "NCK56", "or", "NCK2187", "was", "measured", "by", "flow", "cytometry", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Data", "represent", "four", "individual", "experiments", "and", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Frequency of colonic FoxP3+ Tregs in KO mice treated with NCK56 or NCK2187 was measured by flow cytometry. n = 5 mice/group. Data represent four individual experiments and are shown as mean ± SEM."}
{"words": ["WT", "B6", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "3", "and", "−", "1", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", "and", "monitored", "for", "disease", "progression", ".", "A", "Colitis", "severity", "was", "determined", "in", "part", "by", "weight", "loss", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT B6 or B6 Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −3 and −1, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times and monitored for disease progression.A Colitis severity was determined in part by weight loss. n = 5 mice/group."}
{"words": ["WT", "B6", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "3", "and", "−", "1", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", "and", "monitored", "for", "disease", "progression", ".", "B", ",", "C", "Colitis", "scores", "based", "on", "histopathology", "and", "gross", "morphology", "of", "the", "colons", "were", "also", "used", "as", "measures", "of", "disease", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Empty", "bars", "=", "WT", ";", "lined", "bars", "=", "KO", ";", "white", "bars", "=", "untreated", ";", "purple", "bars", "=", "DSS", ";", "red", "bars", "=", "DSS", "+", "NCK56", ";", "green", "bars", "=", "DSS", "+", "NCK2187", ";", "blue", "bars", "=", "DSS", "+", "SlpA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0], "text": "WT B6 or B6 Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −3 and −1, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times and monitored for disease progression.B, C Colitis scores based on histopathology and gross morphology of the colons were also used as measures of disease. Scale bar = 50 μm. n = 5 mice/group. Empty bars = WT; lined bars = KO; white bars = untreated; purple bars = DSS; red bars = DSS + NCK56; green bars = DSS + NCK2187; blue bars = DSS + SlpA."}
{"words": ["WT", "B6", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "3", "and", "−", "1", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", "and", "monitored", "for", "disease", "progression", ".", "D", "Colonoscopies", "were", "performed", "in", "the", "different", "groups", "with", "a", "Multi", "‐", "Purpose", "Rigid", "™", "Telescope", "attached", "to", "a", "TELE", "PACK", "X", "on", "day", "10", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT B6 or B6 Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −3 and −1, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times and monitored for disease progression.D Colonoscopies were performed in the different groups with a Multi‐Purpose Rigid™ Telescope attached to a TELE PACK X on day 10."}
{"words": ["WT", "B6", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "3", "and", "−", "1", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", "and", "monitored", "for", "disease", "progression", ".", "E", "Mean", "relative", "colonic", "expression", "of", "tight", "junction", "‐", "associated", "genes", "in", "WT", "mice", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT B6 or B6 Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −3 and −1, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times and monitored for disease progression.E Mean relative colonic expression of tight junction‐associated genes in WT mice. n = 5 mice/group."}
{"words": ["WT", "B6", "or", "B6", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "3", "and", "−", "1", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", "and", "monitored", "for", "disease", "progression", ".", "F", "Fecalalbumin", "levels", "in", "WT", "mice", "as", "a", "measure", "of", "intestinal", "permeability", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT B6 or B6 Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −3 and −1, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times and monitored for disease progression.F Fecalalbumin levels in WT mice as a measure of intestinal permeability. n = 5 mice/group."}
{"words": ["Signr3", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "or", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "1", "and", "−", "3", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", ",", "and", "immunity", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "at", "day", "10", ".", "A", "Representative", "plots", "indicate", "the", "frequency", "of", "neutrophils", "in", "the", "colons", "of", "untreated", "or", "DSS", "‐", "treated", "WT", "(", "left", ")", "and", "KO", "mice", "(", "right", ")", ".", "Empty", "bars", "=", "WT", ";", "lined", "bars", "=", "KO", ";", "white", "bars", "=", "untreated", ";", "purple", "bars", "=", "DSS", ";", "red", "bars", "=", "DSS", "+", "NCK56", ";", "green", "bars", "=", "DSS", "+", "NCK2187", ";", "blue", "bars", "=", "DSS", "+", "SlpA", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0], "text": "Signr3+/+ (WT) or Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −1 and −3, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times, and immunity was analyzed by flow cytometry at day 10.A Representative plots indicate the frequency of neutrophils in the colons of untreated or DSS‐treated WT (left) and KO mice (right). Empty bars = WT; lined bars = KO; white bars = untreated; purple bars = DSS; red bars = DSS + NCK56; green bars = DSS + NCK2187; blue bars = DSS + SlpA."}
{"words": ["Signr3", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "or", "Signr3", "−", "/", "−", "(", "KO", ")", "mice", "were", "orally", "gavaged", "with", "NCK56", ",", "NCK2187", ",", "or", "SlpA", "on", "days", "−", "1", "and", "−", "3", ",", "and", "3", "%", "DSS", "was", "given", "in", "the", "drinking", "water", ".", "Mice", "were", "gavaged", "with", "bacteria", "or", "purified", "SlpA", "every", "other", "day", "for", "an", "additional", "three", "times", ",", "and", "immunity", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "at", "day", "10", ".", "B", ",", "C", "Colonic", "DCs", "and", "macrophages", "(", "MΦs", ")", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "for", "the", "production", "of", "IL", "‐", "1β", "(", "B", ")", ",", "and", "colonic", "FoxP3", "+", "Tregs", "were", "evaluated", "for", "co", "‐", "expression", "of", "RORγt", "+", "(", "C", ")", ".", "n", "=", "5", "mice", "/", "group", ".", "Gray", "tinted", "line", "=", "isotype", "control", ";", "black", "=", "untreated", ";", "purple", "=", "DSS", ";", "red", "=", "DSS", "+", "NCK56", ";", "green", "=", "DSS", "+", "NCK2187", ";", "blue", "=", "DSS", "+", "SlpA", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0], "text": "Signr3+/+ (WT) or Signr3−/− (KO) mice were orally gavaged with NCK56, NCK2187, or SlpA on days −1 and −3, and 3% DSS was given in the drinking water. Mice were gavaged with bacteria or purified SlpA every other day for an additional three times, and immunity was analyzed by flow cytometry at day 10.B, C Colonic DCs and macrophages (MΦs) were analyzed by flow cytometry for the production of IL‐1β (B), and colonic FoxP3+ Tregs were evaluated for co‐expression of RORγt+ (C). n = 5 mice/group. Gray tinted line = isotype control; black = untreated; purple = DSS; red = DSS + NCK56; green = DSS + NCK2187; blue = DSS + SlpA."}
{"words": ["CRTH2", "subcellular", "localization", "in", "GFP", "-", "fused", "CRTH2", "expressing", "plasmid", "-", "transfected", "cells", ".", "Red", "arrows", "indicate", "CRTH2", "localized", "in", "the", "ER", "and", "white", "arrows", "indicate", "CRTH2", "localized", "in", "the", "plasma", "membrane", ".", "Green", ",", "GFP", "-", "CRTH2", ";", "blue", ",", "DAPI", ";", "red", ",", "Calnexin", ";", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CRTH2 subcellular localization in GFP-fused CRTH2 expressing plasmid-transfected cells. Red arrows indicate CRTH2 localized in the ER and white arrows indicate CRTH2 localized in the plasma membrane. Green, GFP-CRTH2; blue, DAPI; red, Calnexin; Scale bar, 20 μm."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "CRTH2", "expression", "in", "cell", "membrane", "and", "ER", "in", "NIH", "3T3", "and", "HEK293T", "cells", ".", "Myc", "-", "tagged", "CRTH2", "expressing", "plasmid", "was", "transfected", "into", "NIH", "3T3", "and", "HEK293T", "cells", ".", "Whole", "cell", "lysate", ",", "plasma", ",", "and", "ER", "fractions", "were", "obtained", "48", "h", "after", "transfection", ".", "Calnexin", "and", "ATP1B", "were", "used", "as", "markers", "for", "ER", "and", "cell", "membrane", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of CRTH2 expression in cell membrane and ER in NIH 3T3 and HEK293T cells. Myc-tagged CRTH2 expressing plasmid was transfected into NIH 3T3 and HEK293T cells. Whole cell lysate, plasma, and ER fractions were obtained 48 h after transfection. Calnexin and ATP1B were used as markers for ER and cell membrane, respectively."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "CRTH2", "subcellular", "localization", "in", "NIH", "3T3", "cells", "in", "response", "to", "TGF", "-", "β1", "(", "10", "ng", "/", "mL", ")", "treatment", ".", "Red", "arrows", "indicate", "CRTH2", "localized", "in", "the", "ER", "and", "white", "arrows", "indicate", "CRTH2", "localized", "in", "the", "plasma", "membrane", ".", "Green", ",", "GFP", "-", "CRTH2", ";", "blue", ",", "DAPI", ";", "red", ",", "Calnexin", ";", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of CRTH2 subcellular localization in NIH 3T3 cells in response to TGF-β1 (10 ng/mL) treatment. Red arrows indicate CRTH2 localized in the ER and white arrows indicate CRTH2 localized in the plasma membrane. Green, GFP-CRTH2; blue, DAPI; red, Calnexin; Scale bar, 20 μm."}
{"words": ["Co", "-", "immunoprecipitation", "analysis", "of", "association", "of", "CRTH2", "with", "LARP6", ".", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "CRTH2", "and", "Flag", "-", "LARP6", "expressing", "plasmids", ".", "Whole", "cell", "lysates", "from", "HEK293T", "cells", "were", "immunoprecipitated", "and", "then", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-immunoprecipitation analysis of association of CRTH2 with LARP6. HEK293T cells were co-transfected with Myc-CRTH2 and Flag-LARP6 expressing plasmids. Whole cell lysates from HEK293T cells were immunoprecipitated and then immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["Co", "-", "IP", "analysis", "of", "association", "of", "CRTH2", "with", "GPR78", ".", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "GPR78", "expressing", "plasmids", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Co-IP analysis of association of CRTH2 with GPR78. HEK293T cells were co-transfected with Myc-GPR78 expressing plasmids."}
{"words": ["Effect", "of", "LARP6", "knockdown", "on", "Col1a1", ",", "Col1a2", "and", "Col3a1", "mRNA", "stability", "in", "WT", "and", "CRTH2", "-", "/", "-", "fibroblasts", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "WT", ",", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "n", "=", "8", "for", "all", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of LARP6 knockdown on Col1a1, Col1a2 and Col3a1 mRNA stability in WT and CRTH2-/- fibroblasts. *P < 0.05 vs WT, (two-way ANOVA); n = 8 for all groups."}
{"words": ["Effect", "of", "LARP6", "knockdown", "on", "Collagen", "I", "and", "III", "protein", "expression", "in", "WT", "and", "CRTH2", "-", "/", "-", "fibroblasts", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of LARP6 knockdown on Collagen I and III protein expression in WT and CRTH2-/- fibroblasts."}
{"words": [",", "Representative", "images", "of", "Masson", "′", "s", "trichrome", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "CRTH2flox", "/", "floxCol1a2", "-", "CreERT", "(", "F", "-", "CRTH2", "KO", ")", "and", "CRTH2flox", "/", "flox", "(", "Control", ")", "mice", "14", "days", "after", "bleomycin", "challenge", ".", "Blue", "indicates", "the", "collagen", "deposition", "regions", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "mouse", "lung", "sections", "after", "bleomycin", "challenge", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "control", ",", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ";", "bleomycin", "groups", ",", "n", "=", "8", "each", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ", Representative images of Masson′s trichrome staining of lung sections from CRTH2flox/floxCol1a2-CreERT (F-CRTH2 KO) and CRTH2flox/flox (Control) mice 14 days after bleomycin challenge. Blue indicates the collagen deposition regions. Scale bar, 100 μm. Quantification of collagen content in mouse lung sections after bleomycin challenge. *P < 0.05 vs control, #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); saline groups, n = 4 each; bleomycin groups, n = 8 each."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "Masson", "′", "s", "trichrome", "staining", "of", "liver", "sections", "from", "control", "and", "F", "-", "CRTH2", "KO", "mice", "4", "weeks", "after", "CCl4", "challenge", ";", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of Masson′s trichrome staining of liver sections from control and F-CRTH2 KO mice 4 weeks after CCl4 challenge; Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "Masson", "′", "s", "trichrome", "staining", "of", "heart", "sections", "from", "control", "and", "F", "-", "CRTH2", "KO", "mice", "21", "days", "after", "ISO", "challenge", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "mouse", "heart", "sections", "after", "ISO", "challenge", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "control", ",", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "PBS", "groups", ",", "n", "=", "3", "each", ",", "ISO", "groups", ",", "n", "=", "7", "-", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of Masson′s trichrome staining of heart sections from control and F-CRTH2 KO mice 21 days after ISO challenge; Scale bar, 50 μm. Quantification of collagen content in mouse heart sections after ISO challenge. *P < 0.05 vs control, #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); PBS groups, n = 3 each, ISO groups, n = 7-8."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "Masson", "'", "s", "trichrome", "staining", "of", "lung", "sections", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "LARP6", "/", "F", "-", "CRTH2", "double", "KO", "(", "F", "-", "DKO", ")", "mice", "14", "days", "after", "bleomycin", "challenge", ";", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", ",", "Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "mouse", "lung", "sections", "after", "bleomycin", "challenge", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ",", "bleomycin", "groups", ",", "n", "=", "7", "-", "8", ".", "Hydroxyproline", "content", "in", "lungs", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "DKO", "mice", "treated", "with", "bleomycin", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ",", "bleomycin", "groups", ",", "n", "=", "8", "each", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of Masson's trichrome staining of lung sections from F-LARP6 KO and F-LARP6/F-CRTH2 double KO (F-DKO) mice 14 days after bleomycin challenge; Scale bar, 100 μm. , Quantification of collagen content in mouse lung sections after bleomycin challenge. #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); saline groups, n = 4 each, bleomycin groups, n = 7-8. Hydroxyproline content in lungs from F-LARP6 KO and F-DKO mice treated with bleomycin. #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); saline groups, n = 4 each, bleomycin groups, n = 8 each."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "Masson", "'", "s", "trichrome", "staining", "of", "liver", "sections", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "DKO", "mice", "4", "weeks", "after", "CCl4", "challenge", ";", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "mouse", "liver", "sections", "after", "CCl4", "challenge", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "mineral", "oil", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "mineral", "oil", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ",", "CCl4", "groups", ",", "n", "=", "8", "each", ".", "Hydroxyproline", "content", "in", "livers", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "DKO", "mice", "treated", "with", "CCl4", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "mineral", "oil", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ",", "CCl4", "groups", ",", "n", "=", "8", "each", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of Masson's trichrome staining of liver sections from F-LARP6 KO and F-DKO mice 4 weeks after CCl4 challenge; Scale bar, 100 μm. Quantification of collagen content in mouse liver sections after CCl4 challenge. #P < 0.05 vs mineral oil group (two-way ANOVA); mineral oil groups, n = 4 each, CCl4 groups, n = 8 each. Hydroxyproline content in livers from F-LARP6 KO and F-DKO mice treated with CCl4. #P < 0.05 vs mineral oil group (two-way ANOVA); saline groups, n = 4 each, CCl4 groups, n = 8 each."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "Masson", "'", "s", "trichrome", "staining", "of", "heart", "sections", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "DKO", "mice", "21", "days", "after", "ISO", "challenge", ";", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "mouse", "heart", "sections", "after", "ISO", "challenge", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "3", "each", ",", "ISO", "groups", ",", "n", "=", "7", "each", ".", ",", "Hydroxyproline", "content", "in", "hearts", "from", "F", "-", "LARP6", "KO", "and", "F", "-", "DKO", "mice", "treated", "with", "ISO", ".", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "saline", "group", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "saline", "groups", ",", "n", "=", "4", "each", ",", "ISO", "groups", ",", "n", "=", "8", "each", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of Masson's trichrome staining of heart sections from F-LARP6 KO and F-DKO mice 21 days after ISO challenge; Scale bar, 50 μm. Quantification of collagen content in mouse heart sections after ISO challenge. #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); saline groups, n = 3 each, ISO groups, n = 7 each. , Hydroxyproline content in hearts from F-LARP6 KO and F-DKO mice treated with ISO. #P < 0.05 vs saline group (two-way ANOVA); saline groups, n = 4 each, ISO groups, n = 8 each."}
{"words": ["Microscale", "thermophoresis", "(", "MST", ")", "analysis", "of", "the", "binding", "affinity", "of", "Bumetanide", "with", "MBP", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0], "text": "Microscale thermophoresis (MST) analysis of the binding affinity of Bumetanide with MBP-LARP6"}
{"words": ["Quantification", "of", "collagen", "content", "in", "lung", "sections", "from", "Bumetanide", "-", "treated", "control", "(", "CRTH2flox", "/", "flox", ")", "and", "F", "-", "CRTH2", "KO", "mice", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "control", ",", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "Vehicle", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "n", "=", "7", "for", "all", "groups", ".", "Effect", "of", "Bumetanide", "treatment", "on", "pulmonary", "hydroxyproline", "levels", "in", "control", "and", "F", "-", "CRTH2", "KO", "mice", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "control", ";", "#", "P", "<", "0", ".", "05", "vs", "Vehicle", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ";", "n", "=", "7", "for", "all", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of collagen content in lung sections from Bumetanide-treated control (CRTH2flox/flox) and F-CRTH2 KO mice. *P < 0.05 vs control, #P < 0.05 vs Vehicle (two-way ANOVA); n = 7 for all groups. Effect of Bumetanide treatment on pulmonary hydroxyproline levels in control and F-CRTH2 KO mice. *P < 0.05 vs control; #P < 0.05 vs Vehicle (two-way ANOVA); n = 7 for all groups."}
{"words": ["Bumetanide", "interferes", "with", "the", "interaction", "of", "CRTH2", "with", "LARP6", "in", "MRC", "-", "5", "human", "lung", "fibroblasts", "MRC", "-", "5", ".", "MRC", "-", "5", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "myc", "-", "LARP6", "and", "flag", "-", "CRTH2", "expressing", "plasmids", "for", "24", "h", ",", "and", "then", "treated", "with", "Bumetanide", "(", "0", ".", "1", ",", "2", "μM", ")", "for", "an", "additional", "24", "h", ".", "Whole", "cell", "lysates", "from", "MRC", "-", "5", "cells", "were", "immunoprecipitated", "and", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Bumetanide interferes with the interaction of CRTH2 with LARP6 in MRC-5 human lung fibroblasts MRC-5. MRC-5 cells were co-transfected with myc-LARP6 and flag-CRTH2 expressing plasmids for 24 h, and then treated with Bumetanide (0.1, 2 μM) for an additional 24 h. Whole cell lysates from MRC-5 cells were immunoprecipitated and immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["Effect", "of", "Bumetanide", "on", "Collagen", "(", "Col", ")", "I", "and", "III", "protein", "expression", "in", "MRC", "-", "5", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of Bumetanide on Collagen (Col) I and III protein expression in MRC-5 cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "for", "Islr", ",", "Chd1", "and", "Vim", "in", "total", "intestinal", "tissues", ",", "intestinal", "epithelium", "and", "lamina", "propria", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) qRT-PCR analysis for Islr, Chd1 and Vim in total intestinal tissues, intestinal epithelium and lamina propria. n = 4."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blotting", "for", "Islr", "and", "E", "-", "cadherin", "in", "total", "intestinal", "tissues", ",", "intestinal", "epithelium", "and", "lamina", "propria", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blotting for Islr and E-cadherin in total intestinal tissues, intestinal epithelium and lamina propria. α-Tubulin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "for", "Islr", "in", "CD45", "+", ",", "CD45", "-", "Epcam", "+", ",", "CD45", "-", "Epcam", "-", "CD90", "+", "and", "CD45", "-", "Epcam", "-", "CD90", "-", "cells", "sorted", "from", "intestinal", "tissues", ".", "n", "=", "3", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qRT-PCR analysis for Islr in CD45+, CD45-Epcam+, CD45-Epcam-CD90+ and CD45-Epcam-CD90- cells sorted from intestinal tissues. n = 3 technical replicates."}
{"words": ["(", "D", ")", "In", "situ", "hybridization", "for", "Islr", "with", "RNAscope", "probe", "in", "intestine", "and", "colon", "from", "8", "-", "week", "-", "old", "mice", ",", "showing", "that", "Islr", "is", "primarily", "expressed", "in", "stromal", "cells", ".", "Negative", "and", "positive", "controls", "were", "shown", "in", "Appendix", "Figure", "S1A", ".", "Scale", "bar", ":", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) In situ hybridization for Islr with RNAscope probe in intestine and colon from 8-week-old mice, showing that Islr is primarily expressed in stromal cells. Negative and positive controls were shown in Appendix Figure S1A. Scale bar: 25 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "In", "situ", "hybridization", "for", "ISLR", "with", "RNAscope", "probe", "in", "human", "mucosa", ",", "inflamed", "mucosa", "from", "CD", "and", "UC", "patients", ".", "Scale", "bar", ":", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) In situ hybridization for ISLR with RNAscope probe in human mucosa, inflamed mucosa from CD and UC patients. Scale bar: 25 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "showing", "the", "dynamic", "changes", "of", "Islr", "in", "colonic", "tissues", "from", "mice", "upon", "DSS", "treatment", "and", "after", "DSS", "removal", ".", "n", "=", "4", "at", "each", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR analysis showing the dynamic changes of Islr in colonic tissues from mice upon DSS treatment and after DSS removal. n = 4 at each time points."}
{"words": ["(", "G", ")", "In", "situ", "hybridization", "for", "Islr", "with", "RNAscope", "probe", "in", "mouse", "colons", "without", "or", "with", "3", "-", "day", "or", "5", "-", "day", "DSS", "treatments", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) In situ hybridization for Islr with RNAscope probe in mouse colons without or with 3-day or 5-day DSS treatments. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "H", ")", "The", "cancer", "genome", "atlas", "(", "TCGA", ")", "RNA", "-", "seq", "analysis", "showing", "that", "ISLR", "is", "upregulated", "in", "human", "rectal", "adenocarcinoma", "relative", "to", "normal", "rectal", "tissues", ".", "The", "horizontal", "lines", "between", "the", "box", "limits", "represent", "the", "median", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "interquartile", "ranges", "and", "the", "whiskers", "indicate", "limit", "superior", "and", "limit", "inferior", "respectively", ".", "n", "=", "65", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) The cancer genome atlas (TCGA) RNA-seq analysis showing that ISLR is upregulated in human rectal adenocarcinoma relative to normal rectal tissues. The horizontal lines between the box limits represent the median, the box limits indicate the interquartile ranges and the whiskers indicate limit superior and limit inferior respectively. n = 65."}
{"words": ["(", "I", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curve", "of", "270", "CRC", "cases", ".", "P", "=", "0", ".", "02", "(", "log", "-", "rank", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Kaplan-Meier survival curve of 270 CRC cases. P = 0.02 (log-rank test)."}
{"words": ["(", "J", ")", "ISLR", "level", "increased", "with", "nodal", "metastasis", "in", "colorectal", "cancer", "patients", ".", "N0", ",", "no", "regional", "lymph", "node", "metastasis", ";", "N1", ",", "metastases", "in", "1", "to", "3", "axillary", "lymph", "nodes", ";", "N2", ",", "metastases", "in", "4", "to", "9", "axillary", "lymph", "nodes", ";", "N3", ",", "metastases", "in", "10", "or", "more", "axillary", "lymph", "nodes", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "represent", "the", "median", ",", "the", "box", "limits", "indicate", "the", "interquartile", "ranges", "and", "the", "whiskers", "indicate", "limit", "superior", "and", "limit", "inferior", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) ISLR level increased with nodal metastasis in colorectal cancer patients. N0, no regional lymph node metastasis; N1, metastases in 1 to 3 axillary lymph nodes; N2, metastases in 4 to 9 axillary lymph nodes; N3, metastases in 10 or more axillary lymph nodes. The solid horizontal lines represent the median, the box limits indicate the interquartile ranges and the whiskers indicate limit superior and limit inferior respectively."}
{"words": ["(", "K", "In", "situ", "hybridization", "for", "ISLR", "/", "Islr", "with", "RNAscope", "probes", "in", "normal", "human", "colon", ",", "human", "malignant", "adenocarcinoma", ",", "metastatic", "adenocarcinoma", "(", "K", ")", ",", "t", "indicating", "tumor", ";", "a", "indicating", "adjacent", "tissues", "of", "tumor", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K In situ hybridization for ISLR/Islr with RNAscope probes in normal human colon, human malignant adenocarcinoma, metastatic adenocarcinoma (K), t indicating tumor; a indicating adjacent tissues of tumor. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["L", ")", "In", "situ", "hybridization", "for", "ISLR", "/", "Islr", "with", "RNAscope", "probes", "in", "mouse", "colon", "tumors", "from", "AOM", "-", "DSS", "model", "(", "L", ")", ".", "t", "indicating", "tumor", ";", "a", "indicating", "adjacent", "tissues", "of", "tumor", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L) In situ hybridization for ISLR/Islr with RNAscope probes in mouse colon tumors from AOM-DSS model (L). t indicating tumor; a indicating adjacent tissues of tumor. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "for", "Ets1", "in", "colonic", "epithelium", "and", "lamina", "propria", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) qRT-PCR analysis for Ets1 in colonic epithelium and lamina propria. n = 3."}
{"words": ["(", "C", ")", "Double", "immunofluorescence", "for", "ETS1", "and", "β", "-", "catenin", "in", "intestinal", "biopsies", "of", "healthy", "controls", "and", "inflamed", "mucosa", "from", "UC", "patients", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Double immunofluorescence for ETS1 and β-catenin in intestinal biopsies of healthy controls and inflamed mucosa from UC patients. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "qRT", "-", "PCR", "for", "Ets1", "in", "colons", "with", "or", "without", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) qRT-PCR for Ets1 in colons with or without 5-day DSS treatment. n = 4."}
{"words": ["(", "E", ")", "Double", "immunofluorescence", "for", "Ets1", "and", "β", "-", "catenin", "in", "normal", "mouse", "colons", "without", "DSS", "treatment", ",", "mouse", "colons", "with", "5", "-", "day", "DSS", "treatments", ",", "and", "AOM", "-", "DSS", "mouse", "colon", "tumors", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Double immunofluorescence for Ets1 and β-catenin in normal mouse colons without DSS treatment, mouse colons with 5-day DSS treatments, and AOM-DSS mouse colon tumors. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Pearson", "correlation", "analysis", "on", "ETS1", "and", "ISLR", "in", "colorectal", "adenocarcinoma", "TCGA", "RNA", "-", "seq", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "R", "=", "0", ".", "68", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Pearson correlation analysis on ETS1 and ISLR in colorectal adenocarcinoma TCGA RNA-seq (P < 0.001; R = 0.68)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blotting", "for", "ISLR", "and", "HA", "in", "lysates", "of", "UC", "-", "MSCs", "transfected", "with", "pCMV5", "-", "HA", "or", "pCMV5", "-", "ETS1", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Western blotting for ISLR and HA in lysates of UC-MSCs transfected with pCMV5-HA or pCMV5-ETS1. α-Tubulin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "H", ")", "Luciferase", "activity", "in", "lysates", "of", "UC", "-", "MSCs", "transfected", "with", "luciferase", "reporter", "plasmids", "of", "pGL3", "-", "basic", "empty", "vector", "(", "basic", ")", ",", "wild", "type", "ISLR", "promoter", "or", "mutant", "promoter", "with", "mutation", "of", "ETS1", "binding", "sites", "under", "normal", "and", "ETS1", "overexpression", "conditions", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Luciferase activity in lysates of UC-MSCs transfected with luciferase reporter plasmids of pGL3-basic empty vector (basic), wild type ISLR promoter or mutant promoter with mutation of ETS1 binding sites under normal and ETS1 overexpression conditions. n = 3."}
{"words": ["(", "I", ")", "Chromatin", "immunoprecipitation", "assay", "was", "carried", "out", "on", "UC", "-", "MSCs", "cells", "using", "antibodies", "against", "ETS1", "and", "Histone", "H3", ".", "The", "antibody", "against", "Histone", "H3", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "The", "enrichment", "of", "ETS1", "binding", "to", "ISLR", "promoter", "was", "quantified", "using", "qPCR", ".", "n", "=", "3", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Chromatin immunoprecipitation assay was carried out on UC-MSCs cells using antibodies against ETS1 and Histone H3. The antibody against Histone H3 was used as a positive control. IgG was used as a negative control. The enrichment of ETS1 binding to ISLR promoter was quantified using qPCR. n = 3 technical replicates."}
{"words": ["(", "J", ")", "Chromatin", "immunoprecipitation", "assay", "was", "carried", "out", "on", "primary", "intestinal", "stromal", "cells", "isolated", "from", "WT", "mice", "without", "DSS", "treatment", "or", "WT", "mice", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", "using", "antibodies", "against", "ETS1", "and", "Histone", "H3", ".", "The", "antibody", "against", "Histone", "H3", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "The", "enrichment", "of", "Ets1", "binding", "to", "Islr", "promoter", "was", "quantified", "using", "qPCR", ".", "n", "=", "3", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Chromatin immunoprecipitation assay was carried out on primary intestinal stromal cells isolated from WT mice without DSS treatment or WT mice after 5-day DSS treatment using antibodies against ETS1 and Histone H3. The antibody against Histone H3 was used as a positive control. IgG was used as a negative control. The enrichment of Ets1 binding to Islr promoter was quantified using qPCR. n = 3 technical replicates."}
{"words": ["(", "A", ")", "Quantification", "of", "body", "weight", "change", "in", "control", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "13", ")", "mice", "after", "DSS", "treatment", "and", "DSS", "removal", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(A) Quantification of body weight change in control (n=12) and cKO (n=13) mice after DSS treatment and DSS removal."}
{"words": ["(", "B", ")", "Fecal", "occult", "blood", "test", "in", "control", "and", "cKO", "mice", "at", "indicated", "timepoints", ".", "n", "=", "3", "at", "each", "timepoint", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Fecal occult blood test in control and cKO mice at indicated timepoints. n=3 at each timepoint."}
{"words": ["(", "C", ")", "Histological", "images", "of", "colonic", "tissues", "from", "control", "(", "n", "=", "10", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "at", "indicated", "timepoints", "after", "DSS", "treatment", ".", "The", "Panels", "with", "non", "DSS", "are", "identical", "to", "Panels", "in", "Fig", "EV1F", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Histological images of colonic tissues from control (n=10) and cKO (n=10) mice at indicated timepoints after DSS treatment. The Panels with non DSS are identical to Panels in Fig EV1F. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "clinical", "scores", "in", "control", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "13", ")", "mice", "at", "indicated", "timepoints", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of the clinical scores in control (n=12) and cKO (n=13) mice at indicated timepoints."}
{"words": ["(", "E", ")", "Gross", "images", "of", "colons", "and", "quantification", "of", "colon", "length", "from", "control", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "6", ")", "mice", "two", "days", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(E) Gross images of colons and quantification of colon length from control (n=6) and cKO (n=6) mice two days after 5-day DSS treatment."}
{"words": ["(", "F", ")", "Double", "immunofluorescence", "for", "Ki67", "and", "β", "-", "catenin", "in", "colons", "from", "control", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "4", ")", "mice", "two", "days", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "Quantification", "of", "percentage", "of", "Ki67", "+", "epithelial", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Double immunofluorescence for Ki67 and β-catenin in colons from control (n=4) and cKO (n=4) mice two days after 5-day DSS treatment. Quantification of percentage of Ki67+ epithelial cells. Scale bar: 100 m."}
{"words": ["(", "B", ")", "Quantification", "of", "body", "weight", "changes", "in", "control", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "during", "tumor", "development", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Quantification of body weight changes in control (n=9) and cKO (n=10) mice during tumor development."}
{"words": ["(", "C", ")", "Gross", "images", "of", "AOM", "-", "DSS", "tumors", "in", "control", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Gross images of AOM-DSS tumors in control (n=9) and cKO (n=10) mice."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "tumor", "number", "per", "mouse", "and", "tumor", "volume", "in", "control", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of tumor number per mouse and tumor volume in control (n=9) and cKO (n=10) mice."}
{"words": ["(", "E", ")", "Histological", "images", "of", "colon", "tumors", "from", "control", "and", "cKO", "mice", ".", "Scale", "bar", ":", "2", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Histological images of colon tumors from control and cKO mice. Scale bar: 2 mm."}
{"words": ["(", "F", "Double", "immunofluorescence", "for", "Cyclin", "D1", "and", "β", "-", "catenin", "(", "F", ")", ",", "in", "colon", "tumors", "from", "control", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "4", ")", "mice", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F Double immunofluorescence for Cyclin D1 and β-catenin (F), in colon tumors from control (n=4) and cKO (n=4) mice. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["G", ")", "Double", "immunofluorescence", "for", "Ki67", "and", "β", "-", "catenin", "(", "G", ")", "in", "colon", "tumors", "from", "control", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "4", ")", "mice", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Double immunofluorescence for Ki67 and β-catenin (G) in colon tumors from control (n=4) and cKO (n=4) mice. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "H", ")", "Quantification", "of", "percentage", "of", "cyclin", "D1", "+", "and", "Ki67", "+", "cells", "in", "(", "F", "and", "G", ")", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Quantification of percentage of cyclin D1+ and Ki67+ cells in (F and G). n = 4."}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "growth", "curve", "of", "HT29", "CRC", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "ISLR", "-", "HA", ".", "The", "supernatant", "were", "collected", "for", "HT29", "CRC", "cells", "24", "hours", "after", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "empty", "vector", "or", "pcDNA3", ".", "1", "-", "ISLR", "-", "HA", "vector", ".", "n", "=", "5", "at", "each", "timepoint", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) The growth curve of HT29 CRC cells cultured in the supernatant with or without ISLR-HA. The supernatant were collected for HT29 CRC cells 24 hours after transfected with pcDNA3.1 empty vector or pcDNA3.1-ISLR-HA vector. n=5 at each timepoint."}
{"words": ["(", "A", ")", "Heatmap", "of", "the", "altered", "Hippo", "related", "genes", "in", "colons", "from", "control", "and", "cKO", "mice", "one", "day", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "The", "parameter", "of", "the", "color", "key", "indicated", "the", "fold", "changes", "converted", "to", "log2", "of", "signal", "value", "normalized", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Heatmap of the altered Hippo related genes in colons from control and cKO mice one day after 5-day DSS treatment. The parameter of the color key indicated the fold changes converted to log2 of signal value normalized."}
{"words": ["(", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "validates", "the", "altered", "Hippo", "-", "related", "genes", "in", "control", "and", "cKO", "mice", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) qRT-PCR analysis validates the altered Hippo-related genes in control and cKO mice. n=4."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blotting", "for", "pMst1", "/", "2", ",", "Mst1", ",", "pMob1", "and", "Mob1", "in", "colon", "epithelium", "from", "control", "and", "cKO", "mice", "two", "days", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "quantification", "of", "pMst1", "/", "2", "versus", "Mst1", "and", "pMob1", "versus", "Mob1", "were", "shown", "under", "the", "corresponding", "protein", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blotting for pMst1/2, Mst1, pMob1 and Mob1 in colon epithelium from control and cKO mice two days after 5-day DSS treatment. β-actin was used as a loading control. The quantification of pMst1/2 versus Mst1 and pMob1 versus Mob1 were shown under the corresponding protein bands."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blotting", "for", "Yap1", "in", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "proteins", "isolated", "from", "intestinal", "epithelial", "cells", "from", "control", "and", "cKO", "mice", "two", "days", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "Histone", "H3", ",", "a", "positive", "control", "for", "nuclear", "proteins", ".", "α", "-", "Tubulin", ",", "a", "positive", "control", "for", "cytoplasmic", "proteins", ".", "The", "quantification", "of", "Yap1", "versus", "Histone", "H3", "in", "nuclear", "proteins", "was", "shown", "under", "the", "corresponding", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blotting for Yap1 in nuclear and cytoplasmic proteins isolated from intestinal epithelial cells from control and cKO mice two days after 5-day DSS treatment. Histone H3, a positive control for nuclear proteins. α-Tubulin, a positive control for cytoplasmic proteins. The quantification of Yap1 versus Histone H3 in nuclear proteins was shown under the corresponding band."}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Double", "immunofluorescence", "for", "Yap1", "and", "β", "-", "catenin", "in", "the", "colons", "from", "control", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "4", ")", "mice", "two", "days", "after", "DSS", "removal", "(", "E", ")", ",", "and", "in", "AOM", "/", "DSS", "tumors", "from", "control", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "cKO", "(", "n", "=", "4", ")", "mice", "(", "F", ")", ".", "The", "percentage", "of", "nuclear", "Yap1", "+", "cells", "versus", "epithelial", "cells", "was", "quantified", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Double immunofluorescence for Yap1 and β-catenin in the colons from control (n=4) and cKO (n=4) mice two days after DSS removal (E), and in AOM/DSS tumors from control (n=4) and cKO (n=4) mice (F). The percentage of nuclear Yap1+ cells versus epithelial cells was quantified. Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blotting", "for", "Yap1", "and", "pYap1", "in", "colon", "epithelial", "cells", "from", "control", "and", "cKO", "mice", "two", "days", "after", "5", "-", "day", "DSS", "treatment", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "ratio", "of", "Yap1", "/", "pYap1", "were", "quantified", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Western blotting for Yap1 and pYap1 in colon epithelial cells from control and cKO mice two days after 5-day DSS treatment. β-actin was used as a loading control. The ratio of Yap1/pYap1 were quantified. n=3."}
{"words": ["(", "H", ")", "The", "growth", "curve", "of", "HCT116", "colorectal", "cancer", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "from", "WT", "or", "cKO", "IMCs", ",", "concomitantly", "transfected", "with", "PCDH", "empty", "vector", "or", "PCDH", "-", "YAP1", "-", "5SA", "vector", ".", "n", "=", "4", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) The growth curve of HCT116 colorectal cancer cells cultured in the supernatant from WT or cKO IMCs, concomitantly transfected with PCDH empty vector or PCDH-YAP1-5SA vector. n = 4 technical replicates."}
{"words": ["(", "I", ")", "Pearson", "correlation", "analysis", "of", "ISLR", "and", "CTGF", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "R", "=", "0", ".", "69", ")", ",", "ISLR", "and", "FSTL1", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "R", "=", "0", ".", "81", ")", ",", "as", "well", "as", "ISLR", "and", "CYR61", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "R", "=", "0", ".", "65", ")", "in", "human", "colorectal", "cancer", "based", "on", "TCGA", "RNA", "-", "seq", "database", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Pearson correlation analysis of ISLR and CTGF (P < 0.001; R = 0.69), ISLR and FSTL1 (P < 0.001; R = 0.81), as well as ISLR and CYR61 (P < 0.001; R = 0.65) in human colorectal cancer based on TCGA RNA-seq database."}
{"words": ["(", "A", ")", "Schematics", "of", "culture", "epithelial", "cells", "with", "supernatant", "from", "HEK293FT", "cells", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "empty", "vector", "or", "pcDNA3", ".", "1", "-", "hISLR", "-", "HA", "plasmids", ".", "Western", "blotting", "for", "HA", "in", "the", "supernatant", "from", "HEK293FT", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Schematics of culture epithelial cells with supernatant from HEK293FT cells transfected with pcDNA3.1 empty vector or pcDNA3.1-hISLR-HA plasmids. Western blotting for HA in the supernatant from HEK293FT cells transfected with the indicated plasmids."}
{"words": ["(", "B", ")", "Gene", "set", "enrichment", "for", "YAP", "/", "TAZ", "/", "TEAD", "direct", "target", "genes", "in", "transcriptome", "profiles", "for", "HEK293FT", "cells", "treated", "by", "hISLR", "-", "HA", "-", "enriched", "supernatant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Gene set enrichment for YAP/TAZ/TEAD direct target genes in transcriptome profiles for HEK293FT cells treated by hISLR-HA-enriched supernatant."}
{"words": ["(", "C", ")", "Heatmap", "showing", "the", "altered", "Hippo", "related", "genes", "in", "the", "transcriptome", "profiles", ".", "The", "parameter", "of", "the", "color", "key", "indicated", "the", "fold", "changes", "converted", "to", "log2", "of", "gene", "fragments", "per", "kilobase", "per", "million", "mapped", "reads", "(", "FPKM", ")", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Heatmap showing the altered Hippo related genes in the transcriptome profiles. The parameter of the color key indicated the fold changes converted to log2 of gene fragments per kilobase per million mapped reads (FPKM) values."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blotting", "for", "pMST1", "/", "2", ",", "MST1", ",", "pMOB1", "and", "MOB1", ",", "pYAP1", "and", "YAP1", "in", "lysates", "from", "HEK293FT", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatants", "with", "or", "without", "hISLR", "-", "HA", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blotting for pMST1/2, MST1, pMOB1 and MOB1, pYAP1 and YAP1 in lysates from HEK293FT cells cultured in the supernatants with or without hISLR-HA. β-actin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blotting", "for", "HA", "and", "ISLR", "in", "the", "supernatant", "from", "NCM460", "colonic", "epithelial", "cells", "with", "pcDNA3", ".", "1", "empty", "vector", "or", "pcDNA3", ".", "1", "-", "hISLR", "-", "HA", "plasmids", ".", "Western", "blotting", "for", "pMST1", "/", "2", ",", "MST1", ",", "pMOB1", "and", "MOB1", ",", "pYAP1", "and", "YAP1", "in", "lysates", "from", "NCM460", "CRC", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatants", "with", "or", "without", "hISLR", "-", "HA", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blotting for HA and ISLR in the supernatant from NCM460 colonic epithelial cells with pcDNA3.1 empty vector or pcDNA3.1-hISLR-HA plasmids. Western blotting for pMST1/2, MST1, pMOB1 and MOB1, pYAP1 and YAP1 in lysates from NCM460 CRC cells cultured in the supernatants with or without hISLR-HA. β-actin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "F", ")", "Immunofluorescence", "for", "YAP1", "in", "HEK293FT", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "hISLR", "-", "HA", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Immunofluorescence for YAP1 in HEK293FT cells cultured in the supernatant with or without hISLR-HA. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blotting", "for", "YAP1", "in", "cytoplasmic", "or", "nuclear", "proteins", "from", "HEK293FT", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "hISLR", "-", "HA", ".", "Lamin", "a", "/", "c", ",", "a", "positive", "control", "for", "nuclear", "proteins", ".", "α", "-", "Tubulin", ",", "a", "positive", "control", "for", "cytoplasmic", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Western blotting for YAP1 in cytoplasmic or nuclear proteins from HEK293FT cells cultured in the supernatant with or without hISLR-HA. Lamin a/c, a positive control for nuclear proteins. α-Tubulin, a positive control for cytoplasmic proteins."}
{"words": ["(", "H", ")", "qRT", "-", "PCR", "for", "CTGF", "and", "CYR61", "in", "HEK293FT", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "hISLR", "-", "HA", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) qRT-PCR for CTGF and CYR61 in HEK293FT cells cultured in the supernatant with or without hISLR-HA. n=3."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blotting", "for", "Islr", "in", "the", "supernatant", "from", "primary", "cultured", "intestinal", "epithelial", "cells", "(", "IECs", ")", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "or", "pcDNA3", ".", "1", "-", "mIslr", "-", "HA", "plasmids", ",", "and", "western", "blotting", "for", "pMst1", "/", "2", ",", "Mst1", ",", "pMob1", "and", "Mob1", ",", "pYap1", "and", "Yap1", "in", "lysates", "from", "primary", "IECs", "cultured", "in", "the", "supernatants", "with", "or", "without", "mIslr", "-", "HA", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blotting for Islr in the supernatant from primary cultured intestinal epithelial cells (IECs) transfected with pcDNA3.1 or pcDNA3.1-mIslr-HA plasmids, and western blotting for pMst1/2, Mst1, pMob1 and Mob1, pYap1 and Yap1 in lysates from primary IECs cultured in the supernatants with or without mIslr-HA. β-actin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blotting", "for", "Yap1", "in", "nuclear", "or", "cytoplasmic", "proteins", "from", "primary", "intestinal", "epithelial", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "mIslr", ".", "Histone", "H3", ",", "a", "positive", "control", "for", "nuclear", "proteins", ".", "α", "-", "Tubulin", ",", "a", "positive", "control", "for", "cytoplasmic", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blotting for Yap1 in nuclear or cytoplasmic proteins from primary intestinal epithelial cells cultured in the supernatant with or without mIslr. Histone H3, a positive control for nuclear proteins. α-Tubulin, a positive control for cytoplasmic proteins."}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "for", "Ctgf", ",", "Cry61", "and", "Fstl1", "in", "primary", "intestinal", "epithelial", "cells", "cultured", "in", "the", "supernatant", "with", "or", "without", "mIslr", "for", "24", "hours", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qRT-PCR for Ctgf, Cry61 and Fstl1 in primary intestinal epithelial cells cultured in the supernatant with or without mIslr for 24 hours. n=4."}
{"words": ["(", "D", ")", "Activity", "of", "TEAD", "-", "Luciferase", "reporter", "in", "primary", "intestinal", "epithelial", "cells", "upon", "mIslr", ",", "Yap1", "or", "mIslr", "and", "Yap1", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Activity of TEAD-Luciferase reporter in primary intestinal epithelial cells upon mIslr, Yap1 or mIslr and Yap1. n=4."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "growth", "curve", "of", "primary", "intestinal", "epithelial", "cells", "upon", "mIslr", "or", "/", "and", "Yap1", "siRNA", "over", "time", ".", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The growth curve of primary intestinal epithelial cells upon mIslr or/and Yap1 siRNA over time. n=5."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "for", "Ctgf", "and", "Cry61", "in", "primary", "intestinal", "epithelial", "cells", "48", "hours", "after", "treatments", "of", "mIslr", "or", "/", "and", "Yap1", "siRNA", "(", "siYap1", ")", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR for Ctgf and Cry61 in primary intestinal epithelial cells 48 hours after treatments of mIslr or/and Yap1 siRNA (siYap1). n=4."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "images", "of", "primary", "intestinal", "organoids", "cultured", "at", "indicated", "conditions", "and", "timepoints", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "The", "organoids", "were", "co", "-", "cultured", "in", "a", "mixed", "medium", "of", "the", "supernatant", "with", "/", "without", "mIslr", "from", "CT26", "cells", "and", "regular", "organoid", "culture", "solution", "at", "the", "ratio", "of", "1", ":", "4", ".", "Quantification", "of", "organoids", "diameter", "at", "indicated", "timepoints", ".", "n", ">", "150", "organoids", "at", "each", "timepoint", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative images of primary intestinal organoids cultured at indicated conditions and timepoints. Scale bar: 100 μm. The organoids were co-cultured in a mixed medium of the supernatant with/without mIslr from CT26 cells and regular organoid culture solution at the ratio of 1:4. Quantification of organoids diameter at indicated timepoints. n>150 organoids at each timepoint."}
{"words": ["(", "H", ")", "Western", "blotting", "for", "pMst1", "/", "2", ",", "Mst1", ",", "pMob1", "and", "Mob1", ",", "pYap1", "and", "Yap1", "24", "hours", "after", "the", "treatment", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Western blotting for pMst1/2, Mst1, pMob1 and Mob1, pYap1 and Yap1 24 hours after the treatment. β-actin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "I", ")", "qRT", "-", "PCR", "for", "Ctgf", ",", "Cry61", "and", "Fstl1", "in", "primary", "intestinal", "organoids", "24", "hours", "after", "the", "treatments", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) qRT-PCR for Ctgf, Cry61 and Fstl1 in primary intestinal organoids 24 hours after the treatments. n=3."}
{"words": ["(", "J", ")", "Immunofluorescence", "for", "Yap1", "and", "β", "-", "catenin", "in", "intestinal", "organoids", "24", "hours", "after", "the", "indicated", "treatments", ".", "The", "treatments", "are", "identical", "to", "(", "G", ")", ".", "The", "percentage", "of", "nuclear", "Yap1", "+", "cells", "versus", "epithelial", "cells", "was", "quantified", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "n", "=", "12", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Immunofluorescence for Yap1 and β-catenin in intestinal organoids 24 hours after the indicated treatments. The treatments are identical to (G). The percentage of nuclear Yap1+ cells versus epithelial cells was quantified. Scale bar: 50 μm. n=12."}
{"words": ["A", "PHIP", "-", "1", "interaction", "with", "GPB", "-", "1", "by", "yeast", "two", "-", "hybrid", "assay", ".", "The", "reporter", "strain", "PJ69", "-", "4A", "was", "co", "-", "transformed", "with", "expression", "vectors", "encoding", "GAL4", "DBD", "-", "PHIP", "-", "1", "(", "H45A", ")", "and", "GAL4", "AD", "-", "GPB", "-", "1", ",", "as", "indicated", ".", "Yeast", "strains", "carrying", "the", "indicated", "plasmids", "were", "cultured", "on", "a", "selective", "plate", "lacking", "histidine", "and", "containing", "5", "mM", "5", "-", "aminotriazole", "for", "4", "days", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A PHIP-1 interaction with GPB-1 by yeast two-hybrid assay. The reporter strain PJ69-4A was co-transformed with expression vectors encoding GAL4 DBD-PHIP-1(H45A) and GAL4 AD-GPB-1, as indicated. Yeast strains carrying the indicated plasmids were cultured on a selective plate lacking histidine and containing 5 mM 5-aminotriazole for 4 days."}
{"words": ["A", "His", "-", "phosphorylation", "of", "GPB", "-", "1", "in", "animals", ".", "The", "phip", "-", "1", "(", "km96", ")", "mutant", "animals", "carrying", "the", "3XFLAG", ":", ":", "gpb", "-", "1", "or", "3XFLAG", ":", ":", "gpb", "-", "1", "(", "H266F", ")", "knock", "-", "in", "allele", "were", "lysed", ".", "The", "lysates", "were", "treated", "with", "or", "without", "heating", "(", "95", "°", "C", ")", "and", "immunoblotted", "(", "IB", ")", "with", "anti", "-", "3", "-", "pHis", "and", "anti", "-", "FLAG", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A His-phosphorylation of GPB-1 in animals. The phip-1(km96) mutant animals carrying the 3XFLAG::gpb-1 or 3XFLAG::gpb-1(H266F) knock-in allele were lysed. The lysates were treated with or without heating (95°C) and immunoblotted (IB) with anti-3-pHis and anti-FLAG antibodies."}
{"words": ["B", "NDK", "-", "1", "phosphorylates", "GPB", "-", "1", "in", "vitro", ".", "COS", "-", "7", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "GPB", "-", "1", "or", "HA", "-", "GPB", "-", "1", "(", "H266F", ")", "and", "T7", "-", "GPC", "-", "2", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "(", "IP", ")", "with", "anti", "-", "HA", "antibodies", ".", "Immunopurified", "GPB", "-", "1", "was", "subjected", "to", "the", "in", "vitro", "kinase", "assay", "with", "recombinant", "GST", "-", "NDK", "-", "1", ".", "Phosphorylated", "GPB", "-", "1", "was", "detected", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "with", "anti", "-", "3", "-", "pHis", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B NDK-1 phosphorylates GPB-1 in vitro. COS-7 cells were co-transfected with HA-GPB-1 or HA-GPB-1(H266F) and T7-GPC-2, and cell lysates were immunoprecipitated (IP) with anti-HA antibodies. Immunopurified GPB-1 was subjected to the in vitro kinase assay with recombinant GST-NDK-1. Phosphorylated GPB-1 was detected by immunoblotting (IB) with anti-3-pHis antibodies."}
{"words": ["C", "PHIP", "-", "1", "dephosphorylates", "GPB", "-", "1", "in", "vitro", ".", "COS", "-", "7", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "GPB", "-", "1", "and", "T7", "-", "GPC", "-", "2", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "(", "IP", ")", "with", "anti", "-", "HA", "antibodies", ".", "The", "immunopurified", "HA", "-", "GPB", "-", "1", "was", "first", "subjected", "to", "the", "in", "vitro", "kinase", "assay", "with", "recombinant", "GST", "-", "NDK", "-", "1", ".", "Phosphorylated", "GPB", "-", "1", "was", "then", "equally", "aliquoted", "and", "subjected", "to", "the", "in", "vitro", "phosphatase", "assay", "with", "recombinant", "GST", "-", "PHIP", "-", "1", "or", "its", "variants", ".", "Phosphorylated", "GPB", "-", "1", "was", "detected", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "with", "anti", "-", "3", "-", "pHis", "antibodies", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C PHIP-1 dephosphorylates GPB-1 in vitro. COS-7 cells were co-transfected with HA-GPB-1 and T7-GPC-2, and cell lysates were immunoprecipitated (IP) with anti-HA antibodies. The immunopurified HA-GPB-1 was first subjected to the in vitro kinase assay with recombinant GST-NDK-1. Phosphorylated GPB-1 was then equally aliquoted and subjected to the in vitro phosphatase assay with recombinant GST-PHIP-1 or its variants. Phosphorylated GPB-1 was detected by immunoblotting (IB) with anti-3-pHis antibodies."}
{"words": ["A", "PHIP", "-", "1", "interaction", "with", "UNC", "-", "51", "by", "yeast", "two", "-", "hybrid", "assay", ".", "The", "reporter", "strain", "PJ69", "-", "4A", "was", "co", "-", "transformed", "with", "expression", "vectors", "encoding", "GAL4", "DBD", "-", "PHIP", "-", "1", "(", "H45A", ")", "and", "GAL4", "AD", "-", "UNC", "-", "51", "(", "274", "-", "856", ")", ",", "as", "indicated", ".", "Yeast", "strains", "carrying", "the", "indicated", "plasmids", "were", "cultured", "on", "a", "selective", "plate", "lacking", "histidine", "and", "containing", "5", "mM", "5", "-", "aminotriazole", "for", "4", "days", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A PHIP-1 interaction with UNC-51 by yeast two-hybrid assay. The reporter strain PJ69-4A was co-transformed with expression vectors encoding GAL4 DBD-PHIP-1(H45A) and GAL4 AD-UNC-51(274-856), as indicated. Yeast strains carrying the indicated plasmids were cultured on a selective plate lacking histidine and containing 5 mM 5-aminotriazole for 4 days."}
{"words": ["C", "UNC", "-", "51", "phosphorylates", "PHIP", "-", "1", "at", "Ser", "-", "112", ".", "COS", "-", "7", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Flag", "-", "PHIP", "-", "1", "(", "WT", "or", "mutants", ")", "and", "GFP", "-", "UNC", "-", "51", "[", "WT", "or", "∆", "AIKAI", "(", "KD", ")", "]", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "using", "Phos", "-", "tag", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Total", "lysates", "were", "immunoblotted", "(", "IB", ")", "with", "antibodies", ",", "as", "indicated", ".", "Filled", "and", "open", "arrowheads", "indicate", "unmodified", "and", "phosphorylated", "PHIP", "-", "1", ",", "respectively", ".", "Asterisk", "indicates", "non", "-", "specific", "band", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C UNC-51 phosphorylates PHIP-1 at Ser-112. COS-7 cells were co-transfected with Flag-PHIP-1 (WT or mutants) and GFP-UNC-51 [WT or ∆AIKAI (KD)], and cell lysates were analyzed using Phos-tag SDS-PAGE. Total lysates were immunoblotted (IB) with antibodies, as indicated. Filled and open arrowheads indicate unmodified and phosphorylated PHIP-1, respectively. Asterisk indicates non-specific band."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM3", ",", "IFITM3", "-", "Y20F", ",", "IFITM3", "-", "∆", "21", "or", "control", "were", "pre", "-", "treated", "or", "not", "with", "Amphotericin", "B", "for", "1", "hour", "and", "then", "transduced", "with", "a", "VSV", "-", "gp", "(", "A", ")", "or", "Measles", "-", "gp", "(", "B", ")", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiencies", "were", "evaluated", "at", "FACS", "five", "days", "later", ".", "Fold", "rescue", "of", "transduction", "over", "the", "DMSO", "control", "was", "calculated", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "5", "-", "8", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "P", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) THP1 over-expressing IFITM3, IFITM3-Y20F, IFITM3-∆21 or control were pre-treated or not with Amphotericin B for 1 hour and then transduced with a VSV-gp (A) or Measles-gp (B) pseudotyped LV. Transduction efficiencies were evaluated at FACS five days later. Fold rescue of transduction over the DMSO control was calculated. Data are shown as mean ± SEM (n=5-8 biological replicates run in technical duplicate). P values are for one sample t test versus Oe-Luc DMSO =1, ** for p<0.01, *** for p<0.001."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM3", ",", "IFITM3", "lysin", "-", "less", "mutant", "(", "4KR", ")", "(", "E", ")", ",", "IFITM3", "CIL", "-", "lysin", "mutant", "(", "3KR", ")", "(", "F", ")", "or", "control", "were", "transduced", "with", "VSV", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiencies", "were", "evaluated", "by", "flow", "cytometry", "five", "days", "post", "-", "TD", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "9", "-", "6", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "verso", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "and", "ns", "for", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) THP1 over-expressing IFITM3, IFITM3 lysin-less mutant (4KR) (E), IFITM3 CIL-lysin mutant (3KR) (F) or control were transduced with VSV-gp pseudotyped LV. Transduction efficiencies were evaluated by flow cytometry five days post-TD. Data represent the mean ± SEM (n=9-6 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample t test verso Oe-Luc DMSO= 1. * for p<0.05 ** for p<0.01. **** for p<0.0001 and ns for not significant."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM1", "-", "3KR", "(", "G", ")", ",", "IFITM3", ",", "IFITM3", "-", "Y20F", ",", "IFITM3", "-", "Y20F", "-", "3KR", "(", "H", ")", "or", "control", "were", "transduced", "with", "Measles", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiencies", "were", "evaluated", "by", "flow", "cytometry", "five", "days", "post", "-", "TD", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "-", "9", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "verso", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) THP1 over-expressing IFITM1, IFITM1-3KR (G), IFITM3, IFITM3-Y20F, IFITM3-Y20F-3KR (H) or control were transduced with Measles-gp pseudotyped LV. Transduction efficiencies were evaluated by flow cytometry five days post-TD. Data represent the mean ± SEM (n=4-9 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample t test verso Oe-Luc DMSO= 1. * for p<0.05 ** for p<0.01.**** for p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Immunofluorescence", "images", "were", "performed", "using", "TCS", "SP5", "Leica", "confocal", "microscope", ",", "60x", "with", "oil", "on", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM3", "-", "WT", ",", "IFITM3", "-", "4KR", ",", "IFITM3", "-", "3KR", "or", "IFITM3", "-", "Y20F", "(", "A", ")", "(", "n", "=", "22", "images", "acquired", "from", "3", "biological", "replicates", ")", "and", "primary", "monocytes", "derived", "macrophages", "(", "MDM", ")", "over", "-", "expressing", "IFITM3", "-", "WT", ",", "IFITM3", "-", "4KR", ",", "IFITM3", "-", "3KR", "(", "B", ")", "(", "n", "=", "12", "images", "acquired", "from", "3", "independent", "donors", ")", ".", "Co", "-", "localization", "(", "purple", "areas", "marked", "by", "white", "arrows", ")", "of", "IFITM3", "(", "in", "red", ")", "with", "the", "lysosome", "associated", "membrane", "protein", "1", "(", "LAMP1", ")", "marker", "(", "in", "blue", ")", "was", "evaluated", ".", "Representative", "zoomed", "images", "are", "shown", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Immunofluorescence images were performed using TCS SP5 Leica confocal microscope, 60x with oil on THP1 over-expressing IFITM3-WT, IFITM3-4KR, IFITM3-3KR or IFITM3-Y20F (A) (n=22 images acquired from 3 biological replicates) and primary monocytes derived macrophages (MDM) over-expressing IFITM3-WT, IFITM3-4KR, IFITM3-3KR (B) (n=12 images acquired from 3 independent donors). Co-localization (purple areas marked by white arrows) of IFITM3 (in red) with the lysosome associated membrane protein 1 (LAMP1) marker (in blue) was evaluated. Representative zoomed images are shown,"}
{"words": ["(", "D", ")", "IFITM3", "-", "IFITM3", "interactions", "(", "red", "dots", ")", "were", "evaluated", "by", "proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", "in", "THP1", "knock", "out", "for", "endogenous", "IFITM3", "and", "expressing", "either", "HA", "-", "IFITM3", "and", "His", "-", "IFITM3", ",", "HA", "-", "3KR", "and", "His", "-", "3KR", "or", "His", "-", "dimer", "mutant", "IFITM3", "(", "D", ".", "M", ")", "and", "HA", "-", "dimer", "mutant", ".", "Images", "were", "acquired", "on", "TCS", "SP5", "Leica", "confocal", "microscope", "60x", "with", "oil", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "(", "n", "=", "8", "images", "of", "4", "biological", "replicates", ")", ",", "scale", "bar", "40μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) IFITM3-IFITM3 interactions (red dots) were evaluated by proximity ligation assay (PLA) in THP1 knock out for endogenous IFITM3 and expressing either HA-IFITM3 and His-IFITM3, HA-3KR and His-3KR or His-dimer mutant IFITM3 (D.M) and HA-dimer mutant. Images were acquired on TCS SP5 Leica confocal microscope 60x with oil. Representative images are shown (n=8 images of 4 biological replicates), scale bar 40μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "IFITM3", "dimerization", "was", "assessed", "by", "native", "PAGE", "followed", "by", "WB", "analysis", "in", "THP1", ".", "IFITM3", "higher", "order", "protein", "complex", "bands", "are", "highlighted", "by", "the", "asterisk", ".", "IFITM3", "dimers", "and", "higher", "molecular", "weight", "complexes", "were", "quantified", "over", "the", "normalizer", "using", "ImageJ", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "7", "biological", "replicates", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) IFITM3 dimerization was assessed by native PAGE followed by WB analysis in THP1. IFITM3 higher order protein complex bands are highlighted by the asterisk. IFITM3 dimers and higher molecular weight complexes were quantified over the normalizer using ImageJ (mean ± SEM, n=7 biological replicates). p values are for Mann Whitney test. * for p<0.05, ** for p<0.01."}
{"words": ["(", "B", ")", "K562", "were", "prestimulated", "with", "IFNα", "and", "then", "transduced", "with", "VSV", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "was", "evaluated", "five", "days", "after", "TD", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "Folds", "over", "the", "Oe", "-", "Luc", "control", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "-", "IFNα", "=", "1", ".", "ns", "for", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) K562 were prestimulated with IFNα and then transduced with VSV-gp pseudotyped LV. Transduction was evaluated five days after TD (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate). Data are represented as Folds over the Oe-Luc control. p values are for one sample t test versus -IFNα = 1. ns for not significant."}
{"words": ["(", "C", ")", "Interferon", "stimulated", "genes", "(", "ISGs", ")", "mRNA", "expression", "were", "measured", "24", "hours", "post", "-", "IFNα", "stimulation", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "K562", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Interferon stimulated genes (ISGs) mRNA expression were measured 24 hours post-IFNα stimulation by RT-qPCR in K562 (mean ± SEM, n=3 biological replicates run in technical duplicate)."}
{"words": ["(", "E", ")", "K562", "were", "pre", "-", "stimulated", "or", "not", "with", "IFNα", "for", "24", "hours", "and", "then", "inoculated", "with", "the", "infectious", "ZIKV", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "triplicates", ")", ".", "Viral", "supernatant", "was", "collected", "at", "different", "time", "points", "and", "titered", "on", "Vero", "E6", "cells", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ".", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) K562 were pre-stimulated or not with IFNα for 24 hours and then inoculated with the infectious ZIKV (mean ± SEM, n=3 biological replicates run in technical triplicates). Viral supernatant was collected at different time points and titered on Vero E6 cells. p values are for Mann Whitney test. ** for p<0.01, *** for p<0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "K562", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM1", "-", "3KR", "or", "control", "were", "transduced", "with", "Measles", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiency", "was", "evaluated", "five", "days", "post", "-", "TD", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "=", "1", ".", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) K562 over-expressing IFITM1, IFITM1-3KR or control were transduced with Measles-gp pseudotyped LV. Transduction efficiency was evaluated five days post-TD (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample t test versus Oe-Luc = 1. **** for p<0.0001."}
{"words": ["K562", "over", "-", "expressing", "IFITM3", ",", "IFITM3", "-", "Y20F", ",", "IFITM3", "-", "Y20F", "-", "3KR", "or", "control", "were", "pre", "-", "exposed", "or", "not", "to", "Ampho", "B", "and", "then", "transduced", "with", "Measles", "-", "gp", "(", "G", ")", ",", "BaEV", "-", "gp", "(", "H", ")", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiencies", "were", "measured", "by", "flow", "cytometry", "five", "days", "after", "TD", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "5", "-", "4", "-", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", "or", "unpaired", "t", "test", "for", "Ampho", "B", "versus", "DMSO", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K562 over-expressing IFITM3, IFITM3-Y20F, IFITM3-Y20F-3KR or control were pre-exposed or not to Ampho B and then transduced with Measles-gp (G), BaEV-gp (H) pseudotyped LV. Transduction efficiencies were measured by flow cytometry five days after TD (mean ± SEM, n=5-4-4 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample t test versus Oe-Luc DMSO=1 or unpaired t test for Ampho B versus DMSO. * for p<0.05, ** for p<0.01, *** for p<0.001, **** for p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Interaction", "between", "IFITM3", "wild", "-", "type", "or", "3KR", "and", "Phosphatydinositol", "-", "3", "phosphate", "(", "PIP3", ")", "(", "red", "dots", ")", "was", "evaluated", "by", "proximity", "ligation", "assay", ".", "Images", "were", "acquired", "using", "TCS", "SP5", "Leica", "confocal", "microscope", "60x", "with", "oil", "in", "THP1", "knock", "out", "for", "endogenous", "IFITM3", "and", "expressing", "either", "IFITM3", "wild", "-", "type", "or", "IFITM3", "-", "3KR", ".", "Number", "of", "foci", "were", "counted", "on", "imageJ", "and", "normalized", "over", "the", "number", "of", "nuclei", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "White", "arrows", "indicate", "foci", ",", "scale", "bar", "40μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Interaction between IFITM3 wild-type or 3KR and Phosphatydinositol-3 phosphate (PIP3) (red dots) was evaluated by proximity ligation assay. Images were acquired using TCS SP5 Leica confocal microscope 60x with oil in THP1 knock out for endogenous IFITM3 and expressing either IFITM3 wild-type or IFITM3-3KR. Number of foci were counted on imageJ and normalized over the number of nuclei (mean ± SEM, n=5 biological replicates). White arrows indicate foci, scale bar 40μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Phosphatydinositol", "-", "3", "phosphate", "(", "PIP3", ")", "levels", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "in", "THP1", "over", "-", "expressing", "the", "His", "-", "IFITM3", "/", "HA", "-", "IFITM3", "and", "His", "-", "3KR", "/", "HA", "-", "3KR", ".", "PIP3", "was", "quantified", "via", "Imagej", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Phosphatydinositol-3 phosphate (PIP3) levels were measured by immunofluorescence in THP1 over-expressing the His-IFITM3/HA-IFITM3 and His-3KR/HA-3KR. PIP3 was quantified via Imagej (mean ± SEM, n=5 biological replicates)."}
{"words": ["(", "C", ")", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM3", "or", "control", "were", "transduced", "with", "VSV", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", "in", "presence", "or", "absence", "of", "Rapamycin", "(", "Rapa", ")", ".", "Transduction", "efficiency", "was", "measured", "at", "FACS", "five", "days", "post", "-", "TD", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "6", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", "and", "Mann", "Whitney", "test", "for", "Rapa", "vs", "DMSO", ".", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) THP1 over-expressing IFITM3 or control were transduced with VSV-gp pseudotyped LV in presence or absence of Rapamycin (Rapa). Transduction efficiency was measured at FACS five days post-TD (mean ± SEM, n=6 biological replicates run in technical duplicate. p values are for one sample t test versus Oe-Luc DMSO=1 and Mann Whitney test for Rapa vs DMSO. ** for p<0.01, **** for p<0.0001."}
{"words": ["(", "D", ")", "THP1", "over", "-", "expressing", "IFITM3", "-", "Y20F", "-", "3KR", "or", "control", "were", "exposed", "or", "not", "to", "Rapamycin", "and", "transduced", "with", "Measles", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiency", "was", "evaluated", "by", "flow", "cytometry", "five", "days", "post", "-", "TD", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "t", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "DMSO", "=", "1", ".", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) THP1 over-expressing IFITM3-Y20F-3KR or control were exposed or not to Rapamycin and transduced with Measles-gp pseudotyped LV. Transduction efficiency was evaluated by flow cytometry five days post-TD (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample t test versus Oe-Luc DMSO=1. ** for p<0.0."}
{"words": ["(", "E", ")", "Hematopoietic", "stem", "and", "progenitor", "cells", "(", "HSPC", ")", "were", "transduced", "with", "VSV", "-", "gp", "or", "Measles", "-", "gp", "pseudotyped", "LV", "in", "presence", "or", "absence", "of", "Rapamycin", ".", "Transduction", "was", "evaluated", "at", "FACS", "five", "days", "later", "measuring", "the", "%", "of", "BFP", "expression", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Hematopoietic stem and progenitor cells (HSPC) were transduced with VSV-gp or Measles-gp pseudotyped LV in presence or absence of Rapamycin. Transduction was evaluated at FACS five days later measuring the % of BFP expression (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate). p values are for Mann Whitney test. * for p<0.05."}
{"words": ["Levels", "of", "phosphatidylinositol", "(", "PI", ")", "precursors", "of", "PIP3", "and", "PIP2", "were", "measured", "through", "lipidomic", "analysis", "in", "HSPC", "and", "K562", ".", "The", "results", "are", "presented", "as", "log", "plots", "of", "the", "PI", "ratio", "in", "K562", "over", "HSPC", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Levels of phosphatidylinositol (PI) precursors of PIP3 and PIP2 were measured through lipidomic analysis in HSPC and K562. The results are presented as log plots of the PI ratio in K562 over HSPC (D)."}
{"words": ["(", "E", ")", "PIP3", "levels", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "(", "scale", "bar", "40μm", ")", "and", "quantified", "as", "integrated", "density", "with", "ImageJ", "software", "in", "THP1", "and", "K562", "over", "-", "expressing", "IFITM3", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) PIP3 levels were measured by immunofluorescence (scale bar 40μm) and quantified as integrated density with ImageJ software in THP1 and K562 over-expressing IFITM3 (mean ± SEM, n=3 biological replicates). p values are for Mann Whitney test, * for p<0.05."}
{"words": ["(", "F", ")", "Interaction", "between", "IFITM3", "and", "Phosphatydinositol", "-", "3", "phosphate", "(", "PIP3", ")", "(", "red", "dots", ")", "was", "evaluated", "by", "proximity", "ligation", "assay", "using", "TCS", "SP5", "Leica", "confocal", "microscope", "60x", "with", "oil", "in", "THP1", "or", "K562", "expressing", "same", "levels", "of", "IFITM3", ".", "Number", "of", "foci", "and", "PLA", "foci", "intensity", "were", "measured", "on", "imageJ", "and", "normalized", "over", "the", "number", "of", "nuclei", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ",", "scale", "bar", "40μm", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Interaction between IFITM3 and Phosphatydinositol-3 phosphate (PIP3) (red dots) was evaluated by proximity ligation assay using TCS SP5 Leica confocal microscope 60x with oil in THP1 or K562 expressing same levels of IFITM3. Number of foci and PLA foci intensity were measured on imageJ and normalized over the number of nuclei (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate), scale bar 40μm. p values are for Mann Whitney test, ** for p<0.01, *** for p<0.001.)."}
{"words": ["PIP3", "levels", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "and", "quantified", "as", "integrated", "density", "with", "ImageJ", "software", "in", "THP1", "and", "K562", "(", "G", ")", "pre", "-", "stimulated", "or", "not", "with", "IFN", "-", "α", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PIP3 levels were measured by immunofluorescence and quantified as integrated density with ImageJ software in THP1 and K562 (G) pre-stimulated or not with IFN-α (mean ± SEM, n=3 biological replicates. p values are for Mann Whitney test, *** for p<0.001."}
{"words": ["PIP3", "levels", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "and", "quantified", "as", "integrated", "density", "with", "ImageJ", "software", "in", "HSPC", "(", "H", ")", "pre", "-", "stimulated", "or", "not", "with", "IFN", "-", "α", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PIP3 levels were measured by immunofluorescence and quantified as integrated density with ImageJ software in HSPC (H) pre-stimulated or not with IFN-α (mean ± SEM, n=3 biological replicates. p values are for Mann Whitney test, *** for p<0.001."}
{"words": ["PIP3", "levels", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "and", "quantified", "as", "integrated", "density", "with", "ImageJ", "software", "in", "MDM", "(", "I", ")", "pre", "-", "stimulated", "or", "not", "with", "IFN", "-", "α", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PIP3 levels were measured by immunofluorescence and quantified as integrated density with ImageJ software in MDM (I) pre-stimulated or not with IFN-α (mean ± SEM, n=3 biological replicates. p values are for Mann Whitney test, *** for p<0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Calu3", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM2", ",", "IFITM3", ",", "PM", "-", "mutant", "IFITM3", "Y20A", "or", "control", "were", "transduced", "with", "SARS", "-", "CoV2", "Spike", "-", "pseudotyped", "LV", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", ">", "6", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "Transduction", "efficiency", "was", "measured", "by", "FACS", "five", "days", "after", "transduction", ",", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "paired", "T", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "Ctrl", "=", "1", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Calu3 over-expressing IFITM1, IFITM2, IFITM3, PM-mutant IFITM3 Y20A or control were transduced with SARS-CoV2 Spike-pseudotyped LV (mean ± SEM, n>6 biological replicates run in technical duplicate). Transduction efficiency was measured by FACS five days after transduction, p values are for one sample paired T test versus Oe-Luc Ctrl=1, **for p<0.01."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Calu3", "cells", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM2", ",", "IFITM3", ",", "IFITM3", "Y20A", "or", "control", "were", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV2", ".", "Viral", "titer", "was", "calculated", "by", "plaque", "assay", "in", "Vero", "E6", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Calu3 cells over-expressing IFITM1, IFITM2, IFITM3, IFITM3 Y20A or control were infected with SARS-CoV2. Viral titer was calculated by plaque assay in Vero E6 cells (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate). p values are for Mann Whitney test, * for p<0.05, *** for p<0.001."}
{"words": ["(", "G", ")", "Calu3", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM3", "or", "control", "were", "challenged", "to", "SARS", "-", "CoV2", "Omicron", "pseudotyped", "LV", ".", "Transduction", "efficiency", "was", "evaluated", "5", "days", "post", "-", "transduction", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "7", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "one", "sample", "T", "test", "versus", "Oe", "-", "Luc", "Ctrl", "=", "1", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Calu3 over-expressing IFITM1, IFITM3 or control were challenged to SARS-CoV2 Omicron pseudotyped LV. Transduction efficiency was evaluated 5 days post-transduction (mean ± SEM, n=7 biological replicates run in technical duplicate). p values are for one sample T test versus Oe-Luc Ctrl=1, **for p<0.01, ****for p<0.0001."}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "Calu3", "cells", "over", "-", "expressing", "IFITM1", ",", "IFITM2", ",", "IFITM3", "or", "control", "(", "H", ")", "or", "IFITM3", ",", "Y20A", "or", "control", "(", "I", ")", "were", "infected", "with", "Omicron", "at", "MOI", "1", ".", "Viral", "supernatants", "were", "collected", "at", "different", "time", "points", "and", "tittered", "on", "Vero", "E6", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "-", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "triplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) Calu3 cells over-expressing IFITM1, IFITM2, IFITM3 or control (H) or IFITM3, Y20A or control (I) were infected with Omicron at MOI 1. Viral supernatants were collected at different time points and tittered on Vero E6 cells. Data are presented as mean ± SEM (n=4-4 biological replicates run in technical triplicate). p values are for Mann Whitney test , **for p<0.01, ***for p<0.001, ****for p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "VSV", "(", "A", ")", "or", "ZIKV", "(", "B", ")", "viral", "supernatants", "were", "collected", "one", "day", "post", "-", "infection", "in", "THP1", "(", "A", ")", "or", "Calu3", "(", "B", ")", "over", "-", "expressing", "IFITM3", ",", "IFITM3", "lysin", "-", "less", "mutant", "(", "4KR", ")", ",", "IFITM3", "CIL", "-", "lysin", "mutant", "(", "3KR", ")", "or", "control", "and", "titered", "on", "VERO", "E6", "cells", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "5", "-", "3", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ".", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) VSV (A) or ZIKV (B) viral supernatants were collected one day post-infection in THP1 (A) or Calu3 (B) over-expressing IFITM3, IFITM3 lysin-less mutant (4KR), IFITM3 CIL-lysin mutant (3KR) or control and titered on VERO E6 cells. Data represent the mean ± SEM (n=5-3 biological replicates run in technical duplicate). p values are for Mann Whitney test. * for p<0.05, ** for p<0.01."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "K562", "were", "inoculated", "with", "the", "infectious", "VSV", "(", "C", ")", "or", "ZIKV", "(", "D", ")", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "Viral", "supernatant", "was", "collected", "at", "different", "time", "points", "and", "titered", "on", "Vero", "E6", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) K562 were inoculated with the infectious VSV (C) or ZIKV (D) (mean ± SEM, n=3 biological replicates run in technical duplicate). Viral supernatant was collected at different time points and titered on Vero E6 cells."}
{"words": ["(", "I", ")", "IFITM3", "and", "PIP3", "level", "were", "measured", "by", "immunofluorescence", "(", "scale", "bar", "100µm", ")", "and", "quantified", "as", "integrated", "density", "with", "ImageJ", "software", "in", "Calu3", "infected", "or", "not", "with", "Omicron", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "(", "J", ")", "PIP3", "coupled", "to", "a", "specific", "PIP", "carrier", "(", "PIP3", "+", "Carr", "Ctrl", ")", "or", "Carr", "Ctrl", "were", "provided", "to", "Calu3", "over", "-", "expressing", "IFITM3", ",", "control", "or", "KO", "for", "IFITM3", "prior", "to", "infection", "with", "SARS", "-", "CoV2", "Omicron", ".", "Infectious", "supernatants", "were", "collected", "after", "three", "days", "and", "tittered", "in", "Vero", "E6", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Wilcoxon", "signed", "ranked", "test", ",", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "The", "inhibitory", "effect", "of", "exogenous", "PIP3", "on", "infection", "is", "represented", "as", "Fold", "versus", "Carr", "Ctrl", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", "run", "in", "technical", "duplicate", ")", ".", "p", "values", "are", "for", "Mann", "Whitney", "test", ",", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) IFITM3 and PIP3 level were measured by immunofluorescence (scale bar 100µm) and quantified as integrated density with ImageJ software in Calu3 infected or not with Omicron (n=3 biological replicates). p values are for Mann Whitney test, ** for p<0.01. (J) PIP3 coupled to a specific PIP carrier (PIP3+Carr Ctrl) or Carr Ctrl were provided to Calu3 over-expressing IFITM3, control or KO for IFITM3 prior to infection with SARS-CoV2 Omicron. Infectious supernatants were collected after three days and tittered in Vero E6 cells (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate ). p values are for Wilcoxon signed ranked test, * for p<0.05. The inhibitory effect of exogenous PIP3 on infection is represented as Fold versus Carr Ctrl (mean ± SEM, n=4 biological replicates run in technical duplicate ). p values are for Mann Whitney test, * for p<0.05."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "was", "performed", "using", "SETD1A", "fragment", "-", "expressing", "293T", "cells", ".", "These", "constructs", "were", "used", "for", "the", "following", "rescue", "experiments", ".", "Representative", "images", "from", "2", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis was performed using SETD1A fragment-expressing 293T cells. These constructs were used for the following rescue experiments. Representative images from 2 independent experiments are shown."}
{"words": ["Setd1afl", "/", "fl", ";", "CreER", "cells", "were", "transfected", "with", "SETD1A", "fragment", "and", "endogenous", "Setd1a", "was", "deleted", "by", "tamoxifen", ",", "then", "assayed", "for", "colony", "-", "forming", "potential", ".", "Representative", "data", "from", "1", "out", "of", "3", "independent", "experiments", "with", "3", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Setd1afl/fl;CreER cells were transfected with SETD1A fragment and endogenous Setd1a was deleted by tamoxifen, then assayed for colony-forming potential. Representative data from 1 out of 3 independent experiments with 3 biological replicates are shown. Data information: data are presented as mean ± SD. **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 (Student's t-test)."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "was", "performed", "at", "3", "days", "post", "-", "tamoxifen", "to", "analyze", "Fancd2", "expression", "in", "human", "SETD1A", "-", "expressing", "Setd1afl", "/", "fl", ";", "CreER", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", ".", "qRT", "-", "PCR", "with", "3", "biological", "replicates", "was", "performed", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR was performed at 3 days post-tamoxifen to analyze Fancd2 expression in human SETD1A-expressing Setd1afl/fl;CreER MLL-AF9 leukemia cells. qRT-PCR with 3 biological replicates was performed. Data information: data are presented as mean ± SD. **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 (Student's t-test)."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "SETD1A", "-", "GFP", "fusion", "constructs", ".", "Cell", "nucleus", "was", "visualized", "with", "DAPI", ".", "The", "percentage", "of", "GFP", "nuclear", "localization", "is", "indicated", "in", "each", "image", ".", "Asterisks", "in", "images", "indicate", "the", "cells", "with", "nuclear", "specific", "SETD1A", "-", "GFP", "signals", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "µm", ".", "G", "−", "H", ".", "Mouse", "Setd1afl", "/", "fl", ";", "CreER", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", "were", "transfected", "with", "FO3", "-", "GFP", "fusion", "constructs", ".", "(", "G", ")", "Subcellular", "localization", "of", "GFP", "fusion", "constructs", "was", "visualized", "by", "immunofluorescence", "and", "nucleus", "was", "stained", "with", "DAPI", ".", "The", "percentage", "of", "GFP", "nuclear", "localization", "is", "indicated", "in", "each", "image", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "µm", ".", "(", "H", ")", "FO3", "-", "GFP", "fusion", "expressing", "cells", "were", "treated", "with", "tamoxifen", "and", "colony", "assay", "with", "3", "biological", "replicates", "was", "performed", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with SETD1A-GFP fusion constructs. Cell nucleus was visualized with DAPI. The percentage of GFP nuclear localization is indicated in each image. Asterisks in images indicate the cells with nuclear specific SETD1A-GFP signals. Scale bars: 10 µm. G−H. Mouse Setd1afl/fl;CreER MLL-AF9 leukemia cells were transfected with FO3-GFP fusion constructs. (G) Subcellular localization of GFP fusion constructs was visualized by immunofluorescence and nucleus was stained with DAPI. The percentage of GFP nuclear localization is indicated in each image. Scale bars: 10 µm. (H) FO3-GFP fusion expressing cells were treated with tamoxifen and colony assay with 3 biological replicates was performed. Data information: data are presented as mean ± SD. **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 (Student's t-test)."}
{"words": ["Relative", "expression", "of", "Mlh1", "in", "SETD1A", "rescued", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", ".", "qRT", "-", "PCR", "with", "3", "biological", "replicates", "was", "performed", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "for", "(", "D", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative expression of Mlh1 in SETD1A rescued MLL-AF9 leukemia cells. qRT-PCR with 3 biological replicates was performed. Data information: data are presented as mean ± SD. **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 (Student's t-test for (D)"}
{"words": ["Percentage", "of", "GFP", "+", "SETD1A", "mutant", "-", "expressing", "leukemia", "cells", "in", "PB", "was", "analyzed", "at", "3", "weeks", "post", "-", "transplant", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Percentage of GFP+ SETD1A mutant-expressing leukemia cells in PB was analyzed at 3 weeks post-transplant (n = 5 / group). Data information: **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 One-way ANOVA"}
{"words": ["Survival", "of", "recipient", "mice", "harboring", "SETD1A", "mutant", "-", "expressing", "leukemia", "cells", "after", "transplantation", "(", "TX", ")", "was", "plotted", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", "Kaplan", "-", "Meier", "for", "(", "F", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Survival of recipient mice harboring SETD1A mutant-expressing leukemia cells after transplantation (TX) was plotted (n = 5 / group). Data information: **P ≤ 0.01, *P ≤ 0.05 Kaplan-Meier for (F))."}
{"words": ["SETD1A", "FLOS", "domain", "-", "binding", "proteins", "were", "identified", "by", "Co", "-", "IP", "MS", ".", "Full", "-", "length", "SETD1A", "and", "FO3", "fragment", "were", "used", "as", "baits", "and", "overlapped", "proteins", "(", "red", "dots", ")", "were", "identified", "as", "SETD1A", "FLOS", "domain", "-", "binding", "proteins", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SETD1A FLOS domain-binding proteins were identified by Co-IP MS. Full-length SETD1A and FO3 fragment were used as baits and overlapped proteins (red dots) were identified as SETD1A FLOS domain-binding proteins."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "full", "-", "length", "SETD1A", "alanine", "mutants", "and", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "the", "Co", "-", "IP", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with full-length SETD1A alanine mutants and protein extracts were used for the Co-IP experiments."}
{"words": ["F", ".", "MOLM", "-", "13", "leukemia", "cells", "were", "examined", "by", "ChIP", "-", "seq", "analyses", "against", "HA", "-", "tagged", "SETD1A", ",", "BuGZ", ",", "BUB3", ",", "H3K4me3", "and", "H3K4me1", ".", "Heatmaps", "of", "SETD1A", "(", "+", ")", "/", "BuGZ", "(", "+", ")", "regions", "(", "upper", ")", "and", "SETD1A", "(", "-", ")", "/", "BuGZ", "(", "+", ")", "regions", "(", "lower", ")", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. MOLM-13 leukemia cells were examined by ChIP-seq analyses against HA-tagged SETD1A, BuGZ, BUB3, H3K4me3 and H3K4me1. Heatmaps of SETD1A(+)/BuGZ(+) regions (upper) and SETD1A(-)/BuGZ(+) regions (lower) are shown."}
{"words": ["Relative", "expression", "levels", "of", "Bugz", "were", "analyzed", "in", "Bugz", "shRNA", "-", "expressing", "mouse", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", "at", "day", "3", "post", "-", "treatment", ",", "respectively", ".", "Data", "from", "3", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", "(", "Student", "'", "s", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative expression levels of Bugz were analyzed in Bugz shRNA-expressing mouse MLL-AF9 leukemia cells at day 3 post-treatment, respectively. Data from 3 biological replicates are shown. Data information: data are presented as mean ± SD. **P ≤ 0.01 (Student's t-test"}
{"words": ["Survival", "of", "recipient", "mice", "harboring", "dox", "-", "inducible", "shRNA", "-", "expressing", "leukemia", "cells", "was", "plotted", "(", "n", "=", "8", "-", "10", "/", "group", ")", ".", "Data", "information", ":", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", "Kaplan", "-", "Meier", "for", "(", "H", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Survival of recipient mice harboring dox-inducible shRNA-expressing leukemia cells was plotted (n = 8-10 / group). Data information: **P ≤ 0.01 Kaplan-Meier for (H))."}
{"words": ["Images", "are", "shown", "of", "representative", "karyotypes", "in", "control", ",", "Bugz", "and", "Bub3", "shRNA", "-", "expressing", "leukemia", "cells", ".", "Asterisks", "in", "images", "indicate", "the", "trisomy", "15", "in", "all", "cells", "analyzed", ".", "Red", "arrows", "indicate", "chromosomal", "aneuploidies", ".", "Representative", "images", "of", "sister", "-", "chromatid", "separation", "or", "aneuploidy", "in", "Bub3", "shRNAs", "are", "shown", "in", "lower", "panels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Images are shown of representative karyotypes in control, Bugz and Bub3 shRNA-expressing leukemia cells. Asterisks in images indicate the trisomy 15 in all cells analyzed. Red arrows indicate chromosomal aneuploidies. Representative images of sister-chromatid separation or aneuploidy in Bub3 shRNAs are shown in lower panels."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "SETD1A", "F2", "alanine", "mutant", "constructs", ".", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "SETD1A", "was", "used", "for", "Co", "-", "IP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with SETD1A F2 alanine mutant constructs. Myc-DDK-tagged SETD1A was used for Co-IP."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "BuGZ", "mutants", ".", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "BuGZ", "mutants", "illustrated", "on", "Figure", "S5B", "were", "used", "for", "Co", "-", "IP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with BuGZ mutants. Myc-DDK-tagged BuGZ mutants illustrated on Figure S5B were used for Co-IP."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "BUB3", "mutants", "and", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "the", "Co", "-", "IP", "experiments", ".", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "BUB3", "mutants", "illustrated", "on", "Figure", "S5C", "were", "used", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with BUB3 mutants and protein extracts were used for the Co-IP experiments. Myc-DDK-tagged BUB3 mutants illustrated on Figure S5C were used."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "human", "BuGZ", "constructs", "and", "the", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "a", "Co", "-", "IP", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with Myc-DDK-tagged human BuGZ constructs and the protein extracts were used for a Co-IP experiment."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "BuGZ", "variant", "constructs", "and", "the", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "the", "Co", "-", "IP", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with Myc-DDK-tagged BuGZ variant constructs and the protein extracts were used for the Co-IP experiment."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "BuGZ", "constructs", "and", "the", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "a", "Co", "-", "IP", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with Myc-DDK-tagged BuGZ constructs and the protein extracts were used for a Co-IP experiment."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "DDK", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "BuGZ", "and", "the", "cells", "were", "treated", "with", "1", ",", "6", "-", "hexanediol", "for", "3", "h", ".", "The", "protein", "extracts", "were", "used", "for", "the", "Co", "-", "IP", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were transfected with Myc-DDK-tagged wild-type BuGZ and the cells were treated with 1,6-hexanediol for 3 h. The protein extracts were used for the Co-IP experiments."}
{"words": ["SETD1A", "-", "GFP", "fusion", "-", "expressing", "Setd1afl", "/", "fl", ";", "CreER", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", "were", "treated", "with", "tamoxifen", ",", "then", "assayed", "for", "colony", "-", "forming", "potential", ".", "The", "FUCCI", "reporter", "(", "mCherry", "-", "Cdt1", "(", "30", "-", "120", ")", "/", "Citrine", "-", "Geminin", "(", "1", "-", "110", ")", ")", "-", "expressing", "cells", "were", "used", "as", "control", ".", "Data", "from", "3", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SETD1A-GFP fusion-expressing Setd1afl/fl;CreER MLL-AF9 leukemia cells were treated with tamoxifen, then assayed for colony-forming potential. The FUCCI reporter (mCherry-Cdt1(30-120)/Citrine-Geminin(1-110))-expressing cells were used as control. Data from 3 biological replicates are shown. Data are presented as mean ± SD."}
{"words": ["SGC", "-", "expressing", "Setd1afl", "/", "fl", ";", "CreER", "MLL", "-", "AF9", "leukemia", "cells", "were", "treated", "with", "tamoxifen", ",", "and", "RNA", "-", "seq", "analysis", "was", "performed", "with", "sorted", "cells", ".", "Data", "are", "shown", "as", "log2", "fold", "change", "over", "tamoxifen", "non", "-", "treated", "GFP", "-", "expressing", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "SGC-expressing Setd1afl/fl;CreER MLL-AF9 leukemia cells were treated with tamoxifen, and RNA-seq analysis was performed with sorted cells. Data are shown as log2 fold change over tamoxifen non-treated GFP-expressing control."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Actively", "dividing", "cells", "labelled", "by", "BrdU", "and", "Ki67", "are", "reduced", "in", "the", "SGZ", "of", "DSCR1", "mutants", "compared", "to", "that", "of", "wild", "type", "mice", ".", "Brain", "sections", "were", "prepared", "1", "day", "after", "BrdU", "injection", ".", "The", "white", "box", "area", "is", "magnified", "in", "the", "lower", "panels", ":", "DAPI", "(", "blue", ")", ",", "Ki67", "(", "green", ")", ",", "and", "BrdU", "(", "red", ")", ".", "Arrow", "heads", "indicate", "BrdU", "and", "Ki", "-", "67", "double", "positive", "cells", "in", "the", "SGZ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Actively dividing cells labelled by BrdU and Ki67 are reduced in the SGZ of DSCR1 mutants compared to that of wild type mice. Brain sections were prepared 1 day after BrdU injection. The white box area is magnified in the lower panels: DAPI (blue), Ki67 (green), and BrdU (red). Arrow heads indicate BrdU and Ki-67 double positive cells in the SGZ."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Differentiating", "cells", "are", "identified", "by", "staining", "with", "BrdU", "and", "DCX", ".", "Brain", "sections", "were", "prepared", "10", "days", "after", "BrdU", "injection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(C, D) Differentiating cells are identified by staining with BrdU and DCX. Brain sections were prepared 10 days after BrdU injection."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Maturation", "of", "progenitor", "cells", "are", "assessed", "by", "staining", "with", "BrdU", "and", "NeuN", ".", "Brain", "sections", "were", "prepared", "21", "days", "after", "BrdU", "injection", "Each", "hippocampal", "section", "was", "40", "μm", "in", "thickness", ",", "and", "a", "total", "of", "24", "sections", "were", "obtained", "from", "one", "hippocampus", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "μm", "in", "the", "large", "panel", ",", "and", "10", "μm", "in", "the", "magnified", "images", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "animals", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Maturation of progenitor cells are assessed by staining with BrdU and NeuN. Brain sections were prepared 21 days after BrdU injection Each hippocampal section was 40 μm in thickness, and a total of 24 sections were obtained from one hippocampus. Scale bars:100 μm in the large panel, and 10 μm in the magnified images. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 animals for each condition, *P< 0.05, **P< 0.01."}
{"words": ["(", "A", ")", "miR", "-", "124", "expression", "is", "altered", "in", "DSCR1", "mutants", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "animals", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) miR-124 expression is altered in DSCR1 mutants. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 animals for each condition, *P< 0.01."}
{"words": ["(", "B", ")", "Promoter", "activity", "of", "miR", "-", "124", "in", "Neuro2", "A", "cells", "with", "DSCR1", "reduction", "or", "overexpression", ".", "Firefly", "luciferase", "reporter", "under", "the", "control", "of", "miR", "-", "124", "promoter", "is", "measured", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Promoter activity of miR-124 in Neuro2 A cells with DSCR1 reduction or overexpression. Firefly luciferase reporter under the control of miR-124 promoter is measured. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 for each condition, *P< 0.05, **P< 0.01."}
{"words": ["(", "C", ")", "Bisulfite", "sequencing", "analyses", "of", "the", "miR", "-", "124", "promoter", ".", "Each", "CpG", "site", "is", "indicated", ",", "and", "the", "methylation", "status", "of", "two", "different", "regions", "are", "shown", ".", "Open", "and", "filled", "circles", "represent", "unmethylated", "and", "methylated", "CpG", "sites", ",", "respectively", ".", "The", "percentage", "of", "methylated", "CpGs", "among", "total", "number", "of", "CpGs", "is", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Bisulfite sequencing analyses of the miR-124 promoter. Each CpG site is indicated, and the methylation status of two different regions are shown. Open and filled circles represent unmethylated and methylated CpG sites, respectively. The percentage of methylated CpGs among total number of CpGs is also shown."}
{"words": ["(", "D", ")", "Neuro2A", "cells", "containing", "DSCR1shRNA", "show", "increased", "activity", "of", "miR", "-", "124", "promoter", "measured", ".", "The", "miR", "-", "124", "promoter", "was", "inserted", "in", "front", "of", "the", "luciferase", "reporter", ".", "Site", "-", "directed", "mutation", "of", "two", "methylation", "sites", "(", "31", "and", "58", ")", "in", "the", "promoter", "shows", "the", "luciferase", "activity", "similar", "to", "that", "of", "DSCR1", "reduction", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Neuro2A cells containing DSCR1shRNA show increased activity of miR-124 promoter measured. The miR-124 promoter was inserted in front of the luciferase reporter. Site-directed mutation of two methylation sites (31 and 58) in the promoter shows the luciferase activity similar to that of DSCR1 reduction. Values are shown as mean ± SEM, and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 for each condition, *P< 0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "Overexpression", "of", "DSCR1", "reduced", "the", "luciferase", "activity", ",", "while", "removing", "all", "methylation", "sites", "in", "the", "miR", "-", "124", "promoter", "increases", "it", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Overexpression of DSCR1 reduced the luciferase activity, while removing all methylation sites in the miR-124 promoter increases it. Values are shown as mean ± SEM, and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 for each condition, *P< 0.05."}
{"words": ["(", "A", ")", "DSCR1", "binds", "to", "TET1", "introns", ".", "The", "binding", "affinity", "of", "DSCR1", "to", "the", "intron", "8", "of", "TET1", "decreased", "with", "increased", "dosage", "of", "U1", "snRNA", "and", "U2", "snRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) DSCR1 binds to TET1 introns. The binding affinity of DSCR1 to the intron 8 of TET1 decreased with increased dosage of U1 snRNA and U2 snRNA."}
{"words": ["(", "B", ")", "DSCR1", "missing", "RNA", "recognition", "motif", "(", "△", "RRM", ")", "does", "not", "bind", "to", "the", "TET1", "intron", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) DSCR1 missing RNA recognition motif (△RRM) does not bind to the TET1 intron 8."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Schematic", "diagram", "of", "the", "luciferase", "reporter", "separated", "by", "TET1", "intron", "8", "and", "9", "or", "GAPDH", "intron", "3", "and", "4", ".", "DSCR1", "reduction", "increases", "the", "activity", "of", "this", "luciferase", "construct", ",", "while", "DSCR1", "overexpression", "decreases", "its", "activity", ".", "In", "contrast", ",", "altering", "DSCR1", "levels", "did", "not", "affect", "luciferase", "activity", "of", "the", "construct", "containing", "GAPDH", "introns", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Schematic diagram of the luciferase reporter separated by TET1 intron 8 and 9 or GAPDH intron 3 and 4. DSCR1 reduction increases the activity of this luciferase construct, while DSCR1 overexpression decreases its activity. In contrast, altering DSCR1 levels did not affect luciferase activity of the construct containing GAPDH introns. Values are shown as mean ± SEM, and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 for each condition, *P< 0.05, **P< 0.01. ***P< 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "TET1", "protein", "expression", "in", "the", "dentate", "gyrus", "region", "of", "hippocampus", "of", "DSCR1", "mutants", ".", "TET1", "is", "increased", "in", "DSCR1", "knockout", ",", "while", "it", "is", "decreased", "in", "DSCR1", "transgenic", "mice", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "animal", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) TET1 protein expression in the dentate gyrus region of hippocampus of DSCR1 mutants. TET1 is increased in DSCR1 knockout, while it is decreased in DSCR1 transgenic mice. Values are shown as mean ± SEM, and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 3 animal for each condition, *P< 0.05, **P< 0.01."}
{"words": ["(", "B", ")", "3", "weeks", "after", "lentivirus", "injection", ",", "neural", "progenitor", "cells", "are", "identified", "by", "double", "staining", "of", "GFP", "and", "Sox2", "in", "dentate", "gyrus", "region", ".", "The", "white", "arrow", "indicates", "Sox2", "and", "GFP", "double", "positive", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "(", "C", ")", "The", "number", "of", "GFP", "and", "Sox2", "double", "positive", "cells", "is", "restored", "to", "that", "of", "wild", "type", ".", "Scale", "bar", ":", "10μm", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "paired", "t", "-", "test", ".", "N", "=", "3", "animal", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) 3 weeks after lentivirus injection, neural progenitor cells are identified by double staining of GFP and Sox2 in dentate gyrus region. The white arrow indicates Sox2 and GFP double positive cells. Scale bar, 10 μm. (C) The number of GFP and Sox2 double positive cells is restored to that of wild type. Scale bar: 10μm. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by paired t-test. N = 3 animal for each condition, *P< 0.05."}
{"words": ["(", "A", ")", "Genotype", "of", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "was", "confirmed", "by", "detecting", "markers", "for", "Ts65Dn", "and", "DSCR1"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1], "text": "(A) Genotype of Ts65Dn/DSCR1+/- mouse was confirmed by detecting markers for Ts65Dn and DSCR1 KO"}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "of", "the", "DSCR1", "mRNA", "in", "Ts65Dn", "mouse", "was", "increased", "about", "2", ".", "5", "folds", "compared", "to", "that", "of", "wild", "type", ".", "However", ",", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "showed", "normal", "level", "of", "DSCR1", "mRNA", "transcript", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "3", "for", "each", "condition", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression of the DSCR1 mRNA in Ts65Dn mouse was increased about 2.5 folds compared to that of wild type. However, Ts65Dn/DSCR1+/- mouse showed normal level of DSCR1 mRNA transcript. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N=3 for each condition, *P< 0.05."}
{"words": ["As", "expected", ",", "the", "levels", "of", "TET1", "are", "decreased", "in", "Ts65Dn", "mouse", ",", "however", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "restores", "the", "TET1", "mRNA", "expression", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "ß", "-", "actin", "was", "used", "for", "normalization", ".", "N", "=", "3", "(", "Diploid", ")", ",", "3", "(", "Ts65Dn", ")", ",", "4", "(", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", ")", "mice", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "As expected, the levels of TET1 are decreased in Ts65Dn mouse, however Ts65Dn/DSCR1+/- mouse restores the TET1 mRNA expression. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. ß-actin was used for normalization. N = 3 (Diploid), 3 (Ts65Dn), 4 (Ts65Dn/DSCR1+/-) mice, *P< 0.05, **P< 0.01."}
{"words": ["As", "expected", ",", "the", "levels", "of", "miR", "-", "124", "are", "decreased", "in", "Ts65Dn", "mouse", ",", "however", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "restores", "the", "miR", "-", "124", "expression", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "ß", "-", "actin", "was", "used", "for", "normalization", ".", "N", "=", "3", "(", "Diploid", ")", ",", "3", "(", "Ts65Dn", ")", ",", "4", "(", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", ")", "mice", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "As expected, the levels of miR-124 are decreased in Ts65Dn mouse, however Ts65Dn/DSCR1+/- mouse restores the miR-124 expression. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. ß-actin was used for normalization. N = 3 (Diploid), 3 (Ts65Dn), 4 (Ts65Dn/DSCR1+/-) mice, *P< 0.05, **P< 0.01."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "The", "number", "proliferating", "progenitor", "neurons", "identified", "by", "BrdU", "and", "Ki", "-", "67", "double", "staining", "is", "restored", "in", "the", "SGZ", "of", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "compared", "to", "that", "of", "Ts65Dn", "mouse", ".", "The", "white", "box", "area", "is", "magnified", "in", "the", "lower", "panels", ":", "DAPI", "(", "blue", ")", ",", "Ki67", "(", "green", ")", ",", "and", "BrdU", "(", "red", ")", ".", "Arrow", "heads", "indicate", "BrdU", "and", "Ki", "-", "67", "double", "positive", "cells", "in", "the", "SGZ", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "μm", "in", "the", "large", "image", "and", "10", "μm", "in", "magnified", "image", ".", "Each", "hippocampal", "section", "was", "40", "μm", "in", "thickness", ",", "and", "total", "6", "hippocampi", "were", "used", "for", "analysis", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "6", "(", "control", ")", ",", "5", "(", "Ts65Dn", ")", ",", "3", "(", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", ")", "animals", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) The number proliferating progenitor neurons identified by BrdU and Ki-67 double staining is restored in the SGZ of Ts65Dn/DSCR1+/- mouse compared to that of Ts65Dn mouse. The white box area is magnified in the lower panels: DAPI (blue), Ki67 (green), and BrdU (red). Arrow heads indicate BrdU and Ki-67 double positive cells in the SGZ. Scale bars: 100 μm in the large image and 10 μm in magnified image. Each hippocampal section was 40 μm in thickness, and total 6 hippocampi were used for analysis. Values are shown as mean ± SEM and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 6 (control), 5 (Ts65Dn), 3 (Ts65Dn/DSCR1+/-) animals, *P< 0.05."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Ts65Dn", "has", "learning", "and", "memory", "defects", ",", "but", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", "mouse", "clearly", "rescues", "learning", "and", "memory", "defects", "to", "control", "levels", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "and", "tested", "for", "statistical", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "post", "hoc", "test", ".", "N", "=", "8", "(", "control", ")", ",", "5", "(", "Ts65Dn", ")", ",", "10", "(", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", ")", "animals", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "G", ",", "H", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "I", ")", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "I", ")", ".", "(", "J", ")", "Open", "-", "field", "analysis", "shows", "no", "defects", "in", "movement", "of", "tested", "animals", ".", "Values", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ",", "N", "=", "6", "(", "control", ")", ",", "5", "(", "Ts65Dn", ")", ",", "3", "(", "Ts65Dn", "/", "DSCR1", "+", "/", "-", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Ts65Dn has learning and memory defects, but Ts65Dn/DSCR1+/- mouse clearly rescues learning and memory defects to control levels. Values are shown as mean ± SEM, and tested for statistical significance by one-way ANOVA followed by Bonferroni post hoc test. N = 8 (control), 5 (Ts65Dn), 10 (Ts65Dn/DSCR1+/-) animals, *P< 0.001 (G, H). *P< 0.05 (I), **P< 0.01 (I). (J) Open-field analysis shows no defects in movement of tested animals. Values are shown as mean ± SEM, N = 6 (control), 5 (Ts65Dn), 3 (Ts65Dn/DSCR1+/-) animals."}
{"words": ["C", ",", "Microscale", "thermophoresis", "(", "MST", ")", "with", "purified", "ts5", "dDATGAT", "construct", "displaying", "affinity", "of", "10", "µM", "for", "NO711", ".", "D", ",", "dDATmfc", "did", "not", "show", "any", "interactions", "with", "NO711", "in", "the", "MST", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "All", "measurements", "of", "inhibition", "potency", "were", "the", "result", "of", "two", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "all", "the", "points", "were", "used", "for", "calculating", "the", "values", "where", "the", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Microscale thermophoresis (MST) with purified ts5 dDATGAT construct displaying affinity of 10 µM for NO711. D, dDATmfc did not show any interactions with NO711 in the MST experiments. Data information: All measurements of inhibition potency were the result of two independent experiments performed in triplicate (n=6) and all the points were used for calculating the values where the error bars represent s.e.m."}
{"words": ["E", ",", "SKF89976a", "interacts", "with", "purified", "ts5", "dDATGAT", "construct", "with", "an", "affinity", "of", "34", "µM", ".", "F", ",", "MST", "experiments", "display", "no", "interactions", "of", "purified", "dDATmfc", "with", "SKF89976a", ".", "The", "MST", "profiles", "shown", "are", "one", "of", "two", "independent", "measurements", ".", "Data", "information", ":", "All", "measurements", "of", "inhibition", "potency", "were", "the", "result", "of", "two", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "all", "the", "points", "were", "used", "for", "calculating", "the", "values", "where", "the", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, SKF89976a interacts with purified ts5 dDATGAT construct with an affinity of 34 µM. F, MST experiments display no interactions of purified dDATmfc with SKF89976a. The MST profiles shown are one of two independent measurements. Data information: All measurements of inhibition potency were the result of two independent experiments performed in triplicate (n=6) and all the points were used for calculating the values where the error bars represent s.e.m."}
{"words": ["G", ",", "Michaelis", "-", "Menten", "uptake", "kinetics", "of", "3H", "-", "GABA", "by", "the", "GAT1WT", "used", "in", "the", "study", "displaying", "a", "KM", "value", "of", "11", ".", "4", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, Michaelis-Menten uptake kinetics of 3H-GABA by the GAT1WT used in the study displaying a KM value of 11.4 μM."}
{"words": ["H", ",", "Inhibition", "of", "3H", "-", "GABA", "uptake", "by", "the", "substrate", "analogue", "nipecotic", "acid", "displaying", "a", "Ki", "value", "of", "14", ".", "4", "μM", ".", "Data", "information", ":", "All", "measurements", "of", "inhibition", "potency", "were", "the", "result", "of", "two", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "all", "the", "points", "were", "used", "for", "calculating", "the", "values", "where", "the", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Inhibition of 3H-GABA uptake by the substrate analogue nipecotic acid displaying a Ki value of 14.4 μM. Data information: All measurements of inhibition potency were the result of two independent experiments performed in triplicate (n=6) and all the points were used for calculating the values where the error bars represent s.e.m."}
{"words": ["I", ",", "Inhibition", "of", "3H", "-", "GABA", "uptake", "through", "GAT1WT", "by", "tiagabine", "(", "Ki", "=", "725", "nM", ")", ",", "NO711", "(", "1", ".", "07", "μM", ")", "and", "SKF89976a", "(", "7", ".", "3", "μM", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "measurements", "of", "inhibition", "potency", "were", "the", "result", "of", "two", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "all", "the", "points", "were", "used", "for", "calculating", "the", "values", "where", "the", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, Inhibition of 3H-GABA uptake through GAT1WT by tiagabine (Ki= 725 nM), NO711 (1.07 μM) and SKF89976a (7.3 μM). Data information: All measurements of inhibition potency were the result of two independent experiments performed in triplicate (n=6) and all the points were used for calculating the values where the error bars represent s.e.m."}
{"words": ["B", ",", "Substitution", "of", "L300", "to", "other", "hydrophobic", "side", "chains", "and", "the", "consequences", "on", "transport", "activity", ".", "L300W", "has", "the", "maximal", "effect", "on", "the", "transport", "activity", ".", "The", "histogram", "represents", "mean", "of", "a", "total", "6", "measurements", "(", "n", "=", "6", ")", "done", "as", "two", "independent", "measurements", ".", "Individual", "datapoints", "are", "represented", "as", "black", "dots", "around", "the", "error", "bar", "that", "represents", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Substitution of L300 to other hydrophobic side chains and the consequences on transport activity. L300W has the maximal effect on the transport activity. The histogram represents mean of a total 6 measurements (n=6) done as two independent measurements. Individual datapoints are represented as black dots around the error bar that represents s.e.m."}
{"words": ["Changes", "to", "Michaelis", "-", "Menten", "kinetics", "for", "L300F", "mutant", "that", "displays", "weakened", "3H", "-", "GABA", "uptake", "activity", "with", "KM", "=", "20", ".", "9", "μM", ".", "A", "near", "10", "-", "fold", "loss", "of", "nipecotic", "acid", "inhibition", "potency", "was", "observed", "at", "a", "value", "of", "134", ".", "3", "μM", ".", "The", "inhibition", "potencies", "of", "the", "inhibitors", "display", "lowered", "value", "suggesting", "an", "improved", "ability", "to", "compete", "for", "the", "GABA", "uptake", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "plots", "were", "performed", "as", "two", "independent", "experiments", "each", "time", "done", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Error", "bars", "in", "the", "data", "display", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Statistical", "significance", "of", "inhibition", "potencies", "were", "measured", "between", "the", "mutant", "and", "GAT1WT", "transporter", "measured", "with", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "display", "p", "values", "as", "follows", ";", "nipecotic", "acid", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "Changes to Michaelis-Menten kinetics for L300F mutant that displays weakened 3H-GABA uptake activity with KM = 20.9 μM. A near 10-fold loss of nipecotic acid inhibition potency was observed at a value of 134.3 μM. The inhibition potencies of the inhibitors display lowered value suggesting an improved ability to compete for the GABA uptake. Data information: All data plots were performed as two independent experiments each time done in triplicate (n=6). Error bars in the data display s.e.m. Statistical significance of inhibition potencies were measured between the mutant and GAT1WT transporter measured with an unpaired t-test display p values as follows; nipecotic acid,"}
{"words": ["Changes", "to", "Michaelis", "-", "Menten", "kinetics", "for", "L300F", "mutant", "that", "displays", "weakened", "3H", "-", "GABA", "uptake", "activity", "with", "KM", "=", "20", ".", "9", "μM", ".", "The", "inhibition", "potencies", "of", "the", "inhibitors", "display", "lowered", "value", "suggesting", "an", "improved", "ability", "to", "compete", "for", "the", "GABA", "uptake", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "plots", "were", "performed", "as", "two", "independent", "experiments", "each", "time", "done", "in", "triplicate", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Error", "bars", "in", "the", "data", "display", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Statistical", "significance", "of", "inhibition", "potencies", "were", "measured", "between", "the", "mutant", "and", "GAT1WT", "transporter", "measured", "with", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "display", "p", "values", "as", "follows", "panel", "E", "-", "0", ".", "0001", ";", "tiagabine", ",", "panel", "F", "-", "0", ".", "0017", ";", "NO711", ",", "panel", "G", "-", "0", ".", "018", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Changes to Michaelis-Menten kinetics for L300F mutant that displays weakened 3H-GABA uptake activity with KM = 20.9 μM. The inhibition potencies of the inhibitors display lowered value suggesting an improved ability to compete for the GABA uptake. Data information: All data plots were performed as two independent experiments each time done in triplicate (n=6). Error bars in the data display s.e.m. Statistical significance of inhibition potencies were measured between the mutant and GAT1WT transporter measured with an unpaired t-test display p values as follows panel E-0.0001; tiagabine, panel F-0.0017; NO711, panel G-0.018; SKF89976a"}
{"words": ["E", ",", "F", ",", "Eadie", "-", "Hofstee", "plots", "of", "E", ",", "tiagabine", "and", "F", ",", "NO711", "display", "competitive", "mode", "of", "inhibition", "of", "3H", "GABA", "uptake", "in", "GAT1WT", ".", "G", ",", "Eadie", "-", "Hofstee", "plot", "of", "SKF89976a", "displaying", "mixed", "(", "competitive", "+", "non", "-", "competitive", ")", "inhibition", "of", "3H", "-", "GABA", "uptake", "in", "GAT1WT", ".", "Data", "information", ":", "(", "E", "-", "G", ")", "Concentrations", "of", "the", "inhibitors", "were", "decided", "based", "on", "the", "Ki", "values", "calculated", "for", "individual", "inhibitors", ".", "Each", "data", "point", "was", "plotted", "using", "6", "measurements", "carried", "out", "in", "two", "independent", "measurements", "in", "triplicates", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F, Eadie-Hofstee plots of E, tiagabine and F, NO711 display competitive mode of inhibition of 3H GABA uptake in GAT1WT. G, Eadie-Hofstee plot of SKF89976a displaying mixed (competitive+non-competitive) inhibition of 3H-GABA uptake in GAT1WT. Data information: (E-G) Concentrations of the inhibitors were decided based on the Ki values calculated for individual inhibitors. Each data point was plotted using 6 measurements carried out in two independent measurements in triplicates. Error bars represent s.e.m."}
{"words": ["C", ",", "Michaelis", "-", "Menten", "kinetics", "of", "GAT1WT", "and", "GAT1", "S359E", "displays", "a", "weakened", "KM", "value", "(", "28", ".", "54", "±", "2", ".", "3", "μM", ")", ".", "The", "enhanced", "Vmax", "is", "a", "consequence", "of", "the", "enhanced", "expression", "of", "the", "mutant", "transporter", "in", "the", "assayed", "cells", "monitored", "by", "FSEC", ".", "Data", "information", ":", "The", "kinetic", "plots", "were", "plotted", "as", "a", "mean", "of", "6", "measurements", "carried", "out", "in", "two", "independent", "measurements", "in", "triplicate", ".", "The", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Michaelis-Menten kinetics of GAT1WT and GAT1 S359E displays a weakened KM value (28.54 ± 2.3 μM). The enhanced Vmax is a consequence of the enhanced expression of the mutant transporter in the assayed cells monitored by FSEC. Data information: The kinetic plots were plotted as a mean of 6 measurements carried out in two independent measurements in triplicate. The error bars represent s.e.m."}
{"words": ["D", ",", "3H", "-", "GABA", "uptake", "inhibition", "by", "the", "substrate", "analogue", "nipecotic", "acid", "for", "GAT1", "S359E", "displaying", "a", "Ki", "value", "of", "30", ".", "1", "μM", "Data", "information", ":", "The", "kinetic", "plots", "were", "plotted", "as", "a", "mean", "of", "6", "measurements", "carried", "out", "in", "two", "independent", "measurements", "in", "triplicate", ".", "The", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, 3H-GABA uptake inhibition by the substrate analogue nipecotic acid for GAT1 S359E displaying a Ki value of 30.1 μM Data information: The kinetic plots were plotted as a mean of 6 measurements carried out in two independent measurements in triplicate. The error bars represent s.e.m."}
{"words": ["E", ",", "The", "equivalent", "mutation", "in", "dDATWT", "E384S", "causes", "a", "complete", "ablation", "of", "transport", "activity", "despite", "retaining", "similar", "expression", "levels", "as", "dDATWT", ".", "Data", "information", ":", "The", "kinetic", "plots", "were", "plotted", "as", "a", "mean", "of", "6", "measurements", "carried", "out", "in", "two", "independent", "measurements", "in", "triplicate", ".", "The", "error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, The equivalent mutation in dDATWT E384S causes a complete ablation of transport activity despite retaining similar expression levels as dDATWT. Data information: The kinetic plots were plotted as a mean of 6 measurements carried out in two independent measurements in triplicate. The error bars represent s.e.m."}
{"words": ["a", ",", "GFP", "-", "MAP1LC3B", "foci", "after", "RNAi", "and", "/", "or", "rapamycin", "treatment", "in", "U2OS", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, GFP-MAP1LC3B foci after RNAi and/or rapamycin treatment in U2OS cells. Scale bar, 20 µm."}
{"words": ["A", "LC3", "punctum", "formation", "in", "WT", "and", "GCN5", "KO", "HeLa", "cells", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A LC3 punctum formation in WT and GCN5 KO HeLa cells (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["Immunoblot", "showing", "LC3", "-", "II", "formation", "in", "WT", "or", "GCN5", "KO", "HeLa", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "lysosome", "inhibitor", "Baf", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Immunoblot showing LC3-II formation in WT or GCN5 KO HeLa cells in the presence or absence of the lysosome inhibitor Baf."}
{"words": ["Immunoblot", "showing", "LC3", "-", "II", "formation", "MB", "-", "3", "-", "treated", "HeLa", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "lysosome", "inhibitor", "Baf", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Immunoblot showing LC3-II formation MB-3-treated HeLa cells in the presence or absence of the lysosome inhibitor Baf."}
{"words": ["D", "Formation", "of", "LC3", "puncta", "in", "GCN5", "KO", "HeLa", "cells", "overexpressing", "Myc", "-", "tagged", "GCN5", "or", "GCN5", "-", "E575Q", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Formation of LC3 puncta in GCN5 KO HeLa cells overexpressing Myc-tagged GCN5 or GCN5-E575Q (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "LC3", "puncta", "in", "cells", "The", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "Baf", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of LC3 puncta in cells The cells were treated with or without Baf (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["Formation", "of", "LC3", "puncta", "in", "HeLa", "cells", "overexpressing", "GFP", "-", "GCN5", "with", "or", "without", "Baf"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2], "text": "Formation of LC3 puncta in HeLa cells overexpressing GFP-GCN5 with or without Baf treatment"}
{"words": ["Formation", "of", "LC3", "puncta", "in", "HeLa", "cells", "overexpressing", "GFP", "-", "GCN5", "with", "or", "without", "Baf", "treatment", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Formation of LC3 puncta in HeLa cells overexpressing GFP-GCN5 with or without Baf treatment (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; *p < 0.05, **p < 0.01, Student's t-test; Scale bar, 10 µm)."}
{"words": ["H", "LC3", "-", "II", "formation", "in", "GFP", "-", "GCN5", "-", "overexpressing", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H LC3-II formation in GFP-GCN5-overexpressing HeLa cells."}
{"words": ["I", "GFP", "-", "p62", "levels", "in", "HEK293", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "p62", ".", "The", "cells", "were", "cultured", "with", "GCN5", "siRNA", "with", "or", "without", "CQ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "I GFP-p62 levels in HEK293 cells stably expressing GFP-p62. The cells were cultured with GCN5 siRNA with or without CQ."}
{"words": ["J", "PDLIM1", "and", "IFT20", "protein", "levels", "in", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "with", "or", "without", "transfection", "of", "GFP", "-", "GCN5", "and", "addition", "of", "CQ", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "J PDLIM1 and IFT20 protein levels in GCN5 KO HEK293 cells with or without transfection of GFP-GCN5 and addition of CQ."}
{"words": ["K", "Representative", "images", "of", "mCherry", "-", "Atg8a", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "in", "Drosophila", "larval", "fat", "body", "in", "which", "dGcn5", "is", "overexpressed", "(", "OE", ")", "or", "silenced", "(", "KD", ")", "using", "the", "pan", "-", "fat", "body", "driver", "(", "cg", "-", "GAL4", ")", ".", "Drosophila", "(", "cg", "-", "GAL4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Representative images of mCherry-Atg8a (red) and DAPI (blue) in Drosophila larval fat body in which dGcn5 is overexpressed (OE) or silenced (KD) using the pan-fat body driver (cg-GAL4). Drosophila (cg-GAL4/+) was used as the control (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; *p < 0.05, ***p < 0.001, Student's t-test; Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["A", "LAMP1", "puncta", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "in", "WT", "and", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A LAMP1 puncta (green) and DAPI (blue) in WT and GCN5 KO HEK293 cells (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["B", "Fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "analysis", "of", "WT", "and", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "stained", "with", "LysoTracker", ".", "Fluorescence", "intensity", "of", "10", ",", "000", "cells", "per", "sample", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Fluorescence-activated cell sorting analysis of WT and GCN5 KO HEK293 cells stained with LysoTracker. Fluorescence intensity of 10,000 cells per sample was measured."}
{"words": ["C", "Immunoblot", "showing", "lysosomal", "protein", "levels", "in", "three", "independent", "clones", "of", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", ".", "CTSD", "HC", ",", "cathepsin", "D", "heavy", "chain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "C Immunoblot showing lysosomal protein levels in three independent clones of GCN5 KO HEK293 cells. CTSD HC, cathepsin D heavy chain."}
{"words": ["D", "LAMP1", "puncta", "in", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "overexpressing", "Myc", "-", "tagged", "GCN5", "or", "GCN5", "-", "E575Q", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D LAMP1 puncta in GCN5 KO HEK293 cells overexpressing Myc-tagged GCN5 or GCN5-E575Q (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "LAMP1", "puncta", "in", "(", "A", ")", "and", "(", "D", ")", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of LAMP1 puncta in (A) and (D) (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["F", "Hexosaminidase", "activity", "in", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Hexosaminidase activity in GCN5 KO HEK293 cells (mean ± SEM; n = 3 independent experiments; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["G", "Degradation", "of", "EGFR", "in", "WT", "and", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "CQ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "G Degradation of EGFR in WT and GCN5 KO HEK293 cells in the presence or absence of CQ."}
{"words": ["H", "Representative", "images", "of", "LysoTracker", "staining", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "in", "Drosophila", "larval", "fat", "body", "in", "which", "dGcn5", "is", "overexpressed", "(", "OE", ")", "or", "silenced", "(", "KD", ")", ".", "Drosophila", "(", "cg", "-", "GAL4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Representative images of LysoTracker staining (red) and DAPI (blue) in Drosophila larval fat body in which dGcn5 is overexpressed (OE) or silenced (KD). Drosophila (cg-GAL4/+) was used as the control (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; *p < 0.05, **p < 0.01, Student's t-test; Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["A", "Quantification", "of", "LC3", "puncta", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HeLa", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Baf", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Quantification of LC3 puncta in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HeLa cells in the presence or absence of Baf (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["B", "Immunoblot", "showing", "LC3", "-", "II", "formation", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HeLa", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Baf", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "B Immunoblot showing LC3-II formation in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HeLa cells in the presence or absence of Baf."}
{"words": ["C", "Quantification", "of", "LAMP1", "puncta", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HEK293", "cells", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Quantification of LAMP1 puncta in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HEK293 cells (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["D", "Immunoblot", "showing", "LAMP1", "levels", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HEK293", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "D Immunoblot showing LAMP1 levels in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HEK293 cells."}
{"words": ["E", "Acetylation", "of", "TFEB", "-", "Flag", "in", "stable", "TFEB", "-", "Flag", "-", "expressing", "HEK293", "cells", "with", "overexpression", "of", "individual", "histone", "acetyltransferases", "as", "indicated", ".", "TFEB", "-", "Flag", "was", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "beads", "and", "analyzed", "by", "immunoblot", "using", "anti", "-", "acetyl", "-", "lysine", "(", "Ace", "-", "lys", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "E Acetylation of TFEB-Flag in stable TFEB-Flag-expressing HEK293 cells with overexpression of individual histone acetyltransferases as indicated. TFEB-Flag was immunoprecipitated with anti-Flag beads and analyzed by immunoblot using anti-acetyl-lysine (Ace-lys)."}
{"words": ["F", "TFEB", "-", "Flag", "acetylation", "in", "the", "stable", "TFEB", "-", "Flag", "-", "expressing", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "Myc", "-", "tagged", "GCN5", "or", "GCN5", "-", "E575Q", "after", "incubation", "with", "GCN5", "siRNA", "for", "48", "h", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F TFEB-Flag acetylation in the stable TFEB-Flag-expressing HEK293 cells transfected with Myc-tagged GCN5 or GCN5-E575Q after incubation with GCN5 siRNA for 48 h."}
{"words": ["G", "Acetylation", "of", "endogenous", "TFEB", "in", "MEF", "cells", "treated", "with", "the", "GCN5", "inhibitor", "MB", "-", "3", "or", "the", "p300", "/", "CBP", "inhibitor", "C646", ".", "H3", ",", "histone", "H3", ".", "Ace", "-", "H3", "(", "K9", ")", "and", "Ace", "-", "H3", "(", "K27", ")", "were", "used", "to", "show", "the", "activity", "of", "GCN5", "and", "p300", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "G Acetylation of endogenous TFEB in MEF cells treated with the GCN5 inhibitor MB-3 or the p300/CBP inhibitor C646. H3, histone H3. Ace-H3 (K9) and Ace-H3 (K27) were used to show the activity of GCN5 and p300, respectively."}
{"words": ["H", "Co", "-", "precipitation", "of", "GCN5", "with", "TFEB", ".", "TFEB", "was", "immunoprecipitated", "from", "MEF", "cells", "using", "anti", "-", "TFEB", ",", "and", "the", "precipitates", "were", "analyzed", "using", "anti", "-", "GCN5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "H Co-precipitation of GCN5 with TFEB. TFEB was immunoprecipitated from MEF cells using anti-TFEB, and the precipitates were analyzed using anti-GCN5."}
{"words": ["I", "In", "vitro", "acetylation", "assays", "of", "TFEB", ".", "Purified", "recombinant", "TFEB", "was", "incubated", "with", "Myc", "-", "GCN5", "or", "Myc", "-", "GCN5", "-", "E575Q", "immunoprecipitated", "from", "HEK293", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I In vitro acetylation assays of TFEB. Purified recombinant TFEB was incubated with Myc-GCN5 or Myc-GCN5-E575Q immunoprecipitated from HEK293 cells."}
{"words": ["J", "Acetylation", "of", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "or", "TFEB", "mutants", "expressed", "in", "HEK293", "cells", ".", "3KR", ":", "Lys", "116", ",", "Lys", "274", ",", "and", "Lys", "279", "were", "replaced", "by", "Arg", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "J Acetylation of Flag-tagged TFEB or TFEB mutants expressed in HEK293 cells. 3KR: Lys 116, Lys 274, and Lys 279 were replaced by Arg."}
{"words": ["A", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "TFEB", "target", "genes", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HEK293", "cells", ".", "Data", "information", ":", "In", "this", "Figure", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A RT-qPCR analysis of the expression of TFEB target genes in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HEK293 cells. Data information: In this Figure, data are presented as mean ± SEM; n = 3 independent experiments; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, Student's t-test."}
{"words": ["B", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "dMitf", "target", "gene", "expression", "in", "Drosophila", "larval", "fat", "body", "with", "silencing", "of", "dGcn5", ".", "Data", "information", ":", "In", "this", "Figure", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B RT-qPCR analysis of dMitf target gene expression in Drosophila larval fat body with silencing of dGcn5. Data information: In this Figure, data are presented as mean ± SEM; n = 3 independent experiments; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, Student's t-test."}
{"words": ["C", "Expression", "of", "TFEB", "target", "genes", "in", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "or", "without", "TFEB", "-", "WT", "or", "TFEB", "-", "3KR", ".", "Data", "information", ":", "In", "this", "Figure", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Expression of TFEB target genes in HEK293 cells transfected with or without TFEB-WT or TFEB-3KR. Data information: In this Figure, data are presented as mean ± SEM; n = 3 independent experiments; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, Student's t-test."}
{"words": ["D", ",", "E", "Luciferase", "activity", "measured", "in", "WT", ",", "GCN5", "KO", "and", "GCN5", "/", "TFEB", "DKO", "HEK293", "cells", "(", "D", ")", ",", "and", "in", "HEK293", "cells", "with", "TFEB", "-", "WT", "or", "TFEB", "-", "3KR", "transfection", "(", "E", ")", ".", "The", "cells", "were", "transfected", "or", "co", "-", "transfected", "with", "a", "TFEB", "-", "luciferase", "reporter", ".", "3KR", ":", "Lys", "116", ",", "Lys", "274", ",", "and", "Lys", "279", "were", "replaced", "by", "Arg", ".", "Data", "information", ":", "In", "this", "Figure", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Luciferase activity measured in WT, GCN5 KO and GCN5/TFEB DKO HEK293 cells (D), and in HEK293 cells with TFEB-WT or TFEB-3KR transfection (E). The cells were transfected or co-transfected with a TFEB-luciferase reporter. 3KR: Lys 116, Lys 274, and Lys 279 were replaced by Arg. Data information: In this Figure, data are presented as mean ± SEM; n = 3 independent experiments; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, Student's t-test."}
{"words": ["A", "Subcellular", "localization", "of", "TFEB", "in", "WT", "or", "GCN5", "KO", "HEK293", "cells", "treated", "with", "or", "without", "Torin1", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Subcellular localization of TFEB in WT or GCN5 KO HEK293 cells treated with or without Torin1 (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["B", "Subcellular", "localization", "of", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "or", "TFEB", "mutants", "in", "HEK293", "cells", "treated", "with", "or", "without", "Torin1", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "Flag", "antibody", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Subcellular localization of Flag-tagged TFEB or TFEB mutants in HEK293 cells treated with or without Torin1. Cells were stained with anti-Flag antibody (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["C", "ChIP", "-", "qPCR", "analysis", "of", "TFEB", "binding", "to", "the", "promoter", "of", "its", "target", "genes", "CLCN7", ",", "GLA", "and", "CTSD", ".", "Normal", "mouse", "IgG", "and", "primers", "against", "the", "upstream", "region", "lacking", "CLEAR", "sites", "(", "up", ")", "were", "used", "as", "negative", "controls", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C ChIP-qPCR analysis of TFEB binding to the promoter of its target genes CLCN7, GLA and CTSD. Normal mouse IgG and primers against the upstream region lacking CLEAR sites (up) were used as negative controls (mean ± SEM; n = 3 independent experiments; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["D", "Electrophoresis", "mobility", "shift", "assay", "of", "TFEB", "binding", "to", "the", "promoter", "of", "GLA", ".", "A", "DNA", "fragment", "from", "the", "GLA", "promoter", "containing", "the", "TFEB", "binding", "site", "was", "incubated", "with", "purified", "recombinant", "TFEB", "or", "each", "of", "the", "TFEB", "mutants", ",", "and", "was", "subjected", "to", "electrophoresis", ".", "Asterisk", "indicates", "the", "DNA", "fragment", "from", "the", "GAPDH", "promoter", "which", "was", "used", "as", "a", "TFEB", "non", "-", "binding", "DNA", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "D Electrophoresis mobility shift assay of TFEB binding to the promoter of GLA. A DNA fragment from the GLA promoter containing the TFEB binding site was incubated with purified recombinant TFEB or each of the TFEB mutants, and was subjected to electrophoresis. Asterisk indicates the DNA fragment from the GAPDH promoter which was used as a TFEB non-binding DNA control."}
{"words": ["F", "Co", "-", "precipitation", "of", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "and", "TFEB", "mutants", "with", "Myc", "-", "TFEB", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Immunoprecipitation", "was", "carried", "out", "with", "anti", "-", "Myc", "beads", ",", "and", "the", "precipitates", "were", "analyzed", "using", "anti", "-", "Flag", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "F Co-precipitation of Flag-tagged TFEB and TFEB mutants with Myc-TFEB in HEK293T cells. Immunoprecipitation was carried out with anti-Myc beads, and the precipitates were analyzed using anti-Flag."}
{"words": ["Co", "-", "precipitation", "of", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "and", "TFEB", "mutants", "with", "Myc", "-", "tagged", "MITF", "(", "G", ")", "in", "HEK293T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-precipitation of Flag-tagged TFEB and TFEB mutants with Myc-tagged MITF (G) in HEK293T cells."}
{"words": ["Co", "-", "precipitation", "of", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "and", "TFEB", "mutants", "with", "Myc", "-", "tagged", "TFE3", "(", "H", ")", "in", "HEK293T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-precipitation of Flag-tagged TFEB and TFEB mutants with Myc-tagged TFE3 (H) in HEK293T cells."}
{"words": ["I", "TFEB", "homodimer", "formation", "detected", "by", "glutaraldehyde", "(", "GA", ")", "crosslinking", ".", "Purified", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "TFEB", "or", "TFEB", "mutants", "was", "incubated", "with", "or", "without", "glutaraldehyde", ",", "then", "the", "products", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "TFEB", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "I TFEB homodimer formation detected by glutaraldehyde (GA) crosslinking. Purified recombinant GST-tagged TFEB or TFEB mutants was incubated with or without glutaraldehyde, then the products were analyzed by immunoblotting using anti-TFEB."}
{"words": ["A", "Acetylation", "of", "TFEB", "-", "Flag", ",", "Myc", "-", "GCN5", "and", "histone", "H3", "in", "HEK293", "cells", ".", "The", "cells", "were", "either", "starved", "of", "glucose", "or", "amino", "acids", ",", "or", "treated", "with", "Torin1", "or", "MB", "-", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "A Acetylation of TFEB-Flag, Myc-GCN5 and histone H3 in HEK293 cells. The cells were either starved of glucose or amino acids, or treated with Torin1 or MB-3."}
{"words": ["B", "Acetylation", "of", "endogenous", "TFEB", "in", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B Acetylation of endogenous TFEB in HeLa cells."}
{"words": ["C", "GCN5", "activity", "measured", "by", "in", "vitro", "acetylation", "assay", "using", "Myc", "-", "GCN5", "immunoprecipitated", "from", "HEK293T", "cells", "and", "purified", "histone", "H3", "as", "the", "substrate", ".", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C GCN5 activity measured by in vitro acetylation assay using Myc-GCN5 immunoprecipitated from HEK293T cells and purified histone H3 as the substrate. (mean ± SEM; n = 3 independent experiments; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["D", "Co", "-", "precipitation", "of", "TFEB", "-", "Flag", "with", "Myc", "-", "TFEB", "in", "HEK293"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "D Co-precipitation of TFEB-Flag with Myc-TFEB in HEK293 cells"}
{"words": ["E", "LC3", "-", "II", "formation", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "tagged", "TFEB", "or", "TFEB", "mutants", "after", "TFEB", "RNAi", ".", "The", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "amino", "acid", "starvation", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0], "text": "E LC3-II formation in HeLa cells transfected with Flag-tagged TFEB or TFEB mutants after TFEB RNAi. The cells were treated with or without amino acid starvation."}
{"words": ["F", "GFP", "-", "p62", "levels", "in", "HEK293", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "p62", ".", "The", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "addition", "of", "CQ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "F GFP-p62 levels in HEK293 cells stably expressing GFP-p62. The cells were treated with or without addition of CQ."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "mCherry", "-", "Atg8a", "(", "red", ")", "(", "G", ")", "in", "Drosophila", "larval", "fat", "body", "in", "which", "dMitf", "or", "dMitf", "-", "2KQ", "(", "K445Q", "/", "K450Q", ")", "was", "overexpressed", ".", "Drosophila", "(", "cg", "-", "GAL4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "and", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "was", "used", "to", "indicate", "the", "cell", "nucleus", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of mCherry-Atg8a (red) (G) in Drosophila larval fat body in which dMitf or dMitf-2KQ (K445Q/K450Q) was overexpressed. Drosophila (cg-GAL4/+) was used as the control and DAPI staining (blue) was used to indicate the cell nucleus (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "LysoTracker", "(", "red", ")", "staining", "(", "H", ")", "in", "Drosophila", "larval", "fat", "body", "in", "which", "dMitf", "or", "dMitf", "-", "2KQ", "(", "K445Q", "/", "K450Q", ")", "was", "overexpressed", ".", "Drosophila", "(", "cg", "-", "GAL4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "and", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "was", "used", "to", "indicate", "the", "cell", "nucleus", "(", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of LysoTracker (red) staining (H) in Drosophila larval fat body in which dMitf or dMitf-2KQ (K445Q/K450Q) was overexpressed. Drosophila (cg-GAL4/+) was used as the control and DAPI staining (blue) was used to indicate the cell nucleus (Scale bars, 10 µm)."}
{"words": ["Quantification", "of", "mCherry", "-", "ATG8a", "puncta", "(", "I", ")", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of mCherry-ATG8a puncta (I) (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["Quantification", "of", "LysoTracker", "puncta", "(", "J", ")", "(", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "≥", "30", "cells", "per", "condition", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of LysoTracker puncta (J) (Graph represents data from three independent experiments with ≥ 30 cells per condition; mean ± SEM; ***p < 0.001, Student's t-test)."}
{"words": ["The", "level", "of", "insoluble", "Tau", "protein", "in", "the", "head", "of", "adult", "Drosophila", "with", "or", "without", "CQ", "feeding", ".", "The", "indicated", "genes", "were", "transgenically", "expressed", "in", "the", "eyes", "of", "the", "Drosophila", "using", "the", "GMR", "-", "Gal4", "driver", ".", "Drosophila", "(", "GMR", "-", "Gal4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The level of insoluble Tau protein in the head of adult Drosophila with or without CQ feeding. The indicated genes were transgenically expressed in the eyes of the Drosophila using the GMR-Gal4 driver. Drosophila (GMR-Gal4/+) was used as the control."}
{"words": ["The", "level", "of", "insoluble", "Tau", "protein", "in", "the", "head", "of", "adult", "Drosophila", "with", "or", "without", "CQ", "feeding", ".", "The", "indicated", "genes", "were", "transgenically", "expressed", "in", "the", "eyes", "of", "the", "Drosophila", "using", "the", "GMR", "-", "Gal4", "driver", ".", "Drosophila", "(", "GMR", "-", "Gal4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The level of insoluble Tau protein in the head of adult Drosophila with or without CQ feeding. The indicated genes were transgenically expressed in the eyes of the Drosophila using the GMR-Gal4 driver. Drosophila (GMR-Gal4/+) was used as the control."}
{"words": ["C", "Representative", "light", "micrographs", "of", "adult", "Drosophila", "eyes", "expressing", "the", "indicated", "transgenes", "under", "the", "control", "of", "the", "GMR", "-", "Gal4", "driver", ".", "The", "Drosophila", "were", "fed", "with", "or", "without", "CQ", ".", "Drosophila", "(", "GMR", "-", "Gal4", "/", "+", ")", "was", "used", "as", "the", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative light micrographs of adult Drosophila eyes expressing the indicated transgenes under the control of the GMR-Gal4 driver. The Drosophila were fed with or without CQ. Drosophila (GMR-Gal4/+) was used as the control."}
{"words": ["D", "Distribution", "of", "the", "different", "eye", "phenotypes", "following", "genetic", "manipulations", "The", "Drosophila", "were", "fed", "with", "or", "without", "CQ", "(", "30", "flies", "per", "condition", "were", "randomly", "selected", "for", "analyses", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ꭓ2", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Distribution of the different eye phenotypes following genetic manipulations The Drosophila were fed with or without CQ (30 flies per condition were randomly selected for analyses; *p < 0.05, ***p < 0.001, ꭓ2 test)."}
{"words": ["D", ".", "Quantity", "of", "Ki67", "+", "cells", "in", "tumour", "and", "representative", "histology", "images", "analysed", "by", "Immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "that", "described", "in", "(", "A", ")", "were", "shown", ".", "Ki67", "expression", "was", "analysed", "in", "average", "number", "of", "four", "high", "power", "field", "(", "HPF", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "15", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantity of Ki67+ cells in tumour and representative histology images analysed by Immunohistochemistry (IHC) that described in (A) were shown. Ki67 expression was analysed in average number of four high power field (HPF). Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant. *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one mouse, n=15. Data are representative of three biological replicates."}
{"words": ["F", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "22", ",", "IL", "-", "17a", ",", "IFN", "-", "γ", ",", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "10", ",", "Muc1", "of", "colon", "tumour", "described", "in", "(", "A", ")", "was", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "15", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Relative mRNA expression of IL-22, IL-17a, IFN-γ, IL-1β, IL-6, IL-10, Muc1 of colon tumour described in (A) was shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant. *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one mouse, n=15. Data are representative of three biological replicates."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "immunoblot", "images", "(", "left", ")", "and", "quantification", "analysis", "of", "P", "-", "Stat3", ",", "Bcl", "-", "xl", ",", "P", "-", "IκBα", "protein", "expression", "(", "right", ")", "in", "the", "tumour", "described", "in", "(", "A", ")", "were", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "15", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative immunoblot images (left) and quantification analysis of P-Stat3, Bcl-xl, P-IκBα protein expression (right) in the tumour described in (A) were shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant. *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one mouse, n=15. Data are representative of three biological replicates."}
{"words": ["representative", "histological", "images", "(", "B", ")", "of", "wild", "-", "type", "control", "mice", "or", "BTNL2", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "2", "%", "DSS", "for", "8", "days", "were", "shown", "(", "n", "=", "15", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "representative histological images (B) of wild-type control mice or BTNL2-KO mice treated with 2% DSS for 8 days were shown (n=15)."}
{"words": ["E", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "22", ",", "RegⅢγ", ",", "RegⅢβ", ",", "Muc1", ",", "IL", "-", "17a", ",", "IFN", "-", "γ", ",", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "6", "and", "IL", "-", "10", "of", "colonic", "tissues", "described", "in", "(", "A", ")", "was", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "15", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Relative mRNA expression of IL-22, RegⅢγ, RegⅢβ, Muc1, IL-17a, IFN-γ, IL-1β, IL-6 and IL-10 of colonic tissues described in (A) was shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant. **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one mouse, n=15. Data are representative of three biological replicates."}
{"words": ["representative", "H", "&", "E", "images", "(", "H", ")", "of", "wild", "-", "type", "control", "mice", "or", "BTNL2", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "Fc", "or", "mIL", "-", "22", "-", "Fc", "(", "ip", ".", "5", "μg", "/", "mouse", ")", "at", "day", "0", ",", "2", ",", "4", ",", "6", "during", "2", "%", "DSS", "treatment", "were", "shown", "(", "n", "=", "12", ")", ".", "Data", "information", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "representative H&E images (H) of wild-type control mice or BTNL2-KO mice treated with Fc or mIL-22-Fc (ip. 5 μg/mouse) at day 0, 2, 4, 6 during 2% DSS treatment were shown (n=12). Data information Data are representative of three biological replicates H)."}
{"words": ["B", ".", "IL", "-", "22", "and", "IL", "-", "17a", "expression", "in", "lamina", "propria", "lymphocytes", "(", "LPLs", ")", "after", "cultured", "in", "plate", "-", "coated", "Fc", ",", "mBTNL2", "-", "Fc", "(", "30", "μg", "/", "mL", ")", "with", "or", "without", "IL", "-", "23", "(", "10", "ng", "/", "mL", ")", "for", "20", "h", "was", "analyzed", "by", "ELISA", ".", "C", ".", "IL", "-", "22", "production", "from", "cells", "of", "LPLs", "cultured", "in", "the", "presence", "of", "plate", "-", "coated", "Fc", ",", "mBTNL2", "-", "Fc", "with", "anti", "-", "control", "Ab", "or", "anti", "-", "BTNL2", "mAb", "for", "20", "h", "was", "analyzed", "by", "ELISA", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "repetition", ",", "n", "=", "6", "Pooled", "data", "from", "three", "biological", "replicates", "were"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. IL-22 and IL-17a expression in lamina propria lymphocytes (LPLs) after cultured in plate-coated Fc, mBTNL2-Fc (30 μg/mL) with or without IL-23 (10 ng/mL) for 20 h was analyzed by ELISA. C. IL-22 production from cells of LPLs cultured in the presence of plate-coated Fc, mBTNL2-Fc with anti-control Ab or anti-BTNL2 mAb for 20 h was analyzed by ELISA. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one repetition, n=6 Pooled data from three biological replicates were shown"}
{"words": ["D", ".", "CD4", "+", "T", "cells", ",", "γδ", "T", "cells", ",", "ILC3s", ",", "CD8", "+", "T", "cells", "sorted", "by", "FACS", "were", "cultured", "in", "the", "plate", "-", "coated", "Fc", ",", "mBTNL2", "-", "Fc", "with", "or", "without", "IL", "-", "23", "(", "10", "ng", "/", "mL", ")", "for", "20", "h", ",", "and", "IL", "-", "22", "production", "was", "analyzed", "by", "ELISA", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "repetition", ",", "n", "=", "6", "Pooled", "data", "from", "three", "biological", "replicates", "were"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. CD4+ T cells, γδ T cells, ILC3s, CD8+ T cells sorted by FACS were cultured in the plate-coated Fc, mBTNL2-Fc with or without IL-23 (10 ng/mL) for 20 h, and IL-22 production was analyzed by ELISA. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one repetition, n=6 Pooled data from three biological replicates were shown"}
{"words": ["F", ".", "IL", "-", "22", "production", "was", "analyzed", "by", "Flow", "cytometry", "in", "LPLs", "of", "wild", "-", "type", "mice", "treated", "with", "Fc", "or", "mBTNL2", "-", "Fc", "(", "ip", ".", "50", "μg", "/", "mouse", ")", "on", "day", "0", ",", "2", ",", "4", ",", "6", "during", "2", "%", "DSS", "treatment", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "12", "for", "the", "Fc", "group", "and", "n", "=", "14", "for", "the", "mBTL2", "-", "Fc", "group", "(", "F", ")", ".", "Pooled", "data", "from", "three", "biological", "replicates", "were", "shown", "F", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. IL-22 production was analyzed by Flow cytometry in LPLs of wild-type mice treated with Fc or mBTNL2-Fc (ip. 50 μg/mouse) on day 0, 2, 4, 6 during 2%DSS treatment. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one mouse, n=12 for the Fc group and n=14 for the mBTL2-Fc group (F). Pooled data from three biological replicates were shown F."}
{"words": ["G", ".", "IL", "-", "22", ",", "IL", "-", "17a", ",", "RORC", "and", "HIF", "-", "1α", "expression", "in", "splenocytes", "after", "cultured", "in", "plate", "-", "coated", "Fc", "or", "mBTNL2", "-", "Fc", "(", "30", "μg", "/", "mL", ")", "for", "20", "h", "was", "analyzed", "by", "real", "-", "time", "PCR", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "repetition", ",", "n", "=", "6", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. IL-22, IL-17a, RORC and HIF-1α expression in splenocytes after cultured in plate-coated Fc or mBTNL2-Fc (30 μg/mL) for 20 h was analyzed by real-time PCR. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one repetition, n=6 Data are representative of three biological replicates"}
{"words": ["E", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "22", ",", "RegⅢγ", ",", "RegⅢβ", ",", "Muc1", ",", "IL", "-", "17a", ",", "IFN", "-", "γ", ",", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "6", "from", "colonic", "tissues", "described", "in", "(", "A", ")", "was", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "repetition", ",", "n", "=", "15", "Pooled", "data", "from", "three", "biological"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Relative mRNA expression of IL-22, RegⅢγ, RegⅢβ, Muc1, IL-17a, IFN-γ, IL-1β and IL-6 from colonic tissues described in (A) was shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one repetition, n=15 Pooled data from three biological replicates"}
{"words": ["J", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "22", ",", "RegⅢγ", ",", "RegⅢβ", ",", "Muc1", ",", "IL", "-", "17a", ",", "IFN", "-", "γ", ",", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "6", "of", "colonic", "tissue", "described", "in", "(", "F", ")", "was", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "Each", "dot", "represents", "one", "repetition", ",", "n", "=", "12", "Pooled", "data", "from", "three", "biological"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Relative mRNA expression of IL-22, RegⅢγ, RegⅢβ, Muc1, IL-17a, IFN-γ, IL-1β and IL-6 of colonic tissue described in (F) was shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test Each dot represents one repetition, n=12 Pooled data from three biological replicates"}
{"words": ["Representative", "colonic", "tumour", "burden", "(", "B", ")", "that", "described", "in", "(", "A", ")", "were", "shown", "(", "n", "=", "12", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative colonic tumour burden (B) that described in (A) were shown (n=12). Data information: Data are representative of three biological replicates (B"}
{"words": ["F", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "22", ",", "IL", "-", "17a", ",", "IFN", "-", "γ", ",", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "10", "and", "Muc1", "of", "colonic", "tumour", "described", "in", "(", "A", ")", "was", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "for", "F", ",", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "12", ".", "Pooled", "data", "from", "three", "biological"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Relative mRNA expression of IL-22, IL-17a, IFN-γ, IL-1β, IL-6, IL-10 and Muc1 of colonic tumour described in (A) was shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test for F, Each dot represents one mouse, n=12. Pooled data from three biological replicates"}
{"words": ["G", ".", "Representative", "immunoblot", "images", "(", "left", ")", "and", "quantification", "analysis", "of", "P", "-", "Stat3", ",", "Bcl", "-", "xl", ",", "P", "-", "IκBα", "protein", "(", "right", ")", "expression", "of", "tumour", "described", "in", "(", "A", ")", "were", "shown", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "for", "G", ",", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "12", ".", "Data", "are", "representative", "of", "three", "biological", "replicates", "left", "panel", "of", "G", ")", ".", "Pooled", "data", "from", "three", "biological", "replicates", "are", "shown", "in", "right", "panel", "of"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative immunoblot images (left) and quantification analysis of P-Stat3, Bcl-xl, P-IκBα protein (right) expression of tumour described in (A) were shown. Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test for G, Each dot represents one mouse, n=12. Data are representative of three biological replicates left panel of G). Pooled data from three biological replicates are shown in right panel of G"}
{"words": ["H", ",", "Quantity", "of", "Ki67", "+", "cells", "in", "tumours", "and", "representative", "histology", "images", "that", "described", "in", "(", "A", ")", "were", "shown", ".", "Ki67", "expression", "was", "analysed", "in", "average", "number", "of", "four", "high", "power", "field", "(", "HPF", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "for", "H", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "12", ".", "Pooled", "data", "from", "three", "biological", "replicates", "are", "shown", "in", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Quantity of Ki67+ cells in tumours and representative histology images that described in (A) were shown. Ki67 expression was analysed in average number of four high power field (HPF). Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ****P < 0.0001 based on two-tailed Student's t test for H). Each dot represents one mouse, n=12. Pooled data from three biological replicates are shown in H."}
{"words": ["A", ".", "Survival", "of", "patients", "with", "colorectal", "cancer", "from", "Kaplan", "-", "Meier", "database", "was", "analyzed", "Left", "panel", "of", "A", "were", "representative", "of", "150", "technical", "replicates", ",", "and", "right", "panel", "of", "A", "were", "representative", "of", "499", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Survival of patients with colorectal cancer from Kaplan-Meier database was analyzed Left panel of A were representative of 150 technical replicates, and right panel of A were representative of 499 technical replicates."}
{"words": ["representative", "histology", "images", "in", "human", "colorectal", "cancer", "specimens", "(", "1", "#", "-", "5", "#", ")", "and", "human", "colon", "polyp", "specimens", "(", "6", "#", "-", "7", "#", ")", "were", "shown", ".", "Number", "of", "cells", "expressed", "BTNL2", "or", "IL", "-", "22", "was", "analysed", "in", "high", "power", "field", "(", "HPF", ")", ",", "arrows", "indicate", "cells", "expressed", "BTNL2", "or", "IL", "-", "22", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "representative histology images in human colorectal cancer specimens (1#-5#) and human colon polyp specimens (6#-7#) were shown. Number of cells expressed BTNL2 or IL-22 was analysed in high power field (HPF), arrows indicate cells expressed BTNL2 or IL-22 (B)."}
{"words": ["D", "-", "E", ".", "Expression", "of", "BTNL2", "in", "normal", "colon", "tissue", "or", "DSS", "+", "AOM", "induced", "tumour", "tissue", "were", "measured", "by", "immunoblot", "(", "D", ")", "and", "real", "-", "time", "PCR", "(", "E", ")", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "NS", ",", "not", "significant", ".", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "based", "on", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "for", "(", "E", ")", ".", "Each", "dot", "represents", "one", "mouse", ",", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-E. Expression of BTNL2 in normal colon tissue or DSS+AOM induced tumour tissue were measured by immunoblot (D) and real-time PCR (E) (n=5). Data information: All data are mean ± s.e.m. NS, not significant., **P < 0.01 based on two-tailed Student's t test for (E). Each dot represents one mouse, n=5."}
{"words": ["(", "A", ")", "Overexpression", "of", "RNF26", "promoted", "polyubiquitination", "of", "MITA", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "MITA", "(", "5", "µg", ")", "and", "HA", "-", "Ub", "(", "1", "µg", ")", "together", "with", "a", "control", "or", "RNF26", "expression", "plasmid", "(", "0", ".", "5", ",", "1", ",", "2", "µg", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panel", ")", "or", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panel", ")", ",", "anti", "-", "Flag", "(", "middle", "panel", ")", "and", "anti", "-", "RNF26", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "Ub", ",", "ubiquitin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Overexpression of RNF26 promoted polyubiquitination of MITA. The 293 cells (5×106) were transfected with Flag-MITA (5 µg) and HA-Ub (1 µg) together with a control or RNF26 expression plasmid (0.5, 1, 2 µg). Twenty-four hours after transfection, cells were subjected to immunoprecipitation (IP) under denatured conditions with anti-Flag and the immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panel) or anti-Flag (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panel), anti-Flag (middle panel) and anti-RNF26 (bottom panel). Ub, ubiquitin."}
{"words": ["(", "B", ")", "RNF26", "-", "mediated", "polyubiquitination", "of", "MITA", "depends", "on", "the", "enzymatic", "activity", "of", "RNF26", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "MITA", "(", "5", "µg", ")", "and", "HA", "-", "Ub", "(", "1", "µg", ")", "together", "with", "RNF26", "or", "its", "mutants", "(", "1", "µg", "each", ")", ".", "IP", "under", "denatured", "conditions", "and", "ubiquitination", "assay", "was", "performed", "as", "described", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) RNF26-mediated polyubiquitination of MITA depends on the enzymatic activity of RNF26. The 293 cells (5×106) were transfected with Flag-MITA (5 µg) and HA-Ub (1 µg) together with RNF26 or its mutants (1 µg each). IP under denatured conditions and ubiquitination assay was performed as described in (A)."}
{"words": ["(", "C", ")", "UbcH5", "mediated", "polyubiquitination", "of", "MITA", "by", "RNF26", ".", "The", "RNF26", "and", "MITA", "proteins", "were", "obtained", "by", "in", "vitro", "transcription", "and", "translation", ",", "then", "incubated", "with", "biotin", "-", "Ub", ",", "E1", "and", "the", "indicated", "E2s", ".", "Polyubiquitination", "of", "MITA", "was", "examined", "by", "immunoblot", "analysis", "with", "HRP", "-", "streptavidin", "(", "top", "panel", ")", ".", "The", "inputs", "of", "RNF26", "and", "MITA", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "MITA", "and", "anti", "-", "RNF26", "(", "bottom", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) UbcH5 mediated polyubiquitination of MITA by RNF26. The RNF26 and MITA proteins were obtained by in vitro transcription and translation, then incubated with biotin-Ub, E1 and the indicated E2s. Polyubiquitination of MITA was examined by immunoblot analysis with HRP-streptavidin (top panel). The inputs of RNF26 and MITA were analyzed by immunoblots with anti-MITA and anti-RNF26 (bottom panels)."}
{"words": ["(", "D", ")", "RNF26", "but", "not", "its", "enzymatic", "inactive", "mutants", "targeted", "MITA", "for", "polyubiquitination", "in", "vitro", ".", "MITA", ",", "RNF26", "and", "its", "mutants", "were", "obtained", "by", "in", "vitro", "transcription", "and", "translation", ".", "Biotin", "-", "Ub", ",", "E1", ",", "UbcH5", "and", "MITA", "were", "incubated", "with", "RNF26", "or", "its", "mutants", ",", "followed", "by", "ubiquitination", "and", "immunoblot", "analysis", "as", "described", "in", "(", "C", ")", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) RNF26 but not its enzymatic inactive mutants targeted MITA for polyubiquitination in vitro. MITA, RNF26 and its mutants were obtained by in vitro transcription and translation. Biotin-Ub, E1, UbcH5 and MITA were incubated with RNF26 or its mutants, followed by ubiquitination and immunoblot analysis as described in (C). All experiments were repeated for at least three times with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "RNF26", "interacted", "with", "MITA", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "(", "5", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "later", ",", "cells", "were", "lysed", "and", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "or", "control", "IgG", ".", "The", "immunoprecipitates", "and", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "or", "anti", "-", "Flag", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) RNF26 interacted with MITA. The 293 cells (5×106) were transfected with the indicated plasmids (5 µg each). Twenty-four hours later, cells were lysed and cell lysates were immunoprecipitated with anti-Flag or control IgG. The immunoprecipitates and whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-HA or anti-Flag."}
{"words": ["(", "B", ")", "RNF26", "was", "physiologically", "associated", "with", "MITA", ".", "THP", "-", "1", "cells", "(", "2", "×", "107", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ".", "Cells", "were", "lysed", "and", "immunoprecipitation", "and", "immunoblot", "analysis", "was", "performed", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "NC", ",", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) RNF26 was physiologically associated with MITA. THP-1 cells (2×107) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected. Cells were lysed and immunoprecipitation and immunoblot analysis was performed with antibodies against the indicated proteins. NC, negative control."}
{"words": ["(", "C", ")", "RNF26", "is", "localized", "to", "the", "ER", "and", "mitochondria", ".", "HeLa", "cells", "(", "2", "×", "105", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "(", "0", ".", "5", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "stained", "with", "Mito", "-", "Tracker", "Red", "for", "15", "minutes", "or", "left", "untreated", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "with", "4", "%", "paraformaldehyde", "and", "subjected", "for", "confocal", "microscopy", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RNF26 is localized to the ER and mitochondria. HeLa cells (2×105) were transfected with the indicated plasmids (0.5 µg each). Twenty-four hours after transfection, the cells were stained with Mito-Tracker Red for 15 minutes or left untreated. The cells were fixed with 4% paraformaldehyde and subjected for confocal microscopy analysis."}
{"words": ["D", ")", "Subcellular", "distribution", "of", "RNF26", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "107", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ".", "Subcellular", "fractionation", "assays", "were", "performed", "and", "the", "cellular", "fractions", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Subcellular distribution of RNF26. The 293 cells (5×107) were infected with SeV for the indicated time points or left uninfected. Subcellular fractionation assays were performed and the cellular fractions were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated proteins."}
{"words": ["(", "E", ")", "RNF26", "and", "MITA", "were", "colocalized", "to", "the", "ER", ".", "HeLa", "cells", "(", "2", "×", "105", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "(", "0", ".", "5", "µg", "each", ")", ".", "Eighteen", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "6", "hours", "or", "left", "uninfected", ",", "followed", "by", "ER", "-", "Tracker", "Blue", "/", "White", "staining", "for", "30", "minutes", ".", "Cells", "were", "fixed", "with", "4", "%", "paraformaldehyde", "and", "subjected", "for", "confocal", "microscopy", "analysis", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) RNF26 and MITA were colocalized to the ER. HeLa cells (2×105) were transfected with the indicated plasmids (0.5 µg each). Eighteen hours after transfection, cells were infected with SeV or HSV-1 for 6 hours or left uninfected, followed by ER-Tracker Blue/White staining for 30 minutes. Cells were fixed with 4% paraformaldehyde and subjected for confocal microscopy analysis. All experiments were repeated for at least three times with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "RNF26", "mediated", "polyubiquitination", "of", "MITA", "at", "K150", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "Ub", "(", "1", "µg", ")", "and", "RNF26", "(", "1", "µg", ")", "together", "with", "Flag", "-", "MITA", "or", "the", "indicated", "mutants", "(", "5", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "subjected", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panel", ")", "or", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "or", "anti", "-", "RNF26", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) RNF26 mediated polyubiquitination of MITA at K150. The 293 cells (5×106) were transfected with HA-Ub (1 µg) and RNF26 (1 µg) together with Flag-MITA or the indicated mutants (5 µg each). Twenty-four hours after transfection, cells were subjected IP under denatured conditions with anti-Flag and immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panel) or anti-Flag (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-Flag or anti-RNF26 as indicated."}
{"words": ["B", ")", "RNF26", "targeted", "MITA", "for", "polyubiquitination", "at", "K150", "in", "vitro", ".", "RNF26", ",", "MITA", "and", "its", "mutants", "were", "obtained", "by", "in", "vitro", "transcription", "and", "translation", ".", "Biotin", "-", "Ub", ",", "E1", ",", "UbcH5", "and", "RNF26", "were", "incubated", "with", "MITA", "or", "its", "mutants", ".", "The", "ubiquitination", "of", "MITA", "was", "examined", "by", "immunoblot", "analysis", "with", "HRP", "-", "streptavidin", "(", "top", "panel", ")", ".", "The", "inputs", "of", "RNF26", "and", "MITA", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "MITA", "and", "anti", "-", "RNF26", "(", "bottom", "panels", ")", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) RNF26 targeted MITA for polyubiquitination at K150 in vitro. RNF26, MITA and its mutants were obtained by in vitro transcription and translation. Biotin-Ub, E1, UbcH5 and RNF26 were incubated with MITA or its mutants. The ubiquitination of MITA was examined by immunoblot analysis with HRP-streptavidin (top panel). The inputs of RNF26 and MITA were analyzed by immunoblots with anti-MITA and anti-RNF26 (bottom panels). All experiments were repeated for at least three times with similar results."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "RNF26", "targeted", "MITA", "for", "K11", "-", "linked", "polyubiquitination", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "MITA", "(", "5", "µg", ")", "and", "RNF26", "(", "1", "µg", ")", "together", "with", "HA", "-", "Ub", "or", "its", "mutants", "(", "1", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "subjected", "for", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "limited", "amount", "of", "anti", "-", "Flag", "(", "0", ".", "5", "µg", ")", "so", "that", "equal", "amount", "of", "Flag", "-", "MITA", "is", "pulled", "down", ".", "The", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panel", ")", "or", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "or", "anti", "-", "RNF26", "as", "indicated", ".", "Ub", "-", "AKR", ",", "all", "lysine", "residues", "of", "ubiquitin", "were", "mutated", "to", "arginine", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) RNF26 targeted MITA for K11-linked polyubiquitination. The 293 cells (5×106) were transfected with Flag-MITA (5 µg) and RNF26 (1 µg) together with HA-Ub or its mutants (1 µg each). Twenty-four hours after transfection, cells were subjected for IP under denatured conditions with limited amount of anti-Flag (0.5 µg) so that equal amount of Flag-MITA is pulled down. The immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panel) or anti-Flag (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-Flag or anti-RNF26 as indicated. Ub-AKR, all lysine residues of ubiquitin were mutated to arginine."}
{"words": ["(", "C", ")", "Effects", "of", "RNF26", "-", "RNAi", "plasmids", "on", "the", "expression", "of", "RNF26", ".", "In", "the", "upper", "panels", ",", "the", "293", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "the", "expression", "plasmids", "for", "RNF26", "-", "Flag", "(", "0", ".", "5", "µg", ")", "and", "HA", "-", "β", "-", "actin", "(", "0", ".", "1", "µg", ")", "together", "with", "the", "indicated", "RNAi", "plasmids", "(", "1", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "or", "anti", "-", "HA", ".", "In", "the", "lower", "panels", ",", "293", "cells", "were", "transduced", "with", "a", "control", "or", "RNF26", "-", "RNAi", "by", "retrovirus", "mediated", "gene", "transfer", ".", "Cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "lysed", "and", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "RNF26", "or", "anti", "-", "β", "-", "actin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(C) Effects of RNF26-RNAi plasmids on the expression of RNF26. In the upper panels, the 293 cells (1×106) were transfected with the expression plasmids for RNF26-Flag (0.5 µg) and HA-β-actin (0.1 µg) together with the indicated RNAi plasmids (1 µg each). Twenty-four hours after transfection, whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-Flag or anti-HA. In the lower panels, 293 cells were transduced with a control or RNF26-RNAi by retrovirus mediated gene transfer. Cells (1×106) were lysed and whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-RNF26 or anti-β-actin."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "Flag", "-", "tagged", "ubiquitin", "expression", "in", "THP", "-", "1", "cells", "stably", "transfected", "with", "Flag", "-", "Ub", "-", "K11O", "plasmid", ".", "Whole", "cell", "lysates", "of", "THP", "-", "1", "-", "Flag", "-", "Ub", "-", "K11O", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "and", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "RNF26", "-", "RNAi", "#", "1", "was", "used", "here", "and", "in", "the", "following", "experiments", "if", "not", "noted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of Flag-tagged ubiquitin expression in THP-1 cells stably transfected with Flag-Ub-K11O plasmid. Whole cell lysates of THP-1-Flag-Ub-K11O-RNF26-RNAi and control cells (1×106) were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated proteins. RNF26-RNAi #1 was used here and in the following experiments if not noted."}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "induced", "K11", "-", "linked", "polyubiquitination", "of", "endogenous", "MITA", ".", "In", "(", "E", ")", ",", "THP", "-", "1", "-", "Flag", "-", "Ub", "-", "K11O", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "2", "×", "107", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", "followed", "by", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "MITA", ".", "The", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "(", "upper", "panels", ")", "or", "anti", "-", "MITA", "(", "lower", "panels", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "cellular", "or", "viral", "proteins", ".", "In", "(", "F", ")", ",", "293", "-", "HA", "-", "Ub", "-", "K11O", "cells", "(", "2", "×", "107", ")", "were", "transfected", "with", "a", "control", "or", "RNF26", "-", "RNAi", "plasmid", "(", "10", "µg", "each", ")", ".", "Twelve", "hours", "after", "transfection", ",", "puromycin", "(", "1", "µg", "/", "mL", ")", "was", "added", "into", "the", "culture", "medium", ".", "The", "cells", "were", "selected", "for", "twenty", "-", "four", "hours", "and", "infected", "with", "SeV", "or", "left", "uninfected", "for", "the", "indicated", "time", "points", "followed", "by", "IP", "under", "denatured", "conditions", "and", "immunoblot", "analysis", "as", "in", "(", "E", ")", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Effects of RNF26 knockdown on virus-induced K11-linked polyubiquitination of endogenous MITA. In (E), THP-1-Flag-Ub-K11O-RNF26-RNAi or control cells (2×107) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected followed by IP under denatured conditions with anti-MITA. The immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-Flag (upper panels) or anti-MITA (lower panels). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated cellular or viral proteins. In (F), 293-HA-Ub-K11O cells (2×107) were transfected with a control or RNF26-RNAi plasmid (10 µg each). Twelve hours after transfection, puromycin (1 µg/mL) was added into the culture medium. The cells were selected for twenty-four hours and infected with SeV or left uninfected for the indicated time points followed by IP under denatured conditions and immunoblot analysis as in (E). All experiments were repeated for at least three times with similar results."}
{"words": ["A", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "induced", "polyubiquitination", "of", "endogenous", "MITA", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "2", "×", "107", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "MITA", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Ub", "(", "K48", ")", "(", "upper", "panel", ")", ",", "anti", "-", "Ub", "(", "K63", ")", "(", "middle", "panel", ")", "or", "anti", "-", "MITA", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Effects of RNF26 knockdown on virus-induced polyubiquitination of endogenous MITA. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (2×107) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected. Cell lysates were subjected to IP under denatured conditions with anti-MITA and the immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-Ub(K48) (upper panel), anti-Ub(K63) (middle panel) or anti-MITA (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated proteins."}
{"words": ["(", "B", ")", "Effects", "of", "RNF5", "knockdown", "on", "virus", "-", "induced", "K11", "-", "linked", "polyubiquitination", "of", "endogenous", "MITA", ".", "The", "293", "-", "HA", "-", "Ub", "-", "K11O", "cells", "(", "2", "×", "107", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "RNAi", "plasmid", "(", "10", "µg", "each", ")", ".", "Twelve", "hours", "after", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "selected", "with", "puromycin", "(", "1", "µg", "/", "mL", ")", "for", "twenty", "-", "four", "hours", "and", "infected", "with", "SeV", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "MITA", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panel", ")", "or", "anti", "-", "MITA", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Effects of RNF5 knockdown on virus-induced K11-linked polyubiquitination of endogenous MITA. The 293-HA-Ub-K11O cells (2×107) were transfected with the indicated RNAi plasmid (10 µg each). Twelve hours after transfection, the cells were selected with puromycin (1 µg/mL) for twenty-four hours and infected with SeV for the indicated time points or left uninfected. Cell lysates were subjected to IP under denatured conditions with anti-MITA and the immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panel) or anti-MITA (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "C", ")", "RNF26", "and", "RNF5", "competed", "with", "each", "other", "on", "MITA", "polyubiquitination", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "MITA", "(", "5", "µg", ")", ",", "Flag", "-", "Ub", "-", "K48O", "and", "HA", "-", "Ub", "-", "K11O", "(", "1", "µg", "each", ")", "together", "with", "indicated", "amount", "of", "RNF26", "and", "RNF5", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "after", "transfection", ",", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "MITA", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "(", "upper", "panel", ")", ",", "anti", "-", "HA", "(", "middle", "panel", ")", "or", "anti", "-", "MITA", "(", "lower", "panel", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RNF26 and RNF5 competed with each other on MITA polyubiquitination. The 293 cells (5×106) were transfected with MITA (5 µg), Flag-Ub-K48O and HA-Ub-K11O (1 µg each) together with indicated amount of RNF26 and RNF5. Twenty-four hours after transfection, cell lysates were subjected to IP under denatured conditions with anti-MITA and the immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-Flag (upper panel), anti-HA (middle panel) or anti-MITA (lower panel). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated proteins."}
{"words": ["(", "D", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "MITA", "degradation", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ".", "Cells", "were", "lysed", "and", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", "(", "upper", "immunoblots", ")", ".", "The", "relative", "protein", "levels", "of", "MITA", "in", "reference", "to", "β", "-", "actin", "were", "analyzed", "by", "Quantity", "One", "program", "and", "data", "shown", "are", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "lower", "histographs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered MITA degradation. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected. Cells were lysed and whole cell lysates were analyzed by immunoblots with antibodies against the indicated proteins (upper immunoblots). The relative protein levels of MITA in reference to β-actin were analyzed by Quantity One program and data shown are mean ± S.D. of three independent experiments (lower histographs)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "SeV", "-", "triggered", "activation", "of", "the", "IFN", "-", "β", "promoter", ".", "The", "293", "cells", "(", "2", "×", "105", ")", "were", "transfected", "with", "the", "IFN", "-", "β", "promoter", "reporter", "(", "0", ".", "1", "µg", ")", "and", "the", "indicated", "RNAi", "plasmid", "(", "0", ".", "5", "µg", "each", ")", ".", "Thirty", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "infected", "with", "SeV", "for", "12", "hours", "or", "left", "uninfected", "before", "reporter", "assays", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Effects of RNF26 knockdown on SeV-triggered activation of the IFN-β promoter. The 293 cells (2×105) were transfected with the IFN-β promoter reporter (0.1 µg) and the indicated RNAi plasmid (0.5 µg each). Thirty hours after transfection, cells were infected with SeV for 12 hours or left uninfected before reporter assays were performed."}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "induction", "of", "IFN", "-", "β", "in", "THP", "-", "1", "cells", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", "followed", "by", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "(", "B", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered induction of IFN-β in THP-1 cells. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected followed by quantitative real-time PCR (B)"}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "induction", "of", "IFN", "-", "β", "in", "THP", "-", "1", "cells", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", "followed", "by", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "(", "B", ")", "or", "ELISA", "analysis", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered induction of IFN-β in THP-1 cells. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected followed by quantitative real-time PCR (B) or ELISA analysis (C"}
{"words": ["(", "D", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "induction", "of", "IFNB1", "gene", "in", "THP", "-", "1", "cells", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "VSV", ",", "EMCV", "or", "ECTV", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", "before", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "analysis", "was", "performed", "as", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered induction of IFNB1 gene in THP-1 cells. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with VSV, EMCV or ECTV for the indicated time points or left uninfected before quantitative real-time PCR analysis was performed as in (B)."}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "induction", "of", "TNFα", "in", "THP", "-", "1", "cells", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", "followed", "by", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "(", "E", ")", "and", "ELISA", "analysis", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered induction of TNFα in THP-1 cells. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected followed by quantitative real-time PCR (E) and ELISA analysis (F)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "virus", "-", "triggered", "phosphorylation", "of", "TBK1", ",", "IRF3", "and", "IκBα", ".", "The", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "infected", "with", "SeV", "or", "HSV", "-", "1", "for", "the", "indicated", "time", "points", "or", "left", "uninfected", ",", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "p", "-", "TBK1", ",", "anti", "-", "TBK1", ",", "anti", "-", "p", "-", "IRF3", ",", "anti", "-", "IRF3", ",", "anti", "-", "p", "-", "IκBα", ",", "anti", "-", "IκBα", ",", "anti", "-", "RNF26", "or", "anti", "-", "β", "-", "actin", "as", "indicated", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", ".", "The", "bar", "graphs", "show", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", "of", "a", "representative", "experiment", "performed", "in", "triplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Effects of RNF26 knockdown on virus-triggered phosphorylation of TBK1, IRF3 and IκBα. The THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were infected with SeV or HSV-1 for the indicated time points or left uninfected, whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-p-TBK1, anti-TBK1, anti-p-IRF3, anti-IRF3, anti-p-IκBα, anti-IκBα, anti-RNF26 or anti-β-actin as indicated. All experiments were repeated for at least three times with similar results. The bar graphs show mean ± S.D. (n = 3) of a representative experiment performed in triplicate."}
{"words": ["A", ")", "Effects", "of", "RNF26", "knockdown", "on", "IRF3", "level", ".", "In", "the", "left", "panel", ",", "whole", "cell", "lysates", "of", "THP", "-", "1", "-", "RNF26", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "In", "the", "right", "panel", ",", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "subjected", "to", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Effects of RNF26 knockdown on IRF3 level. In the left panel, whole cell lysates of THP-1-RNF26-RNAi or control cells (1×106) were analyzed by immunoblots with the indicated antibodies. In the right panel, cells (1×106) were subjected to quantitative real-time PCR analysis."}
{"words": ["B", ")", "Effects", "of", "RNF26", "on", "IRF3", "stability", ".", "The", "293", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "IRF3", "(", "0", ".", "5", "µg", ")", "and", "HA", "-", "β", "-", "actin", "(", "0", ".", "1", "µg", ")", "together", "with", "RNF26", "or", "its", "mutant", "(", "0", ".", "3", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "later", ",", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "or", "anti", "-", "RNF26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "B) Effects of RNF26 on IRF3 stability. The 293 cells (1×106) were transfected with HA-IRF3 (0.5 µg) and HA-β-actin (0.1 µg) together with RNF26 or its mutant (0.3 µg each). Twenty-four hours later, whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-HA or anti-RNF26."}
{"words": ["(", "C", ")", "Effects", "of", "RNF26", "and", "its", "mutant", "on", "SeV", "-", "triggered", "activation", "of", "the", "IFN", "-", "β", "promoter", ".", "The", "293", "cells", "(", "2", "×", "105", ")", "were", "transfected", "with", "the", "IFN", "-", "β", "promoter", "reporter", "(", "0", ".", "1", "µg", ")", "and", "RNF26", "or", "its", "mutant", "(", "0", ".", "1", "µg", "each", ")", ".", "Twenty", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "infected", "with", "SeV", "for", "12", "hours", "or", "left", "uninfected", "before", "reporter", "assays", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Effects of RNF26 and its mutant on SeV-triggered activation of the IFN-β promoter. The 293 cells (2×105) were transfected with the IFN-β promoter reporter (0.1 µg) and RNF26 or its mutant (0.1 µg each). Twenty hours after transfection, cells were infected with SeV for 12 hours or left uninfected before reporter assays were performed."}
{"words": ["(", "D", ")", "Effects", "of", "RNF26", "on", "IRF3", "ubiquitination", ".", "The", "293", "cells", "(", "5", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "IRF3", "(", "5", "µg", ")", "and", "RNF26", "(", "1", "µg", ")", "together", "with", "HA", "-", "Ub", "or", "its", "mutants", "(", "1", "µg", "each", ")", ".", "Eighteen", "hours", "after", "transfection", ",", "3", "-", "MA", "(", "500", "ng", "/", "mL", ")", "was", "added", "into", "culture", "medium", "for", "4", "hours", "to", "protect", "IRF3", "from", "autophagosomal", "degradation", "during", "the", "experiment", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "under", "denatured", "conditions", "with", "anti", "-", "Flag", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "(", "upper", "panels", ")", "or", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", "panels", ")", ".", "The", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "Flag", "or", "anti", "-", "RNF26", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(D) Effects of RNF26 on IRF3 ubiquitination. The 293 cells (5×106) were transfected with Flag-IRF3 (5 µg) and RNF26 (1 µg) together with HA-Ub or its mutants (1 µg each). Eighteen hours after transfection, 3-MA (500 ng/mL) was added into culture medium for 4 hours to protect IRF3 from autophagosomal degradation during the experiment. The cell lysates were subjected to IP under denatured conditions with anti-Flag and the immunoprecipitates were analyzed by immunoblots with anti-HA (upper panels) or anti-Flag (lower panels). The whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-Flag or anti-RNF26 as indicated."}
{"words": ["(", "E", ")", "Effects", "of", "inhibitors", "on", "RNF26", "-", "mediated", "destabilization", "of", "IRF3", ".", "The", "293", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "as", "described", "in", "(", "B", ")", ".", "Eighteen", "hours", "after", "transfection", ",", "3", "-", "MA", "(", "500", "ng", "/", "mL", ")", ",", "NH4Cl", "(", "25", "mM", ")", "or", "MG132", "(", "100", "µM", ")", "was", "added", "into", "culture", "medium", "for", "four", "hours", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", "or", "anti", "-", "RNF26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Effects of inhibitors on RNF26-mediated destabilization of IRF3. The 293 cells (1×106) were transfected with the indicated plasmids as described in (B). Eighteen hours after transfection, 3-MA (500 ng/mL), NH4Cl (25 mM) or MG132 (100 µM) was added into culture medium for four hours. Whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-HA or anti-RNF26."}
{"words": ["(", "F", ")", "Effects", "of", "ATG12", "knockdown", "on", "RNF26", "-", "mediated", "destabilization", "of", "IRF3", ".", "The", "293", "-", "ATG12", "-", "RNAi", "or", "control", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ".", "Twenty", "-", "four", "hours", "later", ",", "whole", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "with", "anti", "-", "HA", ",", "anti", "-", "RNF26", "or", "anti", "-", "ATG12", "as", "indicated", ".", "All", "experiments", "were", "repeated", "for", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", ".", "The", "bar", "graphs", "show", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", "of", "a", "representative", "experiment", "performed", "in", "triplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Effects of ATG12 knockdown on RNF26-mediated destabilization of IRF3. The 293-ATG12-RNAi or control cells (1×106) were transfected with the indicated plasmids. Twenty-four hours later, whole cell lysates were analyzed by immunoblots with anti-HA, anti-RNF26 or anti-ATG12 as indicated. All experiments were repeated for at least three times with similar results. The bar graphs show mean ± S.D. (n = 3) of a representative experiment performed in triplicate."}
{"words": ["(", "B", ")", "Direct", "sequencing", "of", "PARN", "in", "a", "control", ",", "P1", "and", "her", "parents", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Direct sequencing of PARN in a control, P1 and her parents."}
{"words": ["(", "D", ")", "Direct", "sequencing", "of", "PARN", "in", "a", "control", ",", "P2", "and", "her", "parents", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Direct sequencing of PARN in a control, P2 and her parents."}
{"words": ["(", "E", ")", "Aberrant", "splicing", "products", "detected", "in", "P2", "and", "her", "mother", "but", "not", "in", "P2", "'", "s", "father", "nor", "in", "a", "healthy", "control", ".", "GAPDH", "RT", "-", "PCR", "was", "performed", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Aberrant splicing products detected in P2 and her mother but not in P2's father nor in a healthy control. GAPDH RT-PCR was performed as control."}
{"words": ["(", "F", ")", "Detection", "of", "the", "exon6", "/", "7", "deletion", "by", "PCR", "with", "specific", "primers", "(", "1F", "/", "2R", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Detection of the exon6/7 deletion by PCR with specific primers (1F/2R)."}
{"words": ["(", "G", ")", "PARN", "detection", "in", "cell", "lysates", "from", "P1", "and", "P2", "and", "a", "healthy", "control", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) PARN detection in cell lysates from P1 and P2 and a healthy control. Actin was used as loading control."}
{"words": ["(", "H", ")", "In", "vitro", "deadenylation", "activity", "using", "protein", "extracts", "from", "control", "and", "P1", "and", "P2", "SV40T", "-", "transformed", "fibroblasts", ".", "Mixing", "protein", "extracts", "from", "control", "together", "with", "P1", "or", "P2", "eliminated", "the", "deadenylation", "defect", "whereas", "pairwise", "mixing", "of", "P1", "and", "P2", "failed", "to", "complement", "the", "deadenylation", "defect", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) In vitro deadenylation activity using protein extracts from control and P1 and P2 SV40T-transformed fibroblasts. Mixing protein extracts from control together with P1 or P2 eliminated the deadenylation defect whereas pairwise mixing of P1 and P2 failed to complement the deadenylation defect."}
{"words": ["(", "A", ")", "Mean", "telomere", "length", "(", "kb", ")", "of", "whole", "blood", "cells", "from", "patients", "and", "their", "parents", "estimated", "with", "the", "TRF", "method", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Mean telomere length (kb) of whole blood cells from patients and their parents estimated with the TRF method."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "picture", "of", "telomeric", "signals", "used", "for", "Q", "-", "FISH", "analysis", "on", "metaphase", "spreads", "from", "SV40T", "-", "transfomed", "fibroblasts", "and", "Muntjac", "cells", "used", "to", "normalize", "the", "signals", ".", "(", "C", ")", "Individual", "and", "mean", "values", "of", "Q", "-", "FISH", "analyses", "for", "control", "and", "patients", ".", "Mean", "fluorescence", "intensity", "of", "Muntjac", "cells", "was", "set", "to", "1", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", ".", "(", "D", ")", "Graphical", "representation", "of", "(", "C", ")", "showing", "the", "average", "of", "fluorescence", "ratios", "(", "relative", "to", "Muntjac", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ".", "The", "non", "-", "parametric", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "was", "applied", "to", "compare", "relative", "fluorescence", "values", "between", "Ctl", "and", "P1", ",", "and", "Ctl", "and", "P2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative picture of telomeric signals used for Q-FISH analysis on metaphase spreads from SV40T-transfomed fibroblasts and Muntjac cells used to normalize the signals. (C) Individual and mean values of Q-FISH analyses for control and patients. Mean fluorescence intensity of Muntjac cells was set to 1. Error bars indicate s.d.. (D) Graphical representation of (C) showing the average of fluorescence ratios (relative to Muntjac). Error bars indicate s.e.m.. The non-parametric Kruskal-Wallis test was applied to compare relative fluorescence values between Ctl and P1, and Ctl and P2."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "pictures", "of", "nuclei", "from", "two", "controls", "and", "patient", "'", "s", "primary", "fibroblasts", "showing", "53BP1", "foci", "(", "green", ")", "and", "telomeres", "(", "red", ",", "detected", "by", "Telo", "-", "FISH", ")", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "telomere", "dysfunction", "-", "induced", "foci", "(", "TIF", ")", ".", "The", "scale", "bar", "corresponds", "to", "5µm", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "(", "E", ")", "in", "primary", "fibroblasts", "from", "two", "healthy", "controls", "(", "passages", ">", "4", ")", "and", "from", "patient", "1", "(", "passages", "<", "4", ")", ".", "Control", "1", ":", "n", "=", "224", ";", "Control", "2", ":", "n", "=", "263", ";", "Patient", "1", ":", "n", "=", "231", ".", "Averages", "are", "shown", "and", "error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ".", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "tests", "were", "applied", "when", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative pictures of nuclei from two controls and patient's primary fibroblasts showing 53BP1 foci (green) and telomeres (red, detected by Telo-FISH). Yellow arrows indicate telomere dysfunction-induced foci (TIF). The scale bar corresponds to 5µm. (F) Quantification of (E) in primary fibroblasts from two healthy controls (passages > 4) and from patient 1 (passages < 4). Control 1: n = 224; Control 2: n = 263; Patient 1: n = 231. Averages are shown and error bars indicate s.e.m.. Unpaired Student's t tests were applied when indicated."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "pictures", "of", "SA", "-", "β", "-", "galactosidase", "staining", "in", "control", "(", "passage", "15", ")", "and", "P1", "'", "s", "primary", "fibroblasts", "(", "passage", "6", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "the", "percentage", "of", "SA", "-", "β", "-", "galactosidase", "-", "positive", "cells", "(", "averages", ",", "lower", "panel", ")", ".", "Control", ":", "n", "=", "436", ";", "P1", ":", "n", "=", "436", ".", "A", "test", "to", "compare", "two", "population", "proportions", "was", "applied", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative pictures of SA-β-galactosidase staining in control (passage 15) and P1's primary fibroblasts (passage 6). Results are expressed as the percentage of SA-β-galactosidase-positive cells (averages, lower panel). Control: n = 436; P1: n = 436. A test to compare two population proportions was applied."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "pictures", "of", "chromosomes", "with", "normal", "or", "aberrant", "telomeres", "detected", "by", "Telo", "-", "FISH", ".", "The", "scale", "bar", "corresponds", "to", "1µm", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "terminal", "deletions", "and", "sister", "telomere", "losses", "(", "J", ")", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "counted", "chromatids", ":", "Ctl1", ":", "n", "=", "2224", ";", "Ctl2", ":", "n", "=", "5696", ";", "P1", ":", "n", "=", "4764", ";", "P2", ":", "n", "=", "7908", ")", ".", "Averages", "are", "shown", "and", "χ2", "-", "tests", "were", "applied", "to", "compare", "Ctl1", "/", "2", "with", "either", "P1", "or", "P2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative pictures of chromosomes with normal or aberrant telomeres detected by Telo-FISH. The scale bar corresponds to 1µm. (I) Quantification of terminal deletions and sister telomere losses (J) from three independent experiments (counted chromatids: Ctl1: n=2224; Ctl2: n= 5696; P1: n=4764; P2: n=7908). Averages are shown and χ2-tests were applied to compare Ctl1/2 with either P1 or P2."}
{"words": ["(", "A", ")", "Validation", "of", "PARN", "KO", "in", "HT1080", "cells", "by", "Western", "blot", ".", "GAPDH", "is", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Validation of PARN KO in HT1080 cells by Western blot. GAPDH is used as loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vitro", "deadenylation", "activity", "assay", "using", "protein", "extracts", "from", "HT1080", "(", "WT", ")", "and", "HT1080PARN", "KO", "(", "PARN", "KO", ")", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) In vitro deadenylation activity assay using protein extracts from HT1080 (WT) and HT1080PARN KO (PARN KO) cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "TRAP", "assay", "using", "successive", "dilutions", "(", "500", "ng", ",", "250", "ng", ",", "125", "ng", "and", "62", ".", "5", "ng", ")", "of", "cell", "extracts", "from", "WT", "or", "PARN", "KO", "cells", ".", "An", "internal", "control", "(", "IC", ")", "for", "PCR", "was", "used", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) TRAP assay using successive dilutions (500 ng, 250 ng, 125 ng and 62.5 ng) of cell extracts from WT or PARN KO cells. An internal control (IC) for PCR was used."}
{"words": ["(", "D", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "hTR", "expression", "in", "WT", "and", "PARN", "KO", "cells", ".", "Expression", "levels", "were", "normalized", "first", "to", "ACTB", "and", "then", "to", "WT", ".", "Three", "independent", "RNA", "extractions", "were", "performed", "for", "each", "cell", "line", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) qRT-PCR analysis of hTR expression in WT and PARN KO cells. Expression levels were normalized first to ACTB and then to WT. Three independent RNA extractions were performed for each cell line. Error bars indicate s.e.m.."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "pictures", "of", "FISH", "against", "hTR", "in", "WT", "and", "PARN", "KO", "cells", ".", "Arrows", "indicate", "hTR", "foci", ".", "Scale", "bar", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative pictures of FISH against hTR in WT and PARN KO cells. Arrows indicate hTR foci. Scale bar 5 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "PARN", "detection", "by", "Western", "blot", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Expression", "was", "induced", "by", "incubating", "cells", "with", "10", "ng", "/", "ml", "doxycycline", "for", "72", "h", ".", "Actin", "is", "used", "as", "loading", "control", ".", "PARN", "/", "actin", "ratios", ",", "normalized", "to", "doxycycline", "-", "treated", "WT", "/", "PARN", "cells", ",", "are", "shown", "below", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) PARN detection by Western blot in the indicated conditions. Expression was induced by incubating cells with 10 ng/ml doxycycline for 72 h. Actin is used as loading control. PARN/actin ratios, normalized to doxycycline-treated WT/PARN cells, are shown below."}
{"words": ["(", "G", ")", "In", "vitro", "deadenylation", "activity", "assay", "using", "protein", "extracts", "from", "doxycycline", "-", "treated", "WT", "/", "empty", ",", "WT", "/", "PARN", ",", "KO", "/", "empty", "and", "KO", "/", "PARN", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(G) In vitro deadenylation activity assay using protein extracts from doxycycline-treated WT/empty, WT/PARN, KO/empty and KO/PARN cells."}
{"words": ["(", "H", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "indicated", "gene", "transcripts", "in", "doxycycline", "-", "treated", "WT", "/", "empty", ",", "WT", "/", "PARN", ",", "KO", "/", "empty", "and", "KO", "/", "PARN", "cells", ".", "Expression", "levels", "were", "normalized", "first", "to", "ACTB", "and", "then", "to", "WT", "/", "empty", ".", "Three", "independent", "doxycycline", "inductions", "were", "performed", "for", "each", "cell", "line", ".", "Averages", "are", "shown", "and", "error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ".", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "tests", "were", "applied", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) qRT-PCR analysis of the indicated gene transcripts in doxycycline-treated WT/empty, WT/PARN, KO/empty and KO/PARN cells. Expression levels were normalized first to ACTB and then to WT/empty. Three independent doxycycline inductions were performed for each cell line. Averages are shown and error bars indicate s.e.m.. Unpaired Student's t tests were applied."}
{"words": ["(", "I", ")", "Representative", "western", "blot", "analysis", "of", "PARN", ",", "TRF2", "and", "p53", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Mean", "TRF2", "/", "Actin", "levels", "from", "two", "independent", "experiments", "are", "indicated", "below", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Representative western blot analysis of PARN, TRF2 and p53. Actin was used as loading control. Mean TRF2/Actin levels from two independent experiments are indicated below."}
{"words": ["(", "J", ")", "Same", "as", "(", "H", ")", "for", "p53", "and", "p21", "transcripts", ".", "Averages", "are", "shown", "and", "error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ".", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "tests", "were", "applied", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Same as (H) for p53 and p21 transcripts. Averages are shown and error bars indicate s.e.m.. Unpaired Student's t tests were applied."}
{"words": ["(", "K", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "TERRA", "from", "the", "indicated", "chromosome", "ends", "in", "doxycycline", "-", "treated", "KO", "/", "empty", "and", "KO", "/", "PARN", "cells", ".", "Expression", "levels", "were", "normalized", "first", "to", "ACTB", "and", "then", "to", "KO", "/", "empty", ".", "Three", "independent", "doxycycline", "inductions", "were", "performed", "for", "each", "cell", "line", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) qRT-PCR analysis of TERRA from the indicated chromosome ends in doxycycline-treated KO/empty and KO/PARN cells. Expression levels were normalized first to ACTB and then to KO/empty. Three independent doxycycline inductions were performed for each cell line. Error bars indicate s.e.m.."}
{"words": ["(", "A", ")", "Analysis", "of", "telomeric", "aberrations", "by", "Telo", "-", "FISH", "in", "doxycycline", "-", "treated", "WT", "/", "empty", ",", "WT", "/", "PARN", ",", "KO", "/", "empty", "and", "KO", "/", "PARN", "cells", ".", "Two", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "Counted", "chromatids", ":", "WT", "/", "empty", ":", "n", "=", "1824", ";", "WT", "/", "PARN", ":", "n", "=", "1744", ";", "KO", "/", "empty", ":", "n", "=", "1452", ";", "KO", "/", "PARN", ":", "n", "=", "1920", ".", "Averages", "are", "shown", "and", "χ2", "-", "tests", "were", "applied", "to", "compare", "KO", "/", "empty", "with", "either", "WT", "/", "empty", "or", "KO", "/", "PARN", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Analysis of telomeric aberrations by Telo-FISH in doxycycline-treated WT/empty, WT/PARN, KO/empty and KO/PARN cells. Two independent experiments were performed. Counted chromatids: WT/empty: n=1824; WT/PARN: n= 1744; KO/empty: n=1452; KO/PARN: n=1920. Averages are shown and χ2-tests were applied to compare KO/empty with either WT/empty or KO/PARN."}
{"words": ["(", "B", ")", "TRF", "analysis", "of", "telomere", "length", "(", "kb", ")", "in", "KO", "/", "empty", "and", "KO", "/", "PARN", "cells", "treated", "with", "10", "ng", "/", "ml", "Dox", "for", "72h", ".", "A", "control", "Western", "blot", "with", "PARN", "and", "Actin", "is", "shown", "below", "for", "the", "corresponding", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) TRF analysis of telomere length (kb) in KO/empty and KO/PARN cells treated with 10 ng/ml Dox for 72h. A control Western blot with PARN and Actin is shown below for the corresponding samples."}
{"words": ["(", "A", ")", "HT1080", "(", "WT", ")", "and", "HT1080PARN", "KO", "(", "KO", ")", "cells", "stably", "transfected", "with", "GFP", "plasmid", "(", "empty", ")", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "against", "p53", "for", "72h", "before", "RNA", "extraction", "and", "qRT", "-", "PCR", ".", "siRNAs", "against", "luciferase", "(", "siLuci", ")", "were", "used", "as", "control", ".", "p53", "expression", "levels", "were", "normalized", "first", "to", "ACTB", "and", "then", "to", "WT", "/", "empty", "/", "siLuci", "cells", ".", "Experiment", "was", "performed", "in", "triplicate", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HT1080 (WT) and HT1080PARN KO (KO) cells stably transfected with GFP plasmid (empty) were transfected with siRNAs against p53 for 72h before RNA extraction and qRT-PCR. siRNAs against luciferase (siLuci) were used as control. p53 expression levels were normalized first to ACTB and then to WT/empty/siLuci cells. Experiment was performed in triplicate. Error bars indicate s.e.m."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cells", "were", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", "and", "transcript", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "cDNA", "expression", "levels", "were", "normalized", "first", "to", "ACTB", "and", "then", "to", "WT", "/", "empty", "/", "siLuci", "cells", ".", "Experiment", "was", "performed", "in", "triplicate", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cells were treated as in (A) and transcript levels of the indicated genes were measured by qRT-PCR. cDNA expression levels were normalized first to ACTB and then to WT/empty/siLuci cells. Experiment was performed in triplicate. Error bars indicate s.e.m."}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "analyses", "of", "the", "indicated", "genes", "were", "performed", "on", "RNA", "extracted", "from", "P1", "'", "s", "primary", "or", "SV40T", "-", "transformed", "fibroblasts", ".", "cDNA", "expression", "levels", "were", "normalized", "to", "primary", "fibroblasts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qRT-PCR analyses of the indicated genes were performed on RNA extracted from P1's primary or SV40T-transformed fibroblasts. cDNA expression levels were normalized to primary fibroblasts."}
{"words": ["(", "C", ")", "Northern", "blot", "analysis", "of", "pre", "-", "rRNAs", "from", "control", "and", "patient", "B", "-", "LCLs", ".", "(", "D", ")", "Log2", "values", "of", "18S", "-", "E", "/", "21S", "and", "18S", "-", "EFL", "/", "21S", "for", "P1", "and", "P2", "were", "normalized", "to", "the", "values", "of", "the", "control", "and", "presented", "in", "a", "graphical", "format", ",", "as", "Log", "averages", "+", "standard", "deviation", "for", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Northern blot analysis of pre-rRNAs from control and patient B-LCLs. (D) Log2 values of 18S-E/21S and 18S-EFL/21S for P1 and P2 were normalized to the values of the control and presented in a graphical format, as Log averages + standard deviation for two independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Northern", "blot", "analysis", "of", "pre", "-", "rRNAs", "from", "HT1080PARN", "WT", "and", "HT1080PARN", "KO", "cells", ",", "transduced", "with", "an", "empty", "vector", ".", "(", "F", ")", "Ectopic", "expression", "of", "PARN", "was", "induced", "in", "HT1080PARN", "KO", "cells", "and", "compared", "to", "cells", "transduced", "with", "an", "empty", "vector", ".", "Western", "blot", "relative", "to", "actin", "assessed", "PARN", "levels", ".", "(", "G", ")", "Quantitative", "analyses", "of", "18S", "-", "E", "/", "21S", "and", "18S", "-", "E", "FL", "/", "21S", "ratios", "were", "as", "described", "in", "(", "D", ")", "for", "HT1080PARN", "KO", "cells", "relative", "to", "HT1080PARN", "WT", "(", "left", "panel", ";", "see", "(", "E", ")", ")", ",", "and", "for", "HT1080PARN", "KO", "cells", "rescued", "by", "ectopic", "expression", "of", "PARN", "relative", "to", "HT1080PARN", "KO", "cells", "transduced", "with", "an", "empty", "expression", "vector", "(", "right", "panel", ";", "see", "(", "F", ")", ")", ",", "with", "Log", "averages", "+", "standard", "deviation", "for", "four", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Northern blot analysis of pre-rRNAs from HT1080PARN WT and HT1080PARN KO cells, transduced with an empty vector. (F) Ectopic expression of PARN was induced in HT1080PARN KO cells and compared to cells transduced with an empty vector. Western blot relative to actin assessed PARN levels. (G) Quantitative analyses of 18S-E/21S and 18S-E FL/21S ratios were as described in (D) for HT1080PARN KO cells relative to HT1080PARN WT (left panel; see (E)), and for HT1080PARN KO cells rescued by ectopic expression of PARN relative to HT1080PARN KO cells transduced with an empty expression vector (right panel; see (F)), with Log averages + standard deviation for four independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "Parn", "expression", "in", "control", "and", "Parn", "+", "/", "-", "MEFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis of Parn expression in control and Parn+/- MEFs."}
{"words": ["(", "B", ")", "Northern", "blot", "analysis", "of", "total", "RNAs", "from", "WT", "and", "Parn", "+", "/", "-", "MEFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Northern blot analysis of total RNAs from WT and Parn+/- MEFs."}
{"words": ["(", "D", ")", "Frequencies", "of", "expected", "and", "observed", "newborns", "of", "the", "indicated", "genotype", "obtained", "from", "Parn", "+", "/", "-", "intercrosses", ".", "n", "indicates", "the", "number", "of", "animal", "analyzed", ".", "Statistical", "significance", "(", "P", "=", "1", ".", "5417E", "-", "08", ")", "of", "the", "differences", "between", "the", "observed", "and", "expected", "genotype", "distributions", "was", "assessed", "by", "χ2", "-", "test", ".", "(", "E", ")", "Frequencies", "of", "expected", "and", "observed", "E11", ".", "5", "embryos", "of", "the", "indicated", "genotype", "obtained", "from", "Parn", "+", "/", "-", "intercrosses", ".", "n", "indicates", "the", "number", "of", "animal", "analysed", ".", "Statistical", "significance", "(", "P", "=", "0", ".", "02535", ")", "of", "the", "differences", "between", "the", "observed", "and", "expected", "genotype", "distributions", "was", "assessed", "by", "χ2", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Frequencies of expected and observed newborns of the indicated genotype obtained from Parn+/- intercrosses. n indicates the number of animal analyzed. Statistical significance (P = 1.5417E-08) of the differences between the observed and expected genotype distributions was assessed by χ2-test. (E) Frequencies of expected and observed E11.5 embryos of the indicated genotype obtained from Parn+/- intercrosses. n indicates the number of animal analysed. Statistical significance (P = 0.02535) of the differences between the observed and expected genotype distributions was assessed by χ2-test."}
{"words": ["(", "F", ")", ",", "(", "G", ")", "p53", "knock", "-", "out", "does", "not", "rescue", "Parn", "-", "/", "-", ".", "No", "Parn", "-", "/", "-", "p53", "-", "/", "-", "mouse", "was", "born", "from", "various", "combinations", "of", "Parn", "+", "/", "-", "and", "either", "p53", "+", "/", "-", "or", "p53", "-", "/", "-", "crosses", "(", "49", "and", "56", "pups", ",", "respectively", ")", ".", "Statistical", "significance", "(", "P", "=", "0", ".", "000886", ")", "of", "the", "differences", "between", "the", "observed", "and", "expected", "genotype", "distributions", "was", "assessed", "by", "χ2", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F), (G) p53 knock-out does not rescue Parn-/-. No Parn-/- p53-/- mouse was born from various combinations of Parn+/- and either p53+/- or p53-/- crosses (49 and 56 pups, respectively). Statistical significance (P = 0.000886) of the differences between the observed and expected genotype distributions was assessed by χ2-test."}
{"words": ["C", ".", "Binding", "assay", "using", "MBP", "fused", "Apc1", "-", "loop500", "fragments", "and", "B56γ", ".", "Apc1", "-", "loop500", "WT", "or", "its", "derivatives", "(", "∆", "11", "or", "3A", ")", "were", "incubated", "with", "the", "35S", "-", "labelled", "Flag", "-", "B56γ", "in", "interphase", "extract", "(", "Inter", ")", "or", "anaphase", "extract", "(", "Ana", ")", "supplemented", "with", "CycB", "∆", "167", "at", "23", "˚", "C", "for", "1", "hr", ".", "The", "bound", "proteins", "were", "recovered", "by", "amylose", "beads", ",", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "autoradiography", "or", "coomassie", "brilliant", "blue", "(", "CBB", ")", "staining", ".", "The", "bar", "graph", "is", "quantification", "of", "bound", "B56γ", ".", "The", "intensities", "of", "MBP", "control", "were", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Binding assay using MBP fused Apc1-loop500 fragments and B56γ. Apc1-loop500 WT or its derivatives (∆11 or 3A) were incubated with the 35S-labelled Flag-B56γ in interphase extract (Inter) or anaphase extract (Ana) supplemented with CycB∆167 at 23˚C for 1 hr. The bound proteins were recovered by amylose beads, separated by SDS-PAGE and detected by autoradiography or coomassie brilliant blue (CBB) staining. The bar graph is quantification of bound B56γ. The intensities of MBP control were arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments."}
{"words": ["D", ".", "Cdk", "-", "dependent", "in", "vitro", "kinase", "assay", "of", "Apc1", "-", "loop500", ".", "MBP", "fused", "WT", "or", "3A", "Apc1", "-", "loop500", "fragment", "was", "incubated", "with", "Cdk2", "-", "cyclin", "A", "in", "the", "presence", "of", "[", "γ", "-", "32P", "]", "-", "ATP", "at", "23", "˚", "C", "for", "10", "min", ",", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "autoradiography", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Cdk-dependent in vitro kinase assay of Apc1-loop500. MBP fused WT or 3A Apc1-loop500 fragment was incubated with Cdk2-cyclin A in the presence of [γ-32P]-ATP at 23˚C for 10 min, separated by SDS-PAGE and detected by autoradiography."}
{"words": ["E", ".", "Cdk", "can", "promote", "Apc1", "-", "loop500", "and", "B56", "interaction", ".", "MBP", "fused", "WT", "or", "3A", "Apc1", "-", "loop500", "fragment", "was", "incubated", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Cdk2", "-", "cyclin", "A", "at", "30", "˚", "C", "for", "60", "min", ".", "MBP", "-", "fused", "peptides", "(", "-", "/", "+", "kinase", ")", "were", "isolated", "and", "incubated", "with", "purified", "Flag", "-", "B56γ", "at", "23", "˚", "C", "for", "30", "min", ".", "The", "bound", "proteins", "were", "recovered", "by", "amylose", "beads", "and", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", ".", "F", ".", "Quantification", "of", "E", ".", "Bound", "B56γ", "to", "WT", "Apc1", "-", "loop500", "control", "(", "-", "Cdk", ")", "was", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Cdk can promote Apc1-loop500 and B56 interaction. MBP fused WT or 3A Apc1-loop500 fragment was incubated in the presence or absence of Cdk2-cyclin A at 30˚C for 60 min. MBP-fused peptides (-/+ kinase) were isolated and incubated with purified Flag-B56γ at 23˚C for 30 min. The bound proteins were recovered by amylose beads and analysed by SDS-PAGE and immunoblotting with indicated antibodies. F. Quantification of E. Bound B56γ to WT Apc1-loop500 control (-Cdk) was arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "Cdc20", "binding", "assay", "in", "Xenopus", "egg", "extracts", ".", "The", "purified", "recombinant", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "B56", "binding", "site", "mutant", "APC", "/", "C", "(", "1", "-", "L557A", "/", "V560A", ")", "was", "incubated", "with", "APC", "/", "C", "-", "depleted", "(", "∆", "APC", ")", "interphase", "extract", "(", "Inter", ")", "or", "∆", "APC", "anaphase", "extract", "supplemented", "with", "CycB", "∆", "167", "(", "Ana", ")", "at", "23", "˚", "C", "for", "indicated", "times", ".", "The", "APC", "/", "C", "was", "recovered", "with", "Apc3", "monoclonal", "antibody", "(", "AF3", ".", "1", ")", "beads", "and", "the", "bound", "proteins", "were", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", ".", "pApc1", "(", "pS314", "/", "pS318", ")", "is", "a", "phospho", "-", "site", "specific", "antibody", "that", "binds", "only", "when", "both", "S314", "and", "S318", "are", "phosphorylated", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "A", ".", "The", "intensities", "of", "WT", "control", "in", "interphase", "were", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Cdc20 binding assay in Xenopus egg extracts. The purified recombinant wild-type (WT) or B56 binding site mutant APC/C (1-L557A/V560A) was incubated with APC/C-depleted (∆APC) interphase extract (Inter) or ∆APC anaphase extract supplemented with CycB∆167 (Ana) at 23˚C for indicated times. The APC/C was recovered with Apc3 monoclonal antibody (AF3.1) beads and the bound proteins were analysed by SDS-PAGE and immunoblotting with indicated antibodies. pApc1 (pS314/pS318) is a phospho-site specific antibody that binds only when both S314 and S318 are phosphorylated. B. Quantification of A. The intensities of WT control in interphase were arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments. "}
{"words": ["C", ".", "B56", "binding", "site", "mutant", "APC", "/", "C", "(", "1", "-", "L557A", "/", "V560A", ")", "is", "less", "active", "in", "ubiquitylation", "assay", "than", "WT", "APC", "/", "C", ".", "The", "purified", "recombinant", "WT", "APC", "/", "C", "or", "B56", "binding", "motif", "mutant", "APC", "/", "C", "(", "1", "-", "L557A", "/", "V560A", ")", "was", "incubated", "with", "∆", "APC", "anaphase", "extract", ".", "The", "recovered", "APC", "/", "C", "-", "Cdc20", "complex", "was", "subjected", "to", "ubiquitylation", "assay", "using", "35S", "-", "labelled", "cyclin", "B", "as", "a", "substrate", ".", "Samples", "were", "taken", "at", "indicated", "time", "points", "and", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "autoradiography", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "C", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. B56 binding site mutant APC/C (1-L557A/V560A) is less active in ubiquitylation assay than WT APC/C. The purified recombinant WT APC/C or B56 binding motif mutant APC/C (1-L557A/V560A) was incubated with ∆APC anaphase extract. The recovered APC/C-Cdc20 complex was subjected to ubiquitylation assay using 35S-labelled cyclin B as a substrate. Samples were taken at indicated time points and analysed by SDS-PAGE and autoradiography. D. Quantification of C. Error bars, s.e.m. from three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "(", "left", "panel", ")", "Cdc20", "binding", "to", "APC", "/", "C", "loop", "domain", "mutants", "in", "interphase", "extract", ".", "The", "purified", "recombinant", "WT", "or", "Apc1", "mutant", "APC", "/", "Cs", "(", "1", "-", "∆", "L300", ",", "1", "-", "∆", "L300", "/", "∆", "11", "or", "1", "-", "∆", "L300", "/", "L557A", "/", "V560A", ")", "were", "incubated", "with", "∆", "APC", "interphase", "extract", "at", "23", "˚", "C", "for", "1", "hr", ".", "The", "APC", "/", "C", "was", "recovered", "with", "Apc3", "monoclonal", "antibody", "(", "AF3", ".", "1", ")", "beads", "and", "the", "bound", "proteins", "were", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", ".", "(", "right", "panel", ")", "Quantification", "of", "bound", "Cdc20", ".", "The", "intensities", "of", "1", "-", "∆", "L300", "control", "were", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "B", ".", "(", "left", "panel", ")", "Cdc20", "binding", "to", "APC", "/", "C", "loop", "domain", "mutants", "in", "anaphase", "extracts", ".", "Same", "as", "A", ",", "but", "∆", "APC", "anaphase", "extract", "was", "used", "and", "incubated", "at", "23", "˚", "C", "for", "50", "min", "in", "anaphase", "extract", ".", "(", "right", "panel", ")", "Quantification", "of", "bound", "Cdc20", ".", "The", "intensities", "of", "1", "-", "∆", "L300", "control", "were", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. (left panel) Cdc20 binding to APC/C loop domain mutants in interphase extract. The purified recombinant WT or Apc1 mutant APC/Cs (1-∆L300, 1-∆L300/∆11 or 1-∆L300/L557A/V560A) were incubated with ∆APC interphase extract at 23˚C for 1 hr. The APC/C was recovered with Apc3 monoclonal antibody (AF3.1) beads and the bound proteins were analysed by SDS-PAGE and immunoblotting with indicated antibodies. (right panel) Quantification of bound Cdc20. The intensities of 1-∆L300 control were arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments. B. (left panel) Cdc20 binding to APC/C loop domain mutants in anaphase extracts. Same as A, but ∆APC anaphase extract was used and incubated at 23˚C for 50 min in anaphase extract. (right panel) Quantification of bound Cdc20. The intensities of 1-∆L300 control were arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "(", "left", "panel", ")", "Cdk", "-", "dependent", "in", "vitro", "kinase", "assay", "of", "Apc1", "-", "loop300", ".", "3xFlag", "-", "tagged", "WT", "or", "7T", "Apc1", "-", "loop300", "fragment", "was", "incubated", "with", "Cdk2", "-", "cyclin", "A", "in", "the", "presence", "of", "[", "γ", "-", "32P", "]", "-", "ATP", "at", "30", "˚", "C", "for", "30", "min", ",", "and", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "autoradiography", ".", "(", "right", "panel", ")", "32P", "-", "phosphorylated", "WT", "or", "7T", "Apc1", "-", "loop300", "fragment", "was", "incubated", "in", "anaphase", "extract", "and", "removal", "of", "radioactivity", "was", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "followed", "by", "autoradiography", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "removal", "of", "radioactivity", "in", "A", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. (left panel) Cdk-dependent in vitro kinase assay of Apc1-loop300. 3xFlag-tagged WT or 7T Apc1-loop300 fragment was incubated with Cdk2-cyclin A in the presence of [γ-32P]-ATP at 30˚C for 30 min, and separated by SDS-PAGE and detected by autoradiography. (right panel) 32P-phosphorylated WT or 7T Apc1-loop300 fragment was incubated in anaphase extract and removal of radioactivity was analysed by SDS-PAGE followed by autoradiography. B. Quantification of removal of radioactivity in A. Error bars, s.e.m. from three independent experiments. "}
{"words": ["C", ".", "Cdc20", "-", "5A", "efficiently", "binds", "to", "the", "B56", "binding", "site", "mutant", "APC", "/", "C", ".", "The", "purified", "recombinant", "WT", "APC", "/", "C", "or", "Apc1", "-", "loop500", "mutant", "APC", "/", "C", "(", "1", "-", "L557A", "/", "V560A", ")", "was", "incubated", "with", "WT", "Cdc20", "or", "non", "-", "phosphorylatable", "Cdc20", "mutant", "(", "5A", ")", "in", "∆", "APC", "∆", "Cdc20", "anaphase", "extract", "at", "23", "˚", "C", "for", "55", "min", ".", "The", "APC", "/", "C", "was", "recovered", "with", "Apc3", "monoclonal", "antibody", "(", "AF3", ".", "1", ")", "beads", "and", "the", "bound", "proteins", "were", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "C", ".", "The", "intensities", "of", "WT", "APC", "/", "C", "control", "were", "arbitrarily", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Error", "bars", ",", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Cdc20-5A efficiently binds to the B56 binding site mutant APC/C. The purified recombinant WT APC/C or Apc1-loop500 mutant APC/C (1-L557A/V560A) was incubated with WT Cdc20 or non-phosphorylatable Cdc20 mutant (5A) in ∆APC∆Cdc20 anaphase extract at 23˚C for 55 min. The APC/C was recovered with Apc3 monoclonal antibody (AF3.1) beads and the bound proteins were analysed by SDS-PAGE and immunoblotting with indicated antibodies. D. Quantification of C. The intensities of WT APC/C control were arbitrarily set to 1.0. Error bars, s.e.m. from three independent experiments. "}
{"words": ["E", ".", "The", "APC", "/", "C", "and", "Cdc20", "immunoprecipitated", "from", "CSF", "extract", "were", "incubated", "in", "the", "presence", "of", "a", "range", "of", "concentrations", "or", "absence", "of", "PP2A", "-", "B56γ", "at", "23", "˚", "C", ".", "Samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "antibodies", ",", "including", "phospho", "-", "site", "specific", "antibodies", "for", "pCdc20", "(", "pT79", ")", "and", "pApc1", "(", "pS314", "/", "pS318", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. The APC/C and Cdc20 immunoprecipitated from CSF extract were incubated in the presence of a range of concentrations or absence of PP2A-B56γ at 23˚C. Samples were taken at the indicated time points and analysed by SDS-PAGE and immunoblotting with antibodies, including phospho-site specific antibodies for pCdc20 (pT79) and pApc1 (pS314/pS318)."}
{"words": ["D", "HCT116", ",", "Lovo", "and", "RKO", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "p53", "siRNAs", ".", "48", "h", "after", "transfection", ",", "total", "protein", "was", "then", "analyzed", "by", "western", "blot", "analysis", ".", "E", "HCT116", ",", "Lovo", "and", "RKO", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "and", "p53", "plasmid", ".", "48", "h", "after", "transfection", ",", "total", "protein", "was", "then", "analyzed", "by", "western", "blot", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D HCT116, Lovo and RKO cells were transfected with control or p53 siRNAs. 48 h after transfection, total protein was then analyzed by western blot analysis. E HCT116, Lovo and RKO cells were transfected with empty vector and p53 plasmid. 48 h after transfection, total protein was then analyzed by western blot analysis."}
{"words": ["F", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "of", "the", "p53", "(", "green", ")", "and", "METTL14", "(", "red", ")", "proteins", "in", "p53", "-", "WT", "HCT116", ",", "Lovo", "and", "RKO", "cells", "and", "p53", "-", "MT", "HT29", "(", "p53R273H", ")", ",", "SW480", "(", "p53R273H", "/", "P309S", ")", ",", "SW620", "(", "p53R273H", ")", "and", "SW1116", "(", "p53A159D", ")", "cells", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "10", "μm", ".", "The", "relative", "mean", "fluorescence", "density", "was", "analyzed", "by", "ImageJ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative immunofluorescence staining of the p53 (green) and METTL14 (red) proteins in p53-WT HCT116, Lovo and RKO cells and p53-MT HT29 (p53R273H), SW480 (p53R273H/P309S), SW620 (p53R273H) and SW1116 (p53A159D) cells. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bars = 10 μm. The relative mean fluorescence density was analyzed by ImageJ."}
{"words": ["I", "Western", "blot", "analysis", "of", "METTL14", "levels", "after", "transfection", "with", "empty", "vector", ",", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "p53", "plasmids", "in", "HCT116", "(", "p53", "-", "/", "-", ")", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Western blot analysis of METTL14 levels after transfection with empty vector, wild-type or mutant p53 plasmids in HCT116 (p53-/-) cells."}
{"words": ["J", "Representative", "IHC", "images", ",", "and", "statistical", "analysis", "of", "immunoreactive", "score", "(", "IRS", ")", "of", "METTL14", "expression", "in", "p53", "-", "WT", "(", "n", "=", "63", ")", "and", "p53", "-", "MT", "(", "n", "=", "41", ")", "CRC", "samples", ".", "The", "horizontal", "lines", "represent", "the", "median", ";", "the", "bottom", "and", "top", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25", "%", "and", "75", "%", "percentiles", ",", "respectively", ";", "and", "the", "vertical", "bars", "represent", "the", "range", "of", "the", "data", ".", "The", "insets", "show", "enlarged", "images", "of", "indicated", "p53", "-", "WT", "and", "p53", "-", "MT", "CRC", "tissues", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "=", "20", "μm", "and", "2", "μm", "(", "inset", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Representative IHC images, and statistical analysis of immunoreactive score (IRS) of METTL14 expression in p53-WT (n = 63) and p53-MT (n = 41) CRC samples. The horizontal lines represent the median; the bottom and top of the boxes represent the 25% and 75% percentiles, respectively; and the vertical bars represent the range of the data. The insets show enlarged images of indicated p53-WT and p53-MT CRC tissues, respectively. Scale bars = 20 μm and 2 μm (inset)."}
{"words": ["K", "ChIP", "assay", "verified", "the", "potential", "p53", "binding", "site", "in", "the", "METTL14", "promoter", "region", "in", "HCT116", "and", "Lovo", "cell", "lines", ".", "Input", "fractions", "and", "IgG", "were", "used", "as", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K ChIP assay verified the potential p53 binding site in the METTL14 promoter region in HCT116 and Lovo cell lines. Input fractions and IgG were used as controls."}
{"words": ["A", "Colony", "formation", "assay", "of", "p53", "-", "WT", "(", "HCT116", ",", "Lovo", "and", "RKO", ")", "and", "p53", "-", "MT", "(", "HT29", ",", "SW620", ",", "SW1116", "and", "SW480", ")", "cells", "stably", "infected", "with", "shNC", "or", "shMETTL14", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", "=", "no", "significance", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Colony formation assay of p53-WT (HCT116, Lovo and RKO) and p53-MT (HT29, SW620, SW1116 and SW480) cells stably infected with shNC or shMETTL14. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 3; *P < 0.05, **P < 0.01, ns = no significance)."}
{"words": ["B", ",", "C", "Representative", "images", "and", "analysis", "of", "tumors", "in", "nude", "mice", "bearing", "stably", "transfected", "shNC", "or", "shMETTL14", "p53", "-", "WT", "(", "HCT116", "and", "Lovo", ")", "and", "p53", "-", "MT", "(", "HT29", "and", "SW620", ")", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "7", ",", "ns", "=", "no", "significance", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C Representative images and analysis of tumors in nude mice bearing stably transfected shNC or shMETTL14 p53-WT (HCT116 and Lovo) and p53-MT (HT29 and SW620) cells. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 7, ns = no significance)."}
{"words": ["G", "Comparison", "of", "colorectum", "length", "between", "METTL14WT", "(", "n", "=", "14", ",", "n", "=", "24", ")", "and", "METTL14ΔIEC", "(", "n", "=", "13", ",", "n", "=", "21", ")", "mice", "from", "AOM", "/", "DSS", "-", "induced", "and", "AOM", "-", "induced", "CRC", "models", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Comparison of colorectum length between METTL14WT (n = 14, n = 24) and METTL14ΔIEC (n = 13, n = 21) mice from AOM/DSS-induced and AOM-induced CRC models, respectively. Data are expressed as mean ± SD."}
{"words": ["I", "Representative", "HE", "staining", "images", "of", "colorectum", "in", "METTL14WT", "(", "n", "=", "14", ",", "n", "=", "24", ")", "and", "METTL14ΔIEC", "(", "n", "=", "13", ",", "n", "=", "21", ")", "mice", "from", "AOM", "/", "DSS", "-", "induced", "and", "AOM", "-", "induced", "CRC", "models", ".", "Lower", "panels", "show", "enlarged", "images", "of", "indicated", "normal", "or", "CRC", "tissues", ".", "Scale", "bars", "=", "2", "mm", "(", "upper", ")", "and", "40", "μm", "(", "lower", ")", ".", "Black", "dashed", "line", "refers", "to", "the", "border", "of", "tumor", "(", "T", ")", "and", "normal", "(", "N", ")", "tissues", ".", "Tumors", "are", "classified", "as", "adenomas", "with", "low", "to", "focal", "high", "-", "grade", "dysplasia", ".", "The", "percentages", "of", "mice", "with", "dysplasia", "are", "shown", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Representative HE staining images of colorectum in METTL14WT (n = 14, n = 24) and METTL14ΔIEC (n = 13, n = 21) mice from AOM/DSS-induced and AOM-induced CRC models. Lower panels show enlarged images of indicated normal or CRC tissues. Scale bars = 2 mm (upper) and 40 μm (lower). Black dashed line refers to the border of tumor (T) and normal (N) tissues. Tumors are classified as adenomas with low to focal high-grade dysplasia. The percentages of mice with dysplasia are shown (right)."}
{"words": ["C", "Lactate", "production", ",", "ATP", "level", ",", "glucose", "uptake", "and", "pyruvate", "level", "in", "stably", "transfected", "Lv", "-", "vector", "and", "Lv", "-", "METTL14", "or", "shNC", "and", "shMETTL14", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Lactate production, ATP level, glucose uptake and pyruvate level in stably transfected Lv-vector and Lv-METTL14 or shNC and shMETTL14 HCT116 (p53-WT) cells. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 3; **P < 0.01)."}
{"words": ["H", "Western", "blot", "analysis", "of", "METTL14", ",", "SLC2A3", "and", "PGAM1", "protein", "levels", "of", "intestinal", "epithelial", "cells", "from", "AOM", "/", "DSS", "-", "induced", "Mettl14WT", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "Mettl14ΔIEC", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Western blot analysis of METTL14, SLC2A3 and PGAM1 protein levels of intestinal epithelial cells from AOM/DSS-induced Mettl14WT (n = 4) and Mettl14ΔIEC (n = 4) and mice."}
{"words": ["I", "Representative", "IHC", "staining", "images", "and", "quantitative", "analysis", "of", "SLC2A3", "and", "PGAM1", "in", "tumor", "tissues", "and", "non", "-", "tumor", "tissues", "from", "AOM", "/", "DSS", "-", "induced", "Mettl14ΔIEC", "and", "Mettl14WT", "mice", "CRC", "models", ".", "The", "insets", "show", "enlarged", "images", "of", "tumor", "tissues", "and", "non", "-", "tumor", "tissues", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "=", "40", "μm", "and", "4", "μm", "(", "inset", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "6", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Representative IHC staining images and quantitative analysis of SLC2A3 and PGAM1 in tumor tissues and non-tumor tissues from AOM/DSS-induced Mettl14ΔIEC and Mettl14WT mice CRC models. The insets show enlarged images of tumor tissues and non-tumor tissues, respectively. Scale bars = 40 μm and 4 μm (inset). Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 6; **P < 0.01, ***P < 0.001)."}
{"words": ["E", "Western", "blot", "analysis", "of", "SLC2A3", "and", "PGAM1", "protein", "levels", "in", "HCT116", "and", "Lovo", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "miRNA", "mimics", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Western blot analysis of SLC2A3 and PGAM1 protein levels in HCT116 and Lovo (p53-WT) cells transfected with control or miRNA mimics."}
{"words": ["F", "Representative", "IF", "staining", "and", "quantitative", "analysis", "of", "the", "SLC2A3", "(", "green", ")", "and", "PGAM1", "(", "green", ")", "proteins", "in", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "miRNA", "mimics", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "20", "μm", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "4", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "G", "Representative", "IF", "staining", "and", "quantitative", "analysis", "of", "the", "SLC2A3", "(", "green", ")", "and", "PGAM1", "(", "green", ")", "proteins", "in", "HT29", "(", "p53", "-", "MT", ")", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "miRNA", "mimics", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scalebars", "=", "20", "μm", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "4", ";", "ns", "=", "no", "significance", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative IF staining and quantitative analysis of the SLC2A3 (green) and PGAM1 (green) proteins in HCT116 (p53-WT) cells transfected with control or miRNA mimics. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bars = 20 μm. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 4; **P < 0.01). G Representative IF staining and quantitative analysis of the SLC2A3 (green) and PGAM1 (green) proteins in HT29 (p53-MT) cells transfected with control or miRNA mimics. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scalebars = 20 μm. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 4; ns = no significance)."}
{"words": ["J", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "pri", "-", "miR", "-", "6769b", "and", "pri", "-", "miR", "-", "499a", "levels", "in", "stably", "transfected", "Lv", "-", "vector", "and", "Lv", "-", "METTL14", "HCT116", "cells", "with", "control", ",", "YTHDF1", "-", "3", ",", "YTHDC1", "-", "2", "or", "IGF2BP1", "-", "3", "siRNAs", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "The", "dotted", "line", "represents", "basal", "mRNA", "expression", "of", "pri", "-", "miR", "-", "6769b", "and", "pri", "-", "miR", "-", "499a", "in", "HCT116", "cells", ",", "acting", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J qRT-PCR analysis of the pri-miR-6769b and pri-miR-499a levels in stably transfected Lv-vector and Lv-METTL14 HCT116 cells with control, YTHDF1-3, YTHDC1-2 or IGF2BP1-3 siRNAs. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 3; **P < 0.01). The dotted line represents basal mRNA expression of pri-miR-6769b and pri-miR-499a in HCT116 cells, acting as a control."}
{"words": ["N", "Representative", "images", "of", "tumors", "and", "analysis", "in", "nude", "mice", "intervened", "with", "control", ",", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "or", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "expression", "p53", "-", "WT", "(", "HCT116", "and", "Lovo", ")", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "7", ")", ".", "O", "Representative", "images", "of", "tumors", "and", "analysis", "in", "nude", "mice", "intervened", "with", "control", ",", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "or", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "expression", "p53", "-", "MT", "(", "HT29", "and", "SW620", ")", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "7", ",", "ns", ",", "no", "significance", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N Representative images of tumors and analysis in nude mice intervened with control, miR-6769b-3p or miR-499a-3p expression p53-WT (HCT116 and Lovo) cells. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 7). O Representative images of tumors and analysis in nude mice intervened with control, miR-6769b-3p or miR-499a-3p expression p53-MT (HT29 and SW620) cells. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 7, ns, no significance)."}
{"words": ["A", "Glucose", "uptake", ",", "Lactate", ",", "ATP", ",", "pyruvate", "levels", "were", "determined", "in", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "treated", "with", "control", ",", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "mimics", "or", "inhibitor", "for", "48h", ".", "B", "Glucose", "uptake", ",", "Lactate", ",", "ATP", ",", "pyruvate", "levels", "were", "determined", "in", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "treated", "with", "control", ",", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "mimics", "or", "inhibitor", "for", "48h", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Glucose uptake, Lactate, ATP, pyruvate levels were determined in HCT116 (p53-WT) cells treated with control, miR-6769b-3p mimics or inhibitor for 48h. B Glucose uptake, Lactate, ATP, pyruvate levels were determined in HCT116 (p53-WT) cells treated with control, miR-499a-3p mimics or inhibitor for 48h."}
{"words": ["E", "Glucose", "uptake", ",", "Lactate", ",", "ATP", "and", "pyruvate", "levels", "were", "determined", "in", "stably", "transfected", "Lv", "-", "vector", "and", "Lv", "-", "METTL14", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "treated", "with", "control", "or", "mixture", "inhibitors", "for", "48h", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "corresponding", "METTL14", ",", "SLC2A3", "and", "PGAM1", "protein", "levels", "in", "indicated", "treatment", ".", "F", "Glucose", "uptake", ",", "Lactate", ",", "ATP", "and", "pyruvate", "levels", "were", "determined", "in", "stably", "transfected", "Lv", "-", "vector", "and", "Lv", "-", "METTL14", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "treated", "with", "control", "or", "mixture", "mimics", "for", "48h", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "corresponding", "METTL14", ",", "SLC2A3", "and", "PGAM1", "protein", "levels", "in", "indicated", "treatment", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Glucose uptake, Lactate, ATP and pyruvate levels were determined in stably transfected Lv-vector and Lv-METTL14 HCT116 (p53-WT) cells treated with control or mixture inhibitors for 48h. Western blot analysis of the corresponding METTL14, SLC2A3 and PGAM1 protein levels in indicated treatment. F Glucose uptake, Lactate, ATP and pyruvate levels were determined in stably transfected Lv-vector and Lv-METTL14 HCT116 (p53-WT) cells treated with control or mixture mimics for 48h. Western blot analysis of the corresponding METTL14, SLC2A3 and PGAM1 protein levels in indicated treatment."}
{"words": ["I", ",", "J", "Representative", "images", "and", "analysis", "of", "tumors", "in", "nude", "mice", "generated", "by", "stably", "transfected", "shNC", "and", "shMETTL14", "or", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "and", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "overexpressing", "HCT116", "(", "p53", "-", "WT", ")", "cells", "with", "or", "without", "METTL14", "knockdown", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "(", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "7", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J Representative images and analysis of tumors in nude mice generated by stably transfected shNC and shMETTL14 or miR-6769b-3p and miR-499a-3p overexpressing HCT116 (p53-WT) cells with or without METTL14 knockdown. Data are presented as mean ± SD (biological replicates, n = 7, ***P < 0.001)."}
{"words": ["A", "Representative", "IHC", "and", "ISH", "staining", "images", "and", "corresponding", "quantitative", "analysis", "of", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "/", "SLC2A3", "IRS", "and", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "/", "PGAM1", "IRS", "in", "p53", "-", "WT", "(", "n", "=", "63", ")", "and", "p53", "-", "MT", "(", "n", "=", "41", ")", "samples", "from", "Cohort", "3", ".", "The", "insets", "show", "enlarged", "images", "of", "indicated", "p53", "-", "WT", "and", "p53", "-", "MT", "CRC", "tissues", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "μm", "and", "20", "μm", "(", "inset", ")", ".", "The", "horizontal", "lines", "represent", "the", "median", ";", "the", "bottom", "and", "top", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25", "%", "and", "75", "%", "percentiles", ",", "respectively", ";", "and", "the", "vertical", "bars", "represent", "the", "range", "of", "the", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative IHC and ISH staining images and corresponding quantitative analysis of miR-6769b-3p/SLC2A3 IRS and miR-499a-3p/PGAM1 IRS in p53-WT (n = 63) and p53-MT (n = 41) samples from Cohort 3. The insets show enlarged images of indicated p53-WT and p53-MT CRC tissues, respectively. Scale bars = 200 μm and 20 μm (inset). The horizontal lines represent the median; the bottom and top of the boxes represent the 25% and 75% percentiles, respectively; and the vertical bars represent the range of the data."}
{"words": ["B", "Representative", "IHC", "and", "ISH", "images", "of", "METTL14", ",", "SLC2A3", ",", "PGAM1", ",", "miR", "-", "6769b", "-", "3p", "and", "miR", "-", "499a", "-", "3p", "in", "CRC", "tissues", "with", "higher", "or", "lower", "METTL14", "expression", "in", "p53", "-", "WT", "(", "n", "=", "63", ")", "samples", "from", "Cohort", "3", ".", "Right", "panels", "show", "enlarged", "images", "of", "indicated", "p53", "-", "WT", "CRC", "tissues", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "μm", "(", "left", ")", "and", "20", "μm", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative IHC and ISH images of METTL14, SLC2A3, PGAM1, miR-6769b-3p and miR-499a-3p in CRC tissues with higher or lower METTL14 expression in p53-WT (n = 63) samples from Cohort 3. Right panels show enlarged images of indicated p53-WT CRC tissues. Scale bars = 200 μm (left) and 20 μm (right)."}
{"words": ["F", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curves", "of", "OS", "in", "CRC", "patients", "with", "wild", "type", "p53", "(", "n", "=", "63", ")", "and", "mutant", "p53", "(", "n", "=", "41", ")", "from", "Cohort", "3", "database", "based", "on", "expression", "levels", "of", "METTL14", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "F Kaplan-Meier survival curves of OS in CRC patients with wild type p53 (n = 63) and mutant p53 (n = 41) from Cohort 3 database based on expression levels of METTL14."}
{"words": ["(", "a", ")", "HEK293", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "DFCP1", "were", "transfected", "with", "or", "without", "shRNA", "against", "Atg14L", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) HEK293 cells stably expressing GFP-DFCP1 were transfected with or without shRNA against Atg14L. The cell lysates were subjected to immunoblotting with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "b", ")", "GFP", "signals", "were", "observed", "in", "these", "cells", "before", "or", "after", "starvation", ".", "(", "c", ")", "The", "number", "of", "GFP", "-", "positive", "puncta", "per", "cell", "was", "counted", ";", "mean", "±", "SD", "values", "are", "presented", ".", "N", ",", "nutrient", "rich", ";", "S", ",", "starvation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) GFP signals were observed in these cells before or after starvation. (c) The number of GFP-positive puncta per cell was counted; mean ± SD values are presented. N, nutrient rich; S, starvation."}
{"words": ["(", "d", ")", "HEK293", "cells", "were", "lysed", "and", "subjected", "to", "subcellular", "fractionation", "as", "described", "in", "Materials", "and", "methods", ".", "Equivalent", "amounts", "of", "total", ",", "cytosolic", ",", "and", "ER", "fractions", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "with", "each", "organelle", "marker", "antibody", ".", "The", "percentage", "of", "recovery", "in", "each", "fraction", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) HEK293 cells were lysed and subjected to subcellular fractionation as described in Materials and methods. Equivalent amounts of total, cytosolic, and ER fractions were subjected to immunoblotting with each organelle marker antibody. The percentage of recovery in each fraction is presented as mean ± SD values."}
{"words": ["(", "e", ")", "HEK293", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "DFCP1", "were", "transiently", "transformed", "with", "Flag", "-", "tagged", "Atg14L", "and", "subjected", "to", "starvation", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Insets", "show", "higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "areas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) HEK293 cells stably expressing GFP-DFCP1 were transiently transformed with Flag-tagged Atg14L and subjected to starvation. The cells were fixed and stained with the indicated antibodies. Insets show higher magnification of the boxed areas."}
{"words": ["(", "f", ")", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "Atg14L", "with", "or", "without", "mCherry", "-", "linked", "dominant", "-", "negative", "ULK1", ",", "and", "these", "cells", "were", "cultured", "in", "complete", "or", "starvation", "medium", "for", "60", "min", ".", "Bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) HEK293 cells were transfected with GFP-Atg14L with or without mCherry-linked dominant-negative ULK1, and these cells were cultured in complete or starvation medium for 60 min. Bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "HEK293", "cells", "were", "simultaneously", "transfected", "with", "four", "plasmids", "harboring", "One", "-", "Strep", "-", "Flag", "(", "OSF", ")", "-", "tagged", "Atg14L", ",", "Beclin", "-", "1", ",", "hVps34", ",", "and", "hVps15", ",", "and", "Atg14L", "was", "pulled", "down", "using", "Strep", "-", "Tactin", "Sepharose", "beads", ".", "Empty", "plasmid", "was", "used", "as", "control", "instead", "of", "Atg14L", ".", "The", "precipitates", "were", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "Coomassie", "brilliant", "blue", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) HEK293 cells were simultaneously transfected with four plasmids harboring One-Strep-Flag (OSF)-tagged Atg14L, Beclin-1, hVps34, and hVps15, and Atg14L was pulled down using Strep-Tactin Sepharose beads. Empty plasmid was used as control instead of Atg14L. The precipitates were subjected to SDS-PAGE and Coomassie brilliant blue staining."}
{"words": ["(", "c", ")", "HEK293", "cells", "transiently", "expressing", "each", "construct", "were", "subjected", "to", "coimmunoprecipitation", "analysis", "with", "the", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Each", "precipitant", "was", "subjected", "to", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "IP", ",", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) HEK293 cells transiently expressing each construct were subjected to coimmunoprecipitation analysis with the anti-GFP antibody. Each precipitant was subjected to immunoblotting with the indicated antibodies. IP, immunoprecipitation."}
{"words": ["(", "e", ")", "NRK", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "adenovirus", "expressing", "GFP", "-", "Atg14L", "or", "GFP", "-", "Atg14L4C4A", "and", "fixed", "under", "nutrient", "-", "rich", "conditions", ".", "The", "cells", "were", "stained", "with", "anticalnexin", "antibody", "as", "an", "ER", "membrane", "marker", ".", "Higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "areas", "is", "shown", "below", ".", "Bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) NRK cells were transiently transfected with adenovirus expressing GFP-Atg14L or GFP-Atg14L4C4A and fixed under nutrient-rich conditions. The cells were stained with anticalnexin antibody as an ER membrane marker. Higher magnification of the boxed areas is shown below. Bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "A549", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "adenovirus", "expressing", "GFP", "-", "Atg14L", "or", "GFP", "-", "Atg14LCAAX", "and", "subjected", "to", "starvation", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "Beclin", "-", "1", "antibody", ".", "Higher", "magnification", "of", "the", "boxed", "areas", "is", "shown", "below", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) A549 cells were transiently transfected with adenovirus expressing GFP-Atg14L or GFP-Atg14LCAAX and subjected to starvation. The cells were fixed and stained with anti-Beclin-1 antibody. Higher magnification of the boxed areas is shown below."}
{"words": ["(", "b", ")", "HEK293", "cells", "were", "cotransfected", "with", "MEF", "-", "hVps34", "and", "GFP", "or", "GFP", "-", "Atg14LCAAX", "and", "stained", "with", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "Bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) HEK293 cells were cotransfected with MEF-hVps34 and GFP or GFP-Atg14LCAAX and stained with anti-Flag antibody. Bars, 10 µm."}
{"words": ["Autophagy", "induction", "by", "overexpressed", "Atg14L", ".", "A549", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "adenovirus", "harboring", "GFP", "-", "Atg14L", "or", "GFP", "-", "Atg14L4C4A", ".", "(", "a", "and", "b", ")", "The", "cells", "before", "starvation", "(", "a", ")", "or", "after", "starvation", "(", "b", ")", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "LC3", "antibody", ".", "(", "c", ")", "The", "number", "of", "LC3", "-", "positive", "puncta", "per", "cell", "was", "counted", ",", "and", "mean", "±", "SD", "values", "are", "presented", ".", "Bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Autophagy induction by overexpressed Atg14L. A549 cells were transiently transfected with adenovirus harboring GFP-Atg14L or GFP-Atg14L4C4A. (a and b) The cells before starvation (a) or after starvation (b) were fixed and stained with anti-LC3 antibody. (c) The number of LC3-positive puncta per cell was counted, and mean ± SD values are presented. Bars, 10 µm."}
{"words": ["The", "effect", "of", "Atg14L", "localization", "on", "its", "function", ".", "(", "a", ")", "Atg14L", "knockout", "mouse", "ES", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", ",", "GFP", "-", "Atg14L", ",", "GFP", "-", "Atg14L4C4A", ",", "or", "GFP", "-", "ER", "-", "Atg14L4C4A", "of", "the", "pCAG", "vector", "and", "subjected", "to", "starvation", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "and", "immunostained", "with", "anti", "-", "Atg16L", "or", "anti", "-", "LC3", "antibodies", ".", "(", "b", "and", "c", ")", "The", "number", "of", "Atg16L", "-", "positive", "puncta", "(", "b", ")", "and", "LC3", "-", "positive", "puncta", "(", "c", ")", "per", "cell", "was", "counted", "in", "at", "least", "10", "GFP", "-", "positive", "cells", ",", "and", "mean", "±", "SD", "values", "are", "presented", ".", "Bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effect of Atg14L localization on its function. (a) Atg14L knockout mouse ES cells were transfected with GFP, GFP-Atg14L, GFP-Atg14L4C4A, or GFP-ER-Atg14L4C4A of the pCAG vector and subjected to starvation. The cells were fixed and immunostained with anti-Atg16L or anti-LC3 antibodies. (b and c) The number of Atg16L-positive puncta (b) and LC3-positive puncta (c) per cell was counted in at least 10 GFP-positive cells, and mean ± SD values are presented. Bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Genotyping", "of", "KLF4loxp", "/", "loxp", "coupled", "AAV", "-", "Cre", "inducible", "mouse", ".", "2x1011", "particles", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "mCherry", "were", "intraperitoneally", "injected", "into", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "(", "6", "~", "8", "weeks", ")", ".", "Five", "weeks", "later", ",", "mice", "tails", "were", "cut", "and", "collected", "for", "DNA", "extraction", "and", "PCR", "analysis", ".", "PCR", "results", "were", "analyzed", "by", "1", "%", "agarose", "gel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Genotyping of KLF4loxp/loxp coupled AAV-Cre inducible mouse. 2x1011 particles of AAV7-Cre-mCherry or AAV7-mCherry were intraperitoneally injected into KLF4 loxp/loxp mice (6~8 weeks). Five weeks later, mice tails were cut and collected for DNA extraction and PCR analysis. PCR results were analyzed by 1% agarose gel. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Genotyping", "of", "KLF4loxp", "/", "loxp", "coupled", "AAV", "-", "Cre", "inducible", "mouse", ".", "2x1011", "particles", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "mCherry", "were", "intraperitoneally", "injected", "into", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "(", "6", "~", "8", "weeks", ")", ".", "Five", "weeks", "later", ",", "mice", "tails", "were", "cut", "and", "collected", "for", "DNA", "extraction", "and", "PCR", "analysis", ".", "PCR", "results", "were", "analyzed", "by", "1", "%", "agarose", "gel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Genotyping of KLF4loxp/loxp coupled AAV-Cre inducible mouse. 2x1011 particles of AAV7-Cre-mCherry or AAV7-mCherry were intraperitoneally injected into KLF4 loxp/loxp mice (6~8 weeks). Five weeks later, mice tails were cut and collected for DNA extraction and PCR analysis. PCR results were analyzed by 1% agarose gel."}
{"words": ["Validation", "of", "inducible", "knockout", "of", "KLF4", "in", "mouse", "intestine", ".", "Five", "weeks", "after", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "mouse", "intestine", "was", "removed", "and", "followed", "by", "the", "preparation", "of", "tissue", "section", ".", "The", "KLF4", "expression", "in", "the", "intestine", "was", "then", "detected", "by", "Western", "blot"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Validation of inducible knockout of KLF4 in mouse intestine. Five weeks after injection of AAV7-Cre-mCherry, mouse intestine was removed and followed by the preparation of tissue section. The KLF4 expression in the intestine was then detected by Western blot "}
{"words": ["Validation", "of", "inducible", "knockout", "of", "KLF4", "in", "mouse", "intestine", ".", "Five", "weeks", "after", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "mouse", "intestine", "was", "removed", "and", "followed", "by", "the", "preparation", "of", "tissue", "section", ".", "The", "KLF4", "expression", "in", "the", "intestine", "was", "then", "detected", "by", "Western"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Validation of inducible knockout of KLF4 in mouse intestine. Five weeks after injection of AAV7-Cre-mCherry, mouse intestine was removed and followed by the preparation of tissue section. The KLF4 expression in the intestine was then detected by Western blot"}
{"words": ["Validation", "of", "inducible", "knockout", "of", "KLF4", "in", "mouse", "intestine", ".", "Five", "weeks", "after", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "mouse", "intestine", "was", "removed", "and", "followed", "by", "the", "preparation", "of", "tissue", "section", ".", "The", "KLF4", "expression", "in", "the", "intestine", "was", "then", "detected", "by", "immunohistochemistry"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Validation of inducible knockout of KLF4 in mouse intestine. Five weeks after injection of AAV7-Cre-mCherry, mouse intestine was removed and followed by the preparation of tissue section. The KLF4 expression in the intestine was then detected by immunohistochemistry "}
{"words": ["Validation", "of", "inducible", "knockout", "of", "KLF4", "in", "mouse", "intestine", ".", "Five", "weeks", "after", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "mouse", "intestine", "was", "removed", "and", "followed", "by", "the", "preparation", "of", "tissue", "section", ".", "The", "KLF4", "expression", "in", "the", "intestine", "was", "then", "detected", "by"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Validation of inducible knockout of KLF4 in mouse intestine. Five weeks after injection of AAV7-Cre-mCherry, mouse intestine was removed and followed by the preparation of tissue section. The KLF4 expression in the intestine was then detected by immunohistochemistry"}
{"words": ["(", "E", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curves", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "intraperitoneal", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "mCherry", "followed", "by", "the", "treatment", "with", "8", "-", "Gy", "(", "total", "-", "body", ")", "γ", "-", "irradiation", "5", "-", "weeks", "after", "then", ".", "AAV7", "-", "mCherry", ",", "n", "=", "10", "per", "group", ";", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "n", "=", "12", "per", "group", ".", "p", "=", "0", ".", "0023", ",", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Kaplan-Meier survival curves of KLF4 loxp/loxp mice with intraperitoneal injection of AAV7-Cre-mCherry or AAV7-mCherry followed by the treatment with 8-Gy (total-body) γ-irradiation 5-weeks after then. AAV7-mCherry, n=10 per group; AAV7-Cre-mCherry, n=12 per group. p = 0.0023, log-rank test. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curves", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "intraperitoneal", "injection", "of", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "mCherry", "followed", "by", "the", "treatment", "with", "8", "-", "Gy", "(", "total", "-", "body", ")", "γ", "-", "irradiation", "5", "-", "weeks", "after", "then", ".", "AAV7", "-", "mCherry", ",", "n", "=", "10", "per", "group", ";", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", ",", "n", "=", "12", "per", "group", ".", "p", "=", "0", ".", "0023", ",", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Kaplan-Meier survival curves of KLF4 loxp/loxp mice with intraperitoneal injection of AAV7-Cre-mCherry or AAV7-mCherry followed by the treatment with 8-Gy (total-body) γ-irradiation 5-weeks after then. AAV7-mCherry, n=10 per group; AAV7-Cre-mCherry, n=12 per group. p = 0.0023, log-rank test."}
{"words": ["(", "F", ")", "Histological", "analysis", "of", "intestinal", "epithelium", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "AAV7", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "intraperitoneal", "injection", "followed", "by", "8", "-", "Gy", "(", "total", "-", "body", ")", "γ", "-", "irradiation", "5", "-", "weeks", "after", "then", ".", "Tissues", "were", "collected", "from", "the", "sham", "mice", "and", "mice", "at", "different", "time", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "irradiation", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Histological analysis of intestinal epithelium of KLF4 loxp/loxp mice with AAV7-mCherry or AAV7-Cre-mCherry intraperitoneal injection followed by 8-Gy (total-body) γ-irradiation 5-weeks after then. Tissues were collected from the sham mice and mice at different time after exposure to γ-irradiation. Scale bars, 100 μm. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Histological", "analysis", "of", "intestinal", "epithelium", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "AAV7", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "intraperitoneal", "injection", "followed", "by", "8", "-", "Gy", "(", "total", "-", "body", ")", "γ", "-", "irradiation", "5", "-", "weeks", "after", "then", ".", "Tissues", "were", "collected", "from", "the", "sham", "mice", "and", "mice", "at", "different", "time", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "irradiation", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Histological analysis of intestinal epithelium of KLF4 loxp/loxp mice with AAV7-mCherry or AAV7-Cre-mCherry intraperitoneal injection followed by 8-Gy (total-body) γ-irradiation 5-weeks after then. Tissues were collected from the sham mice and mice at different time after exposure to γ-irradiation. Scale bars, 100 μm."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Immunofluorescent", "staining", "of", "γ", "-", "H2AX", ",", "53BP1", "and", "Cleaved", "Caspase", "-", "3", "in", "the", "intestinal", "epithelium", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "injection", "of", "AAV7", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "followed", "by", "treatment", "of", "γ", "-", "irradiation", ".", "Tissues", "were", "collected", "from", "sham", "mice", "and", "mice", "at", "different", "time", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "irradiation", "and", "then", "staining", "with", "indicated", "antibodies", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "γ", "-", "H2AX", ",", "53BP1", "and", "active", "Caspase", "-", "3", "-", "positive", "cells", "based", "on", "the", "Immunofluorescent", "staining", "results", "presented", "in", "H", ".", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "n", "=", "4", "per", "group", ";", "p", "=", "0", ".", "0023", "(", "r", "-", "H2AX", ")", ",", "p", "=", "7", ".", "9x10", "-", "4", "(", "53BP1", ")", "p", "=", "5", ".", "5x10", "-", "3", "(", "Active", "Caspase", "-", "3", ")", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Scale", "bars", ",", "60", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G-H) Immunofluorescent staining of γ-H2AX, 53BP1 and Cleaved Caspase-3 in the intestinal epithelium of KLF4 loxp/loxp mice with injection of AAV7-mCherry or AAV7-Cre-mCherry followed by treatment of γ-irradiation. Tissues were collected from sham mice and mice at different time after exposure to γ-irradiation and then staining with indicated antibodies. (G) Quantification of γ-H2AX, 53BP1 and active Caspase-3 -positive cells based on the Immunofluorescent staining results presented in H. Data are mean ± SEM; n=4 per group; p = 0.0023 (r-H2AX), p = 7.9x10-4 (53BP1) p = 5.5x10-3 (Active Caspase-3). one-way ANOVA was used for the statistical analysis. Scale bars, 60 μm. "}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Immunofluorescent", "staining", "of", "γ", "-", "H2AX", ",", "53BP1", "and", "Cleaved", "Caspase", "-", "3", "in", "the", "intestinal", "epithelium", "of", "KLF4", "loxp", "/", "loxp", "mice", "with", "injection", "of", "AAV7", "-", "mCherry", "or", "AAV7", "-", "Cre", "-", "mCherry", "followed", "by", "treatment", "of", "γ", "-", "irradiation", ".", "Tissues", "were", "collected", "from", "sham", "mice", "and", "mice", "at", "different", "time", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "irradiation", "and", "then", "staining", "with", "indicated", "antibodies", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "γ", "-", "H2AX", ",", "53BP1", "and", "active", "Caspase", "-", "3", "-", "positive", "cells", "based", "on", "the", "Immunofluorescent", "staining", "results", "presented", "in", "H", ".", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "n", "=", "4", "per", "group", ";", "p", "=", "0", ".", "0023", "(", "r", "-", "H2AX", ")", ",", "p", "=", "7", ".", "9x10", "-", "4", "(", "53BP1", ")", "p", "=", "5", ".", "5x10", "-", "3", "(", "Active", "Caspase", "-", "3", ")", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Scale", "bars", ",", "60", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Immunofluorescent staining of γ-H2AX, 53BP1 and Cleaved Caspase-3 in the intestinal epithelium of KLF4 loxp/loxp mice with injection of AAV7-mCherry or AAV7-Cre-mCherry followed by treatment of γ-irradiation. Tissues were collected from sham mice and mice at different time after exposure to γ-irradiation and then staining with indicated antibodies. (G) Quantification of γ-H2AX, 53BP1 and active Caspase-3 -positive cells based on the Immunofluorescent staining results presented in H. Data are mean ± SEM; n=4 per group; p = 0.0023 (r-H2AX), p = 7.9x10-4 (53BP1) p = 5.5x10-3 (Active Caspase-3). one-way ANOVA was used for the statistical analysis. Scale bars, 60 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", ".", "Purification", "of", "KLF4", "protein", "complex", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "DNA", "damage", "based", "on", "TAP", "-", "KLF4", "stable", "expression", "cells", "(", "U2OS", ")", ".", "Proteins", "that", "interacted", "with", "KLF4", "were", "purified", "from", "U2OS", "cells", "expressing", "FLAG", "and", "HA", "-", "tagged", "KLF4", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "5", "Gy", "radiation", "at", "4h", "after", "the", "treatment", ".", "The", "accumulated", "bind", "induced", "in", "response", "to", "radiation", "was", "isolated", "for", "mass", "spectrometry", "analysis", ".", "PARP1", "was", "identified", "as", "a", "binding", "partner", "for", "KLF4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " (A). Purification of KLF4 protein complex in the presence and absence of DNA damage based on TAP-KLF4 stable expression cells (U2OS). Proteins that interacted with KLF4 were purified from U2OS cells expressing FLAG and HA-tagged KLF4 in the absence and presence of 5 Gy radiation at 4h after the treatment. The accumulated bind induced in response to radiation was isolated for mass spectrometry analysis. PARP1 was identified as a binding partner for KLF4. "}
{"words": ["(", "A", ")", ".", "Purification", "of", "KLF4", "protein", "complex", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "DNA", "damage", "based", "on", "TAP", "-", "KLF4", "stable", "expression", "cells", "(", "U2OS", ")", ".", "Proteins", "that", "interacted", "with", "KLF4", "were", "purified", "from", "U2OS", "cells", "expressing", "FLAG", "and", "HA", "-", "tagged", "KLF4", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "5", "Gy", "radiation", "at", "4h", "after", "the", "treatment", ".", "The", "accumulated", "bind", "induced", "in", "response", "to", "radiation", "was", "isolated", "for", "mass", "spectrometry", "analysis", ".", "PARP1", "was", "identified", "as", "a", "binding", "partner", "for", "KLF4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A). Purification of KLF4 protein complex in the presence and absence of DNA damage based on TAP-KLF4 stable expression cells (U2OS). Proteins that interacted with KLF4 were purified from U2OS cells expressing FLAG and HA-tagged KLF4 in the absence and presence of 5 Gy radiation at 4h after the treatment. The accumulated bind induced in response to radiation was isolated for mass spectrometry analysis. PARP1 was identified as a binding partner for KLF4."}
{"words": ["(", "C", ")", ".", "The", "purified", "complex", "was", "further", "confirmed", "by", "Western", "blot", "detected", "by", "FLAG", "-", "KLF4", ",", "PARP1", "(", "lane", "1", ")", ".", "The", "interaction", "between", "KLF4", "and", "PARP1", "was", "significantly", "increased", "in", "response", "to", "γ", "-", "radiation", "detected", "by", "pulldown", "experiment", "(", "lane", "3", "and", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C). The purified complex was further confirmed by Western blot detected by FLAG-KLF4, PARP1(lane 1). The interaction between KLF4 and PARP1 was significantly increased in response to γ-radiation detected by pulldown experiment (lane 3 and 4). "}
{"words": ["(", "C", ")", ".", "The", "purified", "complex", "was", "further", "confirmed", "by", "Western", "blot", "detected", "by", "FLAG", "-", "KLF4", ",", "PARP1", "(", "lane", "1", ")", ".", "The", "interaction", "between", "KLF4", "and", "PARP1", "was", "significantly", "increased", "in", "response", "to", "γ", "-", "radiation", "detected", "by", "pulldown", "experiment", "(", "lane", "3", "and", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C). The purified complex was further confirmed by Western blot detected by FLAG-KLF4, PARP1(lane 1). The interaction between KLF4 and PARP1 was significantly increased in response to γ-radiation detected by pulldown experiment (lane 3 and 4)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Validation", "of", "interaction", "between", "ectopically", "expressed", "KLF4", "and", "PARP1", ".", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "KLF4", "and", "Myc", "-", "PARP", ".", "Whole", "cell", "lysates", "or", "IP", "complex", "pulled", "down", "by", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Validation of interaction between ectopically expressed KLF4 and PARP1. 293T cells were transfected with FLAG-KLF4 and Myc-PARP. Whole cell lysates or IP complex pulled down by anti-FLAG antibody were analyzed by Western blotting. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Validation", "of", "interaction", "between", "ectopically", "expressed", "KLF4", "and", "PARP1", ".", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "KLF4", "and", "Myc", "-", "PARP", ".", "Whole", "cell", "lysates", "or", "IP", "complex", "pulled", "down", "by", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Validation of interaction between ectopically expressed KLF4 and PARP1. 293T cells were transfected with FLAG-KLF4 and Myc-PARP. Whole cell lysates or IP complex pulled down by anti-FLAG antibody were analyzed by Western blotting."}
{"words": ["(", "E", ")", "Validation", "of", "interaction", "between", "endogenous", "KLF4", "and", "PARP1", "in", "cytosolic", "lysate", "and", "nuclear", "lysate", "using", "immunoprecipitation", "and", "Western", "blotting", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "The", "Histone", "3", "(", "H3", ")", "is", "the", "control", "for", "nuclear", "portion", ",", "and", "actin", "is", "the", "control", "for", "cytosol", "portion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Validation of interaction between endogenous KLF4 and PARP1 in cytosolic lysate and nuclear lysate using immunoprecipitation and Western blotting in MDA-MB-231 cells. The Histone 3 (H3) is the control for nuclear portion, and actin is the control for cytosol portion. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Validation", "of", "interaction", "between", "endogenous", "KLF4", "and", "PARP1", "in", "cytosolic", "lysate", "and", "nuclear", "lysate", "using", "immunoprecipitation", "and", "Western", "blotting", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "The", "Histone", "3", "(", "H3", ")", "is", "the", "control", "for", "nuclear", "portion", ",", "and", "actin", "is", "the", "control", "for", "cytosol", "portion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Validation of interaction between endogenous KLF4 and PARP1 in cytosolic lysate and nuclear lysate using immunoprecipitation and Western blotting in MDA-MB-231 cells. The Histone 3 (H3) is the control for nuclear portion, and actin is the control for cytosol portion."}
{"words": ["(", "F", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "PARP1", "with", "endogenous", "KLF4", "is", "independent", "on", "DNA", ".", "The", "DNA", "binding", "inhibitor", "EtBr", "was", "added", "to", "the", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cell", "lyses", "followed", "by", "immunoprecipitation", "of", "KLF4", "complex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": " (F) Co-immunoprecipitation of PARP1 with endogenous KLF4 is independent on DNA. The DNA binding inhibitor EtBr was added to the MDA-MB-231 cell lyses followed by immunoprecipitation of KLF4 complex. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "PARP1", "with", "endogenous", "KLF4", "is", "independent", "on", "DNA", ".", "The", "DNA", "binding", "inhibitor", "EtBr", "was", "added", "to", "the", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cell", "lyses", "followed", "by", "immunoprecipitation", "of", "KLF4", "complex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) Co-immunoprecipitation of PARP1 with endogenous KLF4 is independent on DNA. The DNA binding inhibitor EtBr was added to the MDA-MB-231 cell lyses followed by immunoprecipitation of KLF4 complex."}
{"words": ["Co", "-", "localization", "analysis", "for", "endogenous", "PARP1", "and", "KLF4", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "PARP1", "and", "KLF4", "are", "co", "-", "localized", "in", "the", "nucleus", ",", "and", "this", "co", "-", "localization", "is", "increased", "by", "in", "response", "to", "radiation", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-localization analysis for endogenous PARP1 and KLF4 in MDA-MB-231 cells. PARP1 and KLF4 are co-localized in the nucleus, and this co-localization is increased by in response to radiation. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["ectopic", "expressed", "GFP", "-", "PARP1", "and", "DsRed", "-", "KLF4", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "PARP1", "and", "KLF4", "are", "co", "-", "localized", "in", "the", "nucleus", ",", "and", "this", "co", "-", "localization", "is", "increased", "by", "in", "response", "to", "radiation", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " ectopic expressed GFP-PARP1 and DsRed-KLF4 in MDA-MB-231 cells. PARP1 and KLF4 are co-localized in the nucleus, and this co-localization is increased by in response to radiation. Scale bars, 5 μm. "}
{"words": ["ectopic", "expressed", "GFP", "-", "PARP1", "and", "DsRed", "-", "KLF4", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "PARP1", "and", "KLF4", "are", "co", "-", "localized", "in", "the", "nucleus", ",", "and", "this", "co", "-", "localization", "is", "increased", "by", "in", "response", "to", "radiation", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ectopic expressed GFP-PARP1 and DsRed-KLF4 in MDA-MB-231 cells. PARP1 and KLF4 are co-localized in the nucleus, and this co-localization is increased by in response to radiation. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["(", "I", ")", ".", "Validation", "of", "the", "interaction", "between", "endogenous", "KLF4", "and", "PARP1", "by", "in", "situ", "proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", ".", "No", "positive", "staining", "in", "KLF4", "/", "Rabbit", "IgG", "antibody", "PLA", "assay", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "µm", ".", "The", "right", "panel", "show", "the", "blow", "-", "up", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (I). Validation of the interaction between endogenous KLF4 and PARP1 by in situ proximity ligation assay (PLA). No positive staining in KLF4/Rabbit IgG antibody PLA assay. Scale bar, 100 µm. The right panel show the blow-up. "}
{"words": ["(", "I", ")", ".", "Validation", "of", "the", "interaction", "between", "endogenous", "KLF4", "and", "PARP1", "by", "in", "situ", "proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", ".", "No", "positive", "staining", "in", "KLF4", "/", "Rabbit", "IgG", "antibody", "PLA", "assay", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "µm", ".", "The", "right", "panel", "show", "the", "blow", "-", "up", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I). Validation of the interaction between endogenous KLF4 and PARP1 by in situ proximity ligation assay (PLA). No positive staining in KLF4/Rabbit IgG antibody PLA assay. Scale bar, 100 µm. The right panel show the blow-up."}
{"words": ["(", "J", ")", "KLF4", "was", "poly", "(", "ADP", "-", "ribosyl", ")", "ated", ".", "KLF4", "was", "immunoprecipitated", "and", "detected", "by", "anti", "-", "PAR", "and", "anti", "-", "KLF4", "antibodies", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (J) KLF4 was poly(ADP-ribosyl)ated. KLF4 was immunoprecipitated and detected by anti-PAR and anti-KLF4 antibodies in MDA-MB-231 cells. "}
{"words": ["(", "J", ")", "KLF4", "was", "poly", "(", "ADP", "-", "ribosyl", ")", "ated", ".", "KLF4", "was", "immunoprecipitated", "and", "detected", "by", "anti", "-", "PAR", "and", "anti", "-", "KLF4", "antibodies", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) KLF4 was poly(ADP-ribosyl)ated. KLF4 was immunoprecipitated and detected by anti-PAR and anti-KLF4 antibodies in MDA-MB-231 cells."}
{"words": ["(", "K", ")", "The", "PARylation", "of", "KLF4", "was", "increased", "after", "exposure", "to", "DNA", "damage", ".", "KLF4", "complex", "was", "purified", "using", "immunoprecipitation", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "that", "were", "treated", "with", "5", "µM", "doxorubicin", "and", "were", "then", "collected", "at", "different", "times", "(", "1h", ",", "2h", ",", "4h", "and", "8h", ")", ".", "PARylation", "was", "detected", "by", "using", "antibody", "against", "PAR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " (K) The PARylation of KLF4 was increased after exposure to DNA damage. KLF4 complex was purified using immunoprecipitation from MDA-MB-231 cells that were treated with 5 µM doxorubicin and were then collected at different times (1h, 2h, 4h and 8h). PARylation was detected by using antibody against PAR. "}
{"words": ["(", "K", ")", "The", "PARylation", "of", "KLF4", "was", "increased", "after", "exposure", "to", "DNA", "damage", ".", "KLF4", "complex", "was", "purified", "using", "immunoprecipitation", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "that", "were", "treated", "with", "5", "µM", "doxorubicin", "and", "were", "then", "collected", "at", "different", "times", "(", "1h", ",", "2h", ",", "4h", "and", "8h", ")", ".", "PARylation", "was", "detected", "by", "using", "antibody", "against", "PAR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(K) The PARylation of KLF4 was increased after exposure to DNA damage. KLF4 complex was purified using immunoprecipitation from MDA-MB-231 cells that were treated with 5 µM doxorubicin and were then collected at different times (1h, 2h, 4h and 8h). PARylation was detected by using antibody against PAR."}
{"words": ["(", "L", ")", "Loss", "of", "PARP1", "attenuates", "KLF4", "PARylation", ".", "PARP1", "+", "/", "+", "and", "PARP1", "-", "/", "-", "MEFs", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "KLF4", "followed", "by", "4h", "after", "5", "Gy", "radiation", ",", "and", "then", "the", "PARylation", "of", "KLF4", "was", "detected", "by", "pulldown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (L) Loss of PARP1 attenuates KLF4 PARylation. PARP1+/+ and PARP1-/- MEFs cells were transfected with FLAG-KLF4 followed by 4h after 5 Gy radiation, and then the PARylation of KLF4 was detected by pulldown. "}
{"words": ["(", "L", ")", "Loss", "of", "PARP1", "attenuates", "KLF4", "PARylation", ".", "PARP1", "+", "/", "+", "and", "PARP1", "-", "/", "-", "MEFs", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "KLF4", "followed", "by", "4h", "after", "5", "Gy", "radiation", ",", "and", "then", "the", "PARylation", "of", "KLF4", "was", "detected", "by", "pulldown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Loss of PARP1 attenuates KLF4 PARylation. PARP1+/+ and PARP1-/- MEFs cells were transfected with FLAG-KLF4 followed by 4h after 5 Gy radiation, and then the PARylation of KLF4 was detected by pulldown."}
{"words": ["(", "M", ")", "PARP1", "inhibitors", "decrease", "KLF4", "PARylation", ".", "U2OS", "cells", "were", "pretreated", "with", "10", "µM", "various", "PARP1", "inhibitor", "niraparib", ",", "Olaparib", "and", "rucaparib", "for", "1hr", "followed", "by", "exposure", "to10", "Gy", "radiation", "for", "4", "hours", ".", "KLF4", "was", "pulled", "down", "and", "the", "PARylation", "was", "detected", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (M) PARP1 inhibitors decrease KLF4 PARylation. U2OS cells were pretreated with 10 µM various PARP1 inhibitor niraparib, Olaparib and rucaparib for 1hr followed by exposure to10 Gy radiation for 4 hours. KLF4 was pulled down and the PARylation was detected. "}
{"words": ["(", "M", ")", "PARP1", "inhibitors", "decrease", "KLF4", "PARylation", ".", "U2OS", "cells", "were", "pretreated", "with", "10", "µM", "various", "PARP1", "inhibitor", "niraparib", ",", "Olaparib", "and", "rucaparib", "for", "1hr", "followed", "by", "exposure", "to10", "Gy", "radiation", "for", "4", "hours", ".", "KLF4", "was", "pulled", "down", "and", "the", "PARylation", "was", "detected", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) PARP1 inhibitors decrease KLF4 PARylation. U2OS cells were pretreated with 10 µM various PARP1 inhibitor niraparib, Olaparib and rucaparib for 1hr followed by exposure to10 Gy radiation for 4 hours. KLF4 was pulled down and the PARylation was detected."}
{"words": ["(", "A", ")", "Expression", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "in", "mammary", "gland", "epithelial", "cell", "and", "various", "types", "of", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Expression of PARP1 and KLF4 in mammary gland epithelial cell and various types of breast cancer cell lines. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Expression", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "in", "mammary", "gland", "epithelial", "cell", "and", "various", "types", "of", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Expression of PARP1 and KLF4 in mammary gland epithelial cell and various types of breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "B", ")", ".", "Accumulation", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "protein", "were", "detected", "in", "human", "breast", "cancer", "tissues", "with", "183", "breast", "invasive", "ductal", "carcinoma", "and", "10", "pairs", "of", "primary", "cancer", "and", "adjacent", "normal", "tissue", "specimens", "by", "IHC", "in", "comparison", "with", "adjacent", "normal", "breast", "tissues", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B). Accumulation of PARP1 and KLF4 protein were detected in human breast cancer tissues with 183 breast invasive ductal carcinoma and 10 pairs of primary cancer and adjacent normal tissue specimens by IHC in comparison with adjacent normal breast tissues. Scale bars, 100 μm. "}
{"words": ["(", "B", ")", ".", "Accumulation", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "protein", "were", "detected", "in", "human", "breast", "cancer", "tissues", "with", "183", "breast", "invasive", "ductal", "carcinoma", "and", "10", "pairs", "of", "primary", "cancer", "and", "adjacent", "normal", "tissue", "specimens", "by", "IHC", "in", "comparison", "with", "adjacent", "normal", "breast", "tissues", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B). Accumulation of PARP1 and KLF4 protein were detected in human breast cancer tissues with 183 breast invasive ductal carcinoma and 10 pairs of primary cancer and adjacent normal tissue specimens by IHC in comparison with adjacent normal breast tissues. Scale bars, 100 μm."}
{"words": ["Statistic", "results", "of", "KLF4", "IHC", "staining", ".", "Normal", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "tumor", "(", "n", "=", "183", ")", ";", "p", "=", "4", ".", "36x10", "-", "7", "(", "KLF4", ")", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Statistic results of KLF4 IHC staining. Normal (n=10), tumor (n=183); p = 4.36x10-7 (KLF4) one-way ANOVA was used for the statistical analysis."}
{"words": ["Statistic", "results", "of", "PARP1", "IHC", "staining", ".", "Normal", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "tumor", "(", "n", "=", "183", ")", "p", "=", "0", ".", "0473", "(", "PARP1", ")", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Statistic results of PARP1 IHC staining. Normal (n=10), tumor (n=183) p = 0.0473 (PARP1). one-way ANOVA was used for the statistical analysis."}
{"words": ["(", "E", ")", "Statistical", "analysis", "of", "PARP1", "staining", "among", "normal", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "ER", "/", "PR", "positive", "(", "ER", "/", "PR", ")", "(", "n", "=", "68", ")", ",", "HER2", "positive", "(", "n", "=", "62", ")", ",", "and", "triple", "negative", "breast", "cancer", "(", "TNBC", ")", "(", "n", "=", "48", ")", ".", "The", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Statistical analysis of PARP1 staining among normal (n=10), ER/PR positive (ER/PR) (n=68), HER2 positive (n=62), and triple negative breast cancer (TNBC) (n=48). The p values were labeled in figure, one-way ANOVA was used for the statistical analysis."}
{"words": ["(", "F", ")", "Statistical", "analysis", "of", "KLF4", "protein", "staining", "among", "normal", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "ER", "/", "PR", "positive", "(", "n", "=", "68", ")", ",", "HER2", "positive", "(", "n", "=", "62", ")", "and", "TNBC", "(", "n", "=", "47", ")", ".", "The", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Statistical analysis of KLF4 protein staining among normal (n=10), ER/PR positive (n=68), HER2 positive (n=62) and TNBC (n=47). The p values were labeled in figure, one-way ANOVA was used for the statistical analysis. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Statistical", "analysis", "of", "KLF4", "protein", "staining", "among", "normal", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "ER", "/", "PR", "positive", "(", "n", "=", "68", ")", ",", "HER2", "positive", "(", "n", "=", "62", ")", "and", "TNBC", "(", "n", "=", "47", ")", ".", "The", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Statistical analysis of KLF4 protein staining among normal (n=10), ER/PR positive (n=68), HER2 positive (n=62) and TNBC (n=47). The p values were labeled in figure, one-way ANOVA was used for the statistical analysis."}
{"words": ["Elevated", "expression", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "are", "significantly", "correlated", "in", "183", "breast", "invasive", "ductal", "carcinoma", "human", "breast", "cancer", "tissue", "specimens", "(", "same", "batch", "of", "staining", "as", "(", "B", ")", ")", ".", "Represents", "of", "paired", "IHC", "staining", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "(", "case", "1", "-", "3", ")", "are", "shown", "(", "G", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Elevated expression of PARP1 and KLF4 are significantly correlated in 183 breast invasive ductal carcinoma human breast cancer tissue specimens (same batch of staining as (B)). Represents of paired IHC staining of PARP1 and KLF4 (case 1-3) are shown (G). Scale bars, 100 μm. "}
{"words": ["Elevated", "expression", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "are", "significantly", "correlated", "in", "183", "breast", "invasive", "ductal", "carcinoma", "human", "breast", "cancer", "tissue", "specimens", "(", "same", "batch", "of", "staining", "as", "(", "B", ")", ")", ".", "Represents", "of", "paired", "IHC", "staining", "of", "PARP1", "and", "KLF4", "(", "case", "1", "-", "3", ")", "are", "shown", "(", "G", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Elevated expression of PARP1 and KLF4 are significantly correlated in 183 breast invasive ductal carcinoma human breast cancer tissue specimens (same batch of staining as (B)). Represents of paired IHC staining of PARP1 and KLF4 (case 1-3) are shown (G). Scale bars, 100 μm."}
{"words": ["(", "H", ")", "Statistic", "analysis", "of", "IHC", "staining", "indicates", "that", "PARP1", "expression", "is", "positively", "correlated", "with", "KLF4", "expression", "in", "breast", "cancer", ".", "n", "=", "183", ",", "r", "=", "0", ".", "434", ",", "p", "=", "8", ".", "68x10", "-", "10", ",", "Pearson", "correlation", "coefficients", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (H) Statistic analysis of IHC staining indicates that PARP1 expression is positively correlated with KLF4 expression in breast cancer. n=183, r=0.434, p=8.68x10-10, Pearson correlation coefficients. "}
{"words": ["(", "H", ")", "Statistic", "analysis", "of", "IHC", "staining", "indicates", "that", "PARP1", "expression", "is", "positively", "correlated", "with", "KLF4", "expression", "in", "breast", "cancer", ".", "n", "=", "183", ",", "r", "=", "0", ".", "434", ",", "p", "=", "8", ".", "68x10", "-", "10", ",", "Pearson", "correlation", "coefficients", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Statistic analysis of IHC staining indicates that PARP1 expression is positively correlated with KLF4 expression in breast cancer. n=183, r=0.434, p=8.68x10-10, Pearson correlation coefficients."}
{"words": ["(", "I", ")", "Survival", "analysis", "of", "KLF4", "protein", "expression", "in", "117", "breast", "cancer", "patients", ".", "Compared", "to", "patients", "with", "low", "KLF4", "protein", "expression", ",", "patients", "with", "high", "KLF4", "levels", "had", "an", "inferior", "cumulative", "survival", "rate", "(", "Kaplan", "-", "Meier", "assay", ",", "LogRank", "P", "=", "0", ".", "012", ")", ";", "Low", ",", "staining", "weak", "and", "moderate", ";", "High", ",", "staining", "strong", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (I) Survival analysis of KLF4 protein expression in 117 breast cancer patients. Compared to patients with low KLF4 protein expression, patients with high KLF4 levels had an inferior cumulative survival rate (Kaplan-Meier assay, LogRank P=0.012); Low, staining weak and moderate; High, staining strong. "}
{"words": ["(", "I", ")", "Survival", "analysis", "of", "KLF4", "protein", "expression", "in", "117", "breast", "cancer", "patients", ".", "Compared", "to", "patients", "with", "low", "KLF4", "protein", "expression", ",", "patients", "with", "high", "KLF4", "levels", "had", "an", "inferior", "cumulative", "survival", "rate", "(", "Kaplan", "-", "Meier", "assay", ",", "LogRank", "P", "=", "0", ".", "012", ")", ";", "Low", ",", "staining", "weak", "and", "moderate", ";", "High", ",", "staining", "strong", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Survival analysis of KLF4 protein expression in 117 breast cancer patients. Compared to patients with low KLF4 protein expression, patients with high KLF4 levels had an inferior cumulative survival rate (Kaplan-Meier assay, LogRank P=0.012); Low, staining weak and moderate; High, staining strong."}
{"words": ["(", "J", ")", "Survival", "analysis", "of", "both", "KLF4", "and", "PARP1", "protein", "expression", "in", "66", "breast", "cancer", "patients", ".", "Compared", "to", "patients", "with", "both", "low", "KLF4", "and", "PARP1", "protein", "expression", "levels", ",", "patients", "with", "both", "high", "KLF4", "and", "PARP1", "levels", "had", "lower", "cumulative", "survival", "rate", "(", "Kaplan", "-", "Meier", "assay", ",", "LogRank", "P", "=", "0", ".", "022", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (J) Survival analysis of both KLF4 and PARP1 protein expression in 66 breast cancer patients. Compared to patients with both low KLF4 and PARP1 protein expression levels, patients with both high KLF4 and PARP1 levels had lower cumulative survival rate (Kaplan-Meier assay, LogRank P=0.022). "}
{"words": ["(", "J", ")", "Survival", "analysis", "of", "both", "KLF4", "and", "PARP1", "protein", "expression", "in", "66", "breast", "cancer", "patients", ".", "Compared", "to", "patients", "with", "both", "low", "KLF4", "and", "PARP1", "protein", "expression", "levels", ",", "patients", "with", "both", "high", "KLF4", "and", "PARP1", "levels", "had", "lower", "cumulative", "survival", "rate", "(", "Kaplan", "-", "Meier", "assay", ",", "LogRank", "P", "=", "0", ".", "022", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Survival analysis of both KLF4 and PARP1 protein expression in 66 breast cancer patients. Compared to patients with both low KLF4 and PARP1 protein expression levels, patients with both high KLF4 and PARP1 levels had lower cumulative survival rate (Kaplan-Meier assay, LogRank P=0.022)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Identification", "of", "amino", "acid", "stretch", "411", "-", "441", "on", "the", "repression", "domain", "of", "KLF4", "as", "a", "segment", "mediating", "the", "interaction", "with", "PARP1", "in", "293T", "cells", ".", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Identification of amino acid stretch 411- 441 on the repression domain of KLF4 as a segment mediating the interaction with PARP1 in 293T cells.."}
{"words": ["(", "D", ")", ".", "Identification", "of", "amino", "acid", "stretch", "411", "-", "441", "on", "the", "Zinc", "2", "domain", "of", "KLF4", "involved", "in", "mediating", "its", "PARylation", "modification", "in", "293T", "cells", ".", ".", "PARylation", "for", "Flag", "tagged", "KLF4", "deletion", "mutants", "were", "analyzed", ",", "respectively", ",", "by", "pulldown", "using", "PAR", "antibody", "followed", "by", "Western", "blotting", "using", "antibody", "against", "Flag", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D). Identification of amino acid stretch 411- 441 on the Zinc 2 domain of KLF4 involved in mediating its PARylation modification in 293T cells.. PARylation for Flag tagged KLF4 deletion mutants were analyzed, respectively, by pulldown using PAR antibody followed by Western blotting using antibody against Flag."}
{"words": ["(", "E", ")", "Dissection", "of", "the", "PARylation", "region", "of", "KLF4", "into", "three", "zinc", "finger", "motif", "-", "containing", "domains", ",", "Zinc", "1", ",", "Zinc", "2", "and", "Zinc", "3", ".", "While", "no", "effect", "was", "observed", "on", "Zinc", "1", "and", "Zinc", "3", "domains", ",", "deletion", "of", "Zinc", "2", "domain", "led", "to", "significant", "attenuation", "of", "KLF4", "PARylation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(E) Dissection of the PARylation region of KLF4 into three zinc finger motif-containing domains, Zinc 1, Zinc 2 and Zinc 3. While no effect was observed on Zinc 1 and Zinc 3 domains, deletion of Zinc 2 domain led to significant attenuation of KLF4 PARylation."}
{"words": ["(", "G", ")", "Identification", "of", "amino", "acid", "stretch", "829", "-", "1014", "on", "the", "C", "-", "terminal", "segment", "of", "PARP1", "to", "be", "involved", "in", "mediating", "its", "interaction", "with", "KLF4", "in", "293T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Identification of amino acid stretch 829-1014 on the C-terminal segment of PARP1 to be involved in mediating its interaction with KLF4 in 293T cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "effect", "of", "YYR", "motif", "mutations", "on", "KLF4", "PARylation", ".", "Constructs", "of", "KLF4", "-", "Zinc", "1", "-", "YKH", "/", "AAA", "mutation", ",", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "and", "KLF4", "-", "Zinc", "-", "2", "-", "Y451A", "mutation", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "PARP1", "into", "293T", "cells", ",", "respectively", ",", "and", "then", "pulled", "-", "down", "using", "M2", "agarose", "followed", "by", "measuring", "KLF4", "PARylation", "with", "anti", "-", "PAR", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(B) The effect of YYR motif mutations on KLF4 PARylation. Constructs of KLF4-Zinc 1-YKH/AAA mutation, KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation and KLF4-Zinc-2-Y451A mutation were co-transfected with Myc-PARP1 into 293T cells, respectively, and then pulled-down using M2 agarose followed by measuring KLF4 PARylation with anti-PAR antibody."}
{"words": ["(", "C", ")", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "has", "only", "effect", "on", "KLF4", "PARylation", "but", "not", "on", "other", "types", "posttranslational", "modifications", "such", "as", "protein", "methylation", ",", "ubiquitylation", ",", "acetylation", "and", "sumoylation", "in", "293T", "cells", ".", "The", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "KLF4", "were", "immunoprecipitated", "with", "FLAG", "and", "detected", "by", "anti", "-", "SYM10", "(", "methylation", ")", ",", "anti", "-", "SUMO", "(", "sumoylation", ")", ",", "Anti", "-", "ac", "-", "lysine", "(", "acetylation", ")", ",", "anti", "-", "Ub", "(", "ubiquitination", ")", "and", "anti", "-", "PAR", "(", "PARylation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation has only effect on KLF4 PARylation but not on other types posttranslational modifications such as protein methylation, ubiquitylation, acetylation and sumoylation in 293T cells. The FLAG-tagged wild-type or mutant KLF4 were immunoprecipitated with FLAG and detected by anti-SYM10 (methylation), anti-SUMO (sumoylation), Anti-ac-lysine (acetylation), anti-Ub (ubiquitination) and anti-PAR (PARylation). "}
{"words": ["(", "C", ")", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "has", "only", "effect", "on", "KLF4", "PARylation", "but", "not", "on", "other", "types", "posttranslational", "modifications", "such", "as", "protein", "methylation", ",", "ubiquitylation", ",", "acetylation", "and", "sumoylation", "in", "293T", "cells", ".", "The", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "KLF4", "were", "immunoprecipitated", "with", "FLAG", "and", "detected", "by", "anti", "-", "SYM10", "(", "methylation", ")", ",", "anti", "-", "SUMO", "(", "sumoylation", ")", ",", "Anti", "-", "ac", "-", "lysine", "(", "acetylation", ")", ",", "anti", "-", "Ub", "(", "ubiquitination", ")", "and", "anti", "-", "PAR", "(", "PARylation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation has only effect on KLF4 PARylation but not on other types posttranslational modifications such as protein methylation, ubiquitylation, acetylation and sumoylation in 293T cells. The FLAG-tagged wild-type or mutant KLF4 were immunoprecipitated with FLAG and detected by anti-SYM10 (methylation), anti-SUMO (sumoylation), Anti-ac-lysine (acetylation), anti-Ub (ubiquitination) and anti-PAR (PARylation)."}
{"words": ["Effect", "of", "PARP1", "on", "the", "distribution", "of", "KLF4", "subcellular", "localization", "among", "cytosol", ",", "soluble", "nucleus", "and", "chromatin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "While", "the", "activation", "of", "PARP1", "in", "response", "to", "genotoxic", "stress", "enhances", "chromatin", "recruitment", "of", "KLF4", "ORC2", "were", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", ".", "Ponceau", "S", "were", "the", "control", "of", "nuclear", "soluble", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Effect of PARP1 on the distribution of KLF4 subcellular localization among cytosol, soluble nucleus and chromatin in MDA-MB-231 cells. While the activation of PARP1 in response to genotoxic stress enhances chromatin recruitment of KLF4 ORC2 were the loading control for chromatid fraction. Ponceau S were the control of nuclear soluble fraction. "}
{"words": ["Effect", "of", "PARP1", "on", "the", "distribution", "of", "KLF4", "subcellular", "localization", "among", "cytosol", ",", "soluble", "nucleus", "and", "chromatin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "While", "the", "activation", "of", "PARP1", "in", "response", "to", "genotoxic", "stress", "enhances", "chromatin", "recruitment", "of", "KLF4", "ORC2", "were", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", ".", "Ponceau", "S", "were", "the", "control", "of", "nuclear", "soluble", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of PARP1 on the distribution of KLF4 subcellular localization among cytosol, soluble nucleus and chromatin in MDA-MB-231 cells. While the activation of PARP1 in response to genotoxic stress enhances chromatin recruitment of KLF4 ORC2 were the loading control for chromatid fraction. Ponceau S were the control of nuclear soluble fraction."}
{"words": ["E", ")", "Effect", "of", "PARP1", "on", "the", "distribution", "of", "KLF4", "subcellular", "localization", "among", "cytosol", ",", "soluble", "nucleus", "and", "chromatin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", ",", "inhibition", "of", "PARP1", "by", "Olaparib", "attenuates", "the", "KLF4", "accumulation", "in", "chromatin", "fraction", "H3", "were", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", ".", "PARP1", "were", "the", "control", "of", "nuclear", "soluble", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E) Effect of PARP1 on the distribution of KLF4 subcellular localization among cytosol, soluble nucleus and chromatin in MDA-MB-231 cells. , inhibition of PARP1 by Olaparib attenuates the KLF4 accumulation in chromatin fraction H3 were the loading control for chromatid fraction. PARP1 were the control of nuclear soluble fraction. "}
{"words": ["E", ")", "Effect", "of", "PARP1", "on", "the", "distribution", "of", "KLF4", "subcellular", "localization", "among", "cytosol", ",", "soluble", "nucleus", "and", "chromatin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", ",", "inhibition", "of", "PARP1", "by", "Olaparib", "attenuates", "the", "KLF4", "accumulation", "in", "chromatin", "fraction", "H3", "were", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", ".", "PARP1", "were", "the", "control", "of", "nuclear", "soluble", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Effect of PARP1 on the distribution of KLF4 subcellular localization among cytosol, soluble nucleus and chromatin in MDA-MB-231 cells. , inhibition of PARP1 by Olaparib attenuates the KLF4 accumulation in chromatin fraction H3 were the loading control for chromatid fraction. PARP1 were the control of nuclear soluble fraction."}
{"words": ["(", "F", ")", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "remarkably", "reduces", "DNA", "damage", "-", "induced", "chromatin", "recruitment", "of", "ectopic", "expressed", "KLF4", "in", "U2OS", "cells", ".", "ORC2", "is", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation remarkably reduces DNA damage-induced chromatin recruitment of ectopic expressed KLF4 in U2OS cells. ORC2 is the loading control for chromatid fraction. "}
{"words": ["(", "F", ")", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "remarkably", "reduces", "DNA", "damage", "-", "induced", "chromatin", "recruitment", "of", "ectopic", "expressed", "KLF4", "in", "U2OS", "cells", ".", "ORC2", "is", "the", "loading", "control", "for", "chromatid", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation remarkably reduces DNA damage-induced chromatin recruitment of ectopic expressed KLF4 in U2OS cells. ORC2 is the loading control for chromatid fraction."}
{"words": ["(", "G", ")", ".", "Confocal", "analysis", "of", "PAR", "and", "FLAG", "-", "tagged", "KLF4", "showing", "that", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "significantly", "reduces", "KLF4", "PARylation", "in", "U2OS", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G). Confocal analysis of PAR and FLAG-tagged KLF4 showing that KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation significantly reduces KLF4 PARylation in U2OS cells. Scale bars, 10 μm. "}
{"words": ["(", "G", ")", ".", "Confocal", "analysis", "of", "PAR", "and", "FLAG", "-", "tagged", "KLF4", "showing", "that", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "significantly", "reduces", "KLF4", "PARylation", "in", "U2OS", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G). Confocal analysis of PAR and FLAG-tagged KLF4 showing that KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation significantly reduces KLF4 PARylation in U2OS cells. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "effect", "of", "PARP1", "mutations", "(", "H909A", "or", "T824A", ")", "on", "KLF4", "PARylation", ",", "confirming", "the", "critical", "role", "of", "H909", "in", "mediating", "KLF4", "PARylation", "in", "293T", "cells", ".", "Myc", "-", "PARP1", "wildtype", "or", "mutations", "(", "H909A", "or", "T824A", ")", "and", "FLAG", "-", "KLF4", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", "and", "then", "the", "FLAG", "-", "KLF4", "was", "pulldown", "by", "anti", "-", "FLAG", "antibody", ",", "the", "PARylation", "modification", "of", "KLF4", "was", "blotted", "with", "anti", "-", "PAR", "antibody", ",", "and", "the", "binding", "PARP1", "was", "blotted", "with", "anti", "-", "myc", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": " (I) The effect of PARP1 mutations (H909A or T824A) on KLF4 PARylation, confirming the critical role of H909 in mediating KLF4 PARylation in 293T cells. Myc-PARP1 wildtype or mutations (H909A or T824A) and FLAG-KLF4 were co-transfected into 293T cells and then the FLAG-KLF4 was pulldown by anti-FLAG antibody, the PARylation modification of KLF4 was blotted with anti-PAR antibody, and the binding PARP1 was blotted with anti-myc antibody. "}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "effect", "of", "PARP1", "mutations", "(", "H909A", "or", "T824A", ")", "on", "KLF4", "PARylation", ",", "confirming", "the", "critical", "role", "of", "H909", "in", "mediating", "KLF4", "PARylation", "in", "293T", "cells", ".", "Myc", "-", "PARP1", "wildtype", "or", "mutations", "(", "H909A", "or", "T824A", ")", "and", "FLAG", "-", "KLF4", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", "and", "then", "the", "FLAG", "-", "KLF4", "was", "pulldown", "by", "anti", "-", "FLAG", "antibody", ",", "the", "PARylation", "modification", "of", "KLF4", "was", "blotted", "with", "anti", "-", "PAR", "antibody", ",", "and", "the", "binding", "PARP1", "was", "blotted", "with", "anti", "-", "myc", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(I) The effect of PARP1 mutations (H909A or T824A) on KLF4 PARylation, confirming the critical role of H909 in mediating KLF4 PARylation in 293T cells. Myc-PARP1 wildtype or mutations (H909A or T824A) and FLAG-KLF4 were co-transfected into 293T cells and then the FLAG-KLF4 was pulldown by anti-FLAG antibody, the PARylation modification of KLF4 was blotted with anti-PAR antibody, and the binding PARP1 was blotted with anti-myc antibody."}
{"words": ["(", "J", ")", ".", "Replacement", "of", "this", "histidine", "by", "alanine", "on", "PARP1", "or", "replacement", "of", "the", "YYR", "motif", "of", "KLF4", "by", "triple", "alanines", "leads", "to", "the", "attenuation", "of", "KLF4", "PARylation", ".", "In", "PARP1", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "PARP1", "(", "H909A", ")", "were", "co", "-", "transfected", "with", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "followed", "by", "immunoprecipitation", "using", "M2", "-", "agarose", "and", "Western", "blotting", "by", "anti", "-", "PAR", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": " (J). Replacement of this histidine by alanine on PARP1 or replacement of the YYR motif of KLF4 by triple alanines leads to the attenuation of KLF4 PARylation. In PARP1-/- MEFs, wild-type or mutant PARP1 (H909A) were co-transfected with FLAG-tagged wild-type or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation followed by immunoprecipitation using M2-agarose and Western blotting by anti-PAR antibody. "}
{"words": ["(", "J", ")", ".", "Replacement", "of", "this", "histidine", "by", "alanine", "on", "PARP1", "or", "replacement", "of", "the", "YYR", "motif", "of", "KLF4", "by", "triple", "alanines", "leads", "to", "the", "attenuation", "of", "KLF4", "PARylation", ".", "In", "PARP1", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "PARP1", "(", "H909A", ")", "were", "co", "-", "transfected", "with", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", "followed", "by", "immunoprecipitation", "using", "M2", "-", "agarose", "and", "Western", "blotting", "by", "anti", "-", "PAR", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(J). Replacement of this histidine by alanine on PARP1 or replacement of the YYR motif of KLF4 by triple alanines leads to the attenuation of KLF4 PARylation. In PARP1-/- MEFs, wild-type or mutant PARP1 (H909A) were co-transfected with FLAG-tagged wild-type or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation followed by immunoprecipitation using M2-agarose and Western blotting by anti-PAR antibody."}
{"words": ["(", "K", ")", "KLF4", "PARylation", "enhances", "its", "transcriptional", "function", "demonstrated", "by", "p21", "promoter", "luciferase", "assay", ".", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "p21", "luciferase", "reporter", "plasmid", "with", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "KLF4", "(", "YYR", "/", "AAA", ")", "and", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "PARP1", "(", "H909A", ")", "and", "then", "submitted", "to", "luciferase", "assay", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "PARP1WT", "vs", "PARP1H909A", ")", ",", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (K) KLF4 PARylation enhances its transcriptional function demonstrated by p21 promoter luciferase assay. 293T cells were co-transfected with p21 luciferase reporter plasmid with wild-type or mutant KLF4 (YYR/AAA) and wild-type or mutant PARP1 (H909A) and then submitted to luciferase assay. n=3, p=4.74x10-6 (PARP1WT vs PARP1H909A), Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis. "}
{"words": ["(", "K", ")", "KLF4", "PARylation", "enhances", "its", "transcriptional", "function", "demonstrated", "by", "p21", "promoter", "luciferase", "assay", ".", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "p21", "luciferase", "reporter", "plasmid", "with", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "KLF4", "(", "YYR", "/", "AAA", ")", "and", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "PARP1", "(", "H909A", ")", "and", "then", "submitted", "to", "luciferase", "assay", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "PARP1WT", "vs", "PARP1H909A", ")", ",", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) KLF4 PARylation enhances its transcriptional function demonstrated by p21 promoter luciferase assay. 293T cells were co-transfected with p21 luciferase reporter plasmid with wild-type or mutant KLF4 (YYR/AAA) and wild-type or mutant PARP1 (H909A) and then submitted to luciferase assay. n=3, p=4.74x10-6 (PARP1WT vs PARP1H909A), Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis."}
{"words": ["(", "A", ")", "Depletion", "of", "KLF4", "directly", "diminishes", "the", "DNA", "damage", "-", "induced", "p21", "expression", ",", "resulting", "in", "the", "failure", "of", "cell", "cycle", "arrest", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Depletion of KLF4 directly diminishes the DNA damage-induced p21 expression, resulting in the failure of cell cycle arrest in MDA-MB-231 cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "disrupts", "KLF4", "-", "mediated", "p21", "expression", "that", "in", "turn", "impairs", "DNA", "damage", "response", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Abolishment of KLF4 PARylation disrupts KLF4-mediated p21 expression that in turn impairs DNA damage response in MDA-MB-231 cells. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "disrupts", "KLF4", "-", "mediated", "p21", "expression", "that", "in", "turn", "impairs", "DNA", "damage", "response", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Abolishment of KLF4 PARylation disrupts KLF4-mediated p21 expression that in turn impairs DNA damage response in MDA-MB-231 cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "p", "-", "H3", "staining", "analysis", "of", "KLF4", "+", "/", "+", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "with", "transfection", "of", "wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutation", ".", "n", "=", "4", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) p-H3 staining analysis of KLF4+/+, KLF4-/- MEFs, KLF4-/- MEF with transfection of wild-type or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutation. n=4, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "D", "Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "removing", "damaged", "DNA", "as", "measured", "by", "53BP1", "foci", ".", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "KLF4WT", "vs", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D Abolishment of KLF4 PARylation leads to failure in removing damaged DNA as measured by 53BP1 foci. n=4, p=4.74x10-6 (KLF4WT vs KLF4YYR/AAA), one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "D", "Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "removing", "damaged", "DNA", "as", "measured", "by", "53BP1", "foci", ".", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "KLF4WT", "vs", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D Abolishment of KLF4 PARylation leads to failure in removing damaged DNA as measured by 53BP1 foci. n=4, p=4.74x10-6 (KLF4WT vs KLF4YYR/AAA), one-way ANOVA assay."}
{"words": ["Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "removing", "damaged", "DNA", "as", "measured", "by", "53BP1", "foci", ".", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "KLF4WT", "vs", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", ".", "(", "E", ")", "Summary", "of", "D", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Abolishment of KLF4 PARylation leads to failure in removing damaged DNA as measured by 53BP1 foci. n=4, p=4.74x10-6 (KLF4WT vs KLF4YYR/AAA), one-way ANOVA assay. (E) Summary of D. "}
{"words": ["Abolishment", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "removing", "damaged", "DNA", "as", "measured", "by", "53BP1", "foci", ".", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "4", ".", "74x10", "-", "6", "(", "KLF4WT", "vs", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", ".", "(", "E", ")", "Summary", "of", "D", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Abolishment of KLF4 PARylation leads to failure in removing damaged DNA as measured by 53BP1 foci. n=4, p=4.74x10-6 (KLF4WT vs KLF4YYR/AAA), one-way ANOVA assay. (E) Summary of D."}
{"words": ["(", "F", ")", "Failure", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "increased", "aneuploidy", "population", "in", "U2OS", "cells", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Failure of KLF4 PARylation leads to increased aneuploidy population in U2OS cells. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Failure", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "increased", "aneuploidy", "population", "in", "U2OS", "cells", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Failure of KLF4 PARylation leads to increased aneuploidy population in U2OS cells. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "G", ")", "Effect", "of", "KLF4", "PARylation", "on", "NHEJ", "and", "HR", ".", "Wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", "KLF4", "were", "co", "-", "transfected", "with", "I", "-", "SCE", "construction", "in", "U2Os", "-", "GFP", "-", "EJ5", "cells", "(", "for", "NHEJ", "assay", ")", "or", "U2Os", "-", "DR", "-", "GFP", "(", "for", "HR", "assay", ")", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Effect of KLF4 PARylation on NHEJ and HR. Wild-type or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant KLF4 were co-transfected with I-SCE construction in U2Os-GFP-EJ5 cells (for NHEJ assay) or U2Os-DR-GFP (for HR assay). n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["The", "effect", "of", "overexpression", "or", "knockdown", "KLF4", "on", "mRNA", "levels", "of", "BRCA1", "in", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effect of overexpression or knockdown KLF4 on mRNA levels of BRCA1 in KLF4-/- MEF n=3, p values were labeled in figures, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["The", "effect", "of", "overexpression", "or", "knockdown", "KLF4", "on", "mRNA", "levels", "of", "BRCA1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " The effect of overexpression or knockdown KLF4 on mRNA levels of BRCA1 in MDA-MB-468 n=3, p values were labeled in figures, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["The", "effect", "of", "overexpression", "or", "knockdown", "KLF4", "on", "mRNA", "levels", "of", "BRCA1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effect of overexpression or knockdown KLF4 on mRNA levels of BRCA1 in MDA-MB-468 n=3, p values were labeled in figures, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["The", "effect", "of", "overexpression", "or", "knockdown", "KLF4", "on", "mRNA", "levels", "of", "BRCA1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " The effect of overexpression or knockdown KLF4 on mRNA levels of BRCA1 in MDA-MB-231 n=3, p values were labeled in figures, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["The", "effect", "of", "overexpression", "or", "knockdown", "KLF4", "on", "mRNA", "levels", "of", "BRCA1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The effect of overexpression or knockdown KLF4 on mRNA levels of BRCA1 in MDA-MB-231 n=3, p values were labeled in figures, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "K", ")", "Heatmap", "of", "BRCA1", ",", "P21", ",", "Bax", "expression", "on", "U2OS", "cells", "with", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", "as", "well", "as", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "(", "Zinc", "2", "domain", "deletion", ")", "mutant", ".", "No", "difference", "of", "BRCA1", "expression", "was", "measured", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", ",", "while", "loss", "of", "Zinc", "domain", "causes", "drops", "of", "BRCA1", "expression", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": " (K) Heatmap of BRCA1, P21, Bax expression on U2OS cells with expression of wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant as well as KLF4-Zinc 2 (Zinc 2 domain deletion) mutant. No difference of BRCA1 expression was measured between expression of wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant, while loss of Zinc domain causes drops of BRCA1 expression levels. "}
{"words": ["(", "K", ")", "Heatmap", "of", "BRCA1", ",", "P21", ",", "Bax", "expression", "on", "U2OS", "cells", "with", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", "as", "well", "as", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "(", "Zinc", "2", "domain", "deletion", ")", "mutant", ".", "No", "difference", "of", "BRCA1", "expression", "was", "measured", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", ",", "while", "loss", "of", "Zinc", "domain", "causes", "drops", "of", "BRCA1", "expression", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(K) Heatmap of BRCA1, P21, Bax expression on U2OS cells with expression of wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant as well as KLF4-Zinc 2 (Zinc 2 domain deletion) mutant. No difference of BRCA1 expression was measured between expression of wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant, while loss of Zinc domain causes drops of BRCA1 expression levels."}
{"words": ["(", "L", ")", "In", "early", "responsive", "window", "(", "1", "-", "2", "hours", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "radiation", ")", ",", "while", "elevation", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "enhances", "the", "expression", "levels", "of", "p21", ",", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "diminishes", "KLF4", "-", "mediated", "p21", "accumulation", ".", "Upon", "DNA", "damage", ",", "no", "matter", "PARylation", "or", "not", ",", "elevation", "of", "both", "wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "leads", "to", "BRCA1", "accumulation", "suggesting", "the", "KLF4", "-", "mediated", "regulation", "of", "BRCA1", "is", "independent", "of", "PARP1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (L) In early responsive window (1-2 hours after exposure to γ-radiation), while elevation of wild-type KLF4 enhances the expression levels of p21, disruption of KLF4 PARylation diminishes KLF4-mediated p21 accumulation. Upon DNA damage, no matter PARylation or not, elevation of both wild-type or KLF4-PARylation-deficient mutant leads to BRCA1 accumulation suggesting the KLF4-mediated regulation of BRCA1 is independent of PARP1 in MDA-MB-231 cells. "}
{"words": ["(", "L", ")", "In", "early", "responsive", "window", "(", "1", "-", "2", "hours", "after", "exposure", "to", "γ", "-", "radiation", ")", ",", "while", "elevation", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "enhances", "the", "expression", "levels", "of", "p21", ",", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "diminishes", "KLF4", "-", "mediated", "p21", "accumulation", ".", "Upon", "DNA", "damage", ",", "no", "matter", "PARylation", "or", "not", ",", "elevation", "of", "both", "wild", "-", "type", "or", "KLF4", "-", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "leads", "to", "BRCA1", "accumulation", "suggesting", "the", "KLF4", "-", "mediated", "regulation", "of", "BRCA1", "is", "independent", "of", "PARP1", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) In early responsive window (1-2 hours after exposure to γ-radiation), while elevation of wild-type KLF4 enhances the expression levels of p21, disruption of KLF4 PARylation diminishes KLF4-mediated p21 accumulation. Upon DNA damage, no matter PARylation or not, elevation of both wild-type or KLF4-PARylation-deficient mutant leads to BRCA1 accumulation suggesting the KLF4-mediated regulation of BRCA1 is independent of PARP1 in MDA-MB-231 cells."}
{"words": ["(", "M", ")", "KLF4", "physically", "interacts", "with", "BRCA1", "upstream", "promoter", "region", "measured", "by", "CHIP", "-", "PCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) KLF4 physically interacts with BRCA1 upstream promoter region measured by CHIP-PCR."}
{"words": ["(", "N", ")", "inset", ",", "top", ",", "schematic", "diagram", "of", "the", "BRCA1", "promoter", "and", "relative", "positions", "of", "primer", "sets", "used", "in", "this", "study", ".", "ChIP", "analysis", "at", "the", "BRCA1", "promoter", "using", "KLF4", "-", "specific", "or", "nonspecific", "control", "IgG", "(", "α", "-", "Gal4", ")", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ".", "Shown", "is", "the", "enrichment", "at", "positions", "of", "the", "BRCA1", "locus", "relative", "to", "the", "TSS", ",", "presented", "as", "percent", "recovery", "of", "input", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) inset, top, schematic diagram of the BRCA1 promoter and relative positions of primer sets used in this study. ChIP analysis at the BRCA1 promoter using KLF4-specific or nonspecific control IgG (α-Gal4) in MDA-MB-231 cells. Shown is the enrichment at positions of the BRCA1 locus relative to the TSS, presented as percent recovery of input."}
{"words": ["(", "O", ")", "inset", ",", "top", ",", "schematic", "diagram", "of", "the", "BRCA1", "promoter", "cloning", "primer", "and", "the", "alignment", "of", "potential", "KLF4", "binding", "motif", "on", "BRCA1", "promoter", "with", "KLF4", "binding", "motif", "on", "p21", "and", "SLC5A6", "promoter", ".", "Shown", "is", "the", "wild", "-", "type", "(", "BRCA1", "-", "WT", ")", "or", "mutant", "(", "BRCA1", "-", "AA", ")", "BRCA1", "promoter", "luciferase", "reporter", "activity", "when", "co", "-", "transfect", "with", "KLF4", "plasmids", ".", "KLF4", "co", "-", "transfection", "promotes", "BRCA1", "-", "WT", "but", "not", "BRCA1", "-", "AA", "promoter", "reporter", "transcription", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "018", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O) inset, top, schematic diagram of the BRCA1 promoter cloning primer and the alignment of potential KLF4 binding motif on BRCA1 promoter with KLF4 binding motif on p21 and SLC5A6 promoter. Shown is the wild-type (BRCA1-WT) or mutant (BRCA1-AA) BRCA1 promoter luciferase reporter activity when co-transfect with KLF4 plasmids. KLF4 co-transfection promotes BRCA1-WT but not BRCA1-AA promoter reporter transcription. n=3, p=0.018, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "P", ")", "ChIP", "analysis", "of", "KLF4", "binding", "to", "the", "BRCA1", "promoter", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "at", "-", ".", "3K", "positions", "relative", "to", "the", "TSS", "in", "untreated", "and", "Olaparib", "(", "10µM", "for", "8h", ")", "or", "5Gy", "radiation", "treat", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "of", "KLF4", "binds", "to", "BRCA1", "promoter", "between", "untreated", "and", "Olaparib", "or", "radiation", "treat", "cells", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "80", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (P) ChIP analysis of KLF4 binding to the BRCA1 promoter in MDA-MB-231 at -.3K positions relative to the TSS in untreated and Olaparib (10µM for 8h) or 5Gy radiation treat cells. No significant difference of KLF4 binds to BRCA1 promoter between untreated and Olaparib or radiation treat cells. n=3, p=0.80, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "P", ")", "ChIP", "analysis", "of", "KLF4", "binding", "to", "the", "BRCA1", "promoter", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "at", "-", ".", "3K", "positions", "relative", "to", "the", "TSS", "in", "untreated", "and", "Olaparib", "(", "10µM", "for", "8h", ")", "or", "5Gy", "radiation", "treat", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "of", "KLF4", "binds", "to", "BRCA1", "promoter", "between", "untreated", "and", "Olaparib", "or", "radiation", "treat", "cells", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "80", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) ChIP analysis of KLF4 binding to the BRCA1 promoter in MDA-MB-231 at -.3K positions relative to the TSS in untreated and Olaparib (10µM for 8h) or 5Gy radiation treat cells. No significant difference of KLF4 binds to BRCA1 promoter between untreated and Olaparib or radiation treat cells. n=3, p=0.80, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "Q", ")", "BRCA1", "reporter", "assay", "in", "KLF4", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "with", "transfection", "of", "wild", "-", "type", "(", "KLF4WT", ")", "or", "mutant", "KLF4", "(", "KLF4YYR", "/", "AAA", ",", "KLF4C403A", "and", "KLF4ΔZinc2", ")", ".", "The", "depleted", "the", "zinc", "domain", "or", "mutated", "zinc", "finger", "(", "KLF4C403A", "and", "KLF4ΔZinc2", ")", "on", "KLF4", "impairs", "the", "KLF4", "-", "driven", "BRCA1", "expression", ",", "while", "no", "effect", "was", "observed", "between", "wild", "-", "type", "and", "KLF4YYR", "/", "AAA", "mutant", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (Q) BRCA1 reporter assay in KLF4-/- MEFs, KLF4-/- MEF with transfection of wild-type (KLF4WT) or mutant KLF4 (KLF4YYR/AAA, KLF4C403A and KLF4ΔZinc2). The depleted the zinc domain or mutated zinc finger (KLF4C403A and KLF4ΔZinc2) on KLF4 impairs the KLF4-driven BRCA1 expression, while no effect was observed between wild-type and KLF4YYR/AAA mutant. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "Q", ")", "BRCA1", "reporter", "assay", "in", "KLF4", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "with", "transfection", "of", "wild", "-", "type", "(", "KLF4WT", ")", "or", "mutant", "KLF4", "(", "KLF4YYR", "/", "AAA", ",", "KLF4C403A", "and", "KLF4ΔZinc2", ")", ".", "The", "depleted", "the", "zinc", "domain", "or", "mutated", "zinc", "finger", "(", "KLF4C403A", "and", "KLF4ΔZinc2", ")", "on", "KLF4", "impairs", "the", "KLF4", "-", "driven", "BRCA1", "expression", ",", "while", "no", "effect", "was", "observed", "between", "wild", "-", "type", "and", "KLF4YYR", "/", "AAA", "mutant", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Q) BRCA1 reporter assay in KLF4-/- MEFs, KLF4-/- MEF with transfection of wild-type (KLF4WT) or mutant KLF4 (KLF4YYR/AAA, KLF4C403A and KLF4ΔZinc2). The depleted the zinc domain or mutated zinc finger (KLF4C403A and KLF4ΔZinc2) on KLF4 impairs the KLF4-driven BRCA1 expression, while no effect was observed between wild-type and KLF4YYR/AAA mutant. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "R", ")", "HR", "analysis", ".", "U2OS", "-", "DR", "-", "GFP", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "SceI", ",", "BRCA1", "and", "siBRCA1", "in", "KLF4", "-", "wild", "-", "type", "and", "depletion", "condition", ",", "respectively", ".", "GFP", "positive", "cells", "representing", "HR", "repair", "rate", "were", "measured", "by", "flow", "cytometry", "48", "-", "72", "hour", "after", "then", ".", "Overexpression", "of", "BRCA1", "restores", "the", "HR", "efficiency", "in", "KLF4", "knockdown", "cells", ".", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (R) HR analysis. U2OS-DR-GFP cells were transfected with I-SceI, BRCA1 and siBRCA1 in KLF4-wild-type and depletion condition, respectively. GFP positive cells representing HR repair rate were measured by flow cytometry 48-72 hour after then. Overexpression of BRCA1 restores the HR efficiency in KLF4 knockdown cells. Data are mean ± SEM; n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "R", ")", "HR", "analysis", ".", "U2OS", "-", "DR", "-", "GFP", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "SceI", ",", "BRCA1", "and", "siBRCA1", "in", "KLF4", "-", "wild", "-", "type", "and", "depletion", "condition", ",", "respectively", ".", "GFP", "positive", "cells", "representing", "HR", "repair", "rate", "were", "measured", "by", "flow", "cytometry", "48", "-", "72", "hour", "after", "then", ".", "Overexpression", "of", "BRCA1", "restores", "the", "HR", "efficiency", "in", "KLF4", "knockdown", "cells", ".", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(R) HR analysis. U2OS-DR-GFP cells were transfected with I-SceI, BRCA1 and siBRCA1 in KLF4-wild-type and depletion condition, respectively. GFP positive cells representing HR repair rate were measured by flow cytometry 48-72 hour after then. Overexpression of BRCA1 restores the HR efficiency in KLF4 knockdown cells. Data are mean ± SEM; n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "A", ")", "KLF4", "+", "/", "+", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "with", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", "were", "treated", "with", "5", "-", "10", "µM", "cisplatin", "for", "48", "hours", "followed", "by", "measuring", "the", "expression", "of", "PARP1", ",", "p21", "and", "Bax", ".", "Loss", "of", "PARylation", "on", "KLF4", "impairs", "KLF4", "-", "mediated", "inhibition", "of", "apoptosis", "in", "the", "presence", "of", "genotoxic", "stress", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) KLF4+/+, KLF4-/- MEFs, KLF4-/- MEF with wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant were treated with 5-10 µM cisplatin for 48 hours followed by measuring the expression of PARP1, p21 and Bax. Loss of PARylation on KLF4 impairs KLF4-mediated inhibition of apoptosis in the presence of genotoxic stress. "}
{"words": ["(", "A", ")", "KLF4", "+", "/", "+", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEFs", ",", "KLF4", "-", "/", "-", "MEF", "with", "wild", "-", "type", "KLF4", "or", "KLF4", "-", "Zinc", "2", "-", "YYR", "/", "AAA", "mutant", "were", "treated", "with", "5", "-", "10", "µM", "cisplatin", "for", "48", "hours", "followed", "by", "measuring", "the", "expression", "of", "PARP1", ",", "p21", "and", "Bax", ".", "Loss", "of", "PARylation", "on", "KLF4", "impairs", "KLF4", "-", "mediated", "inhibition", "of", "apoptosis", "in", "the", "presence", "of", "genotoxic", "stress", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) KLF4+/+, KLF4-/- MEFs, KLF4-/- MEF with wild-type KLF4 or KLF4-Zinc 2-YYR/AAA mutant were treated with 5-10 µM cisplatin for 48 hours followed by measuring the expression of PARP1, p21 and Bax. Loss of PARylation on KLF4 impairs KLF4-mediated inhibition of apoptosis in the presence of genotoxic stress."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "apoptotic", "response", "in", "U2OS", "cells", "with", "expression", "of", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "KLF4", ".", "U2Os", "cells", "with", "wildtype", "(", "pLenti", "-", "tet", "-", "on", "-", "KLF4WT", ")", "or", "mutant", "(", "pLenti", "-", "tet", "-", "on", "-", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", "KLF4", "were", "incubated", "with", "10", "ng", "/", "ml", "doxycycline", "for", "24h", "and", "then", "treated", "with", "10uM", "doxorubicin", "(", "Dox", ")", "or", "cisplatin", "(", "CDDP", ")", "for", "additional", "24h", ".", "While", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "decreases", "Bax", "expression", "and", "inhibits", "drug", "-", "induced", "PARP1", "cleavage", ",", "expression", "of", "PARylation", "-", "deficient", "KLF4", "leads", "to", "failure", "in", "inhibiting", "genotoxic", "-", "induced", "Bax", "expression", "and", "PARP1", "cleavage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": " (B) The apoptotic response in U2OS cells with expression of wild-type and mutant KLF4. U2Os cells with wildtype (pLenti-tet-on-KLF4WT) or mutant (pLenti-tet-on-KLF4YYR/AAA) KLF4 were incubated with 10 ng/ml doxycycline for 24h and then treated with 10uM doxorubicin (Dox) or cisplatin (CDDP) for additional 24h. While expression of wild-type KLF4 decreases Bax expression and inhibits drug-induced PARP1 cleavage, expression of PARylation-deficient KLF4 leads to failure in inhibiting genotoxic-induced Bax expression and PARP1 cleavage. "}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "apoptotic", "response", "in", "U2OS", "cells", "with", "expression", "of", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "KLF4", ".", "U2Os", "cells", "with", "wildtype", "(", "pLenti", "-", "tet", "-", "on", "-", "KLF4WT", ")", "or", "mutant", "(", "pLenti", "-", "tet", "-", "on", "-", "KLF4YYR", "/", "AAA", ")", "KLF4", "were", "incubated", "with", "10", "ng", "/", "ml", "doxycycline", "for", "24h", "and", "then", "treated", "with", "10uM", "doxorubicin", "(", "Dox", ")", "or", "cisplatin", "(", "CDDP", ")", "for", "additional", "24h", ".", "While", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "decreases", "Bax", "expression", "and", "inhibits", "drug", "-", "induced", "PARP1", "cleavage", ",", "expression", "of", "PARylation", "-", "deficient", "KLF4", "leads", "to", "failure", "in", "inhibiting", "genotoxic", "-", "induced", "Bax", "expression", "and", "PARP1", "cleavage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) The apoptotic response in U2OS cells with expression of wild-type and mutant KLF4. U2Os cells with wildtype (pLenti-tet-on-KLF4WT) or mutant (pLenti-tet-on-KLF4YYR/AAA) KLF4 were incubated with 10 ng/ml doxycycline for 24h and then treated with 10uM doxorubicin (Dox) or cisplatin (CDDP) for additional 24h. While expression of wild-type KLF4 decreases Bax expression and inhibits drug-induced PARP1 cleavage, expression of PARylation-deficient KLF4 leads to failure in inhibiting genotoxic-induced Bax expression and PARP1 cleavage."}
{"words": ["(", "C", ")", "Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "inhibiting", "temperature", "-", "induced", "senescence", "in", "BTR", "model", "(", "RAS", "V12", "-", "induced", "senescence", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Disruption of KLF4 PARylation leads to failure in inhibiting temperature-induced senescence in BTR model (RAS V12 -induced senescence). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "leads", "to", "failure", "in", "inhibiting", "temperature", "-", "induced", "senescence", "in", "BTR", "model", "(", "RAS", "V12", "-", "induced", "senescence", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Disruption of KLF4 PARylation leads to failure in inhibiting temperature-induced senescence in BTR model (RAS V12 -induced senescence)."}
{"words": ["Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "abolishes", "the", "KLF4", "-", "promoted", "cellular", "transformation", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "measured", "by", "soft", "agar", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Disruption of KLF4 PARylation abolishes the KLF4-promoted cellular transformation in MDA-MB-231 measured by soft agar analysis. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "abolishes", "the", "KLF4", "-", "promoted", "cellular", "transformation", "in", "MCF10A", "measured", "by", "soft", "agar", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Disruption of KLF4 PARylation abolishes the KLF4-promoted cellular transformation in MCF10A measured by soft agar analysis. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "abolishes", "the", "KLF4", "-", "promoted", "cellular", "transformation", "in", "MCF10A", "measured", "by", "soft", "agar", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Disruption of KLF4 PARylation abolishes the KLF4-promoted cellular transformation in MCF10A measured by soft agar analysis. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "abolishes", "the", "KLF4", "-", "promoted", "cellular", "transformation", "in", "U2OS", "measured", "by", "soft", "agar", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Disruption of KLF4 PARylation abolishes the KLF4-promoted cellular transformation in U2OS measured by soft agar analysis. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "abolishes", "the", "KLF4", "-", "promoted", "cellular", "transformation", "in", "U2OS", "measured", "by", "soft", "agar", "analysis", ".", "n", "=", "3", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Disruption of KLF4 PARylation abolishes the KLF4-promoted cellular transformation in U2OS measured by soft agar analysis. n=3, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["KLF4", "sensitizes", "cell", "to", "Olaparib", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "(", "G", ")", "The", "representative", "of", "MEFs", "clonogenic", "assay", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KLF4 sensitizes cell to Olaparib. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). (G) The representative of MEFs clonogenic assay."}
{"words": ["KLF4", "sensitizes", "cell", "to", "Olaparib", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "(", "G", ")", "The", "representative", "of", "MEFs", "clonogenic", "assay", ".", "(", "H", ")", "is", "the", "summary", "of", "G", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KLF4 sensitizes cell to Olaparib. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). (G) The representative of MEFs clonogenic assay. (H) is the summary of G."}
{"words": ["(", "I", ")", "Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "reduces", "KLF4", "effect", "on", "Olaparib", "efficacy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0], "text": " (I) Disruption of KLF4 PARylation reduces KLF4 effect on Olaparib efficacy. "}
{"words": ["(", "I", ")", "Disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "reduces", "KLF4", "effect", "on", "Olaparib", "efficacy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(I) Disruption of KLF4 PARylation reduces KLF4 effect on Olaparib efficacy."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "While", "elevated", "KLF4", "inhibits", "PARP1", "inhibitor", "efficacy", "in", "killing", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ",", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "partially", "rescue", "the", "KLF4", "-", "mediated", "resistance", "to", "Olaparib", ".", "J", ")", "The", "representative", "of", "MEFs", "clonogenic", "assay", ".", "(", "K", ")", "is", "the", "summary", "of", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (J-K) While elevated KLF4 inhibits PARP1 inhibitor efficacy in killing MDA-MB-231 cells, disruption of KLF4 PARylation partially rescue the KLF4-mediated resistance to Olaparib. J) The representative of MEFs clonogenic assay. (K) is the summary of J. "}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "While", "elevated", "KLF4", "inhibits", "PARP1", "inhibitor", "efficacy", "in", "killing", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ",", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "partially", "rescue", "the", "KLF4", "-", "mediated", "resistance", "to", "Olaparib", ".", "J", ")", "The", "representative", "of", "MEFs", "clonogenic", "assay", ".", "(", "K", ")", "is", "the", "summary", "of", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) While elevated KLF4 inhibits PARP1 inhibitor efficacy in killing MDA-MB-231 cells, disruption of KLF4 PARylation partially rescue the KLF4-mediated resistance to Olaparib. J) The representative of MEFs clonogenic assay. (K) is the summary of J."}
{"words": ["(", "L", ")", "Elevated", "KLF4", "expression", "increases", "resistance", "to", "Olaparib", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "(", "BRCA", "-", "proficient", ")", "cells", ",", "while", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "attenuates", "KLF4", "-", "driven", "resistance", "to", "Olaparib", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " (L) Elevated KLF4 expression increases resistance to Olaparib in MDA-MB-468 (BRCA-proficient) cells, while disruption of KLF4 PARylation attenuates KLF4-driven resistance to Olaparib. "}
{"words": ["(", "L", ")", "Elevated", "KLF4", "expression", "increases", "resistance", "to", "Olaparib", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "(", "BRCA", "-", "proficient", ")", "cells", ",", "while", "disruption", "of", "KLF4", "PARylation", "attenuates", "KLF4", "-", "driven", "resistance", "to", "Olaparib", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(L) Elevated KLF4 expression increases resistance to Olaparib in MDA-MB-468 (BRCA-proficient) cells, while disruption of KLF4 PARylation attenuates KLF4-driven resistance to Olaparib."}
{"words": ["Elevation", "of", "mutant", "KLF4", "shows", "the", "same", "effect", "as", "WT", "KLF4", "to", "Olaparib", "in", "BRCA1", "mutant", "cell", "lines", "HCC1937", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "and", "KLF4", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "was", "observed", "in", "HCC1937", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Elevation of mutant KLF4 shows the same effect as WT KLF4 to Olaparib in BRCA1 mutant cell lines HCC1937 cells. No significant difference between expression of wild-type KLF4 and KLF4 PARylation-deficient mutant was observed in HCC1937 cells. "}
{"words": ["Elevation", "of", "mutant", "KLF4", "shows", "the", "same", "effect", "as", "WT", "KLF4", "to", "Olaparib", "in", "BRCA1", "mutant", "cell", "lines", "HCC1937", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "and", "KLF4", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "was", "observed", "in", "HCC1937", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Elevation of mutant KLF4 shows the same effect as WT KLF4 to Olaparib in BRCA1 mutant cell lines HCC1937 cells. No significant difference between expression of wild-type KLF4 and KLF4 PARylation-deficient mutant was observed in HCC1937 cells."}
{"words": ["Elevation", "of", "mutant", "KLF4", "shows", "the", "same", "effect", "as", "WT", "KLF4", "to", "Olaparib", "in", "BRCA1", "mutant", "cell", "lines", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "and", "KLF4", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "was", "observed", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Elevation of mutant KLF4 shows the same effect as WT KLF4 to Olaparib in BRCA1 mutant cell lines MDA-MB-436 cells. No significant difference between expression of wild-type KLF4 and KLF4 PARylation-deficient mutant was observed in MDA-MB-436 cells. "}
{"words": ["Elevation", "of", "mutant", "KLF4", "shows", "the", "same", "effect", "as", "WT", "KLF4", "to", "Olaparib", "in", "BRCA1", "mutant", "cell", "lines", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", ".", "No", "significant", "difference", "between", "expression", "of", "wild", "-", "type", "KLF4", "and", "KLF4", "PARylation", "-", "deficient", "mutant", "was", "observed", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Elevation of mutant KLF4 shows the same effect as WT KLF4 to Olaparib in BRCA1 mutant cell lines MDA-MB-436 cells. No significant difference between expression of wild-type KLF4 and KLF4 PARylation-deficient mutant was observed in MDA-MB-436 cells."}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "affects", "cellular", "response", "of", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "to", "Olaparib", "in", "clonogenic", "assay", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " Modulating KLF4 by knockdown or overexpression affects cellular response of MDA-MB-231 to Olaparib in clonogenic assay. "}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "affects", "cellular", "response", "of", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "to", "Olaparib", "in", "clonogenic", "assay", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Modulating KLF4 by knockdown or overexpression affects cellular response of MDA-MB-231 to Olaparib in clonogenic assay."}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "affects", "cellular", "response", "of", "MCF7", "to", "Olaparib", "in", "clonogenic", "assay", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " Modulating KLF4 by knockdown or overexpression affects cellular response of MCF7 to Olaparib in clonogenic assay. "}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "affects", "cellular", "response", "of", "MCF7", "to", "Olaparib", "in", "clonogenic", "assay", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Modulating KLF4 by knockdown or overexpression affects cellular response of MCF7 to Olaparib in clonogenic assay."}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "significantly", "affects", "synergism", "on", "Olaparib", "/", "Doxorubicin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "(", "Q", ")", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "Values", "were", "supplied", "in", "Appendix", "Table", "S4", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Modulating KLF4 by knockdown or overexpression significantly affects synergism on Olaparib/Doxorubicin in MDA-MB-231(Q) Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). The exact p-Values were supplied in Appendix Table S4. "}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "significantly", "affects", "synergism", "on", "Olaparib", "/", "Doxorubicin", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "(", "Q", ")", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "Values", "were", "supplied", "in", "Appendix", "Table", "S4", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Modulating KLF4 by knockdown or overexpression significantly affects synergism on Olaparib/Doxorubicin in MDA-MB-231(Q) Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). The exact p-Values were supplied in Appendix Table S4."}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "significantly", "affects", "synergism", "on", "Olaparib", "/", "Cisplatin", "in", "MCF7", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "Values", "were", "supplied", "in", "Appendix", "Table", "S4", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Modulating KLF4 by knockdown or overexpression significantly affects synergism on Olaparib/Cisplatin in MCF7 Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). The exact p-Values were supplied in Appendix Table S4. "}
{"words": ["Modulating", "KLF4", "by", "knockdown", "or", "overexpression", "significantly", "affects", "synergism", "on", "Olaparib", "/", "Cisplatin", "in", "MCF7", "Data", "are", "mean", " ", "±", " ", "SEM", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "The", "asterisk", "in", "the", "panels", "represents", "the", "significant", "difference", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "Values", "were", "supplied", "in", "Appendix", "Table", "S4", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Modulating KLF4 by knockdown or overexpression significantly affects synergism on Olaparib/Cisplatin in MCF7 Data are mean ± SEM; one-way ANOVA was used for the statistical analysis. The asterisk in the panels represents the significant difference (p<0.05). The exact p-Values were supplied in Appendix Table S4."}
{"words": ["(", "A", ")", "Depletion", "of", "KLF4", "significantly", "enhances", "the", "efficacy", "of", "Olaparib", "in", "killing", "TNBC", "cells", "(", "4T1", ")", ".", "4T1", "cells", "with", "stable", "expression", "of", "shKLF4", "were", "implanted", "into", "mammary", "fat", "pad", "of", "BALB", "/", "c", "Nude", "mice", ".", "Drug", "treatment", "was", "started", "at", "10th", "day", ".", "Placebo", "or", "Olaparib", "at", "the", "dose", "of", "100", "mg", "/", "kg", "was", "administrated", "daily", "for", "twelve", "days", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", ".", "n", "=", "9", "per", "group", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Depletion of KLF4 significantly enhances the efficacy of Olaparib in killing TNBC cells (4T1). 4T1 cells with stable expression of shKLF4 were implanted into mammary fat pad of BALB/c Nude mice. Drug treatment was started at 10th day. Placebo or Olaparib at the dose of 100 mg/kg was administrated daily for twelve days. Tumor volumes were measured every other day. Tumor volumes were measured every other day. n=9 per group, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Depletion", "of", "KLF4", "significantly", "enhances", "the", "efficacy", "of", "Olaparib", "in", "killing", "TNBC", "cells", "(", "4T1", ")", ".", "4T1", "cells", "with", "stable", "expression", "of", "shKLF4", "were", "implanted", "into", "mammary", "fat", "pad", "of", "BALB", "/", "c", "Nude", "mice", ".", "Drug", "treatment", "was", "started", "at", "10th", "day", ".", "Placebo", "or", "Olaparib", "at", "the", "dose", "of", "100", "mg", "/", "kg", "was", "administrated", "daily", "for", "twelve", "days", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", ".", "n", "=", "9", "per", "group", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Depletion of KLF4 significantly enhances the efficacy of Olaparib in killing TNBC cells (4T1). 4T1 cells with stable expression of shKLF4 were implanted into mammary fat pad of BALB/c Nude mice. Drug treatment was started at 10th day. Placebo or Olaparib at the dose of 100 mg/kg was administrated daily for twelve days. Tumor volumes were measured every other day. Tumor volumes were measured every other day. n=9 per group, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "B", "&", "C", ")", "The", "image", "of", "4T1", "xenograft", "tumors", "(", "B", ")", "and", "tumors", "were", "weighed", "and", "summarized", "(", "C", ")", ".", "n", "=", "9", "per", "group", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B & C) The image of 4T1 xenograft tumors (B) and tumors were weighed and summarized (C). n=9 per group, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["(", "B", "&", "C", ")", "The", "image", "of", "4T1", "xenograft", "tumors", "(", "B", ")", "and", "tumors", "were", "weighed", "and", "summarized", "(", "C", ")", ".", "n", "=", "9", "per", "group", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B & C) The image of 4T1 xenograft tumors (B) and tumors were weighed and summarized (C). n=9 per group, p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["The", "combination", "effect", "when", "combine", "of", "Olaparib", "with", "ABT", "-", "263", "and", "dasatinib", "in", "suppression", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumor", "growth", ".", "8", "weeks", "SCID", "/", "Beige", "female", "mice", "were", "injected", "8x106", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "in", "matrigel", "(", "1", ":", "1", "volume", ")", ".", "When", "tumor", "reach", "to", "50mm3", ",", "100mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "was", "administrated", "by", "oral", "gavage", "daily", ",", "30mg", "/", "kg", "ABT", "-", "263", "(", "dissolve", "in", "5", "%", "DMSO", ")", "was", "administrated", "by", "intraperitoneal", "injection", "every", "other", "day", ",", "50mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "or", "placebo", "(", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "were", "administrated", "by", "oral", "gavage", "every", "other", "day", ".", "Mice", "were", "treated", "with", "single", "or", "combination", "drugs", "for", "four", "weeks", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", "(", "F", ")", ".", "The", "image", "of", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumors"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " The combination effect when combine of Olaparib with ABT-263 and dasatinib in suppression MDA-MB-231 xenograft tumor growth. 8 weeks SCID/Beige female mice were injected 8x106 MDA-MB-231 cells in matrigel (1:1 volume). When tumor reach to 50mm3, 100mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) was administrated by oral gavage daily, 30mg/kg ABT-263 (dissolve in 5%DMSO) was administrated by intraperitoneal injection every other day, 50mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) or placebo (2%DMSO+30%PEG400+saline) were administrated by oral gavage every other day. Mice were treated with single or combination drugs for four weeks. Tumor volumes were measured every other day (F). The image of MDA-MB-231 xenograft tumors "}
{"words": ["The", "combination", "effect", "when", "combine", "of", "Olaparib", "with", "ABT", "-", "263", "and", "dasatinib", "in", "suppression", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumor", "growth", ".", "8", "weeks", "SCID", "/", "Beige", "female", "mice", "were", "injected", "8x106", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "in", "matrigel", "(", "1", ":", "1", "volume", ")", ".", "When", "tumor", "reach", "to", "50mm3", ",", "100mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "was", "administrated", "by", "oral", "gavage", "daily", ",", "30mg", "/", "kg", "ABT", "-", "263", "(", "dissolve", "in", "5", "%", "DMSO", ")", "was", "administrated", "by", "intraperitoneal", "injection", "every", "other", "day", ",", "50mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "or", "placebo", "(", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "were", "administrated", "by", "oral", "gavage", "every", "other", "day", ".", "Mice", "were", "treated", "with", "single", "or", "combination", "drugs", "for", "four", "weeks", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", "(", "F", ")", ".", "The", "image", "of", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The combination effect when combine of Olaparib with ABT-263 and dasatinib in suppression MDA-MB-231 xenograft tumor growth. 8 weeks SCID/Beige female mice were injected 8x106 MDA-MB-231 cells in matrigel (1:1 volume). When tumor reach to 50mm3, 100mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) was administrated by oral gavage daily, 30mg/kg ABT-263 (dissolve in 5%DMSO) was administrated by intraperitoneal injection every other day, 50mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) or placebo (2%DMSO+30%PEG400+saline) were administrated by oral gavage every other day. Mice were treated with single or combination drugs for four weeks. Tumor volumes were measured every other day (F). The image of MDA-MB-231 xenograft tumors"}
{"words": ["The", "combination", "effect", "when", "combine", "of", "Olaparib", "with", "ABT", "-", "263", "and", "dasatinib", "in", "suppression", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumor", "growth", ".", "8", "weeks", "SCID", "/", "Beige", "female", "mice", "were", "injected", "8x106", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "in", "matrigel", "(", "1", ":", "1", "volume", ")", ".", "When", "tumor", "reach", "to", "50mm3", ",", "100mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "was", "administrated", "by", "oral", "gavage", "daily", ",", "30mg", "/", "kg", "ABT", "-", "263", "(", "dissolve", "in", "5", "%", "DMSO", ")", "was", "administrated", "by", "intraperitoneal", "injection", "every", "other", "day", ",", "50mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "or", "placebo", "(", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "were", "administrated", "by", "oral", "gavage", "every", "other", "day", ".", "Mice", "were", "treated", "with", "single", "or", "combination", "drugs", "for", "four", "weeks", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", "(", "G", ")", ".", "The", "tumors", "were", "weighed", "and", "summarized", "(", "H", ")", ".", "Placebo", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "ABT263", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Dasatinib", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "Olaparib", "(", "n", "=", "6", ")", ",", "Olaparib", "+", "ABT263", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Olaparib", "+", "Dasatinib", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " The combination effect when combine of Olaparib with ABT-263 and dasatinib in suppression MDA-MB-231 xenograft tumor growth. 8 weeks SCID/Beige female mice were injected 8x106 MDA-MB-231 cells in matrigel (1:1 volume). When tumor reach to 50mm3, 100mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) was administrated by oral gavage daily, 30mg/kg ABT-263 (dissolve in 5%DMSO) was administrated by intraperitoneal injection every other day, 50mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) or placebo (2%DMSO+30%PEG400+saline) were administrated by oral gavage every other day. Mice were treated with single or combination drugs for four weeks. Tumor volumes were measured every other day (G). The tumors were weighed and summarized (H). Placebo (n=7), ABT263 (n=9), Dasatinib (n=8), Olaparib (n=6), Olaparib+ABT263 (n=9), Olaparib+Dasatinib (n=10), p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay. "}
{"words": ["The", "combination", "effect", "when", "combine", "of", "Olaparib", "with", "ABT", "-", "263", "and", "dasatinib", "in", "suppression", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumor", "growth", ".", "8", "weeks", "SCID", "/", "Beige", "female", "mice", "were", "injected", "8x106", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "in", "matrigel", "(", "1", ":", "1", "volume", ")", ".", "When", "tumor", "reach", "to", "50mm3", ",", "100mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "was", "administrated", "by", "oral", "gavage", "daily", ",", "30mg", "/", "kg", "ABT", "-", "263", "(", "dissolve", "in", "5", "%", "DMSO", ")", "was", "administrated", "by", "intraperitoneal", "injection", "every", "other", "day", ",", "50mg", "/", "kg", "Olaparib", "(", "dissolve", "in", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "or", "placebo", "(", "2", "%", "DMSO", "+", "30", "%", "PEG400", "+", "saline", ")", "were", "administrated", "by", "oral", "gavage", "every", "other", "day", ".", "Mice", "were", "treated", "with", "single", "or", "combination", "drugs", "for", "four", "weeks", ".", "Tumor", "volumes", "were", "measured", "every", "other", "day", "(", "G", ")", ".", "The", "tumors", "were", "weighed", "and", "summarized", "(", "H", ")", ".", "Placebo", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "ABT263", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Dasatinib", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "Olaparib", "(", "n", "=", "6", ")", ",", "Olaparib", "+", "ABT263", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Olaparib", "+", "Dasatinib", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "p", "values", "were", "labeled", "in", "figure", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The combination effect when combine of Olaparib with ABT-263 and dasatinib in suppression MDA-MB-231 xenograft tumor growth. 8 weeks SCID/Beige female mice were injected 8x106 MDA-MB-231 cells in matrigel (1:1 volume). When tumor reach to 50mm3, 100mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) was administrated by oral gavage daily, 30mg/kg ABT-263 (dissolve in 5%DMSO) was administrated by intraperitoneal injection every other day, 50mg/kg Olaparib (dissolve in 2%DMSO+30%PEG400+saline) or placebo (2%DMSO+30%PEG400+saline) were administrated by oral gavage every other day. Mice were treated with single or combination drugs for four weeks. Tumor volumes were measured every other day (G). The tumors were weighed and summarized (H). Placebo (n=7), ABT263 (n=9), Dasatinib (n=8), Olaparib (n=6), Olaparib+ABT263 (n=9), Olaparib+Dasatinib (n=10), p values were labeled in figure, one-way ANOVA assay."}
{"words": ["(", "I", ")", "Staining", "of", "H", "&", "E", ",", "KLF4", ",", "PARP1", ",", "p21", "and", "Bax", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "xenograft", "tumors", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "Combination", "of", "ABT", "-", "263", "or", "dasatinib", "with", "Olaparib", "treatment", "decrease", "KLF4", "and", "p21expression", ",", "but", "increase", "Bax", "expression", "in", "xenograft", "tumors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Staining of H & E, KLF4, PARP1, p21 and Bax in MDA-MB-231 xenograft tumors. Scale bars, 100 μm. Combination of ABT-263 or dasatinib with Olaparib treatment decrease KLF4 and p21expression, but increase Bax expression in xenograft tumors."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "HEK", "293", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", "reveals", "a", "loss", "of", "free", "NEDD8", "(", "indicated", "by", "asterisk", ")", "and", "an", "accumulation", "of", "NEDD8", "reactive", "species", "in", "the", "NEDP1", "KO", "lysate", ".", "The", "predicted", "molecular", "weight", "sizes", "of", "putative", ",", "unanchored", ",", "poly", "-", "NEDD8", "chains", "are", "denoted", "by", "N2", "through", "to", "N5", ".", "Unconjugated", "NEDD8", "is", "denoted", "by", "N1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of whole cell lysates from HEK 293 WT and NEDP1 KO cells reveals a loss of free NEDD8 (indicated by asterisk) and an accumulation of NEDD8 reactive species in the NEDP1 KO lysate. The predicted molecular weight sizes of putative, unanchored, poly-NEDD8 chains are denoted by N2 through to N5. Unconjugated NEDD8 is denoted by N1."}
{"words": ["NEDD8", "affinity", "resin", "shows", "enrichment", "of", "endogenous", "neddylated", "proteins", "in", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Recombinant", "HALO", "-", "NEDP1", "C163A", "(", "CA", ")", "conjugated", "to", "HALO", "-", "Link", "beads", "was", "used", "as", "an", "affinity", "resin", "to", "enrich", "for", "neddylated", "proteins", "in", "lysates", "from", "HEK", "293", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Enriched", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "NEDD8", "or", "Ubiquitin", "antibodies", ".", "HALO", "-", "NEDP1", "CA", "specifically", "enriches", "for", "NEDD8", "-", "reactive", "proteins", "in", "both", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", ",", "but", "does", "not", "enrich", "for", "Ubiquitin", "-", "modified", "proteins", "in", "either", "cell", "line", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 affinity resin shows enrichment of endogenous neddylated proteins in WT and NEDP1 KO cells. Recombinant HALO-NEDP1 C163A (CA) conjugated to HALO-Link beads was used as an affinity resin to enrich for neddylated proteins in lysates from HEK 293 WT and NEDP1 KO cells. Enriched proteins were resolved by SDS-PAGE and processed for Western blot analysis with NEDD8 or Ubiquitin antibodies. HALO-NEDP1 CA specifically enriches for NEDD8-reactive proteins in both WT and NEDP1 KO cells, but does not enrich for Ubiquitin-modified proteins in either cell line."}
{"words": ["Components", "of", "the", "NEDD8", "conjugation", "machinery", "are", "enriched", "in", "HALO", "-", "NEDP1", "pulldowns", "from", "NEDP1", "KO", "lysates", ".", "Neddylated", "proteins", "from", "HEK293", "KO", "cells", "were", "enriched", "by", "HALO", "-", "NEDP1", "CA", "pulldown", ",", "as", "in", "(", "B", ")", "but", "not", "by", "the", "NEDD8", "nonbinder", "mutant", ",", "HALO", "-", "NEDP1", "DAGC", "(", "D29W", "A98K", "G99K", "C163A", ")", ".", "The", "NEDD8", "E1s", ",", "UBA3", "and", "ULA1", ",", "are", "modified", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ",", "as", "well", "as", "E2", "UBE2M", ",", "and", "co", "-", "E3s", "DCNL1", "and", "DCNL2", ".", "Cul2", "and", "Cul3", "are", "hyper", "-", "neddylated", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "CSN", "components", ",", "CSN5", "and", "CSN8", ",", "also", "co", "-", "precipitate", "in", "HALO", "-", "NEDP1", "CA", "pulldowns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Components of the NEDD8 conjugation machinery are enriched in HALO-NEDP1 pulldowns from NEDP1 KO lysates. Neddylated proteins from HEK293 KO cells were enriched by HALO-NEDP1 CA pulldown, as in (B) but not by the NEDD8 nonbinder mutant, HALO-NEDP1 DAGC (D29W A98K G99K C163A). The NEDD8 E1s, UBA3 and ULA1, are modified in NEDP1 KO cells, as well as E2 UBE2M, and co-E3s DCNL1 and DCNL2. Cul2 and Cul3 are hyper-neddylated in NEDP1 KO cells. CSN components, CSN5 and CSN8, also co-precipitate in HALO-NEDP1 CA pulldowns."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "from", "HEK", "293", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", "of", "the", "components", "of", "the", "NEDD8", "conjugation", "/", "de", "-", "conjugation", "pathway", "shows", "that", "similar", "levels", "of", "NEDD8", "pathway", "components", "are", "present", "in", "both", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Apart", "from", "UBA3", ",", "there", "is", "no", "detectable", "amount", "of", "NEDD8", "-", "modified", "enzymes", "in", "whole", "-", "cell", "lysates", "from", "NEDP1", "KO", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis from HEK 293 WT and NEDP1 KO cells of the components of the NEDD8 conjugation/de-conjugation pathway shows that similar levels of NEDD8 pathway components are present in both WT and NEDP1 KO cells. Apart from UBA3, there is no detectable amount of NEDD8-modified enzymes in whole-cell lysates from NEDP1 KO cells."}
{"words": ["Poly", "-", "NEDD8", "chains", "can", "be", "generated", "by", "in", "vitro", "reactions", "(", "Rxn", ")", ".", "NAE", "(", "0", ".", "15", "μM", ")", ",", "UBE2M", ",", "and", "NEDD8", "(", "20", "μM", ")", "were", "incubated", "on", "ice", "or", "incubated", "at", "30", "°", "C", "for", "3", "hours", "and", "reactions", "were", "stopped", "by", "addition", "of", "LDS", "loading", "buffer", ".", "Reactions", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "stained", "with", "colloidal", "Coomaisse", ".", "Indicated", "bands", "were", "excised", "from", "the", "gel", "and", "processed", "for", "in", "gel", "trypsin", "digestion", "and", "mass", "spectrometry", "analysis", ".", "The", "predicted", "molecular", "weight", "sizes", "for", "a", "theoretical", "unanchored", "NEDD8", "chain", "are", "denoted", "by", "N2", "-", "N4", ".", "Unconjugated", "NEDD8", "is", "indicated", "by", "N1", ".", "UBE2M", "modified", "by", "NEDD8", "is", "indicated", "with", "an", "asterisk", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Poly-NEDD8 chains can be generated by in vitro reactions (Rxn). NAE (0.15 μM), UBE2M, and NEDD8 (20 μM) were incubated on ice or incubated at 30°C for 3 hours and reactions were stopped by addition of LDS loading buffer. Reactions were resolved by SDS-PAGE and stained with colloidal Coomaisse. Indicated bands were excised from the gel and processed for in gel trypsin digestion and mass spectrometry analysis. The predicted molecular weight sizes for a theoretical unanchored NEDD8 chain are denoted by N2-N4. Unconjugated NEDD8 is indicated by N1. UBE2M modified by NEDD8 is indicated with an asterisk."}
{"words": ["Neddylated", "species", "are", "NEDD8", "E1", "dependent", ".", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "HEK", "293", "cells", "were", "treated", "with", "NAE", "inhibitor", "MLN4924", "at", "3", "μM", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Lysed", "cells", "were", "then", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", ".", "NEDD8", "E1", "inhibition", "results", "in", "a", "time", "-", "dependent", "decrease", "in", "the", "amount", "of", "Cullin", "and", "non", "-", "Cullin", "NEDD8", "reactive", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "Neddylated species are NEDD8 E1 dependent. WT and NEDP1 KO HEK 293 cells were treated with NAE inhibitor MLN4924 at 3 μM for the indicated time. Lysed cells were then processed for Western blot analysis. NEDD8 E1 inhibition results in a time-dependent decrease in the amount of Cullin and non-Cullin NEDD8 reactive bands."}
{"words": ["Neddylated", "species", "are", "UBE2M", "dependent", ".", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "HEK", "293", "cells", "were", "left", "untreated", "or", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNA", "for", "48", "hours", ".", "Lysed", "cells", "were", "then", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", ".", "Neddylated", "species", "are", "reduced", "when", "NEDD8", "E2", "UBE2M", "was", "depleted", "after", "siRNA", "treatment", "(", "si2M", ")", ",", "but", "not", "with", "control", "siRNA", "(", "siCTRL", ")", "or", "when", "NEDD8", "E2", "UBE2F", "was", "depleted", "(", "si2F", ")", ".", "The", "double", "knockdown", "(", "si2M", "/", "2F", ")", "does", "not", "further", "reduce", "NEDD8", "modified", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Neddylated species are UBE2M dependent. WT and NEDP1 KO HEK 293 cells were left untreated or treated with the indicated siRNA for 48 hours. Lysed cells were then processed for Western blot analysis. Neddylated species are reduced when NEDD8 E2 UBE2M was depleted after siRNA treatment (si2M), but not with control siRNA (siCTRL) or when NEDD8 E2 UBE2F was depleted (si2F). The double knockdown (si2M/2F) does not further reduce NEDD8 modified proteins."}
{"words": ["(", "Left", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "large", "scale", "HALO", "-", "NEDP1", "pulldowns", "from", "HEK", "293", "NEDP1", "KO", "lysates", ".", "(", "Right", ")", "Diagram", "of", "mass", "spectrometry", "sample", "preparation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Left) Western blot analysis of large scale HALO-NEDP1 pulldowns from HEK 293 NEDP1 KO lysates. (Right) Diagram of mass spectrometry sample preparation."}
{"words": ["Scatterplot", "of", "proteins", "identified", "by", "mass", "spectrometry", "analysis", "identifies", "NEDD8", "and", "components", "of", "the", "NEDD8", "conjugation", "pathway", "as", "being", "the", "most", "abundant", "proteins", "in", "HEK", "293", "NEDP1", "KO", "lysates", "following", "NEDP1", "-", "CA", "pulldown", ".", "iBAQ", "analysis", "of", "proteins", "identified", "in", "A", ")", "are", "plotted", "as", "the", "log2", "value", "of", "the", "enrichment", "ratio", "(", "mass", "spectrometry", "intensity", "of", "the", "HALO", "-", "NEDP1", "CA", "pulldown", "over", "HALO", "-", "NEDP1", "DAGC", "pulldown", ")", "versus", "the", "log10", "value", "of", "the", "iBAQ", "intensity", "from", "the", "HALO", "-", "NEDP1", "CA", "pulldown", ".", "Blue", "markers", "indicate", "known", "components", "of", "the", "NEDD8", "pathway", "and", "red", "markers", "indicate", "proteins", "that", "have", "been", "identified", "as", "substrates", "of", "PARP", "-", "1", "in", "the", "database", "of", "ADP", "-", "ribosylated", "proteins", ",", "ADPriboDB", "(", "Vivelo", "et", "al", ".", ",", "2017", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatterplot of proteins identified by mass spectrometry analysis identifies NEDD8 and components of the NEDD8 conjugation pathway as being the most abundant proteins in HEK 293 NEDP1 KO lysates following NEDP1-CA pulldown. iBAQ analysis of proteins identified in A) are plotted as the log2 value of the enrichment ratio (mass spectrometry intensity of the HALO-NEDP1 CA pulldown over HALO-NEDP1 DAGC pulldown) versus the log10 value of the iBAQ intensity from the HALO-NEDP1 CA pulldown. Blue markers indicate known components of the NEDD8 pathway and red markers indicate proteins that have been identified as substrates of PARP-1 in the database of ADP-ribosylated proteins, ADPriboDB (Vivelo et al., 2017)."}
{"words": ["Non", "-", "cullin", "neddylated", "species", "accumulate", "after", "oxidative", "stress", "in", "WT", "U2OS", "cells", "with", "the", "most", "highly", "induced", "species", "detected", "at", "25", "kDa", "(", "as", "indicated", "by", "the", "arrow", ")", ".", "WT", "U2OS", "cells", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "H2O2", "for", "30", "minutes", "and", "then", "lysed", "in", "LDS", "sample", "loading", "buffer", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Non-cullin neddylated species accumulate after oxidative stress in WT U2OS cells with the most highly induced species detected at 25 kDa (as indicated by the arrow). WT U2OS cells were treated with the indicated concentration of H2O2 for 30 minutes and then lysed in LDS sample loading buffer and processed for Western blot analysis."}
{"words": ["(", "Left", ")", "The", "25", "-", "kDa", "neddylated", "species", "induced", "by", "oxidative", "stress", "increases", "with", "time", "in", "WT", "U2OS", "cells", ".", "U2OS", "WT", "or", "NEDP1", "KO", "cells", "were", "treated", "with", "600", "μM", "H2O2", "for", "the", "indicated", "time", "and", "then", "lysed", "in", "LDS", "sample", "loading", "buffer", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", ".", "(", "Right", ")", "The", "same", "25", "kDa", "NEDD8", "species", ",", "which", "is", "strongly", "induced", "in", "WT", "cells", ",", "is", "present", "in", "untreated", "NEDP1", "KO", "cells", "and", "does", "not", "further", "increase", "after", "oxidative", "stress", "induced", "by", "H2O2", "(", "as", "indicated", "by", "the", "arrow", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Left) The 25-kDa neddylated species induced by oxidative stress increases with time in WT U2OS cells. U2OS WT or NEDP1 KO cells were treated with 600 μM H2O2 for the indicated time and then lysed in LDS sample loading buffer and processed for Western blot analysis. (Right) The same 25 kDa NEDD8 species, which is strongly induced in WT cells, is present in untreated NEDP1 KO cells and does not further increase after oxidative stress induced by H2O2 (as indicated by the arrow)."}
{"words": ["U2OS", "NEDP1", "KO", "cells", "are", "resistant", "to", "the", "PARP", "-", "1", "inducer", ",", "H2O2", ".", "WT", "and", "NEDP1", "U2OS", "cells", "were", "plated", "in", "96", "-", "well", "plates", "and", "after", "24", "hours", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "H2O2", ".", "They", "were", "assessed", "for", "viability", "24", "hours", "later", "by", "the", "CellTiter", "-", "Glo", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percent", "survival", "compared", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS NEDP1 KO cells are resistant to the PARP-1 inducer, H2O2. WT and NEDP1 U2OS cells were plated in 96-well plates and after 24 hours were treated with the indicated concentration of H2O2. They were assessed for viability 24 hours later by the CellTiter-Glo assay. Graphs represent the mean ± S.E.M. of the percent survival compared to untreated cells."}
{"words": ["NEDP1", "KO", "cells", "are", "re", "-", "sensitized", "to", "H2O2", ",", "following", "re", "-", "expression", "of", "NEDP1", "by", "transient", "transfection", ".", "U2OS", "cells", "were", "plated", "in", "96", "well", "plates", "and", "reversed", "transfected", "with", "NEDP1", "or", "an", "empty", "vector", ".", "48", "hours", "after", "plating", ",", "cells", "were", "challenged", "with", "the", "indicated", "amount", "of", "H2O2", "and", "cell", "viability", "was", "assessed", "24", "hours", "later", "by", "the", "CellTiter", "-", "Glo", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percent", "survival", "compared", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDP1 KO cells are re-sensitized to H2O2, following re-expression of NEDP1 by transient transfection. U2OS cells were plated in 96 well plates and reversed transfected with NEDP1 or an empty vector. 48 hours after plating, cells were challenged with the indicated amount of H2O2 and cell viability was assessed 24 hours later by the CellTiter-Glo assay. Graphs represent the mean ± S.E.M. of the percent survival compared to untreated cells."}
{"words": ["Neddylation", "of", "cullins", "is", "decreased", "in", "NEDP1", "KO", "cells", "and", "is", "rescued", "by", "re", "-", "expression", "of", "NEDP1", "by", "transient", "transfection", ".", "Western", "blot", "analysis", "from", "HEK", "293", "WT", ",", "NEDP1", "KO", "cells", "and", "NEDP1", "KO", "cells", "rescued", "with", "transient", "transfection", "of", "NEDP1", "reveals", "that", "upon", "NEDP1", "re", "-", "expression", ",", "the", "intensity", "of", "the", "NEDD8", "reactive", "bands", "is", "reduced", "and", "the", "levels", "of", "free", "NEDD8", "are", "increased", ".", "NEDP1", "re", "-", "expression", "also", "increased", "the", "neddylation", "of", "each", "Cullin", ".", "The", "neddylated", "band", "of", "each", "Cullin", "is", "denoted", "with", "a", "star", ".", "Quantification", "and", "graph", "of", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percentage", "neddylation", "of", "each", "Cullin", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neddylation of cullins is decreased in NEDP1 KO cells and is rescued by re-expression of NEDP1 by transient transfection. Western blot analysis from HEK 293 WT, NEDP1 KO cells and NEDP1 KO cells rescued with transient transfection of NEDP1 reveals that upon NEDP1 re-expression, the intensity of the NEDD8 reactive bands is reduced and the levels of free NEDD8 are increased. NEDP1 re-expression also increased the neddylation of each Cullin. The neddylated band of each Cullin is denoted with a star. Quantification and graph of the mean ± S.E.M. of the percentage neddylation of each Cullin in (E)."}
{"words": ["Deletion", "of", "Nedp1", "does", "not", "lead", "to", "induction", "Nrf2", "response", "genes", ".", "RNA", "was", "harvested", "from", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", ",", "reversed", "transcribed", "to", "cDNA", ",", "and", "analysed", "by", "qPCR", "for", "Nrf2", "and", "NQO1", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Deletion of Nedp1 does not lead to induction Nrf2 response genes. RNA was harvested from WT and NEDP1 KO U2OS cells, reversed transcribed to cDNA, and analysed by qPCR for Nrf2 and NQO1 expression."}
{"words": ["Deletion", "of", "Nedp1", "but", "not", "of", "Cand1", "in", "HEK", "293", "cells", "results", "in", "resistance", "to", "cell", "death", "from", "H2O2", ".", "WT", ",", "NEDP1", "KO", ",", "and", "CAND1", "KO", "cells", "were", "plated", "in", "96", "wells", "plates", "and", "treated", "with", "the", "indicated", "amount", "of", "H2O2", ".", "24", "hours", "after", "treatment", ",", "cell", "viability", "was", "measured", "using", "the", "CellTiter", "-", "Glo", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percent", "survival", "compared", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Deletion of Nedp1 but not of Cand1 in HEK 293 cells results in resistance to cell death from H2O2. WT, NEDP1 KO, and CAND1 KO cells were plated in 96 wells plates and treated with the indicated amount of H2O2. 24 hours after treatment, cell viability was measured using the CellTiter-Glo assay. Graphs represent the mean ± S.E.M. of the percent survival compared to untreated cells."}
{"words": ["PARP", "-", "1", "activity", "is", "reduced", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "after", "treatment", "with", "600", "μM", "H2O2", "for", "the", "indicated", "amount", "of", "time", ".", "PAR", "polymer", "generation", "is", "induced", "in", "WT", "cells", "after", "H2O2", "treatment", "but", "induction", "is", "reduced", "in", "NEDP1", "KO", "cells", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "PARP-1 activity is reduced in NEDP1 KO cells. Western blot analysis of whole cell lysates from WT and NEDP1 KO U2OS cells after treatment with 600 μM H2O2 for the indicated amount of time. PAR polymer generation is induced in WT cells after H2O2 treatment but induction is reduced in NEDP1 KO cells."}
{"words": ["PARP", "-", "1", "activity", "is", "rescued", "by", "re", "-", "expression", "of", "NEDP1", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "constructs", ".", "72", "hours", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "amount", "of", "H2O2", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", ".", "PAR", "polymer", "generation", "is", "reduced", "in", "NEDP1", "KO", "cells", "but", "can", "be", "rescued", "by", "the", "transient", "re", "-", "expression", "of", "NEDP1", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "PARP-1 activity is rescued by re-expression of NEDP1 in NEDP1 KO cells. Western blot analysis of whole cell lysates from WT and NEDP1 KO U2OS cells transfected with the indicated constructs. 72 hours after transfection, cells were treated with the indicated amount of H2O2 and processed for Western blot analysis. PAR polymer generation is reduced in NEDP1 KO cells but can be rescued by the transient re-expression of NEDP1."}
{"words": ["PARP", "-", "1", "inhibitor", "Olaparib", "protects", "WT", "cells", "from", "H2O2", "treatment", "to", "the", "same", "extent", "as", "NEDP1", "KO", ".", "U2OS", "cells", "were", "plated", "in", "96", "well", "plates", "and", "24", "hours", "later", "pre", "-", "treated", "with", "Olaparib", "(", "10", "μM", ")", "for", "1", "hour", "before", "treatment", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "H2O2", ".", "24", "hours", "later", ",", "cell", "viability", "was", "measured", "using", "the", "CellTiterGlo", "assay", ".", "NEDP1", "deletion", "protects", "cells", "from", "H2O2", "treatment", "to", "the", "same", "extent", "as", "PARP", "-", "1", "inhibition", "in", "WT", "cells", ".", "Olaparib", "does", "not", "provide", "additional", "protection", "to", "NEDP1", "cells", "from", "H2O2", "treatment", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "PARP-1 inhibitor Olaparib protects WT cells from H2O2 treatment to the same extent as NEDP1 KO. U2OS cells were plated in 96 well plates and 24 hours later pre-treated with Olaparib (10 μM) for 1 hour before treatment with the indicated concentration of H2O2. 24 hours later, cell viability was measured using the CellTiterGlo assay. NEDP1 deletion protects cells from H2O2 treatment to the same extent as PARP-1 inhibition in WT cells. Olaparib does not provide additional protection to NEDP1 cells from H2O2 treatment."}
{"words": ["AIF", "translocation", "to", "the", "nucleus", "is", "impaired", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "cells", "were", "plated", "on", "coverslips", "and", "24", "hours", "later", "were", "treated", "with", "H2O2", "(", "600", "μM", ")", "for", "the", "indicated", "amount", "of", "time", "and", "then", "processed", "for", "immunofluorescence", "analysis", "using", "α", "-", "AIF", "antibodies", "and", "DAPI", "staining", ".", "PARP", "-", "1", "dependent", "cell", "death", "is", "induced", "in", "WT", "U2OS", "cells", ",", "as", "indicated", "by", "translocation", "of", "AIF", "from", "the", "mitochondria", "to", "the", "nucleus", "(", "Scale", "bar", "10", "μm", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AIF translocation to the nucleus is impaired in NEDP1 KO cells. WT and NEDP1 KO cells were plated on coverslips and 24 hours later were treated with H2O2 (600 μM) for the indicated amount of time and then processed for immunofluorescence analysis using α-AIF antibodies and DAPI staining. PARP-1 dependent cell death is induced in WT U2OS cells, as indicated by translocation of AIF from the mitochondria to the nucleus (Scale bar 10 μm)."}
{"words": ["Total", "nuclear", "AIF", "intensity", "from", "(", "D", ")", "was", "measured", "with", "ImageJ", "and", "plotted", "as", "a", "vertical", "scatter", "plot", "with", "the", "group", "mean", "intensity", "indicated", "with", "a", "black", "bar", ".", "AIF", "has", "translocated", "to", "the", "nucleus", "after", "WT", "cells", "were", "exposed", "to", "H2O2", "but", "not", "in", "NEDP1", "KO", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Total nuclear AIF intensity from (D) was measured with ImageJ and plotted as a vertical scatter plot with the group mean intensity indicated with a black bar. AIF has translocated to the nucleus after WT cells were exposed to H2O2 but not in NEDP1 KO cells."}
{"words": ["NEDP1", "KO", "cells", "express", "normal", "levels", "of", "PARP", "-", "1", "and", "AIF", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "WT", "and", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "shows", "that", "the", "proteins", "necessary", "for", "the", "induction", "of", "PARP", "-", "1", "dependent", "cell", "death", "are", "present", "at", "equal", "levels", "in", "both", "cell", "lines", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDP1 KO cells express normal levels of PARP-1 and AIF. Western blot analysis of whole cell lysates from WT and NEDP1 KO U2OS cells shows that the proteins necessary for the induction of PARP-1 dependent cell death are present at equal levels in both cell lines."}
{"words": ["NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "are", "not", "resistant", "to", "induction", "of", "apoptosis", "from", "combined", "treatment", "with", "TNF", "-", "α", "and", "cycloheximide", ".", "U2OS", "cells", "were", "plated", "in", "96", "well", "plates", "and", "incubated", "with", "cycloheximide", "(", "10", "μg", "/", "mL", ")", "before", "addition", "of", "the", "indicated", "amount", "of", "TNF", "-", "α", ".", "Cell", "survival", "was", "determined", "24", "hours", "later", "using", "the", "CellTiter", "-", "Glo", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percent", "survival", "compared", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDP1 KO U2OS cells are not resistant to induction of apoptosis from combined treatment with TNF-α and cycloheximide. U2OS cells were plated in 96 well plates and incubated with cycloheximide (10 μg/mL) before addition of the indicated amount of TNF-α. Cell survival was determined 24 hours later using the CellTiter-Glo assay. Graphs represent the mean ± S.E.M. of the percent survival compared to untreated cells."}
{"words": ["NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "are", "not", "resistant", "to", "treatment", "with", "camptothecin", "(", "CPT", ")", ".", "WT", "U2OS", "and", "NEDP1", "KO", "cells", "were", "plated", "in", "96", "-", "well", "plates", "and", "treated", "with", "the", "indicated", "amount", "of", "CPT", ".", "48", "hours", "after", "exposure", "cell", "survival", "was", "measured", "using", "the", "CellTiterGlo", "assay", ".", "Graphs", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "the", "percent", "survival", "compared", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDP1 KO U2OS cells are not resistant to treatment with camptothecin (CPT). WT U2OS and NEDP1 KO cells were plated in 96-well plates and treated with the indicated amount of CPT. 48 hours after exposure cell survival was measured using the CellTiterGlo assay. Graphs represent the mean ± S.E.M. of the percent survival compared to untreated cells."}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "co", "-", "immunoprecipitate", "with", "endogenous", "PARP", "-", "1", "in", "NEDP1", "KO", "cells", ".", "Lysates", "were", "prepared", "from", "U2OS", "NEDP1", "KO", "cells", "and", "immunoprecipitation", "was", "performed", "with", "PARP", "-", "1", "-", "Trap", "or", "GFP", "-", "Trap", "as", "a", "negative", "control", ".", "Bound", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers co-immunoprecipitate with endogenous PARP-1 in NEDP1 KO cells. Lysates were prepared from U2OS NEDP1 KO cells and immunoprecipitation was performed with PARP-1-Trap or GFP-Trap as a negative control. Bound proteins were resolved by SDS-PAGE and processed for Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "bind", "to", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", ".", "NEDP1", "U2OS", "KO", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "or", "with", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", "and", "24", "hours", "later", "cell", "lysates", "were", "collected", ".", "Immunoprecipitation", "was", "then", "performed", "with", "GFP", "-", "Trap", ",", "and", "bound", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", "but", "not", "GFP", "alone", "can", "co", "-", "immunoprecipitate", "NEDD8", "trimers", "from", "NEDP1", "KO", "cells", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers bind to GFP-PARP-1. NEDP1 U2OS KO cells were transfected with GFP or with GFP-PARP-1 and 24 hours later cell lysates were collected. Immunoprecipitation was then performed with GFP-Trap, and bound proteins were resolved by SDS-PAGE and processed for Western blot analysis with the indicated antibodies. GFP-PARP-1 but not GFP alone can co-immunoprecipitate NEDD8 trimers from NEDP1 KO cells."}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "form", "in", "WT", "U2OS", "cells", "after", "treatment", "with", "H2O2", "and", "co", "-", "immunoprecipitate", "with", "endogenous", "PARP", "-", "1", "but", "not", "with", "immunoglobulin", "control", "(", "IGG", ")", ".", "WT", "U2OS", "cells", "were", "left", "untreated", "of", "treated", "with", "H2O2", "(", "600", "μM", ")", "for", "30", "min", "and", "were", "harvested", "for", "immunoprecipitation", "and", "Western", "blot"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers form in WT U2OS cells after treatment with H2O2 and co-immunoprecipitate with endogenous PARP-1 but not with immunoglobulin control (IGG). WT U2OS cells were left untreated of treated with H2O2 (600 μM) for 30 min and were harvested for immunoprecipitation and Western blot analysis"}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "bind", "to", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", ".", "WT", "or", "NEDP1", "U2OS", "KO", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "or", "with", "full", "-", "length", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", "and", "24", "hours", "later", "treated", "as", "indicated", "with", "H2O2", "(", "600", "μM", ")", "for", "30", "min", "before", "cell", "lysates", "were", "collected", ".", "Immunoprecipitation", "was", "then", "performed", "with", "GFP", "-", "Trap", ",", "and", "bound", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", "but", "not", "GFP", "alone", "can", "co", "-", "immunoprecipitate", "NEDD8", "trimers", "from", "WT", "cells", "only", "after", "H2O2", "treatment", "or", "from", "both", "treated", "or", "untreated", "NEDP1", "KO", "cells", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers bind to GFP-PARP-1. WT or NEDP1 U2OS KO cells were transfected with GFP or with full-length GFP-PARP-1 and 24 hours later treated as indicated with H2O2 (600 μM) for 30 min before cell lysates were collected. Immunoprecipitation was then performed with GFP-Trap, and bound proteins were resolved by SDS-PAGE and processed for Western blot analysis with the indicated antibodies. GFP-PARP-1 but not GFP alone can co-immunoprecipitate NEDD8 trimers from WT cells only after H2O2 treatment or from both treated or untreated NEDP1 KO cells."}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "bind", "to", "the", "DNA", "-", "binding", "domain", "of", "PARP", "-", "1", "(", "Zn1", "-", "3", ")", "but", "not", "to", "its", "automodification", "and", "catalytic", "domain", "(", "CAT", ")", ".", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", ",", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", ",", "GFP", "fused", "to", "the", "DNA", "-", "binding", "domain", "of", "PARP", "-", "1", "(", "AA", "1", "-", "336", ")", "or", "with", "GFP", "fused", "to", "the", "PARP", "-", "1", "automodification", "and", "catalytic", "domain", "(", "AA", "336", "-", "1014", ")", ".", "24", "hours", "post", "transfection", ",", "cell", "lysates", "were", "collected", "and", "immunoprecipitation", "with", "GFP", "-", "Trap", "was", "performed", ".", "Bound", "proteins", "were", "eluted", "and", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "analysis", ",", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers bind to the DNA-binding domain of PARP-1 (Zn1-3) but not to its automodification and catalytic domain (CAT). NEDP1 KO U2OS cells were transfected with GFP, GFP-PARP-1, GFP fused to the DNA-binding domain of PARP-1 (AA 1-336) or with GFP fused to the PARP-1 automodification and catalytic domain (AA 336-1014). 24 hours post transfection, cell lysates were collected and immunoprecipitation with GFP-Trap was performed. Bound proteins were eluted and resolved by SDS-PAGE analysis, followed by Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["NEDD8", "trimers", "specifically", "bind", "to", "the", "second", "zinc", "finger", "of", "PARP", "-", "1", ".", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", ",", "GFP", "-", "PARP", "-", "1", ",", "or", "with", "GFP", "fused", "to", "the", "Zn1", "domain", "(", "AA", "1", "-", "96", ")", ",", "the", "Zn2", "domain", "(", "AA", "97", "-", "215", ")", ",", "the", "Zn3", "domain", "(", "AA", "216", "-", "336", ")", "or", "the", "Zn1", "+", "2", "domains", "(", "AA", "1", "-", "215", ")", "of", "PARP", "-", "1", ".", "24", "hours", "post", "transfection", ",", "cell", "lysates", "were", "collected", "and", "immunoprecipitation", "with", "GFP", "-", "Trap", "was", "performed", ".", "Bound", "proteins", "were", "eluted", "and", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "analysis", ",", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NEDD8 trimers specifically bind to the second zinc finger of PARP-1. NEDP1 KO U2OS cells were transfected with GFP, GFP-PARP-1, or with GFP fused to the Zn1 domain (AA 1-96), the Zn2 domain (AA 97-215), the Zn3 domain (AA 216-336) or the Zn1+2 domains (AA 1-215) of PARP-1. 24 hours post transfection, cell lysates were collected and immunoprecipitation with GFP-Trap was performed. Bound proteins were eluted and resolved by SDS-PAGE analysis, followed by Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["2D", "gel", "electrophoresis", "of", "lysate", "from", "WT", "cells", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "α", "-", "NEDD8", "antibody", "indicates", "free", "NEDD8", "migrates", "near", "its", "predicted", "isoelectic", "point", "(", "pI", ")", "of", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "2D gel electrophoresis of lysate from WT cells followed by Western blot analysis with α-NEDD8 antibody indicates free NEDD8 migrates near its predicted isoelectic point (pI) of 6.59"}
{"words": ["2D", "Gel", "electrophoresis", "of", "pulldowns", "from", "NEDP1", "KO", "lysate", "with", "GST", "-", "Zn1", "+", "2", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "α", "-", "NEDD8", "antibody", ".", "Some", "of", "the", "25", "-", "kDa", "NEDD8", "band", "migrates", "to", "the", "same", "isoelectric", "point", "as", "unconjugated", "NEDD8", "(", "denoted", "by", "white", "triangle", ")", ",", "indicating", "the", "species", "is", "most", "likely", "an", "unanchored", "NEDD8", "trimer", ".", "However", ",", "the", "majority", "of", "NEDD8", "trimer", "migrates", "to", "multiple", "spots", "of", "lower", "pI", "(", "indicated", "in", "the", "brackets", ")", ",", "which", "suggests", "that", "NEDD8", "trimers", "undergo", "a", "post", "-", "translational", "modification", "that", "either", "adds", "a", "negative", "charge", "or", "blocks", "a", "positive", "charge", "on", "the", "NEDD8", "trimer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "2D Gel electrophoresis of pulldowns from NEDP1 KO lysate with GST-Zn1+2 followed by Western blot analysis with α-NEDD8 antibody. Some of the 25-kDa NEDD8 band migrates to the same isoelectric point as unconjugated NEDD8 (denoted by white triangle), indicating the species is most likely an unanchored NEDD8 trimer. However, the majority of NEDD8 trimer migrates to multiple spots of lower pI (indicated in the brackets), which suggests that NEDD8 trimers undergo a post-translational modification that either adds a negative charge or blocks a positive charge on the NEDD8 trimer."}
{"words": ["Overexpression", "of", "HDAC1", "or", "HDAC2", "decreases", "PARP", "-", "1", "-", "NEDD8", "trimer", "binding", ".", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "or", "GFP", "fused", "to", "the", "first", "two", "zinc", "finger", "domains", "of", "PARP", "-", "1", "(", "GFP", "-", "Zn1", "+", "2", ")", ".", "Cells", "were", "also", "co", "-", "transfected", ",", "as", "indicated", ",", "with", "empty", "FLAG", "vector", ",", "HDAC1", "-", "FLAG", ",", "or", "HDAC2", "-", "FLAG", ".", "24", "hours", "post", "transfection", ",", "cells", "were", "harvested", "and", "immunoprecipitation", "was", "performed", "on", "the", "lysates", "with", "GFP", "-", "Trap", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Overexpression of HDAC1 or HDAC2 decreases PARP-1-NEDD8 trimer binding. NEDP1 KO U2OS cells were transfected with GFP or GFP fused to the first two zinc finger domains of PARP-1 (GFP-Zn1+2). Cells were also co-transfected, as indicated, with empty FLAG vector, HDAC1-FLAG, or HDAC2-FLAG. 24 hours post transfection, cells were harvested and immunoprecipitation was performed on the lysates with GFP-Trap. Immunoprecipitated proteins were resolved by SDS-PAGE followed by Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["HDAC", "inhibition", "increases", "PARP", "-", "1", "-", "NEDD8", "trimer", "binding", ".", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "or", "GFP", "fused", "to", "the", "first", "two", "zinc", "finger", "domains", "of", "PARP", "-", "1", "(", "GFP", "-", "Zn1", "+", "2", ")", ".", "24", "hours", "later", ",", "cells", "were", "left", "untreated", "or", "treated", "with", "the", "HDAC", "inhibitor", "sodium", "butyrate", "(", "NaB", ")", "(", "10", "mM", ")", "for", "4", "hours", ".", "Cells", "were", "harvested", "and", "immunoprecipitation", "was", "performed", "on", "the", "lysates", "with", "GFP", "-", "Trap", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HDAC inhibition increases PARP-1-NEDD8 trimer binding. NEDP1 KO U2OS cells were transfected with GFP or GFP fused to the first two zinc finger domains of PARP-1 (GFP-Zn1+2). 24 hours later, cells were left untreated or treated with the HDAC inhibitor sodium butyrate (NaB) (10 mM) for 4 hours. Cells were harvested and immunoprecipitation was performed on the lysates with GFP-Trap. Immunoprecipitated proteins were resolved by SDS-PAGE followed by Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["HDAC", "inhibition", "increases", "PARP", "-", "1", "-", "NEDD8", "trimer", "binding", ".", "NEDP1", "KO", "U2OS", "cells", "were", "left", "untreated", "or", "treated", "with", "the", "HDAC", "inhibitor", "sodium", "butyrate", "(", "NaB", ")", "(", "10", "mM", ")", "for", "4", "hours", ".", "Cells", "were", "harvested", "and", "lysates", "were", "incubated", "with", "recombinant", "Zn1", "-", "GFP", "or", "Zn2", "-", "GFP", "(", "25", "nM", ")", "for", "1", "hour", "followed", "by", "immunoprecipitation", "with", "GFP", "-", "Trap", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "followed", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HDAC inhibition increases PARP-1-NEDD8 trimer binding. NEDP1 KO U2OS cells were left untreated or treated with the HDAC inhibitor sodium butyrate (NaB) (10 mM) for 4 hours. Cells were harvested and lysates were incubated with recombinant Zn1-GFP or Zn2-GFP (25 nM) for 1 hour followed by immunoprecipitation with GFP-Trap. Immunoprecipitated proteins were resolved by SDS-PAGE followed by Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["Overexpression", "of", "HDAC1", "or", "HDAC2", "in", "NEDP1", "KO", "cells", "can", "rescue", "the", "induction", "of", "PAR", "polymer", "following", "H2O2", "treatment", ".", "U2OS", "WT", "or", "NEDP1", "KO", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "FLAG", "vectors", ".", "48", "post", "-", "transfection", "cells", ",", "were", "treated", "with", "H2O2", "(", "600", "μM", ")", "for", "the", "indicated", "amount", "of", "time", "and", "harvested", "directly", "in", "sample", "loading", "buffer", ".", "Lysates", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "processed", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Overexpression of HDAC1 or HDAC2 in NEDP1 KO cells can rescue the induction of PAR polymer following H2O2 treatment. U2OS WT or NEDP1 KO cells were transfected with the indicated FLAG vectors. 48 post-transfection cells, were treated with H2O2 (600 μM) for the indicated amount of time and harvested directly in sample loading buffer. Lysates were resolved by SDS-PAGE and processed for Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["In", "vitro", "de", "-", "neddylation", "by", "NEDP1", "is", "sensitive", "to", "oxidation", ".", "Poly", "-", "NEDD8", "reactions", "were", "prepared", "with", "NAE", ",", "UBE2M", ",", "and", "NEDD8", "as", "in", "Figure", "1E", ".", "NEDD8", "reactions", "were", "stopped", "by", "the", "addition", "of", "NAE", "inhibitor", "MLN4924", "(", "3", "μM", ")", ".", "NEDD8", "reactions", "were", "incubated", "with", "GST", "-", "NEDP1", "at", "30", "°", "C", "for", "the", "indicated", "amount", "of", "time", "under", "reducing", "(", "50", "μM", "DTT", ")", "or", "oxidizing", "conditions", "(", "50", "μM", "DTT", "+", "150", "μM", "H2O2", ")", ".", "Reactions", "were", "stopped", "by", "the", "addition", "of", "LDS", "sample", "loading", "buffer", "and", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "before", "processing", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro de-neddylation by NEDP1 is sensitive to oxidation. Poly-NEDD8 reactions were prepared with NAE, UBE2M, and NEDD8 as in Figure 1E. NEDD8 reactions were stopped by the addition of NAE inhibitor MLN4924 (3 μM). NEDD8 reactions were incubated with GST-NEDP1 at 30°C for the indicated amount of time under reducing (50 μM DTT) or oxidizing conditions (50 μM DTT + 150 μM H2O2). Reactions were stopped by the addition of LDS sample loading buffer and resolved by SDS-PAGE before processing for Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["In", "vitro", "neddylation", "reactions", "with", "UBE2M", "are", "insensitive", "to", "H2O2", ".", "Poly", "-", "NEDD8", "reactions", "were", "prepared", "with", "NAE", ",", "UBE2M", ",", "and", "NEDD8", "as", "in", "Figure", "1E", ".", "Before", "reactions", "were", "started", ",", "increasing", "concentrations", "of", "H2O2", "(", "as", "indicated", ")", "were", "added", "to", "the", "NEDD8", "reactions", ".", "Subsequently", "the", "reactions", "were", "incubated", "at", "30", "°", "C", "for", "the", "indicated", "amount", "of", "time", ".", "Reactions", "were", "stopped", "by", "the", "addition", "of", "LDS", "sample", "loading", "buffer", "and", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "before", "processing", "for", "Western", "blot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro neddylation reactions with UBE2M are insensitive to H2O2. Poly-NEDD8 reactions were prepared with NAE, UBE2M, and NEDD8 as in Figure 1E. Before reactions were started, increasing concentrations of H2O2 (as indicated) were added to the NEDD8 reactions. Subsequently the reactions were incubated at 30°C for the indicated amount of time. Reactions were stopped by the addition of LDS sample loading buffer and resolved by SDS-PAGE before processing for Western blot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["Representative", "BLI", "traces", "showing", "decreased", "binding", "of", "Nxph1", "to", "the", "Nrxn1", "LNS2SS2", "-", "(", "I401Q", ")", "mutant", "compared", "to", "that", "of", "wild", "-", "type", "Nrxn1", "LNS2SS2", "-", ".", "Replicate", "numbers", "are", "shown", "in", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative BLI traces showing decreased binding of Nxph1 to the Nrxn1 LNS2SS2- (I401Q) mutant compared to that of wild-type Nrxn1 LNS2SS2-. Replicate numbers are shown in E."}
{"words": ["Comparison", "of", "binding", "affinities", "for", "Nxph1", "binding", "to", "mouse", "Nrxn1", "-", "3", "LNS2SS2", "-", "and", "LNS2SS2", "-", "(", "I401Q", ")", ",", "plotted", "on", "a", "logarithmic", "scale", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "and", "replicate", "numbers", "are", "indicated", "in", "bars", ".", "Significance", "values", "were", "calculated", "using", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of binding affinities for Nxph1 binding to mouse Nrxn1-3 LNS2SS2- and LNS2SS2- (I401Q), plotted on a logarithmic scale. Error bars represent SEM and replicate numbers are indicated in bars. Significance values were calculated using Welch's t-test, *P < 0.05, **P < 0.01."}
{"words": ["Representative", "BLI", "traces", "showing", "increased", "binding", "of", "Nxph1", "to", "Nrxn1", "LNS2SS2A", "+", "and", "Nrxn1", "LNS2SS2AB", "+", "compared", "to", "that", "of", "Nrxn1", "LNS2SS2", "-", ".", "Replicate", "numbers", "are", "shown", "in", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative BLI traces showing increased binding of Nxph1 to Nrxn1 LNS2SS2A+ and Nrxn1 LNS2SS2AB+ compared to that of Nrxn1 LNS2SS2-. Replicate numbers are shown in E."}
{"words": ["Comparison", "of", "binding", "affinities", "for", "Nxph1", "binding", "to", "mouse", "Nrxn1", "LNS2", "splice", "variants", "and", "splice", "-", "insert", "containing", "Nrxn1", "LNS2", "with", "the", "I401Q", "mutation", ";", "error", "bars", "represent", "SEM", "and", "replicate", "numbers", "are", "indicated", "in", "or", "above", "bars", ".", "Significance", "values", "were", "calculated", "using", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of binding affinities for Nxph1 binding to mouse Nrxn1 LNS2 splice variants and splice-insert containing Nrxn1 LNS2 with the I401Q mutation; error bars represent SEM and replicate numbers are indicated in or above bars. Significance values were calculated using Welch's t-test, *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.0001."}
{"words": ["Representative", "fluorescence", "polarization", "binding", "curves", "are", "shown", "for", "LNS2SS2", "-", "and", "LNS2SS2A", "+", "interacting", "with", "Nxph1", "with", "or", "without", "Ca2", "+", "added", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0], "text": "Representative fluorescence polarization binding curves are shown for LNS2SS2- and LNS2SS2A+ interacting with Nxph1 with or without Ca2+ added."}
{"words": ["Comparison", "of", "binding", "affinities", "of", "Nxph1", "for", "Nrxn1", "LNS2SS2", "-", "and", "Nrxn1", "LNS2SS2A", "+", "with", "or", "without", "Ca2", "+", "added", ";", "replicate", "numbers", "are", "indicated", "in", "bars", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ",", "and", "significance", "values", "were", "calculated", "using", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of binding affinities of Nxph1 for Nrxn1 LNS2SS2- and Nrxn1 LNS2SS2A+ with or without Ca2+ added; replicate numbers are indicated in bars. Error bars represent SEM, and significance values were calculated using Welch's t-test. ns, not significant."}
{"words": ["Comparison", "of", "binding", "affinities", "of", "Nxph1", "binding", "to", "different", "Nrxn1", "-", "3", "LNS2", "isoforms", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of binding affinities of Nxph1 binding to different Nrxn1-3 LNS2 isoforms."}
{"words": ["Comparison", "of", "binding", "affinities", "for", "Nxph3", "binding", "to", "Nrxn1", "-", "3", "LNS2SS2", "-", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of binding affinities for Nxph3 binding to Nrxn1-3 LNS2SS2-."}
{"words": ["Representative", "current", "traces", "from", "oocytes", "expressing", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "double", "cysteine", "mutant", "NMDARs", "before", "and", "after", "DTE", "treatment", ".", "For", "each", "mutant", ",", "traces", "are", "normalized", "(", "in", "height", ",", "not", "in", "current", "amplitude", ")", "to", "the", "maximal", "response", "obtained", "after", "DTE", "treatment", "on", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative current traces from oocytes expressing wild-type (WT) and double cysteine mutant NMDARs before and after DTE treatment. For each mutant, traces are normalized (in height, not in current amplitude) to the maximal response obtained after DTE treatment on wild-type (WT) receptors"}
{"words": ["Summary", "of", "the", "DTE", "-", "induced", "potentiation", "of", "WT", "and", "double", "cysteine"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2], "text": "Summary of the DTE-induced potentiation of WT and double cysteine mutants"}
{"words": ["Immunoblots", "from", "Xenopus", "oocytes", "expressing", "either", "wt", "or", "mutant", "subunits", ".", "M1", "indicates", "the", "GluN1", "monomer", "(", "~", "110", "kDa", ")", ";", "M2", "the", "GluN2B", "monomer", "(", "~", "180", "kDa", ")", ";", "D1", "/", "1", "the", "GluN1", "homodimer", "(", "~", "220", "kDa", ")", ";", "and", "D1", "/", "2", "the", "GluN1", "/", "GluN2B", "heterodimer", "(", "~", "290", "kDa", ")", ".", "Lower", "panels", ":", "immunoblots", "in", "reducing", "conditions", "(", "+", "β", "-", "mercaptoethanol", ")", ".", "N", ".", "I", ".", ",", "non", "-", "injected"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblots from Xenopus oocytes expressing either wt or mutant subunits. M1 indicates the GluN1 monomer (~110 kDa); M2 the GluN2B monomer (~180 kDa); D1/1 the GluN1 homodimer (~220 kDa); and D1/2 the GluN1/GluN2B heterodimer (~290 kDa). Lower panels: immunoblots in reducing conditions (+ β-mercaptoethanol). N.I., non-injected oocytes"}
{"words": ["Assessment", "of", "receptor", "channel", "activity", "using", "MK", "-", "801", "inhibition", "kinetics", ".", "Representative", "current", "traces", "from", "oocytes", "expressing", "either", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C", "mutant", "receptors", "in", "response", "to", "10", "nM", "MK", "-", "801", "during", "agonist", "application", ".", "Responses", "were", "scaled", "to", "the", "current", "amplitude", "obtained", "before", "MK", "-", "801", "application", ".", "Inset", ",", "mono", "-", "exponential", "fits", "of", "MK", "-", "801", "wash", "-", "in", "and", "wash", "-", "out", ".", "Note", "the", "strikingly", "faster", "kinetics", "in", "mutant", "receptors", ",", "both", "at", "the", "onset", "and", "offset", "of", "MK", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2], "text": "Assessment of receptor channel activity using MK-801 inhibition kinetics. Representative current traces from oocytes expressing either wild-type (WT) or GluN1-E698C/GluN2B-L795C mutant receptors in response to 10 nM MK-801 during agonist application. Responses were scaled to the current amplitude obtained before MK-801 application. Inset, mono-exponential fits of MK-801 wash-in and wash-out. Note the strikingly faster kinetics in mutant receptors, both at the onset and offset of MK-801"}
{"words": ["Relative", "MK", "-", "801", "inhibition", "on", "-", "and", "off", "-", "rate", "constants", "(", "kon", "and", "koff", ")", ".", "All", "values", "were", "normalized", "to", "the", "value", "obtained", "for", "WT", "GluN1", "/", "GluN2B"], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1], "text": "Relative MK-801 inhibition on- and off-rate constants (kon and koff). All values were normalized to the value obtained for WT GluN1/GluN2B receptors"}
{"words": ["Zinc", ",", "ifenprodil", "and", "pH", "dose", "-", "response", "curves", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "GluN1", "/", "GluN2B", "receptors", "and", "mutant", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C", "receptors", ".", "For", "comparison", ",", "zinc", "and", "ifenprodil", "dose", "-", "response", "curves", "of", "GluN1", "/", "GluN2B", "receptors", "lacking", "the", "whole", "GluN2B", "NTD", "(", "GluN1", "WT", "/", "GluN2B", "-", "delNTD", ")", "are", "also", "shown", "(", "dashed", "lines", ";", "data", "from", "Rachline", "et", "al", ",", "2005", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Zinc, ifenprodil and pH dose-response curves of wild-type (WT) GluN1/GluN2B receptors and mutant GluN1-E698C/GluN2B-L795C receptors. For comparison, zinc and ifenprodil dose-response curves of GluN1/GluN2B receptors lacking the whole GluN2B NTD (GluN1 WT/GluN2B-delNTD) are also shown (dashed lines; data from Rachline et al, 2005)"}
{"words": ["Spermine", "(", "200", "µM", ",", "pH", "6", ".", "3", ")", "potentiation", "of", "WT", "GluN1", "/", "GluN2B", "and", "mutant", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN", "-", "L795C", "receptors", ".", "Spermine", "(", "200", "µM", ",", "pH", "6", ".", "5", ")", "sensitivity", "is", "also", "shown", "for", "WT", "GluN1", "/", "GluN2B", "receptors", "and", "receptors", "lacking", "either", "the", "GluN1", "(", "GluN1", "-", "delNTD", "/", "GluN2B", "WT", ")", "or", "GluN2B", "(", "GluN1", "WT", "/", "GluN2B", "-", "delNTD", ")", "NTD", "(", "data", "from", "Mony", "et", "al", ",", "2011", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Spermine (200 µM, pH 6.3) potentiation of WT GluN1/GluN2B and mutant GluN1-E698C/GluN-L795C receptors. Spermine (200 µM, pH 6.5) sensitivity is also shown for WT GluN1/GluN2B receptors and receptors lacking either the GluN1 (GluN1-delNTD/GluN2B WT) or GluN2B (GluN1 WT/GluN2B-delNTD) NTD (data from Mony et al, 2011)"}
{"words": ["Glutamate", "and", "glycine", "dose", "-", "response", "curves", "of", "WT", "GluN1", "/", "GluN2B", "receptors", "and", "mutant", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Glutamate and glycine dose-response curves of WT GluN1/GluN2B receptors and mutant GluN1-E698C/GluN2B-L795C receptors"}
{"words": ["MK", "-", "801", "inhibition", "kinetics", ".", "On", "-", "rate", "constants", "(", "kon", ")", "of", "inhibition", "by", "10", "nM", "MK", "-", "801", "on", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "mutant", "receptors", ".", "All", "values", "are", "normalized", "to", "that", "obtained", "for", "WT", "GluN1", "/", "GluN2B"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1], "text": "MK-801 inhibition kinetics. On-rate constants (kon) of inhibition by 10 nM MK-801 on wild-type (WT) and mutant receptors. All values are normalized to that obtained for WT GluN1/GluN2B receptors"}
{"words": ["Representative", "recordings", "of", "patches", "containing", "one", "single", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C", "receptor", ".", "The", "bottom", "trace", "is", "an", "expanded", "view", ".", "C", ",", "closed", "channel", ";", "O", ",", "open"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative recordings of patches containing one single wild-type (WT) or GluN1-E698C/GluN2B-L795C receptor. The bottom trace is an expanded view. C, closed channel; O, open channel"}
{"words": ["Single", "channel", "properties", "(", "equilibrium", "channel", "open", "probability", ",", "mean", "open", "time", ",", "mean", "closed", "time", ")", "of", "the", "WT", "and", "super", "-", "active", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Single channel properties (equilibrium channel open probability, mean open time, mean closed time) of the WT and super-active GluN1-E698C/GluN2B-L795C receptors"}
{"words": ["Closed", "(", "left", ")", "and", "open", "(", "right", ")", "time", "histograms", "for", "WT", "(", "upper", "panels", ")", "or", "super", "-", "active", "GluN1", "-", "E698C", "/", "GluN2B", "-", "L795C", "(", "lower", "panels", ")", "receptors", ".", "Closed", "time", "histograms", "were", "best", "fit", "with", "5", "exponentials", ",", "whereas", "open", "time", "histograms", "were", "best", "fit", "with", "2", "exponentials", "(", "see", "Online", "Methods", "and", "Appendix", "Fig", "S8", ")", ".", "Smooth", "lines", "are", "associated", "exponential"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Closed (left) and open (right) time histograms for WT (upper panels) or super-active GluN1-E698C/GluN2B-L795C (lower panels) receptors. Closed time histograms were best fit with 5 exponentials, whereas open time histograms were best fit with 2 exponentials (see Online Methods and Appendix Fig S8). Smooth lines are associated exponential fits"}
{"words": ["(", "A", ")", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "mock", "infected", "or", "infected", "with", "poliovirus", "(", "MOI", "=", "50", "pfu", "/", "cell", ")", "and", "cells", "were", "lysed", "at", "the", "indicated", "hours", "post", "-", "infection", "(", "h", ".", "p", ".", "i", ".", ")", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "measured", "for", "quantification", "of", "p62", "levels", ",", "and", "the", "blot", "shown", "is", "representative", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) H1-Hela cells were mock infected or infected with poliovirus (MOI = 50 pfu/cell) and cells were lysed at the indicated hours post-infection (h.p.i.). Three independent experiments were measured for quantification of p62 levels, and the blot shown is representative."}
{"words": ["(", "B", ")", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "mock", "infected", "or", "infected", "with", "poliovirus", "(", "MOI", "=", "50", "pfu", "/", "cell", ")", "and", "cells", "were", "lysed", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "Cycloheximide", "(", "Cy", ".", ")", "was", "added", "to", "mock", "infected", "cells", "at", "a", "final", "concentration", "of", "50", "µg", "/", "mL", ",", "for", "4", "hours", ".", "Cells", "were", "then", "pre", "-", "treated", "with", "0", ".", "1", "µM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ".", "A1", ")", "for", "14", "hours", "prior", "to", "infection", "and", "kept", "under", "treatment", "throughout", "infection", ".", "MG132", "was", "used", "at", "a", "final", "concentration", "of", "20", "µM", "and", "added", "to", "the", "media", "at", "the", "time", "of", "infection", ".", "The", "blot", "shown", "is", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) H1-Hela cells were mock infected or infected with poliovirus (MOI = 50 pfu/cell) and cells were lysed at 6 h.p.i. Cycloheximide (Cy.) was added to mock infected cells at a final concentration of 50 µg/mL, for 4 hours. Cells were then pre-treated with 0.1 µM bafilomycin A1 (Baf.A1) for 14 hours prior to infection and kept under treatment throughout infection. MG132 was used at a final concentration of 20 µM and added to the media at the time of infection. The blot shown is representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Cells", "were", "transfected", "with", "scrambled", "(", "SCR", ")", "or", "anti", "-", "LC3", "(", "LC3", ")", "siRNAs", ",", "and", "48", "h", "later", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "or", "mock", "infected", ".", "Cells", "were", "collected", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", ",", "and", "immunoblots", "were", "performed", "on", "lysates", "for", "p62", ",", "GAPDH", ",", "and", "LC3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Cells were transfected with scrambled (SCR) or anti-LC3 (LC3) siRNAs, and 48 h later infected with PV at an MOI of 50 pfu/cell, or mock infected. Cells were collected at 6 h.p.i., and immunoblots were performed on lysates for p62, GAPDH, and LC3."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cells", "were", "treated", "with", "10", "mM", "3", "-", "MA", "for", "12", "h", ",", "then", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "or", "mock", "infected", ".", "Cells", "were", "collected", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "and", "lysates", "were", "used", "for", "immunoblots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cells were treated with 10 mM 3-MA for 12 h, then infected with PV at an MOI of 50 pfu/cell, or mock infected. Cells were collected at 6 h.p.i. and lysates were used for immunoblots."}
{"words": ["Triplicate", "samples", "of", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "0", ".", "1", "pfu", "/", "cell", "(", "A", ")", "or", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", "(", "B", ")", ".", "Cells", "were", "pre", "-", "treated", "with", "20", "µM", "leupeptin", "for", "14", "hours", "prior", "to", "infection", "and", "kept", "under", "treatment", "throughout", "infection", ".", "Cell", "-", "associated", "virus", "was", "collected", "at", "the", "indicated", "times", "post", "-", "infection", ",", "and", "virus", "titers", "were", "determined", "by", "plaque", "assay", ".", "Parallel", "infections", "were", "collected", "for", "Western", "blots", "of", "LC3", "(", "A", ")", "or", "p62", "(", "B", ")", "In", "(", "B", ")", "cell", "-", "associated", "virus", "was", "collected", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "for", "plaque", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Triplicate samples of H1-Hela cells were infected with PV at an MOI of 0.1 pfu/cell (A) or MOI of 50 pfu/cell (B). Cells were pre-treated with 20 µM leupeptin for 14 hours prior to infection and kept under treatment throughout infection. Cell-associated virus was collected at the indicated times post-infection, and virus titers were determined by plaque assay. Parallel infections were collected for Western blots of LC3 (A) or p62 (B) In (B) cell-associated virus was collected at 6 h.p.i. for plaque assay."}
{"words": ["(", "C", ")", "Infections", "were", "performed", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "then", "10", "µg", "/", "mL", "each", "of", "E64d", "and", "Pepstatin", "A", "(", "Pep", ".", "A", ")", "were", "added", "to", "the", "media", "at", "the", "time", "of", "infection", ".", "Inhibition", "of", "lysosomal", "degradation", "was", "confirmed", "by", "immunoblot", "for", "LC3", "and", "GAPDH", ".", "(", "D", ")", "Infection", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "with", "E64", "/", "Pep", ".", "A", "as", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Infections were performed as in (A), then 10 µg/mL each of E64d and Pepstatin A (Pep.A) were added to the media at the time of infection. Inhibition of lysosomal degradation was confirmed by immunoblot for LC3 and GAPDH. (D) Infection at an MOI of 50 pfu/cell, with E64/Pep.A as in (C)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Triplicate", "samples", "of", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "0", ".", "1", "pfu", "/", "cell", ",", "and", "cell", "-", "associated", "virus", "was", "collected", "at", "the", "indicated", "times", "post", "-", "infection", ".", "NH4Cl", "(", "20", "mM", ")", "was", "added", "to", "the", "media", "at", "the", "time", "of", "infection", "(", "solid", "line", ")", ".", "Virus", "titers", "were", "then", "determined", "by", "plaque", "assay", ".", "(", "B", ")", "Infection", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "carried", "out", "to", "16", "h", "to", "represent", "a", "multiple", "-", "cycle", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Triplicate samples of H1-Hela cells were infected with PV at an MOI of 0.1 pfu/cell, and cell-associated virus was collected at the indicated times post-infection. NH4Cl (20 mM) was added to the media at the time of infection (solid line). Virus titers were then determined by plaque assay. (B) Infection as in (A), carried out to 16 h to represent a multiple-cycle infection."}
{"words": ["(", "C", ")", "Triplicate", "H1", "-", "Hela", "infections", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "with", "cell", "-", "associated", "virus", "collected", "at", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "(", "D", ")", "Cells", "were", "infected", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "then", "NH4Cl", "was", "added", "to", "half", "of", "the", "samples", "at", "3", ".", "5", "hours", "post", "-", "infection", ",", "and", "cell", "-", "associated", "virus", "was", "collected", "immediately", "or", "at", "7", "h", ".", "p", ".", "i", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Triplicate H1-Hela infections with PV at an MOI of 50 pfu/cell, with cell-associated virus collected at 6 h.p.i. (D) Cells were infected as in (A), then NH4Cl was added to half of the samples at 3.5 hours post-infection, and cell-associated virus was collected immediately or at 7 h.p.i."}
{"words": ["(", "E", ")", "Cells", "were", "pre", "-", "treated", "for", "14", "hours", "with", "0", ".", "1", "µM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ".", "A1", ")", "and", "kept", "under", "treatment", "throughout", "infection", "(", "MOI", " ", "=", " ", "0", ".", "1", "pfu", "/", "cell", ")", ".", "Cell", "-", "associated", "virus", "was", "collected", "at", "6", "or", "12", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "and", "virus", "titers", "were", "determined", "by", "plaque", "assay", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Cells were pre-treated for 14 hours with 0.1 µM bafilomycin A1 (Baf.A1) and kept under treatment throughout infection (MOI = 0.1 pfu/cell). Cell-associated virus was collected at 6 or 12 h.p.i. and virus titers were determined by plaque assay. * p<0.05, ** p<0.01, *** p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "H1", "-", "HeLa", "cells", "were", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ".", "Cells", "were", "pulsed", "at", "the", "indicated", "h", ".", "p", ".", "i", "with", "35S", "-", "labeled", "methionine", "for", "1", "h", "then", "lysed", ".", "Lysates", "were", "run", "on", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Expected", "viral", "proteins", "are", "labeled", "according", "to", "recognized", "banding", "patterns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) H1-HeLa cells were infected with PV at an MOI of 50 pfu/cell. Cells were pulsed at the indicated h.p.i with 35S-labeled methionine for 1 h then lysed. Lysates were run on SDS-PAGE. Expected viral proteins are labeled according to recognized banding patterns."}
{"words": ["(", "B", ")", "Triplicate", "plates", "of", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "infected", "with", "PV", "at", "an", "MOI", "of", "0", ".", "1", "pfu", "/", "cell", ",", "virus", "RNA", "and", "host", "GAPDH", "RNA", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "Virus", "RNA", "levels", "were", "normalized", "to", "GAPDH", "levels", "using", "the", "delta", "-", "Ct", "method", ".", "NH4Cl", "treatment", "was", "as", "described", "in", "Figure", "4", ",", "and", "Guanidine", "HCl", "(", "2", "mM", ")", "was", "added", "to", "the", "media", "at", "the", "time", "of", "infection", ".", "The", "data", "shown", "are", "pooled", "from", "three", "replicate", "experiments", ",", "and", "the", "titer", "of", "cell", "-", "associated", "virus", "collected", "at", "6h", ".", "p", ".", "i", ".", "from", "each", "replicate", "was", "determined", "by", "plaque", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Triplicate plates of H1-Hela cells were infected with PV at an MOI of 0.1 pfu/cell, virus RNA and host GAPDH RNA were measured by qRT-PCR. Virus RNA levels were normalized to GAPDH levels using the delta-Ct method. NH4Cl treatment was as described in Figure 4, and Guanidine HCl (2 mM) was added to the media at the time of infection. The data shown are pooled from three replicate experiments, and the titer of cell-associated virus collected at 6h.p.i. from each replicate was determined by plaque assay."}
{"words": ["(", "C", ")", "Triplicate", "plates", "of", "293T", "cells", "were", "treated", "with", "20", "mM", "3", "-", "MA", "for", "2", "hours", "prior", "to", "infection", ",", "and", "kept", "under", "treatment", "throughout", "infection", ".", "PV", "infections", "were", "done", "at", "an", "MOI", "of", "0", ".", "1", "pfu", "/", "cell", ".", "RNA", "levels", "and", "virus", "titers", "were", "analyzed", "as", "in", "(", "B", ")", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Triplicate plates of 293T cells were treated with 20 mM 3-MA for 2 hours prior to infection, and kept under treatment throughout infection. PV infections were done at an MOI of 0.1 pfu/cell. RNA levels and virus titers were analyzed as in (B). ** p<0.01, *** p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "infected", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "and", "half", "of", "the", "samples", "were", "treated", "with", "NH4Cl", ".", "Cells", "were", "labeled", "with", "35S", "-", "Methionine", "from", "3", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "until", "collection", "at", "5", "or", "6", "h", ".", "p", ".", "i", ".", ",", "and", "lysates", "were", "then", "separated", "on", "a", "15", "-", "30", "%", "sucrose", "gradients", ".", "Fractions", "were", "then", "collected", "and", "the", "counts", "per", "minute", "(", "CPM", ")", "were", "analyzed", "for", "each", "fraction", ".", "Representative", "gradients", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) H1-Hela cells were infected at an MOI of 50 pfu/cell, and half of the samples were treated with NH4Cl. Cells were labeled with 35S-Methionine from 3 h.p.i. until collection at 5 or 6 h.p.i., and lysates were then separated on a 15-30% sucrose gradients. Fractions were then collected and the counts per minute (CPM) were analyzed for each fraction. Representative gradients from three independent experiments are shown."}
{"words": [".", "(", "B", ")", "The", "three", "fractions", "representing", "the", "150S", "peak", "in", "each", "experiment", "were", "pooled", "for", "plaque", "assay", "analysis", ".", "Data", "shown", "are", "the", "averages", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". (B) The three fractions representing the 150S peak in each experiment were pooled for plaque assay analysis. Data shown are the averages from three independent experiments. ("}
{"words": ["(", "C", ")", "Three", "fractions", "representing", "the", "150S", "and", "75S", "peaks", "were", "pooled", "and", "run", "on", "SDS", "-", "PAGE", ",", "and", "the", "35S", "-", "Methionine", "labeled", "bands", "were", "visualized", ".", "The", "bands", "are", "labeled", "according", "to", "expected", "relative", "migration", "pattern", ",", "and", "VP2", "is", "identified", "by", "its", "absence", "in", "the", "75S", "peak", ".", "The", "ratio", "of", "VP0", "to", "VP3", "bands", "was", "analyzed", "from", "four", "independent", "experiments", "and", "plotted", "in", "arbitrary", "units", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Three fractions representing the 150S and 75S peaks were pooled and run on SDS-PAGE, and the 35S-Methionine labeled bands were visualized. The bands are labeled according to expected relative migration pattern, and VP2 is identified by its absence in the 75S peak. The ratio of VP0 to VP3 bands was analyzed from four independent experiments and plotted in arbitrary units. * p<0.05, ** p<0.01, *** p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "H1", "-", "Hela", "cells", "were", "infected", "at", "an", "MOI", "of", "50", "pfu", "/", "cell", ",", "and", "half", "of", "the", "samples", "were", "treated", "with", "bafilomycin", "A1", "as", "described", "in", "Figure", "4", ".", "Cells", "were", "labeled", "with", "35S", "-", "Methionine", "from", "3", "h", ".", "p", ".", "i", ".", "until", "collection", "at", "5", "h", ".", "p", ".", "i", ".", ",", "and", "lysates", "were", "then", "separated", "on", "a", "15", "-", "30", "%", "sucrose", "gradients", ".", "Fractions", "were", "then", "collected", "and", "the", "counts", "per", "minute", "(", "CPM", ")", "were", "analyzed", "for", "each", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) H1-Hela cells were infected at an MOI of 50 pfu/cell, and half of the samples were treated with bafilomycin A1 as described in Figure 4. Cells were labeled with 35S-Methionine from 3 h.p.i. until collection at 5 h.p.i., and lysates were then separated on a 15-30% sucrose gradients. Fractions were then collected and the counts per minute (CPM) were analyzed for each fraction."}
{"words": ["(", "B", ")", "Three", "fractions", "representing", "the", "150S", "and", "75S", "peaks", "were", "pooled", "and", "run", "on", "SDS", "-", "PAGE", "as", "in", "Figure", "6", ".", "The", "ratio", "of", "VP0", "to", "VP3", "bands", "was", "analyzed", "and", "plotted", "in", "arbitrary", "units", ".", "The", "titer", "of", "the", "infectious", "virus", "in", "the", "pooled", "150S", "fractions", "was", "determined", "by", "plaque", "assay", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Three fractions representing the 150S and 75S peaks were pooled and run on SDS-PAGE as in Figure 6. The ratio of VP0 to VP3 bands was analyzed and plotted in arbitrary units. The titer of the infectious virus in the pooled 150S fractions was determined by plaque assay. * p<0.05."}
{"words": ["C", ")", "Immunofluorescence", "image", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "CENP", "-", "T", ".", "Images", "in", "C", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C) Immunofluorescence image of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted cells stained with antibodies against CENP-T. Images in C maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["E", ")", "Quantification", "of", "CENP", "-", "T", "signal", "intensity", "at", "MUC4", "ectopic", "foci", "vs", ".", "endogenous", "centromeres", ",", "normalised", "to", "CENP", "-", "T", "signal", "intensity", "at", "endogenous", "centromeres", "(", "=", "1", ",", "red", "line", ")", ".", "LinesLines", "=", "Mean", "±", "SD", ",", "3", "experiments", ",", "each", "with", "≥", "10", "metaphases", "analysed", "per", "condition", ".", "Each", "point", "=", "1", "focus", "or", "centromere", ".", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Kruskal", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Quantification of CENP-T signal intensity at MUC4 ectopic foci vs. endogenous centromeres, normalised to CENP-T signal intensity at endogenous centromeres (=1, red line). LinesLines = Mean ± SD, 3 experiments, each with ≥ 10 metaphases analysed per condition. Each point = 1 focus or centromere. ns = p>0.05, *** = p<0.01, **** = p<0.001 (Kruskal Wallis test with Dunn's multiple comparison correction)."}
{"words": ["H", ")", "Quantification", "of", "KNL", "‑", "1", "signal", "intensity", "at", "MUC4", "foci", ",", "normalised", "to", "KNL", "‑", "1", "signal", "intensity", "at", "centromeres", "(", "=", "1", ",", "red", "line", ")", ".", "LinesLines", "=", "Mean", "±", "SD", ",", "3", "experiments", ",", "each", "with", "≥", "10", "metaphases", "analysed", "per", "condition", ".", "Each", "point", "=", "1", "focus", "or", "centromere", ".", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Kruskal", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H) Quantification of KNL‑1 signal intensity at MUC4 foci, normalised to KNL‑1 signal intensity at centromeres (=1, red line). LinesLines = Mean ± SD, 3 experiments, each with ≥ 10 metaphases analysed per condition. Each point = 1 focus or centromere. ns = p>0.05, *** = p<0.01, **** = p<0.001 (Kruskal Wallis test with Dunn's multiple comparison correction)."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "C", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "CENP", "-", "T", ".", "Images", "in", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. C) Immunofluorescence images of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted cells stained with antibodies against CENP-T. Images in are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "F", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "KNL", "-", "1", ".", "Images", "in", ",", "F", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. F) Immunofluorescence images of CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted cells stained with antibodies against KNL-1. Images in ,F are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "I", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "Ndc80", ".", "Images", "in", "I", ")", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. I) Immunofluorescence images of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted cells stained with antibodies against Ndc80. Images in I) are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "A", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "metaphase", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "alpha", "-", "tubulin", ".", "B", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "mitotic", "cells", "­", "­", "­", "with", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeting", "after", "nocodazole", "treatment", ".", "C", ")", "Length", "measurements", "of", "individual", "EGFP", "foci", "in", "µm", ".", "Example", "measurements", "are", "indicated", "on", "zooms", "in", "A", "-", "B", ")", "in", "orange", ".", "Data", "is", "≥", "20", "cells", "per", "condition", ",", "from", "1", "experiment", ".", "Lines", "=", "Mean", "±", "SEM", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "with", "multiple", "comparison", "correction", ")", ".", "Images", "in", "A", ",", "B", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", ".", "In", "A", ",", "B", ")", "Orange", "bars", "=", "measured", "lengths", "in", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. A) Immunofluorescence images of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted metaphase cells stained with antibodies against alpha-tubulin. B) Immunofluorescence images of mitotic cells ­­­with CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeting after nocodazole treatment. C) Length measurements of individual EGFP foci in µm. Example measurements are indicated on zooms in A-B) in orange. Data is ≥20 cells per condition, from 1 experiment. Lines = Mean ± SEM. * = p<0.05, ** = p<0.01,**** = p<0.001 (Kruskal-Wallis with multiple comparison correction). Images in A,B are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci. In A,B) Orange bars = measured lengths in C."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "D", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "metaphase", "cells", "with", "CENP", "-", "T", "∆", "C", "-", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeting", "after", "cold", "treatment", ",", "stained", "with", "antibodies", "against", "alpha", "-", "tubulin", ".", "E", ")", "Percentage", "of", "metaphase", "cells", "showing", "microtubule", "(", "MT", ")", "recruitment", ".", "≥", "50", "metaphases", "per", "condition", ",", "from", "1", "experiment", ".", ".", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. D) Immunofluorescence images of metaphase cells with CENP-T∆C-dCas9‑EGFP targeting after cold treatment, stained with antibodies against alpha-tubulin. E) Percentage of metaphase cells showing microtubule (MT) recruitment. ≥50 metaphases per condition, from 1 experiment.. are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "in", "HEK293T", "cells", ".", "F", ")", "Frames", "from", "live", "cell", "imaging", "of", "cells", "with", "dCas9", "targeted", "to", "Chr9", "-", "CEN", ",", "or", "an", "EGFP", "negative", "cell", ".", "are", "maximum", "intensity", "projections", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "foci", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN in HEK293T cells. F) Frames from live cell imaging of cells with dCas9 targeted to Chr9-CEN, or an EGFP negative cell. are maximum intensity projections taken across the depth of the EGFP foci."}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "A", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "paired", "EGFP", "foci", "for", "each", "attachment", "status", "category", ".", "Images", "were", "chosen", "where", "both", "the", "EGFP", "foci", "and", "any", "of", "their", "attachments", "lay", "in", "the", "same", "Z", "-", "plane", "for", "clarity", "of", "presentation", ".", "B", ")", "Percentage", "of", "paired", "EGFP", "foci", "showing", "each", "attachment", "status", ".", "are", "from", "≥", "75", "EGFP", "foci", "pairs", "from", "n", "≥", "15", "metaphases", "per", "condition", "1", "experiment"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. A) Immunofluorescence images of paired EGFP foci for each attachment status category. Images were chosen where both the EGFP foci and any of their attachments lay in the same Z-plane for clarity of presentation. B) Percentage of paired EGFP foci showing each attachment status. are from ≥75 EGFP foci pairs from n≥15 metaphases per condition 1 experiment for"}
{"words": ["Targeting", "of", "dCas9", "-", "EGFP", "or", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "to", "Chr9", "-", "CEN", "and", "Chr1", "‑", "TELO", "in", "HEK293T", "cells", ".", "C", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "metaphase", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "Mad2", ".", "D", ")", "Percentage", "of", "individual", "EGFP", "foci", "showing", "EGFP", "and", "Mad2", "signal", "co", "-", "localisation", ",", "in", "metaphase", "cells", "with", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "-", "dCas9", "-", "targeting", ".", "2", "experiments", "for", "(", "D", ")", ".", "Image", "in", "C", ")", "is", "a", "maximum", "intensity", "projection", "taken", "across", "the", "depth", "of", "the", "EGFP", "signal", ".", "Scale", "bars", "=", "1µm", "on", "small", "images", "and", "zooms", ",", "5µm", "on", "larger", "images", "in", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Targeting of dCas9-EGFP or CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP to Chr9-CEN and Chr1‑TELO in HEK293T cells. C) Immunofluorescence images of CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted metaphase cells stained with antibodies against Mad2. D) Percentage of individual EGFP foci showing EGFP and Mad2 signal co-localisation, in metaphase cells with CENP‑T∆C-dCas9-targeting. 2 experiments for (D). Image in C) is a maximum intensity projection taken across the depth of the EGFP signal. Scale bars = 1µm on small images and zooms, 5µm on larger images in C)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "from", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "metaphase", "cells", "stained", "with", "antibodies", "against", "Mad2", "and", "alpha", "-", "Tubulin", ",", "showing", "examples", "of", "microtubule", "attached", "(", "G", ")", "EGFP", "foci", ".", "H", ")", "Percentage", "of", "individual", "EGFP", "foci", "with", "EGFP", "and", "Mad2", "signal", "co", "‑", "localisation", "attached", "(", "H", ")", "EGFP", "foci", ".", "are", "from", "≥", "75", "EGFP", "foci", "pairs", "from", "n", "≥", "15", "metaphases", "per", "condition", "1", "experiment", "for", "H", ")", "are", "single", "Z", "-", "slices", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images from CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted metaphase cells stained with antibodies against Mad2 and alpha-Tubulin, showing examples of microtubule attached (G) EGFP foci. H) Percentage of individual EGFP foci with EGFP and Mad2 signal co‑localisation attached (H) EGFP foci. are from ≥75 EGFP foci pairs from n≥15 metaphases per condition 1 experiment for H) are single Z-slices."}
{"words": ["C", ",", "D", ")", "Example", "images", "of", "chromosome", "mis", "-", "segregation", "events", "involving", "the", "target", "locus", "(", "EGFP", "signal", ")", "in", "anaphase", "HEK293T", "(", "C", ")", "or", "HCT116", "(", "D", ")", "cells", "with", "CENP", "-", "T", "∆", "C", "-", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeting", "after", "Mps1i", "pulse", ".", "E", ",", "F", ")", "Mis", "‑", "segregation", "rate", "in", "fixed", "dCas9", "-", "targeted", "HEK293T", "(", "E", ")", "or", "HCT116", "(", "F", ")", "cells", "after", "Mps1i", "pulse", ",", "involving", "only", "EGFP", "+", "chromosomes", ",", "only", "EGFP", "-", "chromosomes", "or", "both", ".", "Bars", "=", "mean", "±", "SD", ",", "3", "experiments", "for", "each", "cell", "line", ",", "each", "with", "≥", "25", "anaphase", "cells", "per", "condition", ".", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "Oneway", "ANOVA", "with", "Šidák", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ",", "in", "E", "/", "F", ")", "comparing", "the", "mis", "-", "segregation", "rate", "for", "any", "events", "involved", "EGFP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C,D) Example images of chromosome mis-segregation events involving the target locus (EGFP signal) in anaphase HEK293T (C) or HCT116 (D) cells with CENP-T∆C-dCas9‑EGFP targeting after Mps1i pulse. E,F) Mis‑segregation rate in fixed dCas9-targeted HEK293T (E) or HCT116 (F) cells after Mps1i pulse, involving only EGFP+ chromosomes, only EGFP- chromosomes or both. Bars = mean ± SD, 3 experiments for each cell line, each with ≥25 anaphase cells per condition. * = p<0.05, **= p<0.01, *** = p<0.001, **** = p<0.0001 (Oneway ANOVA with Šidák's multiple comparison correction, in E/F) comparing the mis-segregation rate for any events involved EGFP)."}
{"words": ["G", "-", "H", ")", "Frames", "from", "live", "cell", "imaging", "of", "HEK293T", "H2B", "-", "RFP", "cells", "after", "treatment", "with", "Mps1i", "(", "t", "=", "0", ")", ",", "with", "CENP", "‑", "T", "∆", "C", "‑", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "to", "Chr9", "-", "CEN", "or", "Chr1", "-", "TELO", ".", "Frames", "are", "either", "across", "the", "duration", "of", "the", "4", "h", "movie", "(", "G", ")", "or", "show", "examples", "of", "the", "different", "categories", "of", "fate", "(", "H", ")", ".", "I", ")", "Percentage", "of", "CENP", "-", "T", "∆", "C", "-", "dCas9", "‑", "EGFP", "targeted", "cells", "that", "made", "an", "EGFP", "+", "error", "in", "anaphase", ",", "categorised", "by", "subsequent", "fate", "of", "EGFP", "signal", "in", "daughter", "cells", "3", "h", "after", "Mps1i", "addition", ".", "Assessed", "by", "live", "cell", "imaging", ".", "≥", "22", "cells", "with", "error", "per", "condition", ",", "combining", "data", "from", "≥", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H) Frames from live cell imaging of HEK293T H2B-RFP cells after treatment with Mps1i (t=0), with CENP‑T∆C‑dCas9‑EGFP targeted to Chr9-CEN or Chr1-TELO. Frames are either across the duration of the 4 h movie (G) or show examples of the different categories of fate (H). I) Percentage of CENP-T∆C-dCas9‑EGFP targeted cells that made an EGFP+ error in anaphase, categorised by subsequent fate of EGFP signal in daughter cells 3 h after Mps1i addition. Assessed by live cell imaging. ≥22 cells with error per condition, combining data from ≥3 independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Slice", "through", "a", "tomogram", "showing", "EBOV", "virions", "inside", "a", "late", "endosomal", "compartment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Slice through a tomogram showing EBOV virions inside a late endosomal compartment."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "Magnified", "areas", "highlighted", "in", "(", "F", ")", "and", "(", "H", ")", ",", "respectively", ",", "showing", "the", "viral", "membrane", "and", "VP40", "densities", "at", "the", "luminal", "side", ".", "For", "comparison", ",", "line", "profiles", "at", "3", "nm", "distance", "from", "the", "inner", "membrane", "monolayer", ",", "visualized", "by", "dotted", "profiles", "(", "magenta", "and", "blue", ",", "respectively", ")", ",", "were", "determined", ".", "(", "K", ")", "Line", "profiles", "adjacent", "to", "the", "inner", "viral", "membrane", "leaflet", "of", "a", "virion", "inside", "an", "endosome", "and", "a", "purified", "virion", "before", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-J) Magnified areas highlighted in (F) and (H), respectively, showing the viral membrane and VP40 densities at the luminal side. For comparison, line profiles at 3 nm distance from the inner membrane monolayer, visualized by dotted profiles (magenta and blue, respectively), were determined. (K) Line profiles adjacent to the inner viral membrane leaflet of a virion inside an endosome and a purified virion before infection."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Slices", "of", "a", "tomogram", "showing", "a", "filamentous", "EBOV", "VLP", "composed", "of", "VP40", "and", "GP", "after", "incubation", "at", "low", "pH", "(", "n", "=", "18", ")", ".", "White", "arrows", "in", "(", "H", ")", "and", "(", "J", ")", "highlight", "areas", "adjacent", "to", "the", "VLP", "membrane", "devoid", "of", "protein", "densities", "in", "contrast", "to", "corresponding", "slices", "of", "VLPs", "at", "neutral", "pH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Slices of a tomogram showing a filamentous EBOV VLP composed of VP40 and GP after incubation at low pH (n=18). White arrows in (H) and (J) highlight areas adjacent to the VLP membrane devoid of protein densities in contrast to corresponding slices of VLPs at neutral pH."}
{"words": ["(", "K", ")", "Slices", "of", "tomograms", "showing", "filamentous", "VLPs", "composed", "of", "VP40", "after", "incubation", "at", "neutral", "(", "n", "=", "22", ")", "and", "low", "pH", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "respectively", ".", "(", "L", ")", "Line", "density", "profiles", "determined", "adjacent", "to", "the", "inner", "membrane", "monolayer", "of", "VLPs", "incubated", "at", "neutral", "(", "blue", ")", "and", "low", "pH", "(", "magenta", ")", ".", "At", "neutral", "pH", ",", "the", "VP40", "matrix", "detectable", "as", "regular", "densities", "in", "(", "D", ")", "have", "a", "5", "-", "6", "nm", "pitch", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Slices of tomograms showing filamentous VLPs composed of VP40 after incubation at neutral (n=22) and low pH (n=8), respectively. (L) Line density profiles determined adjacent to the inner membrane monolayer of VLPs incubated at neutral (blue) and low pH (magenta). At neutral pH, the VP40 matrix detectable as regular densities in (D) have a 5-6 nm pitch."}
{"words": ["(", "E", ")", "Free", "energy", "profiles", "of", "VP40", "-", "lipid", "interactions", "at", "pH", "7", ".", "4", "and", "pH", "4", ".", "5", "determined", "from", "MD", "simulations", ".", "The", "plot", "shows", "free", "energy", "(", "in", "kBT", ")", "at", "increasing", "membrane", "-", "VP40", "distances", "(", "nm", ")", "with", "indicated", "three", "states", "shown", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Free energy profiles of VP40-lipid interactions at pH 7.4 and pH 4.5 determined from MD simulations. The plot shows free energy (in kBT) at increasing membrane-VP40 distances (nm) with indicated three states shown in (A)."}
{"words": ["(", "F", ")", "EBOV", "VLP", "lipid", "composition", "showing", "highly", "abundant", "lipids", "determined", "by", "mass", "spectrometry", "in", "mol", "%", ".", "Lipid", "abbreviations", ":", "phosphatidylcholine", "(", "PC", ")", ",", "phosphatidylserine", "(", "PS", ")", ",", "phosphatidylethanolamine", "(", "PE", ")", ",", "phosphatidylinositol", "(", "PI", ")", ",", "lyso", "-", "phosphatidylcholine", "(", "LPC", ")", ",", "sphingomyelin", "(", "SM", ")", ".", "Prefix", "\"", "a", "\"", "indicates", "acyl", "-", "linked", "glycerophospholipids", ",", "prefix", "\"", "e", "\"", "indicates", "ether", "-", "linked", "(", "plasmanyl", ")", "or", "the", "presence", "of", "one", "odd", "and", "one", "even", "chain", "fatty", "acyl", ".", "Bars", "represent", "mean", "and", "error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "red", ")", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) EBOV VLP lipid composition showing highly abundant lipids determined by mass spectrometry in mol%. Lipid abbreviations: phosphatidylcholine (PC), phosphatidylserine (PS), phosphatidylethanolamine (PE), phosphatidylinositol (PI), lyso-phosphatidylcholine (LPC), sphingomyelin (SM). Prefix \"a\" indicates acyl-linked glycerophospholipids, prefix \"e\" indicates ether-linked (plasmanyl) or the presence of one odd and one even chain fatty acyl. Bars represent mean and error bars represent standard error of the mean (red); n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "B", ")", "Overview", "confocal", "fluorescence", "microscopy", "image", "showing", "pleomorphic", "pHluorin", "-", "labelled", "VLPs", "composed", "of", "VP40", ",", "pHluorin", "-", "VP40", "(", "ratio", "10", ":", "1", ")", "and", "GP", ".", "(", "C", ")", "Magnified", "images", "of", "representative", "VLPs", "acquired", "during", "time", "-", "lapse", "microscopy", "at", "neutral", "pH", "and", "after", "acidification", "to", "approximately", "pH", "5", ".", "Frames", "are", "exemplarily", "shown", "at", "0", ",", "1", ",", "3", ",", "5", "and", "10", "min", "after", "lowering", "the", "external", "pH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Overview confocal fluorescence microscopy image showing pleomorphic pHluorin-labelled VLPs composed of VP40, pHluorin-VP40 (ratio 10:1) and GP. (C) Magnified images of representative VLPs acquired during time-lapse microscopy at neutral pH and after acidification to approximately pH 5. Frames are exemplarily shown at 0, 1, 3, 5 and 10 min after lowering the external pH."}
{"words": ["(", "D", ")", "Plot", "showing", "the", "mean", "relative", "fluorescence", "intensities", "and", "standard", "deviation", "of", "VLPs", "imaged", "at", "neutral", "pH", ",", "low", "pH", "and", "in", "the", "presence", "of", "T", "-", "X100", "at", "low", "pH", "over", "time", ".", "Data", "was", "obtained", "from", "3", "independent", "VLP", "preparations", ".", "Number", "of", "technical", "replicates", ":", "n", "=", "42", "(", "pH", "7", ".", "4", ")", ";", "n", "=", "19", "(", "pH", "4", ".", "5", "and", "pH", "5", "+", "T", "-", "X100", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "(D) Plot showing the mean relative fluorescence intensities and standard deviation of VLPs imaged at neutral pH, low pH and in the presence of T-X100 at low pH over time. Data was obtained from 3 independent VLP preparations. Number of technical replicates: n=42 (pH 7.4); n=19 (pH 4.5 and pH 5 + T-X100)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Plot", "showing", "the", "drop", "of", "pH", "inside", "VLPs", "over", "time", "after", "lowering", "the", "pH", "of", "the", "surrounding", "buffer", "to", "5", ".", "The", "dots", "represent", "the", "mean", "values", ",", "and", "the", "dashed", "lines", "are", "the", "theoretical", "fit", "to", "Eq", ".", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Plot showing the drop of pH inside VLPs over time after lowering the pH of the surrounding buffer to 5. The dots represent the mean values, and the dashed lines are the theoretical fit to Eq. 3."}
{"words": ["(", "B", ")", "Stalk", "formation", "energy", "as", "a", "function", "of", "VP40", "-", "membrane", "interaction", "energy", ".", "The", "stalk", "energy", "for", "non", "-", "interacting", "VP40", "matrix", "(", "u0", " ", "=", " ", "0", ")", "is", "65", "kBT", ".", "VP40", "matrix", "layer", "Young", "'", "s", "modulus", "legend", "-", "red", "5", ".", "6", "MPa", ",", "blue", "11", ".", "2", "MPa", ",", "black", "16", ".", "8", "MPa", ",", "and", "orange", "is", "infinitely", "rigid", ".", "The", "bending", "rigidity", "ratio", "between", "the", "VP40", "matrix", "layer", "and", "lipid", "monolayer", "are", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "and", "infinity", ",", "respectively", ".", "The", "line", "represents", "an", "infinitely", "rigid", "layer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Stalk formation energy as a function of VP40-membrane interaction energy. The stalk energy for non-interacting VP40 matrix (u0 = 0) is 65 kBT. VP40 matrix layer Young's modulus legend - red 5.6 MPa, blue 11.2 MPa, black 16.8 MPa, and orange is infinitely rigid. The bending rigidity ratio between the VP40 matrix layer and lipid monolayer are 1, 2, 3, and infinity, respectively. The line represents an infinitely rigid layer."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fusion", "pore", "formation", "energy", "as", "a", "function", "of", "VP40", "-", "membrane", "interaction", "energy", ".", "The", "discontinuity", "in", "the", "energy", "is", "located", "at", "the", "phase", "line", "between", "configurations", "(", "see", "C", ")", ".", "The", "change", "in", "pore", "formation", "energy", ",", "ΔEpore", "is", "defined", "as", "the", "difference", "between", "fusion", "-", "pore", "formation", "energy", "at", "interaction", "energy", "density", "0", ".", "2", "kBT", "/", "nm2", "(", "the", "value", "found", "using", "MD", "simulations", ")", "to", "the", "matrix", "-", "free", "case", "(", "no", "interaction", "energy", ")", ".", "A", "-", "D", ")", "Dotted", "lines", "serve", "as", "a", "guide", "to", "the", "eye", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Fusion pore formation energy as a function of VP40-membrane interaction energy. The discontinuity in the energy is located at the phase line between configurations (see C). The change in pore formation energy, ΔEpore is defined as the difference between fusion-pore formation energy at interaction energy density 0.2 kBT/nm2 (the value found using MD simulations) to the matrix-free case (no interaction energy). A-D) Dotted lines serve as a guide to the eye."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "FACS", "data", "showing", "EBOV", "VLP", "entry", "as", "measured", "by", "a", "fluorescence", "shift", "of", "infected", "cells", "from", "emission", "at", "510", "nm", "(", "no", "entry", ")", "to", "450", "nm", "(", "entry", ")", ".", "VLPs", "were", "treated", "prior", "to", "infection", "as", "indicated", "on", "the", "x", "-", "axis", ",", "with", "control", ":", "uninfected", "control", "cells", ",", "-", ":", "no", "treatment", ",", "T", ":", "thermolysin", "-", "treatment", "at", "neutral", "pH", ",", "Lp", ":", "low", "pH", "treatment", ".", "Target", "cells", "were", "treated", "with", "media", "or", "ammonium", "chloride", "(", "NH4Cl", ")", ",", "n", "=", "3", "with", "10", "'", "000", "cells", "measured", "per", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of FACS data showing EBOV VLP entry as measured by a fluorescence shift of infected cells from emission at 510 nm (no entry) to 450 nm (entry). VLPs were treated prior to infection as indicated on the x-axis, with control: uninfected control cells, - : no treatment, T: thermolysin-treatment at neutral pH, Lp: low pH treatment. Target cells were treated with media or ammonium chloride (NH4Cl), n= 3 with 10'000 cells measured per sample."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "early", "pluripotent", "marker", "Sall4", "in", "DMSO", "-", "and", "R406", "-", "treated", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "5", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of early pluripotent marker Sall4 in DMSO- and R406- treated cells on d12. n = 5. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Sall4", ",", "Cdh1", ",", "Epcam", "and", "Esrrb", "gene", "expression", "in", "MEFs", ",", "intermediate", "cells", "on", "d12", "treated", "with", "DMSO", "and", "R406", ",", "and", "R1", "(", "mESCs", ")", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis of Sall4, Cdh1, Epcam and Esrrb gene expression in MEFs, intermediate cells on d12 treated with DMSO and R406, and R1 (mESCs). n = 3."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "reprogramming", "intermediates", "infected", "with", "shNC", "and", "shSyk", ".", "n", "=", "3", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of Sall4 in reprogramming intermediates infected with shNC and shSyk. n = 3. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["ciPSCs", "express", "key", "pluripotent", "markers", "Oct4", ",", "Sox2", "and", "Nanog", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ciPSCs express key pluripotent markers Oct4, Sox2 and Nanog. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "WT", "cells", "and", "Ppp3ca", "knockdown", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "6", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "pluripotent", "genes", "expression", "in", "cells", "treated", "with", "shNC", "and", "shPpp3ca", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of Sall4 in WT cells and Ppp3ca knockdown cells on d12. n = 6. Scale bar, 100 μm. RT-qPCR analysis of pluripotent genes expression in cells treated with shNC and shPpp3ca. n = 3."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "WT", "cells", "and", "Nfatc1", "knockdown", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "3", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "pluripotent", "genes", "expression", "in", "cells", "treated", "with", "shNC", "and", "shNfatc1", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of Sall4 in WT cells and Nfatc1 knockdown cells on d12. n = 3. Scale bar, 100 μm. RT-qPCR analysis of pluripotent genes expression in cells treated with shNC and shNfatc1. n = 3."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Gldc", ",", "Cbs", "and", "Tdh", "expression", "in", "R406", "-", "and", "shSyk", "-", "treated", "cells", "(", "E", ")", "and", "FK506", "-", ",", "shPpp3ca", "-", "and", "shNfatc1", "-", "treated", "cells", "(", "F", ")", "on", "d8", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis of Gldc, Cbs and Tdh expression in R406- and shSyk-treated cells (E) and FK506-, shPpp3ca- and shNfatc1-treated cells (F) on d8. n = 3."}
{"words": ["Metabolite", "abundance", "of", "SAM", ",", "SAH", "in", "samples", "treated", "with", "DMSO", "and", "R406", ".", "n", "=", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metabolite abundance of SAM, SAH in samples treated with DMSO and R406. n = 6."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "reprogramming", "intermediates", "treated", "by", "R406", "+", "HA", "and", "R406", "+", "DPBS", "on", "d12", ".", "n", "=", "3", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "NAC", "-", "and", "DPBS", "-", "treated", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "5", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of Sall4 in reprogramming intermediates treated by R406 + HA and R406 + DPBS on d12. n = 3. Scale bar, 100 μm. Immunofluorescence of Sall4 in NAC- and DPBS-treated cells on d12. n = 5. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Sall4", ",", "Cdh1", ",", "Epcam", "and", "Esrrb", "gene", "expression", "in", "DPBS", "-", "and", "HA", "-", "treated", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "3", ".", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Sall4", ",", "Cdh1", ",", "Epcam", "and", "Esrrb", "gene", "expression", "in", "DPBS", "-", "and", "NAC", "-", "treated", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis of Sall4, Cdh1, Epcam and Esrrb gene expression in DPBS- and HA-treated cells on d12. n = 3. RT-qPCR analysis of Sall4, Cdh1, Epcam and Esrrb gene expression in DPBS- and NAC-treated cells on d12. n = 3."}
{"words": ["Immunofluorescence", "of", "Sall4", "in", "WT", "cells", "and", "Cbs", "overexpressing", "cells", "on", "d12", ".", "n", "=", "4", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence of Sall4 in WT cells and Cbs overexpressing cells on d12. n = 4. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Quantification", "of", "oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", "of", "reprogramming", "intermediates", "treated", "with", "small", "molecules", "(", "A", ",", "C", ")", "and", "the", "indicated", "OCR", "parameters", "(", "B", ",", "D", ")", ".", "n", "=", "9", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of oxygen consumption rate (OCR) of reprogramming intermediates treated with small molecules (A, C) and the indicated OCR parameters (B, D). n = 9."}
{"words": ["Fluorescence", "images", "of", "DCFH", "-", "DA", "staining", "for", "ROS", "levels", "in", "cells", "treated", "with", "DMSO", ",", "HA", ",", "NAC", ",", "and", "R406", "on", "d12", "(", "E", ")", "and", "the", "quantification", "of", "the", "ROS", "levels", "(", "F", ")", ".", "n", "=", "4", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "MDA", "quantification", "in", "cells", "treated", "with", "DMSO", ",", "HA", ",", "NAC", ",", "and", "R406", "on", "d12", ".", "n", "=", "9", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fluorescence images of DCFH-DA staining for ROS levels in cells treated with DMSO, HA, NAC, and R406 on d12 (E) and the quantification of the ROS levels (F). n = 4. Scale bar, 100 μm. MDA quantification in cells treated with DMSO, HA, NAC, and R406 on d12. n = 9."}
{"words": ["A", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "LINC00941", "repression", "during", "keratinocyte", "differentiation", "in", "primary", "keratinocyte", "cultures", "from", "three", "different", "donors", "compared", "to", "undifferentiated", "keratinocytes", "(", "D0", ")", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A qRT-PCR analysis of LINC00941 repression during keratinocyte differentiation in primary keratinocyte cultures from three different donors compared to undifferentiated keratinocytes (D0) (n = 6 biological replicates). Data is presented as mean ± SD."}
{"words": ["siPool", "mediated", "LINC00941", "knockdown", "(", "B", ")", "in", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siPool mediated LINC00941 knockdown (B) in calcium-induced keratinocyte differentiation (n = 3 biological replicates/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["siPool", "mediated", "LINC00941", "knockdown", "in", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", ",", "results", "in", "increased", "abundance", "of", "early", "and", "late", "differentiation", "marker", "transcripts", "on", "day", "3", "of", "differentiation", "(", "C", ")", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siPool mediated LINC00941 knockdown in calcium-induced keratinocyte differentiation, results in increased abundance of early and late differentiation marker transcripts on day 3 of differentiation (C) (n = 3 biological replicates/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["LINC00941", "knockdown", "in", "day", "3", "(", "D3", ")", "organotypic", "epidermal", "tissue", "cultures", "(", "D", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00941 knockdown in day 3 (D3) organotypic epidermal tissue cultures (D) (n = 3-4 tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["LINC00941", "knockdown", "in", "day", "3", "(", "D3", ")", "organotypic", "epidermal", "tissue", "cultures", "results", "in", "increased", "expression", "of", "key", "differentiation", "genes", "(", "E", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00941 knockdown in day 3 (D3) organotypic epidermal tissue cultures results in increased expression of key differentiation genes (E) (n = 3-4 tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["F", "Immunofluorescence", "analysis", "shows", "increased", "levels", "of", "early", "and", "late", "differentiation", "proteins", ".", "Collagen", "VII", "(", "col", "VII", ",", "green", ")", "stain", "indicates", "the", "basement", "membrane", ",", "nuclei", "are", "shown", "in", "blue", "and", "the", "differentiation", "proteins", "Keratin", "10", "and", "Loricrin", "are", "shown", "in", "red", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ";", "one", "exemplary", "picture", "for", "each", "group", "is", "depicted", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Immunofluorescence analysis shows increased levels of early and late differentiation proteins. Collagen VII (col VII, green) stain indicates the basement membrane, nuclei are shown in blue and the differentiation proteins Keratin 10 and Loricrin are shown in red (n = 3-4 tissue cultures/knockdown group; one exemplary picture for each group is depicted). Scale bar: 50 µm."}
{"words": ["B", "LINC00941", "knockdown", "efficiency", "(", "siLINC00941", ")", "in", "epidermal", "tissue", "on", "day", "3", "of", "differentiation", "as", "obtained", "by", "qRT", "-", "PCR", "measurements", "(", "n", "=", "4", "-", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B LINC00941 knockdown efficiency (siLINC00941) in epidermal tissue on day 3 of differentiation as obtained by qRT-PCR measurements (n = 4-5 epidermal tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["C", "Heatmap", "of", "differentially", "expressed", "genes", "(", "padj", "<", "0", ".", "05", "and", "-", "1", ">", "log2FC", ">", "1", ")", "upon", "LINC00941", "depletion", "on", "day", "3", "in", "organotypic", "epidermal", "tissue", "with", "marked", "keratinocyte", "differentiation", "genes", "(", "n", "=", "4", "-", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Heatmap of differentially expressed genes (padj < 0.05 and -1 > log2FC > 1) upon LINC00941 depletion on day 3 in organotypic epidermal tissue with marked keratinocyte differentiation genes (n = 4-5 epidermal tissue cultures/knockdown group)."}
{"words": ["A", "Differentially", "expressed", "genes", "in", "day", "3", "LINC00941", "depleted", "epidermal", "tissue", "cluster", "within", "the", "epidermal", "differentiation", "complex", "(", "EDC", ")", "(", "n", "=", "4", "-", "5", "biological", "replicates", "/", "knockdown", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Differentially expressed genes in day 3 LINC00941 depleted epidermal tissue cluster within the epidermal differentiation complex (EDC) (n = 4-5 biological replicates/knockdown group)."}
{"words": ["B", "LINC00941", "knockdown", "on", "day", "3", "in", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", "cultures", "results", "in", "increased", "expression", "of", "SPRR5", "(", "FC", "=", "fold", "change", ")", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B LINC00941 knockdown on day 3 in calcium-induced keratinocyte differentiation cultures results in increased expression of SPRR5 (FC = fold change) (n = 3 biological replicates/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["C", "Detected", "fragments", "per", "million", "(", "FPM", ")", "for", "SPRR5", "in", "control", "(", "siCtrl", ")", "as", "well", "as", "LINC00941", "deficient", "(", "siLINC00941", ")", "epidermal", "tissue", "for", "all", "biological", "replicates", "on", "day", "3", "(", "D3", ")", "of", "differentiation", "as", "obtained", "by", "DeSeq2", "(", "FC", "=", "fold", "change", ")", "(", "n", "=", "4", "‑", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Detected fragments per million (FPM) for SPRR5 in control (siCtrl) as well as LINC00941 deficient (siLINC00941) epidermal tissue for all biological replicates on day 3 (D3) of differentiation as obtained by DeSeq2 (FC = fold change) (n = 4‑5 epidermal tissue cultures/knockdown group)."}
{"words": ["SPRR5", "induction", "during", "the", "course", "of", "keratinocyte", "(", "KC", ")", "differentiation", "is", "shown", "by", "northern", "blot", "(", "D", ")", "for", "four", "different", "primary", "keratinocyte", "isolates", "and", "compared", "to", "undifferentiated", "keratinocytes", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SPRR5 induction during the course of keratinocyte (KC) differentiation is shown by northern blot (D) for four different primary keratinocyte isolates and compared to undifferentiated keratinocytes (n = 8 biological replicates). Data is presented as mean ± SD."}
{"words": ["SPRR5", "induction", "during", "the", "course", "of", "keratinocyte", "(", "KC", ")", "differentiation", "is", "shown", "by", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "(", "E", ")", "for", "four", "different", "primary", "keratinocyte", "isolates", "and", "compared", "to", "undifferentiated", "keratinocytes", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SPRR5 induction during the course of keratinocyte (KC) differentiation is shown by qRT-PCR analysis (E) for four different primary keratinocyte isolates and compared to undifferentiated keratinocytes (n = 8 biological replicates). Data is presented as mean ± SD."}
{"words": ["F", "p63", "knockdown", "on", "day", "3", "of", "keratinocyte", "differentiation", "leads", "to", "decreased", "SPRR5", "transcript", "levels", "(", "FC", "=", "fold", "change", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "4", "biological", "replicates", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F p63 knockdown on day 3 of keratinocyte differentiation leads to decreased SPRR5 transcript levels (FC = fold change) (n = 3-4 biological replicates /knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["siPool", "-", "mediated", "SPRR5", "knockdown", "on", "day", "4", "to", "6", "(", "D4", "-", "D6", ")", "of", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", "(", "A", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siPool-mediated SPRR5 knockdown on day 4 to 6 (D4-D6) of calcium-induced keratinocyte differentiation (A) (n = 3-5 cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["siPool", "-", "mediated", "SPRR5", "knockdown", "on", "day", "4", "to", "6", "(", "D4", "-", "D6", ")", "of", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", "leads", "to", "decreased", "expression", "of", "key", "differentiation", "markers", "as", "shown", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "B", ")", "(", "FC", "=", "fold", "change", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siPool-mediated SPRR5 knockdown on day 4 to 6 (D4-D6) of calcium-induced keratinocyte differentiation leads to decreased expression of key differentiation markers as shown by qRT-PCR (B) (FC = fold change) (n = 3-5 cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["siPool", "-", "mediated", "SPRR5", "knockdown", "on", "day", "4", "to", "6", "(", "D4", "-", "D6", ")", "of", "calcium", "-", "induced", "keratinocyte", "differentiation", "leads", "to", "decreased", "expression", "of", "key", "differentiation", "markers", "as", "shown", "western", "blot", "analysis", "(", "C", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "siPool-mediated SPRR5 knockdown on day 4 to 6 (D4-D6) of calcium-induced keratinocyte differentiation leads to decreased expression of key differentiation markers as shown western blot analysis (C) (n = 3-5 cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["D", "SPRR5", "knockdown", "efficiency", "in", "day", "3", "(", "D3", ")", "organotypic", "epidermal", "tissue", "(", "n", "=", "4", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D SPRR5 knockdown efficiency in day 3 (D3) organotypic epidermal tissue (n = 4 epidermal tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["E", "SPRR5", "depletion", "in", "regenerated", "organotypic", "epidermal", "tissue", "results", "in", "drastically", "reduced", "expression", "of", "differentiation", "proteins", "as", "shown", "by", "immunofluorescence", "analysis", ".", "Collagen", "VII", "(", "Col", "VII", ",", "green", ")", "stain", "indicates", "the", "basement", "membrane", ",", "nuclei", "are", "shown", "in", "blue", "and", "the", "differentiation", "proteins", "filaggrin", "and", "loricrin", "are", "shown", "in", "red", "(", "n", "=", "4", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ";", "one", "exemplary", "picture", "for", "each", "group", "is", "depicted", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E SPRR5 depletion in regenerated organotypic epidermal tissue results in drastically reduced expression of differentiation proteins as shown by immunofluorescence analysis. Collagen VII (Col VII, green) stain indicates the basement membrane, nuclei are shown in blue and the differentiation proteins filaggrin and loricrin are shown in red (n = 4 tissue cultures/knockdown group; one exemplary picture for each group is depicted). Scale bar: 50 µm."}
{"words": ["F", "SPRR5", "knockdown", "in", "regenerated", "epidermal", "tissue", "results", "in", "reduced", "transcript", "levels", "of", "key", "differentiation", "genes", "as", "obtained", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "n", "=", "4", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F SPRR5 knockdown in regenerated epidermal tissue results in reduced transcript levels of key differentiation genes as obtained by qRT-PCR (n = 4 epidermal tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["B", "Overview", "of", "SPRR5", "levels", "in", "control", "(", "siCtrl", ")", "and", "SPRR5", "deficient", "(", "siSPRR5", ")", "epidermal", "tissue", "on", "day", "3", "and", "day", "4", "as", "obtained", "by", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "tested", "by", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "and", "corrected", "for", "multiple", "testing", "after", "Bonferroni", "(", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "adj", ".", "p", "‑", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "and", "n", ".", "s", ".", "=", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Overview of SPRR5 levels in control (siCtrl) and SPRR5 deficient (siSPRR5) epidermal tissue on day 3 and day 4 as obtained by qRT-PCR analysis (n = 3-5 epidermal tissue cultures/knockdown group). Data is presented as mean ± SD. Statistical significance was tested by an unpaired t-test and corrected for multiple testing after Bonferroni (* = adj. p-value < 0.05, ** = adj. p-value < 0.01, *** = adj. p‑value < 0.001, and n.s. = not significant)."}
{"words": ["Heatmaps", "of", "differentially", "expressed", "genes", "(", "padj", "<", "0", ".", "05", "and", "-", "0", ".", "5", ">", "log2FC", ">", "0", ".", "5", ")", "upon", "SPRR5", "depletion", "on", "day", "3", "(", "C", ")", "in", "organotypic", "epidermal", "tissue", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmaps of differentially expressed genes (padj < 0.05 and -0.5 > log2FC > 0.5) upon SPRR5 depletion on day 3 (C) in organotypic epidermal tissue (n = 3-5 epidermal tissue cultures/knockdown group)."}
{"words": ["Heatmaps", "of", "differentially", "expressed", "genes", "(", "padj", "<", "0", ".", "05", "and", "-", "0", ".", "5", ">", "log2FC", ">", "0", ".", "5", ")", "upon", "SPRR5", "depletion", "on", "day", "4", "(", "D", ")", "in", "organotypic", "epidermal", "tissue", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "epidermal", "tissue", "cultures", "/", "knockdown", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmaps of differentially expressed genes (padj < 0.05 and -0.5 > log2FC > 0.5) upon SPRR5 depletion on day 4 (D) in organotypic epidermal tissue (n = 3-5 epidermal tissue cultures/knockdown group)."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "hnRNP", "R", "in", "three", "independent", "HNRNPR", "wildtype", "(", "+", "/", "+", ")", ",", "heterozygous", "(", "+", "/", "-", ")", "and", "homozygous", "(", "-", "/", "-", ")", "HeLa", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot analysis of hnRNP R in three independent HNRNPR wildtype (+/+), heterozygous (+/-) and homozygous (-/-) HeLa cell lines."}
{"words": ["C", ".", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "nuclei", "stained", "with", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "the", "DAPI", "area", "in", "(", "C", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", ";", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Confocal microscopy images of nuclei stained with DAPI. Scale bar: 10 µm. D. Quantification of the DAPI area in (C). Data are mean with standard deviation (SD); ***P ≤ 0.001; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["E", ".", "RNA", "FISH", "with", "a", "Cy3", "-", "labeled", "oligo", "-", "dT", "probe", ".", "DAPI", "was", "used", "for", "nuclear", "staining", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "F", ".", "Quantification", "of", "mean", "fluorescence", "intensity", "of", "the", "Cy3", "oligo", "-", "dT", "signal", "in", "(", "E", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ";", "Mann", "-", "Whitney", "test", "(", "n", "=", "129", "cells", "for", "HNRNPR", "+", "/", "+", "and", "n", "=", "176", "cells", "for", "HNRNPR", "-", "/", "-", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. RNA FISH with a Cy3-labeled oligo-dT probe. DAPI was used for nuclear staining. Scale bar: 10 µm. F. Quantification of mean fluorescence intensity of the Cy3 oligo-dT signal in (E). Data are mean with SD; ****P ≤ 0.0001; Mann-Whitney test (n = 129 cells for HNRNPR+/+ and n = 176 cells for HNRNPR-/-)."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", ",", "Cyclin", "T1", ",", "CDK9", "and", "GAPDH", "protein", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot analysis of Ser2-phosphorylated and total RNA pol II, Cyclin T1, CDK9 and GAPDH protein levels."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "relative", "expression", "of", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", ",", "Cyclin", "T1", "and", "CDK9", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of relative expression of Ser2-phosphorylated and total RNA pol II, Cyclin T1 and CDK9 in (A). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001, ****P ≤ 0.0001, n.s. not significant; unpaired two-tailed t-tests (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "for", "Calnexin", ",", "GAPDH", ",", "histone", "H3", ",", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", ",", "Cyclin", "T1", "and", "CDK9", ".", "Cyt", ",", "cytosol", ";", "nuc", "+", "org", ",", "nuclear", "soluble", "proteins", "and", "organelles", ";", "chr", ",", "chromatin", "-", "associated", "proteins", ".", "G", ".", "Quantification", "of", "relative", "expression", "of", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", ",", "Cyclin", "T1", "and", "CDK9", "in", "subcellular", "fractions", "in", "(", "F", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot analysis of subcellular fractions for Calnexin, GAPDH, histone H3, Ser2-phosphorylated and total RNA pol II, Cyclin T1 and CDK9. Cyt, cytosol; nuc+org, nuclear soluble proteins and organelles; chr, chromatin-associated proteins. G. Quantification of relative expression of Ser2-phosphorylated and total RNA pol II, Cyclin T1 and CDK9 in subcellular fractions in (F). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05, ***P ≤ 0.001, ****P ≤ 0.0001, n.s. not significant; two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "indicated", "proteins", "in", "the", "input", "(", "In", ")", "lysates", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", ".", "B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Cyclin", "T1", ",", "HEXIM1", ",", "CDK9", "and", "hnRNP", "A1", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "LARP7", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", ".", "C", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Cyclin", "T1", ",", "HEXIM1", ",", "CDK9", ",", "hnRNP", "A1", "and", "LARP7", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "MePCE", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "CDK9", ",", "Cyclin", "T1", "and", "HEXIM1", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "LARP7", "in", "(", "B", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "CDK9", ",", "Cyclin", "T1", "and", "HEXIM1", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "MePCE", "in", "(", "C", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "F", ".", "Quantification", "of", "hnRNP", "A1", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "LARP7", "and", "MePCE", "in", "(", "B", ")", "and", "(", "C", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot analysis of the indicated proteins in the input (In) lysates used for co-immunoprecipitation. B. Western blot analysis of Cyclin T1, HEXIM1, CDK9 and hnRNP A1 co-immunoprecipitated by an anti-LARP7 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control. C. Western blot analysis of Cyclin T1, HEXIM1, CDK9, hnRNP A1 and LARP7 co-immunoprecipitated by an anti-MePCE antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control. D. Quantification of CDK9, Cyclin T1 and HEXIM1 co-immunoprecipitating with LARP7 in (B). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01, n.s. not significant; unpaired two-tailed t-tests (n = 3 biological replicates). E. Quantification of CDK9, Cyclin T1 and HEXIM1 co-immunoprecipitating with MePCE in (C). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05, n.s. not significant; unpaired two-tailed t-tests (n = 3 biological replicates). F. Quantification of hnRNP A1 co-immunoprecipitating with LARP7 and MePCE in (B) and (C). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05; unpaired two-tailed t-tests (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["G", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "Calnexin", ",", "GAPDH", ",", "histone", "H3", ",", "hnRNP", "R", "and", "hnRNP", "A1", ".", "Cyt", ",", "cytosol", ";", "nuc", "+", "org", ",", "nuclear", "soluble", "proteins", "and", "organelles", ";", "chr", ",", "chromatin", "-", "associated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Western blot analysis of subcellular fractions Calnexin, GAPDH, histone H3, hnRNP R and hnRNP A1. Cyt, cytosol; nuc+org, nuclear soluble proteins and organelles; chr, chromatin-associated proteins."}
{"words": ["H", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "hnRNP", "R", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "hnRNP", "A1", "antibody", "from", "subcellular", "fractions", ".", "Immunoprecipitation", "with", "mouse", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Western blot analysis of hnRNP R co-immunoprecipitated by an anti-hnRNP A1 antibody from subcellular fractions. Immunoprecipitation with mouse-IgG antibody was used as control."}
{"words": ["I", ".", "Quantification", "of", "7SK", "RNA", "in", "subcellular", "fractions", "by", "qPCR", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Quantification of 7SK RNA in subcellular fractions by qPCR. Data are mean with SD; **P ≤ 0.01, n.s. not significant; two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["J", ".", "Quantification", "of", "7SK", "RNA", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "hnRNP", "A1", "from", "subcellular", "fractions", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Quantification of 7SK RNA co-immunoprecipitating with hnRNP A1 from subcellular fractions. Data are mean with SD; *P ≤ 0.05, n.s. not significant; two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "BRD4", ",", "hnRNP", "R", ",", "Cyclin", "T1", ",", "CDK9", ",", "α", "-", "Tubulin", "and", "histone", "H3", "in", "the", "input", "lysates", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot analysis of BRD4, hnRNP R, Cyclin T1, CDK9, α-Tubulin and histone H3 in the input lysates used for co-immunoprecipitation."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "hnRNP", "R", ",", "Cyclin", "T1", ",", "CDK9", "and", "histone", "H3", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "BRD4", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot analysis of hnRNP R, Cyclin T1, CDK9 and histone H3 co-immunoprecipitated by an anti-BRD4 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control."}
{"words": ["C", ".", "Quantification", "of", "CDK9", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "BRD4", "in", "(", "B", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantification of CDK9 co-immunoprecipitating with BRD4 in (B). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["D", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "BRD4", "(", "long", "and", "short", "exposure", ")", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "CDK9", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "mouse", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western blot analysis of BRD4 (long and short exposure) co-immunoprecipitated by an anti-CDK9 antibody. Immunoprecipitation with mouse-IgG antibody was used as control."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "BRD4", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "CDK9", "in", "(", "D", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of BRD4 co-immunoprecipitating with CDK9 in (D). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["F", ".", "Quantification", "of", "histone", "H3", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "BRD4", "in", "(", "B", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Quantification of histone H3 co-immunoprecipitating with BRD4 in (B). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["G", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "BRD4", ",", "hnRNP", "R", ",", "Cyclin", "T1", ",", "CDK9", ",", "α", "-", "Tubulin", "and", "histone", "H3", "in", "the", "input", "lysates", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", ".", "Lysates", "were", "pre", "-", "treated", "with", "RNase", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "G. Western blot analysis of BRD4, hnRNP R, Cyclin T1, CDK9, α-Tubulin and histone H3 in the input lysates used for co-immunoprecipitation. Lysates were pre-treated with RNase as indicated."}
{"words": ["H", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "hnRNP", "R", ",", "Cyclin", "T1", ",", "CDK9", "and", "histone", "H3", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "BRD4", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Western blot analysis of hnRNP R, Cyclin T1, CDK9 and histone H3 co-immunoprecipitated by an anti-BRD4 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control."}
{"words": ["I", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "BRD4", ",", "hnRNP", "R", ",", "CDK9", "and", "α", "-", "Tubulin", "in", "the", "input", "lysates", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Western blot analysis of BRD4, hnRNP R, CDK9 and α-Tubulin in the input lysates used for co-immunoprecipitation."}
{"words": ["J", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "hnRNP", "R", "and", "CDK9", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "BRD4", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", ".", "K", ".", "Quantification", "of", "CDK9", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "BRD4", "in", "(", "J", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Western blot analysis of hnRNP R and CDK9 co-immunoprecipitated by an anti-BRD4 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control. K. Quantification of CDK9 co-immunoprecipitating with BRD4 in (J). Data are mean with SD; ****P ≤ 0.0001; two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["L", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "phospho", "-", "CDK9", "(", "Thr186", ")", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "BRD4", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", ".", "M", ".", "Quantification", "of", "phospho", "-", "CDK9", "(", "Thr186", ")", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "BRD4", "in", "(", "L", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Western blot analysis of phospho-CDK9(Thr186) co-immunoprecipitated by an anti-BRD4 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control. M. Quantification of phospho-CDK9(Thr186) co-immunoprecipitating with BRD4 in (L). Data are mean with SD; **P ≤ 0.01; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", "levels", "in", "HNRNPR", "+", "/", "+", "(", "A", ")", "and", "-", "/", "-", "(", "B", ")", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "CHX", "for", "the", "indicated", "durations", ".", "GAPDH", "and", "α", "-", "Tubulin", "served", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Western blot analysis of Ser2-phosphorylated and total RNA pol II levels in HNRNPR+/+ (A) and -/- (B) cells treated with DMSO or CHX for the indicated durations. GAPDH and α-Tubulin served as loading control."}
{"words": ["C", ".", "Quantification", "of", "relative", "expression", "levels", "of", "Ser2", "-", "phosphorylated", "and", "total", "RNA", "pol", "II", "in", "(", "A", ",", "B", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantification of relative expression levels of Ser2-phosphorylated and total RNA pol II in (A, B). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001; unpaired two-tailed t-tests (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["D", ",", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "from", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "CHX", "for", "Calnexin", ",", "GAPDH", "and", "histone", "H3", "(", "D", ")", "Cyt", ",", "cytosol", ";", "nuc", "+", "org", ",", "nuclear", "soluble", "proteins", "and", "organelles", ";", "chr", ",", "chromatin", "-", "associated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Western blot analysis of subcellular fractions from cells treated with DMSO or CHX for Calnexin, GAPDH and histone H3 (D) Cyt, cytosol; nuc+org, nuclear soluble proteins and organelles; chr, chromatin-associated proteins."}
{"words": ["E", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "from", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "CHX", "for", "Cyclin", "T1", "and", "CDK9", "(", "E", ")", ".", "Cyt", ",", "cytosol", ";", "nuc", "+", "org", ",", "nuclear", "soluble", "proteins", "and", "organelles", ";", "chr", ",", "chromatin", "-", "associated", "proteins", ".", "F", ".", "Quantification", "of", "relative", "expression", "of", "Cyclin", "T1", "and", "CDK9", "protein", "levels", "in", "subcellular", "fractions", "in", "(", "E", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Western blot analysis of subcellular fractions from cells treated with DMSO or CHX for Cyclin T1 and CDK9 (E). Cyt, cytosol; nuc+org, nuclear soluble proteins and organelles; chr, chromatin-associated proteins. F. Quantification of relative expression of Cyclin T1 and CDK9 protein levels in subcellular fractions in (E). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001, ****P ≤ 0.0001, n.s. not significant; one-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["G", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Cyclin", "T1", "levels", "in", "HNRNPR", "+", "/", "+", "and", "-", "/", "-", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "MG132", ".", "α", "-", "Tubulin", "served", "as", "loading", "control", ".", "H", ".", "Quantification", "of", "relative", "expression", "levels", "of", "Cyclin", "T1", "in", "(", "G", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", ";", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Western blot analysis of Cyclin T1 levels in HNRNPR+/+ and -/- cells treated with DMSO or MG132. α-Tubulin served as loading control. H. Quantification of relative expression levels of Cyclin T1 in (G). Data are mean with SD; ***P ≤ 0.001, ****P ≤ 0.0001, n.s. not significant; two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Cyclin", "K", ",", "CDK9", "and", "α", "-", "Tubulin", "in", "the", "input", "lysates", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot analysis of Cyclin K, CDK9 and α-Tubulin in the input lysates used for co-immunoprecipitation."}
{"words": ["C", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Cyclin", "K", "co", "-", "immunoprecipitated", "by", "an", "anti", "-", "CDK9", "antibody", ".", "Immunoprecipitation", "with", "rabbit", "-", "IgG", "antibody", "was", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Western blot analysis of Cyclin K co-immunoprecipitated by an anti-CDK9 antibody. Immunoprecipitation with rabbit-IgG antibody was used as control."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "Cyclin", "K", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "CDK9", "in", "(", "C", ")", ".", "Data", "are", "mean", "with", "SD", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of Cyclin K co-immunoprecipitating with CDK9 in (C). Data are mean with SD; *P ≤ 0.05; unpaired two-tailed t-test (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", ",", "starved", "for", "6", "hours", "(", "HBSS", ")", "as", "indicated", ",", "and", "treated", "with", "25", "μM", "MG132", "or", "200", "ng", "/", "ml", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", "A1", ")", "for", "the", "indicated", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines, starved for 6 hours (HBSS) as indicated, and treated with 25 μM MG132 or 200 ng/ml of bafilomycin A1 (Baf A1) for the indicated times."}
{"words": ["In", "C", "endogenous", "CALCOCO1", "is", "analysed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "loading", "control", ",", "as", "quantified", "using", "ImageJ", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In C endogenous CALCOCO1 is analysed and the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin loading control, as quantified using ImageJ of three independent experiments. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", ",", "starved", "for", "6", "hours", "(", "HBSS", ")", "as", "indicated", ",", "and", "treated", "with", "25", "μM", "MG132", "or", "200", "ng", "/", "ml", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", "A1", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "In", "E", ",", "endogenous", "CALCOCO1", "is", "analysed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "loading", "control", ",", "as", "quantified", "using", "ImageJ", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines, starved for 6 hours (HBSS) as indicated, and treated with 25 μM MG132 or 200 ng/ml of bafilomycin A1 (Baf A1) for the indicated times. In E, endogenous CALCOCO1 is analysed and the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin loading control, as quantified using ImageJ of three independent experiments. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["F", "A", "representative", "micrograph", "using", "widefield", "and", "deconvolution", "microscopy", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "and", "immunostained", "for", "endogenous", "GM130", ".", "Scale", "bars", "are", "5", "μm", "and", "2", "μm", "(", "zoomed", "inset", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F A representative micrograph using widefield and deconvolution microscopy of HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 and immunostained for endogenous GM130. Scale bars are 5 μm and 2 μm (zoomed inset)."}
{"words": ["G", "Same", "cells", "as", "in", "E", "were", "left", "untreated", "or", "treated", "with", "Baf", "A1", "for", "6", "hours", ",", "and", "then", "immunostained", "for", "endogenous", "p62", "and", "LC3B", ".", "Scale", "bars", "are", "5", "μm", "for", "the", "confocal", "microscopy", "images", "and", "2", "μm", "for", "the", "airyscans", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Same cells as in E were left untreated or treated with Baf A1 for 6 hours, and then immunostained for endogenous p62 and LC3B. Scale bars are 5 μm for the confocal microscopy images and 2 μm for the airyscans."}
{"words": ["H", "CALCOCO1", ",", "p62", "and", "LC3B", "puncta", "in", "in", "the", "indicated", "conditions", ",", "counted", "using", "an", "automated", "system", ".", "The", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "puncta", "per", "cell", "of", "three", "independent", "experiments", "per", "condition", "and", "250", "cells", "per", "experiment", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", ".", "Significance", "is", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H CALCOCO1, p62 and LC3B puncta in in the indicated conditions, counted using an automated system. The error bars represent mean±SEM of puncta per cell of three independent experiments per condition and 250 cells per experiment. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test. Significance is displayed as ***p<0.001."}
{"words": ["I", "Percentage", "of", "co", "-", "localization", "of", "CALCOCO1", "puncta", "with", "p62", "and", "/", "or", "LC3B", "in", "cells", "treated", "as", "indicated", ".", "The", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "per", "condition", "and", "over", "250", "cells", "per", "experiment", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", ".", "Significance", "is", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Percentage of co-localization of CALCOCO1 puncta with p62 and/or LC3B in cells treated as indicated. The error bars represent mean±SEM of three independent experiments per condition and over 250 cells per experiment. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test. Significance is displayed as ***p<0.001."}
{"words": ["J", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "were", "treated", "with", "Baf", "A1", "for", "6", "hours", "and", "immunostained", "for", "endogenous", "LAMP1", ".", "Scale", "bars", "are", "5", "μm", "for", "the", "confocal", "microscopy", "images", "and", "2", "μm", "for", "the", "airyscans", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 were treated with Baf A1 for 6 hours and immunostained for endogenous LAMP1. Scale bars are 5 μm for the confocal microscopy images and 2 μm for the airyscans."}
{"words": ["A", "GST", "pulldown", "binding", "assay", "of", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "with", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "GST", "and", "GST", "fusion", "proteins", "were", "visualized", "by", "coomassie", "brilliant", "blue", "staining", "(", "bottom", "panel", ")", ",", "and", "the", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "was", "detected", "by", "autoradiography", "(", "upper", "panel", ")", ".", "The", "numbers", "below", "the", "AR", "represent", "%", "binding", "in", "the", "shown", "AR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A GST pulldown binding assay of in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 with recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. GST and GST fusion proteins were visualized by coomassie brilliant blue staining (bottom panel), and the co-precipitated Myc-CALCOCO1 was detected by autoradiography (upper panel). The numbers below the AR represent % binding in the shown AR ."}
{"words": ["B", "GST", "pulldown", "assay", "of", "transiently", "transfected", "Myc", "-", "CALCOCO1", "from", "HEK293", "cell", "extracts", "with", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "GST", "and", "GST", "fusions", "were", "visualized", "by", "Ponceau", "S", "staining", "(", "bottom", "panel", ")", ",", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "detected", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "upper", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B GST pulldown assay of transiently transfected Myc-CALCOCO1 from HEK293 cell extracts with recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. GST and GST fusions were visualized by Ponceau S staining (bottom panel), and co-precipitated Myc-CALCOCO1 detected by immunoblotting with anti-Myc antibody (upper panel)."}
{"words": ["GST", "pulldown", "assays", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "Precipitated", "GST", "and", "GST", "fusions", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "were", "analyzed", "as", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldown assays of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. Precipitated GST and GST fusions and co-precipitated Myc-CALCOCO1 constructs were analyzed as in A."}
{"words": ["GST", "pulldown", "assays", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "Precipitated", "GST", "and", "GST", "fusions", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "were", "analyzed", "as", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldown assays of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. Precipitated GST and GST fusions and co-precipitated Myc-CALCOCO1 constructs were analyzed as in A."}
{"words": ["GST", "pulldown", "assays", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "Precipitated", "GST", "and", "GST", "fusions", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "were", "analyzed", "as", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldown assays of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. Precipitated GST and GST fusions and co-precipitated Myc-CALCOCO1 constructs were analyzed as in A."}
{"words": ["GST", "pulldown", "assays", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "Precipitated", "GST", "and", "GST", "fusions", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "were", "analyzed", "as", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldown assays of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. Precipitated GST and GST fusions and co-precipitated Myc-CALCOCO1 constructs were analyzed as in A."}
{"words": ["GST", "pulldown", "assays", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", ".", "Precipitated", "GST", "and", "GST", "fusions", "and", "co", "-", "precipitated", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "were", "analyzed", "as", "in", "A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldown assays of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins. Precipitated GST and GST fusions and co-precipitated Myc-CALCOCO1 constructs were analyzed as in A."}
{"words": ["I", "GST", "pulldown", "assay", "of", "endogenous", "GABARAP", "from", "HEK293", "cell", "extracts", "with", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "CALCOCO1", "constructs", ".", "GST", "and", "GST", "fusions", "were", "visualized", "as", "in", "A", ",", "and", "co", "-", "precipitated", "GABARAP", "with", "anti", "-", "GABARAP", "antibody", "(", "upper", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I GST pulldown assay of endogenous GABARAP from HEK293 cell extracts with recombinant GST-tagged CALCOCO1 constructs. GST and GST fusions were visualized as in A, and co-precipitated GABARAP with anti-GABARAP antibody (upper panel)."}
{"words": ["GST", "pulldowns", "testing", "binding", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family", "proteins", "(", "left", ")", ".", "Cartoon", "of", "CALCOCO1", "with", "domain", "organization", "indicated", "and", "the", "location", "of", "LIR", "and", "UIR", "motifs", ".", "The", "presence", "of", "two", "well", "separated", "binding", "surfaces", "on", "ATG8", "proteins", "binding", "to", "LIR", "(", "LDS", ")", "and", "UIR", "(", "UDS", ")", "is", "indicated", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GST pulldowns testing binding of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins (left). Cartoon of CALCOCO1 with domain organization indicated and the location of LIR and UIR motifs. The presence of two well separated binding surfaces on ATG8 proteins binding to LIR (LDS) and UIR (UDS) is indicated (right)."}
{"words": ["B", "GST", "pulldowns", "testing", "binding", "of", "indicated", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "tagged", "ATG8", "family"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B GST pulldowns testing binding of indicated in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-tagged ATG8 family proteins"}
{"words": ["C", "GST", "pulldown", "assays", "of", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "and", "35S", "-", "Myc", "-", "p62", "with", "recombinant", "GST", "-", "GABARAPL2", "(", "WT", "and", "indicated", "mutants", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C GST pulldown assays of in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 and 35S-Myc-p62 with recombinant GST-GABARAPL2 (WT and indicated mutants)."}
{"words": ["D", "GST", "pulldown", "assays", "of", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "TAX1BP1", "(", "WT", "and", "indicated", "mutants", ")", "with", "recombinant", "GST", "-", "GABARAP", "(", "WT", "and", "indicated", "mutants", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D GST pulldown assays of in vitro transcribed/translated 35S-Myc-TAX1BP1 (WT and indicated mutants) with recombinant GST-GABARAP (WT and indicated mutants)."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cell", "lines", "stably", "transfected", "with", "WT", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "or", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "mLIR", "+", "∆", "623", "-", "691", ".", "Cells", "were", "induced", "with", "tetracycline", "for", "24", "hours", "and", "then", "starved", "or", "treated", "with", "MG132", "or", "Baf", "A1", "as", "indicated", ".", "The", "blot", "panels", "are", "from", "more", "than", "one", "western", "blot", "experiment", "but", "for", "clarity", ",", "only", "a", "single", "actin", "/", "GAPDH", "loading", "control", "is", "shown", ".", "In", "F", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "or", "GAPDH", "loading", "controls", "of", "three", "independent", "experiments", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of HeLa CALCOCO1 KO cell lines stably transfected with WT EGFP-CALCOCO1 or EGFP-CALCOCO1 mLIR+∆623-691. Cells were induced with tetracycline for 24 hours and then starved or treated with MG132 or Baf A1 as indicated. The blot panels are from more than one western blot experiment but for clarity, only a single actin/GAPDH loading control is shown. In F, the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin or GAPDH loading controls of three independent experiments quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as ***p ˂ 0.001, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["G", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "or", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "mLIR", "+", "∆", "623", "-", "691", "grown", "in", "full", "medium", "and", "treated", "with", "Baf", "A1", "as", "indicated", "were", "immunostained", "for", "endogenous", "p62", "and", "LC3B", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 or EGFP-CALCOCO1 mLIR+∆623-691 grown in full medium and treated with Baf A1 as indicated were immunostained for endogenous p62 and LC3B. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "were", "starved", "for", "4", "hours", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "ATG13", "and", "anti", "-", "WIPI2", "antibodies", ".", "Scale", "bars", "in", "A", "are", "5", "μm", "for", "the", "confocal", "microscopy", "images", "and", "2", "μm", "for", "the", "airyscans", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 were starved for 4 hours and then immunostained with anti-ATG13 and anti-WIPI2 antibodies. Scale bars in A are 5 μm for the confocal microscopy images and 2 μm for the airyscans."}
{"words": ["In", "B", ",", "the", "error", "bars", "represent", "mean", "±", "sd", "of", "puncta", "per", "cell", "from", "three", "independent", "experiments", "and100", "-", "200", "cells", "per", "each", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In B, the error bars represent mean±sd of puncta per cell from three independent experiments and100-200 cells per each experiment."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", "treated", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "the", "loading", "control", "(", "GAPDH", "In", "D", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "GAPDH", "loading", "control", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ",", "n", "=", "5", "in", "I", ",", "n", "=", "3", "in", "others", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines treated as indicated. Numbers below the blots represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against the loading control (GAPDH In D the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the GAPDH loading control as quantified using ImageJ, n=5 in I, n=3 in others. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", "treated", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "the", "loading", "control", "(", "GAPDH", "In", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "GAPDH", "loading", "control", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ",", "n", "=", "5", "in", "I", ",", "n", "=", "3", "in", "others", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines treated as indicated. Numbers below the blots represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against the loading control (GAPDH In , the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the GAPDH loading control as quantified using ImageJ, n=5 in I, n=3 in others. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", "treated", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "the", "loading", "control", "actin", ")", ".", "In", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "loading", "control", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ",", "n", "=", "5", "in", "I", ",", "n", "=", "3", "in", "others", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines treated as indicated. Numbers below the blots represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against the loading control actin). In , the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin loading control as quantified using ImageJ, n=5 in I, n=3 in others. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": [",", "I", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "loading", "control", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ",", "n", "=", "5", "in", "I", ",", "n", "=", "3", "in", "others", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ", I the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin loading control as quantified using ImageJ, n=5 in I, n=3 in others. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", "treated", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "the", "loading", "control", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines treated as indicated. Numbers below the blots represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against the loading control (GAPDH"}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", "treated", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "the", "loading", "control", "(", "GAPDH", "The", "asterisk", "in", "K", "indicates", "that", "endogenous", "CALCOCO1", "is", "detected", "in", "WT", "and", "KO", "cell", "extracts", "and", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "in", "cells", "extracts", "from", "the", "rescued", "cells", ".", "In", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "actin", "or", "GAPDH", "loading", "control", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ",", "n", "=", "5", "in", "I", ",", "n", "=", "3", "in", "others", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of indicated cell lines treated as indicated. Numbers below the blots represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against the loading control (GAPDH The asterisk in K indicates that endogenous CALCOCO1 is detected in WT and KO cell extracts and EGFP-CALCOCO1 in cells extracts from the rescued cells. In the bars represent the mean±sd of band intensities relative to the actin or GAPDH loading control as quantified using ImageJ, n=5 in I, n=3 in others. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["B", "Co", "-", "IP", "of", "Myc", "-", "VAPA", "or", "Myc", "-", "VAPB", "with", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "from", "transiently", "transfected", "HEK293", "cells", ".", "The", "asterisks", "(", "*", ")", "indicate", "Myc", "-", "VAP", "previously", "detected", "on", "the", "same"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Co- IP of Myc-VAPA or Myc-VAPB with EGFP-CALCOCO1 from transiently transfected HEK293 cells. The asterisks (*) indicate Myc-VAP previously detected on the same membrane"}
{"words": ["C", ",", "D", "GST", "pulldown", "assays", "of", "in", "vitro", "transcribed", "/", "translated", "35S", "-", "Myc", "-", "CALCOCO1", "constructs", "with", "indicated", "recombinant", "GST", "-", "VAPA", "or", "GST", "-", "VAPB", "constructs", ".", "The", "scheme", "is", "a", "representation", "of", "CALCOCO1", "domains", "and", "motifs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D GST pulldown assays of in vitro transcribed/translated 35S-Myc-CALCOCO1 constructs with indicated recombinant GST-VAPA or GST-VAPB constructs.The scheme is a representation of CALCOCO1 domains and motifs."}
{"words": ["E", "HeLa", "cells", "transiently", "co", "-", "transfected", "with", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "and", "Myc", "-", "VAPA", "or", "-", "VAPB", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E HeLa cells transiently co-transfected with EGFP-CALCOCO1 and Myc-VAPA or -VAPB were immunostained with anti-Myc antibody. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["A", ",", "B", "Immunoblot", "analysis", "of", "indicated", "cell", "lines", ",", "starved", "for", "6", "hours", "(", "HBSS", ")", "as", "indicated", ",", "and", "treated", "with", "MG132", "or", "Baf", "A1", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "in", "A", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "GAPDH", "loading", "control", ".", "In", "B", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "of", "three", "independent", "experiments", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Immunoblot analysis of indicated cell lines, starved for 6 hours (HBSS) as indicated, and treated with MG132 or Baf A1 as indicated. Numbers below the blots in A represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against GAPDH loading control. In B, the bars represent the mean±sd of band intensities of three independent experiments as quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA and significance displayed as **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["C", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Immunoblot analysis of HeLa cells transfected with the indicated siRNAs."}
{"words": ["D", ",", "E", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "and", "treated", "with", "Baf", "A1", "as", "indicated", ".", "In", "D", ",", "the", "panels", "are", "from", "more", "than", "one", "western", "blot", "experiment", "but", "only", "a", "single", "GAPDH", "loading", "control", "is", "shown", ".", "In", "E", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "of", "three", "independent", "experiments", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Immunoblot analysis of HeLa cells transfected with the indicated siRNAs and treated with Baf A1 as indicated. In D, the panels are from more than one western blot experiment but only a single GAPDH loading control is shown. In E, the bars represent the mean±sd of band intensities of three independent experiments as quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005; ns is not significant."}
{"words": ["F", "HeLa", "KO", "CALCOCO1", "cells", "were", "transiently", "co", "-", "transfected", "with", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "and", "Myc", "-", "VAPA", "or", "Myc", "-", "VAPB", ",", "and", "then", "immunostained", "with", "anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "LC3B", "antibodies", ".", "Arrows", "indicate", "dots", "of", "co", "-", "localization", "of", "all", "three", "proteins", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "for", "large", "merged", "images", "and", "1", "μm", "for", "zoomed", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F HeLa KO CALCOCO1 cells were transiently co-transfected with EGFP-CALCOCO1 and Myc-VAPA or Myc-VAPB, and then immunostained with anti-Myc and anti-LC3B antibodies. Arrows indicate dots of co-localization of all three proteins. Scale bars, 5 μm for large merged images and 1 μm for zoomed images."}
{"words": ["A", ",", "B", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "WT", "and", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", ".", "The", "cells", "were", "starved", "for", "6", "hours", "(", "HBSS", ")", "as", "indicated", "and", "treated", "with", "Baf", "A1", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "in", "A", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "GAPDH", "loading", "control", ".", "In", "A", ",", "the", "panels", "are", "collected", "from", "more", "than", "one", "western", "blot", "experiment", "but", "for", "clarity", ",", "only", "a", "single", "GAPDH", "loading", "control", "is", "shown", ".", "In", "B", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "of", "three", "independent", "experiments", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Immunoblot analysis of HeLa WT and HeLa CALCOCO1 KO cells. The cells were starved for 6 hours (HBSS) as indicated and treated with Baf A1 as indicated. Numbers below the blots in A represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against GAPDH loading control. In A, the panels are collected from more than one western blot experiment but for clarity, only a single GAPDH loading control is shown. In B, the bars represent the mean±sd of band intensities of three independent experiments as quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["C", ",", "D", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cell", "lines", "reconstituted", "with", "EGFP", "-", "CALCOCO1", ".", "Expression", "of", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "was", "induced", "or", "not", "with", "tetracycline", "and", "the", "cells", "were", "treated", "with", "MG132", "or", "Baf", "A1", "as", "indicated", ".", "Numbers", "below", "the", "blots", "in", "C", "represent", "relative", "intensity", "of", "the", "bands", "in", "the", "shown", "blots", "normalized", "against", "actin", "loading", "control", ".", "In", "C", ",", "the", "panels", "are", "collected", "from", "more", "than", "one", "western", "blot", "experiment", "but", "only", "a", "single", "actin", "loading", "control", "is", "shown", ".", "In", "D", ",", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "of", "three", "independent", "experiments", "as", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "as", "in", "B", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Immunoblot analysis of HeLa CALCOCO1 KO cell lines reconstituted with EGFP-CALCOCO1. Expression of EGFP-CALCOCO1 was induced or not with tetracycline and the cells were treated with MG132 or Baf A1 as indicated. Numbers below the blots in C represent relative intensity of the bands in the shown blots normalized against actin loading control. In C, the panels are collected from more than one western blot experiment but only a single actin loading control is shown. In D, the bars represent the mean±sd of band intensities of three independent experiments as quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed as in B and significance displayed as **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["E", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cell", "lines", "reconstituted", "with", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "were", "treated", "with", "tetracycline", "or", "not", "to", "induce", "expression", "of", "EGFP", "-", "CALCOCO1", ".", "Abundance", "of", "the", "ER", "was", "quantified", "from", "widefield", "fluorescence", "images", "of", "endogenous", "RTN3", "staining", "(", "see", "Materials", "and", "methods", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "sd", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "as", "in", "B", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E HeLa CALCOCO1 KO cell lines reconstituted with EGFP-CALCOCO1 were treated with tetracycline or not to induce expression of EGFP-CALCOCO1. Abundance of the ER was quantified from widefield fluorescence images of endogenous RTN3 staining (see Materials and methods). Data are presented as mean ± sd of three independent experiments. Statistical comparison was analyzed as in B and significance displayed as ***p ˂ 0.001, **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["F", ",", "G", "Immunoblot", "analysis", "of", "cells", "analyzed", "in", "C", ".", "The", "bars", "in", "G", "represent", "the", "mean", "±", "sd", "of", "band", "intensities", "relative", "to", "the", "loading", "control", "from", "three", "independent", "experiments", "quantified", "using", "ImageJ", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", ".", "Significance", "is", "displayed", "as", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "005", ",", "*", "p", "˂", "0", ".", "01", ";", "ns", "is", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G Immunoblot analysis of cells analyzed in C. The bars in G represent the mean±sd of band intensities relative to the loading control from three independent experiments quantified using ImageJ. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test. Significance is displayed as **p ˂ 0.005, *p ˂ 0.01; ns is not significant."}
{"words": ["H", ",", "I", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "in", "fed", "or", "starved", "conditions", "and", "transfected", "with", "the", "indicated", "VAPA", "/", "B", "siRNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "H, I Immunoblot analysis of HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 in fed or starved conditions and transfected with the indicated VAPA/B siRNAs."}
{"words": ["A", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "in", "fed", "or", "starved", "conditions", "and", "treated", "as", "indicated", "with", "Baf", "A1", "or", "PI3KC3", "inhibitor", "SAR405", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 2, 0], "text": "A Immunoblot analysis of HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 in fed or starved conditions and treated as indicated with Baf A1 or PI3KC3 inhibitor SAR405."}
{"words": ["B", "Immunoblot", "analysis", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "CALCOCO1", "mLIR", "+", "∆", "623", "-", "691", "for", "24", "hours", "or", "not", ",", "and", "then", "treated", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Immunoblot analysis of HeLa CALCOCO1 KO cells stably expressing EGFP-CALCOCO1 mLIR+∆623-691 for 24 hours or not, and then treated as indicated."}
{"words": ["C", ",", "Representative", "confocal", "images", "of", "HeLa", "CALCOCO1", "KO", "cells", "transiently", "co", "-", "transfected", "with", "mCherry", "-", "CALCOCO1", ",", "Myc", "-", "VAPA", "and", "EGFP", "-", "LAMP1", ",", "and", "then", "treated", "as", "indicated", "before", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "anti", "-", "body", ".", "Arrows", "indicate", "co", "-", "localization", ".", "Scale", "bars", "in", "C", ",", "5", "μm", "for", "large", "merged", "images", "and", "1", "μm", "for", "zoomed", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Representative confocal images of HeLa CALCOCO1 KO cells transiently co-transfected with mCherry-CALCOCO1, Myc-VAPA and EGFP-LAMP1, and then treated as indicated before immunostaining with anti-Myc anti-body. Arrows indicate co-localization. Scale bars in C, 5 μm for large merged images and 1 μm for zoomed images."}
{"words": ["D", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "sd", ".", "Statistical", "comparison", "was", "analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "and", "significance", "displayed", "as", "*", "*", "*", "p", "˂", "0", ".", "001", ";", "ns", "is", "not", "significant", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, data are presented as mean ± sd. Statistical comparison was analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey multiple comparison test and significance displayed as ***p ˂ 0.001; ns is not significant, n=3."}
{"words": ["Schematic", ",", "western", "blot", ",", "and", "immunofluorescence", "analysis", "of", "the", "3", "×", "FLAG", "-", "UBXD8", "knockin", "U2OS", "cell", "line", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "C", ",", "mitochondria", "were", "visualized", "by", "anti", "-", "Tom20", "immunostaining", ";", "ER", "was", "labeled", "by", "anti", "-", "PDI", "immunostaining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Schematic, western blot, and immunofluorescence analysis of the 3×FLAG-UBXD8 knockin U2OS cell line. Scale bar, 5 μm. Data information: In C, mitochondria were visualized by anti-Tom20 immunostaining; ER was labeled by anti-PDI immunostaining."}
{"words": ["Blue", "native", "gel", "analysis", "of", "UBXD8", "in", "mitochondrial", "fractions", "purified", "from", "WT", "and", "∆", "UBXD8", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Blue native gel analysis of UBXD8 in mitochondrial fractions purified from WT and ∆UBXD8 HeLa cells."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "UBXD8", "interaction", "with", "mitochondrial", "(", "MARCH5", "and", "MUL1", ")", "and", "ER", "(", "RNF185", ")", "ubiquitin", "E3", "ligases", ".", "HeLa", "cells", "were", "infected", "with", "lentivirus", "to", "stably", "express", "HA", "-", "tagged", "ubiquitin", "E3", "ligases", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "prepared", "for", "anti", "-", "HA", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of UBXD8 interaction with mitochondrial (MARCH5 and MUL1) and ER (RNF185) ubiquitin E3 ligases. HeLa cells were infected with lentivirus to stably express HA-tagged ubiquitin E3 ligases. Whole cell lysates were prepared for anti-HA immunoprecipitation."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "analysis", "of", "UBXD8", "interaction", "with", "MARCH5", "and", "RNF185", ".", "Whole", "cell", "lysates", "from", "3", "×", "FLAG", "-", "UBXD8", "knockin", "HEK293T", "cells", "were", "prepared", "for", "anti", "-", "FLAG", "immunoprecipitation", ".", "MARCH5", "and", "RNF185", ":", "short", "exposure", "for", "whole", "cell", "lysate", "blots", ",", "long", "exposure", "for", "FLAG", "-", "IP", "blots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation analysis of UBXD8 interaction with MARCH5 and RNF185. Whole cell lysates from 3×FLAG-UBXD8 knockin HEK293T cells were prepared for anti-FLAG immunoprecipitation. MARCH5 and RNF185: short exposure for whole cell lysate blots, long exposure for FLAG-IP blots."}
{"words": ["Fractionation", "analysis", "of", "UBXD8", "'", "s", "effect", "on", "VCP", "recruitment", "to", "mitochondria", "and", "the", "ER", ".", "Whole", "cell", "lysate", ",", "mitochondria", ",", "and", "ER", "fractions", "were", "purified", "from", "WT", ",", "∆", "UBXD8", ",", "and", "∆", "UBXD8", "HeLa", "cells", "rescued", "with", "UBXD8", "or", "the", "UBX", "*", "mutant", ".", "UBX", "*", "-", "UBXD8", "carries", "four", "point", "mutations", "(", "K367A", ",", "F407A", ",", "P408G", ",", "R409A", ")", "in", "the", "UBX", "domain", "to", "disrupt", "the", "UBXD8", "-", "VCP", "interaction", ".", "For", "each", "sample", ",", "5", "μg", "proteins", "were", "loaded", "for", "western", "blot", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fractionation analysis of UBXD8's effect on VCP recruitment to mitochondria and the ER. Whole cell lysate, mitochondria, and ER fractions were purified from WT, ∆UBXD8, and ∆UBXD8 HeLa cells rescued with UBXD8 or the UBX* mutant. UBX*-UBXD8 carries four point mutations (K367A, F407A, P408G, R409A) in the UBX domain to disrupt the UBXD8-VCP interaction. For each sample, 5 μg proteins were loaded for western blot analysis."}
{"words": ["Quantitative", "analysis", "of", "VCP", "levels", "in", "the", "mitochondria", "and", "ER", "fractions", "from", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", ".", "Statistics", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", ";", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative analysis of VCP levels in the mitochondria and ER fractions from the indicated HeLa cells. Data are shown as mean ± SE from three biological repeats. Statistics: one-way ANOVA; **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Western", "blot", "(", "A", ")", "and", "quantitative", "(", "B", ")", "analyses", "of", "MiD49", "and", "Mcl1", "degradation", "in", "WT", "and", "∆", "MARCH5", "HeLa", "cells", ".", "Cycloheximide", "(", "CHX", ":", "200", "μg", "/", "ml", ";", "protein", "synthesis", "inhibitor", ")", ";", "MG132", ":", "20", "μM", ",", "proteasome", "inhibitor", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "(", "B", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "B", ",", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Western blot (A) and quantitative (B) analyses of MiD49 and Mcl1 degradation in WT and ∆MARCH5 HeLa cells. Cycloheximide (CHX: 200 μg/ml; protein synthesis inhibitor); MG132: 20 μM, proteasome inhibitor. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats (B, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test (B, ; *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, n.s., not significant."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Western", "blot", "(", "C", ")", "and", "quantitative", "(", "D", ")", "analyses", "of", "Mcl1", "degradation", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "D", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "D", ",", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Western blot (C) and quantitative (D) analyses of Mcl1 degradation in the indicated HeLa cells. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats D, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test D, ; *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, n.s., not significant."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "Western", "blot", "(", "E", ")", "and", "quantitative", "(", "F", ")", "analyses", "of", "MiD49", "degradation", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "F", ")", ".", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "F", ")", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. Western blot (E) and quantitative (F) analyses of MiD49 degradation in the indicated HeLa cells. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats F). Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test F); *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, n.s., not significant."}
{"words": ["Fractionation", "analysis", "of", "the", "subcellular", "localization", "of", "mito", "-", "UBXD8", "and", "ER", "-", "UBXD8", ".", "Whole", "cell", "lysate", ",", "mitochondria", ",", "and", "ER", "fractions", "were", "purified", "from", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Exogenously", "-", "expressed", "mito", "-", "UBXD8", "has", "similar", "expression", "level", "with", "endogenous", "UBXD8", "in", "WT", "cells", ";", "exogenously", "-", "expressed", "WT", "UBXD8", "and", "ER", "-", "UBXD8", "have", "similar", "expression", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fractionation analysis of the subcellular localization of mito-UBXD8 and ER-UBXD8. Whole cell lysate, mitochondria, and ER fractions were purified from the indicated HeLa cells. Exogenously-expressed mito-UBXD8 has similar expression level with endogenous UBXD8 in WT cells; exogenously-expressed WT UBXD8 and ER-UBXD8 have similar expression levels."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Western", "blot", "(", "D", ")", "and", "quantitative", "(", "E", ")", "analyses", "of", "Mcl1", "degradation", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "∆", "UBXD8", "HeLa", "cells", "were", "rescued", "with", "vector", ",", "WT", "-", ",", "mito", "-", ",", "and", "ER", "-", "UBXD8", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "(", "E", ")", ".", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "E", ")", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. Western blot (D) and quantitative (E) analyses of Mcl1 degradation in the indicated HeLa cells. ∆UBXD8 HeLa cells were rescued with vector, WT-, mito-, and ER-UBXD8. Data are shown as mean ± SE from three biological repeats (E). Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test (E); *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["Cell", "survival", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", "treated", "with", "Actinomycin", "D", "(", "ActD", ",", "1", "μM", ")", "or", "Doxorubicin", "(", "Doxo", ",", "10", "μM", ")", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Cell", "viability", "was", "measured", "by", "Cell", "Titer", "-", "Glo", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "D", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "D", ",", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell survival analysis of the indicated HeLa cells treated with Actinomycin D (ActD, 1 μM) or Doxorubicin (Doxo, 10 μM). Representative images are shown. Cell viability was measured by Cell Titer-Glo. Scale bar, 50 μm. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats D, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test D, ; *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "apoptosis", "activation", "(", "caspase", "cleavage", "and", "PARP", "cleavage", ")", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", "treated", "similarly", "as", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of apoptosis activation (caspase cleavage and PARP cleavage) in the indicated HeLa cells treated similarly as in (D)."}
{"words": ["Cell", "survival", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "7", "×", "105", "cells", "in", "one", "well", "of", "6", "-", "well", "plate", "were", "treated", "with", "ActD", "(", "200", "nM", ")", "for", "4", "hours", "or", "Doxo", "(", "50", "nM", ")", "for", "2", "hours", "and", "subsequently", "cultured", "in", "normal", "medium", "for", "21", "days", ".", "Surviving", "colonies", "were", "stained", "by", "0", ".", "1", "%", "(", "W", "/", "V", ")", "methylene", "blue", ".", "Representative", "images", "and", "quantifications", "of", "the", "surviving", "colony", "numbers", "are", "shown", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "G", ")", ".", "Statistics", ":", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "G", ")", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell survival analysis of the indicated HeLa cells. 7 × 105 cells in one well of 6-well plate were treated with ActD (200 nM) for 4 hours or Doxo (50 nM) for 2 hours and subsequently cultured in normal medium for 21 days. Surviving colonies were stained by 0.1% (W/V) methylene blue. Representative images and quantifications of the surviving colony numbers are shown. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats G). Statistics: one-way ANOVA (G); *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "BH3", "-", "domain", "containing", "proteins", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", "treated", "with", "Doxo", "(", "10", "μM", ")", ".", "Three", "proteins", "with", "enhanced", "level", "in", "∆", "UBXD8", "cells", "(", "Noxa", ",", "Bik", ",", "and", "Bnip3", ")", "are", "highlighted", "in", "red", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of BH3-domain containing proteins in the indicated HeLa cells treated with Doxo (10 μM). Three proteins with enhanced level in ∆UBXD8 cells (Noxa, Bik, and Bnip3) are highlighted in red."}
{"words": ["Western", "blot", "and", "quantitative", "analysis", "of", "Noxa", "degradation", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "(", "B", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "B", ",", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot and quantitative analysis of Noxa degradation in the indicated HeLa cells. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats (B, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test (B, ; *P < 0.05, **P < 0.001, ***P < 0.001."}
{"words": ["Western", "blot", "and", "quantitative", "analysis", "of", "Bik", "and", "Bnip3", "degradation", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "C", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "C", ",", ";", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot and quantitative analysis of Bik and Bnip3 degradation in the indicated HeLa cells. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats C, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test C, ; *P < 0.05, **P < 0.001, ***P < 0.001."}
{"words": ["Western", "blot", "(", "D", ",", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot (D, analysis of the indicated HeLa cells."}
{"words": ["Western", "blot", "F", ")", "analysis", "of", "the", "indicated", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot F) analysis of the indicated HeLa cells."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "the", "mitophagy", "events", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "mtKeima", "emission", "excited", "by", "405", "nm", "laser", "is", "shown", "as", "green", ";", "mtKeima", "emission", "excited", "by", "561", "nm", "laser", "is", "shown", "as", "red", ".", "Mitolysosomes", "are", "pointed", "by", "white", "arrows", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of the mitophagy events in the indicated HeLa cells. mtKeima emission excited by 405 nm laser is shown as green; mtKeima emission excited by 561 nm laser is shown as red. Mitolysosomes are pointed by white arrows. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["C", "-", "F", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "mitophagy", "events", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "Only", "cells", "with", "mitophagy", "were", "selected", "to", "quantify", "mitolysosome", "numbers", "(", "D", ",", "F", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "(", "C", "-", "F", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "C", "-", "F", ",", ";", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F. Quantitative analysis of mitophagy events in the indicated HeLa cells. Only cells with mitophagy were selected to quantify mitolysosome numbers (D, F). Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats (C-F, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test (C-F, ; **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["I", "-", "K", ",", "Representative", "images", "(", "I", ")", "and", "quantitative", "analysis", "of", "mitophagy", "events", "(", "J", ",", "K", ")", "in", "the", "indicated", "HeLa", "cells", ".", "White", "arrows", "point", "to", "mitolysosomes", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "shown", "as", "mean", " ", "±", " ", "SE", "from", "three", "biological", "repeats", "J", ",", "K", ",", "Statistics", ":", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "J", ",", "K", ")", ";", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", " ", "<", " ", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-K, Representative images (I) and quantitative analysis of mitophagy events (J, K) in the indicated HeLa cells. White arrows point to mitolysosomes. Scale bar, 5 μm. Data information: Data are shown as mean ± SE from three biological repeats J, K, Statistics: two-tailed unpaired Student's t-test J, K); **P < 0.01, ***P < 0.001."}
{"words": ["B", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", "and", "MLN9708", "activate", "luciferase", "activity", "in", "M2", "macrophages", "derived", "from", "Il", "-", "1β", "-", "luciferase", "transgenic", "mice", ".", "BMDMs", "from", "IL", "-", "1β", "-", "luciferase", "transgenic", "mice", "were", "treated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", "to", "differentiate", "into", "mature", "M2", "macrophages", ",", "and", "then", "used", "for", "screening", "of", "FDA", "compounds", "(", "5", "μM", ")", ".", "The", "X", "axis", "stands", "for", "the", "code", "of", "the", "drug", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Carfilzomib, Bortezomib and MLN9708 activate luciferase activity in M2 macrophages derived from Il-1β-luciferase transgenic mice. BMDMs from IL-1β-luciferase transgenic mice were treated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours to differentiate into mature M2 macrophages, and then used for screening of FDA compounds (5 μM). The X axis stands for the code of the drug."}
{"words": ["F", ",", "G", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", "and", "MLN9708", "promote", "the", "mRNA", "expression", "of", "Il", "-", "1β", "in", "M2", "macrophages", ".", "BMDMs", "(", "F", ")", "or", "Raw264", ".", "7", "cells", "(", "G", ")", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "treated", "by", "DMSO", ",", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "or", "MLN9708", "(", "2", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "BMDMs", "or", "Raw264", ".", "7", "cells", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "the", "expression", "of", "Il", "-", "1β", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "Data", "from", "three", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "T", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "H", ",", "I", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", "and", "MLN9708", "promote", "the", "secretion", "of", "inflammatory", "cytokine", "IL", "-", "1β", "in", "M2", "macrophages", ".", "BMDMs", "(", "H", ")", "or", "Raw264", ".", "7", "cells", "(", "I", ")", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "DMSO", ",", "Carfilzomib", "(", "500", "nM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "500", "nM", ")", "or", "MLN9708", "(", "500", "nM", ")", ".", "Secretion", "of", "IL", "-", "1β", "were", "measured", "through", "ELISA", "24", "hours", "later", ".", "Data", "from", "three", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "T", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G. Carfilzomib, Bortezomib and MLN9708 promote the mRNA expression of Il-1β in M2 macrophages. BMDMs (F) or Raw264.7 cells (G) were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then treated by DMSO, Carfilzomib (1 μM), Bortezomib (1 μM), or MLN9708 (2 μM). RNA was extracted from BMDMs or Raw264.7 cells 6 hours after stimulation and the expression of Il-1β were quantified through RT-qPCR. Data from three experiments are presented as the mean ± SD. T test was used for statistical analysis of differences between groups. ***p < 0.001 (student's t-test). H, I. Carfilzomib, Bortezomib and MLN9708 promote the secretion of inflammatory cytokine IL-1β in M2 macrophages. BMDMs (H) or Raw264.7 cells (I) were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated by DMSO, Carfilzomib (500 nM), Bortezomib (500 nM) or MLN9708 (500 nM). Secretion of IL-1β were measured through ELISA 24 hours later. Data from three experiments are presented as the mean ± SD. T test was used for statistical analysis of differences between groups. **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["A", ".", "The", "most", "effective", "one", "among", "the", "candidate", "compounds", ",", "Carfilzomib", ",", "significantly", "promotes", "the", "expression", "of", "M1", "macrophage", "markers", ",", "as", "well", "as", "reduces", "the", "expression", "of", "M2", "macrophage", "markers", ".", "BMDMs", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "DMSO", "or", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "the", "expression", "of", "M1", "(", "Il", "-", "6", "/", "Inos", ")", "or", "M2", "(", "Cd206", "/", "Arg1", ")", "macrophage", "markers", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "Data", "from", "three", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "T", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. The most effective one among the candidate compounds, Carfilzomib, significantly promotes the expression of M1 macrophage markers, as well as reduces the expression of M2 macrophage markers. BMDMs were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated by DMSO or Carfilzomib (1 μM). RNA was extracted from cells 6 hours after stimulation and the expression of M1 (Il-6/Inos) or M2 (Cd206/Arg1) macrophage markers were quantified through RT-qPCR. Data from three experiments are presented as the mean ± SD. T test was used for statistical analysis of differences between groups. ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["D", ".", "Statistics", "for", "proportion", "of", "CD86", ",", "CD80", ",", "MHC", "-", "II", "or", "CD206", "positive", "cells", "in", "BMDMs", ".", "Data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Statistics for proportion of CD86, CD80, MHC-II or CD206 positive cells in BMDMs. Data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01 (student's t-test)."}
{"words": ["E", ".", "Carfilzomib", "promotes", "the", "phagocytosis", "of", "macrophages", ".", "BMDMs", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "DMSO", "or", "Carfilzomib", "(", "500", "nM", ")", "for", "12", "hours", ".", "After", "starving", "for", "2", "hours", "and", "stained", "with", "Red", "membrane", "dye", ",", "BMDMs", "(", "red", ")", "were", "incubated", "with", "L1210", "-", "GFP", "cells", "(", "green", ")", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "another", "2", "hours", ".", "Phagocytosis", "effect", "was", "observed", "and", "photographed", "under", "fluorescence", "microscope", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "μm", "(", "up", ")", ",", "20", "μm", "(", "down", ")", ".", "The", "yellow", "arrows", "indicated", "L1210", "that", "is", "phagocytosed", "by", "macrophages", ".", "F", ".", "Statistics", "represent", "the", "number", "of", "phagocytosis", "L1210", "in", "100", "macrophages", ".", "Data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Carfilzomib promotes the phagocytosis of macrophages. BMDMs were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated by DMSO or Carfilzomib (500 nM) for 12 hours. After starving for 2 hours and stained with Red membrane dye, BMDMs (red) were incubated with L1210-GFP cells (green) in serum-free medium for another 2 hours. Phagocytosis effect was observed and photographed under fluorescence microscope. Scale bars, 50 μm (up), 20 μm (down). The yellow arrows indicated L1210 that is phagocytosed by macrophages. F. Statistics represent the number of phagocytosis L1210 in 100 macrophages. Data are means ± SD of three independent experiments. **p < 0.01 (student's t-test)."}
{"words": ["M", ".", "Carfilzomib", "promotes", "the", "M1", "-", "polarization", "of", "Tumor", "associated", "macrophages", "in", "vitro", ".", "BMDMs", "were", "cultured", "with", "tumor", "culture", "supernatant", "(", "TSN", ")", "produced", "by", "L1210", "cells", ",", "followed", "by", "activation", "with", "DMSO", "or", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "and", "the", "expression", "of", "Il", "-", "1β", ",", "Il", "-", "6", ",", "Inos", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", "6", "hours", "after", "stimulation", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. Carfilzomib promotes the M1-polarization of Tumor associated macrophages in vitro. BMDMs were cultured with tumor culture supernatant (TSN) produced by L1210 cells, followed by activation with DMSO or Carfilzomib (1 μM). RNA was extracted from cells and the expression of Il-1β, Il-6, Inos were quantified through RT-qPCR 6 hours after stimulation. The data are means ± SD of three independent experiments. **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Carfilzomib", "and", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "activate", "Il", "-", "1β", "luciferase", "in", "macrophages", ".", "(", "A", ")", "BMDMs", "were", "treated", "with", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", "and", "then", "stimulated", "by", "DMSO", ",", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "or", "MG132", "(", "5", "μM", ")", ".", "(", "B", ")", "BMDMs", "were", "stimulated", "by", "DMSO", ",", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", "or", "MG132", "(", "5", "μM", ")", ")", "for", "1", "hour", ",", "then", "induced", "with", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", ".", "Luciferase", "assays", "were", "monitored", "12", "hours", "after", "stimulation", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Carfilzomib and proteasome inhibitor MG132 activate Il-1β luciferase in macrophages. (A) BMDMs were treated with IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours and then stimulated by DMSO, Carfilzomib (1 μM), or MG132 (5 μM). (B) BMDMs were stimulated by DMSO, Carfilzomib (1 μM) or MG132 (5 μM)) for 1 hour, then induced with IL-4 (20 ng/mL). Luciferase assays were monitored 12 hours after stimulation. The data are means ± SD of three independent experiments. ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["E", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", ",", "MLN9708", "and", "MG132", "induce", "ER", "stress", "response", ".", "BMDMs", "were", "pretreated", "with", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", "and", "then", "stimulated", "by", "DMSO", "or", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "MLN9708", "(", "2", "μM", ")", ",", "MG132", "(", "5", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "3", "hours", "or", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "the", "expression", "of", "ER", "stress", "related", "genes", "(", "Bip", ",", "Chop", ")", "were", "detected", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Carfilzomib, Bortezomib, MLN9708 and MG132 induce ER stress response. BMDMs were pretreated with IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours and then stimulated by DMSO or Carfilzomib (1 μM), Bortezomib (1 μM), MLN9708 (2 μM), MG132 (5 μM). RNA was extracted from cells 3 hours or 6 hours after stimulation and the expression of ER stress related genes (Bip, Chop) were detected through RT-qPCR. The data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["F", ".", "ER", "stress", "agonists", ",", "TUN", "and", "TG", ",", "promote", "the", "expression", "of", "M1", "macrophage", "markers", ",", "as", "well", "as", "reduce", "the", "expression", "of", "M2", "macrophage", "markers", ".", "BMDMs", "were", "pretreated", "with", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", "and", "then", "stimulated", "by", "DMSO", ",", "TUN", "(", "500", "nM", ")", "or", "TG", "(", "500", "nM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "indicated", "genes", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ER stress agonists, TUN and TG, promote the expression of M1 macrophage markers, as well as reduce the expression of M2 macrophage markers. BMDMs were pretreated with IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours and then stimulated by DMSO, TUN (500 nM) or TG (500 nM). RNA was extracted from cells 6 hours after stimulation and indicated genes were quantified through RT-qPCR. The data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["G", ".", "Inhibition", "of", "ER", "stress", "impairs", "the", "ability", "of", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", ",", "MLN9708", "and", "MG132", "to", "reprogram", "M2", "towards", "M1", "-", "like", "macrophages", ".", "BMDMs", "were", "induced", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "pretreated", "with", "4", "-", "PBA", "(", "5", "mM", ")", "for", "1", "hour", "and", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "1μM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "1μM", ")", ",", "MLN9708", "(", "2", "μM", ")", ",", "MG132", "(", "5", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "the", "expression", "of", "Il", "-", "1β", ",", "Il", "-", "6", "and", "Inos", "were", "detected", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Inhibition of ER stress impairs the ability of Carfilzomib, Bortezomib, MLN9708 and MG132 to reprogram M2 towards M1-like macrophages. BMDMs were induced by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then pretreated with 4-PBA (5 mM) for 1 hour and stimulated by Carfilzomib (1μM), Bortezomib (1μM), MLN9708 (2 μM), MG132 (5 μM). RNA was extracted from cells 6 hours after stimulation and the expression of Il-1β, Il-6 and Inos were detected through RT-qPCR. The data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["A", ",", "B", "Deficiency", "of", "Ern1", "reduces", "the", "expression", "of", "inflammatory", "related", "genes", ".", "Wild", "-", "type", "and", "Ern1", "-", "/", "-", "Raw264", ".", "7", "cells", "(", "A", ")", "or", "BMDMs", "(", "B", ")", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "DMSO", "or", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ".", "The", "mRNA", "of", "Il", "-", "1β", "and", "Il", "-", "6", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", "6", "hours", "after", "stimulation", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Deficiency of Ern1 reduces the expression of inflammatory related genes. Wild-type and Ern1-/- Raw264.7 cells (A) or BMDMs (B) were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated by DMSO or Carfilzomib (1 μM). The mRNA of Il-1β and Il-6 were quantified through RT-qPCR 6 hours after stimulation. The data are means ± SD of three independent experiments. **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["E", ".", "Kira6", "inhibits", "the", "expression", "of", "ER", "stress", "related", "genes", "and", "inflammatory", "related", "genes", ".", "BMDMs", "was", "treated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "treated", "with", "Kira6", "(", "100", "nM", ")", "for", "1", "hour", ",", "and", "then", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", "for", "6", "hours", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "and", "the", "expression", "of", "Bip", ",", "Chop", ",", "Il", "-", "1β", "and", "Il", "-", "6", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "F", ",", "G", ".", "Carfilzomib", "has", "no", "effect", "on", "splicing", "of", "XBP1", "in", "M2", "macrophages", ".", "BMDMs", "(", "F", ")", "or", "Raw264", ".", "7", "cells", "(", "G", ")", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "with", "DMSO", ",", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", "or", "TUN", "(", "500", "nM", ")", ".", "The", "mRNA", "expression", "of", "sXBP1", "and", "unXBP1", "were", "detected", "through", "RT", "-", "qPCR", "6", "hours", "after", "stimulation", ".", "The", "data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Kira6 inhibits the expression of ER stress related genes and inflammatory related genes. BMDMs was treated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, treated with Kira6 (100 nM) for 1 hour, and then stimulated by Carfilzomib (1 μM) for 6 hours. RNA was extracted from cells and the expression of Bip, Chop, Il-1β and Il-6 were quantified through RT-qPCR. The data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01 (student's t-test). F, G. Carfilzomib has no effect on splicing of XBP1 in M2 macrophages. BMDMs (F) or Raw264.7 cells (G) were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated with DMSO, Carfilzomib (1 μM) or TUN (500 nM). The mRNA expression of sXBP1 and unXBP1 were detected through RT-qPCR 6 hours after stimulation. The data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["J", ".", "Carfilzomib", "promotes", "the", "association", "between", "IRE1α", "and", "TRAF2", "in", "M2", "macrophages", ".", "Raw264", ".", "7", "cells", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", "for", "2", "or", "4", "hours", ".", "Coimmunoprecipitation", "(", "Co", "-", "IP", ")", "and", "IB", "were", "performed", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Carfilzomib promotes the association between IRE1α and TRAF2 in M2 macrophages. Raw264.7 cells were pretreated by IL-4 (20ng/mL) for 24 hours, then stimulated by Carfilzomib (1 μM) for 2 or 4 hours. Coimmunoprecipitation (Co-IP) and IB were performed with indicated antibodies."}
{"words": ["L", ".", "Carfilzomib", "activates", "NF", "-", "κB", "signaling", "pathway", "through", "IRE1α", "in", "M2", "macrophages", ".", "Wild", "-", "type", "and", "Ern1", "-", "/", "-", "Raw264", ".", "7", "cells", "were", "pretreated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "mL", ")", "for", "24", "hours", ",", "then", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", "for", "indicated", "time", "points", ".", "WCL", "were", "analyzed", "by", "IB", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Carfilzomib activates NF-κB signaling pathway through IRE1α in M2 macrophages. Wild-type and Ern1-/- Raw264.7 cells were pretreated by IL-4 (20 ng/mL) for 24 hours, then stimulated by Carfilzomib (1 μM) for indicated time points. WCL were analyzed by IB with indicated antibodies."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "Hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ")", "staining", "of", "the", "lung", "tissue", "obtained", "from", "different", "treatment", "groups", ".", "Expression", "of", "Ki", "-", "67", "in", "lung", "tissues", "was", "detected", "by", "immunohistochemistry", "method", ".", "D", ".", "Statistics", "of", "the", "tumor", "area", "and", "the", "number", "of", "Ki67", "positive", "cells", "in", "sections", "of", "lung", "tissue", ".", "Data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of Hematoxylin and eosin (H&E) staining of the lung tissue obtained from different treatment groups. Expression of Ki-67 in lung tissues was detected by immunohistochemistry method. D. Statistics of the tumor area and the number of Ki67 positive cells in sections of lung tissue. Data are means ± SD of three independent experiments. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["E", ".", "Carfilzomib", "treatment", "promotes", "the", "infiltration", "of", "M1", "macrophages", ".", "Tumor", "bearing", "TD", "mice", "were", "treated", "as", "indicated", "in", "(", "A", ")", "and", "euthanized", ".", "Lung", "tissues", "were", "dissected", "for", "evaluating", "M1", "/", "M2", "populations", "through", "analyze", "the", "expression", "of", "CD80", "and", "CD206", "by", "flow", "cytometry", ".", "F", ".", "Statistics", "represent", "the", "proportion", "of", "CD80", "or", "CD206", "positive", "cells", "in", "lung", "tissue", ".", "Data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "G", ".", "Carfilzomib", "treatment", "promotes", "the", "infiltration", "and", "activation", "of", "CD8", "+", "T", "cells", ".", "Lung", "tissues", "of", "(", "E", ")", "were", "used", "for", "evaluating", "the", "infiltration", "of", "CD8", "+", "T", "cells", "and", "their", "expression", "of", "CD69", "by", "flow", "cytometry", ".", "H", ".", "Statistics", "about", "the", "proportion", "of", "CD8", "+", "or", "CD69", "+", "positive", "cells", "in", "lung", "tissue", ".", "Data", "are", "means", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Carfilzomib treatment promotes the infiltration of M1 macrophages. Tumor bearing TD mice were treated as indicated in (A) and euthanized. Lung tissues were dissected for evaluating M1/M2 populations through analyze the expression of CD80 and CD206 by flow cytometry. F. Statistics represent the proportion of CD80 or CD206 positive cells in lung tissue. Data are means ± SD of three independent experiments. **p < 0.01 (student's t-test). G. Carfilzomib treatment promotes the infiltration and activation of CD8+ T cells. Lung tissues of (E) were used for evaluating the infiltration of CD8+ T cells and their expression of CD69 by flow cytometry. H. Statistics about the proportion of CD8+ or CD69+ positive cells in lung tissue. Data are means ± SD of three independent experiments. **p < 0.01 (student's t-test)."}
{"words": ["K", ",", "L", ".", "Carfilzomib", "shrinks", "tumor", "through", "modulating", "tumor", "microenvironment", ".", "EG7", "cells", "were", "inoculated", "in", "wild", "-", "type", "or", "LyzM", "-", "cre", ";", "lsl", "-", "dTA", "to", "allow", "tumor", "xenograft", "to", "reach", "a", "volume", "of", "around", "80", "mm3", ".", "Mice", "were", "randomized", "for", "treatment", "(", "n", "=", "5", ")", "by", "saline", "or", "Carfilzomib", "for", "two", "weeks", ".", "The", "xenografts", "were", "dissected", "to", "photograph", "(", "K", ")", "or", "weigh", "(", "L", ")", "after", "treatment", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", "and", "n", "indicates", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K, L. Carfilzomib shrinks tumor through modulating tumor microenvironment. EG7 cells were inoculated in wild-type or LyzM-cre;lsl-dTA to allow tumor xenograft to reach a volume of around 80 mm3. Mice were randomized for treatment (n=5) by saline or Carfilzomib for two weeks. The xenografts were dissected to photograph (K) or weigh (L) after treatment. Data are shown as mean ±SD and n indicates the number of biological replicates. *p < 0.05, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["D", ".", "CD4", "+", "and", "CD8", "+", "T", "cells", "play", "a", "role", "in", "mediating", "cancer", "-", "shrinking", "effect", "of", "Carfilzomib", ".", "Lung", "-", "cancer", "-", "bearing", "TD", "mice", "were", "treated", "by", "saline", ",", "Carfilzomib", ",", "anti", "-", "mouse", "CD4", "antibody", "(", "ip", ".", ")", ",", "anti", "-", "mouse", "CD8", "antibody", "(", "ip", ".", ")", ",", "or", "Carfilzomib", "plus", "anti", "-", "mouse", "CD4", "/", "8", "antibody", ".", "CT", "scanning", "was", "performed", "after", "two", "-", "week", "treatment", ".", "E", ".", "Representative", "images", "of", "H", "&", "E", "staining", "of", "the", "treated", "lung", "tissues", ".", "Expression", "of", "Ki", "-", "67", "in", "lung", "tissues", "was", "detected", "by", "immunohistochemistry", "method", ".", "F", ".", "Carfilzomib", "synergized", "with", "PD1", "antibody", "in", "shrinking", "lung", "cancers", ".", "Lung", "cancer", "bearing", "TD", "mice", "were", "treated", "by", "saline", ",", "anti", "-", "PD1", "antibody", "(", "ip", ")", ",", "Carfilzomib", ",", "or", "Carfilzomib", "plus", "anti", "-", "PD1", "(", "ip", ")", ".", "CT", "scanning", "was", "performed", "after", "two", "-", "week", "treatment", ".", "G", ".", "Representative", "images", "of", "H", "&", "E", "staining", "of", "the", "lung", "tissues", ".", "Expression", "of", "Ki", "-", "67", "in", "lung", "tissue", "was", "detected", "by", "immunohistochemistry", "method", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. CD4+ and CD8+ T cells play a role in mediating cancer-shrinking effect of Carfilzomib. Lung-cancer-bearing TD mice were treated by saline, Carfilzomib, anti-mouse CD4 antibody (ip.), anti-mouse CD8 antibody (ip.), or Carfilzomib plus anti-mouse CD4/8 antibody. CT scanning was performed after two-week treatment. E. Representative images of H&E staining of the treated lung tissues. Expression of Ki-67 in lung tissues was detected by immunohistochemistry method. F. Carfilzomib synergized with PD1 antibody in shrinking lung cancers. Lung cancer bearing TD mice were treated by saline, anti-PD1 antibody (ip), Carfilzomib, or Carfilzomib plus anti-PD1 (ip). CT scanning was performed after two-week treatment. G. Representative images of H&E staining of the lung tissues. Expression of Ki-67 in lung tissue was detected by immunohistochemistry method."}
{"words": ["A", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", "and", "MLN9708", "promote", "the", "expression", "of", "M1", "macrophage", "markers", "(", "Il", "-", "1β", ",", "Il", "-", "6", ",", "Tnfα", ")", "and", "reduce", "the", "expression", "of", "M2", "macrophage", "markers", "(", "Il", "-", "10", ",", "Tgfβ", ")", "in", "macrophages", "derived", "from", "PBMCs", ".", "After", "induced", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", "for", "24", "hours", "to", "differentiate", "into", "mature", "M2", "macrophages", ",", "PBMCs", "derived", "macrophages", "were", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "1", "μM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "1", "μM", ")", "or", "MLN9708", "(", "2", "μM", ")", ".", "RNA", "was", "extracted", "from", "cells", "6", "hours", "after", "stimulation", "and", "the", "expression", "of", "mRNA", "were", "quantified", "through", "RT", "-", "qPCR", ".", "Data", "from", "three", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "T", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Carfilzomib, Bortezomib and MLN9708 promote the expression of M1 macrophage markers (Il-1β, Il-6, Tnfα) and reduce the expression of M2 macrophage markers (Il-10, Tgfβ) in macrophages derived from PBMCs. After induced by IL-4 (20 ng/ml) for 24 hours to differentiate into mature M2 macrophages, PBMCs derived macrophages were stimulated by Carfilzomib (1 μM), Bortezomib (1 μM) or MLN9708 (2 μM). RNA was extracted from cells 6 hours after stimulation and the expression of mRNA were quantified through RT-qPCR. Data from three experiments are presented as the mean ± SD. T test was used for statistical analysis of differences between groups. *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 (student's t-test)."}
{"words": ["C", "-", "F", ".", "Carfilzomib", ",", "Bortezomib", "and", "MLN9708", "increase", "the", "expression", "of", "CD80", "(", "C", ")", "and", "reduce", "the", "expression", "of", "CD206", "(", "E", ")", "in", "M2", "macrophages", "derived", "from", "PBMCs", ".", "After", "activated", "by", "IL", "-", "4", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", "for", "24", "hours", "to", "differentiate", "into", "mature", "M2", "macrophages", ",", "PBMCs", "derived", "macrophages", "were", "stimulated", "by", "Carfilzomib", "(", "500", "nM", ")", ",", "Bortezomib", "(", "500", "nM", ")", "or", "MLN9708", "(", "500", "nM", ")", ".", "The", "representative", "histogram", "of", "CD80", "and", "CD206", "expression", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "12", "hours", "after", "stimulation", ".", "(", "D", ",", "F", ")", "Statistics", "represent", "the", "proportion", "of", "CD80", "(", "D", ")", "or", "CD206", "(", "F", ")", "positive", "cells", "in", "macrophages", "derived", "from", "PBMCs", ".", "Data", "from", "three", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "T", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "(", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F. Carfilzomib, Bortezomib and MLN9708 increase the expression of CD80 (C) and reduce the expression of CD206 (E) in M2 macrophages derived from PBMCs. After activated by IL-4 (20 ng/ml) for 24 hours to differentiate into mature M2 macrophages, PBMCs derived macrophages were stimulated by Carfilzomib (500 nM), Bortezomib (500 nM) or MLN9708 (500 nM). The representative histogram of CD80 and CD206 expression was analyzed by flow cytometry 12 hours after stimulation. (D, F) Statistics represent the proportion of CD80 (D) or CD206 (F) positive cells in macrophages derived from PBMCs. Data from three experiments are presented as the mean ± SD. T test was used for statistical analysis of differences between groups. *p < 0.05, **p < 0.01 (student's t-test)."}
{"words": ["C", ",", "AltFUS", "(", "arrow", ")", "endogenous", "expression", "in", "Human", "tissues", "(", "brain", ",", "muscles", "and", "kidney", "-", "100", "μg", ")", ",", "in", "HEK293", "and", "HeLa", "cultured", "cells", "(", "100", "μg", ")", "and", "using", "the", "over", "-", "expression", "of", "altFUS", "CDS", "in", "HEK293", "cells", "(", "50", "μg", ")", "as", "positive", "control", "(", "representative", "image", "from", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "asterisk", "indicates", "a", "protein", "species", "detected", "with", "the", "anti", "-", "altFUS", "antibody", "specifically", "in", "the", "brain", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, AltFUS (arrow) endogenous expression in Human tissues (brain, muscles and kidney - 100 μg), in HEK293 and HeLa cultured cells (100 μg) and using the over-expression of altFUS CDS in HEK293 cells (50 μg) as positive control (representative image from n=3). The asterisk indicates a protein species detected with the anti-altFUS antibody specifically in the brain."}
{"words": ["AltFUS", "(", "arrow", ")", "endogenous", "expression", "in", "the", "motor", "cortex", "of", "three", "C9orf72", "and", "three", "sporadic", "ALS", "patients", "(", "D", ")", "(", "representative", "image", "from", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "asterisk", "indicates", "a", "protein", "species", "detected", "with", "the", "anti", "-", "altFUS", "antibody", "specifically", "in", "the", "brain", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AltFUS (arrow) endogenous expression in the motor cortex of three C9orf72 and three sporadic ALS patients (D) (representative image from n=3). The asterisk indicates a protein species detected with the anti-altFUS antibody specifically in the brain."}
{"words": ["AltFUS", "(", "arrow", ")", "endogenous", "expression", "in", "iPSC", "-", "derived", "motor", "neurons", "of", "three", "lines", "from", "controls", "and", "from", "ALS", "patients", "(", "E", ")", "(", "representative", "image", "from", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "asterisk", "indicates", "a", "protein", "species", "detected", "with", "the", "anti", "-", "altFUS", "antibody", "specifically", "in", "the", "brain", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AltFUS (arrow) endogenous expression in iPSC-derived motor neurons of three lines from controls and from ALS patients (E) (representative image from n=3). The asterisk indicates a protein species detected with the anti-altFUS antibody specifically in the brain."}
{"words": ["I", ",", "Endogenous", "altFUS", "mitochondrial", "expression", "in", "HEK293", "cells", "following", "fractionation", "(", "representative", "image", "from", "n", "=", "3", ")", ",", "with", "Tubulin", "as", "a", "marker", "of", "the", "cytosolic", "fraction", "and", "VDAC", "as", "a", "marker", "of", "the", "mitochondrial", "fraction", ".", "We", "used", "siFUS", "transfected", "cells", "as", "a", "negative", "control", "and", "altFUS", "transfected", "cells", "as", "a", "positive", "control", "for", "altFUS", "expression", "(", "WCL", "=", "Whole", "Cell", "Lysate", ",", "Cyto", "=", "Cytosol", "fraction", ",", "Mito", "=", "mitochondrial", "fraction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, Endogenous altFUS mitochondrial expression in HEK293 cells following fractionation (representative image from n=3), with Tubulin as a marker of the cytosolic fraction and VDAC as a marker of the mitochondrial fraction. We used siFUS transfected cells as a negative control and altFUS transfected cells as a positive control for altFUS expression (WCL = Whole Cell Lysate, Cyto = Cytosol fraction, Mito = mitochondrial fraction)."}
{"words": ["J", ",", "Representative", "images", "of", "the", "mitochondrial", "network", "(", "Tomm20", "in", "red", ")", "in", "mock", "and", "altFUS", "-", "Flag", "(", "green", ")", "transfected", "HeLa", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "white", "scale", "bar", "corresponds", "to", "10μm", ".", "K", ",", "Proportion", "of", "tubules", "and", "globules", "in", "the", "mitochondrial", "network", "of", "mock", "HeLa", "cells", "and", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "altFUS", "-", "Flag", "Quantification", "was", "done", "over", "a", "minimum", "of", "100", "cells", "across", "a", "technical", "duplicate", "per", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ",", "i", ".", "e", ".", "a", "minimum", "of", "300", "cells", "per", "biological", "conditions", ",", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ")", ".", "The", "boxes", "extend", "to", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "with", "the", "median", "marked", ".", "The", "whiskers", "correspond", "to", "the", "5th", "and", "95th", "percentiles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J, Representative images of the mitochondrial network (Tomm20 in red) in mock and altFUS-Flag (green) transfected HeLa cells (n=3). The white scale bar corresponds to 10μm. K, Proportion of tubules and globules in the mitochondrial network of mock HeLa cells and HeLa cells transfected with altFUS-Flag Quantification was done over a minimum of 100 cells across a technical duplicate per independent experiments (n=3, i.e. a minimum of 300 cells per biological conditions, p-value < 0.001, Mann-Whitney U test). The boxes extend to the 25th and 75th percentiles, with the median marked. The whiskers correspond to the 5th and 95th percentiles."}
{"words": ["E", ",", "Scatter", "plot", "of", "the", "proteins", "identified", "by", "AP", "-", "MS", "indicating", "their", "enrichment", "(", "Fold", "-", "change", "over", "control", ")", "and", "their", "SAINT", "probability", "score", ".", "Proteins", "above", "the", "0", ".", "8", "threshold", "(", "grey", "line", ")", "are", "indicated", "in", "black", ",", "others", "in", "grey", ".", "AltFUS", "is", "indicated", "in", "red", "(", "bait", ")", "and", "preys", "known", "to", "regulate", "the", "autophagy", "or", "the", "cellular", "stress", "response", "are", "indicated", "in", "green", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Scatter plot of the proteins identified by AP-MS indicating their enrichment (Fold-change over control) and their SAINT probability score. Proteins above the 0.8 threshold (grey line) are indicated in black, others in grey. AltFUS is indicated in red (bait) and preys known to regulate the autophagy or the cellular stress response are indicated in green."}
{"words": ["B", ",", "LC3", "-", "II", "accumulation", "after", "bafilomycin", "treatment", "from", "mock", ",", "altFUS", ",", "FUS", ",", "FUS", "(", "Ø", ")", ",", "FUS", "-", "R495x", ",", "FUS", "(", "Ø", ")", "-", "R495x", "transfected", "cells", "and", "FUS", "(", "Ø", ")", "-", "R495x", "and", "altFUS", "co", "-", "transfected", "cells", "across", "3", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ",", "mean", "±", "SD", ")", ".", "The", "quantification", "corresponds", "to", "the", "treated", "/", "untreated", "ratio", "of", "LC3", "-", "II", "abundance", "Statistical", "significance", "is", "relative", "to", "the", "mock", "condition", "unless", "otherwise", "indicated", "(", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", "=", "non", "-", "significant", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, LC3-II accumulation after bafilomycin treatment from mock, altFUS, FUS, FUS(Ø), FUS-R495x, FUS(Ø)-R495x transfected cells and FUS(Ø)-R495x and altFUS co-transfected cells across 3 independent experiments (n=3, mean ± SD). The quantification corresponds to the treated/untreated ratio of LC3-II abundance Statistical significance is relative to the mock condition unless otherwise indicated (**** = p value < 0.0001, *** = p value < 0.001, ** = p value < 0.01, n.s. = non-significant, two-way ANOVA with Tukey's multiple comparison correction)."}
{"words": ["D", "-", "E", ",", "Quantification", "of", "FUS", "cytoplasmic", "granules", ",", "number", "(", "D", ")", "and", "area", "(", "μm2", ")", "(", "E", ")", "in", "cells", "over", "-", "expressing", "the", "bicistronic", "(", "+", ")", "or", "monocistronic", "(", "-", ")", "construct", "for", "FUS", ",", "FUS", "-", "G156E", ",", "FUS", "-", "R495x", ",", "FUS", "-", "K510E", ",", "FUS", "-", "Q519x", ",", "FUS", "-", "Q519I", "-", "fs527x", ",", "FUS", "-", "R521C", ",", "and", "FUS", "-", "P525L", ".", "Statistical", "comparisons", "are", "made", "between", "bicistronic", "and", "monocistronic", "versions", "of", "each", "construct", "(", "n", "=", "3", "-", "biological", "replicates", ",", "mean", "±", "SD", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "n", ".", "s", ".", "=", "non", "-", "significant", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparison", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-E, Quantification of FUS cytoplasmic granules, number (D) and area (μm2) (E) in cells over-expressing the bicistronic (+) or monocistronic (-) construct for FUS, FUS-G156E, FUS-R495x, FUS-K510E, FUS-Q519x, FUS-Q519I-fs527x, FUS-R521C, and FUS-P525L. Statistical comparisons are made between bicistronic and monocistronic versions of each construct (n=3 - biological replicates, mean ± SD, **** = p value < 0.0001, *** = p value < 0.001, ** = p value < 0.01, * = p value < 0.05, n.s. = non-significant, one-way ANOVA test with Sidak's multiple comparison)."}
{"words": ["C", "-", "E", ",", "Locomotion", "assay", "represented", "by", "the", "percentage", "of", "climbing", "success", "in", "control", "and", "RU", "-", "486", "-", "treated", "transgenic", "Drosophila", "expressing", "mCherry", "or", "altFUS", "(", "C", ")", ",", "the", "bicistronic", "FUS", "or", "the", "monocistronic", "FUS", "(", "Ø", ")", "(", "D", ")", ",", "and", "the", "bicistronic", "FUS", "-", "R495x", "or", "the", "monocistronic", "FUS", "(", "Ø", ")", "-", "R495x", "(", "E", ")", "at", "day", "1", ",", "10", "and", "20", "post", "-", "induction", ".", "Statistical", "comparisons", "were", "made", "between", "each", "population", "(", "n", "=", "4", "-", "biological", "replicates", ")", ".", "Indicated", "significance", "is", "between", "the", "monocistronic", "and", "the", "bicistronic", "transgenic", "flies", "of", "the", "RU", "-", "486", "-", "treated", "population", "(", "mean", "±", "SD", ",", "n", ".", "s", ".", "=", "non", "-", "significant", ",", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E, Locomotion assay represented by the percentage of climbing success in control and RU-486-treated transgenic Drosophila expressing mCherry or altFUS (C), the bicistronic FUS or the monocistronic FUS(Ø) (D), and the bicistronic FUS-R495x or the monocistronic FUS(Ø)-R495x (E) at day 1, 10 and 20 post-induction. Statistical comparisons were made between each population (n=4 - biological replicates). Indicated significance is between the monocistronic and the bicistronic transgenic flies of the RU-486-treated population (mean ± SD, n.s. = non-significant, * = p value < 0.05, *** = p value < 0.001, two-way ANOVA with Tukey's multiple comparison correction)."}
{"words": ["A", ",", "Graphical", "representation", "of", "FUS", "synonymous", "mutations", "(", "yellow", ")", "found", "in", "ALS", "patients", ".", "The", "canonical", "FUS", "mRNA", "is", "represented", "in", "dark", "blue", "(", "ENST00000254108", "or", "NM", "_", "004960", ")", ".", "The", "FUS", "protein", "coding", "sequence", "is", "indicated", "in", "light", "blue", ",", "and", "the", "altFUS", "protein", "coding", "sequence", "is", "indicated", "in", "green", ".", "B", ",", "Images", "by", "confocal", "microscopy", "of", "TDP", "-", "43", "(", "white", ")", ",", "FUS", "(", "GFP", "tagged", "-", "green", ")", "and", "altFUS", "(", "Flag", "tagged", "-", "red", ")", "in", "HeLa", "cells", "over", "-", "expressing", "GFP", "-", "FUS", "(", "Flag", ")", ",", "GFP", "-", "FUS", "(", "P31L", "-", "Flag", ")", "-", "S44", "=", ",", "GFP", "-", "FUS", "(", "A38V", "-", "Flag", ")", "-", "G51", "=", ",", "GFP", "-", "FUS", "(", "A46V", "-", "Flag", ")", "-", "G59", "=", ",", "GFP", "-", "FUS", "(", "R64P", "-", "Flag", ")", "-", "S77", "=", "(", "representative", "images", "from", "n", "=", "3", ")", ".", "White", "arrows", "indicate", "some", "TDP", "-", "43", "aggregates", ".", "The", "white", "scale", "bar", "corresponds", "to", "10", "μm", ".", "C", ",", "Quantification", "of", "cells", "with", "TDP", "-", "43", "aggregates", "in", "HeLa", "cells", "(", "see", "panel", "B", ")", ".", "The", "data", "are", "represented", "as", "the", "fold", "-", "change", "compared", "to", "the", "GFP", "-", "FUS", "(", "Flag", ")", "expressing", "cells", ".", "Statistical", "significance", "is", "indicated", "above", "the", "bars", "(", "n", "=", "3", "-", "biological", "replicates", ",", "mean", "±", "SD", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "value", "<", "0", ".", "0001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Graphical representation of FUS synonymous mutations (yellow) found in ALS patients. The canonical FUS mRNA is represented in dark blue (ENST00000254108 or NM_004960). The FUS protein coding sequence is indicated in light blue, and the altFUS protein coding sequence is indicated in green. B, Images by confocal microscopy of TDP-43 (white), FUS (GFP tagged - green) and altFUS (Flag tagged - red) in HeLa cells over-expressing GFP-FUS(Flag), GFP-FUS(P31L-Flag)-S44=, GFP-FUS(A38V-Flag)-G51=, GFP-FUS(A46V-Flag)-G59=, GFP-FUS(R64P-Flag)-S77= (representative images from n=3). White arrows indicate some TDP-43 aggregates. The white scale bar corresponds to 10 μm. C, Quantification of cells with TDP-43 aggregates in HeLa cells (see panel B). The data are represented as the fold-change compared to the GFP-FUS(Flag) expressing cells. Statistical significance is indicated above the bars (n=3 - biological replicates, mean ± SD, **** = p value < 0.0001, two-way ANOVA with Tukey's multiple comparison correction). "}
{"words": ["Comparison", "of", "SWATH", "-", "MS", "-", "based", "quantification", "to", "DDA", "-", "MS", "-", "based", "strategies", "(", "MS1", "XIC", "and", "spectral", "counting", ")", "with", "regard", "to", "consistency", "(", "as", "judged", "based", "upon", "protein", "-", "level", "SEC", "chromatogram", "robustness", "towards", "increasing", "requirements", "on", "the", "number", "of", "consecutive", "detections", ")", "and", "precision", "(", "judged", "based", "on", "the", "correlation", "between", "sibling", "peptide", "SEC", "chromatograms", ")", "of", "quantification", "and", "overall", "performance", "in", "error", "-", "controlled", "complex", "-", "centric", "query", "of", "CORUM", "complexes", "in", "the", "respective", "protein", "level", "chromatogram", "sets", "(", "also", "see", "Appendix", "Figure", "S3C", ")", ".", "TP", ",", "true", "positive", "assignments", "according", "to", "error", "model", ",", "P", ",", "all", "positives", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of SWATH-MS-based quantification to DDA-MS-based strategies (MS1 XIC and spectral counting) with regard to consistency (as judged based upon protein-level SEC chromatogram robustness towards increasing requirements on the number of consecutive detections) and precision (judged based on the correlation between sibling peptide SEC chromatograms) of quantification and overall performance in error-controlled complex-centric query of CORUM complexes in the respective protein level chromatogram sets (also see Appendix Figure S3C). TP, true positive assignments according to error model, P, all positives."}
{"words": ["Peptide", "-", "level", "SEC", "chromatograms", "are", "grouped", "by", "UniprotKB", "identifier", "to", "detect", "co", "-", "elution", "signals", "indicative", "of", "protein", "elution", "ranges", "/", "peaks", ".", "Based", "on", "external", "size", "calibration", "of", "the", "apparent", "analyte", "molecular", "weight", "per", "SEC", "fraction", ",", "signals", "can", "be", "attributed", "to", "likely", "assembled", "or", "monomeric", "state", "(", "also", "see", "Appendix", "Figure", "S4", ")", ".", "For", "TCPE", ",", "three", "distinct", "elution", "signals", ",", "numbered", "1", "-", "3", ",", "are", "detected", ",", "two", "in", "the", "assembled", "and", "one", "in", "the", "monomer", "elution", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Peptide-level SEC chromatograms are grouped by UniprotKB identifier to detect co-elution signals indicative of protein elution ranges/peaks. Based on external size calibration of the apparent analyte molecular weight per SEC fraction, signals can be attributed to likely assembled or monomeric state (also see Appendix Figure S4). For TCPE, three distinct elution signals, numbered 1-3, are detected, two in the assembled and one in the monomer elution range."}
{"words": ["Proteins", "are", "observed", "eluting", "in", "1", "-", "6", "distinct", "peaks", "and", "with", "a", "wide", "range", "of", "apparent", "vs", ".", "monomeric", "molecular", "weight", "ratios", "(", "distributions", ",", "left", "panels", ")", ".", "The", "molecular", "weight", "ratios", "of", "the", "three", "peaks", "detected", "for", "TCPE", "(", "displayed", "in", "A", ")", "are", "indicated", ".", "Many", "of", "the", "proteins", "eluting", "in", "a", "single", "peak", "(", "top", "panel", "and", "bar", ")", "appear", "assembled", ".", "Proteins", "eluting", "multiple", "times", "(", "27", "%", "of", "the", "proteins", ")", "do", "so", "preferentially", "in", "the", "assembled", "range", ",", "suggesting", "frequent", "participation", "in", "multiple", "differently", "sized", "macromolecular", "assemblies", "(", "lower", "panels", "and", "pie", "chart", ")", ".", "For", "a", "list", "of", "all", "detected", "protein", "peaks", ",", "see", "Dataset", "EV3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Proteins are observed eluting in 1-6 distinct peaks and with a wide range of apparent vs. monomeric molecular weight ratios (distributions, left panels). The molecular weight ratios of the three peaks detected for TCPE (displayed in A) are indicated. Many of the proteins eluting in a single peak (top panel and bar) appear assembled. Proteins eluting multiple times (27 % of the proteins) do so preferentially in the assembled range, suggesting frequent participation in multiple differently sized macromolecular assemblies (lower panels and pie chart). For a list of all detected protein peaks, see Dataset EV3."}
{"words": ["Proteins", "observed", "in", "multiple", "assembled", "peaks", "(", "n", "=", "659", ")", "are", "enriched", "in", "components", "of", "the", "proteasome", "and", "other", "known", "large", "complex", "assemblies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Proteins observed in multiple assembled peaks (n = 659) are enriched in components of the proteasome and other known large complex assemblies."}
{"words": ["For", "nearly", "half", "the", "CORUM", "complex", "hypotheses", "queried", ",", "two", "or", "more", "distinct", "subunit", "co", "-", "elution", "signals", "were", "detected", "(", "See", "methods", "and", "Appendix", "information", "on", "CCprofiler", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "For nearly half the CORUM complex hypotheses queried, two or more distinct subunit co-elution signals were detected (See methods and Appendix information on CCprofiler)."}
{"words": ["Among", "the", "four", "distinct", "co", "-", "elution", "signals", "detected", "from", "the", "eight", "canonical", "CSN", "subunits", "'", "chromatograms", "(", "here", "with", "CSN7A", ",", "not", "CSN7B", ")", "are", "two", "distinct", "signals", "indicating", "distinct", "co", "-", "elution", "of", "two", "different", "complex", "variants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Among the four distinct co-elution signals detected from the eight canonical CSN subunits' chromatograms (here with CSN7A, not CSN7B) are two distinct signals indicating distinct co-elution of two different complex variants."}
{"words": ["Distinct", "co", "-", "elution", "of", "holo", "-", "CSN", "(", "observed", "at", "the", "expected", "fraction", "35", ")", "and", "Mini", "-", "CSN", "CSN1", "/", "3", "/", "8", "(", "observed", "eluting", "offset", "only", "one", "fraction", "late", ",", "F45", ",", "of", "the", "expected", "fraction", ",", "F44", ")", ".", "Expected", "fractions", "are", "estimated", "from", "the", "cumulative", "sum", "of", "one", "copy", "per", "component", "and", "external", "size", "calibration", ".", "Coloring", "adapted", "to", "highlight", "subversion", "components", "and", "their", "partitioning", "across", "holo", "-", "and", "sub", "-", "complex", ".", "CSN1", "/", "3", "/", "8", "interact", "and", "form", "a", "submodule", "within", "the", "CSN", "holo", "-", "complex", "structure", "(", "PDB", "accession", "4D10", ")", ".", "The", "observations", "are", "consistent", "between", "the", "two", "whole", "workflow", "replicates", "(", "see", "Appendix", "Figure", "S6A", ")", ".", "Lower", "right", "panel", ",", "validation", "of", "distinct", "elution", "behavior", "of", "holo", "-", "CSN", "exclusive", "(", "CSN7A", ")", "and", "shared", "subunit", "(", "CSN8", ")", "by", "immunoblotting", ".", "For", "full", "immunoblotting", "data", "(", "CSN1", ",", "CSN3", ",", "CSN4", ",", "CSN5", ",", "CSN7A", "and", "CSN8", ")", "see", "Appendix", "Figure", "S7C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distinct co-elution of holo-CSN (observed at the expected fraction 35) and Mini-CSN CSN1/3/8 (observed eluting offset only one fraction late, F45, of the expected fraction, F44). Expected fractions are estimated from the cumulative sum of one copy per component and external size calibration. Coloring adapted to highlight subversion components and their partitioning across holo- and sub-complex. CSN1/3/8 interact and form a submodule within the CSN holo-complex structure (PDB accession 4D10). The observations are consistent between the two whole workflow replicates (see Appendix Figure S6A). Lower right panel, validation of distinct elution behavior of holo-CSN exclusive (CSN7A) and shared subunit (CSN8) by immunoblotting. For full immunoblotting data (CSN1, CSN3, CSN4, CSN5, CSN7A and CSN8) see Appendix Figure S7C)."}
{"words": ["CSN1", "/", "3", "/", "8", "display", "distinct", "fractionation", "patterns", "in", "co", "-", "fractionation", "experiments", "performed", "in", "other", "laboratories", ",", "specifically", "in", "orthogonal", "ion", "exchange", "fractionation", "of", "HEK293", "lysates", "(", "Wan", "et", "al", ".", "2015", ",", "upper", "panels", ")", "and", "size", "exclusion", "chromatographic", "fractionation", "of", "U2OS", "lysates", "(", "Kirkwood", "et", "al", ".", "2013", ",", "lower", "panel", ")", ",", "in", "line", "with", "the", "CSN1", "/", "3", "/", "8", "as", "distinct", "entity", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSN1/3/8 display distinct fractionation patterns in co-fractionation experiments performed in other laboratories, specifically in orthogonal ion exchange fractionation of HEK293 lysates (Wan et al. 2015, upper panels) and size exclusion chromatographic fractionation of U2OS lysates (Kirkwood et al. 2013, lower panel), in line with the CSN1/3/8 as distinct entity."}
{"words": ["Baculoviral", "co", "-", "expression", "of", "human", "CSN1", ",", "CSN3", "and", "CSN8", "in", "Sf21VM", "insect", "cells", ",", "with", "CSN8", "N", "-", "terminally", "Strep", "(", "II", ")", "-", "and", "CSN1", "&", "CSN3", "N", "-", "terminally", "His6", "-", "tagged", ",", "followed", "by", "affinity", "purification", "and", "SDS", "-", "PAGE", "displays", "banding", "pattern", "in", "line", "with", "the", "formation", "of", "a", "stable", "trimer", "CSN1", "/", "3", "/", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Baculoviral co-expression of human CSN1, CSN3 and CSN8 in Sf21VM insect cells, with CSN8 N-terminally Strep(II)- and CSN1 & CSN3 N-terminally His6-tagged, followed by affinity purification and SDS-PAGE displays banding pattern in line with the formation of a stable trimer CSN1/3/8."}
{"words": ["Protein", "-", "level", "SEC", "chromatograms", "of", "the", "22", "canonical", "26S", "proteasome", "subunits", ".", "Vertical", "black", "lines", "indicate", "the", "apexes", "of", "six", "distinct", "co", "-", "elution", "signals", "detected", "in", "complex", "-", "centric", "scoring", ";", "two", "of", "which", "represent", "well", "-", "known", "co", "-", "occurring", "variants", ",", "the", "full", "26S", "(", "i", ")", "and", "the", "20S", "(", "ii", ")", "particle", "devoid", "the", "19S", "lid", "and", "ATPase", "(", "Indicated", "by", "structural", "models", ",", "PDB", "accession", "5GJR", ")", "and", "four", "of", "which", ",", "composed", "of", "predominantly", "20S", "α", "and", "β", "subunits", ",", "appear", "at", "reduced", "size", "(", "222", "-", "107", "kDa", ",", "fractions", "39", ",", "40", ",", "42", "and", "46", ")", ".", "The", "observations", "are", "consistent", "between", "the", "two", "whole", "workflow", "replicates", "(", "see", "Appendix", "Figure", "S6B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Protein-level SEC chromatograms of the 22 canonical 26S proteasome subunits. Vertical black lines indicate the apexes of six distinct co-elution signals detected in complex-centric scoring; two of which represent well-known co-occurring variants, the full 26S (i) and the 20S (ii) particle devoid the 19S lid and ATPase (Indicated by structural models, PDB accession 5GJR) and four of which, composed of predominantly 20S α and β subunits, appear at reduced size (222 - 107 kDa, fractions 39, 40, 42 and 46). The observations are consistent between the two whole workflow replicates (see Appendix Figure S6B)."}
{"words": ["Subunit", "mass", "distribution", "across", "early", "and", "late", "assembly", "intermediate", "elution", "ranges", "suggests", "predominant", "components", "of", "the", "intermediary", "species", "accumulating", "in", "HEK293", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Subunit mass distribution across early and late assembly intermediate elution ranges suggests predominant components of the intermediary species accumulating in HEK293 cells."}
{"words": ["SECexplorer", "web", "-", "interface", "for", "querying", "custom", "protein", "sets", "for", "co", "-", "elution", "behavior", "in", "the", "SEC", "-", "SWATH", "-", "MS", "data", ",", "viewing", "chromatograms", "for", "interpretation", "and", "with", "algorithmic", "assistance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SECexplorer web-interface for querying custom protein sets for co-elution behavior in the SEC-SWATH-MS data, viewing chromatograms for interpretation and with algorithmic assistance."}
{"words": ["Zoom", "in", "to", "high", "MW", "peak", "shoulder", "of", "holo", "-", "COP9", "Signalosome", "(", "compare", "Figure", "5", ")", ",", "where", "defined", "co", "-", "elution", "signals", "of", "CSN", "substrate", "components", "CUL4A", "and", "DDB2", "suggest", "the", "partial", "resolution", "of", "substrate", "-", "bound", "and", "free", "pools", "of", "CSN", "holo", "-", "complex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Zoom in to high MW peak shoulder of holo-COP9 Signalosome (compare Figure 5), where defined co-elution signals of CSN substrate components CUL4A and DDB2 suggest the partial resolution of substrate-bound and free pools of CSN holo-complex."}
{"words": ["Estimation", "of", "the", "fraction", "of", "holo", "-", "CSN", "in", "the", "likely", "substrate", "-", "bound", "pool", "versus", "the", "free", "pool", ",", "with", "eight", "measurements", "along", "the", "eight", "subunits", "and", "based", "on", "Gaussian", "deconvolution", "of", "two", "signals", "underlying", "the", "observed", "peak", "and", "shoulder", "(", "also", "see", "Appendix", "Figure", "S7", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimation of the fraction of holo-CSN in the likely substrate-bound pool versus the free pool, with eight measurements along the eight subunits and based on Gaussian deconvolution of two signals underlying the observed peak and shoulder (also see Appendix Figure S7)."}
{"words": ["A", "Statistical", "analysis", "of", "NFATc1", "expression", "with", "respect", "to", "tumor", "grading", "in", "KPCmice", "tissues", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Statistical analysis of NFATc1 expression with respect to tumor grading in KPCmice tissues."}
{"words": ["B", "Immunohistochemistry", "detection", "of", "NFATc1", "and", "p53", ",", "illustrating", "G1", "‐", "G2", "and", "G3", "in", "human", "PDAC", "tissues", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Immunohistochemistry detection of NFATc1 and p53, illustrating G1‐G2 and G3 in human PDAC tissues. Scale bars, 100 μm."}
{"words": ["C", "Statistical", "illustration", "of", "TMA", "analysis", "demonstrating", "NFATc1", "strong", "nuclear", "positive", "tumors", "(", "n", "=", "161", "patients", ")", "with", "respect", "to", "functional", "status", "of", "p53", "expression", "in", "human", "PDAC", "tissues", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Statistical illustration of TMA analysis demonstrating NFATc1 strong nuclear positive tumors (n = 161 patients) with respect to functional status of p53 expression in human PDAC tissues."}
{"words": ["D", "Representative", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "‐", "stained", "sections", "as", "well", "as", "immunohistochemistry", "detection", "of", "HA", "‐", "NFATc1", "and", "p53", "in", "well", "‐", "and", "poorly", "differentiated", "pancreatic", "tissues", "of", "KNCmice", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "E", "Quantification", "of", "p53", "expression", "with", "respect", "to", "the", "tumor", "grading", "by", "evaluating", "both", "the", "intensity", "of", "immunostaining", "and", "the", "number", "of", "cells", "with", "overexpression", "by", "means", "of", "an", "immunoreactivity", "score", "(", "IRS", ")", "in", "KNCmice", "(", "every", "dot", "represents", "one", "mouse", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative H&amp;amp;E‐stained sections as well as immunohistochemistry detection of HA‐NFATc1 and p53 in well‐ and poorly differentiated pancreatic tissues of KNCmice. Scale bars, 100 μm.E Quantification of p53 expression with respect to the tumor grading by evaluating both the intensity of immunostaining and the number of cells with overexpression by means of an immunoreactivity score (IRS) in KNCmice (every dot represents one mouse)."}
{"words": ["F", "Incidence", "of", "livermetastases", "in", "KNCmice", "(", "mean", "values", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Incidence of livermetastases in KNCmice (mean values ± SD)."}
{"words": ["A", "Genome", "‐", "wide", "expression", "and", "GSEA", "analysis", "show", "p53", "‐", "enriched", "signatures", "with", "\"", "EMT", "\"", "and", "\"", "stem", "cell", "transcript", "\"", "in", "KNCtumor", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Genome‐wide expression and GSEA analysis show p53‐enriched signatures with \"EMT\" and \"stem cell transcript\" in KNCtumor cells."}
{"words": ["B", "Heat", "map", "showing", "p53", "‐", "dependent", "regulation", "of", "\"", "EMT", "\"", "‐", "and", "\"", "stemness", "\"", "‐", "related", "genes", "in", "KNCtumor", "cells", ".", "Fold", "change", "relative", "to", "control", "cells", "is", "displayed", "in", "a", "green", "red", "color", "scheme", "for", "selected", "genes", "with", "FClog2", "1", ".", "0", "or", "FClog2", ">", "−", "1", ".", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Heat map showing p53‐dependent regulation of \"EMT\"‐ and \"stemness\"‐related genes in KNCtumor cells. Fold change relative to control cells is displayed in a green red color scheme for selected genes with FClog2 1.0 or FClog2 > −1.0."}
{"words": ["C", "Statistical", "analysis", "of", "wound", "healing", "assay", "performed", "in", "primary", "KNCtumor", "cells", "following", "p53", "depletion", ".", "Time", "‐", "lapse", "analyzer", "software", "was", "used", "to", "quantify", "the", "wound", "closure", "rate", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", "from", "one", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Statistical analysis of wound healing assay performed in primary KNCtumor cells following p53 depletion. Time‐lapse analyzer software was used to quantify the wound closure rate. Means ± SD are shown from one out of three independent experiments."}
{"words": ["D", "Western", "blot", "analysis", "revealing", "protein", "expression", "levels", "upon", "p53", "depletion", "in", "KNCtumor", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Western blot analysis revealing protein expression levels upon p53 depletion in KNCtumor cells."}
{"words": ["E", "X", "‐", "fold", "mRNA", "expression", "of", "EMT", "‐", "related", "marker", "genes", "after", "p53", "depletion", "in", "KNCtumor", "cells", ".", "Means", "±", "SD", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", ".", "Asterisks", "display", "significance", "(", "*", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E X‐fold mRNA expression of EMT‐related marker genes after p53 depletion in KNCtumor cells. Means ± SD from at least three independent experiments are shown. Asterisks display significance (*P 0.05)."}
{"words": ["F", "Representative", "protein", "expression", "of", "EMT", "inducers", "in", "pancreatic", "lysates", "prepared", "from", "KNCmice", "with", "different", "tumor", "gradings", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative protein expression of EMT inducers in pancreatic lysates prepared from KNCmice with different tumor gradings."}
{"words": ["A", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "showing", "survival", "of", "KNC", ",", "KPNC", ",", "and", "KPΔNC", "mice", "under", "the", "control", "of", "p48", "‐", "Cre", "pancreas", "‐", "specific", "promoters", "(", "P", "0", ".", "0001", "for", "KPNC", "or", "KPΔNC", "cohorts", "versus", "KNC", ",", "log", "‐", "rank", "test", ",", "for", "pairwise", "combination", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Kaplan-Meier curves showing survival of KNC, KPNC, and KPΔNC mice under the control of p48‐Cre pancreas‐specific promoters (P 0.0001 for KPNC or KPΔNC cohorts versus KNC, log‐rank test, for pairwise combination)."}
{"words": ["B", "Pathological", "features", "of", "KPNC", "and", "KP", "∆", "NC", "mice", "before", "tumor", "extraction", ".", "Pancreatic", "tissue", "is", "encircled", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Pathological features of KPNC and KP∆NC mice before tumor extraction. Pancreatic tissue is encircled."}
{"words": ["C", ",", "D", "HE", "and", "corresponding", "immunohistochemistry", "stainings", "of", "(", "C", ")", "KPNC", "and", "(", "D", ")", "KP", "∆", "NCmouse", "tumors", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D HE and corresponding immunohistochemistry stainings of (C) KPNC and (D) KP∆NCmouse tumors. Scale bars, 100 μm."}
{"words": ["E", "Tumor", "grading", "of", "PDAC", "from", "KPNC", "mice", "(", "n", "=", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Tumor grading of PDAC from KPNC mice (n = 10)."}
{"words": ["A", "Quantitative", "RT", "‐", "PCR", "analysis", "of", "EMT", "‐", "related", "markers", "obtained", "from", "tumors", "derived", "from", "mice", "of", "the", "indicated", "genotypes", "(", "n", "=", "3", ",", "means", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Quantitative RT‐PCR analysis of EMT‐related markers obtained from tumors derived from mice of the indicated genotypes (n = 3, means ± SD)."}
{"words": ["B", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "NFATc1", "‐", "and", "EMT", "‐", "related", "marker", "genes", "on", "administration", "of", "CsA", "(", "1", "μM", ")", "in", "KPNC", "cells", ".", "Data", "represents", "means", "±", "SD", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Asterisks", "show", "significance", "(", "*", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Relative mRNA expression of NFATc1‐ and EMT‐related marker genes on administration of CsA (1 μM) in KPNC cells. Data represents means ± SD from at least three independent experiments. Asterisks show significance (*P 0.05)."}
{"words": ["C", "Western", "blot", "analysis", "revealing", "protein", "expression", "levels", "in", "KPNC", "cells", "from", "the", "indicated", "proteins", "following", "transfection", "of", "siRNA", "control", "or", "siRNA", "toward", "NFATc1", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C Western blot analysis revealing protein expression levels in KPNC cells from the indicated proteins following transfection of siRNA control or siRNA toward NFATc1, respectively."}
{"words": ["A", "Sox2", "mRNA", "expression", "of", "pancreatic", "lysates", "from", "KNC", ",", "KPNC", ",", "and", "KPC", "mice", ",", "analyzed", "by", "real", "‐", "time", "PCR", "in", "three", "independent", "experiments", "(", "means", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Sox2 mRNA expression of pancreatic lysates from KNC, KPNC, and KPC mice, analyzed by real‐time PCR in three independent experiments (means ± SD)."}
{"words": ["B", ",", "C", "Western", "blot", "analysis", "shows", "Sox2", "expression", "in", "pancreatic", "lysates", "of", "(", "B", ")", "KNC", "mice", "with", "indicated", "tumor", "grading", "and", "in", "(", "C", ")", "KPNC", "and", "KPC", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C Western blot analysis shows Sox2 expression in pancreatic lysates of (B) KNC mice with indicated tumor grading and in (C) KPNC and KPC mice."}
{"words": ["D", "Protein", "expression", "levels", "after", "siRNA", "‐", "mediated", "p53", "depletion", "in", "KNC", "tumor", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Protein expression levels after siRNA‐mediated p53 depletion in KNC tumor cells."}
{"words": ["E", ",", "F", "NFATc1", "and", "Sox2", "protein", "expression", "after", "(", "E", ")", "NFATc1", "depletion", "or", "(", "F", ")", "upon", "CsA", "(", "1", "μM", ",", "24", "h", ")", "treatment", "in", "Panc1", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F NFATc1 and Sox2 protein expression after (E) NFATc1 depletion or (F) upon CsA (1 μM, 24 h) treatment in Panc1 cells."}
{"words": ["G", "Sox2", "and", "E", "‐", "cadherin", "mRNA", "expression", "after", "NFATc1", "depletion", "in", "L3", ".", "6", "cells", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Sox2 and E‐cadherin mRNA expression after NFATc1 depletion in L3.6 cells."}
{"words": ["I", ",", "J", "ChIP", "assays", "show", "NFATc1", "binding", "to", "Sox2", "enhancer", "and", "promoter", "in", "KNC", "tumor", "cells", "(", "I", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J ChIP assays show NFATc1 binding to Sox2 enhancer and promoter in KNC tumor cells (I)"}
{"words": ["I", ",", "J", "ChIP", "assays", "show", "RNA", "polymerase", "II", "binding", "to", "Sox2", "promoter", "upon", "CsA", "(", "1", "μM", ",", "24", "h", ")", "treatment", "in", "L3", ".", "6", "cells", "(", "J", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J ChIP assays show RNA polymerase II binding to Sox2 promoter upon CsA (1 μM, 24 h) treatment in L3.6 cells (J)."}
{"words": ["K", "Co", "‐", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "HA", "‐", "NFATc1", "and", "Sox2", "was", "performed", "in", "KPNC", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Co‐immunoprecipitation of endogenous HA‐NFATc1 and Sox2 was performed in KPNC cells."}
{"words": ["L", "ChIP", "experiments", "show", "NFATc1", "binding", "along", "with", "H3K27", "acetylation", "(", "H3K27ac", ")", "mark", "at", "the", "selected", "Snai1", "enhancer", "region", "and", "RNA", "polymerase", "II", "binding", "at", "Snai1", "promoter", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Sox2", "in", "KPNC", "tumor", "cells", ".", "Representative", "results", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "(", "means", "±", "SD", ";", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L ChIP experiments show NFATc1 binding along with H3K27 acetylation (H3K27ac) mark at the selected Snai1 enhancer region and RNA polymerase II binding at Snai1 promoter in the presence or absence of Sox2 in KPNC tumor cells. Representative results from at least three independent experiments are shown (means ± SD; P 0.05)."}
{"words": ["M", "Relative", "mRNA", "expression", "levels", "of", "EMT", "‐", "related", "marker", "genes", "upon", "Sox2", "depletion", "in", "KPNC", "tumor", "cells", "(", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M Relative mRNA expression levels of EMT‐related marker genes upon Sox2 depletion in KPNC tumor cells (P 0.05)."}
{"words": ["N", "Zeb1", "and", "Snail", "mRNA", "levels", "in", "L3", ".", "6", "cells", "after", "shRNA", "‐", "mediated", "depletion", "of", "Sox2", "and", "transient", "overexpression", "of", "NFATc1", "shows", "that", "loss", "of", "Sox2", "significantly", "rescues", "NFATc1", "‐", "mediated", "induction", "of", "EMT", "genes", "(", "*", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N Zeb1 and Snail mRNA levels in L3.6 cells after shRNA‐mediated depletion of Sox2 and transient overexpression of NFATc1 shows that loss of Sox2 significantly rescues NFATc1‐mediated induction of EMT genes (*P 0.05)."}
{"words": ["A", "NFATc1", "and", "Sox2", "protein", "expression", "in", "L3", ".", "6", "cells", "(", "adherent", "versus", "spheres", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A NFATc1 and Sox2 protein expression in L3.6 cells (adherent versus spheres)."}
{"words": ["B", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "NFATc1", "and", "Sox2", "in", "L3", ".", "6", "cells", "as", "well", "as", "in", "KPNCmicetumor", "cells", "(", "adherent", "versus", "spheres", ")", ".", "Graph", "represents", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "means", "±", "SD", ")", ".", "Asterisks", "display", "significance", "(", "*", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Relative mRNA expression of NFATc1 and Sox2 in L3.6 cells as well as in KPNCmicetumor cells (adherent versus spheres). Graph represents data from three independent experiments (means ± SD). Asterisks display significance (*P 0.05)."}
{"words": ["C", "Cell", "sorting", "was", "performed", "to", "collect", "CD44", "high", "and", "low", "populations", "in", "KPNC", "spheres", "(", "left", "panel", ")", ",", "which", "were", "analyzed", "for", "NFATc1", "and", "Sox2", "mRNA", "expression", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Cell sorting was performed to collect CD44 high and low populations in KPNC spheres (left panel), which were analyzed for NFATc1 and Sox2 mRNA expression (right panel)."}
{"words": ["D", "Sox2", "mRNA", "expression", "upon", "CsA", "(", "1", "μM", ")", "treatment", "in", "L3", ".", "6", "cells", "(", "adherent", "versus", "spheres", ")", "(", "*", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Sox2 mRNA expression upon CsA (1 μM) treatment in L3.6 cells (adherent versus spheres) (*P 0.05)."}
{"words": ["E", "Bright", "‐", "field", "light", "microscopy", "images", "as", "well", "as", "quantification", "of", "KPNC", "spheres", "after", "transient", "NFATc1", "depletion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "E Bright‐field light microscopy images as well as quantification of KPNC spheres after transient NFATc1 depletion."}
{"words": ["A", "Expression", "analysis", "of", "indicated", "miRNAs", "upon", "adenoviral", "re", "‐", "expression", "of", "p53", "in", "KPΔNC", "tumor", "cells", ",", "detected", "by", "real", "‐", "time", "PCR", "(", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Expression analysis of indicated miRNAs upon adenoviral re‐expression of p53 in KPΔNC tumor cells, detected by real‐time PCR (P 0.05)."}
{"words": ["B", "Protein", "expression", "of", "EMT", "marker", "genes", "after", "adenoviral", "re", "‐", "expression", "of", "GFP", "‐", "tagged", "p53", "in", "KPΔNC", "tumor", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Protein expression of EMT marker genes after adenoviral re‐expression of GFP‐tagged p53 in KPΔNC tumor cells."}
{"words": ["C", ",", "D", "Protein", "(", "C", ")", "expression", "levels", "of", "EMT", "and", "stemness", "marker", "genes", "upon", "miRNA", "‐", "34a", "and", "miRNA", "‐", "200c", "overexpression", "using", "specific", "mimics", "in", "KPNC", "tumor", "cells", ".", "Representative", "results", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "(", "means", "±", "SD", ";", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Protein (C) expression levels of EMT and stemness marker genes upon miRNA‐34a and miRNA‐200c overexpression using specific mimics in KPNC tumor cells. Representative results from at least three independent experiments are shown (means ± SD; P 0.05)."}
{"words": ["C", ",", "D", "mRNA", "(", "D", ")", "expression", "levels", "of", "EMT", "and", "stemness", "marker", "genes", "upon", "miRNA", "‐", "34a", "and", "miRNA", "‐", "200c", "overexpression", "using", "specific", "mimics", "in", "KPNC", "tumor", "cells", ".", "Representative", "results", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "(", "means", "±", "SD", ";", "P", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D mRNA (D) expression levels of EMT and stemness marker genes upon miRNA‐34a and miRNA‐200c overexpression using specific mimics in KPNC tumor cells. Representative results from at least three independent experiments are shown (means ± SD; P 0.05)."}
{"words": ["E", "Western", "blot", "analysis", "of", "EMT", "marker", "expression", "in", "KNC", "cells", "following", "depletion", "of", "miR", "‐", "200c", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "E Western blot analysis of EMT marker expression in KNC cells following depletion of miR‐200c."}
{"words": ["F", "ChIP", "experiments", "showing", "NFATc1", "binding", "along", "with", "H3K27", "acetylation", "mark", "at", "the", "selected", "Snai1", "enhancer", "region", "as", "well", "as", "Sox2", "and", "RNA", "polymerase", "II", "binding", "at", "Snai1", "promoter", "after", "miR", "‐", "200c", "overexpression", "in", "KPNC", "tumor", "cells", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", "from", "one", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F ChIP experiments showing NFATc1 binding along with H3K27 acetylation mark at the selected Snai1 enhancer region as well as Sox2 and RNA polymerase II binding at Snai1 promoter after miR‐200c overexpression in KPNC tumor cells. Means ± SD are shown from one out of three independent experiments."}
{"words": ["G", "ChIP", "analysis", "in", "KP", "∆", "NC", "tumor", "cells", "after", "adenoviral", "GFP", "‐", "tagged", "p53", "overexpression", ".", "NFATc1", "and", "H3K27ac", "binding", "are", "illustrated", "on", "Snai1", "enhancer", ",", "and", "Sox2", "and", "RNA", "polymerase", "II", "binding", "are", "demonstrated", "on", "Snai1", "promoter", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", "from", "one", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G ChIP analysis in KP∆NC tumor cells after adenoviral GFP‐tagged p53 overexpression. NFATc1 and H3K27ac binding are illustrated on Snai1 enhancer, and Sox2 and RNA polymerase II binding are demonstrated on Snai1 promoter. Means ± SD are shown from one out of three independent experiments."}
{"words": ["H", "Quantification", "of", "KP", "∆", "NC", "tumour", "cell", "-", "derived", "spheres", "after", "adenoviralGFP", "‐", "tagged", "p53", "overexpression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "H Quantification of KP∆NC tumour cell-derived spheres after adenoviralGFP‐tagged p53 overexpression."}
{"words": ["(", "A", ")", "Top", "panel", ":", "Scheme", "illustrating", "the", "tetracycline", "inducible", "Flp", "-", "In", "293", "system", "that", "controls", "the", "expression", "of", "HA", "-", "IKKε", "or", "HA", "-", "GFP", ".", "Bottom", "panel", ":", "Representative", "western", "blot", "showing", "induced", "expression", "of", "HA", "-", "IKKε", "in", "Flp", "-", "In", "293", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ",", "50", "ng", "/", "ml", ")", "for", "16", "hours", "compared", "to", "endogenous", "IKKε", "in", "T47D", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Top panel: Scheme illustrating the tetracycline inducible Flp-In 293 system that controls the expression of HA-IKKε or HA-GFP. Bottom panel: Representative western blot showing induced expression of HA-IKKε in Flp-In 293 cells treated with doxycycline (Dox, 50 ng/ml) for 16 hours compared to endogenous IKKε in T47D, MDA-MB-231 and MDA-MB-468 breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "B", ")", "Heatmap", "and", "hierarchical", "clustering", "of", "metabolite", "concentrations", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "and", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ",", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Heatmap and hierarchical clustering of metabolite concentrations in Flp-In 293 HA-GFP and Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox, 50 ng/ml, 16 hours) (n=5 technical replicates)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Serine", "production", "from", "glucose", "(", "serine", "m", "+", "3", ",", "13C6", "-", "glucose", "labelling", ",", "left", "panel", ")", "and", "glutamine", "(", "serine", "m", "+", "1", ",", "15N2", "-", "glutamine", "labelling", ",", "right", "panel", ")", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", "metabolite", "levels", "were", "normalised", "to", "the", "internal", "standard", "HEPES", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C) Serine production from glucose (serine m+3, 13C6-glucose labelling, left panel) and glutamine (serine m+1, 15N2-glutamine labelling, right panel) in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours) metabolite levels were normalised to the internal standard HEPES."}
{"words": ["(", "E", ")", "Contribution", "of", "pyruvate", "and", "glucose", "-", "derived", "carbon", "to", "TCA", "cyle", "metabolites", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", ".", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", ".", "metabolite", "levels", "were", "normalised", "to", "the", "internal", "standard", "HEPES", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(E) Contribution of pyruvate and glucose-derived carbon to TCA cyle metabolites in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours). (n=5 technical replicates). metabolite levels were normalised to the internal standard HEPES."}
{"words": ["(", "F", ")", "Fractional", "enrichment", "of", "serine", ",", "malate", "and", "citrate", "13C", "-", "isotopologues", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "and", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Fractional enrichment of serine, malate and citrate 13C-isotopologues in Flp-In 293 HA-GFP and Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours) (n=5 technical replicates)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Fractional", "enrichment", "of", "the", "serine", "15", "-", "N", "-", "isotopologue", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "and", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", ".", "m", "+", "1", "shows", "the", "naturally", "occurring", "13C", "isotopologue", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", ".", "metabolite", "levels", "were", "normalised", "to", "the", "internal", "standard", "HEPES", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(G) Fractional enrichment of the serine 15-N-isotopologue in Flp-In 293 HA-GFP and Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours). m+1 shows the naturally occurring 13C isotopologue (n=5 technical replicates). metabolite levels were normalised to the internal standard HEPES."}
{"words": ["Representative", "western", "blot", "showing", "level", "of", "IKKε", "in", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "(", "A", ")", "T47D", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative western blot showing level of IKKε in IKBKE (IKKε)-silenced (A) T47D breast cancer cell lines."}
{"words": ["Representative", "western", "blot", "showing", "level", "of", "IKKε", "in", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "(", "B", ")", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative western blot showing level of IKKε in IKBKE (IKKε)-silenced (B) MDA-MB-468 breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Heatmap", "and", "hierarchical", "clustering", "of", "metabolite", "concentrations", "in", "(", "C", ")", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "T47D", "cells", "and", "(", "D", ")", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "cells", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", ".", "metabolite", "levels", "were", "normalised", "to", "the", "internal", "standard", "HEPES", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C-D) Heatmap and hierarchical clustering of metabolite concentrations in (C) IKBKE (IKKε)-silenced T47D cells and (D) IKBKE (IKKε)-silenced MDA-MB-468 cells (n=5 technical replicates). metabolite levels were normalised to the internal standard HEPES."}
{"words": ["(", "E", ")", "Glycine", "production", ",", "representative", "of", "serine", "production", ",", "from", "glutamine", "(", "glycine", "m", "+", "1", ",", "15N", "-", "glutamine", "labelling", ")", "and", "glucose", "(", "glycine", "m", "+", "2", ",", "13C6", "-", "glucose", "labelling", ")", ",", "and", "contribution", "of", "pyruvate", "and", "glucose", "-", "derived", "carbon", "to", "TCA", "cycle", "metabolites", "(", "citrate", "m", "+", "2", ",", "malate", "m", "+", "2", ",", "13C6", "-", "glucose", "labelling", ")", "in", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "T47D", "cells", ".", "(", "n", "=", "5", "technical", "replicates", ")", ".", "metabolite", "levels", "were", "normalised", "to", "the", "internal", "standard", "HEPES", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(E) Glycine production, representative of serine production, from glutamine (glycine m+1, 15N-glutamine labelling) and glucose (glycine m+2, 13C6-glucose labelling), and contribution of pyruvate and glucose-derived carbon to TCA cycle metabolites (citrate m+2, malate m+2, 13C6-glucose labelling) in IKBKE (IKKε)-silenced T47D cells. (n=5 technical replicates). metabolite levels were normalised to the internal standard HEPES."}
{"words": ["(", "F", ")", "Serine", "production", "from", "glutamine", "(", "serine", "m", "+", "1", ",", "15N", "-", "glutamine", "labelling", ")", ",", "and", "serine", "and", "glycine", "production", "from", "glucose", "(", "glycine", "m", "+", "2", ",", "serine", "m", "+", "3", ",", "13C6", "-", "glucose", "labelling", ")", "as", "well", "as", "contribution", "of", "pyruvate", "and", "glucose", "-", "derived", "carbon", "to", "TCA", "cycle", "metabolites", "(", "malate", "m", "+", "2", ",", "13C6", "-", "glucose", "labelling", ")", "in", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Serine production from glutamine (serine m+1, 15N-glutamine labelling), and serine and glycine production from glucose (glycine m+2, serine m+3, 13C6-glucose labelling) as well as contribution of pyruvate and glucose-derived carbon to TCA cycle metabolites (malate m+2, 13C6-glucose labelling) in IKBKE (IKKε)-silenced MDA-MB-468 cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "Basal", "oxygen", "consumption", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "wt", ",", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "KD", "-", "m", "and", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "UbLD", "-", "m", "cells", "following", "treatment", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ",", "16", "hours", ")", ",", "measured", "using", "Oroboros", "high", "resolution", "respirometry", ".", "Data", "are", "normalised", "to", "non", "-", "treated", "control", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Basal oxygen consumption in Flp-In 293 HA-IKKε wt, Flp-In 293 HA-IKKε KD-m and Flp-In 293 HA-IKKε UbLD-m cells following treatment with doxycycline (Dox, 16 hours), measured using Oroboros high resolution respirometry. Data are normalised to non-treated control cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "Average", "TMRM", "staining", "intensity", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "wt", ",", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "KD", "-", "m", "and", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "UbLD", "-", "m", "expressing", "cells", "induced", "by", "doxycycline", "(", "Dox", ",", "16", "hours", ")", ".", "Data", "are", "normalised", "to", "non", "-", "treated", "control", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Average TMRM staining intensity in Flp-In 293 HA-IKKε wt, Flp-In 293 HA-IKKε KD-m and Flp-In 293 HA-IKKε UbLD-m expressing cells induced by doxycycline (Dox, 16 hours). Data are normalised to non-treated control cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "Basal", "mitochondrial", "oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", "in", "a", "panel", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "breast", "cancer", "cell", "lines", ",", "measured", "using", "Seahorse", "XF96e", "or", "XF24", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Basal mitochondrial oxygen consumption rate (OCR) in a panel of IKBKE (IKKε)-silenced breast cancer cell lines, measured using Seahorse XF96e or XF24 analysis."}
{"words": ["(", "D", ")", "OCR", "in", "mitochondria", "isolated", "from", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", ",", "measured", "using", "Oroboros", "high", "resolution", "respirometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) OCR in mitochondria isolated from Flp-In 293 HA-GFP or HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours), measured using Oroboros high resolution respirometry."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "l", "­", "evel", "of", "IKKε", "in", "three", "independent", "single", "cell", "clones", "of", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "following", "treatment", "with", "doxycycline", "(", "100", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative western blot showing l­evel of IKKε in three independent single cell clones of Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells following treatment with doxycycline (100 ng/ml, 16 hours)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Relative", "pyruvate", "dehydrogenase", "(", "PDH", ")", "activity", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ",", "16", "hours", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Relative pyruvate dehydrogenase (PDH) activity in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml, 16 hours)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Average", "TMRM", "staining", "intensity", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ")", "and", "DCA", "(", "both", "for", "16", "hours", ")", ".", "Data", "are", "normalised", "to", "non", "-", "treated", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(H) Average TMRM staining intensity in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox) and DCA (both for 16 hours). Data are normalised to non-treated Flp-In 293 HA-IKKε cells."}
{"words": ["(", "I", ")", "Basal", "OCR", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "in", "combination", "with", "dichloroacetate", "(", "DCA", ")", "for", "16", "hours", ",", "measured", "using", "Oroboros", "high", "resolution", "respirometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Basal OCR in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml) in combination with dichloroacetate (DCA) for 16 hours, measured using Oroboros high resolution respirometry."}
{"words": ["(", "J", ")", "Basal", "OCR", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "in", "combination", "with", "pyruvate", "deprivation", "for", "16", "hours", ",", "measured", "using", "Oroboros", "high", "resolution", "respirometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Basal OCR in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (50 ng/ml) in combination with pyruvate deprivation for 16 hours, measured using Oroboros high resolution respirometry."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "level", "of", "ATF4", "in", "ATF4", "-", "silenced", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "16", "hours", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative western blot showing level of ATF4 in ATF4-silenced Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (16 hours)."}
{"words": ["(", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "mRNA", "levels", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ")", "for", "16", "hours", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "changes", ",", "relative", "to", "levels", "in", "non", "-", "treated", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "cells", "and", "normalised", "to", "β", "-", "Actin", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) qRT-PCR analysis of PHGDH, PSAT1 and PSPH mRNA levels in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox) for 16 hours. Data are expressed as fold changes, relative to levels in non-treated Flp-In 293 HA-GFP cells and normalised to β-Actin (n=4 biological replicates)"}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "levels", "of", "IKKε", ",", "IRF3", ",", "phosphorylated", "IRF3", "(", "S396", ")", "and", "SBP", "enzymes", "in", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "GFP", "or", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ")", "for", "16", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative western blot showing levels of IKKε, IRF3, phosphorylated IRF3 (S396) and SBP enzymes in Flp-In 293 HA-GFP or Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox) for 16 hours."}
{"words": ["(", "D", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "mRNA", "levels", "in", "ATF4", "-", "silenced", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ")", "for", "16", "hours", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "changes", ",", "relative", "to", "levels", "in", "a", "non", "-", "silenced", ",", "non", "-", "treated", "control", ",", "and", "normalised", "to", "β", "-", "Actin", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) qRT-PCR analysis of PHGDH, PSAT1 and PSPH mRNA levels in ATF4-silenced Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox) for 16 hours. Data are expressed as fold changes, relative to levels in a non-silenced, non-treated control, and normalised to β-Actin (n=5 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "levels", "of", "IKKε", ",", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "in", "ATF4", "-", "silenced", "Flp", "-", "In", "293", "HA", "-", "IKKε", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ")", "for", "16", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative western blot showing levels of IKKε, PHGDH, PSAT1 and PSPH in ATF4-silenced Flp-In 293 HA-IKKε cells treated with doxycycline (Dox) for 16 hours."}
{"words": ["(", "A", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "mRNA", "levels", "in", "a", "panel", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "breast", "cancer", "cell", "lines", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "changes", ",", "relative", "to", "levels", "in", "a", "non", "-", "silenced", "control", "of", "each", "cell", "line", "and", "normalised", "to", "β", "-", "Actin", "(", "n", "≥", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) qRT-PCR analysis of PHGDH, PSAT1 and PSPH mRNA levels in a panel of IKBKE (IKKε)-silenced breast cancer cell lines. Data are expressed as fold changes, relative to levels in a non-silenced control of each cell line and normalised to β-Actin (n≥3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "levels", "of", "IKKε", "and", "the", "SBP", "enzymes", "in", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "ZR", "-", "75", "-", "1", ",", "T47D", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "and", "MCF7", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative western blot showing levels of IKKε and the SBP enzymes in IKBKE (IKKε)-silenced ZR-75-1, T47D, MDA-MB-468 and MCF7 breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "Levels", "of", "the", "SBP", "enzymes", "in", "a", "panel", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "breast", "cancer", "cell", "lines", ".", "(", "C", ")", "PHGDH", ",", "(", "D", ")", "PSAT1", "and", "(", "E", ")", "PSPH", "levels", "in", "indicated", "cell", "lines", "normalised", "to", "Vinculin", ".", "Densitometry", "analysis", "quantified", "single", "sample", "density", "as", "a", "percentage", "of", "total", "blot", "density", "per", "cell", "line", "prior", "to", "vinculin", "normalisation", "(", "n", "≥", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) Levels of the SBP enzymes in a panel of IKBKE (IKKε)-silenced breast cancer cell lines. (C) PHGDH, (D) PSAT1 and (E) PSPH levels in indicated cell lines normalised to Vinculin. Densitometry analysis quantified single sample density as a percentage of total blot density per cell line prior to vinculin normalisation (n≥3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "mRNA", "levels", "in", "ATF4", "-", "silenced", "ZR", "-", "75", "-", "1", ",", "T47D", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "breast", "cancer", "cell", "lines", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "changes", ",", "relative", "to", "levels", "in", "non", "-", "silenced", "control", "cells", "and", "normalised", "to", "β", "-", "Actin", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR analysis of PHGDH, PSAT1 and PSPH mRNA levels in ATF4-silenced ZR-75-1, T47D and MDA-MB-468 breast cancer cell lines. Data are expressed as fold changes, relative to levels in non-silenced control cells and normalised to β-Actin (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "western", "blot", "showing", "levels", "of", "PHGDH", ",", "PSAT1", "and", "PSPH", "in", "ATF4", "-", "silenced", "ZR", "-", "75", "-", "1", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "468", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "231", ",", "T47D", "and", "HCC1143", "breast", "cancer", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative western blot showing levels of PHGDH, PSAT1 and PSPH in ATF4-silenced ZR-75-1, MDA-MB-468, MDA-MB-231, T47D and HCC1143 breast cancer cell lines."}
{"words": ["(", "A", ")", "Correlation", "of", "change", "in", "OCR", "(", "ΔOCR", ")", "in", "a", "panel", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "breast", "cancer", "cell", "lines", "(", "from", "Fig", ".", "3C", ")", "and", "the", "change", "in", "cell", "confluency", "(", "Δconfluency", ")", "upon", "treatment", "of", "the", "panel", "of", "cell", "lines", "with", "NCT502", "(", "from", "Fig", ".", "EV5A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Correlation of change in OCR (ΔOCR) in a panel of IKBKE (IKKε)-silenced breast cancer cell lines (from Fig. 3C) and the change in cell confluency (Δconfluency) upon treatment of the panel of cell lines with NCT502 (from Fig. EV5A)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Correlation", "of", "ΔOCR", "in", "a", "panel", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "-", "silenced", "breast", "cancer", "cell", "lines", "(", "from", "Fig", ".", "3C", ")", "and", "the", "Δconfluency", "upon", "treatment", "of", "the", "panel", "of", "cell", "lines", "with", "6", "-", "Diazo", "-", "5", "-", "oxo", "-", "L", "-", "norleucine", "(", "DON", ")", "(", "from", "Fig", ".", "EV5C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Correlation of ΔOCR in a panel of IKBKE (IKKε)-silenced breast cancer cell lines (from Fig. 3C) and the Δconfluency upon treatment of the panel of cell lines with 6-Diazo-5-oxo-L-norleucine (DON) (from Fig. EV5C)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Association", "between", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "and", "PSAT1", "mRNA", "overexpression", "evaluated", "by", "a", "chi", "-", "squared", "independence", "test", ".", "The", "+", "sign", "indicates", "samples", "with", "significant", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "overexpression", "of", "IKBKE", "or", "PSAT1", ".", "Number", "and", "percentage", "of", "samples", ",", "as", "well", "as", "the", "Chi", "-", "square", "values", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Association between IKBKE (IKKε) and PSAT1 mRNA overexpression evaluated by a chi-squared independence test. The + sign indicates samples with significant (p<0.05) overexpression of IKBKE or PSAT1. Number and percentage of samples, as well as the Chi-square values are shown."}
{"words": ["Expression", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "and", "the", "SBP", "enzymes", "PSAT1", ",", "in", "the", "METABRIC", "dataset", ".", "Samples", "were", "stratified", "by", "Pam50", "intrinsic", "subtypes", "and", "ER", "status", ".", "Brown", "-", "Forsythe", "and", "Welch", "ANOVA", "test", "with", "unpaired", "t", "-", "test", "with", "Welch", "correction", "were", "applied", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of IKBKE (IKKε) and the SBP enzymes PSAT1, in the METABRIC dataset. Samples were stratified by Pam50 intrinsic subtypes and ER status. Brown-Forsythe and Welch ANOVA test with unpaired t-test with Welch correction were applied. *p<0.05, **p< 0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001."}
{"words": ["Expression", "of", "SBP", "enzymes", "PHGDH", "and", "PSPH", "in", "the", "METABRIC", "dataset", ".", "The", "expression", "of", "a", "proliferation", "related", "gene", "set", "and", "ATF4", "are", "also", "shown", ".", "Samples", "were", "stratified", "by", "Pam50", "intrinsic", "subtypes", "and", "ER", "status", ".", "Brown", "-", "Forsythe", "and", "Welch", "ANOVA", "test", "with", "unpaired", "t", "-", "test", "with", "Welch", "correction", "were", "applied", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of SBP enzymes PHGDH and PSPH in the METABRIC dataset. The expression of a proliferation related gene set and ATF4 are also shown. Samples were stratified by Pam50 intrinsic subtypes and ER status. Brown-Forsythe and Welch ANOVA test with unpaired t-test with Welch correction were applied. *p<0.05, **p< 0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001."}
{"words": ["(", "J", ")", "Association", "between", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "and", "ATF4", "mRNA", "overexpression", "evaluated", "by", "chi", "-", "squared", "independence", "test", ".", "The", "+", "sign", "indicates", "samples", "with", "significant", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "overexpression", "of", "IKBKE", "or", "PSAT1", ".", "Number", "and", "percentage", "of", "samples", ",", "as", "well", "as", "the", "Chi", "-", "square", "values", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Association between IKBKE (IKKε) and ATF4 mRNA overexpression evaluated by chi-squared independence test. The + sign indicates samples with significant (p<0.05) overexpression of IKBKE or PSAT1. Number and percentage of samples, as well as the Chi-square values are shown."}
{"words": ["(", "K", ",", "L", ")", "Correlation", "of", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "and", "PSAT1", "(", "K", ")", "or", "IKBKE", "(", "IKKε", ")", "and", "ATF4", "(", "L", ")", "expression", "in", "the", "ER", "negative", "sample", "subset", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K, L) Correlation of IKBKE (IKKε) and PSAT1 (K) or IKBKE (IKKε) and ATF4 (L) expression in the ER negative sample subset."}
{"words": ["(", "C", ")", "Adult", "phenotypes", "of", "the", "ash1", "and", "NSD", "mutants", ".", "In", "ash122", "/", "ash121", "mutants", "(", "designated", "as", "ash1", "-", ")", "the", "loss", "of", "Abd", "-", "B", "expression", "results", "in", "partial", "transformation", "of", "abdominal", "segments", "6", "and", "5", "toward", "segments", "5", "and", "4", ",", "which", "is", "visible", "from", "the", "partial", "loss", "of", "pigmentation", "on", "tergites", "5", "and", "6", "(", "t5", "and", "t6", ")", "and", "appearance", "of", "bristles", "on", "sternite", "6", "(", "s6", ",", "marked", "with", "black", "arrows", ")", ".", "The", "loss", "of", "Ubx", "expression", "causes", "transformation", "of", "the", "third", "thoracic", "to", "the", "second", "thoracic", "segment", "visible", "as", "partial", "haltere", "(", "H", ")", "to", "wing", "and", "third", "leg", "(", "3L", ")", "to", "second", "leg", "(", "2L", ")", "transformations", ".", "The", "former", "is", "evident", "from", "the", "change", "in", "the", "haltere", "shape", "and", "the", "appearance", "of", "multiple", "bristles", "(", "black", "arrowheads", ")", ".", "The", "latter", "is", "indicated", "by", "the", "apical", "and", "pre", "-", "apical", "bristles", "(", "red", "arrows", ")", "on", "the", "tibia", "of", "the", "third", "leg", "of", "ash1", "mutants", ".", "These", "are", "normally", "present", "on", "2L", "but", "absent", "on", "3L", "(", "compare", "to", "wild", "-", "type", ")", ".", "Also", "note", "the", "appearance", "of", "additional", "hypopleural", "bristles", "on", "the", "third", "thoracic", "segment", "of", "the", "ash1", "-", "flies", "(", "red", "arrowheads", ")", ",", "which", "indicate", "its", "transformation", "towards", "the", "second", "thoracic", "segment", ".", "Phenotype", "of", "the", "NSDds46", "/", "NSDds46", "(", "NSD", "-", ")", "flies", "is", "indistinguishable", "from", "wild", "-", "type", "and", "the", "phenotype", "of", "the", "double", "ash122", ",", "NSDds46", "/", "ash122", ",", "NSDds46", "(", "ash1", "-", ",", "NSD", "-", ")", "flies", "is", "no", "more", "severe", "than", "that", "of", "the", "single", "ash122", "/", "ash121", "(", "ash1", "-", ")", "mutants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Adult phenotypes of the ash1 and NSD mutants. In ash122/ash121 mutants (designated as ash1-) the loss of Abd-B expression results in partial transformation of abdominal segments 6 and 5 toward segments 5 and 4, which is visible from the partial loss of pigmentation on tergites 5 and 6 (t5 and t6) and appearance of bristles on sternite 6 (s6, marked with black arrows). The loss of Ubx expression causes transformation of the third thoracic to the second thoracic segment visible as partial haltere (H) to wing and third leg (3L) to second leg (2L) transformations. The former is evident from the change in the haltere shape and the appearance of multiple bristles (black arrowheads). The latter is indicated by the apical and pre-apical bristles (red arrows) on the tibia of the third leg of ash1 mutants. These are normally present on 2L but absent on 3L (compare to wild-type). Also note the appearance of additional hypopleural bristles on the third thoracic segment of the ash1- flies (red arrowheads), which indicate its transformation towards the second thoracic segment. Phenotype of the NSDds46/NSDds46 (NSD-) flies is indistinguishable from wild-type and the phenotype of the double ash122,NSDds46/ ash122,NSDds46 (ash1-,NSD-) flies is no more severe than that of the single ash122/ash121 (ash1-) mutants."}
{"words": ["(", "D", ")", "Ubx", "expression", "in", "the", "haltere", "imaginal", "discs", ".", "The", "expression", "was", "assayed", "by", "immunostaining", "with", "antibodies", "against", "Ubx", "(", "red", ")", "and", "acetylated", "H3K18", "(", "green", ",", "positive", "control", ")", ".", "While", "ash122", "/", "ash121", "(", "ash1", "-", ")", "larvae", "show", "stochastic", "clonal", "loss", "of", "the", "Ubx", "immunostaining", "in", "haltere", "discs", "(", "yellow", "dashed", "lines", ")", ",", "Set2", "-", "larvae", "have", "uniform", "expression", "of", "Ubx", "throughout", "the", "haltere", "disc", ",", "resembling", "that", "in", "the", "wild", "-", "type", "larvae", ".", "Scale", "bars", "indicate", "100μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Ubx expression in the haltere imaginal discs. The expression was assayed by immunostaining with antibodies against Ubx (red) and acetylated H3K18 (green, positive control). While ash122/ash121 (ash1-) larvae show stochastic clonal loss of the Ubx immunostaining in haltere discs (yellow dashed lines), Set2- larvae have uniform expression of Ubx throughout the haltere disc, resembling that in the wild-type larvae. Scale bars indicate 100μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Adult", "phenotypes", "of", "the", "ash122", "/", "ash19011", "flies", "supplemented", "with", "transgenic", "constructs", "expressing", "either", "the", "full", "-", "length", "Ash1", "(", "Ash1FL", ")", "or", "the", "truncated", "variants", "lacking", "the", "PHD", "(", "Ash1", "∆", "PHD", ")", "or", "the", "SET", "(", "Ash1", "∆", "SET", ")", "domains", ".", "Note", "the", "third", "leg", "(", "L3", ")", "to", "second", "leg", "(", "L2", ")", ",", "haltere", "(", "H", ")", "to", "wing", "(", "black", "arrows", ")", ",", "t5", "to", "t4", "and", "t6", "to", "t5", "transformations", "in", "the", "Ash1", "∆", "PHD", "and", "the", "Ash1", "∆", "SET", "but", "not", "in", "the", "Ash1FL", "flies", ".", "The", "latter", "are", "evident", "from", "the", "partial", "loss", "of", "pigmentation", "in", "t6", "and", "t5", ",", "or", "the", "appearance", "of", "small", "bristles", "(", "trichomas", ")", "on", "t6", "of", "the", "Ash1", "∆", "PHD", "and", "the", "Ash1", "∆", "SET", "flies", "in", "the", "area", "that", "is", "normally", "naked", "(", "Ash1FL", ",", "yellow", "dashed", "line", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Adult phenotypes of the ash122/ash19011 flies supplemented with transgenic constructs expressing either the full-length Ash1 (Ash1FL) or the truncated variants lacking the PHD (Ash1∆PHD) or the SET (Ash1∆SET) domains. Note the third leg (L3) to second leg (L2), haltere (H) to wing (black arrows), t5 to t4 and t6 to t5 transformations in the Ash1∆PHD and the Ash1∆SET but not in the Ash1FL flies. The latter are evident from the partial loss of pigmentation in t6 and t5, or the appearance of small bristles (trichomas) on t6 of the Ash1∆PHD and the Ash1∆SET flies in the area that is normally naked (Ash1FL, yellow dashed line)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Two", "-", "fold", "dilutions", "of", "total", "nuclear", "protein", "extracts", "from", "the", "third", "instar", "larvae", "of", "the", "ash122", "/", "ash19011", "mutants", "supplemented", "with", "various", "transgenic", "constructs", "and", "wild", "type", "flies", "were", "analyzed", "by", "western", "blot", "with", "anti", "-", "Ash1", "antibodies", ".", "Arrowhead", "indicates", "the", "position", "of", "Ash1", "protein", ".", "Note", "that", "transgenic", "proteins", "are", "expressed", "at", "comparable", "level", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Two-fold dilutions of total nuclear protein extracts from the third instar larvae of the ash122/ash19011 mutants supplemented with various transgenic constructs and wild type flies were analyzed by western blot with anti-Ash1 antibodies. Arrowhead indicates the position of Ash1 protein. Note that transgenic proteins are expressed at comparable level."}
{"words": ["(", "C", ")", "Coomassie", "staining", "of", "SDS", "-", "PAGE", "separated", "protein", "extracts", "from", "(", "B", ")", "was", "used", "to", "control", "the", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Coomassie staining of SDS-PAGE separated protein extracts from (B) was used to control the loading."}
{"words": ["Two", "-", "fold", "serial", "dilutions", "of", "the", "total", "protein", "extracts", "from", "the", "wild", "-", "type", ",", "ash122", "/", "ash19011", "(", "ash1", "-", ")", ",", "ash122", ",", "NSDds46", "/", "ash19011", ",", "NSDds46", "(", "ash1", "-", ",", "NSD", "-", ")", "and", "Set21", "(", "Set2", "-", ")", "larval", "brains", ",", "imaginal", "discs", "and", "salivary", "glands", "were", "analyzed", "by", "western", "blot", "with", "antibodies", "against", "H3K36me1", "(", "A", ")", ",", "H3K36me2", "(", "B", ")", "and", "H3K36me3", "(", "C", ")", ".", "Note", "the", "strong", "(", ">", "10", "-", "fold", ")", "reduction", "of", "H3K36me3", "signal", "in", "the", "Set2", "-", "extract", "and", "the", "slight", "(", "~", "2", "-", "fold", ")", "reduction", "of", "H3K36me1", "signal", "in", "the", "ash1", "-", "and", "ash1", "-", ",", "NSD", "-", "extracts", ".", "The", "protein", "extracts", "from", "the", "wild", "-", "type", ",", "double", "ash1", "-", ",", "NSD", "-", "and", "single", "NSD", "-", "and", "Set2", "-", "mutants", "(", "right", "panels", ")", "were", "analyzed", "together", "on", "the", "same", "membrane", ",", "however", "the", "images", "of", "the", "H3K36me1", "and", "H3K36me3", "western", "blots", "were", "modified", "to", "splice", "out", "the", "marker", "lane", "between", "the", "ash1", "-", ",", "NSD", "-", "and", "the", "Set2", "-", "extracts", ".", "Western", "blots", "with", "constitutively", "expressed", "BEAF", "-", "32", "protein", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-fold serial dilutions of the total protein extracts from the wild-type, ash122/ash19011 (ash1-), ash122,NSDds46/ash19011,NSDds46 (ash1-, NSD-) and Set21 (Set2-) larval brains, imaginal discs and salivary glands were analyzed by western blot with antibodies against H3K36me1 (A), H3K36me2 (B) and H3K36me3 (C). Note the strong (>10-fold) reduction of H3K36me3 signal in the Set2- extract and the slight (~2-fold) reduction of H3K36me1 signal in the ash1- and ash1-, NSD- extracts. The protein extracts from the wild-type, double ash1-, NSD- and single NSD- and Set2- mutants (right panels) were analyzed together on the same membrane, however the images of the H3K36me1 and H3K36me3 western blots were modified to splice out the marker lane between the ash1-,NSD- and the Set2- extracts. Western blots with constitutively expressed BEAF-32 protein were used as loading controls."}
{"words": ["Chromatin", "from", "the", "wild", "-", "type", "(", "dark", "blue", "bars", ")", ",", "ash122", "/", "ash19011", "(", "ash1", "-", ",", "red", "bars", ")", "and", "transgenic", "ash122", "/", "ash19011", "(", "Ash1FL", ",", "light", "blue", "bars", ";", "Ash1", "∆", "PHD", ",", "green", "bars", ";", "Ash1", "∆", "SET", ",", "orange", "bars", ")", "larvae", "was", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "the", "antibodies", "against", "H3K36me1", ",", "H3K36me2", "Histograms", "show", "the", "mean", "of", "the", "two", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "2", ")", "with", "dots", "indicating", "individual", "experimental", "results", ".", "An", "intergenic", "region", "on", "chromosome", "3R", "(", "intergenic", ")", "and", "the", "constitutively", "active", "TBP", "-", "associated", "factor", "4", "(", "Taf4", ")", "gene", "serve", "as", "controls", ".", "The", "loss", "of", "Ash1", "ChIP", "signal", "in", "the", "ash1", "-", "larvae", "indicates", "that", "the", "selected", "genes", "are", "the", "genuine", "Ash1", "binding", "sites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Chromatin from the wild-type (dark blue bars), ash122/ash19011 (ash1-, red bars) and transgenic ash122/ash19011 (Ash1FL, light blue bars; Ash1∆PHD, green bars; Ash1∆SET, orange bars) larvae was subjected to immunoprecipitation with the antibodies against H3K36me1 , H3K36me2 Histograms show the mean of the two independent experiments (n=2) with dots indicating individual experimental results. An intergenic region on chromosome 3R (intergenic) and the constitutively active TBP-associated factor 4 (Taf4) gene serve as controls. The loss of Ash1 ChIP signal in the ash1- larvae indicates that the selected genes are the genuine Ash1 binding sites."}
{"words": ["Chromatin", "from", "the", "wild", "-", "type", "(", "dark", "blue", "bars", ")", ",", "ash122", "/", "ash19011", "(", "ash1", "-", ",", "red", "bars", ")", "and", "transgenic", "ash122", "/", "ash19011", "(", "Ash1FL", ",", "light", "blue", "bars", ";", "Ash1", "∆", "PHD", ",", "green", "bars", ";", "Ash1", "∆", "SET", ",", "orange", "bars", ")", "larvae", "was", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "the", "antibodies", "against", "Ash1", "(", "C", ")", ".", "Histograms", "show", "the", "mean", "of", "the", "two", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "2", ")", "with", "dots", "indicating", "individual", "experimental", "results", ".", "An", "intergenic", "region", "on", "chromosome", "3R", "(", "intergenic", ")", "and", "the", "constitutively", "active", "TBP", "-", "associated", "factor", "4", "(", "Taf4", ")", "gene", "serve", "as", "controls", ".", "The", "loss", "of", "Ash1", "ChIP", "signal", "in", "the", "ash1", "-", "larvae", "indicates", "that", "the", "selected", "genes", "are", "the", "genuine", "Ash1", "binding", "sites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Chromatin from the wild-type (dark blue bars), ash122/ash19011 (ash1-, red bars) and transgenic ash122/ash19011 (Ash1FL, light blue bars; Ash1∆PHD, green bars; Ash1∆SET, orange bars) larvae was subjected to immunoprecipitation with the antibodies against Ash1 (C). Histograms show the mean of the two independent experiments (n=2) with dots indicating individual experimental results. An intergenic region on chromosome 3R (intergenic) and the constitutively active TBP-associated factor 4 (Taf4) gene serve as controls. The loss of Ash1 ChIP signal in the ash1- larvae indicates that the selected genes are the genuine Ash1 binding sites."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "∆", "HisC", ";", "12xH3K36R", "and", "control", "∆", "HisC", ";", "12xWT", "flies", "show", "no", "homeotic", "transformations", "and", "are", "indistinguishable", "from", "the", "wild", "-", "type", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The ∆HisC; 12xH3K36R and control ∆HisC; 12xWT flies show no homeotic transformations and are indistinguishable from the wild-type."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "Abd", "-", "B", "expression", "in", "the", "Central", "Nervous", "System", "(", "CNS", ")", "of", "stage", "16", "embryos", "was", "assayed", "by", "immunostaining", "with", "antibodies", "against", "Abd", "-", "B", "(", "red", ")", ".", "In", "the", "ash122", "/", "TM3", ",", "Sb", ",", "e", "Kr", ":", ":", "GFP", "or", "ash19011", "/", "TM3", ",", "Sb", ",", "e", "Kr", ":", ":", "GFP", "embryos", "(", "heterozygous", "control", ")", ",", "Abd", "-", "B", "is", "expressed", "in", "parasegments", "14", "to", "10", "in", "a", "gradient", "that", "recedes", "from", "the", "posterior", "to", "anterior", "parasegment", ".", "In", "the", "ash122", "/", "ash19011", "mutants", "the", "Abd", "-", "B", "gradient", "is", "much", "steeper", ",", "with", "reduced", "staining", "of", "parasegments", "13", "and", "12", "and", "at", "the", "edge", "of", "the", "detection", "in", "parasegments", "11", "-", "10", ".", "Heterozygous", "control", "and", "ash122", "/", "ash19011", "mutant", "embryos", "were", "stained", "together", "and", "separated", "by", "strong", "GFP", "expression", "(", "green", ")", "in", "the", "Bolwig", "'", "s", "organs", "(", "white", "arrows", ")", ".", "Here", "and", "in", "B", "the", "embryos", "are", "oriented", "with", "anterior", "pole", "facing", "the", "top", "and", "scaling", "bars", "correspond", "to", "50μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The Abd-B expression in the Central Nervous System (CNS) of stage 16 embryos was assayed by immunostaining with antibodies against Abd-B (red). In the ash122/TM3, Sb, e Kr::GFP or ash19011/TM3, Sb, e Kr::GFP embryos (heterozygous control), Abd-B is expressed in parasegments 14 to 10 in a gradient that recedes from the posterior to anterior parasegment. In the ash122/ash19011 mutants the Abd-B gradient is much steeper, with reduced staining of parasegments 13 and 12 and at the edge of the detection in parasegments 11-10. Heterozygous control and ash122/ash19011 mutant embryos were stained together and separated by strong GFP expression (green) in the Bolwig's organs (white arrows). Here and in B the embryos are oriented with anterior pole facing the top and scaling bars correspond to 50μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Unlike", "ash1", "mutants", ",", "embryos", "homozygous", "for", "His3", ".", "3A", ",", "His3", ".", "3B", ",", "∆", "HisC", "deletions", "and", "supplemented", "with", "12xH3K36R", "transgene", "(", "His3", ".", "2", "-", ",", "His3", ".", "3", "-", ",", "H3K36R", ")", "display", "the", "wild", "-", "type", "Abd", "-", "B", "immunostaining", "pattern", "(", "red", ")", ",", "the", "same", "as", "the", "control", "embryos", "heterozygous", "for", "His3", ".", "3A", ",", "and", "∆", "HisC", "deletions", ".", "In", "this", "experiment", ",", "immunostaining", "with", "antibodies", "against", "acetylated", "H3K18", "(", "green", ")", "served", "as", "positive", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Unlike ash1 mutants, embryos homozygous for His3.3A, His3.3B, ∆HisC deletions and supplemented with 12xH3K36R transgene (His3.2-,His3.3-,H3K36R) display the wild-type Abd-B immunostaining pattern (red), the same as the control embryos heterozygous for His3.3A, and ∆HisC deletions. In this experiment, immunostaining with antibodies against acetylated H3K18 (green) served as positive control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Reverse", "transcription", "and", "quantitative", "PCR", "(", "RT", "-", "qPCR", ")", "measurement", "of", "Abd", "-", "B", "expression", "in", "His3", ".", "2", "-", ",", "His3", ".", "3", "-", ",", "H3K36R", "embryos", ".", "Expression", "of", "Abd", "-", "B", "in", "stage", "16", "embryos", ",", "which", "are", "homozygous", "for", "His3", ".", "3A", ",", "His3", ".", "3B", ",", "and", "∆", "HisC", "deletions", "and", "carry", "12xH3K36R", "transgene", "(", "mutant", ")", ",", "is", "not", "reduced", "compared", "to", "their", "wild", "-", "type", "counterparts", "(", "control", "1", ")", "or", "embryos", "heterozygous", "for", "His3", ".", "3A", ",", "and", "∆", "HisC", "deletions", "(", "control", "2", ")", ".", "Histograms", "show", "the", "mean", "of", "the", "two", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "2", ")", "with", "dots", "indicating", "individual", "experimental", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Reverse transcription and quantitative PCR (RT-qPCR) measurement of Abd-B expression in His3.2-,His3.3-,H3K36R embryos. Expression of Abd-B in stage 16 embryos, which are homozygous for His3.3A, His3.3B, and ∆HisC deletions and carry 12xH3K36R transgene (mutant), is not reduced compared to their wild-type counterparts (control 1) or embryos heterozygous for His3.3A, and ∆HisC deletions (control 2). Histograms show the mean of the two independent experiments (n=2) with dots indicating individual experimental results."}
{"words": ["A", "-", "C", "Confocal", "images", "of", "Stage", "12", "embryos", "from", "control", ",", "P", "{", "GT1", "}", "CG9005BG02278", "P", "-", "element", "mutant", "(", "CG9005PBG", ")", ",", "and", "CG9005PBG", "with", "CG9005", "expression", "restored", "in", "macrophages", ".", "Macrophage", ":", "red", ".", "Phalloidin", "to", "visualize", "embryo", ":", "green", ".", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ":", "50µm", "(", "A", "-", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C Confocal images of Stage 12 embryos from control, P{GT1}CG9005BG02278 P-element mutant (CG9005PBG), and CG9005PBG with CG9005 expression restored in macrophages. Macrophage: red. Phalloidin to visualize embryo: green. Germband edge: dotted white line. Data information: Scale bars: 50µm (A-C)"}
{"words": ["D", "Quantification", "of", "macrophages", "that", "have", "penetrated", "the", "germband", "from", "genotypes", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "and", "from", "CG9005PBG", "over", "two", "deficiencies", "(", "Df", ")", "that", "remove", "the", "gene", ".", "n", "=", "35", ",", "56", ",", "25", ",", "9", ",", "18", "embryos", "respectively", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "for", "control", "vs", "CG9005PBG", ",", "Df1", ",", "or", "Df2", ";", "p", "=", "0", ".", "98", "for", "control", "vs", "mac", ">", "CG9005", "rescue", ",", "p", "=", "0", ".", "91", ",", "0", ".", "90", "for", "CG9005PBG", "vs", "Df1", "or", "Df2", ".", "Data", "information", ":", "Throughout", "paper", "mac", ">", "indicates", "GAL4", "driven", "expression", "of", "a", "UAS", "construct", "specifically", "in", "macrophages", "by", "srpHemo", "-", "GAL4", ".", "N", "for", "movies", "represents", "imaging", "from", "different", "embryos", ".", "(", "D", ")", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantification of macrophages that have penetrated the germband from genotypes in (A-C) and from CG9005PBG over two deficiencies (Df) that remove the gene. n=35, 56, 25, 9, 18 embryos respectively, p<0.0001 for control vs CG9005PBG, Df1, or Df2; p=0.98 for control vs mac>CG9005 rescue, p=0.91, 0.90 for CG9005PBG vs Df1 or Df2. Data information: Throughout paper mac> indicates GAL4 driven expression of a UAS construct specifically in macrophages by srpHemo-GAL4. N for movies represents imaging from different embryos. (D) One-way ANOVA with Tukey."}
{"words": ["E", "Macrophage", "-", "specific", "knockdown", "of", "CG9005", "by", "UAS", "-", "RNAi", "lines", ".", "n", "=", "22", ",", "20", ",", "21", ",", "23", ",", "35", ",", "28", "embryos", ".", "p", "<", "0", ".", "0001", "for", "all", "comparisons", ".", "Data", "information", ":", "Throughout", "paper", "mac", ">", "indicates", "GAL4", "driven", "expression", "of", "a", "UAS", "construct", "specifically", "in", "macrophages", "by", "srpHemo", "-", "GAL4", ".", "N", "for", "movies", "represents", "imaging", "from", "different", "embryos", ".", "Unpaired", "t", "-", "tests", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", ";", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Macrophage-specific knockdown of CG9005 by UAS-RNAi lines. n=22, 20, 21, 23, 35, 28 embryos. p<0.0001 for all comparisons. Data information: Throughout paper mac> indicates GAL4 driven expression of a UAS construct specifically in macrophages by srpHemo-GAL4. N for movies represents imaging from different embryos. Unpaired t-tests. Graphs show mean±SEM; ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001."}
{"words": ["F", "Stills", "from", "two", "-", "photon", "movies", "of", "control", "and", "CG9005PBG", "mutant", "embryos", "showing", "macrophages", "(", "nuclei", ",", "red", ")", "migrating", "starting", "at", "Stage", "10", "from", "the", "head", "towards", "the", "germband", "and", "invading", "the", "germband", "tissue", ".", "Elapsed", "time", "indicated", "in", "minutes", ".", "Germband", "edge", "(", "white", "dotted", "line", ")", "detected", "by", "yolk", "autofluorescence", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ":", "30µm", "(", "F", ")", ".", "Throughout", "this", "work", ",", "embryos", "with", "stomadeal", "invagination", "and", "germband", "retraction", "away", "from", "the", "anterior", "of", "less", "than", "29", "%", "were", "defined", "as", "Stage", "10", ",", "29", "%", "-", "31", "%", "Stage", "11", ",", "and", "35", "%", "-", "40", "%", "Stage", "12", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Stills from two-photon movies of control and CG9005PBG mutant embryos showing macrophages (nuclei, red) migrating starting at Stage 10 from the head towards the germband and invading the germband tissue. Elapsed time indicated in minutes. Germband edge (white dotted line) detected by yolk autofluorescence. Data information: Scale bars: 30µm (F). Throughout this work, embryos with stomadeal invagination and germband retraction away from the anterior of less than 29% were defined as Stage 10, 29%-31% Stage 11, and 35%-40% Stage 12."}
{"words": ["G", "-", "H", "Macrophage", "migration", "speed", "(", "G", ")", "in", "the", "head", "or", "(", "H", ")", "between", "the", "yolk", "sac", "and", "the", "germband", "edge", ".", "For", "(", "G", ")", ":", "control", "n", "=", "8", "movies", ",", "CG9005PBG", "mutant", "n", "=", "3", ";", "control", "n", "=", "360", "tracks", ",", "mutant", "n", "=", "450", ",", "p", "=", "0", ".", "65", ".", "For", "(", "H", ")", ":", "control", "n", "=", "7", "movies", ",", "mutant", "n", "=", "3", ";", "control", "n", "=", "46", "tracks", ",", "mutant", "n", "=", "19", ",", "p", "=", "0", ".", "62", "Data", "information", ":", "Unpaired", "t", "-", "tests", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", ";", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H Macrophage migration speed (G) in the head or (H) between the yolk sac and the germband edge. For (G): control n=8 movies, CG9005PBG mutant n=3; control n=360 tracks, mutant n=450, p=0.65. For (H): control n=7 movies, mutant n=3; control n=46 tracks, mutant n=19, p=0.62 Data information: Unpaired t-tests. Graphs show mean±SEM; ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001."}
{"words": ["I", "The", "time", "required", "for", "the", "first", "macrophage", "nucleus", "to", "enter", "into", "the", "extended", "germband", ".", "Control", "n", "=", "7", "movies", ",", "mutant", "n", "=", "5", ".", "Time", "to", "entry", ":", "control", "=", "23", "min", ",", "CG9005PBG", "=", "38", "min", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "Unpaired", "t", "-", "tests", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", ";", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I The time required for the first macrophage nucleus to enter into the extended germband. Control n=7 movies, mutant n=5. Time to entry: control=23 min, CG9005PBG=38 min, p<0.0001. Data information: Unpaired t-tests. Graphs show mean±SEM; ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001."}
{"words": ["J", "-", "L", "The", "migration", "speed", "of", "the", "(", "J", ")", "1st", ",", "(", "K", ")", "2nd", ",", "or", "(", "L", ")", "3rd", "-", "5th", "macrophages", "along", "the", "first", "25", "-", "30µm", "into", "the", "germband", "between", "the", "mesoderm", "and", "ectoderm", ".", "In", "schematics", ",", "analyzed", "macrophages", "-", "-", "light", "blue", ",", "other", "macrophages", "-", "-", "red", ",", "ectoderm", "-", "-", "green", ",", "mesoderm", "-", "-", "purple", ",", "and", "yolk", "-", "-", "beige", ".", "For", "(", "J", ")", ":", "control", "n", "=", "6", "movies", ",", "mutant", "n", "=", "5", ",", "p", "=", "0", ".", "012", ".", "For", "(", "K", ")", ":", "control", "n", "=", "5", "movies", ",", "mutant", "n", "=", "5", ",", "p", "=", "0", ".", "03", ".", "For", "(", "L", ")", ":", "control", "n", "=", "5", "movies", ",", "mutant", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "0", ".", "17", ".", "Data", "information", ":", "Unpaired", "t", "-", "tests", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", ";", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-L The migration speed of the (J) 1st, (K) 2nd, or (L) 3rd-5th macrophages along the first 25-30µm into the germband between the mesoderm and ectoderm. In schematics, analyzed macrophages--light blue, other macrophages--red, ectoderm--green, mesoderm--purple, and yolk--beige. For (J): control n=6 movies, mutant n=5, p=0.012. For (K): control n=5 movies, mutant n=5, p=0.03. For (L): control n=5 movies, mutant n=4, p=0.17. Data information: Unpaired t-tests. Graphs show mean±SEM; ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001."}
{"words": ["C", "-", "D", "Confocal", "images", "or", "(", "D", ")", "quantification", "of", "the", "macrophages", "in", "germband", "in", "Stage", "12", "embryos", "from", "the", "control", ",", "atosPBG", ",", "and", "atosPBG", "expressing", "Atos", "itself", "or", "variants", "lacking", "particular", "domains", ".", "Transgene", "expression", "directly", "from", "macrophage", "specific", "promoter", "(", "mac", "-", ")", ".", "For", "control", "(", "n", "=", "32", "embryos", ")", "vs", "atosPBG", "mutant", "(", "n", "=", "56", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "vs", "rescue", "with", "mac", "-", "atos", "(", "n", "=", "18", ")", "p", ">", "0", ".", "99", ";", "vs", "rescue", "with", "mac", "-", "atosDUF", "-", "(", "n", "=", "17", ")", "p", "=", "0", ".", "0003", ";", "vs", "rescue", "with", "mac", "-", "atosChrSeg", "-", "(", "n", "=", "21", ")", "p", "=", "0", ".", "0003", ";", "vs", "rescue", "with", "mac", "-", "atosDUF", "-", "/", "ChrSeg", "-", "(", "n", "=", "19", ")", "p", "=", "0", ",", "00014", ";", "vs", "rescue", "with", "mac", "-", "atosTAD1", "-", "/", "TAD2", "-", "(", "n", "=", "25", ")", "p", "=", "0", ".", "0009", ",", "atosPBG", "mutant", "vs", ".", "rescue", "with", "mac", "-", "atos", "p", "=", "0", ".", "0031", ".", "Data", "information", ":", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "Mac", "-", "indicates", "direct", "expression", "from", "the", "srpHemo", "promoter", ".", "(", "C", ",", "macrophage", "nuclei", "(", "red", ")", ",", "actin", "by", "Phalloidin", "staining", "(", "green", ")", ".", "(", "D", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Scale", "bars", ":", "50µm", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-D Confocal images or (D) quantification of the macrophages in germband in Stage 12 embryos from the control, atosPBG, and atosPBG expressing Atos itself or variants lacking particular domains. Transgene expression directly from macrophage specific promoter (mac-). For control (n=32 embryos) vs atosPBG mutant (n=56) p<0.0001; vs rescue with mac-atos (n=18) p>0.99; vs rescue with mac-atosDUF- (n=17) p=0.0003; vs rescue with mac-atosChrSeg-(n=21) p=0.0003; vs rescue with mac-atosDUF-/ChrSeg-(n=19) p=0,00014; vs rescue with mac-atosTAD1-/ TAD2- (n=25) p=0.0009, atosPBG mutant vs. rescue with mac-atos p=0.0031. Data information: Germband edge: dotted white line. Mac- indicates direct expression from the srpHemo promoter. (C, macrophage nuclei (red), actin by Phalloidin staining (green). (D One-way ANOVA with Tukey. Mean±SEM, ns=p>0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Scale bars: 50µm (C"}
{"words": ["E", "Confocal", "images", "of", "atosPBG", "rescued", "by", "expressing", "Atossa", "'", "s", "murine", "orthologs", ",", "mFAM214A", "or", "B", "(", "mFAMA", "-", "B", ")", "in", "macrophages", ",", "F", "Quantification", "of", "macrophages", "in", "the", "germband", "in", "Stage", "12", "embryos", "from", "the", "control", ",", "atosPBG", ",", "and", "atosPBG", "embryos", "expressing", "mFAM214A", "or", "B", "specifically", "in", "macrophages", "(", "mac", "-", ")", ".", "For", "control", "(", "n", "=", "24", "embryos", ")", "vs", ".", "atosPBG", "mutant", "(", "n", "=", "56", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "vs", "mac", "-", "atos", "rescue", "(", "n", "=", "18", ")", "p", "=", "0", ".", "7", ";", "vs", "mac", "-", "mFAMA", "rescue", "(", "n", "=", "22", ")", "p", "=", "0", ".", "6", ";", "vs", "mac", "-", "mFAMB", "rescue", "(", "n", "=", "25", ")", "p", "=", "0", ".", "086", ".", "For", "atosPBG", "mutant", "vs", "mac", "-", "atos", "rescue", "p", "=", "0", ".", "0006", ";", "vs", "mac", "-", "mFAMA", "rescue", "p", "=", "0", ".", "0002", ";", "vs", "mac", "-", "mFAMB", "rescue", "p", "=", "0", ".", "0043", ".", "Data", "information", ":", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "Mac", "-", "indicates", "direct", "expression", "from", "the", "srpHemo", "promoter", ".", "E", ")", "macrophage", "nuclei", "(", "red", ")", ",", "actin", "by", "Phalloidin", "staining", "(", "green", ")", ".", "F", ")", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Scale", "bars", ":", "50µm", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Confocal images of atosPBG rescued by expressing Atossa's murine orthologs, mFAM214A or B (mFAMA-B) in macrophages, F Quantification of macrophages in the germband in Stage 12 embryos from the control, atosPBG, and atosPBG embryos expressing mFAM214A or B specifically in macrophages (mac-). For control (n=24 embryos) vs. atosPBG mutant (n=56) p<0.0001; vs mac-atos rescue (n=18) p=0.7; vs mac-mFAMA rescue (n=22) p=0.6; vs mac-mFAMB rescue (n=25) p=0.086. For atosPBG mutant vs mac-atos rescue p=0.0006; vs mac-mFAMA rescue p=0.0002; vs mac-mFAMB rescue p=0.0043. Data information: Germband edge: dotted white line. Mac- indicates direct expression from the srpHemo promoter. E) macrophage nuclei (red), actin by Phalloidin staining (green). F) One-way ANOVA with Tukey. Mean±SEM, ns=p>0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Scale bars: 50µm E)."}
{"words": ["B", "-", "D", "Confocal", "images", "of", "early", "Stage", "12", "embryos", "from", "the", "control", "and", "lines", "expressing", "RNAis", "against", "(", "B", ")", "porthos", ",", "(", "C", ")", "GR", "/", "HPR", "or", "(", "D", ")", "LKR", "/", "SDH", ",", "specifically", "in", "macrophages", "(", "red", ")", ".", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-D Confocal images of early Stage 12 embryos from the control and lines expressing RNAis against (B) porthos, (C) GR/HPR or (D) LKR/SDH, specifically in macrophages (red). Germband edge: dotted white line. Data information: Scale bar: 50µm"}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "number", "of", "germband", "macrophages", "in", "embryos", "from", "control", "and", "upon", "RNAi", "knockdown", "of", "the", "genes", "In", "(", "E", ")", "control", "(", "n", "=", "36", "embryos", ")", "vs", ".", "porthos", "RNAi", "(", "n", "=", "28", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "In", "(", "F", ")", "сontrol", "1", "(", "n", "=", "18", "embryos", ")", "vs", ".", "GR", "/", "HPR", "RNAi", "1", "(", "n", "=", "18", ")", "and", "control", "2", "(", "n", "=", "21", ")", "vs", ".", "GR", "/", "HPR", "RNAi", "2", "(", "n", "=", "24", ")", ",", "both", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "control", "3", "(", "n", "=", "15", "embryos", ")", "vs", ".", "GR", "/", "HPR", "RNAi", "3", "(", "n", "=", "23", ")", "p", "=", "0", ".", "08", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", "and", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the number of germband macrophages in embryos from control and upon RNAi knockdown of the genes In (E) control (n=36 embryos) vs. porthos RNAi (n=28) p<0.0001. In (F) сontrol 1 (n=18 embryos) vs. GR/HPR RNAi 1 (n=18) and control 2 (n=21) vs. GR/HPR RNAi 2 (n=24), both p<0.0001; control 3 (n=15 embryos) vs. GR/HPR RNAi 3 (n=23) p=0.08. Data information: Mean±SEM and ns=p>0.05, ****p<0.0001. One-way ANOVA with Tukey"}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "number", "of", "germband", "macrophages", "in", "embryos", "from", "control", "and", "upon", "RNAi", "knockdown", "of", "the", "genes", "In", "(", "G", ")", "сontrol", "1", "(", "n", "=", "18", "embryos", ")", "vs", ".", "LKR", "/", "SDH", "RNAi", "1", "(", "n", "=", "17", ")", "and", "control", "2", "(", "n", "=", "21", ")", "vs", ".", "LKR", "/", "SDH", "RNAi", "2", "(", "n", "=", "23", ")", ",", "both", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", "and", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the number of germband macrophages in embryos from control and upon RNAi knockdown of the genes In (G) сontrol 1 (n=18 embryos) vs. LKR/SDH RNAi 1 (n=17) and control 2 (n=21) vs. LKR/SDH RNAi 2 (n=23), both p<0.0001. Data information: Mean±SEM and ns=p>0.05, ****p<0.0001. One-way ANOVA with Tukey"}
{"words": ["B", "Stills", "starting", "at", "Stage", "11", "from", "two", "-", "photon", "movies", "of", "control", "embryos", "and", "those", "expressing", "porthos", "(", "pths", ")", "-", "RNAi", "in", "macrophages", "(", "nuclei", ",", "red", ")", ",", "migrating", "from", "the", "head", "mesoderm", "towards", "and", "into", "the", "germband", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "White", "dotted", "line", ":", "germband", "edge", ".", "Data", "information", ":", "Movies", "in", "each", "analysis", "set", "are", "from", "independent", "embryos", ".", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Stills starting at Stage 11 from two-photon movies of control embryos and those expressing porthos (pths)-RNAi in macrophages (nuclei, red), migrating from the head mesoderm towards and into the germband at the indicated time points. White dotted line: germband edge. Data information: Movies in each analysis set are from independent embryos. Scale bars: 30µm"}
{"words": ["C", "-", "H", "Quantification", "of", "macrophage", "migration", "parameters", "from", "movies", "as", "in", "(", "B", ")", ".", "Macrophage", "migration", "speed", "(", "C", ")", "in", "the", "head", "or", "(", "D", ")", "between", "the", "yolk", "sac", "and", "the", "germband", "edge", ".", "(", "C", ")", "control", "n", "=", "4", "movies", ",", "pths", "RNAi", "n", "=", "6", ";", "control", "n", "=", "507", "tracks", ",", "pths", "RNAi", "n", "=", "859", ";", "p", "=", "0", ".", "56", ".", "(", "D", ")", "control", "n", "=", "5", "movies", ",", "pths", "RNAi", "n", "=", "5", ";", "control", "n", "=", "40", "tracks", ",", "pths", "RNAi", "n", "=", "51", ";", "p", "=", "0", ".", "45", ".", "(", "E", ")", "The", "time", "required", "for", "the", "first", "macrophage", "nucleus", "to", "enter", "into", "the", "extended", "germband", ":", "control", "=", "23", "min", ",", "CG9005PBG", "=", "38", "min", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "The", "migration", "speed", "of", "the", "(", "F", ")", "1st", ",", "(", "G", ")", "2nd", ",", "or", "(", "H", ")", "3rd", "-", "5th", "macrophages", "along", "the", "first", "25", "-", "30µm", "into", "the", "germband", "between", "the", "mesoderm", "and", "ectoderm", ":", "control", "=", "21", ".", "5", "min", ",", "n", "=", "6", ",", "pths", "RNAi", "=", "36", ".", "2", "min", ",", "n", "=", "4", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-H Quantification of macrophage migration parameters from movies as in (B). Macrophage migration speed (C) in the head or (D) between the yolk sac and the germband edge. (C) control n=4 movies, pths RNAi n=6; control n=507 tracks, pths RNAi n=859; p=0.56. (D) control n=5 movies, pths RNAi n=5; control n=40 tracks, pths RNAi n=51; p=0.45. (E) The time required for the first macrophage nucleus to enter into the extended germband: control=23 min, CG9005PBG=38 min, p<0.0001. The migration speed of the (F) 1st, (G) 2nd, or (H) 3rd-5th macrophages along the first 25-30µm into the germband between the mesoderm and ectoderm: control=21.5 min, n=6, pths RNAi=36.2 min, n=4, p<0.0001. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Unpaired t-test"}
{"words": ["I", "Confocal", "images", "of", "early", "Stage", "12", "embryos", "from", "control", ",", "atosPBG", ",", "and", "atosPBG", "expressing", "atos", ":", ":", "FLAG", ":", ":", "HA", "(", "mac", ">", "atos", ")", "or", "pths", ":", ":", "FLAG", ":", ":", "HA", "(", "mac", ">", "pths", ")", "in", "macrophages", "(", "red", ")", ".", "Embryo", "detected", "by", "phalloidin", "staining", "(", "green", ")", ".", "White", "dotted", "line", ":", "germband", "edge", ".", ".", "J", "Quantification", "of", "macrophages", "in", "the", "germband", "of", "an", "atosPBG", "mutant", "rescued", "by", "expressing", "pths", ":", ":", "FLAG", ":", ":", "HA", "in", "macrophages", ".", "For", "control", "(", "n", "=", "15", "embryos", ")", "vs", "atosPBG", "mutant", "(", "n", "=", "22", ")", "and", "mac", ">", "atos", "rescue", "(", "n", "=", "27", ")", "both", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "vs", "mac", ">", "pths", "rescue", "(", "n", "=", "30", ")", "p", "=", "0", ".", "0007", ".", "Data", "information", ":", "Movies", "in", "each", "analysis", "set", "are", "from", "independent", "embryos", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Confocal images of early Stage 12 embryos from control, atosPBG, and atosPBG expressing atos::FLAG::HA (mac>atos) or pths::FLAG::HA (mac>pths) in macrophages (red). Embryo detected by phalloidin staining (green). White dotted line: germband edge.. J Quantification of macrophages in the germband of an atosPBG mutant rescued by expressing pths::FLAG::HA in macrophages. For control (n=15 embryos) vs atosPBG mutant (n=22) and mac>atos rescue (n=27) both p<0.0001, vs mac>pths rescue (n=30) p=0.0007. Data information: Movies in each analysis set are from independent embryos. Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. one-way ANOVA with Tukey Scale bars: 50µm"}
{"words": ["E", "-", "F", "Confocal", "images", "of", "early", "Stage", "12", "embryos", "from", "the", "controls", ",", "from", "lines", "expressing", "nlacZ", "and", "RNAis", "against", "atos", "or", "pths", "in", "macrophages", "(", "mac", ">", ")", "as", "a", "second", "control", ",", "and", "lines", "expressing", "RNAis", "targeting", "atos", "or", "pths", "along", "with", "individual", "components", "of", "the", "dTORC1", "pathway", "in", "macrophages", ",", "including", "Nrpl2", ",", "Iml1", ",", "and", "TSC1", ".", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F Confocal images of early Stage 12 embryos from the controls, from lines expressing nlacZ and RNAis against atos or pths in macrophages (mac>) as a second control, and lines expressing RNAis targeting atos or pths along with individual components of the dTORC1 pathway in macrophages, including Nrpl2, Iml1, and TSC1. Germband edge: dotted white line. Data information: Scale bar: 30µm"}
{"words": ["G", "-", "H", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "germband", "macrophages", "in", "embryos", "from", "the", "controls", "and", "upon", "RNAi", "knockdown", "of", "the", "genes", "in", "E", "-", "F", ".", "Expression", "of", "different", "RNAis", "against", "Nrpl2", ",", "Iml1", ",", "and", "TSC1", "in", "atos", "or", "pths", "-", "depleted", "macrophages", "rescues", "macrophage", "invasion", "into", "the", "germband", "while", "expression", "of", "lacZ", "does", "not", ".", "In", "(", "G", ")", "control", "(", "n", "=", "21", "embryos", ")", "vs", ".", "atos", "RNAi", "(", "n", "=", "30", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "control", "vs", ".", "atos", "RNAi", "rescued", "with", "Nrpl2", "RNAi", "(", "n", "=", "32", ")", "p", "=", "0", ".", "019", ",", "with", "Iml1", "RNAi", "(", "n", "=", "24", ")", "p", "=", "0", ".", "03", ",", "and", "with", "TSC1", "RNAi", "(", "n", "=", "15", ")", "p", "=", "0", ".", "04", ".", "In", "(", "H", ")", "control", "(", "n", "=", "29", "embryos", ")", "vs", "pths", "RNAi", "(", "n", "=", "26", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "control", "vs", ".", "pths", "RNAi", "rescued", "with", "Nrpl2", "RNAi", "(", "n", "=", "27", ")", "p", "=", "0", ".", "01", ",", "with", "Iml1", "RNAi", "(", "n", "=", "17", ")", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "and", "with", "TSC1", "RNAi", "(", "n", "=", "18", ")", "p", "=", "0", ".", "02", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H Quantification of the number of germband macrophages in embryos from the controls and upon RNAi knockdown of the genes in E-F. Expression of different RNAis against Nrpl2, Iml1, and TSC1 in atos or pths-depleted macrophages rescues macrophage invasion into the germband while expression of lacZ does not. In (G) control (n=21 embryos) vs. atos RNAi (n=30) p<0.0001; control vs. atos RNAi rescued with Nrpl2 RNAi (n=32) p=0.019, with Iml1 RNAi (n=24) p=0.03, and with TSC1 RNAi (n=15) p=0.04. In (H) control (n=29 embryos) vs pths RNAi (n=26) p<0.0001; control vs. pths RNAi rescued with Nrpl2 RNAi (n=27) p=0.01, with Iml1 RNAi (n=17) p=0.02, and with TSC1 RNAi (n=18) p=0.02. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001. one-way ANOVA with Tukey"}
{"words": ["I", "Western", "blot", "of", "protein", "extracts", "from", "control", "and", "pths", "KD", "S2R", "+", "probed", "with", "p", "-", "4EBP1", "antibody", ".", "Tubulin", "serves", "as", "a", "loading", "control", "and", "quantification", "normalized", "to", "loading", "control", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", "for", "both", "control", "and", "pths", "KD", ",", "p", "=", "0", ".", "69", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Western blot of protein extracts from control and pths KD S2R+ probed with p-4EBP1 antibody. Tubulin serves as a loading control and quantification normalized to loading control. N=3 biological replicates for both control and pths KD, p=0.69. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, ****p<0.0001. unpaired t-test"}
{"words": ["C", "-", "F", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "mRNA", "from", "ribosomal", "protein", "fractions", "for", "control", "(", "black", ")", "and", "pths", "KD", "(", "gray", ")", "transcripts", "from", "S2R", "+", "cells", ".", "RNA", "was", "isolated", "individually", "from", "fractions", "and", "pooled", "into", "five", "categories", ":", "RNP", ",", "40S", "/", "60S", ",", "monosome", ",", "low", "polysome", "(", "di", "-", "and", "trisome", ")", ",", "and", "high", "polysome", "(", "remaining", "fractions", ")", ".", "The", "data", "were", "plotted", "relative", "to", "the", "amount", "present", "in", "the", "monosome", "fraction", "for", "each", "transcript", ".", "The", "mRNA", "levels", "of", "subunits", "of", "mitochondrial", "complexes", "(", "C", ")", "I", ",", "(", "D", ")", "III", "and", "(", "E", ")", "V", "were", "reduced", "in", "low", "and", "high", "polysome", "fractions", "in", "pths", "KD", "cells", "compared", "to", "the", "control", "cells", ",", "while", "(", "F", ")", "mRNA", "levels", "of", "GAPDH", "in", "the", "same", "fractions", ",", "used", "as", "an", "internal", "control", ",", "were", "not", "changed", "(", "n", "=", "3", "independent", "biological", "replicates", "for", "control", "and", "pths", "KD", ")", ".", "For", "(", "C", ",", "E", "-", "F", ")", "low", "polysome", "fraction", "for", "control", "vs", ".", "pths", "KD", ":", "(", "C", ")", "p", "=", "0", ".", "057", ",", "(", "D", ")", "p", "=", "0", ".", "0039", ",", "(", "E", ")", "p", "=", "0", ".", "09", ",", "(", "F", ")", "p", "=", "0", ".", "5", ".", "For", "(", "C", ",", "E", "-", "F", ")", "high", "polysome", "fraction", "for", "control", "vs", ".", "pths", "KD", ":", "(", "C", ")", "p", "=", "0", ".", "039", ",", "(", "D", ")", "p", "=", "0", ".", "046", ",", "(", "E", ")", "p", "=", "0", ".", "041", ",", "(", "F", ")", "p", "=", "0", ".", "66", ".", "G", "-", "I", "Western", "blots", "and", "their", "quantifications", "of", "protein", "extracts", "from", "control", "and", "pths", "KD", "S2R", "+", "probed", "with", "(", "G", ")", "MT", "-", "ND1", "(", "for", "mitochondrial", "complex", "I", ")", "n", "=", "4", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ",", "(", "H", ")", "ATPsynt", "-", "β", "(", "for", "mitochondrial", "complex", "V", ")", "n", "=", "3", "p", "=", "0", ".", "034", "and", "(", "I", ")", "tubulin", "β", "antibodies", "p", "=", "0", ".", "56", ")", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Profilin", "serves", "as", "loading", "control", ".", "N", "=", "biological", "replicates", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Unpaired", "t", "-", "tests", "(", "C", "-", "F", ",", "G", "-", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F RT-qPCR analysis of mRNA from ribosomal protein fractions for control (black) and pths KD (gray) transcripts from S2R+ cells. RNA was isolated individually from fractions and pooled into five categories: RNP, 40S/60S, monosome, low polysome (di- and trisome), and high polysome (remaining fractions). The data were plotted relative to the amount present in the monosome fraction for each transcript. The mRNA levels of subunits of mitochondrial complexes (C) I, (D) III and (E) V were reduced in low and high polysome fractions in pths KD cells compared to the control cells, while (F) mRNA levels of GAPDH in the same fractions, used as an internal control, were not changed (n=3 independent biological replicates for control and pths KD). For (C,E-F) low polysome fraction for control vs. pths KD: (C) p=0.057, (D) p=0.0039, (E) p=0.09, (F) p=0.5. For (C,E-F) high polysome fraction for control vs. pths KD: (C) p=0.039, (D) p=0.046, (E) p=0.041, (F) p=0.66. G-I Western blots and their quantifications of protein extracts from control and pths KD S2R+ probed with (G) MT-ND1 (for mitochondrial complex I) n=4, p<0.0001), (H) ATPsynt-β (for mitochondrial complex V) n=3 p=0.034 and (I) tubulin β antibodies p=0.56) (n=3). Profilin serves as loading control. N=biological replicates. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. Unpaired t-tests (C-F, G-I)."}
{"words": ["B", "The", "Oxygen", "Consumption", "Rate", "(", "OCR", ",", "pmols", "O2", "/", "min", ")", "assessed", "as", "a", "representative", "parameter", "of", "OxPhos", "in", "control", "and", "pths", "-", "KD", "S2R", "+", "cells", "by", "a", "Seahorse", "efflux", "assay", ".", "n", "≥", "3", "independent", "biological", "experiments", "each", "with", "n", ">", "6", "technical", "replicate", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B The Oxygen Consumption Rate (OCR, pmols O2/min) assessed as a representative parameter of OxPhos in control and pths-KD S2R+ cells by a Seahorse efflux assay. n≥3 independent biological experiments each with n>6 technical replicate. Data information: Mean±SEM, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Unpaired t-tests"}
{"words": ["C", "Distinct", "respiration", "parameters", "calculated", "from", "relative", "OCR", "values", "obtained", "in", "experiments", "shown", "in", "B", ".", "p", "<", "0", ".", "0001", "for", "all", "comparisons", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Distinct respiration parameters calculated from relative OCR values obtained in experiments shown in B. p<0.0001 for all comparisons. Data information: Mean±SEM, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. two-way ANOVA with Sidak's test"}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "macrophages", "from", "control", "embryos", "and", "those", "expressing", "a", "dominant", "negative", "c", "-", "ring", "of", "ATP", "synthase", "(", "CV", "-", "DN", ")", "in", "macrophages", ".", "from", "Stage", "12", "embryos", "and", "germband", "edge", "shown", "with", "dotted", "white", "line", ".", "Data", "information", ":", "show", "Stage", "12", "embryos", ".", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of macrophages from control embryos and those expressing a dominant negative c-ring of ATP synthase (CV-DN) in macrophages. from Stage 12 embryos and germband edge shown with dotted white line. Data information: show Stage 12 embryos. Scale bars: 50µm"}
{"words": ["quantification", "of", "macrophages", "(", "E", ")", "in", "the", "germband", "or", "(", "F", ")", "on", "the", "yolk", "next", "to", "the", "germband", "from", "control", "embryos", "and", "those", "expressing", "a", "dominant", "negative", "c", "-", "ring", "of", "ATP", "synthase", "(", "CV", "-", "DN", ")", "in", "macrophages", ".", "from", "Stage", "12", "embryos", "For", "(", "E", ")", "control", "(", "n", "=", "24", "embryos", ")", "vs", "CV", "-", "DN", "(", "n", "=", "20", ")", "p", "=", "0", ".", "0032", ".", "For", "(", "F", ")", "control", "(", "n", "=", "21", "embryos", ")", "vs", "CV", "-", "DN", "(", "n", "=", "17", ")", "p", "=", "0", ".", "003", ".", "Data", "information", ":", "show", "Stage", "12", "embryos", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "quantification of macrophages (E) in the germband or (F) on the yolk next to the germband from control embryos and those expressing a dominant negative c-ring of ATP synthase (CV-DN) in macrophages. from Stage 12 embryos For (E) control (n=24 embryos) vs CV-DN (n=20) p=0.0032. For (F) control (n=21 embryos) vs CV-DN (n=17) p=0.003. Data information: show Stage 12 embryos. Mean±SEM, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Unpaired t-tests"}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "germband", "macrophages", "in", "control", "embryos", "and", "those", "expressing", "different", "RNAis", "against", "mitochondrial", "OxPhos", "Complex", "III", "(", "or", "an", "RNAi", "against", "Complex", "V", ".", "Data", "information", ":", "show", "Stage", "12", "embryos", ".", "Complex", "III", "RNAis", "target", "Cyt", "-", "c1", ",", "UQCR", "-", "cp1", "-", "2", ",", "for", "Complex", "V", ",", "ATP", "synthase", "F1F0", ".", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of germband macrophages in control embryos and those expressing different RNAis against mitochondrial OxPhos Complex III (or an RNAi against Complex V. Data information: show Stage 12 embryos. Complex III RNAis target Cyt-c1, UQCR-cp1-2, for Complex V, ATP synthase F1F0. Scale bars: 50µm"}
{"words": ["quantification", "of", "germband", "macrophages", "in", "control", "embryos", "and", "those", "expressing", "different", "RNAis", "against", "mitochondrial", "OxPhos", "Complex", "III", "(", "or", "an", "RNAi", "against", "Complex", "V", ".", "For", "(", "H", ")", "control", "(", "n", "=", "34", "embryos", ")", "vs", "Complex", "III", "RNAi", "1", "(", "n", "=", "20", ")", "p", "=", "0", ".", "0001", ";", "vs", ".", "Complex", "III", "RNAi", "2", "(", "n", "=", "18", ")", "p", "=", "0", ".", "027", ";", "vs", ".", "Complex", "III", "RNAi", "3", "(", "n", "=", "16", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "vs", ".", "Complex", "V", "RNAi", "(", "n", "=", "14", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "show", "Stage", "12", "embryos", ".", "Complex", "III", "RNAis", "target", "Cyt", "-", "c1", ",", "UQCR", "-", "cp1", "-", "2", ",", "for", "Complex", "V", ",", "ATP", "synthase", "F1F0", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "quantification of germband macrophages in control embryos and those expressing different RNAis against mitochondrial OxPhos Complex III (or an RNAi against Complex V. For (H) control (n=34 embryos) vs Complex III RNAi 1 (n=20) p=0.0001; vs. Complex III RNAi 2 (n=18) p=0.027; vs. Complex III RNAi 3 (n=16) p<0.0001; vs. Complex V RNAi (n=14) p<0.0001. Data information: show Stage 12 embryos. Complex III RNAis target Cyt-c1, UQCR-cp1-2, for Complex V, ATP synthase F1F0. Mean±SEM, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. one-way ANOVA with Tukey's (H)."}
{"words": ["I", "Single", "plane", "confocal", "microscope", "image", "during", "germband", "entry", "from", "control", "or", "atosPBG", "embryos", ",", "or", "those", "expressing", "pths", "-", "RNAi", "or", "CV", "-", "DN", "in", "macrophages", ".", "Antibodies", "against", "S293", "-", "phosphorylated", "inactivated", "Pyruvate", "Dehydrogenase", "(", "pPDH", ",", "green", ")", "or", "total", "PDH", "(", "magenta", ")", "in", "macrophages", "(", "red", ")", ".", "Higher", "pPDH", "levels", "are", "usually", "found", "when", "ATP", "/", "ADP", "levels", "are", "high", "and", "input", "into", "the", "TCA", "cycle", "is", "being", "downregulated", "Data", "information", ":", "show", "Stage", "12", "embryos", ".", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Single plane confocal microscope image during germband entry from control or atosPBG embryos, or those expressing pths-RNAi or CV-DN in macrophages. Antibodies against S293-phosphorylated inactivated Pyruvate Dehydrogenase (pPDH, green) or total PDH (magenta) in macrophages (red). Higher pPDH levels are usually found when ATP/ADP levels are high and input into the TCA cycle is being downregulated Data information: show Stage 12 embryos. Scale bars: 10µm"}
{"words": ["J", "Quantification", "of", "normalized", "pPDH", "/", "PDH", "levels", "calculated", "from", "fluorescence", "intensities", "in", "macrophages", "from", "the", "genotypes", "in", "(", "I", ")", "during", "initial", "germband", "invasion", ".", "The", "pPDH", "/", "PDH", "ratio", "is", "significantly", "reduced", ",", "arguing", "that", "decreased", "function", "of", "CV", ",", "Atos", "or", "Pths", "in", "macrophages", "results", "in", "lower", "cellular", "ATP", "/", "ADP", "ratios", "compared", "to", "the", "control", ".", "N", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Ctrl", "1", "(", "n", "=", "10", "embryos", ")", "vs", "CV", "-", "DN", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "vs", ".", "atos", "mutant", "(", "n", "=", "13", ")", "both", "p", "=", "0", ".", "0002", ";", "Ctrl", "2", "(", "n", "=", "7", "embryos", ")", "vs", "pths", "RNAi", "(", "n", "=", "8", ")", "p", "=", "0", ".", "0001", ".", "*", "*", "*", "shown", "above", "columns", "in", "J", "are", "for", "comparison", "to", "relevant", "control", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Quantification of normalized pPDH/PDH levels calculated from fluorescence intensities in macrophages from the genotypes in (I) during initial germband invasion. The pPDH/PDH ratio is significantly reduced, arguing that decreased function of CV, Atos or Pths in macrophages results in lower cellular ATP/ADP ratios compared to the control. N=3 independent experiments. Ctrl 1 (n=10 embryos) vs CV-DN (n=9) and vs. atos mutant (n=13) both p=0.0002; Ctrl 2 (n=7 embryos) vs pths RNAi (n=8) p=0.0001.*** shown above columns in J are for comparison to relevant control. Data information: Mean±SEM, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001. Unpaired t-tests"}
{"words": ["A", "Single", "plane", "confocal", "microscope", "image", "during", "germband", "entry", "from", "control", "or", "atosPBG", "embryos", ",", "or", "those", "expressing", "pths", ",", "GR", "/", "HPR", ",", "and", "LKR", "/", "SDH", "in", "macrophages", "(", "mac", ">", ")", ".", "Embryos", "were", "stained", "for", "antibodies", "against", "S293", "-", "phosphorylated", "inactivated", "Pyruvate", "Dehydrogenase", "(", "pPDH", ",", "green", ")", "or", "total", "PDH", "(", "magenta", ")", "in", "macrophages", "(", "red", ")", ".", "Higher", "pPDH", "/", "PDH", "ratios", "are", "consistent", "with", "higher", "ATP", "/", "ADP", "levels", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Single plane confocal microscope image during germband entry from control or atosPBG embryos, or those expressing pths, GR/HPR, and LKR/SDH in macrophages (mac>). Embryos were stained for antibodies against S293-phosphorylated inactivated Pyruvate Dehydrogenase (pPDH, green) or total PDH (magenta) in macrophages (red). Higher pPDH/PDH ratios are consistent with higher ATP/ADP levels. Data information: Scale bars: 10µm"}
{"words": ["B", "Quantification", "of", "normalized", "pPDH", "/", "PDH", "levels", "calculated", "from", "fluorescence", "intensities", "in", "macrophages", "from", "the", "genotypes", "in", "(", "A", ")", "during", "initial", "germband", "invasion", ".", "The", "pPDH", "/", "PDH", "ratio", "is", "significantly", "increased", "in", "atosPBG", "embryos", "expressing", "either", "pths", ",", "GR", "/", "HPR", ",", "or", "LKR", "/", "SDH", "in", "macrophages", "compared", "to", "the", "atosPBG", "embryos", ".", "This", "argues", "that", "the", "decreased", "Atos", "function", "in", "atosPBG", "macrophages", ",", "resulting", "in", "lower", "cellular", "ATP", "/", "ADP", "ratios", ",", "was", "restored", "by", "expressing", "either", "its", "targets", "or", "murine", "orthologs", ".", "N", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Control", "(", "n", "=", "9", "embryos", ")", "vs", ".", "atos", "mutant", "(", "n", "=", "10", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Control", "vs", ".", "atos", "mutant", "rescued", "with", "mac", ">", "pths", "(", "n", "=", "10", ")", "p", "=", "0", ".", "77", ";", "rescued", "with", "mac", ">", "GRHPR", "(", "n", "=", "9", ")", "p", "=", "0", ".", "48", ";", "rescued", "with", "mac", ">", "LKRSDH", "(", "n", "=", "10", ")", "p", "=", "0", ".", "012", ".", "For", "atos", "mutant", "vs", ".", "atos", "rescued", "with", "mac", ">", "pths", "or", "mac", ">", "GRHPR", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "vs", ".", "atos", "rescued", "with", "mac", ">", "LKRSDH", "p", "=", "0", ".", "0014", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Quantification of normalized pPDH/PDH levels calculated from fluorescence intensities in macrophages from the genotypes in (A) during initial germband invasion. The pPDH/PDH ratio is significantly increased in atosPBG embryos expressing either pths, GR/HPR, or LKR/SDH in macrophages compared to the atosPBG embryos. This argues that the decreased Atos function in atosPBG macrophages, resulting in lower cellular ATP/ADP ratios, was restored by expressing either its targets or murine orthologs. N=3 independent experiments. Control (n=9 embryos) vs. atos mutant (n=10) p<0.0001. Control vs. atos mutant rescued with mac>pths (n=10) p=0.77; rescued with mac>GRHPR (n=9) p=0.48; rescued with mac>LKRSDH (n=10) p=0.012. For atos mutant vs. atos rescued with mac>pths or mac>GRHPR p<0.0001. vs. atos rescued with mac>LKRSDH p=0.0014. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. One-way ANOVA with Tukey"}
{"words": ["C", "-", "D", "(", "C", ")", "Confocal", "images", "or", "(", "D", ")", "quantification", "of", "the", "macrophages", "in", "germband", "in", "Stage", "12", "embryos", "from", "the", "control", ",", "atosPBG", ",", "and", "atosPBG", "expressing", "atos", "itself", "or", "GR", "/", "HPR", ",", "or", "LKR", "/", "SDH", "in", "macrophages", ".", "Germband", "edge", ":", "dotted", "white", "line", ".", "For", "(", "D", ")", "control", "(", "n", "=", "29", "embryos", ")", "vs", ".", "atos", "mutant", "(", "n", "=", "19", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Control", "vs", ".", "atos", "mutant", "rescued", "with", "mac", ">", "atos", "(", "n", "=", "27", "embryos", ")", "p", "=", "0", ".", "99", ";", "rescued", "with", "mac", ">", "GRHPR", "(", "n", "=", "28", ")", "p", "=", "0", ".", "29", ";", "rescued", "with", "mac", ">", "LKRSDH", "(", "n", "=", "20", ")", "p", "=", "0", ".", "036", ".", "atos", "mutant", "vs", ".", "atos", "rescued", "with", "mac", ">", "atos", "or", "mac", ">", "GRHPR", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "rescued", "with", "mac", ">", "LKRSDH", "p", "=", "0", ".", "0134", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-D (C) Confocal images or (D) quantification of the macrophages in germband in Stage 12 embryos from the control, atosPBG, and atosPBG expressing atos itself or GR/HPR, or LKR/SDH in macrophages. Germband edge: dotted white line. For (D) control (n=29 embryos) vs. atos mutant (n=19) p<0.0001. Control vs. atos mutant rescued with mac>atos (n=27 embryos) p=0.99; rescued with mac>GRHPR (n=28) p=0.29; rescued with mac>LKRSDH (n=20) p=0.036. atos mutant vs. atos rescued with mac>atos or mac>GRHPR p<0.0001; rescued with mac>LKRSDH p=0.0134. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. One-way ANOVA with Tukey Scale bars: 50µm"}
{"words": ["E", "Single", "plane", "confocal", "microscope", "images", "during", "germband", "entry", "from", "control", "or", "atosPBG", "embryos", ",", "or", "those", "expressing", "mammalian", "orthologs", "mFAM214A", "or", "B", "(", "FAMA", "-", "B", ")", "in", "macrophages", "(", "mac", ">", ")", ".", "Embryos", "were", "stained", "for", "antibodies", "against", "S293", "-", "phosphorylated", "inactivated", "Pyruvate", "Dehydrogenase", "(", "pPDH", ",", "green", ")", "or", "total", "PDH", "(", "magenta", ")", "in", "macrophages", "(", "red", ")", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Single plane confocal microscope images during germband entry from control or atosPBG embryos, or those expressing mammalian orthologs mFAM214A or B (FAMA-B) in macrophages (mac>). Embryos were stained for antibodies against S293-phosphorylated inactivated Pyruvate Dehydrogenase (pPDH, green) or total PDH (magenta) in macrophages (red). Data information: Scale bars: 10µm"}
{"words": ["F", "Quantification", "of", "normalized", "pPDH", "/", "PDH", "levels", "measured", "from", "fluorescence", "intensities", "in", "macrophages", "from", "the", "genotypes", "in", "(", "E", ")", "during", "initial", "germband", "invasion", ".", "The", "pPDH", "/", "PDH", "ratio", "is", "significantly", "increased", "in", "atosPBG", "embryos", "expressing", "either", "mammalian", "ortholog", "mFAM214A", "or", "B", "in", "macrophages", "compared", "to", "the", "atosPBG", "embryos", ".", "Results", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Control", "(", "n", "=", "10", "embryos", ")", "vs", ".", "atos", "mutant", "(", "n", "=", "11", ")", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Control", "vs", ".", "atos", "mutant", "rescued", "with", "mac", "-", "mFAMA", "(", "n", "=", "14", "embryos", ")", "p", "=", "0", ".", "06", ";", "rescued", "with", "mac", "-", "mFAMB", "(", "n", "=", "12", ")", "p", "=", "0", ".", "13", ".", "atos", "mutant", "vs", ".", "atos", "mutant", "rescued", "with", "mac", "-", "mFAMA", "p", "=", "0", ".", "0025", "or", "mac", "-", "mFAMB", "p", "=", "0", ".", "0019", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Quantification of normalized pPDH/PDH levels measured from fluorescence intensities in macrophages from the genotypes in (E) during initial germband invasion. The pPDH/PDH ratio is significantly increased in atosPBG embryos expressing either mammalian ortholog mFAM214A or B in macrophages compared to the atosPBG embryos. Results from three independent experiments. Control (n=10 embryos) vs. atos mutant (n=11) p<0.0001. Control vs. atos mutant rescued with mac-mFAMA (n=14 embryos) p=0.06; rescued with mac-mFAMB (n=12) p=0.13. atos mutant vs. atos mutant rescued with mac-mFAMA p=0.0025 or mac-mFAMB p=0.0019. Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. One-way ANOVA with Tukey"}
{"words": ["Cellular", "metabolites", "were", "measured", "by", "LC", "-", "MS", "-", "based", "untargeted", "metabolomics", "from", "extracts", "of", "Stage", "11", "embryos", ";", "biological", "replicates", "for", "control", "n", "=", "5", ",", "for", "atosPBG", "n", "=", "7", ".", "(", "B", ")", "Normalized", "ATP", "/", "ADP", "ratio", "values", "are", "decreased", "in", "atosPBG", "compared", "to", "control", "embryos", "(", "p", "=", "0", ".", "028", ")", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cellular metabolites were measured by LC-MS-based untargeted metabolomics from extracts of Stage 11 embryos; biological replicates for control n=5, for atosPBG n=7. (B) Normalized ATP/ADP ratio values are decreased in atosPBG compared to control embryos (p=0.028). Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. unpaired t-test"}
{"words": ["Cellular", "metabolites", "were", "measured", "by", "LC", "-", "MS", "-", "based", "untargeted", "metabolomics", "from", "extracts", "of", "Stage", "11", "embryos", ";", "biological", "replicates", "for", "control", "n", "=", "5", ",", "for", "atosPBG", "n", "=", "7", ".", "Heatmap", "of", "non", "-", "targeted", "metabolites", "in", "atosPBG", "compared", "to", "wild", "-", "type", "embryos", "shown", "with", "average", "log2fold", "change", "(", "FC", ")", "in", "the", "non", "-", "targeted", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "reveals", "(", "C", ")", "an", "increase", "in", "atosPBG", "in", "substrates", "of", "the", "dGR", "/", "HPR", "enzyme", ",", "including", "4", "-", "hydroxy", "α", "-", "ketoglutarate", "and", "hydroxyproline", "(", "HLP", ")", "and", "a", "smaller", "decrease", "in", "its", "products", ",", "glycolate", "and", "glycerate", ",", "(", "D", ")", "a", "significant", "increase", "in", "some", "dipeptides", "including", "those", "containing", "hydroxyproline", ".", "Data", "information", ":", "Values", "in", "heat", "maps", "are", "obtained", "from", "untargeted", "metabolomic", "analysis", ",", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cellular metabolites were measured by LC-MS-based untargeted metabolomics from extracts of Stage 11 embryos; biological replicates for control n=5, for atosPBG n=7. Heatmap of non-targeted metabolites in atosPBG compared to wild-type embryos shown with average log2fold change (FC) in the non-targeted LC-MS/MS analysis reveals (C) an increase in atosPBG in substrates of the dGR/HPR enzyme, including 4-hydroxy α-ketoglutarate and hydroxyproline (HLP) and a smaller decrease in its products, glycolate and glycerate, (D) a significant increase in some dipeptides including those containing hydroxyproline. Data information: Values in heat maps are obtained from untargeted metabolomic analysis, unpaired t-test"}
{"words": ["Cellular", "metabolites", "were", "measured", "by", "LC", "-", "MS", "-", "based", "untargeted", "metabolomics", "from", "extracts", "of", "Stage", "11", "embryos", ";", "biological", "replicates", "for", "control", "n", "=", "5", ",", "for", "atosPBG", "n", "=", "7", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "shows", "an", "increase", "in", "atosPBG", "in", "the", "pyruvate", "/", "glucose", "ratio", "(", "p", "=", "0", ".", "035", ")", ",", "but", "none", "for", "the", "lactate", "/", "glucose", "ratio", "(", "p", "=", "0", ".", "65", ")", ".", "Data", "information", ":", "Mean", "±", "SEM", ",", "ns", "=", "p", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cellular metabolites were measured by LC-MS-based untargeted metabolomics from extracts of Stage 11 embryos; biological replicates for control n=5, for atosPBG n=7. (E) Quantification shows an increase in atosPBG in the pyruvate/glucose ratio (p=0.035), but none for the lactate/glucose ratio (p=0.65). Data information: Mean±SEM, ns=p>0.05, *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001. unpaired t-test"}
{"words": ["Cellular", "metabolites", "were", "measured", "by", "LC", "-", "MS", "-", "based", "untargeted", "metabolomics", "from", "extracts", "of", "Stage", "11", "embryos", ";", "biological", "replicates", "for", "control", "n", "=", "5", ",", "for", "atosPBG", "n", "=", "7", ".", "Heatmap", "of", "non", "-", "targeted", "metabolites", "in", "atosPBG", "compared", "to", "wild", "-", "type", "embryos", "shown", "with", "average", "log2fold", "change", "(", "FC", ")", "in", "the", "non", "-", "targeted", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "(", "F", ")", "We", "observe", "increases", "in", "atosPBG", "in", "intermediates", "of", "mitochondrial", "fatty", "acid", "β", "-", "oxidation", "(", "FAO", ")", ",", "including", "different", "carnitine", "-", "conjugated", "lipids", ",", "and", "(", "F", "-", "G", ")", "a", "significant", "increase", "in", "ketone", "body", "substituents", "compared", "to", "the", "control", ".", "Data", "information", ":", "Values", "in", "heat", "maps", "are", "obtained", "from", "untargeted", "metabolomic", "analysis", ",", "unpaired", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cellular metabolites were measured by LC-MS-based untargeted metabolomics from extracts of Stage 11 embryos; biological replicates for control n=5, for atosPBG n=7. Heatmap of non-targeted metabolites in atosPBG compared to wild-type embryos shown with average log2fold change (FC) in the non-targeted LC-MS/MS analysis (F) We observe increases in atosPBG in intermediates of mitochondrial fatty acid β-oxidation (FAO), including different carnitine-conjugated lipids, and (F-G) a significant increase in ketone body substituents compared to the control. Data information: Values in heat maps are obtained from untargeted metabolomic analysis, unpaired t-test"}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunofluorescence", "microscopy", "for", "POMC", "(", "green", ")", "and", "Cre", "(", "red", ";", "n", "=", "4", ")", ",", "(", "B", ")", "POMC", "(", "green", ")", "and", "Atg7", "(", "red", ";", "n", "=", "4", ")", "and", "(", "C", ")", "POMC", "(", "green", ")", "and", "p62", "(", "red", ";", "n", "=", "6", ")", "in", "MBH", "sections", "from", "Con", "and", "Atg7F", "/", "F", "‐", "POMC", "‐", "Cre", "(", "KO", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunofluorescence microscopy for POMC (green) and Cre (red; n=4), (B) POMC (green) and Atg7 (red; n=4) and (C) POMC (green) and p62 (red; n=6) in MBH sections from Con and Atg7F/F‐POMC‐Cre (KO) mice"}
{"words": ["(", "D", ")", "TUNEL", "‐", "positivity", "(", "green", ";", "n", "=", "4", ")", "and", "(", "E", ")", "number", "of", "POMC", "‐", "positive", "neurons", "(", "red", ")", "in", "MBH", "sections", "from", "Con", "and", "KO", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "values", "are", "as", "compared", "with", "diet", "‐", "and", "age", "‐", "matched", "controls", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "inset", ":", "10", "μm", ".", "White", "arrows", "indicate", "Atg7", ",", "Cre", ",", "p62", "or", "POMC", "signal", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "merged", "signal", ".", "Con", ",", "control", ";", "DAPI", ",", "4", "′", "‐", "6", "‐", "diamidino", "‐", "2", "‐", "phenylindole", ";", "KO", ",", "knockout", ";", "MBH", ",", "mediobasal", "hypothalamic", ";", "NS", ",", "not", "statistically", "significant", ";", "POMC", ",", "proopiomelanocortin", ";", "TUNEL", ",", "TdT", "‐", "mediated", "dUTP", "nick", "end", "labelling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) TUNEL‐positivity (green; n=4) and (E) number of POMC‐positive neurons (red) in MBH sections from Con and KO mice (n=6). Values are mean±s.e.m. P values are as compared with diet‐ and age‐matched controls. *P0.05, ***P0.001. Nuclei are blue (DAPI). Scale inset: 10 μm. White arrows indicate Atg7, Cre, p62 or POMC signal. Yellow arrows indicate merged signal. Con, control; DAPI, 4′‐6‐diamidino‐2‐phenylindole; KO, knockout; MBH, mediobasal hypothalamic; NS, not statistically significant; POMC, proopiomelanocortin; TUNEL, TdT‐mediated dUTP nick end labelling."}
{"words": ["(", "A", ")", "Body", "wt", "of", "4", "‐", "mo", "‐", "and", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "9", "-", "13", ")", "or", "HFD", "(", "n", "=", "5", "-", "7", ")", ".", "(", "B", ")", "Total", "body", "fat", "and", "(", "C", ")", "lean", "mass", "of", "4", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "HFD", "(", "n", "=", "6", "-", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Body wt of 4‐mo‐ and 12‐mo‐old Con and KO mice on RD (n=9-13) or HFD (n=5-7). (B) Total body fat and (C) lean mass of 4‐mo‐old Con and KO mice on RD (n=7) and 12‐mo‐old Con and KO mice on HFD (n=6-8)."}
{"words": ["(", "D", ")", "eWAT", "wt", ",", "(", "E", ")", "fat", "pads", "and", "(", "F", ")", "liver", "wt", "of", "4", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "6", "-", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) eWAT wt, (E) fat pads and (F) liver wt of 4‐mo‐old Con and KO mice on RD (n=6-8)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunoblots", "for", "POMC", "and", "ACTH", ",", "and", "(", "H", ")", "NPY", "in", "MBH", "from", "RD", "‐", "fed", "Con", "and", "KO", "mice", "(", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunoblots for POMC and ACTH, and (H) NPY in MBH from RD‐fed Con and KO mice (n=3-4)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Immunofluorescence", "microscopy", "for", "POMC", "(", "green", ")", "and", "α", "‐", "MSH", "(", "red", ")", ",", "and", "(", "J", ")", "α", "‐", "MSH", "(", "green", ")", "in", "MBH", "from", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "values", "are", "as", "compared", "with", "diet", "‐", "and", "age", "‐", "matched", "controls", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "inset", ":", "10", "μm", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "merged", "signal", ".", "ACTH", ",", "adrenocorticotrophic", "hormone", ";", "Con", ",", "control", ";", "DAPI", ",", "4", "′", "‐", "6", "‐", "diamidino", "‐", "2", "‐", "phenylindole", ";", "eWAT", ",", "epididymal", "fat", ";", "HDF", ",", "high", "‐", "fat", "diet", ";", "KO", ",", "knockout", ";", "MBH", ",", "mediobasal", "hypothalamic", ";", "mo", ",", "month", ";", "MSH", ",", "melanocyte", "‐", "stimulating", "hormone", ";", "NPY", ",", "neuropeptide", "Y", ";", "POMC", ",", "proopiomelanocortin", ";", "RD", ",", "regular", "chow", ";", "wt", ",", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Immunofluorescence microscopy for POMC (green) and α‐MSH (red), and (J) α‐MSH (green) in MBH from Con and KO mice on RD (n=5). Values are mean±s.e.m. P values are as compared with diet‐ and age‐matched controls. *P0.05, **P0.01, ***P0.001. Nuclei are blue (DAPI). Scale inset: 10 μm. Yellow arrows indicate merged signal. ACTH, adrenocorticotrophic hormone; Con, control; DAPI, 4′‐6‐diamidino‐2‐phenylindole; eWAT, epididymal fat; HDF, high‐fat diet; KO, knockout; MBH, mediobasal hypothalamic; mo, month; MSH, melanocyte‐stimulating hormone; NPY, neuropeptide Y; POMC, proopiomelanocortin; RD, regular chow; wt, weight."}
{"words": ["(", "A", ")", "Percent", "loss", "of", "body", "fat", "and", "(", "B", ")", "lean", "mass", "in", "24", "‐", "h", "‐", "fasted", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "or", "HFD", "(", "n", "=", "6", "-", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Percent loss of body fat and (B) lean mass in 24‐h‐fasted Con and KO mice on RD or HFD (n=6-8)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Histology", "for", "eWAT", "from", "fed", "or", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Histology for eWAT from fed or 6‐h‐fasted Con and KO mice on RD (n=3-4)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Serum", "fatty", "acids", "and", "(", "E", ")", "glycerol", "from", "fed", "or", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Serum fatty acids and (E) glycerol from fed or 6‐h‐fasted Con and KO mice on RD (n=7-9)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Serum", "fatty", "acids", "and", "(", "G", ")", "glycerol", "after", "intraperitoneal", "isoproterenol", "(", "Iso", ")", "in", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "5", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Serum fatty acids and (G) glycerol after intraperitoneal isoproterenol (Iso) in 6‐h‐fasted Con and KO mice on RD (n=5-6)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunoblot", "for", "oxidized", "proteins", "in", "eWAT", "from", "RD", "‐", "fed", "Con", "and", "KO", "mice", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "(", "I", ")", "FACS", "analysis", "for", "M1", "and", "M2", "macrophage", "proportions", "in", "adipose", "stromal", "vascular", "fractions", "from", "fed", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "values", "are", "as", "compared", "with", "diet", "‐", "and", "age", "‐", "matched", "controls", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Con", ",", "control", ";", "eWAT", ",", "epididymal", "fat", ";", "FACS", ",", "fluorescence", "‐", "activated", "cell", "sorting", ";", "HDF", ",", "high", "‐", "fat", "diet", ";", "Iso", ",", "isoproterenol", ";", "KO", ",", "knockout", ";", "POMC", ",", "proopiomelanocortin", ";", "RD", ",", "regular", "chow", ";", "Stv", ",", "fasted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunoblot for oxidized proteins in eWAT from RD‐fed Con and KO mice (n=3). (I) FACS analysis for M1 and M2 macrophage proportions in adipose stromal vascular fractions from fed Con and KO mice on RD (n=3). Values are mean±s.e.m. P values are as compared with diet‐ and age‐matched controls. *P0.05, **P0.01, ***P0.001. Con, control; eWAT, epididymal fat; FACS, fluorescence‐activated cell sorting; HDF, high‐fat diet; Iso, isoproterenol; KO, knockout; POMC, proopiomelanocortin; RD, regular chow; Stv, fasted."}
{"words": ["(", "A", ")", "Blood", "glucose", "levels", "in", "6", "mo", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", "and", "(", "B", ")", "12", "mo", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "6", ")", ",", "and", "in", "(", "C", ")", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "HFD", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Blood glucose levels in 6 mo (n=7-9) and (B) 12 mo Con and KO mice on RD (n=6), and in (C) 12‐mo‐old Con and KO mice on HFD (n=4)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Serum", "insulin", "levels", "in", "6", "mo", ",", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", "and", "(", "E", ")", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "RD", "‐", "fed", "Con", "and", "KO", "mice", "that", "were", "fed", "or", "6", "h", "fasted", "(", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Serum insulin levels in 6 mo, (n=7-9) and (E) 12‐mo‐old RD‐fed Con and KO mice that were fed or 6 h fasted (n=6)."}
{"words": ["(", "F", ")", "HOMA", "values", "from", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "6", "‐", "mo", "‐", "old", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", "and", "(", "G", ")", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "on", "RD", ".", "(", "H", ")", "Glucose", "tolerance", "tests", "in", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "6", "‐", "mo", "‐", "old", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "in", "(", "I", ")", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "fed", "HFD", "for", "10", "mo", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HOMA values from 6‐h‐fasted 6‐mo‐old (n=7-9) and (G) 12‐mo‐old Con and KO mice (n=6) on RD. (H) Glucose tolerance tests in 6‐h‐fasted 6‐mo‐old mice on RD (n=4) and in (I) 6‐h‐fasted 12‐mo‐old Con and KO mice fed HFD for 10 mo (n=4)."}
{"words": ["(", "J", ")", "Insulin", "tolerance", "tests", "in", "RD", "‐", "fed", "6", "‐", "mo", "‐", "old", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "(", "K", ")", "HFD", "‐", "fed", "12", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Insulin tolerance tests in RD‐fed 6‐mo‐old (n=4) and (K) HFD‐fed 12‐mo‐old Con and KO mice (n=4)."}
{"words": ["(", "L", ")", "Insulin", "tolerance", "tests", "and", "(", "M", ")", "body", "weights", "of", "1", "‐", "mo", "‐", "old", "Con", "and", "KO", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "3", "-", "5", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "values", "are", "as", "compared", "with", "diet", "‐", "and", "age", "‐", "matched", "controls", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Con", ",", "control", ";", "HDF", ",", "high", "‐", "fat", "diet", ";", "HOMA", ",", "homeostasis", "model", "of", "insulin", "resistance", ";", "KO", ",", "knockout", ";", "mo", ",", "month", ";", "POMC", ",", "proopiomelanocortin", ";", "RD", ",", "regular", "chow", ";", "Stv", ",", "fasted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Insulin tolerance tests and (M) body weights of 1‐mo‐old Con and KO mice on RD (n=3-5). Values are mean±s.e.m. P values are as compared with diet‐ and age‐matched controls. *P0.05, **P0.01, ***P0.001. Con, control; HDF, high‐fat diet; HOMA, homeostasis model of insulin resistance; KO, knockout; mo, month; POMC, proopiomelanocortin; RD, regular chow; Stv, fasted."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblots", "for", "Atg7", "in", "MBH", "from", "young", "(", "3", "mo", ")", ",", "middle", "‐", "aged", "(", "12", "mo", ")", "and", "aged", "(", "22", "mo", ")", "fed", "and", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "(", "Stv", ")", "mice", "(", "n", "=", "4", ")", ",", "and", "(", "B", ")", "LC3", "‐", "II", "in", "MBH", "explants", "from", "3", "mo", "and", "22", "mo", "fed", "mice", "in", "presence", "or", "absence", "of", "lysosomal", "inhibitors", "(", "Inh", ")", "(", "n", "=", "11", "-", "13", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "values", "for", "(", "B", ")", "steady", "‐", "state", "LC3", "‐", "II", "and", "(", "C", ")", "LC3", "‐", "II", "flux", "are", "shown", "(", "n", "=", "11", "-", "13", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblots for Atg7 in MBH from young (3 mo), middle‐aged (12 mo) and aged (22 mo) fed and 6‐h‐fasted (Stv) mice (n=4), and (B) LC3‐II in MBH explants from 3 mo and 22 mo fed mice in presence or absence of lysosomal inhibitors (Inh) (n=11-13). Mean±s.e.m values for (B) steady‐state LC3‐II and (C) LC3‐II flux are shown (n=11-13)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblots", "for", "p62", "and", "NBR1", "flux", "in", "MBH", "from", "3", "mo", "and", "22", "mo", "fed", "mice", "in", "presence", "or", "absence", "of", "Inh", "(", "n", "=", "11", "-", "13", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblots for p62 and NBR1 flux in MBH from 3 mo and 22 mo fed mice in presence or absence of Inh (n=11-13)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunofluorescence", "microscopy", "for", "POMC", "(", "green", ")", "and", "p62", "(", "red", ")", "(", "n", "=", "4", ")", ",", "(", "F", ")", "immunoblots", "for", "POMC", "and", "ACTH", "(", "n", "=", "4", ")", ",", "and", "(", "G", ")", "immunofluorescence", "for", "α", "‐", "MSH", "in", "MBH", "from", "3", "mo", "and", "22", "mo", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunofluorescence microscopy for POMC (green) and p62 (red) (n=4), (F) immunoblots for POMC and ACTH (n=4), and (G) immunofluorescence for α‐MSH in MBH from 3 mo and 22 mo mice on RD (n=4)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Body", "wt", "and", "(", "I", ")", "eWAT", "wt", "of", "3", "‐", "mo", "‐", "and", "22", "‐", "mo", "‐", "old", "mice", "on", "RD", "(", "n", "=", "9", "-", "13", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Body wt and (I) eWAT wt of 3‐mo‐ and 22‐mo‐old mice on RD (n=9-13)."}
{"words": ["(", "J", ")", "Serum", "fatty", "acids", "and", "(", "K", ")", "glycerol", "from", "fed", "or", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "(", "Stv", ")", "3", "mo", "and", "22", "mo", "mice", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", ",", "and", "(", "L", ",", "M", ")", "after", "intraperitoneal", "Iso", "in", "6", "‐", "h", "‐", "fasted", "3", "mo", "and", "22", "mo", "mice", "(", "n", "=", "5", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Serum fatty acids and (K) glycerol from fed or 6‐h‐fasted (Stv) 3 mo and 22 mo mice (n=7-9), and (L,M) after intraperitoneal Iso in 6‐h‐fasted 3 mo and 22 mo mice (n=5-6)."}
{"words": ["(", "N", ")", "Immunoblots", "for", "adipose", "triglyceride", "lipase", "(", "ATGL", ")", "in", "eWAT", "from", "3", "mo", "and", "22", "mo", "mice", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "values", "are", "as", "compared", "with", "controls", ".", "*", "P0", ".", "05", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Nuclei", "are", "blue", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "inset", ":", "10", "μm", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "merged", "signal", ".", "ACTH", ",", "adrenocorticotrophic", "hormone", ";", "Con", ",", "control", ";", "eWAT", ",", "epididymal", "fat", ";", "Iso", ",", "isoproterenol", ";", "MBH", ",", "mediobasal", "hypothalamic", ";", "mo", ",", "months", ";", "MSH", ",", "melanocyte", "‐", "stimulating", "hormone", ";", "POMC", ",", "proopiomelanocortin", ";", "RD", ",", "regular", "chow", ";", "wt", ",", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) Immunoblots for adipose triglyceride lipase (ATGL) in eWAT from 3 mo and 22 mo mice. Values are mean±s.e.m. P values are as compared with controls. *P0.05, **P0.01, ***P0.001. Nuclei are blue (DAPI). Scale inset: 10 μm. Yellow arrows indicate merged signal. ACTH, adrenocorticotrophic hormone; Con, control; eWAT, epididymal fat; Iso, isoproterenol; MBH, mediobasal hypothalamic; mo, months; MSH, melanocyte‐stimulating hormone; POMC, proopiomelanocortin; RD, regular chow; wt, weight."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) human DLD1 cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["Human", "spheroids", "established", "from", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "DLD1", "cells", ",", "were", "incubated", "with", "1", ".", "25", "µM", "olaparib", "or", "0", ".", "5", "µM", "chlorambucil", "over", "the", "indicated", "period", "of", "time", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human spheroids established from BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) DLD1 cells, were incubated with 1.25 µM olaparib or 0.5 µM chlorambucil over the indicated period of time."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA1", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA1", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA1", ")", "human", "RPE1", "-", "hTERT", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of BRCA1-proficient (+BRCA1) or -deficient (-BRCA1) human RPE1-hTERT cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA1", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA1", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA1", ")", "TP53", "-", "deleted", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of BRCA1-proficient (+BRCA1) or -deficient (-BRCA1) TP53-deleted cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "Brca1", "+", "/", "+", "and", "Brca1", "-", "/", "-", "mouse", "mammary", "tumour", "-", "derived", "cell", "lines", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of Brca1+/+ and Brca1-/- mouse mammary tumour-derived cell lines treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA2", "-", "deficient", "(", "Capan", "-", "1", ")", "or", "-", "proficient", "(", "MIA", "PaCa", "-", "2", ")", "human", "pancreatic", "carcinoma", "-", "derived", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of BRCA2-deficient (Capan-1) or -proficient (MIA PaCa-2) human pancreatic carcinoma-derived cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA2", "-", "deficient", "(", "PEO1", ")", "or", "-", "proficient", "(", "C4", "-", "2", ")", "human", "ovarian", "tumour", "-", "derived", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dose-dependent viability assays of BRCA2-deficient (PEO1) or -proficient (C4-2) human ovarian tumour-derived cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["BRCA2", "-", "deficient", "(", "PEO1", ")", "or", "-", "proficient", "(", "C4", "-", "2", ")", "human", "ovarian", "tumour", "-", "derived", "cells", "were", "infected", "with", "lentiviruses", "expressing", "control", "or", "CHD4", "shRNAs", ",", "followed", "by", "selection", "with", "puromycin", "for", "72", "hours", ".", "Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "were", "performed", "on", "cells", "treated", "with", "drugs", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BRCA2-deficient (PEO1) or -proficient (C4-2) human ovarian tumour-derived cells were infected with lentiviruses expressing control or CHD4 shRNAs, followed by selection with puromycin for 72 hours. Dose-dependent viability assays were performed on cells treated with drugs at the indicated concentrations for six days."}
{"words": ["BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "were", "incubated", "with", "1", "µM", "chlorambucil", "(", "Chl", ")", ".", "Whole", "cell", "extracts", "prepared", "at", "the", "indicated", "time", "points", "during", "treatment", "were", "immunoblotted", "as", "shown", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) human DLD1 cells were incubated with 1 µM chlorambucil (Chl). Whole cell extracts prepared at the indicated time points during treatment were immunoblotted as shown. GAPDH was used as a loading control."}
{"words": ["Quantification", "of", "chromosome", "aberrations", "and", "chromatid", "/", "chromosome", "break", "frequencies", "in", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "incubated", "with", "1", "μM", "chlorambucil", "or", "1", "µM", "cisplatin", "for", "72", "h", ".", "Data", "were", "obtained", "from", "three", "independent", "experiments", "and", "normalised", "to", "untreated", "controls", ".", "A", "minimum", "of", "60", "Giemsa", "-", "stained", "metaphases", "were", "analysed", "for", "each", "sample", ".", "Cis", ",", "cisplatin", ";", "Chl", ",", "chlorambucil", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "Quantification of chromosome aberrations and chromatid/chromosome break frequencies in BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) human DLD1 cells incubated with 1 μM chlorambucil or 1 µM cisplatin for 72 h. Data were obtained from three independent experiments and normalised to untreated controls. A minimum of 60 Giemsa-stained metaphases were analysed for each sample. Cis, cisplatin; Chl, chlorambucil."}
{"words": ["Quantification", "of", "G2", "/", "M", "cell", "frequency", "relative", "to", "solvent", "control", ",", "using", "FACS", "analyses", "of", "cells", "incubated", "with", "1", "μM", "chlorambucil", "or", "1", "µM", "cisplatin", "for", "48", "hours", ".", "Cis", ",", "cisplatin", ";", "Chl", ",", "chlorambucil", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "Quantification of G2/M cell frequency relative to solvent control, using FACS analyses of cells incubated with 1 μM chlorambucil or 1 µM cisplatin for 48 hours. Cis, cisplatin; Chl, chlorambucil."}
{"words": ["Human", "H1299", "cells", "were", "treated", "with", "control", "(", "CTR", ")", "or", "indicated", "siRNAs", "two", "days", "before", "drugs", "were", "added", "to", "the", "media", "for", "dose", "-", "dependent", "viability", "assays", ".", "Cell", "extracts", "prepared", "at", "the", "time", "of", "drug", "addition", "were", "immunoblotted", "as", "indicated", ".", "SMC1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human H1299 cells were treated with control (CTR) or indicated siRNAs two days before drugs were added to the media for dose-dependent viability assays. Cell extracts prepared at the time of drug addition were immunoblotted as indicated. SMC1 was used as a loading control."}
{"words": ["Human", "H1299", "cells", "were", "treated", "with", "control", "(", "CTR", ")", "or", "indicated", "siRNAs", "two", "days", "before", "drugs", "were", "added", "to", "the", "media", "for", "dose", "-", "dependent", "viability", "assays", ".", "Cell", "extracts", "prepared", "at", "the", "time", "of", "drug", "addition", "were", "immunoblotted", "as", "indicated", ".", "SMC1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human H1299 cells were treated with control (CTR) or indicated siRNAs two days before drugs were added to the media for dose-dependent viability assays. Cell extracts prepared at the time of drug addition were immunoblotted as indicated. SMC1 was used as a loading control."}
{"words": ["Nude", "mice", "(", "nu", "/", "nu", ")", "were", "injected", "subcutaneously", "with", "5", "x", "106", "human", "DLD1", "cells", ",", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "A", ")", "or", "BRCA2", "-", "deficient", "(", "B", ")", ".", "Tumour", "-", "bearing", "mice", "were", "treated", "with", "3", "mg", "/", "kg", "daily", "chlorambucil", "administered", "intraperitoneally", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "for", "a", "total", "of", "ten", "days", ".", "Tumour", "weight", "was", "determined", "on", "the", "indicated", "days", "after", "initiation", "of", "the", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Nude mice (nu/nu) were injected subcutaneously with 5 x 106 human DLD1 cells, BRCA2-proficient (A) or BRCA2-deficient (B). Tumour-bearing mice were treated with 3 mg/kg daily chlorambucil administered intraperitoneally (i.p.) for a total of ten days. Tumour weight was determined on the indicated days after initiation of the treatment."}
{"words": ["PDTCs", "derived", "from", "breast", "cancer", "samples", "as", "previously", "described", "(", "Bruna", "et", "al", ",", "2016", ")", "were", "treated", "with", "chlorambucil", "at", "the", "indicated", "doses", ".", "Cell", "survival", "is", "represented", "relative", "to", "DMSO", "control", ".", "AB521", ",", "ER", "-", "negative", "tumour", ",", "no", "BRCA1", "alteration", ";", "STG201", ",", "tumour", "with", "BRCA1", "promoter", "methylation", "and", "loss", "of", "BRCA1", "expression", ";", "VHIO179", ",", "tumour", "with", "BRCA1", "germline", "mutation", "and", "MAD2L2", "inactivating", "mutation", "(", "olaparib", "-", "resistant", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "PDTCs derived from breast cancer samples as previously described (Bruna et al, 2016) were treated with chlorambucil at the indicated doses. Cell survival is represented relative to DMSO control. AB521, ER-negative tumour, no BRCA1 alteration; STG201, tumour with BRCA1 promoter methylation and loss of BRCA1 expression; VHIO179, tumour with BRCA1 germline mutation and MAD2L2 inactivating mutation (olaparib-resistant)"}
{"words": ["CB17", "/", "SCID", "mice", "were", "injected", "intramuscularly", "with", "5", "x", "106", "human", "BRCA2", "-", "deficient", "HCT116", "cells", ".", "Tumour", "-", "bearing", "mice", "were", "treated", "on", "the", "indicated", "days", "with", "chlorambucil", "or", "cisplatin", "administered", "intraperitoneally", "(", "i", ".", "p", ".", ")", ",", "or", "talazoparib", "administered", "orally", "(", "o", ".", "s", ".", ")", "Tumour", "volume", "was", "measured", "on", "the", "indicated", "days", "after", "treatment", "initiation", "and", "was", "expressed", "relative", "to", "tumour", "volume", "at", "the", "beginning", "of", "treatment", "(", "day", "1", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "40", "µm", ".", "Each", "experimental", "group", "included", "n", "=", "5", "mice", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Tumour", "sections", "were", "assessed", "at", "the", "end", "of", "each", "treatment", "using", "immunohistochemistry", "of", "γH2AX", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CB17/SCID mice were injected intramuscularly with 5 x 106 human BRCA2-deficient HCT116 cells. Tumour-bearing mice were treated on the indicated days with chlorambucil or cisplatin administered intraperitoneally (i.p.), or talazoparib administered orally (o.s.) Tumour volume was measured on the indicated days after treatment initiation and was expressed relative to tumour volume at the beginning of treatment (day 1). Scale bar, 40 µm. Each experimental group included n = 5 mice. Error bars represent SEM. Tumour sections were assessed at the end of each treatment using immunohistochemistry of γH2AX staining."}
{"words": ["Wild", "type", "Balb", "/", "c", "mice", "were", "injected", "intra", "-", "peritoneally", "with", "solvent", "(", "daily", ")", "or", "3", "mg", "/", "kg", "chlorambucil", "(", "daily", "for", "5", "days", ")", "or", "3", ".", "3", "mg", "/", "kg", "cisplatin", "(", "daily", "for", "3", "days", ")", ".", "Uptake", "of", "the", "apoptosis", "tracer", "99mTc", "-", "Duramycin", "2", "h", "after", "intra", "-", "venous", "injection", "was", "quantified", "in", "selected", "organs", "using", "SPECT", "imaging", "in", "the", "indicated", "organs", ".", "Representative", "maximum", "intensity", "partial", "projections", "showing", "tracer", "distribution", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild type Balb/c mice were injected intra-peritoneally with solvent (daily) or 3 mg/kg chlorambucil (daily for 5 days) or 3.3 mg/kg cisplatin (daily for 3 days). Uptake of the apoptosis tracer 99mTc-Duramycin 2 h after intra-venous injection was quantified in selected organs using SPECT imaging in the indicated organs. Representative maximum intensity partial projections showing tracer distribution are shown."}
{"words": ["Immunohistochemical", "analyses", "of", "γH2AX", "staining", "in", "organs", "from", "mice", "treated", "as", "in", "A", ".", "Scale", "bar", ",", "25", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunohistochemical analyses of γH2AX staining in organs from mice treated as in A. Scale bar, 25 µm."}
{"words": ["B", "WT", "HeLa", "cells", "were", "incubated", "with", "HPG", "for", "30", "minutes", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Harr", "and", "/", "or", "Chloramphenicol", "(", "Chl", ")", ".", "After", "fixation", ",", "AF647", "-", "azide", "(", "magenta", ")", "was", "used", "for", "click", "reaction", "(", "see", "A", ")", ",", "and", "cells", "were", "immunostained", "for", "TOM20", "as", "mitochondrial", "marker", "(", "green", ")", ".", "Representative", "epifluorescent", "microscopy", "images", "are", "shown", ".", "Magenta", "images", "shown", "in", "the", "presence", "of", "only", "Chl", "and", "in", "the", "absence", "of", "both", "inhibitors", "(", "none", ")", "are", "presented", "at", "lower", "brightness", "level", "than", "the", "other", "panels", ",", "duo", "to", "their", "very", "strong", "intensities", ".", "An", "inset", "of", "Harr", "panel", "is", "zoomed", "in", "the", "panel", "below", "for", "better", "visualization", ".", "Met", ",", "methionine", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", "and", "10", "µm", "for", "the", "zoom", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B WT HeLa cells were incubated with HPG for 30 minutes in the presence or absence of Harr and/or Chloramphenicol (Chl). After fixation, AF647-azide (magenta) was used for click reaction (see A), and cells were immunostained for TOM20 as mitochondrial marker (green). Representative epifluorescent microscopy images are shown. Magenta images shown in the presence of only Chl and in the absence of both inhibitors (none) are presented at lower brightness level than the other panels, duo to their very strong intensities. An inset of Harr panel is zoomed in the panel below for better visualization. Met, methionine. Scale bars, 50 µm and 10 µm for the zoom panel."}
{"words": ["A", "Mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "in", "WT", "HeLa", "cells", "for", "indicated", "time", "lengths", "(", "heat", "map", ")", "and", "cells", "immunostained", "for", "TOM20", "(", "gray", ")", ".", "Representative", "confocal", "images", "are", "shown", "for", "each", "time", "point", ".", "The", "same", "5", "-", "minute", "image", "was", "used", "in", "both", "rows", "with", "different", "brightness", "as", "a", "reference", "for", "intensity", "comparison", "of", "the", "other", "time", "points", "in", "the", "row", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", ".", "Mitochondrial", "protein", "synthesis", "was", "quantified", "over", "time", ".", "30", "cells", "from", "N", "=", "3", "independent", "experiments", "were", "analyzed", "for", "each", "time", "point", "(", "Average", "of", "the", "HPG", "intensity", "in", "the", "mitochondrial", "area", "was", "calculated", "and", "the", "baseline", "was", "set", "to", "zero", "by", "subtracting", "the", "value", "of", "time", "point", "0", "from", "all", "the", "values", ".", "Error", "bars", ",", "+", "/", "-", "SEM", ")", ".", "A", "hyperbolic", "graph", "was", "fitted", "to", "the", "data", ".", "R", "-", "squared", ",", "0", ".", "97", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Mitochondrial translation products were labeled in WT HeLa cells for indicated time lengths (heat map) and cells immunostained for TOM20 (gray). Representative confocal images are shown for each time point. The same 5-minute image was used in both rows with different brightness as a reference for intensity comparison of the other time points in the row. Scale bars, 10 µm. Mitochondrial protein synthesis was quantified over time. 30 cells from N = 3 independent experiments were analyzed for each time point (Average of the HPG intensity in the mitochondrial area was calculated and the baseline was set to zero by subtracting the value of time point 0 from all the values. Error bars, +/- SEM). A hyperbolic graph was fitted to the data. R-squared, 0.97."}
{"words": ["B", "As", "in", "A", ",", "Mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "for", "increasing", "time", "(", "10", "and", "20", "minutes", ")", "in", "HeLa", "cells", ".", "The", "number", "of", "analyzed", "cells", "was", "increased", "in", "the", "plots", "from", "25", "to", "300", "per", "time", "point", ".", "150", "or", "300", "random", "cells", "from", "N", "=", "3", "independent", "experiments", "were", "analyzed", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "followed", "by", "Fisher", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Error", "bars", ",", "+", "/", "-", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B As in A, Mitochondrial translation products were labeled for increasing time (10 and 20 minutes) in HeLa cells. The number of analyzed cells was increased in the plots from 25 to 300 per time point. 150 or 300 random cells from N = 3 independent experiments were analyzed. Kruskal-Wallis followed by Fisher's test. ****p < 0.0001. Error bars, +/- SEM."}
{"words": ["C", "Mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "for", "30", "minutes", "and", "clicked", "with", "AF647", "(", "magenta", ")", "and", "cells", "immunostained", "for", "TOM20", "(", "green", ")", "in", "fibroblasts", ",", "iPSCs", "-", "derived", "cardiomyocytes", ",", "and", "hippocampal", "neurons", ".", "Representative", "epifluorescent", "microscopy", "images", "are", "shown", ".", "The", "correlation", "of", "HPG", "and", "TOM20", "channels", "is", "represented", "in", "fire", "lookup", "table", ",", "after", "calculating", "the", "Pearson", "Correlation", "values", "over", "each", "pixel", "of", "the", "images", ".", "Scale", "bars", ",", "25", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Mitochondrial translation products were labeled for 30 minutes and clicked with AF647 (magenta) and cells immunostained for TOM20 (green) in fibroblasts, iPSCs-derived cardiomyocytes, and hippocampal neurons. Representative epifluorescent microscopy images are shown. The correlation of HPG and TOM20 channels is represented in fire lookup table, after calculating the Pearson Correlation values over each pixel of the images. Scale bars, 25 µm."}
{"words": ["A", "Mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "using", "a", "FUNCAT", "approach", "and", "[", "35S", "]", "Met", "labeling", "in", "control", "and", "TSFM", "patient", "fibroblasts", ".", "Representative", "epifluorescent", "microscopy", "and", "the", "autoradiography", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "µm", ".", "Changes", "in", "mitochondrial", "protein", "synthesis", "were", "quantified", "for", "both", "approaches", ".", "For", "microscopy", "image", "analysis", ",", ">", "300", "cells", "from", "N", "=", "3", "independent", "experiments", "were", "analyzed", "for", "each", "cell", "type", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "For", "radiolabeling", "analyses", ",", "N", "=", "3", "independent", "samples", "were", "quantified", "for", "each", "cell", "type", ".", "Student", "t", "test", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Error", "bars", ",", "+", "/", "-", "SEM", ".", "B", "As", "in", "A", "using", "control", "and", "COA6", "KO", "HEK", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "25", "µm", ".", "For", "microscopy", "image", "analysis", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "and", "for", "radiolabeling", "experiments", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "calculated", ".", "Error", "bars", ",", "+", "/", "-", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Mitochondrial translation products were labeled using a FUNCAT approach and [35S]Met labeling in control and TSFM patient fibroblasts. Representative epifluorescent microscopy and the autoradiography images are shown. Scale bars, 50 µm. Changes in mitochondrial protein synthesis were quantified for both approaches. For microscopy image analysis, >300 cells from N = 3 independent experiments were analyzed for each cell type. Mann-Whitney U test, ****p < 0.0001. For radiolabeling analyses, N =3 independent samples were quantified for each cell type. Student t test, **p < 0.01. Error bars, +/- SEM. B As in A using control and COA6 KO HEK cells. Scale bars, 25 µm. For microscopy image analysis, ****p < 0.0001, and for radiolabeling experiments, *p < 0.05 were calculated. Error bars, +/- SEM."}
{"words": ["A", "Mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "with", "HPG", "in", "hippocampal", "neurons", ",", "immunostained", "for", "ANK", "-", "G", "(", "initial", "axon", "segment", ")", ",", "and", "plasma", "membrane", "was", "stained", "with", "DiO", ".", "Representative", "epifluorescent", "images", "and", "zoomed", "insets", "of", "neural", "branches", "are", "shown", ".", "In", "both", "axon", "(", "ANK", "-", "G", "positive", ",", "arrow", ")", "and", "dendrite", "(", "star", ")", ",", "HPG", "incorporation", "revealing", "mitochondrial", "protein", "synthesis", "was", "detected", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Mitochondrial translation products were labeled with HPG in hippocampal neurons, immunostained for ANK-G (initial axon segment), and plasma membrane was stained with DiO. Representative epifluorescent images and zoomed insets of neural branches are shown. In both axon (ANK-G positive, arrow) and dendrite (star), HPG incorporation revealing mitochondrial protein synthesis was detected. Scale bars, 20 µm."}
{"words": ["B", "Representative", "confocal", "images", "of", "a", "dendrite", "(", "top", ")", "and", "an", "axon", "(", "bottom", ")", "in", "which", "mitochondrial", "translation", "products", "were", "labeled", "with", "HPG", "(", "magenta", ")", ".", "HOMER1", "and", "VGLUT1", "were", "used", "as", "post", "-", "and", "presynapse", "markers", ",", "respectively", "(", "green", ")", "and", "DiO", "stained", "randomly", "neurites", "(", "gray", ")", ".", "In", "each", "neurite", ",", "an", "exemplary", "region", "was", "selected", "and", "the", "DiO", "was", "outlined", "to", "mark", "the", "outer", "edge", "of", "the", "region", ".", "As", "a", "control", ",", "cells", "were", "treated", "with", "Chloramphenicol", "(", "Chl", ")", "to", "inhibit", "mitochondrial", "translation", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Representative confocal images of a dendrite (top) and an axon (bottom) in which mitochondrial translation products were labeled with HPG (magenta). HOMER1 and VGLUT1 were used as post- and presynapse markers, respectively (green) and DiO stained randomly neurites (gray). In each neurite, an exemplary region was selected and the DiO was outlined to mark the outer edge of the region. As a control, cells were treated with Chloramphenicol (Chl) to inhibit mitochondrial translation. Scale bars, 5 µm."}
{"words": ["Confirmation", "of", "peptide", "entry", "into", "neurons", ".", "Cultures", "were", "incubated", "with", "Bio", "-", "TMyc", "(", "25", "µM", ",", "1", "h", ")", "(", "panel", "b", ")", "or", "left", "untreated", "(", "panel", "a", ")", ".", "Arrowheads", "highlight", "peptide", "permeability", ",", "detected", "by", "fluorescein", "Avidin", "D", "(", "green", ")", ",", "into", "neurons", "labeled", "with", "neuronal", "-", "specific", "antibody", "NeuN", "(", "red", ")", ".", "Peptide", "is", "not", "detected", "in", "some", "neurons", "(", "arrow", ")", "and", "non", "-", "neuronal", "cells", "(", "asterisk", ")", ".", "Confocal", "microscopy", "images", "correspond", "to", "single", "sections", "and", "are", "representative", "of", "five", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confirmation of peptide entry into neurons. Cultures were incubated with Bio-TMyc (25 µM, 1 h) (panel b) or left untreated (panel a). Arrowheads highlight peptide permeability, detected by fluorescein Avidin D (green), into neurons labeled with neuronal-specific antibody NeuN (red). Peptide is not detected in some neurons (arrow) and non-neuronal cells (asterisk). Confocal microscopy images correspond to single sections and are representative of five independent experiments. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Effect", "of", "TMyc", "on", "neuronal", "survival", ".", "Primary", "cultures", "were", "incubated", "with", "TMyc", "(", "5", ",", "15", "or", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "and", "subjected", "to", "treatment", "with", "NMDA", "(", "100", "µM", ")", "and", "glycine", "(", "10", "µM", ")", "for", "4", "h", ".", "Specific", "neuronal", "viability", "was", "established", "and", "expressed", "relative", "to", "values", "in", "cultures", "with", "no", "treatment", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "represented", "(", "n", "=", "8", ")", "and", "statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "ANOVA", "test", "followed", "by", "post", "-", "hoc", "Tukey", "HSD", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TMyc on neuronal survival. Primary cultures were incubated with TMyc (5, 15 or 25 μM, 30 min) and subjected to treatment with NMDA (100 µM) and glycine (10 µM) for 4 h. Specific neuronal viability was established and expressed relative to values in cultures with no treatment. Means ± SEM are represented (n = 8) and statistical analysis was performed by ANOVA test followed by post-hoc Tukey HSD test."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", ",", "TFL482", "and", "TFL541", "on", "TrkB", "-", "FL", "levels", ".", "Cultures", "preincubated", "with", "TrkB", "-", "FL", "peptides", "or", "TMyc", "(", "25", "µM", ",", "30", "min", ")", ",", "followed", "by", "chronic", "NMDA", "treatment", "(", "2", "h", ")", ",", "were", "compared", "to", "cells", "without", "peptide", ".", "Levels", "of", "full", "-", "length", "(", "FL", ")", "TrkB", "were", "established", "with", "panTrkB", ",", "an", "antibody", "for", "the", "extracellular", "domain", "that", "also", "detects", "the", "truncated", "forms", "(", "tTrkB", ")", ".", "Quantitation", "of", "peptide", "interference", "of", "TrkB", "-", "FL", "downregulation", ".", "Receptor", "levels", "were", "normalized", "to", "NSE", "and", "expressed", "relative", "to", "values", "obtained", "in", "cultures", "without", "peptide", "or", "NMDA", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "represented", "and", "analysis", "was", "performed", "by", "ANOVA", "test", "followed", "by", "post", "-", "hoc", "Tukey", "HSD", "test", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "02", ";", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457, TFL482 and TFL541 on TrkB-FL levels. Cultures preincubated with TrkB-FL peptides or TMyc (25 µM, 30 min), followed by chronic NMDA treatment (2 h), were compared to cells without peptide. Levels of full-length (FL) TrkB were established with panTrkB, an antibody for the extracellular domain that also detects the truncated forms (tTrkB). Quantitation of peptide interference of TrkB-FL downregulation. Receptor levels were normalized to NSE and expressed relative to values obtained in cultures without peptide or NMDA. Means ± SEM are represented and analysis was performed by ANOVA test followed by post-hoc Tukey HSD test (*p = 0.02; n = 4)."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", ",", "TFL482", "and", "TFL541", "on", "neuronal", "viability", "after", "chronic", "excitotoxicity", ".", "Cultures", "were", "preincubated", "with", "peptides", "and", "treated", "with", "NMDA", "for", "0", "-", "6", "h", "as", "before", ".", "Values", "for", "each", "time", "point", "were", "represented", "relative", "to", "those", "of", "neurons", "incubated", "with", "the", "same", "peptide", "but", "no", "NMDA", ".", "Mean", "±", "SEM", "of", "eleven", "(", "TFL457", ")", ",", "three", "(", "TFL482", ")", "and", "seven", "(", "TFL541", ")", "independent", "experiments", "is", "given", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457, TFL482 and TFL541 on neuronal viability after chronic excitotoxicity. Cultures were preincubated with peptides and treated with NMDA for 0-6 h as before. Values for each time point were represented relative to those of neurons incubated with the same peptide but no NMDA. Mean ± SEM of eleven (TFL457), three (TFL482) and seven (TFL541) independent experiments is given."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL518", "on", "TrkB", "-", "FL", "levels", ".", "Cultures", "incubated", "with", "TFL518", "as", "before", "were", "compared", "to", "those", "treated", "with", "TMyc", "or", "TFL457", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL518 on TrkB-FL levels. Cultures incubated with TFL518 as before were compared to those treated with TMyc or TFL457."}
{"words": ["TFL518", "effect", "on", "neuronal", "viability", ".", "Cultures", "were", "treated", "and", "analyzed", "as", "above", ".", "No", "significant", "differences", "were", "found", "for", "TFL518", "while", "neuroprotection", "by", "TFL457", "was"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "TFL518 effect on neuronal viability. Cultures were treated and analyzed as above. No significant differences were found for TFL518 while neuroprotection by TFL457 was confirmed"}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "neuronal", "viability", "after", "acute", "excitotoxicity", ".", "Cells", "were", "induced", "with", "NMDA", "(", "50", "μM", ")", "and", "glycine", "(", "10", "μM", ")", "for", "1", "h", "and", ",", "after", "agonists", "removal", ",", "culture", "proceeded", "for", "20", "h", "with", "DL", "-", "AP5", "(", "200", "μM", ")", "and", "TMyc", "or", "TFL457", "(", "15", "μM", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", "relative", "to", "cultures", "incubated", "with", "TMyc", "but", "no", "NMDA", "is", "represented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457 on neuronal viability after acute excitotoxicity. Cells were induced with NMDA (50 μM) and glycine (10 μM) for 1 h and, after agonists removal, culture proceeded for 20 h with DL-AP5 (200 μM) and TMyc or TFL457 (15 μM). Mean ± SEM relative to cultures incubated with TMyc but no NMDA is represented."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "Y515", "and", "Y816", "phosphorylation", ".", "Cultures", "preincubated", "with", "TMyc", "or", "TFL457", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "were", "treated", "with", "NMDA", "(", "0", "-", "6", "h", ")", "and", "analyzed", "with", "panTrkB", "or", "phosphospecific", "antibodies", ".", "Quantitation", "of", "pY515", "and", "pY816", ".", "Mean", "±", "SEM", "of", "normalized", "pY515", "(", "n", "=", "7", ")", "or", "pY816", "(", "n", "=", "4", ")", "levels", "obtained", "after", "NMDA", "-", "treatment", "(", "2", "h", ")", "are", "represented", "relative", "to", "those", "found", "in", "cells", "with", "the", "same", "peptide", "but", "no", "NMDA", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "unpaired", "Student", "t", "test", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "046", ";", "n", ".", "s", ".", "=", "non", "-", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457 on Y515 and Y816 phosphorylation. Cultures preincubated with TMyc or TFL457 (25 μM, 30 min) were treated with NMDA (0-6 h) and analyzed with panTrkB or phosphospecific antibodies. Quantitation of pY515 and pY816. Mean ± SEM of normalized pY515 (n = 7) or pY816 (n = 4) levels obtained after NMDA-treatment (2 h) are represented relative to those found in cells with the same peptide but no NMDA. Statistical analysis was performed by unpaired Student t test (*p = 0.046; n.s. = non-significant)."}
{"words": ["Analysis", "by", "immunoprecipitation", "of", "TFL457", "effect", "on", "pY816", "levels", ".", "Cultures", "preincubated", "and", "treated", "as", "before", "with", "NMDA", "(", "2", "h", ")", ",", "were", "immunoprecipitated", "with", "antibodies", "specific", "for", "phosphorylated", "tyrosine", "(", "pY", ")", ".", "pY816", "was", "analyzed", "by", "WB", "in", "immunoprecipates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis by immunoprecipitation of TFL457 effect on pY816 levels. Cultures preincubated and treated as before with NMDA (2 h), were immunoprecipitated with antibodies specific for phosphorylated tyrosine (pY). pY816 was analyzed by WB in immunoprecipates."}
{"words": ["TFL457", "effects", "on", "neuronal", "viability", "after", "inhibition", "of", "TrkB", "-", "FL", "signaling", ".", "Cultures", "were", "preincubated", "(", "30", "min", ")", "with", "inhibitors", "specific", "for", "PI3K", "(", "Wortmannin", ",", "100", "nM", ")", ",", "MAPK", "/", "ERK", "(", "UO126", ",", "300", "nM", ")", "or", "PLCγ", "(", "U", "-", "73122", ",", "5", "μM", ")", "before", "incubation", "with", "TMyc", "or", "TFL457", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", ".", "Viability", "was", "established", "4", "h", "after", "NMDA", "treatment", ".", "Means", "±", "SEM", "relative", "to", "untreated", "cultures", "are", "represented", "and", "data", "were", "analyzed", "by", "ANOVA", "test", "followed", "by", "post", "-", "hoc", "Tukey", "HSD", "test", "(", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "009", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "n", ".", "s", ".", "=", "non", "-", "significant", ",", "respectively", "for", "TMyc", "vs", "TFL457", "in", "untreated", "or", "Wortmannin", ",", "UO126", "or", "U", "-", "73122", "-", "treated", "cells", ";", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "008", "for", "untreated", "vs", "U", "-", "73122", "-", "treated", "cells", "preincubated", "with", "TFL457", ";", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "TFL457 effects on neuronal viability after inhibition of TrkB-FL signaling. Cultures were preincubated (30 min) with inhibitors specific for PI3K (Wortmannin, 100 nM), MAPK/ERK (UO126, 300 nM) or PLCγ (U-73122, 5 μM) before incubation with TMyc or TFL457 (25 μM, 30 min). Viability was established 4 h after NMDA treatment. Means ± SEM relative to untreated cultures are represented and data were analyzed by ANOVA test followed by post-hoc Tukey HSD test (***p = 0.0001, **p = 0.009, *p = 0.02, n.s. = non-significant, respectively for TMyc vs TFL457 in untreated or Wortmannin, UO126 or U-73122-treated cells; **p = 0.008 for untreated vs U-73122-treated cells preincubated with TFL457; n = 5)."}
{"words": ["Dose", "-", "dependent", "TFL457", "effects", ".", "Cultures", "incubated", "with", "TMyc", "o", "TFL457", "(", "5", ",", "15", "o", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "were", "treated", "with", "NMDA", "(", "2", "h", ")", "and", "compared", "to", "cells", "without", "peptide", "or", "NMDA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Dose-dependent TFL457 effects. Cultures incubated with TMyc o TFL457 (5, 15 o 25 μM, 30 min) were treated with NMDA (2 h) and compared to cells without peptide or NMDA."}
{"words": ["Time", "-", "course", "TFL457", "effects", ".", "Cells", "preincubated", "with", "peptides", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "were", "treated", "with", "NMDA", "(", "0", "-", "6", "h", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time-course TFL457 effects. Cells preincubated with peptides (25 μM, 30 min) were treated with NMDA (0-6 h)."}
{"words": ["Quantitation", "of", "peptide", "effects", ".", "Normalized", "protein", "levels", "are", "presented", "relative", "to", "values", "obtained", "in", "cells", "incubated", "with", "the", "same", "peptide", "but", "no", "NMDA", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "given", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "followed", "by", "post", "-", "hoc", "Bonferroni", "test", ",", "comparing", "TMyc", "or", "TFL457", "-", "treated", "cells", "for", "each", "time", "-", "point", "(", "TrkB", "-", "FL", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0009", "and", "*", "p", "=", "0", ".", "02", ";", "CREB", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "0149", "and", "*", "p", "=", "0", ".", "0148", ";", "pCREB", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0007", "and", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0012", ";", "MEF2D", ",", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0023", "and", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0047", ".", "All", "values", "are", "respectively", "for", "2", "or", "4", "h", ";", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitation of peptide effects. Normalized protein levels are presented relative to values obtained in cells incubated with the same peptide but no NMDA. Means ± SEM are given. Results were analyzed by a two-way ANOVA test followed by post-hoc Bonferroni test, comparing TMyc or TFL457-treated cells for each time-point (TrkB-FL, ***p = 0.0009 and *p = 0.02; CREB, *p = 0.0149 and *p = 0.0148; pCREB, ***p = 0.0007 and **p = 0.0012; MEF2D, **p = 0.0023 and **p = 0.0047. All values are respectively for 2 or 4 h; n = 6)."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "MEF2", "-", "promoter", "activity", ".", "Cultures", "transfected", "with", "pMEF2", "(", "two", "minimal", "wild", "type", "MEF2", "elements", ")", "or", "pMEF2mut", "(", "mutant", ")", "were", "preincubated", "with", "CPPs", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "and", "treated", "with", "NMDA", "(", "100", "µM", ",", "2", "h", ")", ".", "Means", "±", "SEM", "of", "luciferase", "activities", "obtained", "in", "excitotoxicity", ",", "relative", "to", "values", "found", "in", "cells", "treated", "with", "same", "peptide", "and", "no", "NMDA", ",", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457 on MEF2-promoter activity. Cultures transfected with pMEF2 (two minimal wild type MEF2 elements) or pMEF2mut (mutant) were preincubated with CPPs (25 μM, 30 min) and treated with NMDA (100 µM, 2 h). Means ± SEM of luciferase activities obtained in excitotoxicity, relative to values found in cells treated with same peptide and no NMDA, are presented."}
{"words": ["Effect", "on", "CRE", "-", "promoter", "activity", ".", "pCRE", "contains", "two", "minimal", "CREs", ".", "Peptide", "preincubation", "was", "as", "above", "with", "or", "without", "KG", "-", "501", "(", "10", "µM", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", "luciferase", "activities", "are", "given", "relative", "to", "values", "in", "cells", "treated", "with", "the", "same", "peptide", "but", "no", "NMDA", "or", "KG", "-", "501", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "Effect on CRE-promoter activity. pCRE contains two minimal CREs. Peptide preincubation was as above with or without KG-501 (10 µM). Mean ± SEM luciferase activities are given relative to values in cells treated with the same peptide but no NMDA or KG-501."}
{"words": ["Effect", "on", "NMDAR", "-", "subunit", "promoters", ".", "Cells", "transfected", "with", "pGluN1", "or", "pGluN2A", "were", "treated", "and", "analyzed", "as", "in", "panel", "A", "(", "pGluN1", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "016", ";", "pGluN2A", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "029", ";", "n", "=", "14", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect on NMDAR-subunit promoters. Cells transfected with pGluN1 or pGluN2A were treated and analyzed as in panel A (pGluN1, *p = 0.016; pGluN2A, *p = 0.029; n = 14)."}
{"words": ["Effects", "on", "BDNF", "promoter", "III", "or", "TrkB", "promoter", ".", "Cells", "transfected", "with", "pIIIBDNF", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "pTrkB", "(", "n", "=", "7", ")", "or", "pCRE", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "as", "a", "control", ",", "were", "processed", "as", "above", "but", "using", "20", "µM", "NMDA", "for", "4", "h", ".", "Data", "are", "presented", "and", "analyzed", "as", "in", "panel", "A", "(", "pCRE", ",", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0098", ";", "pIIIBDNF", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "029", ";", "pTrkB", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "033", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects on BDNF promoter III or TrkB promoter. Cells transfected with pIIIBDNF (n = 9), pTrkB (n = 7) or pCRE (n = 5), as a control, were processed as above but using 20 µM NMDA for 4 h. Data are presented and analyzed as in panel A (pCRE, **p = 0.0098; pIIIBDNF, *p = 0.029; pTrkB, *p = 0.033)."}
{"words": ["Effects", "of", "TFL457", "on", "mRNA", "levels", "of", "CREB", "/", "MEF2", "-", "regulated", "genes", ".", "Total", "RNA", "was", "extracted", "from", "cultures", "preincubated", "with", "CPPs", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "and", "treated", "or", "not", "with", "NMDA", "(", "100", "µM", ",", "4", "h", ")", ".", "Levels", "of", "mRNA", "were", "normalized", "to", "NSE", "(", "genes", "expressed", "in", "neurons", ",", "left", "panel", ")", "or", "GAPDH", "(", "neuronal", "and", "glial", "expression", ",", "right", "panel", ")", ".", "Means", "±", "SEM", "of", "levels", "obtained", "in", "excitotoxicity", "relative", "to", "values", "found", "in", "cells", "treated", "with", "same", "peptide", "and", "no", "NMDA", "are", "presented", ".", "Differences", "found", "in", "excitotoxicity", "were", "analyzed", "by", "ANOVA", "test", "followed", "by", "post", "-", "hoc", "Tukey", "HSD", "test", "(", "GluN1", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "00096", ";", "GluN2A", ",", "p", "=", "0", ".", "98", ";", "TrkB", "-", "FL", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "00037", ";", "BDNF", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "045", ";", "n", "=", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of TFL457 on mRNA levels of CREB/MEF2-regulated genes. Total RNA was extracted from cultures preincubated with CPPs (25 μM, 30 min) and treated or not with NMDA (100 µM, 4 h). Levels of mRNA were normalized to NSE (genes expressed in neurons, left panel) or GAPDH (neuronal and glial expression, right panel). Means ± SEM of levels obtained in excitotoxicity relative to values found in cells treated with same peptide and no NMDA are presented. Differences found in excitotoxicity were analyzed by ANOVA test followed by post-hoc Tukey HSD test (GluN1, ***p = 0.00096; GluN2A, p = 0.98; TrkB-FL, ***p = 0.00037; BDNF, *p = 0.045; n = 8)."}
{"words": ["TFL457", "interference", "of", "RIP", "and", "calpain", "-", "processing", "in", "excitotoxicity", ".", "Cultures", "were", "preincubated", "with", "peptides", "(", "25", "µM", ",", "30", "min", ")", "or", "left", "untreated", "before", "NMDA", "addition", "(", "2", "h", ")", ".", "Different", "exposures", "are", "shown", "to", "facilitate", "visualization", "of", "FL", ",", "f42", "/", "39", "or", "f32", ".", "Quantitation", "of", "normalized", "f32", "and", "f42", "/", "39", "levels", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "shown", "relative", "to", "cultures", "treated", "with", "NMDA", "and", "no", "peptide", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "TFL457 interference of RIP and calpain-processing in excitotoxicity. Cultures were preincubated with peptides (25 µM, 30 min) or left untreated before NMDA addition (2 h). Different exposures are shown to facilitate visualization of FL, f42/39 or f32. Quantitation of normalized f32 and f42/39 levels. Means ± SEM are shown relative to cultures treated with NMDA and no peptide."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "neuronal", "viability", "after", "calpain", "inhibition", ".", "After", "30", "min", "preincubation", "with", "calpeptin", "(", "Calp", ",", "10", "µM", ")", "and", "calpain", "inhibitor", "III", "(", "CiIII", ",", "10", "µM", ")", ",", "cultures", "were", "treated", "with", "CPPs", "and", "NMDA", "(", "4", "h", ")", "as", "before", ".", "Means", "±", "SEM", "relative", "to", "those", "obtained", "in", "untreated", "cultures", "are", "given", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457 on neuronal viability after calpain inhibition. After 30 min preincubation with calpeptin (Calp, 10 µM) and calpain inhibitor III (CiIII, 10 µM), cultures were treated with CPPs and NMDA (4 h) as before. Means ± SEM relative to those obtained in untreated cultures are given."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "neuronal", "viability", "after", "metalloproteinase", "inhibition", ".", "Cultures", "preincubated", "with", "GM6001", "(", "10", "µM", ",", "30", "min", ")", "were", "treated", "with", "CPPs", "and", "NMDA", "as", "before", ".", "Analysis", "was", "performed", "as", "above", "(", "without", "GM6001", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0007", ";", "with", "GM6001", ",", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0006", ";", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of TFL457 on neuronal viability after metalloproteinase inhibition. Cultures preincubated with GM6001 (10 µM, 30 min) were treated with CPPs and NMDA as before. Analysis was performed as above (without GM6001, ***p = 0.0007; with GM6001, ***p = 0.0006; n = 4)."}
{"words": ["Effect", "of", "NMDA", "on", "total", "and", "cell", "-", "surface", "TrkB", "-", "FL", "levels", ".", "Cultures", "were", "incubated", "with", "NMDA", "(", "100", "µM", ")", "or", "BDNF", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "for", "1", "h", ".", "Membrane", "proteins", "were", "labeled", "and", "purified", "and", "compared", "to", "corresponding", "total", "lysates", ".", "TrkB", "-", "FL", "levels", "are", "expressed", "relative", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of NMDA on total and cell-surface TrkB-FL levels. Cultures were incubated with NMDA (100 µM) or BDNF (100 ng/ml) for 1 h. Membrane proteins were labeled and purified and compared to corresponding total lysates. TrkB-FL levels are expressed relative to untreated cells."}
{"words": ["Effect", "of", "TFL457", "on", "the", "decrease", "of", "TrkB", "-", "FL", "surface", "levels", "induced", "by", "NMDA", ".", "Analysis", "was", "performed", "as", "before", "in", "cells", "incubated", "with", "CPPs", "(", "25", "μM", ",", "30", "min", ")", "and", "NMDA", "-", "treated", "(", "1", "h", ")", ".", "Results", "obtained", "in", "excitotoxic", "cultures", "are", "expressed", "relative", "to", "cells", "treated", "with", "the", "same", "peptide", "but", "no", "NMDA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Effect of TFL457 on the decrease of TrkB-FL surface levels induced by NMDA. Analysis was performed as before in cells incubated with CPPs (25 μM, 30 min) and NMDA-treated (1 h). Results obtained in excitotoxic cultures are expressed relative to cells treated with the same peptide but no NMDA."}
{"words": ["Effect", "of", "endocytosis", "inhibition", "on", "TrkB", "-", "FL", "downregulation", ".", "The", "infarcted", "area", "of", "the", "ipsilateral", "hemisphere", "(", "I", ")", "was", "compared", "to", "the", "corresponding", "region", "of", "the", "contralateral", "area", "(", "C", ")", ".", "Results", "from", "representative", "mice", "injected", "with", "dynasore", "or", "vehicle", "are", "shown", ".", "Different", "exposures", "are", "presented", "to", "facilitate", "visualization", "of", "dynasore", "effects", "on", "TrkB", "-", "FL", "and", "f32", ".", "Quantitation", "of", "TrkB", "-", "FL", "and", "TrkB", "-", "T1", "in", "the", "infarcted", "area", ".", "Normalized", "protein", "levels", "are", "expressed", "relative", "to", "those", "of", "the", "corresponding", "contralateral", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of endocytosis inhibition on TrkB-FL downregulation. The infarcted area of the ipsilateral hemisphere (I) was compared to the corresponding region of the contralateral area (C). Results from representative mice injected with dynasore or vehicle are shown. Different exposures are presented to facilitate visualization of dynasore effects on TrkB-FL and f32. Quantitation of TrkB-FL and TrkB-T1 in the infarcted area. Normalized protein levels are expressed relative to those of the corresponding contralateral region."}
{"words": ["Confirmation", "of", "Bio", "-", "TFL457", "delivery", "to", "mice", "cortex", ".", "Biotinylated", "TFL457", "(", "Bio", "-", "TFL457", ",", "4", "nMole", "/", "g", ",", "retro", "-", "orbitally", "injected", ")", "was", "detected", "in", "coronal", "sections", "stained", "with", "NeuN", "and", "DAPI", ".", "Representative", "confocal", "microscopy", "images", "of", "cortical", "areas", "correspond", "to", "single", "sections", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confirmation of Bio-TFL457 delivery to mice cortex. Biotinylated TFL457 (Bio- TFL457, 4 nMole/g, retro-orbitally injected) was detected in coronal sections stained with NeuN and DAPI. Representative confocal microscopy images of cortical areas correspond to single sections. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["Representative", "analysis", "of", "TrkB", "-", "FL", "at", "3", "h", "of", "damage", ".", "Comparison", "of", "the", "infarcted", "area", "(", "I", ")", "and", "the", "corresponding", "contralateral", "region", "(", "C", ")", "is", "shown", ".", "Quantitation", "of", "TrkB", "-", "FL", "levels", ".", "Means", "±", "SEM", "of", "normalized", "TrkB", "-", "FL", "levels", "in", "the", "infarcted", "area", "relative", "to", "the", "corresponding", "contralateral"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative analysis of TrkB-FL at 3 h of damage. Comparison of the infarcted area (I) and the corresponding contralateral region (C) is shown. Quantitation of TrkB-FL levels. Means ± SEM of normalized TrkB-FL levels in the infarcted area relative to the corresponding contralateral region"}
{"words": ["Representative", "1", "mm", "brain", "coronal", "slices", "stained", "with", "TTC", "after", "24", "h", "of", "insult", "corresponding", "to", "animals", "injected", "with", "MTMyc", "or", "MTFL457", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative 1 mm brain coronal slices stained with TTC after 24 h of insult corresponding to animals injected with MTMyc or MTFL457."}
{"words": ["Infarct", "volume", "of", "animals", "injected", "with", "MTMyc", "or", "MTFL457", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "hemisphere", "volume", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "given", ".", "Differences", "were", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "00008", ";", "n", "=", "14", ")", ".", "Results", "for", "MTFL457", "are", "also", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "infarct", "volume", "in", "animals", "injected", "with", "MTMyc", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Infarct volume of animals injected with MTMyc or MTFL457 expressed as a percentage of the hemisphere volume. Means ± SEM are given. Differences were analyzed by Student's t-test (***p = 0.00008; n = 14). Results for MTFL457 are also expressed as percentage of the infarct volume in animals injected with MTMyc."}
{"words": ["Evaluation", "of", "balance", "and", "motor", "coordination", ".", "Number", "of", "contralateral", "hind", "paw", "slips", "were", "measured", "after", "24", "h", "of", "damage", ".", "Data", "spread", "is", "presented", "by", "box", "and", "whisker", "plots", "showing", "interquartile", "range", ",", "median", ",", "minimum", "and", "maximum", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Evaluation of balance and motor coordination. Number of contralateral hind paw slips were measured after 24 h of damage. Data spread is presented by box and whisker plots showing interquartile range, median, minimum and maximum values."}
{"words": ["(", "B", ")", "Migration", "efficiency", "(", "%", "of", "cells", "that", "migrated", "through", "filter", "pores", "in", "each", "round", ")", "of", "A375", "cells", "during", "5", "μm", "constricted", "migration", "and", "12", "μm", "migration", "(", "left", "panels", ")", ".", "Biological", "replicates", "shown", ".", "Phase", "contrast", "imaging", "of", "the", "final", "cell", "populations", "after", "the", "10", "rounds", "of", "migration", ",", "cells", "cultured", "on", "2D", "plastic", "(", "right", "panels", ",", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Migration efficiency (% of cells that migrated through filter pores in each round) of A375 cells during 5 μm constricted migration and 12 μm migration (left panels). Biological replicates shown. Phase contrast imaging of the final cell populations after the 10 rounds of migration, cells cultured on 2D plastic (right panels, Scale bar = 50 µm)."}
{"words": ["(", "C", ")", "A375", "nuclei", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ",", "Lamin", "A", "/", "C", "(", "green", ")", "and", "H3K9me3", "(", "red", ")", "in", "the", "indicated", "migration", "conditions", ".", "Images", "shown", "represent", "a", "maximum", "projection", "of", "z", "-", "stacks", "(", "Scale", "bar", "=", "5", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) A375 nuclei stained with DAPI (blue), Lamin A/C (green) and H3K9me3 (red) in the indicated migration conditions. Images shown represent a maximum projection of z-stacks (Scale bar= 5 µm)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cumulative", "distribution", "plot", "of", "Lamin", "A", "/", "C", "coefficient", "of", "variation", "in", "all", "indicated", "A375", "conditions", "(", "Control", "(", "n", "=", "59", ")", ",", "Top", "-", "5", "(", "n", "=", "64", ")", ",", "Bottom", "-", "5", "(", "n", "=", "62", ")", "nuclei", ")", ".", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", "p", "-", "values", "indicated", "in", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cumulative distribution plot of Lamin A/C coefficient of variation in all indicated A375 conditions (Control (n = 59), Top-5 (n = 64), Bottom-5 (n = 62) nuclei). Kolmogorov-Smirnov test p-values indicated in plot."}
{"words": ["(", "E", ")", "Radial", "intensity", "distribution", "of", "H3K9me3", "signal", "in", "the", "maximum", "projected", "nuclei", "of", "Control", "(", "n", "=", "59", ")", ",", "Top", "-", "5", "(", "n", "=", "63", ")", ",", "Bottom", "-", "5", "(", "n", "=", "64", ")", "and", "Bottom", "-", "12", "(", "n", "=", "80", ")", "nuclei", "(", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0069", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", ".", "Error", "bars", "=", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Radial intensity distribution of H3K9me3 signal in the maximum projected nuclei of Control (n = 59), Top-5 (n = 63), Bottom-5 (n = 64) and Bottom-12 (n = 80) nuclei (** p = 0.0069, two-tailed t-test). Error bars = mean ± SD."}
{"words": ["(", "F", ")", "Maximum", "projection", "confocal", "images", "of", "Top", "-", "5", "and", "Bottom", "-", "5", "cells", "embedded", "in", "collagen", "and", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "and", "Phalloidin", "(", "red", ")", ".", "(", "Inset", ")", "Zoom", "in", "of", "nucleus", "of", "Bottom", "-", "5", "cell", ".", "Top", "-", "5", "and", "Bottom", "-", "5", "zoomed", "inset", "scale", "=", "5", "μm", ";", "Bottom", "-", "5", "zoomed", "out", "image", "scale", "=", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Maximum projection confocal images of Top-5 and Bottom-5 cells embedded in collagen and stained with DAPI (blue) and Phalloidin (red). (Inset) Zoom in of nucleus of Bottom-5 cell. Top-5 and Bottom-5 zoomed inset scale = 5 μm; Bottom-5 zoomed out image scale = 20 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Fraction", "of", "Control", ",", "Top", "-", "5", "and", "Bottom", "-", "5", "cells", "displaying", "projections", "at", "indicated", "timepoints", "after", "cells", "were", "embedded", "in", "3D", "collagen", "matrices", ".", "Each", "biological", "replicate", "is", "connected", "by", "a", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Fraction of Control, Top-5 and Bottom-5 cells displaying projections at indicated timepoints after cells were embedded in 3D collagen matrices. Each biological replicate is connected by a line."}
{"words": ["(", "H", ")", "Nuclei", "of", "Top", "-", "5", "(", "left", ")", "and", "Bottom", "-", "5", "cells", "(", "right", ")", "embedded", "in", "3D", "collagen", "matrix", "and", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "and", "Lamin", "A", "/", "C", "(", "green", ")", ".", "Scale", "=", "5μm", ".", "For", "3D", "reconstruction", "visualization", ",", "see", "Movies", "EV5", "and", "EV6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Nuclei of Top-5 (left) and Bottom-5 cells (right) embedded in 3D collagen matrix and stained with DAPI (blue) and Lamin A/C (green). Scale = 5μm. For 3D reconstruction visualization, see Movies EV5 and EV6."}
{"words": ["(", "I", ")", "Percent", "of", "cells", "embedded", "in", "collagen", "that", "had", "elongated", "nuclei", "(", "Aspect", "Ratio", ">", "2", ".", "5", ")", "for", "A375", "Control", "(", "n", "=", "54", ")", ",", "Top", "-", "5", "(", "n", "=", "52", ")", "and", "Bottom", "-", "5", "(", "n", "=", "53", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Percent of cells embedded in collagen that had elongated nuclei (Aspect Ratio > 2.5) for A375 Control (n = 54), Top-5 (n = 52) and Bottom-5 (n = 53)."}
{"words": ["(", "J", ")", "Cumulative", "distribution", "plot", "of", "Lamin", "A", "/", "C", "coefficient", "of", "variation", "for", "Control", "(", "n", "=", "70", ")", ",", "Top", "-", "5", "(", "n", "=", "78", ")", "and", "Bottom", "-", "5", "(", "n", "=", "109", ")", "cells", "embedded", "in", "3D", "collagen", "matrices", ".", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", "p", "-", "values", "indicated", "in", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Cumulative distribution plot of Lamin A/C coefficient of variation for Control (n = 70), Top-5 (n = 78) and Bottom-5 (n = 109) cells embedded in 3D collagen matrices. Kolmogorov-Smirnov test p-values indicated in plot."}
{"words": ["(", "E", ")", "Metaphase", "spread", "labeled", "with", "chromosome", "specific", "FISH", "probes", "for", "chr5", "(", "green", ")", "and", "chr13", "(", "red", ")", ".", "Bottom", "graphs", "represent", "frequency", "of", "t", "(", "5", ";", "13", ")", "quantified", "by", "FISH", "(", "left", ")", "and", "copy", "number", "quantification", "for", "chr5", "and", "chr13", "(", "right", ")", ".", "n", "=", "1328", "Control", "and", "2370", "metaphases", "analyzed", "for", "Bottom", "-", "5", ".", "(", "Scale", "=", "10", "μm", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Metaphase spread labeled with chromosome specific FISH probes for chr5 (green) and chr13 (red). Bottom graphs represent frequency of t(5;13) quantified by FISH (left) and copy number quantification for chr5 and chr13 (right). n = 1328 Control and 2370 metaphases analyzed for Bottom-5. (Scale = 10 μm)"}
{"words": ["A", ".", "Expression", "profiling", "of", "differentially", "expressed", "circRNAs", "between", "the", "tumor", "and", "normal", "groups", ".", "Rows", "represent", "circRNAs", ",", "and", "columns", "represent", "samples", ".", "Rows", "were", "ordered", "by", "fold", "change", ",", "and", "columns", "were", "ordered", "by", "their", "group", ".", "The", "sample", "of", "N8", "was", "not", "included", "due", "to", "low", "sequencing", "library", "size", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Expression profiling of differentially expressed circRNAs between the tumor and normal groups. Rows represent circRNAs, and columns represent samples. Rows were ordered by fold change, and columns were ordered by their group. The sample of N8 was not included due to low sequencing library size."}
{"words": ["B", ".", "Expression", "profiling", "of", "differentially", "expressed", "circRNAs", "between", "the", "recurrence", "and", "nonrecurrence", "groups", ".", "Both", "the", "row", "and", "column", "were", "unsupervised", "and", "clustered", "with", "the", "hierarchical", "clustering", "method", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Expression profiling of differentially expressed circRNAs between the recurrence and nonrecurrence groups. Both the row and column were unsupervised and clustered with the hierarchical clustering method."}
{"words": ["C", ".", "The", "4", "of", "22", "differentially", "expressed", "circRNAs", "were", "confirmed", "by", "qRT", "-", "PCR", ",", "which", "were", "retained", "after", "marker", "selection", "procedure", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The 4 of 22 differentially expressed circRNAs were confirmed by qRT-PCR, which were retained after marker selection procedure. **P < 0.01, Student's t-test, mean ± SD."}
{"words": ["E", ".", "Time", "-", "dependent", "AUC", "analysis", "of", "individual", "circle", "RNA", "and", "cirScore", "for", "predicting", "recurrence", "in", "the", "training", "dataset", ".", "P", "-", "values", "are", "shown", "for", "the", "indicated", "comparison", "of", "AUC", "between", "each", "marker", "and", "cirScore", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "AUC", "=", "area", "under", "the", "curve", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Time-dependent AUC analysis of individual circle RNA and cirScore for predicting recurrence in the training dataset. P-values are shown for the indicated comparison of AUC between each marker and cirScore. Student's t-test, AUC=area under the curve."}
{"words": ["A", "-", "F", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "of", "DFS", "(", "A", ")", "and", "OS", "(", "B", ")", "in", "249", "patients", "in", "the", "training", "set", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "of", "DFS", "(", "C", ")", "and", "OS", "(", "D", ")", "in", "122", "patients", "in", "the", "internal", "validation", "data", "set", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "of", "DFS", "(", "E", ")", "and", "OS", "(", "F", ")", "in", "180", "patients", "in", "the", "external", "independent", "validation", "data", "set", ".", "Hazard", "ratios", "(", "HRs", ")", "were", "calculated", "with", "a", "univariate", "Cox", "regression", "analysis", ",", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "the", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F. Kaplan-Meier curves of DFS (A) and OS (B) in 249 patients in the training set. Kaplan-Meier curves of DFS (C) and OS (D) in 122 patients in the internal validation data set. Kaplan-Meier curves of DFS (E) and OS (F) in 180 patients in the external independent validation data set. Hazard ratios (HRs) were calculated with a univariate Cox regression analysis, P-values were calculated with the log-rank test."}
{"words": ["A", ".", "RT", "-", "PCR", "products", "with", "divergent", "and", "convergent", "primers", "showing", "circularization", "of", "has", "_", "circ", "_", "0079480", "and", "has", "_", "circ", "_", "0087391", ".", "cDNA", ",", "complementary", "DNA", ";", "gDNA", ",", "genomic", "DNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0], "text": "A. RT-PCR products with divergent and convergent primers showing circularization of has_circ_0079480 and has_circ_0087391. cDNA, complementary DNA; gDNA, genomic DNA."}
{"words": ["B", ".", "qRT", "-", "PCR", "evaluated", "the", "knockdown", "efficiency", "of", "has", "_", "circ", "_", "0079480", "and", "and", "has", "_", "circ", "_", "0087319", "in", "SW620", "and", "HCT116", "cells", "transfected", "with", "two", "unique", "shRNAs", "(", "#", "1", ",", "#", "2", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. qRT-PCR evaluated the knockdown efficiency of has_circ_0079480 and and has_circ_0087319 in SW620 and HCT116 cells transfected with two unique shRNAs (#1, #2). **P < 0.01, Student's t-test, mean ± SD."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "the", "migration", "phenotype", "in", "HCT116", "cells", "with", "knockdown", "of", "candidate", "circRNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of the migration phenotype in HCT116 cells with knockdown of candidate circRNAs."}
{"words": ["D", ".", "The", "relative", "fold", "-", "change", "of", "the", "transwell", "migration", "for", "indicated", "knockdown", "cells", "over", "those", "of", "control", "cells", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The relative fold-change of the transwell migration for indicated knockdown cells over those of control cells. **P < 0.01, Student's t-test, mean ± SD."}
{"words": ["E", "-", "F", ".", "Representative", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ")", "staining", "and", "statistical", "results", "of", "the", "micro", "-", "metastatic", "nodules", "in", "the", "liver", "from", "mice", "injected", "with", "the", "indicated", "cells", "into", "the", "spleen", "for", "45", "days", ".", "N", "=", "8", "per", "group", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F. Representative hematoxylin and eosin (H&E) staining and statistical results of the micro-metastatic nodules in the liver from mice injected with the indicated cells into the spleen for 45 days. N=8 per group. **P < 0.01, Student's t-test, mean ± SD."}
{"words": ["G", "-", "H", ".", "Representative", "H", "&", "E", "staining", "and", "statistical", "results", "of", "metastatic", "lung", "nodules", "from", "mice", "injected", "with", "the", "indicated", "cells", "via", "the", "tail", "vein", "for", "60", "days", ".", "(", "Five", "sections", "evaluated", "per", "lung", ")", ".", "N", "=", "8", "per", "group", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H. Representative H&E staining and statistical results of metastatic lung nodules from mice injected with the indicated cells via the tail vein for 60 days. (Five sections evaluated per lung). N=8 per group. **P < 0.01, Student's t-test, mean ± SD."}
{"words": ["C", "DNA", "breaks", "were", "measured", "using", "alkaline", "comet", "assay", "in", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "treated", "with", "2", "µM", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "for", "16", "hours", "and", "released", "into", "fresh", "medium", "without", "pyridostatin", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", "µm", ".", "D", "Quantification", "of", "DNA", "breaks", "shown", "in", "(", "C", ")", ".", "Graph", "and", "error", "bars", "represent", "the", "mean", "and", "SEM", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "A", "minimum", "of", "50", "cells", "were", "analysed", "per", "condition", "per", "experiment", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "NS", ",", "P", ">", "0", ".", "5", ".", "E", "Quantification", "of", "γH2AX", "foci", "visualised", "using", "immunofluorescence", "staining", "in", "cells", "treated", "as", "in", "(", "C", ")", ".", "A", "minimum", "of", "200", "cells", "were", "analysed", "per", "condition", "per", "experiment", ".", "Graph", "and", "error", "bars", "represent", "the", "mean", "and", "SEM", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", ";", "NS", ",", "P", ">", "0", ".", "5", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C DNA breaks were measured using alkaline comet assay in BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) human DLD1 cells treated with 2 µM pyridostatin (PDS) for 16 hours and released into fresh medium without pyridostatin. Representative images are shown. Scale bar represents 100 µm. D Quantification of DNA breaks shown in (C). Graph and error bars represent the mean and SEM of n = 3 independent experiments. A minimum of 50 cells were analysed per condition per experiment. P values were calculated using an unpaired two-tailed t-test. *, P ≤ 0.05; NS, P > 0.5. E Quantification of γH2AX foci visualised using immunofluorescence staining in cells treated as in (C). A minimum of 200 cells were analysed per condition per experiment. Graph and error bars represent the mean and SEM of n = 3 independent experiments. P values were calculated using an unpaired two-tailed t-test. ***, P ≤ 0.001; NS, P > 0.5."}
{"words": ["F", "BRCA2", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "were", "treated", "with", "2", "µM", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "for", "24", "hours", ".", "Next", ",", "pyridostatin", "was", "removed", "and", "cells", "were", "released", "in", "a", "medium", "containing", "250", "nM", "NU", "-", "7441", "(", "NU", ")", ".", "Whole", "-", "cell", "extracts", "were", "prepared", "at", "the", "indicated", "timepoints", "after", "release", "and", "immunoblotted", "as", "shown", ".", "SMC1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "KAP1", "phosphorylation", "site", "is", "indicated", "in", "red", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F BRCA2-deficient (-BRCA2) human DLD1 cells were treated with 2 µM pyridostatin (PDS) for 24 hours. Next, pyridostatin was removed and cells were released in a medium containing 250 nM NU-7441 (NU). Whole-cell extracts were prepared at the indicated timepoints after release and immunoblotted as shown. SMC1 was used as a loading control. KAP1 phosphorylation site is indicated in red."}
{"words": ["G", "Dose", "-", "dependent", "viability", "assays", "of", "BRCA2", "-", "proficient", "(", "+", "BRCA2", ")", "or", "-", "deficient", "(", "-", "BRCA2", ")", "human", "DLD1", "cells", "treated", "with", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "and", "NU", "-", "7441", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "six", "days", ".", "Graphs", "represent", "average", "values", "obtained", "from", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "each", "performed", "in", "technical", "triplicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Dose-dependent viability assays of BRCA2-proficient (+BRCA2) or -deficient (-BRCA2) human DLD1 cells treated with pyridostatin (PDS) and NU-7441 at the indicated concentrations for six days. Graphs represent average values obtained from of n = 3 independent experiments, each performed in technical triplicates."}
{"words": ["Quantitative", "RT", "-", "PCR", "of", "cells", "grown", "as", "in", "(", "A", ")", "and", "treated", "with", "10", "µM", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "for", "3", "days", "was", "performed", "using", "primers", "specific", "for", "the", "indicated", "genes", ".", "mRNA", "levels", "are", "expressed", "relative", "to", "GAPDH", "and", "to", "-", "DOX", "(", "+", "BRCA2", ")", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "SEM", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "each", "performed", "in", "technical", "triplicate", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative RT-PCR of cells grown as in (A) and treated with 10 µM pyridostatin (PDS) for 3 days was performed using primers specific for the indicated genes. mRNA levels are expressed relative to GAPDH and to -DOX (+BRCA2) cells. Error bars represent the SEM of n = 3 independent experiments, each performed in technical triplicate. P values were calculated using an unpaired two-tailed t-test. *, P ≤ 0.05; ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["BRCA2", "+", "/", "+", "and", "BRCA2", "-", "/", "-", "RPE", "-", "1", "cells", "were", "treated", "with", "10", "μM", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "for", "2", "days", ".", "Whole", "-", "cell", "extracts", "were", "immunoblotted", "as", "indicated", ".", "KAP1", ",", "IRF3", "and", "STAT1", "phosphorylation", "sites", "are", "shown", "in", "red", ".", "Tubulin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BRCA2+/+ and BRCA2-/- RPE-1 cells were treated with 10 μM pyridostatin (PDS) for 2 days. Whole-cell extracts were immunoblotted as indicated. KAP1, IRF3 and STAT1 phosphorylation sites are shown in red. Tubulin and GAPDH were used as loading controls."}
{"words": ["H1299", "+", "shBRCA2DOX", "cells", "treated", "as", "in", "(", "B", ")", "were", "fixed", "and", "prepared", "for", "immunofluorescence", "with", "antibody", "against", "cGAS", ".", "DNA", "was", "counterstained", "with", "DAPI", ".", "Scale", "bar", "represents", "20", "µm", ".", "Quantification", "of", "cGAS", "-", "positive", "micronuclei", "per", "cells", "shown", "in", "(", "E", ")", ".", "Graph", "and", "error", "bars", "represent", "the", "mean", "and", "SEM", "of", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "A", "minimum", "of", "250", "cells", "were", "analysed", "per", "condition", "per", "experiment", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "NS", ",", "P", ">", "0", ".", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H1299+shBRCA2DOX cells treated as in (B) were fixed and prepared for immunofluorescence with antibody against cGAS. DNA was counterstained with DAPI. Scale bar represents 20 µm. Quantification of cGAS-positive micronuclei per cells shown in (E). Graph and error bars represent the mean and SEM of of n = 3 independent experiments. A minimum of 250 cells were analysed per condition per experiment. P values were calculated using an unpaired two-tailed t-test. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; NS, P > 0.5."}
{"words": ["FVB", "female", "mice", "were", "injected", "intramuscularly", "with", "(", "A", ")", "BRCA1", "-", "proficient", "KP3", ".", "33", "(", "Brca1", "+", "/", "+", ")", "or", "(", "B", ")", "BRCA1", "/", "53BP1", "-", "deficient", "KB1PM5", "(", "Brca1", "-", "/", "-", ",", "Tp53bp1", "-", "/", "-", ")", "mouse", "mammary", "tumour", "cells", ".", "Pyridostatin", "(", "PDS", ")", "was", "administered", "intravenously", "(", "i", ".", "v", ".", ";", "7", ".", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "and", "talazoparib", "was", "administered", "orally", "(", "p", ".", "o", ".", ";", "0", ".", "33", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ",", "over", "the", "indicated", "periods", "of", "time", ".", "Vertical", "dotted", "line", "indicates", "end", "of", "treatment", ".", "Tumour", "volume", "was", "measured", "at", "the", "timepoints", "shown", "on", "the", "graph", "and", "expressed", "relative", "to", "tumour", "volume", "at", "the", "beginning", "of", "treatment", ".", "Each", "experimental", "group", "included", "n", "=", "5", "mice", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "P", "values", "were", "calculated", "between", "treated", "and", "untreated", "tumours", "at", "day", "16", ",", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "0001", ";", "NS", ",", "P", ">", "0", ".", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FVB female mice were injected intramuscularly with (A) BRCA1-proficient KP3.33 (Brca1+/+) or (B) BRCA1/53BP1-deficient KB1PM5 (Brca1-/-, Tp53bp1-/-) mouse mammary tumour cells. Pyridostatin (PDS) was administered intravenously (i.v.; 7.5 mg/kg/day) and talazoparib was administered orally (p.o.; 0.33 mg/kg/day), over the indicated periods of time. Vertical dotted line indicates end of treatment. Tumour volume was measured at the timepoints shown on the graph and expressed relative to tumour volume at the beginning of treatment. Each experimental group included n = 5 mice. Error bars represent SEM. P values were calculated between treated and untreated tumours at day 16, using an unpaired two-tailed t-test. ****, P ≤ 0.0001; NS, P > 0.5."}
{"words": ["BRCA1", "+", "/", "+", ",", "BRCA1", "-", "/", "-", "and", "BRCA1", "-", "/", "-", "/", "TP53BP1", "-", "/", "-", "RPE", "-", "1", "cells", "were", "treated", "with", "10", "μM", "pyridostatin", "(", "PDS", ")", "or", "2", "μM", "olaparib", "for", "2", "days", ".", "Whole", "-", "cell", "extracts", "were", "immunoblotted", "as", "indicated", ".", "KAP1", ",", "IRF3", "and", "STAT1", "phosphorylation", "sites", "are", "shown", "in", "red", ".", "SMC1", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BRCA1+/+, BRCA1-/- and BRCA1-/-/TP53BP1-/- RPE-1 cells were treated with 10 μM pyridostatin (PDS) or 2 μM olaparib for 2 days. Whole-cell extracts were immunoblotted as indicated. KAP1, IRF3 and STAT1 phosphorylation sites are shown in red. SMC1 and GAPDH were used as loading controls."}
{"words": ["B", "VHIO179", "PDTXs", "were", "grafted", "into", "CB17", "-", "SCID", "female", "mice", ".", "Pyridostatin", "was", "administered", "intravenously", "(", "7", ".", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "over", "the", "indicated", "periods", "of", "time", ".", "Vertical", "dotted", "line", "indicates", "end", "of", "treatment", ".", "Tumour", "volume", "was", "measured", "at", "the", "timepoints", "shown", "on", "the", "graph", "and", "expressed", "relative", "to", "tumour", "volume", "at", "the", "beginning", "of", "treatment", ".", "Each", "experimental", "group", "included", "n", "=", "7", "mice", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "P", "values", "were", "calculated", "between", "treated", "and", "untreated", "tumours", "at", "day", "24", ",", "using", "an", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B VHIO179 PDTXs were grafted into CB17-SCID female mice. Pyridostatin was administered intravenously (7.5 mg/kg/day) over the indicated periods of time. Vertical dotted line indicates end of treatment. Tumour volume was measured at the timepoints shown on the graph and expressed relative to tumour volume at the beginning of treatment. Each experimental group included n = 7 mice. Error bars represent SEM. P values were calculated between treated and untreated tumours at day 24, using an unpaired two-tailed t-test. ****, P ≤ 0.0001."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curve", "for", "mice", "treated", "as", "in", "(", "C", ")", ",", "with", "each", "treatment", "group", "containing", "n", "=", "5", "mice", ".", "Statistical", "significance", "was", "assessed", "by", "Log", "-", "rank", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier survival curve for mice treated as in (C), with each treatment group containing n = 5 mice. Statistical significance was assessed by Log-rank test (****P <0.0001)."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curve", "for", "mice", "treated", "as", "in", "(", "C", ")", ",", "with", "each", "treatment", "group", "containing", "n", "=", "6", "mice", ".", "Statistical", "significance", "was", "assessed", "by", "Log", "-", "rank", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier survival curve for mice treated as in (C), with each treatment group containing n = 6 mice. Statistical significance was assessed by Log-rank test (****P <0.0001)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Acoustic", "startle", "reflex", "test", "to", "compare", "hearing", "ability", "between", "Wt", "(", "N", "=", "7", ")", "and", "Hpn", "-", "/", "-", "(", "N", "=", "4", ")", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Acoustic startle reflex test to compare hearing ability between Wt (N = 7) and Hpn-/- (N = 4) mice."}
{"words": ["(", "F", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "phospho", "-", "Smad2", "/", "3", "(", "TGFβ", "pathway", "signaling", "marker", ")", "and", "total", "Smad2", "/", "3", "in", "lysates", "from", "indicated", "tissues", "isolated", "from", "Wt", ",", "Hpn", "+", "/", "-", "and", "Hpn", "-", "/", "-", "mice", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", ".", "The", "histogram", "depicts", "quantification", "of", "pSmad2", "/", "3", "compared", "to", "Wt", "normalized", "to", "total", "Smad2", "/", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(F) Immunoblot analysis of phospho-Smad2/3 (TGFβ pathway signaling marker) and total Smad2/3 in lysates from indicated tissues isolated from Wt, Hpn+/- and Hpn-/- mice. GAPDH was used as the loading control. The histogram depicts quantification of pSmad2/3 compared to Wt normalized to total Smad2/3."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "Wap", "-", "Myc", "mammary", "tumor", "lysates", "for", "the", "indicated", "TGFβ", "signaling", "markers", "and", "hepsin", "(", "T", "#", "denotes", "individual", "tumors", ")", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", ".", "Lysates", "were", "derived", "from", "Wap", "-", "Myc", "mammary", "tumors", "from", "6", "mice", "with", "and", "6", "mice", "without", "DOX", "-", "induced", "hepsin"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1], "text": "(B) Immunoblot analysis of Wap-Myc mammary tumor lysates for the indicated TGFβ signaling markers and hepsin (T# denotes individual tumors). GAPDH was used as the loading control. Lysates were derived from Wap-Myc mammary tumors from 6 mice with and 6 mice without DOX-induced hepsin overexpression"}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "phospho", "-", "Smad2", "/", "3", ",", "total", "Smad2", "/", "3", ",", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "expression", "in", "Wt", "tumors", "transplanted", "into", "either", "Wt", "or", "Hpn", "-", "/", "-", "recipients", "(", "n", "=", "10", "tumors", "each", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of phospho-Smad2/3, total Smad2/3, and GAPDH (loading control) expression in Wt tumors transplanted into either Wt or Hpn-/- recipients (n = 10 tumors each)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "phospho", "-", "Smad2", "/", "3", ",", "total", "Smad2", "/", "3", ",", "hepsin", ",", "and", "β", "-", "tubulin", "(", "loading", "control", ")", "in", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "cells", "treated", "with", "doxycycline", "(", "DOX", ";", "overexpression", "of", "hepsin", ")", "and", "the", "TGFβR1", "inhibitor", "Galunisertib", "(", "TGFβR1i", ",", "10µM", ")", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blot analysis of phospho-Smad2/3, total Smad2/3, hepsin, and β-tubulin (loading control) in MCF10A-pIND20-HPN cells treated with doxycycline (DOX; overexpression of hepsin) and the TGFβR1 inhibitor Galunisertib (TGFβR1i, 10µM) as indicated."}
{"words": ["(", "G", ")", "TGFβ", "ELISA", "assay", "to", "detect", "active", "and", "total", "TGFβ", "levels", "in", "conditioned", "medium", "from", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "pL6", "-", "TGFβ1", "cells", "with", "(", "DOX", "+", ")", "or", "without", "(", "DOX", "-", ")", "hepsin", "overexpressing", ".", "The", "TGFβ", "ELISA", "assay", "detects", "active", "TGFβ", "levels", "(", "first", "2", "columns", ")", ",", "but", "heat", "treatment", "of", "the", "conditioned", "medium", "activates", "all", "TGFβ", ",", "thus", "effectively", "measuring", "total", "TGFβ", "(", "right", "two", "columns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) TGFβ ELISA assay to detect active and total TGFβ levels in conditioned medium from MCF10A-pIND20-HPN pL6-TGFβ1 cells with (DOX+) or without (DOX-) hepsin overexpressing. The TGFβ ELISA assay detects active TGFβ levels (first 2 columns), but heat treatment of the conditioned medium activates all TGFβ, thus effectively measuring total TGFβ (right two columns)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Silver", "-", "stained", "protein", "gel", "with", "samples", "from", "an", "in", "vitro", "protease", "activity", "assay", "with", "recombinant", "SLC", "and", "hepsin", ".", "SLC", "was", "incubated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "recombinant", "hepsin", "(", "numbers", "indicate", "the", "concentration", "of", "hepsin", "in", "nM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Silver-stained protein gel with samples from an in vitro protease activity assay with recombinant SLC and hepsin. SLC was incubated with increasing concentrations of recombinant hepsin (numbers indicate the concentration of hepsin in nM)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Coomassie", "-", "stained", "protein", "gels", "with", "cell", "lysates", "and", "concentrated", "culture", "supernatants", "of", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "cells", ",", "with", "(", "+", "DOX", ")", "or", "without", "(", "-", "DOX", ")", "hepsin", "overexpression", ".", "M", "indicates", "the", "media", "only", "control", ".", "R", "and", "NR", "above", "the", "gels", "indicate", "reducing", "and", "non", "-", "reducing", "conditions", ",", "respectively", ".", "Numbered", "arrowheads", "indicate", "areas", "of", "the", "gel", "that", "were", "analyzed", "by", "mass", "spectrometry", ";", "corresponding", "proteins", "differently", "expressed", "in", "hepsin", "overexpressing", "cells", "are", "listed", "on", "the", "left", ".", "The", "image", "with", "two", "lanes", "on", "the", "right", "is", "a", "copy", "of", "the", "indicated", "area", "with", "supernatant", "under", "reducing", "conditions", ",", "highlighting", "the", "part", "from", "which", "fibronectin", "was", "identified", ".", "Red", "boxes", "indicate", "the", "lanes", "that", "were", "analyzed", "by", "mass"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Coomassie-stained protein gels with cell lysates and concentrated culture supernatants of MCF10A-pIND20-HPN cells, with (+DOX) or without (-DOX) hepsin overexpression. M indicates the media only control. R and NR above the gels indicate reducing and non-reducing conditions, respectively. Numbered arrowheads indicate areas of the gel that were analyzed by mass spectrometry; corresponding proteins differently expressed in hepsin overexpressing cells are listed on the left. The image with two lanes on the right is a copy of the indicated area with supernatant under reducing conditions, highlighting the part from which fibronectin was identified. Red boxes indicate the lanes that were analyzed by mass specrtometry"}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "fibronectin", ",", "hepsin", ",", "and", "β", "-", "tubulin", "(", "loading", "control", ")", "in", "cell", "lysates", "from", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "cells", "with", "(", "DOX", "+", ")", "or", "without", "(", "DOX", "-", ")", "hepsin", "overexpression", ".", "The", "graph", "shows", "the", "quantification", "of", "fibronectin", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of fibronectin, hepsin, and β-tubulin (loading control) in cell lysates from MCF10A-pIND20-HPN cells with (DOX+) or without (DOX-) hepsin overexpression. The graph shows the quantification of fibronectin levels."}
{"words": ["(", "D", ")", "Silver", "-", "stained", "protein", "gel", "with", "samples", "from", "an", "in", "vitro", "protease", "activity", "assay", "with", "recombinant", "hepsin", "and", "either", "full", "length", "purified", "plasma", "fibronectin", "(", "upper", "panel", ")", "or", "the", "70", "kDa", "most", "N", "-", "terminal", "fragment", "of", "fibronectin", "(", "lower", "panel", ")", ".", "Full", "-", "length", "fibronectin", "(", "1μg", ")", "or", "the", "70", "kDa", "fibronectin", "fragment", "(", "1μg", ")", "were", "incubated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "recombinant", "hepsin", ".", "Arrowheads", "indicate", "full", "-", "length", "fibronectin", ",", "the", "70kDa", "fragment", ",", "the", "50", "kDa", "cleavage", "fragment", "generated", "by", "hepsin", ",", "and", "hepsin", ".", "The", "schematic", "figure", "shows", "the", "full", "-", "length", "fibronectin", "protein", "and", "the", "70KDa", "N", "-", "terminal", "fragment", ".", "The", "red", "arrow", "indicates", "the", "location", "of", "the", "putative", "hepsin", "cleavage", "site", ".", "RGD", "indicated", "the", "RGD", "-", "binding", "domain", "in", "fibronectin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Silver-stained protein gel with samples from an in vitro protease activity assay with recombinant hepsin and either full length purified plasma fibronectin (upper panel) or the 70 kDa most N-terminal fragment of fibronectin (lower panel). Full-length fibronectin (1μg) or the 70 kDa fibronectin fragment (1μg) were incubated with increasing concentrations of recombinant hepsin. Arrowheads indicate full-length fibronectin, the 70kDa fragment, the 50 kDa cleavage fragment generated by hepsin, and hepsin. The schematic figure shows the full-length fibronectin protein and the 70KDa N-terminal fragment. The red arrow indicates the location of the putative hepsin cleavage site. RGD indicated the RGD-binding domain in fibronectin."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "fibronectin", "in", "indicated", "tissues", "isolated", "from", "Wt", ",", "Hpn", "+", "/", "-", "and", "Hpn", "-", "/", "-", "mouse", "(", "representative", "of", "at", "least", "three", "repeats", ")", ".", "GAPDH", "blot", "is", "used", "here", "as", "the", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot analysis of fibronectin in indicated tissues isolated from Wt, Hpn+/- and Hpn-/- mouse (representative of at least three repeats). GAPDH blot is used here as the loading control."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "fibronectin", ",", "hepsin", ",", "and", "β", "-", "tubulin", "(", "loading", "control", ")", "in", "prostate", "lysates", "of", "control", "mice", "or", "mice", "with", "prostate", "-", "specific", "hepsin", "overexpression", "N", "=", "2", "mice", "each", ",", "the", "two", "prostate", "lobes", "were", "run", "separately", "(", "a", "and", "b", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of fibronectin, hepsin, and β-tubulin (loading control) in prostate lysates of control mice or mice with prostate-specific hepsin overexpression N=2 mice each, the two prostate lobes were run separately (a and b)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "fibronectin", ",", "pSmad2", "/", "3", ",", "total", "Smad2", "/", "3", ",", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "in", "cell", "lysates", "from", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "cells", "without", "hepsin", "overexpression", ".", "The", "graph", "depicts", "quantification", "of", "pSmad2", "/", "3", "normalized", "to", "total", "Smad2", "/", "3", "levels", ",", "compared", "to", "siCtrl", "(", "N", "=", "3", "biological", "repeats", ")", ".", "(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "cell", "lysates", "(", "pSmad2", "/", "3", ",", "total", "Smad2", "/", "3", "and", "vinculin", "as", "loading", "control", ")", "and", "concentrated", "cell", "culture", "supernatant", "(", "anti", "-", "V5", "for", "TGFβ", ")", "from", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "pL6", "-", "TGFβ1", "-", "V5", "cells", "without", "hepsin", "overexpression", ".", "Ponceau", "staining", "is", "shown", "as", "a", "loading", "control", "for", "the", "western", "blot", "with", "concentrated", "culture", "supernatant", ".", "The", "graph", "depicts", "quantification", "of", "pSmad2", "/", "3", "normalized", "to", "total", "Smad2", "/", "3", "levels", ",", "compared", "to", "siCtrl", "(", "N", "=", "3", "biological", "repeats", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot analysis of fibronectin, pSmad2/3, total Smad2/3, and GAPDH (loading control) in cell lysates from MCF10A-pIND20-HPN cells without hepsin overexpression. The graph depicts quantification of pSmad2/3 normalized to total Smad2/3 levels, compared to siCtrl (N = 3 biological repeats). (B) Immunoblot analysis of cell lysates (pSmad2/3, total Smad2/3 and vinculin as loading control) and concentrated cell culture supernatant (anti-V5 for TGFβ) from MCF10A-pIND20-HPN pL6-TGFβ1-V5 cells without hepsin overexpression. Ponceau staining is shown as a loading control for the western blot with concentrated culture supernatant. The graph depicts quantification of pSmad2/3 normalized to total Smad2/3 levels, compared to siCtrl (N = 3 biological repeats)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "fibronectin", ",", "pSmad2", "/", "3", ",", "total", "Smad2", "/", "3", ",", "hepsin", ",", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "in", "cell", "lysates", "from", "MCF10A", "-", "pIND20", "-", "HPN", "cells", "with", "(", "DOX", "+", ")", "and", "without", "(", "DOX", "-", ")", "hepsin", "overexpression", ",", "and", "with", "or", "without", "fibronectin", "silencing", "(", "siFN1", ")", ".", "The", "graph", "depicts", "quantification", "of", "pSmad2", "/", "3", "normalized", "to", "total", "Smad2", "/", "3", "levels", "(", "N", "=", "3", "biological", "repeats", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of fibronectin, pSmad2/3, total Smad2/3, hepsin, and GAPDH (loading control) in cell lysates from MCF10A-pIND20-HPN cells with (DOX+) and without (DOX-) hepsin overexpression, and with or without fibronectin silencing (siFN1). The graph depicts quantification of pSmad2/3 normalized to total Smad2/3 levels (N = 3 biological repeats)."}
{"words": ["Luciferase", "-", "based", "imaging", "of", "drug", "response", "in", "Vegfr3Luc", ";", "Tyr", ":", "CreERT2", ";", "BrafV600E", ";", "Ptenflox", "/", "flox", "mice", ".", "Panels", "labeled", "as", "\"", "basal", "\"", "and", "\"", "induced", "\"", "correspond", "to", "the", "bioluminescence", "of", "animals", "prior", "and", "5", "weeks", "after", "administration", "of", "4OH", "-", "tamoxifen", "(", "5", "mM", ",", "topical", "administration", ",", "3", "consecutive", "days", ")", "for", "the", "induction", "of", "melanomas", ".", "(", "Right", "panels", ")", "Treatment", "with", "anti", "-", "PD", "-", "L1", "antibody", "(", "αPD", "-", "L1", ";", "clone", "10F", ".", "9G2", ",", "3", "weeks", ")", "or", "the", "corresponding", "control", "IgG", "(", "200", "ug", "/", "dose", ",", "twice", "per", "week", ",", "3", "weeks", ")", ";", "vemurafenib", "(", "Vem", ",", "50", "mg", "/", "Kg", ",", "oral", "once", "per", "day", ",", "3", "weeks", ")", "or", "BO", "-", "110", "(", "BO", ",", "0", ".", "8", "mg", "/", "kg", ",", "twice", "per", "week", ",", "3", "weeks", ")", ".", "Scale", ":", "p", "/", "s", "/", "cm2", "/", "sr", "(", "x106", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Luciferase-based imaging of drug response in Vegfr3Luc;Tyr:CreERT2;BrafV600E; Ptenflox/flox mice. Panels labeled as \"basal\" and \"induced\" correspond to the bioluminescence of animals prior and 5 weeks after administration of 4OH-tamoxifen (5 mM, topical administration, 3 consecutive days) for the induction of melanomas. (Right panels) Treatment with anti-PD-L1 antibody (αPD-L1; clone 10F.9G2, 3 weeks) or the corresponding control IgG (200 ug/dose, twice per week, 3 weeks); vemurafenib (Vem, 50 mg/Kg, oral once per day, 3 weeks) or BO-110 (BO, 0.8 mg/kg, twice per week, 3 weeks). Scale: p/s/cm2/sr (x106)."}
{"words": ["Treatment", "with", "BO", "-", "110", "of", "human", "patient", "-", "derived", "xenografts", "(", "PDX", ")", "implanted", "in", "Vegfr3Luc", "nu", "/", "nu", ".", "42", "days", "after", "implantation", "(", "when", "systemic", "luciferase", "was", "detected", ")", ",", "animals", "were", "randomized", "for", "treatment", "with", "vehicle", "(", "V", ")", "or", "with", "0", ".", "8", "mg", "/", "kg", "BO", "-", "110", "(", "BO", ",", "twice", "per", "week", ")", ",", "and", "luciferase", "emission", "was", "acquired", "at", "the", "indicated", "times", ".", "Scale", ",", "p", "/", "s", "/", "cm2", "/", "sr", "(", "x106", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Treatment with BO-110 of human patient-derived xenografts (PDX) implanted in Vegfr3Luc nu/nu. 42 days after implantation (when systemic luciferase was detected), animals were randomized for treatment with vehicle (V) or with 0.8 mg/kg BO-110 (BO, twice per week), and luciferase emission was acquired at the indicated times. Scale, p/s/cm2/sr (x106)."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "relative", "mRNA", "levels", "of", "MDA5", "16", "h", "after", "treatment", "of", "HLEC", "with", "0", ".", "5", "ug", "/", "ml", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", ",", "10", "µM", "vemurafenib", "(", "Vem", ")", ",", "or", "vehicle", "control", "(", "V", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "-", "test", ".", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "relative", "mRNA", "levels", "of", "VEGFR3", "16", "h", "after", "treatment", "of", "HLEC", "with", "0", ".", "5", "or", "1", "ug", "/", "ml", "BO", "-", "110", "(", "VO", ")", ",", "10", "µM", "vemurafenib", "(", "Vem", ")", ",", "or", "the", "corresponding", "vehicle", "control", "(", "V", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR analysis of relative mRNA levels of MDA5 16 h after treatment of HLEC with 0.5 ug/ml BO-110 (BO), 10 µM vemurafenib (Vem), or vehicle control (V). Data correspond to the mean ± SD of 3 biological replicates. Statistical significance was determined by t-test.   qRT-PCR analysis of relative mRNA levels of VEGFR3 16 h after treatment of HLEC with 0.5 or 1 ug/ml BO-110 (VO), 10 µM vemurafenib (Vem), or the corresponding vehicle control (V). Data correspond to the mean ± SD of 3 biological replicates. Statistical significance was determined by ANOVA.   "}
{"words": ["Luciferase", "signal", "driven", "by", "FLT4", "(", "VEGFR3", ")", "-", "promoter", "transduced", "into", "HLEC", "treated", "with", "vehicle", "(", "v", ")", "or", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", "at", "the", "indicated", "doses", "(", "ug", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "in", "methods", ".", "Results", "were", "normalized", "to", "vehicle", "control", ".", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "correspond", "to", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Luciferase signal driven by FLT4 (VEGFR3)-promoter transduced into HLEC treated with vehicle (v) or BO-110 (BO) at the indicated doses (ug/ml) as indicated in methods. Results were normalized to vehicle control. N=4 biological replicates. Error bars correspond to mean ± SD. Statistical significance was determined by ANOVA."}
{"words": ["Analysis", "of", "apoptotic", "cells", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "HLEC", "cells", "were", "treated", "with", "vehicle", "(", "V", ")", "or", "0", ".", "5", "µg", "/", "ml", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Cells", "were", "collected", "and", "apoptosis", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "as", "indicated", "in", "methods", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "experiments", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of apoptotic cells at the indicated time points. HLEC cells were treated with vehicle (V) or 0.5 µg/ml BO-110 (BO) for the indicated time points. Cells were collected and apoptosis was analyzed by flow cytometry as indicated in methods. Data correspond to the mean ± SD of 3 experiments. Statistical significance was determined by t-test."}
{"words": ["Relative", "mRNA", "levels", "of", "VEGFC", "and", "VEGFD", "in", "the", "indicated", "melanoma", "cell", "lines", "8", "h", "after", "treatment", "with", "vehicle", "(", "V", ")", "or", "0", ".", "5", "µg", "/", "ml", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", ",", "as", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "experiments", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA levels of VEGFC and VEGFD in the indicated melanoma cell lines 8 h after treatment with vehicle (V) or 0.5 µg/ml BO-110 (BO), as determined by qRT-PCR. Data correspond to the mean ± SD of 3 experiments. Statistical significance was determined by t-test."}
{"words": ["Inhibitory", "effect", "of", "the", "indicated", "doses", "of", "BO", "-", "110", "(", "in", "µg", "/", "ml", ")", "or", "vehicle", "(", "V", ")", "on", "MDK", "mRNA", "expression", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "(", "16", "h", "after", "treatment", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "average", "mRNA", "levels", "in", "three", "experiments", "with", "technical", "replicates", "normalized", "to", "vehicle", "control", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "ANOVA", ".", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "relative", "mRNA", "levels", "of", "MDA5", "16", "h", "after", "treatment", "of", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "with", "the", "indicated", "doses", "of", "BO", "-", "110", "(", "in", "µg", "/", "ml", ")", "(", "BO", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "experiments", "with", "three", "technical", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Inhibitory effect of the indicated doses of BO-110 (in µg/ml) or vehicle (V) on MDK mRNA expression determined by qRT-PCR in SK-Mel-147 (16 h after treatment). Data correspond to average mRNA levels in three experiments with technical replicates normalized to vehicle control ± SD. Statistical significance was determined by ANOVA.   qRT-PCR analysis of relative mRNA levels of MDA5 16 h after treatment of SK-Mel-147 with the indicated doses of BO-110 (in µg/ml) (BO). Data correspond to the mean ± SD of three experiments with three technical replicates. Statistical significance was determined by ANOVA.   "}
{"words": ["Analysis", "of", "apoptotic", "cells", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "cells", "were", "treated", "with", "vehicle", "(", "V", ")", "or", "0", ".", "5", "µg", "/", "ml", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Cells", "were", "collected", "and", "apoptosis", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "as", "indicated", "in", "methods", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "experiments", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of apoptotic cells at the indicated time points. SK-Mel-147 cells were treated with vehicle (V) or 0.5 µg/ml BO-110 (BO) for the indicated time points. Cells were collected and apoptosis was analyzed by flow cytometry as indicated in methods. Data correspond to the mean ± SD of 3 experiments. Statistical significance was determined by t-test."}
{"words": ["Immunohistochemical", "analysis", "of", "MDK", "repression", "(", "pink", "staining", ")", "in", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "xenografts", "and", "PDX", "lesions", "after", "treatment", "with", "BO", "-", "110", "(", "BO", ",", "0", ".", "8", "mg", "/", "kg", ",", "2", "doses", "/", "week", ")", ".", "Histological", "staining", "in", "tumors", "extracted", "from", "animals", "treated", "with", "vehicle", "control", "(", "V", ")", "are", "included", "as", "a", "reference", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "in", "with", "hematoxylin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Immunohistochemical analysis of MDK repression (pink staining) in SK-Mel-147 xenografts and PDX lesions after treatment with BO-110 (BO, 0.8 mg/kg, 2 doses/week). Histological staining in tumors extracted from animals treated with vehicle control (V) are included as a reference. Nuclei were counterstained in with hematoxylin."}
{"words": ["Type", "I", "IFN", "mRNA", "induction", "(", "IFNA2", "and", "IFNB1", ")", "in", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "melanoma", "cells", "treated", "for", "16", "h", "with", "the", "indicated", "amounts", "of", "BO", "-", "110", "(", "in", "mg", "/", "ml", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "experiments", "with", "three", "technical", "replicates", "normalized", "to", "vehicle", "control", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Type I IFN mRNA induction (IFNA2 and IFNB1) in SK-Mel-147 melanoma cells treated for 16 h with the indicated amounts of BO-110 (in mg/ml). Data correspond to the mean ± SD of three experiments with three technical replicates normalized to vehicle control. Statistical significance was determined by ANOVA."}
{"words": ["Heatmap", "depicting", "expression", "changes", "in", "interferon", "-", "related", "genes", "(", "GO", ":", "0034340", ")", "in", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "melanoma", "cells", "(", "left", "panel", ")", "and", "HLEC", "(", "right", "panel", ")", "treated", "with", "vehicle", "or", "0", ".", "5", "g", "/", "ml", "of", "BO", "-", "110", "for", "10", "hours", ".", "CD274", ",", "LAG3", "and", "PDCD1", "genes", "were", "also", "included", "as", "a", "reference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap depicting expression changes in interferon-related genes (GO:0034340) in SK-Mel-147 melanoma cells (left panel) and HLEC (right panel) treated with vehicle or 0.5 g/ml of BO-110 for 10 hours. CD274, LAG3 and PDCD1 genes were also included as a reference."}
{"words": ["IFNB1", "mRNA", "induction", "analyzed", "by", "qPCR", "at", "the", "indicated", "times", "after", "BO", "-", "110", "treatment", "(", "0", ".", "5", "µg", "/", "ml", ")", "of", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "melanoma", "cells", "or", "HLEC", "(", "left", "and", "right", "graphs", ",", "respectively", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "experiments", "with", "three", "technical", "replicates", "normalized", "to", "vehicle", "control", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IFNB1 mRNA induction analyzed by qPCR at the indicated times after BO-110 treatment (0.5 µg/ml) of SK-Mel-147 melanoma cells or HLEC (left and right graphs, respectively). Data correspond to the mean ± SD of three experiments with three technical replicates normalized to vehicle control."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "impact", "of", "BO", "-", "110", "as", "single", "agent", "or", "in", "the", "presence", "of", "the", "indicated", "blocking", "antibodies", "for", "type", "I", "interferon", "(", "IFNB1", "or", "IFNAR1", ")", ".", "Upper", "graphs", "show", "the", "effect", "of", "these", "agents", "on", "MDK", "mRNA", "levels", "in", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "melanoma", "cells", ".", "Similar", "treatments", "were", "performed", "on", "HLEC", "for", "the", "analysis", "of", "VEGFR3", "mRNA", "(", "middle", "graphs", ")", "and", "tube", "formation", "capacity", "(", "lower", "graphs", ")", ".", "Data", "correspond", "to", "the", "mean", "±", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", "in", "triplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the impact of BO-110 as single agent or in the presence of the indicated blocking antibodies for type I interferon (IFNB1 or IFNAR1). Upper graphs show the effect of these agents on MDK mRNA levels in SK-Mel-147 melanoma cells. Similar treatments were performed on HLEC for the analysis of VEGFR3 mRNA (middle graphs) and tube formation capacity (lower graphs). Data correspond to the mean ± SD of 3 biological replicates in triplicate."}
{"words": ["Growth", "of", "B16", "melanoma", "xenografts", "in", "siblings", "of", "Ifnar1", "+", "/", "+", ",", "Ifnar1", "+", "/", "-", "or", "Ifnar1", "-", "/", "-", "mice", ".", "Treatment", "started", "10", "days", "after", "tumor", "cell", "implantation", ".", "BO", "-", "110", "was", "administered", "at", "0", ".", "8", "mg", "/", "kg", ",", "every", "third", "day", "for", "2", "weeks", ".", "N", "=", "6", "mice", "per", "condition", ".", "Graphs", "show", "the", "mean", "tumor", "size", "±", "SD", "at", "each", "time", "point", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "Two", "-", "Way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Growth of B16 melanoma xenografts in siblings of Ifnar1+/+, Ifnar1+/- or Ifnar1-/- mice. Treatment started 10 days after tumor cell implantation. BO-110 was administered at 0.8 mg/kg, every third day for 2 weeks. N= 6 mice per condition. Graphs show the mean tumor size ± SD at each time point. Statistical significance was determined by Two-Way ANOVA."}
{"words": ["Impact", "of", "BO", "-", "110", "on", "tumor", "-", "bearing", "mice", "implanted", "with", "syngeneic", "B16R2L", "(", "5", "x", "105", "cells", ")", ".", "When", "tumors", "have", "an", "average", "size", "on", "100", "mm3", ",", "mice", "were", "randomized", "into", "two", "groups", "and", "treated", "with", "BO", "-", "110", "(", "BO", ")", "or", "vehicle", "(", "V", ")", ",", "every", "second", "day", "for", "2", "weeks", ".", "The", "arrow", "indicates", "the", "start", "of", "the", "treatment", ".", "Tumor", "size", "was", "measured", "with", "a", "caliper", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", ",", "N", "=", "4", "mice", "per", "condition", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "Two", "-", "Way", "-", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Impact of BO-110 on tumor-bearing mice implanted with syngeneic B16R2L (5 x 105 cells). When tumors have an average size on 100 mm3, mice were randomized into two groups and treated with BO-110 (BO) or vehicle (V), every second day for 2 weeks. The arrow indicates the start of the treatment. Tumor size was measured with a caliper at the indicated time points. , N= 4 mice per condition. Statistical significance was determined by Two-Way-ANOVA."}
{"words": ["Vegfr3Luc", "emission", "in", "the", "inguinal", "and", "brachial", "lymph", "nodes", "of", "mice", "in", "experiment", "(", "A", ")", ".", "N", "=", "4", "mice", "per", "condition", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "Two", "-", "Way", "-", "ANOVA", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Vegfr3Luc emission in the inguinal and brachial lymph nodes of mice in experiment (A). N= 4 mice per condition. Statistical significance was determined by Two-Way-ANOVA."}
{"words": ["G", ".", "ELISA", "analysis", "of", "Mdk", "blood", "levels", "in", "mice", "in", "experiment", "(", "A", ")", ".", "H", ".", "ELISA", "analysis", "of", "mouse", "Ifn", "-", "β", "blood", "levels", "in", "mice", "in", "experiment", "(", "A", ")", ".", ",", "N", "=", "4", "mice", "per", "condition", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "Two", "-", "Way", "-", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. ELISA analysis of Mdk blood levels in mice in experiment (A). H. ELISA analysis of mouse Ifn-β blood levels in mice in experiment (A). , N= 4 mice per condition. Statistical significance was determined by Two-Way-ANOVA."}
{"words": ["Efficacy", "of", "BO", "-", "110", "as", "an", "adjuvant", "(", "preventing", "relapse", "after", "surgical", "removal", "of", "the", "primary", "lesion", ")", ".", "Shown", "are", "representative", "examples", "of", "Vegfr3Luc", "mice", "implanted", "with", "mCherry", "-", "SK", "-", "Mel", "-", "147", "and", "imaged", "for", "luciferase", "emission", "(", "prior", "to", "and", "after", "tumor", "removal", ".", "Animals", "were", "left", "to", "recover", "from", "surgery", "(", "4", "days", ")", "and", "then", "treated", "for", "2", "weeks", "(", "4", "dosis", ")", "with", "0", ".", "8", "mg", "/", "Kg", "BO", "-", "110", "or", "vehicle", "control", "(", "n", "=", "8", "for", "control", "and", "n", "=", "10", "for", "treatment", "arm", ")", ".", "Scale", ",", "p", "/", "s", "/", "cm2", "/", "sr", "x106", ".", "mCherry", "emission", "from", "tumor", "cells", "of", "the", "animals", "in", "(", "A", ")", ".", "Scale", ",", "p", "/", "s", "/", "cm2", "/", "sr", "x109", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Efficacy of BO-110 as an adjuvant (preventing relapse after surgical removal of the primary lesion). Shown are representative examples of Vegfr3Luc mice implanted with mCherry-SK-Mel-147 and imaged for luciferase emission (prior to and after tumor removal. Animals were left to recover from surgery (4 days) and then treated for 2 weeks (4 dosis) with 0.8 mg/Kg BO-110 or vehicle control (n= 8 for control and n=10 for treatment arm). Scale, p/s/cm2/sr x106.   mCherry emission from tumor cells of the animals in (A). Scale, p/s/cm2/sr x109.   "}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "survival", "curves", "of", "animals", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "8", "/", "8", "animals", "treated", "with", "vehicle", "(", "V", ")", "control", "had", "to", "be", "sacrificed", "for", "humane", "reasons", "110", "days", "after", "surgery", ".", "9", "/", "10", "animals", "in", "the", "BO", "-", "110", "arm", "(", "BO", ")", "remained", "tumor", "-", "free", "8", "months", "after", "stopping", "treatment", ".", "The", "grey", "box", "marks", "the", "period", "of", "treatment", "with", "BO", "-", "110", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "logrank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier survival curves of animals treated as in (A). 8/8 animals treated with vehicle (V) control had to be sacrificed for humane reasons 110 days after surgery. 9/10 animals in the BO-110 arm (BO) remained tumor-free 8 months after stopping treatment. The grey box marks the period of treatment with BO-110. Statistical significance was determined by logrank test."}
{"words": [" ", "(", "B", ")", "Fluorescence", "microscopy", "images", "of", "typical", "mouse", " ", "small", "intestinal", "organoids", "under", "different", "culture", "conditions", ".", "Lgr5", "+", " ", "intestinal", " ", "stem", "cells", "are", "labeled", "with", "GFP", ",", "which", "are", "ubiquitously", "present", ",", "restricted", "to", "the", "bottom", "of", "the", "crypts", "and", "absent", "in", "CV", ",", "ENR", "and", "EN", ",", "respectively", ".", "*", "is", "auto", "-", "fluorescence", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Fluorescence microscopy images of typical mouse small intestinal organoids under different culture conditions. Lgr5+ intestinal stem cells are labeled with GFP, which are ubiquitously present, restricted to the bottom of the crypts and absent in CV, ENR and EN, respectively. * is auto-fluorescence "}
{"words": [" ", "(", "A", ")", "Two", "row", "-", "matched", "heatmaps", "showing", "the", "relative", "change", "in", "mRNA", "expression", "(", "left", ")", "and", "protein", "expression", "(", "right", ")", "of", "significantly", "changing", "proteins", ".", "Known", "markers", "of", "intestinal", "homeostasis", "are", "highlighted", ".", "Relative", "expression", "is", "shown", "as", "log2", "fold", "change", "over", "the", "row", "mean", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Two row-matched heatmaps showing the relative change in mRNA expression (left) and protein expression (right) of significantly changing proteins. Known markers of intestinal homeostasis are highlighted. Relative expression is shown as log2 fold change over the row mean "}
{"words": [" ", "(", "B", ")", "Hematoxylin", "and", "(", "Periodic", "acid", "-", "Shiff", ")", "PAS", "staining", "of", "WT", "(", "left", ")", "and", "Hnf4g", "KO", "(", "right", ")", "intestine", ".", "Nuclei", "are", "visualized", "using", "Hematoxylin", "and", "goblet", "cells", "stain", "positive", "for", "PAS", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Hematoxylin and (Periodic acid-Shiff) PAS staining of WT (left) and Hnf4g KO (right) intestine. Nuclei are visualized using Hematoxylin and goblet cells stain positive for PAS "}
{"words": [" ", "(", "C", ")", "Alcian", "Blue", "and", "Nuclear", " ", "Fast", "Red", "staining", "of", "WT", "(", "left", ")", "and", "Hnf4g", "KO", "(", "right", ")", "small", "intestinal", "organoids", ".", "Cells", "are", "visualized", "using", "Nuclear", " ", "Fast", "Red", ".", "Intra", "-", "and", "extracellular", " ", "mucus", "that", "is", "produced", "in", "goblet", "cells", "stain", "positive", "for", "Alcian", "Blue", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": " (C) Alcian Blue and Nuclear Fast Red staining of WT (left) and Hnf4g KO (right) small intestinal organoids. Cells are visualized using Nuclear Fast Red. Intra- and extracellular mucus that is produced in goblet cells stain positive for Alcian Blue "}
{"words": [" ", "(", "D", ")", "Strand", "specific", "RNA", "-", "seq", "data", ",", "Hnf4g", " ", "ChIP", "-", "seq", "in", "EN", ",", "and", "promoter", "specific", "histone", "modification", "H3K4me3", "over", "the", "Hnf4a", "locus", "is", "shown", ".", "Data", "from", "different", "organoid", "cultures", "are", "color", "coded", ".", "RNA", "-", "seq", "reads", "mapping", "to", "the", "positive", "strand", "(", "sense", "strand", ")", "are", "plotted", "in", "the", "top", "window", "of", "every", "sample", ",", "while", "RNA", "-", "seq", "reads", "that", "map", "to", "the", "negative", "strand", "are", "mirrored", "and", "shown", "in", "the", "bottom", "window", "of", "every", "sample", ".", "The", "two", "isoforms", "of", "Hnf4a", "that", "are", "expressed", "are", "shown", "in", "the", "bottom", ",", "together", "with", "the", "antisense", "transcript", "Hnf4aos", ".", "The", "\"", "phyloP30way", "\"", "track", "from", "the", "UCSC", "genome", "browser", "is", "plotted", "at", "the", "bottom", "to", "show", "sequence", "conservation", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Strand specific RNA-seq data, Hnf4g ChIP-seq in EN, and promoter specific histone modification H3K4me3 over the Hnf4a locus is shown. Data from different organoid cultures are color coded. RNA-seq reads mapping to the positive strand (sense strand) are plotted in the top window of every sample, while RNA-seq reads that map to the negative strand are mirrored and shown in the bottom window of every sample. The two isoforms of Hnf4a that are expressed are shown in the bottom, together with the antisense transcript Hnf4aos. The \"phyloP30way\" track from the UCSC genome browser is plotted at the bottom to show sequence conservation "}
{"words": [" ", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "amount", "of", "goblet", "cells", "per", "villus", "for", "WT", "and", "Hnf4g", "KO", "intestine", ".", "Dots", "represent", "the", "amount", "of", "goblet", "cells", "counted", "per", "villus", ".", "(", "n", "=", "7", "to", "25", "villi", "from", "11", "WT", "mice", "and", "3", "to", "17", "villi", "from", "14", "Hnf4g", "KO", "mice", ")", ".", "P", "value", "is", "from", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Quantification of the amount of goblet cells per villus for WT and Hnf4g KO intestine. Dots represent the amount of goblet cells counted per villus. (n = 7 to 25 villi from 11 WT mice and 3 to 17 villi from 14 Hnf4g KO mice). P value is from two-tailed Mann-Whitney U test "}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "and", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "is", "normalized", "to", "GADPH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "calculated", "with", "regard", "to", "H2O2", "-", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " A. HEK293 cells were treated for 8 and 24 h with 100 μM H2O2. GSNOR was evaluated by Western blot. Densitometry of each lane is normalized to GADPH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n ≥ 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01 calculated with regard to H2O2-untreated cells. "}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "and", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "is", "normalized", "to", "GADPH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "calculated", "with", "regard", "to", "H2O2", "-", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HEK293 cells were treated for 8 and 24 h with 100 μM H2O2. GSNOR was evaluated by Western blot. Densitometry of each lane is normalized to GADPH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n ≥ 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01 calculated with regard to H2O2-untreated cells."}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "or", "200", "μM", "H2O2", ".", "Nrf2", "(", "left", "panel", ")", "and", "GSNOR", "(", "right", "panel", ")", "were", "evaluated", "by", "Western", "blot", "performed", "in", "nuclear", "and", "cytosol", "-", "enriched", "fractions", ".", "GAPDH", "and", "Lamin", "A", "/", "C", "were", "used", "as", "loading", "and", "purity", "controls", "of", "cytosol", "and", "nuclei", ",", "respectively", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GADPH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 or 200 μM H2O2. Nrf2 (left panel) and GSNOR (right panel) were evaluated by Western blot performed in nuclear and cytosol-enriched fractions. GAPDH and Lamin A/C were used as loading and purity controls of cytosol and nuclei, respectively. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GADPH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05. "}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "or", "200", "μM", "H2O2", ".", "Nrf2", "(", "left", "panel", ")", "and", "GSNOR", "(", "right", "panel", ")", "were", "evaluated", "by", "Western", "blot", "performed", "in", "nuclear", "and", "cytosol", "-", "enriched", "fractions", ".", "GAPDH", "and", "Lamin", "A", "/", "C", "were", "used", "as", "loading", "and", "purity", "controls", "of", "cytosol", "and", "nuclei", ",", "respectively", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GADPH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 or 200 μM H2O2. Nrf2 (left panel) and GSNOR (right panel) were evaluated by Western blot performed in nuclear and cytosol-enriched fractions. GAPDH and Lamin A/C were used as loading and purity controls of cytosol and nuclei, respectively. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GADPH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "Nrf2", "inhibitor", "trigonelline", "(", "Trig", ")", ".", "Heme", "oxygenase", "1", "(", "HMOX", "-", "1", ")", ",", "glutamate", ":", "cysteine", "ligase", "(", "GCL", ")", "and", "GSNOR", "expressions", "were", "evaluated", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "experiments", "run", "in", "triplicate", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the Nrf2 inhibitor trigonelline (Trig). Heme oxygenase 1 (HMOX-1), glutamate:cysteine ligase (GCL) and GSNOR expressions were evaluated RT-qPCR analyses Results shown are the means ± SEM of n = 3 experiments run in triplicate. *p<0.05; n.s., not significant. "}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "Nrf2", "inhibitor", "trigonelline", "(", "Trig", ")", ".", "Heme", "oxygenase", "1", "(", "HMOX", "-", "1", ")", ",", "glutamate", ":", "cysteine", "ligase", "(", "GCL", ")", "and", "GSNOR", "expressions", "were", "evaluated", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "experiments", "run", "in", "triplicate", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the Nrf2 inhibitor trigonelline (Trig). Heme oxygenase 1 (HMOX-1), glutamate:cysteine ligase (GCL) and GSNOR expressions were evaluated RT-qPCR analyses Results shown are the means ± SEM of n = 3 experiments run in triplicate. *p<0.05; n.s., not significant."}
{"words": ["D", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "after", "2", "-", "to", "-", "24", "h", "incubation", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "experiments", "run", "in", "triplicate", ",", "analyzed", "using", "ANOVA", "with", "Dunnett", "multiple", "comparisons", "test", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA after 2-to-24 h incubation with 100 μM H2O2. Results shown are the means ± SEM of n = 3 experiments run in triplicate, analyzed using ANOVA with Dunnett multiple comparisons test. n.s., not significant. "}
{"words": ["D", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "after", "2", "-", "to", "-", "24", "h", "incubation", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "experiments", "run", "in", "triplicate", ",", "analyzed", "using", "ANOVA", "with", "Dunnett", "multiple", "comparisons", "test", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA after 2-to-24 h incubation with 100 μM H2O2. Results shown are the means ± SEM of n = 3 experiments run in triplicate, analyzed using ANOVA with Dunnett multiple comparisons test. n.s., not significant."}
{"words": ["E", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "GSNOR", "in", "HEK293", "cells", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "trigonelline", "(", "Trig", ")", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GADPH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. Western blot analysis of GSNOR in HEK293 cells treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of trigonelline (Trig). Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GADPH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01. "}
{"words": ["E", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "GSNOR", "in", "HEK293", "cells", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "trigonelline", "(", "Trig", ")", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GADPH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Western blot analysis of GSNOR in HEK293 cells treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of trigonelline (Trig). Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GADPH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01."}
{"words": ["HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "cycloheximide", "(", "CHX", ",", "F", ")", ",", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Vertical", "dotted", "lines", "represent", "a", "virtual", "division", "of", "the", "nitrocellulose", "filter", ",", "as", "immunoreactive", "bands", "reported", "in", "figure", "-", "although", "part", "of", "the", "same", "experiment", "/", "gel", "-", "were", "not", "contiguous", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of in the presence or absence of cycloheximide (CHX, F), GSNOR was evaluated by Western blot. Vertical dotted lines represent a virtual division of the nitrocellulose filter, as immunoreactive bands reported in figure - although part of the same experiment/gel - were not contiguous. Vehicle: PBS. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 4 independent experiments. *, p<0.05; ***, p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "cycloheximide", "(", "CHX", ",", "F", ")", ",", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Vertical", "dotted", "lines", "represent", "a", "virtual", "division", "of", "the", "nitrocellulose", "filter", ",", "as", "immunoreactive", "bands", "reported", "in", "figure", "-", "although", "part", "of", "the", "same", "experiment", "/", "gel", "-", "were", "not", "contiguous", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of in the presence or absence of cycloheximide (CHX, F), GSNOR was evaluated by Western blot. Vertical dotted lines represent a virtual division of the nitrocellulose filter, as immunoreactive bands reported in figure - although part of the same experiment/gel - were not contiguous. Vehicle: PBS. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 4 independent experiments. *, p<0.05; ***, p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["G", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "(", "G", ")", ".", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Vertical", "dotted", "lines", "represent", "a", "virtual", "division", "of", "the", "nitrocellulose", "filter", ",", "as", "immunoreactive", "bands", "reported", "in", "figure", "-", "although", "part", "of", "the", "same", "experiment", "/", "gel", "-", "were", "not", "contiguous", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of in the presence or absence of the proteasome inhibitor MG132 (G). GSNOR was evaluated by Western blot. Vertical dotted lines represent a virtual division of the nitrocellulose filter, as immunoreactive bands reported in figure - although part of the same experiment/gel - were not contiguous. Vehicle: PBS. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 4 independent experiments. *, p<0.05; ***, p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["G", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "(", "G", ")", ".", "GSNOR", "was", "evaluated", "by", "Western", "blot", ".", "Vertical", "dotted", "lines", "represent", "a", "virtual", "division", "of", "the", "nitrocellulose", "filter", ",", "as", "immunoreactive", "bands", "reported", "in", "figure", "-", "although", "part", "of", "the", "same", "experiment", "/", "gel", "-", "were", "not", "contiguous", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. HEK293 cells were treated for 8 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of in the presence or absence of the proteasome inhibitor MG132 (G). GSNOR was evaluated by Western blot. Vertical dotted lines represent a virtual division of the nitrocellulose filter, as immunoreactive bands reported in figure - although part of the same experiment/gel - were not contiguous. Vehicle: PBS. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 4 independent experiments. *, p<0.05; ***, p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["H", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "(", "blue", ")", "or", "24", "h", "(", "red", ")", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Polysome", "profile", "showing", "monosomes", "and", "polysomes", "was", "obtained", "from", "control", "(", "Vehicle", ")", "and", "H2O2", "treated", "lysates", "(", "for", "either", "8", "or", "24", "h", ")", "by", "separation", "on", "5", "-", "50", "%", "sucrose", "linear", "density", "gradient", "and", "collection", "using", "a", "gradient", "fractionation", "system", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H. HEK293 cells were treated for 8 h (blue) or 24 h (red) with 100 μM H2O2. Polysome profile showing monosomes and polysomes was obtained from control (Vehicle) and H2O2 treated lysates (for either 8 or 24 h) by separation on 5-50% sucrose linear density gradient and collection using a gradient fractionation system. "}
{"words": ["H", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "(", "blue", ")", "or", "24", "h", "(", "red", ")", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Polysome", "profile", "showing", "monosomes", "and", "polysomes", "was", "obtained", "from", "control", "(", "Vehicle", ")", "and", "H2O2", "treated", "lysates", "(", "for", "either", "8", "or", "24", "h", ")", "by", "separation", "on", "5", "-", "50", "%", "sucrose", "linear", "density", "gradient", "and", "collection", "using", "a", "gradient", "fractionation", "system", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. HEK293 cells were treated for 8 h (blue) or 24 h (red) with 100 μM H2O2. Polysome profile showing monosomes and polysomes was obtained from control (Vehicle) and H2O2 treated lysates (for either 8 or 24 h) by separation on 5-50% sucrose linear density gradient and collection using a gradient fractionation system."}
{"words": ["I", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "in", "input", "and", "heavy", "polysome", "fraction", "pooled", "together", "in", "H2O2", "-", "treated", "samples", "(", "for", "either", "8", "or", "24", "h", ")", ".", "H3A", "mRNA", "expression", "level", "was", "used", "as", "housekeeping", "gene", "control", ".", "Results", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "6", "independent", "experiments", "shown", "as", "%", "normalized", "by", "H3A", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "Vehicle", ":", "PBS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " I. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA in input and heavy polysome fraction pooled together in H2O2-treated samples (for either 8 or 24 h). H3A mRNA expression level was used as housekeeping gene control. Results represent the means ± SD of n ≥ 6 independent experiments shown as % normalized by H3A. ***, p<0.001 Vehicle: PBS. "}
{"words": ["I", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "in", "input", "and", "heavy", "polysome", "fraction", "pooled", "together", "in", "H2O2", "-", "treated", "samples", "(", "for", "either", "8", "or", "24", "h", ")", ".", "H3A", "mRNA", "expression", "level", "was", "used", "as", "housekeeping", "gene", "control", ".", "Results", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "6", "independent", "experiments", "shown", "as", "%", "normalized", "by", "H3A", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "Vehicle", ":", "PBS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "I. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA in input and heavy polysome fraction pooled together in H2O2-treated samples (for either 8 or 24 h). H3A mRNA expression level was used as housekeeping gene control. Results represent the means ± SD of n ≥ 6 independent experiments shown as % normalized by H3A. ***, p<0.001 Vehicle: PBS."}
{"words": ["J", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "8", "h", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "puromycin", "(", "tyrosyl", "-", "tRNA", "mimic", "used", "to", "label", "nascent", "proteins", ")", ",", "or", "cycloheximide", "(", "CHX", ",", "used", "to", "block", "protein", "translation", ")", ".", "Nascent", "polypeptides", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "performed", "with", "an", "anti", "-", "puromycin", "(", "anti", "-", "PMC", ")", "antibody", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " J. HEK293 cells treated for 8 h or 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of puromycin (tyrosyl-tRNA mimic used to label nascent proteins), or cycloheximide (CHX, used to block protein translation). Nascent polypeptides were assessed by Western blot performed with an anti-puromycin (anti-PMC) antibody. Vehicle: PBS. β-actin was used as loading control. "}
{"words": ["J", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "8", "h", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "puromycin", "(", "tyrosyl", "-", "tRNA", "mimic", "used", "to", "label", "nascent", "proteins", ")", ",", "or", "cycloheximide", "(", "CHX", ",", "used", "to", "block", "protein", "translation", ")", ".", "Nascent", "polypeptides", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "performed", "with", "an", "anti", "-", "puromycin", "(", "anti", "-", "PMC", ")", "antibody", ".", "Vehicle", ":", "PBS", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. HEK293 cells treated for 8 h or 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of puromycin (tyrosyl-tRNA mimic used to label nascent proteins), or cycloheximide (CHX, used to block protein translation). Nascent polypeptides were assessed by Western blot performed with an anti-puromycin (anti-PMC) antibody. Vehicle: PBS. β-actin was used as loading control."}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "immunoreactive", "bands", "are", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. HEK293 cells treated for 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2 were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 immunoreactive bands are normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n ≥ 4 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01. "}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "immunoreactive", "bands", "are", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "4", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HEK293 cells treated for 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2 were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 immunoreactive bands are normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n ≥ 4 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01."}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Basal and phospho-active forms of ATM, CHK2, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05. "}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Basal and phospho-active forms of ATM, CHK2, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "CHK2", "inhibitor", "AZD7762", "(", "AZD", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "CHK2", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assesses", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "CHK2", "and", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "normalized", "to", "GAPDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the CHK2 inhibitor AZD7762 (AZD). Basal and phospho-active forms of CHK2, together with GSNOR were assesses by Western blot. Phospho:basal level ratios of CHK2 and densitometry of GSNOR immunoreactive bands are normalized to GAPDH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant. "}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "CHK2", "inhibitor", "AZD7762", "(", "AZD", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "CHK2", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assesses", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "CHK2", "and", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "normalized", "to", "GAPDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the CHK2 inhibitor AZD7762 (AZD). Basal and phospho-active forms of CHK2, together with GSNOR were assesses by Western blot. Phospho:basal level ratios of CHK2 and densitometry of GSNOR immunoreactive bands are normalized to GAPDH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["D", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "ATM", "(", "siATM", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GAPDH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against ATM (siATM) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM, together with GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GAPDH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01. "}
{"words": ["D", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "ATM", "(", "siATM", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GAPDH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against ATM (siATM) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM, together with GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GAPDH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01."}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "CHK2", "(", "siCHK2", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "CHK2", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GAPDH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against CHK2 (siCHK2) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of CHK2, together with GSNOR were assessed by Western blot. GAPDH was used as loading control. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GAPDH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05. "}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "CHK2", "(", "siCHK2", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "CHK2", ",", "together", "with", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "GAPDH", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against CHK2 (siCHK2) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of CHK2, together with GSNOR were assessed by Western blot. GAPDH was used as loading control. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to GAPDH and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05."}
{"words": ["F", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "biotin", "-", "switch", "assay", ",", "and", "S", "-", "nitrosylated", "proteins", "(", "PSNOs", ")", "revealed", "by", "incubation", "with", "horseradish", "peroxidase", "(", "HRP", ")", "-", "conjugated", "streptavidin", ".", "Results", "obtained", "in", "the", "absence", "of", "ascorbate", "(", "-", "ASC", ")", "are", "shown", "as", "negative", "controls", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "intensity", "is", "normalized", "to", "LDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Lysates were subjected to biotin-switch assay, and S-nitrosylated proteins (PSNOs) revealed by incubation with horseradish peroxidase (HRP)-conjugated streptavidin. Results obtained in the absence of ascorbate (- ASC) are shown as negative controls. Densitometry of each lane intensity is normalized to LDH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01. "}
{"words": ["F", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "biotin", "-", "switch", "assay", ",", "and", "S", "-", "nitrosylated", "proteins", "(", "PSNOs", ")", "revealed", "by", "incubation", "with", "horseradish", "peroxidase", "(", "HRP", ")", "-", "conjugated", "streptavidin", ".", "Results", "obtained", "in", "the", "absence", "of", "ascorbate", "(", "-", "ASC", ")", "are", "shown", "as", "negative", "controls", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "intensity", "is", "normalized", "to", "LDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Lysates were subjected to biotin-switch assay, and S-nitrosylated proteins (PSNOs) revealed by incubation with horseradish peroxidase (HRP)-conjugated streptavidin. Results obtained in the absence of ascorbate (- ASC) are shown as negative controls. Densitometry of each lane intensity is normalized to LDH, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01."}
{"words": ["G", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "in", "input", "and", "heavy", "polysome", "fraction", "pooled", "together", "in", "H2O2", "treated", "samples", "in", "the", "absence", "or", "in", "the", "presence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "H3A", "mRNA", "expression", "level", "was", "used", "as", "housekeeping", "gene", "control", ".", "Results", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "run", "in", "duplicate", "and", "shown", "as", "%", ",", "normalized", "by", "H3A", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA in input and heavy polysome fraction pooled together in H2O2 treated samples in the absence or in the presence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). H3A mRNA expression level was used as housekeeping gene control. Results are the means ± SEM of n = 3 independent experiments run in duplicate and shown as %, normalized by H3A. *, p<0.05. "}
{"words": ["G", ".", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "of", "GSNOR", "mRNA", "in", "input", "and", "heavy", "polysome", "fraction", "pooled", "together", "in", "H2O2", "treated", "samples", "in", "the", "absence", "or", "in", "the", "presence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "H3A", "mRNA", "expression", "level", "was", "used", "as", "housekeeping", "gene", "control", ".", "Results", "are", "the", "means", "±", "SEM", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "run", "in", "duplicate", "and", "shown", "as", "%", ",", "normalized", "by", "H3A", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. RT-qPCR analyses of GSNOR mRNA in input and heavy polysome fraction pooled together in H2O2 treated samples in the absence or in the presence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). H3A mRNA expression level was used as housekeeping gene control. Results are the means ± SEM of n = 3 independent experiments run in duplicate and shown as %, normalized by H3A. *, p<0.05."}
{"words": ["H", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "or", ",", "alternatively", ",", "for", "2", "h", "with", "2", "mM", "hydroxyurea", "(", "HU", ")", ",", "selected", "as", "positive", "control", "of", "CHK1", "phosphorylation", "at", "Ser317", ".", "Phospho", "-", "CHK1Ser317", "was", "assessed", "by", "Western", "blot", ";", "densitometry", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", "(", "with", "HU", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H. HEK293 cells were treated for 8 or 24 h with 100 μM H2O2 or, alternatively, for 2 h with 2 mM hydroxyurea (HU), selected as positive control of CHK1 phosphorylation at Ser317. Phospho-CHK1Ser317 was assessed by Western blot; densitometry normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units (with HU arbitrarily set to 1). Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. n.s., not significant. "}
{"words": ["H", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "or", ",", "alternatively", ",", "for", "2", "h", "with", "2", "mM", "hydroxyurea", "(", "HU", ")", ",", "selected", "as", "positive", "control", "of", "CHK1", "phosphorylation", "at", "Ser317", ".", "Phospho", "-", "CHK1Ser317", "was", "assessed", "by", "Western", "blot", ";", "densitometry", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", "(", "with", "HU", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. HEK293 cells were treated for 8 or 24 h with 100 μM H2O2 or, alternatively, for 2 h with 2 mM hydroxyurea (HU), selected as positive control of CHK1 phosphorylation at Ser317. Phospho-CHK1Ser317 was assessed by Western blot; densitometry normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units (with HU arbitrarily set to 1). Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. n.s., not significant."}
{"words": ["I", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "CHK1", "(", "siCHK1", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "CHK1", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "analysis", "of", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " I. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against CHK1 (siCHK1) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. CHK1 and GSNOR were assessed by Western blot analysis of. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05. "}
{"words": ["I", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "CHK1", "(", "siCHK1", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "18", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "CHK1", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "analysis", "of", ".", "Densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "is", "normalized", "to", "Vinculin", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against CHK1 (siCHK1) or with control siRNA (siScr) for 18 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. CHK1 and GSNOR were assessed by Western blot analysis of. Densitometry of GSNOR immunoreactive bands is normalized to Vinculin, selected as loading control, and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05."}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Phospho", "-", "histone", "H2A", ".", "X", "(", "γH2A", ".", "X", ")", "was", "assessed", "by", "immunofluorescence", "analysis", ".", "Nuclei", "(", "blue", ")", "were", "stained", "with", "Hoechst", "33342", ".", "scale", "bar", ":", "10μM", ".", "4X", "digital", "magnification", "is", "shown", "at", "the", "bottom", "left", "of", "each", "image", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. HEK293 cells treated for 4 h with 100 μM H2O2. Phospho-histone H2A.X (γH2A.X) was assessed by immunofluorescence analysis. Nuclei (blue) were stained with Hoechst 33342. scale bar: 10μM. 4X digital magnification is shown at the bottom left of each image. "}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Phospho", "-", "histone", "H2A", ".", "X", "(", "γH2A", ".", "X", ")", "was", "assessed", "by", "immunofluorescence", "analysis", ".", "Nuclei", "(", "blue", ")", "were", "stained", "with", "Hoechst", "33342", ".", "scale", "bar", ":", "10μM", ".", "4X", "digital", "magnification", "is", "shown", "at", "the", "bottom", "left", "of", "each", "image", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HEK293 cells treated for 4 h with 100 μM H2O2. Phospho-histone H2A.X (γH2A.X) was assessed by immunofluorescence analysis. Nuclei (blue) were stained with Hoechst 33342. scale bar: 10μM. 4X digital magnification is shown at the bottom left of each image."}
{"words": ["B", ".", "Additionally", ",", "γH2A", ".", "X", "was", "also", "assessed", "by", "Western", "blot", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", "(", "top", "panel", ")", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "intensity", "is", "normalized", "to", "GAPDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "%", "of", "γH2A", ".", "X", "in", "H2O2", "-", "treated", "versus", "untreated", "cells", ".", "Values", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "two", "independent", "experiments", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. Additionally, γH2A.X was also assessed by Western blot at the indicated time points. GAPDH was used as loading control (top panel). Densitometry of each lane intensity is normalized to GAPDH, selected as loading control, and expressed as % of γH2A.X in H2O2-treated versus untreated cells. Values represent the means ± SD of two independent experiments (bottom panel). "}
{"words": ["B", ".", "Additionally", ",", "γH2A", ".", "X", "was", "also", "assessed", "by", "Western", "blot", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", "(", "top", "panel", ")", ".", "Densitometry", "of", "each", "lane", "intensity", "is", "normalized", "to", "GAPDH", ",", "selected", "as", "loading", "control", ",", "and", "expressed", "as", "%", "of", "γH2A", ".", "X", "in", "H2O2", "-", "treated", "versus", "untreated", "cells", ".", "Values", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "two", "independent", "experiments", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Additionally, γH2A.X was also assessed by Western blot at the indicated time points. GAPDH was used as loading control (top panel). Densitometry of each lane intensity is normalized to GAPDH, selected as loading control, and expressed as % of γH2A.X in H2O2-treated versus untreated cells. Values represent the means ± SD of two independent experiments (bottom panel)."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "or", ",", "alternatively", ",", "for", "2", "h", "with", "2", "mM", "hydroxyurea", "(", "HU", ")", ",", "selected", "as", "positive", "control", "of", "ATR", "/", "CHK1", "axis", "activation", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATR", "and", "CHK1", "(", "at", "Ser345", ")", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. HEK293 cells were treated for 8 or 24 h with 100 μM H2O2 or, alternatively, for 2 h with 2 mM hydroxyurea (HU), selected as positive control of ATR/CHK1 axis activation. Basal and phospho-active forms of ATR and CHK1 (at Ser345) were assessed by Western blot. GAPDH was used as loading control. "}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "or", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "or", ",", "alternatively", ",", "for", "2", "h", "with", "2", "mM", "hydroxyurea", "(", "HU", ")", ",", "selected", "as", "positive", "control", "of", "ATR", "/", "CHK1", "axis", "activation", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATR", "and", "CHK1", "(", "at", "Ser345", ")", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 cells were treated for 8 or 24 h with 100 μM H2O2 or, alternatively, for 2 h with 2 mM hydroxyurea (HU), selected as positive control of ATR/CHK1 axis activation. Basal and phospho-active forms of ATR and CHK1 (at Ser345) were assessed by Western blot. GAPDH was used as loading control."}
{"words": ["D", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "20", "μM", "neocarzinostatin", "(", "NCS", ")", ".", "(", "left", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "ATR", ",", "CHK1", ",", "p53", ",", "and", "GSNOR", "in", "HEK293", "cells", "treated", "for", "8", "h", "with", "20", "μM", "neocarzinostatin", "(", "NCS", ")", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "(", "right", ")", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "ATR", ",", "CHK1", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. HEK293 cells were treated for 8 h with 20 μM neocarzinostatin (NCS). (left) Western blot analysis of basal and phospho-active forms of ATM, CHK2, ATR, CHK1, p53, and GSNOR in HEK293 cells treated for 8 h with 20 μM neocarzinostatin (NCS). Vinculin and GAPDH were used as loading controls. (right) Phospho:basal level ratios of ATM, CHK2, ATR, CHK1, along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["D", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "20", "μM"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. HEK293 cells were treated for 8 h with 20 μM neocarzinostatin"}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "2", ",", "4", "and", "8", "h", "with", "20", "μM", "neocarzinostatin", "(", "NCS", ")", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "to", "cytofluorometrically", "assess", "the", "intracellular", "production", "of", "H2O2", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "fluorescence", "relative", "to", "NCS", "-", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. HEK293 cells were treated for 2, 4 and 8 h with 20 μM neocarzinostatin (NCS). After treatment, cells were incubated with 2',7'-H2DCF-DA to cytofluorometrically assess the intracellular production of H2O2. Values are shown as units of DCF fluorescence relative to untreated cells. Values are shown as units of fluorescence relative to NCS-untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. n.s., not significant. "}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "2", ",", "4", "and", "8", "h", "with", "20", "μM", "neocarzinostatin", "(", "NCS", ")", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "to", "cytofluorometrically", "assess", "the", "intracellular", "production", "of", "H2O2", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "fluorescence", "relative", "to", "NCS", "-", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. HEK293 cells were treated for 2, 4 and 8 h with 20 μM neocarzinostatin (NCS). After treatment, cells were incubated with 2',7'-H2DCF-DA to cytofluorometrically assess the intracellular production of H2O2. Values are shown as units of DCF fluorescence relative to untreated cells. Values are shown as units of fluorescence relative to NCS-untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. n.s., not significant."}
{"words": ["F", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "plasmids", "coding", "for", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", ",", "C2991L", "redox", "mutant", "(", "CL", ")", "of", "ATM", ",", "or", "with", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "(", "used", "as", "negative", "control", ")", "for", "40", "h", "and", "treated", "for", "additional", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "analysis", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Two", "different", "exposures", "(", "low", "and", "high", ")", "were", "selected", "to", "highlight", "differences", "in", "P", "-", "ATM", "levels", "in", "different", "experimental", "settings", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F. HEK293 cells were transfected with plasmids coding for the wild-type (WT), C2991L redox mutant (CL) of ATM, or with an empty vector (Empty) (used as negative control) for 40 h and treated for additional 8 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot analysis. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Two different exposures (low and high) were selected to highlight differences in P-ATM levels in different experimental settings. "}
{"words": ["F", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "plasmids", "coding", "for", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", ",", "C2991L", "redox", "mutant", "(", "CL", ")", "of", "ATM", ",", "or", "with", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "(", "used", "as", "negative", "control", ")", "for", "40", "h", "and", "treated", "for", "additional", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", "analysis", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Two", "different", "exposures", "(", "low", "and", "high", ")", "were", "selected", "to", "highlight", "differences", "in", "P", "-", "ATM", "levels", "in", "different", "experimental", "settings", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. HEK293 cells were transfected with plasmids coding for the wild-type (WT), C2991L redox mutant (CL) of ATM, or with an empty vector (Empty) (used as negative control) for 40 h and treated for additional 8 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot analysis. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Two different exposures (low and high) were selected to highlight differences in P-ATM levels in different experimental settings."}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "20", "μM", "pifithrin", "-", "α", "(", "Pft", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "p53", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", ",", "CHK2", "and", "p53", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of 20 μM pifithrin-α (Pft). Basal and phospho-active forms of ATM, CHK2, p53, and GSNOR were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM, CHK2 and p53 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant. "}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "20", "μM", "pifithrin", "-", "α", "(", "Pft", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "CHK2", ",", "p53", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", ",", "CHK2", "and", "p53", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HEK293 cells were treated for 24 h with 100 μM H2O2 in the presence or absence of 20 μM pifithrin-α (Pft). Basal and phospho-active forms of ATM, CHK2, p53, and GSNOR were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM, CHK2 and p53 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "p53", "(", "sip53", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "24", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "as", "well", "as", "p53", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against p53 (sip53) or with control siRNA (siScr) for 24 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2, as well as p53 and GSNOR were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant. "}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "against", "p53", "(", "sip53", ")", "or", "with", "control", "siRNA", "(", "siScr", ")", "for", "24", "h", "and", "treated", "for", "additional", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "as", "well", "as", "p53", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "(", "normalized", "to", "GAPDH", ")", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. HEK293 cells were transfected with a pool of siRNA against p53 (sip53) or with control siRNA (siScr) for 24 h and treated for additional 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2, as well as p53 and GSNOR were assessed by Western blot. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2 (normalized to Vinculin), along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands (normalized to GAPDH) are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["C", ".", "HCT116", "cells", "expressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "p53", "(", "p53wt", ")", ",", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ",", "selected", "as", "negative", "control", ")", ",", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "p53", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "p53", "and", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. HCT116 cells expressing the wild type form of p53 (p53wt), or an empty vector (Empty, selected as negative control), were treated for 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2, p53 and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2, along with densitometry of p53 and GSNOR immunoreactive bands are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant. "}
{"words": ["C", ".", "HCT116", "cells", "expressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "p53", "(", "p53wt", ")", ",", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ",", "selected", "as", "negative", "control", ")", ",", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "p53", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", ".", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "and", "CHK2", ",", "along", "with", "densitometry", "of", "p53", "and", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HCT116 cells expressing the wild type form of p53 (p53wt), or an empty vector (Empty, selected as negative control), were treated for 24 h with 100 μM H2O2. Basal and phospho-active forms of ATM and CHK2, p53 and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. Phospho:basal level ratios of ATM and CHK2, along with densitometry of p53 and GSNOR immunoreactive bands are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "2", ",", "4", "and", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "MitoSox", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "mitochondrial", "superoxide", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "MitoSox", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A, B. HEK293 cells treated for 2, 4 and 8 h with 100 μM H2O2. After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or MitoSox (B) to evaluate the production of H2O2 or mitochondrial superoxide, respectively. Values are shown as units of DCF or MitoSox fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n ≥ 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001. "}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "HEK293", "cells", "treated", "for", "2", ",", "4", "and", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "MitoSox", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "mitochondrial", "superoxide", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "MitoSox", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. HEK293 cells treated for 2, 4 and 8 h with 100 μM H2O2. After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or MitoSox (B) to evaluate the production of H2O2 or mitochondrial superoxide, respectively. Values are shown as units of DCF or MitoSox fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n ≥ 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "were", "transfected", "for", "48", "h", "with", "siRNA", "against", "ATM", "(", "siATM", ")", ",", "GSNOR", "(", "siGSNOR", ")", ",", "or", "control", "siRNA", "(", "scramble", ",", "siScr", ")", ".", "Afterwards", ",", "they", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "and", "mitophagy", "was", "assessed", "by", "Western", "blot", "of", "different", "mitochondrial", "complex", "subunits", "[", "i", ".", "e", ".", ",", "NDUFB8", "(", "complex", "I", ")", ",", "SDHB", "(", "complex", "II", ")", ",", "MTCO2", "(", "complex", "IV", ")", "]", ".", "Basal", "and", "phospho", "ATM", ",", "as", "well", "as", "GSNOR", "were", "used", "to", "check", "the", "efficiency", "of", "siRNA", "-", "mediated", "knock", "down", ".", "Vinculin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. HEK293 were transfected for 48 h with siRNA against ATM (siATM), GSNOR (siGSNOR), or control siRNA (scramble, siScr). Afterwards, they were treated for 8 h with 100 μM H2O2 and mitophagy was assessed by Western blot of different mitochondrial complex subunits [i.e., NDUFB8 (complex I), SDHB (complex II), MTCO2 (complex IV)]. Basal and phospho ATM, as well as GSNOR were used to check the efficiency of siRNA-mediated knock down. Vinculin was used as loading control. "}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "were", "transfected", "for", "48", "h", "with", "siRNA", "against", "ATM", "(", "siATM", ")", ",", "GSNOR", "(", "siGSNOR", ")", ",", "or", "control", "siRNA", "(", "scramble", ",", "siScr", ")", ".", "Afterwards", ",", "they", "were", "treated", "for", "8", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", "and", "mitophagy", "was", "assessed", "by", "Western", "blot", "of", "different", "mitochondrial", "complex", "subunits", "[", "i", ".", "e", ".", ",", "NDUFB8", "(", "complex", "I", ")", ",", "SDHB", "(", "complex", "II", ")", ",", "MTCO2", "(", "complex", "IV", ")", "]", ".", "Basal", "and", "phospho", "ATM", ",", "as", "well", "as", "GSNOR", "were", "used", "to", "check", "the", "efficiency", "of", "siRNA", "-", "mediated", "knock", "down", ".", "Vinculin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 were transfected for 48 h with siRNA against ATM (siATM), GSNOR (siGSNOR), or control siRNA (scramble, siScr). Afterwards, they were treated for 8 h with 100 μM H2O2 and mitophagy was assessed by Western blot of different mitochondrial complex subunits [i.e., NDUFB8 (complex I), SDHB (complex II), MTCO2 (complex IV)]. Basal and phospho ATM, as well as GSNOR were used to check the efficiency of siRNA-mediated knock down. Vinculin was used as loading control."}
{"words": ["D", ".", "Densitometry", "of", "mitochondrial", "protein", "immunoreactive", "bands", "of", "panel", "C", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", "is", "indicated", "as", "H2O2", "-", "treated", "versus", "untreated", "cells", "(", "CTR", ")", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. Densitometry of mitochondrial protein immunoreactive bands of panel C (normalized to Vinculin) is indicated as H2O2-treated versus untreated cells (CTR) and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["D", ".", "Densitometry", "of", "mitochondrial", "protein", "immunoreactive", "bands", "of", "panel", "C", "(", "normalized", "to", "Vinculin", ")", "is", "indicated", "as", "H2O2", "-", "treated", "versus", "untreated", "cells", "(", "CTR", ")", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Densitometry of mitochondrial protein immunoreactive bands of panel C (normalized to Vinculin) is indicated as H2O2-treated versus untreated cells (CTR) and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["E", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "by", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "(", "selected", "as", "measure", "of", "mtDNA", ")", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "8", "experiments", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. In the same experimental settings, mitophagy was also assessed by RT-qPCR relative quantitation of D-loop (selected as measure of mtDNA) normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 8 experiments ***p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["E", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "by", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "(", "selected", "as", "measure", "of", "mtDNA", ")", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "8", "experiments", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. In the same experimental settings, mitophagy was also assessed by RT-qPCR relative quantitation of D-loop (selected as measure of mtDNA) normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 8 experiments ***p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["F", ".", "U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Mitophagy", "was", "assessed", "by", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "6", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F. U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 4 h with 100 μM H2O2. Mitophagy was assessed by RT-qPCR relative quantitation of D-loop normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 6 experiments. *p<0.05; ***p<0.001. "}
{"words": ["F", ".", "U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "μM", "H2O2", ".", "Mitophagy", "was", "assessed", "by", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "6", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 4 h with 100 μM H2O2. Mitophagy was assessed by RT-qPCR relative quantitation of D-loop normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 6 experiments. *p<0.05; ***p<0.001."}
{"words": ["In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "at", "8", "h", "by", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Percentage", "of", "mitochondria", "merging", "with", "LC3", "-", "positive", "puncta", "calculated", "by", "Fiji", "analysis", "software", "using", "the", "open", "-", "source", "plugin", "ComDet", "v", ".", "0", ".", "3", ".", "7", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "mitochondria", "(", "TOM20", "+", "particles", ")", "co", "-", "localizing", "with", "LC3", "/", "cell", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "≥", "7", "different", "cells", "analyzed", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " In the same experimental settings, mitophagy was also assessed at 8 h by fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Percentage of mitochondria merging with LC3-positive puncta calculated by Fiji analysis software using the open-source plugin ComDet v. 0.3.7. Values are expressed as % of mitochondria (TOM20+ particles) co-localizing with LC3/cell and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n ≥ 7 different cells analyzed. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. "}
{"words": ["In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "at", "8", "h", "by", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Percentage", "of", "mitochondria", "merging", "with", "LC3", "-", "positive", "puncta", "calculated", "by", "Fiji", "analysis", "software", "using", "the", "open", "-", "source", "plugin", "ComDet", "v", ".", "0", ".", "3", ".", "7", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "mitochondria", "(", "TOM20", "+", "particles", ")", "co", "-", "localizing", "with", "LC3", "/", "cell", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "≥", "7", "different", "cells", "analyzed", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In the same experimental settings, mitophagy was also assessed at 8 h by fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Percentage of mitochondria merging with LC3-positive puncta calculated by Fiji analysis software using the open-source plugin ComDet v. 0.3.7. Values are expressed as % of mitochondria (TOM20+ particles) co-localizing with LC3/cell and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n ≥ 7 different cells analyzed. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001."}
{"words": ["H", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "at", "8", "h", "by", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Anti", "-", "TOM20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "visualize", "mitochondria", ";", "anti", "-", "LC3", "(", "green", ")", "was", "used", "to", "identify", "autophagosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H. In the same experimental settings, mitophagy was also assessed at 8 h by fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Anti-TOM20 (red) was used to visualize mitochondria; anti-LC3 (green) was used to identify autophagosomes. "}
{"words": ["H", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "mitophagy", "was", "also", "assessed", "at", "8", "h", "by", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Anti", "-", "TOM20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "visualize", "mitochondria", ";", "anti", "-", "LC3", "(", "green", ")", "was", "used", "to", "identify", "autophagosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. In the same experimental settings, mitophagy was also assessed at 8 h by fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Anti-TOM20 (red) was used to visualize mitochondria; anti-LC3 (green) was used to identify autophagosomes."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "ATMWT", "U2OS", "cells", "were", "treated", "with", "10", "μM", "CCCP", "for", "8", "h", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "MitoSox", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "mitochondrial", "superoxide", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "MitoSox", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A, B. ATMWT U2OS cells were treated with 10 μM CCCP for 8 h. After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or MitoSox (B) to evaluate the production of H2O2 or mitochondrial superoxide, respectively. Values are shown as units of DCF or MitoSox fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. ***p< 0.001. "}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "ATMWT", "U2OS", "cells", "were", "treated", "with", "10", "μM", "CCCP", "for", "8", "h", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "MitoSox", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "mitochondrial", "superoxide", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "MitoSox", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. ATMWT U2OS cells were treated with 10 μM CCCP for 8 h. After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or MitoSox (B) to evaluate the production of H2O2 or mitochondrial superoxide, respectively. Values are shown as units of DCF or MitoSox fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. ***p< 0.001."}
{"words": ["C", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. In the same experimental settings, basal and phospho-active forms of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls. "}
{"words": ["C", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "basal", "and", "phospho", "-", "active", "forms", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. In the same experimental settings, basal and phospho-active forms of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin and GAPDH were used as loading controls."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "Mitophagy", "was", "evaluated", "by", ":", "(", "D", ")", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. Mitophagy was evaluated by: (D) RT-qPCR relative quantitation of D-loop normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 4 experiments. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. "}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "Mitophagy", "was", "evaluated", "by", ":", "(", "D", ")", "RT", "-", "qPCR", "relative", "quantitation", "of", "D", "-", "loop", "normalized", "to", "genomic", "actin", "(", "gActin", ")", ".", "Results", "shown", "are", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "4", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. Mitophagy was evaluated by: (D) RT-qPCR relative quantitation of D-loop normalized to genomic actin (gActin). Results shown are the means ± SD of n = 4 experiments. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "(", "E", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Anti", "-", "TOM20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "visualize", "mitochondria", ";", "anti", "-", "LC3", "(", "green", ")", "was", "used", "to", "identify", "autophagosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. (E fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Anti-TOM20 (red) was used to visualize mitochondria; anti-LC3 (green) was used to identify autophagosomes. "}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "(", "E", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Anti", "-", "TOM20", "(", "red", ")", "was", "used", "to", "visualize", "mitochondria", ";", "anti", "-", "LC3", "(", "green", ")", "was", "used", "to", "identify", "autophagosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. (E fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Anti-TOM20 (red) was used to visualize mitochondria; anti-LC3 (green) was used to identify autophagosomes."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "F", ")", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Percentage", "of", "mitochondria", "merging", "with", "LC3", "-", "positive", "puncta", "calculated", "by", "Fiji", "analysis", "software", "using", "the", "open", "-", "source", "plugin", "ComDet", "v", ".", "0", ".", "3", ".", "7", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "mitochondria", "(", "TOM20", "+", "particles", ")", "co", "-", "localizing", "with", "LC3", "/", "cell", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "≥", "9", "different", "cells", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. F) fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Percentage of mitochondria merging with LC3-positive puncta calculated by Fiji analysis software using the open-source plugin ComDet v. 0.3.7. Values are expressed as % of mitochondria (TOM20+ particles) co-localizing with LC3/cell and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n ≥ 9 different cells. **p<0.01; ***p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "F", ")", "fluorescence", "microscopy", "analyses", "upon", "incubation", "with", "chloroquine", "(", "CLQ", ")", "to", "enhance", "differences", "in", "mitophagy", ".", "Percentage", "of", "mitochondria", "merging", "with", "LC3", "-", "positive", "puncta", "calculated", "by", "Fiji", "analysis", "software", "using", "the", "open", "-", "source", "plugin", "ComDet", "v", ".", "0", ".", "3", ".", "7", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "mitochondria", "(", "TOM20", "+", "particles", ")", "co", "-", "localizing", "with", "LC3", "/", "cell", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "≥", "9", "different", "cells", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. F) fluorescence microscopy analyses upon incubation with chloroquine (CLQ) to enhance differences in mitophagy. Percentage of mitochondria merging with LC3-positive puncta calculated by Fiji analysis software using the open-source plugin ComDet v. 0.3.7. Values are expressed as % of mitochondria (TOM20+ particles) co-localizing with LC3/cell and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n ≥ 9 different cells. **p<0.01; ***p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "(", "G", "Western", "blot", "of", "different", "subunits", "of", "mitochondrial", "proteins", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "NDUFB8", "(", "complex", "I", ")", ",", "SDHA", "and", "SDHB", "(", "complex", "II", ")", ",", "MTCO2", "(", "complex", "IV", ")", "and", "voltage", "-", "dependent", "anion", "channel", "(", "VDAC", ")", ".", "Tubulin", ",", "LDH", "and", "Vinculin", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. (G Western blot of different subunits of mitochondrial proteins, i.e., NDUFB8 (complex I), SDHA and SDHB (complex II), MTCO2 (complex IV) and voltage-dependent anion channel (VDAC). Tubulin, LDH and Vinculin were used as loading controls. "}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "(", "G", "Western", "blot", "of", "different", "subunits", "of", "mitochondrial", "proteins", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "NDUFB8", "(", "complex", "I", ")", ",", "SDHA", "and", "SDHB", "(", "complex", "II", ")", ",", "MTCO2", "(", "complex", "IV", ")", "and", "voltage", "-", "dependent", "anion", "channel", "(", "VDAC", ")", ".", "Tubulin", ",", "LDH", "and", "Vinculin", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. (G Western blot of different subunits of mitochondrial proteins, i.e., NDUFB8 (complex I), SDHA and SDHB (complex II), MTCO2 (complex IV) and voltage-dependent anion channel (VDAC). Tubulin, LDH and Vinculin were used as loading controls."}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "H", ")", "Densitometry", "of", "mitochondrial", "protein", "immunoreactive", "bands", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. H) Densitometry of mitochondrial protein immunoreactive bands and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001; n.s., not significant. "}
{"words": ["U2OS", "cells", "were", "depleted", "of", "endogenous", "ATM", "by", "repeated", "transfections", "with", "shRNA", "and", "induced", ",", "by", "doxycycline", "incubation", ",", "to", "express", "ATMWT", ",", "ATM2RA", ",", "or", "ATMCL", "mutant", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "further", "transfected", "with", "a", "GSNOR", "-", "coding", "vector", "and", "then", "treated", "for", "2", "h", "with", "10", "μM", "CCCP", ".", "H", ")", "Densitometry", "of", "mitochondrial", "protein", "immunoreactive", "bands", "and", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U2OS cells were depleted of endogenous ATM by repeated transfections with shRNA and induced, by doxycycline incubation, to express ATMWT, ATM2RA, or ATMCL mutant. Where indicated, cells were further transfected with a GSNOR-coding vector and then treated for 2 h with 10 μM CCCP. H) Densitometry of mitochondrial protein immunoreactive bands and expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05; **, p<0.01; ***, p<0.001; n.s., not significant."}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "overexpressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "GSNOR", "(", "GSNORwt", ")", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "were", "subjected", "to", "combined", "treatment", "(", "200", "μM", "H2O2", "+", "400", "μM", "DPTA", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Analysis", "of", "dead", "cells", "were", "performed", "with", "Trypan", "blue", "exclusion", "assay", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "GSNOR", "is", "shown", "as", "inset", "in", "the", "graph", "to", "substantiate", "transfection", "efficiency", ".", "Data", ",", "shown", "as", "fold", "change", "of", "dead", "cells", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", ",", "represent", "the", "mean", "count", "±", "SEM", "of", "n", "=", "4", "experiments", "done", "in", "duplicate", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "with", "respect", "to", "Empty", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. HEK293 cells overexpressing the wild type form of GSNOR (GSNORwt) or an empty vector (Empty) were subjected to combined treatment (200 μM H2O2 + 400 μM DPTA) in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Analysis of dead cells were performed with Trypan blue exclusion assay. Western blot analysis of GSNOR is shown as inset in the graph to substantiate transfection efficiency. Data, shown as fold change of dead cells relative to untreated cells (arbitrarily set to 1), represent the mean count ± SEM of n = 4 experiments done in duplicate *p<0.05; with respect to Empty cells. "}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "cells", "overexpressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "GSNOR", "(", "GSNORwt", ")", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "were", "subjected", "to", "combined", "treatment", "(", "200", "μM", "H2O2", "+", "400", "μM", "DPTA", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATM", "inhibitor", "KU55933", "(", "KU", ")", ".", "Analysis", "of", "dead", "cells", "were", "performed", "with", "Trypan", "blue", "exclusion", "assay", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "GSNOR", "is", "shown", "as", "inset", "in", "the", "graph", "to", "substantiate", "transfection", "efficiency", ".", "Data", ",", "shown", "as", "fold", "change", "of", "dead", "cells", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", ",", "represent", "the", "mean", "count", "±", "SEM", "of", "n", "=", "4", "experiments", "done", "in", "duplicate", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "with", "respect", "to", "Empty", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. HEK293 cells overexpressing the wild type form of GSNOR (GSNORwt) or an empty vector (Empty) were subjected to combined treatment (200 μM H2O2 + 400 μM DPTA) in the presence or absence of the ATM inhibitor KU55933 (KU). Analysis of dead cells were performed with Trypan blue exclusion assay. Western blot analysis of GSNOR is shown as inset in the graph to substantiate transfection efficiency. Data, shown as fold change of dead cells relative to untreated cells (arbitrarily set to 1), represent the mean count ± SEM of n = 4 experiments done in duplicate *p<0.05; with respect to Empty cells."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "optic", "microscopy", "image", "of", "GSNORwt", "and", "Empty", "cells", "upon", "24", "h", "treatment", "with", "H2O2", "+", "DPTA", "in", "the", "presence", "KU", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " C. Representative optic microscopy image of GSNORwt and Empty cells upon 24 h treatment with H2O2 + DPTA in the presence KU. "}
{"words": ["C", ".", "Representative", "optic", "microscopy", "image", "of", "GSNORwt", "and", "Empty", "cells", "upon", "24", "h", "treatment", "with", "H2O2", "+", "DPTA", "in", "the", "presence", "KU", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "C. Representative optic microscopy image of GSNORwt and Empty cells upon 24 h treatment with H2O2 + DPTA in the presence KU."}
{"words": ["D", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "Caspase3", "and", "PARP1", "in", "GSNORwt", "and", "Empty", "cells", "treated", "as", "in", "panel", "C", ".", "Tubulin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western blot analysis of Caspase3 and PARP1 in GSNORwt and Empty cells treated as in panel C. Tubulin was used as loading control."}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "overexpressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "GSNOR", "(", "GSNORwt", ")", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "were", "transfected", "with", "siRNA", "against", "Pakin", "(", "siParkin", ")", "or", "control", "siRNA", "(", "scramble", ",", "siScr", ")", ".", "Afterwards", ",", "they", "were", "subjected", "to", "combined", "treatment", "(", "200", "μM", "H2O2", "+", "400", "μM", "DPTA", ")", "and", "viability", "assessed", "by", "Alamar", "blue", "(", "AB", ")", "fluorescent", "assay", ".", "Data", ",", "shown", "as", "fold", "change", "of", "viable", "cells", ",", "refer", "to", "AB", "fluorescence", "(", "relative", "to", "untreated", "cells", ",", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "6", "independent", "experiments", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. HEK293 cells overexpressing the wild type form of GSNOR (GSNORwt) or an empty vector (Empty) were transfected with siRNA against Pakin (siParkin) or control siRNA (scramble, siScr). Afterwards, they were subjected to combined treatment (200 μM H2O2 + 400 μM DPTA) and viability assessed by Alamar blue (AB) fluorescent assay. Data, shown as fold change of viable cells, refer to AB fluorescence (relative to untreated cells, arbitrarily set to 1) and represent the means ± SD of n = 6 independent experiments. **, p<0.01; n.s., not significant. "}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "cells", "overexpressing", "the", "wild", "type", "form", "of", "GSNOR", "(", "GSNORwt", ")", "or", "an", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "were", "transfected", "with", "siRNA", "against", "Pakin", "(", "siParkin", ")", "or", "control", "siRNA", "(", "scramble", ",", "siScr", ")", ".", "Afterwards", ",", "they", "were", "subjected", "to", "combined", "treatment", "(", "200", "μM", "H2O2", "+", "400", "μM", "DPTA", ")", "and", "viability", "assessed", "by", "Alamar", "blue", "(", "AB", ")", "fluorescent", "assay", ".", "Data", ",", "shown", "as", "fold", "change", "of", "viable", "cells", ",", "refer", "to", "AB", "fluorescence", "(", "relative", "to", "untreated", "cells", ",", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", "and", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "6", "independent", "experiments", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. HEK293 cells overexpressing the wild type form of GSNOR (GSNORwt) or an empty vector (Empty) were transfected with siRNA against Pakin (siParkin) or control siRNA (scramble, siScr). Afterwards, they were subjected to combined treatment (200 μM H2O2 + 400 μM DPTA) and viability assessed by Alamar blue (AB) fluorescent assay. Data, shown as fold change of viable cells, refer to AB fluorescence (relative to untreated cells, arbitrarily set to 1) and represent the means ± SD of n = 6 independent experiments. **, p<0.01; n.s., not significant."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "of", "Gsnor", "was", "assessed", "in", "mouse", "adult", "fibroblasts", "(", "MAFs", ")", ",", "obtained", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "Gsnor", "-", "null", "(", "KO", ")", "mice", "treated", "with", "200", "or", "400", "μM", "H2O2", "for", "24", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " F. Western blot of Gsnor was assessed in mouse adult fibroblasts (MAFs), obtained from wild type (WT) and Gsnor-null (KO) mice treated with 200 or 400 μM H2O2 for 24 h. "}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "of", "Gsnor", "was", "assessed", "in", "mouse", "adult", "fibroblasts", "(", "MAFs", ")", ",", "obtained", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "Gsnor", "-", "null", "(", "KO", ")", "mice", "treated", "with", "200", "or", "400", "μM", "H2O2", "for", "24", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot of Gsnor was assessed in mouse adult fibroblasts (MAFs), obtained from wild type (WT) and Gsnor-null (KO) mice treated with 200 or 400 μM H2O2 for 24 h."}
{"words": ["WT", "and", "Gsnor", "KO", "MAFs", "were", "subjected", "to", "treatment", "with", "200", "μM", "H2O2", ",", "or", "400", "μM", "DPTA", ",", "or", "a", "combination", "of", "both", ".", "Cell", "viability", "was", "evaluated", "by", "LIVE", "/", "DEAD", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " WT and Gsnor KO MAFs were subjected to treatment with 200 μM H2O2, or 400 μM DPTA, or a combination of both. Cell viability was evaluated by LIVE/DEAD assay. "}
{"words": ["WT", "and", "Gsnor", "KO", "MAFs", "were", "subjected", "to", "treatment", "with", "200", "μM", "H2O2", ",", "or", "400", "μM", "DPTA", ",", "or", "a", "combination", "of", "both", ".", "Cell", "viability", "was", "evaluated", "by", "LIVE", "/", "DEAD", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and Gsnor KO MAFs were subjected to treatment with 200 μM H2O2, or 400 μM DPTA, or a combination of both. Cell viability was evaluated by LIVE/DEAD assay."}
{"words": ["H", ".", "WT", "and", "Gsnor", "KO", "MAFs", "were", "subjected", "to", "treatment", "with", "200", "μM", "H2O2", ",", "or", "400", "μM", "DPTA", ",", "or", "a", "combination", "of", "both", ".", "Cell", "viability", "was", "evaluated", "by", "LIVE", "/", "DEAD", "assay", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "Data", ",", "shown", "as", "%", "of", "dead", "(", "red", ")", "cells", ",", "represent", "the", "mean", "count", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "different", "fields", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "with", "respect", "to", "WT", "MAFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H. WT and Gsnor KO MAFs were subjected to treatment with 200 μM H2O2, or 400 μM DPTA, or a combination of both. Cell viability was evaluated by LIVE/DEAD assay. Scale bar = 50 µm. Data, shown as % of dead (red) cells, represent the mean count ± SD of n = 3 different fields of three independent experiments. *p<0.05; n.s., not significant with respect to WT MAFs. "}
{"words": ["H", ".", "WT", "and", "Gsnor", "KO", "MAFs", "were", "subjected", "to", "treatment", "with", "200", "μM", "H2O2", ",", "or", "400", "μM", "DPTA", ",", "or", "a", "combination", "of", "both", ".", "Cell", "viability", "was", "evaluated", "by", "LIVE", "/", "DEAD", "assay", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "Data", ",", "shown", "as", "%", "of", "dead", "(", "red", ")", "cells", ",", "represent", "the", "mean", "count", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "different", "fields", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "with", "respect", "to", "WT", "MAFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. WT and Gsnor KO MAFs were subjected to treatment with 200 μM H2O2, or 400 μM DPTA, or a combination of both. Cell viability was evaluated by LIVE/DEAD assay. Scale bar = 50 µm. Data, shown as % of dead (red) cells, represent the mean count ± SD of n = 3 different fields of three independent experiments. *p<0.05; n.s., not significant with respect to WT MAFs."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "10", "and", "30", "min", "with", "PMA", "(", "200", "ng", "/", "ml", ")", "and", "ionomycin", "(", "iono", ")", "(", "300", "ng", "/", "ml", ")", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "DAF", "-", "FM", "-", "DA", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "NO", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "units", "of", "DCF", "or", "DAF", "-", "FM", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "4", "(", "A", ")", "and", "n", "=", "6", "(", "B", ")", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A, B. Jurkat cells were treated for 10 and 30 min with PMA (200 ng/ml) and ionomycin (iono) (300 ng/ml). After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or DAF-FM-DA (B) to evaluate the production of H2O2 or NO, respectively. Values are expressed as units of DCF or DAF-FM fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 4 (A) and n = 6 (B) independent experiments. *p<0.01; **p<0.001; ***p<0.001. "}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "10", "and", "30", "min", "with", "PMA", "(", "200", "ng", "/", "ml", ")", "and", "ionomycin", "(", "iono", ")", "(", "300", "ng", "/", "ml", ")", ".", "After", "treatment", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "A", ")", "or", "DAF", "-", "FM", "-", "DA", "(", "B", ")", "to", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "NO", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "units", "of", "DCF", "or", "DAF", "-", "FM", "fluorescence", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "4", "(", "A", ")", "and", "n", "=", "6", "(", "B", ")", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Jurkat cells were treated for 10 and 30 min with PMA (200 ng/ml) and ionomycin (iono) (300 ng/ml). After treatment, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (A) or DAF-FM-DA (B) to evaluate the production of H2O2 or NO, respectively. Values are expressed as units of DCF or DAF-FM fluorescence relative to untreated cells (arbitrarily set as 1) and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 4 (A) and n = 6 (B) independent experiments. *p<0.01; **p<0.001; ***p<0.001."}
{"words": ["C", ".", "(", "left", ")", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "H2O2", "(", "50", "μM", ")", "or", "PMA", "/", "ionomycin", "(", "200", "+", "300", "ng", "/", "ml", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "form", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "(", "right", ")", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. (left) Jurkat cells were treated for 24 h with H2O2 (50 μM) or PMA/ionomycin (200 + 300 ng/ml). Basal and phospho-active form of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin was used as loading control. (right) Phospho:basal level ratios of ATM along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05. "}
{"words": ["C", ".", "(", "left", ")", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "H2O2", "(", "50", "μM", ")", "or", "PMA", "/", "ionomycin", "(", "200", "+", "300", "ng", "/", "ml", ")", ".", "Basal", "and", "phospho", "-", "active", "form", "of", "ATM", ",", "and", "GSNOR", "were", "assessed", "by", "Western", "blot", ".", "Vinculin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "(", "right", ")", "Phospho", ":", "basal", "level", "ratios", "of", "ATM", "along", "with", "densitometry", "of", "GSNOR", "immunoreactive", "bands", "are", "expressed", "as", "arbitrary", "units", ".", "Values", "shown", "represent", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. (left) Jurkat cells were treated for 24 h with H2O2 (50 μM) or PMA/ionomycin (200 + 300 ng/ml). Basal and phospho-active form of ATM, and GSNOR were assessed by Western blot. Vinculin was used as loading control. (right) Phospho:basal level ratios of ATM along with densitometry of GSNOR immunoreactive bands are expressed as arbitrary units. Values shown represent the means ± SD of n = 3 independent experiments. *, p<0.05."}
{"words": ["D", ".", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "H2O2", "(", "50", "μM", ")", "or", "PMA", "/", "ionomycin", "(", "200", "+", "300", "ng", "/", "ml", ")", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATM", "inhibitor", "(", "KU55933", ")", "(", "5", "μM", ")", "or", "GSNOR", "inhibitor", "(", "N6022", ")", "(", "25", "μM", ")", ".", "Cell", "death", "was", "assessed", "cytofluorimetrically", "upon", "staining", "with", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "sub", "-", "G1", "population", "of", "PI", "-", "stained", "cells", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. Jurkat cells were treated for 24 h with H2O2 (50 μM) or PMA/ionomycin (200 + 300 ng/ml), in the presence or absence of ATM inhibitor (KU55933) (5 μM) or GSNOR inhibitor (N6022) (25 μM). Cell death was assessed cytofluorimetrically upon staining with propidium iodide (PI). Values are expressed as % of sub-G1 population of PI-stained cells and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 5 independent experiments. *p<0.05; **p<0.01. "}
{"words": ["D", ".", "Jurkat", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "H2O2", "(", "50", "μM", ")", "or", "PMA", "/", "ionomycin", "(", "200", "+", "300", "ng", "/", "ml", ")", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATM", "inhibitor", "(", "KU55933", ")", "(", "5", "μM", ")", "or", "GSNOR", "inhibitor", "(", "N6022", ")", "(", "25", "μM", ")", ".", "Cell", "death", "was", "assessed", "cytofluorimetrically", "upon", "staining", "with", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "%", "of", "sub", "-", "G1", "population", "of", "PI", "-", "stained", "cells", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Jurkat cells were treated for 24 h with H2O2 (50 μM) or PMA/ionomycin (200 + 300 ng/ml), in the presence or absence of ATM inhibitor (KU55933) (5 μM) or GSNOR inhibitor (N6022) (25 μM). Cell death was assessed cytofluorimetrically upon staining with propidium iodide (PI). Values are expressed as % of sub-G1 population of PI-stained cells and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 5 independent experiments. *p<0.05; **p<0.01."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "incubated", "for", "30", "min", "with", "anti", "-", "CD3", ",", "anti", "-", "CD28", "and", "anti", "-", "CD49d", "(", "stimulation", ")", ".", "After", "stimulation", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "E", ")", "or", "DAF", "-", "FM", "-", "DA", "(", "F", ")", "to", "fluorometrically", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "NO", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "DAF", "-", "FM", "fluorescence", "relative", "to", "non", "-", "stimulated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", ".", "Values", "are", "shown", "as", "fold", "change", "and", "represent", "the", "median", "plus", "range", "with", "all", "the", "experimental", "points", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E, F. CD4+ T cells were incubated for 30 min with anti-CD3, anti-CD28 and anti-CD49d (stimulation). After stimulation, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (E) or DAF-FM-DA (F) to fluorometrically evaluate the production of H2O2 or NO, respectively. Values are shown as units of DCF or DAF-FM fluorescence relative to non-stimulated cells (arbitrarily set as 1). Values are shown as fold change and represent the median plus range with all the experimental points of n = 3 independent experiments. **p < 0.01. "}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "incubated", "for", "30", "min", "with", "anti", "-", "CD3", ",", "anti", "-", "CD28", "and", "anti", "-", "CD49d", "(", "stimulation", ")", ".", "After", "stimulation", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "2", "'", ",", "7", "'", "-", "H2DCF", "-", "DA", "(", "E", ")", "or", "DAF", "-", "FM", "-", "DA", "(", "F", ")", "to", "fluorometrically", "evaluate", "the", "production", "of", "H2O2", "or", "NO", ",", "respectively", ".", "Values", "are", "shown", "as", "units", "of", "DCF", "or", "DAF", "-", "FM", "fluorescence", "relative", "to", "non", "-", "stimulated", "cells", "(", "arbitrarily", "set", "as", "1", ")", ".", "Values", "are", "shown", "as", "fold", "change", "and", "represent", "the", "median", "plus", "range", "with", "all", "the", "experimental", "points", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. CD4+ T cells were incubated for 30 min with anti-CD3, anti-CD28 and anti-CD49d (stimulation). After stimulation, cells were incubated with 5 μM 2',7'-H2DCF-DA (E) or DAF-FM-DA (F) to fluorometrically evaluate the production of H2O2 or NO, respectively. Values are shown as units of DCF or DAF-FM fluorescence relative to non-stimulated cells (arbitrarily set as 1). Values are shown as fold change and represent the median plus range with all the experimental points of n = 3 independent experiments. **p < 0.01."}
{"words": ["G", ".", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "stimulated", "for", "96", "h", "with", "anti", "-", "CD3", ",", "anti", "-", "CD28", "and", "anti", "-", "CD49d", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATM", "inhibitor", "(", "KU", ",", "upper", "panel", ")", "or", "GSNOR", "inhibitor", "(", "N6022", ",", "bottom", "panel", ")", ".", "Cell", "death", "was", "assessed", "cytofluorometrically", "upon", "staining", "with", "Annexin", "V", "(", "AnV", ")", "and", "PI", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "of", "AnV", "+", "/", "PI", "+", "cells", "relative", "to", "control", "(", "CD4", "+", "without", "inhibitor", ",", "vehicle", ",", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G. CD4+ T cells were stimulated for 96 h with anti-CD3, anti-CD28 and anti-CD49d in the presence or absence of ATM inhibitor (KU, upper panel) or GSNOR inhibitor (N6022, bottom panel). Cell death was assessed cytofluorometrically upon staining with Annexin V (AnV) and PI. Values are expressed as fold change of AnV+/PI+ cells relative to control (CD4+ without inhibitor, vehicle, arbitrarily set to 1) and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 4 independent experiments. *p<0.05; ***p<0.001. "}
{"words": ["G", ".", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "stimulated", "for", "96", "h", "with", "anti", "-", "CD3", ",", "anti", "-", "CD28", "and", "anti", "-", "CD49d", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATM", "inhibitor", "(", "KU", ",", "upper", "panel", ")", "or", "GSNOR", "inhibitor", "(", "N6022", ",", "bottom", "panel", ")", ".", "Cell", "death", "was", "assessed", "cytofluorometrically", "upon", "staining", "with", "Annexin", "V", "(", "AnV", ")", "and", "PI", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "of", "AnV", "+", "/", "PI", "+", "cells", "relative", "to", "control", "(", "CD4", "+", "without", "inhibitor", ",", "vehicle", ",", "arbitrarily", "set", "to", "1", ")", "and", "graphed", "as", "boxes", "(", "25th", "-", "75th", "interquartile", "range", ")", "and", "whiskers", "(", "minimum", "to", "maximum", "showing", "all", "points", ")", ",", "with", "central", "bands", "representing", "the", "median", "of", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. CD4+ T cells were stimulated for 96 h with anti-CD3, anti-CD28 and anti-CD49d in the presence or absence of ATM inhibitor (KU, upper panel) or GSNOR inhibitor (N6022, bottom panel). Cell death was assessed cytofluorometrically upon staining with Annexin V (AnV) and PI. Values are expressed as fold change of AnV+/PI+ cells relative to control (CD4+ without inhibitor, vehicle, arbitrarily set to 1) and graphed as boxes (25th-75th interquartile range) and whiskers (minimum to maximum showing all points), with central bands representing the median of n = 4 independent experiments. *p<0.05; ***p<0.001."}
{"words": ["H", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "populations", "of", "stimulated", "(", "proliferating", ")", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "identified", "cytofluorometrically", "and", "included", "in", "rectangles", ".", "Values", "(", "as", "%", "of", "total", "population", ")", "are", "shown", "in", "red", "in", "each", "representative", "plot", "identify", "and", "summed", "up", "in", "a", "graph", "as", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H. In the same experimental settings, populations of stimulated (proliferating) CD4+ T cells were identified cytofluorometrically and included in rectangles. Values (as % of total population) are shown in red in each representative plot identify and summed up in a graph as the means ± SD of n = 3 independent experiments. *p<0.05; ***p<0.001. "}
{"words": ["H", ".", "In", "the", "same", "experimental", "settings", ",", "populations", "of", "stimulated", "(", "proliferating", ")", "CD4", "+", "T", "cells", "were", "identified", "cytofluorometrically", "and", "included", "in", "rectangles", ".", "Values", "(", "as", "%", "of", "total", "population", ")", "are", "shown", "in", "red", "in", "each", "representative", "plot", "identify", "and", "summed", "up", "in", "a", "graph", "as", "the", "means", "±", "SD", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. In the same experimental settings, populations of stimulated (proliferating) CD4+ T cells were identified cytofluorometrically and included in rectangles. Values (as % of total population) are shown in red in each representative plot identify and summed up in a graph as the means ± SD of n = 3 independent experiments. *p<0.05; ***p<0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "T2", "-", "weighted", "MR", "images", "in", "coronal", "plane", "show", "abscess", "formation", "in", "the", "left", "lower", "pulmonary", "lobe", "(", "upper", "panel", ")", "and", "in", "spleen", "and", "left", "axilla", "(", "lower", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) T2-weighted MR images in coronal plane show abscess formation in the left lower pulmonary lobe (upper panel) and in spleen and left axilla (lower panel)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Histological", "sections", "of", "patient", "biopsies", "stained", "with", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "left", "panel", ")", "or", "with", "an", "actin", "antibody", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "skin", ":", "left", "1000µm", ",", "right", "100µm", ";", "lung", ":", "left", "500µm", ",", "right", "250µm", ";", "spleen", ":", "left", "1000µm", ",", "right", "75µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Histological sections of patient biopsies stained with hematoxylin and eosin (left panel) or with an actin antibody (right panel). Scale bars: skin: left 1000µm, right 100µm; lung: left 500µm, right 250µm; spleen: left 1000µm, right 75µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Expression", "of", "indicated", "proteins", "was", "determined", "by", "western", "blot", "in", "patient", "-", "derived", "and", "control", "fibroblasts", "and", "B", "cells", "and", "A549", "OTULIN", "WT", "and", "KO", "cells", ".", "One", "representative", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Expression of indicated proteins was determined by western blot in patient-derived and control fibroblasts and B cells and A549 OTULIN WT and KO cells. One representative out of three independent experiments is shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "FLAG", "-", "tagged", "tandem", "ubiquitin", "binding", "entity", "(", "TUBE", ")", "assay", "was", "performed", "to", "pull", "down", "linear", "ubiquitin", "linkages", "in", "patient", "-", "derived", "and", "control", "fibroblasts", "and", "B", "cells", ".", "One", "representative", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) FLAG-tagged tandem ubiquitin binding entity (TUBE) assay was performed to pull down linear ubiquitin linkages in patient-derived and control fibroblasts and B cells. One representative out of three independent experiments is shown."}
{"words": ["Biochemical", "characterization", "of", "recombinant", "OTULIN", "variants", "by", "means", "of", "differential", "scanning", "fluorimetry", "(", "DSF", ")", "A", ")", "DSF", "measurements", "with", "OTULINWT", ",", "OTULINM86I", "or", "OTULINW167S", ".", "Melting", "temperatures", "(", "Tm", ")", "are", "calculated", "from", "five", "independent", "experiments", "with", "standard", "deviations", ".", "*", ",", "P", "=", "0", ".", "011", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "=", "6", ".", "64x10", "-", "18", ",", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Biochemical characterization of recombinant OTULIN variants by means of differential scanning fluorimetry (DSF) A) DSF measurements with OTULINWT, OTULINM86I or OTULINW167S. Melting temperatures (Tm) are calculated from five independent experiments with standard deviations. *, P = 0.011; ****, P = 6.64x10-18, unpaired t-test."}
{"words": ["Biochemical", "characterization", "of", "recombinant", "OTULIN", "variants", "by", "means", "of", "surface", "plasmon", "resonance", "(", "SPR", ")", "measurements", "(", "B", ")", "SPR", "measurements", "and", "steady", "-", "state", "binding", "curves", "with", "calculated", "dissociation", "constants", "(", "Kd", ")", "after", "injection", "of", "a", "concentration", "series", "of", "OTULINC129A", ",", "OTULINC129A", "/", "M86I", "or", "OTULINC129A", "/", "W167S", "to", "CM5", "-", "immobilized", "di", "-", "ubiquitin", "chains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "Biochemical characterization of recombinant OTULIN variants by means of surface plasmon resonance (SPR) measurements (B) SPR measurements and steady-state binding curves with calculated dissociation constants (Kd) after injection of a concentration series of OTULINC129A, OTULINC129A/M86I or OTULINC129A/W167S to CM5-immobilized di-ubiquitin chains."}
{"words": ["(", "C", ")", "Linear", "ubiquitin", "linkages", "isolated", "from", "A549", "OTULIN", "KO", "cells", "by", "M1", "TUBE", "assay", "were", "incubated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "recombinant", "OTULINWT", ",", "OTULINM86I", "and", "OTULINW167S", "or", "catalytically", "inactive", "OTULINC129A", "as", "control", "for", "1", "hour", ".", "Afterwards", ",", "samples", "were", "subjected", "to", "analysis", "by", "western", "blot", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "Images", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Linear ubiquitin linkages isolated from A549 OTULIN KO cells by M1 TUBE assay were incubated with increasing concentrations of recombinant OTULINWT, OTULINM86I and OTULINW167S or catalytically inactive OTULINC129A as control for 1 hour. Afterwards, samples were subjected to analysis by western blot for the indicated proteins. Images are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "A549", "OTULIN", "KO", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "or", "different", "OTULIN", "constructs", "as", "indicated", "and", "analyzed", "by", "western", "blot", ".", "(", "D", ")", "FLAG", "-", "tagged", "tandem", "ubiquitin", "binding", "entity", "(", "TUBE", ")", "assay", "was", "performed", "in", "B", "cells", "from", "control", ",", "patient", ",", "mother", "and", "father", "to", "pull", "down", "linear", "ubiquitin", "linkages", ".", "One", "representative", "(", "A", "-", "D", ")", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A - C) A549 OTULIN KO cells were transfected with empty vector or different OTULIN constructs as indicated and analyzed by western blot. (D) FLAG-tagged tandem ubiquitin binding entity (TUBE) assay was performed in B cells from control, patient, mother and father to pull down linear ubiquitin linkages. One representative (A - D) of three independent experiments is shown."}
{"words": ["Patient", "-", "derived", "and", "control", "fibroblasts", "were", "used", ".", "(", "A", ")", "FLAG", "-", "tagged", "tandem", "ubiquitin", "binding", "entity", "(", "TUBE", ")", "assay", "was", "performed", "to", "pull", "down", "linear", "ubiquitin", "linkages", "upon", "stimulation", "with", "500ng", "/", "ml", "TNF", ".", "(", "B", ")", "The", "TNFR1", "-", "SC", "was", "isolated", "using", "500ng", "/", "ml", "TAP", "-", "TNF", ".", "(", "C", ")", "Cells", "were", "stimulated", "with", "100ng", "/", "ml", "TNF", "for", "the", "indicated", "times", "and", "analyzed", "by", "western", "blot", ".", "One", "representative", "(", "A", "-", "C", ")", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Patient-derived and control fibroblasts were used. (A) FLAG-tagged tandem ubiquitin binding entity (TUBE) assay was performed to pull down linear ubiquitin linkages upon stimulation with 500ng/ml TNF. (B) The TNFR1-SC was isolated using 500ng/ml TAP-TNF. (C) Cells were stimulated with 100ng/ml TNF for the indicated times and analyzed by western blot. One representative (A - C) of three independent experiments is shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "B", "cells", "were", "incubated", "with", "50µg", "/", "ml", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "times", "and", "subjected", "to", "analysis", "by", "western", "blot", ".", "One", "representative", "(", "left", "panel", ")", "out", "of", "4", "individual", "experiments", "analyzed", "by", "densitometry", "(", "right", "panel", ")", "is", "shown", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", ",", "P", "=", "0", ".", "02", ",", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) B cells were incubated with 50µg/ml cycloheximide (CHX) for the indicated times and subjected to analysis by western blot. One representative (left panel) out of 4 individual experiments analyzed by densitometry (right panel) is shown. Data are presented as mean ± SD. *, P = 0.02, unpaired t-test."}
{"words": ["(", "G", ")", "Fibroblasts", "were", "incubated", "with", "50µg", "/", "ml", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "or", "DMSO", "and", "stimulated", "with", "TNF", "as", "indicated", ".", "Viability", "was", "measured", "after", "24", "hours", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "of", "5", "individual", "experiments", "performed", "in", "three", "technical", "replicates", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "=", "0", ".", "0008", ",", "mixed", "-", "effects", "analysis", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Fibroblasts were incubated with 50µg/ml cycloheximide (CHX) or DMSO and stimulated with TNF as indicated. Viability was measured after 24 hours. Data are presented as mean ± SD of 5 individual experiments performed in three technical replicates; ***, P = 0.0008, mixed-effects analysis with Tukey's multiple comparisons test."}
{"words": ["Paneth", "cell", "quantification", "on", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "duodenum", "(", "Duo", ")", "and", "Ileum", "(", "Ile", ")", ".", "Left", "panel", ":", "Representative", "images", "of", "Lendrum", "'", "s", "staining", "that", "evidence", "Paneth", "cell", "granules", ".", "Arrows", "show", "differentiated", "Paneth", "cells", ".", "Right", "panel", ":", "quantification", "of", "the", "Paneth", "cells", "per", "10", "intervilli", "regions", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Paneth cell quantification on Lgr5-DTReGFP duodenum (Duo) and Ileum (Ile). Left panel: Representative images of Lendrum's staining that evidence Paneth cell granules. Arrows show differentiated Paneth cells. Right panel: quantification of the Paneth cells per 10 intervilli regions. Each symbol indicates the value for a given embryo."}
{"words": ["Expression", "analysis", "by", "qRT", "-", "PCR", "of", "the", "indicated", "Paneth", "cell", "markers", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "ileums", "(", "n", "=", "8", "WT", ",", "12", "HE", ",", "10", "KO", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression analysis by qRT-PCR of the indicated Paneth cell markers in Lgr5-DTReGFP ileums (n= 8 WT, 12 HE, 10 KO)."}
{"words": ["X", "-", "gal", "staining", "in", "Axin2Lac", "/", "+", "-", "Lgr5", "-", "GFP", "-", "CreERT2", "WT", "or", "KO", "ileums", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "X-gal staining in Axin2Lac/+-Lgr5-GFP-CreERT2 WT or KO ileums."}
{"words": ["Gene", "expression", "analysis", "by", "qRT", "-", "PCR", "of", "stem", "cell", "markers", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "ileums", "(", "n", "=", "3", "WT", ",", "6", "HE", ",", "6", "KO", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Gene expression analysis by qRT-PCR of stem cell markers in Lgr5-DTReGFP ileums (n= 3 WT, 6 HE, 6 KO)."}
{"words": ["FACS", "quantification", "of", "the", "number", "of", "eGFP", "+", "ve", "(", "ISC", ")", "cells", "per", "small", "intestine", "at", "the", "indicated", "developmental", "stages", "in", "Lgr5", "HEs", "and", "Lgr5", "KOs", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "embryo", ".", "Mean", "value", "for", "each", "group", "is", "depicted", "on", "the", "graph", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS quantification of the number of eGFP+ve (ISC) cells per small intestine at the indicated developmental stages in Lgr5 HEs and Lgr5 KOs. Each symbol indicates the value for a given embryo. Mean value for each group is depicted on the graph."}
{"words": ["Plating", "efficiency", "of", "ex", "vivo", "cultured", "E18", ".", "5", "small", "intestines", "quantified", "6", "days", "after", "initial", "seeding", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Plating efficiency of ex vivo cultured E18.5 small intestines quantified 6 days after initial seeding. Each symbol indicates the value for a given embryo."}
{"words": ["Influence", "of", "mouse", "Rspondin", "1", "concentration", "on", "growth", "of", "replated", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "WT", "and", "Lgr5", "KO", "organoids", "after", "5", "days", "of", "culture", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Influence of mouse Rspondin 1 concentration on growth of replated Lgr5-DTReGFP WT and Lgr5 KO organoids after 5 days of culture."}
{"words": ["Paneth", "cell", "quantification", "on", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "ileums", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Paneth cell quantification on Lgr5-DTReGFP ileums. Each symbol indicates the value for a given embryo."}
{"words": ["Immunofluorescence", "showing", "Olfm4", "+", "ve", "cells", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "duodenums", ".", "Cell", "membranes", "are", "shown", "with", "b", "-", "catenin", "and", "nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", ".", "Quantification", "of", "Olfm4", "+", "ve", "cells", "per", "intervilli", "regions", "in", "duodenum", "and", "ileum", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence showing Olfm4+ve cells in Lgr5-DTReGFP duodenums. Cell membranes are shown with b-catenin and nuclei were counterstained with DAPI. Quantification of Olfm4+ve cells per intervilli regions in duodenum and ileum. Each symbol indicates the value for a given embryo."}
{"words": ["Axin2", "expression", "levels", "detected", "by", "RNAscope", "on", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "proximal", "intestine", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Axin2 expression levels detected by RNAscope on Lgr5-DTReGFP proximal intestine."}
{"words": ["Gene", "expression", "analysis", "by", "qRT", "-", "PCR", "of", "stem", "cell", "and", "differentiation", "markers", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "ileums", "(", "vehicle", "-", "treated", ":", "7", "WT", "and", "7", "KO", ";", "LGK974", "-", "treated", ":", "3", "WT", "and", "7", "KO", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Gene expression analysis by qRT-PCR of stem cell and differentiation markers in Lgr5-DTReGFP ileums (vehicle-treated: 7 WT and 7 KO; LGK974-treated: 3 WT and 7 KO)."}
{"words": ["Representative", "pictures", "of", "lineage", "tracing", "in", "Lgr5", "-", "expressing", "or", "Lgr5", "cKO", "intestine", "after", "10", "days", "of", "chase", "and", "quantification", "of", "the", "number", "of", "traced", "clones", "per", "recombined", "surface", "at", "PN18", "(", "ileum", ")", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative pictures of lineage tracing in Lgr5-expressing or Lgr5 cKO intestine after 10 days of chase and quantification of the number of traced clones per recombined surface at PN18 (ileum). Each symbol indicates the value for a given mouse."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "pictures", "showing", "Paneth", "cells", "(", "Plyz", "+", "ve", ")", "in", "traced", "clones", "(", "RFP", "+", "ve", ")", "from", "control", "(", "Lgr5Cre", "/", "+", ")", "and", "cKO", "(", "Lgr5Cre", "/", "flox", ")", "PN18", "and", "adult", "ileums", ".", "Arrow", "heads", "point", "to", "Plyz", "+", "ve", "cells", "in", "traced", "clones", ".", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Paneth", "cell", "number", "per", "recombined", "RFP", "+", "ve", "crypt", "on", "control", "and", "cKO", "ileums", "in", "PN18", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "a", "given", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence pictures showing Paneth cells (Plyz+ve) in traced clones (RFP+ve) from control (Lgr5Cre/+) and cKO (Lgr5Cre/flox) PN18 and adult ileums. Arrow heads point to Plyz+ve cells in traced clones. Quantification of the number of Paneth cell number per recombined RFP+ve crypt on control and cKO ileums in PN18. Each symbol indicates the value for a given mouse."}
{"words": ["ISC", "(", "eGFP", "+", "ve", ")", "cells", "were", "FACS", "-", "sorted", "from", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "embryos", "at", "E16", ".", "5", "and", "subjected", "to", "RNAseq", "analysis", ".", "Heatmap", "of", "differentially", "regulated", "genes", "in", "HE", "and", "KO", "ISCs", "at", "E16", ".", "5", ".", "Biological", "replicates", "for", "RNAseq", "experiments", "on", "ISC", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "E16", ".", "5", "independent", "embryonic", "pools", ",", "each", "obtained", "from", "independent", "litters", "(", "n", "=", "2", "HE", ",", "2", "KO", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ISC (eGFP+ve) cells were FACS-sorted from Lgr5-DTReGFP embryos at E16.5 and subjected to RNAseq analysis. Heatmap of differentially regulated genes in HE and KO ISCs at E16.5. Biological replicates for RNAseq experiments on ISC Lgr5-DTReGFP E16.5 independent embryonic pools, each obtained from independent litters (n= 2 HE, 2 KO)"}
{"words": ["Compared", "Hallmarks", "for", "upregulated", "and", "downregulated", "genes", "in", "the", "transcriptome", "of", "E16", ".", "5", "Lgr5", "KOs", "vs", "E16", ".", "5", "HEs", ",", "adult", "HEs", "vs", "E18", ".", "5", "HE", "embryos", "and", "adult", "Lgr5", "-", "Cre", "cKO", "vs", "HEs", ".", "*", "Asterisks", "refer", "to", "given", "pathways", "for", "which", "differentially", "modulated", "genes", "were", "found", "upregulated", "and", "downregulated", ".", "Right", "panels", ":", "GSEA", "showing", "enrichment", "of", "the", "epithelial", "to", "mesenchymal", "transition", "(", "EMT", ")", "data", "set", "in", "E16", ".", "5", "Lgr5", "KOs", "vs", "E16", ".", "5", "HEs", ",", "adult", "HEs", "vs", "E18", ".", "5", "HE", "embryos", ",", "and", "adult", "Lgr5", "cKO", "vs", "adult", "HE", "modulated", "genes", ".", "NES", ":", "Normalized", "Enrichment", "Score", ".", "Biological", "replicates", "for", "RNAseq", "experiments", "on", "ISC", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "E16", ".", "5", "independent", "embryonic", "pools", ",", "each", "obtained", "from", "independent", "litters", "(", "n", "=", "2", "HE", ",", "2", "KO", ")", ";", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "E18", ".", "5", "individual", "embryos", "(", "n", "=", "2", "HE", ")", "and", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "adult", "individual", "animals", "(", "n", "=", "2", "HE", ")", ";", "Lgr5", "-", "Cre", "/", "flox", "adult", "individual", "animals", "(", "n", "=", "2", "HE", ",", "3", "cKO", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Compared Hallmarks for upregulated and downregulated genes in the transcriptome of E16.5 Lgr5 KOs vs E16.5 HEs, adult HEs vs E18.5 HE embryos and adult Lgr5-Cre cKO vs HEs. * Asterisks refer to given pathways for which differentially modulated genes were found upregulated and downregulated. Right panels: GSEA showing enrichment of the epithelial to mesenchymal transition (EMT) data set in E16.5 Lgr5 KOs vs E16.5 HEs, adult HEs vs E18.5 HE embryos, and adult Lgr5 cKO vs adult HE modulated genes. NES: Normalized Enrichment Score. Biological replicates for RNAseq experiments on ISC Lgr5-DTReGFP E16.5 independent embryonic pools, each obtained from independent litters (n= 2 HE, 2 KO); Lgr5-DTReGFP E18.5 individual embryos (n=2 HE) and Lgr5-DTReGFP adult individual animals (n=2 HE); Lgr5-Cre/flox adult individual animals (n= 2 HE, 3 cKO)."}
{"words": ["Expression", "levels", "of", "genes", "commonly", "downregulated", "in", "ISCs", "of", "Lgr5", "KOs", "vs", "Lgr5", "HEs", "at", "E16", ".", "5", "and", "Lgr5", "adult", "vs", "E18", ".", "5", "HEs", ".", "RPKM", ":", "reads", "per", "kilobase", "of", "transcript", "per", "million", "mapped", "reads", ".", "Below", ":", "GeneOntology", "analysis", "of", "downregulated", "genes", "identified", "in", "the", "Epithelial", "Mesenchymal", "Transition", "Gene", "Set", "(", "Hallmark", "MSigDB", "collection", ")", ".", "Biological", "replicates", "for", "RNAseq", "experiments", "on", "ISC", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "E16", ".", "5", "independent", "embryonic", "pools", ",", "each", "obtained", "from", "independent", "litters", "(", "n", "=", "2", "HE", ",", "2", "KO", ")", ";", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "E18", ".", "5", "individual", "embryos", "(", "n", "=", "2", "HE", ")", "and", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "adult", "individual", "animals", "(", "n", "=", "2", "HE", ")", ";", "Lgr5", "-", "Cre", "/", "flox", "adult", "individual", "animals", "(", "n", "=", "2", "HE", ",", "3", "cKO", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "means", "±", "sem", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression levels of genes commonly downregulated in ISCs of Lgr5 KOs vs Lgr5 HEs at E16.5 and Lgr5 adult vs E18.5 HEs. RPKM: reads per kilobase of transcript per million mapped reads. Below: GeneOntology analysis of downregulated genes identified in the Epithelial Mesenchymal Transition Gene Set (Hallmark MSigDB collection). Biological replicates for RNAseq experiments on ISC Lgr5-DTReGFP E16.5 independent embryonic pools, each obtained from independent litters (n= 2 HE, 2 KO); Lgr5-DTReGFP E18.5 individual embryos (n=2 HE) and Lgr5-DTReGFP adult individual animals (n=2 HE); Lgr5-Cre/flox adult individual animals (n= 2 HE, 3 cKO). Data are represented as means ± sem (C)."}
{"words": ["Expression", "profile", "of", "Col1a1", ",", "Zeb2", "and", "Cxcl10", "genes", "detected", "by", "RNAscope", "in", "embryonic", "and", "adult", "intestines", ".", "Insets", "with", "higher", "magnification", "are", "depicted", "on", "the", "right", "of", "each", "corresponding", "picture", ",", "boundaries", "between", "epithelium", "and", "mesenchyme", "are", "shown", "with", "dotted", "lines", "and", "arrows", "point", "to", "epithelial", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression profile of Col1a1, Zeb2 and Cxcl10 genes detected by RNAscope in embryonic and adult intestines. Insets with higher magnification are depicted on the right of each corresponding picture, boundaries between epithelium and mesenchyme are shown with dotted lines and arrows point to epithelial expression."}
{"words": ["Expression", "of", "Axin2", ",", "Lgr5", ",", "Lgr4", ",", "Rspo1", ",", "Rspo2", ",", "Rspo3", "and", "Rspo4", "genes", "was", "analyzed", "on", "E15", ",", "E16", ".", "5", "and", "adult", "stages", "by", "RNAscope", ".", "Arrows", "evidence", "expressing", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of Axin2, Lgr5, Lgr4, Rspo1, Rspo2, Rspo3 and Rspo4 genes was analyzed on E15, E16.5 and adult stages by RNAscope. Arrows evidence expressing cells."}
{"words": ["Representative", "pictures", "showing", "the", "influence", "of", "mouse", "Rspondin", "type", "and", "concentration", "on", "growth", "of", "replated", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "WT", "and", "Lgr5", "KO", "organoids", "after", "4", "days", "of", "culture", ".", "Arrows", "show", "alive", "elements", "and", "arrow", "heads", "dead", "elements", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative pictures showing the influence of mouse Rspondin type and concentration on growth of replated Lgr5-DTReGFP WT and Lgr5 KO organoids after 4 days of culture. Arrows show alive elements and arrow heads dead elements."}
{"words": ["Organoid", "morphology", "depends", "on", "Rspondin", "ligand", "type", "and", "concentration", ".", "Left", "panel", ":", "growth", "quantified", "as", "the", "percentage", "of", "elements", "present", "at", "day1", "surviving", "at", "day4", ".", "A", "mean", "of", "100", "elements", "were", "analyzed", "per", "sample", "and", "per", "condition", "(", "n", ":", "4", "WT", ",", "2", "KO", "organoid", "culture", "samples", ",", "each", "originating", "from", "a", "given", "embryo", ")", ".", "Right", "panel", ":", "organoid", "complexity", "measured", "by", "branching", "coefficient", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "of", "a", "given", "organoid", "(", "analysis", "was", "done", "on", "4", "WT", "and", "2", "KO", "organoid", "culture", "samples", ",", "each", "originating", "from", "a", "given", "embryo", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Organoid morphology depends on Rspondin ligand type and concentration. Left panel: growth quantified as the percentage of elements present at day1 surviving at day4. A mean of 100 elements were analyzed per sample and per condition (n: 4 WT, 2 KO organoid culture samples, each originating from a given embryo). Right panel: organoid complexity measured by branching coefficient. Each symbol indicates the value of a given organoid (analysis was done on 4 WT and 2 KO organoid culture samples, each originating from a given embryo)."}
{"words": ["Heatmap", "showing", "the", "impact", "of", "Rspondin", "type", "and", "concentration", "(", "ng", "/", "ml", ")", "on", "relative", "Wnt", "target", "gene", "expression", "(", "list", "from", "the", "Sansom", "APC", "data", "set", ")", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "WT", "and", "KO", "organoids", "analyzed", "by", "RNAseq", "(", "n", "=", "3", "WT", "and", "2", "organoid", "culture", "samples", ",", "each", "originating", "from", "a", "given", "embryo", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap showing the impact of Rspondin type and concentration (ng/ml) on relative Wnt target gene expression (list from the Sansom APC data set) in Lgr5-DTReGFP WT and KO organoids analyzed by RNAseq (n= 3 WT and 2 organoid culture samples, each originating from a given embryo)."}
{"words": ["Gene", "expression", "analysis", "by", "qRT", "-", "PCR", "of", "stem", "cell", "markers", "in", "Lgr5", "-", "DTREeGFP", "WT", "and", "KO", "organoids", "after", "5", "days", "of", "culture", "(", "expression", "relative", "to", "reference", "genes", ")", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "an", "organoid", "culture", "originated", "from", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Gene expression analysis by qRT-PCR of stem cell markers in Lgr5-DTREeGFP WT and KO organoids after 5 days of culture (expression relative to reference genes). Each symbol indicates the value for an organoid culture originated from a given embryo."}
{"words": ["Immunofluorescence", "showing", "Olfm4", "+", "ve", "cells", "in", "Lgr5", "-", "DTReGFP", "WT", "and", "KO", "organoids", "cultured", "in", "Rspo2", "conditions", ".", "Epithelium", "is", "delineated", "with", "b", "-", "catenin", "and", "nuclei", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "Merge", ")", ".", "Insets", ":", "white", "arrowheads", "evidence", "Olfm4", "+", "ve", "cells", "concentrated", "in", "organoid", "protrusions", ".", "Quantification", "of", "Olfm4", "+", "ve", "area", "with", "respect", "to", "the", "total", "epithelial", "area", ".", "Each", "symbol", "indicates", "the", "value", "for", "an", "organoid", "culture", "originating", "from", "a", "given", "embryo", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence showing Olfm4+ve cells in Lgr5-DTReGFP WT and KO organoids cultured in Rspo2 conditions. Epithelium is delineated with b-catenin and nuclei counterstained with DAPI (Merge). Insets: white arrowheads evidence Olfm4+ve cells concentrated in organoid protrusions. Quantification of Olfm4+ve area with respect to the total epithelial area. Each symbol indicates the value for an organoid culture originating from a given embryo."}
{"words": ["(", "A", ")", "PI3Kγ", "is", "expressed", "by", "human", "hepatocytes", "and", "infiltrating", "immune", "cells", "in", "biopsies", "from", "patients", "with", "minimal", "to", "mild", "inflammatory", "activity", ".", "Triangles", "point", "to", "immune", "cells", "(", "clusters", ")", ",", "including", "some", "neutrophils", "known", "to", "express", "PI3Kγ", "highly", ".", "In", "the", "negative", "control", ",", "the", "primary", "antibody", "was", "replaced", "by", "an", "equal", "volume", "buffer", ".", "The", "number", "of", "included", "patients", ",", "gender", ",", "and", "diagnosis", "are", "summarized"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) PI3Kγ is expressed by human hepatocytes and infiltrating immune cells in biopsies from patients with minimal to mild inflammatory activity. Triangles point to immune cells (clusters), including some neutrophils known to express PI3Kγ highly. In the negative control, the primary antibody was replaced by an equal volume buffer. The number of included patients, gender, and diagnosis are summarized "}
{"words": ["(", "A", ")", "PI3Kγ", "is", "expressed", "by", "human", "hepatocytes", "and", "infiltrating", "immune", "cells", "in", "biopsies", "from", "patients", "with", "minimal", "to", "mild", "inflammatory", "activity", ".", "Triangles", "point", "to", "immune", "cells", "(", "clusters", ")", ",", "including", "some", "neutrophils", "known", "to", "express", "PI3Kγ", "highly", ".", "In", "the", "negative", "control", ",", "the", "primary", "antibody", "was", "replaced", "by", "an", "equal", "volume", "buffer", ".", "The", "number", "of", "included", "patients", ",", "gender", ",", "and", "diagnosis", "are"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PI3Kγ is expressed by human hepatocytes and infiltrating immune cells in biopsies from patients with minimal to mild inflammatory activity. Triangles point to immune cells (clusters), including some neutrophils known to express PI3Kγ highly. In the negative control, the primary antibody was replaced by an equal volume buffer. The number of included patients, gender, and diagnosis are summarized"}
{"words": ["(", "B", ")", "PI3Kγ", "expression", "in", "human", "primary", "hepatocytes", "from", "20", "male", "(", "♂", ")", "or", "female", "(", "♀", ")", "donor", "pools", "(", "HEP", ",", "DP20", ")", ",", "but", "not", "non", "-", "parenchymal", "cells", "(", "NPC", ")", ".", "Isolated", "human", "leukocytes", "from", "healthy", "volunteers", "(", "LEU", ")", "served", "as", "positive", "controls", ".", "The", "characterization", "of", "the", "donor", "pools", "is", "summarized"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) PI3Kγ expression in human primary hepatocytes from 20 male (♂) or female (♀) donor pools (HEP, DP20), but not non-parenchymal cells (NPC). Isolated human leukocytes from healthy volunteers (LEU) served as positive controls. The characterization of the donor pools is summarized "}
{"words": ["(", "B", ")", "PI3Kγ", "expression", "in", "human", "primary", "hepatocytes", "from", "20", "male", "(", "♂", ")", "or", "female", "(", "♀", ")", "donor", "pools", "(", "HEP", ",", "DP20", ")", ",", "but", "not", "non", "-", "parenchymal", "cells", "(", "NPC", ")", ".", "Isolated", "human", "leukocytes", "from", "healthy", "volunteers", "(", "LEU", ")", "served", "as", "positive", "controls", ".", "The", "characterization", "of", "the", "donor", "pools", "is"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) PI3Kγ expression in human primary hepatocytes from 20 male (♂) or female (♀) donor pools (HEP, DP20), but not non-parenchymal cells (NPC). Isolated human leukocytes from healthy volunteers (LEU) served as positive controls. The characterization of the donor pools is summarized"}
{"words": ["(", "D", ")", "Survival", "of", "WT", ",", "PI3Kγ", "null", "(", "left", ")", "and", "liver", "-", "specific", "PI3Kγ", "knockout", "mice", "(", "PI3Kγ", "floxtg", "/", "tg", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ",", "middle", ")", "or", "systemic", "application", "of", "the", "PI3Kγ", "inhibitor", ",", "AS605240", "(", "right", ")", "in", "a", "model", "of", "polymicrobial", "sepsis", "induced", "by", "peritoneal", "contamination", "with", "a", "human", "stool", "suspension", ".", "Animal", "numbers", ":", "B6", ":", "86", "(", "%", "male", ":", "52", ",", "%", "female", ":", "48", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgko", "/", "ko", ":", "59", "(", "%", "male", ":", "51", ",", "%", "female", "49", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgflox", "/", "flox", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "68", ",", "%", "female", "32", ")", ",", "FVB", "/", "N", "Vehicle", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")", ",", "FVB", "/", "N", "AS", ":", "43", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "  (D) Survival of WT, PI3Kγ null (left) and liver-specific PI3Kγ knockout mice (PI3Kγ floxtg/tg x AlbCre(tg)/tg, middle) or systemic application of the PI3Kγ inhibitor, AS605240 (right) in a model of polymicrobial sepsis induced by peritoneal contamination with a human stool suspension. Animal numbers: B6: 86 (%male: 52, %female: 48), B6-Pi3kcgko/ko: 59 (%male: 51, %female 49), B6-Pi3kcgflox/flox x AlbCre(tg)/tg: 25 (%male: 68, %female 32), FVB/N Vehicle: 25 (%male: 44, %female 56), FVB/N AS: 43 (%male: 44, %female 56)  "}
{"words": ["(", "D", ")", "Survival", "of", "WT", ",", "PI3Kγ", "null", "(", "left", ")", "and", "liver", "-", "specific", "PI3Kγ", "knockout", "mice", "(", "PI3Kγ", "floxtg", "/", "tg", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ",", "middle", ")", "or", "systemic", "application", "of", "the", "PI3Kγ", "inhibitor", ",", "AS605240", "(", "right", ")", "in", "a", "model", "of", "polymicrobial", "sepsis", "induced", "by", "peritoneal", "contamination", "with", "a", "human", "stool", "suspension", ".", "Animal", "numbers", ":", "B6", ":", "86", "(", "%", "male", ":", "52", ",", "%", "female", ":", "48", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgko", "/", "ko", ":", "59", "(", "%", "male", ":", "51", ",", "%", "female", "49", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgflox", "/", "flox", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "68", ",", "%", "female", "32", ")", ",", "FVB", "/", "N", "Vehicle", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")", ",", "FVB", "/", "N", "AS", ":", "43", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Survival of WT, PI3Kγ null (left) and liver-specific PI3Kγ knockout mice (PI3Kγ floxtg/tg x AlbCre(tg)/tg, middle) or systemic application of the PI3Kγ inhibitor, AS605240 (right) in a model of polymicrobial sepsis induced by peritoneal contamination with a human stool suspension. Animal numbers: B6: 86 (%male: 52, %female: 48), B6-Pi3kcgko/ko: 59 (%male: 51, %female 49), B6-Pi3kcgflox/flox x AlbCre(tg)/tg: 25 (%male: 68, %female 32), FVB/N Vehicle: 25 (%male: 44, %female 56), FVB/N AS: 43 (%male: 44, %female 56) "}
{"words": ["(", "D", ")", "Survival", "of", "WT", ",", "PI3Kγ", "null", "(", "left", ")", "and", "liver", "-", "specific", "PI3Kγ", "knockout", "mice", "(", "PI3Kγ", "floxtg", "/", "tg", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ",", "middle", ")", "or", "systemic", "application", "of", "the", "PI3Kγ", "inhibitor", ",", "AS605240", "(", "right", ")", "in", "a", "model", "of", "polymicrobial", "sepsis", "induced", "by", "peritoneal", "contamination", "with", "a", "human", "stool", "suspension", ".", "Animal", "numbers", ":", "B6", ":", "86", "(", "%", "male", ":", "52", ",", "%", "female", ":", "48", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgko", "/", "ko", ":", "59", "(", "%", "male", ":", "51", ",", "%", "female", "49", ")", ",", "B6", "-", "Pi3kcgflox", "/", "flox", "x", "AlbCre", "(", "tg", ")", "/", "tg", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "68", ",", "%", "female", "32", ")", ",", "FVB", "/", "N", "Vehicle", ":", "25", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")", ",", "FVB", "/", "N", "AS", ":", "43", "(", "%", "male", ":", "44", ",", "%", "female", "56", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Survival of WT, PI3Kγ null (left) and liver-specific PI3Kγ knockout mice (PI3Kγ floxtg/tg x AlbCre(tg)/tg, middle) or systemic application of the PI3Kγ inhibitor, AS605240 (right) in a model of polymicrobial sepsis induced by peritoneal contamination with a human stool suspension. Animal numbers: B6: 86 (%male: 52, %female: 48), B6-Pi3kcgko/ko: 59 (%male: 51, %female 49), B6-Pi3kcgflox/flox x AlbCre(tg)/tg: 25 (%male: 68, %female 32), FVB/N Vehicle: 25 (%male: 44, %female 56), FVB/N AS: 43 (%male: 44, %female 56)"}
{"words": ["(", "C", ")", "Uptake", "characteristics", "of", "T", "-", "LipoAS", "by", "primary", "human", "hepatocytes", "demonstrate", "competitive", "inhibition", "by", "cyclosporin", "A", "-", "and", "energy", "dependence", ",", "confirming", "active", "uptake", "by", "organic", "anion", "transporters", "(", "OATPs", ")", ".", "The", "data", "points", "are", "depicted", "mean", "±", "SD", "from", "two", "batches", "of", "primary", "human", "hepatocytes", "in", "quadruples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Uptake characteristics of T-LipoAS by primary human hepatocytes demonstrate competitive inhibition by cyclosporin A- and energy dependence, confirming active uptake by organic anion transporters (OATPs). The data points are depicted mean ± SD from two batches of primary human hepatocytes in quadruples. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Uptake", "characteristics", "of", "T", "-", "LipoAS", "by", "primary", "human", "hepatocytes", "demonstrate", "competitive", "inhibition", "by", "cyclosporin", "A", "-", "and", "energy", "dependence", ",", "confirming", "active", "uptake", "by", "organic", "anion", "transporters", "(", "OATPs", ")", ".", "The", "data", "points", "are", "depicted", "mean", "±", "SD", "from", "two", "batches", "of", "primary", "human", "hepatocytes", "in", "quadruples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Uptake characteristics of T-LipoAS by primary human hepatocytes demonstrate competitive inhibition by cyclosporin A- and energy dependence, confirming active uptake by organic anion transporters (OATPs). The data points are depicted mean ± SD from two batches of primary human hepatocytes in quadruples."}
{"words": ["(", "F", ")", "T", "-", "LipoAS", "effectively", "inhibits", "fMLP", "-", "stimulated", "PI3Kγ", ",", "reflected", "by", "inhibiting", "AKT", "S473", "phosphorylation", "activity", "in", "hepatocytes", "from", "three", "different", "batchtes", ".", "The", "mean", "pAKT", "/", "AKT", "ratio", "and", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "were", "calculated", "for", "all", "experiments", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) T-LipoAS effectively inhibits fMLP-stimulated PI3Kγ, reflected by inhibiting AKT S473 phosphorylation activity in hepatocytes from three different batchtes. The mean pAKT/AKT ratio and standard deviation (SD) were calculated for all experiments separately. "}
{"words": ["(", "F", ")", "T", "-", "LipoAS", "effectively", "inhibits", "fMLP", "-", "stimulated", "PI3Kγ", ",", "reflected", "by", "inhibiting", "AKT", "S473", "phosphorylation", "activity", "in", "hepatocytes", "from", "three", "different", "batchtes", ".", "The", "mean", "pAKT", "/", "AKT", "ratio", "and", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "were", "calculated", "for", "all", "experiments", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) T-LipoAS effectively inhibits fMLP-stimulated PI3Kγ, reflected by inhibiting AKT S473 phosphorylation activity in hepatocytes from three different batchtes. The mean pAKT/AKT ratio and standard deviation (SD) were calculated for all experiments separately."}
{"words": ["(", "G", ")", "Episcopic", "imaging", "of", "mice", "treated", "with", "T", "-", "LipoAS", "for", "15", "or", "60", "min", "and", "relative", "concentration", "of", "the", "targeting", "moiety", "DY", "-", "635", "in", "the", "different", "compartments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Episcopic imaging of mice treated with T-LipoAS for 15 or 60 min and relative concentration of the targeting moiety DY-635 in the different compartments. "}
{"words": ["(", "G", ")", "Episcopic", "imaging", "of", "mice", "treated", "with", "T", "-", "LipoAS", "for", "15", "or", "60", "min", "and", "relative", "concentration", "of", "the", "targeting", "moiety", "DY", "-", "635", "in", "the", "different", "compartments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Episcopic imaging of mice treated with T-LipoAS for 15 or 60 min and relative concentration of the targeting moiety DY-635 in the different compartments."}
{"words": ["(", "B", "Pro", "-", "anti", "-", "inflammatory", "cytokines", "were", "analyzed", "in", "EDTA", "-", "plasma", "from", "peritoneal", "contamination", "and", "infection", "(", "PCI", ")", "and", "sham", "animals", ".", "#", "p", "<", "0", ".", "05", "against", "sham", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "as", "indicated", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "ANOVA", "with", "controlled", "false", "-", "discovery", "rates", "(", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B Pro- anti-inflammatory cytokines were analyzed in EDTA-plasma from peritoneal contamination and infection (PCI) and sham animals. #p<0.05 against sham, *p<0.05 as indicated; Kruskal-Wallis ANOVA with controlled false-discovery rates (Benjamini-Hochberg procedure). "}
{"words": ["(", "B", "Pro", "-", "anti", "-", "inflammatory", "cytokines", "were", "analyzed", "in", "EDTA", "-", "plasma", "from", "peritoneal", "contamination", "and", "infection", "(", "PCI", ")", "and", "sham", "animals", ".", "#", "p", "<", "0", ".", "05", "against", "sham", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "as", "indicated", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "ANOVA", "with", "controlled", "false", "-", "discovery", "rates", "(", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B Pro- anti-inflammatory cytokines were analyzed in EDTA-plasma from peritoneal contamination and infection (PCI) and sham animals. #p<0.05 against sham, *p<0.05 as indicated; Kruskal-Wallis ANOVA with controlled false-discovery rates (Benjamini-Hochberg procedure)."}
{"words": ["C", ")", "anti", "-", "inflammatory", "cytokines", "were", "analyzed", "in", "EDTA", "-", "plasma", "from", "peritoneal", "contamination", "and", "infection", "(", "PCI", ")", "and", "sham", "animals", ".", "#", "p", "<", "0", ".", "05", "against", "sham", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "as", "indicated", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "ANOVA", "with", "controlled", "false", "-", "discovery", "rates", "(", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C) anti-inflammatory cytokines were analyzed in EDTA-plasma from peritoneal contamination and infection (PCI) and sham animals. #p<0.05 against sham, *p<0.05 as indicated; Kruskal-Wallis ANOVA with controlled false-discovery rates (Benjamini-Hochberg procedure). "}
{"words": ["C", ")", "anti", "-", "inflammatory", "cytokines", "were", "analyzed", "in", "EDTA", "-", "plasma", "from", "peritoneal", "contamination", "and", "infection", "(", "PCI", ")", "and", "sham", "animals", ".", "#", "p", "<", "0", ".", "05", "against", "sham", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "as", "indicated", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", "ANOVA", "with", "controlled", "false", "-", "discovery", "rates", "(", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) anti-inflammatory cytokines were analyzed in EDTA-plasma from peritoneal contamination and infection (PCI) and sham animals. #p<0.05 against sham, *p<0.05 as indicated; Kruskal-Wallis ANOVA with controlled false-discovery rates (Benjamini-Hochberg procedure)."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Concentration", "of", "(", "F", ")", "neutrophils", "and", "(", "G", ")", "monocytes", "in", "2", "mL", "peritoneal", "lavage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F,G) Concentration of (F) neutrophils and (G) monocytes in 2 mL peritoneal lavage. "}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Concentration", "of", "(", "F", ")", "neutrophils", "and", "(", "G", ")", "monocytes", "in", "2", "mL", "peritoneal", "lavage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F,G) Concentration of (F) neutrophils and (G) monocytes in 2 mL peritoneal lavage."}
{"words": ["(", "A", ")", "Intravital", "microscopy", "of", "elimination", "of", "CDFDA", ",", "a", "fluorescent", "substrate", "subject", "to", "excretory", "elimination", "by", "hepatocytes", "via", "Mrp", "-", "2", ",", "allows", "direct", "visualization", "of", "excretory", "function", "in", "sham", "or", "septic", "(", "PCI", ")", "animals", "treated", "with", "vehicle", "or", "a", "hepatocyte", "-", "directed", "inhibitor", "of", "PI3Kγ", "(", "T", "-", "LipoAS", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": " (A) Intravital microscopy of elimination of CDFDA, a fluorescent substrate subject to excretory elimination by hepatocytes via Mrp-2, allows direct visualization of excretory function in sham or septic (PCI) animals treated with vehicle or a hepatocyte-directed inhibitor of PI3Kγ (T-LipoAS). "}
{"words": ["(", "A", ")", "Intravital", "microscopy", "of", "elimination", "of", "CDFDA", ",", "a", "fluorescent", "substrate", "subject", "to", "excretory", "elimination", "by", "hepatocytes", "via", "Mrp", "-", "2", ",", "allows", "direct", "visualization", "of", "excretory", "function", "in", "sham", "or", "septic", "(", "PCI", ")", "animals", "treated", "with", "vehicle", "or", "a", "hepatocyte", "-", "directed", "inhibitor", "of", "PI3Kγ", "(", "T", "-", "LipoAS", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "(A) Intravital microscopy of elimination of CDFDA, a fluorescent substrate subject to excretory elimination by hepatocytes via Mrp-2, allows direct visualization of excretory function in sham or septic (PCI) animals treated with vehicle or a hepatocyte-directed inhibitor of PI3Kγ (T-LipoAS)."}
{"words": ["a", "-", "e", ",", "Scanning", "electron", "microscopy", "(", "SEM", ")", "images", "of", "fly", "eyes", "expressing", "DTS7", "with", "or", "without", "the", "indicated", "HDAC6", "transgenes", ".", "Lower", "panels", ",", "magnification", "of", "ommatidia", ".", "a", ",", "Normal", "eyes", "in", "DTS7", "flies", "reared", "at", "22", " ", "°", "C", ".", "b", ",", "Rough", "eyes", "in", "DTS7", "flies", "reared", "at", "28", " ", "°", "C", ".", "c", ",", "d", ",", "Degeneration", "was", "suppressed", "by", "expression", "of", "Drosophila", "HDAC6", "(", "dHDAC6", ";", "c", ")", "or", "human", "HDAC6", "(", "hHDAC6", ";", "d", ")", ",", "but", "not", "a", "catalytically", "dead", "mutant", "of", "hHDAC6", "(", "cat", ".", "mut", ".", ";", "e", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a-e, Scanning electron microscopy (SEM) images of fly eyes expressing DTS7 with or without the indicated HDAC6 transgenes. Lower panels, magnification of ommatidia. a, Normal eyes in DTS7 flies reared at 22 °C. b, Rough eyes in DTS7 flies reared at 28 °C. c, d, Degeneration was suppressed by expression of Drosophila HDAC6 (dHDAC6; c) or human HDAC6 (hHDAC6; d), but not a catalytically dead mutant of hHDAC6 (cat. mut.; e)."}
{"words": ["f", "-", "j", ",", "SEM", "images", "of", "fly", "eyes", "expressing", "AR52", "with", "or", "without", "the", "indicated", "HDAC6", "transgenes", ".", "Lower", "panels", ",", "magnification", "of", "ommatidia", ".", "f", ",", "Normal", "eyes", "in", "AR52", "flies", "reared", "without", "(", "-", ")", "DHT", ".", "g", ",", "Rough", "eyes", "in", "AR52", "flies", "reared", "with", "(", "+", ")", "DHT", ".", "Degeneration", "was", "suppressed", "by", "expression", "of", "Drosophila", "HDAC6", "(", "h", ")", "or", "human", "HDAC6", "(", "i", ")", ",", "but", "not", "a", "catalytically", "dead", "mutant", "of", "human", "HDAC6", "(", "j", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "f-j, SEM images of fly eyes expressing AR52 with or without the indicated HDAC6 transgenes. Lower panels, magnification of ommatidia. f, Normal eyes in AR52 flies reared without (-) DHT. g, Rough eyes in AR52 flies reared with (+) DHT. Degeneration was suppressed by expression of Drosophila HDAC6 (h) or human HDAC6 (i), but not a catalytically dead mutant of human HDAC6 (j)."}
{"words": ["k", "-", "p", ",", "Detection", "of", "UPS", "reporter", "in", "imaginal", "eye", "discs", "from", "third", "-", "instar", "larvae", "by", "confocal", "microscopy", ".", "High", "level", "fluorescence", "was", "found", "in", "flies", "expressing", "GFP", "(", "k", ",", "positive", "control", ")", ",", "but", "fluorescence", "was", "barely", "detectable", "in", "control", "flies", "expressing", "CL1", "-", "GFP", "(", "l", ",", "negative", "control", ")", ".", "CL1", "-", "GFP", "accumulates", "in", "DTS7flies", "with", "temperature", "-", "dependent", "proteasome", "impairment", "(", "compare", "m", "to", "n", ")", "and", "in", "AR52flies", "with", "ligand", "-", "dependent", "degeneration", "(", "compare", "o", "to", "p", ")", ".", "The", "retinal", "phenotypes", "of", "200", "to", ">", "1", ",", "000", "flies", "of", "each", "genotype", "were", "examined", ".", "Quantitative", "analyses", "of", "eye", "phenotypes", "and", "proteasome", "impairment", "are", "presented", "in", "Supplementary", "Figs", "S2", "and", "S3", ",", "respectively", ".", "(", "DHT", ",", "dihydrotestosterone", ".", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "k-p, Detection of UPS reporter in imaginal eye discs from third-instar larvae by confocal microscopy. High level fluorescence was found in flies expressing GFP (k, positive control), but fluorescence was barely detectable in control flies expressing CL1-GFP (l, negative control). CL1-GFP accumulates in DTS7flies with temperature-dependent proteasome impairment (compare m to n) and in AR52flies with ligand-dependent degeneration (compare o to p). The retinal phenotypes of 200 to >1,000 flies of each genotype were examined. Quantitative analyses of eye phenotypes and proteasome impairment are presented in Supplementary Figs S2 and S3, respectively. (DHT, dihydrotestosterone.)"}
{"words": ["a", "-", "e", ",", "Representative", "examples", "of", "autophagic", "vacuoles", "detected", "by", "TEM", "in", "retinal", "sections", "used", "to", "generate", "the", "quantitative", "data", "shown", "in", "(", "f", ")", ".", "a", ",", "An", "autophagosome", "(", "red", "arrow", ")", "containing", "cytoplasmic", "contents", "in", "a", "photoreceptor", "neuron", "from", "an", "AR52fly", "reared", "on", "DHT", ".", "b", ",", "Higher", "magnification", "of", "the", "autophagosome", "in", "a", ".", "c", ",", "Multiple", "autophagolysosomes", "(", "red", "arrows", ")", "containing", "dense", ",", "amorphous", "material", "from", "an", "AR52fly", "reared", "on", "DHT", ".", "d", ",", "A", "juxtanuclear", "multilamellar", "body", "(", "red", "arrow", ")", "from", "a", "DTS7fly", "reared", "at", "28", " ", "°", "C", ".", "e", ",", "A", "multivesicular", "body", "(", "red", "arrow", ")", "from", "a", "DTS7fly", "reared", "at", "28", " ", "°", "C", ".", "f", ",", "A", "significant", "increase", "in", "the", "frequency", "of", "neurons", "with", "autophagic", "figures", "in", "DTS7", "flies", "reared", "at", "28", " ", "°", "C", "compared", "to", "those", "reared", "at", "22", " ", "°", "C", ",", "and", "in", "AR52", "flies", "reared", "on", "DHT", "compared", "to", "those", "reared", "off", "DHT", ".", "Data", "show", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "59", "-", "82", "neurons", "in", "5", "sections", "per", "condition", ".", "No", "accumulation", "of", "autophagic", "figures", "was", "found", "in", "AR12", "flies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "a-e, Representative examples of autophagic vacuoles detected by TEM in retinal sections used to generate the quantitative data shown in (f). a, An autophagosome (red arrow) containing cytoplasmic contents in a photoreceptor neuron from an AR52fly reared on DHT. b, Higher magnification of the autophagosome in a. c, Multiple autophagolysosomes (red arrows) containing dense, amorphous material from an AR52fly reared on DHT. d, A juxtanuclear multilamellar body (red arrow) from a DTS7fly reared at 28 °C. e, A multivesicular body (red arrow) from a DTS7fly reared at 28 °C. f, A significant increase in the frequency of neurons with autophagic figures in DTS7 flies reared at 28 °C compared to those reared at 22 °C, and in AR52 flies reared on DHT compared to those reared off DHT. Data show mean ± s.d., n = 59-82 neurons in 5 sections per condition. No accumulation of autophagic figures was found in AR12 flies."}
{"words": ["g", "-", "l", ",", "SEM", "images", "of", "fly", "eyes", "expressing", "the", "indicated", "transgenes", ".", "RNAi", "knockdown", "(", "KD", ")", "of", "atg6", "and", "atg12", "enhances", "degeneration", "in", "DTS7", "flies", "reared", "at", "28", " ", "°", "C", "(", "compare", "h", ",", "i", "to", "g", ")", "and", "AR52", "flies", "reared", "on", "DHT", "(", "compare", "k", ",", "l", "to", "j", ")", ".", "200", "to", ">", "1", ",", "000", "fly", "eyes", "of", "each", "genotype", "were", "examined", ".", "Quantitative", "analyses", "of", "eye", "phenotypes", "are", "presented", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "S2", ".", "(", "N", ",", "nucleus", ";", "Rh", ",", "rhabdomere", ".", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g-l, SEM images of fly eyes expressing the indicated transgenes. RNAi knockdown (KD) of atg6 and atg12 enhances degeneration in DTS7 flies reared at 28 °C (compare h, i to g) and AR52 flies reared on DHT (compare k, l to j). 200 to >1,000 fly eyes of each genotype were examined. Quantitative analyses of eye phenotypes are presented in Supplementary Fig. S2. (N, nucleus; Rh, rhabdomere.)"}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "d", ",", "Western", "blots", "from", "flies", "expressing", "the", "indicated", "transgenes", ".", "a", ",", "Steady", "state", "levels", "of", "AR52", "protein", "are", "reduced", "in", "flies", "overexpressing", "Drosophila", "HDAC6", ",", "but", "are", "elevated", "in", "flies", "in", "which", "atg6", "or", "atg12", "has", "been", "knocked", "down", ".", "b", ",", "Western", "blots", "showing", "the", "temporal", "profile", "of", "AR52", "protein", "monomer", "and", "high", "molecular", "weight", "aggregate", "levels", "after", "a", "brief", "pulse", "of", "expression", ".", "AR52", "protein", "became", "detectable", "by", "2", ".", "5", " ", "h", "after", "treatment", "with", "RU486", ",", "reached", "a", "peak", "at", "10", " ", "h", ",", "and", "then", "slowly", "decayed", ".", "c", ",", "A", "logarithmic", "plot", "of", "AR52", "/", "actin", "ratios", "was", "used", "to", "determine", "the", "line", "of", "best", "fit", "by", "regression", "analysis", "(", "y", "=", "Ae", "-", "Kx", ")", ".", "R2", "=", "0", ".", "9117", "(", "AR52", "-", "DHT", ")", ",", "R2", "=", "0", ".", "7808", "(", "AR52", "+", "DHT", ")", ",", "R2", "=", "0", ".", "9719", "(", "HDAC6", "+", "(", "AR52", "-", "DHT", ")", ")", ",", "R2", "=", "0", ".", "9644", "(", "HDAC6", "+", "(", "AR52", "+", "DHT", ")", ")", ".", "Half", "-", "life", "was", "determined", "by", "the", "slope", "of", "the", "best", "fit", "line", "with", "the", "equation", "t1", "/", "2", "=", "0", ".", "693", "/", "K", ".", "Half", "-", "life", "of", "AR52", "in", "vivo", "was", "reduced", "∼", "2", "-", "fold", "in", "flies", "co", "-", "expressing", "Drosophila", "HDAC6", "and", "did", "not", "differ", "significantly", "in", "the", "presence", "(", "broken", "lines", ")", "or", "absence", "(", "solid", "lines", ")", "of", "DHT", ".", "Plots", "of", "the", "mean", "AR52", "/", "actin", "ratios", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "S12", ".", "d", ",", "Flies", "co", "-", "expressing", "Drosophila", "HDAC6", "showed", "a", "nearly", "identical", "profile", "of", "induced", "expression", "as", "in", "b", ",", "but", "AR", "protein", "decayed", "at", "an", "accelerated", "rate", ".", "Exogenous", "Drosophila", "HDAC6", "was", "detected", "by", "immunoblot", "against", "the", "V5", "epitope", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, d, Western blots from flies expressing the indicated transgenes. a, Steady state levels of AR52 protein are reduced in flies overexpressing Drosophila HDAC6, but are elevated in flies in which atg6 or atg12 has been knocked down. b, Western blots showing the temporal profile of AR52 protein monomer and high molecular weight aggregate levels after a brief pulse of expression. AR52 protein became detectable by 2.5 h after treatment with RU486, reached a peak at 10 h, and then slowly decayed. c, A logarithmic plot of AR52/actin ratios was used to determine the line of best fit by regression analysis (y = Ae-Kx). R2 = 0.9117 (AR52 - DHT), R2 = 0.7808 (AR52 + DHT), R2 = 0.9719 (HDAC6 + (AR52 - DHT)), R2 = 0.9644 (HDAC6 + (AR52 + DHT)). Half-life was determined by the slope of the best fit line with the equation t1/2 = 0.693/K. Half-life of AR52 in vivo was reduced ∼2-fold in flies co-expressing Drosophila HDAC6 and did not differ significantly in the presence (broken lines) or absence (solid lines) of DHT. Plots of the mean AR52/actin ratios are shown in Supplementary Fig. S12. d, Flies co-expressing Drosophila HDAC6 showed a nearly identical profile of induced expression as in b, but AR protein decayed at an accelerated rate. Exogenous Drosophila HDAC6 was detected by immunoblot against the V5 epitope."}
{"words": ["a", "-", "l", ",", "SEM", "images", "of", "fly", "eyes", "expressing", "the", "indicated", "transgenes", ".", "The", "rough", "eye", "phenotypes", "caused", "by", "proteasome", "mutation", "(", "a", ")", "or", "by", "expression", "of", "polyQ", "-", "expanded", "AR", "(", "b", ")", "were", "both", "suppressed", "by", "rearing", "flies", "on", "the", "TOR", "inhibitor", "rapamycin", "(", "c", ",", "d", ")", ".", "e", ",", "f", ",", "Rapamycin", "failed", "to", "suppress", "degeneration", "in", "an", "autophagy", "-", "deficient", "background", "created", "by", "knockdown", "of", "atg12", ",", "confirming", "that", "rescue", "by", "rapamycin", "is", "autophagy", "-", "dependent", ".", "g", ",", "h", ",", "Rapamycin", "also", "failed", "to", "suppress", "degeneration", "when", "HDAC6", "levels", "were", "knocked", "down", ",", "demonstrating", "that", "suppression", "via", "the", "TOR", "pathway", "is", "HDAC6", "-", "dependent", ".", "k", ",", "j", ",", "HDAC6", "failed", "to", "suppress", "degeneration", "in", "an", "autophagy", "-", "deficient", "background", ",", "confirming", "that", "rescue", "by", "HDAC6", "is", "dependent", "on", "autophagy", "(", "compare", "k", ",", "l", "to", "i", ",", "j", ")", ".", "200", "to", ">", "1", ",", "000", "fly", "eyes", "of", "each", "genotype", "were", "examined", ".", "Quantitative", "analyses", "of", "eye", "phenotypes", "are", "presented", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a-l, SEM images of fly eyes expressing the indicated transgenes. The rough eye phenotypes caused by proteasome mutation (a) or by expression of polyQ-expanded AR (b) were both suppressed by rearing flies on the TOR inhibitor rapamycin (c, d). e, f, Rapamycin failed to suppress degeneration in an autophagy-deficient background created by knockdown of atg12, confirming that rescue by rapamycin is autophagy-dependent. g, h, Rapamycin also failed to suppress degeneration when HDAC6 levels were knocked down, demonstrating that suppression via the TOR pathway is HDAC6-dependent. k, j, HDAC6 failed to suppress degeneration in an autophagy-deficient background, confirming that rescue by HDAC6 is dependent on autophagy (compare k, l to i, j). 200 to >1,000 fly eyes of each genotype were examined. Quantitative analyses of eye phenotypes are presented in Supplementary Fig. S2."}
{"words": ["B", ".", "Survival", "frequencies", "observed", "after", "DSB", "induction", "at", "TEL6R", "in", "WT", ",", "dnl4Δ", ",", "sir4Δ", "cells", ",", "expressing", "or", "not", "high", "levels", "of", "Sir3p", "(", "oeSir3", "and", "WT", "respectively", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "C", ".", "Survival", "frequencies", "observed", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "in", "the", "indicated", "strains", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Survival frequencies observed after DSB induction at TEL6R in WT, dnl4Δ, sir4Δ cells, expressing or not high levels of Sir3p (oeSir3 and WT respectively). Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. C. Survival frequencies observed after DSB induction at LYS2 in the indicated strains. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "images", "of", "Mre11", "-", "YFP", "foci", "in", "response", "to", "an", "I", "-", "SceI", "-", "induced", "DSB", "at", "LYS2", "in", "WT", "cells", ",", "expressing", "or", "not", "high", "levels", "of", "Sir3p", "(", "oeSir3", "and", "WT", "respectively", ")", ".", "Scale", "bars", "are", "2", "μm", ".", "G", ".", "Quantification", "of", "cells", "with", "DSB", "induced", "Mre11", "-", "YFP", "foci", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "I", "-", "SceI", "cleavage", "site", "in", "WT", ",", "sae2Δ", "and", "Sir3", "overexpressing", "(", "oeSir3", ")", "strains", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative images of Mre11-YFP foci in response to an I-SceI-induced DSB at LYS2 in WT cells, expressing or not high levels of Sir3p (oeSir3 and WT respectively). Scale bars are 2 μm. G. Quantification of cells with DSB induced Mre11-YFP foci after DSB induction at LYS2 I-SceI cleavage site in WT, sae2Δ and Sir3 overexpressing (oeSir3) strains. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["H", ".", "Survival", "frequencies", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "locus", ",", "in", "strains", "where", "SIR3", "is", "expressed", "from", "its", "native", ",", "pADH1", "or", "pGPD", "promoters", "respectively", "and", "in", "which", "SAE2", "is", "expressed", "or", "not", "from", "a", "high", "copy", "number", "2µ", "plasmid", ".", "Fold", "increase", "in", "Sir3", "protein", "by", "pAHD1", "or", "pGPD", "is", "indicated", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Survival frequencies after DSB induction at LYS2 locus, in strains where SIR3 is expressed from its native, pADH1 or pGPD promoters respectively and in which SAE2 is expressed or not from a high copy number 2µ plasmid. Fold increase in Sir3 protein by pAHD1 or pGPD is indicated. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "Sir3", "-", "mCherry", "and", "Sae2", "-", "GFP", "signal", "in", "WT", "and", "SIR3", "overexpressing", "cells", ".", "Scale", "bars", "are", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of Sir3-mCherry and Sae2-GFP signal in WT and SIR3 overexpressing cells. Scale bars are 2 μm."}
{"words": ["B", ".", "Sir3", "-", "binding", "at", "TEL6R", "in", "untagged", ",", "WT", ",", "sir3Δ", "cells", "or", "in", "cells", "overexpressing", "Sir3", "(", "oeSir3", ")", ".", "Binding", "is", "probed", "by", "ChIP", "-", "qPCR", "0", ".", "2", "(", "red", "arrows", ")", "and", "1kb", "(", "blue", "arrows", ")", "from", "telomeres", "and", "at", "the", "OGG1", "control", "locus", "using", "antibodies", "against", "Sae2", "-", "GFP", ".", "The", "mean", "of", "three", "independent", "biological", "replicates", "is", "shown", "and", "error", "bars", "correspond", "to", "the", "variation", "between", "replicates", "(", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Sir3-binding at TEL6R in untagged, WT, sir3Δ cells or in cells overexpressing Sir3 (oeSir3). Binding is probed by ChIP-qPCR 0.2 (red arrows) and 1kb (blue arrows) from telomeres and at the OGG1 control locus using antibodies against Sae2-GFP. The mean of three independent biological replicates is shown and error bars correspond to the variation between replicates (SEM)."}
{"words": ["C", ".", "Co", "-", "immunoprecipitation", "between", "Sir3", "and", "Sae2", "-", "GFP", "from", "cells", "overexpressing", "Sir3", ",", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "anti", "-", "GFP", "and", "anti", "-", "Sir3", "antibodies", ".", "D", ".", "Co", "-", "immunoprecipitation", "between", "Sir3", "and", "Sae2", "-", "GFP", "from", "WT", "cells", "using", "antibodies", "against", "Sae2", "-", "GFP", ",", "analysed", "by", "Western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Co-immunoprecipitation between Sir3 and Sae2-GFP from cells overexpressing Sir3, analysed by Western blot with anti-GFP and anti-Sir3 antibodies. D. Co-immunoprecipitation between Sir3 and Sae2-GFP from WT cells using antibodies against Sae2-GFP, analysed by Western blot."}
{"words": ["D", ".", "Yeast", "two", "-", "hybrid", "interaction", "analysis", "between", "Sae2C", "and", "Sir3SaID", "domains", "in", "WT", "or", "sir4Δ", "cells", ".", "Growth", "on", "-", "His", "+", "3AT", "and", "blue", "coloration", "on", "X", "-", "gal", "indicate", "an", "interaction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Yeast two-hybrid interaction analysis between Sae2C and Sir3SaID domains in WT or sir4Δ cells. Growth on -His + 3AT and blue coloration on X-gal indicate an interaction."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "of", "two", "hybrid", "assays", "in", "the", "yKD1991", "strain", "testing", "the", "interaction", "of", "the", "WT", "or", "the", "mutant", "SIR3SaID", "fragment", "isolated", "from", "the", "screen", "with", "SAE2C", "or", "SIR4C", ".", "C", ".", "Representative", "images", "of", "two", "hybrid", "assays", "testing", "the", "interaction", "of", "the", "WT", "or", "the", "mutant", "SIR3SaIDT557I", "fragment", "with", "SAE2C", "or", "SIR4C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "B. Representative images of two hybrid assays in the yKD1991 strain testing the interaction of the WT or the mutant SIR3SaID fragment isolated from the screen with SAE2C or SIR4C. C. Representative images of two hybrid assays testing the interaction of the WT or the mutant SIR3SaIDT557I fragment with SAE2C or SIR4C."}
{"words": ["A", ".", "Survival", "frequencies", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "locus", "in", "WT", "or", "sae2Δ", "strains", "where", "the", "Sir3SaID", "or", "Sir3SaIDT557I", "domains", "are", "overexpressed", "from", "a", "GPD", "promoter", "at", "the", "SIR3", "locus", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Survival frequencies after DSB induction at LYS2 locus in WT or sae2Δ strains where the Sir3SaID or Sir3SaIDT557I domains are overexpressed from a GPD promoter at the SIR3 locus. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "of", "Sae2", "-", "GFP", "in", "WT", "cells", "and", "in", "cells", "overexpressing", "either", "full", "-", "length", "Sir3", "or", "the", "sir3SaID", "domain", ".", "Scale", "bars", "are", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative images of Sae2-GFP in WT cells and in cells overexpressing either full-length Sir3 or the sir3SaID domain. Scale bars are 2 μm."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "silver", "-", "stained", "gels", "of", "in", "vitro", "GST", "-", "pulldown", "of", "GST", "or", "GST", "-", "Sir3SaID", ",", "GST", "-", "sir3", "-", "T557ISaID", "and", "Sae2C", "purified", "peptides", ".", "Control", ":", "Sae2C", "(", "300", "ng", ",", "lane", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative silver-stained gels of in vitro GST-pulldown of GST or GST-Sir3SaID, GST-sir3-T557ISaID and Sae2C purified peptides. Control: Sae2C (300 ng, lane 6)."}
{"words": ["G", ".", "Co", "-", "immunoprecipitation", "between", "Sae2", "-", "GFP", "and", "Sir3", "from", "untagged", ",", "Sae2", "-", "GFP", "WT", "cells", ",", "and", "Sae2", "-", "GFP", "cells", "overexpressing", "WT", "Sir3", "(", "oeSir3", ",", "WT", ")", ",", "Sae2", "-", "GFP", "sir3Δ", "or", "Sae2", "-", "GFP", "overexpressing", "the", "sir3", "-", "T557I", "mutant", "(", "oeSir3", ",", "T557I", ")", "using", "antibodies", "against", "Sae2", "-", "GFP", ",", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "anti", "-", "GFP", "and", "anti", "-", "Sir3", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "G. Co-immunoprecipitation between Sae2-GFP and Sir3 from untagged, Sae2-GFP WT cells, and Sae2-GFP cells overexpressing WT Sir3 (oeSir3, WT), Sae2-GFP sir3Δ or Sae2-GFP overexpressing the sir3-T557I mutant (oeSir3, T557I) using antibodies against Sae2-GFP, analysed by Western blot with anti-GFP and anti-Sir3 antibodies."}
{"words": ["A", ".", "Survival", "frequencies", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "locus", "in", "the", "indicated", "strains", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Survival frequencies after DSB induction at LYS2 locus in the indicated strains. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["C", ".", "Survival", "frequencies", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "locus", "in", "the", "indicated", "strains", ".", "Insertion", "of", "the", "strong", "TEF1p", "promoter", "upstream", "of", "the", "SIR4", "ORF", "leads", "to", "Sir4", "overexpression", ".", "Insertion", "of", "the", "ADH1p", "promoter", "upstream", "of", "SIR3", "leads", "to", "mild", "Sir3", "overexpression", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Survival frequencies after DSB induction at LYS2 locus in the indicated strains. Insertion of the strong TEF1p promoter upstream of the SIR4 ORF leads to Sir4 overexpression. Insertion of the ADH1p promoter upstream of SIR3 leads to mild Sir3 overexpression. Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "of", "two", "hybrid", "assays", "testing", "the", "interaction", "between", "the", "full", "-", "length", "Sir3", "and", "full", "-", "length", "Sae2", "proteins", "in", "WT", "cells", "expressing", "or", "not", "high", "levels", "of", "Sir4", "(", "oeSir4", "and", "WT", "respectively", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images of two hybrid assays testing the interaction between the full-length Sir3 and full-length Sae2 proteins in WT cells expressing or not high levels of Sir4 (oeSir4 and WT respectively)."}
{"words": ["A", ".", "Relative", "fold", "enrichment", "of", "Sae2", "at", "0", ".", "2", "kb", "from", "I", "-", "SceI", "site", "was", "evaluated", "by", "qPCR", "after", "ChIP", "with", "anti", "-", "GFP", "antibodies", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "the", "variation", "between", "at", "least", "three", "biological", "replicas", "(", "SEM", ")", ".", "B", ".", "Relative", "fold", "enrichment", "of", "Sae2", "at", "0", ".", "2", "kb", "from", "TEL6R", "after", "DSB", "induction", "at", "the", "LYS2", "I", "-", "SceI", "site", "was", "evaluated", "by", "qPCR", "after", "ChIP", "with", "anti", "-", "GFP", "antibodies", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "the", "variation", "between", "at", "least", "three", "biological", "replicas", "(", "SEM", ")", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Relative fold enrichment of Sae2 at 0.2 kb from I-SceI site was evaluated by qPCR after ChIP with anti-GFP antibodies. The error bars indicate the variation between at least three biological replicas (SEM). B. Relative fold enrichment of Sae2 at 0.2 kb from TEL6R after DSB induction at the LYS2 I-SceI site was evaluated by qPCR after ChIP with anti-GFP antibodies. The error bars indicate the variation between at least three biological replicas (SEM). Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["D", ".", "Survival", "frequencies", "after", "DSB", "induction", "at", "LYS2", "locus", "in", "sae2", "-", "E267E", "mutant", "cells", "overexpressing", "or", "not", "full", "-", "length", "Sir3", "(", "oeSir3", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "survival", "standard", "error", "(", "SEM", ")", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Significance", "was", "determined", "using", "2", "-", "tailed", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "01", "to", "0", ".", "05", ",", "significant", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "001", "to", "0", ".", "01", ",", "very", "significant", ";", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "0", ".", "0001", "to", "0", ".", "001", ",", "extremely", "significant", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "extremely", "significant", ";", "P", "≥", "0", ".", "05", ",", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Survival frequencies after DSB induction at LYS2 locus in sae2-E267E mutant cells overexpressing or not full-length Sir3 (oeSir3). Error bars indicate survival standard error (SEM) of at least three independent experiments. Data information: Significance was determined using 2-tailed, unpaired Student's t test. *P-value 0.01 to 0.05, significant; **P-value 0.001 to 0.01, very significant; ***P-value 0.0001 to 0.001, extremely significant; ****P < 0.0001, extremely significant; P ≥ 0.05, not significant (ns)."}
{"words": ["E", ".", "Survival", "curves", "of", "mice", "challenged", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Wuhan", "-", "D614G", "at", "104", "PFU", ",", "after", "a", "primo", "-", "infection", "by", "BANAL", "-", "236", "or", "Wuhan", "-", "372", "viruses", "at", "103", "or", "104", "PFU", ".", "Survival", "of", "K18", "-", "hACE2", "naive", "mice", "infected", "by", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Wuhan", "-", "D614G", "at", "104", "PFU", "is", "presented", "as", "a", "reference", "(", "yellow", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Survival curves of mice challenged with SARS-CoV-2 Wuhan-D614G at 104 PFU, after a primo-infection by BANAL-236 or Wuhan-372 viruses at 103 or 104 PFU. Survival of K18-hACE2 naive mice infected by SARS-CoV-2 Wuhan-D614G at 104 PFU is presented as a reference (yellow)."}
{"words": ["F", ".", "Histopathological", "analysis", ",", "3", "days", "post", "-", "inoculation", ",", "of", "the", "lung", "of", "K18", "-", "hACE2", "mice", "infected", "with", "104", "PFU", "of", "BANAL", "-", "236", "(", "a", "-", "d", ")", "or", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Wuhan", "-", "372", "(", "e", ",", "f", ")", "viruses", ".", "Interstitial", "pneumonia", "characterized", "by", "interstitial", "inflammation", ",", "often", "centered", "on", "blood", "vessels", "(", "perivasculitis", ",", "black", "arrows", ")", "or", "bronchi", "/", "bronchioles", "(", "black", "arrowheads", ")", ",", "and", "endothelial", "cell", "injury", "and", "inflammation", "(", "endothelitis", ")", ".", "Lesions", "were", "globally", "more", "severe", "after", "Wuhan", "-", "372", "infection", "(", "n", "=", "4", ";", "all", "of", "moderate", "severity", ")", "than", "after", "BANAL", "-", "236", "infection", "(", "n", "=", "4", ";", "3", "/", "4", "of", "minimal", "severity", "(", "a", "-", "c", ")", "and", "1", "/", "4", "of", "moderate", "severity", "(", "d", ")", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "µ", ".", "Low", "magnification", "images", "are", "provided", "in", "Figure", "S3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Histopathological analysis, 3 days post-inoculation, of the lung of K18-hACE2 mice infected with 104 PFU of BANAL-236 (a-d) or SARS-CoV-2 Wuhan-372 (e,f) viruses. Interstitial pneumonia characterized by interstitial inflammation, often centered on blood vessels (perivasculitis, black arrows) or bronchi/bronchioles (black arrowheads), and endothelial cell injury and inflammation (endothelitis). Lesions were globally more severe after Wuhan-372 infection (n=4; all of moderate severity) than after BANAL-236 infection (n=4; 3/4 of minimal severity (a-c) and 1/4 of moderate severity (d)). Scale bar: 100 µ. Low magnification images are provided in Figure S3."}
{"words": ["Neutralizing", "antibody", "titer", "(", "expressed", "in", "ED50", ")", "of", "mice", "primo", "-", "infected", "at", "103", "(", "left", ")", "or", "104", "(", "right", ")", "PFU", "by", "BANAL", "-", "236", "(", "red", ")", "or", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Wuhan", "-", "372", "(", "blue", ")", "viruses", ".", "The", "antibody", "response", "against", "the", "Wuhan", "-", "D614G", "challenge", "strain", "of", "mice", "primo", "-", "infected", "by", "BANAL", "-", "236", "is", "presented", "as", "a", "dashed", "line", ".", "PNT", "means", "pseudo", "-", "neutralization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neutralizing antibody titer (expressed in ED50) of mice primo-infected at 103 (left) or 104 (right) PFU by BANAL-236 (red) or SARS-CoV-2 Wuhan-372 (blue) viruses. The antibody response against the Wuhan-D614G challenge strain of mice primo-infected by BANAL-236 is presented as a dashed line. PNT means pseudo-neutralization."}
{"words": ["B", ".", "Effects", "of", "infection", "by", "BANAL", "-", "236", "virus", "in", "non", "-", "human", "primates", ".", "Animal", "#", "MF1", "is", "presented", "in", "green", "and", "animal", "#", "MF2", "in", "purple", ".", "Clinical", "score", ",", "body", "weight", "variation", "(", "in", "%", ")", ",", "CT", "scores", "(", "compared", "to", "Wuhan", "-", "372", ")", "and", "neutralizing", "antibodies", "are", "measured", "from", "10", "days", "before", "infection", "to", "43", "days", "post", "-", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Effects of infection by BANAL-236 virus in non-human primates. Animal #MF1 is presented in green and animal #MF2 in purple. Clinical score, body weight variation (in %), CT scores (compared to Wuhan-372) and neutralizing antibodies are measured from 10 days before infection to 43 days post-infection."}
{"words": ["C", ".", "Viral", "load", "expressed", "in", "log10", "copies", "of", "genomic", "RNA", "(", "solid", "line", ")", "or", "sub", "-", "genomic", "RNA", "(", "dashed", "line", ")", "per", "mL", "of", "tracheal", ",", "nasopharyngeal", ",", "BAL", "and", "rectal", "fluids", ".", "Lower", "limit", "of", "quantification", "is", "presented", "in", "red", "for", "both", "genomic", "(", "solid", "line", ")", "and", "sub", "-", "genomic", "(", "dashed", "line", ")", "RNA", ",", "and", "limits", "of", "detection", "are", "presented", "in", "green", "for", "both", "genomic", "(", "solid", "line", ")", "and", "sub", "-", "genomic", "(", "dashed", "line", ")", "RNA", ".", "Results", "were", "compared", "to", "historical", "data", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Wuhan", "-", "372", "virus", "inoculated", "at", "106", "or", "105", "PFU", "(", "presented", "as", "the", "mean", "virus", "load", "+", "/", "-", "95", "%", "CI", "expressed", "in", "log10", "copies", "of", "genomic", "RNA", "/", "mL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Viral load expressed in log10 copies of genomic RNA (solid line) or sub-genomic RNA (dashed line) per mL of tracheal, nasopharyngeal, BAL and rectal fluids. Lower limit of quantification is presented in red for both genomic (solid line) and sub-genomic (dashed line) RNA, and limits of detection are presented in green for both genomic (solid line) and sub-genomic (dashed line) RNA. Results were compared to historical data of SARS-CoV-2 Wuhan-372 virus inoculated at 106 or 105 PFU (presented as the mean virus load +/- 95% CI expressed in log10 copies of genomic RNA/mL)."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Results", "of", "Pseudoneutralisation", "(", "PNT", ")", ",", "Luciferase", "immunoprecipitation", "(", "LIPS", ")", "and", "LuLISA", "tests", "are", "shown", ".", "Pre", "-", "pandemic", "French", "sera", "(", "black", ")", "were", "used", "as", "negative", "controls", "and", "Laotian", "sera", "samples", "from", "confirmed", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infection", "(", "green", ")", "were", "used", "as", "cross", "-", "reacting", "positive", "controls", ".", "Laotian", "sera", "samples", "collected", "in", "the", "general", "population", "before", "2019", "(", "blue", ",", "n", "=", "100", ")", "or", "late", "2020", "(", "gray", ",", "n", "=", "100", ")", "or", "in", "people", "exposed", "to", "bats", "(", "purple", ",", "n", "=", "74", ")", "were", "tested", "for", "BANAL", "-", "236", "(", "A", ")", ",", "BANAL", "-", "52", "(", "B", ")", "and", "BANAL", "-", "103", "(", "C", ")", "antibody", "responses", ".", "The", "ANOVA", "non", "-", "parametric", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "was", "conducted", "to", "compare", "each", "sub", "-", "population", "to", "the", "reference", "French", "population", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0005", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "The", "red", "bars", "represent", "the", "median", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Results of Pseudoneutralisation (PNT), Luciferase immunoprecipitation (LIPS) and LuLISA tests are shown. Pre-pandemic French sera (black) were used as negative controls and Laotian sera samples from confirmed SARS-CoV-2 infection (green) were used as cross-reacting positive controls. Laotian sera samples collected in the general population before 2019 (blue, n=100) or late 2020 (gray, n=100) or in people exposed to bats (purple, n=74) were tested for BANAL-236 (A), BANAL-52 (B) and BANAL-103 (C) antibody responses. The ANOVA non-parametric Kruskal-Wallis test was conducted to compare each sub-population to the reference French population (* P<0.05; **P<0.005; ***P<0.0005; ****P<0.0001). The red bars represent the median."}
{"words": ["(", "A", ")", "-", "(", "D", ")", "Hepatocytes", "accumulate", "apical", "bulkheads", "upon", "bile", "duct", "ligation", "(", "BDL", ")", "and", "MDR2", "KO", ".", "(", "A", ")", "-", "(", "B", ")", "Overview", "images", "of", "(", "A", ")", "murine", "liver", "tissue", "after", "control", "surgery", "or", "bile", "duct", "ligation", "(", "BDL", ")", "for", "24h", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "or", "(", "B", ")", "control", "and", "MDR2", "KO", "mice", "after", "12", "weeks", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Immunofluorescence", "for", "the", "apical", "membrane", "marker", "CD13", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "(", "C", ")", "-", "(", "D", ")", "High", "-", "resolution", "imaging", "of", "individual", "bile", "canaliculi", "in", "murine", "liver", "tissue", "(", "C", ")", "after", "control", "and", "24h", "BDL", "surgery", ",", "or", "(", "D", ")", "in", "control", "and", "MDR2", "KO", "mice", ",", "stained", "for", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "2", "µm", ".", "Apical", "bulkheads", "are", "highlighted", "with", "red", "arrowheads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)- (D) Hepatocytes accumulate apical bulkheads upon bile duct ligation (BDL) and MDR2 KO. (A)-(B) Overview images of (A) murine liver tissue after control surgery or bile duct ligation (BDL) for 24h (N=3 biological replicates), or (B) control and MDR2 KO mice after 12 weeks (N=3 biological replicates). Immunofluorescence for the apical membrane marker CD13 (magenta), F-Actin (green) and nuclei (grey). Representative images are shown. Scale bar 10 µm. (C)-(D) High-resolution imaging of individual bile canaliculi in murine liver tissue (C) after control and 24h BDL surgery, or (D) in control and MDR2 KO mice, stained for F-Actin (green). Representative images are shown. Scale bar 2 µm. Apical bulkheads are highlighted with red arrowheads."}
{"words": ["Apical", "bulkheads", "in", "the", "adult", "liver", "resemble", "those", "described", "in", "the", "embryonic", "liver", ".", "(", "E", ")", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "longitudinal", "80", "nm", "-", "thin", "serial", "section", "on", "liver", "tissue", "with", "BDL", "for", "24h", "shows", "the", "ultrastructure", "characteristic", "of", "apical", "bulkheads", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "I", "-", "III", "represent", "consecutive", "sections", "with", "460", "nm", "distance", "showing", "four", "apical", "bulkheads", "(", "B1", "-", "B4", ")", "sealed", "by", "electron", "-", "dense", "tight", "junctions", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Apical bulkheads in the adult liver resemble those described in the embryonic liver. (E) Transmission electron microscopy (TEM) longitudinal 80 nm-thin serial section on liver tissue with BDL for 24h shows the ultrastructure characteristic of apical bulkheads. Representative images are shown. Scale bar 1 µm. I-III represent consecutive sections with 460 nm distance showing four apical bulkheads (B1-B4) sealed by electron-dense tight junctions. Scale bar 1 µm."}
{"words": ["Hepatocytes", "form", "aberrantly", "dilated", "canaliculi", "formed", "by", ">", "3", "cells", "after", "BDL", ".", "(", "I", ")", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "in", "liver", "tissue", "after", "24h", "BDL", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "Bile", "canaliculi", "(", "BC", ")", "can", "be", "severely", "dilated", "similar", "to", "the", "size", "of", "sinusoids", "(", "S", ")", "and", "are", "formed", "by", "multiple", "hepatocytes", "(", "see", "inset", "A", ",", "scale", "bar", "1", "µm", ")", ".", "Apical", "bulkheads", "(", "marked", "with", "red", "arrowheads", ")", "are", "visible", ".", "Individual", "hepatocytes", "are", "part", "of", "a", "liver", "cell", "rosette", "with", "one", "part", "of", "their", "apical", "membrane", "while", "they", "form", "normal", "canaliculi", "with", "apical", "bulkheads", "at", "another", "pole", "(", "see", "inset", "A", ",", "cell", "3", "and", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hepatocytes form aberrantly dilated canaliculi formed by >3 cells after BDL. (I) Transmission electron microscopy (TEM) in liver tissue after 24h BDL. Scale bar 10 µm. Bile canaliculi (BC) can be severely dilated similar to the size of sinusoids (S) and are formed by multiple hepatocytes (see inset A, scale bar 1 µm). Apical bulkheads (marked with red arrowheads) are visible. Individual hepatocytes are part of a liver cell rosette with one part of their apical membrane while they form normal canaliculi with apical bulkheads at another pole (see inset A, cell 3 and 4)."}
{"words": ["(", "A", ")", "-", "(", "B", ")", "Hepatocytes", "accumulate", "apical", "bulkheads", "in", "the", "liver", "tissue", "of", "primary", "sclerosing", "cholangitis", "(", "PSC", ")", "patients", "(", "N", "=", "3", "control", "patients", "and", "N", "=", "4", "PSC", "patients", ")", ".", "(", "A", ")", "Overview", "images", "in", "liver", "tissue", "of", "control", "and", "PSC", "patients", ".", "Immunofluoresence", "for", "the", "apical", "membrane", "marker", "BSEP", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "(", "B", ")", "High", "-", "resolution", "imaging", "of", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "showing", "individual", "bile", "canaliculi", "in", "control", "or", "PSC", "liver", "tissue", ".", "Red", "arrowheads", "mark", "apical", "bulkheads", ".", "Scale", "bar", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)-(B) Hepatocytes accumulate apical bulkheads in the liver tissue of primary sclerosing cholangitis (PSC) patients (N=3 control patients and N=4 PSC patients). (A) Overview images in liver tissue of control and PSC patients. Immunofluoresence for the apical membrane marker BSEP (magenta), F-Actin (green) and nuclei (grey). Scale bar 10 µm. (B) High-resolution imaging of F-Actin (green) showing individual bile canaliculi in control or PSC liver tissue. Red arrowheads mark apical bulkheads. Scale bar 2 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Different", "lumen", "morphologies", "of", "a", "typical", "bile", "canaliculus", "(", "left", "column", ")", "and", "bile", "duct", "(", "middle", "column", ")", "in", "control", "patients", "and", "rosette", "(", "right", "column", ")", "in", "PSC", "patients", ".", "Immunofluorescence", "for", "BSEP", "(", "magenta", ")", "and", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", ".", "Shows", "also", "differences", "dependent", "on", "the", "imaging", "plane", "i", ".", "e", ".", "transversal", "(", "top", "row", ")", "or", "longitudinal", "(", "bottom", "row", ")", "cut", "of", "the", "lumen", ".", "White", "dashed", "lines", "mark", "the", "lumen", ".", "Scale", "bar", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Different lumen morphologies of a typical bile canaliculus (left column) and bile duct (middle column) in control patients and rosette (right column) in PSC patients. Immunofluorescence for BSEP (magenta) and F-Actin (green). Shows also differences dependent on the imaging plane i.e. transversal (top row) or longitudinal (bottom row) cut of the lumen. White dashed lines mark the lumen. Scale bar 2 µm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Liver", "cell", "rosettes", "in", "PSC", "patients", "are", "formed", "by", "hepatocyte", "-", "like", "cells", "(", "N", "=", "3", "control", "patients", "and", "N", "=", "4", "PSC", "patients", ")", ".", "Immunofluoresence", "for", "BSEP", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", "in", "healthy", "parenchyma", "(", "left", ")", "and", "bile", "duct", "(", "middle", ")", "in", "control", "patients", "and", "liver", "cell", "rosettes", "in", "PSC", "patients", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Liver cell rosettes in PSC patients are formed by hepatocyte-like cells (N=3 control patients and N=4 PSC patients). Immunofluoresence for BSEP (magenta), F-Actin (green) and nuclei (grey) in healthy parenchyma (left) and bile duct (middle) in control patients and liver cell rosettes in PSC patients (right). Scale bar 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "-", "(", "D", ")", "Liver", "cell", "rosettes", "in", "PSC", "patients", "do", "not", "acquire", "other", "markers", "of", "bile", "duct", "cells", "or", "intermediate", "hepatobiliary", "cells", ".", "Immunofluoresence", "for", "different", "bile", "duct", "cell", "or", "intermediate", "hepatobiliary", "cell", "type", "marker", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", "in", "healthy", "parenchyma", "(", "left", ")", "and", "bile", "duct", "(", "middle", ")", "in", "control", "patients", "and", "liver", "cell", "rosettes", "(", "right", ")", "in", "PSC", "patients", "(", "N", "=", "3", "control", "patients", "and", "N", "=", "4", "PSC", "patients", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "(", "A", ")", "SOX9", ",", "(", "B", ")", "Pan", "-", "CK", ",", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)-(D)Liver cell rosettes in PSC patients do not acquire other markers of bile duct cells or intermediate hepatobiliary cells. Immunofluoresence for different bile duct cell or intermediate hepatobiliary cell type marker (magenta), F-Actin (green) and nuclei (grey) in healthy parenchyma (left) and bile duct (middle) in control patients and liver cell rosettes (right) in PSC patients (N=3 control patients and N=4 PSC patients). Scale bar 10 µm. (A) SOX9, (B) Pan-CK, Representative images are shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "-", "(", "D", ")", "Liver", "cell", "rosettes", "in", "PSC", "patients", "do", "not", "acquire", "other", "markers", "of", "bile", "duct", "cells", "or", "intermediate", "hepatobiliary", "cells", ".", "Immunofluoresence", "for", "different", "bile", "duct", "cell", "or", "intermediate", "hepatobiliary", "cell", "type", "marker", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "Actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", "in", "healthy", "parenchyma", "(", "left", ")", "and", "bile", "duct", "(", "middle", ")", "in", "control", "patients", "and", "liver", "cell", "rosettes", "(", "right", ")", "in", "PSC", "patients", "(", "N", "=", "3", "control", "patients", "and", "N", "=", "4", "PSC", "patients", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "TROP2", "CD133", "/", "PROM1", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)-(D)Liver cell rosettes in PSC patients do not acquire other markers of bile duct cells or intermediate hepatobiliary cells. Immunofluoresence for different bile duct cell or intermediate hepatobiliary cell type marker (magenta), F-Actin (green) and nuclei (grey) in healthy parenchyma (left) and bile duct (middle) in control patients and liver cell rosettes (right) in PSC patients (N=3 control patients and N=4 PSC patients). Scale bar 10 µm. TROP2 CD133/PROM1. Representative images are shown."}
{"words": ["3D", "reconstruction", "of", "the", "bile", "canaliculi", "network", "reveals", "fundamental", "changes", "in", "the", "network", "architecture", "of", "PSC", "patients", ".", "(", "A", ")", "Top", "panel", ":", "3D", "reconstructed", "bile", "canaliculi", "network", "across", "full", "central", "vein", "to", "portal", "vein", "(", "CV", "-", "PV", ")", "axes", "in", "control", "(", "left", ")", "and", "PSC", "(", "right", ")", "patients", ".", "Bottom", "panel", ":", "Projection", "of", "the", "3D", "reconstruction", ".", "Colours", "correspond", "to", "the", "mean", "bile", "canaliculi", "diameter", "in", "µm", ".", "Scale", "bar", "100", "µm", ".", "(", "B", ")", "-", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "bile", "canaliculi", "network", "characteristics", "from", "the", "3D", "reconstruction", ".", "Represented", "are", "mean", "values", "with", "standard", "deviation", "of", "control", "and", "PSC", "patients", "at", "different", "zones", "across", "the", "CV", "-", "PV", "axis", ".", "0", "represents", "the", "zone", "surrounding", "the", "CV", "and", "10", "the", "area", "surrounding", "the", "PV", ".", "N", "=", "3", "with", "1x", "axis", "/", "patient", "for", "control", "patients", "and", "N", "=", "4", "with", "3x", "axis", "/", "patient", "for", "PSC", "patients", ".", "Paired", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "(", "B", ")", "bile", "canaliculi", "radius", "[", "µm", "]", ",", "(", "C", ")", "volume", "fraction", "[", "%", "]", ",", "(", "D", ")", "surface", "area", "/", "volume", "(", "µm2", "/", "mm3", ")", ",", "(", "E", ")", "connectivity", "(", "1", "/", "#", "disjointed", "bile", "canaliculi", ")", ",", "(", "F", ")", "branches", "crossing", "regions", "[", "#", "/", "mm2", "]", ".", "(", "G", ")", "junctions", "/", "length", "[", "#", "/"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D reconstruction of the bile canaliculi network reveals fundamental changes in the network architecture of PSC patients. (A) Top panel: 3D reconstructed bile canaliculi network across full central vein to portal vein (CV-PV) axes in control (left) and PSC (right) patients. Bottom panel: Projection of the 3D reconstruction. Colours correspond to the mean bile canaliculi diameter in µm. Scale bar 100 µm. (B)-(I) Quantification of bile canaliculi network characteristics from the 3D reconstruction. Represented are mean values with standard deviation of control and PSC patients at different zones across the CV-PV axis. 0 represents the zone surrounding the CV and 10 the area surrounding the PV. N=3 with 1x axis/patient for control patients and N=4 with 3x axis/patient for PSC patients. Paired t-test *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001. (B) bile canaliculi radius [µm], (C) volume fraction [%], (D) surface area/volume (µm2/mm3), (E) connectivity (1/# disjointed bile canaliculi), (F) branches crossing regions [#/mm2]. (G) junctions/length [#/µm"}
{"words": ["(", "A", ")", "Liver", "cell", "rosettes", "occur", "in", "early", "-", "and", "late", "-", "stage", "PSC", "patients", "and", "in", "end", "-", "stage", "alcoholic", "liver", "disease", "(", "ALD", ")", "patients", ".", "Immunofluorescence", "of", "Fibronectin", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "grey", ")", "in", "early", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "3", ")", ",", "late", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "5", ")", "and", "end", "-", "stage", "ALD", "(", "N", "=", "5", ")", "patients", "showing", "liver", "cell", "rosettes", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", ".", "Examples", "of", "rosettes", "are", "labelled", "with", "a", "red", "asterisk", "and", "examples", "of", "sinusoids", "are", "labelled", "with", "a", "red", "arrowhead", ".", "(", "B", ")", "Similar", "numbers", "of", "liver", "cell", "rosettes", "in", "early", "-", "stage", "and", "end", "-", "stage", "PSC", "patients", ".", "Quantification", "of", "the", "total", "number", "of", "rosettes", "in", "early", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "3", ")", ",", "late", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "5", ")", "and", "end", "-", "stage", "ALD", "(", "N", "=", "5", ")", "patients", ".", "Unpaired", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "(", "C", ")", "Similar", "mean", "diameter", "of", "analysed", "liver", "cell", "rosettes", "in", "different", "liver", "diseases", ".", "Quantification", "of", "the", "mean", "rosette", "diameter", "in", "early", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "3", ")", ",", "late", "-", "stage", "PSC", "(", "N", "=", "5", ")", "and", "end", "-", "stage", "ALD", "(", "N", "=", "5", ")", ".", "Unpaired", "t", "-", "test", ".", "Data", "information", ":", "Boxplot", "shows", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "and", "the", "central", "band", "shows", "the", "median", "value", ".", "Whiskers", "extend", "to", "the", "min", "and", "max", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Liver cell rosettes occur in early- and late-stage PSC patients and in end-stage alcoholic liver disease (ALD) patients. Immunofluorescence of Fibronectin (magenta), F-actin (green) and nuclei (grey) in early-stage PSC (N=3), late-stage PSC (N=5) and end-stage ALD (N=5) patients showing liver cell rosettes. Representative images are shown. Scale bar 50 µm. Examples of rosettes are labelled with a red asterisk and examples of sinusoids are labelled with a red arrowhead. (B) Similar numbers of liver cell rosettes in early-stage and end-stage PSC patients. Quantification of the total number of rosettes in early-stage PSC (N=3), late-stage PSC (N=5) and end-stage ALD (N=5) patients. Unpaired t-test *P < 0.05. (C) Similar mean diameter of analysed liver cell rosettes in different liver diseases. Quantification of the mean rosette diameter in early-stage PSC (N=3), late-stage PSC (N=5) and end-stage ALD (N=5). Unpaired t-test. Data information: Boxplot shows the 25th and 75th percentiles and the central band shows the median value. Whiskers extend to the min and max values."}
{"words": ["(", "C", ")", "-", "(", "D", ")", "DCA", "treatment", "induces", "a", "cholestatic", "response", "in", "primary", "hepatocytes", ".", "Gene", "expression", "analysis", "of", "genes", "involved", "in", "bile", "acid", "metabolism", "and", "transport", "in", "primary", "hepatocytes", "treated", "with", "DMSO", "or", "200", "µM", "DCA", "for", "16h", ".", "Represented", "are", "mean", "Cq", "values", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", "(", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "One", "sample", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "(", "C", ")", "Abcb11", "/", "Bsep", ",", "(", "D", ")", "Cyp7a1", "/", "Cyp7", ".", "Data", "information", ":", "Boxplots", "show", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "and", "the", "central", "band", "shows", "the", "median", "value", ".", "Whiskers", "extend", "to", "the", "min", "and", "max", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) -(D) DCA treatment induces a cholestatic response in primary hepatocytes. Gene expression analysis of genes involved in bile acid metabolism and transport in primary hepatocytes treated with DMSO or 200 µM DCA for 16h. Represented are mean Cq values normalized to Gapdh expression (N=4 biological replicates). One sample t-test *P < 0.05, ***P < 0.001. (C) Abcb11/Bsep, (D) Cyp7a1/Cyp7. Data information: Boxplots show the 25th and 75th percentiles and the central band shows the median value. Whiskers extend to the min and max values."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "DCA", "treatment", "in", "3D", "hepatocyte", "organoids", "also", "induce", "canalicular", "dilation", "and", "rosette", "-", "like", "canaliculi", "and", "Sox9", "expression", ".", "Hepatocyte", "organoids", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "200", "µM", "DCA", "for", "24h", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "I", ")", "Maximum", "projection", "of", "full", "organoids", "stained", "for", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", ".", "Inset", "A", "and", "B", ".", "Maximum", "projection", "of", "zoomed", "-", "in", "parts", "of", "the", "bile", "canaliculi", "network", "in", "DMSO", "-", "treated", "(", "A", ")", "and", "DCA", "-", "treated", "(", "B", ")", "hepatocyte", "organoids", "stained", "with", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", ",", "nuclei", "(", "white", ")", "and", "the", "tight", "junction", "protein", "ZO", "-", "1", "(", "yellow", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "(", "J", ")", "High", "-", "resolution", "microscopy", "of", "individual", "bile", "canaliculi", "in", "DMSO", "-", "treated", "and", "DCA", "-", "treated", "hepatocyte", "organoids", "stained", "for", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", ".", "Red", "arrows", "indicate", "apical", "bulkheads", ".", "Scale", "bar", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-J) DCA treatment in 3D hepatocyte organoids also induce canalicular dilation and rosette-like canaliculi and Sox9 expression. Hepatocyte organoids were treated with DMSO or 200 µM DCA for 24h (N=3 biological replicates). (I) Maximum projection of full organoids stained for F-actin (green). Scale bar 50 µm. Inset A and B. Maximum projection of zoomed-in parts of the bile canaliculi network in DMSO-treated (A) and DCA-treated (B) hepatocyte organoids stained with F-actin (green), nuclei (white) and the tight junction protein ZO-1 (yellow). Scale bar 10 µm. (J) High-resolution microscopy of individual bile canaliculi in DMSO-treated and DCA-treated hepatocyte organoids stained for F-actin (green). Red arrows indicate apical bulkheads. Scale bar 2 µm."}
{"words": ["(", "K", ")", "Maximum", "projection", "of", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "white", ")", ",", "and", "the", "bile", "duct", "cell", "marker", "Sox9", "(", "magenta", ")", "in", "DMSO", "-", "treated", "and", "DCA", "-", "treated", "hepatocyte", "organoids", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Untreated", "bile", "duct", "cell", "organoids", "serve", "as", "positive", "control", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Maximum projection of F-actin (green) and nuclei (white), and the bile duct cell marker Sox9 (magenta) in DMSO-treated and DCA-treated hepatocyte organoids (N=3 biological replicates). Untreated bile duct cell organoids serve as positive control.Scale bar 50 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Rosette", "-", "like", "canaliculi", "with", "reduced", "number", "of", "apical", "bulkheads", "can", "emerge", "from", "usual", "canaliculi", "with", "accumulated", "apical", "bulkheads", ".", "Timelapse", "imaging", "with", "brightfield", "phase", "-", "contrast", "of", "primary", "hepatocytes", "either", "untreated", "(", "top", "row", ")", ",", "DMSO", "-", "treated", "(", "middle", "row", ")", "or", "DCA", "-", "treated", "(", "bottom", "row", ")", ".", "An", "image", "was", "acquired", "every", "15", "minutes", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Inserts", "show", "magnification", "of", "bile", "canaliculi", "with", "red", "arrows", "pointing", "towards", "apical", "bulkheads", ".", "Red", "stars", "mark", "areas", "in", "between", "apical", "bulkheads", "that", "markedly", "bulge", "out", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)Rosette-like canaliculi with reduced number of apical bulkheads can emerge from usual canaliculi with accumulated apical bulkheads. Timelapse imaging with brightfield phase-contrast of primary hepatocytes either untreated (top row), DMSO-treated (middle row) or DCA-treated (bottom row). An image was acquired every 15 minutes. Representative images are shown (N=3 biological replicates). Inserts show magnification of bile canaliculi with red arrows pointing towards apical bulkheads. Red stars mark areas in between apical bulkheads that markedly bulge out. Scale bar 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Pharmacological", "inhibition", "of", "canalicular", "water", "influx", "can", "prevent", "canalicular", "dilation", "upon", "DCA", "treatment", ".", "Confocal", "microscopy", "of", "CD13", "(", "magenta", ")", ",", "F", "-", "actin", "(", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "white", ")", "in", "primary", "hepatocytes", "treated", "with", "DMSO", "and", "200", "µM", "DCA", "with", "200", "µM", "phloretin", "and", "1", "µM", "ouabain", "for", "16h", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Pharmacological inhibition of canalicular water influx can prevent canalicular dilation upon DCA treatment. Confocal microscopy of CD13 (magenta), F-actin (green) and nuclei (white) in primary hepatocytes treated with DMSO and 200 µM DCA with 200 µM phloretin and 1 µM ouabain for 16h. Scale bar 10 µm. Representative images are shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "mean", "bile", "canaliculi", "volume", "in", "µm3of", "primary", "hepatocyte", "treated", "with", "DMSO", "and", "200", "µM", "DCA", "with", "200", "µM", "Phloretin", "and", "1", "µM", "Ouabain", "for", "16h", "(", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Unpaired", "t", "-", "test", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "information", ":", "Boxplots", "show", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "and", "the", "central", "band", "shows", "the", "median", "value", ".", "Whiskers", "extend", "to", "the", "min", "and", "max", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification of the mean bile canaliculi volume in µm3of primary hepatocyte treated with DMSO and 200 µM DCA with 200 µM Phloretin and 1 µM Ouabain for 16h (N=4 biological replicates). Unpaired t-test ***P < 0.001. Data information: Boxplots show the 25th and 75th percentiles and the central band shows the median value. Whiskers extend to the min and max values."}
{"words": ["(", "D", ")", "-", "(", "E", ")", "Pharmacological", "inhibitors", "do", "not", "affect", "key", "bile", "acid", "signalling", "pathways", ".", "Gene", "expression", "analysis", "of", "different", "genes", "involved", "in", "bile", "acid", "signalling", "in", "primary", "hepatocytes", "treated", "with", "DMSO", "or", "200", "µM", "DCA", "with", "200", "µM", "Phloretin", "and", "1", "µM", "Ouabain", "for", "16h", ".", "Represented", "are", "mean", "Cq", "values", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", "and", "whiskers", "show", "min", "and", "max", "values", "(", "N", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Unpaired", "t", "-", "test", ".", "(", "D", ")", "Cyp7a1", "/", "Cyp7", ",", "(", "E", ")", "Nr0b2", "/", "Shp", ".", "Data", "information", ":", "Boxplots", "show", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", "and", "the", "central", "band", "shows", "the", "median", "value", ".", "Whiskers", "extend", "to", "the", "min", "and", "max", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D)- (E) Pharmacological inhibitors do not affect key bile acid signalling pathways. Gene expression analysis of different genes involved in bile acid signalling in primary hepatocytes treated with DMSO or 200 µM DCA with 200 µM Phloretin and 1 µM Ouabain for 16h. Represented are mean Cq values normalized to Gapdh expression and whiskers show min and max values (N=5 biological replicates). Unpaired t-test. (D) Cyp7a1/Cyp7, (E) Nr0b2/Shp. Data information: Boxplots show the 25th and 75th percentiles and the central band shows the median value. Whiskers extend to the min and max values."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "3", ".", "1", "Å", "2Fo", "-", "Fc", "map", "(", "1", ".", "2", "σ", ")", "around", "the", "DNA", "of", "the", "final", "refined", "ATPγS", "-", "MjMR", "-", "DNA", "complex", "structure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(C) The 3.1 Å 2Fo-Fc map (1.2 σ) around the DNA of the final refined ATPγS-MjMR-DNA complex structure."}
{"words": ["(", "D", ")", "A", "ribbon", "representation", "of", "the", "3", ".", "1", "Å", "ATPγS", "-", "MjMR", "-", "DNA", "structure", "showing", "the", "Mre11", "nuclease", ",", "capping", ",", "and", "C", "-", "terminal", "three", "helix", "-", "bundle", "domain", "(", "light", "pink", ")", ",", "Rad50", "molecules", "(", "green", "and", "light", "blue", ")", ",", "and", "the", "DNA", "(", "yellow", "and", "orange", ")", ".", "ATPγS", "is", "shown", "in", "spheres", ".", "See", "Movie", "EV", "1", "for", "the", "movement", "of", "the", "complex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) A ribbon representation of the 3.1 Å ATPγS-MjMR-DNA structure showing the Mre11 nuclease, capping, and C-terminal three helix-bundle domain (light pink), Rad50 molecules (green and light blue), and the DNA (yellow and orange). ATPγS is shown in spheres. See Movie EV 1 for the movement of the complex."}
{"words": ["(", "A", ")", "A", "ribbon", "diagram", "showing", "the", "overall", "DNA", "recognition", "by", "the", "ATPγS", "-", "Rad50", "dimer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) A ribbon diagram showing the overall DNA recognition by the ATPγS-Rad50 dimer."}
{"words": ["(", "B", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "interaction", "between", "the", "internal", "segment", "(", "major", "and", "minor", "grooves", ")", "of", "the", "DNA", "strand", "and", "the", "edge", "of", "lobe", "I", "of", "Rad50A", "(", "green", ")", ".", "Loop", "α1", "-", "α2", "wedge", "faces", "the", "minor", "groove", "between", "the", "10th", "and", "13", "'", "th", "phosphates", "of", "the", "template", "(", "orange", ")", "and", "non", "-", "template", "(", "yellow", ")", "strands", ",", "respectively", ".", "(", "C", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "interaction", "between", "the", "DNA", "strand", "and", "the", "α1", "-", "α2", "loop", "in", "an", "orientation", "different", "from", "Fig", "2B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Close-up view of the interaction between the internal segment (major and minor grooves) of the DNA strand and the edge of lobe I of Rad50A (green). Loop α1-α2 wedge faces the minor groove between the 10th and 13' th phosphates of the template (orange) and non-template (yellow) strands, respectively. (C) Close-up view of the interaction between the DNA strand and the α1-α2 loop in an orientation different from Fig 2B."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "DNA", "binding", "analysis", "for", "the", "Interactions", "between", "WT", "or", "four", "MjMRcd", "mutants", "and", "a", "closed", "circular", "dsDNA", "(", "φx174RFII", ")", "in", "the", "absence", "(", "B", ")", "or", "presence", "(", "C", ")", "of", "AMP", "-", "PNP", "/", "Mg2", "+", ".", "Each", "protein", "sample", "was", "incubated", "with", "φx174RFII", "dsDNA", "(", "3", ".", "5", "nM", ")", "for", "30", "min", "on", "4", "°", "C", ".", "The", "following", "molar", "ratio", "of", "protein", ":", "DNA", "is", "used", "in", "Fig", "3B", "-", "3E", ";", "lane", "2", ",", "50", ":", "1", ";", "lane", "3", ",", "100", ":", "1", ";", "lane", "4", ",", "200", ":", "1", ";", "lane", "5", ",", "500", ":", "1", ";", "lane", "6", ",", "1000", ":", "1", ";", "lane", "7", ",", "2000", ":", "1", ".", "We", "note", "that", "some", "MRcd", "variants", "may", "form", "a", "second", "form", "of", "the", "complex", "with", "DNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(B, C) DNA binding analysis for the Interactions between WT or four MjMRcd mutants and a closed circular dsDNA (φx174RFII) in the absence (B) or presence (C) of AMP-PNP/Mg2+. Each protein sample was incubated with φx174RFII dsDNA (3.5 nM) for 30 min on 4°C. The following molar ratio of protein: DNA is used in Fig 3B-3E; lane 2, 50:1; lane 3, 100:1; lane 4, 200:1; lane 5, 500:1; lane 6, 1000:1; lane 7, 2000:1. We note that some MRcd variants may form a second form of the complex with DNA."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Interactions", "of", "the", "WT", "or", "five", "full", "-", "length", "TmMR", "mutants", "with", "φx174RFII", "were", "examined", "in", "the", "absence", "(", "D", ")", "or", "presence", "of", "AMP", "-", "PNP", "/", "Mg2", "+", "(", "E", ")", ".", "Reaction", "conditions", "are", "same", "as", "those", "in", "Fig", "3B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Interactions of the WT or five full-length TmMR mutants with φx174RFII were examined in the absence (D) or presence of AMP-PNP/Mg2+ (E). Reaction conditions are same as those in Fig 3B."}
{"words": ["(", "F", ")", "Nuclease", "activities", "of", "free", "MjMre11", "(", "lane", "3", ",", "4", ")", ",", "nucleotide", "unbound", "-", "(", "5", ",", "6", ")", "and", "-", "bound", "MjMRcd", "complex", "(", "7", ",", "8", ")", "towards", "a", "hairpin", "DNA", ".", "Each", "protein", "sample", "was", "incubated", "with", "a", "hairpin", "DNA", "(", "10", "nM", ")", "in", "a", "1", ":", "10", "or", "1", ":", "20", "molar", "ratio", "(", "protein", ":", "DNA", ")", "for", "30", "min", "on", "55", "°", "C", ".", "The", "error", "bars", "for", "the", "quantified", "values", "of", "uncleaved", "substrates", "on", "the", "right", "panel", "are", "calculated", "from", "the", "standard", "deviation", "from", "three", "repetitions", "of", "each", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Nuclease activities of free MjMre11 (lane 3, 4), nucleotide unbound- (5, 6) and -bound MjMRcd complex (7, 8) towards a hairpin DNA. Each protein sample was incubated with a hairpin DNA (10 nM) in a 1:10 or 1:20 molar ratio (protein: DNA) for 30 min on 55°C. The error bars for the quantified values of uncleaved substrates on the right panel are calculated from the standard deviation from three repetitions of each experiment."}
{"words": ["(", "G", ")", "Nuclease", "activities", "of", "free", "TmMre11", "alone", "(", "lane", "3", ",", "4", ")", ",", "nucleotide", "unbound", "-", "(", "lane", "5", ",", "6", ")", "and", "-", "bound", "(", "lane", "7", ",", "8", ")", "full", "-", "length", "TmMR", "complex", "towards", "a", "hairpin", "DNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(G) Nuclease activities of free TmMre11 alone (lane 3, 4), nucleotide unbound- (lane 5, 6) and -bound (lane 7, 8) full-length TmMR complex towards a hairpin DNA."}
{"words": ["(", "A", ")", "Superposition", "of", "the", "ATPγS", "-", "MjMR", "-", "DNA", "complex", "(", "green", ")", "and", "apo", "-", "MjMR", "(", "3AV0", ",", "magenta", ")", "structures", ".", "Alignment", "was", "done", "using", "their", "NBDs", "(", "1", ".", "3", "Å", "rmsd", "in", "the", "positions", "of", "311", "Cα", "atoms", ")", ".", "The", "coiled", "-", "coils", "of", "the", "DNA", "-", "bound", "Rad50", "molecules", "are", "shifted", "(", "arrow", ")", "to", "more", "parallel", "orientation", ".", "The", "entire", "structures", "can", "be", "superimposed", "with", "a", "1", ".", "9", "Å", "rmsd", "in", "692", "Cα", "positions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Superposition of the ATPγS-MjMR-DNA complex (green) and apo-MjMR (3AV0, magenta) structures. Alignment was done using their NBDs (1.3 Å rmsd in the positions of 311 Cα atoms). The coiled-coils of the DNA-bound Rad50 molecules are shifted (arrow) to more parallel orientation. The entire structures can be superimposed with a 1.9 Å rmsd in 692 Cα positions."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Comparison", "of", "the", "local", "structures", "between", "the", "apo", "(", "B", ")", "and", "the", "DNA", "-", "bound", "MjMR", "complex", "(", "C", ")", ".", "Upon", "DNA", "binding", ",", "helix", "α6", "translates", "to", "DNA", "backbone", ",", "resulting", "in", "the", "tighter", "packing", "of", "Leu155", "and", "Leu156", "against", "a", "hydrophobic", "pocket", "formed", "by", "lobe", "I", "and", "II", ".", "Arrows", "indicate", "the", "direction", "of", "the", "helix", "movement", "by", "DNA", "binding", ".", "See", "Fig", "EV5", "for", "a", "close", "-", "up", "view", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Comparison of the local structures between the apo (B) and the DNA-bound MjMR complex (C). Upon DNA binding, helix α6 translates to DNA backbone, resulting in the tighter packing of Leu155 and Leu156 against a hydrophobic pocket formed by lobe I and II. Arrows indicate the direction of the helix movement by DNA binding. See Fig EV5 for a close-up view."}
{"words": ["(", "A", ")", "Stereo", "view", "of", "the", "superposition", "of", "the", "ADP", "-", "MjRad50", "(", "3AUX", ")", "complex", "(", "black", ")", "onto", "the", "ATPγS", "-", "MjMR", "-", "DNA", "complex", "(", "green", "and", "blue", ")", "by", "aligning", "their", "lobe", "II", "domains", ".", "The", "α1", "-", "α2", "loop", "that", "could", "collide", "with", "parts", "of", "the", "DNA", "molecule", "is", "indicated", ".", "(", "B", ")", "Aligning", "the", "lobe", "II", "domains", "of", "two", "structures", "in", "Fig", "5A", "shows", "that", "rotation", "of", "the", "lobe", "I", "opens", "the", "gate", "for", "Mre11", ",", "which", "could", "allow", "the", "access", "of", "the", "unwound", "DNA", ".", "Color", "schemes", "are", "same", "as", "those", "in", "Fig", "5A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Stereo view of the superposition of the ADP-MjRad50 (3AUX) complex (black) onto the ATPγS-MjMR-DNA complex (green and blue) by aligning their lobe II domains. The α1-α2 loop that could collide with parts of the DNA molecule is indicated. (B) Aligning the lobe II domains of two structures in Fig 5A shows that rotation of the lobe I opens the gate for Mre11, which could allow the access of the unwound DNA. Color schemes are same as those in Fig 5A."}
{"words": ["(", "C", ")", "DNA", "-", "unwinding", "activities", "of", "TmMR", ".", "Lane", "2", ",", "no", "protein", ";", "lanes", "3", "and", "4", ",", "no", "ATP", ";", "lanes", "5", "and", "6", ",", "with", "ATPγS", ";", "lanes", "7", "and", "8", ",", "with", "ATP", ".", "The", "DNA", ":", "protein", "ratio", "was", "1", ":", "2", "for", "lanes", "3", ",", "5", ",", "and", "7", ",", "and", "1", ":", "5", "for", "lanes", "4", ",", "6", ",", "and", "8", ".", "Plotted", "data", "represent", "the", "mean", "of", "three", "experiments", ",", "with", "error", "bars", "indicating", "one", "standard", "deviation", ".", "A", "graph", "of", "the", "quantified", "data", "is", "shown", "in", "the", "lower", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) DNA-unwinding activities of TmMR. Lane 2, no protein; lanes 3 and 4, no ATP; lanes 5 and 6, with ATPγS; lanes 7 and 8, with ATP. The DNA: protein ratio was 1:2 for lanes 3, 5, and 7, and 1:5 for lanes 4, 6, and 8. Plotted data represent the mean of three experiments, with error bars indicating one standard deviation. A graph of the quantified data is shown in the lower panel."}
{"words": ["(", "D", ")", "Comparison", "of", "the", "ATP", "-", "dependent", "DNA", "unwinding", "activities", "of", "WT", "and", "mutant", "TmMR", "proteins", ".", "Lane", "2", ",", "no", "protein", ";", "lane", "3", "and", "4", ",", "WT", "TmMR", ";", "lane", "5", "and", "6", ",", "Rad50", "(", "Δ54", "-", "56", ")", "mutant", ";", "lane", "7", "and", "8", ",", "R87E", "mutant", ";", "lane", "9", "and", "10", ",", "K95E", "mutant", ";", "lane", "11", "and", "12", ",", "R94E", "/", "K95E", "mutant", ";", "lane", "13", "and", "14", ",", "K115E", "mutant", ".", "For", "each", "TmMR", ",", "reaction", "contains", "1", ":", "2", "or", "1", ":", "5", "ratio", "of", "DNA", ":", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(D) Comparison of the ATP-dependent DNA unwinding activities of WT and mutant TmMR proteins. Lane 2, no protein; lane 3 and 4, WT TmMR; lane 5 and 6, Rad50 (Δ54-56) mutant; lane 7 and 8, R87E mutant; lane 9 and 10, K95E mutant; lane 11 and 12, R94E/K95E mutant; lane 13 and 14, K115E mutant. For each TmMR, reaction contains 1:2 or 1:5 ratio of DNA: protein."}
{"words": ["(", "A", ")", "Endonuclease", "activities", "of", "the", "TmMR", "WT", "and", "mutant", "proteins", "towards", "a", "duplex", "DNA", "in", "the", "absence", "(", "left", "panel", ")", "or", "presence", "of", "ATP", "(", "right", "panel", ")", ".", "Major", "products", "are", "marked", "with", "dots", ".", "The", "5", "'", "-", "32P", "-", "label", "is", "indicated", "by", "a", "star", ".", "See", "Appendix", "Fig", "S4A", "and", "S4B", "for", "the", "quantified", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Endonuclease activities of the TmMR WT and mutant proteins towards a duplex DNA in the absence (left panel) or presence of ATP (right panel). Major products are marked with dots. The 5'-32P-label is indicated by a star. See Appendix Fig S4A and S4B for the quantified values."}
{"words": ["(", "B", ")", "Quantification", "of", "a", "bubble", "DNA", "binding", "by", "WT", "or", "mutant", "TmMR", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "AMP", "-", "PNP", ".", "See", "Appendix", "Fig", "S3E", "and", "S3F", "for", "the", "original", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Quantification of a bubble DNA binding by WT or mutant TmMR in the presence or absence of AMP-PNP. See Appendix Fig S3E and S3F for the original data."}
{"words": ["(", "C", ")", "Endonuclease", "activities", "of", "the", "WT", "and", "mutant", "TmMR", "proteins", "towards", "a", "bubble", "DNA", "molecule", "in", "the", "absence", "(", "left", "panel", ")", "or", "presence", "of", "ATP", "(", "right", "panel", ")", ".", "See", "Appendix", "Fig", "S4C", "and", "S4D", "for", "the", "quantified", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Endonuclease activities of the WT and mutant TmMR proteins towards a bubble DNA molecule in the absence (left panel) or presence of ATP (right panel). See Appendix Fig S4C and S4D for the quantified values."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "effects", "of", "single", "or", "multiple", "point", "mutations", "in", "the", "DNA", "-", "contacting", "or", "neighboring", "residues", "of", "S", ".", "cerevisiae", "rad50", "on", "the", "sensitivity", "to", "chemical", "drugs", ".", "Sensitivities", "of", "rad50", "expressing", "the", "mutants", "towards", "indicated", "concentrations", "of", "CPT", ",", "PHL", ",", "and", "MMS", "were", "examined", ".", "(", "E", ")", "The", "effects", "of", "Rad50", "mutation", "on", "recombination", "stimulated", "by", "inverted", "Alu", "repeats", ".", "See", "Appendix", "Table", "S1", "for", "the", "quantified", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The effects of single or multiple point mutations in the DNA-contacting or neighboring residues of S. cerevisiae rad50 on the sensitivity to chemical drugs. Sensitivities of rad50 expressing the mutants towards indicated concentrations of CPT, PHL, and MMS were examined. (E) The effects of Rad50 mutation on recombination stimulated by inverted Alu repeats. See Appendix Table S1 for the quantified values."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "effects", "of", "Rad50", "mutation", "on", "recombination", "stimulated", "by", "inverted", "Alu", "repeats", ".", "See", "Appendix", "Table", "S1", "for", "the", "quantified", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The effects of Rad50 mutation on recombination stimulated by inverted Alu repeats. See Appendix Table S1 for the quantified values."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Extra", "-", "mitochondrial", "puncta", "formation", "of", "CHCHD2T61I", "in", "MEFs", ".", "Chchd2KO", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2WT", "-", "HA", "and", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmids", ".", "At", "the", "indicated", "times", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "Tom20", "antibodies", ",", "and", "observed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "In", "(", "A", ")", ",", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "in", "the", "insets", ".", "Representative", "images", "at", "lower", "magnification", "are", "shown", "in", "Appendix", "Fig", ".", "S1D", ".", "(", "B", ",", "C", ")", "Quantification", "of", "cells", "displaying", "mitochondrial", "CHCHD2", "and", "extra", "-", "mitochondrial", "CHCHD2", "puncta", "(", "n", " ", "≥", " ", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "In", "(", "B", ",", "C", ",", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", ".", "Comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", "and", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "tests", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Extra-mitochondrial puncta formation of CHCHD2T61I in MEFs. Chchd2KO cells were transfected with the CHCHD2WT-HA and CHCHD2T61I-HA plasmids. At the indicated times, cells were fixed and stained with anti-HA and anti-Tom20 antibodies, and observed by confocal microscopy. In (A), representative images are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown in the insets. Representative images at lower magnification are shown in Appendix Fig. S1D. (B, C) Quantification of cells displaying mitochondrial CHCHD2 and extra-mitochondrial CHCHD2 puncta (n ≥ 100 cells in each experiment). In (B, C, data are shown as the mean ± SD (n = 3). Comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests and one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc tests. **p < 0.01"}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Extra", "-", "mitochondrial", "puncta", "formation", "of", "CHCHD2T61I", "in", "Neuro2a", "cells", ".", "Neuro2a", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2WT", "-", "HA", "and", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmids", "for", "4", "hr", ",", "then", "cultured", "with", "medium", "containing", "2", "%", "FBS", "and", "10", "µM", "retinoic", "acid", "for", "neuronal", "differentiation", ".", "At", "28", "hr", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "Tom20", "antibodies", ".", "In", "(", "D", ")", ",", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "in", "the", "insets", ".", "Representative", "images", "at", "lower", "magnification", "are", "shown", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "cells", "displaying", "mitochondrial", "CHCHD2", "and", "extra", "-", "mitochondrial", "CHCHD2", "puncta", "(", "n", " ", "≥", " ", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "In", "E", ",", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", ".", "Comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", "and", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "tests", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Extra-mitochondrial puncta formation of CHCHD2T61I in Neuro2a cells. Neuro2a cells were transfected with the CHCHD2WT-HA and CHCHD2T61I-HA plasmids for 4 hr, then cultured with medium containing 2% FBS and 10 µM retinoic acid for neuronal differentiation. At 28 hr after transfection, cells were fixed and stained with anti-HA and anti-Tom20 antibodies. In (D), representative images are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown in the insets. Representative images at lower magnification are shown (E) Quantification of cells displaying mitochondrial CHCHD2 and extra-mitochondrial CHCHD2 puncta (n ≥ 100 cells in each experiment). In E, data are shown as the mean ± SD (n = 3). Comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests and one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc tests. **p < 0.01"}
{"words": ["(", "F", ")", "Neuro2a", "cells", "were", "treated", "as", "described", "in", "(", "D", ")", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "fractionated", "into", "cytosol", ",", "organelles", "(", "including", "mitochondria", ")", ",", "nuclei", ",", "and", "cytoskeleton", "(", "including", "insoluble", "matter", ")", ".", "The", "expression", "of", "each", "protein", "was", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Cox4", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "(", "G", ")", "A", "semiquantitative", "analysis", "of", "protein", "expression", "in", "(", "F", ")", "is", "shown", ".", "In", "G", ")", ",", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", ".", "Comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", "and", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "tests", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Neuro2a cells were treated as described in (D), and cell lysates were fractionated into cytosol, organelles (including mitochondria), nuclei, and cytoskeleton (including insoluble matter). The expression of each protein was analyzed by western blotting using an anti-HA antibody. Cox4 was used as a control. (G) A semiquantitative analysis of protein expression in (F) is shown. In G), data are shown as the mean ± SD (n = 3). Comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests and one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc tests. **p < 0.01"}
{"words": ["Neuro2a", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2WT", "-", "HA", "and", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmids", "for", "4", "hr", ",", "and", "then", "cultured", "in", "medium", "containing", "2", "%", "FBS", "and", "10", "µM", "retinoic", "acid", "to", "induce", "neuronal", "differentiation", ".", "At", "28", "hr", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "and", "ProteoStat", "protein", "aggregation", "dye", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "Nefl", "antibodies", "(", "C", ",", "D", ")", ",", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "p", "-", "Nefl473", "antibodies", "(", "E", ",", "F", ")", ",", "In", "(", "A", ",", "C", ",", "E", ",", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "in", "the", "inset", ".", "Arrowheads", "indicate", "colocalized", "puncta", "between", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "and", "aggresomes", "or", "the", "indicated", "proteins", ".", "Representative", "images", "at", "lower", "magnification", "are", "shown", "(", "B", ",", "D", ",", "F", ",", "The", "amount", "of", "aggresomes", "(", "B", ")", ",", "Nefl", "(", "D", ")", ",", "p", "-", "Nefl473", "(", "F", ")", "was", "measured", "as", "the", "fluorescence", "intensity", "per", "cell", "(", "n", " ", "=", "30", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "bars", "indicate", "mean", "values", ".", "In", "(", "B", ",", "D", ",", "F", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neuro2a cells were transfected with the CHCHD2WT-HA and CHCHD2T61I-HA plasmids for 4 hr, and then cultured in medium containing 2% FBS and 10 µM retinoic acid to induce neuronal differentiation. At 28 hr after transfection, cells were fixed and stained with an anti-HA antibody and ProteoStat protein aggregation dye (A, B), anti-HA and anti-Nefl antibodies (C, D), anti-HA and anti-p-Nefl473 antibodies (E, F), In (A, C, E, representative images are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown in the inset. Arrowheads indicate colocalized puncta between CHCHD2T61I-HA and aggresomes or the indicated proteins. Representative images at lower magnification are shown (B, D, F, The amount of aggresomes (B), Nefl (D), p-Nefl473 (F) was measured as the fluorescence intensity per cell (n  = 30 cells in each experiment). Red bars indicate mean values. In (B, D, F, comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests. *p < 0.05. **p < 0.01"}
{"words": ["Neuro2a", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2WT", "-", "HA", "and", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmids", "for", "4", "hr", ",", "and", "then", "cultured", "in", "medium", "containing", "2", "%", "FBS", "and", "10", "µM", "retinoic", "acid", "to", "induce", "neuronal", "differentiation", ".", "At", "28", "hr", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "Synuclein129", "(", "p", "-", "α", "-", "Syn129", ")", "antibodies", "(", "G", ",", "H", ")", ".", "In", "G", ")", ",", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "in", "the", "inset", ".", "Arrowheads", "indicate", "colocalized", "puncta", "between", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "and", "the", "indicated", "proteins", ".", "Representative", "images", "at", "lower", "magnification", "are", "shown", "H", ")", "The", "amount", "of", "p", "-", "α", "-", "Syn129", "(", "H", ")", "was", "measured", "as", "the", "fluorescence", "intensity", "per", "cell", "(", "n", " ", "=", "30", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "bars", "indicate", "mean", "values", ".", "In", "H", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Neuro2a cells were transfected with the CHCHD2WT-HA and CHCHD2T61I-HA plasmids for 4 hr, and then cultured in medium containing 2% FBS and 10 µM retinoic acid to induce neuronal differentiation. At 28 hr after transfection, cells were fixed and stained with anti-HA and anti-p-α-Synuclein129 (p-α-Syn129) antibodies (G, H). In G), representative images are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown in the inset. Arrowheads indicate colocalized puncta between CHCHD2T61I-HA and the indicated proteins. Representative images at lower magnification are shown H) The amount of p-α-Syn129 (H) was measured as the fluorescence intensity per cell (n  = 30 cells in each experiment). Red bars indicate mean values. In H, comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests. *p < 0.05. **p < 0.01"}
{"words": ["In", "(", "I", ")", ",", "cell", "lysates", "were", "harvested", "at", "28", "hr", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "analyzed", "by", "western", "blotting", ".", "(", "J", ")", "A", "semiquantitative", "analysis", "of", "protein", "expression", "in", "(", "I", ")", "is", "shown", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ")", ".", "In", "J", ")", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In (I), cell lysates were harvested at 28 hr, and the expression of each protein was analyzed by western blotting. (J) A semiquantitative analysis of protein expression in (I) is shown. Data are shown as the mean ± SD (n = 3). In J), comparisons were performed using unpaired two-tailed Student t-tests. *p < 0.05. **p < 0.01"}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Interaction", "between", "CHCHD2T61I", "and", "Csnk1e", "/", "d", ".", "Neuro2a", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2WT", "-", "HA", "and", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmids", "together", "with", "pmax", "-", "GFP", "(", "to", "detect", "transfected", "cells", ")", ",", "and", "were", "differentiated", "into", "neuronal", "cells", "at", "4", "hr", "after", "transfection", ".", "At", "28", "hr", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "the", "PLA", "was", "performed", "using", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "Csnk1e", "/", "d", "antibodies", "and", "Duolink", "PLA", "reagents", ".", "In", "(", "E", ")", ",", "PLA", "signals", "were", "clearly", "observed", "in", "cells", "expressing", "CHCHD2T61I", "-", "HA", ",", "but", "were", "faint", "and", "localized", "in", "the", "cytosol", "in", "cells", "expressing", "CHCHD2WT", "-", "HA", ".", "Representative", "images", "at", "lower", "magnification", "are", "shown", "In", "(", "F", ")", ",", "the", "number", "of", "PLA", "signals", "were", "counted", "(", "n", " ", "=", "50", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "bars", "indicate", "mean", "values", ".", "In", "F", ")", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "the", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "test", "and", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "test", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ".", "NS", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Interaction between CHCHD2T61I and Csnk1e/d. Neuro2a cells were transfected with the CHCHD2WT-HA and CHCHD2T61I-HA plasmids together with pmax-GFP (to detect transfected cells), and were differentiated into neuronal cells at 4 hr after transfection. At 28 hr after transfection, cells were fixed and the PLA was performed using anti-HA and anti-Csnk1e/d antibodies and Duolink PLA reagents. In (E), PLA signals were clearly observed in cells expressing CHCHD2T61I-HA, but were faint and localized in the cytosol in cells expressing CHCHD2WT-HA. Representative images at lower magnification are shown In (F), the number of PLA signals were counted (n  = 50 cells in each experiment). Red bars indicate mean values. In F), comparisons were performed using the unpaired two-tailed Student t-test and one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc test. *p < 0.05. **p < 0.01. NS: not significant"}
{"words": ["(", "D", "-", "I", ")", "Neuro2a", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "plasmid", "together", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ",", "and", "were", "differentiated", "into", "neuronal", "cells", "after", "4", "hr", ".", "At", "28", "hr", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "anti", "-", "HA", ",", "anti", "-", "p", "-", "Nefl473", ",", "and", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "Syn129", "antibodies", ",", "or", "ProteoStat", "aggresome", "detection", "dye", ".", "Similar", "experiments", "were", "performed", "by", "the", "addition", "of", "PF", "-", "670462", "(", "10", "µM", ")", "after", "4", "hr", "of", "transfection", "instead", "of", "gene", "silencing", ".", "In", "(", "D", ",", "F", ",", "H", ")", ",", "representative", "images", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "in", "the", "insets", ".", "Arrowheads", "indicate", "colocalized", "puncta", "between", "CHCHD2T61I", "-", "HA", "and", "the", "indicated", "phosphorylated", "proteins", "or", "aggresomes", ".", "In", "(", "E", ",", "G", ",", "I", ")", ",", "the", "amount", "of", "p", "-", "Nefl473", "(", "E", ")", ",", "p", "-", "α", "-", "Syn129", "(", "G", ")", ",", "and", "aggresomes", "(", "I", ")", "was", "measured", "as", "the", "fluorescence", "intensity", "per", "cell", "(", "n", " ", "=", "30", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "bars", "indicate", "mean", "values", ".", "In", "E", ",", "G", ",", "I", ")", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "tests", "or", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "test", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ".", "NS", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-I) Neuro2a cells were transfected with the CHCHD2T61I-HA plasmid together with the indicated siRNAs, and were differentiated into neuronal cells after 4 hr. At 28 hr after transfection, cells were fixed and stained with anti-HA, anti-p-Nefl473, and anti-p-α-Syn129 antibodies, or ProteoStat aggresome detection dye. Similar experiments were performed by the addition of PF-670462 (10 µM) after 4 hr of transfection instead of gene silencing. In (D, F, H), representative images are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown in the insets. Arrowheads indicate colocalized puncta between CHCHD2T61I-HA and the indicated phosphorylated proteins or aggresomes. In (E, G, I), the amount of p-Nefl473 (E), p-α-Syn129 (G), and aggresomes (I) was measured as the fluorescence intensity per cell (n = 30 cells in each experiment). Red bars indicate mean values. In E, G, I), comparisons were performed using one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc tests or unpaired two-tailed Student t-test. *p < 0.05; **p < 0.01. NS: not significant"}
{"words": ["Reduction", "in", "TH", "signals", "in", "the", "SNpc", "of", "knock", "-", "in", "mice", ".", "In", "(", "D", ")", ",", "brain", "cryosections", "were", "immunostained", "with", "the", "dopaminergic", "cell", "marker", "TH", ".", "Representative", "images", "of", "the", "SNpc", "and", "ventral", "tegmental", "area", "(", "VTA", ")", "are", "shown", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "the", "SNpc", "and", "VTA", "regions", ".", "Bars", "=", "200", "µm", ".", "In", "(", "E", ")", ",", "TH", "signals", "in", "the", "SNpc", "(", "average", "fluorescence", "intensity", "per", "region", ")", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "In", "E", ")", ",", "comparisons", "were", "performed", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "the", "Tukey", "post", "-", "hoc", "tests", ".", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", ".", "01", ".", "NS", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Reduction in TH signals in the SNpc of knock-in mice. In (D), brain cryosections were immunostained with the dopaminergic cell marker TH. Representative images of the SNpc and ventral tegmental area (VTA) are shown. Dashed lines indicate the SNpc and VTA regions. Bars = 200 µm. In (E), TH signals in the SNpc (average fluorescence intensity per region) are shown as the mean ± SD (n = 3). In E), comparisons were performed using one-way ANOVA followed by the Tukey post-hoc tests. *p < 0.05; **p < 0.01. NS: not significant"}
{"words": ["Reduction", "in", "TH", "signals", "in", "the", "SNpc", "of", "knock", "-", "in", "mice", ".", "In", "(", "F", ")", ",", "cryosections", "of", "the", "SNpc", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Chchd2", "and", "anti", "-", "TH", "antibodies", ".", "Arrowheads", "indicate", "Chchd2T61I", "puncta", "in", "TH", "-", "positive", "cells", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "cell", "shapes", ".", "(", "G", "-", "K", ")", "Extra", "-", "mitochondrial", "aggresome", "formation", "by", "p", "-", "Nefl473", ",", "p", "-", "α", "-", "Syn129", ",", "and", "Csnk1e", "/", "d", "in", "the", "SNpc", "of", "knock", "-", "in", "mice", ".", "Cryosections", "of", "the", "SNpc", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Chchd2", "and", "anti", "-", "Ant1", "/", "2", "(", "G", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "Nefl473", "(", "H", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "Syn129", "(", "I", ")", ",", "and", "anti", "-", "Csnk1e", "/", "d", "antibodies", "(", "J", ")", ",", "and", "with", "ProteoStat", "dye", "(", "K", ")", ".", "Ant1", "/", "2", "are", "mitochondrial", "membrane", "proteins", "and", "arrowheads", "indicate", "extra", "-", "mitochondrial", "Chchd2T61I", "(", "G", ")", ".", "In", "(", "H", "-", "K", ")", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "colocalization", "of", "puncta", "with", "Chchd2T61I", "and", "the", "indicated", "proteins", "or", "aggresomes", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "cell", "shapes", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Reduction in TH signals in the SNpc of knock-in mice. In (F), cryosections of the SNpc were immunostained with anti-Chchd2 and anti-TH antibodies. Arrowheads indicate Chchd2T61I puncta in TH-positive cells. Dashed lines indicate cell shapes. (G-K) Extra-mitochondrial aggresome formation by p-Nefl473, p-α-Syn129, and Csnk1e/d in the SNpc of knock-in mice. Cryosections of the SNpc were immunostained with anti-Chchd2 and anti-Ant1/2 (G), anti-p-Nefl473 (H), anti-p-α-Syn129 (I), and anti-Csnk1e/d antibodies (J), and with ProteoStat dye (K). Ant1/2 are mitochondrial membrane proteins and arrowheads indicate extra-mitochondrial Chchd2T61I (G). In (H-K), arrowheads indicate the colocalization of puncta with Chchd2T61I and the indicated proteins or aggresomes. Dashed lines indicate cell shapes."}
{"words": ["(", "L", ")", "Isolated", "midbrain", "and", "diencephalon", "lysates", "were", "subjected", "to", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Isolated midbrain and diencephalon lysates were subjected to western blotting."}
{"words": ["(", "F", "-", "J", ")", "The", "same", "experiments", "as", "Fig", ".", "5G", "-", "K", "were", "performed", "using", "PF", "-", "670462", "-", "infused", "and", "vehicle", "-", "infused", "Chchd2T61I", "knock", "-", "in", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-J) The same experiments as Fig. 5G-K were performed using PF-670462-infused and vehicle-infused Chchd2T61I knock-in mice."}
{"words": ["(", "A", ")", "Photos", "of", "the", "midbrain", "of", "a", "control", "subject", "(", "left", ")", "and", "PD", "patient", "harboring", "the", "CHCHD2T61I", "mutation", "(", "right", ")", ".", "The", "dashed", "lines", "indicate", "the", "SNpc", ".", "A", "portion", "of", "the", "midbrain", "of", "the", "control", "subject", "was", "lost", "when", "slicing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Photos of the midbrain of a control subject (left) and PD patient harboring the CHCHD2T61I mutation (right). The dashed lines indicate the SNpc. A portion of the midbrain of the control subject was lost when slicing."}
{"words": ["(", "B", "-", "G", ")", "Colocalization", "of", "extra", "-", "mitochondrial", "CHCHD2T61I", "with", "CSNK1E", "/", "D", ",", "p", "-", "NEFL472", ",", "and", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "in", "the", "brain", "of", "a", "PD", "patient", "harboring", "the", "CHCHD2T61I", "mutation", ".", "Each", "brain", "section", "was", "deparaffinized", "and", "immunostained", "with", "anti", "-", "CHCHD2", "and", "anti", "-", "ANT1", "/", "2", "(", "B", ")", ",", "anti", "-", "CSNK1E", "/", "D", "(", "C", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "NEFL472", "(", "D", ",", "E", ")", ",", "or", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "antibodies", "(", "F", ",", "G", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "extra", "-", "mitochondrial", "CHCHD2T61I", "puncta", "(", "B", ")", ",", "and", "puncta", "showing", "colocalization", "of", "CHCHD2T61I", "with", "CSNK1E", "/", "D", "(", "C", ")", ",", "p", "-", "NEFL472", "(", "D", ")", ",", "and", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "(", "F", ")", ".", "Arrows", "indicate", "weaker", "colocalization", "between", "CHCHD2T61I", "and", "the", "indicated", "proteins", "in", "the", "control", "brain", "(", "C", ",", "D", ",", "F", ")", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "cell", "shapes", ".", "In", "(", "E", ",", "G", ")", ",", "the", "amount", "of", "p", "-", "NEFL472", "(", "E", ")", "and", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "(", "G", ")", "was", "measured", "by", "the", "average", "fluorescence", "intensity", "per", "cell", "(", "n", " ", "=", "30", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "bars", "indicate", "mean", "values", ".", "Comparisons", "were", "performed", "using", "the", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "-", "tests", ".", "*", "*", "p", " ", "<", " ", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-G) Colocalization of extra-mitochondrial CHCHD2T61I with CSNK1E/D, p-NEFL472, and p-α-SYN129 in the brain of a PD patient harboring the CHCHD2T61I mutation. Each brain section was deparaffinized and immunostained with anti-CHCHD2 and anti-ANT1/2 (B), anti-CSNK1E/D (C), anti-p-NEFL472 (D, E), or anti-p-α-SYN129 antibodies (F, G). Arrowheads indicate extra-mitochondrial CHCHD2T61I puncta (B), and puncta showing colocalization of CHCHD2T61I with CSNK1E/D (C), p-NEFL472 (D), and p-α-SYN129 (F). Arrows indicate weaker colocalization between CHCHD2T61I and the indicated proteins in the control brain (C, D, F). Dashed lines indicate cell shapes. In (E, G), the amount of p-NEFL472 (E) and p-α-SYN129 (G) was measured by the average fluorescence intensity per cell (n  = 30 cells in each experiment). Red bars indicate mean values. Comparisons were performed using the unpaired two-tailed Student t-tests. **p < 0.01"}
{"words": ["iPSCs", "were", "prepared", "from", "a", "healthy", "control", "and", "a", "PD", "patient", "harboring", "the", "CHCHD2T61I", "mutation", ".", "An", "isogenic", "control", "iPSC", "line", "was", "generated", "by", "the", "correction", "of", "the", "gene", "mutation", "Then", ",", "these", "iPSC", "cells", "were", "differentiated", "into", "dopaminergic", "(", "DA", ")", "neurons", ",", "and", "analyzed", "by", "immunofluorescence", "using", "anti", "-", "CHCHD2", "(", "A", "-", "E", ")", ",", "anti", "-", "ANT1", "/", "2", "(", "A", ")", ",", "anti", "-", "CSNK1E", "/", "D", "(", "B", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "NEFL472", "(", "C", ")", ",", "and", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "antibodies", "(", "D", ")", "Arrowheads", "indicate", "extra", "-", "mitochondrial", "CHCHD2T61I", "(", "A", ")", ",", "puncta", "showing", "colocalization", "of", "CHCHD2T61I", "with", "CSNK1E", "/", "D", "(", "B", ")", ",", "p", "-", "NEFL472", "(", "C", ",", ",", "and", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "(", "D", ",", "Dashed", "lines", "indicate", "cell", "shapes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "iPSCs were prepared from a healthy control and a PD patient harboring the CHCHD2T61I mutation. An isogenic control iPSC line was generated by the correction of the gene mutation Then, these iPSC cells were differentiated into dopaminergic (DA) neurons, and analyzed by immunofluorescence using anti-CHCHD2 (A-E), anti-ANT1/2 (A), anti-CSNK1E/D (B), anti-p-NEFL472 (C), and anti-p-α-SYN129 antibodies (D) Arrowheads indicate extra-mitochondrial CHCHD2T61I (A), puncta showing colocalization of CHCHD2T61I with CSNK1E/D (B), p-NEFL472 (C, , and p-α-SYN129 (D, Dashed lines indicate cell shapes."}
{"words": ["CHCHD2T61I", "iPSC", "-", "derived", "DA", "neurons", "were", "treated", "with", "PF", "-", "670462", "(", "10", "µM", ")", "for", "20", "hr", "and", "analyzed", "by", "immunofluorescence", "using", "anti", "-", "CHCHD2", "and", "anti", "-", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "antibodies", "(", "G", ")", ",", "and", "ProteoStat", "aggresome", "dye", "(", "H", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "puncta", "showing", "colocalization", "of", "CHCHD2T61I", "with", "p", "-", "α", "-", "SYN129", "G", ")", "or", "aggresomes", "H", ")", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "cell", "shapes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CHCHD2T61I iPSC-derived DA neurons were treated with PF-670462 (10 µM) for 20 hr and analyzed by immunofluorescence using anti-CHCHD2 and anti-p-α-SYN129 antibodies (G), and ProteoStat aggresome dye (H). Arrowheads indicate puncta showing colocalization of CHCHD2T61I with p-α-SYN129 G) or aggresomes H). Dashed lines indicate cell shapes."}
{"words": ["A", ".", "MDCK", "cells", "were", "cultured", "on", "cell", "culture", "inserts", "for", "4", "days", ".", "On", "the", "last", "day", ",", "the", "culture", "medium", "was", "replaced", "with", "EV", "-", "depleted", "medium", ".", "EVs", "released", "from", "the", "apical", "and", "basolateral", "sides", "of", "MDCK", "cells", "were", "purified", "by", "PEG", "precipitation", ".", "Cell", "lysates", "and", "EV", "proteins", "in", "PEG", "pellets", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "antibodies", "indicated", ".", "Note", "that", "the", "PEG", "pellets", "did", "not", "contain", "mitochondrial", "protein", "TOMM20", ",", "suggesting", "that", "the", "PEG", "pellets", "were", "not", "contaminated", "by", "intracellular", "organelles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. MDCK cells were cultured on cell culture inserts for 4 days. On the last day, the culture medium was replaced with EV-depleted medium. EVs released from the apical and basolateral sides of MDCK cells were purified by PEG precipitation. Cell lysates and EV proteins in PEG pellets were analyzed by immunoblotting with the antibodies indicated. Note that the PEG pellets did not contain mitochondrial protein TOMM20, suggesting that the PEG pellets were not contaminated by intracellular organelles."}
{"words": ["B", ".", "PEG", "pellets", "were", "subjected", "to", "OptiPrep", "flotation", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. PEG pellets were subjected to OptiPrep flotation analysis."}
{"words": ["C", ".", "MDCK", "cells", "stably", "expressing", "human", "CD63", "were", "cultured", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD63", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C. MDCK cells stably expressing human CD63 were cultured sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD63 antibody."}
{"words": ["D", ".", "sEVs", "were", "eluted", "from", "the", "beads", "with", "a", "glycine", "buffer", "and", "analyzed", "by", "nanoparticle", "tracking", "analysis", "(", "NTA", ")", ".", "Representative", "NTA", "traces", "were", "shown", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "the", "NTA", "data", "obtained", "in", "five", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. sEVs were eluted from the beads with a glycine buffer and analyzed by nanoparticle tracking analysis (NTA). Representative NTA traces were shown. E. Quantification of the NTA data obtained in five independent experiments."}
{"words": ["F", ".", "MDCK", "cells", "were", "cultured", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD9", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "F. MDCK cells were cultured sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD9 antibody."}
{"words": ["G", ".", "sEVs", "were", "eluted", "from", "the", "beads", "with", "a", "glycine", "buffer", "and", "analyzed", "by", "NTA", ".", "Representative", "NTA", "traces", "were", "shown", ".", "H", ".", "Quantification", "of", "the", "NTA", "data", "obtained", "in", "five", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. sEVs were eluted from the beads with a glycine buffer and analyzed by NTA. Representative NTA traces were shown. H. Quantification of the NTA data obtained in five independent experiments. "}
{"words": ["A", ".", "MDCK", "cells", "were", "cultured", "on", "cell", "culture", "inserts", "for", "4", "days", ".", "On", "the", "last", "day", ",", "the", "culture", "medium", "was", "replaced", "with", "serum", "-", "free", "medium", ".", "sEVs", "released", "from", "the", "apical", "and", "basolateral", "sides", "of", "MDCK", "cells", "were", "purified", "by", "ultracentrifugation", ".", "Apical", "and", "basolateral", "sEVs", "(", "P100", ")", "were", "analyzed", "by", "silver", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. MDCK cells were cultured on cell culture inserts for 4 days. On the last day, the culture medium was replaced with serum-free medium. sEVs released from the apical and basolateral sides of MDCK cells were purified by ultracentrifugation. Apical and basolateral sEVs (P100) were analyzed by silver staining."}
{"words": ["C", ".", "MDCK", "cells", "were", "cultured", "on", "cell", "culture", "inserts", "for", "4", "days", ".", "On", "the", "last", "day", ",", "the", "culture", "medium", "was", "replaced", "with", "EV", "-", "depleted", "medium", ".", "sEVs", "released", "from", "the", "apical", "and", "basolateral", "sides", "of", "MDCK", "cells", "were", "purified", "by", "PEG", "precipitation", ".", "Cell", "lysates", "and", "sEV", "proteins", "in", "PEG", "pellets", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "antibodies", "indicated", ".", "GPRC5C", "was", "detected", "only", "in", "the", "apical", "sEV"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. MDCK cells were cultured on cell culture inserts for 4 days. On the last day, the culture medium was replaced with EV-depleted medium. sEVs released from the apical and basolateral sides of MDCK cells were purified by PEG precipitation. Cell lysates and sEV proteins in PEG pellets were analyzed by immunoblotting with the antibodies indicated. GPRC5C was detected only in the apical sEV samples"}
{"words": ["D", ".", "PEG", "pellets", "were", "subjected", "to", "OptiPrep", "flotation", "analysis", ".", "GPRC5C", "was", "detected", "only", "in", "the", "apical", "sEV"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. PEG pellets were subjected to OptiPrep flotation analysis. GPRC5C was detected only in the apical sEV samples"}
{"words": ["E", ".", "MDCK", "cells", "were", "cultured", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD9", "antibody", ".", "GPRC5C", "was", "detected", "only", "in", "the", "apical", "sEV"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. MDCK cells were cultured sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD9 antibody. GPRC5C was detected only in the apical sEV samples"}
{"words": ["F", ".", "MDCK", "cells", "stably", "expressing", "human", "CD63", "were", "cultured", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD63", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "F. MDCK cells stably expressing human CD63 were cultured sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD63 antibody."}
{"words": ["A", ".", "MDCK", "cells", "were", "transfected", "with", "siControl", "or", "the", "siRNAs", "indicated", ",", "and", "the", "cells", "were", "transferred", "to", "cell", "culture", "inserts", "and", "cultured", "for", "4", "days", ".", "On", "the", "last", "day", ",", "the", "culture", "medium", "was", "replaced", "with", "EV", "-", "depleted", "medium", ".", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD9", "antibody", ".", "Cell", "lysates", "and", "sEV", "samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "antibodies", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. MDCK cells were transfected with siControl or the siRNAs indicated, and the cells were transferred to cell culture inserts and cultured for 4 days. On the last day, the culture medium was replaced with EV-depleted medium. sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD9 antibody. Cell lysates and sEV samples were analyzed by immunoblotting with the antibodies indicated."}
{"words": ["B", ".", "The", "intensity", "of", "the", "bands", "was", "measured", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The intensity of the bands was measured in three independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "sEVs", "were", "eluted", "from", "the", "beads", "with", "a", "glycine", "buffer", "and", "analyzed", "by", "NTA", ".", "Representative", "NTA", "traces", "were", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. sEVs were eluted from the beads with a glycine buffer and analyzed by NTA. Representative NTA traces were shown."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "the", "NTA", "data", "obtained", "in", "five", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of the NTA data obtained in five independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "MDCK", "cells", "were", "transfected", "with", "siControl", "or", "siALIX", ",", "and", "the", "cells", "were", "transferred", "to", "cell", "culture", "inserts", "and", "cultured", "for", "4", "days", ".", "On", "the", "last", "day", ",", "the", "culture", "medium", "was", "replaced", "with", "EV", "-", "depleted", "medium", "with", "or", "without", "10", "nM", "GW4869", ".", "sEVs", "were", "isolated", "from", "the", "pre", "-", "cleared", "medium", "by", "direct", "immunoaffinity", "capture", "using", "anti", "-", "CD9", "antibody", ".", "Cell", "lysates", "and", "sEV", "samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "antibodies", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. MDCK cells were transfected with siControl or siALIX, and the cells were transferred to cell culture inserts and cultured for 4 days. On the last day, the culture medium was replaced with EV-depleted medium with or without 10 nM GW4869. sEVs were isolated from the pre-cleared medium by direct immunoaffinity capture using anti-CD9 antibody. Cell lysates and sEV samples were analyzed by immunoblotting with the antibodies indicated."}
{"words": ["B", ".", "The", "intensity", "of", "the", "bands", "was", "measured", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The intensity of the bands was measured in three independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "sEVs", "were", "eluted", "from", "the", "beads", "with", "a", "glycine", "buffer", "and", "analyzed", "by", "NTA", ".", "Representative", "NTA", "traces", "were", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. sEVs were eluted from the beads with a glycine buffer and analyzed by NTA. Representative NTA traces were shown."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "the", "NTA", "data", "obtained", "in", "five", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of the NTA data obtained in five independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Hep3B", "hepatocytes", "were", "treated", "with", "nontargeting", "control", "siRNA", "(", "siNT", ")", "or", "siRNA", "targeting", "Dyn2", "(", "siDyn2", ")", ",", "followed", "by", "re", "-", "expression", "of", "either", "vector", "alone", ",", "or", "GFP", "-", "tagged", "versions", "of", "Dyn2", ",", "loaded", "with", "150", "µM", "oleate", "overnight", "and", "starved", "for", "48", "h", "in", "medium", "containing", "0", ".", "1", "%", "FBS", ".", "LDs", "were", "visualized", "by", "immunofluorescence", "using", "Oil", "Red", "O", "staining", ".", "Cell", "boundaries", "are", "outlined", "and", "those", "cells", "re", "-", "expressing", "GFP", ",", "GFP", "-", "wtDyn2", ",", "or", "GFP", "-", "-", "K44A", "are", "denoted", "with", "asterisks", ".", "Bars", ",", "20", "µM", ".", "(", "B", ")", "Representative", "blot", "showing", "the", "efficiency", "of", "the", "Dyn2", "knockdown", "in", "these", "cells", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "Quantitation", "of", "the", "average", "LD", "number", "and", "area", "(", "in", "pixels2", ")", "per", "cell", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SE", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ".", "NS", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Hep3B hepatocytes were treated with nontargeting control siRNA (siNT) or siRNA targeting Dyn2 (siDyn2), followed by re-expression of either vector alone, or GFP-tagged versions of Dyn2, loaded with 150 µM oleate overnight and starved for 48 h in medium containing 0.1% FBS. LDs were visualized by immunofluorescence using Oil Red O staining. Cell boundaries are outlined and those cells re-expressing GFP, GFP-wtDyn2, or GFP--K44A are denoted with asterisks. Bars, 20 µM. (B) Representative blot showing the efficiency of the Dyn2 knockdown in these cells. (C and D) Quantitation of the average LD number and area (in pixels2) per cell from three independent experiments. The data are represented as mean ± SE. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01. NS, not significant."}
{"words": ["HuH", "-", "7", "(", "A", ")", "and", "Hep3B", "(", "B", ")", "hepatocytes", "were", "loaded", "with", "150", "µM", "oleate", "overnight", "and", "starved", "for", "48", "h", "in", "medium", "containing", "0", ".", "1", "%", "FBS", "in", "the", "presence", "of", "Dyn2", "inhibitors", "or", "DMSO", "as", "indicated", ".", "Representative", "images", "of", "inhibitor", "-", "treated", "and", "control", "cells", "(", "stained", "with", "Oil", "Red", "O", ")", "are", "shown", "in", "A", "and", "B", "together", "with", "the", "quantitation", "of", "the", "average", "LD", "area", "per", "cell", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Pharmacological", "inhibitors", "used", "were", ":", "Dynasore", "(", "inhibits", "Dyn2", "GTPase", "activity", ")", ",", "MiTMAB", "(", "targets", "PH", "domain", "and", "interferes", "with", "membrane", "binding", ")", ",", "Dynole", "34", "-", "2", "(", "allosteric", "GTPase", "inhibitor", ")", ",", "and", "Dynole", "31", "-", "2", "(", "negative", "control", "for", "Dynole", "34", "-", "2", ")", ".", "Bars", ",", "20", "µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HuH-7 (A) and Hep3B (B) hepatocytes were loaded with 150 µM oleate overnight and starved for 48 h in medium containing 0.1% FBS in the presence of Dyn2 inhibitors or DMSO as indicated. Representative images of inhibitor-treated and control cells (stained with Oil Red O) are shown in A and B together with the quantitation of the average LD area per cell from three independent experiments. Pharmacological inhibitors used were: Dynasore (inhibits Dyn2 GTPase activity), MiTMAB (targets PH domain and interferes with membrane binding), Dynole 34-2 (allosteric GTPase inhibitor), and Dynole 31-2 (negative control for Dynole 34-2). Bars, 20 µM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "from", "control", "and", "Dyn2", "knockout", "MEFs", "after", "an", "overnight", "lipid", "loading", "with", "400", "µM", "Dyn2", "for", "17", "h", ".", "Knockout", "of", "Dyn2", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "2", "µM", "4", "-", "hydroxy", "-", "tamoxifen", "for", "7", "d", "and", "was", "confirmed", "by", "immunostaining", "of", "endogenous", "Dyn2", "(", "top", "row", ")", "and", "by", "immunoblot", "(", "D", ")", ".", "Bars", ",", "20", "µM", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "Average", "LD", "number", "(", "E", ")", "and", "area", "(", "F", ")", "per", "cell", "from", "five", "independent", "experiments", ".", "All", "data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SE", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images from control and Dyn2 knockout MEFs after an overnight lipid loading with 400 µM Dyn2 for 17 h. Knockout of Dyn2 was induced by treatment with 2 µM 4-hydroxy-tamoxifen for 7 d and was confirmed by immunostaining of endogenous Dyn2 (top row) and by immunoblot (D). Bars, 20 µM. (E and F) Average LD number (E) and area (F) per cell from five independent experiments. All data are represented as mean ± SE. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01."}
{"words": ["(", "G", ")", "Whole", "-", "cell", "lysates", "and", "LD", "fractions", "isolated", "from", "HuH", "-", "7", "hepatocytes", "under", "resting", "or", "starved", "(", "2", "h", "HBSS", "starvation", ")", "conditions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Whole-cell lysates and LD fractions isolated from HuH-7 hepatocytes under resting or starved (2 h HBSS starvation) conditions."}
{"words": ["(", "H", ")", "Primary", "hepatocyte", "expressing", "Dyn2", "-", "GFP", ",", "showing", "an", "absence", "of", "colocalization", "with", "the", "LD", "surface", "(", "stained", "with", "Oil", "Red", "O", ")", ".", "Bar", ",", "20", "µM", ".", "Inset", "shows", "magnification", "of", "boxed", "region", "(", "bar", ",", "2", "µM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Primary hepatocyte expressing Dyn2-GFP, showing an absence of colocalization with the LD surface (stained with Oil Red O). Bar, 20 µM. Inset shows magnification of boxed region (bar, 2 µM)."}
{"words": ["Hep3B", "cells", "treated", "with", "either", "a", "nontargeting", "control", "siRNA", "(", "A", "and", "B", ",", "siNT", ")", "or", "an", "siRNA", "targeting", "human", "Dyn2", "(", "C", "and", "D", ",", "siDyn2", ")", "were", "fixed", "and", "co", "-", "stained", "with", "antibodies", "specific", "for", "LAMP1", "(", "red", ")", "and", "LC3", "(", "green", ")", ".", "After", "Dyn2", "knockdown", ",", "a", "juxtanuclear", "aggregation", "and", "enlargement", "of", "the", "LAMP1", "-", "positive", "compartment", "is", "observed", "(", "C", "and", "D", ",", "arrows", ")", ".", "Increased", "labeling", "of", "LC3", "is", "also", "detectable", "after", "knockdown", "of", "Dyn2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Hep3B cells treated with either a nontargeting control siRNA (A and B, siNT) or an siRNA targeting human Dyn2 (C and D, siDyn2) were fixed and co-stained with antibodies specific for LAMP1 (red) and LC3 (green). After Dyn2 knockdown, a juxtanuclear aggregation and enlargement of the LAMP1-positive compartment is observed (C and D, arrows). Increased labeling of LC3 is also detectable after knockdown of Dyn2."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blotting", "of", "Hep3B", "lysates", "after", "a", "3", "-", "d", "treatment", "with", "either", "the", "control", "or", "Dyn2", "-", "targeted", "siRNA", "and", "further", "treatment", "with", "or", "without", "50", "µM", "leupeptin", ".", "Densitometry", "-", "based", "analysis", "of", "six", "independent", "experiments", "is", "shown", "at", "the", "bottom", "of", "the", "figure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blotting of Hep3B lysates after a 3-d treatment with either the control or Dyn2-targeted siRNA and further treatment with or without 50 µM leupeptin. Densitometry-based analysis of six independent experiments is shown at the bottom of the figure."}
{"words": ["(", "F", ")", "Western", "blotting", "of", "Hep3B", "lysates", "after", "treatment", "for", "2", "h", "with", "DMSO", "or", "80", "µM", "Dynasore", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "50", "µM", "leupeptin", ".", "Quantitation", "of", "LC3", "-", "II", "levels", "relative", "to", "control", "are", "shown", "below", "the", "blots", ".", "The", "data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SE", ";", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Western blotting of Hep3B lysates after treatment for 2 h with DMSO or 80 µM Dynasore, in the presence or absence of 50 µM leupeptin. Quantitation of LC3-II levels relative to control are shown below the blots. The data are represented as mean ± SE; *, P ≤ 0.05."}
{"words": ["Dyn2", "knockdown", "results", "in", "the", "formation", "of", "enlarged", "autophagic", "structures", ".", "(", "A", "-", "D", ")", "Transmission", "electron", "micrographs", "(", "TEMs", ")", "of", "oleate", "-", "loaded", "Hep3B", "hepatocytes", "treated", "with", "nontargeting", "control", "(", "siNT", ")", "or", "Dyn2", "(", "siDyn2", ")", "siRNA", "for", "72", "h", ".", "Bars", ":", "(", "A", "and", "B", ")", "2", "µm", ";", "(", "A", "′", "and", "B", "′", ")", "1", "µm", ";", "(", "C", "and", "D", ")", "0", ".", "5", "µm", ".", "Insets", "in", "A", "and", "B", "show", "fluorescent", "micrographs", "of", "LAMP1", "-", "stained", "cells", "(", "bars", ",", "10", "µM", ")", ".", "Control", "cells", "(", "A", ")", "contain", "an", "abundance", "of", "small", "(", "<", "1", "µm", ")", "electron", "-", "dense", "lysosomes", "and", "autolysosomes", "(", "arrowheads", ")", ".", "Under", "conditions", "in", "which", "Dyn2", "expression", "is", "suppressed", "(", "B", "-", "D", ")", ",", "far", "fewer", "small", "lysosomes", "are", "observed", ".", "Instead", ",", "the", "cells", "are", "populated", "by", "larger", "autolysosomes", "(", "≥", "1", "µm", ")", "with", "aberrant", "morphologies", "and", "containing", "putative", "LDs", "(", "*", ")", ".", "(", "E", ")", "Quantitative", "measure", "of", "autolysosomal", "size", "from", "cells", "in", "which", "Dyn2", "was", "knocked", "down", "as", "compared", "with", "control", "cells", ".", "Values", "represent", "the", "fold", "-", "increase", "in", "the", "number", "of", "autophagic", "structures", "of", "a", "given", "diameter", "(", "measured", "in", "microns", ")", "observed", "over", "siNT", "-", "treated", "control", "cells", ".", "Data", "were", "obtained", "from", "a", "single", "experiment", "with", "n", "=", "6", "cells", "examined", "by", "electron", "microscopy", "from", "each", "condition", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dyn2 knockdown results in the formation of enlarged autophagic structures. (A-D) Transmission electron micrographs (TEMs) of oleate-loaded Hep3B hepatocytes treated with nontargeting control (siNT) or Dyn2 (siDyn2) siRNA for 72 h. Bars: (A and B) 2 µm; (A′ and B′) 1 µm; (C and D) 0.5 µm. Insets in A and B show fluorescent micrographs of LAMP1-stained cells (bars, 10 µM). Control cells (A) contain an abundance of small (<1 µm) electron-dense lysosomes and autolysosomes (arrowheads). Under conditions in which Dyn2 expression is suppressed (B-D), far fewer small lysosomes are observed. Instead, the cells are populated by larger autolysosomes (≥1 µm) with aberrant morphologies and containing putative LDs (*). (E) Quantitative measure of autolysosomal size from cells in which Dyn2 was knocked down as compared with control cells. Values represent the fold-increase in the number of autophagic structures of a given diameter (measured in microns) observed over siNT-treated control cells. Data were obtained from a single experiment with n = 6 cells examined by electron microscopy from each condition."}
{"words": ["Hep3B", "cells", "treated", "with", "either", "a", "nontargeting", "control", "siRNA", "(", "A", "and", "B", ",", "siNT", ")", "or", "an", "siRNA", "targeting", "human", "Dyn2", "(", "C", "and", "D", ",", "siDyn2", ")", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "an", "antibody", "specific", "for", "LAMP1", "after", "a", "24", "-", "h", "starvation", "period", "in", "media", "containing", "0", ".", "1", "%", "FBS", ".", "Control", "cells", "displayed", "normal", "lysosomal", "compartments", ",", "with", "LAMP1", "-", "stained", "structures", "dispersed", "throughout", "the", "cytosol", ",", "some", "containing", "short", "reformation", "tubules", "(", "B", "′", ")", ".", "After", "Dyn2", "knockdown", ",", "many", "cells", "contained", "enlarged", "autolysosomes", "with", "a", "noticeable", "increase", "in", "persistent", "and", "lengthy", "reformation", "tubules", "emanating", "from", "LAMP1", "-", "positive", "compartments", "(", "C", "′", "and", "D", "′", ")", ".", "Bars", ":", "(", "A", "-", "D", ")", "20", "µM", ";", "(", "A", "′", "and", "B", "′", ")", "5", "µM", ";", "(", "C", "′", "and", "D", "′", ")", "10", "µM", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "Measurements", "of", "the", "length", "(", "E", ")", "and", "distribution", "(", "F", ")", "of", "LAMP1", "-", "stained", "ALR", "tubules", "in", "control", "(", "siNT", ")", "and", "siDyn2", "-", "treated", "cells", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "derived", "from", "measurements", "of", "tubules", "in", "a", "minimum", "of", "40", "cells", "for", "each", "experimental", "group", "over", "6", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "SE", ";", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hep3B cells treated with either a nontargeting control siRNA (A and B, siNT) or an siRNA targeting human Dyn2 (C and D, siDyn2) were fixed and stained with an antibody specific for LAMP1 after a 24-h starvation period in media containing 0.1% FBS. Control cells displayed normal lysosomal compartments, with LAMP1-stained structures dispersed throughout the cytosol, some containing short reformation tubules (B′). After Dyn2 knockdown, many cells contained enlarged autolysosomes with a noticeable increase in persistent and lengthy reformation tubules emanating from LAMP1-positive compartments (C′ and D′). Bars: (A-D) 20 µM; (A′ and B′) 5 µM; (C′ and D′) 10 µM. (E and F) Measurements of the length (E) and distribution (F) of LAMP1-stained ALR tubules in control (siNT) and siDyn2-treated cells. Data represent the mean derived from measurements of tubules in a minimum of 40 cells for each experimental group over 6 independent experiments. Error bars represent SE; *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01."}
{"words": ["(", "G", ")", "TEM", "of", "siDyn2", "-", "treated", "Hep3B", "hepatocyte", "exhibiting", "enlarged", "autolysosomal", "structures", "with", "extensive", "tubulation", "(", "arrows", ")", ".", "Bar", ",", "2", "µm", ".", "(", "G", "′", ")", "Inset", "showing", "enlargement", "of", "autolysosomal", "tubule", "(", "arrows", ")", ".", "Bar", ",", "1", "µm", ".", "(", "H", ")", "Tubulating", "autolysosome", "with", "engulfed", "lipid", "droplet", ".", "Bar", ",", "0", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) TEM of siDyn2-treated Hep3B hepatocyte exhibiting enlarged autolysosomal structures with extensive tubulation (arrows). Bar, 2 µm. (G′) Inset showing enlargement of autolysosomal tubule (arrows). Bar, 1 µm. (H) Tubulating autolysosome with engulfed lipid droplet. Bar, 0.5 µm."}
{"words": ["Acute", "inhibition", "of", "Dyn2", "reversibly", "disrupts", "autophagic", "lysosomal", "reformation", "(", "ALR", ")", "and", "lysosomal", "tubule", "scission", ".", "(", "A", "-", "D", ")", "Still", "frames", "from", "time", "-", "lapse", "movies", "of", "Hep3B", "cells", "expressing", "LAMP1", "-", "mCherry", ".", "Cells", "were", "starved", "for", "2", "h", "in", "HBSS", "and", "subsequently", "treated", "for", "30", "min", "with", "either", "DMSO", "(", "A", "and", "B", ")", "or", "40", "µM", "Dynasore", "(", "C", "and", "D", ")", ",", "which", "induced", "extensive", "tubulation", "of", "LAMP1", "-", "positive", "compartments", ".", "Bars", "(", "A", "-", "D", ")", ":", "20", "µM", ";", "(", "A", "′", "-", "B", "′", ")", "2", "µM", ";", "(", "C", "′", "-", "D", "′", ")", "10", "µM", ".", "(", "E", "-", "G", ")", "To", "demonstrate", "the", "reversibility", "of", "this", "tubulation", ",", "Dynasore", "-", "treated", "cells", "were", "washed", "extensively", "with", "drug", "-", "free", "media", "containing", "10", "%", "FBS", "and", "monitored", "by", "time", "-", "lapse", "microscopy", "for", "45", "min", ".", "Frequently", ",", "after", "drug", "washout", ",", "LAMP1", "-", "positive", "tubules", "exhibited", "noticeable", "varicosities", "(", "E", "and", "F", ",", "arrows", ";", "bars", ",", "10", "µM", ")", "along", "their", "length", ".", "These", "sites", "are", "suggestive", "of", "areas", "of", "scission", "and", "resumed", "budding", "of", "nascent", "protolysosomes", "from", "the", "reformation", "tubules", "(", "G", ";", "bars", ",", "10", "µM", ")", ".", "(", "H", ")", "Tubules", "from", "cells", "undergoing", "drug", "washout", "were", "quantified", "by", "tracing", "their", "lengths", "at", "the", "beginning", "and", "end", "of", "these", "movies", ".", "Still", "frames", "from", "a", "representative", "movie", "show", "tubule", "content", "at", "t", "=", "10", "and", "45", "min", "after", "drug", "washout", ".", "Bars", ",", "20", "µM", ".", "(", "I", ")", "Analysis", "of", "five", "independent", "movies", "showed", "an", "average", "decrease", "in", "total", "tubulation", "of", "∼", "50", "%", "after", "drug", "washout", ".", "Data", "represent", "the", "average", "relative", "change", "in", "total", "tubule", "length", "between", "the", "first", "and", "last", "frames", "of", "the", "time", "-", "lapse", "movies", ".", "Error", "bars", "represent", "SE", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Acute inhibition of Dyn2 reversibly disrupts autophagic lysosomal reformation (ALR) and lysosomal tubule scission. (A-D) Still frames from time-lapse movies of Hep3B cells expressing LAMP1-mCherry. Cells were starved for 2 h in HBSS and subsequently treated for 30 min with either DMSO (A and B) or 40 µM Dynasore (C and D), which induced extensive tubulation of LAMP1-positive compartments. Bars (A-D): 20 µM; (A′-B′) 2 µM; (C′-D′) 10 µM. (E-G) To demonstrate the reversibility of this tubulation, Dynasore-treated cells were washed extensively with drug-free media containing 10% FBS and monitored by time-lapse microscopy for 45 min. Frequently, after drug washout, LAMP1-positive tubules exhibited noticeable varicosities (E and F, arrows; bars, 10 µM) along their length. These sites are suggestive of areas of scission and resumed budding of nascent protolysosomes from the reformation tubules (G; bars, 10 µM). (H) Tubules from cells undergoing drug washout were quantified by tracing their lengths at the beginning and end of these movies. Still frames from a representative movie show tubule content at t = 10 and 45 min after drug washout. Bars, 20 µM. (I) Analysis of five independent movies showed an average decrease in total tubulation of ∼50% after drug washout. Data represent the average relative change in total tubule length between the first and last frames of the time-lapse movies. Error bars represent SE; *, P < 0.05."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "Subcellular", "density", "gradient", "fractionation", "of", "Hep3B", "hepatocytes", "starved", "for", "2", "h", "in", "HBSS", "and", "treated", "with", "40", "µM", "Dynasore", ",", "to", "induce", "tubule", "formation", ",", "as", "in", "Fig", ".", "5", ".", "Cells", "were", "lysed", "(", "WCL", ")", ",", "and", "the", "post", "-", "nuclear", "supernatant", "(", "PNS", ")", "was", "pelleted", "by", "centrifugation", "to", "produce", "a", "crude", "lysosomal", "fraction", "(", "CLF", ")", "and", "high", "-", "speed", "supernatant", "(", "HSS", ")", ".", "The", "CLF", "was", "subsequently", "loaded", "onto", "an", "8", "-", "27", "%", "discontinuous", "iodixanol", "(", "OptiPrep", ")", "gradient", "for", "separation", "by", "ultracentrifugation", ".", "Nine", "fractions", "were", "collected", "from", "the", "top", "of", "the", "gradient", "and", "blotted", "for", "Dyn2", "and", "the", "LAMP1", "resident", "protein", ",", "LAMP1", ".", "Lysosomal", "acid", "phosphatase", "activity", "roughly", "correlates", "with", "LAMP1", "protein", "levels", "in", "each", "fraction", ".", "Levels", "of", "Dyn2", "are", "highest", "in", "fraction", "2", ",", "corresponding", "with", "both", "the", "peak", "levels", "of", "LAMP1", "and", "lysosomal", "activity", ".", "(", "A", ")", "The", "data", "shown", "are", "from", "a", "single", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "repeats", ".", "(", "B", ")", "Blotting", "for", "subcellular", "components", "shows", "that", "Dyn2", "is", "specific", "for", "these", "same", "fractions", ",", "unlike", "other", "organelle", "markers", "such", "as", "EEA1", "(", "early", "endosomes", ")", "and", "COXIV", "(", "mitochondria", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) Subcellular density gradient fractionation of Hep3B hepatocytes starved for 2 h in HBSS and treated with 40 µM Dynasore, to induce tubule formation, as in Fig. 5. Cells were lysed (WCL), and the post-nuclear supernatant (PNS) was pelleted by centrifugation to produce a crude lysosomal fraction (CLF) and high-speed supernatant (HSS). The CLF was subsequently loaded onto an 8-27% discontinuous iodixanol (OptiPrep) gradient for separation by ultracentrifugation. Nine fractions were collected from the top of the gradient and blotted for Dyn2 and the LAMP1 resident protein, LAMP1. Lysosomal acid phosphatase activity roughly correlates with LAMP1 protein levels in each fraction. Levels of Dyn2 are highest in fraction 2, corresponding with both the peak levels of LAMP1 and lysosomal activity. (A) The data shown are from a single representative experiment out of three repeats. (B) Blotting for subcellular components shows that Dyn2 is specific for these same fractions, unlike other organelle markers such as EEA1 (early endosomes) and COXIV (mitochondria)."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "Dyn2", "localizes", "to", "the", "surface", "of", "LAMP1", "-", "positive", "compartments", ".", "Fluorescence", "imaging", "of", "Hep3B", "hepatocytes", "transfected", "with", "Dyn2", "-", "GFP", "and", "LAMP1", "-", "mCherry", "under", "resting", "(", "C", "and", "C", "′", ")", "or", "starvation", "(", "D", ")", "conditions", ".", "(", "C", "′", "′", ")", "Dyn2", "-", "GFP", "localizing", "to", "LAMP1", "-", "labeled", "lysosome", "structures", "under", "starvation", "conditions", ".", "Arrows", "indicate", "regions", "of", "protein", "colocalization", ".", "Dyn2", "(", "arrows", ")", "is", "present", "at", "the", "site", "of", "scission", "of", "LAMP1", "-", "positive", "tubules", "(", "arrowhead", ")", "from", "large", "autolysosomal", "structures", ".", "Bars", ":", "(", "C", ")", "5", "µM", ";", "(", "C", "′", ",", "C", "′", "′", ",", "and", "D", ")", "3", "µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) Dyn2 localizes to the surface of LAMP1-positive compartments. Fluorescence imaging of Hep3B hepatocytes transfected with Dyn2-GFP and LAMP1-mCherry under resting (C and C′) or starvation (D) conditions. (C′′) Dyn2-GFP localizing to LAMP1-labeled lysosome structures under starvation conditions. Arrows indicate regions of protein colocalization. Dyn2 (arrows) is present at the site of scission of LAMP1-positive tubules (arrowhead) from large autolysosomal structures. Bars: (C) 5 µM; (C′, C′′, and D) 3 µM."}
{"words": ["(", "b", ")", "RT", "-", "PCR", "analysis", "using", "the", "blue", "primer", "set", "(", "left", ")", "and", "green", "primer", "set", "(", "right", ")", "from", "a", ".", "Whereas", "control", "cDNA", "samples", "showed", "a", "single", "product", "corresponding", "to", "the", "wild", "-", "type", "allele", "(", "WT", ")", ",", "an", "apparently", "longer", "product", "was", "observed", "in", "subjects", "1", ",", "2", "and", "5", ",", "indicating", "that", "only", "the", "transcripts", "from", "the", "mutant", "allele", "were", "expressed", ".", "In", "subject", "3", ",", "both", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "alleles", "were", "expressed", ".", "Template", "without", "reverse", "transcriptase", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ",", "RT", "(", "-", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) RT-PCR analysis using the blue primer set (left) and green primer set (right) from a. Whereas control cDNA samples showed a single product corresponding to the wild-type allele (WT), an apparently longer product was observed in subjects 1, 2 and 5, indicating that only the transcripts from the mutant allele were expressed. In subject 3, both wild-type and mutant alleles were expressed. Template without reverse transcriptase was used as a negative control, RT(-)."}
{"words": ["(", "a", "-", "e", ")", "T1", "-", "weighted", "imaging", "shows", "hyperintensity", "of", "the", "substantia", "nigra", "with", "a", "central", "band", "of", "T1", "-", "weighted", "hypointensity", "(", "arrowheads", ")", ".", "Images", "are", "shown", "for", "subject", "1", "at", "33", "years", "(", "a", ")", ",", "subject", "2", "at", "25", "years", "(", "b", ")", ",", "subject", "3", "at", "39", "years", "(", "c", ")", ",", "subject", "4", "at", "46", "years", "(", "d", ")", "and", "subject", "5", "at", "33", "years", "(", "e", ")", ".", "(", "f", "-", "h", ")", "T2", "-", "weighted", "imaging", "shows", "marked", "hypointensity", "of", "the", "globus", "pallidus", "(", "arrows", ")", ",", "suggesting", "iron", "deposition", ".", "Cerebral", "atrophy", "and", "mild", "cerebellar", "atrophy", "are", "also", "seen", ".", "Images", "are", "shown", "for", "subject", "1", "(", "f", ")", ",", "subject", "2", "(", "g", ")", "and", "subject", "3", "(", "h", ")", ".", "(", "i", ",", "j", ")", "The", "fluid", "attenuated", "inversion", "recovery", "(", "FLAIR", ")", "image", "of", "subject", "1", "(", "i", ")", "and", "the", "T1", "-", "weighted", "FLAIR", "coronal", "image", "of", "subject", "2", "(", "j", ")", "also", "show", "cerebral", "atrophy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-e) T1-weighted imaging shows hyperintensity of the substantia nigra with a central band of T1-weighted hypointensity (arrowheads). Images are shown for subject 1 at 33 years (a), subject 2 at 25 years (b), subject 3 at 39 years (c), subject 4 at 46 years (d) and subject 5 at 33 years (e). (f-h) T2-weighted imaging shows marked hypointensity of the globus pallidus (arrows), suggesting iron deposition. Cerebral atrophy and mild cerebellar atrophy are also seen. Images are shown for subject 1 (f), subject 2 (g) and subject 3 (h). (i,j) The fluid attenuated inversion recovery (FLAIR) image of subject 1 (i) and the T1-weighted FLAIR coronal image of subject 2 (j) also show cerebral atrophy."}
{"words": ["(", "a", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "the", "WIPI4", "protein", "(", "apparent", "mobility", "at", "∼", "35", "kDa", ")", "in", "LCLs", "(", "top", ")", ".", "Truncated", "forms", "were", "not", "detected", "(", "middle", ")", ".", "HSP90", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "(", "bottom", ")", ".", "An", "asterisk", "indicates", "nonspecific", "immunoreactive", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Immunoblot analysis of the WIPI4 protein (apparent mobility at ∼35 kDa) in LCLs (top). Truncated forms were not detected (middle). HSP90 was used as a loading control (bottom). An asterisk indicates nonspecific immunoreactive bands."}
{"words": ["(", "b", ")", "Cells", "were", "treated", "with", "250", "nM", "Torin1", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "20", "μM", "chloroquine", "for", "2", "h", ".", "Cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "antibodies", "to", "LC3", ",", "WIPI4", "and", "HSP90", ".", "The", "positions", "of", "LC3", "-", "I", "(", "cytosolic", ")", "and", "LC3", "-", "II", "(", "membrane", "bound", ")", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Cells were treated with 250 nM Torin1 in the presence or absence of 20 μM chloroquine for 2 h. Cell lysates were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting using antibodies to LC3, WIPI4 and HSP90. The positions of LC3-I (cytosolic) and LC3-II (membrane bound) are indicated."}
{"words": ["(", "c", "-", "e", ")", "Cells", "were", "cultured", "in", "the", "presence", "of", "Torin1", "for", "2", "h", ".", "(", "c", ")", "Cytospun", "cells", "were", "fixed", "and", "analyzed", "by", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "antibodies", "to", "LC3", "and", "ATG9A", ".", "Abnormal", "colocalization", "of", "LC3", "with", "ATG9A", "was", "observed", "in", "the", "LCLs", "of", "affected", "subjects", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "and", "1", "μm", "in", "the", "inset", ".", "(", "d", ",", "e", ")", "The", "numbers", "of", "LC3", "+", "(", "d", ")", "and", "LC3", "+", "ATG9A", "+", "(", "e", ")", "foci", "were", "quantified", "from", "more", "than", "20", "images", "from", "3", "independent", "samples", "(", "Online", "Methods", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "-", "Dunn", "post", "-", "hoc", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c-e) Cells were cultured in the presence of Torin1 for 2 h. (c) Cytospun cells were fixed and analyzed by immunofluorescence microscopy using antibodies to LC3 and ATG9A. Abnormal colocalization of LC3 with ATG9A was observed in the LCLs of affected subjects. Scale bars, 10 μm and 1 μm in the inset. (d,e) The numbers of LC3+ (d) and LC3+ATG9A+ (e) foci were quantified from more than 20 images from 3 independent samples (Online Methods). Data are presented as mean ± s.e.m. *P 0.05, ANOVA followed by Bonferroni-Dunn post-hoc test."}
{"words": ["B", "Ub", "chain", "interaction", "of", "the", "LUBEL", "-", "NZF", "and", "UBA2", "domains", ".", "Immobilized", "GST", "-", "NZF", "or", "GST", "-", "UBA2", "was", "incubated", "with", "Lys", "(", "K", ")", "48", "-", ",", "K", "63", "-", "linked", ",", "or", "linear", "di", "-", "Ub", "(", "Ub2", ")", "chains", "and", "bound", "Ub", "chains", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "Ub", "antibody", "or", "a", "linear", "linkage", "-", "specific", "Ub", "antibody", "(", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ")", ".", "Loading", "of", "GST", "-", "fusion", "proteins", "was", "visualized", "by", "Ponceau", "S", "staining", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Ub chain interaction of the LUBEL-NZF and UBA2 domains. Immobilized GST-NZF or GST-UBA2 was incubated with Lys (K) 48-, K 63-linked, or linear di-Ub (Ub2) chains and bound Ub chains were subjected to immunoblotting using anti-Ub antibody or a linear linkage-specific Ub antibody (anti-linear Ub antibody). Loading of GST-fusion proteins was visualized by Ponceau S staining."}
{"words": ["A", "In", "vitro", "ubiquitination", "assays", "of", "LUBEL", "-", "RBR", "-", "C", "WT", "or", "catalytically", "dead", "C2704A", "in", "combination", "with", "Ube1", "and", "two", "different", "Drosophila", "E2s", ",", "UbcD10", "or", "Effete", "/", "UbcD1", ".", "Reactions", "were", "terminated", "at", "indicated", "times", "and", "synthesized", "Ub", "chains", "were", "detected", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ".", "Total", "protein", "loading", "was", "visualized", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "*", ":", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A In vitro ubiquitination assays of LUBEL-RBR-C WT or catalytically dead C2704A in combination with Ube1 and two different Drosophila E2s, UbcD10 or Effete/UbcD1. Reactions were terminated at indicated times and synthesized Ub chains were detected by immunoblotting using anti-linear Ub antibody. Total protein loading was visualized by Ponceau S staining. * : nonspecific band."}
{"words": ["B", "In", "vitro", "deubiquitination", "of", "Ub", "chains", "synthesized", "by", "HOIP", "-", "and", "LUBEL", "-", "RBR", "-", "C", ".", "Ub", "chains", "produced", "by", "RBR", "-", "C", "(", "Human", "or", "Drosophila", ")", "with", "UbcH7", ",", "UbcD10", "or", "Effete", "were", "incubated", "with", "a", "linear", "linkage", "-", "specific", "DUB", ",", "OTULIN", "(", "WT", "or", "catalytically", "dead", "C129A", "(", "C", "/", "A", ")", "mutant", ")", "or", "a", "Lys", "-", "linkage", "-", "specific", "DUB", ",", "vOTU", ".", "The", "DUB", "-", "treated", "samples", "were", "subjected", "to", "Coomassie", "staining", "or", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "Ub", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B In vitro deubiquitination of Ub chains synthesized by HOIP- and LUBEL-RBR-C. Ub chains produced by RBR-C (Human or Drosophila) with UbcH7, UbcD10 or Effete were incubated with a linear linkage-specific DUB, OTULIN (WT or catalytically dead C129A (C/A) mutant) or a Lys-linkage-specific DUB, vOTU. The DUB-treated samples were subjected to Coomassie staining or immunoblotting using anti-Ub antibody."}
{"words": ["C", "Thioester", "formation", "assay", "using", "Atto647", "-", "labelled", "Ub", ".", "Ubiquitination", "assay", "using", "LUBEL", "-", "RBR", "-", "C", "WT", "(", "left", "panel", ")", "or", "C2704A", "(", "right", "panel", ")", ":", "lanes", "1", "/", "2", "Atto", "-", "Ub", "+", "E1", ",", "lanes", "3", "/", "4", "+", "ATP", ",", "lanes", "5", "/", "6", "+", "E2", ",", "lanes", "7", "/", "8", "+", "E3", ",", "and", "lanes", "9", "/", "10", "+", "Ub", "-", "His6", ".", "In", "the", "presence", "of", "N", "-", "terminally", "tagged", "Atto", "-", "Ub", "and", "C", "-", "terminally", "tagged", "Ub", "-", "His6", ",", "only", "Ub2", "product", "can", "be", "synthesized", "and", "longer", "chain", "formation", "is", "restricted", ".", "Samples", "are", "run", "without", "or", "with", "DTT", "in", "odd", "or", "even", "numbered", "lanes", ",", "respectively", ".", "The", "gels", "monitor", "the", "Atto", "-", "labelled", "Ub", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "C Thioester formation assay using Atto647-labelled Ub. Ubiquitination assay using LUBEL-RBR-C WT (left panel) or C2704A (right panel): lanes 1/2 Atto-Ub + E1, lanes 3/4 + ATP, lanes 5/6 + E2, lanes 7/8 + E3, and lanes 9/10 + Ub-His6. In the presence of N-terminally tagged Atto-Ub and C-terminally tagged Ub-His6, only Ub2 product can be synthesized and longer chain formation is restricted. Samples are run without or with DTT in odd or even numbered lanes, respectively. The gels monitor the Atto-labelled Ub."}
{"words": ["D", "The", "linear", "Ub", "chain", "formation", "activity", "of", "LUBEL", "-", "LDD", "mutants", ".", "Recombinant", "proteins", "of", "RBR", "-", "C", "WT", ",", "C2704A", "mutant", ",", "and", "LDD", "mutants", "(", "R2754A", "and", "D2755A", ")", "were", "assessed", "for", "their", "activity", "by", "in", "vitro", "ubiquitination", "assay", ".", "The", "samples", "were", "resolved", "on", "a", "gel", "and", "stained", "with", "Coomassie", "or", "immunoblotted", "using", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D The linear Ub chain formation activity of LUBEL-LDD mutants. Recombinant proteins of RBR-C WT, C2704A mutant, and LDD mutants (R2754A and D2755A) were assessed for their activity by in vitro ubiquitination assay. The samples were resolved on a gel and stained with Coomassie or immunoblotted using anti-linear Ub antibody."}
{"words": ["E", "Linear", "Ub", "chain", "formation", "by", "full", "-", "length", "LUBEL", "transient", "expression", "in", "insect", "cells", ".", "Full", "-", "length", "Myc", "-", "LUBEL", "was", "transiently", "expressed", "in", "Drosophila", "Schneider", "2", "(", "S2", ")", "cells", ",", "and", "Myc", "-", "HOIP", "alone", "or", "with", "HA", "-", "HOIL", "-", "1L", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Total", "cell", "lysates", "(", "TCL", ")", "of", "control", "and", "transfected", "samples", "were", "incubated", "with", "immobilized", "GST", "-", "Linear", "-", "Tandem", "Ub", "binding", "entity", "(", "Linear", "-", "TUBE", ")", "containing", "three", "tandem", "repeats", "of", "ABIN", "-", "1", "-", "UBAN", ".", "Pulldown", "samples", "were", "blotted", "with", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ",", "while", "TCL", "were", "blotted", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "for", "exogenous", "LUBEL", "and", "HOIP", ",", "anti", "-", "HA", "antibody", "for", "HOIL", "-", "1L", ",", "and", "anti", "-", "Tubulin", "antibody", "for", "loading", ".", "Input", "of", "GST", "proteins", "was", "analyzed", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "*", ":", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Linear Ub chain formation by full-length LUBEL transient expression in insect cells. Full-length Myc-LUBEL was transiently expressed in Drosophila Schneider 2 (S2) cells, and Myc-HOIP alone or with HA-HOIL-1L in HEK293T cells. Total cell lysates (TCL) of control and transfected samples were incubated with immobilized GST-Linear-Tandem Ub binding entity (Linear-TUBE) containing three tandem repeats of ABIN-1-UBAN. Pulldown samples were blotted with anti-linear Ub antibody, while TCL were blotted with anti-Myc antibody for exogenous LUBEL and HOIP, anti-HA antibody for HOIL-1L, and anti-Tubulin antibody for loading. Input of GST proteins was analyzed by Ponceau S staining. * : nonspecific band."}
{"words": ["A", "Endogenous", "linear", "Ub", "chains", "enriched", "in", "total", "protein", "extracts", "(", "input", ",", "lane", "1", ")", "from", "adult", "w1118", "(", "w", "-", ")", "flies", "by", "GST", "-", "Linear", "-", "TUBE", "(", "lane", "3", ")", ".", "The", "enriched", "samples", "were", "further", "treated", "with", "recombinant", "DUBs", ",", "vOTU", "(", "lane", "4", ")", "or", "OTULIN", "(", "lane", "5", ")", ".", "Ub", "chains", "were", "visualized", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", "or", "anti", "-", "Ub", "antibody", ".", "Loading", "of", "GST", "proteins", "was", "analyzed", "by", "Ponceau", "S", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Endogenous linear Ub chains enriched in total protein extracts (input, lane 1) from adult w1118 (w-) flies by GST-Linear-TUBE (lane 3). The enriched samples were further treated with recombinant DUBs, vOTU (lane 4) or OTULIN (lane 5). Ub chains were visualized by immunoblotting using anti-linear Ub antibody or anti-Ub antibody. Loading of GST proteins was analyzed by Ponceau S staining."}
{"words": ["B", "Endogenous", "linear", "Ub", "chains", "in", "total", "cell", "lysate", "(", "TCL", ")", "of", "S2", "cells", "expressing", "human", "Flag", "-", "OTULIN", "WT", "or", "catalytically", "inactive", "C129A", "mutant", ".", "TCLs", "enriched", "with", "GST", "-", "Linear", "-", "TUBE", "were", "examined", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ".", "Expression", "of", "OTULIN", "was", "analyzed", "by", "anti", "-", "Flag", "antibody", "and", "loading", "of", "TCL", "was", "detected", "by", "anti", "-", "Tubulin", "antibody", ".", "Input", "of", "GST", "proteins", "was", "analyzed", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "*", ":", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Endogenous linear Ub chains in total cell lysate (TCL) of S2 cells expressing human Flag-OTULIN WT or catalytically inactive C129A mutant. TCLs enriched with GST-Linear-TUBE were examined by immunoblotting using anti-linear Ub antibody. Expression of OTULIN was analyzed by anti-Flag antibody and loading of TCL was detected by anti-Tubulin antibody. Input of GST proteins was analyzed by Ponceau S staining. * : nonspecific band."}
{"words": ["C", "Mass", "spectrometry", "analysis", "using", "an", "identical", "sample", "as", "Figure", "3B", "lane", "6", ".", "MS", "/", "MS", "spectra", "of", "the", "prototypic", "linear", "Ub", "chain", "peptide", "(", "GGMQIFVK", ")", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Mass spectrometry analysis using an identical sample as Figure 3B lane 6. MS/MS spectra of the prototypic linear Ub chain peptide (GGMQIFVK) is shown."}
{"words": ["C", "In", "vitro", "deubiquitination", "assay", "of", "dCYLD", ".", "dCYLD", "was", "incubated", "with", "all", "eight", "linkage", "types", "of", "Ub2", "chains", ".", "dCYLD", "catalytically", "dead", "C284S", "mutant", "was", "incubated", "with", "K", "63", "-", "or", "linear", "Ub2", "chains", ".", "All", "the", "proteins", "in", "the", "reactions", "were", "resolved", "on", "Coomassie", "-", "stained", "SDS", "-", "PAGE", "gel", ".", "*", ":", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C In vitro deubiquitination assay of dCYLD. dCYLD was incubated with all eight linkage types of Ub2 chains. dCYLD catalytically dead C284S mutant was incubated with K 63- or linear Ub2 chains. All the proteins in the reactions were resolved on Coomassie-stained SDS-PAGE gel. * : nonspecific band."}
{"words": ["D", "Stabilization", "of", "linear", "Ub", "chains", "by", "dCYLD", "C284S", "mutant", "transient", "expression", "in", "S2", "cells", ".", "Myc", "-", "tagged", "dCYLD", "WT", "and", "C284S", "were", "transfected", "in", "S2", "cells", "and", "linear", "Ub", "chains", "were", "enriched", "with", "GST", "-", "Linear", "-", "TUBE", "and", "immunoblotted", "by", "anti", "-", "linear", "Ub", "or", "anti", "-", "Ub", "antibodies", ".", "Input", "of", "GST", "proteins", "was", "visualized", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "Expression", "of", "Myc", "-", "dCYLD", "was", "examined", "by", "anti", "-", "Myc", "antibody", ",", "and", "anti", "-", "Tubulin", "antibody", "was", "used", "for", "the", "loading", "control", "of", "TCL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Stabilization of linear Ub chains by dCYLD C284S mutant transient expression in S2 cells. Myc-tagged dCYLD WT and C284S were transfected in S2 cells and linear Ub chains were enriched with GST-Linear-TUBE and immunoblotted by anti-linear Ub or anti-Ub antibodies. Input of GST proteins was visualized by Ponceau S staining. Expression of Myc-dCYLD was examined by anti-Myc antibody, and anti-Tubulin antibody was used for the loading control of TCL."}
{"words": ["E", "Linear", "Ub", "chains", "in", "dCYLD", "mutant", "flies", ".", "Endogenous", "levels", "of", "linear", "Ub", "chains", "in", "dCYLD", "mutant", "flies", "were", "compared", "with", "a", "control", "w", "-", "fly", "strain", "by", "performing", "GST", "-", "Linear", "-", "TUBE", "pulldown", ".", "Enriched", "linear", "Ub", "chains", "were", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ".", "Input", "of", "GST", "proteins", "was", "visualized", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "Tubulin", "was", "used", "for", "the", "loading", "control", "of", "the", "input", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Linear Ub chains in dCYLD mutant flies. Endogenous levels of linear Ub chains in dCYLD mutant flies were compared with a control w- fly strain by performing GST-Linear-TUBE pulldown. Enriched linear Ub chains were immunoblotted with anti-linear Ub antibody. Input of GST proteins was visualized by Ponceau S staining. Tubulin was used for the loading control of the input."}
{"words": ["B", "Linear", "Ub", "chains", "in", "w", "-", "and", "LUBEL", "mutant", "fly", "lysates", ".", "w", "-", ",", "CC", "/", "SS", "and", "delR2", "flies", "were", "analyzed", "for", "the", "level", "of", "endogenous", "linear", "Ub", "chains", "by", "enriching", "the", "linear", "ubiquitin", "chains", "by", "GST", "-", "Linear", "-", "TUBE", ".", "Pulldown", "samples", "were", "immunoblotted", "by", "anti", "-", "linear", "Ub", "antibody", ",", "while", "GST", "-", "proteins", "were", "analyzed", "by", "Ponceau", "S", "staining", ".", "Anti", "-", "Tubulin", "antibody", "was", "used", "for", "the", "loading", "control", "of", "the", "input", ".", "*", ":", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Linear Ub chains in w- and LUBEL mutant fly lysates. w-, CC/SS and delR2 flies were analyzed for the level of endogenous linear Ub chains by enriching the linear ubiquitin chains by GST-Linear-TUBE. Pulldown samples were immunoblotted by anti-linear Ub antibody, while GST-proteins were analyzed by Ponceau S staining. Anti-Tubulin antibody was used for the loading control of the input. * : nonspecific band."}
{"words": ["C", "The", "lifespans", "of", "female", "w", "-", "and", "catalytically", "dead", "LUBEL", "mutant", "flies", "(", "two", "clones", "of", "CC", "/", "SS", ",", "indicated", "as", "#", "1", "and", "#", "2", ",", "and", "delR2", ")", ".", "Survival", "of", "three", "independent", "cohorts", "with", "approximately", "80", "flies", "each", "was", "monitored", "over", "time", ".", "Median", "survival", "time", "(", "days", ")", ":", "w", "-", "=", "78", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "=", "68", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "=", "65", ",", "and", "delR2", "=", "71", ".", "Total", "sample", "sizes", "are", "as", "follow", ";", "w", "-", "=", "215", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "=", "242", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "=", "233", ",", "delR2", "=", "273", ".", "Log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "cox", ")", "test", "between", "fly", "lines", ":", "w", "-", "and", "CC", "/", "SS", "#", "1", ">", "0", ".", "0001", ",", "w", "-", "and", "CC", "/", "SS", "#", "2", ">", "0", ".", "0001", ",", "w", "-", "and", "delR2", ">", "0", ".", "0001", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "and", "CC", "/", "SS", "#", "2", "=", "0", ".", "0007", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "and", "delR2", "=", "not", "significant", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "and", "delR2", "=", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C The lifespans of female w- and catalytically dead LUBEL mutant flies (two clones of CC/SS, indicated as #1 and #2, and delR2). Survival of three independent cohorts with approximately 80 flies each was monitored over time. Median survival time (days): w- = 78, CC/SS #1 = 68, CC/SS #2 = 65, and delR2 = 71. Total sample sizes are as follow; w- = 215, CC/SS #1 = 242, CC/SS #2 = 233, delR2 = 273. Log-rank (Mantel-cox) test between fly lines: w- and CC/SS #1 > 0.0001, w- and CC/SS #2 > 0.0001, w- and delR2 > 0.0001, CC/SS #1 and CC/SS #2 = 0.0007, CC/SS #1 and delR2 = not significant, CC/SS #2 and delR2 = not significant."}
{"words": ["D", "Histological", "analysis", "of", "muscle", "in", "LUBEL", "mutant", "flies", ".", "Hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", ")", "(", "top", "panels", ")", "and", "actin", "immunofluorescent", "staining", "(", "Actin", "-", "IF", ")", "(", "bottom", "panels", ")", "of", "thorax", "muscles", "from", "young", "(", "Day", "3", ")", "or", "aged", "(", "Day", "60", ")", "w", "-", "or", "CC", "/", "SS", "female", "flies", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Histological analysis of muscle in LUBEL mutant flies. Hematoxylin and eosin (H&amp;amp;E) (top panels) and actin immunofluorescent staining (Actin-IF) (bottom panels) of thorax muscles from young (Day 3) or aged (Day 60) w- or CC/SS female flies. Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["A", "The", "level", "of", "poly", "-", "Ub", "chains", "in", "w", "-", "flies", "after", "heat", "shock", ".", "w", "-", "male", "flies", "were", "incubated", "in", "a", "36", "°", "C", "water", "bath", "for", "indicated", "times", "and", "the", "levels", "of", "poly", "-", "Ub", "chains", "in", "total", "protein", "extracts", "were", "compared", "by", "Ub", "using", "antibodies", "against", "linear", ",", "K", "48", "-", ",", "and", "K", "63", "-", "linked", "Ub", "chains", ".", "Ponceau", "S", "staining", "was", "used", "to", "visualize", "the", "protein", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The level of poly-Ub chains in w- flies after heat shock. w- male flies were incubated in a 36 °C water bath for indicated times and the levels of poly-Ub chains in total protein extracts were compared by Ub using antibodies against linear, K 48-, and K 63-linked Ub chains. Ponceau S staining was used to visualize the protein loading."}
{"words": ["B", "Survival", "of", "catalytically", "dead", "LUBEL", "mutant", "flies", "upon", "heat", "shock", ".", "Young", "adult", "flies", "(", "15", "males", "and", "15", "females", ")", "were", "incubated", "in", "a", "36", "°", "C", "water", "bath", "and", "immobilized", "flies", "were", "counted", "over", "the", "time", "indicated", ".", "Median", "survival", "time", "(", "hours", ")", ":", "w", "-", "=", "9", ".", "25", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "=", "5", ".", "5", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "=", "5", ",", "delR2", "=", "5", ".", "75", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "/", "+", "=", "8", ".", "5", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "/", "+", "=", "10", ",", "delR2", "/", "+", "=", "8", ".", "p", "-", "values", "calculated", "by", "Gehan", "-", "Breslow", "-", "Wilcoxon", "test", "between", "fly", "lines", ":", "w", "-", "and", "CC", "/", "SS", "#", "1", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", ",", "or", "delR2", ">", "0", ".", "0001", ",", "w", "-", "and", "CC", "/", "SS", "#", "1", "/", "+", "=", "0", ".", "0134", ",", "w", "-", "and", "CC", "/", "SS", "#", "2", "/", "+", "=", "ns", ",", "w", "-", "and", "delR2", "/", "+", "=", "0", ".", "0002", ",", "CC", "/", "SS", "#", "1", "and", "CC", "/", "SS", "#", "1", "/", "+", ">", "0", ".", "0001", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "and", "CC", "/", "SS", "#", "2", "/", "+", ">", "0", ".", "0001", ",", "delR2", "and", "delR2", "/", "+", ">", "0", ".", "0001", ".", "Representative", "data", "are", "shown", "from", "six", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Survival of catalytically dead LUBEL mutant flies upon heat shock. Young adult flies (15 males and 15 females) were incubated in a 36 °C water bath and immobilized flies were counted over the time indicated. Median survival time (hours): w- = 9.25, CC/SS #1 = 5.5, CC/SS #2 = 5, delR2 = 5.75, CC/SS #1/+ = 8.5, CC/SS #2/+ = 10, delR2/+ = 8. p-values calculated by Gehan-Breslow-Wilcoxon test between fly lines: w- and CC/SS #1, CC/SS#2, or delR2 > 0.0001, w- and CC/SS #1/+ = 0.0134, w- and CC/SS #2/+ = ns, w- and delR2/+ = 0.0002, CC/SS #1 and CC/SS #1/+ > 0.0001, CC/SS #2 and CC/SS #2/+ > 0.0001, delR2 and delR2/+ > 0.0001. Representative data are shown from six independent experiments."}
{"words": ["C", "Survival", "of", "whole", "body", "or", "muscle", "-", "specific", "LUBEL", "knockdown", "flies", "upon", "heat", "shock", ".", "shRNA", "-", "based", "knockdown", "(", "KD", ")", "of", "LUBEL", "were", "driven", "by", "Tub", "-", "Gal4", "or", "Mef2", "-", "Gal4", "flies", ".", "Control", "fly", "lines", "(", "Tub", "-", "Gal4", "/", "+", "and", "Mef2", "-", "Gal4", "/", "+", ")", "were", "used", "to", "compare", "with", "the", "KD", "flies", ".", "15", "males", "and", "15", "females", "per", "each", "line", "were", "used", "in", "this", "assay", ".", "Median", "survival", "time", "(", "hours", ")", ":", "Tub", "-", "Gal4", "/", "+", "=", "7", ",", "Tub", "-", "Gal4", ">", "LUBEL", "=", "3", ".", "5", ",", "Mef2", "-", "Gal4", "/", "+", "=", "7", ".", "5", ",", "Mef2", "-", "Gal4", ">", "LUBEL", "=", "7", ".", "p", "-", "values", "calculated", "by", "Gehan", "-", "Breslow", "-", "Wilcoxon", "test", ":", "Tub", "-", "Gal4", "<", "0", ".", "0001", "(", "*", "*", "*", "*", ")", ",", "Mef2", "-", "Gal4", "=", "0", ".", "0029", "(", "*", "*", ")", ".", "Representative", "data", "are", "shown", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Survival of whole body or muscle-specific LUBEL knockdown flies upon heat shock. shRNA-based knockdown (KD) of LUBEL were driven by Tub-Gal4 or Mef2-Gal4 flies. Control fly lines (Tub-Gal4/+ and Mef2-Gal4/+) were used to compare with the KD flies. 15 males and 15 females per each line were used in this assay. Median survival time (hours): Tub-Gal4/+ = 7, Tub-Gal4>LUBEL = 3.5, Mef2-Gal4/+ = 7.5, Mef2-Gal4>LUBEL= 7. p-values calculated by Gehan-Breslow-Wilcoxon test: Tub-Gal4 <0.0001 (****), Mef2-Gal4 = 0.0029 (**). Representative data are shown from three independent experiments."}
{"words": ["D", "Heat", "-", "induced", "mRNA", "expression", "of", "HSP70", ".", "w", "-", ",", "CC", "/", "SS", "#", "2", "and", "delR2", "flies", "were", "heat", "treated", "for", "60", "min", "and", "recovered", "for", "1", "hour", ",", "and", "mRNA", "HSP70", "was", "quantified", "by", "qPCR", ".", "Rp49", "was", "used", "as", "a", "reference", "and", "w", "-", "untreated", "sample", "was", "used", "as", "calibrator", "to", "calculate", "the", "expression", "ratio", ".", "Data", "are", "presented", "as", "meanSD", "(", "*", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Representative", "data", "are", "shown", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Heat-induced mRNA expression of HSP70. w-, CC/SS #2 and delR2 flies were heat treated for 60 min and recovered for 1 hour, and mRNA HSP70 was quantified by qPCR. Rp49 was used as a reference and w- untreated sample was used as calibrator to calculate the expression ratio. Data are presented as meanSD (*<0.01, ***<0.001, ****<0.0001). Representative data are shown from three independent experiments."}
{"words": ["Representative", "still", "images", "of", "control", ",", "Rod", "depleted", "cells", "and", "Rod", "depleted", "cells", "supplemented", "with", "RNAi", "resistant", "Venus", "-", "Rod", "treated", "with", "nocodazole", "and", "time", "in", "minutes", "indicated", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative still images of control, Rod depleted cells and Rod depleted cells supplemented with RNAi resistant Venus-Rod treated with nocodazole and time in minutes indicated. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "mitotic", "exit", "for", "the", "indicated", "conditions", "with", "each", "circle", "representing", "a", "single", "cell", "analyzed", "and", "mean", "time", "indicated", "by", "red", "line", "and", "standard", "error", "of", "mean", "shown", ".", "The", "number", "of", "cells", "counted", "and", "mean", "time", "indicated", "above", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time from NEBD to mitotic exit for the indicated conditions with each circle representing a single cell analyzed and mean time indicated by red line and standard error of mean shown. The number of cells counted and mean time indicated above."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "ZW10", "and", "Mad1", "upon", "depletion", "of", "Rod", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of ZW10 and Mad1 upon depletion of Rod. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Quantification", "of", "kinetochore", "intensities", "of", "the", "indicated", "proteins", "in", "control", "or", "Rod", "depleted", "cells", "with", "the", "signal", "normalized", "to", "CREST", "levels", "and", "Bub1", "pSpT", "normalized", "to", "Bub1", ".", "Bar", "indicates", "mean", "and", "standard", "error", "of", "mean", "is", "shown", "by", "line", ".", "At", "least", "200", "kinetochores", "from", "10", "cells", "were", "analyzed", "and", "representative", "result", "from", "at", "least", "2", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of kinetochore intensities of the indicated proteins in control or Rod depleted cells with the signal normalized to CREST levels and Bub1 pSpT normalized to Bub1. Bar indicates mean and standard error of mean is shown by line. At least 200 kinetochores from 10 cells were analyzed and representative result from at least 2 independent experiments is shown."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "mitotic", "exit", "in", "control", "depleted", ",", "Rod", "depleted", ",", "Bub1", "depleted", "and", "Rod", "and", "Bub1", "co", "-", "depleted", "HeLa", ",", "U2OS", "and", "RPE1", "cells", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "nocodazole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Time from NEBD to mitotic exit in control depleted, Rod depleted, Bub1 depleted and Rod and Bub1 co-depleted HeLa, U2OS and RPE1 cells. Cells were treated with nocodazole."}
{"words": ["Mad1", "kinetochore", "levels", "in", "the", "indicated", "conditions", "normalized", "to", "level", "of", "CREST", "in", "HeLa", "cells", ".", "Cells", "were", "fixed", "at", "45", "min", "after", "releasing", "from", "RO3306", "arrest", "into", "nocodazole", ".", "Bar", "indicates", "mean", "and", "standard", "error", "of", "mean", "is", "shown", "by", "line", ".", "At", "least", "200", "kinetochores", "from", "10", "cells", "were", "analyzed", "and", "representative", "result", "from", "at", "least", "2", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mad1 kinetochore levels in the indicated conditions normalized to level of CREST in HeLa cells. Cells were fixed at 45 min after releasing from RO3306 arrest into nocodazole. Bar indicates mean and standard error of mean is shown by line. At least 200 kinetochores from 10 cells were analyzed and representative result from at least 2 independent experiments is shown."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "cell", "extract", "for", "the", "indicated", "conditions", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "Rod", "levels", "using", "LiCor", "technology", "is", "indicated", "below", ".", "The", "asterisk", "indicates", "an", "unspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of whole cell extract for the indicated conditions. Quantitative analysis of Rod levels using LiCor technology is indicated below. The asterisk indicates an unspecific band."}
{"words": ["Analysis", "of", "ZW10", "and", "Mad1", "kinetochore", "levels", "in", "the", "indicated", "cells", "and", "conditions", ".", "Kinetochore", "signal", "is", "normalized", "to", "CREST", "signal", ".", "Bar", "indicates", "mean", "and", "standard", "error", "of", "mean", "is", "shown", "by", "line", ".", "At", "least", "200", "kinetochores", "from", "10", "cells", "were", "analyzed", "and", "representative", "result", "from", "at", "least", "2", "independent", "experiments", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of ZW10 and Mad1 kinetochore levels in the indicated cells and conditions. Kinetochore signal is normalized to CREST signal. Bar indicates mean and standard error of mean is shown by line. At least 200 kinetochores from 10 cells were analyzed and representative result from at least 2 independent experiments shown."}
{"words": ["Representative", "still", "images", "of", "unperturbed", "mitosis", "for", "parental", "cells", ",", "Rod", "C", "cells", "and", "Rod", "CR", "cells", "with", "time", "in", "minutes", "indicated", ".", "CFP", "-", "Histone", "3", "was", "used", "here", "as", "the", "chromosome", "marker", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative still images of unperturbed mitosis for parental cells, Rod C cells and Rod CR cells with time in minutes indicated. CFP-Histone 3 was used here as the chromosome marker. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "exit", "of", "indicated", "conditions", "with", "cells", "treated", "with", "nocodazole", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time from NEBD to exit of indicated conditions with cells treated with nocodazole Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "exit", "of", "indicated", "conditions", "with", "cells", "treated", "with", "taxol", ".", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time from NEBD to exit of indicated conditions with cells treated with taxol. Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "exit", "in", "indicated", "conditions", "with", "cells", "treated", "with", "nocodazole", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time from NEBD to exit in indicated conditions with cells treated with nocodazole Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Time", "from", "NEBD", "to", "exit", "in", "indicated", "conditions", "with", "cells", "treated", "with", "taxol", ".", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time from NEBD to exit in indicated conditions with cells treated with taxol. Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Mass", "spectrometry", "analysis", "of", "BubR1", "IPs", "from", "the", "indicated", "cell", "lines", ".", "Relative", "protein", "quantification", "values", "(", "MaxLFQ", ",", "log10", ")", "are", "plotted", "across", "conditions", ".", "Data", "from", "analysis", "of", "3", "technical", "repeats", "of", "BubR1", "purifications", "with", "standard", "deviation", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mass spectrometry analysis of BubR1 IPs from the indicated cell lines. Relative protein quantification values (MaxLFQ, log10) are plotted across conditions. Data from analysis of 3 technical repeats of BubR1 purifications with standard deviation indicated."}
{"words": ["Estimated", "protein", "levels", "of", "Bub1", "in", "the", "indicated", "conditions", "relative", "to", "parental", "cell", "lines", ".", "In", "Bub1", "CR", "we", "only", "detected", "one", "peptide", "from", "three", "purifications", ".", "Standard", "deviation", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated protein levels of Bub1 in the indicated conditions relative to parental cell lines. In Bub1 CR we only detected one peptide from three purifications. Standard deviation indicated."}
{"words": ["Representative", "still", "images", "of", "unperturbed", "mitosis", "for", "parental", "cells", ",", "Bub1", "C", "cells", "and", "Bub1", "CR", "cells", "with", "time", "in", "minutes", "indicated", ".", "CFP", "-", "Histone", "3", "was", "used", "as", "the", "chromosome", "marker", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative still images of unperturbed mitosis for parental cells, Bub1 C cells and Bub1 CR cells with time in minutes indicated. CFP-Histone 3 was used as the chromosome marker. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Tethering", "of", "Mad1", "(", "Mad1", "485", "-", "718", ")", "to", "Ndc80", "and", "the", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "was", "measured", "in", "each", "condition", ".", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tethering of Mad1 (Mad1 485-718) to Ndc80 and the time from NEBD to exit was measured in each condition. Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Tethering", "of", "Mad1", "(", "Mad1", "485", "-", "718", ")", "to", "Ndc80", ",", "KNL1", "(", "Zhang", "et", "al", ",", "2017", ")", "or", "Bub1", "1", "-", "553ΔCD1", "and", "the", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "was", "measured", "in", "each", "condition", ".", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tethering of Mad1 (Mad1 485-718) to Ndc80, KNL1 (Zhang et al, 2017) or Bub1 1-553ΔCD1 and the time from NEBD to exit was measured in each condition. Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Localization", "of", "Venus", "-", "tagged", "Mad1", "in", "parental", "HeLa", "cells", ",", "Bub1", "CR", "cells", "and", "Rod", "CR", "cells", "in", "the", "presence", "of", "nocodazole", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Localization of Venus-tagged Mad1 in parental HeLa cells, Bub1 CR cells and Rod CR cells in the presence of nocodazole. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Still", "images", "from", "FRAP", "experiments", "using", "Venus", "-", "tagged", "Mad1", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Image", "before", "bleach", "is", "shown", "and", "then", "time", "following", "bleach", ".", "Arrowheads", "indicate", "kinetochore", "pairs", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "for", "whole", "cell", "image", "and", "1", "μm", "for", "the", "zoom", "in", "on", "kinetochores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Still images from FRAP experiments using Venus-tagged Mad1 in the indicated conditions. Image before bleach is shown and then time following bleach. Arrowheads indicate kinetochore pairs. Scale bar, 5 μm for whole cell image and 1 μm for the zoom in on kinetochores."}
{"words": ["Analysis", "of", "Rod", "levels", "in", "cells", "used", "for", "FRAP", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of Rod levels in cells used for FRAP experiment."}
{"words": ["Venus", "-", "tagged", "Mad1", "kinetochore", "intensity", "versus", "time", "from", "bleaching", "shortly", "after", "NEBD", "in", "unperturbed", "cells", "(", "left", ")", "or", "in", "cells", "arrested", "with", "nocodazole", "(", "right", ")", ".", "Data", "combined", "from", "3", "independent", "experiments", "and", "standard", "deviation", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Venus-tagged Mad1 kinetochore intensity versus time from bleaching shortly after NEBD in unperturbed cells (left) or in cells arrested with nocodazole (right). Data combined from 3 independent experiments and standard deviation indicated."}
{"words": ["A", "HeLa", "cell", "line", "stably", "expressing", "Mad1", "-", "BirA", "was", "depleted", "of", "Rod", "and", "synchronized", "in", "mitosis", "using", "thymidine", "and", "nocodazole", ".", "Biotin", "was", "added", "to", "media", "where", "indicated", "and", "biotinylated", "proteins", "were", "purified", "and", "analyzed", "by", "western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Representative", "of", "2", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A HeLa cell line stably expressing Mad1-BirA was depleted of Rod and synchronized in mitosis using thymidine and nocodazole. Biotin was added to media where indicated and biotinylated proteins were purified and analyzed by western blot with the indicated antibodies. Representative of 2 independent experiments."}
{"words": ["The", "duration", "from", "NEBD", "to", "exit", "in", "each", "indicated", "conditions", "was", "recorded", "by", "time", "-", "lapse", "microscopy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The duration from NEBD to exit in each indicated conditions was recorded by time-lapse microscopy."}
{"words": ["Mitotic", "duration", "in", "the", "indicated", "conditions", "expressing", "Mad1", "-", "Bub1", "(", "Mad1", "485", "-", "718", "fused", "to", "Bub1", "1", "-", "553ΔCD1", ")", "fusion", "protein", ".", "The", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "is", "indicated", ".", "Red", "circles", "represent", "cells", "still", "arrested", "in", "mitosis", "when", "the", "filming", "stopped", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mitotic duration in the indicated conditions expressing Mad1-Bub1 (Mad1 485-718 fused to Bub1 1-553ΔCD1) fusion protein. The time from NEBD to exit is indicated. Red circles represent cells still arrested in mitosis when the filming stopped."}
{"words": ["Cells", "depleted", "of", "Rod", "using", "RNAi", "and", "transfected", "with", "the", "indicated", "Bub1", "constructs", ".", "(", "D", ")", "Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "cells", "stained", "for", "YFP", "and", "Mad1", "in", "each", "condition", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells depleted of Rod using RNAi and transfected with the indicated Bub1 constructs. (D) Representative immunofluorescence images of cells stained for YFP and Mad1 in each condition. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Cells", "depleted", "of", "Rod", "using", "RNAi", "and", "transfected", "with", "the", "indicated", "Bub1", "constructs", ".", "Mad1", "kinetochore", "levels", "were", "measured", "and", "normalized", "to", "Bub1", "(", "YFP", ")", "level", ".", "Bar", "indicates", "mean", "and", "standard", "error", "of", "mean", "is", "shown", "by", "line", ".", "At", "least", "200", "kinetochores", "from", "10", "cells", "were", "analyzed", "and", "representative", "result", "from", "at", "least", "2", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells depleted of Rod using RNAi and transfected with the indicated Bub1 constructs. Mad1 kinetochore levels were measured and normalized to Bub1 (YFP) level. Bar indicates mean and standard error of mean is shown by line. At least 200 kinetochores from 10 cells were analyzed and representative result from at least 2 independent experiments is shown."}
{"words": ["Bub1", "CR", "cells", "complemented", "with", "the", "indicated", "Bub1", "constructs", "and", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "in", "nocodazole", "measured", "by", "time", "-", "lapse", "microscopy", ".", "Mean", "(", "red", "line", ")", "and", "standard", "error", "of", "mean", "(", "black", "bar", ")", "indicated", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Bub1 CR cells complemented with the indicated Bub1 constructs and time from NEBD to exit in nocodazole measured by time-lapse microscopy. Mean (red line) and standard error of mean (black bar) indicated."}
{"words": ["Kinetochore", "levels", "of", "Mad1", "in", "Bub1", "CR", "cells", "complemented", "with", "the", "indicated", "YFP", "tagged", "Bub1", "constructs", ".", "Mad1", "levels", "are", "normalized", "to", "YFP", "signal", ".", "Bar", "indicates", "mean", "and", "standard", "error", "of", "mean", "is", "shown", "by", "line", ".", "At", "least", "200", "kinetochores", "from", "10", "cells", "were", "analyzed", "and", "representative", "result", "from", "at", "least", "2", "independent", "experiments", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kinetochore levels of Mad1 in Bub1 CR cells complemented with the indicated YFP tagged Bub1 constructs. Mad1 levels are normalized to YFP signal. Bar indicates mean and standard error of mean is shown by line. At least 200 kinetochores from 10 cells were analyzed and representative result from at least 2 independent experiments shown."}
{"words": ["Still", "images", "of", "unperturbed", "mitosis", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "Venus", "-", "Bub1", "4xCD1", ".", "CFP", "-", "Histone", "3", "was", "used", "as", "the", "chromosome", "marker", "(", "the", "middle", "panel", ")", "and", "Venus", "-", "Bub1", "4xCD1", "was", "shown", "in", "the", "bottom", "panel", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Still images of unperturbed mitosis of HeLa cells transfected with Venus-Bub1 4xCD1. CFP-Histone 3 was used as the chromosome marker (the middle panel) and Venus-Bub1 4xCD1 was shown in the bottom panel. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "Bub1", "constructs", "and", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "determined", "during", "an", "unperturbed", "mitosis", ".", "The", "time", "from", "NEBD", "to", "exit", "was", "analyzed", "in", "each", "condition", ".", "Mean", "(", "red", "line", ")", "and", "standard", "error", "of", "mean", "(", "black", "bar", ")", "indicated", ".", "(", "Mann", "Whitney", "test", ",", "ns", ":", "non", "-", "significant", ")", ".", "A", "representative", "result", "from", "at", "least", "3", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells transfected with the indicated Bub1 constructs and time from NEBD to exit determined during an unperturbed mitosis. The time from NEBD to exit was analyzed in each condition. Mean (red line) and standard error of mean (black bar) indicated. (Mann Whitney test, ns: non-significant). A representative result from at least 3 independent experiments is shown."}
{"words": ["Localization", "of", "Venus", "-", "Rod", "during", "unperturbed", "mitosis", "in", "control", "depleted", "or", "Bub1", "depleted", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Localization of Venus-Rod during unperturbed mitosis in control depleted or Bub1 depleted cells."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "depleted", "of", "Bub1", "using", "RNAi", "and", "complemented", "with", "indicated", "Venus", "-", "Bub1", "constructs", ".", "Immunofluorescence", "images", "were", "shown", "for", "Bub1", "and", "ZW10", "localization", ".", "Quantification", "of", "Bub1", "and", "ZW10", "kinetochore", "levels", "normalized", "to", "CREST", "in", "the", "indicated", "conditions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were depleted of Bub1 using RNAi and complemented with indicated Venus-Bub1 constructs. Immunofluorescence images were shown for Bub1 and ZW10 localization. Quantification of Bub1 and ZW10 kinetochore levels normalized to CREST in the indicated conditions."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "depleted", "of", "Bub1", "using", "RNAi", "Immunofluorescence", "images", "were", "shown", "for", "Bub1", "and", "ZW10", "localization", ".", "Quantification", "of", "Bub1", "and", "ZW10", "kinetochore", "levels", "normalized", "to", "CREST", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "with", "the", "indicated", "Bub1", "fusion"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "HeLa cells were depleted of Bub1 using RNAi Immunofluorescence images were shown for Bub1 and ZW10 localization. Quantification of Bub1 and ZW10 kinetochore levels normalized to CREST in the indicated conditions. with the indicated Bub1 fusion proteins"}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "images", "of", "β", "-", "Gal", "staining", "(", "left", "panel", ")", "and", "quantification", "of", "β", "-", "Gal", "positive", "cells", "(", "right", "panel", ")", "of", "BMSCs", "isolated", "from", "2", "‑", "month", "-", "old", "and", "24", "-", "month", "-", "old", "mice", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "β", "-", "Gal", ",", "beta", "‑", "galactosidase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(B) Representative images of β-Gal staining (left panel) and quantification of β-Gal positive cells (right panel) of BMSCs isolated from 2‑month-old and 24-month-old mice. Scale bar: 100 μm. β-Gal, beta‑galactosidase."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "Alizarin", "Red", "staining", "at", "21", "days", "of", "osteogenic", "induction", "(", "left", "panel", ")", "and", "quantification", "of", "calcification", "(", "right", "panel", ")", "of", "BMSCs", "isolated", "from", "2", "-", "month", "-", "old", "and", "24", "-", "month", "-", "old", "mice", "by", "detecting", "the", "amount", "of", "Alizarin", "Red", "extracted", "from", "the", "matrix", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images of Alizarin Red staining at 21 days of osteogenic induction (left panel) and quantification of calcification (right panel) of BMSCs isolated from 2-month-old and 24-month-old mice by detecting the amount of Alizarin Red extracted from the matrix."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Representative", "images", "(", "A", ")", "of", "immunofluorescence", "staining", "and", "quantification", "(", "B", ")", "of", "YBX1", "(", "green", ")", "in", "primary", "BMSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Representative images (A) of immunofluorescence staining and quantification (B) of YBX1 (green) in primary BMSCs."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Representative", "immunohistochemical", "staining", "images", "of", "YBX1", "(", "red", ")", "and", "LEPR", "(", "green", ")", "(", "C", ")", "and", "quantification", "of", "YBX1", "+", "LEPR", "+", "cell", "numbers", "(", "D", ")", "in", "femoral", "bone", "marrow", ".", "MP", ",", "metaphysis", ";", "T", "Ar", ",", "Tissue", "area", ".", "Arrows", "point", "to", "YBX1", "+", "LEPR", "+", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Representative immunohistochemical staining images of YBX1 (red) and LEPR (green) (C) and quantification of YBX1+ LEPR + cell numbers (D) in femoral bone marrow. MP, metaphysis; T Ar, Tissue area. Arrows point to YBX1+ LEPR + cells."}
{"words": ["(", "E", ")", "Age", "‑", "associated", "changes", "in", "YBX1", "levels", "in", "human", "BMSCs", "from", "30", "males", "(", "left", "panel", ")", "and", "30", "females", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Age‑associated changes in YBX1 levels in human BMSCs from 30 males (left panel) and 30 females (right panel)."}
{"words": ["(", "F", "and", "G", ")", "Representative", "images", "of", "Alizarin", "Red", "staining", "(", "F", ")", "and", "quantification", "of", "calcification", "(", "G", ")", "by", "detecting", "the", "amount", "of", "Alizarin", "Red", "extracted", "from", "the", "matrix", "in", "BMSCs", "transfected", "with", "adenovirus", "driven", "control", "and", "Ybx1", "shRNA", "at", "21", "days", "of", "osteogenic", "induction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F and G) Representative images of Alizarin Red staining (F) and quantification of calcification (G) by detecting the amount of Alizarin Red extracted from the matrix in BMSCs transfected with adenovirus driven control and Ybx1 shRNA at 21 days of osteogenic induction."}
{"words": ["(", "H", "and", "I", ")", "Representative", "images", "of", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "H", ")", "and", "quantification", "of", "lipid", "formation", "by", "detecting", "the", "amount", "of", "Oil", "Red", "O", "extracted", "from", "the", "matrix", "(", "I", ")", "in", "BMSCs", "after", "10", "days", "of", "adipogenic", "induction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H and I) Representative images of Oil Red O staining (H) and quantification of lipid formation by detecting the amount of Oil Red O extracted from the matrix (I) in BMSCs after 10 days of adipogenic induction."}
{"words": ["(", "J", "and", "K", ")", "Representative", "images", "of", "β", "-", "Gal", "staining", "(", "J", ")", "and", "quantification", "(", "K", ")", "of", "β", "-", "Gal", "positive", "cells", "among", "BMSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J and K) Representative images of β-Gal staining (J) and quantification (K) of β-Gal positive cells among BMSCs."}
{"words": ["(", "L", "-", "M", ")", "Relative", "mRNA", "levels", "of", "osteogenic", "differentiation", "related", "genes", "(", "L", ")", ",", "adipogenic", "differentiation", "and", "senescence", "related", "genes", "(", "M", ")", "between", "BMSCs", "transfected", "with", "adenovirus", "driven", "control", "and", "Ybx1", "shRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(L-M) Relative mRNA levels of osteogenic differentiation related genes (L), adipogenic differentiation and senescence related genes (M) between BMSCs transfected with adenovirus driven control and Ybx1 shRNA."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Representative", "μCT", "images", ",", "Scale", "bar", ":", "1mm", ".", "(", "B", ")", "and", "quantitative", "μCT", "analysis", "of", "trabecular", "bone", "microarchitecture", "(", "C", "-", "F", ")", "in", "distal", "femora", "from", "3", "-", "and", "12", "-", "month", "-", "old", "male", "Ybx1Prx1", "-", "CKO", "mice", "and", "Ybx1flox", "/", "flox", "mice", "(", "BV", "/", "TV", ",", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", ";", "Tb", ".", "N", ",", "trabecular", "number", ";", "Tb", ".", "Th", ",", "trabecular", "thickness", ";", "Tb", ".", "Sp", ",", "trabecular", "separation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Representative μCT images, Scale bar: 1mm. (B) and quantitative μCT analysis of trabecular bone microarchitecture (C-F) in distal femora from 3- and 12-month-old male Ybx1Prx1-CKO mice and Ybx1flox/flox mice (BV/TV, bone volume per tissue volume; Tb.N, trabecular number; Tb.Th, trabecular thickness; Tb.Sp, trabecular separation)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "images", "of", "H", "&", "E", "staining", "(", "Hematoxylin", "-", "Eosin", "Staining", ")", "in", "distal", "femora", ".", "Scale", "bar", ":", "100μm", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "adipocytes", "related", "to", "the", "tissue", "area", "(", "N", ".", "adipocytes", "/", "T", ".", "Ar", ")", ".", "(", "I", ")", "Representative", "images", "of", "osteocalcin", "(", "OCN", ")", "immunohistochemical", "staining", "in", "distal", "femora", ".", "Arrows", "point", "to", "osteocalcin", "positive", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μ", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "osteocalcin", "positive", "cells", "on", "the", "bone", "surface", ".", "Number", "of", "OCN", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Ocn", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", ".", "(", "K", ")", "Representative", "images", "of", "TRAP", "staining", "in", "distal", "femora", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "(", "L", ")", "Quantification", "of", "TRAP", "positive", "cells", "on", "the", "bone", "surface", ".", "Number", "of", "TRAP", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Trap", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative images of H&E staining (Hematoxylin-Eosin Staining) in distal femora. Scale bar: 100μm. (H) Quantification of the number of adipocytes related to the tissue area (N. adipocytes/T.Ar). (I) Representative images of osteocalcin (OCN) immunohistochemical staining in distal femora. Arrows point to osteocalcin positive cells. Scale bar: 50 μ (J) Quantification of osteocalcin positive cells on the bone surface. Number of OCN+ cells per bone perimeter (N. Ocn+/B.Pm). (K) Representative images of TRAP staining in distal femora. Scale bar: 100 μm. (L) Quantification of TRAP positive cells on the bone surface. Number of TRAP+ cells per bone perimeter (N. Trap+/B.Pm)."}
{"words": ["(", "M", ")", "Representative", "images", "of", "calcein", "double", "labeling", "of", "trabecular", "bone", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "(", "N", ")", "Quantification", "of", "the", "bone", "formation", "rate", "(", "BFR", ")", "based", "on", "calcein", "double", "labeling", ".", "(", "O", ")", "Quantification", "of", "the", "mineral", "apposition", "rate", "(", "MAR", ")", "based", "on", "calcein", "double", "labeling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(M) Representative images of calcein double labeling of trabecular bone. Scale bar: 50 μm. (N) Quantification of the bone formation rate (BFR) based on calcein double labeling. (O) Quantification of the mineral apposition rate (MAR) based on calcein double labeling."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "Representative", "μCT", "images", ",", "Scale", "bar", ":", "1mm", ".", "(", "E", ")", "and", "quantitative", "μCT", "analysis", "of", "trabecular", "bone", "microarchitecture", "(", "F", ")", "in", "distal", "femora", "from", "24", "-", "month", "-", "old", "mice", "with", "rAAV8", "-", "GFP", "-", "Ybx1", "or", "rAAV8", "-", "GFP", "transfection", "(", "BV", "/", "TV", ",", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", ";", "Tb", ".", "N", ",", "trabecular", "number", ";", "Tb", ".", "Th", ",", "trabecular", "thickness", ";", "Tb", ".", "Sp", ",", "trabecular", "separation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) Representative μCT images, Scale bar: 1mm. (E) and quantitative μCT analysis of trabecular bone microarchitecture (F) in distal femora from 24-month-old mice with rAAV8-GFP-Ybx1 or rAAV8-GFP transfection (BV/TV, bone volume per tissue volume; Tb.N, trabecular number; Tb.Th, trabecular thickness; Tb.Sp, trabecular separation)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "images", "of", "H", "&", "E", "staining", "in", "distal", "femora", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "adipocytes", "related", "to", "the", "tissue", "area", "(", "N", ".", "adipocytes", "/", "T", ".", "Ar", ")", ".", "(", "I", ")", "Representative", "images", "of", "osteocalcin", "immunohistochemical", "staining", "in", "distal", "femora", ".", "Arrows", "point", "to", "osteocalcin", "positive", "cells", ".", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "osteocalcin", "positive", "cells", "in", "bone", "surface", ".", "Number", "of", "OCN", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Ocn", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", ".", "(", "K", ")", "Representative", "images", "of", "TRAP", "staining", "in", "distal", "femora", ".", "(", "L", ")", "Quantification", "of", "TRAP", "positive", "cells", "on", "the", "bone", "surface", ".", "Number", "of", "TRAP", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Trap", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", ".", "(", "M", ")", "Representative", "images", "of", "calcein", "double", "labeling", "of", "trabecular", "bone", ".", "(", "N", ")", "Quantification", "of", "the", "bone", "formation", "rate", "(", "BFR", ")", "and", "mineral", "apposition", "rate", "(", "MAR", ")", "based", "on", "calcein", "double", "labeling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative images of H&E staining in distal femora. (H) Quantification of the number of adipocytes related to the tissue area (N. adipocytes/T.Ar). (I) Representative images of osteocalcin immunohistochemical staining in distal femora. Arrows point to osteocalcin positive cells. (J) Quantification of osteocalcin positive cells in bone surface . Number of OCN+ cells per bone perimeter (N. Ocn+/B.Pm). (K) Representative images of TRAP staining in distal femora. (L) Quantification of TRAP positive cells on the bone surface. Number of TRAP+ cells per bone perimeter (N. Trap+/B.Pm). (M) Representative images of calcein double labeling of trabecular bone. (N) Quantification of the bone formation rate (BFR) and mineral apposition rate (MAR) based on calcein double labeling."}
{"words": ["(", "C", ")", "Semi", "-", "quantitative", "PCR", "showing", "the", "different", "isoforms", "of", "Fn1", ",", "Nrp2", ",", "Sp7", ",", "and", "Sirt2", "from", "BMSCs", "of", "Ybx1Prx1", "-", "CKO", "mice", "and", "Ybx1flox", "/", "flox", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Semi-quantitative PCR showing the different isoforms of Fn1, Nrp2, Sp7, and Sirt2 from BMSCs of Ybx1Prx1-CKO mice and Ybx1flox/flox mice."}
{"words": ["(", "D", "-", "G", ")", "Representative", "images", "of", "Alizarin", "Red", "staining", "(", "D", "and", "F", ")", "and", "quantification", "of", "calcification", "by", "detecting", "the", "amount", "of", "Alizarin", "Red", "extracted", "from", "the", "matrix", "(", "E", "and", "G", ")", "in", "BMSCs", "transfected", "with", "different", "isoforms", "of", "Sp7", "or", "different", "isoforms", "of", "Spp1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D-G) Representative images of Alizarin Red staining (D and F) and quantification of calcification by detecting the amount of Alizarin Red extracted from the matrix (E and G) in BMSCs transfected with different isoforms of Sp7 or different isoforms of Spp1."}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "Representative", "images", "(", "H", ")", "and", "quantification", "of", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "I", ")", "in", "BMSCs", "transfected", "with", "different", "isoforms", "of", "Spp1", "with", "10", "days", "of", "adipogenic", "induction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) Representative images (H) and quantification of Oil Red O staining (I) in BMSCs transfected with different isoforms of Spp1 with 10 days of adipogenic induction."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "Representative", "images", "of", "β", "-", "Gal", "staining", "(", "J", ")", "and", "quantification", "(", "K", ")", "of", "β", "-", "Gal", "positive", "cells", "in", "BMSCs", "transfected", "with", "different", "isoforms", "of", "Sirt2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(J-K) Representative images of β-Gal staining (J) and quantification (K) of β-Gal positive cells in BMSCs transfected with different isoforms of Sirt2."}
{"words": ["(", "L", "-", "T", ")", "BMSCs", "were", "isolated", "from", "Ybx1Prx1", "-", "CKO", "mice", "and", "Ybx1flox", "/", "flox", "mice", ",", "among", "them", ",", "the", "BMSCs", "from", "Ybx1flox", "/", "flox", "mice", "were", "transfected", "with", "the", "blank", "control", ",", "BMSCs", "from", "Ybx1Prx1", "-", "CKO", "mice", "were", "transfected", "with", "the", "blank", "control", "or", "different", "isoforms", "of", "the", "target", "genes", ".", "(", "L", "-", "P", ")", "Representative", "images", "of", "Alizarin", "Red", "staining", "(", "L", "and", "O", ")", "and", "quantification", "of", "calcification", "by", "detecting", "the", "amount", "of", "Alizarin", "Red", "extracted", "from", "the", "matrix", "(", "M", "and", "P", ")", ".", "(", "Q", "-", "R", ")", "Representative", "images", "(", "Q", ")", "and", "quantification", "of", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "R", ")", "in", "BMSCs", "after", "10", "days", "of", "adipogenic", "induction", ".", "(", "S", "-", "T", ")", "Representative", "images", "of", "β", "-", "Gal", "staining", "(", "S", ")", "and", "quantification", "(", "T", ")", "of", "β", "-", "Gal", "positive", "cells", "among", "BMSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L-T) BMSCs were isolated from Ybx1Prx1-CKO mice and Ybx1flox/flox mice, among them, the BMSCs from Ybx1flox/flox mice were transfected with the blank control, BMSCs from Ybx1Prx1-CKO mice were transfected with the blank control or different isoforms of the target genes. (L-P) Representative images of Alizarin Red staining (L and O) and quantification of calcification by detecting the amount of Alizarin Red extracted from the matrix (M and P). (Q-R) Representative images (Q) and quantification of Oil Red O staining (R) in BMSCs after 10 days of adipogenic induction. (S-T) Representative images of β-Gal staining (S) and quantification (T) of β-Gal positive cells among BMSCs."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "images", "of", "Alizarin", "Red", "staining", "(", "up", "panel", ")", ",", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "middle", "panel", ",", "scale", "bar", ":", "100", "μm", ")", "and", "β", "-", "Gal", "staining", "(", "bottom", "panel", ",", "scale", "bar", ":", "100", "μm", ")", "in", "BMSCs", "treated", "with", "different", "compounds", ".", "(", "E", "-", "G", ")", "Quantification", "of", "calcium", "mineralization", "based", "on", "Alizarin", "Red", "staining", "(", "E", ")", ",", "quantification", "of", "Oil", "Red", "O", "based", "on", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "F", ")", ",", "and", "quantification", "of", "β", "-", "Gal", "positive", "cells", "based", "on", "β", "‑", "Gal", "staining", "in", "BMSCs", "treated", "with", "different", "compounds", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative images of Alizarin Red staining (up panel), Oil Red O staining (middle panel, scale bar: 100 μm) and β-Gal staining (bottom panel, scale bar: 100 μm) in BMSCs treated with different compounds. (E-G) Quantification of calcium mineralization based on Alizarin Red staining (E), quantification of Oil Red O based on Oil Red O staining (F), and quantification of β-Gal positive cells based on β‑Gal staining in BMSCs treated with different compounds (G)."}
{"words": ["(", "K", ")", "Co", "-", "IP", "of", "His", "-", "FBXO33", "with", "HA", "-", "YBX1", "and", "a", "series", "of", "mutant", "HA", "-", "YBX1", "proteins", "following", "transfection", "into", "BMSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Co-IP of His-FBXO33 with HA-YBX1 and a series of mutant HA-YBX1 proteins following transfection into BMSCs."}
{"words": ["(", "M", ")", "Western", "blotting", "analysis", "of", "FBXO33", "and", "YBX1", "levels", "in", "BMSCs", "treated", "with", "different", "concentrations", "of", "sciadopitysin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(M) Western blotting analysis of FBXO33 and YBX1 levels in BMSCs treated with different concentrations of sciadopitysin."}
{"words": ["(", "N", ")", "Semi", "-", "quantitative", "PCR", "showed", "the", "isoforms", "of", "Fn1", ",", "Nrp2", "and", "Sirt2", "in", "cultured", "BMSCs", "isolated", "from", "2", "-", "month", "-", "old", "or", "24", "-", "month", "-", "old", "mice", "then", "treated", "with", "or", "without", "sciadopitysin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(N) Semi-quantitative PCR showed the isoforms of Fn1, Nrp2 and Sirt2 in cultured BMSCs isolated from 2-month-old or 24-month-old mice then treated with or without sciadopitysin."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Representative", "μCT", "images", ",", "Scale", "bar", ":", "1mm", ".", "(", "B", ")", "and", "quantitative", "analysis", "of", "trabecular", "bone", "microarchitecture", "(", "C", "-", "F", ")", "in", "distal", "femora", "of", "25", "-", "month", "-", "old", "mice", "administered", "with", "sciadopitysin", "or", "vehicle", "(", "BV", "/", "TV", ",", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", ";", "Tb", ".", "N", ",", "trabecular", "number", ";", "Tb", ".", "Th", ",", "trabecular", "thickness", ";", "Tb", ".", "Sp", ",", "trabecular", "separation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Representative μCT images, Scale bar: 1mm. (B) and quantitative analysis of trabecular bone microarchitecture (C-F) in distal femora of 25-month-old mice administered with sciadopitysin or vehicle (BV/TV, bone volume per tissue volume; Tb.N, trabecular number; Tb.Th, trabecular thickness; Tb.Sp, trabecular separation)."}
{"words": ["(", "G", ",", "H", ")", "Representative", "images", "(", "G", ")", "and", "quantification", "(", "H", ")", "of", "osteocalcin", "(", "OCN", ")", "positive", "cells", "in", "distal", "femora", "of", "25", "-", "month", "-", "old", "mice", "administered", "with", "sciadopitysin", "or", "vehicle", ".", "Number", "of", "Ocn", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Ocn", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", ".", "Arrows", "point", "to", "osteocalcin", "positive", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "50"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G, H) Representative images (G) and quantification (H) of osteocalcin (OCN) positive cells in distal femora of 25-month-old mice administered with sciadopitysin or vehicle. Number of Ocn+ cells per bone perimeter (N. Ocn+/B.Pm). Arrows point to osteocalcin positive cells. Scale bar: 50 μ"}
{"words": ["(", "I", ",", "J", ")", "Representative", "images", "(", "I", ")", "of", "H", "&", "E", "staining", "in", "distal", "femora", "and", "quantification", "(", "J", ")", "of", "the", "number", "of", "adipocytes", "related", "to", "the", "tissue", "area", "(", "right", "panel", ",", "N", ".", "adipocytes", "/", "T", ".", "Ar", ")", "in", "distal", "femora", "of", "25", "-", "month", "-", "old", "mice", "administered", "with", "sciadopitysin", "or", "vehicle", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I, J) Representative images (I) of H&E staining in distal femora and quantification (J) of the number of adipocytes related to the tissue area (right panel, N. adipocytes/T.Ar) in distal femora of 25-month-old mice administered with sciadopitysin or vehicle. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "K", ",", "L", ")", "Representative", "images", "(", "K", ")", "and", "quantification", "(", "L", ")", "of", "TRAP", "positive", "cells", "in", "distal", "femora", "of", "25", "-", "month", "-", "old", "mice", "administered", "with", "sciadopitysin", "or", "vehicle", ".", "Number", "of", "TRAP", "+", "cells", "per", "bone", "perimeter", "(", "N", ".", "Trap", "+", "/", "B", ".", "Pm", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K, L) Representative images (K) and quantification (L) of TRAP positive cells in distal femora of 25-month-old mice administered with sciadopitysin or vehicle. Number of TRAP+ cells per bone perimeter (N. Trap+/B.Pm). Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["(", "M", ")", "Representative", "images", "of", "calcein", "double", "labeling", "of", "trabecular", "bone", ".", "Scale", "bar", ":", "50μm", ".", "(", "N", ",", "O", ")", "Quantification", "of", "the", "bone", "formation", "rate", "(", "BFR", ",", "N", ")", "and", "mineral", "apposition", "rate", "(", "MAR", ",", "O", ")", "based", "on", "calcein", "double", "labeling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(M) Representative images of calcein double labeling of trabecular bone. Scale bar: 50μm. (N, O) Quantification of the bone formation rate (BFR, N) and mineral apposition rate (MAR, O) based on calcein double labeling."}
{"words": ["Representative", "density", "plots", "of", "Ca2", "+", "flux", "from", "conjugated", "OptoCAR", "‑", "T", "cells", "over", "time", "at", "37ºC", ".", "Conjugated", "cells", "were", "stimulated", "with", "dimerizer", "addition", "for", "0", "(", "F", ")", ",", "5", "(", "G", ")", ",", "10", "(", "H", ")", ",", "15", "(", "I", ")", "or", "30", "(", "J", ")", "minutes", "prior", "to", "disrupting", "signaling", "by", "illuminating", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative density plots of Ca2+ flux from conjugated OptoCAR‑T cells over time at 37ºC. Conjugated cells were stimulated with dimerizer addition for 0 (F), 5 (G), 10 (H), 15 (I) or 30 (J) minutes prior to disrupting signaling by illuminating cells."}
{"words": ["OptoCAR", "‑", "T", "cells", "were", "conjugated", "with", "ligand", "-", "presenting", "cells", "and", "activated", "as", "in", "the", "upper", "regime", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "The", "median", "of", "ppERK", "intensity", "distribution", "was", "plotted", "with", "time", ",", "after", "subtraction", "of", "background", "intensity", ".", "Bars", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "An", "equivalent", "experiment", "was", "performed", "as", "in", "(", "B", ")", "but", "following", "the", "middle", "regime", "shown", "in", "(", "A", ")", ",", "with", "sample", "illumination", "after", "5", "minutes", "for", "the", "remainder", "of", "the", "dataset", ".", "Indicated", "half", "-", "life", "was", "calculated", "from", "the", "time", "taken", "for", "the", "median", "ppERK", "to", "decrease", "to", "50", "%", "of", "maximum", ".", "Bars", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "An", "equivalent", "experiment", "was", "performed", "as", "in", "(", "B", ")", "but", "following", "the", "lower", "regime", "shown", "in", "(", "A", ")", ",", "with", "sample", "illumination", "after", "5", "minutes", "for", "3", "minutes", ".", "Bars", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "OptoCAR‑T cells were conjugated with ligand-presenting cells and activated as in the upper regime shown in (A). The median of ppERK intensity distribution was plotted with time, after subtraction of background intensity. Bars show mean ± SEM (n=3). An equivalent experiment was performed as in (B) but following the middle regime shown in (A), with sample illumination after 5 minutes for the remainder of the dataset. Indicated half-life was calculated from the time taken for the median ppERK to decrease to 50% of maximum. Bars show mean ± SEM (n=4). An equivalent experiment was performed as in (B) but following the lower regime shown in (A), with sample illumination after 5 minutes for 3 minutes. Bars show mean ± SEM (n=3)."}
{"words": ["Representative", "fluorescent", "Western", "blot", "showing", "the", "dynamics", "of", "FOS", "phosphorylation", "(", "p", "-", "FOSS32", ")", "on", "light", "-", "modulated", "control", ".", "Conjugated", "OptoCAR", "‑", "T", "cells", "were", "stimulated", "for", "a", "defined", "period", "after", "dimerizer", "addition", "(", "denoted", "above", "blots", ")", "before", "either", "being", "left", "in", "the", "dark", "(", "dark", "line", ")", "or", "illuminated", "(", "blue", "line", ")", ".", "Full", "blot", "image", "with", "total", "protein", "normalization", "control", "shown", "in", "Figure", "EV3A", ".", "Representative", "fluorescent", "Western", "blot", "showing", "the", "dynamics", "of", "FOS", "expression", "(", "FOSTotal", ")", "on", "light", "-", "modulated", "control", ",", "from", "the", "same", "dataset", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "Full", "blot", "image", "with", "total", "protein", "normalization", "control", "shown", "in", "Figure", "EV3B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative fluorescent Western blot showing the dynamics of FOS phosphorylation (p-FOSS32) on light-modulated control. Conjugated OptoCAR‑T cells were stimulated for a defined period after dimerizer addition (denoted above blots) before either being left in the dark (dark line) or illuminated (blue line). Full blot image with total protein normalization control shown in Figure EV3A. Representative fluorescent Western blot showing the dynamics of FOS expression (FOSTotal) on light-modulated control, from the same dataset as in (A). Full blot image with total protein normalization control shown in Figure EV3B."}
{"words": ["RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "relative", "mRNA", "levels", "for", "four", "representative", "genes", "following", "OptoCAR", "-", "mediated", "T", "cell", "activation", ".", "OptoCAR", "‑", "T", "cell", "conjugates", "were", "activated", "in", "the", "dark", "(", "signaling", "competent", ")", "state", "for", "a", "period", "of", "3", "hours", "before", "light", "-", "mediated", "disruption", "of", "signaling", "(", "open", "circles", ")", "or", "maintained", "for", "a", "further", "60", "minutes", "in", "the", "dark", "(", "filled", "circles", ")", ".", "The", "relative", "mRNA", "values", "were", "calculated", "by", "subtracting", "baseline", "value", "before", "scaling", "to", "mean", "output", "between", "3", "-", "4", "hours", ".", "Individual", "datasets", "are", "presented", "as", "gray", "lines", ",", "with", "bars", "showing", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Raw", "cRQ", "plots", "for", "all", "datasets", "are", "provided", "in", "Appendix", "Fig", "S2", "and", "RQ", "values", "can", "be", "found", "in", "Dataset", "EV1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-qPCR analysis of relative mRNA levels for four representative genes following OptoCAR-mediated T cell activation. OptoCAR‑T cell conjugates were activated in the dark (signaling competent) state for a period of 3 hours before light-mediated disruption of signaling (open circles) or maintained for a further 60 minutes in the dark (filled circles). The relative mRNA values were calculated by subtracting baseline value before scaling to mean output between 3-4 hours. Individual datasets are presented as gray lines, with bars showing mean ± SEM (n=3). Raw cRQ plots for all datasets are provided in Appendix Fig S2 and RQ values can be found in Dataset EV1."}
{"words": ["Single", "pulses", "of", "varying", "duration", "were", "applied", "to", "OptoCAR", "‑", "T", "cells", "and", "the", "geometric", "mean", "of", "GFP", "expression", "was", "measured", "for", "all", "pulse", "lengths", "24", "hours", "after", "initiation", "of", "signaling", ",", "with", "illumination", "started", "once", "the", "signal", "pulse", "had", "ended", ".", "All", "values", "have", "been", "corrected", "for", "background", "GFP", "fluorescence", "from", "non", "-", "activated", "OptoCAR", "‑", "T", "cells", "and", "shown", "relative", "to", "the", "output", "at", "24", "hours", ".", "A", "representative", "dataset", "is", "provided", "in", "Figure", "EV4F", ".", "Bars", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", "Equivalent", "datasets", "as", "in", "(", "B", ")", "for", "the", "geometric", "mean", "of", "CD69", "upregulation", ".", "A", "representative", "dataset", "is", "provided", "in", "Figure", "EV4F", ".", "Bars", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Single pulses of varying duration were applied to OptoCAR‑T cells and the geometric mean of GFP expression was measured for all pulse lengths 24 hours after initiation of signaling, with illumination started once the signal pulse had ended. All values have been corrected for background GFP fluorescence from non-activated OptoCAR‑T cells and shown relative to the output at 24 hours. A representative dataset is provided in Figure EV4F. Bars show mean ± SEM (n=3) Equivalent datasets as in (B) for the geometric mean of CD69 upregulation. A representative dataset is provided in Figure EV4F. Bars show mean ± SEM (n=3)"}
{"words": ["The", "cRQ", "values", "from", "RT", "-", "qPCR", "of", "indicated", "cells", ".", "Total", "RNA", "was", "extracted", "and", "CD137", "mRNA", "levels", "measured", "relative", "to", "that", "from", "HEK293T", "cells", ".", "Conjugated", "OptoCARCD19", "‑", "T", "cells", "were", "also", "assayed", "either", "before", "or", "after", "24", "hours", "stimulation", "in", "the", "dark", "state", ".", "Individual", "values", "from", "three", "biological", "replicates", "are", "shown", ",", "with", "mean", "depicted", "by", "bar", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The cRQ values from RT-qPCR of indicated cells. Total RNA was extracted and CD137 mRNA levels measured relative to that from HEK293T cells. Conjugated OptoCARCD19‑T cells were also assayed either before or after 24 hours stimulation in the dark state. Individual values from three biological replicates are shown, with mean depicted by bar plot."}
{"words": ["A", ".", "In", "vivo", "genetic", "complementation", "of", "the", "E", ".", "coli", "MC4100", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "secB", "or", "/", "and", "tig", "knock", "-", "out", "derivatives", "by", "either", "an", "empty", "vector", "or", "one", "carrying", "the", "secB", "or", "tig", "(", "encoding", "TF", ")", "genes", "or", "derivatives", "(", "see", "\"", "Plasmid", "\"", "table", "in", "Appendix", ")", ",", "as", "indicated", ".", "Serial", "dilutions", "of", "a", "culture", "(", "OD600", "=", "0", ".", "5", ")", "were", "spotted", "(", "12μl", ")", "on", "LB", "-", "Ampicillin", "plates", "containing", "or", "not", "anhydrotetracycline", "(", "AHT", ";", "5", "ng", "/", "ml", ")", "and", "grown", "at", "16", "°", "C", "or", "30", "°", "C", "(", "as", "indicated", ")", ".", "n", "=", "3", "-", "7", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. In vivo genetic complementation of the E. coli MC4100 wild-type (WT) and secB or/and tig knock-out derivatives by either an empty vector or one carrying the secB or tig (encoding TF) genes or derivatives (see \"Plasmid\" table in Appendix), as indicated. Serial dilutions of a culture (OD600= 0.5) were spotted (12μl) on LB-Ampicillin plates containing or not anhydrotetracycline (AHT; 5 ng/ml) and grown at 16°C or 30°C (as indicated). n= 3-7 biological replicates. "}
{"words": ["A", ".", "In", "vivo", "genetic", "complementation", "of", "the", "E", ".", "coli", "MC4100", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "secB", "or", "/", "and", "tig", "knock", "-", "out", "derivatives", "by", "either", "an", "empty", "vector", "or", "one", "carrying", "the", "secB", "or", "tig", "(", "encoding", "TF", ")", "genes", "or", "derivatives", "(", "see", "\"", "Plasmid", "\"", "table", "in", "Appendix", ")", ",", "as", "indicated", ".", "Serial", "dilutions", "of", "a", "culture", "(", "OD600", "=", "0", ".", "5", ")", "were", "spotted", "(", "12μl", ")", "on", "LB", "-", "Ampicillin", "plates", "containing", "or", "not", "anhydrotetracycline", "(", "AHT", ";", "5", "ng", "/", "ml", ")", "and", "grown", "at", "16", "°", "C", "or", "30", "°", "C", "(", "as", "indicated", ")", ".", "n", "=", "3", "-", "7", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. In vivo genetic complementation of the E. coli MC4100 wild-type (WT) and secB or/and tig knock-out derivatives by either an empty vector or one carrying the secB or tig (encoding TF) genes or derivatives (see \"Plasmid\" table in Appendix), as indicated. Serial dilutions of a culture (OD600= 0.5) were spotted (12μl) on LB-Ampicillin plates containing or not anhydrotetracycline (AHT; 5 ng/ml) and grown at 16°C or 30°C (as indicated). n= 3-7 biological replicates."}
{"words": ["C", ".", "SecA", "ATPase", "activity", "determination", "in", "solution", "(", "basal", ";", "B", ")", ",", "or", "plus", "SecYEG", "IMVs", ";", "(", "membrane", ";", "M", ")", "or", "plus", "proOmpA", "(", "pre", "-", "treated", "with", "10", "mM", "DTT", ";", "5", "mM", "EDTA", ";", "20", "min", ";", "4", "°", "C", ";", "translocation", ";", "T", ")", ".", "n", "=", "21", "biological", "replicates", ".", "Mean", "values", "(", "±", "SEM", ")", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. SecA ATPase activity determination in solution (basal; B), or plus SecYEG IMVs; (membrane; M) or plus proOmpA (pre-treated with 10 mM DTT; 5 mM EDTA; 20 min; 4°C; translocation; T). n= 21 biological replicates. Mean values (± SEM) shown. "}
{"words": ["C", ".", "SecA", "ATPase", "activity", "determination", "in", "solution", "(", "basal", ";", "B", ")", ",", "or", "plus", "SecYEG", "IMVs", ";", "(", "membrane", ";", "M", ")", "or", "plus", "proOmpA", "(", "pre", "-", "treated", "with", "10", "mM", "DTT", ";", "5", "mM", "EDTA", ";", "20", "min", ";", "4", "°", "C", ";", "translocation", ";", "T", ")", ".", "n", "=", "21", "biological", "replicates", ".", "Mean", "values", "(", "±", "SEM", ")", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. SecA ATPase activity determination in solution (basal; B), or plus SecYEG IMVs; (membrane; M) or plus proOmpA (pre-treated with 10 mM DTT; 5 mM EDTA; 20 min; 4°C; translocation; T). n= 21 biological replicates. Mean values (± SEM) shown."}
{"words": ["D", ".", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "of", "SecA", "(", "as", "in", "C", ")", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "TF2", "or", "/", "and", "SecB4", ",", "added", "at", "the", "indicated", "molar", "excess", "over", "proOmpA1", ".", "The", "T", "/", "M", "ratios", "were", "calculated", ";", "the", "one", "in", "the", "absence", "of", "chaperones", "was", "considered", "as", "100", "%", ",", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "%", "of", "this", ".", "n", "=", "2", "-", "4", "biological", "replicates", ".", "Mean", "values", "(", "±", "SEM", ")", "shown", ".", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "ns", ":", "not", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "1032", ")", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", ":", "p", "=", "0", ".", "0037", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. proOmpA translocation ATPase activity stimulation of SecA (as in C) in the absence or presence of TF2 or/and SecB4, added at the indicated molar excess over proOmpA1. The T/M ratios were calculated; the one in the absence of chaperones was considered as 100%, all other values were expressed as % of this. n= 2-4 biological replicates. Mean values (± SEM) shown. Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: ns: not significant (p = 0.1032); ****: p < 0.0001; **: p = 0.0037. "}
{"words": ["D", ".", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "of", "SecA", "(", "as", "in", "C", ")", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "TF2", "or", "/", "and", "SecB4", ",", "added", "at", "the", "indicated", "molar", "excess", "over", "proOmpA1", ".", "The", "T", "/", "M", "ratios", "were", "calculated", ";", "the", "one", "in", "the", "absence", "of", "chaperones", "was", "considered", "as", "100", "%", ",", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "%", "of", "this", ".", "n", "=", "2", "-", "4", "biological", "replicates", ".", "Mean", "values", "(", "±", "SEM", ")", "shown", ".", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "ns", ":", "not", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "1032", ")", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", ":", "p", "=", "0", ".", "0037", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. proOmpA translocation ATPase activity stimulation of SecA (as in C) in the absence or presence of TF2 or/and SecB4, added at the indicated molar excess over proOmpA1. The T/M ratios were calculated; the one in the absence of chaperones was considered as 100%, all other values were expressed as % of this. n= 2-4 biological replicates. Mean values (± SEM) shown. Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: ns: not significant (p = 0.1032); ****: p < 0.0001; **: p = 0.0037."}
{"words": ["E", ".", "Titrated", "TF", "-", "mediated", "inhibition", "(", "0", "-", "6", "µM", "range", ")", "of", "proOmpA", "-", "stimulated", "translocation", "ATPase", "activity", "(", "as", "in", "C", ")", ".", "Values", "were", "normalized", "(", "effectmax", "=", "100", "%", ";", "effectmin", "=", "0", "%", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "1", "-", "4", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "TF2", "]", ".", "The", "Ki", "was", "determined", "using", "a", "variable", "slope", "fit", "(", "log", "[", "inhibitor", "]", "versus", "normalized", "response", ";", "GraphPad", "Prism", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. Titrated TF-mediated inhibition (0-6 µM range) of proOmpA-stimulated translocation ATPase activity (as in C). Values were normalized (effectmax=100%; effectmin=0%) and plotted (n= 1-4 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[TF2]. The Ki was determined using a variable slope fit (log[inhibitor] versus normalized response; GraphPad Prism). "}
{"words": ["E", ".", "Titrated", "TF", "-", "mediated", "inhibition", "(", "0", "-", "6", "µM", "range", ")", "of", "proOmpA", "-", "stimulated", "translocation", "ATPase", "activity", "(", "as", "in", "C", ")", ".", "Values", "were", "normalized", "(", "effectmax", "=", "100", "%", ";", "effectmin", "=", "0", "%", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "1", "-", "4", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "TF2", "]", ".", "The", "Ki", "was", "determined", "using", "a", "variable", "slope", "fit", "(", "log", "[", "inhibitor", "]", "versus", "normalized", "response", ";", "GraphPad", "Prism", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Titrated TF-mediated inhibition (0-6 µM range) of proOmpA-stimulated translocation ATPase activity (as in C). Values were normalized (effectmax=100%; effectmin=0%) and plotted (n= 1-4 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[TF2]. The Ki was determined using a variable slope fit (log[inhibitor] versus normalized response; GraphPad Prism)."}
{"words": ["F", ".", "SecB", "-", "mediated", "relief", "of", "TF", "-", "mediated", "inhibition", "of", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "(", "as", "in", "C", ")", ".", "TF2", "(", "1μM", ")", "and", "SecB4", "(", "0", "-", "6", "µM", ")", "were", "used", ".", "The", "T", "/", "M", "ratios", "were", "calculated", ",", "normalized", "(", "as", "in", "D", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "2", "-", "3", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "SecB4", "]", ".", "An", "apparent", "relief", "constant", "(", "Krel", ")", "was", "determined", "(", "as", "in", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F. SecB-mediated relief of TF-mediated inhibition of proOmpA translocation ATPase activity(as in C). TF2 (1μM) and SecB4 (0-6 µM) were used. The T/M ratios were calculated, normalized (as in D) and plotted (n= 2-3 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[SecB4]. An apparent relief constant (Krel) was determined (as in E). "}
{"words": ["F", ".", "SecB", "-", "mediated", "relief", "of", "TF", "-", "mediated", "inhibition", "of", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "(", "as", "in", "C", ")", ".", "TF2", "(", "1μM", ")", "and", "SecB4", "(", "0", "-", "6", "µM", ")", "were", "used", ".", "The", "T", "/", "M", "ratios", "were", "calculated", ",", "normalized", "(", "as", "in", "D", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "2", "-", "3", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "SecB4", "]", ".", "An", "apparent", "relief", "constant", "(", "Krel", ")", "was", "determined", "(", "as", "in", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. SecB-mediated relief of TF-mediated inhibition of proOmpA translocation ATPase activity(as in C). TF2 (1μM) and SecB4 (0-6 µM) were used. The T/M ratios were calculated, normalized (as in D) and plotted (n= 2-3 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[SecB4]. An apparent relief constant (Krel) was determined (as in E)."}
{"words": ["A", ".", "TF", "-", "proOmpA", "physical", "interaction", "in", "solution", ".", "proOmpA1", "(", "5", "μM", ")", "was", "incubated", "(", "50", "μl", ";", "Buffer", "C", ";", "<", "0", ".", "2", "M", "urea", ";", "37", "°", "C", ";", "60", "min", ")", "with", "the", "indicated", "molar", "excess", "of", "TF2", ".", "Soluble", "proteins", "were", "analyzed", "on", "10", "%", "native", "-", "PAGE", "(", "4", "mA", ";", "16h", ";", "4", "°", "C", ")", "and", "Coomassie", "-", "blue", "stained", ".", "A", "representative", "experiment", "is", "shown", ";", "n", "=", "4", "biological", "replicates"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. TF-proOmpA physical interaction in solution. proOmpA1 (5 μM) was incubated (50 μl; Buffer C; < 0.2 M urea; 37°C; 60 min) with the indicated molar excess of TF2. Soluble proteins were analyzed on 10% native-PAGE (4 mA; 16h; 4°C) and Coomassie-blue stained. A representative experiment is shown; n= 4 biological replicates "}
{"words": ["C", ".", "TF", "solubilizes", "proOmpA", "*", ".", "proOmpA", "*", "1", "(", "5", "μM", ")", "was", "incubated", "(", "50", "μl", ";", "Buffer", "C", ";", "<", "0", ".", "2", "M", "urea", ";", "37", "°", "C", ";", "60", "min", ")", "alone", "or", "in", "the", "presence", "of", "TF", ".", "Proteins", "in", "the", "soluble", "fraction", "were", "analyzed", "on", "15", "%", "SDS", "-", "PAGE", "and", "Coomassie", "-", "blue", "stained", ".", "Lane", "2", ":", "2", ".", "84", "μg", "proOmpA", "*", ".", "Representative", "experiment", "shown", ";", "n", "=", "5", "biological", "replicates"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. TF solubilizes proOmpA*. proOmpA*1 (5 μM) was incubated (50 μl; Buffer C; < 0.2 M urea; 37°C; 60 min) alone or in the presence of TF. Proteins in the soluble fraction were analyzed on 15% SDS-PAGE and Coomassie-blue stained. Lane 2: 2.84 μg proOmpA*. Representative experiment shown; n= 5 biological replicates "}
{"words": ["D", ".", "proOmpA", "preincubated", "at", "37oC", "fails", "to", "stimulate", "SecA", "ATPase", "activity", ".", "proOmpA", "(", "0", ".", "5", "μM", ")", "was", "either", "diluted", "directly", "(", "lane", "1", ")", "or", "after", "preincubation", "alone", "(", "10", "min", ";", "buffer", "D", ";", "<", "0", ".", "2", "M", "urea", ";", "either", "at", "4", "°", "C", "or", "37", "°", "C", ")", "into", "reactions", "containing", "SecYEG", "-", "SecA", "alone", "or", "together", "with", "TF2", "or", "SecB4", "(", "2", "and", "4", "x", "molar", "excess", "over", "proOmpA", ",", "respectively", ")", ".", "T", "/", "M", "ratios", "(", "as", "in", "Fig", ".", "1D", ")", "are", "shown", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ";", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "*", "*", ":", "p", "=", "0", ".", "0017", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", ")"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D. proOmpA preincubated at 37oC fails to stimulate SecA ATPase activity. proOmpA (0.5 μM) was either diluted directly (lane 1) or after preincubation alone (10 min; buffer D; < 0.2 M urea; either at 4°C or 37°C) into reactions containing SecYEG-SecA alone or together with TF2 or SecB4 (2 and 4 x molar excess over proOmpA, respectively). T/M ratios (as in Fig. 1D) are shown (n= 8 biological replicates; mean values ± SEM; Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: **: p = 0.0017; ****: p < 0.0001) "}
{"words": ["E", ".", "proOmpA", "pre", "-", "incubated", "at", "37oC", "does", "not", "interact", "with", "TF", ".", "proOmpA1", "(", "5", "μM", ")", "was", "preincubated", "(", "Buffer", "D", ";", "<", "0", ".", "2", "M", "urea", ";", "37", "°", "C", ";", "10", "min", ")", "or", "not", "(", "lane", "3", ")", ",", "prior", "to", "addition", "of", "the", "indicated", "molar", "excess", "of", "TF2", "(", "analyzed", "as", "in", "A", ")", ".", "Representative", "experiment", "shown", ";", "n", "=", "4", "biological", "replicates"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E. proOmpA pre-incubated at 37oC does not interact with TF. proOmpA1 (5 μM) was preincubated (Buffer D; < 0.2 M urea; 37°C; 10 min) or not (lane 3), prior to addition of the indicated molar excess of TF2 (analyzed as in A). Representative experiment shown; n= 4 biological replicates "}
{"words": ["B", ".", "SecB", "protects", "proOmpA", "*", "from", "aggregation", ".", "proOmpA", "*", "1", "(", "5", "μM", ")", "was", "incubated", "(", "50", "μl", ";", "Buffer", "C", ";", "37", "°", "C", ";", "60", "min", ")", "alone", "or", "in", "the", "presence", "of", "the", "indicated", "molar", "excess", "of", "SecB4", ",", "and", "proOmpA", "*", "in", "the", "soluble", "fraction", "(", "after", "centrifugation", ")", "was", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "(", "as", "in", "Fig", ".", "2C", ")", ".", "Lane", "2", ":", "2", ".", "84", "μg", "proOmpA", "*", ".", "Representative", "experiment", "shown", ";", "n", "=", "4", "biological"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. SecB protects proOmpA* from aggregation. proOmpA*1 (5 μM) was incubated (50 μl; Buffer C; 37°C; 60 min) alone or in the presence of the indicated molar excess of SecB4, and proOmpA* in the soluble fraction (after centrifugation) was analyzed by SDS-PAGE (as in Fig. 2C). Lane 2: 2.84 μg proOmpA*. Representative experiment shown; n= 4 biological replicates"}
{"words": ["C", ".", "SecB", "physically", "interacts", "with", "proOmpA", ".", "proOmpA1", "(", "5", "μM", ")", "was", "incubated", "(", "50", "μl", ";", "Buffer", "C", ";", "<", "0", ".", "2", "M", "urea", ";", "4", "°", "C", ";", "60", "min", ")", ",", "with", "the", "indicated", "molar", "excess", "of", "SecB4", "(", "filled", "arrow", ")", ",", "analyzed", "by", "native", "-", "PAGE", "as", "in", "Fig", ".", "2A", ",", "and", "stained", "as", "indicated", ".", "brace", ":", "higher", "order", "proOmpA", "species", ".", "Representative", "experiment", "shown", ";", "n", "=", "5", "biological", "replicates"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. SecB physically interacts with proOmpA. proOmpA1 (5 μM) was incubated (50 μl; Buffer C; < 0.2 M urea; 4°C; 60 min), with the indicated molar excess of SecB4 (filled arrow), analyzed by native-PAGE as in Fig. 2A, and stained as indicated. brace: higher order proOmpA species. Representative experiment shown; n= 5 biological replicates "}
{"words": ["B", ".", "Blow", "up", "of", "the", "ESI", "-", "mass", "spectrum", "of", "the", "TF", ":", "proOmpA", ":", "SecB4", "super", "-", "complex", "from", "A", "(", "complete", "dataset", "in", "Fig", ".", "EV3", ")", ".", "Left", ":", "charge", "state", "distributions", ",", "at", "the", "indicated", "m", "/", "z", "range", ".", "Right", ":", "masses", "deconvoluted", "from", "the", "mass", "spectra", "(", "as", "in", "Fig", ".", "2B", ")", ".", "Inset", "cartoon", "depicts", "stoichiometry", ".", "Representative", "spectrum", "shown", ";", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. Blow up of the ESI-mass spectrum of the TF:proOmpA:SecB4 super-complex from A (complete dataset in Fig. EV3). Left: charge state distributions, at the indicated m/z range. Right: masses deconvoluted from the mass spectra (as in Fig. 2B). Inset cartoon depicts stoichiometry. Representative spectrum shown; n=2 biological replicates. "}
{"words": ["B", ".", "Blow", "up", "of", "the", "ESI", "-", "mass", "spectrum", "of", "the", "TF", ":", "proOmpA", ":", "SecB4", "super", "-", "complex", "from", "A", "(", "complete", "dataset", "in", "Fig", ".", "EV3", ")", ".", "Left", ":", "charge", "state", "distributions", ",", "at", "the", "indicated", "m", "/", "z", "range", ".", "Right", ":", "masses", "deconvoluted", "from", "the", "mass", "spectra", "(", "as", "in", "Fig", ".", "2B", ")", ".", "Inset", "cartoon", "depicts", "stoichiometry", ".", "Representative", "spectrum", "shown", ";", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Blow up of the ESI-mass spectrum of the TF:proOmpA:SecB4 super-complex from A (complete dataset in Fig. EV3). Left: charge state distributions, at the indicated m/z range. Right: masses deconvoluted from the mass spectra (as in Fig. 2B). Inset cartoon depicts stoichiometry. Representative spectrum shown; n=2 biological replicates."}
{"words": ["C", ".", "TF", ":", "proOmpA", ":", "SecB", "supercomplex", "analysis", "using", "GPC", "-", "MALS", "in", "Buffer", "A", ".", "TF1", ":", "proOmpA1", "(", "10", "µM", "each", ";", "green", ")", ",", "SecB4", "(", "40", "µM", ";", "blue", ")", "and", "TF1", ":", "proOmpA1", ":", "SecB4", "(", "10", ",", "10", "and", "40", "µM", ",", "respectively", ";", "black", ")", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "mean", "mass", ":", "137", "kDa", "(", "±", "6", "kDa", ")", "representative", "experiment", "shown", ";", "red", "circles", ":", "determined", "mass", "(", "kDa", ")", ";", "AU", ":", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. TF:proOmpA:SecB supercomplex analysis using GPC-MALS in Buffer A. TF1:proOmpA1 (10 µM each; green), SecB4 (40 µM; blue) and TF1:proOmpA1:SecB4 (10, 10 and 40 µM, respectively; black). n= 5 biological replicates; mean mass: 137 kDa (± 6 kDa) representative experiment shown; red circles: determined mass (kDa); AU: arbitrary units. "}
{"words": ["C", ".", "TF", ":", "proOmpA", ":", "SecB", "supercomplex", "analysis", "using", "GPC", "-", "MALS", "in", "Buffer", "A", ".", "TF1", ":", "proOmpA1", "(", "10", "µM", "each", ";", "green", ")", ",", "SecB4", "(", "40", "µM", ";", "blue", ")", "and", "TF1", ":", "proOmpA1", ":", "SecB4", "(", "10", ",", "10", "and", "40", "µM", ",", "respectively", ";", "black", ")", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "mean", "mass", ":", "137", "kDa", "(", "±", "6", "kDa", ")", "representative", "experiment", "shown", ";", "red", "circles", ":", "determined", "mass", "(", "kDa", ")", ";", "AU", ":", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. TF:proOmpA:SecB supercomplex analysis using GPC-MALS in Buffer A. TF1:proOmpA1 (10 µM each; green), SecB4 (40 µM; blue) and TF1:proOmpA1:SecB4 (10, 10 and 40 µM, respectively; black). n= 5 biological replicates; mean mass: 137 kDa (± 6 kDa) representative experiment shown; red circles: determined mass (kDa); AU: arbitrary units."}
{"words": ["A", ".", "SecB", "fails", "to", "restore", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "of", "SecA", "(", "noC", "-", "tail", ")", "in", "the", "presence", "of", "TF", ".", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "(", "as", "in", "Fig", ".", "1C", ";", "SecB", "molar", "excess", "over", "proOmpA", "indicated", ")", ".", "T", "/", "M", "ratio", "of", "SecA", "(", "noC", "-", "tail", ")", "in", "the", "absence", "of", "TF", "or", "SecB", "=", "100", "%", ";", "lane", "1", ";", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "a", "%", "of", "this", "value", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ".", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "*", "*", ":", "p", "=", "0", ".", "0048", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A. SecB fails to restore proOmpA translocation ATPase activity stimulation of SecA(noC-tail) in the presence of TF. proOmpA translocation ATPase activity stimulation (as in Fig. 1C; SecB molar excess over proOmpA indicated). T/M ratio of SecA(noC-tail) in the absence of TF or SecB= 100%; lane 1; all other values were expressed as a % of this value. n= 4 biological replicates; mean values ± SEM. Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: **: p= 0.0048; ****: p < 0.0001. "}
{"words": ["A", ".", "SecB", "fails", "to", "restore", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "of", "SecA", "(", "noC", "-", "tail", ")", "in", "the", "presence", "of", "TF", ".", "proOmpA", "translocation", "ATPase", "activity", "stimulation", "(", "as", "in", "Fig", ".", "1C", ";", "SecB", "molar", "excess", "over", "proOmpA", "indicated", ")", ".", "T", "/", "M", "ratio", "of", "SecA", "(", "noC", "-", "tail", ")", "in", "the", "absence", "of", "TF", "or", "SecB", "=", "100", "%", ";", "lane", "1", ";", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "a", "%", "of", "this", "value", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ".", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "*", "*", ":", "p", "=", "0", ".", "0048", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. SecB fails to restore proOmpA translocation ATPase activity stimulation of SecA(noC-tail) in the presence of TF. proOmpA translocation ATPase activity stimulation (as in Fig. 1C; SecB molar excess over proOmpA indicated). T/M ratio of SecA(noC-tail) in the absence of TF or SecB= 100%; lane 1; all other values were expressed as a % of this value. n= 4 biological replicates; mean values ± SEM. Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: **: p= 0.0048; ****: p < 0.0001."}
{"words": ["B", ".", "Excess", "of", "SecB", "inhibits", "the", "proOmpA", "-", "stimulated", "translocation", "ATPase", "activity", "of", "SecA", "(", "noCtail", ")", ".", "ATPase", "measured", "as", "in", "Fig", ".", "1C", ";", "SecB", "concentration", "range", ":", "0", "-", "6", "µM", ".", "Values", "were", "normalized", "(", "effectmax", "=", "100", "%", ";", "effectmin", "=", "0", "%", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "SecB4", "]", ".", "The", "Ki", "was", "determined", "as", "in", "Fig", ".", "1E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B. Excess of SecB inhibits the proOmpA-stimulated translocation ATPase activity of SecA(noCtail). ATPase measured as in Fig. 1C; SecB concentration range: 0-6 µM. Values were normalized (effectmax=100%; effectmin=0%) and plotted (n= 3 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[SecB4]. The Ki was determined as in Fig. 1E. "}
{"words": ["B", ".", "Excess", "of", "SecB", "inhibits", "the", "proOmpA", "-", "stimulated", "translocation", "ATPase", "activity", "of", "SecA", "(", "noCtail", ")", ".", "ATPase", "measured", "as", "in", "Fig", ".", "1C", ";", "SecB", "concentration", "range", ":", "0", "-", "6", "µM", ".", "Values", "were", "normalized", "(", "effectmax", "=", "100", "%", ";", "effectmin", "=", "0", "%", ")", "and", "plotted", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "mean", "values", "±", "SEM", ")", "versus", "the", "log10", "[", "SecB4", "]", ".", "The", "Ki", "was", "determined", "as", "in", "Fig", ".", "1E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Excess of SecB inhibits the proOmpA-stimulated translocation ATPase activity of SecA(noCtail). ATPase measured as in Fig. 1C; SecB concentration range: 0-6 µM. Values were normalized (effectmax=100%; effectmin=0%) and plotted (n= 3 biological replicates; mean values ± SEM) versus the log10[SecB4]. The Ki was determined as in Fig. 1E."}
{"words": ["C", ".", "TF", "and", "SecB", "-", "regulated", ",", "SecA", "-", "dependent", "in", "vitro", "translocation", "of", "proOmpA", "into", "SecYEG", "/", "A", "-", "IMVs", ",", "analyzed", "after", "proteolytic", "treatment", ".", "Translocated", ",", "protease", "-", "resistant", "proOmpA", "was", "visualized", "using", "immunostaining", "(", "α", "-", "His", ")", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "TF2", "or", "/", "and", "SecB4", "(", "as", "indicated", ")", ".", "Translocation", "in", "the", "absence", "of", "TF", "or", "SecB", "was", "considered", "100", "%", "(", "lane", "3", ")", ";", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "this", ".", "A", "summary", "of", "all", "repeats", "is", "presented", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ";", "ns", ":", "not", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "1568", "for", "lane", "3", "vs", "4", ";", "p", "=", "0", ".", "4835", "for", "lane", "3", "vs", "6", ")", ";", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "with", "a", "representative", "western", "blot", "(", "bottom", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C. TF and SecB-regulated, SecA-dependent in vitro translocation of proOmpA into SecYEG/A-IMVs, analyzed after proteolytic treatment. Translocated, protease-resistant proOmpA was visualized using immunostaining (α-His) in the absence or presence of TF2 or/and SecB4 (as indicated). Translocation in the absence of TF or SecB was considered 100% (lane 3); all other values were expressed as a percentage of this. A summary of all repeats is presented (mean ± SEM; n= 6 biological replicates; ns: not significant (p = 0.1568 for lane 3 vs 4; p = 0.4835 for lane 3 vs 6); Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: ****: p < 0.0001) with a representative western blot (bottom). "}
{"words": ["C", ".", "TF", "and", "SecB", "-", "regulated", ",", "SecA", "-", "dependent", "in", "vitro", "translocation", "of", "proOmpA", "into", "SecYEG", "/", "A", "-", "IMVs", ",", "analyzed", "after", "proteolytic", "treatment", ".", "Translocated", ",", "protease", "-", "resistant", "proOmpA", "was", "visualized", "using", "immunostaining", "(", "α", "-", "His", ")", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "TF2", "or", "/", "and", "SecB4", "(", "as", "indicated", ")", ".", "Translocation", "in", "the", "absence", "of", "TF", "or", "SecB", "was", "considered", "100", "%", "(", "lane", "3", ")", ";", "all", "other", "values", "were", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "this", ".", "A", "summary", "of", "all", "repeats", "is", "presented", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ";", "ns", ":", "not", "significant", "(", "p", "=", "0", ".", "1568", "for", "lane", "3", "vs", "4", ";", "p", "=", "0", ".", "4835", "for", "lane", "3", "vs", "6", ")", ";", "Unpaired", "parametric", "t", "-", "test", ",", "95", "%", "confidence", "interval", ":", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "with", "a", "representative", "western", "blot", "(", "bottom", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. TF and SecB-regulated, SecA-dependent in vitro translocation of proOmpA into SecYEG/A-IMVs, analyzed after proteolytic treatment. Translocated, protease-resistant proOmpA was visualized using immunostaining (α-His) in the absence or presence of TF2 or/and SecB4 (as indicated). Translocation in the absence of TF or SecB was considered 100% (lane 3); all other values were expressed as a percentage of this. A summary of all repeats is presented (mean ± SEM; n= 6 biological replicates; ns: not significant (p = 0.1568 for lane 3 vs 4; p = 0.4835 for lane 3 vs 6); Unpaired parametric t-test, 95% confidence interval: ****: p < 0.0001) with a representative western blot (bottom)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "apoE44", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "genotyped", "iNPH", "patient", "right", "frontal", "cortex", "biopsy", "samples", "Two", "representative", "microscopy", "images", "from", "six", "separate", "images", "show", ":", "(", "A", ")", "Colocalization", "of", "(", "red", ")", "apoE44", "and", "(", "green", ")", "FH", "in", "the", "presence", "of", "(", "white", ")", "Aβ", "plaques", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", ".", "(", "B", ")", "Colocalization", "of", "(", "red", ")", "apoE23", "and", "(", "green", ")", "FH", "around", "brain", "capillaries", ".", "The", "blue", "nuclei", "were", "detected", "using", "DAPI", "staining", ".", "(", "C", ")", "Colocalization", "of", "(", "red", ")", "apoE44", "and", "(", "green", ")", "FH", "in", "the", "presence", "of", "(", "white", ")", "Aβ", "plaques", "from", "a", "biopsy", "sample", "obtained", "from", "an", "iNPH", "patient", "diagnosed", "with", "Alzheimer", "'", "s", "clinical", "syndrome", "(", "ACS", ")", ".", "Colocalization", "of", "apoE", "on", "Aβ", "is", "shown", "with", "an", "arrow", ".", "The", "negative", "staining", "control", "is", "shown", ".", "(", "D", ")", "ApoE", "-", "FH", "colocalization", "analysis", "of", "all", "detected", "colocalized", "foci", "in", "six", "microscope", "images", "from", "the", "apoE44", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "genotyped", "iNPH", "patient", "biopsy", "samples", ".", "Six", "microscope", "images", "from", "Alzheimer", "'", "s", "clinical", "syndrome", "(", "ACS", ")", "biopsy", "sample", "are", "included", "in", "the", "apoE44", "dataset", "(", "red", "dots", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of apoE44 (n=3) and apoE23 (n=2) genotyped iNPH patient right frontal cortex biopsy samples Two representative microscopy images from six separate images show: (A) Colocalization of (red) apoE44 and (green) FH in the presence of (white) Aβ plaques. Scale bar = 50 μm. (B) Colocalization of (red) apoE23 and (green) FH around brain capillaries. The blue nuclei were detected using DAPI staining. (C) Colocalization of (red) apoE44 and (green) FH in the presence of (white) Aβ plaques from a biopsy sample obtained from an iNPH patient diagnosed with Alzheimer's clinical syndrome (ACS). Colocalization of apoE on Aβ is shown with an arrow. The negative staining control is shown. (D) ApoE-FH colocalization analysis of all detected colocalized foci in six microscope images from the apoE44 (n=3) and apoE23 (n=2) genotyped iNPH patient biopsy samples. Six microscope images from Alzheimer's clinical syndrome (ACS) biopsy sample are included in the apoE44 dataset (red dots)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "apoE44", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "genotyped", "iNPH", "patient", "right", "frontal", "cortex", "biopsy", "samples", "(", "I", ")", "MST", "showing", "binding", "of", "NT647", "-", "labeled", "full", "-", "length", "FH", "to", "different", "apoE", "isoforms", ",", "(", "J", ")", "NT647", "-", "labeled", "apoE2", "(", "1", "-", "165", ")", "fragment", "to", "increasing", "concentrations", "of", "FH402Y", "and", "FH402H", "variants", "and", "FH", "domains", "1", "-", "4", "and", "19", "-", "20", "and", "(", "K", ")", "NT647", "-", "labeled", "recombinant", "N", "-", "terminal", "apoE2", "(", "1", "-", "165", ")", "to", "increasing", "concentrations", "of", "FH5", "-", "7", "402Y", "and", "FH5", "-", "7", "402H", "fragments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of apoE44 (n=3) and apoE23 (n=2) genotyped iNPH patient right frontal cortex biopsy samples (I) MST showing binding of NT647-labeled full-length FH to different apoE isoforms, (J) NT647-labeled apoE2(1-165) fragment to increasing concentrations of FH402Y and FH402H variants and FH domains 1-4 and 19-20 and (K) NT647-labeled recombinant N-terminal apoE2(1-165) to increasing concentrations of FH5-7 402Y and FH5-7 402H fragments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Different", "mixtures", "of", "apoE", "isoforms", ",", "FH", ",", "FH19", "-", "20", "and", "Aβ1", "-", "42", "were", "incubated", "for", "72", "h", ",", "and", "the", "presence", "of", "stable", "complexes", "was", "analyzed", "by", "running", "the", "sample", "in", "Tris", "-", "glycine", "PAGE", "for", "(", "left", "and", "middle", ")", "90", "or", "(", "right", ")", "60", "min", "at", "100", "V", "in", "the", "presence", "of", "1", "Bolt", "™", "LDS", "Sample", "Buffer", "(", "Thermo", "Fisher", ")", ".", "Gels", "were", "subjected", "to", "silver", "staining", "(", "left", ")", "or", "WB", "using", "anti", "-", "Aβ", "antibody", "(", "middle", "and", "right", ")", ".", "ApoE", "isoform", "and", "incubation", "time", "are", "shown", "on", "the", "top", ".", "The", "presence", "of", "each", "protein", "is", "indicated", "with", "arrows", ".", "Aβ1", "-", "42", "aggregate", "and", "the", "stable", "complexes", "formed", "between", "apoE", ",", "Aβ1", "-", "42", "and", "FH", "are", "shown", "near", "the", "top", "of", "the", "gel", ",", "while", "apoE2", "/", "Aβ1", "-", "42", "formed", "in", "the", "absence", "of", "FH", "are", "shown", "in", "several", "bands", "below", "apoE", "/", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", "complexes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Different mixtures of apoE isoforms, FH, FH19-20 and Aβ1-42 were incubated for 72 h, and the presence of stable complexes was analyzed by running the sample in Tris-glycine PAGE for (left and middle) 90 or (right) 60 min at 100 V in the presence of 1 Bolt™ LDS Sample Buffer (Thermo Fisher). Gels were subjected to silver staining (left) or WB using anti-Aβ antibody (middle and right). ApoE isoform and incubation time are shown on the top. The presence of each protein is indicated with arrows. Aβ1-42 aggregate and the stable complexes formed between apoE, Aβ1-42 and FH are shown near the top of the gel, while apoE2/Aβ1-42 formed in the absence of FH are shown in several bands below apoE/Aβ1-42/FH complexes."}
{"words": ["(", "C", ")", "Single", "-", "molecule", "TIRF", "micrograph", "of", "Hylite", "488", "labeled", "Aβ1", "-", "42", "and", "Alexa", "Fluor", "568", "C5", "Maleimide", "labeled", "apoE2", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", ".", "(", "D", ")", "Jitter", "plot", "of", "proportion", "of", "colocalized", "Aβ1", "-", "42", "/", "apoE2", "and", "Aβ1", "-", "42", "/", "apoE3", "over", "multiple", "fields", "of", "view", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "FH", ".", "Statistics", "was", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "from", "multiple", "images", "(", "n", "=", "12", ")", "in", "each", "sample", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "values", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Single-molecule TIRF micrograph of Hylite 488 labeled Aβ1-42 and Alexa Fluor 568 C5 Maleimide labeled apoE2. Scale bar = 5 μm. (D) Jitter plot of proportion of colocalized Aβ1-42/apoE2 and Aβ1-42/apoE3 over multiple fields of view in the presence and absence of FH. Statistics was calculated using Student's t-test from multiple images (n=12) in each sample. Error bars indicate SD values. ("}
{"words": ["(", "E", ")", "Jitter", "plot", "of", "Aβ1", "-", "42", "foci", "stoichiometry", "in", "number", "of", "fluorophores", "colocalized", "or", "not", "with", "apoE2", "and", "apoE3", "and", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "FH", ".", "Statistics", "of", "multiple", "images", "was", "calculated", "using", "two", "-", "sided", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Statistics", "was", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "from", "all", "detected", "colocalized", "foci", "in", "multiple", "images", "(", "n", "=", "12", ")", "in", "each", "sample", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Jitter plot of Aβ1-42 foci stoichiometry in number of fluorophores colocalized or not with apoE2 and apoE3 and in the presence and absence of FH. Statistics of multiple images was calculated using two-sided Student's t-test. Statistics was calculated using Student's t-test from all detected colocalized foci in multiple images (n=12) in each sample. Error bars indicate SD values."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "Immunofluorescence", "staining", "of", "apoE44", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "genotyped", "iNPH", "patient", "right", "frontal", "cortex", "biopsy", "samples", "showing", "localization", "of", "FH", "(", "green", ")", "with", "Iba", "-", "1", "stained", "cells", "(", "red", ")", "and", "clustering", "around", "cells", "and", "brain", "capillaries", ".", "Presence", "of", "(", "white", ")", "Aβ", "plaques", "in", "apoE44", "samples", "and", "(", "arrow", ")", "FH", "in", "both", "samples", "are", "shown", ".", ".", "C", "-", "E", "(", "C", ")", "Iba", "-", "1", ",", "(", "D", ")", "Aβ", "and", "(", "E", ")", "FH", "intensity", "analysis", "was", "calculated", "from", "all", "detected", "foci", "in", "six", "microscope", "images", "from", "the", "apoE44", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "genotyped", "iNPH", "patient", "biopsy", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) Immunofluorescence staining of apoE44 (n=2) and apoE23 (n=2) genotyped iNPH patient right frontal cortex biopsy samples showing localization of FH (green) with Iba-1 stained cells (red) and clustering around cells and brain capillaries. Presence of (white) Aβ plaques in apoE44 samples and (arrow) FH in both samples are shown.. C-E (C) Iba-1, (D) Aβ and (E) FH intensity analysis was calculated from all detected foci in six microscope images from the apoE44 (n=2) and apoE23 (n=2) genotyped iNPH patient biopsy samples."}
{"words": ["(", "F", ")", "Flow", "cytometric", "experiments", "showing", "binding", "of", "(", "left", ")", "405", "-", "labeled", "apoE4", "and", "(", "right", ")", "405", "-", "labeled", "apoE2", "to", "activated", "or", "inactivated", "CR3", "on", "U937", "empty", "and", "U937", "-", "CR3", "cells", "in", "the", "presence", "of", "FH", ",", "FH", "fragments", "19", "-", "20", "and", "5", "-", "7", ",", "BSA", "and", "Aβ1", "-", "42", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "(F) Flow cytometric experiments showing binding of (left) 405-labeled apoE4 and (right) 405-labeled apoE2 to activated or inactivated CR3 on U937 empty and U937-CR3 cells in the presence of FH, FH fragments 19-20 and 5-7, BSA and Aβ1-42."}
{"words": ["(", "I", ")", "Binding", "of", "488", "-", "labeled", "Aβ1", "-", "42", "to", "(", "left", ")", "activated", "or", "inactivated", "CR3", "on", "U937", "empty", "and", "U937", "-", "CR3", "cells", "in", "the", "presence", "of", "FH19", "-", "20", ",", "BSA", ",", "with", "combinations", "of", "apoE4", "and", "FH", ",", "apoE2", "and", "FH", "or", "apoE3", "and", "FH", ".", "The", "fluorescence", "intensities", "of", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "in", "each", "experiment", "was", "normalized", "against", "activated", "U937", "empty", "cells", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Binding of 488-labeled Aβ1-42 to (left) activated or inactivated CR3 on U937 empty and U937-CR3 cells in the presence of FH19-20, BSA, with combinations of apoE4 and FH, apoE2 and FH or apoE3 and FH. The fluorescence intensities of 488-Aβ1-42 in each experiment was normalized against activated U937 empty cells sample."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunofluorescence", "staining", "of", "iNPH", "patient", "biopsy", "samples", "(", "apoE33", ")", "showing", "(", "arrow", ")", "colocalization", "of", "complement", "activator", ",", "(", "red", ")", "C1q", ",", "and", "complement", "regulator", "(", "green", ")", "FH", ".", "(", "B", ")", "(", "arrow", ")", "Colocalization", "of", "(", "green", ")", "apoE", "and", "(", "red", ")", "C1q", "on", "(", "white", ")", "Aβ", "plaques", ".", "Colocalization", "analysis", "is", "calculated", "from", "colocalized", "foci", "in", "two", "separate", "microscope", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunofluorescence staining of iNPH patient biopsy samples (apoE33) showing (arrow) colocalization of complement activator, (red) C1q, and complement regulator (green) FH. (B) (arrow) Colocalization of (green) apoE and (red) C1q on (white) Aβ plaques. Colocalization analysis is calculated from colocalized foci in two separate microscope images."}
{"words": ["(", "D", ")", "C3a", "formation", "in", "supernatant", "of", "C3", ",", "factor", "B", "(", "fB", ")", ",", "factor", "D", "(", "fD", ")", "and", "factor", "I", "(", "fI", ")", "incubated", "beads", "coupled", "with", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", "complexes", ".", "Beads", "with488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "BSA", "complexes", "shows", "the", "level", "of", "C3a", "formation", "without", "inhibitor", ".", "Release", "of", "C3a", "is", "calculated", "as", "relative", "C3a", "increase", "%", "compared", "to", "the", "absorbance", "measured", "from", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) C3a formation in supernatant of C3, factor B (fB), factor D (fD) and factor I (fI) incubated beads coupled with apoE2/488-Aβ1-42, apoE4/488-Aβ1-42, apoE2/488-Aβ1-42/FH, apoE4/488-Aβ1-42/FH, 488-Aβ1-42/FH complexes. Beads with488-Aβ1-42/BSA complexes shows the level of C3a formation without inhibitor. Release of C3a is calculated as relative C3a increase % compared to the absorbance measured from 488-Aβ1-42/FH sample."}
{"words": ["(", "G", ")", "(", "left", ")", "Phagocytosis", "of", "complement", "C3", ",", "fB", ",", "fD", "and", "fI", "(", "C", ")", "or", "only", "buffer", "(", "no", "C", ")", "incubated", "beads", "coupled", "with", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", "and", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "BSA", "(", "oligomerized", "Aβ", "=", "OAβ", ")", "or", "with", "non", "-", "oligomerized", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "(", "monomeric", "Aβ", "=", "MAβ", ")", ".", "Also", ",", "samples", "without", "apoE", "or", "FH", "were", "included", "in", "the", "assay", "(", "buffer", ")", ".", "(", "right", ")", "Cell", "permeability", "of", "C3", ",", "fB", ",", "fD", "and", "fI", "incubated", "beads", "coupled", "with", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", ",", "apoE2", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "apoE4", "/", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", ",", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "FH", "and", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "/", "BSA", "complexes", "(", "OAβ", ")", "or", "with", "MAβ", ".", "Also", ",", "cells", "incubated", "with", "only", "buffer", "were", "included", "in", "the", "assay", "(", "buffer", ")", ".", "Cell", "permeability", "is", "calculated", "by", "flow", "cytometry", "as", "%", "of", "DAPI", "stained", "cells", "in", "the", "cell", "population", ".", "The", "effect", "of", "CR3", "expression", "in", "the", "phagocytosis", "was", "measured", "using", "PMA", "activated", "U937", "cells", "with", "(", "U937", "CR3", "cells", ")", "or", "without", "(", "U937", "empty", "cells", ")", "CR3", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) (left) Phagocytosis of complement C3, fB, fD and fI (C) or only buffer (no C) incubated beads coupled with apoE2/488-Aβ1-42, apoE4/488-Aβ1-42, apoE2/488-Aβ1-42/FH, apoE4/488-Aβ1-42/FH, 488-Aβ1-42/FH and 488-Aβ1-42/BSA (oligomerized Aβ = OAβ) or with non-oligomerized 488-Aβ1-42 (monomeric Aβ = MAβ). Also, samples without apoE or FH were included in the assay (buffer). (right) Cell permeability of C3, fB, fD and fI incubated beads coupled with apoE2/488-Aβ1-42, apoE4/488-Aβ1-42, apoE2/488-Aβ1-42/FH, apoE4/488-Aβ1-42/FH, 488-Aβ1-42/FH and 488-Aβ1-42/BSA complexes (OAβ) or with MAβ. Also, cells incubated with only buffer were included in the assay (buffer). Cell permeability is calculated by flow cytometry as % of DAPI stained cells in the cell population. The effect of CR3 expression in the phagocytosis was measured using PMA activated U937 cells with (U937 CR3 cells) or without (U937 empty cells) CR3 expression."}
{"words": ["(", "A", ")", "488", "-", "Aβ1", "-", "42", "phagocytosis", "in", "the", "presence", "of", "FH", "and", "apoE", "isoform", ".", "Flow", "cytometry", "data", "are", "presented", "as", "mean", "fluorescence", "intensity", "of", "the", "cell", "population", "of", "the", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) 488-Aβ1-42 phagocytosis in the presence of FH and apoE isoform. Flow cytometry data are presented as mean fluorescence intensity of the cell population of the sample."}
{"words": ["(", "B", ")", "Comparison", "of", "mRNA", "transcripts", "(", "two", "individual", "samples", "obtained", "from", "three", "times", "repeated", "experiments", ")", "and", "MS1", "intensities", "(", "from", "8", "apoE44", "/", "apoE43", "and", "9", "apoE33", "/", "23", "carriers", ")", "between", "genes", "or", "proteins", "that", "showed", "differential", "expression", "in", "vitro", "(", "Fig", ".", "5B", ")", "and", "in", "vivo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Comparison of mRNA transcripts (two individual samples obtained from three times repeated experiments) and MS1 intensities (from 8 apoE44/apoE43 and 9 apoE33/23 carriers) between genes or proteins that showed differential expression in vitro (Fig. 5B) and in vivo."}
{"words": ["(", "D", ")", "(", "left", ")", "Combined", "analysis", "of", "complement", "activation", "markers", "C3", ",", "C4", ",", "CFH", "and", "Clusterin", "obtained", "from", "the", "detected", "MS1", "spectra", "between", "samples", "from", "apoE44", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "apoE43", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "apoE33", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "carriers", "(", "four", "markers", "/", "patient", ")", ".", "(", "center", ")", "Combined", "analysis", "of", "complement", "activation", "markers", "C3", ",", "C4", ",", "CFH", "and", "Clusterin", "obtained", "from", "the", "detected", "MS1", "spectra", "between", "samples", "that", "were", "positive", "(", "n", "=", "10", ")", "or", "negative", "(", "n", "=", "7", ")", "for", "Aβ", "pathology", "(", "four", "markers", "/", "patient", ")", ".", "(", "right", ")", "Expression", "levels", "of", "Phosphodiesterase", "A", "control", ",", "showing", "similar", "expression", "levels", "in", "frontal", "cortex", ",", "between", "samples", "from", "apoE44", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "apoE43", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "apoE33", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "apoE23", "(", "n", "=", "2", ")", "carriers", "The", "data", "were", "normalized", "against", "neutral", "apoE33", "samples", "with", "no", "apoE", "association", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) (left) Combined analysis of complement activation markers C3, C4, CFH and Clusterin obtained from the detected MS1 spectra between samples from apoE44 (n=3), apoE43 (n=5), apoE33 (n=7) and apoE23 (n=2) carriers (four markers/patient). (center) Combined analysis of complement activation markers C3, C4, CFH and Clusterin obtained from the detected MS1 spectra between samples that were positive (n=10) or negative (n=7) for Aβ pathology (four markers/patient). (right) Expression levels of Phosphodiesterase A control, showing similar expression levels in frontal cortex, between samples from apoE44 (n=3), apoE43 (n=5), apoE33 (n=7) and apoE23 (n=2) carriers The data were normalized against neutral apoE33 samples with no apoE association."}
{"words": ["(", "B", ")", "Effect", "of", "ND", "-", "011992", "on", "the", "intracellular", "ATP", "level", "in", "M", ".", "bovis", "BCG", ".", "The", "bacteria", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "blue", "triangle", ")", ",", "100", "nM", "Q203", "alone", "(", "green", "triangle", ")", ",", "20", "μM", "ND", "-", "011992", "alone", "(", "brown", "square", ")", ",", "and", "a", "dose", "-", "range", "of", "ND", "-", "011992", "in", "the", "presence", "of", "Q203", "(", "red", "squares", ")", "for", "15", "hours", "before", "quantification", "of", "intracellular", "ATP", "levels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "(B) Effect of ND-011992 on the intracellular ATP level in M. bovis BCG. The bacteria were treated with DMSO (blue triangle), 100 nM Q203 alone (green triangle), 20 μM ND-011992 alone (brown square), and a dose-range of ND-011992 in the presence of Q203 (red squares) for 15 hours before quantification of intracellular ATP levels."}
{"words": ["(", "C", ")", "Oxygen", "consumption", "assay", "in", "M", ".", "bovis", "BCG", "using", "methylene", "blue", "as", "an", "oxygen", "sensor", ".", "(", "D", ")", "Oxygen", "consumption", "assay", "in", "M", ".", "bovis", "BCG", "using", "the", "Seahorse", "XFe96", "Extracellular", "flux", "analyser", ".", "12", "μM", "ND", "-", "011992", "was", "injected", "alone", "(", "green", "triangles", ")", ",", "100", "nM", "Q203", "(", "blue", "circles", ")", ",", "or", "in", "combination", "with", "Q203", "(", "red", "squares", ")", ".", "For", "each", "condition", ",", "OCR", "readings", "were", "normalised", "to", "the", "last", "basal", "OCR", "reading", "before", "drug", "injection", ".", "OCR", ":", "Oxygen", "Consumption", "Rate", ".", "The", "dotted", "lines", "indicate", "the", "timepoints", "of", "drug", "injection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Oxygen consumption assay in M. bovis BCG using methylene blue as an oxygen sensor. (D) Oxygen consumption assay in M. bovis BCG using the Seahorse XFe96 Extracellular flux analyser. 12 μM ND-011992 was injected alone (green triangles), 100 nM Q203 (blue circles), or in combination with Q203 (red squares). For each condition, OCR readings were normalised to the last basal OCR reading before drug injection. OCR: Oxygen Consumption Rate. The dotted lines indicate the timepoints of drug injection. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Dose", "-", "dependent", "inhibition", "of", "M", ".", "bovis", "BCG", "OCR", "by", "ND", "-", "011992", "(", "in", "the", "presence", "of", "100", "nM", "Q203", ")", "measured", "on", "a", "Seahorse", "XFe96", "analyser", "platform", ".", "For", "each", "condition", ",", "OCR", "readings", "were", "normalised", "to", "the", "last", "basal", "OCR", "reading", "before", "drug", "injection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Dose-dependent inhibition of M. bovis BCG OCR by ND-011992 (in the presence of 100 nM Q203) measured on a Seahorse XFe96 analyser platform. For each condition, OCR readings were normalised to the last basal OCR reading before drug injection."}
{"words": ["(", "F", ")", "Effect", "of", "ND", "-", "011992", "on", "the", "OCR", "of", "M", ".", "smegmatis", "IMVs", "using", "the", "Oroboros", "O2k", "fluorespirometer", ".", "IMVs", "OCR", "from", "the", "parental", "strain", "(", "green", "triangles", ")", ",", "∆", "cydAB", "knockout", "(", "blue", "circles", ")", ",", "and", "∆", "cydAB", "complemented", "with", "M", ".", "tuberculosis", "CydABDC", "+", "(", "red", "squares", ")", "energized", "with", "NADH", "were", "determined", ".", "Q203", "was", "used", "at", "1", "μM", ".", "100", "%", "OCR", "was", "defined", "as", "the", "OCR", "of", "the", "untreated", "samples", "for", "each", "strain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Effect of ND-011992 on the OCR of M. smegmatis IMVs using the Oroboros O2k fluorespirometer. IMVs OCR from the parental strain (green triangles), ∆cydAB knockout (blue circles), and ∆cydAB complemented with M. tuberculosis CydABDC+ (red squares) energized with NADH were determined. Q203 was used at 1 μM. 100% OCR was defined as the OCR of the untreated samples for each strain."}
{"words": ["(", "A", ")", "Differential", "gene", "expression", "analysis", "of", "H37Rv", "treated", "with", "Q203", ",", "ND", "-", "011992", ",", "or", "combination", "(", "H37Rv", "-", "Combo", ")", ",", "and", "∆", "cydAB", "treated", "with", "Q203", "compared", "to", "untreated", "controls", ".", "The", "log2", "-", "fold", "differences", "in", "gene", "expression", "of", "various", "conditions", "relative", "to", "the", "untreated", "control", "is", "indicated", "using", "a", "sliding", "scale", "where", "higher", "expression", "is", "reflected", "in", "red", "and", "lower", "expression", "is", "reflected", "in", "blue", ",", "with", "a", "midpoint", "signifying", "no", "difference", "in", "white", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Differential gene expression analysis of H37Rv treated with Q203, ND-011992, or combination (H37Rv-Combo), and ∆cydAB treated with Q203 compared to untreated controls. The log2-fold differences in gene expression of various conditions relative to the untreated control is indicated using a sliding scale where higher expression is reflected in red and lower expression is reflected in blue, with a midpoint signifying no difference in white."}
{"words": ["(", "C", ")", "Absence", "of", "the", "Cyt", "-", "bcc", ":", "aa3", "sensitized", "H37Rv", "to", "ND", "-", "011992", ".", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", "wildtype", "(", "Blue", "circles", ")", ",", "∆", "ctaE", "-", "qcrCAB", "(", "red", "squares", ")", "and", "complemented", "strain", "(", "green", "triangles", ")", "were", "treated", "with", "ND", "-", "011992", ".", "Growth", "inhibitory", "potency", "(", "MIC50", ")", "was", "recorded", "after", "2", "to", "3", "weeks", "of", "incubation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Absence of the Cyt-bcc:aa3 sensitized H37Rv to ND-011992. M. tuberculosis H37Rv wildtype (Blue circles), ∆ctaE-qcrCAB (red squares) and complemented strain (green triangles) were treated with ND-011992. Growth inhibitory potency (MIC50) was recorded after 2 to 3 weeks of incubation."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "reduced", "minus", "oxidized", "difference", "spectrum", "of", "M", ".", "smegmatis", "ΔqcrCAB", "inverted", "membrane", "vesicles", "(", "IMVs", ")", ".", "The", "green", "line", "represents", "the", "spectrum", "without", "treatment", ",", "while", "the", "blue", "line", "represents", "the", "spectrum", "of", "the", "IMVs", "in", "the", "presence", "of", "10", "μM", "ND", "-", "011992", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "(D) The reduced minus oxidized difference spectrum of M. smegmatis ΔqcrCAB inverted membrane vesicles (IMVs). The green line represents the spectrum without treatment, while the blue line represents the spectrum of the IMVs in the presence of 10 μM ND-011992."}
{"words": ["(", "A", ")", "Combined", "potency", "of", "ND", "-", "011992", "+", "Q203", "against", "the", "drug", "-", "resistant", "clinical", "isolate", "M", ".", "tuberculosis", "123", "-", "20", "-", "0047", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Combined potency of ND-011992 + Q203 against the drug-resistant clinical isolate M. tuberculosis 123-20-0047."}
{"words": ["(", "C", ")", "Growth", "inhibition", "assay", "in", "M", ".", "bovis", "BCG", ".", "106", "bacteria", "were", "plated", "onto", "7H10", "agar", "supplemented", "with", "DMSO", ",", "25", "nM", "Q203", ",", "3", "µM", "ND", "-", "011992", ",", "or", "25", "nM", "Q203", "+", "3", "µM", "ND", "-", "011992", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "(C) Growth inhibition assay in M. bovis BCG. 106 bacteria were plated onto 7H10 agar supplemented with DMSO, 25 nM Q203, 3 µM ND-011992, or 25 nM Q203 + 3 µM ND-011992."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fluctuation", "analysis", "in", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", ".", "M", ".", "tuberculosis", "ΔcydAB", "was", "plated", "on", "7H10", "containing", "100", "nM", "Q203", "(", "red", ")", ".", "Parental", "H37Rv", "was", "plated", "on", "7H10", "with", "100", "nM", "Q203", "and", "6", "µM", "ND", "-", "011992", "or", "2", "µg", "/", "mL", "rifampicin", "(", "blue", ")", ".", "The", "corresponding", "values", "of", "the", "median", "frequency", "of", "resistance", "is", "indicated", "in", "the", "graph", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Fluctuation analysis in M. tuberculosis H37Rv. M. tuberculosis ΔcydAB was plated on 7H10 containing 100 nM Q203 (red). Parental H37Rv was plated on 7H10 with 100 nM Q203 and 6 µM ND-011992 or 2 µg/mL rifampicin (blue). The corresponding values of the median frequency of resistance is indicated in the graph."}
{"words": ["(", "A", ")", "Bactericidal", "activity", "of", "ND", "-", "011992", "and", "ND", "-", "011992", "-", "Q203", "combination", "in", "replicating", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", ".", "Bedaquiline", "(", "BDQ", ")", "was", "used", "at", "500", "nM", ",", "and", "Q203", "at", "100", "nM", ".", "Inoc", ".", ":", "starting", "inoculum", ";", "DMSO", ":", "vehicle", "control", ".", "Bacteria", "viability", "was", "determined", "by", "enumerating", "colony", "-", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "on", "nutrient", "-", "agar", "plates", "after", "15", "days", "of", "incubation", ".", "Dotted", "line", "represents", "90", "%", "reduction", "in", "CFU", "/", "mL", "compared", "to", "the", "initial", "inoculum", "at", "time", "0", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "one", "-", "tailed", ";", "n", "=", "3", ";", "comparing", "Q203", "alone", "vs", "Q203", "+", "ND", "-", "011992", ".", "Exact", "P", "-", "values", "(", "from", "left", "to", "right", ")", ":", "0", ".", "0346", ",", "0", ".", "0143", ",", "0", ".", "00016", ",", "0", ".", "000052", ".", "(", "B", ")", "Bactericidal", "activity", "of", "ND", "-", "011992", "and", "ND", "-", "011992", "-", "Q203", "combination", "in", "nutrient", "-", "starved", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", ".", "Bedaquiline", "(", "BDQ", ")", "was", "used", "at", "500", "nM", ",", "isoniazid", "was", "used", "at", "1", "μM", ",", "Q203", "was", "used", "at", "100", "nM", ",", "and", "ND", "-", "011992", "was", "used", "at", "3", ",", "6", ",", "12", ",", "and", "30", "μM", ".", "Bacteria", "viability", "was", "determined", "by", "enumerating", "colony", "-", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "after", "15", "days", "of", "incubation", ".", "Dotted", "line", "represents", "90", "%", "reduction", "in", "CFU", "/", "mL", "compared", "to", "the", "initial", "inoculum", "at", "time", "0", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "one", "-", "tailed", ";", "n", "=", "3", ";", "comparing", "Q203", "alone", "vs", "Q203", "+", "ND", "-", "011992", ".", "Exact", "P", "-", "values", "(", "from", "left", "to", "right", ")", ":", "0", ".", "0098", ",", "0", ".", "000027", ",", "0", ".", "000067", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Bactericidal activity of ND-011992 and ND-011992-Q203 combination in replicating M. tuberculosis H37Rv. Bedaquiline (BDQ) was used at 500 nM, and Q203 at 100 nM. Inoc.: starting inoculum; DMSO: vehicle control. Bacteria viability was determined by enumerating colony-forming units (CFU) on nutrient-agar plates after 15 days of incubation. Dotted line represents 90% reduction in CFU/mL compared to the initial inoculum at time 0. *P < 0.05; **P < 0.01 unpaired Student's t-test, one-tailed; n = 3; comparing Q203 alone vs Q203 + ND-011992. Exact P-values (from left to right): 0.0346, 0.0143, 0.00016, 0.000052. (B) Bactericidal activity of ND-011992 and ND-011992-Q203 combination in nutrient-starved M. tuberculosis H37Rv. Bedaquiline (BDQ) was used at 500 nM, isoniazid was used at 1 μM, Q203 was used at 100 nM, and ND-011992 was used at 3, 6, 12, and 30 μM. Bacteria viability was determined by enumerating colony-forming units (CFU) after 15 days of incubation. Dotted line represents 90% reduction in CFU/mL compared to the initial inoculum at time 0. **P < 0.01 unpaired Student's t-test, one-tailed; n = 3; comparing Q203 alone vs Q203 + ND-011992. Exact P-values (from left to right): 0.0098, 0.000027, 0.000067. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Bactericidal", "activity", "of", "ND", "-", "011992", "and", "ND", "-", "011992", "-", "Q203", "combination", "in", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", "under", "hypoxia", ".", "BDQ", "was", "used", "at", "500", "nM", ",", "isoniazid", "at", "1", "μM", ",", "metronidazole", "(", "MTZ", ")", "at", "200", "μM", ",", "Q203", "at", "100", "nM", ",", "and", "ND", "-", "011992", "at", "3", ",", "6", ",", "12", ",", "and", "30", "μM", ".", "Bacteria", "viability", "was", "determined", "by", "enumerating", "colony", "-", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "after", "15", "days", "of", "incubation", ".", "Dotted", "line", "represents", "90", "%", "reduction", "in", "CFU", "/", "mL", "compared", "to", "the", "initial", "inoculum", "at", "time", "0", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "one", "-", "tailed", ";", "n", "=", "3", ";", "comparing", "Q203", "alone", "vs", "Q203", "+", "ND", "-", "011992", ".", "Exact", "P", "-", "values", "(", "from", "left", "to", "right", ")", ":", "0", ".", "0092", ",", "0", ".", "00010", ",", "0", ".", "00079", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Bactericidal activity of ND-011992 and ND-011992-Q203 combination in M. tuberculosis H37Rv under hypoxia. BDQ was used at 500 nM, isoniazid at 1 μM, metronidazole (MTZ) at 200 μM, Q203 at 100 nM, and ND-011992 at 3, 6, 12, and 30 μM. Bacteria viability was determined by enumerating colony-forming units (CFU) after 15 days of incubation. Dotted line represents 90% reduction in CFU/mL compared to the initial inoculum at time 0.**P < 0.01 unpaired Student's t-test, one-tailed; n = 3; comparing Q203 alone vs Q203 + ND-011992. Exact P-values (from left to right): 0.0092, 0.00010, 0.00079."}
{"words": ["(", "D", ")", "Efficacy", "of", "ND", "-", "011992", "-", "Q203", "combination", "treatment", "in", "a", "mouse", "model", "of", "acute", "tuberculosis", ".", "Bacterial", "load", "(", "CFU", ")", "were", "enumerated", "in", "the", "lungs", "of", "mice", "before", "treatment", ",", "and", "after", "5", "days", "of", "treatment", "with", "either", "the", "vehicle", "control", "(", "brown", "squares", ")", ",", "Q203", "at", "5", "mg", "/", "kg", "(", "red", "squares", ")", ",", "ND", "-", "011992", "at", "25", "mg", "/", "kg", "(", "green", "triangles", ")", ",", "or", "ND", "-", "011992", "at", "25mg", "/", "kg", "with", "Q203", "at", "5", "mg", "/", "kg", "(", "orange", "diamonds", ")", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0006", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "two", "-", "tailed", ";", "n", "=", "4", ";", "comparing", "Q203", "alone", "vs", "Q203", "+", "ND", "-", "011992", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "(D) Efficacy of ND-011992-Q203 combination treatment in a mouse model of acute tuberculosis. Bacterial load (CFU) were enumerated in the lungs of mice before treatment, and after 5 days of treatment with either the vehicle control (brown squares), Q203 at 5 mg/kg (red squares), ND-011992 at 25 mg/kg (green triangles), or ND-011992 at 25mg/kg with Q203 at 5 mg/kg (orange diamonds). **P = 0.0006 unpaired Student's t-test, two-tailed; n = 4; comparing Q203 alone vs Q203 + ND-011992."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Depletion", "of", "Ccdc108", "markedly", "affects", "bead", "movement", "by", "decreasing", "velocity", "Fluorescent", "beads", "were", "applied", "to", "the", "dorsal", "surface", "of", "Xenopus", "embryos", ".", "Bead", "tracks", "every", "500", "ms", "over", "2", "s", "are", "shown", "(", "A", ")", ".", "Plot", "of", "average", "bead", "velocity", "shows", "significantly", "reduced", "bead", "flow", "in", "ccdc108", "morphants", ",", "which", "can", "be", "fully", "rescued", "by", "co", "-", "injecting", "with", "Xenopus", "ccdc108", "mRNA", "(", "B", ")", ".", "150", "beads", "from", "15", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Arrowheads", "indicate", "beads", "that", "showed", "no", "movement", "on", "the", "embryo", "surface", "through", "the", "recording", ".", "Data", "information", ":", "Quantification", "data", "were", "collected", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Depletion of Ccdc108 markedly affects bead movement by decreasing velocity Fluorescent beads were applied to the dorsal surface of Xenopus embryos. Bead tracks every 500 ms over 2 s are shown (A). Plot of average bead velocity shows significantly reduced bead flow in ccdc108 morphants, which can be fully rescued by co-injecting with Xenopus ccdc108 mRNA (B). 150 beads from 15 embryos for each condition. Arrowheads indicate beads that showed no movement on the embryo surface through the recording. Data information: Quantification data were collected from three independent experiments. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Defective", "cilia", "formation", "in", "ccdc108", "morphants", ".", "Embryos", "at", "stage", "27", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "acetylated", "tubulin", "(", "Ac", "-", "tub", ")", "antibody", "and", "/", "or", "Cep164", "antibody", ".", "mRNA", "of", "a", "membrane", "-", "bound", "form", "of", "GFP", "(", "mGFP", ")", "was", "co", "-", "injected", "with", "each", "morpholino", "to", "indicate", "targeted", "cells", ".", "Representative", "confocal", "images", "(", "C", ")", "and", "3D", "-", "SIM", "images", "(", "D", ")", "of", "the", "epidermis", "for", "each", "condition", "and", "plots", "show", "significantly", "reduced", "cilia", "number", "in", "Ccdc108", "depleted", "embryos", ".", "(", "C", ")", "20", "images", "of", "20", "embryos", "and", "(", "D", ")", ">", "80", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Quantification", "data", "were", "collected", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Defective cilia formation in ccdc108 morphants. Embryos at stage 27 were fixed and stained with the acetylated tubulin (Ac-tub) antibody and/or Cep164 antibody. mRNA of a membrane-bound form of GFP (mGFP) was co-injected with each morpholino to indicate targeted cells. Representative confocal images (C) and 3D-SIM images (D) of the epidermis for each condition and plots show significantly reduced cilia number in Ccdc108 depleted embryos. (C) 20 images of 20 embryos and (D) > 80 MCCs from 6 embryos for each condition. Data information: Quantification data were collected from three independent experiments. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["F", ".", "Defective", "cilia", "formation", "occurs", "in", "ccdc108", "CRISPR", "mutants", ".", "Embryos", "at", "one", "cell", "stage", "were", "injected", "with", "Cas9", "protein", "with", "or", "without", "the", "sgRNA", "against", "ccdc108", "(", "108sg", ")", "and", "fixed", "at", "stage", "27", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "and", "plot", "show", "significantly", "reduced", "cilia", "number", "in", "ccdc108", "CRISPR", "mutants", ".", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Cell", "membranes", "(", "mGFP", ",", "purple", ")", ",", "cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "green", ")", "and", "basal", "bodies", "(", "Cep164", ",", "yellow", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "Quantification", "data", "were", "collected", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Defective cilia formation occurs in ccdc108 CRISPR mutants. Embryos at one cell stage were injected with Cas9 protein with or without the sgRNA against ccdc108 (108sg) and fixed at stage 27. Representative 3D-SIM images and plot show significantly reduced cilia number in ccdc108 CRISPR mutants. > 70 MCCs from 6 embryos for each condition. Cell membranes (mGFP, purple), cilia (Ac-tub, green) and basal bodies (Cep164, yellow) were labeled with indicated antibodies. Data information: Quantification data were collected from three independent experiments. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["G", ".", "In", "situ", "hybridization", "chain", "reaction", "(", "HCR", ")", "reveals", "that", "ccdc108", "mRNA", "is", "specially", "detected", "in", "MCCs", ".", "Embryos", "at", "stage", "35", "were", "fixed", "and", "subjected", "to", "in", "situ", "HCR", "(", "red", ")", ".", "Embryos", "were", "then", "incubated", "with", "the", "Ac", "-", "tub", "antibody", "(", "cyan", ")", "and", "DAPI", "(", "gray", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "G. In situ hybridization chain reaction (HCR) reveals that ccdc108 mRNA is specially detected in MCCs. Embryos at stage 35 were fixed and subjected to in situ HCR (red). Embryos were then incubated with the Ac-tub antibody (cyan) and DAPI (gray)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Representative", "confocal", "images", "and", "plots", "show", "that", "ccdc108", "morphants", "displayed", "ciliogenesis", "defects", "in", "neuromasts", "(", "C", ")", "and", "olfactory", "placodes", "(", "D", ")", ".", "Zebrafish", "embryos", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "Ac", "-", "tub", "antibody", "(", "green", ")", ",", "phalloidin", "(", "purple", ")", "and", "Hoechst", "(", "blue", ")", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "were", "from", "three", "independent", "repeats", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Representative confocal images and plots show that ccdc108 morphants displayed ciliogenesis defects in neuromasts (C) and olfactory placodes (D). Zebrafish embryos were fixed and stained with the Ac-tub antibody (green), phalloidin (purple) and Hoechst (blue). Data information: Quantitative data were from three independent repeats. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; * p<0.05). Mean ± s.e.m values are presented."}
{"words": ["E", ".", "Scanning", "electron", "microscope", "images", "of", "zebrafish", "embryos", "display", "a", "failure", "in", "cilia", "formation", "in", "Ccdc108", "depleted", "olfactory", "placodes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Scanning electron microscope images of zebrafish embryos display a failure in cilia formation in Ccdc108 depleted olfactory placodes."}
{"words": ["H", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "and", "plot", "reveal", "that", "depletion", "of", "CCDC108", "leads", "to", "a", "significant", "reduction", "in", "multiciliogenesis", "in", "mEPCs", ".", "mEPCs", "infected", "with", "lentivirus", "expressing", "indicated", "shRNA", "were", "serum", "starved", "for", "five", "days", "and", "subjected", "to", "immunostaining", ".", "GFP", "-", "CETN1", "(", "blue", ")", "marked", "mEPCs", "infected", "with", "lentivirus", ".", "Basal", "bodies", "(", "CEP164", ",", "purple", ")", "and", "cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "green", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", ">", "60", "MCCs", "from", "three", "independent", "repeats", "for", "each", "condition", "were", "counted", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "were", "from", "three", "independent", "repeats", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Representative 3D-SIM images and plot reveal that depletion of CCDC108 leads to a significant reduction in multiciliogenesis in mEPCs. mEPCs infected with lentivirus expressing indicated shRNA were serum starved for five days and subjected to immunostaining. GFP-CETN1 (blue) marked mEPCs infected with lentivirus. Basal bodies (CEP164, purple) and cilia (Ac-tub, green) were labeled with indicated antibodies. > 60 MCCs from three independent repeats for each condition were counted. Data information: Quantitative data were from three independent repeats. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; * p<0.05). mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["A", ".", "Depletion", "of", "Ccdc108", "causes", "disorganized", "basal", "body", "distribution", "in", "MCCs", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "(", "x", "-", "y", ")", "and", "3D", "-", "reconstructions", "(", "x", "-", "z", ")", "of", "MCCs", "of", "embryos", "show", "a", "failure", "of", "apical", "trafficking", "of", "basal", "bodies", "in", "Ccdc108", "depleted", "cells", ".", "Cell", "membranes", "(", "mGFP", ",", "blue", ")", ",", "basal", "bodies", "(", "Cetn1", ",", "green", ")", "and", "distal", "appendages", "(", "Cep164", ",", "purple", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Select", "area", "of", "Cep164", "channel", "was", "zoomed", "to", "show", "centriolar", "Cep164", "accumulations", ".", "Orange", "arrowheads", "and", "numbers", "mark", "individual", "centriole", ".", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", "were", "counted", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "were", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Depletion of Ccdc108 causes disorganized basal body distribution in MCCs. Representative 3D-SIM images (x-y) and 3D-reconstructions (x-z) of MCCs of embryos show a failure of apical trafficking of basal bodies in Ccdc108 depleted cells. Cell membranes (mGFP, blue), basal bodies (Cetn1, green) and distal appendages (Cep164, purple) were labeled with indicated antibodies. Select area of Cep164 channel was zoomed to show centriolar Cep164 accumulations. Orange arrowheads and numbers mark individual centriole. > 70 MCCs from 6 embryos for each condition were counted. Data information: Quantitative data were from three independent experiments. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001 ; ** p<0.01; * p<0.05). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["B", ".", "Transmission", "electron", "microscopy", "images", "of", "Xenopus", "embryos", "displaying", "aberrant", "apical", "trafficking", "and", "docking", "of", "centrioles", "in", "Ccdc108", "depleted", "MCCs", ".", "Orange", "arrowheads", "mark", "centrioles", ".", "Percentage", "of", "centrioles", "docked", "to", "plasma", "membrane", "in", "each", "field", "were", "scored", ".", "At", "least", "7", "cells", "for", "each", "sample", "were", "counted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Transmission electron microscopy images of Xenopus embryos displaying aberrant apical trafficking and docking of centrioles in Ccdc108 depleted MCCs. Orange arrowheads mark centrioles. Percentage of centrioles docked to plasma membrane in each field were scored. At least 7 cells for each sample were counted."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "reveal", "that", "depletion", "of", "Ccdc108", "has", "no", "effect", "on", "apical", "expansion", "in", "MCCs", ".", "Embryos", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "phalloidin", "(", "purple", ")", ".", "Cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "gray", ")", "were", "also", "presented", ".", "Apical", "area", "of", "MCCs", "in", "each", "condition", "were", "measured", ";", "80", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "D", ".", "Representative", "confocal", "images", "show", "a", "significant", "reduction", "in", "apical", "actin", "following", "depletion", "of", "Ccdc108", ".", "Cell", "boundaries", "and", "apical", "actin", "network", "were", "marked", "with", "mGFP", "(", "green", ")", "and", "phalloidin", "(", "purple", ")", "and", "phalloidin", "intensity", "levels", "measured", "and", "plotted", ".", ">", "80", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "were", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative 3D-SIM images reveal that depletion of Ccdc108 has no effect on apical expansion in MCCs. Embryos were fixed and stained with phalloidin (purple). Cilia (Ac-tub, gray) were also presented. Apical area of MCCs in each condition were measured ; 80 MCCs from 6 embryos for each condition. D. Representative confocal images show a significant reduction in apical actin following depletion of Ccdc108. Cell boundaries and apical actin network were marked with mGFP (green) and phalloidin (purple) and phalloidin intensity levels measured and plotted. > 80 MCCs from 6 embryos for each condition. Data information: Quantitative data were from three independent experiments. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001 ; ** p<0.01; * p<0.05). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["A", ".", "Live", "imaging", "of", "MCCs", "shows", "the", "distribution", "of", "Ccdc108", "in", "MCCs", "cilia", "and", "basal", "bodies", ".", "Embryos", "expressing", "GFP", "-", "Ccdc108", "(", "green", ")", "and", "Cetn4", "-", "RFP", "(", "purple", ")", "were", "imaged", "at", "stage", "27", ".", "To", "better", "visualize", "ciliary", "structures", ",", "maximum", "intensity", "projections", "of", "images", "stacks", "for", "regions", "containing", "cilia", "and", "basal", "bodies", "are", "shown", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Live imaging of MCCs shows the distribution of Ccdc108 in MCCs cilia and basal bodies. Embryos expressing GFP-Ccdc108 (green) and Cetn4-RFP (purple) were imaged at stage 27. To better visualize ciliary structures, maximum intensity projections of images stacks for regions containing cilia and basal bodies are shown separately."}
{"words": ["C", ".", "Ccdc108", "interacts", "with", "IFT", "proteins", ".", "Interactions", "were", "further", "determined", "by", "coimmunoprecipitation", "of", "endogenous", "IFT", "proteins", "from", "HEK293T", "cells", "with", "GFP", "-", "Trap", "agarose", "beads", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Ccdc108 interacts with IFT proteins. Interactions were further determined by coimmunoprecipitation of endogenous IFT proteins from HEK293T cells with GFP-Trap agarose beads."}
{"words": ["D", ".", "Live", "imaging", "of", "MCCs", "shows", "both", "Ccdc108", "and", "Ift74", "proteins", "localize", "to", "the", "ciliary", "axoneme", "and", "the", "basal", "bodies", "in", "MCCs", ".", "Embryos", "expressing", "mCherry", "-", "Ccdc108", "(", "green", ")", "and", "GFP", "-", "Ift74", "(", "purple", ")", "were", "imaged", "at", "stage", "27", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Live imaging of MCCs shows both Ccdc108 and Ift74 proteins localize to the ciliary axoneme and the basal bodies in MCCs. Embryos expressing mCherry-Ccdc108 (green) and GFP-Ift74 (purple) were imaged at stage 27."}
{"words": ["A", "-", "C", ".", "The", "IFT", "-", "interaction", "domain", "is", "required", "for", "Ccdc108", "multiciliogenesis", "function", "in", "Xenopus", "embryos", ":", "(", "A", ")", "impaired", "multiciliogenesis", ",", "(", "B", ")", "defective", "apical", "migration", "/", "docking", "of", "centrioles", ",", "and", "(", "C", ")", "reduced", "enrichment", "of", "apical", "F", "-", "actin", ".", "Embryos", "at", "stage", "27", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "acetylated", "tubulin", "(", "A", ";", "Ac", "-", "tub", ";", "green", ")", ",", "Cep164", "(", "B", ";", "purple", ")", "and", "Cetn1", "(", "B", ";", "green", ")", "antibodies", "or", "phalloidin", "(", "purple", ")", ".", "mRNA", "of", "a", "membrane", "-", "bound", "form", "of", "GFP", "was", "co", "-", "injected", "with", "each", "morpholino", "to", "indicate", "targeted", "cells", "(", "A", ",", "B", ")", ".", "Typical", "D", "-", "SIM", "images", "(", "A", ",", "B", ")", "and", "confocal", "images", "(", "C", ")", "are", "present", ".", "Embryos", "were", "treated", "as", "described", "in", "Figure", "1C", "and", "expressed", "mGFP", "or", "GFP", "-", "Ccdc108", "mutants", ".", "Plots", "show", "results", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "(", "A", ")", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", ",", "and", "(", "C", ")", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C. The IFT-interaction domain is required for Ccdc108 multiciliogenesis function in Xenopus embryos: (A) impaired multiciliogenesis, (B) defective apical migration/docking of centrioles, and (C) reduced enrichment of apical F-actin. Embryos at stage 27 were fixed and stained with the acetylated tubulin (A; Ac-tub; green), Cep164 (B; purple) and Cetn1 (B; green) antibodies or phalloidin (purple). mRNA of a membrane-bound form of GFP was co-injected with each morpholino to indicate targeted cells (A,B). Typical D-SIM images (A,B) and confocal images (C) are present. Embryos were treated as described in Figure 1C and expressed mGFP or GFP-Ccdc108 mutants. Plots show results from three independent experiments. (A) > 70 MCCs from 6 embryos, and (C) > 70 MCCs from 6 embryos for each condition. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; **p<0.01). Mean ± s.d. values are presented."}
{"words": ["A", ",", "ift74", "CRISPR", "mutants", "display", "defective", "cilia", "formation", ".", "Embryos", "at", "one", "cell", "stage", "were", "injected", "and", "fixed", "at", "stage", "27", "with", "two", "independent", "sgRNA", "targeting", "ift74", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "the", "Xenopus", "epidermis", ",", "and", "plots", "display", "defective", "ciliation", ".", ";", "60", "MCCs", "from", "6", "embryos", "Cell", "membranes", "(", "mGFP", ")", ",", "cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "green", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, ift74 CRISPR mutants display defective cilia formation. Embryos at one cell stage were injected and fixed at stage 27 with two independent sgRNA targeting ift74. Representative confocal images of the Xenopus epidermis, and plots display defective ciliation. ;60 MCCs from 6 embryos Cell membranes (mGFP), cilia (Ac-tub, green) were labeled with indicated antibodies. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["B", ".", "ift74", "CRISPR", "mutants", "display", "defective", "cilia", "formation", ".", "Embryos", "at", "one", "cell", "stage", "were", "injected", "and", "fixed", "at", "stage", "27", "with", "two", "independent", "sgRNA", "targeting", "ift74", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "of", "the", "Xenopus", "epidermis", ",", "and", "plots", "display", "defective", "ciliation", ".", ";", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Cell", "membranes", "(", "mGFP", ")", ",", "cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "green", ")", "and", "basal", "bodies", "(", "Cep164", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. ift74 CRISPR mutants display defective cilia formation. Embryos at one cell stage were injected and fixed at stage 27 with two independent sgRNA targeting ift74. Representative 3D-SIM images of the Xenopus epidermis, and plots display defective ciliation. ;70 MCCs from 6 embryos for each condition. Cell membranes (mGFP), cilia (Ac-tub, green) and basal bodies (Cep164) were labeled with indicated antibodies. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["C", ".", "Ift74", "depletion", "affects", "centriole", "apical", "migration", "in", "MCCs", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "(", "x", "-", "y", ")", "and", "3D", "-", "reconstructions", "(", "x", "-", "z", ")", "of", "MCCs", "show", "failure", "of", "apical", "trafficking", "of", "basal", "bodies", ".", "Basal", "bodies", "(", "Cetn1", ",", "green", ")", "and", "distal", "appendages", "(", "Cep164", ",", "purple", ")", "were", "labeled", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Quantitative", "plot", "shows", "a", "slight", "significant", "reduction", "in", "basal", "bodies", "by", "the", "depletion", "of", "Ift74", ".", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "D", ".", "Representative", "3D", "-", "SIM", "images", "and", "plots", "reveal", "that", "apical", "expansion", "of", "MCCs", "is", "slightly", "affected", "by", "Ift74", "depletion", ".", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Embryos", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "phalloidin", "(", "purple", ")", ".", "Cilia", "(", "Ac", "-", "tub", ",", "gray", ")", "were", "also", "presented", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Ift74 depletion affects centriole apical migration in MCCs. Representative 3D-SIM images (x-y) and 3D-reconstructions (x-z) of MCCs show failure of apical trafficking of basal bodies. Basal bodies (Cetn1, green) and distal appendages (Cep164, purple) were labeled with indicated antibodies. Quantitative plot shows a slight significant reduction in basal bodies by the depletion of Ift74. >70 MCCs from 6 embryos for each condition. D. Representative 3D-SIM images and plots reveal that apical expansion of MCCs is slightly affected by Ift74 depletion. >70 MCCs from 6 embryos for each condition. Embryos were fixed and stained with phalloidin (purple). Cilia (Ac-tub, gray) were also presented. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "confocal", "images", "and", "plot", "show", "a", "significant", "reduction", "in", "apical", "F", "-", "actin", "enrichment", "upon", "Ift74", "depletion", ".", ">", "70", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Cell", "boundaries", "and", "apical", "actin", "network", "were", "marked", "with", "mGFP", "(", "green", ")", "and", "phalloidin", "(", "purple", ")", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative confocal images and plot show a significant reduction in apical F-actin enrichment upon Ift74 depletion. >70 MCCs from 6 embryos for each condition. Cell boundaries and apical actin network were marked with mGFP (green) and phalloidin (purple). Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["C", "-", "E", ".", "Ccdc108", "depletion", "affects", "centriolar", "distribution", "of", "IFT", "-", "B", "proteins", "during", "centriole", "migration", "in", "MCCs", ".", "Embryos", "were", "co", "-", "injected", "with", "GFP", "-", "IFTs", "(", "C", ":", "Ift74", ";", "D", ":", "Ift80", ";", "E", ":", "Ift88", ";", "green", ")", ",", "Cetn4", "-", "RFP", "(", "purple", ")", "and", "each", "morpholino", ",", "and", "imaged", "at", "stage", "18", ".", "HA", "tagged", "Ccdc108", "proteins", "were", "co", "-", "expressed", "to", "test", "for", "the", "rescue", "of", "phenotypic", "defects", ".", "Xenopus", "embryos", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "to", "evaluate", "the", "protein", "expression", "levels", ".", "α", "-", "tubulin", "(", "α", "-", "Tub", ")", "served", "as", "loading", "control", ".", "Quantitative", "plots", "show", "that", "Ccdc108", "-", "depleted", "MCCs", "showed", "a", "significant", "decrease", "of", "centriolar", "distribution", "of", "IFT", "-", "B", "proteins", "(", "Ift74", ",", "Ift80", "and", "Ift88", ")", ",", "and", "Ccdc108", "-", "IFT", "interaction", "deficient", "mutants", "are", "unable", "to", "rescue", "the", "decreased", "centriolar", "accumulation", "of", "IFT", "-", "B", "proteins", ".", ">", "40", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E. Ccdc108 depletion affects centriolar distribution of IFT-B proteins during centriole migration in MCCs. Embryos were co-injected with GFP-IFTs (C: Ift74; D: Ift80; E: Ift88; green), Cetn4-RFP (purple) and each morpholino, and imaged at stage 18. HA tagged Ccdc108 proteins were co-expressed to test for the rescue of phenotypic defects. Xenopus embryos were subjected to immunoblotting to evaluate the protein expression levels. α-tubulin (α-Tub) served as loading control. Quantitative plots show that Ccdc108-depleted MCCs showed a significant decrease of centriolar distribution of IFT-B proteins (Ift74, Ift80 and Ift88), and Ccdc108-IFT interaction deficient mutants are unable to rescue the decreased centriolar accumulation of IFT-B proteins. >40 MCCs from 6 embryos for each condition. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Centriolar", "distribution", "of", "ciliary", "adhesion", "complex", "related", "proteins", "Fak", "and", "Cp110", "are", "not", "reduced", "following", "Ccdc108", "depletion", ".", "Embryos", "were", "co", "-", "injected", "with", "GFP", "-", "Cp110", "(", "A", ")", "GFP", "-", "Fak", "(", "B", ")", ",", "Cetn4", "-", "RFP", "(", "purple", ")", "and", "each", "morpholino", ",", "and", "imaged", "at", "stage", "18", ".", ">", "30", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Centriolar distribution of ciliary adhesion complex related proteins Fak and Cp110 are not reduced following Ccdc108 depletion. Embryos were co-injected with GFP-Cp110 (A) GFP-Fak (B), Cetn4-RFP (purple) and each morpholino, and imaged at stage 18. >30 MCCs from 6 embryos for each condition. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Ccdc108", "depletion", "affects", "centriolar", "distribution", "of", "PCP", "associated", "actin", "cytoskeleton", "regulators", "important", "for", "centriole", "migration", "in", "MCCs", ".", "Embryos", "were", "co", "-", "injected", "with", "GFP", "-", "Drg1", "(", "C", ")", "GFP", "-", "RBD", "(", "D", ")", ",", "Cetn4", "-", "RFP", "(", "purple", ")", "and", "each", "morpholino", ",", "and", "imaged", "at", "stage", "18", ".", "HA", "tagged", "Ccdc108", "proteins", "were", "co", "-", "expressed", "to", "test", "for", "the", "rescue", "of", "phenotypic", "defects", ".", "Xenopus", "embryos", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "to", "evaluate", "the", "protein", "expression", "levels", ".", "α", "-", "tubulin", "(", "α", "-", "Tub", ")", "served", "as", "loading", "control", ".", "Quantitative", "plots", "show", "that", "Ccdc108", "-", "depleted", "MCCs", "showed", "a", "significant", "decrease", "of", "centriolar", "distribution", "of", "Drg1", "and", "RBD", ",", "and", "neither", "of", "Ccdc108", "-", "IFT", "interaction", "deficient", "mutants", "can", "rescue", "the", "centriolar", "phenotypic", "defects", ".", ">", "30", "MCCs", "from", "6", "embryos", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "Quantitative", "data", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "scored", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "was", "performed", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "Mean", "±", "s", ".", "d", ".", "values", "are", "also", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Ccdc108 depletion affects centriolar distribution of PCP associated actin cytoskeleton regulators important for centriole migration in MCCs. Embryos were co-injected with GFP-Drg1 (C) GFP-RBD (D), Cetn4-RFP (purple) and each morpholino, and imaged at stage 18. HA tagged Ccdc108 proteins were co-expressed to test for the rescue of phenotypic defects. Xenopus embryos were subjected to immunoblotting to evaluate the protein expression levels. α-tubulin (α-Tub) served as loading control. Quantitative plots show that Ccdc108-depleted MCCs showed a significant decrease of centriolar distribution of Drg1 and RBD, and neither of Ccdc108-IFT interaction deficient mutants can rescue the centriolar phenotypic defects. >30 MCCs from 6 embryos for each condition. Data information: Quantitative data from three independent experiments were scored. Unpaired two-tailed t-test was performed (*** p<0.001; ** p<0.01). Mean ± s.d. values are also presented."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "treated", "with", "DMSO", ",", "CsA", ",", "buffer", "or", "His", "-", "CnA420", "-", "508", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "Meiotic", "exit", "was", "induced", "by", "calcium", "addition", "and", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Samples", "were", "immunoblotted", "for", "cyclin", "B2", ".", "The", "cyclin", "B2", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "α", "-", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "CSF extract was treated with DMSO, CsA, buffer or His-CnA420-508 at the indicated concentrations. Meiotic exit was induced by calcium addition and samples were taken at the indicated time points. Samples were immunoblotted for cyclin B2. The cyclin B2 membrane was stripped and reprobed for α-tubulin."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Both", "reactions", "were", "divided", "and", "supplemented", "with", "the", "indicated", "amounts", "of", "calcium", "or", "H2O", ".", "After", "20min", ",", "samples", "were", "taken", "and", "immunoblotted", "for", "cyclin", "B2", "for", "which", "a", "low", "and", "high", "exposure", "is", "shown", ".", "The", "cyclin", "B2", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "α", "-", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "CSF extract was treated with DMSO or CsA. Both reactions were divided and supplemented with the indicated amounts of calcium or H2O. After 20min, samples were taken and immunoblotted for cyclin B2 for which a low and high exposure is shown. The cyclin B2 membrane was stripped and reprobed for α-tubulin."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Myc", "-", "XErp1", "wt", "IVT", "at", "the", "indicated", "dilutions", ".", "An", "empty", "IVT", "reaction", "not", "expressing", "Myc", "-", "XErp1", "served", "as", "control", ".", "All", "reactions", "were", "divided", "and", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Calcium", "was", "added", "to", "all", "reactions", "and", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ",", "treated", "with", "λ", "-", "phosphatase", "and", "immunoblotted", "for", "XErp1", ",", "the", "Myc", "-", "tag", ",", "cyclin", "B2", "and", "α", "-", "tubulin", ".", "Asterisks", "indicate", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Myc-XErp1 wt IVT at the indicated dilutions. An empty IVT reaction not expressing Myc-XErp1 served as control. All reactions were divided and treated with DMSO or CsA. Calcium was added to all reactions and samples were taken at the indicated time points, treated with λ-phosphatase and immunoblotted for XErp1, the Myc-tag, cyclin B2 and α-tubulin. Asterisks indicate unspecific bands."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Myc", "-", "XErp1", "wt", "IVT", ".", "The", "reaction", "was", "divided", "and", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Both", "reactions", "were", "treated", "with", "calcium", ",", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "as", "indicated", "incubated", "with", "λ", "-", "phosphatase", ".", "Samples", "were", "immunoblotted", "for", "XErp1", "and", "cyclin", "B2", ".", "The", "cyclin", "B2", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "α", "-", "tubulin", ".", "Asterisk", "indicates", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Myc-XErp1 wt IVT. The reaction was divided and treated with DMSO or CsA. Both reactions were treated with calcium, samples were taken at the indicated time points and as indicated incubated with λ-phosphatase. Samples were immunoblotted for XErp1 and cyclin B2. The cyclin B2 membrane was stripped and reprobed for α-tubulin. Asterisk indicates unspecific bands."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Myc", "-", "XErp1", "DSG", "-", "DSA", "-", "ZBR", "-", "(", "S33N", "S38N", "S284N", "S288N", "C583A", ")", "IVT", "and", "as", "indicated", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Both", "reactions", "were", "treated", "with", "calcium", "and", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Samples", "were", "immunoblotted", "for", "the", "Myc", "-", "tag", ",", "cyclin", "B2", "and", "α", "-", "tubulin", ".", "A", "pseudocoloured", "representation", "of", "the", "Myc", "immunoblot", "is", "shown", "in", "Fig", "EV2A", ".", "Arrow", "marks", "the", "meiotic", "phosphorylation", "state", "of", "Myc", "-", "XErp1", ".", "Asterisk", "indicates", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Myc-XErp1 DSG- DSA- ZBR- (S33N S38N S284N S288N C583A) IVT and as indicated treated with DMSO or CsA. Both reactions were treated with calcium and samples were taken at the indicated time points. Samples were immunoblotted for the Myc-tag, cyclin B2 and α-tubulin. A pseudocoloured representation of the Myc immunoblot is shown in Fig EV2A. Arrow marks the meiotic phosphorylation state of Myc-XErp1. Asterisk indicates unspecific bands."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Myc", "-", "XErp1", "DSG", "-", "DSA", "-", "ZBR", "-", "(", "S33N", "S38N", "S284N", "S288N", "C583A", ")", "IVT", "that", "was", "either", "wild", "-", "type", "or", "mutated", "to", "alanine", "at", "the", "p90RSK", "-", "target", "sites", "S335", ",", "T336", "and", "S342", "(", "Rsk3A", ")", ".", "Both", "reactions", "were", "divided", "and", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Calcium", "was", "added", "and", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Samples", "were", "immunoblotted", "for", "the", "Myc", "-", "tag", "and", "cyclin", "B2", ".", "The", "cyclin", "B2", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "α", "-", "tubulin", ".", "Asterisk", "indicates", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Myc-XErp1 DSG- DSA- ZBR- (S33N S38N S284N S288N C583A) IVT that was either wild-type or mutated to alanine at the p90RSK-target sites S335, T336 and S342 (Rsk3A). Both reactions were divided and treated with DMSO or CsA. Calcium was added and samples were taken at the indicated time points. Samples were immunoblotted for the Myc-tag and cyclin B2. The cyclin B2 membrane was stripped and reprobed for α-tubulin. Asterisk indicates unspecific bands."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "treated", "with", "Myc", "-", "XErp1", "CaMKII", "-", "ZBR", "-", "(", "T195A", "C583A", ")", "IVT", ".", "An", "empty", "IVT", "reaction", "not", "expressing", "XErp1", "was", "used", "as", "control", ".", "The", "extracts", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", "as", "indicated", ".", "Calcium", "was", "added", ",", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "immunoblotted", "for", "cyclin", "B2", ",", "pSer335", "XErp1", "and", "α", "-", "tubulin", ".", "The", "pSer335", "XErp1", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "the", "Myc", "-", "tag", ".", "Asterisks", "indicate", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was treated with Myc-XErp1 CaMKII- ZBR- (T195A C583A) IVT. An empty IVT reaction not expressing XErp1 was used as control. The extracts were treated with DMSO or CsA as indicated. Calcium was added, samples were taken at the indicated time points and immunoblotted for cyclin B2, pSer335 XErp1 and α-tubulin. The pSer335 XErp1 membrane was stripped and reprobed for the Myc-tag. Asterisks indicate unspecific bands."}
{"words": ["Myc", "-", "XErp1", "CaMKII", "-", "ZBR", "-", "(", "T195A", "C583A", ")", "IVT", "was", "in", "vitro", "phosphorylated", "by", "recombinant", "PKA", "and", "isolated", "by", "α", "-", "Myc", "immunoprecipitation", ".", "The", "immunoprecipitate", "was", "supplemented", "with", "calcium", "and", "treated", "with", "recombinant", "hs", "_", "CaN", "and", "calmodulin", "as", "indicated", ".", "Samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "immunoblotted", "for", "the", "catalytic", "calcineurin", "subunit", "CnA", "and", "pSer335", "XErp1", ".", "The", "pSer335", "XErp1", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "the", "Myc", "-", "tag", ".", "Asterisk", "indicates", "the", "IgG", "heavy", "chain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Myc-XErp1 CaMKII- ZBR- (T195A C583A) IVT was in vitro phosphorylated by recombinant PKA and isolated by α-Myc immunoprecipitation. The immunoprecipitate was supplemented with calcium and treated with recombinant hs_CaN and calmodulin as indicated. Samples were taken at the indicated time points and immunoblotted for the catalytic calcineurin subunit CnA and pSer335 XErp1. The pSer335 XErp1 membrane was stripped and reprobed for the Myc-tag. Asterisk indicates the IgG heavy chain."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "mRNA", "encoding", "Flag", "-", "Cdc20", "that", "was", "either", "wild", "-", "type", "or", "mutated", "to", "serine", "at", "Thr64", ",", "Thr68", "and", "Thr79", "(", "3TS", ")", ".", "After", "expression", ",", "calcium", "was", "added", ",", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "resolved", "by", "either", "conventional", "or", "Phos", "-", "tagTM", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Samples", "were", "immunoblotted", "for", "the", "Flag", "-", "tag", ",", "Cdc27", "and", "cyclin", "B2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0], "text": "CSF extract was supplemented with mRNA encoding Flag-Cdc20 that was either wild-type or mutated to serine at Thr64, Thr68 and Thr79 (3TS). After expression, calcium was added, samples were taken at the indicated time points and resolved by either conventional or Phos-tagTM SDS-PAGE. Samples were immunoblotted for the Flag-tag, Cdc27 and cyclin B2."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Myc", "-", "XErp1", "wt", "IVT", "and", "treated", "with", "DMSO", "or", "CsA", ".", "Calcium", "was", "added", ",", "samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", ",", "resolved", "by", "either", "conventional", "or", "Phos", "-", "tagTM", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Cdc20", ",", "Cdc27", "and", "cyclin", "B2", ".", "A", "control", "sample", "was", "treated", "with", "λ", "-", "phosphatase", ".", "A", "pseudocoloured", "representation", "of", "the", "Cdc20", "and", "the", "Cdc27", "immunoblots", "is", "shown", "in", "Fig", ".", "EV4A", ".", "The", "cyclin", "B2", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "α", "-", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Myc-XErp1 wt IVT and treated with DMSO or CsA. Calcium was added, samples were taken at the indicated time points, resolved by either conventional or Phos-tagTM SDS-PAGE and immunoblotted for Cdc20, Cdc27 and cyclin B2. A control sample was treated with λ-phosphatase. A pseudocoloured representation of the Cdc20 and the Cdc27 immunoblots is shown in Fig. EV4A. The cyclin B2 membrane was stripped and reprobed for α-tubulin."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Flag", "-", "Cdc20", "wt", "IVT", "coupled", "to", "α", "-", "Flag", "beads", ".", "Calcium", "was", "added", "and", "Flag", "-", "Cdc20", "was", "isolated", "by", "α", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Input", "and", "pellet", "(", "IP", ":", "Flag", ")", "samples", "were", "immunoblotted", "for", "the", "Flag", "-", "tag", ",", "pThr68", "Cdc20", "and", "p150", "(", "Glued", ")", ".", "The", "pThr68", "Cdc20", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "cyclin", "B2", ".", "Asterisk", "in", "the", "cyclin", "B2", "immunoblot", "indicates", "the", "IgG", "heavy", "chain", ".", "Asterisks", "in", "other", "immunoblots", "indicate", "unspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Flag-Cdc20 wt IVT coupled to α-Flag beads. Calcium was added and Flag-Cdc20 was isolated by α-Flag immunoprecipitation at the indicated time points. Input and pellet (IP: Flag) samples were immunoblotted for the Flag-tag, pThr68 Cdc20 and p150(Glued). The pThr68 Cdc20 membrane was stripped and reprobed for cyclin B2. Asterisk in the cyclin B2 immunoblot indicates the IgG heavy chain. Asterisks in other immunoblots indicate unspecific bands."}
{"words": ["CSF", "extract", "was", "supplemented", "with", "Flag", "-", "Cdc20", "wt", "IVT", ".", "Flag", "-", "Cdc20", "was", "re", "-", "isolated", "by", "α", "-", "Flag", "immunoprecipitation", ",", "supplemented", "with", "calcium", "and", "treated", "with", "recombinant", "hs", "_", "CaN", "and", "calmodulin", "as", "indicated", ".", "Samples", "were", "taken", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "immunoblotted", "for", "the", "Flag", "-", "tag", "and", "pThr68", "Cdc20", ".", "The", "pThr68", "Cdc20", "membrane", "was", "stripped", "and", "reprobed", "for", "the", "catalytic", "calcineurin", "subunit", "CnA", ".", "Asterisk", "indicates", "the", "IgG", "heavy", "chain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSF extract was supplemented with Flag-Cdc20 wt IVT. Flag-Cdc20 was re-isolated by α-Flag immunoprecipitation, supplemented with calcium and treated with recombinant hs_CaN and calmodulin as indicated. Samples were taken at the indicated time points and immunoblotted for the Flag-tag and pThr68 Cdc20. The pThr68 Cdc20 membrane was stripped and reprobed for the catalytic calcineurin subunit CnA. Asterisk indicates the IgG heavy chain."}
{"words": ["A", "Affinity", "measurements", "by", "biolayer", "interferometry", "(", "BLI", ")", "of", "bipNbs", "NM1267", "and", "NM1268", ".", "NM1267", "and", "NM1268", "were", "applied", "with", "concentrations", "ranging", "from", "5", "-", "0", ".", "625", "nM", "and", "20", "‑", "2", ".", "5", "nM", ",", "respectively", "(", "illustrated", "with", "gradually", "lighter", "shades", ")", "on", "immobilized", "RBD", "derived", "from", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", "(", "RBDB", ".", "1", ")", ".", "Global", "1", ":", "1", "fits", "are", "illustrated", "as", "dashed", "lines", ".", "Global", "1", ":", "1", "fits", "are", "illustrated", "as", "dashed", "lines", "and", "binding", "affinity", "(", "KD", ")", ",", "association", "(", "kon", ")", "and", "dissociation", "constant", "(", "koff", ")", "determined", "for", "the", "individual", "bipNbs", "are", "summarized", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Affinity measurements by biolayer interferometry (BLI) of bipNbs NM1267 and NM1268. NM1267 and NM1268 were applied with concentrations ranging from 5-0.625 nM and 20‑2.5 nM, respectively (illustrated with gradually lighter shades) on immobilized RBD derived from SARS-CoV-2 B.1 (RBDB.1). Global 1:1 fits are illustrated as dashed lines. Global 1:1 fits are illustrated as dashed lines and binding affinity (KD), association (kon) and dissociation constant (koff) determined for the individual bipNbs are summarized."}
{"words": ["A", "-", "P", "Affinity", "measurements", "by", "BLI", "of", "bipNb", "NM1267", "and", "NM1268", "on", "recently", "identified", "RBD", "variants", "B", ".", "1", ".", "1", ".", "7", "(", "Alpha", ")", "(", "A", ",", "I", ")", ",", "B", ".", "1", ".", "351", "(", "Beta", ")", "(", "B", ",", "J", ")", ",", "P1", "(", "Gamma", ")", "(", "C", ",", "K", ")", ",", "B", ".", "1", ".", "617", ".", "2", "(", "Delta", ")", "(", "D", ",", "L", ")", ",", "B", ".", "1", ".", "429", "(", "Epsilon", ")", "(", "E", ",", "M", ")", ",", "P3", "(", "Theta", ")", "(", "F", ",", "N", ")", ",", "B", ".", "1", ".", "617", ".", "1", "(", "Kappa", ")", "(", "G", ",", "O", ")", "and", "A", ".", "23", ".", "1", "(", "H", ",", "P", ")", ".", "NM1267", "and", "NM1268", "were", "applied", "with", "concentrations", "ranging", "from", "5", "-", "0", ".", "625", "nM", "and", "20", "‑", "2", ".", "5", "nM", ",", "respectively", "(", "illustrated", "with", "gradually", "lighter", "shades", ")", "on", "immobilized", "RBD", "variants", ".", "Global", "1", ":", "1", "fits", "are", "illustrated", "as", "dashed", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-P Affinity measurements by BLI of bipNb NM1267 and NM1268 on recently identified RBD variants B.1.1.7 (Alpha) (A, I), B.1.351 (Beta) (B, J), P1 (Gamma) (C, K), B.1.617.2 (Delta) (D, L), B.1.429 (Epsilon) (E, M), P3 (Theta) (F, N), B.1.617.1 (Kappa) (G, O) and A.23.1 (H, P). NM1267 and NM1268 were applied with concentrations ranging from 5-0.625 nM and 20‑2.5 nM, respectively (illustrated with gradually lighter shades) on immobilized RBD variants. Global 1:1 fits are illustrated as dashed lines."}
{"words": ["A", "-", "F", "Neutralization", "potency", "of", "NM1267", "and", "NM1268", "were", "analyzed", "in", "Caco", "‑", "2", "cells", "using", "the", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", "(", "A", ",", "D", ")", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "351", "(", "Beta", ")", "(", "B", ",", "E", ")", "and", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "617", ".", "2", "(", "Delta", ")", "(", "C", ",", "F", ")", ".", "Infection", "normalized", "to", "virus", "-", "only", "infection", "control", "is", "illustrated", "as", "percent", "of", "infection", "(", "infection", "[", "%", "]", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "(", "n", "=", "3", ")", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F Neutralization potency of NM1267 and NM1268 were analyzed in Caco‑2 cells using the SARS-CoV-2 B.1 (A, D) SARS-CoV-2 B.1.351 (Beta) (B, E) and SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) (C, F). Infection normalized to virus-only infection control is illustrated as percent of infection (infection [%]). Data are presented as mean ± SEM of three (n = 3) biological replicates."}
{"words": ["C", "Hemizygous", "K18", "-", "hACE2", "mice", "were", "treated", "intranasally", "with", "20", "µg", "of", "NM1251", "(", "n", "=", "15", ")", "or", "NM1267", "(", "n", "=", "12", ")", "seven", "hours", "prior", "to", "infection", "with", "3", "*", "103", "PFU", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "survival", "were", "monitored", "for", "14", "days", ".", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "by", "log", "-", "rank"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Hemizygous K18-hACE2 mice were treated intranasally with 20 µg of NM1251 (n = 15) or NM1267 (n = 12) seven hours prior to infection with 3*103 PFU SARS-CoV-2 B.1. survival were monitored for 14 days. , ****P < 0.0001, by log-rank test"}
{"words": ["D", "Nasal", "swabs", "were", "collected", "from", "six", "mice", "per", "group", "(", "n", "=", "6", ")", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "viral", "load", "was", "determined", "by", "plaque", "-", "assay", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "unpaired", "t"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Nasal swabs were collected from six mice per group (n = 6) at the indicated time points and viral load was determined by plaque-assay. Bars represent mean ± SEM. **P < 0.01, by unpaired t test"}
{"words": ["Histopathological", "analysis", "of", "mice", ",", "which", "were", "intranasally", "treated", "with", "bipNb", "NM1267", "or", "control", "Nb", "NM1251", "and", "subsequently", "infected", "with", "3", "*", "103", "PFU", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "A", "-", "B", "Serial", "tissue", "sections", "revealed", "severe", "inflammation", "(", "H", "&", "E", ")", "and", "numerous", "widespread", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "RNA", "positive", "alveolar", "epithelia", "cells", "and", "macrophages", "(", "in", "situ", "hybridization", "(", "ISH", ")", ")", "in", "lungs", "of", "infected", ",", "control", "-", "treated", "mice", ".", "In", "infected", "and", "NM1267", "-", "treated", "animals", "no", "inflammation", "or", "only", "small", "focal", "areas", "with", "inflammation", "and", "a", "few", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "RNA", "positive", "cells", "were", "observed", ".", "Scale", "bars", "represent", "1", "mm", "and", "200", "µm", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histopathological analysis of mice, which were intranasally treated with bipNb NM1267 or control Nb NM1251 and subsequently infected with 3*103 PFU SARS-CoV-2 B.1. A-B Serial tissue sections revealed severe inflammation (H&E) and numerous widespread SARS-CoV-2 RNA positive alveolar epithelia cells and macrophages (in situ hybridization (ISH)) in lungs of infected, control-treated mice. In infected and NM1267-treated animals no inflammation or only small focal areas with inflammation and a few SARS-CoV-2 RNA positive cells were observed. Scale bars represent 1 mm and 200 µm, respectively."}
{"words": ["B", ",", "Hemizygous", "K18", "-", "hACE2", "mice", "were", "treated", "intranasally", "with", "20", "µg", "of", "NM1251", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "NM1267", "(", "n", "=", "9", ")", "or", "NM1268", "(", "n", "=", "9", ")", "seven", "hours", "prior", "to", "infection", "with", "3", "*", "103", "PFU", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "617", ".", "2", "(", "Delta", ")", ".", "Weight", "loss", "were", "monitored", "for", "14", "days", ".", "Dashed", "line", "indicates", "humane", "endpoint", "and", "symbols", "represent", "mean", "±", "SEM", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "in", "orange", "between", "NM1251", "and", "NM1267", "and", "in", "purple", "between", "NM1251", "and", "NM1268", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "1", "in", "black", "between", "NM1267", "and", "NM1268", ",", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparison"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Hemizygous K18-hACE2 mice were treated intranasally with 20 µg of NM1251 (n = 8), NM1267 (n = 9) or NM1268 (n = 9) seven hours prior to infection with 3*103 PFU SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta). Weight loss were monitored for 14 days. Dashed line indicates humane endpoint and symbols represent mean ± SEM ****P < 0.0001 in orange between NM1251 and NM1267 and in purple between NM1251 and NM1268, *P < 0.1 in black between NM1267 and NM1268, by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparison test"}
{"words": ["C", "Hemizygous", "K18", "-", "hACE2", "mice", "were", "treated", "intranasally", "with", "20", "µg", "of", "NM1251", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "NM1267", "(", "n", "=", "9", ")", "or", "NM1268", "(", "n", "=", "9", ")", "seven", "hours", "prior", "to", "infection", "with", "3", "*", "103", "PFU", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "B", ".", "1", ".", "617", ".", "2", "(", "Delta", ")", ".", "survival", "were", "monitored", "for", "14", "days", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "in", "orange", "between", "NM1251", "and", "NM1267", "and", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "in", "purple", "between", "NM1251", "and", "NM1268", ",", "by", "log", "-", "rank"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Hemizygous K18-hACE2 mice were treated intranasally with 20 µg of NM1251 (n = 8), NM1267 (n = 9) or NM1268 (n = 9) seven hours prior to infection with 3*103 PFU SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta). survival were monitored for 14 days. ***P < 0.001 in orange between NM1251 and NM1267 and ****P < 0.0001 in purple between NM1251 and NM1268, by log-rank test"}
{"words": ["(", "a", ")", "Knockdown", "of", "dRagA", "and", "dRagC", "decreased", "dS6K", "phosphorylation", "(", "Thr", "398", ")", ".", "Drosophila", "S2", "cells", "untreated", "(", "lane", "2", ")", "or", "treated", "with", "the", "indicated", "RNAi", "were", "starved", "of", "amino", "acids", "for", "1", "h", "followed", "by", "amino", "acid", "stimulation", "for", "30", "min", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "of", "dS6K", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Knockdown of dRagA and dRagC decreased dS6K phosphorylation (Thr 398). Drosophila S2 cells untreated (lane 2) or treated with the indicated RNAi were starved of amino acids for 1 h followed by amino acid stimulation for 30 min Phosphorylation and protein levels of dS6K were determined by immunoblotting with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "b", ")", "dRagA", "and", "dRagC", "are", "not", "required", "for", "dAkt", "phosphorylation", ".", "Drosophila", "S2", "cells", "untreated", "(", "lanes", "1", "-", "3", ")", "or", "treated", "with", "the", "indicated", "RNAi", "were", "starved", "of", "amino", "acids", "for", "1", "h", "and", "stimulated", "with", "amino", "acids", "for", "30", "min", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "of", "dAkt", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "appropriate", "antibodies", "as", "indicated", ".", "NC", ",", "negative", "control", "RNAi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) dRagA and dRagC are not required for dAkt phosphorylation. Drosophila S2 cells untreated (lanes 1-3) or treated with the indicated RNAi were starved of amino acids for 1 h and stimulated with amino acids for 30 min. Phosphorylation and protein levels of dAkt were determined by immunoblotting with appropriate antibodies as indicated. NC, negative control RNAi."}
{"words": ["(", "c", ")", "dRagA", "and", "dRagC", "function", "in", "parallel", "with", "TSC2", "and", "PTEN", ".", "dRagA", "and", "/", "or", "dRagC", "RNAi", "was", "added", "to", "S2", "cells", "in", "combination", "with", "dTSC2", "or", "dPTEN", "RNAi", ",", "as", "indicated", ".", "dTSC2", "or", "dPTEN", "RNAi", "treatment", "increased", "pdS6K", "(", "Thr", "398", ")", "and", "this", "increase", "was", "compromised", "by", "dRagA", "or", "/", "and", "dRagC", "RNAi", ".", "Full", "scans", "of", "blots", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) dRagA and dRagC function in parallel with TSC2 and PTEN. dRagA and/or dRagC RNAi was added to S2 cells in combination with dTSC2 or dPTEN RNAi, as indicated. dTSC2 or dPTEN RNAi treatment increased pdS6K (Thr 398) and this increase was compromised by dRagA or/and dRagC RNAi. Full scans of blots are provided in Supplementary Information, Fig. S6."}
{"words": ["(", "a", ")", "Constitutively", "active", "RagA", "and", "RagB", "stimulate", "S6K", "phosphorylation", ".", "200", "ng", "of", "each", "mammalian", "RagA", ",", "RagB", ",", "RagC", "or", "RagD", "construct", "was", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", "into", "HEK293", "cells", ".", "Their", "corresponding", "dominant", "-", "negative", "mutants", "(", "RagAT21N", ",", "RagBT54N", ",", "RagCS75N", ",", "RagDS76N", ")", "and", "constitutively", "active", "mutants", "(", "RagAQ66L", ",", "RagBQ99L", ",", "RagCQ120L", ",", "RagDQ121L", ")", "were", "also", "tested", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Constitutively active RagA and RagB stimulate S6K phosphorylation. 200 ng of each mammalian RagA, RagB, RagC or RagD construct was co-transfected with HA-S6K (20 ng) into HEK293 cells. Their corresponding dominant-negative mutants (RagAT21N, RagBT54N, RagCS75N, RagDS76N) and constitutively active mutants (RagAQ66L, RagBQ99L, RagCQ120L, RagDQ121L) were also tested. Phosphorylation and protein levels were determined by immunoblotting with the appropriate antibodies, as indicated."}
{"words": ["(", "b", ")", "RagA", "has", "a", "dominant", "role", "over", "RagC", "in", "regulating", "S6K", "phosphorylation", ".", "Each", "Rag", "construct", "(", "200", "ng", ")", "indicated", "was", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", ".", "The", "different", "Rag", "mutants", "used", "in", "the", "transfection", "are", "indicated", "at", "the", "top", "of", "each", "lane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) RagA has a dominant role over RagC in regulating S6K phosphorylation. Each Rag construct (200 ng) indicated was co-transfected with HA-S6K (20 ng). The different Rag mutants used in the transfection are indicated at the top of each lane."}
{"words": ["(", "c", ")", "Rag", "regulates", "TORC1", "but", "not", "TORC2", "activity", ".", "Each", "indicated", "Rag", "construct", "(", "200", "ng", ")", "was", "co", "-", "transfected", "with", "either", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", ",", "Myc", "-", "4EBP1", "(", "20", "ng", ")", "or", "of", "GST", "-", "Akt", "(", "100", "ng", ")", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", ".", "Full", "scans", "of", "blots", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Rag regulates TORC1 but not TORC2 activity. Each indicated Rag construct (200 ng) was co-transfected with either HA-S6K (20 ng), Myc-4EBP1 (20 ng) or of GST-Akt (100 ng). Phosphorylation and protein levels were determined by immunoblotting with the appropriate antibodies, as indicated. Full scans of blots are provided in Supplementary Information, Fig. S6."}
{"words": ["(", "a", ")", "RagAQ66L", "and", "RagCS75N", "activate", "TORC1", "in", "the", "absence", "of", "amino", "acids", ".", "Each", "Rag", "construct", "(", "200", "ng", ")", "indicated", "was", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", "into", "HEK293", "cells", ".", "Cells", "were", "starved", "of", "amino", "acids", "for", "1", "h", "before", "collection", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) RagAQ66L and RagCS75N activate TORC1 in the absence of amino acids. Each Rag construct (200 ng) indicated was co-transfected with HA-S6K (20 ng) into HEK293 cells. Cells were starved of amino acids for 1 h before collection. Phosphorylation and protein levels were determined by immunoblotting with the appropriate antibodies, as indicated."}
{"words": ["(", "b", ")", "RagAT21N", "and", "RagCQ120L", "block", "S6K", "phosphorylation", "in", "response", "to", "amino", "acid", "(", "AA", ")", "stimulation", ".", "pcDNA3", "(", "200", "ng", ",", "lanes", "1", "and", "2", ")", "or", "each", "indicated", "Rag", "construct", "was", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "S6K", "into", "HEK293", "cells", ".", "Cells", "were", "starved", "of", "amino", "acids", "for", "1", "h", "(", "-", "AA", ")", "and", "either", "remained", "in", "the", "starvation", "medium", "or", "were", "stimulated", "with", "amino", "-", "acid", "-", "containing", "-", "medium", "(", "+", "AA", ")", "for", "30", "min", "before", "collection", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) RagAT21N and RagCQ120L block S6K phosphorylation in response to amino acid (AA) stimulation. pcDNA3 (200 ng, lanes 1 and 2) or each indicated Rag construct was co-transfected with HA-S6K into HEK293 cells. Cells were starved of amino acids for 1 h (-AA) and either remained in the starvation medium or were stimulated with amino-acid-containing-medium (+AA) for 30 min before collection. Phosphorylation and protein levels were determined by immunoblotting with the appropriate antibodies, as indicated."}
{"words": ["(", "c", ")", "RagAT21N", "and", "RagCQ120L", "suppress", "insulin", "-", "induced", "stimulation", "of", "S6K", "phosphorylation", ".", "pcDNA3", "(", "200", "ng", ",", "lanes", "1", "and", "2", ")", "or", "each", "indicated", "Rag", "construct", "was", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", "or", "GST", "-", "Akt", "(", "100", "ng", ")", "into", "HeLa", "cells", ".", "Cells", "were", "serum", "-", "starved", "overnight", "and", "stimulated", "with", "insulin", "(", "400", "nM", ")", "for", "30", "min", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "the", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", ".", "Full", "scans", "of", "blots", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) RagAT21N and RagCQ120L suppress insulin-induced stimulation of S6K phosphorylation. pcDNA3 (200 ng, lanes 1 and 2) or each indicated Rag construct was co-transfected with HA-S6K (20 ng) or GST-Akt (100 ng) into HeLa cells. Cells were serum-starved overnight and stimulated with insulin (400 nM) for 30 min. Phosphorylation and protein levels were determined by immunoblotting with the appropriate antibodies, as indicated. Full scans of blots are provided in Supplementary Information, Fig. S6."}
{"words": ["(", "a", ")", "dRagA", "positively", "regulates", "wing", "compartment", "size", ".", "Wild", "-", "type", "or", "mutant", "dRagA", "transgenes", "were", "expressed", "in", "posterior", "compartments", "with", "the", "en", "-", "GAL4", "driver", ".", "The", "ratios", "of", "representative", "posterior", "to", "anterior", "compartment", "areas", "are", "shown", ".", "Posterior", "compartment", "area", "was", "significantly", "increased", "in", "response", "to", "dRagAQ61L", "expression", "and", "decreased", "in", "response", "to", "dRagAT61N", "expression", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "7", ".", "32", "×", "10", "−", "4", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "6", ".", "18", "×", "10", "−", "4", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "(", "n", "is", "the", "number", "of", "adult", "wings", "analysed", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) dRagA positively regulates wing compartment size. Wild-type or mutant dRagA transgenes were expressed in posterior compartments with the en-GAL4 driver. The ratios of representative posterior to anterior compartment areas are shown. Posterior compartment area was significantly increased in response to dRagAQ61L expression and decreased in response to dRagAT61N expression. Data are mean ± s.d., *P = 7.32 × 10−4 (n = 7), **P = 6.18 × 10−4 (n = 12), Student's two-tailed t-test, (n is the number of adult wings analysed)."}
{"words": ["(", "b", ")", "dRagA", "positively", "regulates", "wing", "cell", "size", ".", "The", "average", "area", "of", "posterior", "compartment", "cells", "from", "en", "-", "GAL4", "UAS", "-", "dRagA", "adult", "wings", "is", "shown", ".", "Cells", "expressing", "dRagAQ61L", "are", "significantly", "larger", "and", "dRagAT61N", "-", "expressing", "cells", "are", "smaller", "than", "controls", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "1", ".", "15", "×", "10", "−", "3", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "025", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "Student", "'", "s", "2", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "represents", "number", "of", "adult", "wings", "analysed", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) dRagA positively regulates wing cell size. The average area of posterior compartment cells from en-GAL4 UAS-dRagA adult wings is shown. Cells expressing dRagAQ61L are significantly larger and dRagAT61N-expressing cells are smaller than controls. Data are mean ± s.d., *P = 1.15 × 10−3 (n = 7), **P = 0.025 (n = 12), Student's 2-tailed t-test (n represents number of adult wings analysed)."}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", "dRag", "GTPases", "positively", "regulate", "larval", "fat", "body", "cell", "size", ".", "(", "c", ")", "Cell", "area", "of", "clonally", "-", "induced", "dRagA", "-", "expressing", "cells", "or", "dRagC", "homozygous", "mutant", "cells", "relative", "to", "neighbouring", "wild", "-", "type", "control", "cells", "is", "shown", ".", "Cell", "area", "was", "determined", "from", "phalloidin", "-", "stained", "fixed", "fat", "body", "samples", "from", "fed", "or", "48", "h", "starved", "larvae", ".", "Expression", "of", "dRagAWT", "or", "dRagAQ61L", "significantly", "increased", "relative", "cell", "area", "under", "starvation", "but", "not", "fed", "conditions", ".", "Cells", "expressing", "dRagAT61N", "and", "dRagC", "loss", "-", "of", "-", "function", "cells", "were", "significantly", "smaller", "than", "control", "cells", "only", "under", "nutrient", "replete", "conditions", ".", "Data", "are", "means", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "2", ".", "04", "×", "10", "−", "3", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "2", ".", "94", "×", "10", "−", "6", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "3", ".", "79", "×", "10", "−", "7", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "=", "1", ".", "36", "×", "10", "−", "5", "(", "n", "=", "30", ")", ",", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "(", "d", ")", "Representative", "examples", "of", "fat", "body", "cells", "with", "altered", "dRagA", "activity", ".", "Cells", "expressing", "dRagA", "transgenes", "are", "marked", "by", "the", "expression", "of", "GFP", "in", "the", "left", "and", "middle", "panels", ",", "and", "dRagC", "homozygous", "mutant", "cells", "are", "marked", "by", "absence", "of", "GFP", "in", "the", "right", "panel", ".", "Scale", "bar", "represents", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c, d) dRag GTPases positively regulate larval fat body cell size. (c) Cell area of clonally-induced dRagA-expressing cells or dRagC homozygous mutant cells relative to neighbouring wild-type control cells is shown. Cell area was determined from phalloidin-stained fixed fat body samples from fed or 48 h starved larvae. Expression of dRagAWT or dRagAQ61L significantly increased relative cell area under starvation but not fed conditions. Cells expressing dRagAT61N and dRagC loss-of-function cells were significantly smaller than control cells only under nutrient replete conditions. Data are means ± s.d., *P = 2.04 × 10−3 (n = 5), **P = 2.94 × 10−6 (n = 14), ***P = 3.79 × 10−7 (n = 14), ****P = 1.36 × 10−5 (n = 30), Student's two-tailed t-test. (d) Representative examples of fat body cells with altered dRagA activity. Cells expressing dRagA transgenes are marked by the expression of GFP in the left and middle panels, and dRagC homozygous mutant cells are marked by absence of GFP in the right panel. Scale bar represents 50 μm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Rag", "acts", "through", "TORC1", "to", "regulate", "S6K", "phosphorylation", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "constructs", "as", "indicated", ".", "Co", "-", "expression", "of", "of", "mTORKD", "construct", "(", "600", "ng", ")", "or", "rapamycin", "treatment", "(", "rapa", ",", "20", "nM", ",", "30", "min", ")", "abolished", "the", "effect", "of", "RagAQ66L", "and", "RagCS75N", "on", "S6K", "phosphorylation", ".", "The", "protein", "level", "of", "mTORKD", "was", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "mTOR", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(a) Rag acts through TORC1 to regulate S6K phosphorylation. HEK293 cells were transfected with constructs as indicated. Co-expression of of mTORKD construct (600 ng) or rapamycin treatment (rapa, 20 nM, 30 min) abolished the effect of RagAQ66L and RagCS75N on S6K phosphorylation. The protein level of mTORKD was determined by immunoblotting with anti-mTOR antibody."}
{"words": ["(", "b", ")", "RagA", "/", "RagC", "and", "TSC1", "/", "TSC2", "independently", "regulate", "S6K", "phosphorylation", ".", "HEK293", "cells", "were", "transfected", "with", "200", "ng", "of", "each", "Rag", "and", "/", "or", "′", "constructs", "as", "indicated", ".", "Amino", "acid", "starvation", "for", "1", "h", "(", "-", "AA", ")", "is", "indicated", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "of", "the", "transfected", "proteins", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) RagA/RagC and TSC1/TSC2 independently regulate S6K phosphorylation. HEK293 cells were transfected with 200 ng of each Rag and/or ′ constructs as indicated. Amino acid starvation for 1 h (-AA) is indicated. Phosphorylation and protein levels of the transfected proteins were determined by immunoblotting with appropriate antibodies, as indicated."}
{"words": ["(", "c", ")", "TSC2", "and", "RagA", "/", "B", "independently", "affect", "S6K", "phosphorylation", ".", "HA", "-", "S6K", "(", "20", "ng", ")", "was", "transfected", "into", "HeLa", "cells", "with", "or", "without", "RNAi", "against", "human", "TSC2", ",", "RagA", "and", "RagB", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(c) TSC2 and RagA/B independently affect S6K phosphorylation. HA-S6K (20 ng) was transfected into HeLa cells with or without RNAi against human TSC2, RagA and RagB as indicated."}
{"words": ["(", "d", ")", "RagAT21N", "and", "RagCQ120L", "do", "not", "block", "Rheb", "-", "induced", "S6K", "phosphorylation", ".", "RagAT21N", "and", "RagCQ120L", "(", "200", "ng", "each", ")", "were", "transfected", "into", "HEK293", "cells", "with", "or", "without", "Rheb", "construct", "(", "20", "ng", ")", ".", "S6K", "was", "included", "in", "the", "co", "-", "transfection", ".", "Phosphorylation", "and", "protein", "levels", "of", "the", "transfected", "proteins", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "appropriate", "antibodies", ",", "as", "indicated", ".", "Full", "scans", "of", "blots", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) RagAT21N and RagCQ120L do not block Rheb-induced S6K phosphorylation. RagAT21N and RagCQ120L (200 ng each) were transfected into HEK293 cells with or without Rheb construct (20 ng). S6K was included in the co-transfection. Phosphorylation and protein levels of the transfected proteins were determined by immunoblotting with appropriate antibodies, as indicated. Full scans of blots are provided in Supplementary Information, Fig. S6."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "dRagC", "is", "not", "required", "for", "Rheb", "-", "induced", "cell", "growth", ".", "(", "a", ")", "The", "area", "of", "Rheb", "-", "overexpressing", "cells", "in", "control", "or", "dRagC", "mutant", "(", "dRagC", "−", "/", "−", ")", "backgrounds", "under", "fed", "conditions", ",", "relative", "to", "that", "of", "neighbouring", "control", "cells", "which", "were", "assigned", "a", "value", "of", "1", ".", "Overexpression", "of", "Rheb", "led", "to", "a", "significant", "increase", "in", "cell", "area", "in", "both", "control", "and", "dRagC", "mutant", "backgrounds", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "034", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "6", ".", "1", "×", "10", "−", "3", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "represents", "number", "of", "experimental", "samples", ")", ".", "(", "b", ")", "A", "representative", "example", "of", "a", "clone", "of", "Rheb", "-", "overexpressing", "cells", "in", "a", "dRagC", "−", "/", "−", "animal", ".", "Rheb", "transgene", "-", "expressing", "cells", "are", "marked", "by", "co", "-", "expression", "of", "GFP", ".", "Cell", "boundaries", "are", "labelled", "by", "phalloidin", "staining", "in", "red", ";", "nuclei", "are", "labelled", "by", "DAPI", "in", "blue", ".", "Scale", "bar", "represents", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) dRagC is not required for Rheb-induced cell growth. (a) The area of Rheb-overexpressing cells in control or dRagC mutant (dRagC−/−) backgrounds under fed conditions, relative to that of neighbouring control cells which were assigned a value of 1. Overexpression of Rheb led to a significant increase in cell area in both control and dRagC mutant backgrounds. Data are mean ± s.d., *P = 0.034 (n = 5), **P = 6.1 × 10−3 (n = 5), Student's two-tailed t-test (n represents number of experimental samples). (b) A representative example of a clone of Rheb-overexpressing cells in a dRagC−/− animal. Rheb transgene-expressing cells are marked by co-expression of GFP. Cell boundaries are labelled by phalloidin staining in red; nuclei are labelled by DAPI in blue. Scale bar represents 50 μm."}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", "Expression", "of", "dRagAQ61L", "fails", "to", "rescue", "the", "growth", "impairment", "of", "Rheb", "mutant", "cells", ".", "(", "c", ")", "Relative", "area", "of", "clonally", "-", "induced", "Rheb26", ".", "2", "homozygous", "mutant", "cells", "in", "a", "control", "background", "and", "in", "animals", "expressing", "dRagAQ61L", "throughout", "the", "fat", "body", ".", "Clonally", "induced", "Rheb26", ".", "2", "homozygous", "mutant", "cells", "were", "significantly", "smaller", "than", "neighbouring", "control", "cells", "both", "in", "wild", "-", "type", "and", "in", "dRagAQ61L", "expressing", "backgrounds", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "2", ".", "91", "×", "10", "−", "4", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "2", ".", "59", "×", "10", "−", "8", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "Student", "'", "s", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "fed", "conditions", "where", "n", "represents", "number", "of", "experimental", "samples", ")", ".", "(", "d", ")", "A", "representative", "example", "of", "Rheb", "homozygous", "mutant", "cells", "(", "marked", "by", "lack", "of", "GFP", ",", "arrows", ")", "in", "fat", "body", "ubiquitously", "expressing", "UAS", "-", "dRagAQ61L", ".", "GFP", "-", "positive", "control", "cells", "in", "this", "experiment", "are", "a", "mixture", "of", "Rheb", "+", "/", "−", "and", "Rheb", "+", "/", "+", ".", "Scale", "bar", "represents", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c, d) Expression of dRagAQ61L fails to rescue the growth impairment of Rheb mutant cells. (c) Relative area of clonally-induced Rheb26.2 homozygous mutant cells in a control background and in animals expressing dRagAQ61L throughout the fat body. Clonally induced Rheb26.2 homozygous mutant cells were significantly smaller than neighbouring control cells both in wild-type and in dRagAQ61L expressing backgrounds. Data are mean ±s.d., *P = 2.91 × 10−4 (n = 7), **P = 2.59 × 10−8 (n = 5), Student's two-tailed t-test (fed conditions where n represents number of experimental samples). (d) A representative example of Rheb homozygous mutant cells (marked by lack of GFP, arrows) in fat body ubiquitously expressing UAS-dRagAQ61L. GFP-positive control cells in this experiment are a mixture of Rheb+/− and Rheb+/+. Scale bar represents 50 μm."}
{"words": ["(", "a", "-", "d", ")", "dRagAQ61L", "suppresses", "autophagy", ".", "(", "a", ")", "Drosophila", "fat", "body", "cells", "clonally", "expressing", "dRagAQ61L", "(", "marked", "in", "green", "by", "GFP", "expression", ")", "failed", "to", "accumulate", "autolysosomes", "(", "shown", "in", "surrounding", "control", "cells", "by", "punctate", "Lysotracker", "Red", "staining", ")", "in", "response", "to", "starvation", "for", "4", "h", ".", "Nuclei", "are", "marked", "in", "blue", "by", "DAPI", ".", "(", "b", "-", "d", ")", "Induction", "of", "autophagosomes", "in", "response", "to", "4", "-", "h", "starvation", "is", "shown", "by", "the", "punctate", "pattern", "of", "GFP", "-", "Atg8a", "expression", "in", "control", "fat", "body", "cells", "(", "b", ")", ",", "but", "not", "in", "cells", "expressing", "dRagAQ61L", "(", "c", ")", ".", "The", "average", "number", "of", "GFP", "-", "Atg8a", "-", "marked", "autophagosomes", "per", "cell", "in", "control", "and", "dRagAQ61L", "-", "expressing", "clones", "is", "shown", "(", "d", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "=", "2", ".", "91", "×", "10", "−", "6", ",", "Students", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "33", "fat", "body", "samples", "imaged", "per", "genotype", ")", ".", "Scale", "bars", "represent", "25", "μm", "in", "each", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-d) dRagAQ61L suppresses autophagy. (a) Drosophila fat body cells clonally expressing dRagAQ61L (marked in green by GFP expression) failed to accumulate autolysosomes (shown in surrounding control cells by punctate Lysotracker Red staining) in response to starvation for 4 h. Nuclei are marked in blue by DAPI. (b-d) Induction of autophagosomes in response to 4-h starvation is shown by the punctate pattern of GFP-Atg8a expression in control fat body cells (b), but not in cells expressing dRagAQ61L (c). The average number of GFP-Atg8a-marked autophagosomes per cell in control and dRagAQ61L-expressing clones is shown (d). Data are mean ± s.d., *P = 2.91 × 10−6, Students two-tailed t-test (n = 33 fat body samples imaged per genotype). Scale bars represent 25 μm in each panel."}
{"words": ["(", "e", ")", "RagA", "regulates", "LC3", "conversion", "in", "mammalian", "cells", ".", "Myc", "-", "LC3", "was", "co", "-", "transfected", "with", "RagAQL", "and", "RagCSN", "or", "RagATN", "and", "RagCQL", "into", "HEK293", "cells", "as", "indicated", ".", "One", "day", "after", "transfection", ",", "cells", "were", "cultured", "in", "amino", "-", "acid", "-", "sufficienct", "medium", "(", "+", "AA", ")", "or", "amino", "-", "acid", "-", "depleted", "medium", "(", "−", "AA", ")", "for", "4", "h", "before", "collection", ".", "Western", "blotting", "for", "Myc", "-", "LC3", "and", "HA", "-", "Rag", "were", "performed", ".", "Autophagic", "conversion", "of", "LC3I", "into", "the", "lipidated", "LC3II", "form", "was", "blocked", "by", "active", "RagA", "and", "stimulated", "by", "dominant", "-", "negative", "RagA", ".", "Full", "scans", "of", "blots", "are", "provided", "in", "Supplementary", "Information", ",", "Fig", ".", "S6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) RagA regulates LC3 conversion in mammalian cells. Myc-LC3 was co-transfected with RagAQL and RagCSN or RagATN and RagCQL into HEK293 cells as indicated. One day after transfection, cells were cultured in amino-acid-sufficienct medium (+AA) or amino-acid-depleted medium (−AA) for 4 h before collection. Western blotting for Myc-LC3 and HA-Rag were performed. Autophagic conversion of LC3I into the lipidated LC3II form was blocked by active RagA and stimulated by dominant-negative RagA. Full scans of blots are provided in Supplementary Information, Fig. S6."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "dRagA", "activation", "increases", "sensitivity", "to", "starvation", ".", "Expression", "of", "dRagAQ61L", "using", "the", "fat", "-", "body", "-", "specific", "Cg", "-", "GAL4", "driver", "significantly", "decreased", "survival", "of", "adult", "female", "flies", "under", "starvation", "(", "b", ")", "but", "not", "fed", "(", "a", ")", "conditions", ",", "relative", "to", "controls", "(", "Cg", "-", "GAL4", "alone", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "significant", "difference", ",", "compared", "with", "controls", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "Students", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "(", "n", "=", "150", "flies", "/", "genotype", "/", "treatment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b) dRagA activation increases sensitivity to starvation. Expression of dRagAQ61L using the fat-body-specific Cg-GAL4 driver significantly decreased survival of adult female flies under starvation (b) but not fed (a) conditions, relative to controls (Cg-GAL4 alone). Asterisks indicate significant difference, compared with controls. Data are mean ± s.d., *P 0.05, Students two-tailed t-test (n = 150 flies/genotype/treatment)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Asynchronous", "exponentially", "growing", "cells", "were", "treated", "with", "0", ".", "2M", "HU", "(", "+", "HU", ")", ",", "then", "HU", "was", "removed", "from", "the", "medium", "(", "-", "HU", ")", ".", "SDS", "-", "PAGE", "of", "total", "protein", "extracts", "taken", "at", "the", "indicated", "times", "were", "used", "to", "detect", "the", "kinetic", "of", "Rad53", "phosphorylation", "upshift", "(", "Rad53", "-", "P", "=", "*", "*", ")", ".", "Red", "and", "green", "asterisk", "indicate", "the", "time", "where", "mec1", "-", "S1991", "phosphomutants", "show", "altered", "Rad53", "recovery", ".", "A", "5", "-", "fold", "dilution", "series", "of", "cells", "from", "exponential", "SC", "cultures", "of", "the", "indicated", "strains", "were", "spotted", "on", "SC", "+", "/", "-", "the", "indicated", "dose", "of", "HU", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C) Asynchronous exponentially growing cells were treated with 0.2M HU (+HU), then HU was removed from the medium (-HU). SDS-PAGE of total protein extracts taken at the indicated times were used to detect the kinetic of Rad53 phosphorylation upshift (Rad53-P=**). Red and green asterisk indicate the time where mec1-S1991 phosphomutants show altered Rad53 recovery. A 5-fold dilution series of cells from exponential SC cultures of the indicated strains were spotted on SC +/- the indicated dose of HU."}
{"words": ["Analysis", "of", "replication", "fork", "progression", "at", "the", "single", "-", "molecule", "level", "by", "DNA", "combing", ".", "(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "DNA", "fibers", ".", "Green", ":", "ssDNA", ",", "red", ":", "BrdU", ".", "Scale", "bar", "corresponds", "to", "20", "kb", ".", "(", "D", ")", "Graph", "depict", "the", "distribution", "of", "BrdU", "track", "length", ".", "WT", "90", "min", "(", "n", "=", "427", ")", "and", "180", "min", "(", "n", "=", "483", ")", ",", "mec1", "-", "S1991A", "90", "min", "(", "n", "=", "309", ")", "and", "180", "min", "(", "n", "=", "477", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analysis of replication fork progression at the single-molecule level by DNA combing. (C) Representative images of DNA fibers. Green: ssDNA, red: BrdU. Scale bar corresponds to 20 kb. (D) Graph depict the distribution of BrdU track length. WT 90 min (n=427) and 180 min (n=483), mec1-S1991A 90 min (n=309) and 180 min (n=477)."}
{"words": ["(", "A", ")", "tRNA", "level", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "asynchronous", "(", "async", ".", ")", "culture", "and", "after", "90", "min", "on", "HU", "in", "the", "indicated", "strains", ".", "Expression", "is", "normalized", "to", "ACT1", ".", "The", "repression", "is", "expressed", "as", "a", "ratio", "of", "HU", "treated", "/", "asynchronous", "cells", "in", "percent", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) tRNA level measured by RT-qPCR in asynchronous (async.) culture and after 90 min on HU in the indicated strains. Expression is normalized to ACT1. The repression is expressed as a ratio of HU treated/asynchronous cells in percent."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Exponentially", "growing", "cells", "were", "treated", "with", "0", ".", "2M", "HU", "and", "total", "protein", "extracts", "were", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "(", "in", "min", ")", ",", "samples", "were", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "Rpb1", "and", "Tubulin", "antibodies", ".", "(", "B", ",", "D", ")", "Quantitation", "of", "total", "Rpb1", "over", "time", "was", "done", "by", "normalizing", "Rpb1", "levels", "to", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "(A-D) Exponentially growing cells were treated with 0.2M HU and total protein extracts were collected at the indicated time points (in min), samples were subjected to SDS-PAGE followed by immunoblotting with Rpb1 and Tubulin antibodies. (B,D) Quantitation of total Rpb1 over time was done by normalizing Rpb1 levels to tubulin."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Drop", "assay", "on", "HU", "showing", "a", "10", "-", "fold", "dilution", "series", "of", "cells", "from", "exponential", "SC", "cultures", "of", "the", "indicated", "strains", "that", "were", "spotted", "on", "SC", "+", "/", "-", "200mM", "HU", ".", "(", "F", ")", "Histogram", "presents", "quantification", "of", "2", "independent", "HU", "sensitivity", "assays", "with", "mean", "and", "individual", "data", "point", "values", "indicated", "for", "each", "yeast", "dilution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E,F) Drop assay on HU showing a 10-fold dilution series of cells from exponential SC cultures of the indicated strains that were spotted on SC +/- 200mM HU. (F) Histogram presents quantification of 2 independent HU sensitivity assays with mean and individual data point values indicated for each yeast dilution."}
{"words": ["(", "A", ")", "Preparations", "of", "chromatin", "-", "bound", "proteins", "were", "prepared", "in", "triplicate", "and", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", "in", "a", "strain", "that", "either", "does", "or", "does", "not", "express", "Rpb3", "-", "TAP", "Quantification", "of", "chromatin", "-", "bound", "Rpb1", "-", "S2P", "and", "Rpb1", "-", "S5P", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "Mcm2", "is", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Preparations of chromatin-bound proteins were prepared in triplicate and subjected to SDS-PAGE and immunoblotting with the indicated antibodies in a strain that either does or does not express Rpb3-TAP Quantification of chromatin-bound Rpb1-S2P and Rpb1-S5P is shown on the right. Mcm2 is used as a loading control."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "A", "10", "-", "fold", "dilution", "series", "of", "cells", "from", "exponential", "SC", "cultures", "of", "the", "indicated", "strains", "were", "spotted", "on", "SC", "+", "/", "-", "200mM", "of", "HU", ".", "A", "high", "level", "of", "HU", "was", "used", "to", "be", "able", "to", "demonstrate", "robust", "suppression", "of", "the", "mec1", "-", "S1991A", "phenotype", ".", "(", "G", ")", "Histogram", "presents", "quantification", "of", "2", "independent", "HU", "sensitivity", "assays", "with", "mean", "and", "individual", "data", "point", "values", "indicated", "for", "each", "yeast", "dilution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F,G) A 10-fold dilution series of cells from exponential SC cultures of the indicated strains were spotted on SC +/- 200mM of HU. A high level of HU was used to be able to demonstrate robust suppression of the mec1-S1991A phenotype. (G) Histogram presents quantification of 2 independent HU sensitivity assays with mean and individual data point values indicated for each yeast dilution."}
{"words": ["(", "B", ")", "Amongst", "the", "Mec1", "-", "S1991", "-", "dependent", "phosphopeptides", "on", "HU", ",", "factors", "involved", "in", "transcription", "are", "highlighted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Amongst the Mec1-S1991-dependent phosphopeptides on HU, factors involved in transcription are highlighted."}
{"words": ["(", "E", ")", "Position", "relative", "to", "the", "nuclear", "envelope", "(", "Zone", "1", "of", "the", "lacO", "-", "tagged", "GAL1", "-", "GAL10", "locus", "in", "the", "indicated", "strains", "grown", "either", "12h", "on", "glucose", ",", "or", "90", "min", "galactose", "or", "galactose", "+", "0", ".", "2M", "HU", ".", "The", "third", "panel", "shows", "the", "relative", "retention", "at", "the", "nuclear", "periphery", "(", "Zone", "1", ")", "on", "galactose", "+", "HU", ".", "The", "number", "of", "cells", "is", ">", "300", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Position relative to the nuclear envelope (Zone 1 of the lacO-tagged GAL1-GAL10 locus in the indicated strains grown either 12h on glucose, or 90 min galactose or galactose + 0.2M HU. The third panel shows the relative retention at the nuclear periphery (Zone 1) on galactose + HU. The number of cells is >300 for each condition."}
{"words": ["Total", "Rpb1", "levels", "of", "exponentially", "growing", "cells", "that", "were", "synchronized", "in", "G1", "with", "α", "-", "factor", "and", "released", "into", "S", "phase", "at", "25", "°", "C", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Total Rpb1 levels of exponentially growing cells that were synchronized in G1 with α-factor and released into S phase at 25°C. Actin was used as a loading control."}
{"words": ["A", "Ccno", "mRNA", "is", "expressed", "in", "the", "embryonic", "node", "at", "E8", "as", "shown", "by", "in", "situ", "hybridization", ".", "Occasionally", ",", "additional", "expression", "is", "observed", "at", "the", "posterior", "tip", "of", "the", "embryo", "(", "asterisk", ")", ".", "Double", "labelling", "by", "staining", "for", "LacZ", "expression", "from", "the", "CcnoTA", "allele", "(", "shown", "in", "B", ")", "and", "in", "situ", "hybridization", "for", "Dand5", ",", "marking", "crown", "cells", "at", "the", "circumference", "of", "the", "node", ".", "Ccno", "expression", "is", "restricted", "to", "ciliated", ",", "ventral", "pit", "cells", "of", "the", "node", "as", "detailed", "in", "the", "transverse", "section", "at", "the", "indicated", "plane", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Ccno mRNA is expressed in the embryonic node at E8 as shown by in situ hybridization. Occasionally, additional expression is observed at the posterior tip of the embryo (asterisk). Double labelling by staining for LacZ expression from the CcnoTA allele (shown in B) and in situ hybridization for Dand5, marking crown cells at the circumference of the node. Ccno expression is restricted to ciliated, ventral pit cells of the node as detailed in the transverse section at the indicated plane."}
{"words": ["C", "Whole", "embryo", "X", "‐", "Gal", "staining", "of", "E16", "CcnoTA", "/", "+", "and", "wild", "‐", "type", "control", "embryos", "and", "indicated", "section", "planes", "of", "(", "D", "-", "F", "'", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Whole embryo X‐Gal staining of E16 CcnoTA/+ and wild‐type control embryos and indicated section planes of (D-F')."}
{"words": ["D", "-", "F", "'", "Histological", "sections", "of", "LacZ", "‐", "stained", "CcnoTA", "/", "+", "embryo", "at", "E16", "reveal", "Ccno", "expression", "in", "the", "epithelium", "of", "(", "D", ")", "plexus", "choroideus", "and", "ependyme", ",", "(", "E", ")", "snout", "epithelium", ",", "and", "(", "F", ",", "F", "'", ")", "trachea", "and", "bronchi", ".", "pc", ",", "plexus", "choroideus", ";", "se", ",", "snout", "epithelium", ";", "tr", ",", "trachea", ";", "and", "br", ",", "bronchus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-F' Histological sections of LacZ‐stained CcnoTA/+ embryo at E16 reveal Ccno expression in the epithelium of (D) plexus choroideus and ependyme, (E) snout epithelium, and (F, F') trachea and bronchi. pc, plexus choroideus; se, snout epithelium; tr, trachea; and br, bronchus."}
{"words": ["G", "Co", "‐", "expression", "of", "Ccno", "and", "Foxj1", "in", "multiciliated", "cells", "of", "the", "trachea", "shown", "by", "double", "staining", "for", "X", "‐", "Gal", "and", "immunohistochemistry", "using", "a", "FOXJ1", "‐", "specific", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "G Co‐expression of Ccno and Foxj1 in multiciliated cells of the trachea shown by double staining for X‐Gal and immunohistochemistry using a FOXJ1‐specific antibody."}
{"words": ["A", "Ccno", "‐", "deficient", "mice", "develop", "severe", "hydrocephalus", "resulting", "in", "characteristic", "head", "deformation", "at", "P21", "(", "arrow", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Ccno‐deficient mice develop severe hydrocephalus resulting in characteristic head deformation at P21 (arrow)."}
{"words": ["B", ",", "C", "Cranial", "MRI", "analysis", "(", "B", ")", "shows", "the", "drastically", "enlarged", "ventricular", "cavity", "(", "marked", "by", "V", ")", "and", "diminished", "cerebral", "cortex", "tissue", ",", "(", "C", ")", "also", "seen", "when", "brains", "are", "cut", "in", "coronal", "orientation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C Cranial MRI analysis (B) shows the drastically enlarged ventricular cavity (marked by V) and diminished cerebral cortex tissue, (C) also seen when brains are cut in coronal orientation."}
{"words": ["D", ",", "D", "'", "Alcian", "‐", "blue", "staining", "of", "paranasal", "cavities", "reveals", "mucus", "congestion", "along", "the", "nasal", "epithelium", "(", "arrows", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, D' Alcian‐blue staining of paranasal cavities reveals mucus congestion along the nasal epithelium (arrows)."}
{"words": ["F", ",", "F", "'", "Scanning", "electron", "microscopy", "(", "SEM", ")", "of", "P21", "adult", "trachea", "shows", "reduced", "numbers", "of", "cilia", "of", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", ".", "Remaining", "cilia", "are", "found", "in", "the", "central", "regions", "of", "the", "cell", "surface", ",", "and", "cell", "margins", "frequently", "lack", "the", "ciliary", "decoration", "(", "arrows", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, F' Scanning electron microscopy (SEM) of P21 adult trachea shows reduced numbers of cilia of Ccno‐deficient MCCs. Remaining cilia are found in the central regions of the cell surface, and cell margins frequently lack the ciliary decoration (arrows)."}
{"words": ["G", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ")", "of", "wild", "‐", "type", "and", "CcnoRA", "/", "RA", "MCCs", "from", "adult", "trachea", ".", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "show", "reduced", "numbers", "of", "basal", "bodies", "and", "cilia", "that", "correctly", "docked", "to", "the", "apical", "cell", "surface", "(", "arrows", ")", ".", "Ectopic", "electron", "‐", "dense", "material", "is", "found", "within", "the", "cytoplasm", "of", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "(", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Transmission electron microscopy (TEM) of wild‐type and CcnoRA/RA MCCs from adult trachea. Ccno‐deficient MCCs show reduced numbers of basal bodies and cilia that correctly docked to the apical cell surface (arrows). Ectopic electron‐dense material is found within the cytoplasm of Ccno‐deficient MCCs (arrowheads)."}
{"words": ["A", "-", "H", "X", "‐", "Gal", "‐", "staining", "of", "(", "A", "-", "C", ")", "control", "and", "(", "D", "-", "H", ")", "CcnoTA", "/", "+", "embryonic", "lungs", "at", "indicated", "stages", "showing", "onset", "of", "Ccno", "expression", "from", "E13", "in", "the", "proximal", "trachea", "and", "in", "the", "main", "bronchi", ".", "Expression", "is", "extending", "to", "more", "distal", "regions", ",", "and", "from", "E16", "staining", "is", "also", "found", "in", "bronchioli", ".", "I", "X", "‐", "Gal", "‐", "staining", "indicating", "LacZ", "expression", "from", "the", "CcnoTA", "/", "+", "allele", "in", "mTEC", "cultures", "after", "5", "days", "of", "differentiation", "‐", "onset", "by", "switching", "to", "air", "-", "liquid", "interface", "(", "ALI", ")", "conditions", "(", "ALI", "d5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-H X‐Gal‐staining of (A-C) control and (D-H) CcnoTA/+ embryonic lungs at indicated stages showing onset of Ccno expression from E13 in the proximal trachea and in the main bronchi. Expression is extending to more distal regions, and from E16 staining is also found in bronchioli.I X‐Gal‐staining indicating LacZ expression from the CcnoTA/+ allele in mTEC cultures after 5 days of differentiation‐onset by switching to air-liquid interface (ALI) conditions (ALI d5)."}
{"words": ["J", "Transcript", "levels", "of", "Ccno", "and", "indicated", "genes", "with", "known", "functions", "for", "the", "generation", "of", "multiple", "cilia", "during", "mTEC", "differentiation", ".", "mRNA", "levels", "from", "three", "independent", "experiments", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "and", "levels", "of", "expression", "set", "as", "1", "on", "day", "0", "of", "ALI", "cultures", ".", "Scales", "for", "Ccno", "and", "Deup1", "are", "indicated", "on", "the", "left", ",", "and", "for", "Cep152", ",", "Cep63", "and", "Ift57", "on", "the", "right", "side", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Transcript levels of Ccno and indicated genes with known functions for the generation of multiple cilia during mTEC differentiation. mRNA levels from three independent experiments were measured by qRT-PCR and levels of expression set as 1 on day 0 of ALI cultures. Scales for Ccno and Deup1 are indicated on the left, and for Cep152, Cep63 and Ift57 on the right side."}
{"words": ["K", "Relative", "mRNA", "expression", "levels", "for", "indicated", "genes", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "wild", "‐", "type", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "mTEC", "cultures", "at", "indicated", "days", "after", "differentiation", "‐", "onset", ".", "Relative", "values", "were", "calculated", "as", "in", "(", "J", ")", "relative", "to", "day", "0", "of", "ALI", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Relative mRNA expression levels for indicated genes were measured by qRT-PCR in wild‐type and Ccno‐deficient mTEC cultures at indicated days after differentiation‐onset. Relative values were calculated as in (J) relative to day 0 of ALI cultures."}
{"words": ["A", "-", "B", "'", "SEM", "of", "tracheae", "from", "(", "A", ",", "A", "'", ")", "wild", "‐", "type", "and", "(", "B", ",", "B", "'", ")", "CcnoRA", "/", "RA", "embryos", "at", "E17", ".", "In", "comparison", "to", "wild", "‐", "type", "MCCs", ",", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "almost", "completely", "lack", "formation", "of", "multiple", "cilia", "and", "only", "single", ",", "or", "doublet", "(", "arrow", ")", "cilia", "are", "observed", "at", "E17", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-B' SEM of tracheae from (A, A') wild‐type and (B, B') CcnoRA/RA embryos at E17. In comparison to wild‐type MCCs, Ccno‐deficient MCCs almost completely lack formation of multiple cilia and only single, or doublet (arrow) cilia are observed at E17."}
{"words": ["C", "-", "E", "The", "lack", "of", "multiple", "cilia", "at", "E17", "stages", "is", "reflected", "by", "the", "almost", "complete", "absence", "of", "acetylated", "α", "‐", "tubulin", "staining", "as", "marker", "for", "axonemes", "in", "(", "D", ")", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "of", "E17", "embryonic", "trachea", "as", "quantified", "in", "(", "E", ")", ".", "FOV", ",", "field", "of", "view", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E The lack of multiple cilia at E17 stages is reflected by the almost complete absence of acetylated α‐tubulin staining as marker for axonemes in (D) Ccno‐deficient MCCs of E17 embryonic trachea as quantified in (E). FOV, field of view."}
{"words": ["F", "-", "I", "TEM", "of", "MCCs", "from", "E17", "embryonic", "tracheae", "shows", "deuterosomes", "with", "forming", "procentrioles", "in", "(", "F", ",", "F", "'", ",", "H", ")", "Ccno", "‐", "proficient", "and", "(", "G", ",", "G", "'", ",", "I", ")", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", ".", "Asterisks", "in", "(", "F", ",", "G", ")", "indicate", "microvilli", "that", "extend", "from", "the", "apical", "cell", "surface", ".", "(", "F", "'", ",", "G", "'", ")", "Deuterosomes", "in", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "are", "significantly", "enlarged", "(", "identical", "size", "bars", "in", "F", "'", "and", "G", "'", ")", "and", "show", "irregular", "morphology", ",", "which", "is", "different", "to", "the", "annular", "shape", "of", "wild", "‐", "type", "deuterosomes", "as", "seen", "in", "(", "F", "'", ",", "H", ")", ".", "Procentrioles", "(", "arrowheads", "in", "F", "'", "and", "I", ")", "that", "are", "found", "at", "deuterosomes", "of", "(", "I", ")", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "were", "recurrently", "found", "being", "shorter", "and", "appeared", "less", "structured", "in", "comparison", "to", "(", "F", "'", ",", "H", ")", "wild", "‐", "type", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-I TEM of MCCs from E17 embryonic tracheae shows deuterosomes with forming procentrioles in (F, F', H) Ccno‐proficient and (G, G', I) Ccno‐deficient MCCs. Asterisks in (F, G) indicate microvilli that extend from the apical cell surface. (F', G') Deuterosomes in Ccno‐deficient MCCs are significantly enlarged (identical size bars in F' and G') and show irregular morphology, which is different to the annular shape of wild‐type deuterosomes as seen in (F', H). Procentrioles (arrowheads in F' and I) that are found at deuterosomes of (I) Ccno‐deficient MCCs were recurrently found being shorter and appeared less structured in comparison to (F', H) wild‐type cells."}
{"words": ["J", "The", "average", "length", "of", "procentrioles", "was", "quantified", "for", "wild", "‐", "type", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "of", "E17", "tracheae", "(", "49", "procentrioles", "in", "n", "=", "3", "independent", "samples", "for", "wild", "‐", "types", "and", "47", "procentrioles", "in", "n", "=", "3", "independent", "samples", "for", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", ")", ".", "K", "The", "diameter", "of", "deuterosomes", "(", "41", "deuterosomes", "in", "n", "=", "3", "independent", "samples", "for", "wild", "‐", "types", ";", "38", "deuterosomes", "in", "n", "=", "5", "independent", "samples", "for", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", ")", "was", "measured", "in", "wild", "‐", "type", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "of", "E17", "tracheae", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J The average length of procentrioles was quantified for wild‐type and Ccno‐deficient MCCs of E17 tracheae (49 procentrioles in n = 3 independent samples for wild‐types and 47 procentrioles in n = 3 independent samples for Ccno‐deficient MCCs).K The diameter of deuterosomes (41 deuterosomes in n = 3 independent samples for wild‐types; 38 deuterosomes in n = 5 independent samples for Ccno‐deficient MCCs) was measured in wild‐type and Ccno‐deficient MCCs of E17 tracheae."}
{"words": ["Double", "IF", "analysis", "of", "mTEC", "cultures", "at", "early", "stage", "of", "MCC", "differentiation", "and", "centriole", "amplification", "(", "ALI", "day", "3", ")", "using", "antibodies", "for", "the", "deuterosome", "protein", "DEUP1", "and", "the", "early", "centriole", "marker", "SAS", "‐", "6", ".", "Deuterosome", "numbers", "are", "decreased", "and", "deuterosome", "size", "enlarged", "in", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "as", "quantified", "in", "(", "C", ")", ".", "Deuterosome", "‐", "dependent", "centriole", "biogenesis", "is", "severely", "reduced", "in", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "as", "shown", "by", "reduced", "staining", "for", "the", "early", "centriole", "marker", "SAS", "‐", "6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "Double IF analysis of mTEC cultures at early stage of MCC differentiation and centriole amplification (ALI day 3) using antibodies for the deuterosome protein DEUP1 and the early centriole marker SAS‐6. Deuterosome numbers are decreased and deuterosome size enlarged in Ccno‐deficient MCCs as quantified in (C). Deuterosome‐dependent centriole biogenesis is severely reduced in Ccno‐deficient MCCs as shown by reduced staining for the early centriole marker SAS‐6."}
{"words": ["IFstaining", "for", "DEUP1", "reveals", "a", "further", "size", "increase", "of", "deuterosomes", "of", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "at", "later", "stages", "of", "centriole", "biogenesis", "(", "ALI", "day", "7", ")", ".", "Deuterosome", "number", "and", "size", "were", "quantified", "in", "(", "C", ")", ".", "IF", "using", "a", "Centrin", "antibody", "shows", "globally", "reduced", "presence", "of", "centrioles", "at", "ALI", "day", "7", ",", "which", "stay", "localized", "below", "the", "level", "of", "deuterosomes", "and", "fail", "to", "dock", "to", "the", "apical", "cellmembrane", "in", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "as", "seen", "in", "z", "‐", "projection", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IFstaining for DEUP1 reveals a further size increase of deuterosomes of Ccno‐deficient MCCs at later stages of centriole biogenesis (ALI day 7). Deuterosome number and size were quantified in (C). IF using a Centrin antibody shows globally reduced presence of centrioles at ALI day 7, which stay localized below the level of deuterosomes and fail to dock to the apical cellmembrane in Ccno‐deficient MCCs as seen in z‐projection."}
{"words": ["IFstaining", "for", "DEUP1", "in", "(", "A", ",", "B", ")", "was", "analysed", "by", "Imaris", "7", ".", "7", ".", "2", "software", "to", "calculate", "average", "deuterosome", "number", "of", "wild", "‐", "type", "(", "n", "=", "17", ")", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "(", "n", "=", "19", ")", "MCCs", "at", "ALI", "day", "3", ",", "and", "wild", "‐", "type", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "(", "n", "=", "14", ")", "MCCs", "at", "ALI", "day", "7", ".", "Deuterosome", "size", "was", "measured", "using", "the", "spot", "measurement", "tool", "in", "n", "=", "10", "MCCs", "for", "both", "genotypes", "at", "ALI", "day", "3", ",", "and", "in", "wild", "‐", "type", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "(", "n", "=", "14", ")", "MCCs", "at", "ALI", "day", "7", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IFstaining for DEUP1 in (A, B) was analysed by Imaris 7.7.2 software to calculate average deuterosome number of wild‐type (n = 17) and Ccno‐deficient (n = 19) MCCs at ALI day 3, and wild‐type (n = 12) and Ccno‐deficient (n = 14) MCCs at ALI day 7. Deuterosome size was measured using the spot measurement tool in n = 10 MCCs for both genotypes at ALI day 3, and in wild‐type (n = 12) and Ccno‐deficient (n = 14) MCCs at ALI day 7."}
{"words": ["A", ",", "B", "IF", "analysis", "of", "mTEC", "cultures", "at", "ALI", "day", "7", "using", "antibodies", "against", "the", "centriole", "marker", "Centrin", "and", "CEP164", ",", "which", "marks", "maturing", "centrioles", ".", "At", "ALI", "day", "7", ",", "centrioles", "of", "wild", "‐", "type", "MCCs", "are", "decorated", "with", "CEP164", "and", "are", "mostly", "localized", "to", "the", "apical", "cellmembrane", ".", "The", "fewer", "centrioles", "of", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "do", "not", "colocalize", "with", "CEP164", "and", "fail", "to", "reach", "the", "apical", "cell", "surface", "as", "seen", "in", "z", "‐", "projection", ".", "Lack", "of", "CEP164", "indicates", "immature", "centrioles", "in", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", ".", "(", "B", ")", "Total", "centriole", "numbers", "per", "MCC", "were", "counted", "in", "n", "=", "11", "MCCs", "for", "both", "genotypes", "using", "Imaris", "7", ".", "7", ".", "2", "software", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B IF analysis of mTEC cultures at ALI day 7 using antibodies against the centriole marker Centrin and CEP164, which marks maturing centrioles. At ALI day 7, centrioles of wild‐type MCCs are decorated with CEP164 and are mostly localized to the apical cellmembrane. The fewer centrioles of Ccno‐deficient MCCs do not colocalize with CEP164 and fail to reach the apical cell surface as seen in z‐projection. Lack of CEP164 indicates immature centrioles in Ccno‐deficient MCCs. (B) Total centriole numbers per MCC were counted in n = 11 MCCs for both genotypes using Imaris 7.7.2 software."}
{"words": ["C", ",", "D", "Double", "IFstaining", "using", "Centrin", "‐", "and", "CP110", "‐", "specific", "antibodies", "shows", "an", "almost", "complete", "absence", "of", "CP110", "from", "Centrin", "‐", "positive", "centrioles", "in", "the", "majority", "of", "wild", "‐", "type", "MCCs", "at", "day", "7", "of", "ALI", "cultures", ".", "Most", "Ccno", "‐", "deficient", "MCCs", "exhibit", "pronounced", "CP110", "staining", "that", "colocalizes", "with", "Centrin", "as", "seen", "in", "z", "‐", "projection", ".", "(", "D", ")", "CP110", "‐", "positive", "MCCs", "were", "counted", "in", "wild", "‐", "type", "and", "Ccno", "‐", "deficient", "MTEC", "cultures", "and", "the", "percentages", "of", "CP110", "‐", "positive", "MCCs", "from", "total", "MCCs", "calculated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Double IFstaining using Centrin‐ and CP110‐specific antibodies shows an almost complete absence of CP110 from Centrin‐positive centrioles in the majority of wild‐type MCCs at day 7 of ALI cultures. Most Ccno‐deficient MCCs exhibit pronounced CP110 staining that colocalizes with Centrin as seen in z‐projection. (D) CP110‐positive MCCs were counted in wild‐type and Ccno‐deficient MTEC cultures and the percentages of CP110‐positive MCCs from total MCCs calculated."}
{"words": ["Luciferase", "sequestration", "as", "an", "assay", "for", "in", "vitro", "uptake", ".", "(", "A", ")", "Luciferase", "cofractionating", "with", "vacuoles", "is", "proteinase", "K", "protected", ".", "In", "vitro", "uptake", "reactions", "of", "three", "times", "the", "standard", "volume", "were", "performed", "(", "60", "min", ",", "27", "°", "C", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATP", "-", "regenerating", "system", ".", "The", "vacuoles", "were", "reisolated", ",", "washed", ",", "resuspended", "in", "150", "mM", "KCl", "in", "PS", "buffer", "to", "a", "concentration", "of", "0", ".", "23", "mg", "/", "ml", ",", "and", "split", "into", "aliquots", ".", "After", "addition", "of", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "or", "buffer", ",", "the", "mixture", "was", "digested", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "proteinase", "K", "(", "15", "min", ",", "0", "°", "C", ")", ".", "Proteinase", "treatment", "was", "stopped", "by", "adding", "one", "volume", "of", "0", ".", "5", "mM", "PMSF", "in", "150", "mM", "KCl", "in", "PS", "buffer", ".", "Then", ",", "luciferase", "activity", "was", "assayed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Luciferase sequestration as an assay for in vitro uptake. (A) Luciferase cofractionating with vacuoles is proteinase K protected. In vitro uptake reactions of three times the standard volume were performed (60 min, 27°C) in the presence or absence of the ATP-regenerating system. The vacuoles were reisolated, washed, resuspended in 150 mM KCl in PS buffer to a concentration of 0.23 mg/ml, and split into aliquots. After addition of 1% Triton X-100 or buffer, the mixture was digested with the indicated concentrations of proteinase K (15 min, 0°C). Proteinase treatment was stopped by adding one volume of 0.5 mM PMSF in 150 mM KCl in PS buffer. Then, luciferase activity was assayed."}
{"words": ["(", "B", ")", "Luciferase", "can", "be", "released", "from", "the", "vacuolar", "lumen", "by", "freeze", "-", "thaw", "treatment", ".", "An", "uptake", "reaction", "was", "performed", "(", "60", "min", ",", "27", "°", "C", ")", ".", "The", "vacuoles", "were", "reisolated", "and", "washed", "as", "described", "in", "the", "Materials", "and", "Methods", "section", ".", "The", "final", "pellet", "was", "resuspended", "in", "90", "μl", "PS", "buffer", "with", "150", "mM", "KCl", "and", "split", "into", "two", "aliquots", ".", "One", "was", "frozen", "at", "−", "80", "°", "C", "and", "thawed", "again", "slowly", ",", "whereas", "the", "other", "remained", "on", "ice", ".", "The", "samples", "were", "centrifuged", "(", "15", "min", ",", "145", ",", "000", "g", ",", "4", "°", "C", ")", ".", "The", "supernatants", "(", "Sup", ")", "were", "recovered", "and", "the", "pellets", "were", "resuspended", "in", "an", "equal", "volume", "of", "PS", "with", "150", "mM", "KCl", ".", "Luciferase", "activity", "in", "both", "fractions", "was", "determined", ".", "The", "reaction", "tubes", "for", "this", "experiment", "had", "been", "coated", "with", "BSA", "(", "0", ".", "5", "mg", "/", "ml", ",", "15", "min", "at", "room", "temperature", ")", "to", "reduce", "unspecific", "binding", "of", "luciferase", "to", "the", "surface", "."], "labels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is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Luciferase can be released from the vacuolar lumen by freeze-thaw treatment. An uptake reaction was performed (60 min, 27°C). The vacuoles were reisolated and washed as described in the Materials and Methods section. The final pellet was resuspended in 90 μl PS buffer with 150 mM KCl and split into two aliquots. One was frozen at −80°C and thawed again slowly, whereas the other remained on ice. The samples were centrifuged (15 min, 145,000 g, 4°C). The supernatants (Sup)were recovered and the pellets were resuspended in an equal volume of PS with 150 mM KCl. Luciferase activity in both fractions was determined. The reaction tubes for this experiment had been coated with BSA (0.5 mg/ml, 15 min at room temperature) to reduce unspecific binding of luciferase to the surface."}
{"words": ["time", "course", "and", "temperature", "dependence", "of", "uptake", ".", "(", "A", ")", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "ATP", "-", "regenerating", "system", ".", "After", "the", "indicated", "times", "at", "27", "°", "C", ",", "the", "vacuoles", "were", "reisolated", ",", "washed", ",", "treated", "with", "protease", ",", "and", "luciferaseuptake", "activity", "was", "assayed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "time course and temperature dependence of uptake. (A) Standard uptake reactions were performed in the presence or absence of the ATP-regenerating system. After the indicated times at 27°C, the vacuoles were reisolated, washed, treated with protease, and luciferaseuptake activity was assayed."}
{"words": ["(", "B", ")", "A", "standard", "uptake", "reaction", "was", "performed", ".", "After", "70", "min", "of", "incubation", ",", "the", "vacuoles", "were", "reisolated", ",", "washed", ",", "and", "treated", "with", "protease", ".", "The", "vacuoles", "were", "reisolated", "again", ",", "resuspended", "in", "reaction", "buffer", "without", "luciferase", ",", "and", "incubated", "for", "the", "indicated", "times", "at", "27", "°", "C", ".", "Aliquots", "were", "withdrawn", "to", "assay", "the", "total", "luciferase", "remaining", ".", "As", "a", "control", ",", "luciferase", "was", "incubated", "in", "reaction", "buffer", "for", "the", "same", "periods", "of", "time", "and", "assayed", "for", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) A standard uptake reaction was performed. After 70 min of incubation, the vacuoles were reisolated, washed, and treated with protease. The vacuoles were reisolated again, resuspended in reaction buffer without luciferase, and incubated for the indicated times at 27°C. Aliquots were withdrawn to assay the total luciferase remaining. As a control, luciferase was incubated in reaction buffer for the same periods of time and assayed for activity."}
{"words": ["Requirements", "for", "in", "vitro", "uptake", ".", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "(", "60", "min", ")", "(", "A", ")", "at", "different", "temperatures", ",", "or", "in", "the", "presence", "of", "different", "concentrations", "of", "(", "B", ")", "cytosol", ",", "(", "C", ")", "ATP", ",", "or", "(", "D", ")", "MgCl2", ".", "Luciferase", "uptake", "was", "determined", "as", "described", "in", "the", "legend", "to", "Fig", ".", "3", "A", ".", "In", "B", ",", "titration", "curves", "for", "four", "independent", "cytosol", "preparations", "are", "shown", ".", "The", "maximal", "uptake", "signal", "of", "each", "titration", "curve", "was", "set", "at", "100", "%", ".", "In", "D", ",", "the", "sample", "drawn", "as", "0", "mM", "MgCl2", "contained", "10", "mM", "EDTA", "to", "chelate", "free", "magnesium", "in", "the", "reaction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Requirements for in vitro uptake. Standard uptake reactions were performed (60 min) (A) at different temperatures, or in the presence of different concentrations of (B) cytosol, (C) ATP, or (D) MgCl2. Luciferase uptake was determined as described in the legend to Fig. 3 A. In B, titration curves for four independent cytosol preparations are shown. The maximal uptake signal of each titration curve was set at 100%. In D, the sample drawn as 0 mM MgCl2 contained 10 mM EDTA to chelate free magnesium in the reaction."}
{"words": ["In", "vitro", "uptake", "is", "independent", "of", "components", "involved", "in", "homotypic", "vacuolar", "fusion", ".", "(", "A", ")", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "(", "60", "min", ",", "27", "°", "C", ")", "in", "the", "presence", "of", "the", "indicated", "reagents", "using", "a", "mixture", "of", "vacuoles", "from", "strains", "DBY5734", "-", "16", "(", "Δpep4", ")", "and", "DBY5734", "-", "19", "(", "Δpho8", ")", ".", "Therefore", ",", "homotypic", "vacuolar", "fusion", "and", "luciferase", "uptake", "could", "be", "assayed", "simultaneously", "from", "the", "same", "sample", ".", "Four", "independent", "experiments", "were", "averaged", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ".", "For", "averaging", ",", "uptake", "and", "fusion", "activities", "of", "the", "control", "sample", "without", "inhibitor", "were", "set", "at", "100", "%", ".", "Inhibitors", "were", "used", "at", "the", "following", "concentrations", ":", "anti", "-", "Sec17p", ",", "1", "μM", ";", "anti", "-", "Sec18p", ",", "1", "μM", ";", "Gdi1p", ",", "2", ".", "5", "μM", ";", "anti", "-", "Vam3p", ",", "1", "μM", ";", "anti", "-", "Vam7p", ",", "1", "μM", ";", "and", "anti", "-", "Nyv1p", ",", "1", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro uptake is independent of components involved in homotypic vacuolar fusion. (A) Standard uptake reactions were performed (60 min, 27°C) in the presence of the indicated reagents using a mixture of vacuoles from strains DBY5734-16 (Δpep4) and DBY5734-19 (Δpho8). Therefore, homotypic vacuolar fusion and luciferase uptake could be assayed simultaneously from the same sample. Four independent experiments were averaged. Error bars indicate SD. For averaging, uptake and fusion activities of the control sample without inhibitor were set at 100%. Inhibitors were used at the following concentrations: anti-Sec17p, 1 μM; anti-Sec18p, 1 μM; Gdi1p, 2.5 μM; anti-Vam3p, 1 μM; anti-Vam7p, 1 μM; and anti-Nyv1p, 1 μM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Vacuoles", "and", "cytosols", "were", "prepared", "from", "sec18", "-", "1", "and", "from", "corresponding", "wild", "-", "type", "(", "Wt", ")", "cells", "grown", "and", "spheroplasted", "at", "23", "°", "C", ".", "The", "isolated", "vacuoles", "and", "the", "cytosols", "were", "exposed", "to", "heat", "treatment", "(", "10", "min", ",", "37", "°", "C", ")", ".", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "with", "vacuoles", "and", "cytosols", "in", "the", "indicated", "combinations", ".", "Control", "reactions", "were", "performed", "in", "the", "absence", "of", "ATP", ".", "Five", "independent", "experiments", "were", "averaged", ";", "the", "sample", "with", "vacuoles", "and", "cytosol", "from", "wild", "-", "type", "cells", "was", "used", "as", "the", "100", "%", "reference", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ".", "Mut", ",", "mutant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Vacuoles and cytosols were prepared from sec18-1 and from corresponding wild-type (Wt) cells grown and spheroplasted at 23°C. The isolated vacuoles and the cytosols were exposed to heat treatment (10 min, 37°C). Standard uptake reactions were performed with vacuoles and cytosols in the indicated combinations. Control reactions were performed in the absence of ATP. Five independent experiments were averaged; the sample with vacuoles and cytosol from wild-type cells was used as the 100% reference. Error bars indicate SD. Mut, mutant."}
{"words": ["In", "vitro", "uptake", "depends", "on", "GTP", "hydrolysis", "and", "on", "the", "V", "-", "ATPase", ".", "(", "A", ")", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "in", "the", "presence", "of", "different", "concentrations", "of", "GTPγS", ".", "Luciferase", "uptake", "was", "assayed", "as", "in", "the", "legend", "to", "Fig", ".", "3", "A", ".", "Four", "independent", "experiments", "were", "averaged", ",", "using", "the", "sample", "without", "inhibitor", "as", "the", "100", "%", "reference", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ".", "GTPγS", "did", "not", "influence", "luciferase", "activity", "by", "itself", "(", "not", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro uptake depends on GTP hydrolysis and on the V-ATPase. (A) Standard uptake reactions were performed in the presence of different concentrations of GTPγS. Luciferase uptake was assayed as in the legend to Fig. 3 A. Four independent experiments were averaged, using the sample without inhibitor as the 100% reference. Error bars indicate SD. GTPγS did not influence luciferase activity by itself (not shown)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Standard", "uptake", "reactions", "were", "performed", "in", "the", "presence", "of", "FCCP", "(", "CMA", ",", "20", "μM", ")", "or", "concanamycin", "A", "(", "20", "μM", ")", ",", "or", "in", "the", "absence", "of", "ATP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(B) Standard uptake reactions were performed in the presence of FCCP (CMA, 20 μM) or concanamycin A (20 μM), or in the absence of ATP."}
{"words": ["C", ")", "MXE", "saturation", "analysis", ".", "Whereas", "increasing", "amounts", "of", "RNA", "-", "seq", "reads", "should", "lead", "to", "the", "confirmation", "of", "further", "MXE", "candidates", ",", "more", "RNA", "-", "seq", "reads", "might", "also", "result", "in", "the", "rejection", "of", "previously", "validated", "MXEs", ".", "The", "green", "curves", "show", "the", "number", "of", "validated", "MXEs", "in", "relation", "to", "the", "percentage", "of", "total", "RNA", "-", "seq", "reads", "used", "for", "validation", ".", "The", "orange", "curves", "indicate", "the", "number", "of", "initially", "'", "validated", "MXEs", "'", "that", "were", "rejected", "with", "increasing", "amounts", "of", "reads", ".", "Grey", "dashed", "lines", "indicate", "the", "point", "of", "saturation", ",", "which", "is", "defined", "as", "the", "point", "where", "a", "two", "-", "fold", "increase", "in", "reads", "leads", "to", "rejection", "of", "less", "than", "1", "%", "of", "the", "validated", "MXEs", ".", "Of", "note", ",", "whereas", "the", "rejection", "of", "validated", "MXEs", "saturates", "with", "20", "%", "of", "the", "data", "the", "amount", "of", "novel", "MXE", "validations", "is", "still", "rapidly", "increasing", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) MXE saturation analysis. Whereas increasing amounts of RNA-seq reads should lead to the confirmation of further MXE candidates, more RNA-seq reads might also result in the rejection of previously validated MXEs. The green curves show the number of validated MXEs in relation to the percentage of total RNA-seq reads used for validation. The orange curves indicate the number of initially 'validated MXEs' that were rejected with increasing amounts of reads. Grey dashed lines indicate the point of saturation, which is defined as the point where a two-fold increase in reads leads to rejection of less than 1% of the validated MXEs. Of note, whereas the rejection of validated MXEs saturates with 20% of the data the amount of novel MXE validations is still rapidly increasing."}
{"words": ["E", ")", "Size", "and", "distribution", "of", "multi", "-", "cluster", "MXEs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "E) Size and distribution of multi-cluster MXEs."}
{"words": ["A", ")", "Heatmap", "showing", "all", "differentially", "expressed", "MXE", "clusters", "with", "at", "least", "3", "RPKM", ".", "Here", ",", "we", "used", "the", "Gini", "coefficient", ",", "which", "is", "a", "measure", "of", "the", "inequality", "among", "values", "of", "a", "frequency", "distribution", "(", "Ceriani", "&", "Verme", ",", "2012", ")", "and", "has", "successfully", "been", "used", "to", "determine", "tissue", "-", "enriched", "gene", "sets", "(", "Zhang", "et", "al", ",", "2017", ")", ",", "to", "determine", "highly", "tissue", "-", "specific", "MXEs", "(", "maximum", "normalized", "Gini", "index", "of", "cluster", ")", "and", "MXEs", "with", "a", "broad", "tissue", "expression", "distribution", "(", "minimum", "Gini", "index", ")", ".", "For", "each", "MXE", "cluster", "the", "percent", "-", "spliced", "-", "in", "(", "PSI", ")", "value", "of", "the", "ubiquitous", "MXE", "(", "minimum", "Gini", "index", ")", "is", "subtracted", "from", "the", "PSI", "value", "of", "the", "specific", "MXE", "(", "maximum", "Gini", "index", "of", "cluster", ")", "(", "delta", "PSI", "value", ")", "and", "scaled", "between", "-", "1", "(", "broad", "tissue", "distribution", ")", "and", "1", "(", "highly", "tissue", "specific", ")", ".", "Each", "column", "represents", "an", "MXE", "pair", "and", "each", "row", "represents", "MXE", "expression", "in", "a", "tissue", ",", "cell", "-", "type", ",", "or", "at", "a", "developmental", "time", "point", ".", "The", "bar", "graph", "summarizes", "counts", "where", "the", "specific", "MXE", "is", "1", ".", "5", "fold", "more", "spliced", "in", "than", "the", "ubiquitous", "MXE", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "A) Heatmap showing all differentially expressed MXE clusters with at least 3 RPKM. Here, we used the Gini coefficient, which is a measure of the inequality among values of a frequency distribution (Ceriani & Verme, 2012) and has successfully been used to determine tissue-enriched gene sets (Zhang et al, 2017), to determine highly tissue-specific MXEs (maximum normalized Gini index of cluster) and MXEs with a broad tissue expression distribution (minimum Gini index). For each MXE cluster the percent-spliced-in (PSI) value of the ubiquitous MXE (minimum Gini index) is subtracted from the PSI value of the specific MXE (maximum Gini index of cluster) (delta PSI value) and scaled between -1 (broad tissue distribution) and 1 (highly tissue specific). Each column represents an MXE pair and each row represents MXE expression in a tissue, cell-type, or at a developmental time point. The bar graph summarizes counts where the specific MXE is 1.5 fold more spliced in than the ubiquitous MXE."}
{"words": ["C", ")", "Heatmap", "showing", "the", "the", "delta", "PSI", "values", "(", "PSI", "value", "of", "the", "non", "-", "SNP", "-", "containing", "MXE", "subtracted", "from", "the", "PSI", "value", "of", "the", "SNP", "-", "containing", "MXE", ")", "of", "MXE", "clusters", "containing", "pathogenic", "SNPs", "scaled", "between", "-", "1", "and", "1", "(", "blue", "=", "high", "expression", "non", "-", "SNP", "-", "containing", "MXE", ",", "red", "=", "high", "expression", "SNP", "-", "containing", "MXE", ")", ".", "Columns", "represent", "MXE", "clusters", "and", "rows", "tissues", ",", "cell", "types", ",", "and", "developmental", "stages", ".", "The", "column", "bar", "graph", "summarizes", "counts", "where", "the", "SNP", "-", "containing", "MXE", "is", "1", ".", "5", "fold", "more", "expressed", "than", "the", "non", "-", "SNP", "-", "containing", "MXE", ",", "whereas", "the", "row", "bar", "graph", "shows", "this", "for", "each", "tissue", ",", "cell", "type", ",", "and", "developmental", "stage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Heatmap showing the the delta PSI values (PSI value of the non-SNP-containing MXE subtracted from the PSI value of the SNP-containing MXE) of MXE clusters containing pathogenic SNPs scaled between -1 and 1 (blue = high expression non-SNP-containing MXE, red = high expression SNP-containing MXE). Columns represent MXE clusters and rows tissues, cell types, and developmental stages. The column bar graph summarizes counts where the SNP-containing MXE is 1.5 fold more expressed than the non-SNP-containing MXE, whereas the row bar graph shows this for each tissue, cell type, and developmental stage."}
{"words": ["(", "A", ")", "Surface", "plasmon", "resonance", "(", "SPR", ")", "KAP1", "-", "KRAB", "binding", "assay", ".", "MBP", "-", "KRAB", "was", "immobilized", "on", "the", "chip", ".", "WT", "or", "R311E", "KAP1", "RBCC", "were", "flowed", "over", "the", "chip", ".", "Data", "points", "are", "shown", "in", "dark", "red", "or", "blue", ";", "fits", "are", "shown", "as", "light", "red", "or", "blue", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Surface plasmon resonance (SPR) KAP1-KRAB binding assay. MBP-KRAB was immobilized on the chip. WT or R311E KAP1 RBCC were flowed over the chip. Data points are shown in dark red or blue; fits are shown as light red or blue lines."}
{"words": ["(", "C", ")", "LINE", "-", "1", "reporter", "repression", "with", "single", "point", "mutants", "and", "a", "previously", "described", "KRAB", "-", "binding", "deficient", "KAP1", "variant", "containing", "four", "mutations", "in", "the", "CC", "domain", "(", "CCmut", ";", "V293S", "/", "K296A", "/", "M297A", "/", "L300S", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) LINE-1 reporter repression with single point mutants and a previously described KRAB-binding deficient KAP1 variant containing four mutations in the CC domain (CCmut; V293S/K296A/M297A/L300S)."}
{"words": ["(", "D", ")", "SVA", "reporter", "repression", "with", "the", "same", "set", "of", "mutants", "as", "in", "(", "B", ")", ".", "Data", "were", "normalized", "to", "KAP1", "KO", "cells", "transfected", "with", "an", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) SVA reporter repression with the same set of mutants as in (B). Data were normalized to KAP1 KO cells transfected with an empty vector (EV)."}
{"words": ["A", "-", "D", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "is", "very", "weakly", "expressed", "and", "diffusely", "localized", "in", "the", "cytoplasm", "in", "wild", "‐", "type", "larval", "intestine", ",", "but", "is", "expressed", "at", "much", "higher", "levels", "and", "accumulates", "into", "numerous", "aggregates", "in", "the", "intestine", "in", "bp399", "mutant", "larvae", ".", "(", "A", ")", "and", "(", "C", ")", "represent", "DIC", "images", "of", "the", "animals", "in", "(", "B", ")", "and", "(", "D", ")", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-D SQST‐1::GFP is very weakly expressed and diffusely localized in the cytoplasm in wild‐type larval intestine, but is expressed at much higher levels and accumulates into numerous aggregates in the intestine in bp399 mutant larvae. (A) and (C) represent DIC images of the animals in (B) and (D), respectively."}
{"words": ["E", "Compared", "to", "wild", "‐", "type", ",", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "levels", "are", "much", "higher", "in", "bp399", "and", "bp412", "mutant", "larvae", "as", "shown", "by", "immunoblotting", "assay", ".", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "levels", "in", "bp399", "mutants", "are", "greatly", "reduced", "after", "12", "h", "of", "starvation", ".", "200", "young", "adult", "animals", "for", "each", "genotype", "were", "collected", "for", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Compared to wild‐type, SQST‐1::GFP levels are much higher in bp399 and bp412 mutant larvae as shown by immunoblotting assay. SQST‐1::GFP levels in bp399 mutants are greatly reduced after 12 h of starvation. 200 young adult animals for each genotype were collected for analysis."}
{"words": ["H", ",", "I", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutants", "are", "separable", "from", "LAAT", "‐", "1", ":", ":", "Cherry", "‐", "labeled", "lysosomes", "under", "normal", "conditions", ",", "but", "are", "delivered", "to", "lysosomes", "upon", "starvation", ".", "Some", "aggregates", "are", "enclosed", "by", "lysosomes", "(", "inserts", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, I SQST‐1::GFP aggregates in rpl‐43(bp399) mutants are separable from LAAT‐1::Cherry‐labeled lysosomes under normal conditions, but are delivered to lysosomes upon starvation. Some aggregates are enclosed by lysosomes (inserts). Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["J", "-", "Q", "RNAi", "inactivation", "of", "let", "‐", "363", ",", "rpn", "‐", "2", ",", "cogc", "‐", "1", ",", "or", "hgrs", "‐", "1", "suppresses", "the", "accumulation", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutants", ".", "(", "J", ")", ",", "(", "L", ")", ",", "(", "N", ")", ",", "and", "(", "P", ")", ":", "DIC", "images", "of", "the", "animals", "in", "(", "K", ")", ",", "(", "M", ")", ",", "(", "O", ")", ",", "and", "(", "Q", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-Q RNAi inactivation of let‐363, rpn‐2, cogc‐1, or hgrs‐1 suppresses the accumulation of SQST‐1::GFP aggregates in rpl‐43(bp399) mutants. (J), (L), (N), and (P): DIC images of the animals in (K), (M), (O), and (Q). Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["R", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "levels", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutants", "are", "greatly", "reduced", "by", "inactivation", "of", "rpt", "‐", "3", "and", "rpn", "‐", "2", ".", "200", "young", "adult", "animals", "for", "each", "genotype", "were", "collected", "for", "analysis", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "R SQST‐1::GFP levels in rpl‐43(bp399) mutants are greatly reduced by inactivation of rpt‐3 and rpn‐2. 200 young adult animals for each genotype were collected for analysis."}
{"words": ["A", ",", "B", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "are", "absent", "in", "the", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "sma", "‐", "3", "(", "wk20", ")", "mutant", "intestine", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B SQST‐1::GFP aggregates are absent in the rpl‐43(bp399); sma‐3(wk20) mutant intestine."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "the", "indicated", "animals", "with", "different", "levels", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", ".", "S", ":", "many", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "all", "intestinal", "cells", ",", "as", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutants", ";", "M", ":", "fewer", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "some", "but", "not", "all", "intestinal", "cells", ";", "N", ":", "no", "or", "very", "few", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "intestinal", "cells", ".", "For", "each", "genotype", ",", ">", "30", "animals", "were", "examined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of the indicated animals with different levels of SQST‐1::GFP aggregates. S: many SQST‐1::GFP aggregates in all intestinal cells, as in rpl‐43(bp399) mutants; M: fewer SQST‐1::GFP aggregates in some but not all intestinal cells; N: no or very few SQST‐1::GFP aggregates in intestinal cells. For each genotype, > 30 animals were examined."}
{"words": ["D", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "levels", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutants", "are", "dramatically", "decreased", "in", "a", "Western", "blot", "when", "sma", "‐", "3", ",", "lin", "‐", "35", ",", "or", "daf", "‐", "2", "is", "simultaneously", "depleted", ".", "Loss", "of", "function", "of", "daf", "‐", "16", "partially", "restores", "SQST", "‐", "1", "levels", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "daf", "‐", "2", "(", "RNAi", ")", "mutants", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D SQST‐1::GFP levels in rpl‐43(bp399) mutants are dramatically decreased in a Western blot when sma‐3, lin‐35, or daf‐2 is simultaneously depleted. Loss of function of daf‐16 partially restores SQST‐1 levels in rpl‐43(bp399); daf‐2(RNAi) mutants."}
{"words": ["E", "Endogenous", "LGG", "‐", "1", "is", "elevated", "in", "a", "Western", "blot", "in", "dbl", "‐", "1", "(", "wk70", ")", ",", "sma", "‐", "2", "(", "e502", ")", ",", "and", "sma", "‐", "3", "(", "wk20", ")", "mutants", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Endogenous LGG‐1 is elevated in a Western blot in dbl‐1(wk70), sma‐2(e502), and sma‐3(wk20) mutants."}
{"words": ["F", "mRNA", "levels", "of", "bec", "‐", "1", ",", "epg", "‐", "8", ",", "lgg", "‐", "1", ",", "and", "atg", "‐", "7", "are", "upregulated", "in", "dbl", "‐", "1", "(", "wk70", ")", ",", "sma", "‐", "2", "(", "e502", ")", ",", "and", "sma", "‐", "3", "(", "wk20", ")", "mutants", ".", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ".", "500", "young", "adult", "animals", "were", "collected", "for", "analysis", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "from", "three", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F mRNA levels of bec‐1, epg‐8, lgg‐1, and atg‐7 are upregulated in dbl‐1(wk70), sma‐2(e502), and sma‐3(wk20) mutants. **P 0.01. 500 young adult animals were collected for analysis. Error bars indicate s.d. from three experiments."}
{"words": ["G", ",", "H", "No", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "are", "observed", "in", "the", "lin", "‐", "35", "(", "n745", ")", ";", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", "mutant", "intestine", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H No SQST‐1::GFP aggregates are observed in the lin‐35(n745); rpl‐43(bp399) mutant intestine."}
{"words": ["I", ",", "J", "Numerous", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "are", "formed", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "lin", "‐", "15A", "(", "n767", ")", "mutants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J Numerous SQST‐1::GFP aggregates are formed in rpl‐43(bp399); lin‐15A(n767) mutants."}
{"words": ["K", "Endogenous", "LGG", "‐", "1", "levels", "are", "increased", "in", "lin", "‐", "9", "(", "n112", ")", ",", "lin", "‐", "15B", "(", "n744", ")", ",", "and", "lin", "‐", "35", "(", "n745", ")", "mutants", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Endogenous LGG‐1 levels are increased in lin‐9(n112), lin‐15B(n744), and lin‐35(n745) mutants."}
{"words": ["L", "mRNA", "levels", "of", "bec", "‐", "1", ",", "epg", "‐", "8", ",", "lgg", "‐", "1", ",", "and", "atg", "‐", "7", "are", "upregulated", "in", "lin", "‐", "9", "(", "n112", ")", ",", "lin", "‐", "15B", "(", "n744", ")", ",", "and", "lin", "‐", "35", "(", "n745", ")", "mutants", ".", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ".", "500", "young", "adult", "animals", "were", "collected", "for", "analysis", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "from", "three", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L mRNA levels of bec‐1, epg‐8, lgg‐1, and atg‐7 are upregulated in lin‐9(n112), lin‐15B(n744), and lin‐35(n745) mutants. **P 0.01. 500 young adult animals were collected for analysis. Error bars indicate s.d. from three experiments."}
{"words": ["M", ",", "N", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "daf", "‐", "2", "(", "RNAi", ")", "mutant", "larvae", "contain", "no", "intestinal", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "M, N rpl‐43(bp399); daf‐2(RNAi) mutant larvae contain no intestinal SQST‐1::GFP aggregates."}
{"words": ["O", ",", "P", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "are", "partially", "restored", "in", "daf", "‐", "16", "(", "mu86", ")", ";", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "daf", "‐", "2", "(", "RNAi", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "O, P SQST‐1::GFP aggregates are partially restored in daf‐16(mu86); rpl‐43(bp399); daf‐2(RNAi) animals."}
{"words": ["A", ",", "B", "hsp", "‐", "4", ":", ":", "GFP", "is", "very", "weakly", "expressed", "in", "wild", "‐", "type", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B hsp‐4::GFP is very weakly expressed in wild‐type animals."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "indicated", "animals", "with", "different", "levels", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", ".", "S", ":", "strong", ".", "M", ":", "medium", ".", "N", ":", "none", ".", ">", "30", "animals", "were", "examined", "for", "each", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of indicated animals with different levels of SQST‐1::GFP aggregates. S: strong. M: medium. N: none. >30 animals were examined for each genotype."}
{"words": ["D", ",", "E", "Phsp", "‐", "4", ":", ":", "GFP", "expression", "is", "much", "higher", "in", "rpt", "‐", "3", "(", "RNAi", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Phsp‐4::GFP expression is much higher in rpt‐3(RNAi) animals."}
{"words": ["F", ",", "G", "Upregulation", "of", "Phsp", "‐", "4", ":", ":", "GFP", "expression", "in", "rpt", "‐", "3", "(", "RNAi", ")", "animals", "is", "suppressed", "by", "the", "xbp", "‐", "1", "(", "zc12", ")", "mutation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G Upregulation of Phsp‐4::GFP expression in rpt‐3(RNAi) animals is suppressed by the xbp‐1(zc12) mutation."}
{"words": ["H", ",", "I", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "are", "absent", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "rpt", "‐", "3", "(", "RNAi", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, I SQST‐1::GFP aggregates are absent in rpl‐43(bp399); rpt‐3(RNAi) animals."}
{"words": ["J", ",", "K", "Loss", "of", "function", "of", "xbp", "‐", "1", "restores", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "rpt", "‐", "3", "(", "RNAi", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J, K Loss of function of xbp‐1 restores SQST‐1::GFP aggregates in rpl‐43(bp399); rpt‐3(RNAi) animals."}
{"words": ["M", "The", "increase", "in", "bec", "‐", "1", ",", "epg", "‐", "8", ",", "lgg", "‐", "1", ",", "and", "atg", "‐", "7", "mRNA", "levels", "in", "npl", "‐", "4", ".", "1", ",", "rpt", "‐", "3", ",", "and", "pep", "‐", "2", "RNAi", "animals", "is", "dependent", "on", "xbp", "‐", "1", ".", "*", "P", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ".", "500", "young", "adult", "animals", "were", "collected", "for", "analysis", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "from", "three", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M The increase in bec‐1, epg‐8, lgg‐1, and atg‐7 mRNA levels in npl‐4.1, rpt‐3, and pep‐2 RNAi animals is dependent on xbp‐1. *P 0.05, **P 0.01. 500 young adult animals were collected for analysis. Error bars indicate s.d. from three experiments."}
{"words": ["A", "Phsp", "‐", "60", ":", ":", "GFP", "is", "weakly", "expressed", "in", "wild", "‐", "type", "animals", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Phsp‐60::GFP is weakly expressed in wild‐type animals."}
{"words": ["B", "egl", "‐", "46", "(", "RNAi", ")", "causes", "upregulation", "of", "Phsp", "‐", "60", ":", ":", "GFP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "B egl‐46(RNAi) causes upregulation of Phsp‐60::GFP."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "indicated", "mutant", "animals", "with", "different", "levels", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", ".", "S", ":", "strong", ".", "M", ":", "medium", ".", "N", ":", "none", ".", ">", "30", "animals", "were", "examined", "in", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of indicated mutant animals with different levels of SQST‐1::GFP aggregates. S: strong. M: medium. N: none. >30 animals were examined in each group."}
{"words": ["D", "Levels", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "in", "various", "genetic", "mutants", ".", "200", "young", "adult", "animals", "for", "each", "genotype", "were", "collected", "for", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Levels of SQST‐1::GFP in various genetic mutants. 200 young adult animals for each genotype were collected for analysis."}
{"words": ["E", ",", "F", "Loss", "of", "function", "of", "atfs", "‐", "1", "suppresses", "the", "upregulation", "of", "Phsp", "‐", "60", ":", ":", "GFP", "in", "egl", "‐", "46", "(", "n1126", ")", "mutants", ".", "(", "E", ")", ":", "DIC", "image", "of", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Loss of function of atfs‐1 suppresses the upregulation of Phsp‐60::GFP in egl‐46(n1126) mutants. (E): DIC image of (F)."}
{"words": ["G", ",", "H", "The", "dramatic", "decrease", "in", "the", "number", "of", "SQST", "‐", "1", ":", ":", "GFP", "aggregates", "in", "the", "intestine", "in", "rpl", "‐", "43", "(", "bp399", ")", ";", "egl", "‐", "46", "(", "RNAi", ")", "mutants", "(", "G", ")", "is", "restored", "by", "simultaneous", "loss", "of", "function", "of", "atfs", "‐", "1", "(", "gk3094", ")", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H The dramatic decrease in the number of SQST‐1::GFP aggregates in the intestine in rpl‐43(bp399); egl‐46(RNAi) mutants (G) is restored by simultaneous loss of function of atfs‐1(gk3094) (H)."}
{"words": ["I", ",", "J", "GFP", ":", ":", "LGG", "‐", "1", "forms", "numerous", "puncta", "in", "the", "intestine", "in", "egl", "‐", "46", "(", "RNAi", ")", "(", "I", ")", ",", "gfi", "‐", "1", "(", "RNAi", ")", "(", "J", ")", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J GFP::LGG‐1 forms numerous puncta in the intestine in egl‐46(RNAi) (I), gfi‐1(RNAi) (J) animals."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "images", "(", "left", ")", "of", "GAPDH", "(", "red", ")", "in", "HeLa", "cells", "untreated", "(", "Utr", ")", ",", "or", "treated", "with", "IR", ",", "etoposide", "(", "ETO", ")", ",", "adriamycin", "(", "ADR", ")", ",", "and", "camptothecin", "(", "CPT", ")", "as", "indicated", ".", "DNA", "was", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Quantitative", "analysis", "(", "right", ")", "of", "nuclear", "GAPDH", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence images (left) of GAPDH (red) in HeLa cells untreated (Utr), or treated with IR, etoposide (ETO), adriamycin (ADR), and camptothecin (CPT) as indicated. DNA was stained with DAPI (blue). Quantitative analysis (right) of nuclear GAPDH. Scale bars, 10 μm. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; ***P<0.001"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "endogenous", "GAPDH", "in", "subcellular", "fractions", "of", "HeLa", "cells", "treated", "4", "Gy", "IR", "and", "recovered", "for", "4", "h", ".", "β", "-", "Tubulin", "and", "Lamin", "A", "/", "C", "served", "as", "indicators", "for", "the", "cytoplasmic", "and", "nuclear", "fractions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of endogenous GAPDH in subcellular fractions of HeLa cells treated 4 Gy IR and recovered for 4 h. β-Tubulin and Lamin A/C served as indicators for the cytoplasmic and nuclear fractions. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; ***P<0.001"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "upper", ")", "and", "quantification", "(", "lower", ")", "of", "phospho", "-", "Src", "-", "Y529", "in", "HeLa", "cells", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "4", "Gy", "IR", "treatment", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (upper) and quantification (lower) of phospho-Src-Y529 in HeLa cells collected at the indicated time points after 4 Gy IR treatment. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; ***P<0.001"}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "pretreated", "with", "or", "without", "10", "μM", "PP2", "for", "24", "h", "and", "exposed", "to", "4", "Gy", "IR", ".", "After", "4", "h", "of", "recovery", ",", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "fractions", "were", "separated", "and", "subjected", "to", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "left", ")", ".", "Quantification", "of", "nuclear", "GAPDH", "is", "in", "the", "right", "panel", ".", "β", "-", "Tubulin", "and", "Lamin", "B1", "served", "as", "indicators", "for", "the", "cytoplasmic", "and", "nuclear", "fractions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were pretreated with or without 10 μM PP2 for 24 h and exposed to 4 Gy IR. After 4 h of recovery, nuclear and cytoplasmic fractions were separated and subjected to immunoblot with indicated antibodies (left). Quantification of nuclear GAPDH is in the right panel. β-Tubulin and Lamin B1 served as indicators for the cytoplasmic and nuclear fractions. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; ***P<0.001"}
{"words": ["E", "-", "F", ".", "Immunoblot", "of", "anti", "-", "GAPDH", "immunoprecipitates", "from", "HEK293T", "treated", "with", "4", "Gy", "IR", "and", "recovered", "for", "4", "h", "(", "E", ")", ",", "or", "with", "5", "μM", "ADR", "for", "2", "h", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-F. Immunoblot of anti-GAPDH immunoprecipitates from HEK293T treated with 4 Gy IR and recovered for 4 h (E), or with 5 μM ADR for 2 h (F)."}
{"words": ["Cell", "viability", "analysis", "of", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "the", "sh", "-", "NC", "and", "sh", "-", "GAPDH", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "ADR", "for", "48", "h", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell viability analysis of HeLa cells stably expressing the sh-NC and sh-GAPDH were treated with the indicated concentration of ADR for 48 h. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Left", ",", "representative", "immunofluorescence", "images", "of", "γH2AX", "(", "C", ",", "green", ")", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "scramble", "siRNA", "or", "si", "-", "GAPDH", "after", "4", "Gy", "IR", "exposure", "and", "recovered", "for", "4", "h", ".", "DNA", "was", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Right", "quantification", "of", "γH2AX", "foci", "/", "cell", "(", "n", "=", "50", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Left, representative immunofluorescence images of γH2AX (C, green) in HeLa cells transfected with scramble siRNA or si-GAPDH after 4 Gy IR exposure and recovered for 4 h. DNA was stained with DAPI (blue). Right quantification of γH2AX foci/cell (n=50). Mann-Whitney U-test. Scale bars, 10 μm. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Left", ",", "representative", "immunofluorescence", "images", "of", "53BP1", "(", "D", ",", "red", ")", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "scramble", "siRNA", "or", "si", "-", "GAPDH", "after", "4", "Gy", "IR", "exposure", "and", "recovered", "for", "4", "h", ".", "DNA", "was", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Right", ",", "quantification", "of", "53BP1", "foci", "/", "cell", "(", "n", "=", "50", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Left, representative immunofluorescence images of 53BP1 (D, red) in HeLa cells transfected with scramble siRNA or si-GAPDH after 4 Gy IR exposure and recovered for 4 h. DNA was stained with DAPI (blue). Right, quantification of 53BP1 foci/cell (n=50). Mann-Whitney U-test. Scale bars, 10 μm. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "γH2AX", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "si", "-", "GAPDH", ",", "recovered", "at", "indicated", "points", "after", "4", "Gy", "IR", "exposure", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of γH2AX in HeLa cells pre-transfected with scrambled siRNA or si-GAPDH, recovered at indicated points after 4 Gy IR exposure. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "HR", "proteins", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "and", "si", "-", "GAPDH", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of HR proteins in HeLa cells transfected with scrambled siRNA and si-GAPDH. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Quantification", "of", "RAD51", "(", "left", ")", "or", "γH2AX", "(", "right", ")", "foci", "/", "cell", "in", "HeLa", "cells", "pre", "-", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "si", "-", "GAPDH", ",", "recovered", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "4", "Gy", "IR", "exposure", "(", "n", "=", "50", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of RAD51 (left) or γH2AX (right) foci/cell in HeLa cells pre-transfected with scrambled siRNA or si-GAPDH, recovered at the indicated time points after 4 Gy IR exposure (n=50). Mann-Whitney U-test. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "RAD51", "in", "HeLa", "cells", "with", "or", "without", "GAPDH", "knockdown", "treated", "with", "50", "μg", "/", "mL", "CHX", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of RAD51 in HeLa cells with or without GAPDH knockdown treated with 50 μg/mL CHX at the indicated time points. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "RAD51", "in", "GAPDH", "knockdown", "HeLa", "cells", "and", "control", "cells", "treated", "with", "or", "without", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "10", "h", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of RAD51 in GAPDH knockdown HeLa cells and control cells treated with or without MG132 (10 μM) for 10 h. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "RAD51", "in", "HeLa", "cells", "at", "different", "durations", "of", "50", "μg", "/", "mL", "CHX", "administration", "with", "or", "without", "TSA", "(", "10", "μM", ",", "12", "h", ")", "treatment", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of RAD51 in HeLa cells at different durations of 50 μg/mL CHX administration with or without TSA (10 μM, 12 h) treatment. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "of", "cell", "lysates", "or", "anti", "-", "RAD51", "immunoprecipitates", "from", "HeLa", "cells", "with", "scramble", "siRNA", "or", "si", "-", "GAPDH", "transfection", "treated", "with", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "2", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot of cell lysates or anti-RAD51 immunoprecipitates from HeLa cells with scramble siRNA or si-GAPDH transfection treated with MG132 (10 μM) for 2 h."}
{"words": ["Immunoblot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "Flag", "-", "RAD51", "in", "cell", "lysates", "from", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "indicated", "Flag", "-", "RAD51", "mutations", ".", "Endogenous", "RAD51", "and", "Flag", "-", "RAD51", "are", "denoted", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (left) and quantification (right) of Flag-RAD51 in cell lysates from HEK293T cells transfected with indicated Flag-RAD51 mutations. Endogenous RAD51 and Flag-RAD51 are denoted respectively. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "of", "cell", "lysates", "or", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitates", "from", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "indicated", "Flag", "-", "RAD51", "mutations", "and", "then", "exposed", "to", "10", "μM", "MG132", ".", "Immunoblot", "of", "cell", "lysates", "or", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitates", "from", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "HA", "-", "Ubiquitin", "and", "indicated", "Flag", "-", "RAD51", "mutations", "and", "then", "exposed", "to", "10", "μM", "MG132", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Immunoblot of cell lysates or anti-Flag immunoprecipitates from HEK293T cells transfected with indicated Flag-RAD51 mutations and then exposed to 10 μM MG132. Immunoblot of cell lysates or anti-Flag immunoprecipitates from HEK293T cells transfected with HA-Ubiquitin and indicated Flag-RAD51 mutations and then exposed to 10 μM MG132."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "or", "without", "Flag", "-", "GAPDH", "and", "HA", "-", "HDAC1", ",", "then", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "and", "immunoblots", "as", "indicated", ".", "Recombinant", "HDAC1", "protein", "and", "recombinant", "GAPDH", "protein", "were", "co", "-", "incubated", "at", "4", "℃", "for", "2", "h", ".", "In", "vitro", "immunoprecipitation", "was", "performed", "using", "anti", "-", "HDAC1", "and", "subjected", "to", "immunoblots", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with or without Flag-GAPDH and HA-HDAC1, then subjected to immunoprecipitation and immunoblots as indicated. Recombinant HDAC1 protein and recombinant GAPDH protein were co-incubated at 4℃ for 2 h. In vitro immunoprecipitation was performed using anti-HDAC1 and subjected to immunoblots as indicated."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "4", "Gy", "IR", ".", "The", "indicated", "cells", "were", "lysed", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "HDAC1", "and", "immunoblotting", "analysis", "(", "left", ")", "for", "anti", "-", "Maspin", "(", "I", ")", "Quantitative", "analysis", "(", "right", ")", "of", "indicated", "protein", "levels", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were treated with or without 4 Gy IR. The indicated cells were lysed for immunoprecipitation with anti-HDAC1 and immunoblotting analysis (left) for anti-Maspin (I) Quantitative analysis (right) of indicated protein levels. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001"}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "or", "without", "4", "Gy", "IR", ".", "The", "indicated", "cells", "were", "lysed", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "HDAC1", "and", "immunoblotting", "analysis", "(", "left", ")", "for", "anti", "-", "GAPDH", "(", "J", ")", ".", "Quantitative", "analysis", "(", "right", ")", "of", "indicated", "protein", "levels", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were treated with or without 4 Gy IR. The indicated cells were lysed for immunoprecipitation with anti-HDAC1 and immunoblotting analysis (left) for anti-GAPDH (J). Quantitative analysis (right) of indicated protein levels. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001"}
{"words": ["Co", "-", "immunoprecipitation", "was", "performed", "to", "determine", "the", "interaction", "between", "endogenous", "GAPDH", "and", "Maspin", ",", "full", "-", "length", "Flag", "-", "HDAC1", ",", "and", "truncated", "forms", "of", "Flag", "-", "HDAC1", "in", "HeLa", "cells", ",", "untreated", "(", "L", ")", "or", "treated", "with", "4", "Gy", "IR", "(", "M", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "nonspecific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-immunoprecipitation was performed to determine the interaction between endogenous GAPDH and Maspin, full-length Flag-HDAC1, and truncated forms of Flag-HDAC1 in HeLa cells, untreated (L) or treated with 4 Gy IR (M). Asterisks indicate nonspecific bands."}
{"words": ["Immunoblot", "(", "upper", ")", "and", "quantification", "(", "lower", ")", "of", "RAD51", "in", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", ",", "Flag", "-", "HDAC1", ",", "Flag", "-", "HDAC1", "-", "S3", "(", "∆", "306", "-", "353", ")", ",", "and", "Flag", "-", "HDAC1", "-", "H141A", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (upper) and quantification (lower) of RAD51 in HEK293T cells transfected with empty vector, Flag-HDAC1, Flag-HDAC1-S3 (∆306-353), and Flag-HDAC1-H141A. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", ",", "Flag", "-", "HDAC1", ",", "and", "Flag", "-", "HDAC1", "-", "H141A", ",", "then", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "and", "immunoblots", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with empty vector, Flag-HDAC1, and Flag-HDAC1-H141A, then subjected to immunoprecipitation and immunoblots as indicated."}
{"words": ["Left", ",", "GAPDH", "knockdown", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "HDAC1", "were", "treated", "with", "4", "Gy", "IR", ",", "fixed", "after", "4", "h", ",", "and", "immunostained", "with", "anti", "-", "RAD51", "(", "red", ")", ".", "DNA", "was", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "The", "number", "of", "RAD51", "foci", "per", "cell", "is", "shown", "(", "right", ",", "n", "=", "50", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Left, GAPDH knockdown HeLa cells transfected with Flag-HDAC1 were treated with 4 Gy IR, fixed after 4 h, and immunostained with anti-RAD51 (red). DNA was stained with DAPI (blue). The number of RAD51 foci per cell is shown (right, n=50). Mann-Whitney U-test. Scale bars, 5 μm. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Immunoblot", "(", "upper", ")", "and", "quantification", "(", "lower", ")", "of", "γH2AX", "in", "GAPDH", "knockdown", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "or", "without", "Flag", "-", "HDAC1", "at", "the", "different", "time", "points", "after", "4", "Gy", "IR", "exposure", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot (upper) and quantification (lower) of γH2AX in GAPDH knockdown HeLa cells transfected with or without Flag-HDAC1 at the different time points after 4 Gy IR exposure. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["Left", ",", "GAPDH", "knockdown", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "HDAC1", "were", "treated", "with", "4", "Gy", "IR", ",", "fixed", "after", "4", "h", ",", "and", "immunostained", "with", "anti", "-", "γH2AX", "(", "green", ")", ".", "DNA", "was", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "The", "number", "of", "γH2AX", "foci", "per", "cell", "is", "shown", "(", "right", ",", "n", "=", "50", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "from", "Student", "'", "s", "t", "-", "tests", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "not"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Left, GAPDH knockdown HeLa cells transfected with Flag-HDAC1 were treated with 4 Gy IR, fixed after 4 h, and immunostained with anti- γH2AX (green). DNA was stained with DAPI (blue). The number of γH2AX foci per cell is shown (right, n=50). Mann-Whitney U-test. Scale bars, 5 μm. Data information: Data represented as mean ± s.d. of at least three independent experiments. P values are from Student's t-tests. *P<0.05; **P<0.01; ***P<0.001; ns: not significant"}
{"words": ["b", ")", "The", "affinity", "of", "the", "UVRAG", "-", "C2", "domain", "for", "phospholipids", "was", "assessed", "using", "a", "protein", "-", "lipid", "overlay", "assay", ".", "The", "left", "panel", "indicates", "the", "identity", "of", "lipid", "species", "on", "PtdIns", "strips", ".", "Bacterial", "-", "purified", "GST", "fusion", "of", "UVRAG", "-", "C2", "(", "wild", "type", ",", "WT", ")", ",", "but", "not", "GST", ",", "binds", "PtdIns", "(", "3", ")", "P", ",", "PtdIns", "(", "4", ")", "P", "and", "PtdIns", "(", "5", ")", "P", ".", "The", "K78A", "/", "R82A", "mutant", "of", "C2", "is", "defective", "for", "phospholipid", "-", "binding", ",", "whereas", "the", "K87A", "/", "N88A", "mutant", "is", "partially", "impaired", ".", "Binding", "of", "the", "FYVE", "and", "PH", "domains", "of", "Hrs", "and", "FAPP1", ",", "respectively", ",", "to", "PtdIns", "(", "3", ")", "P", "and", "PtdIns", "(", "4", ")", "P", "served", "as", "quality", "controls", "(", "right", ")", ".", "PE", ",", "phosphatidylethanolamine", ";", "PC", ",", "phosphatidylcholine", ";", "LPA", ",", "lysophosphatidic", "acid", ";", "LPC", ",", "lysophosphatidylcholine", ";", "S1P", ",", "sphingosine", "1", "-", "phosphate", ";", "PA", ",", "phosphatidic", "acid", ";", "PS", ",", "phosphatidylserine", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "b) The affinity of the UVRAG-C2 domain for phospholipids was assessed using a protein-lipid overlay assay. The left panel indicates the identity of lipid species on PtdIns strips. Bacterial-purified GST fusion of UVRAG-C2 (wild type, WT), but not GST, binds PtdIns(3)P, PtdIns(4)P and PtdIns(5)P. The K78A/R82A mutant of C2 is defective for phospholipid-binding, whereas the K87A/N88A mutant is partially impaired. Binding of the FYVE and PH domains of Hrs and FAPP1, respectively, to PtdIns(3)P and PtdIns(4)P served as quality controls (right). PE, phosphatidylethanolamine; PC, phosphatidylcholine; LPA, lysophosphatidic acid; LPC, lysophosphatidylcholine; S1P, sphingosine 1-phosphate; PA, phosphatidic acid; PS, phosphatidylserine."}
{"words": ["(", "c", ")", "The", "relative", "affinity", "of", "the", "GST", "-", "fusion", "proteins", "for", "phosphoinositides", "was", "quantified", "by", "densitometric", "analysis", "of", "the", "GST", "immunoblots", "in", "b", "from", "five", "independent", "experiments", "(", "n", " ", "=", " ", "5", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "(", "s", ".", "d", ".", ")", ".", "A", ".", "U", ".", ",", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) The relative affinity of the GST-fusion proteins for phosphoinositides was quantified by densitometric analysis of the GST immunoblots in b from five independent experiments (n = 5). Error bars represent standard deviation (s.d.). A.U., arbitrary units."}
{"words": ["(", "d", ")", "Binding", "of", "full", "-", "length", "UVRAG", "(", "untagged", ")", "to", "lipid", "blots", ".", "The", "same", "PtdIns", "strips", "(", "in", "b", ")", "were", "used", "and", "immunoblotted", "with", "antibodies", "against", "IgG", "(", "right", ")", "and", "UVRAG", "(", "left", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Binding of full-length UVRAG (untagged) to lipid blots. The same PtdIns strips (in b) were used and immunoblotted with antibodies against IgG (right) and UVRAG (left)."}
{"words": ["(", "g", ")", "Pulldown", "of", "UVRAG", "-", "C2", "domain", "GST", "-", "fusion", "proteins", "by", "liposomes", "bearing", "the", "indicated", "phosphoinositides", ".", "GST", "-", "Hrs", "-", "FYVE", "and", "GST", "-", "FAPP1", "-", "PH", "are", "also", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Pulldown of UVRAG-C2 domain GST-fusion proteins by liposomes bearing the indicated phosphoinositides. GST-Hrs-FYVE and GST-FAPP1-PH are also shown."}
{"words": ["(", "a", "-", "k", ")", "Confocal", "analyses", "of", "the", "subcellular", "co", "-", "localization", "of", "endogenous", "UVRAG", "with", "ER", "markers", ",", "including", "endogenous", "calnexin", "(", "red", ",", "a", ")", ",", "endogenous", "PDI", "(", "red", ",", "b", ")", ",", "and", "overexpressed", "DSred", "-", "ER", "(", "red", ",", "c", ")", ";", "with", "Golgi", "markers", ",", "including", "endogenous", "GM130", "and", "p115", "(", "red", ",", "d", ",", "e", ",", "cis", "-", "Golgi", ")", ",", "overexpressed", "GFP", "-", "Man", "II", "(", "green", ",", "f", ",", "medial", "-", "Golgi", ")", ",", "endogenous", "TGN46", "(", "red", ",", "g", ",", "trans", "-", "Golgi", ")", ",", "and", "overexpressed", "PtdIns", "(", "4", ")", "P", "probe", ",", "GFP", "-", "FAPP1", "-", "PH", "(", "green", ",", "h", ")", ";", "with", "endogenous", "coatomer", "proteins", ",", "including", "Sec31", "(", "red", ",", "i", ",", "COPII", "-", "related", ")", "and", "β", "′", "-", "COP", "(", "red", ",", "j", ",", "COPI", "-", "related", ")", ";", "and", "with", "the", "endosome", "marker", "GFP", "-", "p40phox", "(", "PX", ")", "(", "green", ",", "k", ")", "in", "HeLa", "cells", ".", "The", "insets", "show", "a", "high", "magnification", "of", "the", "selected", "areas", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "μm", ".", "(", "l", ")", "Confocal", "microscopic", "quantification", "of", "co", "-", "localization", "of", "UVRAG", "with", "the", "indicated", "markers", "(", "data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", " ", "=", " ", "150", "cells", "obtained", "by", "gathering", "data", "from", "three", "independent", "experiments", ")", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-k) Confocal analyses of the subcellular co-localization of endogenous UVRAG with ER markers, including endogenous calnexin (red, a), endogenous PDI (red, b), and overexpressed DSred-ER (red, c); with Golgi markers, including endogenous GM130 and p115 (red, d,e, cis-Golgi), overexpressed GFP-Man II (green, f, medial-Golgi), endogenous TGN46 (red, g, trans-Golgi), and overexpressed PtdIns(4)P probe, GFP-FAPP1-PH (green, h); with endogenous coatomer proteins, including Sec31 (red, i, COPII-related) and β′-COP (red, j, COPI-related); and with the endosome marker GFP-p40phox(PX) (green, k) in HeLa cells. The insets show a high magnification of the selected areas. Scale bars, 10 μm. (l) Confocal microscopic quantification of co-localization of UVRAG with the indicated markers (data are mean±s.d., n = 150 cells obtained by gathering data from three independent experiments); **P0.01; ***P0.001."}
{"words": ["a", ")", "UVRAG", "is", "released", "from", "the", "ER", "membrane", "in", "cells", "overexpressing", "MTMR3", ".", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "MTMR3", "-", "mStrawberry", "or", "the", "catalytically", "inactive", "mutant", "MTMR3C413S", "were", "stained", "with", "anti", "-", "UVRAG", "antibody", "and", "processed", "for", "confocal", "microscopy", ".", "Asterisks", "indicate", "MTMR3", "-", "transfected", "cells", "(", "left", ")", ".", "The", "percentage", "of", "transfected", "cells", "with", "diffused", "staining", "of", "UVRAG", "was", "quantified", "(", "middle", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "240", "cells", "collected", "from", "four", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ".", "Western", "blot", "analysis", "shows", "the", "levels", "of", "endogenous", "UVRAG", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "MTMR3", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "a) UVRAG is released from the ER membrane in cells overexpressing MTMR3. HeLa cells transfected with MTMR3-mStrawberry or the catalytically inactive mutant MTMR3C413S were stained with anti-UVRAG antibody and processed for confocal microscopy. Asterisks indicate MTMR3-transfected cells (left). The percentage of transfected cells with diffused staining of UVRAG was quantified (middle). Data are mean±s.d.; n = 240 cells collected from four independent experiments; **P0.01. Western blot analysis shows the levels of endogenous UVRAG in the presence or absence of MTMR3 (right)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Wortmannin", "treatment", "releases", "UVRAG", "from", "the", "ER", ".", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "wortmannin", "for", "1h", ",", "and", "processed", "for", "confocal", "microscopy", "using", "anti", "-", "UVRAG", "and", "anti", "-", "PDI", "antibodies", "(", "top", "panel", ")", ".", "UT", ",", "untreated", ".", "Insets", "highlight", "the", "relative", "localization", "of", "UVRAG", "at", "the", "ER", ".", "Confocal", "co", "-", "localization", "is", "indicated", "(", "bottom", "left", "panel", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "75", "cells", "for", "each", "group", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Endogenous", "UVRAG", "and", "PDI", "expression", "before", "and", "after", "wortmannin", "treatment", "were", "confirmed", "by", "immunoblotting", "(", "bottom", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Wortmannin treatment releases UVRAG from the ER. HeLa cells were treated with 100 nM wortmannin for 1h, and processed for confocal microscopy using anti-UVRAG and anti-PDI antibodies (top panel). UT, untreated. Insets highlight the relative localization of UVRAG at the ER. Confocal co-localization is indicated (bottom left panel). Data are mean±s.d.; n = 75 cells for each group from three independent experiments; ***P0.001. Endogenous UVRAG and PDI expression before and after wortmannin treatment were confirmed by immunoblotting (bottom right panel)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Mutation", "of", "the", "C2", "domain", "leaves", "UVRAG", "unable", "to", "associate", "with", "the", "ER", ".", "HeLa", "cells", "expressing", "Flag", "-", "UVRAG", "(", "WT", ")", "or", "its", "K78A", "/", "R82A", "mutant", "were", "fixed", "and", "processed", "for", "confocal", "microscopy", "for", "co", "-", "localization", "with", "the", "ER", "marker", "PDI", "(", "top", "panel", ")", ".", "Insets", "highlight", "the", "relative", "distribution", "of", "UVRAG", "at", "the", "ER", ".", "UVRAG", "and", "endogenous", "PDI", "expression", "were", "confirmed", "by", "immunoblotting", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "See", "Supplementary", "Fig", ".", "S9", "for", "uncropped", "data", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Mutation of the C2 domain leaves UVRAG unable to associate with the ER. HeLa cells expressing Flag-UVRAG (WT) or its K78A/R82A mutant were fixed and processed for confocal microscopy for co-localization with the ER marker PDI (top panel). Insets highlight the relative distribution of UVRAG at the ER. UVRAG and endogenous PDI expression were confirmed by immunoblotting (bottom panel). See Supplementary Fig. S9 for uncropped data. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "a", ")", "The", "UVRAG", "C", "-", "terminal", "270", "-", "442", "region", "interacts", "with", "RINT", "-", "1", ".", "Cells", "(", "HEK293T", ")", "were", "co", "-", "transfected", "with", "HA", "-", "RINT", "-", "1", ",", "together", "with", "Flag", "-", "UVRAG", "or", "its", "mutant", "derivatives", ",", "and", "whole", "-", "cell", "lysates", "(", "WCLs", ")", "were", "immunoprecipitated", "(", "IP", ")", "with", "anti", "-", "Flag", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "with", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(a) The UVRAG C-terminal 270-442 region interacts with RINT-1. Cells (HEK293T) were co-transfected with HA-RINT-1, together with Flag-UVRAG or its mutant derivatives, and whole-cell lysates (WCLs) were immunoprecipitated (IP) with anti-Flag, followed by immunoblotting (IB) with an anti-HA antibody."}
{"words": ["c", ")", "Interaction", "between", "endogenous", "UVRAG", "and", "RINT", "-", "1", ".", "WCLs", "of", "HEK293T", "cells", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "with", "control", "serum", "(", "control", ")", "or", "an", "anti", "-", "UVRAG", "(", "left", ")", "or", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "antibody", "(", "right", ")", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "endogenous", "protein", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) Interaction between endogenous UVRAG and RINT-1. WCLs of HEK293T cells were used for immunoprecipitation with control serum (control) or an anti-UVRAG (left) or anti-RINT-1 antibody (right), followed by immunoblotting with the indicated antibodies. The bottom panel shows endogenous protein expression."}
{"words": ["d", ")", "ER", "localization", "of", "RINT", "-", "1", ",", "ZW10", "and", "UVRAG", ".", "HeLa", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "UVRAG", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "PDI", "(", "ER", "marker", ",", "red", ")", ",", "and", "anti", "-", "ZW10", "or", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "(", "blue", ")", ",", "followed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Insets", "highlight", "UVRAG", "co", "-", "localization", "with", "RINT", "-", "1", "and", "ZW10", "at", "the", "ER", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) ER localization of RINT-1, ZW10 and UVRAG. HeLa cells were stained with anti-UVRAG (green), anti-PDI (ER marker, red), and anti-ZW10 or anti-RINT-1 (blue), followed by confocal microscopy. Insets highlight UVRAG co-localization with RINT-1 and ZW10 at the ER. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "e", ")", "Interaction", "between", "endogenous", "UVRAG", "and", "the", "RINT", "-", "1", "-", "ZW10", "-", "NAG", "tethering", "complex", "proteins", ".", "WCLs", "of", "HEK293T", "cells", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "with", "control", "serum", "(", "IgG", ")", "or", "an", "anti", "-", "UVRAG", "(", "first", "panel", ")", ",", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "(", "second", "panel", ")", ",", "anti", "-", "ZW10", "(", "third", "panel", ")", "and", "anti", "-", "NAG", "(", "fourth", "panel", ")", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "As", "input", ",", "10", "%", "of", "the", "WCLs", "was", "used", ".", "Syn", "18", ",", "syntaxin", "18", ";", "Syn", "6", ",", "syntaxin", "6", ".", "See", "Supplementary", "Fig", ".", "S9", "for", "uncropped", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Interaction between endogenous UVRAG and the RINT-1-ZW10-NAG tethering complex proteins. WCLs of HEK293T cells were used for immunoprecipitation with control serum (IgG) or an anti-UVRAG (first panel), anti-RINT-1 (second panel), anti-ZW10 (third panel) and anti-NAG (fourth panel), followed by immunoblotting with the indicated antibodies. As input, 10% of the WCLs was used. Syn 18, syntaxin 18; Syn 6, syntaxin 6. See Supplementary Fig. S9 for uncropped data."}
{"words": ["(", "a", ")", "UVRAG", "knockdown", "impairs", "the", "interaction", "of", "the", "RINT", "-", "1", "-", "ZW10", "complex", "with", "COPI", "in", "an", "autophagy", "-", "independent", "manner", ".", "Cells", "(", "HEK293T", ")", "were", "transfected", "with", "control", "shRNA", ",", "UVRAG", "shRNA", "or", "Atg16L1", "shRNA", "for", "72", "h", ".", "Whole", "-", "cell", "lysates", "(", "WCLs", ")", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "(", "first", "and", "third", "panels", ")", ",", "anti", "-", "ZW10", "(", "second", "panel", ")", ",", "or", "anti", "-", "UVRAG", "(", "fourth", "panel", ")", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Input", "represents", "10", "%", "whole", "-", "cell", "lysates", ".", "Note", "that", "β", "′", "-", "COP", "interaction", "was", "suppressed", "by", "UVRAG", "knockdown", "but", "unaffected", "by", "Atg16L1knockdown", ".", "See", "Supplementary", "Fig", ".", "S9", "for", "uncropped", "data", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) UVRAG knockdown impairs the interaction of the RINT-1-ZW10 complex with COPI in an autophagy-independent manner. Cells (HEK293T) were transfected with control shRNA, UVRAG shRNA or Atg16L1 shRNA for 72 h. Whole-cell lysates (WCLs) were used for immunoprecipitation with anti-RINT-1 (first and third panels), anti-ZW10 (second panel), or anti-UVRAG (fourth panel), followed by immunoblotting with the indicated antibodies. Input represents 10% whole-cell lysates. Note that β′-COP interaction was suppressed by UVRAG knockdown but unaffected by Atg16L1knockdown. See Supplementary Fig. S9 for uncropped data. ("}
{"words": ["(", "b", ")", "Retrograde", "transport", "of", "tsO45", "-", "VSVG", "-", "KDELR", "-", "YFP", "from", "the", "Golgi", "to", "the", "ER", "is", "inhibited", "by", "UVRAG", "knockdown", ".", "HeLa", "cells", "serially", "transfected", "with", "UVRAG", "shRNA", "or", "control", "shRNA", ",", "then", "with", "VSVG", "-", "KDELR", "-", "YFP", "expression", "vector", ",", "were", "incubated", "at", "32", "°", "C", "(", "permissive", "condition", ")", "overnight", ".", "On", "shifting", "to", "40", "°", "C", "(", "non", "-", "permissive", "condition", ")", ",", "the", "ER", "-", "like", "distribution", "pattern", "of", "VSVG", "-", "KDELR", "-", "YFP", "was", "registered", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "the", "distribution", "pattern", "of", "VSVG", "-", "KDELR", "at", "40", "°", "C", "and", "its", "co", "-", "localization", "with", "PDI", "are", "shown", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "100", "cells", "obtained", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Retrograde transport of tsO45-VSVG-KDELR-YFP from the Golgi to the ER is inhibited by UVRAG knockdown. HeLa cells serially transfected with UVRAG shRNA or control shRNA, then with VSVG-KDELR-YFP expression vector, were incubated at 32°C (permissive condition) overnight. On shifting to 40°C (non-permissive condition), the ER-like distribution pattern of VSVG-KDELR-YFP was registered. Representative confocal images of the distribution pattern of VSVG-KDELR at 40°C and its co-localization with PDI are shown (upper panel). Data are mean±s.d., n = 100 cells obtained from three independent experiments; **P0.01 (bottom panel). Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "c", ")", "UVRAG", "interaction", "with", "bothPtdIns", "(", "3", ")", "P", "and", "RINT", "-", "1", "is", "required", "for", "COPI", "-", "dependent", "retrograde", "transport", ",", "as", "shown", "by", "the", "redistribution", "of", "VSVG", "-", "KDELR", "from", "the", "Golgi", "to", "the", "ER", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "UVRAG", "shRNA", ".", "The", "UVRAG", "-", "depleted", "cells", "were", "then", "complemented", "with", "empty", "vector", ",", "Flag", "-", "UVRAG", ",", "UVRAGΔ270", "−", "442", ",", "UVRAGK78A", "/", "R82A", "or", "UVRAGΔC2", ",", "along", "with", "the", "transfection", "of", "VSVG", "-", "KDELR", "-", "YFP", ".", "The", "ER", "pattern", "for", "the", "chimaeric", "KDELR", "was", "quantified", "(", "left", "panel", ")", ".", "Data", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", " ", "=", " ", "200", "cells", "obtained", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "*", "P0", ".", "05", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ".", "Endogenous", "and", "reconstituted", "UVRAG", "expression", "was", "confirmed", "by", "immunoblotting", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) UVRAG interaction with bothPtdIns(3)P and RINT-1 is required for COPI-dependent retrograde transport, as shown by the redistribution of VSVG-KDELR from the Golgi to the ER. HeLa cells were transfected with control shRNA or UVRAG shRNA. The UVRAG-depleted cells were then complemented with empty vector, Flag-UVRAG, UVRAGΔ270−442, UVRAGK78A/R82A or UVRAGΔC2, along with the transfection of VSVG-KDELR-YFP. The ER pattern for the chimaeric KDELR was quantified (left panel). Data are the mean±s.d.; n = 200 cells obtained from three independent experiments; *P0.05; **P0.01. Endogenous and reconstituted UVRAG expression was confirmed by immunoblotting (right panel)."}
{"words": ["(", "d", ")", "PtdIns", "(", "3", ")", "Pdepletion", "inhibits", "Golgi", "-", "to", "-", "ER", "retrograde", "transport", "of", "VSVG", "-", "KDELR", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", ",", "wild", "-", "type", "MTMR3", ",", "the", "C413S", "mutant", "of", "MTMR3", ",", "or", "treated", "with", "wortmannin", "or", "rapamycin", ",", "and", "then", "the", "ER", "pattern", "of", "VSVG", "-", "KDELR", "was", "quantified", ".", "UT", ",", "untreated", ".", "Data", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "100", "cells", "for", "each", "group", "obtained", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) PtdIns(3)Pdepletion inhibits Golgi-to-ER retrograde transport of VSVG-KDELR. HeLa cells were transfected with empty vector, wild-type MTMR3, the C413S mutant of MTMR3, or treated with wortmannin or rapamycin, and then the ER pattern of VSVG-KDELR was quantified. UT, untreated. Data are the mean±s.d.; n = 100 cells for each group obtained from three independent experiments; **P0.01."}
{"words": ["e", ")", "Interaction", "between", "endogenous", "UVRAG", "and", "the", "ER", "tethering", "complex", "under", "wortmannin", "treatment", ".", "WCLs", "of", "HEK293T", "cells", "treated", "with", "wortmannin", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "UVRAG", "or", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "antibody", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "input", "panel", "shows", "endogenous", "protein", "expression", ".", "See", "Supplementary", "Fig", ".", "S9", "for", "uncropped", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e) Interaction between endogenous UVRAG and the ER tethering complex under wortmannin treatment. WCLs of HEK293T cells treated with wortmannin were used for immunoprecipitation with anti-UVRAG or anti-RINT-1 antibody, followed by immunoblotting with the indicated antibodies. The input panel shows endogenous protein expression. See Supplementary Fig. S9 for uncropped data."}
{"words": ["(", "a", ")", "Golgi", "morphology", "on", "UVRAG", "depletion", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "UVRAG", "-", "specific", "shRNA", "for", "72", "h", "and", "subjected", "to", "electron", "microscopy", "analysis", "(", "left", "panel", ")", ".", "When", "compared", "with", "control", "cells", "(", "left", ")", ",", "the", "Golgi", "structure", "was", "swollen", "and", "fragmented", "in", "cells", "lacking", "UVRAG", ".", "The", "level", "of", "Golgi", "fragmentation", "was", "quantified", "(", "right", "panel", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "50", "cells", "obtained", "by", "gathering", "data", "from", "two", "independent", "experiments", ";", "*", "P0", ".", "05", ".", "Scale", "bars", ",", "500", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Golgi morphology on UVRAG depletion. HeLa cells were transfected with control or UVRAG-specific shRNA for 72 h and subjected to electron microscopy analysis (left panel). When compared with control cells (left), the Golgi structure was swollen and fragmented in cells lacking UVRAG. The level of Golgi fragmentation was quantified (right panel). Data represent mean±s.d.; n = 50 cells obtained by gathering data from two independent experiments; *P0.05. Scale bars, 500 nm."}
{"words": ["(", "b", ")", "Depletion", "of", "UVRAG", "leads", "to", "cis", "-", "Golgi", "dispersion", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "UVRAG", "-", "specific", "shRNA", "expressing", "GFP", "as", "an", "expression", "marker", "and", "then", "stained", "for", "GM130", "(", "left", "panel", ";", "red", ";", "highlighted", "by", "arrows", ")", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "The", "dispersed", "distribution", "of", "GM130", "in", "shRNA", "-", "transfected", "cells", "was", "quantified", "(", "middle", "panel", ")", ".", "Data", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "500", "cells", "obtained", "from", "five", "independent", "experiments", ".", "The", "expression", "of", "UVRAG", "and", "GM130", "in", "treated", "cells", "is", "also", "shown", "(", "right", "panel", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Depletion of UVRAG leads to cis-Golgi dispersion. HeLa cells were transfected with control shRNA or UVRAG-specific shRNA expressing GFP as an expression marker and then stained for GM130 (left panel; red; highlighted by arrows). Nuclei were stained with DAPI (blue). The dispersed distribution of GM130 in shRNA-transfected cells was quantified (middle panel). Data are the mean±s.d.; n = 500 cells obtained from five independent experiments. The expression of UVRAG and GM130 in treated cells is also shown (right panel). Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "c", ")", "The", "effect", "of", "UVRAG", "on", "membrane", "trafficking", "from", "the", "ER", "to", "the", "Golgi", ".", "HeLa", "cells", "serially", "transfected", "with", "UVRAG", "shRNA", "RINT", "-", "1", "shRNA", "or", "control", "shRNA", ",", "then", "with", "VSVG", "-", "GFP", "expression", "vector", ",", "were", "incubated", "at", "40", "°", "C", "(", "non", "-", "permissive", "condition", ")", "overnight", ".", "The", "cells", "were", "then", "shifted", "to", "32", "°", "C", "(", "permissive", "condition", ")", "for", "30", "min", "to", "allow", "cargo", "transit", "from", "the", "ER", "to", "the", "Golgi", ".", "Before", "and", "after", "the", "temperature", "shift", ",", "the", "cells", "were", "fixed", "and", "labelled", "with", "anti", "-", "PDI", "and", "anti", "-", "GM130", "antibodies", "to", "define", "the", "ER", "and", "Golgi", "region", ",", "respectively", ".", "Representative", "confocal", "microscopy", "images", "of", "the", "distribution", "pattern", "of", "the", "retrograde", "cargo", "at", "40", "°", "C", "and", "32", "°", "C", "are", "shown", "(", "left", "panel", ")", ".", "The", "Golgi", "-", "like", "distribution", "pattern", "of", "VSVG", "-", "GFP", "was", "registered", "(", "right", "panel", ")", ".", "Data", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "100", "cells", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) The effect of UVRAG on membrane trafficking from the ER to the Golgi. HeLa cells serially transfected with UVRAG shRNA RINT-1 shRNA or control shRNA, then with VSVG-GFP expression vector, were incubated at 40°C (non-permissive condition) overnight. The cells were then shifted to 32°C (permissive condition) for 30 min to allow cargo transit from the ER to the Golgi. Before and after the temperature shift, the cells were fixed and labelled with anti-PDI and anti-GM130 antibodies to define the ER and Golgi region, respectively. Representative confocal microscopy images of the distribution pattern of the retrograde cargo at 40°C and 32°C are shown (left panel). The Golgi-like distribution pattern of VSVG-GFP was registered (right panel). Data are mean±s.d.; n = 100 cells from three independent experiments; **P0.01. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["(", "d", ",", "e", ")", "UVRAG", "interaction", "with", "PtdIns", "(", "3", ")", "P", "and", "RINT", "-", "1", "is", "required", "or", "Golgi", "integrity", ".", "(", "d", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "shRNA", "(", "first", "row", ")", "or", "UVRAG", "shRNA", "(", "second", "to", "sixth", "rows", ")", ".", "The", "UVRAG", "-", "depleted", "cells", ",", "as", "indicated", "by", "Flag", "expression", ",", "were", "then", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "second", "row", ")", ",", "UVRAGK78A", "/", "R82A", "-", "UVRAG", "(", "third", "row", ")", ",", "UVRAGΔ270", "−", "442mutant", "(", "fourth", "row", ")", ",", "UVRAGK78A", "/", "R82A", "mutant", "(", "fifth", "row", ")", ",", "or", "UVRAGΔCCD", "mutant", "(", "sixth", "row", ")", ",", "followed", "by", "confocal", "microscopy", "using", "anti", "-", "GM130", "(", "red", ")", "for", "cis", "-", "Golgi", "staining", ",", "anti", "-", "Flag", "(", "purple", ")", "for", "the", "ectopically", "expressed", "UVRAG", "protein", "expression", ",", "and", "UVRAG", "for", "nuclei", "(", "blue", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "shRNA", "-", "transfected", "cells", "and", "arrows", "denote", "the", "cells", "reconstituted", "with", "GM130", "(", "wild", "-", "type", "or", "mutant", ")", "expression", ".", "(", "e", ")", "The", "dispersed", "distribution", "of", "GM130", "was", "quantified", ",", "and", "data", "represent", "the", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", "=", "200", "cells", "from", "four", "independent", "experiments", ";", "*", "P0", ".", "05", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d,e) UVRAG interaction with PtdIns(3)P and RINT-1 is required or Golgi integrity. (d) HeLa cells were transfected with control shRNA (first row) or UVRAG shRNA (second to sixth rows). The UVRAG-depleted cells, as indicated by Flag expression, were then transfected with empty vector (second row), UVRAGK78A/R82A-UVRAG (third row), UVRAGΔ270−442mutant (fourth row), UVRAGK78A/R82A mutant (fifth row), or UVRAGΔCCD mutant (sixth row), followed by confocal microscopy using anti-GM130 (red) for cis-Golgi staining, anti-Flag (purple) for the ectopically expressed UVRAG protein expression, and UVRAG for nuclei (blue). Asterisks indicate shRNA-transfected cells and arrows denote the cells reconstituted with GM130 (wild-type or mutant) expression. (e) The dispersed distribution of GM130 was quantified, and data represent the mean±s.d.; n = 200 cells from four independent experiments; *P0.05; **P0.01."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", "Differential", "interaction", "of", "UVRAG", "with", "the", "RINT", "-", "1", "-", "ZW10", "-", "NAG", "tethering", "complex", "and", "the", "beclin", "-", "1", "-", "Bif", "-", "1", "-", "PI", "(", "3", ")", "KC3", "autophagy", "complex", "after", "treatment", "with", "rapamycin", "(", "a", ")", "and", "HBSS", "(", "b", ")", ".", "Cells", "(", "HEK293T", ")", "treated", "with", "rapamycin", "(", "50", " ", "nM", ")", "in", "a", "or", "with", "HBSS", "in", "b", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "UVRAG", "(", "first", "panel", ")", ",", "anti", "-", "RINT", "-", "1", "(", "second", "panel", ")", "or", "anti", "-", "PI", "(", "3", ")", "KC3", "(", "third", "panel", ")", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Input", "(", "10", "%", ")", "shows", "endogenous", "protein", "expression", ".", "See", "Supplementary", "Fig", ".", "S9", "for", "uncropped", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a,b) Differential interaction of UVRAG with the RINT-1-ZW10-NAG tethering complex and the beclin-1-Bif-1-PI(3)KC3 autophagy complex after treatment with rapamycin (a) and HBSS (b). Cells (HEK293T) treated with rapamycin (50 nM) in a or with HBSS in b were subjected to immunoprecipitation with anti-UVRAG (first panel), anti-RINT-1 (second panel) or anti-PI(3)KC3 (third panel), followed by immunoblotting with the indicated antibodies. Input (10%) shows endogenous protein expression. See Supplementary Fig. S9 for uncropped data."}
{"words": ["(", "c", ")", "Gel", "filtration", "analysis", "of", "UVRAG", "complex", "formation", "under", "normal", "conditions", "(", "untreated", ",", "UT", ")", "and", "after", "rapamycin", "-", "induced", "autophagy", "(", "50", " ", "nM", ")", ".", "Affinity", "-", "purified", "UVRAG", "complexes", "from", "HCT116", "cells", "stably", "expressing", "Flag", "-", "UVRAG", "were", "fractionated", "by", "Superose", "-", "6", "gel", "filtration", "column", "and", "the", "eluates", "were", "analysed", "by", "western", "blotting", "for", "UVRAG", ",", "RINT", "-", "1", ",", "ZW10", ",", "beclin", "1", ",", "PI", "(", "3", ")", "KC3", "and", "Bif", "-", "1", "proteins", ".", "Whole", "-", "cell", "lysates", "(", "2", ".", "5", "%", ")", "were", "used", "as", "the", "input", "(", "lane", "-", "1", ")", ".", "The", "elution", "profile", "of", "each", "protein", "was", "quantified", "by", "densitometry", "analysis", "and", "normalized", ".", "Relative", "densitometry", "units", "were", "plotted", "against", "fraction", "number", ".", "Black", "arrows", "indicate", "the", "positions", "of", "the", "molecular", "weight", "size", "markers", ".", "Red", "arrows", "indicate", "the", "peak", "shift", "of", "the", "UVRAG", "eluates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(c) Gel filtration analysis of UVRAG complex formation under normal conditions (untreated, UT) and after rapamycin-induced autophagy (50 nM). Affinity-purified UVRAG complexes from HCT116 cells stably expressing Flag-UVRAG were fractionated by Superose-6 gel filtration column and the eluates were analysed by western blotting for UVRAG, RINT-1, ZW10, beclin 1, PI(3)KC3 and Bif-1 proteins. Whole-cell lysates (2.5%) were used as the input (lane-1). The elution profile of each protein was quantified by densitometry analysis and normalized. Relative densitometry units were plotted against fraction number. Black arrows indicate the positions of the molecular weight size markers. Red arrows indicate the peak shift of the UVRAG eluates."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", "UVRAG", "interaction", "with", "beclin", "1", "and", "PtdIns", "(", "3", ")", "P", ",", "but", "not", "with", "RINT", "-", "1", ",", "is", "required", "for", "autophagy", "-", "induced", "Atg9", "dispersal", ".", "(", "a", ")", "HeLa", "cells", "were", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "(", "first", "row", ")", "or", "UVRAG", "shRNA", "(", "second", "-", "sixth", "rows", ")", ".", "The", "UVRAG", "-", "depleted", "cells", "were", "then", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "second", "row", ")", ",", "Flag", "-", "UVRAG", "(", "third", "row", ")", ",", "UVRAGΔ270", "−", "442", "mutant", "(", "fourth", "row", ")", ",", "UVRAGK78A", "/", "R82A", "mutant", "(", "fifth", "row", ")", "or", "UVRAGΔCCD", "mutant", "(", "sixth", "row", ")", ",", "and", "incubated", "in", "complete", "medium", "(", "untreated", ",", "UT", ",", "first", "panel", ")", ",", "starvation", "medium", "(", "HBSS", "2", " ", "h", ",", "third", "panel", ")", ",", "or", "treated", "with", "rapamycin", "(", "50", " ", "nM", "2", " ", "h", ",", "second", "panel", ")", "or", "SMER28", "(", "50", " ", "μM", ",", "2", " ", "h", ",", "fourth", "panel", ")", ".", "The", "distribution", "pattern", "of", "endogenous", "Atg9", "(", "green", ")", "in", "the", "UVRAG", "(", "wild", "-", "type", "or", "mutant", ")", "-", "transduced", "cells", "(", "red", ")", "was", "analysed", "by", "confocal", "microscopy", "(", "a", ")", ".", "Asterisks", "denote", "condensed", "(", "non", "-", "dispersed", ")", "Atg9", "in", "UVRAG", "-", "depleted", "HeLa", "cells", "and", "arrows", "denote", "the", "cells", "complemented", "with", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "UVRAG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(a-c) UVRAG interaction with beclin 1 and PtdIns(3)P, but not with RINT-1, is required for autophagy-induced Atg9 dispersal. (a) HeLa cells were stably transfected with control shRNA (first row) or UVRAG shRNA (second-sixth rows). The UVRAG-depleted cells were then transfected with empty vector (second row), Flag-UVRAG (third row), UVRAGΔ270−442 mutant (fourth row), UVRAGK78A/R82A mutant (fifth row) or UVRAGΔCCD mutant (sixth row), and incubated in complete medium (untreated, UT, first panel), starvation medium (HBSS 2 h, third panel), or treated with rapamycin (50 nM 2 h, second panel) or SMER28 (50 μM, 2 h, fourth panel). The distribution pattern of endogenous Atg9 (green) in the UVRAG (wild-type or mutant)-transduced cells (red) was analysed by confocal microscopy (a). Asterisks denote condensed (non-dispersed) Atg9 in UVRAG-depleted HeLa cells and arrows denote the cells complemented with wild-type or mutant UVRAG."}
{"words": ["(", "b", ",", "c", ")", "The", "percentage", "of", "cells", "with", "Atg9", "translocation", "was", "quantied", "(", "c", ")", "and", "the", "expression", "of", "UVRAG", "and", "actin", "was", "determined", "by", "immunoblotting", "(", "b", ")", ".", "Data", "represent", "the", "means", ":", "d", ":", ";", "n", "D300", "cells", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "NS", ",", "not", "signicant", ";", "P", "<", "0", ":", "01", ";", "P", "<", "0", ":", "001", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b,c) The percentage of cells with Atg9 translocation was quantied (c) and the expression of UVRAG and actin was determined by immunoblotting (b). Data represent the means:d:; n D300 cells from three independent experiments; NS, not signicant; P <0:01; P <0:001. Scale bars, 10 m."}
{"words": ["(", "b", ",", "c", ")", "The", "percentage", "of", "cells", "with", "Atg9", "translocation", "was", "quantied", "(", "c", ")", "and", "the", "expression", "of", "UVRAG", "and", "actin", "was", "determined", "by", "immunoblotting", "(", "b", ")", ".", "Data", "represent", "the", "means", ":", "d", ":", ";", "n", "D300", "cells", "from", "three", "independent", "experiments", ";", "NS", ",", "not", "signicant", ";", "P", "<", "0", ":", "01", ";", "P", "<", "0", ":", "001", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b,c) The percentage of cells with Atg9 translocation was quantied (c) and the expression of UVRAG and actin was determined by immunoblotting (b). Data represent the means:d:; n D300 cells from three independent experiments; NS, not signicant; P <0:01; P <0:001. Scale bars, 10 m."}
{"words": ["(", "d", ")", "Effect", "of", "knockdown", "of", "UVRAG", ",", "beclin", "1", "andRINT", "-", "1", "on", "the", "translocation", "of", "Atg9", "to", "the", "LC3", "-", "labelled", "autophagsomes", "during", "autophagy", ".", "Control", "-", ",", "UVRAG", "-", ",", "BECN1", "-", "or", "RINT", "-", "1", "-", "knockdown", "HeLa", "cells", "were", "incubated", "in", "complete", "medium", "(", "normal", "condition", ")", ",", "starvation", "medium", "(", "HBSS", ",", "2", " ", "h", ")", ",", "or", "treated", "with", "rapamycin", "(", "100", " ", "nM", ",", "2", " ", "h", ")", "or", "SMER28", "(", "50", " ", "μM", ",", "2", " ", "h", ")", ".", "The", "cells", "were", "then", "stained", "for", "endogenous", "Atg9", "(", "green", ")", "and", "LC3", "(", "red", ")", "followed", "by", "confocal", "microscopy", "analysis", "(", "top", "and", "bottom", "left", "panels", ")", ".", "The", "percentage", "of", "Atg9", "vesicles", "co", "-", "localized", "with", "LC3", "+", "-", "autophagic", "puncta", "was", "quantified", "(", "bottom", "middle", "panel", ")", ".", "Endogenous", "UVRAG", ",", "beclin", "1", "and", "RINT", "-", "1", "protein", "expression", "are", "shown", "(", "bottom", "right", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "n", " ", "=", " ", "200", "cells", "obtained", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "NS", ",", "not", "significant", ";", "*", "P0", ".", "05", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ".", "Scale", "bars", ",", "10", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Effect of knockdown of UVRAG, beclin 1 andRINT-1 on the translocation of Atg9 to the LC3-labelled autophagsomes during autophagy. Control-, UVRAG-, BECN1- or RINT-1-knockdown HeLa cells were incubated in complete medium (normal condition), starvation medium (HBSS, 2 h), or treated with rapamycin (100 nM, 2 h) or SMER28 (50 μM, 2 h). The cells were then stained for endogenous Atg9 (green) and LC3 (red) followed by confocal microscopy analysis (top and bottom left panels). The percentage of Atg9 vesicles co-localized with LC3+-autophagic puncta was quantified (bottom middle panel). Endogenous UVRAG, beclin 1 and RINT-1 protein expression are shown (bottom right). Data represent mean±s.d.; n = 200 cells obtained from three independent experiments. NS, not significant; *P0.05; **P0.01; ***P0.001. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["A", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "the", "α", "-", "AR", "antagonists", "prazosin", ",", "ARC", "239", ",", "doxazosin", ",", "BMY", "7378", ",", "and", "terazosin", ".", "GICs", "were", "treated", "with", "the", "antagonists", "or", "corresponding", "vehicles", "for", "72", "h", ",", "and", "viability", "was", "assayed", "using", "WST", "-", "1", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Viability analysis of GICs treated with the α-AR antagonists prazosin, ARC 239, doxazosin, BMY 7378, and terazosin. GICs were treated with the antagonists or corresponding vehicles for 72 h, and viability was assayed using WST-1. *P<0.05, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "GIC", "survival", "using", "trypan", "blue", "exclusion", "after", "24", "h", "and", "72", "h", "of", "treatment", "with", "prazosin", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of GIC survival using trypan blue exclusion after 24 h and 72 h of treatment with prazosin. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["C", ".", "Viability", "analysis", "of", "patient", "-", "derived", "GICs", "(", "TG1", ",", "TG16", ",", "GBM5", ",", "GBM44", ")", "and", "NSCs", "(", "NSC24", ",", "NSC25", ",", "NSC5031", ",", "NSC8853", ")", "treated", "with", "prazosin", "for", "72", "h", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Viability analysis of patient-derived GICs (TG1, TG16, GBM5, GBM44) and NSCs (NSC24, NSC25, NSC5031, NSC8853) treated with prazosin for 72 h. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["D", ".", "Analysis", "of", "the", "sphere", "-", "forming", "capabilities", "of", "GICs", "using", "the", "extreme", "limiting", "dilution", "assay", ".", "Cells", "were", "seeded", "in", "presence", "of", "vehicle", "or", "30", "µM", "prazosin", "(", "PRZ", ")", ".", "Sphere", "formation", "was", "scored", "10", "days", "post", "-", "seeding", ".", "Frequency", "of", "sphere", "-", "forming", "cells", ":", "Control", "=", "1", "/", "3", ".", "88", "(", "lower", "8", ".", "61", ",", "upper", "1", ".", "95", ")", ";", "prazosin", "1", "/", "248", "(", "lower", "1003", ",", "upper", "62", ")", ",", "n", "=", "12", ",", "p", "=", "1", ".", "13", "10", "-", "10", ".", "Overall", "test", "for", "difference", "in", "stem", "cell", "number", "between", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Analysis of the sphere-forming capabilities of GICs using the extreme limiting dilution assay. Cells were seeded in presence of vehicle or 30 µM prazosin (PRZ). Sphere formation was scored 10 days post-seeding. Frequency of sphere-forming cells: Control=1/3.88 (lower 8.61, upper 1.95); prazosin 1/248 (lower 1003, upper 62), n=12, p= 1.13 10-10. Overall test for difference in stem cell number between groups."}
{"words": ["E", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "after", "sorting", "cells", "according", "to", "their", "expression", "of", "EGFR", ",", "and", "the", "neural", "stem", "cell", "markers", "CD15", "and", "CD133", ".", "Prazosin", "inhibits", "cell", "viability", "regardless", "of", "CD133", "or", "CD15", "expression", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Viability analysis of GICs treated with prazosin after sorting cells according to their expression of EGFR, and the neural stem cell markers CD15 and CD133. Prazosin inhibits cell viability regardless of CD133 or CD15 expression. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["F", ".", "Imunocytochemical", "staining", "of", "NSCs", "and", "GICs", "cultured", "in", "media", "favoring", "neuronal", "(", "ß3", "-", "tubulin", ")", ",", "astroglial", "(", "GFAP", ")", "or", "oligodendroglial", "(", "O4", ")", "differentiation", "(", "Diff", "media", ")", ".", "ß3", "-", "tub", ":", "ß3", "-", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "F. Imunocytochemical staining of NSCs and GICs cultured in media favoring neuronal (ß3-tubulin), astroglial (GFAP) or oligodendroglial (O4) differentiation (Diff media). ß3-tub: ß3-tubulin."}
{"words": ["G", ".", "Viability", "analysis", "of", "differentiated", "NSCs", "and", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "72", "h", ".", "Diff", ":", "differentiation", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Viability analysis of differentiated NSCs and GICs treated with prazosin for 72 h. Diff: differentiation. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "In", "vivo", "effect", "of", "prazosin", "treatment", "(", "1", ".", "5mg", "/", "Kg", ")", "on", "glioblastoma", "growth", ".", "Tumors", "were", "initiated", "with", "GBM44", "GICs", "(", "B", ")", "or", "GMB5", "GICs", "(", "C", ")", ".", "Left", "panels", ":", "Bioluminescent", "in", "vivo", "images", "of", "tumors", "in", "mice", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", "for", "45", "days", ".", "Middle", "panels", ":", "Quantification", "of", "the", "bioluminescent", "signals", ".", "Fold", "change", "in", "total", "flux", "represents", "the", "ratio", ":", "total", "flux", "after", "treatment", "/", "total", "flux", "before", "treatment", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", "and", "*", "P", "=", "0", ".", "003", "for", "GBM44", "and", "GBM5", "respectively", ",", "n", "=", "8", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Right", "panels", ":", "Kaplan", "-", "Meyer", "survival", "curves", "of", "mice", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", "demonstrating", "a", "significant", "survival", "benefit", "of", "prazosin", "as", "compared", "to", "vehicle", ",", "log", "-", "rank", "Mantel", "-", "Cox", "test", ".", "The", "treatment", "period", "is", "shaded", "in", "gray", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. In vivo effect of prazosin treatment (1.5mg/Kg) on glioblastoma growth. Tumors were initiated with GBM44 GICs (B) or GMB5 GICs (C). Left panels: Bioluminescent in vivo images of tumors in mice treated with prazosin (PRZ) or vehicle for 45 days. Middle panels: Quantification of the bioluminescent signals. Fold change in total flux represents the ratio: total flux after treatment/total flux before treatment. *P=0.0002 and *P=0.003 for GBM44 and GBM5 respectively, n=8, two-sided Mann-Whitney U-test. Right panels: Kaplan-Meyer survival curves of mice treated with prazosin (PRZ) or vehicle demonstrating a significant survival benefit of prazosin as compared to vehicle, log-rank Mantel-Cox test. The treatment period is shaded in gray."}
{"words": ["D", ".", "Example", "of", "hematoxilin", "/", "eosin", "staining", "of", "brain", "coronal", "sections", "from", "mice", "sacrificed", "after", "45", "days", "of", "treatment", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", ".", "i", ":", "tumor", "infiltration", ".", "n", ":", "tumor", "necrosis", ".", "Scale", "bar", "=", "2", "mm", ".", "GBM44", "GICs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Example of hematoxilin/eosin staining of brain coronal sections from mice sacrificed after 45 days of treatment with prazosin (PRZ) or vehicle. i: tumor infiltration. n: tumor necrosis. Scale bar = 2 mm. GBM44 GICs."}
{"words": ["E", ".", "Left", "panel", ":", "Representative", "flow", "cytometry", "plots", "depicting", "the", "percentage", "of", "CD133", "+", "glioblastoma", "cells", "(", "GFP", "+", ")", "isolated", "from", "mice", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", ".", "Tumors", "were", "initiated", "with", "GBM44", "GICs", ".", "Right", "panel", ":", "Quantification", "of", "flow", "cytometry", "analyses", "of", "CD133", "expression", "by", "GFP", "+", "-", "tumor", "cells", "isolated", "from", "xenografts", "of", "three", "prazosin", "-", "treated", "(", "PRZ", ")", "mice", "and", "three", "vehicle", "-", "treated", "mice", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0003", ",", "n", "=", "6", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Left panel: Representative flow cytometry plots depicting the percentage of CD133+ glioblastoma cells (GFP+) isolated from mice treated with prazosin (PRZ) or vehicle. Tumors were initiated with GBM44 GICs. Right panel: Quantification of flow cytometry analyses of CD133 expression by GFP+-tumor cells isolated from xenografts of three prazosin-treated (PRZ) mice and three vehicle-treated mice. *P=0.0003, n=6, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["F", ".", "Secondary", "grafting", "of", "tumor", "cells", "(", "GBM44", "-", "GFP", "+", ")", "isolated", "from", "vehicle", "or", "prazosin", "-", "treated", "mice", "bearing", "primary", "tumors", ".", "Mice", "injected", "with", "glioblastoma", "cells", "isolated", "from", "prazosin", "-", "treated", "mice", "developed", "tumors", "at", "a", "lower", "frequency", "(", "50", "%", "versus", "100", "%", ")", ".", "Moreover", ",", "mice", "injected", "with", "glioblastoma", "cells", "isolated", "from", "prazosin", "-", "treated", "mice", "presented", "a", "statistically", "significant", "survival", "benefit", ".", "Left", "Panel", ":", "Bioluminescent", "in", "vivo", "images", "of", "secondary", "grafts", ".", "Middle", "panel", ":", "Quantification", "of", "the", "bioluminescent", "signals", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0004", ",", "n", "=", "8", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Right", "panel", ":", "Kaplan", "-", "Meyer", "survival", "curves", "of", "mice", "bearing", "secondary", "graft", "from", "glioblastoma", "cells", "isolated", "from", "vehicle", "-", "and", "prazosin", "-", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Secondary grafting of tumor cells (GBM44-GFP+) isolated from vehicle or prazosin-treated mice bearing primary tumors. Mice injected with glioblastoma cells isolated from prazosin-treated mice developed tumors at a lower frequency (50% versus 100%). Moreover, mice injected with glioblastoma cells isolated from prazosin-treated mice presented a statistically significant survival benefit. Left Panel: Bioluminescent in vivo images of secondary grafts. Middle panel: Quantification of the bioluminescent signals. *P=0.0004, n=8, two-sided Mann-Whitney U-test. Right panel: Kaplan-Meyer survival curves of mice bearing secondary graft from glioblastoma cells isolated from vehicle- and prazosin-treated mice."}
{"words": ["G", ".", "Inhibitory", "effect", "of", "low", "doses", "of", "prazosin", "(", "0", ".", "15", "mg", "/", "Kg", ")", "on", "glioblastoma", "growth", "in", "vivo", ".", "Left", "panel", ":", "Bioluminescent", "in", "vivo", "images", "of", "tumors", "in", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "for", "45", "days", ".", "Tumors", "were", "initiated", "with", "GBM44", "GICs", "(", "compare", "with", "panel", "B", ")", ".", "Middle", "panel", ":", "Quantification", "of", "the", "bioluminescent", "signals", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0007", ",", "n", "=", "8", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Right", "panel", ":", "Kaplan", "-", "Meyer", "survival", "curves", "of", "mice", "demonstrating", "a", "significant", "survival", "benefit", "of", "a", "treatment", "with", "low", "doses", "of", "prazosin", ",", "log", "-", "rank", "Mantel", "-", "Cox", "test", ".", "The", "treatment", "period", "is", "shaded", "in", "gray", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Inhibitory effect of low doses of prazosin (0.15 mg/Kg) on glioblastoma growth in vivo. Left panel: Bioluminescent in vivo images of tumors in mice treated with vehicle or prazosin (PRZ) for 45 days. Tumors were initiated with GBM44 GICs (compare with panel B). Middle panel: Quantification of the bioluminescent signals. *P=0.0007, n=8, two-sided Mann-Whitney U-test. Right panel: Kaplan-Meyer survival curves of mice demonstrating a significant survival benefit of a treatment with low doses of prazosin, log-rank Mantel-Cox test. The treatment period is shaded in gray."}
{"words": ["A", ".", "Viability", "analysis", "of", "GL261", "treated", "with", "prazosin", "in", "vitro", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Viability analysis of GL261 treated with prazosin in vitro. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["C", ".", "Prazosin", "inhibits", "in", "vivo", "tumorgrowth", "in", "an", "immunocompetent", "model", "of", "glioblastoma", ".", "Left", "panel", ":", "Bioluminescent", "in", "vivo", "images", "of", "tumors", "in", "C57", "/", "Bl6mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "for", "14", "days", ".", "Middle", "panel", ":", "Quantification", "of", "the", "bioluminescent", "signals", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", ",", "n", "=", "8", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ".", "Right", "panel", ":", "Kaplan", "-", "Meyer", "survival", "curves", "of", "mice", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", ".", "log", "-", "rank", "Mantel", "-", "Cox", "test", ".", "The", "treatment", "period", "is", "shaded", "in", "gray", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Prazosin inhibits in vivo tumorgrowth in an immunocompetent model of glioblastoma. Left panel: Bioluminescent in vivo images of tumors in C57/Bl6mice treated with vehicle or prazosin (PRZ) for 14 days.Middle panel: Quantification of the bioluminescent signals. *P=0.0002, n=8, two-sided Mann-Whitney U-test. Right panel: Kaplan-Meyer survival curves of mice treated with prazosin (PRZ) or vehicle. log-rank Mantel-Cox test. The treatment period is shaded in gray."}
{"words": ["D", ".", "Hematoxilin", "/", "eosin", "staining", "of", "C57", "/", "Bl6", "mice", "brain", "coronal", "sections", "sacrificed", "after", "14", "days", "of", "treatment", "with", "prazosin", ".", "Scale", "bar", "=", "2", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Hematoxilin/eosin staining of C57/Bl6 mice brain coronal sections sacrificed after 14 days of treatment with prazosin. Scale bar = 2 mm."}
{"words": ["E", ".", "Fluorescence", "imaging", "of", "GL261", "intra", "-", "striatal", "grafts", "at", "1", "and", "2", "h", "after", "an", "intra", "-", "peritoneal", "injection", "of", "BODIPY", "FL", "prazosin", ",", "the", "green", "-", "fluorescent", "derivative", "of", "prazosin", ".", "Scale", "bar", "=", "2", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Fluorescence imaging of GL261 intra-striatal grafts at 1 and 2 h after an intra-peritoneal injection of BODIPY FL prazosin, the green-fluorescent derivative of prazosin. Scale bar = 2 mm."}
{"words": ["A", ".", "Immunoblotting", "for", "pro", "-", "caspase", "-", "3", "(", "pro", "-", "CASP3", ")", "and", "active", "caspase", "-", "3", "(", "CASP3", ")", "in", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", "(", "V", ")", "demonstrating", "that", "prazosin", "activates", "caspase", "-", "3", ".", "ZVAD", ",", "a", "caspase", "inhibitor", ",", "prevents", "prazosin", "-", "induced", "caspase", "-", "3", "activation", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunoblotting for pro-caspase-3 (pro-CASP3) and active caspase-3 (CASP3) in GICs treated with prazosin (PRZ) or vehicle (V) demonstrating that prazosin activates caspase-3. ZVAD, a caspase inhibitor, prevents prazosin-induced caspase-3 activation. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["B", ".", "Immunoblotting", "for", "pro", "-", "caspase", "-", "9", "(", "pro", "-", "CASP9", ")", "and", "active", "caspase", "-", "9", "(", "CASP9", ")", "in", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "or", "vehicle", "(", "V", ")", "demonstrating", "that", "prazosin", "does", "not", "activate", "caspase", "-", "9", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "B. Immunoblotting for pro-caspase-9 (pro-CASP9) and active caspase-9 (CASP9) in GICs treated with prazosin (PRZ) or vehicle (V) demonstrating that prazosin does not activate caspase-9."}
{"words": ["C", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "24h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ZVAD", ",", "a", "caspase", "inhibitor", ".", "ZVAD", "counteracts", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Viability analysis of GICs treated with prazosin for 24h in the presence or absence of ZVAD, a caspase inhibitor. ZVAD counteracts prazosin-induced GIC death. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["D", ".", "Prazosin", "induces", "glioblastoma", "cell", "apoptosis", "in", "vivo", ".", "GFP", "+", "and", "GFP", "-", "cells", "were", "analyzed", "from", "tumors", "in", "vehicle", "or", "prazosin", "-", "treated", "mice", ".", "Annexin", "V", "/", "DAPI", "staining", "was", "used", "to", "identify", "apoptotic", "cells", "by", "FACS", ".", "Tumors", "were", "initiated", "by", "GBM44", "GICs", "implantation", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Prazosin induces glioblastoma cell apoptosis in vivo. GFP+ and GFP- cells were analyzed from tumors in vehicle or prazosin-treated mice. Annexin V / DAPI staining was used to identify apoptotic cells by FACS. Tumors were initiated by GBM44 GICs implantation."}
{"words": ["E", ".", "Dose", "-", "response", "curve", "of", "prazosin", "on", "GIC", "survival", "(", "24h", "treatment", ")", ".", "EC50", "was", "determined", "with", "curve", "fit", "using", "nonlinear", "regression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Dose-response curve of prazosin on GIC survival (24h treatment). EC50 was determined with curve fit using nonlinear regression."}
{"words": ["F", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "24h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "cirazoline", ",", "a", "subtype", "agonist", "of", "the", "α", "-", "ARs", ".", "Cirazoline", "did", "not", "alter", "GIC", "survival", "and", "counteracted", "only", "poorly", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Viability analysis of GICs treated with prazosin for 24h in the presence or absence of cirazoline, a subtype agonist of the α-ARs. Cirazoline did not alter GIC survival and counteracted only poorly prazosin-induced GIC death. *P<0.05, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["G", ".", "Membrane", "binding", "assays", "demonstrating", "the", "absence", "of", "prazosin", "binding", "sites", "in", "GIC", "membrane", "preparations", ".", "Positive", "control", "shows", "that", "prazosin", "binds", "to", "membrane", "preparations", "of", "yeast", "expressing", "1", "-", "AR", ".", "PRZ", ":", "prazosin", ".", "CRZ", ":", "cirazoline", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "G. Membrane binding assays demonstrating the absence of prazosin binding sites in GIC membrane preparations. Positive control shows that prazosin binds to membrane preparations of yeast expressing 1-AR. PRZ: prazosin. CRZ: cirazoline."}
{"words": ["H", ".", "Immunoblotting", "for", "phosphorylated", "ERK1", "/", "2", "(", "P", "-", "ERK1", "/", "2", ")", "and", "total", "ERK1", "/", "2", "following", "prazosin", "treatment", "for", "30", "min", ".", "Prazosin", "induces", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "in", "GICs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Immunoblotting for phosphorylated ERK1/2 (P-ERK1/2) and total ERK1/2 following prazosin treatment for 30 min. Prazosin induces ERK1/2 phosphorylation in GICs."}
{"words": ["I", ".", "SRE", "-", "luciferase", "reporter", "activity", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "in", "absence", "or", "presence", "of", "U0126", "(", "10", "μM", ")", ",", "an", "inhibitor", "of", "the", "ERK", "-", "activating", "kinase", "MEK", ".", "U0126", "prevented", "prazosin", "-", "induced", "SRE", "-", "luciferase", "activation", "in", "GICs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "I. SRE-luciferase reporter activity analysis of GICs treated with prazosin in absence or presence of U0126 (10 μM), an inhibitor of the ERK-activating kinase MEK. U0126 prevented prazosin-induced SRE-luciferase activation in GICs."}
{"words": ["J", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "24", "h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "U0126", "(", "10", "μM", ")", ",", "an", "inhibitor", "of", "the", "ERK", "-", "activating", "kinase", "MEK", ".", "U0126", "did", "not", "counteract", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "Blockade", "of", "prazosin", "-", "induced", "ERK1", "/", "2", "phosphorylation", "by", "U0126", "was", "confirmed", "by", "immunoblotting", "(", "insert", ")", ".", "PRZ", ":", "prazosin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "J. Viability analysis of GICs treated with prazosin for 24 h in the presence or absence of U0126 (10 μM), an inhibitor of the ERK-activating kinase MEK. U0126 did not counteract prazosin-induced GIC death. Blockade of prazosin-induced ERK1/2 phosphorylation by U0126 was confirmed by immunoblotting (insert). PRZ: prazosin."}
{"words": ["A", ".", "PKCδ", "expression", "analysis", "in", "two", "patient", "-", "derived", "GICs", "and", "NSCs", "by", "immunoblotting", ".", "GICs", "express", "higher", "levels", "of", "PKCδ", "than", "NSCs", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. PKCδ expression analysis in two patient-derived GICs and NSCs by immunoblotting. GICs express higher levels of PKCδ than NSCs. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["B", ".", "PKCδ", "by", "immunostaining", "(", "green", ")", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Enhanced", "PKCδ", "punctate", "nuclear", "expression", "in", "prazosin", "-", "treated", "(", "PRZ", ",", "5µM", ")", "GICs", ",", "as", "compared", "to", "vehicle", "-", "treated", "GICs", ".", "PRZ", ":", "prazosin", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. PKCδ by immunostaining (green). Nuclei were stained with DAPI (blue). Enhanced PKCδ punctate nuclear expression in prazosin-treated (PRZ, 5µM) GICs, as compared to vehicle-treated GICs. PRZ: prazosin. Scale bar: 10 µm."}
{"words": ["C", ".", "Total", "PKCδ", "(", "PKCδ", "78kDa", ")", "and", "cleaved", "PKCδ", "(", "PKCδ", "41kDa", ")", "expression", "analysis", "in", "GICs", "by", "immunoblotting", ".", "Prazosin", "(", "PRZ", ")", "induces", "PKCδ", "cleavage", "into", "a", "41kDa", "active", "fragment", ".", "2", "µM", "rottlerin", "(", "Rott", ")", ",", "a", "PKCδ", "inhibitor", ",", "inhibits", "prazosin", "-", "induced", "PKCδ", "cleavage", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Total PKCδ (PKCδ 78kDa) and cleaved PKCδ (PKCδ 41kDa) expression analysis in GICs by immunoblotting. Prazosin (PRZ) induces PKCδ cleavage into a 41kDa active fragment. 2 µM rottlerin (Rott), a PKCδ inhibitor, inhibits prazosin-induced PKCδ cleavage. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["D", ".", "Pro", "-", "caspase", "-", "3", "(", "Pro", "-", "CASP3", ")", "and", "activated", "caspase", "-", "3", "(", "CASP3", ")", "expression", "analysis", "in", "GICs", "by", "immunoblotting", ".", "2", "µM", "rottlerin", "(", "Rott", ")", "inhibits", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "-", "induced", "caspase", "-", "3", "activation", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Pro-caspase-3 (Pro-CASP3) and activated caspase-3 (CASP3) expression analysis in GICs by immunoblotting. 2 µM rottlerin (Rott) inhibits prazosin (PRZ)-induced caspase-3 activation. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["E", ".", "Inhibition", "of", "PKCδ", "by", "rottlerin", "prevents", ",", "in", "a", "concentration", "-", "dependent", "manner", ",", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "72", "h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "rottlerin", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0286", ",", "n", "=", "4", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Inhibition of PKCδ by rottlerin prevents, in a concentration-dependent manner, prazosin-induced GIC death. Viability analysis of GICs treated with prazosin for 72 h in the presence or absence of rottlerin. *P=0.0286, n=4, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["F", ".", "Inhibition", "of", "PKCδ", "by", "the", "specific", "anti", "-", "PKCδ", "RACK", "peptide", "δV1", ".", "1", "(", "10", "μM", ")", "counteracts", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "treated", "with", "prazosin", "for", "72", "h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "δV1", ".", "1", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "005", "for", "Prazosin", "1", "and", "5", "µM", "and", "P", "<", "0", ".", "001", "for", "Prazosin", "10", "µM", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Inhibition of PKCδ by the specific anti-PKCδ RACK peptide δV1.1 (10 μM) counteracts prazosin-induced GIC death. Viability analysis of GICs treated with prazosin for 72 h in the presence or absence of δV1.1. *P < 0.005 for Prazosin 1 and 5 µM and P<0.001 for Prazosin 10 µM by two-tailed unpaired Student's t-test, n=4."}
{"words": ["G", ".", "Decreased", "PKCδ", "expression", "using", "shRNA", "counteracts", "prazosin", "-", "induced", "GIC", "death", ".", "Viability", "analysis", "of", "GICs", "transduced", "with", "scrambled", "or", "PKCδ", "shRNA", "and", "treated", "with", "prazosin", "for", "72", "h", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "005", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Decreased PKCδ expression using shRNA counteracts prazosin-induced GIC death. Viability analysis of GICs transduced with scrambled or PKCδ shRNA and treated with prazosin for 72 h. *P < 0.005 by two-tailed unpaired Student's t-test, n=4."}
{"words": ["H", ".", "Prazosin", "inhibits", "AKT", "phosphorylation", "in", "GICs", ".", "LY294002", "(", "LY", ",", "30", "µM", ")", ",", "an", "inhibitor", "of", "the", "PI3K", "/", "AKT", "pathway", ",", "was", "used", "as", "positive", "control", ".", "Terazosin", ",", "which", "does", "not", "affect", "GIC", "viability", ",", "does", "not", "alter", "AKT", "phosphorylation", "(", "see", "the", "corresponding", "cell", "viability", "counting", "in", "Fig", "EV4C", ")", ".", "Phosphorylated", "AKT", "(", "P", "-", "AKT", ")", "and", "total", "AKT", "(", "AKT", ")", "expression", "analysis", "in", "GICs", "by", "immunoblotting", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Prazosin inhibits AKT phosphorylation in GICs. LY294002 (LY, 30 µM), an inhibitor of the PI3K/AKT pathway, was used as positive control. Terazosin, which does not affect GIC viability, does not alter AKT phosphorylation (see the corresponding cell viability counting in Fig EV4C). Phosphorylated AKT (P-AKT) and total AKT (AKT) expression analysis in GICs by immunoblotting. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["I", ".", "Prazosin", "(", "10", "µM", ")", "does", "not", "inhibit", "AKT", "phosphorylation", "in", "NSCs", ".", "Analysis", "by", "immunoblotting", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Prazosin (10 µM) does not inhibit AKT phosphorylation in NSCs. Analysis by immunoblotting. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["J", ".", "β", "-", "catenin", "expression", ",", "a", "downstream", "target", "of", "AKT", ",", "is", "decreased", "in", "prazosin", "-", "treated", "GICs", ",", "as", "opposed", "to", "NSCs", ".", "Analysis", "by", "immunoblotting", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. β-catenin expression, a downstream target of AKT, is decreased in prazosin-treated GICs, as opposed to NSCs. Analysis by immunoblotting. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["K", ".", "L", ".", "Inhibition", "of", "PKCδ", "using", "rottlerin", "(", "Rott", ",", "2", "µM", ")", "or", "δV1", ".", "1", "(", "10", "µM", ")", "counteracts", "prazosin", "inhibition", "of", "AKT", "phosphorylation", ".", "Analysis", "by", "immunoblotting", ".", "V", ":", "vehicle", ".", "kDa", ":", "kilodaltons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. L. Inhibition of PKCδ using rottlerin (Rott, 2 µM) or δV1.1 (10 µM) counteracts prazosin inhibition of AKT phosphorylation. Analysis by immunoblotting. V: vehicle. kDa: kilodaltons."}
{"words": ["B", ".", "Bioluminescent", "in", "vivo", "images", "of", "tumors", "in", "mice", "grafted", "with", "GICs", "expressing", "either", "scrambled", "or", "PKCδ", "shRNA", ".", "All", "mice", "were", "treated", "with", "prazosin", "(", "PRZ", ")", "for", "45", "days", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "the", "bioluminescent", "signals", "showing", "that", "decreased", "expression", "of", "PKC", "counteracts", "prazosin", "inhibition", "of", "tumor", "growth", ".", "Fold", "change", "in", "total", "flux", "represents", "the", "ratio", ":", "total", "flux", "after", "treatment", "/", "total", "flux", "prior", "treatment", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0007", ",", "n", "=", "8", ",", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Bioluminescent in vivo images of tumors in mice grafted with GICs expressing either scrambled or PKCδ shRNA. All mice were treated with prazosin (PRZ) for 45 days.C. Quantification of the bioluminescent signals showing that decreased expression of PKC counteracts prazosin inhibition of tumor growth. Fold change in total flux represents the ratio: total flux after treatment/total flux prior treatment. *P=0.0007, n=8, two-sided Mann-Whitney U-test."}
{"words": ["Heatmap", "of", "RNA", "-", "Seq", "analysis", "of", "differentially", "expressed", "lncRNAs", "(", "≥", "2", "-", "fold", "change", "and", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "mesenchymal", "(", "MES", ")", "1123", "and", "proneural", "(", "PN", ")", "528", "GSCs", ".", "GSCs", "were", "pre", "-", "cultured", "for", "16", "h", "in", "DMEM", "/", "F12", "medium", "with", "EGF", "(", "2", "ng", "/", "ml", ")", "and", "bFGF", "(", "2", "ng", "/", "ml", ")", "and", "then", "followed", "by", "co", "-", "culturing", "with", "or", "without", "20", "-", "μg", "/", "ml", "TGF", "-", "β1", "for", "3", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap of RNA-Seq analysis of differentially expressed lncRNAs (≥ 2-fold change and FDR< 0.05) in mesenchymal (MES) 1123 and proneural (PN) 528 GSCs. GSCs were pre-cultured for 16 h in DMEM/F12 medium with EGF (2 ng/ml) and bFGF (2 ng/ml) and then followed by co-culturing with or without 20-μg/ml TGF-β1 for 3 h."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "LINC00115", "expression", "in", "clinical", "GBM", "tumors", "and", "adjacent", "tissue", "using", "RNAscope", "analysis", ".", "Images", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of LINC00115 expression in clinical GBM tumors and adjacent tissue using RNAscope analysis. Images are representative of two independent experiments. Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "patients", "with", "high", "versus", "low", "LINC00115", "-", "expressing", "GBM", "tumors", "from", "B", ".", "Median", "survival", "(", "in", "months", ")", ":", "low", ",", "13", ".", "9", ";", "high", ",", "8", ".", "1", ".", "Black", "bars", ",", "censored", "data", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier analysis of patients with high versus low LINC00115-expressing GBM tumors from B. Median survival (in months): low, 13.9; high, 8.1. Black bars, censored data. Data information: , *, p < 0.05, by log-rank test."}
{"words": ["Expression", "levels", "of", "LINC00115", "are", "higher", "in", "LGG", "(", "low", "grade", "gliomas", ")", "versus", "normal", "brain", "tissues", "and", "GBM", "versus", "LGG", ".", "Expression", "data", "of", "LINC00115", "were", "downloaded", "from", "the", "REMBRANDT", "dataset", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression levels of LINC00115 are higher in LGG (low grade gliomas) versus normal brain tissues and GBM versus LGG. Expression data of LINC00115 were downloaded from the REMBRANDT dataset. Data are presented as mean ± SEM. **, p < 0.01, ***, p < 0.001, by two-tailed t test."}
{"words": ["E", "to", "G", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "patients", "with", "high", "versus", "low", "LINC00115", "-", "expressing", "Grade", "III", "and", "GBM", "tumors", "from", "the", "REMBRANDT", "(", "E", ")", "or", "the", "TCGA", "(", "G", ")", "26", "[", "]", ",", "and", "GBM", "from", "GSE83300", "50", "[", "]", "(", "F", ")", "datasets", ".", "Median", "survival", "(", "in", "months", ")", "in", "E", ":", "low", ",", "20", ".", "2", ";", "high", ",", "15", ".", "9", ";", "in", "F", ":", "low", ",", "19", ".", "4", ";", "high", ",", "13", ".", "0", ";", "in", "G", ":", "low", ",", "33", ".", "2", ";", "high", ",", "25", ".", "4", ".", "Black", "bars", ",", "censored", "data", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E to G. Kaplan-Meier analysis of patients with high versus low LINC00115-expressing Grade III and GBM tumors from the REMBRANDT (E) or the TCGA (G) 26[], and GBM from GSE83300 50[] (F) datasets. Median survival (in months) in E: low, 20.2; high, 15.9; in F: low, 19.4; high, 13.0; in G: low, 33.2; high, 25.4. Black bars, censored data. Data information: , *, p < 0.05, by log-rank test."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "LINC00115", "knockdown", "using", "two", "different", "shRNAs", ",", "shL115", "-", "1", "and", "shL115", "-", "2", "in", "1123", "and", "528", "GSCs", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR analysis of LINC00115 knockdown using two different shRNAs, shL115-1 and shL115-2 in 1123 and 528 GSCs. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, **, p < 0.01, by One-way ANOVA"}
{"words": ["Effects", "of", "LINC00115", "knockdown", "on", "GSC", "proliferation", "(", "B", ")", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "in", "B", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of LINC00115 knockdown on GSC proliferation (B) data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, by two-tailed t-test in B."}
{"words": ["C", ".", "Effects", "of", "LINC00115", "knockdown", "on", "neuro", "-", "like", "sphere", "formation", "(", "C", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "One", "-", "way", "ANOVA"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Effects of LINC00115 knockdown on neuro-like sphere formation (C). Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, **, p < 0.01, by One-way ANOVA in"}
{"words": ["D", ".", "Representative", "bioluminescence", "images", "of", "brains", "with", "indicated", "528", "GSC", "tumor", "xenografts", "expressing", "shC", ",", "shL115", "-", "1", ",", "or", "shL115", "-", "2", "at", "45", "days", "after", "implantation", ".", "Images", "represent", "results", "of", "5", "mice", "per", "group", "of", "2", "independent", "experiments", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "the", "bioluminescence", "activity", "in", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Representative bioluminescence images of brains with indicated 528 GSC tumor xenografts expressing shC, shL115-1, or shL115-2 at 45 days after implantation. Images represent results of 5 mice per group of 2 independent experiments. E. Quantification of the bioluminescence activity in D."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ")", "-", "stained", "images", "of", "mouse", "brain", "sections", "with", "GSC1123", "xenografts", "expressing", "shC", ",", "shL115", "-", "1", ",", "or", "shL115", "-", "2", ".", "Images", "represent", "results", "of", "five", "mice", "per", "group", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ":", "1", "mm", ".", "G", ".", "Quantification", "of", "tumor", "volume", "in", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative hematoxylin and eosin (H&E)-stained images of mouse brain sections with GSC1123 xenografts expressing shC, shL115-1, or shL115-2. Images represent results of five mice per group of two independent experiments. Scale bars: 1 mm. G. Quantification of tumor volume in F. "}
{"words": ["H", ".", "Immunofluorescence", "(", "IF", ")", "analysis", "of", "Nestin", "expression", "in", "1123", "GSC", "control", "and", "LINC00115", "knockdown", "xenograft", "tumors", "from", "F", ".", "Images", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Immunofluorescence (IF) analysis of Nestin expression in 1123 GSC control and LINC00115 knockdown xenograft tumors from F. Images are representative of two independent experiments. Scale bars: 50 μm."}
{"words": ["I", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "animal", "implantation", "with", "1123", "/", "shC", ",", "1123", "/", "shL115", "-", "1", "or", "1123", "/", "shL115", "-", "2", "GSCs", ".", "n", "=", "10", ".", "Data", "information", ":", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Kaplan-Meier analysis of animal implantation with 1123/shC, 1123/shL115-1 or 1123/shL115-2 GSCs. n = 10. Data information: **, p < 0.01, by log-rank test."}
{"words": ["B", "and", "C", ".", "MS2", "-", "RIP", "followed", "by", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "endogenous", "microRNAs", "association", "with", "LINC00115", ".", "12XMS2", "empty", "vector", ",", "LINC00115", "-", "12XMS2", ",", "or", "LINC00115", "-", "mut", "-", "12XMS2", "with", "Flag", "-", "tagged", "MS2", "were", "co", "-", "transfected", "into", "1123", "GSCs", ".", "Data", "information", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B and C. MS2-RIP followed by qRT-PCR analysis of endogenous microRNAs association with LINC00115. 12XMS2 empty vector, LINC00115-12XMS2, or LINC00115-mut- 12XMS2 with Flag-tagged MS2 were co-transfected into 1123 GSCs. Data information data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. , ***, p < 0.001, by two-tailed t-test."}
{"words": ["E", ".", "RNA", "pull", "-", "down", "and", "qRT", "-", "PCR", "assays", "of", "LINC00115", "binding", "with", "miR", "-", "200s", ".", "GSC1123", "cell", "lysates", "were", "incubated", "with", "biotin", "-", "labeled", "LINC00115", ".", "Data", "information", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. RNA pull-down and qRT-PCR assays of LINC00115 binding with miR-200s. GSC1123 cell lysates were incubated with biotin-labeled LINC00115. Data information data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. p < 0.05, **, p < 0.01, by One-way ANOVA."}
{"words": ["F", ".", "Luciferase", "activity", "analysis", "of", "1123", "GSCs", "co", "-", "transfected", "with", "miR", "-", "200s", "and", "luciferase", "reporters", "containing", "LINC00115", "WT", ",", "mutant", ",", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Luciferase activity analysis of 1123 GSCs co-transfected with miR-200s and luciferase reporters containing LINC00115 WT, mutant, or empty vector (EV). Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. p < 0.05, **, p < 0.01, by One-way ANOVA."}
{"words": ["A", "and", "B", ".", "Correlation", "of", "expression", "between", "LINC00115", "and", "ZEB1", "from", "TCGA", "GBM", "RNA", "-", "Seq", "dataset", "(", "A", ")", "and", "REMBRANDT", "GBM", "array", "dataset", "(", "B", ")", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B. Correlation of expression between LINC00115 and ZEB1 from TCGA GBM RNA-Seq dataset (A) and REMBRANDT GBM array dataset (B). ***, p < 0.001, by two-tailed t-test."}
{"words": ["C", ".", "LINC00115", "knockdown", "reduced", "ZEB1", "mRNA", "expression", "in", "1123", "and", "528", "GSCs", ".", "Data", "information", ":", ",", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. LINC00115 knockdown reduced ZEB1 mRNA expression in 1123 and 528 GSCs. Data information: , data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. **, p < 0.01, by One-way ANOVA"}
{"words": ["D", ".", "Effects", "of", "LINC00115", "knockdown", "on", "ZEB1", ",", "vimentin", ",", "and", "E", "-", "cadherin", "protein", "expression", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", "*", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Effects of LINC00115 knockdown on ZEB1, vimentin, and E-cadherin protein expression. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. **,"}
{"words": ["E", ".", "Effects", "of", "re", "-", "expression", "of", "shRNA", "-", "resistant", "LINC00115", "WT", "(", "L115", "-", "WT", ")", ",", "miR", "-", "200", "binding", "mutant", "(", "L115", "-", "mut", ")", "with", "or", "without", "miR", "-", "200b", "on", "ZEB1", "signaling", "activation", ".", "Data", "information", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Effects of re-expression of shRNA-resistant LINC00115 WT (L115-WT), miR-200 binding mutant (L115-mut) with or without miR-200b on ZEB1 signaling activation. Data information data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD."}
{"words": ["F", ".", "Neuro", "-", "like", "sphere", "formation", "assay", "of", "effects", "of", "re", "-", "expression", "of", "shRNA", "-", "resistant", "LINC00115", "WT", "and", "mutant", "with", "or", "without", "miR", "-", "200b", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "in", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Neuro-like sphere formation assay of effects of re-expression of shRNA-resistant LINC00115 WT and mutant with or without miR-200b. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. **, p < 0.01, by two-tailed t-test in F."}
{"words": ["G", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "animal", "implantation", "with", "1123", "GSCs", "with", "indicated", "modifications", ".", "n", "=", "10", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Kaplan-Meier analysis of animal implantation with 1123 GSCs with indicated modifications. n = 10. Statistical analysis was performed by log-rank test."}
{"words": ["H", "and", "I", ".", "GSEA", "of", "EMT", "signature", "genes", "using", "ranked", "gene", "expression", "changes", "in", "TGF", "-", "β1", "-", "treated", "1123", "/", "shLINC00115", "GSCs", "versus", "the", "control", "(", "H", ")", "or", "in", "1123", "GSCs", "with", "ectopic", "expression", "of", "LINC00115", "or", "an", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "(", "I", ")", ".", "NES", ",", "normalized", "enrichment", "score", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H and I. GSEA of EMT signature genes using ranked gene expression changes in TGF-β1-treated 1123/shLINC00115 GSCs versus the control (H) or in 1123 GSCs with ectopic expression of LINC00115 or an empty vector (EV) (I). NES, normalized enrichment score."}
{"words": ["LINC00115", "knockdown", "reduced", "ZNF596", "mRNA", "expression", ".", "Data", "information", ":", "In", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00115 knockdown reduced ZNF596 mRNA expression. Data information: In data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, by One-way ANOVA"}
{"words": ["LINC00115", "knockdown", "reduced", "ZNF596", "protein", "(", "D", ")", "expression", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00115 knockdown reduced ZNF596 protein (D) expression. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD."}
{"words": ["E", ".", "Effects", "of", "exogenous", "ZNF596", "expression", "on", "LINC00115", "knockdown", "-", "inhibited", "ZNF596", "protein", "expression", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Effects of exogenous ZNF596 expression on LINC00115 knockdown-inhibited ZNF596 protein expression. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD."}
{"words": ["F", ".", "ZNF596", "overexpression", "had", "no", "effect", "on", "LINC00115", "expression", ".", "Data", "information", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ZNF596 overexpression had no effect on LINC00115 expression. Data information data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, by One-way ANOVA"}
{"words": ["G", ".", "Expression", "of", "exogenous", "ZNF596", "rescued", "LINC00115", "knockdown", "-", "inhibited", "cell", "proliferation", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "in", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Expression of exogenous ZNF596 rescued LINC00115 knockdown-inhibited cell proliferation. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05 , by two-tailed t-test in G."}
{"words": ["H", ".", "Representative", "H", "&", "E", "staining", "images", "of", "mouse", "brain", "sections", "with", "1123", "/", "shC", "and", "1123", "/", "shL115", "GSC", "tumor", "xenografts", "with", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "or", "ectopic", "ZNF596", "expression", ".", "Images", "represent", "results", "of", "five", "mice", "per", "group", "of", "two", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ":", "1", "mm", ".", "I", ".", "Quantification", "of", "tumor", "size", "in", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Representative H&E staining images of mouse brain sections with 1123/shC and 1123/shL115 GSC tumor xenografts with empty vector (EV) or ectopic ZNF596 expression. Images represent results of five mice per group of two independent experiments. Scale bars: 1 mm. I. Quantification of tumor size in H. "}
{"words": ["J", "and", "K", ".", "Correlation", "of", "expression", "between", "LINC00115", "and", "ZEB1", "from", "TCGA", "GBM", "RNA", "-", "Seq", "dataset", "(", "J", ")", "and", "REMBRANDT", "GBM", "array", "dataset", "(", "K", ")", ".", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J and K. Correlation of expression between LINC00115 and ZEB1 from TCGA GBM RNA-Seq dataset (J) and REMBRANDT GBM array dataset (K). **, p < 0.01, by two-tailed t-test."}
{"words": ["Expression", "of", "shRNA", "-", "resistant", "LINC00115", "WT", "but", "not", "mutant", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "rescued", "LINC00115", "shRNA", "-", "inhibited", "ZNF596", "mRNA", "(", "A", ")", "expression", "in", "1123", "GSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of shRNA-resistant LINC00115 WT but not mutant or empty vector (EV) rescued LINC00115 shRNA-inhibited ZNF596 mRNA (A) expression in 1123 GSCs."}
{"words": ["Expression", "of", "shRNA", "-", "resistant", "LINC00115", "WT", "but", "not", "mutant", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "rescued", "LINC00115", "shRNA", "-", "inhibited", "ZNF596", "protein", "(", "B", ")", "expression", "in", "1123", "GSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of shRNA-resistant LINC00115 WT but not mutant or empty vector (EV) rescued LINC00115 shRNA-inhibited ZNF596 protein (B) expression in 1123 GSCs."}
{"words": ["D", ".", "MS2", "-", "RIP", "followed", "by", "qRT", "-", "PCR", "for", "endogenous", "microRNAs", "association", "with", "ZNF596", ".", "12XMS2", "empty", "vector", ",", "ZNF596", "-", "5", "'", "-", "UTR", "-", "WT", "-", "12XMS2", ",", "or", "ZNF596", "-", "5", "'", "-", "UTR", "-", "mut", "-", "12XMS2", "with", "Flag", "-", "tagged", "MS2", "were", "co", "-", "transfected", "into", "1123", "GSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. MS2-RIP followed by qRT-PCR for endogenous microRNAs association with ZNF596. 12XMS2 empty vector, ZNF596-5'-UTR-WT-12XMS2, or ZNF596-5'-UTR-mut -12XMS2 with Flag-tagged MS2 were co-transfected into 1123 GSCs."}
{"words": ["F", ".", "Luciferase", "activity", "in", "1123", "GSCs", "co", "-", "transfected", "with", "miR", "-", "200s", "and", "luciferase", "reporters", "containing", "ZNF596", "5", "'", "-", "UTR", "WT", ",", "mutant", ",", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Luciferase activity in 1123 GSCs co-transfected with miR-200s and luciferase reporters containing ZNF596 5'-UTR WT, mutant, or empty vector (EV)."}
{"words": ["GSEA", "of", "EZH2", "-", "targeted", "signature", "genes", "using", "ranked", "gene", "expression", "changes", "in", "1123", "GSCs", "with", "ZNF596", "sgRNA", "or", "a", "control", "sgRNA", ".", "NES", ",", "normalized", "enrichment", "score", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GSEA of EZH2-targeted signature genes using ranked gene expression changes in 1123 GSCs with ZNF596 sgRNA or a control sgRNA. NES, normalized enrichment score."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "effect", "of", "ZNF596", "knockout", "on", "EZH2", "expression", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR analysis of effect of ZNF596 knockout on EZH2 expression. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, **, p < 0.01, ***, p < 0.001, by One-way ANOVA"}
{"words": ["ZNF596", "knockout", "impaired", "EZH2", "expression", ",", "its", "downstream", "H3K27me3", ",", "and", "STAT3", "phosphorylation", "in", "1123", "and", "528", "GSCs", ".", "Data", "information", ",", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ZNF596 knockout impaired EZH2 expression, its downstream H3K27me3, and STAT3 phosphorylation in 1123 and 528 GSCs. Data information , data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD."}
{"words": ["LINC00115", "regulated", "ZNF596", "/", "EZH2", "/", "STAT3", "signaling", ".", "1123", "and", "528", "GSCs", "were", "treated", "with", "or", "without", "EZH2", "inhibitor", "GSK343", "(", "3", "μM", ")", "for", "6", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00115 regulated ZNF596/EZH2/STAT3 signaling. 1123 and 528 GSCs were treated with or without EZH2 inhibitor GSK343 (3 μM) for 6 Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD."}
{"words": ["LINC00115", "and", "ZNF596", "regulate", "EZH2", "promoter", "activity", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LINC00115 and ZNF596 regulate EZH2 promoter activity. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. , by two-tailed t-test"}
{"words": ["ChIP", "-", "qPCR", "analysis", "of", "ZNF596", "binding", "with", "the", "EZH2", "promoter", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "One", "-", "way"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIP-qPCR analysis of ZNF596 binding with the EZH2 promoter. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. *, p < 0.05, **, p < 0.01, ***, p < 0.001, by One-way ANOVA"}
{"words": ["EZH2", "inhibitor", "GSK343", "impaired", "ZNF596", "overexpression", "-", "reversed", "and", "LINC00115", "knockdown", "-", "inhibited", "neuro", "-", "like", "sphere", "formation", ".", "1123", "and", "528", "GSCs", "with", "an", "inducible", "ZNF596", "shRNA", "were", "treated", "with", "or", "without", "Dox", "(", "2", "μg", "/", "ml", ")", "and", "/", "or", "EZH2", "inhibitor", "GSK343", "(", "1", "μM", ")", "for", "7", "days", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", ",", "±", "SD", ".", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EZH2 inhibitor GSK343 impaired ZNF596 overexpression-reversed and LINC00115 knockdown-inhibited neuro-like sphere formation. 1123 and 528 GSCs with an inducible ZNF596 shRNA were treated with or without Dox (2 μg/ml) and/or EZH2 inhibitor GSK343 (1 μM) for 7 days. Data information: data are representative of three independent experiments. Error bars, ± SD. by two-tailed t-test"}
{"words": ["Growth", "kinetics", "of", "subcutaneous", "xenograft", "tumor", "with", "indicated", "genetic", "modifications", "after", "treatment", "with", "or", "without", "Dox", "and", "/", "or", "GSK343", ".", "Tumor", "-", "bearing", "mice", "(", "five", "mice", "per", "group", ")", "were", "fed", "with", "10", "%", "sucrose", "water", "with", "or", "without", "2", "mg", "/", "ml", "Dox", "and", "combined", "with", "treatment", "with", "or", "without", "GSK343", "(", "5", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "from", "Monday", "to", "Friday", "via", "intraperitoneal", "injection", ")", "for", "three", "weeks", "beginning", "five", "days", "post", "-", "xenograft", "transplantation", ".", "Data", "were", "from", "three", "independent", "experiments", "with", "five", "mice", "per", "group", ".", "Data", "information", ":", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "by", "two", "-", "tailed", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Growth kinetics of subcutaneous xenograft tumor with indicated genetic modifications after treatment with or without Dox and/or GSK343. Tumor-bearing mice (five mice per group) were fed with 10% sucrose water with or without 2 mg/ml Dox and combined with treatment with or without GSK343 (5 mg/kg body weight from Monday to Friday via intraperitoneal injection) for three weeks beginning five days post-xenograft transplantation. Data were from three independent experiments with five mice per group. Data information: *, p < 0.05, **, p < 0.01, ***, p < 0.001 , by two-tailed t-test"}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "animal", "implantation", "with", "GSC1123", "with", "indicated", "modifications", ".", "n", "=", "10", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier analysis of animal implantation with GSC1123 with indicated modifications. n = 10. Statistical analysis was performed by log-rank test."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "RNAscope", "for", "LINC00115", "and", "IHC", "for", "ZEB1", "and", "ZNF596", "expression", "in", "two", "GBM", "specimens", ",", "Sample", "#", "1", "(", "positive", ")", "and", "Sample", "#", "2", "(", "negative", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Images", "are", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of RNAscope for LINC00115 and IHC for ZEB1 and ZNF596 expression in two GBM specimens, Sample #1 (positive) and Sample #2 (negative). Scale bar, 50 μm. Images are representative of two independent experiments."}
{"words": ["Correlation", "of", "detected", "expression", "between", "ZEB1", "or", "ZNF596", ",", "and", "LINC00115", "from", "a", "separate", "cohort", "of", "a", "total", "of", "75", "paraffin", "-", "embedded", "clinical", "GBM", "samples", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "Chi", "-", "square", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Correlation of detected expression between ZEB1 or ZNF596, and LINC00115 from a separate cohort of a total of 75 paraffin-embedded clinical GBM samples. Statistical analysis was performed by Chi-square test."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "patients", "with", "GBM", "tumors", "expressing", "high", "or", "low", "levels", "of", "LINC00115", "with", "high", "or", "low", "levels", "of", "ZEB1", "or", "ZNF596", "expression", ".", "Median", "survival", "(", "in", "months", ")", ":", "LINC00115hi", "/", "ZEB1hi", ",", "5", ".", "4", ";", "LINC00115lo", "/", "ZEB1lo", ",", "27", ".", "9", ";", "LINC00115hi", "/", "ZNF596hi", ",", "4", ".", "2", ";", "LINC00115lo", "/", "ZNF596lo", ",", "23", ".", "8", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier survival analysis of patients with GBM tumors expressing high or low levels of LINC00115 with high or low levels of ZEB1 or ZNF596 expression. Median survival (in months): LINC00115hi/ZEB1hi, 5.4; LINC00115lo/ZEB1lo, 27.9; LINC00115hi/ZNF596hi, 4.2; LINC00115lo/ZNF596lo, 23.8. Statistical analysis was performed by log-rank test."}
{"words": ["Representative", "H", "&", "E", "and", "immunohistochemical", "stainings", "of", "CK5", "/", "6", "and", "p63", "in", "pulmonary", "and", "head", "-", "and", "-", "neck", "squamous", "-", "cell", "carcinomas", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative H&E and immunohistochemical stainings of CK5/6 and p63 in pulmonary and head-and-neck squamous-cell carcinomas. Scale bar: 500 µm."}
{"words": ["Heatmap", "showing", "somatic", "mutations", "in", "defined", "pathways", "and", "HPV", "status", "for", "all", "HNSCC", "and", "SQCLC", "cases", "analysed", ".", "(", "Blue", ",", "no", "mutation", "/", "no", "HPV", "detected", ";", "red", ",", "mutation", "/", "HPV", "detected", ";", "white", ",", "no", "data", "available", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap showing somatic mutations in defined pathways and HPV status for all HNSCC and SQCLC cases analysed. (Blue, no mutation/ no HPV detected; red, mutation/HPV detected; white, no data available)"}
{"words": ["Comparison", "of", "mutation", "rates", "in", "HNSCC", "(", "n", "=", "279", ")", "and", "SQCLC", "(", "n", "=", "178", ")", "cases", "from", "TCGA", ".", "Genes", "exhibiting", "a", "mutation", "rate", ">", "0", ".", "25", "in", "both", "cancer", "types", "are", "labelled", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Comparison of mutation rates in HNSCC (n=279) and SQCLC (n=178) cases from TCGA. Genes exhibiting a mutation rate >0.25 in both cancer types are labelled."}
{"words": ["Representative", "histogram", "showing", "the", "SILAC", "ratio", "distribution", "between", "the", "Super", "-", "SILAC", "standard", "and", "SQCLC", "(", "left", ")", "and", "HNSCC", "(", "right", ")", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative histogram showing the SILAC ratio distribution between the Super-SILAC standard and SQCLC (left) and HNSCC (right) samples."}
{"words": ["Boxplot", "showing", "the", "numbers", "of", "quantified", "proteins", ",", "derived", "from", "44", "SQCLC", "and", "30", "HNSCC", "tissue", "samples", ".", "The", "central", "line", "in", "the", "boxes", "represents", "the", "median", "number", "of", "proteins", "over", "all", "samples", ",", "upper", "and", "lower", "borders", "of", "boxes", "correspond", "to", "25", "%", "and", "75", "%", "quantiles", ".", "Whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplot showing the numbers of quantified proteins, derived from 44 SQCLC and 30 HNSCC tissue samples. The central line in the boxes represents the median number of proteins over all samples, upper and lower borders of boxes correspond to 25% and 75% quantiles. Whiskers indicate minimum and maximum."}
{"words": ["Distribution", "of", "MS", "-", "based", "protein", "signal", "intensities", "in", "all", "74", "tissue", "samples", "of", "the", "training", "cohort", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of MS-based protein signal intensities in all 74 tissue samples of the training cohort."}
{"words": ["Principal", "-", "component", "analysis", "of", "SQCLC", "(", "n", "=", "44", ";", "blue", ")", "and", "HNSCC", "(", "n", "=", "30", ";", "red", ")", "protein", "expression", ".", "Shown", "are", "the", "first", "two", "principal", "components", ",", "accounting", "for", "8", ".", "51", "%", "and", "8", ".", "03", "%", "of", "the", "total", "variance", "in", "the", "data", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Principal-component analysis of SQCLC (n=44; blue) and HNSCC (n=30; red) protein expression. Shown are the first two principal components, accounting for 8.51% and 8.03% of the total variance in the data, respectively."}
{"words": ["Volcano", "plot", "adjusted", "p", "values", "for", "differential", "protein", "expression", "to", "averaged", "normalised", "SILAC", "ratios", "of", "two", "replicates", ".", "Red", "(", "higher", "expression", "in", "HNSCC", ")", "and", "blue", "(", "higher", "expression", "in", "SQCLC", ")", "dots", "indicate", "significantly", "regulated", "proteins", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Volcano plot adjusted p values for differential protein expression to averaged normalised SILAC ratios of two replicates. Red (higher expression in HNSCC) and blue (higher expression in SQCLC) dots indicate significantly regulated proteins (p < 0.05)."}
{"words": ["Two", "-", "class", "comparison", "of", "genetic", "dependencies", "from", "a", "publically", "available", "genome", "-", "scale", "CRISPR", "-", "Cas9", "screen", "of", "HNSCC", "(", "12", "cell", "line", ")", "versus", "SQCLC", "(", "10", "cell", "lines", ")", "identified", "a", "subset", "of", "differentially", "expressed", "proteins", "that", "were", "also", "differential", "dependencies", "in", "these", "tumor", "types", ".", "The", "x", "-", "axis", "represents", "the", "effect", "size", "of", "the", "mean", "difference", "of", "dependency", "scores", "in", "HNSCC", "compared", "to", "SQCLC", "cell", "lines", ".", "Positive", "effect", "size", "indicates", "a", "greater", "mean", "dependency", "in", "HNSCC", ";", "negative", "effect", "size", "indicates", "a", "greater", "mean", "dependency", "in", "SQCLC", ".", "The", "y", "-", "axis", "represents", "the", "statistical", "significance", "of", "differential", "enrichment", "calculated", "as", "-", "log10", "(", "p", "-", "value", ")", "from", "a", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", ".", "The", "p", "-", "values", "used", "for", "this", "plot", "are", "uncorrected", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", ".", "Highlighted", "in", "green", "are", "genetic", "dependencies", "that", "were", "also", "identified", "as", "differentially", "expressed", "proteins", "in", "our", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-class comparison of genetic dependencies from a publically available genome-scale CRISPR-Cas9 screen of HNSCC (12 cell line) versus SQCLC (10 cell lines) identified a subset of differentially expressed proteins that were also differential dependencies in these tumor types. The x-axis represents the effect size of the mean difference of dependency scores in HNSCC compared to SQCLC cell lines. Positive effect size indicates a greater mean dependency in HNSCC; negative effect size indicates a greater mean dependency in SQCLC. The y-axis represents the statistical significance of differential enrichment calculated as -log10(p-value) from a two-sided t-test. The p-values used for this plot are uncorrected for multiple hypothesis testing. Highlighted in green are genetic dependencies that were also identified as differentially expressed proteins in our study."}
{"words": ["Immunohistochemical", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "HMGCS", "-", "1", "(", "p", "=", "0", ".", "0014", ")", ",", "FTL", "(", "p", "=", "0", ".", "0001", ")", "(", "C", ")", ",", "LGALS7", "(", "p", "=", "0", ".", "0001", ")", "and", "FAM83H", "(", "p", "=", "0", ".", "0001", ")", "(", "D", ")", "in", "an", "independent", "cohort", "of", "212", "SQCLC", "and", "343", "HNSCC", "cases", ".", "Scale", "bar", "indicates", "100µm", ".", "Shown", "are", "mean", "values", "and", "standard", "deviation", ".", "Statistical", "significance", "was", "assessed", "using", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunohistochemical analysis of the expression of HMGCS-1 (p=0.0014),FTL (p=0.0001) (C),LGALS7 (p=0.0001) and FAM83H (p=0.0001)(D) in an independent cohort of 212 SQCLC and 343 HNSCC cases. Scale bar indicates 100µm. Shown are mean values and standard deviation. Statistical significance was assessed using Wilcoxon-Mann-Whitney test."}
{"words": ["Boxplot", "showing", "the", "number", "of", "quantified", "proteins", "derived", "from", "19", "SQCLC", ",", "19", "HNSCC", "and", "51", "squamous", "-", "cell", "lung", "tumours", "of", "unknown", "origin", "derived", "from", "HNSCC", "patients", ".", "The", "central", "line", "in", "the", "boxes", "represents", "the", "median", "number", "of", "proteins", "over", "all", "samples", ",", "upper", "and", "lower", "borders", "of", "boxes", "correspond", "to", "25", "%", "and", "75", "%", "quantiles", ".", "Whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplot showing the number of quantified proteins derived from 19 SQCLC, 19 HNSCC and 51 squamous-cell lung tumours of unknown origin derived from HNSCC patients. The central line in the boxes represents the median number of proteins over all samples, upper and lower borders of boxes correspond to 25% and 75% quantiles. Whiskers indicate minimum and maximum."}
{"words": ["Representative", "H", "&", "E", "and", "immunohistochemical", "stainings", "of", "CK5", "/", "6", "and", "p63", "in", "squamous", "-", "cell", "lung", "tumours", "of", "unknown", "origin", "derived", "from", "HNSCC", "patients", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative H&E and immunohistochemical stainings of CK5/6 and p63 in squamous-cell lung tumours of unknown origin derived from HNSCC patients. Scale bar: 500 µm."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "in", "which", "all", "patients", "with", "lung", "tumours", "were", "grouped", "according", "to", "the", "clinical", "classification", "(", "left", ",", "median", "survival", "SQCLC", ":", "55", "months", ";", "metHNSCC", ":", "31", "months", ")", "or", "proteomic", "classification", "(", "right", ",", "median", "survival", "SQCLC", ":", "55", "months", ";", "metHNSCC", ":", "8", "months", ")", "of", "the", "tumour", "as", "metHNSCC", "or", "SQCLC", ".", "The", "p", "value", "is", "from", "a", "log", "-", "rank", "test", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "in", "which", "only", "the", "patients", "that", "were", "independent", "from", "the", "training", "cohort", "were", "grouped", "according", "to", "the", "clinical", "classification", "(", "left", ",", "median", "survival", "SQCLC", ":", "84", "months", ";", "metHNSCC", ":", "35", "months", ")", "or", "proteomic", "classification", "(", "right", ",", "median", "survival", "SQCLC", ":", "84", "months", ";", "metHNSCC", ":", "5", "months", ")", "of", "the", "tumour", "as", "metHNSCC", "or", "SQCLC", ".", "The", "p", "value", "is", "from", "a", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier analysis of overall survival (OS) in which all patients with lung tumours were grouped according to the clinical classification (left, median survival SQCLC: 55 months; metHNSCC: 31 months) or proteomic classification (right, median survival SQCLC: 55 months; metHNSCC: 8 months) of the tumour as metHNSCC or SQCLC. The p value is from a log-rank test. Kaplan-Meier analysis of overall survival (OS) in which only the patients that were independent from the training cohort were grouped according to the clinical classification (left, median survival SQCLC: 84 months; metHNSCC: 35 months) or proteomic classification (right, median survival SQCLC: 84 months; metHNSCC: 5 months) of the tumour as metHNSCC or SQCLC. The p value is from a log-rank test."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Hemoglobin", "(", "A", ")", "and", "hematocrit", "(", "B", ")", "levels", "of", "healthy", "subjects", "and", "cachectic", "cancer", "patients", "presenting", "a", "body", "weight", "loss", "superior", "to", "10", "%", "of", "initial", "body", "weight", "(", "19", "healthy", "subjects", ",", "17", "cachectic", "patients", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Hemoglobin (A) and hematocrit (B) levels of healthy subjects and cachectic cancer patients presenting a body weight loss superior to 10% of initial body weight (19 healthy subjects, 17 cachectic patients). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "TFR1", "mRNA", "levels", "in", "muscle", "biopsies", "from", "cancer", "-", "patients", "of", "late", "stage", "cachexia", "(", "19", "healthy", "subjects", ",", "17", "cachectic", "patients", "with", "at", "least", "10", "%", "total", "body", "weight", "loss", ")", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) TFR1 mRNA levels in muscle biopsies from cancer-patients of late stage cachexia (19 healthy subjects, 17 cachectic patients with at least 10% total body weight loss) Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "TFR1", "mRNA", "levels", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "mice", "subjected", "to", "iron", "deprivation", "by", "feeding", "with", "an", "iron", "deficient", "diet", "(", "IDD", ")", "combined", "to", "a", "phlebotomy", "(", "PHL", ")", "(", "n", "=", "5", "-", "6", ")", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) TFR1 mRNA levels in the gastrocnemius of mice subjected to iron deprivation by feeding with an iron deficient diet (IDD) combined to a phlebotomy (PHL) (n=5-6) Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "G", ")", "Cross", "-", "sectional", "area", "of", "skeletal", "muscle", "fiber", "transfected", "with", "shSCR", "(", "scramble", ")", "and", "shTFR1", "(", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "and", "representative", "picture", "of", "a", "shTFR1", "transfected", "fiber", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "(", "H", ")", "Cross", "-", "sectional", "area", "of", "skeletal", "muscle", "fibers", "transfected", "with", "TFR", "-", "pHuji", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "representative", "picture", "of", "a", "TFR", "-", "pHuji", "transfected", "fiber", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Cross-sectional area of skeletal muscle fiber transfected with shSCR (scramble) and shTFR1 (n=3-4) and representative picture of a shTFR1 transfected fiber. Scale bar=50µm. (H) Cross-sectional area of skeletal muscle fibers transfected with TFR-pHuji (n=4) and representative picture of a TFR-pHuji transfected fiber. Scale bar=50µm. Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "L", ")", "Reprensentative", "pictures", "and", "diameter", "measurements", "of", "human", "myoblast", "-", "derived", "myotubes", "after", "48h", "treatment", "with", "DFO", "100µM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Reprensentative pictures and diameter measurements of human myoblast-derived myotubes after 48h treatment with DFO 100µM (n=3). Scale bar=50µm. Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "TFR1", "protein", "expression", "and", "densitometric", "quantification", "in", "mouse", "gastrocnemius", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) TFR1 protein expression and densitometric quantification in mouse gastrocnemius (n=5). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "Western", "blot", "of", "IRP2", "in", "mouse", "gastrocnemius", "and", "densitometric", "quantification", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative Western blot of IRP2 in mouse gastrocnemius and densitometric quantification (n=5). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "Western", "blot", "of", "ferritin", "Heavy", "and", "Light", "chains", "in", "mouse", "gastrocnemius", "and", "densitometric", "quantification", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative Western blot of ferritin Heavy and Light chains in mouse gastrocnemius and densitometric quantification (n=4). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "ICP", "-", "MS", "quantification", "of", "total", "(", "I", ")", "and", "protein", "-", "bound", "(", "J", ")", "iron", "in", "mouse", "quadriceps", "(", "n", "=", "4", "-", "5", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-J) ICP-MS quantification of total (I) and protein-bound (J) iron in mouse quadriceps (n=4-5). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "ICP", "-", "MS", "quantification", "of", "mitochondrial", "iron", "in", "mouse", "quadriceps", "(", "n", "=", "6", "-", "8", ")", ".", "(", "B", ")", "Gastrocnemius", "heme", "content", "quantified", "by", "fluorescent", "heme", "assay", "(", "n", "=", "4", "-", "6", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) ICP-MS quantification of mitochondrial iron in mouse quadriceps (n=6-8). (B) Gastrocnemius heme content quantified by fluorescent heme assay (n=4-6). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "mRNA", "levels", "of", "mitochondrial", "iron", "importer", "MFRN2", "(", "C", ")", "and", "the", "rate", "limiting", "enzyme", "of", "heme", "synthesis", "ALAS2", "(", "D", ")", "normalized", "to", "18s", "in", "mouse", "gastrocnemius", "(", "n", "=", "4", "-", "5", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) mRNA levels of mitochondrial iron importer MFRN2 (C) and the rate limiting enzyme of heme synthesis ALAS2 (D) normalized to 18s in mouse gastrocnemius (n=4-5). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "Succinate", "Dehydrogenase", "activity", "staining", "in", "transversal", "sections", "of", "mouse", "gastrocnemius", "and", "corresponding", "intensity", "quantification", "(", "n", "=", "3", "-", "4", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Succinate Dehydrogenase activity staining in transversal sections of mouse gastrocnemius and corresponding intensity quantification (n=3-4). Scale bar= 50µm. Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blot", "of", "mitochondrial", "OXPHOS", "respiratory", "complexes", "in", "C2C12", "myotubes", "treated", "for", "48H", "with", "C26CM", "and", "ferric", "citrate", ".", "(", "n", "=", "3", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blot of mitochondrial OXPHOS respiratory complexes in C2C12 myotubes treated for 48H with C26CM and ferric citrate. (n=3)"}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Representative", "microscopic", "pictures", "and", "diameter", "of", "C2C12", "myotubes", "stained", "for", "myosin", "heavy", "chain", "(", "G", ")", "or", "human", "myoblast", "-", "derived", "myotubes", "(", "H", ")", "after", "48h", "treatment", "with", "C26", "CM", "and", "ferric", "citrate", "(", "n", "=", "3", "per", "condition", ")", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "and", "100", "µm", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "one", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "'", "s", "correction", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "CM", "-", "treated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Representative microscopic pictures and diameter of C2C12 myotubes stained for myosin heavy chain (G) or human myoblast-derived myotubes (H)after 48h treatment with C26 CM and ferric citrate (n=3 per condition). Scale bars =50 and 100 µm, respectively. Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by one-way Anova with Bonferroni's correction Data are mean ± SEM. ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001 compared to control and ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 CM-treated group."}
{"words": ["(", "B", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "depicting", "the", "survival", "of", "C26", "-", "tumor", "bearing", "mice", "after", "I", ".", "V", ".", "injection", "of", "saline", "or", "iron", "every", "5", "days", "post", "C26", "-", "injection", "(", "3", "-", "month", "-", "old", "Balb", "/", "C", ",", "n", "=", "8", "-", "11", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "chi", "-", "square", "test", "for", "the", "survival", "curves", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Kaplan-Meier depicting the survival of C26-tumor bearing mice after I.V. injection of saline or iron every 5 days post C26-injection (3-month-old Balb/C, n=8-11). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by chi-square test for the survival curves Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05 and ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["Immunofluorescent", "staining", "of", "myosin", "heavy", "chain", "fast", "(", "green", ")", "and", "slow", "(", "red", ")", "of", "transversal", "sections", "of", "gastrocnemius", "(", "midbelly", ")", "with", "corresponding", "frequency", "distribution", "Scale", "bar", "=", "100µm", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "one", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "'", "s", "correction", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescent staining of myosin heavy chain fast (green) and slow (red) of transversal sections of gastrocnemius (midbelly) with corresponding frequency distribution Scale bar=100µm. Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by one-way Anova with Bonferroni's correction Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05 and ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["(", "I", "-", "K", ")", "mRNA", "levels", "of", "Murf", "1", "(", "I", ")", ",", "Atrogin", "1", "(", "J", ")", ",", "and", "REDD1", "(", "K", ")", "normalized", "to", "GAPDH", "in", "gastrocnemius", "(", "n", "=", "5", "-", "14", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "one", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "'", "s", "correction", ",", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-K) mRNA levels of Murf 1 (I), Atrogin 1 (J), and REDD1 (K) normalized to GAPDH in gastrocnemius (n=5-14). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by one-way Anova with Bonferroni's correction, Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05 and ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["(", "B", ")", "Aconitase", "activity", "of", "quadriceps", "lysates", "normalized", "to", "protein", "content", "(", "n", "=", "3", "-", "7", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Aconitase activity of quadriceps lysates normalized to protein content (n=3-7). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "Western", "blot", "and", "densitometric", "quantification", "of", "phospho", "-", "AMPK", "and", "total", "AMPK", "(", "stripped", "and", "re", "-", "blotted", ")", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "C26", "-", "tumor", "bearing", "mice", "after", "iron", "carboxymaltose", "supplementation", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative Western blot and densitometric quantification of phospho-AMPK and total AMPK (stripped and re-blotted) in the gastrocnemius of C26-tumor bearing mice after iron carboxymaltose supplementation (n=6). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "mRNA", "levels", "of", "ACOT", "1", "(", "F", ")", ",", "MCD", "(", "G", ")", ",", "and", "CPT1B", "(", "H", ")", "normalized", "to", "GAPDH", "in", "gastrocnemius", "(", "n", "=", "5", "-", "10", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "unpaired", ",", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "Data", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "∗", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "∗", "∗", "∗", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "and", "#", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "#", "#", "#", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "C26", "untreated", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) mRNA levels of ACOT 1 (F), MCD (G), and CPT1B (H) normalized to GAPDH in gastrocnemius (n=5-10). Data information: For all data, n represents the number of biological replicates. Statistical significance was calculated by unpaired, two-tailed Student's T-test. Data are mean ± SEM. ∗p < 0.05, ∗∗p < 0.01, ∗∗∗p < 0.001 compared to control and #p < 0.05, ##p < 0.01, ###p < 0.001 compared to C26 untreated group."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Grip", "force", "of", "dominant", "or", "non", "-", "dominant", "arm", "in", "iron", "-", "deficient", "cancer", "patients", ",", "expressed", "in", "percentage", "of", "baseline", "force", "(", "A", ")", "and", "absolute", "values", "normalized", "to", "height", "(", "B", ")", "before", "/", "after", "single", "dose", "of", "iron", "carboxymaltose", "(", "15mg", "/", "kg", ",", "7", "subjects", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "data", ",", "n", "represents", "In", "graph", "(", "A", ")", ",", "the", "boxes", "represent", "the", "range", "of", "values", "with", "the", "median", "value", "being", "the", "central", "band", "and", "whiskers", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Grip force of dominant or non-dominant arm in iron-deficient cancer patients, expressed in percentage of baseline force (A) and absolute values normalized to height (B) before/after single dose of iron carboxymaltose (15mg/kg, 7 subjects). Data information: For all data, n represents In graph (A), the boxes represent the range of values with the median value being the central band and whiskers the SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Bacterially", "purified", "6xHis", "-", "rRv2626c", "and", "analyzed", "by", "Coomassie", "blue", "staining", "(", "left", ")", "or", "immuno", "blotting", "(", "IB", ")", "with", "αHis", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Bacterially purified 6xHis-rRv2626c and analyzed by Coomassie blue staining (left) or immuno blotting (IB) with αHis (right)."}
{"words": ["(", "B", ")", "BMDMs", "were", "incubated", "with", "rRv2626c", "for", "the", "indicated", "times", "and", "then", "cell", "viability", "measured", "with", "MTT", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BMDMs were incubated with rRv2626c for the indicated times and then cell viability measured with MTT assay."}
{"words": ["(", "C", ")", "Fluorescence", "confocal", "images", "showing", "in", "BMDMs", "treated", "with", "Rv2626c", "(", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", ")", "for", "30", "min", ",", "fixed", ",", "immunostained", "with", "antibodies", "for", "His", "(", "Alexa", "488", ")", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Fluorescence confocal images showing in BMDMs treated with Rv2626c (2.5 μg/ml) for 30 min, fixed, immunostained with antibodies for His (Alexa 488) and DAPI. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "D", "and", "E", ")", "BMDMs", "from", "WT", "mice", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "or", "rRv2626c", "for", "indicated", "times", "(", "D", ")", ".", "BMDMs", "from", "WT", ",", "TLR2", "-", "/", "-", ",", "TLR4", "-", "/", "-", ",", "MyD88", "-", "/", "-", ",", "TRIF", "-", "/", "-", ",", "IRAK1", "-", "/", "-", ",", "TRAF6", "-", "/", "-", ",", "TBK1", "-", "/", "-", "mice", "were", "treated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "or", "rVector", "for", "18", "h", "(", "E", ")", ".", "Culture", "supernatants", "were", "harvested", ",", "and", "the", "levels", "of", "TNF", "-", "α", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "12p40", ",", "and", "IL", "-", "10", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D and E) BMDMs from WT mice were treated with LPS (100 ng/ml) or rRv2626c for indicated times (D). BMDMs from WT, TLR2-/-, TLR4-/-, MyD88-/-, TRIF-/-, IRAK1-/-, TRAF6-/-, TBK1-/- mice were treated with 2.5 μg/ml rRv2626c or rVector for 18 h (E). Culture supernatants were harvested, and the levels of TNF-α, IL-6, IL-12p40, and IL-10 were measured by ELISA."}
{"words": ["(", "F", ")", "BMDMs", "were", "treated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "for", "1", "h", ",", "harvested", "and", "then", "subjected", "to", "IB", "for", "αIκBα", "and", "His", ".", "αActin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) BMDMs were treated with 2.5 μg/ml rRv2626c for 1 h, harvested and then subjected to IB for αIκBα and His. αActin was used as a loading control."}
{"words": ["BMDMs", "were", "pretreated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "or", "rVector", "for", "1", "h", ",", "and", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "(", "A", "for", "indicated", "times", ".", "(", "A", "Culture", "supernatants", "were", "harvested", ",", "and", "the", "levels", "of", "TNF", "-", "α", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "12p40", ",", "and", "IL", "-", "10", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were pretreated with 2.5 μg/ml rRv2626c or rVector for 1 h, and stimulated with 100 ng/ml LPS (A for indicated times. (A Culture supernatants were harvested, and the levels of TNF-α, IL-6, IL-12p40, and IL-10 were measured by ELISA."}
{"words": ["BMDMs", "were", "pretreated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "or", "rVector", "for", "1", "h", ",", "and", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "Pam2CSK4", "(", "B", ")", "B", ")", "Culture", "supernatants", "were", "harvested", ",", "and", "the", "levels", "of", "TNF", "-", "α", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "12p40", ",", "and", "IL", "-", "10", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were pretreated with 2.5 μg/ml rRv2626c or rVector for 1 h, and stimulated with 100 ng/ml Pam2CSK4 (B) B) Culture supernatants were harvested, and the levels of TNF-α, IL-6, IL-12p40, and IL-10 were measured by ELISA."}
{"words": ["(", "C", ")", "Cells", "were", "harvested", "and", "then", "subjected", "to", "IB", "for", "the", "phosphorylated", "forms", "of", "AKT", ",", "MAPK", "(", "ERK", ",", "p38", ",", "JNK", ")", ",", "IκBα", ",", "total", "forms", "of", "IκBα", ".", "αActin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "(", "left", ")", ".", "The", "densitometric", "values", "were", "calculated", "from", "the", "ratios", "of", "protein", "levels", "relative", "to", "actin", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Cells were harvested and then subjected to IB for the phosphorylated forms of AKT, MAPK (ERK, p38, JNK), IκBα, total forms of IκBα. αActin was used as a loading control (left). The densitometric values were calculated from the ratios of protein levels relative to actin (right)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Identification", "of", "TLR2", ",", "IRAK1", ",", "RIP1", ",", "TRAF6", ",", "MAPK11", "and", "TOLLIP", "as", "endogenous", "binding", "partners", "of", "rRv2626c", ".", "THP", "-", "1", "cell", "lysates", "were", "incubated", "with", "His", "tagged", "-", "rRv2626c", "or", "rVector", "and", "then", "IP", "with", "His", "-", "agarose", "beads", ".", "Binding", "partners", "were", "confirmed", "by", "silver", "staining", "and", "mass", "spectrometric", "analysis", ".", "The", "red", "-", "colored", "letters", "indicate", "the", "peptides", "identified", "from", "mass", "spectrometry", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Identification of TLR2, IRAK1, RIP1, TRAF6, MAPK11 and TOLLIP as endogenous binding partners of rRv2626c. THP-1 cell lysates were incubated with His tagged-rRv2626c or rVector and then IP with His-agarose beads. Binding partners were confirmed by silver staining and mass spectrometric analysis. The red-colored letters indicate the peptides identified from mass spectrometry analysis."}
{"words": ["(", "B", ")", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Flag", "-", "TRAF6", "and", "Myc", "-", "Rv2626c", "and", "IP", "with", "αFlag", "or", "αMyc", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αFlag", ",", "αMyc", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) 293T cells were co-transfected with Flag-TRAF6 and Myc-Rv2626c and IP with αFlag or αMyc. WCLs were used for IB with αFlag, αMyc or αActin."}
{"words": ["(", "C", ")", "THP", "-", "1", "and", "BMDMs", "were", "stimulated", "with", "rRv2626c", "(", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", ")", "for", "the", "indicated", "times", ",", "followed", "by", "IP", "with", "αHis", "(", "up", ")", "or", "αTRAF6", "(", "down", ")", "and", "IB", "with", "αTRAF6", ",", "αHis", ",", "and", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) THP-1 and BMDMs were stimulated with rRv2626c (2.5 μg/ml) for the indicated times, followed by IP with αHis (up) or αTRAF6 (down) and IB with αTRAF6, αHis, and αActin."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunostaining", "of", "BMDMs", "treated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "for", "30", "min", ".", "and", "then", "immunolabeled", "with", "antibody", "to", "His", "-", "rRv2626c", "(", "Alexa", "Fluor", "488", ")", "or", "TRAF6", "(", "Alexa", "Fluor", "568", ")", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "stained", "nuclei", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunostaining of BMDMs treated with 2.5 μg/ml rRv2626c for 30 min. and then immunolabeled with antibody to His-rRv2626c (Alexa Fluor 488) or TRAF6 (Alexa Fluor 568). DAPI (blue) stained nuclei."}
{"words": ["(", "A", ")", "Schematic", "diagram", "of", "the", "structures", "of", "Rv2626c", "(", "up", ")", ".", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Flag", "-", "TRAF6", "together", "with", "GST", "-", "vector", "or", "GST", "-", "Rv2626c", "and", "its", "mutant", "constructs", ",", "subjected", "to", "GST", "pulldown", ",", "followed", "by", "IB", "with", "αFlag", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αGST", ",", "αFlag", "or", "αActin", "(", "down", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Schematic diagram of the structures of Rv2626c (up). 293T cells were co-transfected with Flag-TRAF6 together with GST-vector or GST-Rv2626c and its mutant constructs, subjected to GST pulldown, followed by IB with αFlag. WCLs were used for IB with αGST, αFlag or αActin (down)."}
{"words": ["(", "B", ")", "At", "12", "hr", "post", "-", "transfection", "with", "mammalian", "Myc", "-", "Rv2626c", "constructs", "together", "with", "Flag", "-", "TRAF6", "and", "293T", "cells", "treated", "with", "several", "Tat", "-", "CBS2", "peptide", "for", "12", "h", "(", "10", "µM", ")", "for", "6h", ",", "subjected", "to", "IP", "with", "αMyc", ",", "followed", "by", "IB", "with", "αFlag", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αMyc", ",", "αFlag", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) At 12 hr post-transfection with mammalian Myc-Rv2626c constructs together with Flag-TRAF6 and 293T cells treated with several Tat-CBS2 peptide for 12 h (10 µM) for 6h, subjected to IP with αMyc, followed by IB with αFlag. WCLs were used for IB with αMyc, αFlag or αActin."}
{"words": ["(", "C", ")", "Schematic", "diagram", "of", "the", "structures", "of", "TRAF6", "(", "up", ")", ".", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "Rv2626c", "together", "with", "GST", "-", "vector", "or", "GST", "-", "TRAF6", "and", "its", "mutant", "constructs", ",", "subjected", "to", "GST", "pulldown", ",", "followed", "by", "IB", "with", "αMyc", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αGST", ",", "αMyc", "or", "αActin", "(", "down", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Schematic diagram of the structures of TRAF6 (up). 293T cells were co-transfected with Myc-Rv2626c together with GST-vector or GST-TRAF6 and its mutant constructs, subjected to GST pulldown, followed by IB with αMyc. WCLs were used for IB with αGST, αMyc or αActin (down)."}
{"words": ["(", "D", ")", "293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Flag", "-", "TRAF6", ",", "Myc", "-", "Rv2626c", "as", "indicated", "doses", "and", "HA", "-", "ubiquitin", "(", "left", ")", ",", "HA", "-", "K48", "-", "linked", "ubiquitin", "(", "middle", ")", ",", "HA", "-", "K63", "-", "linked", "ubiquitin", "(", "right", ")", "and", "then", "IP", "with", "αFlag", ",", "followed", "by", "IB", "with", "αHA", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αFlag", ",", "αMyc", ",", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) 293T cells were co-transfected with Flag-TRAF6, Myc-Rv2626c as indicated doses and HA-ubiquitin (left), HA-K48-linked ubiquitin (middle), HA-K63-linked ubiquitin (right) and then IP with αFlag, followed by IB with αHA. WCLs were used for IB with αFlag , αMyc, or αActin."}
{"words": ["(", "E", ")", "BMDMs", "were", "pretreated", "with", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", "rRv2626c", "for", "1", "h", ",", "and", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "for", "30", "min", ",", "followed", "by", "IP", "with", "αTRAF6", ",", "IB", "with", "ubiquitin", ",", "K48", "-", "linked", "ubiquitin", ",", "or", "K63", "-", "linked", "ubiquitin", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αHis", ",", "αTRAF6", ",", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) BMDMs were pretreated with 2.5 μg/ml rRv2626c for 1 h, and stimulated with 100 ng/ml LPS for 30 min, followed by IP with αTRAF6, IB with ubiquitin, K48-linked ubiquitin, or K63-linked ubiquitin. WCLs were used for IB with αHis, αTRAF6, or αActin."}
{"words": ["(", "B", ")", "Bacterially", "purified", "6xHis", "-", "rRv2626c", "and", "analyzed", "by", "Coomassie", "blue", "staining", "(", "left", ")", "or", "immuno", "blotting", "(", "IB", ")", "with", "αHis", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Bacterially purified 6xHis-rRv2626c and analyzed by Coomassie blue staining (left) or immuno blotting (IB) with αHis (right)."}
{"words": ["(", "C", ")", "BMDMs", "were", "incubated", "with", "rRv2626c", "-", "CA", ",", "rRv2626c", "-", "DN", ",", "or", "rVehicle", "for", "the", "indicated", "times", "and", "then", "cell", "viability", "measured", "with", "MTT", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) BMDMs were incubated with rRv2626c-CA, rRv2626c-DN, or rVehicle for the indicated times and then cell viability measured with MTT assay."}
{"words": ["(", "D", ")", "BMDMs", "were", "pretreated", "with", "rRv2626c", "-", "WT", ",", "rRv2626c", "-", "CA", ",", "or", "rRv2626c", "-", "DN", "for", "1", "h", ",", "and", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "for", "18", "h", ".", "Culture", "supernatants", "were", "harvested", ",", "and", "the", "levels", "of", "TNF", "-", "α", ",", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "12p40", ",", "and", "IL", "-", "10", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) BMDMs were pretreated with rRv2626c-WT, rRv2626c-CA, or rRv2626c-DN for 1 h, and stimulated with 100 ng/ml LPS for 18 h. Culture supernatants were harvested, and the levels of TNF-α, IL-6, IL-12p40, and IL-10 were measured by ELISA."}
{"words": ["(", "E", ")", "Myc", "-", "Rv2626c", "-", "expressing", "Raw264", ".", "7", "or", "THP", "-", "1", "cells", "were", "pretreated", "with", "rRv2626c", "-", "WT", "(", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", ")", ",", "rRv2626c", "-", "CA", "(", "10", "ng", "/", "ml", ")", ",", "rRv2626c", "-", "DN", "(", "2", ".", "5", "μg", "/", "ml", ")", ",", "for", "1", "h", ",", "and", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "LPS", "for", "30", "min", ",", "followed", "by", "IP", "with", "αMyc", "or", "αTRAF6", ",", "IB", "with", "αMyc", "and", "ubiquitin", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αMyc", ",", "αTRAF6", ",", "αHis", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Myc-Rv2626c-expressing Raw264.7 or THP-1 cells were pretreated with rRv2626c-WT (2.5 μg/ml), rRv2626c-CA (10 ng/ml), rRv2626c-DN (2.5 μg/ml), for 1 h, and stimulated with 100 ng/ml LPS for 30 min, followed by IP with αMyc or αTRAF6, IB with αMyc and ubiquitin. WCLs were used for IB with αMyc, αTRAF6, αHis or αActin."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Schematic", "of", "the", "CLP", "model", "treated", "with", "rRv2626c", "-", "CA", "or", "its", "mutants", "(", "upper", ")", ".", "The", "survival", "of", "mice", "was", "monitored", "for", "10", "days", ";", "mortality", "was", "measured", "for", "n", "=", "25", "mice", "per", "group", "(", "lower", ")", ".", "Statistical", "differences", "compared", "with", "the", "rVector", "-", "treated", "mice", "are", "indicated", "(", "log", "-", "rank", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Schematic of the CLP model treated with rRv2626c-CA or its mutants (upper). The survival of mice was monitored for 10 days; mortality was measured for n=25 mice per group (lower). Statistical differences compared with the rVector-treated mice are indicated (log-rank test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "representative", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ")", "staining", "of", "the", "lung", ",", "liver", "and", "spleen", "(", "left", ")", "from", "10", "mice", "per", "group", ".", "Histopathology", "scores", "were", "obtained", "from", "H", "&", "E", "stained", "were", "determined", "at", "20", "h", "in", "CLP", "mice", "were", "treated", "with", "rRv2626c", "-", "CA", "or", "its", "mutants", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) representative hematoxylin and eosin (H&E) staining of the lung, liver and spleen (left) from 10 mice per group. Histopathology scores were obtained from H&E stained were determined at 20 h in CLP mice were treated with rRv2626c-CA or its mutants. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Splenocytes", "were", "used", "for", "IP", "with", "αHis", "or", "αTRAF6", ",", "followed", "by", "IB", "with", "αHis", "or", "αUb", ".", "WCLs", "were", "used", "for", "IB", "with", "αTRAF6", ",", "αHis", "or", "αActin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Splenocytes were used for IP with αHis or αTRAF6, followed by IB with αHis or αUb. WCLs were used for IB with αTRAF6, αHis or αActin."}
{"words": ["(", "G", ")", "In", "vivo", "imaging", "using", "IVIS", "spectrum", "-", "chromatography", "CT", "system", ".", "Intraperitoneal", "administration", "of", "rRv2626c", "-", "CA", "/", "Cy5", ".", "5", "was", "carried", "out", "at", "intervals", "of", "0", ",", "6", ",", "12", ",", "and", "18", "h", "in", "a", "CLP", "-", "induced", "sepsis", "model", ".", "Pharmacokinetics", "and", "biodistribution", "were", "observed", "in", "spleen", ",", "liver", ",", "lung", ",", "and", "kidney", "tissues", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) In vivo imaging using IVIS spectrum-chromatography CT system. Intraperitoneal administration of rRv2626c-CA/Cy5.5 was carried out at intervals of 0, 6, 12, and 18 h in a CLP-induced sepsis model. Pharmacokinetics and biodistribution were observed in spleen, liver, lung, and kidney tissues."}
{"words": ["(", "H", ")", "The", "percentage", "of", "F4", "/", "80", "+", "macrophages", "cells", "and", "rRv2626c", "-", "CA", "-", "His", "were", "found", "in", "the", "spleen", ",", "liver", "and", "lung", "using", "Fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "analysis", "in", "the", "background", "of", "CLP", "-", "induced", "sepsis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) The percentage of F4/80+ macrophages cells and rRv2626c-CA-His were found in the spleen, liver and lung using Fluorescence-activated cell sorting analysis in the background of CLP-induced sepsis."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "bacterial", "burden", "was", "evaluated", "20", "h", "after", "treatment", "of", "CLP", "mice", "with", "rRv2626c", "-", "CA", "or", "its", "mutants", "(", "n", "=", "10", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The bacterial burden was evaluated 20 h after treatment of CLP mice with rRv2626c-CA or its mutants (n=10 mice per group)."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "percentage", "of", "F4", "/", "80", "+", "macrophages", "cells", "and", "rRv2626c", "-", "CA", "-", "His", "or", "its", "mutants", "were", "found", "in", "the", "spleen", "or", "lung", "using", "Fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "analysis", "in", "the", "background", "of", "CLP", "-", "induced", "sepsis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The percentage of F4/80+ macrophages cells and rRv2626c-CA-His or its mutants were found in the spleen or lung using Fluorescence-activated cell sorting analysis in the background of CLP-induced sepsis."}
{"words": ["(", "C", ")", "CD86", ",", "iNOS", ",", "CD163", "and", "Arg1", "mRNA", "levels", "were", "determined", "by", "real", "-", "time", "PCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CD86, iNOS, CD163 and Arg1 mRNA levels were determined by real-time PCR."}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "of", "SR", "-", "A", ",", "FcR", ",", "TLR2", ",", "TLR4", ",", "NRP1", "or", "CXCR2", "were", "measured", "by", "flow", "cytometry", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Expression of SR-A, FcR, TLR2, TLR4, NRP1 or CXCR2 were measured by flow cytometry analysis."}
{"words": ["A", ".", "Significantly", "recurrently", "mutated", "genes", "identified", "by", "MutSigCV", "analysis", "based", "on", "whole", "-", "exome", "sequencing", "data", "of", "25", "STAD", "patients", "'", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Significantly recurrently mutated genes identified by MutSigCV analysis based on whole-exome sequencing data of 25 STAD patients' samples."}
{"words": ["B", ".", "Distribution", "of", "PWWP2B", "mutations", "identified", "in", "25", "STAD", "patients", ".", "Distribution", "of", "PWWP2B", "mutations", "identified", "in", "the", "TCGA", "PanCancer", "Atlas", "stomach", "adenocarcinoma", "dataset", "(", "Network", ",", "2014", ")", ".", "Distribution", "of", "PWWP2B", "mutations", "identified", "in", "a", "large", "-", "scale", "colorectal", "adenocarcinoma", "genomic", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Distribution of PWWP2B mutations identified in 25 STAD patients. Distribution of PWWP2B mutations identified in the TCGA PanCancer Atlas stomach adenocarcinoma dataset (Network, 2014). Distribution of PWWP2B mutations identified in a large-scale colorectal adenocarcinoma genomic study."}
{"words": ["E", ".", "Overall", "survival", "curve", "of", "25", "gastric", "cancer", "patients", "with", "and", "without", "PWWP2B", "mutations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "E. Overall survival curve of 25 gastric cancer patients with and without PWWP2B mutations."}
{"words": ["B", ".", "The", "interaction", "between", "exogenous", "PWWP2B", "and", "UHRF1", ".", "The", "indicated", "plasmids", "were", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "After", "24", "hours", ",", "the", "transfected", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "(", "IP", ")", "using", "an", "anti", "-", "Myc", "antibody", "and", "subjected", "to", "Western", "blotting", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "equal", "volumes", "of", "cell", "lysates", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The interaction between exogenous PWWP2B and UHRF1. The indicated plasmids were transfected into 293T cells. After 24 hours, the transfected cell lysates were immunoprecipitated (IP) using an anti-Myc antibody and subjected to Western blotting analysis using the indicated antibodies. The bottom panel shows equal volumes of cell lysates immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["C", ".", "The", "interaction", "between", "endogenous", "PWWP2B", "and", "UHRF1", ".", "Immunoprecipitation", "reactions", "were", "performed", "using", "rabbit", "IgG", "or", "anti", "-", "PWWP2B", "antibodies", "and", "subjected", "to", "Western", "blotting", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "equal", "volumes", "of", "cell", "lysates", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The interaction between endogenous PWWP2B and UHRF1. Immunoprecipitation reactions were performed using rabbit IgG or anti-PWWP2B antibodies and subjected to Western blotting analysis using the indicated antibodies. The bottom panel shows equal volumes of cell lysates immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["E", ".", "Myc", "-", "UHRF1", "and", "either", "GFP", "-", "PWWP2B", "WT", "or", "its", "serial", "deletion", "mutants", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "the", "anti", "-", "Myc", "antibody", "and", "then", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Myc-UHRF1 and either GFP-PWWP2B WT or its serial deletion mutants were co-transfected into 293T cells. The cell lysates were immunoprecipitated with the anti-Myc antibody and then immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["G", ".", "SFB", "-", "PWWP2B", "WT", "and", "either", "Myc", "-", "UHRF1", "WT", "or", "its", "serial", "deletion", "mutants", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "and", "then", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. SFB-PWWP2B WT and either Myc-UHRF1 WT or its serial deletion mutants were immunoprecipitated with anti-FLAG and then immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["I", "Cell", "lysates", "of", "293T", "cells", "transfected", "with", "Myc", "-", "UHRF1", "expression", "vector", "were", "incubated", "with", "2", "of", "purified", "GST", ",", "GST", "-", "PWWP2B", "-", "N", ",", "or", "GST", "-", "PWWP2B", "-", "C", "recombinant", "proteins", "for", "1", "h", "at", "4", "°", "C", ".", "After", "pull", "-", "down", "with", "GST", "-", "beads", ",", "the", "bound", "complexes", "were", "separated", "by", "sodium", "dodecyl", "sulfate", "-", "polyacrylamide", "gel", "electrophoresis", "(", "SDS", "-", "PAGE", ")", "and", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", "(", "upper", "panel", ")", ".", "The", "Coomassie", "blue", "stain", "shows", "the", "purified", "GST", "fusion", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "I Cell lysates of 293T cells transfected with Myc-UHRF1 expression vector were incubated with 2 of purified GST, GST-PWWP2B-N, or GST-PWWP2B-C recombinant proteins for 1 h at 4 °C. After pull-down with GST-beads, the bound complexes were separated by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and subjected to Western blot analysis using the indicated antibodies (upper panel). The Coomassie blue stain shows the purified GST fusion proteins."}
{"words": ["Cell", "lysates", "of", "293T", "expressing", "Myc", "-", "UHRF1", "WT", "or", "Myc", "-", "UHRF1", "-", "D4", "mutants", "were", "incubated", "with", "2", "ug", "of", "purified", "GST", "or", "GST", "-", "PWWP2B", "-", "N", "for", "1", "h", "at", "4", "°", "C", ".", "After", "pull", "-", "down", "with", "GST", "-", "beads", ",", "the", "bound", "complex", "was", "analyzed", "by", "Western", "blots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell lysates of 293T expressing Myc-UHRF1 WT or Myc-UHRF1-D4 mutants were incubated with 2 ug of purified GST or GST-PWWP2B-N for 1 h at 4 °C. After pull-down with GST-beads, the bound complex was analyzed by Western blots."}
{"words": ["E", ".", "Comparison", "of", "the", "translocation", "kinetics", "for", "GFP", "-", "UHRF1", "and", "mCherry", "-", "PWWP2B", "to", "the", "sites", "of", "DNA", "damage", ".", "HeLa", "cells", "expressing", "both", "GFP", "-", "UHRF1", "and", "mCherry", "-", "PWWP2B", "were", "subjected", "to", "laser", "microirradiation", ".", "The", "laser", "stripes", "were", "examined", "at", "the", "indicated", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Comparison of the translocation kinetics for GFP-UHRF1 and mCherry-PWWP2B to the sites of DNA damage. HeLa cells expressing both GFP-UHRF1 and mCherry-PWWP2B were subjected to laser microirradiation. The laser stripes were examined at the indicated time points."}
{"words": ["F", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "PWWP2B", "WT", "or", "deletion", "mutant", "expression", "plasmids", ",", "and", "24", "h", "later", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "laser", "microirradiation", "(", "top", "panel", ")", ".", "The", "cells", "with", "positive", "GFP", "expression", "on", "the", "laser", "stripes", "are", "presented", "in", "the", "bar", "graph", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "The", "results", "represent", "the", "average", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "the", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. HeLa cells were transfected with GFP-PWWP2B WT or deletion mutant expression plasmids, and 24 h later, the cells were treated with laser microirradiation (top panel). The cells with positive GFP expression on the laser stripes are presented in the bar graph (bottom panel). The results represent the average of three independent experiments. The error bars indicate the standard deviation."}
{"words": ["H", ".", "GFP", "-", "PWWP2B", "-", "A2A3", "deletion", "mutant", "translocates", "to", "the", "DNA", "damage", "sites", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "tagged", "deletion", "mutant", "expression", "plasmids", ",", "and", "24", "h", "later", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "laser", "microirradiation", "(", "left", "panel", ")", ".", "The", "cells", "with", "positive", "GFP", "expression", "on", "the", "laser", "stripes", "after", "10", "minutes", "were", "counted", "and", "presented", "in", "the", "bar", "graph", "(", "right", "panel", ")", ".", "The", "results", "represent", "the", "average", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "the", "standard", "deviation", "for", "the", "cells", "transfected", "with", "each", "expression", "plasmid", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. GFP-PWWP2B-A2A3 deletion mutant translocates to the DNA damage sites. HeLa cells were transfected with GFP-tagged deletion mutant expression plasmids, and 24 h later, the cells were treated with laser microirradiation (left panel). The cells with positive GFP expression on the laser stripes after 10 minutes were counted and presented in the bar graph (right panel). The results represent the average of three independent experiments. The error bars indicate the standard deviation for the cells transfected with each expression plasmid."}
{"words": ["I", "-", "J", ".", "HeLa", "cells", "depleted", "with", "either", "control", "or", "UHRF1", "siRNAs", "were", "transfected", "with", "the", "GFP", "-", "PWWP2B", "-", "A2A3", "(", "I", ")", "and", "GFP", "-", "PWWP2B", "WT", "(", "J", ")", "expression", "plasmid", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "laser", "microirradiation", ".", "The", "laser", "stripes", "were", "examined", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "The", "intensity", "of", "each", "laser", "stripes", "in", "each", "time", "point", "was", "measured", "by", "averaging", "values", "from", "indicated", "number", "of", "cells", "and", "graphed", "in", "the", "right", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-J. HeLa cells depleted with either control or UHRF1 siRNAs were transfected with the GFP-PWWP2B-A2A3 (I) and GFP-PWWP2B WT (J) expression plasmid. After 24 h, the cells were subjected to laser microirradiation. The laser stripes were examined at the indicated time points. The intensity of each laser stripes in each time point was measured by averaging values from indicated number of cells and graphed in the right panel."}
{"words": ["The", "intensity", "of", "each", "laser", "stripes", "in", "each", "time", "point", "was", "measured", "by", "averaging", "values", "from", "indicated", "number", "of", "cells", "and", "graphed", "in", "the", "right", "panel", ".", "K", ".", "HeLa", "cells", "depleted", "with", "either", "control", "or", "PWWP2B", "siRNA", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "UHRF1", "expression", "plasmids", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "laser", "microirradiation", ".", "The", "laser", "stripes", "were", "examined", "at", "the", "indicated", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The intensity of each laser stripes in each time point was measured by averaging values from indicated number of cells and graphed in the right panel. K. HeLa cells depleted with either control or PWWP2B siRNA were transfected with GFP-UHRF1 expression plasmids. After 24 h, the cells were subjected to laser microirradiation. The laser stripes were examined at the indicated time points."}
{"words": ["D", "-", "G", ".", "Quantification", "of", "radiation", "-", "induced", "RAD51", ",", "BRCA1", ",", "and", "53BP1", "foci", "formation", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ".", "All", "data", "were", "obtained", "from", "over", "cells", "(", "open", "circles", ")", ",", "and", "the", "mean", "values", "are", "shown", "as", "red", "bars", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "irradiation", "-", "induced", "RAD51", ",", "BRCA1", ",", "and", "53BP1", "foci", "formation", ".", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "either", "control", "or", "PWWP2B", "siRNAs", "were", "synchronized", "in", "S", "phase", "by", "a", "double", "thymidine", "block", "and", "exposed", "to", "0", "or", "2", "Gy", "of", "IR", ".", "The", "cells", "were", "incubated", "for", "2", "h", ",", "fixed", ",", "and", "subjected", "to", "staining", "with", "RAD51", "(", "D", "and", "E", ")", ",", "BRCA1", "(", "F", ")", ",", "or", "53BP1", "(", "G", ")", "antibodies", ".", "The", "cells", "in", "S", "phase", "were", "identified", "by", "Cyclin", "A", "staining", ".", "(", "E", ")", "The", "siPWWP2B", "-", "resistant", "PWWP2B", "WT", "expression", "vector", "was", "transfected", "into", "HeLa", "cells", "after", "siRNA", "-", "mediated", "PWWP2B", "depletion", ".", "IR", "-", "induced", "RAD51", "foci", "formation", "was", "examined", "by", "immunofluorescence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-G. Quantification of radiation-induced RAD51, BRCA1, and 53BP1 foci formation in HeLa cells treated with the indicated siRNAs. All data were obtained from over cells (open circles), and the mean values are shown as red bars (upper panel). Immunofluorescence analysis of irradiation-induced RAD51, BRCA1, and 53BP1 foci formation. HeLa cells transfected with either control or PWWP2B siRNAs were synchronized in S phase by a double thymidine block and exposed to 0 or 2 Gy of IR. The cells were incubated for 2 h, fixed, and subjected to staining with RAD51 (D and E), BRCA1 (F), or 53BP1 (G) antibodies. The cells in S phase were identified by Cyclin A staining. (E) The siPWWP2B-resistant PWWP2B WT expression vector was transfected into HeLa cells after siRNA-mediated PWWP2B depletion. IR-induced RAD51 foci formation was examined by immunofluorescence."}
{"words": ["A", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "RAD51", ",", "BRCA1", ",", "or", "53BP1", "protein", "levels", "in", "PWWP2B", "-", "depleted", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunoblot analysis of RAD51, BRCA1, or 53BP1 protein levels in PWWP2B-depleted HeLa cells."}
{"words": ["B", ".", "RPA", "phosphorylation", "at", "the", "indicated", "time", "points", "in", "response", "to", "IR", "exposure", ".", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "irradiated", "and", "the", "lysates", "prepared", "at", "the", "indicated", "time", "points", "were", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "for", "the", "presence", "of", "S4", "/", "S8", "phosphorylation", "and", "total", "RPA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. RPA phosphorylation at the indicated time points in response to IR exposure. HeLa cells treated with the indicated siRNAs were irradiated and the lysates prepared at the indicated time points were subjected to immunoblot analysis for the presence of S4/S8 phosphorylation and total RPA."}
{"words": ["C", "-", "D", ".", "Quantification", "of", "radiation", "-", "induced", "RPA2", "or", "S4", "/", "S8", "phosphorylated", "RPA", "foci", "formation", "in", "PWWP2B", "-", "depleted", "HeLa", "cells", ".", "All", "data", "were", "obtained", "from", "over", "100", "cells", "(", "open", "circles", ")", ",", "and", "the", "mean", "values", "are", "shown", "as", "red", "bars", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "irradiation", "-", "induced", "RPA2", "or", "S4", "/", "S8", "phosphorylated", "RPA2", "foci", "formation", ".", "HeLa", "cells", "treated", "with", "either", "control", "or", "PWWP2B", "siRNAs", "were", "exposed", "to", "0", "or", "2", "Gy", "of", "IR", ".", "The", "cells", "were", "incubated", "for", "2", "h", ",", "fixed", ",", "and", "subjected", "to", "staining", "with", "RPA2", "(", "C", ")", ",", "or", "S4", "/", "S8", "phosphorylation", "-", "specific", "RPA2", "(", "D", ")", "antibodies", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-D. Quantification of radiation-induced RPA2 or S4/S8 phosphorylated RPA foci formation in PWWP2B-depleted HeLa cells. All data were obtained from over 100 cells (open circles), and the mean values are shown as red bars (upper panel).Immunofluorescence analysis of irradiation-induced RPA2 or S4/S8 phosphorylated RPA2 foci formation. HeLa cells treated with either control or PWWP2B siRNAs were exposed to 0 or 2 Gy of IR. The cells were incubated for 2 h, fixed, and subjected to staining with RPA2 (C), or S4/S8 phosphorylation-specific RPA2 (D) antibodies (bottom panel)."}
{"words": ["A", ".", "Immunofluorescence", "analysis", "for", "irradiation", "-", "induced", "MRE11", "foci", "formation", "(", "left", "panel", ")", ".", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "either", "control", "siRNA", ",", "siPWWP2B", "or", "siUHRF1", "were", "irradiated", ",", "fixed", "and", "subjected", "to", "staining", "with", "MRE11", "and", "γH2AX", "antibodies", ".", "More", "than", "100", "nuclei", "per", "condition", "were", "counted", ".", "The", "percentage", "of", "MRE11", "-", "positive", "cells", "is", "presented", "as", "a", "bar", "graph", "(", "right", "panel", ")", ".", "The", "results", "represent", "the", "average", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunofluorescence analysis for irradiation-induced MRE11 foci formation (left panel). HeLa cells transfected with either control siRNA, siPWWP2B or siUHRF1 were irradiated, fixed and subjected to staining with MRE11 and γH2AX antibodies. More than 100 nuclei per condition were counted.The percentage of MRE11-positive cells is presented as a bar graph (right panel). The results represent the average of three independent experiments. The error bars indicate standard deviation."}
{"words": ["B", ".", "HeLa", "cells", "expressing", "GFP", "-", "MRE11", "were", "treated", "with", "control", "siRNA", "or", "siRNAs", "against", "PWWP2B", ".", "After", "48", "h", ",", "the", "cells", "were", "subjected", "to", "laser", "microirradiation", ".", "Stripes", "on", "the", "laser", "were", "examined", "at", "the", "indicated", "time", "points", "(", "upper", "panel", ")", ".", "The", "intensity", "of", "the", "laser", "stripes", "at", "the", "time", "points", "was", "determined", ".", "The", "average", "intensity", "values", "from", "10", "cells", "were", "graphed", "in", "the", "bottom", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. HeLa cells expressing GFP-MRE11 were treated with control siRNA or siRNAs against PWWP2B. After 48 h, the cells were subjected to laser microirradiation. Stripes on the laser were examined at the indicated time points (upper panel).The intensity of the laser stripes at the time points was determined. The average intensity values from 10 cells were graphed in the bottom panel."}
{"words": ["C", ".", "The", "interaction", "between", "PWWP2B", "and", "MRE11", ".", "HA", "-", "PWWP2B", "and", "Myc", "-", "MRE11", "-", "expressing", "vectors", "were", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "After", "24", "h", ",", "the", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HA", "antibody", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The interaction between PWWP2B and MRE11. HA-PWWP2B and Myc-MRE11-expressing vectors were transfected into 293T cells. After 24 h, the cell lysates were immunoprecipitated with anti-HA antibody, followed by immunoblot analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["D", ".", "The", "interaction", "between", "endogenous", "PWWP2B", "and", "MRE11", ".", "Immunoprecipitation", "reactions", "were", "performed", "using", "rabbit", "IgG", "or", "anti", "-", "MRE11", "antibodies", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "equal", "volumes", "of", "cell", "lysates", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The interaction between endogenous PWWP2B and MRE11. Immunoprecipitation reactions were performed using rabbit IgG or anti-MRE11 antibodies, followed by immunoblot analysis with the indicated antibodies. The bottom panel shows equal volumes of cell lysates immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["E", ".", "HA", "-", "MRE11", "and", "either", "GFP", "-", "PWWP2B", "WT", "or", "its", "serial", "deletion", "mutants", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "The", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HA", "antibody", "and", "then", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. HA-MRE11 and either GFP-PWWP2B WT or its serial deletion mutants were co-transfected into 293T cells. The cell lysates were immunoprecipitated with anti-HA antibody and then immunoblotted with the indicated antibodies."}
{"words": ["B", "-", "C", ".", "Comparison", "of", "IR", "-", "induced", "foci", "formation", "for", "either", "RAD51", "or", "BRCA1", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ".", "Quantification", "of", "radiation", "-", "induced", "RAD51", "or", "BRCA1", "foci", "formation", "in", "PWWP2B", "alone", ",", "UHRF1", "alone", "or", "PWWP2B", "and", "UHRF1", "-", "depleted", "HeLa", "cells", ".", "All", "data", "were", "obtained", "from", "over", "100", "cells", "(", "open", "circles", ")", ",", "and", "the", "mean", "values", "are", "shown", "as", "red", "bars", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "irradiation", "-", "induced", "RAD51", "or", "BRCA1", "foci", "formation", ".", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "exposed", "to", "0", "or", "2", "Gy", "of", "IR", ".", "The", "cells", "were", "incubated", "for", "2", "h", ",", "fixed", ",", "and", "subjected", "to", "staining", "with", "RAD51", "(", "B", ")", ",", "or", "BRCA1", "(", "C", ")", "antibodies", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-C. Comparison of IR-induced foci formation for either RAD51 or BRCA1 in HeLa cells transfected with the indicated siRNAs. Quantification of radiation-induced RAD51 or BRCA1 foci formation in PWWP2B alone, UHRF1 alone or PWWP2B and UHRF1-depleted HeLa cells. All data were obtained from over 100 cells (open circles), and the mean values are shown as red bars (upper panel).Immunofluorescence analysis of irradiation-induced RAD51 or BRCA1 foci formation. HeLa cells treated with the indicated siRNAs were exposed to 0 or 2 Gy of IR. The cells were incubated for 2 h, fixed, and subjected to staining with RAD51 (B), or BRCA1 (C) antibodies (bottom panel)."}
{"words": ["B", ".", "Characterization", "of", "the", "various", "B", "cell", "progenitor", "fractions", "as", "described", "by", "[", "38", "]", "in", "the", "bone", "marrow", "of", "4", "wildtype", "and", "4", "Shld2", "−", "/", "−", "littermate", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Characterization of the various B cell progenitor fractions as described by [38] in the bone marrow of 4 wildtype and 4 Shld2−/− littermate controls."}
{"words": ["C", ".", "Characterization", "of", "the", "indicated", "thymic", "T", "cell", "populations", "in", "the", "bone", "marrow", "of", "4", "wildtype", "and", "4", "Shld2", "−", "/", "−", "littermate", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Characterization of the indicated thymic T cell populations in the bone marrow of 4 wildtype and 4 Shld2−/− littermate controls."}
{"words": ["D", ".", "Characterization", "of", "the", "indicated", "immature", "and", "mature", "splenic", "B", "cell", "populations", "in", "the", "bone", "marrow", "of", "4", "wildtype", "and", "4", "Shld2", "−", "/", "−", "littermate", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Characterization of the indicated immature and mature splenic B cell populations in the bone marrow of 4 wildtype and 4 Shld2−/− littermate controls."}
{"words": ["E", ".", "Characterization", "of", "the", "indicated", "peritoneal", "B", "cell", "populations", "in", "the", "bone", "marrow", "of", "4", "wildtype", "and", "4", "Shld2", "−", "/", "−", "littermate", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Characterization of the indicated peritoneal B cell populations in the bone marrow of 4 wildtype and 4 Shld2−/− littermate controls."}
{"words": ["F", ".", "Left", "panel", ":", "Schematic", "of", "the", "A70", ".", "2", "INV", "-", "4", "cell", "line", "strategy", "to", "induce", "RAG1", "/", "2", "-", "mediated", "recombination", "using", "imatinib", ".", "Right", "panel", ":", "A70", ".", "2", "INV", "-", "4", "cell", "lines", "were", "transduced", "with", "lentiviruses", "encoding", "the", "lentiCRISPRv2", "expressing", "sgRNAs", "against", "the", "53bp1", ",", "Shld1", ",", "Shld2", ",", "Shld3", ",", "and", "Lig4", "genes", ".", "Guide", "RNA", "targeting", "chicken", "AID", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "(", "Ctrl", ")", ".", "Cells", "were", "selected", "with", "puromycin", "and", "treated", "with", "3", "μM", "imatinib", "for", "4", "days", "after", "which", "GFP", "frequency", "was", "measured", "(", "mean", "±", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "insertion", "-", "deletion", "(", "indel", ")", "penetrance", "as", "measured", "by", "TIDE", "analysis", "[", "39", "]", "of", "sequence", "for", "each", "of", "these", "sgRNA", "constructs", "is", "shown", "in", "Figure", "EV1E", ",", "and", "the", "baseline", "GFP", "frequency", "prior", "to", "imatinib", "stimulation", "is", "shown", "in", "Figure", "EV1F", ".", "sgRNA", "sequences", "used", "are", "shown", "in", "Table", "EV2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Left panel: Schematic of the A70.2 INV-4 cell line strategy to induce RAG1/2-mediated recombination using imatinib. Right panel: A70.2 INV-4 cell lines were transduced with lentiviruses encoding the lentiCRISPRv2 expressing sgRNAs against the 53bp1, Shld1, Shld2, Shld3, and Lig4 genes. Guide RNA targeting chicken AID was used as a negative control (Ctrl). Cells were selected with puromycin and treated with 3 μM imatinib for 4 days after which GFP frequency was measured (mean ± SD of 3 biological replicates). The insertion-deletion (indel) penetrance as measured by TIDE analysis [39] of sequence for each of these sgRNA constructs is shown in Figure EV1E, and the baseline GFP frequency prior to imatinib stimulation is shown in Figure EV1F. sgRNA sequences used are shown in Table EV2."}
{"words": ["A", ".", "Concentration", "of", "the", "various", "indicated", "isotypes", "in", "the", "serum", "of", "6", "-", "8", "week", "old", "unimmunized", "WT", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "mice", ".", "Values", "are", "mean", "concentration", "±", "SD", "of", "4", "biological", "replicates", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Concentration of the various indicated isotypes in the serum of 6-8 week old unimmunized WT and Shld2−/− mice. Values are mean concentration ± SD of 4 biological replicates; ** P ≤ 0.01, unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["B", ".", "B", "cells", "were", "purified", "from", "spleens", "from", "WT", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "mice", ",", "and", "stimulated", "to", "undergo", "CSR", "to", "the", "various", "indicated", "isotypes", "using", "different", "stimulation", "cocktails", "[", "33", "]", ".", "Cells", "were", "then", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "for", "expression", "of", "the", "various", "indicated", "isotypes", "and", "the", "percent", "expression", "of", "each", "isotype", "are", "reported", ".", "Values", "are", "mean", "frequency", "±", "SD", "of", "4", "biological", "replicates", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. B cells were purified from spleens from WT and Shld2−/− mice, and stimulated to undergo CSR to the various indicated isotypes using different stimulation cocktails [33]. Cells were then analyzed by flow cytometry for expression of the various indicated isotypes and the percent expression of each isotype are reported. Values are mean frequency ± SD of 4 biological replicates; **** P ≤ 0.0001, unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["C", ".", "WT", ",", "53bp1", "−", "/", "−", ",", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "mice", "were", "immunized", "with", "NP", "-", "CGG", "and", "the", "serum", "was", "withdrawn", "2", "weeks", "post", "immunization", "and", "serial", "dilutions", "were", "subjected", "to", "ELISA", "analysis", "for", "NP", "-", "specific", "antibodies", "of", "the", "indicated", "isotypes", ".", "Values", "are", "mean", "absorbance", "±", "SD", "of", "4", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. WT, 53bp1−/−, and Shld2−/− mice were immunized with NP-CGG and the serum was withdrawn 2 weeks post immunization and serial dilutions were subjected to ELISA analysis for NP-specific antibodies of the indicated isotypes. Values are mean absorbance ± SD of 4 biological replicates."}
{"words": ["D", ".", "WT", ",", "53bp1", "−", "/", "−", ",", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "mice", "were", "immunized", "with", "NP", "-", "CGG", ",", "spleens", "were", "isolated", "and", "anti", "-", "IgG", "secreting", "cells", "were", "enumerated", "by", "the", "ELISPOT", "assay", ".", "Values", "are", "mean", "frequency", "±", "SD", "of", "4", "biological", "replicates", ",", "except", "for", "Shld2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. WT, 53bp1−/−, and Shld2−/− mice were immunized with NP-CGG, spleens were isolated and anti-IgG secreting cells were enumerated by the ELISPOT assay. Values are mean frequency ± SD of 4 biological replicates, except for Shld2-/- (n=3); * P ≤ 0.05, ** P ≤ 0.01, unpaired two-tailed t test."}
{"words": ["A", ".", "WT", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "B", "cells", "were", "purified", "from", "spleens", "and", "stimulated", "with", "LPS", "+", "IL4", "and", "examined", "for", "IgM", "and", "IgG1", "expression", "3", ",", "6", ",", "and", "9", "days", "post", "-", "stimulation", "by", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "plots", "are", "shown", "for", "both", "WT", "and", "Shld2", "−", "/", "−", "B", "cells", "6", "-", "days", "post", "stimulation", ".", "The", "graph", "plots", "show", "proportion", "of", "IgG1", "+", "and", "Iglo", "cells", ",", "mean", "±", "SD", "from", "6", "biological", "replicates", ";", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "post", "hoc", "Dunnett", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. WT and Shld2−/− B cells were purified from spleens and stimulated with LPS + IL4 and examined for IgM and IgG1 expression 3, 6, and 9 days post-stimulation by flow cytometry. Representative plots are shown for both WT and Shld2−/− B cells 6-days post stimulation. The graph plots show proportion of IgG1+ and Iglo cells, mean ± SD from 6 biological replicates; ** P ≤ 0.01, *** P ≤ 0.001, two-way ANOVA with post hoc Dunnett's test."}
{"words": ["B", ".", "WT", "CH12", "cells", ",", "as", "well", "as", "two", "each", "of", "53BP1", "-", ",", "SHLD1", "-", ",", "SHLD2", "-", ",", "and", "SHLD3", "-", "deficient", "clones", "generated", "previously", "[", "21", "]", ",", "as", "well", "as", "a", "LIG4", "-", "deficient", "CH12", "clone", "were", "subjected", "to", "CSR", "induction", "with", "the", "CIT", "cocktail", "and", "measured", "for", "both", "IgM", "and", "IgA", "expression", "by", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "flow", "plots", "for", "WT", "and", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "cells", "are", "shown", "at", "day", "3", "post", "CIT", "stimulation", ".", "The", "graph", "plots", "show", "proportion", "of", "IgA", "+", "and", "Iglo", "CH12", "cells", ",", "mean", "±", "SD", "from", "3", "biological", "replicates", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "post", "hoc", "Dunnett", "'", "s", "test", ".", "The", "letters", "below", "the", "x", "-", "axis", "represent", "the", "clone", "codes", "for", "the", "53BP1", ",", "SHLD1", ",", "SHLD2", ",", "and", "SHLD3", "-", "deficient", "CH12", "clones", ".", "One", "LIG4", "-", "deficient", "CH12", "clone", "was", "also", "used", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. WT CH12 cells, as well as two each of 53BP1-, SHLD1-, SHLD2-, and SHLD3-deficient clones generated previously [21], as well as a LIG4-deficient CH12 clone were subjected to CSR induction with the CIT cocktail and measured for both IgM and IgA expression by flow cytometry. Representative flow plots for WT and 53bp1−/− CH12 cells are shown at day 3 post CIT stimulation. The graph plots show proportion of IgA+ and Iglo CH12 cells, mean ± SD from 3 biological replicates; * P ≤ 0.05, **** P ≤ 0.0001, two-way ANOVA with post hoc Dunnett's test. The letters below the x-axis represent the clone codes for the 53BP1, SHLD1, SHLD2, and SHLD3-deficient CH12 clones. One LIG4-deficient CH12 clone was also used."}
{"words": ["C", ".", "The", "Xlf", ",", "Ku70", ",", "Ku80", ",", "Xrcc4", ",", "and", "Paxx", "genes", "were", "knocked", "out", "in", "CH12", "cells", "by", "CRISPR", ",", "and", "two", "independent", "clones", "each", "were", "analyzed", "as", "in", "Figure", "3B", "with", "mean", "±", "3", "biological", "replicates", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "post", "hoc", "Dunnett", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The Xlf, Ku70, Ku80, Xrcc4, and Paxx genes were knocked out in CH12 cells by CRISPR, and two independent clones each were analyzed as in Figure 3B with mean ± 3 biological replicates; * P ≤ 0.05, **** P ≤ 0.0001, two-way ANOVA with post hoc Dunnett's test."}
{"words": ["A", ".", "WT", ",", "and", "two", "independent", "clones", "each", "of", "53bp1", "−", "/", "−", ",", "Shld2", "−", "/", "−", "/", "−", ",", "and", "Shld3", "−", "/", "−", "CH12", "cells", "were", "stimulated", "with", "CIT", "and", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "for", "IgM", "and", "IgA", "expression", ".", "The", "Iglo", "population", "were", "reduced", "after", "7", "days", "in", "culture", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SD", "from", "3", "biological", "replicates", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "post", "hoc", "Dunnett", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. WT, and two independent clones each of 53bp1−/−, Shld2−/−/−, and Shld3−/− CH12 cells were stimulated with CIT and analyzed by flow cytometry for IgM and IgA expression. The Iglo population were reduced after 7 days in culture. Values are mean ± SD from 3 biological replicates; * P ≤ 0.05, ** P ≤ 0.01, **** P ≤ 0.0001, two-way ANOVA with post hoc Dunnett's test."}
{"words": ["B", ".", "WT", ",", "and", "two", "independent", "clones", "each", "of", "53bp1", "−", "/", "−", ",", "Shld2", "−", "/", "−", "/", "−", ",", "and", "Shld3", "−", "/", "−", "CH12", "clones", "were", "stimulated", "with", "CIT", "for", "3", "days", ".", "The", "IgM", "+", ",", "IgA", "+", ",", "and", "Iglo", "populations", "were", "sorted", "and", "reanalyzed", "for", "expression", "of", "IgM", "and", "IgA", "5", "days", "post", "sort", "as", "well", "as", "12", "days", "post", "sort", "(", "see", "Figure", "EV4B", ")", ".", "Shown", "on", "bar", "graphs", "are", "sorted", "IgM", "+", ",", "IgA", "+", ",", "and", "Iglo", "populations", "(", "each", "column", ",", "1", "technical", "replicate", ")", "from", "WT", "and", "mutant", "CH12", "clones", ",", "and", "the", "percent", "of", "cells", "expressing", "IgM", ",", "IgA", ",", "or", "low", "for", "both", "isotypes", "(", "Iglo", ")", "after", "5", "days", "of", "culture", "post", "-", "sort", ".", "A", "representative", "flow", "plot", "of", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "3", "days", "post", "CIT", "treatment", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. WT, and two independent clones each of 53bp1−/−, Shld2−/−/−, and Shld3−/− CH12 clones were stimulated with CIT for 3 days. The IgM+, IgA+, and Iglo populations were sorted and reanalyzed for expression of IgM and IgA 5 days post sort as well as 12 days post sort (see Figure EV4B). Shown on bar graphs are sorted IgM+, IgA+, and Iglo populations (each column, 1 technical replicate) from WT and mutant CH12 clones, and the percent of cells expressing IgM, IgA, or low for both isotypes (Iglo) after 5 days of culture post-sort. A representative flow plot of 53bp1−/− CH12 3 days post CIT treatment is shown."}
{"words": ["A", ".", "mRNA", "expression", "analysis", "of", "IgM", "and", "IgA", "was", "carried", "out", "by", "RT", "-", "PCR", "for", "Iglo", "subclones", "from", "WT", "and", "two", "independent", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "(", "TA", "and", "T1", ")", "clones", ".", "The", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "TA", "clone", "are", "listed", "as", "D01", "-", "D18", ",", "while", "the", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "T1", "clone", "are", "listed", "as", "F03", "-", "F24", ".", "Gels", "show", "the", "RT", "-", "PCR", "analysis", "for", "IgM", "cDNA", "(", "top", ")", ",", "IgA", "cDNA", "(", "middle", ")", ",", "and", "AID", "cDNA", "(", "bottom", ")", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. mRNA expression analysis of IgM and IgA was carried out by RT-PCR for Iglo subclones from WT and two independent 53bp1−/− CH12 (TA and T1) clones. The Iglo subclones derived from the 53bp1−/− CH12 TA clone are listed as D01-D18, while the Iglo subclones derived from the 53bp1−/− CH12 T1 clone are listed as F03-F24. Gels show the RT-PCR analysis for IgM cDNA (top), IgA cDNA (middle), and AID cDNA (bottom) as control."}
{"words": ["B", ".", "mRNA", "expression", "analysis", "as", "in", "A", "of", "Iglo", "subclones", "of", "two", "independent", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "(", "F2", "and", "F3", ")", "clones", ",", "and", "IgA", "+", "subclones", "from", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "clone", "F3", ".", "The", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "CH12", "F2", "clone", "are", "listed", "as", "H03", "-", "H40", ",", "while", "the", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "CH12", "F3", "clone", "are", "listed", "as", "J02", "-", "J109", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. mRNA expression analysis as in A of Iglo subclones of two independent Shld2-/-/- (F2 and F3) clones, and IgA+ subclones from Shld2-/-/- clone F3. The Iglo subclones derived from the Shld2-/-/- CH12 F2 clone are listed as H03-H40, while the Iglo subclones derived from the Shld2-/-/-CH12 F3 clone are listed as J02-J109."}
{"words": ["Long", "-", "range", "PCR", "of", "Iglo", "subclones", "from", "WT", "and", "two", "independent", "53bp1", "-", "/", "-", "CH12", "(", "TA", "and", "T1", ")", "clones", ".", "The", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "TA", "clone", "are", "listed", "as", "D01", "-", "D18", ",", "while", "the", "Iglo", "subclones", "derived", "from", "the", "53bp1", "−", "/", "−", "CH12", "T1", "clone", "are", "listed", "as", "F03", "-", "F24", ".", "Gels", "show", "long", "-", "range", "amplicons", "(", "top", ")", "and", "AID", "genomic", "DNA", "PCR", "control", "(", "bottom", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Long-range PCR of Iglo subclones from WT and two independent 53bp1-/- CH12 (TA and T1) clones. The Iglo subclones derived from the 53bp1−/− CH12 TA clone are listed as D01-D18, while the Iglo subclones derived from the 53bp1−/− CH12 T1 clone are listed as F03-F24. Gels show long-range amplicons (top) and AID genomic DNA PCR control (bottom)."}
{"words": ["Long", "-", "range", "PCR", "as", "in", "B", "of", "Iglo", "subclones", "of", "two", "independent", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "(", "F2", "and", "F3", ")", "clones", "(", "left", "2", "panels", ")", ",", "and", "IgA", "+", "subclones", "from", "Shld2", "-", "/", "-", "/", "-", "clone", "F3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Long-range PCR as in B of Iglo subclones of two independent Shld2-/-/- (F2 and F3) clones (left 2 panels), and IgA+ subclones from Shld2-/-/- clone F3."}
{"words": ["Sequence", "analysis", "of", "a", "representative", "subset", "of", "long", "range", "-", "PCR", "amplicons", ".", "Symbol", "annotations", ":", "(", "*", ")", "inverted", "sequence", ",", "(", "◊", ")", "rearranged", "fragment", "order", ",", "(", "†", ")", "amplified", "with", "the", "EμF", "primer", "rather", "than", "IμF", ",", "(", "‡", ")", "undamaged", "Cα", "coding", "sequence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Sequence analysis of a representative subset of long range-PCR amplicons. Symbol annotations: (*) inverted sequence, (◊) rearranged fragment order, (†) amplified with the EμF primer rather than IμF, (‡) undamaged Cα coding sequence."}
{"words": ["(", "A", ")", "Volcano", "plot", "representation", "of", "PARL", "interaction", "partners", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "PARL", "-", "/", "-", "FITR293Tcells", "expressing", "PARL", "-", "FLAG", "were", "subjected", "to", "co", "-", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "Co", "-", "purifying", "proteins", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "identified", "by", "quantitative", "MS", "(", "n", "=", "3", ")", "(", "Dataset", "EV1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Volcano plot representation of PARL interaction partners. Mitochondria isolated from PARL-/- FITR293Tcells expressing PARL-FLAG were subjected to co-immunoprecipitation (IP). Co-purifying proteins were separated by SDS-PAGE and identified by quantitative MS (n=3)(Dataset EV1)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Heat", "map", "of", "Log2", "transformed", "LFQ", "intensities", "for", "three", "independent", "experiments", ".", "All", "significant", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", "proteins", "showing", "a", "positive", "ratio", "between", "PARLIP", "and", "control", "in", "(", "A", ")", "are", "shown", ".", "Grey", "color", "shows", "missing", "quantitative", "information", ".", "Clustering", "was", "performed", "using", "the", "complete", "method", "with", "Euclidean", "distance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Heat map of Log2 transformed LFQ intensities for three independent experiments. All significant (FDR < 0.05) proteins showing a positive ratio between PARLIP and control in (A) are shown. Grey color shows missing quantitative information. Clustering was performed using the complete method with Euclidean distance."}
{"words": ["(", "C", ")", "Complexome", "analysis", "of", "MEFmitochondria", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Heat", "maps", "of", "the", "relative", "abundances", "of", "proteins", "significantly", "enriched", "in", "the", "eluate", "of", "PARLimmunoprecipitates", "at", "a", "FDR", "level", "of", "0", ".", "05", "(", "A", ")", "and", "identified", "by", "mass", "spectrometry", "after", "BN", "-", "PAGE", "analysis", "are", "shown", "after", "hierarchical", "clustering", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Complexome analysis of MEFmitochondria (n=3). Heat maps of the relative abundances of proteins significantly enriched in the eluate of PARLimmunoprecipitates at a FDR level of 0.05 (A) and identified by mass spectrometry after BN-PAGE analysis are shown after hierarchical clustering."}
{"words": ["(", "D", ")", "BN", "-", "PAGE", "analysis", "of", "mitochondria", "lacking", "SLP2", ",", "YME1L", "or", "PARL", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "corresponding", "MEFs", "were", "solubilized", "using", "1", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "digitonin", "at", "a", "protein", "concentration", "of", "2", ".", "5", "mg", "/", "ml", ".", "Solubilized", "proteins", "were", "separated", "by", "a", "3", "-", "13", "%", "blue", "native", "gradient", "gel", "and", "analyzed", "using", "SLP2", "-", ",", "YME1L", "-", "and", "PARL", "-", "specific", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) BN-PAGE analysis of mitochondria lacking SLP2, YME1L or PARL. Mitochondria isolated from corresponding MEFs were solubilized using 1.5% (w/v) digitonin at a protein concentration of 2.5 mg/ml. Solubilized proteins were separated by a 3-13% blue native gradient gel and analyzed using SLP2-, YME1L- and PARL-specific antibodies."}
{"words": ["(", "E", ")", "High", "resolution", "complexome", "analysis", "of", "SPY", "complex", "members", "SLP2", ",", "YME1L", "and", "PARL", "using", "MEFmitochondria", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Heat", "maps", "and", "migration", "profiles", "are", "shown", "after", "separation", "using", "a", "3", "-", "9", "%", "BN", "-", "PAGE", ".", "SLP2", ",", "YME1L", "and", "PARL", "migrate", "in", "a", "high", "molecular", "weight", "complex", "(", "2", "MDa", ")", ",", "whereas", "SLP2", "additionally", "is", "present", "in", "complexes", "of", "1", ".", "6", "MDa", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) High resolution complexome analysis of SPY complex members SLP2, YME1L and PARL using MEFmitochondria (n=3). Heat maps and migration profiles are shown after separation using a 3-9% BN-PAGE. SLP2, YME1L and PARL migrate in a high molecular weight complex (2 MDa), whereas SLP2 additionally is present in complexes of 1.6 MDa)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "SLP2", ",", "PARL", "and", "YME1L", "in", "mitochondria", "isolated", "from", "human", "FITR293T", "cells", "using", "either", "SLP2", "-", "or", "PARL", "-", "specific", "antibodies", ".", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "In", ",", "input", "(", "10", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Co-immunoprecipitation of endogenous SLP2, PARL and YME1L in mitochondria isolated from human FITR293T cells using either SLP2- or PARL-specific antibodies. IgG was used as a negative control. In, input (10%)."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "SLP2", "and", "YME1L", "with", "PARL", "-", "specific", "antibodies", "in", "mitochondria", "isolated", "from", "wild", "type", "MEFs", "(", "WT", ")", "and", "MEFs", "lacking", "YME1L", ",", "SLP2", "or", "PARL", ".", "In", ",", "input", "(", "10", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Co-immunoprecipitation of endogenous SLP2 and YME1L with PARL-specific antibodies in mitochondria isolated from wild type MEFs (WT) and MEFs lacking YME1L, SLP2 or PARL. In, input (10%)."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "SLP2", "and", "YME1L", "with", "PARL", "-", "specific", "antibodies", "in", "mitochondria", "isolated", "from", "wild", "type", "MEFs", "(", "WT", ")", "and", "MEFs", "lacking", "YME1L", ",", "SLP2", "or", "PARL", ".", "In", ",", "input", "(", "10", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Co-immunoprecipitation of endogenous SLP2 and YME1L with PARL-specific antibodies in mitochondria isolated from wild type MEFs (WT) and MEFs lacking YME1L, SLP2 or PARL. In, input (10%)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Assembly", "of", "SLP2", ",", "PARL", "and", "YME1L", "into", "a", "high", "molecular", "weight", "complex", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "FITR293T", "cells", "(", "Con", ")", "and", "cells", "inducibly", "expressing", "SLP2", "-", "FLAG", "(", "FLAG", ")", "were", "solubilized", "in", "digitonin", "and", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "using", "FLAG", "-", "specific", "antibodies", ".", "Native", "eluates", "of", "the", "precipitate", "were", "analyzed", "by", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "SLP2", "-", ",", "PARL", "-", ",", "YME1L", "-", "and", "PHB2", "-", "specific", "antibodies", ".", "In", ",", "input", "(", "8", "%", ")", ";", "E", ",", "eluate", "(", "100", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Assembly of SLP2, PARL and YME1L into a high molecular weight complex. Mitochondria isolated from FITR293T cells (Con) and cells inducibly expressing SLP2-FLAG (FLAG) were solubilized in digitonin and subjected to immunoprecipitation using FLAG-specific antibodies. Native eluates of the precipitate were analyzed by BN-PAGE and immunoblotting using SLP2-, PARL-, YME1L- and PHB2-specific antibodies. In, input (8%); E, eluate (100%)."}
{"words": ["(", "E", ")", "High", "resolution", "BN", "-", "PAGE", "analysis", "of", "mitochondria", "lacking", "PARL", ",", "YME1L", "or", "SLP2", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "corresponding", "MEFs", "were", "solubilized", "using", "1", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "digitonin", "at", "a", "protein", "concentration", "of", "2", ".", "5", "mg", "/", "ml", ".", "Solubilized", "proteins", "were", "separated", "by", "a", "3", "-", "9", "%", "gradient", "gel", "containing", "0", "-", "10", "%", "glycerol", "and", "analyzed", "using", "SLP2", "-", "specific", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) High resolution BN-PAGE analysis of mitochondria lacking PARL, YME1L or SLP2. Mitochondria isolated from corresponding MEFs were solubilized using 1.5% (w/v) digitonin at a protein concentration of 2.5 mg/ml. Solubilized proteins were separated by a 3-9% gradient gel containing 0-10% glycerol and analyzed using SLP2-specific antibodies."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Submitochondrial", "localization", "of", "SLP2", ".", "(", "F", ")", "Mitochondria", "were", "isolated", "from", "MEFs", "and", "fractionated", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "proteinase", "K", "as", "indicated", ".", "Fractions", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", ".", "MFN2", "served", "as", "OM", "marker", ",", "TIMM23", ",", "SMAC", "/", "DIABLO", ",", "and", "YME1L", "as", "IMS", "markers", ",", "and", "AFG3L1", "and", "AFG3L2", "as", "matrix", "marker", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Submitochondrial localization of SLP2. (F) Mitochondria were isolated from MEFs and fractionated in the presence or absence of proteinase K as indicated. Fractions were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting. MFN2 served as OM marker, TIMM23, SMAC/DIABLO, and YME1L as IMS markers, and AFG3L1 and AFG3L2 as matrix marker proteins."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Submitochondrial", "localization", "of", "SLP2", ".", "(", "G", ")", "Mitochondrial", "membranes", "were", "extracted", "with", "sodium", "carbonate", "at", "the", "indicated", "pH", "and", "separated", "into", "pellet", "(", "P", ")", "and", "supernatant", "(", "S", ")", "fraction", "by", "centrifugation", ".", "Fractions", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Submitochondrial localization of SLP2. (G) Mitochondrial membranes were extracted with sodium carbonate at the indicated pH and separated into pellet (P) and supernatant (S) fraction by centrifugation. Fractions were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting."}
{"words": ["(", "A", ")", "Steady", "state", "levels", "of", "proteolytic", "substrates", "of", "YME1L", ".", "Whole", "cell", "extracts", "of", "Yme1l", "-", "/", "-", ",", "Parl", "-", "/", "-", ",", "and", "Slp2", "-", "/", "-", "MEFs", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Steady state levels of proteolytic substrates of YME1L. Whole cell extracts of Yme1l-/-, Parl-/-, and Slp2-/- MEFs were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting using the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "B", ")", "PGAM5", "processing", "depends", "on", "proteolytically", "active", "PARL", ".", "PARL", "and", "catalytic", "inactive", "PARLS277A", "harboring", "C", "-", "terminal", "FLAG", "-", "epitopes", "were", "expressed", "under", "the", "control", "of", "a", "tetracycline", "(", "tet", ")", "-", "inducible", "promoter", "in", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "PARL", "-", "/", "-", "FITR293T", "cells", "as", "indicated", ".", "Processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "to", "S", "-", "PGAM5", "was", "monitored", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) PGAM5 processing depends on proteolytically active PARL. PARL and catalytic inactive PARLS277A harboring C-terminal FLAG-epitopes were expressed under the control of a tetracycline (tet)-inducible promoter in wild type (WT) and PARL-/- FITR293T cells as indicated. Processing of L-PGAM5 to S-PGAM5 was monitored by immunoblotting."}
{"words": ["(", "C", ")", "Accelerated", "processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "in", "Slp2", "-", "/", "-", "cells", ".", "Processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "in", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Yme1l", "-", "/", "-", ",", "Parl", "-", "/", "-", "and", "Slp2", "-", "/", "-", "MEFs", "after", "inhibition", "of", "cytosolic", "protein", "synthesis", "by", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", ".", "A", "quantification", "of", "L", "-", "PGAM5", "levels", "at", "different", "time", "points", "is", "shown", "in", "the", "lower", "panel", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "analysis", "(", "n", "=", "3", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Accelerated processing of L-PGAM5 in Slp2-/- cells. Processing of L-PGAM5 was analyzed by immunoblotting in wild type (WT), Yme1l-/-, Parl-/- and Slp2-/-MEFs after inhibition of cytosolic protein synthesis by cycloheximide (CHX). A quantification of L-PGAM5 levels at different time points is shown in the lower panel. Two-way ANOVA analysis (n=3; ****, p<0.0001)."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "accelerated", "processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "in", "Slp2", "-", "/", "-", "cells", "is", "mediated", "by", "PARL", ".", "PARL", "was", "depleted", "from", "Slp2", "-", "/", "-", "cells", "by", "RNAi", "prior", "to", "CHX", "treatment", ".", "A", "quantification", "of", "L", "-", "PGAM5", "levels", "at", "different", "time", "points", "is", "shown", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "analysis", "(", "n", "=", "3", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The accelerated processing of L-PGAM5 in Slp2-/- cells is mediated by PARL. PARL was depleted from Slp2-/- cells by RNAi prior to CHX treatment. A quantification of L-PGAM5 levels at different time points is shown. Two-way ANOVA analysis (n=3; **, p<0.01. ****, p<0.0001)."}
{"words": ["(", "E", ")", "PGAM5", "associates", "with", "the", "SPY", "complex", "harboring", "proteolytically", "inactive", "PARL", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "FITR293T", "cells", "(", "WT", ")", "or", "PARL", "-", "/", "-", "FITR293T", "cells", "expressing", "PARL", "-", "FLAG", "(", "PARL", "-", "WT", ")", "or", "PARLS277A", "-", "FLAG", "(", "PARL", "-", "S277A", ")", "were", "solubilized", "in", "digitonin", "were", "analyzed", "by", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "FLAG", "-", "and", "PGAM5", "-", "specific", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) PGAM5 associates with the SPY complex harboring proteolytically inactive PARL. Mitochondria isolated from FITR293T cells (WT) or PARL-/- FITR293T cells expressing PARL-FLAG (PARL-WT) or PARLS277A-FLAG (PARL-S277A) were solubilized in digitonin were analyzed by BN-PAGE and immunoblotting using FLAG- and PGAM5-specific antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "PARL", "dependent", "cleavage", "of", "PINK1", "-", "HA", "is", "reduced", "in", "Slp2", "-", "/", "-", "and", "Yme1l", "-", "/", "-", "MEFs", ".", "Whole", "cell", "extracts", "of", "Slp2", "-", "/", "-", ",", "Parl", "-", "/", "-", "and", "Yme1l", "-", "/", "-", "MEFs", "expressing", "PINK1", "-", "HA", "were", "analysed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "20", "µM", "MG132", "or", "20", "µM", "CCCP", "for", "4", "h", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "the", "protein", "ratio", "(", "Log2", ")", "PINK1", "-", "HA", "52", "kDa", "/", "63", "kDa", "(", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PARL dependent cleavage of PINK1-HA is reduced in Slp2-/- and Yme1l-/- MEFs. Whole cell extracts of Slp2-/-, Parl-/ -and Yme1l-/- MEFs expressing PINK1-HA were analysed by SDS-PAGE and immunoblotting using the indicated antibodies. Cells were treated with 20 µM MG132 or 20 µM CCCP for 4 h.(B) Quantification of the protein ratio (Log2) PINK1-HA 52 kDa/63 kDa (n=3; *, p<0.05; One-way ANOVA). n.s., not significant. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "PINK1", "-", "HA", "associates", "with", "the", "SPY", "complex", "harboring", "proteolytically", "inactive", "PARL", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "FITR293T", "cells", "(", "WT", ")", "or", "PARL", "-", "/", "-", "FITR293T", "cells", "expressing", "PARL", "-", "FLAG", "(", "PARL", "-", "WT", ")", "or", "PARLS277A", "-", "FLAG", "(", "PARL", "-", "S277A", ")", "were", "solubilized", "in", "digitonin", "and", "analysed", "by", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "FLAG", "-", ",", "HA", "-", "and", "SLP2", "-", "specific", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) PINK1-HA associates with the SPY complex harboring proteolytically inactive PARL. Mitochondria isolated from FITR293T cells (WT) or PARL-/- FITR293T cells expressing PARL-FLAG (PARL-WT) or PARLS277A-FLAG (PARL-S277A) were solubilized in digitonin and analysed by BN-PAGE and immunoblotting using FLAG-, HA- and SLP2-specific antibodies."}
{"words": ["(", "D", ")", "PINK1", "associates", "with", "SLP2", ".", "Mitochondria", "isolated", "from", "FITR293T", "cells", "(", "WT", ")", "or", "PARL", "-", "/", "-", "FITR293T", "cells", ",", "depleted", "of", "SLP2", "by", "siRNA", "as", "indicated", ",", "were", "solubilized", "in", "digitonin", "and", "analysed", "by", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "SLP2", "-", "and", "PINK1", "-", "specific", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) PINK1 associates with SLP2. Mitochondria isolated from FITR293T cells (WT) or PARL-/- FITR293T cells, depleted of SLP2 by siRNA as indicated, were solubilized in digitonin and analysed by BN-PAGE and immunoblotting using SLP2- and PINK1-specific antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "Processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "to", "S", "-", "PGAM5", "in", "depolarized", "mitochondria", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Slp2", "-", "/", "-", ",", "Yme11", "-", "/", "-", ",", "and", "Parl", "-", "/", "-", "MEFs", ".", "PGAM5", "processing", "was", "monitored", "by", "immunoblotting", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "inhibition", "of", "cytosolic", "protein", "synthesis", "with", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", ".", "A", "quantification", "of", "L", "-", "PGAM5", "levels", "at", "different", "time", "points", "is", "shown", ".", "L", "-", "PGAM5", "levels", "at", "t", "=", "0", "was", "set", "to", "100", "%", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "analysis", "(", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Arrowheads", "denote", "intermediate", "PGAM5", "cleavage", "products", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Processing of L-PGAM5 to S-PGAM5 in depolarized mitochondria of wild type (WT), Slp2-/-, Yme11-/-, and Parl-/- MEFs. PGAM5 processing was monitored by immunoblotting at the indicated time points after inhibition of cytosolic protein synthesis with cycloheximide (CHX). A quantification of L-PGAM5 levels at different time points is shown. L-PGAM5 levels at t=0 was set to 100%. Two-way ANOVA analysis (n=3; *, p<0.05, **, p<0.01. ****, p<0.0001). Arrowheads denote intermediate PGAM5 cleavage products."}
{"words": ["(", "B", ")", "OMA1", "-", "mediated", "processing", "of", "PGAM5", "in", "depolarized", "Parl", "-", "/", "-", "mitochondria", ".", "Processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "to", "S", "-", "PGAM5", "in", "Parl", "-", "/", "mitochondria", "was", "assessed", "as", "in", "(", "A", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "CCCP", "(", "20", "µM", ")", ",", "which", "were", "depleted", "of", "OMA1", "by", "siRNA", "as", "indicated", ".", "The", "arrowhead", "denotes", "an", "intermediate", "PGAM5", "cleavage", "product", ".", "SCR", ",", "scrambled", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) OMA1-mediated processing of PGAM5 in depolarized Parl-/-mitochondria. Processing of L-PGAM5 to S-PGAM5 in Parl-/ mitochondria was assessed as in (A) in the presence or absence of CCCP (20 µM), which were depleted of OMA1 by siRNA as indicated. The arrowhead denotes an intermediate PGAM5 cleavage product. SCR, scrambled."}
{"words": ["(", "C", ")", "Impaired", "PGAM5", "processing", "in", "depolarized", "Oma1", "-", "/", "-", "mitochondria", "lacking", "PARL", ".", "Processing", "of", "L", "-", "PGAM5", "to", "S", "-", "PGAM5", "was", "examined", "as", "in", "(", "A", ")", "after", "2", "h", "in", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "Oma1", "-", "/", "-", "mitochondria", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "CCCP", "(", "20", "µM", ",", "2", "h", ")", ",", "which", "were", "depleted", "of", "PARL", "by", "siRNA", "as", "indicated", ".", "*", "unspecific", "cross", "-", "reaction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Impaired PGAM5 processing in depolarized Oma1-/- mitochondria lacking PARL. Processing of L-PGAM5 to S-PGAM5 was examined as in (A) after 2 h in wild type (WT) and Oma1-/- mitochondria in the presence or absence of CCCP (20 µM, 2 h), which were depleted of PARL by siRNA as indicated. * unspecific cross-reaction."}
{"words": ["(", "D", ")", "OMA1", "mediates", "accelerated", "processing", "of", "L", "-", "OPA1", "in", "Slp2", "-", "/", "-", "MEFs", ".", "Processing", "of", "OPA1", "and", "PGAM5", "was", "monitored", "in", "Slp2", "-", "/", "-", ",", "Oma1", "-", "/", "-", ",", "and", "Slp2", "-", "/", "-", "Oma1", "-", "/", "-", "cells", "by", "immunoblotting", "after", "inhibition", "of", "cytosolic", "protein", "synthesis", "with", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0], "text": "(D) OMA1 mediates accelerated processing of L-OPA1 in Slp2-/- MEFs. Processing of OPA1 and PGAM5 was monitored in Slp2-/-, Oma1-/-, and Slp2-/-Oma1-/- cells by immunoblotting after inhibition of cytosolic protein synthesis with cycloheximide (CHX)."}
{"words": ["(", "E", ")", "OMA1", "interacts", "with", "SLP2", ".", "OMA1", "-", "/", "-", "FITR293T", "cells", "ectopically", "expressing", "OMA1", "-", "myc", "were", "transfected", "with", "pcDNA5", "(", "Control", ")", "or", "pcDNA5", "-", "SLP2", "-", "FLAG", "(", "FLAG", ")", ".", "Isolated", "mitochondria", "were", "solubilized", "in", "digitonin", "and", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "using", "FLAG", "-", "specific", "antibodies", ".", "Native", "eluates", "of", "the", "precipitate", "were", "analyzed", "by", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "using", "SLP2", "-", ",", "YME1L", "-", ",", "PARL", "-", ",", "and", "myc", "-", "specific", "antibodies", ".", "In", ",", "input", "(", "8", "%", ")", ";", "E", ",", "eluate", "(", "100", "%", ")", ".", "Samples", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "in", "parallel", "(", "lower", "panel", ")", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "immunoprecipitation", "efficiencies", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) OMA1 interacts with SLP2. OMA1-/-FITR293T cells ectopically expressing OMA1-myc were transfected with pcDNA5 (Control) or pcDNA5-SLP2-FLAG (FLAG). Isolated mitochondria were solubilized in digitonin and subjected to immunoprecipitation using FLAG-specific antibodies. Native eluates of the precipitate were analyzed by BN-PAGE and immunoblotting using SLP2-, YME1L-, PARL-, and myc-specific antibodies. In, input (8%); E, eluate (100%). Samples were analyzed by SDS-PAGE in parallel (lower panel).(F) Quantification of immunoprecipitation efficiencies in (E)."}
{"words": ["B", ",", "C", ",", "D", ".", "WT", ",", "∆", "cpt1", "∆", "ept1", "(", "B", ")", ",", "Δcho2", "(", "C", ")", "or", "Δopi3", "(", "D", ")", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "were", "grown", "to", "logarithmic", "phase", "in", "SD", "-", "URA", ",", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "4", "h", "of", "starvation", ".", "Cells", "were", "harvested", "at", "indicated", "time", "points", "and", "subjected", "to", "western", "blotting", "(", "left", "panel", ")", ".", "Pgk1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Middle", "panel", "-", "Autophagic", "activity", "during", "starvation", "was", "quantified", "by", "calculating", "the", "ratio", "of", "free", "GFP", "to", "total", "GFP", "(", "GFP", "-", "Atg8", "+", "free", "GFP", ")", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "paired", ",", "two", "tailed", ")", "(", "ns", "-", "not", "significant", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Right", "panel", "-", "Ape1", "maturation", "was", "quantified", "by", "measuring", "the", "mApe1", "level", "out", "of", "the", "total", "Ape1", "amount", ",", "during", "SD", "and", "SD", "-", "N", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C, D. WT, ∆cpt1∆ept1 (B), Δcho2 (C) or Δopi3 (D) cells expressing GFP-Atg8 were grown to logarithmic phase in SD-URA, and shifted to SD-N for 4 h of starvation. Cells were harvested at indicated time points and subjected to western blotting (left panel). Pgk1 was used as a loading control. Middle panel- Autophagic activity during starvation was quantified by calculating the ratio of free GFP to total GFP (GFP-Atg8 + free GFP). Statistical analysis was done by student's t-test (paired, two tailed) (ns- not significant, ****, p≤0.0001), error bars represent SEM of at least 3 independent experiments. Right panel- Ape1 maturation was quantified by measuring the mApe1 level out of the total Ape1 amount, during SD and SD-N."}
{"words": ["E", ".", "WT", ",", "Δopi3", ",", "and", "Δcho2", "as", "well", "as", "Δatg1", "(", "negative", "autophagy", "control", ")", "cells", "expressing", "chromosomally", "-", "tagged", "Fba1", "-", "GFP", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", ",", "and", "starved", "in", "SD", "-", "N", "for", "4", "hours", ".", "Cells", "were", "harvested", "at", "indicated", "starvation", "time", "points", "and", "subjected", "to", "western", "blotting", "(", "left", "panel", ")", ".", "Pgk1", "was", "monitored", "as", "a", "loading", "control", ".", "Right", "panel", "-", "Autophagic", "activity", "during", "starvation", "was", "quantified", ",", "by", "calculating", "the", "ratio", "of", "free", "GFP", "to", "total", "GFP", "(", "Fba1", "-", "GFP", "+", "free", "GFP", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "E. WT, Δopi3, and Δcho2 as well as Δatg1 (negative autophagy control) cells expressing chromosomally-tagged Fba1-GFP were grown to log phase in SD, and starved in SD-N for 4 hours. Cells were harvested at indicated starvation time points and subjected to western blotting (left panel). Pgk1 was monitored as a loading control. Right panel- Autophagic activity during starvation was quantified, by calculating the ratio of free GFP to total GFP (Fba1-GFP + free GFP)."}
{"words": ["F", ".", "WT", ",", "Δopi3", ",", "Δcho2", "and", "Δatg1", "cells", "on", "the", "background", "of", "pho8Δ60", "pho13Δ", "strain", ",", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", ",", "and", "starved", "in", "SD", "-", "N", "for", "4", "hours", ".", "Pho8", "activity", "was", "measured", "by", "the", "alkaline", "phosphatase", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. WT, Δopi3, Δcho2 and Δatg1 cells on the background of pho8Δ60 pho13Δ strain, were grown to log phase in SD, and starved in SD-N for 4 hours. Pho8 activity was measured by the alkaline phosphatase assay."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "GFP", "-", "Atg8", "(", "green", ")", "and", "vacuole", "(", "red", ",", "stained", "with", "FM4", "-", "64", ")", ".", "WT", ",", "Δopi3", "and", "Δcho2", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", "medium", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "3", "h", ".", "Cells", "were", "observed", "by", "confocal", "microscopy", "before", "(", "SD", ")", "and", "during", "nitrogen", "starvation", "(", "SD", "-", "N", ")", "(", "left", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "Quantification", "of", "of", "cells", "with", "or", "without", "GFP", "inside", "vacuoles", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", ",", "compared", "to", "WT", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ")", "(", "ns", "-", "not", "significant", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", "and", "condition", ":", "SD", "(", "WT", "(", "n", "=", "446", ")", ",", "Δcho2", "(", "n", "=", "272", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "272", ")", ")", ",", "SD", "-", "N", "(", "WT", "(", "n", "=", "398", ")", ",", "Δcho2", "(", "n", "=", "224", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "213", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of GFP-Atg8 (green) and vacuole (red, stained with FM4-64). WT, Δopi3 and Δcho2 cells expressing GFP-Atg8 were grown to log phase in SD-URA medium and shifted to SD-N for 3 h. Cells were observed by confocal microscopy before (SD) and during nitrogen starvation (SD-N) (left panel). Scale bar 1 µm. Right panel- Quantification of of cells with or without GFP inside vacuoles. Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's, compared to WT (****, p≤0.0001) (ns- not significant), error bars represent SEM of at least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain and condition: SD (WT (n=446), Δcho2 (n=272), Δopi3 (n=272)), SD-N (WT (n=398), Δcho2 (n=224), Δopi3 (n=213))."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", ",", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "4", "h", ",", "choline", "(", "1", "mM", ")", "was", "not", "supplemented", "(", "-", "choline", ")", "or", "supplemented", "to", "SD", "and", "SD", "-", "N", "(", "+", "choline", "SD", ",", "SD", "-", "N", ")", "or", "only", "to", "SD", "-", "N", "(", "+", "choline", ",", "SD", "-", "N", ")", "as", "indicated", ".", "Cells", "were", "harvested", "at", "indicated", "time", "points", "and", "subjected", "to", "western", "blotting", "(", "left", "panel", ")", ".", "Pgk1", "was", "monitored", "as", "a", "loading", "control", ".", "Middle", "panel", "-", "Autophagic", "activity", "was", "quantified", "during", "starvation", "by", "calculating", "the", "ratio", "of", "free", "GFP", "to", "total", "GFP", "(", "GFP", "-", "Atg8", "+", "free", "GFP", ")", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", ",", "compared", "to", "WT", "(", "ns", "-", "not", "significant", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Right", "panel", "-", "Ape1", "maturation", "was", "quantified", "by", "measuring", "the", "mApe1", "level", "out", "of", "the", "total", "Ape1", "amount", "in", "Δopi3", "cells", "at", "growth", "(", "SD", ")", "or", "during", "starvation", "(", "SD", "-", "N", ")", ",", "with", "choline", "supplemented", "as", "indicated", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "compared", "to", "WT", "(", "ns", "-", "not", "significant", ",", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "at", "least", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. WT and Δopi3 cells expressing GFP-Atg8 were grown to log phase in SD-URA, and shifted to SD-N for 4 h, choline (1 mM) was not supplemented (-choline) or supplemented to SD and SD-N (+choline SD, SD-N) or only to SD-N (+choline, SD-N) as indicated. Cells were harvested at indicated time points and subjected to western blotting (left panel). Pgk1 was monitored as a loading control. Middle panel- Autophagic activity was quantified during starvation by calculating the ratio of free GFP to total GFP (GFP-Atg8 + free GFP). Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's, compared to WT (ns-not significant, ****, p≤0.0001), error bars represent SEM of at least 3 independent experiments. Right panel- Ape1 maturation was quantified by measuring the mApe1 level out of the total Ape1 amount in Δopi3 cells at growth (SD) or during starvation (SD-N), with choline supplemented as indicated. Statistical analysis was done by Sidak's multiple comparisons test compared to WT (ns-not significant, *, p≤0.05, **, p≤0.005, ****, p≤0.0001), error bars represent SEM of at least 3 independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "GFP", "-", "Atg8", "(", "green", ")", "and", "vacuole", "(", "red", ",", "stained", "with", "FM4", "-", "64", ")", ".", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "were", "grown", "in", "SD", "-", "URA", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", ".", "Choline", "(", "1mM", ")", "was", "either", "excluded", "(", "-", "choline", ")", ",", "added", "to", "growth", "and", "starvation", "medium", "(", "+", "choline", "SD", ",", "SD", "-", "N", ")", "or", "added", "only", "to", "starvation", "medium", "(", "+", "choline", ",", "SD", "-", "N", ")", ".", "Cells", "were", "observed", "using", "confocal", "microscopy", "during", "starvation", "(", "left", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "Quantification", "of", "cells", "with", "GFP", "inside", "vacuoles", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", ",", "compared", "to", "WT", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ",", "ns", "-", "not", "significant", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", "condition", ";", "-", "Choline", ":", "WT", "(", "n", "=", "487", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "316", ")", ",", "Choline", "SD", ",", "SD", "-", "N", ":", "WT", "(", "n", "=", "251", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "361", ")", ",", "Choline", "SD", "-", "N", ":", "WT", "(", "n", "=", "320", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "267", ")", ".", "D", ".", "PC", "levels", "determined", "by", "shotgun", "lipidomics", "for", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", ",", "with", "or", "without", "choline", "(", "1", "mM", ")", "supplementation", "to", "SD", "-", "N", ".", "Samples", "were", "taken", "after", "4", "h", "in", "SD", "-", "N", "medium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of GFP-Atg8 (green) and vacuole (red, stained with FM4-64). WT and Δopi3 cells expressing GFP-Atg8 were grown in SD-URA and shifted to SD-N. Choline (1mM) was either excluded (-choline), added to growth and starvation medium (+choline SD, SD-N) or added only to starvation medium (+choline, SD-N). Cells were observed using confocal microscopy during starvation (left panel). Scale bar 1 µm. Right panel- Quantification of cells with GFP inside vacuoles. Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's, compared to WT (****, p≤0.0001, ns- not significant), error bars represent SEM of 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain condition; -Choline: WT (n=487), Δopi3 (n=316), Choline SD, SD-N: WT (n=251), Δopi3 (n=361), Choline SD-N: WT (n=320), Δopi3 (n=267). D. PC levels determined by shotgun lipidomics for WT and Δopi3 cells expressing GFP-Atg8, with or without choline (1 mM) supplementation to SD-N. Samples were taken after 4 h in SD-N medium."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "Images", "of", "Atg5", "-", "mNG", "with", "sfTq2", "-", "Atg8", "during", "SD", "-", "N", ".", "Δatg3", "and", "Δatg3Δopi3", "cells", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "medium", ",", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "4", "h", ",", "and", "observed", "by", "Widefield", "microscopy", "(", "left", "panel", ")", ",", "scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "quantification", "of", "percentage", "of", "cells", "with", "Atg5", "puncta", "during", "different", "time", "points", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", "ns", "-", "not", "significant", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "2", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", "and", "time", "point", "(", "0", "hour", ":", "Δatg3", "(", "n", "=", "296", ")", ",", "Δatg3Δopi3", "(", "n", "=", "111", ")", ",", "1", "hour", ":", "Δatg3", "(", "n", "=", "325", ")", ",", "Δatg3Δopi3", "(", "n", "=", "110", ")", ",", "2", "hours", ":", "Δatg3", "(", "n", "=", "338", ")", ",", "Δatg3Δopi3", "(", "n", "=", "135", ")", ",", "4", "hours", ":", "Δatg3", "(", "n", "=", "309", ")", ",", "Δatg3Δopi3", "(", "n", "=", "167", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative Images of Atg5-mNG with sfTq2-Atg8 during SD-N. Δatg3 and Δatg3Δopi3 cells were grown to log phase in SD medium, shifted to SD-N for 4 h, and observed by Widefield microscopy (left panel), scale bar 1 µm. Right panel- quantification of percentage of cells with Atg5 puncta during different time points. Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's ns- not significant), error bars represent SEM of 2 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain and time point (0 hour: Δatg3 (n=296), Δatg3Δopi3 (n=111), 1 hour: Δatg3 (n=325), Δatg3Δopi3 (n=110), 2 hours: Δatg3 (n=338), Δatg3Δopi3 (n=135), 4 hours: Δatg3 (n=309), Δatg3Δopi3 (n=167)."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", ".", "Cells", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", "medium", ",", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "3", "h", "and", "observed", "by", "Airyscan", "microscopy", "(", "left", "panel", ")", ".", "White", "dashes", "indicate", "cell", "boundaries", ",", "yellow", "dashes", "indicate", "phagophores", ".", "For", "each", "cell", "-", "Magnification", "of", "yellow", "dashed", "area", "(", "top", "right", ")", ",", "schematic", "representation", "(", "bottom", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "cup", "shaped", "GFP", "-", "Atg8", "structures", "imaged", "by", "Airyscan", "microscopy", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "unpaired", ")", "(", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", ",", "WT", "(", "n", "=", "45", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "110", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of WT and Δopi3 cells expressing GFP-Atg8. Cells were grown to log phase in SD-URA medium, shifted to SD-N for 3 h and observed by Airyscan microscopy (left panel). White dashes indicate cell boundaries, yellow dashes indicate phagophores. For each cell - Magnification of yellow dashed area (top right), schematic representation (bottom right). Scale bar 1 µm. Right panel- quantification of the percentage of cells with cup shaped GFP-Atg8 structures imaged by Airyscan microscopy. Statistical analysis was done by student's t-test (unpaired) (** p≤0.05), error bars represent SEM of least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain, WT (n=45), Δopi3 (n=110)."}
{"words": ["D", ".", "Representative", "CLEM", "images", "of", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", ",", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", "medium", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "for", "3h", ".", "Cells", "were", "harvested", ",", "deep", "frozen", "and", "processed", "for", "CLEM", "(", "left", "panel", ")", ",", "V", "-", "vacuole", ".", "For", "Δopi3", "cell", "-", "Magnification", "of", "yellow", "dashed", "area", "of", "GFP", "-", "Atg8", "positive", "phagophore", "(", "top", "right", ")", ",", "TEM", "image", "only", "(", "middle", "right", ")", ",", "schematic", "representation", "of", "a", "phagophore", "(", "bottom", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "cup", "shaped", "GFP", "-", "Atg8", "positive", "cup", "shaped", "membrane", "structures", "imaged", "by", "CLEM", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "unpaired", ")", "(", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "005", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", ",", "WT", "(", "n", "=", "20", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "21", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Representative CLEM images of WT and Δopi3 cells expressing GFP-Atg8, grown to log phase in SD-URA medium and shifted to SD-N for 3h. Cells were harvested, deep frozen and processed for CLEM (left panel), V-vacuole. For Δopi3 cell - Magnification of yellow dashed area of GFP-Atg8 positive phagophore (top right), TEM image only (middle right), schematic representation of a phagophore (bottom right). Scale bar 1 µm. Right panel- quantification of the percentage of cells with cup shaped GFP-Atg8 positive cup shaped membrane structures imaged by CLEM. Statistical analysis was done by student's t-test (unpaired) (*** p≤0.005), error bars represent SEM of least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain, WT (n=20), Δopi3 (n=21)."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "Δypt7", ",", "Δopi3Δypt7", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "(", "z", "-", "stack", "projection", ")", ".", "Cells", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", "medium", "and", "starved", "in", "SD", "-", "N", ",", "images", "were", "taken", "during", "starvation", "in", "indicated", "time", "points", "by", "widefield", "microscopy", "(", "left", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "quantification", "of", "GFP", "-", "Atg8", "puncta", "per", "cell", "in", "Δypt7", ",", "Δopi3Δypt7", "at", "indicated", "time", "points", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ",", "ns", "-", "not", "significant", ")", ",", "compared", "to", "WT", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "of", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", "and", "time", "point", ",", "0", "hours", ":", "Δypt7", "(", "n", "=", "322", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "194", ")", ",", "1", ".", "5", "hours", ":", "Δypt7", "(", "n", "=", "220", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "155", ")", ",", "3", ".", "5", "hours", "Δypt7", "(", "n", "=", "216", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "307", ")", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "cup", "-", "shaped", "phagophores", "in", "Δypt7", "and", "Δopi3Δypt7", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "during", "starvation", "(", "1", "-", "3h", ")", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "students", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "from", "at", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", ",", "Δypt7", "(", "n", "=", "347", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "474", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of Δypt7, Δopi3Δypt7 expressing GFP-Atg8 (z-stack projection). Cells were grown to log phase in SD-URA medium and starved in SD-N, images were taken during starvation in indicated time points by widefield microscopy (left panel). Scale bar 1 µm. Right panel- quantification of GFP-Atg8 puncta per cell in Δypt7, Δopi3Δypt7 at indicated time points. Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's (****, p≤0.0001, ns- not significant), compared to WT. Error bars represent SEM of least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain and time point, 0 hours: Δypt7 (n=322), Δopi3Δypt7 (n=194), 1.5 hours: Δypt7 (n=220), Δopi3Δypt7 (n=155), 3.5 hours Δypt7 (n=216), Δopi3Δypt7 (n=307). B. Quantification of cup-shaped phagophores in Δypt7 and Δopi3Δypt7 cells expressing GFP-Atg8 during starvation (1-3h). Statistical analysis was done by students t-test (***, p≤0.001), error bars represent SEM from at least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain, Δypt7 (n= 347), Δopi3Δypt7 (n= 474)."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "mNG", "-", "tagged", "Atg8", "colocalized", "with", "mScarletI", "-", "PXVam7", ".", "WT", ",", "Δopi3", ",", "Δatg1", "and", "Δopi3Δatg1", "cells", "on", "the", "background", "of", "Δymr1", ",", "expressing", "mScarletI", "-", "PXVam7", "under", "the", "CUP1", "promoter", "from", "the", "knocked", "-", "out", "VPS38", "locus", ",", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "medium", "in", "the", "presence", "of", "10", "µM", "copper", "sulfate", ",", "and", "shifted", "to", "SD", "-", "N", "in", "the", "presence", "of", "10", "µM", "copper", "sulfate", ".", "Images", "were", "taken", "during", "SD", "-", "N", "(", "1", "-", "3", "h", ")", "by", "widefield", "microscopy", ".", "D", ".", "Quantification", "of", "autophagic", "structure", "diameters", "in", "WT", "and", "Δopi3", "cells", "on", "the", "background", "of", "Δymr1Δvps38", "(", "C", ")", "by", "ImageJ", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "unpaired", ",", "two", "sided", "(", "ns", "-", "not", "significant", ")", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", ",", "WT", "(", "n", "=", "51", ")", ",", "Δopi3", "(", "n", "=", "28", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of mNG-tagged Atg8 colocalized with mScarletI-PXVam7. WT, Δopi3, Δatg1 and Δopi3Δatg1 cells on the background of Δymr1, expressing mScarletI-PXVam7 under the CUP1 promoter from the knocked-out VPS38 locus, were grown to log phase in SD medium in the presence of 10 µM copper sulfate, and shifted to SD-N in the presence of 10 µM copper sulfate. Images were taken during SD-N (1-3 h) by widefield microscopy. D. Quantification of autophagic structure diameters in WT and Δopi3 cells on the background of Δymr1Δvps38 (C) by ImageJ. Statistical analysis was done by student's t-test, unpaired, two sided (ns- not significant), error bars represent SEM of at least three independent experiments. Number of cells analyzed for each strain, WT (n=51), Δopi3 (n=28)."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "of", "Δypt7", ",", "Δopi3Δypt7", "cells", "expressing", "GFP", "-", "Atg8", "(", "projection", ")", ".", "Cells", "were", "grown", "to", "log", "phase", "in", "SD", "-", "URA", "medium", "and", "starved", "in", "SD", "-", "N", ",", "with", "supplementation", "of", "choline", "(", "1", "mM", ")", "to", "SD", "and", "SD", "-", "N", "as", "indicated", ".", "Images", "were", "taken", "during", "growth", "and", "starvation", "by", "confocal", "microscopy", "(", "left", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "µm", ".", "Right", "panel", "-", "quantification", "of", "cell", "with", "more", "than", "two", "GFP", "-", "Atg8", "puncta", ",", "in", "Δypt7", "and", "Δopi3Δypt7", "at", "growth", "(", "SD", ")", "or", "starvation", "(", "SD", "-", "N", ")", "in", "the", "presence", "(", "+", "choline", ":", "SD", ",", "SD", "-", "N", ")", "or", "absence", "(", "-", "choline", ")", "of", "choline", "(", "1", "mM", ")", ".", "Incidence", "were", "normalized", "to", "Δypt7", "(", "SD", "-", "N", ")", "control", ".", "Statistical", "analysis", "was", "done", "by", "Anova", "multiple", "comparisons", "test", "-", "Sidak", "'", "s", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "of", "least", "3", "independent", "experiments", ".", "Number", "of", "cells", "analyzed", "for", "each", "strain", "and", "condition", ",", "SD", ":", "Δypt7", "(", "n", "=", "209", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "111", ")", ",", "SD", "-", "N", ":", "Δypt7", "(", "n", "=", "118", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "103", ")", ",", "SD", "+", "Choline", ":", "Δypt7", "(", "n", "=", "107", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "120", ")", ",", "Δypt7", "(", "n", "=", "84", ")", ",", "Δopi3Δypt7", "(", "n", "=", "74", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images of Δypt7, Δopi3Δypt7 cells expressing GFP-Atg8 (projection). Cells were grown to log phase in SD-URA medium and starved in SD-N, with supplementation of choline (1 mM) to SD and SD-N as indicated. Images were taken during growth and starvation by confocal microscopy (left panel). Scale bar 1 µm. Right panel- quantification of cell with more than two GFP-Atg8 puncta, in Δypt7 and Δopi3Δypt7 at growth (SD) or starvation (SD-N) in the presence (+choline: SD, SD-N) or absence (-choline) of choline (1 mM). Incidence were normalized to Δypt7 (SD-N) control. Statistical analysis was done by Anova multiple comparisons test- Sidak's (***, p≤0.001). Error bars represent SEM of least 3 independent experiments. Number of cells analyzed for each strain and condition, SD: Δypt7 (n=209), Δopi3Δypt7 (n=111), SD-N: Δypt7 (n=118), Δopi3Δypt7 (n=103), SD+Choline: Δypt7 (n=107), Δopi3Δypt7 (n=120), Δypt7 (n=84), Δopi3Δypt7 (n=74)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Phase", "-", "contrast", "images", "of", "wild", "-", "type", "or", "PABPC4KO", "HeLa", "cells", "depleted", "of", "PABPC1", "by", "siRNA", "-", "mediated", "knockdown", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "(", "C", ")", "Total", "numbers", "of", "viable", "cells", "in", "(", "B", ")", "were", "quantified", "with", "acridine", "orange", "and", "propidium", "iodide", "staining", "and", "graphed", "as", "a", "percentage", "of", "wild", "-", "type", "HeLa", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "SEM", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Phase-contrast images of wild-type or PABPC4KO HeLa cells depleted of PABPC1 by siRNA-mediated knockdown. Scale bar, 100 μm. (C) Total numbers of viable cells in (B) were quantified with acridine orange and propidium iodide staining and graphed as a percentage of wild-type HeLa cells. Error bars represent the SEM of three biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "Phase", "-", "contrast", "images", "of", "PABPDHFR", "cells", ",", "or", "PABPDHFR", "cells", "transfected", "with", "a", "plasmid", "coding", "for", "wild", "-", "type", "PABPC1", ",", "48", "hours", "post", "-", "TMP", "removal", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Phase-contrast images of PABPDHFR cells, or PABPDHFR cells transfected with a plasmid coding for wild-type PABPC1, 48 hours post-TMP removal. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "lysates", "derived", "from", "cells", "imaged", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blot analysis of lysates derived from cells imaged in (C)."}
{"words": ["(", "B", ")", "SUnSET", "assay", "of", "PABPDHFR", "cells", "grown", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "TMP", "for", "12", "hours", "to", "maintain", "or", "deplete", "PABP", ".", "Cells", "were", "subsequently", "pulsed", "with", "either", "puromycin", "or", "puromycin", "and", "cycloheximide", "(", "control", ")", ",", "lysed", "and", "equal", "protein", "amounts", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Western", "blot", "analysis", "was", "performed", "using", "a", "monoclonal", "antibody", "against", "puromycin", "or", "actin", "(", "loading", "control", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) SUnSET assay of PABPDHFR cells grown in the presence or absence of TMP for 12 hours to maintain or deplete PABP. Cells were subsequently pulsed with either puromycin or puromycin and cycloheximide (control), lysed and equal protein amounts were resolved by SDS-PAGE. Western blot analysis was performed using a monoclonal antibody against puromycin or actin (loading control)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Scatter", "plot", "comparing", "log2", "fold", "-", "changes", "[", "(", "-", ")", "PABP", "vs", "(", "+", ")", "PABP", "]", "in", "polysome", "-", "associated", "mRNA", "(", "y", "-", "axis", ")", "to", "corresponding", "changes", "in", "total", "cytoplasmic", "mRNA", ".", "Transcripts", "identified", "as", "regulated", "via", "altered", "translation", "efficiency", "(", "orange", "and", "red", ")", "or", "abundance", "(", "light", "and", "dark", "green", ")", "according", "to", "anota2seq", "are", "visualized", "together", "with", "non", "-", "regulated", "transcripts", "(", "grey", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Scatter plot comparing log2 fold-changes [(-) PABP vs (+) PABP] in polysome-associated mRNA (y-axis) to corresponding changes in total cytoplasmic mRNA. Transcripts identified as regulated via altered translation efficiency (orange and red) or abundance (light and dark green) according to anota2seq are visualized together with non-regulated transcripts (grey)."}
{"words": ["Boxplots", "of", "5", "´", "UTR", "(", "A", ")", ",", "3", "´", "UTR", "(", "B", ")", "lengths", "for", "mRNAs", "whose", "abundance", "decreased", "(", "'", "DOWN", "'", ",", "dark", "green", ")", "or", "increased", "(", "'", "UP", "'", ",", "light", "green", ")", "in", "PABP", "-", "depleted", "cells", "as", "compared", "to", "cells", "expressing", "PABP", ".", "Solid", "horizonal", "middle", "lines", "in", "box", "plots", "denote", "the", "median", ";", "lower", "and", "upper", "box", "limits", "correspond", "to", "first", "and", "third", "quartiles", ";", "whiskers", "extend", "from", "box", "limits", "to", "the", "most", "extreme", "values", ".", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "(", "two", "-", "sided", ")", "were", "used", "to", "determine", "differences", "between", "upregulated", "mRNAs", "and", "downregulated", "mRNAs", "relative", "to", "each", "other", "and", "to", "the", "background", "(", "mRNAs", "whose", "abundance", "did", "not", "change", "in", "the", "absence", "of", "PABP", "relative", "to", "PABP", "-", "expressing", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplots of 5´UTR (A), 3´UTR (B) lengths for mRNAs whose abundance decreased ('DOWN', dark green) or increased ('UP', light green) in PABP-depleted cells as compared to cells expressing PABP. Solid horizonal middle lines in box plots denote the median; lower and upper box limits correspond to first and third quartiles; whiskers extend from box limits to the most extreme values. Wilcoxon-Mann-Whitney tests (two-sided) were used to determine differences between upregulated mRNAs and downregulated mRNAs relative to each other and to the background (mRNAs whose abundance did not change in the absence of PABP relative to PABP-expressing cells)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Boxplots", "of", "mRNA", "half", "-", "lives", "(", "hrs", ")", "assessed", "by", "metabolic", "labeling", "of", "normal", "human", "umbilical", "vein", "endothelial", "cells", "for", "mRNAs", "whose", "abundance", "decreased", "(", "'", "DOWN", "'", ",", "dark", "green", ")", "or", "increased", "(", "'", "UP", "'", ",", "light", "green", ")", "in", "PABP", "-", "depleted", "cells", "as", "compared", "to", "cells", "expressing", "PABP", "comparing", "(", "Tiana", "et", "al", ".", ",", "2020", ")", ".", "Solid", "horizonal", "middle", "lines", "in", "box", "plots", "denote", "the", "median", ";", "lower", "and", "upper", "box", "limits", "correspond", "to", "first", "and", "third", "quartiles", ";", "whiskers", "extend", "from", "box", "limits", "to", "the", "most", "extreme", "values", "but", "not", "further", "than", "1", ".", "5", "×", "the", "inter", "-", "quartile", "range", "(", "IQR", ")", ".", "(", "B", "-", "H", ")", "PABPDHFR", "cells", "were", "cultured", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "TMP", "for", "12", "hours", ".", "The", "stabilities", "of", "select", "mRNAs", "was", "assessed", "by", "using", "actinomycin", "D", "(", "5", "μg", "/", "ml", ")", "for", "the", "indicated", "amounts", "of", "time", ".", "Total", "RNA", "was", "isolated", ",", "reverse", "transcribed", "with", "random", "hexamer", "oligonucleotide", "primers", "and", "quantified", "by", "qPCR", ".", "mRNA", "decay", "rates", "were", "normalized", "to", "an", "in", "vitro", "synthesized", "spike", "-", "in", "RNA", "with", "the", "zero", "time", "point", "set", "at", "1", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "First", "order", "exponential", "decay", "trend", "lines", "were", "generated", "by", "non", "-", "linear", "regression", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Boxplots of mRNA half-lives (hrs) assessed by metabolic labeling of normal human umbilical vein endothelial cells for mRNAs whose abundance decreased ('DOWN', dark green) or increased ('UP', light green) in PABP-depleted cells as compared to cells expressing PABP comparing (Tiana et al., 2020). Solid horizonal middle lines in box plots denote the median; lower and upper box limits correspond to first and third quartiles; whiskers extend from box limits to the most extreme values but not further than 1.5× the inter-quartile range (IQR). (B- H) PABPDHFR cells were cultured in the presence or absence of TMP for 12 hours. The stabilities of select mRNAs was assessed by using actinomycin D (5 μg/ml) for the indicated amounts of time. Total RNA was isolated, reverse transcribed with random hexamer oligonucleotide primers and quantified by qPCR. mRNA decay rates were normalized to an in vitro synthesized spike-in RNA with the zero time point set at 1. Error bars represent the SEM of three independent experiments. First order exponential decay trend lines were generated by non-linear regression analysis."}
{"words": ["(", "B", ")", "PABPDHFR", "cells", "were", "transfected", "with", "plasmids", "encoding", "RL", "-", "6xB", "or", "RL", "-", "6xBMUT", ".", "24", "hours", "after", "transfections", ",", "the", "cells", "were", "split", "and", "cultured", "for", "an", "additional", "12", "hours", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "TMP", ".", "The", "stabilities", "of", "reporter", "mRNAs", "was", "assessed", "by", "using", "actinomycin", "D", "(", "5", "μg", "/", "ml", ")", "for", "the", "indicated", "amounts", "of", "time", ".", "Total", "RNA", "was", "isolated", ",", "reverse", "transcribed", "with", "random", "hexamer", "oligonucleotide", "primers", "and", "quantified", "by", "qPCR", ".", "mRNA", "decay", "rates", "were", "normalized", "to", "an", "in", "vitro", "synthesized", "spike", "-", "in", "RNA", "with", "the", "zero", "time", "point", "set", "at", "1", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "First", "order", "exponential", "decay", "trend", "lines", "were", "generated", "by", "non", "-", "linear", "regression", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) PABPDHFR cells were transfected with plasmids encoding RL-6xB or RL-6xBMUT. 24 hours after transfections, the cells were split and cultured for an additional 12 hours in the presence or absence of TMP. The stabilities of reporter mRNAs was assessed by using actinomycin D (5 μg/ml) for the indicated amounts of time. Total RNA was isolated, reverse transcribed with random hexamer oligonucleotide primers and quantified by qPCR. mRNA decay rates were normalized to an in vitro synthesized spike-in RNA with the zero time point set at 1. Error bars represent the SEM of three independent experiments. First order exponential decay trend lines were generated by non-linear regression analysis."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "PABPDHFR", "cells", "depleted", "of", "LSM1", ",", "DCP2", "or", "XRN1", "by", "siRNA", "-", "mediated", "knockdown", ".", "siGFP", "represents", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis PABPDHFR cells depleted of LSM1, DCP2 or XRN1 by siRNA-mediated knockdown. siGFP represents a negative control."}
{"words": ["(", "B", ")", "Phase", "-", "contrast", "images", "of", "PABPDHFR", "cells", "previously", "transfected", "with", "siRNAs", "targeting", "GFP", "(", "control", ")", ",", "LSM1", ",", "DCP2", "or", "XRN1", "and", "cultured", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "TMP", "for", "48", "hours", ".", "Total", "numbers", "of", "viable", "cells", ",", "denoted", "in", "the", "upper", "right", "hand", "corner", "of", "images", ",", "were", "quantified", "with", "acridine", "orange", "and", "propidium", "iodide", "and", "calculated", "as", "a", "percentage", "of", "PABPDHFR", "cells", "grown", "in", "the", "presence", "of", "TMP", ",", "along", "with", "the", "SEM", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Phase-contrast images of PABPDHFR cells previously transfected with siRNAs targeting GFP (control), LSM1, DCP2 or XRN1 and cultured in the presence or absence of TMP for 48 hours. Total numbers of viable cells, denoted in the upper right hand corner of images, were quantified with acridine orange and propidium iodide and calculated as a percentage of PABPDHFR cells grown in the presence of TMP, along with the SEM. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "PABPDHFR", "cells", "depleted", "of", "LSM1", "by", "siRNA", "-", "mediated", "knockdown", ".", "Transfected", "cells", "were", "subsequently", "cultured", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "TMP", "to", "maintain", "or", "deplete", "endogenous", "PABP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Western blot analysis PABPDHFR cells depleted of LSM1 by siRNA-mediated knockdown. Transfected cells were subsequently cultured in the presence or absence of TMP to maintain or deplete endogenous PABP."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "Poly", "(", "A", ")", "tail", "analysis", "of", "GAPDH", "and", "ACTB", "mRNAs", "from", "total", "RNA", "isolated", "from", "PABPDHFR", "cells", "described", "in", "(", "B", ")", "was", "determined", "by", "extension", "poly", "(", "A", ")", "tail", "(", "ePAT", ")", ".", "PCR", "products", "were", "run", "on", "high", "-", "resolution", "agarose", "gels", ".", "'", "A12", "'", "represents", "the", "size", "of", "ePAT", "RT", "-", "PCR", "amplicons", "derived", "from", "a", "mRNA", "with", "a", "fixed", "(", "A12", ")", "-", "tail", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) Poly(A) tail analysis of GAPDH and ACTB mRNAs from total RNA isolated from PABPDHFR cells described in (B) was determined by extension poly(A) tail (ePAT). PCR products were run on high-resolution agarose gels. 'A12' represents the size of ePAT RT-PCR amplicons derived from a mRNA with a fixed (A12)-tail."}
{"words": ["C", "Similar", "to", "CSR", "-", "1", ",", "the", "majority", "of", "small", "RNAs", "interacting", "with", "CSR", "-", "2", "in", "vivo", "have", "5", "′", "PPP", "ends", ".", "The", "RNAs", "in", "the", "immunopurified", "Argonaute", "complexes", "were", "treated", "with", "or", "without", "Vaccinia", "virus", "capping", "enzyme", "followed", "by", "an", "alkaline", "phosphatase", ",", "and", "finally", "labeled", "with", "[", "γ", "-", "32P", "]", "ATP", "and", "a", "polynucleotide", "kinase", ".", "RNA", "products", "were", "resolved", "by", "15", "%", "sequencing", "gels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Similar to CSR-1, the majority of small RNAs interacting with CSR-2 in vivo have 5′PPP ends. The RNAs in the immunopurified Argonaute complexes were treated with or without Vaccinia virus capping enzyme followed by an alkaline phosphatase, and finally labeled with [γ-32P]ATP and a polynucleotide kinase. RNA products were resolved by 15% sequencing gels."}
{"words": ["G", "Three", "csr", "-", "1", "hypomorphic", "mutants", "showed", "a", "diminished", "RNAi", "response", "to", "exo", "-", "dsRNA", ".", "The", "WT", ",", "the", "csr", "-", "1", "(", "fj150", ")", "mutant", ",", "and", "several", "strains", "were", "injected", "with", "dsRNA", "(", "1", ".", "25", "µg", "/", "µL", ")", "targeting", "the", "maternal", "gene", "pos", "-", "1", ",", "essential", "for", "embryogenesis", ".", "The", "incidence", "of", "lethal", "embryos", "in", "the", "F1", "progeny", "was", "examined", ".", "The", "number", "of", "F1", "progeny", "counted", "is", "indicated", "by", "n", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "(", "CIs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Three csr-1 hypomorphic mutants showed a diminished RNAi response to exo-dsRNA. The WT, the csr-1(fj150) mutant, and several strains were injected with dsRNA (1.25 µg/µL) targeting the maternal gene pos-1, essential for embryogenesis. The incidence of lethal embryos in the F1 progeny was examined. The number of F1 progeny counted is indicated by n. Error bars represent 95% confidence intervals (CIs)."}
{"words": ["A", "Nuclei", "of", "the", "WT", "strain", "were", "stained", "by", "the", "immuno", "-", "FISH", "method", "using", "an", "anti", "-", "histone", "H3K9me2", "antibody", "and", "a", "probe", "against", "the", "right", "region", "of", "the", "X", "chromosome", ".", "B", "Shapes", "of", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "in", "male", "testes", "of", "the", "WT", "and", "the", "csr", "-", "2", "mutant", ".", "The", "relative", "frequency", "of", "extended", "chromosomes", "in", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "was", "examined", ".", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "≥", "2", ".", "5", "µm", "were", "interpreted", "to", "be", "in", "an", "extended", "state", ".", "The", "number", "of", "nuclei", "counted", "is", "indicated", "by", "n", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "CIs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Nuclei of the WT strain were stained by the immuno-FISH method using an anti-histone H3K9me2 antibody and a probe against the right region of the X chromosome. B Shapes of H3K9me2-positive chromosomes in male testes of the WT and the csr-2 mutant. The relative frequency of extended chromosomes in H3K9me2-positive chromosomes was examined. H3K9me2-positive chromosomes ≥ 2.5 µm were interpreted to be in an extended state. The number of nuclei counted is indicated by n. Error bars represent 95% CIs."}
{"words": ["E", "Immunofluorescence", "images", "of", "H3K9me2", "and", "SYP", "-", "1", "in", "male", "nuclei", "of", "the", "WT", "and", "the", "Argonaute", "mutants", ".", "High", "-", "resolution", "fluorescence", "images", ",", "3D", "reconstruction", "images", "(", "3D", "CG", ")", ",", "and", "maximum", "intensity", "projection", "(", "MIP", ")", "images", "of", "segmented", "H3K9me2", "signals", "are", "presented", ".", "In", "the", "male", "nuclei", "of", "the", "csr", "-", "1", "mutant", "and", "the", "csr", "-", "2", ";", "csr", "-", "1", "double", "mutant", ",", "some", "H3K9me2", "segments", "showed", "abnormally", "large", "volumes", "(", "narrow", "arrow", ")", "and", "/", "or", "overlapped", "partially", "with", "SYP", "-", "1", "signals", "(", "arrowhead", ")", ".", "In", "the", "double", "mutant", ",", "DAPI", "signals", "were", "often", "detected", "in", "an", "aggregated", "state", "(", "dashed", "line", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Immunofluorescence images of H3K9me2 and SYP-1 in male nuclei of the WT and the Argonaute mutants. High-resolution fluorescence images, 3D reconstruction images (3D CG), and maximum intensity projection (MIP) images of segmented H3K9me2 signals are presented. In the male nuclei of the csr-1 mutant and the csr-2; csr-1 double mutant, some H3K9me2 segments showed abnormally large volumes (narrow arrow) and/or overlapped partially with SYP-1 signals (arrowhead). In the double mutant, DAPI signals were often detected in an aggregated state (dashed line)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "experiments", "were", "performed", "on", "the", "pachytene", "nuclei", "of", "X0", "males", ".", "A", "The", "affinities", "of", "the", "recombinant", "chromodomain", "peptides", "of", "CEC", "-", "5", "and", "CEC", "-", "8", "for", "the", "N", "-", "terminus", "of", "histone", "H3", "were", "assayed", "by", "in", "vitro", "pull", "-", "down", "experiments", ".", "CEC", "-", "4", "served", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence experiments were performed on the pachytene nuclei of X0 males. A The affinities of the recombinant chromodomain peptides of CEC-5 and CEC-8 for the N-terminus of histone H3 were assayed by in vitro pull-down experiments. CEC-4 served as a control."}
{"words": ["Immunofluorescence", "experiments", "were", "performed", "on", "the", "pachytene", "nuclei", "of", "X0", "males", ".", "C", "H3K9me2", "signals", "at", "the", "pachytene", "region", "in", "the", "males", "of", "cec", "mutants", "and", "cohesin", "mutants", ".", "Worms", "were", "cultured", "at", "20", "°", "C", ",", "except", "for", "the", "smc", "-", "1", "(", "e870", ")", "mutant", "that", "was", "cultured", "at", "23", "°", "C", ".", "The", "intensity", "of", "the", "H3K9me2", "signal", "in", "the", "him", "-", "8", "mutant", "male", "was", "similar", "to", "that", "in", "the", "WT", "male", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence experiments were performed on the pachytene nuclei of X0 males. C H3K9me2 signals at the pachytene region in the males of cec mutants and cohesin mutants. Worms were cultured at 20°C, except for the smc-1(e870) mutant that was cultured at 23°C. The intensity of the H3K9me2 signal in the him-8 mutant male was similar to that in the WT male."}
{"words": ["Immunofluorescence", "experiments", "were", "performed", "on", "the", "pachytene", "nuclei", "of", "X0", "males", ".", "D", "The", "nuclear", "intensities", "of", "H3K9me2", "signals", "were", "measured", "from", "wide", "-", "field", "(", "WF", ")", "images", ".", "The", "image", "quantification", "was", "performed", "E", "The", "nuclear", "intensities", "of", "H3K9me2", "and", "H3K9me3", "signals", "were", "measured", "from", "deconvolved", "(", "DV", ")", "images", ".", "The", "H3K9me2", "signals", "in", "the", "major", "strains", "were", "double", "-", "checked", "using", "deconvolution", "microscopy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence experiments were performed on the pachytene nuclei of X0 males. D The nuclear intensities of H3K9me2 signals were measured from wide-field (WF) images. The image quantification was performed E The nuclear intensities of H3K9me2 and H3K9me3 signals were measured from deconvolved (DV) images. The H3K9me2 signals in the major strains were double-checked using deconvolution microscopy."}
{"words": ["A", "The", "meiosis", "-", "specific", "kleisin", "(", "s", ")", "COH", "-", "3", "/", "4", "was", "detected", "on", "paired", "chromosomes", "and", "the", "heterochromatinized", "unpaired", "X", "chromosome", ".", "The", "testes", "of", "WT", "males", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "COH", "-", "3", "/", "4", "antibodies", "and", "an", "anti", "-", "H3K9me2", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A The meiosis-specific kleisin(s) COH-3/4 was detected on paired chromosomes and the heterochromatinized unpaired X chromosome. The testes of WT males were immunostained with anti-COH-3/4 antibodies and an anti-H3K9me2 antibody."}
{"words": ["B", "Immunofluorescence", "images", "of", "COH", "-", "3", "/", "4", "and", "SYP", "-", "1", "on", "paired", "chromosomes", "in", "the", "gonads", "of", "WT", "hermaphrodites", ".", "COH", "-", "3", "/", "4", "kleisin", "(", "s", ")", "was", "detected", "laterally", "to", "the", "string", "-", "like", "signal", "of", "SYP", "-", "1", ",", "which", "corresponds", "to", "the", "central", "region", "of", "the", "SC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Immunofluorescence images of COH-3/4 and SYP-1 on paired chromosomes in the gonads of WT hermaphrodites. COH-3/4 kleisin(s) was detected laterally to the string-like signal of SYP-1, which corresponds to the central region of the SC."}
{"words": ["C", "SC", "formation", "in", "the", "WT", "and", "multiple", "mutants", "were", "analyzed", "by", "immunostaining", "against", "SYP", "-", "1", "and", "COH", "-", "3", "/", "4", ".", "The", "SC", "formed", "string", "-", "like", "structures", "in", "the", "csr", "-", "2", ";", "csr", "-", "1", "double", "mutant", "and", "the", "ego", "-", "1", "mutant", ",", "but", "the", "superstructure", "of", "the", "SC", "was", "often", "abnormally", "branched", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C SC formation in the WT and multiple mutants were analyzed by immunostaining against SYP-1 and COH-3/4. The SC formed string-like structures in the csr-2; csr-1 double mutant and the ego-1 mutant, but the superstructure of the SC was often abnormally branched."}
{"words": ["A", "Multicolor", "FISH", "for", "the", "5S", "rRNA", "region", "(", "rDNA", ",", "green", ")", "of", "autosome", "V", "and", "the", "right", "region", "of", "the", "X", "chromosome", "(", "LGX", "-", "R", ",", "magenta", ")", "in", "nuclei", "of", "the", "WT", "strain", ",", "coh", "-", "3", "/", "4", "double", "mutant", ",", "csr", "-", "1", "mutants", ",", "csr", "-", "2", ";", "csr", "-", "1", "double", "mutant", ",", "and", "ego", "-", "1", "mutant", ".", "Arrows", "indicate", "occasional", "colocalizations", "of", "the", "5S", "rDNA", "and", "X", "-", "R", "loci", "detected", "in", "the", "mutant", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Multicolor FISH for the 5S rRNA region (rDNA, green) of autosome V and the right region of the X chromosome (LGX-R, magenta) in nuclei of the WT strain, coh-3/4 double mutant, csr-1 mutants, csr-2; csr-1 double mutant, and ego-1 mutant. Arrows indicate occasional colocalizations of the 5S rDNA and X-R loci detected in the mutant strains."}
{"words": ["D", "Simultaneous", "staining", "of", "the", "5S", "rRNA", "region", "(", "rDNA", ",", "green", ")", "by", "FISH", ",", "and", "SYP", "-", "1", "(", "magenta", ")", "by", "immunofluorescence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Simultaneous staining of the 5S rRNA region (rDNA, green) by FISH, and SYP-1 (magenta) by immunofluorescence."}
{"words": ["E", "csr", "-", "1", "(", "fj67", ")", "and", "csr", "-", "1", "(", "fj126", ")", "in", "-", "frame", "mutations", "reduced", "the", "abundance", "of", "CSR", "-", "1", "at", "the", "chromosomal", "regions", "in", "pachytene", "nuclei", ".", "The", "WT", "strain", "and", "the", "csr", "-", "1", "mutants", "were", "stained", "by", "anti", "-", "CSR", "-", "1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "E csr-1(fj67) and csr-1(fj126) in-frame mutations reduced the abundance of CSR-1 at the chromosomal regions in pachytene nuclei. The WT strain and the csr-1 mutants were stained by anti-CSR-1 antibodies."}
{"words": ["A", ",", "B", "ChIP", "-", "seq", "data", "for", "CSR", "-", "1", ",", "SMC", "-", "1", ",", "COH", "-", "3", "/", "4", ",", "and", "histone", "H3K9me2", "were", "compared", "with", "sub", "-", "populations", "in", "CSR", "-", "1", "-", "interacting", "small", "RNAs", ".", "Adult", "worms", "were", "used", "for", "experiments", ".", "ChIP", "signals", "on", "autosome", "III", "(", "A", ")", "and", "the", "X", "chromosome", "(", "B", ")", "from", "the", "WT", "hermaphrodites", "were", "visualized", "by", "aggregation", "plots", "with", "a", "bin", "size", "of", "20", "kbp", ".", "H3K9me2", "ChIP", "signals", "derived", "from", "the", "him", "-", "8", "mutant", "population", "rich", "in", "X0", "males", "are", "shown", "in", "the", "lower", "part", ".", "The", "common", "ChIP", "regions", "computed", "from", "the", "technical", "duplicates", "were", "used", "for", "panels", "A", ",", "B", ",", "In", "the", "adult", "body", ",", "about", "half", "of", "the", "nuclei", "correspond", "to", "germ", "cells", ".", "Most", "H3K9me2", "ChIP", "signals", "from", "the", "WT", "hermaphrodites", "were", "likely", "to", "originate", "in", "somatic", "cells", "because", "staining", "signals", "of", "H3K9me2", "in", "adult", "hermaphrodites", "were", "detected", "abundantly", "in", "somatic", "cells", "and", "very", "weakly", "in", "the", "germline", ".", "Most", "meiosis", "-", "specific", "COH", "-", "3", "/", "4", "ChIP", "signals", "were", "thought", "to", "originate", "in", "the", "germline", ".", "For", "comparison", ",", "aggregation", "plots", "were", "also", "constructed", "from", "the", "following", "sub", "-", "populations", "of", "CSR", "-", "1", "-", "interacting", "small", "RNAs", ":", "small", "RNAs", "mapped", "in", "sense", "orientation", "to", "coding", "genes", "(", "exons", "and", "introns", ")", ",", "and", "repeat", "-", "derived", "small", "RNAs", ".", "The", "small", "RNA", "data", "merged", "from", "the", "technical", "duplicates", "were", "used", "for", "panels", "A", "and", "B", ".", "Densities", "of", "protein", "-", "coding", "exons", ",", "all", "non", "-", "simple", "repeats", ",", "and", "five", "major", "repeats", "on", "the", "reference", "genome", "are", "attached", ".", "The", "CeRep55", "sequences", "were", "partially", "degenerate", ",", "and", "no", "clear", "ChIP", "signal", "for", "CSR", "-", "1", "was", "detected", "in", "CeRep55", "cluster", "#", "4", "on", "the", "X", "chromosome", "in", "the", "ce10", "reference", "genome", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B ChIP-seq data for CSR-1, SMC-1, COH-3/4, and histone H3K9me2 were compared with sub-populations in CSR-1-interacting small RNAs. Adult worms were used for experiments. ChIP signals on autosome III (A) and the X chromosome (B) from the WT hermaphrodites were visualized by aggregation plots with a bin size of 20 kbp. H3K9me2 ChIP signals derived from the him-8 mutant population rich in X0 males are shown in the lower part. The common ChIP regions computed from the technical duplicates were used for panels A, B, In the adult body, about half of the nuclei correspond to germ cells. Most H3K9me2 ChIP signals from the WT hermaphrodites were likely to originate in somatic cells because staining signals of H3K9me2 in adult hermaphrodites were detected abundantly in somatic cells and very weakly in the germline. Most meiosis-specific COH-3/4 ChIP signals were thought to originate in the germline. For comparison, aggregation plots were also constructed from the following sub-populations of CSR-1-interacting small RNAs: small RNAs mapped in sense orientation to coding genes (exons and introns), and repeat-derived small RNAs. The small RNA data merged from the technical duplicates were used for panels A and B. Densities of protein-coding exons, all non-simple repeats, and five major repeats on the reference genome are attached. The CeRep55 sequences were partially degenerate, and no clear ChIP signal for CSR-1 was detected in CeRep55 cluster #4 on the X chromosome in the ce10 reference genome."}
{"words": ["G", "Frequencies", "of", "small", "RNAs", "expressed", "from", "the", "major", "non", "-", "simple", "repeats", "were", "counted", "in", "the", "CSR", "-", "1", "and", "CSR", "-", "2", "complexes", "and", "the", "input", "cell", "lysates", ".", "The", "small", "RNA", "reads", "obtained", "by", "the", "experiments", "in", "were", "analyzed", ".", "The", "data", "from", "technical", "duplicates", "(", "#", "1", "and", "#", "2", ")", "are", "individually", "presented", ".", "The", "y", "-", "axis", "indicates", "reads", "per", "million", "(", "rpm", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "CIs", ".", "The", "red", "border", "indicates", "the", "expected", "value", "of", "non", "-", "specific", "recovery", ",", "which", "was", "predicted", "with", "the", "recovery", "rate", "of", "miRNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Frequencies of small RNAs expressed from the major non-simple repeats were counted in the CSR-1 and CSR-2 complexes and the input cell lysates. The small RNA reads obtained by the experiments in were analyzed. The data from technical duplicates (#1 and #2) are individually presented. The y-axis indicates reads per million (rpm). Error bars represent 95% CIs. The red border indicates the expected value of non-specific recovery, which was predicted with the recovery rate of miRNAs."}
{"words": ["F", "The", "CeRep55", "lncRNA", "signals", "partially", "colocalized", "with", "those", "of", "COH", "-", "3", "/", "4", "in", "hermaphrodites", ".", "Pachytene", "nuclei", "in", "the", "WT", "strain", "and", "the", "csr", "-", "2", ";", "csr", "-", "1", "double", "mutant", "were", "stained", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F The CeRep55 lncRNA signals partially colocalized with those of COH-3/4 in hermaphrodites. Pachytene nuclei in the WT strain and the csr-2; csr-1 double mutant were stained."}
{"words": ["H", "The", "CeRep55", "lncRNA", "signal", "was", "also", "detected", "at", "a", "region", "of", "the", "unpaired", "X", "chromosome", "where", "the", "CEC", "-", "5", "and", "COH", "-", "3", "/", "4", "signals", "overlapped", ".", "The", "pachytene", "chromosome", "showing", "the", "strongest", "CEC", "-", "5", "enrichment", "was", "considered", "to", "be", "the", "unpaired", "X", "chromosome", "in", "males", ".", "The", "RNA", "-", "directed", "in", "situ", "hybridizations", "were", "performed", "with", "stringent", "conditions", "that", "detected", "only", "long", "RNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H The CeRep55 lncRNA signal was also detected at a region of the unpaired X chromosome where the CEC-5 and COH-3/4 signals overlapped. The pachytene chromosome showing the strongest CEC-5 enrichment was considered to be the unpaired X chromosome in males. The RNA-directed in situ hybridizations were performed with stringent conditions that detected only long RNAs."}
{"words": ["Pachytene", "nuclei", "were", "analyzed", ".", "B", "Multicolor", "FISH", "using", "the", "5S", "rDNA", "and", "LGX", "-", "R", "probes", "in", "the", "csr", "-", "1", "(", "fj150", ")", "mutant", "and", "the", "csr", "-", "1", "(", "fj150", ")", ";", "CeRep55", "_", "X", "(", "Q", ")", "mutant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Pachytene nuclei were analyzed. B Multicolor FISH using the 5S rDNA and LGX-R probes in the csr-1(fj150) mutant and the csr-1(fj150); CeRep55_X(Q) mutant."}
{"words": ["Pachytene", "nuclei", "were", "analyzed", ".", "D", "Nuclei", "of", "male", "testes", "carrying", "an", "unpaired", "X", "chromosome", "were", "immunostained", "with", "an", "antibody", "against", "histone", "H3K9me2", ".", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "showing", "an", "extended", "state", "(", "arrow", ")", "were", "observed", "in", "the", "males", "of", "the", "CeRep55", "_", "X", "(", "Q", ")", "deletion", "mutant", "more", "frequently", "than", "in", "WT", "males", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Pachytene nuclei were analyzed. D Nuclei of male testes carrying an unpaired X chromosome were immunostained with an antibody against histone H3K9me2. H3K9me2-positive chromosomes showing an extended state (arrow) were observed in the males of the CeRep55_X(Q) deletion mutant more frequently than in WT males."}
{"words": ["Pachytene", "nuclei", "were", "analyzed", ".", "E", "In", "male", "pachytene", "nuclei", ",", "the", "relative", "frequency", "of", "extended", "chromosomes", "in", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "was", "examined", ".", "H3K9me2", "-", "positive", "chromosomes", "≥", "2", ".", "5", "µm", "were", "interpreted", "to", "be", "in", "an", "extended", "state", ".", "The", "number", "of", "nuclei", "counted", "is", "indicated", "by", "n", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "CIs", ".", "P", "-", "value", "(", "two", "-", "sided", ")", "was", "determined", "by", "two", "-", "proportion", "z", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Pachytene nuclei were analyzed. E In male pachytene nuclei, the relative frequency of extended chromosomes in H3K9me2-positive chromosomes was examined. H3K9me2-positive chromosomes ≥ 2.5 µm were interpreted to be in an extended state. The number of nuclei counted is indicated by n. Error bars represent 95% CIs. P-value (two-sided) was determined by two-proportion z-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Disintegration", "reaction", "(", "1", "hour", ")", "performed", "by", "RAG1", "aa", "216", "-", "1008", "R848M", "/", "E649V", ",", "RAG2", "aa", "1", "-", "361", "and", "full", "length", "human", "HMGB1", "with", "Mg2", "+", "or", "Mn2", "+", "at", "the", "indicated", "temperatures", ".", "Denaturing", "gel", "displays", "the", "fluorophore", "-", "labeled", "DNA", "strand", "from", "the", "RAG", "STC", "before", "(", "16", "nt", "band", ",", "lane", "2", ")", "and", "after", "(", "37", "nt", ")", "the", "disintegration", "reaction", ".", "Lane", "1", ",", "fluorophore", "-", "labeled", "37", "nt", "DNA", "marker", ".", "Representative", "of", "2", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Disintegration reaction (1 hour) performed by RAG1 aa 216-1008 R848M/E649V, RAG2 aa 1-361 and full length human HMGB1 with Mg2+ or Mn2+ at the indicated temperatures. Denaturing gel displays the fluorophore-labeled DNA strand from the RAG STC before (16 nt band, lane 2) and after (37 nt) the disintegration reaction. Lane 1, fluorophore-labeled 37 nt DNA marker. Representative of 2 independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "Results", "of", "in", "vivo", "plasmid", "-", "to", "-", "plasmid", "transposition", "assay", "using", "WT", "or", "R848M", "RAG1", "and", "the", "indicated", "forms", "of", "RAG2", "containing", "or", "lacking", "(", "∆", "L", ")", "the", "four", "amino", "acids", "at", "the", "tip", "of", "the", "333", "-", "342", "loop", ",", "performed", "as", "described", "in", "(", "Zhang", "et", "al", ".", ",", "2019", ")", ";", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Three", "biological", "replicates", "for", "each", "condition", "except", "in", "the", "last", "two", "columns", "where", "data", "from", "11", "biological", "replicates", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Results of in vivo plasmid-to-plasmid transposition assay using WT or R848M RAG1 and the indicated forms of RAG2 containing or lacking (∆L) the four amino acids at the tip of the 333-342 loop, performed as described in (Zhang et al., 2019); (****, p<0.0001). Three biological replicates for each condition except in the last two columns where data from 11 biological replicates are presented."}
{"words": ["(", "E", ")", "Results", "of", "in", "vivo", "plasmid", "-", "to", "-", "genome", "transposition", "assay", "using", "WT", "or", "R848M", "RAG1", "and", "different", "forms", "of", "RAG2", "as", "indicated", ".", "As", "previously", "demonstrated", "(", "Zhang", "et", "al", ".", ",", "2019", ")", ",", "R848", "(", "present", "in", "WT", "RAG1", ")", "and", "RAG2", "acidic", "hinge", "residues", "362", "-", "383", "each", "potently", "suppress", "transposition", ".", "Substantial", "transposition", "is", "observed", "with", "the", "combination", "of", "RAG1", "R848M", "and", "RAG2", "1", "-", "361", ",", "which", "is", "further", "increased", "by", "∆", "L", ";", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "=", "0", ".", "001", ")", ".", "Four", "biological", "replicates", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Results of in vivo plasmid-to-genome transposition assay using WT or R848M RAG1 and different forms of RAG2 as indicated. As previously demonstrated (Zhang et al., 2019), R848 (present in WT RAG1) and RAG2 acidic hinge residues 362-383 each potently suppress transposition. Substantial transposition is observed with the combination of RAG1 R848M and RAG2 1-361, which is further increased by ∆L; (***, p=0.001). Four biological replicates for each condition."}
{"words": ["(", "F", ")", "In", "vivo", "recombination", "activity", "in", "HEK293T", "cells", "of", "mouse", "wild", "-", "type", "RAG1", "or", "RAG1", "R848M", "with", "RAG2", "1", "-", "361", "or", "1", "-", "361", "∆", "L", ".", "(", "p", "=", "0", ".", "42", "for", "wild", "-", "type", "RAG1", "group", ",", "p", "=", "0", ".", "41", "for", "RAG1", "R848M", "group", ")", ".", "Three", "biological", "replicates", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) In vivo recombination activity in HEK293T cells of mouse wild-type RAG1 or RAG1 R848M with RAG2 1-361 or 1-361 ∆L. (p=0.42 for wild-type RAG1 group, p=0.41 for RAG1 R848M group). Three biological replicates for each condition."}
{"words": ["A", ".", "3D", "rendering", "of", "the", "cerebrovascular", "tree", "in", "brain", "slices", "from", "male", "P90", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "offspring", "stained", "with", "intravascular", "DiI", "(", "red", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "B", ".", "DiI", "-", "positive", "blood", "vessels", "geometry", "analysis", "-", "quantification", "of", "blood", "vessel", "number", ",", "diameter", "(", "mean", "and", "cumulative", "frequency", "distribution", ")", ",", "length", ",", "number", "of", "branch", "segments", "and", "average", "branch", "length", "-", "of", "P90", "male", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "offspring", ".", "Vessel", "number", "for", "Ctrl", "(", "20", ".", "93", "±", "1", ".", "73", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "27", ".", "41", "±", "1", ".", "99", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Mean", "diameter", "for", "Ctrl", "(", "5", ".", "58", "±", "0", ".", "01", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "4", ".", "96", "±", "0", ".", "01", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "0001", ".", "Total", "length", "of", "vessel", "per", "image", "for", "Ctrl", "(", "6", ".", "12", "±", "0", ".", "76", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "9", ".", "83", "±", "1", ".", "48", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Number", "of", "branches", "for", "Ctrl", "(", "9", ".", "60", "±", "0", ".", "54", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "15", ".", "80", "±", "1", ".", "21", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Average", "branch", "length", "for", "Ctrl", "(", "34", ".", "07", "±", "1", ".", "35", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "33", ".", "47", "±", "1", ".", "67", ")", "MIA", "offspring", ".", "C", ".", "3D", "rendering", "of", "the", "cerebrovascular", "tree", "in", "brain", "slices", "from", "female", "P90", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "offspring", "stained", "with", "intravascular", "DiI", "(", "red", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "D", ".", "DiI", "-", "positive", "blood", "vessels", "geometry", "analysis", "-", "quantification", "of", "blood", "vessel", "number", ",", "diameter", "(", "mean", "and", "cumulative", "frequency", "distribution", ")", ",", "length", ",", "number", "of", "branch", "segments", "and", "average", "branch", "length", "-", "of", "P90", "female", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "offspring", ".", "Vessel", "number", "for", "Ctrl", "(", "9", ".", "97", "±", "1", ".", "18", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "8", ".", "61", "±", "0", ".", "78", ")", "MIA", "offspring", ".", "Mean", "diameter", "for", "Ctrl", "(", "5", ".", "77", "±", "0", ".", "03", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "6", ".", "16", "±", "0", ".", "02", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "0001", ".", "Total", "length", "of", "vessel", "per", "image", "for", "Ctrl", "(", "3", ".", "23", "±", "0", ".", "50", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "2", ".", "97", "±", "0", ".", "30", ")", "MIA", "offspring", ".", "Number", "of", "branches", "for", "Ctrl", "(", "10", ".", "50", "±", "0", ".", "87", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "7", ".", "24", "±", "0", ".", "44", ")", "MIA", "offspring", ".", "Average", "branch", "length", "for", "Ctrl", "(", "38", ".", "06", "±", "2", ".", "17", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "46", ".", "93", "±", "1", ".", "49", ")", "MIA", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "In", "Fig", ".", "1", "B", "and", "D", "black", "dotted", "lines", "represent", "the", "Ctrl", "while", "the", "blue", "and", "purple", "solid", "line", "represent", "the", "male", "Poly", "I", ":", "C", "and", "female", "Poly", "I", ":", "C", "offspring", "respectively", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. 3D rendering of the cerebrovascular tree in brain slices from male P90 Ctrl and Poly I:C MIA offspring stained with intravascular DiI (red). Scale bar = 50 µm. B. DiI-positive blood vessels geometry analysis - quantification of blood vessel number, diameter (mean and cumulative frequency distribution), length, number of branch segments and average branch length - of P90 male Ctrl and Poly I:C MIA offspring. Vessel number for Ctrl (20.93 ± 1.73) and Poly I:C (27.41 ± 1.99) MIA offspring, Mann-Whitney U test, **p < .01. Mean diameter for Ctrl (5.58 ± 0.01) and Poly I:C (4.96 ± 0.01) MIA offspring, Mann-Whitney U test, ****p < .0001. Total length of vessel per image for Ctrl (6.12 ± 0.76) and Poly I:C (9.83 ± 1.48) MIA offspring, Mann-Whitney U test, **p < .01. Number of branches for Ctrl (9.60 ± 0.54) and Poly I:C (15.80 ± 1.21) MIA offspring, Mann-Whitney U test, *p < .05. Average branch length for Ctrl (34.07 ± 1.35) and Poly I:C (33.47 ± 1.67) MIA offspring. C. 3D rendering of the cerebrovascular tree in brain slices from female P90 Ctrl and Poly I:C MIA offspring stained with intravascular DiI (red). Scale bar = 50 µm. D. DiI-positive blood vessels geometry analysis - quantification of blood vessel number, diameter (mean and cumulative frequency distribution), length, number of branch segments and average branch length - of P90 female Ctrl and Poly I:C MIA offspring. Vessel number for Ctrl (9.97 ± 1.18) and Poly I:C (8.61 ± 0.78) MIA offspring. Mean diameter for Ctrl (5.77 ± 0.03) and Poly I:C (6.16 ± 0.02) MIA offspring, Mann-Whitney U test, ****p < .0001. Total length of vessel per image for Ctrl (3.23 ± 0.50) and Poly I:C (2.97 ± 0.30) MIA offspring. Number of branches for Ctrl (10.50 ± 0.87) and Poly I:C (7.24 ± 0.44) MIA offspring. Average branch length for Ctrl (38.06 ± 2.17) and Poly I:C (46.93 ± 1.49) MIA offspring, Mann-Whitney U test, ***p < .001. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. In Fig.1 B and D black dotted lines represent the Ctrl while the blue and purple solid line represent the male Poly I:C and female Poly I:C offspring respectively. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "in", "-", "vivo", "brain", "permeability", "at", "P30", "in", "male", "Ctrl", "(", "0", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "3", ".", "68", "±", "1", ".", "98", ")", "treated", "offspring", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "p", "=", "0", ".", "060", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of in-vivo brain permeability at P30 in male Ctrl (0.00 ± 0.00) and Poly I:C (3.68 ± 1.98) treated offspring, Mann-Whitney U test, p=0.060. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["F", ".", "Quantification", "of", "Evans", "Blue", "(", "EB", ")", "analysis", "of", "in", "-", "vivo", "brain", "permeability", "at", "P90", "(", "top", ")", "and", "representative", "pictures", "(", "bottom", ")", "of", "perfused", "brains", "from", "Male", "Ctrl", "(", "left", ";", "0", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "right", ";", "20", ".", "32", "±", "10", ".", "95", ")", "offspring", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "In", "accompanying", "pseudocolor", "images", "-", "blue", "pixels", "are", "represented", "as", "a", "gradient", "of", "light", "-", "to", "-", "dark", "blue", "depending", "on", "the", "intensity", "of", "the", "color", "in", "the", "original", "photo", "while", "the", "absence", "of", "blue", "tones", "is", "represented", "as", "green", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Quantification of Evans Blue (EB) analysis of in-vivo brain permeability at P90 (top) and representative pictures (bottom) of perfused brains from Male Ctrl (left; 0.00 ± 0.00) and Poly I:C (right; 20.32 ± 10.95) offspring. Mann-Whitney U test, *p < .05. In accompanying pseudocolor images - blue pixels are represented as a gradient of light-to-dark blue depending on the intensity of the color in the original photo while the absence of blue tones is represented as green. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["G", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "Claudin", "-", "5", "(", "CLDN5", ")", "immunoreactive", "bands", "normalized", "to", "Calnexin", "(", "CANX", ")", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "0", ".", "99", "±", "0", ".", "09", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "58", "±", "0", ".", "05", ")", "offspring", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Quantitative analysis of the optical density of Claudin-5 (CLDN5) immunoreactive bands normalized to Calnexin (CANX) in cortices from P90 male Ctrl (0.99 ± 0.09) and Poly I:C (0.58 ± 0.05) offspring. Mann-Whitney U test, **p < .01. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["H", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "ZO", "-", "1", "immunoreactive", "bands", "normalized", "by", "α", "-", "Tubulin", "(", "αTUB", ")", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "04", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "75", "±", "0", ".", "08", ")", "offspring", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Quantitative analysis of the optical density of ZO-1 immunoreactive bands normalized by α-Tubulin (αTUB) in cortices from P90 male Ctrl (1.00 ± 0.04) and Poly I:C (0.75 ± 0.08) offspring. Student's t test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["I", ".", "Quantification", "of", "in", "-", "vivo", "brain", "permeability", "at", "P30", "in", "female", "Ctrl", "(", "0", ".", "58", "±", "0", ".", "17", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "31", "±", "0", ".", "14", ")", "treated", "offspring", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Quantification of in-vivo brain permeability at P30 in female Ctrl (0.58 ± 0.17) and Poly I:C (0.31 ± 0.14) treated offspring. Data information: Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["J", ".", "Quantification", "of", "Evans", "Blue", "(", "EB", ")", "analysis", "of", "in", "-", "vivo", "brain", "permeability", "at", "P90", "(", "top", ")", "and", "representative", "pictures", "(", "bottom", ")", "of", "perfused", "brains", "from", "Female", "Ctrl", "(", "left", ";", "0", ".", "70", "±", "0", ".", "47", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "right", ";", "0", ".", "10", "±", "0", ".", "10", ")", "offspring", ".", "In", "accompanying", "pseudocolor", "images", "-", "blue", "pixels", "are", "represented", "as", "a", "gradient", "of", "light", "-", "to", "-", "dark", "blue", "depending", "on", "the", "intensity", "of", "the", "color", "in", "the", "original", "photo", "while", "the", "absence", "of", "blue", "tones", "is", "represented", "as", "green", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Quantification of Evans Blue (EB) analysis of in-vivo brain permeability at P90 (top) and representative pictures (bottom) of perfused brains from Female Ctrl (left; 0.70 ± 0.47) and Poly I:C (right; 0.10 ± 0.10) offspring. In accompanying pseudocolor images - blue pixels are represented as a gradient of light-to-dark blue depending on the intensity of the color in the original photo while the absence of blue tones is represented as green. Data information: Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["K", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "Claudin", "-", "5", "(", "CLDN5", ")", "immunoreactive", "bands", "normalized", "by", "CANX", "in", "cortices", "from", "P90", "female", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", ".", "39", "±", "0", ".", "13", ")", "offspring", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. Quantitative analysis of the optical density of Claudin-5 (CLDN5) immunoreactive bands normalized by CANX in cortices from P90 female Ctrl (1.00 ± 0.16) and Poly I:C (1.39 ± 0.13) offspring. Data information: Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["L", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "ZO", "-", "1", "immunoreactive", "bands", "normalized", "by", "αTUB", "in", "cortices", "from", "P90", "female", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "11", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", ".", "19", "±", "0", ".", "19", ")", "offspring", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Quantitative analysis of the optical density of ZO-1 immunoreactive bands normalized by αTUB in cortices from P90 female Ctrl (1.00 ± 0.11) and Poly I:C (1.19 ± 0.19) offspring. Data information: Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["M", ".", "Representative", "images", "of", "P90", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "male", "offspring", "cortices", "stained", "for", "TJs", "proteins", ".", "Claudin", "-", "5", "(", "top", "-", "green", ")", "and", "ZO", "-", "1", "(", "bottom", "-", "red", ")", "-", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "N", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "mean", "intensity", "of", "CLDN5", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "75", ".", "14", "±", "1", ".", "08", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "67", ".", "39", "±", "2", ".", "00", ")", "offspring", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "O", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "CLDN5", "signal", "volume", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "5", ".", "54", "±", "0", ".", "59", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "3", ".", "70", "±", "0", ".", "48", ")", "offspring", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "P", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "mean", "intensity", "of", "ZO", "-", "1", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "73", ".", "16", "±", "0", ".", "59", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "73", ".", "86", "±", "1", ".", "94", ")", "offspring", ".", "Q", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "ZO", "-", "1", "signal", "volume", "in", "cortices", "from", "P90", "male", "Ctrl", "(", "23", ".", "29", "±", "1", ".", "42", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "16", ".", "78", "±", "2", ".", "18", ")", "offspring", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. Representative images of P90 Ctrl and Poly I:C male offspring cortices stained for TJs proteins. Claudin-5 (top-green) and ZO-1 (bottom-red) - Scale bar = 10 µm. N. Quantitative analysis of mean intensity of CLDN5 in cortices from P90 male Ctrl (75.14 ± 1.08) and Poly I:C (67.39 ± 2.00) offspring. Student's t test, *p < .05. O. Quantitative analysis of the CLDN5 signal volume in cortices from P90 male Ctrl (5.54 ± 0.59) and Poly I:C (3.70 ± 0.48) offspring. Student's t test, *p < .05. P. Quantitative analysis of mean intensity of ZO-1 in cortices from P90 male Ctrl (73.16 ± 0.59) and Poly I:C (73.86 ± 1.94) offspring. Q. Quantitative analysis of the ZO-1 signal volume in cortices from P90 male Ctrl (23.29 ± 1.42) and Poly I:C (16.78 ± 2.18) offspring. Student's t test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["T", ".", "[", "Left", "]", "Quantification", "of", "in", "-", "vivo", "cerebrovascular", "permeability", "to", "EB", "of", "P90", "Ctrl", "(", "0", ".", "16", "±", "0", ".", "16", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "-", "treated", "(", "0", ".", "89", "±", "0", ".", "89", ")", "males", "injected", "at", "P20", ".", "[", "Right", "]", "Representative", "pictures", "of", "saline", "perfused", "brains", "24h", "after", "the", "EB", "injection", "accompanied", "by", "pseudocolor", "images", "-", "blue", "pixels", "are", "represented", "as", "a", "gradient", "of", "light", "-", "to", "-", "dark", "blue", "depending", "on", "the", "intensity", "of", "the", "color", "in", "the", "original", "photo", "while", "the", "absence", "of", "blue", "tones", "is", "represented", "as", "green", "-", "from", "Ctrl", "(", "top", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "bottom", ")", "male", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "T. [Left] Quantification of in-vivo cerebrovascular permeability to EB of P90 Ctrl (0.16 ± 0.16) and Poly I:C-treated (0.89 ± 0.89) males injected at P20. [Right] Representative pictures of saline perfused brains 24h after the EB injection accompanied by pseudocolor images - blue pixels are represented as a gradient of light-to-dark blue depending on the intensity of the color in the original photo while the absence of blue tones is represented as green - from Ctrl (top) and Poly I:C (bottom) male mice. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["U", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "CLDN5", "immunoreactive", "bands", "normalized", "to", "CANX", "in", "cortices", "from", "P90", "Ctrl", "(", "0", ".", "99", "±", "0", ".", "12", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "98", "±", "0", ".", "10", ")", "males", "treated", "at", "P20", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U. Quantitative analysis of the optical density of CLDN5 immunoreactive bands normalized to CANX in cortices from P90 Ctrl (0.99 ± 0.12) and Poly I:C (0.98 ± 0.10) males treated at P20. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["V", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "optical", "density", "of", "ZO", "-", "1", "immunoreactive", "bands", "normalized", "to", "CANX", "in", "cortices", "from", "P90", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "11", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "73", "±", "0", ".", "05", ")", "males", "treated", "at", "P20", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "images", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "V. Quantitative analysis of the optical density of ZO-1 immunoreactive bands normalized to CANX in cortices from P90 Ctrl (1.00 ± 0.11) and Poly I:C (0.73 ± 0.05) males treated at P20. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and images (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["A", ".", "qPCR", "analyses", "of", "GD9", "+", "6h", "male", "embryos", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "17", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "89", "±", "0", ".", "23", "N", "=", "13", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "35", "±", "0", ".", "31", "N", "=", "11", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "19", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "15", "±", "0", ".", "04", "N", "=", "8", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ")", ",", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "23", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "10", "±", "0", ".", "18", "N", "=", "13", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "21", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "76", "±", "0", ".", "22", "N", "=", "10", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "28", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "37", "±", "0", ".", "28", "N", "=", "13", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "51", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "73", "±", "0", ".", "19", "N", "=", "10", ")", ",", "Foxf2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "45", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "46", "±", "0", ".", "18", "N", "=", "13", ")", "mRNAs", ".", "B", ".", "qPCR", "analyses", "of", "E17", "male", "cortices", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "63", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "3", ".", "07", "±", "1", ".", "58", "N", "=", "8", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "23", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "3", ".", "33", "±", "0", ".", "79", "N", "=", "9", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "10", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "70", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "5", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "75", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "05", "±", "0", ".", "96", "N", "=", "9", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "15", ".", "27", "±", "5", ".", "75", "N", "=", "7", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ")", ",", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "3", ".", "82", "±", "1", ".", "05", "N", "=", "6", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "10", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "10", ".", "58", "±", "6", ".", "73", "N", "=", "8", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ")", ";", "Foxf2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "06", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "60", "±", "0", ".", "57", "N", "=", "8", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", "mRNAs", ".", "C", ".", "qPCR", "analyses", "of", "P90", "male", "cortices", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "18", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "85", "±", "0", ".", "08", "N", "=", "8", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "93", "±", "0", ".", "11", "N", "=", "8", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "07", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "75", "±", "0", ".", "06", "N", "=", "8", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ";", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "11", "±", "0", ".", "17", "N", "=", "4", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "37", "±", "0", ".", "47", "N", "=", "7", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ";", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "4", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "19", "±", "0", ".", "26", "N", "=", "7", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "18", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "78", "±", "0", ".", "50", "N", "=", "11", ")", "mRNAs", ".", "D", ".", "qPCR", "analyses", "of", "GD9", "+", "6h", "female", "embryos", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "22", "±", "0", ".", "50", "N", "=", "6", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "32", "±", "0", ".", "57", "N", "=", "6", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "38", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "29", "±", "0", ".", "03", "N", "=", "5", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "36", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "31", "±", "0", ".", "47", "N", "=", "6", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "63", "±", "0", ".", "42", "N", "=", "7", ")", ",", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "33", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "75", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "6", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "33", "±", "0", ".", "51", "N", "=", "6", ")", ",", "Foxf2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "28", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "71", "±", "0", ".", "52", "N", "=", "6", ")", "mRNAs", ".", "E", ".", "qPCR", "analyses", "of", "E17", "female", "cortices", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "34", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "27", "±", "0", ".", "08", "N", "=", "8", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "04", "±", "0", ".", "28", "N", "=", "9", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "70", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "32", "±", "0", ".", "13", "N", "=", "5", ")", ",", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "38", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "19", "±", "0", ".", "07", "N", "=", "9", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "33", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "09", "±", "0", ".", "03", "N", "=", "6", ")", ",", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "32", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "45", "±", "0", ".", "11", "N", "=", "8", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "38", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "40", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "9", ")", ",", "Foxf2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "18", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "04", "±", "0", ".", "28", "N", "=", "8", ")", "mRNAs", ".", "F", ".", "qPCR", "analyses", "of", "P90", "female", "cortices", "for", ":", "Pecam1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "15", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "69", "±", "0", ".", "15", "N", "=", "5", ")", ",", "CD248", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "13", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "58", "±", "0", ".", "09", "N", "=", "5", ")", ",", "Vegfa", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "38", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "53", "±", "0", ".", "38", "N", "=", "8", ")", ",", "Pdfgb", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "77", "±", "0", ".", "35", "N", "=", "17", ")", ",", "Tgfb1", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "26", "N", "=", "13", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "30", "±", "0", ".", "23", "N", "=", "14", ")", ",", "Tgfb2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "11", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "59", "±", "0", ".", "06", "N", "=", "4", ")", ",", "Tgfb3", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "45", "N", "=", "11", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "51", "±", "0", ".", "06", "N", "=", "4", ")", "mRNAs", ".", "G", ".", "qPCR", "analyses", "of", "GD9", "+", "6h", "male", "embryos", "for", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "10", "±", "0", ".", "57", "N", "=", "17", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "39", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "10", ".", "84", "±", "4", ".", "70", "N", "=", "6", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "3", ".", "60", "±", "1", ".", "58", "N", "=", "11", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "17", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "82", "±", "0", ".", "12", "N", "=", "7", ")", "mRNAs", ".", "H", ".", "qPCR", "analyses", "of", "E17", "male", "cortices", "for", ":", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "77", "±", "0", ".", "53", "N", "=", "11", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "21", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "33", "±", "0", ".", "33", "N", "=", "8", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "25", "N", "=", "10", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "82", "±", "0", ".", "40", "N", "=", "18", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "24", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "17", "±", "0", ".", "43", "N", "=", "8", ")", "mRNAs", ".", "I", ".", "qPCR", "analyses", "of", "P90", "male", "cortices", "for", ":", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "24", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "51", "±", "0", ".", "26", "N", "=", "10", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "8", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "19", "±", "0", ".", "34", "N", "=", "8", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "31", "N", "=", "18", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "30", "±", "0", ".", "50", "N", "=", "14", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "27", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "40", "±", "0", ".", "70", "N", "=", "8", ")", "mRNAs", ".", "J", ".", "qPCR", "analyses", "of", "GD9", "+", "6h", "female", "embryos", "for", ":", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "93", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "03", "±", "0", ".", "00", "N", "=", "4", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "61", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "17", "±", "0", ".", "04", "N", "=", "7", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "25", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "33", "±", "0", ".", "11", "N", "=", "7", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "48", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "59", "±", "0", ".", "24", "N", "=", "5", ")", "mRNAs", ".", "K", ".", "qPCR", "analyses", "of", "E17", "female", "cortices", "for", ":", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "31", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "38", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "12", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "30", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "05", "±", "0", ".", "35", "N", "=", "7", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "55", "N", "=", "6", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "45", "±", "0", ".", "22", "N", "=", "6", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "26", "N", "=", "7", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "94", "±", "0", ".", "14", "N", "=", "8", ")", "mRNAs", ".", "L", ".", "qPCR", "analyses", "of", "P90", "female", "cortices", "for", "Il1α", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "08", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "32", "±", "0", ".", "11", "N", "=", "9", ")", ",", "Il1β", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "13", "N", "=", "5", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "65", "±", "0", ".", "09", "N", "=", "8", ")", ",", "Il1rn", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "61", "N", "=", "4", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "85", "±", "0", ".", "29", "N", "=", "7", ")", ",", "Il6", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "11", "N", "=", "9", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "28", "±", "0", ".", "20", "N", "=", "20", ")", "mRNAs", ".", "Values", "are", "normalized", "over", "control", "(", "dashed", "line", ")", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. qPCR analyses of GD9+6h male embryos for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.17 N=8, Poly I:C = 0.89 ± 0.23 N=13), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.20 N=6, Poly I:C = 1.35 ± 0.31 N=11), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.19 N=8, Poly I:C = 0.15 ± 0.04 N=8, Student's t test, ***p < .001), Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.23 N=5, Poly I:C = 1.10 ± 0.18 N=13), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.21 N=7, Poly I:C = 1.76 ± 0.22 N=10, Mann-Whitney U test, *p < .05), Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.28 N=6, Poly I:C = 1.37 ± 0.28 N=13), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.51 N=6, Poly I:C = 0.73 ± 0.19 N=10), Foxf2 (Ctrl = 1.00 ± 0.45 N=8, Poly I:C = 0.46 ± 0.18 N=13) mRNAs. B. qPCR analyses of E17 male cortices for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.63 N=10, Poly I:C = 3.07 ± 1.58 N=8; Mann-Whitney U test, *p < .05), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.23 N=10, Poly I:C = 3.33 ± 0.79 N=9; Mann-Whitney U test, **p < .01), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.10 N=8, Poly I:C = 1.70 ± 0.29 N=5; Mann-Whitney U test, *p < .05), Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.75 N=9, Poly I:C = 2.05 ± 0.96 N=9; Mann-Whitney U test, *p < .05), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.16 N=7, Poly I:C = 15.27 ± 5.75 N=7; Mann-Whitney U test, ***p < .001), Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.16 N=8, Poly I:C = 3.82 ± 1.05 N=6; Mann-Whitney U test, *p < .05), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.10 N=9, Poly I:C = 10.58 ± 6.73 N=8; Mann-Whitney U test, ***p < .001); Foxf2 (Ctrl = 1.00 ± 0.06 N=5, Poly I:C = 2.60 ± 0.57 N=8; Mann-Whitney U test, *p < .05) mRNAs. C. qPCR analyses of P90 male cortices for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.18 N=8, Poly I:C = 0.85 ± 0.08 N=8), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.20 N=9, Poly I:C = 0.93 ± 0.11 N=8), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.07 N=8, Poly I:C = 0.75 ± 0.06 N=8; Mann-Whitney U test, *p < .05); Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.20 N=8, Poly I:C = 1.11 ± 0.17 N=4), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.29 N=5, Poly I:C = 2.37 ± 0.47 N=7; Mann-Whitney U test, *p < .05); Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.29 N=4, Poly I:C = 1.19 ± 0.26 N=7), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.18 N=10, Poly I:C = 1.78 ± 0.50 N=11) mRNAs. D. qPCR analyses of GD9+6h female embryos for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=10, Poly I:C = 2.22 ± 0.50 N=6), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=10, Poly I:C = 2.32 ± 0.57 N=6; Mann-Whitney U test, *p < .05), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.38 N=8, Poly I:C = 0.29 ± 0.03 N=5; Mann-Whitney U test, *p < .05), Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.36 N=10, Poly I:C = 1.31 ± 0.47 N=6), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.16 N=8, Poly I:C = 1.63 ± 0.42 N=7), Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.33 N=9, Poly I:C = 1.75 ± 0.29 N=6; Mann-Whitney U test, *p < .05), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.29 N=9, Poly I:C = 1.33 ± 0.51 N=6), Foxf2 (Ctrl = 1.00 ± 0.28 N=9, Poly I:C = 1.71 ± 0.52 N=6) mRNAs. E. qPCR analyses of E17 female cortices for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.34 N=6, Poly I:C = 0.27 ± 0.08 N=8), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=8, Poly I:C = 1.04 ± 0.28 N=9), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.70 N=5, Poly I:C = 0.32 ± 0.13 N=5), Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.38 N=6, Poly I:C = 0.19 ± 0.07 N=9), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.33 N=5, Poly I:C = 0.09 ± 0.03 N=6), Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.32 N=7, Poly I:C = 0.45 ± 0.11 N=8), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.38 N=7, Poly I:C = 0.40 ± 0.20 N=9), Foxf2 (Ctrl = 1.00 ± 0.18 N=5, Poly I:C = 1.04 ± 0.28 N=8) mRNAs. F. qPCR analyses of P90 female cortices for: Pecam1 (Ctrl = 1.00 ± 0.15 N=5, Poly I:C = 0.69 ± 0.15 N=5), CD248 (Ctrl = 1.00 ± 0.13 N=5, Poly I:C = 0.58 ± 0.09 N=5), Vegfa (Ctrl = 1.00 ± 0.38 N=6, Poly I:C = 1.53 ± 0.38 N=8), Pdfgb (Ctrl = 1.00 ± 0.16 N=9, Poly I:C = 1.77 ± 0.35 N=17), Tgfb1 (Ctrl = 1.00 ± 0.26 N=13, Poly I:C = 1.30 ± 0.23 N=14), Tgfb2 (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=11, Poly I:C = 0.59 ± 0.06 N=4), Tgfb3 (Ctrl = 1.00 ± 0.45 N=11, Poly I:C = 0.51 ± 0.06 N=4) mRNAs. G. qPCR analyses of GD9+6h male embryos for Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.29 N=7, Poly I:C = 2.10 ± 0.57 N=17), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.39 N=6, Poly I:C = 10.84 ± 4.70 N=6; Mann-Whitney U test, **p < .01), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=7, Poly I:C = 3.60 ± 1.58 N=11), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.17 N=6, Poly I:C = 0.82 ± 0.12 N=7) mRNAs. H. qPCR analyses of E17 male cortices for: Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=9, Poly I:C = 1.77 ± 0.53 N=11), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.21 N=7, Poly I:C = 1.33 ± 0.33 N=8), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.25 N=10, Poly I:C = 0.82 ± 0.40 N=18), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.24 N=7, Poly I:C = 2.17 ± 0.43 N=8) mRNAs. I. qPCR analyses of P90 male cortices for: Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.24 N=8, Poly I:C = 1.51 ± 0.26 N=10), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=8, Poly I:C = 1.19 ± 0.34 N=8), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.31 N=18, Poly I:C = 1.30 ± 0.50 N=14), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.27 N=7, Poly I:C = 2.40 ± 0.70 N=8) mRNAs. J. qPCR analyses of GD9+6h female embryos for: Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.93 N=6, Poly I:C = 0.03 ± 0.00 N=4), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.61 N=5, Poly I:C = 0.17 ± 0.04 N=7), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.25 N=9, Poly I:C = 0.33 ± 0.11 N=7), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.48 N=7, Poly I:C = 0.59 ± 0.24 N=5) mRNAs. K. qPCR analyses of E17 female cortices for: Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.31 N=5, Poly I:C = 1.38 ± 0.20 N=12), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.30 N=5, Poly I:C = 1.05 ± 0.35 N=7), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.55 N=6, Poly I:C = 0.45 ± 0.22 N=6), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.26 N=7, Poly I:C = 0.94 ± 0.14 N=8) mRNAs. L. qPCR analyses of P90 female cortices for Il1α (Ctrl = 1.00 ± 0.08 N=5, Poly I:C = 1.32 ± 0.11 N=9), Il1β (Ctrl = 1.00 ± 0.13 N=5, Poly I:C = 0.65 ± 0.09 N=8), Il1rn (Ctrl = 1.00 ± 0.61 N=4, Poly I:C = 0.85 ± 0.29 N=7), Il6 (Ctrl = 1.00 ± 0.11 N=9, Poly I:C = 1.28 ± 0.20 N=20) mRNAs. Values are normalized over control (dashed line). Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["M", ".", "ELISA", "quantification", "of", "total", "TGF", "-", "β1", "in", "E17", "male", "embryos", "brains", "as", "pg", "/", "mL", "(", "Ctrl", "=", "132", ".", "6", "±", "18", ".", "14", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "129", ".", "6", "±", "8", ".", "62", ")", ".", "N", ".", "ELISA", "quantification", "of", "active", "free", "TGF", "-", "β1", "in", "E17", "male", "embryos", "brains", "as", "pg", "/", "mL", "(", "Ctrl", "=", "undetectable", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "92", "±", "0", ".", "25", ")", ".", "O", ".", "ELISA", "quantification", "of", "total", "TGF", "-", "β1", "in", "E17", "female", "embryos", "brains", "as", "pg", "/", "mL", "(", "Ctrl", "=", "177", ".", "6", "±", "10", ".", "88", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "134", ".", "4", "±", "13", ".", "59", ")", ".", "P", ".", "ELISA", "quantification", "of", "active", "free", "TGF", "-", "β1", "in", "E17", "female", "embryos", "brains", "as", "pg", "/", "mL", "(", "undetectable", ")", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. ELISA quantification of total TGF-β1 in E17 male embryos brains as pg/mL (Ctrl = 132.6 ± 18.14, Poly I:C = 129.6 ± 8.62). N. ELISA quantification of active free TGF-β1 in E17 male embryos brains as pg/mL (Ctrl = undetectable, Poly I:C = 0.92 ± 0.25). O. ELISA quantification of total TGF-β1 in E17 female embryos brains as pg/mL (Ctrl = 177.6 ± 10.88, Poly I:C = 134.4 ± 13.59). P. ELISA quantification of active free TGF-β1 in E17 female embryos brains as pg/mL (undetectable). Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["Q", "-", "S", ".", "Western", "Blotting", "quantification", "of", "SMAD", "proteins", "in", "E17", "male", "cortices", "for", "(", "Q", ")", "pSMAD1", "-", "5", "(", "Ctrl", "=", "0", ".", "99", "±", "0", ".", "21", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "2", ".", "67", "±", "0", ".", "46", ")", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ",", "(", "R", ")", "pSMAD2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "04", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "88", "±", "0", ".", "24", ")", ",", "(", "S", ")", "SMAD4", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "12", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "96", "±", "0", ".", "21", ")", ".", "Protein", "levels", "were", "normalized", "to", "GAPDH", ".", "T", "-", "V", ".", "Western", "Blotting", "quantification", "of", "SMAD", "proteins", "in", "E17", "female", "cortices", "for", "(", "T", ")", "pSMAD1", "-", "5", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "02", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "70", "±", "0", ".", "18", ")", ",", "(", "U", ")", "pSMAD2", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "01", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "09", "±", "0", ".", "12", ")", ",", "(", "V", ")", "SMAD4", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "16", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "46", "±", "0", ".", "57", ".", "Protein", "levels", "were", "normalized", "to", "GAPDH", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Q-S. Western Blotting quantification of SMAD proteins in E17 male cortices for (Q) pSMAD1-5 (Ctrl = 0.99 ± 0.21, Poly I:C = 2.67 ± 0.46); Mann-Whitney U test, *p < .05, (R) pSMAD2 (Ctrl = 1.00 ± 0.04, Poly I:C = 0.88 ± 0.24), (S) SMAD4 (Ctrl = 1.00 ± 0.12, Poly I:C = 0.96 ± 0.21). Protein levels were normalized to GAPDH. T-V. Western Blotting quantification of SMAD proteins in E17 female cortices for (T) pSMAD1-5 (Ctrl = 1.00 ± 0.02, Poly I:C = 0.70 ± 0.18), (U) pSMAD2 (Ctrl = 1.00 ± 0.01, Poly I:C = 1.09 ± 0.12), (V) SMAD4(Ctrl = 1.00 ± 0.16, Poly I:C = 1.46 ± 0.57. Protein levels were normalized to GAPDH. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["A", ".", "TEER", "of", "the", "in", "vitro", "BBB", "models", "composed", "by", "a", "monolayer", "of", "ECs", "sorted", "from", "E17", "Male", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "02", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "92", "±", "0", ".", "04", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "1", ".", "15", "±", "0", ".", "04", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "07", ")", "offspring", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "male", "Ctrl", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. TEER of the in vitro BBB models composed by a monolayer of ECs sorted from E17 Male Ctrl (1.00 ± 0.02), Male Poly I:C (0.92 ± 0.04), Female Ctrl (1.15 ± 0.04), Female Poly I:C (1.00 ± 0.07) offspring. Data are normalized to male Ctrl. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Poly I:C males = blu bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Cells derived from Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["B", ".", "Permeability", "to", "10", "kDa", "Dextran", "of", "the", "in", "vitro", "BBB", "models", "composed", "by", "a", "monolayer", "of", "sorted", "ECs", "from", "Male", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "06", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", ".", "13", "±", "0", ".", "02", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "97", "±", "0", ".", "05", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "95", "±", "0", ".", "01", ")", "offspring", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "male", "Ctrl", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Permeability to 10 kDa Dextran of the in vitro BBB models composed by a monolayer of sorted ECs from Male Ctrl (1.00 ± 0.06), Male Poly I:C (1.13 ± 0.02), Female Ctrl (0.97 ± 0.05), Female Poly I:C (0.95 ± 0.01) offspring. Mann-Whitney U test, *p < .05. Data are normalized to male Ctrl. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Poly I:C males = blu bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Cells derived from Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["C", ".", "TEER", "of", "barriers", "composed", "of", "bEND", ".", "3", "alone", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ")", "or", "co", "-", "cultured", "with", "sorted", "PCs", "from", "Male", "Ctrl", "(", "1", ".", "17", "±", "0", ".", "07", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "95", "±", "0", ".", "05", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "1", ".", "15", "±", "0", ".", "08", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "1", ".", "15", "±", "0", ".", "08", ")", "offspring", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "bEnd", ".", "3", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. TEER of barriers composed of bEND.3 alone (1.00 ± 0.00) or co-cultured with sorted PCs from Male Ctrl (1.17 ± 0.07), Male Poly I:C (0.95 ± 0.05), Female Ctrl (1.15 ± 0.08), Female Poly I:C (1.15 ± 0.08) offspring. Mann-Whitney U test, *p < .05. Data are normalized to bEnd.3. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Poly I:C males = blu bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Cells derived from Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["D", ".", "Permeability", "to", "10", "kDa", "Dextran", "of", "barriers", "composed", "by", "a", "monolayer", "of", "bEND", ".", "3", "alone", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "06", ")", "or", "co", "-", "cultured", "with", "sorted", "PCs", "from", "Male", "Ctrl", "(", "0", ".", "47", "±", "0", ".", "09", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "46", "±", "0", ".", "07", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "46", "±", "0", ".", "11", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "65", "±", "0", ".", "05", ")", "offspring", ".", "One", "sample", "t", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "bEnd", ".", "3", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Permeability to 10 kDa Dextran of barriers composed by a monolayer of bEND.3 alone (1.00 ± 0.06) or co-cultured with sorted PCs from Male Ctrl (0.47 ± 0.09), Male Poly I:C (0.46 ± 0.07), Female Ctrl (0.46 ± 0.11), Female Poly I:C (0.65 ± 0.05) offspring. One sample t test, **p < .01. Data are normalized to bEnd.3. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Poly I:C males = blu bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Cells derived from Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["E", ".", "TEER", "(", "Ω", ".", "cm2", ")", "was", "monitored", "over", "72h", "treatment", "with", "TGF", "-", "β1", "and", "normalized", "to", "baseline", "in", "BBB", "models", "composed", "by", "a", "monolayer", "of", "sorted", "ECs", "from", "Male", "(", "72h", "TGF", "-", "β1", "=", "82", ".", "85", "±", "1", ".", "56", ")", "or", "Female", "(", "72h", "TGF", "-", "β1", "=", "85", ".", "92", "±", "2", ".", "03", ")", "embryos", ".", "The", "insert", "shows", "the", "values", "at", "72h", "(", "bars", ")", "normalized", "to", "the", "0h", "values", "(", "dashed", "line", ")", ".", "One", "sample", "t", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "In", "Fig", ".", "3", "E", "blue", "and", "purple", "dotted", "lines", "represent", "cells", "derived", "from", "male", "and", "female", "brain", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. TEER (Ω.cm2) was monitored over 72h treatment with TGF-β1 and normalized to baseline in BBB models composed by a monolayer of sorted ECs from Male (72h TGF-β1 = 82.85 ± 1.56) or Female (72h TGF-β1 = 85.92 ± 2.03) embryos. The insert shows the values at 72h (bars) normalized to the 0h values (dashed line). One sample t test, ***p < .001, ****p < .0001. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. In Fig.3 E blue and purple dotted lines represent cells derived from male and female brain respectively."}
{"words": ["F", ".", "TEER", "(", "Ω", ".", "cm2", ")", "was", "monitored", "over", "72h", "treatment", "with", "TGF", "-", "β1", "and", "normalized", "to", "baseline", "in", "barrier", "models", "composed", "by", "a", "monolayer", "of", "bEND", ".", "3", "alone", "(", "72h", "TGF", "-", "β1", "=", "89", ".", "85", "±", "2", ".", "05", ")", "or", "co", "-", "cultured", "with", "sorted", "PCs", "from", "Male", "(", "72h", "TGF", "-", "β1", "=", "88", ".", "83", "±", "1", ".", "93", ")", "or", "Female", "(", "72h", "TGF", "-", "β1", "=", "89", ".", "02", "±", "2", ".", "22", ")", "embryos", ".", "The", "insert", "shows", "the", "values", "at", "72h", "(", "bars", ")", "normalized", "to", "the", "0h", "values", "(", "dashed", "line", ")", ".", "Wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "In", "Fig", ".", "3", "F", "blue", "and", "purple", "dotted", "lines", "represent", "cells", "derived", "from", "male", "and", "female", "brain", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. TEER (Ω.cm2) was monitored over 72h treatment with TGF-β1 and normalized to baseline in barrier models composed by a monolayer of bEND.3 alone (72h TGF-β1 = 89.85 ± 2.05) or co-cultured with sorted PCs from Male (72h TGF-β1 = 88.83 ± 1.93) or Female (72h TGF-β1 = 89.02 ± 2.22) embryos. The insert shows the values at 72h (bars) normalized to the 0h values (dashed line). Wilcoxon signed-rank test, *p < .05. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. In Fig.3 F blue and purple dotted lines represent cells derived from male and female brain respectively."}
{"words": ["G", ".", "10", "kDa", "Dextran", "permeability", "after", "72h", "TGF", "-", "β1", "treatment", "of", "the", "in", "vitro", "BBBs", "prototypes", "composed", "by", "a", "monolayer", "made", "of", "sorted", "ECs", "from", "Male", "NT", "(", "0", ".", "43", "±", "0", ".", "02", ")", ",", "Male", "TGF", "-", "β1", "(", "0", ".", "43", "±", "0", ".", "03", ")", ";", "Female", "NT", "(", "0", ".", "45", "±", "0", ".", "00", ")", ",", "Female", "TGF", "-", "β1", "(", "0", ".", "47", "±", "0", ".", "01", ")", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. 10 kDa Dextran permeability after 72h TGF-β1 treatment of the in vitro BBBs prototypes composed by a monolayer made of sorted ECs from Male NT (0.43 ± 0.02), Male TGF-β1 (0.43 ± 0.03); Female NT (0.45 ± 0.00), Female TGF-β1 (0.47 ± 0.01). Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["H", ".", "10", "kDa", "Dextran", "permeability", "72h", "after", "TGF", "-", "β1", "treatment", "of", "NVU", "prototypes", "composed", "by", "a", "monolayer", "made", "of", "bEND", ".", "3", "alone", "(", "NT", ",", "solid", "black", "bar", "=", "0", ".", "45", "±", "0", ".", "01", ",", "TGF", "-", "β1", ",", "dotted", "black", "bar", "=", "0", ".", "49", "±", "0", ".", "00", ")", "and", "co", "-", "cultured", "with", "sorted", "PCs", "from", "Male", "(", "NT", "=", "0", ".", "45", "±", "0", ".", "04", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "0", ".", "48", "±", "0", ".", "00", ")", ",", "or", "Female", "(", "NT", "=", "0", ".", "49", "±", "0", ".", "03", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "0", ".", "53", "±", "0", ".", "02", ")", "embryos", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "derived", "vascular", "cells", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", ".", "bEend", ".", "3", "cells", "=", "bars", "with", "black", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. 10 kDa Dextran permeability 72h after TGF-β1 treatment of NVU prototypes composed by a monolayer made of bEND.3 alone (NT, solid black bar = 0.45 ± 0.01, TGF-β1, dotted black bar = 0.49 ± 0.00) and co-cultured with sorted PCs from Male (NT = 0.45 ± 0.04, TGF-β1 = 0.48 ± 0.00), or Female (NT = 0.49 ± 0.03, TGF-β1 = 0.53 ± 0.02) embryos. Student's t test, *p < .05. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex derived vascular cells were used to build in-vitro barrier models. bEend.3 cells = bars with black border. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Cells derived from Ctrl females = white bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["I", ".", "FACS", "quantitative", "data", "of", "the", "normalized", "MFI", "of", "CD146", "(", "NT", "=", "100", ".", "00", "±", "1", ".", "14", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "54", ".", "08", "±", "9", ".", "42", ";", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ")", "and", "representative", "histogram", "of", "untreated", "(", "solid", "gray", ")", "and", "TGF", "-", "β1", "treated", "cells", "(", "hollow", "black", "bold", "line", ")", ".", "J", ".", "FACS", "quantitative", "data", "of", "the", "normalized", "MFI", "of", "Claudin", "-", "5", "(", "CLDN5", ";", "NT", "=", "100", ".", "00", "±", "8", ".", "94", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "65", ".", "22", "±", "5", ".", "29", ";", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ")", "and", "representative", "histogram", "of", "untreated", "(", "solid", "gray", ")", "and", "TGF", "-", "β1", "treated", "cells", "(", "hollow", "black", "bold", "line", ")", ".", "Data", "information", ":", "bEend", ".", "3", "cells", "=", "bars", "with", "black", "border", ".", "The", "black", "dotted", "line", "represent", "bEnd", ".", "3", "cultures", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. FACS quantitative data of the normalized MFI of CD146 (NT = 100.00 ± 1.14, TGF-β1 = 54.08 ± 9.42; Student's t test, *p < .05) and representative histogram of untreated (solid gray) and TGF-β1 treated cells (hollow black bold line). J. FACS quantitative data of the normalized MFI of Claudin-5 (CLDN5; NT = 100.00 ± 8.94, TGF-β1 = 65.22 ± 5.29; Student's t test, **p < .01) and representative histogram of untreated (solid gray) and TGF-β1 treated cells (hollow black bold line). Data information: bEend.3 cells = bars with black border. The black dotted line represent bEnd.3 cultures. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["K", ".", "Representative", "images", "of", "monolayers", "of", "primary", "endothelial", "cells", "isolated", "from", "male", "brains", "and", "stained", "for", "CD146", "(", "red", ")", "and", "CLDN5", "(", "green", ")", "under", "control", "conditions", "(", "NT", ")", "or", "upon", "treatment", "with", "different", "cytokines", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "L", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "CD146", "immunofluorescence", "mean", "intensity", "measured", "in", "primary", "male", "brain", "EC", "monolayers", "under", "control", "conditions", "or", "after", "72h", "treatments", "with", "different", "cytokines", ":", "NT", "=", "100", ".", "00", "±", "6", ".", "55", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "94", ".", "03", "±", "2", ".", "01", ",", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "=", "84", ".", "87", "±", "4", ".", "59", ",", "IL", "-", "1β", "=", "92", ".", "34", "±", "2", ".", "65", ";", "Kruskal", "-", "Wallis", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "M", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "Claudin", "-", "5", "immunofluorescence", "mean", "intensity", "in", "primary", "male", "brain", "EC", "monolayers", "under", "control", "conditions", "or", "after", "72h", "treatments", "with", "different", "cytokines", ":", "NT", "=", "99", ".", "76", "±", "5", ".", "19", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "86", ".", "74", "±", "6", ".", "76", ",", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "=", "51", ".", "64", "±", "3", ".", "31", ",", "IL", "-", "1β", "=", "107", ".", "3", "±", "7", ".", "37", ";", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "0001", ".", "N", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "Claudin", "-", "5", "immunofluorescence", "area", "(", "µm2", ")", "in", "primary", "male", "brain", "EC", "monolayers", "under", "control", "conditions", "or", "after", "72h", "treatments", "with", "different", "cytokines", ":", "NT", "=", "39781", "±", "2342", ",", "TGF", "-", "β1", "=", "31707", "±", "5939", ",", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "=", "5415", "±", "1037", ",", "IL", "-", "1β", "=", "46303", "±", "2986", ";", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "0001", ".", "Data", "information", ":", "Cortex", "-", "derived", "-", "EC", "isolated", "from", "male", "mice", "at", "2", "mouths", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", "and", "analyzed", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. Representative images of monolayers of primary endothelial cells isolated from male brains and stained for CD146 (red) and CLDN5 (green) under control conditions (NT) or upon treatment with different cytokines. Scale bar = 50 µm. L. Quantitative analysis of CD146 immunofluorescence mean intensity measured in primary male brain EC monolayers under control conditions or after 72h treatments with different cytokines: NT = 100.00 ± 6.55, TGF-β1 = 94.03 ± 2.01, IL-1β + TGF-β1 = 84.87 ± 4.59, IL-1β = 92.34 ± 2.65; Kruskal-Wallis, *p < .05. M. Quantitative analysis of Claudin-5 immunofluorescence mean intensity in primary male brain EC monolayers under control conditions or after 72h treatments with different cytokines: NT = 99.76 ± 5.19, TGF-β1 = 86.74 ± 6.76, IL-1β + TGF-β1 = 51.64 ± 3.31, IL-1β = 107.3 ± 7.37; Ordinary one-way ANOVA, **p < .01, ****p < .0001. N. Quantitative analysis of Claudin-5 immunofluorescence area (µm2) in primary male brain EC monolayers under control conditions or after 72h treatments with different cytokines: NT = 39781 ± 2342, TGF-β1 = 31707 ± 5939, IL-1β + TGF-β1 = 5415 ± 1037, IL-1β = 46303 ± 2986; Ordinary one-way ANOVA, *p < .05, **p < .01, ****p < .0001. Data information: Cortex-derived-EC isolated from male mice at 2 mouths were used to build in-vitro barrier models and analyzed. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["O", ".", "Graph", "showing", "TEER", "measured", "by", "volt", "-", "ohmmeter", "at", "72h", "normalized", "in", "NT", "(", "100", ".", "00", "±", "7", ".", "46", ")", "and", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "(", "49", ".", "93", "±", "10", ".", "96", ")", "treated", "primary", "male", "brain", "EC", "cultures", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "t0", ".", "Data", "information", ":", "Cortex", "-", "derived", "-", "EC", "isolated", "from", "male", "mice", "at", "2", "mouths", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", "and", "analyzed", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "O. Graph showing TEER measured by volt-ohmmeter at 72h normalized in NT (100.00 ± 7.46) and IL-1β + TGF-β1 (49.93 ± 10.96) treated primary male brain EC cultures. Student's t test, **p < .01. Data are normalized to t0. Data information: Cortex-derived-EC isolated from male mice at 2 mouths were used to build in-vitro barrier models and analyzed. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["P", ".", "Permeability", "to", "3kDa", "dextran", "quantified", "by", "fluorescence", "spectrophotometry", "in", "NT", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "10", ")", "and", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "(", "1", ".", "92", "±", "0", ".", "33", ")", "treated", "primary", "male", "brain", "EC", "cultures", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Q", ".", "Permeability", "to", "10kDa", "dextran", "quantified", "by", "fluorescence", "spectrophotometry", "in", "NT", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "11", ")", "and", "IL", "-", "1β", "+", "TGF", "-", "β1", "(", "1", ".", "80", "±", "0", ".", "26", ")", "treated", "primary", "male", "brain", "EC", "cultures", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Cortex", "-", "derived", "-", "EC", "isolated", "from", "male", "mice", "at", "2", "mouths", "were", "used", "to", "build", "in", "-", "vitro", "barrier", "models", "and", "analyzed", ".", "Cells", "derived", "from", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "or", "independent", "cultures", "/", "pictures", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "P. Permeability to 3kDa dextran quantified by fluorescence spectrophotometry in NT (1.00 ± 0.10) and IL-1β + TGF-β1 (1.92 ± 0.33) treated primary male brain EC cultures. Student's t test, *p < .05. Q. Permeability to 10kDa dextran quantified by fluorescence spectrophotometry in NT (1.00 ± 0.11) and IL-1β + TGF-β1 (1.80 ± 0.26) treated primary male brain EC cultures. Student's t test, *p < .05. Data information: Cortex-derived-EC isolated from male mice at 2 mouths were used to build in-vitro barrier models and analyzed. Cells derived from Ctrl males = white bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) or independent cultures/pictures. Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["A", ".", "[", "left", "]", "Representative", "dot", "plots", "showing", "the", "gating", "strategy", "for", "E17", "samples", "to", "distinguish", "NVU", "cells", ".", "The", "cells", "were", "pre", "-", "gated", "on", "single", "cells", "and", "live", "cells", "(", "Zombie", "Aqua", "negative", ")", ".", "Live", "cells", "were", "pre", "-", "gated", "on", "CD45", "(", "CD45", "-", ")", ".", "[", "right", "]", "Brain", "Pericytes", "(", "PC", ")", "were", "defined", "as", "CD146", "+", "CD31", "-", "cells", "and", "brain", "Endothelial", "Cells", "(", "EC", ")", "as", "CD31", "+", "cells", ".", "B", ".", "[", "left", "]", "Quantification", "of", "the", "ratio", "between", "PC", "number", "to", "EC", "numbers", "for", "male", "(", "blue", ")", "and", "female", "(", "purple", ")", "E17", "offspring", "cortex", "samples", ".", "Male", "Ctrl", "=", "1", ".", "10", "±", "0", ".", "08", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "34", "±", "0", ".", "09", ",", "Female", "Ctrl", "=", "1", ".", "02", "±", "0", ".", "08", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "12", "±", "0", ".", "09", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Bars", "represent", "average", "ratio", "of", "individual", "embryos", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "embryos", ".", "[", "right", "up", "]", "Percentages", "of", "ECs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "0", ".", "79", "±", "0", ".", "05", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "90", "±", "0", ".", "09", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "65", "±", "0", ".", "07", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "80", "±", "0", ".", "07", ")", "samples", "and", "[", "right", "down", "]", "PCs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "0", ".", "60", "±", "0", ".", "05", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "57", "±", "0", ".", "06", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "53", "±", "0", ".", "07", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "62", "±", "0", ".", "06", ")", "samples", ".", "C", ".", "[", "left", "]", "Gating", "strategy", "used", "to", "analyze", "P30", "samples", ":", "single", "cells", ",", "live", "(", "zombie", "Aqua", "negative", ")", ",", "CD45", "-", "cells", ".", "[", "right", "]", "PCs", "are", "identified", "as", "CD146", "+", "CD13", "+", "CD31", "-", ";", "ECs", "are", "CD13", "-", "CD31", "+", "D", ".", "[", "left", "]", "Quantification", "of", "EC", "/", "PC", "number", "ratio", "for", "male", "and", "female", "P30", "offspring", "cortex", "samples", ",", "obtained", "by", "manual", "gating", ".", "Male", "Ctrl", "=", "1", ".", "78", "±", "0", ".", "29", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "74", "±", "0", ".", "32", ",", "Female", "Ctrl", "=", "1", ".", "49", "±", "0", ".", "11", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "60", "±", "0", ".", "19", ".", "[", "right", "up", "]", "Percentages", "of", "ECs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "17", ".", "07", "±", "1", ".", "88", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "17", ".", "52", "±", "1", ".", "90", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "14", ".", "58", "±", "0", ".", "66", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "15", ".", "73", "±", "1", ".", "07", ")", "samples", ",", "and", "[", "right", "down", "]", "percentage", "of", "PCs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "10", ".", "55", "±", "1", ".", "89", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "10", ".", "67", "±", "1", ".", "04", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "10", ".", "07", "±", "0", ".", "85", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "10", ".", "20", "±", "0", ".", "79", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "analyzed", "by", "multi", "-", "color", "flow", "cytometry", ".", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. [left] Representative dot plots showing the gating strategy for E17 samples to distinguish NVU cells. The cells were pre-gated on single cells and live cells (Zombie Aqua negative). Live cells were pre-gated on CD45 (CD45-). [right] Brain Pericytes (PC) were defined as CD146+CD31- cells and brain Endothelial Cells (EC) as CD31+cells. B. [left] Quantification of the ratio between PC number to EC numbers for male (blue) and female (purple) E17 offspring cortex samples. Male Ctrl = 1.10 ± 0.08, Male Poly I:C = 1.34 ± 0.09, Female Ctrl = 1.02 ± 0.08, Female Poly I:C = 1.12 ± 0.09. Mann-Whitney U test, *p < .05. Bars represent average ratio of individual embryos ± SEM, numbers in bars indicate the number of embryos. [right up] Percentages of ECs in Male Ctrl (0.79 ± 0.05), Male Poly I:C (0.90 ± 0.09), Female Ctrl (0.65 ± 0.07), Female Poly I:C (0.80 ± 0.07) samples and [right down] PCs in Male Ctrl (0.60 ± 0.05), Male Poly I:C (0.57 ± 0.06), Female Ctrl (0.53 ± 0.07), Female Poly I:C (0.62 ± 0.06) samples. C. [left] Gating strategy used to analyze P30 samples: single cells, live (zombie Aqua negative), CD45- cells. [right] PCs are identified as CD146+CD13+CD31-; ECs are CD13-CD31+ D. [left] Quantification of EC/PC number ratio for male and female P30 offspring cortex samples, obtained by manual gating. Male Ctrl = 1.78 ± 0.29, Male Poly I:C = 1.74 ± 0.32, Female Ctrl = 1.49 ± 0.11, Female Poly I:C = 1.60 ± 0.19. [right up] Percentages of ECs in Male Ctrl (17.07 ± 1.88), Male Poly I:C (17.52 ± 1.90), Female Ctrl (14.58 ± 0.66), Female Poly I:C (15.73 ± 1.07) samples, and [right down] percentage of PCs in Male Ctrl (10.55 ± 1.89), Male Poly I:C (10.67 ± 1.04), Female Ctrl (10.07 ± 0.85), Female Poly I:C (10.20 ± 0.79 Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex single-cell suspension was analyzed by multi-color flow cytometry. Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["E", ".", "Normalized", "percentage", "of", "live", "(", "CD45", "-", ")", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "E17", "in", "Male", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "05", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "62", "±", "0", ".", "11", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "61", "±", "0", ".", "04", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "59", "±", "0", ".", "11", ")", "samples", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "and", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ".", "F", ".", "Percentage", "of", "PCs", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "E17", "in", "Male", "Ctrl", "(", "7", ".", "88", "±", "1", ".", "57", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "4", ".", "55", "±", "0", ".", "70", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "7", ".", "03", "±", "1", ".", "04", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "4", ".", "93", "±", "0", ".", "83", ")", "samples", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "G", ".", "Percentage", "of", "ECs", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "E17", "in", "Male", "Ctrl", "(", "4", ".", "30", "±", "0", ".", "71", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "2", ".", "80", "±", "0", ".", "53", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "2", ".", "84", "±", "0", ".", "43", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "2", ".", "29", "±", "0", ".", "77", ")", "samples", ".", "H", ".", "Normalized", "percentage", "of", "live", "(", "CD45", "-", ")", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "1", ".", "16", "±", "0", ".", "14", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "66", "±", "0", ".", "16", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "1", ".", "00", "±", "0", ".", "08", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "91", "±", "0", ".", "13", ")", "samples", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "I", ".", "Percentage", "of", "PCs", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "0", ".", "80", "±", "0", ".", "24", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "24", "±", "0", ".", "06", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "26", "±", "0", ".", "08", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "38", "±", "0", ".", "13", ")", "samples", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "J", ".", "Percentage", "of", "ECs", "EdU", "-", "positive", "cells", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "0", ".", "58", "±", "0", ".", "10", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "44", "±", "0", ".", "19", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "0", ".", "38", "±", "0", ".", "22", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "25", "±", "0", ".", "06", ")", "samples", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Normalized percentage of live(CD45-) EdU-positive cells at E17 in Male Ctrl (1.00 ± 0.05), Male Poly I:C (0.62 ± 0.11), Female Ctrl (0.61 ± 0.04), Female Poly I:C (0.59 ± 0.11) samples. Mann-Whitney U test and Kruskal-Wallis test, *p < .05, **p < .001. F. Percentage of PCs EdU-positive cells at E17 in Male Ctrl (7.88 ± 1.57), Male Poly I:C (4.55 ± 0.70), Female Ctrl (7.03 ± 1.04), Female Poly I:C (4.93 ± 0.83) samples. Student's t test, *p < .05. G. Percentage of ECs EdU-positive cells at E17 in Male Ctrl (4.30 ± 0.71), Male Poly I:C (2.80 ± 0.53), Female Ctrl (2.84 ± 0.43), Female Poly I:C (2.29 ± 0.77) samples. H. Normalized percentage of live(CD45-) EdU-positive cells at P30 in Male Ctrl (1.16 ± 0.14), Male Poly I:C (0.66 ± 0.16), Female Ctrl (1.00 ± 0.08), Female Poly I:C (0.91 ± 0.13) samples. Mann-Whitney U test, *p < .05. I. Percentage of PCs EdU-positive cells at P30 in Male Ctrl (0.80 ± 0.24), Male Poly I:C (0.24 ± 0.06), Female Ctrl (0.26 ± 0.08), Female Poly I:C (0.38 ± 0.13) samples. Mann-Whitney U test, *p < .05. J. Percentage of ECs EdU-positive cells at P30 in Male Ctrl (0.58 ± 0.10), Male Poly I:C (0.44 ± 0.19), Female Ctrl (0.38 ± 0.22), Female Poly I:C (0.25 ± 0.06) samples. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["K", ".", "[", "left", "]", "CD146", "normalized", "MFI", "of", "the", "EC", "cells", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "100", ".", "00", "±", "8", ".", "27", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "65", ".", "73", "±", "3", ".", "63", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "57", ".", "08", "±", "14", ".", "10", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "43", ".", "07", "±", "8", ".", "34", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "and", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "[", "right", "]", "Representative", "histograms", "CD146", "expression", "on", "ECs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "blue", "hollow", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "light", "blue", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "purple", "hollow", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "purple", ")", "samples", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "analyzed", "by", "multi", "-", "color", "flow", "cytometry", ".", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. [left] CD146 normalized MFI of the EC cells at P30 in Male Ctrl (100.00 ± 8.27), Male Poly I:C (65.73 ± 3.63), Female Ctrl (57.08 ± 14.10), Female Poly I:C (43.07 ± 8.34). Mann-Whitney U test and Ordinary one-way ANOVA, **p < .01. [right] Representative histograms CD146 expression on ECs in Male Ctrl (blue hollow), Male Poly I:C (solid light blue), Female Ctrl (purple hollow), Female Poly I:C (solid purple) samples. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex single-cell suspension was analyzed by multi-color flow cytometry. Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["L", ".", "Percentages", "of", "PC", "CD146", "+", "+", ",", "CD146", "+", "and", "CD146", "-", "cells", "respectively", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "26", ".", "32", "/", "36", ".", "75", "/", "23", ".", "48", "±", "2", ".", "84", "/", "3", ".", "31", "/", "4", ".", "62", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "27", ".", "53", "/", "42", ".", "40", "/", "20", ".", "60", "±", "2", ".", "25", "/", "0", ".", "58", "/", "1", ".", "94", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "29", ".", "05", "/", "40", ".", "98", "/", "2", ".", "19", "±", "1", ".", "99", "/", "1", ".", "32", "/", "2", ".", "19", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "27", ".", "17", "/", "46", ".", "60", "/", "17", ".", "10", "±", "3", ".", "09", "/", "3", ".", "86", "/", "1", ".", "96", ")", "samples", ".", "Data", "information", ":", "CD13", "positive", "pericytes", "were", "represented", "ad", "CD146", "-", "(", "dark", "greed", "bars", ")", ",", "CD146", "+", "(", "green", "bars", ")", "and", "CD46", "+", "+", "(", "light", "green", "bars", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Percentages of PC CD146++, CD146+ and CD146- cells respectively at P30 in Male Ctrl (26.32/36.75/23.48 ± 2.84/3.31/4.62), Male Poly I:C (27.53/42.40/20.60 ± 2.25/0.58/1.94), Female Ctrl (29.05/40.98/2.19 ± 1.99/1.32/2.19), Female Poly I:C (27.17/46.60/17.10 ± 3.09/3.86/1.96) samples. Data information: CD13 positive pericytes were represented ad CD146- (dark greed bars), CD146+ (green bars) and CD46++ (light green bars). Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["M", ".", "[", "left", "]", "CD105", "normalized", "MFI", "of", "the", "EC", "cells", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "100", ".", "00", "±", "7", ".", "39", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "99", ".", "58", "±", "6", ".", "23", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "100", ".", "30", "±", "1", ".", "61", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "96", ".", "67", "±", "3", ".", "72", ")", ".", "[", "right", "]", "Representative", "histograms", "indicating", "mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "CD105", "on", "EC", "in", "Male", "Ctrl", "(", "blue", "hollow", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "light", "blue", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "purple", "hollow", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "purple", ")", "samples", ".", "N", ".", "[", "left", "]", "Quantitative", "data", "of", "the", "normalized", "MFI", "of", "CD105", "in", "PCs", "at", "P30", "in", "Male", "Ctrl", "(", "100", ".", "00", "±", "3", ".", "43", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "98", ".", "01", "±", "5", ".", "14", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "98", ".", "57", "±", "4", ".", "16", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "87", ".", "99", "±", "4", ".", "21", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "[", "right", "]", "Representative", "histograms", "for", "CD105", "expression", "on", "PCs", "in", "Male", "Ctrl", "(", "blue", "hollow", ")", ",", "Male", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "light", "blue", ")", ",", "Female", "Ctrl", "(", "purple", "hollow", ")", ",", "Female", "Poly", "I", ":", "C", "(", "solid", "purple", ")", "samples", ".", "Data", "information", ":", "Embryos", "prenatally", "exposed", "to", "vehicle", "(", "Ctrl", ")", "or", "Poly", "I", ":", "C", "on", "GD9", "were", "dissected", ",", "and", "cortex", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "analyzed", "by", "multi", "-", "color", "flow", "cytometry", ".", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. [left] CD105 normalized MFI of the EC cells at P30 in Male Ctrl (100.00 ± 7.39), Male Poly I:C (99.58 ± 6.23), Female Ctrl (100.30 ± 1.61), Female Poly I:C (96.67 ± 3.72). [right] Representative histograms indicating mean fluorescence intensity (MFI) of CD105 on EC in Male Ctrl (blue hollow), Male Poly I:C (solid light blue), Female Ctrl (purple hollow), Female Poly I:C (solid purple) samples. N. [left] Quantitative data of the normalized MFI of CD105 in PCs at P30 in Male Ctrl (100.00 ± 3.43), Male Poly I:C (98.01 ± 5.14), Female Ctrl (98.57 ± 4.16), Female Poly I:C (87.99 ± 4.21). Mann-Whitney U test, *p < .05. [right] Representative histograms for CD105 expression on PCs in Male Ctrl (blue hollow), Male Poly I:C (solid light blue), Female Ctrl (purple hollow), Female Poly I:C (solid purple) samples. Data information: Embryos prenatally exposed to vehicle (Ctrl) or Poly I:C on GD9 were dissected, and cortex single-cell suspension was analyzed by multi-color flow cytometry. Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["O", ".", "[", "top", "]", "Representative", "images", "of", "CD13", "(", "red", ")", "positive", "pericytes", "covering", "Lectin", "-", "positive", "vessels", "(", "green", ")", "in", "sections", "of", "P90", "untreated", "male", "brains", ".", "[", "bottom", "]", "3D", "rendering", ",", "Scale", "bar", "=", "20", "µm", ",", "enlargement", "scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "P", ".", "Percentage", "of", "CD13", "-", "positive", "pericyte", "coverage", "at", "P90", "in", "Male", "Ctrl", "(", "53", ".", "42", "±", "9", ".", "22", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "27", ".", "73", "±", "5", ".", "29", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "O. [top] Representative images of CD13 (red) positive pericytes covering Lectin-positive vessels (green) in sections of P90 untreated male brains. [bottom] 3D rendering, Scale bar = 20 µm, enlargement scale bar = 10 µm. P. Percentage of CD13-positive pericyte coverage at P90 in Male Ctrl (53.42 ± 9.22) and Poly I:C (27.73 ± 5.29). Student's t test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["Q", ".", "Percentage", "of", "PDGFrB", "-", "positive", "pericyte", "coverage", "at", "P90", "in", "Male", "Ctrl", "(", "66", ".", "15", "±", "3", ".", "09", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "55", ".", "08", "±", "3", ".", "10", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Q. Percentage of PDGFrB-positive pericyte coverage at P90 in Male Ctrl (66.15 ± 3.09) and Poly I:C (55.08 ± 3.10). Student's t test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["R", ".", "Representative", "images", "of", "PDGFrB", "(", "red", ")", "and", "NG2", "(", "white", ")", "positive", "pericytes", "covering", "Lectin", "-", "positive", "vessels", "(", "blu", ")", "in", "sections", "of", "P90", "untreated", "male", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ",", "enlargement", "scale", "bar", "=", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "R. Representative images of PDGFrB (red) and NG2 (white) positive pericytes covering Lectin-positive vessels (blu) in sections of P90 untreated male brains. Scale bar = 10 µm, enlargement scale bar = 5 µm."}
{"words": ["S", ".", "Percentage", "of", "CD13", "-", "positive", "pericyte", "coverage", "at", "P90", "in", "Female", "Ctrl", "(", "71", ".", "57", "±", "8", ".", "37", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "69", ".", "13", "±", "6", ".", "63", ")", ".", "T", ".", "Percentage", "of", "PDGFrB", "-", "positive", "pericyte", "coverage", "at", "P90", "in", "Female", "Ctrl", "(", "66", ".", "77", "±", "11", ".", "76", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "70", ".", "56", "±", "8", ".", "32", ")", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", ",", "numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "S. Percentage of CD13-positive pericyte coverage at P90 in Female Ctrl (71.57 ± 8.37) and Poly I:C (69.13 ± 6.63). T. Percentage of PDGFrB-positive pericyte coverage at P90 in Female Ctrl (66.77 ± 11.76) and Poly I:C (70.56 ± 8.32). Data information: Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Bars represent mean ± SEM, numbers in bars indicate the number of animals."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "brain", "acute", "bleedings", "detected", "through", "hemoglobin", "IHC", "in", "P30", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "male", "offspring", ".", "Scale", "bar", "=", "500", "µm", ",", "enlargement", "scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "B", ".", "Representative", "images", "of", "brain", "acute", "bleedings", "detected", "through", "hemoglobin", "IHC", "in", "P90", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "male", "offspring", ".", "Scale", "bar", "=", "500", "µm", ",", "enlargement", "scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "hemoglobin", "(", "Hb", ")", "positive", "signal", "in", "the", "brain", "of", "P30", "and", "P90", "male", "MIA", "offspring", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "area", ".", "P30", "Ctrl", "=", "0", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ",", "P30", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "01", "±", "0", ".", "00", ",", "P90", "Ctrl", "=", "0", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ",", "P90", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "01", "±", "0", ".", "00", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "*", "p", "<", ".", "001", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of brain acute bleedings detected through hemoglobin IHC in P30 Ctrl and Poly I:C MIA male offspring. Scale bar = 500 µm, enlargement scale bar = 50 µm. B. Representative images of brain acute bleedings detected through hemoglobin IHC in P90 Ctrl and Poly I:C MIA male offspring. Scale bar = 500 µm, enlargement scale bar = 50 µm. C. Quantification of hemoglobin (Hb) positive signal in the brain of P30 and P90 male MIA offspring, expressed as percentage of the area. P30 Ctrl = 0.00 ± 0.00, P30 Poly I:C = 0.01 ± 0.00, P90 Ctrl = 0.00 ± 0.00, P90 Poly I:C = 0.01 ± 0.00. Mann-Whitney U test, ***p < .001. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["D", ".", "Representative", "3D", "rendering", "of", "iron", "deposits", "detected", "by", "DAB", "-", "enhanced", "Perls", "staining", "in", "P30", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "male", "offspring", "brains", ".", "Brain", "volume", "is", "rendered", "gold", "-", "transparent", "with", "positive", "signal", "for", "the", "staining", "color", "-", "coded", "by", "surface", "dimension", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Representative 3D rendering of iron deposits detected by DAB-enhanced Perls staining in P30 Ctrl and Poly I:C MIA male offspring brains. Brain volume is rendered gold-transparent with positive signal for the staining color-coded by surface dimension. Scale bar = 100 µm."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "DAB", "-", "enhanced", "histochemical", "iron", "stains", "in", "the", "brain", "of", "P30", "Ctrl", "(", "0", ".", "00", "±", "0", ".", "00", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "01", "±", "0", ".", "00", ")", "male", "MIA", "offspring", ",", "expressed", "as", "Perls", "-", "positive", "percentage", "of", "the", "volume", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of DAB-enhanced histochemical iron stains in the brain of P30 Ctrl (0.00 ± 0.00) and Poly I:C (0.01 ± 0.00) male MIA offspring, expressed as Perls-positive percentage of the volume. Mann-Whitney U test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["F", ".", "Poisson", "distribution", "R", "value", "of", "Perls", "/", "DAB", "positive", "staining", "of", "P30", "male", "MIA", "offspring", ",", "respectively", "in", "the", "Coronal", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "19", "±", "0", ".", "04", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "0", ".", "94", "±", "0", ".", "01", ";", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ")", ",", "Axial", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "16", "±", "0", ".", "08", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "03", "±", "0", ".", "03", ")", ",", "and", "Sagittal", "(", "Ctrl", "=", "1", ".", "09", "±", "0", ".", "09", ",", "Poly", "I", ":", "C", "=", "1", ".", "01", "±", "0", ".", "05", ")", "planes", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Poisson distribution R value of Perls/DAB positive staining of P30 male MIA offspring, respectively in the Coronal (Ctrl = 1.19 ± 0.04, Poly I:C = 0.94 ± 0.01; Mann-Whitney U test, **p < .01), Axial (Ctrl = 1.16 ± 0.08, Poly I:C = 1.03 ± 0.03), and Sagittal (Ctrl = 1.09 ± 0.09, Poly I:C = 1.01 ± 0.05) planes. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "images", "of", "iron", "deposits", "detected", "through", "Perls", "staining", "in", "P90", "Ctrl", "and", "Poly", "I", ":", "C", "MIA", "male", "offspring", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "500", "µm", ",", "enlargement", "scale", "bar", "=", "100", "µm", ".", "H", ".", "Quantification", "of", "Perls", "-", "positive", "staining", "in", "the", "brain", "of", "P90", "Ctrl", "(", "0", ".", "25", "±", "0", ".", "05", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "(", "0", ".", "59", "±", "0", ".", "10", ")", "male", "MIA", "offspring", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "area", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative images of iron deposits detected through Perls staining in P90 Ctrl and Poly I:C MIA male offspring brains. Scale bar = 500 µm, enlargement scale bar = 100 µm. H. Quantification of Perls-positive staining in the brain of P90 Ctrl (0.25 ± 0.05) and Poly I:C (0.59 ± 0.10) male MIA offspring, expressed as percentage of the area. Mann-Whitney U test, **p < .01. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["I", ".", "Representative", "image", "of", "marble", "burying", "test", "at", "0", "and", "30", "minutes", ".", "15", "glass", "marbles", "were", "evenly", "spaced", "on", "a", "5", "x", "3", "grid", ".", "Marbles", "buried", "by", "two", "-", "thirds", "at", "least", "are", "indicated", "by", "a", "red", "circle", "or", "by", "a", "cross", "within", "a", "red", "circle", "when", "fully", "covered", "by", "the", "sawdust", ".", "J", ".", "Quantification", "of", "buried", "marble", "(", "n", "°", ")", "by", "P90", "Ctrl", "Male", "(", "3", ".", "33", "±", "1", ".", "67", ")", ",", "Poly", "I", ":", "C", "Male", "(", "5", ".", "72", "±", "2", ".", "10", ")", ",", "Ctrl", "Female", "(", "3", ".", "83", "±", "1", ".", "72", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "Female", "(", "3", ".", "00", "±", "2", ".", "00", ")", "mice", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "*", "p", "<", ".", "01", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Representative image of marble burying test at 0 and 30 minutes. 15 glass marbles were evenly spaced on a 5 x 3 grid. Marbles buried by two-thirds at least are indicated by a red circle or by a cross within a red circle when fully covered by the sawdust. J. Quantification of buried marble (n°) by P90 Ctrl Male (3.33 ± 1.67), Poly I:C Male (5.72 ± 2.10), Ctrl Female (3.83 ± 1.72) and Poly I:C Female (3.00 ± 2.00) mice. Student's t test, **p < .01. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["K", ".", "Quantification", "of", "self", "-", "grooming", "time", "(", "sec", ")", "by", "P90", "Ctrl", "Males", "(", "19", ".", "34", "±", "13", ".", "00", ")", ",", "Poly", "I", ":", "C", "Males", "(", "43", ".", "38", "±", "35", ".", "21", ")", ",", "Ctrl", "Females", "(", "19", ".", "86", "±", "18", ".", "06", ")", "and", "Poly", "I", ":", "C", "Females", "(", "16", ".", "93", "±", "11", ".", "19", ")", "mice", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "p", "<", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "Ctrl", "males", "=", "white", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "males", "=", "blu", "bars", "with", "blu", "border", ".", "Ctrl", "females", "=", "white", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Poly", "I", ":", "C", "females", "=", "purple", "bars", "with", "purple", "border", ".", "Numbers", "in", "bars", "indicate", "the", "number", "of", "animals", "(", "N", ")", "and", "slices", "(", "n", ")", ".", "Bars", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. Quantification of self-grooming time (sec) by P90 Ctrl Males (19.34 ± 13.00), Poly I:C Males (43.38 ± 35.21), Ctrl Females (19.86 ± 18.06) and Poly I:C Females (16.93 ± 11.19) mice. Student's t test, *p < .05. Data information: Ctrl males = white bars with blu border. Poly I:C males = blu bars with blu border. Ctrl females = white bars with purple border. Poly I:C females = purple bars with purple border. Numbers in bars indicate the number of animals (N) and slices (n). Bars represent mean ± SEM."}
{"words": ["(", "a", ")", "Representative", "image", "of", "a", "Control", "(", "left", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "right", ")", "embryo", ".", "Top", ":", "max", "projections", "of", "embryos", "stained", "with", "Phalloidin", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "gray", ")", ".", "Bottom", ":", "magnifications", "at", "dashed", "rectangles", "of", "Phalloidin", "(", "grey", ")", "with", "white", "arrows", "pointing", "at", "fragments", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Representative image of a Control (left) and Myo1cKO (right) embryo. Top: max projections of embryos stained with Phalloidin (green) and DAPI (gray). Bottom: magnifications at dashed rectangles of Phalloidin (grey) with white arrows pointing at fragments. Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "b", "-", "c", ")", "Number", "of", "fragments", "without", "DNA", "(", "b", ")", "per", "embryo", "and", "mean", "radius", "(", "c", ")", "in", "Control", "(", "grey", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "salmon", ")", "embryos", "(", "left", ",", "Control", "n", "=", "20", ",", "Myo1cKO", "n", "=", "20", ")", ".", "Boxplot", "shows", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Whisker", "plot", "shows", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b-c) Number of fragments without DNA (b) per embryo and mean radius (c) in Control (grey) and Myo1cKO (salmon) embryos (left, Control n = 20, Myo1cKO n = 20). Boxplot shows median, upper and lower quartiles, min and max values. Whisker plot shows median, upper and lower quartiles. Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "d", ")", "Representative", "images", "of", "a", "time", "-", "lapse", "of", "Myo1cKO", "embryo", "undergoing", "fragmentation", "outside", "of", "division", "(", "top", ")", "and", "during", "division", "(", "bottom", ")", ".", "Max", "projections", "of", "embryos", "expressing", "mTmG", "(", "grey", ")", "and", "mCherry", "-", "EB3", "(", "grey", ")", "imaged", "with", "light", "sheet", "microscopy", "are", "shown", ".", "White", "arrows", "point", "at", "the", "forming", "fragments", ".", "(", "e", ")", "Ratio", "of", "fragmentation", "events", "during", "and", "outside", "of", "division", "(", "n", "=", "13", "cells", "from", "7", "embryos", ")", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Representative images of a time-lapse of Myo1cKO embryo undergoing fragmentation outside of division (top) and during division (bottom). Max projections of embryos expressing mTmG (grey) and mCherry-EB3 (grey) imaged with light sheet microscopy are shown. White arrows point at the forming fragments. (e) Ratio of fragmentation events during and outside of division (n = 13 cells from 7 embryos). Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Representative", "images", "of", "Control", "(", "left", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "right", ")", "embryos", "expressing", "mTmG", "and", "mCherry", "-", "EB3", "(", "grey", ")", "shown", "as", "max", "projections", ".", "White", "arrows", "point", "at", "the", "mitotic", "spindle", ".", "(", "b", "-", "c", ")", "Spindle", "persistence", "in", "Control", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "n", "=", "9", ")", "embryos", "(", "b", ")", "and", "in", "non", "-", "fragmenting", "and", "fragmenting", "cells", "of", "Myo1cKO", "embryos", "(", "c", ",", "n", "=", "42", "and", "12", "cells", "from", "7", "Myo1cKO", "embryos", ")", ".", "Spindle", "persistence", "measures", "the", "time", "from", "appearance", "to", "disassembly", "of", "the", "spindle", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Representative images of Control (left) and Myo1cKO (right) embryos expressing mTmG and mCherry-EB3 (grey) shown as max projections. White arrows point at the mitotic spindle. (b-c) Spindle persistence in Control (n = 6) and Myo1cKO (n = 9) embryos (b) and in non-fragmenting and fragmenting cells of Myo1cKO embryos (c, n = 42 and 12 cells from 7 Myo1cKO embryos). Spindle persistence measures the time from appearance to disassembly of the spindle. Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "f", ")", "Representative", "images", "of", "embryos", "treated", "with", "DMSO", "(", "left", ")", "and", "37", ".", "5", "µM", "Ciliobrevin", "D", "(", "right", ")", ",", "stained", "with", "Phalloidin", ".", "Top", ":", "Maximum", "projection", ".", "Bottom", ":", "magnifications", "of", "a", "single", "plane", "at", "dashed", "rectangles", "of", "Phalloidin", "with", "white", "arrows", "pointing", "at", "fragments", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Representative images of embryos treated with DMSO (left) and 37.5 µM Ciliobrevin D (right), stained with Phalloidin. Top: Maximum projection. Bottom: magnifications of a single plane at dashed rectangles of Phalloidin with white arrows pointing at fragments. Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "d", ")", "Top", ":", "Representative", "images", "of", "a", "time", "-", "lapse", "of", "a", "Myo1cKO", "embryo", "expressing", "Myh9", "-", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mTmG", "(", "magenta", ")", "while", "labelled", "with", "SiRDNA", "(", "grey", ")", "undergoing", "fragmentation", "during", "mitosis", "shown", "as", "max", "projections", ".", "Bottom", ":", "magnifications", "of", "Myh9", "-", "GFP", "(", "grey", ")", "at", "dashed", "rectangles", "showing", "cortical", "accumulation", "(", "middle", ")", "followed", "by", "fragmentation", "(", "right", ")", ".", "Data", "information", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Top: Representative images of a time-lapse of a Myo1cKO embryo expressing Myh9-GFP (green) and mTmG (magenta) while labelled with SiRDNA (grey) undergoing fragmentation during mitosis shown as max projections. Bottom: magnifications of Myh9-GFP (grey) at dashed rectangles showing cortical accumulation (middle) followed by fragmentation (right). Data information Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "e", ")", "Control", "(", "grey", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "salmon", ")", "embryos", "Myh9", "-", "GFP", "Ic", "/", "Iref", "values", "at", "DNA", "-", "cortex", "distances", "<", "20", "µm", "and", ">", "20", "µm", "(", "Control", "embryos", "n", "=", "10", ",", "cells", "n", "=", "35", ";", "Myo1cKO", "embryos", "n", "=", "9", ",", "cells", "n", "=", "26", ")", "Data", "information", ":", "Kruskal", "-", "Wallis", "and", "pairwise", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "(", "e", ")", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Control (grey) and Myo1cKO (salmon) embryos Myh9-GFP Ic/Iref values at DNA-cortex distances < 20 µm and > 20 µm (Control embryos n = 10, cells n = 35; Myo1cKO embryos n = 9, cells n = 26) Data information: Kruskal-Wallis and pairwise Mann-Whitney tests (e) p values are indicated. Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "f", ")", "Comparison", "of", "the", "increase", "in", "Myh9", "-", "GFP", "intensity", "in", "Control", "and", "Myo1cKO", "embryos", "when", "DNA", "is", "in", "close", "proximity", "to", "the", "cortex", ".", "The", "ratio", "Ic0", "-", "20", "/", "Ic", ">", "20", "is", "calculated", "from", "Myh9", "-", "GFP", "intensities", "at", "the", "contact", "region", "when", "DNA", "-", "cortex", "distances", "are", "<", "20", "µm", "(", "Ic0", "-", "20", ")", "divided", "by", "intensities", "when", "distances", "are", ">", "20", "µm", "(", "Ic", ">", "20", ")", "(", "Control", "embryos", "n", "=", "10", ",", "cells", "n", "=", "33", ";", "Myo1cKO", "n", "=", "9", ",", "cells", "n", "=", "26", ")", ".", "Data", "information", ":", "Mann", "-", "Whitney", "test", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Comparison of the increase in Myh9-GFP intensity in Control and Myo1cKO embryos when DNA is in close proximity to the cortex. The ratio Ic0-20/Ic>20 is calculated from Myh9-GFP intensities at the contact region when DNA-cortex distances are < 20 µm (Ic0-20) divided by intensities when distances are > 20 µm (Ic>20) (Control embryos n = 10, cells n = 33; Myo1cKO n = 9, cells n = 26). Data information: Mann-Whitney test p values are indicated. Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Representative", "images", "of", "Control", "(", "left", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "right", ")", "embryos", "labelled", "with", "SiRDNA", "(", "grey", ")", "and", "expressing", "a", "reporter", "of", "Cdc42", "activity", "(", "yellow", ")", "in", "one", "blastomere", ",", "which", "is", "undergoing", "mitosis", ",", "shown", "as", "max", "projections", ".", "The", "second", "blastomere", "is", "outlined", "with", "a", "dashed", "line", ".", "White", "arrows", "point", "at", "the", "accumulation", "of", "active", "Cdc42", "at", "the", "cortex", "in", "close", "proximity", "to", "DNA", ".", "(", "b", ")", "The", "ratio", "of", "active", "Cdc42", "Ic", "/", "Iref", "was", "compared", "between", "<", "20", "µm", "and", ">", "20", "µm", "DNA", "-", "cortex", "distances", "for", "Control", "(", "dark", "yellow", ")", "and", "Myo1cKO", "(", "yellow", ")", "embryos", "(", "Control", "embryos", "n", "=", "10", ";", "Myo1cKO", "embryos", "n", "=", "10", ")", ".", "Data", "information", ":", "Kruskal", "-", "Wallis", "and", "pairwise", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "(", "b", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Representative images of Control (left) and Myo1cKO (right) embryos labelled with SiRDNA (grey) and expressing a reporter of Cdc42 activity (yellow) in one blastomere, which is undergoing mitosis, shown as max projections. The second blastomere is outlined with a dashed line. White arrows point at the accumulation of active Cdc42 at the cortex in close proximity to DNA. (b) The ratio of active Cdc42 Ic/Iref was compared between < 20 µm and > 20 µm DNA-cortex distances for Control (dark yellow) and Myo1cKO (yellow) embryos (Control embryos n = 10; Myo1cKO embryos n = 10). Data information: Kruskal-Wallis and pairwise Mann-Whitney tests (b Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "c", ")", "Representative", "images", "of", "Myo1cKO", "embryos", "expressing", "LifeAct", "-", "GFP", "(", "green", ")", "alone", "(", "left", ")", "or", "together", "with", "dominant", "negative", "Cdc42", "(", "DNCdc42", ",", "right", ")", "labelled", "with", "SiRDNA", "(", "grey", ")", "shown", "as", "max", "projections", ".", "White", "arrows", "point", "at", "the", "cortex", "in", "close", "proximity", "to", "DNA", ".", "(", "d", ")", "LifeAct", "-", "GFP", "Ic", "/", "Iref", "values", "at", "DNA", "-", "cortex", "distances", "<", "20", "µm", "and", ">", "20", "µm", "for", "Myo1cKO", "(", "salmon", ")", "and", "Myo1cKO", "+", "DNCdc42", "(", "yellow", ")", "embryos", "(", "Myo1cKO", "embryos", "n", "=", "8", ",", "cells", "n", "=", "19", ";", "Myo1cKO", "+", "DNCdc42", "embryos", "n", "=", "12", ",", "cells", "n", "=", "30", ")", ".", "Data", "information", ":", "Kruskal", "-", "Wallis", "and", "pairwise", "Mann", "-", "Whitney", "tests", "d", ")", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Representative images of Myo1cKO embryos expressing LifeAct-GFP (green) alone (left) or together with dominant negative Cdc42 (DNCdc42, right) labelled with SiRDNA (grey) shown as max projections. White arrows point at the cortex in close proximity to DNA. (d) LifeAct-GFP Ic/Iref values at DNA-cortex distances < 20 µm and > 20 µm for Myo1cKO (salmon) and Myo1cKO + DNCdc42 (yellow) embryos (Myo1cKO embryos n = 8, cells n = 19; Myo1cKO + DNCdc42 embryos n = 12, cells n = 30). Data information: Kruskal-Wallis and pairwise Mann-Whitney tests d) Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "e", ")", "Representative", "images", "of", "a", "GFP", "(", "left", ")", "and", "Ect2", "-", "GFP", "(", "right", ")", "expressing", "embryo", "stained", "with", "Phalloidin", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "grey", ")", "shown", "as", "max", "projections", ".", "White", "arrows", "indicate", "fragments", ".", "(", "f", ")", "Number", "of", "fragments", "without", "DNA", "per", "embryo", "in", "GFP", "(", "grey", ")", "and", "Ect2", "-", "GFP", "(", "blue", ")", "embryos", "(", "GFP", "n", "=", "14", ";", "Ect2", "-", "GFP", "n", "=", "18", ")", ".", "Data", "information", "Mann", "-", "Whitney", "test", "(", "f", ")", "p", "values", "are", "indicated", ".", "Boxplots", "show", "median", ",", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "min", "and", "max", "values", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Representative images of a GFP (left) and Ect2-GFP (right) expressing embryo stained with Phalloidin (green) and DAPI (grey) shown as max projections. White arrows indicate fragments. (f) Number of fragments without DNA per embryo in GFP (grey) and Ect2-GFP (blue) embryos (GFP n = 14; Ect2-GFP n = 18). Data information Mann-Whitney test (f) p values are indicated. Boxplots show median, upper and lower quartiles, min and max values. Scale bars, 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Total", "lysates", "of", "different", "mouse", "organs", "underwent", "immunoblotting", "analysis", "using", "anti", "-", "Pdia4", "and", "anti", "-", "actin", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Total lysates of different mouse organs underwent immunoblotting analysis using anti-Pdia4 and anti-actin antibodies. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD."}
{"words": ["(", "C", ")", "Min6", "cells", "were", "treated", "with", "glucose", "and", "palmitate", "at", "the", "indicated", "dosages", ".", "Total", "lysate", "underwent", "immunoblotting", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "(", "D", ")", "Human", "islets", "were", "treated", "with", "glucose", "and", "palmitate", "at", "the", "indicated", "dosages", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "analysis", ".", "(", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Min6 cells were treated with glucose and palmitate at the indicated dosages. Total lysate underwent immunoblotting analysis using the indicated antibodies. (D) Human islets were treated with glucose and palmitate at the indicated dosages, followed by immunoblotting analysis. ( Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD."}
{"words": ["(", "G", ")", "Sera", "from", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "BKS", "and", "Leprdb", "/", "db", "mice", ",", "aged", "4", ",", "8", ",", "and", "18", "weeks", ",", "B6", "mice", ",", "fed", "with", "a", "normal", "diet", "(", "ND", ")", "and", "a", "high", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "4", "weeks", ",", "and", "humans", ",", "healthy", "volunteers", "and", "diabetic", "patients", "(", "T2D", ")", ",", "were", "quantified", "for", "Pdia4", "level", "using", "an", "anti", "-", "Pdia4", "ELISA", "kit", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "more", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Sera from wild-type (WT) BKS and Leprdb/db mice, aged 4, 8, and 18 weeks, B6 mice, fed with a normal diet (ND) and a high fat diet (HFD) for 4 weeks, and humans, healthy volunteers and diabetic patients (T2D), were quantified for Pdia4 level using an anti-Pdia4 ELISA kit. Data information: Data from 3 experiments more are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunoblotting", "analysis", "of", "Pdia4", "and", "markers", "in", "the", "cytosolic", "(", "Cyto", ")", ",", "nuclear", "(", "Nuc", ")", ",", "membrane", "(", "Mem", ")", ",", "mitochondrial", "(", "Mito", ")", ",", "and", "ER", "compartments", "of", "Ming", "6", "cells", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunoblotting analysis of Pdia4 and markers in the cytosolic (Cyto), nuclear (Nuc), membrane (Mem), mitochondrial (Mito), and ER compartments of Ming 6 cells using the indicated antibodies. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD."}
{"words": ["(", "A", ")", "Survival", "rate", "and", "life", "span", "of", "WT", ",", "Pdia4", "-", "/", "-", "(", "KO", ")", ",", "and", "Pdia4tg", "/", "tg", "(", "TG", ")", "mice", "on", "Leprdb", "/", "db", "background", "from", "birth", "to", "120", "weeks", "Data", "information", ":", "The", "number", "of", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", "in", "parentheses", ".", "Data", "from", "over", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "Log", "rank", "test", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Survival rate and life span of WT, Pdia4-/-(KO), and Pdia4tg/tg (TG) mice on Leprdb/db background from birth to 120 weeks Data information: The number of mice (n) is indicated in parentheses. Data from over 3 experiments are presented as the mean ± SD. Log rank test were used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "B", ")", "Pancreata", "of", "18", "-", "week", "-", "old", "WT", "and", "Pdia4", "-", "/", "-", "(", "KO", ")", "mice", "on", "BKS", "or", "Leprdb", "/", "db", "background", "were", "stained", "with", "anti", "-", "insulin", "(", "αIns", ")", "antibody", "and", "dihydroethidium", "(", "DHE", ")", "(", "left", ")", ".", "Islet", "area", "(", "μm2", ")", "and", "relative", "fluorescence", "intensity", "(", "RFI", ")", "were", "quantified", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "The", "dash", "circles", "indicate", "islet", "regions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "over", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Pancreata of 18-week-old WT and Pdia4-/- (KO) mice on BKS or Leprdb/db background were stained with anti-insulin (αIns) antibody and dihydroethidium (DHE) (left). Islet area (μm2) and relative fluorescence intensity (RFI) were quantified (right). Scale bar: 100 μm. The dash circles indicate islet regions. Data information: Data from over 3 experiments are presented as the mean ± SD. one-way ANOVA test were used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "same", "batch", "mice", "as", "in", "(", "B", ")", "were", "given", "water", "containing", "BrdU", ".", "The", "BrdU", "+", "cells", "of", "the", "islets", "were", "visualized", "and", "quantified", "(", "BrdU", "+", "labeling", ")", ".", "TUNEL", "-", "positive", "cells", "in", "the", "islets", "of", "the", "mice", "(", "B", ")", "were", "visualized", "and", "quantified", "(", "TUNEL", "assay", ")", ".", "BrdU", "+", "cells", "per", "islet", "area", "(", "0", ".", "01", "mm2", ")", "and", "TUNEL", "+", "cells", "per", "islet", "area", "(", "0", ".", "05", "mm2", ")", "are", "expressed", "in", "arbitrary", "units", "(", "AU", ")", ".", "The", "dash", "circles", "indicate", "islet", "regions", "and", "the", "black", "arrowheads", "indicate", "TUNEL", "+", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "over", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The same batch mice as in (B) were given water containing BrdU. The BrdU+ cells of the islets were visualized and quantified (BrdU+ labeling). TUNEL-positive cells in the islets of the mice (B) were visualized and quantified (TUNEL assay). BrdU+ cells per islet area (0.01 mm2) and TUNEL+ cells per islet area (0.05 mm2) are expressed in arbitrary units (AU). The dash circles indicate islet regions and the black arrowheads indicate TUNEL+ cells. Data information: Data from over 3 experiments are presented as the mean ± SD. one-way ANOVA test were used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["F", ")", "insulin", "in", "supernatants", "of", "the", "mouse", "islets", "(", "F", ")", "in", "GSIS", "assays", ".", "High", "glucose", "(", "HG", ",", "16", ".", "7", "mM", ")", "or", "low", "glucose", "(", "LG", ",", "3", ".", "3", ")", "were", "used", "in", "GSIS", "assays", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "over", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) insulin in supernatants of the mouse islets (F) in GSIS assays. High glucose (HG, 16.7 mM) or low glucose (LG, 3.3) were used in GSIS assays. Data information: Data from over 3 experiments are presented as the mean ± SD. one-way ANOVA test were used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "B", ")", "Pancreata", "of", "the", "same", "batch", "of", "mice", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "at", "the", "age", "of", "14", "weeks", ",", "were", "stained", "with", "anti", "-", "insulin", "(", "αIns", ")", "antibody", "and", "DHE", "(", "left", ")", ".", "Islet", "area", "(", "μm2", ")", "and", "relative", "fluorescence", "intensity", "(", "RFI", ")", "were", "quantified", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", ".", "The", "dash", "circles", "indicate", "islet", "regions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "more", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Pancreata of the same batch of mice as in (A), at the age of 14 weeks, were stained with anti-insulin (αIns) antibody and DHE (left). Islet area (μm2) and relative fluorescence intensity (RFI) were quantified (right). Scale bar = 100 μm. The dash circles indicate islet regions. Data information: Data from 3 experiments more are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "islets", "of", "the", "mice", "from", "(", "C", ")", "were", "tested", "for", "GSIS", ".", "High", "glucose", "(", "HG", ",", "16", ".", "7", "mM", ")", "or", "low", "glucose", "(", "LG", ",", "3", ".", "3", "mM", ")", "were", "used", "in", "GSIS", "assays", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "more", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The islets of the mice from (C) were tested for GSIS. High glucose (HG, 16.7 mM) or low glucose (LG, 3.3 mM) were used in GSIS assays. Data information: Data from 3 experiments more are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "islets", "of", "WT", ",", "Pdia4", "-", "/", "-", "(", "KO", ")", "and", "Pdia4tg", "/", "tg", "(", "TG", ")", "BKS", "mice", "were", "isolated", "and", "grown", "in", "complete", "DMEM", "medium", "containing", "3", ".", "3", "mM", "(", "LG", ")", "and", "30", "mM", "glucose", "(", "HG", ")", "for", "12", "h", ".", "The", "islets", "stained", "with", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", ",", "photographed", ",", "and", "quantified", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The islets of WT, Pdia4-/- (KO) and Pdia4tg/tg (TG) BKS mice were isolated and grown in complete DMEM medium containing 3.3 mM (LG) and 30 mM glucose (HG) for 12 h. The islets stained with propidium iodide (PI), photographed, and quantified. Scale bar = 50 μm. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["The", "islets", "from", "the", "mice", "(", "A", ")", "were", "incubated", "with", "MitoGreen", "plus", "MitoSOX", "in", "the", "presence", "of", "glucose", "at", "3", ".", "3", "mM", "(", "LG", ")", "and", "16", ".", "7", "mM", "(", "HG", ")", ".", "Mitochondrial", "ROS", "in", "the", "islets", "were", "visualized", "and", "quantified", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The islets from the mice (A) were incubated with MitoGreen plus MitoSOX in the presence of glucose at 3.3 mM (LG) and 16.7 mM (HG). Mitochondrial ROS in the islets were visualized and quantified. Scale bar = 100 μm. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["The", "islets", "from", "the", "mice", "(", "A", ")", "were", "incubated", "with", "Hoechst", "33342", "(", "Ho", ")", "plus", "CM", "-", "H2DCFDA", "in", "the", "presence", "of", "glucose", "at", "3", ".", "3", "mM", "(", "LG", ")", "and", "16", ".", "7", "mM", "(", "HG", ")", ".", "cytosolic", "ROS", "in", "the", "islets", "were", "visualized", "and", "quantified", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The islets from the mice (A) were incubated with Hoechst 33342 (Ho) plus CM-H2DCFDA in the presence of glucose at 3.3 mM (LG) and 16.7 mM (HG). cytosolic ROS in the islets were visualized and quantified. Scale bar = 100 μm. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "E", ")", "Mitochondria", "isolated", "from", "the", "mouse", "islets", "(", "A", ")", "were", "measured", "for", "the", "activity", "of", "ETC", "CI", "(", "left", ")", ",", "CII", "/", "III", "(", "middle", ")", "and", "CIV", "(", "right", ")", "using", "MitoCheck", "assays", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Mitochondria isolated from the mouse islets (A) were measured for the activity of ETC CI (left), CII/III (middle) and CIV (right) using MitoCheck assays. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "A", ")", "Ultrastructure", "of", "mitochondria", "and", "insulin", "granules", "in", "typical", "β", "-", "cells", "of", "3", "mouse", "lines", "on", "BKS", "and", "Leprdb", "/", "db", "backgrounds", ".", "Arrows", "indicate", "the", "mitochondria", "whereas", "arrowheads", "indicate", "insulin", "granules", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "μm", ".", "Data", "information", ":", "A", "total", "of", "15", "-", "23", "images", "per", "group", "were", "analyzed", ".", "Data", "from", "each", "group", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Ultrastructure of mitochondria and insulin granules in typical β-cells of 3 mouse lines on BKS and Leprdb/db backgrounds. Arrows indicate the mitochondria whereas arrowheads indicate insulin granules. Scale bar = 1 μm. Data information: A total of 15-23 images per group were analyzed. Data from each group are presented as the mean ± SD."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "construct", "encoding", "Flag", "-", "Pdia4", "or", "its", "mutants", "and", "that", "expressing", "Myc", "/", "Flag", "-", "tagged", "Ndufs3", "(", "left", ")", "or", "p22phox", "(", "right", ")", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "Total", "lysates", "(", "TL", ")", "and", "anti", "-", "Myc", "immunoprecipitates", "(", "Myc", "IP", ")", "underwent", "immunoblotting", "analysis", ".", "N", "-", "terminal", "Flag", "tag", ",", "catalytic", "domains", "(", "a", ",", "a", "'", "and", "a", "'", "'", ")", ",", "non", "-", "catalytic", "domains", "(", "b", "and", "b", "'", ")", ",", "and", "C", "-", "terminal", "KEEL", "are", "indicated", ".", "Pdia4", "*", "is", "a", "mutant", "of", "Pdia4", "whose", "3", "CGHC", "motifs", "were", "changed", "into", "3", "SGHS", "motifs", "(", "a", "*", ",", "a", "'", "*", "and", "a", "'", "'", "*", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The construct encoding Flag-Pdia4 or its mutants and that expressing Myc/Flag-tagged Ndufs3 (left) or p22phox (right) were co-transfected into 293T cells. Total lysates (TL) and anti-Myc immunoprecipitates (Myc IP) underwent immunoblotting analysis. N-terminal Flag tag, catalytic domains (a, a' and a''), non-catalytic domains (b and b'), and C-terminal KEEL are indicated. Pdia4* is a mutant of Pdia4 whose 3 CGHC motifs were changed into 3 SGHS motifs (a*, a'* and a''*)."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "construct", "encoding", "Myc", "/", "Flag", "-", "tagged", "p22phox", ",", "Ndufs3", "or", "their", "mutants", "and", "that", "expressing", "Flag", "-", "tagged", "Pdia4", "were", "co", "-", "transfected", "into", "293T", "cells", ".", "Total", "lysates", "(", "TL", ")", "and", "anti", "-", "Myc", "immunoprecipitates", "(", "Myc", "IP", ")", "underwent", "immunoblotting", "analysis", "using", "anti", "-", "Flag", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) The construct encoding Myc/Flag-tagged p22phox, Ndufs3 or their mutants and that expressing Flag-tagged Pdia4 were co-transfected into 293T cells. Total lysates (TL) and anti-Myc immunoprecipitates (Myc IP) underwent immunoblotting analysis using anti-Flag antibody."}
{"words": ["(", "A", ")", "Min6", "cells", "infected", "with", "a", "lentivirus", "expressing", "a", "scramble", "RNAi", "(", "GK", ")", ",", "a", "Pdia4", "RNAi", "(", "KD", ")", "and", "a", "Pdia4", "cDNA", "(", "OVE", ")", "were", "sorted", "and", "tested", "for", "the", "Pdia4", "protein", "level", "(", "left", ")", ".", "The", "cells", "were", "incubated", "with", "NAC", "(", "1", "mM", ")", "and", "then", "stained", "with", "MitoSOX", "or", "CellROX", "in", "response", "to", "0", ".", "5", "mM", "(", "LG", ")", "and", "25", "mM", "(", "HG", ")", "glucose", "for", "an", "additional", "30", "min", ".", "Signal", "from", "MitoSOX", "(", "middle", ")", "and", "CellROX", "(", "right", ")", "was", "re", "-", "plotted", "into", "histograms", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Min6 cells infected with a lentivirus expressing a scramble RNAi (GK), a Pdia4 RNAi (KD) and a Pdia4 cDNA (OVE) were sorted and tested for the Pdia4 protein level (left). The cells were incubated with NAC (1 mM) and then stained with MitoSOX or CellROX in response to 0.5 mM (LG) and 25 mM (HG) glucose for an additional 30 min. Signal from MitoSOX (middle) and CellROX (right) was re-plotted into histograms. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "B", ")", "Min6", "cells", "infected", "with", "a", "lentivirus", "expressing", "a", "scramble", "RNAi", "(", "GK", ")", "and", "an", "RNAi", "of", "Ndufs3", "(", "Ndufs3", "KD", ")", "or", "p22phox", "(", "p22phox", "KD", ")", "were", "selected", "and", "tested", "for", "levels", "of", "Ndufs3", "(", "1st", "column", ")", ",", "mitochondrial", "ROS", "(", "2nd", "column", ",", "MitoSOX", ")", ",", "p22phox", "(", "3rd", "column", ")", ",", "and", "cytosolic", "ROS", "(", "4th", "column", ",", "CellROX", ")", ".", "The", "cells", "were", "grown", "in", "the", "presence", "of", "0", ".", "5", "mM", "(", "LG", ")", "and", "25", "mM", "(", "HG", ")", "glucose", ".", "(", "C", ")", "The", "same", "experiments", "as", "(", "B", ")", "were", "conducted", "except", "that", "Min6", "cells", "were", "infected", "with", "a", "lentivirus", "expressing", "a", "cDNA", "of", "truncated", "Ndufs3", "(", "tNdufs3", ")", "and", "p22phox", "(", "tp22phox", ")", ".", "(", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Min6 cells infected with a lentivirus expressing a scramble RNAi (GK) and an RNAi of Ndufs3 (Ndufs3 KD) or p22phox (p22phox KD) were selected and tested for levels of Ndufs3 (1st column), mitochondrial ROS (2nd column, MitoSOX), p22phox (3rd column), and cytosolic ROS (4th column, CellROX). The cells were grown in the presence of 0.5 mM (LG) and 25 mM (HG) glucose. (C) The same experiments as (B) were conducted except that Min6 cells were infected with a lentivirus expressing a cDNA of truncated Ndufs3 (tNdufs3) and p22phox (tp22phox). ( Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. One-way ANOVA test was used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "D", ")", "293T", "cells", ",", "which", "were", "transfected", "with", "the", "construct", "encoding", "Flag", "-", "Pdia4", "and", "that", "expressing", "Myc", "/", "Flag", "-", "tagged", "p22phox", "or", "Ndufs3", ",", "were", "treated", "with", "GHTT", "(", "28", "μM", ")", "for", "30", "min", ".", "The", "cells", "were", "lysed", "and", "incubated", "with", "anti", "-", "Pdia4", "antibodies", "plus", "protein", "G", "beads", ".", "Their", "total", "lysates", "(", "TL", ")", "and", "immunoprecipitates", "(", "IP", ")", "underwent", "immunoblotting", "analysis", "with", "anti", "-", "Flag", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) 293T cells, which were transfected with the construct encoding Flag-Pdia4 and that expressing Myc/Flag-tagged p22phox or Ndufs3, were treated with GHTT (28 μM) for 30 min. The cells were lysed and incubated with anti-Pdia4 antibodies plus protein G beads. Their total lysates (TL) and immunoprecipitates (IP) underwent immunoblotting analysis with anti-Flag antibody."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "sections", "of", "pancreata", "of", "the", "mice", "(", "E", ")", "were", "stained", "with", "anti", "-", "insulin", "(", "αIns", ")", "antibody", "and", "dihydroethidium", "(", "DHE", ")", "(", "left", ")", ".", "Islet", "area", "(", "μm2", ")", "and", "relative", "fluorescence", "intensity", "(", "RFI", ")", "were", "quantified", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "The", "dash", "circles", "indicate", "islet", "regions", ".", "Data", "information", ":", "Data", "from", "3", "experiments", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "of", "differences", "between", "groups", ",", "and", "P", "(", "*", ")", "<", "0", ".", "05", ";", "P", "(", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "01", "and", "P", "(", "*", "*", "*", ")", "<", "0", ".", "001", "are", "considered", "statistically", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The sections of pancreata of the mice (E) were stained with anti-insulin (αIns) antibody and dihydroethidium (DHE) (left). Islet area (μm2) and relative fluorescence intensity (RFI) were quantified (right). Scale bar: 100 μm. The dash circles indicate islet regions. Data information: Data from 3 experiments are presented as the mean ± SD. one-way ANOVA test were used for statistical analysis of differences between groups, and P (*) < 0.05; P (**) < 0.01 and P (***) < 0.001 are considered statistically significant."}
{"words": ["(", "B", ")", "Comparison", "of", "investigation", "duration", "and", "recognition", "index", "between", "the", "light", "(", "L", ",", "n", "=", "12", "animals", ")", "and", "dark", "control", "(", "D", ",", "n", "=", "11", "animals", ")", "groups", ".", "A", "significant", "reduction", "in", "the", "recognition", "index", "is", "observed", "in", "the", "L", "group", "compared", "to", "the", "D", "group", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0156", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ",", "while", "no", "significant", "difference", "is", "observed", "in", "investigation", "duration", "during", "the", "first", "trial", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Comparison of investigation duration and recognition index between the light (L, n = 12 animals) and dark control (D, n = 11 animals) groups. A significant reduction in the recognition index is observed in the L group compared to the D group (* p = 0.0156, Mann-Whitney test), while no significant difference is observed in investigation duration during the first trial. Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "E", ")", "No", "statistically", "significant", "difference", "is", "observed", "in", "the", "investigation", "duration", "and", "recognition", "index", "between", "the", "L", "(", "n", "=", "8", "animals", ")", "and", "D", "(", "n", "=", "7", "animals", ")", "groups", "(", "p", "=", "0", ".", "9551", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) No statistically significant difference is observed in the investigation duration and recognition index between the L (n = 8 animals) and D (n = 7 animals) groups (p = 0.9551, Mann-Whitney test). Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "OTA", "treatment", "(", "n", "=", "6", "animals", ")", "significantly", "reduces", "the", "recognition", "index", "in", "mice", "compared", "to", "the", "PBS", "injection", "control", "(", "n", "=", "6", "animals", ")", "mice", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0260", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) OTA treatment (n = 6 animals) significantly reduces the recognition index in mice compared to the PBS injection control (n = 6 animals) mice (* p = 0.0260, Mann-Whitney test). Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "c", "-", "fos", "staining", "showing", "oxytocin", "neurons", "in", "the", "supraoptic", "nucleus", "(", "SON", ")", "(", "E", ")", "and", "paraventricular", "nucleus", "(", "PVN", ")", "(", "F", ")", "in", "the", "L", "and", "D", "groups", ".", "Yellow", "arrows", "indicate", "oxytocin", "neurons", "co", "-", "labeled", "with", "c", "-", "fos", ".", "High", "magnification", "images", "are", "10", "μm", "Z", "-", "stack", "(", "63X", ",", "NA", "=", "1", ".", "4", ",", "pinhole", "=", "1", ".", "26", "AU", ")", ",", "while", "low", "magnification", "images", "are", "30", "μm", "Z", "-", "stack", "(", "20X", ",", "NA", "=", "0", ".", "7", ",", "pinhole", "=", "1", ".", "26", "AU", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", "for", "low", "magnification", "images", "and", "50", "μm", "for", "high", "magnification", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) Representative confocal images of c-fos staining showing oxytocin neurons in the supraoptic nucleus (SON) (E) and paraventricular nucleus (PVN) (F) in the L and D groups. Yellow arrows indicate oxytocin neurons co-labeled with c-fos. High magnification images are 10 μm Z-stack (63X, NA=1.4, pinhole = 1.26 AU), while low magnification images are 30 μm Z-stack (20X, NA=0.7, pinhole = 1.26 AU). Scale bar = 100 μm for low magnification images and 50 μm for high magnification images."}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "delta", "-", "F", "/", "F", "signal", "trace", "from", "SON", "oxytocin", "neurons", "with", "10", "seconds", "of", "dim", "light", "(", "5", "lux", ")", "followed", "by", "30", "seconds", "of", "bright", "light", "(", "800", "lux", ")", "in", "OPN4DTA", "/", "DTA", ";", "OxtCre", "/", "+", "mice", "(", "red", "line", ",", "n", "=", "4", "animals", ")", "and", "OPN4", "+", "/", "+", ";", "OxtCre", "/", "+", "mice", "(", "black", "line", ",", "n", "=", "5", "animals", ")", ".", "The", "color", "shade", "indicates", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Average delta-F/F signal trace from SON oxytocin neurons with 10 seconds of dim light (5 lux) followed by 30 seconds of bright light (800 lux) in OPN4DTA/DTA; OxtCre/+ mice (red line, n = 4 animals) and OPN4+/+; OxtCre/+ mice (black line, n = 5 animals). The color shade indicates standard deviation."}
{"words": ["(", "G", ")", "The", "investigation", "duration", "and", "recognition", "index", "of", "the", "595nm", "-", "control", "and", "the", "470nm", "-", "activation", "group", "(", "n", "=", "8", "animals", ")", ".", "There", "is", "a", "significant", "increase", "in", "the", "recognition", "index", "in", "the", "optogenetic", "activation", "group", "compared", "to", "the", "control", "(", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0078", ",", "Wilcoxon", "matched", "-", "pairs", "signed", "rank", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) The investigation duration and recognition index of the 595nm-control and the 470nm-activation group (n = 8 animals). There is a significant increase in the recognition index in the optogenetic activation group compared to the control (** p = 0.0078, Wilcoxon matched-pairs signed rank test). Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Light", "exposure", "significantly", "reduces", "the", "recognition", "index", "in", "control", "Opn4Cre", "/", "+", "mice", "(", "n", "=", "8", "animals", "in", "both", "the", "L", "and", "D", "group", ")", ",", "similar", "to", "WT", "mice", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0499", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "(", "C", "-", "E", ")", "There", "is", "no", "significant", "difference", "in", "recognition", "index", "between", "light", "exposure", "and", "dark", "control", "groups", "in", "OPN4DTA", "/", "DTA", "(", "C", ",", "n", "=", "11", "animals", "in", "both", "the", "L", "and", "D", "group", ",", "p", "=", "0", ".", "7969", ")", ",", "OPN4Cre", "/", "+", ";", "Brn3bz", "-", "DTA", "/", "+", "(", "D", ",", "n", "=", "9", "animals", "in", "both", "the", "L", "and", "D", "group", ",", "p", ">", "0", ".", "9999", ")", ",", "and", "OPN4Cre", "/", "Cre", "mice", "(", "E", ",", "L", "group", "n", "=", "9", "animals", ",", "D", "group", "n", "=", "8", "animals", ",", "p", "=", "0", ".", "9551", ")", "using", "the", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Light exposure significantly reduces the recognition index in control Opn4Cre/+ mice (n = 8 animals in both the L and D group), similar to WT mice (*p = 0.0499, Mann-Whitney test). Data shown as mean ± SEM. (C-E) There is no significant difference in recognition index between light exposure and dark control groups in OPN4DTA/DTA (C, n = 11 animals in both the L and D group, p = 0.7969), OPN4Cre/+; Brn3bz-DTA/+ (D, n = 9 animals in both the L and D group, p > 0.9999), and OPN4Cre/Cre mice (E, L group n = 9 animals, D group n = 8 animals, p = 0.9551) using the Mann-Whitney test. Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "H", ")", "During", "the", "second", "trial", ",", "the", "investigation", "duration", "of", "the", "470nm", "-", "activation", "group", "(", "red", ")", "was", "lower", "than", "the", "595nm", "-", "control", "(", "black", ")", "(", "n", "=", "7", "animals", ",", "*", "p", "=", "0", ".", "011", ",", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Optogenetic", "activation", "of", "ipRGC", "terminals", "at", "SON", "with", "470", "nm", "light", "significantly", "enhances", "the", "recognition", "index", "compared", "to", "the", "595", "nm", "control", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0156", ",", "Wilcoxon", "matched", "-", "pairs", "signed", "rank", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) During the second trial, the investigation duration of the 470nm-activation group (red) was lower than the 595nm-control (black) (n = 7 animals, * p = 0.011, Sidak's multiple comparison test). Optogenetic activation of ipRGC terminals at SON with 470 nm light significantly enhances the recognition index compared to the 595 nm control (* p = 0.0156, Wilcoxon matched-pairs signed rank test). Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "confocal", "image", "of", "the", "pSON", "region", "stained", "with", "synaptophysin", "(", "blue", ")", ",", "CTB", "-", "Alexa", "568", "(", "red", ")", ",", "and", "GFP", "from", "GABAergic", "neurons", "(", "green", ")", ".", "Arrowheads", "indicates", "colocalization", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative confocal image of the pSON region stained with synaptophysin (blue), CTB-Alexa 568 (red), and GFP from GABAergic neurons (green). Arrowheads indicates colocalization. Scale bar = 10 μm."}
{"words": ["(", "I", ")", "Average", "delta", "-", "F", "/", "F", "signal", "trace", "from", "pSON", "GABAergic", "neurons", "during", "the", "transition", "from", "baseline", "to", "dim", "light", "(", "5", "lux", ",", "black", "line", ",", "n", "=", "7", "trials", ")", "and", "from", "baseline", "to", "bright", "light", "(", "800", "lux", ",", "red", "line", ",", "n", "=", "12", "trials", ")", "in", "vGATCre", "/", "+", "mice", "(", "n", "=", "5", "animals", ")", ".", "The", "color", "shade", "indicates", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Average delta-F/F signal trace from pSON GABAergic neurons during the transition from baseline to dim light (5 lux, black line, n = 7 trials) and from baseline to bright light (800 lux, red line, n = 12 trials) in vGATCre/+ mice (n = 5 animals). The color shade indicates standard deviation."}
{"words": ["(", "D", ")", "Minute", "-", "wise", "investigation", "duration", "of", "the", "595nm", "-", "control", "(", "black", ")", "and", "470nm", "-", "activation", "(", "red", ")", "groups", "(", "n", "=", "8", "animals", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "for", "each", "minute", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Minute-wise investigation duration of the 595nm-control (black) and 470nm-activation (red) groups (n = 8 animals). Data shown as mean ± SEM for each minute."}
{"words": ["(", "G", ")", "The", "investigation", "duration", "and", "recognition", "index", "of", "the", "GFP", "-", "control", "(", "n", "=", "4", "animals", ")", "and", "the", "TeLC", "-", "silencing", "(", "n", "=", "6", "animals", ")", "group", ".", "During", "the", "second", "trial", ",", "the", "investigation", "duration", "of", "the", "TeLC", "-", "silencing", "group", "was", "lower", "than", "the", "GFP", "-", "control", "group", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0280", ",", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "The", "TeLC", "-", "silencing", "group", "had", "a", "higher", "recognition", "index", "than", "GFP", "-", "control", "group", "(", "*", "p", "=", "0", ".", "0317", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) The investigation duration and recognition index of the GFP-control (n = 4 animals) and the TeLC-silencing (n = 6 animals) group. During the second trial, the investigation duration of the TeLC-silencing group was lower than the GFP-control group (* p = 0.0280, Sidak's multiple comparison test). The TeLC-silencing group had a higher recognition index than GFP-control group (* p = 0.0317, Mann-Whitney test). Data shown as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Levels", "of", "phosphorylation", "of", "the", "Y174", "phosphosite", "of", "the", "indicated", "Vav1", "mutant", "proteins", "immunoprecipitated", "from", "Jurkat", "cells", "(", "upper", "panel", ")", ".", "The", "total", "amount", "of", "Vav1", "immunoprecipitated", "in", "each", "sample", "is", "shown", "in", "the", "bottom", "panel", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Levels of phosphorylation of the Y174 phosphosite of the indicated Vav1 mutant proteins immunoprecipitated from Jurkat cells (upper panel). The total amount of Vav1 immunoprecipitated in each sample is shown in the bottom panel (n = 3 independent experiments)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Survival", "curves", "of", "mice", "transplanted", "with", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "The", "number", "of", "animals", "used", "is", "indicated", "in", "the", "graph", ".", "Note", ":", "the", "mouse", "transplanted", "with", "EGFP", "-", "transduced", "cells", "that", "has", "died", "in", "these", "experiments", "did", "not", "show", "any", "sign", "of", "tumor", "development", "according", "to", "anatomopathological"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Survival curves of mice transplanted with CD4+ T cells expressing the indicated proteins. The number of animals used is indicated in the graph. Note: the mouse transplanted with EGFP-transduced cells that has died in these experiments did not show any sign of tumor development according to anatomopathological analyses"}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "CD4", "+", "versus", "CD8", "+", "T", "cell", "ratio", "in", "peripheral", "blood", "from", "mice", "transplanted", "with", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "proteins", "(", "bottom", ")", ".", "Each", "point", "represents", "the", "measurement", "of", "an", "individual", "mouse", ".", "n", "as", "in", "B", ".", "Data", "information", ":", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "values", "obtained", "using", "the", "Student", "'", "s", "t", "are", "given", "relative", "to", "control", "EGFP", "+", "cells", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of CD4+ versus CD8+ T cell ratio in peripheral blood from mice transplanted with CD4+ T cells expressing the indicated proteins (bottom). Each point represents the measurement of an individual mouse. n as in B. Data information: data represent the mean ± SEM. Statistical values obtained using the Student's t are given relative to control EGFP+ cells. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["(", "J", "-", "L", ")", "Representative", "flow", "cytometry", "analysis", "(", "J", ")", "and", "quantification", "of", "the", "surface", "levels", "of", "ICOS", "(", "K", ")", "and", "CD69", "(", "L", ")", "in", "TFH", "cells", "from", "mice", "transplanted", "with", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "proteins", ".", "In", "J", ",", "numbers", "indicate", "the", "relative", "percentage", "(", "%", ")", "of", "the", "cell", "population", "that", "has", "been", "interrogated", "(", "boxed", ")", ".", "In", "K", "and", "L", ",", "each", "point", "represents", "the", "values", "obtained", "with", "a", "single", "experimental", "mouse", ".", "n", "as", "in", "H", ".", "Data", "information", ":", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "values", "obtained", "using", "the", "Student", "'", "s", "t", "are", "given", "relative", "to", "control", "EGFP", "+", "cells", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-L) Representative flow cytometry analysis (J) and quantification of the surface levels of ICOS (K) and CD69 (L) in TFH cells from mice transplanted with CD4+ T cells expressing the indicated proteins. In J, numbers indicate the relative percentage (%) of the cell population that has been interrogated (boxed). In K and L, each point represents the values obtained with a single experimental mouse. n as in H. Data information: data represent the mean ± SEM. Statistical values obtained using the Student's t are given relative to control EGFP+ cells. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["(", "M", ")", "Abundance", "of", "indicated", "transcripts", "(", "bottom", ")", "in", "splenic", "cells", "from", "control", "(", "EGFP", "+", ")", ",", "tumor", "-", "bearing", "mice", "(", "expressing", "EGFP", "and", "Vav1", "∆", "C", ")", "and", "mice", "transplanted", "with", "cells", "transduced", "with", "the", "catalytically", "dead", "version", "of", "Vav1", "∆", "C", "(", "expressing", "EGFP", "and", "Vav1", "∆", "C", "+", "E201A", ")", ".", "Values", "are", "given", "relative", "to", "the", "expression", "of", "each", "transcript", "in", "samples", "obtained", "from", "EGFP", "controls", "(", "which", "was", "given", "an", "arbitrary", "value", "of", "1", ")", ".", "n", "=", "4", "animals", "per", "class", "analyzed", ".", "a", ".", "u", ".", ",", "arbitrary", "unit", ".", "Data", "information", ":", "data", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "values", "obtained", "using", "the", "Student", "'", "s", "t", "are", "given", "relative", "to", "control", "EGFP", "+", "cells", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Abundance of indicated transcripts (bottom) in splenic cells from control (EGFP+), tumor-bearing mice (expressing EGFP and Vav1∆C) and mice transplanted with cells transduced with the catalytically dead version of Vav1∆C (expressing EGFP and Vav1∆C+E201A). Values are given relative to the expression of each transcript in samples obtained from EGFP controls (which was given an arbitrary value of 1). n = 4 animals per class analyzed. a.u., arbitrary unit. Data information: data represent the mean ± SEM. Statistical values obtained using the Student's t are given relative to control EGFP+ cells. *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "immunoblot", "showing", "the", "abundance", "of", "the", "ectopic", "Vav1", "proteins", ",", "EGFP", "and", "the", "endogenous", "tubulin", "α", "(", "loading", "control", ")", "in", "CD4", "+", "T", "-", "cells", "transduced", "with", "retrovirus", "particles", "used", "in", "these", "experiments", "(", "top", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative immunoblot showing the abundance of the ectopic Vav1 proteins, EGFP and the endogenous tubulin α (loading control) in CD4+ T-cells transduced with retrovirus particles used in these experiments (top)."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Representative", "FACS", "plots", "(", "E", ")", "and", "quantification", "(", "F", ")", "of", "the", "proliferation", "of", "EGFP", "+", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "proteins", "using", "the", "Cell", "Trace", "Violet", "method", ".", "In", "E", ",", "the", "grey", "shaded", "histograms", "represent", "the", "fluorescence", "obtained", "from", "nonstimulated", "CD4", "+", "T", "cells", "before", "stimulation", "and", "retroviral", "transduction", ".", "In", "F", ",", "each", "point", "represents", "the", "values", "obtained", "with", "a", "single", "experimental", "mouse", ".", "n", "=", "6", "per", "each", "experimental", "condition", ",", "except", "in", "the", "case", "of", "Vav1", "∆", "N", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "values", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Representative FACS plots (E) and quantification (F) of the proliferation of EGFP+ CD4+ T cells expressing the indicated proteins using the Cell Trace Violet method. In E, the grey shaded histograms represent the fluorescence obtained from nonstimulated CD4+ T cells before stimulation and retroviral transduction. In F, each point represents the values obtained with a single experimental mouse. n = 6 per each experimental condition, except in the case of Vav1∆N (n = 3). Data information: values are shown as means ± SEM from three independent experiments."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Flow", "cytometry", "determination", "of", "Tox", "(", "G", ")", ",", "ICOS", "(", "H", ")", ",", "CD25", "(", "I", ")", "and", "ICN1", "(", "J", ")", "expression", "in", "EGFP", "+", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "Vav1", "proteins", ".", "NSt", ",", "Non", "stimulated", "cells", "(", "CD4", "+", "T", "cells", "before", "stimulation", "and", "retroviral", "transduction", ")", ".", "In", "all", "panels", ",", "each", "point", "represents", "the", "values", "obtained", "for", "a", "single", "experimental", "condition", ".", "f", ".", "i", ".", ",", "mean", "fluorescence", "intensity", "relative", "to", "the", "isotype", "-", "matched", "control", "antibody", ".", "n", "=", "6", "per", "each", "experimental", "condition", ",", "except", "for", "the", "Vav1", "∆", "N", "and", "NSt", "conditions", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "values", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Flow cytometry determination of Tox (G), ICOS (H), CD25 (I) and ICN1 (J) expression in EGFP+ CD4+ T cells expressing the indicated Vav1 proteins. NSt, Non stimulated cells (CD4+ T cells before stimulation and retroviral transduction). In all panels, each point represents the values obtained for a single experimental condition. f.i., mean fluorescence intensity relative to the isotype-matched control antibody. n = 6 per each experimental condition, except for the Vav1∆N and NSt conditions (n = 3). Data information: values are shown as means ± SEM from three independent experiments."}
{"words": ["(", "K", "-", "N", ")", "Example", "of", "a", "flow", "cytometry", "analysis", "(", "K", "and", "M", ")", "and", "final", "quantification", "of", "p", "-", "Akt", "(", "L", ")", "and", "p", "-", "Erk1", "/", "2", "(", "N", ")", "levels", "in", "EGFP", "+", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "Vav1", "proteins", "in", "primed", "(", "blue", "bars", ")", "and", "restimulated", "(", "red", "bars", ")", "cells", ".", "In", "K", "and", "M", ",", "the", "grey", "shaded", "histograms", "represent", "the", "fluorescence", "obtained", "with", "the", "isotype", "-", "matched", "control", "antibody", ".", "In", "L", "and", "N", ",", "NSt", ",", "nonstimulated", ",", "St", ",", "stimulated", ".", "n", "=", "3", "per", "each", "experimental", "condition", ".", "Data", "information", ":", "values", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "In", "panels", "L", "and", "N", ",", "P", "values", "are", "given", "relative", "to", "nonstimulated", "(", "blue", "asterisks", ")", "and", "stimulated", "(", "red", "asterisks", ")", "cells", "expressing", "Vav1WT", ".", "We", "also", "included", "P", "values", "for", "the", "values", "exhibited", "by", "each", "Vav1", "mutant", "protein", "relative", "to", "those", "obtained", "in", "nonstimulated", "condition", "(", "black", "asterisks", ")", ".", "*", ",", "P", " ", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", " ", "≤", " ", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K-N) Example of a flow cytometry analysis (K and M) and final quantification of p-Akt (L) and p-Erk1/2 (N) levels in EGFP+ CD4+ T cells expressing the indicated Vav1 proteins in primed (blue bars) and restimulated (red bars) cells. In K and M, the grey shaded histograms represent the fluorescence obtained with the isotype-matched control antibody. In L and N, NSt, nonstimulated, St, stimulated. n = 3 per each experimental condition. Data information: values are shown as means ± SEM from three independent experiments. In panels L and N, P values are given relative to nonstimulated (blue asterisks) and stimulated (red asterisks) cells expressing Vav1WT. We also included P values for the values exhibited by each Vav1 mutant protein relative to those obtained in nonstimulated condition (black asterisks). *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001 (Student's t test)."}
{"words": ["B", ")", "quantification", "of", "the", "EGFP", "+", "CD4", "+", "T", "cell", "proliferation", "in", "the", "different", "experimental", "groups", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "values", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "given", "relative", "to", "nontreated", "(", "light", "blue", "asterisks", ")", "and", "treated", "(", "dark", "blue", "asterisks", ")", "EGFP", "+", "cells", ".", "We", "also", "include", "P", "values", "for", "the", "values", "exhibited", "by", "each", "experimental", "group", "relative", "to", "those", "obtained", "in", "nontreated", "condition", "(", "black", "asterisks", ")", ".", "*", ",", "P", " ", "≤", " ", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", " ", "≤", " ", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "(", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) quantification of the EGFP+ CD4+ T cell proliferation in the different experimental groups n = 3 independent experiments. Data information: values are shown as means ± SEM from three independent experiments. P values are given relative to nontreated (light blue asterisks) and treated (dark blue asterisks) EGFP+ cells. We also include P values for the values exhibited by each experimental group relative to those obtained in nontreated condition (black asterisks). *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001 (Mann-Whitney U test)."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "Flow", "cytometry", "determination", "of", "intracellular", "Tox", "(", "C", ")", ",", "intracellular", "ICN1", "(", "D", ")", "and", "surface", "ICOS", "(", "E", ")", "levels", "in", "EGFP", "+", "CD4", "+", "T", "cells", "expressing", "the", "indicated", "Vav1", "proteins", ".", "f", ".", "i", ".", ",", "mean", "fluorescence", "intensity", "relative", "to", "the", "isotype", "-", "matched", "control", "antibody", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "values", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "P", "values", "are", "given", "relative", "to", "nontreated", "(", "light", "blue", "asterisks", ")", "and", "treated", "(", "dark", "blue", "asterisks", ")", "EGFP", "+", "cells", ".", "We", "also", "include", "P", "values", "for", "the", "values", "exhibited", "by", "each", "experimental", "group", "relative", "to", "those", "obtained", "in", "nontreated", "condition", "(", "black", "asterisks", ")", ".", "*", ",", "P", " ", "≤", " ", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", " ", "≤", " ", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "(", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) Flow cytometry determination of intracellular Tox (C), intracellular ICN1 (D) and surface ICOS (E) levels in EGFP+ CD4+ T cells expressing the indicated Vav1 proteins. f.i., mean fluorescence intensity relative to the isotype-matched control antibody. n = 3 independent experiments. Data information: values are shown as means ± SEM from three independent experiments. P values are given relative to nontreated (light blue asterisks) and treated (dark blue asterisks) EGFP+ cells. We also include P values for the values exhibited by each experimental group relative to those obtained in nontreated condition (black asterisks). *, P ≤ 0.05; **, P ≤ 0.01; ***, P ≤ 0.001 (Mann-Whitney U test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "12", "-", "lead", "ECG", "of", "patient", "1", ".", "(", "B", ")", "12", "-", "lead", "ECG", "of", "patient", "2", ".", "(", "C", ")", "ECG", "of", "patient", "2", "during", "epinephrine", "test", "(", "A", "-", "represents", "baseline", "ECG", ";", "B", "-", "ECG", "at", "17", "min", "and", "47", "s", "of", "the", "beginning", "of", "epinephrine", "infusion", "(", "0", ".", "2", "μg", "/", "kg", "of", "epinephrine", ")", "and", "C", "-", "ECG", "after", "the", "end", "of", "epinephrine", "infusion", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(A) 12-lead ECG of patient 1. (B) 12-lead ECG of patient 2. (C) ECG of patient 2 during epinephrine test (A- represents baseline ECG; B- ECG at 17 min and 47 s of the beginning of epinephrine infusion (0.2 μg/kg of epinephrine) and C- ECG after the end of epinephrine infusion)."}
{"words": ["(", "E", ")", "ECG", "of", "patient", "3", "(", "subject", "IV", ":", "13", ")", "showing", "mild", "QTc", "prolongation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) ECG of patient 3 (subject IV:13) showing mild QTc prolongation."}
{"words": ["(", "F", ")", "ICD", "interrogation", "of", "patient", "3", "(", "subject", "IV", ":", "13", ")", "reveals", "an", "episode", "of", "VT", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) ICD interrogation of patient 3 (subject IV:13) reveals an episode of VT."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "Expression", "of", "Tecrl", "in", "mouse", "development", ".", "Expression", "is", "not", "observed", "in", "(", "A", ")", "the", "cardiac", "crescent", "at", "E7", ".", "5", "but", "is", "prominent", "in", "(", "B", ")", "the", "inflow", "tract", "(", "ift", ")", "region", "at", "E8", ".", "5", ",", "particularly", "in", "(", "C", ")", "the", "left", "sinus", "venosus", "(", "lsv", ")", ".", "(", "D", ")", "At", "E9", ".", "5", ",", "Tecrl", "expression", "is", "observed", "in", "all", "four", "chambers", "of", "the", "heart", "but", "is", "strongest", "in", "the", "inflow", "tract", ".", "(", "E", "-", "G", ")", "From", "E10", "onwards", ",", "Tecrl", "is", "expressed", "in", "the", "somites", ".", "(", "H", ")", "At", "E14", ".", "5", ",", "Tecrl", "expression", "is", "present", "in", "the", "entire", "myocardium", ";", "[", "atrium", "(", "a", ")", ",", "ventricle", "(", "v", ")", ",", "neural", "tube", "(", "nt", ")", ",", "lung", "(", "lu", ")", ",", "right", "atrium", "(", "ra", ")", ",", "left", "atrium", "(", "la", ")", ",", "right", "ventricle", "(", "rv", ")", "and", "left", "ventricle", "(", "lv", ")", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) Expression of Tecrl in mouse development. Expression is not observed in (A) the cardiac crescent at E7.5 but is prominent in (B) the inflow tract (ift) region at E8.5, particularly in (C) the left sinus venosus (lsv). (D) At E9.5, Tecrl expression is observed in all four chambers of the heart but is strongest in the inflow tract. (E-G) From E10 onwards, Tecrl is expressed in the somites. (H) At E14.5, Tecrl expression is present in the entire myocardium; [atrium (a), ventricle (v), neural tube (nt), lung (lu), right atrium (ra), left atrium (la), right ventricle (rv) and left ventricle (lv)]."}
{"words": ["(", "I", ")", "mRNA", "expression", "analyses", "of", "TECR", "and", "TECRL", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "human", "tissues", "demonstrates", "preferential", "expression", "of", "Tecrl", "in", "the", "heart", ";", "[", "Bone", "marrow", "(", "Bone", "M", ".", ")", ",", "heart", ",", "skeletal", "muscle", "(", "Sk", ".", "Muscle", ")", ",", "uterus", ",", "liver", ",", "spleen", ",", "thymus", ",", "thyroid", ",", "prostate", ",", "brain", ",", "lung", ",", "small", "intestine", "(", "Small", "I", ".", ")", "and", "colon", "]"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) mRNA expression analyses of TECR and TECRL by RT-qPCR in human tissues demonstrates preferential expression of Tecrl in the heart; [Bone marrow (Bone M.), heart, skeletal muscle (Sk.Muscle), uterus, liver, spleen, thymus, thyroid, prostate, brain, lung, small intestine (Small I.) and colon]"}
{"words": ["(", "J", ")", "Localization", "of", "MYC", "-", "Tecrl", "in", "COS", "-", "1", "cells", ".", "The", "accumulation", "of", "MYC", "-", "Tecrl", "is", "perinuclear", "consistent", "with", "it", "being", "localized", "to", "the", "ER", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Localization of MYC-Tecrl in COS-1 cells. The accumulation of MYC-Tecrl is perinuclear consistent with it being localized to the ER."}
{"words": ["(", "K", "-", "M", ")", "Co", "-", "localization", "of", "MYC", "-", "Tecrl", "and", "the", "ER", "marker", "Calnexin", "in", "H10", "cells", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K-M) Co-localization of MYC-Tecrl and the ER marker Calnexin in H10 cells. Nuclei stained with DAPI. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Skin", "fibroblasts", "(", "left", ")", "from", "IV", ":", "13", ",", "homozygous", "for", "the", "TECRLc", ".", "331", "+", "1G", ">", "A", "mutation", "were", "reprogrammed", "to", "hiPSCs", "(", "center", ")", ",", "which", "expressed", "the", "pluripotency", "markers", "NANOG", "and", "SSEA4", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Skin fibroblasts(left) from IV:13, homozygous for the TECRLc.331+1G>A mutation were reprogrammed to hiPSCs(center), which expressed the pluripotency markers NANOG and SSEA4(right). Scale bars: 100 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "TECRLHom", "-", "hiPSCs", "have", "a", "normal", "karyotype", "(", "left", ")", "and", "PluriTest", "demonstrates", "a", "high", "pluripotency", "score", "and", "low", "novelty", "score", "for", "all", "three", "hiPSC", "lines", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) TECRLHom-hiPSCs have a normal karyotype(left) and PluriTest demonstrates a high pluripotency score and low novelty score for all three hiPSC lines (right)."}
{"words": ["(", "C", ")", "TECRLHom", "-", "hiPSCs", "generate", "derivatives", "of", "mesoderm", "(", "left", ")", ",", "endoderm", "(", "center", ")", "and", "ectoderm", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "25"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) TECRLHom-hiPSCs generate derivatives of mesoderm(left), endoderm(center) and ectoderm(right). Scale bars: 25 μm"}
{"words": ["(", "F", ")", "ACTN2", "immunostaining", "of", "CTRL", "-", ",", "TECRLHet", "-", "and", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CMs", ".", "Scale", "bar", ":", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) ACTN2 immunostaining of CTRL-, TECRLHet- and TECRLHom-hiPSC-CMs. Scale bar: 25 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Analysis", "of", "RT", "-", "PCR", "products", "by", "gel", "electrophoresis", ".", "Amplification", "products", "of", "TECRL", "exons", "2", "-", "4", "from", "CTRL", "-", ",", "TECRLHet", "-", "and", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CMs", "(", "left", ")", "and", "coding", "sequence", "of", "TECRL", "from", "CTRL", "-", "and", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CMs", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Analysis of RT-PCR products by gel electrophoresis. Amplification products of TECRL exons 2-4 from CTRL-, TECRLHet- and TECRLHom-hiPSC-CMs(left) and coding sequence of TECRL from CTRL- and TECRLHom-hiPSC-CMs(right)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "traces", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "transients", "in", "Indo", "-", "1", "AM", "-", "loaded", "hiPSC", "-", "CMs", "paced", "at", "1", "Hz", ".", "(", "B", ")", "Time", "to", "reach", "50", "%", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "transient", "amplitude", ",", "t1", "/", "2", ";", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "concentrations", "during", "systole", "and", "diastole", "(", "C", ")", "Amplitude", "and", "tau", "decay", "of", "the", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "transient", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative traces of [Ca2+]i transients in Indo-1 AM-loaded hiPSC-CMs paced at 1 Hz. (B) Time to reach 50% of [Ca2+]i transient amplitude, t1/2; [Ca2+]i concentrations during systole and diastole (C) Amplitude and tau decay of the [Ca2+]i transient."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "traces", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "transients", "in", "Indo", "-", "1", "AM", "-", "loaded", "hiPSC", "-", "CMs", "paced", "at", "1", "Hz", ",", "in", "the", "presence", "of", "caffeine", "(", "caff", ")", "or", "caffeine", "and", "NiCl2", ".", "(", "B", ")", "Amplitude", "of", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "in", "the", "presence", "of", "caffeine", "and", "NiCl2and", "fractional", "SR", "release", "in", "hiPSC", "-", "CMs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative traces of [Ca2+]i transients in Indo-1 AM-loaded hiPSC-CMs paced at 1 Hz, in the presence of caffeine (caff) or caffeine and NiCl2. (B) Amplitude of [Ca2+]i in the presence of caffeine and NiCl2and fractional SR release in hiPSC-CMs."}
{"words": ["(", "C", ")", "Rate", "constants", "of", "SERCA", "-", ",", "NCX", "-", "and", "slow", "mechanisms", "-", "based", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "decay", "in", "hiPSC", "-", "CMs", ".", "(", "D", ")", "Relative", "contribution", "of", "SERCA", ",", "NCX", "and", "slow", "mechanisms", "to", "[", "Ca2", "+", "]", "i", "extrusion", "in", "hiPSC", "-", "CMs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Rate constants of SERCA-, NCX- and slow mechanisms-based [Ca2+]i decay in hiPSC-CMs. (D) Relative contribution of SERCA, NCX and slow mechanisms to [Ca2+]i extrusion in hiPSC-CMs."}
{"words": ["(", "A", ")", "AP", "illustrating", "the", "analysed", "parameters", "(", "B", ")", "Representative", "APs", "from", "control", "(", "CTRL", ")", ",", "heterozygous", "(", "HET", ")", "and", "homozygous", "(", "HOM", ")", "CMs", ".", "(", "C", ")", "RMP", ",", "dV", "/", "dtmax", ",", "APAmax", ",", "APAplat", ",", "APD20", ",", "APD50", "and", "APD90", "of", "CTRL", "-", ",", "TECRLHet", "-", "and", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CMs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) AP illustrating the analysed parameters (B) Representative APs from control (CTRL), heterozygous (HET) and homozygous (HOM) CMs. (C) RMP, dV/dtmax , APAmax, APAplat, APD20, APD50 and APD90 of CTRL-, TECRLHet- and TECRLHom-hiPSC-CMs."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "AP", "traces", "and", "(", "B", ")", "averaged", "activity", "of", "triggered", "and", "spontaneous", "activity", "in", "hiPSC", "-", "CMs", "in", "the", "absence", "of", "NA", ".", "(", "C", ")", "Representative", "AP", "traces", "and", "(", "D", ")", "averaged", "activity", "of", "triggered", "and", "spontaneous", "activity", "in", "hiPSC", "-", "CMs", "in", "the", "presence", "of", "NA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Representative AP traces and (B) averaged activity of triggered and spontaneous activity in hiPSC-CMs in the absence of NA. (C) Representative AP traces and (D) averaged activity of triggered and spontaneous activity in hiPSC-CMs in the presence of NA."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "AP", "trace", "of", "a", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CM", "in", "the", "presence", "of", "NA", "alone", "or", "NA", "and", "flecainide", ".", "(", "B", ")", "Effect", "of", "flecainide", "on", "AP", "parameters", "of", "hiPSC", "-", "CMs", ".", "(", "C", "-", "D", ")", "Addition", "of", "5", "μM", "of", "flecainide", "decreased", "the", "susceptibility", "to", "triggered", "activity", "in", "hiPSC", "-", "CMs", ".", "Note", "that", "the", "effect", "of", "flecainide", "on", "triggered", "activity", "of", "TECRLHet", "-", "and", "TECRLHom", "-", "hiPSC", "-", "CMs", "is", "more", "pronounced", "than", "its", "effect", "on", "their", "spontaneous", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative AP trace of a TECRLHom-hiPSC-CM in the presence of NA alone or NA and flecainide. (B) Effect of flecainide on AP parameters of hiPSC-CMs. (C-D) Addition of 5 μM of flecainide decreased the susceptibility to triggered activity in hiPSC-CMs. Note that the effect of flecainide on triggered activity of TECRLHet- and TECRLHom-hiPSC-CMs is more pronounced than its effect on their spontaneous activity."}
{"words": ["C", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "Apopt1", "normalized", "to", "the", "expression", "of", "GAPDH", "in", "skeletal", "muscle", "and", "liver", "of", "wild", "-", "type", ",", "heterozygous", "and", "knock", "-", "out", "mice", "of", "three", "months", "of", "age", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "genotype", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "Muscle", "-", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "WT", "vs", "KO", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0310", "(", "WT", "vs", "het", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0395", "(", "het", "vs", "KO", ")", ",", "Liver", "-", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0022", "(", "WT", "vs", "KO", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0101", "(", "WT", "vs", "het", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Relative mRNA expression of Apopt1 normalized to the expression of GAPDH in skeletal muscle and liver of wild-type, heterozygous and knock-out mice of three months of age. Data are presented as mean ± SEM (n = 6 mice per genotype). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: Muscle - ***P = 0.0001 (WT vs KO), *P = 0.0310 (WT vs het), *P = 0.0395 (het vs KO), Liver - **P = 0.0022 (WT vs KO), *P = 0.0101 (WT vs het) "}
{"words": ["A", "Body", "weight", "measured", "in", "female", "and", "male", "animals", "at", "3", ",", "6", "and", "12", "months", "of", "age", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "5", "per", "group", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Body weight measured in female and male animals at 3, 6 and 12 months of age. Data are presented as mean ± SEM (n = 5 per group) "}
{"words": ["Distance", "run", "by", "the", "tested", "female", "and", "male", "mice", "on", "the", "treadmill", "at", "3", "and", "12", "months", "of", "age", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "per", "group", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "Females", "-", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "3", "months", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0004", "(", "12", "months", ",", "Males", "-", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "3", "months", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0019", "(", "12", "months", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distance run by the tested female and male mice on the treadmill at 3 and 12 months of age. Data are presented as mean ± SEM (n = 6 per group). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: Females - ****P < 0.0001 (3 months), ***P = 0.0004 (12 months, Males - ****P < 0.0001 (3 months), **P = 0.0019 (12 months)"}
{"words": ["Time", "in", "seconds", "spent", "by", "the", "female", "and", "male", "mice", "on", "the", "Rotarod", "cylinders", "before", "falling", "at", "different", "ages", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "5", "per", "group", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "Females", "-", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0059", "(", "3", "months", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0083", "(", "6", "months", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0391", "(", "12", "months", ")", ",", "Males", "-", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0069", "(", "12", "months", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Time in seconds spent by the female and male mice on the Rotarod cylinders before falling at different ages. Data are presented as mean ± SEM (n = 5 per group). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: Females - **P = 0.0059 (3 months), **P = 0.0083 (6 months), *P = 0.0391 (12 months), Males - **P = 0.0069 (12 months)"}
{"words": ["Number", "of", "entries", "in", "each", "arm", "of", "the", "Y", "maze", "performed", "at", "different", "ages", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "10", "per", "group", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of entries in each arm of the Y maze performed at different ages. Data are presented as mean ± SEM (n = 10 per group). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: ****P < 0.0001"}
{"words": ["E", "Total", "spontaneous", "horizontal", "and", "vertical", "movements", "of", "12", "-", "month", "old", "mice", "measured", "in", "an", "activity", "cage", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "per", "group", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "horizontal", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E Total spontaneous horizontal and vertical movements of 12-month old mice measured in an activity cage. Data are presented as mean ± SEM (n = 6 per group). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: ****P < 0.0001 (horizontal) "}
{"words": ["A", "Representative", "Hematoxylin", "&", "Eosin", "staining", "of", "skeletal", "muscle", "in", "three", "-", "month", "old", "individuals"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Representative Hematoxylin & Eosin staining of skeletal muscle in three-month old individuals "}
{"words": ["B", "Histochemical", "reaction", "specific", "to", "COX", "and", "SDH", "in", "skeletal", "muscle", ",", "cerebellar", "cortex", "and", "kidney", "of", "the", "same", "individuals"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Histochemical reaction specific to COX and SDH in skeletal muscle, cerebellar cortex and kidney of the same individuals "}
{"words": ["C", "COX", "(", "CIV", ")", "enzymatic", "activity", "normalized", "to", "the", "activity", "of", "citrate", "synthase", "(", "CS", ")", "in", "five", "animals", "per", "genotype", "as", "indicated", "at", "three", "and", "twelve", "months", "of", "age", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "per", "group", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "Muscle", "-", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "het", "vs", "KO", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "WT", "vs", "KO", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0185", "(", "WT", "vs", "het", ")", ",", "Kidney", "-", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "het", "vs", "KO", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", "(", "WT", "vs", "KO", ")", ",", "Heart", "-", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0003", "(", "het", "vs", "KO", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "WT", "vs", "KO", ")", ",", "Brain", "and", "Liver", "-", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C COX (CIV) enzymatic activity normalized to the activity of citrate synthase (CS) in five animals per genotype as indicated at three and twelve months of age. Data are presented as mean ± SEM (n = 6 per group). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons test: Muscle - ****P < 0.0001 (het vs KO), ***P = 0.0001 (WT vs KO), *P = 0.0185 (WT vs het), Kidney - ****P < 0.0001 (het vs KO), ***P = 0.0002 (WT vs KO), Heart - ***P = 0.0003 (het vs KO), ***P = 0.0001 (WT vs KO), Brain and Liver - ****P < 0.0001"}
{"words": ["D", "Western", "blot", "analysis", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "total", "lysates", "from", "liver", ",", "skeletal", "muscle", "and", "brain", "from", "the", "indicated", "genotypes", ",", "each", "lane", "showing", "the", "results", "for", "one", "animal", ".", "The", "graph", "shows", "the", "densitometric", "quantification", "of", "the", "signals", "obtained", "in", "the", "liver", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "2", "WT", ";", "n", "=", "2", "het", ";", "n", "=", "3", "KO", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", ":", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", "and", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "WT", "vs", "KO", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D Western blot analysis of SDS-PAGE of total lysates from liver, skeletal muscle and brain from the indicated genotypes, each lane showing the results for one animal. The graph shows the densitometric quantification of the signals obtained in the liver. Data are presented as mean ± SEM (n=2 WT; n=2 het; n=3 KO). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Sidak's multiple comparisons: ***P = 0.0002 and ****P < 0.0001 (WT vs KO) "}
{"words": ["E", "Western", "blot", "analysis", "of", "1D", "-", "BNGE", "of", "mitochondria", "from", "skeletal", "muscle", "from", "the", "indicated", "genotypes", ",", "each", "lane", "showing", "the", "results", "from", "one", "animal"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E Western blot analysis of 1D-BNGE of mitochondria from skeletal muscle from the indicated genotypes, each lane showing the results from one animal "}
{"words": ["F", "Western", "blot", "analysis", "of", "2D", "-", "BNGE", "of", "mitochondria", "from", "skeletal", "muscle", "from", "one", "individual", "of", "the", "indicated", "genotype"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F Western blot analysis of 2D-BNGE of mitochondria from skeletal muscle from one individual of the indicated genotype "}
{"words": ["A", "Western", "blot", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "different", "fractions", "from", "143B", "cells", "expressing", "APOPT1HA", ".", "Tot", ":", "total", "lysate", ".", "Cyto", ":", "post", "-", "mitochondrial", "fraction", "(", "cytoplasm", ")", ".", "Mt", ":", "isolated", "mitochondria", ".", "Mt", "sol", ":", "Soluble", "mitochondrial", "fraction", ".", "Mt", "memb", ":", "mitochondrial", "membranes", ".", "CO32", "-", "pellet", ":", "Pellet", "after", "carbonate", "extraction", "with", "0", ".", "1", "M", "Na2CO3", ",", "pH", "10", ".", "5", "for", "30", "minutes", ".", "CO32", "-", "sol", ":", "soluble", "fraction", "after", "the", "carbonate", "extraction"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " A Western blot of SDS-PAGE of different fractions from 143B cells expressing APOPT1HA. Tot: total lysate. Cyto: post-mitochondrial fraction (cytoplasm). Mt: isolated mitochondria. Mt sol: Soluble mitochondrial fraction. Mt memb: mitochondrial membranes. CO32- pellet: Pellet after carbonate extraction with 0.1 M Na2CO3, pH 10.5 for 30 minutes. CO32- sol: soluble fraction after the carbonate extraction "}
{"words": ["B", "Western", "blot", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "mitochondria", "used", "for", "protease", "protection", "assay", "after", "digitonin", "treatment", ".", "The", "experiment", "was", "carried", "out", "in", "isolated", "mitochondria", "from", "143B", "cells", "expressing", "APOPT1HA", "exposed", "to", "increasing", "amounts", "of", "digitonin", "(", "expressed", "in", "µg", ")", "and", "50", "µg", "/", "ml", "trypsin", ".", "Complete", "solubilization", "with", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "was", "used", "as", "a", "control", "of", "protease", "sensitivity", ".", "TOM20", ":", "Translocase", "of", "the", "outer", "membrane", "(", "OM", ")", "20", "kDa", ".", "ACO2", ":", "Aconitase", "2", "(", "mitochondrial", "isoform", ")", ".", "AIF", ":", "Apoptosis", "inducing", "factor", ".", "AK2", ":", "Adenylate", "kinase", "2", ".", "OM", ":", "outer", "mitochondrial", "membrane", ".", "IM", ":", "inner", "mitochondrial", "membrane", ".", "IMS", ":", "intermembrane", "space"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Western blot of SDS-PAGE of mitochondria used for protease protection assay after digitonin treatment. The experiment was carried out in isolated mitochondria from 143B cells expressing APOPT1HA exposed to increasing amounts of digitonin (expressed in µg) and 50 µg/ml trypsin. Complete solubilization with 1% Triton X-100 was used as a control of protease sensitivity. TOM20: Translocase of the outer membrane (OM) 20 kDa. ACO2: Aconitase 2 (mitochondrial isoform). AIF: Apoptosis inducing factor. AK2: Adenylate kinase 2. OM: outer mitochondrial membrane. IM: inner mitochondrial membrane. IMS: intermembrane space "}
{"words": ["C", "Western", "blot", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "mitochondria", "used", "for", "protease", "protection", "assay", "after", "hypotonic", "shock", ".", "The", "experiment", "was", "carried", "out", "in", "isolated", "mitochondria", "from", "143B", "cells", "expressing", "APOPT1HA", "incubated", "either", "in", "isotonic", "(", "Iso", ")", "or", "hypotonic", "buffers", "for", "5", "minutes", "(", "Hypo", "5", "'", ")", "or", "15", "minutes", "(", "Hypo", "15", "'", ")", "and", "50", "µg", "/", "ml", "trypsin", ".", "Complete", "solubilization", "with", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "was", "used", "as", "a", "control", "of", "protease", "sensitivity"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Western blot of SDS-PAGE of mitochondria used for protease protection assay after hypotonic shock. The experiment was carried out in isolated mitochondria from 143B cells expressing APOPT1HA incubated either in isotonic (Iso) or hypotonic buffers for 5 minutes (Hypo 5') or 15 minutes (Hypo 15') and 50 µg/ml trypsin. Complete solubilization with 1% Triton X-100 was used as a control of protease sensitivity "}
{"words": ["D", "N", "-", "SIM", "super", "-", "resolution", "micrographs", "showing", "0", ".", "8", "μm", "Maximum", "Intensity", "Projection", "(", "0", ".", "15", "μm", "for", "each", "Z", "-", "stack", ")", "of", "143B", "cells", "expressing", "APOPT1GFP", "shown", "in", "green", ",", "specific", "markers", "for", "each", "mitochondrial", "compartment", ":", "TOMM20", "(", "OM", ")", ",", "COX8A", "(", "IM", ")", ",", "MitoTracker", "(", "IM", "+", "M", ")", "and", "matrix", "-", "target", "(", "mScarlet", ")", "shown", "in", "red", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "μm", ".", "The", "graph", "shows", "Pearson", "'", "s", "Coefficient", "in", "colocalized", "volume", "of", "different", "sub", "-", "compartment", "combinations", "with", "APOPT1GFP", ".", "Data", "show", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0298", "and", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0076", ")", "was", "employed", "for", "the", "statistical", "analysis"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D N-SIM super-resolution micrographs showing 0.8 μm Maximum Intensity Projection (0.15 μm for each Z-stack) of 143B cells expressing APOPT1GFP shown in green, specific markers for each mitochondrial compartment: TOMM20 (OM), COX8A (IM), MitoTracker (IM+M) and matrix-target (mScarlet) shown in red. Scale bar: 5 μm. The graph shows Pearson's Coefficient in colocalized volume of different sub-compartment combinations with APOPT1GFP. Data show mean ± SEM (n = 5). One-way ANOVA (*P = 0.0298 and **P = 0.0076) was employed for the statistical analysis "}
{"words": ["A", "APOPT1HA", "was", "expressed", "in", "S6", "and", "S2", "immortalized", "fibroblasts", "as", "shown", "by", "the", "Western", "blot", "immunovisualization", ".", "The", "expression", "levels", "were", "tested", "at", "different", "days", "after", "transduction", ".", "The", "graph", "on", "the", "right", "shows", "the", "activities", "of", "CIV", "normalized", "to", "CS", "in", "three", "biological", "replicates", "per", "cell", "line", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0030", "(", "S6", "naïve", "vs", "S6", "APOPT1HA", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0165", "(", "S6", "EV", "vs", "S6", "APOPT1HA", ")"], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " A APOPT1HA was expressed in S6 and S2 immortalized fibroblasts as shown by the Western blot immunovisualization. The expression levels were tested at different days after transduction. The graph on the right shows the activities of CIV normalized to CS in three biological replicates per cell line. Data are presented as mean ± SEM (n = 3). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test: **P = 0.0030 (S6 naïve vs S6 APOPT1HA), *P = 0.0165 (S6 EV vs S6 APOPT1HA )"}
{"words": ["B", "APOPT1", "GFP", "was", "expressed", "in", "S6", "and", "S2", "immortalized", "fibroblasts", "as", "shown", "by", "the", "Western", "blot", "immunovisualization", ".", "The", "graph", "on", "the", "right", "shows", "the", "activities", "of", "CIV", "normalized", "to", "CS", "in", "four", "biological", "replicates", "per", "cell", "line", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0066", "(", "S6", "naïve", "vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0006", "(", "S6", "EV", "vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0169", "(", "S2", "naïve", "vs", "S2", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0008", "(", "S2", "EV", "vs", "S2", "APOPT1GFP", ")"], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " B APOPT1 GFP was expressed in S6 and S2 immortalized fibroblasts as shown by the Western blot immunovisualization. The graph on the right shows the activities of CIV normalized to CS in four biological replicates per cell line. Data are presented as mean ± SEM (n = 4). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test: **P = 0.0066 (S6 naïve vs S6 APOPT1GFP), ***P = 0.0006 (S6 EV vs S6 APOPT1GFP), *P = 0.0169 (S2 naïve vs S2 APOPT1GFP), ***P = 0.0008 (S2 EV vs S2 APOPT1GFP)"}
{"words": ["C", "Western", "blot", "analysis", "of", "1D", "-", "BNGE", "of", "mitoplasts", "extracted", "from", "the", "indicated", "cell", "lines", ".", "Fully", "assembled", "COX", "migrating", "at", "200", "kDa", "was", "immunovisualized", "with", "antibodies", "recognizing", "MT", "-", "CO1", "and", "MT", "-", "CO2", ".", "The", "presence", "of", "the", "assembly", "intermediates", "'", "MITRAC", "'", "and", "'", "S3", "'", "was", "also", "detected", "(", "arrows", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Western blot analysis of 1D-BNGE of mitoplasts extracted from the indicated cell lines. Fully assembled COX migrating at 200 kDa was immunovisualized with antibodies recognizing MT-CO1 and MT-CO2. The presence of the assembly intermediates 'MITRAC' and 'S3' was also detected (arrows) "}
{"words": ["D", "Western", "blot", "analysis", "of", "2D", "-", "BNGE", "of", "mitoplasts", "extracted", "from", "the", "indicated", "cell", "lines", ".", "Fully", "assembled", "COX", "was", "immunovisualized", "with", "antibodies", "recognizing", "MT", "-", "CO1", "and", "MT", "-", "CO2", ".", "The", "presence", "of", "the", "assembly", "intermediates", "'", "MITRAC", "'", "and", "'", "S3", "'", "was", "also", "detected", "(", "arrows", ")", ".", "Anti", "-", "GFP", "immunodetection", "revealed", "the", "presence", "of", "the", "low", "molecular", "weight", "APOPT1GFP", "complex", "in", "the", "complemented", "cells", "expressing", "the", "tagged", "protein"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D Western blot analysis of 2D-BNGE of mitoplasts extracted from the indicated cell lines. Fully assembled COX was immunovisualized with antibodies recognizing MT-CO1 and MT-CO2. The presence of the assembly intermediates 'MITRAC' and 'S3' was also detected (arrows). Anti-GFP immunodetection revealed the presence of the low molecular weight APOPT1GFP complex in the complemented cells expressing the tagged protein "}
{"words": ["E", "L", "-", "[", "35S", "]", "-", "Methionine", "pulse", "-", "chase", "labeling", "of", "mtDNA", "-", "encoded", "proteins", ".", "After", "a", "two", "-", "hour", "exposure", "with", "the", "radioactive", "label", "(", "pulse", ")", ",", "cells", "were", "cultured", "in", "cold", "medium", "for", "the", "indicated", "chase", "times", ".", "The", "graphs", "show", "the", "densitometric", "quantification", "of", "the", "bands", "corresponding", "to", "MT", "-", "CO1", "(", "left", "graph", ")", "and", "MT", "-", "CO2", "+", "MT", "-", "CO3", "(", "right", "graph", ")", "normalized", "to", "the", "ATP6", "band", "over", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Graphs", "represent", "the", "values", "of", "three", "biological", "replicas", "for", "each", "cell", "line", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "for", "controls", ",", "n", "=", "2", "for", "S2", "/", "S6", "/", "S2", "APOPT1GFP", "/", "S6", "APOPT1GFP", ")", ".", "The", "asterisks", "represent", "the", "significance", "levels", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ":", "MT", "-", "CO1", "-", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0039", "(", "3", ".", "5", "hours", ",", "controls", "vs", "S6", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0202", "(", "3", ".", "5", "hours", ",", "controls", "vs", "S2", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0163", "(", "5", "hours", ",", "S6vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0118", "(", "5", "hours", ",", "controls", "vs", "S2", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0011", "(", "20", "hours", ",", "controls", "vs", "S6", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0343", "(", "20", "hours", ",", "S2", "vs", "S2", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0007", "(", "20", "hours", ",", "S6", "vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", "(", "20", "hours", ",", "controls", "vs", "S2", ")", ",", "*", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "20", "hours", ",", "controls", "vs", "S6", ")", ",", "MT", "-", "CO2", "/", "MT", "-", "CO3", "-", "*", "P", "=", "0", ".", "0194", "(", "3", ".", "5", "hours", ",", "S6", "vs", "S6", "APOPTGFP", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0003", "(", "3", ".", "5", "hours", ",", "controls", "vs", "S6", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0375", "(", "5", "hours", ",", "S6", "vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0234", "(", "20", "hours", ",", "S2", "vs", "S2", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "20", "hours", ",", "S6", "vs", "S6", "APOPT1GFP", ")", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0013", "(", "20", "hours", ",", "controls", "vs", "S2", ")", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "20", "hours", ",", "controls", "vs", "S6", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E L-[35S]-Methionine pulse-chase labeling of mtDNA-encoded proteins. After a two-hour exposure with the radioactive label (pulse), cells were cultured in cold medium for the indicated chase times. The graphs show the densitometric quantification of the bands corresponding to MT-CO1 (left graph) and MT-CO2+MT-CO3 (right graph) normalized to the ATP6 band over the indicated time points. Graphs represent the values of three biological replicas for each cell line. Data are presented as mean ± SEM (n = 4 for controls, n = 2 for S2/S6/S2 APOPT1GFP/S6 APOPT1GFP). The asterisks represent the significance levels calculated by two-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test: MT-CO1 - **P = 0.0039 ( 3.5 hours, controls vs S6), *P = 0.0202 (3.5 hours, controls vs S2), *P = 0.0163 (5 hours, S6vs S6 APOPT1GFP), *P = 0.0118 (5 hours, controls vs S2), **P = 0.0011 (20 hours, controls vs S6), *P = 0.0343 (20 hours, S2 vs S2 APOPT1GFP), ***P = 0.0007 (20 hours, S6 vs S6 APOPT1GFP ), ***P = 0.0002 (20 hours, controls vs S2), *****P < 0.0001 (20 hours, controls vs S6), MT-CO2/MT-CO3 - *P = 0.0194 (3.5 hours, S6 vs S6 APOPTGFP), ***P = 0.0003 (3.5 hours, controls vs S6), *P = 0.0375 (5 hours, S6 vs S6 APOPT1GFP), *P = 0.0234 (20 hours, S2 vs S2 APOPT1GFP), ****P < 0.0001 (20 hours, S6 vs S6 APOPT1GFP), **P = 0.0013 (20 hours, controls vs S2), ****P < 0.0001 (20 hours, controls vs S6)"}
{"words": ["A", "Western", "blot", "analysis", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "MGM132", "-", "treated", "143B", "APOPT1HA", "cells", ".", "The", "graph", "represents", "the", "densitometric", "quantification", "of", "the", "signals", "for", "the", "precursor", "and", "mature", "protein"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A Western blot analysis of SDS-PAGE of MGM132-treated 143B APOPT1HA cells. The graph represents the densitometric quantification of the signals for the precursor and mature protein "}
{"words": ["B", "The", "upper", "part", "of", "the", "panel", "(", "Input", ")", "shows", "Western", "blot", "analyses", "of", "APOPT1HA", "in", "the", "MGM132", "-", "treated", "cells", ".", "Note", "the", "appearance", "of", "higher", "molecular", "weight", "bands", "upon", "longer", "exposure", "in", "the", "samples", "treated", "with", "the", "proteasome", "inhibitor", ".", "The", "bottom", "part", "of", "the", "panel", "(", "Purified", "fractions", ")", "shows", "the", "analysis", "of", "fractions", "from", "the", "same", "cells", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HA", ".", "Note", "that", "the", "higher", "molecular", "weight", "species", "are", "cross", "-", "reacting", "with", "both", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "ubiquitin"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1], "text": " B The upper part of the panel (Input) shows Western blot analyses of APOPT1HA in the MGM132-treated cells. Note the appearance of higher molecular weight bands upon longer exposure in the samples treated with the proteasome inhibitor. The bottom part of the panel (Purified fractions) shows the analysis of fractions from the same cells immunoprecipitated with anti-HA. Note that the higher molecular weight species are cross-reacting with both anti-HA and anti-ubiquitin "}
{"words": ["C", "Western", "blot", "analysis", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "total", "lysates", "from", "143B", "cells", "overexpressing", "tagged", "APOPT1", "(", "as", "indicated", ")", "and", "exposed", "to", "100", "µM", "H2O2", ",", "as", "illustrated", "by", "the", "scheme", "(", "H2O2", "treatment", ")", ",", "for", "the", "indicated", "times", ".", "The", "graphs", "represent", "the", "densitometric", "quantification", "of", "the", "tagged", "APOPT1", "signal", "at", "each", "time", "point", ".", "The", "graph", "inset", "shows", "that", "the", "increase", "of", "APOPT1", "occurs", "in", "the", "first", "minutes", "after", "the", "exposure", "to", "H2O2"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2], "text": " C Western blot analysis of SDS-PAGE of total lysates from 143B cells overexpressing tagged APOPT1 (as indicated) and exposed to 100 µM H2O2, as illustrated by the scheme (H2O2 treatment), for the indicated times. The graphs represent the densitometric quantification of the tagged APOPT1 signal at each time point. The graph inset shows that the increase of APOPT1 occurs in the first minutes after the exposure to H2O2 "}
{"words": ["D", "Western", "blot", "analysis", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "total", "lysates", "from", "143B", "cells", "overexpressing", "tagged", "APOPT1", "(", "as", "indicated", ")", "and", "exposed", "to", "5", "µM", "MitoParaquat", "(", "MitoPQ", ")", ",", "as", "illustrated", "by", "the", "scheme", "(", "MitoPQ", "treatment", ")", ",", "for", "the", "indicated", "times", ".", "The", "graphs", "represent", "the", "densitometric", "quantification", "of", "the", "tagged", "APOPT1", "signal", "at", "each", "time", "point", ".", "The", "graph", "inset", "shows", "that", "the", "increase", "of", "APOPT1", "occurs", "in", "the", "first", "minutes", "after", "the", "exposure", "to", "MitoPQ"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2], "text": " D Western blot analysis of SDS-PAGE of total lysates from 143B cells overexpressing tagged APOPT1 (as indicated) and exposed to 5 µM MitoParaquat (MitoPQ), as illustrated by the scheme (MitoPQ treatment), for the indicated times. The graphs represent the densitometric quantification of the tagged APOPT1 signal at each time point. The graph inset shows that the increase of APOPT1 occurs in the first minutes after the exposure to MitoPQ "}
{"words": ["A", "Western", "blot", "analysis", "of", "SDS", "-", "PAGE", "of", "different", "mitochondrial", "proteins", "in", "total", "lysates", "from", "the", "indicated", "cell", "lines", "treated", "with", "5", "µM", "MitoPQ", "at", "the", "indicated", "times", ".", "UT", ":", "untreated", "cells", ".", "B", "Densitometric", "quantification", "of", "APOPT1GFP", "signal", "during", "the", "treatment", "in", "two", "biological", "replicas", ".", "C", "Densitometric", "quantification", "of", "MT", "-", "CO1", "signal", "in", "the", "non", "-", "complemented", "APOPT1", "-", "less", "cells", "(", "S6", "GFP", ")", "vs", ".", "the", "complemented", "cells", "(", "S6", "APOPT1GFP", ")", ".", "Three", "biological", "replicas", "(", "n", "=", "3", ")", "were", "carried", "out", "for", "each", "cell", "line", ".", "The", "signals", "in", "UT", "S6", "APOPT1", "were", "considered", "100", "%", ".", "The", "levels", "of", "MT", "-", "CO1", "were", "significantly", "lower", "in", "the", "S6", "GFP", "patient", "cells", "after", "20", "hours", "of", "MitoPQ", "treatment", "compared", "to", "the", "untreated", "cells", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0202", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "D", "Densitometric", "quantification", "of", "MT", "-", "CO2", "signal", "in", "the", "non", "-", "complemented", "APOPT1", "-", "less", "cells", "(", "S6", "GFP", ")", "vs", ".", "the", "complemented", "cells", "(", "S6", "APOPT1GFP", ")", ".", "Three", "biological", "replicas", "were", "carried", "out", "for", "each", "cell", "line", ".", "The", "signals", "in", "UT", "S6", "APOPT1", "were", "considered", "100", "%"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": " A Western blot analysis of SDS-PAGE of different mitochondrial proteins in total lysates from the indicated cell lines treated with 5 µM MitoPQ at the indicated times. UT: untreated cells. B Densitometric quantification of APOPT1GFP signal during the treatment in two biological replicas. C Densitometric quantification of MT-CO1 signal in the non-complemented APOPT1-less cells (S6 GFP) vs. the complemented cells (S6 APOPT1GFP). Three biological replicas (n=3) were carried out for each cell line. The signals in UT S6 APOPT1 were considered 100%. The levels of MT-CO1 were significantly lower in the S6 GFP patient cells after 20 hours of MitoPQ treatment compared to the untreated cells (*P = 0.0202, two-tailed unpaired Student's t-test). D Densitometric quantification of MT-CO2 signal in the non-complemented APOPT1-less cells (S6 GFP) vs. the complemented cells (S6 APOPT1GFP). Three biological replicas were carried out for each cell line. The signals in UT S6 APOPT1 were considered 100% "}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Transmission", "electron", "micrographs", "of", "negatively", "stained", "2F", "(", "A", ")", "and", "3F", "(", "B", ")", "fibrils", "before", "sonication", "and", "injection", "into", "mice", ".", "The", "two", "fibril", "polymorphs", "were", "grown", "in", "vitro", "from", "synthetic", "Aβ40", "and", "show", "the", "morphological", "differences", "originally", "reported", "Fibrils", "are", "negatively", "stained", "with", "uranyl", "acetate", ".", "Bars", "represent", "100", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Transmission electron micrographs of negatively stained 2F (A) and 3F (B) fibrils before sonication and injection into mice. The two fibril polymorphs were grown in vitro from synthetic Aβ40 and show the morphological differences originally reported Fibrils are negatively stained with uranyl acetate. Bars represent 100 nm."}
{"words": ["(", "C", ")", "PK", "resistance", "profile", "of", "2F", "and", "3F", "fibrils", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "the", "mean", "densitometric", "value", "at", "each", "PK", "concentration", "(", "technical", "triplicates", ")", "±", "standard", "error", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "by", "student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) PK resistance profile of 2F and 3F fibrils. Values are expressed as the mean densitometric value at each PK concentration (technical triplicates) ± standard error. Statistical analyses were performed by student's t-test (*p<0.05)."}
{"words": ["D", ")", "Seeding", "assays", "using", "100", "pM", "of", "2F", "(", "blue", ")", "and", "3F", "(", "green", ")", "fibrils", "as", "seeds", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Curves", "were", "generated", "by", "measuring", "ThT", "emission", "values", "at", "different", "time", "points", ".", "Reaction", "kinetics", "were", "statistically", "different", "as", "assessed", "by", "using", "the", "multiple", "comparisons", "method", "to", "compare", "pairs", "of", "curves", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Data", "in", "graphs", "is", "represented", "as", "averages", "depicting", "standard", "errors", "of", "five", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Seeding assays using 100 pM of 2F (blue) and 3F (green) fibrils as seeds as described in Materials and Methods. Curves were generated by measuring ThT emission values at different time points. Reaction kinetics were statistically different as assessed by using the multiple comparisons method to compare pairs of curves (***p<0.0001). Data in graphs is represented as averages depicting standard errors of five technical replicates."}
{"words": ["F", "-", "I", ")", "2F", "and", "3F", "fibrils", "were", "tested", "for", "their", "reactivity", "against", "a", "variety", "of", "luminescent", "conjugated", "thiophenes", "able", "to", "discriminate", "among", "conformational", "variants", "of", "misfolded", "proteins", ".", "Stock", "solutions", "of", "LCOs", "(", "1", ".", "5", "mM", ")", "were", "diluted", "in", "distilled", "water", "to", "15", "μM", "and", "added", "to", "the", "wells", "to", "a", "final", "concentration", "of", "0", ".", "3", "μM", ".", "All", "wells", "contained", "10", "μM", "of", "either", "2F", "or", "3F", "fibrils", ".", "The", "samples", "were", "incubated", "at", "37", "°", "C", "and", "the", "emission", "spectrum", "of", "each", "probe", "was", "collected", "after", "30", "minutes", "by", "exciting", "the", "samples", "at", "440", "nm", "(", "HS", "-", "68", ")", "or", "535", "nm", "(", "HS", "-", "194", ",", "HS", "-", "208", "and", "HS", "-", "212", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-I) 2F and 3F fibrils were tested for their reactivity against a variety of luminescent conjugated thiophenes able to discriminate among conformational variants of misfolded proteins. Stock solutions of LCOs (1.5 mM) were diluted in distilled water to 15 μM and added to the wells to a final concentration of 0.3 μM. All wells contained 10 μM of either 2F or 3F fibrils. The samples were incubated at 37°C and the emission spectrum of each probe was collected after 30 minutes by exciting the samples at 440 nm (HS-68) or 535 nm (HS-194, HS-208 and HS-212)."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "Representative", "images", "of", "hippocampi", "from", "mice", "treated", "with", "2F", "-", ",", "3F", "-", "and", "Tg2576", "-", "derived", "seeds", "after", "visualization", "for", "Aβ", "deposits", "using", "the", "4G8", "antibody", "(", "A", "-", "D", ")", "or", "ThS", "(", "E", "-", "H", ")", ".", "CA", ",", "cornu", "ammonis", "1", ";", "DG", ",", "dentate", "gyrus", ".", "Scale", "bar", "in", "(", "B", ")", ",", "(", "D", ")", ",", "(", "F", ")", "and", "(", "H", ")", "represents", "500", "µm", "and", "applies", "to", "all", "panels", ".", "Arrows", "represent", "regions", "of", "interest", "(", "alveus", ",", "DG", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) Representative images of hippocampi from mice treated with 2F-, 3F- and Tg2576- derived seeds after visualization for Aβ deposits using the 4G8 antibody (A-D) or ThS (E-H). CA, cornu ammonis 1; DG, dentate gyrus. Scale bar in (B), (D), (F) and (H) represents 500 µm and applies to all panels. Arrows represent regions of interest (alveus, DG)."}
{"words": ["(", "I", ",", "J", ")", "Aβ", "(", "I", ")", "and", "ThS", "(", "J", ")", "burden", "quantification", "in", "hippocampus", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "One", "-", "way", "ANOVA", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Data", "in", "graphs", "is", "represented", "as", "averages", "depicting", "standard", "errors", ".", "Measurements", "considered", "five", "tissue", "slices", "per", "animal", ",", "and", "4", "-", "7", "animals", "were", "included", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I, J) Aβ (I) and ThS (J) burden quantification in hippocampus. Statistical analyses were performed using One-way ANOVA (*p<0.05, **p<0.001). Data in graphs is represented as averages depicting standard errors. Measurements considered five tissue slices per animal, and 4-7 animals were included per group."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "Representative", "pictures", "of", "hippocampi", "from", "mice", "treated", "with", "different", "injectate", "after", "visualization", "for", "micro", "-", "and", "astro", "-", "glial", "associated", "signals", "using", "anti", "-", "GFAP", "(", "A", "-", "D", ")", "and", "anti", "-", "Iba", "-", "1", "(", "E", "-", "H", ")", "antibodies", ".", "Scale", "bar", "in", "(", "D", ")", "and", "(", "H", ")", "represents", "500", "µm", "and", "applies", "to", "all", "panels", ".", "CA1", "-", "3", ",", "cornu", "ammonis", "1", "-", "3", ";", "DG", ",", "dentate", "gyrus", ";", "so", ",", "striatum", "oriens", ";", "sp", ",", "striatum", "pyramydale", ";", "sr", ",", "striatum", "radiatum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) Representative pictures of hippocampi from mice treated with different injectate after visualization for micro- and astro-glial associated signals using anti-GFAP (A-D) and anti-Iba-1 (E-H) antibodies. Scale bar in (D) and (H) represents 500 µm and applies to all panels. CA1-3, cornu ammonis 1-3; DG, dentate gyrus; so, striatum oriens; sp, striatum pyramydale; sr, striatum radiatum."}
{"words": ["(", "I", "-", "N", ")", "Anti", "-", "GFAP", "burden", "in", "hippocampus", "(", "I", ")", ",", "dentate", "gyrus", "(", "J", ")", "and", "alveus", "(", "K", ")", "for", "all", "animal", "groups", "was", "quantified", "for", "image", "analysis", ".", "Similarly", ",", "anti", "-", "Iba", "-", "1", "burdens", "for", "all", "experimental", "and", "control", "groups", "were", "calculated", "in", "hippocampus", "(", "L", ")", ",", "dentate", "gyrus", "(", "M", ")", "and", "alveus", "(", "N", ")", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", ".", "Data", "in", "graphs", "is", "represented", "as", "averages", "depicting", "standard", "errors", ".", "Measurements", "considered", "five", "tissue", "slices", "per", "animal", ",", "and", "4", "-", "7", "animals", "were", "included", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-N) Anti-GFAP burden in hippocampus (I), dentate gyrus (J) and alveus (K) for all animal groups was quantified for image analysis. Similarly, anti-Iba-1 burdens for all experimental and control groups were calculated in hippocampus (L), dentate gyrus (M) and alveus (N). Statistical analyses were performed by One-way ANOVA (*p<0.05, **p<0.001).. Data in graphs is represented as averages depicting standard errors. Measurements considered five tissue slices per animal, and 4-7 animals were included per group."}
{"words": ["(", "O", "-", "R", ")", "Correlations", "between", "Aβ", "burden", "and", "glial", "burden", "were", "calculated", "in", "the", "alveus", "for", "mice", "injected", "with", "2F", "(", "O", ")", "and", "3F", "(", "P", ")", "fibrils", ".", "In", "the", "same", "way", ",", "the", "relationship", "between", "glial", "activation", "and", "Aβ", "burden", "in", "the", "hippocampus", "was", "calculated", "for", "mice", "treated", "with", "2F", "(", "Q", ")", "and", "3F", "(", "R", ")", "aggregates", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "by", "Pearson", "correlation", "coefficients", "test", "in", "which", "p", "<", "0", ".", "05", "was", "considered", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O-R) Correlations between Aβ burden and glial burden were calculated in the alveus for mice injected with 2F (O) and 3F (P) fibrils. In the same way, the relationship between glial activation and Aβ burden in the hippocampus was calculated for mice treated with 2F (Q) and 3F (R) aggregates. Statistical analyses were performed by Pearson correlation coefficients test in which p<0.05 was considered significant."}
{"words": ["A", ")", "Panels", "showing", "representative", "epifluorescence", "microscopy", "images", "of", "the", "dentate", "gyrus", "of", "mice", "treated", "with", "experimental", "and", "control", "materials", "and", "immunostained", "with", "both", "4G8", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFAP", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "The", "third", "column", "of", "panels", "from", "left", "to", "right", "depict", "merged", "images", ".", "Right", "panels", "are", "insets", "obtained", "from", "the", "merged", "images", "(", "white", "punctuated", "squares", ")", ".", "Scale", "bars", "at", "the", "left", "panels", "represent", "200µm", "and", "are", "applicable", "to", "the", "pictures", "labeled", "as", "\"", "4G8", "\"", ",", "\"", "GFAP", "\"", "and", "\"", "Merge", "\"", ".", "Scale", "bars", "on", "the", "right", "images", "(", "inset", ")", "represent", "50µm", ".", "g", ",", "granular", "layer", ";", "h", ",", "hilar", "region", ";", "m", ",", "molecular"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Panels showing representative epifluorescence microscopy images of the dentate gyrus of mice treated with experimental and control materials and immunostained with both 4G8 (green) and anti-GFAP (red) antibodies. The third column of panels from left to right depict merged images. Right panels are insets obtained from the merged images (white punctuated squares). Scale bars at the left panels represent 200µm and are applicable to the pictures labeled as \"4G8\", \"GFAP\" and \"Merge\". Scale bars on the right images (inset) represent 50µm. g, granular layer; h, hilar region; m, molecular layer"}
{"words": ["B", ")", "A", "similar", "analysis", "as", "explained", "in", "A", ")", "was", "performed", "for", "the", "alveus", ".", "Images", "were", "arranged", "in", "the", "same", "manner", "as", "described", "above", ".", "Scale", "bars", "at", "the", "left", "panels", "represent", "200µm", "and", "are", "applicable", "to", "the", "pictures", "labeled", "as", "\"", "4G8", "\"", ",", "\"", "GFAP", "\"", "and", "\"", "Merge", "\"", ".", "Scale", "bars", "on", "the", "right", "images", "(", "inset", ")", "represent", "50µm", ".", "Alv", ",", "alveus", ";", "so", ",", "striatum", "oriens", ".", "One", "tissue", "slice", "per", "animal", "was", "used", "for", "these", "analyses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) A similar analysis as explained in A) was performed for the alveus. Images were arranged in the same manner as described above. Scale bars at the left panels represent 200µm and are applicable to the pictures labeled as \"4G8\", \"GFAP\" and \"Merge\". Scale bars on the right images (inset) represent 50µm. Alv, alveus ; so, striatum oriens. One tissue slice per animal was used for these analyses."}
{"words": ["A", ")", "Panels", "showing", "representative", "pictures", "of", "the", "dentate", "gyrus", "of", "mice", "treated", "with", "experimental", "and", "control", "Aβ", "seeds", "and", "stained", "with", "both", "4G8", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "Iba", "-", "1", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "The", "third", "column", "of", "panels", "from", "left", "to", "right", "depict", "merged", "images", ".", "Right", "panels", "are", "insets", "obtained", "from", "the", "merged", "images", "(", "white", "punctuated", "squares", ")", ".", ":", "Scale", "bars", "at", "the", "left", "panels", "represent", "200µm", "and", "are", "applicable", "to", "the", "pictures", "labeled", "as", "\"", "4G8", "\"", ",", "\"", "Iba", "-", "1", "\"", "and", "\"", "Merge", "\"", ".", "Scale", "bars", "on", "the", "right", "images", "represent", "50µm", ".", ";", "g", ",", "granular", "layer", ";", "h", ",", "hilar", "region", ";", "m", ",", "molecular", "layer", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Panels showing representative pictures of the dentate gyrus of mice treated with experimental and control Aβ seeds and stained with both 4G8 (green) and anti-Iba-1 (red) antibodies. The third column of panels from left to right depict merged images. Right panels are insets obtained from the merged images (white punctuated squares). : Scale bars at the left panels represent 200µm and are applicable to the pictures labeled as \"4G8\", \"Iba-1\" and \"Merge\". Scale bars on the right images represent 50µm. ; g, granular layer; h, hilar region; m, molecular layer;"}
{"words": ["B", ")", "A", "similar", "analysis", "as", "explained", "in", "A", ")", "was", "performed", "for", "the", "alveus", ".", "Images", "were", "arranged", "in", "the", "same", "manner", "as", "described", "above", ".", "Scale", "bars", "at", "the", "left", "panels", "represent", "200µm", "and", "are", "applicable", "to", "the", "pictures", "labeled", "as", "\"", "4G8", "\"", ",", "\"", "Iba", "-", "1", "\"", "and", "\"", "Merge", "\"", ".", "Scale", "bars", "on", "the", "right", "images", "represent", "50µm", ".", "Alv", ",", "alveus", ";", "g", ",", "granular", "layer", ";", "so", ",", "striatum", "oriens", ".", "One", "tissue", "slice", "per", "animal", "was", "used", "for", "these", "analyses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) A similar analysis as explained in A) was performed for the alveus. Images were arranged in the same manner as described above. Scale bars at the left panels represent 200µm and are applicable to the pictures labeled as \"4G8\", \"Iba-1\" and \"Merge\". Scale bars on the right images represent 50µm. Alv, alveus; g, granular layer ; so, striatum oriens. One tissue slice per animal was used for these analyses."}
{"words": ["A", ")", "1D", "13C", "ssNMR", "spectra", "of", "fibrils", "that", "were", "prepared", "in", "vitro", "by", "seeded", "growth", "from", "amyloid", "-", "containing", "extracts", "of", "mouse", "brain", "homogenates", ".", "Mice", "had", "been", "treated", "with", "2F", "-", ",", "3F", "-", ",", "or", "Tg2576", "-", "derived", "seeds", ".", "Aβ40", "was", "15N", ",", "13C", "-", "labeled", "at", "F19", ",", "V24", ",", "G25", ",", "S26", ",", "A30", ",", "I31", ",", "L34", ",", "and", "M35", ".", "Vertical", "dashed", "lines", "indicate", "some", "of", "the", "ssNMR", "peaks", "that", "vary", "among", "the", "three", "samples", ".", "Asterisk", "indicates", "a", "peak", "from", "residual", "sodium", "dodecyl", "sulfate", "in", "the", "2F", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) 1D 13C ssNMR spectra of fibrils that were prepared in vitro by seeded growth from amyloid-containing extracts of mouse brain homogenates. Mice had been treated with 2F-, 3F-, or Tg2576-derived seeds. Aβ40 was 15N,13C-labeled at F19, V24, G25, S26, A30, I31, L34, and M35. Vertical dashed lines indicate some of the ssNMR peaks that vary among the three samples. Asterisk indicates a peak from residual sodium dodecyl sulfate in the 2F sample."}
{"words": ["Detection", "of", "NRPB2WT", "-", "FLAG", ",", "NRPB2P979S", "-", "FLAG", "and", "NRPB2Y732F", "-", "FLAG", "protein", "by", "western", "blotting", "in", "NRPB2WT", "-", "FLAG", "Col", "-", "0", ",", "NRPB2P979S", "-", "FLAG", "Col", "-", "0", "and", "NRPB2Y732F", "-", "FLAG", "Col", "-", "0", "plants", ".", "Untagged", "NRPB2", "(", "Col", "-", "0", ")", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "Histone", "H3", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", "and", "total", "protein", "level", "detected", "by", "stain", "-", "free", "blot", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "was", "done", "by", "normalizing", "to", "the", "loading", "control", "and", "anti", "-", "H3", "blot", "based", "on", "3", "independent", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Detection of NRPB2WT-FLAG, NRPB2P979S-FLAG and NRPB2Y732F-FLAG protein by western blotting in NRPB2WT-FLAG Col-0, NRPB2P979S-FLAG Col-0 and NRPB2Y732F-FLAG Col-0 plants. Untagged NRPB2 (Col-0) was used as a negative control. Histone H3 was used as an internal control and total protein level detected by stain-free blot was used as a loading control. Quantification was done by normalizing to the loading control and anti-H3 blot based on 3 independent replicates."}
{"words": ["Transmission", "rate", "of", "nrpb2", "-", "2", "allele", "in", "nrpb2", "-", "2", "+", "/", "-", "line", "(", "n", "=", "197", ")", "and", "nrpb2", "-", "+", "/", "-", "lines", "combined", "with", "homozygous", "NRPB2P979S", "-", "FLAG", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "280", ")", ",", "NRPB2Y732F", "-", "FLAG", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "240", ")", "and", "NRPB2WT", "-", "FLAG", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "210", ")", ",", "respectively", ".", "Fisher", "´", "s", "exact", "test", "was", "used", "as", "a", "statistic", "test", ",", "three", "asterisks", "denote", "p", "<", "0", ".", "001", "between", "samples", "and", "n", ".", "s", ".", "stands", "for", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Transmission rate of nrpb2-2 allele in nrpb2-2 +/- line (n=197) and nrpb2- +/- lines combined with homozygous NRPB2P979S-FLAG +/+ (n=280), NRPB2Y732F-FLAG +/+ (n=240) and NRPB2WT-FLAG +/+ (n=210), respectively. Fisher´s exact test was used as a statistic test, three asterisks denote p<0.001 between samples and n.s. stands for not significant."}
{"words": ["Image", "of", "homozygous", "mutant", "nrpb2", "-", "2", "fully", "complemented", "by", "NRPB2WT", "-", "FLAG", "(", "top", ",", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", ")", "and", "partially", "complemented", "by", "NRPB2Y732F", "-", "FLAG", "(", "bottom", ",", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", ")", ".", "Plants", "were", "grown", "for", "4", "weeks", "in", "soil", ".", "Scale", "bars", "represent", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Image of homozygous mutant nrpb2-2 fully complemented by NRPB2WT-FLAG (top, NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/-) and partially complemented by NRPB2Y732F-FLAG (bottom, NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/-). Plants were grown for 4 weeks in soil. Scale bars represent 1 cm."}
{"words": ["Schematic", "drawing", "of", "the", "experimental", "design", "to", "investigate", "RNAPII", "transcription", "speed", "in", "vivo", ".", "In", "brief", ",", "Arabidopsis", "seedlings", "of", "NRPB2WT", "-", "FLAG", "Col", "-", "0", "and", "NRPB2Y732F", "-", "FLAG", "Col", "-", "0", "were", "grown", "on", "MS", "media", "for", "12", "days", "and", "then", "were", "transferred", "to", "MS", "liquid", "media", "for", "2", "days", ".", "Flagellin", "peptides", "(", "flagellin", "22", ")", "were", "added", "into", "media", "and", "treated", "samples", "were", "collected", "in", "a", "0", "minute", "(", "no", "treatment", ")", ",", "2", "minutes", "and", "4", "minutes", "time", "course", ".", "The", "nascent", "RNA", "was", "isolated", "and", "used", "for", "reverse", "transcription", "and", "qPCR", "analyses", "to", "reveal", "RNAPII", "accumulation", "at", "different", "region", "in", "genes", ".", "See", "Methods", "for", "technical", "details", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Schematic drawing of the experimental design to investigate RNAPII transcription speed in vivo. In brief, Arabidopsis seedlings of NRPB2WT-FLAG Col-0 and NRPB2Y732F-FLAG Col-0 were grown on MS media for 12 days and then were transferred to MS liquid media for 2 days. Flagellin peptides (flagellin 22) were added into media and treated samples were collected in a 0 minute (no treatment), 2 minutes and 4 minutes time course. The nascent RNA was isolated and used for reverse transcription and qPCR analyses to reveal RNAPII accumulation at different region in genes. See Methods for technical details."}
{"words": ["Nascent", "RNA", "profile", "of", "AT5G41750", ".", "Nascent", "RNA", "RT", "-", "qPCR", "assay", "measuring", "RNAPII", "signal", "at", "3", "positions", "(", "dark", "red", "bars", ":", "probe", "1", ",", "2", "and", "3", ")", "on", "the", "gene", "upon", "flagellin", "22", "treatment", "in", "a", "0", "minute", ",", "2", "minutes", ",", "3", "minutes", "and", "4", "minutes", "time", "course", ".", "Nascent", "RNA", "signal", "values", "were", "normalized", "to", "reference", "gene", "ACT2", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "from", "3", "independent", "replicates", ".", "The", "statistical", "significance", "of", "differences", "between", "NRPB2Y732F", "and", "NRPB2WT", "at", "the", "same", "time", "point", "were", "assessed", "by", "the", "two", "-", "sided", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", ".", "s", ".", "denotes", "not", "significant", ";", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Scale", "bar", "(", "black", ")", "represent", "0", ".", "5", "kb", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Nascent RNA profile of AT5G41750. Nascent RNA RT-qPCR assay measuring RNAPII signal at 3 positions (dark red bars: probe 1, 2 and 3) on the gene upon flagellin 22 treatment in a 0 minute, 2 minutes, 3 minutes and 4 minutes time course. Nascent RNA signal values were normalized to reference gene ACT2. Error bars represent SEM from 3 independent replicates. The statistical significance of differences between NRPB2Y732F and NRPB2WT at the same time point were assessed by the two-sided Student's t-test. n.s. denotes not significant; * denotes p<0.05 and ** denotes p<0.01. Scale bar (black) represent 0.5 kb."}
{"words": ["Nascent", "RNA", "profile", "of", "AT4G19520", ".", "Nascent", "RNA", "RT", "-", "qPCR", "assay", "measuring", "RNAPII", "signal", "at", "3", "positions", "(", "dark", "red", "bars", ":", "probe", "1", ",", "2", "and", "3", ")", "on", "the", "gene", "upon", "flagellin", "22", "treatment", "in", "a", "0", "minute", ",", "2", "minutes", ",", "3", "minutes", "and", "4", "minutes", "time", "course", ".", "Nascent", "RNA", "signal", "values", "were", "normalized", "to", "reference", "gene", "ACT2", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "from", "3", "independent", "replicates", ".", "The", "statistical", "significance", "of", "differences", "between", "NRPB2Y732F", "and", "NRPB2WT", "at", "the", "same", "time", "point", "were", "assessed", "by", "a", "two", "-", "sided", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", ".", "s", ".", "denotes", "not", "significant", ";", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Scale", "bar", "(", "black", ")", "represents", "0", ".", "5", "kb", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Nascent RNA profile of AT4G19520. Nascent RNA RT-qPCR assay measuring RNAPII signal at 3 positions (dark red bars: probe 1, 2 and 3) on the gene upon flagellin 22 treatment in a 0 minute, 2 minutes, 3 minutes and 4 minutes time course. Nascent RNA signal values were normalized to reference gene ACT2. Error bars represent SEM from 3 independent replicates. The statistical significance of differences between NRPB2Y732F and NRPB2WT at the same time point were assessed by a two-sided Student's t-test. n.s. denotes not significant; * denotes p<0.05 and ** denotes p<0.01. Scale bar (black) represents 0.5 kb."}
{"words": ["plaNET", "-", "seq", "signal", "of", "RNAPII", "in", "the", "promoter", "proximal", "region", "of", "AT1G70600", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "RNAPII", "signal", "at", "the", "region", "of", "promoter", "-", "proximal", "stalling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "plaNET-seq signal of RNAPII in the promoter proximal region of AT1G70600 in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Arrows indicate the RNAPII signal at the region of promoter-proximal stalling."}
{"words": ["Metagene", "profile", "of", "plaNET", "-", "seq", "mean", "signal", "of", "RNAPII", "in", "a", "1", "Kb", "window", "centered", "at", "the", "+", "1", "nucleosome", "in", "Arabidopsis", "genes", "(", "n", "=", "25474", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "The", "significance", "of", "differences", "of", "plaNET", "-", "seq", "signal", "in", "the", "region", "from", "-", "25", "bins", "to", "+", "25", "bins", "around", "+", "1", "nucleosome", "between", "NRPB2WT", "and", "NRPB2Y732F", "were", "assessed", "by", "a", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ",", "p", "=", "5", ".", "20e", "-", "10", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profile of plaNET-seq mean signal of RNAPII in a 1 Kb window centered at the +1 nucleosome in Arabidopsis genes (n=25474) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). The significance of differences of plaNET-seq signal in the region from -25 bins to +25 bins around +1 nucleosome between NRPB2WT and NRPB2Y732F were assessed by a two-sided Mann-Whitney U-test, p=5.20e-10."}
{"words": ["RNAPII", "stalling", "index", "calculated", "for", "all", "the", "genes", "with", "plaNET", "-", "Seq", "FPKM", "≥", "10", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "(", "n", "=", "6596", ")", ".", "Medians", "of", "the", "stalling", "index", "are", "1", ".", "891", "and", "1", ".", "222", "for", "NRPB2WT", "and", "NRPB2Y732F", ",", "respectively", ".", "*", "*", "*", "denotes", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "by", "Wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "and", "box", "limits", "represent", "medians", ",", "lower", "and", "upper", "quartiles", "of", "data", "values", "in", "each", "group", ".", "The", "upper", "and", "lower", "whiskers", "extend", "to", "the", "largest", "or", "smallest", "value", ",", "respectively", ",", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "*", "IQR", "from", "the", "relevant", "quartile", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNAPII stalling index calculated for all the genes with plaNET-Seq FPKM ≥ 10 in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red) (n=6596). Medians of the stalling index are 1.891 and 1.222 for NRPB2WT and NRPB2Y732F, respectively. *** denotes p-value <0.001 by Wilcoxon signed-rank test. The solid horizontal lines and box limits represent medians, lower and upper quartiles of data values in each group. The upper and lower whiskers extend to the largest or smallest value, respectively, no further than 1.5 * IQR from the relevant quartile."}
{"words": ["Metagene", "profile", "of", "plaNET", "-", "seq", "mean", "signal", "over", "whole", "genes", "(", "length", "from", "0", ".", "5", "Kb", "to", "5", "Kb", ",", "scaled", "to", "500", "bins", ",", "n", "=", "27042", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profile of plaNET-seq mean signal over whole genes (length from 0.5 Kb to 5 Kb, scaled to 500 bins, n=27042) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red)."}
{"words": ["Metagene", "profile", "of", "plaNET", "-", "seq", "mean", "signal", "of", "RNAPII", "in", "exons", "(", "length", "from", "50", "bp", "to", "300", "bp", ",", "scaled", "to", "100", "bins", ",", "n", "=", "73925", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Pink", "dashed", "line", "rectangle", "illustrates", "the", "amplitude", "of", "differences", "between", "the", "minimum", "and", "the", "maximum", "of", "RNAPII", "signal", "across", "the", "exons", ".", "A", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "was", "used", "to", "assess", "the", "plaNET", "-", "seq", "signal", "of", "NRPB2WT", "(", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "(", "red", ")", "in", "exons", ",", "p", "<", "1e", "-", "16", ".", "Metagene", "profile", "of", "plaNET", "-", "seq", "mean", "signal", "of", "RNAPII", "in", "introns", "(", "50", "bp", "to", "300", "bp", ",", "scaled", "to", "100", "bins", ",", "n", "=", "102260", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "A", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "was", "used", "to", "assess", "the", "plaNET", "-", "seq", "signal", "of", "NRPB2WT", "(", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "(", "red", ")", "in", "introns", ",", "p", "<", "1e", "-", "16", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profile of plaNET-seq mean signal of RNAPII in exons (length from 50 bp to 300 bp, scaled to 100 bins, n=73925) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Pink dashed line rectangle illustrates the amplitude of differences between the minimum and the maximum of RNAPII signal across the exons. A two-sided Mann-Whitney U-test was used to assess the plaNET-seq signal of NRPB2WT (blue) and NRPB2Y732F (red) in exons, p<1e-16. Metagene profile of plaNET-seq mean signal of RNAPII in introns (50 bp to 300 bp, scaled to 100 bins, n=102260) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). A two-sided Mann-Whitney U-test was used to assess the plaNET-seq signal of NRPB2WT (blue) and NRPB2Y732F (red) in introns, p<1e-16."}
{"words": ["Bar", "charts", "showing", "the", "fractions", "of", "3", "'", "and", "5", "'", "splicing", "intermediate", "reads", "from", "plaNET", "-", "seq", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Bar charts showing the fractions of 3' and 5' splicing intermediate reads from plaNET-seq in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red)."}
{"words": ["Genome", "browser", "snapshots", "illustrating", "enhanced", "intron", "splicing", "in", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "compared", "to", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", "denote", "0", ".", "5", "Kb", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genome browser snapshots illustrating enhanced intron splicing in NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F, red) compared to NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT ,blue). Scale bars denote 0.5 Kb."}
{"words": ["The", "fraction", "of", "RNA", "-", "seq", "intronic", "reads", "calculated", "for", "all", "genes", "(", "n", "=", "24912", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", ".", "Two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ":", "*", "*", "*", "*", "denotes", "p", "-", "value", "<", "2", ".", "2e", "-", "16", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "and", "box", "limits", "represent", "medians", ",", "lower", "and", "upper", "quartiles", "of", "data", "values", "in", "each", "group", ".", "The", "upper", "and", "lower", "whiskers", "extend", "to", "the", "largest", "or", "smallest", "value", ",", "respectively", ",", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "*", "IQR", "from", "the", "relevant", "quartile", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The fraction of RNA-seq intronic reads calculated for all genes (n=24912) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/-. Two-sided Mann-Whitney U test: **** denotes p-value<2.2e-16. The solid horizontal lines and box limits represent medians, lower and upper quartiles of data values in each group. The upper and lower whiskers extend to the largest or smallest value, respectively, no further than 1.5 * IQR from the relevant quartile."}
{"words": ["Differentially", "expressed", "(", "DE", ")", "exons", "and", "introns", "in", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "compared", "to", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "based", "on", "RNA", "-", "seq", "results", ".", "Numbers", "of", "DE", "exons", "and", "introns", "were", "shown", "in", "plot", ".", "Quantification", "(", "log", "fold", "change", "of", "FPKM", "from", "RNA", "-", "seq", ")", "of", "differentially", "expressed", "(", "DE", ")", "exons", "and", "non", "-", "DE", "exons", "in", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "compared", "to", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", ".", "*", "*", "denotes", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", "by", "Wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "and", "box", "limits", "represent", "medians", ",", "lower", "and", "upper", "quartiles", "of", "data", "values", "in", "each", "group", ".", "The", "upper", "and", "lower", "whiskers", "extend", "to", "the", "largest", "or", "smallest", "value", ",", "respectively", ",", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "*", "IQR", "from", "the", "relevant", "quartile", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Differentially expressed (DE) exons and introns in NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- compared to NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- based on RNA-seq results. Numbers of DE exons and introns were shown in plot. Quantification (log fold change of FPKM from RNA-seq) of differentially expressed (DE) exons and non-DE exons in NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- compared to NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/-. ** denotes p-value <0.01 by Wilcoxon signed-rank test. The solid horizontal lines and box limits represent medians, lower and upper quartiles of data values in each group. The upper and lower whiskers extend to the largest or smallest value, respectively, no further than 1.5 * IQR from the relevant quartile."}
{"words": ["Genome", "browser", "snapshots", "illustrating", "enhanced", "exon", "skipping", "in", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "compared", "to", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", ".", "Scale", "bars", "denote", "0", ".", "5", "Kb", ".", "Quantification", "(", "log", "fold", "change", "of", "FPKM", "from", "RNA", "-", "seq", ")", "of", "differentially", "expressed", "(", "DE", ")", "introns", "and", "non", "-", "DE", "exons", "in", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "compared", "to", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", ".", "*", "*", "*", "*", "denotes", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "by", "Wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "and", "box", "limits", "represent", "medians", ",", "lower", "and", "upper", "quartiles", "of", "data", "values", "in", "each", "group", ".", "The", "upper", "and", "lower", "whiskers", "extend", "to", "the", "largest", "or", "smallest", "value", ",", "respectively", ",", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "*", "IQR", "from", "the", "relevant", "quartile", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genome browser snapshots illustrating enhanced exon skipping in NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F, red) compared to NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT ,blue). Scale bars denote 0.5 Kb. Quantification (log fold change of FPKM from RNA-seq) of differentially expressed (DE) introns and non-DE exons in NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- compared to NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/-. **** denotes p-value <0.0001 by Wilcoxon signed-rank test. The solid horizontal lines and box limits represent medians, lower and upper quartiles of data values in each group. The upper and lower whiskers extend to the largest or smallest value, respectively, no further than 1.5 * IQR from the relevant quartile."}
{"words": ["plaNET", "-", "seq", "signal", "of", "RNAPII", "at", "3", "'", "end", "of", "AT2G21410", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "RNAPII", "signal", "peaks", "at", "PAS", "stalling", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "plaNET-seq signal of RNAPII at 3' end of AT2G21410 in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Arrows indicate the RNAPII signal peaks at PAS stalling region."}
{"words": ["Metagene", "profile", "of", "plaNET", "-", "seq", "mean", "signal", "of", "RNAPII", "in", "a", "1", "kb", "window", "centered", "at", "PAS", "(", "n", "=", "24448", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "The", "significance", "of", "differences", "of", "plaNET", "-", "seq", "signal", "in", "the", "region", "from", "PAS", "to", "+", "100", "bins", "between", "NRPB2WT", "and", "NRPB2Y732F", "were", "assessed", "by", "Two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ",", "p", "=", "1", ".", "53e", "-", "06", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene profile of plaNET-seq mean signal of RNAPII in a 1 kb window centered at PAS (n=24448) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). The significance of differences of plaNET-seq signal in the region from PAS to +100 bins between NRPB2WT and NRPB2Y732F were assessed by Two-sided Mann-Whitney U-test, p = 1.53e-06."}
{"words": ["Histogram", "of", "transcriptional", "read", "-", "through", "length", "(", "nt", ")", "from", "PAS", "of", "protein", "-", "coding", "gene", "(", "plaNET", "-", "seq", "FPKM", ">", "5", ",", "n", "=", "9316", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Histogram of transcriptional read-through length (nt) from PAS of protein-coding gene (plaNET-seq FPKM>5, n=9316) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red)."}
{"words": ["Box", "plot", "shows", "the", "RNAPII", "transcriptional", "read", "-", "through", "length", "from", "PAS", "of", "protein", "-", "coding", "genes", "(", "plaNET", "-", "seq", "FPKM", ">", "5", "n", "=", "9316", ")", "called", "based", "on", "statistic", "model", "(", "see", "Methods", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Median", "of", "read", "-", "through", "length", "in", "NRPB2WT", "and", "NRPB2Y732F", "mutant", "are", "534", "nt", "and", "649", "nt", ".", "Two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ":", "*", "*", "*", "denotes", "p", "=", "9", ".", "9e", "-", "62", ".", "The", "solid", "horizontal", "lines", "and", "box", "limits", "represent", "medians", ",", "lower", "and", "upper", "quartiles", "of", "data", "values", "in", "each", "group", ".", "The", "upper", "and", "lower", "whiskers", "extend", "to", "the", "largest", "or", "smallest", "value", ",", "respectively", ",", "no", "further", "than", "1", ".", "5", "*", "IQR", "from", "the", "relevant", "quartile", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Box plot shows the RNAPII transcriptional read-through length from PAS of protein-coding genes (plaNET-seq FPKM>5 n=9316) called based on statistic model (see Methods) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Median of read-through length in NRPB2WT and NRPB2Y732F mutant are 534 nt and 649 nt. Two-sided Mann-Whitney U-test: *** denotes p = 9.9e-62. The solid horizontal lines and box limits represent medians, lower and upper quartiles of data values in each group. The upper and lower whiskers extend to the largest or smallest value, respectively, no further than 1.5 * IQR from the relevant quartile."}
{"words": ["Metagene", "plot", "of", "RNAPII", "signal", "by", "plaNET", "-", "seq", "anchored", "at", "both", "PAS", "of", "upstream", "genes", "and", "TSS", "of", "downstream", "genes", "for", "tandemly", "oriented", "genes", "(", "n", "=", "5753", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Red", "arrow", "denotes", "the", "direction", "of", "transcriptional", "read", "-", "through", ".", "Pink", "dashed", "line", "rectangle", "indicates", "the", "region", "corresponding", "to", "the", "second", "half", "of", "PAS", "-", "TSS", "gaps", "along", "5", "'", "to", "3", "'", "direction", ".", "Metagene", "plot", "of", "RNAPII", "signal", "by", "plaNET", "-", "seq", "anchored", "at", "PASs", "of", "both", "upstream", "genes", "and", "downstream", "genes", "for", "gene", "pairs", "located", "in", "\"", "tail", "to", "tail", "\"", "orientation", "(", "n", "=", "1384", ")", "in", "NRPB2WT", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2WT", ",", "blue", ")", "and", "NRPB2Y732F", "+", "/", "+", "nrpb2", "-", "2", "-", "/", "-", "(", "NRPB2Y732F", ",", "red", ")", ".", "Red", "arrows", "denote", "the", "directions", "of", "transcriptional", "read", "-", "through", "from", "both", "PASs", ".", "Pink", "dashed", "line", "rectangles", "indicate", "the", "region", "corresponding", "to", "the", "second", "half", "of", "PAS", "-", "TSS", "gaps", "along", "5", "'", "to", "3", "'", "direction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metagene plot of RNAPII signal by plaNET-seq anchored at both PAS of upstream genes and TSS of downstream genes for tandemly oriented genes (n=5753) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Red arrow denotes the direction of transcriptional read-through. Pink dashed line rectangle indicates the region corresponding to the second half of PAS-TSS gaps along 5' to 3' direction. Metagene plot of RNAPII signal by plaNET-seq anchored at PASs of both upstream genes and downstream genes for gene pairs located in \"tail to tail\" orientation (n=1384) in NRPB2WT +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2WT, blue) and NRPB2Y732F +/+ nrpb2-2 -/- (NRPB2Y732F ,red). Red arrows denote the directions of transcriptional read-through from both PASs. Pink dashed line rectangles indicate the region corresponding to the second half of PAS-TSS gaps along 5' to 3' direction."}
{"words": ["A", ")", "ELISA", "quantification", "of", "PD", "-", "L1", ",", "pTau", "181", "and", "Aβx", "-", "42", "in", "the", "CSF", "of", "control", "and", "AD", "patients", "(", "n", "=", "10", "+", "/", "-", "SEM", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "PD", "-", "L1", ":", "t", "=", "2", ".", "47", "df", "=", "18", ",", "Aβx", "-", "42", ":", "t", "=", "4", ".", "83", "df", "=", "18", ",", "pTau", "181", ":", "t", "=", "5", ",", "768", "df", "=", "18", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) ELISA quantification of PD-L1, pTau 181 and Aβx-42 in the CSF of control and AD patients (n=10 +/-SEM, Student's t-test, * p<0.05, *** p<0.001, PD-L1: t=2.47 df = 18, Aβx-42: t=4.83 df=18, pTau 181: t=5,768 df=18)."}
{"words": ["B", ",", "C", ")", "(", "B", ")", "Colocalization", "of", "PD", "-", "L1", "and", "GFAP", "in", "AD", "and", "(", "C", ")", "in", "control", "patients", "(", "MX", "-", "O4", "=", "amyloid", "deposits", ",", "upper", "picture", ":", "bar", "=", "100", "µm", ",", "lower", "picture", ":", "bar", "=", "30", "µm", ")", ".", "D", ")", "Immunohistochemical", "detection", "of", "PD", "-", "L1", "in", "9", "-", "month", "-", "old", "female", "APP", "/", "PS1", "mice", "(", "bar", "=", "50", "µM", ")", ".", "E", ")", "Immunohistochemical", "detection", "of", "PD", "-", "L1", "in", "4", "-", "month", "-", "old", "female", "APP", "/", "PS1", "mice", "(", "bar", "=", "20", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C) (B) Colocalization of PD-L1 and GFAP in AD and (C) in control patients (MX-O4 = amyloid deposits, upper picture: bar = 100 µm, lower picture: bar=30 µm). D) Immunohistochemical detection of PD-L1 in 9-month-old female APP/PS1 mice (bar = 50 µM). E) Immunohistochemical detection of PD-L1 in 4-month-old female APP/PS1 mice (bar = 20 µm). "}
{"words": ["A", ")", "C6", "cells", "expressing", "PD", "-", "L1", "-", "myc", "treated", "with", "the", "γ", "-", "secretase", "inhibitor", "DAPT", "for", "18", "h", ".", "PD", "-", "L1", "was", "detected", "using", "a", "myc", "-", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A) C6 cells expressing PD-L1-myc treated with the γ-secretase inhibitor DAPT for 18 h. PD-L1 was detected using a myc-antibody."}
{"words": ["B", ")", "Immunoblot", "of", "HEK293", "cells", "expressing", "PD", "-", "L1", "-", "myc", "and", "presenilin", "1", "(", "hPS1", ")", "or", "a", "presenilin", "1", "dominant", "negative", "mutant", "(", "hPS1", "D246A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B) Immunoblot of HEK293 cells expressing PD-L1-myc and presenilin 1 (hPS1) or a presenilin 1 dominant negative mutant (hPS1 D246A)."}
{"words": ["D", ")", "18", "h", "1", "μM", "PMA", "treatment", "of", "C6", "cells", "expressing", "PD", "-", "L1", "-", "myc", ".", "Secretion", "of", "PD", "-", "L1", "in", "the", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "was", "detected", "using", "antibody", "AF1019", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) 18 h 1 μM PMA treatment of C6 cells expressing PD-L1-myc. Secretion of PD-L1 in the conditioned medium (CM) was detected using antibody AF1019."}
{"words": ["E", ")", "Mouse", "astrocytes", "were", "incubated", "for", "48", "h", "with", "1", "μM", "PMA", "and", "10", "μg", "/", "ml", "TNFα", "/", "100", "U", "/", "μl", "IFNγ", "and", "lysates", "and", "the", "CM", "were", "immunoblotted", "using", "antibody", "AF1019", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Mouse astrocytes were incubated for 48 h with 1 μM PMA and 10 μg/ml TNFα / 100 U/μl IFNγ and lysates and the CM were immunoblotted using antibody AF1019."}
{"words": ["A", ")", "Colocalization", "of", "PD", "-", "1", "and", "CD11b", "(", "MX", "-", "04", "=", "methoxy", "-", "XO4", ",", "stains", "amyloid", "deposits", ")", "in", "AD", "by", "immunohistochemistry", "(", "bar", "=", "50", "µm", ")", ".", "B", ")", "Colocalization", "of", "PD", "-", "1", "and", "Iba1", "or", "PD", "-", "1", "and", "Aβ", "in", "a", "female", "APP", "/", "PS1", "mouse", "at", "9", "months", "of", "age", "by", "immunohistochemistry", "(", "bar", "=", "20", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Colocalization of PD-1 and CD11b (MX-04=methoxy-XO4, stains amyloid deposits) in AD by immunohistochemistry (bar=50 µm). B) Colocalization of PD-1 and Iba1 or PD-1 and Aβ in a female APP/PS1 mouse at 9 months of age by immunohistochemistry (bar=20 µm). "}
{"words": ["E", ")", "ELISA", "analysis", "of", "TNFα", "secretion", "by", "wild", "type", "(", "wt", ")", "and", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "microglia", "induced", "by", "0", ".", "5", "µM", "Aβ1", "-", "42", "for", "6", "h", "in", "vitro", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "8", ".", "29", ",", "p", "=", "0", ".", "021", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Data", "information", ":", "central", "bands", "represent", "median", ",", "boxes", "show", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", "and", "whiskers", "define", "the", "+", "/", "-", "1", ".", "5xIQR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) ELISA analysis of TNFα secretion by wild type (wt) and PD-1-/- microglia induced by 0.5 µM Aβ1-42 for 6 h in vitro (n=3 biological replicates, one-way ANOVA (DF = 1, F = 8.29, p= 0.021), Tukey's HSD, * p<0.05). Data information: central bands represent median, boxes show interquartile range (IQR) and whiskers define the +/-1.5xIQR."}
{"words": ["F", "-", "H", ")", "Microglia", "from", "methoxy", "-", "XO4", "-", "injected", ",", "8", "-", "month", "-", "old", "female", ",", "wild", "type", "(", "wt", ")", "and", "APP", "/", "PS1", "mice", "were", "analyzed", "(", "F", ")", "for", "PD", "-", "1", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "2", ",", "F", "=", "13", ".", "99", ",", "p", "=", "0", ".", "0013", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ",", "(", "G", ")", "for", "CD11b", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "2", ",", "F", "=", "30", ".", "06", ",", "p", "=", "5", ".", "47x10", "-", "05", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "and", "(", "H", ")", "CD45", "by", "flow", "cytometry", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "24", ".", "96", ",", "p", "=", "0", ".", "00013", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "and", "normalized", "to", "the", "expression", "of", "wild", "type", "mice", "(", "represented", "by", "dashed", "lines", ")", ".", "Data", "information", ":", "central", "bands", "represent", "median", ",", "boxes", "show", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", "and", "whiskers", "define", "the", "+", "/", "-", "1", ".", "5xIQR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H) Microglia from methoxy-XO4-injected, 8-month-old female, wild type (wt) and APP/PS1 mice were analyzed (F) for PD-1 (n=5 biological replicates per group, one-way ANOVA (DF = 2, F = 13.99, p=0.0013), Tukey's HSD, ** p<0.01), (G) for CD11b (n=5 biological replicates per group, one- way ANOVA (DF = 2, F = 30.06, p=5.47x10-05), Tukey's HSD, *** p<0.001) and (H) CD45 by flow cytometry (n=5 biological replicates per group, one-way ANOVA (DF = 1, F = 24.96, p=0.00013), Tukey's HSD, *** p<0.001) and normalized to the expression of wild type mice (represented by dashed lines). Data information: central bands represent median, boxes show interquartile range (IQR) and whiskers define the +/-1.5xIQR."}
{"words": ["A", ",", "B", ")", "ELISA", "of", "the", "(", "A", ")", "RIPA", "soluble", "fraction", "of", "female", "APP", "/", "PS1", "and", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", "for", "Aβx", "-", "40", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "6", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "0", ".", "6", ",", "p", "=", "0", ".", "45", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "and", "(", "B", ")", "of", "the", "SDS", "soluble", "fraction", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "6", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "32", ".", "8", ",", "p", "=", "2x10", "-", "5", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B) ELISA of the (A) RIPA soluble fraction of female APP/PS1 and APP/PS1 PD-1-/- mice for Aβx-40 (biological replicates with n=6 for APP/PS1 and n=5 for APP/PS1 PD-1-/-, mean+/-SEM, one-way ANOVA (DF = 1, F = 0.6, p=0.45), Tukey's HSD, ** p<0.01, *** p<0.001) and (B) of the SDS soluble fraction (biological replicates with n=6 for APP/PS1 and n=5 for APP/PS1 PD-1-/-, mean+/-SEM, one-way ANOVA(DF=1, F= 32.8, p=2x10-5), Tukey's HSD, ** p<0.01, *** p<0.001)."}
{"words": ["D", ",", "E", ")", "Mice", "were", "analyzed", "for", "(", "D", ")", "percentage", "of", "the", "covered", "areas", "(", "5", "sections", "per", "mouse", "analyzed", "with", "the", "mean", "representing", "an", "individual", "data", "point", ";", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "6", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "9", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "0", ".", "905", ",", "p", "=", "0", ".", "90", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "and", "(", "E", ")", "the", "number", "of", "plaques", "per", "mm2", "(", "5", "sections", "per", "mouse", "analyzed", "with", "the", "mean", "representing", "an", "individual", "data", "point", ";", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "6", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "9", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "4", ".", "08", ",", "p", "=", "0", ".", "054", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E) Mice were analyzed for (D) percentage of the covered areas (5 sections per mouse analyzed with the mean representing an individual data point; biological replicates with n=6 for APP/PS1 and n=9 for APP/PS1 PD-1-/-, mean +/-SEM, one-way ANOVA (DF=1, F=0.905, p=0.90), Tukey's HSD, ** p<0.01, *** p<0.001) and (E) the number of plaques per mm2 (5 sections per mouse analyzed with the mean representing an individual data point; biological replicates with n=6 for APP/PS1 and n=9 for APP/PS1 PD-1-/-, mean +/-SEM, one-way ANOVA (DF=1, F=4.08, p=0.054), Tukey's HSD, ** p<0.01, *** p<0.001)."}
{"words": ["G", ")", "Time", "needed", "to", "reach", "the", "hidden", "platform", "(", "latency", "in", "seconds", ")", "in", "the", "Morris", "water", "maze", "test", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", "of", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "12", "for", "wt", ",", "n", "=", "5", "for", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "n", "=", "7", "for", "APP", "/", "PS1", ",", "and", "n", "=", "8", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "DF", "=", "3", ",", "F", "=", "17", ".", "72", ",", "p", "=", "1x10", "-", "9", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Time needed to reach the hidden platform (latency in seconds) in the Morris water maze test (mean +/-SEM of biological replicates with n=12 for wt, n=5 for PD-1-/-, n=7 for APP/PS1, and n=8 for APP/PS1 PD-1-/-, one-way ANOVA (DF=3, F=17.72, p=1x10-9), Tukey's HSD, * p<0.05, *** p<0.001)."}
{"words": ["A", ")", "In", "vitro", "phagocytosis", "of", "FAM", "-", "Aβ1", "-", "42", "by", "wild", "type", "or", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "microglia", "for", "up", "to", "6", "h", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", "of", "a", "technical", "quadruplicate", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "representative", "result", "of", "an", "n", "=", "2", "biological", "replicate", ")", ".", "B", ")", "In", "vitro", "phagocytosis", "of", "FAM", "-", "Aβ1", "-", "42", "by", "wild", "type", "microglia", "cultured", "in", "astrocyte", "-", "conditioned", "medium", "(", "ACM", ")", "from", "wild", "type", "or", "PD", "-", "L1", "-", "/", "-", "astroglial", "cultures", "(", "mean", "+", "/", "-", "SEM", "of", "a", "technical", "quadruplicate", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "representative", "result", "of", "an", "n", "=", "2", "biological", "replicate", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) In vitro phagocytosis of FAM-Aβ1-42 by wild type or PD-1-/- microglia for up to 6 h (mean +/-SEM of a technical quadruplicate, Student's t-test, ** p<0.01, *** p<0.001, representative result of an n=2 biological replicate). B) In vitro phagocytosis of FAM-Aβ1-42 by wild type microglia cultured in astrocyte-conditioned medium (ACM) from wild type or PD-L1-/- astroglial cultures (mean +/-SEM of a technical quadruplicate, Student's t-test, * p<0.05, *** p<0.001, representative result of an n=2 biological replicate) "}
{"words": ["D", ")", "Quantification", "of", "microglial", "in", "vivo", "phagocytosis", "in", "female", "APP", "/", "PS1", "and", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", "at", "8", ".", "5", "month", "of", "age", "after", "intraperitoneal", "injection", "of", "methoxy", "-", "XO4", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "4", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "t", "=", "2", ".", "1808", ",", "df", "=", "6", ".", "9829", ")", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Data", "information", ":", "central", "bands", "represent", "median", ",", "boxes", "show", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", "and", "whiskers", "define", "the", "+", "/", "-", "1", ".", "5xIQR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Quantification of microglial in vivo phagocytosis in female APP/PS1 and APP/PS1 PD-1-/- mice at 8.5 month of age after intraperitoneal injection of methoxy-XO4 (biological replicates with n=5 for APP/PS1 and n=4 for APP/PS1 PD-1-/- mice, Student's t-test (t = 2.1808, df = 6.9829), * p<0.05). Data information: central bands represent median, boxes show interquartile range (IQR) and whiskers define the +/-1.5xIQR."}
{"words": ["E", "-", "G", ")", "Relative", "expression", "of", "the", "cell", "surface", "marker", "(", "E", ")", "CD36", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "4", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", ",", "ANOVA", "(", "DF", "=", "1", ",", "F", "=", "0", ".", "002", ",", "p", "=", "0", ".", "94", ")", ",", "Tukey", "'", "s", "HSD", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "(", "F", ")", "CD11b", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "4", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", ")", "and", "(", "G", ")", "CD45", "on", "methoxy", "-", "XO4", "+", "versus", "methoxy", "-", "XO4", "-", "microglia", "in", "APP", "/", "PS1", "and", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", "normalized", "to", "methoxy", "-", "X04", "-", "negative", "cells", "from", "APP", "/", "PS1", "mice", "(", "biological", "replicates", "with", "n", "=", "5", "for", "APP", "/", "PS1", "and", "n", "=", "4", "for", "APP", "/", "PS1", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "mice", ")", "Data", "information", ":", "central", "bands", "represent", "median", ",", "boxes", "show", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", "and", "whiskers", "define", "the", "+", "/", "-", "1", ".", "5xIQR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-G) Relative expression of the cell surface marker (E) CD36 (biological replicates with n=5 for APP/PS1 and n=4 for APP/PS1 PD-1-/- mice, ANOVA (DF=1, F= 0.002, p=0.94), Tukey's HSD, * p<0.05, *** p<0.001), (F) CD11b (biological replicates with n=5 for APP/PS1 and n=4 for APP/PS1 PD-1-/- mice) and (G) CD45 on methoxy-XO4+ versus methoxy-XO4- microglia in APP/PS1 and APP/PS1 PD-1-/- mice normalized to methoxy-X04-negative cells from APP/PS1 mice (biological replicates with n=5 for APP/PS1 and n=4 for APP/PS1 PD-1-/- mice) Data information: central bands represent median, boxes show interquartile range (IQR) and whiskers define the +/-1.5xIQR."}
{"words": ["B", ")", "Different", "expression", "of", "inflammasome", "-", "related", "genes", "(", "abs", "(", "fold", "change", ")", ">", "1", ".", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "Benjamini", "-", "Hochberg", "adjusted", ")", "in", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "vs", ".", "wild", "type", "microglia", ".", "C", ")", "Different", "expression", "of", "complement", "system", "-", "related", "genes", "(", "abs", "(", "fold", "change", ")", ">", "1", ".", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "Benjamini", "-", "Hochberg", "adjusted", ")", "in", "PD", "-", "1", "-", "/", "-", "vs", ".", "wild", "type", "microglia", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Different expression of inflammasome-related genes (abs(fold change) > 1.5, p < 0.05, Benjamini- Hochberg adjusted) in PD-1-/- vs. wild type microglia. C) Different expression of complement system-related genes (abs(fold change) > 1.5, p < 0.05, Benjamini-Hochberg adjusted) in PD-1-/- vs. wild type microglia. "}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p62", "and", "LC3", "I", "/", "II", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantification", "of", "total", "LC3", "on", "actin", "is", "reported", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "02712", ")", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p62 and LC3 I/II in KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells. Actin was used as a loading control. Quantification of total LC3 on actin is reported (*P = 0.02712). The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "p62", "dots", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "Magnifications", "in", "insets", ".", "Right", ",", "quantitative", "analysis", "of", "p62", "distribution", "of", "dots", "is", "reported", "(", "four", "independent", "experiments", ";", "n", "=", "35", "cells", "per", "group", ")", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "00542", "(", "dotted", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "00014", "(", "nuclear", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of p62 dots in KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells. Scale bar, 20 μm. Magnifications in insets. Right, quantitative analysis of p62 distribution of dots is reported (four independent experiments; n = 35 cells per group). *P = 0.00542 (dotted); *P = 0.00014 (nuclear)."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p62", "and", "LC3", "I", "/", "II", "in", "KRIT1", "-", "KO", "and", "KRIT1", "-", "KO", "re", "-", "expressing", "KRIT1", "(", "KO", "+", "KRIT1", ")", "MEFs", ".", "Left", ",", "immunoblot", "showing", "KRIT1", "levels", "in", "KRIT1", "-", "KO", "and", "KO", "+", "KRIT1", "cells", ".", "Right", ",", "immunoblots", "for", "p62", "and", "LC3", "I", "/", "II", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "marker", ".", "Quantification", "of", "total", "LC3", "on", "actin", "is", "reported", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "01248", ")", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p62 and LC3 I/II in KRIT1-KO and KRIT1-KO re-expressing KRIT1 (KO+KRIT1) MEFs. Left, immunoblot showing KRIT1 levels in KRIT1-KO and KO+KRIT1 cells. Right, immunoblots for p62 and LC3 I/II. Actin was used as a loading marker. Quantification of total LC3 on actin is reported (*P = 0.01248). The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "p62", "dots", "in", "KO", "+", "KRIT1", "(", "top", ")", "and", "KRIT1", "-", "KO", "cells", "(", "bottom", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Magnifications", "in", "insets", ".", "Right", ",", "quantitative", "analysis", "of", "the", "number", "of", "p62", "dots", "per", "cell", "is", "shown", "(", "four", "independent", "experiments", ";", "n", "=", "50", "cells", "per", "group", ")", ".", "*", "P", "=", "7", ".", "18e", "−", "14", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of p62 dots in KO+KRIT1 (top) and KRIT1-KO cells (bottom). Scale bar, 50 μm. Magnifications in insets. Right, quantitative analysis of the number of p62 dots per cell is shown (four independent experiments; n = 50 cells per group). *P = 7.18e−14."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "hBMECs", "transiently", "transfected", "with", "control", "siRNA", "or", "KRIT1", "siRNA", ".", "Left", ",", "evaluation", "of", "siRNA", "efficiency", "with", "antibody", "directed", "against", "KRIT1", ".", "Right", ",", "immunoblots", "for", "p62", "and", "LC3", "I", "/", "II", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "marker", ".", "Quantification", "of", "total", "LC3", "on", "actin", "is", "reported", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "03071", ")", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of hBMECs transiently transfected with control siRNA or KRIT1 siRNA. Left, evaluation of siRNA efficiency with antibody directed against KRIT1. Right, immunoblots for p62 and LC3 I/II. Actin was used as a loading marker. Quantification of total LC3 on actin is reported (*P = 0.03071). The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "EA", ".", "hy926", "cells", "transiently", "transfected", "with", "control", "siRNA", "or", "KRIT1", "siRNA", ".", "Left", ",", "evaluation", "of", "siRNA", "efficiency", "with", "antibody", "directed", "against", "KRIT1", ".", "Right", ",", "immunoblot", "for", "p62", "and", "LC3", "I", "/", "II", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "marker", ".", "Quantification", "of", "total", "LC3", "on", "actin", "is", "reported", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "02527", ")", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of EA.hy926 cells transiently transfected with control siRNA or KRIT1 siRNA. Left, evaluation of siRNA efficiency with antibody directed against KRIT1. Right, immunoblot for p62 and LC3 I/II. Actin was used as a loading marker. Quantification of total LC3 on actin is reported (*P = 0.02527). The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "p62", "(", "green", ")", "and", "ProteoStat", "Aggresome", "staining", "detection", "reagent", "(", "red", ")", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "lung", "endothelial", "cells", ".", "The", "yellow", "signal", "in", "the", "merged", "images", "represents", "an", "overlapping", "spatial", "relationship", "between", "green", "and", "red", "fluorescence", ".", "Magnification", "in", "insets", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "The", "images", "are", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of p62 (green) and ProteoStat Aggresome staining detection reagent (red) in KRIT1 wt and KRIT1-KO lung endothelial cells. The yellow signal in the merged images represents an overlapping spatial relationship between green and red fluorescence. Magnification in insets. Scale bar, 50 μm. The images are representative of four independent experiments."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "p62", "(", "green", ")", "and", "ProteoStat", "Aggresome", "staining", "detection", "reagent", "(", "red", ")", "in", "KRIT1", "-", "KO", "re", "-", "expressing", "KRIT1", "(", "KO", "+", "KRIT1", ")", "and", "KRIT1", "-", "KO", "MEFs", ".", "The", "yellow", "signal", "in", "the", "merged", "images", "represents", "an", "overlapping", "spatial", "relationship", "between", "green", "and", "red", "fluorescence", ".", "Magnification", "in", "insets", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "The", "images", "are", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of p62 (green) and ProteoStat Aggresome staining detection reagent (red) in KRIT1-KO re-expressing KRIT1 (KO+KRIT1) and KRIT1-KO MEFs. The yellow signal in the merged images represents an overlapping spatial relationship between green and red fluorescence. Magnification in insets. Scale bar, 50 μm. The images are representative of four independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "with", "antibodies", "directed", "against", "phosphorylated", "mTOR", "(", "Ser", "2448", ")", ",", "total", "mTOR", ",", "phosphorylated", "p70", "S6", "Kinase", "(", "Ser", "371", ")", ",", "total", "p70", "S6", "Kinase", ",", "phosphorylated", "4E", "-", "BP1", "(", "Thr", "37", "/", "46", ")", ",", "and", "total", "4E", "-", "BP1", ";", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "marker", ".", "Where", "indicated", ",", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis with antibodies directed against phosphorylated mTOR (Ser 2448), total mTOR, phosphorylated p70 S6 Kinase (Ser 371), total p70 S6 Kinase, phosphorylated 4E-BP1 (Thr 37/46), and total 4E-BP1; actin was used as a loading marker. Where indicated, KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "total", "ULK1", "and", "actin", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of total ULK1 and actin in KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells. Where indicated, cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p62", ",", "LC3", "I", "/", "II", ",", "and", "actin", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "or", "500", "nM", "rapamycin", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p62, LC3 I/II, and actin in KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells treated with 100 nM Torin1 or 500 nM rapamycin for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "with", "antibodies", "directed", "against", "phosphorylated", "mTOR", "(", "Ser", "2448", ")", ",", "total", "mTOR", ",", "phosphorylated", "p70", "S6", "Kinase", "(", "Ser", "371", ")", ",", "total", "p70", "S6", "Kinase", ",", "phosphorylated", "4E", "-", "BP1", "(", "Thr", "37", "/", "46", ")", ",", "and", "total", "4E", "-", "BP1", ";", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "marker", ".", "Where", "indicated", ",", "KRIT1", "-", "KO", "re", "-", "expressing", "KRIT1", "(", "KO", "+", "KRIT1", ")", "and", "KRIT1", "-", "KO", "MEFs", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis with antibodies directed against phosphorylated mTOR (Ser 2448), total mTOR, phosphorylated p70 S6 Kinase (Ser 371), total p70 S6 Kinase, phosphorylated 4E-BP1 (Thr 37/46), and total 4E-BP1; actin was used as a loading marker. Where indicated, KRIT1-KO re-expressing KRIT1 (KO+KRIT1) and KRIT1-KO MEFs were treated with 100 nM Torin1 for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "phosphorylated", "ULK1", "(", "Ser", "757", ")", ",", "total", "ULK1", ",", "and", "actin", "in", "KRIT1", "KO", "+", "KRIT1", ",", "and", "KRIT1", "KO", "MEFs", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of phosphorylated ULK1 (Ser 757), total ULK1, and actin in KRIT1 KO+KRIT1, and KRIT1 KO MEFs. Where indicated, cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p62", ",", "actin", ",", "LC3", "I", "/", "II", "in", "KO", "+", "KRIT1", "and", "KRIT1", "-", "KO", "cells", ".", "Where", "indicated", ",", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", "or", "500", "nM", "rapamycin", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p62, actin, LC3 I/II in KO+KRIT1 and KRIT1-KO cells. Where indicated, cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h or 500 nM rapamycin for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "mRFP", "-", "GFP", "-", "LC3", ".", "Where", "indicated", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", "or", "2", "μM", "xestospongin", "B", "for", "4", "h", ".", "The", "differences", "in", "the", "autophagic", "flux", "were", "evaluated", "by", "counting", "the", "yellow", "LC3", "I", "/", "II", "dots", "/", "cell", "(", "RFP", "+", "GFP", "+", ")", "and", "red", "LC3", "dots", "/", "cell", "(", "RFP", "+", "GFP", "−", ")", "for", "each", "condition", ".", "Yellow", "dots", ":", "autophagosomes", ";", "red", "dots", ":", "autophagolysosomes", ".", "*", "P", "=", "5", ".", "74e", "−", "5", "(", "red", "dots", ",", "WT", "ctrl", "vs", ".", "WT", "Tor1", ")", ";", "*", "P", "=", "9", ".", "62e", "−", "5", "(", "red", "dots", ",", "WT", "ctrl", "vs", ".", "WT", "xesto", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "00727", "(", "red", "dots", ",", "WT", "ctrl", "vs", ".", "KO", "ctrl", ")", ";", "#", "P", "=", "0", ".", "00046", "(", "red", "dots", ",", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Tor1", ")", ".", "The", "data", "are", "expressed", "as", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells were transiently transfected with mRFP-GFP-LC3. Where indicated, the cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h or 2 μM xestospongin B for 4 h. The differences in the autophagic flux were evaluated by counting the yellow LC3 I/II dots/cell (RFP+GFP+) and red LC3 dots/cell (RFP+GFP−) for each condition. Yellow dots: autophagosomes; red dots: autophagolysosomes. *P = 5.74e−5 (red dots, WT ctrl vs. WT Tor1); *P = 9.62e−5 (red dots, WT ctrl vs. WT xesto); *P = 0.00727 (red dots, WT ctrl vs. KO ctrl); #P = 0.00046 (red dots, KO ctrl vs. KO Tor1). The data are expressed as the mean ± s.e.m."}
{"words": ["KO", "+", "KRIT1", "and", "KRIT1", "-", "KO", "MEFs", "were", "transiently", "transfected", "with", "the", "mRFP", "-", "GFP", "-", "LC3", "tandem", "construct", ".", "Where", "indicated", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "for", "4", "h", "or", "2", "μM", "xestospongin", "B", "for", "4", "h", ".", "The", "differences", "in", "the", "autophagic", "flux", "were", "evaluated", "by", "counting", "the", "yellow", "LC3", "I", "/", "II", "dots", "/", "cell", "(", "RFP", "+", "GFP", "+", ")", "and", "red", "LC3", "dots", "/", "cell", "(", "RFP", "+", "GFP", "−", ")", "for", "each", "condition", ".", "Yellow", "dots", ":", "autophagosomes", ";", "red", "dots", ":", "autophagolysosomes", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "00023", "(", "red", "dots", ",", "KO", "+", "KRIT1", "ctrl", "vs", ".", "KO", "+", "KRIT1", "Tor1", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "00045", "(", "red", "dots", ",", "KO", "+", "KRIT1", "ctrl", "vs", ".", "KO", "+", "KRIT1", "xesto", ")", ";", "#", "P", "=", "3", ".", "08e", "−", "6", "(", "red", "dots", ",", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Tor1", ")", ";", "#", "#", "P", "=", "6", ".", "73e", "−", "5", "(", "yellow", "dots", ",", "KO", "+", "KRIT1", "ctrl", "vs", ".", "KO", "ctrl", ")", ".", "The", "data", "are", "expressed", "as", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "four", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KO+KRIT1 and KRIT1-KO MEFs were transiently transfected with the mRFP-GFP-LC3 tandem construct. Where indicated, the cells were treated with 100 nM Torin1 for 4 h or 2 μM xestospongin B for 4 h. The differences in the autophagic flux were evaluated by counting the yellow LC3 I/II dots/cell (RFP+GFP+) and red LC3 dots/cell (RFP+GFP−) for each condition. Yellow dots: autophagosomes; red dots: autophagolysosomes. *P = 0.00023 (red dots, KO+KRIT1 ctrl vs. KO+KRIT1 Tor1); *P = 0.00045 (red dots, KO+KRIT1 ctrl vs. KO+KRIT1 xesto); #P = 3.08e−6 (red dots, KO ctrl vs. KO Tor1); ##P = 6.73e−5 (yellow dots, KO+KRIT1 ctrl vs. KO ctrl). The data are expressed as the mean ± s.e.m. of four independent experiments."}
{"words": ["Cd44", ",", "PAI1", "(", "also", "known", "as", "Serpine1", ")", ",", "and", "Id1", "mRNA", "expression", "levels", "in", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "were", "assessed", "by", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", ".", "Where", "indicated", ",", "KRIT1", "wt", "and", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "or", "500", "nM", "rapamycin", "for", "16h", ".", "The", "data", "are", "expressed", "as", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "Cd44", ":", "*", "P", "=", "0", ".", "02848", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Rapa", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "02605", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Tor1", ")", ".", "PAI1", ":", "*", "P", "=", "0", ".", "04446", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Rapa", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "03996", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Tor1", ")", ".", "Id1", ":", "*", "P", "=", "0", ".", "00266", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Rapa", ")", ";", "*", "P", "=", "0", ".", "01554", "(", "KO", "ctrl", "vs", ".", "KO", "Tor1", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cd44, PAI1 (also known as Serpine1), and Id1 mRNA expression levels in KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells were assessed by quantitative real-time PCR. Where indicated, KRIT1 wt and KRIT1-KO endothelial cells were treated with 100 nM Torin1 or 500 nM rapamycin for 16h. The data are expressed as the mean ± s.e.m. Cd44: *P = 0.02848 (KO ctrl vs. KO Rapa); *P = 0.02605 (KO ctrl vs. KO Tor1). PAI1: *P = 0.04446 (KO ctrl vs. KO Rapa); *P = 0.03996 (KO ctrl vs. KO Tor1). Id1: *P = 0.00266 (KO ctrl vs. KO Rapa); *P = 0.01554 (KO ctrl vs. KO Tor1). n = 3 independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "CD31", "/", "Pecam", "-", "1", ",", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "VE", "-", "cadherin", ")", ",", "and", "actin", "in", "KRIT1", "-", "KO", "endothelial", "cells", "that", "were", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "or", "500", "nM", "rapamycin", "for", "24", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of CD31/Pecam-1, vascular endothelial cadherin (VE-cadherin), and actin in KRIT1-KO endothelial cells that were treated with 100 nM Torin1 or 500 nM rapamycin for 24 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "CD31", "/", "Pecam", "-", "1", ",", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "VE", "-", "cadherin", ")", ",", "N", "-", "cadherin", ",", "alpha", "-", "smooth", "muscle", "actin", "(", "alpha", "-", "SMA", ")", ",", "and", "actin", "in", "HUVECs", "transfected", "with", "control", "siRNA", "or", "ATG7", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of CD31/Pecam-1, vascular endothelial cadherin (VE-cadherin), N-cadherin, alpha-smooth muscle actin (alpha-SMA), and actin in HUVECs transfected with control siRNA or ATG7 siRNA."}
{"words": ["Formation", "of", "capillary", "-", "like", "structures", "measured", "by", "tube", "formation", "assays", ".", "HUVECs", "were", "transfected", "with", "control", "siRNA", "or", "ATG7", "siRNA", "for", "72", "h", ".", "Representative", "phase", "-", "contrast", "microscopy", "(", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ")", "and", "calcein", "-", "fluorescent", "(", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ")", "images", "were", "reported", ".", "All", "data", "are", "presented", "as", "percentage", "±", "s", ".", "e", ".", "m", "from", "three", "different", "experiments", "performed", "in", "duplicate", ".", "*", "P", "=", "1", ".", "29e", "−", "11", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Formation of capillary-like structures measured by tube formation assays. HUVECs were transfected with control siRNA or ATG7 siRNA for 72 h. Representative phase-contrast microscopy (Scale bar, 100 μm) and calcein-fluorescent (Scale bar, 50 μm) images were reported. All data are presented as percentage ± s.e.m from three different experiments performed in duplicate. *P = 1.29e−11."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p62", ",", "LC3I", "/", "II", ",", "and", "rapamycin", "in", "CCM3", "wt", "and", "CCM3", "-", "KO", "rapamycin", "treated", "with", "100", "nM", "Torin1", "or", "500", "nM", "rapamycin", "for", "4", "h", ".", "The", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p62, LC3I/II, and rapamycin in CCM3 wt and CCM3-KO rapamycin treated with 100 nM Torin1 or 500 nM rapamycin for 4 h. The results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["Representative", "immunostaining", "of", "retina", "sections", "from", "wt", "and", "a", "model", "of", "inducible", "and", "endothelial", "-", "specific", "CCM3", "-", "KO", "(", "CCM3", "-", "ECKO", ")", "mice", "at", "postnatal", "day", "14", ".", "Endothelium", "was", "stained", "with", "isolectin", "B4", "(", "ISOB4", ")", "(", "blue", ")", ".", "A", ",", "artery", ";", "V", ",", "vein", ".", "p62", "aggregates", "can", "be", "observed", "in", "endothelial", "cells", "forming", "retinal", "lesions", "in", "CCM3", "-", "ECKO", "animals", "(", "scale", "bar", ":", "200", "μm", ")", ".", "Scale", "bar", "of", "magnifications", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunostaining of retina sections from wt and a model of inducible and endothelial-specific CCM3-KO (CCM3-ECKO) mice at postnatal day 14. Endothelium was stained with isolectin B4 (ISOB4) (blue). A, artery; V, vein. p62 aggregates can be observed in endothelial cells forming retinal lesions in CCM3-ECKO animals (scale bar: 200 μm). Scale bar of magnifications: 100 μm."}
{"words": ["Representative", "immunostaining", "of", "brain", "sections", "from", "wt", "and", "a", "model", "of", "inducible", "and", "endothelial", "-", "specific", "CCM3", "-", "knockout", "mice", "(", "CCM3", "-", "ECKO", ")", "at", "postnatal", "day", "9", ".", "p62", "aggregates", "can", "be", "observed", "in", "the", "proximity", "of", "CCM", "lesions", "(", "arrows", ")", ".", "Cell", "nuclei", "(", "DAPI", ")", "are", "in", "blue", ".", "Scale", "bar", ",", "30", "μm", ".", "Smaller", "panel", "shows", "the", "magnifications", "of", "blood", "vessels", "(", "green", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunostaining of brain sections from wt and a model of inducible and endothelial-specific CCM3-knockout mice (CCM3-ECKO) at postnatal day 9. p62 aggregates can be observed in the proximity of CCM lesions (arrows). Cell nuclei (DAPI) are in blue. Scale bar, 30 μm. Smaller panel shows the magnifications of blood vessels (green). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["p62", "immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "staining", "in", "humanbrain", "tissue", ".", "A", ",", "B", "Normal", "vascular", "endothelium", "of", "autoptic", "brain", "parenchyma", "samples", "is", "lacking", "the", "typical", "autophagic", "p62", "granules", "as", "shown", "by", "the", "negative", "staining", "for", "p62", ".", "Scale", "bars", ":", "(", "A", ")", "200", "μm", ";", "(", "B", ")", "100", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "p62 immunohistochemistry (IHC) staining in humanbrain tissue.A, B Normal vascular endothelium of autoptic brain parenchyma samples is lacking the typical autophagic p62 granules as shown by the negative staining for p62. Scale bars: (A) 200 μm; (B) 100 μm."}
{"words": ["p62immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "staining", "in", "humanbrain", "tissue", ".", "C", "-", "F", "Two", "different", "representative", "samples", "of", "CCM", "lesions", "with", "a", "thin", ",", "single", "layer", "brain", "endothelium", "displaying", "either", "moderate", "(", "C", ",", "D", ")", "or", "marked", "(", "E", ",", "F", ")", "positive", "perinuclear", "\"", "pearl", "necklace", "-", "like", "\"", "immunostaining", "for", "p62", "granules", ".", "(", "C", ",", "D", ")", ",", "case", "n", "°", "4", "(", "p62", "+", "+", ")", ",", "and", "(", "E", ",", "F", ")", ",", "case", "n", "°", "8", "(", "p62", "+", "+", "+", ")", "are", "representative", "of", "CCM", "cases", "listed", "in", "Appendix", "Table", "S1", ".", "Scale", "bars", ":", "(", "C", ",", "E", ")", "200", "μm", ";", "(", "D", ",", "F", ")", "100", "μm", ".", "Arrows", "indicate", "endothelial", "p62", "positive", "staining", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "p62immunohistochemistry (IHC) staining in humanbrain tissue.C-F Two different representative samples of CCM lesions with a thin, single layer brain endothelium displaying either moderate (C, D) or marked (E, F) positive perinuclear \"pearl necklace-like\" immunostaining for p62 granules. (C, D), case n° 4 (p62++), and (E, F), case n° 8 (p62+++) are representative of CCM cases listed in Appendix Table S1. Scale bars: (C, E) 200 μm; (D, F) 100 μm. Arrows indicate endothelial p62 positive staining."}
{"words": ["p62immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "staining", "in", "humanbrain", "tissue", ".", "G", "-", "I", "Hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", ")", "staining", "(", "G", ")", "and", "p62immunohistochemistry", "analysis", "(", "H", ",", "I", ")", "of", "a", "CCM", "surgical", "sample", "(", "case", "n", "°", "6", "in", "Appendix", "Table", "S1", ")", "containing", "normal", "vessels", "in", "the", "peri", "-", "lesional", "area", ",", "which", "served", "as", "an", "internal", "control", ".", "Notice", "marked", "p62", "-", "positive", "staining", "in", "endothelial", "cells", "lining", "a", "CCM", "lesion", "(", "H", ",", "arrows", ")", "and", "p62", "-", "negative", "staining", "in", "endothelial", "cells", "lining", "a", "normal", "peri", "-", "lesional", "vessel", "(", "I", ",", "arrows", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "(", "G", ")", "300", "μm", ";", "(", "H", ",", "I", ")", "100", "μm", ".", "Background", "staining", "in", "brainparenchyma", "surrounding", "CCM", "lesions", "may", "be", "attributed", "to", "either", "cell", "debris", "or", "p62", "immunoreactivity", "in", "neuronal", "cells", "and", "glial", "cells", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "p62immunohistochemistry (IHC) staining in humanbrain tissue.G-I Hematoxylin and eosin (H&amp;amp;E) staining (G) and p62immunohistochemistry analysis (H, I) of a CCM surgical sample (case n° 6 in Appendix Table S1) containing normal vessels in the peri-lesional area, which served as an internal control. Notice marked p62-positive staining in endothelial cells lining a CCM lesion (H, arrows) and p62-negative staining in endothelial cells lining a normal peri-lesional vessel (I, arrows). Scale bars: (G) 300 μm; (H, I) 100 μm. Background staining in brainparenchyma surrounding CCM lesions may be attributed to either cell debris or p62 immunoreactivity in neuronal cells and glial cells."}
{"words": ["Depletion", "of", "RBM14", "induces", "ectopic", "formation", "of", "centriolar", "protein", "complexesA", "-", "E", "Mitotic", "control", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "treated", "with", "RBM14", "siRNA", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "C", "-", "Nap1", "(", "magenta", ")", "(", "A", ")", ",", "Centrobin", "(", "green", ")", "and", "C", "-", "Nap1", "(", "magenta", ")", "(", "B", ")", ",", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "CPAP", "(", "magenta", ")", "(", "C", ")", ",", "acetylated", "-", "tubulin", "(", "green", ")", "and", "CP110", "(", "magenta", ")", "(", "D", ")", ",", "and", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "γ", "-", "tubulin", "(", "magenta", ")", "(", "E", ")", ".", "DNA", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "on", "the", "right", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "foci", "of", "the", "indicated", "proteins", "at", "spindle", "poles", "in", "each", "condition", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "standard", "error", "of", "mean", "(", "SEM", ")", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", ".", "Note", "that", "we", "counted", "the", "number", "of", "C", "-", "Nap1", "foci", "after", "anaphase", "in", "mitosis", "when", "C", "-", "Nap1", "signals", "recover", "from", "the", "reduction", "in", "prometaphase", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Depletion of RBM14 induces ectopic formation of centriolar protein complexesA-E Mitotic control U2OS cells or U2OS cells treated with RBM14 siRNA were stained with antibodies against centrin-2 (green) and C-Nap1 (magenta) (A), Centrobin (green) and C-Nap1 (magenta) (B), centrin-2 (green) and CPAP (magenta) (C), acetylated-tubulin (green) and CP110 (magenta) (D), and centrin-2 (green) and γ-tubulin (magenta) (E). DNA is shown in blue. Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm. Histograms on the right represent frequency of mitotic cells with excess foci of the indicated proteins at spindle poles in each condition. Values are mean percentages ± standard error of mean (SEM) from three independent experiments (n = 30 for each condition). *P < 0.05, **P < 0.01, n.s., not significant (one-tailed t-test). Note that we counted the number of C-Nap1 foci after anaphase in mitosis when C-Nap1 signals recover from the reduction in prometaphase."}
{"words": ["A", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "expressing", "FLAG", "-", "RBM14", "full", "length", "(", "FL", ",", "aa1", "-", "669", ")", ",", "N", "-", "terminal", "fragment", "(", "RBM14", "[", "N", "]", ",", "aa1", "-", "150", ")", "or", "C", "-", "terminal", "fragment", "(", "RBM14", "[", "C", "]", ",", "aa151", "-", "669", ")", "and", "treated", "with", "control", "siRNA", "or", "siRNA", "against", "3", "′", "UTR", "targeting", "endogenous", "RBM14", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "FLAG", "as", "well", "as", "centrin", "-", "2", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "centrin", "foci", "at", "spindle", "poles", "in", "each", "condition", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "samples", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A U2OS cells or U2OS cells expressing FLAG-RBM14 full length (FL, aa1-669), N-terminal fragment (RBM14[N], aa1-150) or C-terminal fragment (RBM14[C], aa151-669) and treated with control siRNA or siRNA against 3′ UTR targeting endogenous RBM14 were stained with antibodies against FLAG as well as centrin-2. Histograms represent frequency of mitotic cells with excess centrin foci at spindle poles in each condition. Values are mean percentages ± SEM from three independent samples (n = 30 for each condition). **P < 0.01, n.s., not significant (one-tailed t-test)."}
{"words": ["C", ",", "D", "Cytoplasmic", "RBM14", "could", "suppress", "centriole", "amplification", "in", "HU", "-", "treated", "cells", ".", "(", "C", ")", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "expressing", "FLAG", "-", "RBM14", "FL", "or", "[", "C", "]", "and", "treated", "with", "or", "without", "HU", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "FLAG", "(", "magenta", ")", ".", "(", "D", ")", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "expressing", "FLAG", "-", "RBM14", "FL", ",", "FLAG", "-", "RBM14", "-", "NES", "or", "GFP", "-", "RBM14", "-", "PACT", "and", "treated", "with", "or", "without", "HU", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "FLAG", "(", "magenta", ",", "left", ")", "or", "GFP", "(", "magenta", ",", "right", ")", "as", "well", "as", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "cells", "in", "interphase", "with", "excess", "centrin", "foci", "in", "each", "condition", ".", "The", "percentages", "of", "U2OS", "cells", "with", "centrosomal", "localization", "of", "the", "RBM14", "full", "-", "length", "protein", "or", "mutants", "are", "shown", "below", "the", "immunofluorescence", "images", ".", "We", "counted", "only", "cells", "that", "had", "adequate", "intensity", "of", "FLAG", "or", "GFP", "signals", "and", "did", "not", "find", "any", "significant", "difference", "in", "the", "total", "expression", "levels", "of", "the", "exogenous", "RBM14", "proteins", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", ".", "Please", "note", "that", "cytoplasmic", "expression", "levels", "of", "GFP", "-", "RBM14", "-", "PACT", "are", "less", "than", "those", "of", "FLAG", "-", "RBM14", "FL", "(", "˜", "0", ".", "5", "-", "fold", ")", "or", "FLAG", "-", "RBM14", "-", "NES", "(", "˜", "0", ".", "7", "-", "fold", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Cytoplasmic RBM14 could suppress centriole amplification in HU-treated cells. (C) U2OS cells or U2OS cells expressing FLAG-RBM14 FL or [C] and treated with or without HU were stained with antibodies against centrin-2 (green) and FLAG (magenta). (D) U2OS cells or U2OS cells expressing FLAG-RBM14 FL, FLAG-RBM14-NES or GFP-RBM14-PACT and treated with or without HU were stained with antibodies against FLAG (magenta, left) or GFP (magenta, right) as well as centrin-2 (green). Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 10 μm. Histograms represent frequency of cells in interphase with excess centrin foci in each condition. The percentages of U2OS cells with centrosomal localization of the RBM14 full-length protein or mutants are shown below the immunofluorescence images. We counted only cells that had adequate intensity of FLAG or GFP signals and did not find any significant difference in the total expression levels of the exogenous RBM14 proteins. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). **P < 0.01 (one-tailed t-test). Please note that cytoplasmic expression levels of GFP-RBM14-PACT are less than those of FLAG-RBM14 FL (˜0.5-fold) or FLAG-RBM14-NES (˜0.7-fold)."}
{"words": ["A", "HeLa", "cells", "immunoprecipitated", "with", "control", "IgG", "or", "STIL", "antibodies", ".", "Soluble", "cytosolic", "fractions", "(", "input", ")", "and", "immunoprecipitates", "(", "IPs", ")", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "using", "RBM14", ",", "STIL", "or", "CPAP", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "A HeLa cells immunoprecipitated with control IgG or STIL antibodies. Soluble cytosolic fractions (input) and immunoprecipitates (IPs) were analyzed by Western blotting using RBM14, STIL or CPAP antibodies."}
{"words": ["B", "GST", "pull", "-", "down", "assay", "testing", "interactions", "between", "purified", "STIL", "[", "N", "]", "(", "˜", "5", "μg", ",", "aa1", "-", "1018", ")", "and", "GST", "-", "RBM14", "[", "N", "]", "or", "[", "C", "]", ".", "The", "asterisks", "indicate", "non", "-", "specific", "bands", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B GST pull-down assay testing interactions between purified STIL[N] (˜5 μg, aa1-1018) and GST-RBM14 [N] or [C]. The asterisks indicate non-specific bands."}
{"words": ["D", "Mitotic", "U2OS", "cells", "treated", "with", "control", "or", "RBM14", "siRNA", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "STIL", "(", "magenta", ")", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "STIL", "foci", "co", "-", "localized", "with", "centrin", "foci", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "samples", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Mitotic U2OS cells treated with control or RBM14 siRNA were stained with antibodies against centrin-2 (green) and STIL (magenta). Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm. Histograms represent frequency of mitotic cells with excess STIL foci co-localized with centrin foci. Values are mean percentages ± SEM from three independent samples (n = 30 for each condition). **P < 0.01 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["E", "In", "vitro", "competitive", "binding", "assay", ".", "GST", "pull", "-", "down", "experiment", "was", "performed", "as", "in", "(", "B", ")", ",", "with", "purified", "STIL", "[", "N", "]", "and", "GST", "-", "RBM14", "[", "C", "]", "in", "the", "presence", "of", "the", "indicated", "amount", "of", "purified", "His", "-", "CPAP", "[", "SBD", "]", ",", "His", "-", "tagged", "STIL", "-", "Binding", "Domain", "of", "CPAP", ".", "The", "fraction", "of", "STIL", "[", "N", "]", "bound", "to", "GST", "-", "RBM14", "[", "C", "]", "in", "such", "conditions", "was", "monitored", "by", "Western", "blotting", "using", "STIL", "antibodies", "which", "recognize", "the", "N", "-", "terminal", "region", "of", "STIL", ".", "Input", "materials", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "using", "the", "STIL", "or", "CPAP", "antibodies", ".", "The", "precipitated", "GST", "-", "RBM14", "[", "C", "]", "was", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "stained", "with", "SimplyBlue", "™", "Safe", "(", "Invitrogen", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E In vitro competitive binding assay. GST pull-down experiment was performed as in (B), with purified STIL[N] and GST-RBM14[C] in the presence of the indicated amount of purified His-CPAP[SBD], His-tagged STIL-Binding Domain of CPAP. The fraction of STIL[N] bound to GST-RBM14[C] in such conditions was monitored by Western blotting using STIL antibodies which recognize the N-terminal region of STIL. Input materials were analyzed by Western blotting using the STIL or CPAP antibodies. The precipitated GST-RBM14[C] was analyzed by SDS-PAGE, stained with SimplyBlue™ Safe (Invitrogen)."}
{"words": ["F", "Interaction", "between", "STIL", "and", "GFP", "-", "CPAP", "in", "the", "presence", "of", "FLAG", "-", "RBM14", "FL", "or", "fragments", ".", "U2OS", "cells", "expressing", "GFP", "-", "CPAP", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "as", "a", "control", ",", "FLAG", "-", "RBM14", "[", "N", "]", ",", "FLAG", "-", "RBM14", "[", "C", "]", "or", "FLAG", "-", "RBM14", "FL", "constructs", ",", "immunoprecipitated", "with", "STIL", "antibodies", ",", "and", "the", "resulting", "IPs", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "using", "STIL", ",", "CPAP", "or", "FLAG", "antibodies", ".", "Quantification", "of", "relative", "protein", "amounts", "of", "co", "-", "immunoprecipitated", "GFP", "-", "CPAP", "in", "each", "STIL", "-", "IP", "fraction", ",", "normalized", "with", "the", "amount", "of", "STIL", "precipitated", ",", "is", "shown", "below", "the", "panels", ".", "Means", "±", "SEM", "were", "calculated", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", ".", "Note", "that", "we", "did", "not", "find", "any", "significant", "effect", "of", "exogenous", "expression", "of", "RBM14", "full", "-", "length", "protein", "or", "deletion", "mutants", "on", "the", "expression", "levels", "of", "GFP", "-", "CPAP", "or", "endogenous", "STIL", "proteins", "in", "this", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Interaction between STIL and GFP-CPAP in the presence of FLAG-RBM14 FL or fragments. U2OS cells expressing GFP-CPAP were transfected with empty vector as a control, FLAG-RBM14[N], FLAG-RBM14[C] or FLAG-RBM14 FL constructs, immunoprecipitated with STIL antibodies, and the resulting IPs were analyzed by Western blotting using STIL, CPAP or FLAG antibodies. Quantification of relative protein amounts of co-immunoprecipitated GFP-CPAP in each STIL-IP fraction, normalized with the amount of STIL precipitated, is shown below the panels. Means ± SEM were calculated from three independent experiments. **P < 0.01 (one-tailed t-test). Note that we did not find any significant effect of exogenous expression of RBM14 full-length protein or deletion mutants on the expression levels of GFP-CPAP or endogenous STIL proteins in this experiment."}
{"words": ["G", "U2OS", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "C", "-", "Nap1", "(", "magenta", ")", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "centrin", "foci", "at", "spindle", "poles", "in", "each", "condition", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", ".", "Representative", "mitotic", "cells", "treated", "with", "siRNAs", "against", "RBM14", "alone", ",", "RBM14", "+", "STIL", "or", "RBM14", "+", "CPAP", "are", "shown", "below", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G U2OS cells treated with the indicated siRNAs were stained with antibodies against centrin-2 (green) and C-Nap1 (magenta). Histograms represent frequency of mitotic cells with excess centrin foci at spindle poles in each condition. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). **P < 0.01 (one-tailed t-test). Representative mitotic cells treated with siRNAs against RBM14 alone, RBM14 + STIL or RBM14 + CPAP are shown below. Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["A", "U2OS", "cells", "treated", "with", "control", "siRNA", ",", "RBM14", "siRNA", "alone", "or", "RBM14", "+", "HsSAS", "-", "6", "siRNAs", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "and", "HsSAS", "-", "6", "(", "magenta", ")", ".", "DNA", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "centrin", "foci", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A U2OS cells treated with control siRNA, RBM14 siRNA alone or RBM14 + HsSAS-6 siRNAs were stained with antibodies against centrin-2 (green) and HsSAS-6 (magenta). DNA is shown in blue. Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm. Histograms represent frequency of mitotic cells with excess centrin foci in the indicated conditions. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). n.s., not significant (one-tailed t-test)."}
{"words": ["B", "Live", "imaging", "of", "cycling", "RBM14", "-", "depleted", "HeLa", "cells", "expressing", "GFP", "-", "centrin1", "(", "green", ")", "and", "RFP", "-", "H2B", "(", "magenta", ")", ".", "Insets", "show", "approximately", "1", ".", "5", "-", "fold", "magnified", "images", "of", "fluorescent", "foci", ".", "Time", "is", "denoted", "in", "hh", ":", "min", ",", "and", "scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Time", "zero", "corresponds", "to", "the", "onset", "of", "excess", "centrin", "foci", "formation", ".", "Quantification", "of", "the", "number", "and", "total", "signal", "intensity", "of", "centrin", "foci", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "control", "or", "RBM14", "siRNA", "over", "time", ".", "Means", "±", "SEM", "are", "shown", "(", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Live imaging of cycling RBM14-depleted HeLa cells expressing GFP-centrin1 (green) and RFP-H2B (magenta). Insets show approximately 1.5-fold magnified images of fluorescent foci. Time is denoted in hh:min, and scale bar is 10 μm. Time zero corresponds to the onset of excess centrin foci formation. Quantification of the number and total signal intensity of centrin foci in HeLa cells treated with control or RBM14 siRNA over time. Means ± SEM are shown (n = 5)."}
{"words": ["C", "Ectopic", "formation", "of", "centriolar", "intermediates", "likely", "occurs", "from", "late", "G1", "to", "S", "phase", ".", "Time", "-", "lapse", "recording", "across", "the", "cell", "cycle", "of", "HeLa", "cells", "expressing", "GFP", "-", "centrin", "(", "green", ")", "and", "RFP", "-", "H2B", "(", "magenta", ")", "and", "treated", "with", "RBM14", "siRNA", ".", "Time", "is", "denoted", "in", "hh", ":", "min", ",", "and", "scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Time", "zero", "corresponds", "to", "the", "metaphase", "onset", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Ectopic formation of centriolar intermediates likely occurs from late G1 to S phase. Time-lapse recording across the cell cycle of HeLa cells expressing GFP-centrin (green) and RFP-H2B (magenta) and treated with RBM14 siRNA. Time is denoted in hh:min, and scale bar is 10 μm. Time zero corresponds to the metaphase onset."}
{"words": ["D", "Ectopic", "formation", "of", "centriolar", "protein", "complexes", "occurs", "during", "S", "phase", "arrest", "induced", "by", "HU", "treatment", "but", "not", "G1", "phase", "arrest", "induced", "by", "lovastatin", "treatment", ".", "Insets", "show", "threefold", "magnified", "images", "of", "fluorescent", "foci", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "centrin", "foci", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Ectopic formation of centriolar protein complexes occurs during S phase arrest induced by HU treatment but not G1 phase arrest induced by lovastatin treatment. Insets show threefold magnified images of fluorescent foci. Scale bar, 5 μm. Histograms represent frequency of mitotic cells with excess centrin foci in the indicated conditions. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). **P < 0.01, n.s., not significant (one-tailed t-test)."}
{"words": ["E", "Amorphous", "electron", "-", "dense", "structures", "containing", "microtubules", "are", "formed", "in", "RBM14", "-", "depleted", "cells", "(", "see", "also", "Supplementary", "Fig", "S5I", ")", ".", "Electron", "micrographs", "from", "U2OS", "cells", "depleted", "of", "RBM14", ".", "Squares", "indicate", "the", "ectopic", "electron", "-", "dense", "structures", ",", "whereas", "circles", "indicate", "the", "pre", "-", "existing", "centrioles", ".", "Scale", "bar", ",", "500", "nm", "and", "200", "nm", "(", "magnified", "views", ")", ".", "Average", "diameter", "of", "pre", "-", "existing", "centrioles", "and", "the", "amorphous", "electron", "-", "dense", "structures", "are", "225", "±", "8", "nm", "(", "n", "=", "10", ")", "and", "130", "+", "11", "nm", "(", "n", "=", "16", ")", ",", "respectively", ".", "Insets", "show", "magnified", "views", "of", "the", "squares", ".", "Note", "that", "microtubules", "(", "black", "arrowheads", ")", "are", "observed", "within", "the", "electron", "-", "dense", "structures", "(", "white", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Amorphous electron-dense structures containing microtubules are formed in RBM14-depleted cells (see also Supplementary Fig S5I). Electron micrographs from U2OS cells depleted of RBM14. Squares indicate the ectopic electron-dense structures, whereas circles indicate the pre-existing centrioles. Scale bar, 500 nm and 200 nm (magnified views). Average diameter of pre-existing centrioles and the amorphous electron-dense structures are 225 ± 8 nm (n = 10) and 130 + 11 nm (n = 16), respectively. Insets show magnified views of the squares. Note that microtubules (black arrowheads) are observed within the electron-dense structures (white arrowheads)."}
{"words": ["F", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "the", "cells", "with", "ectopic", "foci", "of", "GFP", "-", "CPAP", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "U2OS", "cells", "expressing", "GFP", "-", "CPAP", "were", "fixed", "and", "stained", "24", "h", "after", "RNAi", "treatment", "and", "induction", "of", "GFP", "-", "CPAP", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Histograms represent frequency of the cells with ectopic foci of GFP-CPAP in the indicated conditions. U2OS cells expressing GFP-CPAP were fixed and stained 24 h after RNAi treatment and induction of GFP-CPAP. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). **P < 0.01 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["G", "U2OS", "cells", "expressing", "GFP", "-", "CPAP", "(", "green", ")", "and", "treated", "with", "RBM14", "siRNA", "were", "analyzed", "using", "CLEM", ".", "Separate", "z", "-", "plane", "images", "of", "the", "cell", "with", "GFP", "-", "CPAP", "foci", "and", "the", "threefold", "magnified", "images", "are", "aligned", "from", "bottom", "to", "top", "along", "z", "-", "axis", "(", "left", "LM", "panels", ")", ".", "White", "broken", "lines", "represent", "cell", "shapes", ",", "and", "blue", "broken", "lines", "represent", "nuclear", "shapes", ".", "Corresponding", "regions", "of", "EM", "images", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "White", "squares", "(", "a", "-", "d", ")", "represent", "the", "region", "around", "GFP", "-", "CPAP", "foci", ".", "Note", "that", "other", "than", "pre", "-", "existing", "centrioles", "(", "a", ",", "1", "-", "4", ")", ",", "ectopic", "small", "CPAP", "foci", "are", "recognizable", "as", "amorphous", "electron", "-", "dense", "structures", "(", "b", "-", "d", ")", ".", "One", "of", "pre", "-", "existing", "centrioles", "(", "1", ")", "is", "elongated", "because", "of", "exogenous", "GFP", "-", "CPAP", "expression", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "(", "LM", ")", ",", "2", "μm", "(", "EM", ",", "low", "magnified", "image", ")", ",", "500", "nm", "[", "magnified", "images", "of", "(", "a", ")", "and", "(", "d", ")", ")", ",", "200", "nm", "(", "magnified", "images", "of", "(", "b", ")", "and", "(", "c", ")", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G U2OS cells expressing GFP-CPAP (green) and treated with RBM14 siRNA were analyzed using CLEM. Separate z-plane images of the cell with GFP-CPAP foci and the threefold magnified images are aligned from bottom to top along z-axis (left LM panels). White broken lines represent cell shapes, and blue broken lines represent nuclear shapes. Corresponding regions of EM images are shown on the right. White squares (a-d) represent the region around GFP-CPAP foci. Note that other than pre-existing centrioles (a, 1-4), ectopic small CPAP foci are recognizable as amorphous electron-dense structures (b-d). One of pre-existing centrioles (1) is elongated because of exogenous GFP-CPAP expression. Scale bar, 10 μm (LM), 2 μm (EM, low magnified image), 500 nm [magnified images of (a) and (d)), 200 nm (magnified images of (b) and (c)]."}
{"words": ["B", "-", "E", "Control", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "treated", "with", "siRNA", "targeting", "RBM14", "were", "cold", "-", "treated", "for", "30", "min", ",", "followed", "by", "30", "-", "60", "min", "incubation", "at", "37", "°", "C", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "(", "magenta", "in", "(", "B", ")", "and", "(", "D", ")", ")", "or", "γ", "-", "tubulin", "(", "magenta", "in", "(", "E", ")", ")", "as", "well", "as", "α", "-", "tubulin", "(", "green", ")", ".", "DNA", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "represent", "the", "percentages", "of", "mitotic", "cells", "showing", "the", "indicated", "phenotype", "at", "each", "time", "point", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "standard", "error", "of", "mean", "(", "SEM", ")", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-E Control U2OS cells or U2OS cells treated with siRNA targeting RBM14 were cold-treated for 30 min, followed by 30-60 min incubation at 37°C and stained with antibodies against centrin (magenta in (B) and (D)) or γ-tubulin (magenta in (E)) as well as α-tubulin (green). DNA is shown in blue. Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm. Histograms represent the percentages of mitotic cells showing the indicated phenotype at each time point. Values are mean percentages ± standard error of mean (SEM) from three independent experiments (n = 30 for each condition). *P < 0.05, **P < 0.01 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["A", "U2OS", "cells", "treated", "with", "RBM14", "siRNA", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "centrin", "-", "2", "(", "green", ")", "as", "well", "as", "HsSAS", "-", "6", "(", "magenta", ")", ".", "DNA", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Insets", "show", "approximately", "twofold", "magnified", "views", "of", "fluorescent", "foci", "around", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Histograms", "represent", "the", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "the", "indicated", "phenotype", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "60", "for", "each", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A U2OS cells treated with RBM14 siRNA and stained with antibodies against centrin-2 (green) as well as HsSAS-6 (magenta). DNA is shown in blue. Insets show approximately twofold magnified views of fluorescent foci around the centrosome. Scale bar, 5 μm. Histograms represent the frequency of mitotic cells with the indicated phenotype. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 60 for each condition)."}
{"words": ["B", "Control", "U2OS", "cells", "or", "U2OS", "cells", "treated", "with", "siRNA", "targeting", "RBM14", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "HsSAS", "-", "6", "as", "well", "as", "centrin", "-", "2", ".", "Immunofluorescence", "micrographs", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S6D", ".", "When", "we", "counted", "HsSAS", "-", "6", "foci", "in", "this", "paper", ",", "we", "only", "counted", "cells", "before", "metaphase", "/", "anaphase", "transition", "considering", "the", "disappearance", "of", "HsSAS", "-", "6", "from", "anaphase", "in", "mitosis", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "foci", "of", "the", "indicated", "proteins", "at", "spindle", "poles", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Control U2OS cells or U2OS cells treated with siRNA targeting RBM14 were stained with antibodies against HsSAS-6 as well as centrin-2. Immunofluorescence micrographs are shown in Supplementary Fig S6D. When we counted HsSAS-6 foci in this paper, we only counted cells before metaphase/anaphase transition considering the disappearance of HsSAS-6 from anaphase in mitosis. Histograms represent frequency of mitotic cells with excess foci of the indicated proteins at spindle poles. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). *P < 0.05 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["C", "U2OS", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "were", "stained", "with", "anti", "-", "α", "-", "tubulin", "antibodies", "and", "Hoechst", "33258", ".", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "the", "multipolar", "spindle", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C U2OS cells treated with the indicated siRNAs were stained with anti-α-tubulin antibodies and Hoechst 33258. Histograms represent frequency of mitotic cells with the multipolar spindle in the indicated conditions. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). *P < 0.05 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["D", "RBM14", "-", "depleted", "HeLa", "cells", "expressing", "GFP", "-", "centrin", "(", "green", ")", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "CP110", "(", "magenta", ")", "and", "HsSAS", "-", "6", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "μm", ".", "A", "representative", "stained", "procentriole", "-", "like", "structure", "as", "well", "as", "endogenous", "centrioles", "is", "shown", "together", "with", "a", "schematic", ".", "Histograms", "represent", "length", "between", "the", "centers", "of", "the", "foci", "of", "the", "indicated", "proteins", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "seven", "individual", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D RBM14-depleted HeLa cells expressing GFP-centrin (green) were stained with antibodies against CP110 (magenta) and HsSAS-6 (blue). Scale bar, 1 μm. A representative stained procentriole-like structure as well as endogenous centrioles is shown together with a schematic. Histograms represent length between the centers of the foci of the indicated proteins. Values are mean percentages ± SEM from seven individual cells."}
{"words": ["E", ",", "F", "Ectopic", "DsRed", "-", "centrin", "-", "2", "foci", "in", "RBM14", "-", "depleted", "cells", "recruit", "HsSAS", "-", "6", "-", "GFP", ".", "(", "E", ")", "Live", "imaging", "of", "RBM14", "-", "depleted", "U2OS", "cells", "expressing", "HsSAS", "-", "6", "-", "GFP", "(", "green", ")", "and", "DsRed", "-", "centrin", "-", "2", "(", "magenta", ")", ".", "Time", "is", "denoted", "in", "hh", ":", "min", ",", "and", "scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Time", "zero", "corresponds", "to", "the", "onset", "of", "recording", ".", "Pre", "-", "existing", "HsSAS", "-", "6", "-", "GFP", "foci", "(", "white", "arrowheads", ")", "and", "ectopic", "HsSAS", "-", "6", "-", "GFP", "focus", "(", "red", "arrowhead", ")", "were", "traced", "throughout", "the", "time", "-", "lapse", "recording", ".", "White", "broken", "lines", "represent", "cell", "shapes", ",", "and", "blue", "broken", "lines", "represent", "nuclear", "shapes", ".", "(", "F", ")", "Histograms", "represent", "the", "percentages", "of", "ectopic", "DsRed", "-", "centrin", "-", "2", "foci", "with", "HsSAS", "-", "6", "-", "GFP", "recruitment", "(", "n", "=", "69", "foci", "for", "control", ",", "and", "n", "=", "67", "foci", "for", "RBM14", "siRNA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "E, F Ectopic DsRed-centrin-2 foci in RBM14-depleted cells recruit HsSAS-6-GFP. (E) Live imaging of RBM14-depleted U2OS cells expressing HsSAS-6-GFP (green) and DsRed-centrin-2 (magenta). Time is denoted in hh:min, and scale bar is 10 μm. Time zero corresponds to the onset of recording. Pre-existing HsSAS-6-GFP foci (white arrowheads) and ectopic HsSAS-6-GFP focus (red arrowhead) were traced throughout the time-lapse recording. White broken lines represent cell shapes, and blue broken lines represent nuclear shapes. (F) Histograms represent the percentages of ectopic DsRed-centrin-2 foci with HsSAS-6-GFP recruitment (n = 69 foci for control, and n = 67 foci for RBM14 siRNA)."}
{"words": ["G", "Histograms", "represent", "frequency", "of", "mitotic", "cells", "with", "excess", "foci", "of", "HsSAS", "-", "6", "in", "the", "indicated", "conditions", ".", "In", "this", "experiment", ",", "cells", "were", "treated", "with", "double", "amount", "of", "RBM14", "siRNA", "(", "20", "pmol", ")", "compared", "to", "that", "in", "the", "other", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "percentages", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "30", "for", "each", "condition", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "one", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Histograms represent frequency of mitotic cells with excess foci of HsSAS-6 in the indicated conditions. In this experiment, cells were treated with double amount of RBM14 siRNA (20 pmol) compared to that in the other experiments. Values are mean percentages ± SEM from three independent experiments (n = 30 for each condition). *P < 0.05 (one-tailed t-test)."}
{"words": ["H", "HeLa", "cells", "expressing", "GFP", "-", "centrin", "(", "green", ")", "and", "RFP", "-", "H2B", "(", "magenta", ")", "and", "treated", "with", "RBM14", "siRNA", "were", "analyzed", "using", "Live", "CLEM", ".", "Pre", "-", "existing", "GFP", "-", "centrin", "foci", "(", "white", "arrowheads", ")", "and", "ectopic", "GFP", "-", "centrin", "foci", "(", "red", "arrowheads", ")", "were", "traced", "throughout", "the", "time", "-", "lapse", "recording", ".", "Z", "-", "stacked", "confocal", "images", "spanning", "the", "entire", "height", "of", "the", "cells", "(", "<", "30", "μm", ")", "are", "shown", "(", "upper", "panels", ")", ".", "Time", "is", "denoted", "in", "hh", ":", "min", ".", "Time", "zero", "corresponds", "to", "the", "onset", "of", "ectopic", "formation", "of", "GFP", "-", "centrin", "foci", ".", "The", "cells", "fixed", "after", "live", "imaging", "were", "also", "analyzed", "for", "confirming", "the", "local", "correlation", "between", "LM", "and", "EM", "images", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Red", "square", "(", "ectopically", "formed", "GFP", "-", "centrin", "foci", ")", "represents", "the", "region", "corresponding", "to", "that", "of", "the", "EM", "images", "acquired", "from", "serial", "sections", ".", "Note", "that", "ectopic", "GFP", "-", "centrin", "foci", "that", "form", "a", "spindle", "pole", "include", "not", "only", "electron", "-", "dense", "structures", "(", "1", ",", "3", ")", "but", "also", "a", "morphologically", "recognizable", "centriole", "-", "like", "structure", "(", "2", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "(", "live", "imaging", ")", "and", "500", "nm", "(", "EM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H HeLa cells expressing GFP-centrin (green) and RFP-H2B (magenta) and treated with RBM14 siRNA were analyzed using Live CLEM. Pre-existing GFP-centrin foci (white arrowheads) and ectopic GFP-centrin foci (red arrowheads) were traced throughout the time-lapse recording. Z-stacked confocal images spanning the entire height of the cells (< 30 μm) are shown (upper panels). Time is denoted in hh:min. Time zero corresponds to the onset of ectopic formation of GFP-centrin foci. The cells fixed after live imaging were also analyzed for confirming the local correlation between LM and EM images (lower panels). Red square (ectopically formed GFP-centrin foci) represents the region corresponding to that of the EM images acquired from serial sections. Note that ectopic GFP-centrin foci that form a spindle pole include not only electron-dense structures (1, 3) but also a morphologically recognizable centriole-like structure (2). Scale bars, 10 μm (live imaging) and 500 nm (EM)."}
{"words": ["(", "C", "-", "I", ")", "BMDMs", "were", "primed", "with", "LPS", "for", "4", "h", "and", "then", "treated", "with", "LicoB", "for", "1", "h", ",", "prior", "to", "stimulation", "with", "nigericin", "for", "45", "min", "or", "ATP", "for", "1", "h", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "(", "p45", ")", ",", "pro", "-", "IL", "-", "1β", ",", "NLRP3", ",", "and", "ASC", "(", "the", "arrow", "indicates", "ASC", "in", "the", "whole", "cell", "lysate", "(", "WCL", ")", ";", "activated", "caspase", "-", "1", "(", "p20", ")", "and", "cleaved", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "in", "the", "culture", "supernatants", "(", "SN", ")", "of", "BMDMs", "(", "C", ",", "G", ")", ".", "Caspase", "-", "1", "activity", "(", "D", ",", "H", ")", ",", "IL", "-", "1β", "secretion", "(", "E", ",", "I", ")", ",", "and", "LDH", "release", "(", "F", ",", "J", ")", "in", "the", "SN", "were", "measured", ".", "Coomassie", "Blue", "staining", "was", "used", "as", "the", "supernatant", "loading", "control", ",", "while", "lamin", "B", "was", "used", "as", "the", "lysate", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-I) BMDMs were primed with LPS for 4 h and then treated with LicoB for 1 h, prior to stimulation with nigericin for 45 min or ATP for 1 h. Western blot analyses of pro-caspase-1 (p45), pro-IL-1β, NLRP3, and ASC (the arrow indicates ASC in the whole cell lysate (WCL); activated caspase-1 (p20) and cleaved IL-1β (p17) in the culture supernatants (SN) of BMDMs (C, G). Caspase-1 activity (D, H), IL-1β secretion (E, I), and LDH release (F, J) in the SN were measured. Coomassie Blue staining was used as the supernatant loading control, while lamin B was used as the lysate loading control."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "BMDMs", "were", "primed", "with", "LPS", "and", "then", "treated", "with", "LicoB", "(", "20", "μΜ", ")", "for", "1", "h", ",", "followed", "by", "stimulation", "with", "nigericin", ",", "ATP", ",", "poly", "(", "I", ":", "C", ")", ",", "or", "MSU", ".", "Pam3CSK4", "-", "primed", "BMDMs", "were", "treated", "with", "LicoB", "(", "20", "μM", ")", "and", "then", "transfected", "with", "LPS", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "(", "p45", ")", ",", "pro", "-", "IL", "-", "1β", ",", "NLRP3", ",", "and", "ASC", "in", "the", "whole", "cell", "lysate", "(", "WCL", ")", ";", "and", "activated", "caspase", "-", "1", "(", "p20", ")", "and", "cleaved", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "in", "the", "culture", "supernatants", "(", "SN", ")", "of", "BMDMs", ".", "(", "A", ")", ".", "Caspase", "-", "1", "activity", "(", "B", ")", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "(", "C", ")", "in", "the", "SN", "were", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) BMDMs were primed with LPS and then treated with LicoB (20 μΜ) for 1 h, followed by stimulation with nigericin, ATP, poly (I:C), or MSU. Pam3CSK4-primed BMDMs were treated with LicoB (20 μM) and then transfected with LPS. Western blot analyses of pro-caspase-1 (p45), pro-IL-1β, NLRP3, and ASC in the whole cell lysate (WCL); and activated caspase-1 (p20) and cleaved IL-1β (p17) in the culture supernatants (SN) of BMDMs. (A). Caspase-1 activity (B) and IL-1β secretion (C) in the SN were measured."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "LPS", "-", "primed", "BMDMs", "were", "treated", "with", "LicoB", "(", "20", "μM", ")", "for", "1", "h", "and", "then", "stimulated", "with", "nigericin", "for", "45", "min", ",", "or", "poly", "(", "dA", ":", "dT", ")", "/", "Salmonella", "for", "6", "h", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "(", "p45", ")", ",", "pro", "-", "IL", "-", "1β", ",", "NLRP3", ",", "and", "ASC", "in", "the", "whole", "cell", "lysate", "(", "WCL", ")", ";", "and", "activated", "caspase", "-", "1", "(", "p20", ")", "and", "cleaved", "IL", "-", "1β", "(", "p17", ")", "in", "the", "culture", "supernatants", "(", "SN", ")", "of", "BMDMs", "(", "D", ")", ".", "Caspase", "-", "1", "activity", "(", "E", ")", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "(", "F", ")", "in", "the", "SN", "were", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) LPS-primed BMDMs were treated with LicoB (20 μM) for 1 h and then stimulated with nigericin for 45 min, or poly(dA:dT)/Salmonella for 6 h. Western blot analyses of pro-caspase-1 (p45), pro-IL-1β, NLRP3, and ASC in the whole cell lysate (WCL); and activated caspase-1 (p20) and cleaved IL-1β (p17) in the culture supernatants (SN) of BMDMs (D). Caspase-1 activity (E) and IL-1β secretion (F) in the SN were measured."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "LPS", "-", "primed", "BMDMs", "were", "pre", "-", "treated", "with", "the", "indicated", "dose", "of", "LicoB", "for", "1", "h", "and", "then", "stimulated", "with", "ATP", "for", "1", "h", ".", "Western", "blot", "analysis", "was", "used", "to", "detect", "cross", "-", "linked", "ASC", "in", "the", "Triton", "X", "-", "insoluble", "pellet", ",", "the", "arrow", "indicates", "ASC", "(", "A", ")", ".", "Caspase", "-", "1", "activity", "(", "B", ")", "and", "IL", "-", "1β", "secretion", "(", "C", ")", "in", "the", "SN", "were", "measured", "again", "to", "verify", "NLRP3", "activation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A-C) LPS-primed BMDMs were pre-treated with the indicated dose of LicoB for 1 h and then stimulated with ATP for 1 h. Western blot analysis was used to detect cross-linked ASC in the Triton X-insoluble pellet, the arrow indicates ASC (A). Caspase-1 activity (B) and IL-1β secretion (C) in the SN were measured again to verify NLRP3 activation."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "cross", "-", "linked", "ASC", "in", "the", "Triton", "X", "-", "insoluble", "pellet", "from", "LPS", "-", "primed", "BMDMs", "pre", "-", "treated", "with", "LicoB", "(", "20", "μM", ")", "or", "vehicle", "and", "then", "stimulated", "with", "nigericin", ",", "poly", "(", "dA", ":", "dT", ")", ",", "or", "Salmonella", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blot analysis of cross-linked ASC in the Triton X-insoluble pellet from LPS-primed BMDMs pre-treated with LicoB (20 μM) or vehicle and then stimulated with nigericin, poly (dA:dT), or Salmonella."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "protein", "in", "whole", "cell", "lysates", "(", "WCL", ")", "from", "BMDMs", "stimulated", "with", "LPS", "for", "3", "h", "and", "then", "treated", "with", "LicoB", "for", "1", "h", "(", "LicoB", "after", "LPS", ")", ",", "or", "BMDMs", "first", "treated", "with", "LicoB", "for", "1", "h", "and", "then", "stimulated", "with", "LPS", "for", "3", "h", "(", "LicoB", "before", "LPS", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis of protein in whole cell lysates (WCL) from BMDMs stimulated with LPS for 3 h and then treated with LicoB for 1 h (LicoB after LPS), or BMDMs first treated with LicoB for 1 h and then stimulated with LPS for 3 h (LicoB before LPS)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Cell", "lysates", "of", "LPS", "-", "primed", "BMDMs", "treated", "with", "/", "without", "nigericin", "were", "incubated", "with", "sepharose", "or", "LicoB", "-", "sepharose", ".", "The", "pull", "-", "down", "samples", "and", "input", "were", "analysed", "using", "Western", "blot", "analysis", ".", "(", "J", ")", "Cell", "lysates", "of", "LPS", "-", "primed", "BMDMs", "were", "incubated", "with", "sepharose", "or", "LicoB", "-", "sepharose", "in", "the", "presence", "of", "different", "concentrations", "of", "free", "LicoB", "(", "0", ".", "5", "mM", "and", "1", "mM", ")", ".", "The", "pull", "-", "down", "samples", "and", "input", "were", "analysed", "using", "Western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Cell lysates of LPS-primed BMDMs treated with/without nigericin were incubated with sepharose or LicoB-sepharose. The pull-down samples and input were analysed using Western blot analysis. (J) Cell lysates of LPS-primed BMDMs were incubated with sepharose or LicoB-sepharose in the presence of different concentrations of free LicoB (0.5 mM and 1 mM). The pull-down samples and input were analysed using Western blot."}
{"words": ["(", "K", ")", "HEK", "-", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "NLRP3", "or", "Flag", "-", "vector", "and", "then", "treated", "with", "LicoB", "(", "40", "μM", ")", ".", "Immunoprecipitation", "was", "performed", "with", "anti", "-", "DYKDDDDK", "(", "Flag", ")", "affinity", "gel", "agarose", "beads", ";", "Western", "blot", "analysis", "has", "been", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) HEK-293T cells were transfected with Flag-NLRP3 or Flag-vector and then treated with LicoB (40 μM). Immunoprecipitation was performed with anti-DYKDDDDK (Flag) affinity gel agarose beads; Western blot analysis has been shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Survival", "of", "WT", "mice", "pre", "-", "treated", "with", "vehicle", ",", "LicoB", "(", "20", "mg", "/", "kg", ")", ",", "LicoB", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", ",", "MCC950", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", ",", "or", "LicoB", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", "+", "MCC950", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", ",", "followed", "by", "i", ".", "p", ".", "injection", "with", "LPS", "(", "20", "mg", "/", "kg", ")", ";", "mice", "survival", "was", "monitored", "for", "72", "h", "(", "n", "=", "10", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Survival of WT mice pre-treated with vehicle, LicoB (20 mg/kg), LicoB (40 mg/kg), MCC950 (40 mg/kg), or LicoB (40 mg/kg) + MCC950 (40 mg/kg), followed by i.p. injection with LPS (20 mg/kg); mice survival was monitored for 72 h (n=10 mice per group)."}
{"words": ["C57BL", "/", "6", "mice", "received", "vehicle", "or", "LicoB", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", "for", "17", "consecutive", "doses", ",", "once", "every", "two", "days", "for", "34", "days", ".", "Following", "that", "treatment", ",", "the", "serum", "levels", "of", "ALT", "(", "H", ")", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C57BL/6 mice received vehicle or LicoB (40 mg/kg) for 17 consecutive doses, once every two days for 34 days. Following that treatment, the serum levels of ALT (H) (n=8 mice per group)."}
{"words": ["C57BL", "/", "6", "mice", "received", "vehicle", "or", "LicoB", "(", "40", "mg", "/", "kg", ")", "for", "17", "consecutive", "doses", ",", "once", "every", "two", "days", "for", "34", "days", ".", "Following", "that", "treatment", ",", "the", "serum", "levels", "of", "AST", "(", "I", ")", ",", "and", "CRE", "(", "J", ")", "were", "measured", ",", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C57BL/6 mice received vehicle or LicoB (40 mg/kg) for 17 consecutive doses, once every two days for 34 days. Following that treatment, the serum levels of AST (I), and CRE (J) were measured, (n=8 mice per group)."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Mice", "were", "pre", "-", "treated", "with", "LicoB", "or", "MCC950", "for", "1", "h", ",", "then", "i", ".", "p", ".", "injected", "with", "MSU", "(", "50", "mg", "/", "kg", ")", "and", "treated", "for", "6", "h", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ")", ".", "The", "levels", "of", "IL", "-", "1β", "in", "the", "peritoneal", "lavage", "fluid", "(", "A", ")", "and", "serum", "(", "B", ")", "were", "measured", "using", "ELISA", ".", "Quantification", "of", "peritoneal", "exudate", "cells", "(", "PECs", ")", "(", "C", ")", "and", "neutrophils", "(", "Ly6G", "and", "CD11b", ")", "(", "D", ")", "using", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) Mice were pre-treated with LicoB or MCC950 for 1 h, then i.p. injected with MSU (50 mg/kg) and treated for 6 h (n=6 mice per group). The levels of IL-1β in the peritoneal lavage fluid (A) and serum (B) were measured using ELISA. Quantification of peritoneal exudate cells (PECs) (C) and neutrophils (Ly6G and CD11b) (D) using flow cytometry."}
{"words": ["Under", "the", "same", "growth", "conditions", "(", "permitted", "water", ",", "free", "food", ",", "and", "a", "12", "h", "/", "12", "h", "dark", "/", "light", "cycle", "at", "20", "±", "2", "°", "C", ")", ",", "eight", "-", "week", "-", "old", "male", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "continuously", "fed", "with", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "supplemented", "(", "MCS", ")", "or", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "deficient", "(", "MCD", ")", "diets", "for", "6", "weeks", ",", "and", "at", "the", "same", "time", ",", "gavaged", "with", "LicoB", ",", "MCC950", ",", "or", "a", "combination", "of", "LicoB", "and", "MCC950", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", "(", "B", ",", "C", "(", "A", ")", "Representative", "liver", "section", "images", "stained", "with", "H", "&", "E", ",", "Sirius", "Red", ",", "and", "Masson", "'", "s", "trichrome", "stains", ".", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "cm", "(", "top", "row", ")", "and", "200", "μm", "(", "3", "bottom", "ows", ")", ".", "(", "B", ",", "C", ")", "The", "serum", "levels", "of", "ALT", "and", "AST", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", ")", "were", "measured", "using", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Under the same growth conditions (permitted water, free food, and a 12 h/12 h dark/light cycle at 20±2°C), eight-week-old male C57BL/6 mice were continuously fed with methionine- and choline-supplemented (MCS) or methionine- and choline-deficient (MCD) diets for 6 weeks, and at the same time, gavaged with LicoB, MCC950, or a combination of LicoB and MCC950 (n=8 mice per group (B, C (A) Representative liver section images stained with H&E, Sirius Red, and Masson's trichrome stains. Scale bar: 0.5 cm (top row) and 200 μm (3 bottom ows). (B, C) The serum levels of ALT and AST (n=8 mice per group) were measured using ELISA."}
{"words": ["Under", "the", "same", "growth", "conditions", "(", "permitted", "water", ",", "free", "food", ",", "and", "a", "12", "h", "/", "12", "h", "dark", "/", "light", "cycle", "at", "20", "±", "2", "°", "C", ")", ",", "eight", "-", "week", "-", "old", "male", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "continuously", "fed", "with", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "supplemented", "(", "MCS", ")", "or", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "deficient", "(", "MCD", ")", "diets", "for", "6", "weeks", ",", "and", "at", "the", "same", "time", ",", "gavaged", "with", "LicoB", ",", "MCC950", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", "Real", "-", "time", "quantitative", "PCR", "was", "used", "to", "detect", "the", "mRNA", "levels", "of", "Col1a1", "(", "E", ")", ",", "TNF", "-", "α", "(", "F", ")", "in", "the", "mice", "livers", ",", "as", "described", "in", "(", "A", ")", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Under the same growth conditions (permitted water, free food, and a 12 h/12 h dark/light cycle at 20±2°C), eight-week-old male C57BL/6 mice were continuously fed with methionine- and choline-supplemented (MCS) or methionine- and choline-deficient (MCD) diets for 6 weeks, and at the same time, gavaged with LicoB, MCC950 n=6 mice per group Real-time quantitative PCR was used to detect the mRNA levels of Col1a1 (E), TNF-α (F) in the mice livers, as described in (A) (n=6 mice per group)."}
{"words": ["Under", "the", "same", "growth", "conditions", "(", "permitted", "water", ",", "free", "food", ",", "and", "a", "12", "h", "/", "12", "h", "dark", "/", "light", "cycle", "at", "20", "±", "2", "°", "C", ")", ",", "eight", "-", "week", "-", "old", "male", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "continuously", "fed", "with", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "supplemented", "(", "MCS", ")", "or", "methionine", "-", "and", "choline", "-", "deficient", "(", "MCD", ")", "diets", "for", "6", "weeks", ",", "and", "at", "the", "same", "time", ",", "gavaged", "with", "LicoB", ",", "MCC950", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", "Real", "-", "time", "quantitative", "PCR", "was", "used", "to", "detect", "the", "mRNA", "levels", "of", "IL", "-", "1β", "(", "G", ")", ",", "and", "IL", "-", "18", "(", "H", ")", "in", "the", "mice", "livers", ",", "as", "described", "in", "(", "A", ")", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Under the same growth conditions (permitted water, free food, and a 12 h/12 h dark/light cycle at 20±2°C), eight-week-old male C57BL/6 mice were continuously fed with methionine- and choline-supplemented (MCS) or methionine- and choline-deficient (MCD) diets for 6 weeks, and at the same time, gavaged with LicoB, MCC950 n=6 mice per group Real-time quantitative PCR was used to detect the mRNA levels of IL-1β (G), and IL-18 (H) in the mice livers, as described in (A) (n=6 mice per group)."}
{"words": ["A", ".", "Flow", "cytometry", "of", "cells", "isolated", "from", "heart", "tissue", "when", "scaled", "against", "TMRM", "staining", "and", "also", "FSC", "and", "SSC", "parameters", "of", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Flow cytometry of cells isolated from heart tissue when scaled against TMRM staining and also FSC and SSC parameters of flow cytometry."}
{"words": ["B", ".", "Cardiac", "troponin", "I", "(", "cTnI", ")", "and", "α", "-", "Sarcomeric", "actinin", "(", "α", "-", "SA", ")", "staining", "of", "the", "TMRM", "+", "+", "population", "(", "CMs", ")", "and", "Vimentin", "staining", "of", "the", "TMRM", "+", "population", "(", "NCs", ")", ".", "The", "scale", "bar", "represents", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Cardiac troponin I (cTnI) and α-Sarcomeric actinin (α-SA) staining of the TMRM++ population (CMs) and Vimentin staining of the TMRM+ population (NCs). The scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["D", ".", "EGFP", "expression", "in", "iPSC", "-", "like", "colonies", "derived", "from", "CMs", "or", "NCs", "isolated", "from", "triple", "transgenic", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. EGFP expression in iPSC-like colonies derived from CMs or NCs isolated from triple transgenic mice."}
{"words": ["E", ".", "EGFP", "expression", "combined", "with", "immunofluorescence", "staining", "of", "SSEA", "-", "1", "and", "DAPI", "of", "iPSC", "-", "like", "colonies", "derived", "from", "CMs", "isolated", "from", "triple", "transgenic", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. EGFP expression combined with immunofluorescence staining of SSEA-1 and DAPI of iPSC-like colonies derived from CMs isolated from triple transgenic mice."}
{"words": ["F", ".", "Morphological", "changes", "of", "isolated", "CMs", "and", "NCs", "at", "different", "time", "points", "before", "AP", "positive", "colony", "formation", "at", "day", "6", ".", "The", "scale", "bar", "represents", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Morphological changes of isolated CMs and NCs at different time points before AP positive colony formation at day 6. The scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["A", ".", "Gene", "profiling", "of", "CM", "and", "NC", "at", "D0", "-", "D6", "as", "shown", "clustered", "into", "8", "categories", ".", "Red", "indicates", "up", "-", "regulated", "genes", "while", "green", "indicates", "down", "-", "regulated", "genes", "(", "n", "=", "3", ",", "n", "=", "2", "for", "NC", "-", "D6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Gene profiling of CM and NC at D0-D6 as shown clustered into 8 categories. Red indicates up-regulated genes while green indicates down-regulated genes (n=3, n=2 for NC-D6)."}
{"words": ["B", ".", "Expression", "patterns", "of", "all", "genes", "per", "cluster", "by", "grey", "lines", ".", "Black", "line", "shows", "the", "mean", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Expression patterns of all genes per cluster by grey lines. Black line shows the mean value."}
{"words": ["D", ".", "Correlative", "analysis", "representing", "the", "relationships", "between", "CM", "and", "NC", "reprogramming", "specifically", "at", "days", "2", ",", "4", "and", "6", ".", "Red", "indicates", "closely", "related", "groups", ",", "while", "green", "indicates", "significantly", "different", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Correlative analysis representing the relationships between CM and NC reprogramming specifically at days 2, 4 and 6. Red indicates closely related groups, while green indicates significantly different groups."}
{"words": ["A", ".", "RNA", "expression", "ratio", "(", "D2", "-", "to", "-", "D0", ")", "of", "candidates", "selected", "from", "day", "2", "microarray", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. RNA expression ratio (D2-to-D0) of candidates selected from day 2 microarray data."}
{"words": ["C", ".", "Ki67", ",", "α", "-", "MHC", ",", "and", "DAPI", "staining", "and", "quantification", "of", "CMs", "treated", "with", "control", "(", "Ctrl", ")", ",", "or", "combinations", "of", "a", "FoxM1", "up", "-", "regulation", "adenovirus", "(", "F", ")", ",", "Id1", "up", "-", "regulation", "adenovirus", "(", "I", ")", ",", "Hmgb2", "up", "-", "regulation", "adenovirus", "(", "H", ")", "or", "a", "small", "molecule", "Jnk3", "inhibitor", "(", "Ji", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Ki67, α-MHC, and DAPI staining and quantification of CMs treated with control (Ctrl), or combinations of a FoxM1 up-regulation adenovirus (F), Id1 up-regulation adenovirus (I), Hmgb2 up-regulation adenovirus (H) or a small molecule Jnk3 inhibitor (Ji)."}
{"words": ["D", ".", "Ki67", ",", "α", "-", "MHC", ",", "and", "DAPI", "staining", "and", "quantification", "of", "CMs", "treated", "with", "Ctrl", "or", "combination", "of", "FI", "with", "Jnk3", "-", "shRNAs", "in", "place", "of", "the", "small", "molecule", "(", "Ji", ")", ".", "The", "arrow", "head", "indicates", "Ki67", "+", "/", "α", "-", "MHC", "+", "proliferated", "CMs", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Ki67, α-MHC, and DAPI staining and quantification of CMs treated with Ctrl or combination of FI with Jnk3-shRNAs in place of the small molecule (Ji). The arrow head indicates Ki67+/α-MHC+ proliferated CMs."}
{"words": ["E", ".", "Morphology", "and", "quantification", "of", "FIJs", "-", "treated", "CMs", "undergoing", "cytokinesis", "by", "H3P", "and", "Aurora", "kinase", "B", "(", "AURKB", ")", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "E. Morphology and quantification of FIJs-treated CMs undergoing cytokinesis by H3P and Aurora kinase B (AURKB) staining."}
{"words": ["G", ".", "RNA", "expression", "ratio", "of", "Oct4", ",", "FoxM1", ",", "Id1", ",", "or", "Jnk3", "in", "doxycycline", "-", "injected", "versus", "control", "adult", "CMs", "isolated", "from", "reprogrammable", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. RNA expression ratio of Oct4, FoxM1, Id1, or Jnk3 in doxycycline-injected versus control adult CMs isolated from reprogrammable mice."}
{"words": ["H", ".", "Immunofluorescence", "of", "H3P", "and", "cTnI", "and", "quantification", "of", "the", "heart", "tissue", "sections", "from", "control", "or", "doxycycline", "injected", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "H. Immunofluorescence of H3P and cTnI and quantification of the heart tissue sections from control or doxycycline injected mice."}
{"words": ["B", ".", "The", "size", "of", "hearts", "isolated", "from", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", ";", "heart", "/", "body", "weight", "ratio", "of", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. The size of hearts isolated from Ctrl or FIJs-treated mice; heart/body weight ratio of Ctrl or FIJs-treated mice."}
{"words": ["C", ".", "H3P", ",", "cTnI", ",", "and", "DAPI", "staining", "and", "quantification", "of", "heart", "tissues", "in", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", ".", "The", "arrowhead", "indicates", "H3P", "+", "/", "cTnI", "+", "proliferated", "CMs", "and", "the", "scale", "bar", "represents", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. H3P, cTnI, and DAPI staining and quantification of heart tissues in Ctrl or FIJs-treated mice. The arrowhead indicates H3P+/cTnI+ proliferated CMs and the scale bar represents 50 µm."}
{"words": ["E", ".", "Immunofluorescence", "of", "H3P", "and", "cTnI", "and", "quantification", "of", "the", "heart", "tissue", "sections", "from", "adeno", "-", "Ctrl", "or", "adeno", "-", "FIJs", "injected", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Immunofluorescence of H3P and cTnI and quantification of the heart tissue sections from adeno-Ctrl or adeno-FIJs injected mice."}
{"words": ["F", ".", "Quantification", "of", "BrdU", "+", "/", "EGFP", "+", "population", "%", "in", "isolated", "CMs", "from", "adeno", "-", "Ctrl", "or", "adeno", "-", "FIJs", "injected", "M", "/", "Z", "mice", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Quantification of BrdU+/EGFP+ population % in isolated CMs from adeno-Ctrl or adeno-FIJs injected M/Z mice by flow cytometry."}
{"words": ["B", ".", "RNA", "expressional", "changes", "of", "FoxM1", ",", "Id1", ",", "and", "Jnk3", "after", "adeno", "-", "Ctrl", "or", "adeno", "-", "FIJs", "treatment", "after", "MI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. RNA expressional changes of FoxM1, Id1, and Jnk3 after adeno-Ctrl or adeno-FIJs treatment after MI."}
{"words": ["C", ".", "Immunofluorescence", "staining", "of", "BrdU", "or", "H3P", "and", "cTnI", "or", "EGFP", "and", "quantification", "in", "the", "heart", "tissues", "after", "MI", ".", "The", "arrow", "head", "indicates", "cTnI", "+", "/", "BrdU", "+", ",", "cTnI", "+", "/", "H3P", "+", "or", "EGFP", "+", "/", "BrdU", "+", ",", "EGFP", "+", "/", "H3P", "+", "proliferated", "CMs", ".", "The", "scale", "bar", "represents", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Immunofluorescence staining of BrdU or H3P and cTnI or EGFP and quantification in the heart tissues after MI. The arrow head indicates cTnI+/BrdU+, cTnI+/H3P+ or EGFP+/BrdU+, EGFP+/H3P+proliferated CMs. The scale bar represents 50 µm."}
{"words": ["D", ".", "Ejection", "fraction", "and", "fraction", "shortening", "percentage", "in", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", "21", "days", "post", "-", "MI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Ejection fraction and fraction shortening percentage in Ctrl or FIJs-treated mice 21 days post-MI."}
{"words": ["E", ".", "Catheterization", "in", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", "21", "days", "post", "-", "MI", "under", "baseline", "or", "inferior", "vena", "cava", "occlusion", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Catheterization in Ctrl or FIJs-treated mice 21 days post-MI under baseline or inferior vena cava occlusion condition."}
{"words": ["F", ".", "Trichrome", "staining", "and", "quantification", "showing", "percentage", "of", "fibrotic", "tissue", "(", "blue", ")", "in", "Ctrl", "or", "FIJs", "-", "treated", "mice", "21", "days", "after", "MI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Trichrome staining and quantification showing percentage of fibrotic tissue (blue) in Ctrl or FIJs-treated mice 21 days after MI."}
{"words": ["A", ".", "RNA", "expression", "of", "mitosis", "checkpoint", "genes", "in", "CMs", "with", "FoxM1", "or", "Id1", "overexpression", ",", "Jnk3", "-", "shRNA", ",", "or", "combined", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. RNA expression of mitosis checkpoint genes in CMs with FoxM1 or Id1 overexpression, Jnk3-shRNA, or combined treatment."}
{"words": ["B", ".", "Transcriptional", "expression", "of", "cyclin", "-", "dependent", "kinases", "in", "FoxM1", "or", "Id1", "up", "-", "regulated", ",", "Jnk3", "down", "-", "regulated", ",", "or", "combined", "treated", "CMs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Transcriptional expression of cyclin-dependent kinases in FoxM1 or Id1 up-regulated, Jnk3 down-regulated, or combined treated CMs."}
{"words": ["C", ".", "Real", "-", "time", "RT", "-", "PCR", "analysis", "of", "CDK", "inhibitor", "expression", "in", "CMs", "with", "FoxM1", "or", "Id1", "overexpression", ",", "Jnk3", "-", "shRNA", "or", "combined", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Real-time RT-PCR analysis of CDK inhibitor expression in CMs with FoxM1 or Id1 overexpression, Jnk3-shRNA or combined treatment."}
{"words": ["a", ",", "Starvation", "(", "3", "h", ")", "-", "induced", "autophagy", "results", "in", "a", "downregulation", "of", "H4K16ac", "in", "histone", "extracts", "of", "MEF", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Starvation (3 h)-induced autophagy results in a downregulation of H4K16ac in histone extracts of MEF cells."}
{"words": ["b", ",", "Upon", "rapamycin", "treatment", "(", "300", "nM", ")", "LC3", "conversion", "and", "downregulation", "of", "H4K16ac", "are", "observed", "in", "WT", "MEF", "cells", "but", "not", "in", "the", "autophagy", "-", "deficient", "atg5", "−", "/", "−", "and", "atg7", "−", "/", "−", "MEF", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, Upon rapamycin treatment (300 nM) LC3 conversion and downregulation of H4K16ac are observed in WT MEF cells but not in the autophagy-deficient atg5−/− and atg7−/− MEF cells."}
{"words": ["c", ",", "Rapamycin", "treatment", "increased", "the", "LC3", "-", "II", "/", "LC3", "-", "I", "ratio", "and", "promoted", "H4K16ac", "decrease", "in", "sirt1", "−", "/", "−", "and", "WT", "MEF", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Rapamycin treatment increased the LC3-II/LC3-I ratio and promoted H4K16ac decrease in sirt1−/− and WT MEF cells."}
{"words": ["d", ",", "Rapamycin", "-", "induced", "autophagy", "led", "to", "downregulation", "of", "H4K16ac", "at", "48", "h", "in", "histone", "extracts", "of", "HeLa", "and", "U20S", "cells", ",", "and", "after", "6", "h", "in", "U1810", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Rapamycin-induced autophagy led to downregulation of H4K16ac at 48 h in histone extracts of HeLa and U20S cells, and after 6 h in U1810 cells."}
{"words": ["e", ",", "Quantification", "of", "H4K16", "acetylation", "by", "immunoblotting", "is", "depicted", "for", "rapamycin", "-", "treated", "cells", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "(", "n", "=", "3", "-", "5", ")", ";", "*", "P", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Quantification of H4K16 acetylation by immunoblotting is depicted for rapamycin-treated cells. Data are expressed as mean ± s.e.m. (n = 3-5); *P 0.05; **P 0.01."}
{"words": ["Rapamycin", "treatment", "(", "48", "h", ")", "promoted", "the", "downregulation", "of", "the", "H4K16", "histone", "acetyltransferase", "hMOF", "expression", "level", "in", "MEF", "(", "a", ")"], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rapamycin treatment (48 h) promoted the downregulation of the H4K16 histone acetyltransferase hMOF expression level in MEF (a)"}
{"words": ["Rapamycin", "treatment", "(", "48", "h", ")", "promoted", "the", "downregulation", "of", "the", "H4K16", "histone", "acetyltransferase", "hMOF", "expression", "level", "in", "transfected", "HeLa", "cells", "(", "b", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rapamycin treatment (48 h) promoted the downregulation of the H4K16 histone acetyltransferase hMOF expression level in transfected HeLa cells (b)."}
{"words": ["VPA", "(", "1", " ", "mM", ")", "treatment", "counteracted", "rapamycin", "-", "induced", "H4K16ac", "downregulation", "(", "c", ")", "and", "decreased", "the", "LC3", "ratio", "(", "d", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "VPA (1 mM) treatment counteracted rapamycin-induced H4K16ac downregulation (c) and decreased the LC3 ratio (d)."}
{"words": ["e", ",", "Co", "-", "treatment", "with", "chloroquine", "(", "CQ", ",", "10", " ", "µM", ")", "showed", "that", "the", "decrease", "in", "LC3", "ratio", "was", "a", "result", "of", "an", "increase", "in", "autophagic", "flux", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Co-treatment with chloroquine (CQ, 10 µM) showed that the decrease in LC3 ratio was a result of an increase in autophagic flux."}
{"words": ["f", ",", "Inhibition", "of", "autophagy", "by", "CQ", "after", "hMOF", "overexpression", "shows", "that", "hMOF", "does", "not", "inhibit", "autophagic", "flux", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "f, Inhibition of autophagy by CQ after hMOF overexpression shows that hMOF does not inhibit autophagic flux."}
{"words": ["g", ",", "The", "yeast", "homologue", "of", "hMOF", ",", "Sas2", ",", "tagged", "with", "3", "×", "HA", "showed", "a", "complete", "disappearance", "of", "HA", "signal", "upon", "autophagy", "induction", "after", "3", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, The yeast homologue of hMOF, Sas2, tagged with 3× HA showed a complete disappearance of HA signal upon autophagy induction after 3 h."}
{"words": ["h", ",", "Overexpression", "of", "Sas2", "repressed", "the", "downregulation", "of", "H4K16ac", "upon", "rapamycin", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0], "text": "h, Overexpression of Sas2 repressed the downregulation of H4K16ac upon rapamycin treatment."}
{"words": ["a", ",", "VPA", "increases", "the", "autophagic", "flux", "in", "rapamycin", "-", "treated", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "mRFP", "-", "GFP", "-", "LC3", "tandem", "reporter", "construct", "which", "allows", "distinction", "between", "autophagosomes", "(", "GFP", "+", "/", "RFP", "+", "yellow", "puncta", ")", "and", "autolysosomes", "(", "GFP", "−", "/", "RFP", "+", "red", "puncta", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, VPA increases the autophagic flux in rapamycin-treated HeLa cells transfected with the mRFP-GFP-LC3 tandem reporter construct which allows distinction between autophagosomes (GFP+/RFP+ yellow puncta) and autolysosomes (GFP−/RFP+ red puncta)."}
{"words": ["b", ",", "Confocal", "microscopy", "image", "of", "a", "cell", "treated", "with", "rapamycin", "and", "VPA", "depicting", "a", "high", "ratio", "of", "red", "to", "green", "LC3", "puncta", "indicating", "an", "increase", "in", "autophagic", "flux", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, Confocal microscopy image of a cell treated with rapamycin and VPA depicting a high ratio of red to green LC3 puncta indicating an increase in autophagic flux."}
{"words": ["c", ",", "Co", "-", "treatment", "with", "VPA", "and", "rapamycin", "led", "to", "increased", "cell", "death", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Co-treatment with VPA and rapamycin led to increased cell death."}
{"words": ["d", ",", "Co", "-", "treatment", "with", "CQ", "abrogated", "VPA", " ", "+", " ", "rapamycin", "-", "induced", "cell", "death", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Co-treatment with CQ abrogated VPA + rapamycin-induced cell death."}
{"words": ["e", ",", "f", ",", "Increasing", "H4K16ac", "levels", "by", "either", "overexpression", "of", "hMOF", ",", "inhibition", "of", "SIRT1", "by", "siRNA", "or", "the", "chemical", "inhibitor", "Ex527", "promoted", "cell", "death", "upon", "rapamycin", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "e, f, Increasing H4K16ac levels by either overexpression of hMOF, inhibition of SIRT1 by siRNA or the chemical inhibitor Ex527 promoted cell death upon rapamycin treatment."}
{"words": ["Co", "-", "treatment", "with", "the", "autophagy", "inhibitor", "bafilomycin", "A1", "(", "BafA", ",", "40", " ", "nM", ")", "(", "g", ")", "or", "3", "-", "methyladenine", "(", "3MA", ",", "5", " ", "mM", ")", "(", "h", ")", "abrogated", "VPA", " ", "+", " ", "rapamycin", "-", "induced", "cell", "death", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-treatment with the autophagy inhibitor bafilomycin A1 (BafA, 40 nM) (g) or 3-methyladenine (3MA, 5 mM) (h) abrogated VPA + rapamycin-induced cell death."}
{"words": ["Treatment", "of", "HeLa", "cells", "upon", "amino", "-", "acid", "starvation", "with", "VPA", "induced", "cell", "death", "(", "i", ")", ",", "which", "was", "rescued", "when", "cells", "were", "co", "-", "treated", "with", "CQ", "(", "j", ")", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", " ", "±", " ", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Treatment of HeLa cells upon amino-acid starvation with VPA induced cell death (i), which was rescued when cells were co-treated with CQ (j). Data are expressed as mean ± s.e.m. (n = 3)."}
{"words": ["Male", "mice", ",", "housed", "at", "30", "°", "C", "or", "6", "°", "C", "for", "10", "days", ",", "were", "intraperitoneally", "(", "IP", ")", "administered", "with", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "(", "2", "g", "/", "kg", ")", ".", "15", "minutes", "after", "injection", ",", "BAT", "was", "harvested", "for", "metabolic", "enrichment", "assay", ".", "(", "A", ")", "m", "+", "6", "glucose", "enrichment", "in", "serum", "and", "BAT", ".", "(", "B", ")", "relative", "glucose", "abundance", "in", "serum", "and", "BAT", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Male mice, housed at 30°C or 6°C for 10 days, were intraperitoneally (IP) administered with [U-13C]glucose (2 g/kg). 15 minutes after injection, BAT was harvested for metabolic enrichment assay. (A) m+6 glucose enrichment in serum and BAT. (B) relative glucose abundance in serum and BAT."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Metabolic", "13C", "enrichments", "in", "BAT", "of", "male", "mice", "are", "shown", "as", "m", "+", "3", "glycolytic", "intermediates", "(", "D", ")", ",", "m", "+", "2", "TCA", "cycle", "intermediates", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D,E) Metabolic 13C enrichments in BAT of male mice are shown as m+3 glycolytic intermediates (D), m+2 TCA cycle intermediates (E)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "shows", "UCP1", "(", "green", ")", ",", "perilipin", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "in", "sWAT", "of", "mice", "housed", "at", "6", "°", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative immunofluorescence staining shows UCP1 (green), perilipin (red) and DAPI (blue) in sWAT of mice housed at 6°C."}
{"words": ["(", "B", "-", "G", ")", "Male", "mice", ",", "housed", "at", "30", "°", "C", "or", "6", "°", "C", "for", "10", "days", ",", "were", "administered", "with", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "(", "2", "g", "/", "kg", ",", "IP", ")", ".", "15", "minutes", "after", "injection", ",", "sWAT", "and", "gWAT", "were", "harvested", "for", "metabolic", "enrichment", "assay", ".", "Metabolic", "13C", "enrichments", "in", "sWAT", "of", "male", "mice", "are", "shown", "as", "m", "+", "6", "glucose", "(", "B", ")", ",", "m", "+", "3", "glycolytic", "intermediates", "(", "C", ")", ",", "and", "m", "+", "2", "TCA", "cycle", "intermediates", "(", "D", ")", ".", "Metabolic", "13C", "enrichments", "in", "gWAT", "of", "male", "mice", "are", "shown", "as", "m", "+", "6", "glucose", "(", "E", ")", ",", "m", "+", "3", "glycolysis", "intermediates", "(", "F", ")", ",", "and", "m", "+", "2", "TCA", "cycle", "intermediates", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-G) Male mice, housed at 30°C or 6°C for 10 days, were administered with [U-13C]glucose (2 g/kg, IP). 15 minutes after injection, sWAT and gWAT were harvested for metabolic enrichment assay. Metabolic 13C enrichments in sWAT of male mice are shown as m+6 glucose (B), m+3 glycolytic intermediates (C), and m+2 TCA cycle intermediates (D). Metabolic 13C enrichments in gWAT of male mice are shown as m+6 glucose (E), m+3 glycolysis intermediates (F), and m+2 TCA cycle intermediates (G)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Plasma", "13CO2", "enrichment", ",", "after", "normalizing", "to", "the", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "tracer", "enrichment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(H) Plasma 13CO2 enrichment, after normalizing to the [U-13C]glucose tracer enrichment."}
{"words": ["Mouse", "brown", "adipocytes", "were", "differentiated", "from", "the", "freshly", "isolated", "cells", "in", "the", "stromal", "vascular", "fractions", "(", "SVF", ")", "of", "the", "interscapular", "BAT", ".", "(", "A", ")", "Upper", ":", "Oil", "red", "staining", "of", "the", "cells", "during", "differentiation", ".", "Lower", ":", "Relative", "mRNA", "levels", "of", "brown", "adipocyte", "markers", "were", "measured", "by", "qPCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse brown adipocytes were differentiated from the freshly isolated cells in the stromal vascular fractions (SVF) of the interscapular BAT. (A) Upper: Oil red staining of the cells during differentiation. Lower: Relative mRNA levels of brown adipocyte markers were measured by qPCR. "}
{"words": ["Mouse", "brown", "adipocytes", "were", "differentiated", "from", "the", "freshly", "isolated", "cells", "in", "the", "stromal", "vascular", "fractions", "(", "SVF", ")", "of", "the", "interscapular", "BAT", ".", "(", "B", ")", "Glycolytic", "intermediates", "were", "analyzed", "by", "GC", "/", "MS", ",", "after", "cultured", "with", "medium", "containing", "10", "mM", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "for", "2", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse brown adipocytes were differentiated from the freshly isolated cells in the stromal vascular fractions (SVF) of the interscapular BAT. (B) Glycolytic intermediates were analyzed by GC/MS, after cultured with medium containing 10 mM [U-13C]glucose for 2 hours."}
{"words": ["Mouse", "brown", "adipocytes", "were", "differentiated", "from", "the", "freshly", "isolated", "cells", "in", "the", "stromal", "vascular", "fractions", "(", "SVF", ")", "of", "the", "interscapular", "BAT", ".", "(", "C", ")", "TCA", "cycle", "intermediates", "were", "analyzed", "by", "GC", "/", "MS", ",", "after", "cultured", "with", "medium", "containing", "10", "mM", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "for", "2", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Mouse brown adipocytes were differentiated from the freshly isolated cells in the stromal vascular fractions (SVF) of the interscapular BAT. (C) TCA cycle intermediates were analyzed by GC/MS, after cultured with medium containing 10 mM [U-13C]glucose for 2 hours."}
{"words": ["(", "A", ")", "Fully", "differentiated", "brown", "adipocytes", "were", "treated", "with", "β3", "-", "AR", "agonist", "CL316", ",", "243", "(", "10", "µM", ")", ".", "Relative", "mRNA", "levels", "of", "thermogenic", "markers", "were", "measured", "by", "qPCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Fully differentiated brown adipocytes were treated with β3-AR agonist CL316,243 (10 µM). Relative mRNA levels of thermogenic markers were measured by qPCR."}
{"words": ["(", "B", ")", "Pyruvate", "and", "lactate", "enrichment", "were", "analyzed", "by", "GC", "/", "MS", ",", "after", "cultured", "with", "medium", "containing", "10", "mM", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "and", "10", "µM", "CL316", ",", "243", "for", "2", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Pyruvate and lactate enrichment were analyzed by GC/MS, after cultured with medium containing 10 mM [U-13C]glucose and 10 µM CL316,243 for 2 hours."}
{"words": ["(", "C", ")", "Citrate", "and", "malate", "enrichment", "were", "analyzed", "by", "GC", "/", "MS", ",", "after", "cultured", "with", "medium", "containing", "10", "mM", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "and", "10", "µM", "CL316", ",", "243", "for", "2", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Citrate and malate enrichment were analyzed by GC/MS, after cultured with medium containing 10 mM [U-13C]glucose and 10 µM CL316,243 for 2 hours."}
{"words": ["(", "A", ")", "oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", "of", "mouse", "brown", "adipocytes", "treated", "with", "MPC", "inhibitor", "CHC", "(", "2", "mM", ")", "or", "UK5099", "(", "2", "µM", ")", ",", "n", "=", "6", "-", "7", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) oxygen consumption rate (OCR) of mouse brown adipocytes treated with MPC inhibitor CHC (2 mM) or UK5099 (2 µM), n=6-7 biological repeats."}
{"words": ["(", "B", ")", "Differentiated", "mouse", "brown", "adipocytes", "were", "pre", "-", "treated", "with", "β3", "-", "AR", "agonist", "CL316", ",", "243", "for", "4", "hours", ",", "before", "cultured", "with", "medium", "containing", "10", "mM", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "for", "2", "hours", "with", "CHC", "or", "UK5099", ".", "Metabolic", "13C", "enrichments", "in", "brown", "adipocytes", "were", "shown", "as", "m", "+", "3", "glycolytic", "intermediates", ",", "m", "+", "2", "and", "m", "+", "3", "TCA", "cycle", "intermediates", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Differentiated mouse brown adipocytes were pre-treated with β3-AR agonist CL316,243 for 4 hours, before cultured with medium containing 10 mM [U-13C]glucose for 2 hours with CHC or UK5099. Metabolic 13C enrichments in brown adipocytes were shown as m+3 glycolytic intermediates, m+2 and m+3 TCA cycle intermediates, n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "After", "housed", "at", "6", "°", "C", "for", "10", "days", ",", "mice", "were", "IP", "injected", "with", "PBS", "or", "CHC", "(", "500", "mg", "/", "kg", ")", ".", "30", "minutes", "after", "CHC", "treatment", ",", "mice", "were", "IP", "administered", "with", "[", "U", "-", "13C", "]", "glucose", "(", "2", "g", "/", "kg", ")", ".", "Metabolic", "13C", "enrichments", "in", "BAT", "of", "male", "mice", "are", "shown", "as", "m", "+", "3", "glycolytic", "intermediates", ",", "m", "+", "2", "and", "m", "+", "3", "TCA", "cycle", "intermediates", ",", "n", "=", "7", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) After housed at 6°C for 10 days, mice were IP injected with PBS or CHC (500 mg/kg). 30 minutes after CHC treatment, mice were IP administered with [U-13C]glucose (2 g/kg). Metabolic 13C enrichments in BAT of male mice are shown as m+3 glycolytic intermediates, m+2 and m+3 TCA cycle intermediates, n=7."}
{"words": ["(", "D", ")", "Body", "temperature", "of", "the", "CHC", "(", "left", ":", "400", "mg", "/", "kg", ",", "n", "=", "5", ")", "and", "(", "right", ":", "500", "mg", "/", "kg", ",", "n", "=", "7", ")", "treated", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Body temperature of the CHC (left: 400 mg/kg, n=5) and (right: 500 mg/kg, n=7) treated mice."}
{"words": ["A", ",", "Unsupervised", "cluster", "analysis", "of", "patients", "with", "cutaneous", "malignant", "melanoma", "based", "on", "global", "gene", "expression", "(", "RNA", "-", "seq", ")", "in", "metastases", "(", "n", "=", "367", ")", ".", "Partitioning", "around", "medoids", "clustering", "algorithm", "was", "used", "(", "k", "=", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Unsupervised cluster analysis of patients with cutaneous malignant melanoma based on global gene expression (RNA-seq) in metastases (n=367). Partitioning around medoids clustering algorithm was used (k=2)."}
{"words": ["B", ",", "Heat", "-", "map", "displaying", "the", "expression", "of", "bromodomain", "genes", "in", "metastases", "from", "patients", "with", "cutaneous", "malignant", "melanoma", "(", "n", "=", "367", ")", ".", "BRD4", ",", "SMARCA4", ",", "TRIM28", "and", "BRPF1", "are", "highlighted", "by", "a", "black", "bar", ".", "Gene", "expression", "is", "represented", "by", "z", "-", "score", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Heat-map displaying the expression of bromodomain genes in metastases from patients with cutaneous malignant melanoma (n=367). BRD4, SMARCA4, TRIM28 and BRPF1 are highlighted by a black bar. Gene expression is represented by z-score."}
{"words": ["C", ",", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "of", "overall", "survival", "of", "patients", "with", "stage", "III", "melanoma", "in", "cluster", "C1", "(", "median", "survival", "79", ".", "5", "months", ")", "and", "C2", "(", "median", "survival", "25", ".", "9", "months", ")", ",", "and", "of", "patients", "with", "stage", "III", "melanoma", "with", "high", "(", "median", "survival", "61", ".", "5", "months", ")", "or", "low", "(", "median", "survival", "107", "months", ")", "TRIM28", "expression", ".", "The", "log", "-", "rank", "test", "was", "used", "for", "statistical", "testing", "of", "survival", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Kaplan-Meier analysis of overall survival of patients with stage III melanoma in cluster C1 (median survival 79.5 months) and C2 (median survival 25.9 months), and of patients with stage III melanoma with high (median survival 61.5 months) or low (median survival 107 months) TRIM28 expression. The log-rank test was used for statistical testing of survival data."}
{"words": ["C", ",", "GSEA", "plot", "of", "RAS", "signature", "genes", "in", "in", "TRIM28high", "and", "TRIM28low", "metastatic", "tumors", "(", "n", "=", "367", ")", ",", "and", "in", "A375", "cells", "transduced", "with", "shT28", "-", "1", ",", "shT28", "-", "2", "or", "shNTC", "(", "shLUC", "and", "shSCR", ")", "(", "n", "=", "3", "per", "construct", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, GSEA plot of RAS signature genes in in TRIM28high and TRIM28low metastatic tumors (n=367), and in A375 cells transduced with shT28-1, shT28-2 or shNTC (shLUC and shSCR) (n=3 per construct)."}
{"words": ["C", ",", "Metagene", "profiles", "after", "CUT", "&", "RUN", "sequencing", "of", "TRIM28", "in", "untransduced", "A375", "cells", "and", "of", "RNAPII", "in", "A375", "cells", "transduced", "with", "shT28", "-", "1", "or", "shSCR", "lentivirus", ".", "The", "lower", "panel", "is", "focused", "on", "the", "TRIM28", "metagene", "profile", "to", "clearer", "depict", "its", "binding", "profile", "around", "TSS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Metagene profiles after CUT&RUN sequencing of TRIM28 in untransduced A375 cells and of RNAPII in A375 cells transduced with shT28-1 or shSCR lentivirus. The lower panel is focused on the TRIM28 metagene profile to clearer depict its binding profile around TSS."}
{"words": ["E", ",", "TRIM28", "and", "RNAPII", "occupancy", "at", "EGR1", "and", "JUNB", "in", "A375", "as", "determined", "by", "CUT", "&", "RUN", "sequencing", "(", "PI", "=", "length", "-", "normalized", "pause", "index", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, TRIM28 and RNAPII occupancy at EGR1 and JUNB in A375 as determined by CUT&RUN sequencing (PI = length-normalized pause index)."}
{"words": ["F", ",", "Immunoblots", "against", "TRIM28", "and", "JUNB", "in", "A375", ",", "A2058", "and", "SK", "-", "MEL", "-", "28", "cells", "transduced", "with", "shSCR", ",", "shT28", "-", "1", "or", "shT28", "-", "2", "lentivirus", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "G", ",", "Densitometry", "of", "JUNB", "and", "TRIM28", "protein", "levels", "(", "relative", "to", "β", "-", "actin", ")", "in", "A375", ",", "A2058", "and", "SK", "-", "MEL", "-", "28", "melanoma", "cells", "based", "on", "the", "immunoblots", "in", "F", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "post", "hoc", "test", "was", "used", "for", "statistical", "testing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Immunoblots against TRIM28 and JUNB in A375, A2058 and SK-MEL-28 cells transduced with shSCR, shT28-1 or shT28-2 lentivirus. Results are expressed as mean ±SEM from three biological replicates (n=3). G, Densitometry of JUNB and TRIM28 protein levels (relative to β-actin) in A375, A2058 and SK-MEL-28 melanoma cells based on the immunoblots in F. One-way ANOVA with Dunnett's post hoc test was used for statistical testing."}
{"words": ["A", ",", "Immunoblotting", "to", "determine", "the", "overexpression", "of", "JUNB", "in", "A375", "cells", "transduced", "with", "pBABE", "-", "JUNB", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "A, Immunoblotting to determine the overexpression of JUNB in A375 cells transduced with pBABE-JUNB."}
{"words": ["B", ",", "Volcano", "plot", "displaying", "differentially", "expressed", "genes", "after", "RNA", "-", "seq", "analysis", "of", "JUNB", "overexpressing", "A375", "cells", "(", "pBABE", "-", "JUNB", ")", "and", "control", "A375", "cells", "transduced", "with", "empty", "pBABE", "vector", "(", "EV", ")", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Genes", "induced", "after", "JUNB", "overexpression", "are", "highlighted", "in", "yellow", ",", "and", "gene", "suppressed", "after", "JUNB", "overexpression", "are", "highlighted", "in", "blue", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Volcano plot displaying differentially expressed genes after RNA-seq analysis of JUNB overexpressing A375 cells (pBABE-JUNB) and control A375 cells transduced with empty pBABE vector (EV) (n=4). Genes induced after JUNB overexpression are highlighted in yellow, and gene suppressed after JUNB overexpression are highlighted in blue."}
{"words": ["D", ",", "Heatmap", "displaying", "the", "induction", "of", "CXCL1", "and", "CXCL8", ",", "and", "suppression", "of", "YAP1", "target", "genes", ",", "in", "A375", "cells", "overexpressing", "JUNB", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "D, Heatmap displaying the induction of CXCL1 and CXCL8, and suppression of YAP1 target genes, in A375 cells overexpressing JUNB."}
{"words": ["E", ",", "Expression", "of", "YAP1", "signature", "genes", "in", "A375", "cells", "after", "transduction", "with", "dCas9", "-", "KRAB", "lentiviruses", "expressing", "gRNA", "targeting", "JUNB", "(", "gJUNB", "-", "1", "or", "gJUNB", "-", "2", ")", "or", "control", "gRNA", "(", "gEGFP", ")", ".", "qRT", "-", "PCR", "was", "used", "to", "determine", "expression", "levels", ",", "and", "results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Expression of YAP1 signature genes in A375 cells after transduction with dCas9-KRAB lentiviruses expressing gRNA targeting JUNB (gJUNB-1 or gJUNB-2) or control gRNA (gEGFP). qRT-PCR was used to determine expression levels, and results are expressed as mean ±SEM from three biological replicates (n=3)."}
{"words": ["F", ",", "Quantification", "of", "Matrigel", "invasion", "experiments", "with", "A375", "cells", "transduced", "with", "pBABE", "-", "JUNB", "(", "JUNB", ")", "or", "pBABE", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "retrovirus", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "the", "two", "-", "sided", "unpaired", "t", "-", "test", "was", "used", ".", "G", ",", "Representative", "images", "from", "Matrigel", "invasion", "assays", "in", "(", "F", ")", ".", "Scale", "bar", "is", "60", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Quantification of Matrigel invasion experiments with A375 cells transduced with pBABE-JUNB (JUNB) or pBABE empty vector (EV) retrovirus. Results are expressed as mean ±SEM from three biological replicates (n=3) and the two-sided unpaired t-test was used. G, Representative images from Matrigel invasion assays in (F). Scale bar is 60 μm."}
{"words": ["H", ",", "Quantification", "of", "Matrigel", "invasion", "experiments", "with", "A375", "cells", "transduced", "with", "dCas9", "-", "KRAB", "lentiviruses", "expressing", "gRNA", "targeting", "JUNB", "(", "gJUNB", "-", "1", ")", "or", "control", "gRNA", "(", "gEGFP", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "the", "two", "-", "sided", "unpaired", "t", "-", "test", "was", "used", ".", "I", ",", "Representative", "images", "from", "Matrigel", "invasion", "assays", "in", "(", "H", ")", ".", "Scale", "bar", "is", "60", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Quantification of Matrigel invasion experiments with A375 cells transduced with dCas9-KRAB lentiviruses expressing gRNA targeting JUNB (gJUNB-1) or control gRNA (gEGFP). Results are expressed as mean ±SEM from three biological replicates (n=3) and the two-sided unpaired t-test was used. I, Representative images from Matrigel invasion assays in (H). Scale bar is 60 μm."}
{"words": ["J", ",", "Quantification", "of", "Matrigel", "invasion", "with", "A375", "cells", "transduced", "with", "dCas9", "-", "KRAB", "lentiviruses", "expressing", "gRNA", "targeting", "JUNB", "(", "gJUNB", "-", "1", ")", "or", "a", "control", "gRNA", "(", "gEGFP", ")", ",", "and", "then", "transfected", "with", "non", "-", "targeting", "siRNA", "(", "siNTC", ")", "or", "siRNA", "targeting", "YAP1", "(", "siYAP1", ")", "and", "TAZ", "(", "siTAZ", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "and", "the", "Tukey", "post", "hoc", "test", "were", "used", "for", "statistical", "testing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J, Quantification of Matrigel invasion with A375 cells transduced with dCas9-KRAB lentiviruses expressing gRNA targeting JUNB (gJUNB-1) or a control gRNA (gEGFP), and then transfected with non-targeting siRNA (siNTC) or siRNA targeting YAP1 (siYAP1) and TAZ (siTAZ). Results are expressed as mean ±SEM from three biological replicates (n=3). One-way ANOVA and the Tukey post hoc test were used for statistical testing."}
{"words": ["K", ",", "Tumor", "growth", "after", "subcutaneous", "injection", "of", "2", ".", "0x106", "A375", "cells", "transduced", "with", "pBABE", "-", "JUNB", "(", "JUNB", ")", "or", "pBABE", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "retrovirus", "(", "n", "=", "10", "mice", "per", "group", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Repeated", "-", "measures", "ANOVA", "was", "used", "for", "the", "statistical", "test", "of", "tumor", "growth", ".", "L", ",", "Tumor", "weight", "after", "the", "subcutaneous", "injection", "of", "A375", "cells", "as", "shown", "in", "(", "K", ")", ".", "Tumor", "weight", "was", "analyzed", "20", "days", "after", "subcutaneous", "injection", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "The", "two", "-", "sided", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "test", "of", "tumor", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K, Tumor growth after subcutaneous injection of 2.0x106 A375 cells transduced with pBABE-JUNB (JUNB) or pBABE empty vector (EV) retrovirus (n=10 mice per group). Results are expressed as mean ±SEM. Repeated-measures ANOVA was used for the statistical test of tumor growth. L, Tumor weight after the subcutaneous injection of A375 cells as shown in (K). Tumor weight was analyzed 20 days after subcutaneous injection. Results are expressed as mean ±SEM. The two-sided Mann-Whitney U-test was used for the statistical test of tumor weight."}
{"words": ["(", "B", ")", "Identification", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", ",", "heterozygous", "(", "HZ", ")", ",", "and", "knockout", "(", "KO", ")", "mice", "by", "PCR", "and", "agarose", "gel", "electrophoresis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Identification of wild-type (WT), heterozygous (HZ), and knockout (KO) mice by PCR and agarose gel electrophoresis."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblotting", "(", "IB", ")", "of", "ENKD1", "and", "α", "-", "tubulin", "in", "wild", "-", "type", "and", "Enkd1", "knockout", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblotting (IB) of ENKD1 and α-tubulin in wild-type and Enkd1 knockout mice."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "D", ")", "and", "quantification", "of", "the", "density", "of", "cilia", "(", "E", ",", "n", "=", "20", "fields", "from", "three", "mice", ")", "and", "ciliary", "length", "(", "F", ",", "n", "=", "100", "cilia", "from", "three", "mice", ")", "in", "mouse", "retinas", "stained", "with", "antibodies", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "(", "Ace", "-", "α", "-", "tubulin", ")", "and", "γ", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) Immunofluorescence images (D) and quantification of the density of cilia (E, n = 20 fields from three mice) and ciliary length (F, n = 100 cilia from three mice) in mouse retinas stained with antibodies against acetylated α-tubulin (Ace-α-tubulin) and γ-tubulin and DAPI. Scale bar, 2 µm."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "ERG", "recording", "images", "(", "G", ")", "and", "a", "-", "b", "wave", "amplitudes", "(", "H", ",", "n", "=", "5", "mice", ")", "show", "the", "difference", "in", "the", "ERG", "a", "-", "b", "wave", "amplitude", "between", "wild", "-", "type", "and", "Enkd1", "knockout", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(G-H) ERG recording images (G) and a-b wave amplitudes (H, n = 5 mice) show the difference in the ERG a-b wave amplitude between wild-type and Enkd1 knockout mice."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "VEP", "recording", "images", "(", "I", ")", "and", "N2", "-", "P2", "wave", "amplitudes", "(", "J", ",", "n", "=", "5", "mice", ")", "show", "the", "difference", "in", "the", "VEP", "N2", "-", "P2", "wave", "amplitude", "between", "wild", "-", "type", "and", "Enkd1", "knockout", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(I-J) VEP recording images (I) and N2-P2 wave amplitudes (J, n = 5 mice) show the difference in the VEP N2-P2 wave amplitude between wild-type and Enkd1 knockout mice."}
{"words": ["(", "K", "-", "M", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "K", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "L", ",", "n", "=", "3", "mice", ")", "and", "ciliary", "length", "(", "M", ",", "n", "=", "100", "cilia", "from", "three", "mice", ")", "in", "mouse", "kidneys", "stained", "with", "the", "antibody", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "L", ")", ",", ">", "200", "cells", "from", "12", "images", "were", "analyzed", "for", "each", "mouse", ".", "Scale", "bar", ",", "3", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K-M) Immunofluorescence images (K) and quantification of the percentage of ciliated cells (L, n = 3 mice) and ciliary length (M, n = 100 cilia from three mice) in mouse kidneys stained with the antibody against acetylated α-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of ciliated cells (L), >200 cells from 12 images were analyzed for each mouse. Scale bar, 3 µm."}
{"words": ["(", "N", "-", "Q", ")", "Images", "(", "N", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "flagellated", "sperm", "(", "O", ",", "n", "=", "9", "mice", ")", ",", "flagellar", "length", "(", "P", ",", "n", "=", "100", "sperm", "from", "nine", "mice", ")", ",", "and", "the", "percentage", "of", "sperm", "with", "normal", "motility", "among", "flagellated", "sperm", "(", "Q", ",", "n", "=", "9", "mice", ")", "for", "wild", "-", "type", "and", "Enkd1", "knockout", "mice", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "flagellated", "sperm", "(", "O", ")", ",", ">", "200", "sperm", "were", "analyzed", "for", "each", "mouse", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "sperm", "with", "normal", "motility", "among", "flagellated", "sperm", "(", "Q", ")", ",", ">", "200", "flagellated", "sperm", "were", "analyzed", "for", "each", "mouse", ".", "In", "panel", "N", ",", "the", "arrows", "indicate", "two", "spermatozoa", "without", "tails", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N-Q) Images (N) and quantification of the percentage of flagellated sperm (O, n = 9 mice), flagellar length (P, n = 100 sperm from nine mice), and the percentage of sperm with normal motility among flagellated sperm (Q, n = 9 mice) for wild-type and Enkd1 knockout mice. To quantify the percentage of flagellated sperm (O), >200 sperm were analyzed for each mouse. To quantify the percentage of sperm with normal motility among flagellated sperm (Q), >200 flagellated sperm were analyzed for each mouse. In panel N, the arrows indicate two spermatozoa without tails. Scale bar, 50 µm."}
{"words": ["(", "R", ",", "S", ")", "Scanning", "electron", "microscopy", "images", "of", "cilia", "(", "R", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "S", ",", "n", "=", "9", "mice", ")", "in", "the", "mouse", "tracheal", "epithelium", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "S", ")", ",", ">", "200", "cells", "from", "six", "fields", "were", "analyzed", "for", "each", "mouse", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(R, S) Scanning electron microscopy images of cilia (R) and quantification of the percentage of ciliated cells (S, n = 9 mice) in the mouse tracheal epithelium. To quantify the percentage of ciliated cells (S), >200 cells from six fields were analyzed for each mouse. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "ENKD1", "and", "GAPDH", "in", "MEFs", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "48", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot analysis of ENKD1 and GAPDH in MEFs cultured in serum-free medium for 48 h."}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "B", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "C", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "and", "ciliary", "length", "(", "D", ",", "n", "=", "70", "cilia", "from", "three", "independent", "experiments", ")", "for", "MEFs", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "γ", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "C", ")", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-D) Immunofluorescence images (B) and quantification of the percentage of ciliated cells (C, n = 3 independent experiments) and ciliary length (D, n = 70 cilia from three independent experiments) for MEFs cultured in serum-free medium and stained with antibodies against acetylated α-tubulin and γ-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of ciliated cells (C), >100 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "ENKD1", "and", "β", "-", "actin", "in", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", "and", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "48", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of ENKD1 and β-actin in RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs and cultured in serum-free medium for 48 h."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "(", "F", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "G", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "γ", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "G", ")", ",", ">", "150", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images (F) and quantification of the percentage of ciliated cells (G, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium, and stained with antibodies against acetylated α-tubulin and γ-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of ciliated cells (G), >150 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["quantification", "of", "ciliary", "length", "(", "H", ",", "n", "=", "100", "cilia", "from", "three", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "quantification of ciliary length (H, n = 100 cilia from three independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium"}
{"words": ["(", "I", ",", "J", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "I", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "J", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "Arl13b", "and", "Centrin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "J", ")", ",", ">", "80", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I, J) Immunofluorescence images (I) and quantification of the percentage of ciliated cells (J, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium, and stained with antibodies against Arl13b and Centrin and DAPI. To quantify the percentage of ciliated cells (J), >80 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 2 µm."}
{"words": ["(", "K", ",", "L", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "K", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "L", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", "and", "plasmids", "expressing", "GFP", ",", "GFP", "-", "ENKD1", ",", "GFP", "-", "ENKD1", "-", "N", ",", "GFP", "-", "ENKD1", "-", "M", ",", "or", "GFP", "-", "ENKD1", "-", "C", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "the", "antibody", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "The", "siRNA", "-", "resistant", "forms", "of", "ENKD1", "were", "used", "for", "these", "rescue", "experiments", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "L", ")", ",", ">", "120", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "3", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K, L) Immunofluorescence images (K) and quantification of the percentage of ciliated cells (L, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs and plasmids expressing GFP, GFP-ENKD1, GFP-ENKD1-N, GFP-ENKD1-M, or GFP-ENKD1-C, cultured in serum-free medium, and stained with the antibody against acetylated α-tubulin and DAPI. The siRNA-resistant forms of ENKD1 were used for these rescue experiments. To quantify the percentage of ciliated cells (L), >120 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 3 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "RPE1", "cells", "cultured", "in", "normal", "serum", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "ENKD1", "and", "Centrin", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunofluorescence images of RPE1 cells cultured in normal serum medium, and stained with antibodies against ENKD1 and Centrin and DAPI. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunofluorescence", "images", "and", "fluorescence", "intensity", "profiles", "of", "ENKD1", "and", "CEP164", "in", "serum", "-", "starved", "RPE1", "cells", ".", "The", "arrow", "marks", "the", "centriole", "subjected", "to", "the", "line", "scan", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunofluorescence images and fluorescence intensity profiles of ENKD1 and CEP164 in serum-starved RPE1 cells. The arrow marks the centriole subjected to the line scan. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunofluorescence", "images", "and", "fluorescence", "intensity", "profiles", "of", "ENKD1", "and", "Ninein", "in", "serum", "-", "starved", "RPE1", "cells", ".", "The", "arrow", "marks", "the", "centriole", "subjected", "to", "the", "line", "scan", ".", "Scale", "bar", ",", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunofluorescence images and fluorescence intensity profiles of ENKD1 and Ninein in serum-starved RPE1 cells. The arrow marks the centriole subjected to the line scan. Scale bar, 2 µm."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "3D", "-", "SIM", "super", "-", "resolution", "images", "(", "D", ")", ",", "quantification", "of", "the", "outer", "toroid", "diameters", "(", "E", ",", "n", "=", "20", "cells", "from", "three", "independent", "experiments", ")", ",", "and", "a", "model", "illustrating", "the", "relative", "positions", "of", "γ", "-", "tubulin", ",", "Ninein", ",", "ENKD1", ",", "CEP164", ",", "CEP912", ",", "and", "Centrin", "(", "F", ")", "within", "a", "centriole", ".", "RPE1", "cells", "were", "serum", "-", "starved", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) 3D-SIM super-resolution images (D), quantification of the outer toroid diameters (E, n = 20 cells from three independent experiments), and a model illustrating the relative positions of γ-tubulin, Ninein, ENKD1, CEP164, CEP912, and Centrin (F) within a centriole. RPE1 cells were serum-starved and stained with antibodies against the indicated proteins. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "RPE1", "cells", "cultured", "in", "normal", "serum", "or", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "ENKD1", "and", "γ", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunofluorescence images of RPE1 cells cultured in normal serum or serum-free medium, and stained with antibodies against ENKD1 and γ-tubulin and DAPI. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "RPE1", "cells", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "ENKD1", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunofluorescence images of RPE1 cells cultured in serum-free medium, and stained with antibodies against ENKD1 and acetylated α-tubulin and DAPI. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "I", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "GFP", "-", "ENKD1", "or", "GFP", "vector", ",", "cultured", "in", "a", "serum", "-", "starved", "condition", ",", "and", "stained", "with", "the", "antibody", "against", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Immunofluorescence images of RPE1 cells transfected with GFP-ENKD1 or GFP vector, cultured in a serum-starved condition, and stained with the antibody against acetylated α-tubulin and DAPI. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "K", ")", "3D", "-", "SIM", "images", "of", "ENKD1", "localization", "at", "the", "centrosome", "in", "RPE1", "cells", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "(", "0", ",", "12", ",", "24", ",", "or", "48", "h", "of", "serum", "starvation", ")", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "ENKD1", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) 3D-SIM images of ENKD1 localization at the centrosome in RPE1 cells cultured in serum-free medium (0, 12, 24, or 48 h of serum starvation), and stained with antibodies against ENKD1 and acetylated α-tubulin. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "(", "B", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "CP110", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0], "text": "Immunofluorescence images (B) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium, and stained with antibodies against CP110 and acetylated α-tubulin and DAPI."}
{"words": ["quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "C", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "C", ")", ",", ">", "120", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "quantification of the percentage of cells with one CP110 dot (C, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs To quantify the percentage of cells with one CP110 dot (C), >120 cells were analyzed for each experiment."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "D", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CEP97", "dot", "(", "E", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "CEP97", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CEP97", "dot", "(", "E", ")", ",", ">", "150", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Immunofluorescence images (D) and quantification of the percentage of cells with one CEP97 dot (E, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium, and stained with antibodies against CEP97 and acetylated α-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of cells with one CEP97 dot (E), >150 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "Immunoblot", "analysis", "(", "F", ")", ",", "immunofluorescence", "images", "(", "G", ")", ",", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "H", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "120", "h", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "CP110", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "C", ")", ",", ">", "80", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) Immunoblot analysis (F), immunofluorescence images (G), and quantification of the percentage of cells with one CP110 dot (H, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs, cultured in serum-free medium for 120 h, and stained with antibodies against CP110 and acetylated α-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of cells with one CP110 dot (C), >80 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "(", "A", ")", ",", "immunofluorescence", "images", "(", "B", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "C", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "48", "h", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "CP110", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "one", "CP110", "dot", "(", "C", ")", ",", ">", "180", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Immunoblot analysis (A), immunofluorescence images (B) and quantification of the percentage of cells with one CP110 dot (C, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with the indicated siRNAs, cultured in serum-free medium for 48 h, and stained with antibodies against CP110 and acetylated α-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of cells with one CP110 dot (C), >180 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 1 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "CP110", "and", "β", "-", "actin", "in", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "CP110", "siRNAs", "and", "cultured", "in", "serum", "-", "free", "medium", "for", "48", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of CP110 and β-actin in RPE1 cells transfected with control or CP110 siRNAs and cultured in serum-free medium for 48 h."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Immunofluorescence", "images", "(", "E", ")", "and", "quantification", "of", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "F", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "for", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ",", "cultured", "in", "a", "serum", "-", "starved", "condition", ",", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "γ", "-", "tubulin", "and", "acetylated", "α", "-", "tubulin", "and", "DAPI", ".", "To", "quantify", "the", "percentage", "of", "ciliated", "cells", "(", "F", ")", ",", ">", "120", "cells", "were", "analyzed", "for", "each", "experiment", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Immunofluorescence images (E) and quantification of the percentage of ciliated cells (F, n = 3 independent experiments) for RPE1 cells transfected with the indicated siRNAs, cultured in a serum-starved condition, and stained with antibodies against γ-tubulin and acetylated α-tubulin and DAPI. To quantify the percentage of ciliated cells (F), >120 cells were analyzed for each experiment. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["(", "G", ",", "H", ")", "Immunoprecipitation", "and", "immunoblotting", "(", "G", ")", "and", "quantification", "(", "H", ",", "n", "=", "3", "mice", ")", "showing", "the", "CP110", "-", "CEP97", "interaction", "in", "the", "retinal", "tissues", "of", "wild", "-", "type", "and", "Enkd1", "knockout", "mice", ".", "The", "intensity", "of", "each", "CEP97", "band", "was", "normalized", "to", "that", "of", "the", "β", "-", "actin", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(G, H) Immunoprecipitation and immunoblotting (G) and quantification (H, n = 3 mice) showing the CP110-CEP97 interaction in the retinal tissues of wild-type and Enkd1 knockout mice. The intensity of each CEP97 band was normalized to that of the β-actin band."}
{"words": ["(", "I", ",", "J", ")", "Immunoprecipitation", "and", "immunoblotting", "(", "I", ")", "and", "quantification", "(", "J", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "showing", "the", "CP110", "-", "CEP97", "interaction", "in", "serum", "-", "starved", "RPE1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ENKD1", "siRNAs", ".", "The", "intensity", "of", "each", "CEP97", "band", "was", "normalized", "to", "that", "of", "the", "β", "-", "actin", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(I, J) Immunoprecipitation and immunoblotting (I) and quantification (J, n = 3 independent experiments) showing the CP110-CEP97 interaction in serum-starved RPE1 cells transfected with control or ENKD1 siRNAs. The intensity of each CEP97 band was normalized to that of the β-actin band."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoprecipitation", "and", "immunoblotting", "showing", "the", "interaction", "between", "endogenous", "ENKD1", "and", "CP110", "in", "mouse", "retinal", "tissues", ".", "Immunoprecipitation", "was", "performed", "with", "the", "anti", "-", "ENKD1", "(", "upper", "panel", ")", "or", "anti", "-", "CP110", "(", "lower", "panel", ")", "antibody", "or", "the", "corresponding", "control", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoprecipitation and immunoblotting showing the interaction between endogenous ENKD1 and CP110 in mouse retinal tissues. Immunoprecipitation was performed with the anti-ENKD1 (upper panel) or anti-CP110 (lower panel) antibody or the corresponding control IgG."}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "Immunoprecipitation", "and", "immunoblotting", "showing", "the", "interaction", "of", "GFP", "-", "ENKD1", "with", "Flag", "-", "CP110", "(", "B", "and", "upper", "panel", "of", "D", ")", "or", "HA", "-", "CP110", "(", "C", "and", "bottom", "panel", "of", "D", ")", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Immunoprecipitation", "was", "performed", "with", "antibodies", "against", "GFP", "(", "B", "and", "C", ")", ",", "Flag", "(", "upper", "panel", "of", "D", ")", ",", "or", "HA", "(", "bottom", "panel", "of", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-D) Immunoprecipitation and immunoblotting showing the interaction of GFP-ENKD1 with Flag-CP110 (B and upper panel of D) or HA-CP110 (C and bottom panel of D) in HEK293T cells. Immunoprecipitation was performed with antibodies against GFP (B and C), Flag (upper panel of D), or HA (bottom panel of D)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Identification", "of", "the", "domains", "of", "ENKD1", "mediating", "its", "interaction", "with", "CP110", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Identification of the domains of ENKD1 mediating its interaction with CP110."}
{"words": ["(", "F", ")", "Identification", "of", "the", "domains", "of", "CP110", "mediating", "its", "interaction", "with", "ENKD1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(F) Identification of the domains of CP110 mediating its interaction with ENKD1."}
{"words": ["(", "H", ")", "GST", "pull", "-", "down", "showing", "the", "interaction", "of", "purified", "GST", "-", "CP110", "-", "N", "with", "purified", "His", "-", "ENKD1", "-", "M", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(H) GST pull-down showing the interaction of purified GST-CP110-N with purified His-ENKD1-M."}
{"words": ["(", "I", ",", "J", ")", "Immunoprecipitation", "and", "immunoblotting", "(", "I", ")", "and", "quantification", "(", "J", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "showing", "the", "interaction", "of", "HA", "-", "CP110", "with", "Flag", "-", "CEP97", "in", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ".", "The", "intensity", "of", "each", "Flag", "-", "CEP97", "band", "was", "normalized", "to", "that", "of", "the", "β", "-", "actin", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(I, J) Immunoprecipitation and immunoblotting (I) and quantification (J, n = 3 independent experiments) showing the interaction of HA-CP110 with Flag-CEP97 in HEK293T cells transfected with the indicated plasmids. The intensity of each Flag-CEP97 band was normalized to that of the β-actin band."}
{"words": ["A", "-", "D", "Mesenteric", "blood", "(", "PECAM1", ",", "red", ")", "and", "lymphatic", "vessels", "(", "LYVE1", ",", "green", ";", "PROX1", ",", "gray", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "lymphatic", "valves", ",", "arrow", "indicates", "a", "lymphatic", "vessel", "stub", ",", "and", "arrowhead", "indicates", "an", "isolated", "lymphatic", "vessel", "fragmentE", "-", "H", "Blood", "vessels", "(", "PECAM1", ",", "green", ")", "and", "lymphatic", "vessels", "(", "VEGFR", "-", "3", ",", "red", ")", "in", "the", "small", "intestinal", "wall", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-D Mesenteric blood (PECAM1, red) and lymphatic vessels (LYVE1, green; PROX1, gray). Asterisks indicate lymphatic valves, arrow indicates a lymphatic vessel stub, and arrowhead indicates an isolated lymphatic vessel fragmentE-H Blood vessels (PECAM1, green) and lymphatic vessels (VEGFR-3, red) in the small intestinal wall."}
{"words": ["I", ",", "J", "Detection", "of", "chylous", "ascites", "(", "arrows", ")", "in", "the", "VCiΔR26", "mice", "at", "P6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I, J Detection of chylous ascites (arrows) in the VCiΔR26 mice at P6."}
{"words": ["K", ",", "L", "LYVE1", "staining", "of", "intestinal", "lymphatic", "vessels", "at", "P6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K, L LYVE1 staining of intestinal lymphatic vessels at P6."}
{"words": ["M", "-", "T", "LYVE1", "staining", "of", "lymphatic", "vessels", "in", "the", "intestinal", "wall", "in", "adult", "mice", ".", "Genotypes", "and", "deletion", "lengths", "are", "indicated", "in", "(", "U", ")", ".", "U", "Quantification", "of", "LYVE1", "areas", "in", "(", "M", "-", "T", ")", ".", "Length", "of", "the", "i", "∆", "Vegfc", "gene", "deletion", "is", "indicated", "in", "months", "(", "mo", ")", ",", "and", "Vegfd", "indicates", "the", "VEGF", "-", "D", "genotype", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", "compared", "to", "WT", "intestine", "represented", "in", "(", "M", ")", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "003", ",", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0008", ",", "♯", "P", "=", "0", ".", "0002", ",", "§", "P", "=", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M-T LYVE1 staining of lymphatic vessels in the intestinal wall in adult mice. Genotypes and deletion lengths are indicated in (U).U Quantification of LYVE1 areas in (M-T). Length of the i∆Vegfc gene deletion is indicated in months (mo), and Vegfd indicates the VEGF-D genotype. Data are represented as mean ± SEM. Significant differences were determined using one-way ANOVA and Bonferroni post hoc analysis compared to WT intestine represented in (M). *P = 0.003, **P = 0.001, ***P = 0.0008, ♯P = 0.0002, §P = 0.0001."}
{"words": ["Overview", "of", "the", "small", "intestine", "cross", "section", "stained", "with", "nuclear", "red", "and", "highlighting", "the", "location", "of", "higher", "magnification", "images", "in", "(", "B", "-", "F", ")", ";", "(", "I", ")", "for", "the", "entire", "villus", "and", "(", "II", ")", "for", "the", "villus", "base", ".", "β", "-", "Gal", "staining", "pattern", "of", "the", "villus", "in", "wild", "-", "type", "(", "Ctrl", ")", ",", "Vegfc", "/", "LacZ", "(", "VC", ")", ",", "Vegfr3", "/", "LacZ", "(", "VR", "-", "3", ")", ",", "and", "Vegfr2", "/", "LacZ", "(", "VR", "-", "2", ")", "mice", ".", "Higher", "magnification", "images", "representing", "β", "-", "Gal", "staining", "of", "the", "villus", "base", "in", "Vegfc", "/", "LacZmice", ".", "Data", "information", ":", "Arrows", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "arterialSMC", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "SMCfibers", "in", "the", "villus", ",", "and", "asterisks", "highlight", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "circular", "smooth", "muscle", "cell", "layer", "of", "the", "intestinal", "wall", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ",", "except", "(", "C", ")", "inset", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Overview of the small intestine cross section stained with nuclear red and highlighting the location of higher magnification images in (B-F); (I) for the entire villus and (II) for the villus base. β-Gal staining pattern of the villus in wild-type (Ctrl), Vegfc/LacZ (VC), Vegfr3/LacZ (VR-3), and Vegfr2/LacZ (VR-2) mice.Higher magnification images representing β-Gal staining of the villus base in Vegfc/LacZmice.Data information: Arrows indicate the VEGF-C expression in arterialSMC, arrowheads indicate the VEGF-C expression in SMCfibers in the villus, and asterisks highlight the VEGF-C expression in circular smooth muscle cell layer of the intestinal wall. Scale bars: 50 μm, except (C) inset 25 μm."}
{"words": ["Vegfc", "/", "LacZβ", "-", "Gal", "staining", "reaction", "with", "smooth", "muscle", "actin", "(", "SMA", ")", "peroxidase", "staining", ".", "Data", "information", ":", "Arrows", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "arterialSMC", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "SMCfibers", "in", "the", "villus", ",", "and", "asterisks", "highlight", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "circular", "smooth", "muscle", "cell", "layer", "of", "the", "intestinal", "wall", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ",", "except", "(", "C", ")", "inset", "25", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Vegfc/LacZβ-Gal staining reaction with smooth muscle actin (SMA) peroxidase staining.Data information: Arrows indicate the VEGF-C expression in arterialSMC, arrowheads indicate the VEGF-C expression in SMCfibers in the villus, and asterisks highlight the VEGF-C expression in circular smooth muscle cell layer of the intestinal wall. Scale bars: 50 μm, except (C) inset 25 μm."}
{"words": ["Vegfc", "/", "LacZβ", "-", "Gal", "staining", "and", "LYVE1", "peroxidase", "staining", ".", "Data", "information", ":", "Arrows", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "arterialSMC", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "SMCfibers", "in", "the", "villus", ",", "and", "asterisks", "highlight", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "circular", "smooth", "muscle", "cell", "layer", "of", "the", "intestinal", "wall", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ",", "except", "(", "C", ")", "inset", "25", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Vegfc/LacZβ-Gal staining and LYVE1 peroxidase staining.Data information: Arrows indicate the VEGF-C expression in arterialSMC, arrowheads indicate the VEGF-C expression in SMCfibers in the villus, and asterisks highlight the VEGF-C expression in circular smooth muscle cell layer of the intestinal wall. Scale bars: 50 μm, except (C) inset 25 μm."}
{"words": ["Surface", "image", "of", "Vegfc", "/", "LacZβ", "-", "Gal", "-", "stained", "intestine", "(", "left", ")", "and", "cross", "section", "counterstaining", "with", "PECAM1", "(", "right", ")", ".", "Data", "information", ":", "Arrows", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "arterialSMC", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "SMCfibers", "in", "the", "villus", ",", "and", "asterisks", "highlight", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "circular", "smooth", "muscle", "cell", "layer", "of", "the", "intestinal", "wall", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ",", "except", "(", "C", ")", "inset", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Surface image of Vegfc/LacZβ-Gal-stained intestine (left) and cross section counterstaining with PECAM1 (right).Data information: Arrows indicate the VEGF-C expression in arterialSMC, arrowheads indicate the VEGF-C expression in SMCfibers in the villus, and asterisks highlight the VEGF-C expression in circular smooth muscle cell layer of the intestinal wall. Scale bars: 50 μm, except (C) inset 25 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "lacteal", "lymphatic", "vessel", "(", "LYVE1", ")", ",", "blood", "capillaries", "(", "PECAM1", ")", ",", "and", "smooth", "muscle", "cells", "(", "SMA", ")", ".", "Data", "information", ":", "Arrows", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "arterialSMC", ",", "arrowheads", "indicate", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "SMCfibers", "in", "the", "villus", ",", "and", "asterisks", "highlight", "the", "VEGF", "-", "C", "expression", "in", "circular", "smooth", "muscle", "cell", "layer", "of", "the", "intestinal", "wall", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ",", "except", "(", "C", ")", "inset", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of lacteal lymphatic vessel (LYVE1), blood capillaries (PECAM1), and smooth muscle cells (SMA).Data information: Arrows indicate the VEGF-C expression in arterialSMC, arrowheads indicate the VEGF-C expression in SMCfibers in the villus, and asterisks highlight the VEGF-C expression in circular smooth muscle cell layer of the intestinal wall. Scale bars: 50 μm, except (C) inset 25 μm."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Body", "weight", "change", "during", "seven", "weeks", "of", "HFD", ",", "expressed", "as", "average", "fold", "change", "in", "comparison", "with", "the", "starting", "weight", ".", "n", "=", "16", ",", "WT", ";", "n", "=", "6", ",", "Vegfd", "−", "/", "−", ";", "n", "=", "16", ",", "VCiΔR26", ";", "n", "=", "5", ",", "Vegfd", "−", "/", "−", ";", "VCiΔR26", ".", "Body", "weight", "comparisons", "at", "seven", "weeks", "of", "HFD", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "and", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", "compared", "to", "WT", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "004", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "003", ".", "n", "=", "16", ",", "WT", ";", "n", "=", "6", ",", "Vegfd", "−", "/", "−", ";", "n", "=", "16", ",", "VCiΔR26", ";", "n", "=", "5", ",", "Vegfd", "−", "/", "−", ";", "VCiΔR26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis.Body weight change during seven weeks of HFD, expressed as average fold change in comparison with the starting weight. n = 16, WT; n = 6, Vegfd−/−; n = 16, VCiΔR26; n = 5, Vegfd−/−; VCiΔR26.Body weight comparisons at seven weeks of HFD. Significant differences were determined using one-way ANOVA and Bonferroni post hoc analysis compared to WT. *P = 0.004; **P = 0.003. n = 16, WT; n = 6, Vegfd−/−; n = 16, VCiΔR26; n = 5, Vegfd−/−; VCiΔR26."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Glucose", "tolerance", "test", "(", "GTT", ")", "after", "six", "weeks", "of", "HFD", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "014", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "041", ".", "n", "=", "5", ",", "WT", ";", "n", "=", "6", ",", "VCiΔR26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis. Glucose tolerance test (GTT) after six weeks of HFD. Significant differences were determined using unpaired two-tailed t-test. *P = 0.014; **P = 0.041. n = 5, WT; n = 6, VCiΔR26."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Total", "fatweight", ",", "fat", "percentage", "from", "body", "composition", "measurements", "after", "six", "weeks", "of", "HFD", ",", "and", "weights", "of", "visceral", "fat", "(", "VF", ")", "and", "subcutaneous", "fat", "(", "SF", ")", "at", "the", "time", "of", "necropsy", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "006", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "001", ";", "#", "P", "=", "0", ".", "008", ";", "§", "P", "=", "0", ".", "006", ".", "n", "=", "4", "in", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis. Total fatweight, fat percentage from body composition measurements after six weeks of HFD, and weights of visceral fat (VF) and subcutaneous fat (SF) at the time of necropsy. Significant differences were determined using unpaired two-tailed t-test. *P = 0.006; **P = 0.001; #P = 0.008; §P = 0.006. n = 4 in each group."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Food", "consumption", "during", "the", "fifth", "week", "of", "HFD", ".", "n", "=", "9", ",", "WT", ";", "n", "=", "10", ",", "VCiΔR26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis. Food consumption during the fifth week of HFD. n = 9, WT; n = 10, VCiΔR26."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Whole", "-", "mount", "immunofluorescence", "staining", "of", "blood", "(", "PECAM1", ",", "red", ")", "and", "lymphatic", "vessels", "(", "LYVE1", ",", "green", ")", "in", "intestinal", "villi", "and", "intestinal", "wall", ".", "Quantification", "of", "the", "lacteal", "and", "villus", "length", "(", "solid", "and", "striped", "color", "bars", ",", "respectively", ")", "and", "the", "intestinal", "wallLYVE1", "+", "area", "percentage", "from", "images", "represented", "in", "(", "F", ")", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0002", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "00007", ".", "n", "=", "5", ",", "WT", ";", "n", "=", "6", ",", "VCiΔR26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis.Whole-mount immunofluorescence staining of blood (PECAM1, red) and lymphatic vessels (LYVE1, green) in intestinal villi and intestinal wall.Quantification of the lacteal and villus length (solid and striped color bars, respectively) and the intestinal wallLYVE1+ area percentage from images represented in (F). Significant differences were determined using unpaired two-tailed t-test. *P = 0.0002; **P = 0.00007. n = 5, WT; n = 6, VCiΔR26."}
{"words": ["Two", "-", "month", "-", "old", "mice", "received", "tamoxifen", "and", "were", "fed", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "for", "seven", "weeks", "before", "analysis", ".", "Free", "fatty", "acid", "(", "FFA", ")", "and", "cholesterol", "measurements", "from", "the", "feces", "after", "six", "weeks", "of", "HFD", ".", "Significant", "differences", "were", "determined", "using", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "007", ".", "n", "=", "5", ",", "WT", ";", "n", "=", "6", ",", "VCiΔR26", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two-month-old mice received tamoxifen and were fed on high-fat diet (HFD) for seven weeks before analysis. Free fatty acid (FFA) and cholesterol measurements from the feces after six weeks of HFD. Significant differences were determined using unpaired two-tailed t-test. *P = 0.001; **P = 0.007. n = 5, WT; n = 6, VCiΔR26."}
{"words": ["A", ".", "Relative", "antiviral", "activity", "of", "IFNα", "(", "circles", ")", "or", "IFNλ", "(", "triangles", ")", ".", "AEC", "cultures", "were", "stimulated", "for", "4hrs", "with", "stated", "IFN", "at", "specified", "concentrations", "(", "ng", "/", "ml", ")", "and", "induction", "of", "indicated", "ISGs", "was", "assessed", "by", "qPCR", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Relative antiviral activity of IFNα (circles) or IFNλ (triangles). AEC cultures were stimulated for 4hrs with stated IFN at specified concentrations (ng/ml) and induction of indicated ISGs was assessed by qPCR (data shown is representative of four independent experiments, n=3-4)."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "Mice", "were", "pretreated", "with", "equivalent", "doses", "of", "IFNα", "(", "1", ".", "45μg", "/", "50μl", ")", "or", "IFNλ", "(", "2", ".", "6μg", "/", "50μl", ")", "or", "Veh", "Ctrl", "(", "squares", ",", "50μl", "PBS", ")", "24hrs", "prior", "to", "infection", "with", "PR8", ";", "weight", "loss", "and", "survival", "was", "assessed", "throughout", "infection", "(", "B", ")", ",", "and", "viral", "load", "(", "C", ")", "assessed", "at", "4dpi", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "8", "-", "10", "(", "B", ")", ",", "n", "=", "3", "(", "C", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. Mice were pretreated with equivalent doses of IFNα (1.45μg/50μl) or IFNλ (2.6μg/50μl) or Veh Ctrl (squares, 50μl PBS) 24hrs prior to infection with PR8; weight loss and survival was assessed throughout infection (B), and viral load (C) assessed at 4dpi (data shown is representative of two independent experiments, n=8-10 (B), n=3 (C))."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Mice", "were", "infected", "with", "PR8", "and", "treated", "with", "equivalent", "doses", "of", "IFNα", "or", "IFNλ", "or", "Veh", "Ctrl", "at", "days", "2", ",", "4", "and", "5", "post", "infection", ";", "survival", "and", "weight", "loss", "was", "monitored", "(", "D", ",", "data", "pooled", "from", "4", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "12", "-", "29", ")", "(", "data", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. Mice were infected with PR8 and treated with equivalent doses of IFNα or IFNλ or Veh Ctrl at days 2, 4 and 5 post infection; survival and weight loss was monitored (D, data pooled from 4 independent experiments, n=12-29) (data representative of two independent experiments, n=3-5)."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Mice", "were", "infected", "with", "PR8", "and", "treated", "with", "equivalent", "doses", "of", "IFNα", "or", "IFNλ", "or", "Veh", "Ctrl", "at", "days", "2", ",", "4", "and", "5", "post", "infection", ";", "viral", "load", "assessed", "at", "4dpi", "(", "E", ")", "(", "data", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. Mice were infected with PR8 and treated with equivalent doses of IFNα or IFNλ or Veh Ctrl at days 2, 4 and 5 post infection; viral load assessed at 4dpi (E) (data representative of two independent experiments, n=3-5)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Mice", "were", "infected", "with", "PR8", "and", "treated", "with", "IFNα", "(", "circles", ",", "1", ".", "45μg", "/", "50μl", ")", ",", "IFNλ", "(", "triangles", ",", "2", ".", "6μg", "/", "50μl", ")", "or", "Veh", "Ctrl", "(", "squares", ")", "as", "previously", "stated", ".", "Concentrations", "of", "stated", "proinflammatory", "cytokines", "in", "BAL", "fluid", "was", "measured", "by", "multiplex", "cytokine", "assay", "(", "A", ")", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "2", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Mice were infected with PR8 and treated with IFNα (circles, 1.45μg/50μl), IFNλ (triangles, 2.6μg/50μl) or Veh Ctrl (squares) as previously stated. Concentrations of stated proinflammatory cytokines in BAL fluid was measured by multiplex cytokine assay (A) (data shown is representative of two independent experiments, n=2-6)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Mice", "were", "infected", "with", "PR8", "and", "treated", "with", "IFNα", "(", "circles", ",", "1", ".", "45μg", "/", "50μl", ")", ",", "IFNλ", "(", "triangles", ",", "2", ".", "6μg", "/", "50μl", ")", "or", "Veh", "Ctrl", "(", "squares", ")", "as", "previously", "stated", ".", "Concentrations", "of", "stated", "proinflammatory", "cytokines", "in", "BAL", "fluid", "was", "measured", "by", "flow", "cytometry", "quantification", "of", "pDCs", "and", "Inflammatory", "Monocytes", "in", "the", "lung", "was", "performed", "(", "B", ")", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "2", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Mice were infected with PR8 and treated with IFNα (circles, 1.45μg/50μl), IFNλ (triangles, 2.6μg/50μl) or Veh Ctrl (squares) as previously stated. Concentrations of stated proinflammatory cytokines in BAL fluid was measured by flow cytometry quantification of pDCs and Inflammatory Monocytes in the lung was performed (B) (data shown is representative of two independent experiments, n=2-6)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Lung", "sections", "from", "control", "and", "infected", "mice", "treated", "as", "indicated", ",", "were", "stained", "by", "TUNEL", "for", "apoptotic", "cells", "at", "6dpi", ".", "Quantification", "of", "TUNEL", "+", "cells", "in", "whole", "lung", "slides", "by", "Icy", "Spot", "Detector", "(", "ICY", "-", "R3M2Y2", ")", "(", "C", ")", "(", "data", "shown", "is", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "8", ")", ".", "Red", "arrowheads", "indicate", "TUNEL", "signal", "(", "D", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "200", "μM", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Lung sections from control and infected mice treated as indicated, were stained by TUNEL for apoptotic cells at 6dpi. Quantification of TUNEL+ cells in whole lung slides by Icy Spot Detector (ICY-R3M2Y2) (C) (data shown is pooled from three independent experiments, n=3-8). Red arrowheads indicate TUNEL signal (D). Scale bar, 200 μM (data shown is representative of two independent experiments, n=3-4)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "IL", "-", "6", ",", "IP", "-", "10", "and", "MCP", "-", "1", "concentrations", "were", "measured", "by", "multiplex", "cytokine", "assay", "in", "AEC", "culture", "supernatants", "(", "A", ")", "at", "24hrs", "post", "stimulation", "with", "IFNα4", "(", "0", ".", "725ng", "/", "ml", ")", "or", "IFNλ2", "(", "1", ".", "3ng", "/", "ml", ")", "or", "LPS", "(", "AEC", "only", ")", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. IL-6, IP-10 and MCP-1 concentrations were measured by multiplex cytokine assay in AEC culture supernatants (A) at 24hrs post stimulation with IFNα4 (0.725ng/ml) or IFNλ2 (1.3ng/ml) or LPS (AEC only) (data shown is representative of two independent experiments, n=3-6)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "IL", "-", "6", ",", "IP", "-", "10", "and", "MCP", "-", "1", "concentrations", "were", "measured", "by", "multiplex", "cytokine", "assay", "in", "Macrophage", ",", "pDC", "and", "cDC", "culture", "supernatants", "(", "B", ")", "at", "24hrs", "post", "stimulation", "with", "IFNα4", "(", "0", ".", "725ng", "/", "ml", ")", "or", "IFNλ2", "(", "1", ".", "3ng", "/", "ml", ")", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. IL-6, IP-10 and MCP-1 concentrations were measured by multiplex cytokine assay in Macrophage, pDC and cDC culture supernatants (B) at 24hrs post stimulation with IFNα4 (0.725ng/ml) or IFNλ2 (1.3ng/ml) (data shown is representative of two independent experiments, n=3-6)."}
{"words": ["C", ".", "BAL", "samples", "taken", "from", "mice", "treated", "with", "IFNα", ",", "IFNλ", "or", "Veh", "Ctrl", "at", "specified", "time", "points", "(", "data", "shown", "is", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "5", "-", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. BAL samples taken from mice treated with IFNα, IFNλ or Veh Ctrl at specified time points (data shown is representative of two independent experiments, n=5-6)."}
{"words": ["Mice", "were", "treated", "with", "IFNα", "(", "1", ".", "45μg", "/", "50μl", ")", ",", "IFNλ", "(", "2", ".", "6μg", "/", "50μl", ")", "or", "Veh", "Ctrl", "(", "50μl", "PBS", ")", ",", "and", "whole", "lungs", "were", "taken", "at", "18hrs", "post", "treatment", "for", "global", "analysis", "by", "Illumina", ".", "SingleColor", ".", "Mouse", "WG", "-", "6", "_", "V2", "_", "0", "_", "R0", "_", "1127", "microarrays", ".", "Samples", "(", "n", "=", "5", ")", "were", "normalized", "to", "the", "median", "of", "the", "vehicle", "control", "group", "and", "filtered", "for", "a", "fold", "change", "of", "1", ".", "5", ",", "yielding", "553", "genes", "differently", "regulated", "between", "treatments", "(", "One", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Benjamini", "-", "Hochberg", "multiple", "test", "correction", ")", ",", "of", "which", "429", "genes", "are", "upregulated", ".", "K", "means", "clustering", "revealed", "six", "gene", "clusters", ",", "one", "of", "which", "encompassed", "genes", "primarily", "induced", "by", "IFNα4", "(", "A", ")", ",", "while", "the", "remaining", "clusters", "contained", "genes", "upregulated", "by", "both", "IFNα4", "and", "IFNλ2", "(", "B", ")", ".", "The", "two", "clusters", "of", "genes", "were", "analysed", "by", "Ingenuity", "Pathway", "Analysis", "(", "IPA", ")", "(", "C", ",", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mice were treated with IFNα (1.45μg/50μl), IFNλ (2.6μg/50μl) or Veh Ctrl (50μl PBS), and whole lungs were taken at 18hrs post treatment for global analysis by Illumina.SingleColor.Mouse WG-6_V2_0_R0_1127 microarrays. Samples (n=5) were normalized to the median of the vehicle control group and filtered for a fold change of 1.5, yielding 553 genes differently regulated between treatments (One way ANOVA, P<0.01, Benjamini-Hochberg multiple test correction), of which 429 genes are upregulated. K means clustering revealed six gene clusters, one of which encompassed genes primarily induced by IFNα4 (A), while the remaining clusters contained genes upregulated by both IFNα4 and IFNλ2 (B). The two clusters of genes were analysed by Ingenuity Pathway Analysis (IPA) (C,D)."}
{"words": ["A", ".", "HumanAEC", "cultures", "were", "stimulated", "for", "4hrs", "with", "IFNα", "(", "circles", ")", "or", "IFNλ", "(", "triangles", ")", "at", "specified", "concentrations", "then", "assessed", "for", "stated", "ISG", "induction", "by", "qPCR", "(", "data", "is", "representative", "of", "2", "independent", "experiments", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HumanAEC cultures were stimulated for 4hrs with IFNα (circles) or IFNλ (triangles) at specified concentrations then assessed for stated ISG induction by qPCR (data is representative of 2 independent experiments, n=3)."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "ISG", "induction", "in", "humanPBMCs", "was", "assessed", "at", "4", "and", "24hrs", "post", "IFNα", "(", "21", "U", "/", "ml", ")", "or", "IFNλ", "(", "1", ".", "2", "ng", "/", "ml", ")", "stimulation", "(", "B", ")", "(", "data", "shown", "is", "pooled", "from", "6", "independent", "donors", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. ISG induction in humanPBMCs was assessed at 4 and 24hrs post IFNα (21 U/ml) or IFNλ (1.2 ng/ml) stimulation (B) (data shown is pooled from 6 independent donors)."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "PBMC", "proinflammatory", "cytokine", "secretion", "was", "measured", "by", "multiplex", "cytokine", "assay", "at", "4", "and", "24hrs", "post", "stimulation", "with", "IFNα", "or", "IFNλ", "(", "C", ")", "(", "data", "shown", "is", "pooled", "from", "6", "independent", "donors", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. PBMC proinflammatory cytokine secretion was measured by multiplex cytokine assay at 4 and 24hrs post stimulation with IFNα or IFNλ (C) (data shown is pooled from 6 independent donors)."}
{"words": ["B", "Box", "plots", "of", "the", "Em", "/", "Ad", "expression", "ratios", "of", "GATA6", "(", "left", ")", "and", "NKX2", "-", "1", "(", "right", ")", "in", "FFPE", "lung", "tissue", "sections", "from", "controls", "(", "Ctrl", ",", "n", "=", "61", ")", "or", "lung", "cancer", "(", "LC", ",", "n", "=", "51", ")", "patients", ".", "Isoform", "-", "specific", "expression", "of", "the", "indicated", "genes", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", "after", "total", "RNA", "isolation", "from", "tissue", "samples", ".", "Each", "point", "represents", "one", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Box plots of the Em/Ad expression ratios of GATA6 (left) and NKX2-1 (right) in FFPE lung tissue sections from controls (Ctrl, n=61) or lung cancer (LC, n=51) patients. Isoform-specific expression of the indicated genes was analyzed by qRT-PCR after total RNA isolation from tissue samples. Each point represents one sample."}
{"words": ["C", "Box", "plots", "of", "Em", "/", "Ad", "of", "GATA6", "(", "top", ")", "or", "NKX2", "-", "1", "(", "bottom", ")", "show", "that", "high", "Em", "/", "Ad", "ratios", "in", "LC", "samples", "are", "maintained", "among", "ethnic", "groups", "(", "left", ")", "and", "gender", "(", "right", ")", ".", "GER", ",", "samples", "collected", "in", "Germany", ";", "MEX", ",", "samples", "collected", "in", "Mexico", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Box plots of Em/Ad of GATA6 (top) or NKX2-1 (bottom) show that high Em/Ad ratios in LC samples are maintained among ethnic groups (left) and gender (right). GER, samples collected in Germany; MEX, samples collected in Mexico."}
{"words": ["D", "Box", "plots", "of", "Em", "/", "Ad", "of", "GATA6", "(", "left", ")", "or", "NKX2", "-", "1", "(", "right", ")", "in", "FFPE", "lung", "tissue", "sections", "from", "controls", "or", "LC", "patients", ".", "Samples", "were", "staged", "according", "to", "the", "TNM", "Classification", "(", "UICC", ",", "7th", "edition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Box plots of Em/Ad of GATA6 (left) or NKX2-1 (right) in FFPE lung tissue sections from controls or LC patients. Samples were staged according to the TNM Classification (UICC, 7th edition)."}
{"words": ["A", "Box", "plots", "of", "the", "Em", "/", "Ad", "expression", "ratios", "of", "GATA6", "(", "left", ")", "and", "NKX2", "-", "1", "(", "right", ")", "in", "EBCs", "from", "controls", "(", "Ctrl", ",", "n", "=", "65", ")", "or", "lung", "cancer", "(", "LC", ",", "n", "=", "48", ")", "patients", "(", "training", "set", ")", ".", "Each", "point", "represents", "one", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Box plots of the Em/Ad expression ratios of GATA6 (left) and NKX2-1 (right) in EBCs from controls (Ctrl, n=65) or lung cancer (LC, n=48) patients (training set). Each point represents one sample."}
{"words": ["(", "B", ")", "Volcano", "plots", "showing", "differentially", "expressed", "genes", "between", "untreated", "and", "DLL4", "&", "PDGFBB", "-", "treated", "mMuSCs", ",", "human", "myoblasts", "and", "hiMPs", ".", "Red", "dots", "represent", "genes", "which", "display", "a", "positive", "fold", "-", "change", "in", "expression", "upon", "treatment", "with", "DLL4", "&", "PDGF", "-", "BB", "whilst", "violet", "dots", "represent", "genes", "which", "are", "significantly", "downregulated", ".", "Differentially", "expressed", "genes", "required", "a", "P", "value", "of", "≤", "0", ".", "05", "to", "be", "considered", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Volcano plots showing differentially expressed genes between untreated and DLL4 & PDGFBB-treated mMuSCs, human myoblasts and hiMPs. Red dots represent genes which display a positive fold-change in expression upon treatment with DLL4 & PDGF-BB whilst violet dots represent genes which are significantly downregulated. Differentially expressed genes required a P value of ≤ 0.05 to be considered significant."}
{"words": ["(", "C", ")", "Heatmaps", "showing", "changes", "in", "expression", "of", "key", "myogenic", "(", "MYOD", ",", "MYOGENIN", ")", ",", "perivascular", "(", "PDGFRB", ",", "NG2", ",", "CD146", ",", "ALPL", ")", "and", "NOTCH", "target", "(", "HEY1", ",", "HES1", ")", "genes", "upon", "treatment", "with", "DLL4", "&", "PDGF", "-", "BB", "in", "mMuSC", "-", "derived", "myoblasts", "(", "left", ")", ",", "human", "myoblasts", "(", "middle", ")", "and", "hiMPs", "(", "right", ")", ".", "Clustering", "was", "performed", "by", "genes", "/", "probes", "with", "Pearson", "correlation", ".", "Colour", "scale", "based", "on", "z", "-", "scores", ":", "red", "regions", "indicate", "high", "expression", "whilst", "blue", "regions", "indicate", "low", "expression", ".", "Dendrograms", "indicate", "the", "similarity", "of", "clusters", "as", "well", "as", "the", "orders", "in", "which", "clusters", "were", "assembled", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Heatmaps showing changes in expression of key myogenic (MYOD, MYOGENIN), perivascular (PDGFRB, NG2, CD146, ALPL) and NOTCH target (HEY1, HES1) genes upon treatment with DLL4 & PDGF-BB in mMuSC-derived myoblasts (left), human myoblasts (middle) and hiMPs (right). Clustering was performed by genes/probes with Pearson correlation. Colour scale based on z-scores: red regions indicate high expression whilst blue regions indicate low expression. Dendrograms indicate the similarity of clusters as well as the orders in which clusters were assembled."}
{"words": ["(", "B", ")", "Phase", "contrast", "images", "displaying", "morphology", "of", "untreated", "and", "treated", "hiMPs", ".", "Scale", "bar", ":", "25", "μm", ".", "(", "C", ")", "Scatter", "dot", "plot", "showing", "morphometric", "analysis", "of", "treated", "and", "untreated", "hiMPs", ".", "Morphology", "was", "quantified", "as", "­", "circularity", "ratio", ",", "where", "1", "=", "perfect", "circle", "and", "0", "=", "line", "(", "experimental", "replicates", "=", "3", ")", ".", "Statistical", "analysis", "(", "paired", "t", "test", ")", "was", "performed", "on", "the", "first", "quartile", "to", "enhance", "detection", "of", "morphological", "changes", "(", "error", "bars", ":", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Phase contrast images displaying morphology of untreated and treated hiMPs. Scale bar: 25 μm. (C) Scatter dot plot showing morphometric analysis of treated and untreated hiMPs. Morphology was quantified as­ circularity ratio, where 1 = perfect circle and 0 = line (experimental replicates = 3). Statistical analysis (paired t test) was performed on the first quartile to enhance detection of morphological changes (error bars: SD)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "untreated", "and", "treated", "hiMPs", "incubated", "with", "EdU", "for", "2", "hours", ".", "Scale", "bar", ":", "75", "μm", ".", "(", "F", ")", "Bar", "graphs", "quantifying", "EdU", "experiment", "shown", "in", "(", "E", ")", "(", "experimental", "replicates", "=", "3", ";", "error", "bars", ":", "SEM", ")", ".", "Statistical", "analysis", "based", "on", "an", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunofluorescence images of untreated and treated hiMPs incubated with EdU for 2 hours. Scale bar: 75 μm. (F) Bar graphs quantifying EdU experiment shown in (E) (experimental replicates = 3; error bars: SEM). Statistical analysis based on an unpaired t-test."}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunofluorescence", "images", "of", "hiMPs", "expanded", "in", "control", "or", "treated", "conditions", "for", "1", "week", ",", "induced", "to", "differentiate", "for", "4", "days", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "γ", "-", "secretase", "inhibitor", "L685458", "and", "immunostained", "for", "myosin", "heavy", "chain", "(", "MyHC", ")", ".", "(", "I", ")", "Bar", "graph", "quantifying", "the", "average", "percentage", "of", "nuclei", "within", "MyHC", "positive", "myotubes", "(", "experimental", "replicates", "=", "3", ";", "error", "bars", ":", "SEM", ")", ".", "Statistical", "significance", "based", "on", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunofluorescence images of hiMPs expanded in control or treated conditions for 1 week, induced to differentiate for 4 days in the presence or absence of γ-secretase inhibitor L685458 and immunostained for myosin heavy chain (MyHC). (I) Bar graph quantifying the average percentage of nuclei within MyHC positive myotubes (experimental replicates = 3; error bars: SEM). Statistical significance based on one-way ANOVA with Tukey's multiple comparison."}
{"words": ["(", "J", ")", "Immunofluorescence", "panels", "showing", "human", "specific", "LAMIN", "A", "/", "C", "+", "(", "nuclei", ")", "and", "SPECTRIN", "(", "sarcolemma", ")", "staining", "in", "tibialis", "anterior", "muscles", "of", "immunodeficient", "mice", "(", "N", "=", "3", ")", "transplanted", "with", "treated", "(", "n", "=", "3", "muscles", ")", "and", "untreated", "(", "n", "=", "3", "muscles", ")", "N5", "hiMPs", ".", "(", "K", ")", "Quantification", "of", "LAMIN", "A", "/", "C", "+", "grafted", "human", "cells", "across", "each", "muscle", ".", "Data", "information", ":", "full", "gene", "list", "for", "heatmaps", "in", "(", "A", ")", "and", "(", "D", ")", "available", "in", "Appendix", "Table", "S4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Immunofluorescence panels showing human specific LAMIN A/C+ (nuclei) and SPECTRIN (sarcolemma) staining in tibialis anterior muscles of immunodeficient mice (N = 3) transplanted with treated (n = 3 muscles) and untreated (n = 3 muscles) N5 hiMPs. (K) Quantification of LAMIN A/C+ grafted human cells across each muscle. Data information: full gene list for heatmaps in (A) and (D) available in Appendix Table S4."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "fluorescence", "images", "of", "CMFDA", "-", "stained", "untreated", "and", "DLL4", "&", "PDGF", "-", "BB", "-", "treated", "hiMPs", "within", "the", "top", "perfusion", "channel", ",", "15", "minutes", "after", "delivery", "and", "kept", "on", "the", "OrganoFlow", "®", ".", "(", "G", ")", "Bar", "graph", "quantifying", "adhesion", "images", "in", "(", "E", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "based", "on", "a", "paired", "t", "-", "test", "(", "experimental", "replicates", "=", "3", ")", ".", "Each", "point", "on", "the", "plot", "represents", "the", "number", "of", "adhered", "cells", "after", "15", "minutes", "within", "a", "single", "chip", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative fluorescence images of CMFDA-stained untreated and DLL4 & PDGF-BB-treated hiMPs within the top perfusion channel, 15 minutes after delivery and kept on the OrganoFlow®. (G) Bar graph quantifying adhesion images in (E). Statistical significance was calculated based on a paired t-test (experimental replicates = 3). Each point on the plot represents the number of adhered cells after 15 minutes within a single chip."}
{"words": ["(", "H", ")", "Assessment", "of", "DLL4", "&", "PDGF", "-", "BB", "-", "treated", "WT", "and", "genetically", "corrected", "DMD", "hiMP", "migration", "through", "a", "layer", "of", "endothelial", "cells", ".", "Representative", "images", "showing", "the", "lower", "side", "of", "the", "trans", "-", "well", "membrane", "on", "which", "treated", "and", "untreated", "hiMPs", "(", "stained", "with", "the", "transient", "dye", "CFDA", ",", "in", "green", ")", "are", "simultaneously", "seeded", "on", "HUVECs", "for", "8", "hours", ".", "Bar", "graphs", "quantifying", "the", "average", "number", "of", "CFDA", "-", "positive", "cells", "/", "mm2", ",", "that", "have", "migrated", "through", "the", "endothelial", "layer", "in", "each", "considered", "condition", ".", "(", "experimental", "replicates", "=", "3", ")", ".", "A", "minimum", "of", "10", "(", "1", ".", "5", "mm2", ")", "fields", "per", "condition", "was", "quantified", "(", "error", "bars", ":", "SEM", ")", ".", "(", "I", ")", "Bar", "graph", "showing", "fold", "-", "change", "in", "trans", "-", "endothelial", "migration", "(", "error", "bars", ":", "SEM", ")", ".", "Statistical", "significance", "based", "on", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Assessment of DLL4 & PDGF-BB-treated WT and genetically corrected DMD hiMP migration through a layer of endothelial cells. Representative images showing the lower side of the trans-well membrane on which treated and untreated hiMPs (stained with the transient dye CFDA, in green) are simultaneously seeded on HUVECs for 8 hours. Bar graphs quantifying the average number of CFDA-positive cells/ mm2, that have migrated through the endothelial layer in each considered condition. (experimental replicates = 3). A minimum of 10 (1.5 mm2) fields per condition was quantified (error bars: SEM). (I) Bar graph showing fold-change in trans-endothelial migration (error bars: SEM). Statistical significance based on one-way ANOVA with Bonferroni's multiple comparison."}
{"words": ["(", "C", ")", "HeLa", "cells", "were", "harvested", "at", "indicated", "time", "points", "and", "processed", "for", "western", "blotting", "probed", "for", "GBP1", "and", "5", "protein", "levels", ",", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HeLa cells were harvested at indicated time points and processed for western blotting probed for GBP1 and 5 protein levels, α-Tubulin (Tubulin) as loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "Top", ":", "Experimental", "outline", "of", "CRISPRa", "targeting", "of", "GBP1", "and", "ASCL1", "(", "control", ")", "by", "transient", "transfection", "with", "plasmids", "containing", "dCAS9", "-", "SAM", ".", "Bottom", ":", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "dCas9", "-", "SAM", "technology", "with", "gRNA", "for", "indicated", "genes", ",", "either", "alone", "or", "in", "combination", "with", "a", "24h", "exposure", "to", "IFNγ", ".", "RNA", "was", "isolated", "and", "GBP1", "mRNA", "expression", "was", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", "after", "48h", "of", "transfection", "and", "normalized", "to", "ACTB", "expression", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", ".", "Error", "bars", ",", "SD", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Top: Experimental outline of CRISPRa targeting of GBP1 and ASCL1 (control) by transient transfection with plasmids containing dCAS9-SAM. Bottom: HeLa cells were transfected with dCas9-SAM technology with gRNA for indicated genes, either alone or in combination with a 24h exposure to IFNγ. RNA was isolated and GBP1 mRNA expression was measured by RT-qPCR after 48h of transfection and normalized to ACTB expression. Statistical significance was determined using two-way ANOVA. Data are shown as mean. Error bars, SD; n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "Top", ":", "Experimental", "outline", "of", "CRISPRa", "targeting", "of", "GBP1", "and", "ASCL1", "(", "control", ")", "by", "transient", "transfection", "with", "plasmids", "containing", "dCAS9", "-", "SAM", ",", "followed", "by", "induction", "with", "IFNγ", ".", "Bottom", ":", "RNA", "was", "isolated", ",", "GBP1", "mRNA", "level", "was", "determined", "as", "indicted", "in", "experimental", "outline", "in", "top", ",", "by", "RT", "-", "qPCR", "and", "normalized", "to", "ACTB", "mRNA", "level", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", ".", "Error", "bars", ",", "SD", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Top: Experimental outline of CRISPRa targeting of GBP1 and ASCL1 (control) by transient transfection with plasmids containing dCAS9-SAM, followed by induction with IFNγ. Bottom: RNA was isolated, GBP1 mRNA level was determined as indicted in experimental outline in top, by RT-qPCR and normalized to ACTB mRNA level. Statistical significance was determined using Ordinary one-way ANOVA. Data are shown as mean. Error bars, SD; n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "D", ")", "Experiment", "as", "in", "C", "but", "with", "addition", "of", "IFNγ", "during", "priming", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", ".", "Error", "bars", ",", "SD", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Experiment as in C but with addition of IFNγ during priming. Statistical significance was determined using Ordinary one-way ANOVA. Data are shown as mean. Error bars, SD; n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "B", ")", "Stable", "CRISPR", "knockouts", "were", "generated", "for", "indicated", "genes", "in", "HeLa", "cells", ".", "Knockout", "(", "KO", ")", "cells", "or", "their", "parental", "controls", "(", "WT", ")", "were", "induced", "with", "IFNγ", "for", "24", "hours", "or", "left", "untreated", "and", "prepared", "for", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", ".", "Blots", "incubated", "with", "GBP5", "antibody", "assess", "gene", "expression", ".", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Note", "that", "GBP5", "and", "Tubulin", "blot", "of", "parental", "cells", "is", "as", "in", "1C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Stable CRISPR knockouts were generated for indicated genes in HeLa cells. Knockout (KO) cells or their parental controls (WT) were induced with IFNγ for 24 hours or left untreated and prepared for SDS-PAGE and immunoblotting. Blots incubated with GBP5 antibody assess gene expression. α-Tubulin (Tubulin) was used as a loading control. Note that GBP5 and Tubulin blot of parental cells is as in 1C."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "primed", "with", "IFNγ", "for", "24", "hours", ",", "followed", "with", "IFNγ", "washout", ".", "After", "48h", ",", "naïve", "and", "primed", "cells", "were", "induced", "by", "IFNγ", "for", "1h", "and", "3h", ".", "Cells", "were", "harvested", "at", "indicated", "time", "points", "and", "processed", "for", "CUT", "&", "RUN", ".", "Representation", "of", "processed", "data", "of", "CUT", "&", "RUN", "for", "STAT1", "(", "D", ")", "and", "IRF1", "(", "E", ")", "occupancy", "at", "GBP5", "and", "GBP4", "genes", ".", "Sequenced", "reads", "were", "mapped", "to", "the", "human", "genome", "(", "hg38", ")", ",", "coverage", "data", "are", "displayed", "as", "reads", "per", "million", "(", "RPM", ")", "at", "equal", "scaling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were primed with IFNγ for 24 hours, followed with IFNγ washout. After 48h, naïve and primed cells were induced by IFNγ for 1h and 3h. Cells were harvested at indicated time points and processed for CUT&RUN. Representation of processed data of CUT&RUN for STAT1 (D) and IRF1 (E) occupancy at GBP5 and GBP4 genes. Sequenced reads were mapped to the human genome (hg38), coverage data are displayed as reads per million (RPM) at equal scaling."}
{"words": ["(", "A", ")", "Single", "-", "cell", "RNA", "-", "seq", "from", "HeLa", "cells", "for", "STAT1", "Each", "dot", "represents", "STAT1", "expression", "in", "one", "cell", "in", "naïve", "(", "n", "=", "91", ")", ",", "induction", "(", "n", "=", "90", ")", "and", "reinduction", "(", "n", "=", "92", ")", ".", "Error", "bars", ",", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Single-cell RNA-seq from HeLa cells for STAT1 Each dot represents STAT1 expression in one cell in naïve (n=91), induction (n=90) and reinduction (n=92). Error bars, SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Blot", "probing", "for", "STAT1", "before", "and", "after", "IFNγ", "induction", "in", "STAT1", "knockout", "(", "STAT1KO", ")", ",", "STAT1", "rescued", "(", "STAT1", ",", "constitutive", ")", "and", "parental", "control", "(", "WT", ")", ",", "to", "confirm", "knockout", "and", "rescue", "status", ".", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Blot probing for STAT1 before and after IFNγ induction in STAT1 knockout (STAT1KO), STAT1 rescued (STAT1, constitutive) and parental control (WT), to confirm knockout and rescue status. α-Tubulin (Tubulin) was used as a loading control."}
{"words": ["(", "D", ")", "STAT1", "rescue", "cells", "and", "their", "parental", "control", "were", "subjected", "to", "IFNγ", "induction", "and", "reinduction", "regime", "as", "outlined", "in", "Figure", "1A", ".", "Cell", "extracts", "were", "processed", "for", "western", "blotting", "and", "probed", "for", "GBP5", "expression", "before", "and", "after", "induction", "and", "reinduction", "as", "indicated", "in", "Figure", "1A", ".", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) STAT1 rescue cells and their parental control were subjected to IFNγ induction and reinduction regime as outlined in Figure 1A. Cell extracts were processed for western blotting and probed for GBP5 expression before and after induction and reinduction as indicated in Figure 1A. α-Tubulin (Tubulin) was used as a loading control."}
{"words": ["(", "G", ")", "Cells", "constitutively", "expressing", "STAT1", "(", "as", "in", "B", ")", "were", "primed", "with", "IFNγ", ",", "followed", "by", "IFNγ", "washout", ".", "After", "48h", ",", "naïve", "and", "primed", "cells", "were", "induced", "by", "IFNγ", "for", "different", "time", "points", "(", "5", ",", "15", ",", "30", ",", "60", ",", "180", "min", ")", ".", "Cell", "extracts", "were", "prepared", "at", "indicated", "timepoints", "and", "processed", "for", "western", "blotting", ".", "Immunoblot", "of", "pSTAT1", "-", "Y701", ",", "and", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Cells constitutively expressing STAT1 (as in B) were primed with IFNγ, followed by IFNγ washout. After 48h, naïve and primed cells were induced by IFNγ for different time points (5, 15, 30, 60, 180 min). Cell extracts were prepared at indicated timepoints and processed for western blotting. Immunoblot of pSTAT1-Y701, and α-Tubulin (Tubulin) as a loading control."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "were", "subjected", "to", "IFNγ", "induction", "and", "reinduction", "regime", "as", "outlined", "in", "Figure", "1A", "with", "2", "days", "and", "7", "days", "recovery", "time", "(", "primed", "state", ")", "after", "IFNγ", "washout", ".", "Cell", "extracts", "were", "prepared", "at", "indicated", "timepoints", ",", "processed", "for", "western", "blotting", "and", "probed", "for", "STAT1", ",", "pSTAT1", "-", "Y701", "and", "pSTAT1", "-", "S727", ".", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells were subjected to IFNγ induction and reinduction regime as outlined in Figure 1A with 2 days and 7 days recovery time (primed state) after IFNγ washout. Cell extracts were prepared at indicated timepoints, processed for western blotting and probed for STAT1, pSTAT1-Y701 and pSTAT1-S727. α-Tubulin (Tubulin) as a loading control."}
{"words": ["(", "C", ")", "(", "H", ")", "STAT1KO", ":", ":", "STAT1", "-", "S727E", "and", "STAT1KO", ":", ":", "STAT1", "-", "S727D", "expressing", "cells", "or", "their", "parental", "controls", "(", "WT", ")", "were", "subjected", "to", "IFNγ", "induction", "and", "reinduction", "regime", "as", "outlined", "in", "Figure", "1A", ",", "RNA", "was", "isolated", "and", "GBP5", "mRNA", "level", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "and", "normalized", "to", "ACTB", "mRNA", "level", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "Ordinary", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "(", "error", "bars", ",", "SD", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) (H) STAT1KO::STAT1-S727E and STAT1KO::STAT1-S727D expressing cells or their parental controls (WT) were subjected to IFNγ induction and reinduction regime as outlined in Figure 1A, RNA was isolated and GBP5 mRNA level was determined by RT-qPCR and normalized to ACTB mRNA level. Statistical significance was determined using Ordinary one-way ANOVA. Data are shown as mean (error bars, SD; n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Characterization", "of", "dTAG", "-", "induced", "destruction", "and", "recovery", ".", "STAT1", "-", "EGFP", "-", "dTAG", "expressing", "cells", "were", "induced", "with", "IFNγ", "for", "24h", ",", "then", "treated", "with", "dTAG13", "(", "100", "nM", ")", "for", "DMSO", "vehicle", "control", "(", "I", ")", "or", "STAT1", "depletion", "(", "II", ")", "for", "24h", ".", "To", "determine", "recovery", "of", "STAT1", "expression", ",", "cells", "were", "washed", "three", "times", "with", "medium", "and", "harvested", "48h", "after", "IFNγ", "washout", "(", "120", "hour", "timepoint", ",", "lane", "4", ")", ".", "In", "Parallel", ",", "(", "III", ")", "cells", "were", "treated", "with", "dTAG13", "(", "100", "nM", ")", "for", "48h", "during", "24h", "induction", "with", "IFNγ", ".", "Immunoblot", "of", "STAT1", "-", "GFP", "-", "dTAG", "at", "indicated", "treatments", "confirm", "STAT1", "depletion", "and", "recovery", ",", "respectively", ".", "α", "-", "Tubulin", "(", "Tubulin", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Characterization of dTAG-induced destruction and recovery. STAT1-EGFP-dTAG expressing cells were induced with IFNγ for 24h, then treated with dTAG13 (100 nM) for DMSO vehicle control (I) or STAT1 depletion (II) for 24h. To determine recovery of STAT1 expression, cells were washed three times with medium and harvested 48h after IFNγ washout (120 hour timepoint, lane 4). In Parallel, (III) cells were treated with dTAG13 (100 nM) for 48h during 24h induction with IFNγ. Immunoblot of STAT1-GFP-dTAG at indicated treatments confirm STAT1 depletion and recovery, respectively. α-Tubulin (Tubulin) was used as a loading control."}
{"words": ["(", "G", ")", "RNA", "was", "isolated", "and", "GBP5", "mRNA", "level", "as", "indicated", "in", "(", "F", ")", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", ",", "normalized", "to", "ACTB", "mRNA", "level", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "(", "error", "bars", ",", "SD", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) RNA was isolated and GBP5 mRNA level as indicated in (F) was determined by RT-qPCR, normalized to ACTB mRNA level. Statistical significance was determined using two-way ANOVA. Data are shown as mean (error bars, SD; n=3 biological replicates)"}
{"words": ["A", "Western", "blot", "analysis", "STAT", "expression", "and", "phosphorylation", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "/", "+", "(", "WT", "/", "YF", ")", "or", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "or", "5", "ng", "/", "mL", "of", "IFNγ", "for", "0", ".", "5", ",", "6", ",", "12", "and", "24", "h", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "collected", "and", "tested", "in", "western", "blot", "for", "levels", "of", "phosphorylation", "of", "STAT1", "(", "Y701", ")", "and", "STAT2", "(", "Y689", ")", "and", "total", "level", "of", "STAT1", "and", "STAT2", ".", "The", "blots", "are", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Western blot analysis STAT expression and phosphorylation. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F/+ (WT/YF) or Stat1-/- (S1) mice were treated with 250 IU/mL of IFNβ or 5 ng/mL of IFNγ for 0.5, 6, 12 and 24 h. Whole cell extracts were collected and tested in western blot for levels of phosphorylation of STAT1 (Y701) and STAT2 (Y689) and total level of STAT1 and STAT2. The blots are representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["B", "Effect", "of", "STAT1Y701Fheterozygosity", "on", "the", "expression", "of", "type", "I", "IFN", "-", "induced", "genes", "(", "ISG", ")", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "/", "+", "(", "WT", "/", "YF", ")", "or", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "4", "and", "48", "h", ".", "Gene", "expression", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "to", "the", "expression", "levels", "in", "untreated", "wild", "type", "cells", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "values", "with", "the", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "C", "Effect", "of", "STAT1Y701Fheterozygosity", "on", "the", "expression", "of", "IFNγ", "-", "induced", "genes", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "/", "+", "(", "WT", "/", "YF", ")", "or", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "treated", "with", "5", "ng", "/", "mL", "of", "IFNγ", "for", "4", "and", "48", "h", ".", "Gene", "expression", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "to", "the", "expression", "levels", "in", "untreated", "wild", "type", "cells", ".", "The", "bars", "represent", "mean", "values", "with", "the", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Effect of STAT1Y701Fheterozygosity on the expression of type I IFN-induced genes (ISG). BMDMs of wild type (WT), Stat1Y701F/+ (WT/YF) or Stat1-/- (S1) mice were treated with 250 IU/mL of IFNβ for 4 and 48 h. Gene expression was measured by Q-PCR and normalized to Gapdh and to the expression levels in untreated wild type cells. The bars represent mean values with the standard deviations (SD) of three independent experiments.C Effect of STAT1Y701Fheterozygosity on the expression of IFNγ-induced genes. BMDMs of wild type (WT), Stat1Y701F/+ (WT/YF) or Stat1-/- (S1) mice were treated with 5 ng/mL of IFNγ for 4 and 48 h. Gene expression was measured by Q-PCR and normalized to Gapdh and to the expression levels in untreated wild type cells. The bars represent mean values with the standard deviations (SD) of three independent experiments."}
{"words": ["A", "Effect", "of", "STAT1Y701F", "homozygosity", "on", "STAT1", "expression", "in", "mouse", "cells", "and", "organs", ".", "Spleens", ",", "livers", "or", "bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "were", "isolated", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "collected", "and", "tested", "for", "levels", "of", "total", "Stat1", "in", "western", "blot", ".", "The", "blots", "are", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Effect of STAT1Y701F homozygosity on STAT1 expression in mouse cells and organs. Spleens, livers or bone marrow derived macrophages (BMDMs) were isolated from wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice. Whole cell extracts were collected and tested for levels of total Stat1 in western blot. The blots are representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["B", "Effect", "of", "STAT1Y701F", "homozygosity", "on", "STAT1", "phosphorylation", "at", "Y701", ".", "BMDMs", "were", "isolated", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "and", "stimulated", "for", "30", "min", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "or", "5", "ng", "/", "mL", "of", "IFNγ", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "collected", "and", "tested", "for", "levels", "of", "STAT1", "phosphorylation", "on", "Y701", "in", "western", "blot", ".", "The", "blots", "are", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Effect of STAT1Y701F homozygosity on STAT1 phosphorylation at Y701. BMDMs were isolated from wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice and stimulated for 30 min with 250 IU/mL of IFNβ or 5 ng/mL of IFNγ. Whole cell extracts were collected and tested for levels of STAT1 phosphorylation on Y701 in western blot. The blots are representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["C", "Effect", "of", "STAT1Y701Fhomozygosity", "on", "the", "expression", "of", "IFNβ", "-", "induced", "genes", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "treated", "with", "5", "ng", "/", "mL", "of", "IFNγ", "for", "4", "or", "48", "h", ".", "Gene", "expression", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "to", "the", "expression", "levels", "in", "untreated", "wild", "type", "cells", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "value", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ";", "asterisks", "denote", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "(", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", ")", ";", "the", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "paired", "ratio", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Effect of STAT1Y701Fhomozygosity on the expression of IFNβ-induced genes. BMDMs of wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice were treated with 5 ng/mL of IFNγ for 4 or 48 h. Gene expression was measured by Q-PCR and normalized to Gapdh and to the expression levels in untreated wild type cells. Bars represent a mean value of 3 independent experiments. Error bars represent standard error of the mean (SEM); asterisks denote the level of statistical significance (ns, p>0.05); the p-values were calculated using paired ratio t-test."}
{"words": ["D", "Effect", "of", "STAT1Y701Fhomozygosity", "on", "the", "expression", "of", "type", "I", "IFN", "-", "induced", "genes", "(", "ISG", ")", ".", "BMDMs", "were", "isolated", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", ",", "Stat1", "-", "/", "-", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "and", "IRF9", "-", "/", "-", "mice", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "4", ",", "8", ",", "12", ",", "24", "or", "48", "h", ".", "Gene", "expression", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "to", "the", "expression", "levels", "in", "untreated", "wild", "type", "cells", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "value", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ";", "asterisks", "denote", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "(", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", ";", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ")", ";", "the", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "paired", "ratio", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Effect of STAT1Y701Fhomozygosity on the expression of type I IFN-induced genes (ISG). BMDMs were isolated from wild type (WT), Stat1Y701F, Stat1-/-, Stat2-/- and IRF9-/- mice treated with 250 IU/mL of IFNβ for 4, 8, 12, 24 or 48 h. Gene expression was measured by Q-PCR and normalized to Gapdh and to the expression levels in untreated wild type cells. Bars represent a mean value of 3 independent experiments. Error bars represent standard error of the mean (SEM); asterisks denote the level of statistical significance (ns, p>0.05; *, p≤ 0.05; **, p≤ 0.01); the p-values were calculated using paired ratio t-test."}
{"words": ["E", "STAT1", "and", "STAT2", "phosphorylation", "in", "Stat1", "-", "/", "-", ",", "Stat1Y701F", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "and", "Irf9", "-", "/", "-", "macrophages", ".", "BMDMs", "were", "isolated", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "(", "S2", ")", "and", "IRF9", "-", "/", "-", "(", "IRF9", ")", "mice", "and", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "30", "min", "or", "6", ",", "12", "or", "24", "h", ".", "The", "whole", "cell", "extracts", "were", "collected", "and", "tested", "in", "western", "blot", "for", "levels", "of", "phosphorylation", "of", "STAT1", "on", "Y701", "and", "of", "STAT2", "on", "Y689", ".", "The", "same", "cell", "extracts", "were", "tested", "for", "total", "levels", "of", "STAT1", "and", "STAT2", ".", "The", "blots", "are", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E STAT1 and STAT2 phosphorylation in Stat1-/-, Stat1Y701F, Stat2-/- and Irf9-/- macrophages. BMDMs were isolated from wild type (WT), Stat1Y701F (YF), Stat1-/- (S1), Stat2-/- (S2) and IRF9-/- (IRF9) mice and treated with 250 IU/mL of IFNβ for 30 min or 6, 12 or 24 h. The whole cell extracts were collected and tested in western blot for levels of phosphorylation of STAT1 on Y701 and of STAT2 on Y689. The same cell extracts were tested for total levels of STAT1 and STAT2. The blots are representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["A", "IFNβ", "-", "stimulated", "binding", "of", "STAT2", "to", "ISRE", "sequences", "of", "Mx2", "and", "IRF7", "promoters", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "(", "S2", ")", "and", "IRF9", "-", "/", "-", "(", "IRF9", ")", "mice", "were", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "2", "or", "24", "h", ".", "Cells", "were", "crosslinked", ",", "sonicated", "and", "immunoprecipitated", "with", "STAT2", "-", "specific", "antibody", ".", "The", "amount", "of", "precipitated", "DNA", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "value", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ";", "asterisks", "denote", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "(", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ")", ";", "the", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "paired", "ratio", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A IFNβ-stimulated binding of STAT2 to ISRE sequences of Mx2 and IRF7 promoters. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F (YF), Stat1-/- (S1), Stat2-/- (S2) and IRF9-/- (IRF9) mice were treated with 250 IU/mL of IFNβ for 2 or 24 h. Cells were crosslinked, sonicated and immunoprecipitated with STAT2-specific antibody. The amount of precipitated DNA was measured by Q-PCR. Bars represent a mean value of 3 independent experiments. Error bars represent standard error of the mean (SEM); asterisks denote the level of statistical significance (**, p≤ 0.01); the p-values were calculated using paired ratio t-test."}
{"words": ["B", "Impact", "of", "STAT2", "deficiency", "on", "IFNβ", "-", "stimulated", "STAT1", "association", "with", "the", "Mx2", "ISRE", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "and", "Stat2", "-", "/", "-", "(", "S2", ")", "mice", "were", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "2", "or", "24", "h", ".", "Cells", "were", "crosslinked", ",", "sonicated", "and", "immunoprecipitated", "with", "STAT1", "-", "specific", "antibody", ".", "The", "amount", "of", "precipitated", "DNA", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", ".", "Bars", "represent", "mean", "values", "of", "three", "independent", "experiments", ";", "error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "mean", "(", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Impact of STAT2 deficiency on IFNβ -stimulated STAT1 association with the Mx2 ISRE. BMDMs of wild type (WT), Stat1-/- (S1) and Stat2-/- (S2) mice were treated with 250 IU/mL of IFNβ for 2 or 24 h. Cells were crosslinked, sonicated and immunoprecipitated with STAT1-specific antibody. The amount of precipitated DNA was measured by Q-PCR. Bars represent mean values of three independent experiments; error bars represent standard error of mean (SEM)."}
{"words": ["C", "Simultaneous", "association", "of", "STAT1", "and", "STAT2", "with", "the", "Mx2", "ISRE", "analyzed", "by", "ChIP", "-", "reChIP", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", "mice", "were", "treated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "2", "or", "24", "h", ".", "Cells", "were", "crosslinked", ",", "sonicated", "and", "immunoprecipitated", "with", "either", "STAT1", "-", "specific", "antibody", "and", "re", "-", "immunoprecipitated", "with", "STAT2", "-", "specific", "antibody", "or", "vice", "versa", ".", "The", "amount", "of", "precipitated", "DNA", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", ".", "Bars", "represent", "mean", "values", "of", "three", "independent", "experiments", ";", "error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Simultaneous association of STAT1 and STAT2 with the Mx2 ISRE analyzed by ChIP-reChIP. BMDMs of wild type (WT) mice were treated with 250 IU/mL of IFNβ for 2 or 24 h. Cells were crosslinked, sonicated and immunoprecipitated with either STAT1-specific antibody and re-immunoprecipitated with STAT2-specific antibody or vice versa. The amount of precipitated DNA was measured by Q-PCR. Bars represent mean values of three independent experiments; error bars represent standard deviation (SD)."}
{"words": ["D", "Impact", "of", "STAT1Y701F", "on", "delayed", ",", "STAT2", "-", "mediated", "expression", "of", "IFN", "-", "induced", "genes", ".", "Stat1", "-", "/", "-", "fibroblasts", "were", "transfected", "with", "plasmids", "driving", "expression", "of", "the", "indicated", "proteins", ".", "24", "h", "after", "transfection", ",", "250", "IU", "/", "ml", "of", "IFNβ", "was", "added", "to", "the", "transfected", "cells", "and", "ISG", "expression", "was", "determined", "by", "Q", "-", "PCR", "after", "48h", "of", "cytokine", "treatment", ".", "Gene", "expression", "was", "measured", "by", "Q", "-", "PCR", "and", "normalized", "to", "Gapdh", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "value", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "and", "asterisks", "denote", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ")", ";", "the", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "paired", "ratio", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Impact of STAT1Y701F on delayed, STAT2-mediated expression of IFN-induced genes. Stat1-/- fibroblasts were transfected with plasmids driving expression of the indicated proteins. 24 h after transfection, 250 IU/ml of IFNβ was added to the transfected cells and ISG expression was determined by Q-PCR after 48h of cytokine treatment. Gene expression was measured by Q-PCR and normalized to Gapdh. Bars represent a mean value of 3 independent experiments. Error bars represent standard error of the mean (SEM) and asterisks denote the level of statistical significance (*, p≤ 0.05); the p-values were calculated using paired ratio t-test."}
{"words": ["A", "Analysis", "of", "STAT2", "nuclear", "translocation", "by", "immunofluorescence", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "(", "S2", ")", "and", "IRF9", "-", "/", "-", "(", "IRF9", ")", "mice", "were", "seeded", "on", "cover", "slips", "and", "stimulated", "with", "250", "IU", "/", "mL", "of", "IFNβ", "for", "30", "min", "or", "24", "h", ".", "The", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "STAT2", "specific", "antibody", "followed", "by", "Alexafluor", "®", "488", "conjugated", "secondary", "antibody", "(", "green", ")", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Studies", "are", "representative", "of", "more", "than", "three", "independent", "experiments", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "10", "µm", ".", "B", "Quantitative", "evaluation", "of", "STAT2nuclear", "translocation", ".", "The", "intensity", "of", "STAT2", "-", "dependent", "immunofluorescence", "over", "DNA", "staining", "(", "DAPI", ")", "was", "quantified", "using", "ImageJ", "software", "in", "20", "cells", "from", "two", "independent", "experiments", ".", "Bars", "represent", "a", "mean", "with", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "and", "asterisks", "denote", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ")", ";", "p", "-", "value", "was", "calculated", "using", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Analysis of STAT2 nuclear translocation by immunofluorescence. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F (YF), Stat1-/- (S1), Stat2-/- (S2) and IRF9-/- (IRF9) mice were seeded on cover slips and stimulated with 250 IU/mL of IFNβ for 30 min or 24 h. The cells were fixed and stained for STAT2 specific antibody followed by Alexafluor® 488 conjugated secondary antibody (green). Nuclei were stained with DAPI (blue). Studies are representative of more than three independent experiments. The scale bars represent 10 µm.B Quantitative evaluation of STAT2nuclear translocation. The intensity of STAT2-dependent immunofluorescence over DNA staining (DAPI) was quantified using ImageJ software in 20 cells from two independent experiments. Bars represent a mean with standard deviation (SD) and asterisks denote the level of statistical significance (***, p≤ 0.001); p-value was calculated using unpaired t-test."}
{"words": ["A", "Legionella", "pneumophila", "growth", "in", "unstimulated", "macrophages", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "mice", "were", "seeded", "on", "in", "the", "24", "-", "well", "plates", "and", "infected", "with", "L", ".", "pneumophila", "(", "JR32", "Fla", "-", ",", "MOI", "0", ".", "25", ")", ".", "The", "numbers", "of", "colony", "forming", "units", "(", "CFUs", ")", "were", "determined", "24", "h", ",", "48", "h", "and", "72", "h", "after", "infection", "on", "charcoal", "yeast", "extract", "plates", "(", "CYE", ")", ".", "The", "0", "time", "point", "was", "collected", "1", ".", "5", "h", "after", "the", "infection", ".", "B", "Legionella", "pneumophila", "growth", "in", "IFNβ", "-", "treated", "macrophages", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", ",", "Stat1", "-", "/", "-", "mice", "were", "seeded", "in", "24", "-", "well", "plates", ",", "treated", "with", "500", "U", "/", "mL", "of", "IFNβ", "and", "then", "infected", "with", "L", ".", "pneumophila", "(", "JR32", "Fla", "-", ",", "MOI", "0", ".", "25", ")", ".", "The", "numbers", "of", "colony", "forming", "units", "(", "CFUs", ")", "were", "determined", "24", "h", ",", "48", "h", "and", "72", "h", "after", "infection", "on", "charcoal", "yeast", "extract", "plates", "(", "CYE", ")", ".", "The", "0", "time", "point", "was", "collected", "1", ".", "5", "h", "after", "the", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Legionella pneumophila growth in unstimulated macrophages. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F, Stat1-/- mice were seeded on in the 24-well plates and infected with L. pneumophila (JR32 Fla-, MOI 0.25). The numbers of colony forming units (CFUs) were determined 24 h, 48 h and 72 h after infection on charcoal yeast extract plates (CYE). The 0 time point was collected 1.5 h after the infection.B Legionella pneumophila growth in IFNβ-treated macrophages. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F, Stat1-/- mice were seeded in 24-well plates, treated with 500 U/mL of IFNβ and then infected with L. pneumophila (JR32 Fla-, MOI 0.25). The numbers of colony forming units (CFUs) were determined 24 h, 48 h and 72 h after infection on charcoal yeast extract plates (CYE). The 0 time point was collected 1.5 h after the infection."}
{"words": ["A", "Western", "blot", "analysis", "of", "STAT1", "tyrosine", "phosphorylation", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", "(", "LO28", ",", "MOI", "10", ")", "for", "5", "or", "6", "h", ".", "Whole", "cell", "extracts", "were", "collected", "and", "tested", "in", "western", "blot", "for", "levels", "of", "total", "STAT1", "and", "phosphorylation", "of", "STAT1", "on", "tyrosine", "(", "Y701", ")", ".", "The", "blots", "are", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Western blot analysis of STAT1 tyrosine phosphorylation. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice were infected with L. monocytogenes (LO28, MOI 10) for 5 or 6 h. Whole cell extracts were collected and tested in western blot for levels of total STAT1 and phosphorylation of STAT1 on tyrosine (Y701). The blots are representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["B", "Impact", "of", "Stat1Y701F", "mutation", ",", "or", "of", "deletion", "of", "ISGF3", "subunits", "on", "the", "expression", "of", "the", "IFNβ", "gene", ".", "BMDMs", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", ",", "Stat1", "-", "/", "-", ",", "Stat2", "-", "/", "-", "and", "IRF9", "-", "/", "-", "mice", "were", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", "(", "LO28", ",", "MOI", "10", ")", "for", "4", ",", "8", ",", "12", ",", "24", "or", "48", "h", ".", "Levels", "of", "Ifnβ", "gene", "expression", "were", "determined", "by", "Q", "-", "PCR", ".", "Bars", "represent", "mean", "values", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "mean", "(", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Impact of Stat1Y701F mutation, or of deletion of ISGF3 subunits on the expression of the IFNβ gene. BMDMs of wild type (WT), Stat1Y701F, Stat1-/-, Stat2-/- and IRF9-/- mice were infected with L. monocytogenes (LO28, MOI 10) for 4, 8, 12, 24 or 48 h. Levels of Ifnβ gene expression were determined by Q-PCR. Bars represent mean values of three independent experiments. Error bars represent standard error of mean (SEM)."}
{"words": ["A", "Impact", "of", "Stat1", "deficiency", "or", "of", "STAT1Y701F", "mutation", "on", "the", "growth", "of", "Listeria", "monocytogenes", "in", "macrophages", ".", "Bone", "marrow", "derived", "macrophages", "(", "BMDMs", ")", "of", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "mice", "were", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", "(", "LO28", ",", "MOI", "10", ")", ".", "Colony", "forming", "unit", "(", "CFU", ")", "numbers", "were", "determined", "1", ",", "2", ",", "4", ",", "6", "or", "8", "h", "after", "infection", "by", "plating", "on", "brain", "-", "heart", "-", "infusion", "(", "BHI", ")", "agar", "plates", ".", "The", "graph", "represents", "biological", "triplicates", "and", "the", "data", "are", "represented", "as", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "and", "asterisks", "denote", "statistically", "significant", "differences", "(", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ")", ";", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Impact of Stat1 deficiency or of STAT1Y701F mutation on the growth of Listeria monocytogenes in macrophages. Bone marrow derived macrophages (BMDMs) of wild type (WT), Stat1Y701F and Stat1-/- mice were infected with L. monocytogenes (LO28, MOI 10). Colony forming unit (CFU) numbers were determined 1, 2, 4, 6 or 8 h after infection by plating on brain-heart-infusion (BHI) agar plates. The graph represents biological triplicates and the data are represented as mean values. Error bars represent standard deviation (SD) and asterisks denote statistically significant differences (ns, p>0.05; **, p≤0.01; ***, p≤ 0.001); p-values were calculated using unpaired t-test."}
{"words": ["B", "Survival", "of", "mice", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", ".", "10", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "mice", "per", "group", "were", "infected", "by", "intraperitoneal", "injection", "of", "1x", "102", "viable", "L", ".", "monocytogenes", ".", "Survival", "was", "monitored", "over", "10", "days", ".", "The", "study", "is", "representative", "of", "more", "than", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Survival of mice infected with L. monocytogenes. 10 wild type (WT), Stat1Y701F and Stat1-/- mice per group were infected by intraperitoneal injection of 1x 102 viable L. monocytogenes. Survival was monitored over 10 days. The study is representative of more than 3 independent experiments."}
{"words": ["C", "Organ", "pathogen", "burdens", "of", "mice", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", ".", "Wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "infected", "by", "intraperitoneal", "injection", "of", "1x", "102", "viable", "L", ".", "monocytogenes", ".", "Number", "of", "colony", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "in", "organs", "was", "determined", "at", "48", "h", ",", "72", "h", "or", "at", "the", "terminal", "stage", "of", "infection", "by", "plating", "homogenates", "on", "brain", "-", "heart", "-", "infusion", "(", "BHI", ")", "agar", "plates", "or", "Oxford", "agar", "plates", "(", "for", "lungs", ")", ".", "Dots", "represent", "pooled", "data", "of", "3", "independent", "experiments", ".", "Lines", "represent", "the", "median", "and", "asterisks", "denote", "statistically", "significant", "differences", "(", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", ";", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "0001", ")", ";", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Organ pathogen burdens of mice infected with L. monocytogenes. Wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice were infected by intraperitoneal injection of 1x 102 viable L. monocytogenes. Number of colony forming units (CFU) in organs was determined at 48 h, 72 h or at the terminal stage of infection by plating homogenates on brain-heart-infusion (BHI) agar plates or Oxford agar plates (for lungs). Dots represent pooled data of 3 independent experiments. Lines represent the median and asterisks denote statistically significant differences (ns, p>0.05; *, p≤ 0.05; **, p≤ 0.01; ***, p≤ 0.001; ****, p≤ 0.0001); p-values were calculated using Mann-Whitney test."}
{"words": ["A", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "infection", "and", "inflammatory", "infiltrates", ".", "Wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "mice", "were", "infected", "by", "intraperitoneal", "injection", "of", "1x102", "viable", "L", ".", "monocytogenes", "for", "48", "h", ".", "Liver", "sections", "were", "examined", "by", "immunohistochemistry", "with", "L", ".", "monocytogenes", "or", "Ly6C", "/", "Ly6G", "specific", "antibody", ".", "The", "scale", "bars", "on", "20x", "magnification", "images", "represent", "100", "µm", "and", "50", "µm", "on", "the", "63x", "magnification", "images", ".", "B", "Quantitative", "evaluation", "of", "inflammatory", "infiltrates", ".", "Infiltrates", "representing", "the", "entire", "surface", "of", "sections", "from", "five", "animals", "per", "genotype", "were", "counted", "and", "categorized", "according", "to", "their", "size", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Immunohistochemical analysis of infection and inflammatory infiltrates. Wild type (WT), Stat1Y701F and Stat1-/- mice were infected by intraperitoneal injection of 1x102 viable L. monocytogenes for 48 h. Liver sections were examined by immunohistochemistry with L. monocytogenes or Ly6C/Ly6G specific antibody. The scale bars on 20x magnification images represent 100 µm and 50 µm on the 63x magnification images.B Quantitative evaluation of inflammatory infiltrates. Infiltrates representing the entire surface of sections from five animals per genotype were counted and categorized according to their size."}
{"words": ["C", "Liver", "pathology", "in", "infected", "mice", ".", "Wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "Stat1Y701F", "(", "YF", ")", "and", "Stat1", "-", "/", "-", "(", "S1", ")", "mice", "were", "infected", "by", "intraperitoneal", "injection", "of", "1x105", "viable", "L", ".", "monocytogenes", "for", "72", "h", ".", "Serum", "was", "collected", "and", "tested", "for", "ALT", "activity", ".", "Lines", "represent", "the", "median", "and", "asterisks", "denote", "statistically", "significant", "differences", "(", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "≤", "0", ".", "001", ")", ";", "p", "-", "values", "were", "calculated", "using", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Liver pathology in infected mice. Wild type (WT), Stat1Y701F (YF) and Stat1-/- (S1) mice were infected by intraperitoneal injection of 1x105 viable L. monocytogenes for 72 h. Serum was collected and tested for ALT activity. Lines represent the median and asterisks denote statistically significant differences (*, p≤ 0.05; ***, p≤ 0.001); p-values were calculated using unpaired t-test."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "(", "B", ")", "of", "DCLK1", "in", "aortas", "of", "LFD", "and", "HFD", "-", "fed", "ApoE", "-", "/", "-", "mice", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis (B) of DCLK1 in aortas of LFD and HFD-fed ApoE-/- mice. β-actin was used as the loading control (n=10 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "of", "CD31", "(", "green", ")", "and", "DCLK1", "(", "red", ")", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ")", ".", "(", "F", ")", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "of", "α", "-", "SMA", "(", "green", ")", "and", "DCLK1", "(", "red", ")", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ")", ".", "(", "G", ")", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "of", "F4", "/", "80", "(", "green", ")", "and", "DCLK1", "(", "red", ")", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ")", ".", "White", "arrows", "indicate", "co", "-", "location", "of", "F4", "/", "80", "and", "DCLK1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0], "text": "(E) Representative immunofluorescence staining of CD31 (green) and DCLK1 (red) in aortic roots (scale bar=25 μm). (F) Representative immunofluorescence staining of α-SMA (green) and DCLK1 (red) in aortic roots (scale bar=25 μm). (G) Representative immunofluorescence staining of F4/80 (green) and DCLK1 (red) in aortic roots (scale bar=25 μm). White arrows indicate co-location of F4/80 and DCLK1."}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "Time", "-", "course", "of", "DCLK1", "induction", "in", "response", "to", "oxLDL", "in", "mouse", "primary", "peritoneal", "macrophages", "(", "MPMs", ")", ".", "MPMs", "were", "exposed", "to", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "indicated", "time", ".", "Western", "blot", "analysis", "(", "H", ")", "and", "densitometric", "quantification", "(", "I", ")", "of", "DCLK1", "were", "shown", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) Time-course of DCLK1 induction in response to oxLDL in mouse primary peritoneal macrophages (MPMs). MPMs were exposed to oxLDL (50 μg/mL) for indicated time. Western blot analysis (H) and densitometric quantification (I) of DCLK1 were shown. GAPDH was used as the loading control (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["Representative", "en", "face", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "A", ")", "of", "Oil", "Red", "O", "-", "positive", "plaque", "lesion", "area", "in", "aortas", ".", "Plaque", "area", "was", "defined", "as", "percentage", "of", "total", "surface", "area", "of", "the", "aorta", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative en face Oil Red O staining (A) of Oil Red O-positive plaque lesion area in aortas. Plaque area was defined as percentage of total surface area of the aorta (n=10 biological replicates)."}
{"words": ["Representative", "images", "(", "C", ")", "of", "plaque", "lesion", "area", "in", "aortic", "arches", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (C) of plaque lesion area in aortic arches (n=10 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "Representative", "images", "of", "Oil", "Red", "O", "staining", "(", "E", ")", "and", "quantification", "(", "F", ")", "of", "atherosclerotic", "lesion", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "250", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "Plaque", "area", "was", "quantified", "by", "the", "proportion", "of", "plaque", "area", "to", "aortic", "root", "area", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) Representative images of Oil Red O staining (E) and quantification (F) of atherosclerotic lesion in aortic roots (scale bar=250 μm, n=10 biological replicates). Plaque area was quantified by the proportion of plaque area to aortic root area. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Representative", "images", "of", "Masson", "'", "s", "Trichrome", "staining", "(", "G", ")", "and", "quantification", "(", "H", ")", "for", "collagen", "deposition", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Representative images of Masson's Trichrome staining (G) and quantification (H) for collagen deposition in aortic roots (scale bar=25 μm, n=10 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "staining", "images", "(", "A", ")", "of", "F4", "/", "80", "(", "green", ")", "in", "aortic", "roots", ".", "Tissues", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "250", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence staining images (A) of F4/80 (green) in aortic roots. Tissues were counterstained with DAPI (blue). Scale bar=250 μm, n=10 biological replicates."}
{"words": ["Representative", "immunohistochemistry", "staining", "images", "of", "Ly6G", "(", "C", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunohistochemistry staining images of Ly6G (C in aortic roots (scale bar=25 μm, n=10 biological replicates)."}
{"words": ["Representative", "immunohistochemistry", "staining", "images", "of", "Ly6C", "(", "E", "in", "aortic", "roots", "(", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunohistochemistry staining images of Ly6C (E in aortic roots (scale bar=25 μm, n=10 biological replicates)."}
{"words": ["Scatter", "diagram", "(", "G", ")", "and", "quantification", "of", "monocyte", "in", "plasma", "measured", "by", "an", "automated", "blood", "cell", "analyzer", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "SSC", ",", "side", "scatter", ";", "SFL", ",", "side", "fluorescence", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter diagram (G) and quantification of monocyte in plasma measured by an automated blood cell analyzer (n=10 biological replicates). SSC, side scatter; SFL, side fluorescence. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "Protein", "(", "J", ")", "and", "mRNA", "(", "K", ")", "levels", "of", "inflammatory", "cytokines", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "6", "in", "serum", "and", "aortas", ".", "The", "values", "of", "mRNA", "levels", "were", "normalized", "to", "Rn18s", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) Protein (J) and mRNA (K) levels of inflammatory cytokines TNF-α and IL-6 in serum and aortas. The values of mRNA levels were normalized to Rn18s (n=10 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "L", ")", "mRNA", "levels", "of", "proinflammatory", "chemokines", "and", "adhesion", "molecules", "in", "aortas", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "values", "were", "normalized", "to", "Rn18s", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) mRNA levels of proinflammatory chemokines and adhesion molecules in aortas (n=10 biological replicates). The values were normalized to Rn18s. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Mouse", "primary", "peritoneal", "macrophages", "(", "MPMs", ")", "isolated", "from", "DCLK1f", "/", "f", "and", "DCLK1MCKO", "mice", "were", "challenged", "with", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "24", "h", ".", "Protein", "levels", "of", "TNF", "-", "α", "(", "A", ")", "and", "IL", "-", "6", "(", "B", ")", "were", "analyzed", "using", "ELISA", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Mouse primary peritoneal macrophages (MPMs) isolated from DCLK1f/f and DCLK1MCKO mice were challenged with oxLDL (50 μg/mL) for 24 h. Protein levels of TNF-α (A) and IL-6 (B) were analyzed using ELISA (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "MPMs", "isolated", "from", "DCLK1f", "/", "f", "and", "DCLK1MCKO", "mice", "were", "challenged", "with", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "6", "h", ".", "mRNA", "levels", "of", "Tnf", "-", "α", "(", "C", ")", "and", "Il", "-", "6", "(", "D", ")", "were", "determined", "via", "RT", "-", "qPCR", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "values", "were", "normalized", "to", "β", "-", "actin", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) MPMs isolated from DCLK1f/f and DCLK1MCKO mice were challenged with oxLDL (50 μg/mL) for 6 h. mRNA levels of Tnf-α (C) and Il-6 (D) were determined via RT-qPCR (n=3 biological replicates). The values were normalized to β-actin. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "J", ",", "K", ")", "Western", "blot", "analysis", "(", "J", ")", "and", "densitometric", "quantification", "(", "K", ")", "of", "p", "-", "p65", "and", "IκBα", ".", "GAPDH", "and", "p65", "were", "used", "as", "loading", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J, K) Western blot analysis (J) and densitometric quantification (K) of p-p65 and IκBα. GAPDH and p65 were used as loading controls (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "L", "-", "M", ")", "MPMs", "were", "treated", "as", "described", "in", "panel", "(", "J", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "(", "L", ")", "and", "densitometric", "quantification", "(", "M", ")", "of", "p65", "in", "nucleus", "and", "cytoplasm", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "for", "cytosolic", "fractions", ".", "Lamin", "B1", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "for", "nuclear", "fractions", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L-M) MPMs were treated as described in panel (J). Western blot analysis (L) and densitometric quantification (M) of p65 in nucleus and cytoplasm. GAPDH was used as the loading control for cytosolic fractions. Lamin B1 was used as the loading control for nuclear fractions (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "N", "-", "O", ")", "MPMs", "were", "treated", "as", "described", "in", "panel", "(", "J", ")", ".", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "images", "(", "N", ")", "and", "quantification", "(", "O", ")", "of", "NF", "-", "κB", "p65", "(", "red", ")", "translocating", "into", "nucleus", "in", "MPMs", ".", "Cells", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "25", "μm", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N-O) MPMs were treated as described in panel (J). Representative immunofluorescence staining images (N) and quantification (O) of NF-κB p65 (red) translocating into nucleus in MPMs. Cells were counterstained with DAPI (blue). Scale bar=25 μm, n=3 biological replicates. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "P", "-", "Q", ")", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "images", "(", "P", ")", "and", "quantification", "(", "Q", ")", "of", "p", "-", "p65", "(", "red", ")", "in", "aortic", "roots", ".", "Tissues", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "μm", ",", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ".", "p", "-", "p65", "area", "was", "quantified", "by", "the", "proportion", "of", "p", "-", "p65", "positive", "area", "to", "plaque", "area", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P-Q) Representative immunofluorescence staining images (P) and quantification (Q) of p-p65 (red) in aortic roots. Tissues were counterstained with DAPI (blue). Scale bar=100 μm, n=10 biological replicates. p-p65 area was quantified by the proportion of p-p65 positive area to plaque area. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "DCLK1", "plasmid", "for", "24", "h", ".", "Control", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "EV", ")", ".", "Levels", "of", "Flag", "were", "measured", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) 293T cells were transfected with Flag-DCLK1 plasmid for 24 h. Control cells were transfected with empty vector (EV). Levels of Flag were measured by Western blot (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05; ns, not significant, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "D", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "DCLK1", "and", "IKKβ", "in", "293T", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "DCLK1", ".", "Flag", "-", "DCLK1", "was", "immunoprecipitated", "by", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "IgG", ",", "immunoglobulin", "G", ".", "(", "E", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "DCLK1", "and", "IKKβ", "in", "MPMs", "challenged", "with", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "1", "h", ".", "DCLK1", "was", "immunoprecipitated", "by", "anti", "-", "DCLK1", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Co-immunoprecipitation of DCLK1 and IKKβ in 293T cells transfected with Flag-DCLK1. Flag-DCLK1 was immunoprecipitated by anti-Flag antibody. IgG, immunoglobulin G. (E) Co-immunoprecipitation of DCLK1 and IKKβ in MPMs challenged with oxLDL (50 μg/mL) for 1 h. DCLK1 was immunoprecipitated by anti-DCLK1 antibody."}
{"words": ["293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Flag", "-", "DCLK1", "and", "si", "-", "IKKβ", "for", "24", "h", ".", "Western", "blot", "analysis", "(", "H", ")", "of", "IκBα", ",", "p", "-", "IKKβ", "and", "p", "-", "p65", ".", "GAPDH", ",", "IKKβ", "and", "p65", "were", "used", "as", "loading", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "293T cells were co-transfected with Flag-DCLK1 and si-IKKβ for 24 h. Western blot analysis (H) of IκBα, p-IKKβ and p-p65. GAPDH, IKKβ and p65 were used as loading controls (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", ")", "MPMs", "were", "pretreated", "with", "DCLK1", "-", "IN", "-", "1", "(", "5", "and", "10", "μM", ")", "or", "vehicle", "(", "DMSO", ",", "1", "‰", ")", "for", "1", "h", ",", "followed", "by", "exposure", "of", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "24", "h", ".", "Protein", "levels", "of", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "6", "were", "analyzed", "using", "ELISA", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) MPMs were pretreated with DCLK1-IN-1 (5 and 10 μM) or vehicle (DMSO, 1‰) for 1 h, followed by exposure of oxLDL (50 μg/mL) for 24 h. Protein levels of TNF-α and IL-6 were analyzed using ELISA (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "MPMs", "were", "pretreated", "with", "DCLK1", "-", "IN", "-", "1", "(", "5", "and", "10", "μM", ")", "or", "vehicle", "(", "DMSO", ",", "1", "‰", ")", "for", "1", "h", ",", "followed", "by", "exposure", "of", "oxLDL", "(", "50", "μg", "/", "mL", ")", "for", "1", "h", ".", "Western", "blot", "analysis", "(", "D", ")", "and", "densitometric", "quantification", "(", "E", ")", "of", "IκBα", ",", "p", "-", "IKKβ", "and", "p", "-", "p65", ".", "GAPDH", ",", "IKKβ", "and", "p65", "were", "used", "as", "loading", "controls", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) MPMs were pretreated with DCLK1-IN-1 (5 and 10 μM) or vehicle (DMSO, 1‰) for 1 h, followed by exposure of oxLDL (50 μg/mL) for 1 h. Western blot analysis (D) and densitometric quantification (E) of IκBα, p-IKKβ and p-p65. GAPDH, IKKβ and p65 were used as loading controls (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "MPMs", "were", "treated", "as", "described", "in", "panel", "(", "E", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "(", "F", ")", "and", "densitometric", "quantification", "(", "G", ")", "of", "p65", "in", "nucleus", "and", "cytoplasm", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "for", "cytosolic", "fractions", ".", "Lamin", "B1", "was", "used", "as", "the", "loading", "control", "for", "nuclear", "fractions", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) MPMs were treated as described in panel (E). Western blot analysis (F) and densitometric quantification (G) of p65 in nucleus and cytoplasm. GAPDH was used as the loading control for cytosolic fractions. Lamin B1 was used as the loading control for nuclear fractions (n=3 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "MPMs", "were", "treated", "as", "described", "in", "panel", "(", "D", ")", ".", "Representative", "immunofluorescence", "staining", "images", "(", "H", ")", "and", "quantification", "(", "I", ")", "of", "NF", "-", "κB", "p65", "(", "red", ")", "translocating", "into", "nucleus", "in", "MPMs", ".", "Cells", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "25", "μm", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) MPMs were treated as described in panel (D). Representative immunofluorescence staining images (H) and quantification (I) of NF-κB p65 (red) translocating into nucleus in MPMs. Cells were counterstained with DAPI (blue). Scale bar=25 μm, n=3 biological replicates. Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["Representative", "images", "(", "C", ")", "of", "plaque", "lesion", "area", "in", "aortic", "arches", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "plaque", "area", "was", "quantified", "by", "the", "proportion", "of", "plaque", "area", "to", "aortic", "arches", "area", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (C) of plaque lesion area in aortic arches (n=10 biological replicates). The plaque area was quantified by the proportion of plaque area to aortic arches area."}
{"words": ["(", "K", "-", "N", ")", "Protein", "(", "K", "-", "L", ")", "and", "mRNA", "(", "M", "-", "N", ")", "levels", "of", "inflammatory", "cytokines", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "6", "in", "serum", "and", "aortas", ".", "The", "values", "of", "mRNA", "levels", "were", "normalized", "to", "Rn18s", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "were", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K-N) Protein (K-L) and mRNA (M-N) levels of inflammatory cytokines TNF-α and IL-6 in serum and aortas. The values of mRNA levels were normalized to Rn18s (n=10 biological replicates). Data information: Data were shown as mean ± SEM; *, P < 0.05, two-tailed unpaired Student's t-test."}
{"words": ["B", "Flow", "cytometry", "based", "on", "CD49f", "and", "EpCAM", "staining", "separates", "lineage", "-", "negative", "breast", "tissue", "cells", "into", "stromal", "(", "CD49f", "-", "EpCAM", "-", ")", "and", "epithelial", "cells", ",", "which", "includes", "basal", "(", "CD49f", "+", "EpCAMlo", "/", "-", ")", ",", "luminal", "progenitor", "(", "LP", ")", "(", "CD49f", "+", "EpCAM", "+", ")", "and", "mature", "luminal", "(", "ML", ")", "(", "CD49f", "-", "EpCAM", "+", ")", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B Flow cytometry based on CD49f and EpCAM staining separates lineage-negative breast tissue cells into stromal (CD49f-EpCAM-) and epithelial cells, which includes basal (CD49f+EpCAMlo/-), luminal progenitor (LP) (CD49f+EpCAM+) and mature luminal (ML) (CD49f-EpCAM+) cells."}
{"words": ["C", "t", "-", "SNE", "plot", "of", "the", "integrated", "scRNA", "-", "seq", "profiles", "of", "epithelial", "cells", "from", "11", "reduction", "mammoplasties", ".", "Cell", "colors", "correspond", "to", "tissue", "specimens", ".", "D", "Same", "t", "-", "SNE", "plot", "as", "(", "C", ")", "but", "separated", "by", "hormonal", "status", "of", "the", "donor", "(", "8", "premenopausal", "and", "3", "postmenopausal", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C t-SNE plot of the integrated scRNA-seq profiles of epithelial cells from 11 reduction mammoplasties. Cell colors correspond to tissue specimens. D Same t-SNE plot as (C) but separated by hormonal status of the donor (8 premenopausal and 3 postmenopausal)."}
{"words": ["A", "t", "-", "SNE", "map", "of", "combined", "scRNA", "-", "seq", "transcriptomes", "of", "total", "tissue", "cells", "from", "13", "reduction", "mammoplasties", ".", "Cell", "colors", "correspond", "to", "tissue", "specimens", ".", "B", "Same", "t", "-", "SNE", "map", "as", "(", "A", ")", "but", "colored", "by", "cell", "cluster", "(", "with", "cluster", "resolution", "0", ".", "05", ")", ".", "C", "Ternary", "plot", "positioning", "each", "cell", "according", "the", "proportion", "of", "basal", ",", "LP", "or", "ML", "signature", "genes", "expressed", "by", "that", "cell", ".", "The", "plot", "shows", "the", "same", "cells", "and", "cell", "colors", "as", "for", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A t-SNE map of combined scRNA-seq transcriptomes of total tissue cells from 13 reduction mammoplasties. Cell colors correspond to tissue specimens. B Same t-SNE map as (A) but colored by cell cluster (with cluster resolution 0.05). C Ternary plot positioning each cell according the proportion of basal, LP or ML signature genes expressed by that cell. The plot shows the same cells and cell colors as for (B)."}
{"words": ["D", "Re", "-", "clustered", "EPCAM", "-", "negative", "non", "-", "epithelial", "cells", "revealed", "seven", "clusters", "(", "resolution", "0", ".", "05", ")", "representing", "immune", "and", "stromal", "cell", "lineages", ".", "E", "Multidimensional", "scaling", "plot", "showing", "expression", "profile", "distances", "between", "the", "pseudo", "-", "bulk", "samples", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "aggregated", "expression", "for", "a", "cell", "cluster", "for", "one", "patient", ".", "Cluster", "colors", "are", "overlaid", "from", "(", "D", ",", "right", "panel", ")", ".", "Distances", "on", "the", "plot", "correspond", "to", "leading", "log2", "-", "fold", "-", "change", ",", "defined", "as", "the", "average", "log2", "-", "fold", "-", "change", "for", "the", "500", "most", "differential", "genes", "between", "each", "pair", "of", "profiles", ".", "F", "Heat", "map", "of", "pseudo", "-", "bulk", "samples", "showing", "marker", "genes", "for", "each", "non", "-", "epithelial", "cluster", ".", "The", "top", "20", "marker", "genes", "were", "identified", "for", "each", "cluster", "by", "differential", "expression", "analysis", "of", "the", "pseudo", "-", "bulk", "read", "counts", ".", "Color", "bars", "at", "the", "top", "of", "the", "plot", "indicate", "the", "cluster", "and", "menopausal", "status", "(", "blue", "/", "yellow", "for", "pre", "/", "post", "menopause", ")", "of", "each", "sample", ".", "G", "Same", "t", "-", "SNE", "map", "of", "non", "-", "epithelial", "cells", "as", "in", "(", "D", ")", "but", "colored", "by", "menopausal", "status", ".", "Barplot", "shows", "relative", "cluster", "sizes", "(", "percentage", "of", "total", "cells", ")", "for", "each", "status", "condition", ".", "Clusters", "1", "and", "2", "have", "significantly", "different", "sizes", "in", "post", "-", "menopause", "samples", "after", "allowing", "for", "inter", "-", "patient", "variability", "(", "P", "=", "0", ".", "040", "and", "P", "=", "0", ".", "032", "by", "quasi", "-", "binomial", "F", "-", "test", ")", ".", "Sizes", "are", "not", "significantly", "different", "for", "other", "clusters", "(", "P", ">", "0", ".", "15", ")", ".", "H", "Relative", "cluster", "sizes", "as", "for", "(", "G", ")", "but", "by", "individual", "patients", ".", "Cluster", "colors", "correspond", "to", "(", "D", ")", ".", "by", "cluster", ".", "A", "quasi", "-", "multinomial", "F", "-", "test", "was", "used", "to", "test", "for", "differences", "in", "cluster", "frequencies", "between", "pre", "-", "and", "post", "-", "menopausal", "samples", "(", "P", "=", "0", ".", "007", ")", ".", "I", "Bar", "plots", "showing", "percentage", "of", "cells", "expressing", "selected", "immune", "and", "endothelial", "cell", "markers", "for", "pre", "-", "and", "post", "-", "menopausal", "samples", "and", "the", "cell", "clusters", "identified", "in", "Fig", "2D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Re-clustered EPCAM-negative non-epithelial cells revealed seven clusters (resolution 0.05) representing immune and stromal cell lineages. E Multidimensional scaling plot showing expression profile distances between the pseudo-bulk samples. Each dot corresponds to aggregated expression for a cell cluster for one patient. Cluster colors are overlaid from (D, right panel). Distances on the plot correspond to leading log2-fold-change, defined as the average log2-fold-change for the 500 most differential genes between each pair of profiles. F Heat map of pseudo-bulk samples showing marker genes for each non-epithelial cluster. The top 20 marker genes were identified for each cluster by differential expression analysis of the pseudo-bulk read counts. Color bars at the top of the plot indicate the cluster and menopausal status (blue/yellow for pre/post menopause) of each sample. G Same t-SNE map of non-epithelial cells as in (D) but colored by menopausal status. Barplot shows relative cluster sizes (percentage of total cells) for each status condition. Clusters 1 and 2 have significantly different sizes in post-menopause samples after allowing for inter-patient variability (P = 0.040 and P=0.032 by quasi-binomial F-test). Sizes are not significantly different for other clusters (P > 0.15). H Relative cluster sizes as for (G) but by individual patients. Cluster colors correspond to (D). by cluster. A quasi-multinomial F-test was used to test for differences in cluster frequencies between pre- and post-menopausal samples (P = 0.007). I Bar plots showing percentage of cells expressing selected immune and endothelial cell markers for pre- and post-menopausal samples and the cell clusters identified in Fig 2D."}
{"words": ["A", "Microenvironment", "t", "-", "SNE", "map", "separated", "by", "menopausal", "status", "and", "colored", "by", "expression", "(", "red", "=", "high", "expression", ",", "grey", "=", "undetectable", ")", "of", "selected", "fibroblast", "markers", "(", "upper", "panel", ")", ".", "The", "dotted", "lines", "indicate", "the", "pericyte", "subsets", ".", "Bottom", "panel", "shows", "percentage", "of", "cells", "expressing", "the", "markers", "for", "the", "cell"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Microenvironment t-SNE map separated by menopausal status and colored by expression (red=high expression, grey=undetectable) of selected fibroblast markers (upper panel). The dotted lines indicate the pericyte subsets. Bottom panel shows percentage of cells expressing the markers for the cell clusters"}
{"words": ["B", "Co", "-", "immunofluorescence", "staining", "of", "pre", "-", "versus", "post", "-", "menopausal", "tissue", "for", "E", "-", "cadherin", "(", "cyan", ")", ",", "PDGFRβ", "(", "yellow", ")", "and", "F", "-", "actin", "(", "pink", ")", ".", "DAPI", "is", "shown", "in", "grey", ".", "The", "arrowheads", "in", "(", "v", ")", "depict", "fibroblasts", "in", "direct", "contact", "with", "the", "myoepithelial", "layer", ".", "For", "2D", "and", "3D", "confocal", "imaging", ":", "n", "=", "13", "premenopausal", "and", "n", "=", "10", "postmenopausal", "specimens", ".", "Scale", "bars", ":", "wholemount", "and", "optical", "sections", ":", "100", "μm", "(", "panels", "i", "-", "iv", ")", ";", "enlargements", ",", "30", "μm", "(", "panel", "v", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Co-immunofluorescence staining of pre- versus post-menopausal tissue for E-cadherin (cyan), PDGFRβ (yellow) and F-actin (pink). DAPI is shown in grey. The arrowheads in (v) depict fibroblasts in direct contact with the myoepithelial layer. For 2D and 3D confocal imaging: n=13 premenopausal and n=10 postmenopausal specimens. Scale bars: wholemount and optical sections:100 μm (panels i-iv); enlargements, 30 μm (panel v)."}
{"words": ["C", "t", "-", "SNE", "plot", "of", "the", "integrated", "scRNA", "-", "seq", "profiles", "of", "fibroblasts", "from", "pre", "-", "and", "post", "-", "menopausal", "tissue", "Cell", "colors", "correspond", "to", "tissue", "specimens", ".", "D", "Same", "t", "-", "SNE", "plot", "as", "in", "(", "C", ")", "showing", "5", "distinct", "clusters", "(", "clusters", "3", "and", "5", "were", "specific", "to", "one", "patient", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C t-SNE plot of the integrated scRNA-seq profiles of fibroblasts from pre-and post-menopausal tissue Cell colors correspond to tissue specimens. D Same t-SNE plot as in (C) showing 5 distinct clusters (clusters 3 and 5 were specific to one patient)."}
{"words": ["F", "Heat", "map", "of", "same", "cells", "as", "(", "D", ")", "showing", "expression", "of", "the", "top", "20", "marker", "genes", "in", "each", "cluster", ".", "Color", "bars", "at", "the", "top", "of", "the", "plot", "show", "cluster", "membership", "(", "colors", "as", "in", "(", "D", ")", ")", "and", "pre", "-", "or", "post", "-", "menopausal", "status", "(", "blue", "and", "yellow", ",", "respectively", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Heat map of same cells as (D) showing expression of the top 20 marker genes in each cluster. Color bars at the top of the plot show cluster membership (colors as in (D)) and pre- or post-menopausal status (blue and yellow, respectively)."}
{"words": ["A", "t", "-", "SNE", "map", "of", "combined", "scRNA", "-", "seq", "profiles", "of", "total", "cells", "isolated", "from", "pathologically", "normal", "preneoplastic", "tissue", "from", "BRCA1", "mutation", "carriers", "(", "BRCA1", ";", "n", "=", "4", ")", "and", "non", "-", "BRCA", "premenopausal", "women", "(", "n", "=", "8", ")", "with", "no", "family", "history", "of", "breast", "cancer", ".", "Cell", "colors", "represent", "individual", "samples", ".", "B", "Same", "t", "-", "SNE", "map", "as", "in", "(", "A", ")", "but", "colored", "by", "cluster", "(", "cluster", "resolution", "0", ".", "12", ")", ".", "C", "Epithelial", "clusters", "were", "identified", "by", "EPCAM", "expression", "and", "the", "non", "-", "epithelial", "cells", "were", "re", "-", "clustered", "to", "reveal", "immune", "and", "stromal", "cell", "populations", "(", "cluster", "resolution", "0", ".", "08", ")", ".", "Lineage", "identity", "was", "determined", "by", "hierarchical", "clustering", "according", "to", "top", "marker"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A t-SNE map of combined scRNA-seq profiles of total cells isolated from pathologically normal preneoplastic tissue from BRCA1 mutation carriers (BRCA1; n=4) and non-BRCA premenopausal women (n=8) with no family history of breast cancer. Cell colors represent individual samples. B Same t-SNE map as in (A) but colored by cluster (cluster resolution 0.12). C Epithelial clusters were identified by EPCAM expression and the non-epithelial cells were re-clustered to reveal immune and stromal cell populations (cluster resolution 0.08). Lineage identity was determined by hierarchical clustering according to top marker genes"}
{"words": ["D", "t", "-", "SNE", "plot", "showing", "the", "combined", "single", "-", "cell", "transcriptomes", "of", "total", "tissue", "cells", "from", "BRCA1", "preneoplastic", "tissue", "and", "TNBCs", "(", "n", "=", "4", "for", "each", ")", ",", "colored", "according", "to", "individual", "patients", "(", "B1", "=", "preneoplastic", "BRCA1", "+", "/", "-", "tissue", ";", "TN", "-", "B1", "=", "BRCA1", "-", "associated", "TNBCs", ")", ".", "E", "Same", "t", "-", "SNE", "map", "as", "(", "D", ")", "but", "colored", "by", "cluster", "(", "cluster", "resolution", "0", ".", "15", ")", ".", "F", "Expression", "of", "epithelial", "markers", "indicated", "on", "the", "combined", "t", "-", "SNE", "plot", "as", "in", "(", "D", ",", "E", ")", "for", "BRCA1", "preneoplastic", "and", "BRCA1", "-", "associated", "tumor", "cells", ".", "G", "Epithelial", "clusters", "were", "identified", "by", "EPCAM", "expression", "and", "non", "-", "epithelial", "cells", "are", "indicated", "by", "the", "dotted", "line", ".", "H", "Same", "t", "-", "SNE", "map", "as", "in", "(", "D", ",", "E", ")", "but", "colored", "according", "to", "cancerous", "state", ":", "preneoplastic", "tissue", "(", "blue", ")", "and", "BRCA1", "-", "associated", "TNBCs", "(", "yellow", ")", ".", "I", "Box", "plots", "of", "signature", "expression", "scores", "for", "the", "13", "cell", "clusters", "in", "(", "D", ",", "E", ")", "according", "to", "human", "breast", "epithelial", "and", "stromal", "gene", "signatures", ".", "Cluster", "1", "corresponds", "to", "tumor", "cells", ",", "while", "clusters", "6", ",", "9", "and", "10", "represent", "adjacent", "normal", "LP", ",", "basal", "and", "ML", "cells", ",", "respectively", ".", "Box", "plots", "show", "quartiles", ",", "minimum", "and", "maximum", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D t-SNE plot showing the combined single-cell transcriptomes of total tissue cells from BRCA1 preneoplastic tissue and TNBCs (n=4 for each), colored according to individual patients (B1 = preneoplastic BRCA1+/- tissue; TN-B1= BRCA1-associated TNBCs). E Same t-SNE map as (D) but colored by cluster (cluster resolution 0.15). F Expression of epithelial markers indicated on the combined t-SNE plot as in (D, E) for BRCA1 preneoplastic and BRCA1-associated tumor cells. G Epithelial clusters were identified by EPCAM expression and non-epithelial cells are indicated by the dotted line. H Same t-SNE map as in (D, E) but colored according to cancerous state: preneoplastic tissue (blue) and BRCA1-associated TNBCs (yellow). I Box plots of signature expression scores for the 13 cell clusters in (D, E) according to human breast epithelial and stromal gene signatures. Cluster 1 corresponds to tumor cells, while clusters 6, 9 and 10 represent adjacent normal LP, basal and ML cells, respectively. Box plots show quartiles, minimum and maximum."}
{"words": ["A", "Reclustered", "EPCAM", "-", "negative", "cells", "(", "excluding", "clusters", "1", ",", "6", ",", "9", "and", "10", "revealed", "immune", "/", "stromal", "cells", "in", "the", "microenvironment", ",", "identified", "using", "lineage", "markers", ".", "B", "Combined", "t", "-", "SNE", "plot", "as", "in", "(", "A", ")", "of", "the", "single", "-", "cell", "transcriptomes", "of", "immune", "and", "stromal", "cells", "from", "preneoplastic", "tissue", "of", "BRCA1", "mutation", "carriers", "(", "blue", ";", "preneo", ")", "and", "BRCA1", "-", "associated", "TNBCs", "(", "yellow", ";", "tumor", ")", ".", "C", "t", "-", "SNE", "plots", "showing", "expression", "profiles", "of", "cardinal", "markers", "of", "immune", "and", "stromal", "cells", ".", "D", "Bar", "plots", "showing", "the", "percentage", "of", "cells", "expressing", "typical", "immune", "cell", "(", "including", "Treg", ")", "genes", "for", "clusters", "in", "(", "A", ")", "by", "preneoplastic", "vs", "tumor", ".", "E", "Left", "panel", ",", "same", "t", "-", "SNE", "map", "as", "in", "(", "A", ")", "but", "separated", "into", "cells", "from", "preneoplastic", "(", "blue", ")", "and", "tumor", "specimens", "(", "yellow", ")", ".", "Endothelial", "cell", "(", "endo", ")", ",", "fibroblast", "cell", "(", "fibro", ")", "and", "pericytes", "(", "peri", ")", "clusters", "are", "marked", ".", "Right", "panel", ",", "proportion", "of", "clusters", "as", "in", "(", "A", ")", "according", "to", "tissue", "type", ".", "F", "Relative", "cluster", "sizes", "as", "in", "(", "E", ")", "but", "by", "individual", "patient", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Reclustered EPCAM-negative cells (excluding clusters 1, 6, 9 and 10 revealed immune/stromal cells in the microenvironment, identified using lineage markers. B Combined t-SNE plot as in (A) of the single-cell transcriptomes of immune and stromal cells from preneoplastic tissue of BRCA1 mutation carriers (blue; preneo) and BRCA1-associated TNBCs (yellow; tumor). C t-SNE plots showing expression profiles of cardinal markers of immune and stromal cells. D Bar plots showing the percentage of cells expressing typical immune cell (including Treg) genes for clusters in (A) by preneoplastic vs tumor. E Left panel, same t-SNE map as in (A) but separated into cells from preneoplastic (blue) and tumor specimens (yellow). Endothelial cell (endo), fibroblast cell (fibro) and pericytes (peri) clusters are marked. Right panel, proportion of clusters as in (A) according to tissue type. F Relative cluster sizes as in (E) but by individual patient."}
{"words": ["G", "Co", "-", "immunofluorescence", "of", "tissue", "stained", "for", "the", "epithelial", "marker", "(", "cytokeratin", "19", ";", "yellow", ")", "and", "the", "tumor", "-", "associated", "macrophage", "marker", "CX3CR1", "(", "magenta", ")", ".", "DAPI", "is", "shown", "in", "white", "(", "n", "=", "2", "preneoplastic", "samples", ";", "n", "=", "2", "tumors", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Co-immunofluorescence of tissue stained for the epithelial marker (cytokeratin 19; yellow) and the tumor-associated macrophage marker CX3CR1 (magenta). DAPI is shown in white (n=2 preneoplastic samples; n=2 tumors). Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["H", "Heat", "map", "of", "top", "differentially", "expressed", "genes", "in", "the", "major", "immune", "/", "stromal", "cell", "clusters", ",", "identified", "in", "(", "A", ")", ".", "BRCA1", "+", "/", "-", "preneoplastic", "cells", ",", "blue", ";", "BRCA1", "-", "associated", "tumor", "cells", ",", "yellow", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Heat map of top differentially expressed genes in the major immune/stromal cell clusters, identified in (A). BRCA1+/- preneoplastic cells, blue; BRCA1-associated tumor cells, yellow."}
{"words": ["A", "-", "C", "t", "-", "SNE", "plots", "of", "combined", "scRNA", "-", "seq", "profiles", "of", "total", "cells", "from", "8", "TNBC", "tumors", ",", "6", "HER2", "+", "tumors", "and", "13", "ER", "+", "tumors", "respectively", ".", "Integration", "and", "cluster", "sizes", "for", "the", "same", "cells", "Cells", "colored", "by", "cluster", "(", "top", "left", "panels", ")", ",", "EPCAM", "expression", "(", "top", "right", ")", ",", "cancer", "subtype", "marker", "(", "bottom", "left", ")", "or", "MKI67", "expression", "(", "bottom", "right", ")", ".", "Dotted", "lines", "delineate", "epithelial", "cells", "(", "top", "panels", ")", "and", "cycling", "epithelial", "cells", "(", "bottom", "panels", ")", ".", "Normal", "epithelial", "subsets", "(", "normal", ")", "are", "also", "demarcated", "by", "dotted", "lines", "in", "the", "upper", "-", "right", "panels", "of", "B", "and", "C", ".", "D", "InferCNV", "plots", "to", "map", "inferred", "copy", "number", "variation", "(", "CNV", ")", "for", "the", "combined", "tumor", "scRNA", "-", "seq", "expression", "data", "for", "the", "epithelial", "clusters", "indicated", "in", "panels", "A", "-", "C", ".", "scRNA", "-", "seq", "data", "from", "normal", "breast", "epithelial", "cells", "(", "N", "-", "1105", "-", "epi", ")", "served", "as", "a", "reference", "for", "normalization", ".", "Each", "row", "represents", "a", "gene", "and", "each", "column", "cells", "from", "a", "cluster", "in", "a", "single", "tumor", ".", "The", "tumor", "clusters", "are", "color", "-", "coded", "as", "in", "A", "-", "C", ".", "Amplifications", "(", "red", ")", "and", "deletions", "(", "blue", ")", "are", "inferred", "from", "the", "gene", "expression", ".", "Tumor", "cells", "were", "distinguished", "from", "normal", "(", "N", ")", "cells", "by", "abundance", "of", "CNV", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C t-SNE plots of combined scRNA-seq profiles of total cells from 8 TNBC tumors, 6 HER2+ tumors and 13 ER+ tumors respectively. Integration and cluster sizes for the same cells Cells colored by cluster (top left panels), EPCAM expression (top right), cancer subtype marker (bottom left) or MKI67 expression (bottom right). Dotted lines delineate epithelial cells (top panels) and cycling epithelial cells (bottom panels). Normal epithelial subsets (normal) are also demarcated by dotted lines in the upper-right panels of B and C. D InferCNV plots to map inferred copy number variation (CNV) for the combined tumor scRNA-seq expression data for the epithelial clusters indicated in panels A-C. scRNA-seq data from normal breast epithelial cells (N-1105-epi) served as a reference for normalization. Each row represents a gene and each column cells from a cluster in a single tumor. The tumor clusters are color-coded as in A-C. Amplifications (red) and deletions (blue) are inferred from the gene expression. Tumor cells were distinguished from normal (N) cells by abundance of CNV."}
{"words": ["H", "Combined", "t", "-", "SNE", "transcriptome", "profiles", "of", "two", "distinct", "ER", "+", "tumors", "isolated", "from", "the", "same", "breast", "of", "a", "patient", ":", "ER", "-", "0029", "-", "7C", "(", "blue", ")", "and", "ER", "-", "0029", "-", "9C", "(", "yellow", ")", ".", "The", "corresponding", "t", "-", "SNE", "cell", "clusters", "are", "shown", "in", "the", "middle", "panel", "and", "expression", "of", "EPCAM", "is", "shown", "in", "the", "right", "-", "hand", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Combined t-SNE transcriptome profiles of two distinct ER+ tumors isolated from the same breast of a patient: ER-0029-7C (blue) and ER-0029-9C (yellow). The corresponding t-SNE cell clusters are shown in the middle panel and expression of EPCAM is shown in the right-hand panel."}
{"words": ["A", "-", "C", "t", "-", "SNE", "maps", "of", "reclustered", "EPCAM", "-", "negative", "non", "-", "epithelial", "cells", "Cluster", "resolutions", "0", ".", "136", ",", "0", ".", "1", "and", "0", ".", "1", "respectively", ".", "The", "major", "cell", "clusters", "within", "the", "microenvironment", "were", "identified", "based", "on", "expression", "of", "lineage", "-", "specific", "genes", ".", "Heat", "maps", "of", "pseudo", "-", "bulk", "samples", "show", "marker", "genes", "for", "each", "cluster", ".", "The", "top", "30", "marker", "genes", "were", "identified", "for", "each", "cluster", "by", "differential", "expression", "analysis", "of", "the", "pseudo", "-", "bulk", "read", "counts", ".", "Cluster", "9", "in", "HER2", "+", "tumors", "(", "B", ")", "expressed", "myeloid", "and", "luminal", "epithelial", "markers", ",", "suggesting", "phagocytosis", "of", "the", "latter", "by", "macrophages", ".", "Color", "bars", "at", "the", "top", "of", "the", "heat", "map", "indicate", "the", "cluster", "of", "each", "sample", ";", "top", "genes", "that", "mark", "each", "cluster", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C t-SNE maps of reclustered EPCAM-negative non-epithelial cells Cluster resolutions 0.136, 0.1 and 0.1 respectively. The major cell clusters within the microenvironment were identified based on expression of lineage-specific genes. Heat maps of pseudo-bulk samples show marker genes for each cluster. The top 30 marker genes were identified for each cluster by differential expression analysis of the pseudo-bulk read counts. Cluster 9 in HER2+ tumors (B) expressed myeloid and luminal epithelial markers, suggesting phagocytosis of the latter by macrophages. Color bars at the top of the heat map indicate the cluster of each sample; top genes that mark each cluster are indicated."}
{"words": ["A", ",", "B", "Image", "quantification", "showing", "number", "of", "CD8", "+", "Ki67", "+", "cells", "(", "A", ")", "or", "CD68", "+", "Ki67", "+", "cells", "(", "B", ")", "per", "mm2", "of", "tissue", "from", "TNBC", ",", "HER2", "+", "and", "ER", "+", "tumors", ",", "either", "within", "the", "tumor", "region", "(", "K8", "/", "18", "+", ")", "or", "the", "stroma", "(", "defined", "as", ">", "5", "μm", "from", "tumor", "border", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "CD8", "/", "Ki67", ":", "n", "=", "11", "for", "TNBC", ",", "n", "=", "12", "for", "ER", "+", ",", "n", "=", "5", "for", "HER2", "+", ".", "CD68", "/", "Ki67", ":", "n", "=", "6", "for", "TNBC", ",", "n", "=", "8", "for", "ER", "+", ",", "n", "=", "5", "for", "HER2", "+", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A, B Image quantification showing number of CD8+Ki67+ cells (A) or CD68+Ki67+ cells (B) per mm2 of tissue from TNBC, HER2+ and ER+ tumors, either within the tumor region (K8/18+) or the stroma (defined as >5 μm from tumor border). Error bars represent s.e.m. CD8/Ki67: n=11 for TNBC, n=12 for ER+, n=5 for HER2+. CD68/Ki67: n=6 for TNBC, n=8 for ER+, n=5 for HER2+."}
{"words": ["C", "-", "F", "Representative", "confocal", "images", "of", "ER", "+", "(", "ER", "-", "0032", ")", "and", "triple", "negative", "tumors", "(", "TN", "-", "0066", ")", "immunolabeled", "for", "K8", "/", "18", "(", "yellow", ")", ",", "CD68", "(", "green", ")", "and", "Ki67", "(", "red", ")", "(", "C", ",", "E", ")", "or", "K8", "/", "18", "(", "yellow", ")", ",", "CD8", "(", "green", ")", "and", "Ki67", "(", "red", ")", "(", "D", ",", "F", ")", ".", "DAPI", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Arrows", "depict", "proliferative", "T", "cells", "(", "CD8", "+", "Ki67", "+", ")", "or", "macrophages", "(", "CD68", "+", "Ki67", "+", ")", ".", "Enlargements", "on", "shown", "in", "the", "right", "-", "hand", "panels", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "µm", "for", "large", "tilescans", ";", "50", "µm", "for", "enlargements", "and", "smaller", "tilescans", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F Representative confocal images of ER+ (ER-0032) and triple negative tumors ( TN-0066) immunolabeled for K8/18 (yellow), CD68 (green) and Ki67 (red) (C, E) or K8/18 (yellow), CD8 (green) and Ki67 (red) (D, F). DAPI is shown in blue. Arrows depict proliferative T cells (CD8+Ki67+) or macrophages (CD68+Ki67+). Enlargements on shown in the right-hand panels. Scale bars, 200 µm for large tilescans; 50 µm for enlargements and smaller tilescans."}
{"words": ["C", "Immunostaining", "of", "tumor", "and", "LN", "from", "patient", "ER", "-", "0064", "for", "expression", "of", "ER", ",", "PR", "and", "pan", "-", "cytokeratin", ".", "Insets", "show", "sections", "stained", "with", "control", "isotype", "antibodies", ".", "PR", ",", "progesterone", "receptor", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Immunostaining of tumor and LN from patient ER-0064 for expression of ER, PR and pan-cytokeratin. Insets show sections stained with control isotype antibodies. PR, progesterone receptor. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Relative", "expression", "of", "the", "BBSome", "subunits", "in", "the", "indicated", "organs", "and", "T", "cells", "measured", "by", "qPCR", ".", "CT", "values", "of", "the", "BBS", "genes", "were", "normalized", "to", "the", "geometric", "mean", "of", "the", "CT", "values", "of", "reference", "genes", "Gapdh", ",", "Tubb2a", ",", "and", "Eef1a1", ".", "The", "expression", "levels", "are", "normalized", "to", "those", "of", "brain", "(", "=", "1", ")", ".", "Mean", "+", "SD", ".", "Three", "biological", "replicates", "(", "the", "result", "of", "each", "biological", "replicate", "is", "a", "median", "of", "three", "technical", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Relative expression of the BBSome subunits in the indicated organs and T cells measured by qPCR. CT values of the BBS genes were normalized to the geometric mean of the CT values of reference genes Gapdh, Tubb2a, and Eef1a1. The expression levels are normalized to those of brain (=1). Mean+SD. Three biological replicates (the result of each biological replicate is a median of three technical replicates)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BBS4", "expression", "in", "T", "and", "B", "lymphocytes", "isolated", "from", "the", "lymph", "nodes", "and", "spleen", "of", "C57Bl", "/", "6", "mouse", ".", "β", "-", "actin", "staining", "served", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of BBS4 expression in T and B lymphocytes isolated from the lymph nodes and spleen of C57Bl/6 mouse. β-actin staining served as a loading control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BBS4", "expression", "in", "testes", "and", "thymi", "lysates", "of", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "+", ",", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "mice", ".", "β", "-", "actin", "staining", "serves", "as", "a", "loading", "control", ".", "A", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "biological", "replicates", "in", "total", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of BBS4 expression in testes and thymi lysates of Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/+, and Bbs4GT/GT mice. β-actin staining serves as a loading control. A representative experiment out of three biological replicates in total is shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BBS4", "expression", "in", "the", "brain", "lysates", "of", "Bbs4", "+", "/", "+", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", ".", "β", "-", "actin", "staining", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "A", "representative", "experiment", "out", "of", "two", "biological", "replicates", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of BBS4 expression in the brain lysates of Bbs4+/+, Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice. β-actin staining served as a loading control. A representative experiment out of two biological replicates is shown."}
{"words": ["(", "F", ")", "Hematoxylin", "and", "eosin", "staining", "of", "sections", "of", "seminiferous", "tubules", "from", "~", "4", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "2", "mice", ")", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "4", ")", "males", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "µm", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Hematoxylin and eosin staining of sections of seminiferous tubules from ~4 weeks old Bbs4+/+ (n=2 mice) and Bbs4GT/GT (n=4) males. Scale bar, 100 µm. Representative images are shown."}
{"words": ["(", "G", ")", "Genotypic", "ratio", "of", "Bbs4", "+", "/", "+", ",", "Bbs4GT", "/", "+", "or", "Bbs4KO", "/", "+", "(", "Het", ")", ",", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "GT", ")", "or", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "KO", ")", "offspring", "at", "weaning", "from", "mating", "of", "Bbs4GT", "/", "+", "(", "n", "=", "145", "pups", ")", "or", "Bbs4", "+", "/", "KO", "(", "n", "=", "168", "pups", ")", "parents", ".", "Binomial", "test", "was", "used", "for", "statistical", "comparison", "of", "the", "observed", "distribution", "to", "the", "expected", "Mendelian", "ratio", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Genotypic ratio of Bbs4+/+, Bbs4GT/+ or Bbs4KO/+ (Het), and Bbs4GT/GT (GT) or Bbs4KO/KO (KO) offspring at weaning from mating of Bbs4GT/+ (n=145 pups) or Bbs4+/KO (n=168 pups) parents. Binomial test was used for statistical comparison of the observed distribution to the expected Mendelian ratio."}
{"words": ["(", "H", ")", "Bbs4", "+", "/", "+", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "female", "littermates", "at", "20", "weeks", "of", "age", ".", "Representative", "litter", "out", "of", "seven", "in", "total", ".", "(", "I", ")", "Bbs4", "+", "/", "+", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "female", "littermates", "at", "20", "weeks", "of", "age", ".", "Representative", "litter", "out", "of", "five", "in", "total", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Bbs4+/+ and Bbs4GT/GT female littermates at 20 weeks of age. Representative litter out of seven in total. (I) Bbs4+/+ and Bbs4KO/KO female littermates at 20 weeks of age. Representative litter out of five in total. "}
{"words": ["(", "J", ")", "Growth", "curves", "of", "Bbs4", "-", "deficient", "mice", ",", "mean", "±", "SD", "is", "shown", ".", "Females", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "12", "mice", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Males", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "6", "mice", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Growth curves of Bbs4-deficient mice, mean ± SD is shown. Females: Bbs4+/+ (n=12 mice), Bbs4GT/GT (n=12), Bbs4KO/KO (n=6). Males: Bbs4+/+ (n=6 mice), Bbs4GT/GT (n=7), Bbs4KO/KO (n=5)."}
{"words": ["(", "K", ")", "Leptin", "concentration", "in", "blood", "plasma", "taken", "from", "young", "adult", "(", "7", "-", "8", "weeks", ")", "or", "mid", "-", "age", "(", "14", "-", "20", "weeks", ")", "mice", ".", "Young", "adult", "mice", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "4", "mice", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "analyzed", "in", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "+", "SEM", ".", "Mid", "-", "age", "adult", "mice", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "7", "mice", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "analyzed", "in", "4", "independent", "experiments", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "tests", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Mean", "+", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Leptin concentration in blood plasma taken from young adult (7-8 weeks) or mid-age (14-20 weeks) mice. Young adult mice: Bbs4+/+ (n=4 mice), Bbs4KO/KO (n=3), analyzed in two independent experiments. Mean+SEM. Mid-age adult mice: Bbs4+/+ (n=7 mice), Bbs4KO/KO (n=5), Bbs4GT/GT (n=3), analyzed in 4 independent experiments. Kruskal-Wallis tests was used for the statistical analysis. Mean+SEM."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "bone", "marrow", "(", "BM", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "A", ")", "Percentage", "of", "B220low", "positive", "cells", "in", "the", "bone", "marrow", ".", "Up", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "n", "=", "9", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", "n", "=", "10", ".", "Down", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "11", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Medians", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the bone marrow (BM) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (A) Percentage of B220low positive cells in the bone marrow . Up: Bbs4+/+ n=9, Bbs4GT/GT n=10. Down: Bbs4+/+ (n =11), Bbs4KO/KO (n=10). Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Medians are shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "bone", "marrow", "(", "BM", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "B", "-", "cell", "precursors", "(", "IgM", "-", "IgD", "-", ")", "in", "the", "bone", "marrow", ".", "Gated", "on", "viable", "B220", "+", "cells", ".", "Up", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Down", ":", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "11", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Medians", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the bone marrow (BM) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (B) Percentage of B-cell precursors (IgM- IgD-) in the bone marrow. Gated on viable B220+ cells. Up: Bbs4+/+ (n=9), Bbs4GT/GT (n=10). Down: Bbs4+/+ (n =11), Bbs4KO/KO (n=10). Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Medians are shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "bone", "marrow", "(", "BM", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "C", ")", "Percentage", "of", "pre", "-", "B", "cells", "(", "CD43", "-", "CD24high", ")", "in", "the", "bone", "marrow", "of", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "11", ")", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Gated", "on", "viable", "B220", "+", "IgM", "-", "IgD", "-", "cells", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Medians", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the bone marrow (BM) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (C) Percentage of pre-B cells (CD43- CD24high) in the bone marrow of Bbs4+/+ (n=11) and Bbs4KO/KO mice (n=10). Gated on viable B220+ IgM- IgD- cells. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Medians are shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "spleens", "(", "SPL", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "D", ")", "Percentage", "of", "late", "mature", "(", "IgM", "-", "IgD", "+", ")", "B", "cells", "in", "the", "spleen", "of", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "11", ")", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "(", "n", "=", "10", ")", "Gated", "on", "viable", "CD19", "+", "cells", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Medians", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the spleens (SPL) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (D) Percentage of late mature (IgM- IgD+) B cells in the spleen of Bbs4+/+ (n=11) and Bbs4KO/KO mice (n=10) Gated on viable CD19+ cells. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Medians are shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "spleens", "(", "SPL", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "E", ")", "An", "alternative", "analysis", "of", "the", "experiment", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "Geometric", "mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "BV421", "(", "IgM", ")", "on", "IgD", "+", "B", "cells", "was", "determined", ".", "Mean", "of", "MFI", "values", "for", "each", "genotype", "per", "experiment", "was", "quantified", ",", "and", "obtained", "values", "were", "normalized", "to", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "=", "1", ")", "for", "each", "experiment", ".", "Two", "-", "tailed", "One", "Sample", "Wilcoxon", "Signed", "Rank", "Test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the spleens (SPL) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (E) An alternative analysis of the experiment shown in (D). Geometric mean fluorescence intensity (MFI) of BV421 (IgM) on IgD+ B cells was determined. Mean of MFI values for each genotype per experiment was quantified, and obtained values were normalized to Bbs4+/+ (=1) for each experiment. Two-tailed One Sample Wilcoxon Signed Rank Test was used for the statistical analysis."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "the", "spleens", "(", "SPL", ")", "of", "18", "-", "25", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", ",", "Bbs4GT", "/", "GT", ",", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Number", "of", "analyzed", "mice", "(", "n", ")", "is", "indicated", ".", "Six", "(", "Bbs4GT", "/", "GT", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "or", "eight", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "strain", "and", "Bbs4WT", "/", "WT", "controls", ")", "independent", "experiments", "were", "performed", ".", "(", "F", ")", "Percentage", "of", "splenic", "marginal", "zone", "(", "MZ", ")", "B", "cells", "(", "CD23", "-", "CD1d", "+", ")", "in", "Bbs4", "+", "/", "+", "controls", "(", "n", "=", "10", ")", "and", "Bbs4KO", "/", "KO", "mice", "(", "n", "=", "9", ")", "was", "determined", ".", "Gated", "on", "viable", "CD19", "+", ",", "IgD", "-", "IgM", "+", ",", "CD138", "-", "cells", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Medians", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from the spleens (SPL) of 18-25 weeks old Bbs4+/+ (WT), Bbs4GT/GT, and Bbs4KO/KO mice were analyzed by flow cytometry. Number of analyzed mice (n) is indicated. Six (Bbs4GT/GT strain and Bbs4WT/WT controls) or eight (Bbs4KO/KO strain and Bbs4WT/WT controls) independent experiments were performed. (F) Percentage of splenic marginal zone (MZ) B cells (CD23- CD1d+) in Bbs4+/+ controls (n=10) and Bbs4KO/KO mice (n=9) was determined. Gated on viable CD19+, IgD- IgM+, CD138- cells. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Medians are shown."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Splenocytes", "isolated", "from", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "n", "=", "4", "mice", ")", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "3", ")", "B", "-", "cell", "transgenic", "B1", "-", "8", "littermates", "were", "activated", "with", "4", "-", "hydroxy", "-", "3", "-", "nitrophenylacetic", "acid", "succinimide", "ester", "-", "loaded", "T2", "-", "Kb", "cells", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "Percentage", "of", "activated", "B", "cells", "(", "gated", "as", "CD69", "+", "B220", "+", "IgLλ", "+", "viable", "cells", ")", "in", "the", "samples", "without", "T2", "-", "Kb", "(", "negative", "control", ")", ",", "and", "in", "the", "samples", "with", "T2", "-", "Kb", "added", "in", "ratios", "1", ":", "10", "or", "1", ":", "3", "was", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "(", "A", ")", "Representative", "mice", "are", "shown", ".", "(", "B", ")", "Mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A,B) Splenocytes isolated from Bbs4+/+ (n=4 mice) and Bbs4GT/GT (n=3) B-cell transgenic B1-8 littermates were activated with 4-hydroxy-3-nitrophenylacetic acid succinimide ester-loaded T2-Kb cells in three independent experiments. Percentage of activated B cells (gated as CD69+ B220+ IgLλ+ viable cells) in the samples without T2-Kb (negative control), and in the samples with T2-Kb added in ratios 1:10 or 1:3 was determined by flow cytometry. (A) Representative mice are shown. (B) Mean±SEM. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test."}
{"words": ["(", "C", ")", "B", "cells", "from", "18", "-", "20", "weeks", "old", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "red", "circle", ",", "n", "=", "3", "mice", ")", ",", "and", "control", "mice", "(", "Bbs4", "+", "/", "+", ",", "dark", "grey", "square", ",", "n", "=", "4", ",", "or", "Bbs4", "+", "/", "KO", ",", "light", "grey", "square", ",", "n", "=", "2", ")", "were", "activated", "with", "F", "(", "ab", "'", ")", "2", "-", "goat", "anti", "-", "mouse", "IgM", "(", "Mu", "chain", ")", ".", "Percentage", "of", "activated", "B", "cells", "(", "gated", "as", "CD69", "+", "CD19", "+", "viable", "cells", ")", "was", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "three", "biological", "replicates", "is", "shown", ".", "Mean", "±", "SEM", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) B cells from 18-20 weeks old Bbs4KO/KO (red circle, n=3 mice), and control mice (Bbs4+/+, dark grey square, n=4, or Bbs4+/KO, light grey square, n=2) were activated with F(ab')2-goat anti-mouse IgM (Mu chain). Percentage of activated B cells (gated as CD69+ CD19+ viable cells) was determined by flow cytometry. Representative experiment out of three biological replicates is shown. Mean±SEM. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test."}
{"words": ["(", "D", ")", "CFSE", "-", "loaded", "T", "cells", "isolated", "from", "lymph", "nodes", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "OT", "-", "I", ")", "and", "CD4", "-", "Cre", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "Bbs4", "cKO", ",", "OT", "-", "I", ")", "littermates", "were", "incubated", "with", "DDAO", "-", "labeled", "WT", "splenocytes", "loaded", "with", "OVA", "peptide", "or", "with", "the", "indicated", "altered", "peptide", "ligands", "for", "20", "min", ".", "Percentage", "of", "T", "cells", "conjugated", "with", "the", "APCs", "was", "determined", "by", "flow", "cytometry", ".", "Four", "biological", "replicates", "were", "performed", ".", "Mean", "+", "SEM", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "for", "all", "peptides", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CFSE-loaded T cells isolated from lymph nodes of Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (OT-I) and CD4-Cre Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (Bbs4 cKO, OT-I) littermates were incubated with DDAO-labeled WT splenocytes loaded with OVA peptide or with the indicated altered peptide ligands for 20 min. Percentage of T cells conjugated with the APCs was determined by flow cytometry. Four biological replicates were performed. Mean+SEM. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test, p >0.05 for all peptides."}
{"words": ["500", "or", "1000", "T", "cells", "isolated", "from", "lymph", "nodes", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "OT", "-", "I", ")", "and", "CD4", "-", "Cre", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "Bbs4", "cKO", ",", "OT", "-", "I", ")", "littermates", "were", "adoptively", "transferred", "into", "RIP", ".", "OVA", "mice", "followed", "by", "infection", "with", "Listeria", "monocytogenes", "expressing", "ovalbumin", "(", "LM", "-", "OVA", ")", "on", "the", "next", "day", ".", "(", "E", ")", "Glucose", "level", "in", "the", "urine", "of", "mice", "was", "monitored", "on", "a", "daily", "basis", ".", "The", "mouse", "was", "considered", "diabetic", "when", "it", "had", "urine", "glucose", "level", "≥", "1000", "mg", "/", "dL", "for", "two", "consecutive", "days", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "Log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "500 or 1000 T cells isolated from lymph nodes of Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (OT-I) and CD4-Cre Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (Bbs4 cKO, OT-I) littermates were adoptively transferred into RIP.OVA mice followed by infection with Listeria monocytogenes expressing ovalbumin (LM-OVA) on the next day. (E) Glucose level in the urine of mice was monitored on a daily basis. The mouse was considered diabetic when it had urine glucose level ≥ 1000 mg/dL for two consecutive days. Statistical significance was calculated by Log-rank (Mantel-Cox) test."}
{"words": ["500", "or", "1000", "T", "cells", "isolated", "from", "lymph", "nodes", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "OT", "-", "I", ")", "and", "CD4", "-", "Cre", "Bbs4FL", "/", "FL", "OT", "-", "I", "Rag2KO", "/", "KO", "(", "Bbs4", "cKO", ",", "OT", "-", "I", ")", "littermates", "were", "adoptively", "transferred", "into", "RIP", ".", "OVA", "mice", "followed", "by", "infection", "with", "Listeria", "monocytogenes", "expressing", "ovalbumin", "(", "LM", "-", "OVA", ")", "on", "the", "next", "day", ".", "(", "F", ")", "Glucose", "concentration", "in", "blood", "on", "day", "7", "post", "-", "infection", ".", "500", "OT", "-", "I", "ctrl", "(", "n", "=", "13", "mice", ")", ",", "500", "OT", "-", "I", "Bbs4", "cKO", "(", "n", "=", "13", ")", ",", "1000", "OT", "-", "I", "ctrl", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "1000", "OT", "-", "I", "Bbs4", "cKO", "(", "n", "=", "11", ")", ",", "analyzed", "in", "four", "independent", "experiments", ",", "mean", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "500 or 1000 T cells isolated from lymph nodes of Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (OT-I) and CD4-Cre Bbs4FL/FL OT-I Rag2KO/KO (Bbs4 cKO, OT-I) littermates were adoptively transferred into RIP.OVA mice followed by infection with Listeria monocytogenes expressing ovalbumin (LM-OVA) on the next day. (F) Glucose concentration in blood on day 7 post-infection. 500 OT-I ctrl (n=13 mice), 500 OT-I Bbs4 cKO (n=13), 1000 OT-I ctrl (n=9), 1000 OT-I Bbs4 cKO (n=11), analyzed in four independent experiments, mean is shown. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "bone", "marrow", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "control", ")", "and", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "cKO", ")", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "(", "A", ")", "Percentage", "of", "B220low", "in", "bone", "marrow", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "four", "in", "total", "is", "shown", ".", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "6", "mice", ")", ",", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "9", ")", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "six", "in", "total", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "for", "all", "tests", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from bone marrow of Bbs4FL/FL (control) and Vav-iCre Bbs4FL/FL (cKO) mice were analyzed by flow cytometry. (A) Percentage of B220low in bone marrow. Representative experiment out of four in total is shown. Bbs4FL/FL (n=6 mice), Vav-iCre Bbs4FL/FL (n=9). Representative experiment out of six in total is shown. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test, p >0.05 for all tests. Median is shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "bone", "marrow", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "control", ")", "and", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "cKO", ")", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "B", "-", "cell", "precursors", "(", "B220", "+", ",", "IgM", "-", "IgD", "-", ")", "in", "the", "bone", "marrow", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "four", "in", "total", "is", "shown", ".", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "6", "mice", ")", ",", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "9", ")", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "six", "in", "total", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "for", "all", "tests", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from bone marrow of Bbs4FL/FL (control) and Vav-iCre Bbs4FL/FL (cKO) mice were analyzed by flow cytometry. (B) Percentage of B-cell precursors (B220+, IgM- IgD-) in the bone marrow. Representative experiment out of four in total is shown. Bbs4FL/FL (n=6 mice), Vav-iCre Bbs4FL/FL (n=9). Representative experiment out of six in total is shown. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test, p >0.05 for all tests. Median is shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", ",", "lymph", "nodes", "and", "spleen", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "control", ")", "and", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "cKO", ")", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "(", "C", ")", "Percentage", "of", "CD19", "+", "B", "cells", "in", "spleens", "and", "lymph", "nodes", "of", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "12", "mice", ")", "and", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "9", ")", "mice", ",", "six", "independent", "experiments", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "six", "in", "total", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "for", "all", "tests", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from , lymph nodes and spleen of Bbs4FL/FL (control) and Vav-iCre Bbs4FL/FL (cKO) mice were analyzed by flow cytometry. (C) Percentage of CD19+ B cells in spleens and lymph nodes of Vav-iCre Bbs4FL/FL (n=12 mice) and Bbs4FL/FL (n=9) mice, six independent experiments. Representative experiment out of six in total is shown. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test, p >0.05 for all tests. Median is shown."}
{"words": ["Cells", "isolated", "from", "spleen", "of", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "control", ")", "and", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "cKO", ")", "mice", "were", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "D", ")", "Percentage", "of", "late", "mature", "B", "cells", "(", "CD19", "+", ",", "IgM", "-", ",", "IgD", "+", ")", "in", "spleens", "of", "Vav", "-", "iCre", "Bbs4FL", "/", "FL", "(", "n", "=", "12", "mice", ")", ",", "and", "Bbs4FL", "/", "FL", "mice", "(", "n", "=", "9", ")", ".", "Representative", "experiment", "out", "of", "six", "in", "total", "is", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "for", "all", "tests", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells isolated from spleen of Bbs4FL/FL (control) and Vav-iCre Bbs4FL/FL (cKO) mice were analyzed by flow cytometry. D) Percentage of late mature B cells (CD19+, IgM-, IgD+) in spleens of Vav-iCre Bbs4FL/FL (n=12 mice), and Bbs4FL/FL mice (n=9). Representative experiment out of six in total is shown. Statistical significance was calculated using two-tailed Mann-Whitney test, p >0.05 for all tests. Median is shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "Expression", "of", "Cxcl12", "and", "Il", "-", "7", "in", "the", "bone", "marrow", "from", "Bbs4", "+", "/", "+", "Bbs18", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "mice", "(", "black", "circles", ",", "n", "=", "7", "mice", ")", ",", "Bbs4", "+", "/", "KO", "(", "Het", ",", "green", "circle", ",", "n", "=", "3", ")", ",", "Bbs18", "+", "/", "KO", "(", "Het", ",", "blue", "circle", ",", "n", "=", "3", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "green", "square", ",", "n", "=", "5", ")", ",", "and", "Bbs18KO", "/", "KO", "(", "blue", "square", ",", "n", "=", "2", ")", "was", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "five", "independent", "experiments", ".", "The", "expression", "was", "normalized", "to", "Gapdh", ".", "The", "statistical", "significance", "of", "the", "difference", "between", "the", "BBSome", "-", "deficient", "mice", "(", "Bbs4KO", "/", "KO", "and", "Bbs18KO", "/", "KO", ")", "and", "controls", "were", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Expression of Cxcl12 and Il-7 in the bone marrow from Bbs4+/+ Bbs18+/+ (WT) mice (black circles, n=7 mice), Bbs4+/KO (Het, green circle, n=3), Bbs18+/KO (Het, blue circle, n=3), Bbs4KO/KO (green square, n=5), and Bbs18KO/KO (blue square, n=2) was analyzed by RT-qPCR in five independent experiments. The expression was normalized to Gapdh. The statistical significance of the difference between the BBSome-deficient mice (Bbs4KO/KO and Bbs18KO/KO) and controls were calculated using two-tailed Mann-Whitney test. Median is shown."}
{"words": ["(", "F", ")", "MEF", "cell", "lines", "were", "derived", "from", "a", "single", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "or", "a", "single", "Bbs4KO", "/", "KO", "embryos", ".", "The", "expression", "of", "Cxcl12", "in", "these", "cell", "lines", "was", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "expression", "was", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "to", "Bbs4", "+", "/", "+", "MEFs", "(", "=", "1", ")", "for", "each", "experiment", ".", "Three", "biological", "replicates", ".", "One", "sample", "t", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) MEF cell lines were derived from a single Bbs4+/+ (WT) or a single Bbs4KO/KO embryos. The expression of Cxcl12 in these cell lines was analyzed by RT-qPCR. The expression was normalized to Gapdh and to Bbs4+/+ MEFs (=1) for each experiment. Three biological replicates. One sample t test was used for the statistical analysis."}
{"words": ["(", "G", ")", "Expression", "of", "Cxcl12", "and", "canonical", "-", "WNT", "responsive", "gene", "Alpl", "in", "untreated", "(", "NT", ")", "ST2", "cells", ",", "or", "ST2", "cells", "treated", "with", "WNT3A", "or", "WNT5A", "was", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "expression", "was", "normalized", "to", "Gapdh", "and", "untreated", "ST2", "sample", "(", "=", "1", ")", "for", "each", "experiment", ".", "Four", "biological", "replicates", "were", "performed", ".", "One", "sample", "t", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Expression of Cxcl12 and canonical-WNT responsive gene Alpl in untreated (NT) ST2 cells, or ST2 cells treated with WNT3A or WNT5A was analyzed by RT-qPCR. The expression was normalized to Gapdh and untreated ST2 sample (=1) for each experiment. Four biological replicates were performed. One sample t test was used for the statistical analysis."}
{"words": ["(", "A", "Results", "of", "the", "blood", "tests", "of", "BBS", "patients", "from", "the", "Guy", "'", "s", "Hospital", "and", "Great", "Ormond", "Street", "Hospital", "were", "extracted", "from", "the", "medical", "records", "and", "compared", "to", "two", "sets", "of", "healthy", "controls", "obtained", "from", "the", "UK", "Biobank", ".", "The", "BMI", "-", "random", "controls", "were", "age", "-", "and", "gender", "-", "matched", "to", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ",", "with", "random", "BMIs", ".", "The", "BMI", "-", "matched", "controls", "were", "matched", "for", "age", ",", "gender", ",", "and", "BMI", ".", "BBS", "patients", "n", "=", "43", "for", "parameters", "White", "blood", "cell", "count", "n", "=", "41", "for", "parameters", "Neutrophils", ",", "Lymphocytes", ",", "Monocytes", ",", "Eosinophils", "Both", "data", "sets", "of", "healthy", "controls", "were", "selected", "as", "10", "-", "fold", "larger", "than", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ".", "Median", "is", "shown", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "in", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A Results of the blood tests of BBS patients from the Guy's Hospital and Great Ormond Street Hospital were extracted from the medical records and compared to two sets of healthy controls obtained from the UK Biobank. The BMI-random controls were age- and gender-matched to the set of BBS patients, with random BMIs. The BMI-matched controls were matched for age, gender, and BMI. BBS patients n=43 for parameters White blood cell count n=41 for parameters Neutrophils, Lymphocytes, Monocytes, Eosinophils Both data sets of healthy controls were selected as 10-fold larger than the set of BBS patients. Median is shown. Kruskal-Wallis test was used for the statistical analysis in (A"}
{"words": ["(", "B", "Indicated", "parameters", "were", "measured", "using", "the", "blood", "from", "20", "-", "21", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "(", "n", "=", "15", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "12", ")", "mice", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "Post", "-", "tests", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B Indicated parameters were measured using the blood from 20-21 weeks old Bbs4+/+ (WT) (n=15), Bbs4KO/KO (n=7), and Bbs4GT/GT (n=12) mice. Kruskal-Wallis test with Dunn's Multiple Comparison Post-tests was used for the statistical analysis. Median is shown."}
{"words": ["Results", "of", "the", "blood", "tests", "of", "BBS", "patients", "from", "the", "Guy", "'", "s", "Hospital", "and", "Great", "Ormond", "Street", "Hospital", "were", "extracted", "from", "the", "medical", "records", "and", "compared", "to", "two", "sets", "of", "healthy", "controls", "obtained", "from", "the", "UK", "Biobank", ".", "The", "BMI", "-", "random", "controls", "were", "age", "-", "and", "gender", "-", "matched", "to", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ",", "with", "random", "BMIs", ".", "The", "BMI", "-", "matched", "controls", "were", "matched", "for", "age", ",", "gender", ",", "and", "BMI", ".", "In", "(", "C", ")", ",", "the", "percentage", "of", "patients", "or", "controls", "having", "CRP", "≥", "5", "were", "compared", "using", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "with", "post", "-", "hoc", "Sidak", "correction", "for", "multiple", "comparisons", ",", "BBS", "patients", "n", "=", "42", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of the blood tests of BBS patients from the Guy's Hospital and Great Ormond Street Hospital were extracted from the medical records and compared to two sets of healthy controls obtained from the UK Biobank. The BMI-random controls were age- and gender-matched to the set of BBS patients, with random BMIs. The BMI-matched controls were matched for age, gender, and BMI. In (C), the percentage of patients or controls having CRP≥5 were compared using Fisher's exact test with post-hoc Sidak correction for multiple comparisons, BBS patients n=42."}
{"words": ["Results", "of", "the", "blood", "tests", "of", "BBS", "patients", "from", "the", "Guy", "'", "s", "Hospital", "and", "Great", "Ormond", "Street", "Hospital", "were", "extracted", "from", "the", "medical", "records", "and", "compared", "to", "two", "sets", "of", "healthy", "controls", "obtained", "from", "the", "UK", "Biobank", ".", "The", "BMI", "-", "random", "controls", "were", "age", "-", "and", "gender", "-", "matched", "to", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ",", "with", "random", "BMIs", ".", "The", "BMI", "-", "matched", "controls", "were", "matched", "for", "age", ",", "gender", ",", "and", "BMI", ".", "BBS", "patients", "n", "=", "43", "for", "parameters", "Mean", "cell", "volume", ",", "Hemoglobin", "n", "=", "39", "for", "parameters", "Red", "Blood", "cells", ",", "Mean", "cell", "Hemoglobin", "and", "red", "cell", "distribution", "width", "(", "RDW", ")", ".", "Both", "data", "sets", "of", "healthy", "controls", "were", "selected", "as", "10", "-", "fold", "larger", "than", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ".", "Median", "is", "shown", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of the blood tests of BBS patients from the Guy's Hospital and Great Ormond Street Hospital were extracted from the medical records and compared to two sets of healthy controls obtained from the UK Biobank. The BMI-random controls were age- and gender-matched to the set of BBS patients, with random BMIs. The BMI-matched controls were matched for age, gender, and BMI. BBS patients n=43 for parameters Mean cell volume, Hemoglobin n=39 for parameters Red Blood cells, Mean cell Hemoglobin and red cell distribution width (RDW). Both data sets of healthy controls were selected as 10-fold larger than the set of BBS patients. Median is shown. Kruskal-Wallis test was used for the statistical analysis in"}
{"words": ["Indicated", "parameters", "were", "measured", "using", "the", "blood", "from", "20", "-", "21", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "(", "n", "=", "15", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "12", ")", "mice", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "Post", "-", "tests", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Indicated parameters were measured using the blood from 20-21 weeks old Bbs4+/+ (WT) (n=15), Bbs4KO/KO (n=7), and Bbs4GT/GT (n=12) mice. Kruskal-Wallis test with Dunn's Multiple Comparison Post-tests was used for the statistical analysis. Median is shown."}
{"words": ["Results", "of", "the", "blood", "tests", "of", "BBS", "patients", "from", "the", "Guy", "'", "s", "Hospital", "and", "Great", "Ormond", "Street", "Hospital", "were", "extracted", "from", "the", "medical", "records", "and", "compared", "to", "two", "sets", "of", "healthy", "controls", "obtained", "from", "the", "UK", "Biobank", ".", "The", "BMI", "-", "random", "controls", "were", "age", "-", "and", "gender", "-", "matched", "to", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ",", "with", "random", "BMIs", ".", "The", "BMI", "-", "matched", "controls", "were", "matched", "for", "age", ",", "gender", ",", "and", "BMI", ".", "BBS", "patients", "n", "=", "43", "for", "parameters", "Platelets", ";", "Both", "data", "sets", "of", "healthy", "controls", "were", "selected", "as", "10", "-", "fold", "larger", "than", "the", "set", "of", "BBS", "patients", ".", "Median", "is", "shown", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", "in", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Results of the blood tests of BBS patients from the Guy's Hospital and Great Ormond Street Hospital were extracted from the medical records and compared to two sets of healthy controls obtained from the UK Biobank. The BMI-random controls were age- and gender-matched to the set of BBS patients, with random BMIs. The BMI-matched controls were matched for age, gender, and BMI. BBS patients n=43 for parameters Platelets; Both data sets of healthy controls were selected as 10-fold larger than the set of BBS patients. Median is shown. Kruskal-Wallis test was used for the statistical analysis in F)."}
{"words": ["G", ")", "Indicated", "parameters", "were", "measured", "using", "the", "blood", "from", "20", "-", "21", "weeks", "old", "Bbs4", "+", "/", "+", "(", "WT", ")", "(", "n", "=", "15", ")", ",", "Bbs4KO", "/", "KO", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "and", "Bbs4GT", "/", "GT", "(", "n", "=", "12", ")", "mice", ".", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "Post", "-", "tests", "was", "used", "for", "the", "statistical", "analysis", ".", "Median", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Indicated parameters were measured using the blood from 20-21 weeks old Bbs4+/+ (WT) (n=15), Bbs4KO/KO (n=7), and Bbs4GT/GT (n=12) mice. Kruskal-Wallis test with Dunn's Multiple Comparison Post-tests was used for the statistical analysis. Median is shown."}
{"words": ["D", "Microscale", "thermophoresis", "(", "MST", ")", "curves", "for", "binding", "of", "peptides", "to", "labelled", "GyraseA14", ".", "The", "circles", "indicate", "the", "experimental", "values", "and", "the", "solid", "lines", "indicate", "the", "fitted", "fluorescence", "values", "obtained", "upon", "analysis", "using", "the", "MO", ".", "Affinity", "Analysis", "software", "(", "version", "2", ".", "2", ".", "5", ",", "NanoTemper", "Technologies", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "panels", "D", ",", "data", "are", "obtained", "from", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "wherein", "for", "each", "biological", "replicate", ",", "the", "experiment", "is", "performed", "in", "duplicates", "(", "technical", "duplicates", "for", "each", "biological", "replicate", ")", ".", "In", "panel", "D", ",", "the", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "obtained", "from", "all", "the", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Microscale thermophoresis (MST) curves for binding of peptides to labelled GyraseA14. The circles indicate the experimental values and the solid lines indicate the fitted fluorescence values obtained upon analysis using the MO.Affinity Analysis software (version 2.2.5, NanoTemper Technologies). Data information: In panels D, data are obtained from n = 3 biological replicates; wherein for each biological replicate, the experiment is performed in duplicates (technical duplicates for each biological replicate). In panel D, the data are presented as mean ± SD values obtained from all the replicates."}
{"words": ["B", ",", "In", "vitro", "bactericidal", "action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "on", "E", ".", "coli", "Top10", "cells", ".", "B", "Growth", "profile", "of", "E", ".", "coli", "Top10", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "concentrations", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "obtained", "from", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "wherein", "for", "each", "biological", "replicate", ",", "the", "experiment", "is", "performed", "in", "duplicates", "(", "technical", "duplicates", "for", "each", "biological", "replicate", ")", ".", "In", "panels", "B", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "obtained", "from", "all", "the", "replicates", ".", "In", "panel", "B", ",", "N", ".", "T", ".", "-", "No", "treatment", ";", "4", ".", "5", "%", "DMSO", "(", "solvent", "control", ")", ";", "CP1", "-", "WT", "(", "test", "peptide", ")", ";", "CP1", "-", "Mut", "(", "negative", "control", "peptide", ")", "and", "Cip", "-", "10µg", "/", "mL", "ciprofloxacin", "(", "positive", "control", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, In vitro bactericidal action of the CP1-WT peptide on E. coli Top10 cells. B Growth profile of E. coli Top10 in the presence of increasing concentrations of the CP1-WT peptide. Data information: data are obtained from n = 3 biological replicates; wherein for each biological replicate, the experiment is performed in duplicates (technical duplicates for each biological replicate). In panels B data are presented as mean ± SD values obtained from all the replicates. In panel B, N.T. - No treatment; 4.5% DMSO (solvent control); CP1-WT (test peptide); CP1-Mut (negative control peptide) and Cip - 10µg/mL ciprofloxacin (positive control)."}
{"words": ["C", "In", "vitro", "bactericidal", "action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "on", "E", ".", "coli", "Top10", "cells", ".", "C", "Estimation", "of", "Minimum", "Inhibitory", "Concentration", "(", "MIC", ")", ",", "indicated", "in", "terms", "of", "OD600", "and", "Minimum", "Bactericidal", "Dose", "(", "MBD", ")", ",", "indicated", "in", "terms", "of", "CFU", "/", "mL", ",", "show", "that", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "has", "similar", "MIC", "and", "MBD", "values", "of", "40µM", "(", "~", "130µg", "/", "mL", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "obtained", "from", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "wherein", "for", "each", "biological", "replicate", ",", "the", "experiment", "is", "performed", "in", "duplicates", "(", "technical", "duplicates", "for", "each", "biological", "replicate", ")", ".", "In", "panels", "C", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "obtained", "from", "all", "the", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C In vitro bactericidal action of the CP1-WT peptide on E. coli Top10 cells. C Estimation of Minimum Inhibitory Concentration (MIC), indicated in terms of OD600 and Minimum Bactericidal Dose (MBD), indicated in terms of CFU/mL, show that the CP1-WT peptide has similar MIC and MBD values of 40µM (~130µg/mL). Data information: data are obtained from n = 3 biological replicates; wherein for each biological replicate, the experiment is performed in duplicates (technical duplicates for each biological replicate). In panels C, data are presented as mean ± SD values obtained from all the replicates."}
{"words": ["A", "-", "D", "Peptide", "-", "induced", "membrane", "damage", "was", "studied", "by", "confocal", "microscopy", "and", "measured", "by", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", "influx", "(", "%", "PI", "uptake", ")", "in", "(", "A", ")", "S", ".", "Typhimurium", ",", "(", "B", ")", "A", ".", "baumannii", ",", "(", "C", ")", "S", ".", "aureus", "and", "(", "D", ")", "P", ".", "aeruginosa", ".", "Data", "information", ":", "In", "panels", "A", "-", "D", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "scale", "bars", ":", "5µm", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ".", "In", "the", "bar", "graphs", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "of", "percentage", "of", "propidium", "iodide", "uptake", "(", "%", "PI", "uptake", ")", ",", "averaged", "across", "all", "the", "replicates", ".", "3", "%", ",", "7", "%", ",", "8", "%", "and", "3", "%", "DMSO", ",", "and", "80µM", ",", "50µM", ",", "50µM", "and", "80µM", "of", "the", "peptides", "in", "the", "respective", "DMSO", "concentrations", "were", "used", "to", "treat", "S", ".", "Typhimurium", ",", "A", ".", "baumannii", ",", "S", ".", "aureus", "and", "P", ".", "aeruginosa", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-D Peptide-induced membrane damage was studied by confocal microscopy and measured by propidium iodide (PI) influx (% PI uptake) in (A) S. Typhimurium, (B) A. baumannii, (C) S. aureus and (D) P. aeruginosa. Data information: In panels A-D, n = 5 biological replicates; scale bars: 5µm. Representative images are shown. In the bar graphs, data are presented as mean ± SD values of percentage of propidium iodide uptake (% PI uptake), averaged across all the replicates. 3%, 7%, 8% and 3% DMSO, and 80µM, 50µM, 50µM and 80µM of the peptides in the respective DMSO concentrations were used to treat S. Typhimurium, A. baumannii, S. aureus and P. aeruginosa respectively."}
{"words": ["E", "-", "H", "Minimum", "Inhibitory", "Concentration", "(", "MIC", ")", "and", "Minimum", "Bactericidal", "Dose", "(", "MBD", ")", "estimation", "of", "CP1", "-", "WT", "on", "stationary", "phase", "cells", "of", "(", "E", ")", "S", ".", "Typhimurium", ",", "(", "F", ")", "A", ".", "baumannii", ",", "(", "G", ")", "S", ".", "aureus", "and", "(", "H", ")", "P", ".", "aeruginosa", ".", "No", "bactericidal", "action", "is", "observed", "for", "P", ".", "aeruginosa", ".", "In", "each", "of", "the", "panels", "and", "its", "corresponding", "bar", "graph", ",", "the", "black", "lines", "and", "black", "bars", "represent", "the", "MIC", "data", "indicated", "by", "their", "OD600", "values", ",", "and", "the", "red", "lines", "and", "red", "bars", "represent", "the", "MBD", "data", "indicated", "by", "their", "CFU", "/", "mL", "values", ".", "The", "bar", "graphs", "in", "each", "panel", "depict", "control", "reactions", "used", "for", "each", "strain", "where", "the", "cells", "were", "treated", "with", "DMSO", ",", "peptides", "and", "ciprofloxacin", "(", "Cip", "-", "postive", "control", ";", "10µg", "/", "mL", ")", ".", "The", "strain", "of", "A", ".", "baumannii", "used", "was", "reported", "to", "be", "ciprofloxacin", "-", "resistant", "(", "Nagarajan", "et", "al", ",", "2018", ")", "as", "is", "observed", "here", "(", "inset", "in", "panel", "F", ")", ".", "In", "panels", "E", "-", "H", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", ",", "averaged", "across", "all", "the", "replicates", ".", "For", "the", "bar", "graphs", "in", "these", "panels", ",", "7", "%", ",", "13", "%", ",", "8", "%", "and", "4", "%", "DMSO", ",", "and", "80µM", ",", "100µM", ",", "100µM", "and", "50µM", "of", "the", "peptides", ",", "were", "used", "for", "S", ".", "Typhimurium", ",", "A", ".", "baumannii", ",", "S", ".", "aureus", "and", "P", ".", "aeruginosa", "respectively", ".", "N", ".", "T", "-", "No", "treatment", ";", "WT", "-", "CP1", "-", "WT", "peptide", ";", "Mut", "-", "CP1", "-", "Mut", "peptide", "(", "negative", "control", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "by", "Student", "'", "s", "unpaired", "t", "-", "test", ";", "nsP", ">", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "Student", "'", "s", "unpaired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-H Minimum Inhibitory Concentration (MIC) and Minimum Bactericidal Dose (MBD) estimation of CP1-WT on stationary phase cells of (E) S. Typhimurium, (F) A. baumannii, (G) S. aureus and (H) P. aeruginosa. No bactericidal action is observed for P. aeruginosa. In each of the panels and its corresponding bar graph, the black lines and black bars represent the MIC data indicated by their OD600 values, and the red lines and red bars represent the MBD data indicated by their CFU/mL values. The bar graphs in each panel depict control reactions used for each strain where the cells were treated with DMSO, peptides and ciprofloxacin (Cip - postive control; 10µg/mL). The strain of A. baumannii used was reported to be ciprofloxacin-resistant (Nagarajan et al, 2018) as is observed here (inset in panel F). In panels E-H, n = 5 biological replicates. Data are presented as mean ± SD values, averaged across all the replicates. For the bar graphs in these panels, 7%, 13%, 8% and 4% DMSO, and 80µM, 100µM, 100µM and 50µM of the peptides, were used for S. Typhimurium, A. baumannii, S. aureus and P. aeruginosa respectively. N.T- No treatment; WT - CP1-WT peptide; Mut - CP1-Mut peptide (negative control). P values are calculated by Student's unpaired t-test; nsP > 0.05; *** P < 0.001; **** P < 0.0001 Student's unpaired t-test."}
{"words": ["A", "-", "D", "Transmission", "electron", "micrographs", "of", "the", "indicated", "bacterial", "strains", "(", "left", ")", "depicting", "the", "loss", "of", "membrane", "integrity", "upon", "treatment", "with", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "which", "is", "time", "-", "dependent", ".", "Arrows", "indicate", "membrane", "blebs", ",", "generalized", "membrane", "damage", "and", "the", "exclusion", "of", "cytoplasmic", "contents", "out", "of", "the", "cell", ".", "1h", ",", "2h", "and", "3h", "indicate", "different", "treatment", "times", "of", "1", ",", "2", "and", "3", "hours", "respectively", "with", "the", "CP1", "-", "WT", "and", "CP1", "-", "Mut", "peptides", "as", "indicated", "in", "the", "panels", ".", "Untreated", "cells", ",", "used", "as", "controls", ",", "are", "also", "shown", ".", "Scale", "bars", ":", "2μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "each", "panel", ",", "across", "each", "fluorescent", "channel", ",", "the", "unstriped", "and", "striped", "bars", "indicate", "the", "data", "for", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "peptides", "for", "0", "(", "immediate", "addition", ")", "and", "2", "hours", "respectively", ".", "nsP", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "unpaired", "t", "-", "test", ".", "WT", "and", "Mut", "indicate", "CP1", "-", "WT", "and", "CP1", "-", "Mut", "treatments", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-D Transmission electron micrographs of the indicated bacterial strains (left) depicting the loss of membrane integrity upon treatment with the CP1-WT peptide which is time-dependent. Arrows indicate membrane blebs, generalized membrane damage and the exclusion of cytoplasmic contents out of the cell. 1h, 2h and 3h indicate different treatment times of 1, 2 and 3 hours respectively with the CP1-WT and CP1-Mut peptides as indicated in the panels. Untreated cells, used as controls, are also shown. Scale bars: 2μm. Data information: In each panel, across each fluorescent channel, the unstriped and striped bars indicate the data for cells treated with DMSO or peptides for 0 (immediate addition) and 2 hours respectively. nsP > 0.05, * P < 0.05, ** P < 0.01; Student's unpaired t-test. WT and Mut indicate CP1-WT and CP1-Mut treatments respectively."}
{"words": ["E", "-", "H", "Mean", "fluorescence", "intensities", "across", "the", "three", "fluorescent", "channels", "(", "FM", "4", "-", "64FX", ",", "FAM", "and", "DAPI", "fluorophores", ")", "were", "estimated", "from", "confocal", "microscopy", "experiments", "to", "understand", "if", "the", "peptide", "was", "bound", "to", "the", "membrane", "or", "internalized", "in", "the", "cytosol", "of", "the", "bacteria", "indicated", "in", "each", "of", "the", "panels", "(", "top", ")", ".", "Triple", "staining", "procedure", "with", "FM", "4", "-", "64FX", "(", "membrane", "-", "binding", "dye", ";", "red", ")", ",", "FAM", "-", "conjugated", "peptides", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "nuclear", "staining", "dye", ";", "blue", ")", "was", "used", "and", "the", "mean", "fluorescence", "intensities", "across", "these", "three", "fluorescent", "channels", "were", "calculated", "using", "ZEN", "2", ".", "3", "software", ".", "The", "bacterial", "cells", "were", "treated", "with", "2", "%", "DMSO", "/", "FAM", "-", "labelled", "CP1", "-", "WT", "/", "FAM", "-", "labelled", "CP1", "-", "Mut", "for", "0", "(", "0hr", ")", "or", "2", "hours", "(", "2hr", ")", ",", "followed", "by", "staining", "with", "FM", "4", "-", "64FX", "and", "DAPI", "consecutively", ".", "The", "0th", "hour", "data", "represents", "the", "data", "obtained", "after", "immediate", "addition", "of", "DMSO", "or", "peptide", ".", "In", "each", "panel", ",", "green", "circles", "represent", "autofluorescence", "(", "cells", "emitting", "light", "of", "wavelength", "corresponding", "to", "that", "observed", "for", "FAM", "fluorophore", ")", "of", "DMSO", "-", "treated", "cells", "at", "0", "and", "2", "hours", ".", "Data", "information", ":", "In", "panels", "E", "-", "H", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", "are", "used", ".", "In", "each", "of", "these", "panels", ",", "the", "mean", "±", "SD", "intensity", "values", "(", "averaged", "across", "all", "the", "replicates", ")", "obtained", "across", "each", "fluorescent", "channel", "(", "FM", "4", "-", "64FX", ",", "FAM", "and", "DAPI", ")", "are", "presented", "for", "a", "particular", "bacterial", "strain", "(", "indicated", "on", "top", "of", "the", "panel", ")", ".", "In", "each", "panel", ",", "across", "each", "fluorescent", "channel", ",", "the", "unstriped", "and", "striped", "bars", "indicate", "the", "data", "for", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "peptides", "for", "0", "(", "immediate", "addition", ")", "and", "2", "hours", "respectively", ".", "nsP", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "Student", "'", "s", "unpaired", "t", "-", "test", ".", "WT", "and", "Mut", "indicate", "CP1", "-", "WT", "and", "CP1", "-", "Mut", "treatments", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-H Mean fluorescence intensities across the three fluorescent channels (FM 4-64FX, FAM and DAPI fluorophores) were estimated from confocal microscopy experiments to understand if the peptide was bound to the membrane or internalized in the cytosol of the bacteria indicated in each of the panels (top). Triple staining procedure with FM 4-64FX (membrane-binding dye; red), FAM-conjugated peptides (green) and DAPI (nuclear staining dye; blue) was used and the mean fluorescence intensities across these three fluorescent channels were calculated using ZEN 2.3 software. The bacterial cells were treated with 2% DMSO/ FAM-labelled CP1-WT/ FAM-labelled CP1-Mut for 0 (0hr) or 2 hours (2hr), followed by staining with FM 4-64FX and DAPI consecutively. The 0th hour data represents the data obtained after immediate addition of DMSO or peptide. In each panel, green circles represent autofluorescence (cells emitting light of wavelength corresponding to that observed for FAM fluorophore) of DMSO-treated cells at 0 and 2 hours. Data information: In panels E-H, n = 5 biological replicates are used. In each of these panels, the mean ± SD intensity values (averaged across all the replicates) obtained across each fluorescent channel (FM 4-64FX, FAM and DAPI) are presented for a particular bacterial strain (indicated on top of the panel). In each panel, across each fluorescent channel, the unstriped and striped bars indicate the data for cells treated with DMSO or peptides for 0 (immediate addition) and 2 hours respectively. nsP > 0.05, * P < 0.05, ** P < 0.01; Student's unpaired t-test. WT and Mut indicate CP1-WT and CP1-Mut treatments respectively."}
{"words": ["In", "vivo", "toxicity", "determination", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "using", "a", "murine", "model", ".", "BALB", "/", "c", "mice", "(", "Five", "mice", "per", "cohort", ")", "were", "intraperitoneally", "injected", "with", "1", ".", "6", "%", "DMSO", "or", "varying", "peptide", "doses", "as", "indicated", "and", "monitored", "for", "14", "days", ".", "A", "Changes", "in", "body", "weights", "relative", "to", "day", "0", "were", "noted", ".", "The", "mean", "percentage", "changes", "in", "body", "weights", "for", "each", "cohort", "are", "plotted", "across", "all", "the", "days", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "5", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "In", "panel", "A", ",", "across", "the", "entire", "experimental", "tenure", "of", "14", "days", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "for", "each", "cohort", ",", "averaged", "across", "both", "the", "replicates", "for", "all", "the", "five", "mice", "(", "studied", "in", "the", "respective", "cohort", ")", ".", "Multiple", "t", "test", "with", "Bonferroni", "Dunn", "correction", "was", "used", "to", "compare", "percentage", "change", "in", "body", "weights", "across", "DMSO", "-", "treated", "and", "the", "respective", "peptide", "treated", "cohorts", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vivo toxicity determination of the CP1-WT peptide using a murine model. BALB/c mice (Five mice per cohort) were intraperitoneally injected with 1.6% DMSO or varying peptide doses as indicated and monitored for 14 days. A Changes in body weights relative to day 0 were noted. The mean percentage changes in body weights for each cohort are plotted across all the days. Data information: n = 2 biological replicates with 5 mice per cohort were used. In panel A, across the entire experimental tenure of 14 days, data are presented as mean ± SD values for each cohort, averaged across both the replicates for all the five mice (studied in the respective cohort). Multiple t test with Bonferroni Dunn correction was used to compare percentage change in body weights across DMSO-treated and the respective peptide treated cohorts (ns P > 0.05)."}
{"words": ["In", "vivo", "toxicity", "determination", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "using", "a", "murine", "model", ".", "BALB", "/", "c", "mice", "(", "Five", "mice", "per", "cohort", ")", "were", "intraperitoneally", "injected", "with", "1", ".", "6", "%", "DMSO", "or", "varying", "peptide", "doses", "as", "indicated", "and", "monitored", "for", "14", "days", ".", "B", ",", "After", "14", "days", "post", "peptide", "treatment", ",", "blood", "was", "collected", "from", "the", "animals", "by", "retro", "-", "orbital", "puncture", "and", "analysed", "for", "(", "B", ")", "alanine", "transaminase", "(", "SGPT", ")", ",", "alanine", "aminotransferase", "(", "SGOT", ")", ",", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "Relative", "to", "the", "values", "obtained", "for", "the", "DMSO", "cohort", ",", "insignificant", "changes", "in", "serum", "levels", "of", "these", "parameters", "indicate", "that", "the", "peptide", "shows", "no", "significant", "hepatotoxic", "(", "as", "seen", "in", "panel", "B", ")", "Data", "information", ":", "biological", "replicates", "with", "5", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "In", "the", "panels", "B", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "across", "all", "the", "cohorts", "(", "five", "mice", "per", "cohort", ")", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", ".", "P", "values", "were", "calculated", "in", "comparison", "to", "the", "DMSO", "-", "treated", "cohorts", "using", "Mann", "-", "Whitney", "rank", "sum", "test", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vivo toxicity determination of the CP1-WT peptide using a murine model. BALB/c mice (Five mice per cohort) were intraperitoneally injected with 1.6% DMSO or varying peptide doses as indicated and monitored for 14 days. B, After 14 days post peptide treatment, blood was collected from the animals by retro-orbital puncture and analysed for (B) alanine transaminase (SGPT), alanine aminotransferase (SGOT), alkaline phosphatase (ALP) Relative to the values obtained for the DMSO cohort, insignificant changes in serum levels of these parameters indicate that the peptide shows no significant hepatotoxic (as seen in panel B) Data information: biological replicates with 5 mice per cohort were used. In the panels B representative data for only one biological replicate across all the cohorts (five mice per cohort) are presented as mean ± SD values. P values were calculated in comparison to the DMSO-treated cohorts using Mann-Whitney rank sum test (ns P > 0.05)."}
{"words": ["In", "vivo", "toxicity", "determination", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "using", "a", "murine", "model", ".", "BALB", "/", "c", "mice", "(", "Five", "mice", "per", "cohort", ")", "were", "intraperitoneally", "injected", "with", "1", ".", "6", "%", "DMSO", "or", "varying", "peptide", "doses", "as", "indicated", "and", "monitored", "for", "14", "days", ".", "C", "After", "14", "days", "post", "peptide", "treatment", ",", "blood", "was", "collected", "from", "the", "animals", "by", "retro", "-", "orbital", "puncture", "and", "analysed", "for", "(", "C", ")", "creatinine", "and", "blood", "urea", "nitrogen", "(", "BUN", ")", "levels", ".", "Relative", "to", "the", "values", "obtained", "for", "the", "DMSO", "cohort", ",", "insignificant", "changes", "of", "these", "parameters", "indicate", "that", "the", "peptide", "shows", "no", "significant", "nephrotoxic", "effects", "(", "as", "seen", "in", "panel", "C", ")", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "5", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "In", "panels", "C", ",", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "across", "all", "the", "cohorts", "(", "five", "mice", "per", "cohort", ")", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", ".", "For", "panels", "C", ",", "P", "values", "were", "calculated", "in", "comparison", "to", "the", "DMSO", "-", "treated", "cohorts", "using", "Mann", "-", "Whitney", "rank", "sum", "test", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vivo toxicity determination of the CP1-WT peptide using a murine model. BALB/c mice (Five mice per cohort) were intraperitoneally injected with 1.6% DMSO or varying peptide doses as indicated and monitored for 14 days. C After 14 days post peptide treatment, blood was collected from the animals by retro-orbital puncture and analysed for (C) creatinine and blood urea nitrogen (BUN) levels. Relative to the values obtained for the DMSO cohort, insignificant changes of these parameters indicate that the peptide shows no significant nephrotoxic effects (as seen in panel C). Data information: n = 2 biological replicates with 5 mice per cohort were used. In panels C, representative data for only one biological replicate across all the cohorts (five mice per cohort) are presented as mean ± SD values. For panels C, P values were calculated in comparison to the DMSO-treated cohorts using Mann-Whitney rank sum test (ns P > 0.05)."}
{"words": ["Action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "in", "treatment", "of", "S", ".", "Typhimurium", "oral", "infection", ".", "(", "A", ")", "Survival", "for", "symptoms", "were", "monitored", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "the", "three", "infection", "models", "stated", "above", ",", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "7", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "for", "the", "parameters", "obtained", "from", "seven", "mice", "in", "each", "cohort", ".", "In", "panel", "A", ",", "percent", "survival", "was", "compared", "between", "untreated", "cohort", "(", "N", ".", "T", ")", "and", "the", "DMSO", "/", "peptide", "/", "ciprofloxacin", "-", "treated", "cohort", "using", "a", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "using", "Bonferroni", "correction", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "The", "notations", ",", "namely", ",", "N", ".", "T", "denote", "no", "treatment", ";", "Pep", "and", "Cip", "denote", "CP1", "-", "WT", "and", "ciprofloxacin", "treatments", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Action of the CP1-WT peptide in treatment of S. Typhimurium oral infection. (A) Survival for symptoms were monitored. Data information: For all the three infection models stated above, n = 2 biological replicates with 7 mice per cohort were used. representative data for only one biological replicate are presented as mean ± SD values for the parameters obtained from seven mice in each cohort. In panel A, percent survival was compared between untreated cohort (N.T) and the DMSO/peptide/ciprofloxacin-treated cohort using a two-way ANOVA test using Bonferroni correction (ns P > 0.05; * P < 0.01). The notations, namely, N.T denote no treatment; Pep and Cip denote CP1-WT and ciprofloxacin treatments respectively."}
{"words": ["Action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "in", "treatment", "of", "S", ".", "Typhimurium", "oral", "infection", ".", "C", "-", "E", "Bacterial", "loads", "in", "S", ".", "Typhimurium", "infected", "organs", ",", "namely", ",", "(", "C", ")", "liver", ",", "(", "D", ")", "kidney", "and", "(", "E", ")", "spleen", ",", "were", "estimated", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "CFU", "/", "mL", "values", "for", "the", "bacterial", "organ", "loads", "isolated", "from", "seven", "mice", "in", "each", "cohort", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "the", "three", "infection", "models", "stated", "above", ",", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "7", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "for", "the", "parameters", "obtained", "from", "seven", "mice", "in", "each", "cohort", ".", "In", "panels", ",", "(", "C", "-", "E", ")", ",", "Mann", "-", "Whitney", "rank", "sum", "test", "was", "used", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "notations", ",", "namely", ",", "N", ".", "T", "denote", "no", "treatment", ";", "Pep", "and", "Cip", "denote", "CP1", "-", "WT", "and", "ciprofloxacin", "treatments", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Action of the CP1-WT peptide in treatment of S. Typhimurium oral infection. C-E Bacterial loads in S. Typhimurium infected organs, namely, (C) liver, (D) kidney and (E) spleen, were estimated. Data are presented as mean ± SD CFU/mL values for the bacterial organ loads isolated from seven mice in each cohort. Data information: For all the three infection models stated above, n = 2 biological replicates with 7 mice per cohort were used. representative data for only one biological replicate are presented as mean ± SD values for the parameters obtained from seven mice in each cohort. In panels, (C-E), Mann-Whitney rank sum test was used (ns P > 0.05, * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001). The notations, namely, N.T denote no treatment; Pep and Cip denote CP1-WT and ciprofloxacin treatments respectively."}
{"words": ["Action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "in", "treatment", "of", "S", ".", "Typhimurium", "oral", "infection", ".", "F", "-", "J", "Histopathology", "analyses", "with", "representative", "H", "&", "E", "-", "stained", "liver", "sections", "at", "different", "magnifications", "are", "shown", "for", "S", ".", "Typhimurium", "infected", "liver", "treated", "with", "various", "agents", ".", "K", "Mean", "pathological", "scoring", "from", "the", "tissue", "sections", "used", "in", "histopathology", "analyses", "in", "panels", "F", "-", "J", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "the", "three", "infection", "models", "stated", "above", ",", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "7", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "In", "panels", "K", "to", "assign", "histopathological", "scores", ",", "data", "are", "collected", "from", "five", "mice", "in", "each", "cohort", ",", "and", "the", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", ".", "Mann", "-", "Whitney", "rank", "sum", "test", "was", "used", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "notations", ",", "namely", ",", "N", ".", "T", "denote", "no", "treatment", ";", "Pep", "and", "Cip", "denote", "CP1", "-", "WT", "and", "ciprofloxacin", "treatments", "respectively", ".", "For", "histopathology", "analyses", "in", "panels", "(", "F", "-", "J", ")", "except", "for", "uninfected", "and", "peptide", "-", "treated", "mice", ",", "pathology", "sections", "from", "infected", "or", "treated", "(", "DMSO", "or", "ciprofloxacin", ")", "mice", "showed", "aggregation", "of", "multiple", "inflammatory", "cells", "(", "INF", ")", "and", "edema", "(", "E", ")", "in", "liver", "parenchyma", ",", "central", "vein", "congestion", "(", "C", ")", ",", "distortion", "of", "hepatic", "portal", "vein", "(", "HPV", ")", ",", "hemorrhage", "(", "H", ")", ",", "necrosis", "(", "N", ")", "and", "pyknotic", "nuclei", "(", "arrows", "in", "panels", "H", ",", "Scale", "bar", ":", "50µm", "in", "panels", "(", "F", "-", "J", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Action of the CP1-WT peptide in treatment of S. Typhimurium oral infection. F-J Histopathology analyses with representative H&E-stained liver sections at different magnifications are shown for S. Typhimurium infected liver treated with various agents. K Mean pathological scoring from the tissue sections used in histopathology analyses in panels F-J. Data information: For all the three infection models stated above, n = 2 biological replicates with 7 mice per cohort were used. In panels K to assign histopathological scores, data are collected from five mice in each cohort, and the representative data for only one biological replicate are presented as mean ± SD values. Mann-Whitney rank sum test was used (ns P > 0.05, * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001). The notations, namely, N.T denote no treatment; Pep and Cip denote CP1-WT and ciprofloxacin treatments respectively. For histopathology analyses in panels (F-J) except for uninfected and peptide-treated mice, pathology sections from infected or treated (DMSO or ciprofloxacin) mice showed aggregation of multiple inflammatory cells (INF) and edema (E) in liver parenchyma, central vein congestion (C), distortion of hepatic portal vein (HPV), hemorrhage (H), necrosis (N) and pyknotic nuclei (arrows in panels H, Scale bar: 50µm in panels (F-J)"}
{"words": ["Action", "of", "the", "CP1", "-", "WT", "peptide", "in", "treatment", "of", "A", ".", "baumannii", "intraperitoneal", "infections", ".", "L", "-", "N", "Bacterial", "loads", "in", "A", ".", "baumannii", "infected", "organs", ",", "namely", ",", "(", "L", ")", "liver", ",", "(", "M", ")", "kidney", "and", "(", "N", ")", "spleen", ",", "were", "estimated", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "CFU", "/", "mL", "values", "for", "the", "bacterial", "organ", "loads", "isolated", "from", "seven", "mice", "in", "each", "cohort", ".", "Data", "information", ":", "For", "all", "the", "three", "infection", "models", "stated", "above", ",", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "with", "7", "mice", "per", "cohort", "were", "used", ".", "In", "panels", "(", "L", "-", "N", ")", "representative", "data", "for", "only", "one", "biological", "replicate", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "values", "for", "the", "parameters", "obtained", "from", "seven", "mice", "in", "each", "cohort", ".", "Mann", "-", "Whitney", "rank", "sum", "test", "was", "used", "(", "ns", "P", ">", "0", ".", "05", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "notations", ",", "namely", ",", "N", ".", "T", "denote", "no", "treatment", ";", "Pep", "and", "Cip", "denote", "CP1", "-", "WT", "and", "ciprofloxacin", "treatments", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Action of the CP1-WT peptide in treatment of A. baumannii intraperitoneal infections. L-N Bacterial loads in A. baumannii infected organs, namely, (L) liver, (M) kidney and (N) spleen, were estimated. Data are presented as mean ± SD CFU/mL values for the bacterial organ loads isolated from seven mice in each cohort. Data information: For all the three infection models stated above, n = 2 biological replicates with 7 mice per cohort were used. In panels (L-N) representative data for only one biological replicate are presented as mean ± SD values for the parameters obtained from seven mice in each cohort. Mann-Whitney rank sum test was used (ns P > 0.05, * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001). The notations, namely, N.T denote no treatment; Pep and Cip denote CP1-WT and ciprofloxacin treatments respectively."}
{"words": ["(", "F", ")", "UMAP", "plot", "showing", "the", "expression", "levels", "of", "EMT", "markers", ".", "The", "magenta", "dotted", "lines", "indicate", "cluster", "6", "(", "partial", "EMT", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) UMAP plot showing the expression levels of EMT markers. The magenta dotted lines indicate cluster 6 (partial EMT)."}
{"words": ["(", "E", ")", ",", "(", "F", ")", "Heatmap", "of", "DEGs", "in", "ROR1high", "and", "ROR1low", "cells", "in", "the", "S2", "-", "VP10", "xenograft", "(", "E", ")", "or", "PDO", "#", "1", "xenograft", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E), (F) Heatmap of DEGs in ROR1high and ROR1low cells in the S2-VP10 xenograft (E) or PDO#1 xenograft (F)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "disease", "-", "specific", "survival", "curves", "based", "on", "ROR1", "expression", "levels", "in", "PDAC", "patients", "from", "the", "TCGA", "database", "(", "n", "=", "154", ")", ".", "Data", "information", ":", "Graphs", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "log", "-", "rank", "test", "(", "A", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Kaplan-Meier disease-specific survival curves based on ROR1 expression levels in PDAC patients from the TCGA database (n = 154) . Data information: Graphs are presented as mean ± s.e.m., *, p < 0.05; log-rank test (A)"}
{"words": ["(", "C", ")", "FACS", "gating", "to", "sort", "ROR1high", "and", "ROR1low", "cells", "and", "the", "number", "of", "organoids", "or", "colonies", "(", "n", "=", "3", "or", "n", "=", "5", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Mouse", "cells", "expressing", "H", "-", "2Kd", "/", "H", "-", "2Dd", "were", "eliminated", ".", "Data", "information", ":", "Graphs", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) FACS gating to sort ROR1high and ROR1low cells and the number of organoids or colonies (n = 3 or n = 5, biological replicates). Mouse cells expressing H-2Kd/H-2Dd were eliminated. Data information: Graphs are presented as mean ± s.e.m., *, p < 0.05; two-sided t-test (C)"}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "images", "of", "tissue", "stained", "with", "H", "&", "E", "and", "AB", "/", "PAS", ",", "and", "for", "ROR1", "in", "the", "PDO", "#", "1", "xenograft", "and", "of", "tumor", "derived", "from", "ROR1high", "or", "ROR1low", "cells", "in", "the", "PDO", "#", "1", "xenograft", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "100", "µm", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative images of tissue stained with H&E and AB/PAS, and for ROR1 in the PDO#1 xenograft and of tumor derived from ROR1high or ROR1low cells in the PDO#1 xenograft. Data information: Scale bars, 100 µm (G)."}
{"words": ["(", "H", ")", "The", "expression", "level", "of", "AURKB", "in", "PANC", "-", "1", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ROR1", "siRNA", "and", "in", "ROR1high", "or", "ROR1low", "cells", "from", "S2", "-", "VP10", "and", "PDO", "#", "1", "xenografts", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) The expression level of AURKB in PANC-1 cells transfected with control or ROR1 siRNA and in ROR1high or ROR1low cells from S2-VP10 and PDO#1 xenografts (n = 3). Data information: Data are presented as mean ± s.e.m., two-sided t-test. *, p < 0.05; n.s., not significant."}
{"words": ["(", "I", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "ROR1", ",", "AURKB", ",", "and", "β", "-", "actin", "in", "S2", "-", "VP10", "and", "S2", "-", "013", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ROR1", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(I) Western blot analysis of ROR1, AURKB, and β-actin in S2-VP10 and S2-013 cells transfected with control or ROR1 siRNA."}
{"words": ["(", "J", ")", "Treatment", "of", "PDO", "#", "1", "and", "S2", "-", "VP10", "organoids", "with", "DMSO", "(", "vehicle", ")", "or", "Aurora", "kinase", "inhibitors", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Tozasertib", ",", "pan", "-", "Aurora", "kinase", "inhibitor", ";", "Barasertib", ",", "selective", "Aurora", "B", "kinase", "inhibitor", ".", "Representative", "images", "of", "organoids", "are", "shown", ".", "An", "area", "of", "2", ",", "000", "μm2", "and", "more", "was", "identified", "as", "an", "organoid", ".", "The", "area", "of", "organoids", "is", "shown", "in", "the", "violin", "plot", ".", "Black", "or", "white", "solid", "lines", "indicate", "the", "median", "value", "for", "each", "violin", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "1", "mm", "(", "J", ")", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Treatment of PDO#1 and S2-VP10 organoids with DMSO (vehicle) or Aurora kinase inhibitors (n = 3, biological replicates). Tozasertib, pan-Aurora kinase inhibitor; Barasertib, selective Aurora B kinase inhibitor. Representative images of organoids are shown. An area of 2,000 μm2 and more was identified as an organoid. The area of organoids is shown in the violin plot. Black or white solid lines indicate the median value for each violin. Data information: Scale bars 1 mm (J) Data are presented as mean ± s.e.m., two-sided t-test. *, p < 0.05; n.s., not significant."}
{"words": ["(", "K", ")", "Organoid", "formation", "assay", "of", "ROR1high", "or", "ROR1low", "cells", "derived", "from", "S2", "-", "VP10", "EGFP", "(", "control", ")", "or", "S2", "-", "VP10", "AURKB", "-", "EGFP", "xenografts", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "images", "and", "the", "number", "of", "organoids", "are", "shown", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", "(", "K", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Organoid formation assay of ROR1high or ROR1low cells derived from S2-VP10 EGFP (control) or S2-VP10 AURKB-EGFP xenografts (n = 3, biological replicates). Representative images and the number of organoids are shown. Data information: Scale bars, 1 mm (K). Data are presented as mean ± s.e.m., two-sided t-test. *, p < 0.05; n.s., not significant."}
{"words": ["(", "L", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "ROR1", ",", "AKT", ",", "phospho", "-", "AKT", "(", "Ser473", ")", ",", "and", "β", "-", "actin", "in", "S2", "-", "VP10", "and", "S2", "-", "013", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ROR1", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(L) Western blot analysis of ROR1, AKT, phospho-AKT (Ser473), and β-actin in S2-VP10 and S2-013 cells transfected with control or ROR1 siRNA."}
{"words": ["(", "N", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "ROR1", ",", "c", "-", "Myc", ",", "phospho", "-", "RB", "(", "Ser780", ")", ",", "E2F1", ",", "and", "β", "-", "actin", "in", "S2", "-", "VP10", "and", "S2", "-", "013", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "ROR1", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(N) Western blot analysis of ROR1, c-Myc, phospho-RB (Ser780), E2F1, and β-actin in S2-VP10 and S2-013 cells transfected with control or ROR1 siRNA."}
{"words": ["(", "C", ")", "Tumor", "growth", "curve", "of", "the", "four", "groups", "(", "control", ",", "Dox", "only", ",", "gemcitabine", "only", ",", "and", "Dox", "+", "gemcitabine", ")", "(", "n", "=", "8", ")", ".", "The", "endpoint", "for", "each", "group", "is", "shown", "by", "a", "slash", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Tumor growth curve of the four groups (control, Dox only, gemcitabine only, and Dox + gemcitabine) (n = 8). The endpoint for each group is shown by a slash. Data information: Data are presented as mean ± s.e.m., two-sided t-test. *, p < 0.05."}
{"words": ["(", "A", ")", "-", "(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "ROR1", ",", "mCherry", ",", "and", "aSMA", "staining", "in", "the", "primary", "tumor", "(", "pancreas", ")", "(", "A", ")", "and", "metastatic", "lesions", "in", "the", "lung", "(", "B", ")", "and", "mesenteric", "lymph", "node", "(", "C", ")", "after", "orthotopic", "transplantation", "of", "S2", "-", "VP10", "-", "mCherry", "cells", "into", "the", "pancreas", "of", "BRJ", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "100"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)-(C) Representative images of ROR1, mCherry, and aSMA staining in the primary tumor (pancreas) (A) and metastatic lesions in the lung (B) and mesenteric lymph node (C) after orthotopic transplantation of S2-VP10-mCherry cells into the pancreas of BRJ mice. Data information: Scale bars, 100 µm"}
{"words": ["(", "D", ")", ",", "(", "E", ")", "Representative", "images", "of", "S2", "-", "013", "orthotopic", "xenografts", "stained", "with", "H", "&", "E", "and", "for", "ROR1", "in", "the", "pancreas", "(", "D", ")", "and", "mesenteric", "lymph", "node", "(", "E", ")", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "100"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D), (E) Representative images of S2-013 orthotopic xenografts stained with H&E and for ROR1 in the pancreas (D) and mesenteric lymph node (E). Data information: Scale bars, 100 µm"}
{"words": ["(", "A", ")", ",", "H3K4me1", ",", "K3K4me3", ",", "H3K27ac", ",", "and", "open", "chromatin", "profiles", "around", "the", "ROR1", "gene", "by", "CUT", "&", "RUN", "and", "ATAC", "-", "sequencing", "in", "cultured", "S2", "-", "VP10", "cells", "(", "A", ")", "The", "ROR1", "promoter", "(", "blue", "-", "shaded", "boxes", ")", "and", "enhancer", "elements", "(", "green", "-", "shaded", "box", ")", "of", "ROR1", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A), H3K4me1, K3K4me3, H3K27ac, and open chromatin profiles around the ROR1 gene by CUT&RUN and ATAC-sequencing in cultured S2-VP10 cells (A) The ROR1 promoter (blue-shaded boxes) and enhancer elements (green-shaded box) of ROR1 are indicated."}
{"words": ["(", "E", ")", "YAP", "occupancy", "at", "the", "ROR1", "enhancer", "as", "determined", "by", "ChIP", "-", "qPCR", ".", "The", "known", "YAP", "targets", ",", "CTGF", "and", "CYR61", "promoters", ",", "were", "tested", "as", "positive", "controls", ",", "and", "ROR1", "intron", "1", "and", "AFM", "promoter", "were", "tested", "as", "negative", "controls", "(", "n", "=", "4", ",", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) YAP occupancy at the ROR1 enhancer as determined by ChIP-qPCR. The known YAP targets, CTGF and CYR61 promoters, were tested as positive controls, and ROR1 intron 1 and AFM promoter were tested as negative controls (n = 4, biological replicates)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "YAP", ",", "TAZ", ",", "ROR1", ",", "and", "β", "-", "actin", "in", "S2", "-", "VP10", "cells", "transfected", "with", "control", "or", "YAP1", "/", "WWTR1", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(G) Western blot analysis of YAP, TAZ, ROR1, and β-actin in S2-VP10 cells transfected with control or YAP1/WWTR1 siRNA."}
{"words": ["(", "I", ")", "Relative", "expression", "of", "ROR1", "and", "YAP", "target", "genes", "(", "CTGF", "and", "CYR61", ")", "in", "S2", "-", "VP10", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "verteporfin", "(", "VP", ")", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "mRNA", "levels", "are", "normalized", "to", "that", "of", "RPS18", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(I) Relative expression of ROR1 and YAP target genes (CTGF and CYR61) in S2-VP10 cells treated with DMSO or verteporfin (VP) (n = 3, biological replicates). mRNA levels are normalized to that of RPS18."}
{"words": ["(", "M", ")", "Relative", "luciferase", "activity", "using", "the", "ROR1", "reporter", "in", "S2", "-", "VP10", "cells", "treated", "with", "DMSO", "or", "BET", "inhibitor", "(", "JQ1", ")", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ".", ";", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", "(", "M", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Relative luciferase activity using the ROR1 reporter in S2-VP10 cells treated with DMSO or BET inhibitor (JQ1) (n = 3, biological replicates). Data information: Data are presented as mean ± s.e.m., *, p < 0.05. ; two-sided t-test (M)"}
{"words": ["(", "O", ")", ",", "Treatment", "of", "PDO", "#", "1", "and", "S2", "-", "VP10", "organoids", "with", "DMSO", "or", "JQ1", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Relative", "expression", "of", "ROR1", "(", "O", ")", ",", "mRNA", "levels", "are", "normalized", "to", "that", "of", "RPS18", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ".", ";", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", "(", "O", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O), Treatment of PDO#1 and S2-VP10 organoids with DMSO or JQ1 (n = 3, biological replicates). Relative expression of ROR1 (O), mRNA levels are normalized to that of RPS18. Data information: Data are presented as mean ± s.e.m., *, p < 0.05. ; two-sided t-test (O)"}
{"words": ["(", "P", ")", "Treatment", "of", "PDO", "#", "1", "and", "S2", "-", "VP10", "organoids", "with", "DMSO", "or", "JQ1", "(", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "representative", "images", "of", "organoids", ",", "and", "organoid", "area", "(", "P", ")", "are", "shown", ".", "The", "area", "of", "organoids", "is", "shown", "in", "the", "violin", "plot", ".", "Black", "or", "white", "solid", "lines", "indicate", "the", "median", "value", "for", "each", "violin", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", "(", "P", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ".", ";", "two", "-", "sided", "t", "-", "test", "(", "P", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) Treatment of PDO#1 and S2-VP10 organoids with DMSO or JQ1 (n = 3, biological replicates). representative images of organoids, and organoid area (P) are shown. The area of organoids is shown in the violin plot. Black or white solid lines indicate the median value for each violin. Data information: Scale bars, 1 mm (P). Data are presented as mean ± s.e.m., *, p < 0.05. ; two-sided t-test (P)."}
{"words": ["A", "BAK", "-", "6H", "permeabilising", "activity", "is", "exacerbated", "by", "cBID", ".", "BAK", "-", "6H", "(", "mBAK", "∆", "C21", "-", "6H", ")", "was", "loaded", "at", "the", "indicated", "concentrations", "onto", "Ni", "-", "NTA", "liposomes", "(", "5", "μM", ")", "prior", "to", "the", "addition", "of", "cBID", ".", "The", "release", "of", "carboxyfluorescein", "was", "measured", "over", "time", ".", "Results", "representative", "of", "at", "least", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A BAK-6H permeabilising activity is exacerbated by cBID. BAK-6H (mBAK∆C21-6H) was loaded at the indicated concentrations onto Ni-NTA liposomes (5 μM) prior to the addition of cBID. The release of carboxyfluorescein was measured over time. Results representative of at least 3 independent experiments."}
{"words": ["B", "BAK", "-", "6H", "oligomerises", "on", "liposomes", "induced", "by", "cBID", ".", "Liposomes", "were", "incubated", "with", "BAK", "-", "6H", "(", "150", "nM", ")", "and", "the", "indicated", "concentration", "of", "cBID", "or", "a", "BID", "BH3", "peptide", "for", "60", "min", ".", "Liposomes", "were", "solubilised", "in", "digitonin", "and", "BAK", "oligomers", "were", "analysed", "by", "BN", "-", "PAGE", ".", "In", "parallel", ",", "samples", "were", "tested", "at", "endpoint", "for", "liposome", "permeabilisation", "based", "on", "the", "release", "of", "flurorescent", "dextran", ",", "normalised", "to", "total", "fluorescence", "of", "detergent", "permeabilised", "liposomes", ".", "Results", "representative", "of", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B BAK-6H oligomerises on liposomes induced by cBID. Liposomes were incubated with BAK-6H (150 nM) and the indicated concentration of cBID or a BID BH3 peptide for 60 min. Liposomes were solubilised in digitonin and BAK oligomers were analysed by BN-PAGE. In parallel, samples were tested at endpoint for liposome permeabilisation based on the release of flurorescent dextran, normalised to total fluorescence of detergent permeabilised liposomes. Results representative of 3 independent experiments."}
{"words": ["C", "BAK", "-", "6H", "oligomerisation", "on", "liposomes", "is", "blocked", "by", "BCL", "-", "XL", ".", "Liposomes", "were", "incubated", "with", "BAK", "-", "6H", "(", "150", "nM", ")", "together", "with", "cBID", "(", "WT", ",", "90", "nM", ")", "or", "cBID", "M97A", "(", "90", "nM", ")", "that", "has", "reduced", "affinity", "for", "BCL", "-", "XL", ",", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "BCL", "-", "XL", "for", "60", "mins", "prior", "to", "analysis", "of", "BAK", "oligomerisation", "by", "BN", "-", "PAGE", ".", "Results", "representative", "of", "2", "independent", "experiments", ".", "Liposome", "permeabilisation", "was", "monitored", "with", "the", "indicated", "combinations", "of", "cBID", "(", "90", "nM", ")", ",", "BAK", "-", "6H", "(", "150", "nM", ")", "and", "BCL", "-", "XL", "(", "1", "μM", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "of", "2", "independent", "experiments", "with", "percentage", "release", "relative", "to", "detergent", "-", "lysed", "liposomes", "at", "a", "timepoint", "when", "permeabilisation", "with", "BAK", "and", "cBid", "was", "approximately", "50", "%", "of", "detergent", "-", "lysis", "maximum", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C BAK-6H oligomerisation on liposomes is blocked by BCL-XL. Liposomes were incubated with BAK-6H (150 nM) together with cBID (WT, 90 nM) or cBID M97A (90 nM) that has reduced affinity for BCL-XL, in the presence or absence of BCL-XL for 60 mins prior to analysis of BAK oligomerisation by BN-PAGE. Results representative of 2 independent experiments. Liposome permeabilisation was monitored with the indicated combinations of cBID (90 nM), BAK-6H (150 nM) and BCL-XL (1 μM). Data is presented as mean of 2 independent experiments with percentage release relative to detergent-lysed liposomes at a timepoint when permeabilisation with BAK and cBid was approximately 50% of detergent-lysis maximum."}
{"words": ["D", "BAK", "-", "6H", "oligomerisation", "on", "liposomes", "involves", "its", "BH3", "domain", ".", "Liposomes", "were", "incubated", "with", "BAK", "-", "6H", "(", "150", "nM", ")", "together", "with", "cBID", "(", "90", "nM", ")", ".", "Antibody", "recognising", "the", "BAK", "BH3", "domain", "(", "4B5", ")", "or", "α1", "-", "α2", "loop", "(", "7D10", ")", ",", "as", "shown", "on", "the", "structure", "of", "BAK", "(", "PDB", ":", "2IMS", ")", ",", "were", "added", "(", "2", ".", "4", "μg", "/", "μl", ")", "either", "prior", "to", "(", "pre", ")", "or", "after", "(", "post", ")", "incubation", "with", "cBID", "for", "60", "mins", ".", "BAK", ":", "Ab", "complex", "is", "indicated", "(", "arrowhead", ")", ".", "7D10", "which", "recognises", "the", "activated", "form", "of", "mBAK", "(", "Iyer", "et", "al", ".", ",", "2016", ")", ",", "bound", "to", "and", "gel", "-", "shifted", "BAK", "when", "added", "either", "before", "or", "after", "activation", "with", "cBID", ".", "In", "contrast", ",", "4B5", "failed", "to", "appreciably", "gel", "-", "shift", "inactive", "BAK", "(", "lanes", "3", "and", "5", ")", "or", "BAK", "that", "was", "already", "activated", "(", "lane", "6", ")", ",", "but", "gel", "-", "shifted", "BAK", "when", "present", "during", "cBID", "activation", "(", "lane", "4", ")", ".", "Liposome", "permeabilisation", "was", "assessed", "after", "20", "min", "incubation", "with", "cBID", "(", "90", "nM", ")", ",", "BAK", "-", "6H", "(", "150", "nM", ")", "and", "antibodies", "4B5", "(", "2", ".", "5", "μg", ")", "or", "7D10", "(", "2", ".", "5", "μg", ")", ".", "Data", "is", "presented", "as", "mean", "of", "2", "independent", "experiments", "with", "percentage", "release", "relative", "to", "detergent", "-", "lysed", "liposomes", "at", "a", "timepoint", "when", "permeabilisation", "with", "BAK", "and", "cBid", "was", "approximately", "50", "%", "of", "detergent", "-", "lysis", "maximum", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D BAK-6H oligomerisation on liposomes involves its BH3 domain. Liposomes were incubated with BAK-6H (150 nM) together with cBID (90 nM). Antibody recognising the BAK BH3 domain (4B5) or α1-α2 loop (7D10), as shown on the structure of BAK (PDB:2IMS), were added (2.4 μg/μl) either prior to (pre) or after (post) incubation with cBID for 60 mins. BAK:Ab complex is indicated (arrowhead). 7D10 which recognises the activated form of mBAK (Iyer et al., 2016), bound to and gel-shifted BAK when added either before or after activation with cBID. In contrast, 4B5 failed to appreciably gel-shift inactive BAK (lanes 3 and 5) or BAK that was already activated (lane 6), but gel-shifted BAK when present during cBID activation (lane 4). Liposome permeabilisation was assessed after 20 min incubation with cBID (90 nM), BAK-6H (150 nM) and antibodies 4B5 (2.5 μg) or 7D10 (2.5 μg). Data is presented as mean of 2 independent experiments with percentage release relative to detergent-lysed liposomes at a timepoint when permeabilisation with BAK and cBid was approximately 50% of detergent-lysis maximum."}
{"words": ["B", "BAK", ",", "or", "BAK", "with", "cysteine", "introduced", "at", "the", "indicated", "positions", "(", "on", "a", "BAK", "∆", "Cys", "background", ")", "were", "stably", "expressed", "in", "Bax", "-", "/", "-", "Bak", "-", "/", "-", "MEFs", "and", "assess", "for", "BAK", "expression", "by", "immunoblotting", "(", "inset", "panel", ";", "*", "indicates", "non", "-", "specific", "band", ".", ")", "and", "apoptotic", "activity", "in", "response", "to", "etoposide", "treatment", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "B BAK, or BAK with cysteine introduced at the indicated positions (on a BAK∆Cys background) were stably expressed in Bax-/-Bak-/- MEFs and assess for BAK expression by immunoblotting (inset panel; * indicates non-specific band.) and apoptotic activity in response to etoposide treatment."}
{"words": ["C", "E24", "and", "R169", "are", "proximal", "in", "inactive", "BAK", "on", "mitochondria", ".", "Mitochondria", "-", "enriched", "membrane", "fractions", "from", "cells", "were", "incubated", "with", "oxidant", "(", "CuPhe", ")", "and", "induced", "intramolecular", "disulphide", "linkage", "of", "BAK", "was", "assessed", "on", "non", "-", "reducing", "SDS", "-", "PAGE", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C E24 and R169 are proximal in inactive BAK on mitochondria. Mitochondria-enriched membrane fractions from cells were incubated with oxidant (CuPhe) and induced intramolecular disulphide linkage of BAK was assessed on non-reducing SDS-PAGE."}
{"words": ["D", "E24", "and", "R169", "dissociate", "during", "BAK", "activation", ".", "Mitochondria", "-", "enriched", "membrane", "fractions", "from", "cells", "were", "incubated", "with", "cBID", "(", "100", "nM", ")", "prior", "to", "oxidant", "(", "CuPhe", ")", "and", "the", "induced", "intramolecular", "and", "intermolecular", "disulphide", "linkage", "of", "BAK", "was", "assessed", "on", "non", "-", "reducing", "SDS", "-", "PAGE", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D E24 and R169 dissociate during BAK activation. Mitochondria-enriched membrane fractions from cells were incubated with cBID (100 nM) prior to oxidant (CuPhe) and the induced intramolecular and intermolecular disulphide linkage of BAK was assessed on non-reducing SDS-PAGE."}
{"words": ["C", "Bax", "-", "/", "-", "Bak", "-", "/", "-", "MEFs", "expressing", "the", "indicated", "BAK", "variants", "were", "treated", "with", "doxycycline", "(", "Dox", ",", "3", "h", ")", ",", "incubated", "for", "a", "further", "24", "h", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "BH3", "-", "mimetic", "compounds", ",", "and", "cell", "death", "was", "assessed", "by", "PI", "uptake", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "C Bax-/-Bak-/- MEFs expressing the indicated BAK variants were treated with doxycycline (Dox, 3 h), incubated for a further 24 h in the presence or absence of BH3-mimetic compounds, and cell death was assessed by PI uptake."}
{"words": ["D", "Mutation", "of", "BH4", "promotes", "BAK", "activating", "conformation", "change", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "doxycycline", "(", "3", "h", ")", "to", "induce", "BAK", "expression", "followed", "by", "incubation", "with", "BH3", "-", "mimetics", "where", "indicated", "(", "for", "2", "h", ")", "and", "conformation", "change", "of", "BAK", "was", "assessed", "by", "intracellular", "flow", "cytometry", "with", "an", "antibody", "that", "recognises", "activated", "BAK", "(", "G3172", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "D Mutation of BH4 promotes BAK activating conformation change. Cells were treated with doxycycline (3 h) to induce BAK expression followed by incubation with BH3-mimetics where indicated (for 2 h) and conformation change of BAK was assessed by intracellular flow cytometry with an antibody that recognises activated BAK (G3172)."}
{"words": ["D", "BAK", "wild", "-", "type", ",", "or", "BAK", "with", "an", "engineered", "α1", "-", "α2", "loop", "thrombin", "cleavage", "site", "were", "stably", "expressed", "in", "Bax", "-", "/", "-", "Bak", "-", "/", "-", "MEFs", ".", "Membrane", "fractions", "were", "incubated", "with", "thrombin", "prior", "to", "incubation", "with", "copper", "phenanthroline", "(", "CuPhe", ")", "to", "induce", "disulphide", "-", "linkage", ".", "Samples", "were", "run", "on", "SDS", "-", "PAGE", "under", "non", "-", "reducing", "or", "reducing", "conditions", "and", "immunoblotted", "for", "BAK", "with", "an", "antibody", "recognising", "the", "BAK", "N", "-", "terminus", "upstream", "of", "the", "thrombin", "cleavage", "site", "(", "aa23", "-", "38", ")", "or", "an", "antibody", "recognising", "the", "BH3", "domain", "(", "4B5", ")", "downstream", "of", "the", "cleavage", "site", ".", "Schematic", "indicates", "the", "nature", "of", "the", "BAK", "protein", "detected", "by", "each", "antibody", ".", "Disulphide", "-", "linkage", "indicated", "by", "a", "hashed", "line", ".", "Note", "that", "the", "N", "-", "terminal", "portion", "of", "thrombin", "cleaved", "BAK", "could", "not", "be", "detected", "with", "the", "N", "-", "terminal", "antibody", "unless", "it", "was", "intramolecularly", "disulphide", "-", "linked", ".", "*", "cBID", "(", "100", "nM", ")", "was", "added", "to", "activate", "BAK", "during", "thrombin", "cleavage", ".", "Data", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D BAK wild-type, or BAK with an engineered α1-α2 loop thrombin cleavage site were stably expressed in Bax-/-Bak-/- MEFs. Membrane fractions were incubated with thrombin prior to incubation with copper phenanthroline (CuPhe) to induce disulphide-linkage. Samples were run on SDS-PAGE under non-reducing or reducing conditions and immunoblotted for BAK with an antibody recognising the BAK N-terminus upstream of the thrombin cleavage site (aa23-38) or an antibody recognising the BH3 domain (4B5) downstream of the cleavage site. Schematic indicates the nature of the BAK protein detected by each antibody. Disulphide-linkage indicated by a hashed line. Note that the N-terminal portion of thrombin cleaved BAK could not be detected with the N-terminal antibody unless it was intramolecularly disulphide-linked. *cBID (100 nM) was added to activate BAK during thrombin cleavage. Data representative of two independent experiments."}
{"words": ["E", "Cleavage", "of", "the", "BAK", "α1", "-", "α2", "loop", "potentiates", "MOMP", ".", "Membrane", "fractions", "from", "Bax", "-", "/", "-", "Bak", "-", "/", "-", "MEFs", "expressing", "BAK", "or", "BAKthrombin", "were", "incubated", "or", "not", "with", "thrombin", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "cBID", "(", "10", "nM", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Membrane", "(", "P", ")", "and", "supernatant", "(", "S", ")", "fractions", "were", "separated", "and", "immunoblotted", "for", "cytochrome", "c", "or", "BAK", "4B5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "E Cleavage of the BAK α1-α2 loop potentiates MOMP. Membrane fractions from Bax-/-Bak-/- MEFs expressing BAK or BAKthrombin were incubated or not with thrombin in the presence or absence of cBID (10 nM) for the indicated times. Membrane (P) and supernatant (S) fractions were separated and immunoblotted for cytochrome c or BAK 4B5."}
{"words": ["A", ")", "H", "&", "E", "and", "immunohistochemistry", "reveal", "that", "β", "-", "catenin", "accumulates", "in", "tumors", "emerging", "in", "one", "-", "year", "-", "old", "female", "miR", "-", "424", "(", "322", ")", "/", "503", "-", "/", "-", "mice", ".", "The", "panel", "is", "a", "representative", "image", "of", "n", "=", "5", "independent", "tumors", ".", "The", "scale", "bar", "indicates", "100", "micrometers", "(", "µM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) H&E and immunohistochemistry reveal that β-catenin accumulates in tumors emerging in one-year-old female miR-424(322)/503-/- mice. The panel is a representative image of n=5 independent tumors. The scale bar indicates 100 micrometers (µM)."}
{"words": ["B", ")", "Bar", "graphic", "showing", "that", "human", "breast", "cancers", "with", "deletion", "of", "the", "miR", "-", "424", "/", "503", "locus", "have", "higher", "protein", "levels", "of", "β", "-", "catenin", "(", "RPPA", ")", ".", "P", "-", "value", "is", "calculated", "based", "on", "one", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "-", "sum", "test", ".", "In", "the", "box", "-", "plots", "in", "B", "and", "C", "the", "relative", "expression", "of", "β", "-", "catenin", "in", "the", "RPPA", "data", "from", "TCGA", "is", "shown", ".", "The", "yellow", "line", "indicates", "the", "median", "and", "the", "bars", "indicate", "the", "75th", "percentile", "(", "Q3", ")", "+", "1", ".", "5", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Bar graphic showing that human breast cancers with deletion of the miR-424/503 locus have higher protein levels of β-catenin (RPPA). P-value is calculated based on one-sided Wilcoxon rank-sum test. In the box-plots in B and C the relative expression of β-catenin in the RPPA data from TCGA is shown. The yellow line indicates the median and the bars indicate the 75th percentile (Q3)+1.5 interquartile range (IQR)."}
{"words": ["C", ")", "The", "bar", "graph", "shows", "that", "human", "breast", "cancers", "with", "low", "expression", "levels", "of", "miR", "-", "424", "and", "miR", "-", "503", "have", "higher", "protein", "levels", "of", "β", "-", "catenin", ".", "P", "-", "value", "is", "calculated", "based", "on", "one", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "-", "sum", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) The bar graph shows that human breast cancers with low expression levels of miR-424 and miR-503 have higher protein levels of β-catenin. P-value is calculated based on one-sided Wilcoxon rank-sum test."}
{"words": ["B", ")", "The", "bar", "graphs", "show", "the", "number", "of", "PROCR", "+", "in", "1", "-", "year", "-", "old", "female", "WT", "and", "miR", "-", "424", "(", "322", ")", "/", "503", "KO", "mice", "during", "diestrus", ".", "The", "error", "bars", "show", "the", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) The bar graphs show the number of PROCR+ in 1-year-old female WT and miR-424(322)/503 KO mice during diestrus. The error bars show the standard deviation."}
{"words": ["E", ")", "The", "panel", "shows", "the", "lack", "of", "induction", "of", "bona", "fide", "WNT", "targets", "in", "miR", "-", "over", "expressing", "cells", "from", "panel", "C", "compared", "with", "EV", "control", ".", "UT", "indicates", "samples", "untreated", "with", "WNT3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "E) The panel shows the lack of induction of bona fide WNT targets in miR-over expressing cells from panel C compared with EV control. UT indicates samples untreated with WNT3."}
{"words": ["D", ")", "Western", "blot", "of", "LRP6", "and", "TBLR1", "in", "the", "miR", "-", "cluster", "-", "Dox", "-", "MCF", "-", "10A", "model", "upon", "upregulation", "of", "miR", "-", "cluster", "with", "100", "ng", "/", "ml", "of", "doxycycline", "for", "the", "specified", "number", "of", "days", ".", "The", "numbers", "below", "the", "blots", "indicate", "the", "quantitation", "by", "densitometry", "of", "protein", "expression", "relative", "to", "β", "-", "actin", ".", "The", "expression", "level", "of", "miR", "-", "424", "and", "miR", "-", "503", "is", "indicated", "in", "the", "bar", "graph", "below", "the", "blots", ".", "UN", "indicates", "samples", "untreated", "with", "doxycycline", ".", "The", "error", "bars", "show", "the", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Western blot of LRP6 and TBLR1 in the miR-cluster-Dox-MCF-10A model upon upregulation of miR-cluster with 100 ng/ml of doxycycline for the specified number of days. The numbers below the blots indicate the quantitation by densitometry of protein expression relative to β-actin. The expression level of miR-424 and miR-503 is indicated in the bar graph below the blots. UN indicates samples untreated with doxycycline. The error bars show the standard deviation."}
{"words": ["F", ")", "Western", "blot", "of", "LRP6", "and", "TBLR1", "expression", "in", "WT", "and", "miR", "-", "424", "/", "503", "-", "KO", "basal", "cell", "-", "derived", "organoids", "after", "14", "days", "in", "culture", "with", "and", "without", "Wnt3a", "(", "100ng", "/", "ml", ")", ".", "The", "arrow", "shows", "the", "correct", "TBLR1", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "F) Western blot of LRP6 and TBLR1 expression in WT and miR-424/503-KO basal cell-derived organoids after 14 days in culture with and without Wnt3a (100ng/ml). The arrow shows the correct TBLR1 band."}
{"words": ["G", ")", "IHC", "staining", "showing", "that", "LRP6", "accumulates", "in", "the", "epithelium", "of", "female", "miR", "-", "424", "(", "322", ")", "/", "503", "-", "/", "-", "mice", "(", "1", "-", "year", "-", "old", ")", ".", "The", "scale", "bar", "indicates", "100", "micrometers", "(", "µM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) IHC staining showing that LRP6 accumulates in the epithelium of female miR-424(322)/503-/- mice (1-year-old). The scale bar indicates 100 micrometers (µM)."}
{"words": ["A", ")", "Enrichment", "of", "the", "putative", "LRP6", "binding", "sites", "bound", "to", "AGO2", "in", "miR", "-", "cluster", "-", "Dox", "-", "MCF", "-", "10A", "cells", "after", "the", "miR", "-", "424", "/", "503", "cluster", "is", "induced", "with", "100ng", "/", "ml", "of", "dox", "for", "three", "days", ".", "A", "CDC25A", "-", "binding", "site", "is", "included", "as", "a", "positive", "control", "and", "a", "region", "of", "B2M", "and", "GAPDH", "are", "included", "as", "negative", "controls", ".", "The", "error", "bars", "show", "the", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Enrichment of the putative LRP6 binding sites bound to AGO2 in miR-cluster-Dox-MCF-10A cells after the miR-424/503 cluster is induced with 100ng/ml of dox for three days. A CDC25A-binding site is included as a positive control and a region of B2M and GAPDH are included as negative controls. The error bars show the standard deviation."}
{"words": ["B", ")", "The", "WT", "-", "blot", "shows", "the", "expression", "of", "LRP6", "upon", "upregulation", "of", "miR", "-", "424", "/", "503", "in", "miR", "-", "cluster", "-", "Dox", "-", "MCF", "-", "10A", "cells", "(", "Dox", "+", ")", "when", "one", "or", "both", "of", "the", "conserved", "microRNA", "binding", "sites", "(", "#", "1", "and", "#", "3", ")", "are", "blocked", "by", "target", "protection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) The WT-blot shows the expression of LRP6 upon upregulation of miR-424/503 in miR-cluster-Dox-MCF-10A cells (Dox+) when one or both of the conserved microRNA binding sites (#1 and #3) are blocked by target protection."}
{"words": ["C", ")", "The", "WT", "-", "blot", "shows", "the", "expression", "of", "LRP6", "and", "β", "-", "catenin", "in", "cells", "in", "miR", "-", "cluster", "-", "Dox", "-", "MCF", "-", "10A", "cells", "cultured", "in", "the", "presence", "of", "Dox", "and", "with", "and", "without", "WNT3a", "ligand", "(", "100ng", "/", "ml", "for", "6", "hours", ")", "when", "the", "microRNA", "binding", "sites", "#", "1", "and", "#", "3", "are", "blocked", "by", "target", "protection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) The WT-blot shows the expression of LRP6 and β-catenin in cells in miR-cluster-Dox-MCF-10A cells cultured in the presence of Dox and with and without WNT3a ligand (100ng/ml for 6 hours) when the microRNA binding sites #1 and #3 are blocked by target protection."}
{"words": ["Nurr1", "(", "N", ")", "and", "Foxa2", "(", "F", ")", "synergistically", "downregulate", "SGK1", "expression", "in", "cultured", "glia", ".", "(", "A", ")", "Up", "-", "and", "downregulated", "genes", "in", "the", "microarray", "data", "for", "the", "cultured", "glia", "transduced", "with", "N", "+", "F", "(", "vs", ".", "mock", "-", "transduced", "control", ")", ".", "Sgk1", "is", "marked", "with", "an", "arrow", "in", "the", "top", "downregulated", "genes", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Nurr1 (N) and Foxa2 (F) synergistically downregulate SGK1 expression in cultured glia. (A) Up- and downregulated genes in the microarray data for the cultured glia transduced with N+F (vs. mock-transduced control). Sgk1 is marked with an arrow in the top downregulated genes."}
{"words": ["Effect", "of", "N", "and", "F", "on", "SGK1", "expression", "in", "glial", "cells", "shown", "in", "the", "microarray", "(", "B", ")", ",", "RNA", "-", "seq", "(", "C", ")", ",", "Data", "in", "(", "B", "and", "C", ")", "represent", "values", "of", "fold", "change", "(", "FC", ")", "or", "read", "count", "(", "RC", ")", "with", "color", "intensities", ".", "n", "=", "3", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0493", "*", ",", "0", ".", "0092", "*", "*", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Effect of N and F on SGK1 expression in glial cells shown in the microarray (B), RNA-seq (C), Data in (B and C) represent values of fold change (FC) or read count (RC) with color intensities. n=3. One-way ANOVA. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p= 0.0493*, 0.0092**, 0.0009***. "}
{"words": ["Effect", "of", "N", "and", "F", "on", "SGK1", "expression", "in", "glial", "cells", "shown", "in", "the", "microarray", "(", "B", ")", ",", "RNA", "-", "seq", "(", "C", ")", ",", "Data", "in", "(", "B", "and", "C", ")", "represent", "values", "of", "fold", "change", "(", "FC", ")", "or", "read", "count", "(", "RC", ")", "with", "color", "intensities", ".", "n", "=", "3", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0493", "*", ",", "0", ".", "0092", "*", "*", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of N and F on SGK1 expression in glial cells shown in the microarray (B), RNA-seq (C), Data in (B and C) represent values of fold change (FC) or read count (RC) with color intensities. n=3. One-way ANOVA. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p= 0.0493*, 0.0092**, 0.0009***."}
{"words": ["Effect", "of", "N", "and", "F", "on", "SGK1", "expression", "in", "glial", "cells", "shown", "in", "the", "RT", "-", "PCR", "analyses", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0493", "*", ",", "0", ".", "0092", "*", "*", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Effect of N and F on SGK1 expression in glial cells shown in the RT-PCR analyses. One-way ANOVA. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p= 0.0493*, 0.0092**, 0.0009***. "}
{"words": ["Effect", "of", "N", "and", "F", "on", "SGK1", "expression", "in", "glial", "cells", "shown", "in", "the", "RT", "-", "PCR", "analyses", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0493", "*", ",", "0", ".", "0092", "*", "*", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of N and F on SGK1 expression in glial cells shown in the RT-PCR analyses. One-way ANOVA. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p= 0.0493*, 0.0092**, 0.0009***."}
{"words": ["Downregulation", "of", "SGK1", "is", "responsible", "for", "N", "+", "F", "function", "to", "inhibit", "NFκB", "-", "mediated", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", ".", "(", "E", ")", "WB", "analysis", "exhibiting", "N", "+", "F", "-", "induced", "inhibition", "of", "NFκB", "intracellular", "signaling", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "is", "attained", "by", "inhibiting", "IκB", "phosphorylation"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " Downregulation of SGK1 is responsible for N+F function to inhibit NFκB-mediated pro-inflammatory cytokine expression. (E) WB analysis exhibiting N+F-induced inhibition of NFκB intracellular signaling in cultured VM-glia. The N+F-mediated downregulation of NFκB signaling is attained by inhibiting IκB phosphorylation "}
{"words": ["Downregulation", "of", "SGK1", "is", "responsible", "for", "N", "+", "F", "function", "to", "inhibit", "NFκB", "-", "mediated", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", ".", "(", "E", ")", "WB", "analysis", "exhibiting", "N", "+", "F", "-", "induced", "inhibition", "of", "NFκB", "intracellular", "signaling", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "is", "attained", "by", "inhibiting", "IκB"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1], "text": "Downregulation of SGK1 is responsible for N+F function to inhibit NFκB-mediated pro-inflammatory cytokine expression. (E) WB analysis exhibiting N+F-induced inhibition of NFκB intracellular signaling in cultured VM-glia. The N+F-mediated downregulation of NFκB signaling is attained by inhibiting IκB phosphorylation"}
{"words": ["WB", "analysis", "exhibiting", "N", "+", "F", "-", "induced", "inhibition", "of", "NFκB", "intracellular", "signaling", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "is", "attained", "by", "inhibiting", "IκB", "phosphorylation", "(", "E", ")", "and", "thus", "blocking", "the", "release", "of", "NFκB", "from", "the", "NFκB", "-", "IκB", "inhibitory", "complex", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " WB analysis exhibiting N+F-induced inhibition of NFκB intracellular signaling in cultured VM-glia. The N+F-mediated downregulation of NFκB signaling is attained by inhibiting IκB phosphorylation (E) and thus blocking the release of NFκB from the NFκB-IκB inhibitory complex (F). "}
{"words": ["WB", "analysis", "exhibiting", "N", "+", "F", "-", "induced", "inhibition", "of", "NFκB", "intracellular", "signaling", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "is", "attained", "by", "inhibiting", "IκB", "phosphorylation", "(", "E", ")", "and", "thus", "blocking", "the", "release", "of", "NFκB", "from", "the", "NFκB", "-", "IκB", "inhibitory", "complex", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WB analysis exhibiting N+F-induced inhibition of NFκB intracellular signaling in cultured VM-glia. The N+F-mediated downregulation of NFκB signaling is attained by inhibiting IκB phosphorylation (E) and thus blocking the release of NFκB from the NFκB-IκB inhibitory complex (F)."}
{"words": ["N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "(", "phosphorylation", "of", "p65", ",", "p", "-", "p65", ",", "G", ")", "were", "alleviated", "by", "forced", "SGK1", "expression", "in", "the", "VM", "-", "glial", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " N+F-mediated downregulation of NFκB signaling (phosphorylation of p65, p-p65, G) were alleviated by forced SGK1 expression in the VM-glial cultures. "}
{"words": ["N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "NFκB", "signaling", "(", "phosphorylation", "of", "p65", ",", "p", "-", "p65", ",", "G", ")", "were", "alleviated", "by", "forced", "SGK1", "expression", "in", "the", "VM", "-", "glial", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N+F-mediated downregulation of NFκB signaling (phosphorylation of p65, p-p65, G) were alleviated by forced SGK1 expression in the VM-glial cultures."}
{"words": ["H", ")", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "(", "IL", "-", "1β", ",", "TNFα", ",", "H", ")", "were", "alleviated", "by", "forced", "SGK1", "expression", "in", "the", "VM", "-", "glial", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H) N+F-mediated downregulation of pro-inflammatory cytokine expression (IL-1β, TNFα, H) were alleviated by forced SGK1 expression in the VM-glial cultures. "}
{"words": ["H", ")", "N", "+", "F", "-", "mediated", "downregulation", "of", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "(", "IL", "-", "1β", ",", "TNFα", ",", "H", ")", "were", "alleviated", "by", "forced", "SGK1", "expression", "in", "the", "VM", "-", "glial", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H) N+F-mediated downregulation of pro-inflammatory cytokine expression (IL-1β, TNFα, H) were alleviated by forced SGK1 expression in the VM-glial cultures."}
{"words": ["(", "I", ")", "SGK1", "inhibition", "blocks", "glial", "NFκB", "signaling", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "4", "-", "6", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "002", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", ",", "0", ".", "00001", "#", ",", "3", ".", "01E", "-", "10", "#", "#", ",", "3", ".", "78E", "-", "06", "+", ",", "1", ".", "59E", "-", "07", "+", "+", "in", "graph", "I", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (I) SGK1 inhibition blocks glial NFκB signaling. Data are represented as mean ± SEM. n=4-6. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.002*, 0.00004**, 0.00001#, 3.01E-10##, 3.78E-06+, 1.59E-07++ in graph I. "}
{"words": ["(", "I", ")", "SGK1", "inhibition", "blocks", "glial", "NFκB", "signaling", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "4", "-", "6", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "002", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", ",", "0", ".", "00001", "#", ",", "3", ".", "01E", "-", "10", "#", "#", ",", "3", ".", "78E", "-", "06", "+", ",", "1", ".", "59E", "-", "07", "+", "+", "in", "graph", "I", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) SGK1 inhibition blocks glial NFκB signaling. Data are represented as mean ± SEM. n=4-6. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.002*, 0.00004**, 0.00001#, 3.01E-10##, 3.78E-06+, 1.59E-07++ in graph I."}
{"words": ["Glial", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "regulated", "by", "SGK1", "inhibition"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " Glial pro-inflammatory cytokine expression regulated by SGK1 inhibition "}
{"words": ["Glial", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "regulated", "by", "SGK1"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1], "text": "Glial pro-inflammatory cytokine expression regulated by SGK1 inhibition"}
{"words": ["Glial", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "regulated", "by", "SGK1", "inhibition", "(", "J", "-", "M", ")", "and", "overexpression", "(", "N", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Glial pro-inflammatory cytokine expression regulated by SGK1 inhibition (J-M) and overexpression (N). "}
{"words": ["Glial", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "expression", "regulated", "by", "SGK1", "inhibition", "(", "J", "-", "M", ")", "and", "overexpression", "(", "N", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Glial pro-inflammatory cytokine expression regulated by SGK1 inhibition (J-M) and overexpression (N)."}
{"words": ["In", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "GSE145490", ",", "normalized", "read", "count", "(", "RC", ")", ">", "1", ",", ">", "2", ".", "6", "-", "fold", ",", "3", ",", "000", "genes", ")", ",", "genes", "downregulated", "in", "the", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitor", "GSK", "-", "650394", "vs", "the", "vehicle", "(", "DMSO", ")", "-", "treated", "control", "were", "analyzed", ".", "A", "and", "B", ",", "Top", "gene", "ontologies", "(", "GOs", ")", "and", "KEGG", "pathways", "of", "the", "genes", "downregulated", "in", "VM", "-", "glia", "by", "the", "SGK1", "inhibitor", "treatment", ".", "The", "purple", "bar", "indicates", "the", "number", "of", "genes", "under", "the", "designated", "GO", "term", "/", "KEGG", "pathway", ".", "The", "red", "bar", "indicates", "the", "p", "-", "value", ",", "and", "the", "negative", "log", "of", "the", "p", "-", "value", "(", "bottom", ")", "is", "plotted", "on", "the", "X", "-", "axis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " In the RNA-seq data (GSE145490, normalized read count (RC)>1, >2.6-fold, 3,000 genes), genes downregulated in the VM-glia treated with the SGK1 inhibitor GSK-650394 vs the vehicle (DMSO)-treated control were analyzed. A and B, Top gene ontologies (GOs) and KEGG pathways of the genes downregulated in VM-glia by the SGK1 inhibitor treatment. The purple bar indicates the number of genes under the designated GO term/KEGG pathway. The red bar indicates the p-value, and the negative log of the p-value (bottom) is plotted on the X-axis. "}
{"words": ["In", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "GSE145490", ",", "normalized", "read", "count", "(", "RC", ")", ">", "1", ",", ">", "2", ".", "6", "-", "fold", ",", "3", ",", "000", "genes", ")", ",", "genes", "downregulated", "in", "the", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitor", "GSK", "-", "650394", "vs", "the", "vehicle", "(", "DMSO", ")", "-", "treated", "control", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In the RNA-seq data (GSE145490, normalized read count (RC)>1, >2.6-fold, 3,000 genes), genes downregulated in the VM-glia treated with the SGK1 inhibitor GSK-650394 vs the vehicle (DMSO)-treated control were analyzed."}
{"words": ["C", ",", "Gene", "set", "enrichment", "analysis", "(", "GESA", ")", "for", "inflammatory", "and", "immune", "responses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Gene set enrichment analysis (GESA) for inflammatory and immune responses."}
{"words": ["D", ",", "Scatterplots", "for", "the", "differentially", "expressed", "genes", "(", "DEGs", ")", "highlighting", "the", "inflammatory", "/", "immune", "genes", "that", "are", "most", "significantly", "downregulated", "in", "the", "inhibiter", "-", "treated", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D, Scatterplots for the differentially expressed genes (DEGs) highlighting the inflammatory/immune genes that are most significantly downregulated in the inhibiter-treated cultures. "}
{"words": ["D", ",", "Scatterplots", "for", "the", "differentially", "expressed", "genes", "(", "DEGs", ")", "highlighting", "the", "inflammatory", "/", "immune", "genes", "that", "are", "most", "significantly", "downregulated", "in", "the", "inhibiter", "-", "treated", "cultures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Scatterplots for the differentially expressed genes (DEGs) highlighting the inflammatory/immune genes that are most significantly downregulated in the inhibiter-treated cultures."}
{"words": ["E", ",", "Heatmap", "for", "selected", "inflammatory", "genes", "in", "the", "SGK1", "inhibitor", "-", "treated", "and", "-", "untreated", "glial", "cultures", ".", "Data", "represent", "the", "RC", "values", "(", "inside", "box", ")", "and", "log2", "[", "SGK1", "inhibitor", "-", "treated", "/", "control", "]", "(", "color", "intensity", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E, Heatmap for selected inflammatory genes in the SGK1 inhibitor-treated and -untreated glial cultures. Data represent the RC values (inside box) and log2[SGK1 inhibitor-treated/control] (color intensity). "}
{"words": ["E", ",", "Heatmap", "for", "selected", "inflammatory", "genes", "in", "the", "SGK1", "inhibitor", "-", "treated", "and", "-", "untreated", "glial", "cultures", ".", "Data", "represent", "the", "RC", "values", "(", "inside", "box", ")", "and", "log2", "[", "SGK1", "inhibitor", "-", "treated", "/", "control", "]", "(", "color", "intensity", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Heatmap for selected inflammatory genes in the SGK1 inhibitor-treated and -untreated glial cultures. Data represent the RC values (inside box) and log2[SGK1 inhibitor-treated/control] (color intensity)."}
{"words": ["F", ",", "Microglia", "and", "astrocyte", "reactivation", "-", "specific", "marker", "expressions", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F, Microglia and astrocyte reactivation-specific marker expressions in the RNA-seq data. "}
{"words": ["F", ",", "Microglia", "and", "astrocyte", "reactivation", "-", "specific", "marker", "expressions", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Microglia and astrocyte reactivation-specific marker expressions in the RNA-seq data."}
{"words": ["mRNA", "expression", "of", "the", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "Nlrp3", ",", "Pycard", "(", "Asc", ")", ",", "and", "Caspase1", ".", "Decreased", "expression", "of", "the", "components", "shown", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0018", "*", ",", "0", ".", "0405", "*", "*", ",", "0", ".", "0039", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0033", "#", "#", ",", "0", ".", "0099", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0056", "+", ",", "0", ".", "0398", "+", "+", ",", "0", ".", "0067", "+", "+", "+"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " mRNA expression of the NLRP3-inflammasome components Nlrp3, Pycard (Asc), and Caspase1. Decreased expression of the components shown in the RNA-seq Data are expressed as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0018*, 0.0405**, 0.0039***, 0.0002#, 0.0033##, 0.0099###, 0.0001####, 0.0056+, 0.0398++, 0.0067+++ "}
{"words": ["mRNA", "expression", "of", "the", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "Nlrp3", ",", "Pycard", "(", "Asc", ")", ",", "and", "Caspase1", ".", "Decreased", "expression", "of", "the", "components", "shown", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0018", "*", ",", "0", ".", "0405", "*", "*", ",", "0", ".", "0039", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0033", "#", "#", ",", "0", ".", "0099", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0056", "+", ",", "0", ".", "0398", "+", "+", ",", "0", ".", "0067", "+", "+", "+"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "mRNA expression of the NLRP3-inflammasome components Nlrp3, Pycard (Asc), and Caspase1. Decreased expression of the components shown in the RNA-seq Data are expressed as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0018*, 0.0405**, 0.0039***, 0.0002#, 0.0033##, 0.0099###, 0.0001####, 0.0056+, 0.0398++, 0.0067+++"}
{"words": ["B", ",", "mRNA", "expression", "of", "the", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "Nlrp3", ",", "Pycard", "(", "Asc", ")", ",", "and", "Caspase1", ".", "Decreased", "expression", "of", "the", "components", "shown", "in", "the", "q", "-", "PCR", "analyses", "in", "other", "independent", "VM", "-", "glial", "cultures", "treated", "with", "the", "inhibitor", "(", "GSK", "-", "650394", ")", "and", "sh", "-", "Sgk1", "and", "si", "-", "Sgk1", "(", "vs", ".", "DMSO", ",", "sh", "-", "control", ",", "and", "si", "-", "control", ",", "respectively", ")", "(", "B", ")", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0018", "*", ",", "0", ".", "0405", "*", "*", ",", "0", ".", "0039", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0033", "#", "#", ",", "0", ".", "0099", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0056", "+", ",", "0", ".", "0398", "+", "+", ",", "0", ".", "0067", "+", "+", "+", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B, mRNA expression of the NLRP3-inflammasome components Nlrp3, Pycard (Asc), and Caspase1. Decreased expression of the components shown in the q-PCR analyses in other independent VM-glial cultures treated with the inhibitor (GSK-650394) and sh-Sgk1 and si-Sgk1 (vs. DMSO, sh-control, and si-control, respectively) (B). n=3; Student's t-test. Data are expressed as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0018*, 0.0405**, 0.0039***, 0.0002#, 0.0033##, 0.0099###, 0.0001####, 0.0056+, 0.0398++, 0.0067+++ in graph B. "}
{"words": ["B", ",", "mRNA", "expression", "of", "the", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "Nlrp3", ",", "Pycard", "(", "Asc", ")", ",", "and", "Caspase1", ".", "Decreased", "expression", "of", "the", "components", "shown", "in", "the", "q", "-", "PCR", "analyses", "in", "other", "independent", "VM", "-", "glial", "cultures", "treated", "with", "the", "inhibitor", "(", "GSK", "-", "650394", ")", "and", "sh", "-", "Sgk1", "and", "si", "-", "Sgk1", "(", "vs", ".", "DMSO", ",", "sh", "-", "control", ",", "and", "si", "-", "control", ",", "respectively", ")", "(", "B", ")", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0018", "*", ",", "0", ".", "0405", "*", "*", ",", "0", ".", "0039", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0033", "#", "#", ",", "0", ".", "0099", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0056", "+", ",", "0", ".", "0398", "+", "+", ",", "0", ".", "0067", "+", "+", "+", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, mRNA expression of the NLRP3-inflammasome components Nlrp3, Pycard (Asc), and Caspase1. Decreased expression of the components shown in the q-PCR analyses in other independent VM-glial cultures treated with the inhibitor (GSK-650394) and sh-Sgk1 and si-Sgk1 (vs. DMSO, sh-control, and si-control, respectively) (B). n=3; Student's t-test. Data are expressed as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0018*, 0.0405**, 0.0039***, 0.0002#, 0.0033##, 0.0099###, 0.0001####, 0.0056+, 0.0398++, 0.0067+++ in graph B."}
{"words": ["C", ",", "Immunoblot", "analysis", "to", "assess", "NLRP3", "inflammasome", "activation", ".", "To", "activate", "the", "inflammasome", "pathway", ",", "VM", "-", "derived", "glial", "cells", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "25", "µg", "/", "ml", ",", "3h", ")", "and", "then", "ATP", "(", "2", ".", "5", "mM", ",", "30", "min", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "SGK1", "inhibitor", "GSK", "-", "650394", ".", "Two", "days", "later", ",", "intracellular", "and", "released", "levels", "of", "pro", "-", "and", "activated", "caspase", "-", "1", "and", "IL", "-", "1β", "proteins", "were", "determined", "in", "the", "culture", "media", "and", "cell", "lysates", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C, Immunoblot analysis to assess NLRP3 inflammasome activation. To activate the inflammasome pathway, VM-derived glial cells were treated with LPS (0.25 µg/ml, 3h) and then ATP (2.5 mM, 30 min) in the presence or absence of the SGK1 inhibitor GSK-650394. Two days later, intracellular and released levels of pro- and activated caspase-1 and IL-1β proteins were determined in the culture media and cell lysates, respectively. "}
{"words": ["C", ",", "Immunoblot", "analysis", "to", "assess", "NLRP3", "inflammasome", "activation", ".", "To", "activate", "the", "inflammasome", "pathway", ",", "VM", "-", "derived", "glial", "cells", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "25", "µg", "/", "ml", ",", "3h", ")", "and", "then", "ATP", "(", "2", ".", "5", "mM", ",", "30", "min", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "SGK1", "inhibitor", "GSK", "-", "650394", ".", "Two", "days", "later", ",", "intracellular", "and", "released", "levels", "of", "pro", "-", "and", "activated", "caspase", "-", "1", "and", "IL", "-", "1β", "proteins", "were", "determined", "in", "the", "culture", "media", "and", "cell", "lysates", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Immunoblot analysis to assess NLRP3 inflammasome activation. To activate the inflammasome pathway, VM-derived glial cells were treated with LPS (0.25 µg/ml, 3h) and then ATP (2.5 mM, 30 min) in the presence or absence of the SGK1 inhibitor GSK-650394. Two days later, intracellular and released levels of pro- and activated caspase-1 and IL-1β proteins were determined in the culture media and cell lysates, respectively."}
{"words": ["D", ",", "Released", "level", "of", "IL", "-", "1β", "(", "activated", ")", "was", "further", "quantified", "using", "ELISA", ".", "n", "=", "3", ";", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0012", "*", ",", "0", ".", "0004", "*", "*", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D, Released level of IL-1β (activated) was further quantified using ELISA. n=3; ANOVA. Significantly different at p=0.0002#, 0.0012*, 0.0004** in graph D. "}
{"words": ["D", ",", "Released", "level", "of", "IL", "-", "1β", "(", "activated", ")", "was", "further", "quantified", "using", "ELISA", ".", "n", "=", "3", ";", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0012", "*", ",", "0", ".", "0004", "*", "*", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Released level of IL-1β (activated) was further quantified using ELISA. n=3; ANOVA. Significantly different at p=0.0002#, 0.0012*, 0.0004** in graph D."}
{"words": ["Expression", "of", "CGAS", "-", "STING", "pathway", "genes", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", ".", "The", "graph", "represents", "log2", "RC", "ratios", "of", "[", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "/", "DMSO", "-", "treated", "control", "]", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Expression of CGAS-STING pathway genes in the RNA-seq data. The graph represents log2 RC ratios of [GSK-650394-treated/DMSO-treated control]. "}
{"words": ["Expression", "of", "CGAS", "-", "STING", "pathway", "genes", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", ".", "The", "graph", "represents", "log2", "RC", "ratios", "of", "[", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "/", "DMSO", "-", "treated", "control", "]", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of CGAS-STING pathway genes in the RNA-seq data. The graph represents log2 RC ratios of [GSK-650394-treated/DMSO-treated control]."}
{"words": ["G", ",", "WB", "analysis", "demonstrating", "suppression", "of", "CGAS", "-", "STING", "signaling", "by", "the", "SGK1", "inhibitor", "in", "VM", "-", "glial", "cultures", ".", "Representative", "blots", "are", "shown", "on", "the", "left", ".", "The", "levels", "of", "the", "active", "forms", "of", "CGAS", "-", "STING", "signaling", "molecules", "are", "quantified", "from", "5", "-", "10", "independent", "blots", "(", "right", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "001", "#", ",", "0", ".", "014", "*", "(", "CGAS", ")", ",", "0", ".", "00004", "#", ",", "0", ".", "0002", "*", "(", "STING", ")", ",", "0", ".", "017", "#", ",", "0", ".", "037", "*", "(", "pTBK1", ")", ",", "0", ".", "009", "#", ",", "0", ".", "045", "*", "(", "pIRF3", ")", ",", "0", ".", "012", "#", ",", "0", ".", "036", "*", "(", "pP65", ")", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G, WB analysis demonstrating suppression of CGAS-STING signaling by the SGK1 inhibitor in VM-glial cultures. Representative blots are shown on the left. The levels of the active forms of CGAS-STING signaling molecules are quantified from 5-10 independent blots (right). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.001#, 0.014* (CGAS), 0.00004#, 0.0002* (STING), 0.017#, 0.037* (pTBK1), 0.009#, 0.045* (pIRF3), 0.012#, 0.036* (pP65) in graph G. "}
{"words": ["G", ",", "WB", "analysis", "demonstrating", "suppression", "of", "CGAS", "-", "STING", "signaling", "by", "the", "SGK1", "inhibitor", "in", "VM", "-", "glial", "cultures", ".", "Representative", "blots", "are", "shown", "on", "the", "left", ".", "The", "levels", "of", "the", "active", "forms", "of", "CGAS", "-", "STING", "signaling", "molecules", "are", "quantified", "from", "5", "-", "10", "independent", "blots", "(", "right", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "001", "#", ",", "0", ".", "014", "*", "(", "CGAS", ")", ",", "0", ".", "00004", "#", ",", "0", ".", "0002", "*", "(", "STING", ")", ",", "0", ".", "017", "#", ",", "0", ".", "037", "*", "(", "pTBK1", ")", ",", "0", ".", "009", "#", ",", "0", ".", "045", "*", "(", "pIRF3", ")", ",", "0", ".", "012", "#", ",", "0", ".", "036", "*", "(", "pP65", ")", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, WB analysis demonstrating suppression of CGAS-STING signaling by the SGK1 inhibitor in VM-glial cultures. Representative blots are shown on the left. The levels of the active forms of CGAS-STING signaling molecules are quantified from 5-10 independent blots (right). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.001#, 0.014* (CGAS), 0.00004#, 0.0002* (STING), 0.017#, 0.037* (pTBK1), 0.009#, 0.045* (pIRF3), 0.012#, 0.036* (pP65) in graph G."}
{"words": ["H", ",", "Expression", "of", "Ifnb", "mRNA", ",", "a", "final", "product", "of", "the", "CGAS", "-", "STING", "pathway", ",", "determined", "by", "real", "-", "time", "PCR", "analyses", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0459", "#", ",", "0", ".", "0305", "*", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H, Expression of Ifnb mRNA, a final product of the CGAS-STING pathway, determined by real-time PCR analyses. Data are represented as mean ± SEM. n=3; student's t-test. Significantly different at p=0.0459#, 0.0305* in graph H. "}
{"words": ["H", ",", "Expression", "of", "Ifnb", "mRNA", ",", "a", "final", "product", "of", "the", "CGAS", "-", "STING", "pathway", ",", "determined", "by", "real", "-", "time", "PCR", "analyses", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0459", "#", ",", "0", ".", "0305", "*", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Expression of Ifnb mRNA, a final product of the CGAS-STING pathway, determined by real-time PCR analyses. Data are represented as mean ± SEM. n=3; student's t-test. Significantly different at p=0.0459#, 0.0305* in graph H."}
{"words": ["Ppargc1a", "(", "PGC1α", ")", "mRNA", "expression", "upregulated", "in", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitors", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0011", "#", ",", "0", ".", "0499", "*", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Ppargc1a (PGC1α) mRNA expression upregulated in VM-glia treated with the SGK1 inhibitors in the RNA-seq data Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0011#, 0.0499* in graph B. "}
{"words": ["Ppargc1a", "(", "PGC1α", ")", "mRNA", "expression", "upregulated", "in", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitors", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0011", "#", ",", "0", ".", "0499", "*", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ppargc1a (PGC1α) mRNA expression upregulated in VM-glia treated with the SGK1 inhibitors in the RNA-seq data Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0011#, 0.0499* in graph B."}
{"words": ["B", ",", "Ppargc1a", "(", "PGC1α", ")", "mRNA", "expression", "upregulated", "in", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitors", "in", "the", "q", "-", "PCR", "analysis", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0011", "#", ",", "0", ".", "0499", "*", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B, Ppargc1a (PGC1α) mRNA expression upregulated in VM-glia treated with the SGK1 inhibitors in the q-PCR analysis Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0011#, 0.0499* in graph B. "}
{"words": ["B", ",", "Ppargc1a", "(", "PGC1α", ")", "mRNA", "expression", "upregulated", "in", "VM", "-", "glia", "treated", "with", "the", "SGK1", "inhibitors", "in", "the", "q", "-", "PCR", "analysis", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0011", "#", ",", "0", ".", "0499", "*", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Ppargc1a (PGC1α) mRNA expression upregulated in VM-glia treated with the SGK1 inhibitors in the q-PCR analysis Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0011#, 0.0499* in graph B."}
{"words": ["C", ",", "Immunoblot", "for", "PGC1α", "protein", "expression", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0077", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C, Immunoblot for PGC1α protein expression. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Student's t-test. Significantly different at p=0.0077* in graph C. "}
{"words": ["C", ",", "Immunoblot", "for", "PGC1α", "protein", "expression", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0077", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Immunoblot for PGC1α protein expression. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Student's t-test. Significantly different at p=0.0077* in graph C."}
{"words": ["D", ",", "Mitochondrial", "biogenesis", "estimated", "by", "Mitotimer", "reporter", "gene", "expression", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "Green", "fluorescence", "indicates", "newly", "synthesized", "mitochondria", ",", "and", "red", "fluorescence", "indicates", "old", "or", "damaged", "mitochondria", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "3", ".", "78E", "-", "08", "*", ",", "0", ".", "00003", "*", "*", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Mitochondrial biogenesis estimated by Mitotimer reporter gene expression in cultured VM-glia. Green fluorescence indicates newly synthesized mitochondria, and red fluorescence indicates old or damaged mitochondria. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=3.78E-08*, 0.00003** in graph D."}
{"words": ["D", ",", "Mitochondrial", "biogenesis", "estimated", "by", "Mitotimer", "reporter", "gene", "expression", "in", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "Green", "fluorescence", "indicates", "newly", "synthesized", "mitochondria", ",", "and", "red", "fluorescence", "indicates", "old", "or", "damaged", "mitochondria", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "3", ".", "78E", "-", "08", "*", ",", "0", ".", "00003", "*", "*", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Mitochondrial biogenesis estimated by Mitotimer reporter gene expression in cultured VM-glia. Green fluorescence indicates newly synthesized mitochondria, and red fluorescence indicates old or damaged mitochondria. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=3.78E-08*, 0.00003** in graph D."}
{"words": ["E", ",", "Mitochondrial", "ROS", "levels", "estimated", "using", "the", "MitoSox", "red", "probe", ".", "Fluorescence", "intensity", "was", "measured", "using", "ImageJ", ",", "and", "ROS", "levels", "are", "presented", "as", "mean", "fluorescent", "intensity", "(", "MFI", ")", ".", "Mitochondrial", "damage", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "the", "mitochondrial", "toxins", "CCCP", "(", "2µM", ")", "+", "H2O2", "(", "500", "µM", ")", "for", "4hr", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0013", "*", ",", "0", ".", "0273", "#", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E, Mitochondrial ROS levels estimated using the MitoSox red probe. Fluorescence intensity was measured using ImageJ, and ROS levels are presented as mean fluorescent intensity (MFI). Mitochondrial damage was induced by treatment with the mitochondrial toxins CCCP (2µM)+H2O2(500 µM) for 4hr. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0013*, 0.0273# in graph E. "}
{"words": ["E", ",", "Mitochondrial", "ROS", "levels", "estimated", "using", "the", "MitoSox", "red", "probe", ".", "Fluorescence", "intensity", "was", "measured", "using", "ImageJ", ",", "and", "ROS", "levels", "are", "presented", "as", "mean", "fluorescent", "intensity", "(", "MFI", ")", ".", "Mitochondrial", "damage", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "the", "mitochondrial", "toxins", "CCCP", "(", "2µM", ")", "+", "H2O2", "(", "500", "µM", ")", "for", "4hr", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0013", "*", ",", "0", ".", "0273", "#", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Mitochondrial ROS levels estimated using the MitoSox red probe. Fluorescence intensity was measured using ImageJ, and ROS levels are presented as mean fluorescent intensity (MFI). Mitochondrial damage was induced by treatment with the mitochondrial toxins CCCP (2µM)+H2O2(500 µM) for 4hr. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0013*, 0.0273# in graph E."}
{"words": ["F", ",", "Mitochondrial", "membrane", "potential", "(", "JC", "-", "1", ")", ".", "The", "red", "fluorescence", "(", "JC", "-", "1", "Aggregate", ")", "indicates", "disrupted", "mitochondrial", "membrane", "potential", ",", "and", "green", "fluorescence", "(", "JC", "-", "1", "Monomer", ",", "insets", ")", "indicates", "intact", "potential", ".", "The", "inset", "images", "were", "taken", "from", "the", "same", "microscopic", "fields", "of", "the", "respective", "JC", "-", "1", "aggregate", "images", ".", "Mitochondrial", "damage", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "the", "mitochondrial", "toxins", "CCCP", "(", "2µM", ")", "+", "H2O2", "(", "500", "µM", ")", "for", "4hr", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0006", "*", ",", "0", ".", "0093", "#", "in", "graph", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Mitochondrial membrane potential (JC-1). The red fluorescence (JC-1 Aggregate) indicates disrupted mitochondrial membrane potential, and green fluorescence (JC-1 Monomer, insets) indicates intact potential. The inset images were taken from the same microscopic fields of the respective JC-1 aggregate images. Mitochondrial damage was induced by treatment with the mitochondrial toxins CCCP (2µM)+H2O2(500 µM) for 4hr. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0006*, 0.0093# in graph F."}
{"words": ["F", ",", "Mitochondrial", "membrane", "potential", "(", "JC", "-", "1", ")", ".", "The", "red", "fluorescence", "(", "JC", "-", "1", "Aggregate", ")", "indicates", "disrupted", "mitochondrial", "membrane", "potential", ",", "and", "green", "fluorescence", "(", "JC", "-", "1", "Monomer", ",", "insets", ")", "indicates", "intact", "potential", ".", "The", "inset", "images", "were", "taken", "from", "the", "same", "microscopic", "fields", "of", "the", "respective", "JC", "-", "1", "aggregate", "images", ".", "Mitochondrial", "damage", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "the", "mitochondrial", "toxins", "CCCP", "(", "2µM", ")", "+", "H2O2", "(", "500", "µM", ")", "for", "4hr", ".", "MFIs", "were", "estimated", "in", "3", "independent", "cultures", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "/", "culture", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0006", "*", ",", "0", ".", "0093", "#", "in", "graph", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Mitochondrial membrane potential (JC-1). The red fluorescence (JC-1 Aggregate) indicates disrupted mitochondrial membrane potential, and green fluorescence (JC-1 Monomer, insets) indicates intact potential. The inset images were taken from the same microscopic fields of the respective JC-1 aggregate images. Mitochondrial damage was induced by treatment with the mitochondrial toxins CCCP (2µM)+H2O2(500 µM) for 4hr. MFIs were estimated in 3 independent cultures (>5 randomly selected microscopic fields/culture). Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0006*, 0.0093# in graph F."}
{"words": ["G", ",", "Intracellular", "levels", "of", "ATP", ",", "an", "indicator", "of", "mitochondrial", "oxidative", "phosphorylation", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0009", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", ",", "0", ".", "04913", "#", ",", "0", ".", "0024", "+", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " G, Intracellular levels of ATP, an indicator of mitochondrial oxidative phosphorylation. Data are expressed as mean ± SEM. n=3 cultures; one-way ANOVA. Significantly different at p= 0.0009*, 0.00004**, 0.04913#, 0.0024+in graph G. "}
{"words": ["G", ",", "Intracellular", "levels", "of", "ATP", ",", "an", "indicator", "of", "mitochondrial", "oxidative", "phosphorylation", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0009", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", ",", "0", ".", "04913", "#", ",", "0", ".", "0024", "+", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, Intracellular levels of ATP, an indicator of mitochondrial oxidative phosphorylation. Data are expressed as mean ± SEM. n=3 cultures; one-way ANOVA. Significantly different at p= 0.0009*, 0.00004**, 0.04913#, 0.0024+in graph G."}
{"words": ["Glial", "cell", "senescence", "rescued", "by", "SGK1", "inhibition", ".", "(", "H", ")", "Expression", "of", "genes", "associated", "with", "cell", "senescence", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "VM", "-", "glia", "with", "vs", ".", "without", "GSK", "-", "650394", "treatment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0], "text": " Glial cell senescence rescued by SGK1 inhibition. (H) Expression of genes associated with cell senescence in the RNA-seq data (VM-glia with vs. without GSK-650394 treatment). "}
{"words": ["Glial", "cell", "senescence", "rescued", "by", "SGK1", "inhibition", ".", "(", "H", ")", "Expression", "of", "genes", "associated", "with", "cell", "senescence", "in", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "VM", "-", "glia", "with", "vs", ".", "without", "GSK", "-", "650394", "treatment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0], "text": "Glial cell senescence rescued by SGK1 inhibition. (H) Expression of genes associated with cell senescence in the RNA-seq data (VM-glia with vs. without GSK-650394 treatment)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Intracellular", "ROS", "levels", "estimated", "by", "DCF", "-", "DA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0074", "*", ",", "0", ".", "012", "#", "in", "graph", "I", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (I) Intracellular ROS levels estimated by DCF-DA. Data are represented as mean ± SEM. n=3; one-way ANOVA. Significantly different at p=0.0074*, 0.012# in graph I. "}
{"words": ["(", "I", ")", "Intracellular", "ROS", "levels", "estimated", "by", "DCF", "-", "DA", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0074", "*", ",", "0", ".", "012", "#", "in", "graph", "I", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Intracellular ROS levels estimated by DCF-DA. Data are represented as mean ± SEM. n=3; one-way ANOVA. Significantly different at p=0.0074*, 0.012# in graph I."}
{"words": ["(", "J", ")", "Senescence", "-", "associated", "β", "-", "galactosidase", "(", "SA", "-", "β", "-", "gal", ")", "activity", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "2", ".", "05E", "-", "06", "*", ",", "0", ".", "0042", "#", ",", "0", ".", "0006", "+", "in", "graph", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (J) Senescence-associated β-galactosidase (SA-β-gal) activity. Data are represented as mean ± SEM. n=3; one-way ANOVA. Significantly different at p=2.05E-06*, 0.0042#, 0.0006+ in graph J. "}
{"words": ["(", "J", ")", "Senescence", "-", "associated", "β", "-", "galactosidase", "(", "SA", "-", "β", "-", "gal", ")", "activity", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "2", ".", "05E", "-", "06", "*", ",", "0", ".", "0042", "#", ",", "0", ".", "0006", "+", "in", "graph", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Senescence-associated β-galactosidase (SA-β-gal) activity. Data are represented as mean ± SEM. n=3; one-way ANOVA. Significantly different at p=2.05E-06*, 0.0042#, 0.0006+ in graph J."}
{"words": ["(", "K", ")", "Immunoblots", "for", "proteins", "associated", "with", "cell", "senescence", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "008", "*", ",", "0", ".", "001", "#", "(", "TNFA", ")", ",", "0", ".", "01", "*", ",", "0", ".", "009", "#", "(", "HMGB1", ")", ",", "7", ".", "32E", "-", "10", "*", ",", "1", ".", "23E", "-", "8", "#", "(", "IL6", ")", ",", "9", ".", "62E", "-", "11", "*", ",", "1", ".", "01E", "-", "5", "#", "(", "MMP3", ")", ",", "0", ".", "001", "*", ",", "5", ".", "72E", "-", "4", "#", "(", "LAMIN", "B", ")", "in", "graph", "K", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (K) Immunoblots for proteins associated with cell senescence. Significantly different at p=0.008*, 0.001# (TNFA), 0.01*, 0.009# (HMGB1), 7.32E-10*, 1.23E-8# (IL6), 9.62E-11*, 1.01E-5# (MMP3), 0.001*, 5.72E-4# (LAMIN B) in graph K. "}
{"words": ["(", "K", ")", "Immunoblots", "for", "proteins", "associated", "with", "cell", "senescence", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "008", "*", ",", "0", ".", "001", "#", "(", "TNFA", ")", ",", "0", ".", "01", "*", ",", "0", ".", "009", "#", "(", "HMGB1", ")", ",", "7", ".", "32E", "-", "10", "*", ",", "1", ".", "23E", "-", "8", "#", "(", "IL6", ")", ",", "9", ".", "62E", "-", "11", "*", ",", "1", ".", "01E", "-", "5", "#", "(", "MMP3", ")", ",", "0", ".", "001", "*", ",", "5", ".", "72E", "-", "4", "#", "(", "LAMIN", "B", ")", "in", "graph", "K", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Immunoblots for proteins associated with cell senescence. Significantly different at p=0.008*, 0.001# (TNFA), 0.01*, 0.009# (HMGB1), 7.32E-10*, 1.23E-8# (IL6), 9.62E-11*, 1.01E-5# (MMP3), 0.001*, 5.72E-4# (LAMIN B) in graph K."}
{"words": ["(", "L", ")", "IL", "-", "6", "levels", "secreted", "from", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "cytokine", "levels", "were", "estimated", "using", "ELISA", "of", "the", "media", "from", "the", "VM", "-", "glia", "with", "and", "without", "the", "SGK1", "inhibitor", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0028", "*", ",", "0", ".", "0062", "#", "in", "graph", "L", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (L) IL-6 levels secreted from cultured VM-glia. The cytokine levels were estimated using ELISA of the media from the VM-glia with and without the SGK1 inhibitor. Data are represented as mean ± SEM. n=3 cultures. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0028*, 0.0062# in graph L. "}
{"words": ["(", "L", ")", "IL", "-", "6", "levels", "secreted", "from", "cultured", "VM", "-", "glia", ".", "The", "cytokine", "levels", "were", "estimated", "using", "ELISA", "of", "the", "media", "from", "the", "VM", "-", "glia", "with", "and", "without", "the", "SGK1", "inhibitor", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0028", "*", ",", "0", ".", "0062", "#", "in", "graph", "L", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) IL-6 levels secreted from cultured VM-glia. The cytokine levels were estimated using ELISA of the media from the VM-glia with and without the SGK1 inhibitor. Data are represented as mean ± SEM. n=3 cultures. One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0028*, 0.0062# in graph L."}
{"words": ["(", "M", ")", "Glial", "cell", "viability", "following", "treatment", "with", "senolytic", "compounds", "(", "azithromycin", ",", "fisetin", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0073", "*", ",", "0", ".", "0018", "*", "*", ",", "0", ".", "0286", "#", ",", "0", ".", "0269", "#", "#", ",", "0", ".", "0045", "#", "#", "#", "in", "graph", "M", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (M) Glial cell viability following treatment with senolytic compounds (azithromycin, fisetin). Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0073*,0.0018**, 0.0286#, 0.0269##, 0.0045### in graph M. "}
{"words": ["(", "M", ")", "Glial", "cell", "viability", "following", "treatment", "with", "senolytic", "compounds", "(", "azithromycin", ",", "fisetin", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ";", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0073", "*", ",", "0", ".", "0018", "*", "*", ",", "0", ".", "0286", "#", ",", "0", ".", "0269", "#", "#", ",", "0", ".", "0045", "#", "#", "#", "in", "graph", "M", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Glial cell viability following treatment with senolytic compounds (azithromycin, fisetin). Data are represented as mean ± SEM. n=3; Student's t-test. Significantly different at p=0.0073*,0.0018**, 0.0286#, 0.0269##, 0.0045### in graph M."}
{"words": ["B", ",", "Western", "blot", "analysis", "for", "detecting", "SNCA", "oligomers", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "4", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "2", ".", "5E", "-", "07", "*", ",", "1", ".", "65E", "-", "07", "*", "*", ",", "0", ".", "022", "#", ",", "0", ".", "029", "#", "#", ",", "0", ".", "046", "+", ",", "0", ".", "015", "+", "+", ",", "0", ".", "0136", "&", ",", "0", ".", "0016", "&", "&", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Western blot analysis for detecting SNCA oligomers. Data are represented as mean ± SEM. n=4; one-way ANOVA. Significantly different at p=2.5E-07*, 1.65E-07**, 0.022#, 0.029##, 0.046+, 0.015++, 0.0136&, 0.0016&& in graph B."}
{"words": ["C", ",", "Immunocytochemical", "detection", "of", "p", "-", "129", "-", "SNCA", ",", "associated", "with", "SNCA", "aggregation", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "6", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0363", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C, Immunocytochemical detection of p-129-SNCA, associated with SNCA aggregation. Data are represented as mean ± SEM. n=6. Significantly different at p=0.0363* in graph C. "}
{"words": ["C", ",", "Immunocytochemical", "detection", "of", "p", "-", "129", "-", "SNCA", ",", "associated", "with", "SNCA", "aggregation", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "6", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0363", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Immunocytochemical detection of p-129-SNCA, associated with SNCA aggregation. Data are represented as mean ± SEM. n=6. Significantly different at p=0.0363* in graph C."}
{"words": ["E", ",", "Bi", "-", "FC", "-", "based", "assessment", "of", "the", "inter", "-", "neuronal", "propagation", "and", "aggregation", "of", "SNCA", ".", "Bi", "-", "FC", "+", "inclusions", "(", "puncta", ")", "were", "counted", "in", "E", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "5", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0446", "*", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E, Bi-FC-based assessment of the inter-neuronal propagation and aggregation of SNCA. Bi-FC+ inclusions (puncta) were counted in E. Data are represented as mean ± SEM. n=5. Significantly different at p=0.0446* in graph E. "}
{"words": ["E", ",", "Bi", "-", "FC", "-", "based", "assessment", "of", "the", "inter", "-", "neuronal", "propagation", "and", "aggregation", "of", "SNCA", ".", "Bi", "-", "FC", "+", "inclusions", "(", "puncta", ")", "were", "counted", "in", "E", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "5", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0446", "*", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Bi-FC-based assessment of the inter-neuronal propagation and aggregation of SNCA. Bi-FC+ inclusions (puncta) were counted in E. Data are represented as mean ± SEM. n=5. Significantly different at p=0.0446* in graph E."}
{"words": ["VM", "-", "glial", "cultures", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", ")", "lentivirus", ".", "Medium", "was", "condition", "in", "sh", "-", "Sgk1", "-", "glia", "(", "or", "sh", "-", "cont", "-", "glia", ")", ",", "and", "the", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "treatment", "effects", "on", "neuronal", "SNCA", "aggregation", "were", "assessed", "by", "WB"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " VM-glial cultures were transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont) lentivirus. Medium was condition in sh-Sgk1-glia (or sh-cont-glia), and the conditioned medium (CM) treatment effects on neuronal SNCA aggregation were assessed by WB "}
{"words": ["VM", "-", "glial", "cultures", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", ")", "lentivirus", ".", "Medium", "was", "condition", "in", "sh", "-", "Sgk1", "-", "glia", "(", "or", "sh", "-", "cont", "-", "glia", ")", ",", "and", "the", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "treatment", "effects", "on", "neuronal", "SNCA", "aggregation", "were", "assessed", "by"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "VM-glial cultures were transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont) lentivirus. Medium was condition in sh-Sgk1-glia (or sh-cont-glia), and the conditioned medium (CM) treatment effects on neuronal SNCA aggregation were assessed by WB"}
{"words": ["VM", "-", "glial", "cultures", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", ")", "lentivirus", ".", "Medium", "was", "condition", "in", "sh", "-", "Sgk1", "-", "glia", "(", "or", "sh", "-", "cont", "-", "glia", ")", ",", "and", "the", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "treatment", "effects", "on", "neuronal", "SNCA", "aggregation", "and", "p", "-", "129", "-", "SNCA", "immunocytochemical", "analyses", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "00003", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", ",", "0", ".", "0012", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0321", "#", "in", "graph", "G", "and", "p", "=", "0", ".", "0052", "*", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " VM-glial cultures were transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont) lentivirus. Medium was condition in sh-Sgk1-glia (or sh-cont-glia), and the conditioned medium (CM) treatment effects on neuronal SNCA aggregation and p-129-SNCA immunocytochemical analyses. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Significantly different at p=0.00003*, 0.0003**, 0.0012***, 0.00004****, 0.0321# in graph G and p=0.0052* in graph H. "}
{"words": ["VM", "-", "glial", "cultures", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", ")", "lentivirus", ".", "Medium", "was", "condition", "in", "sh", "-", "Sgk1", "-", "glia", "(", "or", "sh", "-", "cont", "-", "glia", ")", ",", "and", "the", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "treatment", "effects", "on", "neuronal", "SNCA", "aggregation", "and", "p", "-", "129", "-", "SNCA", "immunocytochemical", "analyses", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "00003", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", ",", "0", ".", "0012", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "00004", "*", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0321", "#", "in", "graph", "G", "and", "p", "=", "0", ".", "0052", "*", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "VM-glial cultures were transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont) lentivirus. Medium was condition in sh-Sgk1-glia (or sh-cont-glia), and the conditioned medium (CM) treatment effects on neuronal SNCA aggregation and p-129-SNCA immunocytochemical analyses. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Significantly different at p=0.00003*, 0.0003**, 0.0012***, 0.00004****, 0.0321# in graph G and p=0.0052* in graph H."}
{"words": ["Glia", "derived", "from", "mouse", "VM", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "B", ")", "or", "SGK1", "(", "CMV", "-", "Sgk1", ",", "C", ")", ",", "and", "co", "-", "cultured", "with", "VM", "-", "derived", "mDA", "neurons", ".", "Seven", "days", "after", "co", "-", "culture", ",", "cells", "were", "exposed", "to", "H2O2", "(", "500µM", ",", "3hr", ")", "or", "not", "(", "-", ")", ",", "and", "then", "mDA", "neuron", "viability", "(", "TH", "+", "cell", "counts", ")", "and", "neurite", "degeneration", "(", "TH", "+", "fiber", "lengths", ")", "were", "estimated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "4", "culture", "coverslips", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "033", "*", ",", "0", ".", "0412", "*", "*", ",", "7", ".", "44E", "-", "23", "#", ",", "1", ".", "39E", "-", "23", "#", "#", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "0489", "*", ",", "0", ".", "0366", "*", "*", ",", "0", ".", "0078", "#", "#", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Glia derived from mouse VM were transduced with sh-Sgk1 (B) or SGK1 (CMV-Sgk1, C), and co-cultured with VM-derived mDA neurons. Seven days after co-culture, cells were exposed to H2O2 (500µM, 3hr) or not (-), and then mDA neuron viability (TH+ cell counts) and neurite degeneration (TH+ fiber lengths) were estimated. Data are represented as mean ± SEM; n=4 culture coverslips. Student's t-test. Significantly different at p=0.033*, 0.0412**, 7.44E-23#,1.39E-23## in graph B and p=0.0489*, 0.0366**, 0.0078## in graph C. "}
{"words": ["Glia", "derived", "from", "mouse", "VM", "were", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "B", ")", "or", "SGK1", "(", "CMV", "-", "Sgk1", ",", "C", ")", ",", "and", "co", "-", "cultured", "with", "VM", "-", "derived", "mDA", "neurons", ".", "Seven", "days", "after", "co", "-", "culture", ",", "cells", "were", "exposed", "to", "H2O2", "(", "500µM", ",", "3hr", ")", "or", "not", "(", "-", ")", ",", "and", "then", "mDA", "neuron", "viability", "(", "TH", "+", "cell", "counts", ")", "and", "neurite", "degeneration", "(", "TH", "+", "fiber", "lengths", ")", "were", "estimated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "4", "culture", "coverslips", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "033", "*", ",", "0", ".", "0412", "*", "*", ",", "7", ".", "44E", "-", "23", "#", ",", "1", ".", "39E", "-", "23", "#", "#", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "0489", "*", ",", "0", ".", "0366", "*", "*", ",", "0", ".", "0078", "#", "#", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Glia derived from mouse VM were transduced with sh-Sgk1 (B) or SGK1 (CMV-Sgk1, C), and co-cultured with VM-derived mDA neurons. Seven days after co-culture, cells were exposed to H2O2 (500µM, 3hr) or not (-), and then mDA neuron viability (TH+ cell counts) and neurite degeneration (TH+ fiber lengths) were estimated. Data are represented as mean ± SEM; n=4 culture coverslips. Student's t-test. Significantly different at p=0.033*, 0.0412**, 7.44E-23#,1.39E-23## in graph B and p=0.0489*, 0.0366**, 0.0078## in graph C."}
{"words": ["Glial", "neurotrophic", "functions", "potentiated", "by", "SGK1", "downregulation", "were", "mediated", "in", "a", "paracrine", "manner", ".", "VM", "-", "glia", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", "as", "a", "control", ")", "were", "challenged", "with", "H2O2", "+", "LPS", "for", "3hr", "or", "not", ".", "Glial", "conditioned", "medium", "(", "GCM", ")", "was", "prepared", "in", "each", "glial", "culture", "condition", "and", "administered", "to", "mDA", "neurons", "primarily", "cultured", "from", "mouse", "VM", "(", "E", ")", "Cell", "viability", "of", "the", "neuronal", "cells", "was", "estimated", "using", "CCK8", "assays", "and", "TuJ1", "+", "cell", "counts", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0002", "*", ",", "3", ".", "29E", "-", "08", "*", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", "*", ",", "3", ".", "66E", "-", "06", "#", ",", "0", ".", "0029", "#", "#", "(", "TuJ1", "+", "cell", "counting", ")", ",", "0", ".", "0127", "+", ",", "5", ".", "98E", "-", "06", "+", "+", ",", "0", ".", "0002", "+", "+", "+", ",", "0", ".", "0005", "&", ",", "0", ".", "0078", "&", "&", "(", "CCK8", "assays", ")", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Glial neurotrophic functions potentiated by SGK1 downregulation were mediated in a paracrine manner. VM-glia transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont as a control) were challenged with H2O2+LPS for 3hr or not. Glial conditioned medium (GCM) was prepared in each glial culture condition and administered to mDA neurons primarily cultured from mouse VM (E) Cell viability of the neuronal cells was estimated using CCK8 assays and TuJ1+ cell counts. Data are represented as mean ± SEM. n=3 cultures; One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0002*, 3.29E-08**, 0.0003***, 3.66E-06#, 0.0029## (TuJ1+ cell counting), 0.0127+, 5.98E-06++, 0.0002+++, 0.0005&, 0.0078&& (CCK8 assays) in graph E. "}
{"words": ["Glial", "neurotrophic", "functions", "potentiated", "by", "SGK1", "downregulation", "were", "mediated", "in", "a", "paracrine", "manner", ".", "VM", "-", "glia", "transduced", "with", "sh", "-", "Sgk1", "(", "or", "sh", "-", "cont", "as", "a", "control", ")", "were", "challenged", "with", "H2O2", "+", "LPS", "for", "3hr", "or", "not", ".", "Glial", "conditioned", "medium", "(", "GCM", ")", "was", "prepared", "in", "each", "glial", "culture", "condition", "and", "administered", "to", "mDA", "neurons", "primarily", "cultured", "from", "mouse", "VM", "(", "E", ")", "Cell", "viability", "of", "the", "neuronal", "cells", "was", "estimated", "using", "CCK8", "assays", "and", "TuJ1", "+", "cell", "counts", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "cultures", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0002", "*", ",", "3", ".", "29E", "-", "08", "*", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", "*", ",", "3", ".", "66E", "-", "06", "#", ",", "0", ".", "0029", "#", "#", "(", "TuJ1", "+", "cell", "counting", ")", ",", "0", ".", "0127", "+", ",", "5", ".", "98E", "-", "06", "+", "+", ",", "0", ".", "0002", "+", "+", "+", ",", "0", ".", "0005", "&", ",", "0", ".", "0078", "&", "&", "(", "CCK8", "assays", ")", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Glial neurotrophic functions potentiated by SGK1 downregulation were mediated in a paracrine manner. VM-glia transduced with sh-Sgk1 (or sh-cont as a control) were challenged with H2O2+LPS for 3hr or not. Glial conditioned medium (GCM) was prepared in each glial culture condition and administered to mDA neurons primarily cultured from mouse VM (E) Cell viability of the neuronal cells was estimated using CCK8 assays and TuJ1+ cell counts. Data are represented as mean ± SEM. n=3 cultures; One-way ANOVA. Significantly different at p=0.0002*, 3.29E-08**, 0.0003***, 3.66E-06#, 0.0029## (TuJ1+ cell counting), 0.0127+, 5.98E-06++, 0.0002+++, 0.0005&, 0.0078&& (CCK8 assays) in graph E."}
{"words": ["F", ",", "Effect", "of", "the", "SGK1", "inhibitor", "treatment", "in", "the", "mixed", "mDA", "neuron", "+", "VM", "-", "glia", "co", "-", "cultures", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0068", "*", ",", "0", ".", "0368", "*", "*", ",", "0", ".", "0249", "#", ",", "1", ".", "48E", "-", "27", "#", "#", "in", "graph", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F, Effect of the SGK1 inhibitor treatment in the mixed mDA neuron + VM-glia co-cultures. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Student's t-test. Significantly different at p=0.0068*, 0.0368**, 0.0249#, 1.48E-27## in graph F. "}
{"words": ["F", ",", "Effect", "of", "the", "SGK1", "inhibitor", "treatment", "in", "the", "mixed", "mDA", "neuron", "+", "VM", "-", "glia", "co", "-", "cultures", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0068", "*", ",", "0", ".", "0368", "*", "*", ",", "0", ".", "0249", "#", ",", "1", ".", "48E", "-", "27", "#", "#", "in", "graph", "F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Effect of the SGK1 inhibitor treatment in the mixed mDA neuron + VM-glia co-cultures. Data are represented as mean ± SEM. n=3. Student's t-test. Significantly different at p=0.0068*, 0.0368**, 0.0249#, 1.48E-27## in graph F."}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "Behaviors", "of", "MPTP", "-", "PD", "mice", "assessed", "by", "pole", "(", "B", ")", ",", "beam", "(", "C", ")", "at", "3", "-", "6", "weeks", "post", "-", "MPTP", "injection", ",", "and", "locomotor", "activity", "(", "total", "distance", "&", "average", "speed", ",", "D", ")", "tests", "at", "6", "weeks", "post", "-", "MPTP", "injection", ".", "n", "=", "20", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "MPTP", "-", "PD", "mice", ",", "14", "vehicle", "-", "treated", "MPTP", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "MPTP", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0012", "#", ",", "0", ".", "0001", "*", ",", "3", ".", "09E", "-", "08", "#", "#", ",", "8", ".", "21E", "-", "08", "*", "*", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "0009", "#", ",", "0", ".", "0035", "*", ",", "1", ".", "03E", "-", "06", "#", "#", ",", "0", ".", "00003", "*", "*", "in", "graph", "C", "and", "p", "=", "0", ".", "0001", "*", ",", "0", ".", "0284", "*", "*", ",", "0", ".", "0101", "#", "(", "total", "distance", ")", ",", "1", ".", "49E", "-", "08", "*", ",", "0", ".", "0005", "*", "*", ",", "0", ".", "0001", "#", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B-D) Behaviors of MPTP-PD mice assessed by pole (B), beam (C) at 3-6 weeks post-MPTP injection, and locomotor activity (total distance & average speed, D) tests at 6 weeks post-MPTP injection. n= 20 GSK-650394-treated MPTP-PD mice, 14 vehicle-treated MPTP-PD mice, and 8 MPTP-untreated non-PD mice. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0012#, 0.0001*, 3.09E-08##, 8.21E-08** in graph B and p=0.0009#, 0.0035*, 1.03E-06##, 0.00003** in graph C and p=0.0001*, 0.0284**, 0.0101# (total distance), 1.49E-08*, 0.0005**, 0.0001# (average speed) in graph D. "}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "Behaviors", "of", "MPTP", "-", "PD", "mice", "assessed", "by", "pole", "(", "B", ")", ",", "beam", "(", "C", ")", "at", "3", "-", "6", "weeks", "post", "-", "MPTP", "injection", ",", "and", "locomotor", "activity", "(", "total", "distance", "&", "average", "speed", ",", "D", ")", "tests", "at", "6", "weeks", "post", "-", "MPTP", "injection", ".", "n", "=", "20", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "MPTP", "-", "PD", "mice", ",", "14", "vehicle", "-", "treated", "MPTP", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "MPTP", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0012", "#", ",", "0", ".", "0001", "*", ",", "3", ".", "09E", "-", "08", "#", "#", ",", "8", ".", "21E", "-", "08", "*", "*", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "0009", "#", ",", "0", ".", "0035", "*", ",", "1", ".", "03E", "-", "06", "#", "#", ",", "0", ".", "00003", "*", "*", "in", "graph", "C", "and", "p", "=", "0", ".", "0001", "*", ",", "0", ".", "0284", "*", "*", ",", "0", ".", "0101", "#", "(", "total", "distance", ")", ",", "1", ".", "49E", "-", "08", "*", ",", "0", ".", "0005", "*", "*", ",", "0", ".", "0001", "#", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-D) Behaviors of MPTP-PD mice assessed by pole (B), beam (C) at 3-6 weeks post-MPTP injection, and locomotor activity (total distance & average speed, D) tests at 6 weeks post-MPTP injection. n= 20 GSK-650394-treated MPTP-PD mice, 14 vehicle-treated MPTP-PD mice, and 8 MPTP-untreated non-PD mice. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p=0.0012#, 0.0001*, 3.09E-08##, 8.21E-08** in graph B and p=0.0009#, 0.0035*, 1.03E-06##, 0.00003** in graph C and p=0.0001*, 0.0284**, 0.0101# (total distance), 1.49E-08*, 0.0005**, 0.0001# (average speed) in graph D."}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "the", "number", "of", "TH", "+", "mDA", "neurons", "(", "E", ",", "F", ")", ",", "neurite", "lengths", "(", "E", ",", "G", ")", ",", "and", "cell", "body", "sizes", "(", "E", ",", "H", ")", "Shown", "are", "the", "representative", "images", "for", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "the", "SN", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "boxed", "areas", "of", "(", "E", ")", "are", "enlarged", "in", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Histologic assessment of the number of TH+ mDA neurons (E, F), neurite lengths (E, G), and cell body sizes (E, H) Shown are the representative images for TH+ DA neurons in the SN TH+ DA neurons in boxed areas of (E) are enlarged in right. "}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "the", "number", "of", "TH", "+", "mDA", "neurons", "(", "E", ",", "F", ")", ",", "neurite", "lengths", "(", "E", ",", "G", ")", ",", "and", "cell", "body", "sizes", "(", "E", ",", "H", ")", "Shown", "are", "the", "representative", "images", "for", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "the", "SN", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "boxed", "areas", "of", "(", "E", ")", "are", "enlarged", "in", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histologic assessment of the number of TH+ mDA neurons (E, F), neurite lengths (E, G), and cell body sizes (E, H) Shown are the representative images for TH+ DA neurons in the SN TH+ DA neurons in boxed areas of (E) are enlarged in right."}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "the", "number", "of", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", "and", "TH", "+", "fiber", "intensities", "in", "the", "striatum", "Shown", "are", "the", "representative", "images", "for", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "the", "TH", "-", "immunoreactivity", "in", "the", "striatum", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Histologic assessment of the number of TH+ mDA neurons in the SN and TH+ fiber intensities in the striatum Shown are the representative images for TH+ DA neurons in the TH-immunoreactivity in the striatum, "}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "the", "number", "of", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", "and", "TH", "+", "fiber", "intensities", "in", "the", "striatum", "Shown", "are", "the", "representative", "images", "for", "TH", "+", "DA", "neurons", "in", "the", "TH", "-", "immunoreactivity", "in", "the", "striatum", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histologic assessment of the number of TH+ mDA neurons in the SN and TH+ fiber intensities in the striatum Shown are the representative images for TH+ DA neurons in the TH-immunoreactivity in the striatum,"}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "Behaviors", "(", "L", "-", "N", ")", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "at", "6", "-", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "008", "#", ",", "0", ".", "021", "*", ",", "0", ".", "00001", "#", "#", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "in", "graph", "L", "and", "p", "=", "0", ".", "00002", "#", ",", "0", ".", "0344", "*", ",", "0", ".", "0005", "#", "#", ",", "0", ".", "0067", "*", "*", "in", "graph", "M", "and", "p", "=", "0", ".", "0057", "#", ",", "0", ".", "0345", "*", "(", "total", "distance", ")", ",", "0", ".", "0001", "#", ",", "0", ".", "0375", "#", "#", ",", "0", ".", "0338", "*", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "N", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. Behaviors (L-N) of the SNCA-PD mice were assessed at 6-12 weeks post- SNCA injection Significantly different at p=0.008#, 0.021*, 0.00001##, 0.0009** in graph L and p=0.00002#, 0.0344*, 0.0005##, 0.0067** in graph M and p=0.0057#, 0.0345* (total distance), 0.0001#, 0.0375##, 0.0338* (average speed) in graph N. "}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "Behaviors", "(", "L", "-", "N", ")", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "at", "6", "-", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "008", "#", ",", "0", ".", "021", "*", ",", "0", ".", "00001", "#", "#", ",", "0", ".", "0009", "*", "*", "in", "graph", "L", "and", "p", "=", "0", ".", "00002", "#", ",", "0", ".", "0344", "*", ",", "0", ".", "0005", "#", "#", ",", "0", ".", "0067", "*", "*", "in", "graph", "M", "and", "p", "=", "0", ".", "0057", "#", ",", "0", ".", "0345", "*", "(", "total", "distance", ")", ",", "0", ".", "0001", "#", ",", "0", ".", "0375", "#", "#", ",", "0", ".", "0338", "*", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "N", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. Behaviors (L-N) of the SNCA-PD mice were assessed at 6-12 weeks post- SNCA injection Significantly different at p=0.008#, 0.021*, 0.00001##, 0.0009** in graph L and p=0.00002#, 0.0344*, 0.0005##, 0.0067** in graph M and p=0.0057#, 0.0345* (total distance), 0.0001#, 0.0375##, 0.0338* (average speed) in graph N."}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "mDA", "neuron", "degeneration", "in", "the", "SN", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "at", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "after", "sacrifice", "SNCA", "pathology", "assessed", "by", "p129", "-", "α", "-", "syn", "immunoreactivity", "in", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", ".", "n", "=", "5", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "5", "vehicle", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. mDA neuron degeneration in the SN of the SNCA-PD mice were assessed at 12 weeks post- SNCA injection after sacrifice SNCA pathology assessed by p129-α-syn immunoreactivity in TH+ mDA neurons in the SN. n= 5 GSK-650394-treated SNCA-PD mice, 5 vehicle-treated SNCA-PD mice, and 8 SNCA-untreated non-PD mice. "}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "mDA", "neuron", "degeneration", "in", "the", "SN", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "at", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "after", "sacrifice", "SNCA", "pathology", "assessed", "by", "p129", "-", "α", "-", "syn", "immunoreactivity", "in", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", ".", "n", "=", "5", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "5", "vehicle", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. mDA neuron degeneration in the SN of the SNCA-PD mice were assessed at 12 weeks post- SNCA injection after sacrifice SNCA pathology assessed by p129-α-syn immunoreactivity in TH+ mDA neurons in the SN. n= 5 GSK-650394-treated SNCA-PD mice, 5 vehicle-treated SNCA-PD mice, and 8 SNCA-untreated non-PD mice."}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "mDA", "neuron", "degeneration", "in", "the", "SN", "(", "O", "-", "U", ")", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "after", "sacrifice", "SNCA", "pathology", "assessed", "by", "p129", "-", "α", "-", "syn", "immunoreactivity", "in", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", ".", "n", "=", "5", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "5", "vehicle", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. mDA neuron degeneration in the SN (O-U) of the SNCA-PD mice were assessed 12 weeks post- SNCA injection after sacrifice SNCA pathology assessed by p129-α-syn immunoreactivity in TH+ mDA neurons in the SN. n= 5 GSK-650394-treated SNCA-PD mice, 5 vehicle-treated SNCA-PD mice, and 8 SNCA-untreated non-PD mice. "}
{"words": ["Therapeutic", "effects", "of", "GSK", "-", "650394", "in", "SNCA", "-", "PD", "model", "mice", ".", "mDA", "neuron", "degeneration", "in", "the", "SN", "(", "O", "-", "U", ")", "of", "the", "SNCA", "-", "PD", "mice", "were", "assessed", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", "after", "sacrifice", "SNCA", "pathology", "assessed", "by", "p129", "-", "α", "-", "syn", "immunoreactivity", "in", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SN", ".", "n", "=", "5", "GSK", "-", "650394", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "5", "vehicle", "-", "treated", "SNCA", "-", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "non", "-", "PD", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Therapeutic effects of GSK-650394 in SNCA-PD model mice. mDA neuron degeneration in the SN (O-U) of the SNCA-PD mice were assessed 12 weeks post- SNCA injection after sacrifice SNCA pathology assessed by p129-α-syn immunoreactivity in TH+ mDA neurons in the SN. n= 5 GSK-650394-treated SNCA-PD mice, 5 vehicle-treated SNCA-PD mice, and 8 SNCA-untreated non-PD mice."}
{"words": ["A", "and", "B", ",", "Efficiency", "of", "AAV9", "-", "mediated", "gene", "delivery", ".", "AA9", "viruses", "expressing", "the", "reporter", "GFP", "gene", "were", "stereotaxically", "injected", "into", "the", "SN", "of", "mice", ",", "and", "GFP", "expression", "in", "astrocytes", ",", "microglia", ",", "and", "neuronal", "cells", "was", "quantified", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "per", "animal", "were", "counted", ")", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "006", "*", ",", "5", ".", "1E", "-", "09", "#", ",", "5", ".", "36E", "-", "09", "+", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A and B, Efficiency of AAV9-mediated gene delivery. AA9 viruses expressing the reporter GFP gene were stereotaxically injected into the SN of mice, and GFP expression in astrocytes, microglia, and neuronal cells was quantified. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice (>5 randomly selected microscopic fields per animal were counted). Significantly different at p=0.006*, 5.1E-09#, 5.36E-09+ in graph B. "}
{"words": ["A", "and", "B", ",", "Efficiency", "of", "AAV9", "-", "mediated", "gene", "delivery", ".", "AA9", "viruses", "expressing", "the", "reporter", "GFP", "gene", "were", "stereotaxically", "injected", "into", "the", "SN", "of", "mice", ",", "and", "GFP", "expression", "in", "astrocytes", ",", "microglia", ",", "and", "neuronal", "cells", "was", "quantified", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "(", ">", "5", "randomly", "selected", "microscopic", "fields", "per", "animal", "were", "counted", ")", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "006", "*", ",", "5", ".", "1E", "-", "09", "#", ",", "5", ".", "36E", "-", "09", "+", "in", "graph", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B, Efficiency of AAV9-mediated gene delivery. AA9 viruses expressing the reporter GFP gene were stereotaxically injected into the SN of mice, and GFP expression in astrocytes, microglia, and neuronal cells was quantified. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice (>5 randomly selected microscopic fields per animal were counted). Significantly different at p=0.006*, 5.1E-09#, 5.36E-09+ in graph B."}
{"words": ["SGK1", "knockdown", "effect", "in", "vivo", "by", "treatment", "with", "shSgk1", "-", "AAV9", ".", "Total", "SGK1", "mRNA", "levels", "were", "estimated", "in", "the", "midbrain", "SN", "of", "the", "PD", "mice", "injected", "with", "shSgk1", "(", "shControl", "as", "control", ")", "AAV9", "using", "real", "time", "-", "PCR", "(", "D", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " SGK1 knockdown effect in vivo by treatment with shSgk1-AAV9. Total SGK1 mRNA levels were estimated in the midbrain SN of the PD mice injected with shSgk1(shControl as control) AAV9 using real time-PCR (D)."}
{"words": ["SGK1", "knockdown", "effect", "in", "vivo", "by", "treatment", "with", "shSgk1", "-", "AAV9", ".", "Total"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SGK1 knockdown effect in vivo by treatment with shSgk1-AAV9. Total SGK1"}
{"words": ["Cell", "type", "-", "specific", "SGK1", "knockdown", "was", "estimated", "by", "counting", "SGK1", "-", "immuonoreactivity", "in", "neuron", "(", "MAP2", "+", ")", ",", "astrocyte", "(", "GFAP", "+", ")", ",", "and", "microglia", "(", "Iba1", "+", ")", "populations", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Cell type-specific SGK1 knockdown was estimated by counting SGK1-immuonoreactivity in neuron (MAP2+), astrocyte (GFAP+), and microglia (Iba1+) populations (E). "}
{"words": ["Cell", "type", "-", "specific", "SGK1", "knockdown", "was", "estimated", "by", "counting", "SGK1", "-", "immuonoreactivity", "in", "neuron", "(", "MAP2", "+", ")", ",", "astrocyte", "(", "GFAP", "+", ")", ",", "and", "microglia", "(", "Iba1", "+", ")", "populations", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell type-specific SGK1 knockdown was estimated by counting SGK1-immuonoreactivity in neuron (MAP2+), astrocyte (GFAP+), and microglia (Iba1+) populations (E)."}
{"words": ["Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "4", "mice", "in", "each", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0004", "#", "in", "graph", "D", "and", "p", "=", "0", ".", "049", "*", ",", "0", ".", "007", "*", "*", ",", "0", ".", "002", "*", "*", "*", "in", "graph", "E", ".", "(", "F", "-", "H", ")", "Behavior", "of", "the", "PD", "mice", "assessed", "by", "pole", "(", "F", ")", ",", "beam", "(", "G", ")", "at", "6", "-", "12", "weeks", ",", "and", "locomotor", "activity", "(", "H", ")", "tests", "at", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0003", "#", ",", "0", ".", "0428", "*", ",", "7", ".", "46E", "-", "06", "#", "#", ",", "0", ".", "0012", "*", "*", "in", "graph", "F", "and", "p", "=", "8", ".", "04E", "-", "08", "#", ",", "0", ".", "004", "*", ",", "1", ".", "62E", "-", "09", "#", "#", ",", "3", ".", "3E", "-", "06", "*", "*", "in", "graph", "G", "and", "p", "=", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0194", "*", "(", "total", "distance", ")", ",", "9", ".", "54E", "-", "06", "#", ",", "0", ".", "0047", "*", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Data are represented as mean ± SEM. n=4 mice in each group. Significantly different at p=0.0004# in graph D and p=0.049*, 0.007**, 0.002*** in graph E. (F-H) Behavior of the PD mice assessed by pole (F), beam (G) at 6-12 weeks, and locomotor activity (H) tests at 12 weeks post- SNCA injection. Significantly different at p=0.0003#, 0.0428*, 7.46E-06##, 0.0012** in graph F and p=8.04E-08#, 0.004*, 1.62E-09##, 3.3E-06** in graph G and p=0.0002#, 0.0194* (total distance), 9.54E-06#, 0.0047* (average speed) in graph H. "}
{"words": ["Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "4", "mice", "in", "each", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0004", "#", "in", "graph", "D", "and", "p", "=", "0", ".", "049", "*", ",", "0", ".", "007", "*", "*", ",", "0", ".", "002", "*", "*", "*", "in", "graph", "E", ".", "(", "F", "-", "H", ")", "Behavior", "of", "the", "PD", "mice", "assessed", "by", "pole", "(", "F", ")", ",", "beam", "(", "G", ")", "at", "6", "-", "12", "weeks", ",", "and", "locomotor", "activity", "(", "H", ")", "tests", "at", "12", "weeks", "post", "-", "SNCA", "injection", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0003", "#", ",", "0", ".", "0428", "*", ",", "7", ".", "46E", "-", "06", "#", "#", ",", "0", ".", "0012", "*", "*", "in", "graph", "F", "and", "p", "=", "8", ".", "04E", "-", "08", "#", ",", "0", ".", "004", "*", ",", "1", ".", "62E", "-", "09", "#", "#", ",", "3", ".", "3E", "-", "06", "*", "*", "in", "graph", "G", "and", "p", "=", "0", ".", "0002", "#", ",", "0", ".", "0194", "*", "(", "total", "distance", ")", ",", "9", ".", "54E", "-", "06", "#", ",", "0", ".", "0047", "*", "(", "average", "speed", ")", "in", "graph", "H", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Data are represented as mean ± SEM. n=4 mice in each group. Significantly different at p=0.0004# in graph D and p=0.049*, 0.007**, 0.002*** in graph E. (F-H) Behavior of the PD mice assessed by pole (F), beam (G) at 6-12 weeks, and locomotor activity (H) tests at 12 weeks post- SNCA injection. Significantly different at p=0.0003#, 0.0428*, 7.46E-06##, 0.0012** in graph F and p=8.04E-08#, 0.004*, 1.62E-09##, 3.3E-06** in graph G and p=0.0002#, 0.0194* (total distance), 9.54E-06#, 0.0047* (average speed) in graph H."}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "p129", "-", "SNCA", "immunoreactivity", "(", "I", ",", "J", ")", ",", "TH", "+", "mDA", "neuron", "counts", "(", "I", ",", "K", ")", ",", "neurite", "lengths", "(", "L", ")", ",", "and", "cell", "body", "sizes", "(", "M", ")", "in", "the", "SN", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0001", "*", "in", "graph", "J", ",", "p", "=", "2", ".", "35E", "-", "25", "#", ",", "1", ".", "09E", "-", "16", "#", "#", ",", "4", ".", "36E", "-", "08", "*", "in", "graph", "K", "and", "p", "=", "1", ".", "5E", "-", "40", "#", ",", "1", ".", "08E", "-", "24", "#", "#", ",", "2", ".", "32E", "-", "07", "*", "in", "graph", "L", "and", "p", "=", "9", ".", "07E", "-", "20", "#", ",", "2", ".", "59E", "-", "16", "#", "#", ",", "0", ".", "05", "*", "in", "graph", "M", "and", "p", "=", "4", ".", "62E", "-", "22", "#", ",", "5", ".", "11E", "-", "12", "#", "#", ",", "3", ".", "49E", "-", "06", "*", "(", "TH", ")", ",", "n", "=", "7", "sh", "-", "SGK1", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "7", "sh", "-", "cont", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Histologic assessment of p129-SNCA immunoreactivity ( I,J), TH+ mDA neuron counts (I,K), neurite lengths (L), and cell body sizes (M) in the SN Significantly different at p=0.0001* in graph J, p=2.35E-25#, 1.09E-16##, 4.36E-08* in graph K and p=1.5E-40#, 1.08E-24##, 2.32E-07* in graph L and p=9.07E-20#, 2.59E-16##, 0.05* in graph M and p=4.62E-22#, 5.11E-12##, 3.49E-06* (TH), n= 7 sh-SGK1-AAV9-treated PD mice, 7 sh-cont-AAV9-treated PD mice, and 8 SNCA-untreated mice. Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Scale bar, 100µm. "}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "p129", "-", "SNCA", "immunoreactivity", "(", "I", ",", "J", ")", ",", "TH", "+", "mDA", "neuron", "counts", "(", "I", ",", "K", ")", ",", "neurite", "lengths", "(", "L", ")", ",", "and", "cell", "body", "sizes", "(", "M", ")", "in", "the", "SN", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0001", "*", "in", "graph", "J", ",", "p", "=", "2", ".", "35E", "-", "25", "#", ",", "1", ".", "09E", "-", "16", "#", "#", ",", "4", ".", "36E", "-", "08", "*", "in", "graph", "K", "and", "p", "=", "1", ".", "5E", "-", "40", "#", ",", "1", ".", "08E", "-", "24", "#", "#", ",", "2", ".", "32E", "-", "07", "*", "in", "graph", "L", "and", "p", "=", "9", ".", "07E", "-", "20", "#", ",", "2", ".", "59E", "-", "16", "#", "#", ",", "0", ".", "05", "*", "in", "graph", "M", "and", "p", "=", "4", ".", "62E", "-", "22", "#", ",", "5", ".", "11E", "-", "12", "#", "#", ",", "3", ".", "49E", "-", "06", "*", "(", "TH", ")", ",", "n", "=", "7", "sh", "-", "SGK1", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "7", "sh", "-", "cont", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histologic assessment of p129-SNCA immunoreactivity ( I,J), TH+ mDA neuron counts (I,K), neurite lengths (L), and cell body sizes (M) in the SN Significantly different at p=0.0001* in graph J, p=2.35E-25#, 1.09E-16##, 4.36E-08* in graph K and p=1.5E-40#, 1.08E-24##, 2.32E-07* in graph L and p=9.07E-20#, 2.59E-16##, 0.05* in graph M and p=4.62E-22#, 5.11E-12##, 3.49E-06* (TH), n= 7 sh-SGK1-AAV9-treated PD mice, 7 sh-cont-AAV9-treated PD mice, and 8 SNCA-untreated mice. Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Scale bar, 100µm."}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "TH", "+", "and", "DA", "transporter", "(", "DAT", ")", "fiber", "intensities", "in", "the", "striatum", "n", "=", "7", "sh", "-", "SGK1", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "7", "sh", "-", "cont", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Histologic assessment of TH+ and DA transporter (DAT) fiber intensities in the striatum n= 7 sh-SGK1-AAV9-treated PD mice, 7 sh-cont-AAV9-treated PD mice, and 8 SNCA-untreated mice. Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Scale bar, 100µm. "}
{"words": ["Histologic", "assessment", "of", "TH", "+", "and", "DA", "transporter", "(", "DAT", ")", "fiber", "intensities", "in", "the", "striatum", "n", "=", "7", "sh", "-", "SGK1", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "7", "sh", "-", "cont", "-", "AAV9", "-", "treated", "PD", "mice", ",", "and", "8", "SNCA", "-", "untreated", "mice", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histologic assessment of TH+ and DA transporter (DAT) fiber intensities in the striatum n= 7 sh-SGK1-AAV9-treated PD mice, 7 sh-cont-AAV9-treated PD mice, and 8 SNCA-untreated mice. Data are represented as mean ± SEM. One-way ANOVA. Scale bar, 100µm."}
{"words": ["A", "-", "C", ",", "Quantitative", "and", "morphometric", "analyses", "of", "microglia", "in", "the", "SN", "area", "of", "SNCA", "-", "PD", "mice", ".", "Shown", "in", "A", "are", "representative", "views", "of", "Iba1", "+", "microglia", "neighboring", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SNs", "of", "PD", "mice", "treated", "with", "GSK", "-", "650394", "and", "vehicle", ".", "Insets", ",", "enlarged", "views", "for", "the", "boxed", "areas", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "1", ".", "49E", "-", "11", "*", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "000003", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " A-C, Quantitative and morphometric analyses of microglia in the SN area of SNCA-PD mice. Shown in A are representative views of Iba1+ microglia neighboring TH+ mDA neurons in the SNs of PD mice treated with GSK-650394 and vehicle. Insets, enlarged views for the boxed areas. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice per group. Significantly different at p=1.49E-11* in graph B and p=0.000003* in graph C. "}
{"words": ["A", "-", "C", ",", "Quantitative", "and", "morphometric", "analyses", "of", "microglia", "in", "the", "SN", "area", "of", "SNCA", "-", "PD", "mice", ".", "Shown", "in", "A", "are", "representative", "views", "of", "Iba1", "+", "microglia", "neighboring", "TH", "+", "mDA", "neurons", "in", "the", "SNs", "of", "PD", "mice", "treated", "with", "GSK", "-", "650394", "and", "vehicle", ".", "Insets", ",", "enlarged", "views", "for", "the", "boxed", "areas", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "1", ".", "49E", "-", "11", "*", "in", "graph", "B", "and", "p", "=", "0", ".", "000003", "*", "in", "graph", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C, Quantitative and morphometric analyses of microglia in the SN area of SNCA-PD mice. Shown in A are representative views of Iba1+ microglia neighboring TH+ mDA neurons in the SNs of PD mice treated with GSK-650394 and vehicle. Insets, enlarged views for the boxed areas. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice per group. Significantly different at p=1.49E-11* in graph B and p=0.000003* in graph C."}
{"words": ["D", "and", "E", ",", "The", "M1", "marker", "CD16", "/", "32", "expression", "in", "Iba1", "+", "microglia", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0016", "*", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D and E, The M1 marker CD16/32 expression in Iba1+ microglia. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice per group. Significantly different at p=0.0016* in graph E. "}
{"words": ["D", "and", "E", ",", "The", "M1", "marker", "CD16", "/", "32", "expression", "in", "Iba1", "+", "microglia", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0016", "*", "in", "graph", "E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D and E, The M1 marker CD16/32 expression in Iba1+ microglia. Data are represented as mean ± SEM. n=3 mice per group. Significantly different at p=0.0016* in graph E."}
{"words": ["F", "and", "G", ",", "mRNA", "expression", "of", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "and", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "in", "MPTP", "(", "F", ")", "and", "SNCA", "(", "G", ")", "PD", "mice", "injected", "with", "the", "SGK1", "inhibitor", "or", "vehicle", "(", "control", ")", ".", "Each", "bar", "represents", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "PCR", "values", "from", "each", "animal", ",", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0372", "*", ",", "0", ".", "0173", "*", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", "*", "in", "graph", "F", "and", "p", "=", "0", ".", "002", "#", ",", "0", ".", "0113", "#", "#", ",", "0", ".", "0053", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F and G, mRNA expression of NLRP3-inflammasome components and pro-inflammatory cytokines in MPTP (F) and SNCA (G) PD mice injected with the SGK1 inhibitor or vehicle (control). Each bar represents the mean ± SEM of 3 PCR values from each animal, n=3 mice per group. Significantly different at p=0.0372*, 0.0173**, 0.0003*** in graph F and p=0.002#, 0.0113##, 0.0053###, 0.0001#### in graph G. "}
{"words": ["F", "and", "G", ",", "mRNA", "expression", "of", "NLRP3", "-", "inflammasome", "components", "and", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "in", "MPTP", "(", "F", ")", "and", "SNCA", "(", "G", ")", "PD", "mice", "injected", "with", "the", "SGK1", "inhibitor", "or", "vehicle", "(", "control", ")", ".", "Each", "bar", "represents", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "3", "PCR", "values", "from", "each", "animal", ",", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0372", "*", ",", "0", ".", "0173", "*", "*", ",", "0", ".", "0003", "*", "*", "*", "in", "graph", "F", "and", "p", "=", "0", ".", "002", "#", ",", "0", ".", "0113", "#", "#", ",", "0", ".", "0053", "#", "#", "#", ",", "0", ".", "0001", "#", "#", "#", "#", "in", "graph", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F and G, mRNA expression of NLRP3-inflammasome components and pro-inflammatory cytokines in MPTP (F) and SNCA (G) PD mice injected with the SGK1 inhibitor or vehicle (control). Each bar represents the mean ± SEM of 3 PCR values from each animal, n=3 mice per group. Significantly different at p=0.0372*, 0.0173**, 0.0003*** in graph F and p=0.002#, 0.0113##, 0.0053###, 0.0001#### in graph G."}
{"words": ["H", "-", "J", ",", "ASC", "expression", "in", "the", "SNs", "and", "SN", "microglia", "of", "SNCA", "-", "PD", "mice", ".", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "1", ".", "91E", "-", "09", "*", "in", "graph", "I", "and", "p", "=", "0", ".", "0079", "*", "in", "graph", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H-J, ASC expression in the SNs and SN microglia of SNCA-PD mice. n=5 mice per group. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p=1.91E-09* in graph I and p=0.0079* in graph J. "}
{"words": ["H", "-", "J", ",", "ASC", "expression", "in", "the", "SNs", "and", "SN", "microglia", "of", "SNCA", "-", "PD", "mice", ".", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "1", ".", "91E", "-", "09", "*", "in", "graph", "I", "and", "p", "=", "0", ".", "0079", "*", "in", "graph", "J", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H-J, ASC expression in the SNs and SN microglia of SNCA-PD mice. n=5 mice per group. Data are represented as mean ± SEM. Significantly different at p=1.91E-09* in graph I and p=0.0079* in graph J."}
{"words": ["K", "and", "L", ",", "β", "-", "gal", "-", "stained", "cell", "senescence", "in", "SNCA", "-", "PD", "mouse", "SN", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0001", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " K and L, β-gal-stained cell senescence in SNCA-PD mouse SN. Data are represented as mean ± SEM. n=5 mice per group. Significantly different at p=0.0001* "}
{"words": ["K", "and", "L", ",", "β", "-", "gal", "-", "stained", "cell", "senescence", "in", "SNCA", "-", "PD", "mouse", "SN", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ".", "Significantly", "different", "at", "p", "=", "0", ".", "0001", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K and L, β-gal-stained cell senescence in SNCA-PD mouse SN. Data are represented as mean ± SEM. n=5 mice per group. Significantly different at p=0.0001*"}
{"words": ["CD14", "+", "monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "and", "analyzed", "by", "scRNA", "-", "seq", "at", "different", "time", "points", "(", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "D", ")", "Expression", "patterns", "of", "monocytes", "(", "top", "row", ")", ",", "macrophages", "(", "middle", "row", ")", "and", "DC", "(", "bottom", "row", ")", "markers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CD14+ monocytes were cultured with M-CSF, IL-4 and TNFα and analyzed by scRNA-seq at different time points (n=2 biological replicates). (D) Expression patterns of monocytes (top row), macrophages (middle row) and DC (bottom row) markers."}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "of", "phenotypic", "markers", "used", "for", "UMAP", "projection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Expression of phenotypic markers used for UMAP projection."}
{"words": ["(", "E", ")", "Supervised", "gating", "strategy", "for", "moDC", "and", "moMac", "at", "each", "time", "point", "(", "gated", "on", "live", "CD11b", "+", "CD115", "+", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Supervised gating strategy for moDC and moMac at each time point (gated on live CD11b+ CD115+ cells)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Supervised", "gating", "strategy", "to", "identify", "monocyte", "-", "derived", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Supervised gating strategy to identify monocyte-derived cells."}
{"words": ["(", "E", ")", "Transcription", "factor", "activity", "was", "calculated", "with", "Dorothea", "and", "Viper", ".", "Differentially", "activated", "regulons", "between", "clusters", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Transcription factor activity was calculated with Dorothea and Viper. Differentially activated regulons between clusters are shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "for", "5", "days", ".", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Monocytes were cultured with M-CSF, IL-4 and TNFα for 5 days. Protein quantification by Western Blot. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=6 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", "for", "5", "days", ".", "IRF1", "expression", "was", "silenced", "using", "a", "lentivirus", "containing", "shRNA", ".", "(", "B", ")", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", "after", "5", "days", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with M-CSF for 5 days. IRF1 expression was silenced using a lentivirus containing shRNA. (B) Protein quantification by Western Blot after 5 days. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=8 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "RPMI", "medium", "(", "R10", ")", ",", "or", "combinations", "of", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "B18R", "(", "type", "I", "interferon", "inhibitor", ")", ".", "(", "G", ")", "ISG", "expression", "after", "9", "hours", "was", "analyzed", "by", "RTqPCR", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with RPMI medium (R10), or combinations of M-CSF, IL-4 and TNFα in the presence or absence of B18R (type I interferon inhibitor). (G) ISG expression after 9 hours was analyzed by RTqPCR. Each symbol represents an individual donor (n=5 biological replicates)."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "combinations", "of", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "B18R", "(", "type", "I", "interferon", "inhibitor", ")", ".", "(", "H", ")", "Monocyte", "differentiation", "after", "5", "days", ".", "One", "representative", "donor", "is", "shown", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Proportion", "of", "mo", "-", "Mac", "and", "mo", "-", "DC", "after", "5", "days", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Paired", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with combinations of M-CSF, IL-4 and TNFα in the presence or absence of B18R (type I interferon inhibitor). (H) Monocyte differentiation after 5 days. One representative donor is shown (n=5 biological replicates). Proportion of mo-Mac and mo-DC after 5 days. Each symbol represents an individual donor (n=5 biological replicates). Paired t-test."}
{"words": ["(", "B", ")", "ZNF366", "expression", "across", "clusters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) ZNF366 expression across clusters."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "for", "5", "days", ".", "(", "C", ")", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", ".", "Paired", "one", "-", "way", "Anova", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with M-CSF, IL-4 and TNFα for 5 days. (C) Protein quantification by Western Blot. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=6 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor. Paired one-way Anova."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "for", "5", "days", ".", "ZNF366", "expression", "was", "silenced", "using", "a", "lentivirus", "containing", "shRNA", ".", "(", "D", ")", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", "after", "5", "days", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", ".", "Paired", "one", "-", "way", "Anova", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with M-CSF, IL-4 and TNFα for 5 days. ZNF366 expression was silenced using a lentivirus containing shRNA. (D) Protein quantification by Western Blot after 5 days. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=4 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor. Paired one-way Anova."}
{"words": ["Monocytes", "were", "cultured", "with", "M", "-", "CSF", ",", "IL", "-", "4", "and", "TNFα", "for", "5", "days", ".", "(", "G", ")", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", ".", "Paired", "one", "-", "way", "Anova", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Monocytes were cultured with M-CSF, IL-4 and TNFα for 5 days. (G) Protein quantification by Western Blot. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=6 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor. Paired one-way Anova."}
{"words": ["MAFF", "expression", "was", "silenced", "using", "a", "lentivirus", "containing", "shRNA", ".", "(", "H", ")", "Protein", "quantification", "by", "Western", "Blot", "after", "5", "days", ".", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "results", "are", "shown", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "densitometry", ".", "Each", "symbol", "represents", "an", "individual", "donor", ".", "Paired", "one", "-", "way", "Anova", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MAFF expression was silenced using a lentivirus containing shRNA. (H) Protein quantification by Western Blot after 5 days. Actin was used as loading control. Representative results are shown (n=4 biological replicates). Quantification was performed by densitometry. Each symbol represents an individual donor. Paired one-way Anova."}
{"words": ["MAFF", "expression", "was", "silenced", "using", "a", "lentivirus", "containing", "shRNA", ".", "(", "I", ")", "Mo", "-", "mac", "and", "mo", "-", "DC", "differentiation", "after", "5", "days", "was", "assessed", "by", "flow", "cytometry", ".", "One", "representative", "donor", "is", "shown", "(", "n", "=", "7", "biological", "replicates", ")", ".", "DN", "=", "double", "negative", ".", "Proportion", "of", "mo", "-", "DC", ",", "mo", "-", "Mac", "and", "DN", "cells", "after", "5", "days", ".", "Median", "is", "shown", "(", "n", "=", "7", "biological", "replicates", ")", ".", "Paired", "one", "-", "way", "Anova", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MAFF expression was silenced using a lentivirus containing shRNA. (I) Mo-mac and mo-DC differentiation after 5 days was assessed by flow cytometry. One representative donor is shown (n=7 biological replicates). DN = double negative. Proportion of mo-DC, mo-Mac and DN cells after 5 days. Median is shown (n=7 biological replicates). Paired one-way Anova."}
{"words": ["(", "A", ")", "BECN1", "expression", "of", "microglia", "from", "Becn1", "+", "/", "-", "and", "wild", "type", "mouse", "pups", "in", "full", "medium", "without", "Bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "was", "quantified", "by", "Western", "blotting", ".", "Microglia", "from", "Becn1", "+", "/", "-", "mice", "show", "a", "signifcant", "reduction", "of", "BECN1", "(", "48", "%", ")", "compared", "to", "microglia", "from", "wild", "type", "mice", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "n", "=", "3", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "n", "=", "7", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Blot", "shows", "representative", "amounts", "of", "BECN1", "after", "various", "treatments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) BECN1 expression of microglia from Becn1+/- and wild type mouse pups in full medium without Bafilomycin A1 (Baf) was quantified by Western blotting. Microglia from Becn1+/- mice show a signifcant reduction of BECN1 (48%) compared to microglia from wild type mice; mean ± SEM, wild type n = 3, Becn1+/- n = 7; two-tailed t-test **: p < 0.01. Blot shows representative amounts of BECN1 after various treatments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Microglia", "from", "newborn", "Becn1", "+", "/", "-", "and", "wild", "type", "mouse", "pups", "were", "kept", "for", "2", "h", "either", "in", "full", "medium", "or", "HBSS", "with", "or", "without", "Bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", ".", "LC3", "and", "ACTIN", "levels", "were", "determined", "by", "Western", "blot", ".", "LC3", "-", "II", "was", "significantly", "reduced", "in", "microglia", "from", "Becn1", "+", "/", "-", "mice", "after", "Baf", "treatment", "in", "full", "medium", "compared", "to", "wild", "type", "microglia", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "n", "=", "3", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "n", "=", "4", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Microglia from newborn Becn1+/- and wild type mouse pups were kept for 2 h either in full medium or HBSS with or without Bafilomycin A1 (Baf). LC3 and ACTIN levels were determined by Western blot. LC3-II was significantly reduced in microglia from Becn1+/- mice after Baf treatment in full medium compared to wild type microglia; mean ± SEM, wild type n = 3, Becn1+/- n = 4; two-tailed t-test *: p < 0.05."}
{"words": ["(", "C", ")", "Microglia", "from", "newborn", "Becn1", "+", "/", "-", "and", "wild", "type", "mouse", "pups", "were", "kept", "for", "2", "h", "either", "in", "full", "medium", "or", "HBSS", "with", "Bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "LC3", ".", "Exemplary", "images", "and", "the", "quantification", "of", "LC3", "-", "positive", "vesicles", "/", "µm2", "cell", "area", "show", "reduced", "presence", "of", "LC3", "-", "positive", "vesicles", "in", "microglia", "from", "Becn1", "+", "/", "-", "and", "induction", "of", "autophagy", "by", "HBSS", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "n", "=", "4", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "n", "=", "4", ",", "3", "-", "5", "fields", "per", "view", "/", "n", "and", "condition", "and", "73", "-", "271", "cells", "/", "n", "and", "condition", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "scale", "bar", ":", "20"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Microglia from newborn Becn1+/- and wild type mouse pups were kept for 2 h either in full medium or HBSS with Bafilomycin A1 (Baf) and stained for endogenous LC3. Exemplary images and the quantification of LC3-positive vesicles/µm2 cell area show reduced presence of LC3-positive vesicles in microglia from Becn1+/- and induction of autophagy by HBSS; mean ± SEM, wild type n = 4, Becn1+/- n = 4, 3-5 fields per view/n and condition and 73-271 cells/n and condition; two-tailed t-test *: p < 0.05; scale bar: 20 µm"}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Microglia", "isolated", "from", "newborn", "Becn1", "+", "/", "-", "and", "wild", "type", "mouse", "pups", "were", "either", "non", "treated", "or", "treated", "with", "a", "pro", "-", "inflammatory", "stimulus", "(", "LPS", "followed", "by", "ATP", ")", ".", "As", "additional", "controls", "cells", "treated", "only", "with", "LPS", "or", "ATP", "were", "used", "in", "(", "A", ")", ".", "The", "concentration", "of", "the", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "IL", "-", "1beta", "(", "A", ")", "and", "IL", "-", "18", "(", "B", ")", "in", "the", "cell", "supernatant", "was", "determined", "by", "ELISA", ".", "Reduction", "of", "BECN1", "significantly", "enhanced", "release", "of", "both", "cytokines", "after", "stimulation", "with", "LPS", "/", "ATP", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "n", "(", "A", "/", "B", ")", "=", "9", "/", "2", ",", "wild", "type", "LPS", "n", "=", "3", "/", "0", ",", "wild", "type", "ATP", "n", "=", "3", "/", "0", ",", "wild", "type", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "9", "/", "9", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "n", "=", "23", "/", "5", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "23", "/", "23", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Microglia isolated from newborn Becn1+/- and wild type mouse pups were either non treated or treated with a pro-inflammatory stimulus (LPS followed by ATP). As additional controls cells treated only with LPS or ATP were used in (A). The concentration of the pro-inflammatory cytokines IL-1beta (A) and IL-18 (B) in the cell supernatant was determined by ELISA. Reduction of BECN1 significantly enhanced release of both cytokines after stimulation with LPS/ATP; mean ± SEM, wild type n (A/B) = 9/2, wild type LPS n = 3/0, wild type ATP n = 3/0, wild type LPS/ATP n = 9/9, Becn1+/- n = 23/5, Becn1+/- LPS/ATP n = 23/23, two-tailed t-test *: p < 0.05."}
{"words": ["(", "C", ")", "Microglia", "isolated", "from", "wild", "type", "mouse", "pups", "were", "pre", "-", "incubated", "in", "full", "medium", "or", "starvation", "medium", "HBSS", "before", "addition", "of", "a", "pro", "-", "inflammatory", "stimulus", "(", "LPS", "followed", "by", "ATP", ")", ".", "The", "autophagy", "blocker", "3", "-", "MA", "was", "added", "for", "the", "final", "1", "h", "45", "min", "of", "the", "experiment", ".", "The", "concentration", "of", "the", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "IL", "-", "1beta", "in", "the", "cell", "supernatant", "was", "determined", "by", "ELISA", ".", "Incubation", "with", "HBSS", "reduced", "IL", "-", "1beta", "release", "significantly", "while", "3", "-", "MA", "treatment", "increased", "it", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "full", "medium", "n", "=", "6", ",", "full", "medium", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "6", ",", "full", "medium", "LPS", "/", "ATP", "+", "3MA", "n", "=", "3", ",", "HBSS", "n", "=", "6", ",", "HBSS", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "6", ",", "HBSS", "LPS", "/", "ATP", "+", "3MA", "n", "=", "6", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Microglia isolated from wild type mouse pups were pre-incubated in full medium or starvation medium HBSS before addition of a pro-inflammatory stimulus (LPS followed by ATP). The autophagy blocker 3-MA was added for the final 1 h 45 min of the experiment. The concentration of the pro-inflammatory cytokine IL-1beta in the cell supernatant was determined by ELISA. Incubation with HBSS reduced IL-1beta release significantly while 3-MA treatment increased it; mean ± SEM, full medium n = 6, full medium LPS/ATP n = 6, full medium LPS/ATP + 3MA n = 3, HBSS n = 6, HBSS LPS/ATP n = 6, HBSS LPS/ATP + 3MA n = 6; two-tailed t-test *: p < 0.05; **: p < 0.01."}
{"words": ["(", "D", ")", "Microglia", "isolated", "from", "wild", "type", "mouse", "pups", "were", "pre", "-", "incubated", "in", "starvation", "medium", "HBSS", "before", "addition", "of", "a", "pro", "-", "inflammatory", "stimulus", "(", "LPS", "followed", "by", "ATP", ")", ".", "The", "autophagy", "blocker", "3", "-", "MA", "was", "added", "for", "the", "final", "1", "h", "45", "min", "of", "the", "experiment", ",", "microglia", "were", "stained", "for", "LC3", "and", "images", "taken", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Representative", "images", "show", "a", "reduction", "of", "LC3", "-", "positive", "vesicles", "in", "3", "-", "MA", "treated", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Microglia isolated from wild type mouse pups were pre-incubated in starvation medium HBSS before addition of a pro-inflammatory stimulus (LPS followed by ATP). The autophagy blocker 3-MA was added for the final 1 h 45 min of the experiment, microglia were stained for LC3 and images taken by confocal microscopy. Representative images show a reduction of LC3-positive vesicles in 3-MA treated cells. Scale bar: 20 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Proteins", "were", "extracted", "from", "brains", "of", "wild", "type", ",", "Becn1", "+", "/", "-", ",", "APPPS1", "and", "APPPS1", "Becn1", "+", "/", "-", "mice", "at", "the", "indicated", "ages", ".", "IL", "-", "1beta", "was", "measured", "by", "electrochemiluminescence", "(", "MesoScale", ")", "and", "compared", "within", "the", "repective", "age", "groups", ".", "IL", "-", "1beta", "was", "significantly", "increased", "in", "the", "TBS", "and", "TX", "fraction", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", ":", "n", "(", "per", "age", "group", ")", "=", "2", "/", "6", "/", "3", ",", "Becn1", "+", "/", "-", ":", "n", "=", "2", "/", "5", "/", "2", ",", "APPPS1", ":", "n", "=", "5", "/", "5", "/", "6", ",", "APPPS1", "Becn1", "+", "/", "-", ":", "n", "=", "7", "/", "9", "/", "6", ";", "ANOVA", "with", "Dunnett", "´", "s", "post", "hoc", "test", "with", "WT", "as", "control", "group", ";", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Proteins were extracted from brains of wild type, Becn1+/-, APPPS1 and APPPS1 Becn1+/- mice at the indicated ages. IL-1beta was measured by electrochemiluminescence (MesoScale) and compared within the repective age groups. IL-1beta was significantly increased in the TBS and TX fraction; mean ± SEM, wild type: n (per age group) = 2/6/3, Becn1+/-: n = 2/5/2, APPPS1: n = 5/5/6, APPPS1 Becn1+/-: n = 7/9/6; ANOVA with Dunnett´s post hoc test with WT as control group; *: p < 0.05; **: p < 0.01."}
{"words": ["(", "F", ")", "Proteins", "were", "extracted", "from", "brains", "of", "APPPS1", "and", "of", "APPPS1", "Becn1", "+", "/", "-", "mice", "at", "the", "age", "as", "indicated", ".", "Amyloid", "beta", "1", "-", "40", "and", "1", "-", "42", "were", "measured", "by", "electrochemiluminescence", "(", "MesoScale", ")", "and", "compared", "within", "the", "repective", "age", "groups", ".", "No", "difference", "in", "the", "amyloid", "beta", "load", "between", "the", "genotypes", "is", "apparent", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "APPPS1", ":", "n", "=", "5", "/", "5", "/", "6", ",", "APPPS1", "Becn1", "+", "/", "-", ":", "n", "=", "7", "/", "9", "/", "6", ";", "ANOVA", "with", "Dunnett", "´", "s", "post", "hoc", "test", "with", "APPPS1", "as", "control", "group", ",", "ns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Proteins were extracted from brains of APPPS1 and of APPPS1 Becn1+/- mice at the age as indicated. Amyloid beta 1-40 and 1-42 were measured by electrochemiluminescence (MesoScale) and compared within the repective age groups. No difference in the amyloid beta load between the genotypes is apparent; mean ± SEM, APPPS1: n = 5/5/6, APPPS1 Becn1+/-: n = 7/9/6; ANOVA with Dunnett´s post hoc test with APPPS1 as control group, ns."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "expression", "of", "NLRP3", "protein", "in", "non", "treated", "and", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", "was", "determined", "by", "Western", "blot", "and", "normalised", "to", "ACTIN", ".", "Reduction", "of", "BECN1", "significantly", "enhanced", "expression", "of", "NLRP3", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "n", "=", "4", ",", "wild", "type", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "9", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "n", "=", "4", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "23", ";", "ANOVA", "with", "Tukey", "´", "s", "post", "hoc", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The expression of NLRP3 protein in non treated and LPS/ATP treated wild type and Becn1+/- microglia was determined by Western blot and normalised to ACTIN. Reduction of BECN1 significantly enhanced expression of NLRP3; mean ± SEM, wild type n = 4, wild type LPS/ATP n = 9, Becn1+/- n = 4, Becn1+/- LPS/ATP n = 23; ANOVA with Tukey´s post hoc test *: p < 0.05."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "expression", "of", "Nlrp3", "mRNA", "in", "non", "treated", "and", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", "was", "determined", "by", "qPCR", ".", "No", "significant", "differences", "can", "be", "detected", "between", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", ":", "n", "=", "7", ",", "Becn1", "+", "/", "-", ":", "n", "=", "3", ";", "ANOVA", "with", "Tukey", "´", "s", "post", "hoc", "test", ",", "ns", "for", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "versus", "Becn1", "+", "/", "-", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The expression of Nlrp3 mRNA in non treated and LPS/ATP treated wild type and Becn1+/- microglia was determined by qPCR. No significant differences can be detected between wild type and Becn1+/- microglia; mean ± SEM, wild type: n = 7, Becn1+/- : n = 3; ANOVA with Tukey ´s post hoc test, ns for LPS/ATP treated wild type versus Becn1+/-."}
{"words": ["(", "C", ")", "LPS", "/", "ATP", "treated", "and", "non", "treated", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", "were", "immunolabeled", "for", "ASC", "(", "red", ")", "and", "imaged", "by", "confocal", "microscopy", "to", "investigate", "the", "assembly", "of", "inflammasomes", ".", "In", "non", "stimulated", "cells", "ASC", "is", "distributed", "diffusely", "in", "the", "cytoplasm", "(", "upper", "panels", ")", ".", "However", ",", "after", "stimulation", "formation", "of", "inflammasomes", "(", "arrowheads", ")", "can", "be", "detected", "in", "a", "subpopulation", "of", "cells", "as", "well", "as", "release", "of", "inflammasomes", "after", "pyroptosis", "/", "ejection", "(", "arrow", ")", ".", "Quantification", "showed", "a", "significantly", "increased", "percentage", "of", "inflammasomes", "in", "or", "around", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "4", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "7", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "scale", "bar", ":", "50", "µm", ",", "insert", "scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) LPS/ATP treated and non treated wild type and Becn1+/- microglia were immunolabeled for ASC (red) and imaged by confocal microscopy to investigate the assembly of inflammasomes. In non stimulated cells ASC is distributed diffusely in the cytoplasm (upper panels). However, after stimulation formation of inflammasomes (arrowheads) can be detected in a subpopulation of cells as well as release of inflammasomes after pyroptosis/ejection (arrow). Quantification showed a significantly increased percentage of inflammasomes in or around Becn1+/- microglia; mean ± SEM, wild type LPS/ATP n = 4, Becn1+/- LPS/ATP n = 7; two-tailed t-test *: p < 0.05; scale bar: 50 µm, insert scale bar: 10 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "presence", "of", "cleaved", "CASP1", "(", "p10", ")", "protein", "in", "the", "supernatant", "of", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", "was", "determined", "by", "Western", "blot", "and", "normalised", "to", "ACTIN", ".", "Reduction", "of", "BECN1", "significantly", "enhanced", "release", "of", "CASP1", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "wild", "type", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "8", ",", "Becn1", "+", "/", "-", "LPS", "/", "ATP", "n", "=", "18", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The presence of cleaved CASP1 (p10) protein in the supernatant of LPS/ATP treated wild type and Becn1+/- microglia was determined by Western blot and normalised to ACTIN. Reduction of BECN1 significantly enhanced release of CASP1; mean ± SEM, wild type LPS/ATP n = 8, Becn1+/- LPS/ATP n = 18; two-tailed t-test *: p < 0.05."}
{"words": ["(", "A", ")", "LPS", "/", "ATP", "treated", "and", "non", "treated", "wild", "type", "and", "Becn1", "+", "/", "-", "microglia", "were", "immunolabeled", "for", "NLRP3", "(", "green", ")", "and", "LC3", "(", "red", ")", "and", "imaged", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Stimulation", "resulted", "in", "the", "appearance", "of", "many", "NLRP3", "-", "containing", "aggregates", "of", "different", "sizes", "(", "arrows", ")", ".", "In", "non", "treated", "cells", ",", "only", "a", "few", "overlapping", "signals", "with", "LC3", "-", "stained", "autophagosomes", "(", "arrowheads", ")", "are", "visible", ".", "Stimulated", "microglia", "however", ",", "showed", "multiple", "colocalizations", "of", "LC3", "positive", "vesicles", "and", "NLRP3", "aggregates", ";", "scale", "bar", ":", "7", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) LPS/ATP treated and non treated wild type and Becn1+/- microglia were immunolabeled for NLRP3 (green) and LC3 (red) and imaged by confocal microscopy. Stimulation resulted in the appearance of many NLRP3-containing aggregates of different sizes (arrows). In non treated cells, only a few overlapping signals with LC3-stained autophagosomes (arrowheads) are visible. Stimulated microglia however, showed multiple colocalizations of LC3 positive vesicles and NLRP3 aggregates; scale bar: 7.5 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "microglia", "were", "immunolabeled", "for", "NLRP3", "(", "green", ")", "and", "LC3", "(", "red", ")", "and", "analysed", "by", "super", "resolution", "microscopy", "(", "SIM", ")", ".", "NLRP3", "aggregates", "of", "different", "sizes", "coclustering", "with", "LC3", "-", "positive", "autophagosomes", "are", "clearly", "visible", ".", "3D", "volume", "rendering", "of", "large", "(", "I", ")", "and", "small", "(", "II", ")", "NLRP3", "aggregates", "from", "the", "magnified", "ROIs", "showed", "engulfment", "of", "NLRP3", "by", "autophagosomes", ";", "scale", "bar", ":", "10", "µm", ";", "magnified", "ROIs", ":", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) LPS/ATP treated wild type microglia were immunolabeled for NLRP3 (green) and LC3 (red) and analysed by super resolution microscopy (SIM). NLRP3 aggregates of different sizes coclustering with LC3-positive autophagosomes are clearly visible. 3D volume rendering of large (I) and small (II) NLRP3 aggregates from the magnified ROIs showed engulfment of NLRP3 by autophagosomes; scale bar: 10 µm; magnified ROIs: 1 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "3D", "Radial", "intensity", "profiles", "of", "NLRP3", "and", "LC3", "signals", "derived", "from", "SIM", "images", "in", "wild", "type", "microglia", ",", "centered", "on", "the", "maxima", "of", "NLRP3", "clusters", ".", "The", "radial", "profiles", "confirm", "that", "both", "proteins", "colocalize", "to", "the", "same", "organelle", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) 3D Radial intensity profiles of NLRP3 and LC3 signals derived from SIM images in wild type microglia, centered on the maxima of NLRP3 clusters. The radial profiles confirm that both proteins colocalize to the same organelle; mean ± SEM, n = 4."}
{"words": ["(", "A", ")", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "microglia", "were", "stained", "for", "NLRP3", "(", "green", ")", "and", "CALCOCO2", "(", "red", ")", "and", "analysed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Colocalizations", "of", "NLRP3", "aggregates", "(", "arrows", ")", "and", "CALCOCO2", "(", "arrowheads", ")", "are", "apparent", ";", "scale", "bar", ":", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) LPS/ATP treated wild type microglia were stained for NLRP3 (green) and CALCOCO2 (red) and analysed by confocal microscopy. Colocalizations of NLRP3 aggregates (arrows) and CALCOCO2 (arrowheads) are apparent; scale bar: 10 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "LPS", "/", "ATP", "treated", "wild", "type", "microglia", "were", "stained", "for", "NLRP3", "(", "green", ")", "and", "CALCOCO2", "(", "red", ")", "and", "analysed", "by", "super", "resolution", "microscopy", "(", "SIM", ")", ".", "NLRP3", "aggregates", "coclustering", "with", "CALCOCO2", "-", "positive", "signals", "are", "visible", ".", "3D", "volume", "rendering", "of", "NLRP3", "aggregates", "from", "the", "magnified", "ROIs", "showed", "close", "contact", "of", "NLRP3", "with", "the", "autophagic", "receptor", "CALCOCO2", ";", "scale", "bar", ":", "10", "µm", ";", "magnified", "ROIs", ":", "1", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) LPS/ATP treated wild type microglia were stained for NLRP3 (green) and CALCOCO2 (red) and analysed by super resolution microscopy (SIM). NLRP3 aggregates coclustering with CALCOCO2-positive signals are visible. 3D volume rendering of NLRP3 aggregates from the magnified ROIs showed close contact of NLRP3 with the autophagic receptor CALCOCO2; scale bar: 10 µm; magnified ROIs: 1 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "3D", "Radial", "intensity", "profiles", "of", "NLRP3", "and", "CALCOCO2", "signals", "derived", "from", "SIM", "images", "in", "wild", "type", "microglia", ",", "centered", "on", "the", "maxima", "of", "NLRP3", "clusters", ".", "The", "radial", "profiles", "confirm", "that", "both", "proteins", "colocalize", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) 3D Radial intensity profiles of NLRP3 and CALCOCO2 signals derived from SIM images in wild type microglia, centered on the maxima of NLRP3 clusters. The radial profiles confirm that both proteins colocalize; mean ± SEM, n = 3."}
{"words": ["(", "D", ")", "In", "SIM", "images", "from", "wild", "type", "microglia", "the", "sub", "-", "autophagosomal", "localization", "of", "NLRP3", "was", "analysed", "in", "relation", "to", "LC3", "and", "CALCOCO2", ".", "LC3", "and", "CALCOCO2", "intensities", "from", "the", "center", "of", "mass", "of", "NLRP3", "aggregates", "were", "normalised", "to", "their", "maximum", "within", "the", "cluster", ".", "While", "the", "center", "of", "NLRP3", "aggregates", "shows", "near", "maximal", "CALCOCO2", "intensity", ",", "the", "relative", "LC3", "intensity", "there", "was", "significantly", "lower", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "LC3", ":", "n", "=", "4", ",", "CALCOCO2", ":", "n", "=", "3", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) In SIM images from wild type microglia the sub-autophagosomal localization of NLRP3 was analysed in relation to LC3 and CALCOCO2. LC3 and CALCOCO2 intensities from the center of mass of NLRP3 aggregates were normalised to their maximum within the cluster. While the center of NLRP3 aggregates shows near maximal CALCOCO2 intensity, the relative LC3 intensity there was significantly lower; mean ± SEM, LC3: n = 4, CALCOCO2: n = 3; two-tailed t-test **: p < 0.01."}
{"words": ["(", "E", ")", "Microglia", "from", "Becn1", "+", "/", "-", "mice", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "with", "siRNA", "for", "CALCOCO2", ".", "6", "d", "after", "transfection", "cells", "were", "stimulated", "with", "LPS", "/", "ATP", ".", "The", "expression", "of", "CALCOCO2", "protein", "was", "determined", "by", "Western", "blot", ".", "Application", "of", "CALCOCO2", "siRNA", "resulted", "in", "significantly", "reduced", "expression", "of", "CALCOCO2", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Microglia from Becn1+/- mice were transfected with scrambled siRNA or with siRNA for CALCOCO2. 6 d after transfection cells were stimulated with LPS/ATP. The expression of CALCOCO2 protein was determined by Western blot. Application of CALCOCO2 siRNA resulted in significantly reduced expression of CALCOCO2; mean ± SEM, n = 3; two-tailed t-test *: p < 0.05."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "amount", "of", "IL", "-", "1beta", "in", "the", "supernatant", "released", "from", "the", "cells", "described", "in", "(", "E", ")", "was", "determined", "by", "ELISA", ".", "Microglia", "with", "a", "CALCOCO2", "knockdown", "released", "significantly", "more", "IL", "-", "1beta", ";", "mean", "±", "SEM", ",", "n", "=", "3", ";", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "*", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The amount of IL-1beta in the supernatant released from the cells described in (E) was determined by ELISA. Microglia with a CALCOCO2 knockdown released significantly more IL-1beta; mean ± SEM, n = 3; two-tailed t-test *: p < 0.05."}
{"words": ["B", ".", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "HeLa", ",", "RPE", ",", "and", "U2OS", "cell", "lines", "that", "were", "pre", "-", "extracted", "with", "Triton", "X", "-", "100", "before", "fixed", "with", "formaldehyde", "and", "co", "-", "stained", "with", "DAPI", "and", "antibodies", "against", "PCNA", "and", "FAM111A", ".", "Scale", "bars", ":", "10"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Confocal microscopy images of HeLa, RPE, and U2OS cell lines that were pre-extracted with Triton X-100 before fixed with formaldehyde and co-stained with DAPI and antibodies against PCNA and FAM111A. Scale bars: 10 μm"}
{"words": ["C", ".", "U2OS", "cells", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "PML", "and", "FAM111A", "and", "imaged", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. U2OS cells were stained with antibodies against PML and FAM111A and imaged by confocal microscopy. Scale bars: 10 μm."}
{"words": ["HEK293", ",", "RPE", ",", "or", "U2OS", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "to", "express", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "FAM111A", "for", "24", "h", "(", "HEK293", ")", ",", "48", "h", "(", "RPE", ")", ",", "or", "72h", "(", "U2OS", ")", ".", "The", "colonies", "were", "fixed", "then", "stained", "with", "crystal", "violet", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "HEK293, RPE, or U2OS/MycBioID-FAM111A cell lines were induced with doxycycline to express wild-type or mutant FAM111A for 24 h (HEK293), 48 h (RPE), or 72h (U2OS). The colonies were fixed then stained with crystal violet."}
{"words": ["Cell", "-", "cycle", "profiles", "of", "HEK293", ",", "RPE", "and", "U2OS", "FAM111A", "-", "expressing", "cell", "lines", "that", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "48", "h", "and", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell-cycle profiles of HEK293, RPE and U2OS FAM111A-expressing cell lines that were induced with doxycycline for 48 h and analyzed by flow cytometry."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "to", "express", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "FAM111A", "for", "24", "h", "(", "HEK293", ")", "Cell", "growth", "was", "quantitated", "as", "total", "area", "on", "ImageJ", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 cell lines were induced with doxycycline to express wild-type or mutant FAM111A for 24 h (HEK293) Cell growth was quantitated as total area on ImageJ. Values are mean ± s.e.m. of independent experiments (n = 3). *p<0.05, **p<0.01, ****p<0.0001 (two-tailed unpaired t-test)."}
{"words": ["D", ".", "Cell", "-", "cycle", "profiles", "of", "HEK293", "FAM111A", "-", "expressing", "cell", "lines", "that", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "48", "h", "and", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Cell-cycle profiles of HEK293 FAM111A-expressing cell lines that were induced with doxycycline for 48 h and analyzed by flow cytometry."}
{"words": ["A", ".", "HEK293", "or", "U2OS", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "24", "h", ".", "Total", "protein", "from", "105", "cells", "was", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "and", "probed", "in", "western", "blots", "for", "both", "endogenous", "FAM111A", "(", "71", "kDa", ")", "and", "MycBioID", "-", "FAM111A", "(", "110", "kDa", ")", "as", "well", "as", "full", "length", "and", "cleaved", "PARP", "(", "116", "and", "89", "kDa", ",", "respectively", ")", ".", "The", "Tubulin", "western", "blot", "is", "a", "sample", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HEK293 or U2OS/MycBioID-FAM111A cell lines were induced with doxycycline for 24 h. Total protein from 105 cells was resolved by SDS-PAGE, and probed in western blots for both endogenous FAM111A (71 kDa) and MycBioID-FAM111A (110 kDa) as well as full length and cleaved PARP (116 and 89 kDa, respectively). The Tubulin western blot is a sample loading control."}
{"words": ["B", ".", "HEK293", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "with", "no", "treatment", "(", "-", "Dox", ")", ",", "or", "treated", "with", "doxycycline", ",", "along", "with", "DMSO", "or", "100", "μM", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "for", "24", "h", "(", "total", "inhibition", "of", "PARP", "cleavage", "was", "also", "observed", "when", "50", "μM", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "was", "used", ")", ".", "Total", "protein", "from", "~", "105", "cells", "was", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "and", "probed", "in", "western", "blots", "with", "Myc", ",", "PARP", ",", "or", "Tubulin", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B. HEK293/MycBioID-FAM111A cell lines with no treatment (- Dox), or treated with doxycycline, along with DMSO or 100 μM Z-VAD-FMK for 24 h (total inhibition of PARP cleavage was also observed when 50 μM Z-VAD-FMK was used). Total protein from ~ 105 cells was resolved by SDS-PAGE, and probed in western blots with Myc, PARP, or Tubulin antibodies."}
{"words": ["C", ".", "HEK293", "cell", "lines", "were", "treated", "with", "doxycycline", "and", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "for", "24", "h", ".", "The", "colonies", "were", "fixed", "then", "stained", "with", "crystal", "violet", ".", "Cell", "growth", "was", "quantitated", "as", "total", "area", "on", "ImageJ", ".", "Values", "are", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. HEK293 cell lines were treated with doxycycline and Z-VAD-FMK for 24 h. The colonies were fixed then stained with crystal violet. Cell growth was quantitated as total area on ImageJ. Values are mean ± s.e.m. of independent experiments (n = 3)."}
{"words": ["C", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "doxycycline", "along", "with", "DMSO", "or", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "for", "24", "h", ".", "They", "were", "fixed", "with", "formaldehyde", ",", "and", "stained", "with", "NPC", "antibody", "Mab414", "and", "DAPI", ".", "The", "images", "were", "captured", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Cells were treated with doxycycline along with DMSO or Z-VAD-FMK for 24 h. They were fixed with formaldehyde, and stained with NPC antibody Mab414 and DAPI. The images were captured by confocal microscopy. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["D", ".", "DMSO", "or", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "treated", "HEK293", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "24", "h", ".", "Total", "protein", "from", "an", "equal", "number", "of", "cells", "was", "incubated", "with", "magnetic", "streptavidin", "beads", ",", "and", "pull", "downs", "were", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "GANP", "and", "Myc", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "D. DMSO or Z-VAD-FMK treated HEK293/MycBioID-FAM111A cell lines were induced with doxycycline for 24 h. Total protein from an equal number of cells was incubated with magnetic streptavidin beads, and pull downs were analyzed by western blotting using GANP and Myc antibodies."}
{"words": ["E", ".", "HEK293", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "24", "h", ",", "while", "growing", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "50", "mM", "supplemental", "biotin", ".", "Total", "protein", "from", "whole", "cell", "lysates", "was", "incubated", "with", "magnetic", "streptavidin", "beads", ".", "Pulldowns", "were", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "GANP", "and", "Myc", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "E. HEK293/MycBioID-FAM111A cell lines were induced with doxycycline for 24 h, while growing in the presence or absence of 50 mM supplemental biotin. Total protein from whole cell lysates was incubated with magnetic streptavidin beads. Pulldowns were analyzed by western blotting using GANP and Myc antibodies."}
{"words": ["F", ".", "DMSO", "or", "Z", "-", "VAD", "-", "FMK", "treated", "HEK293", "/", "MycBioID", "-", "FAM111A", "cell", "lines", "were", "induced", "with", "doxycycline", "for", "24", "h", ".", "Total", "protein", "from", "~", "105", "cells", "was", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "and", "probed", "in", "western", "blots", "using", "antibodies", "against", "NPC", "(", "Mab414", ")", ",", "PARP", ",", "cleaved", "Caspase", "3", ",", "Myc", ",", "or", "Tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "F. DMSO or Z-VAD-FMK treated HEK293/MycBioID-FAM111A cell lines were induced with doxycycline for 24 h. Total protein from ~ 105 cells was resolved by SDS-PAGE, and probed in western blots using antibodies against NPC (Mab414), PARP, cleaved Caspase 3, Myc, or Tubulin."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "SV40", "LT", "localization", "72", "h", "after", "transfection", "into", "U2OS", "cells", "infected", "with", "control", "or", "FAM111A", "shRNA", ".", "Images", "were", "taken", "with", "a", "Zeiss", "Axio", "Imager", ".", "LT", "is", "shown", "in", "green", ",", "and", "DAPI", "blue", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "LT", "positive", "cells", "described", "in", "A", "and", "fixed", "at", "indicated", "times", "post", "transfection", ".", "Five", "hundred", "or", "more", "cells", "were", "counted", "for", "each", "condition", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "RFP", "marker", "distribution", "upon", "co", "-", "transfection", "with", "SV40", "LT", "variants", "into", "U2OS", "cells", "infected", "with", "control", "or", "FAM111A", "shRNA", ".", "Cells", "were", "fixed", "at", "the", "indicated", "times", ".", "Five", "hundred", "or", "more", "cells", "were", "counted", "for", "each", "condition", ".", "In", "B", "&", "C", ",", "values", "are", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "of", "independent", "experiments", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "(", "two", "-", "tailed", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative immunofluorescence images of SV40 LT localization 72 h after transfection into U2OS cells infected with control or FAM111A shRNA. Images were taken with a Zeiss Axio Imager. LT is shown in green, and DAPI blue. Scale bar: 100 μm. B. Quantification of LT positive cells described in A and fixed at indicated times post transfection. Five hundred or more cells were counted for each condition. C. Quantification of RFP marker distribution upon co-transfection with SV40 LT variants into U2OS cells infected with control or FAM111A shRNA. Cells were fixed at the indicated times. Five hundred or more cells were counted for each condition. In B & C, values are mean ± s.d. of independent experiments (n = 3). *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ****p<0.0001 (two-tailed unpaired t-test). "}
{"words": ["D", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "control", "or", "FAM111A", "-", "depleted", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "SV40", "LT", "variants", ".", "Cells", "were", "collected", "and", "lysed", "at", "indicated", "timepoints", "after", "SV40", "transfection", ",", "immunoblotted", "with", "FAM111A", ",", "LT", ",", "or", "PARP", "antibodies", ".", "Cdc2", "-", "PSTAIR", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western blot analysis of control or FAM111A-depleted U2OS cells transfected with SV40 LT variants. Cells were collected and lysed at indicated timepoints after SV40 transfection, immunoblotted with FAM111A, LT, or PARP antibodies. Cdc2-PSTAIR was used as a loading control."}
{"words": ["A", "Heatmap", "depiction", "of", "the", "3", ",", "731", "DNA", "hypomethylation", "loci", "in", "ago4", "‐", "6", ".", "Each", "hypomethylated", "region", "corresponds", "to", "a", "colored", "horizontal", "bar", ",", "and", "the", "bars", "are", "clustered", "numerically", "into", "a", "column", "(", "y", "‐", "axis", ")", ".", "Cytosines", "were", "examined", "as", "CG", ",", "CHG", ",", "and", "CHH", ".", "The", "color", "‐", "scaled", "methylation", "levels", "indicate", "the", "ratios", "of", "each", "type", "of", "methylated", "cytosines", "over", "total", "cytosines", "of", "the", "same", "type", "within", "the", "examined", "hypomethylated", "regions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Heatmap depiction of the 3,731 DNA hypomethylation loci in ago4‐6. Each hypomethylated region corresponds to a colored horizontal bar, and the bars are clustered numerically into a column (y‐axis). Cytosines were examined as CG, CHG, and CHH. The color‐scaled methylation levels indicate the ratios of each type of methylated cytosines over total cytosines of the same type within the examined hypomethylated regions."}
{"words": ["B", "Heatmap", "depiction", "of", "the", "3", ",", "678", "DNA", "hypomethylation", "loci", "in", "ago6", "‐", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B Heatmap depiction of the 3,678 DNA hypomethylation loci in ago6‐2."}
{"words": ["B", "Box", "plots", "showing", "methylation", "patterns", "of", "different", "groups", "of", "loci", "as", "categorized", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Box plots showing methylation patterns of different groups of loci as categorized in (A)."}
{"words": ["B", "DNA", "methylation", "levels", "in", "different", "mutants", ".", "The", "2", ",", "174", "loci", "where", "AGO4", "and", "AGO6", "are", "mutually", "dependent", "are", "numerically", "clustered", "(", "y", "‐", "axis", ")", ".", "Cytosines", "were", "examined", "as", "CG", ",", "CHG", ",", "and", "CHH", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B DNA methylation levels in different mutants. The 2,174 loci where AGO4 and AGO6 are mutually dependent are numerically clustered (y‐axis). Cytosines were examined as CG, CHG, and CHH."}
{"words": ["C", "DNA", "methylation", "levels", "at", "TAS1a", ",", "TAS1c", ",", "and", "TAS3a", "loci", ".", "Snapshots", "from", "whole", "‐", "genome", "bisulfite", "sequencing", "results", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C DNA methylation levels at TAS1a, TAS1c, and TAS3a loci. Snapshots from whole‐genome bisulfite sequencing results are shown."}
{"words": ["D", "RT", "-", "qPCR", "measurements", "of", "transposon", "RNA", "levels", ".", "Double", ":", "ago4", "‐", "6", "ago6", "‐", "2", "double", "mutant", ".", "Actin", "2", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "RNA", "levels", "in", "the", "mutants", "are", "relative", "to", "those", "in", "the", "wild", "‐", "type", "(", "Col", "‐", "0", ")", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D RT-qPCR measurements of transposon RNA levels. Double: ago4‐6 ago6‐2 double mutant. Actin 2 was used as an internal control. RNA levels in the mutants are relative to those in the wild‐type (Col‐0). Means ± SD are shown, n = 3."}
{"words": ["A", "AGO4", "and", "AGO6", "were", "visualized", "by", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "their", "specific", "antibodies", ".", "Yellow", "signals", "would", "be", "expected", "in", "the", "merged", "images", "if", "the", "two", "proteins", "co", "‐", "localize", ",", "as", "a", "result", "of", "the", "overlap", "of", "red", "and", "green", "channels", ".", "DNA", "(", "blue", ")", "was", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A AGO4 and AGO6 were visualized by immunofluorescence microscopy using their specific antibodies. Yellow signals would be expected in the merged images if the two proteins co‐localize, as a result of the overlap of red and green channels. DNA (blue) was stained with DAPI."}
{"words": ["B", "The", "largest", "subunit", "of", "Pol", "IV", ",", "NRPD1", "(", "red", ")", ",", "was", "visualized", "by", "its", "specific", "antibody", "in", "cells", "expressing", "FLAG", "‐", "tagged", "AGO4", "or", "AGO6", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B The largest subunit of Pol IV, NRPD1 (red), was visualized by its specific antibody in cells expressing FLAG‐tagged AGO4 or AGO6 (green)."}
{"words": ["A", "The", "largest", "subunit", "of", "Pol", "V", ",", "NRPE1", "(", "red", ")", ",", "was", "visualized", "by", "immunofluorescence", "microscopy", "using", "its", "specific", "antibody", "in", "cells", "expressing", "FLAG", "‐", "tagged", "AGO4", "(", "green", ")", ".", "AGO4", "‐", "NRPE1", "co", "‐", "localized", "to", "nucleolar", "dot", "(", "yellow", "dot", ",", "marked", "with", "white", "arrow", ",", "upper", "panel", ")", "but", "not", "in", "nucleoplasmic", "foci", "(", "lower", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The largest subunit of Pol V, NRPE1 (red), was visualized by immunofluorescence microscopy using its specific antibody in cells expressing FLAG‐tagged AGO4 (green). AGO4‐NRPE1 co‐localized to nucleolar dot (yellow dot, marked with white arrow, upper panel) but not in nucleoplasmic foci (lower panel)."}
{"words": ["B", "NRPE1", "(", "red", ")", "was", "visualized", "by", "its", "specific", "antibody", "in", "cells", "expressing", "FLAG", "‐", "tagged", "AGO6", "(", "green", ")", ".", "The", "yellow", "signals", "due", "to", "the", "overlap", "of", "red", "and", "green", "channels", "in", "merged", "images", "indicate", "protein", "co", "‐", "localization", ".", "DNA", "(", "blue", ")", "was", "stained", "with", "DAPI", ".", "AGO6", "‐", "NRPE1", "co", "‐", "localized", "to", "nucleoplasmic", "foci", "(", "yellow", "dots", ",", "marked", "with", "white", "arrow", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B NRPE1 (red) was visualized by its specific antibody in cells expressing FLAG‐tagged AGO6 (green). The yellow signals due to the overlap of red and green channels in merged images indicate protein co‐localization. DNA (blue) was stained with DAPI. AGO6‐NRPE1 co‐localized to nucleoplasmic foci (yellow dots, marked with white arrow)."}
{"words": ["A", "AGO6", "dysfunction", "reduces", "levels", "of", "Pol", "V", "‐", "dependent", "transcripts", ".", "RNA", "levels", "were", "measured", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A AGO6 dysfunction reduces levels of Pol V‐dependent transcripts. RNA levels were measured by RT-qPCR. Means ± SD are shown, n = 3."}
{"words": ["B", "AGO6", "dysfunction", "decreases", "Pol", "V", "occupancy", "at", "chromatin", "of", "loci", "where", "Pol", "V", "transcript", "levels", "are", "affected", "by", "AGO6", ".", "Anti", "‐", "NRPE1", "antibody", "was", "used", "for", "ChIP", "assays", ".", "Means", "±", "SD", "are", "shown", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B AGO6 dysfunction decreases Pol V occupancy at chromatin of loci where Pol V transcript levels are affected by AGO6. Anti‐NRPE1 antibody was used for ChIP assays. Means ± SD are shown, n = 3."}
{"words": ["A", "Heatmap", "depiction", "of", "the", "dependence", "of", "AGO4", "‐", "and", "AGO6", "‐", "bound", "siRNAs", "on", "Pol", "IV", ".", "Identities", "of", "siRNAs", "were", "retrieved", "from", "Havecker", "et", "al", "(", ")", ",", "and", "siRNAs", "were", "grouped", "into", "1", ",", "210", "AGO4", "‐", "bound", "clusters", "and", "1", ",", "486", "AGO6", "‐", "bound", "clusters", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", "for", "details", ")", ",", "each", "of", "which", "corresponds", "to", "a", "colored", "horizontal", "bar", ";", "the", "bars", "are", "stacked", "numerically", "into", "a", "column", "(", "y", "‐", "axis", ")", ".", "Information", "on", "siRNA", "levels", "in", "Pol", "IV", "mutant", "and", "wild", "‐", "type", "plants", "was", "retrieved", "from", "Zhang", "et", "al", "(", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Heatmap depiction of the dependence of AGO4‐ and AGO6‐bound siRNAs on Pol IV. Identities of siRNAs were retrieved from Havecker et al (), and siRNAs were grouped into 1,210 AGO4‐bound clusters and 1,486 AGO6‐bound clusters (see Materials and Methods for details), each of which corresponds to a colored horizontal bar; the bars are stacked numerically into a column (y‐axis). Information on siRNA levels in Pol IV mutant and wild‐type plants was retrieved from Zhang et al ()."}
{"words": ["B", "Heatmap", "depiction", "of", "the", "dependence", "of", "AGO4", "‐", "and", "AGO6", "‐", "bound", "siRNAs", "on", "Pol", "V", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Heatmap depiction of the dependence of AGO4‐ and AGO6‐bound siRNAs on Pol V."}
{"words": ["C", "Quantification", "of", "individual", "24", "‐", "nt", "siRNAs", "by", "TaqMan", "small", "RNA", "assays", ".", "Double", ":", "ago4", "‐", "6", "ago6", "‐", "2", "double", "mutant", ".", "snoR101", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "RNA", "levels", "in", "the", "mutants", "were", "relative", "to", "those", "of", "the", "wild", "‐", "type", "(", "Col", "‐", "0", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", ",", "n", "≥", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Quantification of individual 24‐nt siRNAs by TaqMan small RNA assays. Double: ago4‐6 ago6‐2 double mutant. snoR101 was used as an internal control. RNA levels in the mutants were relative to those of the wild‐type (Col‐0). Error bars indicate SD, n ≥ 3."}
{"words": [".", "C", "-", "J", "Bar", "Chart", "with", "data", "points", "showing", "the", "abundance", "of", "indicated", "bacterial", "families", "in", "the", "indicated", "group", "of", "mice", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "CSS", "-", "normalized", "bacterial"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". C-J Bar Chart with data points showing the abundance of indicated bacterial families in the indicated group of mice. Data are expressed as CSS-normalized bacterial counts"}
{"words": ["A", "-", "C", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "levels", "of", "propionate", "acetate", "and", "butyrate", "in", "wt", "and", "mdx", "mice", "receiving", "DFZ", "or", "vehicle", ",", "measured", "by", "NMR", "or", "GC", "-", "MS", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "μg", "/", "ml", "or", "bin", "intensity", "(", "arbitrary", "unit", "-", "a", ".", "u", ".", ")", "D", "-", "F", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "levels", "of", "pyruvate", ",", "succinate", "and", "lactate", "in", "wt", "and", "mdx", "mice", "receiving", "vehicle", "or", "DFZ", ",", "measured", "by", "NMR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C Bar chart with individual points showing the levels of propionate acetate and butyrate in wt and mdx mice receiving DFZ or vehicle, measured by NMR or GC-MS. Data are expressed as μg/ml or bin intensity (arbitrary unit - a.u.) D-F Bar chart with individual points showing the levels of pyruvate, succinate and lactate in wt and mdx mice receiving vehicle or DFZ, measured by NMR. G"}
{"words": ["A", "-", "B", "Muscle", "coordination", "and", "strength", "were", "measured", "in", "19", "weeks", "old", "control", "and", "mdx", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "DMSO", ")", ",", "NaB", "(", "100", "mg", "kg", "−", "1", "/", "daily", ")", "or", "DFZ", "(", "1", ".", "2", "mg", "kg", "−", "1", "/", "daily", ")", "for", "3", "weeks", "using", "the", "rotarod", "and", "weight", "test", ".", "Bar", "charts", "show", "the", "latency", "to", "fall", "or", "drop", "the", "weight", "of", "wt", "and", "dystrophic", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-B Muscle coordination and strength were measured in 19 weeks old control and mdx mice treated with vehicle (DMSO), NaB (100 mg kg−1/daily) or DFZ (1.2 mg kg−1/daily) for 3 weeks using the rotarod and weight test. Bar charts show the latency to fall or drop the weight of wt and dystrophic mice."}
{"words": ["A", "-", "I", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "measured", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "control", "and", "mdx", "mice", "treated", "with", "or", "without", "NaB", "and", "DFZ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "A-I Bar chart with individual points showing the mRNA expression levels of the indicated genes measured in the gastrocnemius of control and mdx mice treated with or without NaB and DFZ."}
{"words": ["J", "-", "K", "Representative", "blotting", "and", "bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "expression", "and", "/", "or", "phosphorylation", "of", "pAKT", "/", "AKT", "and", "COX2", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "the", "indicated", "six", "groups", "of", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-K Representative blotting and bar chart with individual points showing the expression and/or phosphorylation of pAKT/AKT and COX2 in the gastrocnemius of the indicated six groups of mice."}
{"words": ["A", "-", "B", "Levels", "of", "AEA", "and", "2", "-", "AG", "in", "plasma", "samples", "of", "wt", "and", "mdx", "mice", "expressed", "as", "pmol", "mg", "−", "1", "of", "wet", "tissue", "weight", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-B Levels of AEA and 2-AG in plasma samples of wt and mdx mice expressed as pmol mg−1 of wet tissue weight."}
{"words": ["C", "-", "D", "Bar", "charts", "with", "individual", "points", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "CB1", "and", "CB2", "measured", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "the", "indicated", "groups", "of", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-D Bar charts with individual points showing the mRNA expression levels of CB1 and CB2 measured in the gastrocnemius of the indicated groups of mice."}
{"words": ["E", "Representative", "blots", "showing", "the", "expression", "levels", "of", "CB1", "and", "CB2", "proteins", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "the", "indicated", "groups", "of", "mice", ".", "F", "Quantification", "of", "CB1", "and", "CB2", "proteins", "to", "the", "housekeeping", "protein", "GAPDH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "E Representative blots showing the expression levels of CB1 and CB2 proteins in the gastrocnemius of the indicated groups of mice. F Quantification of CB1 and CB2 proteins to the housekeeping protein GAPDH. D"}
{"words": ["A", "-", "C", "Bar", "charts", "with", "individual", "points", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "Ulk", ",", "Pink", "and", "Becn1", "measured", "in", "control", "and", "mdx", "mice", "treated", "with", "rimonabant", "(", "0", ".", "5", "mg", "kg", "-", "1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C Bar charts with individual points showing the mRNA expression levels of Ulk, Pink and Becn1 measured in control and mdx mice treated with rimonabant (0.5 mg kg-1)."}
{"words": ["D", "Representative", "blots", "showing", "the", "expression", "levels", "of", "LC3I", "and", "LC3II", "proteins", "in", "the", "gastrocnemius", "of", "the", "indicated", "groups", "of", "mice", ".", "E", ",", "F", "Quantification", "of", "LC3I", "and", "LC3II", "proteins", "to", "the", "housekeeping", "protein", "GAPDH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "D Representative blots showing the expression levels of LC3I and LC3II proteins in the gastrocnemius of the indicated groups of mice. E, F Quantification of LC3I and LC3II proteins to the housekeeping protein GAPDH. D"}
{"words": ["A", "-", "B", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "Il6", "and", "Cox2", "in", "control", "(", "vehicle", ",", "DMSO", ")", "and", "/", "or", "GPR109A", "-", "silenced", "C2C12", "myoblasts", "exposed", "to", "LPS", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "either", "MK1903", "(", "1", "μM", ")", ",", "rosiglitazone", "(", "1", "μM", ")", "or", "T007", "(", "1", "μM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-B Bar chart with individual points showing the mRNA expression levels of Il6 and Cox2 in control (vehicle, DMSO) and/or GPR109A-silenced C2C12 myoblasts exposed to LPS (1 μg/ml) in the presence or absence of either MK1903 (1 μM), rosiglitazone (1 μM) or T007 (1 μM)."}
{"words": ["A", "-", "F", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "Cb1", ",", "Daglα", ",", "Daglβ", ",", "Magl", ",", "Napepld", ",", "and", "Faah", "in", "control", "(", "vehicle", ",", "DMSO", ")", "and", "/", "or", "GPR109A", "-", "silenced", "C2C12", "myoblasts", "exposed", "to", "LPS", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "either", "MK1903", "(", "1", "μM", ")", ",", "rosiglitazone", "(", "1", "μM", ")", "or", "T007", "(", "1", "μM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F Bar chart with individual points showing the mRNA expression levels of Cb1, Daglα, Daglβ, Magl, Napepld, and Faah in control (vehicle, DMSO) and/or GPR109A-silenced C2C12 myoblasts exposed to LPS (1 μg/ml) in the presence or absence of either MK1903 (1 μM), rosiglitazone (1 μM) or T007 (1 μM)."}
{"words": ["G", "-", "H", "Levels", "of", "AEA", "and", "2", "-", "AG", "were", "measured", "in", "C2C12", "cells", "exposed", "to", "LPS", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "or", "NaB", "(", "3", "mM", ")", "for", "24", "h", ".", "I", "Effect", "of", "ACEA", "(", "1", "μM", ")", "and", "rimonabant", "(", "1", "μM", ")", "on", "autophagosome", "formation", "measured", "in", "C2C12", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H Levels of AEA and 2-AG were measured in C2C12 cells exposed to LPS (1 μg/ml) or NaB (3 mM) for 24 h. I Effect of ACEA (1 μM) and rimonabant (1 μM) on autophagosome formation measured in C2C12 cells. D"}
{"words": ["C", "-", "J", "Bar", "chart", "with", "individual", "points", "showing", "the", "expression", "of", "selected", "miRNAs", "in", "control", "and", "Gpr109A", "-", "silenced", "C2C12", "myoblasts", "exposed", "to", "LPS", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "either", "NaB", "(", "3", "mM", ")", ",", "MK1903", "(", "1", "μM", ")", ",", "rosiglitazone", "(", "1", "μM", ")", ".", "NaB", "was", "also", "tested", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "either", "rosiglitazone", "(", "1", "μM", ")", "or", "T007", "(", "1", "μM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-J Bar chart with individual points showing the expression of selected miRNAs in control and Gpr109A-silenced C2C12 myoblasts exposed to LPS (1 μg/ml) in the presence or absence of either NaB (3 mM), MK1903 (1 μM), rosiglitazone (1 μM). NaB was also tested in the presence or absence of either rosiglitazone (1 μM) or T007 (1 μM)."}
{"words": ["A", "-", "E", "Bar", "chart", "showing", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "IL6", ",", "COX2", ",", "ULK", "1", ",", "ATG13", "and", "ATG4", "mRNA", "in", "primary", "human", "myoblasts", "isolated", "from", "one", "healthy", "donor", "(", "HD", ")", "and", "five", "DMD", "donors", "(", "D1", "-", "D5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-E Bar chart showing the mRNA expression levels of IL6, COX2, ULK 1, ATG13 and ATG4 mRNA in primary human myoblasts isolated from one healthy donor (HD) and five DMD donors (D1- D5)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Streptavidin", "Western", "blotting", "of", "total", "biotinylated", "proteins", "in", "APEX2", ":", "RAB", "or", "APEX2", "only", "Flp", "-", "In", "/", "T", "-", "REx", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Streptavidin Western blotting of total biotinylated proteins in APEX2:RAB or APEX2 only Flp-In/T-REx HeLa cells."}
{"words": ["(", "D", ")", "APEX2", ":", "RAB", "biotinylated", "proteins", "(", "streptavidin", ")", "are", "partially", "colocalized", "with", "EEA1", "in", "HeLa", "cells", ",", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ".", "Scale", "bars", ":", "10µm", "or", "5µm", "in", "enlarged", "views", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) APEX2:RAB biotinylated proteins (streptavidin) are partially colocalized with EEA1 in HeLa cells, n=2 independent experiments. Scale bars: 10µm or 5µm in enlarged views."}
{"words": ["(", "C", ")", "ProHits", "-", "viz", "generated", "dotblots", "of", "RAB", "effectors", ",", "GEFs", ",", "GAPs", "and", "sorting", "complexes", ".", "Green", ",", "blue", "and", "beige", "shadings", "along", "with", "RAB", "names", "refer", "to", "previously", "identified", "interactions", "between", "RABs", "and", "the", "depicted", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) ProHits-viz generated dotblots of RAB effectors, GEFs, GAPs and sorting complexes. Green, blue and beige shadings along with RAB names refer to previously identified interactions between RABs and the depicted proteins."}
{"words": ["Strumpellin", "and", "VPS35", "are", "in", "close", "proximity", "to", "RAB5", "and", "RAB21", ".", "(", "A", ")", "Anti", "-", "biotin", "immunoprecipitation", "and", "immunoblot", "of", "endogenous", "Strumpellin", "and", "VPS35", ".", "Lysates", "correspond", "to", "1", "%", "of", "input", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "RAB21", "can", "be", "seen", "interacting", "with", "various", "WASH", "and", "retromer", "complexes", "subunits", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Strumpellin and VPS35 are in close proximity to RAB5 and RAB21. (A) Anti-biotin immunoprecipitation and immunoblot of endogenous Strumpellin and VPS35. Lysates correspond to 1% of input, n=3 independent experiments. RAB21 can be seen interacting with various WASH and retromer complexes subunits."}
{"words": ["GFP", "trap", "IP", "of", "WT", ",", "Q78L", "and", "T33N", "RAB21", "variants", "in", "HeLa", "cells", "followed", "by", "GFP", "immunoblot", "and", "endogenous", "(", "B", ")", "VPS26", "immunoblot", "Lysates", "correspond", "to", "5", "%", "of", "input", ",", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP trap IP of WT, Q78L and T33N RAB21 variants in HeLa cells followed by GFP immunoblot and endogenous (B) VPS26 immunoblot Lysates correspond to 5% of input, n≥ 3 independent experiments."}
{"words": ["GFP", "trap", "IP", "of", "WT", ",", "Q78L", "and", "T33N", "RAB21", "variants", "in", "HeLa", "cells", "followed", "by", "GFP", "immunoblot", "and", "(", "C", ")", "FAM21", ",", "Strumpellin", "and", "VPS35", "immunoblots", ".", "Lysates", "correspond", "to", "5", "%", "of", "input", ",", "n", "≥", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "GFP trap IP of WT, Q78L and T33N RAB21 variants in HeLa cells followed by GFP immunoblot and (C) FAM21, Strumpellin and VPS35 immunoblots. Lysates correspond to 5% of input, n≥ 3 independent experiments."}
{"words": ["RAB21", "actively", "pull", "-", "downs", "WASH", "and", "retromer", "complex", "subunits", "(", "D", ")", "Bacterially", "-", "purified", "and", "GTP", "-", "loaded", "GST", ":", "RAB21", "pull", "-", "down", "of", "HeLa", "cell", "lysates", "followed", "by", "Strumpellin", ",", "FAM21", ",", "CAPZα", "and", "VPS35", "immunoblots", ".", "Ponceau", "staining", "reveals", "the", "purity", "of", "the", "GST", "and", "GST", ":", "RAB21", "used", "for", "the", "pull", "-", "downs", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAB21 actively pull-downs WASH and retromer complex subunits (D) Bacterially-purified and GTP-loaded GST:RAB21 pull-down of HeLa cell lysates followed by Strumpellin, FAM21, CAPZα and VPS35 immunoblots. Ponceau staining reveals the purity of the GST and GST:RAB21 used for the pull-downs. n=3 independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "RAB21", "colocalizes", "with", "the", "WASH", "and", "retromer", "complexes", ".", "Transiently", "expressing", "GFP", ":", "RAB21", "HeLa", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA1", ",", "FAM21", ",", "WASH", "and", "VPS26", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "and", "single", "channels", "are", "depicted", ".", "Scale", "bars", ":", "10µm", "or", "5µm", "in", "enlarged", "view", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) RAB21 colocalizes with the WASH and retromer complexes. Transiently expressing GFP:RAB21 HeLa cells were fixed and stained for endogenous EEA1, FAM21, WASH and VPS26. Boxed region is magnified and single channels are depicted. Scale bars: 10µm or 5µm in enlarged view."}
{"words": ["(", "F", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "RAB21", "and", "the", "various", "markers", ".", "Error", "bars", "are", "SEM", ",", "n", "=", "2", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Per cell Pearson Correlation between RAB21 and the various markers. Error bars are SEM, n=2 independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Low", "RAB21", "expression", "levels", "in", "two", "independent", "RAB21", "KO", "cell", "populations", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "endogenous", "RAB21", ",", "RAB5", ",", "RAB7", "and", "GAPDH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(A) Low RAB21 expression levels in two independent RAB21 KO cell populations. Immunoblot analysis of endogenous RAB21, RAB5, RAB7 and GAPDH."}
{"words": ["(", "B", ")", "Endo", "-", "lysosomal", "compartments", "are", "unaffected", "by", "the", "loss", "of", "RAB21", ".", "Immunofluorescences", "of", "APPL1", ",", "TfR", ",", "RAB7", "and", "LAMP1", "in", "parental", "HeLa", "cells", "and", "in", "the", "two", "RAB21", "knockout", "cell", "populations", ".", "Scale", "bars", ":", "10µm", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Endo-lysosomal compartments are unaffected by the loss of RAB21. Immunofluorescences of APPL1, TfR, RAB7 and LAMP1 in parental HeLa cells and in the two RAB21 knockout cell populations. Scale bars :10µm, n=3 independent experiments."}
{"words": ["The", "stability", "of", "the", "retromer", "cargo", "sorting", "complex", "is", "affected", "in", "RAB21", "KO", "cells", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "VPS35", ",", "VPS26", ",", "VPS29", ",", "GAPDH", "and", "RAB21", "in", "parental", "and", "the", "two", "RAB21", "KO", "cell", "populations", ".", "Ratio", "of", "VPS35", ",", "VPS26", "and", "VPS29", "integrated", "densities", "to", "GAPDH", "for", "four", "independent", "experiments", ";", "SEM", ".", "*", "represents", "p", "<", "0", ".", "05", "Statistical", "tests", "used", ":", "One", "sample", "t", "-", "tests", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The stability of the retromer cargo sorting complex is affected in RAB21 KO cells. Immunoblot analysis of VPS35, VPS26, VPS29, GAPDH and RAB21 in parental and the two RAB21 KO cell populations. Ratio of VPS35, VPS26 and VPS29 integrated densities to GAPDH for four independent experiments; SEM. * represents p <0.05 Statistical tests used: One sample t-tests All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "B", ")", "WASH", "complex", "proteins", "are", "not", "affected", "by", "RAB21", "deletion", ".", "Immunoblot", "of", "Strumpellin", ",", "WASH", ",", "FAM21", ",", "CAPZα", ",", "GAPDH", "and", "RAB21", ".", "Ratio", "of", "WASH", ",", "FAM21", ",", "Strumpellin", "and", "CAPZα", "integrated", "densities", "to", "GAPDH", "for", "four", "independent", "experiments", ";", "SEM", ".", "Data", "information", "Statistical", "tests", "used", ":", "One", "sample", "t", "-", "tests", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WASH complex proteins are not affected by RAB21 deletion. Immunoblot of Strumpellin, WASH, FAM21, CAPZα, GAPDH and RAB21. Ratio of WASH, FAM21, Strumpellin and CAPZα integrated densities to GAPDH for four independent experiments; SEM. Data information Statistical tests used: One sample t-tests All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["RAB21", "knockout", "decreases", "VPS35", "localization", "at", "endosomes", ".", "(", "C", ")", "Immunofluorescence", "of", "endogenous", "VPS35", "and", "EEA1", "in", "RAB21", "-", "depleted", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "and", "single", "channel", "images", "are", "depicted", ".", "(", "D", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "VPS35", "and", "EEA1", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", "scale", "bars", "represent", "10µm", "or", "2", ".", "5µm", "in", "enlarged", "views", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "(", "D", ")", "-", "Unpaired", "t", "-", "tests", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAB21 knockout decreases VPS35 localization at endosomes. (C) Immunofluorescence of endogenous VPS35 and EEA1 in RAB21-depleted cells. Boxed region is magnified and single channel images are depicted. (D) Per cell Pearson Correlation between VPS35 and EEA1; SEM, n=3 independent experiments. Data information scale bars represent 10µm or 2.5µm in enlarged views. Statistical tests used: (D) - Unpaired t-tests All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["RAB21", "knockout", "decreases", "VPS35", "localization", "at", "endosomes", ".", "(", "E", ")", "Average", "number", "of", "VPS35", "puncta", "per", "cell", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", "Statistical", "tests", "used", ":", "Mann", "-", "Whitney", "tests", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAB21 knockout decreases VPS35 localization at endosomes. (E) Average number of VPS35 puncta per cell; SEM, n=3 independent experiments. Data information Statistical tests used: Mann-Whitney tests. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "RAB21", "loss", "impairs", "endosomal", "recruitment", "of", "the", "WASH", "complex", ".", "(", "F", ")", "Immunofluorescence", "of", "endogenous", "WASH", "and", "EEA1", "in", "RAB21", "-", "depleted", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "and", "single", "channel", "images", "are", "depicted", ".", "(", "G", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "VPS35", "and", "EEA1", "and", "(", "H", ")", "FAM21", "and", "EEA1", ";", "SEM", ",", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "scale", "bars", "represent", "10µm", "or", "2", ".", "5µm", "in", "enlarged", "views", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) RAB21 loss impairs endosomal recruitment of the WASH complex. (F) Immunofluorescence of endogenous WASH and EEA1 in RAB21-depleted cells. Boxed region is magnified and single channel images are depicted. (G) Per cell Pearson Correlation between VPS35 and EEA1 and (H) FAM21 and EEA1; SEM, n=2 independent experiments. Data information: scale bars represent 10µm or 2.5µm in enlarged views. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "RAB21", "knockout", "reduces", "endosomal", "F", "-", "actin", "levels", ".", "(", "I", ")", "Immunofluorescence", "of", "endogenous", "F", "-", "actin", "using", "Alexa", "-", "488", "conjugated", "phalloidin", "and", "EEA1", "in", "RAB21", "-", "depleted", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "and", "single", "channel", "images", "are", "depicted", ".", "(", "J", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "internal", "F", "-", "actin", "and", "EEA1", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", "scale", "bars", "represent", "10µm", "or", "2", ".", "5µm", "in", "enlarged", "views", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "Mann", "-", "Whitney", "tests", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-J) RAB21 knockout reduces endosomal F-actin levels. (I) Immunofluorescence of endogenous F-actin using Alexa-488 conjugated phalloidin and EEA1 in RAB21-depleted cells. Boxed region is magnified and single channel images are depicted. (J) Per cell Pearson Correlation between internal F-actin and EEA1; SEM, n=3 independent experiments. Data information scale bars represent 10µm or 2.5µm in enlarged views. Statistical tests used: Mann-Whitney tests. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "RAB21", "is", "not", "required", "for", "CI", "-", "MPR", "or", "GLUT1", "trafficking", ".", "(", "A", ")", "Immunofluorescence", "of", "endogenous", "CI", "-", "MPR", "and", "TGN46", "or", "GLUT1", "with", "LAMP1", "in", "RAB21", "-", "knockout", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", ".", "(", "B", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "CI", "-", "MPR", "and", "TGN46", "or", "(", "C", ")", "GLUT1", "and", "LAMP1", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "A", ")", ",", "scale", "bars", "represent", "20µm", "or", "5µm", "in", "enlarged", "views", "for", "CI", "-", "MPR", ",", "while", "they", "represent", "10µm", "in", "enlarged", "views", "for", "GLUT1", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "(", "B", ")", "-", "Unpaired", "t", "-", "tests", "(", "C", "Mann", "-", "Whitney", "tests", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) RAB21 is not required for CI-MPR or GLUT1 trafficking. (A) Immunofluorescence of endogenous CI-MPR and TGN46 or GLUT1 with LAMP1 in RAB21-knockout cells. Boxed region is magnified. (B) Per cell Pearson Correlation between CI-MPR and TGN46 or (C) GLUT1 and LAMP1; SEM, n=3 independent experiments. Data information: In (A), scale bars represent 20µm or 5µm in enlarged views for CI-MPR, while they represent 10µm in enlarged views for GLUT1. Statistical tests used: (B) - Unpaired t-tests (C Mann-Whitney tests. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats"}
{"words": ["MCT1", "trafficking", "requires", "RAB21", ".", "(", "D", ")", "Immunofluorescence", "of", "endogenous", "MCT1", "in", "wild", "type", "or", "RAB21", "-", "depleted", "cells", ".", "(", "E", ")", "Per", "cell", "integrated", "MCT1", "intensity", "(", "in", "Relative", "Fluorescence", "Unit", ")", ";", "SEM", ",", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "scale", "bars", "represent", "20µm", "or", "5µm", "in", "enlarged", "views", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MCT1 trafficking requires RAB21. (D) Immunofluorescence of endogenous MCT1 in wild type or RAB21-depleted cells. (E) Per cell integrated MCT1 intensity (in Relative Fluorescence Unit); SEM, n=2 independent experiments. Data information: scale bars represent 20µm or 5µm in enlarged views. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats"}
{"words": ["(", "F", ")", "RAB21", "interacts", "with", "SLC3A2", ".", "FLAG", "immunoprecipitation", "of", "FLAG", ":", "RAB21", "and", "immunoblot", "of", "co", "-", "expressed", "SLC3A2", ":", "HA", ".", "Lysates", "correspond", "to", "5", "%", "input", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) RAB21 interacts with SLC3A2. FLAG immunoprecipitation of FLAG:RAB21 and immunoblot of co-expressed SLC3A2:HA. Lysates correspond to 5% input, n=3 independent experiments."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "RAB21", "is", "required", "for", "appropriate", "SLC3A2", ",", "Basigin", "and", "CD44", "trafficking", ".", "(", "G", ")", "Antibody", "-", "uptake", "assays", "in", "parental", "or", "knockout", "RAB21", "cells", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "an", "Alexa488", "conjugated", "anti", "-", "mouse", "antibody", ".", "Arrowheads", "point", "to", "endosomal", "tubules", ".", "Note", "that", "non", "-", "internalized", "antibodies", "were", "removed", "by", "an", "acid", "wash", ",", "which", "was", "not", "fully", "efficient", "for", "CD147", "and", "CD44", ",", "explaining", "plasma", "membrane", "labeling", ".", "(", "H", ")", "Percentage", "of", "cells", "with", "tubules", "in", "parental", "or", "RAB21", "knockout", "cells", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", "scale", "bars", "represent", "20µm", "or", "5µm", "in", "enlarged", "views", ".", "Statistical", "tests", "used", "Mann", "-", "Whitney", "tests", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) RAB21 is required for appropriate SLC3A2, Basigin and CD44 trafficking. (G) Antibody-uptake assays in parental or knockout RAB21 cells. Cells were stained with an Alexa488 conjugated anti-mouse antibody. Arrowheads point to endosomal tubules. Note that non-internalized antibodies were removed by an acid wash, which was not fully efficient for CD147 and CD44, explaining plasma membrane labeling. (H) Percentage of cells with tubules in parental or RAB21 knockout cells; SEM, n=3 independent experiments. Data information scale bars represent 20µm or 5µm in enlarged views. Statistical tests used Mann-Whitney tests. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats"}
{"words": ["(", "A", ")", "Validation", "of", "WASH", "and", "retromer", "knockouts", "and", "SLC3A2", "protein", "levels", ".", "Immunoblots", "of", "parental", "or", "FAM21", ",", "VARP", "and", "VPS29", "knockout", "cell", "populations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Validation of WASH and retromer knockouts and SLC3A2 protein levels. Immunoblots of parental or FAM21, VARP and VPS29 knockout cell populations."}
{"words": ["(", "B", ")", "Antibody", "-", "uptake", "assays", "in", "parental", "or", "knockout", "FAM21", ",", "VARP", "and", "VPS29", "cells", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "an", "Alexa488", "conjugated", "anti", "-", "mouse", "antibody", ".", "Arrowheads", "point", "to", "endosomal", "tubules", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", ")", "scale", "bars", "represent"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Antibody-uptake assays in parental or knockout FAM21, VARP and VPS29 cells. Cells were stained with an Alexa488 conjugated anti-mouse antibody. Arrowheads point to endosomal tubules. Data information: (B) scale bars represent 20µm"}
{"words": ["(", "C", ")", "Percentage", "of", "cells", "with", "tubules", "in", "parental", "or", "in", "various", "knockout", "cells", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "(", "C", ")", "-", "Unpaired", "t", "-", "tests", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Percentage of cells with tubules in parental or in various knockout cells; SEM, n=3 independent experiments. Statistical tests used: (C) - Unpaired t-tests All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "D", ")", "Ratio", "of", "SLC3A2", "integrated", "densities", "to", "GAPDH", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "(", "D", ")", "One", "sample", "T", "-", "tests", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Ratio of SLC3A2 integrated densities to GAPDH; SEM, n=3 independent experiments. Statistical tests used: (D) One sample T-tests All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["Retromer", "is", "required", "for", "endosomal", "localization", "of", "RAB21", ".", "Immunofluorescence", "of", "transiently", "expressed", "GFP", ":", "RAB21", "with", "endogenous", "(", "E", ")", "EEA1", "in", "parental", "or", "VARP", "-", "and", "VPS29", "-", "deleted", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "underneath", ".", "Data", "information", "scale", "bars", "represent", "10µm", "or", "2", ".", "5µm", "in", "enlarged", "views", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Retromer is required for endosomal localization of RAB21. Immunofluorescence of transiently expressed GFP:RAB21 with endogenous (E) EEA1 in parental or VARP- and VPS29-deleted cells. Boxed region is magnified underneath. Data information scale bars represent 10µm or 2.5µm in enlarged views."}
{"words": ["Retromer", "is", "required", "for", "endosomal", "localization", "of", "RAB21", ".", "Immunofluorescence", "of", "transiently", "expressed", "GFP", ":", "RAB21", "with", "endogenous", "(", "F", ")", "VPS26", "in", "parental", "or", "VARP", "-", "and", "VPS29", "-", "deleted", "cells", ".", "Boxed", "region", "is", "magnified", "underneath", ".", "Data", "information", ":", "scale", "bars", "represent", "10µm", "or", "2", ".", "5µm", "in", "enlarged", "views", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Retromer is required for endosomal localization of RAB21. Immunofluorescence of transiently expressed GFP:RAB21 with endogenous (F) VPS26 in parental or VARP- and VPS29-deleted cells. Boxed region is magnified underneath. Data information: scale bars represent 10µm or 2.5µm in enlarged views."}
{"words": ["(", "G", ")", "Per", "cell", "Pearson", "Correlation", "between", "GFP", ":", "RAB21", "and", "EEA1", "or", "VPS26", ";", "SEM", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Statistical", "tests", "used", ":", "(", "G", ")", "-", "Mann", "-", "Whitney", "tests", ".", "All", "error", "bars", "are", "SEM", ".", "Number", "of", "cells", "presented", "on", "each", "graph", "represents", "the", "total", "number", "of", "cells", "analyzed", "for", "all", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Per cell Pearson Correlation between GFP:RAB21 and EEA1 or VPS26; SEM, n=3 independent experiments. Statistical tests used: (G) - Mann-Whitney tests. All error bars are SEM. Number of cells presented on each graph represents the total number of cells analyzed for all repeats."}
{"words": ["(", "B", ")", "Drug", "response", "curves", "upon", "treatment", "of", "organoid", "models", "with", "nutlin", "‑", "3a", ",", "5", "‑", "FU", ",", "oxaliplatin", ",", "ibrutinib", ",", "panobinostat", "and", "entinostat", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Drug response curves upon treatment of organoid models with nutlin‑3a, 5‑FU, oxaliplatin, ibrutinib, panobinostat and entinostat (biological replicates n=3, data are shown as mean ±SD)."}
{"words": ["Drug", "response", "curves", "upon", "treatment", "with", "inhibitors", "for", "(", "B", ")", "EGFR", "(", "afatinib", ",", "gefitinib", ")", ",", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drug response curves upon treatment with inhibitors for (B) EGFR (afatinib, gefitinib), (biological replicates n=3, data are shown as mean ±SD)."}
{"words": ["Drug", "response", "curves", "upon", "treatment", "with", "inhibitors", "for", "(", "C", ")", "B", "‑", "RAF", "(", "LY3009120", ",", "TAK", "‑", "632", ",", "vemurafenib", ",", "dabrafenib", ")", ",", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drug response curves upon treatment with inhibitors for (C) B‑RAF (LY3009120, TAK‑632, vemurafenib, dabrafenib), (biological replicates n=3, data are shown as mean ±SD)."}
{"words": ["Drug", "response", "curves", "upon", "treatment", "with", "inhibitors", "for", "(", "D", ")", "MEK1", "/", "2", "(", "selumetinib", ",", "binimetinib", ")", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drug response curves upon treatment with inhibitors for (D) MEK1/2 (selumetinib, binimetinib) (biological replicates n=3, data are shown as mean ±SD)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Brigthfield", "images", "of", "human", "patient", "derived", "organoids", "(", "PDOs", ")", "from", "gastric", "cancer", "with", "and", "without", "RTK", "/", "MAPK", "alterations", "(", "scale", "bar", "100µm", ",", "zoom", "in", "40µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Brigthfield images of human patient derived organoids (PDOs) from gastric cancer with and without RTK/MAPK alterations (scale bar 100µm, zoom in 40µm)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Drug", "response", "curves", "of", "PDOs", "upon", "treatment", "with", "the", "MEK1", "/", "2", "inhibitor", "trametinib", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", ",", "SD", "values", "are", "shown", "in", "Table", "EV2", ")", ".", "(", "C", ")", "Drug", "response", "curves", "upon", "HDAC", "inhibition", "with", "panobinostat", "(", "PAN", ")", "and", "entinostat", "(", "ENT", ")", "(", "biological", "replicates", "n", "=", "3", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", ",", "SD", "values", "are", "shown", "in", "Table", "EV2", ")", ".", "(", "D", ")", "Comparison", "of", "the", "relative", "area", "under", "the", "curve", "(", "AUCrel", ")", "upon", "trametinib", "treatment", "in", "RTK", "/", "MAPK", "altered", "(", "mean", "AUCrel", ":", "0", ".", "5308", ";", "biological", "replicate", "n", "=", "7", ")", "vs", ".", "non", "‑", "altered", "(", "mean", "AUCrel", ":", "0", ".", "7101", ";", "biological", "replicates", "n", "=", "6", ")", "human", "PDOs", "(", "two", "‑", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "‑", "Test", ";", "*", "p", "=", "0", ".", "0356", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Drug response curves of PDOs upon treatment with the MEK1/2 inhibitor trametinib (biological replicates n=3, data are presented as mean, SD values are shown in Table EV2). (C) Drug response curves upon HDAC inhibition with panobinostat (PAN) and entinostat (ENT) (biological replicates n=3, data are presented as mean, SD values are shown in Table EV2). (D) Comparison of the relative area under the curve (AUCrel) upon trametinib treatment in RTK/MAPK altered (mean AUCrel: 0.5308; biological replicate n=7) vs. non‑altered (mean AUCrel: 0.7101; biological replicates n=6) human PDOs (two‑tailed Student's t‑Test; *p= 0.0356)."}
{"words": ["a", ",", "Diagram", "of", "the", "cell", "cycle", "composed", "of", "G1", ",", "S", ",", "G2", ",", "and", "M", "phases", "(", "not", "to", "scale", ")", ".", "Phase", "durations", "were", "quantified", "by", "time", "-", "lapse", "fluorescence", "microscopy", "using", "a", "PCNA", "-", "mCherry", "reporter", "to", "identify", "four", "discrete", "events", "during", "the", "lifetime", "of", "an", "individual", "cell", "Images", "were", "acquired", "every", "10", "min", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Diagram of the cell cycle composed of G1, S, G2, and M phases (not to scale). Phase durations were quantified by time-lapse fluorescence microscopy using a PCNA-mCherry reporter to identify four discrete events during the lifetime of an individual cell Images were acquired every 10 min."}
{"words": ["b", ",", "Mean", "phase", "durations", "in", "RPE", ",", "U2OS", ",", "and", "H9", "cell", "lines", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b, Mean phase durations in RPE, U2OS, and H9 cell lines. Error bars represent standard deviations."}
{"words": ["c", ",", "Coefficient", "of", "variation", "(", "CV", ")", "of", "phase", "durations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Coefficient of variation (CV) of phase durations."}
{"words": ["d", ",", "Percentage", "of", "the", "total", "variation", "in", "cell", "cycle", "duration", "contributed", "by", "individual", "phases", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Percentage of the total variation in cell cycle duration contributed by individual phases."}
{"words": ["e", ",", "Correlations", "between", "individual", "cell", "cycle", "phase", "durations", ".", "Sample", "sizes", "were", "adequate", "to", "detect", "correlations", "n", "=", "125", "(", "RPE", ")", ",", "130", "(", "U2OS", ")", ",", "113", "(", "H9", ")", ".", "R2", ",", "square", "of", "Pearson", "correlation", "coefficient", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Correlations between individual cell cycle phase durations. Sample sizes were adequate to detect correlations n = 125 (RPE), 130 (U2OS), 113 (H9). R2, square of Pearson correlation coefficient."}
{"words": ["b", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "RPE", "cells", "overexpressing", "Myc", ".", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "10", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "Myc", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "b, Shift in phase durations of RPE cells overexpressing Myc. boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; **, P < 1 × 10-10; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: Myc, n = 116"}
{"words": ["c", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "cell", "cycle", "phase", "durations", "of", "RPE", "cells", "overexpressing", "Myc", ".", "Number", "of", "cells", ":", "Myc", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "c, Pairwise correlation between cell cycle phase durations of RPE cells overexpressing Myc. Number of cells: Myc, n = 116"}
{"words": ["e", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "RPE", "cells", "treated", "with", "50", "ng", "/", "mL", "aphidicolin", ".", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "10", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "aphidicolin", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "e, Shift in phase durations of RPE cells treated with 50 ng/mL aphidicolin. boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; **, P < 1 × 10-10; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: aphidicolin, n = 115"}
{"words": ["f", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "cell", "cycle", "phase", "durations", "under", "aphidicolin", "treatment", ".", "Number", "of", "cells", ":", "aphidicolin", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "f, Pairwise correlation between cell cycle phase durations under aphidicolin treatment. Number of cells: aphidicolin, n = 115"}
{"words": ["h", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "RPE", "cells", "incubated", "at", "34", "°", "C", ".", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "10", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "34", "°", "C", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "h, Shift in phase durations of RPE cells incubated at 34°C. boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; **, P < 1 × 10-10; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: 34°C, n = 122"}
{"words": ["i", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "phase", "durations", "for", "cells", "incubated", "at", "34", "°", "C", ".", "Number", "of", "cells", ":", "34", "°", "C", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "i, Pairwise correlation between phase durations for cells incubated at 34°C. Number of cells: 34°C, n = 122"}
{"words": ["k", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "RPE", "cells", "treated", "with", "NCS", ".", ",", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "10", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "NCS", ",", "n", "=", "119", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "k, Shift in phase durations of RPE cells treated with NCS. , boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; **, P < 1 × 10-10; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: NCS, n = 119."}
{"words": ["l", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "phase", "durations", "for", "cells", "treated", "with", "NCS", ".", "Number", "of", "cells", ":", "NCS", ",", "n", "=", "119", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "l, Pairwise correlation between phase durations for cells treated with NCS. Number of cells: NCS, n = 119."}
{"words": ["g", ",", "Shifts", "in", "phase", "durations", "for", "RPE", "cells", "treated", "with", "2", "μM", "CVT", "-", "313", ".", "A", "boxplot", "representing", "the", "distributions", "of", "durations", "in", "untreated", "cells", "is", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "(", "n", "=", "117", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "g, Shifts in phase durations for RPE cells treated with 2 μM CVT-313. A boxplot representing the distributions of durations in untreated cells is underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. (n = 117 cells)."}
{"words": ["h", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "cell", "cycle", "phase", "durations", "upon", "treatment", "with", "CVT", "-", "313", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "h, Pairwise correlation between cell cycle phase durations upon treatment with CVT-313."}
{"words": ["j", ",", "Shifts", "in", "phase", "durations", "for", "RPE", "cells", "overexpressing", "cyclin", "D", ".", "A", "boxplot", "representing", "the", "distributions", "of", "durations", "in", "untreated", "cells", "is", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "(", "n", "=", "113", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "j, Shifts in phase durations for RPE cells overexpressing cyclin D. A boxplot representing the distributions of durations in untreated cells is underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. (n = 113 cells)."}
{"words": ["k", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "cell", "cycle", "phase", "durations", "upon", "overexpression", "of", "cyclin", "D", ".", "P", "indicates", "P", "-", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "k, Pairwise correlation between cell cycle phase durations upon overexpression of cyclin D. P indicates P-value."}
{"words": ["b", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "U2OS", "cells", "treated", "with", "NCS", ".", ",", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "NCS", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "b, Shift in phase durations of U2OS cells treated with NCS. , boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: NCS, n = 114"}
{"words": ["c", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "phase", "durations", "for", "U2OS", "cells", "treated", "with", "NCS", ".", "Number", "of", "cells", ":", "NCS", ",", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "c, Pairwise correlation between phase durations for U2OS cells treated with NCS. Number of cells: NCS, n = 114"}
{"words": ["e", ",", "Shift", "in", "phase", "durations", "of", "U2OS", "cells", "treated", "with", "50", "ng", "/", "mL", "aphidicolin", ".", "boxplots", "representing", "the", "distributions", "of", "phase", "durations", "in", "untreated", "cells", "are", "underlaid", "for", "comparison", ".", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "5", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "1", "×", "10", "-", "20", ",", "2", "-", "sided", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ".", "Number", "of", "cells", ":", "aphidicolin", ",", "n", "=", "153", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e, Shift in phase durations of U2OS cells treated with 50 ng/mL aphidicolin. boxplots representing the distributions of phase durations in untreated cells are underlaid for comparison. *, P < 1 × 10-5; ***, P < 1 × 10-20, 2-sided Kolmogorov-Smirnov test. Number of cells: aphidicolin, n = 153."}
{"words": ["f", ",", "Pairwise", "correlation", "between", "cell", "cycle", "phase", "durations", "under", "aphidicolin", "treatment", ".", "Number", "of", "cells", ":", "aphidicolin", ",", "n", "=", "153", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "f, Pairwise correlation between cell cycle phase durations under aphidicolin treatment. Number of cells: aphidicolin, n = 153."}
{"words": ["C", ".", "MA", "plot", "highlighting", "genes", "differentially", "expressed", "between", "state", "independent", "of", "strain", "(", "glm", "state", "term", ",", "false", "discovery", "rate", "-", "adjusted", "P", "value", "(", "FDR", ")", "<", "0", ".", "05", "and", "log2FC", ">", "1", ")", ".", "Core", "pluripotent", "TFs", "highlighted", "for", "each", "state", "(", "maroon", "=", "naive", "ESCs", ",", "teal", "=", "formative", "EpiLCs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. MA plot highlighting genes differentially expressed between state independent of strain (glm state term, false discovery rate-adjusted P value (FDR) < 0.05 and log2FC >1). Core pluripotent TFs highlighted for each state (maroon = naive ESCs, teal = formative EpiLCs)."}
{"words": ["H", ".", "Heatmap", "of", "motif", "deviations", "from", "3", "biological", "replicates", "of", "B6", "and", "D2", "ESCs", "for", "TFs", "highlighted", "in", "G", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Heatmap of motif deviations from 3 biological replicates of B6 and D2 ESCs for TFs highlighted in G."}
{"words": ["A", "-", "D", ".", "Example", "expression", "patterns", "for", "select", "genes", "identified", "by", "applying", "a", "general", "linear", "model", "(", "glm", ")", "including", "state", ",", "genotype", ",", "and", "interaction", "terms", ".", "Dots", "represent", "individual", "biological", "replicates", "(", "N", "=", "3", ")", ";", "lines", "highlight", "changes", "in", "mean", "values", "for", "replicates", "between", "each", "state", "(", "log2FC", ">", "1", "and", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "A", ".", "State", "dependent", "expression", "is", "exemplified", "by", "Nanog", "which", "showed", "no", "difference", "between", "strains", ".", "B", ".", "Expression", "of", "Zfp277", "exemplifies", "strain", "-", "dependence", "being", "consistently", "higher", "in", "B6", ".", "C", "&", "D", ".", "A", "significant", "genotype", "x", "state", "(", "GXS", ")", "interaction", "was", "identified", "for", "Nr5a2", "(", "C", ",", "a", "marker", "for", "pluripotency", ")", "and", "Sox1", "(", "D", ",", "a", "marker", "for", "neuronal", "differentiation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-D. Example expression patterns for select genes identified by applying a general linear model (glm) including state, genotype, and interaction terms. Dots represent individual biological replicates (N = 3); lines highlight changes in mean values for replicates between each state (log2FC >1 and FDR < 0.05). A. State dependent expression is exemplified by Nanog which showed no difference between strains. B. Expression of Zfp277 exemplifies strain-dependence being consistently higher in B6. C & D. A significant genotype x state (GXS) interaction was identified for Nr5a2 (C, a marker for pluripotency) and Sox1 (D, a marker for neuronal differentiation)."}
{"words": ["D", ".", "Feature", "plot", "of", "expression", "gradients", "for", "indicated", "gene", "overlaid", "on", "UMAP", "from", "a", ".", "Three", "lineage", "markers", "that", "help", "to", "distinguish", "cellular", "identity", "are", "shown", "for", "five", "cell", "clusters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Feature plot of expression gradients for indicated gene overlaid on UMAP from a. Three lineage markers that help to distinguish cellular identity are shown for five cell clusters."}
{"words": ["E", ".", "Pseudocolor", "plots", "of", "FACS", "analysis", "on", "cells", "from", "EBs", "for", "both", "B6", "and", "D2", "strains", ".", "Cells", "were", "labeled", "with", "anti", "-", "EpCAM", "(", "top", ")", "or", "biological", "replicates", "with", "anti", "-", "SOX1", "antibody", "(", "bottom", ")", ".", "Gated", "population", "indicates", "percentages", "of", "EpCAM", "+", "(", "Q3", ")", "or", "SOX1", "+", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "E. Pseudocolor plots of FACS analysis on cells from EBs for both B6 and D2 strains. Cells were labeled with anti-EpCAM (top) or biological replicates with anti-SOX1 antibody (bottom). Gated population indicates percentages of EpCAM+ (Q3) or SOX1+ cells."}
{"words": ["B", ".", "Scatterplot", "of", "genomic", "locations", "of", "individual", "chromatin", "accessibility", "(", "ca", ")", "QTL", "(", "x", "-", "axis", ",", "LOD", ">", "5", ")", "versus", "location", "of", "ATAC", "peak", "being", "regulated", "(", "y", "-", "axis", ")", "for", "ESCs", ".", "Genetic", "effects", "that", "act", "locally", "(", "n", "=", "3", ",", "973", ")", ",", "i", ".", "e", ".", "in", "cis", ",", "fall", "on", "the", "diagonal", "line", ",", "while", "distal", "acting", "QTL", "(", "n", "=", "13", ",", "767", ")", "lie", "off", "the", "diagonal", ".", "Several", "prominent", "distal", "QTL", "hotspots", "appear", "as", "vertical", "lines", ".", "C", ".", "Similar", "to", "B", ",", "plotting", "expression", "(", "e", ")", "QTL", "position", "versus", "gene", "location", "(", "LOD", ">", "5", ",", "n", "=", "701", "local", "-", "eQTL", ",", "n", "=", "357", "distal", "-", "eQTL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Scatterplot of genomic locations of individual chromatin accessibility (ca)QTL (x-axis, LOD > 5) versus location of ATAC peak being regulated (y-axis) for ESCs. Genetic effects that act locally (n = 3,973), i.e. in cis, fall on the diagonal line, while distal acting QTL (n = 13,767) lie off the diagonal. Several prominent distal QTL hotspots appear as vertical lines. C. Similar to B, plotting expression (e)QTL position versus gene location (LOD > 5, n = 701 local-eQTL, n = 357 distal-eQTL). D"}
{"words": ["G", ".", "Coverage", "profile", "for", "Gstp2", "locus", "on", "Chr", "19", "showing", "H3K4me3", ",", "ATAC", ",", "and", "RNA", "read", "depth", "from", "merged", "replicates", ".", "Locations", "of", "Chr", "7", "trans", "caQTL", "targets", "are", "indicated", "with", "black", "bars", "and", "LOD", "scores", "listed", "below", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Coverage profile for Gstp2 locus on Chr 19 showing H3K4me3, ATAC, and RNA read depth from merged replicates. Locations of Chr 7 trans caQTL targets are indicated with black bars and LOD scores listed below."}
{"words": ["F", ".", "Left", "-", "Coverage", "profiles", "(", "averaged", "biological", "replicates", ",", "N", "=", "3", ")", "for", "ChIP", "factor", "occupancy", "at", "Cd59a", "on", "Chr", "2", "under", "trans", "-", "regulation", "by", "the", "Chr", "13d", "QTL", ".", "Distal", "ca", "-", "QTL", "target", "region", "used", "for", "quantification", "is", "indicated", "by", "a", "black", "box", "with", "LOD", "score", "below", ".", "Right", "-", "Scatterplots", "for", "ChIP", "factors", "comparing", "quantitative", "level", "of", "modification", "/", "binding", "for", "independent", "replicates", "between", "B6", "and", "D2", "ESCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Left - Coverage profiles (averaged biological replicates, N=3) for ChIP factor occupancy at Cd59a on Chr 2 under trans-regulation by the Chr 13d QTL. Distal ca-QTL target region used for quantification is indicated by a black box with LOD score below. Right - Scatterplots for ChIP factors comparing quantitative level of modification/binding for independent replicates between B6 and D2 ESCs."}
{"words": ["G", ".", "The", "difference", "in", "occupancy", "of", "P300", "in", "the", "parental", "strains", "is", "correlated", "to", "difference", "in", "chromatin", "accessibility", "in", "the", "33", "BXDs", "based", "on", "the", "genotype", "of", "the", "BXD", "at", "the", "QTL", "for", "Chr", "13", "caQTL", "targets", "(", "LOD", ">", "7", ",", "Pearson", "'", "s", "r", "=", "-", "0", ".", "61", ")", ".", "H", ".", "TRIM28", "occupancy", "at", "the", "same", "targets", "of", "Chr", "13d", "caQTL", "in", "F", "were", "negatively", "correlated", "with", "ATAC", "signal", "(", "Pearson", "'", "s", "r", "=", "-", "0", ".", "64", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. The difference in occupancy of P300 in the parental strains is correlated to difference in chromatin accessibility in the 33 BXDs based on the genotype of the BXD at the QTL for Chr 13 caQTL targets (LOD > 7, Pearson's r = -0.61). H. TRIM28 occupancy at the same targets of Chr 13d caQTL in F were negatively correlated with ATAC signal (Pearson's r = -0.64). I"}
{"words": ["I", ".", "Similar", "to", "F", ",", "coverage", "profiles", "for", "ChIP", "factor", "occupancy", "for", "a", "putative", "regulatory", "element", "on", "Chr", "5", "near", "Zfp932", ",", "targeted", "by", "Chr", "12", "trans", "caQTL", ",", "showed", "greater", "occupancy", "of", "POU5F1", "and", "increased", "open", "chromatin", "compared", "to", "D2", ".", "Distal", "ca", "-", "QTL", "target", "region", "used", "for", "quantification", "is", "indicated", "by", "a", "black", "box", "with", "LOD", "score", "below", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Similar to F, coverage profiles for ChIP factor occupancy for a putative regulatory element on Chr 5 near Zfp932, targeted by Chr 12 trans caQTL, showed greater occupancy of POU5F1 and increased open chromatin compared to D2. Distal ca-QTL target region used for quantification is indicated by a black box with LOD score below."}
{"words": ["J", ".", "The", "difference", "in", "occupancy", "of", "POU5F1", "in", "the", "parental", "strains", "is", "correlated", "to", "difference", "in", "chromatin", "accessibility", "in", "the", "33", "BXDs", "based", "on", "the", "genotype", "of", "the", "BXD", "at", "the", "QTL", "for", "Chr", "12", "caQTL", "targets", "(", "LOD", ">", "7", ",", "Pearson", "'", "s", "r", "=", "-", "0", ".", "66", ")", ".", "K", ".", "Similar", "to", "J", "showing", "negative", "correlation", "between", "TRIM28", "occupancy", "and", "chromatin", "accessibility", "(", "Pearson", "'", "s", "r", "=", "-", "0", ".", "51", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. The difference in occupancy of POU5F1 in the parental strains is correlated to difference in chromatin accessibility in the 33 BXDs based on the genotype of the BXD at the QTL for Chr 12 caQTL targets (LOD > 7, Pearson's r = -0.66). K. Similar to J showing negative correlation between TRIM28 occupancy and chromatin accessibility (Pearson's r = -0.51). D"}
{"words": ["A", ".", "Coverage", "profile", "for", "H3K4me3", ",", "ATAC", ",", "P300", ",", "and", "TRIM28", "ChIP", "at", "a", "target", "locus", "for", "the", "QTL", "on", "Chr", "4", "for", "both", "chromatin", "accessibility", "(", "black", "boxes", ")", "and", "gene", "expression", "(", "Riok3", "and", "Rmc1", ")", ".", "LOD", "scores", "are", "listed", "under", "each", "target", "locus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Coverage profile for H3K4me3, ATAC, P300, and TRIM28 ChIP at a target locus for the QTL on Chr 4 for both chromatin accessibility (black boxes) and gene expression (Riok3 and Rmc1). LOD scores are listed under each target locus."}
{"words": ["E", ".", "Box", "and", "whisker", "plot", "indicating", "change", "in", "H3K9me3", "levels", "between", "WT", "and", "Chr", "4", "KO", "mESCs", "grouped", "by", "whether", "chromatin", "accessibility", "is", "higher", "when", "the", "QTL", "is", "B6", "(", "left", ")", "or", "D2", "(", "right", ")", ".", "Dots", "represent", "mean", "values", "from", "biological", "duplicate", "experiments", "and", "lines", "connect", "means", ".", "Orange", "indicates", "loci", "for", "which", "H3K9me3", "signal", "decreases", "in", "the", "KO", "(", "p", "-", "value", "indicated", "on", "top", ",", "two", "-", "sided", "paired", "Wilcoxon", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Box and whisker plot indicating change in H3K9me3 levels between WT and Chr 4 KO mESCs grouped by whether chromatin accessibility is higher when the QTL is B6 (left) or D2 (right). Dots represent mean values from biological duplicate experiments and lines connect means. Orange indicates loci for which H3K9me3 signal decreases in the KO (p-value indicated on top, two-sided paired Wilcoxon test)."}
{"words": ["H", ".", "MA", "-", "plot", "similar", "to", "D", "showing", "change", "in", "gene", "expression", "between", "WT", "and", "Chr", "4", "KO", "mESCs", "(", "n", "=", "2", ")", ".", "Chr", "4", "QTL", "targets", "are", "indicated", "in", "magenta", "and", "increase", "expression", "in", "the", "KO", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. MA-plot similar to D showing change in gene expression between WT and Chr 4 KO mESCs (n = 2). Chr 4 QTL targets are indicated in magenta and increase expression in the KO."}
{"words": ["(", "B", ")", "From", "top", "to", "bottom", ":", "experimental", "design", "of", "4D", "induction", ",", "fluorescence", "pictures", "of", "the", "SVZ", "of", "a", "4D", "+", "mouse", "and", "quantification", "of", "the", "proportion", "of", "RFP", "-", "(", "black", ")", "and", "RFP", "+", "(", "red", ")", "progenitors", "among", "B1", ",", "C", "and", "A", "cells", "identified", "with", "markers", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) From top to bottom: experimental design of 4D induction, fluorescence pictures of the SVZ of a 4D+ mouse and quantification of the proportion of RFP- (black) and RFP+ (red) progenitors among B1, C and A cells identified with markers as indicated."}
{"words": ["(", "C", ")", "From", "top", "to", "bottom", ":", "experimental", "design", ",", "fluorescence", "pictures", "of", "the", "SVZ", "of", "a", "4D", "-", "(", "left", ")", "and", "4D", "+", "(", "right", "and", "insets", "magnified", ")", "mice", "and", "quantification", "of", "the", "proportion", "of", "BrdU", "+", "among", "B1", ",", "C", "and", "A", "cells", "(", "identified", "as", "in", "B", ")", ".", "Note", "that", "in", "4D", "+", "mice", "quantification", "was", "restricted", "to", "the", "RFP", "+", "subpopulation", "(", "red", "bars", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) From top to bottom: experimental design, fluorescence pictures of the SVZ of a 4D- (left) and 4D+ (right and insets magnified) mice and quantification of the proportion of BrdU+ among B1, C and A cells (identified as in B). Note that in 4D+ mice quantification was restricted to the RFP+ subpopulation (red bars)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "absolute", "number", "of", "B1", ",", "C", "and", "A", "cells", "(", "identified", "as", "in", "B", ")", "in", "the", "SVZ", "of", "4D", "-", "(", "white", ")", "and", "4D", "+", "(", "black", ")", "mice", "regardless", "of", "RFP", "expression", "(", "RFP", "+", "/", "-", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of the absolute number of B1, C and A cells (identified as in B) in the SVZ of 4D- (white) and 4D+ (black) mice regardless of RFP expression (RFP+/-)."}
{"words": ["From", "top", "to", "bottom", ":", "fluorescence", "pictures", "of", "the", "SVZ", "and", "absolute", "number", "of", "cells", "in", "4D", "-", "(", "white", "bars", ")", "or", "4D", "+", "(", "black", "or", "red", "bars", "for", "all", "or", "RFP", "+", "cells", ",", "respectively", ")", "mice", "scored", "positive", "for", "various", "markers", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "From top to bottom: fluorescence pictures of the SVZ and absolute number of cells in 4D- (white bars) or 4D+ (black or red bars for all or RFP+ cells, respectively) mice scored positive for various markers as indicated."}
{"words": ["From", "top", "to", "bottom", ":", "fluorescence", "pictures", "of", "the", "SVZ", "and", "absolute", "number", "of", "cells", "in", "4D", "-", "(", "white", "bars", ")", "or", "4D", "+", "(", "black", "or", "red", "bars", "for", "all", "or", "RFP", "+", "cells", ",", "respectively", ")", "mice", "scored", "positive", "for", "various", "markers", "as", "indicated", ".", "Insets", "in", "(", "C", ")", "are", "magnified", "(", "right", ")", "with", "arrowheads", "pointing", "label", "-", "retaining", "NSC", "(", "white", ")", "or", "astrocytes", "(", "empty", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "From top to bottom: fluorescence pictures of the SVZ and absolute number of cells in 4D- (white bars) or 4D+ (black or red bars for all or RFP+ cells, respectively) mice scored positive for various markers as indicated. Insets in (C) are magnified (right) with arrowheads pointing label-retaining NSC (white) or astrocytes (empty)."}
{"words": ["From", "top", "to", "bottom", ":", "fluorescence", "pictures", "of", "the", "SVZ", "or", "proportions", "(", "C", "-", "E", ")", "of", "cells", "in", "4D", "-", "(", "white", "bars", ")", "or", "4D", "+", "(", "black", "or", "red", "bars", "for", "all", "or", "RFP", "+", "cells", ",", "respectively", ")", "mice", "scored", "positive", "for", "various", "markers", "as", "indicated", ".", "Arrowheads", "in", "(", "D", ")", "point", "cell", "doublets", "(", "among", "RFP", "+", "protein", "-", "reteining", "cells", "in", "4D", "+", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "From top to bottom: fluorescence pictures of the SVZ or proportions (C-E) of cells in 4D- (white bars) or 4D+ (black or red bars for all or RFP+ cells, respectively) mice scored positive for various markers as indicated. Arrowheads in (D) point cell doublets (among RFP+ protein-reteining cells in 4D+)."}
{"words": ["From", "top", "to", "bottom", ":", "fluorescence", "pictures", "of", "OB", "(", "E", ")", "and", "absolute", "number", "or", "proportions", "of", "cells", "in", "4D", "-", "(", "white", "bars", ")", "or", "4D", "+", "(", "black", "or", "red", "bars", "for", "all", "or", "RFP", "+", "cells", ",", "respectively", ")", "mice", "scored", "positive", "for", "various", "markers", "as", "indicated", ".", "(", "E", ")", "GL", "=", "glomerular", ",", "EPL", "=", "external", "plexiform", ",", "MCL", "=", "mitral", "cell", "and", "GCL", "=", "granule", "cell", "layers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "From top to bottom: fluorescence pictures of OB (E) and absolute number or proportions of cells in 4D- (white bars) or 4D+ (black or red bars for all or RFP+ cells, respectively) mice scored positive for various markers as indicated. (E) GL=glomerular, EPL=external plexiform, MCL=mitral cell and GCL=granule cell layers."}
{"words": ["(", "B", ")", "Fluorescence", "pictures", "(", "left", ")", "of", "immunolabeled", "GFP", "+", "RFP", "-", "(", "4D", "-", ")", "and", "GFP", "+", "RFP", "+", "(", "4D", "+", ")", "apical", "dendrites", "of", "superficial", "granule", "neurons", "and", "quantifications", "(", "middle", "and", "right", ")", "of", "spine", "density", "and", "total", "dendritic", "length", "(", "box", "and", "whiskers", ")", "and", "3D", "-", "Sholl", "(", "line", "graph", "profile", ")", "of", "apical", "dendrites", "starting", "from", "the", "soma", "(", "drawings", ")", "as", "the", "mean", "number", "of", "intersections", "at", "10", "μm", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Fluorescence pictures (left) of immunolabeled GFP+RFP- (4D-) and GFP+RFP+ (4D+) apical dendrites of superficial granule neurons and quantifications (middle and right) of spine density and total dendritic length (box and whiskers) and 3D-Sholl (line graph profile) of apical dendrites starting from the soma (drawings) as the mean number of intersections at 10 μm intervals."}
{"words": ["(", "C", ")", "3D", "reconstruction", "of", "multi", "-", "channel", "confocal", "stacks", "acquired", "from", "a", "RFP", "+", "apical", "dendrite", "of", "a", "granule", "cell", "showing", "co", "-", "localization", "with", "the", "pre", "-", "and", "post", "-", "synaptic", "markers", "VIAAT", "(", "granule", "neuron", ")", "and", "gephyrin", "(", "mitral", "cell", ")", ",", "respectively", "(", "magnification", "shown", "in", "insets", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) 3D reconstruction of multi-channel confocal stacks acquired from a RFP+ apical dendrite of a granule cell showing co-localization with the pre- and post-synaptic markers VIAAT (granule neuron) and gephyrin (mitral cell), respectively (magnification shown in insets)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Anti", "-", "RFP", "immunogold", "labeling", "of", "a", "cell", "in", "the", "superficial", "granule", "cell", "layer", "of", "a", "4D", "+", "mouse", ".", "Inset", "shows", "a", "representative", "RFP", "+", "synapse", "(", "out", "of", ">", "10", "analyzed", "from", "4D", "+", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Anti-RFP immunogold labeling of a cell in the superficial granule cell layer of a 4D+ mouse. Inset shows a representative RFP+ synapse (out of >10 analyzed from 4D+ mice)."}
{"words": ["Current", "clamp", "recordings", "showing", "examples", "of", "spontaneous", "barrages", "of", "synaptic", "potentials", "(", "E", ")", ",", "Inset", "in", "E", "(", "4D", "+", "cell", ")", "is", "magnified", "(", "bottom", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Current clamp recordings showing examples of spontaneous barrages of synaptic potentials (E), Inset in E (4D+ cell) is magnified (bottom)."}
{"words": ["Current", "clamp", "recordings", "showing", "examples", "of", "repetitive", "spiking", "in", "response", "to", "depolarizing", "current", "steps", "(", "F", "-", "G", ")", "of", "4D", "-", "(", "top", ")", "and", "4D", "+", "(", "bottom", ")", "mice", ".", "Note", "in", "G", "that", "the", "lag", "preventing", "spike", "initiation", "is", "longer", "at", "lower", "currents", "(", "green", ")", "and", "shorter", "at", "higher", "(", "black", ")", ",", "suggesting", "the", "presence", "of", "an", "A", "-", "type", "K", "current", "typical", "of", "granule", "cells", "in", "4D", "-", "vs", ".", "4D", "+", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Current clamp recordings showing examples of repetitive spiking in response to depolarizing current steps (F-G) of 4D- (top) and 4D+ (bottom) mice. Note in G that the lag preventing spike initiation is longer at lower currents (green) and shorter at higher (black), suggesting the presence of an A-type K current typical of granule cells in 4D- vs. 4D+."}
{"words": ["(", "H", ")", "Box", "and", "whiskers", "plots", "representing", "electrophysiological", "properties", "of", "neurons", "derived", "from", "4D", "-", "and", "4D", "+", "NSC", "(", "black", "and", "red", ",", "respectively", ")", "including", "from", "left", "to", "right", ":", "spike", "number", ",", "resting", "membrane", "potential", "(", "Vrest", ")", ",", "input", "resistance", "(", "Rin", ")", "and", "lag", "to", "spiking", "of", "the", "recorded", "superficial", "granule", "cells", "(", "see", "Fig", ".", "EV3", "for", "additional", "parameters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Box and whiskers plots representing electrophysiological properties of neurons derived from 4D- and 4D+ NSC (black and red, respectively) including from left to right: spike number, resting membrane potential (Vrest), input resistance (Rin) and lag to spiking of the recorded superficial granule cells (see Fig. EV3 for additional parameters)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Line", "graph", "indicating", "the", "proportion", "of", "correct", "responses", "(", "performance", ")", "for", "bins", "of", "100", "trials", "each", "during", "testing", "with", "binary", "mixtures", "of", "concentrated", "octanols", ".", "Discontinuous", "line", "indicates", "the", "similar", "95", "%", "plateau", "performance", "of", "4D", "-", "(", "black", ")", "and", "4D", "+", "(", "red", ")", "mice", ".", "(", "D", ")", "Whiskers", "box", "plots", "of", "performance", "(", "left", ")", "and", "lick", "frequency", "(", "right", ")", "during", "a", "probe", "of", "200", "trials", "with", "1", ":", "10", "diluted", "octanols", "after", "testing", "as", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Line graph indicating the proportion of correct responses (performance) for bins of 100 trials each during testing with binary mixtures of concentrated octanols. Discontinuous line indicates the similar 95% plateau performance of 4D- (black) and 4D+ (red) mice. (D) Whiskers box plots of performance (left) and lick frequency (right) during a probe of 200 trials with 1:10 diluted octanols after testing as in (C)."}
{"words": ["A", ":", "Relative", "expression", "of", "ELDR", "in", "OSCC", "patient", "samples", "compared", "to", "adjacent", "non", "-", "tumor", "tissues", "(", "N", "=", "20", ")", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "Technical", "triplicates", "were", "used", "from", "each", "sample", ".", "18S", "rRNA", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "Data", "were", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "Small", "bars", "indicate", "standard", "error", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Relative expression of ELDR in OSCC patient samples compared to adjacent non-tumor tissues (N=20) analyzed by qRT-PCR. Technical triplicates were used from each sample. 18S rRNA was used as an internal control. Data were analyzed by Student's t test. Small bars indicate standard error (*, p<0.05, **, p<0.01; *** p<0.001)."}
{"words": ["B", ":", "OSCC", "grade", "wise", "upregulation", "of", "ELDR", "expression", "was", "noted", "in", "the", "patient", "samples", "(", "N", "=", "20", ")", ".", "Correlation", "analysis", "showed", "signification", "positive", "correlation", "of", "ELDR", "expression", "with", "tumor", "grade", "(", "R2", "=", "0", ".", "926", ",", "significant", "P", "value", "=", "0", ".", "01", ")", ".", "Pearson", "correlation", "coefficient", "and", "p", "value", "was", "calculated", "using", "socscistatistics", ".", "com", ".", "Well", ":", "well", "differentiated", ",", "Mod", ":", "moderately", "differentiated", ",", "Poor", ":", "poorly", "differentiated", "carcinoma", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: OSCC grade wise upregulation of ELDR expression was noted in the patient samples (N=20). Correlation analysis showed signification positive correlation of ELDR expression with tumor grade (R2= 0.926, significant P value = 0.01). Pearson correlation coefficient and p value was calculated using socscistatistics.com. Well: well differentiated, Mod: moderately differentiated, Poor: poorly differentiated carcinoma. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["C", ":", "Representative", "images", "of", "FISH", "analysis", "with", "an", "RNA", "probe", "of", "ELDR", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "in", "formalin", "fixed", "paraffin", "embedded", "OSCC", "tissue", ".", "An", "unrelated", "probe", "was", "used", "as", "negative", "control", ".", "Magnification", ":", "40X", ";", "inset", "magnification", "100X", "and", "scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Representative images of FISH analysis with an RNA probe of ELDR (red) and DAPI staining (blue) in formalin fixed paraffin embedded OSCC tissue. An unrelated probe was used as negative control. Magnification: 40X; inset magnification 100X and scale bar 10 µm."}
{"words": ["D", ":", "Relative", "expression", "of", "ELDR", "in", "OSCC", "cell", "lines", "compared", "to", "normal", "oral", "keratinocytes", "(", "NOK", ")", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "18S", "was", "used", "as", "internal", "control", ".", "Data", "were", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "Small", "bars", "indicate", "standard", "error", "(", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Relative expression of ELDR in OSCC cell lines compared to normal oral keratinocytes (NOK) analyzed by qRT-PCR. 18S was used as internal control. Data were analyzed by Student's t test. Small bars indicate standard error (**, p<0.01; *** p<0.001). n = 4 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["A", ":", "Control", "or", "ELDR", "plasmid", "DNA", "stably", "transfected", "NOKs", "were", "analyzed", "for", "cell", "proliferation", "using", "Trypan", "blue", "exclusion", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Live", "cell", "numbers", "are", "presented", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Control or ELDR plasmid DNA stably transfected NOKs were analyzed for cell proliferation using Trypan blue exclusion at the indicated time points. Live cell numbers are presented. n = 4 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["B", ":", "Control", "or", "ELDR", "plasmid", "DNA", "overexpressed", "NOK", "(", "3", "×", "102", ")", "were", "seeded", "and", "allowed", "to", "form", "colonies", ".", "After", "two", "weeks", ",", "colonies", "were", "stained", "with", "crystal", "violet", "and", "counted", ".", "Representative", "images", "of", "colonies", "in", "control", "and", "ELDR", "overexpressed", "cells", "are", "presented", ".", "The", "right", "panel", "shows", "quantitation", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: Control or ELDR plasmid DNA overexpressed NOK (3×102) were seeded and allowed to form colonies. After two weeks, colonies were stained with crystal violet and counted. Representative images of colonies in control and ELDR overexpressed cells are presented. The right panel shows quantitation. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["C", ":", "Cal27", ",", "JHU029", "and", "JHU022", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "ELDR", "siRNA", "(", "50nM", ")", ",", "and", "cell", "proliferation", "was", "analyzed", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Cal27, JHU029 and JHU022 cells were transfected with control or ELDR siRNA (50nM), and cell proliferation was analyzed at the indicated time points. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["D", ":", "Cell", "lysates", "from", "control", "or", "ELDR", "overexpressing", "NOKs", ",", "control", "or", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "treated", "with", "two", "different", "ELDR", "siRNAs", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "PCNA", "expression", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", "for", "normalization", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "a", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Cell lysates from control or ELDR overexpressing NOKs, control or Cal27 and JHU029 cells treated with two different ELDR siRNAs were subjected to Western blot analysis for PCNA expression using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control for normalization. The bottom panel shows a quantitative representation of Western blot band intensities. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["E", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "siELDR", ",", "ELDR", "plasmid", "DNA", "or", "both", "siELDR", "and", "ELDR", "plasmid", "DNA", ".", "Cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "for", "PCNA", "expression", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "The", "right", "panel", "shows", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Cal27 and JHU029 cells were transfected with siELDR, ELDR plasmid DNA or both siELDR and ELDR plasmid DNA. Cell lysates were analyzed by Western blot for PCNA expression using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. The right panel shows quantitative representation of Western blot band intensities. n = 2 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["A", ":", "Cal27", "or", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "ELDR", "siRNA", ",", "and", "EGFR", "mRNA", "expression", "was", "examined", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "18S", "gene", "was", "used", "as", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "and", "3", "technical", "repeates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Cal27 or JHU029 cells were transfected with control or ELDR siRNA, and EGFR mRNA expression was examined by qRT-PCR. 18S gene was used as internal control. n = 3 biological replicates and 3 technical repeates."}
{"words": ["B", ":", "Cell", "lysates", "from", "control", "and", "ELDR", "depleted", "Cal27", "or", "JHU029", "cells", "using", "two", "different", "siRNAs", "to", "ELDR", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "the", "EGFR", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "an", "internal", "control", ".", "The", "same", "actin", "blot", "was", "used", "in", "Fig", ".", "2D", "(", "for", "PCNA", ")", ".", "The", "bottom", "panel", "shows", "a", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: Cell lysates from control and ELDR depleted Cal27 or JHU029 cells using two different siRNAs to ELDR were subjected to Western blot analysis for the EGFR using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as an internal control. The same actin blot was used in Fig. 2D (for PCNA). The bottom panel shows a quantitative representation of Western blot band intensities. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["C", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "siELDR", ",", "ELDR", "plasmid", "or", "both", "siELDR", "and", "ELDR", "plasmid", ".", "Cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "analysis", "for", "EGFR", "expression", "using", "specific", "antibody", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "The", "same", "actin", "blot", "was", "used", "in", "Fig", ".", "2E", "(", "for", "PCNA", ")", ".", "n", "=", "2", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Cal27 and JHU029 cells were transfected with siELDR, ELDR plasmid or both siELDR and ELDR plasmid. Cell lysates were analyzed by Western blot analysis for EGFR expression using specific antibody. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. The same actin blot was used in Fig. 2E (for PCNA). n = 2 biological replicates."}
{"words": ["D", ":", "Cell", "lysates", "from", "control", "and", "ELDR", "overexpressed", "NOK", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "the", "EGFR", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "The", "right", "panel", "shows", "a", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Cell lysates from control and ELDR overexpressed NOK were subjected to Western blot analysis for the EGFR using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. The right panel shows a quantitative representation of Western blot band intensities. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["E", ":", "Cell", "lysates", "from", "control", "and", "ELDR", "-", "depleted", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "phsospho", "-", "STAT3", "(", "pSTAT3", "Y", "-", "705", ")", "and", "total", "STAT3", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "Right", "panel", "shows", "a", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Cell lysates from control and ELDR-depleted Cal27 and JHU029 cells were subjected to Western blot analysis for phsospho-STAT3 (pSTAT3 Y-705) and total STAT3 using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. Right panel shows a quantitative representation of Western blot band intensities. n = 2 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["C", ":", "Cell", "lysates", "from", "Cal27", "and", "JHU022", "cells", "were", "incubated", "with", "biotinylated", "ELDR", "sense", "and", "antisense", "RNA", ",", "pulled", "down", "and", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "the", "ILF3", "using", "specific", "antibodies", ".", "Bottom", "panel", "shows", "Western", "blot", "analysis", "of", "PUM", "-", "1", "(", "an", "unrelated", "RNA", "binding", "protein", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Cell lysates from Cal27 and JHU022 cells were incubated with biotinylated ELDR sense and antisense RNA, pulled down and subjected to Western blot analysis for the ILF3 using specific antibodies. Bottom panel shows Western blot analysis of PUM-1 (an unrelated RNA binding protein)."}
{"words": ["D", ":", "Cal27", "and", "JHU022", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "against", "control", "or", "ILF3", "antibody", "and", "RNA", "was", "isolated", "from", "the", "precipitates", ".", "Relative", "expression", "of", "ELDR", "(", "left", "penal", ")", "and", "PCAT1", "(", "right", "panel", ")", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "and", "3", "technical", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Cal27 and JHU022 cell lysates were immunoprecipitated against control or ILF3 antibody and RNA was isolated from the precipitates. Relative expression of ELDR (left penal) and PCAT1 (right panel) was analyzed by qRT-PCR. n = 3 biological replicates and 3 technical replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["E", ":", "Cell", "lysates", "from", "control", "and", "ELDR", "depleted", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "ILF3", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "Right", "panel", "shows", "the", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Cell lysates from control and ELDR depleted Cal27 and JHU029 cells were subjected to Western blot analysis for ILF3 using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. Right panel shows the quantitative representation of Western blot band intensities. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["F", ":", "Control", ",", "ELDR", "overexpressed", "and", "ELDR", "-", "depleted", "Cal27", "cells", "were", "probed", "with", "an", "antibody", "against", "ILF3", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Representative", "confocal", "microscopic", "images", "show", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "expression", "of", "ILF3", ".", "Arrows", "indicate", "cytoplasmic", "expression", ".", "Magnifications", "60X", ",", "scale", "bar", "20", "μ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: Control, ELDR overexpressed and ELDR-depleted Cal27 cells were probed with an antibody against ILF3 (red) and DAPI (blue). Representative confocal microscopic images show nuclear and cytoplasmic expression of ILF3. Arrows indicate cytoplasmic expression. Magnifications 60X, scale bar 20 μ."}
{"words": ["A", ":", "Cal27", "and", "JHU022", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "control", "or", "ILF3", "antibodies", "and", "RNA", "was", "isolated", "from", "the", "precipitates", ".", "Relative", "mRNA", "expression", "of", "EGFR", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "and", "3", "technical", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Cal27 and JHU022 cell lysates were immunoprecipitated with control or ILF3 antibodies and RNA was isolated from the precipitates. Relative mRNA expression of EGFR was analyzed by qRT-PCR. n = 3 biological replicates and 3 technical replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["B", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "ILF3", "siRNA", "and", "after", "48hr", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "EGFR", "and", "ILF3", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: Cal27 and JHU029 cells were transfected with control or ILF3 siRNA and after 48hr cell lysates were subjected to Western blot analysis for EGFR and ILF3 using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. n = 3 biological replicates."}
{"words": ["C", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cell", "lysates", "were", "transfected", "with", "either", "siELDR", "or", "siILF3", "and", "relative", "mRNA", "expression", "of", "Cyclin", "E1", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "18S", "was", "used", "as", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Cal27 and JHU029 cell lysates were transfected with either siELDR or siILF3 and relative mRNA expression of Cyclin E1 was analyzed by qRT-PCR. 18S was used as internal control. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["D", ":", "Control", "or", "ELDR", "depleted", "Cal27", "and", "JHU029", "cell", "lysates", "using", "two", "different", "siRNAs", "to", "ELDR", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "Cyclin", "E1", "using", "specific", "antibody", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "an", "internal", "control", ".", "Bottom", "panels", "show", "quantitation", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Control or ELDR depleted Cal27 and JHU029 cell lysates using two different siRNAs to ELDR were subjected to Western blot analysis for Cyclin E1 using specific antibody. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as an internal control. Bottom panels show quantitation. n = 4 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["E", ":", "Control", "or", "ELDR", "overexpressed", "NOK", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "Cyclin", "E1", "using", "specific", "antibody", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "Bottom", "panel", "shows", "quantitation", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Control or ELDR overexpressed NOK lysates were subjected to Western blot analysis for Cyclin E1 using specific antibody. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. Bottom panel shows quantitation. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["F", ":", "Control", "or", "ILF3depleted", "Cal27", "and", "JHU029", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "Cyclin", "E1", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "Bottom", "panels", "show", "quantitation", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: Control or ILF3depleted Cal27 and JHU029 cell lysates were subjected to Western blot analysis for Cyclin E1 using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. Bottom panels show quantitation. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["G", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "siELDR", "or", "siILF3", "and", "after", "48hr", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "phospho", "-", "RB", "and", "total", "RB", "using", "specific", "antibodies", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "internal", "control", ".", "Bottom", "panels", "show", "quantitation", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G: Cal27 and JHU029 cells were transfected with either siELDR or siILF3 and after 48hr cell lysates were subjected to Western blot analysis for phospho-RB and total RB using specific antibodies. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as internal control. Bottom panels show quantitation. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD"}
{"words": ["H", ":", "Control", "or", "ELDR", "knockdown", "synchronized", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "harvested", ",", "fixed", "and", "stained", "with", "propidium", "iodide", ".", "DNA", "content", "was", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Results", "are", "represented", "cell", "population", "in", "G1", ",", "S", ",", "and", "G2", "/", "M", "phases", "of", "the", "cell", "cycle", ".", "Right", "panels", "show", "percentage", "of", "cell", "population", "in", "different", "phases", "of", "cell", "cycle", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H: Control or ELDR knockdown synchronized Cal27 and JHU029 cells were harvested, fixed and stained with propidium iodide. DNA content was analyzed by flow cytometry. Results are represented cell population in G1, S, and G2/M phases of the cell cycle. Right panels show percentage of cell population in different phases of cell cycle. n = 4 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["A", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "ELDR", "siRNA", "and", "relative", "expression", "of", "miR", "-", "7", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "U47", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Cal27 and JHU029 cells were transfected with control or ELDR siRNA and relative expression of miR-7 was analyzed by qRT-PCR. U47 was used as an internal control. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["B", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "ELDR", "plasmid", "and", "relative", "expression", "of", "miR", "-", "7", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "U47", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: Cal27 and JHU029 cells were transfected with control or ELDR plasmid and relative expression of miR-7 was analyzed by qRT-PCR. U47 was used as an internal control. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["C", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "mimic", "miR", "-", "7", "and", "relative", "expression", "of", "ELDR", "was", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "18S", "rRNA", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", "technical", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Cal27 and JHU029 cells were transfected with control or mimic miR-7 and relative expression of ELDR was analyzed by qRT-PCR. 18S rRNA was used as an internal control. n = 2 biological replicates; n= 3 technical replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["D", ":", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "were", "transfected", "with", "miR", "-", "7", "mimic", ",", "ELDR", "plasmid", "or", "both", "miR", "-", "7", "and", "ELDR", "plasmid", ".", "Cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "analysis", "for", "EGFR", "expression", "using", "specific", "antibody", ".", "The", "membrane", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "as", "an", "internal", "control", ".", "Representative", "bands", "were", "cropped", "from", "same", "gel", ".", "Right", "panels", "show", "quantitative", "representation", "of", "Western", "blot", "band", "intensities", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: Cal27 and JHU029 cells were transfected with miR-7 mimic, ELDR plasmid or both miR-7 and ELDR plasmid. Cell lysates were analyzed by Western blot analysis for EGFR expression using specific antibody. The membrane was reprobed with an antibody against Actin as an internal control. Representative bands were cropped from same gel. Right panels show quantitative representation of Western blot band intensities. n = 3 biological replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["E", ":", "Relative", "expression", "of", "miR", "-", "7", "in", "Cal27", "and", "JHU029", "cells", "compared", "to", "NOK", "cell", "line", "analyzed", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "U47", "was", "used", "as", "an", "internal", "control", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "and", "3", "technical", "replicates", ".", "Data", "are", "represented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Relative expression of miR-7 in Cal27 and JHU029 cells compared to NOK cell line analyzed by qRT-PCR. U47 was used as an internal control. n = 3 biological replicates and 3 technical replicates. Data are represented as the mean ± SD,"}
{"words": ["A", ":", "Body", "weight", "was", "measured", "in", "control", "and", "siELDR", "treated", "mice", ".", "n", "=", "5", "animal", "per"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Body weight was measured in control and siELDR treated mice. n=5 animal per group"}
{"words": ["B", ":", "Representative", "images", "of", "tumors", "in", "control", "and", "treatment", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: Representative images of tumors in control and treatment groups."}
{"words": ["C", ":", "Tumors", "were", "measured", "using", "a", "slide", "caliper", "and", "tumor", "volumes", "were", "calculated", ".", "Arrow", "indicates", "starting", "point", "siELDR", "treatment", ".", "n", "=", "5", "animal", "per", "group", "and", "tumor", "volume", "presented", "as", "the", "mean", "±"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C: Tumors were measured using a slide caliper and tumor volumes were calculated. Arrow indicates starting point siELDR treatment. n=5 animal per group and tumor volume presented as the mean ± SD"}
{"words": ["D", ":", "ELDR", "knockdown", "was", "examined", "by", "analyzing", "expression", "of", "ELDR", "in", "treated", "tumors", "compared", "to", "the", "control", "tumors", ".", "18S", "rRNA", "gene", "was", "used", "as", "internal", "control", ".", "n", "=", "5", "animal", "per", "group", "and", "3", "technical", "replicates", "from", "each", "tumor", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: ELDR knockdown was examined by analyzing expression of ELDR in treated tumors compared to the control tumors. 18S rRNA gene was used as internal control. n=5 animal per group and 3 technical replicates from each tumor."}
{"words": ["E", ":", "Control", "or", "siELDR", "treated", "tumor", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "for", "EGFR", "and", "Cyclin", "E1expression", "using", "specific", "antibodies", "and", "representative", "bands", "are", "shown", ".", "The", "blot", "was", "reprobed", "with", "an", "antibody", "against", "Actin", "for", "normalization", ".", "Right", "panels", "show", "quantitation", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "from", "each"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Control or siELDR treated tumor lysates were subjected to Western blot analysis for EGFR and Cyclin E1expression using specific antibodies and representative bands are shown. The blot was reprobed with an antibody against Actin for normalization. Right panels show quantitation. n= 3 biological replicates from each tumor"}
{"words": ["F", ":", "OSCC", "-", "PDX", "tissue", "was", "implanted", "subcutaneously", "into", "the", "flank", "of", "NSG", "mice", ".", "When", "the", "tumor", "volume", "reached", ">", "70", "mm3", ",", "mice", "were", "divided", "into", "two", "groups", ".", "10µg", "of", "siELDR", "or", "control", "oligoes", "were", "injected", "intratumorally", "as", "described", "above", ".", "Body", "weight", "was", "measured", "in", "control", "and", "siELDR", "treated", "mice", ".", "n", "=", "5", "animal", "per"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: OSCC-PDX tissue was implanted subcutaneously into the flank of NSG mice. When the tumor volume reached >70 mm3, mice were divided into two groups. 10µg of siELDR or control oligoes were injected intratumorally as described above. Body weight was measured in control and siELDR treated mice. n=5 animal per group"}
{"words": ["G", ":", "Representative", "images", "of", "OSCC", "-", "PDX", "tumors", "in", "control", "and", "treatment", "groups", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G: Representative images of OSCC-PDX tumors in control and treatment groups."}
{"words": ["H", ":", "PDX", "tumors", "were", "measured", "using", "a", "slide", "caliper", "and", "tumor", "volumes", "were", "calculated", ".", "n", "=", "5", "animal", "per", "group", "and", "tumor", "volume", "presented", "as", "the", "mean", "±"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H: PDX tumors were measured using a slide caliper and tumor volumes were calculated. n=5 animal per group and tumor volume presented as the mean ± SD"}
{"words": ["I", ":", "ELDR", "knockdown", "was", "examined", "by", "analyzing", "expression", "of", "ELDR", "in", "treated", "OSCC", "-", "PDX", "tumors", "compared", "to", "the", "control", "tumors", ".", "18S", "gene", "was", "used", "as", "internal", "control", ".", "n", "=", "5", "animal", "per", "group", "and", "3", "technical", "replicates", "presented", "as", "the", "mean", "±"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I: ELDR knockdown was examined by analyzing expression of ELDR in treated OSCC-PDX tumors compared to the control tumors. 18S gene was used as internal control. n=5 animal per group and 3 technical replicates presented as the mean ± SD"}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "The", "developing", "tumor", "vasculature", "was", "imaged", "over", "time", "in", "an", "abdominal", "window", "chamber", "model", "with", "two", "-", "photon", "microscopy", "with", "(", "A", ")", "GFP", "-", "labeled", "tumor", "cells", ",", "(", "B", ")", "TdTomato", "labeled", "TECs", "in", "cyan", "and", "(", "C", ")", "perfusion", ".", "(", "D", ")", "Top", ":", "a", "representative", "image", "of", "MC38", "tumor", "vasculature", ",", "bottom", ":", "segmentation", "with", "skeletonization", ".", "(", "E", "-", "N", ")", "The", "following", "parameters", "were", "quantified", "from", "the", "segmented", "image", "each", "day", ":", "(", "E", ")", "vessel", "tortuosity", ",", "(", "F", ")", "directional", "coherence", ",", "(", "G", ")", "perfusion", ",", "(", "H", ")", "number", "of", "sprouts", ",", "(", "I", ")", "fraction", "of", "branches", "<", "80", "µm", ",", "(", "J", ")", "fraction", "of", "branches", ">", "400", "µm", ",", "(", "K", ")", "length", "to", "diameter", "ratio", ",", "(", "L", ")", "nodes", "per", "mm2", ",", "(", "M", ")", "vessel", "length", ",", "and", "(", "N", ")", "vessel", "diameter", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) The developing tumor vasculature was imaged over time in an abdominal window chamber model with two-photon microscopy with (A) GFP-labeled tumor cells, (B) TdTomato labeled TECs in cyan and (C) perfusion. (D) Top: a representative image of MC38 tumor vasculature, bottom: segmentation with skeletonization. (E-N) The following parameters were quantified from the segmented image each day: (E) vessel tortuosity, (F) directional coherence, (G) perfusion, (H) number of sprouts,(I) fraction of branches <80 µm, (J) fraction of branches >400 µm, (K) length to diameter ratio, (L) nodes per mm2, (M) vessel length, and (N) vessel diameter."}
{"words": ["The", "developing", "MC38", "tumor", "vasculature", "was", "imaged", "in", "an", "abdominal", "window", "chamber", "model", "with", "two", "-", "photon", "microscopy", "after", "IR", "at", "the", "indicated", "times", ".", "(", "A", ")", "(", "top", ")", "Representative", "two", "-", "photon", "images", "of", "a", "control", "MC38", "tumor", "vasculature", "(", "cyan", ")", "and", "perfusion", "(", "red", ")", "at", "day", "2", "and", "4", ".", "(", "Bottom", ")", "zoom", "of", "the", "same", "tumor", "region", "from", "day", "0", "to", "day", "4", "of", "the", "tumor", "vasculature", "(", "cyan", ")", "and", "perfusion", "(", "red", ")", ".", "(", "B", "-", "C", ")", "Single", "dose", "15", "Gy", "IR", "(", "B", ")", "and", "5", "×", "3", "Gy", "(", "C", ")", "fractionated", "IR", "treated", "MC38", "tumor", "vasculature", "(", "top", ")", "at", "day", "2", "and", "day", "4", ".", "(", "Bottom", ")", "zoom", "of", "the", "same", "tumor", "region", "from", "day", "0", "to", "day", "4", "of", "the", "tumor", "vasculature", "(", "cyan", ")", "and", "perfusion", "(", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The developing MC38 tumor vasculature was imaged in an abdominal window chamber model with two-photon microscopy after IR at the indicated times. (A) (top) Representative two-photon images of a control MC38 tumor vasculature (cyan) and perfusion (red) at day 2 and 4. (Bottom) zoom of the same tumor region from day 0 to day 4 of the tumor vasculature (cyan) and perfusion (red). (B-C) Single dose 15 Gy IR (B) and 5×3 Gy (C) fractionated IR treated MC38 tumor vasculature (top) at day 2 and day 4. (Bottom) zoom of the same tumor region from day 0 to day 4 of the tumor vasculature (cyan) and perfusion (red)."}
{"words": ["(", "E", "-", "L", ")", "Quantified", "vascular", "parameters", ",", "for", "each", "day", "of", "imaging", "the", "following", "parameters", "were", "quantified", "from", "segmented", "images", "and", "normalized", "to", "day", "one", "if", "indicated", ":", "(", "E", ")", "normalized", "node", "density", ",", "(", "F", ")", "normalized", "tortuosity", ",", "(", "G", ")", "normalized", "branch", "length", "<", "80μm", ",", "(", "H", ")", "normalized", "branch", "length", ">", "400μm", ",", "(", "I", ")", "vessel", "branch", "length", ",", "(", "J", ")", "vessel", "diameter", ",", "(", "K", ")", "normalized", "length", "to", "diameter", "ratio", ",", "(", "L", ")", "normalized", "perfused", "vessels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-L) Quantified vascular parameters, for each day of imaging the following parameters were quantified from segmented images and normalized to day one if indicated: (E) normalized node density , (F) normalized tortuosity, (G) normalized branch length < 80μm, (H) normalized branch length > 400μm, (I) vessel branch length, (J) vessel diameter, (K) normalized length to diameter ratio, (L) normalized perfused vessels."}
{"words": ["(", "M", "-", "N", ")", "Subcutaneous", "tumor", "growth", "measurements", "of", "MC38", "(", "M", ")", "and", "B16F10", "(", "N", ")", "tumors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M-N) Subcutaneous tumor growth measurements of MC38 (M) and B16F10 (N) tumors."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Representative", "immunofluorescent", "micrographs", "of", "control", "and", "treated", "tumor", "vasculature", "from", "MC38", "tumors", ".", "Tumor", "vessels", "(", "anti", "-", "CD31", ")", "and", "apoptosis", "(", "anti", "-", "cleaved", "caspase", "3", ")", "in", "(", "A", ")", "control", "and", "(", "B", ")", "48", "hours", "after", "15", "Gy", "IR", ".", "Arrows", "indicate", "apoptotic", "TEC", ".", "(", "C", ")", "quantification", "of", "apoptotic", "vessels", "after", "single", "dose", "15", "Gy", "IR", "from", "immunofluorescent", "images", "of", "whole", "MC38", "tumor", "section", "(", "n", "=", "6", "-", "8", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "vessels", "after", "fractionated", "5", "×", "3", "Gy", "IR", "from", "immunofluorescent", "images", "of", "whole", "MC38", "tumor", "sections", "(", "n", "=", "6", "-", "8", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "apoptosis", "in", "TECs", "from", "B16F10", "tumor", "sections", "(", "n", "=", "4", "-", "6", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "vessels", "according", "to", "size", "on", "thin", "whole", "MC38", "tumor", "sections", "(", "Ctrl", "n", "=", "4", "and", "treatment", "n", "=", "7", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "vessels", "according", "to", "size", "in", "B16F10", "tumor", "sections", "(", "Ctrl", "n", "=", "4", "and", "treatment", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", ".", "(", "H", "-", "I", ")", "Area", "(", "H", ")", "and", "diameter", "(", "I", ")", "of", "apoptotic", "tumor", "vessels", "vs", "all", "tumor", "vessels", "from", "segmented", "thick", "80", "μm", "MC38", "tumor", "sections", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Representative immunofluorescent micrographs of control and treated tumor vasculature from MC38 tumors. Tumor vessels (anti-CD31) and apoptosis (anti-cleaved caspase 3) in (A) control and (B) 48 hours after 15 Gy IR. Arrows indicate apoptotic TEC. (C) quantification of apoptotic vessels after single dose 15 Gy IR from immunofluorescent images of whole MC38 tumor section (n= 6-8 biological replicates per group). (D) Quantification of apoptotic vessels after fractionated 5×3 Gy IR from immunofluorescent images of whole MC38 tumor sections (n= 6-8 biological replicates per group). (E) Quantification of apoptosis in TECs from B16F10 tumor sections (n= 4-6 biological replicates per group). (F) Quantification of apoptotic vessels according to size on thin whole MC38 tumor sections (Ctrl n=4 and treatment n=7 biological replicates). (G) Quantification of apoptotic vessels according to size in B16F10 tumor sections (Ctrl n=4 and treatment n= 10 biological replicates). (H-I) Area (H) and diameter (I) of apoptotic tumor vessels vs all tumor vessels from segmented thick 80 μm MC38 tumor sections (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "Representative", "immunofluorescence", "image", "of", "control", "(", "J", ")", "and", "15", "Gy", "IR", "treated", "(", "K", ")", "MC38", "and", "B16F10", "tumors", "stained", "for", "proliferation", "(", "EdU", ")", ",", "EC", "nuclei", "(", "anti", "-", "ERG", ")", "and", "tumor", "vessels", "(", "anti", "-", "CD31", ")", ".", "(", "L", "-", "M", ")", "Quantification", "of", "proliferating", "cells", "(", "L", ")", "and", "proliferating", "TECs", "(", "M", ")", "in", "MC38", "tumors", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "N", "-", "O", ")", "Quantification", "of", "proliferating", "cells", "(", "N", ")", "and", "proliferating", "TECs", "(", "O", ")", "in", "B16F10", "tumors", "(", "n", "=", "4", "to", "9", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "P", "-", "Q", ")", "Quantification", "of", "proliferating", "cells", "(", "P", ")", "and", "TECs", "(", "Q", ")", "in", "MC38", "tumors", "after", "fractionated", "IR", "(", "n", "=", "5", "-", "7", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "R", "-", "S", ")", "Quantification", "of", "proliferating", "cells", "(", "R", ")", "and", "TECs", "(", "S", ")", "in", "B16F10", "tumors", "after", "fractionated", "IR", "(", "n", "=", "5", "-", "7", "biological", "replicates", "per", "group", ")", ".", "(", "T", "-", "U", ")", "Measurement", "of", "proliferating", "TECs", "in", "(", "T", ")", "MC38", "tumors", "(", "n", "=", "9", "biological", "replicates", ")", "and", "(", "U", ")", "B16F10", "tumors", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", "in", "small", "(", "area", "<", "250", "µm2", ")", "and", "large", "(", "area", "<", "250", "µm2", ")", "tumor", "blood", "vessels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) Representative immunofluorescence image of control (J) and 15 Gy IR treated (K) MC38 and B16F10 tumors stained for proliferation (EdU), EC nuclei (anti-ERG) and tumor vessels (anti-CD31). (L-M) Quantification of proliferating cells (L) and proliferating TECs (M) in MC38 tumors (n= 8 biological replicates per group). (N-O) Quantification of proliferating cells (N) and proliferating TECs (O) in B16F10 tumors (n= 4 to 9 biological replicates per group). (P-Q) Quantification of proliferating cells (P) and TECs (Q) in MC38 tumors after fractionated IR (n=5-7 biological replicates per group). (R-S) Quantification of proliferating cells (R) and TECs (S) in B16F10 tumors after fractionated IR (n= 5-7 biological replicates per group). (T-U) Measurement of proliferating TECs in (T) MC38 tumors (n= 9 biological replicates) and (U) B16F10 tumors (n= 5 biological replicates) in small (area <250 µm2) and large (area <250 µm2) tumor blood vessels."}
{"words": ["Fluorescence", "was", "observed", "in", "the", "transformed", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "epidermal", "cells", ",", "which", "results", "from", "complementation", "of", "the", "N", "-", "terminal", "part", "of", "the", "YFP", "fused", "with", "ATG8a", "(", "ATG8a", "-", "N", "-", "YFP", ")", "by", "the", "C", "-", "terminal", "part", "of", "the", "YFP", "fused", "with", "NBR1", "(", "NBR1", "-", "C", "-", "YFP", ")", ".", "No", "fluorescence", "was", "observed", "when", "ATG8a", "-", "N", "-", "YFP", "was", "coexpressed", "with", "unfused", "C", "-", "YFP", "or", "with", "mNBR1", "-", "C", "-", "YFP", "or", "when", "unfused", "N", "-", "YFP", "was", "coexpressed", "with", "NBR1", "-", "C", "-", "YFP", ".", "YFP", "epifluorescence", "images", ",", "bright", "-", "field", "images", "and", "overlay", "images", "of", "the", "same", "cells", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fluorescence was observed in the transformed N. benthamiana leaf epidermal cells, which results from complementation of the N-terminal part of the YFP fused with ATG8a (ATG8a-N-YFP) by the C-terminal part of the YFP fused with NBR1 (NBR1-C-YFP). No fluorescence was observed when ATG8a-N-YFP was coexpressed with unfused C-YFP or with mNBR1-C-YFP or when unfused N-YFP was coexpressed with NBR1-C-YFP. YFP epifluorescence images, bright-field images and overlay images of the same cells are shown."}
{"words": ["Five", "weeks", "-", "old", "Arabidopsis", "wild", "-", "type", "Col", "-", "0", "plants", "were", "placed", "in", "the", "22", "°", "C", "and", "45", "°", "C", "growth", "chambers", "and", "total", "RNA", "was", "isolated", "from", "leaf", "samples", "collected", "at", "indicated", "times", ".", "Transcript", "levels", "were", "determined", "using", "real", "-", "time", "qRT", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "indicate", "SE", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Five weeks-old Arabidopsis wild-type Col-0 plants were placed in the 22°C and 45°C growth chambers and total RNA was isolated from leaf samples collected at indicated times. Transcript levels were determined using real-time qRT-PCR. Error bars indicate SE (n = 3)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Four", "-", "weeks", "old", "transgenic", "wild", "-", "type", "Col", "-", "0", "(", "WT", ")", "and", "atg7", "-", "2", "mutant", "plants", "expressing", "GFP", "-", "ATG8a", "were", "treated", "with", "(", "45", "°", "C", ")", "or", "without", "(", "22", "°", "C", ")", "heat", "shock", "for", "3", "h", "and", "then", "placed", "at", "room", "temperature", "for", "0", ".", "5", "h", ".", "The", "leaves", "were", "visualized", "by", "fluorescence", "confocal", "microscopy", "of", "GFP", "signal", ".", "(", "B", ")", "Numbers", "of", "punctate", "GFP", "-", "ATG8a", "spots", "representing", "autophagosomes", "per", "10", ",", "000", "µm2", "section", ".", "Means", "and", "SE", "were", "calculated", "from", "three", "experiments", ".", "According", "to", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "05", ")", ",", "means", "do", "not", "differ", "significantly", "if", "they", "are", "indicated", "with", "the", "same", "letter", ".", "Bar", " ", "=", " ", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Four-weeks old transgenic wild-type Col-0 (WT) and atg7-2 mutant plants expressing GFP-ATG8a were treated with (45°C) or without (22°C) heat shock for 3 h and then placed at room temperature for 0.5 h. The leaves were visualized by fluorescence confocal microscopy of GFP signal. (B) Numbers of punctate GFP-ATG8a spots representing autophagosomes per 10,000 µm2 section. Means and SE were calculated from three experiments. According to Duncan's multiple range test (P = 0.05), means do not differ significantly if they are indicated with the same letter. Bar = 20 µm."}
{"words": ["(", "Top", "panel", ")", "Four", "-", "weeks", "old", "transgenic", "wild", "-", "type", "Col", "-", "0", "(", "WT", ")", ",", "atg7", "-", "2", "and", "nbr1", "-", "1", "mutant", "plants", "expressing", "GFP", "-", "NBR1", "were", "treated", "with", "(", "45", "°", "C", ")", "or", "without", "(", "22", "°", "C", ")", "heat", "shock", "for", "3", "h", "and", "then", "placed", "at", "room", "temperature", "for", "0", ".", "5", "h", ".", "The", "leaves", "were", "visualized", "by", "fluorescence", "confocal", "microscopy", "of", "GFP", "signal", ".", "(", "Bottom", "panel", ")", "Numbers", "of", "punctate", "GFP", "-", "NBR1", "spots", "per", "10", ",", "000", "µm2", "section", ".", "Means", "and", "SE", "were", "calculated", "from", "three", "experiments", ".", "According", "to", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "P", "=", "0", ".", "05", ")", ",", "means", "do", "not", "differ", "significantly", "if", "they", "are", "indicated", "with", "the", "same", "letter", ".", "Bar", "=", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Top panel) Four-weeks old transgenic wild-type Col-0 (WT), atg7-2 and nbr1-1 mutant plants expressing GFP-NBR1 were treated with (45°C) or without (22°C) heat shock for 3 h and then placed at room temperature for 0.5 h. The leaves were visualized by fluorescence confocal microscopy of GFP signal. (Bottom panel) Numbers of punctate GFP-NBR1 spots per 10,000 µm2 section. Means and SE were calculated from three experiments. According to Duncan's multiple range test (P = 0.05), means do not differ significantly if they are indicated with the same letter. Bar = 20 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Five", "weeks", "-", "old", "Arabidopsis", "Col", "-", "0", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "mutant", "plants", "were", "placed", "in", "22", "°", "C", "and", "45", "°", "C", "growth", "for", "10", "hours", "and", "then", "moved", "to", "room", "temperature", "for", "3", "-", "day", "recovery", "or", "(", "B", ")", "sprayed", "with", "20", "µM", "methyl", "viologen", "(", "MV", ")", "and", "kept", "under", "light", "for", "two", "days", "before", "the", "picture", "of", "representative", "plants", "was", "taken", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Five weeks-old Arabidopsis Col-0 wild type (WT), atg5, atg7 and nbr1 mutant plants were placed in 22°C and 45°C growth for 10 hours and then moved to room temperature for 3-day recovery or (B) sprayed with 20 µM methyl viologen (MV) and kept under light for two days before the picture of representative plants was taken. The experiments were repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "Fv", "/", "Fm", "images", ".", "(", "C", ")", "Average", "values", "for", "the", "Fv", "/", "Fm", "images", ".", "Five", "weeks", "-", "old", "Arabidopsis", "Col", "-", "0", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "mutant", "plants", "were", "placed", "in", "22", "°", "C", "and", "45", "°", "C", "growth", "chambers", ".", "Fully", "expanded", "leaves", "were", "sampled", "after", "10", "hours", "in", "the", "indicated", "temperatures", "and", "immediately", "measured", "for", "electrolyte", "leakage", "and", "Fv", "/", "Fm", ".", "Error", "bars", "in", "(", "A", ")", "and", "(", "C", ")", "indicate", "SE", "(", "n", " ", "=", " ", "5", ")", ".", "According", "to", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "05", ")", ",", "means", "of", "EL", "or", "Fv", "/", "Fm", "do", "not", "differ", "significantly", "if", "they", "are", "indicated", "with", "the", "same", "letter", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Fv/Fm images. (C) Average values for the Fv/Fm images. Five weeks-old Arabidopsis Col-0 wild type (WT), atg5, atg7 and nbr1 mutant plants were placed in 22°C and 45°C growth chambers. Fully expanded leaves were sampled after 10 hours in the indicated temperatures and immediately measured for electrolyte leakage and Fv/Fm. Error bars in (A) and (C) indicate SE (n = 5). According to Duncan's multiple range test (P = 0.05), means of EL or Fv/Fm do not differ significantly if they are indicated with the same letter. The experiments were repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "Five", "weeks", "-", "old", "Arabidopsis", "Col", "-", "0", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "mutant", "plants", "were", "placed", "into", "a", "growth", "chamber", "with", "approximately", "50", "%", "humidity", ".", "The", "photograph", "of", "representative", "plants", "was", "taken", "10", "days", "after", "withholding", "watering", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Five weeks-old Arabidopsis Col-0 wild type (WT), atg5, atg7 and nbr1 mutant plants were placed into a growth chamber with approximately 50% humidity. The photograph of representative plants was taken 10 days after withholding watering. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "Seven", "days", "-", "old", "seedlings", "Col", "-", "0", "WT", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "grown", "on", "solid", "MS", "medium", "were", "transferred", "to", "the", "same", "medium", "(", "control", ")", "or", "the", "same", "medium", "containing", "0", ".", "16", "M", "NaCl", "and", "photographed", "5", "days", "later", ".", "The", "survived", "seedlings", "were", "scored", "5", "days", "after", "the", "transfer", "and", "the", "average", "values", "and", "SE", "were", "calculated", "from", "three", "experiments", ".", "According", "to", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "P", " ", "=", " ", "0", ".", "05", ")", ",", "means", "do", "not", "differ", "significantly", "if", "they", "are", "indicated", "with", "the", "same", "letter", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Seven days-old seedlings Col-0 WT, atg5, atg7 and nbr1 grown on solid MS medium were transferred to the same medium (control) or the same medium containing 0.16 M NaCl and photographed 5 days later. The survived seedlings were scored 5 days after the transfer and the average values and SE were calculated from three experiments. According to Duncan's multiple range test (P = 0.05), means do not differ significantly if they are indicated with the same letter."}
{"words": ["(", "A", ")", "Eight", "weeks", "old", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "plants", "grown", "under", "normal", "growth", "conditions", "in", "a", "growth", "chamber", ".", "(", "B", ")", "Four", "weeks", "old", "WT", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "plants", "after", "being", "kept", "in", "the", "dark", "for", "6", "days", ".", "(", "C", ")", "Percentage", "of", "plants", "that", "survived", "the", "various", "lengths", "in", "dark", "as", "determined", "by", "resumption", "of", "growth", ".", "Each", "point", "represents", "the", "average", "of", "10", "plants", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Eight weeks old wild type (WT), atg5, atg7 and nbr1 plants grown under normal growth conditions in a growth chamber. (B) Four weeks old WT, atg5, atg7 and nbr1 plants after being kept in the dark for 6 days. (C) Percentage of plants that survived the various lengths in dark as determined by resumption of growth. Each point represents the average of 10 plants. The experiments were repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "Responses", "of", "Col", "-", "0", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg5", ",", "atg7", "and", "nbr1", "plants", "to", "Botrytis", ".", "Wild", "-", "type", "and", "mutant", "plants", "were", "inoculated", "by", "spraying", "with", "spore", "suspension", "at", "a", "density", "of", "2", ".", "5", "×", "105", "spores", "ml", "−", "1", ",", "and", "kept", "at", "high", "humidity", ".", "Pictures", "of", "representative", "plants", "were", "taken", "at", "4", "and", "5", "days", "post", "inoculation", "(", "dpi", ")", ".", "(", "B", ")", "Quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "the", "B", ".", "cinerea", "ActA", "(", "BcActA", ")", "transcript", "levels", "in", "infected", "Arabidopsis", "plants", "at", "5", "dpi", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Responses of Col-0 wild type (WT), atg5, atg7 and nbr1 plants to Botrytis. Wild-type and mutant plants were inoculated by spraying with spore suspension at a density of 2.5×105 spores ml−1, and kept at high humidity. Pictures of representative plants were taken at 4 and 5 days post inoculation (dpi). (B) Quantitative real-time PCR analysis of the B. cinerea ActA (BcActA) transcript levels in infected Arabidopsis plants at 5 dpi. The experiments were repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "Diagrams", "of", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "NBR1", "proteins", ".", "The", "conserved", "W", "and", "I", "residues", "in", "the", "LIR", "motif", "between", "the", "two", "UBA", "domains", "were", "changed", "to", "A", "residues", "in", "the", "NBR1W661A", "/", "I664A", "(", "mNBR1", ")", "mutant", "protein", ".", "(", "B", ")", "Five", "weeks", "-", "old", "Arabidopsis", "Col", "-", "0", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "nbr1", "and", "transgenic", "nbr1", "plants", "expressing", "the", "wild", "-", "type", "NBR1", "(", "lines", "3", "and", "6", ";", "see", "Figure", "S2", ")", "or", "the", "NBR1W661A", "/", "I664A", "(", "mNBR1", ")", "(", "lines", "2", "and", "6", ";", "see", "Figure", "S2", ")", "mutant", "gene", "were", "placed", "in", "a", "45", "°", "C", "growth", "chambers", "for", "10", "hours", "and", "then", "moved", "to", "room", "temperature", "for", "3", "-", "day", "recovery", "before", "the", "picture", "as", "taken", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Diagrams of wild-type and mutant NBR1 proteins. The conserved W and I residues in the LIR motif between the two UBA domains were changed to A residues in the NBR1W661A/I664A (mNBR1) mutant protein. (B) Five weeks-old Arabidopsis Col-0 wild type (WT), nbr1 and transgenic nbr1 plants expressing the wild-type NBR1 (lines 3 and 6; see Figure S2) or the NBR1W661A/I664A (mNBR1) (lines 2 and 6; see Figure S2) mutant gene were placed in a 45°C growth chambers for 10 hours and then moved to room temperature for 3-day recovery before the picture as taken. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["Leaf", "tissues", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "atg7", "expressing", "NBR1", "-", "TAP", "were", "collected", "at", "indicated", "hours", "(", "h", ")", "under", "45", "°", "C", "and", "prepared", "for", "soluble", "and", "insoluble", "proteins", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Proteins", "from", "the", "first", "supernatants", "(", "S", ")", "and", "last", "pellets", "(", "P", ")", "were", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGES", "and", "probed", "with", "a", "peroxidase", "-", "conjugated", "anti", "-", "peroxidase", "antibody", "for", "detection", "of", "NBR1", "-", "TAP", ".", "Protein", "samples", "prepared", "from", "non", "-", "transgenic", "Col", "-", "0", "wild", "-", "type", "plants", "were", "included", "as", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Leaf tissues from wild type (WT) and atg7 expressing NBR1-TAP were collected at indicated hours (h) under 45°C and prepared for soluble and insoluble proteins as described in Materials and Methods. Proteins from the first supernatants (S) and last pellets (P) were subjected to SDS-PAGES and probed with a peroxidase-conjugated anti-peroxidase antibody for detection of NBR1-TAP. Protein samples prepared from non-transgenic Col-0 wild-type plants were included as controls."}
{"words": ["(", "A", ")", "Accumulation", "of", "insoluble", "proteins", ".", "Leaf", "tissues", "from", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg7", "and", "nbr1", "mutants", "collected", "at", "indicated", "hours", "(", "h", ")", "under", "45", "°", "C", "for", "preparation", "of", "total", ",", "soluble", "and", "insoluble", "proteins", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Total", "proteins", "in", "the", "starting", "homogenates", "and", "insoluble", "proteins", "in", "the", "last", "pellets", "were", "determined", "the", "percentages", "of", "insoluble", "proteins", "to", "total", "proteins", "were", "calculated", ".", "(", "B", ")", "Profiles", "of", "soluble", "and", "insoluble", "proteins", ".", "Proteins", "from", "the", "first", "supernatants", "(", "S", ")", "and", "last", "pellets", "(", "P", ")", "were", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGES", "and", "stained", "with", "Coomassie", "brilliant", "blue", ".", "Major", "proteins", "accumulated", "in", "the", "pellets", "from", "heat", "-", "stressed", "atg7", "mutant", "plants", "were", "indicated", "by", "arrows", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Accumulation of insoluble proteins. Leaf tissues from wild-type (WT), atg7 and nbr1 mutants collected at indicated hours (h) under 45°C for preparation of total, soluble and insoluble proteins as described in Materials and Methods. Total proteins in the starting homogenates and insoluble proteins in the last pellets were determined the percentages of insoluble proteins to total proteins were calculated. (B) Profiles of soluble and insoluble proteins. Proteins from the first supernatants (S) and last pellets (P) were subjected to SDS-PAGES and stained with Coomassie brilliant blue. Major proteins accumulated in the pellets from heat-stressed atg7 mutant plants were indicated by arrows."}
{"words": ["Leaf", "tissues", "from", "wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "atg7", "and", "nbr1", "mutants", "were", "collected", "at", "indicated", "hours", "(", "h", ")", "under", "45", "°", "C", "and", "prepared", "for", "soluble", "and", "insoluble", "proteins", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Proteins", "from", "the", "first", "supernatants", "(", "S", ")", "and", "last", "pellets", "(", "P", ")", "were", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGES", "and", "probed", "with", "anti", "-", "ubiquitin", "monoclonal", "antibody", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Leaf tissues from wild type (WT), atg7 and nbr1 mutants were collected at indicated hours (h) under 45°C and prepared for soluble and insoluble proteins as described in Materials and Methods. Proteins from the first supernatants (S) and last pellets (P) were subjected to SDS-PAGES and probed with anti-ubiquitin monoclonal antibody. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["B", ".", "Immunoblot", "shows", "GST", "-", "GGA", "-", "GAT", "domain", "bound", "Arf1", "(", "active", ";", "top", ")", "and", "total", "Arf1", "(", "input", "lysates", ";", "bottom", ")", "from", "equal", "aliquots", "of", "lysates", "of", "HeLa", "cells", "that", "were", "stimulated", "with", "EGF", "for", "the", "indicated", "time", "points", "prior", "to", "lysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Immunoblot shows GST-GGA-GAT domain bound Arf1 (active; top) and total Arf1 (input lysates; bottom) from equal aliquots of lysates of HeLa cells that were stimulated with EGF for the indicated time points prior to lysis."}
{"words": ["C", ".", "Graphs", "display", "the", "model", "fitting", "for", "Arf1", "activation", "dynamics", ".", "The", "experimentally", "determined", "Arf1", "activation", "(", "in", "B", ")", "dynamics", "are", "displayed", "as", "black", "dots", "with", "error", "bars", ",", "representing", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ",", "and", "numerical", "simulation", "is", "shown", "by", "the", "blue", "continuous", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Graphs display the model fitting for Arf1 activation dynamics. The experimentally determined Arf1 activation (in B) dynamics are displayed as black dots with error bars, representing mean ± S.E.M (n=3 biological replicates), and numerical simulation is shown by the blue continuous line."}
{"words": ["E", ".", "HeLa", "cells", "expressing", "Arf1", "-", "HA", "were", "serum", "starved", "overnight", "(", "E", ",", "top", ")", "and", "subsequently", "stimulated", "with", "EGF", "for", "5", "min", "(", "E", ",", "bottom", ")", "prior", "to", "fixation", "with", "PFA", ".", "Fixed", "cells", "were", "stained", "for", "Arf1", "(", "HA", ";", "green", ")", "and", "GIV", "(", "red", ")", "and", "nuclei", "(", "DAPI", ";", "blue", ")", ".", "Panels", "on", "the", "left", "show", "overlay", "of", "all", "3", "stains", "and", "representative", "RGB", "plots", "of", "sections", "through", "the", "Arf1", "-", "stained", "pixels", ".", "Panels", "on", "the", "right", "display", "the", "magnified", "3D", "surface", "plots", "of", "the", "boxed", "regions", "in", "the", "left", "panels", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. HeLa cells expressing Arf1-HA were serum starved overnight (E, top) and subsequently stimulated with EGF for 5 min (E, bottom) prior to fixation with PFA. Fixed cells were stained for Arf1 (HA; green) and GIV (red) and nuclei (DAPI; blue). Panels on the left show overlay of all 3 stains and representative RGB plots of sections through the Arf1-stained pixels. Panels on the right display the magnified 3D surface plots of the boxed regions in the left panels. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["C", ".", "Equal", "aliquots", "(", "~", "45", "µg", ")", "of", "whole", "cell", "lysates", "of", "control", "(", "shControl", ";", "top", ")", "and", "GIV", "-", "GEM", "depleted", "(", "shGIV", ";", "bottom", ")", "HeLa", "cells", "were", "analyzed", "for", "GIV", "and", "tubulin", "(", "loading", "control", ")", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Equal aliquots (~45 µg) of whole cell lysates of control (shControl; top) and GIV-GEM depleted (shGIV; bottom) HeLa cells were analyzed for GIV and tubulin (loading control) by immunoblotting (IB)."}
{"words": ["D", ".", "Control", "(", "sh", "Control", ";", "top", ")", "and", "GIV", "-", "GEM", "depleted", "(", "shGIV", ";", "bottom", ")", "HeLa", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Gαi1", "-", "YFP", ",", "Gβ1", "-", "CFP", "and", "Gγ2", "(", "untagged", ")", "and", "live", "cells", "were", "analyzed", "by", "FRET", "imaging", "at", "steady", "-", "state", ",", "after", "being", "serum", "starved", "in", "0", ".", "2", "%", "FBS", "overnight", "and", "then", "after", "stimulation", "with", "50", "nM", "EGF", ".", "Representative", "freeze", "-", "frame", "FRET", "images", "are", "shown", ".", "FRET", "image", "panels", "display", "intensities", "of", "acceptor", "emission", "due", "to", "efficient", "energy", "transfer", "in", "each", "pixel", ".", "FRET", "scale", "is", "shown", "in", "the", "inset", ".", "Golgi", "and", "PM", "regions", "of", "interest", "are", "indicated", "with", "arrows", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "See", "also", "Figure", "EV2A", "-", "B", "for", "free", "-", "frame", "images", "for", "additional", "time", "points", "in", "control", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Control (sh Control; top) and GIV-GEM depleted (shGIV; bottom) HeLa cells were co-transfected with Gαi1-YFP, Gβ1-CFP and Gγ2 (untagged) and live cells were analyzed by FRET imaging at steady-state, after being serum starved in 0.2% FBS overnight and then after stimulation with 50 nM EGF. Representative freeze-frame FRET images are shown. FRET image panels display intensities of acceptor emission due to efficient energy transfer in each pixel. FRET scale is shown in the inset. Golgi and PM regions of interest are indicated with arrows. Scale bar = 10 µm. See also Figure EV2A-B for free-frame images for additional time points in control HeLa cells."}
{"words": ["F", ".", "HeLa", "cells", "starved", "with", "0", ".", "2", "%", "FBS", "overnight", "or", "stimulated", "subsequently", "with", "50", "nM", "EGF", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "active", "Gαi", "(", "green", ";", "anti", "-", "Gαi", ":", "GTP", "mAb", ")", "and", "Man", "II", "(", "red", ")", "and", "analyzed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Activation", "of", "Gαi", "was", "detected", "exclusively", "after", "EGF", "stimulation", ".", "When", "detected", ",", "active", "Gαi", "colocalizes", "with", "Man", "II", "(", "yellow", "pixels", "in", "merge", "panel", ")", ".", "See", "also", "Figure", "EV2C", "-", "D", "for", "additional", "time", "points", "and", "stimulus", ".", "Scale", "bar", "=", "7", ".", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. HeLa cells starved with 0.2% FBS overnight or stimulated subsequently with 50 nM EGF were fixed and stained for active Gαi (green; anti-Gαi:GTP mAb) and Man II (red) and analyzed by confocal microscopy. Activation of Gαi was detected exclusively after EGF stimulation. When detected, active Gαi colocalizes with Man II (yellow pixels in merge panel). See also Figure EV2C-D for additional time points and stimulus. Scale bar = 7.5 µm."}
{"words": ["G", ".", "Model", "fit", "for", "the", "fold", "change", "of", "active", "tGTPase", "(", "denoted", "as", "tG", "*", ")", ".", "Experiment", "data", "is", "the", "fold", "change", "of", "∆", "FRET", "/", "CFP", "in", "D", "and", "is", "shown", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", "(", "n", "=", "8", ";", "3", "-", "5", "cells", "from", "2", "independent", "biological", "experiments", ")", ".", "Continuous", "lines", "display", "the", "model", "simulation", "results", "after", "parameter"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Model fit for the fold change of active tGTPase (denoted as tG*). Experiment data is the fold change of ∆FRET/CFP in D and is shown as mean ± S.E.M (n=8; 3-5 cells from 2 independent biological experiments). Continuous lines display the model simulation results after parameter fitting"}
{"words": ["I", ".", "Immunoblot", "shows", "bound", "Arf1", "(", "active", ";", "top", ")", "and", "total", "Arf1", "(", "input", "lysates", ";", "bottom", ")", "from", "equal", "aliquots", "of", "lysates", "of", "control", "(", "sh", "Control", ")", "and", "GIV", "-", "depleted", "(", "shGIV", ")", "HeLa", "cells", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "EGF", "for", "the", "indicated", "time", "points", "prior", "to", "lysis", ".", "Bar", "graphs", "in", "Figure", "EV2E", "display", "the", "fold", "change", "in", "Arf1", "activity", "normalized", "to", "t0", "min", ".", "'", "Low", "'", "and", "'", "high", "'", "indicate", "exposures", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Immunoblot shows bound Arf1 (active; top) and total Arf1 (input lysates; bottom) from equal aliquots of lysates of control (sh Control) and GIV-depleted (shGIV) HeLa cells. Cells were stimulated with EGF for the indicated time points prior to lysis. Bar graphs in Figure EV2E display the fold change in Arf1 activity normalized to t0 min. 'Low' and 'high' indicate exposures."}
{"words": ["D", "-", "E", ".", "The", "secretion", "(", "D", ")", "or", "the", "cell", "number", "(", "E", ")", "as", "a", "function", "of", "stimulus", "in", "coupled", "and", "uncoupled", "switches", ".", "The", "stimulus", "=", "0", ",", "0", ".", "00046", ",", "0", ".", "0046", ",", "0", ".", "046", ",", "0", ".", "115", ",", "0", ".", "23", "and", "0", ".", "46", "correspond", "to", "varying", "doses", "of", "EGF", "in", "simulations", ",", "ranging", "from", "0", ",", "0", ".", "1", "nM", ",", "1", "nM", ",", "10", "nM", ",", "25", "nM", ",", "50", "nM", ",", "and", "100", "nM", ",", "respectively", ".", "The", "error", "bar", "denotes", "the", "S", ".", "D", "based", "on", "1000", "repeated", "independent", "simulations", "of", "ODEs", "when", "noise", "is", "in", "the", "stimulus", "and", "connections", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-E. The secretion (D) or the cell number (E) as a function of stimulus in coupled and uncoupled switches. The stimulus =0, 0.00046, 0.0046, 0.046, 0.115, 0.23 and 0.46 correspond to varying doses of EGF in simulations, ranging from 0, 0.1 nM, 1 nM, 10 nM, 25 nM, 50 nM, and 100 nM, respectively. The error bar denotes the S.D based on 1000 repeated independent simulations of ODEs when noise is in the stimulus and connections."}
{"words": ["F", ".", "The", "bar", "plot", "depicts", "cell", "numbers", "achieved", "by", "cells", "with", "either", "coupled", "or", "uncoupled", "switches", ",", "at", "different", "levels", "of", "stimulus", ".", "For", "the", "first", "two", "bars", ",", "the", "height", "and", "error", "bars", "are", "the", "mean", "and", "S", ".", "D", ".", "of", "cell", "number", "when", "stimulus", "=", "0", ".", "046", "in", "E", ",", "respectively", ".", "For", "the", "last", "two", "bars", ",", "the", "height", "and", "error", "bars", "are", "the", "mean", "and", "S", ".", "D", ".", "of", "cell", "number", "when", "stimulus", "=", "0", "in", "E", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. The bar plot depicts cell numbers achieved by cells with either coupled or uncoupled switches, at different levels of stimulus. For the first two bars, the height and error bars are the mean and S.D. of cell number when stimulus =0.046 in E, respectively. For the last two bars, the height and error bars are the mean and S.D. of cell number when stimulus =0 in E, respectively."}
{"words": ["B", ".", "Immunoblots", "showing", "intracellular", "(", "left", ")", "and", "secreted", "(", "in", "the", "media", ";", "right", ")", "GFP", "-", "MMP9", "at", "24", "h", "after", "stimulation", "with", "varying", "doses", "of", "EGF", ".", "Tubulin", ",", "used", "as", "a", "loading", "control", ",", "confirms", "the", "presence", "of", "a", "similar", "number", "of", "plated", "cells", "in", "the", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Immunoblots showing intracellular (left) and secreted (in the media; right) GFP-MMP9 at 24 h after stimulation with varying doses of EGF. Tubulin, used as a loading control, confirms the presence of a similar number of plated cells in the assay."}
{"words": ["C", ".", "Left", ":", "Graph", "displays", "experimentally", "determined", "secretion", "of", "GFP", "-", "MMP9", "in", "response", "to", "varying", "doses", "of", "EGF", "in", "control", "(", "shControl", ")", "and", "GIV", "-", "depleted", "(", "shGIV", ")", "HeLa", "cells", "(", "as", "in", "B", ")", ",", "and", "quantified", "by", "band", "densitometry", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "p", "values", "were", "determined", "by", "two", "-", "sided", "unpaired", "t", "-", "test", ".", "Right", ":", "Schematic", "diagram", "of", "dose", "responses", "(", "mG", "*", "and", "secretion", ")", "for", "the", "single", "switch", "and", "coupled", "switches", ".", "Coupled", "switches", "stretch", "the", "range", "of", "proportionate", "responses", ".", "Single", "mG", "switch", "results", "in", "misaligned", "responses", ".", "DoRA", ",", "dose", "response", "alignment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Left: Graph displays experimentally determined secretion of GFP-MMP9 in response to varying doses of EGF in control (shControl) and GIV-depleted (shGIV) HeLa cells (as in B), and quantified by band densitometry. Results are expressed as mean ± S.E.M; n = 3 biological replicates. p values were determined by two-sided unpaired t-test. Right: Schematic diagram of dose responses (mG* and secretion) for the single switch and coupled switches. Coupled switches stretch the range of proportionate responses. Single mG switch results in misaligned responses. DoRA, dose response alignment."}
{"words": ["G", "-", "H", ".", "Control", "(", "parental", ")", "and", "GIV", "-", "depleted", "(", "GIV", "KO", ")", "HeLa", "cells", "grown", "in", "different", "concentrations", "of", "serum", "(", "FBS", "%", ")", "were", "treated", "or", "not", "with", "varying", "concentrations", "of", "BFA", "(", "µM", ")", "as", "indicated", ".", "Line", "graphs", "in", "3D", "(", "G", ")", "depict", "the", "formazan", "absorbance", "expressed", "as", "a", "measure", "of", "cell", "viability", "from", "the", "HeLa", "cells", "in", "various", "conditions", "tested", ".", "Bar", "graphs", "(", "H", ")", "depict", "the", "cell", "number", "in", "serum", "-", "free", "growth", "conditions", "that", "are", "supported", "exclusively", "by", "autocrine", "secrete", "-", "and", "-", "sense", "loop", "(", "without", "BFA", ";", "BFA", "=", "0", ".", "0", "µM", ")", "or", "when", "such", "loop", "is", "interrupted", "(", "BFA", "=", "0", ".", "1", "µM", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "one", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-H. Control (parental) and GIV-depleted (GIV KO) HeLa cells grown in different concentrations of serum (FBS%) were treated or not with varying concentrations of BFA (µM) as indicated. Line graphs in 3D (G) depict the formazan absorbance expressed as a measure of cell viability from the HeLa cells in various conditions tested. Bar graphs (H) depict the cell number in serum-free growth conditions that are supported exclusively by autocrine secrete-and-sense loop (without BFA; BFA = 0.0 µM) or when such loop is interrupted (BFA = 0.1 µM). Results are expressed as mean ± S.E.M; n = 3 biological replicates. Statistical significance was determined by one way ANOVA."}
{"words": ["I", "-", "K", ".", "Control", "(", "parental", ")", "and", "GIV", "-", "depleted", "(", "GIV", "KO", ")", "MDA", "MB", "-", "231", "cells", "grown", "in", "different", "concentrations", "of", "serum", "(", "FBS", "%", ")", "were", "treated", "or", "not", "with", "varying", "concentrations", "of", "BFA", "(", "µM", ")", "as", "in", "G", "-", "H", ".", "Line", "graphs", "in", "3D", "(", "I", ")", "depict", "the", "formazan", "absorbance", "expressed", "as", "a", "measure", "of", "cell", "viability", "from", "the", "MDA", "MB", "-", "231", "cells", "in", "various", "conditions", "tested", ".", "Bar", "graphs", "(", "J", ")", "depict", "the", "viability", "of", "the", "MDA", "MB", "-", "231", "cells", "in", "serum", "-", "free", "growth", "conditions", "that", "are", "supported", "exclusively", "by", "autocrine", "secrete", "-", "and", "-", "sense", "loop", "(", "without", "BFA", ";", "BFA", "=", "0", ".", "0", "µM", ")", "or", "when", "such", "loop", "is", "interrupted", "(", "BFA", "=", "0", ".", "1", "µM", ")", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "one", "way", "ANOVA", ".", "Immunoblots", "(", "K", ")", "of", "equal", "aliquots", "of", "whole", "cell", "lysates", "confirm", "the", "depletion", "of", "GIV", "compared", "to", "tubulin", "(", "loading", "control", ")", ".", "See", "also", "Appendix", "Figure", "S5D", "-", "H", "for", "dot", "plots", "and", "early", "and", "late", "apoptotic", "fractions", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ";", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-K. Control (parental) and GIV-depleted (GIV KO) MDA MB-231 cells grown in different concentrations of serum (FBS%) were treated or not with varying concentrations of BFA (µM) as in G-H. Line graphs in 3D (I) depict the formazan absorbance expressed as a measure of cell viability from the MDA MB-231 cells in various conditions tested. Bar graphs (J) depict the viability of the MDA MB-231 cells in serum-free growth conditions that are supported exclusively by autocrine secrete-and-sense loop (without BFA; BFA = 0.0 µM) or when such loop is interrupted (BFA = 0.1 µM). Results are expressed as mean ± S.E.M; n = 3 biological replicates. Statistical significance was determined by one way ANOVA. Immunoblots (K) of equal aliquots of whole cell lysates confirm the depletion of GIV compared to tubulin (loading control). See also Appendix Figure S5D-H for dot plots and early and late apoptotic fractions. Results are expressed as mean ± S.E.M; n = 3 biological replicates."}
{"words": ["Quantification", "of", "mitotic", "defects", "as", "in", "(", "B", ")", "of", "H2B", "-", "mNeon", "-", "expressing", "HeLaEGFP", "-", "AID", "-", "CENATAC", "cells", "treated", "as", "indicated", "(", "three", "or", "five", "biological", "replicates", ",", ">", "85", "cells", "in", "total", "per", "condition", ")", ".", "For", "2xZF", "the", "four", "zinc", "-", "finger", "cysteines", "were", "mutated", "to", "alanines", ";", "for", "Δ1", "-", "4", "the", "corresponding", "motif", "was", "removed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of mitotic defects as in (B) of H2B-mNeon-expressing HeLaEGFP-AID-CENATAC cells treated as indicated (three or five biological replicates, >85 cells in total per condition). For 2xZF the four zinc-finger cysteines were mutated to alanines; for Δ1-4 the corresponding motif was removed."}
{"words": ["Representative", "stills", "of", "HeLaEGFP", "-", "AID", "-", "CENATAC", "cells", "expressing", "H2B", "-", "mNeon", "and", "depleted", "of", "CENATAC", ".", "Microtubules", "were", "visualized", "with", "SiR", "-", "Tubulin", ".", "Arrowheads", "and", "arrows", "indicate", "non", "-", "congressed", "chromosomes", "and", "supernumerary", "spindle", "poles", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", ".", "Time", "in", "hours", ".", "See", "Figure", "EV2", "for", "the", "control", "condition", ".", "See", "also", "Movies", "EV1", "and", "EV2", ".", "IAA", ",", "3", "-", "indoleacetic", "acid", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0], "text": "Representative stills of HeLaEGFP-AID-CENATAC cells expressing H2B-mNeon and depleted of CENATAC. Microtubules were visualized with SiR-Tubulin. Arrowheads and arrows indicate non-congressed chromosomes and supernumerary spindle poles, respectively. Scale bar, 5 μm. Time in hours. See Figure EV2 for the control condition. See also Movies EV1 and EV2. IAA, 3-indoleacetic acid."}
{"words": ["Graph", "of", "fold", "-", "changes", "of", "proteins", "enriched", "(", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "proteomics", "analysis", "of", "CENATAC", "vs", ".", "control", "co", "-", "immunoprecipitations", "of", "HeLaEGFP", "-", "CENATAC", "cells", "(", "three", "biological", "replicates", ")", ".", "Splicing", "factors", "are", "depicted", "in", "orange", ".", "See", "also", "Appendix", "Figure", "S7", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Graph of fold-changes of proteins enriched (P-value < 0.05) in proteomics analysis of CENATAC vs. control co-immunoprecipitations of HeLaEGFP-CENATAC cells (three biological replicates). Splicing factors are depicted in orange. See also Appendix Figure S7."}
{"words": ["Glycerol", "gradient", "(", "10", "-", "30", "%", ")", "analysis", "of", "HeLa", "S3", "nuclear", "extracts", ".", "snRNAs", "were", "detected", "by", "Northern", "blot", "analysis", ",", "proteins", "(", "CENATAC", "and", "PRPF4", ")", "by", "western", "blot", ".", "Locations", "of", "the", "U6atac", "mono", "-", "snRNP", ",", "U4atac", "/", "U6atac", "di", "-", "snRNP", "and", "U4atac", "/", "U6atac", ".", "U5", "tri", "-", "snRNP", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Glycerol gradient (10-30%) analysis of HeLa S3 nuclear extracts. snRNAs were detected by Northern blot analysis, proteins (CENATAC and PRPF4) by western blot. Locations of the U6atac mono-snRNP, U4atac/U6atac di-snRNP and U4atac/U6atac.U5 tri-snRNP are indicated."}
{"words": ["RT", "-", "PCRs", "of", "IPO5", ",", "SUDS3", "and", "ZCCHC8", "minor", "and", "adjacent", "major", "introns", "on", "RNA", "extracted", "from", "patient", "lymphoblasts", "or", "HeLaEGFP", "-", "AID", "-", "CENATAC", "cells", "depleted", "of", "GAPDH", "or", "CENATAC", "as", "indicated", ".", "u", ",", "unspliced", ";", "s", ",", "spliced", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-PCRs of IPO5, SUDS3 and ZCCHC8 minor and adjacent major introns on RNA extracted from patient lymphoblasts or HeLaEGFP-AID-CENATAC cells depleted of GAPDH or CENATAC as indicated. u, unspliced; s, spliced."}
{"words": ["RT", "-", "PCRs", "of", "ZRSR2", "and", "GAPDH", "(", "to", "visualize", "ZRSR2", "knockdown", "efficiency", ",", "upper", ")", "and", "RT", "-", "PCRs", "of", "SUDS3", "minor", "intron", "7", "(", "middle", ")", "and", "major", "intron", "5", "(", "lower", ")", "on", "RNA", "extracted", "from", "HeLaEGFP", "-", "AID", "-", "CENATAC", "or", "DLD", "-", "1", "cells", "depleted", "of", "GAPDH", "or", "ZRSR2", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "RT-PCRs of ZRSR2 and GAPDH (to visualize ZRSR2 knockdown efficiency, upper) and RT-PCRs of SUDS3 minor intron 7 (middle) and major intron 5 (lower) on RNA extracted from HeLaEGFP-AID-CENATAC or DLD-1 cells depleted of GAPDH or ZRSR2 as indicated."}
{"words": ["RT", "-", "PCR", "of", "major", "(", "U2", "-", "type", ")", "AT", "-", "AC", "introns", "in", "SYCP2", "(", "intron", "5", ")", "and", "TAF2", "(", "intron", "1", ")", ",", "and", "minor", "(", "U12", "-", "type", ")", "AT", "-", "AC", "intron", "in", "IPO5", "(", "intron", "21", ")", "on", "RNA", "extracted", "from", "HeLaEGFP", "-", "AID", "-", "CENATAC", "cells", "depleted", "of", "GAPDH", "or", "CENATAC", ".", "Schematic", "representations", "of", "unspliced", "/", "spliced", "PCR", "products", "are", "depicted", "on", "the", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-PCR of major (U2-type) AT-AC introns in SYCP2 (intron 5) and TAF2 (intron 1), and minor (U12-type) AT-AC intron in IPO5 (intron 21) on RNA extracted from HeLaEGFP-AID-CENATAC cells depleted of GAPDH or CENATAC. Schematic representations of unspliced/spliced PCR products are depicted on the right."}
{"words": ["RT", "-", "PCR", "P120", "reporter", "assay", "(", "Hall", "&", "Padgett", ",", "1996", ")", "to", "measure", "the", "relative", "usage", "of", "A", "-", "type", "(", "AT", "-", "AC", ")", "and", "G", "-", "type", "(", "GT", "-", "AG", ")", "5", "'", "splice", "sites", "in", "direct", "competition", ".", "Upper", ":", "schematic", "diagram", "showing", "the", "overall", "architecture", "of", "the", "reporter", "construct", "with", "its", "down", "-", "and", "upstream", "splice", "site", "(", "thick", "red", "and", "blue", "bars", ",", "respectively", ")", "and", "the", "products", "created", "by", "splicing", "(", "Dn", "and", "Up", ",", "respectively", ")", ".", "Lower", ":", "RT", "-", "PCRs", "of", "the", "reporter", "with", "A", "-", "or", "G", "-", "type", "splice", "sites", "in", "the", "down", "-", "or", "upstream", "positions", "as", "indicated", "below", "the", "gel", ".", "SS", ",", "splice", "site", ".", "*", ",", "PCR", "product", "after", "use", "of", "a", "cryptic", "major", "splice", "site", "(", "not", "shown", "in", "the", "schematic", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RT-PCR P120 reporter assay(Hall & Padgett, 1996) to measure the relative usage of A-type (AT-AC) and G-type (GT-AG) 5' splice sites in direct competition. Upper: schematic diagram showing the overall architecture of the reporter construct with its down- and upstream splice site (thick red and blue bars, respectively) and the products created by splicing (Dn and Up, respectively). Lower: RT-PCRs of the reporter with A- or G-type splice sites in the down- or upstream positions as indicated below the gel. SS, splice site. *, PCR product after use of a cryptic major splice site (not shown in the schematic)."}
{"words": ["A", ".", "Intracellular", "survival", "of", "GAS", "strains", "188", ",", "188SLO", "-", "(", "SLO", "-", ")", ",", "and", "188NADase", "-", "(", "NADase", "-", ")", ".", "Intracellular", "CFU", "were", "quantified", "at", "2", "h", ",", "4", "h", ",", "6", "h", ",", "8", "h", ",", "and", "24", "h", ",", "and", "intracellular", "survival", "was", "calculated", "as", "the", "percent", "viable", "CFU", "compared", "to", "2", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Intracellular survival of GAS strains 188, 188SLO- (SLO-), and 188NADase- (NADase-). Intracellular CFU were quantified at 2 h, 4 h, 6 h, 8 h, and 24 h, and intracellular survival was calculated as the percent viable CFU compared to 2 h."}
{"words": ["B", ".", "Intracellular", "survival", "of", "GAS", "strain", "188SLO", "-", "that", "was", "partially", "complemented", "from", "plasmid", "piSLO", "(", "SLO", "-", "(", "piSLO", ")", ")", ",", "strain", "188", "and", "188SLO", "-", "that", "contained", "the", "empty", "complementation", "vector", ",", "188", "(", "pSIV4", ")", "and", "SLO", "-", "(", "pSIV4", ")", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Intracellular survival of GAS strain 188SLO- that was partially complemented from plasmid piSLO (SLO-(piSLO)), strain 188 and 188SLO- that contained the empty complementation vector, 188(pSIV4) and SLO-(pSIV4), respectively."}
{"words": ["C", ".", "Intracellular", "survival", "of", "GAS", "strain", "JRS4", ",", "JRS4SLO", "-", "(", "SLO", "-", ")", ",", "and", "JRS4NADase", "-", "(", "NADase", "-", ")", ".", "Experiments", "were", "performed", "in", "triplicate", "and", "values", "represent", "the", "mean", "of", "three", "independent", "experiments", "±", "SD", ".", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Intracellular survival of GAS strain JRS4, JRS4SLO- (SLO-), and JRS4NADase- (NADase-). Experiments were performed in triplicate and values represent the mean of three independent experiments ± SD. *, P<0.001."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "microscopy", "of", "the", "association", "between", "EGFP", "-", "LC3", "and", "GAS", "strain", "188", ",", "188SLO", "-", "(", "SLO", "-", ")", ",", "188SLS", "-", "(", "SLS", "-", ")", ",", "or", "188SLO", "-", "SLS", "-", "(", "SLO", "-", "SLS", "-", ")", ".", "Immunofluorescent", "staining", "distinguished", "intracellular", "(", "Alexa", "-", "568", ",", "red", ")", "from", "extracellular", "(", "Alexa", "-", "568", "and", "Alexa", "-", "660", ",", "red", "and", "blue", ",", "respectively", ")", "GAS", ".", "Scale", "bar", " ", "=", " ", "10", "µm", ".", "The", "percent", "of", "intracellular", "GAS", "that", "were", "associated", "with", "EGFP", "-", "LC3", "at", "3", "h", "post", "-", "infection", "is", "shown", "for", "each", "strain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal microscopy of the association between EGFP-LC3 and GAS strain 188, 188SLO- (SLO-), 188SLS- (SLS-), or 188SLO-SLS- (SLO-SLS-). Immunofluorescent staining distinguished intracellular (Alexa-568, red) from extracellular (Alexa-568 and Alexa-660, red and blue, respectively) GAS. Scale bar = 10 µm. The percent of intracellular GAS that were associated with EGFP-LC3 at 3 h post-infection is shown for each strain."}
{"words": ["B", ".", "Electron", "microscopy", "of", "GAS", "strains", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "and", "188SLO", "-", "SLS", "-", "at", "3", "h", "post", "-", "infection", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "presence", "of", "double", "or", "multiple", "membranes", "(", "188", "and", "188SLO", "-", ")", "or", "single", "membranes", "(", "188SLO", "-", "SLS", "-", ")", "partially", "or", "completely", "surrounding", "bacteria", ".", "Vacuolar", "compartments", "associated", "with", "188", "and", "188SLO", "-", "also", "contain", "cytosolic", "material", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Electron microscopy of GAS strains 188, 188SLO-, and 188SLO-SLS- at 3 h post-infection. Arrowheads indicate the presence of double or multiple membranes (188 and 188SLO-) or single membranes (188SLO-SLS-) partially or completely surrounding bacteria. Vacuolar compartments associated with 188 and 188SLO- also contain cytosolic material."}
{"words": ["C", ".", "Intracellular", "survival", "of", "GAS", "strains", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "188SLS", "-", ",", "and", "188SLO", "-", "SLS", "-", ".", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Intracellular survival of GAS strains 188, 188SLO-, 188SLS-, and 188SLO-SLS-. *, P<0.05."}
{"words": ["D", ".", "Intracellular", "survival", "of", "188", "or", "188SLO", "-", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Beclin1", "knockdown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D. Intracellular survival of 188 or 188SLO- in the presence or absence of Beclin1 knockdown."}
{"words": ["A", ".", "Intracellular", "survival", "of", "GAS", "strains", "188", ",", "188NADase", "-", ",", "and", "188NADase", "(", "G330D", ")", ".", "Deletion", "of", "the", "gene", "encoding", "NADase", "or", "inactivation", "of", "NADase", "by", "the", "amino", "acid", "substitution", "G330D", "resulted", "in", "a", "20", "-", "to", "40", "-", "fold", "reduction", "in", "intracellular", "survival", "compared", "to", "parent", "strain", "188", ".", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Intracellular survival of GAS strains 188, 188NADase-, and 188NADase(G330D). Deletion of the gene encoding NADase or inactivation of NADase by the amino acid substitution G330D resulted in a 20- to 40-fold reduction in intracellular survival compared to parent strain 188. *, P<0.001."}
{"words": ["and", "activity", "measurements", "(", "C", ")", "of", "culture", "supernatants", "from", "GAS", "strains", "188", ",", "188NADase", "-", ",", "and", "188NADase", "(", "G330D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "and activity measurements (C) of culture supernatants from GAS strains 188, 188NADase-, and 188NADase(G330D)."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "microscopy", "demonstrating", "the", "association", "between", "ubiquitin", "(", "green", ")", "and", "intracellular", "GAS", "(", "red", ")", "at", "30", "min", "post", "-", "infection", "in", "keratinocytes", "infected", "with", "GAS", "strain", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "188NADase", "-", ",", "or", "188SLO", "(", "Y255A", ")", ".", "Extracellular", "GAS", "were", "stained", "blue", "and", "red", "for", "identification", "as", "described", "in", "Figure", "2", ".", "Scale", "bar", " ", "=", " ", "10", "µm", ".", "The", "percentage", "of", "intracellular", "GAS", "that", "were", "associated", "with", "ubiquitin", "is", "indicated", "for", "each", "strain", ",", "based", "on", "quantification", "of", "at", "least", "100", "bacteria", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal microscopy demonstrating the association between ubiquitin (green) and intracellular GAS (red) at 30 min post-infection in keratinocytes infected with GAS strain 188, 188SLO-, 188NADase-, or 188SLO(Y255A). Extracellular GAS were stained blue and red for identification as described in Figure 2. Scale bar = 10 µm. The percentage of intracellular GAS that were associated with ubiquitin is indicated for each strain, based on quantification of at least 100 bacteria in three independent experiments."}
{"words": ["B", ".", "Hemolytic", "activity", "of", "culture", "supernatants", "of", "GAS", "strain", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "and", "188SLO", "(", "Y255A", ")", ".", "The", "amino", "acid", "substitution", "Y255A", "in", "SLO", "abrogates", "the", "ability", "of", "SLO", "to", "porate", "the", "host", "cell", "membrane", ",", "demonstrated", "by", "the", "failure", "of", "culture", "supernatants", "from", "188SLO", "(", "Y255A", ")", "to", "lyse", "erythrocytes", "despite", "producing", "wild", "-", "type", "amounts", "of", "the", "variant", "SLO", "protein", ".", "Inset", ",", "corresponding", "Western", "blot", "for", "SLO", "in", "culture", "supernatants", "from", "these", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Hemolytic activity of culture supernatants of GAS strain 188, 188SLO-, and 188SLO(Y255A). The amino acid substitution Y255A in SLO abrogates the ability of SLO to porate the host cell membrane, demonstrated by the failure of culture supernatants from 188SLO(Y255A) to lyse erythrocytes despite producing wild-type amounts of the variant SLO protein. Inset, corresponding Western blot for SLO in culture supernatants from these strains."}
{"words": [".", "C", ".", "NADase", "activity", "in", "cell", "culture", "supernatants", "and", "in", "the", "cytosol", "of", "keratinocytes", "infected", "with", "GAS", "strain", "771", ",", "771SLO", "-", ",", "771SLO", "(", "Y255A", ")", ",", "or", "771NADase", "-", ".", "Intracellular", "NADase", "activity", "due", "to", "translocation", "by", "extracellular", "GAS", "was", "identical", "between", "771", "and", "771SLO", "(", "Y255A", ")", ",", "but", "reduced", "in", "771SLO", "-", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". C. NADase activity in cell culture supernatants and in the cytosol of keratinocytes infected with GAS strain 771, 771SLO-, 771SLO(Y255A), or 771NADase-. Intracellular NADase activity due to translocation by extracellular GAS was identical between 771 and 771SLO(Y255A), but reduced in 771SLO-."}
{"words": ["D", ".", "The", "intracellular", "survival", "of", "188SLO", "(", "Y255A", ")", "was", "significantly", "lower", "than", "that", "of", "its", "parental", "strain", ",", "188", ",", "and", "similar", "to", "that", "of", "188SLO", "-", ".", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The intracellular survival of 188SLO(Y255A) was significantly lower than that of its parental strain, 188, and similar to that of 188SLO-. *, P<0.01."}
{"words": ["E", ".", "Confocal", "microscopy", "demonstrating", "the", "association", "between", "galectin", "8", "(", "green", ")", "and", "intracellular", "GAS", "(", "red", ")", "in", "keratinocytes", "infected", "for", "30", "min", "with", "GAS", "strain", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "or", "188", "SLO", "-", "SLS", "-", ".", "Extracellular", "GAS", "(", "GAS", "(", "out", ")", ")", "were", "stained", "blue", "and", "red", "for", "identification", "as", "described", "in", "Figure", "2", ".", "Scale", "bar", " ", "=", " ", "10", "µm", ".", "The", "percentage", "of", "intracellular", "GAS", "that", "were", "associated", "with", "galectin", "8", "is", "indicated", "for", "each", "strain", ",", "based", "on", "quantification", "of", "at", "least", "100", "bacteria", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "188SLO", "-", "SLS", "-", "was", "never", "associated", "with", "galectin", "8", "(", "0", "%", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Confocal microscopy demonstrating the association between galectin 8 (green) and intracellular GAS (red) in keratinocytes infected for 30 min with GAS strain 188, 188SLO-, or 188 SLO-SLS-. Extracellular GAS (GAS(out)) were stained blue and red for identification as described in Figure 2. Scale bar = 10 µm. The percentage of intracellular GAS that were associated with galectin 8 is indicated for each strain, based on quantification of at least 100 bacteria in three independent experiments. 188SLO-SLS- was never associated with galectin 8 (0%)."}
{"words": ["SLO", "and", "NADase", "inhibit", "lysosomal", "fusion", "to", "GAS", "-", "containing", "autophagosomes", "in", "oropharyngeal", "keratinocytes", ".", "A", ".", "Confocal", "microscopy", "of", "keratinocytes", "infected", "with", "GAS", "strain", "188", ",", "188SLO", "-", ",", "or", "188NADase", "-", "demonstrating", "the", "association", "of", "the", "lysosomal", "marker", "LAMP", "-", "1", "(", "red", ")", "with", "GAS", "(", "blue", ")", "contained", "within", "EGFP", "-", "LC3", "(", "green", ")", "-", "positive", "compartments", "at", "1", "h", ",", "3", "h", ",", "and", "6", "h", "post", "-", "infection", ".", "Scale", "bar", " ", "=", " ", "10", "µm", ".", "B", ".", "Quantification", "of", "the", "percent", "of", "GAS", "within", "EGFP", "-", "LC3", "-", "positive", "compartments", "that", "are", "co", "-", "localized", "with", "LAMP", "-", "1", "at", "1", "h", ",", "3", "h", ",", "and", "6", "h", ".", "Data", "represent", "mean", "values", "from", "three", "independent", "experiments", "in", "which", "at", "least", "100", "intracellular", "GAS", "were", "quantified", "for", "each", "time", "point", "in", "each", "experiment", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SLO and NADase inhibit lysosomal fusion to GAS-containing autophagosomes in oropharyngeal keratinocytes.A. Confocal microscopy of keratinocytes infected with GAS strain 188, 188SLO-, or 188NADase- demonstrating the association of the lysosomal marker LAMP-1 (red) with GAS (blue) contained within EGFP-LC3 (green)-positive compartments at 1 h, 3 h, and 6 h post-infection. Scale bar = 10 µm. B. Quantification of the percent of GAS within EGFP-LC3-positive compartments that are co-localized with LAMP-1 at 1 h, 3 h, and 6 h. Data represent mean values from three independent experiments in which at least 100 intracellular GAS were quantified for each time point in each experiment."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Fluorescence", "confocal", "microscopy", "images", "show", "TMRE", "staining", "and", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "in", "WT", "and", "fzo", "-", "1", "mutants", "animals", ".", "Dashed", "lines", "outline", "regions", "where", "fluorescence", "intensity", "was", "quantified", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Fluorescence confocal microscopy images show TMRE staining and GFP::MIRO-1 in WT and fzo-1 mutants animals. Dashed lines outline regions where fluorescence intensity was quantified."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "shows", "protein", "levels", "of", "MIRO", "-", "1", "in", "WT", "and", "fzo", "-", "1", "mutant", "animals", ",", "with", "tubulin", "and", "COX", "-", "4", "serving", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot shows protein levels of MIRO-1 in WT and fzo-1 mutant animals, with tubulin and COX-4 serving as loading controls."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fluorescence", "confocal", "images", "show", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "and", "mito", ":", ":", "mKate2", "in", "WT", "and", "fzo", "-", "1", "mutants", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "MIRO", "-", "1", ":", ":", "GFP", "levels", "in", "WT", "and", "fzo", "-", "1", "mutants", ".", "n", "≥", "33", ",", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Fluorescence confocal images show GFP::MIRO-1 and mito::mKate2 in WT and fzo-1 mutants. (E) Quantification of MIRO-1::GFP levels in WT and fzo-1 mutants. n≥33, biological replicates."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Fluorescence", "confocal", "microscopy", "images", "show", "TMRE", "staining", "and", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "in", "WT", "animals", "with", "and", "without", "needle", "wounding", ".", "Dashed", "lines", "outline", "regions", "where", "fluorescence", "intensity", "was", "quantified", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Fluorescence confocal microscopy images show TMRE staining and GFP::MIRO-1 in WT animals with and without needle wounding. Dashed lines outline regions where fluorescence intensity was quantified."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "confocal", "images", "showg", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "and", "mito", ":", ":", "mKate2", "before", "and", "2", "hours", "after", "wounding", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative confocal images showg GFP::MIRO-1 and mito::mKate2 before and 2 hours after wounding."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "shows", "protein", "levels", "of", "MIRO", "-", "1", "before", "and", "2", "hours", "after", "wounding", ",", "with", "tubulin", "and", "COX", "-", "4", "serving", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot shows protein levels of MIRO-1 before and 2 hours after wounding, with tubulin and COX-4 serving as loading controls."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "confocal", "images", "show", "the", "TMRE", "and", "mito", ":", ":", "GFP", "signals", "in", "WT", ",", "miro", "-", "1", "(", "tm1966", ")", ",", "miro", "-", "1", "(", "ΔEF", ")", "(", "EF", "-", "hand", "domain", "mutation", ")", ",", "and", "miro", "-", "1", "(", "OE", ",", "overexpression", ")", "animals", ".", "(", "B", ")", "Quantitation", "of", "TMRE", "and", "mito", ":", ":", "GFP", "signal", "(", "normalized", "ratio", "of", "TMRE", "fluorescence", "to", "mito", ":", ":", "GFP", "fluorescence", ")", ".", "n", ">", "200", "mitochondria", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative confocal images show the TMRE and mito::GFP signals in WT, miro-1(tm1966), miro-1(ΔEF) (EF-hand domain mutation), and miro-1(OE, overexpression) animals. (B) Quantitation of TMRE and mito::GFP signal (normalized ratio of TMRE fluorescence to mito::GFP fluorescence). n > 200 mitochondria."}
{"words": ["(", "D", ")", "ATP", "content", "of", "crude", "isolated", "mitochondria", "from", "WT", "and", "miro", "-", "1", "(", "tm1966", ")", "mutants", "as", "measured", "with", "a", "commercial", "luminescence", "kit", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) ATP content of crude isolated mitochondria from WT and miro-1(tm1966) mutants as measured with a commercial luminescence kit. n = 3, biological replicates."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "interaction", "between", "MIRO", "-", "1", "and", "VDAC", "-", "1", "by", "coimmunoprecipitating", "with", "GFP", "nanobody", "-", "conjugated", "beads", "in", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "animals", "and", "detected", "by", "GFP", "and", "VDAC", "-", "1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(D) Western blot analysis of the interaction between MIRO-1 and VDAC-1 by coimmunoprecipitating with GFP nanobody-conjugated beads in GFP::MIRO-1 animals and detected by GFP and VDAC-1 antibodies."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "interaction", "between", "MIRO", "-", "1", "and", "VDAC", "-", "1", "by", "coimmunoprecipitating", "with", "VDAC", "-", "1", "antibody", "-", "conjugated", "beads", "in", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "animals", "and", "detected", "by", "GFP", "and", "VDAC", "-", "1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(E) Western blot analysis of the interaction between MIRO-1 and VDAC-1 by coimmunoprecipitating with VDAC-1 antibody-conjugated beads in GFP::MIRO-1 animals and detected by GFP and VDAC-1 antibodies."}
{"words": ["(", "F", "and", "G", ")", "Immunoblot", "showing", "the", "immunoprecipitation", "of", "purified", "GST", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "and", "VDAC", "-", "1", ":", ":", "His", "with", "GST", "-", "beads", "and", "His", "-", "beads", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F and G) Immunoblot showing the immunoprecipitation of purified GST::MIRO-1 and VDAC-1::His with GST-beads and His-beads, respectively."}
{"words": ["(", "H", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "the", "total", "worm", "lysate", "of", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "(", "KI", ")", "by", "GFP", "and", "VDAC", "-", "1", "antibodies", ".", "Green", "shading", "highlights", "the", "complex", "that", "contained", "MIRO", "-", "1", "and", "VDAC", "-", "1", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(H) BN-PAGE and immunoblot analysis of the total worm lysate of GFP::MIRO-1 (KI) by GFP and VDAC-1 antibodies. Green shading highlights the complex that contained MIRO-1 and VDAC-1 proteins."}
{"words": ["(", "A", ")", "Schematic", "of", "the", "vdac", "-", "1", "transgene", "by", "CRISPR", "-", "Cas9", "method", ".", "The", "images", "below", "show", "the", "young", "adult", "stage", "worms", "of", "WT", "and", "vdac", "-", "1", "(", "zju247", ")", "mutants", ".", "(", "B", ")", "Representative", "confocal", "images", "showing", "TMRE", "staining", "and", "mito", ":", ":", "GFP", "in", "L4440", ",", "vdac", "-", "1", "RNAi", ",", "vdac", "-", "1", "(", "zju247", ")", ",", "and", "vdac", "-", "1", "OE", "animals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Schematic of the vdac-1 transgene by CRISPR-Cas9 method. The images below show the young adult stage worms of WT and vdac-1(zju247) mutants. (B) Representative confocal images showing TMRE staining and mito::GFP in L4440, vdac-1 RNAi, vdac-1(zju247), and vdac-1 OE animals."}
{"words": ["(", "E", ")", "ATP", "content", "in", "crude", "isolated", "mitochondria", "of", "WT", "animals", "and", "vdac", "-", "1", "(", "zju247", ")", "mutants", ".", "Quantification", "is", "conducted", "with", "a", "commercial", "luminescence", "kit", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) ATP content in crude isolated mitochondria of WT animals and vdac-1(zju247) mutants. Quantification is conducted with a commercial luminescence kit. n = 3, biological replicates."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoprecipitation", "of", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "and", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "(", "E473G", ")", "with", "GFP", "nanobody", "-", "conjugated", "beads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoprecipitation of GFP::MIRO-1 and GFP::MIRO-1(E473G) with GFP nanobody-conjugated beads."}
{"words": ["(", "F", ")", "Immunoprecipitation", "of", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "in", "fzo", "-", "1", "mutant", "with", "GFP", "nanobody", "-", "conjugated", "beads", ".", "The", "interaction", "between", "GFP", ":", ":", "MIRO", "-", "1", "and", "VDAC", "-", "1", "is", "increased", "in", "fzo", "-", "1", "mutants", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(F) Immunoprecipitation of GFP::MIRO-1 in fzo-1 mutant with GFP nanobody-conjugated beads. The interaction between GFP::MIRO-1 and VDAC-1 is increased in fzo-1 mutants."}
{"words": ["(", "G", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "VDAC", "-", "1", "oligomerization", "crosslinked", "with", "BMH", "in", "WT", "and", "miro", "-", "1", "(", "tm1966", ")", "mutants", "using", "VDAC", "-", "1", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(G) BN-PAGE and immunoblot analysis of VDAC-1 oligomerization crosslinked with BMH in WT and miro-1(tm1966) mutants using VDAC-1 antibody."}
{"words": ["(", "A", ")", "RFP", "-", "ATG8g", "-", "labeled", "autophagosomes", "were", "quantified", "from", "plants", "syringe", "infected", "with", "mock", "or", "Xcv", "ΔxopQ", "(", "oD600", "=", "0", ".", "2", ")", "at", "2", "dpi", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ConA", "(", "bars", "=", "20", "μm", ")", ".", "Puncta", "were", "calculated", "from", "z", "-", "stacks", "(", "15", ")", "of", "n", "=", "6", "individuals", "using", "ImageJ", ".", "Central", "band", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Different", "letters", "indicate", "statistically", "different", "groups", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "as", "determined", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) RFP-ATG8g-labeled autophagosomes were quantified from plants syringe infected with mock or Xcv ΔxopQ (oD600=0.2) at 2 dpi in the presence or absence of ConA (bars = 20 μm). Puncta were calculated from z-stacks (15) of n=6 individuals using ImageJ. Central band of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Different letters indicate statistically different groups (P < 0.05) as determined by one-way ANOVA. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "NBR1", "and", "ATG8", "protein", "levels", "in", "Xcv", "ΔxopQ", "or", "mock", "infected", "N", ".", "benthamiana", "plants", "at", "1", "and", "2dpi", ".", "Agrobacterium", "-", "mediated", "transient", "expression", "of", "AIMp", "-", "RFP", "serves", "as", "a", "control", "for", "autophagy", "suppression", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of NBR1 and ATG8 protein levels in Xcv ΔxopQ or mock infected N. benthamiana plants at 1 and 2dpi. Agrobacterium-mediated transient expression of AIMp-RFP serves as a control for autophagy suppression. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "C", ")", "RLUC", "-", "ATG8a", "or", "RLUC", "-", "NBR1", "constructs", "were", "coexpressed", "with", "internal", "control", "FLUC", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Xcv", "ΔxopQ", "was", "co", "-", "infiltrated", "with", "Agrobacteria", "containing", "the", "luciferase", "reporter", "constructs", ".", "Coexpression", "of", "RFP", "-", "AIMp", "serves", "as", "a", "control", "for", "autophagy", "inhibition", ".", "Expression", "of", "the", "latter", "was", "confirmed", "with", "western", "blot", "(", "inset", ")", ".", "Renilla", "(", "RLUC", ")", "and", "Firefly", "(", "FLUC", ")", "luciferase", "activities", "were", "simultaneously", "measured", "in", "leaf", "extracts", "at", "48", "h", "post", "-", "infiltration", "using", "the", "dual", "-", "luciferase", "system", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "was", "revealed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "more", "than", "3", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RLUC-ATG8a or RLUC-NBR1 constructs were coexpressed with internal control FLUC in N. benthamiana. Xcv ΔxopQ was co-infiltrated with Agrobacteria containing the luciferase reporter constructs. Coexpression of RFP-AIMp serves as a control for autophagy inhibition. Expression of the latter was confirmed with western blot (inset). Renilla (RLUC) and Firefly (FLUC) luciferase activities were simultaneously measured in leaf extracts at 48 h post- infiltration using the dual-luciferase system (n=4). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (***P<0.001) was revealed by Student's t-test. The experiment was repeated more than 3 times with similar results."}
{"words": ["(", "D", ")", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "NbATG8", "-", "1", ".", "1", "/", "1", ".", "2", ",", "NbATG8", "-", "2", ".", "1", "/", "2", ".", "2", "and", "NbJoka2", "transcript", "levels", "upon", "challenge", "of", "N", ".", "benthamiana", "plants", "with", "Xcv", "ΔxopQ", "for", "1", "and", "2", "dpi", "compared", "to", "mock", "infected", "plants", ".", "Values", "represent", "expression", "relative", "to", "mock", "control", "of", "respective", "time", "point", "and", "were", "normalized", "to", "actin", ".", "Values", "are", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "was", "revealed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) RT-qPCR analysis of NbATG8-1.1/1.2, NbATG8-2.1/2.2 and NbJoka2 transcript levels upon challenge of N. benthamiana plants with Xcv ΔxopQ for 1 and 2 dpi compared to mock infected plants. Values represent expression relative to mock control of respective time point and were normalized to actin. Values are biological replicates (n=4). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (*P < 0.05, **P < 0.01, *** P < 0.001) was revealed by Student's t-test."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bacterial", "density", "in", "leaves", "of", "N", ".", "benthamiana", "infected", "with", "Xcv", "in", "the", "presence", "or", "absence", "autophagy", "suppressor", "AIMp", "-", "RFP", ".", "Leaves", "were", "syringe", "-", "infiltrated", "with", "OD600", "=", "0", ".", "0004", ",", "and", "colony", "-", "forming", "units", "were", "counted", "at", "6", "dpi", ".", "Compared", "to", "empty", "vector", "control", "(", "EV", ")", ",", "AIMp", "expressing", "plants", "(", "n", "=", "6", ")", "harbour", "significantly", "more", "bacteria", ".", "Bacterial", "growth", "was", "repeated", "with", "the", "same", "result", "in", "12", "plants", "over", "two", "independent", "experiments", ".", "Red", "and", "yellow", "data", "points", "indicate", "independent", "repeats", "of", "the", "experiment", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "was", "revealed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Expression", "of", "RFP", "-", "AIMp", "was", "verified", "at", "6", "dpi", "with", "an", "anti", "-", "RFP", "blot", "(", "inset", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bacterial density in leaves of N. benthamiana infected with Xcv in the presence or absence autophagy suppressor AIMp-RFP. Leaves were syringe-infiltrated with OD600 = 0.0004, and colony-forming units were counted at 6 dpi. Compared to empty vector control (EV), AIMp expressing plants (n=6) harbour significantly more bacteria. Bacterial growth was repeated with the same result in 12 plants over two independent experiments. Red and yellow data points indicate independent repeats of the experiment. Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (***P < 0.001) was revealed by Student's t-test. Expression of RFP-AIMp was verified at 6 dpi with an anti-RFP blot (inset)."}
{"words": ["(", "A", ")", "RLUC", "-", "ATG8a", "or", "RLUC", "-", "NBR1", "constructs", "were", "coexpressed", "with", "internal", "control", "FLUC", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "XopL", "or", "GFP", "constructs", "were", "co", "-", "infiltrated", ".", "RLUC", "and", "FLUC", "signals", "were", "simultaneously", "measured", "in", "leaf", "extracts", "at", "48", "h", "post", "-", "infiltration", "using", "the", "dual", "-", "luciferase", "system", ".", "Values", "represent", "the", "ratio", "of", "RLUC", "-", "ATG8a", "and", "FLUC", "activities", "to", "the", "mean", "of", "control", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "shown", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "more", "than", "3", "times", "by", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) RLUC-ATG8a or RLUC-NBR1 constructs were coexpressed with internal control FLUC in N. benthamiana. XopL or GFP constructs were co-infiltrated. RLUC and FLUC signals were simultaneously measured in leaf extracts at 48 h post- infiltration using the dual-luciferase system. Values represent the ratio of RLUC-ATG8a and FLUC activities to the mean of control (n=4). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (P < 0.01) was shown by Student's t-test. The experiment was repeated more than 3 times by with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "NBR1", "and", "ATG8", "protein", "levels", "in", "N", ".", "benthamiana", "plants", "transiently", "expressing", "GFP", "-", "XopL", "or", "GFP", "control", "at", "2dpi", "verified", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", "(", "same", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ")", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "at", "least", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of NBR1 and ATG8 protein levels in N. benthamiana plants transiently expressing GFP-XopL or GFP control at 2dpi verified with an anti-GFP antibody (same blot was split for visualization purpose). Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated at least three times with similar results."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "ATG8", "protein", "levels", "in", "N", ".", "benthamiana", "plants", "transiently", "expressing", "XopL", "or", "GUS", "control", "at", "2dpi", "after", "ConA", "or", "DMSO", "treatment", ".", "Expression", "of", "GFP", "-", "XopL", "was", "verified", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ",", "while", "expression", "of", "GUS", "-", "HA", "was", "confirmed", "with", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of ATG8 protein levels in N. benthamiana plants transiently expressing XopL or GUS control at 2dpi after ConA or DMSO treatment. Expression of GFP-XopL was verified with an anti-GFP antibody, while expression of GUS-HA was confirmed with an anti-HA antibody. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "D", ")", "GFP", "-", "ATG8g", "-", "labeled", "autophagosomes", "were", "quantified", "from", "plants", "infected", "with", "Xcv", "or", "Xcv", "ΔxopL", "at", "2", "dpi", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ConA", ".", "Puncta", "were", "calculated", "from", "z", "-", "stacks", "(", "15", ")", "of", "n", "=", "12", "individuals", "using", "ImageJ", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "was", "determined", "by", "one", "way", "ANOVA", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) GFP-ATG8g-labeled autophagosomes were quantified from plants infected with Xcv or Xcv ΔxopL at 2 dpi in the presence or absence of ConA. Puncta were calculated from z-stacks (15) of n=12 individuals using ImageJ. Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (** P < 0.01, *** P < 0.001) was determined by one way ANOVA. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "NBR1", "and", "ATG8", "protein", "levels", "in", "Xcv", "ΔxopQ", ",", "Xcv", "ΔxopQ", "ΔxopL", "or", "mock", "infected", "N", ".", "benthamiana", "plants", "at", "2dpi", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of NBR1 and ATG8 protein levels in Xcv ΔxopQ, Xcv ΔxopQ ΔxopL or mock infected N. benthamiana plants at 2dpi. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "F", ")", "RLUC", "-", "ATG8a", "or", "RLUC", "-", "NBR1", "constructs", "were", "coexpressed", "with", "internal", "control", "FLUC", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Xcv", "ΔxopQ", "and", "Xcv", "ΔxopQ", "ΔxopL", "were", "co", "-", "infiltrated", "with", "Agrobacteria", "containing", "the", "respective", "constructs", ".", "RLUC", "and", "FLUC", "activities", "were", "simultaneously", "measured", "in", "leaf", "extracts", "at", "48", "h", "post", "-", "infiltration", "using", "the", "dual", "-", "luciferase", "system", ".", "Values", "represent", "the", "ratio", "of", "RLUC", "-", "ATG8a", "and", "FLUC", "activities", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "comparing", "Xcv", "ΔxopQ", "and", "Xcv", "ΔxopQ", "ΔxopL", "values", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "was", "revealed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "3", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) RLUC-ATG8a or RLUC-NBR1 constructs were coexpressed with internal control FLUC in N. benthamiana. Xcv ΔxopQ and Xcv ΔxopQ ΔxopL were co-infiltrated with Agrobacteria containing the respective constructs. RLUC and FLUC activities were simultaneously measured in leaf extracts at 48 h post- infiltration using the dual-luciferase system. Values represent the ratio of RLUC-ATG8a and FLUC activities (n=4). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance comparing Xcv ΔxopQ and Xcv ΔxopQ ΔxopL values (***P < 0.001) was revealed by Student's t-test. The experiment was repeated 3 times with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "Interaction", "of", "XopL", "with", "SH3P2", "in", "yeast", "two", "-", "hybrid", "assays", ".", "XopL", "fused", "to", "the", "GAL4", "DNA", "-", "binding", "domain", "was", "expressed", "in", "combination", "with", "SH3P2", "fused", "to", "the", "GAL4", "activation", "domain", "(", "AD", ")", "in", "yeast", "strain", "Y190", ".", "Cells", "were", "grown", "on", "selective", "media", "before", "a", "LacZ", "filter", "assay", "was", "performed", ".", "pSV40", "/", "p53", "served", "as", "positive", "control", ",", "while", "the", "empty", "AD", "or", "BD", "vector", "served", "as", "negative", "control", ".", "NtSH3P2", "=", "Nicotiana", "tabacum", "SH3P2", ".", "-", "LT", "=", "yeast", "growth", "on", "medium", "without", "Leu", "and", "Trp", ",", "-", "HLT", "=", "yeast", "growth", "on", "medium", "lacking", "His", ",", "Leu", ",", "and", "Trp", ",", "indicating", "expression", "of", "the", "HIS3", "reporter", "gene", ".", "LacZ", ",", "activity", "of", "the", "lacZ", "reporter", "gene", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Interaction of XopL with SH3P2 in yeast two-hybrid assays. XopL fused to the GAL4 DNA-binding domain was expressed in combination with SH3P2 fused to the GAL4 activation domain (AD) in yeast strain Y190. Cells were grown on selective media before a LacZ filter assay was performed. pSV40/p53 served as positive control, while the empty AD or BD vector served as negative control. NtSH3P2 = Nicotiana tabacum SH3P2. -LT = yeast growth on medium without Leu and Trp, -HLT = yeast growth on medium lacking His, Leu, and Trp, indicating expression of the HIS3 reporter gene. LacZ, activity of the lacZ reporter gene."}
{"words": ["(", "B", ")", "Coimmunoprecipitation", "of", "GFP", "-", "XopL", "with", "AtSH3P2", "-", "HA", ".", "GFP", "-", "XopL", "or", "GFP", "were", "transiently", "coexpressed", "with", "AtSH3P2", "-", "HA", "in", "leaves", "of", "N", ".", "benthamiana", ".", "After", "48", "h", ",", "total", "proteins", "(", "Input", ")", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "GFP", "-", "Trap", "beads", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "using", "either", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "HA", "antibodies", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ".", "AtSH3P2", "=", "Arabidopsis", "thaliana", "SH3P2", ".", "Two", "repetitions", "with", "similar", "results", "have", "been", "conducted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Coimmunoprecipitation of GFP-XopL with AtSH3P2-HA. GFP-XopL or GFP were transiently coexpressed with AtSH3P2-HA in leaves of N. benthamiana. After 48 h, total proteins (Input) were subjected to immunoprecipitation (IP) with GFP-Trap beads, followed by immunoblot analysis using either anti-GFP or anti-HA antibodies. GFP blot was split for visualization purpose. AtSH3P2 = Arabidopsis thaliana SH3P2. Two repetitions with similar results have been conducted."}
{"words": ["(", "C", ")", "Visualization", "of", "protein", "interactions", "in", "planta", "by", "the", "bimolecular", "fluorescence", "complementation", "assay", ".", "Yellow", "fluorescent", "protein", "(", "YFP", ")", "confocal", "microscopy", "images", "show", "Nicotiana", "benthamiana", "leaf", "epidermal", "cells", "transiently", "expressing", "VenusN173", "-", "XopL", "in", "combination", "with", "AtSH3P2", "-", "VenusC155", ".", "A", "positive", "control", "showing", "the", "dimerization", "of", "fructose", "-", "1", ",", "6", "-", "bisphosphatase", "(", "FBPase", ")", "within", "the", "cytosol", ".", "White", "arrows", "indicate", "reconstitution", "of", "YFP", "fluorescence", ".", "The", "red", "structures", "indicate", "autofluorescence", "of", "chloroplasts", ".", "The", "combination", "of", "VenusN173", "-", "XopL", "with", "FBPase", "-", "VenusC155", "or", "VenusN173", "-", "FBPase", "with", "AtSH3P2", "-", "VenusC155", "do", "not", "induce", "YFP", "fluorescence", "and", "serve", "as", "negative", "controls", ".", "Bars", "=", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Visualization of protein interactions in planta by the bimolecular fluorescence complementation assay. Yellow fluorescent protein (YFP) confocal microscopy images show Nicotiana benthamiana leaf epidermal cells transiently expressing VenusN173-XopL in combination with AtSH3P2-VenusC155. A positive control showing the dimerization of fructose-1,6-bisphosphatase (FBPase) within the cytosol. White arrows indicate reconstitution of YFP fluorescence. The red structures indicate autofluorescence of chloroplasts. The combination of VenusN173-XopL with FBPase-VenusC155 or VenusN173-FBPase with AtSH3P2-VenusC155 do not induce YFP fluorescence and serve as negative controls. Bars = 20 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Colocalization", "analysis", "of", "GFP", "-", "XopL", "with", "SH3P2", "-", "RFP", ",", "RFP", "-", "ATG8e", "and", "RFP", "-", "ATG8g", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "Imaging", "was", "performed", "2", "d", "after", "transient", "expression", "and", "images", "represent", "single", "confocal", "planes", "from", "abaxial", "epidermal", "cells", "(", "scale", "bars", "=", "20", "μm", "and", "10", "μm", ",", "lower", "panel", ")", ".", "White", "arrows", "indicate", "colocalization", "of", "GFP", "and", "RFP", "signals", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Colocalization analysis of GFP-XopL with SH3P2-RFP, RFP-ATG8e and RFP-ATG8g in N. benthamiana leaves. Imaging was performed 2 d after transient expression and images represent single confocal planes from abaxial epidermal cells (scale bars = 20 μm and 10 μm, lower panel). White arrows indicate colocalization of GFP and RFP signals. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "E", ")", "Total", "proteins", "were", "extracted", "48", "hpi", "with", "A", ".", "tumefaciens", "harboring", "the", "respective", "GFP", "-", "XopL", ",", "HA", "-", "XopL", "and", "SH3P2", "-", "GFP", "expression", "constructs", ".", "SH3P2", "-", "GFP", "protein", "levels", "(", "lower", "band", ")", "were", "detected", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Expression", "of", "the", "XopL", "was", "verified", "using", "an", "anti", "-", "HA", "or", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Expression", "of", "GUS", "-", "HA", "served", "as", "a", "control", ".", "Ponceau", "S", "staining", "serves", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Total proteins were extracted 48 hpi with A. tumefaciens harboring the respective GFP-XopL, HA-XopL and SH3P2-GFP expression constructs. SH3P2-GFP protein levels (lower band) were detected using an anti-GFP antibody. Expression of the XopL was verified using an anti-HA or anti-GFP antibody. Expression of GUS-HA served as a control. Ponceau S staining serves as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "F", ")", "Growth", "of", "Xcv", "and", "Xcv", "ΔxopL", "strains", "in", "roq1", "N", ".", "benthamiana", "plants", "silenced", "for", "SH3P2", "(", "pTRV2", "-", "SH3P2", ")", "compared", "to", "control", "plants", "(", "pTRV2", ")", ".", "Leaves", "were", "dip", "-", "inoculated", "with", "a", "bacteria", "suspension", "at", "OD600", "=", "0", ".", "2", "and", "bacteria", "were", "quantified", "at", "3", "and", "6", "dpi", ".", "Experimental", "repeats", "are", "indicated", "by", "data", "points", "in", "red", "(", "n", "=", "8", ")", "and", "yellow", "(", "n", "=", "6", ")", "data", "points", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Different", "letters", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "as", "determined", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Growth of Xcv and Xcv ΔxopL strains in roq1 N. benthamiana plants silenced for SH3P2 (pTRV2-SH3P2) compared to control plants (pTRV2). Leaves were dip-inoculated with a bacteria suspension at OD600 = 0.2 and bacteria were quantified at 3 and 6 dpi. Experimental repeats are indicated by data points in red (n=8) and yellow (n=6) data points. Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Different letters indicate statistically significant differences (P < 0.05) as determined by one-way ANOVA."}
{"words": ["(", "A", ")", "SH3P2", "-", "GFP", "was", "transiently", "coexpressed", "together", "with", "GUS", "-", "HA", "and", "GFP", "-", "XopL", "in", "N", ".", "benthamiana", "using", "agroinfiltration", ".", "At", "42", "hpi", ",", "200", "μM", "MG132", "was", "infiltrated", "into", "A", ".", "tumefaciens", "-", "inoculated", "leaves", ",", "and", "leaf", "material", "was", "collected", "48", "hpi", ".", "Expression", "of", "SH3P2", "-", "GFP", "(", "lower", "band", ")", "and", "GFP", "-", "XopL", "(", "upper", "band", ")", "was", "detected", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "GUS", "-", "HA", "expression", "was", "confirmed", "with", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "serves", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) SH3P2-GFP was transiently coexpressed together with GUS-HA and GFP-XopL in N. benthamiana using agroinfiltration. At 42 hpi, 200 μM MG132 was infiltrated into A. tumefaciens-inoculated leaves, and leaf material was collected 48 hpi. Expression of SH3P2-GFP (lower band) and GFP-XopL (upper band) was detected using an anti-GFP antibody. GUS-HA expression was confirmed with an anti-HA antibody. Ponceau S staining serves as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vitro", "ubiquitination", "assay", "reveals", "ubiquitination", "of", "SH3P2", "by", "XopL", ".", "GST", "-", "XopL", ",", "and", "MBP", "-", "SH3P2", "were", "tested", "using", "the", "Arabidopsis", "His", "-", "AtUBA1", "and", "His", "-", "AtUBC8", ".", "Lanes", "2", "to", "4", "are", "negative", "controls", ".", "Proteins", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "immunoblotting", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Asterisks", "indicate", "bands", "that", "are", "not", "ubiquitinated", "an", "present", "in", "controls", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) In vitro ubiquitination assay reveals ubiquitination of SH3P2 by XopL. GST-XopL, and MBP-SH3P2 were tested using the Arabidopsis His-AtUBA1 and His-AtUBC8. Lanes 2 to 4 are negative controls. Proteins were separated by SDS-PAGE and detected by immunoblotting using the indicated antibodies. Asterisks indicate bands that are not ubiquitinated an present in controls. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "C", ")", "SH3P2", "-", "GFP", "was", "transiently", "coexpressed", "together", "with", "GFP", ",", "GFP", "-", "XopL", "and", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "in", "N", ".", "benthamiana", "using", "agroinfiltration", ".", "GFP", "protein", "levels", "were", "detected", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "serves", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) SH3P2-GFP was transiently coexpressed together with GFP, GFP-XopL and GFP-XopL ΔE3 in N. benthamiana using agroinfiltration. GFP protein levels were detected with an anti-GFP antibody. Ponceau S staining serves as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "ATG8", "protein", "levels", "in", "N", ".", "benthamiana", "plants", "transiently", "expressing", "GFP", "-", "XopL", ",", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "or", "GFP", "control", "at", "2dpi", ".", "Expression", "of", "binary", "constructs", "was", "verified", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of ATG8 protein levels in N. benthamiana plants transiently expressing GFP-XopL, GFP-XopL ΔE3 or GFP control at 2dpi. Expression of binary constructs was verified with an anti-GFP antibody. GFP blot was split for visualization purpose. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "E", ")", "RLUC", "-", "ATG8a", "constructs", "were", "coexpressed", "with", "internal", "control", "FLUC", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "GFP", "-", "XopL", ",", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "or", "GFP", "control", "were", "co", "-", "infiltrated", "together", "with", "RLUC", "/", "FLUC", "mixture", ".", "Renilla", "and", "Firefly", "luciferase", "activities", "were", "simultaneously", "measured", "in", "leaf", "extracts", "at", "48", "hpi", "using", "the", "dual", "-", "luciferase", "system", ".", "Values", "represent", "the", "ratio", "of", "RLUC", "-", "ATG8a", "and", "FLUC", "activities", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Statistical", "significance", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "5", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "was", "revealed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "3", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) RLUC-ATG8a constructs were coexpressed with internal control FLUC in N. benthamiana. GFP-XopL, GFP-XopL ΔE3 or GFP control were co-infiltrated together with RLUC/FLUC mixture. Renilla and Firefly luciferase activities were simultaneously measured in leaf extracts at 48 hpi using the dual-luciferase system. Values represent the ratio of RLUC-ATG8a and FLUC activities (n=4). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Statistical significance (* P < 0.5, ** P < 0.01) was revealed by Student's t-test. The experiment was repeated 3 times."}
{"words": ["(", "A", ")", "GFP", "-", "XopL", "was", "coexpressed", "with", "GFP", "or", "AIMp", "-", "RFP", ".", "Proteins", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "immunoblotting", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) GFP-XopL was coexpressed with GFP or AIMp-RFP. Proteins were separated by SDS-PAGE and detected by immunoblotting using the indicated antibodies. GFP blot was split for visualization purpose. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "B", ")", "Colocalization", "of", "RFP", "-", "XopL", "with", "GFP", "-", "Joka2", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "Imaging", "was", "performed", "2", "d", "after", "transient", "expression", "and", "images", "represent", "single", "confocal", "planes", "from", "abaxial", "epidermal", "cells", "(", "bars", "=", "20", "μm", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Colocalization of RFP-XopL with GFP-Joka2 in N. benthamiana leaves. Imaging was performed 2 d after transient expression and images represent single confocal planes from abaxial epidermal cells (bars = 20 μm). The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "C", ")", "FRET", "FLIM", "measurements", "of", "GFP", "-", "Joka2", "and", "RFP", "-", "XopL", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "The", "freeRFP", "construct", "served", "as", "a", "negative", "control", "and", "RFP", "-", "ATG8E", "(", "n", "=", "9", ")", "as", "a", "positive", "control", ".", "Scattered", "points", "show", "individual", "data", "points", ",", "color", "indicates", "biological", "repeats", ".", "The", "lifetime", "(", "in", "ns", ")", "of", "GFP", "-", "Joka2", "(", "donor", ",", "n", "=", "41", ")", "was", "significantly", "reduced", "in", "the", "presence", "of", "RFP", "-", "XopL", "(", "n", "=", "40", ")", "but", "not", "in", "the", "presence", "of", "freeRFP", "(", "n", "=", "35", ")", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Significant", "differences", "were", "calculated", "using", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ",", "with", "significantly", "different", "groups", "denoted", "by", "different", "letters", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) FRET FLIM measurements of GFP-Joka2 and RFP-XopL in N. benthamiana leaves. The freeRFP construct served as a negative control and RFP-ATG8E (n = 9) as a positive control. Scattered points show individual data points, color indicates biological repeats. The lifetime (in ns) of GFP-Joka2 (donor, n = 41) was significantly reduced in the presence of RFP-XopL (n = 40) but not in the presence of freeRFP (n = 35). Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Significant differences were calculated using Wilcoxon rank sum test, with significantly different groups denoted by different letters. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "of", "GFP", "-", "XopL", "reveals", "association", "with", "NBR1", ".", "Immunoblots", "of", "input", "and", "IP", "samples", "from", "N", ".", "benthamiana", "plants", "transiently", "expressing", "GFP", "or", "GFP", "-", "XopL", "were", "probed", "with", "anti", "-", "GFP", "and", "anti", "-", "NBR1", "antibodies", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoprecipitation (IP) of GFP-XopL reveals association with NBR1. Immunoblots of input and IP samples from N. benthamiana plants transiently expressing GFP or GFP-XopL were probed with anti-GFP and anti-NBR1 antibodies. GFP blot was split for visualization purpose."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "of", "GFP", "-", "XopL", "and", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "reveals", "association", "with", "NBR1", ".", "Immunoblots", "of", "input", "and", "IP", "samples", "from", "N", ".", "benthamiana", "plants", "transiently", "expressing", "GFP", ",", "GFP", "-", "XopL", "and", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "were", "probed", "with", "anti", "-", "GFP", "and", "anti", "-", "NBR1", "antibodies", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoprecipitation (IP) of GFP-XopL and GFP-XopL ΔE3 reveals association with NBR1. Immunoblots of input and IP samples from N. benthamiana plants transiently expressing GFP, GFP-XopL and GFP-XopL ΔE3 were probed with anti-GFP and anti-NBR1 antibodies. GFP blot was split for visualization purpose."}
{"words": ["(", "F", ")", "GFP", "-", "XopL", "was", "transiently", "expressed", "in", "pTRV2", ",", "pTRV2", "-", "Joka2", "and", "N", ".", "benthamiana", "WT", "plants", ".", "Expression", "of", "binary", "constructs", "was", "verified", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Joka2", "silencing", "was", "verified", "using", "an", "anti", "-", "NBR1", "antibody", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "twice", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) GFP-XopL was transiently expressed in pTRV2, pTRV2-Joka2 and N. benthamiana WT plants. Expression of binary constructs was verified with an anti-GFP antibody. Joka2 silencing was verified using an anti-NBR1 antibody. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated twice with similar results."}
{"words": ["(", "G", ")", "Growth", "of", "Xcv", "ΔxopQ", "in", "N", ".", "benthamiana", "plants", "silenced", "for", "Joka2", "(", "pTRV2", "-", "Joka2", ")", "compared", "to", "control", "plants", "(", "pTRV2", ")", ".", "Leaves", "were", "dip", "-", "inoculated", "with", "a", "bacteria", "suspension", "at", "OD600", "=", "0", ".", "2", ".", "and", "bacteria", "were", "quantified", "at", "3", "and", "6", "dpi", ".", "Red", ",", "blue", ",", "and", "green", "data", "points", "represent", "repeats", "of", "the", "experiments", ".", "Middle", "horizontal", "bars", "of", "boxplots", "represent", "the", "median", ",", "the", "bottom", "and", "top", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "whiskers", "extend", "to", "at", "most", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", ".", "Significant", "differences", "were", "calculated", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "by", ":", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "trends", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Growth of Xcv ΔxopQ in N. benthamiana plants silenced for Joka2 (pTRV2-Joka2) compared to control plants (pTRV2). Leaves were dip-inoculated with a bacteria suspension at OD600 = 0.2. and bacteria were quantified at 3 and 6 dpi. Red, blue, and green data points represent repeats of the experiments. Middle horizontal bars of boxplots represent the median, the bottom and top represent the 25th and 75th percentiles, whiskers extend to at most 1.5 times the interquartile range. Significant differences were calculated using Student's t-test and are indicated by: **, P < 0.01. The experiment was repeated three times with similar trends."}
{"words": ["(", "H", ")", "GFP", "-", "XopL", ",", "GFP", "-", "XopL", "ΔE3", "were", "transiently", "expressed", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "RFP", "-", "AIMp", "was", "co", "-", "infiltrated", "to", "stabilize", "both", "XopL", "variants", ".", "Samples", "were", "taken", "48", "hpi", ",", "and", "total", "proteins", "(", "Input", ")", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "GFP", "-", "Trap", "beads", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "of", "the", "precipitates", "using", "either", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "ubiquitin", "antibodies", ".", "GFP", "served", "as", "a", "negative", "control", ".", "RFP", "-", "AIMp", "expression", "was", "verified", "by", "an", "anti", "-", "RFP", "antibody", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ".", "Asterisk", "indicates", "the", "GFP", "-", "XopL", "full", "-", "length", "protein", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) GFP-XopL, GFP-XopL ΔE3 were transiently expressed in N. benthamiana. RFP-AIMp was co-infiltrated to stabilize both XopL variants. Samples were taken 48 hpi, and total proteins (Input) were subjected to immunoprecipitation (IP) with GFP-Trap beads, followed by immunoblot analysis of the precipitates using either anti-GFP or anti-ubiquitin antibodies. GFP served as a negative control. RFP-AIMp expression was verified by an anti-RFP antibody. GFP blot was split for visualization purpose. Asterisk indicates the GFP-XopL full-length protein. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "I", ")", "GFP", "-", "XopL", "was", "transiently", "expressed", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Samples", "were", "taken", "48", "hpi", ",", "and", "total", "proteins", "(", "Input", ")", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "the", "ubiquitin", "pan", "selector", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "of", "the", "precipitates", "using", "either", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "ubiquitin", "antibodies", ".", "GFP", "served", "as", "a", "control", ".", "Asterisk", "indicates", "the", "GFP", "-", "XopL", "full", "-", "length", "protein", ".", "GFP", "blot", "was", "split", "for", "visualization", "purpose", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "two", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) GFP-XopL was transiently expressed in N. benthamiana. Samples were taken 48 hpi, and total proteins (Input) were subjected to immunoprecipitation (IP) with the ubiquitin pan selector, followed by immunoblot analysis of the precipitates using either anti-GFP or anti-ubiquitin antibodies. GFP served as a control. Asterisk indicates the GFP-XopL full-length protein. GFP blot was split for visualization purpose. The experiment was repeated two times with similar results."}
{"words": ["(", "J", ")", "Immunoblot", "analysis", "GFP", "-", "XopL", "and", "GFP", "-", "XopLK191A", "at", "1", "and", "2", "dpi", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Ponceau", "Staining", "(", "PS", ")", "served", "as", "a", "loading", "control", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Immunoblot analysis GFP-XopL and GFP-XopLK191A at 1 and 2 dpi using an anti-GFP antibody. Ponceau Staining (PS) served as a loading control. The experiment was repeated three times with similar results."}
{"words": ["(", "K", ")", "HA", "-", "XopL", "and", "GFP", "-", "Joka2", "and", "its", "variants", "were", "transiently", "expressed", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Samples", "were", "taken", "48", "hpi", ",", "and", "total", "proteins", "(", "Input", ")", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "GFP", "-", "Trap", "beads", ",", "followed", "by", "immunoblot", "analysis", "of", "the", "precipitates", "using", "either", "anti", "-", "GFP", ",", "anti", "-", "ubiquitin", "and", "anti", "-", "NBR1", "antibodies", ".", "GFP", "served", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) HA-XopL and GFP-Joka2 and its variants were transiently expressed in N. benthamiana. Samples were taken 48 hpi, and total proteins (Input) were subjected to immunoprecipitation (IP) with GFP-Trap beads, followed by immunoblot analysis of the precipitates using either anti-GFP, anti-ubiquitin and anti-NBR1 antibodies. GFP served as a control."}
{"words": ["a", ",", "The", "2", "-", "bp", "deletion", "identified", "in", "exon", "9b", "of", "patient", "1", ".", "b", ",", "The", "T", "-", "to", "-", "A", "nonsense", "mutation", "in", "exon", "4", "of", "patient", "2", "(", "stop", "codon", "is", "underlined", ")", ".", "c", ",", "Upper", "panel", ",", "intronic", "mutation", "in", "patient", "3", ";", "lower", "panel", ",", "sequencing", "of", "the", "RT", "-", "PCR", "product", "in", "patient", "3", ",", "showing", "exon", "-", "6", "skipping", ".", "d", ",", "Upper", "panel", ",", "The", "G", "-", "to", "-", "A", "point", "mutation", "at", "the", "splice", "-", "donor", "site", "in", "intron", "5", "of", "patient", "6", ";", "lower", "panel", ",", "sequencing", "of", "the", "RT", "-", "PCR", "product", "in", "patient", "6", ",", "showing", "a", "6", "-", "bp", "insertion", "at", "the", "junction", "between", "exons", "5", "and", "6", ".", "The", "inserted", "sequence", "(", "underlined", ")", "is", "derived", "from", "the", "first", "six", "nucleotides", "of", "intron", "5", "(", "underlined", ")", ",", "which", "creates", "a", "stop", "codon", "(", "dotted", ")", ".", "Most", "probably", ",", "nucleotides", "7", "and", "8", ",", "GT", "(", "double", "underlined", ")", ",", "in", "intron", "5", "are", "alternatively", "recognized", "as", "a", "splice", "-", "donor", "site", ".", "e", ",", "Upper", "panel", ",", "the", "10", "-", "bp", "deletion", "in", "patient", "9", ".", "This", "mutation", "deletes", "four", "nucleotides", "from", "intron", "5", "and", "six", "from", "exon", "6", ".", "Lower", "panel", ",", "sequence", "of", "the", "RT", "-", "PCR", "product", "in", "patient", "9", "reveals", "the", "deletion", "of", "the", "10", "nucleotides", "at", "the", "5", "′", "end", "of", "exon", "6", ".", "The", "'", "AG", "'", "(", "double", "underlined", ")", "in", "exon", "6", "immediately", "after", "the", "genomic", "DNA", "deletion", "appears", "to", "be", "recognized", "as", "an", "alternative", "splice", "-", "acceptor", "site", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, The 2-bp deletion identified in exon 9b of patient 1. b, The T-to-A nonsense mutation in exon 4 of patient 2 (stop codon is underlined). c, Upper panel, intronic mutation in patient 3; lower panel, sequencing of the RT-PCR product in patient 3, showing exon-6 skipping. d, Upper panel, The G-to-A point mutation at the splice-donor site in intron 5 of patient 6; lower panel, sequencing of the RT-PCR product in patient 6, showing a 6-bp insertion at the junction between exons 5 and 6. The inserted sequence (underlined) is derived from the first six nucleotides of intron 5 (underlined), which creates a stop codon (dotted). Most probably, nucleotides 7 and 8, GT (double underlined), in intron 5 are alternatively recognized as a splice-donor site. e, Upper panel, the 10-bp deletion in patient 9. This mutation deletes four nucleotides from intron 5 and six from exon 6. Lower panel, sequence of the RT-PCR product in patient 9 reveals the deletion of the 10 nucleotides at the 5′ end of exon 6. The 'AG' (double underlined) in exon 6 immediately after the genomic DNA deletion appears to be recognized as an alternative splice-acceptor site."}
{"words": ["Figure", "2", "Representation", "of", "the", "mutant", "LAMP", "-", "2b", ".", "'", "Normal", "'", "represents", "the", "LAMP", "-", "2b", "amino", "-", "acid", "sequence", ".", "Because", "patient", "1", ",", "who", "developed", "full", "DD", "symptoms", ",", "has", "a", "mutation", "in", "exon", "9b", ",", "the", "LAMP", "-", "2b", "isoform", "is", "most", "probably", "responsible", "for", "DD", ".", "Residue", "265", ",", "one", "of", "the", "putative", "disulphide", "-", "bond", "-", "creating", "cysteines", ",", "and", "two", "glycosylation", "sites", "are", "lost", "by", "exon", "-", "6", "skipping", "in", "patient", "3", ",", "which", "probably", "results", "in", "a", "significant", "change", "in", "the", "secondary", "structure", ".", "Black", "boxes", "represent", "the", "loops", "created", "between", "two", "cystein", "residues", "flanking", "each", "of", "the", "four", "loop", "regions", ";", "Y", "depicts", "a", "glycosylation", "site", ";", "hatched", "boxes", "show", "altered", "amino", "acids", "caused", "by", "frameshift", "mutations", ";", "dashes", "represent", "missing", "amino", "acids", "due", "to", "exon", "-", "6", "skipping", "in", "patient", "3", ".", "All", "of", "the", "other", "mutant", "proteins", "lack", "the", "transmembrane", "domain", "(", "grey", "bar", ")", "because", "of", "nonsense", "or", "frameshift", "mutations", ".", "Thus", ",", "those", "molecules", "cannot", "function", "as", "lysosomal", "'", "membrane", "'", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Figure 2 Representation of the mutant LAMP-2b. 'Normal' represents the LAMP-2b amino-acid sequence. Because patient 1, who developed full DD symptoms, has a mutation in exon 9b, the LAMP-2b isoform is most probably responsible for DD. Residue 265, one of the putative disulphide-bond-creating cysteines, and two glycosylation sites are lost by exon-6 skipping in patient 3, which probably results in a significant change in the secondary structure. Black boxes represent the loops created between two cystein residues flanking each of the four loop regions; Y depicts a glycosylation site; hatched boxes show altered amino acids caused by frameshift mutations; dashes represent missing amino acids due to exon-6 skipping in patient 3. All of the other mutant proteins lack the transmembrane domain (grey bar) because of nonsense or frameshift mutations. Thus, those molecules cannot function as lysosomal 'membrane' proteins."}
{"words": ["a", ",", "Skeletal", "muscle", ".", "Muscle", "extracts", "from", "patients", "1", "-", "6", "and", "10", "and", "a", "control", "were", "blotted", "and", "labelled", "with", "antibodies", "against", "LAMP", "-", "2", "(", "top", "panel", ")", "and", "β", "-", "actin", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "LAMP", "-", "2", "is", "deficient", "in", "all", "muscles", "examined", "except", "the", "sample", "from", "patient", "1", "that", "showed", "a", "trace", "amount", "of", "protein", ",", "which", "is", "probably", "the", "LAMP", "-", "2a", "isoform", ".", "In", "support", "of", "this", "idea", ",", "LAMP", "-", "2b", "is", "the", "principal", "LAMP", "-", "2", "species", "in", "skeletal", "muscle6", ".", "Numbers", "denote", "patients", "as", "in", "Table", "1", ";", "C", ",", "control", ".", "b", ",", "Heart", ".", "Protein", "was", "extracted", "from", "cardiac", "muscle", "of", "patient", "4", "and", "a", "control", ",", "blotted", "onto", "a", "nitrocellulose", "membrane", ",", "and", "labelled", "with", "the", "antibodies", "against", "LAMP", "-", "2", "(", "too", "panel", ")", "and", "β", "-", "actin", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "LAMP", "-", "2", "is", "deficient", "also", "in", "cardiac", "muscle", ".", "C", ",", "control", ";", "4", ",", "patient", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, Skeletal muscle. Muscle extracts from patients 1-6 and 10 and a control were blotted and labelled with antibodies against LAMP-2 (top panel) and β-actin (bottom panel). LAMP-2 is deficient in all muscles examined except the sample from patient 1 that showed a trace amount of protein, which is probably the LAMP-2a isoform. In support of this idea, LAMP-2b is the principal LAMP-2 species in skeletal muscle6. Numbers denote patients as in Table 1; C, control. b, Heart. Protein was extracted from cardiac muscle of patient 4 and a control, blotted onto a nitrocellulose membrane, and labelled with the antibodies against LAMP-2 (too panel) and β-actin (bottom panel). LAMP-2 is deficient also in cardiac muscle. C, control; 4, patient 4."}
{"words": ["Serial", "transverse", "sections", "of", "the", "biopsiedmuscle", "from", "six", "DD", "patients", ",", "and", "samples", "from", "a", "XMEA", "patient", "and", "a", "normal", "control", ",", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "against", "LAMP", "-", "2", "and", "limp", "-", "I", ".", "LAMP", "-", "2", "is", "absent", "in", "all", "DD", "muscles", "(", "patient", "6", "shown", "here", ")", ",", "whereas", "it", "is", "present", "in", "the", "XMEA", "muscle", ".", "The", "antibody", "against", "limp", "-", "I", "highlighted", "vacuoles", "in", "both", "DD", "and", "XMEA", "muscles", ".", "LAMP", "-", "1", "antibody", "faintly", "stained", "both", "DD", "and", "XMEA", "muscles", ",", "suggesting", "that", "the", "expression", "level", "of", "LAMP", "-", "1", "might", "be", "lower", "in", "skeletal", "muscle", "than", "LAMP", "-", "2", "or", "limp", "-", "I", "(", "data", "not", "shown", ")", ".", "The", "muscle", "from", "the", "patient", "without", "a", "lamp", "-", "2", "mutation", "also", "showed", "LAMP", "-", "2", "deficiency", "on", "immunohistochemistry", "similar", "to", "genetically", "proven", "DD", "patients", "with", "primary", "LAMP", "-", "2", "deficiency", "(", "data", "not", "shown", ")", ".", "The", "immunohistochemical", "stains", "of", "LAMP", "-", "2", ",", "limp", "-", "I", ",", "and", "LAMP", "-", "1", "in", "normal", "muscle", "shows", "numerous", "tiny", "particles", "and", "accentuates", "type", "1", "fibres", ".", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", ",", "haematoxylin", "and", "eosin", ",", "original", "magnification", "×", "150", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Serial transverse sections of the biopsiedmuscle from six DD patients, and samples from a XMEA patient and a normal control, were immunostained with antibodies against LAMP-2 and limp-I. LAMP-2 is absent in all DD muscles (patient 6 shown here), whereas it is present in the XMEA muscle. The antibody against limp-I highlighted vacuoles in both DD and XMEA muscles. LAMP-1 antibody faintly stained both DD and XMEA muscles, suggesting that the expression level of LAMP-1 might be lower in skeletal muscle than LAMP-2 or limp-I (data not shown). The muscle from the patient without a lamp-2 mutation also showed LAMP-2 deficiency on immunohistochemistry similar to genetically proven DD patients with primary LAMP-2 deficiency (data not shown). The immunohistochemical stains of LAMP-2, limp-I, and LAMP-1 in normal muscle shows numerous tiny particles and accentuates type 1 fibres. H&amp;amp;E, haematoxylin and eosin, original magnification ×150."}
{"words": ["Representative", "confocal", "3D", "images", "of", "LysoTracker", "(", "red", ")", ",", "DAPI", "(", "blue", ")", ",", "and", "BODIPY", "(", "green", ")", "stained", "ATM", "subsets", "obtained", "from", "eWAT", "of", "HFD", "(", "16", "weeks", ")", "treated", "mice", "(", "n", "=", "8", "mice", "from", "two", "independent", "experiments", ")", ".", "The", "merged", "figures", "are", "the", "result", "of", "the", "overlap", "of", "all", "three", "fluorochromes", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative confocal 3D images of LysoTracker (red), DAPI (blue), and BODIPY (green) stained ATM subsets obtained from eWAT of HFD (16 weeks) treated mice (n = 8 mice from two independent experiments). The merged figures are the result of the overlap of all three fluorochromes. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Mito", "Stress", "assay", "of", "sorted", "ATM", "subsets", "(", "red", ",", "MHCIIlow", ";", "green", ",", "MHCIIhi", ";", "and", "blue", ",", "CD11c", "+", ")", "from", "16", "-", "week", "-", "HFD", "obese", "mice", "showing", "overall", "oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", ",", "maximal", "respiration", ",", "spare", "capacity", "respiration", ",", "basal", "respiration", ",", "ATP", "production", ",", "and", "non", "-", "mitochondrial", "respiration", ".", "OCR", "data", "shown", "are", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", "and", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", "MHCIIlow", ";", "n", "=", "7", "MHCIIhi", ";", "n", "=", "5", "CD11c", "+", ")", ",", "with", "statistical", "significance", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", "(", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "ns", ":", "no", "significant", "difference", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mito Stress assay of sorted ATM subsets (red, MHCIIlow; green, MHCIIhi; and blue, CD11c+) from 16-week-HFD obese mice showing overall oxygen consumption rate (OCR), maximal respiration, spare capacity respiration, basal respiration, ATP production, and non-mitochondrial respiration. OCR data shown are representative of four independent experiments and expressed as mean ± SD (n= 4 MHCIIlow; n= 7 MHCIIhi; n=5 CD11c+), with statistical significance determined using one-way ANOVA test (*P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001; ns: no significant difference)."}
{"words": ["Representative", "flow", "cytometric", "showing", "the", "specific", "depletion", "efficiency", "of", "ATM", "subsets", "from", "eWAT", "of", "CD169", "-", "DTR", "ND", "-", "(", "A", ")", "or", "HFD", "-", "treated", "(", "16", "weeks", ")", "(", "B", ")", "mice", ".", "A", "representative", "analysis", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative flow cytometric showing the specific depletion efficiency of ATM subsets from eWAT of CD169-DTR ND- (A) or HFD-treated (16 weeks) (B) mice. A representative analysis of three independent experiments is shown."}
{"words": ["eWAT", "was", "collected", "from", "lean", "(", "C", ")", "and", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "(", "D", ")", "WT", "or", "CD169", "-", "DTR", "mice", "after", "12", "days", "DT", "-", "mediated", "ATM", "depletion", ".", "Representative", "pictures", "of", "dissected", "eWAT", "are", "shown", "on", "the", "left", ",", "the", "corresponding", "eWAT", "weights", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", "of", "more", "than", "12", "samples", "are", "shown", "in", "the", "right", ",", "with", "statistical", "significance", "calculated", "using", "the", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "and", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "The", "zoomed", "-", "in", "area", "shows", "clear", ",", "oily", "lipid", "accumulation", "in", "the", "absence", "of", "ATMs", "(", "lower", "left", "part", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "eWAT was collected from lean (C) and obese (HFD 16 weeks) (D) WT or CD169-DTR mice after 12 days DT-mediated ATM depletion. Representative pictures of dissected eWAT are shown on the left, the corresponding eWAT weights expressed as mean ± SD of more than 12 samples are shown in the right, with statistical significance calculated using the Student's t-test (**P < 0.01 and ****P < 0.0001). The zoomed-in area shows clear, oily lipid accumulation in the absence of ATMs (lower left part)."}
{"words": ["Adipocyte", "hypertrophy", "is", "visible", "in", "the", "absence", "of", "ATMs", ".", "Representative", "images", "of", "hematoxylin", "and", "eosin", "staining", "(", "H", "&", "E", ")", "(", "E", ")", "and", "corresponding", "adipocyte", "diameters", "(", "F", ")", "of", "lean", "and", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", "from", "WT", "or", "CD169", "-", "DTR", "mice", "treated", "for", "7", "or", "12", "days", "with", "DT", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Each", "group", "comprised", "3", "-", "5", "mice", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "ns", ":", "no", "significant", "difference", ".", "The", "box", "and", "whisker", "plots", "show", "the", "median", "value", "and", "10", "-", "90", "percentiles", "of", "adipocyte", "diameters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Adipocyte hypertrophy is visible in the absence of ATMs. Representative images of hematoxylin and eosin staining (H&E) (E) and corresponding adipocyte diameters (F) of lean and obese (HFD 16 weeks) eWAT from WT or CD169-DTR mice treated for 7 or 12 days with DT. Scale bar, 50 μm. Each group comprised 3-5 mice. Statistical significance was determined using one-way ANOVA test. **P < 0.01; ****P < 0.0001; ns: no significant difference. The box and whisker plots show the median value and 10-90 percentiles of adipocyte diameters."}
{"words": ["qPCR", "showing", "the", "relative", "expression", "of", "genes", "for", "adipogenesis", "(", "Pparγ", ")", ",", "lipolysis", "(", "Lpl", ")", ",", "and", "lipogenesis", "(", "Dgat1", ")", ",", "plus", "other", "lipid", "receptor", "/", "transporters", "(", "Cd36", ",", "Abca1", ")", "or", "chaperones", "(", "Fabp4", ")", "in", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", "of", "CD169", "-", "DTR", "(", "red", "bars", ")", "mice", "and", "DT", "-", "injected", "WT", "controls", "(", "blue", "bars", ")", "(", "upper", "panel", ")", "and", "obese", "eWAT", "of", "anti", "-", "CSF1R", "antibody", "-", "injected", "mice", "(", "green", "bars", ")", "mice", "and", "isotype", "control", "-", "injected", "WT", "controls", "(", "white", "bars", ")", "(", "lower", "panel", ")", ".", "Mice", "were", "under", "DT", "or", "anti", "-", "CSF1R", "antibody", "treatment", "for", "12", "days", ".", "(", "n", "=", "5", "pooled", "mice", "per", "group", ",", "mean", "±", "SD", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "an", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significant", "difference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qPCR showing the relative expression of genes for adipogenesis (Pparγ), lipolysis (Lpl), and lipogenesis (Dgat1), plus other lipid receptor/transporters (Cd36, Abca1) or chaperones (Fabp4) in obese (HFD 16 weeks) eWAT of CD169-DTR (red bars) mice and DT-injected WT controls (blue bars) (upper panel) and obese eWAT of anti-CSF1R antibody-injected mice (green bars) mice and isotype control-injected WT controls (white bars) (lower panel). Mice were under DT or anti-CSF1R antibody treatment for 12 days. (n = 5 pooled mice per group, mean ± SD). Statistical significance was determined using an unpaired Student's t-test. *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001, ns: no significant difference."}
{"words": ["Violin", "plots", "depicting", "the", "expression", "of", "representative", "marker", "genes", "for", "each", "CD45", "-", "cell", "cluster", ":", "ASC1", "(", "Gsn", ",", "Pdgfrb", ",", "Eln", ")", "(", "red", ")", ",", "ASC2", "(", "Pi16", ",", "Pdgfra", ",", "Cebpd", ")", "(", "yellow", ")", ",", "stromal", "cells", "(", "Col1a1", ",", "Col1a2", ",", "Myl9", ")", "(", "green", ")", ",", "VEC1", "/", "VEC2", "(", "Pecam", "-", "1", ",", "Cldn5", ",", "Aqp1", ")", "(", "purple", "and", "blue", ")", ",", "and", "mesothelial", "-", "like", "cells", "(", "MLCs", ")", "(", "Upk3b", ",", "Msln", ",", "Acta2", ")", "(", "orange", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Violin plots depicting the expression of representative marker genes for each CD45- cell cluster: ASC1 (Gsn, Pdgfrb, Eln) (red), ASC2 (Pi16, Pdgfra, Cebpd) (yellow), stromal cells (Col1a1, Col1a2, Myl9) (green), VEC1/VEC2 (Pecam-1, Cldn5, Aqp1) (purple and blue), and mesothelial-like cells (MLCs) (Upk3b, Msln, Acta2) (orange)."}
{"words": ["Representative", "3D", "fluorescence", "imaging", "of", "lean", "and", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", "samples", "stained", "with", "anti", "-", "MHCII", "(", "green", "in", "lean", "samples", ")", ",", "anti", "-", "CD11c", "(", "green", "in", "obese", "samples", ")", ",", "anti", "-", "CD31", "(", "blue", ")", ",", "anti", "-", "CD169", "(", "pink", ")", ",", "and", "DAPI", "(", "white", ")", ".", "The", "two", "images", "at", "the", "bottom", "show", "the", "images", "merged", "for", "the", "lean", "and", "obese", "conditions", "without", "DAPI", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "(", "lean", ")", "and", "70", "μm", "(", "obese", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative 3D fluorescence imaging of lean and obese (HFD 16 weeks) eWAT samples stained with anti-MHCII (green in lean samples), anti-CD11c (green in obese samples), anti-CD31 (blue), anti-CD169 (pink), and DAPI (white). The two images at the bottom show the images merged for the lean and obese conditions without DAPI. Scale bar: 100 μm (lean) and 70 μm (obese)."}
{"words": ["Higher", "magnification", "of", "specific", "eWAT", "areas", ".", "Scale", "bar", ":", "30", "μm", "(", "lean", ")", "and", "50", "μm", "(", "obese", ")", ".", "(", "left", "panels", ")", "Distance", "of", "different", "ATM", "subsets", "to", "blood", "vessels", ".", "Distances", "(", "in", "μm", ")", "were", "calculated", "using", "the", "Imaris", "software", ",", "as", "described", "in", "the", "Materials", "and", "Methods", "section", ".", "The", "box", "and", "whisker", "plots", "show", "the", "median", "value", "and", "10", "-", "90", "percentiles", "of", "distance", "values", ".", "The", "right", "panels", "show", "the", "distribution", "of", "ATM", "subsets", "to", "blood", "vessels", "within", "a", "certain", "distance", "(", "≤", "1", "μm", ",", "1", "-", "10", "μm", ",", "≥", "10", "μm", ")", ".", "C", ":", "CD169", "+", "MHCIIlow", "and", "CD169", "+", "MHChi", "ATMs", "in", "lean", "eWAT", ".", "D", ":", "CD169", "+", "CD11c", "-", "and", "CD169", "+", "CD11c", "+", "ATMs", "in", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", ".", "Four", "mice", "from", "two", "independent", "experiments", "were", "analyzed", "(", "n", "=", "4", "-", "5", ";", "mean", "±", "SD", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "an", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "bars", "with", "no", "asterisks", "showed", "no", "significant", "difference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Higher magnification of specific eWAT areas. Scale bar: 30 μm (lean) and 50 μm (obese). (left panels) Distance of different ATM subsets to blood vessels. Distances (in μm) were calculated using the Imaris software, as described in the Materials and Methods section. The box and whisker plots show the median value and 10-90 percentiles of distance values. The right panels show the distribution of ATM subsets to blood vessels within a certain distance (≤1 μm, 1-10 μm, ≥10 μm). C: CD169+MHCIIlow and CD169+MHChi ATMs in lean eWAT. D: CD169+CD11c- and CD169+CD11c+ ATMs in obese (HFD 16 weeks) eWAT. Four mice from two independent experiments were analyzed (n = 4-5; mean ± SD). Statistical significance was determined using an unpaired Student's t-test. *P < 0.05, ****P < 0.0001, bars with no asterisks showed no significant difference."}
{"words": ["Model", "construction", "based", "on", "3D", "reconstructed", "images", "showing", "the", "relative", "distance", "of", "CD11c", "+", "ATMs", "from", "traced", "large", "blood", "vessels", ".", "Blood", "vessels", "larger", "than", "10µm", "diameter", "in", "the", "image", "were", "marked", "out", "on", "the", "image", "by", "tracing", "(", "white", "filaments", ")", ".", "CD11c", "+", "ATMs", "are", "close", "(", "<", "10µm", ")", "to", "the", "traced", "large", "blood", "vessels", "(", "red", "ellipsoids", ")", "or", "far", "(", ">", "10", "µm", ")", "(", "grey", "ellipsoids", ")", "from", "the", "traced", "blood", "vessel", ".", "Blood", "vessels", "are", "shown", "in", "green", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "The", "graph", "to", "the", "right", "shows", "the", "percentage", "of", "CD11chi", "ATMs", "showing", "a", "proximity", "of", "≤", "10", "or", ">", "10", "μm", "to", "blood", "vessels", "quantified", "from", "3", "biological", "replicates", "from", "1", "experiment", ",", "data", "was", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "an", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Model construction based on 3D reconstructed images showing the relative distance of CD11c+ ATMs from traced large blood vessels. Blood vessels larger than 10µm diameter in the image were marked out on the image by tracing (white filaments). CD11c+ ATMs are close (< 10µm) to the traced large blood vessels (red ellipsoids) or far (>10 µm) (grey ellipsoids) from the traced blood vessel. Blood vessels are shown in green. Scale bar: 100 μm. The graph to the right shows the percentage of CD11chi ATMs showing a proximity of ≤10 or >10 μm to blood vessels quantified from 3 biological replicates from 1 experiment, data was expressed as mean ± SD. Statistical significance was determined using an unpaired Student's t-test. ***P < 0.001."}
{"words": ["Two", "representative", "images", "of", "eWAT", "dissected", "from", "Evans", "blue", "-", "injected", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "WT", "and", "CD169", "-", "DTR", "mice", "treated", "for", "7", "days", "with", "DT", ".", "Evans", "blue", "dye", "was", "extracted", "from", "eWAT", "using", "formamide", "and", "the", "absorption", "of", "the", "extract", "was", "measured", "at", "620", "nm", "(", "the", "absorption", "values", "were", "normalized", "to", "the", "tissue", "weight", "in", "grams", ")", ".", "A", "chart", "showing", "the", "normalized", "mean", "optical", "density", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", "-", "7", "mice", "per", "group", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "an", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two representative images of eWAT dissected from Evans blue-injected obese (HFD 16 weeks) WT and CD169-DTR mice treated for 7 days with DT. Evans blue dye was extracted from eWAT using formamide and the absorption of the extract was measured at 620 nm (the absorption values were normalized to the tissue weight in grams). A chart showing the normalized mean optical density ± SD (n = 5-7 mice per group). Statistical significance was determined using an unpaired Student's t-test. ***P < 0.001."}
{"words": ["Mmp12", "(", "H", ")", "and", "Vegfα", "(", "F", ")", "are", "highly", "expressed", "in", "MHCIIhi", "and", "CD11c", "+", "ATMs", "purified", "from", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", ".", "qPCR", "analysis", "showed", "the", "relative", "expression", "in", "all", "three", "ATM", "subsets", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "data", "was", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "between", "the", "three", "ATM", "subpopulations", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "qPCR", "analysis", "showing", "the", "relative", "expression", "of", "Vegfα", "in", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", "of", "WT", "(", "n", "=", "3", ")", "or", "CD169", "-", "DTR", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "treated", "for", "7", "days", "with", "DT", ",", "data", "was", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "an", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mmp12 (H) and Vegfα (F) are highly expressed in MHCIIhi and CD11c+ ATMs purified from obese (HFD 16 weeks) eWAT. qPCR analysis showed the relative expression in all three ATM subsets (n=3), data was expressed as mean ± SD . Statistical significance between the three ATM subpopulations was determined using one-way ANOVA test. *P < 0.05, **P < 0.01. qPCR analysis showing the relative expression of Vegfα in obese (HFD 16 weeks) eWAT of WT (n=3) or CD169-DTR mice (n=5) treated for 7 days with DT, data was expressed as mean ± SD. Statistical significance was determined using an unpaired Student's t-test. ****P < 0.0001."}
{"words": ["Elastin", "staining", "showing", "more", "pronounced", "ECM", "accumulation", "in", "eWAT", "of", "CD169", "-", "DTR", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "when", "compared", "with", "ECM", "accumulation", "in", "the", "WT", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "control", "(", "DAPI", ",", "blue", ";", "elastin", ",", "red", ";", "CD31", ",", "green", ")", ".", "The", "fourth", "image", "in", "each", "row", "shows", "the", "three", "channels", "merged", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "Picrosirius", "red", "-", "staining", "depicts", "excessive", "collagen", "deposits", "in", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "eWAT", "of", "CD169", "-", "DTR", "mice", "when", "compared", "with", "collagen", "deposits", "in", "WT", "controls", ".", "Scale", "bar", ":", "250", "μm", ".", "Upper", "panels", ":", "brightfield", "microscopy", ";", "lower", "panels", ":", "fluorescence", "microscopy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Elastin staining showing more pronounced ECM accumulation in eWAT of CD169-DTR (HFD 16 weeks) when compared with ECM accumulation in the WT obese (HFD 16 weeks) control (DAPI, blue; elastin, red; CD31, green). The fourth image in each row shows the three channels merged. Scale bar: 50 μm. Picrosirius red-staining depicts excessive collagen deposits in obese (HFD 16 weeks) eWAT of CD169-DTR mice when compared with collagen deposits in WT controls. Scale bar: 250 μm. Upper panels: brightfield microscopy; lower panels: fluorescence microscopy."}
{"words": ["Violin", "plots", "showing", "the", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "profile", "(", "Il", "-", "6", ",", "Tnf", "-", "α", ",", "and", "Il", "-", "1β", ")", "of", "all", "23", "cell", "clusters", "obtained", "from", "obese", "(", "HFD", "16", "weeks", ")", "WT", "and", "CD169", "-", "DTR", "eWAT", ".", "Cluster", "0", ":", "ASC1", ";", "Cluster", "1", ":", "Stromal", "cells", ";", "Cluster", "2", ":", "VEC1", ";", "Cluster", "3", ":", "VEC2", ";", "Cluster", "4", ":", "NK1", ";", "Cluster", "5", ":", "MAC", "/", "Mono1", ";", "Cluster", "6", ":", "ASC2", ";", "Cluster", "7", ":", "B", ";", "Cluster", "8", ":", "cDC1", ";", "Cluster", "9", ":", "mono", "-", "derived", "cDC", ";", "Cluster", "10", ":", "Th2", "/", "ILC2", "/", "Treg", ";", "Cluster", "11", ":", "MAC", "/", "Mono3", ";", "Cluster", "12", ":", "Th17", ";", "Cluster", "13", ":", "VEC2", ";", "Cluster", "14", ":", "CD8", ";", "Cluster", "15", ":", "MLCs", ";", "Cluster", "16", ":", "CD11b", "+", "DC", ";", "Cluster", "17", ":", "Neutrophils", ";", "Cluster", "18", ":", "cDC2", ";", "Cluster", "19", ":", "cDC", ";", "Cluster", "20", ":", "NKT", ";", "Cluster", "21", ":", "NK2", ";", "Cluster", "22", ":", "Mast", "cells", "/", "Basophils", ".", "ASC", ":", "adipocyte", "stem", "cell", ";", "VEC", ":", "vascular", "endothelial", "cell", ";", "MLC", ":", "mesothelial", "-", "like", "cell", ";", "NK", ":", "natural", "killer", ";", "MAC", ":", "macrophage", ";", "Mono", ":", "monocyte", ";", "DC", ":", "dendritic", "cell", ";", "NKT", ":", "natural", "killer", "T", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Violin plots showing the pro-inflammatory cytokine profile (Il-6, Tnf-α, and Il-1β) of all 23 cell clusters obtained from obese (HFD 16 weeks) WT and CD169-DTR eWAT. Cluster 0: ASC1; Cluster 1: Stromal cells; Cluster 2: VEC1; Cluster 3: VEC2; Cluster 4: NK1; Cluster 5: MAC/Mono1; Cluster 6: ASC2; Cluster 7: B; Cluster 8: cDC1; Cluster 9: mono-derived cDC; Cluster 10: Th2/ILC2/Treg; Cluster 11: MAC/Mono3; Cluster 12: Th17; Cluster 13: VEC2; Cluster 14: CD8; Cluster 15: MLCs; Cluster 16: CD11b+ DC; Cluster 17: Neutrophils; Cluster 18: cDC2; Cluster 19: cDC; Cluster 20: NKT; Cluster 21: NK2; Cluster 22: Mast cells/Basophils. ASC: adipocyte stem cell; VEC: vascular endothelial cell; MLC: mesothelial-like cell; NK: natural killer; MAC: macrophage; Mono: monocyte; DC: dendritic cell; NKT: natural killer T cells."}
{"words": ["(", "a", "-", "b", ")", "eIF4A", "knockdown", "in", "either", "S2", "(", "a", ")", "or", "Kc167", "(", "b", ")", "cells", "blunts", "the", "inactivation", "of", "TORC1", "upon", "amino", "acid", "removal", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "dsRNA", "targeting", "GFP", "as", "a", "negative", "control", ",", "or", "three", "independent", ",", "non", "-", "overlapping", "dsRNAs", "targeting", "eIF4A", "for", "5", "days", "and", "then", "incubated", "with", "complete", "medium", "or", "medium", "lacking", "only", "amino", "acids", "for", "30", "minutes", ".", "Representative", "of", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-b) eIF4A knockdown in either S2 (a) or Kc167 (b) cells blunts the inactivation of TORC1 upon amino acid removal. Cells were treated with dsRNA targeting GFP as a negative control, or three independent, non-overlapping dsRNAs targeting eIF4A for 5 days and then incubated with complete medium or medium lacking only amino acids for 30 minutes. Representative of 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "d", ")", "Impaired", "inactivation", "of", "TORC1", "in", "response", "to", "eIF4A", "knockdown", "is", "most", "apparent", "upon", "partial", "depletion", "of", "amino", "acids", ",", "caused", "by", "removal", "of", "amino", "acid", "subsets", ".", "After", "5", "days", "of", "knockdown", ",", "S2", "cells", "were", "treated", "for", "30", "min", "with", "either", "complete", "Schneider", "'", "s", "medium", "(", "+", "aa", ")", ",", "Schneider", "'", "s", "medium", "lacking", "all", "amino", "acids", "(", "-", "aa", ")", "or", "various", "subsets", "of", "amino", "acids", ",", "as", "indicated", "(", "where", "EAA", "\"", "essential", "amino", "acids", "\"", "=", "H", ",", "I", ",", "L", ",", "K", ",", "M", ",", "T", ",", "W", ",", "V", ")", ".", "Error", "bars", ":", "std", "dev", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Impaired inactivation of TORC1 in response to eIF4A knockdown is most apparent upon partial depletion of amino acids, caused by removal of amino acid subsets. After 5 days of knockdown, S2 cells were treated for 30 min with either complete Schneider's medium (+aa), Schneider's medium lacking all amino acids (-aa) or various subsets of amino acids, as indicated (where EAA \"essential amino acids\" = H,I,L,K,M,T,W,V). Error bars: std dev. n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "e", ")", "Time", "course", "of", "amino", "-", "acid", "removal", "reveals", "that", "eIF4A", "knockdown", "Kc167", "cells", "maintain", "elevated", "S6K", "phosphorylation", "up", "to", "the", "maximum", "possible", "timepoint", "of", "60", "minutes", "when", "the", "cells", "start", "dying", "(", "see", "drop", "in", "S6K", "and", "tubulin", "levels", ")", ".", "Representative", "of", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Time course of amino-acid removal reveals that eIF4A knockdown Kc167 cells maintain elevated S6K phosphorylation up to the maximum possible timepoint of 60 minutes when the cells start dying (see drop in S6K and tubulin levels). Representative of two biological replicates."}
{"words": ["(", "f", ")", "eIF4A", "mutant", "larvae", "have", "impaired", "TORC1", "inactivation", "upon", "shifting", "to", "food", "lacking", "amino", "acids", ".", "Control", "(", "w1118", ")", "or", "eIF4A1006", "/", "1013", "1st", "instar", "larvae", "were", "transferred", "from", "standard", "food", "to", "plates", "containing", "either", "standard", "fly", "food", "or", "PBS", "/", "1", "%", "agarose", "+", "2", "%", "sucrose", "for", "1h", "prior", "to", "lysis", "and", "immunoblot", "analysis", ".", "Two", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "Representative", "of", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) eIF4A mutant larvae have impaired TORC1 inactivation upon shifting to food lacking amino acids. Control (w1118) or eIF4A1006/1013 1st instar larvae were transferred from standard food to plates containing either standard fly food or PBS/1% agarose+2%sucrose for 1h prior to lysis and immunoblot analysis. Two biological replicates are shown. Representative of 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "a", "-", "a", "'", ")", "Although", "knockdown", "of", "eIF4A", "or", "eIF3", "-", "S2", "equally", "blunt", "translation", "of", "EGFP", "from", "an", "inducible", "plasmid", "(", "a", ")", ",", "only", "knockdown", "of", "eIF4A", "but", "not", "eIF3", "-", "S2", "impairs", "TORC1", "inactivation", "upon", "amino", "acid", "removal", "(", "a", "'", ")", ".", "(", "a", ")", "S2", "cells", ",", "treated", "with", "indicated", "dsRNAs", "for", "5", "days", ",", "on", "day", "3", "transfected", "with", "an", "inducible", "EGFP", "plasmid", "(", "pMT", "-", "EGFP", ")", "and", "on", "day", "4", "induced", "for", "18h", ".", "Non", "-", "targeting", "LacZ", "dsRNA", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "(", "a", "'", ")", "S2", "cells", "treated", "with", "indicated", "dsRNAs", "for", "5", "days", ",", "then", "incubated", "with", "medium", "lacking", "amino", "acids", "for", "indicated", "time", "prior", "to", "lysis", ".", "Representative", "of", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-a') Although knockdown of eIF4A or eIF3-S2 equally blunt translation of EGFP from an inducible plasmid (a), only knockdown of eIF4A but not eIF3-S2 impairs TORC1 inactivation upon amino acid removal (a'). (a) S2 cells, treated with indicated dsRNAs for 5 days, on day 3 transfected with an inducible EGFP plasmid (pMT-EGFP) and on day 4 induced for 18h. Non-targeting LacZ dsRNA used as a negative control. (a') S2 cells treated with indicated dsRNAs for 5 days, then incubated with medium lacking amino acids for indicated time prior to lysis. Representative of two biological replicates."}
{"words": ["(", "b", ")", "Knockdown", "of", "eIF4A", ",", "but", "not", "other", "translation", "initiation", "factors", ",", "blunts", "TORC1", "inactivation", "upon", "amino", "acid", "withdrawal", ".", "Kc167", "cells", "treated", "with", "indicated", "dsRNAs", "for", "4", "days", "and", "then", "incubated", "with", "complete", "Schneider", "'", "s", "medium", "or", "Schneider", "'", "s", "medium", "lacking", "the", "indicated", "amino", "acids", "for", "30", "minutes", "prior", "to", "lysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Knockdown of eIF4A, but not other translation initiation factors, blunts TORC1 inactivation upon amino acid withdrawal. Kc167 cells treated with indicated dsRNAs for 4 days and then incubated with complete Schneider's medium or Schneider's medium lacking the indicated amino acids for 30 minutes prior to lysis."}
{"words": ["(", "c", ")", "Inhibition", "of", "translation", "with", "cycloheximide", "does", "not", "block", "inactivation", "of", "TORC1", "upon", "amino", "acid", "withdrawal", "in", "Kc167", "cells", ".", "Kc167", "cells", "treated", "with", "either", "eIF4A", "dsRNA", "for", "4", "days", ",", "or", "cycloheximide", "(", "50", "µg", "/", "mL", ",", "\"", "CHX", "\"", ")", "for", "5", "min", "prior", "to", ",", "as", "well", "as", "during", "removal", "of", "amino", "acids", "(", "-", "LIVASTQP", ")", ".", "CHX", "treated", "cells", "still", "inactivate", "TORC1", "(", "compare", "lanes", "8", "to", "7", ")", "whereas", "eIF4A", "knockdown", "cells", "do", "not", "(", "lanes", "14", "vs", "13", ")", ".", "Quantifications", "of", "two", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "CHX", "and", "eIF4A", "samples", "were", "normalized", "to", "their", "respective", "control", "conditions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Inhibition of translation with cycloheximide does not block inactivation of TORC1 upon amino acid withdrawal in Kc167 cells. Kc167 cells treated with either eIF4A dsRNA for 4 days, or cycloheximide (50 µg/mL, \"CHX\") for 5 min prior to, as well as during removal of amino acids (-LIVASTQP). CHX treated cells still inactivate TORC1 (compare lanes 8 to 7) whereas eIF4A knockdown cells do not (lanes 14 vs 13). Quantifications of two biological replicates are shown. CHX and eIF4A samples were normalized to their respective control conditions."}
{"words": ["(", "d", ")", "Knockdown", "of", "eIF4A", "in", "Kc167", "cells", "does", "not", "prevent", "a", "drop", "in", "intracellular", "amino", "acids", "levels", "when", "amino", "acids", "are", "removed", "from", "the", "medium", "for", "30", "min", ".", "Quantification", "of", "total", "intracellular", "amino", "acids", ",", "analyzed", "in", "a", "blinded", "fashion", ".", "Levels", "of", "individual", "amino", "acids", "shown", "in", "Figure", "S2D", ".", "For", "CHX", "samples", ",", "cycloheximide", "(", "50µg", "/", "mL", ")", "was", "added", "5", "minutes", "prior", "to", ",", "and", "during", "treatment", "with", "medium", "containing", "or", "lacking", "amino", "acids", ".", "Statistical", "significance", "tested", "by", "ANOVA2", "using", "Scheffé", "'", "s", "multiple", "comparisons", "method", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Error", "bars", ":", "std", ".", "dev", ".", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Knockdown of eIF4A in Kc167 cells does not prevent a drop in intracellular amino acids levels when amino acids are removed from the medium for 30 min. Quantification of total intracellular amino acids, analyzed in a blinded fashion. Levels of individual amino acids shown in Figure S2D. For CHX samples, cycloheximide (50µg/mL) was added 5 minutes prior to, and during treatment with medium containing or lacking amino acids. Statistical significance tested by ANOVA2 using Scheffé's multiple comparisons method (p<0.05). Error bars: std. dev. n=5."}
{"words": ["(", "a", ")", "Knockdown", "of", "eIF4F", "components", "(", "eIF", "-", "4E", "and", "eIF", "-", "4G", ")", "partially", "phenocopy", "the", "eIF4A", "knockdown", ",", "leading", "to", "elevated", "TORC1", "activity", "upon", "amino", "acid", "removal", "(", "30", "min", ")", ".", "Knockdown", "of", "all", "other", "tested", "translation", "initiation", "factors", "do", "not", "cause", "elevated", "TORC1", "upon", "amino", "acid", "removal", "(", "main", "Figures", "1c", ",", "2a", "'", "and", "2b", ")", ".", "Error", "bars", ":", "std", ".", "dev", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Knockdown of eIF4F components (eIF-4E and eIF-4G) partially phenocopy the eIF4A knockdown, leading to elevated TORC1 activity upon amino acid removal (30 min). Knockdown of all other tested translation initiation factors do not cause elevated TORC1 upon amino acid removal (main Figures 1c, 2a' and 2b). Error bars: std. dev. n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "b", ")", "Quantification", "of", "de", "novo", "protein", "synthesis", "rates", "by", "OPP", "incorporation", "reveals", "that", "eIF4E", "and", "eIF4G", "knockdowns", "deplete", "eIF4F", "function", "less", "efficiently", "than", "the", "eIF4A", "knockdown", ",", "explaining", "why", "the", "effects", "of", "eIF4E", "and", "eIF4G", "knockdowns", "on", "TORC1", "activity", "(", "panel", "a", ")", "are", "a", "bit", "milder", "than", "the", "eIF4A", "knockdown", ".", "Kc167", "cells", "treated", "with", "dsRNA", "for", "4", "days", "then", "incubated", "with", "20μM", "Click", "-", "it", "OPP", "reagent", "30min", "before", "fixation", "and", "fluorescent", "labeling", ".", "Quantification", "of", "OPP", "fluorescence", "per", "cell", "(", "nuclear", "count", ")", "for", "two", "independent", "experiments", "is", "displayed", "(", "3", "independent", "images", "per", "condition", ")", ",", "normalized", "to", "the", "no", "dsRNA", "condition", ".", "Scale", "bars", ":", "25µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Quantification of de novo protein synthesis rates by OPP incorporation reveals that eIF4E and eIF4G knockdowns deplete eIF4F function less efficiently than the eIF4A knockdown, explaining why the effects of eIF4E and eIF4G knockdowns on TORC1 activity (panel a) are a bit milder than the eIF4A knockdown. Kc167 cells treated with dsRNA for 4 days then incubated with 20μM Click-it OPP reagent 30min before fixation and fluorescent labeling. Quantification of OPP fluorescence per cell (nuclear count) for two independent experiments is displayed (3 independent images per condition), normalized to the no dsRNA condition. Scale bars: 25µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Binding", "of", "eIF4G", "to", "the", "Rag", "GTPases", "detected", "by", "co", "-", "immunoprecipitation", "from", "Kc167", "cells", "in", "absence", "or", "presence", "of", "the", "chemical", "cross", "-", "linker", "DSP", ".", "Representative", "of", ">", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Binding of eIF4G to the Rag GTPases detected by co-immunoprecipitation from Kc167 cells in absence or presence of the chemical cross-linker DSP. Representative of >3 biological replicates."}
{"words": ["(", "b", ")", "Binding", "between", "eIF4G", "and", "the", "Rag", "GTPase", "complex", "is", "mainly", "mediated", "by", "RagC", ",", "detected", "by", "expressing", "and", "immunoprecipitating", "either", "RagA", "or", "RagC", "alone", ".", "Representative", "of", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Binding between eIF4G and the Rag GTPase complex is mainly mediated by RagC, detected by expressing and immunoprecipitating either RagA or RagC alone. Representative of two biological replicates."}
{"words": ["(", "c", ")", "Interaction", "between", "eIF4A", "and", "Raptor", "detected", "via", "co", "-", "immunoprecipitation", "of", "epitope", "-", "tagged", "proteins", ".", "Proteins", "were", "cross", "-", "linked", "with", "DSP", "prior", "to", "lysis", "and", "immunoprecipitation", ".", "Representative", "of", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Interaction between eIF4A and Raptor detected via co-immunoprecipitation of epitope-tagged proteins. Proteins were cross-linked with DSP prior to lysis and immunoprecipitation. Representative of 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "d", "-", "d", "'", "'", ")", "eIF4A", "and", "Raptor", "form", "a", "complex", ",", "detected", "by", "proximity", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", ".", "Specificity", "of", "the", "PLA", "signal", "was", "controlled", "by", "knocking", "down", "either", "eIF4A", "or", "Raptor", "in", "Kc167", ".", "(", "d", ")", "Representative", "images", ".", "Cells", "outlined", "in", "white", ".", "(", "d", "'", ")", "Quantification", "of", "number", "of", "PLA", "spots", "per", "cell", ".", "(", "n", ">", "200", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "ANOVA1", ",", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ",", "was", "performed", "on", "log", "-", "transformed", "data", ",", "box", "=", "+", "/", "-", "1", "quartile", ",", "whiskers", "=", "max", "/", "min", ")", ".", "(", "d", "'", "'", ")", "Immunoblotting", "to", "detect", "efficiency", "of", "eIF4A", "and", "Raptor", "knockdowns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(d-d'') eIF4A and Raptor form a complex, detected by proximity ligation assay (PLA). Specificity of the PLA signal was controlled by knocking down either eIF4A or Raptor in Kc167. (d) Representative images. Cells outlined in white. (d') Quantification of number of PLA spots per cell. (n>200. ***p<0.0001, ANOVA1, Dunnett's multiple comparisons test, was performed on log-transformed data, box = +/- 1 quartile, whiskers = max/min). (d'') Immunoblotting to detect efficiency of eIF4A and Raptor knockdowns."}
{"words": ["(", "e", "-", "f", ")", "The", "eIF4A", "-", "Raptor", "interaction", "does", "not", "take", "place", "on", "lysosomes", "(", "e", ")", "or", "the", "endoplasmic", "reticulum", "(", "ER", ")", "(", "f", ")", ".", "Kc167", "cells", "were", "either", "incubated", "with", "100", "µg", "/", "mL", "Dextran", "for", "1", "hour", ",", "washed", "and", "incubated", "for", "14", "hours", "in", "normal", "growth", "medium", "to", "label", "late", "endosomes", "and", "lysosomes", "(", "e", ")", ",", "or", "transfected", "to", "express", "an", "ER", "-", "resident", "GFP", "(", "f", ")", ".", "Amino", "acid", "removal", "was", "for", "45", "min", ".", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficients", "for", "eIF4A", "-", "Raptor", "PLA", "and", "Dextran", "in", "panel", "(", "e", ")", "are", "0", ".", "09", "and", "0", ".", "08", "for", "+", "aa", "and", "-", "LIVASTQP", "respectively", "(", "calculated", "for", "all", "cells", "in", "the", "acquired", "fields", ",", "which", "were", "chosen", "randomly", ",", "n", "=", "40", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e-f) The eIF4A-Raptor interaction does not take place on lysosomes (e) or the endoplasmic reticulum (ER) (f). Kc167 cells were either incubated with 100 µg/mL Dextran for 1 hour, washed and incubated for 14 hours in normal growth medium to label late endosomes and lysosomes (e), or transfected to express an ER-resident GFP (f). Amino acid removal was for 45 min. Pearson's correlation coefficients for eIF4A-Raptor PLA and Dextran in panel (e) are 0.09 and 0.08 for +aa and -LIVASTQP respectively (calculated for all cells in the acquired fields, which were chosen randomly, n=40). Scale bars: 5µm."}
{"words": ["(", "a", ")", "Knockdown", "of", "eIF4A", "and", "TSC2", "do", "not", "elevate", "TORC1", "activity", "in", "an", "additive", "manner", ",", "indicating", "they", "act", "in", "the", "same", ",", "and", "not", "parallel", "pathways", ".", "Whereas", "knockdown", "of", "eIF4A", "increases", "TORC1", "activity", "in", "control", "Kc167", "cells", "(", "lanes", "1", "-", "2", "and", "5", "-", "6", ")", ",", "eIF4A", "knockdown", "cannot", "further", "increase", "TORC1", "activity", "in", "TSC2", "knockdown", "cells", "(", "lanes", "3", "-", "4", "and", "7", "-", "8", ")", ".", "Error", "bars", ":", "std", "dev", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Knockdown of eIF4A and TSC2 do not elevate TORC1 activity in an additive manner, indicating they act in the same, and not parallel pathways. Whereas knockdown of eIF4A increases TORC1 activity in control Kc167 cells (lanes 1-2 and 5-6), eIF4A knockdown cannot further increase TORC1 activity in TSC2 knockdown cells (lanes 3-4 and 7-8). Error bars: std dev. n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "b", ")", "Activation", "of", "TSC2", "with", "the", "p90RSK", "inhibitor", "BI", "-", "D1870", "rescues", "the", "elevated", "TORC1", "activity", "caused", "by", "eIF4A", "knockdown", "in", "Kc167", "cells", ",", "consistent", "with", "TSC2", "acting", "downstream", "of", "eIF4A", ".", "BI", "-", "D1870", "leads", "to", "inhibition", "of", "TORC1", "(", "lanes", "1", "-", "4", ")", "in", "a", "TSC2", "-", "dependent", "manner", "(", "see", "also", "Appendix", "Figure", "S5A", ")", ".", "Representative", "of", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Activation of TSC2 with the p90RSK inhibitor BI-D1870 rescues the elevated TORC1 activity caused by eIF4A knockdown in Kc167 cells, consistent with TSC2 acting downstream of eIF4A. BI-D1870 leads to inhibition of TORC1 (lanes 1-4) in a TSC2-dependent manner (see also Appendix Figure S5A). Representative of two biological replicates."}
{"words": ["(", "c", ")", "FLAG", "-", "eIF4A", "and", "TSC2", "-", "V5", "co", "-", "immunoprecipitate", "in", "Kc167", "cells", "in", "the", "absence", "of", "chemical", "cross", "-", "linker", ".", "Cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "eIF4A", "and", "TSC2", "-", "V5", "expression", "vectors", "and", "treated", "with", "media", "containing", "or", "lacking", "amino", "acids", "for", "indicated", "timepoints", "prior", "to", "lysis", "and", "anti", "-", "FLAG", "immunoprecipitation", ".", "The", "experiment", "was", "performed", "in", "absence", "of", "the", "chemical", "cross", "-", "linker", "DSP", ".", "Representative", "of", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) FLAG-eIF4A and TSC2-V5 co-immunoprecipitate in Kc167 cells in the absence of chemical cross-linker. Cells were transfected with FLAG-eIF4A and TSC2-V5 expression vectors and treated with media containing or lacking amino acids for indicated timepoints prior to lysis and anti-FLAG immunoprecipitation. The experiment was performed in absence of the chemical cross-linker DSP. Representative of 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "d", ")", "Expression", "of", "TSC2", "-", "insensitive", "(", "S15H", "or", "Q63L", ")", ",", "but", "not", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "Rheb", "causes", "TORC1", "activity", "to", "remain", "high", "upon", "amino", "acid", "removal", ".", "Kc167", "cells", "were", "transfected", "to", "express", "either", "wild", "-", "type", "or", "mutant", "Rheb", "and", "then", "incubated", "with", "Schneider", "'", "s", "medium", "either", "containing", "or", "lacking", "amino", "acids", "for", "30", "minutes", ".", "Elevated", "TORC1", "activity", "can", "be", "observed", "either", "by", "looking", "at", "phosphorylation", "of", "endogenous", "S6K", ",", "or", "phosphorylation", "of", "an", "HA", "-", "tagged", "S6K", "that", "was", "co", "-", "transfected", "with", "the", "Rheb", "constructs", "to", "assay", "specifically", "the", "transfected", "cells", ".", "Representative", "of", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Expression of TSC2-insensitive (S15H or Q63L), but not wild-type (WT) Rheb causes TORC1 activity to remain high upon amino acid removal. Kc167 cells were transfected to express either wild-type or mutant Rheb and then incubated with Schneider's medium either containing or lacking amino acids for 30 minutes. Elevated TORC1 activity can be observed either by looking at phosphorylation of endogenous S6K, or phosphorylation of an HA-tagged S6K that was co-transfected with the Rheb constructs to assay specifically the transfected cells. Representative of two biological replicates."}
{"words": ["(", "a", ")", "Mass", "spectrometry", "analysis", "of", "proteins", "co", "-", "immunoprecipitating", "with", "eIF4A", "reveals", "NAT1", "as", "one", "of", "the", "top", "interacting", "proteins", ".", "eIF4A", "immunoprecipitations", "were", "performed", "in", "triplicate", ",", "from", "cells", "treated", "with", "medium", "either", "containing", "(", "+", "aa", ")", "or", "lacking", "amino", "acids", "(", "-", "aa", ")", ",", "and", "average", "values", "are", "shown", ".", "Peptide", "counts", "for", "each", "protein", "in", "each", "replicate", "were", "normalized", "to", "eIF4A", "peptide", "counts", ".", "Raw", "peptide", "counts", "shown", "in", "parentheses", ".", "(", "a", "'", ")", "Schematic", "diagram", "of", "eIF4G", "and", "NAT1", "primary", "protein", "structures", ".", "Binding", "sites", "for", "other", "initiation", "factors", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Mass spectrometry analysis of proteins co-immunoprecipitating with eIF4A reveals NAT1 as one of the top interacting proteins. eIF4A immunoprecipitations were performed in triplicate, from cells treated with medium either containing (+aa) or lacking amino acids (-aa), and average values are shown. Peptide counts for each protein in each replicate were normalized to eIF4A peptide counts. Raw peptide counts shown in parentheses.(a') Schematic diagram of eIF4G and NAT1 primary protein structures. Binding sites for other initiation factors are shown."}
{"words": ["(", "b", ")", "Binding", "between", "eIF4A", "and", "NAT1", "is", "regulated", "by", "amino", "acid", "availability", "in", "a", "TORC1", "-", "independent", "fashion", ".", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "tagged", "eIF4A", "and", "NAT1", "in", "control", "Kc167", "cells", ",", "or", "cells", "treated", "with", "medium", "lacking", "amino", "acids", "or", "supplemented", "with", "20", "nM", "rapamycin", "for", "indicated", "times", ".", "Representative", "of", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Binding between eIF4A and NAT1 is regulated by amino acid availability in a TORC1-independent fashion. Co-immunoprecipitation of tagged eIF4A and NAT1 in control Kc167 cells, or cells treated with medium lacking amino acids or supplemented with 20 nM rapamycin for indicated times. Representative of 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "c", ")", "Knockdown", "of", "NAT1", "using", "4", "independent", ",", "non", "-", "overlapping", "dsRNAs", "leads", "to", "reduced", "TORC1", "activity", ".", "Kc167", "cells", ",", "treated", "with", "indicated", "dsRNAs", "for", "4", "days", "and", "then", "incubated", "with", "medium", "containing", "or", "lacking", "amino", "acids", "for", "30", "min", ".", "Error", "bars", ":", "std", ".", "dev", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Knockdown of NAT1 using 4 independent, non-overlapping dsRNAs leads to reduced TORC1 activity. Kc167 cells, treated with indicated dsRNAs for 4 days and then incubated with medium containing or lacking amino acids for 30 min. Error bars: std. dev. n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "d", ")", "eIF4A", "is", "epistatic", "to", "NAT1", "for", "TORC1", "regulation", ".", "In", "the", "absence", "of", "amino", "acids", ",", "eIF4A", "knockdown", "cells", "have", "elevated", "TORC1", "activity", ",", "NAT1", "knockdown", "cells", "have", "reduced", "TORC1", "activity", ",", "and", "eIF4A", "NAT1", "double", "-", "knockdown", "cells", "have", "elevated", "TORC1", "activity", "compared", "to", "control", "cells", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "indicated", "dsRNAs", "for", "4", "days", "and", "then", "treated", "with", "medium", "containing", "or", "lacking", "the", "indicated", "amino", "acids", "for", "30", "min", ".", "Error", "bars", ":", "std", ".", "dev", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) eIF4A is epistatic to NAT1 for TORC1 regulation. In the absence of amino acids, eIF4A knockdown cells have elevated TORC1 activity, NAT1 knockdown cells have reduced TORC1 activity, and eIF4A NAT1 double-knockdown cells have elevated TORC1 activity compared to control cells. Cells were treated with indicated dsRNAs for 4 days and then treated with medium containing or lacking the indicated amino acids for 30 min. Error bars: std. dev. n=3 biological replicates."}
{"words": ["(", "e", ")", "TSC2", "is", "epistatic", "to", "NAT1", "for", "TORC1", "regulation", ".", "As", "in", "(", "d", ")", ",", "knockdown", "of", "TSC2", "rescues", "the", "reduced", "TORC1", "activity", "caused", "by", "NAT1", "knockdown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(e) TSC2 is epistatic to NAT1 for TORC1 regulation. As in (d), knockdown of TSC2 rescues the reduced TORC1 activity caused by NAT1 knockdown."}
{"words": ["A", "and", "B", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "showing", "mitochondrial", "fragmentation", "in", "HBV", "-", "and", "HBx", "-", "expressing", "cells", ",", "respectively", ".", "Huh7", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "HBV", "(", "A", ")", "or", "the", "HBx", "-", "flag", "construct", "(", "B", ")", ".", "At", "2", "days", "post", "-", "transfection", ",", "cells", "prestained", "with", "MitoTracker", "(", "Mito", ",", "white", ")", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "HBsAg", "(", "A", ",", "green", ")", "and", "anti", "-", "flag", "(", "B", ",", "green", ")", "antibodies", ",", "respectively", ".", "In", "the", "zoomed", "images", ",", "typical", "tubular", "mitochondria", "in", "untransfected", "cells", "and", "fragmented", "mitochondria", "in", "transfected", "cells", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B) Confocal microscopy images showing mitochondrial fragmentation in HBV- and HBx-expressing cells, respectively. Huh7 cells were transiently transfected with HBV (A) or the HBx-flag construct (B). At 2 days post-transfection, cells prestained with MitoTracker (Mito, white) were immunostained with anti-HBsAg (A, green) and anti-flag (B, green) antibodies, respectively. In the zoomed images, typical tubular mitochondria in untransfected cells and fragmented mitochondria in transfected cells are shown."}
{"words": ["C", ")", "Whole", "cell", "lysates", "extracted", "from", "Huh7", "cells", "with", "empty", "vector", "(", "Mock", ")", "and", "those", "with", "HBV", "construct", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "against", "the", "indicated", "proteins", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "an", "internal", "loading", "control", ".", "Mitochondrial", "fraction", "(", "bottom", "panel", ")", "isolated", "from", "HepAD38", "cells", "(", "see", "the", "purity", "in", "Figure", "2B", ")", "was", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "phospho", "-", "Drp1", "(", "Ser616", ")", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Whole cell lysates extracted from Huh7 cells with empty vector (Mock) and those with HBV construct were analyzed by Western blotting with antibodies against the indicated proteins. β-actin was used as an internal loading control. Mitochondrial fraction (bottom panel) isolated from HepAD38 cells (see the purity in Figure 2B) was analyzed by Western blotting with phospho-Drp1 (Ser616) antibody."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "Confocal", "immunofluorescence", "showing", "mitochondrial", "translocation", "of", "Drp1", "in", "HBV", "-", "and", "HBx", "-", "expressing", "cells", ",", "respectively", ".", "Huh7", "cells", "transfected", "with", "HBV", "(", "D", "and", "E", ")", "or", "HBx", "-", "flag", "construct", "(", "F", ")", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "specific", "to", "TOM20", "(", "red", ")", ",", "Drp1", "(", "D", ",", "green", ")", ",", "and", "phospho", "-", "Drp1", "(", "Ser616", ")", "(", "E", "and", "F", ",", "green", ")", ",", "respectively", ".", "HBV", "and", "HBx", "gene", "expression", "(", "white", ")", "was", "verified", "using", "anti", "-", "HBsAg", "(", "D", "and", "E", ")", "and", "anti", "-", "flag", "(", "F", ")", "antibodies", ",", "respectively", ".", "In", "the", "zoomed", "images", ",", "the", "yellow", "color", "indicates", "the", "merge", "of", "Drp1", "or", "phospho", "-", "Drp1", "(", "Ser616", ")", "with", "mitochondria", ".", "(", "A", ",", "B", ",", "D", ",", "E", ",", "and", "F", ")", "Transfected", "(", "+", ")", "and", "untransfected", "(", "−", ")", "cells", "are", "marked", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) Confocal immunofluorescence showing mitochondrial translocation of Drp1 in HBV- and HBx-expressing cells, respectively. Huh7 cells transfected with HBV (D and E) or HBx-flag construct (F) were immunostained with antibodies specific to TOM20 (red), Drp1 (D, green), and phospho-Drp1 (Ser616) (E and F, green), respectively. HBV and HBx gene expression (white) was verified using anti-HBsAg (D and E) and anti-flag (F) antibodies, respectively. In the zoomed images, the yellow color indicates the merge of Drp1 or phospho-Drp1 (Ser616) with mitochondria. (A, B, D, E, and F) Transfected (+) and untransfected (−) cells are marked. Nuclei were stained with DAPI (blue)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Huh7", "cells", "transfected", "with", "HBV", "construct", "were", "prestained", "with", "MitoTracker", "(", "Mito", ",", "red", ")", "and", "subsequently", ",", "immunostained", "with", "anti", "-", "Parkin", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "HBsAg", "(", "white", ")", "antibodies", ".", "Nuclei", "are", "demarcated", "with", "white", "dots", ".", "Transfected", "(", "+", ")", "and", "untransfected", "(", "−", ")", "cells", "are", "marked", ".", "In", "the", "zoomed", "images", ",", "yellow", "color", "indicates", "the", "accumulation", "of", "endogenous", "Parkin", "recruited", "to", "the", "mitochondria", ".", "Quantification", "of", "fluorescence", "intensity", "of", "Parkin", "aggregates", "on", "the", "mitochondria", "in", "HBV", "-", "expressing", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Huh7 cells transfected with HBV construct were prestained with MitoTracker (Mito, red) and subsequently, immunostained with anti-Parkin (green) and anti-HBsAg (white) antibodies. Nuclei are demarcated with white dots. Transfected (+) and untransfected (−) cells are marked. In the zoomed images, yellow color indicates the accumulation of endogenous Parkin recruited to the mitochondria. Quantification of fluorescence intensity of Parkin aggregates on the mitochondria in HBV-expressing cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "cytosolic", "(", "Cyto", ")", "and", "mitochondrial", "(", "Mito", ")", "fractions", "were", "isolated", "from", "HepAD38", "cells", "grown", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "tetracycline", "for", "48", "h", ".", "Cellular", "fractions", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "specific", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "Fractions", ":", "WCL", ",", "whole", "cell", "lysates", ";", "Cyto", ",", "purified", "cytoplasm", ";", "Mito", ",", "purified", "mitochondria", ".", "Organelle", "markers", ":", "VDAC1", ",", "mitochondria", ";", "GAPDH", ",", "cytoplasm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) The cytosolic (Cyto) and mitochondrial (Mito) fractions were isolated from HepAD38 cells grown in the absence or presence of tetracycline for 48 h. Cellular fractions were analyzed by Western blotting with antibodies specific for the indicated proteins. Fractions: WCL, whole cell lysates; Cyto, purified cytoplasm; Mito, purified mitochondria. Organelle markers: VDAC1, mitochondria; GAPDH, cytoplasm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Parkin", "protein", "in", "whole", "cell", "lysates", "of", "HBV", "-", "expressing", "cells", "was", "immunoprecipitated", "by", "anti", "-", "Parkin", "antibody", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "with", "anti", "-", "ubiquitin", "(", "Ub", ")", "antibody", ".", "Normal", "rabbit", "IgG", "was", "used", "as", "a", "control", "for", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "β", "-", "actin", "indicates", "equivalent", "amount", "of", "cell", "lysates", "for", "IP", "(", "C", "and", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Parkin protein in whole cell lysates of HBV-expressing cells was immunoprecipitated by anti-Parkin antibody, followed by immunoblotting (IB) with anti-ubiquitin (Ub) antibody. Normal rabbit IgG was used as a control for immunoprecipitation (IP). Western blot analysis for β-actin indicates equivalent amount of cell lysates for IP (C and D)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Mfn2", "protein", "in", "whole", "cell", "lysates", "extracted", "from", "HepAD38", "cells", "transfected", "with", "non", "-", "targeting", "(", "NT", ")", "and", "Parkin", "(", "P", ")", "siRNA", ",", "respectively", ",", "for", "48", "h", "was", "immunoprecipitated", "by", "anti", "-", "Mfn2", "antibody", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "(", "IB", ")", "with", "anti", "-", "ubiquitin", "(", "Ub", ")", "antibody", ".", "Normal", "mouse", "IgG", "was", "used", "as", "a", "control", "for", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "The", "protein", "expression", "was", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "specific", "to", "Mfn2", ",", "Parkin", ",", "and", "β", "-", "actin", "proteins", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(D) Mfn2 protein in whole cell lysates extracted from HepAD38 cells transfected with non-targeting (NT) and Parkin (P) siRNA, respectively, for 48 h was immunoprecipitated by anti-Mfn2 antibody, followed by immunoblotting (IB) with anti-ubiquitin (Ub) antibody. Normal mouse IgG was used as a control for immunoprecipitation (IP). The protein expression was analyzed by Western blotting with antibodies specific to Mfn2, Parkin, and β-actin proteins. ("}
{"words": ["(", "E", ")", "Intracellular", "mRNA", "levels", "of", "Parkin", ",", "PINK1", ",", "and", "LC3B", "were", "analyzed", "by", "real", "-", "time", "qRT", "-", "PCR", ".", "GAPDH", "was", "used", "to", "normalize", "changes", "in", "Parkin", ",", "PINK1", ",", "and", "LC3B", "gene", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(E) Intracellular mRNA levels of Parkin, PINK1, and LC3B were analyzed by real-time qRT-PCR. GAPDH was used to normalize changes in Parkin, PINK1, and LC3B gene expression."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "protein", "expression", "was", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "specific", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "cont", "(", "F", ")", "The", "protein", "expression", "was", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "specific", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "(", "F", "and", "G", ")", ".", "The", "relative", "intensity", "of", "ATF4", ",", "Parkin", ",", "PINK1", ",", "and", "LC3B", "protein", "expression", "normalized", "to", "β", "-", "actin", "was", "analyzed", "by", "ImageJ", "software", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The protein expression was analyzed by Western blotting with antibodies specific for the indicated proteins. β-actin was used as a loading cont(F) The protein expression was analyzed by Western blotting with antibodies specific for the indicated proteins. β-actin was used as a loading control (F and G). The relative intensity of ATF4, Parkin, PINK1, and LC3B protein expression normalized to β-actin was analyzed by ImageJ software."}
{"words": [".", "(", "G", ")", "Whole", "cell", "lysates", "extracted", "from", "Huh7", "cells", "with", "empty", "vector", "(", "Mock", ")", "and", "those", "with", "HBV", "construct", "for", "48", "h", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "antibodies", "specific", "to", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". (G) Whole cell lysates extracted from Huh7 cells with empty vector (Mock) and those with HBV construct for 48 h were analyzed by Western blotting with antibodies specific to the indicated proteins."}
{"words": ["(", "A", ")", "Huh7", "cells", "transiently", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "protein", "were", "transfected", "with", "HBV", "construct", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "3", "-", "MA", "(", "10", "mM", ")", "and", "BafA1", "(", "100", "nM", ")", ",", "respectively", ",", "for", "8", "h", "before", "fixation", ".", "At", "2", "days", "post", "-", "transfection", ",", "cells", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "against", "HBsAg", "(", "white", ")", ",", "TOM20", "(", "blue", ")", ",", "and", "Parkin", "(", "red", ")", ".", "Nuclei", "are", "demarcated", "with", "white", "dots", ".", "Transfected", "(", "+", ")", "and", "untransfected", "(", "−", ")", "cells", "are", "marked", ".", "In", "the", "zoomed", "images", ",", "the", "arrows", "(", "white", "puncta", ")", "indicate", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "green", ")", "colocalized", "with", "TOM20", "and", "Parkin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(A) Huh7 cells transiently expressing GFP-LC3 protein were transfected with HBV construct in the absence or presence of 3-MA (10 mM) and BafA1 (100 nM), respectively, for 8 h before fixation. At 2 days post-transfection, cells were immunostained with antibodies against HBsAg (white), TOM20 (blue), and Parkin (red). Nuclei are demarcated with white dots. Transfected (+) and untransfected (−) cells are marked. In the zoomed images, the arrows (white puncta) indicate GFP-LC3 puncta (green) colocalized with TOM20 and Parkin."}
{"words": ["(", "B", "and", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "total", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "B", ")", "and", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "colocalized", "with", "TOM20", "(", "C", ")", "in", "the", "panel", "(", "A", ")", ".", "(", "D", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "area", "of", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "white", ")", "representing", "merge", "of", "GFP", "-", "LC3", "puncta", ",", "TOM20", ",", "and", "Parkin", "in", "the", "panel", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B and C) Quantification of the number of total GFP-LC3 puncta (B) and GFP-LC3 puncta colocalized with TOM20 (C) in the panel (A). (D) Quantitative analysis of the area of GFP-LC3 puncta (white) representing merge of GFP-LC3 puncta, TOM20, and Parkin in the panel (A)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Huh7", "cells", "transiently", "expressing", "Mito", "-", "mRFP", "-", "EGFP", "were", "transfected", "with", "HBV", ",", "HBx", "-", "flag", ",", "and", "HBV", "-", "ΔX", "constructs", ",", "respectively", ",", "for", "48", "h", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "specific", "to", "HBsAg", "and", "flag", "(", "white", ")", ",", "respectively", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Transfected", "(", "+", ")", "and", "untransfected", "(", "−", ")", "cells", "are", "marked", ".", "In", "the", "zoomed", "images", ",", "fluorescence", "signals", "indicate", "the", "expression", "of", "Mito", "-", "mRFP", "-", "EGFP", "targeting", "mitochondria", ":", "yellow", "color", ",", "no", "mitophagy", ";", "red", "color", ",", "mitophagy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Huh7 cells transiently expressing Mito-mRFP-EGFP were transfected with HBV, HBx-flag, and HBV-ΔX constructs, respectively, for 48 h. Cells were immunostained with antibodies specific to HBsAg and flag (white), respectively. Nuclei were stained with DAPI (blue). Transfected (+) and untransfected (−) cells are marked. In the zoomed images, fluorescence signals indicate the expression of Mito-mRFP-EGFP targeting mitochondria: yellow color, no mitophagy; red color, mitophagy."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "fluorescence", "signal", "targeted", "to", "mitochondria", "in", "the", "panel", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantitative analysis of the fluorescence signal targeted to mitochondria in the panel (B)."}
{"words": ["(", "D", ")", "GFP", "-", "LC3", "-", "expressing", "Huh7", "cells", "were", "transfected", "with", "HBV", "construct", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "3", "-", "MA", "(", "10", "mM", ")", "and", "BafA1", "(", "100", "nM", ")", ",", "respectively", ",", "for", "8", "h", "before", "fixation", ".", "At", "2", "days", "post", "-", "transfection", ",", "cells", "prestained", "with", "LysoTracker", "(", "Lyso", ",", "red", ")", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "against", "HBsAg", "(", "white", ")", "and", "TOM20", "(", "blue", ")", ".", "Nuclei", "are", "demarcated", "with", "white", "dot", "circles", ".", "Transfected", "(", "+", ")", "and", "untransfected", "(", "−", ")", "cells", "are", "marked", ".", "In", "the", "zoom", "images", ",", "the", "arrows", "denoting", "white", "puncta", "indicate", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "green", ")", "colocalized", "with", "TOM20", "and", "lysosome", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "colocalization", "of", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "containing", "lysosome", "with", "mitochondria", "in", "the", "panel", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) GFP-LC3-expressing Huh7 cells were transfected with HBV construct in the absence or presence of 3-MA (10 mM) and BafA1 (100 nM), respectively, for 8 h before fixation. At 2 days post-transfection, cells prestained with LysoTracker (Lyso, red) were immunostained with antibodies against HBsAg (white) and TOM20 (blue). Nuclei are demarcated with white dot circles. Transfected (+) and untransfected (−) cells are marked. In the zoom images, the arrows denoting white puncta indicate GFP-LC3 puncta (green) colocalized with TOM20 and lysosome. (E) Quantification of the colocalization of GFP-LC3 puncta containing lysosome with mitochondria in the panel (D)."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Parkin", "silencing", "accelerates", "HBV", "-", "induced", "mitochondrial", "apoptotic", "signaling", ".", "HepG2", "and", "HepAD38", "cells", "grown", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "tetracycline", "were", "transfected", "with", "non", "-", "targeting", "(", "NT", ")", "and", "Parkin", "siRNA", ",", "respectively", ",", "for", "72", "h", ".", "Cells", "were", "used", "for", "Western", "blot", "analysis", "using", "antibodies", "specific", "to", "the", "indicated", "proteins", "(", "A", ")", ",", "caspase", "-", "3", "/", "7", "activity", "assay", "(", "B", ")", ",", "and", "TUNEL", "assay", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Parkin silencing accelerates HBV-induced mitochondrial apoptotic signaling. HepG2 and HepAD38 cells grown in the absence or presence of tetracycline were transfected with non-targeting (NT) and Parkin siRNA, respectively, for 72 h. Cells were used for Western blot analysis using antibodies specific to the indicated proteins (A), caspase-3/7 activity assay (B), and TUNEL assay (C)"}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Representative", "images", "(", "B", ")", "and", "quantification", "(", "C", ")", "of", "Oil", "Red", "O", "staining", "of", "hypoxia", "-", "and", "normoxia", "-", "cultured", "cells", ",", "9", "days", "after", "induction", "of", "adipogenesis", ".", "n", "=", "5", "biologically", "independent", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Representative images (B) and quantification (C) of Oil Red O staining of hypoxia- and normoxia-cultured cells, 9 days after induction of adipogenesis. n=5 biologically independent replicates."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Representative", "images", "(", "D", ")", "and", "quantification", "(", "E", ")", "of", "Alizarin", "Red", "S", "staining", "of", "hypoxic", ",", "normoxic", "and", "reversed", "hypoxic", "(", "R", "_", "2", "%", "O2", ")", "cells", ",", "12", "days", "after", "induction", "of", "osteogenesis", ".", "Cells", "were", "exposed", "to", "21", "%", "O2", "for", "7", "days", "and", "then", "moved", "back", "to", "2", "%", "O2", ",", "where", "osteogenesis", "was", "induced", "after", "4", "days", ".", "n", "=", "3", "for", "hypoxic", "cells", "and", "n", "=", "5", "biologically", "independent", "experiments", "for", "normoxic", "and", "reversed", "-", "hypoxic", "cells", "and", "merged", "results", "are", "shown", "in", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Representative images (D) and quantification (E) of Alizarin Red S staining of hypoxic, normoxic and reversed hypoxic (R_2% O2) cells, 12 days after induction of osteogenesis. Cells were exposed to 21% O2 for 7 days and then moved back to 2% O2, where osteogenesis was induced after 4 days. n=3 for hypoxic cells and n=5 biologically independent experiments for normoxic and reversed-hypoxic cells and merged results are shown in (E)."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Representative", "images", "(", "C", ")", "and", "quantification", "(", "D", ")", "of", "Mean", "Fluorescence", "Intensity", "(", "MFI", ")", "after", "immunostaining", "against", "H3ac", "and", "H3", "of", "hypoxic", "and", "normoxic", "cells", ".", "Mean", "Fluorescence", "Intensity", "(", "MFI", ")", "of", "histone", "H3", "was", "used", "as", "internal", "control", ",", "for", "normalization", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", ".", "Quantification", "of", "H3ac", "/", "H3", "MFI", "from", "n", "=", "67", "hypoxic", "and", "n", "=", "56", "normoxic", "individual", "cells", "from", "a", "representative", "experiment", "out", "of", "3", "biologically", "independent", "experiments", "is", "shown", "in", "D", ".", "Distribution", "of", "data", "points", "in", "(", "D", ")", "is", "shown", "as", "a", "violin", "plot", ",", "where", "the", "mean", "is", "indicated", "by", "a", "solid", "line", "and", "the", "quartiles", "are", "indicated", "with", "dashed", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Representative images (C) and quantification (D) of Mean Fluorescence Intensity (MFI) after immunostaining against H3ac and H3 of hypoxic and normoxic cells. Mean Fluorescence Intensity (MFI) of histone H3 was used as internal control, for normalization. Nuclei were stained with DAPI. Quantification of H3ac/H3 MFI from n=67 hypoxic and n=56 normoxic individual cells from a representative experiment out of 3 biologically independent experiments is shown in D. Distribution of data points in (D) is shown as a violin plot, where the mean is indicated by a solid line and the quartiles are indicated with dashed lines."}
{"words": ["(", "J", ")", "Representative", "immunoblots", "for", "ACS", "and", "ACLY", "in", "hypoxia", "-", "and", "normoxia", "-", "cultured", "cells", ".", "α", "-", "tubulin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Representative immunoblots for ACS and ACLY in hypoxia- and normoxia-cultured cells. α-tubulin was used as loading control."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Representative", "images", "after", "immunostaining", "of", "hypoxia", "-", "and", "normoxia", "-", "cultured", "cells", "against", "acetyl", "-", "Lysine", "and", "TOMM20", "(", "A", ")", ",", "and", "assessment", "of", "the", "acetyl", "-", "Lysine", "signal", "localization", ",", "after", "manual", "assignment", "into", "three", "categories", ":", "exclusively", "nuclear", ",", "exclusively", "mitochondrial", "and", "nuclear", "/", "mitochondrial", "(", "B", ")", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", ".", "n", "=", "3", "biologically", "independent", "experiments", ".", "Results", "are", "shown", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", "and", "statistical", "significance", "was", "determined", "using", "two", "-", "sided", "unpaired", "t", "-", "test", ".", "In", "magnified", "insets", "intensity", "of", "the", "acetyl", "-", "Lysine", "signal", "was", "adjusted", "similarly", "to", "all", "samples", ",", "for", "visualization", "purposes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Representative images after immunostaining of hypoxia- and normoxia-cultured cells against acetyl-Lysine and TOMM20 (A), and assessment of the acetyl-Lysine signal localization, after manual assignment into three categories: exclusively nuclear, exclusively mitochondrial and nuclear/mitochondrial (B). Nuclei were stained with DAPI. n=3 biologically independent experiments. Results are shown as mean ± S.E.M and statistical significance was determined using two-sided unpaired t-test. In magnified insets intensity of the acetyl-Lysine signal was adjusted similarly to all samples, for visualization purposes."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Representative", "images", "(", "B", ")", "and", "quantification", "(", "C", ")", "of", "Nile", "Red", "staining", "of", "hypoxic", "control", "and", "BTA", "-", "treated", "cells", "and", "of", "normoxic", "control", "and", "acetate", "-", "treated", "cells", ".", "Treatments", "were", "done", "for", "three", "days", "with", "1mM", "BTA", "or", "5mM", "acetate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "(B-C) Representative images (B) and quantification (C) of Nile Red staining of hypoxic control and BTA-treated cells and of normoxic control and acetate-treated cells. Treatments were done for three days with 1mM BTA or 5mM acetate."}
{"words": ["Representative", "images", "after", "immunostaining", "of", "hypoxic", "control", "and", "BTA", "-", "treated", "cells", "and", "normoxic", "control", "and", "acetate", "-", "treated", "cells", "against", "acetyl", "-", "Lysine", "and", "TOMM20", "(", "D", ")", ",", "assessment", "of", "the", "acetyl", "-", "Lysine", "signal", "localization", ",", "as", "described", "above", "(", "E", ")", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", ".", "In", "magnified", "insets", "intensity", "of", "the", "acetyl", "-", "Lysine", "signal", "was", "adjusted", "similarly", "to", "all", "samples", ",", "for", "visualization", "purposes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images after immunostaining of hypoxic control and BTA-treated cells and normoxic control and acetate-treated cells against acetyl-Lysine and TOMM20 (D), assessment of the acetyl-Lysine signal localization, as described above (E) Nuclei were stained with DAPI. In magnified insets intensity of the acetyl-Lysine signal was adjusted similarly to all samples, for visualization purposes."}
{"words": ["Representative", "images", "after", "immunostaining", "of", "hypoxic", "control", "and", "BTA", "-", "treated", "cells", "quantification", "of", "nuclear", "acetyl", "-", "lysine", "MFI", "(", "F", ")", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", ".", "Quantification", "of", "nuclear", "acetyl", "-", "Lysine", "MFI", "from", "n", "=", "67", "hypoxic", ",", "n", "=", "71", "hypoxic", "_", "BTA", ",", "n", "=", "44", "normoxic", "and", "n", "=", "63", "normoxic", "_", "acetate", "individual", "cells", "from", "a", "representative", "experiment", "out", "of", "3", "biologically", "independent", "experiments", "is", "shown", "in", "(", "F", ")", ".", "In", "magnified", "insets", "intensity", "of", "the", "acetyl", "-", "Lysine", "signal", "was", "adjusted", "similarly", "to", "all", "samples", ",", "for", "visualization", "purposes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images after immunostaining of hypoxic control and BTA-treated cells quantification of nuclear acetyl-lysine MFI (F). Nuclei were stained with DAPI. Quantification of nuclear acetyl-Lysine MFI from n=67 hypoxic, n=71 hypoxic_BTA, n=44 normoxic and n=63 normoxic_acetate individual cells from a representative experiment out of 3 biologically independent experiments is shown in (F). In magnified insets intensity of the acetyl-Lysine signal was adjusted similarly to all samples, for visualization purposes."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Representative", "images", "and", "quantification", "of", "Alizarin", "Red", "S", "staining", "of", "control", "hypoxic", "and", "normoxic", "cells", "and", "of", "normoxic", "acetate", "-", "treated", "cells", ",", "12", "days", "after", "induction", "of", "osteogenesis", ".", "Merged", "results", "of", "n", "=", "5", "biologically", "independent", "experiments", "for", "hypoxic", "and", "normoxic", "cells", "and", "n", "=", "4", "biologically", "independent", "experiments", "for", "acetate", "-", "treated", "normoxic", "cells", "are", "shown", "in", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Representative images and quantification of Alizarin Red S staining of control hypoxic and normoxic cells and of normoxic acetate-treated cells, 12 days after induction of osteogenesis. Merged results of n=5 biologically independent experiments for hypoxic and normoxic cells and n=4 biologically independent experiments for acetate-treated normoxic cells are shown in (H)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Wild", "‐", "type", "and", "rho0", "cells", "harbouring", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "(", "upper", "panels", ")", "or", "prATG8", "‐", "GFP", "(", "lower", "panels", ")", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "or", "nitrogen", "starvation", "(", "‐", "N", ")", "medium", "supplemented", "with", "indicated", "carbon", "sources", ".", "Cells", "were", "analysed", "at", "indicated", "time", "points", "by", "whole", "cell", "extraction", "and", "western", "blot", "analysis", "using", "α", "‐", "GFP", "and", "α", "‐", "Cdc11", "antibodies", ".", "Quantification", "of", "ATG8", "induction", "is", "shown", "in", "the", "lower", "left", "panel", ".", "Total", "GFP", "signals", "(", "GFP", "‐", "Atg8", "and", "free", "GFP", ")", "were", "quantified", "and", "normalized", "to", "Cdc11", "signals", ".", "Normalized", "values", "at", "0", "h", "were", "set", "as", "one", "and", "relative", "changes", "are", "shown", "after", "6", "h", "starvation", ".", "Quantification", "of", "autophagic", "flux", "is", "shown", "in", "the", "lower", "right", "panel", "as", "ratio", "of", "free", "GFP", "to", "total", "GFP", "signals", "(", "GFP", "‐", "Atg8", "and", "free", "GFP", ")", "after", "6", "h", "starvation", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "four", "(", "n", "=", "4", ")", "independent", "experiments", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Wild‐type and rho0 cells harbouring prATG8‐GFP‐ATG8 (upper panels) or prATG8‐GFP (lower panels) were exposed to amino‐acid or nitrogen starvation (‐N) medium supplemented with indicated carbon sources. Cells were analysed at indicated time points by whole cell extraction and western blot analysis using α‐GFP and α‐Cdc11 antibodies. Quantification of ATG8 induction is shown in the lower left panel. Total GFP signals (GFP‐Atg8 and free GFP) were quantified and normalized to Cdc11 signals. Normalized values at 0 h were set as one and relative changes are shown after 6 h starvation. Quantification of autophagic flux is shown in the lower right panel as ratio of free GFP to total GFP signals (GFP‐Atg8 and free GFP) after 6 h starvation. The means and s.d. of four (n=4) independent experiments are indicated."}
{"words": ["(", "B", ")", "Fluorescence", "microscopical", "analysis", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "and", "Δatg7", "cells", "expressing", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "were", "grown", "as", "described", "in", "(", "A", ")", "and", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "(", "left", "panel", ",", "galactose", ")", "or", "nitrogen", "starvation", "(", "right", "panel", ",", "glucose", "(", "‐", "N", ")", ")", "for", "6", "h", ".", "Vacuoles", "were", "visualized", "by", "over", "night", "FM4", "‐", "64", "(", "1", "μM", ")", "staining", "(", "red", ")", ".", "Arrowhead", "indicates", "a", "punctate", "GFP", "‐", "Atg8", "structure", ".", "Transmission", "and", "fluorescence", "light", "microscopy", "images", "were", "superimposed", "to", "visualize", "cellular", "boundaries", ".", "Cellular", "localization", "of", "GFP", "signal", "was", "analysed", "in", "at", "least", "150", "cells", "(", "n", "⩾", "150", ")", "for", "each", "strain", "and", "condition", ".", "Scale", "bars", "represent", "1", ".", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Fluorescence microscopical analysis. Wild‐type, rho0, and Δatg7 cells expressing prATG8‐GFP‐ATG8 were grown as described in (A) and exposed to amino‐acid (left panel, galactose) or nitrogen starvation (right panel, glucose (‐N)) for 6 h. Vacuoles were visualized by over night FM4‐64 (1 μM) staining (red). Arrowhead indicates a punctate GFP‐Atg8 structure. Transmission and fluorescence light microscopy images were superimposed to visualize cellular boundaries. Cellular localization of GFP signal was analysed in at least 150 cells (n⩾150) for each strain and condition. Scale bars represent 1.5 μm."}
{"words": ["Autophagic", "response", "in", "cells", "with", "compromised", "respiratory", "chain", "complex", "III", ",", "IV", ",", "or", "V", "activity", "during", "amino", "‐", "acid", "starvation", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "atg7", "cells", "and", "mutants", "that", "are", "selectively", "inhibited", "in", "the", "biogenesis", "of", "respiratory", "chain", "complex", "III", "(", "CIII", ":", "cbs1", ")", ",", "complex", "IV", "(", "CIV", ":", "mss51", ",", "pet111", ",", "pet122", ")", ",", "or", "the", "F1Fo", "‐", "ATP", "synthase", "(", "complex", "V", ";", "CV", ":", "atp10", ")", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acidstarvation", "medium", "supplemented", "with", "acetate", "(", "A", ")", "or", "galactose", "(", "B", ")", ".", "When", "indicated", ",", "wild", "‐", "type", "cells", "were", "exposed", "to", "antimycin", "A", "(", "AA", ")", "or", "oligomycin", "(", "O", ")", "during", "the", "amino", "‐", "acid", "starvation", "period", ".", "All", "strains", "expressed", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "(", "upper", "panels", ")", "or", "prATG8", "‐", "GFP", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Samples", "were", "analysed", "as", "described", "in", "Figure", "1A", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "five", "(", "n", "=", "5", ")", "independent", "experiments", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Autophagic response in cells with compromised respiratory chain complex III, IV, or V activity during amino‐acid starvation. Wild‐type, rho0, atg7 cells and mutants that are selectively inhibited in the biogenesis of respiratory chain complex III (CIII: cbs1), complex IV (CIV: mss51, pet111, pet122), or the F1Fo‐ATP synthase (complex V; CV: atp10) were exposed to amino‐acidstarvation medium supplemented with acetate (A) or galactose (B). When indicated, wild‐type cells were exposed to antimycin A (AA) or oligomycin (O) during the amino‐acid starvation period. All strains expressed prATG8‐GFP‐ATG8 (upper panels) or prATG8‐GFP (lower panels). Samples were analysed as described in Figure 1A. The means and s.d. of five (n=5) independent experiments are indicated."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "and", "Δatg7", "cells", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "acetate", "(", "A", ")", "or", "galactose", "(", "B", ")", ".", "When", "indicated", ",", "wild", "‐", "type", "cells", "were", "exposed", "to", "antimycin", "A", "(", "AA", ")", "or", "oligomycin", "(", "O", ")", "during", "the", "amino", "‐", "acid", "starvation", "period", ".", "ATP", "and", "protein", "from", "total", "cells", "(", "upper", "panels", ")", "or", "isolated", "mitochondria", "(", "lower", "panels", ")", "were", "determined", "at", "indicated", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Wild‐type, rho0, and Δatg7 cells were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with acetate (A) or galactose (B). When indicated, wild‐type cells were exposed to antimycin A (AA) or oligomycin (O) during the amino‐acid starvation period. ATP and protein from total cells (upper panels) or isolated mitochondria (lower panels) were determined at indicated time points."}
{"words": ["(", "C", ")", "Wild", "‐", "type", "and", "Δatg7", "cells", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "acetate", "or", "galactose", "for", "3", "h", ".", "Wild", "‐", "type", "cells", "were", "exposed", "to", "antimycin", "A", "(", "AA", ")", ",", "oligomycin", "(", "O", ")", ",", "or", "CCCP", "(", "50", "μM", ")", "during", "the", "amino", "‐", "acid", "starvation", "period", "when", "indicated", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "the", "mitochondrial", "membrane", "potential", "‐", "dependent", "dye", "DiOC6", "(", "3", ")", "and", "examined", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "Average", "pixel", "intensities", "for", "at", "least", "10", "mitochondrial", "tubules", "(", "n", "=", "10", ")", "in", "5", "representative", "cells", "were", "determined", "for", "each", "condition", ".", "Values", "for", "wild", "‐", "type", "mitochondria", "in", "the", "presence", "of", "acetate", "were", "defined", "as", "100", "%", "and", "relative", "values", "were", "calculated", "accordingly", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Wild‐type and Δatg7 cells were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with acetate or galactose for 3 h. Wild‐type cells were exposed to antimycin A (AA), oligomycin (O), or CCCP (50 μM) during the amino‐acid starvation period when indicated. Cells were treated with the mitochondrial membrane potential‐dependent dye DiOC6(3) and examined by fluorescence microscopy. Average pixel intensities for at least 10 mitochondrial tubules (n=10) in 5 representative cells were determined for each condition. Values for wild‐type mitochondria in the presence of acetate were defined as 100% and relative values were calculated accordingly. The means and s.d. are shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "Δnpr2", ",", "and", "Δnpr2", "rho0", "cells", "expressing", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "(", "upper", "panel", ")", "or", "prATG8", "‐", "GFP", "(", "lower", "panel", ")", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "galactose", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "rapamycin", ".", "Samples", "were", "analysed", "as", "described", "in", "Figure", "1A", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "four", "(", "n", "=", "4", ")", "independent", "experiments", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Wild‐type, rho0, Δnpr2, and Δnpr2 rho0 cells expressing prATG8‐GFP‐ATG8 (upper panel) or prATG8‐GFP (lower panel) were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with galactose in the absence or presence of rapamycin. Samples were analysed as described in Figure 1A. The means and s.d. of four (n=4) independent experiments are indicated."}
{"words": ["(", "B", ")", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "Δnpr2", ",", "and", "Δatg7", "cells", "expressing", "prNPR1", "‐", "NPR1", "‐", "HA", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "galactose", "in", "the", "absence", "(", "upper", "panels", ")", "or", "presence", "(", "lower", "panels", ")", "of", "rapamycin", ".", "The", "hyperphosphorylated", "(", "Npr1", "‐", "P", ")", "and", "dephosphorylated", "(", "Npr1", ")", "forms", "of", "Npr1", "are", "indicated", ".", "Cells", "were", "analysed", "at", "indicated", "time", "points", "by", "whole", "cell", "extraction", "and", "western", "blot", "analysis", "using", "α", "‐", "HA", "and", "α", "‐", "Cdc11", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Wild‐type, rho0, Δnpr2, and Δatg7 cells expressing prNPR1‐NPR1‐HA were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with galactose in the absence (upper panels) or presence (lower panels) of rapamycin. The hyperphosphorylated (Npr1‐P) and dephosphorylated (Npr1) forms of Npr1 are indicated. Cells were analysed at indicated time points by whole cell extraction and western blot analysis using α‐HA and α‐Cdc11 antibodies."}
{"words": ["(", "C", ")", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "Δnpr2", ",", "and", "Δatg7", "cells", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "galactose", ".", "Additionally", ",", "wild", "‐", "type", "cells", "were", "treated", "with", "rapamycin", "during", "starvation", "(", "left", "panel", ")", ".", "Phosphorylated", "(", "Atg13", "‐", "P", ")", "and", "dephosphorylated", "(", "Atg13", ")", "Atg13", "was", "monitored", "at", "indicated", "time", "points", "by", "whole", "cell", "extraction", "and", "western", "blot", "analysis", "using", "α", "‐", "Atg13", "and", "α", "‐", "Cdc11", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Wild‐type, rho0, Δnpr2, and Δatg7 cells were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with galactose. Additionally, wild‐type cells were treated with rapamycin during starvation (left panel). Phosphorylated (Atg13‐P) and dephosphorylated (Atg13) Atg13 was monitored at indicated time points by whole cell extraction and western blot analysis using α‐Atg13 and α‐Cdc11 antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "PKA", "‐", "dependent", "regulation", "of", "the", "autophagic", "response", "under", "amino", "‐", "acid", "starvation", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "pka", ",", "and", "ras2G19V", "‐", "expressing", "cells", "harbouring", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "(", "upper", "panels", ")", "or", "prATG8", "‐", "GFP", "(", "lower", "panels", ")", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "galactose", ".", "PKA", "activity", "in", "pka", "was", "inhibited", "by", "addition", "of", "1NM", "‐", "PP1", "(", "PP1", ";", "1", "μg", "/", "ml", ")", ".", "Samples", "were", "analysed", "as", "described", "in", "Figure", "1A", ";", "autophagic", "flux", "was", "determined", "after", "3", "and", "6", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PKA‐dependent regulation of the autophagic response under amino‐acid starvation. Wild‐type, rho0, pka, and ras2G19V‐expressing cells harbouring prATG8‐GFP‐ATG8 (upper panels) or prATG8‐GFP (lower panels) were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with galactose. PKA activity in pka was inhibited by addition of 1NM‐PP1 (PP1; 1 μg/ml). Samples were analysed as described in Figure 1A; autophagic flux was determined after 3 and 6 h."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vivo", "activity", "of", "PKA", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "pka", ",", "and", "ras2G19V", "‐", "expressing", "cells", "harbouring", "6xMYC", "‐", "cki12", "−", "200", "(", "S125", "/", "130A", ")", "(", "Cki1", ")", "were", "grown", "in", "galactose", "medium", ".", "When", "indicated", ",", "wild", "‐", "type", "cells", "were", "grown", "in", "galactose", "medium", "in", "the", "presence", "of", "antimycin", "A", "(", "AA", ")", "or", "oligomycin", "(", "O", ")", "for", "6", "h", ".", "PKA", "‐", "dependent", "phosphorylation", "of", "Cki1", "was", "analysed", "by", "whole", "cell", "extraction", "and", "western", "blot", "analysis", "using", "a", "α", "‐", "Myc", "antibody", "(", "upper", "panels", ")", ".", "Ratio", "of", "phosphorylated", "(", "Cki1", "‐", "P", ")", "and", "non", "‐", "phosphorylated", "(", "Cki1", ")", "forms", "of", "Cki1", "relative", "to", "wild", "‐", "type", "cells", "(", "wt", "=", "1", ")", "(", "lower", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B)In vivo activity of PKA. Wild‐type, rho0, pka, and ras2G19V‐expressing cells harbouring 6xMYC‐cki12−200(S125/130A) (Cki1) were grown in galactose medium. When indicated, wild‐type cells were grown in galactose medium in the presence of antimycin A (AA) or oligomycin (O) for 6 h. PKA‐dependent phosphorylation of Cki1 was analysed by whole cell extraction and western blot analysis using a α‐Myc antibody (upper panels). Ratio of phosphorylated (Cki1‐P) and non‐phosphorylated (Cki1) forms of Cki1 relative to wild‐type cells (wt=1) (lower panels)."}
{"words": ["(", "C", ")", "PKA", "inhibition", "restores", "autophagic", "flux", ",", "but", "not", "ATG8", "induction", "in", "the", "presence", "of", "mitochondrial", "dysfunction", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "pka", ",", "and", "pka", "rho0", "cells", "expressing", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "were", "treated", "as", "described", "in", "(", "A", ")", ".", "Samples", "were", "analysed", "as", "described", "in", "Figure", "1A", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "four", "(", "n", "=", "4", ")", "independent", "experiments", "are", "indicated", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) PKA inhibition restores autophagic flux, but not ATG8 induction in the presence of mitochondrial dysfunction. Wild‐type, rho0, pka, and pka rho0 cells expressing prATG8‐GFP‐ATG8 were treated as described in (A). Samples were analysed as described in Figure 1A. The means and s.d. of four (n=4) independent experiments are indicated in (A-C)."}
{"words": ["(", "A", ")", "ATG8", "induction", "is", "independent", "of", "the", "Atg1", "-", "Atg13", "complex", "and", "autophagic", "flux", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "Δatg1", ",", "Δatg7", ",", "Δatg9", ",", "and", "Δatg11", "cells", "harbouring", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "were", "analysed", "as", "described", "in", "Figure", "1A", ".", "The", "means", "and", "s", ".", "d", ".", "of", "four", "(", "n", "=", "4", ")", "independent", "experiments", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A)ATG8 induction is independent of the Atg1-Atg13 complex and autophagic flux. Wild‐type, rho0, Δatg1, Δatg7, Δatg9, and Δatg11 cells harbouring prATG8‐GFP‐ATG8 were analysed as described in Figure 1A. The means and s.d. of four (n=4) independent experiments are indicated."}
{"words": ["(", "B", ")", "Atg1", "and", "Atg13", "recruitment", "to", "the", "PAS", "depends", "on", "mitochondrial", "function", ".", "Wild", "‐", "type", "and", "rho0", "cells", "harbouring", "prATG8", "‐", "GFP", "‐", "ATG8", "and", "prATG1", "‐", "ATG1", "‐", "mCherry", "(", "upper", "panels", ")", "or", "prATG13", "‐", "ATG13", "‐", "mCherry", "(", "lower", "panels", ")", "were", "exposed", "to", "amino", "‐", "acid", "starvation", "medium", "supplemented", "with", "galactose", "for", "3", "h", ".", "Wild", "‐", "type", "cells", "were", "treated", "with", "antimycin", "A", "(", "AA", "30", "′", ")", "after", "2", ".", "5", "h", "of", "starvation", "for", "30", "min", "or", "with", "oligomycin", "(", "O", ")", "for", "3", "h", "of", "starvation", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "position", "of", "GFP", "‐", "Atg8", "puncta", ".", "Transmission", "and", "fluorescence", "light", "microscopy", "images", "were", "superimposed", "to", "visualize", "cellular", "boundaries", ".", "Scale", "bar", "represents", "1", ".", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Atg1 and Atg13 recruitment to the PAS depends on mitochondrial function. Wild‐type and rho0 cells harbouring prATG8‐GFP‐ATG8 and prATG1‐ATG1‐mCherry (upper panels) or prATG13‐ATG13‐mCherry (lower panels) were exposed to amino‐acid starvation medium supplemented with galactose for 3 h. Wild‐type cells were treated with antimycin A (AA 30′) after 2.5 h of starvation for 30 min or with oligomycin (O) for 3 h of starvation. Arrowheads indicate the position of GFP‐Atg8 puncta. Transmission and fluorescence light microscopy images were superimposed to visualize cellular boundaries. Scale bar represents 1.5 μm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Steady", "‐", "state", "levels", "of", "Atg1", "‐", "and", "Atg13", "‐", "mCherry", "during", "amino", "‐", "acid", "starvation", ".", "Wild", "‐", "type", ",", "rho0", ",", "and", "Δatg7", "cells", "expressing", "prATG1", "‐", "ATG1", "‐", "mCherry", "(", "upper", "panels", ")", "or", "prATG13", "‐", "ATG13", "‐", "mCherry", "(", "lower", "panels", ")", "were", "exposed", "and", "treated", "as", "described", "in", "(", "B", ")", "and", "analysed", "by", "whole", "cell", "extraction", "and", "western", "blot", "analysis", "using", "α", "‐", "dsRed", "and", "α", "‐", "Cdc11", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Steady‐state levels of Atg1‐ and Atg13‐mCherry during amino‐acid starvation. Wild‐type, rho0, and Δatg7 cells expressing prATG1‐ATG1‐mCherry (upper panels) or prATG13‐ATG13‐mCherry (lower panels) were exposed and treated as described in (B) and analysed by whole cell extraction and western blot analysis using α‐dsRed and α‐Cdc11 antibodies."}
{"words": ["Geometric", "mean", "-", "centered", ",", "hierarchical", "cluster", "heat", "map", "from", "microarray", "data", ".", "1077", "annotated", "lncRNAs", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "were", "represented", "in", "liver", "CSC", "(", "CD13", "+", "CD133", "+", ")", "compared", "with", "non", "-", "CSC", "(", "CD13", "-", "CD133", "-", ")", "cells", "sorted", "from", "three", "HCC", "primary", "cells", "of", "three", "patients", ".", "Top", "ten", "upregulated", "lncRNAs", "in", "CSCs", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Geometric mean-centered, hierarchical cluster heat map from microarray data. 1077 annotated lncRNAs (p<0.05) were represented in liver CSC (CD13+CD133+) compared with non-CSC (CD13-CD133-) cells sorted from three HCC primary cells of three patients. Top ten upregulated lncRNAs in CSCs are shown."}
{"words": ["In", "situ", "hybridization", "of", "HAND2", "-", "AS1", "in", "HCC", "tumor", "tissues", ".", "HAND2", "-", "AS1", "staining", "is", "shown", "in", "tumor", "tissues", "(", "left", "panel", ")", ".", "Quantitation", "of", "HAND2", "-", "AS1", "+", "cells", "in", "liver", "tissues", "was", "examined", "in", "10", "high", "-", "power", "fields", "(", "HPF", ")", "of", "sections", "from", "ten", "different", "HCC", "patients", "(", "right", "panel", ")", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In situ hybridization of HAND2-AS1 in HCC tumor tissues. HAND2-AS1 staining is shown in tumor tissues (left panel). Quantitation of HAND2-AS1+ cells in liver tissues was examined in 10 high-power fields (HPF) of sections from ten different HCC patients (right panel). Results are shown as means ± SEM. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Macroscopic", "appearance", "of", "livers", "in", "12", "-", "month", "-", "old", "DEN", "-", "treated", "lncHand2", "+", "/", "+", "and", "lncHand2", "knockout", "(", "lncHand2", "-", "/", "-", ")", "mice", "(", "left", "panel", ")", ".", "Black", "arrows", "indicate", "liver", "tumors", ".", "Quantitation", "of", "tumor", "foci", "numbers", "and", "areas", "in", "DEN", "-", "treated", "livers", "(", "right", "panel", ")", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "12", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Macroscopic appearance of livers in 12-month-old DEN-treated lncHand2+/+ and lncHand2 knockout (lncHand2-/-) mice (left panel). Black arrows indicate liver tumors. Quantitation of tumor foci numbers and areas in DEN-treated livers (right panel). Results are shown as means ± SD (n=12)."}
{"words": ["Representative", "H", "&", "E", "and", "immunohistological", "staining", "with", "Ki67", "antibody", "of", "liver", "sections", "of", "12", "-", "month", "-", "old", "DEN", "-", "treated", "lncHand2", "+", "/", "+", "and", "lncHand2", "-", "/", "-", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative H&E and immunohistological staining with Ki67 antibody of liver sections of 12-month-old DEN-treated lncHand2+/+ and lncHand2-/- mice. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Quantitation", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "in", "non", "-", "treated", "and", "DEN", "-", "treated", "mice", ".", "Bars", "represent", "average", "percentages", "and", "SD", "of", "cells", "positively", "staining", "for", "Ki67", "cells", "examined", "in", "10", "HPF", "of", "sections", "from", "five", "different", "mice", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitation of Ki67-positive cells in non-treated and DEN-treated mice. Bars represent average percentages and SD of cells positively staining for Ki67 cells examined in 10 HPF of sections from five different mice. Data are shown as means ± SD."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "staining", "of", "livers", "in", "5", ".", "5", "-", "month", "-", "old", "DEN", "-", "treated", "and", "untreated", "lncHand2RFP", "reporter", "mice", "for", "indicated", "molecules", "(", "lower", "panel", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Upper", "panel", ":", "scheme", "of", "targeting", "strategy", "for", "IRES", "-", "RFP", "knockin", "allele", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence staining of livers in 5.5-month-old DEN-treated and untreated lncHand2RFP reporter mice for indicated molecules (lower panel). Scale bar, 100 μm. Upper panel: scheme of targeting strategy for IRES-RFP knockin allele."}
{"words": ["HAND2", "-", "AS1", "knockout", "causes", "a", "declined", "oncosphere", "-", "forming", "capacity", "in", "HCC", "cells", ".", "The", "right", "panel", "represents", "statistical", "results", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "per", "group", ")", ".", "Overexpression", "of", "HAND2", "-", "AS1", "(", "oelnc", ")", "rescued", "the", "sphere", "formation", "reduced", "by", "HAND2", "-", "AS1", "deletion", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HAND2-AS1 knockout causes a declined oncosphere-forming capacity in HCC cells. The right panel represents statistical results as means ± SD (n=3 per group). Overexpression of HAND2-AS1 (oelnc) rescued the sphere formation reduced by HAND2-AS1 deletion. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["CD13", "+", "CD133", "+", "(", "CSC", ")", "subpopulations", "were", "detected", "in", "HAND2", "-", "AS1", "knockout", "cells", "by", "FACS", "analysis", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", "per", "group", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CD13+CD133+ (CSC) subpopulations were detected in HAND2-AS1 knockout cells by FACS analysis. Results are shown as means ± SD (n=4 per group)."}
{"words": ["Limiting", "diluted", "HAND2", "-", "AS1", "depletion", "or", "Ctrl", "HCC", "cells", "were", "subcutaneously", "implanted", "into", "BALB", "/", "c", "nude", "mice", ".", "n", "=", "12", "for", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Limiting diluted HAND2-AS1 depletion or Ctrl HCC cells were subcutaneously implanted into BALB/c nude mice. n=12 for each group."}
{"words": ["Estimated", "frequency", "of", "TICs", "in", "HAND2", "-", "AS1", "deficiency", "and", "control", "cells", "after", "the", "first", "transplantation", "using", "the", "extreme", "limiting", "dilution", "analysis", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "and", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "(", "n", "=", "12", "grafted", "tumors", "per", "dilution", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated frequency of TICs in HAND2-AS1 deficiency and control cells after the first transplantation using the extreme limiting dilution analysis. Data are shown as the mean and 95% confidence interval. (n=12 grafted tumors per dilution)."}
{"words": ["Estimated", "frequency", "of", "TICs", "in", "HAND2", "-", "AS1", "deficiency", "and", "control", "HCC", "cells", "during", "serial", "transplantations", ".", "Grey", "area", "indicates", "the", "95", "%", "CI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated frequency of TICs in HAND2-AS1 deficiency and control HCC cells during serial transplantations. Grey area indicates the 95% CI."}
{"words": ["Estimated", "frequency", "of", "TICs", "in", "HAND2", "-", "AS1", "deficiency", "and", "control", "HCC", "cells", "during", "serial", "transplantations", ".", "Grey", "area", "indicates", "the", "95", "%", "CI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated frequency of TICs in HAND2-AS1 deficiency and control HCC cells during serial transplantations. Grey area indicates the 95% CI."}
{"words": ["Estimated", "frequency", "of", "TICs", "in", "different", "populations", "after", "the", "first", "transplantation", "(", "n", "=", "15", "grafted", "tumors", "per", "dilution", ")", ".", "Data", "represent", "the", "mean", "and", "95", "%", "confidence", "interval", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated frequency of TICs in different populations after the first transplantation (n=15 grafted tumors per dilution). Data represent the mean and 95% confidence interval."}
{"words": ["Representative", "whole", "-", "body", "imaging", "of", "Huh7", "-", "Luc", "cells", "transduced", "with", "control", "or", "HAND2", "-", "AS1", "KO", "#", "1", "or", "KO", "#", "2", "vectors", ".", "Quantification", "of", "tumor", "numbers", "of", "6", "weeks", "after", "tumor", "cells", "orthotopically", "implanted", "to", "B", "-", "NSG", "mice", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative whole-body imaging of Huh7-Luc cells transduced with control or HAND2-AS1 KO #1 or KO #2 vectors. Quantification of tumor numbers of 6 weeks after tumor cells orthotopically implanted to B-NSG mice. Data are shown as means ± SD. One-way ANOVA with Dunnett's correction for multiple comparisons."}
{"words": ["HAND2", "-", "AS1", "expression", "levels", "(", "normalized", "to", "18S", "rRNA", ")", "in", "livers", "from", "BALB", "/", "c", "nude", "mice", "subcutaneously", "transplanted", "xenograft", "primary", "HCC", "cells", "then", "intraperitoneally", "administered", "25", "mg", "kg", "−", "1", "ASOs", "on", "days", "15", ",", "20", ",", "25", ",", "30", "and", "35", "(", "n", "=", "5", "per", "group", ")", ".", "Three", "ASOs", "(", "1", ",", "2", ",", "3", ")", "against", "HAND2", "-", "AS1", "were", "used", "to", "treat", "mice", "and", "showed", "similar", "depletion", "effects", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HAND2-AS1 expression levels (normalized to 18S rRNA) in livers from BALB/c nude mice subcutaneously transplanted xenograft primary HCC cells then intraperitoneally administered 25 mg kg−1 ASOs on days 15, 20, 25, 30 and 35 (n = 5 per group). Three ASOs (1, 2, 3) against HAND2-AS1 were used to treat mice and showed similar depletion effects. Results are shown as means ± SD. n=6 mice per group."}
{"words": ["Mice", "were", "killed", "at", "the", "40th", "day", "after", "HCC", "cell", "injection", ",", "and", "the", "tumors", "were", "excised", "and", "weighed", ".", "Representative", "tumors", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", ".", "Statistical", "data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ")", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mice were killed at the 40th day after HCC cell injection, and the tumors were excised and weighed. Representative tumors are shown. Scale bar, 1 cm. Statistical data are shown as means ± SD (n = 6 mice per group) (right panel)."}
{"words": ["HAND2", "-", "AS1", "overexpression", "enhances", "the", "capacity", "of", "oncosphere", "formation", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "oe", ":", "overexpression", ".", "Right", "panel", ":", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "per", "group", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HAND2-AS1 overexpression enhances the capacity of oncosphere formation. Scale bar, 100 μm. oe: overexpression. Right panel: Data are shown as means ± SD (n = 3 per group)."}
{"words": ["Estimated", "frequency", "of", "TICs", "in", "HAND2", "-", "AS1", "overexpression", "and", "control", "HCC", "cells", "during", "serial", "transplantations", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Estimated frequency of TICs in HAND2-AS1 overexpression and control HCC cells during serial transplantations."}
{"words": ["Representative", "whole", "-", "body", "imaging", "of", "Huh7", "-", "Luc", "cells", "transduced", "with", "control", "or", "HAND2", "-", "AS1", "overexpression", "vectors", ".", "Quantification", "for", "tumor", "numbers", "one", "month", "after", "tumor", "cells", "orthotopically", "implanted", "to", "B", "-", "NSG", "mice", ".", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative whole-body imaging of Huh7-Luc cells transduced with control or HAND2-AS1 overexpression vectors. Quantification for tumor numbers one month after tumor cells orthotopically implanted to B-NSG mice. (n = 5 mice per group)."}
{"words": ["Biotin", "-", "RNA", "pulldowns", "were", "performed", "with", "nuclear", "extracts", "of", "oncosphere", "cells", "using", "full", "-", "length", "HAND2", "-", "AS1", "transcript", "(", "sense", ")", ",", "antisense", ",", "and", "one", "HAND2", "-", "AS1", "intron", "control", ",", "followed", "by", "mass", "spectrometry", ".", "Band", "1", ":", "INO80", ",", "band", "2", ":", "RUVBL2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "Biotin-RNA pulldowns were performed with nuclear extracts of oncosphere cells using full-length HAND2-AS1 transcript (sense), antisense, and one HAND2-AS1 intron control, followed by mass spectrometry. Band 1: INO80, band 2: RUVBL2."}
{"words": ["Two", "core", "components", "of", "the", "INO80", "complex", "were", "confirmed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two core components of the INO80 complex were confirmed by immunoblotting."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "assays", "of", "biotin", "-", "labeled", "CHIRP", "probes", "incubated", "with", "liver", "CSC", "lysates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation assays of biotin-labeled CHIRP probes incubated with liver CSC lysates."}
{"words": ["HAND2", "-", "AS1", "was", "visualized", "by", "RNA", "FISH", ",", "followed", "by", "immunofluorescence", "staining", "of", "INO80", "in", "HCC", "primary", "oncosphere", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HAND2-AS1 was visualized by RNA FISH, followed by immunofluorescence staining of INO80 in HCC primary oncosphere cells. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Mapping", "analysis", "of", "INO80", "-", "binding", "domains", "of", "HAND2", "-", "AS1", ".", "Schematic", "diagram", "of", "HAND2", "-", "AS1", "full", "-", "length", "and", "truncated", "fragments", "(", "top", "panel", ")", ";", "Western", "blot", "of", "INO80", "and", "RUVBL2", "in", "RNA", "pulldown", "samples", "by", "different", "HAND2", "-", "AS1", "fragments", "(", "middle", "panel", ")", ";", "Different", "HAND2", "-", "AS1", "fragments", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mapping analysis of INO80-binding domains of HAND2-AS1. Schematic diagram of HAND2-AS1 full-length and truncated fragments (top panel); Western blot of INO80 and RUVBL2 in RNA pulldown samples by different HAND2-AS1 fragments (middle panel); Different HAND2-AS1 fragments (bottom panel)."}
{"words": ["EMSA", "of", "biotin", "-", "labeled", "HAND2", "-", "AS1", "(", "nt", "83", "-", "242", ")", "probes", "incubated", "with", "INO80", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "EMSA of biotin-labeled HAND2-AS1 (nt 83-242) probes incubated with INO80 protein."}
{"words": ["Binding", "affinity", "of", "HAND2", "-", "AS1", "with", "INO80", "was", "determined", "by", "five", "independent", "EMSA", "assays", ".", "Non", "-", "linear", "regression", "curves", "were", "generated", "by", "GraphPad", "Prism", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Binding affinity of HAND2-AS1 with INO80 was determined by five independent EMSA assays. Non-linear regression curves were generated by GraphPad Prism. Results are shown as means ± SD."}
{"words": ["Interaction", "regions", "of", "INO80", "with", "HAND2", "-", "AS1", "mutations", "at", "nt", "83", "-", "242", "of", "exon", "2", "were", "detected", "using", "RNA", "pulldown", "assays", ".", "LR", ",", "loop", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Interaction regions of INO80 with HAND2-AS1 mutations at nt 83-242 of exon 2 were detected using RNA pulldown assays. LR, loop region."}
{"words": ["Representative", "whole", "-", "body", "imaging", "of", "Huh7", "-", "Luc", "cells", "transduced", "with", "control", "or", "INO80", "shRNA", "#", "1", "or", "shRNA", "#", "2", "vectors", ".", "Quantification", "of", "tumor", "numbers", "of", "4", "weeks", "after", "tumor", "cells", "orthotopically", "implanted", "to", "B", "-", "NSG", "mice", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnett", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative whole-body imaging of Huh7-Luc cells transduced with control or INO80 shRNA #1 or shRNA #2 vectors. Quantification of tumor numbers of 4 weeks after tumor cells orthotopically implanted to B-NSG mice. Data are shown as means ± SD (n = 5 mice per group). One-way ANOVA with Dunnett's correction for multiple comparisons."}
{"words": ["Macroscopic", "appearance", "of", "livers", "in", "10", ".", "5", "-", "month", "-", "old", "DEN", "-", "treated", "Ino80flox", "/", "flox", "(", "Ino80", "+", "/", "+", ")", "and", "Ino80", "knockout", "(", "Ino80", "-", "/", "-", ")", "(", "left", "panel", ")", ".", "Black", "arrows", "indicate", "tumors", ".", "Quantitation", "of", "tumor", "foci", "numbers", "and", "areas", "in", "DEN", "-", "treated", "livers", ".", "Results", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Macroscopic appearance of livers in 10.5-month-old DEN-treated Ino80flox/flox (Ino80+/+) and Ino80 knockout (Ino80-/-) (left panel). Black arrows indicate tumors. Quantitation of tumor foci numbers and areas in DEN-treated livers. Results are shown as means ± SD (n=10)."}
{"words": ["Heatmap", "results", "for", "HAND2", "-", "AS1", "or", "INO80", "deficiency", "in", "HCC", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap results for HAND2-AS1 or INO80 deficiency in HCC cells."}
{"words": ["Based", "on", "GSEA", "results", ",", "significantly", "changed", "genes", "due", "to", "depletion", "of", "HAND2", "-", "AS1", "and", "INO80", "were", "attributed", "to", "the", "BMP", "signaling", "in", "HCC", "primary", "cells", ".", "NES", ",", "normalized", "enrichment", "score", ";", "FWER", ",", "familywise", "error", "rate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Based on GSEA results, significantly changed genes due to depletion of HAND2-AS1 and INO80 were attributed to the BMP signaling in HCC primary cells. NES, normalized enrichment score; FWER, familywise error rate."}
{"words": ["ChIRP", "-", "seq", "analysis", "of", "HAND2", "-", "AS1", "genomic", "binding", "at", "target", "sites", "in", "liver", "CSCs", ",", "using", "LacZ", "probes", "as", "negative", "control", ".", "A", "10", "-", "kb", "interval", "centered", "on", "the", "called", "HAND2", "-", "AS1", "peak", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIRP-seq analysis of HAND2-AS1 genomic binding at target sites in liver CSCs, using LacZ probes as negative control. A 10-kb interval centered on the called HAND2-AS1 peak is shown."}
{"words": ["Representative", "ChIRP", "-", "seq", "of", "HAND2", "-", "AS1", "binding", "of", "BMPR1A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "Representative ChIRP-seq of HAND2-AS1 binding of BMPR1A."}
{"words": ["Gel", "analysis", "of", "HAND2", "-", "AS1", "RNA", "binding", "BMPR1A", "promoter", "in", "liver", "CSCs", ".", "LacZ", "and", "PVT1", "served", "as", "negative", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Gel analysis of HAND2-AS1 RNA binding BMPR1A promoter in liver CSCs. LacZ and PVT1 served as negative controls."}
{"words": ["HAND2", "-", "AS1", "deletion", "in", "HCC", "cells", "decreases", "BMPR1A", "expression", "and", "inactivates", "BMP", "signaling", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "HAND2-AS1 deletion in HCC cells decreases BMPR1A expression and inactivates BMP signaling."}
{"words": ["ChIRP", "-", "immunoblotting", "analysis", "of", "BMPR1A", "interaction", "with", "the", "INO80", "complex", "in", "control", "and", "HAND2", "-", "AS1", "-", "knockout", "liver", "CSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIRP-immunoblotting analysis of BMPR1A interaction with the INO80 complex in control and HAND2-AS1-knockout liver CSCs."}
{"words": ["EMSA", "analysis", "of", "the", "interaction", "of", "HAND2", "-", "AS1", ",", "INO80", "and", "RUVBL2", "with", "the", "BMPR1A", "promoter", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "EMSA analysis of the interaction of HAND2-AS1, INO80 and RUVBL2 with the BMPR1A promoter region."}
{"words": ["BMPR1A", "promoter", "binding", "region", "to", "HAND2", "-", "AS1", "/", "INO80", "was", "deleted", "(", "BMPR1A", "-", "p", "-", "KO", ")", "in", "liver", "CSCs", "using", "lenti", "-", "Cas9", ",", "followed", "by", "HAND2", "-", "AS1", "and", "INO80", "overexpression", "(", "oeHAND2", "-", "AS1", ",", "oeINO80", ")", "for", "36", "h", ".", "BMPR1A", "mRNA", "levels", "were", "examined", "by", "realtime", "PCR", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "5", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "by", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMPR1A promoter binding region to HAND2-AS1/INO80 was deleted (BMPR1A-p-KO) in liver CSCs using lenti-Cas9, followed by HAND2-AS1 and INO80 overexpression (oeHAND2-AS1, oeINO80) for 36 h. BMPR1A mRNA levels were examined by realtime PCR. Data are shown as means ± SD. n=5. ** P < 0.01 by two-tailed Student's t test."}
{"words": ["BMP", "signaling", "was", "examined", "in", "INO80", "-", "silenced", "liver", "CSCs", "by", "Western", "blot", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMP signaling was examined in INO80-silenced liver CSCs by Western blot."}
{"words": ["BMPR1A", "is", "highly", "expressed", "in", "HCC", "tumor", "tissues", "provided", "by", "Wang", "'", "s", "cohort", "(", "GSE14520", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMPR1A is highly expressed in HCC tumor tissues provided by Wang's cohort (GSE14520)."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "analyses", "of", "liver", "cancer", "outcomes", "in", "the", "cancer", "genome", "atlas", "(", "TCGA", ")", ".", "P", "value", "for", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "was", "determined", "using", "a", "Mantel", "-", "Cox", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier analyses of liver cancer outcomes in the cancer genome atlas (TCGA). P value for Kaplan-Meier curves was determined using a Mantel-Cox log-rank test."}
{"words": ["Representative", "immunohistochemistry", "staining", "of", "BMPR1A", "was", "detected", "in", "HCC", "samples", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunohistochemistry staining of BMPR1A was detected in HCC samples. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["BMPR1A", "overexpression", "rescues", "sphere", "formation", "ability", "reduced", "by", "HAND2", "-", "AS1", "depletion", "in", "HCC", "samples", ".", "Representative", "sphere", "formation", "is", "shown", "on", "the", "left", "panel", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Percentages", "of", "sphere", "-", "forming", "cells", "were", "calculated", "as", "means", "±", "SD", "(", "right", "panel", ")", ".", "n", "=", "4", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMPR1A overexpression rescues sphere formation ability reduced by HAND2-AS1 depletion in HCC samples. Representative sphere formation is shown on the left panel. Scale bar, 100 μm. Percentages of sphere-forming cells were calculated as means ± SD (right panel). n=4."}
{"words": ["BMPR1A", "depletion", "reduces", "tumor", "-", "initiating", "capacity", ".", "n", "=", "12", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMPR1A depletion reduces tumor-initiating capacity. n=12 mice per group."}
{"words": ["Representative", "whole", "-", "body", "imaging", "of", "Huh7", "-", "Luc", "cells", "transduced", "with", "scramble", "(", "Ctrl", ")", "or", "BMPR1A", "shRNAs", ".", "Quantification", "for", "tumor", "numbers", "of", "7", "weeks", "after", "tumor", "cells", "orthotopically", "implanted", "to", "B", "-", "NSG", "mice", ".", "Calculated", "data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative whole-body imaging of Huh7-Luc cells transduced with scramble (Ctrl) or BMPR1A shRNAs. Quantification for tumor numbers of 7 weeks after tumor cells orthotopically implanted to B-NSG mice. Calculated data are shown as means ± SD (n = 5 mice per group)."}
{"words": ["Macroscopic", "appearance", "of", "livers", "from", "10", "-", "month", "-", "old", "mice", "treated", "by", "DEN", "or", "vehicle", ".", "Scale", "bar", ",", "1", "cm", ".", "Black", "arrows", "indicates", "tumors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Macroscopic appearance of livers from 10-month-old mice treated by DEN or vehicle. Scale bar, 1 cm. Black arrows indicates tumors."}
{"words": ["Representative", "H", "&", "E", "and", "immunohistological", "staining", "with", "Ki67", "antibody", "in", "liver", "sections", "of", "10", "-", "month", "-", "old", "DEN", "-", "treated", "WT", "and", "Bmpr1a", "-", "/", "-", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Right", ":", "Quantitation", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "in", "DEN", "-", "treated", "mice", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", ".", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative H&E and immunohistological staining with Ki67 antibody in liver sections of 10-month-old DEN-treated WT and Bmpr1a-/- mice. Scale bar, 100 μm. Right: Quantitation of Ki67-positive cells in DEN-treated mice. Data are shown as means ± SD. n=5."}
{"words": ["BMP", "signaling", "inhibitor", "noggin", "decreased", "tumor", "sphere", "formation", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Right", ":", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMP signaling inhibitor noggin decreased tumor sphere formation. Scale bar, 100 μm. Right: Data are shown as means ± SD (n=4)."}
{"words": ["Representative", "whole", "-", "body", "imaging", "of", "Huh7", "-", "Luc", "cells", "in", "different", "groups", ".", "Mice", "treated", "with", "scramble", "ASOs", "and", "/", "or", "siRNAs", "obtained", "similar", "results", "to", "vehicle", "treatment", ".", "n", "≥", "5", "mice", "in", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative whole-body imaging of Huh7-Luc cells in different groups. Mice treated with scramble ASOs and/or siRNAs obtained similar results to vehicle treatment. n≥5 mice in each group."}
{"words": ["Quantification", "of", "tumor", "numbers", "treated", "with", "ASOs", "and", "/", "or", "siRNAs", "after", "Huh7", "-", "Luc", "tumor", "cells", "orthotopically", "implanted", "to", "B", "-", "NSG", "mice", ".", "Calculated", "data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of tumor numbers treated with ASOs and/or siRNAs after Huh7-Luc tumor cells orthotopically implanted to B-NSG mice. Calculated data are shown as means ± SD (n = 5)."}
{"words": ["Tumors", "were", "excised", "from", "livers", "of", "PDX", "liver", "cancer", "models", ".", "Scale", "bar", ",", "0", ".", "5", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tumors were excised from livers of PDX liver cancer models. Scale bar, 0.5 cm."}
{"words": ["Representative", "H", "&", "E", "staining", "in", "liver", "sections", "from", "tumor", "-", "bearing", "mice", "treated", "with", "ASO1", "and", "siBMPR1A", "in", "orthotopic", "transplants", "of", "tumors", "from", "HCC", "#", "50", "and", "HCC", "#", "51", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative H&E staining in liver sections from tumor-bearing mice treated with ASO1 and siBMPR1A in orthotopic transplants of tumors from HCC#50 and HCC#51. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Representative", "immunohistological", "staining", "with", "Ki67", "antibody", "of", "tumor", "-", "bearing", "mice", "treated", "with", "ASO1", "and", "siBMPR1A", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Lower", "panel", ":", "Quantitation", "of", "Ki67", "-", "positive", "cells", "in", "different", "groups", ".", "Data", "are", "shown", "as", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "5", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunohistological staining with Ki67 antibody of tumor-bearing mice treated with ASO1 and siBMPR1A. Scale bar, 100 μm. Lower panel: Quantitation of Ki67-positive cells in different groups. Data are shown as means ± SD (n=5 per group)."}
{"words": ["Northern", "blotting", "of", "HAND2", "-", "AS1", "and", "immunobloting", "of", "BMPR1A", "in", "tumors", "from", "PDX", "HCC", "#", "50", "after", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Northern blotting of HAND2-AS1 and immunobloting of BMPR1A in tumors from PDX HCC#50 after treatment."}
{"words": ["Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analysis", "of", "B", "-", "NSG", "mice", "orthotopically", "transplanted", "with", "PDXs", "HCC", "#", "50", "(", "I", ")", "and", "HCC", "#", "51", "(", "J", ")", ".", "Treatment", "with", "ASO1", "combined", "siBMPR1A", "causes", "synergistic", "therapeutic", "effect", "than", "each", "treatment", "alone", "(", "n", "=", "10", "per", "group", ")", ".", "P", "value", "for", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "was", "determined", "using", "a", "Mantel", "-", "Cox", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Kaplan-Meier survival analysis of B-NSG mice orthotopically transplanted with PDXs HCC#50 (I) and HCC#51 (J). Treatment with ASO1 combined siBMPR1A causes synergistic therapeutic effect than each treatment alone (n = 10 per group). P value for Kaplan-Meier curves was determined using a Mantel-Cox log-rank test."}
{"words": ["A", "Number", "of", "differentially", "up", "-", "and", "down", "-", "regulated", "genes", "(", "DEG", ")", "in", "RNAi", "-", "ASCO1", "seedlings", "as", "compared", "to", "wild", "type", "(", "WT", ")", "according", "to", "the", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "FDR", "<", "0", ".", "01", ",", "|", "log2FC", "|", ">", "=", "0", ".", "75", ")", ".", "B", "Fraction", "of", "DEG", "found", "in", "each", "transcript", "class", "as", "defined", "in", "the", "Araport11", "gene", "annotation", ".", "AS", "stands", "for", "antisense", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Number of differentially up- and down-regulated genes (DEG) in RNAi-ASCO1 seedlings as compared to wild type (WT) according to the RNA-seq data (FDR < 0.01, |log2FC| >= 0.75). B Fraction of DEG found in each transcript class as defined in the Araport11 gene annotation. AS stands for antisense."}
{"words": ["D", "Representative", "picture", "of", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", "grown", "9", "days", "in", "liquid", "1", "/", "2MS", "supplemented", "with", "1", "µM", "flg22", ".", "The", "scale", "bar", "representing", "0", ".", "6cm", "is", "included", "in", "the", "picture", ".", "E", "Lateral", "root", "density", "of", "WT", "and", "two", "independent", "RNAi", "-", "ASCO", "lines", "9", "days", "after", "transfer", "in", "1", "/", "2MS", "supplemented", "with", "0", ".", "1", "µM", "or", "1", "µM", "flg22", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": " D Representative picture of 14-day-old plants grown 9 days in liquid 1/2MS supplemented with 1 µM flg22. The scale bar representing 0.6cm is included in the picture. E Lateral root density of WT and two independent RNAi-ASCO lines 9 days after transfer in 1/2MS supplemented with 0.1 µM or 1 µM flg22. "}
{"words": ["D", "Representative", "picture", "of", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", "grown", "9", "days", "in", "liquid", "1", "/", "2MS", "supplemented", "with", "1", "µM", "flg22", ".", "The", "scale", "bar", "representing", "0", ".", "6cm", "is", "included", "in", "the", "picture", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative picture of 14-day-old plants grown 9 days in liquid 1/2MS supplemented with 1 µM flg22. The scale bar representing 0.6cm is included in the picture."}
{"words": ["F", "Representative", "picture", "of", "root", "apical", "meristems", "after", "cell", "wall", "staining", ",", "in", "response", "to", "flg22", ".", "TZ", ":", "Transition", "Zone", ";", "QC", ":", "Quiescent", "Center", ".", "G", "Root", "apical", "meristem", "size", "of", "WT", "and", "RNAi", "-", "ASCO1", "(", "eg", "distance", "from", "QC", "to", "TZ", "in", "µm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F Representative picture of root apical meristems after cell wall staining, in response to flg22. TZ: Transition Zone; QC: Quiescent Center. G Root apical meristem size of WT and RNAi-ASCO1 (eg distance from QC to TZ in µm). "}
{"words": ["F", "Representative", "picture", "of", "root", "apical", "meristems", "after", "cell", "wall", "staining", ",", "in", "response", "to", "flg22", ".", "TZ", ":", "Transition", "Zone", ";", "QC", ":", "Quiescent", "Center", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative picture of root apical meristems after cell wall staining, in response to flg22. TZ: Transition Zone; QC: Quiescent Center."}
{"words": ["B", "Number", "of", "genes", "containing", "at", "least", "one", "differential", "RNA", "processing", "event", "(", "as", "defined", "by", "RNAprof", "p", ".", "adj", "<", "0", ".", "001", ")", "in", "CDS", ",", "introns", ",", "5", "'", "UTR", "and", "3", "'", "UTR", "between", "RNAi", "-", "ASCO1", "and", "WT", ".", "Up", "and", "Down", "fractions", "correspond", "to", "increase", "or", "decrease", ",", "respectively", ",", "of", "RNA", "-", "seq", "coverage", "in", "RNAi", "-", "ASCO1", "for", "each", "specified", "gene", "feature", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Number of genes containing at least one differential RNA processing event (as defined by RNAprof p.adj < 0.001) in CDS, introns, 5'UTR and 3'UTR between RNAi-ASCO1 and WT. Up and Down fractions correspond to increase or decrease, respectively, of RNA-seq coverage in RNAi-ASCO1 for each specified gene feature."}
{"words": ["B", "Scatter", "plot", "showing", "the", "respective", "gene", "expression", "fold", "change", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "lines", "as", "compared", "to", "WT", ".", "Genes", "showing", "significant", "changes", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "are", "highlighted", "as", "yellow", "and", "blue", "dots", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Scatter plot showing the respective gene expression fold change in RNAi-ASCO and 35S:ASCO lines as compared to WT. Genes showing significant changes in RNAi-ASCO and 35S:ASCO are highlighted as yellow and blue dots, respectively. "}
{"words": ["B", "Scatter", "plot", "showing", "the", "respective", "gene", "expression", "fold", "change", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "lines", "as", "compared", "to", "WT", ".", "Genes", "showing", "significant", "changes", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "are", "highlighted", "as", "yellow", "and", "blue", "dots", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Scatter plot showing the respective gene expression fold change in RNAi-ASCO and 35S:ASCO lines as compared to WT. Genes showing significant changes in RNAi-ASCO and 35S:ASCO are highlighted as yellow and blue dots, respectively."}
{"words": ["C", "Scatter", "plots", "showing", "the", "respective", "Percent", "Spliced", "In", "difference", "(", "dPSI", ")", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "lines", "as", "compared", "to", "WT", ".", "Genes", "showing", "significant", "changes", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ",", "35S", ":", "ASCO", "or", "in", "both", "lines", "are", "highlighted", "as", "red", ",", "green", "or", "blue", "dot", ",", "respectively", ".", "Gray", "dots", "represent", "all", "AS", "events", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Scatter plots showing the respective Percent Spliced In difference (dPSI) in RNAi-ASCO and 35S:ASCO lines as compared to WT. Genes showing significant changes in RNAi-ASCO, 35S:ASCO or in both lines are highlighted as red, green or blue dot, respectively. Gray dots represent all AS events. "}
{"words": ["C", "Scatter", "plots", "showing", "the", "respective", "Percent", "Spliced", "In", "difference", "(", "dPSI", ")", "in", "RNAi", "-", "ASCO", "and", "35S", ":", "ASCO", "lines", "as", "compared", "to", "WT", ".", "Genes", "showing", "significant", "changes", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ",", "35S", ":", "ASCO", "or", "in", "both", "lines", "are", "highlighted", "as", "red", ",", "green", "or", "blue", "dot", ",", "respectively", ".", "Gray", "dots", "represent", "all", "AS", "events", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Scatter plots showing the respective Percent Spliced In difference (dPSI) in RNAi-ASCO and 35S:ASCO lines as compared to WT. Genes showing significant changes in RNAi-ASCO, 35S:ASCO or in both lines are highlighted as red, green or blue dot, respectively. Gray dots represent all AS events."}
{"words": ["Analyses", "of", "RT", "-", "PCR", "products", "of", "SR34", "transcripts", "on", "8", "%", "acrylamide", "gel", ".", "Quantification", "of", "the", "ratio", "of", "SR34", "isoforms", "detected", "in", "the", "gel", "in", "(", "B", ")", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", "and", "RNAi", "-", "ASCO1", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", ".", "The", "asterisk", "(", "*", ")", "indicates", "a", "significant", "difference", "as", "determined", "by", "Student", "'", "s", "T", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Error", "bars", "show", "mean", "+", "/", "-", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Analyses of RT-PCR products of SR34 transcripts on 8% acrylamide gel. Quantification of the ratio of SR34 isoforms detected in the gel in (B) RNAs were extracted from WT and RNAi-ASCO1 14-day-old plants. The asterisk (*) indicates a significant difference as determined by Student's T test (p < 0.05, n = 3 biological replicates). Error bars show mean +/- standard deviation. "}
{"words": ["Analyses", "of", "RT", "-", "PCR", "products", "of", "SR34", "transcripts", "on", "8", "%", "acrylamide", "gel", ".", "Quantification", "of", "the", "ratio", "of", "SR34", "isoforms", "detected", "in", "the", "gel", "in", "(", "B", ")", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", "and", "RNAi", "-", "ASCO1", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", ".", "The", "asterisk", "(", "*", ")", "indicates", "a", "significant", "difference", "as", "determined", "by", "Student", "'", "s", "T", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Error", "bars", "show", "mean", "+", "/", "-", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analyses of RT-PCR products of SR34 transcripts on 8% acrylamide gel. Quantification of the ratio of SR34 isoforms detected in the gel in (B) RNAs were extracted from WT and RNAi-ASCO1 14-day-old plants. The asterisk (*) indicates a significant difference as determined by Student's T test (p < 0.05, n = 3 biological replicates). Error bars show mean +/- standard deviation."}
{"words": ["Analyses", "of", "RT", "-", "PCR", "products", "of", "NUDT7", "transcripts", "on", "8", "%", "acrylamide", "gel", ".", "Quantification", "of", "the", "ratio", "of", "NUDT7", "isoforms", "detected", "in", "the", "gel", "in", "(", "E", ")", "respectively", ".", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", "and", "RNAi", "-", "ASCO1", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", ".", "The", "asterisk", "(", "*", ")", "indicates", "a", "significant", "difference", "as", "determined", "by", "Student", "'", "s", "T", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Error", "bars", "show", "mean", "+", "/", "-", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " Analyses of RT-PCR products of NUDT7 transcripts on 8% acrylamide gel. Quantification of the ratio of NUDT7 isoforms detected in the gel in (E) respectively. RNAs were extracted from WT and RNAi-ASCO1 14-day-old plants. The asterisk (*) indicates a significant difference as determined by Student's T test (p < 0.05, n = 3 biological replicates). Error bars show mean +/- standard deviation. "}
{"words": ["Analyses", "of", "RT", "-", "PCR", "products", "of", "NUDT7", "transcripts", "on", "8", "%", "acrylamide", "gel", ".", "Quantification", "of", "the", "ratio", "of", "NUDT7", "isoforms", "detected", "in", "the", "gel", "in", "(", "E", ")", "respectively", ".", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", "and", "RNAi", "-", "ASCO1", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", ".", "The", "asterisk", "(", "*", ")", "indicates", "a", "significant", "difference", "as", "determined", "by", "Student", "'", "s", "T", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Error", "bars", "show", "mean", "+", "/", "-", "standard", "deviation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Analyses of RT-PCR products of NUDT7 transcripts on 8% acrylamide gel. Quantification of the ratio of NUDT7 isoforms detected in the gel in (E) respectively. RNAs were extracted from WT and RNAi-ASCO1 14-day-old plants. The asterisk (*) indicates a significant difference as determined by Student's T test (p < 0.05, n = 3 biological replicates). Error bars show mean +/- standard deviation."}
{"words": ["A", "Analysis", "of", "ASCO", "enrichment", "by", "ChIRP", "using", "two", "sets", "of", "independent", "biotinylated", "probes", "ODD", "and", "EVEN", "compared", "to", "negative", "control", "with", "probes", "designed", "against", "the", "LacZ", "RNA", ".", "The", "fold", "enrichment", "was", "calculated", "between", "ODD", "or", "EVEN", "samples", "against", "LacZ", ".", "These", "samples", "were", "used", "for", "protein", "precipitation", "and", "Mass", "Spectrometry", "analyses", "(", "ChIRP", "-", "MS", ")", ",", "from", "which", "PRP8a", "was", "identified", "as", "a", "potential", "ASCO", "partner", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": " A Analysis of ASCO enrichment by ChIRP using two sets of independent biotinylated probes ODD and EVEN compared to negative control with probes designed against the LacZ RNA. The fold enrichment was calculated between ODD or EVEN samples against LacZ. These samples were used for protein precipitation and Mass Spectrometry analyses (ChIRP-MS), from which PRP8a was identified as a potential ASCO partner. "}
{"words": ["A", "Analysis", "of", "ASCO", "enrichment", "by", "ChIRP", "using", "two", "sets", "of", "independent", "biotinylated", "probes", "ODD", "and", "EVEN", "compared", "to", "negative", "control", "with", "probes", "designed", "against", "the", "LacZ", "RNA", ".", "The", "fold", "enrichment", "was", "calculated", "between", "ODD", "or", "EVEN", "samples", "against", "LacZ", ".", "These", "samples", "were", "used", "for", "protein", "precipitation", "and", "Mass", "Spectrometry", "analyses", "(", "ChIRP", "-", "MS", ")", ",", "from", "which", "PRP8a", "was", "identified", "as", "a", "potential", "ASCO", "partner", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A Analysis of ASCO enrichment by ChIRP using two sets of independent biotinylated probes ODD and EVEN compared to negative control with probes designed against the LacZ RNA. The fold enrichment was calculated between ODD or EVEN samples against LacZ. These samples were used for protein precipitation and Mass Spectrometry analyses (ChIRP-MS), from which PRP8a was identified as a potential ASCO partner."}
{"words": ["B", "Validation", "of", "PRP8a", "-", "ASCO", "interaction", "by", "PRP8a", "-", "RIP", ".", "U5", "RNA", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "Data", "information", ":", "In", ",", "the", "results", "are", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "Input", "for", "PRP8a", "RIP", "followed", "by", "RT", "-", "qPCR"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " B Validation of PRP8a-ASCO interaction by PRP8a-RIP. U5 RNA was used as a positive control. Data information: In , the results are expressed as a percentage of the Input for PRP8a RIP followed by RT-qPCR "}
{"words": ["B", "Validation", "of", "PRP8a", "-", "ASCO", "interaction", "by", "PRP8a", "-", "RIP", ".", "U5", "RNA", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "Data", "information", ":", "In", ",", "the", "results", "are", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "Input", "for", "PRP8a", "RIP", "followed", "by", "RT", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Validation of PRP8a-ASCO interaction by PRP8a-RIP. U5 RNA was used as a positive control. Data information: In , the results are expressed as a percentage of the Input for PRP8a RIP followed by RT-qPCR"}
{"words": ["C", "Immunoblot", "analysis", "was", "performed", "during", "PRP8a", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "The", "same", "volume", "of", "input", ",", "unbound", "fraction", "was", "loaded", "as", "well", "as", "20", "%", "of", "the", "eluted", "IP", "fraction", ".", "α", "-", "PRP8a", "and", "α", "-", "IgG", ":", "IP", "performed", "with", "anti", "-", "PRP8a", "or", "control", "rabbit", "IgG", "antibody", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C Immunoblot analysis was performed during PRP8a immunoprecipitation (IP). The same volume of input, unbound fraction was loaded as well as 20 % of the eluted IP fraction. α-PRP8a and α-IgG : IP performed with anti-PRP8a or control rabbit IgG antibody, respectively. "}
{"words": ["C", "Immunoblot", "analysis", "was", "performed", "during", "PRP8a", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "The", "same", "volume", "of", "input", ",", "unbound", "fraction", "was", "loaded", "as", "well", "as", "20", "%", "of", "the", "eluted", "IP", "fraction", ".", "α", "-", "PRP8a", "and", "α", "-", "IgG", ":", "IP", "performed", "with", "anti", "-", "PRP8a", "or", "control", "rabbit", "IgG", "antibody", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Immunoblot analysis was performed during PRP8a immunoprecipitation (IP). The same volume of input, unbound fraction was loaded as well as 20 % of the eluted IP fraction. α-PRP8a and α-IgG : IP performed with anti-PRP8a or control rabbit IgG antibody, respectively."}
{"words": [":", "In", "D", ",", "the", "results", "are", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "Input", "for", "PRP8a", "RIP", "followed", "by", "RT", "-", "qPCR", ",", "and", "IgG", "RIP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " : In D, the results are expressed as a percentage of the Input for PRP8a RIP followed by RT-qPCR, and IgG RIP was used as a negative control. "}
{"words": [":", "In", "D", ",", "the", "results", "are", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "Input", "for", "PRP8a", "RIP", "followed", "by", "RT", "-", "qPCR", ",", "and", "IgG", "RIP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ": In D, the results are expressed as a percentage of the Input for PRP8a RIP followed by RT-qPCR, and IgG RIP was used as a negative control."}
{"words": ["A", "ASCO", "transcript", "levels", "in", "WT", "and", "prp8", "-", "7", "mutants", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": " A ASCO transcript levels in WT and prp8-7 mutants. "}
{"words": ["A", "ASCO", "transcript", "levels", "in", "WT", "and", "prp8", "-", "7", "mutants", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A ASCO transcript levels in WT and prp8-7 mutants."}
{"words": ["prp8", "-", "7", "leaky", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "SR34", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "prp8-7 leaky mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of SR34 isoforms splicing index by RT-qPCR."}
{"words": ["C", "prp8", "-", "7", "leaky", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "ESP", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C prp8-7 leaky mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of ESP isoforms splicing index by RT-qPCR. "}
{"words": ["C", "prp8", "-", "7", "leaky", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "ESP", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C prp8-7 leaky mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of ESP isoforms splicing index by RT-qPCR."}
{"words": ["D", "ASCO", "transcript", "levels", "in", "smd1b", "mutant", ".", "In", "A", "and", "D", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", ",", "prp8", "-", "7", "and", "smd1b", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " D ASCO transcript levels in smd1b mutant. In A and D RNAs were extracted from WT, prp8-7 and smd1b 14-day-old plants. "}
{"words": ["D", "ASCO", "transcript", "levels", "in", "smd1b", "mutant", ".", "In", "A", "and", "D", "RNAs", "were", "extracted", "from", "WT", ",", "prp8", "-", "7", "and", "smd1b", "14", "-", "day", "-", "old", "plants", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D ASCO transcript levels in smd1b mutant. In A and D RNAs were extracted from WT, prp8-7 and smd1b 14-day-old plants."}
{"words": ["E", "SmD1b", "can", "bind", "ASCO", "in", "vivo", ".", "U6", "RNA", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", "and", "a", "housekeeping", "gene", "(", "HKG2", ",", "AT4G26410", ")", "RNA", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " E SmD1b can bind ASCO in vivo. U6 RNA was used as a positive control and a housekeeping gene (HKG2, AT4G26410) RNA as a negative control. "}
{"words": ["E", "SmD1b", "can", "bind", "ASCO", "in", "vivo", ".", "U6", "RNA", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", "and", "a", "housekeeping", "gene", "(", "HKG2", ",", "AT4G26410", ")", "RNA", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E SmD1b can bind ASCO in vivo. U6 RNA was used as a positive control and a housekeeping gene (HKG2, AT4G26410) RNA as a negative control."}
{"words": ["F", "SmD1b", "recognizes", "in", "vivo", "the", "RNAs", "of", "4", "genes", "regulated", "by", "ASCO", ".", "In", "E", "and", "F", "the", "results", "were", "expressed", "as", "%", "INPUT", "in", "SmD1b", "-", "GFP", "RIP", "and", "IgG", "RIP", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " F SmD1b recognizes in vivo the RNAs of 4 genes regulated by ASCO. In E and F the results were expressed as % INPUT in SmD1b-GFP RIP and IgG RIP used as a negative control. "}
{"words": ["F", "SmD1b", "recognizes", "in", "vivo", "the", "RNAs", "of", "4", "genes", "regulated", "by", "ASCO", ".", "In", "E", "and", "F", "the", "results", "were", "expressed", "as", "%", "INPUT", "in", "SmD1b", "-", "GFP", "RIP", "and", "IgG", "RIP", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F SmD1b recognizes in vivo the RNAs of 4 genes regulated by ASCO. In E and F the results were expressed as % INPUT in SmD1b-GFP RIP and IgG RIP used as a negative control."}
{"words": ["smd1b", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "SR34", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "smd1b mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of SR34 isoforms splicing index by RT-qPCR."}
{"words": ["H", "smd1b", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "ESP", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " H smd1b mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of ESP isoforms splicing index by RT-qPCR. "}
{"words": ["H", "smd1b", "mutant", "displays", "similar", "AS", "events", "as", "observed", "in", "RNAi", "-", "ASCO", ".", "Quantification", "of", "ESP", "isoforms", "splicing", "index", "by", "RT", "-", "qPCR", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H smd1b mutant displays similar AS events as observed in RNAi-ASCO. Quantification of ESP isoforms splicing index by RT-qPCR."}
{"words": ["Example", "of", "a", "384", "-", "well", "plate", "treated", "with", "compounds", ".", "The", "panel", "shows", "the", "staining", "with", "filipin", "(", "free", "cholesterol", "in", "green", "pseudo", "-", "colour", ")", "and", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", "(", "red", ")", ".", "The", "leftmost", "column", "shows", "control", "wells", "treated", "with", "DMSO", "only", ",", "and", "the", "right", "penultimate", "column", "shows", "wells", "treated", "with", "U18666A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Example of a 384-well plate treated with compounds. The panel shows the staining with filipin (free cholesterol in green pseudo-colour) and anti-LBPA antibodies (red). The leftmost column shows control wells treated with DMSO only, and the right penultimate column shows wells treated with U18666A."}
{"words": ["Effects", "of", "U18666A", ",", "thioperamide", "and", "trimeprazine", ",", "compared", "with", "controls", ".", "Cells", "treated", "with", "the", "indicated", "compounds", "or", "with", "DMSO", "alone", "for", "18h", "at", "37", "°", "C", ",", "were", "processed", "for", "immunofluorescence", "microscopy", ".", "Low", "magnification", "views", "are", "shown", "after", "staining", "with", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", "(", "red", ")", ",", "filipin", "(", "green", "pseudo", "-", "color", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "The", "scale", "bar", "is", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of U18666A, thioperamide and trimeprazine, compared with controls. Cells treated with the indicated compounds or with DMSO alone for 18h at 37°C, were processed for immunofluorescence microscopy. Low magnification views are shown after staining with anti-LBPA antibodies (red), filipin (green pseudo-color) and DAPI (blue). The scale bar is 20 µm."}
{"words": ["Screen", "data", "plot", ".", "The", "plot", "shows", "the", "integrated", "intensity", "of", "LBPA", "vs", ".", "filipin", "(", "cholesterol", ")", "staining", "in", "all", "HeLa", "cells", "of", "each", "well", "analyzed", "in", "the", "screen", "(", "each", "dot", "is", "the", "average", "of", "replicates", "in", "the", "duplicate", "plates", ",", "and", "≥", "600", "cells", "were", "analysed", "per", "compound", ")", ".", "Only", "compounds", "that", "showed", "less", "than", "20", "%", "toxicity", "are", "plotted", ".", "The", "cells", "treated", "with", "U18666A", ",", "thioperamide", "maleate", "and", "trimeprazine", "tartrate", "are", "indicated", ",", "as", "well", "as", "the", "DMSO", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0], "text": "Screen data plot. The plot shows the integrated intensity of LBPA vs. filipin (cholesterol) staining in all HeLa cells of each well analyzed in the screen (each dot is the average of replicates in the duplicate plates, and ≥600 cells were analysed per compound). Only compounds that showed less than 20% toxicity are plotted. The cells treated with U18666A, thioperamide maleate and trimeprazine tartrate are indicated, as well as the DMSO controls."}
{"words": ["Integrated", "intensity", "of", "cholesterol", "and", "LBPA", "staining", ".", "The", "integrated", "intensity", "of", "cholesterol", "(", "filipin", "in", "green", ")", "and", "LBPA", "(", "red", ")", "staining", "in", "all", "cells", "of", "the", "indicated", "samples", "is", "quantified", "after", "normalization", "to", "the", "DMSO", "controls", ".", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "64", "images", "analysed", "per", "experiments", ",", "error", "bars", "=", "SD", ",", "two", "ways", "ANOVA", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "005", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Integrated intensity of cholesterol and LBPA staining. The integrated intensity of cholesterol (filipin in green) and LBPA (red) staining in all cells of the indicated samples is quantified after normalization to the DMSO controls. (n=3 independent experiments, 64 images analysed per experiments, error bars = SD, two ways ANOVA; **=p<0.01; ***=p<0.005)."}
{"words": ["Thioperamide", "treatment", "of", "tissue", "culture", "cells", ".", "BHK", ",", "CHO", "and", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "thioperamide", "and", "processed", "as", "in", "Fig", "1C", ".", "Low", "magnification", "views", "are", "shown", "after", "staining", "with", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "with", ">", "200", "images", "acquired", "and", "analysed", "automatically", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Thioperamide treatment of tissue culture cells. BHK, CHO and HeLa cells were treated with thioperamide and processed as in Fig 1C. Low magnification views are shown after staining with anti-LBPA antibodies (green) and DAPI (blue). n=3 independent experiments with > 200 images acquired and analysed automatically."}
{"words": ["Cholesterol", "quantification", "by", "mass", "spectrometry", ".", "A431", "cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "alone", ",", "pitolisant", "10µM", "(", "Pito", ")", ",", "thioperamide", "10µM", "(", "thio", ")", "or", "U18666A", "10µM", "(", "U18", ")", "for", "18h", "at", "37", "°", "C", ".", "After", "extraction", ",", "free", "cholesterol", ",", "cholesteryl", "esters", "and", "total", "cholesterol", "were", "quantified", "by", "mass", "spectrometry", ",", "and", "normalized", "to", "the", "DMSO", "controls", ".", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "error", "bars", "=", "SD", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cholesterol quantification by mass spectrometry. A431 cells were treated with DMSO alone, pitolisant 10µM (Pito), thioperamide 10µM (thio) or U18666A 10µM (U18) for 18h at 37°C. After extraction, free cholesterol, cholesteryl esters and total cholesterol were quantified by mass spectrometry, and normalized to the DMSO controls. (n=3 independent experiments, error bars = SD, one-way ANOVA, ****=p<0.0001"}
{"words": ["Screen", "data", "plot", "of", "the", "cholesterol", "content", "of", "LBPA", "-", "endosomes", ".", "Automated", "unbiased", "quantification", "of", "the", "filipin", "integrated", "fluorescence", "signal", "(", "cholesterol", "content", ")", "in", "LBPA", "-", "containing", "endosomes", ",", "after", "treatment", "with", "each", "compound", "of", "the", "Prestwick", "library", ".", "As", "in", "Fig", "1D", ",", "each", "dot", "is", "the", "average", "of", "replicates", "in", "the", "duplicate", "plates", ",", "and", "≥", "600", "cells", "were", "analysed", "per", "compound", "-", "only", "compounds", "that", "showed", "less", "than", "20", "%", "toxicity", "are", "plotted", ".", "The", "fluorescence", "signal", "of", "LBPA", "-", "endosomes", "was", "used", "to", "segment", "the", "imaged", "and", "generate", "a", "mask", ",", "which", "was", "then", "applied", "on", "the", "micrographs", "to", "quantify", "the", "integrated", "intensity", "of", "filipin", "staining", ".", "The", "samples", "treated", "with", "thioperamide", "(", "pink", ")", ",", "trimeprazine", "(", "light", "blue", ")", ",", "DMSO", "(", "red", ")", "and", "U18666A", "(", "green", ")", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Screen data plot of the cholesterol content of LBPA-endosomes. Automated unbiased quantification of the filipin integrated fluorescence signal (cholesterol content) in LBPA-containing endosomes, after treatment with each compound of the Prestwick library. As in Fig 1D, each dot is the average of replicates in the duplicate plates, and ≥600 cells were analysed per compound - only compounds that showed less than 20% toxicity are plotted. The fluorescence signal of LBPA-endosomes was used to segment the imaged and generate a mask, which was then applied on the micrographs to quantify the integrated intensity of filipin staining. The samples treated with thioperamide (pink), trimeprazine (light blue), DMSO (red) and U18666A (green) are indicated."}
{"words": ["Immunogold", "labelling", "with", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", ".", "HeLa", "MZ", "cells", "were", "treated", "or", "not", "with", "thioperamide", "for", "18h", "and", "processed", "for", "electron", "microscopy", ".", "Cryosections", "were", "labelled", "with", "antibodies", "against", "the", "late", "endosomal", "lipid", "LBPA", "followed", "by", "5nm", "protein", "A", "-", "gold", ".", "Multivesicular", "endosomes", "are", "pseudocoloured", "(", "see", "Fig", "EV1", "for", "uncoloured", "images", ")", ".", "Bars", ",", "200nm", ".", "The", "data", "in", "(", "A", ")", "were", "quantified", "in", "a", "double", "-", "blind", "analysis", "of", "two", "sets", "of", "16", "micrographs", "for", "each", "condition", ";", "the", "number", "of", "gold", "particles", "per", "endosome", "is", "shown", "in", "a", "scatter", "plot", "(", "B", ")", "for", "each", "endosome", "identified", "without", "any", "bias", "in", "each", "micrograph", "of", "the", "two", "control", "(", "DMSO", ")", "and", "thioperamide", "-", "treated", "(", "THIO", ")", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Immunogold labelling with anti-LBPA antibodies. HeLa MZ cells were treated or not with thioperamide for 18h and processed for electron microscopy. Cryosections were labelled with antibodies against the late endosomal lipid LBPA followed by 5nm protein A-gold. Multivesicular endosomes are pseudocoloured (see Fig EV1 for uncoloured images). Bars, 200nm. The data in (A) were quantified in a double-blind analysis of two sets of 16 micrographs for each condition; the number of gold particles per endosome is shown in a scatter plot (B) for each endosome identified without any bias in each micrograph of the two control (DMSO) and thioperamide-treated (THIO) samples."}
{"words": ["Distribution", "of", "LBPA", "-", "containing", "endosomes", "in", "the", "perinuclear", "region", ".", "Automated", "unbiased", "quantification", "of", "LBPA", "fluorescence", "in", "the", "perinuclear", "region", "of", "the", "cells", ",", "after", "treatment", "with", "each", "compound", "of", "the", "Prestwick", "library", "as", "in", "Fig", "2C", ".", "As", "in", "Fig", "1D", ",", "each", "dot", "is", "the", "average", "of", "replicates", "in", "the", "duplicate", "plates", ",", "and", "≥", "600", "cells", "were", "analysed", "per", "compound", "-", "only", "compounds", "that", "showed", "less", "than", "20", "%", "toxicity", "are", "plotted", ".", "The", "integrated", "intensity", "of", "the", "LBPA", "fluorescence", "signal", "was", "measured", "within", "a", "mask", "of", "the", "perinuclear", "region", "in", "each", "cell", ",", "calculated", "from", "the", "nuclei", "DAPI", "-", "staining", ".", "The", "samples", "treated", "with", "thioperamide", "(", "pink", ")", ",", "trimeprazine", "(", "light", "blue", ")", ",", "DMSO", "(", "red", ")", "and", "U18666A", "(", "green", ")", "are", "indicated", ".", "Number", "of", "perinuclear", "LBPA", "endosomes", ".", "The", "number", "of", "individual", "LBPA", "-", "positive", "structures", "was", "measured", "in", "the", "perinuclear", "region", "as", "in", "(", "C", ")", ".", "The", "z", "-", "factors", "are", "shown", "to", "evaluate", "the", "distribution", "of", "endosomes", "containing", "LBPA", ";", "color", "code", "as", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of LBPA-containing endosomes in the perinuclear region. Automated unbiased quantification of LBPA fluorescence in the perinuclear region of the cells, after treatment with each compound of the Prestwick library as in Fig 2C. As in Fig 1D, each dot is the average of replicates in the duplicate plates, and ≥600 cells were analysed per compound - only compounds that showed less than 20% toxicity are plotted. The integrated intensity of the LBPA fluorescence signal was measured within a mask of the perinuclear region in each cell, calculated from the nuclei DAPI-staining. The samples treated with thioperamide (pink), trimeprazine (light blue), DMSO (red) and U18666A (green) are indicated. Number of perinuclear LBPA endosomes. The number of individual LBPA-positive structures was measured in the perinuclear region as in (C). The z-factors are shown to evaluate the distribution of endosomes containing LBPA; color code as in (C)."}
{"words": ["Effect", "of", "Pitolisant", "on", "LBPA", ".", "HeLa", "MZ", "cells", "treated", "or", "not", "with", "pitolisant", "10µM", "for", "18h", "at", "37", "°", "C", "were", "labeled", "with", "DAPI", "and", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", "and", "analysed", "by", "fluorescence", "microscopy", "(", "quantification", "in", "fig", "EV3A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effect of Pitolisant on LBPA. HeLa MZ cells treated or not with pitolisant 10µM for 18h at 37°C were labeled with DAPI and anti-LBPA antibodies and analysed by fluorescence microscopy (quantification in fig EV3A)."}
{"words": ["LBPA", "intensity", "in", "a", "mixed", "population", "of", "cells", "expressing", "HRH3", "-", "GFP", ".", "After", "transfection", "with", "HRH3", "-", "GFP", ",", "uncloned", "stably", "expressing", "cells", "(", "C", ")", "were", "labelled", "with", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", "and", "analysed", "by", "automated", "microscopy", "(", "C", ")", ".", "Unbiased", "quantification", "(", "D", ")", "shows", "the", "inverse", "correlation", "between", "HRH3", "-", "GFP", "expression", "(", "high", "expressing", "cells", "in", "green", ")", "and", "the", "endosome", "integrated", "intensity", "of", "LBPA", "staining", "(", "high", "LBPA", "labelling", "in", "red", ")", ".", "(", "n", "=", "2", "independent", "experiments", "with", "500", ",", "000", "cells", "analysed", "automatically", ",", "error", "bars", "=", "SD", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LBPA intensity in a mixed population of cells expressing HRH3-GFP. After transfection with HRH3-GFP, uncloned stably expressing cells (C) were labelled with anti-LBPA antibodies and analysed by automated microscopy (C). Unbiased quantification (D) shows the inverse correlation between HRH3-GFP expression (high expressing cells in green) and the endosome integrated intensity of LBPA staining (high LBPA labelling in red). (n=2 independent experiments with 500,000 cells analysed automatically, error bars = SD)."}
{"words": ["LBPA", "intensity", "in", "cells", "expressing", "or", "not", "HRH3", "-", "GFP", ".", "HeLa", "MZ", "cells", "stably", "expressing", "HRH3", "-", "GFP", "grown", "in", "96", "-", "well", "plates", "were", "separately", "treated", ",", "with", "4", "different", "siRNAs", "that", "target", "HRH3", "(", "siHRH3", "#", "1", ";", "siHRH3", "#", "2", ";", "siHRH3", "#", "3", ";", "siHRH3", "#", "4", ")", "or", "with", "control", "non", "-", "target", "(", "siNT", ")", "siRNA", "(", "E", ")", ".", "HRH3", "-", "GFP", "was", "analysed", "by", "fluorescence", "microscopy", "in", "4", "rows", "of", "cells", "per", "condition", ";", "micrographs", "are", "stitched", "together", "in", "the", "montage", ".", "Panel", "F", "shows", "an", "example", "of", "cells", "treated", "with", "siHRH3", "#", "2", "or", "siNT", ",", "and", "then", "labelled", "with", "DAPI", "and", "antibodies", "against", "LBPA", ".", "Cells", "treated", "as", "in", "(", "E", ")", "and", "labelled", "with", "DAPI", "and", "antibodies", "against", "LBPA", "as", "in", "(", "F", ")", ",", "were", "analysed", "by", "automated", "microscopy", "and", "the", "integrated", "intensities", "of", "LBPA", "(", "left", "panel", ")", "and", "HRH3", "-", "GFP", "(", "right", "panel", ")", "signals", "are", "compared", "(", "G", ")", ".", "(", "n", "=", "2", "independent", "experiments", "with", "192", "images", "acquired", "and", "analysed", "automatically", ",", "error", "bars", "=", "SD", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LBPA intensity in cells expressing or not HRH3-GFP. HeLa MZ cells stably expressing HRH3-GFP grown in 96-well plates were separately treated, with 4 different siRNAs that target HRH3 (siHRH3#1; siHRH3#2; siHRH3#3; siHRH3#4) or with control non-target (siNT) siRNA (E). HRH3-GFP was analysed by fluorescence microscopy in 4 rows of cells per condition; micrographs are stitched together in the montage. Panel F shows an example of cells treated with siHRH3#2 or siNT, and then labelled with DAPI and antibodies against LBPA. Cells treated as in (E) and labelled with DAPI and antibodies against LBPA as in (F), were analysed by automated microscopy and the integrated intensities of LBPA (left panel) and HRH3-GFP (right panel) signals are compared (G). (n=2 independent experiments with 192 images acquired and analysed automatically, error bars = SD)."}
{"words": ["Treatment", "of", "NPC", "fibroblasts", "and", "NPC", "null", "mice", "with", "thioperamide", ".", "Fibroblast", "lines", "obtained", "from", "patients", "with", "well", "-", "established", "heterozygote", "mutations", "in", "the", "NPC1", "(", "GM17912", "line", ":", "NPC1", "P1007A", "/", "T1036M", ";", "GM17911", "line", ":", "NPC1", "I1061T", "/", "T1036M", ")", "or", "with", "a", "homozygote", "mutation", "in", "the", "NPC2", "gene", "(", "GM17910", "line", ":", "C93F", "/", "C93F", ")", "were", "treated", "or", "not", "for", "72h", "with", "thioperamide", "10µM", ",", "stained", "with", "filipin", "(", "cholesterol", ")", "and", "analysed", "by", "fluorescence", "automated", "microscopy", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Treatment of NPC fibroblasts and NPC null mice with thioperamide. Fibroblast lines obtained from patients with well-established heterozygote mutations in the NPC1 (GM17912 line: NPC1 P1007A / T1036M; GM17911 line: NPC1 I1061T / T1036M) or with a homozygote mutation in the NPC2 gene (GM17910 line: C93F / C93F) were treated or not for 72h with thioperamide 10µM, stained with filipin (cholesterol) and analysed by fluorescence automated microscopy."}
{"words": ["Quantification", "of", "cholesterol", "and", "LBPA", "staining", "in", "NPC", "fibroblasts", ".", "Cells", "as", "in", "(", "A", ")", "were", "treated", "or", "not", "with", "thioperamide", "for", "48h", "or", "72h", ",", "labelled", "with", "filipin", "(", "cholesterol", ")", "and", "anti", "-", "LBPA", "antibodies", ",", "and", "analysed", "by", "fluorescence", "automated", "microscopy", ".", "The", "panels", "show", "the", "integrated", "intensity", "of", "the", "filipin", "(", "left", ")", "and", "LBPA", "(", "right", ")", "signals", "were", "quantified", "after", "48", "(", "top", ")", "and", "72h", "(", "bottom", ")", ".", "The", "colour", "code", "of", "each", "fibroblast", "cell", "line", "is", "as", "in", "(", "A", ")", ".", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "with", "144", "images", "acquired", "and", "analysed", "automatically", ",", ">", "2000", "cells", "per", "experiment", ",", "error", "bars", "=", "SD", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of cholesterol and LBPA staining in NPC fibroblasts. Cells as in (A) were treated or not with thioperamide for 48h or 72h, labelled with filipin (cholesterol) and anti-LBPA antibodies, and analysed by fluorescence automated microscopy. The panels show the integrated intensity of the filipin (left) and LBPA (right) signals were quantified after 48 (top) and 72h (bottom). The colour code of each fibroblast cell line is as in (A). (n=3 independent experiments with 144 images acquired and analysed automatically, >2000 cells per experiment, error bars = SD, one-way ANOVA, *=p<0.05; **=p<0.005;***=p<0.001)."}
{"words": ["Quantification", "of", "cholesterol", "in", "NPC", "fibroblasts", "by", "mass", "spectrometry", ".", "NPC", "cell", "lines", "(", "A", ")", "were", "treated", "or", "not", "with", "thioperamide", "or", "0", ".", "1", "%", "(", "2", "-", "Hydroxypropyl", ")", "-", "ß", "-", "cyclodextrin", "for", "72h", ".", "After", "extraction", ",", "lipids", "were", "analysed", "and", "quantified", "by", "mass", "spectrometry", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "error", "bars", "=", "SD", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of cholesterol in NPC fibroblasts by mass spectrometry. NPC cell lines (A) were treated or not with thioperamide or 0.1% (2-Hydroxypropyl)-ß-cyclodextrin for 72h. After extraction, lipids were analysed and quantified by mass spectrometry. (n=3; error bars = SD, one-way ANOVA, *=p<0.05; **=p<0.005;***=p<0.001)"}
{"words": ["Quantification", "of", "cell", "counts", "in", "the", "3", "NPC", "cell", "lines", "treated", "with", "thioperamide", ".", "The", "experiment", "was", "as", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "except", "that", "nuclei", "were", "labelled", "with", "DAPI", "and", "quantified", "by", "automated", "microscopy", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "DMSO", "control", "(", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ",", "75", "images", "per", "experiments", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of cell counts in the 3 NPC cell lines treated with thioperamide. The experiment was as in (A-C) except that nuclei were labelled with DAPI and quantified by automated microscopy. Data are normalized to DMSO control (n=2 independent experiments, 75 images per experiments)"}
{"words": ["Effects", "of", "thioperamide", "on", "cholesterol", "-", "dependent", "transcriptional", "regulation", ".", "The", "parental", "HeLa", "MZ", "cells", ",", "NPC1", "KO", "cells", "or", "NPC2", "KO", "cells", "were", "treated", "or", "not", "with", "thioperamide", "10", "μM", "for", "18h", ".", "Total", "mRNA", "was", "extracted", "and", "both", "LDLR", "mRNA", "and", "HMG", "CoA", "reductase", "mRNA", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "PCR", ".", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "error", "bars", "=", "SD", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "005", ")"], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Effects of thioperamide on cholesterol-dependent transcriptional regulation. The parental HeLa MZ cells, NPC1 KO cells or NPC2 KO cells were treated or not with thioperamide 10 μM for 18h. Total mRNA was extracted and both LDLR mRNA and HMG CoA reductase mRNA were quantified by RT-PCR. (n=3 independent experiments, error bars = SD, one-way ANOVA, *=p<0.05; **=p<0.005)"}
{"words": ["Quantification", "of", "cholesterol", "in", "NPC", "null", "mice", "by", "enzymatic", "analysis", ".", "WT", "or", "NPC1", "null", "mice", "were", "treated", "or", "not", "with", "thioperamide", "for", "6", "weeks", "after", "weaning", "and", "sacrificed", ".", "The", "total", "content", "of", "unesterified", "cholesterol", "in", "the", "corresponding", "liver", "extracts", "was", "then", "quantified", "using", "an", "enzymatic", "assay", "and", "is", "expressed", "in", "nmol", "per", "mg", "tissue", ".", "The", "total", "content", "of", "LBPA", "in", "the", "same", "liver", "extracts", "was", "quantified", "by", "mass", "spectrometry", "(", "see", "Appendix", "Figure", "S1", ")", ",", "and", "is", "therefore", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "total", "phospholipids", ".", "The", "total", "LBPA", "content", "of", "WT", "mice", "was", "only", "marginally", "increased", "by", "the", "drug", ",", "either", "because", "the", "doses", "were", "low", ",", "or", "because", "the", "contribution", "from", "tissue", "material", "unaffected", "by", "the", "drug", "obscured", "selective", "changes", "at", "the", "cellular", "level", "(", "despite", "much", "effort", ",", "we", "were", "unable", "to", "visualize", "LBPA", "in", "liver", "samples", "by", "immunocytochemistry", ")", ".", "The", "relative", "ratio", "of", "LBPA", "vs", ".", "cholesterol", "values", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of cholesterol in NPC null mice by enzymatic analysis. WT or NPC1 null mice were treated or not with thioperamide for 6 weeks after weaning and sacrificed. The total content of unesterified cholesterol in the corresponding liver extracts was then quantified using an enzymatic assay and is expressed in nmol per mg tissue. The total content of LBPA in the same liver extracts was quantified by mass spectrometry (see Appendix Figure S1), and is therefore expressed as a percentage of total phospholipids. The total LBPA content of WT mice was only marginally increased by the drug, either because the doses were low, or because the contribution from tissue material unaffected by the drug obscured selective changes at the cellular level (despite much effort, we were unable to visualize LBPA in liver samples by immunocytochemistry). The relative ratio of LBPA vs. cholesterol values is shown."}
{"words": ["Montage", "of", "Atoh7", "+", "progenitor", "division", "generating", "an", "RGC", "(", "magenta", "dot", ")", "and", "a", "PRpr", "(", "cyan", "dot", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "apical", "side", ",", "arrowhead", "points", "to", "RGC", "axon", ".", "atoh7", ":", "GFP", "-", "CAAX", "(", "Atoh7", ",", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Montage of Atoh7+ progenitor division generating an RGC (magenta dot) and a PRpr (cyan dot). Dashed line indicates the apical side, arrowhead points to RGC axon. atoh7:GFP-CAAX (Atoh7, grey). Scale bar 10 µm."}
{"words": ["Montage", "of", "Atoh7", "+", "progenitor", "division", "generating", "an", "HC", "(", "orange", "dot", ")", "and", "a", "PRpr", "(", "cyan", "dot", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "apical", "side", ".", "atoh7", ":", "GFP", "-", "CAAX", "(", "Atoh7", ",", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "Montage", "of", "Atoh7", "+", "progenitor", "division", "generating", "an", "AC", "(", "yellow", "dot", ")", "and", "a", "PRpr", "(", "cyan", "dot", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "apical", "side", ",", "arrowhead", "points", "to", "basal", "dendrites", ".", "atoh7", ":", "GFP", "-", "CAAX", "(", "Atoh7", ",", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Montage of Atoh7+ progenitor division generating an HC (orange dot) and a PRpr (cyan dot). Dashed line indicates the apical side. atoh7:GFP-CAAX (Atoh7, grey). Scale bar 10 µm. Montage of Atoh7+ progenitor division generating an AC (yellow dot) and a PRpr (cyan dot). Dashed line indicates the apical side, arrowhead points to basal dendrites. atoh7:GFP-CAAX (Atoh7, grey). Scale bar 10 µm."}
{"words": ["Event", "plot", "of", "all", "divisions", "analysed", "in", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Event plot of all divisions analysed in (H)."}
{"words": ["Two", "examples", "of", "retinas", "at", "48", "hpf", "in", "(", "left", ")", "control", "and", "(", "right", ")", "Prdm1a", "morphant", "(", "MO", ")", ".", "Atoh7", "+", "cells", "(", "magenta", ")", ",", "inhibitory", "neurons", "(", "yellow", ")", "and", "photoreceptors", "(", "cyan", ")", "are", "labelled", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", ".", "A", "'", ")", "Close", "up", "of", "Crx", "(", "cyan", ")", "signal", "(", "upper", "panel", ")", "and", "DAPI", "(", "grey", ",", "lower", "panel", ")", "from", "Fig", "A", ",", "for", "controls", "(", "left", ")", "and", "Prdm1a", "morphant", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "20", "µm", ".", "Staining", "for", "the", "photoreceptor", "cell", "marker", "zpr", "-", "1", "at", "72", "hpf", "in", "(", "left", ")", "control", "and", "(", "right", ")", "Prdm1a", "knockdown", ".", "Atoh7", "+", "cells", "(", "magenta", ")", ",", "inhibitory", "neurons", "(", "yellow", ")", ",", "photoreceptors", "(", "cyan", ")", "and", "zpr", "-", "1", "(", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "zpr", "-", "1", "staining", ".", "B", "'", ")", "Close", "up", "of", "Atoh7", "(", "magenta", ")", "and", "Crx", "(", "cyan", ")", "signal", "(", "upper", "panel", ")", ",", "together", "with", "Zpr", "-", "1", "(", "grey", ",", "lower", "panel", ")", "from", "Fig", "B", ",", "for", "controls", "(", "left", ")", "and", "Prdm1a", "morphant", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Two examples of retinas at 48 hpf in (left) control and (right) Prdm1a morphant (MO). Atoh7+ cells (magenta), inhibitory neurons (yellow) and photoreceptors (cyan) are labelled. Scale bar 50 µm. A') Close up of Crx (cyan) signal (upper panel) and DAPI (grey, lower panel) from Fig A, for controls (left) and Prdm1a morphant (right). Scale bar 20 µm. Staining for the photoreceptor cell marker zpr-1 at 72 hpf in (left) control and (right) Prdm1a knockdown. Atoh7+ cells (magenta), inhibitory neurons (yellow), photoreceptors (cyan) and zpr-1 (grey). Scale bar 50 µm. Arrowheads indicate zpr-1 staining. B') Close up of Atoh7 (magenta) and Crx (cyan) signal (upper panel), together with Zpr-1 (grey, lower panel) from Fig B, for controls (left) and Prdm1a morphant (right). Scale bar 20 µm. "}
{"words": ["Measurements", "of", "retinal", "diameter", "in", "control", "(", "black", "dots", ")", "and", "Prdm1a", "knockdown", "(", "empty", "dots", ")", "at", "24", ",", "36", ",", "48", "and", "72", "hpf", ".", "N", "and", "p", "values", "are", "found", "in", "Table", "2", ".", "*", "*", "*", "*", "for", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "Two", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "correction", ".", "Mean", "and", "single", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Measurements of retinal diameter in control (black dots) and Prdm1a knockdown (empty dots) at 24, 36, 48 and 72 hpf. N and p values are found in Table 2.**** for p < 0.0001, Two-way Anova with Bonferroni correction. Mean and single values are indicated."}
{"words": ["Layer", "thickness", "analysis", "in", "control", "and", "Prdm1a", "knockdown", "embryos", "at", "72", "hpf", ".", "N", "=", "4", "embryos", "(", "control", ")", ",", "6", "embryos", "(", "Prdm1a", "morphant", ")", ".", "Total", "thickness", "comparison", ":", "p", "=", "0", ".", "0055", ";", "GCL", "comparison", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "INL", "comparison", ",", "ns", ";", "ONL", "comparison", ",", "p", "=", "0", ".", "0369", ".", "Two", "-", "way", "Anova", "with", "Bonferroni", "correction", ".", "Mean", "and", "SD", "are", "indicated", ",", "as", "well", "as", "single", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Layer thickness analysis in control and Prdm1a knockdown embryos at 72 hpf. N = 4 embryos (control), 6 embryos (Prdm1a morphant). Total thickness comparison: p = 0.0055; GCL comparison, p < 0.0001; INL comparison, ns; ONL comparison, p = 0.0369. Two-way Anova with Bonferroni correction. Mean and SD are indicated, as well as single values."}
{"words": ["Retina", "at", "72", "hpf", "in", "(", "top", "left", ")", "control", ",", "(", "top", "right", ")", "Atoh7", "knockdown", ",", "(", "bottom", "left", ")", "Ptf1a", "knockdown", "and", "(", "bottom", "right", ")", "Atoh7", "and", "Ptf1a", "knockdown", ".", "Atoh7", "+", "cells", "(", "magenta", ")", ",", "inhibitory", "neurons", "(", "yellow", ")", "and", "photoreceptors", "(", "cyan", ")", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", ",", "20", "µm", "in", "close", "-", "up", "panels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Retina at 72 hpf in (top left) control, (top right) Atoh7 knockdown, (bottom left) Ptf1a knockdown and (bottom right) Atoh7 and Ptf1a knockdown. Atoh7+ cells (magenta), inhibitory neurons (yellow) and photoreceptors (cyan). Scale bar 50 µm, 20 µm in close-up panels."}
{"words": ["Layer", "thickness", "analysis", "in", "control", "and", "morphant", "embryos", "measured", "at", "72", "hpf", ".", "N", "=", "9", "embryos", "(", "control", ")", ",", "7", "embryos", "(", "Atoh7", "morphant", ")", ",", "7", "embryos", "(", "Ptf1a", "morphant", ")", ",", "7", "embryos", "(", "Atoh7", "+", "Ptf1a", "morphant", ")", ".", "p", "values", "for", "thickness", "measurements", "are", "found", "in", "Table", "3", ".", "Mixed", "effects", "analysis", "with", "Bonferroni", "correction", ".", "Mean", "and", "SD", "are", "indicated", ",", "as", "well", "as", "single", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Layer thickness analysis in control and morphant embryos measured at 72 hpf. N = 9 embryos (control), 7 embryos (Atoh7 morphant), 7 embryos (Ptf1a morphant), 7 embryos (Atoh7+Ptf1a morphant). p values for thickness measurements are found in Table 3. Mixed effects analysis with Bonferroni correction. Mean and SD are indicated, as well as single values."}
{"words": ["Number", "of", "PH3", "+", "cells", "per", "retina", "in", "control", "and", "morphant", "conditions", "at", "28", ",", "32", "and", "36", "hpf", ".", "N", "=", "4", "to", "10", "embryos", "per", "condition", ",", "mixed", "effects", "analysis", "with", "Dunnet", "'", "s", "correction", ".", "All", "comparisons", "are", "statistically", "non", "-", "significant", ".", "Mean", "and", "SD", "are", "indicated", ",", "as", "well", "as", "single", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of PH3+ cells per retina in control and morphant conditions at 28, 32 and 36 hpf. N = 4 to 10 embryos per condition, mixed effects analysis with Dunnet's correction. All comparisons are statistically non-significant. Mean and SD are indicated, as well as single values."}
{"words": ["Montage", "of", "neurogenic", "progenitor", "division", "upon", "Atoh7", "and", "Ptf1a", "knockdown", ",", "generating", "two", "PRpr", "(", "cyan", "dots", ")", ".", "Dashed", "line", "indicates", "the", "apical", "side", ".", "atoh7", ":", "GFP", "-", "CAAX", "(", "Atoh7", ",", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", ".", "Montage", "of", "neurogenic", "progenitor", "division", "upon", "Atoh7", "and", "Ptf1a", "knockdown", ",", "generating", "a", "BC", "(", "blue", "dot", ")", "and", "a", "PRpr", "(", "cyan", "dot", ")", ".", "Dashed", "line", "labels", "the", "apical", "side", ",", "yellow", "arrow", "points", "at", "BC", "apical", "process", ",", "white", "arrows", "point", "at", "BC", "basal", "process", ".", "atoh7", ":", "GFP", "-", "CAAX", "(", "Atoh7", ",", "grey", ")", ".", "Scale", "bar", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Montage of neurogenic progenitor division upon Atoh7 and Ptf1a knockdown, generating two PRpr (cyan dots). Dashed line indicates the apical side. atoh7:GFP-CAAX (Atoh7, grey). Scale bar 10 µm. Montage of neurogenic progenitor division upon Atoh7 and Ptf1a knockdown, generating a BC (blue dot) and a PRpr (cyan dot). Dashed line labels the apical side, yellow arrow points at BC apical process, white arrows point at BC basal process. atoh7:GFP-CAAX (Atoh7, grey). Scale bar 10 µm."}
{"words": ["Distribution", "of", "each", "Atoh7", "+", "division", "in", "time", "(", "Event", "plots", ")", "from", "28", "hpf", "in", "Atoh7", "morphants", ",", "Ptf1a", "morphants", "and", "double", "Atoh7", "/", "Ptf1a", "morphants", ".", "Coloured", "violin", "plots", "indicate", "different", "fates", ",", "grey", "violin", "plots", "show", "all", "neurogenic", "divisions", "analysed", ".", "Time", "in", "hpf", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of each Atoh7+ division in time (Event plots) from 28 hpf in Atoh7 morphants, Ptf1a morphants and double Atoh7/Ptf1a morphants. Coloured violin plots indicate different fates, grey violin plots show all neurogenic divisions analysed. Time in hpf."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "Irgm1", "-", "/", "-", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "and", "Irgm3", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "/", "genotype", ")", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Serum", "was", "collected", "4", "hours", "post", "injection", "(", "hpi", ")", "and", "concentration", "of", "various", "cytokines", "determined", "via", "a", "preconfigured", "Luminex", "multiplex", "panel", ".", "Relative", "concentration", "(", "fold", "change", "relative", "mean", "of", "WT", ")", "is", "shown", "for", "the", "indicated", "cytokines", "(", "absolute", "cytokine", "concentrations", "of", "same", "experiment", "are", "shown", "in", "Fig", "EV1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT, Irgm1-/-, Irgm2-/- and Irgm3-/- mice (n = 4 mice/genotype) were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum was collected 4 hours post injection (hpi) and concentration of various cytokines determined via a preconfigured Luminex multiplex panel. Relative concentration (fold change relative mean of WT) is shown for the indicated cytokines (absolute cytokine concentrations of same experiment are shown in Fig EV1)."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Irgm1", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Serum", "was", "collected", "4", "hpi", "and", "concentration", "of", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", ",", "and", "TNFα", "was", "measured", "via", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT (n = 9), Irgm1-/- (n = 7), Irgm2-/- (n = 9) and Casp1-/-Casp11-/- (n = 7) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum was collected 4 hpi and concentration of IL-1β, IL-18, and TNFα was measured via ELISA."}
{"words": ["(", "A", ")", "qPCR", "measurement", "of", "IL", "-", "1β", ",", "and", "TNF", "-", "α", "mRNA", "levels", "in", "WT", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMMs", "following", "8", "-", "hour", "stimulation", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) qPCR measurement of IL-1β, and TNF-α mRNA levels in WT and Irgm2-/- BMMs following 8-hour stimulation with LPS (1 µg/ml)."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "and", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "for", "24", "hours", "with", "LPS", "at", "indicated", "doses", "and", "supernatant", "TNFα", ",", "IL", "-", "1β", ",", "and", "IL", "-", "18", "was", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT, Irgm2-/- and Casp1-/-Casp11-/- BMMs were treated for 24 hours with LPS at indicated doses and supernatant TNFα, IL-1β, and IL-18 was measured by ELISA."}
{"words": ["(", "C", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", ",", "Pam3CSK4", ",", "poly", "(", "I", ":", "C", ")", "or", "a", "combination", "of", "Pam3CSK4", "and", "poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "1", "µg", "/", "ml", "for", "all", "treatments", ")", "for", "24", "hours", "and", "cell", "supernatant", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "concentrations", "were", "assessed", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) IFNγ-primed WT and Irgm2-/- BMMs were treated with LPS, Pam3CSK4, poly(I:C) or a combination of Pam3CSK4 and poly(I:C) (1 µg/ml for all treatments) for 24 hours and cell supernatant IL-1β and IL-18 concentrations were assessed by ELISA."}
{"words": ["(", "D", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "and", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hours", "post", "treatment", "(", "hpt", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) WT, Irgm2-/-, Casp1-/-Casp11-/- and Irgm2-/-Casp1-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) and IL-1β, IL-18, and LDH release were assessed at 24 hours post treatment (hpt)."}
{"words": ["(", "E", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "5", "µg", "/", "ml", ")", "for", "4", "hours", "and", "subsequently", "stained", "with", "anti", "-", "ASC", "antibody", "and", "Hoechst", "stain", "(", "DNA", "/", "nuclei", ")", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "with", "white", "arrows", "pointing", "at", "ASC", "specks", ".", "Number", "of", "ASC", "specks", "per", "nuclei", "was", "quantified", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp1-/-Casp11-/- and Irgm2-/-Casp1-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (5 µg/ml) for 4 hours and subsequently stained with anti-ASC antibody and Hoechst stain (DNA/nuclei). Representative images are shown with white arrows pointing at ASC specks. Number of ASC specks per nuclei was quantified. Scale bars: 20 µm."}
{"words": ["(", "F", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp1", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "24", "h", "and", "cell", "lysates", "and", "supernatants", "collected", ".", "Protein", "levels", "in", "cell", "lysates", "(", "caspase", "-", "1", ",", "and", "actin", ")", "and", "supernatants", "(", "caspase", "-", "1", "p20", ")", "were", "visualized", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp1-/-Casp11-/- and Irgm2-/-Casp1-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) for 24 h and cell lysates and supernatants collected. Protein levels in cell lysates (caspase-1, and actin) and supernatants (caspase-1 p20) were visualized via immunoblotting."}
{"words": ["(", "A", ")", "IFNγ", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "5", "µg", "/", "ml", ")", "for", "4", "h", ".", "Following", "treatment", ",", "cells", "were", "stained", "with", "anti", "-", "ASC", "antibody", "and", "Hoechst", "(", "DNA", "/", "nuclei", ")", ".", "Representative", "images", "of", "ASC", "specks", "(", "white", "arrows", "point", "at", "specks", ")", "are", "shown", "and", "number", "of", "ASC", "specks", "per", "nuclei", "quantified", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) IFNγ primed WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with LPS (5 µg/ml) for 4 h. Following treatment, cells were stained with anti-ASC antibody and Hoechst (DNA/nuclei). Representative images of ASC specks (white arrows point at specks) are shown and number of ASC specks per nuclei quantified. Scale bars: 20 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", ".", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hours", "-", "post", "treatment", "(", "hpt", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml). IL-1β, IL-18, and LDH release were assessed at 24 hours-post treatment (hpt)."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "at", "indicated", "MOIs", "and", "cell", "viability", "assessed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", ".", "Cell", "death", "was", "calculated", "as", "a", "function", "of", "relative", "viability", "to", "uninfected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were infected with E. coli K-12 at indicated MOIs and cell viability assessed via CellTiter-Glo. Cell death was calculated as a function of relative viability to uninfected cells. "}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "at", "indicated", "MOIs", "and", "cell", "viability", "assessed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", ".", "Cell", "death", "was", "calculated", "as", "a", "function", "of", "relative", "viability", "to", "uninfected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were infected with E. coli K-12 at indicated MOIs and cell viability assessed via CellTiter-Glo. Cell death was calculated as a function of relative viability to uninfected cells."}
{"words": ["(", "D", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "(", "MOI", "25", ")", "and", "24", "hpi", "supernatant", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "levels", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were infected with E. coli K-12 (MOI 25) and 24 hpi supernatant IL-1β and IL-18 levels were measured by ELISA. "}
{"words": ["(", "D", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "(", "MOI", "25", ")", "and", "24", "hpi", "supernatant", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "levels", "were", "measured", "by", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were infected with E. coli K-12 (MOI 25) and 24 hpi supernatant IL-1β and IL-18 levels were measured by ELISA."}
{"words": ["(", "E", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "OMVs", "at", "indicated", "concentrations", "for", "24", "h", ".", "Cell", "viability", "was", "assessed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", "and", "cell", "death", "was", "calculated", "as", "a", "function", "of", "relative", "viability", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with OMVs at indicated concentrations for 24 h. Cell viability was assessed via CellTiter-Glo and cell death was calculated as a function of relative viability to untreated cells. "}
{"words": ["(", "E", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "OMVs", "at", "indicated", "concentrations", "for", "24", "h", ".", "Cell", "viability", "was", "assessed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", "and", "cell", "death", "was", "calculated", "as", "a", "function", "of", "relative", "viability", "to", "untreated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with OMVs at indicated concentrations for 24 h. Cell viability was assessed via CellTiter-Glo and cell death was calculated as a function of relative viability to untreated cells."}
{"words": ["(", "F", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "OMVs", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "and", "24", "hpt", "cell", "supernatant", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "levels", "were", "measured", "via", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with OMVs (1 µg/ml) and 24 hpt cell supernatant IL-1β and IL-18 levels were measured via ELISA. "}
{"words": ["(", "F", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "OMVs", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "and", "24", "hpt", "cell", "supernatant", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "levels", "were", "measured", "via", "ELISA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were treated with OMVs (1 µg/ml) and 24 hpt cell supernatant IL-1β and IL-18 levels were measured via ELISA."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "stimulated", "overnight", "with", "IFNγ", "or", "left", "untreated", "and", "cell", "lysates", "were", "collected", ".", "Lysates", "were", "assessed", "for", "Casp11", ",", "Gbp2", ",", "and", "actin", "protein", "levels", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) WT, and Irgm2-/- BMMs were stimulated overnight with IFNγ or left untreated and cell lysates were collected. Lysates were assessed for Casp11, Gbp2, and actin protein levels via immunoblotting. "}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "stimulated", "overnight", "with", "IFNγ", "or", "left", "untreated", "and", "cell", "lysates", "were", "collected", ".", "Lysates", "were", "assessed", "for", "Casp11", ",", "Gbp2", ",", "and", "actin", "protein", "levels", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT, and Irgm2-/- BMMs were stimulated overnight with IFNγ or left untreated and cell lysates were collected. Lysates were assessed for Casp11, Gbp2, and actin protein levels via immunoblotting."}
{"words": ["(", "B", ")", "IFNγ", "-", "primed", "and", "unprimed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Aim2", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "Francisella", "novicida", "(", "MOI", "10", ")", "and", "LDH", "release", "measured", "at", "4", "hpi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) IFNγ-primed and unprimed WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Aim2-/- BMMs were infected with Francisella novicida (MOI 10) and LDH release measured at 4 hpi. "}
{"words": ["(", "B", ")", "IFNγ", "-", "primed", "and", "unprimed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Aim2", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "infected", "with", "Francisella", "novicida", "(", "MOI", "10", ")", "and", "LDH", "release", "measured", "at", "4", "hpi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) IFNγ-primed and unprimed WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Aim2-/- BMMs were infected with Francisella novicida (MOI 10) and LDH release measured at 4 hpi."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", ".", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Irgm2-/- Gbpchr3-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml). IL-1β, IL-18, and LDH release were assessed at 24 hpt. "}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", ".", "IL", "-", "1β", ",", "IL", "-", "18", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Irgm2-/- Gbpchr3-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml). IL-1β, IL-18, and LDH release were assessed at 24 hpt."}
{"words": ["(", "D", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "24", "hours", "and", "cell", "lysates", "and", "supernatants", "collected", ".", "Protein", "levels", "in", "cell", "lysates", "(", "Caspase", "-", "1", ",", "and", "actin", ")", "and", "supernatants", "(", "Caspase", "-", "1", "p20", ")", "were", "visualized", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Irgm2-/- Gbpchr3-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) for 24 hours and cell lysates and supernatants collected. Protein levels in cell lysates (Caspase-1, and actin) and supernatants (Caspase-1 p20) were visualized via immunoblotting. "}
{"words": ["(", "D", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Gbpchr3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "24", "hours", "and", "cell", "lysates", "and", "supernatants", "collected", ".", "Protein", "levels", "in", "cell", "lysates", "(", "Caspase", "-", "1", ",", "and", "actin", ")", "and", "supernatants", "(", "Caspase", "-", "1", "p20", ")", "were", "visualized", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Gbpchr3-/- and Irgm2-/- Gbpchr3-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) for 24 hours and cell lysates and supernatants collected. Protein levels in cell lysates (Caspase-1, and actin) and supernatants (Caspase-1 p20) were visualized via immunoblotting."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "and", "Nlrp3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "3", "h", "followed", "by", "nigericin", "for", "1", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) WT, Irgm2-/-, and Nlrp3-/- BMMs were treated with LPS (0.1 µg/ml) for 3 h followed by nigericin for 1 h and IL-1β/LDH release was measured. "}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "and", "Nlrp3", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "3", "h", "followed", "by", "nigericin", "for", "1", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT, Irgm2-/-, and Nlrp3-/- BMMs were treated with LPS (0.1 µg/ml) for 3 h followed by nigericin for 1 h and IL-1β/LDH release was measured."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "3", "h", "followed", "by", "nigericin", "and", "/", "or", "MCC950", "for", "1", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (0.1 µg/ml) for 3 h followed by nigericin and/or MCC950 for 1 h and IL-1β/LDH release was measured. "}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "0", ".", "1", "µg", "/", "ml", ")", "for", "3", "h", "followed", "by", "nigericin", "and", "/", "or", "MCC950", "for", "1", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (0.1 µg/ml) for 3 h followed by nigericin and/or MCC950 for 1 h and IL-1β/LDH release was measured."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "and", "/", "or", "MCC950", "for", "24", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) and/or MCC950 for 24 h and IL-1β/LDH release was measured. "}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "and", "/", "or", "MCC950", "for", "24", "h", "and", "IL", "-", "1β", "/", "LDH", "release", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/-Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) and/or MCC950 for 24 h and IL-1β/LDH release was measured."}
{"words": ["(", "D", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "transfected", "with", "LPS", "using", "lipofectamine", "LTX", "and", "LDH", "release", "was", "measured", "at", "2", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were transfected with LPS using lipofectamine LTX and LDH release was measured at 2 hpt. "}
{"words": ["(", "D", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "transfected", "with", "LPS", "using", "lipofectamine", "LTX", "and", "LDH", "release", "was", "measured", "at", "2", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were transfected with LPS using lipofectamine LTX and LDH release was measured at 2 hpt."}
{"words": ["(", "E", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "co", "-", "treated", "with", "LPS", "(", "indicated", "doses", ")", "and", "Listeria", "monocytogenes", "(", "MOI", "10", ")", "and", "LDH", "release", "measured", "at", "4", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were co-treated with LPS (indicated doses) and Listeria monocytogenes (MOI 10) and LDH release measured at 4 hpt. "}
{"words": ["(", "E", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "co", "-", "treated", "with", "LPS", "(", "indicated", "doses", ")", "and", "Listeria", "monocytogenes", "(", "MOI", "10", ")", "and", "LDH", "release", "measured", "at", "4", "hpt", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Irgm2-/- Casp11-/- BMMs were co-treated with LPS (indicated doses) and Listeria monocytogenes (MOI 10) and LDH release measured at 4 hpt."}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "8", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Morbidity", "and", "mortality", "were", "observed", "for", "48", "h", "at", "3", "hour", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) WT (n = 9), Irgm2-/- (n = 10), Casp11-/- (n = 7) and Irgm2-/-Casp11-/- (n = 8) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Morbidity and mortality were observed for 48 h at 3 hour intervals. "}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "10", ")", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "8", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Morbidity", "and", "mortality", "were", "observed", "for", "48", "h", "at", "3", "hour", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT (n = 9), Irgm2-/- (n = 10), Casp11-/- (n = 7) and Irgm2-/-Casp11-/- (n = 8) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Morbidity and mortality were observed for 48 h at 3 hour intervals."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Serum", "was", "collected", "4", "hpi", "and", "concentration", "of", "IL", "-", "1β", ",", "and", "IL", "-", "18", "was", "measured", "by", "ELISA", ".", "Data", "shown", "are", "from", "2", "pooled", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) WT (n = 9), Irgm2-/- (n = 8), Casp11-/- (n = 7) and Irgm2-/-Casp11-/- (n = 10) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum was collected 4 hpi and concentration of IL-1β, and IL-18 was measured by ELISA. Data shown are from 2 pooled experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "8", ")", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "7", ")", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "Casp11", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "10", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT (n = 9), Irgm2-/- (n = 8), Casp11-/- (n = 7) and Irgm2-/-Casp11-/- (n = 10) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum"}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "panIrgm", "-", "/", "-", ",", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "or", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "(", "MOI", "25", ")", "and", "IL", "-", "1β", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hpt", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "(", "B", ")", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "panIrgm", "-", "/", "-", ",", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "or", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "(", "MOI", "25", ")", "and", "IL", "-", "1β", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "8", "hpt", "/", "hpi", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) WT, Irgm2-/-, Irgm3-/-, Irgm2-/-Irgm3-/-, panIrgm-/-, and Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) or infected with E. coli K-12 (MOI 25) and IL-1β, and LDH release were assessed at 24 hpt (n = 3 independent experiments). (B) IFNγ-primed WT, Irgm2-/-, Irgm3-/-, Irgm2-/-Irgm3-/-, panIrgm-/-, and Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) or infected with E. coli K-12 (MOI 25) and IL-1β, and LDH release were assessed at 8 hpt/ hpi (n = 3 independent experiments). "}
{"words": ["(", "A", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "Irgm3", "-", "/", "-", ",", "panIrgm", "-", "/", "-", ",", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMMs", "were", "treated", "with", "LPS", "(", "1", "µg", "/", "ml", ")", "or", "infected", "with", "E", ".", "coli", "K", "-", "12", "(", "MOI", "25", ")", "and", "IL", "-", "1β", ",", "and", "LDH", "release", "were", "assessed", "at", "24", "hpt", "(", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) WT, Irgm2-/-, Irgm3-/-, Irgm2-/-Irgm3-/-, panIrgm-/-, and Casp11-/- BMMs were treated with LPS (1 µg/ml) or infected with E. coli K-12 (MOI 25) and IL-1β, and LDH release were assessed at 24 hpt (n = 3 independent experiments)."}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", "(", "n", "=", "15", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "and", "panIrgm", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "13", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Serum", "was", "collected", "4", "hpi", "and", "concentration", "of", "IL", "-", "1β", "and", "TNFα", "was", "measured", "via", "ELISA", ".", "Data", "shown", "are", "from", "3", "pooled", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) WT (n = 15), Irgm2-/- (n = 12), and panIrgm-/- (n = 13) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum was collected 4 hpi and concentration of IL-1β and TNFα was measured via ELISA. Data shown are from 3 pooled experiments. "}
{"words": ["(", "C", ")", "WT", "(", "n", "=", "15", ")", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "and", "panIrgm", "-", "/", "-", "(", "n", "=", "13", ")", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", ")", ".", "Serum", "was", "collected", "4", "hpi", "and", "concentration", "of", "IL", "-", "1β", "and", "TNFα", "was", "measured", "via", "ELISA", ".", "Data", "shown", "are", "from", "3", "pooled", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) WT (n = 15), Irgm2-/- (n = 12), and panIrgm-/- (n = 13) mice were injected i.p. with LPS (8 mg/kg). Serum was collected 4 hpi and concentration of IL-1β and TNFα was measured via ELISA. Data shown are from 3 pooled experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "panIrgm", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "8", "mice", "/", "genotype", ")", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", "body", "weight", ")", ".", "Morbidity", "and", "mortality", "were", "observed", "for", "48", "h", "at", "3", "-", "h", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) WT, Irgm2-/-, panIrgm-/- and Casp11-/- mice (n = 8 mice/genotype) were injected i.p. with LPS (8 mg/kg body weight). Morbidity and mortality were observed for 48 h at 3-h intervals. "}
{"words": ["(", "D", ")", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "panIrgm", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "8", "mice", "/", "genotype", ")", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "LPS", "(", "8", "mg", "/", "kg", "body", "weight", ")", ".", "Morbidity", "and", "mortality", "were", "observed", "for", "48", "h", "at", "3", "-", "h", "intervals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) WT, Irgm2-/-, panIrgm-/- and Casp11-/- mice (n = 8 mice/genotype) were injected i.p. with LPS (8 mg/kg body weight). Morbidity and mortality were observed for 48 h at 3-h intervals."}
{"words": ["(", "B", ")", "Hoechst", "(", "DNA", ")", "staining", "and", "IF", "for", "Tbr2", "to", "calculate", "the", "thickness", "(", "white", "bars", ")", "of", "the", "VZ", ",", "SVZ", "and", "intermediate", "zone", "+", "cortical", "plate", "(", "IZ", "+", "CP", ")", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortex", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "VZ", ",", "SVZ", "and", "IZ", "+", "CP", "thickness", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortex", ".", "Each", "zone", "is", "represented", "as", "percentage", "of", "total", "thickness", "(", "measured", "in", "µm", ")", "of", "the", "neocortex", ".", "Columns", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "embryos", ",", "4", "litters", ")", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Hoechst (DNA) staining and IF for Tbr2 to calculate the thickness (white bars) of the VZ, SVZ and intermediate zone + cortical plate (IZ+CP) in control and DKO E13.5 neocortex. Scale bar 20 μm. (C) Quantification of VZ, SVZ and IZ+CP thickness in control and DKO E13.5 neocortex. Each zone is represented as percentage of total thickness (measured in µm) of the neocortex. Columns are means ± SEM (n=6 embryos, 4 litters). ( "}
{"words": ["(", "D", ")", "IF", "for", "Pax6", "and", "Tbr2", "(", "not", "shown", ")", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortex", ".", "White", "bars", "indicate", "thickness", "of", "Pax6", "+", "zone", "(", "i", ".", "e", ".", "VZ", ")", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "APs", "(", "Pax6", "+", "Tbr2", "-", ")", "from", "(", "D", ")", ".", "Pax6", "+", "Tbr2", "+", "cells", "were", "excluded", "from", "final", "counts", ".", "AP", "numbers", "are", "expressed", "as", "percentage", "of", "total", "cell", "number", "(", "sum", "of", "D", ",", "F", "and", "H", ")", ".", "Columns", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ")", ".", "(", "F", ")", "IF", "for", "Tbr2", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortex", ".", "White", "bars", "indicate", "thickness", "of", "Tbr2", "+", "zone", "(", "i", ".", "e", ".", "SVZ", ")", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "BPs", "from", "(", "F", ")", ".", "Columns", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "6", "embryos", ",", "3", "litters", ")", ".", "(", "H", ")", "IF", "for", "Tbr1", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortex", ".", "White", "bars", "indicate", "thickness", "of", "Tbr1", "+", "zone", "(", "i", ".", "e", ".", "mostly", "CP", ")", ".", "Scale", "bar", "15", "μm", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "the", "number", "of", "deep", "-", "layer", "post", "-", "mitotic", "neurons", "from", "(", "H", ")", ".", "Columns", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) IF for Pax6 and Tbr2 (not shown) in control and DKO E13.5 neocortex. White bars indicate thickness of Pax6+ zone (i.e. VZ). Scale bar 20 μm. (E) Quantification of the number of APs (Pax6+Tbr2-) from (D). Pax6+Tbr2+ cells were excluded from final counts. AP numbers are expressed as percentage of total cell number (sum of D, F and H). Columns are means ± SEM (n=4 embryos, 3 litters). (F) IF for Tbr2 in control and DKO E13.5 neocortex. White bars indicate thickness of Tbr2+ zone (i.e. SVZ). Scale bar 20 μm. (G) Quantification of the number of BPs from (F). Columns are means ± SEM (n=6 embryos, 3 litters). (H) IF for Tbr1 in control and DKO E13.5 neocortex. White bars indicate thickness of Tbr1+ zone (i.e. mostly CP). Scale bar 15 μm. (I) Quantification the number of deep-layer post-mitotic neurons from (H). Columns are means ± SEM (n=3 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "J", ")", "IF", "for", "Ccny", "(", "a", ")", ",", "Ccnyl1", "(", "b", ")", "and", "LRP6", "(", "c", ")", "(", "low", "-", "density", "lipoprotein", "receptor", "-", "related", "protein", "6", ")", "phosphorylated", "at", "T1479", "(", "pLRP6", ")", "in", "the", "neocortex", "of", "E13", ".", "5", "control", "embryos", ".", "White", "arrowheads", "in", "(", "a", ",", "b", ")", "indicate", "apical", "membrane", "/", "cortex", ",", "shown", "at", "higher", "magnification", "in", "the", "insets", ".", "High", "levels", "of", "LRP6", "phosphorylation", "are", "detected", "in", "mitotic", "APs", "(", "c", ",", "white", "arrowheads", ")", ".", "Scale", "bar", "50", "μm", ".", "(", "K", ")", "IF", "for", "Ccny", "(", "a", ")", ",", "Ccnyl1", "(", "b", ")", "and", "pLRP6", "(", "c", ")", ",", "each", "together", "with", "IF", "for", "Tbr2", ",", "in", "the", "neocortex", "of", "E12", ".", "5", "control", "embryos", ".", "White", "arrowheads", "in", "the", "insets", "of", "(", "a", ",", "b", ")", "depict", "Ccny", "/", "l1", "puncta", "in", "Tbr2", "+", "BPs", ".", "High", "levels", "of", "LRP6", "phosphorylation", "are", "detected", "in", "mitotic", "BPs", "(", "c", ",", "inset", ",", "white", "arrowhead", ")", ".", "DNA", "staining", "for", "mitotic", "pLRP6", "+", "BP", "shown", "in", "bottom", "right", "inset", "(", "c", ",", "green", "arrowhead", ")", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) IF for Ccny (a), Ccnyl1 (b) and LRP6 (c) (low-density lipoprotein receptor-related protein 6) phosphorylated at T1479 (pLRP6) in the neocortex of E13.5 control embryos. White arrowheads in (a,b) indicate apical membrane / cortex, shown at higher magnification in the insets. High levels of LRP6 phosphorylation are detected in mitotic APs (c, white arrowheads). Scale bar 50 μm. (K) IF for Ccny(a), Ccnyl1(b) and pLRP6(c), each together with IF for Tbr2, in the neocortex of E12.5 control embryos. White arrowheads in the insets of (a, b) depict Ccny/l1 puncta in Tbr2+ BPs. High levels of LRP6 phosphorylation are detected in mitotic BPs (c, inset, white arrowhead). DNA staining for mitotic pLRP6+ BP shown in bottom right inset (c, green arrowhead). Scale bar 20 μm."}
{"words": ["(", "L", ")", "IF", "for", "pLRP6", "(", "T1479", ")", "in", "the", "neocortex", "of", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "White", "arrowheads", "depict", "mitotic", "APs", "and", "purple", "arrowheads", "depict", "mitotic", "BPs", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "M", ")", "Quantification", "of", "relative", "pLRP6", "staining", "intensity", "in", "mitotic", "APs", "and", "BPs", "from", "(", "L", ")", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", "and", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) IF for pLRP6 (T1479) in the neocortex of E13.5 control and DKO embryos. White arrowheads depict mitotic APs and purple arrowheads depict mitotic BPs. Scale bar 20 μm. (M) Quantification of relative pLRP6 staining intensity in mitotic APs and BPs from (L). Data are expressed as fold change vs. controls and are means ± SEM (n=3 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "O", ")", "Expression", "analysis", "of", "the", "β", "-", "catenin", "target", "gene", "Axin2", "by", "RNAScope", "in", "situ", "hybridization", "on", "neocortex", "sections", "from", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "P", ")", "Quantification", "of", "(", "O", ")", ".", "Axin2", "+", "area", "was", "calculated", "and", "normalized", "to", "total", "neocortex", "area", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", "and", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O) Expression analysis of the β-catenin target gene Axin2 by RNAScope in situ hybridization on neocortex sections from E13.5 control and DKO embryos. Scale bar 20 μm. (P) Quantification of (O). Axin2+ area was calculated and normalized to total neocortex area. Data are expressed as fold change vs. controls and are means ± SEM (n=4 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Triple", "-", "IF", "for", "BrdU", ",", "Pax6", "and", "Tbr2", "(", "not", "shown", ")", "in", "E12", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "BrdU", "was", "injected", "into", "pregnant", "dams", "one", "hour", "before", "sacrifice", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "the", "proportion", "of", "Pax6", "+", "Tbr2", "-", "cells", "that", "are", "BrdU", "+", ",", "in", "control", "and", "DKO", "neocortices", "at", "E11", ".", "5", ",", "E12", ".", "5", "and", "E13", ".", "5", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", ",", "with", "the", "control", "values", "set", "to", "1", ".", "0", ",", "and", "are", "means", "±", "SEM", "(", "E11", ".", "5", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ";", "E12", ".", "5", "n", "=", "5", "embryos", ",", "5", "litters", "and", "E13", ".", "5", "n", "=", "5", "embryos", ",", "4", "litters", ")", ".", "(", "C", ")", "Average", "percentage", "of", "APs", "(", "Pax6", "+", "Tbr2", "-", ")", "(", "from", "B", ")", "that", "are", "BrdU", "+", ",", "in", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", ".", "(", "D", ")", "Co", "-", "IF", "for", "Tbr2", "and", "BrdU", "(", "double", "positive", "cells", "depicted", "by", "white", "arrowheads", ")", "in", "E12", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "BrdU", "was", "injected", "into", "pregnant", "dams", "one", "hour", "before", "sacrifice", ".", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "proportion", "of", "Tbr2", "+", "cells", "that", "are", "BrdU", "+", ",", "in", "control", "and", "DKO", "neocortices", "at", "E11", ".", "5", ",", "E12", ".", "5", "and", "E13", ".", "5", ".", "Data", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "vs", "controls", ",", "with", "the", "control", "values", "set", "to", "1", ".", "0", ",", "and", "are", "means", "±", "SEM", "(", "E11", ".", "5", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ";", "E12", ".", "5", "n", "=", "5", "embryos", ",", "5", "litters", "and", "E13", ".", "5", "n", "=", "5", "embryos", ",", "4", "litters", ")", ".", "(", "F", ")", "Average", "percentage", "of", "BPs", "(", "Tbr2", "+", ")", "(", "from", "E", ")", "that", "are", "BrdU", "+", ",", "in", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Triple-IF for BrdU, Pax6 and Tbr2 (not shown) in E12.5 control and DKO neocortices. BrdU was injected into pregnant dams one hour before sacrifice. (B) Quantification of the proportion of Pax6+Tbr2- cells that are BrdU+, in control and DKO neocortices at E11.5, E12.5 and E13.5. Data are expressed as fold change vs. controls, with the control values set to 1.0, and are means ± SEM (E11.5 n=4 embryos, 3 litters; E12.5 n=5 embryos, 5 litters and E13.5 n=5 embryos, 4 litters). (C) Average percentage of APs (Pax6+Tbr2-) (from B) that are BrdU+, in E13.5 control and DKO neocortices. Data are means ± SEM. (D) Co-IF for Tbr2 and BrdU (double positive cells depicted by white arrowheads) in E12.5 control and DKO neocortices. BrdU was injected into pregnant dams one hour before sacrifice. (E) Quantification of the proportion of Tbr2+ cells that are BrdU+, in control and DKO neocortices at E11.5, E12.5 and E13.5. Data are expressed as fold change vs controls, with the control values set to 1.0, and are means ± SEM (E11.5 n=4 embryos, 3 litters; E12.5 n=5 embryos, 5 litters and E13.5 n=5 embryos, 4 litters). (F) Average percentage of BPs (Tbr2+) (from E) that are BrdU+, in E13.5 control and DKO neocortices. Data are means ± SEM."}
{"words": ["(", "K", ")", "Co", "-", "IF", "for", "the", "proliferation", "marker", "Ki67", ",", "the", "mitotic", "marker", "phospho", "-", "histone", "H3", "(", "pHH3", ")", ",", "and", "Tbr2", "to", "identify", "mitotic", "APs", "(", "division", "at", "apical", "surface", ")", "and", "BPs", "(", "division", "in", "basal", "VZ", "or", "SVZ", ")", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortices", ".", "Arrowheads", "depict", "pHH3", "+", "Tbr2", "+", "cells", ".", "(", "L", ")", "Average", "percentage", "of", "Ki67", "+", "APs", "and", "BPs", "that", "are", "pHH3", "+", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortices", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Co-IF for the proliferation marker Ki67, the mitotic marker phospho-histone H3 (pHH3), and Tbr2 to identify mitotic APs (division at apical surface) and BPs (division in basal VZ or SVZ) in control and DKO E13.5 neocortices. Arrowheads depict pHH3+Tbr2+ cells. (L) Average percentage of Ki67+ APs and BPs that are pHH3+ in control and DKO E13.5 neocortices. Data are means ± SEM (n=4 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "N", ")", "IF", "for", "cleaved", "caspase", "3", "(", "Casp3", ")", "to", "identify", "apoptotic", "cells", "in", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "(", "O", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "cells", "in", "control", "and", "DKO", "neocortices", "at", "E11", ".", "5", ",", "E12", ".", "5", "and", "E13", ".", "5", ".", "Data", "are", "represented", "as", "number", "of", "Casp3", "+", "cells", "per", "5000", "cells", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "E11", ".", "5", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ";", "E12", ".", "5", "n", "=", "3", "embryos", ",", "3", "litters", ",", "and", "E13", ".", "5", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) IF for cleaved caspase 3 (Casp3) to identify apoptotic cells in E13.5 control and DKO neocortices. (O) Quantification of apoptotic cells in control and DKO neocortices at E11.5, E12.5 and E13.5. Data are represented as number of Casp3+ cells per 5000 cells. Data are means ± SEM (E11.5 n=4 embryos, 3 litters; E12.5 n=3 embryos, 3 litters, and E13.5 n=4 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "C", ")", "IF", "for", "alpha", "-", "tubulin", "to", "visualize", "mitotic", "spindle", "and", "astral", "microtubules", "in", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "Central", "and", "apical", "-", "basal", "astral", "microtubules", "denoted", "by", "white", "and", "purple", "arrows", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", "2", "μm", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "apical", "-", "basal", ",", "central", "and", "total", "(", "sum", ")", "number", "of", "astral", "microtubules", "in", "mitotic", "APs", "of", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortices", ".", "Data", "are", "means", "of", "microtubules", "per", "cell", "±", "SEM", "(", "at", "least", "10", "cells", "counted", "per", "embryo", ")", "(", "n", "=", "3", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) IF for alpha-tubulin to visualize mitotic spindle and astral microtubules in E13.5 control and DKO neocortices. Central and apical-basal astral microtubules denoted by white and purple arrows, respectively. Scale bar 2 μm. (D) Quantification of apical-basal, central and total (sum) number of astral microtubules in mitotic APs of control and DKO E13.5 neocortices. Data are means of microtubules per cell ± SEM (at least 10 cells counted per embryo)(n=3 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "In", "utero", "electroporation", "(", "IUE", ")", "of", "plasmids", "expressing", "GFP", "plus", "shControl", "(", "Co", ")", "or", "shCcny", "/", "l1", "into", "the", "lateral", "ventricles", "of", "E13", ".", "5", "wildtype", "embryos", ",", "followed", "by", "analysis", "at", "E15", ".", "5", "or", "E17", ".", "5", ".", "(", "E", ")", "IF", "for", "GFP", "and", "Tbr2", "in", "the", "E15", ".", "5", "neocortex", ".", "(", "F", ")", "IF", "for", "GFP", "and", "the", "deep", "-", "layer", "neuron", "marker", "CTIP2", "in", "the", "E17", ".", "5", "neocortex", ".", "(", "E", ",", "F", ")", "White", "arrowheads", "denote", "double", "-", "positive", "cells", ".", "Insets", "of", "magnified", "cells", "(", "indicated", "by", "blue", "arrowheads", ")", "depict", "representative", "GFP", "+", "Tbr2", "(", "E", ")", "or", "GFP", "+", "Ctip2", "(", "F", ")", "co", "-", "staining", ".", "Scale", "bars", "20", "μm", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "GFP", "+", "cells", "that", "are", "Tbr2", "+", ",", "in", "control", "and", "shCcny", "/", "l1", "neocortices", "at", "E15", ".", "5", "upon", "IUE", "at", "E13", ".", "5", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "embryos", ")", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "GFP", "+", "cells", "that", "are", "Ctip2", "+", ",", "in", "control", "and", "shCcny", "/", "l1", "neocortices", "at", "E17", ".", "5", "upon", "IUE", "at", "E13", ".", "5", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "4", "embryos", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) In utero electroporation (IUE) of plasmids expressing GFP plus shControl (Co) or shCcny/l1 into the lateral ventricles of E13.5 wildtype embryos, followed by analysis at E15.5 or E17.5. (E) IF for GFP and Tbr2 in the E15.5 neocortex. (F) IF for GFP and the deep- layer neuron marker CTIP2 in the E17.5 neocortex. (E, F) White arrowheads denote double-positive cells. Insets of magnified cells (indicated by blue arrowheads) depict representative GFP + Tbr2 (E) or GFP + Ctip2 (F) co-staining. Scale bars 20 μm. (G) Quantification of the percentage of GFP+ cells that are Tbr2+, in control and shCcny/l1 neocortices at E15.5 upon IUE at E13.5. Data are means ± SEM (n=3 embryos). (H) Quantification of the percentage of GFP+ cells that are Ctip2+, in control and shCcny/l1 neocortices at E17.5 upon IUE at E13.5. Data are means ± SEM (n=4 embryos)."}
{"words": ["(", "I", ")", "IF", "for", "βIII", "-", "tubulin", "(", "Tuj1", ")", "of", "control", "(", "Ccny", "+", "/", "-", ";", "Ccnyl1", "-", "/", "-", ";", "shRNA", "Co", ")", "and", "mutant", "(", "Ccny", "+", "/", "-", ";", "Ccnyl1", "-", "/", "-", ";", "shRNA", "Ccny", ")", "NPC", "monolayer", "cultures", "grown", "in", "differentiation", "medium", "for", "seven", "days", ".", "Insets", "depict", "neurons", "with", "representative", "neurite", "morphology", "for", "controls", "and", "mutants", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "Tuj1", "+", "cells", "from", "(", "I", ")", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "experiment", "performed", "twice", "in", "triplicates", ",", "representative", "experiment", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) IF for βIII-tubulin (Tuj1) of control (Ccny+/-; Ccnyl1-/-; shRNA Co) and mutant (Ccny+/-; Ccnyl1-/-; shRNA Ccny) NPC monolayer cultures grown in differentiation medium for seven days. Insets depict neurons with representative neurite morphology for controls and mutants. Scale bar 20 μm. (J) Quantification of the percentage of Tuj1+ cells from (I). Data are means ± SEM (experiment performed twice in triplicates, representative experiment shown)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Analysis", "of", "Flag", "-", "tagged", "Sox4", "wildtype", "(", "WT", ")", "protein", "overexpressed", "in", "HEK293T", "(", "293T", ")", "cells", "and", "detected", "with", "FLAG", "antibody", ".", "Lysates", "were", "treated", "with", "or", "without", "lambda", "-", "phosphatase", "(", "λ", "-", "Phos", ")", ".", "Antibody", "against", "phosphorylated", "β", "-", "catenin", "(", "pβCAT", ")", "was", "used", "to", "validate", "λ", "-", "Phos", "treatment", ".", "Purple", "arrowheads", "indicate", "Sox4", "phosho", "-", "shift", "from", "70kDa", "to", "65kDa", ".", "ERK", "blot", "shows", "similar", "loading", "of", "samples", ".", "(", "D", ")", "Analysis", "of", "Flag", "-", "tagged", "Sox11", "WT", "protein", "overexpressed", "in", "293T", "cells", "and", "detected", "with", "FLAG", "antibody", ".", "Lysates", "treated", "with", "or", "without", "λ", "-", "Phos", ".", "Upper", "smear", "(", "red", "arrowhead", ")", "represents", "phosphorylated", "Sox11", ".", "Antibody", "for", "pβCAT", "was", "used", "to", "validate", "λ", "-", "Phos", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "(C) Analysis of Flag-tagged Sox4 wildtype (WT) protein overexpressed in HEK293T (293T) cells and detected with FLAG antibody. Lysates were treated with or without lambda-phosphatase (λ-Phos). Antibody against phosphorylated β-catenin (pβCAT) was used to validate λ-Phos treatment. Purple arrowheads indicate Sox4 phosho-shift from 70kDa to 65kDa. ERK blot shows similar loading of samples. (D) Analysis of Flag-tagged Sox11 WT protein overexpressed in 293T cells and detected with FLAG antibody. Lysates treated with or without λ-Phos. Upper smear (red arrowhead) represents phosphorylated Sox11. Antibody for pβCAT was used to validate λ-Phos treatment."}
{"words": ["(", "G", ")", "Co", "-", "transfection", "of", "myc", "-", "tagged", "GSK3β", "and", "Flag", "-", "Sox4", "in", "293T", "cells", ".", "BIO", "treatment", "(", "0", ".", "5", "µM", ")", "performed", "for", "1", "hour", "prior", "to", "harvest", ".", "Lower", "band", "(", "65kDa", ")", "represents", "non", "-", "phosphorylated", "Sox4", ".", "High", "and", "low", "exposure", "(", "exp", ")", "blots", "shown", "to", "better", "visualize", "non", "-", "phosphorylated", "Sox4", ".", "Numbers", "above", "blot", "are", "quantification", "of", "Sox4", "protein", "levels", "normalized", "to", "GFP", "and", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", ".", "The", "sum", "of", "upper", "and", "lower", "bands", "was", "quantified", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Co-transfection of myc-tagged GSK3β and Flag-Sox4 in 293T cells. BIO treatment (0.5 µM) performed for 1 hour prior to harvest. Lower band (65kDa) represents non-phosphorylated Sox4. High and low exposure (exp) blots shown to better visualize non-phosphorylated Sox4. Numbers above blot are quantification of Sox4 protein levels normalized to GFP and are expressed as fold change vs. controls. The sum of upper and lower bands was quantified (n=8 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", ")", "IF", "for", "Sox4", "and", "pHH3", "on", "neocortex", "sections", "of", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "The", "level", "of", "Sox4", "immunoreactivity", "is", "reduced", "in", "pHH3", "+", "cells", "(", "white", "arrowheads", ")", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "Sox4", "staining", "in", "SVZ", "mitotic", "cells", "from", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "Mitotic", "Sox4", "staining", "was", "defined", "as", "high", "if", "the", "pixel", "intensity", "was", "similar", "to", ",", "or", "higher", "than", ",", "non", "-", "mitotic", "cells", ",", "or", "low", "if", "the", "levels", "were", "below", "those", "observed", "in", "non", "-", "mitotic", "cells", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "for", "ratios", "of", "cells", "with", "high", "vs", ".", "low", "Sox4", ",", "and", "are", "displayed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", "(", "n", "=", "4", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) IF for Sox4 and pHH3 on neocortex sections of E13.5 control and DKO embryos. The level of Sox4 immunoreactivity is reduced in pHH3+ cells (white arrowheads). (C) Quantification of Sox4 staining in SVZ mitotic cells from E13.5 control and DKO embryos. Mitotic Sox4 staining was defined as high if the pixel intensity was similar to, or higher than, non-mitotic cells, or low if the levels were below those observed in non-mitotic cells. Data are means ± SEM for ratios of cells with high vs. low Sox4, and are displayed as fold change vs. controls (n=4 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "H", ")", "IF", "for", "Sox11", "and", "pHH3", "in", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "neocortices", ".", "Sox11", "staining", "intensity", "is", "decreased", "in", "mitotic", "cells", "(", "white", "arrowheads", ",", "insets", ")", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "Sox11", "protein", "levels", "in", "SVZ", "mitotic", "cells", "from", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "Quantification", "performed", "as", "in", "(", "C", ")", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "for", "ratios", "of", "high", "vs", ".", "low", "Sox11", "and", "are", "displayed", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", "(", "n", "=", "5", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) IF for Sox11 and pHH3 in E13.5 control and DKO neocortices. Sox11 staining intensity is decreased in mitotic cells (white arrowheads, insets). (I) Quantification of Sox11 protein levels in SVZ mitotic cells from E13.5 control and DKO embryos. Quantification performed as in (C). Data are means ± SEM for ratios of high vs. low Sox11 and are displayed as fold change vs. controls (n=5 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "K", ")", "Co", "-", "IF", "for", "Sox11", "and", "Tbr2", "in", "sections", "of", "neocortex", "of", "E13", ".", "5", "control", "and", "DKO", "embryos", ".", "Sox11", "immunoreactivity", "is", "reduced", "in", "some", "Tbr2", "+", "cells", "(", "asterisks", ",", "insets", ")", ".", "(", "L", ")", "Quantification", "of", "percentage", "of", "Tbr2", "+", "cells", "that", "show", "with", "high", "Sox11", "staining", "intensity", ",", "in", "control", "and", "DKO", "E13", ".", "5", "neocortices", ".", "High", "or", "low", "staining", "intensity", "was", "judged", "based", "on", "visual", "inspection", ",", "taking", "background", "staining", "levels", "into", "account", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "and", "are", "shown", "as", "fold", "change", "vs", ".", "controls", "(", "n", "=", "5", "embryos", ",", "3", "litters", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Co-IF for Sox11 and Tbr2 in sections of neocortex of E13.5 control and DKO embryos. Sox11 immunoreactivity is reduced in some Tbr2+ cells (asterisks, insets). (L) Quantification of percentage of Tbr2+ cells that show with high Sox11 staining intensity, in control and DKO E13.5 neocortices. High or low staining intensity was judged based on visual inspection, taking background staining levels into account. Data are means ± SEM and are shown as fold change vs. controls (n=5 embryos, 3 litters)."}
{"words": ["(", "B", ")", "IF", "for", "Tuj1", "and", "Map2", "(", "not", "shown", ")", "to", "identify", "newly", "formed", "neurons", "in", "NPCs", "after", "seven", "-", "day", "culture", "in", "differentiation", "medium", ".", "Empty", "CAG", "-", "IRES", "-", "EGFP", "vector", "was", "used", "as", "control", "in", "cells", "not", "transduced", "with", "Sox4", "/", "11", ".", "Transduced", "cells", "were", "identified", "by", "IF", "for", "GFP", "(", "Co", "and", "DKO", ")", "or", "FLAG", "(", "Co", "+", "Sox4", "/", "11", "and", "DKO", "+", "Sox4", "/", "11", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "mature", "neurons", "and", "asterisks", "denote", "immature", "neurons", "lacking", "neurite", "extension", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "transduced", "Tuj1", "+", "cells", "from", "(", "B", ")", ".", "Note", "the", "decrease", "in", "neuron", "number", "in", "DKO", "cultures", "compared", "to", "control", ",", "and", "the", "rescue", "in", "DKO", "cultures", "upon", "Sox4", "/", "11", "expression", "(", "experiment", "performed", "twice", "in", "triplicates", ",", "representative", "experiment", "shown", ")", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) IF for Tuj1 and Map2 (not shown) to identify newly formed neurons in NPCs after seven-day culture in differentiation medium. Empty CAG-IRES-EGFP vector was used as control in cells not transduced with Sox4/11. Transduced cells were identified by IF for GFP (Co and DKO) or FLAG (Co + Sox4/11 and DKO + Sox4/11). Arrowheads indicate mature neurons and asterisks denote immature neurons lacking neurite extension. Scale bar 20 μm. (C) Quantification of transduced Tuj1+ cells from (B). Note the decrease in neuron number in DKO cultures compared to control, and the rescue in DKO cultures upon Sox4/11 expression (experiment performed twice in triplicates, representative experiment shown). Data are means ± SEM."}
{"words": ["(", "E", ")", "IF", "for", "Tuj1", "to", "identify", "newly", "formed", "neurons", "in", "NPCs", "after", "seven", "-", "day", "culture", "in", "differentiation", "medium", ".", "Arrowheads", "indicate", "mature", "neurons", "and", "asterisks", "denote", "immature", "neurons", "lacking", "neurite", "extension", ".", "Scale", "bar", "20", "μm", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "Tuj1", "+", "cells", "in", "control", ",", "control", "+", "CHIR", "(", "1", "µM", ",", "3", "µM", ")", ",", "DKO", ",", "and", "DKO", "+", "CHIR", "NPC", "cultures", ".", "Data", "are", "means", "±", "SEM", "(", "experiment", "performed", "twice", "in", "triplicates", ",", "representative", "experiment", "is", "shown", ")", ".", "Numbers", "below", "asterisks", "show", "fold", "change", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IF for Tuj1 to identify newly formed neurons in NPCs after seven-day culture in differentiation medium. Arrowheads indicate mature neurons and asterisks denote immature neurons lacking neurite extension. Scale bar 20 μm. (F) Quantification of Tuj1+ cells in control, control + CHIR (1 µM, 3 µM), DKO, and DKO + CHIR NPC cultures. Data are means ± SEM (experiment performed twice in triplicates, representative experiment is shown). Numbers below asterisks show fold change."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", "and", "C", ")", "Polyphenols", "TA", ",", "PGG", "and", "EGCG", "activate", "rhpR", "-", "lux", "in", "wild", "type", "but", "not", "rhpS", "deletion", "Psph", "strains", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "mock", "group", "and", "strains", "under", "the", "different", "test", "conditions", ".", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ",", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B and C) Polyphenols TA , PGG and EGCG activate rhpR-lux in wild type but not rhpS deletion Psph strains. Data information: , * indicate significant differences between mock group and strains under the different test conditions. (Student's t test. n.s., not significant, *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001). Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", "and", "F", ")", "Polyphenols", "repress", "T3SS", "induction", "in", "P", ".", "syringae", "in", "MM", ".", "Transcripts", "of", "the", "indicated", "genes", "in", "the", "presence", "of", "100", "-", "μM", "TA", "(", "D", ")", ",", "100", "-", "µM", "PGG", "(", "E", ")", "or", "2", "-", "mM", "EGCG", "(", "F", ")", "were", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "6", "hours", "after", "culturing", "in", "MM", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "mock", "group", "and", "strains", "under", "the", "different", "test", "conditions", ".", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "n", ".", "s", ".", ",", "not", "significant", ",", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E and F) Polyphenols repress T3SS induction in P. syringae in MM. Transcripts of the indicated genes in the presence of 100-μM TA (D), 100-µM PGG (E) or 2-mM EGCG (F) were determined by RT-qPCR 6 hours after culturing in MM. Data information: , * indicate significant differences between mock group and strains under the different test conditions. (Student's t test. n.s., not significant, *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001). Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", "and", "F", ")", "Polyphenols", "inhibit", "the", "phosphatase", "activity", "of", "RhpS", ".", "The", "GST", "-", "RhpR", "was", "phosphorylated", "by", "adding", "5", "-", "μM", "PSPPH", "_", "3550c", "protein", "as", "well", "as", "10", "-", "μCi", "[", "γ", "-", "32P", "]", "-", "ATP", "for", "10", "minutes", ".", "The", "RhpS", "-", "FL", "protein", "was", "treated", "in", "the", "presence", "of", "different", "concentrations", "of", "TA", "(", "D", ")", ",", "PGG", "(", "E", ")", ",", "or", "EGCG", "(", "F", ")", "for", "10", "min", ".", "Then", ",", "the", "full", "-", "length", "RhpS", "protein", "was", "added", "into", "the", "mixture", "phosphorylated", "GST", "-", "RhpR", "for", "1", "hour", "before", "stopping", "the", "reaction", ".", "The", "phosphorylated", "proteins", "were", "separated", "by", "12", "%", "SDS", "-", "PAGE", ".", "After", "electrophoresis", ",", "the", "SDS", "-", "PAGE", "gels", "were", "dried", "with", "gel", "-", "dryer", "and", "then", "exposed", "to", "a", "medical", "X", "-", "ray", "film", "overnight", ".", "This", "experiment", "was", "repeated", "twice", ",", "yielding", "similar", "results", ".", "Data", "information", ":", "the", "reaction", "was", "stopped", "by", "adding", "5", "×", "loading", "buffer", "before", "SDS", "-", "PAGE", ".", "Abbreviation", "is", "as", "follows", ":", "CBB", ",", "coomassie", "bright", "blue", "stain", ";", "CFU", ",", "colony", "-", "forming", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E and F) Polyphenols inhibit the phosphatase activity of RhpS. The GST-RhpR was phosphorylated by adding 5-μM PSPPH_3550c protein as well as 10-μCi [γ-32P]-ATP for 10 minutes. The RhpS-FL protein was treated in the presence of different concentrations of TA (D), PGG (E), or EGCG (F) for 10 min. Then, the full-length RhpS protein was added into the mixture phosphorylated GST-RhpR for 1 hour before stopping the reaction. The phosphorylated proteins were separated by 12% SDS-PAGE. After electrophoresis, the SDS-PAGE gels were dried with gel-dryer and then exposed to a medical X-ray film overnight. This experiment was repeated twice, yielding similar results. Data information: the reaction was stopped by adding 5 × loading buffer before SDS-PAGE. Abbreviation is as follows: CBB, coomassie bright blue stain; CFU, colony-forming unit."}
{"words": ["(", "I", ",", "J", "and", "K", ")", "Polyphenols", "inhibits", "the", "virulence", "levels", "and", "in", "planta", "growth", "of", "Psph", "in", "bean", "plants", ".", "Bacterial", "virulence", "levels", "were", "estimated", "by", "inoculating", "Psph", "strains", "with", "or", "without", "polyphenols", "onto", "host", "bean", "plants", ".", "Disease", "symptoms", "were", "recorded", "5", "days", "after", "inoculation", ".", "Leaf", "disks", "(", "1", "cm2", ")", "were", "removed", "5", "days", "after", "inoculation", "and", "diluted", "in", "sterile", "water", "to", "count", "bacterial", "CFUs", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "mock", "group", "and", "strains", "under", "the", "different", "test", "conditions", "as", "indicated", ".", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I, J and K) Polyphenols inhibits the virulence levels and in planta growth of Psph in bean plants. Bacterial virulence levels were estimated by inoculating Psph strains with or without polyphenols onto host bean plants. Disease symptoms were recorded 5 days after inoculation. Leaf disks (1 cm2) were removed 5 days after inoculation and diluted in sterile water to count bacterial CFUs. The experiment was repeated three times. Data information: , * indicate significant differences between mock group and strains under the different test conditions as indicated. (Student's t test. *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001). Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", "and", "D", ")", "Polyphenols", "bind", "to", "the", "RhpS", "-", "FL", "protein", ".", "The", "concentration", "of", "RhpS", "-", "FL", "protein", "was", "consistently", "measured", "as", "0", ".", "6", "-", "μM", ".", "The", "binding", "curves", "of", "TA", "(", "B", ")", ",", "PGG", "(", "C", ")", "and", "EGCG", "(", "D", ")", "are", "shown", ".", "The", "individual", "data", "points", "were", "shown", "(", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C and D) Polyphenols bind to the RhpS-FL protein. The concentration of RhpS-FL protein was consistently measured as 0.6-μM. The binding curves of TA (B), PGG (C) and EGCG (D) are shown. The individual data points were shown (n=2 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Alanine", "-", "scanning", "mutagenesis", "of", "the", "RhpS", "sensor", ".", "RhpS", "containing", "a", "corresponding", "mutation", "was", "provided", "in", "the", "rhpS", "deletion", "strain", "on", "a", "pHM1", "vector", ".", "LUX", "activity", "was", "estimated", "in", "the", "absence", "(", "black", "frame", ")", "and", "presence", "TA", "(", "50", "-", "μM", ")", ",", "PGG", "(", "100", "-", "μM", ")", "or", "EGCG", "(", "2", "-", "mM", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "mock", "group", "and", "strains", "under", "the", "different", "test", "conditions", "as", "indicated", ".", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Alanine-scanning mutagenesis of the RhpS sensor. RhpS containing a corresponding mutation was provided in the rhpS deletion strain on a pHM1 vector. LUX activity was estimated in the absence (black frame) and presence TA (50-μM), PGG (100-μM) or EGCG (2-mM). Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates). Data information: , * indicate significant differences between mock group and strains under the different test conditions as indicated. (Student's t test. *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001)."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "The", "rhpS", "/", "PSPPH", "_", "3550", "/", "PSPPH", "_", "3736", "/", "PSPPH", "_", "5115", "quadruple", "deletion", "strain", "restored", "the", "T3SS", "induction", "of", "rhpS", "deletion", "strain", ".", "The", "wild", "type", ",", "rhpS", "deletion", "and", "quadruple", "deletion", "strains", "were", "cultured", "in", "MM", "(", "C", ")", "for", "6", "hours", "or", "KB", "(", "D", ")", "to", "OD600", "=", "0", ".", "6", ".", "Transcripts", "of", "the", "indicated", "genes", "were", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "rhpS", "mutant", "and", "quadruple", "mutant", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) The rhpS/PSPPH_3550/PSPPH_3736/PSPPH_5115 quadruple deletion strain restored the T3SS induction of rhpS deletion strain. The wild type, rhpS deletion and quadruple deletion strains were cultured in MM (C) for 6 hours or KB (D) to OD600=0.6. Transcripts of the indicated genes were determined by RT-qPCR. Data information: , * indicate significant differences between rhpS mutant and quadruple mutant. Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates). Student's t test. *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "quadruple", "mutant", "strain", "restored", "the", "pathogenicity", "of", "rhpS", "deletion", "strain", ".", "Bacterial", "virulence", "levels", "were", "estimated", "by", "inoculating", "wild", "type", ",", "rhpS", "deletion", "and", "quadruple", "deletion", "strains", "onto", "host", "bean", "plants", ".", "Disease", "symptoms", "were", "recorded", "5", "days", "after", "inoculation", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The quadruple mutant strain restored the pathogenicity of rhpS deletion strain. Bacterial virulence levels were estimated by inoculating wild type, rhpS deletion and quadruple deletion strains onto host bean plants. Disease symptoms were recorded 5 days after inoculation. The experiment was repeated three times."}
{"words": ["(", "G", ")", "Leaf", "disks", "(", "1", "cm2", ")", "from", "(", "G", ")", "were", "removed", "5", "days", "after", "inoculation", "and", "diluted", "in", "sterile", "water", "to", "count", "bacterial", "CFUs", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", ".", "Data", "information", ":", ",", "*", "indicate", "significant", "differences", "between", "rhpS", "mutant", "and", "quadruple", "mutant", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", ",", "P", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Leaf disks (1 cm2) from (G) were removed 5 days after inoculation and diluted in sterile water to count bacterial CFUs. The experiment was repeated three times. Data information: , * indicate significant differences between rhpS mutant and quadruple mutant. Error bars represent standard deviations (n=3 biological replicates). Student's t test. *, P ≤ 0.05, **, P ≤ 0.01, and ***, P ≤ 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "The", "relative", "fold", "change", "of", "carbon", "metabolites", "with", "or", "without", "HU", "treatment", "for", "60", "min", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "from", "six", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) The relative fold change of carbon metabolites with or without HU treatment for 60 min. Error bars represent standard deviations (SD) from six independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "The", "relative", "levels", "of", "endogenous", "Zwf1", "protein", "with", "a", "GFP", "tag", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "in", "WT", ",", "snf1Δ", "or", "snf1Δmig1Δ", "cells", "(", "D", ")", ".", "Protein", "extracts", "were", "probed", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Mcm2", "was", "applied", "as", "a", "loading", "control", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "carried", "out", "and", "the", "relative", "fold", "changes", "were", "measured", "by", "Image", "J", "(", "E", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "from", "three", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "evaluated", "based", "on", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "0", ".", "01", "<", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "0", ".", "001", "<", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) The relative levels of endogenous Zwf1 protein with a GFP tag were analyzed by immunoblots in WT, snf1Δ or snf1Δmig1Δ cells (D). Protein extracts were probed with an anti-GFP antibody. Mcm2 was applied as a loading control. Three independent experiments were carried out and the relative fold changes were measured by Image J (E). Error bars represent standard deviations (SD) from three biological repeats. Statistical significance was evaluated based on Student's t-test (*0.01< P-values <0.05; **0.001< P-values <0.01)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Rad53", "phosphorylation", "in", "various", "snf1", "alleles", "in", "response", "to", "HU", ".", "The", "plasmids", "expressing", "the", "indicated", "snf1", "alleles", "were", "transformed", "into", "snf1Δ", ".", "Rad53", "phosphorylation", "was", "detected", "as", "above", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Rad53 phosphorylation in various snf1 alleles in response to HU. The plasmids expressing the indicated snf1 alleles were transformed into snf1Δ. Rad53 phosphorylation was detected as above."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "snf1", "kinase", "-", "defective", "mutants", "are", "sensitive", "to", "HU", ".", "Yeast", "spot", "assays", "were", "performed", "as", "in", "Fig", "2A", ".", "The", "phospho", "-", "mimetic", "snf1T210D", "(", "a", "constitutive", "active", "mutant", ")", "was", "applied", "as", "a", "control", "for", "nonphosphrylable", "snf1T210A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) The snf1 kinase-defective mutants are sensitive to HU. Yeast spot assays were performed as in Fig 2A. The phospho-mimetic snf1T210D (a constitutive active mutant) was applied as a control for nonphosphrylable snf1T210A."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "HU", "induces", "a", "rapid", "Snf1", "T210", "phosphorylation", ".", "Exponential", "cells", "were", "treated", "by", "200", "mM", "HU", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Protein", "extracts", "were", "prepared", "as", "described", "in", "the", "Methods", "and", "Materials", ".", "Three", "independent", "experiments", "were", "done", ".", "Quantitation", "of", "Snf1", "T210", "and", "Snf1", "signals", "was", "performed", "by", "Image", "J", ".", "The", "relative", "ratio", "of", "Snf1", "T210", "/", "Snf1", "was", "shown", "in", "(", "H", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviations", "(", "SD", ")", "from", "three", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) HU induces a rapid Snf1 T210 phosphorylation. Exponential cells were treated by 200 mM HU for the indicated time. Protein extracts were prepared as described in the Methods and Materials. Three independent experiments were done. Quantitation of Snf1 T210 and Snf1 signals was performed by Image J. The relative ratio of Snf1 T210/Snf1 was shown in (H). Error bars represent standard deviations (SD) from three biological repeats."}
{"words": ["(", "C", ")", "Snap", "shot", "of", "Rfa1", "ChIP", "-", "Seq", "at", "Chromosome", "VI", ".", "Cells", "were", "synchronized", "in", "G1", "and", "released", "into", "the", "fresh", "medium", "containing", "200", "mM", "HU", "for", "30", "min", ".", "The", "sequencing", "reads", "were", "mapped", "to", "the", "yeast", "reference", "genome", ".", "The", "red", "dashed", "box", "indicated", "the", "relative", "read", "intensity", "of", "ARS607", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Snap shot of Rfa1 ChIP-Seq at Chromosome VI. Cells were synchronized in G1 and released into the fresh medium containing 200 mM HU for 30 min. The sequencing reads were mapped to the yeast reference genome. The red dashed box indicated the relative read intensity of ARS607."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "SNF1", "is", "required", "for", "efficient", "recruitment", "of", "Rfa1", ",", "but", "not", "Psf2", ",", "to", "HU", "-", "stalled", "replication", "forks", ".", "Cells", "were", "grown", "and", "synchronized", "in", "G1", "by", "α", "-", "factor", "before", "release", "into", "the", "fresh", "medium", "supplemented", "with", "200", "mM", "HU", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Cell", "extracts", "were", "prepared", "and", "subjected", "to", "MYC", "-", "ChIP", "of", "Rfa1", "-", "13MYC", "(", "E", ")", "or", "Psf2", "-", "13MYC", "(", "F", ")", ".", "The", "amounts", "of", "DNA", "in", "the", "precipitates", "were", "quantified", "by", "qPCR", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) SNF1 is required for efficient recruitment of Rfa1, but not Psf2, to HU-stalled replication forks. Cells were grown and synchronized in G1 by α-factor before release into the fresh medium supplemented with 200 mM HU for the indicated time. Cell extracts were prepared and subjected to MYC-ChIP of Rfa1-13MYC (E) or Psf2-13MYC (F). The amounts of DNA in the precipitates were quantified by qPCR. Error bars represent SD from three biological repeats."}
{"words": ["mig1Δ", "restores", "Rad53", "phosphorylation", "of", "the", "snf1", "mutants", "in", "the", "presence", "of", "HU", ".", "The", "experiments", "were", "done", "as", "in", "Fig", "2", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "mig1Δ restores Rad53 phosphorylation of the snf1 mutants in the presence of HU. The experiments were done as in Fig 2."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "snf1Δ", "shows", "less", "RPA", "on", "chromatin", ",", "which", "can", "be", "restored", "by", "mig1Δ", ".", "Cells", "were", "collected", "and", "fractionated", "into", "chromatin", "-", "bound", "(", "Chromatin", ")", "and", "non", "-", "chromatin", "-", "bound", "fractions", "(", "non", "-", "Chromatin", ")", "followed", "by", "immunoblotting", ".", "Tubulin", "and", "Orc2", "were", "applied", "as", "controls", "for", "non", "-", "chromatin", "and", "chromatin", "fractions", ",", "respectively", ".", "The", "signals", "were", "quantified", "by", "Image", "J", "and", "quantifications", "were", "shown", "in", "(", "F", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "evaluated", "based", "on", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "0", ".", "01", "<", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) snf1Δ shows less RPA on chromatin, which can be restored by mig1Δ. Cells were collected and fractionated into chromatin-bound (Chromatin) and non-chromatin-bound fractions (non-Chromatin) followed by immunoblotting. Tubulin and Orc2 were applied as controls for non-chromatin and chromatin fractions, respectively. The signals were quantified by Image J and quantifications were shown in (F). Error bars represent SD from three biological repeats. Statistical significance was evaluated based on Student's t-test (*0.01 < P-values < 0.05)."}
{"words": ["Phospho", "-", "mimetic", "mig1", "-", "2D", "bypasses", "the", "role", "of", "SNF1", "in", "HU", "resistance", "(", "C", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Phospho-mimetic mig1-2D bypasses the role of SNF1 in HU resistance (C)"}
{"words": ["Phospho", "-", "mimetic", "mig1", "-", "2D", "bypasses", "the", "role", "of", "SNF1", "in", "RPA", "recruitment", "(", "D", ")", ".", "(", "E", ")", "The", "diagram", "of", "the", "strategy", "to", "reinforce", "the", "Mig1", "-", "Ssn6", "interaction", "via", "a", "GFP", "and", "GBP", "pair", "(", "left", "panel", ")", ".", "The", "persistent", "Mig1", "-", "Ssn6", "association", "abolishes", "the", "phospho", "-", "mimicking", "effect", "of", "mig1", "-", "2D", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phospho-mimetic mig1-2D bypasses the role of SNF1 in RPA recruitment (D). (E) The diagram of the strategy to reinforce the Mig1-Ssn6 interaction via a GFP and GBP pair (left panel). The persistent Mig1-Ssn6 association abolishes the phospho-mimicking effect of mig1-2D (right panel)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Rfa1", "-", "13MYC", "ChIP", "assays", "after", "HU", "treatment", ".", "Strains", "were", "synchronized", "in", "G1", "phase", "by", "α", "-", "factor", "prior", "to", "release", "into", "fresh", "media", "containing", "200", "mM", "HU", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Cell", "extracts", "were", "prepared", "as", "in", "Fig", "3", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "biological", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Rfa1-13MYC ChIP assays after HU treatment. Strains were synchronized in G1 phase by α-factor prior to release into fresh media containing 200 mM HU for the indicated time points. Cell extracts were prepared as in Fig 3. Error bars represent SD from three biological repeats."}
{"words": ["(", "D", ")", "Phosphorylation", "of", "Mig1", "T489", "S495", "completely", "restores", "the", "ZWF1", "mRNA", "levels", "in", "snf1Δ", ".", "The", "experiments", "were", "done", "as", "in", "Fig", "1", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "biological", "repeats", ".", "Statistical", "significance", "was", "evaluated", "based", "on", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "*", "0", ".", "01", "<", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "0", ".", "001", "<", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Phosphorylation of Mig1 T489 S495 completely restores the ZWF1 mRNA levels in snf1Δ. The experiments were done as in Fig 1. Error bars represent SD from three biological repeats. Statistical significance was evaluated based on Student's t-test (*0.01 < P-values < 0.05; **0.001 < P-values < 0.01)."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "effects", "of", "α", "-", "KG", "on", "the", "HU", "sensitivity", "of", "snf1Δ", "and", "other", "checkpoint", "mutants", ".", "Yeast", "spot", "assays", "were", "performed", "as", "in", "Fig", "2A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The effects of α-KG on the HU sensitivity of snf1Δ and other checkpoint mutants. Yeast spot assays were performed as in Fig 2A."}
{"words": ["(", "D", ")", "α", "-", "KG", "restores", "Rad53", "phosphorylation", "in", "snf1Δ", ".", "CBB", "indicates", "coomassie", "bright", "blue", "(", "CBB", ")", "staining", "of", "the", "membrane", "as", "the", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) α-KG restores Rad53 phosphorylation in snf1Δ. CBB indicates coomassie bright blue (CBB) staining of the membrane as the loading control."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "effects", "of", "α", "-", "KG", "on", "the", "HU", "sensitivity", "of", "Rfa1", "zinc", "finger", "mutants", "(", "C486S", ",", "C491S", ",", "C505S", ",", "C508S", ")", ".", "Yeast", "spot", "assays", "were", "performed", "as", "in", "Fig", "2A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The effects of α-KG on the HU sensitivity of Rfa1 zinc finger mutants (C486S, C491S, C505S, C508S). Yeast spot assays were performed as in Fig 2A."}
{"words": ["A", "Representative", "siliques", "from", "wild", "-", "type", "(", "WT", ";", "Col", "-", "0", ")", ",", "herk1", ",", "anj", "and", "herk1", "anj", "plants", "prior", "to", "dehiscence", ".", "Siliques", "were", "placed", "on", "double", "-", "sided", "sticky", "tape", "and", "carpel", "walls", "separated", "from", "the", "replum", "to", "expose", "the", "developing", "seeds", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative siliques from wild-type (WT; Col-0), herk1, anj and herk1 anj plants prior to dehiscence. Siliques were placed on double-sided sticky tape and carpel walls separated from the replum to expose the developing seeds. Scale bar = 5 mm."}
{"words": ["B", "Developing", "seeds", "per", "silique", "in", "wild", "-", "type", ",", "herk1", ",", "anj", "and", "herk1", "anj", "plants", ".", "Fully", "expanded", "siliques", "were", "dissected", "and", "photographed", "under", "a", "stereomicroscope", ".", "n", "=", "15", "(", "four", "independent", "experiments", "with", "at", "least", "three", "plants", "per", "line", "and", "five", "siliques", "per", "plant", ")", ".", "Data", "presented", "are", "means", "±", "SEM", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Developing seeds per silique in wild-type, herk1, anj and herk1 anj plants. Fully expanded siliques were dissected and photographed under a stereomicroscope. n = 15 (four independent experiments with at least three plants per line and five siliques per plant). Data presented are means ± SEM. *** p<0.001 (Student's t-test)."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "pollen", "tubes", "with", "normal", "reception", "at", "the", "female", "gametophyte", "(", "black", "bars", ";", "representative", "image", "middle", "centre", "of", "figure", ")", "and", "with", "overgrowth", "(", "grey", "bars", ";", "representative", "image", "lower", "centre", ")", "as", "assessed", "by", "aniline", "blue", "staining", ".", "15", "self", "-", "pollinated", "stage", "16", "flowers", "from", "wild", "-", "type", ",", "herk1", ",", "anj", "and", "herk1", "anj", "were", "analysed", ".", "Legend", "scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "χ", "-", "square", "tests", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of pollen tubes with normal reception at the female gametophyte (black bars; representative image middle centre of figure) and with overgrowth (grey bars; representative image lower centre) as assessed by aniline blue staining. 15 self-pollinated stage 16 flowers from wild-type, herk1, anj and herk1 anj were analysed. Legend scale bars = 50 µm. *** p<0.001 (χ-square tests)."}
{"words": ["D", "Aniline", "blue", "staining", "of", "pollen", "tube", "reception", "in", "reciprocal", "crosses", "between", "wild", "-", "type", "and", "herk1", "anj", "plants", "with", "at", "least", "two", "siliques", "per", "cross", ".", "Legend", "as", "per", "(", "C", ")", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "χ", "-", "square", "tests", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Aniline blue staining of pollen tube reception in reciprocal crosses between wild-type and herk1 anj plants with at least two siliques per cross. Legend as per (C). *** p<0.001 (χ-square tests)."}
{"words": ["A", ",", "B", "Expression", "of", "pHERK1", ":", ":", "H2B", "-", "TdTomato", "in", "mature", "ovules", ".", "White", "dotted", "lines", "delineate", "the", "egg", "cell", "and", "synergid", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "M", ",", "micropyle", ".", "CC", ",", "central", "cell", ".", "EC", ",", "egg", "cell", ".", "SC", ",", "synergid", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A,B Expression of pHERK1::H2B-TdTomato in mature ovules. White dotted lines delineate the egg cell and synergid cells. Data information : Scale bars = 50 µm. M, micropyle. CC, central cell. EC, egg cell. SC, synergid cell."}
{"words": ["C", ",", "D", "Expression", "of", "pANJ", ":", ":", "H2B", "-", "TdTomato", "in", "mature", "ovules", ".", "White", "dotted", "lines", "delineate", "the", "egg", "cell", "and", "synergid", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "M", ",", "micropyle", ".", "CC", ",", "central", "cell", ".", "EC", ",", "egg", "cell", ".", "SC", ",", "synergid", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C,D Expression of pANJ::H2B-TdTomato in mature ovules. White dotted lines delineate the egg cell and synergid cells. Data information : Scale bars = 50 µm. M, micropyle. CC, central cell. EC, egg cell. SC, synergid cell."}
{"words": ["E", ",", "F", "Localisation", "of", "HERK1", "-", "GFP", "in", "the", "synergid", "cell", "from", "the", "pFER", ":", ":", "HERK1", "-", "GFP", "construct", "in", "(", "F", ")", "and", "corresponding", "differential", "interference", "contrast", "(", "DIC", ")", "image", "in", "(", "E", ")", ".", "White", "and", "red", "dotted", "lines", "delineate", "the", "egg", "cell", "and", "synergid", "cells", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "M", ",", "micropyle", ".", "Arrows", ",", "filiform", "apparatus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E,F Localisation of HERK1-GFP in the synergid cell from the pFER::HERK1-GFP construct in (F) and corresponding differential interference contrast (DIC) image in (E). White and red dotted lines delineate the egg cell and synergid cells, respectively. Data information : Scale bars = 50 µm. M, micropyle. Arrows, filiform apparatus."}
{"words": ["G", ",", "H", "Localisation", "of", "ANJ", "-", "GFP", "in", "the", "synergid", "cell", "from", "the", "pANJ", ":", ":", "ANJ", "-", "GFP", "construct", "in", "(", "H", ")", "and", "corresponding", "DIC", "image", "in", "(", "G", ")", ".", "White", "and", "red", "dotted", "lines", "delineate", "the", "egg", "cell", "and", "synergid", "cells", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", ".", "M", ",", "micropyle", ".", "Arrows", ",", "filiform", "apparatus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G,H Localisation of ANJ-GFP in the synergid cell from the pANJ::ANJ-GFP construct in (H) and corresponding DIC image in (G). White and red dotted lines delineate the egg cell and synergid cells, respectively. Data information : Scale bars = 50 µm. M, micropyle. Arrows, filiform apparatus."}
{"words": ["A", "Localisation", "of", "HERK1", ",", "ANJ", ",", "LRE", ",", "FER", "and", "NTA", "in", "the", "synergid", "cell", "of", "wild", "-", "type", "(", "Col", "-", "0", ";", "WT", ")", ",", "herk1", "anj", "and", "lre", "-", "5", "in", "unfertilised", "ovules", ",", "as", "shown", "by", "pFER", ":", ":", "HERK1", "-", "GFP", ",", "pANJ", ":", ":", "ANJ", "-", "GFP", ",", "pLRE", ":", ":", "LRE", "-", "Citrine", ",", "pFER", ":", ":", "FER", "-", "GFP", "and", "pMYB98", ":", ":", "NTA", "-", "GFP", ".", "DIC", "and", "fluorescence", "images", "are", "shown", ",", "left", "to", "right", ",", "respectively", ".", "White", "and", "red", "dotted", "lines", "delineate", "the", "egg", "cell", "and", "synergid", "cells", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "=", "25", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Localisation of HERK1, ANJ, LRE, FER and NTA in the synergid cell of wild-type (Col-0; WT), herk1 anj and lre-5 in unfertilised ovules, as shown by pFER::HERK1-GFP, pANJ::ANJ-GFP, pLRE::LRE-Citrine, pFER::FER-GFP and pMYB98::NTA-GFP. DIC and fluorescence images are shown, left to right, respectively. White and red dotted lines delineate the egg cell and synergid cells, respectively. Scale bars = 25 µm."}
{"words": ["B", "Localisation", "of", "NTA", "in", "the", "synergid", "cell", "of", "wild", "-", "type", "and", "herk1", "anj", "plants", "before", "(", "upper", "panels", ")", "and", "after", "(", "lower", "panels", ")", "pollen", "tube", "arrival", ".", "In", "green", ",", "NTA", "localisation", "as", "shown", "by", "pMYB98", ":", ":", "NTA", "-", "GFP", "fluorescence", ".", "In", "magenta", ",", "callose", "of", "the", "filiform", "apparatus", "and", "pollen", "tube", "stained", "with", "SR2200", ".", "From", "left", "to", "right", ",", "images", "shown", "are", "DIC", ",", "merged", "fluorescence", "images", ",", "and", "merged", "images", "of", "DIC", "and", "fluorescence", ".", "White", "and", "red", "dotted", "lines", "delineate", "the", "pollen", "tube", "and", "synergid", "cells", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", "=", "25", "µm", ".", "M", ",", "micropyle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Localisation of NTA in the synergid cell of wild-type and herk1 anj plants before (upper panels) and after (lower panels) pollen tube arrival. In green, NTA localisation as shown by pMYB98::NTA-GFP fluorescence. In magenta, callose of the filiform apparatus and pollen tube stained with SR2200. From left to right, images shown are DIC, merged fluorescence images, and merged images of DIC and fluorescence. White and red dotted lines delineate the pollen tube and synergid cells, respectively. Scale bars = 25 µm. M, micropyle."}
{"words": ["Profile", "of", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "NTA", "-", "GFP", "along", "the", "synergid", "cells", "of", "wild", "-", "type", "and", "herk1", "anj", "ovules", "(", "C", ")", "before", "(", "virgin", ")", "and", "after", "(", "pollinated", ")", "pollen", "arrival", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ",", "n", "=", "25", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "FA", ",", "filiform", "apparatus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Profile of relative fluorescence intensity of NTA-GFP along the synergid cells of wild-type and herk1 anj ovules (C) before (virgin) and after (pollinated) pollen arrival. Data shown are means ± SEM, n = 25. *** p<0.001 (Student's t-test). FA, filiform apparatus."}
{"words": ["D", "Profile", "of", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "NTA", "-", "GFP", "along", "the", "synergid", "cells", "of", "wild", "-", "type", "and", "lre", "-", "5", "ovules", "(", "D", ")", "before", "(", "virgin", ")", "and", "after", "(", "pollinated", ")", "pollen", "arrival", ".", "Data", "shown", "are", "means", "±", "SEM", ",", "n", "=", "25", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "FA", ",", "filiform", "apparatus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Profile of relative fluorescence intensity of NTA-GFP along the synergid cells of wild-type and lre-5 ovules (D) before (virgin) and after (pollinated) pollen arrival. Data shown are means ± SEM, n = 25. *** p<0.001 (Student's t-test). FA, filiform apparatus."}
{"words": ["A", "Representative", "images", "of", "ovules", "from", "wild", "-", "type", "(", "Col", "-", "0", ")", ",", "herk1", "anj", ",", "lre", "-", "5", "and", "fer", "-", "4", "20", "hours", "after", "emasculation", "(", "HAE", ")", "displaying", "the", "mature", "female", "gametophyte", "structure", ".", "Images", "presented", "here", "are", "maximum", "intensity", "projections", "from", "confocal", "microscopy", "images", "across", "several", "z", "-", "planes", "of", "ovules", "stained", "as", "per", "[", "70", "]", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative images of ovules from wild-type (Col-0), herk1 anj, lre-5 and fer-4 20 hours after emasculation (HAE) displaying the mature female gametophyte structure. Images presented here are maximum intensity projections from confocal microscopy images across several z-planes of ovules stained as per [70]. Scale bars = 50 µm."}
{"words": ["B", "Quantification", "of", "H2DCF", "-", "DA", "staining", "of", "ROS", "in", "ovules", "from", "wild", "-", "type", ",", "herk1", "anj", ",", "lre", "-", "5", "and", "fer", "-", "4", "plants", "at", "20", "HAE", ".", "Categories", "are", "listed", "in", "the", "legend", "Ovules", "dissected", "from", "at", "least", "five", "siliques", "per", "line", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "χ", "-", "square", "tests", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Quantification of H2DCF-DA staining of ROS in ovules from wild-type, herk1 anj, lre-5 and fer-4 plants at 20 HAE. Categories are listed in the legend Ovules dissected from at least five siliques per line. *** p<0.001 (χ-square tests)."}
{"words": ["C", "Percentage", "of", "pollen", "tubes", "with", "normal", "reception", "at", "the", "female", "gametophyte", "(", "black", "bars", ")", "and", "displaying", "overgrowth", "(", "grey", "bars", ")", "in", "wild", "-", "type", ",", "herk1", "anj", ",", "lre", "-", "5", "and", "fer", "-", "4", "plants", ",", "manually", "selfed", "at", "20", "HAE", ".", "Fertilisation", "events", "counted", "from", "at", "least", "three", "siliques", "per", "line", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Percentage of pollen tubes with normal reception at the female gametophyte (black bars) and displaying overgrowth (grey bars) in wild-type, herk1 anj, lre-5 and fer-4 plants, manually selfed at 20 HAE. Fertilisation events counted from at least three siliques per line. *** p<0.001 (Student's t-test)."}
{"words": ["A", "Yeast", "two", "hybrid", "(", "Y2H", ")", "assays", "of", "the", "extracellular", "juxtamembrane", "domains", "of", "HERK1", "and", "ANJ", "(", "HERK1exJM", "and", "ANJexJM", ",", "respectively", ")", "with", "LRE", "(", "residues", "23", "-", "138", ";", "signal", "peptide", "and", "C", "-", "terminal", "domains", "excluded", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Yeast two hybrid (Y2H) assays of the extracellular juxtamembrane domains of HERK1 and ANJ (HERK1exJM and ANJexJM, respectively) with LRE (residues 23-138; signal peptide and C-terminal domains excluded)."}
{"words": ["B", "Y2H", "assays", "with", "the", "extracellular", "domains", "of", "HERK1", ",", "ANJ", "and", "FER", "(", "HERK1", "-", "ECD", ",", "ANJ", "-", "ECD", "and", "FER", "-", "ECD", ",", "respectively", ")", ".", "Ø", "represents", "negative", "controls", "where", "no", "sequence", "was", "cloned", "into", "the", "activating", "domain", "(", "AD", ")", "or", "DNA", "-", "binding", "domain", "(", "BD", ")", "constructs", ".", "-", "L", "-", "W", "-", "H", ",", "growth", "medium", "depleted", "of", "leucine", "(", "-", "L", ")", ",", "tryptophan", "(", "-", "W", ")", "and", "histidine", "(", "-", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Y2H assays with the extracellular domains of HERK1, ANJ and FER (HERK1-ECD, ANJ-ECD and FER-ECD, respectively). Ø represents negative controls where no sequence was cloned into the activating domain (AD) or DNA-binding domain (BD) constructs. -L-W-H, growth medium depleted of leucine (-L), tryptophan (-W) and histidine (-H)."}
{"words": ["C", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "HA", "-", "LRE", "with", "HERK1", "-", "GFP", "or", "ANJ", "-", "GFP", "following", "2", "days", "of", "transient", "expression", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Co-immunoprecipitation of HA-LRE with HERK1-GFP or ANJ-GFP following 2 days of transient expression in N. benthamiana leaves."}
{"words": ["D", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "FER", "with", "HERK1", "-", "GFP", "in", "Arabidopsis", "seedlings", "expressing", "pFER", ":", ":", "HERK1", "-", "GFP", ".", "Numbers", "indicate", "molecular", "weight", "marker", "sizes", "in", "kDa", ".", "Assays", "were", "performed", "twice", "with", "similar", "results", ".", "CBB", "refers", "to", "Coomassie", "Brilliant", "Blue", "staining", "of", "total", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Co-immunoprecipitation of FER with HERK1-GFP in Arabidopsis seedlings expressing pFER::HERK1-GFP. Numbers indicate molecular weight marker sizes in kDa. Assays were performed twice with similar results. CBB refers to Coomassie Brilliant Blue staining of total proteins."}
{"words": ["Representative", "WBs", "of", "RPE", "-", "1", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "cells", "and", "the", "two", "selected", "KO", "clones", "for", "AKAP450", "(", "akap", "KO", ")", ",", "PCNT", "(", "pcnt", "KO", ")", "and", "CDK5Rap2", "(", "c5rap2", "KO", ")", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GM130", "was", "used", "as", "a", "loading"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative WBs of RPE-1 wild-type (WT) cells and the two selected KO clones for AKAP450 (akap KO), PCNT (pcnt KO) and CDK5Rap2 (c5rap2 KO) probed with the indicated antibodies. GM130 was used as a loading control"}
{"words": ["Confocal", "IF", "images", "of", "RPE", "-", "1", "WT", ",", "single", "KO", "(", "akap", "KO", ",", "pcnt", "KO", "and", "c5rap2", "KO", ")", "and", "double", "KO", "(", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", ",", "left", "panels", ";", "pc", "-", "c5", "-", "2KO", ",", "right", "panels", ")", "cells", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "yellow", "dashed", "line", "indicates", "the", "nucleus", "contour", "(", "N", ")", "and", "the", "arrows", "point", "the", "centrosome", "(", "CTR", ")", ".", "GA", "marks", "the", "Golgi", "Apparatus", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal IF images of RPE-1 WT, single KO (akap KO, pcnt KO and c5rap2 KO) and double KO (pc-ak-2KO, left panels; pc-c5-2KO, right panels) cells stained with the indicated antibodies. The yellow dashed line indicates the nucleus contour (N) and the arrows point the centrosome (CTR). GA marks the Golgi Apparatus. Scale bars: 5 μm."}
{"words": ["Representative", "WB", "of", "RPE", "-", "1", "WT", "cells", "and", "the", "two", "selected", "PCNT", "/", "AKAP450", "(", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", ")", "and", "PCNT", "/", "CDK5Rap2", "(", "pc", "-", "c5", "-", "2KO", ")", "double", "knockout", "mutated", "clones", "probed", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "GM130", "was", "used", "as", "a", "loading"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative WB of RPE-1 WT cells and the two selected PCNT/AKAP450 (pc-ak-2KO) and PCNT/CDK5Rap2 (pc-c5-2KO) double knockout mutated clones probed with the indicated antibodies. GM130 was used as a loading control"}
{"words": ["Representative", "WB", "of", "RPE", "-", "1", "WT", "cells", "and", "the", "indicated", "single", "or", "double", "KO", "cell", "lines", "probed", "with", "anti", "-", "AKAP450", ",", "PCNT", "and", "CDK5Rap2", "antibodies", "(", "left", ")", ".", "Quantification", "of", "signal", "intensity", "from", "three", "independent", "WB", "experiments", "is", "shown", "at", "right", ".", "#", "indicates", "KO", "proteins", ".", "The", "arrow", "points", "the", "dramatic", "decrease", "of", "CDK5Rap2", "levels", "in", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "cell", "line", ".", "Hsp70", "was", "used", "as", "a", "loading"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative WB of RPE-1 WT cells and the indicated single or double KO cell lines probed with anti-AKAP450, PCNT and CDK5Rap2 antibodies (left). Quantification of signal intensity from three independent WB experiments is shown at right. # indicates KO proteins. The arrow points the dramatic decrease of CDK5Rap2 levels in pc-ak-2KO cell line. Hsp70 was used as a loading control"}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", ",", "pcnt", "KO", ",", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "and", "pc", "-", "c5", "-", "2KO", "cells", "stained", "for", "EB1", "(", "green", ")", "and", "the", "centrosomal", "protein", "CAP350", "(", "red", ")", ".", "High", "magnification", "single", "-", "channel", "images", "of", "selected", "areas", "are", "shown", "at", "right", ".", "Scatter", "plot", "showing", "quantification", "of", "EB1", "comets", "from", "three", "independent", "experiments", "as", "that", "shown", "in", "A", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "3", "μm", "radius", "around", "the", "CAP350", "signal", "was", "used", "to", "count", "the", "number", "of", "comets", ".", "Horizontal", "black", "lines", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of WT, akap KO, c5rap2 KO, pcnt KO, pc-ak-2KO and pc-c5-2KO cells stained for EB1 (green) and the centrosomal protein CAP350 (red). High magnification single-channel images of selected areas are shown at right. Scatter plot showing quantification of EB1 comets from three independent experiments as that shown in A. A region of interest of 3 μm radius around the CAP350 signal was used to count the number of comets. Horizontal black lines represent the mean."}
{"words": ["MT", "regrowth", "experiments", "of", "WT", "cells", "mixed", "with", "either", "WT", "(", "as", "a", "control", ")", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", ",", "pcnt", "KO", ",", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "or", "pc", "-", "c5", "-", "2KO", "cells", ".", "Samples", "were", "fixed", "3", "min", "after", "NZ", "washout", "and", "stained", "for", "EB1", "(", "green", ")", "and", "the", "indicated", "protein", "in", "the", "red", "channel", ".", "Quantification", "of", "EB1", "signal", "intensity", "around", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "MT regrowth experiments of WT cells mixed with either WT (as a control), akap KO, c5rap2 KO, pcnt KO, pc-ak-2KO or pc-c5-2KO cells. Samples were fixed 3 min after NZ washout and stained for EB1 (green) and the indicated protein in the red channel. Quantification of EB1 signal intensity around the centrosome"}
{"words": ["WT", "and", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "combination", "of", "three", "siRNAs", "against", "CEP192", ",", "fixed", "and", "triple", "labelled", "for", "EB1", ",", "CEP192", "and", "CAP350", ",", "as", "a", "centrosomal", "marker", ".", "Scramble", "siRNA", "was", "used", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and pc-ak-2KO cells were transfected with a combination of three siRNAs against CEP192, fixed and triple labelled for EB1, CEP192 and CAP350, as a centrosomal marker. Scramble siRNA was used as a control."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", ",", "pcnt", "KO", ",", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "and", "pc", "-", "c5", "-", "2KO", "cells", "stained", "for", "EB1", "(", "green", ")", "EB1", "comets", "around", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of WT, akap KO, c5rap2 KO, pcnt KO, pc-ak-2KO and pc-c5-2KO cells stained for EB1 (green) EB1 comets around the centrosome"}
{"words": ["Three", "min", "MT", "regrowth", "experiments", "in", "WT", "and", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "cells", "transfected", "with", "either", "scramble", "or", "CEP192", "siRNAs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Three min MT regrowth experiments in WT and pc-ak-2KO cells transfected with either scramble or CEP192 siRNAs."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "EB1", "signal", "intensity", "around", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the EB1 signal intensity around the centrosome"}
{"words": ["MT", "regrowth", "experiments", "in", "WT", "and", "c5rap2", "KO", "or", "pcnt", "KO", "cells", ".", "Cells", "were", "stained", "as", "indicated", ".", "Arrows", "point", "the", "centrosome", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MT regrowth experiments in WT and c5rap2 KO or pcnt KO cells. Cells were stained as indicated. Arrows point the centrosome."}
{"words": ["Quantification", "of", "EB1", "signal", "intensity", "at", "Golgi", "membranes", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of EB1 signal intensity at Golgi membranes."}
{"words": ["WB", "of", "AKAP450", "co", "-", "immunoprecipitation", "assays", "revealed", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Asterisks", "mark", "immunoglobulin", "heavy", "chains", ".", "Cntrl", ":", "non", "-", "specific", "Igs", "immunoprecipitates", ";", "IP", ":", "specific", "Igs", "immunoprecipitates", ";", "SP", ":", "supernatant", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WB of AKAP450 co-immunoprecipitation assays revealed with the indicated antibodies. Asterisks mark immunoglobulin heavy chains. Cntrl: non-specific Igs immunoprecipitates; IP: specific Igs immunoprecipitates; SP: supernatant."}
{"words": ["WB", "of", "AKAP450", "and", "PCNT", "(", "B", ")", "co", "-", "immunoprecipitation", "assays", "revealed", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Asterisks", "mark", "immunoglobulin", "heavy", "chains", ".", "Cntrl", ":", "non", "-", "specific", "Igs", "immunoprecipitates", ";", "IP", ":", "specific", "Igs", "immunoprecipitates", ";", "SP", ":", "supernatant", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WB of AKAP450 and PCNT (B) co-immunoprecipitation assays revealed with the indicated antibodies. Asterisks mark immunoglobulin heavy chains. Cntrl: non-specific Igs immunoprecipitates; IP: specific Igs immunoprecipitates; SP: supernatant."}
{"words": ["Centrosomes", "from", "WT", ",", "single", "and", "double", "KO", "cells", ",", "as", "indicated", ",", "were", "labelled", "for", "AKAP450", "and", "PCNT", "Right", "panels", "show", "quantifications", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "1", ",", "5", "μm", "radius", "was", "drawn", "around", "the", "centrosome", "and", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrosomes from WT, single and double KO cells, as indicated, were labelled for AKAP450 and PCNT Right panels show quantifications. A region of interest of 1,5 μm radius was drawn around the centrosome and fluorescence intensity was determined and normalized to WT mean."}
{"words": ["Centrosomes", "from", "WT", ",", "single", "and", "double", "KO", "cells", ",", "as", "indicated", ",", "were", "labelled", "for", "AKAP450", "and", "PCNT", "Right", "panels", "show", "quantifications", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "1", ",", "5", "μm", "radius", "was", "drawn", "around", "the", "centrosome", "and", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrosomes from WT, single and double KO cells, as indicated, were labelled for AKAP450 and PCNT Right panels show quantifications. A region of interest of 1,5 μm radius was drawn around the centrosome and fluorescence intensity was determined and normalized to WT mean."}
{"words": ["Centrosomes", "from", "WT", ",", "single", "and", "double", "KO", "cells", ",", "as", "indicated", ",", "were", "labelled", "for", "AKAP450", "and", "PCNT", "Right", "panels", "show", "quantifications", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "1", ",", "5", "μm", "radius", "was", "drawn", "around", "the", "centrosome", "and", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrosomes from WT, single and double KO cells, as indicated, were labelled for AKAP450 and PCNT Right panels show quantifications. A region of interest of 1,5 μm radius was drawn around the centrosome and fluorescence intensity was determined and normalized to WT mean."}
{"words": ["Centrosomes", "from", "WT", ",", "single", "and", "double", "KO", "cells", ",", "as", "indicated", ",", "were", "labelled", "for", "CDK5Rap2", "Right", "panels", "show", "quantifications", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "1", ",", "5", "μm", "radius", "was", "drawn", "around", "the", "centrosome", "and", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrosomes from WT, single and double KO cells, as indicated, were labelled for CDK5Rap2 Right panels show quantifications. A region of interest of 1,5 μm radius was drawn around the centrosome and fluorescence intensity was determined and normalized to WT mean."}
{"words": ["Centrosomes", "from", "WT", ",", "single", "and", "double", "KO", "cells", ",", "as", "indicated", ",", "were", "labelled", "for", "γ", "-", "tubulin", "(", "G", ")", ".", "Right", "panels", "show", "quantifications", ".", "A", "region", "of", "interest", "of", "1", ",", "5", "μm", "radius", "was", "drawn", "around", "the", "centrosome", "and", "fluorescence", "intensity", "was", "determined", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrosomes from WT, single and double KO cells, as indicated, were labelled for γ-tubulin (G). Right panels show quantifications. A region of interest of 1,5 μm radius was drawn around the centrosome and fluorescence intensity was determined and normalized to WT mean."}
{"words": ["WT", "and", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "scramble", "or", "CEP192", "siRNAs", ",", "fixed", "and", "stained", "for", "γ", "-", "tubulin", ".", "Quantification", "of", "the", "fluorescence", "intensity", "is", "show", "at", "right", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and pc-ak-2KO cells were transfected with either scramble or CEP192 siRNAs, fixed and stained for γ-tubulin. Quantification of the fluorescence intensity is show at right."}
{"words": ["IF", "images", "of", "WT", "and", "pcnt", "KO", "RPE", "-", "1", "cells", "treated", "with", "NZ", "for", "3h", "and", "triple", "stained", "for", "AKAP450", "(", "green", ")", ",", "CDK5Rap2", "(", "red", ")", "and", "GMAP210", "as", "a", "Golgi", "marker", "(", "blue", ")", ".", "At", "right", ",", "quantification", "of", "fluorescence", "co", "-", "localization", "of", "either", "AKAP450", "or", "CDK5Rap2", "with", "the", "Golgi", "marker", "GMAP210", "in", "WT", "and", "pcnt", "KO", "cells", "­", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "IF images of WT and pcnt KO RPE-1 cells treated with NZ for 3h and triple stained for AKAP450 (green), CDK5Rap2 (red) and GMAP210 as a Golgi marker (blue). At right, quantification of fluorescence co-localization of either AKAP450 or CDK5Rap2 with the Golgi marker GMAP210 in WT and pcnt KO cells­."}
{"words": ["Control", "and", "centrinone", "-", "treated", "cells", "were", "subjected", "to", "a", "3", "-", "min", "MT", "regrowth", "assay", ",", "fixed", "and", "labelled", "for", "EB1", "(", "green", ")", "and", "giantin", "(", "red", ")", ".", "Insets", "show", "magnified", "images", "of", "boxed", "regions", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Control and centrinone-treated cells were subjected to a 3-min MT regrowth assay, fixed and labelled for EB1 (green) and giantin (red). Insets show magnified images of boxed regions."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "total", "number", "of", "growing", "MTs", "per", "cell", "(", "left", ")", ",", "the", "number", "of", "MTs", "nucleated", "per", "Golgi", "fragment", "(", "middle", ")", "and", "the", "number", "of", "MT", "-", "nucleating", "Golgi", "fragments", "(", "right", ")", "in", "both", "control", "and", "centrosome", "-", "less", "RPE", "-", "1", "cells", ".", "Scatter", "plots", "show", "each", "individual", "data", "point", ".", "Horizontal", "black", "lines", "bars", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the total number of growing MTs per cell (left), the number of MTs nucleated per Golgi fragment (middle) and the number of MT-nucleating Golgi fragments (right) in both control and centrosome-less RPE-1 cells. Scatter plots show each individual data point. Horizontal black lines bars represent the mean."}
{"words": ["RPE", "-", "1", "cells", "were", "treated", "wi", "­", "­", "th", "centrinone", "for", "either", "7", "days", "(", "left", ")", "or", "for", "5", "days", "and", "then", "allowed", "to", "recover", "for", "48h", "in", "the", "absence", "of", "the", "drug", "prior", "to", "fixation", "(", "right", ")", ".", "Representative", "images", "of", "a", "triple", "IF", "staining", "with", "EB1", "(", "green", ")", ",", "γ", "-", "tubulin", "(", "red", ")", "and", "giantin", "(", "blue", ")", "as", "a", "Golgi", "marker", "are", "shown", ".", "Insets", "show", "MT", "nucleation", "from", "Golgi", "elements", "(", "left", ")", "or", "from", "multiple", "centrioles", "(", "right", ")", "and", "are", "enlarged", "at", "right", ".", "Arrowheads", "indicate", "the", "position", "of", "Golgi", "elements", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RPE-1 cells were treated wi­­th centrinone for either 7 days (left) or for 5 days and then allowed to recover for 48h in the absence of the drug prior to fixation (right). Representative images of a triple IF staining with EB1 (green), γ-tubulin (red) and giantin (blue) as a Golgi marker are shown. Insets show MT nucleation from Golgi elements (left) or from multiple centrioles (right) and are enlarged at right. Arrowheads indicate the position of Golgi elements."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "exhibiting", "Golgi", "-", "nucleating", "activity", "in", "centrinone", "-", "treated", "cells", "48h", "after", "the", "washout", "of", "the", "drug", ".", "Cells", "were", "divided", "into", "two", "categories", "depending", "on", "the", "number", "of", "centrioles", "that", "were", "visualized", "by", "labelling", "for", "the", "centriole", "protein", "Cep63", ".", "At", "least", "100", "cells", "from", "two", "independent", "experiments", "were", "analyzed", "in", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the percentage of cells exhibiting Golgi-nucleating activity in centrinone-treated cells 48h after the washout of the drug. Cells were divided into two categories depending on the number of centrioles that were visualized by labelling for the centriole protein Cep63. At least 100 cells from two independent experiments were analyzed in each condition."}
{"words": ["Control", "(", "top", ")", "and", "centrinone", "-", "treated", "(", "bottom", ")", "RPE", "-", "1", "cells", "double", "stained", "for", "either", "AKAP450", ",", "CDK5Rap2", ",", "PCNT", "or", "CEP192", "(", "all", "shown", "in", "green", ")", "and", "giantin", "(", "red", ")", "as", "a", "Golgi", "marker", ".", "DNA", "was", "counterstained", "with", "DAPI", "and", "is", "shown", "in", "blue", ".", "Single", "channel", "(", "left", ",", "green", ")", "and", "merged", "images", "(", "right", ")", "are", "shown", "in", "each", "case", ".", "White", "arrows", "indicate", "the", "centrosome", "(", "CTR", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Control (top) and centrinone-treated (bottom) RPE-1 cells double stained for either AKAP450, CDK5Rap2, PCNT or CEP192 (all shown in green) and giantin (red) as a Golgi marker. DNA was counterstained with DAPI and is shown in blue. Single channel (left, green) and merged images (right) are shown in each case. White arrows indicate the centrosome (CTR)."}
{"words": ["IF", "images", "of", "control", "and", "centrinone", "-", "treated", "RPE", "-", "1", "cells", "treated", "with", "NZ", "to", "induce", "GA", "fragmentation", "and", "double", "stained", "with", "either", "anti", "-", "AKAP450", ",", "anti", "-", "CDK5Rap2", "or", "anti", "-", "PCNT", "(", "all", "shown", "in", "green", ")", "and", "anti", "-", "giantin", "antibodies", "(", "white", ")", ".", "Enlarged", "views", "of", "the", "boxed", "areas", "are", "presented", "at", "the", "bottom", "with", "or", "without", "the", "signal", "of", "the", "Golgi", "marker", ".", "The", "yellow", "dashed", "line", "indicates", "the", "contour", "of", "the", "nucleus", ".", "Arrowheads", "point", "to", "accumulation", "of", "the", "respective", "proteins", "in", "Golgi", "membrane", "surfaces", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IF images of control and centrinone-treated RPE-1 cells treated with NZ to induce GA fragmentation and double stained with either anti-AKAP450, anti-CDK5Rap2 or anti-PCNT (all shown in green) and anti-giantin antibodies (white). Enlarged views of the boxed areas are presented at the bottom with or without the signal of the Golgi marker. The yellow dashed line indicates the contour of the nucleus. Arrowheads point to accumulation of the respective proteins in Golgi membrane surfaces."}
{"words": ["Box", "-", "and", "-", "whisker", "plots", "showing", "quantification", "of", "association", "between", "the", "indicated", "protein", "and", "Golgi", "elements", "Top", "and", "bottom", "ends", "of", "the", "boxes", "represent", "75th", "and", "25th", "percentiles", ",", "and", "whiskers", "represent", "90th", "and", "10th", "percentiles", ".", "The", "median", "is", "depicted", "with", "a", "solid", "line", ".", "Individual", "Golgi", "elements", "from", "at", "least", "14", "cells", "were", "delineated", "(", ">", "500", "elements", "/", "experiment", ")", "and", "the", "intensity", "of", "each", "protein", "spot", "associated", "with", "each", "Golgi", "element", "was", "measured", ".", "Data", "were", "collected", "from", "two", "independent", "experiments", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Box-and-whisker plots showing quantification of association between the indicated protein and Golgi elements Top and bottom ends of the boxes represent 75th and 25th percentiles, and whiskers represent 90th and 10th percentiles. The median is depicted with a solid line. Individual Golgi elements from at least 14 cells were delineated (>500 elements/experiment) and the intensity of each protein spot associated with each Golgi element was measured. Data were collected from two independent experiments and normalized to WT mean."}
{"words": ["MT", "-", "regrowth", "experiment", "after", "NZ", "treatment", "in", "centrinone", "-", "treated", "cells", ".", "High", "magnification", "images", "at", "the", "bottom", "are", "representative", "of", "a", "triple", "staining", "with", "α", "-", "tubulin", "(", "green", ")", ",", "GM130", "(", "blue", ")", "and", "the", "indicated", "protein", "(", "red", ")", "and", "show", "MTs", "growing", "from", "the", "surface", "of", "the", "GA", ".", "Double", "labelling", "without", "α", "-", "tubulin", "are", "also", "shown", "(", "top", ")", "to", "allow", "better", "visualization", "of", "PCM", "-", "protein", "spots", "on", "Golgi", "elements", "acting", "as", "MT", "nucleation", "sites", "(", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MT-regrowth experiment after NZ treatment in centrinone-treated cells. High magnification images at the bottom are representative of a triple staining with α-tubulin (green), GM130 (blue) and the indicated protein (red) and show MTs growing from the surface of the GA. Double labelling without α-tubulin are also shown (top) to allow better visualization of PCM-protein spots on Golgi elements acting as MT nucleation sites (arrowheads)."}
{"words": ["Centrinone", "-", "treated", "pcnt", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "akap", "KO", "cells", ",", "were", "incubated", "with", "NZ", "for", "3h", ",", "fixed", "and", "double", "labelled", "for", "GM130", "and", "either", "CDK5Rap2", "or", "PCNT", "as", "indicated", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrinone-treated pcnt KO, c5rap2 KO and akap KO cells, were incubated with NZ for 3h, fixed and double labelled for GM130 and either CDK5Rap2 or PCNT as indicated (n=3)."}
{"words": ["MT", "regrowth", "assay", "in", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "pcnt", "KO", "and", "akap", "KO", "RPE", "-", "1", "cells", "stained", "with", "antibodies", "to", "EB1", "and", "giantin", ".", "At", "right", ",", "quantification", "of", "EB1", "intensity", "at", "the", "Golgi", "membranes", "in", "WT", "and", "pcnt", "KO", "cells", "treated", "with", "centrinone", ",", "as", "a", "measure", "of", "MT", "-", "nucleation", "from", "the", "GA", ".", "Data", "were", "collected", "from", "two", "independent", "experiments", "and", "normalized", "to", "WT", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MT regrowth assay in centrinone-treated WT, pcnt KO and akap KO RPE-1 cells stained with antibodies to EB1 and giantin. At right, quantification of EB1 intensity at the Golgi membranes in WT and pcnt KO cells treated with centrinone, as a measure of MT-nucleation from the GA. Data were collected from two independent experiments and normalized to WT mean."}
{"words": ["Representative", "MT", "network", "of", "a", "centrosome", "-", "less", "akap", "KO", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Representative MT network of a centrosome-less akap KO cell."}
{"words": ["MT", "-", "regrowth", "experiment", "after", "NZ", "treatment", "in", "centrinone", "-", "treated", "akap", "KO", "cells", ".", "A", "representative", "confocal", "image", "of", "a", "double", "labelling", "for", "EB1", "(", "green", ")", "and", "giantin", "(", "blue", ")", "is", "shown", ".", "High", "magnification", "at", "right", "shows", "that", "growing", "MT", "asters", "are", "not", "associated", "to", "Golgi", "fragments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MT-regrowth experiment after NZ treatment in centrinone-treated akap KO cells. A representative confocal image of a double labelling for EB1 (green) and giantin (blue) is shown. High magnification at right shows that growing MT asters are not associated to Golgi fragments."}
{"words": ["Centrinone", "-", "treated", "akap", "KO", "cells", "were", "subjected", "to", "a", "MT", "regrowth", "assay", "and", "double", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "High", "magnification", "images", "of", "the", "boxed", "areas", "are", "shown", "as", "merge", "(", "top", ")", "or", "individual", "green", "or", "red", "labelling", "(", "middle", "and", "bottom", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Centrinone-treated akap KO cells were subjected to a MT regrowth assay and double stained with the indicated antibodies. High magnification images of the boxed areas are shown as merge (top) or individual green or red labelling (middle and bottom panels)."}
{"words": ["Cells", "lacking", "AKAP450", "were", "treated", "with", "centrinone", "in", "order", "to", "induce", "the", "formation", "of", "cytoplasmic", "aggregates", "and", "then", "transfected", "with", "siRNAs", "specific", "for", "CDK5Rap2", "(", "top", "panels", ")", "or", "PCNT", "(", "bottom", "panels", ")", ".", "After", "3", "-", "min", "MT", "regrowth", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells lacking AKAP450 were treated with centrinone in order to induce the formation of cytoplasmic aggregates and then transfected with siRNAs specific for CDK5Rap2 (top panels) or PCNT (bottom panels). After 3-min MT regrowth, cells were fixed and stained with the indicated antibodies."}
{"words": ["MT", "regrowth", "experiments", "in", "centrinone", "-", "treated", "akap", "KO", "cells", "transfected", "with", "either", "scramble", "or", "PCNT", "siRNAs", ".", "After", "a", "3h", "NZ", "treatment", ",", "MTs", "were", "allowed", "to", "polymerize", "and", ",", "at", "the", "indicated", "time", "points", "after", "washout", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "labelled", "for", "α", "-", "tubulin", "(", "green", ")", ",", "PCNT", "(", "red", ")", "and", "CAP350", "(", "blue", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "MT regrowth experiments in centrinone-treated akap KO cells transfected with either scramble or PCNT siRNAs. After a 3h NZ treatment, MTs were allowed to polymerize and, at the indicated time points after washout, cells were fixed and labelled for α-tubulin (green), PCNT (red) and CAP350 (blue)."}
{"words": ["MT", "repolymerization", "experiments", "in", "centrinone", "-", "treated", "akap", "KO", "cells", "transfected", "with", "either", "scramble", "or", "PCNT", "siRNAs", ".", "After", "NZ", "treatment", "and", "removal", ",", "cell", "were", "incubated", "for", "10", "min", "on", "ice", "and", "then", "warmed", "for", "3", "min", "in", "culture", "medium", "containing", "either", "DMSO", "or", "30", "μM", "gatastatin", ".", "Cells", "were", "finally", "fixed", "and", "triple", "stained", "with", "EB1", "(", "green", ")", ",", "PCNT", "(", "red", ")", "and", "CAP350", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Enlarged", "views", "of", "the", "boxed", "areas", "are", "presented", "at", "right", ".", "Scale", "bars", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MT repolymerization experiments in centrinone-treated akap KO cells transfected with either scramble or PCNT siRNAs. After NZ treatment and removal, cell were incubated for 10 min on ice and then warmed for 3 min in culture medium containing either DMSO or 30 μM gatastatin. Cells were finally fixed and triple stained with EB1 (green), PCNT (red) and CAP350 (blue) antibodies. Enlarged views of the boxed areas are presented at right. Scale bars, 5 μm."}
{"words": ["Confocal", "images", "showing", "MT", "network", "in", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", ",", "pcnt", "KO", "and", "pc", "-", "ak", "-", "2KO", "RPE", "-", "1", "cells", "fixed", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "α", "-", "tubulin", "(", "left", ")", "or", "EB1", "(", "right", ")", ".", "The", "red", "and", "yellow", "lines", "indicate", "the", "contour", "of", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images showing MT network in WT, akap KO, c5rap2 KO, pcnt KO and pc-ak-2KO RPE-1 cells fixed and stained with antibodies against α-tubulin (left) or EB1 (right). The red and yellow lines indicate the contour of cells."}
{"words": ["Confocal", "images", "showing", "MT", "network", "in", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "pcnt", "KO", "backgrounds", ".", "Cells", "containing", "extra", "centrosomes", "induced", "by", "centrinone", "washout", "were", "also", "quantified", "(", "bottom", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images showing MT network in centrinone-treated WT, akap KO, c5rap2 KO and pcnt KO backgrounds. Cells containing extra centrosomes induced by centrinone washout were also quantified (bottom panels)."}
{"words": ["Quantification", "of", "α", "-", "tubulin", "fluorescence", "intensity", "(", "as", "a", "measure", "of", "MT", "mass", "polymer", ",", "C", ")", ",", "in", "control", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "pcnt", "KO", "cells", ".", "Non", "-", "centrinone", "treated", "double", "KO", "cells", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", "cells", "after", "washout", "were", "also", "included", ".", "Scatter", "plots", "show", "each", "individual", "data", "point", "and", "horizontal", "black", "lines", "bars", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of α-tubulin fluorescence intensity (as a measure of MT mass polymer, C), in control and centrinone-treated WT, akap KO, c5rap2 KO and pcnt KO cells. Non-centrinone treated double KO cells and centrinone-treated WT cells after washout were also included. Scatter plots show each individual data point and horizontal black lines bars represent the mean."}
{"words": ["Quantification", "of", "number", "of", "EB1", "comets", "per", "cell", "(", "D", ")", "in", "control", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "pcnt", "KO", "cells", ".", "Non", "-", "centrinone", "treated", "double", "KO", "cells", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", "cells", "after", "washout", "were", "also", "included", ".", "Scatter", "plots", "show", "each", "individual", "data", "point", "and", "horizontal", "black", "lines", "bars", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of number of EB1 comets per cell (D) in control and centrinone-treated WT, akap KO, c5rap2 KO and pcnt KO cells. Non-centrinone treated double KO cells and centrinone-treated WT cells after washout were also included. Scatter plots show each individual data point and horizontal black lines bars represent the mean."}
{"words": ["Quantification", "of", "α", ",", "cell", "area", "(", "E", ")", "in", "control", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "pcnt", "KO", "cells", ".", "Non", "-", "centrinone", "treated", "double", "KO", "cells", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", "cells", "after", "washout", "were", "also", "included", ".", "Scatter", "plots", "show", "each", "individual", "data", "point", "and", "horizontal", "black", "lines", "bars", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of α , cell area (E) in control and centrinone-treated WT, akap KO, c5rap2 KO and pcnt KO cells. Non-centrinone treated double KO cells and centrinone-treated WT cells after washout were also included. Scatter plots show each individual data point and horizontal black lines bars represent the mean."}
{"words": ["Quantification", "of", "MT", "density", "(", "MT", "mass", "polymer", "/", "cell", "area", ")", "(", "F", ")", "in", "control", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", ",", "akap", "KO", ",", "c5rap2", "KO", "and", "pcnt", "KO", "cells", ".", "Non", "-", "centrinone", "treated", "double", "KO", "cells", "and", "centrinone", "-", "treated", "WT", "cells", "after", "washout", "were", "also", "included", ".", "Scatter", "plots", "show", "each", "individual", "data", "point", "and", "horizontal", "black", "lines", "bars", "represent", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of MT density (MT mass polymer/cell area) (F) in control and centrinone-treated WT, akap KO, c5rap2 KO and pcnt KO cells. Non-centrinone treated double KO cells and centrinone-treated WT cells after washout were also included. Scatter plots show each individual data point and horizontal black lines bars represent the mean."}
{"words": ["A", ".", "Chemical", "structure", "of", "Nec", "-", "1", ".", "The", "schematic", "diagram", "was", "drawn", "by", "S", ".", "Lee", "using", "ChemDraw", "Professional", "15", ".", "0", ".", "software", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Chemical structure of Nec-1. The schematic diagram was drawn by S. Lee using ChemDraw Professional 15.0. software."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "MTT", "cytotoxicity", "assay", ".", "(", "B", ")", "HT22", "cell", "line", "was", "treated", "with", "various", "concentrations", "of", "Nec", "-", "1", "(", "0", "-", "200", "μM", ")", ".", "Aggregated", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "was", "used", "as", "the", "positive", "control", "for", "the", "induction", "of", "neural", "cell", "death", ".", "All", "data", "represented", "the", "mean", "±", "standard", "deviation", "of", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. MTT cytotoxicity assay. (B) HT22 cell line was treated with various concentrations of Nec-1 (0 - 200 μM). Aggregated Aβ(1-42) was used as the positive control for the induction of neural cell death. All data represented the mean ± standard deviation of three independent experiments performed in triplicate."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "MTT", "cytotoxicity", "assay", ".", "(", "C", ")", "HT22", ",", "BV2cell", "lines", "and", "primary", "astrocytes", "were", "pre", "-", "treated", "with", "Nec", "-", "1", "(", "50", "μM", ")", "15", "minutes", "prior", "to", "application", "of", "10", "μM", "of", "pre", "-", "aggregated", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "for", "indicated", "times", ".", "Cell", "proliferation", "was", "then", "measured", "by", "MTT", "assay", ".", "All", "data", "represented", "the", "mean", "±", "standard", "deviation", "of", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, C. MTT cytotoxicity assay. (C) HT22, BV2cell lines and primary astrocytes were pre-treated with Nec-1 (50 μM) 15 minutes prior to application of 10 μM of pre-aggregated Aβ(1-42) for indicated times. Cell proliferation was then measured by MTT assay. All data represented the mean ± standard deviation of three independent experiments performed in triplicate."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Neural", "cell", "death", "levels", "measured", "by", "staining", "with", "the", "Live", "/", "Dead", "Viability", "/", "Cytotoxicity", "Assay", "Kit", "(", "Molecular", "Probes", ")", ".", "Pre", "-", "treatment", "of", "cells", "with", "50", "μM", "Nec", "-", "1", "preceded", "the", "application", "of", "10", "μM", "pre", "-", "aggregated", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "by", "15", "minutes", ".", "The", "assay", "was", "performed", "24", "hours", "after", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "application", ".", "(", "D", ")", "Representation", "of", "the", "stained", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "500", "μm", "(", "E", ")", "Quantification", "of", "dead", "cells", "stained", "by", "EthD", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. Neural cell death levels measured by staining with the Live/Dead Viability/Cytotoxicity Assay Kit (Molecular Probes). Pre-treatment of cells with 50 μM Nec-1 preceded the application of 10 μM pre-aggregated Aβ(1-42) by 15 minutes. The assay was performed 24 hours after Aβ(1-42) application. (D) Representation of the stained cells. Scale bar = 500 μm (E) Quantification of dead cells stained by EthD-1."}
{"words": ["F", ".", "Internalization", "of", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "into", "HT22", "and", "BV2", "cell", "lines", "in", "the", "presence", "or", "the", "absence", "of", "Nec", "-", "1", "pre", "-", "treatment", "for", "indicated", "periods", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Internalization of Aβ(1-42) into HT22 and BV2 cell lines in the presence or the absence of Nec-1 pre-treatment for indicated periods."}
{"words": ["G", ".", "Cellular", "expression", "levels", "of", "indicated", "proteins", "in", "HT22", ",", "BV2", "cell", "lines", ",", "and", "primary", "astrocyte", "stimulated", "with", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "aggregates", "in", "the", "presence", "or", "the", "absence", "of", "Nec", "-", "1", "pre", "-", "treatment", "for", "24", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Cellular expression levels of indicated proteins in HT22, BV2 cell lines, and primary astrocyte stimulated with Aβ(1-42) aggregates in the presence or the absence of Nec-1 pre-treatment for 24 hours."}
{"words": ["A", "-", "E", ".", "Behavioural", "tests", "of", "APP", "/", "PS1mice", ".", "(", "B", "-", "D", ")", "Y", "-", "maze", "and", "passive", "avoidance", "tests", "on", "7", "-", "month", "-", "old", "APP", "/", "PS1mice", "after", "Nec", "-", "1", "administration", "for", "12", "weeks", ".", "Average", "alternation", "(", "%", ")", "for", "each", "test", "group", "(", "B", ")", "and", "total", "entry", "number", "into", "each", "arm", "(", "C", ")", "on", "Y", "-", "maze", ".", "(", "D", ")", "Average", "latency", "time", "in", "seconds", "for", "each", "test", "group", "on", "passive", "avoidance", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-E. Behavioural tests of APP/PS1mice. (B-D) Y-maze and passive avoidance tests on 7-month-old APP/PS1mice after Nec-1 administration for 12 weeks. Average alternation (%) for each test group (B) and total entry number into each arm (C) on Y-maze. (D) Average latency time in seconds for each test group on passive avoidance test."}
{"words": ["A", "-", "E", ".", "Behavioural", "tests", "of", "APP", "/", "PS1mice", ".", "(", "E", ")", "Survival", "of", "Wt", "and", "APP", "/", "PS1mice", "after", "injection", "of", "Nec", "-", "1", "(", "6", ".", "25", "mg", "/", "kg", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-E. Behavioural tests of APP/PS1mice. (E) Survival of Wt and APP/PS1mice after injection of Nec-1 (6.25 mg/kg)."}
{"words": ["F", "-", "I", ".", "Behavrioural", "tests", "of", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "infusion", "mice", ".", "(", "H", ",", "I", ")", "Y", "-", "maze", "tests", "on", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "infusion", "mice", "model", "injected", "with", "Nec", "-", "1", ".", "Average", "alternation", "(", "%", ")", "for", "each", "test", "group", "(", "H", ")", "and", "total", "entry", "number", "into", "each", "arm", "(", "I", ")", "on", "Y", "-", "maze", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-I. Behavrioural tests of Aβ(1-42) infusion mice. (H, I) Y-maze tests on Aβ(1-42) infusion mice model injected with Nec-1. Average alternation (%) for each test group (H) and total entry number into each arm (I) on Y-maze."}
{"words": ["A", ".", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "RIPK3", "with", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "in", "HT22", ",", "BV2", "cell", "lines", ",", "and", "primary", "astrocytes", "in", "response", "to", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "aggregates", ".", "IP", ",", "immunoprecipitation", ";", "IB", ",", "immunoblot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Co-immunoprecipitation of RIPK3 with Aβ(1-42) in HT22, BV2 cell lines, and primary astrocytes in response to Aβ(1-42) aggregates. IP, immunoprecipitation; IB, immunoblot."}
{"words": ["B", ".", "A", "close", "-", "up", "view", "of", "the", "interactions", "between", "Nec", "-", "1", "and", "surrounding", "residues", "in", "RIPK1", ".", "Nec", "-", "1", "is", "shown", "in", "green", ".", "The", "hydrophobic", "residues", "around", "Nec", "-", "1", "in", "RIPK1", "kinase", "domain", "are", "shown", "in", "sticks", ".", "Hydrogen", "bonds", "in", "this", "and", "all", "other", "figures", "are", "represented", "by", "yellow", "dashed", "lines", ".", "Docking", "score", "of", "Nec", "-", "1", "in", "RIPK1", "was", "-", "9", ".", "550", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. A close-up view of the interactions between Nec-1 and surrounding residues in RIPK1. Nec-1 is shown in green. The hydrophobic residues around Nec-1 in RIPK1 kinase domain are shown in sticks. Hydrogen bonds in this and all other figures are represented by yellow dashed lines. Docking score of Nec-1 in RIPK1 was -9.550."}
{"words": ["C", ".", "Surface", "treated", "view", "of", "12", "-", "mer", "Aβ", "fibrils", "(", "2LMO", ",", "VDW", "radius", "=", "0", ".", "55", "Å", ")", "having", "hydrophobic", "pockets", "plausible", "for", "Nec", "-", "1", "binding", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "C. Surface treated view of 12-mer Aβ fibrils (2LMO, VDW radius = 0.55 Å) having hydrophobic pockets plausible for Nec-1 binding."}
{"words": ["D", ".", "Docked", "structure", "of", "12", "-", "mer", "Aβ", "fibrils", "(", "2LMO", ")", "with", "4", "molecules", "of", "Nec", "-", "1", ".", "Docking", "scores", "for", "four", "top", "-", "ranked", "Glide", "docking", "poses", "of", "Nec", "-", "1", "in", "Aβ", "plaques", ";", "-", "8", ".", "338", ",", "-", "4", ".", "755", ",", "-", "8", ".", "493", ",", "and", "-", "6", ".", "754", "in", "clockwise", "order", "starting", "from", "the", "top", "-", "left", "corner", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Docked structure of 12-mer Aβ fibrils (2LMO) with 4 molecules of Nec-1. Docking scores for four top-ranked Glide docking poses of Nec-1 in Aβ plaques; -8.338, -4.755, -8.493, and -6.754 in clockwise order starting from the top-left corner."}
{"words": ["E", ".", "Surface", "plasmon", "resonance", "sensorgrams", "of", "Nec", "-", "1", "targeting", "Aβ", "(", "1", "-", "42", ")", "aggregates", "(", "left", ")", ",", "and", "the", "corresponding", "dissociation", "fitting", "curve", "from", "the", "saturated", "region", "(", "right", ")", "under", "various", "concentrations", "of", "Nec", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "E. Surface plasmon resonance sensorgrams of Nec-1 targeting Aβ(1-42) aggregates (left), and the corresponding dissociation fitting curve from the saturated region (right) under various concentrations of Nec-1."}
{"words": ["4", "-", "month", "-", "old", "APP", "/", "PS1", "(", "n", "=", "13", ",", "male", ")", "and", "age", "-", "matched", "wild", "-", "type", "(", "Wt", ",", "n", "=", "14", ",", "male", ")", "mice", "were", "intravenously", "injected", "with", "Nec", "-", "1", "(", "6", ".", "25", "mg", "/", "kg", ")", "or", "vehicle", "(", "2", ".", "5", "%", "DMSO", "in", "PBS", ")", "for", "12", "weeks", ".", "After", "the", "completion", "of", "behavioural", "tests", ",", "the", "brains", "of", "each", "group", "of", "mice", "were", "subjected", "to", "analysis", ".", "A", ".", "ThS", "-", "stained", "insoluble", "Aβplaques", "in", "whole", "brain", "and", "the", "hippocampal", "region", "of", "each", "group", ".", "Scale", "bars", "=", "1", "mM", "(", "upper", ")", ",", "200", "μM", "(", "lower", ")", ".", "B", "-", "G", ".", "Statistics", "of", "ThS", "-", "positive", "Aβplaques", "in", "the", "brains", "of", "APP", "/", "PS1mice", ".", "Total", "numbers", "and", "areas", "of", "ThS", "-", "positive", "Aβplaques", "in", "the", "whole", "brains", "(", "B", "and", "C", ")", ",", "cortex", "(", "D", "and", "E", ")", "and", "hippocampus", "(", "F", "and", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "4-month-old APP/PS1 (n = 13, male) and age-matched wild-type (Wt, n = 14, male) mice were intravenously injected with Nec-1 (6.25 mg/kg) or vehicle (2.5% DMSO in PBS) for 12 weeks. After the completion of behavioural tests, the brains of each group of mice were subjected to analysis.A. ThS-stained insoluble Aβplaques in whole brain and the hippocampal region of each group. Scale bars = 1 mM (upper), 200 μM (lower).B-G. Statistics of ThS-positive Aβplaques in the brains of APP/PS1mice. Total numbers and areas of ThS-positive Aβplaques in the whole brains (B and C), cortex (D and E) and hippocampus (F and G)."}
{"words": ["A", ".", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "cortical", "and", "hippocampal", "regions", "of", "the", "brains", "in", "wild", "-", "type", "(", "Wt", ")", "and", "APP", "/", "PS1mice", "after", "administration", "of", "Nec", "-", "1", "(", "6", ".", "25", "mg", "/", "kg", ")", "or", "vehicle", "(", "2", ".", "5", "%", "DMSO", "in", "PBS", ")", ".", "Diffuse", "plaques", "in", "the", "brain", "sections", "were", "stained", "by", "anti", "-", "Aβ", "antibody", "(", "6E10", "clone", ",", "green", "colour", ")", "and", "anti", "-", "GFAP", "antibody", "(", "red", "colour", ")", ".", "Hoechst", "33342", "(", "blue", "colour", ")", "was", "applied", "for", "nuclear", "counterstaining", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunohistochemical analysis of cortical and hippocampal regions of the brains in wild-type (Wt) and APP/PS1mice after administration of Nec-1 (6.25 mg/kg) or vehicle (2.5% DMSO in PBS). Diffuse plaques in the brain sections were stained by anti-Aβ antibody (6E10 clone, green colour) and anti-GFAP antibody (red colour). Hoechst 33342 (blue colour) was applied for nuclear counterstaining. Scale bars = 200 μM."}
{"words": ["B", "-", "D", ".", "Dot", "blot", "analysis", "of", "total", "Aβ", "(", "anti", "-", "Aβ", ":", "6E10", "clone", ",", "also", "recognizes", "APP", ")", "and", "protein", "oligomer", "(", "anti", "-", "amyloidogenic", "protein", "oligomer", "A11", ")", "in", "the", "cortical", "(", "B", ")", "and", "hippocampal", "(", "C", ")", "region", "of", "indicated", "groups", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "analysis", "of", "total", "Aβ", "and", "protein", "oligomer", "in", "the", "cortical", "and", "hippocampal", "region", "of", "indicated", "groups", ".", "Relative", "intensity", "of", "each", "band", "was", "determined", "by", "densitometry", "of", "dot", "blots", "(", "B", "and", "C", ")", "using", "ImageJ", "software", "and", "normalized", "to", "vehicle", "-", "administered", "APP", "/", "PS1mouse", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "B-D. Dot blot analysis of total Aβ (anti-Aβ: 6E10 clone, also recognizes APP) and protein oligomer (anti-amyloidogenic protein oligomer A11) in the cortical (B) and hippocampal (C) region of indicated groups. (D) Quantification analysis of total Aβ and protein oligomer in the cortical and hippocampal region of indicated groups. Relative intensity of each band was determined by densitometry of dot blots (B and C) using ImageJ software and normalized to vehicle-administered APP/PS1mouse group."}
{"words": ["B", "-", "D", ".", "Dot", "blot", "analysis", "of", "total", "Aβ", "(", "anti", "-", "Aβ", ":", "6E10", "clone", ",", "also", "recognizes", "APP", ")", "and", "protein", "oligomer", "(", "anti", "-", "amyloidogenic", "protein", "oligomer", "A11", ")", "in", "the", "cortical", "(", "B", ")", "and", "hippocampal", "(", "C", ")", "region", "of", "indicated", "groups", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "analysis", "of", "total", "Aβ", "and", "protein", "oligomer", "in", "the", "cortical", "and", "hippocampal", "region", "of", "indicated", "groups", ".", "Relative", "intensity", "of", "each", "band", "was", "determined", "by", "densitometry", "of", "dot", "blots", "(", "B", "and", "C", ")", "using", "ImageJ", "software", "and", "normalized", "to", "vehicle", "-", "administered", "APP", "/", "PS1mouse", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "B-D. Dot blot analysis of total Aβ (anti-Aβ: 6E10 clone, also recognizes APP) and protein oligomer (anti-amyloidogenic protein oligomer A11) in the cortical (B) and hippocampal (C) region of indicated groups. (D) Quantification analysis of total Aβ and protein oligomer in the cortical and hippocampal region of indicated groups. Relative intensity of each band was determined by densitometry of dot blots (B and C) using ImageJ software and normalized to vehicle-administered APP/PS1mouse group."}
{"words": ["E", ".", "Sandwich", "ELISA", "of", "Aβ", "-", "soluble", "and", "-", "insoluble", "fractions", "from", "cortical", "and", "hippocampal", "lysates", "of", "APP", "/", "PS1mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "E. Sandwich ELISA of Aβ-soluble and -insoluble fractions from cortical and hippocampal lysates of APP/PS1mice."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "cortical", "and", "hippocampal", "lysates", "from", "APP", "/", "PS1mice", "for", "APP", "and", "sAPP", "expressions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot analyses of cortical and hippocampal lysates from APP/PS1mice for APP and sAPP expressions."}
{"words": ["G", ".", "ThT", "assays", "for", "the", "inhibition", "of", "Aβ", "aggregation", ".", "Fluorescence", "intensity", "was", "normalized", "to", "Aβaggregates", "(", "100", "%", ",", "day", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. ThT assays for the inhibition of Aβ aggregation. Fluorescence intensity was normalized to Aβaggregates (100%, day 5)."}
{"words": ["H", ".", "SDS", "-", "PAGE", "analysis", "of", "PICUP", "cross", "-", "linked", "Aβaggregates", "visualized", "by", "silver", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. SDS-PAGE analysis of PICUP cross-linked Aβaggregates visualized by silver staining."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "phosphorylation", "levels", "of", "tau", "and", "expression", "levels", "of", "indicated", "proteins", "in", "the", "cortical", "and", "hippocampal", "regions", "of", "the", "brain", "in", "APP", "/", "PS1mice", "after", "administration", "of", "Nec", "-", "1", "(", "6", ".", "25", "mg", "/", "kg", ")", "or", "vehicle", "(", "2", ".", "5", "%", "DMSO", "in", "PBS", ")", ".", "The", "membranes", "analysed", "in", "(", "A", ")", "are", "identical", "to", "those", "in", "Fig", "5F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot analysis of phosphorylation levels of tau and expression levels of indicated proteins in the cortical and hippocampal regions of the brain in APP/PS1mice after administration of Nec-1 (6.25 mg/kg) or vehicle (2.5% DMSO in PBS). The membranes analysed in (A) are identical to those in Fig 5F."}
{"words": ["B", ".", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "cortical", "and", "hippocampal", "regions", "of", "the", "brains", "in", "wild", "-", "type", "(", "Wt", ")", "and", "APP", "/", "PS1mice", "after", "administration", "of", "Nec", "-", "1", "(", "6", ".", "25", "mg", "/", "kg", ")", "or", "vehicle", "(", "2", ".", "5", "%", "DMSO", "in", "PBS", ")", "for", "phosphorylated", "tau", "expression", "levels", ".", "Anti", "-", "tau", "(", "phospho", "Ser199", ")", "antibody", "(", "red", "colour", ")", "was", "applied", "for", "staining", "tau", "phosphorylation", "on", "Serine", "-", "199", "and", "Hoechst", "33342", "(", "blue", "colour", ")", "for", "nuclear", "counterstaining", "in", "the", "brain", "sections", ".", "Scale", "bars", "=", "200", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Immunohistochemical analysis of cortical and hippocampal regions of the brains in wild-type (Wt) and APP/PS1mice after administration of Nec-1 (6.25 mg/kg) or vehicle (2.5% DMSO in PBS) for phosphorylated tau expression levels. Anti-tau (phospho Ser199) antibody (red colour) was applied for staining tau phosphorylation on Serine-199 and Hoechst 33342 (blue colour) for nuclear counterstaining in the brain sections. Scale bars = 200 μM."}
{"words": ["C", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "phosphorylated", "RIPK3", "expressions", "in", "primary", "cultured", "astrocytes", "treated", "with", "Nec", "-", "1", "(", "lower", ")", ".", "The", "membranes", "analysed", "in", "(", "C", ")", "are", "identical", "to", "those", "in", "Fig", "1G", "and", "5F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Western blot analyses of phosphorylated RIPK3 expressions in primary cultured astrocytes treated with Nec-1 (lower). The membranes analysed in (C) are identical to those in Fig 1G and 5F."}
{"words": ["C", ".", "Western", "blot", "analyses", "of", "phosphorylated", "RIPK3", "expressions", "in", "cortex", "and", "hippocampus", "of", "APP", "/", "PS1mice", "injected", "with", "Nec", "-", "1", "(", "upper", ")", ".", "The", "membranes", "analysed", "in", "(", "C", ")", "are", "identical", "to", "those", "in", "Fig", "1G", "and", "5F", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Western blot analyses of phosphorylated RIPK3 expressions in cortex and hippocampus of APP/PS1mice injected with Nec-1 (upper). The membranes analysed in (C) are identical to those in Fig 1G and 5F."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "ThT", "assays", "for", "the", "inhibition", "of", "tau", "aggregation", "(", "D", ")", "and", "for", "disaggregation", "of", "tau", "(", "E", ")", ".", "Fluorescence", "intensity", "was", "normalized", "to", "tauaggregates", "(", "100", "%", ",", "day", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E. ThT assays for the inhibition of tau aggregation (D) and for disaggregation of tau (E). Fluorescence intensity was normalized to tauaggregates (100%, day 5)."}
{"words": ["F", ".", "Surface", "plasmon", "resonance", "sensorgrams", "of", "Nec", "-", "1", "targeting", "tau", "(", "left", ")", ",", "and", "the", "corresponding", "dissociation", "fitting", "curve", "from", "the", "saturated", "region", "(", "right", ")", "under", "various", "concentrations", "of", "Nec", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "F. Surface plasmon resonance sensorgrams of Nec-1 targeting tau (left), and the corresponding dissociation fitting curve from the saturated region (right) under various concentrations of Nec-1."}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", "and", "BMI", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression and BMI Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D)."}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", ",", "plasma", "alanine", "aminotransferase", "(", "ALAT", ")", "(", "B", ")", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression , plasma alanine aminotransferase (ALAT) (B) Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D)."}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", "and", "liver", "fat", "content", "(", "C", ")", ".", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression and liver fat content (C). Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D)."}
{"words": ["ASK1", "mRNA", "expression", "in", "patients", "with", "different", "NASH", "scores", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", ".", "*", "*", "*"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ASK1 mRNA expression in patients with different NASH scores Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D). ***"}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", "and", "ATG5", "(", "E", ")", "mRNA", "expression", ".", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", ".", "*", "*", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression and ATG5 (E) mRNA expression. Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D). ***"}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", "and", "ATG7", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression and ATG7 Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D)."}
{"words": ["Scatter", "plot", "and", "correlation", "coefficient", "(", "r", ")", "of", "ASK1", "mRNA", "expression", "and", "ATG12", "mRNA", "expression", ".", "Data", "were", "collected", "in", "lean", "subjects", "(", "n", "=", "14", ")", ",", "obese", "subjects", "(", "n", "=", "23", ")", "and", "obese", "subjects", "with", "type", "2", "diabetes", "(", "n", "=", "19", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "D", ")", ".", "*", "*", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plot and correlation coefficient (r) of ASK1 mRNA expression and ATG12 mRNA expression. Data were collected in lean subjects (n=14), obese subjects (n=23) and obese subjects with type 2 diabetes (n=19). Values are expressed as mean ± SEM (D). ***"}
{"words": ["Hepatocytes", "were", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", "or", "Palm", "+", "Rap", "for", "24", "h", ".", "Cells", "were", "stained", "for", "lipid", "droplet", "accumulation", "(", "Bodipy", "493", "/", "503", ",", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "Hoechst", ",", "blue", ")", ".", "Lipid", "accumulation", "was", "quantified", "using", "automated", "image", "-", "based", "analysis", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hepatocytes were treated with BSA, Palm or Palm+Rap for 24 h. Cells were stained for lipid droplet accumulation (Bodipy 493/503, green) and nuclei (Hoechst, blue). Lipid accumulation was quantified using automated image-based analysis (n=4 biological replicates). Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Shown", "is", "one", "representative", "Western", "blot", "from", "two", "independent", "experiments", "of", "hepatocytes", "transfected", "with", "siRNA", "targeting", "ASK1", "(", "siASK1", ")", "or", "non", "-", "targeting", "siRNA", "control", "(", "siCtrl", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Shown is one representative Western blot from two independent experiments of hepatocytes transfected with siRNA targeting ASK1 (siASK1) or non-targeting siRNA control (siCtrl)."}
{"words": ["Lipid", "accumulation", "was", "quantified", "using", "automated", "image", "-", "based", "analysis", "in", "ASK1", "knockdown", "(", "siASK1", ";", "grey", "bars", ")", "or", "control", "(", "siCtrl", ";", "black", "bars", ")", "cells", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", ",", "Palm", "+", "Rap", "and", "stained", "as", "mentioned", "above", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lipid accumulation was quantified using automated image-based analysis in ASK1 knockdown (siASK1; grey bars) or control (siCtrl; black bars) cells treated with BSA, Palm, Palm+Rap and stained as mentioned above (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["Shown", "is", "one", "representative", "Western", "blot", "from", "two", "independent", "experiments", "and", "quantification", "of", "LC3", "-", "II", "/", "I", "and", "p62", "protein", "levels", "in", "siCtrl", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "or", "siASK1", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "cells", "treated", "with", "Palm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Shown is one representative Western blot from two independent experiments and quantification of LC3-II/I and p62 protein levels in siCtrl (n=4 biological replicates) or siASK1 (n=4 biological replicates) cells treated with Palm."}
{"words": ["Colocalization", "of", "LC3", "-", "II", "punctate", "(", "red", ";", "arrow", ")", "with", "lipid", "(", "BODIPY", "493", "/", "503", ",", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "Hoechst", ",", "blue", ")", "in", "siCtrl", "or", "siASK1", "cells", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", "or", "Palm", "+", "Rap", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colocalization of LC3-II punctate (red; arrow) with lipid (BODIPY 493/503, green) and nuclei (Hoechst, blue) in siCtrl or siASK1 cells treated with BSA, Palm or Palm+Rap. Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Colocalization", "of", "LC3", "-", "II", "punctate", "with", "lipid", "droplets", "(", "BODIPY", "493", "/", "503", ",", "green", ")", "was", "quantified", "in", "hepatocytes", "transfected", "with", "siRNA", "targeting", "ASK1", "(", "siASK1", ";", "grey", "bars", ")", "or", "non", "-", "targeting", "siRNA", "control", "(", "siCtrl", ";", "black", "bars", ")", "and", "treated", "with", "BSA", "or", "BSA", "+", "Baf", "for", "24", "hours", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colocalization of LC3-II punctate with lipid droplets (BODIPY 493/503, green) was quantified in hepatocytes transfected with siRNA targeting ASK1 (siASK1; grey bars) or non-targeting siRNA control (siCtrl; black bars) and treated with BSA or BSA+Baf for 24 hours (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["Lipid", "accumulation", "was", "quantified", "using", "automated", "image", "-", "based", "analysis", "in", "ASK1", "knockdown", "(", "siASK1", ";", "grey", "bars", ")", "or", "control", "(", "siCtrl", ";", "black", "bars", ")", "cells", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", "or", "Palm", "+", "Baf", "and", "stained", "as", "mentioned", "above", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*"], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lipid accumulation was quantified using automated image-based analysis in ASK1 knockdown (siASK1; grey bars) or control (siCtrl; black bars) cells treated with BSA, Palm or Palm+Baf and stained as mentioned above (n=4 biological replicates). Values are expressed as mean ± SEM. *"}
{"words": ["Representative", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "with", "H", "&", "E", "from", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of liver sections stained with H&E from mice fed a HFD for 20 weeks. Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Liver", "triglyceride", "(", "TG", ")", "content", "of", "mice", "fed", "a", "chow", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "6", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "6", "mice", ")", "or", "HFD", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "14", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "15", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liver triglyceride (TG) content of mice fed a chow (ASK1F/F n=6 mice; ASK1Δhep n=6 mice) or HFD (ASK1F/F n=14 mice; ASK1Δhep n=15 mice)."}
{"words": ["Relative", "mRNA", "expression", "of", "perilipin", "(", "Plin", ")", "and", "very", "low", "-", "density", "lipoprotein", "receptor", "(", "Vldlr", ")", "in", "liver", "of", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "6", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "7", "mice", "(", "Vldlr", ")", "or", "n", "=", "8", "mice", "(", "Plin", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA expression of perilipin (Plin) and very low-density lipoprotein receptor (Vldlr) in liver of mice fed a HFD for 20 weeks (ASK1F/F n=6 mice; ASK1Δhep n=7 mice (Vldlr) or n=8 mice (Plin))."}
{"words": ["Relative", "mRNA", "expression", "of", "genes", "involved", "in", "inflammation", "in", "liver", "of", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "6", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "7", "mice", "(", "F4", "/", "80", ",", "Mcp1", ")", "or", "ASK1Δhep", "n", "=", "8", "mice", "(", "Il", "-", "6", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA expression of genes involved in inflammation in liver of mice fed a HFD for 20 weeks (ASK1F/F n=6 mice; ASK1Δhep n=7 mice (F4/80, Mcp1) or ASK1Δhep n=8 mice (Il-6))."}
{"words": ["Relative", "mRNA", "expression", "of", "collagen", ",", "type", "I", ",", "alpha", "1", "(", "Col1a1", ")", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "11", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "15", "mice", ")", "and", "transforming", "growth", "factor", "beta", "1", "(", "Tgfβ1", ")", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "6", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "8", "mice", ")", "in", "liver", "of", "HFD", "-", "fed", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA expression of collagen, type I, alpha 1 (Col1a1) (ASK1F/F n=11 mice; ASK1Δhep n=15 mice) and transforming growth factor beta 1 (Tgfβ1) (ASK1F/F n=6 mice; ASK1Δhep n=8 mice) in liver of HFD-fed mice."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "with", "Sirius", "Red", "(", "scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of liver sections stained with Sirius Red (scale bar represents 100 µm)"}
{"words": ["quantification", "of", "Sirius", "Red", "positive", "area", "in", "liver", "of", "mice", "fed", "a", "HFD", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "8", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "8", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "quantification of Sirius Red positive area in liver of mice fed a HFD (ASK1F/F n=8 mice; ASK1Δhep n=8 mice)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "with", "α", "-", "SMA", "from", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of liver sections stained with α-SMA from mice fed a HFD for 20 weeks. Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Shown", "is", "one", "representative", "Western", "blot", "from", "two", "independent", "experiments", "and", "quantification", "of", "hepatic", "COL1A1", "protein", "levels", "in", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "8", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "8", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Shown is one representative Western blot from two independent experiments and quantification of hepatic COL1A1 protein levels in mice fed a HFD for 20 weeks (ASK1F/F n=8 mice; ASK1Δhep n=8 mice)."}
{"words": ["Liver", "triglyceride", "(", "TG", ")", "content", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "7", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "7", "mice", ")", "and", "quantification", "of", "Sirius", "Red", "positive", "area", "in", "livers", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "7", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "7", "mice", ")", "of", "15", "months", "old", "chow", "-", "fed", "mice", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "#"], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liver triglyceride (TG) content (ASK1F/F n=7 mice; ASK1Δhep n=7 mice) and quantification of Sirius Red positive area in livers (ASK1F/F n=7 mice; ASK1Δhep n=7 mice) of 15 months old chow-fed mice. Values are expressed as mean ± SEM. #"}
{"words": ["Shown", "is", "one", "representative", "Western", "blots", "from", "two", "independent", "experiments", "and", "quantification", "of", "respective", "protein", "levels", "in", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "8", "mice", ";", "ASK1Δhep", "n", "=", "8", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Shown is one representative Western blots from two independent experiments and quantification of respective protein levels in mice fed a HFD for 20 weeks (ASK1F/F n=8 mice; ASK1Δhep n=8 mice)."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "for", "LC3", "-", "II", "punctate", "(", "red", ")", "and", "nuclei", "(", "DAPI", ",", "blue", ")", "in", "mice", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence images of liver sections stained for LC3-II punctate (red) and nuclei (DAPI, blue) in mice. Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Primary", "hepatocytes", "isolated", "from", "chow", "-", "fed", "ASK1F", "/", "F", "(", ")", "and", "ASK1Δhep", "(", ")", "mice", "were", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", ",", "Palm", "+", "Rap", "or", "Palm", "+", "Rap", "+", "Baf", "for", "24", "h", ".", "Cells", "were", "stained", "for", "lipid", "droplet", "accumulation", "(", "Bodipy", "493", "/", "503", ",", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "Hoechst", ",", "blue", ")", ".", "Lipid", "accumulation", "was", "quantified", "using", "automated", "image", "-", "based", "analysis", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Primary hepatocytes isolated from chow-fed ASK1F/F () and ASK1Δhep () mice were treated with BSA, Palm, Palm+Rap or Palm+Rap+Baf for 24 h. Cells were stained for lipid droplet accumulation (Bodipy 493/503, green) and nuclei (Hoechst, blue). Lipid accumulation was quantified using automated image-based analysis (n=4 biological replicates)."}
{"words": ["Colocalization", "of", "LC3", "-", "II", "punctate", "(", "red", ")", "with", "lipid", "(", "BODIPY", "493", "/", "503", ",", "green", ")", "and", "nuclei", "(", "Hoechst", ",", "blue", ")", "in", "primary", "hepatocytes", "treated", "with", "BSA", ",", "Palm", ",", "Palm", "+", "Rap", "or", "Palm", "+", "Rap", "+", "Baf", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colocalization of LC3-II punctate (red) with lipid (BODIPY 493/503, green) and nuclei (Hoechst, blue) in primary hepatocytes treated with BSA, Palm, Palm+Rap or Palm+Rap+Baf. Scale bar represents 100 µm. Values are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["Western", "blots", "and", "quantification", "of", "respective", "protein", "levels", "in", "liver", "of", "HFD", "-", "fed", "mice", "treated", "with", "or", "without", "ASK1", "inhibitor", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "treatment", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blots and quantification of respective protein levels in liver of HFD-fed mice treated with or without ASK1 inhibitor (n=4 mice per treatment)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "with", "H", "&", "E", "(", "scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of liver sections stained with H&E (scale bar represents 100 µm)"}
{"words": ["liver", "triglyceride", "(", "TG", ")", "content", "of", "HFD", "-", "fed", "mice", "treated", "with", "or", "without", "ASK1", "inhibitor", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "treatment", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "liver triglyceride (TG) content of HFD-fed mice treated with or without ASK1 inhibitor (n=8 mice per treatment)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "liver", "sections", "stained", "with", "H", "&", "E", "from", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", " ", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of liver sections stained with H&E from mice fed a HFD for 20 weeks. Scale bar represents 100 µm."}
{"words": ["Liver", "triglyceride", "(", "TG", ")", "content", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "11", "mice", ";", "ASK1", "+", "hep", "n", "=", "10", "mice", ")", "in", "livers", "of", "mice", "fed", "a", "HFD", "for", "20", "weeks", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Liver triglyceride (TG) content (ASK1F/F n=11 mice; ASK1+hep n=10 mice) in livers of mice fed a HFD for 20 weeks."}
{"words": ["Western", "blots", "and", "quantification", "of", "protein", "levels", "of", "respective", "targets", "in", "liver", "of", "HFD", "-", "fed", "mice", "(", "n", "=", "8", "mice", "per", "genotype", "for", "pJNK", "and", "ATG12", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", "for", "pBCN1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blots and quantification of protein levels of respective targets in liver of HFD-fed mice (n=8 mice per genotype for pJNK and ATG12, n=4 mice per genotype for pBCN1)."}
{"words": ["Quantification", "of", "Sirius", "Red", "positive", "area", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "11", "mice", ";", "ASK1", "+", "hep", "n", "=", "9", "mice", ")", "in", "livers", "of", "CCl4", "-", "injected", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of Sirius Red positive area (ASK1F/F n=11 mice; ASK1+hep n=9 mice) in livers of CCl4-injected mice."}
{"words": ["Relative", "mRNA", "expression", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "13", "mice", ";", "ASK1", "+", "hep", "n", "=", "14", "mice", ")", "of", "respective", "genes", "involved", "in", "inflammation", "and", "fibrosis", "in", "liver", "of", "CCl4", "-", "injected", "mice", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "#"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA expression (ASK1F/F n=13 mice; ASK1+hep n=14 mice) of respective genes involved in inflammation and fibrosis in liver of CCl4-injected mice. Values are expressed as mean ± SEM. #"}
{"words": ["Relative", "mRNA", "expression", "(", "ASK1F", "/", "F", "n", "=", "13", "mice", ";", "ASK1", "+", "hep", "n", "=", "14", "mice", ")", "of", "respective", "genes", "involved", "in", "inflammation", "and", "fibrosis", "in", "liver", "of", "CCl4", "-", "injected", "mice", ".", "Values", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative mRNA expression (ASK1F/F n=13 mice; ASK1+hep n=14 mice) of respective genes involved in inflammation and fibrosis in liver of CCl4-injected mice. Values are expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "endogenous", "Egg", "immunopurified", "from", "OSCs", ".", "Anti", "-", "Egg", "antibodies", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "and", "western", "blotting", ".", "Input", ":", "OSC", "total", "lysates", "used", "for", "IP", ".", "n", ".", "i", ".", ":", "nonimmune", "IgG", "used", "as", "an", "IP", "negative", "control", ".", "M", ".", "W", ".", "indicates", "protein", "molecular", "weight", "marker", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of endogenous Egg immunopurified from OSCs. Anti-Egg antibodies were used for immunoprecipitation (IP) and western blotting. Input: OSC total lysates used for IP. n.i.: nonimmune IgG used as an IP negative control. M.W. indicates protein molecular weight marker."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "Egg", "expressed", "in", "OSCs", ".", "Anti", "-", "Myc", "(", "Myc", ")", "and", "anti", "-", "β", "-", "Tubulin", "(", "Tub", ")", "antibodies", "were", "used", ".", "Tub", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Control", ":", "empty", "vector", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-Egg expressed in OSCs. Anti-Myc (Myc) and anti-β-Tubulin (Tub) antibodies were used. Tub was detected as a loading control. Control: empty vector was used as a negative control."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "endogenous", "Egg", "immunopurified", "from", "OSCs", ".", "Anti", "-", "Egg", "antibodies", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", ".", "Anti", "-", "Egg", "and", "anti", "-", "Ub", "antibodies", "were", "used", "for", "western", "blotting", "(", "WB", ")", ".", "Input", ":", "OSC", "total", "lysates", "used", "for", "IP", ".", "n", ".", "i", ".", ":", "nonimmune", "IgG", "used", "as", "an", "IP", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of endogenous Egg immunopurified from OSCs. Anti-Egg antibodies were used for immunoprecipitation (IP). Anti-Egg and anti-Ub antibodies were used for western blotting (WB). Input: OSC total lysates used for IP. n.i.: nonimmune IgG used as an IP negative control."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Egg", "immunopurified", "from", "total", "OSC", "lysates", "before", "(", "-", ")", "and", "after", "(", "+", ")", "phosphatase", "treatment", ".", "Anti", "-", "Egg", "antibodies", "were", "used", "for", "both", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "and", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Egg immunopurified from total OSC lysates before (-) and after (+) phosphatase treatment. Anti-Egg antibodies were used for both immunoprecipitation (IP) and western blotting."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", "and", "its", "K1085R", "and", "S215", "/", "T217", "(", "STAA", ")", "mutants", "expressed", "in", "OSCs", ".", "Egg", "modifications", "identified", "in", "this", "study", "are", "summarized", "on", "the", "right", ".", "P", ":", "phosphorylation", ".", "Ub", ":", "monoubiquitination", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-Egg WT and its K1085R and S215/T217 (STAA) mutants expressed in OSCs. Egg modifications identified in this study are summarized on the right. P: phosphorylation. Ub: monoubiquitination."}
{"words": ["In", "vitro", "histone", "methyltransferase", "assays", ".", "Top", "and", "second", "from", "the", "top", ":", "silver", "staining", "of", "purified", "Myc", "-", "Egg", "and", "Myc", "-", "EGFP", ".", "Second", "from", "the", "bottom", ":", "CBB", "staining", "of", "histone", "H3", ".", "1", ".", "Bottom", ":", "14C", "autoradiogram", ".", "EGFP", ":", "Myc", "-", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "l", ".", "c", ".", ":", "light", "chain", "of", "antibody", ".", "Time", ":", "reaction", "time", "(", "min", ")", "of", "individual", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro histone methyltransferase assays. Top and second from the top: silver staining of purified Myc-Egg and Myc-EGFP. Second from the bottom: CBB staining of histone H3.1. Bottom: 14C autoradiogram. EGFP: Myc-EGFP was used as a negative control. l.c.: light chain of antibody. Time: reaction time (min) of individual samples."}
{"words": ["Rescue", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "WT", "and", "its", "K1085R", "and", "STAA", "mutants", "were", "expressed", "in", "OSCs", "upon", "endogenous", "Egg", "depletion", "(", "siEgg", ")", ".", "Western", "blotting", "(", "WB", ")", "was", "performed", "using", "anti", "-", "Egg", "and", "anti", "-", "Myc", "antibodies", ".", "RT", "-", "qPCR", "was", "used", "to", "quantify", "Stalker2", "transposon", "expression", "level", ".", "The", "act5c", "gene", "was", "used", "for", "normalization", ".", "siEGFP", ":", "siRNA", "for", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "n", ".", "s", ".", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rescue assays. Myc-Egg WT and its K1085R and STAA mutants were expressed in OSCs upon endogenous Egg depletion (siEgg). Western blotting (WB) was performed using anti-Egg and anti-Myc antibodies. RT-qPCR was used to quantify Stalker2 transposon expression level. The act5c gene was used for normalization. siEGFP: siRNA for EGFP was used as a negative control. Error bars represent SD from three independent experiments. *p < 0.05 (unpaired Student's t-test). n.s.: not significant."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "OSCs", "using", "anti", "-", "Egg", "antibodies", ".", "Endogenous", "Egg", "is", "shown", "in", "red", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of OSCs using anti-Egg antibodies. Endogenous Egg is shown in red. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "fractionated", "OSC", "materials", ".", "Anti", "-", "Egg", ",", "anti", "-", "β", "-", "Tubulin", "(", "Tub", ")", ",", "and", "anti", "-", "histone", "H3", "antibodies", "were", "used", ".", "H3", "and", "Tub", "were", "detected", "as", "markers", "for", "nuclear", "(", "Nuc", ")", "and", "cytoplasmic", "(", "Cyto", ")", "fractions", ",", "respectively", ".", "Whole", ":", "the", "whole", "OSC", "lysates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of fractionated OSC materials. Anti-Egg, anti-β-Tubulin (Tub), and anti-histone H3 antibodies were used. H3 and Tub were detected as markers for nuclear (Nuc) and cytoplasmic (Cyto) fractions, respectively. Whole: the whole OSC lysates."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "Egg", "expressed", "in", "OSCs", "before", "(", "siEGFP", ")", "and", "after", "(", "siUbc2", ")", "Ubc2", "depletion", ".", "Anti", "-", "Myc", "-", "antibody", "was", "used", "for", "western", "blotting", ".", "The", "ratios", "of", "mUb", "-", "Egg", "over", "non", "-", "mUb", "-", "Egg", "band", "signals", "were", "1", ".", "43", "(", "siEGFP", ")", "and", "0", ".", "78", "(", "siUbc2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-Egg expressed in OSCs before (siEGFP) and after (siUbc2) Ubc2 depletion. Anti-Myc-antibody was used for western blotting. The ratios of mUb-Egg over non-mUb-Egg band signals were 1.43 (siEGFP) and 0.78 (siUbc2)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "using", "anti", "-", "Flag", "antibody", "to", "identify", "Flag", "-", "Ubc2", "(", "green", ")", "expressed", "in", "OSCs", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis using anti-Flag antibody to identify Flag-Ubc2 (green) expressed in OSCs. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", ",", "and", "Myc", "-", "PKI", "-", "NES", "-", "Egg", "expressed", "in", "OSCs", "using", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of Myc-Egg WT, Myc-SV40-NLS-Egg, and Myc-PKI-NES-Egg expressed in OSCs using anti-Myc antibody. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", ",", "and", "Myc", "-", "PKI", "-", "NES", "-", "Egg", "expressed", "in", "OSCs", ".", "Anti", "-", "Myc", "antibody", "was", "used", ".", "The", "ratios", "of", "mUb", "-", "Egg", "over", "non", "-", "mUb", "-", "Egg", "band", "signals", "were", "1", ".", "50", "(", "WT", ")", ",", "2", ".", "29", "(", "SV40", "-", "NLS", ")", ",", "and", "0", ".", "95", "(", "PKI", "-", "NES", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-Egg WT, Myc-SV40-NLS-Egg, and Myc-PKI-NES-Egg expressed in OSCs. Anti-Myc antibody was used. The ratios of mUb-Egg over non-mUb-Egg band signals were 1.50 (WT), 2.29 (SV40-NLS), and 0.95 (PKI-NES)."}
{"words": ["Rescue", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", ",", "and", "Myc", "-", "PKI", "-", "NES", "-", "Egg", "were", "expressed", "in", "OSCs", "upon", "endogenous", "Egg", "depletion", "(", "siEgg", ")", ".", "Western", "blotting", "was", "performed", "using", "anti", "-", "Egg", "(", "left", ")", "and", "anti", "-", "Myc", "(", "right", ")", "antibodies", ".", "Stalker2", "transposon", "expression", "was", "quantified", "using", "RT", "-", "qPCR", ".", "The", "act5c", "gene", "was", "used", "for", "normalization", ".", "siEGFP", ":", "siRNA", "for", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rescue assays. Myc-Egg WT, Myc-SV40-NLS-Egg, and Myc-PKI-NES-Egg were expressed in OSCs upon endogenous Egg depletion (siEgg). Western blotting was performed using anti-Egg (left) and anti-Myc (right) antibodies. Stalker2 transposon expression was quantified using RT-qPCR. The act5c gene was used for normalization. siEGFP: siRNA for EGFP was used as a negative control. Error bars represent SD from three independent experiments. *p < 0.05 (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["In", "vitro", "HMT", "assays", ".", "Top", ":", "silver", "staining", "of", "purified", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "Egg", "K1085R", ",", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "WT", ",", "and", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "K1085R", ".", "Middle", ":", "CBB", "staining", "of", "histone", "H3", ".", "1", ".", "Bottom", ":", "14C", "autoradiogram", ".", "Myc", "-", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "(", "EGFP", ":", "not", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In vitro HMT assays. Top: silver staining of purified Myc-Egg WT, Myc-Egg K1085R, Myc-SV40-NLS-Egg WT, and Myc-SV40-NLS-Egg K1085R. Middle: CBB staining of histone H3.1. Bottom: 14C autoradiogram. Myc-EGFP was used as a negative control (EGFP: not shown)."}
{"words": ["Rescue", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "Egg", "K1085R", ",", "and", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "K1085R", "were", "expressed", "in", "OSCs", "upon", "endogenous", "Egg", "depletion", "(", "siEgg", ")", ".", "Western", "blotting", "was", "performed", "using", "anti", "-", "Egg", "(", "left", ")", "and", "anti", "-", "Myc", "(", "right", ")", "antibodies", ".", "RT", "-", "qPCR", "quantified", "the", "expression", "level", "of", "the", "Stalker2", "transposon", ".", "The", "act5c", "gene", "was", "used", "for", "normalization", ".", "siEGFP", ":", "siRNA", "for", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rescue assays. Myc-Egg WT, Myc-Egg K1085R, and Myc-SV40-NLS-K1085R were expressed in OSCs upon endogenous Egg depletion (siEgg). Western blotting was performed using anti-Egg (left) and anti-Myc (right) antibodies. RT-qPCR quantified the expression level of the Stalker2 transposon. The act5c gene was used for normalization. siEGFP: siRNA for EGFP was used as a negative control. Error bars represent SD from three independent experiments. *p < 0.05 (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "endogenous", "Egg", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "using", "anti", "-", "Egg", "antibody", "before", "(", "siEGFP", ")", "and", "after", "(", "siWde", ")", "Wde", "depletion", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of endogenous Egg (red) in OSCs using anti-Egg antibody before (siEGFP) and after (siWde) Wde depletion. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Western", "blotting", "on", "fractionated", "materials", "of", "OSCs", "before", "(", "siEGFP", ")", "and", "after", "(", "siWde", ")", "Wde", "depletion", ".", "Anti", "-", "Egg", ",", "anti", "-", "Wde", ",", "anti", "-", "Tub", ",", "and", "anti", "-", "H3", "antibodies", "were", "used", ".", "H3", "and", "Tub", "were", "detected", "as", "markers", "for", "nuclear", "(", "Nuc", ")", "and", "cytoplasmic", "(", "Cyto", ")", "fractions", ",", "respectively", ".", "Whole", ":", "whole", "OSC", "lysates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting on fractionated materials of OSCs before (siEGFP) and after (siWde) Wde depletion. Anti-Egg, anti-Wde, anti-Tub, and anti-H3 antibodies were used. H3 and Tub were detected as markers for nuclear (Nuc) and cytoplasmic (Cyto) fractions, respectively. Whole: whole OSC lysates."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "endogenous", "Egg", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "upon", "Flag", "-", "Wde", "(", "green", ")", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "Egg", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of endogenous Egg (red) in OSCs upon Flag-Wde (green) co-expression. Anti-Egg and anti-Flag antibodies were used. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "upon", "Wde", "co", "-", "expression", "(", "green", ")", ".", "Anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of Myc-Egg WT (red) in OSCs upon Wde co-expression (green). Anti-Myc and anti-Flag antibodies were used. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Western", "blotting", "on", "fractionated", "materials", "of", "Myc", "-", "Egg", "-", "expressed", "OSCs", "before", "(", "-", ")", "and", "after", "Wde", "WT", "and", "Wde", "∆", "CC", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "Myc", ",", "anti", "-", "Flag", ",", "anti", "-", "Tub", ",", "and", "anti", "-", "H3", "antibodies", "were", "used", ".", "H3", "and", "Tub", "were", "detected", "as", "markers", "for", "nuclear", "(", "Nuc", ")", "and", "cytoplasmic", "(", "Cyto", ")", "fractions", ",", "respectively", ".", "Whole", ":", "the", "whole", "OSC", "lysates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting on fractionated materials of Myc-Egg-expressed OSCs before (-) and after Wde WT and Wde ∆CC co-expression. Anti-Myc, anti-Flag, anti-Tub, and anti-H3 antibodies were used. H3 and Tub were detected as markers for nuclear (Nuc) and cytoplasmic (Cyto) fractions, respectively. Whole: the whole OSC lysates."}
{"words": ["Protein", "-", "protein", "interaction", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "and", "Flag", "-", "Wde", "WT", "and", "its", "∆", "CC", "mutant", "were", "expressed", "in", "OSCs", ".", "Immunoprecipitation", "was", "conducted", "using", "anti", "-", "Flag", "antibody", "while", "anti", "-", "Myc", "(", "upper", ")", "and", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", ")", "antibodies", "were", "used", "for", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Protein-protein interaction assays. Myc-Egg and Flag-Wde WT and its ∆CC mutant were expressed in OSCs. Immunoprecipitation was conducted using anti-Flag antibody while anti-Myc (upper) and anti-Flag (lower) antibodies were used for western blotting."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "upon", "Flag", "-", "Wde", "WT", "and", "∆", "CC", "mutant", "(", "green", ")", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of Myc-Egg WT (red) in OSCs upon Flag-Wde WT and ∆CC mutant (green) co-expression. Anti-Myc and anti-Flag antibodies were used. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "Egg", "K987A", ",", "and", "Myc", "-", "Egg", "R988A", "mutants", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "before", "and", "after", "Flag", "-", "Wde", "(", "green", ")", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of Myc-Egg WT, Myc-Egg K987A, and Myc-Egg R988A mutants (red) in OSCs before and after Flag-Wde (green) co-expression. Anti-Myc and anti-Flag antibodies were used. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "Egg", "WT", "and", "its", "K987A", "and", "R988A", "mutants", ".", "Flag", "-", "Wde", ":", "Flag", "-", "Wde", "was", "co", "-", "expressed", ".", "SV40", "-", "NLS", ":", "SV40", "-", "NLS", "was", "added", "to", "Myc", "-", "Egg", ".", "Anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-Egg WT and its K987A and R988A mutants. Flag-Wde: Flag-Wde was co-expressed. SV40-NLS: SV40-NLS was added to Myc-Egg. Anti-Myc and anti-Flag antibodies were used."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "Myc", "-", "Egg", "K987A", "and", "Myc", "-", "Egg", "R988A", "mutants", "(", "red", ")", "in", "OSCs", ".", "Both", "mutants", "were", "fused", "to", "SV40", "-", "NLS", ".", "Anti", "-", "Myc", "antibody", "was", "used", "for", "detection", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of Myc-Egg K987A and Myc-Egg R988A mutants (red) in OSCs. Both mutants were fused to SV40-NLS. Anti-Myc antibody was used for detection. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Protein", "-", "protein", "interaction", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "WT", ",", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "WT", ",", "and", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "K1085R", "mutant", "were", "expressed", "with", "Flag", "-", "Wde", "in", "OSCs", ".", "Immunoprecipitation", "was", "conducted", "using", "anti", "-", "Flag", "antibody", "while", "anti", "-", "Myc", "(", "upper", ")", "and", "anti", "-", "Flag", "(", "lower", ")", "antibodies", "were", "used", "for", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Protein-protein interaction assays. Myc-Egg WT, Myc-SV40-NLS-Egg WT, and Myc-SV40-NLS-Egg K1085R mutant were expressed with Flag-Wde in OSCs. Immunoprecipitation was conducted using anti-Flag antibody while anti-Myc (upper) and anti-Flag (lower) antibodies were used for western blotting."}
{"words": ["Rescue", "assays", ".", "Myc", "-", "Egg", "WT", "and", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "WT", "were", "expressed", "in", "OSCs", "upon", "endogenous", "Egg", "and", "Wde", "depletion", "(", "siEgg", "and", "siWde", ")", ".", "Western", "blotting", "was", "performed", "using", "anti", "-", "Egg", "(", "left", ")", "and", "anti", "-", "Myc", "(", "right", ")", "antibodies", ".", "RT", "-", "qPCR", "quantified", "the", "expression", "level", "of", "Stalker2", "transposon", ".", "The", "act5c", "gene", "was", "used", "for", "normalization", ".", "siEGFP", ":", "siRNA", "for", "EGFP", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rescue assays. Myc-Egg WT and Myc-SV40-NLS-Egg WT were expressed in OSCs upon endogenous Egg and Wde depletion (siEgg and siWde). Western blotting was performed using anti-Egg (left) and anti-Myc (right) antibodies. RT-qPCR quantified the expression level of Stalker2 transposon. The act5c gene was used for normalization. siEGFP: siRNA for EGFP was used as a negative control. Error bars represent SD from three independent experiments. *p < 0.05 (unpaired Student's t-test)."}
{"words": ["Western", "blotting", "of", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "WT", "in", "whole", "(", "Whole", ")", ",", "cytoplasm", "/", "nucleoplasmic", "(", "Cyto", "/", "Np", ")", "and", "chromatin", "(", "Chromatin", ")", "fractions", "before", "(", "-", ")", "and", "after", "Flag", "-", "Wde", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "Histone", "H3", "was", "detected", "as", "a", "marker", "of", "chromatin", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting of Myc-SV40-NLS-Egg WT in whole (Whole), cytoplasm/nucleoplasmic (Cyto/Np) and chromatin (Chromatin) fractions before (-) and after Flag-Wde co-expression. Anti-Myc and anti-Flag antibodies were used. Histone H3 was detected as a marker of chromatin fraction."}
{"words": ["Immunofluorescence", "analysis", "of", "H3K9me3", "(", "green", ")", ",", "Myc", "-", "Egg", "WT", "(", "red", ")", ",", "and", "Myc", "-", "SV40", "-", "NLS", "-", "Egg", "WT", "(", "red", ")", "in", "OSCs", "before", "and", "after", "Flag", "-", "Wde", "(", "yellow", ")", "co", "-", "expression", ".", "Anti", "-", "H3K9me3", ",", "anti", "-", "Myc", "and", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "were", "used", ".", "DAPI", "(", "blue", ")", "shows", "the", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence analysis of H3K9me3 (green), Myc-Egg WT (red), and Myc-SV40-NLS-Egg WT (red) in OSCs before and after Flag-Wde (yellow) co-expression. Anti-H3K9me3, anti-Myc and anti-Flag antibodies were used. DAPI (blue) shows the nuclei. Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["Box", "plots", "indicating", "the", "H3K9me3", "signal", "intensities", "per", "cell", "related", "to", "Figure", "5B", "(", "p", "values", "based", "on", "unpaired", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Box", "plots", "show", "median", "(", "line", ")", "and", "25th", "-", "75th", "percentile", "(", "box", ")", "±", "1", ".", "5", "interquartile", "range", "(", "n", ">", "25", "cells", "for", "each", "box", ")", ".", "Circles", "represent", "outliers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Box plots indicating the H3K9me3 signal intensities per cell related to Figure 5B (p values based on unpaired Welch's t-test). Box plots show median (line) and 25th-75th percentile (box) ± 1.5 interquartile range (n > 25 cells for each box). Circles represent outliers."}
{"words": ["Heat", "map", "of", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "within", "a", "10kb", "window", "centered", "on", "Egg", "peaks", ".", "Note", "that", "ChIP", "peaks", "was", "called", "using", "the", "ChIPed", "and", "Input", "samples", "Metaplots", "showing", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "signals", "for", "genomic", "regions", "around", "Egg", "peaks", ".", "Displayed", "are", "fold", "-", "changes", "in", "Egg", "occupancy", "normalized", "to", "input", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heat map of Egg ChIP-seq within a 10kb window centered on Egg peaks. Note that ChIP peaks was called using the ChIPed and Input samples Metaplots showing Egg ChIP-seq signals for genomic regions around Egg peaks. Displayed are fold-changes in Egg occupancy normalized to input."}
{"words": ["Heatmaps", "of", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "signal", "within", "10", "kb", "windows", "centered", "on", "Egg", "peaks", "in", "control", "(", "siEGFP", ")", "and", "Wde", "-", "depleted", "(", "siWde", ")", "OSCs", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmaps of Egg ChIP-seq signal within 10 kb windows centered on Egg peaks in control (siEGFP) and Wde-depleted (siWde) OSCs."}
{"words": ["Metaplots", "showing", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "signals", "for", "genomic", "regions", "around", "Egg", "peaks", ".", "Displayed", "are", "fold", "-", "changes", "in", "Egg", "occupancy", "normalized", "to", "input", ".", "Metapolts", "showing", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "signals", "for", "genomic", "regions", "around", "transposon", "(", "TE", ")", "insertions", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Metaplots showing Egg ChIP-seq signals for genomic regions around Egg peaks. Displayed are fold-changes in Egg occupancy normalized to input. Metapolts showing Egg ChIP-seq signals for genomic regions around transposon (TE) insertions."}
{"words": ["ChIP", "-", "qPCR", "was", "performed", "before", "(", "siEGFP", ")", "and", "after", "(", "siWde", ")", "Wde", "depletion", ".", "qPCR", "was", "performed", "for", "Piwi", "target", "transposons", "(", "Stalker2", ",", "mdg1", ",", "and", "gypsy", ")", "and", "normalized", "to", "%", "input", "of", "a", "PIwi", "non", "-", "target", "transposon", "(", "roo", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "SD", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIP-qPCR was performed before (siEGFP) and after (siWde) Wde depletion. qPCR was performed for Piwi target transposons (Stalker2, mdg1, and gypsy) and normalized to %input of a PIwi non-target transposon (roo). Error bars represent SD from three independent experiments."}
{"words": ["Density", "plots", "for", "Egg", "ChIP", "-", "seq", "signal", "on", "Stalker2", ",", "mdg1", ",", "and", "gypsy", "in", "control", "(", "siEGFP", ")", "and", "Wde", "-", "depleted", "(", "siWde", ")", "OSCs", ".", "Input", ":", "input", "DNA", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "RPM", ":", "reads", "per", "million", "mapped", "reads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Density plots for Egg ChIP-seq signal on Stalker2, mdg1, and gypsy in control (siEGFP) and Wde-depleted (siWde) OSCs. Input: input DNA was used as a control. RPM: reads per million mapped reads."}
{"words": ["G", ".", "Immunostain", "for", "Ki67", "in", "wildtype", "and", "lymphoma", "-", "bearing", "spleen", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "at", "left", ".", "The", "proportion", "of", "nuclei", "positive", "for", "Ki67", "(", "proliferation", "index", ")", "is", "quantified", "at", "right", "for", "n", "=", "3", "spleens", "(", "T", "-", "test", "p", "=", "0", ".", "00002331", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Immunostain for Ki67 in wildtype and lymphoma-bearing spleen. Representative images are shown at left. The proportion of nuclei positive for Ki67 (proliferation index) is quantified at right for n=3 spleens(T-test p=0.00002331)."}
{"words": ["F", ",", "G", "(", "F", ")", "PCR", "for", "Cγ1", "-", "Cre", "and", "wildtype", "Cγ1", "alleles", "and", "(", "G", ")", ",", "wildtype", ",", "floxed", "or", "excised", "Blimp1", "alleles", "in", "DNA", "from", "wildtype", "(", "wt", ")", "control", "C57bl", "/", "6J", "cells", "and", "purified", "T", "-", "cells", "or", "CD45", ".", "2", "+", "cells", "from", "mouse", "with", "lymphoma", "(", "T1", ",", "T2", ")", ".", "PCR", "data", "were", "confirmed", "in", "at", "least", "3", "independent", "tests", ".", "Lad", ".", "=", "ladder", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G (F) PCR for Cγ1-Cre and wildtype Cγ1 alleles and (G), wildtype, floxed or excised Blimp1 alleles in DNA from wildtype (wt) control C57bl/6J cells and purified T-cells or CD45.2+ cells from mouse with lymphoma (T1, T2). PCR data were confirmed in at least 3 independent tests. Lad. = ladder."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "for", "c", "-", "MYC", "in", "whole", "spleen", "lysates", "from", "control", "C57bl", "/", "6J", "and", "mPTCL", "mice", ".", "Quantification", "of", "c", "-", "MYC", "expression", "normalized", "to", "vinculin", "housekeeper", "gene", "levels", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "T", "-", "test", "p", "=", "0", ".", "0007", ".", "Bars", "represent", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot for c-MYC in whole spleen lysates from control C57bl/6J and mPTCL mice. Quantification of c-MYC expression normalized to vinculin housekeeper gene levels (n=6). T-test p=0.0007. Bars represent SEM."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "for", "phosphorylated", "and", "total", "ZAP70", ",", "AKT", ",", "S6", "and", "GSK3β", "in", "lysates", "from", "three", "control", "(", "C", ")", "C57bl", "/", "6J", "and", "three", "mPTCL", "(", "T", ")", "spleens", ".", "Murine", "DLBCL", "cell", "line", "A20", "is", "a", "positive", "control", "for", "constitutively", "active", "AKT", "signaling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B. Western blot for phosphorylated and total ZAP70, AKT, S6 and GSK3β in lysates from three control (C) C57bl/6J and three mPTCL (T) spleens. Murine DLBCL cell line A20 is a positive control for constitutively active AKT signaling."}
{"words": ["H", ".", "Western", "blot", "for", "γH2AX", ",", "total", "H2AX", ",", "CHK1", "and", "RPA32", "in", "control", "C57bl", "/", "6J", "and", "mPTCL", "spleens", ".", "GAPDH", "is", "a", "loading", "control", ".", "Three", "representative", "samples", "per", "group", "are", "shown", "in", "the", "blot", "(", "left", ")", "and", "quantification", "was", "performed", "on", "n", "=", "6", "at", "right", ".", "T", "-", "test", "p", "=", "0", ".", "0798", "(", "CHK1", ";", "not", "statistically", "significant", ",", "ns", ")", ",", "p", "=", "8", ".", "69E", "-", "05", "(", "RPA32", ")", ",", "p", "=", "2", ".", "11E", "-", "03", "(", "γH2AX", ")", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Western blot for γH2AX, total H2AX, CHK1 and RPA32 in control C57bl/6J and mPTCL spleens. GAPDH is a loading control. Three representative samples per group are shown in the blot (left) and quantification was performed on n=6 at right. T-test p=0.0798 (CHK1; not statistically significant, ns), p=8.69E-05 (RPA32), p=2.11E-03 (γH2AX). ***p<0.001."}
{"words": ["A", ".", "Sanger", "screen", "IC50", "drug", "sensitivity", "data", "(", "IC50", "values", ")", "for", "DDR", "inhibitors", "targeting", "ATR", ",", "CHK1", "/", "2", "and", "Wee1", "in", "T", "-", "ALL", ",", "PTCL", "(", "DEL", ",", "KARPAS", "-", "299", ",", "SUP", "-", "M2", ")", "and", "pan", "-", "cancer", "cell", "lines", ".", "ANOVA", "p", "=", "0", ".", "413", "(", "AZD6738", ",", "ATR", "inhibitor", ")", ",", "p", "=", "0", ".", "750", "(", "AZD772", ",", "CHK1", "/", "2", "inhibitor", ")", ",", "p", "=", "0", ".", "119", "(", "MK", "-", "8776", ",", "ATR", "inhibitor", ")", "and", "0", ".", "282", "(", "AZD1775", ",", "Wee1", "inhibitor", ")", ".", "Bars", "represent", "SEM", "of", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Sanger screen IC50 drug sensitivity data (IC50 values) for DDR inhibitors targeting ATR, CHK1/2 and Wee1 in T-ALL, PTCL (DEL, KARPAS-299, SUP-M2) and pan-cancer cell lines. ANOVA p=0.413 (AZD6738, ATR inhibitor), p=0.750 (AZD772, CHK1/2 inhibitor), p=0.119 (MK-8776, ATR inhibitor) and 0.282 (AZD1775, Wee1 inhibitor). Bars represent SEM of biological replicates."}
{"words": ["B", ".", "PTCL", "(", "red", ")", "and", "T", "-", "ALL", "(", "yellow", ")", "human", "cell", "lines", "were", "dosed", "in", "vitro", "with", "AZD6738", "for", "72h", "and", "viable", "cell", "numbers", "assayed", "by", "luminescence", "readout", "using", "Cell", "TiterGlo", ".", "Average", "IC50", "values", "from", "three", "experiments", "are", "plotted", ".", "Bars", "represent", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. PTCL (red) and T-ALL (yellow) human cell lines were dosed in vitro with AZD6738 for 72h and viable cell numbers assayed by luminescence readout using Cell TiterGlo. Average IC50 values from three experiments are plotted. Bars represent SEM."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "for", "γH2AX", "relative", "to", "total", "H2AX", "levels", "of", "spleen", "lysates", "from", "mice", "dosed", "for", "71", "days", "with", "AZD6738", "(", "ATR", ";", "n", "=", "4", ")", "relative", "to", "untreated", "mPTCL", "spleens", "taken", "at", "endpoint", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "T", "-", "test", "p", "=", "2", ".", "70E", "-", "06", ".", "PC9", "cells", "dosed", "in", "vitro", "24h", "with", "1", "µM", "aphidicolin", "(", "Aph", ";", "an", "inhibitor", "of", "DNA", "replication", ")", "or", "with", "AZD6738", "(", "ATR", ")", "are", "positive", "controls", "for", "DNA", "damage", ".", "Bars", "represent", "SEM", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot for γH2AX relative to total H2AX levels of spleen lysates from mice dosed for 71 days with AZD6738 (ATR; n=4) relative to untreated mPTCL spleens taken at endpoint (n=6). T-test p=2.70E-06. PC9 cells dosed in vitro 24h with 1 µM aphidicolin (Aph; an inhibitor of DNA replication) or with AZD6738 (ATR) are positive controls for DNA damage. Bars represent SEM. ***p<0.001"}
{"words": ["(", "C", ")", "Figures", "show", "the", "presence", "of", "differentially", "expressed", "genes", "within", "the", "analyzed", "single", "cells", ".", "Black", "color", "indicates", "cells", "with", "RPKM", "values", "above", "40", "for", "Pax3", ",", "300", "for", "Stmn2", ",", "200", "for", "Slc1a3", "and", "100", "for"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) Figures show the presence of differentially expressed genes within the analyzed single cells. Black color indicates cells with RPKM values above 40 for Pax3, 300 for Stmn2, 200 for Slc1a3 and 100 for Mbp"}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "(", "RPKM", ")", "of", "Sox3", "and", "Sox9", "in", "NPC", "and", "GPC", "cultures", "from", "RNA", "-", "seq", "experiments", ".", "Results", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "from", "3", "-", "4", "experiments", "(", "n", "=", "3", "for", "NPC", "and", "n", "=", "4", "for", "GPC", ",", "*", "*", "*", "equals", "p", "=", "4x10", "-", "5", ",", "t", ".", "test", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression (RPKM) of Sox3 and Sox9 in NPC and GPC cultures from RNA-seq experiments. Results are represented as mean ± SEM from 3-4 experiments (n=3 for NPC and n=4 for GPC, *** equals p=4x10-5, t.test)"}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "SOX3", "and", "SOX9", "expression", "in", "ESC", "derived", "NPC", "and", "GPC", "cultures", ".", "Analysis", "of", "TUJ1", ",", "GFAP", "and", "SOX10", "protein", "expression", "in", "differentiated", "cultures", "revealed", "that", "NPC", "give", "rise", "to", "neurons", "and", "GPCs", "to", "astrocytes", "and", "oligodendrocytes", ".", "Scale", "bar", "represents"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunohistochemical analysis of SOX3 and SOX9 expression in ESC derived NPC and GPC cultures. Analysis of TUJ1, GFAP and SOX10 protein expression in differentiated cultures revealed that NPC give rise to neurons and GPCs to astrocytes and oligodendrocytes. Scale bar represents 40µm"}
{"words": ["1", "]", ".", "(", "F", ")", "H3K27Ac", "read", "density", "in", "NPCs", "or", "GPCs", "around", "DNA", "-", "regions", "bound", "by", "SOX3", "in", "NPCs", ".", "SOX3", "DNA", "-", "regions", "with", "different", "H3K27Ac", "read", "density", "patterns", "in", "NPCs", "and", "GPCs", "were", "categorized", "as", "group", "I", "and", "II", "loci", ".", "Graphs", "show", "the", "mean", "read", "density", "of", "H3K27Ac", "in", "NPCs", "and", "GPCs", "at", "group", "I", "and", "II"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "1]. (F) H3K27Ac read density in NPCs or GPCs around DNA-regions bound by SOX3 in NPCs. SOX3 DNA-regions with different H3K27Ac read density patterns in NPCs and GPCs were categorized as group I and II loci. Graphs show the mean read density of H3K27Ac in NPCs and GPCs at group I and II loci"}
{"words": ["(", "G", ")", "Expression", "pattern", "of", "genes", "associated", "with", "group", "I", "and", "II", "loci", "(", "from", "Fig", ".", "2E", ")", "within", "differentially", "expressed", "gene", "sets", ".", "Significance", "calculated", "by", "prop", ".", "test", "R", ",", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "(", "H", ")", "Venn", "diagram", "shows", "overlap", "between", "SOX3", "binding", "in", "NPCs", "and", "GPCs", ".", "Bar", "graph", "shows", "expression", "pattern", "of", "genes", "continuously", "bound", "by", "SOX3", " ", "NPCs", "and", "GPCs", ".", "(", "I", ")", "Venn", "diagram", "shows", "overlap", "between", "SOX3", "and", "SOX9", "binding", "in", "GPCs", ".", "Bar", "graph", "shows", "expression", "pattern", "of", "genes", "co", "-", "bound", "by", "SOX3", "and", "SOX9", "in", "GPCs", ".", "(", "J", ")", "ChIP", "-", "seq", "peak", "graphics", "around", "the", "astrocyte", "gene", "Fgfbp3", ".", "ChIP", "-", "seq", "peaks", "are", "derived", "from", "three", "different", "experiments", ";", "SOX3", " ", "ChIPs", "in", "NPCs", ",", "SOX3", " ", "ChIPs", "in", "GPCs", ",", "SOX9", " ", "ChIPs", "in", "GPCs", ".", "Both", "ChIP", "-", "seq", "reads", "and", "called", "peak", "regions", "(", "underlying", "black", "lines", ")", "are", "shown", "for", "all", "data", "sets", ".", "Bar", "graphs", "shows", "the", "distribution", "of", "differentially", "expressed", "genes", "that", "are", "bound", "by", "all", "three", "factors", ".", "P", "-", "values", "(", "phyper", ",", "R", ")", "were", "calculated", "from", "the", "total", "number", "of", "protein", "coding", "genes", "in", "mm10", "assembly", "(", "23", "´", "389", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Expression pattern of genes associated with group I and II loci (from Fig. 2E) within differentially expressed gene sets. Significance calculated by prop.test R, (***) P<0.001. (H) Venn diagram shows overlap between SOX3 binding in NPCs and GPCs. Bar graph shows expression pattern of genes continuously bound by SOX3 NPCs and GPCs. (I) Venn diagram shows overlap between SOX3 and SOX9 binding in GPCs. Bar graph shows expression pattern of genes co-bound by SOX3 and SOX9 in GPCs. (J) ChIP-seq peak graphics around the astrocyte gene Fgfbp3. ChIP-seq peaks are derived from three different experiments; SOX3 ChIPs in NPCs, SOX3 ChIPs in GPCs, SOX9 ChIPs in GPCs. Both ChIP-seq reads and called peak regions (underlying black lines) are shown for all data sets. Bar graphs shows the distribution of differentially expressed genes that are bound by all three factors. P-values (phyper, R) were calculated from the total number of protein coding genes in mm10 assembly (23´389)"}
{"words": ["(", "A", ")", "Graphical", "view", "showing", "SOX9", "and", "SOX10", "expression", "among", "spinal", "cord", "cells", "analyzed", "with", "scRNA", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Graphical view showing SOX9 and SOX10 expression among spinal cord cells analyzed with scRNA-seq"}
{"words": ["(", "B", ")", "Bar", "graph", "shows", "enrichment", "of", "genes", "bound", "by", "SOX10", "in", "rat", " ", "oligodendrocytes", "within", "the", "differentially", "expressed", "gene", "sets", ".", "Yellow", "bar", "represents", "enrichment", "within", "NPC", "/", "GPC", "genes", ",", "green", "bar", "within", "neuronal", "genes", ",", "blue", "bar", "within", "astrocytic", "genes", "and", "red", "bar", "within", "oligodendrocytic", "genes", ".", "SOX10", " ", "ChIP", "-", "seq", "data", "from", "["], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Bar graph shows enrichment of genes bound by SOX10 in rat oligodendrocytes within the differentially expressed gene sets. Yellow bar represents enrichment within NPC/GPC genes, green bar within neuronal genes, blue bar within astrocytic genes and red bar within oligodendrocytic genes. SOX10 ChIP-seq data from [37"}
{"words": ["(", "F", ")", "Expression", "of", "Nfia", ",", "Ehf", "and", "Zbtb3", "among", "spinal", "cord", "cells", "analyzed", "with", "scRNA", "-", "seq", ".", "Red", "color", "indicates", "cells", "with", "RPKM", "values", "above", "55", "for", "Nfia", ",", "5", "for", "Zbtb3", "and", "5", "for", "Ehf", ".", "n", "=", "3", "for", "SOX9", "and", "2", "for", "SOX3", ".", "P", "-", "values", "(", "phyper", ",", "R", ")", "were", "calculated", "from", "the", "total", "number", "of", "genes", "for", "mm10", "(", "23", "´", "389", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Expression of Nfia, Ehf and Zbtb3 among spinal cord cells analyzed with scRNA-seq. Red color indicates cells with RPKM values above 55 for Nfia, 5 for Zbtb3 and 5 for Ehf. n=3 for SOX9 and 2 for SOX3. P-values (phyper, R) were calculated from the total number of genes for mm10 (23´389)"}
{"words": [" ", "(", "A", ")", "Luc", "-", "reporter", "assays", "in", "P19", "cells", ".", "Luc", "-", "reporters", "containing", "SOX3", "and", "SOX9", "bound", "CRMs", "around", "the", "astrocyte", "specific", "genes", "Fgfbp3", "and", "Ttyh1", "were", "strongly", "activated", "by", "SOX9", "in", "synergy", "with", "NFIA", ";", "an", "activation", "that", "could", "be", "efficiently", "blocked", "by", "SOX3", ".", "No", "activation", "of", "these", "reporters", "could", "be", "detected", "with", "SOX10", "or", "SOX11", ".", "(", "B", ")", "Luc", "-", "reporters", "containing", "SOX9", "and", "SOX10", "bound", "DNA", "-", "regions", "around", "the", "astrocyte", "genes", "Aldh1l1", "and", "Atp1a2", ",", "which", "are", "not", "expressed", "in", "SOX10", "+", " ", "oligodendrocytes", ",", "could", "not", "be", "activated", "by", "SOX9", "or", "SOX10", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": " (A) Luc-reporter assays in P19 cells. Luc-reporters containing SOX3 and SOX9 bound CRMs around the astrocyte specific genes Fgfbp3 and Ttyh1 were strongly activated by SOX9 in synergy with NFIA; an activation that could be efficiently blocked by SOX3. No activation of these reporters could be detected with SOX10 or SOX11. (B) Luc-reporters containing SOX9 and SOX10 bound DNA-regions around the astrocyte genes Aldh1l1 and Atp1a2, which are not expressed in SOX10+ oligodendrocytes, could not be activated by SOX9 or SOX10 "}
{"words": ["(", "C", ")", "Luc", "-", "reporters", "containing", "SOX9", "and", "SOX10", "bound", "CRMs", "around", "the", "oligodendrocyte", "specific", "genes", "Plekhb1", "and", "Mid2", "were", "activated", "in", "an", "additive", "manner", "by", "SOX9", "and", "SOX10", ".", "No", "activation", "could", "be", "detected", "with", "SOX11", ".", "(", "D", ")", "Luc", "-", "reporters", "containing", "SOX3", "and", "SOX11", "bound", "CRMs", "of", "the", "neuronal", "genes", "Tubb3", "and", "Lhx2", ",", "which", "are", "sequentially", "bound", "by", "SOX3", "and", "SOX11", ",", "could", "be", "activated", "by", "SOX11", "and", "efficiently", "repressed", "by", "SOX3", ".", "No", "activation", "could", "be", "detected", "with"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Luc-reporters containing SOX9 and SOX10 bound CRMs around the oligodendrocyte specific genes Plekhb1 and Mid2 were activated in an additive manner by SOX9 and SOX10. No activation could be detected with SOX11. (D) Luc-reporters containing SOX3 and SOX11 bound CRMs of the neuronal genes Tubb3 and Lhx2, which are sequentially bound by SOX3 and SOX11, could be activated by SOX11 and efficiently repressed by SOX3. No activation could be detected with SOX10"}
{"words": ["(", "E", ")", "Forced", "expression", "of", "SOX3", "for", "96", "hrs", "in", "differentiating", "GPCs", "blocked", "the", "formation", "of", "astrocytes", "but", "not", "oligodendrocytes", ".", "Scale", "bar", ",", "25µm", ".", "(", "F", ")", "Statistical", "view", "of", "Fig", ".", "5E", ".", "Bars", "represents", "mean", "values", "(", "of", "3", "experiments", ")", "of", "cells", "expressing", "GFAP", "or", "SOX10", "in", "GFP", "or", "Sox3", "-", "transduced", "cells", ".", "Error", "bars", "in", "figure", "5", "indicate", "standard", "deviation", "of", "3", "-", "7", "individual", "samples", "and", "three", "-", "star", "significance", ">", "0", ".", "001", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "(", "*", ")", "0", ",", "05", "<", "P", "<", "0", ",", "01", ";", "(", "*", "*", ")", "0", ",", "01", "<", "P", "<", "0", ",", "001", ";", "(", "*", "*", "*", ")", "P", "<", "0", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Forced expression of SOX3 for 96 hrs in differentiating GPCs blocked the formation of astrocytes but not oligodendrocytes. Scale bar, 25µm. (F) Statistical view of Fig. 5E. Bars represents mean values (of 3 experiments) of cells expressing GFAP or SOX10 in GFP or Sox3-transduced cells. Error bars in figure 5 indicate standard deviation of 3-7 individual samples and three-star significance > 0.001 (t-test). (*) 0,05<P<0,01; (**) 0,01<P<0,001; (***) P<0,001"}
{"words": [" ", "(", "A", ")", "SOX3", "over", "-", "expression", "experiments", "in", "chicken", " ", "spinal", "cord", "at", "E4", ".", "48", "hrs", "post", "electroporation", ",", "transfected", "side", "showed", "decreased", "expression", "of", "FGFR2", ",", "NFIA", "and", "Fgfr3", ".", "Bar", ":", "50µm", ".", "(", "B", ")", "24", "hrs", "after", "miss", "-", "expression", "of", "a", "dominant", "negative", "version", "of", "SOXB1", "(", "dnSOXB1", ")", ",", "premature", "expression", "of", "FGFR2", ",", "NFIA", "and", "Fgfr3", "were", "found", "in", "the", "transfected", "side", ".", "Bar", ":", "40µm", ".", "(", "C", ")", "24", "hrs", "after", "SOX9", "over", "-", "expression", "in", "chicken", " ", "spinal", "cord", "(", "at", "E4", ")", ",", "increased", "expression", "of", "FGFR2", ",", "NFIA", "and", "Fgfr3", "was", "shown", "compared", "to", "the", "un", "-", "transfected", "control", "side", ".", "Bar", ":", "40µm", ".", "(", "D", ")", "Sox3", "and", "Sox9", "co", "-", "electroporation", "in", "chicken", " ", "spinal", "cord", "at", "E4", "could", "rescue", "the", "effect", "of", "SOX9", "overexpression", "and", "FGFR2", ",", "NFIA", "and", "Fgfr3", "levels", "were", "comparable", "to", "the", "un", "-", "transfected", "control", "side", ".", "Embryos", "were", "analyzed", "24", "hrs", "post", "electroporation", ".", "Bar", ":", "40µm", ".", "(", "E", " "], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) SOX3 over-expression experiments in chicken spinal cord at E4. 48 hrs post electroporation, transfected side showed decreased expression of FGFR2, NFIA and Fgfr3. Bar: 50µm. (B) 24 hrs after miss-expression of a dominant negative version of SOXB1 (dnSOXB1), premature expression of FGFR2, NFIA and Fgfr3 were found in the transfected side. Bar: 40µm. (C) 24 hrs after SOX9 over-expression in chicken spinal cord (at E4), increased expression of FGFR2, NFIA and Fgfr3 was shown compared to the un-transfected control side. Bar: 40µm. (D) Sox3 and Sox9 co-electroporation in chicken spinal cord at E4 could rescue the effect of SOX9 overexpression and FGFR2, NFIA and Fgfr3 levels were comparable to the un-transfected control side. Embryos were analyzed 24 hrs post electroporation. Bar: 40µm. (E "}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblotting", "of", "whole", "cell", "extracts", "obtained", "from", "parental", "and", "RAP80", "-", "/", "-", "clones", "in", "the", "RPE", "-", "1", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "Cas9", ",", "RPE", "-", "1", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "BRCA1", "-", "/", "-", "Cas9", ",", "U2OS", ",", "U2OS", "-", "2", "-", "6", "-", "3", "and", "U2OS", "Flp", "-", "In", "/", "TREx", "cell", "lines", "with", "RAP80", "antibodies", ".", "Tubulin", "is", "used", "as", "loading", "control", ".", "Representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "immunoblots", ".", "See", "Figure", "EV1", "for", "further", "details", "on", "the", "gene", "editing", "strategy", "used", "to", "knockout", "RAP80", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(B) Immunoblotting of whole cell extracts obtained from parental and RAP80-/- clones in the RPE-1 hTERT p53-/- Cas9, RPE-1 hTERT p53-/- BRCA1-/- Cas9, U2OS, U2OS-2-6-3 and U2OS Flp-In/TREx cell lines with RAP80 antibodies. Tubulin is used as loading control. Representative of at least two independent immunoblots. See Figure EV1 for further details on the gene editing strategy used to knockout RAP80."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "The", "indicated", "parental", "and", "RAP80", "-", "/", "-", "cell", "lines", "were", "processed", "for", "immunofluorescence", "1", "h", "post", "-", "irradiation", "(", "10", "Gy", ")", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "ABRAXAS1", "and", "γH2AX", ".", "Shown", "in", "(", "C", ")", "is", "the", "percentage", "of", "cells", "with", ">", "5", "ABRAXAS1", "foci", "that", "colocalize", "with", "γH2AX", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "of", "RPE1", "-", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "Cas9", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "RAP90", "-", "/", "-", "cells", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) The indicated parental and RAP80-/- cell lines were processed for immunofluorescence 1 h post-irradiation (10 Gy) and stained with antibodies against ABRAXAS1 and γH2AX. Shown in (C) is the percentage of cells with > 5 ABRAXAS1 foci that colocalize with γH2AX. A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D. (n=3 biological replicates). Representative micrographs of RPE1-hTERT p53-/- Cas9 wild type (WT) and RAP90-/- cells are shown in (D)."}
{"words": ["(", "E", ",", "The", "indicated", "cell", "lines", "were", "processed", "for", "immunofluorescence", "1", "h", "post", "-", "irradiation", "(", "10", "Gy", ")", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "BRCA1", "and", "γH2AX", ".", "Shown", "in", "(", "E", ")", "is", "the", "percentage", "of", "cells", "with", ">", "5", "BRCA1", "foci", "that", "colocalize", "with", "γH2AX", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "for", "all", "conditions", "except", "n", "=", "5", "for", "U2OS", "WT", ",", "n", "=", "2", "for", "U2OS", "2", "-", "6", "-", "3", "cells", ",", "n", "=", "7", ",", "5", ",", "4", "for", "U2OS", "Flp", "-", "In", "/", "T", "-", "REx", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, The indicated cell lines were processed for immunofluorescence 1 h post-irradiation (10 Gy) and stained with antibodies against BRCA1 and γH2AX. Shown in (E) is the percentage of cells with > 5 BRCA1 foci that colocalize with γH2AX. A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D. (n=3 biological replicates for all conditions except n=5 for U2OS WT, n=2 for U2OS 2-6-3 cells, n=7, 5, 4 for U2OS Flp-In/T-REx cells)."}
{"words": ["(", "G", ")", "RPE", "-", "1", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "Cas9", "parental", "(", "WT", ")", "and", "RAP80", "-", "/", "-", "cells", "were", "untreated", "(", "t", "=", "0", "h", ")", "or", "irradiated", "with", "a", "10", "Gy", "dose", ".", "Samples", "were", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", ",", "processed", "for", "immunofluorescence", "and", "stained", "with", "antibodies", "against", "BRCA1", "and", "γH2AX", ".", "Shown", "is", "the", "percentage", "of", "cells", "with", ">", "5", "BRCA1", "foci", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "datapoints", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "All", "scale", "bars", "are", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) RPE-1 hTERT p53-/- Cas9 parental (WT) and RAP80-/- cells were untreated (t=0 h) or irradiated with a 10 Gy dose. Samples were collected at the indicated time points, processed for immunofluorescence and stained with antibodies against BRCA1 and γH2AX. Shown is the percentage of cells with > 5 BRCA1 foci. A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the datapoints represent the mean ± S.D. (n=3 biological replicates). All scale bars are 5 μm."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "U2OS", "Flp", "-", "In", "/", "T", "-", "Rex", "parental", "(", "WT", ")", "and", "RAP80", "-", "/", "-", "cells", "were", "transfected", "with", "siRNA", "pools", "targeting", "BRCA1", ",", "RNF8", ",", "RNF168", "or", "BARD1", "or", "with", "a", "non", "-", "targeting", "control", "siRNA", "(", "CTRL", ")", ".", "48", "h", "post", "-", "transfection", "cells", "were", "irradiated", "(", "2", "Gy", ")", "and", "processed", "for", "immunofluorescence", "1", "h", "post", "-", "IR", "treatment", "using", "antibodies", "against", "BRCA1", "and", "γH2AX", ".", "Quantitation", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", ">", "5", "BRCA1", "foci", "that", "colocalize", "with", "γH2AX", "is", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) U2OS Flp-In/T-Rex parental (WT) and RAP80-/- cells were transfected with siRNA pools targeting BRCA1, RNF8, RNF168 or BARD1 or with a non-targeting control siRNA (CTRL). 48 h post-transfection cells were irradiated (2 Gy) and processed for immunofluorescence 1 h post-IR treatment using antibodies against BRCA1 and γH2AX. Quantitation of the percentage of cells with > 5 BRCA1 foci that colocalize with γH2AX is shown in (A). A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D. (n=3 biological replicates). Representative micrographs are shown in (B)."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Parental", "(", "WT", ")", "RPE1", "-", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "Cas9", ",", "RNF8", "-", "/", "-", ",", "and", "RNF168", "-", "/", "-", "cells", "were", "treated", "with", "either", "a", "non", "-", "targeting", "siRNA", "pool", "(", "CTRL", ")", "or", "a", "pool", "targeting", "RAP80", ".", "48", "h", "post", "-", "transfection", "cells", "were", "irradiated", "(", "2", "Gy", ")", "and", "processed", "for", "immunofluorescence", "1", "h", "post", "-", "IR", "treatment", "using", "antibodies", "against", "BRCA1", "and", "γH2AX", ".", "Quantitation", "of", "the", "percentage", "of", "cells", "with", ">", "10", "BRCA1", "foci", "that", "colocalize", "with", "γH2AX", "is", "shown", "in", "(", "C", ")", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", ".", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "All", "scale", "bars", "are", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Parental (WT) RPE1-hTERT p53-/- Cas9, RNF8-/-, and RNF168-/- cells were treated with either a non-targeting siRNA pool (CTRL) or a pool targeting RAP80. 48 h post-transfection cells were irradiated (2 Gy) and processed for immunofluorescence 1 h post-IR treatment using antibodies against BRCA1 and γH2AX. Quantitation of the percentage of cells with > 10 BRCA1 foci that colocalize with γH2AX is shown in (C). A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D. (n=3 biological replicates). Representative micrographs are shown in (D). All scale bars are 5 μm."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "U2OS", "Flp", "-", "In", "/", "T", "-", "REx", "cells", "with", "integrated", "transgenes", "encoding", "GFP", "-", "BRCA1BRCT", "or", "-", "BRCA1BRCT", "S1655A", "were", "transfected", "with", "non", "-", "targeting", "siRNA", "(", "CTRL", ")", "or", "siRNA", "targeting", "RAP80", "or", "BRCA1", ".", "Following", "doxycycline", "treatment", "to", "induce", "transgene", "expression", "(", "5", "μg", "/", "mL", ",", "24", "h", ")", ",", "cells", "were", "irradiated", "(", "10", "Gy", ")", "and", "processed", "for", "immunofluorescence", "1", "h", "post", "-", "IR", "for", "GFP", "and", "antibodies", "against", "RAP80", "and", "γH2AX", ".", "Shown", "in", "(", "A", ")", "is", "the", "quantitation", "of", "a", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "where", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) U2OS Flp-In/T-REx cells with integrated transgenes encoding GFP-BRCA1BRCT or -BRCA1BRCT S1655A were transfected with non-targeting siRNA (CTRL) or siRNA targeting RAP80 or BRCA1. Following doxycycline treatment to induce transgene expression (5 μg/mL, 24 h), cells were irradiated (10 Gy) and processed for immunofluorescence 1 h post-IR for GFP and antibodies against RAP80 and γH2AX. Shown in (A) is the quantitation of a minimum of 100 cells per replicate where the bars represent the mean ± S.D (n=4). Representative micrographs are shown in (B)."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "U2OS", "Flp", "-", "In", "/", "T", "-", "REx", "cells", "stably", "integrated", "with", "the", "indicated", "transgenes", "were", "treated", "with", "doxycycline", "(", "5", "μg", "/", "mL", ",", "36", "h", ")", "to", "induce", "protein", "expression", "and", "transfected", "with", "an", "siRNA", "targeting", "BRCA1", "and", "also", "either", "non", "-", "targeting", "siRNA", "(", "CTRL", ")", "or", "siRNAs", "targeting", "RAP80", ".", "1", "h", "post", "-", "irradiation", "(", "10", "Gy", ")", "cells", "were", "processed", "for", "immunofluorescence", "using", "GFP", "(", "to", "detect", "the", "BRCA1", "fusions", ")", "and", "antibodies", "against", "γH2AX", ".", "Shown", "in", "(", "C", ")", "is", "the", "quantitation", "of", "a", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "where", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "All", "scale", "bars", "are", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) U2OS Flp-In/T-REx cells stably integrated with the indicated transgenes were treated with doxycycline (5 μg/mL, 36 h) to induce protein expression and transfected with an siRNA targeting BRCA1 and also either non-targeting siRNA (CTRL) or siRNAs targeting RAP80. 1 h post-irradiation (10 Gy) cells were processed for immunofluorescence using GFP (to detect the BRCA1 fusions) and antibodies against γH2AX. Shown in (C) is the quantitation of a minimum of 100 cells per replicate where the bars represent the mean ± S.D (n=3 biological replicates). Representative micrographs are shown in (D). All scale bars are 5 μm."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "U2OS", "2", "-", "6", "-", "3", "parental", "(", "WT", ")", "or", "RAP80", "-", "/", "-", "cell", "lines", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "targeting", "BRCA1", "followed", "by", "nucleofection", "of", "the", "indicated", "GFP", "fusion", "proteins", ".", "48", "h", "post", "-", "nucleofection", ",", "mCherry", "-", "LacR", "-", "FokI", "expression", "was", "induced", "for", "5", "h", "prior", "to", "being", "processed", "for", "fluorescence", "microscopy", "for", "GFP", "and", "mCherry", ".", "Shown", "in", "(", "A", ")", "is", "the", "quantitation", "of", "GFP", "fluorescence", "at", "the", "mCherry", "focus", "where", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "50", ",", "50", ",", "40", ",", "40", ",", "40", ",", "40", ",", "20", ",", "20", ",", "30", ",", "30", "cells", "analyzed", "from", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "for", "the", "BRCA1", "and", "BRCA1", "-", "I26A", "conditions", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", ".", "Additional", "micrographs", "for", "the", "other", "conditions", "are", "in", "Figure", "EV2C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) U2OS 2-6-3 parental (WT) or RAP80-/- cell lines were transfected with siRNAs targeting BRCA1 followed by nucleofection of the indicated GFP fusion proteins. 48 h post-nucleofection, mCherry-LacR-FokI expression was induced for 5 h prior to being processed for fluorescence microscopy for GFP and mCherry. Shown in (A) is the quantitation of GFP fluorescence at the mCherry focus where the bars represent the mean ± S.D (n= 50, 50, 40, 40, 40, 40, 20, 20, 30, 30 cells analyzed from 3 biological replicates). Representative micrographs for the BRCA1 and BRCA1-I26A conditions are shown in (B). Additional micrographs for the other conditions are in Figure EV2C."}
{"words": ["(", "C", ")", "RPE", "-", "1", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "BRCA1", "-", "/", "-", "Cas9", "cells", "(", "WT", ")", "or", "their", "isogenic", "RAP80", "-", "/", "-", "counterparts", "expressing", "the", "indicated", "GFP", "fusion", "proteins", "were", "processed", "1", "h", "post", "-", "irradiation", "(", "10", "Gy", ")", "for", "immunofluorescence", "using", "GFP", "and", "antibodies", "against", "BRCA1", "and", "γH2AX", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "Figure", "EV3B", ".", "(", "D", ")", "RPE", "-", "1", "hTERT", "p53", "-", "/", "-", "BRCA1", "-", "/", "-", "Cas9", "cells", "or", "their", "isogenic", "RAP80", "-", "/", "-", "counterparts", "expressing", "the", "indicated", "GFP", "fusion", "proteins", "were", "processed", "1", "h", "post", "-", "irradiation", "(", "10", "Gy", ")", "for", "immunofluorescence", "using", "GFP", "and", "antibodies", "against", "RAD51", "and", "γH2AX", ".", "A", "minimum", "of", "100", "cells", "per", "replicate", "were", "analyzed", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "Figure", "EV3C", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RPE-1 hTERT p53-/- BRCA1-/- Cas9 cells (WT) or their isogenic RAP80-/- counterparts expressing the indicated GFP fusion proteins were processed 1 h post-irradiation (10 Gy) for immunofluorescence using GFP and antibodies against BRCA1 and γH2AX. A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D (n=3 biological replicates). Representative micrographs are shown in Figure EV3B. (D) RPE-1 hTERT p53-/- BRCA1-/- Cas9 cells or their isogenic RAP80-/- counterparts expressing the indicated GFP fusion proteins were processed 1 h post-irradiation (10 Gy) for immunofluorescence using GFP and antibodies against RAD51 and γH2AX. A minimum of 100 cells per replicate were analyzed and the bars represent the mean ± S.D (n=3 biological replicates). Representative micrographs are shown in Figure EV3C. Scale bar is 5 μm in (B)."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", "transduced", "with", "lentivirus", "expressing", "the", "indicated", "HA", "fusions", "were", "irradiated", "(", "10", "Gy", ")", "and", "3", "h", "later", "were", "pulsed", "with", "EdU", "to", "label", "S", "phase", "cells", "20", "min", "prior", "to", "fixation", ".", "Cells", "were", "processed", "for", "EdU", "labeling", "and", "immunofluorescence", "using", "HA", "and", "BRCA1", "antibodies", ".", "Shown", "in", "(", "A", ")", "is", "the", "quantitation", "of", "a", "minimum", "of", "100", "EdU", "+", "cells", "per", "replicate", "and", "the", "bars", "represent", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) MDA-MB-436 cells transduced with lentivirus expressing the indicated HA fusions were irradiated (10 Gy) and 3 h later were pulsed with EdU to label S phase cells 20 min prior to fixation. Cells were processed for EdU labeling and immunofluorescence using HA and BRCA1 antibodies. Shown in (A) is the quantitation of a minimum of 100 EdU+ cells per replicate and the bars represent the mean ± S.D (n= 3 biological replicates). Representative micrographs are shown in (B)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", "transduced", "with", "lentivirus", "expressing", "the", "indicated", "HA", "fusions", "were", "irradiated", "(", "10", "Gy", ")", "and", "3", "h", "later", "were", "pulsed", "with", "EdU", "to", "label", "S", "phase", "cells", "20", "min", "prior", "to", "fixation", ".", "Cells", "were", "processed", "for", "EdU", "labeling", "and", "immunofluorescence", "using", "HA", "and", "RAD51", "antibodies", ".", "Representative", "micrographs", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-436 cells transduced with lentivirus expressing the indicated HA fusions were irradiated (10 Gy) and 3 h later were pulsed with EdU to label S phase cells 20 min prior to fixation. Cells were processed for EdU labeling and immunofluorescence using HA and RAD51 antibodies. Representative micrographs are shown in (D)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Clonogenic", "survival", "assays", "using", "the", "indicated", "dose", "of", "olaparib", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "436", "cells", "transduced", "with", "lentivirus", "expressing", "the", "indicated", "HA", "fusions", ".", "Data", "is", "shown", "as", "the", "mean", "±", "S", ".", "D", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Representative", "clonogenic", "images", "are", "shown", "in", "Figure", "EV5D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Clonogenic survival assays using the indicated dose of olaparib and MDA-MB-436 cells transduced with lentivirus expressing the indicated HA fusions. Data is shown as the mean ± S.D (n=3 biological replicates). Representative clonogenic images are shown in Figure EV5D."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Oxidative", "stress", "biochemical", "markers", "(", "lipid", "peroxidation", ",", "ROS", "production", ",", "GSH", "levels", ")", "(", "C", ")", "and", "p", "-", "ERK", "expression", "(", "D", ")", "in", "PD", "and", "control", "(", "CNTR", ")", "fibroblasts", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "E", ",", "F", ".", "Oxidative", "stress", "biochemical", "markers", "(", "lipid", "peroxidation", ",", "ROS", "production", ",", "GSH", "levels", ")", "(", "E", ")", "and", "p", "-", "ERK", "expression", "(", "F", ")", "in", "PD", "and", "control", "(", "CNTR", ")", "myoblasts", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "In", "all", "instances", "indicators", "of", "stress", "were", "increased", "in", "PD", ",", "compared", "to", "the", "respective", "control", "samples", ".", "Data", "information", ":", "In", "each", "experiment", "at", "least", "biological", "triplicates", "were", "analyzed", "for", "each", "cell", "line", "or", "tissue", "sample", ";", "each", "assay", "was", "performed", "at", "least", "in", "duplicate", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "applied", ".", "Statistically", "significant", "comparison", "p", "-", "values", "are", "indicated", ".", "Fi"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Oxidative stress biochemical markers (lipid peroxidation, ROS production, GSH levels) (C) and p-ERK expression (D) in PD and control (CNTR) fibroblasts (n=6). E, F. Oxidative stress biochemical markers (lipid peroxidation, ROS production, GSH levels) (E) and p-ERK expression (F) in PD and control (CNTR) myoblasts (n=4). In all instances indicators of stress were increased in PD, compared to the respective control samples. Data information: In each experiment at least biological triplicates were analyzed for each cell line or tissue sample; each assay was performed at least in duplicate. Data are presented as mean ± SD. Student's t-test was applied. Statistically significant comparison p-values are indicated. Fi "}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "autophagy", "marker", "LC3", "(", "A", ")", "and", "quantitative", "analyses", "(", "B", ")", "in", "untreated", "control", "fibroblasts", "(", "CNTR", ")", "and", "in", "2", "PD", "fibroblasts", "cell", "lines", "(", "PD1", ",", "PD2", ")", ".", "PD", "cells", "were", "untreated", "(", "NT", ")", "or", "subjected", "to", "different", "treatments", "to", "modulate", "autophagy", "(", "starvation", ",", "STAR", ";", "rapamycin", ",", "RAPA", ";", "MK6", "-", "83", ";", "bafilomycin", ",", "BAFI", ")", ".", "Data", "information", ":", "Starvation", "of", "cells", "was", "performed", "for", "4", "hours", ";", "treatments", "with", "20", "µM", "rapamycin", "or", "30", "µM", "MK6", "-", "83", "or", "100nM", "bafilomycin", "was", "performed", "for", "24", "hours", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "P", "values", "were", "calculated", "with", "ANOVA", "Šídák", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "Statistically", "significant", "comparison", "p", "-", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Western Blot analysis of the autophagy marker LC3 (A) and quantitative analyses (B) in untreated control fibroblasts (CNTR) and in 2 PD fibroblasts cell lines (PD1, PD2). PD cells were untreated (NT) or subjected to different treatments to modulate autophagy (starvation, STAR; rapamycin, RAPA; MK6-83; bafilomycin, BAFI). Data information: Starvation of cells was performed for 4 hours; treatments with 20 µM rapamycin or 30 µM MK6-83 or 100nM bafilomycin was performed for 24 hours. Data presented as mean ± SD. P values were calculated with ANOVA Šídák's multiple comparisons test. Statistically significant comparison p-values are indicated."}
{"words": ["C", ".", "ROS", "production", ",", "lipid", "peroxidation", ",", "and", "GSH", "levels", "in", "PD", "fibroblasts", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "CNTR", "(", "white", "bars", ")", ",", "CNTR", "after", "treatment", "(", "dark", "grey", "bars", ")", ",", "PD", "samples", "(", "black", "bars", ")", "and", "PD", "after", "treatment", "(", "light", "grey", "bars", ")", ".", "Physiological", "or", "pharmacological", "enhancement", "of", "autophagy", "resulted", "in", "correction", "of", "oxidative", "stress", "in", "PD", "cells", ",", "while", "bafilomycin", "treatment", "further", "increased", "stress", "in", "CNTR", "and", "PD", "cells", ".", "Data", "information", ":", "Starvation", "of", "cells", "was", "performed", "for", "4", "hours", ";", "treatments", "with", "20", "µM", "rapamycin", "or", "30", "µM", "MK6", "-", "83", "or", "100nM", "bafilomycin", "was", "performed", "for", "24", "hours", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "P", "values", "were", "calculated", "with", "ANOVA", "Šídák", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "Statistically", "significant", "comparison", "p", "-", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. ROS production, lipid peroxidation, and GSH levels in PD fibroblasts (n=3). CNTR (white bars), CNTR after treatment (dark grey bars), PD samples (black bars) and PD after treatment (light grey bars). Physiological or pharmacological enhancement of autophagy resulted in correction of oxidative stress in PD cells, while bafilomycin treatment further increased stress in CNTR and PD cells. Data information: Starvation of cells was performed for 4 hours; treatments with 20 µM rapamycin or 30 µM MK6-83 or 100nM bafilomycin was performed for 24 hours. Data presented as mean ± SD. P values were calculated with ANOVA Šídák's multiple comparisons test. Statistically significant comparison p-values are indicated."}
{"words": ["A", ",", "B", ",", "C", ".", "Correlations", "between", "the", "levels", "of", "single", "stress", "indicators", "and", "correction", "of", "GAA", "activity", "by", "rhGAA", "in", "6", "different", "PD", "fibroblasts", ".", "ROS", "production", "and", "lipid", "peroxidation", "inversely", "correlate", "with", "the", "GAA", "levels", "attained", "in", "cells", "after", "incubation", "with", "rhGAA", "for", "4", "hours", ".", "The", "analysis", "of", "correlation", "was", "calculated", ",", "and", "the", "coefficient", "of", "Pearson", "is", "indicated", ".", "D"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B, C. Correlations between the levels of single stress indicators and correction of GAA activity by rhGAA in 6 different PD fibroblasts. ROS production and lipid peroxidation inversely correlate with the GAA levels attained in cells after incubation with rhGAA for 4 hours. The analysis of correlation was calculated, and the coefficient of Pearson is indicated. D "}
{"words": ["A", ".", "Cell", "viability", "in", "control", "and", "PD", "fibroblasts", "(", "3", "different", "cell", "lines", ")", "measured", "by", "MTT", "assay", "in", "the", "presence", "of", "increased", "concentrations", "(", "0", "-", "100", "µM", ")", "of", "either", "sodium", "arsenite", "(", "ARS", ")", "or", "tert", "-", "butyl", "-", "peroxide", "(", "TBP", ")", "at", "different", "time", "points", ".", "Data", "presented", "as", "a", "mean", "±", "SD", ".", "B", ".", "ROS", "production", ",", "lipid", "peroxidation", ",", "and", "GSH", "levels", "in", "fibroblasts", "(", "3", "different", "cell", "lines", ")", "after", "6", "hours", "of", "treatment", "with", "100", "µM", "ARS", "and", "or", "10", "µM", "TBP", ".", "Both", "oxidative", "agents", "induced", "increases", "in", "oxidative", "stress", "in", "control", "(", "CNTR", ")", "and", "in", "PD", "cells", ".", "Data", "presented", "as", "a", "mean", "±", "SD", ".", "Significance", "was", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Šídák", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "C", "Data", "information", ":", "statistically", "significant", "p", "-", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Cell viability in control and PD fibroblasts (3 different cell lines) measured by MTT assay in the presence of increased concentrations (0-100 µM) of either sodium arsenite (ARS) or tert-butyl-peroxide (TBP) at different time points. Data presented as a mean ± SD. B. ROS production, lipid peroxidation, and GSH levels in fibroblasts (3 different cell lines) after 6 hours of treatment with 100 µM ARS and or 10 µM TBP. Both oxidative agents induced increases in oxidative stress in control (CNTR) and in PD cells. Data presented as a mean ± SD. Significance was calculated by one-way ANOVA followed by Šídák's multiple comparisons test. C Data information: statistically significant p-values are indicated."}
{"words": ["A", ".", "Effect", "of", "antioxidants", "on", "ROS", "production", ",", "lipid", "peroxidation", ",", "and", "GSH", "levels", "in", "PD", "fibroblasts", "(", "3", "different", "cell", "lines", "for", "each", "treatment", ",", "each", "cell", "line", "assayed", "at", "least", "in", "ducplicate", ")", ".", "Cells", "were", "incubated", "for", "24", "hours", "with", ":", "idebenone", "(", "IDE", ")", "0", ".", "5", "µM", ";", "edaravone", "(", "EDA", ")", "50", "µM", ";", "N", "-", "acetylcysteine", "(", "NAC", ")", "0", ".", "5", "mM", ";", "resveratrol", "(", "RESV", ")", "30", "µM", ".", "Mean", "of", "control", "(", "CNTR", ")", "values", "are", "taken", "as", "equal", "to", "100", ".", "The", "results", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "To", "calculate", "statistical", "significance", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "applied", "for", "all", "experiments", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "test", ".", "Statistically", "significant", "p", "-", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Effect of antioxidants on ROS production, lipid peroxidation, and GSH levels in PD fibroblasts (3 different cell lines for each treatment, each cell line assayed at least in ducplicate). Cells were incubated for 24 hours with: idebenone (IDE) 0.5 µM; edaravone (EDA) 50 µM; N-acetylcysteine (NAC) 0.5 mM; resveratrol (RESV) 30 µM. Mean of control (CNTR) values are taken as equal to 100. The results are shown as mean ± SD. Data information: To calculate statistical significance one-way ANOVA was applied for all experiments followed by Dunnett's test. Statistically significant p-values are indicated."}
{"words": ["E", ".", "Confocal", "immunofluorescence", "analysis", "of", "GAA", "and", "LAMP2", ";", "representative", "fibroblast", "cell", "lines", "(", "PD1", ")", ".", "Confocal", "63x", "images", ";", "Scale", "bar", "50", "µm", ";", "Brightness", "+", "20", "%", ".", "F", ".", "Percent", "of", "GAA", "/", "LAMP2", "colocalization", "in", "PD1", ".", "The", "results", "are", "expressed", "as", "means", "±", "SD", "of", "5", "images", "for", "each", "condition", ".", "G", ".", "Percent", "of", "GAA", "/", "LAMP2", "colocalization", ";", "mean", "of", "the", "analyses", "performed", "in", "3", "PD", "fibroblast", "cell", "lines", ".", "For", "each", "PD", "patient", ",", "5", "images", "for", "each", "condition", "were", "quantified", ".", "The", "results", "are", "expressed", "as", "means", "±", "SD", "of", "5", "images", "for", "each", "condition", ".", "Data", "information", ":", "To", "calculate", "statistical", "significance", "one", "-", "way", "ANOVA", "was", "applied", "for", "all", "experiments", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "test", ".", "Statistically", "significant", "p", "-", "values", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Confocal immunofluorescence analysis of GAA and LAMP2; representative fibroblast cell lines (PD1). Confocal 63x images; Scale bar 50 µm; Brightness +20%. F. Percent of GAA/LAMP2 colocalization in PD1. The results are expressed as means ± SD of 5 images for each condition. G. Percent of GAA/LAMP2 colocalization; mean of the analyses performed in 3 PD fibroblast cell lines. For each PD patient, 5 images for each condition were quantified. The results are expressed as means ± SD of 5 images for each condition. Data information: To calculate statistical significance one-way ANOVA was applied for all experiments followed by Dunnett's test. Statistically significant p-values are indicated. "}
{"words": ["D", ".", "Mean", "of", "results", "obtained", "in", "control", "(", "two", "cell", "lines", "in", "duplicate", ")", "and", "PD", "fibroblast", "(", "3", "different", "cell", "lines", ",", "each", "cell", "line", "tested", "in", "duplicate", "in", "three", "different", "experiments", ")", ".", "For", "each", "cell", "line", ",", "the", "amount", "of", "M6PR", "positive", "cells", "was", "normalized", ",", "taking", "that", "observed", "in", "not", "-", "treated", "fibroblasts", "as", "1", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "For", "statistical", "analysis", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Šídák", "'", "s", "post", "hoc", "test", "was", "applied", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Mean of results obtained in control (two cell lines in duplicate) and PD fibroblast (3 different cell lines, each cell line tested in duplicate in three different experiments). For each cell line, the amount of M6PR positive cells was normalized, taking that observed in not-treated fibroblasts as 1. Data presented as mean ± SD. Data information: For statistical analysis a one-way ANOVA followed by Šídák's post hoc test was applied. "}
{"words": ["C", ".", "GAA", "activity", "in", "tissues", "from", "the", "Gaa", "KO", "mouse", "after", "treatment", "with", "rhGAA", "alone", "(", "black", "bars", ")", "(", "n", "of", "mice", "=", "10", ")", "and", "with", "co", "-", "dosing", "of", "rhGAA", "and", "2", "gr", "/", "Kg", "/", "day", "NAC", "(", "n", "of", "mice", "=", "7", ",", "dark", "grey", "bars", ")", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Values", "obtained", "in", "tissues", "treated", "with", "rhGAA", "alone", "for", "each", "treatment", "are", "taken", "as", "100", ".", "A", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "applied", "to", "compare", "the", "results", "in", "each", "of", "the", "tissues", ".", "D", ".", "GAA", "activity", "in", "tissues", "from", "the", "Gaa", "KO", "mouse", "after", "treatment", "with", "rhGAA", "alone", "(", "black", "bars", ")", "(", "n", "of", "mice", "=", "4", ")", "and", "with", "co", "-", "dosing", "of", "rhGAA", "and", "100", "mg", "/", "Kg", "/", "day", "IDE", "(", "n", "of", "mice", "=", "6", ",", "light", "grey", "bars", ")", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Values", "obtained", "in", "tissues", "treated", "with", "rhGAA", "alone", "for", "each", "treatment", "are", "taken", "as", "100", ".", "A", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "applied", "to", "compare", "the", "results", "in", "each", "of", "the", "tissues", ".", "E"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. GAA activity in tissues from the Gaa KO mouse after treatment with rhGAA alone (black bars) (n of mice = 10) and with co-dosing of rhGAA and 2 gr/Kg/day NAC (n of mice =7, dark grey bars). Data presented as mean ± SD. Values obtained in tissues treated with rhGAA alone for each treatment are taken as 100. A Student's t-test was applied to compare the results in each of the tissues. D. GAA activity in tissues from the Gaa KO mouse after treatment with rhGAA alone (black bars) (n of mice =4) and with co-dosing of rhGAA and 100 mg/Kg/day IDE (n of mice =6, light grey bars). Data presented as mean ± SD. Values obtained in tissues treated with rhGAA alone for each treatment are taken as 100. A Student's t-test was applied to compare the results in each of the tissues. E "}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "Western", "Blot", "analyses", "of", "GAA", "and", "quantitative", "analyses", "of", "the", "enzyme", "in", "representative", "tissues", "from", "the", "Gaa", "KO", "mouse", "after", "treatment", "with", "rhGAA", "alone", "(", "n", "of", "mice", "=", "2", ")", "or", "in", "combination", "with", "NAC", "(", "n", "of", "mice", "=", "3", ")", "(", "E", ")", "or", "IDE", "(", "n", "of", "mice", "=", "3", ")", "(", "F", ")", ".", "In", "F", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. Western Blot analyses of GAA and quantitative analyses of the enzyme in representative tissues from the Gaa KO mouse after treatment with rhGAA alone (n of mice =2) or in combination with NAC (n of mice =3) (E) or IDE (n of mice =3) (F). In F Data are presented as mean ± SD."}
{"words": ["G", ".", "Glycogen", "assay", "in", "tissues", "from", "the", "Gaa", "KO", "mouse", "after", "treatment", "with", "rhGAA", "alone", "(", "n", "of", "mice", "=", "3", ")", "or", "in", "combination", "with", "NAC", "(", "n", "of", "mice", "=", "3", ")", ".", "H", ".", "Glycogen", "assay", "in", "tissues", "from", "the", "Gaa", "KO", "mouse", "after", "treatment", "with", "rhGAA", "alone", "(", "n", "of", "mice", "=", "4", ")", "or", "in", "combination", "with", "IDE", "(", "n", "of", "mice", "=", "6", ")", ".", "Data", "information", ":", "i", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Values", "obtained", "in", "tissues", "treated", "with", "rhGAA", "alone", "for", "each", "treatment", "are", "taken", "as", "100", ".", "A", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "applied", "to", "compare", "the", "results", "in", "each", "tissue", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Glycogen assay in tissues from the Gaa KO mouse after treatment with rhGAA alone (n of mice = 3) or in combination with NAC (n of mice = 3). H. Glycogen assay in tissues from the Gaa KO mouse after treatment with rhGAA alone (n of mice =4) or in combination with IDE (n of mice = 6). Data information: i data are presented as mean ± SD. Values obtained in tissues treated with rhGAA alone for each treatment are taken as 100. A Student's t-test was applied to compare the results in each tissue.  "}
{"words": ["A", "Expression", "of", "PTPN11", "(", "gene", "encoding", "SHP2", ")", "in", "skin", "lesions", "in", "psoriatic", "patients", "compared", "with", "skin", "from", "healthy", "donors", "based", "on", "microarray", "data", "(", "No", ".", "GSE14905", ")", ".", "B", "Expression", "of", "ptpn11", "in", "human", "PBMCs", "of", "psoriatic", "patients", "(", "n", "=", "14", ")", "and", "normal", "controls", "(", "n", "=", "16", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Expression of PTPN11 (gene encoding SHP2) in skin lesions in psoriatic patients compared with skin from healthy donors based on microarray data (No. GSE14905). B Expression of ptpn11 in human PBMCs of psoriatic patients (n=14) and normal controls (n=16). Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed Mann-Whitney U test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["C", "Representative", "SHP2", "staining", "in", "skin", "sections", "of", "psoriatic", "patients", "(", "n", "=", "13", ")", "and", "normal", "controls", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative SHP2 staining in skin sections of psoriatic patients (n=13) and normal controls (n=5). Scale bars: 200 μm."}
{"words": ["D", "Western", "blot", "analysis", "of", "PBMCs", "lysates", "derived", "from", "psoriatic", "patients", "and", "normal", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Western blot analysis of PBMCs lysates derived from psoriatic patients and normal controls."}
{"words": ["E", "The", "catalytic", "activity", "of", "SHP2", "was", "measured", "in", "human", "PBMCs", "lysates", "derived", "from", "psoriatic", "patients", "(", "n", "=", "25", ")", "and", "normal", "controls", "(", "n", "=", "25", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E The catalytic activity of SHP2 was measured in human PBMCs lysates derived from psoriatic patients (n=25) and normal controls (n=25). Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["F", "Representative", "p", "-", "ERK", "staining", "of", "skin", "sections", "of", "psoriatic", "patients", "and", "normal", "controls", ".", "Scale", "bars", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Representative p-ERK staining of skin sections of psoriatic patients and normal controls. Scale bars: 200 μm."}
{"words": ["G", "Quantitative", "PCR", "analysis", "of", "Ptpn11", "mRNA", "levels", "in", "the", "IMQ", "-", "treated", "or", "non", "-", "treated", "dorsal", "back", "of", "C57BL", "/", "6", "mice", "at", "day", "5", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", ".", "Data", "were", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Quantitative PCR analysis of Ptpn11 mRNA levels in the IMQ-treated or non-treated dorsal back of C57BL/6 mice at day 5 (n=6/group). Data were normalized to Gapdh expression. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["H", "Representative", "histological", "sections", "of", "IMQ", "-", "treated", "or", "non", "-", "treated", "dorsal", "back", "of", "C57BL", "/", "6", "mice", "at", "day", "5", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Representative histological sections of IMQ-treated or non-treated dorsal back of C57BL/6 mice at day 5. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["I", "Quantitative", "PCR", "analysis", "of", "mRNA", "levels", "in", "human", "PBMCs", "derived", "from", "psoriatic", "patients", "(", "n", "=", "20", ")", "and", "normal", "healthy", "controls", "(", "n", "=", "20", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Quantitative PCR analysis of mRNA levels in human PBMCs derived from psoriatic patients (n=20) and normal healthy controls (n=20). Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["C57BL", "/", "6", "mice", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "were", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "SHP099", "or", "vehicle", "for", "4", "days", ".", "A", "Phenotypic", "presentation", "(", "top", ")", ",", "H", "&", "E", "staining", "(", "middle", ")", "and", "statistical", "data", "(", "bottom", ")", "(", "mean", "±", "SEM", ")", "of", "dorsal", "skin", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C57BL/6 mice (n=6/group) were treated with indicated dose of SHP099 or vehicle for 4 days. A Phenotypic presentation (top), H&E staining (middle) and statistical data (bottom) (mean ± SEM) of dorsal skin. Scale bar: 100 μm. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["Quantitative", "PCR", "analysis", "of", "mRNA", "encoding", "IL", "-", "23", "/", "IL", "-", "17A", "axis", "cytokines", "in", "the", "dorsal", "skin", "of", "C57BL", "/", "6", "mice", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "SHP099", "or", "vehicle", "for", "4", "days", ".", "Results", "were", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative PCR analysis of mRNA encoding IL-23/IL-17A axis cytokines in the dorsal skin of C57BL/6 mice treated with indicated dose of SHP099 or vehicle for 4 days. Results were normalized to Gapdh expression. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["ELISA", "quantification", "of", "protein", "levels", "of", "cytokines", "in", "mouse", "serum", ".", "Quantitative", "PCR", "analysis", "of", "mRNA", "encoding", "psoriasis", "-", "related", "cytokines", "in", "the", "dorsal", "skin", "of", "C57BL", "/", "6", "mice", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "SHP099", "or", "vehicle", "for", "4", "days", ".", "Results", "were", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ELISA quantification of protein levels of cytokines in mouse serum. Quantitative PCR analysis of mRNA encoding psoriasis-related cytokines in the dorsal skin of C57BL/6 mice treated with indicated dose of SHP099 or vehicle for 4 days. Results were normalized to Gapdh expression. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["Violin", "plot", "showed", "the", "relative", "expression", "of", "47", "inflammation", "-", "associated", "genes", "based", "on", "sample", "groups", "and", "cell", "clusters", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Violin plot showed the relative expression of 47 inflammation-associated genes based on sample groups and cell clusters."}
{"words": ["D", "Gene", "set", "enrichment", "analysis", "(", "GSEA", ")", "of", "the", "NF", "-", "κB", "signaling", "pathway", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Gene set enrichment analysis (GSEA) of the NF-κB signaling pathway."}
{"words": ["E", "Volcano", "plots", "of", "DEGs", "that", "were", "upregulated", "(", "red", ")", "or", "downregulated", "(", "blue", ")", "in", "myeloid", "cells", ".", "Examples", "of", "DEGs", "were", "labeled", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Volcano plots of DEGs that were upregulated (red) or downregulated (blue) in myeloid cells. Examples of DEGs were labeled."}
{"words": ["G", "Expression", "patterns", "of", "the", "top", "ten", "hub", "genes", "in", "(", "F", ")", ".", "Heatmap", "(", "top", ")", "displays", "the", "average", "expression", "in", "the", "three", "groups", "and", "in", "different", "myeloid", "cell", "subsets", ".", "Boxplots", "(", "bottom", ")", "show", "the", "corresponding", "expression", "distribution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Expression patterns of the top ten hub genes in (F). Heatmap (top) displays the average expression in the three groups and in different myeloid cell subsets. Boxplots (bottom) show the corresponding expression distribution."}
{"words": ["Representative", "images", "(", "A", "and", "E", ")", ",", "histological", "sections", "of", "dorsal", "back", "(", "B", "and", "F", ")", "and", "clinical", "scores", "(", "C", "and", "G", ")", "and", "quantitative", "PCR", "analysis", "of", "mRNA", "levels", "in", "dorsal", "skin", "(", "D", "and", "H", ")", "from", "wild", "-", "type", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "M", "-", "Shp2", "-", "/", "-", "mice", "or", "DC", "-", "Shp2", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "treated", "with", "IMQ", "for", "4", "days", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Left", ":", "H", "&", "E", "(", "hematoxylin", "and", "eosin", ")", "staining", "data", ";", "right", ":", "statistical", "data", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "Results", "were", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "Tukey", "multiple", "comparison", "test", "(", "B", ",", "D", ",", "F", ",", "H", ")", "or", "Bonferroni", "multiple", "comparison", "test", "(", "C", ",", "G", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images (A and E), histological sections of dorsal back (B and F) and clinical scores (C and G) and quantitative PCR analysis of mRNA levels in dorsal skin (D and H) from wild-type (n=6) and M-Shp2-/- mice or DC-Shp2-/- mice (n=6) treated with IMQ for 4 days. Scale bar: 100 μm. Left: H&E (hematoxylin and eosin) staining data; right: statistical data (mean ± SEM). Results were normalized to Gapdh expression. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values were calculated by Tukey multiple comparison test (B, D, F, H) or Bonferroni multiple comparison test (C, G). *P<0.05, **P<0.01, ns, not significant."}
{"words": ["A", "Heat", "map", "showing", "mRNA", "expression", "in", "peritoneal", "macrophages", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "M", "-", "Shp2", "-", "/", "-", "mice", "after", "IMQ", "treatment", "based", "on", "RNA", "sequencing", "(", "n", "=", "3", "/", "group", ")", ".", "Colors", "represent", "high", "(", "red", ")", "and", "low", "(", "blue", ")", "intensity", ".", "Genes", "labeled", "in", "green", "indicate", "they", "are", "in", "the", "NF", "-", "κB", "signaling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Heat map showing mRNA expression in peritoneal macrophages derived from wild-type and M-Shp2-/- mice after IMQ treatment based on RNA sequencing (n=3/group). Colors represent high (red) and low (blue) intensity. Genes labeled in green indicate they are in the NF-κB signaling."}
{"words": ["D", "BMDMs", "and", "PMs", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "M", "-", "Shp2", "-", "/", "-", "mice", "were", "stimulated", "by", "IMQ", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "times", ".", "Whole", "cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D BMDMs and PMs derived from wild-type and M-Shp2-/- mice were stimulated by IMQ (10 µg/ml) for indicated times. Whole cell lysates were subjected to Western blotting."}
{"words": ["E", "Representative", "p", "-", "p65", "staining", "of", "skin", "sections", "from", "mouse", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Representative p-p65 staining of skin sections from mouse. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["E", "Immunoblotting", "of", "HEK293T", "cells", "co", "-", "transfected", "for", "48", "h", "with", "GFP", "-", "TLR7", ",", "plus", "HA", "-", "SHP2", ",", "HA", "-", "SHP2", "mutant", "vectors", ",", "followed", "by", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "GFP", "beads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "E Immunoblotting of HEK293T cells co-transfected for 48 h with GFP-TLR7, plus HA-SHP2, HA-SHP2 mutant vectors, followed by immunoprecipitation with anti-GFP beads."}
{"words": ["F", "PMA", "-", "differentiated", "THP", "-", "1", "cells", "were", "infected", "with", "vector", "or", "SHP2", "lentivirus", "and", "then", "treated", "with", "or", "without", "R848", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", ".", "Subcellular", "fractionation", "was", "performed", ",", "and", "cytoplasmic", "and", "cell", "membrane", "proteins", "were", "probed", "by", "respective", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F PMA-differentiated THP-1 cells were infected with vector or SHP2 lentivirus and then treated with or without R848 (10 µg/ml). Subcellular fractionation was performed, and cytoplasmic and cell membrane proteins were probed by respective antibodies."}
{"words": ["G", ",", "H", "Immunoblot", "analysis", "of", "TLR7", "and", "SHP2", "in", "the", "isolated", "ER", ",", "Golgi", "and", "endosome", "from", "PMA", "-", "differentiated", "THP", "-", "1", "cells", "with", "either", "SHP2", "overexpressed", "(", "G", ")", "and", "SHP2", "deficiency", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H Immunoblot analysis of TLR7 and SHP2 in the isolated ER, Golgi and endosome from PMA-differentiated THP-1 cells with either SHP2 overexpressed (G) and SHP2 deficiency(H)."}
{"words": ["I", "Skin", "sections", "from", "psoriatic", "patients", "and", "healthy", "controls", "were", "immune", "-", "stained", "for", "TLR7", "together", "with", "a", "marker", "of", "the", "early", "endosome", "(", "EEA1", ")", "or", "late", "endosome", "/", "lysosome", "(", "LAMP1", ")", "prior", "to", "analysis", "by", "confocal", "microscopy", ",", "showing", "TLR7", "localization", "in", "different", "organelles", "(", "arrows", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Skin sections from psoriatic patients and healthy controls were immune-stained for TLR7 together with a marker of the early endosome (EEA1) or late endosome/lysosome (LAMP1) prior to analysis by confocal microscopy, showing TLR7 localization in different organelles (arrows). Scale bar: 50 μm."}
{"words": ["B", ",", "Immunoblotting", "of", "TLR7", "in", "the", "endosome", "isolated", "from", "HEK293T", "cells", "that", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "TLR7", "or", "GFP", "-", "TLR7", "mutant", "vectors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B, Immunoblotting of TLR7 in the endosome isolated from HEK293T cells that were transfected with GFP-TLR7 or GFP-TLR7 mutant vectors."}
{"words": ["G", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "NF", "-", "κB", "-", "luciferase", "reporter", "and", "indicated", "TLR7", "mutant", "vectors", "and", "then", "treated", "with", "IMQ", "(", "10", "µg", "/", "ml", ")", "for", "24", "h", "were", "harvested", "for", "luciferase", "assay", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G HEK293T cells transfected with NF-κB-luciferase reporter and indicated TLR7 mutant vectors and then treated with IMQ (10 µg/ml) for 24 h were harvested for luciferase assay. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed unpaired Student's t-test **P<0.01, ns, not significant."}
{"words": ["I", "Representative", "p", "-", "TLR7", "Y1024", "staining", "of", "skin", "sections", "from", "human", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Representative p-TLR7 Y1024 staining of skin sections from human. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["Tlr7wt", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7", "-", "Y1025D", "mutant", "Tlr7ki", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7ki", "/", "ki", "female", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "were", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "IMQ", "for", "4", "days", ".", "A", "Phenotypic", "presentation", "(", "top", ")", "and", "H", "&", "E", "staining", "(", "bottom", ")", "of", "dorsal", "skin", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Left", ":", "H", "&", "E", "staining", "data", ";", "right", ":", "statistical", "data", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tlr7wt/wt female mice (n=6) and Tlr7-Y1025D mutant Tlr7ki/wt female mice (n=6) and Tlr7ki/ki female mice (n=5) were treated with indicated dose of IMQ for 4 days. A Phenotypic presentation (top) and H&E staining (bottom) of dorsal skin. Scale bar: 100 μm. Left: H&E staining data; right: statistical data (mean ± SEM). Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed Mann-Whitney U test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["Tlr7wt", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7", "-", "Y1025D", "mutant", "Tlr7ki", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7ki", "/", "ki", "female", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "were", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "IMQ", "for", "4", "days", ".", "D", "Quantitative", "PCR", "analysis", "of", "mRNA", "encoding", "IL", "-", "23", "/", "IL", "-", "17A", "axis", "cytokines", "and", "other", "psoriasis", "-", "related", "cytokines", "in", "the", "dorsal", "skin", ".", "Results", "were", "normalized", "to", "Gapdh", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "mean", "±", "SEM", ".", "P", "values", "are", "determined", "by", "two", "-", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tlr7wt/wt female mice (n=6) and Tlr7-Y1025D mutant Tlr7ki/wt female mice (n=6) and Tlr7ki/ki female mice (n=5) were treated with indicated dose of IMQ for 4 days. D Quantitative PCR analysis of mRNA encoding IL-23/IL-17A axis cytokines and other psoriasis-related cytokines in the dorsal skin. Results were normalized to Gapdh expression. Data information: Data are represented mean ± SEM. P values are determined by two-tailed Mann-Whitney U test *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["Tlr7wt", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7", "-", "Y1025D", "mutant", "Tlr7ki", "/", "wt", "female", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "and", "Tlr7ki", "/", "ki", "female", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "were", "treated", "with", "indicated", "dose", "of", "IMQ", "for", "4", "days", ".", "E", "Representative", "p", "-", "p65", "staining", "of", "the", "dorsal", "skin", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tlr7wt/wt female mice (n=6) and Tlr7-Y1025D mutant Tlr7ki/wt female mice (n=6) and Tlr7ki/ki female mice (n=5) were treated with indicated dose of IMQ for 4 days. E Representative p-p65 staining of the dorsal skin. Scale bars: 100 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Remdesivir", "inhibition", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infections", "of", "Vero", "E6", "cells", ".", "drugs", ",", ",", "were", "used", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "Viral", "RNA", "level", "was", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "15", "hours", "after", "inoculation", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "Swedish", "isolate", ",", "106", "PFU", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Remdesivir inhibition of SARS-CoV-2 infections of Vero E6 cells. drugs, , were used at the indicated concentrations. Viral RNA level was determined by qRT-PCR 15 hours after inoculation of SARS-CoV-2 (Swedish isolate, 106 PFU)."}
{"words": ["(", "B", ")", "hrsACE2", "inhibition", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infections", "of", "Vero", "E6", "cells", ".", "murine", "recombinant", "soluble", "ACE2", "(", "mrsACE2", ",", "control", "treatment", ")", ",", "were", "used", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "Viral", "RNA", "level", "was", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "15", "hours", "after", "inoculation", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "Swedish", "isolate", ",", "106", "PFU", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) hrsACE2 inhibition of SARS-CoV-2 infections of Vero E6 cells. murine recombinant soluble ACE2 (mrsACE2, control treatment), were used at the indicated concentrations. Viral RNA level was determined by qRT-PCR 15 hours after inoculation of SARS-CoV-2 (Swedish isolate, 106 PFU). "}
{"words": ["(", "B", ")", "hrsACE2", "inhibition", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infections", "of", "Vero", "E6", "cells", ".", "murine", "recombinant", "soluble", "ACE2", "(", "mrsACE2", ",", "control", "treatment", ")", ",", "were", "used", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "Viral", "RNA", "level", "was", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "15", "hours", "after", "inoculation", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "Swedish", "isolate", ",", "106", "PFU", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) hrsACE2 inhibition of SARS-CoV-2 infections of Vero E6 cells. murine recombinant soluble ACE2 (mrsACE2, control treatment), were used at the indicated concentrations. Viral RNA level was determined by qRT-PCR 15 hours after inoculation of SARS-CoV-2 (Swedish isolate, 106 PFU)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cell", "viability", "of", "isolated", "cell", "clones", "and", "WT", "AN3", "-", "12", "cells", "following", "72h", "remdesivir", "treatment", "with", "the", "indicated", "doses", ".", "Mean", "±", "SEM", "of", "2", "-", "4", "biological", "replicates", "is", "displayed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cell viability of isolated cell clones and WT AN3-12 cells following 72h remdesivir treatment with the indicated doses. Mean ±SEM of 2-4 biological replicates is displayed."}
{"words": ["(", "A", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "Vero", "-", "E6", "cells", "with", "Human", "recombinant", "soluble", "ACE", "2", "(", "hrsACE2", ")", "(", "200µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ".", "Viral", "RNA", "level", "was", "determined", "at", "15", "hours", "after", "virus", "inoculation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected Vero-E6 cells with Human recombinant soluble ACE 2 (hrsACE2) (200µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM). Viral RNA level was determined at 15 hours after virus inoculation. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "Vero", "-", "E6", "cells", "with", "Human", "recombinant", "soluble", "ACE", "2", "(", "hrsACE2", ")", "(", "200µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ".", "Viral", "RNA", "level", "was", "determined", "at", "15", "hours", "after", "virus", "inoculation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected Vero-E6 cells with Human recombinant soluble ACE 2 (hrsACE2) (200µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM). Viral RNA level was determined at 15 hours after virus inoculation."}
{"words": ["(", "B", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "human", "kidney", "organoids", "with", "hrsACE2", "(", "200µg", "/", "ml", ")", "and", "/", "or", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ")", ".", "Viral", "RNA", "was", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "72", "hours", "after", "the", "inoculation", "of", "106", "PFU", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected human kidney organoids with hrsACE2 (200µg/ml) and/or remdesivir (Remd.4µM)). Viral RNA was determined by qRT-PCR 72 hours after the inoculation of 106 PFU of SARS-CoV-2. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "human", "kidney", "organoids", "with", "hrsACE2", "(", "200µg", "/", "ml", ")", "and", "/", "or", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ")", ".", "Viral", "RNA", "was", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "72", "hours", "after", "the", "inoculation", "of", "106", "PFU", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected human kidney organoids with hrsACE2 (200µg/ml) and/or remdesivir (Remd.4µM)). Viral RNA was determined by qRT-PCR 72 hours after the inoculation of 106 PFU of SARS-CoV-2."}
{"words": ["(", "C", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "Vero", "-", "E6", "cells", "with", "clinical", "doses", "of", "hrsACE2", "(", "5", "and", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected Vero-E6 cells with clinical doses of hrsACE2 (5 and 10µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM)). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "Vero", "-", "E6", "cells", "with", "clinical", "doses", "of", "hrsACE2", "(", "5", "and", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected Vero-E6 cells with clinical doses of hrsACE2 (5 and 10µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM))."}
{"words": ["(", "D", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "kidney", "organoids", "with", "hrsACE2", "(", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "4µM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected kidney organoids with hrsACE2 (10µg/ml) and remdesivir (4µM). "}
{"words": ["(", "D", ")", "Treatment", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "106", "PFU", ")", "infected", "kidney", "organoids", "with", "hrsACE2", "(", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "4µM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Treatment of SARS-CoV-2 (106 PFU) infected kidney organoids with hrsACE2 (10µg/ml) and remdesivir (4µM)."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Progeny", "virus", "released", "from", "untreated", "Vero", "-", "E6", "cells", "or", "Vero", "-", "E6", "cells", "treated", "with", "clinical", "doses", "of", "hrsACE2", "(", "5", "and", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ".", "Progeny", "was", "determined", "(", "E", ")", "15", "hours", "and", "(", "F", ")", "48", "hours", "post", "-", "infection", "(", "hpi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E,F) Progeny virus released from untreated Vero-E6 cells or Vero-E6 cells treated with clinical doses of hrsACE2 (5 and 10µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM). Progeny was determined (E) 15 hours and (F) 48 hours post-infection (hpi). "}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Progeny", "virus", "released", "from", "untreated", "Vero", "-", "E6", "cells", "or", "Vero", "-", "E6", "cells", "treated", "with", "clinical", "doses", "of", "hrsACE2", "(", "5", "and", "10µg", "/", "ml", ")", "and", "remdesivir", "(", "Remd", ".", "4µM", ")", ".", "Progeny", "was", "determined", "(", "E", ")", "15", "hours", "and", "(", "F", ")", "48", "hours", "post", "-", "infection", "(", "hpi", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E,F) Progeny virus released from untreated Vero-E6 cells or Vero-E6 cells treated with clinical doses of hrsACE2 (5 and 10µg/ml) and remdesivir (Remd. 4µM). Progeny was determined (E) 15 hours and (F) 48 hours post-infection (hpi)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "phosphorylated", "S6", "(", "p", "-", "S6", ")", "(", "mTORC1", "activity", "read", "-", "out", ")", "immunoreactivity", ".", "N", "=", "11", "-", "15", "pigmented", "or", "grey", "HFs", "from", "4", "different", "donors", ".", "(", "B", ")", "Representative", "images", "of", "p", "-", "S6", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyzed", "immediately", "after", "surgery", ".", "Analyses", "were", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Quantitative analysis of phosphorylated S6 (p-S6) (mTORC1 activity read-out) immunoreactivity. N = 11-15 pigmented or grey HFs from 4 different donors. (B) Representative images of p-S6 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyzed immediately after surgery. Analyses were performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "TSC2", "protein", "levels", ".", "N", "=", "11", "-", "14", "pigmented", "or", "grey", "HFs", "from", "4", "different", "donors", ".", "(", "D", ")", "Representative", "images", "of", "TSC2", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyzed", "immediately", "after", "surgery", ".", "Analyses", "were", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C) Quantitative analysis of TSC2 protein levels. N = 11-14 pigmented or grey HFs from 4 different donors. (D) Representative images of TSC2 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyzed immediately after surgery. Analyses were performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "A", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "phosphorylated", "S6", "(", "p", "-", "S6", ")", "(", "mTORC1", "activity", "read", "-", "out", ")", "immunoreactivity", ".", "N", "=", "23", "-", "30", "anagen", "VI", "HFs", "from", "8", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "B", ")", "Representative", "images", "of", "p", "-", "S6", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Quantitative analysis of phosphorylated S6 (p-S6) (mTORC1 activity read-out) immunoreactivity. N = 23-30 anagen VI HFs from 8 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (B) Representative images of p-S6 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "C", ")", "Hair", "cycle", "staging", "was", "performed", "using", "Ki", "-", "67", "and", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", "Mean", "±", "SEM", ";", "N", "=", "36", "-", "39", "HFs", "per", "group", "from", "6", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "vehicle", "(", "control", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "D", ")", "Representative", "fluorescence", "images", "of", "Ki", "-", "67", "and", "bright", "field", "microscopic", "images", "of", "Masson", "-", "Fontana", ".", "for", "C", "-", "D", "where", "all", "HFs", "were", "analyzed", ")", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C) Hair cycle staging was performed using Ki-67 and Masson-Fontana histochemistry Mean ± SEM; N = 36-39 HFs per group from 6 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or vehicle (control) for 7 days. (D) Representative fluorescence images of Ki-67 and bright field microscopic images of Masson-Fontana. for C-D where all HFs were analyzed) were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantitative", "histomorphometry", "of", "melanin", "production", "by", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "N", "=", "28", "-", "30", "anagen", "VI", "HFs", "from", "8", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "F", ")", "Representative", "bright", "field", "microscopic", "images", "of", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantitative histomorphometry of melanin production by Masson-Fontana histochemistry. N = 28-30 anagen VI HFs from 8 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (F) Representative bright field microscopic images of Masson-Fontana histochemistry. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test"}
{"words": ["(", "G", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "tyrosinase", "activity", ".", "N", "=", "18", "-", "21", "anagen", "VI", "HFs", "from", "5", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "H", ")", "Representative", "images", "of", "tyrosinase", "activity", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(G) Quantitative analysis of tyrosinase activity. N = 18-21 anagen VI HFs from 5 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (H) Representative images of tyrosinase activity immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "I", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "gp100", "expression", ".", "N", "=", "24", "-", "26", "anagen", "VI", "HFs", "from", "8", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "J", ")", "Representative", "images", "of", "gp100", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(I) Quantitative analysis of gp100 expression. N = 24-26 anagen VI HFs from 8 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (J) Representative images of gp100 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "K", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "melanocyte", "dendricity", ".", "N", "=", "22", "-", "24", "anagen", "VI", "HFs", "from", "6", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "L", ")", "Representative", "images", "of", "gp100", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(K) Quantitative analysis of melanocyte dendricity. N = 22-24 anagen VI HFs from 6 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (L) Representative images of gp100 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "M", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "α", "-", "MSH", "expression", ".", "N", "=", "17", "-", "20", "anagen", "VI", "HFs", "from", "5", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "N", ")", "Representative", "images", "of", "α", "-", "MSH", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(M) Quantitative analysis of α-MSH expression. N = 17-20 anagen VI HFs from 5 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (N) Representative images of α-MSH immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. ± SEM, Unpaired Student's t-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "O", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "phosphorylated", "S6", "(", "p", "-", "S6", ")", "(", "mTORC1", "activity", "read", "-", "out", ")", "immunoreactivity", ".", "N", "=", "8", "-", "10", "anagen", "VI", "HFs", "from", "2", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", ",", "2ug", "/", "ml", "Agouti", ",", "Rapamycin", "+", "Agouti", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "P", ")", "Representative", "images", "of", "p", "-", "S6", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "and", "One", "-", "Way", "ANOVA", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(O) Quantitative analysis of phosphorylated S6 (p-S6) (mTORC1 activity read-out) immunoreactivity. N = 8-10 anagen VI HFs from 2 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml, 2ug/ml Agouti, Rapamycin+Agouti or untreated (vehicle) for 7 days. (P) Representative images of p-S6 immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. , * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001 and One-Way ANOVA Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "Q", ")", "Quantitative", "histomorphometry", "of", "melanin", "production", "by", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "N", "=", "8", "-", "11", "anagen", "VI", "HFs", "from", "2", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", ",", "2", "ug", "/", "ml", "Agouti", ",", "Rapamycin", "+", "Agouti", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "R", ")", "Representative", "bright", "field", "microscopic", "images", "of", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "and", "One", "-", "Way"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Q) Quantitative histomorphometry of melanin production by Masson-Fontana histochemistry. N = 8-11 anagen VI HFs from 2 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml, 2 ug/ml Agouti, Rapamycin+Agouti or untreated (vehicle) for 7 days. (R) Representative bright field microscopic images of Masson-Fontana histochemistry. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. , * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001 and One-Way ANOVA"}
{"words": ["Quantitative", "analysis", "of", "TSC2", "mRNA", "(", "A", ")", "N", "=", "8", "-", "10", "anagen", "VI", "HFs", "from", "4", "different", "donors", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "(", "NTO", ")", "for", "6", "days", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantitative analysis of TSC2 mRNA (A) N = 8-10 anagen VI HFs from 4 different donors treated with siTSC2 or non-targeting oligos (NTO) for 6 days. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001."}
{"words": ["Quantitative", "analysis", "of", "TSC2", "protein", "expression", "(", "B", ")", ".", "N", "=", "8", "-", "10", "anagen", "VI", "HFs", "from", "4", "different", "donors", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "(", "NTO", ")", "for", "6", "days", ".", "(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "TSC2", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Samples", "from", "each", "donor", "are", "represented", "by", "a", "different", "color", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "Quantitative analysis of TSC2 protein expression (B). N = 8-10 anagen VI HFs from 4 different donors treated with siTSC2 or non-targeting oligos (NTO) for 6 days. (C) Representative images of TSC2 immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001. Samples from each donor are represented by a different color. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "phosphorylated", "S6", "(", "p", "-", "S6", ")", "(", "mTORC1", "activity", "read", "-", "out", ")", "immunoreactivity", ".", "N", "=", "2", "-", "3", "anagen", "VI", "HFs", "from", "1", "donor", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "for", "6", "days", ".", "(", "E", ")", "Representative", "images", "of", "p", "-", "S6", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Samples", "from", "each", "donor", "are", "represented", "by", "a", "different", "color", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(D) Quantitative analysis of phosphorylated S6 (p-S6) (mTORC1 activity read-out) immunoreactivity. N = 2-3 anagen VI HFs from 1 donor treated with siTSC2 or non-targeting oligos for 6 days. (E) Representative images of p-S6 immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001. Samples from each donor are represented by a different color. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantitative", "histomorphometry", "of", "melanin", "production", ".", "N", "=", "9", "-", "10", "anagen", "VI", "HFs", "from", "4", "different", "donors", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "for", "6", "days", ".", "(", "G", ")", "Representative", "bright", "field", "microscopic", "images", "of", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Samples", "from", "each", "donor", "are", "represented", "by", "a", "different", "color", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantitative histomorphometry of melanin production. N = 9-10 anagen VI HFs from 4 different donors treated with siTSC2 or non-targeting oligos for 6 days. (G) Representative bright field microscopic images of Masson-Fontana histochemistry. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001. Samples from each donor are represented by a different color."}
{"words": ["(", "H", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "tyrosinase", "activity", ".", "N", "=", "8", "-", "9", "anagen", "VI", "HFs", "from", "4", "different", "donors", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "for", "6", "days", ".", "(", "I", ")", "Representative", "images", "of", "tyrosinase", "activity", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Samples", "from", "each", "donor", "are", "represented", "by", "a", "different", "color", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(H) Quantitative analysis of tyrosinase activity. N = 8-9 anagen VI HFs from 4 different donors treated with siTSC2 or non-targeting oligos for 6 days. (I) Representative images of tyrosinase activity immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001. Samples from each donor are represented by a different color. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "J", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "α", "-", "MSH", "expression", ".", "N", "=", "8", "-", "9", "anagen", "VI", "HFs", "from", "4", "different", "donors", "treated", "with", "siTSC2", "or", "non", "-", "targeting", "oligos", "for", "6", "days", ".", "(", "K", ")", "Representative", "images", "of", "α", "-", "MSH", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ".", "Samples", "from", "each", "donor", "are", "represented", "by", "a", "different", "color", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(J) Quantitative analysis of α-MSH expression. N = 8-9 anagen VI HFs from 4 different donors treated with siTSC2 or non-targeting oligos for 6 days. (K) Representative images of α-MSH immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mean ± SEM, Unpaired Student's t-test, * p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001. Samples from each donor are represented by a different color. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "A", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "phosphorylated", "S6", "(", "p", "-", "S6", ")", "(", "mTORC1", "activity", "read", "-", "out", ")", "immunoreactivity", ".", "N", "=", "9", "-", "10", "grey", "anagen", "VI", "HFs", "from", "3", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "B", ")", "Representative", "fluorescence", "images", "of", "p", "-", "S6", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Quantitative analysis of phosphorylated S6 (p-S6) (mTORC1 activity read-out) immunoreactivity. N = 9-10 grey anagen VI HFs from 3 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (B) Representative fluorescence images of p-S6 immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "C", ")", "Hair", "cycle", "staging", "was", "performed", "using", "Ki", "-", "67", "and", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "Mean", "±", "SEM", ";", "N", "=", "16", "-", "17", "grey", "HFs", "per", "groups", "from", "3", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "D", ")", "Representative", "fluorescence", "images", "of", "Ki", "-", "67", "and", "bright", "field", "microscopic", "images", "of", "Masson", "-", "Fontana", ".", "for", "C", "-", "D", "where", "all", "HFs", "were", "analyzed", ")", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(C) Hair cycle staging was performed using Ki-67 and Masson-Fontana histochemistry. Mean ± SEM; N = 16-17 grey HFs per groups from 3 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (D) Representative fluorescence images of Ki-67 and bright field microscopic images of Masson-Fontana. for C-D where all HFs were analyzed) were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantitative", "histomorphometry", "of", "melanin", "production", "by", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "N", "=", "7", "-", "9", "grey", "anagen", "VI", "HFs", "from", "3", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "F", ")", "Representative", "pictures", "of", "Masson", "-", "Fontana", "histochemistry", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantitative histomorphometry of melanin production by Masson-Fontana histochemistry. N = 7-9 grey anagen VI HFs from 3 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (F) Representative pictures of Masson-Fontana histochemistry. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mann-Whitney U-test"}
{"words": ["(", "G", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "tyrosinase", "activity", ".", "N", "=", "7", "grey", "anagen", "VI", "HFs", "from", "3", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "H", ")", "Representative", "images", "of", "tyrosinase", "activity", "immunofluorescence", ".", ":", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(G) Quantitative analysis of tyrosinase activity. N = 7 grey anagen VI HFs from 3 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (H) Representative images of tyrosinase activity immunofluorescence. : Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mann-Whitney U-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["(", "I", ")", "Quantitative", "analysis", "of", "α", "-", "MSH", "expression", "in", "defined", "reference", "area", "within", "the", "bulb", ".", "N", "=", "5", "-", "7", "grey", "anagen", "VI", "HFs", "from", "3", "different", "donors", "treated", "with", "Rapamycin", "20", "ng", "/", "ml", "or", "untreated", "(", "vehicle", ")", "for", "7", "days", ".", "(", "J", ")", "Representative", "images", "of", "α", "-", "MSH", "immunofluorescence", ".", "Only", "anagen", "VI", "HFs", "were", "investigated", "and", "analyses", "performed", "in", "defined", "reference", "areas", "(", "dotted", "areas", ")", "in", "the", "HFPU", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "Nuclei", "stained", "with", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(I) Quantitative analysis of α-MSH expression in defined reference area within the bulb. N = 5-7 grey anagen VI HFs from 3 different donors treated with Rapamycin 20 ng/ml or untreated (vehicle) for 7 days. (J) Representative images of α-MSH immunofluorescence. Only anagen VI HFs were investigated and analyses performed in defined reference areas (dotted areas) in the HFPU. Mann-Whitney U-test Nuclei stained with DAPI."}
{"words": ["C", "-", "E", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "CCNA", ",", "CCNB", ",", "Cdk1", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "protein", "expression", "in", "lysates", "from", "control", "(", "si", "-", "GFP", ")", "and", "p53", "-", "depleted", "(", "si", "-", "p53", ";", "si", "-", "p53", "_", "1", ")", "(", "C", ")", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "CAL27", "cell", "lines", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E. Western blot analysis for CCNA, CCNB, Cdk1 and GAPDH (loading control) protein expression in lysates from control (si-GFP) and p53-depleted (si-p53; si-p53_1) (C) MDA-MB-231 and CAL27 cell lines. Representative images are shown."}
{"words": ["C", "-", "E", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "CCNA", ",", "CCNB", ",", "Cdk1", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "protein", "expression", "in", "lysates", "from", "control", "(", "si", "-", "GFP", ")", "and", "YAP", "-", "depleted", "(", "si", "-", "YAP", ";", "si", "-", "YAP", "_", "1", ")", "(", "D", ")", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "CAL27", "cell", "lines", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E. Western blot analysis for CCNA, CCNB, Cdk1 and GAPDH (loading control) protein expression in lysates from control (si-GFP) and YAP-depleted (si-YAP; si-YAP_1) (D) MDA-MB-231 and CAL27 cell lines. Representative images are shown."}
{"words": ["C", "-", "E", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "CCNA", ",", "CCNB", ",", "Cdk1", "and", "GAPDH", "(", "loading", "control", ")", "protein", "expression", "in", "lysates", "from", "control", "(", "si", "-", "GFP", ")", "and", "TAZ", "-", "depleted", "(", "si", "-", "TAZ", ")", "(", "E", ")", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "CAL27", "cell", "lines", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-E. Western blot analysis for CCNA, CCNB, Cdk1 and GAPDH (loading control) protein expression in lysates from control (si-GFP) and TAZ-depleted (si-TAZ) (E) MDA-MB-231 and CAL27 cell lines. Representative images are shown."}
{"words": ["A", ".", "Primary", "human", "breast", "cancers", "of", "the", "METABRIC", "dataset", "were", "stratified", "according", "to", "high", "or", "low", "YAP", "activity", "signature", "[", "47", "]", "and", "by", "TP53", "mutational", "status", ",", "and", "then", "the", "levels", "of", "the", "cycline", "signature", "score", "were", "determined", "in", "the", "four", "groups", ".", "Cyclin", "activity", "is", "significantly", "higher", "in", "mut", "-", "p53", "tumors", "with", "high", "levels", "of", "the", "YAP", "signature", ",", "as", "visualized", "by", "box", "-", "plot", ".", "Signature", "scores", "have", "been", "obtained", "summarizing", "the", "standardized", "expression", "levels", "of", "signature", "genes", "into", "a", "combined", "score", "with", "zero", "mean", "[", "7", "]", ".", "The", "values", "shown", "in", "graphs", "are", "thus", "adimensional", ".", "The", "bottom", "and", "top", "of", "the", "box", "are", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "and", "the", "band", "inside", "the", "box", "is", "the", "median", ";", "whiskers", "represent", "1st", "and", "99th", "percentiles", ";", "values", "lower", "and", "greater", "are", "shown", "as", "circles", "(", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "701", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Primary human breast cancers of the METABRIC dataset were stratified according to high or low YAP activity signature [47] and by TP53 mutational status, and then the levels of the cycline signature score were determined in the four groups. Cyclin activity is significantly higher in mut-p53 tumors with high levels of the YAP signature, as visualized by box-plot. Signature scores have been obtained summarizing the standardized expression levels of signature genes into a combined score with zero mean [7]. The values shown in graphs are thus adimensional. The bottom and top of the box are the first and third quartiles, and the band inside the box is the median; whiskers represent 1st and 99th percentiles; values lower and greater are shown as circles (p<0.0001, n=701)."}
{"words": ["B", ".", "Same", "as", "in", "A", ")", "using", "the", "YAP", "/", "TAZ", "activity", "signature", "of", "Zhang", "et", "al", ".", "(", "2009", ")", "(", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "701", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Same as in A) using the YAP/TAZ activity signature of Zhang et al. (2009) (p<0.0001, n=701)."}
{"words": ["C", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "analysis", "representing", "the", "probability", "of", "disease", "-", "specific", "survival", "in", "mutant", "and", "wild", "-", "type", "p53", "breast", "cancer", "patients", "from", "the", "METABRIC", "dataset", "stratified", "according", "high", "or", "low", "YAP", "/", "TAZ", "signature", "score", ".", "The", "log", "-", "rank", "test", "p", "-", "value", "reflects", "the", "significance", "of", "the", "association", "between", "high", "levels", "of", "the", "YAP", "/", "TAZ", "signature", "score", "and", "shorter", "survival", "in", "in", "mutant", "-", "p53", "as", "compared", "to", "wild", "-", "type", "p53", "patients", "(", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "251", ")", ".", "All", "p", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Kaplan-Meier analysis representing the probability of disease-specific survival in mutant and wild-type p53 breast cancer patients from the METABRIC dataset stratified according high or low YAP/TAZ signature score. The log-rank test p-value reflects the significance of the association between high levels of the YAP/TAZ signature score and shorter survival in in mutant-p53 as compared to wild-type p53 patients (p<0.0001, n=251). All p-values were calculated with two-tailed Student's t-test."}
{"words": ["A", ".", "SKBr3", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "cells", "knocked", "-", "down", "as", "indicated", "in", "the", "figure", ",", "were", "transiently", "transfected", "with", "pCCAAT", "-", "B2LUC", "(", "100", "ng", ")", "or", "pmutCCAAT", "-", "B2LUC", "(", "100", "ng", ")", "luciferase", "reporter", "vectors", ".", "Values", "are", "means", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "replicates", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. SKBr3 and MDA-MB-468 cells knocked-down as indicated in the figure, were transiently transfected with pCCAAT-B2LUC (100 ng) or pmutCCAAT-B2LUC (100 ng) luciferase reporter vectors. Values are means + s.d. of three replicates from three independent experiments."}
{"words": ["B", ".", "RT", "-", "qPCR", "of", "CCNA", ",", "CCNB2", "and", "cdk1", "mRNA", "levels", "in", "SKBr3", "cells", "upon", "transduction", "with", "si", "-", "GFP", "and", "si", "-", "YAP", "(", "left", "graph", ")", "or", "si", "-", "p53", "(", "right", "graph", ")", ".", "Values", "are", "means", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "replicates", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. RT-qPCR of CCNA, CCNB2 and cdk1 mRNA levels in SKBr3 cells upon transduction with si-GFP and si-YAP (left graph) or si-p53 (right graph). Values are means + s.d. of three replicates from three independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "H1299", "transfected", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ",", "were", "transiently", "transfected", "with", "pCCAAT", "-", "B2LUC", "(", "100", "ng", ")", "luciferase", "reporter", "vector", "together", "with", "empty", "pcDNA3", "or", "mutant", "p53R175H", ".", "Representative", "western", "blotting", "to", "control", "the", "transfections", "presented", "in", "the", "right", "panel", ".", "Values", "are", "means", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "replicates", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. H1299 transfected with the indicated siRNAs, were transiently transfected with pCCAAT-B2LUC (100 ng) luciferase reporter vector together with empty pcDNA3 or mutant p53R175H. Representative western blotting to control the transfections presented in the right panel. Values are means + s.d. of three replicates from three independent experiments."}
{"words": ["D", ".", "RT", "-", "qPCR", "of", "CCNA", "and", "cdk1", "mRNA", "levels", "in", "H1299", "cells", "upon", "transfection", "with", "si", "-", "GFP", "or", "si", "-", "YAP", "oligos", "and", "empty", "pCDNA3", "or", "mutp53R280H", "expression", "vectors", "as", "indicated", "in", "the", "figure", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "from", "three", "biological", "replicates", ".", "P", "-", "values", "are", "indicated", "in", "the", "figures", ";", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "applied", "throughout", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. RT-qPCR of CCNA and cdk1 mRNA levels in H1299 cells upon transfection with si-GFP or si-YAP oligos and empty pCDNA3 or mutp53R280H expression vectors as indicated in the figure. Error bars represent mean + s.d., from three biological replicates. P-values are indicated in the figures; two-tailed Student's t-test was applied throughout."}
{"words": ["A", "and", "B", ".", "Coimmunoprecipitation", "and", "western", "blot", "analysis", "from", "H1299", "cell", "lysates", "showing", "endogenous", "YAP", "(", "A", ")", "and", "overexpressed", "GFP", "-", "YAP", "(", "B", ")", "bound", "to", "mutp53R273H", "(", "A", ")", "or", "to", "mutp53R175H", "(", "B", ")", ".", "In", "(", "A", ")", "YAP", "protein", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "rabbit", "polyclonal", "antibody", "and", "rabbit", "IgG", "was", "used", "as", "negative", "control", "of", "IP", ".", "In", "(", "B", ")", "p53", "protein", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "sheep", "polyclonal", "antibody", "and", "the", "total", "lysate", "from", "H1299", "transfected", "with", "empty", "pCDNA3", "vector", "was", "used", "in", "as", "negative", "control", "of", "IP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B. Coimmunoprecipitation and western blot analysis from H1299 cell lysates showing endogenous YAP (A) and overexpressed GFP-YAP (B) bound to mutp53R273H (A) or to mutp53R175H (B). In (A) YAP protein was immunoprecipitated with a rabbit polyclonal antibody and rabbit IgG was used as negative control of IP. In (B) p53 protein was immunoprecipitated with a sheep polyclonal antibody and the total lysate from H1299 transfected with empty pCDNA3 vector was used in as negative control of IP."}
{"words": ["C", "and", "D", ".", "Immunoprecipitations", "of", "YAP", "protein", "and", "western", "blot", "analysis", "for", "p53", "binding", "are", "performed", "from", "lysates", "of", "cancer", "cell", "lines", "expressing", "different", "mutant", "p53", "proteins", "(", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ")", "(", "C", ")", "YAP", "protein", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "rabbit", "polyclonal", "antibody", "and", "the", "same", "amount", "of", "rabbit", "IgG", "was", "used", "as", "negative", "control", "of", "IP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C and D. Immunoprecipitations of YAP protein and western blot analysis for p53 binding are performed from lysates of cancer cell lines expressing different mutant p53 proteins (described in Materials and Methods) (C) YAP protein was immunoprecipitated with a rabbit polyclonal antibody and the same amount of rabbit IgG was used as negative control of IP."}
{"words": ["C", "and", "D", ".", "Immunoprecipitations", "of", "YAP", "protein", "and", "western", "blot", "analysis", "for", "p53", "binding", "are", "performed", "from", "lysates", "of", "cancer", "cell", "lines", "expressing", "different", "mutant", "p53", "proteins", "(", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ")", "(", "C", ")", "and", "from", "HCT116", "cells", "expressing", "wild", "type", "p53", "protein", "(", "D", ")", ".", "YAP", "protein", "was", "immunoprecipitated", "with", "a", "rabbit", "polyclonal", "antibody", "and", "the", "same", "amount", "of", "rabbit", "IgG", "was", "used", "as", "negative", "control", "of", "IP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C and D. Immunoprecipitations of YAP protein and western blot analysis for p53 binding are performed from lysates of cancer cell lines expressing different mutant p53 proteins (described in Materials and Methods) (C) and from HCT116 cells expressing wild type p53 protein (D). YAP protein was immunoprecipitated with a rabbit polyclonal antibody and the same amount of rabbit IgG was used as negative control of IP."}
{"words": ["E", ".", "Cellular", "extracts", "from", "H1299", "cells", "transiently", "transfected", "with", "2", "μg", "of", "each", "indicated", "plasmids", "were", "immunoprecipitated", "with", "rabbit", "polyclonal", "YAP", "antibody", ".", "Cell", "lysates", "derived", "from", "cells", "transfected", "with", "the", "empty", "vector", "were", "used", "as", "negative", "control", "of", "immunoprecipitation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Cellular extracts from H1299 cells transiently transfected with 2 μg of each indicated plasmids were immunoprecipitated with rabbit polyclonal YAP antibody. Cell lysates derived from cells transfected with the empty vector were used as negative control of immunoprecipitation."}
{"words": ["F", ".", "Cellular", "extracts", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "were", "immunoprecipitated", "with", "rabbit", "polyclonal", "YAP", ",", "sheep", "polyclonal", "p53", "and", "rabbit", "polyclonal", "NF", "-", "YB", "antibodies", ".", "Rabbit", "(", "for", "YAP", "and", "NF", "-", "YB", "IPs", ")", "and", "sheep", "(", "for", "p53", "IP", ")", "IgGs", "were", "used", "as", "negative", "control", "of", "IPs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Cellular extracts from MDA-MB-468 were immunoprecipitated with rabbit polyclonal YAP, sheep polyclonal p53 and rabbit polyclonal NF-YB antibodies. Rabbit (for YAP and NF-YB IPs) and sheep (for p53 IP) IgGs were used as negative control of IPs."}
{"words": ["G", ".", "Cell", "lysates", "from", "CAL27", "cells", "transfected", "with", "si", "-", "GFP", "and", "si", "-", "NF", "-", "YB", "oligonucleotides", "were", "immunoprecipitated", "with", "rabbit", "polyclonal", "YAP", ".", "As", "specificity", "control", ",", "immunoprecipitations", "were", "performed", "with", "rabbit", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Cell lysates from CAL27 cells transfected with si-GFP and si-NF-YB oligonucleotides were immunoprecipitated with rabbit polyclonal YAP. As specificity control, immunoprecipitations were performed with rabbit IgG."}
{"words": ["H", "and", "I", ".", "ChIP", "analysis", "of", "mutant", "p53", ",", "YAP", "and", "H4", "acetylated", "histone", "-", "bound", "chromatin", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "cells", "on", "transduction", "with", "siRNAs", "oligos", "targeting", "endogenous", "YAP", "(", "siYAP", ")", "(", "H", ")", ",", "NF", "-", "Y", "(", "siNF", "-", "YB", ")", "(", "I", ")", ",", "or", "siGFP", "as", "a", "negative", "control", "(", "H", "and", "I", ")", ".", "The", "experiment", "was", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "The", "CCNA", ",", "CCNB2", "and", "Cdk1", "promoter", "occupancy", "was", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Normalization", "was", "performed", "to", "the", "amount", "of", "input", "chromatin", ".", "The", "ChIP", "results", "were", "further", "normalised", "on", "the", "RT", "-", "qPCR", "of", "a", "region", "resulted", "negative", "for", "the", "recruitment", "of", "mutant", "p53", "(", "Appendix", "Table", "S5", ")", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Statistically", "significant", "results", "were", "referred", "with", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H and I. ChIP analysis of mutant p53, YAP and H4 acetylated histone-bound chromatin from MDA-MB-468 cells on transduction with siRNAs oligos targeting endogenous YAP (siYAP) (H), NF-Y (siNF-YB) (I), or siGFP as a negative control (H and I). The experiment was performed in biological triplicates. The CCNA, CCNB2 and Cdk1 promoter occupancy was analyzed by RT-qPCR. Normalization was performed to the amount of input chromatin. The ChIP results were further normalised on the RT-qPCR of a region resulted negative for the recruitment of mutant p53 (Appendix Table S5). P-values were calculated with two tailed Student's t-test. Statistically significant results were referred with p-value<0.05."}
{"words": ["A", "and", "B", ".", "Proliferation", "curves", "of", "SKBr3", "cell", "line", "knocked", "-", "down", "for", "YAP", "(", "A", ")", "or", "p53", "(", "B", ")", ".", "si", "-", "GFP", "oligos", "are", "used", "as", "negative", "control", ".", "Cell", "viability", "analysis", "in", "A", "and", "B", "was", "determined", "by", "trypan", "blue", "dye", "exclusion", "staining", ",", "in", "C", "was", "determined", "by", "ATPlite", "luminescence", "analysis", ".", "All", "the", "values", "are", "means", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "six", "replicates", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B. Proliferation curves of SKBr3 cell line knocked-down for YAP (A) or p53 (B). si-GFP oligos are used as negative control.Cell viability analysis in A and B was determined by trypan blue dye exclusion staining, in C was determined by ATPlite luminescence analysis. All the values are means + s.d. of six replicates from three independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "Viability", "of", "CAL27", "cell", "line", "transfected", "with", "si", "-", "GFP", "or", "si", "-", "p53", "oligos", "and", "empty", "vector", "or", "GFP", "-", "YAP", "construct", ",", "as", "indicated", "in", "the", "legend", "to", "the", "graph", ".", "Cell", "viability", "analysis", "in", "A", "and", "B", "was", "determined", "by", "trypan", "blue", "dye", "exclusion", "staining", ",", "in", "C", "was", "determined", "by", "ATPlite", "luminescence", "analysis", ".", "All", "the", "values", "are", "means", "+", "s", ".", "d", ".", "of", "six", "replicates", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Viability of CAL27 cell line transfected with si-GFP or si-p53 oligos and empty vector or GFP-YAP construct, as indicated in the legend to the graph.Cell viability analysis in A and B was determined by trypan blue dye exclusion staining, in C was determined by ATPlite luminescence analysis. All the values are means + s.d. of six replicates from three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "CCNA", "and", "CCNB2", "expression", "transcripts", "were", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "cDNA", "derived", "from", "tumours", "of", "control", "(", "saline", ")", "or", "zoledronic", "acid", "(", "ZA", ")", "-", "treated", "mice", "(", "ref", ".", "31", ")", ".", "N", "=", "3", "mice", "per", "group", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. CCNA and CCNB2 expression transcripts were analyzed by RT-qPCR in cDNA derived from tumours of control (saline) or zoledronic acid (ZA)-treated mice (ref. 31). N=3 mice per group. P-values were calculated with two-tailed t-test."}
{"words": ["B", ".", "ChIP", "analysis", "of", "mutant", "p53", "-", "bound", "chromatin", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "treated", "or", "not", "with", "1", "µM", "cerivastatin", "(", "Cer", ")", "for", "24h", ".", "The", "CCNB2", "promoter", "occupancy", "was", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "Normalization", "was", "performed", "to", "the", "amount", "of", "input", "chromatin", ".", "The", "experiment", "was", "performed", "in", "biological", "triplicate", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. ChIP analysis of mutant p53 -bound chromatin from MDA-MB-231 cells treated or not with 1 µM cerivastatin (Cer) for 24h. The CCNB2 promoter occupancy was analyzed by RT-qPCR. Normalization was performed to the amount of input chromatin. The experiment was performed in biological triplicate. P-values were calculated with two-tailed t-test."}
{"words": ["C", ".", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "Cer", "for", "24h", "were", "transfected", "with", "pCCAAT", "-", "B2LUC", "(", "100", "ng", ")", "luciferase", "reporter", "vector", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "from", "three", "biological", "replicates", ".", "P", "-", "values", "are", "indicated", "in", "the", "figures", ";", "p", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. MDA-MB-231 cells treated with the indicated concentrations of Cer for 24h were transfected with pCCAAT-B2LUC (100 ng) luciferase reporter vector. Error bars represent mean + s.d., from three biological replicates. P-values are indicated in the figures;p-values were calculated with two-tailed t-test."}
{"words": ["D", ".", "CCNA", ",", "CCNB2", "and", "Cdk1", "expression", "transcripts", "were", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "cDNA", "derived", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "(", "left", "panel", ")", "and", "SKBr3", "(", "right", "panel", ")", "cell", "lines", "treated", "or", "not", "with", "1", "µM", "Cer", "for", "48h", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "from", "three", "biological", "replicates", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. CCNA, CCNB2 and Cdk1 expression transcripts were analyzed by RT-qPCR in cDNA derived from MDA-MB-231 (left panel) and SKBr3 (right panel) cell lines treated or not with 1 µM Cer for 48h. Error bars represent mean + s.d., from three biological replicates. P-values were calculated with two-tailed t-test. P-value<0.01."}
{"words": ["E", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "CCNA", ",", "CCNB", "and", "Actin", "(", "loading", "control", ")", "expression", "in", "lysates", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "treated", "or", "not", "with", "1", "µM", "Cer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "E. Western blot analysis for CCNA, CCNB and Actin (loading control) expression in lysates from MDA-MB-231 cells treated or not with 1 µM Cer."}
{"words": ["F", ".", "CCNA", ",", "CCNB2", "and", "Cdk1", "expression", "transcripts", "were", "analyzed", "by", "RT", "-", "qPCR", "in", "cDNA", "derived", "from", "MDA", "-", "MB", "-", "231cell", "line", "treated", "or", "not", "with", "30µM", "ZA", "for", "48h", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "from", "three", "biological", "replicates", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "with", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. CCNA, CCNB2 and Cdk1 expression transcripts were analyzed by RT-qPCR in cDNA derived from MDA-MB-231cell line treated or not with 30µM ZA for 48h. Error bars represent mean + s.d., from three biological replicates. P-values were calculated with two-tailed t-test. P-value<0.01."}
{"words": ["G", ".", "Viability", "assay", "of", "siGFP", "and", "sip53", "-", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "after", "treatment", "with", "increasing", "amounts", "of", "cerivastatin", "(", "0", ",", "0", ".", "01", ",", "0", ".", "1", ",", "1", "and", "10", "µM", ")", "for", "48", "h", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "untreated", ".", "Error", "bars", "represent", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", ",", "from", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Viability assay of siGFP and sip53 -MDA-MB-231 cells after treatment with increasing amounts of cerivastatin (0, 0.01, 0.1, 1 and 10 µM) for 48 h. Data are normalized to untreated. Error bars represent mean + s.d., from three biological replicates."}
{"words": ["(", "B", ")", "GALpr", "-", "Dfm1", "-", "BirA", "-", "Flag", "and", "GALpr", "-", "BirA", "-", "Flag", "levels", "were", "measured", "by", "western", "blotting", "with", "α", "-", "FLAG", "at", "0", "(", "uninduced", ")", "vs", ".", "5", "hours", "post", "-", "galactose", "induction", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) GALpr-Dfm1-BirA-Flag and GALpr-BirA-Flag levels were measured by western blotting with α -FLAG at 0 (uninduced) vs. 5 hours post-galactose induction (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Dfm1", "-", "BirA", "is", "still", "functional", "and", "able", "to", "degrade", "Hmg2", "-", "GFP", ".", "dfm1Δ", "+", "Hmg2", "-", "GFP", "strains", "containing", "DFM1", "-", "BIRA", ",", "empty", "vector", ",", "or", "BIRA", "only", "addbacks", "were", "grown", "to", "log", "phase", "and", "degradation", "was", "measured", "by", "CHX", ".", "After", "CHX", "addition", ",", "cells", "were", "lysed", "at", "the", "indicated", "times", "and", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Hmg2", "-", "GFP", "with", "α", "-", "GFP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C) Dfm1-BirA is still functional and able to degrade Hmg2-GFP. dfm1Δ+Hmg2-GFP strains containing DFM1-BIRA, empty vector, or BIRA only addbacks were grown to log phase and degradation was measured by CHX. After CHX addition, cells were lysed at the indicated times and analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted for Hmg2-GFP with α-GFP."}
{"words": ["(", "D", ")", "Yeast", "strains", "expressing", "Dfm1", "-", "Bira", "and", "BirA", "only", "negative", "control", "were", "incubated", "with", "different", "amounts", "of", "biotin", ":", "0", ",", "0", ".", "1", ",", "and", "1", "mM", ".", "dfm1Δ", "+", "Hmg2", "-", "GFP", ".", "Microsomes", "were", "isolated", "from", "each", "strain", "and", "subjected", "to", "streptavidin", "pulldown", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "Flow", "-", "through", "and", "pull", "-", "down", "fractions", "were", "detected", "by", "western", "blotting", "for", "Dfm1", "-", "BirA", "with", "α", "-", "Flag", "and", "Cdc48", "with", "α", "-", "Cdc48", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Yeast strains expressing Dfm1-Bira and BirA only negative control were incubated with different amounts of biotin: 0, 0.1, and 1 mM. dfm1Δ+Hmg2-GFP. Microsomes were isolated from each strain and subjected to streptavidin pulldown (3 biological replicates; n=3). Flow-through and pull-down fractions were detected by western blotting for Dfm1-BirA with α-Flag and Cdc48 with α-Cdc48 antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "Dfm1", "-", "GFP", "binding", "to", "Lcb2", "-", "RFP", "and", "Orm2", "-", "RFP", "were", "analyzed", "by", "co", "-", "IP", ".", "As", "negative", "control", ",", "cells", "not", "expressing", "Dfm1", "-", "GFP", "were", "used", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Dfm1-GFP binding to Lcb2-RFP and Orm2-RFP were analyzed by co-IP. As negative control, cells not expressing Dfm1-GFP were used (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Indicated", "strains", "were", "spotted", "5", "-", "fold", "dilutions", "on", "synthetic", "complete", "(", "SC", ")", "plates", ",", "and", "plates", "were", "incubated", "at", "room", "temperature", ",", "30oC", ",", "and", "37oC", "(", "3", "biological", "replicates", ",", "2", "technical", "replicates", ";", "n", "=", "5", ")", ".", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "tsc3", "∆", ",", "and", "dfm1", "∆", "tsc3", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "in", "the", "dilution", "assay", ".", "Arrowhead", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "tsc3", "∆", "cells", ";", "open", "circle", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "dfm1", "∆", "tsc3", "∆", "cells", ".", "(", "B", ")", "dfm1", "∆", "tsc3", "∆", "confers", "resistance", "to", "myrocin", ".", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "tsc3", "∆", ",", "and", "dfm1", "∆", "tsc3", "∆", "strains", "were", "grown", "to", "log", "-", "phase", "in", "YPD", "medium", ",", "and", "5", "-", "fold", "serial", "dilutions", "of", "cultures", "were", "spotted", "on", "(", "SC", ")", "plates", "containing", "either", "drug", "vehicle", "alone", ",", "1", "µM", "of", "myriocin", "and", "10", "μM", "of", "PHS", "(", "3", "biological", "replicates", ",", "2", "technical", "replicates", ";", "n", "=", "5", ")", ".", "Arrowhead", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "tsc3", "∆", "cells", ";", "open", "circle", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "dfm1", "∆", "tsc3", "∆", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Indicated strains were spotted 5-fold dilutions on synthetic complete (SC) plates , and plates were incubated at room temperature, 30oC, and 37oC (3 biological replicates, 2 technical replicates; n=5). WT, dfm1∆, tsc3∆, and dfm1∆tsc3∆ were compared for growth in the dilution assay. Arrowhead indicates growth phenotype of tsc3∆ cells; open circle indicates growth phenotype of dfm1∆tsc3∆ cells. (B) dfm1∆tsc3∆ confers resistance to myrocin. WT, dfm1∆, tsc3∆, and dfm1∆tsc3∆ strains were grown to log-phase in YPD medium, and 5-fold serial dilutions of cultures were spotted on (SC) plates containing either drug vehicle alone, 1 µM of myriocin and 10 μM of PHS (3 biological replicates, 2 technical replicates; n=5). Arrowhead indicates growth phenotype of tsc3∆ cells; open circle indicates growth phenotype of dfm1∆tsc3∆ cells."}
{"words": ["(", "D", ")", "Indicated", "strains", "were", "spotted", "5", "-", "fold", "dilutions", "on", "SC", "plates", "in", "3", "biological", "replicates", "and", "2", "technical", "replicates", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "and", "plates", "were", "incubated", "at", "room", "temperature", ",", "30oC", ",", "and", "37oC", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Upper", "panel", ":", "WT", ",", "orm1", "∆", ",", "tsc3", "∆", ",", "and", "orm1", "∆", "tsc3", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Middle", "panel", ":", "WT", ",", "orm2", "∆", ",", "tsc3", "∆", ",", "and", "orm2", "∆", "tsc3", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Bottom", "panel", ":", "WT", ",", "orm1", "∆", ",", "orm2", "∆", ",", "tsc3", "∆", ",", "and", "orm1", "∆", "orm2", "∆", "tsc3", "∆", ",", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Upper", "panel", ":", "arrowhead", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "tsc3", "∆", "cells", ";", "open", "circle", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "orm1", "∆", "tsc3", "∆", "cells", ".", "Lower", "panel", ":", "arrowhead", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "orm2", "∆", "cells", ";", "open", "circle", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "orm2", "∆", "tsc3", "∆", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(D) Indicated strains were spotted 5-fold dilutions on SC plates in 3 biological replicates and 2 technical replicates (n=5), and plates were incubated at room temperature, 30oC, and 37oC (n=3). Upper panel: WT, orm1∆, tsc3∆, and orm1∆tsc3∆ were compared for growth by dilution assay. Middle panel: WT, orm2∆, tsc3∆, and orm2∆tsc3∆ were compared for growth by dilution assay. Bottom panel: WT, orm1∆, orm2∆, tsc3∆, and orm1∆orm2∆tsc3∆, were compared for growth by dilution assay. Upper panel: arrowhead indicates growth phenotype of tsc3∆ cells; open circle indicates growth phenotype of orm1∆tsc3∆ cells. Lower panel: arrowhead indicates growth phenotype of orm2∆ cells; open circle indicates growth phenotype of orm2∆tsc3∆ cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "Indicated", "strains", "were", "spotted", "5", "-", "fold", "dilutions", "on", "SC", "plates", "in", "3", "biological", "replicates", "and", "2", "technical", "replicates", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "and", "plates", "were", "incubated", "at", "room", "temperature", ",", "30oC", ",", "and", "37oC", ".", "Upper", "panel", ":", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "orm1", "∆", ",", "and", "dfm1", "∆", "orm1", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Middle", "panel", ":", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "orm2", "∆", ",", "and", "orm2", "∆", "tsc3", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Bottom", "panel", ":", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "orm1", "∆", ",", "orm2", "∆", ",", "and", "orm2", "∆", ",", "and", "orm1", "∆", "orm2", "∆", "were", "compared", "for", "growth", "by", "dilution", "assay", ".", "Upper", ",", "middle", ",", "and", "lower", "panel", ":", "gray", "arrowhead", "depicts", "growth", "phenotype", "of", "dfm1", "∆", "orm1", "∆", ",", "dfm1", "∆", "orm2", "∆", ",", "and", "orm1", "∆", "orm2", "∆", "respectively", ".", "(", "B", ")", "dfm1", "∆", "orm1", "∆", "confers", "resistance", "to", "myriocin", "and", "sensitivity", "to", "PHS", ".", "WT", ",", "dfm1", "∆", ",", "orm1", "∆", ",", "and", "dfm1", "∆", "orm1", "∆", "strains", "were", "grown", "to", "log", "-", "phase", "in", "SC", "medium", ",", "and", "5", "-", "fold", "serial", "dilutions", "of", "cultures", "were", "spotted", "on", "YPD", "plates", "containing", "either", "drug", "vehicle", "alone", ",", "1", "mM", "of", "myriocin", "and", "10", "μM", "of", "PHS", "with", "each", "condition", "performed", "in", "3", "biological", "replicates", "and", "2", "technical", "replicates", "(", "n", "=", "5", ")", ".", "Plates", "were", "incubated", "at", "room", "temperature", "and", "photographed", "after", "3", "days", ".", "Open", "circle", "indicates", "growth", "phenotype", "of", "dfm1", "∆", "orm1", "∆", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Indicated strains were spotted 5-fold dilutions on SC plates in 3 biological replicates and 2 technical replicates (n=5), and plates were incubated at room temperature, 30oC, and 37oC. Upper panel: WT, dfm1∆, orm1∆, and dfm1∆orm1∆ were compared for growth by dilution assay. Middle panel: WT, dfm1∆, orm2∆, and orm2∆tsc3∆ were compared for growth by dilution assay. Bottom panel: WT, dfm1∆, orm1∆, orm2∆, and orm2∆, and orm1∆orm2∆ were compared for growth by dilution assay. Upper, middle, and lower panel: gray arrowhead depicts growth phenotype of dfm1∆orm1∆, dfm1∆orm2∆, and orm1∆orm2∆ respectively. (B) dfm1∆orm1∆ confers resistance to myriocin and sensitivity to PHS. WT, dfm1∆, orm1∆, and dfm1∆orm1∆ strains were grown to log-phase in SC medium, and 5-fold serial dilutions of cultures were spotted on YPD plates containing either drug vehicle alone, 1 mM of myriocin and 10 μM of PHS with each condition performed in 3 biological replicates and 2 technical replicates (n=5). Plates were incubated at room temperature and photographed after 3 days. Open circle indicates growth phenotype of dfm1∆orm1∆ cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "Degradation", "of", "Orm2", "depends", "on", "Dfm1", "and", "not", "Der1", ".", "The", "indicated", "strains", "expressing", "Orm2", "-", "RFP", "were", "grown", "into", "log", "phase", "and", "degradation", "was", "measured", "by", "cycloheximide", "chase", "(", "CHX", ")", ".", "After", "CHX", "addition", ",", "cells", "were", "lysed", "at", "the", "indicated", "times", ",", "and", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Orm2", "-", "RFP", "with", "α", "-", "RFP", "(", "3", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "(", "B", ")", "Same", "as", "(", "A", ")", "except", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", "was", "measured", "in", "WT", "and", "der1", "∆", "cells", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Degradation of Orm2 depends on Dfm1 and not Der1. The indicated strains expressing Orm2-RFP were grown into log phase and degradation was measured by cycloheximide chase (CHX). After CHX addition, cells were lysed at the indicated times, and analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted for Orm2-RFP with α-RFP (3 biological replicates (n=3). (B) Same as (A) except degradation of Orm2-RFP was measured in WT and der1∆ cells (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Dfm1", "'", "s", "SHP", "box", "is", "not", "required", "for", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", ".", "In", "the", "indicated", "strains", ",", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", "was", "measured", "by", "CHX", "-", "chase", "assay", ".", "Cells", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Orm2", "-", "RFP", "with", "α", "-", "RFP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Dfm1's SHP box is not required for degradation of Orm2-RFP. In the indicated strains, degradation of Orm2-RFP was measured by CHX-chase assay. Cells were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted for Orm2-RFP with α-RFP (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Dfm1", "'", "s", "WR", "motif", ",", "GxxxG", "motif", ",", "substrate", "binding", "and", "lipid", "thinning", "function", "are", "required", "for", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", ".", "In", "the", "indicated", "strains", ",", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", "was", "measured", "by", "CHX", "-", "chase", "assay", ".", "Cells", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Orm2", "-", "RFP", "with", "α", "-", "RFP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Dfm1's WR motif, GxxxG motif, substrate binding and lipid thinning function are required for degradation of Orm2-RFP. In the indicated strains, degradation of Orm2-RFP was measured by CHX-chase assay. Cells were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted for Orm2-RFP with α-RFP (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Dfm1", "L1", "residues", "are", "required", "for", "binding", "to", "Orm2", ".", "Orm2", "-", "RFP", "and", "binding", "to", "retrotranslocation", "-", "deficient", "Dfm1", "L1", "mutants", "was", "analyzed", "by", "co", "-", "IP", ".", "The", "IP", "was", "analyzed", "for", "presence", "of", "Dfm1", "-", "HA", ".", "As", "a", "negative", "control", ",", "cells", "not", "expressing", "Orm2", "-", "RFP", "were", "used", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "Band", "intensities", "for", "all", "western", "blots", "were", "normalized", "to", "PGK1", "loading", "control", "and", "quantified", "by", "ImageJ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Dfm1 L1 residues are required for binding to Orm2. Orm2-RFP and binding to retrotranslocation-deficient Dfm1 L1 mutants was analyzed by co-IP. The IP was analyzed for presence of Dfm1-HA. As a negative control, cells not expressing Orm2-RFP were used (3 biological replicates; n=3). Band intensities for all western blots were normalized to PGK1 loading control and quantified by ImageJ."}
{"words": ["(", "A", ")", "E3", "ligase", "Tul1", "is", "required", "for", "Orm2", "degradation", ".", "In", "the", "indicated", "strains", ",", "degradation", "of", "Orm2", "-", "RFP", "was", "measured", "by", "CHX", "-", "chase", "assay", ".", "Cells", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "Orm2", "-", "RFP", "with", "α", "-", "RFP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "t", "=", "0", "was", "taken", "as", "100", "%", "and", "data", "is", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) E3 ligase Tul1 is required for Orm2 degradation. In the indicated strains, degradation of Orm2-RFP was measured by CHX-chase assay. Cells were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted for Orm2-RFP with α-RFP (3 biological replicates; n=3). t=0 was taken as 100% and data is represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cdc48", "and", "the", "proteasome", "are", "required", "for", "Orm2", "degradation", ".", "Same", "as", "(", "A", ")", ",", "except", "cdc48", "-", "2", "and", "hrd2", "-", "1", "were", "analyzed", "for", "Orm2", "-", "RFP", "degradation", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "t", "=", "0", "was", "taken", "as", "100", "%", "and", "data", "is", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cdc48 and the proteasome are required for Orm2 degradation. Same as (A), except cdc48-2 and hrd2-1 were analyzed for Orm2-RFP degradation (3 biological replicates; n=3). t=0 was taken as 100% and data is represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Dfm1", "does", "not", "function", "in", "the", "post", "-", "ubiquitination", "step", "of", "Orm2", "degradation", "pathway", ".", "Indicated", "strains", "expressing", "Orm2", "-", "RFP", "were", "grown", "into", "log", "phase", ".", "Cells", "were", "lysed", ",", "and", "microsomes", "were", "collected", "and", "immunoprecipitated", "with", "α", "-", "RFP", "conjugated", "to", "agarose", "beads", ".", "Samples", "were", "then", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblot", "by", "α", "-", "Ubiquitin", "and", "α", "-", "RFP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Dfm1 does not function in the post-ubiquitination step of Orm2 degradation pathway. Indicated strains expressing Orm2-RFP were grown into log phase. Cells were lysed, and microsomes were collected and immunoprecipitated with α-RFP conjugated to agarose beads. Samples were then subjected to SDS-PAGE and immunoblot by α-Ubiquitin and α-RFP (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "D", ")", "ERAD", "mutants", "do", "not", "rescue", "temperature", "-", "sensitive", "lethality", "of", "tsc3", "∆", ".", "Indicated", "strains", "were", "grown", "to", "log", "-", "phase", "in", "SC", "and", "serially", "diluted", "cultures", "were", "plated", "on", "SC", "plates", "and", "incubated", "at", "37", "°", "C", "and", "imaged", "at", "Day", "2", "(", "3", "biological", "replicates", ",", "2", "technical", "replicates", ";", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) ERAD mutants do not rescue temperature-sensitive lethality of tsc3∆. Indicated strains were grown to log-phase in SC and serially diluted cultures were plated on SC plates and incubated at 37°C and imaged at Day 2 (3 biological replicates, 2 technical replicates; n=5)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Phosphorylated", "Orm2", "accumulates", "in", "the", "absence", "of", "Dfm1", ".", "Phos", "-", "tag", "western", "blot", "analysis", "shows", "that", "there", "is", "an", "accumulation", "of", "phosphorylated", "Orm2", "in", "dfm1", "∆", "cells", ".", "The", "indicated", "strains", "were", "grown", "to", "log", "phase", ",", "treated", "with", "vehicle", "or", "1", ".", "5", "μM", "myriocin", "for", "1", "hour", "and", "subjected", "to", "SDS", "-", "PAGE", "or", "Phos", "-", "tag", "western", "blot", "analysis", "via", "blotting", "for", "Orm2", "with", "α", "-", "RFP", "and", "PGK1", "with", "α", "-", "PGK1", "antibodies", "(", "2", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Phosphorylated Orm2 accumulates in the absence of Dfm1. Phos-tag western blot analysis shows that there is an accumulation of phosphorylated Orm2 in dfm1∆ cells. The indicated strains were grown to log phase, treated with vehicle or 1.5 μM myriocin for 1 hour and subjected to SDS-PAGE or Phos-tag western blot analysis via blotting for Orm2 with α-RFP and PGK1 with α-PGK1 antibodies (2 biological replicates; n=2)."}
{"words": ["(", "C", ")", "dfm1", "∆", "cells", "block", "the", "degradation", "of", "phosphorylated", "mimic", "of", "Orm2", "(", "Orm2", "-", "3D", ")", ".", "In", "the", "indicated", "strains", ",", "degradation", "of", "Orm2", "-", "3A", "-", "GFP", "and", "Orm2", "-", "3D", "-", "GFP", "was", "measured", "by", "CHX", "-", "chase", "assay", ".", "Cells", "were", "analyzed", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "α", "-", "GFP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "t", "=", "0", "was", "taken", "as", "100", "%", "and", "data", "is", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) dfm1∆ cells block the degradation of phosphorylated mimic of Orm2 (Orm2-3D). In the indicated strains, degradation of Orm2-3A-GFP and Orm2-3D-GFP was measured by CHX-chase assay. Cells were analyzed by SDS-PAGE and immunoblotted α-GFP (3 biological replicates; n=3). t=0 was taken as 100% and data is represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Dfm1", "-", "HA", "binding", "to", "Orm2", "-", "GFP", ",", "Orm2", "-", "3A", "-", "GFP", ",", "Orm2", "-", "3D", "-", "GFP", ",", "Orm1", ",", "Lcb1", ",", "and", "Lcb2", "were", "analyzed", "by", "co", "-", "IP", ".", "As", "negative", "control", ",", "cells", "not", "expressing", "Dfm1", "-", "HA", "were", "used", ".", "Also", ",", "Sec61", "was", "also", "included", "to", "test", "for", "non", "-", "specific", "binding", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "(", "B", ")", "Same", "as", "(", "A", ")", ",", "except", "co", "-", "IP", "was", "performed", "on", "WT", "and", "orm2", "∆", "cells", "and", "Dfm1", "-", "HA", "binding", "to", "Orm1", ",", "Lcb1", ",", "and", "Lcb2", "was", "analyzed", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "(", "C", ")", "Same", "as", "(", "A", ")", ",", "except", "Orm2", "-", "GFP", "binding", "to", "Dfm1", "-", "HA", ",", "Orm1", ",", "Lcb1", ",", "and", "Lcb2", "was", "analyzed", "by", "co", "-", "IP", "(", "3", "biological", "replicates", ";", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Dfm1-HA binding to Orm2-GFP, Orm2-3A-GFP, Orm2-3D-GFP, Orm1, Lcb1, and Lcb2 were analyzed by co-IP. As negative control, cells not expressing Dfm1-HA were used. Also, Sec61 was also included to test for non-specific binding (3 biological replicates; n=3). (B) Same as (A), except co-IP was performed on WT and orm2∆ cells and Dfm1-HA binding to Orm1, Lcb1, and Lcb2 was analyzed (3 biological replicates; n=3). (C) Same as (A), except Orm2-GFP binding to Dfm1-HA, Orm1, Lcb1, and Lcb2 was analyzed by co-IP (3 biological replicates; n=3)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Cellulase", "functional", "screening", "by", "Congo", "Red", "assay", ".", "Halos", "on", "the", "plate", "indicate", "cellulase", "activity", ".", "Pc", ":", "Pseudomonas", "cellulosa", ",", "Bs", ":", "Bacillus", "subtilis", ".", "Numbered", "strains", "are", "from", "the", "C", ".", "elegans", "native", "gut"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Cellulase functional screening by Congo Red assay. Halos on the plate indicate cellulase activity. Pc: Pseudomonas cellulosa, Bs: Bacillus subtilis. Numbered strains are from the C. elegans native gut microbiome"}
{"words": ["(", "B", ")", "Production", "of", "reducing", "sugars", "by", "cellulose", "-", "degrading", "bacterial", "strains", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "of", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Production of reducing sugars by cellulose-degrading bacterial strains. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Error bars represent 95% confidence intervals of the mean."}
{"words": ["(", "D", ")", "Colony", "-", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "of", "various", "bacterial", "species", "in", "the", "worm", "gut", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "of", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Colony-forming units (CFU) of various bacterial species in the worm gut. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Error bars represent 95% confidence intervals of the mean."}
{"words": ["(", "E", ")", "C", ".", "elegans", "colonized", "with", "cellulolytic", "P", ".", "cellulosa", "and", "incubated", "with", "different", "carbon", "sources", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "of", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) C. elegans colonized with cellulolytic P. cellulosa and incubated with different carbon sources. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Error bars represent 95% confidence intervals of the mean."}
{"words": ["(", "A", ")", "Incorporation", "of", "14C", "-", "labelled", "cellulose", ".", "Worms", "were", "first", "colonized", "with", "cellulolytic", "bacteria", "and", "then", "incubated", "with", "14C", "-", "cellulose", "to", "allow", "carbon", "utilization", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "applied", "before", "14C", "measurement", "of", "worms", "to", "eliminate", "bacterial", "interference", "in", "isotopic", "reading", ".", "14C", "-", "cellulose", "incorporation", "measurement", "reflected", "the", "isotopic", "carbon", "incorporation", "in", "C", ".", "elegans", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "In", "A", ",", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", "using", "200", "worms", "per", "data", "point", ".", "In", "A", "error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "for", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Incorporation of 14C-labelled cellulose. Worms were first colonized with cellulolytic bacteria and then incubated with 14C-cellulose to allow carbon utilization. Antibiotic treatment was applied before 14C measurement of worms to eliminate bacterial interference in isotopic reading. 14C-cellulose incorporation measurement reflected the isotopic carbon incorporation in C. elegans. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Student's t test was used for statistical analysis. In A, experiments were performed in biological triplicates using 200 worms per data point. In A error bars represent 95% confidence intervals for the mean."}
{"words": ["(", "B", ")", "Induction", "of", "the", "worm", "fat", "-", "7p", ":", ":", "GFP", "metabolic", "reporter", ".", "Adult", "worms", "pre", "-", "colonized", "with", "P", ".", "cellulosa", "were", "incubated", "in", "liquid", "media", "for", "24", "h", "with", "the", "indicated", "carbon", "sources", ",", "and", "GFP", "fluorescence", "was", "read", "in", "individual", "worms", "on", "a", "BioSorter", "large", "object", "sorter", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "In", "B", ",", "error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "for", "the", "mean", ".", "In", "B", ",", "each", "point", "represents", "a", "different", "worm", "in", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "96", ",", "n", "=", "53", ",", "and", "n", "=", "80", "from", "left", "to", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Induction of the worm fat-7p::GFP metabolic reporter. Adult worms pre-colonized with P. cellulosa were incubated in liquid media for 24 h with the indicated carbon sources, and GFP fluorescence was read in individual worms on a BioSorter large object sorter. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Student's t test was used for statistical analysis. In B, error bars represent 95% confidence intervals for the mean. In B, each point represents a different worm in biological replicates, n=96, n=53, and n=80 from left to right."}
{"words": ["(", "C", ")", "Effect", "of", "nutrition", "on", "larval", "yield", ".", "Pre", "-", "colonized", "worms", "were", "separated", "into", "the", "individual", "wells", "of", "a", "384", "-", "well", "plate", ",", "and", "larvae", "counts", "in", "each", "well", "were", "read", "after", "48", "h", ".", "Larval", "yield", "comparison", "indicates", "the", "nutritional", "benefit", "of", "cellulolytic", "activity", ".", "Data", "information", ":", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", ".", "In", "C", ",", "the", "central", "band", "represents", "the", "median", ",", "notches", "represent", "95", "%", "confidence", "intervals", "for", "the", "median", ",", "the", "box", "edges", "represent", "the", "inter", "quartile", "range", "(", "IQR", ")", "and", "the", "whiskers", "extend", "an", "additional", "1", ".", "5", "IQR", "beyond", "the", "boxes", ".", "In", "C", ",", "each", "point", "represents", "a", "different", "worm", "in", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "74", ",", "n", "=", "79", ",", "n", "=", "79", ",", "n", "=", "89", ",", "n", "=", "88", ",", "n", "=", "86", "from", "left", "to", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Effect of nutrition on larval yield. Pre-colonized worms were separated into the individual wells of a 384-well plate, and larvae counts in each well were read after 48 h. Larval yield comparison indicates the nutritional benefit of cellulolytic activity. Data information: All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis. Student's t test was used for statistical analysis. In C, the central band represents the median, notches represent 95% confidence intervals for the median, the box edges represent the inter quartile range (IQR) and the whiskers extend an additional 1.5 IQR beyond the boxes. In C, each point represents a different worm in biological replicates, n=74, n=79, n=79, n=89, n=88, n=86 from left to right."}
{"words": ["Synchronized", "adult", "worms", "were", "colonized", "for", "two", "days", "on", "plates", "containing", "E", ".", "coli", "OP50", "+", "P", ".", "cellulosa", "(", "Pc", ")", ",", "E", ".", "coli", "OP50", "+", "Lp", ",", "or", "E", ".", "coli", "OP50", "+", "Pc", "+", "Lp", ".", "(", "B", ")", "After", "36", "h", "outgrowth", "of", "the", "pathogen", ",", "worms", "pre", "-", "colonized", "with", "P", ".", "cellulosa", "in", "the", "presence", "of", "L", ".", "plantarum", "(", "E", ".", "coli", "OP50", "+", "Pc", "+", "Lp", ")", "showed", "lower", "pathogen", "burden", "than", "P", ".", "cellulosa", "monocolonized", "worms", "when", "CMC", "was", "used", "as", "the", "carbon", "source", ".", "Data", "shown", "are", "fold", "change", "Salmonella", "infection", "(", "CFU", "/", "worm", ")", "relative", "to", "the", "P", ".", "cellulosa", "-", "only", "condition", ".", "Error", "bars", "represent", "95", "%", "confidence", "interval", "of", "the", "mean", ".", "CMC", "=", "0", ".", "01", "%", "carboxymethylcellulose", "(", "w", "/", "v", ")", ".", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "biological", "triplicates", ".", "Student", "'", "s", "t", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Synchronized adult worms were colonized for two days on plates containing E. coli OP50 + P. cellulosa (Pc), E. coli OP50 + Lp, or E. coli OP50 + Pc + Lp. (B) After 36 h outgrowth of the pathogen, worms pre-colonized with P. cellulosa in the presence of L. plantarum (E. coli OP50 + Pc + Lp) showed lower pathogen burden than P. cellulosa monocolonized worms when CMC was used as the carbon source. Data shown are fold change Salmonella infection (CFU/worm) relative to the P. cellulosa-only condition. Error bars represent 95% confidence interval of the mean. CMC = 0.01% carboxymethylcellulose (w/v). All experiments were performed in biological triplicates. Student's t test was used for statistical analysis."}
{"words": ["B", ".", "Total", "quantified", "proteome", "depth", "in", "tissues", "(", "n", "=", "18", ")", ",", "primary", "cells", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "immortalized", "cell", "lines", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "all", "samples", "(", "n", "=", "34", ")", ".", "In", "all", "cases", ",", "n", "means", "biological", "replicates", "unless", "otherwise", "indicated", ".", "The", "upper", "-", "and", "lower", "panel", "shows", "the", "number", "of", "quantified", "protein", "groups", "and", "peptides", ",", "respectively", ".", "C", ".", "Dynamic", "range", "of", "the", "different", "proteomes", "based", "on", "median", "LFQ", "intensity", "ordered", "by", "abundance", "rank", "(", "Liver", ":", "bulk", "liver", "biopsy", ",", "HepA", ":", "hepatic", "artery", ",", "PorV", ":", "portal", "vein", ",", "Cell", "lines", ":", "mixture", "of", "human", "liver", "-", "derived", "immortalized", "cell", "lines", ")", ".", "Number", "of", "biological", "replicates", "is", "same", "as", "Panel", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Total quantified proteome depth in tissues (n=18), primary cells (n=12), immortalized cell lines (n=4) and all samples (n=34). In all cases, n means biological replicates unless otherwise indicated. The upper- and lower panel shows the number of quantified protein groups and peptides, respectively. C. Dynamic range of the different proteomes based on median LFQ intensity ordered by abundance rank (Liver: bulk liver biopsy, HepA: hepatic artery, PorV: portal vein, Cell lines: mixture of human liver-derived immortalized cell lines). Number of biological replicates is same as Panel (A)."}
{"words": ["B", ".", "Cumulative", "protein", "abundance", "of", "liver", "biopsy", ",", "haptic", "artery", "and", "portal", "vein", "as", "a", "function", "of", "protein", "rank", ",", "with", "the", "total", "of", "the", "top", "ten", "abundant", "proteins", "and", "number", "of", "proteins", "that", "comprise", "four", "quartiles", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Cumulative protein abundance of liver biopsy, haptic artery and portal vein as a function of protein rank, with the total of the top ten abundant proteins and number of proteins that comprise four quartiles indicated."}
{"words": ["D", ".", "Cumulative", "protein", "abundance", "of", "liver", "cell", "types", "as", "a", "function", "of", "protein", "rank", ",", "indicating", "the", "total", "of", "the", "top", "ten", "abundant", "proteins", "and", "number", "of", "proteins", "that", "comprise", "the", "four", "quartiles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Cumulative protein abundance of liver cell types as a function of protein rank, indicating the total of the top ten abundant proteins and number of proteins that comprise the four quartiles."}
{"words": ["F", ".", "The", "bar", "plot", "shows", "the", "contribution", "of", "each", "organelle", "to", "total", "cellular", "protein", "mass", ",", "also", "accounting", "for", "unassigned", "proteins", ".", "Percentage", "of", "cytosol", ",", "mitochondria", ",", "nucleoli", ",", "plasma", "membrane", "and", "actin", "filaments", "is", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. The bar plot shows the contribution of each organelle to total cellular protein mass, also accounting for unassigned proteins. Percentage of cytosol, mitochondria, nucleoli, plasma membrane and actin filaments is indicated."}
{"words": ["A", ".", "Total", "protein", "copy", "number", "of", "the", "oxidative", "phosphorylation", "complex", "I", "-", "V", "in", "bulk", "liver", "tissue", "(", "n", "=", "6", "independent", "biological", "replicates", ")", "and", "primary", "cell", "types", "(", "isolated", "primary", "cells", "from", "n", "=", "3", "individuals", "for", "each", "cell", "type", ")", ".", "Values", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "B", ".", "Protein", "copy", "number", "for", "members", "of", "the", "oxidative", "phosphorylation", "complex", "I", "-", "V", "in", "hepatocytes", "and", "Kupffer", "cells", "with", "Pearson", "correlation", "coefficient", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Total protein copy number of the oxidative phosphorylation complex I-V in bulk liver tissue (n=6 independent biological replicates) and primary cell types (isolated primary cells from n=3 individuals for each cell type). Values are presented as mean ± s.d. B. Protein copy number for members of the oxidative phosphorylation complex I-V in hepatocytes and Kupffer cells with Pearson correlation coefficient indicated."}
{"words": ["D", ".", "Top", "ten", "uniquely", "quantified", "proteins", "per", "cell", "type", "with", "LFQ", "intensities", "[", "Log10", "]", "and", "copy", "numbers", "[", "Log10", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Top ten uniquely quantified proteins per cell type with LFQ intensities [Log10] and copy numbers [Log10]."}
{"words": ["A", ".", "Unsupervised", "hierarchical", "clustering", "of", "proteins", "significantly", "differentially", "abundant", "across", "cell", "types", ",", "with", "columns", "showing", "three", "biological", "replicates", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "four", "cell", "types", "and", "rows", "significant", "proteins", ".", "Significance", "was", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Benjamini", "-", "Hochberg", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Frames", "and", "numbers", "indicate", "four", "clusters", "of", "proteins", "highly", "enriched", "in", "each", "cell", "type", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Unsupervised hierarchical clustering of proteins significantly differentially abundant across cell types, with columns showing three biological replicates (n=3) of four cell types and rows significant proteins. Significance was calculated by one-way ANOVA followed by Benjamini-Hochberg correction for multiple hypothesis testing (FDR < 0.05). Frames and numbers indicate four clusters of proteins highly enriched in each cell type."}
{"words": ["A", ".", "Total", "quantified", "proteins", "at", "day", "one", ",", "three", "and", "seven", "upon", "primary", "cell", "culture", "in", "hepatocytes", "(", "hHEP", ")", ",", "hepatic", "stellate", "cells", "(", "hHSC", ")", "and", "liver", "sinusoidal", "endothelial", "cells", "(", "LSEC", ")", ".", "In", "all", "cases", ",", "number", "of", "biological", "replicates", "is", "3", ".", "Values", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "No", "additional", "replications", "of", "the", "experiment", "was", "done", "in", "laboratory", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Total quantified proteins at day one, three and seven upon primary cell culture in hepatocytes (hHEP), hepatic stellate cells (hHSC) and liver sinusoidal endothelial cells (LSEC). In all cases, number of biological replicates is 3. Values are presented as mean ± s.d. No additional replications of the experiment was done in laboratory."}
{"words": ["F", ".", "Protein", "expression", "patterns", "over", "the", "course", "of", "primary", "hHSC", "culture", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Values", "are", "presented", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "Significance", "was", "calculated", "by", "ANOVA", "followed", "by", "Benjamini", "-", "Hochberg", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", "with", "a", "significance", "level", "of", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "and", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Protein expression patterns over the course of primary hHSC culture (n=3). Values are presented as mean ± s.d. Significance was calculated by ANOVA followed by Benjamini-Hochberg correction for multiple hypothesis testing (FDR < 0.05) with a significance level of **P < 0.01, and ***P < 0.001."}
{"words": ["A", ".", "Hierarchical", "clustering", "of", "proteins", "significantly", "differentially", "abundant", "between", "NASH", "(", "n", "=", "20", ")", ",", "cirrhosis", "(", "n", "=", "10", ")", "and", "control", "groups", "(", "n", "=", "15", ")", ".", "Significance", "was", "calculated", "by", "ANCOVA", ",", "followed", "by", "Benjamini", "-", "Hochberg", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Two", "major", "clusters", "of", "proteins", "were", "identified", "with", "Cluster", "1", "mainly", "upregulated", "in", "cirrhosis", "compared", "to", "NASH", "and", "controls", "and", "Cluster", "2", "downregulated", ".", "No", "additional", "replications", "of", "the", "experiment", "was", "done", "in", "laboratory", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Hierarchical clustering of proteins significantly differentially abundant between NASH (n=20), cirrhosis (n=10) and control groups (n=15). Significance was calculated by ANCOVA, followed by Benjamini-Hochberg correction for multiple hypothesis testing (FDR < 0.05). Two major clusters of proteins were identified with Cluster 1 mainly upregulated in cirrhosis compared to NASH and controls and Cluster 2 downregulated. No additional replications of the experiment was done in laboratory."}
{"words": ["D", ".", "Box", "‐", "and", "‐", "whisker", "plot", "showing", "the", "distribution", "of", "log2", "‐", "intensity", "values", "of", "statistical", "significantly", "regulated", "proteins", "across", "three", "groups", ".", "Number", "of", "independent", "biological", "replicates", "is", "n", "=", "15", ",", "20", "and", "10", "for", "the", "control", ",", "NASH", "and", "cirrhosis", "group", ",", "respectively", ".", "The", "black", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "the", "median", ",", "the", "top", "and", "the", "bottom", "of", "the", "box", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "quartile", "values", "of", "the", "data", "and", "the", "whiskers", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "limits", "for", "considering", "outliers", "(", "Q3", "+", "1", ".", "5", "*", "IQR", ",", "Q1", "‐", "1", ".", "5", "*", "IQR", ")", "where", "IQR", "is", "the", "interquartile", "range", "(", "Q3", "-", "Q1", ")", ".", "Significance", "was", "defined", "by", "ANCOVA", "followed", "by", "Benjamini", "-", "Hochberg", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", "with", "a", "significance", "level", "of", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "E", ".", "Heatmap", "of", "CYP", "450", "family", "members", "that", "are", "statistically", "significantly", "abundant", "between", "three", "groups", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "protein", "abundance", "followed", "by", "Z", "-", "score", "normalization", "across", ".", "Number", "of", "replicates", "is", "same", "as", "Panel", "(", "C", ")", ".", "F", ".", "Extracellular", "matrix", "(", "ECM", ")", "remodeling", "in", "liver", "cirrhosis", ".", "Upper", "and", "lower", "panel", "shows", "the", "abundance", "rank", "of", "proteins", "involved", "in", "ECM", "organization", "in", "the", "control", "(", "upper", ")", "and", "cirrhosis", "(", "lower", ")", "groups", ",", "highlighting", "top", "shifted", "ECM", "components", "in", "the", "cirrhosis", "group", "as", "compared", "with", "the", "control", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Box‐and‐whisker plot showing the distribution of log2‐intensity values of statistical significantly regulated proteins across three groups. Number of independent biological replicates is n=15, 20 and 10 for the control, NASH and cirrhosis group, respectively. The black line in the middle of the box is the median, the top and the bottom of the box represent the upper and lower quartile values of the data and the whiskers represent the upper and lower limits for considering outliers (Q3+1.5*IQR, Q1‐1.5*IQR) where IQR is the interquartile range (Q3-Q1). Significance was defined by ANCOVA followed by Benjamini-Hochberg correction for multiple hypothesis testing (FDR < 0.05) with a significance level of ***P < 0.001. E. Heatmap of CYP 450 family members that are statistically significantly abundant between three groups. Data was presented as mean protein abundance followed by Z-score normalization across. Number of replicates is same as Panel (C). F. Extracellular matrix (ECM) remodeling in liver cirrhosis. Upper and lower panel shows the abundance rank of proteins involved in ECM organization in the control (upper) and cirrhosis (lower) groups, highlighting top shifted ECM components in the cirrhosis group as compared with the control group."}
{"words": ["A", ".", "Lysates", "of", "HK2", "cells", "cultured", "in", "FM", "or", "STV", "(", "2h", ")", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "OFD1", "(", "left", ")", "and", "anti", "-", "ATG13", "(", "right", ")", "antibodies", "or", "IgG", "and", "analyzed", "by", "WB", ";", "ACTIN", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "IP", "=", "immunoprecipitation", ",", "FM", "=", "full", "medium", ",", "STV", "=", "HBSS", "starvation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Lysates of HK2 cells cultured in FM or STV(2h) were immunoprecipitated with anti-OFD1 (left) and anti-ATG13 (right) antibodies or IgG and analyzed by WB; ACTIN was used as loading control. n=3 independent experiments. IP=immunoprecipitation, FM=full medium, STV=HBSS starvation."}
{"words": ["B", ".", "Airyscan", "confocal", "analysis", "of", "endogenous", "FIP200", "/", "γTUBULIN", "and", "ATG13", "/", "γTUBULIN", "colocalization", "with", "lentiviral", "delivered", "HA", "-", "OFD1", "in", "HK2", "cells", ".", "Cells", "were", "cultured", "in", "HBSS", "(", "90min", ")", ".", "Green", ",", "FIP200", "and", "ATG13", ";", "red", ",", "HA", "-", "OFD1", ";", "Grey", ",", "γTUBULIN", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Insets", "show", "magnifications", "and", "single", "-", "color", "channels", "of", "selected", "areas", ".", "Scale", "bar", "=", "3", ",", "5μm", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "HA", "-", "OFD1", "/", "ATG13", "and", "HA", "-", "OFD1", "/", "FIP200", "colocalization", ",", "expressed", "as", "%", "of", "total", "OFD1", "fluorescence", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "n", "=", "53", "cells", "for", "ATG13", "and", "n", "=", "39", "for", "FIP200", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "B. Airyscan confocal analysis of endogenous FIP200/γTUBULIN and ATG13/γTUBULIN colocalization with lentiviral delivered HA-OFD1 in HK2 cells. Cells were cultured in HBSS (90min). Green, FIP200 and ATG13; red, HA-OFD1; Grey, γTUBULIN; blue, Hoechst for nuclei. Insets show magnifications and single-color channels of selected areas. Scale bar=3,5μm. C. Quantification of HA-OFD1/ATG13 and HA-OFD1/FIP200 colocalization, expressed as % of total OFD1 fluorescence (mean ± SEM). n=3 independent experiments; n=53 cells for ATG13 and n=39 for FIP200 were analyzed. "}
{"words": ["A", ".", "Top", ",", "WB", "of", "ULK1", "-", "complex", "components", "in", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "assessed", "in", "FM", "(", "-", ")", "or", "STV", "(", "2", ",", "4h", ")", ".", "Bands", "at", "same", "exposure", ",", "noncontiguous", "on", "the", "same", "gel", ".", "Bottom", ",", "ACTIN", "-", "normalized", "protein", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "increase", "compared", "with", "wt", "cells", ",", "represented", "by", "the", "dashed", "line", "(", "mean", " ", "±", "SEM", ")", ";", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "FM", "=", "full", "medium", ",", "STV", "=", "HBSS", "starvation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Top, WB of ULK1-complex components in wt and KO-OFD1 cells assessed in FM (-) or STV (2,4h). Bands at same exposure, noncontiguous on the same gel. Bottom, ACTIN-normalized protein levels are expressed as fold increase compared with wt cells, represented by the dashed line (mean ± SEM); n=5 independent experiments. FM=full medium, STV=HBSS starvation."}
{"words": ["B", ".", "Top", ",", "wild", "-", "type", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "were", "incubated", "with", " ", "50µg", "/", "ml", "CHX", ".", "Immunoblots", "were", "probed", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Bottom", ",", "quantification", "of", "βTUBULIN", "and", "ACTIN", "-", "normalized", "protein", "levels", "versus", "untreated", "conditions", "(", "-", ")", ",", "data", "are", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "CHX", "=", "Cycloheximide", ",", "ns", "=", "not", "significative", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Top, wild-type and KO-OFD1 cells were incubated with 50µg/ml CHX. Immunoblots were probed with indicated antibodies. Bottom, quantification of βTUBULIN and ACTIN-normalized protein levels versus untreated conditions (-), data are expressed as mean ± SEM; n=4 independent experiments. CHX=Cycloheximide, ns=not significative."}
{"words": ["C", ".", "Immunofluorescence", "of", "ULK1", "and", "ATG13", "puncta", "in", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "cultured", "in", "HBSS", "(", "90min", ")", ".", "Green", ",", "ATG13", "and", "ULK1", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "(", "Right", ")", "Graphs", "display", "quantification", "of", "puncta", "/", "cell", ",", "data", "are", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ",", "n", "≥", "200", "cells", "/", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Immunofluorescence of ULK1 and ATG13 puncta in wt and KO-OFD1 cells cultured in HBSS (90min). Green, ATG13 and ULK1; blue, Hoechst for nuclei. Scale bar=10μm. (Right) Graphs display quantification of puncta/cell, data are expressed as mean ± SEM; n=5 independent experiments, n≥200 cells/antibody."}
{"words": ["D", ".", "Western", "Blot", "of", "ULK1", "complex", "components", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "or", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", ".", "Histograms", "show", "quantification", "of", "band", "intensities", "normalized", "versus", "ACTIN", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western Blot of ULK1 complex components in KO-OFD1 cells transfected with empty vector (Empty) or 3xFLAG-OFD1 (OFD1). Histograms show quantification of band intensities normalized versus ACTIN expressed as mean ± SEM. n=5 independent experiments."}
{"words": ["E", ".", "Western", "Blot", "of", "ULK1", "-", "complex", "components", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transfected", "with", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "or", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "and", "treated", "(", "+", ")", "or", "not", "(", "-", ")", "with", "SAR405", "(", "10μM", ",", "6h", ")", ".", "ACTIN", "is", "the", "loading", "control", ".", "On", "the", "right", ",", "ATG13", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "increase", "compared", "with", "empty", "vector", "(", "mean", " ", "±", "SEM", ")", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Western Blot of ULK1-complex components in KO-OFD1 cells transfected with 3xFLAG-OFD1 (OFD1) or empty vector (Empty) and treated (+) or not (-) with SAR405 (10μM, 6h). ACTIN is the loading control. On the right, ATG13 levels are expressed as fold increase compared with empty vector (mean ± SEM); n=3 independent experiments."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "co", "-", "staining", "of", "3xFLAG", "-", "OFD1", "with", "ATG13", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "incubated", "in", "HBSS", ",", "treated", "(", "+", ")", "or", "not", "(", "-", ")", "with", "Baf", "-", "A1", "(", "100nM", ",", "90min", ")", ".", "Green", ",", "ATG13", ";", "red", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "(", "Right", ")", "ATG13", "puncta", "/", "cell", "are", "quantified", "and", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "n", "≥", "100", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative confocal images of co-staining of 3xFLAG-OFD1 with ATG13 in KO-OFD1 cells incubated in HBSS, treated (+) or not (-) with Baf-A1(100nM, 90min). Green, ATG13; red, 3xFLAG-OFD1; blue, Hoechst for nuclei. Scale bar=10μm. (Right) ATG13 puncta/cell are quantified and expressed as mean ± SEM; n=3 independent experiments, n≥100 cells."}
{"words": ["A", ".", "Middle", ".", "Lysates", "from", "3xFLAG", "-", "OFD1", "overexpressing", "HEK293", "cells", "were", "added", "to", "beads", "with", "immobilized", "GST", "-", "fused", "LC3B", ",", "LC3BF52A", "-", "V53AdG", ",", "dNLC3BdG", "and", "GST", "alone", ".", "Right", ".", "Lysates", "from", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "and", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "overexpressing", "HEK293", "cells", "were", "added", "to", "GST", "-", "GABARAP", "-", "L1", "and", "GST", ".", "Left", ".", "WB", "of", "total", "lysates", "(", "input", ")", ".", "All", "panels", "display", "WB", "for", "FLAG", ",", "ACTIN", "is", "the", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Middle. Lysates from 3xFLAG-OFD1 overexpressing HEK293 cells were added to beads with immobilized GST-fused LC3B, LC3BF52A-V53AdG, dNLC3BdG and GST alone. Right. Lysates from 3xFLAG-OFD1(OFD1) and empty vector (Empty) overexpressing HEK293 cells were added to GST-GABARAP-L1 and GST. Left. WB of total lysates (input). All panels display WB for FLAG, ACTIN is the loading control."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "endogenous", "OFD1", "(", "green", ")", "co", "-", "staining", "with", "LC3B", "(", "red", ")", ",", "and", "of", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "red", ")", "with", "GABARAP", "(", "green", ")", "in", "HK2", "cells", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Hoechst", "labels", "nuclei", "(", "blue", ")", ".", "Insets", "show", "magnifications", "and", "single", "-", "color", "channels", "of", "selected", "areas", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ";", "n", "≥", "50", "cells", "/", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative confocal images of endogenous OFD1 (green) co-staining with LC3B (red), and of 3xFLAG-OFD1 (red) with GABARAP (green) in HK2 cells (HBSS,90min). Hoechst labels nuclei (blue). Insets show magnifications and single-color channels of selected areas. Scale bar=10μm; n≥50 cells/sample."}
{"words": ["D", ".", "Lysates", "from", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", "(", "OFD1", "∆", "LIR", ")", "and", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", "overexpressing", "cells", "were", "added", "to", "GST", "-", "GABARAP", "-", "L1", ",", "GST", "-", "LC3B", "and", "GST", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "D. Lysates from 3xFLAG-OFD1(OFD1), 3xFLAG-OFD1∆LIR(OFD1∆LIR) and empty vector (Empty) overexpressing cells were added to GST-GABARAP-L1, GST-LC3B and GST."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "OFD1", "∆", "LIR", "co", "-", "staining", "with", "LC3B", "(", "left", ")", "and", "GABARAP", "(", "right", ")", "in", "HK2", "cells", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Green", ",", "LC3B", "and", "GABARAP", ";", "red", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "5μm", ".", "n", "≥", "50", "cells", "/", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative confocal images of OFD1∆LIR co-staining with LC3B (left) and GABARAP (right) in HK2 cells (HBSS,90min). Green, LC3B and GABARAP; red, 3xFLAG-OFD1∆LIR; blue, Hoechst for nuclei. Scale bar=5μm. n≥50 cells/sample."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "and", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", "(", "OFD1", "∆", "LIR", ")", "co", "-", "staining", "with", "ATG13", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Green", ",", "ATG13", ";", "red", ",", "FLAG", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "(", "Right", ")", "ATG13", "puncta", "/", "cell", "are", "quantified", "and", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ",", "n", "≥", "100", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative confocal images of 3xFLAG-OFD1 (OFD1) and 3xFLAG-OFD1∆LIR (OFD1∆LIR) co-staining with ATG13 in KO-OFD1 cells (HBSS,90min). Green, ATG13; red, FLAG; blue, Hoechst for nuclei. Scale bar=10μm. (Right) ATG13 puncta/cell are quantified and expressed as mean ± SEM; n=4 independent experiments, n≥100 cells."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "of", "ATG13", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transfected", "with", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "or", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", "(", "OFD1", "∆", "LIR", ")", "or", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", ".", "(", "Right", ")", "ACTIN", "-", "normalized", "ATG13", "protein", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "increase", "compared", "with", "empty", "vector", "(", "mean", " ", "±", "SEM", ")", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot of ATG13 in KO-OFD1 cells transfected with 3xFLAG-OFD1 (OFD1) or 3xFLAG-OFD1∆LIR (OFD1∆LIR) or empty vector (Empty). (Right) ACTIN-normalized ATG13 protein levels are expressed as fold increase compared with empty vector (mean ± SEM); n=3 independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "Top", ".", "OFD1", "fragments", "(", "a", ",", "b", "and", "c", ")", ".", "Bottom", "left", ".", "Lysates", "from", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1a", "(", "OFD1a", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1b", "(", "OFD1b", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1c", "(", "OFD1c", ")", "overexpressing", "HEK293", "cells", "were", "added", "to", "GST", "-", "ATG13", ";", "lysates", "from", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "overexpressing", "HEK293", "cells", "were", "added", "to", "GST", "as", "control", ".", "Right", ".", "WB", "of", "total", "lysates", "(", "input", ")", ".", "All", "panels", "display", "WB", "for", "FLAG", ",", "HSP90", "is", "the", "loading", "control", ".", "LIR", "=", "LC3", "interacting", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C. Top. OFD1 fragments (a,b and c). Bottom left. Lysates from empty vector (Empty), 3xFLAG-OFD1(OFD1), 3xFLAG-OFD1a (OFD1a), 3xFLAG-OFD1b (OFD1b), 3xFLAG-OFD1c (OFD1c) overexpressing HEK293 cells were added to GST-ATG13; lysates from 3xFLAG-OFD1(OFD1) overexpressing HEK293 cells were added to GST as control. Right. WB of total lysates (input). All panels display WB for FLAG, HSP90 is the loading control. LIR=LC3 interacting region."}
{"words": ["D", ".", "Scanning", "confocal", "microscopy", "analysis", "of", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "incubated", "in", "HBSS", "(", "8h", ")", ",", "treated", "(", "+", ")", "or", "not", "(", "-", ")", "with", "Baf", "-", "A1", "(", "50nM", ",", "8h", ")", ".", "Green", ",", "LAMP1", ";", "red", ",", "ATG13", ";", "blue", ",", "Hoechst", "for", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "6μm", ".", "Insets", "show", "higher", "magnification", "and", "single", "colour", "channels", "of", "the", "boxed", "area", ".", "(", "Bottom", ")", "Bar", "graphs", "show", "quantification", "of", "lysosomes", "containing", "ATG13", "expressed", "as", "%", "of", "total", "amount", "of", "LAMP1", "/", "cell", "(", "mean", "±", "SEM", ")", ".", "n", "=", "30", "WT", "cells", ",", "n", "=", "28", "KO", "-", "OFD1", "cells", "counted", ";", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Scanning confocal microscopy analysis of wt and KO-OFD1 cells incubated in HBSS (8h), treated (+) or not (-) with Baf-A1(50nM, 8h). Green, LAMP1; red, ATG13; blue, Hoechst for nuclei. Scale bar=6μm. Insets show higher magnification and single colour channels of the boxed area. (Bottom) Bar graphs show quantification of lysosomes containing ATG13 expressed as % of total amount of LAMP1/cell (mean ± SEM). n=30 WT cells, n=28 KO-OFD1 cells counted; three independent experiments."}
{"words": ["E", ".", "Time", "course", "of", "OFD1", "levels", "in", "HBSS", "-", "starved", "wt", "HK2", "cells", "treated", "with", "Baf", "-", "A1", "(", "100nM", ")", "and", "collected", "at", "different", "time", "points", ".", "LC3B", "is", "the", "control", "for", "Baf", "-", "A1", "treatment", ".", "(", "Right", ")", "Graphs", "show", "ACTIN", "-", "normalized", "OFD1", "levels", "versus", "FM", "condition", "(", "-", ")", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "STV", "=", "starvation", ",", "Baf", "-", "A1", "=", "bafilomycin", ",", "Ctrl", "=", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Time course of OFD1 levels in HBSS-starved wt HK2 cells treated with Baf-A1 (100nM) and collected at different time points. LC3B is the control for Baf-A1 treatment. (Right) Graphs show ACTIN-normalized OFD1 levels versus FM condition (-) expressed as mean ± SEM; n=4 independent experiments. STV=starvation, Baf-A1=bafilomycin, Ctrl=control."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "of", "FLAG", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transfected", "with", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "or", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", "(", "OFD1", "∆", "LIR", ")", "and", "treated", "or", "not", "(", "-", ")", "with", "Baf", "-", "A1", "(", "100nM", ",", "2h", ")", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "GAPDH", "-", "normalized", "FLAG", "levels", "versus", "untreated", "(", "-", ")", "is", "expressed", "as", "mean", " ", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Baf", "-", "A1", "=", "bafilomycin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0], "text": "F. Western blot of FLAG in KO-OFD1 cells transfected with 3xFLAG-OFD1 (OFD1) or 3xFLAG-OFD1∆LIR (OFD1∆LIR) and treated or not (-) with Baf-A1 (100nM,2h). (Right) Quantification of GAPDH-normalized FLAG levels versus untreated (-) is expressed as mean ± SEM; n=3 independent experiments. Baf-A1=bafilomycin."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "blots", "of", "ATG13", "(", "left", ")", "and", "VPS34", "(", "right", ")", "phosphorylation", "levels", "in", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transiently", "expressing", "GFP", "-", "ATG13", "and", "FLAG", "-", "VPS34", "in", "FM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A. Representative blots of ATG13 (left) and VPS34 (right) phosphorylation levels in wt and KO-OFD1 cells transiently expressing GFP-ATG13 and FLAG-VPS34 in FM."}
{"words": ["B", ".", "Wild", "-", "type", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "were", "starved", "in", "HBSS", "with", "/", "without", "Baf", "-", "A1", "(", "100nM", ",", "2h", ")", "and", "chloroquine", "(", "CQ", ")", "(", "50μM", ",", "2h", ")", "and", "total", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "OFD1", ",", "-", "LC3B", "(", "LC3B", "-", "I", "18", " ", "kDa", "and", "LC3B", "-", "II", "16", " ", "kDa", ")", "and", "-", "ACTIN", "antibodies", ".", "(", "Right", ")", "ACTIN", "-", "normalized", "LC3B", "-", "II", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "versus", "untreated", "conditions", "(", "-", ")", "of", "wt", "cells", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Wild-type and KO-OFD1 cells were starved in HBSS with/without Baf-A1 (100nM, 2h) and chloroquine (CQ) (50μM, 2h) and total lysates were analyzed by immunoblotting using anti-OFD1, -LC3B (LC3B-I 18 kDa and LC3B-II 16 kDa) and -ACTIN antibodies. (Right) ACTIN-normalized LC3B-II levels are expressed as fold change versus untreated conditions (-) of wt cells. n=5 independent experiments."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "LC3B", "and", "WIPI2", "puncta", "in", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Green", ",", "LC3B", ";", "red", ",", "WIPI2", ";", "blue", ",", "Hoechst", ",", "nuclei", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "(", "Right", ")", "Quantification", "of", "LC3B", "and", "WIPI2", "puncta", "is", "shown", ".", "≥", "100", "cells", "analyzed", "/", "sample", ",", "n", "=", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of LC3B and WIPI2 puncta in wt and KO-OFD1 cells (HBSS, 90min). Green, LC3B; red, WIPI2; blue, Hoechst, nuclei. Scale bar=10μm. (Right) Quantification of LC3B and WIPI2 puncta is shown. ≥100 cells analyzed/sample, n=5 independent experiments."}
{"words": ["D", ".", "Transmission", "electron", "microscopy", "(", "left", ")", "and", "quantification", "(", "right", ")", "of", "autophagic", "vacuoles", "(", "arrows", ")", "in", "wt", "and", "KO", "-", "OFD1", "cells", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Transmission electron microscopy (left) and quantification (right) of autophagic vacuoles (arrows) in wt and KO-OFD1 cells (HBSS, 90min)."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "of", "siOFD1", "depleted", "and", "control", "(", "Ctrl", ")", "HeLa", "cells", "transiently", "expressing", "mRFP", "-", "eGFP", "-", "LC3B", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Insets", "show", "higher", "magnification", "of", "colocalization", "in", "selected", "areas", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "Bottom", ",", "tandem", "structure", "of", "the", "mRFP", "-", "GFP", "-", "LC3B", "construct", "and", "quantification", "of", "RFP", "+", "GFP", "+", "and", "RFP", "+", "GFP", "-", "puncta", "in", "siOFD1", "-", "depleted", "cells", "and", "controls", ",", "cultured", "in", "full", "medium", "(", "FM", ")", "or", "kept", "in", "HBSS", "for", "2h", "(", "STV", ")", "are", "depicted", ".", "n", "≥", "90", "cells", "/", "sample", "analyzed", ",", "n", "=", "5", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images of siOFD1 depleted and control (Ctrl) HeLa cells transiently expressing mRFP-eGFP-LC3B (HBSS, 90min). Insets show higher magnification of colocalization in selected areas. Scale bar=10μm. Bottom, tandem structure of the mRFP-GFP-LC3B construct and quantification of RFP+GFP+ and RFP+GFP- puncta in siOFD1-depleted cells and controls, cultured in full medium (FM) or kept in HBSS for 2h (STV) are depicted. n≥90 cells/sample analyzed, n=5 independent experiments."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "images", "of", "WIPI2", "staining", "in", "wt", "HK2", "cells", "transiently", "expressing", "eGFP", "-", "OFD1", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Green", ",", "eGFP", "-", "OFD1", ",", "red", ",", "WIPI2", ";", "blue", ",", "Hoechst", "labels", "nuclei", ".", "On", "the", "right", ",", "quantification", "of", "WIPI2", "puncta", "in", "eGFP", "-", "OFD1", "transfected", "cells", "compared", "with", "non", "-", "transfected", "cells", "(", "Ctrl", ")", "is", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "n", "≥", "90", "cells", "analyzed", "/", "sample", ",", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative images of WIPI2 staining in wt HK2 cells transiently expressing eGFP-OFD1 (HBSS,90min). Green, eGFP-OFD1, red, WIPI2; blue, Hoechst labels nuclei. On the right, quantification of WIPI2 puncta in eGFP-OFD1 transfected cells compared with non-transfected cells (Ctrl) is shown. Scale bar=10μm. n≥90 cells analyzed/sample, n=3 independent experiments."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "images", "of", "WIPI2", "and", "OFD1", "co", "-", "staining", "in", "KO", "-", "OFD1", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "Empty", ")", ",", "3xFLAG", "-", "OFD1", "(", "OFD1", ")", "or", "3xFLAG", "-", "OFD1", "∆", "LIR", "(", "OFD1", "∆", "LIR", ")", "(", "HBSS", ",", "90min", ")", ".", "Red", ",", "WIPI2", ";", "green", ",", "OFD1", ";", "blue", ",", "Hoechst", "labels", "nuclei", ".", "Scale", "bars", ":", "10μm", ".", "On", "the", "right", ",", "quantification", "of", "WIPI2", "puncta", ".", "≥", "100", "cells", "analyzed", "/", "sample", ",", "n", "=", "4", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative images of WIPI2 and OFD1 co-staining in KO-OFD1 cells transfected with empty vector (Empty), 3xFLAG-OFD1 (OFD1) or 3xFLAG-OFD1∆LIR (OFD1∆LIR) (HBSS,90min). Red, WIPI2; green, OFD1; blue, Hoechst labels nuclei. Scale bars: 10μm. On the right, quantification of WIPI2 puncta. ≥100 cells analyzed/sample, n=4 independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "of", "LC3B", "in", "lymphoblasts", "of", "OFD", "type", "I", "patients", "and", "controls", ",", "either", "untreated", "(", "-", ")", "or", "exposed", "to", "Baf", "-", "A1", "(", "10nM", ",", "2h", ")", "(", "+", ")", ".", "Cells", "were", "cultured", "in", "complete", "medium", "(", "FM", ",", "top", ")", "or", "under", "serum", "starvation", "for", "4h", "(", "STV", ",", "bottom", ")", ".", "ACTIN", "and", "GAPDH", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot of LC3B in lymphoblasts of OFD type I patients and controls, either untreated (-) or exposed to Baf-A1 (10nM, 2h)(+). Cells were cultured in complete medium (FM, top) or under serum starvation for 4h (STV, bottom). ACTIN and GAPDH were used as loading controls."}
{"words": ["B", ".", "(", "Left", ")", "Graphs", "show", "LC3B", "-", "II", "levels", "normalized", "on", "ACTIN", "in", "patients", "lymphoblasts", "and", "controls", "cultured", "in", "complete", "medium", "(", "FM", ")", ".", "(", "Right", ")", "Graphs", "show", "LC3B", "-", "II", "levels", "normalized", "on", "GAPDH", "in", "patients", "lymphoblasts", "and", "controls", "in", "serum", "starvation", "for", "4h", "(", "STV", ")", ".", "Normalized", "LC3B", "-", "II", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "versus", "untreated", "conditions", "(", "-", ")", "of", "control", "cells", ",", "n", "=", "4", "patients", "and", "3", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. (Left) Graphs show LC3B-II levels normalized on ACTIN in patients lymphoblasts and controls cultured in complete medium (FM). (Right) Graphs show LC3B-II levels normalized on GAPDH in patients lymphoblasts and controls in serum starvation for 4h (STV). Normalized LC3B-II levels are expressed as fold change versus untreated conditions (-) of control cells, n=4 patients and 3 controls."}
{"words": ["C", ".", "Western", "blot", "of", "ATG13", "and", "ATG101", "proteins", "in", "serum", "starved", "lymphoblasts", "from", "controls", "and", "OFD", "type", "I", "patients", ".", "(", "Right", ")", "Protein", "levels", "relative", "to", "ACTIN", "(", "loading", "control", ")", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "versus", "controls", ",", "represented", "by", "the", "dashed", "line", ",", "n", "=", "4", "patients", "and", "3", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Western blot of ATG13 and ATG101 proteins in serum starved lymphoblasts from controls and OFD type I patients. (Right) Protein levels relative to ACTIN (loading control) are expressed as fold change versus controls, represented by the dashed line, n=4 patients and 3 controls."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "of", "LC3B", "in", "kidney", "homogenates", "from", "leupeptin", "-", "treated", "(", "40mg", "/", "kg", ",", "6h", ")", "fasted", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "creKsp", "and", "control", "mice", ".", "(", "Right", ")", "LC3B", "-", "II", "protein", "levels", "normalized", "to", "Actin", "(", "loading", "control", ")", "are", "expressed", "as", "fold", "increase", "versus", "control", "mice", ",", "n", "=", "4", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot of LC3B in kidney homogenates from leupeptin-treated (40mg/kg, 6h) fasted Ofd1fl/y;creKsp and control mice. (Right) LC3B-II protein levels normalized to Actin (loading control) are expressed as fold increase versus control mice, n=4 mice/group."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "of", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "autophagosomes", ",", "green", ")", "in", "aquaporin2", "-", "positive", "(", "AQP2", ",", "red", ")", "renal", "distal", "tubules", "from", "P8", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "creKsp", ";", "GFP", "-", "LC3", "and", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "GFP", "-", "LC3", "mice", ".", "Scale", "bar", "=", "10μm", ".", "Hoechst", "labels", "nuclei", ".", "Bar", "graphs", "on", "the", "left", "show", "quantitative", "analysis", "of", "GFP", "-", "LC3", "puncta", ";", "n", "=", "4", "mice", "/", "group", "for", "a", "total", "of", "300", "AQP2", "positive", "nuclei", "/", "group", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative images of GFP-LC3 puncta (autophagosomes, green) in aquaporin2-positive (AQP2, red) renal distal tubules from P8 Ofd1fl/y;creKsp;GFP-LC3 and Ofd1fl/y;GFP-LC3 mice. Scale bar=10μm. Hoechst labels nuclei. Bar graphs on the left show quantitative analysis of GFP-LC3 puncta; n=4 mice/group for a total of 300 AQP2 positive nuclei/group analyzed."}
{"words": ["C", ".", "Western", "blot", "of", "LC3B", "in", "kidney", "homogenates", "from", "leupeptin", "-", "treated", "(", "40mg", "/", "kg", ",", "6h", ")", "fasted", "Ofd1", "-", "IND", "and", "control", "mice", ".", "(", "Right", ")", "LC3B", "-", "II", "protein", "levels", "relative", "to", "βTubulin", "(", "loading", "control", ")", "are", "expressed", "as", "fold", "increase", "compared", "with", "control", "mice", ",", "n", "=", "5", "mutant", "/", "8", "control", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Western blot of LC3B in kidney homogenates from leupeptin-treated (40mg/kg, 6h) fasted Ofd1-IND and control mice. (Right) LC3B-II protein levels relative to βTubulin (loading control) are expressed as fold increase compared with control mice, n=5 mutant/8 control mice ."}
{"words": ["D", ".", "Western", "blot", "of", "Atg13", "in", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "creKsp", "and", "control", "kidneys", "at", "pre", "-", "cystic", "(", "P8", ",", "left", ")", "and", "cystic", "(", "P22", ",", "right", ")", "stages", ".", "Gapdh", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Atg13", "protein", "levels", "are", "expressed", "as", "fold", "change", "compared", "with", "control", "mice", ";", "n", "=", "7", "mutant", "/", "5", "control", "mice", "at", "P8", ",", "n", "=", "4mice", "/", "group", "at", "P22", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western blot of Atg13 in Ofd1fl/y;creKsp and control kidneys at pre-cystic (P8, left) and cystic (P22, right) stages. Gapdh was used as loading control. Atg13 protein levels are expressed as fold change compared with control mice; n=7 mutant/5 control mice at P8, n= 4mice/group at P22."}
{"words": ["E", ".", "Haematoxylin", "&", "eosin", "staining", "of", "kidney", "sections", "from", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7", "+", "/", "+", ";", "creKsp", "and", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7fl", "/", "fl", ";", "creKsp", "mice", ".", "(", "Right", ")", "Graph", "shows", "fold", "change", "of", "the", "cysts", "number", "observed", "in", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7fl", "/", "fl", ";", "creKsp", "animals", "compared", "with", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7", "+", "/", "+", ";", "creKsp", ";", "n", "=", "12", "sections", "/", "animal", "were", "analyzed", ";", "n", "=", "6", "mice", "/", "group", ".", "Scale", "bars", "=", "1mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Haematoxylin & eosin staining of kidney sections from Ofd1fl/y;Atg7+/+;creKsp and Ofd1fl/y;Atg7fl/fl;creKsp mice. (Right) Graph shows fold change of the cysts number observed in Ofd1fl/y;Atg7fl/fl;creKsp animals compared with Ofd1fl/y;Atg7+/+;creKsp; n=12 sections/animal were analyzed; n=6 mice/group. Scale bars=1mm."}
{"words": ["F", ".", "Blood", "Urea", "Nitrogen", "was", "quantified", "on", "blood", "withdrawn", "from", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7fl", "/", "fl", ";", "creKsp", ",", "Ofd1fl", "/", "y", ";", "Atg7", "+", "/", "+", ";", "creKsp", "and", "control", "mice", "at", "P45", ".", "n", "=", "8", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Blood Urea Nitrogen was quantified on blood withdrawn from Ofd1fl/y;Atg7fl/fl;creKsp, Ofd1fl/y;Atg7+/+;creKsp and control mice at P45. n=8 mice per group."}
{"words": ["Average", "fluorescence", "signals", "aligned", "to", "the", "onset", "of", "scratching", "trains", "across", "the", "GCaMP6s", "group", "(", "red", "line", ")", "and", "EYFP", "group", "(", "blue", "line", ")", "in", "C48", "/", "80", "model", "(", "C", ")", ".", "Heatmap", "illustration", "of", "fluorescence", "changes", "during", "each", "corresponding", "scratching", "train", "in", "GCaMP6s", "group", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "2", "trails", "for", "each", "are", "shown", "except", "for", "1", "mouse", "where", "1", "trial", "was", "performed", "(", "D", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Average fluorescence signals aligned to the onset of scratching trains across the GCaMP6s group (red line) and EYFP group (blue line) in C48/80 model (C). Heatmap illustration of fluorescence changes during each corresponding scratching train in GCaMP6s group. n = 8 mice/group. 2 trails for each are shown except for 1 mouse where 1 trial was performed (D). *** P < 0.001. Two-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group."}
{"words": ["J", ",", "Effect", "of", "chemogenetic", "inhibition", "(", "J", ")", "of", "dopaminergicA11", "-", "SDH", "neurons", "on", "scratching", "behaviors", "in", "response", "to", "C48", "/", "80", "(", "left", ")", "and", "CQ", "(", "right", ")", "stimuli", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "6", "-", "8", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J, Effect of chemogenetic inhibition (J) of dopaminergicA11-SDH neurons on scratching behaviors in response to C48/80 (left) and CQ (right) stimuli. ** P < 0.01, *** P < 0.001. Two-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 6-8 mice/group."}
{"words": ["Average", "fluorescence", "signals", "aligned", "to", "the", "onset", "of", "scratching", "trains", "across", "the", "GCaMP6s", "group", "(", "red", "line", ")", "and", "EYFP", "group", "(", "blue", "line", ")", "in", "DCP", "model", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Average fluorescence signals aligned to the onset of scratching trains across the GCaMP6s group (red line) and EYFP group (blue line) in DCP model (B)."}
{"words": ["F", ",", "Effect", "of", "chemogenetic", "inhibition", "(", "F", ")", "of", "dopaminergicA11", "-", "SDH", "neurons", "on", "DCP", "-", "induced", "scratching", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Effect of chemogenetic inhibition (F) of dopaminergicA11-SDH neurons on DCP-induced scratching. * P < 0.05. Two-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["G", "Effect", "of", "chemogenetic", "activation", "(", "G", ")", "of", "dopaminergicA11", "-", "SDH", "neurons", "on", "DCP", "-", "induced", "scratching", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Effect of chemogenetic activation (G) of dopaminergicA11-SDH neurons on DCP-induced scratching. * P < 0.05. Two-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["A", "Effect", "of", "SCH23390", "and", "sulpiride", "on", "scratching", "behaviors", "induced", "by", "C48", "/", "80", "(", "left", ")", "and", "CQ", "(", "right", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "7", "-", "8", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Effect of SCH23390 and sulpiride on scratching behaviors induced by C48/80 (left) and CQ (right). *** P < 0.001. One-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 7-8 mice/group."}
{"words": ["C", "Effect", "of", "SCH23390", "and", "sulpiride", "on", "DCP", "-", "induced", "scratching", "behaviors", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Effect of SCH23390 and sulpiride on DCP-induced scratching behaviors. * P < 0.05. One-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group."}
{"words": ["D", "The", "Drd1", "mRNA", "level", "in", "the", "spinal", "cord", "after", "DCP", "or", "vehicle", "treatment", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D The Drd1 mRNA level in the spinal cord after DCP or vehicle treatment. * P < 0.05. Student's t-test. n = 8 mice/group."}
{"words": ["G", "Statistical", "curve", "shows", "the", "firing", "frequency", "evoked", "by", "step", "current", "injection", "into", "DRD1", "+", "neurons", "that", "incubated", "with", "vehicle", "or", "SKF38393", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", ".", "n", "=", "8", "neurons", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Statistical curve shows the firing frequency evoked by step current injection into DRD1+ neurons that incubated with vehicle or SKF38393. *** P < 0.001. Two-way ANOVA. n = 8 neurons/group."}
{"words": ["I", "Statistical", "shows", "the", "resting", "membrane", "potential", "in", "DRD1", "+", "neurons", "incubated", "with", "vehicle", "or", "SKF38393", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", "=", "8", "neurons", "/", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Statistical shows the resting membrane potential in DRD1+ neurons incubated with vehicle or SKF38393. * P < 0.05. Paired Student's t-test. n = 8 neurons/group."}
{"words": ["K", "Representative", "traces", "from", "one", "spinal", "DRD1", "+", "neuron", "show", "that", "blue", "light", "stimuli", "did", "not", "induce", "spontaneous", "firing", "(", "holding", "potential", ",", "-", "65", "mV", ",", "lower", "panel", ")", "but", "increased", "the", "existed", "firing", "of", "DRD1", "+", "neuron", "(", "holding", "potential", ",", "-", "60", "mV", ",", "upper", "panel", ")", ".", "Arrows", "indicate", "blue", "light", "stimuli", "(", "2", "-", "3", "mW", "/", "cm2", ",", "5", "pulses", ",", "2", "ms", "duration", ",", "20", "Hz", ",", "repeated", "every", "1", "s", ")", ".", "shows", "the", "change", "of", "firing", "frequency", "from", "individual", "DRD1", "+", "neurons", "after", "blue", "light", "stimuli", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "Paired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", "=", "8", "neurons", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K Representative traces from one spinal DRD1+ neuron show that blue light stimuli did not induce spontaneous firing (holding potential, -65 mV, lower panel) but increased the existed firing of DRD1+ neuron (holding potential, -60 mV, upper panel). Arrows indicate blue light stimuli (2-3 mW/cm2, 5 pulses, 2 ms duration, 20 Hz, repeated every 1 s). shows the change of firing frequency from individual DRD1+ neurons after blue light stimuli. ** P < 0.01. Paired Student's t-test. n = 8 neurons/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["G", "Effect", "of", "chemogenetic", "activation", "of", "spinal", "DRD1", "+", "neurons", "on", "spontaneous", "itch", "behaviors", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Effect of chemogenetic activation of spinal DRD1+ neurons on spontaneous itch behaviors. *** P < 0.001. Student's t-test. n = 8 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["I", "Effect", "of", "chemogenetic", "inhibition", "(", "left", ")", "or", "activation", "(", "right", ")", "of", "spinal", "DRD1", "+", "neurons", "on", "the", "DCP", "-", "induced", "chronic", "itch", "behaviors", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Effect of chemogenetic inhibition (left) or activation (right) of spinal DRD1+ neurons on the DCP-induced chronic itch behaviors. * P < 0.05, ** P < 0.01. Two-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["F", "-", "H", "Representative", "images", "show", "non", "-", "overlap", "of", "tdTomato", "with", "EGFP", "in", "the", "SDH", "of", "Drd1", "-", "tdTomato", ";", "Drd2", "-", "EGFP", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H Representative images show non-overlap of tdTomato with EGFP in the SDH of Drd1-tdTomato;Drd2-EGFP mice. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["I", "Representative", "image", "shows", "the", "co", "-", "localization", "of", "NeuN", "with", "tdTomato", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Inset", "scale", "bar", ",", "25", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Representative image shows the co-localization of NeuN with tdTomato. Scale bar, 50 μm. Inset scale bar, 25 μm."}
{"words": ["J", "-", "M", "Representative", "images", "show", "the", "co", "-", "localization", "of", "NK1R", "(", "J", ")", ",", "CGRP", "(", "K", ")", ",", "IB4", "(", "L", ")", ",", "and", "PKCγ", "(", "M", ")", "with", "tdTomato", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-M Representative images show the co-localization of NK1R (J), CGRP (K), IB4 (L), and PKCγ (M) with tdTomato. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["N", "Co", "-", "localization", "of", "tdTomato", "fluorescence", "with", "vGluT2", "-", "probe", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "O", "FISH", "double", "-", "staining", "of", "Drd1", "-", "probe", "with", "vGluT2", "-", "probe", ".", "White", "arrows", "and", "arrowheads", "show", "double", "-", "labeled", "neurons", "and", "vGluT2", "single", "-", "labeled", "neurons", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "P", "Staining", "of", "PAX2", "in", "Drd1", "-", "tdTomato", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", ".", "Q", "Fluorescence", "of", "tdTomato", "and", "EGFP", "in", "the", "SDH", "of", "Drd1", "-", "tdTomato", ";", "Gad67", "-", "EGFP", "mice", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N Co-localization of tdTomato fluorescence with vGluT2-probe. Scale bar, 50 μm. O FISH double-staining of Drd1-probe with vGluT2-probe. White arrows and arrowheads show double-labeled neurons and vGluT2 single-labeled neurons, respectively. Scale bar, 10 μm. P Staining of PAX2 in Drd1-tdTomato mice. Scale bar, 50 μm. Q Fluorescence of tdTomato and EGFP in the SDH of Drd1-tdTomato;Gad67-EGFP mice. Scale bar, 50 μm."}
{"words": ["C", "Representative", "images", "show", "the", "reconstitution", "of", "pre", "-", "and", "post", "-", "mGRASP", "to", "form", "an", "intact", "GFP", "(", "green", ")", ",", "which", "mapped", "synaptic", "connectivity", "between", "spinal", "DRD1", "+", "neurons", "(", "red", ",", "as", "presynaptic", "constructs", ")", "and", "GRPR", "+", "neurons", "(", "upper", "panels", ")", ".", "High", "-", "magnification", "images", "in", "the", "white", "frames", "were", "shown", "in", "lower", "panels", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", "in", "upper", "panel", "and", "10", "μm", "in", "lower", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative images show the reconstitution of pre- and post-mGRASP to form an intact GFP (green), which mapped synaptic connectivity between spinal DRD1+ neurons (red, as presynaptic constructs) and GRPR+ neurons (upper panels). High-magnification images in the white frames were shown in lower panels. Scale bar, 20 μm in upper panel and 10 μm in lower panel."}
{"words": ["G", "Representative", "traces", "of", "the", "whole", "-", "cell", "voltage", "-", "clamp", "show", "the", "blue", "light", "(", "470", "nm", ",", "2", "ms", ")", "-", "evoked", "EPSCs", "recorded", "in", "a", "GRPR", "+", "neuron", "before", "(", "black", ")", "and", "after", "20", "μM", "DNQX", "perfusion", "(", "gray", ")", ".", "H", "Representative", "traces", "show", "the", "effect", "of", "TTX", "alone", "(", "purple", ")", "and", "the", "combined", "presence", "of", "4", "-", "AP", "(", "gray", ")", "superfusion", "on", "the", "blue", "light", "-", "evoked", "EPSCs", "(", "black", ")", "recorded", "in", "a", "GRPR", "+", "neuron", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "G Representative traces of the whole-cell voltage-clamp show the blue light (470 nm, 2 ms)-evoked EPSCs recorded in a GRPR+ neuron before (black) and after 20 μM DNQX perfusion (gray). H Representative traces show the effect of TTX alone (purple) and the combined presence of 4-AP (gray) superfusion on the blue light-evoked EPSCs (black) recorded in a GRPR+ neuron."}
{"words": ["I", "Representative", "traces", "show", "the", "effect", "of", "TTX", "+", "4", "-", "AP", "(", "gray", ")", "on", "the", "blue", "light", "(", "470", "nm", ",", "2", "ms", ")", "-", "evoked", "EPSCs", "(", "black", ")", "recorded", "in", "a", "GRPR", "+", "neuron", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "I Representative traces show the effect of TTX + 4-AP (gray) on the blue light (470 nm, 2 ms)-evoked EPSCs (black) recorded in a GRPR+ neuron."}
{"words": ["D", "Single", "-", "cell", "RT", "-", "PCR", "shows", "the", "expression", "of", "Drd1", ",", "Grp", ",", "NeuN", ",", "and", "Gapdh", "mRNA", "in", "tdTomato", "+", "neurons", ".", "N", ",", "negative", "control", ".", "*", "indicate", "Drd1", "+", "Grp", "+", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "D Single-cell RT-PCR shows the expression of Drd1, Grp, NeuN, and Gapdh mRNA in tdTomato+ neurons. N, negative control. * indicate Drd1+Grp+ neurons."}
{"words": ["I", "Effect", "of", "DNQX", ",", "RC", "-", "3095", ",", "or", "vehicle", "on", "the", "spontaneous", "scratching", "of", "mice", "with", "spinal", "DRD1", "+", "neurons", "expressing", "mCherry", "or", "hM3Dq", "and", "activated", "by", "CNO", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "8", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Effect of DNQX, RC-3095, or vehicle on the spontaneous scratching of mice with spinal DRD1+ neurons expressing mCherry or hM3Dq and activated by CNO. ** P < 0.01, *** P < 0.001. One-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 8 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["J", "Effect", "of", "DNQX", ",", "RC", "-", "3095", ",", "or", "vehicle", "on", "the", "scratching", "behaviors", "of", "mice", "with", "spinal", "DRD1", "+", "neurons", "expressing", "mCherry", "or", "hM3Dq", "and", "activated", "by", "CNO", "in", "C48", "/", "80", "model", "(", "left", ")", "or", "CQ", "model", "(", "right", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "test", ".", "n", "=", "6", "mice", "/", "group", ".", "Data", "information", ":", "Bars", "represent", "mean", "values", ".", "Error", "bars", "indicate", "the", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Effect of DNQX, RC-3095, or vehicle on the scratching behaviors of mice with spinal DRD1+ neurons expressing mCherry or hM3Dq and activated by CNO in C48/80 model (left) or CQ model (right). * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001. One-way ANOVA followed by Bonferroni's test. n = 6 mice/group. Data information: Bars represent mean values. Error bars indicate the SEM."}
{"words": ["(", "C", "-", "G", "'", "'", ")", "Lateral", "images", "of", "the", "cranial", "vessels", "in", "lyve1b", ":", "Kaede", "transgenic", "embryos", "with", "the", "CCV", "photoconverted", "at", "36", "hpf", "(", "C", ")", "and", "followed", "through", "to", "48", "hpf", "(", "D", ")", "and", "60", "hpf", "(", "E", ")", ",", "while", "in", "a", "separate", "larva", "the", "PHS", "has", "been", "photoconverted", "at", "36", "hpf", "(", "F", ")", "and", "followed", "to", "48", "hpf", "(", "G", ")", ".", "Unconverted", "vessels", "are", "shown", "in", "green", "(", "C", "-", "G", ")", ",", "while", "photoconverted", "vessels", "are", "shown", "in", "red", "(", "C", "'", "-", "G", "'", ")", ".", "The", "extent", "of", "lymphangioblast", "contribution", "from", "each", "source", "is", "further", "clarified", "by", "false", "colouring", "the", "overlap", "between", "red", "and", "green", "fluorescence", "(", "purple", ")", ",", "with", "the", "FLS", "demarcated", "(", "dotted", "line", ")", "from", "the", "adjacent", "primary", "veins", "(", "C", "'", "'", "-", "G", "'", "'", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-G'') Lateral images of the cranial vessels in lyve1b:Kaede transgenic embryos with the CCV photoconverted at 36 hpf (C) and followed through to 48 hpf (D) and 60 hpf (E), while in a separate larva the PHS has been photoconverted at 36 hpf (F) and followed to 48 hpf (G). Unconverted vessels are shown in green (C-G), while photoconverted vessels are shown in red (C'-G'). The extent of lymphangioblast contribution from each source is further clarified by false colouring the overlap between red and green fluorescence (purple), with the FLS demarcated (dotted line) from the adjacent primary veins (C''-G'')."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", "'", "'", ")", "Ventrolateral", "(", "A", ",", "C", ",", "D", ")", "and", "lateral", "(", "B", ")", "images", "of", "the", "cranial", "vessels", "in", "lyve1b", ":", "Kaede", "transgenic", "embryos", "with", "the", "dorsal", "(", "A", ")", "and", "ventral", "(", "C", ")", "portions", "of", "the", "VA", "-", "L", "photoconverted", "at", "54", "hpf", "and", "followed", "through", "to", "72", "hpf", "(", "B", ")", "and", "78", "hpf", "(", "D", ")", ".", "Unconverted", "vessels", "are", "shown", "in", "green", "(", "A", "-", "D", ")", ",", "while", "photoconverted", "vessels", "are", "shown", "in", "red", "(", "A", "'", "-", "D", "'", ")", ".", "The", "extent", "of", "lymphatic", "and", "arterial", "contribution", "from", "the", "VA", "-", "L", "to", "the", "LFL", "(", "B", "'", "'", ")", "or", "HA", "(", "D", "'", "'", ")", "is", "further", "clarified", "by", "false", "colouring", "the", "overlap", "between", "red", "and", "green", "fluorescence", "(", "purple", ")", ",", "with", "the", "FLS", "(", "A", "'", "'", ",", "C", "'", "'", ")", "and", "LFL", "(", "B", "'", "'", ",", "D", "'", "'", ")", "demarcated", "(", "dotted", "line", ")", "from", "the", "adjacent", "vessels", ".", "Schematic", "included", "for", "anatomical", "reference", ".", "Note", ",", "for", "all", "images", ",", "the", "overlap", "of", "red", "and", "green", "fluorescence", "in", "the", "eye", "(", "labelled", "E", ")", "is", "due", "to", "a", "combination", "of", "natural", "pigmentation", "and", "auto", "-", "fluorescence", ";", "and", "is", "not", "indicative", "of", "photoconverted", "cells", "(", "C", "'", "'", ",", "white", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D'') Ventrolateral (A, C, D) and lateral (B) images of the cranial vessels in lyve1b:Kaede transgenic embryos with the dorsal (A) and ventral (C) portions of the VA-L photoconverted at 54 hpf and followed through to 72 hpf (B) and 78 hpf (D). Unconverted vessels are shown in green (A-D), while photoconverted vessels are shown in red (A'-D'). The extent of lymphatic and arterial contribution from the VA-L to the LFL (B'') or HA (D'') is further clarified by false colouring the overlap between red and green fluorescence (purple), with the FLS (A'', C'') and LFL (B'', D'') demarcated (dotted line) from the adjacent vessels. Schematic included for anatomical reference. Note, for all images, the overlap of red and green fluorescence in the eye (labelled E) is due to a combination of natural pigmentation and auto-fluorescence; and is not indicative of photoconverted cells (C'', white arrowheads)."}
{"words": ["Lateral", "images", "of", "the", "CCV", "fixed", "at", "36", "hpf", "(", "A", ")", "and", "42", "hpf", "(", "B", ")", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "fish", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Lateral images of the CCV fixed at 36 hpf (A) and 42 hpf (B) in lyve1b:EGFP fish that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red)."}
{"words": ["Lateral", "images", "of", "the", "PHS", "at", "36", "hpf", "(", "C", ")", ",", "42", "hpf", "(", "D", ")", "and", "48", "hpf", "(", "E", ")", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "fish", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ".", "PHS", "Prox1", "staining", "shown", "alone", "for", "all", "time", "points", "(", "C", "'", "-", "E", "'", ")", "with", "the", "FLS", "demarcated", "(", "dotted", "line", ")", "from", "the", "adjacent", "vessels", ",", "and", "the", "positions", "of", "the", "PHS", "-", "LPP", "and", "PHS", "-", "LPA", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lateral images of the PHS at 36 hpf (C), 42 hpf (D) and 48 hpf (E) in lyve1b:EGFP fish that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red). PHS Prox1 staining shown alone for all time points (C'-E') with the FLS demarcated (dotted line) from the adjacent vessels, and the positions of the PHS-LPP and PHS-LPA indicated."}
{"words": ["Lateral", "images", "of", "the", "VA", "-", "L", "at", "36", "hpf", "(", "F", ")", ",", "42", "hpf", "(", "G", ")", "and", "48", "hpf", "(", "H", ")", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "fish", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ".", "Note", "the", "Prox1", "-", "postive", "(", "green", ")", ",", "GFP", "-", "negative", "structure", "near", "to", "the", "VA", "-", "L", "is", "a", "prox1", "-", "expressing", "neuromast", "(", "NM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lateral images of the VA-L at 36 hpf (F), 42 hpf (G) and 48 hpf (H) in lyve1b:EGFP fish that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red). Note the Prox1-postive (green), GFP-negative structure near to the VA-L is a prox1-expressing neuromast (NM)."}
{"words": ["(", "A", "-", "H", ")", "Lateral", "images", "of", "the", "PHS", "fixed", "at", "36", "hpf", "(", "A", "-", "B", ",", "E", "-", "F", ")", "and", "42", "hpf", "(", "C", "-", "D", ",", "G", "-", "H", ")", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "fish", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ".", "These", "show", "a", "decrease", "in", "the", "number", "of", "Prox1", "-", "positive", "PHS", "ECs", "in", "the", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "(", "B", ",", "D", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "(", "F", ",", "H", ")", "compared", "with", "control", "morpholino", "-", "injected", "(", "A", ",", "C", ")", "and", "uninjected", "embryos", "(", "E", ",", "G", ")", ".", "At", "42", "hpf", ",", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "embryos", "(", "D", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "(", "H", ")", "lack", "the", "PHS", "-", "LP", "domains", "present", "in", "the", "control", "embryos", "(", "C", ",", "G", ";", "large", "arrow", "heads", ")", ".", "(", "I", "-", "J", ")", "Quantitation", "of", "the", "percentage", "of", "PHS", "ECs", "that", "are", "lymphatic", "progenitors", "relative", "to", "the", "total", "number", "of", "PHS", "ECs", "in", "control", "morpholino", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "27", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "17", ")", "and", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "36", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "12", ")", "(", "I", ")", "or", "in", "uninjected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "27", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "21", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "26", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "17", ")", "(", "J", ")", ".", "(", "K", ")", "Quantitation", "of", "the", "total", "number", "of", "PHS", "ECs", "in", "control", "morpholino", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "27", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "17", ")", "and", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "36", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "12", ")", "or", "in", "uninjected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "27", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "21", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "at", "36", "hpf", "(", "n", "=", "26", ")", "and", "42", "hpf", "(", "n", "=", "17", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-H) Lateral images of the PHS fixed at 36 hpf (A-B, E-F) and 42 hpf (C-D, G-H) in lyve1b:EGFP fish that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red). These show a decrease in the number of Prox1-positive PHS ECs in the ccbe1 morpholino-injected (B, D) and sFLT4 mRNA-injected embryos (F, H) compared with control morpholino-injected (A, C) and uninjected embryos (E, G). At 42 hpf, ccbe1 morpholino-injected embryos (D) and sFLT4 mRNA-injected embryos (H) lack the PHS-LP domains present in the control embryos (C, G; large arrow heads). (I-J) Quantitation of the percentage of PHS ECs that are lymphatic progenitors relative to the total number of PHS ECs in control morpholino-injected embryos at 36 hpf (n = 27) and 42 hpf (n = 17) and ccbe1 morpholino-injected embryos at 36 hpf (n = 36) and 42 hpf (n = 12) (I) or in uninjected embryos at 36 hpf (n = 27) and 42 hpf (n = 21) and sFLT4 mRNA-injected embryos at 36 hpf (n = 26) and 42 hpf (n = 17) (J). (K) Quantitation of the total number of PHS ECs in control morpholino-injected embryos at 36 hpf (n = 27) and 42 hpf (n = 17) and ccbe1 morpholino-injected embryos at 36 hpf (n = 36) and 42 hpf (n = 12) or in uninjected embryos at 36 hpf (n = 27) and 42 hpf (n = 21) and sFLT4 mRNA-injected embryos at 36 hpf (n = 26) and 42 hpf (n = 17) "}
{"words": ["(", "L", "-", "O", ")", "Lateral", "images", "of", "the", "FLS", "(", "L", ",", "N", ";", "dotted", "line", ")", "or", "dorsolateral", "CCV", "region", "from", "where", "the", "FLS", "normally", "sprouts", "(", "M", ",", "O", ";", "dotted", "line", ")", "fixed", "at", "36", "hpf", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "embryos", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ".", "These", "show", "no", "change", "in", "the", "number", "of", "Prox1", "-", "positive", "lymphatic", "progenitors", "in", "the", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "(", "M", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "(", "O", ")", "embryos", "compared", "with", "control", "morpholino", "-", "injected", "(", "L", ")", "and", "uninjected", "(", "N", ")", "embryos", ".", "(", "P", ")", "Quantitation", "of", "the", "percentage", "of", "dorsolateral", "CCV", "ECs", "that", "are", "lymphatic", "progenitors", "relative", "to", "the", "total", "number", "of", "dorsolateral", "CCV", "ECs", "in", "control", "morpholino", "-", "injected", "(", "n", "=", "26", ")", ",", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "(", "n", "=", "27", ")", ",", "uninjected", "(", "n", "=", "28", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "(", "n", "=", "32", ")", ".", "(", "Q", ")", "Quantitation", "of", "the", "total", "number", "of", "dorsolateral", "region", "CCV", "ECs", "in", "36", "hpf", "embryos", "that", "were", "uninjected", "or", "injected", "with", "control", "morpholino", "(", "n", "=", "26", ")", ",", "ccbe1", "morpholino", "(", "n", "=", "27", ")", ",", "or", "sFLT4", "mRNA", "(", "n", "=", "32", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L-O) Lateral images of the FLS (L, N; dotted line) or dorsolateral CCV region from where the FLS normally sprouts (M, O; dotted line) fixed at 36 hpf in lyve1b:EGFP embryos that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red). These show no change in the number of Prox1-positive lymphatic progenitors in the ccbe1 morpholino-injected (M) and sFLT4 mRNA-injected (O) embryos compared with control morpholino-injected (L) and uninjected (N) embryos. (P) Quantitation of the percentage of dorsolateral CCV ECs that are lymphatic progenitors relative to the total number of dorsolateral CCV ECs in control morpholino-injected (n = 26), ccbe1 morpholino-injected (n = 27), uninjected (n = 28) and sFLT4 mRNA-injected embryos (n = 32). (Q) Quantitation of the total number of dorsolateral region CCV ECs in 36 hpf embryos that were uninjected or injected with control morpholino (n = 26), ccbe1 morpholino (n = 27), or sFLT4 mRNA (n = 32). "}
{"words": ["(", "R", "-", "U", ")", "Dorsolateral", "images", "of", "the", "VA", "-", "L", "fixed", "at", "54", "hpf", "in", "lyve1b", ":", "EGFP", "larva", "that", "have", "been", "fluorescently", "immunostained", "with", "anti", "-", "PROX1", "(", "green", ")", "and", "anti", "-", "GFP", "(", "red", ")", ".", "These", "show", "that", "lymphatic", "progenitor", "formation", "still", "occurs", "within", "the", "VA", "-", "L", "in", "ccbe1", "morpholino", "-", "injected", "(", "S", ")", "and", "sFLT4", "mRNA", "-", "injected", "embryos", "(", "U", ")", ",", "with", "Prox1", "expression", "resembling", "that", "of", "controls", "(", "R", ",", "T", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(R-U) Dorsolateral images of the VA-L fixed at 54 hpf in lyve1b:EGFP larva that have been fluorescently immunostained with anti-PROX1 (green) and anti-GFP (red). These show that lymphatic progenitor formation still occurs within the VA-L in ccbe1 morpholino-injected (S) and sFLT4 mRNA-injected embryos (U), with Prox1 expression resembling that of controls (R, T)."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Still", "images", "from", "Movie", "EV3", "of", "early", "facial", "lymphatic", "development", "in", "a", "lyve1b", ":", "EGFP", "(", "A", ")", ",", "kdrl", ":", "nlsmCherry", "(", "B", ")", "compound", "transgenic", "from", "42", "-", "51", ".", "5", "hpf", ",", "with", "the", "CCV", "-", "L", "-", "derived", "leading", "tip", "cell", "(", "green", "asterisk", ")", ",", "the", "PHS", "-", "LP", "domains", "(", "orange", "and", "yellow", "asterisk", ")", "and", "the", "distal", "tip", "of", "the", "VA", "-", "L", "(", "purple", "asterisk", ")", "highlighted", "(", "A", ")", ".", "Between", "42", "and", "46", "hpf", ",", "the", "PHS", "-", "LPP", "(", "orange", "outline", ")", "cells", "divide", "(", "dark", "blue", "parent", "cells", ",", "light", "blue", "daughter", "cells", ")", "before", "sprouting", "as", "lymphangioblasts", "from", "the", "PHS", "and", "fusing", "with", "the", "tip", "(", "pink", "cells", ")", "of", "the", "CCV", "-", "derived", "FLS", "(", "green", "outline", ")", "at", "48", "hpf", "(", "B", ")", ".", "Cells", "(", "red", ")", "within", "the", "VA", "-", "L", "(", "purple", "outline", ")", "can", "also", "be", "seen", "migrating", "towards", "the", "now", "PHS", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "by", "48", "hpf", ".", "The", "PHS", "-", "LPA", "is", "also", "shown", "(", "yellow", "outline", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Still images from Movie EV3 of early facial lymphatic development in a lyve1b:EGFP (A), kdrl:nlsmCherry (B) compound transgenic from 42-51.5 hpf, with the CCV-L-derived leading tip cell (green asterisk), the PHS-LP domains (orange and yellow asterisk) and the distal tip of the VA-L (purple asterisk) highlighted (A). Between 42 and 46 hpf, the PHS-LPP (orange outline) cells divide (dark blue parent cells, light blue daughter cells) before sprouting as lymphangioblasts from the PHS and fusing with the tip (pink cells) of the CCV-derived FLS (green outline) at 48 hpf (B). Cells (red) within the VA-L (purple outline) can also be seen migrating towards the now PHS-L-derived FLS tip by 48 hpf. The PHS-LPA is also shown (yellow outline)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantitation", "of", "leading", "lymphangioblast", "velocity", "(", "µm", "/", "min", ")", "before", "and", "after", "fusion", "with", "another", "lymphangioblast", "(", "CCV", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "pink", "cells", ")", "to", "PHS", "-", "L", "(", "B", ",", "blue", "cells", ";", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "and", "PHS", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "blue", "cells", ")", "to", "VA", "-", "L", "(", "F", ",", "red", "cells", ";", "n", "=", "5", "/", "5", ")", ")", "or", "by", "the", "VA", "-", "L", "to", "the", "PHS", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "B", ",", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantitation of leading lymphangioblast velocity (µm/min) before and after fusion with another lymphangioblast (CCV-L-derived FLS tip (pink cells) to PHS-L (B, blue cells; n = 5/5) and PHS-L-derived FLS tip (blue cells) to VA-L (F, red cells; n = 5/5)) or by the VA-L to the PHS-L-derived FLS tip (B, n = 5/5)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cell", "migration", "tracks", "where", "each", "coloured", "track", "depicts", "the", "distance", "(", "µm", ")", "travelled", "over", "3", "hours", "by", "the", "leading", "tip", "cell", "in", "a", "separate", "animal", "before", "and", "after", "fusion", "with", "the", "CCV", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "pink", "cells", ")", "and", "the", "PHS", "-", "Ls", "(", "B", ",", "blue", "cells", ";", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cell migration tracks where each coloured track depicts the distance (µm) travelled over 3 hours by the leading tip cell in a separate animal before and after fusion with the CCV-L-derived FLS tip (pink cells) and the PHS-Ls (B, blue cells; n = 5/5)."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "Still", "images", "from", "Movie", "EV4", "of", "facial", "lymphatic", "development", "in", "a", "lyve1b", ":", "EGFP", "kdrl", ":", "nlsmCherry", "compound", "transgenic", "from", "48", "-", "62", "hpf", "showing", "that", "after", "the", "CCV", "-", "derived", "FLS", "fuses", "to", "the", "PHS", "-", "L", ",", "these", "take", "over", "as", "the", "leading", "tip", "cells", "(", "orange", "asterisks", ")", ",", "with", "one", "PHS", "-", "L", "migrating", "anteriorly", "to", "fuse", "with", "PHS", "-", "LPA", "(", "yellow", "asterisk", ")", ",", "and", "others", "migrating", "ventrally", "to", "fuse", "with", "the", "VA", "-", "L", "(", "purple", "asterisk", ")", "After", "the", "PHS", "-", "derived", "portion", "(", "orange", "outline", ")", "of", "the", "FLS", "(", "green", "outline", ")", "fuses", "to", "the", "VA", "-", "L", "(", "purple", "outline", ")", ",", "migration", "of", "the", "entire", "facial", "lymphatic", "pauses", "to", "allow", "for", "lymphangioblast", "proliferation", "(", "dark", "blue", "and", "red", "parent", "cells", ",", "light", "blue", "and", "pink", "daughter", "cells", ")", "before", "resuming", "migration", "anteriorly", "along", "the", "ventral", "base", "of", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) Still images from Movie EV4 of facial lymphatic development in a lyve1b:EGFP kdrl:nlsmCherry compound transgenic from 48-62 hpf showing that after the CCV-derived FLS fuses to the PHS-L, these take over as the leading tip cells (orange asterisks), with one PHS-L migrating anteriorly to fuse with PHS-LPA (yellow asterisk), and others migrating ventrally to fuse with the VA-L (purple asterisk) After the PHS-derived portion (orange outline) of the FLS (green outline) fuses to the VA-L (purple outline), migration of the entire facial lymphatic pauses to allow for lymphangioblast proliferation (dark blue and red parent cells, light blue and pink daughter cells) before resuming migration anteriorly along the ventral base of the eye"}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Cell", "migration", "tracks", "where", "each", "coloured", "track", "depicts", "the", "distance", "(", "µm", ")", "travelled", "over", "3", ".", "5", "hours", "by", "the", "leading", "tip", "cell", "in", "a", "separate", "animal", "before", "and", "after", "fusion", "with", "another", "lymphangioblast", "(", "PHS", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "blue", "cells", ")", "to", "VA", "-", "L", "(", "F", ",", "red", "cells", ";", "n", "=", "5", "/", "5", ")", ")", "or", "by", "the", "VA", "-", "L", "to", "the", "PHS", "-", "L", "-", "derived", "FLS", "tip", "(", "F", ",", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Cell migration tracks where each coloured track depicts the distance (µm) travelled over 3.5 hours by the leading tip cell in a separate animal before and after fusion with another lymphangioblast (PHS-L-derived FLS tip (blue cells) to VA-L (F, red cells; n = 5/5)) or by the VA-L to the PHS-L-derived FLS tip (F, n = 5/5)."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", "'", ")", "Lateral", "(", "A", ")", "and", "ventrolateral", "(", "B", ",", "B", "'", ")", "images", "of", "the", "cranial", "vessels", "in", "kdrl", ":", "nlsKaede", ";", "kdrl", ":", "EGFP", "embryos", ",", "with", "unconverted", "tissue", "shown", "in", "green", "(", "A", "-", "B", ")", "while", "photoconverted", "tissue", "is", "shown", "in", "red", "(", "B", "'", ")", ".", "The", "early", "kdrl", "-", "positive", "VA", "-", "L", "was", "photoconverted", "in", "34", "hpf", "embryos", "(", "A", ")", ",", "and", "followed", "through", "to", "54", "hpf", "(", "B", ",", "B", "'", ")", ".", "B", "'", "is", "a", "higher", "magnification", "image", "of", "the", "box", "in", "B", "and", "is", "accompanied", "by", "a", "red", "channel", "only", "(", "traced", "photoconverted", "cells", ")", "image", "with", "the", "VA", "-", "L", "(", "dotted", "line", ")", "demarcated", "from", "the", "adjacent", "VA", ".", "The", "VA", "-", "L", "photoconverted", "cells", "are", "indicated", "by", "arrowheads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B') Lateral (A) and ventrolateral (B, B') images of the cranial vessels in kdrl:nlsKaede;kdrl:EGFP embryos, with unconverted tissue shown in green (A-B) while photoconverted tissue is shown in red (B'). The early kdrl-positive VA-L was photoconverted in 34 hpf embryos (A), and followed through to 54 hpf (B, B'). B' is a higher magnification image of the box in B and is accompanied by a red channel only (traced photoconverted cells) image with the VA-L (dotted line) demarcated from the adjacent VA. The VA-L photoconverted cells are indicated by arrowheads."}
{"words": ["(", "C", ")", "Still", "images", "from", "Movie", "EV5", "of", "VA", "-", "L", "development", "in", "a", "kdrl", ":", "EGFP", ";", "kdrl", ":", "nlsmCherry", "compound", "transgenic", "from", "31", "-", "35", ".", "5", "hpf", ".", "This", "movie", "shows", "that", "the", "VA", "-", "L", "begins", "expressing", "kdrl", "just", "after", "32", "hpf", ",", "in", "a", "manner", "that", "is", "isolated", "and", "independent", "of", "any", "neighbouring", "kdrl", "-", "positive", "tissue", "or", "vessel", ".", "Putative", "kdrl", "-", "positive", "primitive", "myeloid", "cells", "(", "light", "blue", "asterisks", ")", "can", "also", "be", "seen", "migrating", "along", "the", "surface", "of", "the", "yolk", "in", "the", "immediate", "vicinity", "of", "the", "VA", "and", "VA", "-", "L", ".", "(", "D", ")", "Still", "images", "from", "Movie", "EV6", "depicting", "a", "3D", "reconstruction", "of", "the", "35", ".", "5", "hpf", "timepoint", "from", "Movie", "EV5", ".", "A", "dorsal", "view", "that", "scrolls", "through", "the", "Y", "-", "stack", "of", "the", "VA", "-", "L", "is", "shown", ",", "which", "illustrates", "that", "the", "VA", "-", "L", "is", "closely", "associated", "with", ",", "but", "not", "connected", "to", "the", "VA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Still images from Movie EV5 of VA-L development in a kdrl:EGFP;kdrl:nlsmCherry compound transgenic from 31-35.5 hpf. This movie shows that the VA-L begins expressing kdrl just after 32 hpf, in a manner that is isolated and independent of any neighbouring kdrl-positive tissue or vessel. Putative kdrl-positive primitive myeloid cells (light blue asterisks) can also be seen migrating along the surface of the yolk in the immediate vicinity of the VA and VA-L. (D) Still images from Movie EV6 depicting a 3D reconstruction of the 35.5 hpf timepoint from Movie EV5. A dorsal view that scrolls through the Y-stack of the VA-L is shown, which illustrates that the VA-L is closely associated with, but not connected to the VA. "}
{"words": ["(", "E", "-", "E", "'", ")", "Still", "images", "from", "Movie", "EV7", "of", "VA", "-", "L", "development", "in", "an", "etv2", ":", "EGFP", "(", "E", ")", ",", "kdrl", ":", "nlsmCherry", "(", "E", "'", ")", "compound", "transgenic", "from", "28", "-", "35", ".", "2", "hpf", ".", "This", "movie", "shows", "that", "the", "VA", "-", "L", "begins", "expressing", "etv2", "(", "E", ")", "at", "29", "hpf", "and", "is", "independent", "of", "any", "neighbouring", "vessel", ".", "kdrl", "expression", "(", "red", "arrowheads", ")", "occurs", "4", "hours", "later", "in", "the", "VA", "-", "L", "(", "demarcated", "by", "the", "green", "dotted", "line", ")", "(", "E", "'", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-E') Still images from Movie EV7 of VA-L development in an etv2:EGFP (E), kdrl:nlsmCherry (E') compound transgenic from 28-35.2 hpf. This movie shows that the VA-L begins expressing etv2 (E) at 29 hpf and is independent of any neighbouring vessel. kdrl expression (red arrowheads) occurs 4 hours later in the VA-L (demarcated by the green dotted line) (E')."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", "'", ")", "Lateral", "images", "of", "the", "cranial", "vessels", "in", "etv2", ":", "Kaede", "embryos", ",", "with", "unconverted", "tissue", "shown", "in", "green", "(", "F", "-", "G", ")", "while", "photoconverted", "tissue", "is", "shown", "in", "red", "(", "G", "'", ")", ".", "The", "earliest", "visible", "form", "of", "the", "VA", "-", "L", "was", "photoconverted", "at", "29", "hpf", "(", "F", ")", ",", "then", "followed", "through", "to", "54", "(", "G", ")", ".", "G", "'", "is", "a", "higher", "magnification", "image", "of", "the", "box", "in", "G", "and", "is", "accompanied", "by", "a", "red", "channel", "only", "(", "traced", "photoconverted", "cells", ")", "image", "with", "the", "VA", "-", "L", "(", "dotted", "line", ")", "demarcated", "from", "the", "adjacent", "VA", ",", "and", "VA", "-", "L", "photoconverted", "cells", "indicated", "(", "arrowheads", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G') Lateral images of the cranial vessels in etv2:Kaede embryos, with unconverted tissue shown in green (F-G) while photoconverted tissue is shown in red (G'). The earliest visible form of the VA-L was photoconverted at 29 hpf (F), then followed through to 54 (G). G' is a higher magnification image of the box in G and is accompanied by a red channel only (traced photoconverted cells) image with the VA-L (dotted line) demarcated from the adjacent VA, and VA-L photoconverted cells indicated (arrowheads)."}
{"words": ["(", "A", "-", "G", ")", "Lateral", "(", "A", "-", "B", ")", ",", "ventrolateral", "(", "C", "-", "F", ")", "and", "ventral", "(", "G", ")", "images", "of", "the", "cranial", "vessels", "in", "an", "etv2", ":", "EGFP", ";", "kdrl", ":", "nlsmCherry", "compound", "transgenic", "embryo", ",", "which", "has", "had", "the", "etv2", "-", "expressing", "angioblast", "population", "(", "early", "VA", "-", "L", ")", "on", "the", "left", "lateral", "side", "of", "the", "yolk", "sac", "ablated", ".", "Images", "were", "taken", "at", "30", "hpf", "before", "(", "A", ")", "and", "after", "(", "B", ")", "ablation", "of", "the", "early", "VA", "-", "L", ",", "with", "the", "site", "of", "ablation", "indicated", "(", "B", ";", "blue", "dotted", "circle", ")", ".", "Note", "that", "the", "LDA", "and", "VA", "adjacent", "to", "the", "VA", "-", "L", "become", "photobleached", "during", "the", "ablation", "process", "(", "B", ")", ",", "however", "these", "were", "not", "ablated", "as", "they", "can", "be", "seen", "developing", "normally", "at", "54", "hpf", "(", "D", ")", ".", "Follow", "-", "up", "images", "were", "taken", "of", "both", "the", "contralateral", "(", "C", ",", "E", ")", "and", "ablated", "(", "D", ",", "F", ")", "sides", "of", "the", "embryo", "'", "s", "head", "at", "54", "hpf", "(", "C", "-", "D", ")", "and", "78", "hpf", "(", "E", "-", "G", ")", ".", "Although", "the", "VA", "-", "L", "(", "light", "blue", "dotted", "line", ")", "is", "seen", "migrating", "towards", "the", "FLS", "(", "white", "dotted", "lined", ")", "on", "the", "contralateral", "side", "at", "54", "hpf", "(", "C", ")", ",", "it", "is", "missing", "from", "the", "ablated", "side", "(", "D", ")", ".", "Subsequently", ",", "the", "LFL", "(", "white", "dotted", "line", ")", "of", "the", "­", "ablated", "side", "is", "short", "(", "F", ")", "compared", "to", "that", "of", "the", "contralateral", "side", "(", "E", ")", ".", "In", "addition", ",", "the", "HA", "(", "pink", "dotted", "line", ")", "is", "underdeveloped", "on", "the", "ablated", "side", "compared", "to", "the", "contralateral", "side", ",", "as", "it", "no", "longer", "extends", "towards", "nor", "connects", "to", "the", "left", "­", "AA1", "(", "G", ")", ".", "(", "H", ")", "Quantitation", "of", "the", "length", "of", "the", "LFL", "(", "µm", ")", "on", "the", "contralateral", "(", "control", ")", "side", "and", "on", "the", "ablated", "side", "at", "78", "hpf", "(", "n", "=", "16", ")", ".", "(", "I", ")", "Quantitation", "of", "the", "total", "number", "of", "cells", "within", "the", "LFL", "on", "the", "contralateral", "(", "control", ")", "side", "and", "from", "the", "ablated", "side", "at", "78", "hpf", "(", "n", "=", "16", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-G) Lateral (A-B), ventrolateral (C-F) and ventral (G) images of the cranial vessels in an etv2:EGFP;kdrl:nlsmCherry compound transgenic embryo, which has had the etv2-expressing angioblast population (early VA-L) on the left lateral side of the yolk sac ablated. Images were taken at 30 hpf before (A) and after (B) ablation of the early VA-L, with the site of ablation indicated (B; blue dotted circle). Note that the LDA and VA adjacent to the VA-L become photobleached during the ablation process (B), however these were not ablated as they can be seen developing normally at 54 hpf (D). Follow-up images were taken of both the contralateral (C, E) and ablated (D, F) sides of the embryo's head at 54 hpf (C-D) and 78 hpf (E-G). Although the VA-L (light blue dotted line) is seen migrating towards the FLS (white dotted lined) on the contralateral side at 54 hpf (C), it is missing from the ablated side (D). Subsequently, the LFL (white dotted line) of the ­ablated side is short (F) compared to that of the contralateral side (E). In addition, the HA (pink dotted line) is underdeveloped on the ablated side compared to the contralateral side, as it no longer extends towards nor connects to the left ­AA1 (G). (H) Quantitation of the length of the LFL (µm) on the contralateral (control) side and on the ablated side at 78 hpf (n = 16). (I) Quantitation of the total number of cells within the LFL on the contralateral (control) side and from the ablated side at 78 hpf (n = 16). "}
{"words": ["(", "A", ")", "Top", "panel", "displays", "structure", "of", "each", "CDK4", "/", "6", "inhibitor", "tested", ".", "Bottom", "panel", "shows", "dose", "response", "curves", "with", "these", "inhibitors", "displaying", "percentage", "of", "G1", "-", "arrested", "RPE1", "-", "FUCCI", "cells", ".", "To", "obtain", "dose", "response", "curves", ",", "the", "number", "of", "mKO", "-", "Cdt1", "positive", "(", "G1", "-", "arrested", ")", "cells", "were", "calculated", "following", "24hr", "drug", "addition", "(", "dark", "blue", "solid", "lines", ")", "or", "24h", "after", "subsequent", "drug", "washout", "(", "light", "blue", "dotted", "lines", ")", ".", "Cmax", "values", "observed", "in", "patients", "(", "taken", "from", "(", "He", "et", "al", ".", ",", "2017", ";", "Klein", "et", "al", ".", ",", "2018", ")", ")", "are", "represented", "on", "each", "graph", "with", "red", "dotted", "lines", ".", "Graphs", "display", "mean", "data", "-", "/", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", ",", "with", "at", "least", "500", "cells", "counted", "per", "condition", "per", "experiment", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "G1", "-", "arrested", "RPE1", "-", "FUCCI", "cells", ",", "calculated", "as", "in", "panel", "A", ",", "but", "using", "a", "fixed", "concentration", "of", "CDK4", "/", "6", "inhibitor", "for", "different", "durations", "of", "time", ",", "as", "indicated", ".", "Note", ",", "this", "is", "a", "fixed", "assay", "that", "quantifies", "the", "percentage", "of", "G1", "-", "arrested", "cells", "prior", "to", ",", "or", "24", "hrs", "following", ",", "CDK4", "/", "6", "inhibitor", "washout", ".", "Each", "bar", "displays", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", ",", "with", "at", "least", "500", "cells", "counted", "per", "condition", "per", "experiment", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Top panel displays structure of each CDK4/6 inhibitor tested. Bottom panel shows dose response curves with these inhibitors displaying percentage of G1-arrested RPE1-FUCCI cells. To obtain dose response curves, the number of mKO-Cdt1 positive (G1-arrested) cells were calculated following 24hr drug addition (dark blue solid lines) or 24h after subsequent drug washout (light blue dotted lines). Cmax values observed in patients (taken from (He et al., 2017; Klein et al., 2018)) are represented on each graph with red dotted lines. Graphs display mean data -/+ SEM from 3 experiments, with at least 500 cells counted per condition per experiment. (B) Percentage of G1-arrested RPE1-FUCCI cells, calculated as in panel A, but using a fixed concentration of CDK4/6 inhibitor for different durations of time, as indicated. Note, this is a fixed assay that quantifies the percentage of G1-arrested cells prior to, or 24 hrs following, CDK4/6 inhibitor washout. Each bar displays mean data + SEM from 3 experiments, with at least 500 cells counted per condition per experiment. ("}
{"words": ["(", "A", ")", "Dose", "response", "curves", "displaying", "the", "percentage", "of", "G1", "-", "arrested", "p53", "-", "WT", "(", "blue", ")", "or", "KO", "(", "green", ")", "RPE1", "-", "FUCCI", "cells", "following", "24hr", "incubation", "with", "palbociclib", "(", "dark", "solid", "lines", ")", "or", "24h", "after", "subsequent", "washout", "(", "light", "dotted", "lines", ")", ".", "Graphs", "display", "mean", "data", "-", "/", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", ",", "with", "at", "least", "500", "cells", "counted", "per", "condition", "per", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Dose response curves displaying the percentage of G1-arrested p53-WT (blue) or KO (green) RPE1-FUCCI cells following 24hr incubation with palbociclib (dark solid lines) or 24h after subsequent washout (light dotted lines). Graphs display mean data -/+ SEM from 3 experiments, with at least 500 cells counted per condition per experiment."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "and", "quantifications", "of", "colony", "forming", "assays", "in", "p53", "-", "WT", "or", "KO", "RPE1", "cells", "treated", "with", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "for", "1", ",", "4", "or", "7", "days", "and", "then", "grown", "at", "low", "density", "without", "inhibitor", "for", "10", "days", ".", "Each", "bar", "displays", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images and quantifications of colony forming assays in p53-WT or KO RPE1 cells treated with palbociclib (1.25μM) for 1, 4 or 7 days and then grown at low density without inhibitor for 10 days. Each bar displays mean data + SEM from 3 experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "cell", "cycle", "profiles", "from", "cells", "treated", "as", "in", "D", ".", "Graph", "shows", "the", "mean", "percentage", "of", "cells", "+", "SD", "that", "divide", "at", "each", "round", "of", "division", ",", "with", "150", "cells", "analysed", "in", "total", "from", "3", "experimental", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of cell cycle profiles from cells treated as in D. Graph shows the mean percentage of cells + SD that divide at each round of division, with 150 cells analysed in total from 3 experimental repeats."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "p21", "levels", "in", "p53", "-", "WT", "or", "KO", "RPE1", "cells", ",", "48", "hours", "after", "release", "from", "1", ",", "4", "or", "7", "days", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "treatment", ".", "Zoom", "inserts", "are", "3x", "magnification", "of", "the", "indicated", "regions", ".", "Scale", "bars", "=", "250", "μM", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "p21", "intensities", "in", "cells", "treated", "as", "in", "panel", "A", ".", "At", "least", "100", "cells", "were", "analysed", "per", "experiment", "and", "graph", "shows", "data", "from", "3", "experimental", "repeats", ".", "Violin", "plots", "display", "the", "variation", "in", "intensities", "between", "individual", "cells", ".", "Horizontal", "lines", "display", "the", "median", ",", "and", "error", "bars", "show", "95", "%", "confidence", "intervals", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative immunofluorescence images of p21 levels in p53-WT or KO RPE1 cells, 48 hours after release from 1, 4 or 7 days palbociclib (1.25μM) treatment. Zoom inserts are 3x magnification of the indicated regions. Scale bars = 250 μM. (B) Quantification of p21 intensities in cells treated as in panel A. At least 100 cells were analysed per experiment and graph shows data from 3 experimental repeats. Violin plots display the variation in intensities between individual cells. Horizontal lines display the median, and error bars show 95% confidence intervals. ("}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Quantification", "of", "nuclear", "morphologies", "(", "D", ")", "and", "γH2AX", "-", "positive", "DNA", "damage", "foci", "(", "E", ")", "following", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "treatment", "in", "p53", "WT", "and", "KO", "RPE1", "cells", ".", "Cells", "were", "treated", "for", "1", ",", "4", "or", "7", "days", "and", "then", "analysed", "before", "or", "after", "drug", "washout", "for", "48", "hours", ".", "100", "cells", "(", "nuclear", "morphology", ")", "or", "50", "cells", "(", "γH2AX", "foci", ")", "were", "scored", "per", "condition", "per", "experiment", ",", "and", "bar", "graphs", "represent", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "6", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Quantification of nuclear morphologies (D) and γH2AX-positive DNA damage foci (E) following palbociclib (1.25μM) treatment in p53 WT and KO RPE1 cells. Cells were treated for 1, 4 or 7 days and then analysed before or after drug washout for 48 hours. 100 cells (nuclear morphology) or 50 cells (γH2AX foci) were scored per condition per experiment, and bar graphs represent mean data +SEM from 6 experiments."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "Representative", "immunofluorescence", "images", "(", "J", ")", "and", "quantifications", "(", "K", ")", "of", "mitotic", "DNA", "replication", "assays", "(", "MiDAS", ")", "in", "p53", "-", "KO", "RPE1", "cells", "released", "from", "7", "days", "of", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "treatment", "or", "following", "0", ".", "4uM", "aphidicolin", "treatment", "for", "40Hrs", ".", "EdU", "foci", "were", "quantified", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "cells", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μM", ",", "zoom", "inserts", "=", "3x", "magnification", "of", "highlighted", "areas", ".", "10", "cells", "were", "analysed", "per", "experiment", "and", "the", "bar", "chart", "shows", "the", "mean", "+", "SEM", "from", "3", "experimental", "repeats", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) Representative immunofluorescence images (J) and quantifications (K) of mitotic DNA replication assays (MiDAS) in p53-KO RPE1 cells released from 7 days of palbociclib (1.25μM) treatment or following 0.4uM aphidicolin treatment for 40Hrs. EdU foci were quantified in nocodazole-arrested cells. Scale bar= 5 μM, zoom inserts = 3x magnification of highlighted areas. 10 cells were analysed per experiment and the bar chart shows the mean + SEM from 3 experimental repeats."}
{"words": ["(", "A", ")", "Volcano", "plot", "of", "proteins", "up", "or", "downregulated", "following", "prolonged", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "treatment", "in", "RPE1", "cells", ".", "The", "top", "10", "significantly", "upregulated", "and", "downregulated", "proteins", "are", "shown", "in", "blue", "and", "red", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Volcano plot of proteins up or downregulated following prolonged palbociclib (1.25μM) treatment in RPE1 cells. The top 10 significantly upregulated and downregulated proteins are shown in blue and red, respectively."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "western", "blots", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "RPE1", "-", "WT", "cells", "treated", "with", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "for", "1", ",", "4", "or", "7", "days", ",", "or", "treated", "identically", ",", "and", "then", "washed", "out", "for", "the", "indicated", "times", "to", "reflect", "when", "the", "majority", "of", "cells", "are", "in", "S", "-", "phase", "(", "see", "Figure", "1C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative western blots of whole cell lysates from RPE1-WT cells treated with palbociclib (1.25μM) for 1, 4 or 7 days, or treated identically, and then washed out for the indicated times to reflect when the majority of cells are in S-phase (see Figure 1C)."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Representative", "images", "(", "F", ")", "and", "quantifications", "(", "G", ")", "of", "colony", "forming", "assays", "with", "RPE1", "cells", "treated", "with", "palbociclib", "(", "1", ".", "25μM", ")", "for", "indicated", "times", ",", "and", "then", "grown", "at", "low", "density", "without", "palbociclib", "for", "10", "days", ".", "DMSO", "(", "control", ")", "or", "indicated", "genotoxic", "drugs", "were", "applied", "for", "the", "first", "24", "h", "after", "palbociclib", "washout", ".", "Each", "bar", "displays", "mean", "data", "+", "SD", "from", "4", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) Representative images (F) and quantifications (G) of colony forming assays with RPE1 cells treated with palbociclib (1.25μM) for indicated times, and then grown at low density without palbociclib for 10 days. DMSO (control) or indicated genotoxic drugs were applied for the first 24 h after palbociclib washout. Each bar displays mean data + SD from 4 experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "western", "blots", "of", "whole", "cell", "lysates", "from", "MCF7", "cells", "treated", "with", "palbociclib", "(", "1", "μM", ")", "for", "1", ",", "4", "or", "7", "days", ",", "or", "treated", "identically", ",", "and", "then", "washed", "out", "for", "the", "indicated", "times", "(", "see", "Figure", "1C", ")", ".", "(", "B", ")", "Analysis", "of", "adjusted", "relative", "density", "from", "3", "independent", "western", "blot", "experiments", ".", "Bars", "display", "mean", "values", "-", "/", "+", "SD", ".", "Significance", "determined", "by", "unpaired", "Student", "'", "s", "T", "test", "comparing", "treated", "target", "protein", "to", "asynchronous", "target", "control", ".", "(", "*", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative western blots of whole cell lysates from MCF7 cells treated with palbociclib (1 μM) for 1, 4 or 7 days, or treated identically, and then washed out for the indicated times (see Figure 1C). (B) Analysis of adjusted relative density from 3 independent western blot experiments. Bars display mean values -/+ SD. Significance determined by unpaired Student's T test comparing treated target protein to asynchronous target control. (* < 0.01, ** < 0.001, *** < 0.0001)."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "nuclear", "morphologies", "(", "C", ")", "or", "γH2AX", "-", "positive", "DNA", "damage", "foci", "(", "D", ")", "from", "MCF7", ",", "MCF7", "p53", "KO", "or", "T47D", "cells", "that", "were", "treated", "with", "palbociclib", "(", "1μM", ")", "for", "0", ",", "1", ",", "4", ",", "or", "7", "days", "and", "then", "analysed", "48hr", "after", "drug", "washout", ".", "Either", "100", "cells", "(", "nuclear", "morphology", ")", "or", "50", "cells", "(", "γH2AX", ")", "were", "scored", "per", "condition", "per", "experiment", "and", "bar", "graphs", "represent", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C,D) Quantification of the nuclear morphologies (C) or γH2AX-positive DNA damage foci (D) from MCF7, MCF7 p53 KO or T47D cells that were treated with palbociclib (1μM) for 0, 1, 4, or 7 days and then analysed 48hr after drug washout. Either 100 cells (nuclear morphology) or 50 cells (γH2AX) were scored per condition per experiment and bar graphs represent mean data + SEM from 3 experiments."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "colony", "forming", "assays", "of", "MCF7", ",", "MCF7", "p53", "KO", "and", "T47D", "cells", "treated", "with", "CDK4", "/", "6", "inhibitor", "for", "0", ",", "1", ",", "4", "or", "7", "days", "and", "then", "grown", "at", "a", "low", "density", "without", "palbociclib", "for", "14", "-", "21", "days", ".", "Bar", "graphs", "displays", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "4", "-", "5", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of colony forming assays of MCF7, MCF7 p53 KO and T47D cells treated with CDK4/6 inhibitor for 0, 1, 4 or 7 days and then grown at a low density without palbociclib for 14-21 days. Bar graphs displays mean data + SEM from 4-5 experiments."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "nuclear", "morphologies", "(", "B", ")", "or", "γH2AX", "-", "positive", "DNA", "damage", "foci", "(", "C", ")", "from", "different", "cancer", "lines", ",", "as", "indicated", ",", "treated", "continuously", "with", "palbociclib", "(", "1μM", ")", "for", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "or", "3", "weeks", ".", "Either", "100", "cells", "(", "nuclear", "morphology", ")", "or", "50", "cells", "(", "γH2AX", ")", "were", "scored", "per", "condition", "per", "experiment", "and", "bar", "graphs", "represent", "mean", "data", "+", "SEM", "from", "3", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B,C) Quantification of the nuclear morphologies (B) or γH2AX-positive DNA damage foci (C) from different cancer lines, as indicated, treated continuously with palbociclib (1μM) for 0, 1, 2, or 3 weeks. Either 100 cells (nuclear morphology) or 50 cells (γH2AX) were scored per condition per experiment and bar graphs represent mean data + SEM from 3 experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "weekly", "proliferation", "rate", "in", "cells", "treated", "as", "in", "B", ".", "A", "total", "of", "60", ",", "000", "cells", "of", "each", "cell", "line", "were", "cultured", "in", "10cm", "dishes", "with", "1uM", "palbociclib", "for", "a", "total", "of", "3", "weeks", ".", "Every", "7", "days", ",", "cells", "were", "trypsinised", "and", "total", "cell", "counts", "were", "determined", ".", "The", "0", "-", "week", "timepoint", "shows", "the", "7", "-", "day", "fold", "increase", "of", "untreated", "cells", ".", "The", "data", "points", "show", "fold", "increase", "in", "cell", "count", "over", "each", "7", "-", "day", "period", ",", "and", "bars", "represent", "the", "mean", "from", "2", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of weekly proliferation rate in cells treated as in B. A total of 60,000 cells of each cell line were cultured in 10cm dishes with 1uM palbociclib for a total of 3 weeks. Every 7 days, cells were trypsinised and total cell counts were determined. The 0-week timepoint shows the 7-day fold increase of untreated cells. The data points show fold increase in cell count over each 7-day period, and bars represent the mean from 2 experiments."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB2", "mRNA", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB2 mRNA levels in cerebellar extracts of WT and ASM-KO mice (n = 5 mice per group)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB2", "and", "PSD", "-", "95", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB2", "protein", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB2 and PSD-95 (used as loading control) and graph showing mean ± SEM CB2 protein levels in cerebellar extracts of WT and ASM-KO mice (n = 6 mice per group)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB1", "mRNA", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0013", ",", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB1 mRNA levels in cerebellar extracts of WT and ASM-KO mice (**P = 0.0013, n = 6 mice per group, Student's t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM CB1 protein levels in cerebellar extracts of WT and ASM-KO mice (n = 3 mice per group)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "the", "following", "cellular", "markers", ":", "Calbindin", "for", "Purkinje", "cells", "(", "E", ")", ",", "GFAP", "for", "astrocytes", "(", "F", ")", "and", "F4", "/", "80", "for", "microglia", "(", "G", ")", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", ".", "DAPI", "stains", "cell", "nuclei", ".", "Graphs", "to", "the", "left", "show", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "Purkinje", "cells", "(", "shown", "by", "white", "arrows", ",", "E", ")", ",", "astrocytes", "(", "F", ")", "and", "microglia", "(", "G", ")", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "values", "obtained", "in", "WT", "mice", ".", "Graphs", "to", "the", "right", "show", "the", "Mander", "'", "s", "coefficient", "that", "indicates", "degree", "of", "co", "-", "localization", "between", "CB1", "and", "the", "cellular", "markers", "for", "Purkinje", "cells", "(", "E", ")", ",", "astrocytes", "(", "F", ")", "and", "microglia", "(", "G", ")", "(", "E", ":", "*", "*", "PFluorecence", "intensity", "=", "0", ".", "0082", ",", "*", "PMander", "'", "s", "Coefficient", "=", "0", ".", "0158", ";", "F", ":", "*", "PMander", "'", "s", "Coefficient", "=", "0", ".", "0115", ")", ";", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and the following cellular markers: Calbindin for Purkinje cells (E), GFAP for astrocytes (F) and F4/80 for microglia (G) in the cerebellum of WT and ASM-KO mice. DAPI stains cell nuclei. Graphs to the left show mean ± SEM intensity associated to CB1 in the Purkinje cells (shown by white arrows, E), astrocytes (F) and microglia (G) expressed as percentage of the values obtained in WT mice. Graphs to the right show the Mander's coefficient that indicates degree of co-localization between CB1 and the cellular markers for Purkinje cells (E), astrocytes (F) and microglia (G) (E: **PFluorecence intensity = 0.0082, *PMander's Coefficient = 0.0158; F: *PMander's Coefficient = 0.0115); n = 5 mice per group, Student's t-test). Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["H", ".", "Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "the", "Purkinje", "cell", "marker", "calbindin", "in", "the", "cerebellum", "of", "age", "-", "matched", "control", "and", "ASMD", "-", "affected", "children", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "Purkinje", "cells", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "values", "obtained", "in", "the", "control", "child", "(", "16", "and", "15", "replicates", "in", "control", "and", "ASMD", ",", "respectively", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Immunofluorescence images against CB1 and the Purkinje cell marker calbindin in the cerebellum of age-matched control and ASMD-affected children. Graph shows mean ± SEM intensity associated to CB1 in the Purkinje cells expressed as percentage of the values obtained in the control child (16 and 15 replicates in control and ASMD, respectively). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB1", "mRNA", "levels", "in", "cultured", "hippocampal", "neurons", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "5", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB1 mRNA levels in cultured hippocampal neurons from WT and ASM-KO mice (****P < 0.0001, n = 5 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", ".", "Images", "belong", "to", "the", "same", "blot", "but", "to", "non", "-", "consecutive", "lanes", "as", "indicated", "by", "the", "boxes", ".", "Graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "*", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0009", ",", "n", "=", "5", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control). Images belong to the same blot but to non-consecutive lanes as indicated by the boxes. Graph showing mean ± SEM CB1 protein levels in cultured neurons from WT and ASM-KO mice (***P= 0.0009, n = 5 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "the", "lysosomal", "marker", "Lamp1", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", ".", "TOPRO", "stains", "cell", "nuclei", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "neuronal", "processes", "expressed", "in", "arbitrary", "units", "(", "left", ")", "or", "the", "Mander", "´", "s", "coefficient", "for", "the", "colocalization", "of", "CB1", "with", "Lamp1", "(", "right", ")", "(", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", ">", "30", "neurons", "per", "culture", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and the lysosomal marker Lamp1 in cultured neurons from WT and ASM-KO mice. TOPRO stains cell nuclei. Graphs show mean ± SEM intensity associated to CB1 in the neuronal processes expressed in arbitrary units (left) or the Mander´s coefficient for the colocalization of CB1 with Lamp1 (right) (****P < 0.0001, n = 3 independent cultures, > 30 neurons per culture, Student's t-test). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "the", "lysosomal", "marker", "Lamp1", "in", "Purkinje", "cells", "of", "the", "cerebellum", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "Mander", "´", "s", "coefficient", "indicative", "of", "the", "degree", "of", "colocalization", "of", "CB1", "and", "Lamp1", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0213", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and the lysosomal marker Lamp1 in Purkinje cells of the cerebellum from WT and ASM-KO mice. Graph shows mean ± SEM Mander´s coefficient indicative of the degree of colocalization of CB1 and Lamp1 (*P= 0.0213, n = 4 mice per group, Student's t-test). Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "WT", "values", ",", "in", "extracts", "containing", "the", "same", "amount", "of", "protein", "of", "cultured", "neurons", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "(", "E", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Graphs show mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of WT values, in extracts containing the same amount of protein of cultured neurons from WT and ASM-KO mice (E)"}
{"words": ["Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "WT", "values", ",", "in", "extracts", "containing", "the", "same", "amount", "of", "protein", "of", "cultured", "neurons", "from", "WT", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "40μΜ", "SM", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Graphs show mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of WT values, in extracts containing the same amount of protein of cultured neurons from WT mice incubated or not with 40μΜ SM (F)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB1", "mRNA", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "40μM", "SM", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0021", ",", "n", "=", "5", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB1 mRNA levels in cultured neurons from WT mice incubated or not with 40μM SM (**P = 0.0021, n = 5 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "40μΜ", "SM", "(", "n", "=", "2", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM CB1 protein levels in cultured neurons from WT mice incubated or not with 40μΜ SM (n = 2 independent cultures, Student's t-test)"}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "Lamp1", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "40", "μΜ", "SM", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "neuronal", "processes", "expressed", "in", "arbitrary", "units", "(", "left", ")", "or", "the", "Mander", "´", "s", "coefficient", "for", "the", "colocalization", "of", "CB1", "with", "Lamp1", "(", "right", ")", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", ">", "30", "neurons", "per", "culture", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and Lamp1 in cultured neurons from WT mice incubated or not with 40 μΜ SM. Graphs show mean ± SEM intensity associated to CB1 in the neuronal processes expressed in arbitrary units (left) or the Mander´s coefficient for the colocalization of CB1 with Lamp1 (right) (***P <0.0001, n = 3 independent cultures, > 30 neurons per culture, Student's t-test). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "WT", "mice", "treated", "with", "vehicle", "(", "veh", ")", ",", "with", "40μM", "SM", "(", "SM", ")", ",", "with", "0", ",", "1μM", "Bafilomycin", "(", "BafA1", ")", "or", "with", "40μM", "SM", "and", "0", ",", "1μM", "Bafilomyecin", "(", "SM", "+", "BafA1", ")", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "CB1", "levels", "normalized", "to", "GAPDH", "in", "arbitrary", "units", "(", "n", "=", "2", "independent", "cultures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM CB1 protein levels in cultured neurons from WT mice treated with vehicle (veh), with 40μM SM (SM), with 0,1μM Bafilomycin (BafA1) or with 40μM SM and 0,1μM Bafilomyecin (SM+BafA1). Graph shows mean ± SEM CB1 levels normalized to GAPDH in arbitrary units (n = 2 independent cultures, one - way ANOVA)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "exogenous", "SMase", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0157", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels in cultured neurons from ASM-KO mice incubated or not with exogenous SMase (*P = 0.0157, n = 3 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB1", "mRNA", "levels", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "exogenous", "SMase", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0015", ",", "n", "=", "5", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB1 mRNA levels in cultured neurons from ASM-KO mice incubated or not with exogenous SMase (**P= 0.0015, n = 5 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", ".", "Images", "belong", "to", "the", "same", "blot", "but", "to", "non", "-", "consecutive", "lanes", "as", "indicated", "by", "the", "boxes", ".", "Graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "normalized", "to", "GAPDH", "in", "extracts", "from", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "exogenous", "SMase", "(", "n", "=", "5", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control). Images belong to the same blot but to non-consecutive lanes as indicated by the boxes. Graph showing mean ± SEM CB1 protein levels normalized to GAPDH in extracts from cultured neurons from ASM-KO mice incubated or not with exogenous SMase (n = 5 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "the", "lysosomal", "marker", "Lamp1", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "incubated", "or", "not", "with", "exogenous", "SMase", ".", "DAPI", "stains", "cell", "nuclei", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "Mander", "´", "s", "coefficient", "for", "the", "colocalization", "of", "CB1", "with", "Lamp1", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0189", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", ">", "30", "neurons", "per", "culture", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and the lysosomal marker Lamp1 in cultured neurons from ASM-KO mice incubated or not with exogenous SMase. DAPI stains cell nuclei. Graph shows mean ± SEM Mander´s coefficient for the colocalization of CB1 with Lamp1 (*P = 0.0189, n = 3 independent cultures, > 30 neurons per culture, Student's t-test). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "AEA", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured neurons from ASM-KO mice treated with vehicle or with the indicated concentrations of AEA (***P<0.0001, n = 3 independent cultures, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", ",", "the", "inhibitor", "of", "NSM", "GW", ",", "AEA", "or", "the", "combination", "of", "GW", "and", "AEA", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured neurons from ASM-KO mice treated with vehicle, the inhibitor of NSM GW, AEA or the combination of GW and AEA (***P <0.0001, n = 3 independent cultures, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "NSM", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "NSM", "protein", "levels", "in", "extracts", "from", "cultured", "neurons", "treated", "with", "vehicle", "or", "with", "50μM", "AEA", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "0230", ",", "n", "=", "6", "independent", "cultures", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against NSM and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM NSM protein levels in extracts from cultured neurons treated with vehicle or with 50μM AEA (*P = 0.0230, n = 6 independent cultures, Student's t-test)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", ",", "or", "with", "JNJ", ",", "PF", "or", "URB", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "AEA", "(", "*", "*", "PJNJ", "=", "0", ".", "0013", ",", "*", "PPF", "=", "0", ".", "0143", ",", "*", "*", "*", "PURB", "=", "0", ".", "0002", ",", "*", "*", "PJNJ", "+", "AEA", "=", "0", ".", "0069", ",", "*", "*", "PPF", "+", "AEA", "=", "0", ".", "0077", ",", "*", "*", "*", "PURB", "+", "AEA", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured neurons from ASM-KO mice treated with vehicle, or with JNJ, PF or URB in the presence or absence of AEA (**PJNJ = 0.0013, *PPF = 0.0143, ***PURB = 0.0002, **PJNJ+AEA = 0.0069, **PPF+AEA = 0.0077, ***PURB+AEA <0.0001, n = 3 independent cultures, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", ",", "with", "PF", "or", "with", "SR141716", "+", "PF", "(", "*", "PPF", "=", "0", ".", "0109", ",", "*", "PSR", "+", "PF", "=", "0", ".", "0343", ",", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured neurons from ASM-KO mice treated with vehicle, with PF or with SR141716 + PF (*PPF = 0.0109, *PSR+PF = 0.0343, n = 3 independent cultures, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Immunofluorescences", "against", "the", "dendritic", "marker", "MAP2", "of", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", ",", "AEA", ",", "JNJ", ",", "PF", "or", "URB", ".", "Scale", "bar", ",", "50", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescences against the dendritic marker MAP2 of cultured neurons from ASM-KO mice treated with vehicle, AEA, JNJ, PF or URB. Scale bar, 50 μm."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "number", "of", "apoptotic", "cells", "measured", "by", "TUNEL", "assays", "in", "cultured", "neurons", "from", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "H2O2", "(", "as", "positive", "control", ")", ",", "vehicle", ",", "AEA", ",", "JNJ", ",", "PF", "or", "URB", "(", "n", "=", "3", "independent", "cultures", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM number of apoptotic cells measured by TUNEL assays in cultured neurons from ASM-KO mice treated with H2O2 (as positive control), vehicle, AEA, JNJ, PF or URB (n = 3 independent cultures)."}
{"words": ["Weekly", "mean", "±", "SEM", "body", "weight", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "or", "not", "with", "PF", "(", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "7", "mice", "per", "group", ",", "statistics", "reflect", "the", "significant", "difference", "between", "the", "slope", "of", "the", "data", "in", "the", "PF", "-", "treated", "ASM", "-", "KO", "with", "respect", "to", "the", "other", "three", "groups", ",", "Linear", "Regression", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Weekly mean ± SEM body weight of WT and ASM-KO mice treated or not with PF (***P <0.0001, n = 7 mice per group, statistics reflect the significant difference between the slope of the data in the PF-treated ASM-KO with respect to the other three groups, Linear Regression test)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "time", "spent", "on", "the", "rod", "in", "the", "4", "trials", "of", "the", "rotarod", "test", "by", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "PT3", "=", "0", ".", "0488", ",", "*", "PT4", "=", "0", ".", "361", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM time spent on the rod in the 4 trials of the rotarod test by WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (*PT3 = 0.0488, *PT4 = 0.361, n = 4 mice per group, two - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "time", "spent", "in", "the", "new", "arm", "of", "the", "Y", "maze", "test", "by", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0024", ",", "*", "*", "PWT", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0016", ",", "*", "PKO", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0391", ",", "n", "=", "9", "mice", "per", "group", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM time spent in the new arm of the Y maze test by WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (**PWTVeh Vs KO Veh = 0.0024, **PWT PF Vs KO Veh = 0.0016, *PKO PF Vs KO Veh = 0.0391, n = 9 mice per group, two - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "time", "of", "immobility", "in", "the", "Tail", "suspension", "test", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0198", ",", "*", "*", "PWT", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0067", ",", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM time of immobility in the Tail suspension test of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (*PWTVeh Vs KO Veh = 0.0198, **PWT PF Vs KO Veh = 0.0067, n = 6 mice per group, two - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "time", "spent", "in", "the", "open", "arms", "of", "the", "Elevated", "Plus", "Maze", "by", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0342", ",", "n", "=", "7", "mice", "per", "group", ",", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM time spent in the open arms of the Elevated Plus Maze by WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (*PWTVeh Vs KO Veh = 0.0342, n = 7 mice per group, two - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Percentage", "of", "survival", "with", "respect", "to", "weeks", "of", "age", "in", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "PF", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0031", ",", "n", "=", "5", "mice", "in", "WT", "vehicle", ",", "WT", "PF", "treated", "and", "KO", "vehicle", ",", "6", "mice", "in", "KO", "PF", "treated", ",", "Mantel", "-", "Cox", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Percentage of survival with respect to weeks of age in WT and ASM-KO mice treated with vehicle or PF (**P = 0.0031, n = 5 mice in WT vehicle, WT PF treated and KO vehicle, 6 mice in KO PF treated, Mantel-Cox)"}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "AEA", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "*", "PWT", "Veh", "vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0063", ";", "*", "*", "*", "*", "PWT", "Veh", "vs", "KO", "PF", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", "*", "PWT", "PF", "vs", "KO", "PF", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", "*", "PKO", "Veh", "vs", "KO", "PF", "<", "0", ".", "0001", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM AEA levels in cerebellar extracts from WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (**PWT Veh vs KO Veh = 0.0063; ****PWT Veh vs KO PF < 0.0001; ****PWT PF vs KO PF < 0.0001; ****PKO Veh vs KO PF < 0.0001, n = 4 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cerebellar", "extracts", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "PKO", "Veh", "Vs", "KO", "PF", "=", "0", ".", "0465", ")", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cerebellar extracts from WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (***PWTVeh Vs KO Veh <0.0001, *PKO Veh Vs KO PF = 0.0465), n = 4 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "NSM", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "NSM", "protein", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against NSM and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM NSM protein levels in cerebellar extracts from WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (n = 3 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "CB1", "mRNA", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", "(", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0026", ",", "*", "PKO", "Veh", "Vs", "KO", "PF", "=", "0", ".", "0345", ")", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM CB1 mRNA levels in cerebellar extracts from WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment (**PWTVeh Vs KO Veh = 0.0026, *PKO Veh Vs KO PF = 0.0345), n = 4 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "against", "CB1", "in", "Purkinje", "cells", "of", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "values", "in", "vehicle", "-", "treated", "mice", "(", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", ">", "20", "Purkinje", "cells", "per"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence against CB1 in Purkinje cells of the cerebellum of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment. Graph shows mean ± SEM intensity associated to CB1, expressed as percentage of values in vehicle-treated mice (n = 4 mice per group, > 20 Purkinje cells per mouse"}
{"words": ["Immunofluorescence", "against", "CB1", "and", "Lamp1", "in", "the", "Purkinje", "cell", "layer", "of", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", ".", "Graphs", "show", "Mander", "´", "s", "coefficient", "for", "the", "colocalization", "of", "CB1", "with", "Lamp1", "(", "left", ")", "and", "mean", "±", "SEM", "lysosomal", "size", "(", "right", ")", "(", "*", "*", "*", "PWT", "Veh", "vs", ".", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0002", ";", "*", "*", "PKO", "Veh", "vs", ".", "KO", "PF", "=", "0", ".", "0052", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", ">", "20", "lysosomes", "per", "mouse", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence against CB1 and Lamp1 in the Purkinje cell layer of the cerebellum of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment. Graphs show Mander´s coefficient for the colocalization of CB1 with Lamp1 (left) and mean ± SEM lysosomal size (right) (***PWT Veh vs. KO Veh = 0.0002; **PKO Veh vs. KO PF = 0.0052, n = 4 mice per group, >20 lysosomes per mouse, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "against", "the", "Purkinje", "cell", "marker", "Calbindin", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "number", "of", "calbindin", "positive", "cells", "per", "area", "(", "*", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "PKO", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "00642", ")", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "Immunofluorescence", "against", "the", "astrocytic", "marker", "GFAP", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "GFAP", "in", "arbitrary", "units", "(", "*", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "PKO", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0083", ")", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Immunofluorescence", "against", "the", "microglia", "marker", "Iba1", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "after", "two", "months", "of", "vehicle", "or", "PF", "treatment", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "number", "(", "left", ")", "and", "area", "(", "right", ")", "of", "Iba1", "-", "positive", "cells", "(", "Left", "*", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ",", "*", "*", "PKO", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "0034", ";", "Right", "*", "*", "*", "PWTVeh", "Vs", "KO", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ",", "PKO", "PF", "Vs", "KO", "Veh", "=", "0", ".", "00123", ")", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "group", ",", ">", "20", "cells", "analyzed", "per", "mouse", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence against the Purkinje cell marker Calbindin in the cerebellum of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment. Graph shows mean ± SEM number of calbindin positive cells per area (***PWTVeh Vs KO Veh <0.0001, **PKO PF Vs KO Veh = 0.00642), n = 4 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 100 μm. Immunofluorescence against the astrocytic marker GFAP in the cerebellum of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment. Graph shows mean ± SEM intensity associated to GFAP in arbitrary units (***PWTVeh Vs KO Veh < 0.0001, **PKO PF Vs KO Veh = 0.0083), n = 4 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 10 μm. Immunofluorescence against the microglia marker Iba1 in the cerebellum of WT and ASM-KO mice after two months of vehicle or PF treatment. Graph shows mean ± SEM number (left) and area (right) of Iba1-positive cells (Left ***PWTVeh Vs KO Veh < 0.0001, **PKO PF Vs KO Veh = 0.0034; Right ***PWTVeh Vs KO Veh < 0.0001, PKO PF Vs KO Veh = 0.00123), n = 4 mice per group, > 20 cells analyzed per mouse, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["H", "&", "E", "staining", "of", "cerebellum", ",", "hippocampus", ",", "cortex", "and", "liver", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "48", "hours", "after", "one", "single", "administration", "of", "vehicle", "or", "the", "indicated", "doses", "of", "PF", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H&E staining of cerebellum, hippocampus, cortex and liver from WT and ASM-KO mice 48 hours after one single administration of vehicle or the indicated doses of PF. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["Mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cerebellar", ",", "hippocampal", ",", "cortical", "and", "liver", "extracts", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "48", "hours", "after", "one", "single", "administration", "of", "vehicle", "or", "the", "indicated", "doses", "of", "PF", ".", "(", "*", "PKOVeh", "Vs", "KO", "5", "=", "0", ".", "0304", ",", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cerebellar, hippocampal, cortical and liver extracts from WT and ASM-KO mice 48 hours after one single administration of vehicle or the indicated doses of PF. (*PKOVeh Vs KO 5 = 0.0304, n = 3 mice per group, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc)"}
{"words": ["Immunofluorescences", "against", "the", "microglia", "marker", "Iba1", "in", "the", "cerebellum", ",", "hippocampus", ",", "cortex", "or", "against", "the", "macrophage", "marker", "F4", "/", "80", "in", "the", "liver", "from", "WT", "and", "ASM", "-", "KO", "mice", "48", "hours", "after", "one", "single", "administration", "of", "vehicle", "or", "the", "indicated", "doses", "of", "PF", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "number", "of", "microglia", "per", "area", "unit", "in", "cerebellum", ",", "hippocampus", "and", "cortex", "or", "mean", "±", "SEM", "area", "of", "macrophages", "in", "the", "liver", "(", "Hippocampus", "*", "*", "PKOVeh", "Vs", "KO", "5", "=", "0", ".", "0015", ",", "Cortex", "*", "PKOVeh", "Vs", "KO", "5", "=", "0", ".", "0364", ",", "Liver", "*", "PKOVeh", "Vs", "KO", "5", "=", "0", ".", "0152", ",", "n", "=", "6", "mice", "per", "group", ",", ">", "20", "cells", "analyzed", "per", "mouse", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescences against the microglia marker Iba1 in the cerebellum, hippocampus, cortex or against the macrophage marker F4/80 in the liver from WT and ASM-KO mice 48 hours after one single administration of vehicle or the indicated doses of PF. Graphs show mean ± SEM number of microglia per area unit in cerebellum, hippocampus and cortex or mean ± SEM area of macrophages in the liver (Hippocampus **PKOVeh Vs KO 5 = 0.0015, Cortex *PKOVeh Vs KO 5 = 0.0364, Liver *PKOVeh Vs KO 5 = 0.0152, n = 6 mice per group, > 20 cells analyzed per mouse, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Western", "blot", "against", "CB1", "and", "GAPDH", "(", "used", "as", "loading", "control", ")", "and", "graph", "showing", "mean", "±", "SEM", "CB1", "protein", "levels", "in", "cerebellar", "extracts", "from", "WT", "and", "Npc1nmf164", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot against CB1 and GAPDH (used as loading control) and graph showing mean ± SEM CB1 protein levels in cerebellar extracts from WT and Npc1nmf164 mice (n = 6)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "and", "Calbindin", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "Npc1nmf164", "mice", ".", "DAPI", "stains", "cell", "nuclei", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "Purkinje", "cells", "(", "indicated", "by", "arrows", ")", "expressed", "in", "arbitrary", "units", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0085", ",", "n", "=", "5", "mice", "per", "group", ",", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 and Calbindin in the cerebellum of WT and Npc1nmf164 mice. DAPI stains cell nuclei. Graphs show mean ± SEM intensity associated to CB1 in the Purkinje cells (indicated by arrows) expressed in arbitrary units (**P= 0.0085, n = 5 mice per group, Student's t-test). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "CB1", "in", "Purkinje", "cells", "of", "the", "cerebelllum", "of", "age", "-", "matched", "control", "and", "NPC", "affected", "children", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "intensity", "associated", "to", "CB1", "in", "the", "Purkinje", "cells", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "control", "values", "(", "16", "and", "57", "cells", "in", "control", "and", "NPC", ",", "respectively", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against CB1 in Purkinje cells of the cerebelllum of age-matched control and NPC affected children. Graph shows mean ± SEM intensity associated to CB1 in the Purkinje cells expressed as percentage of the control values (16 and 57 cells in control and NPC, respectively). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "SM", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "fibroblasts", "from", "a", "NPC", "patient", "treated", "with", "vehicle", "or", "with", "PF", "at", "50μM", "or", "100μM", "(", "n", "=", "2", "different", "cultures", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Graph shows mean ± SEM SM levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured fibroblasts from a NPC patient treated with vehicle or with PF at 50μM or 100μM (n= 2 different cultures)"}
{"words": ["Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "cholesterol", "levels", ",", "expressed", "as", "percentage", "of", "vehicle", "values", ",", "in", "cultured", "fibroblasts", "from", "a", "NPC", "patient", "treated", "with", "vehicle", "or", "with", "PF", "at", "50μM", "or", "100μM", "(", "n", "=", "2", "different", "cultures", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Graph shows mean ± SEM cholesterol levels, expressed as percentage of vehicle values, in cultured fibroblasts from a NPC patient treated with vehicle or with PF at 50μM or 100μM (n=2 different cultures)"}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "of", "CB1", "and", "Lamp1", "in", "cultured", "fibroblasts", "from", "control", "subject", "and", "NPC", "patient", "treated", "with", "vehicle", "or", "with", "PF", "at", "100μM", ".", "Graph", "shows", "mean", "±", "SEM", "Mander", "´", "s", "coefficient", "for", "the", "colocalization", "of", "CB1", "with", "Lamp1", "(", "n", "=", "2", "different", "cultures", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images of CB1 and Lamp1 in cultured fibroblasts from control subject and NPC patient treated with vehicle or with PF at 100μM. Graph shows mean ± SEM Mander´s coefficient for the colocalization of CB1 with Lamp1 (n= 2 different cultures). Scale bar, 5 μm."}
{"words": ["Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "SM", "and", "cholesterol", "levels", "expressed", "as", "percentage", "of", "the", "values", "obtained", "in", "the", "vehicle", "treated", "mice", "in", "the", "cerebellum", "of", "Npc1nmf164", "after", "48", "hours", "of", "a", "single", "dose", "of", "5mg", "/", "kg", "PF", "(", "n", "=", "3", "mice", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Graphs show mean ± SEM SM and cholesterol levels expressed as percentage of the values obtained in the vehicle treated mice in the cerebellum of Npc1nmf164 after 48 hours of a single dose of 5mg/kg PF (n=3 mice)"}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "against", "the", "microglia", "marker", "F4", "/", "80", "in", "the", "cerebellum", "of", "WT", "and", "Npc1nmf164", "after", "48", "hours", "of", "a", "single", "dose", "of", "5mg", "/", "kg", "PF", ".", "Graphs", "show", "mean", "±", "SEM", "number", "(", "upper", ")", "and", "area", "(", "lower", ")", "of", "F4", "/", "80", "positive", "cells", "(", "upper", "graph", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "lower", "graph", "*", "*", "*", "PWT", "Veh", "vs", "NPC", "Veh", "=", "0", ".", "0008", ";", "*", "PWT", "Veh", "vs", ".", "NPC", "PF", "=", "0", ".", "0286", ";", "*", "*", "*", "*", "PWT", "PF", "vs", ".", "NPC", "Veh", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "PWT", "PF", "vs", ".", "NPC", "PF", "=", "0", ".", "0022", ",", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", ">", "20", "cells", "analyzed", "per", "mouse", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "post", "hoc", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images against the microglia marker F4/80 in the cerebellum of WT and Npc1nmf164 after 48 hours of a single dose of 5mg/kg PF. Graphs show mean ± SEM number (upper) and area (lower) of F4/80 positive cells (upper graph ****P< 0.0001; lower graph ***PWT Veh vs NPC Veh = 0.0008; *PWT Veh vs. NPC PF = 0.0286; ****PWT PF vs. NPC Veh < 0.0001; **PWT PF vs. NPC PF = 0.0022, n = 3 mice per group, > 20 cells analyzed per mouse, one - way ANOVA, Bonferroni post hoc). Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["A", "Representative", "images", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "cortical", "sections", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "embryos", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "with", "plasmids", "encoding", "EGFP", ",", "EGFP", "+", "Cre", "(", "Cre", ")", "or", "EGFP", "+", "Cre", "+", "KCC2FL", "(", "Cre", "+", "KCC2FL", ")", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "UCP", ",", "upper", "cortical", "plate", ";", "LCP", ",", "lower", "cortical", "plate", ";", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "µm", ".", "B", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "EGFP", "+", "neurons", "/", "ROI", "from", "embryos", "electroporated", "with", "constructs", "in", "(", "A", ")", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "EGFP", ")", "=", "8", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", ")", "=", "8", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2FL", ")", "=", "13", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative images of E18.5 coronal cortical sections from Kcc2lox/lox embryos electroporated in utero at E14.5 with plasmids encoding EGFP, EGFP+Cre (Cre) or EGFP+Cre+KCC2FL (Cre+KCC2FL). DAPI staining (blue) marks cell nuclei. UCP, upper cortical plate; LCP, lower cortical plate; Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar: 50 µm. B Quantification of the number of EGFP+ neurons/ROI from embryos electroporated with constructs in (A). Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, **P < 0.01. Data are presented as mean ± S.E.M., n (EGFP) = 8 embryos; n (Cre) = 8 embryos; n (Cre+KCC2FL) = 13 embryos. "}
{"words": ["C", "Representative", "image", "of", "cleaved", "Caspase", "3", "(", "Cas", "-", "3", ",", "upper", "panel", ")", "and", "TUNEL", "(", "lower", "panel", ")", "staining", "in", "coronal", "sections", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "cortex", "at", "E16", ".", "5", "electroporated", "with", "EGFP", "or", "EGFP", "+", "Cre", "are", "shown", ".", "Arrowheads", "point", "to", "neurons", "expressing", "Cas", "-", "3", "(", "upper", "panel", ")", "and", "TUNEL", "(", "lower", "panel", ")", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "CP", ",", "cortical", "plate", ";", "VZ", ",", "ventricular", "zone", ";", "SVZ", ",", "subventricular", "zone", ";", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Large", "scale", "bar", ":", "50", "µm", ",", "small", "scale", "bar", ":", "20", "µm", ".", "D", "Quantification", "of", "the", "percentage", "of", "EGFP", "+", "neurons", "expressing", "apoptotic", "markers", "at", "E16", ".", "5", "from", "embryos", "electroporated", "with", "EGFP", "±", "Cre", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "(", "Cas", "-", "3", ")", ";", "and", "two", "-", "tailed", "t", "test", "(", "TUNEL", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "-", "Cre", ")", "=", "6", "embryos", ";", "n", "(", "+", "Cre", ")", "=", "6", "embryos", ".", "E", "The", "number", "of", "EGFP", "+", "Cre", "neurons", "as", "a", "percentage", "of", "neurons", "expressing", "EGFP", "alone", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "a", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "=", "6", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative image of cleaved Caspase 3 (Cas-3, upper panel) and TUNEL (lower panel) staining in coronal sections from Kcc2lox/lox cortex at E16.5 electroporated with EGFP or EGFP+Cre are shown. Arrowheads point to neurons expressing Cas-3 (upper panel) and TUNEL (lower panel). DAPI staining (blue) marks cell nuclei. CP, cortical plate; VZ, ventricular zone; SVZ, subventricular zone; Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Large scale bar: 50 µm, small scale bar: 20 µm. D Quantification of the percentage of EGFP+ neurons expressing apoptotic markers at E16.5 from embryos electroporated with EGFP ± Cre. Statistical significance was determined using Mann-Whitney U test (Cas-3); and two-tailed t test (TUNEL), ***P < 0.001. Data are presented as mean ± S.E.M., n (-Cre) = 6 embryos; n (+Cre) = 6 embryos. E The number of EGFP+Cre neurons as a percentage of neurons expressing EGFP alone. Statistical significance was determined using a two-tailed Student's t test. Data are presented as mean ± S.E.M., n = 6 embryos. "}
{"words": ["A", "Top", ":", "Representative", "images", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "cortical", "brain", "sections", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "embryos", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "together", "with", "plasmid", "constructs", "encoding", "Cre", ",", "a", "fluorescent", "marker", "(", "EGFP", "or", "mRFP", ",", "both", "pseudo", "-", "colored", "in", "green", ")", "and", "one", "of", "the", "following", "constructs", ":", "KCC2ΔNTD", ",", "KCC2CTD", ",", "KCC2R952H", ",", "or", "cofilinS3A", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "UCP", ",", "upper", "cortical", "plate", ";", "LCP", ",", "lower", "cortical", "plate", ";", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "µm", ".", "Bottom", ":", "schematic", "representation", "of", "the", "KCC2", "constructs", ".", "B", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "transfected", "neurons", "/", "ROI", "from", "embryos", "electroporated", "with", "constructs", "in", "(", "A", ")", ".", "The", "mean", "number", "of", "transfected", "neurons", "from", "embryos", "electroporated", "with", "Cre", "+", "KCC2FL", "taken", "from", "Fig", "1B", "shown", "as", "dotted", "line", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "to", "Cre", "+", "KCC2FL", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "KCC2ΔNTD", ")", "=", "7", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2CTD", ")", "=", "9", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2R952H", ")", "=", "9", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "cofilinS3A", ")", "=", "8", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Top: Representative images of E18.5 coronal cortical brain sections from Kcc2lox/lox embryos electroporated in utero at E14.5 together with plasmid constructs encoding Cre, a fluorescent marker (EGFP or mRFP, both pseudo-colored in green) and one of the following constructs: KCC2ΔNTD, KCC2CTD, KCC2R952H, or cofilinS3A. DAPI staining (blue) marks cell nuclei. UCP, upper cortical plate; LCP, lower cortical plate; Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar: 50 µm. Bottom: schematic representation of the KCC2 constructs. B Quantification of the number of transfected neurons/ROI from embryos electroporated with constructs in (A). The mean number of transfected neurons from embryos electroporated with Cre+KCC2FL taken from Fig 1B shown as dotted line. Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, **P < 0.01 to Cre+KCC2FL. Data are presented as mean ± S.E.M., n (KCC2ΔNTD) = 7 embryos; n (Cre+KCC2CTD) = 9 embryos; n (Cre+KCC2R952H) = 9 embryos; n (Cre+cofilinS3A) = 8 embryos. "}
{"words": ["A", "Representative", "image", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "cortical", "sections", "stained", "for", "layer", "V", "marker", "Ctip2", "(", "red", ")", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "embryos", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "with", "plasmid", "constructs", "encoding", "EGFP", "or", "EGFP", "+", "Cre", "(", "Cre", ")", ".", "Upper", "boundary", "of", "layer", "V", "indicted", "with", "dotted", "line", ".", "EGFP", "signal", "is", "shown", "as", "green", "pseudocolor", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "B", "Number", "of", "EGFP", "+", "Cre", "neurons", "migrating", "above", "(", "II", "-", "IV", ")", "and", "below", "(", "V", "-", "VI", "/", "IZ", "-", "SVZ", ")", "the", "upper", "border", "of", "layer", "V", "normalized", "to", "respective", "data", "from", "embryos", "electroporated", "with", "EGFP", "alone", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "to", "EGFP", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "EGFP", "+", "Cre", ")", "=", "8", "embryos", ";", "n", "(", "EGFP", ")", "=", "8", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative image of E18.5 coronal cortical sections stained for layer V marker Ctip2 (red) from Kcc2lox/lox embryos electroporated in utero at E14.5 with plasmid constructs encoding EGFP or EGFP+Cre (Cre). Upper boundary of layer V indicted with dotted line. EGFP signal is shown as green pseudocolor. DAPI staining (blue) marks cell nuclei. Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar = 50 µm. B Number of EGFP+Cre neurons migrating above (II-IV) and below (V-VI/IZ-SVZ) the upper border of layer V normalized to respective data from embryos electroporated with EGFP alone. Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, ***P < 0.001 to EGFP. Data are presented as mean ± S.E.M., n (EGFP +Cre) = 8 embryos; n (EGFP) = 8 embryos."}
{"words": ["C", "Representative", "image", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "brain", "sections", "stained", "for", "layer", "V", "marker", "Ctip2", "(", "red", ")", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "embryos", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "with", "plasmid", "constructs", "encoding", "mRFP", "or", "mRFP", "+", "Cre", "(", "Cre", ")", ".", "Upper", "boundary", "of", "layer", "V", "indicted", "with", "dotted", "line", ".", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "mRFP", "signal", "is", "shown", "as", "green", "pseudocolor", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "D", "Number", "of", "mRFP", "+", "Cre", "neurons", "migrating", "above", "(", "II", "-", "IV", ")", "and", "below", "(", "V", "-", "VI", "/", "IZ", "-", "SVZ", ")", "the", "upper", "border", "of", "layer", "V", "normalized", "to", "respective", "data", "from", "embryos", "electroporated", "with", "mRFP", "alone", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "to", "mRFP", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "mRFP", "+", "Cre", ")", "=", "5", "embryos", ";", "n", "(", "mRFP", ")", "=", "5", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative image of E18.5 coronal brain sections stained for layer V marker Ctip2 (red) from Kcc2lox/lox embryos electroporated in utero at E14.5 with plasmid constructs encoding mRFP or mRFP+Cre (Cre). Upper boundary of layer V indicted with dotted line. Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar = 50 µm. mRFP signal is shown as green pseudocolor. DAPI staining (blue) marks cell nuclei. D Number of mRFP+Cre neurons migrating above (II-IV) and below (V-VI/IZ-SVZ) the upper border of layer V normalized to respective data from embryos electroporated with mRFP alone. Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, ***P < 0.001 to mRFP. Data are presented as mean ± S.E.M., n (mRFP+Cre) = 5 embryos; n (mRFP) = 5 embryos. "}
{"words": ["E", "Representative", "image", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "cortical", "sections", "stained", "for", "layer", "V", "marker", "Ctip2", "(", "red", ")", "from", "Kcc2lox", "/", "lox", "embryos", "co", "-", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "with", "plasmids", "encoding", "a", "fluorescent", "marker", "(", "green", ")", "together", "and", "Cre", "+", "KCC2FL", ",", "Cre", "+", "KCC2CTD", ",", "or", "Cre", "+", "KCC2R952H", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "Upper", "boundary", "of", "layer", "V", "indicted", "with", "dotted", "line", ".", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "F", "Number", "of", "transfected", "neurons", "migrating", "above", "(", "II", "-", "IV", ",", "left", ")", "and", "below", "(", "V", "-", "VI", "/", "IZ", "-", "SVZ", ",", "right", ")", "the", "upper", "border", "of", "layer", "V", "in", "embryos", "electroporated", "with", "constructs", "in", "(", "E", ")", "normalized", "to", "respective", "data", "from", "embryos", "electroporated", "with", "Cre", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "to", "Cre", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2FL", ")", "=", "13", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2CTD", ")", "=", "9", "embryos", ";", "n", "(", "Cre", "+", "KCC2R952H", ")", "=", "9", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Representative image of E18.5 coronal cortical sections stained for layer V marker Ctip2 (red) from Kcc2lox/lox embryos co-electroporated in utero at E14.5 with plasmids encoding a fluorescent marker (green) together and Cre+KCC2FL, Cre+KCC2CTD, or Cre+KCC2R952H. DAPI staining (blue) marks cell nuclei. Upper boundary of layer V indicted with dotted line. Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar = 50 µm. F Number of transfected neurons migrating above (II-IV, left) and below (V-VI/IZ-SVZ, right) the upper border of layer V in embryos electroporated with constructs in (E) normalized to respective data from embryos electroporated with Cre. Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001 to Cre. Data are presented as mean ± S.E.M., n (Cre+KCC2FL) = 13 embryos; n (Cre+KCC2CTD) = 9 embryos; n (Cre+KCC2R952H) = 9 embryos. "}
{"words": ["A", ",", "B", ",", "C", "The", "layer", "thickness", "and", "neuronal", "number", "within", "each", "layer", "was", "assessed", "using", "layer", "-", "specific", "markers", "in", "Kcc2", "-", "/", "-", "and", "Kcc2", "+", "/", "+", "embryos", "at", "E18", ".", "5", ".", "Cux1", "was", "used", "to", "label", "layers", "II", "-", "IV", "(", "A", ")", ",", "Ctip2", "to", "label", "layer", "V", "(", "B", ")", ",", "and", "Tbr1", "to", "label", "layer", "VI", "(", "C", ")", ".", "Dashed", "white", "lines", "in", "the", "representative", "images", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "indicate", "upper", "and", "lower", "layer", "boundaries", ".", "Sp", ",", "subplate", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Dunn", "'", "s", "post", "hoc", "(", "neuronal", "numbers", ")", "and", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "(", "layer", "thickness", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "=", "11", "embryos", "for", "both", "genotypes", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B, C The layer thickness and neuronal number within each layer was assessed using layer-specific markers in Kcc2-/-and Kcc2+/+ embryos at E18.5. Cux1 was used to label layers II-IV (A), Ctip2 to label layer V (B), and Tbr1 to label layer VI (C). Dashed white lines in the representative images in (A-C) indicate upper and lower layer boundaries. Sp, subplate. Statistical significance was determined using Kruskal-Wallis test with Dunn's post hoc (neuronal numbers) and one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc (layer thickness). Data are presented as mean ± S.E.M., n = 11 embryos for both genotypes. Scale bar = 50 µm."}
{"words": ["D", "Representative", "image", "of", "E18", ".", "5", "coronal", "cortical", "sections", "stained", "for", "layer", "V", "marker", "Ctip2", "(", "red", ")", "in", "Kcc2", "-", "/", "-", "and", "Kcc2", "+", "/", "+", "embryos", "electroporated", "in", "utero", "at", "E14", ".", "5", "with", "a", "plasmid", "encoding", "EGFP", "(", "green", ")", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "marks", "cell", "nuclei", ".", "Upper", "boundary", "of", "layer", "V", "indicted", "with", "dotted", "line", ".", "Sp", ",", "subplate", ";", "IZ", ",", "intermediate", "zone", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", ".", "E", "Neurons", "from", "the", "brain", "sections", "in", "(", "D", ")", "were", "quantified", "and", "the", "total", "number", "of", "EGFP", "+", "neurons", "in", "the", "Kcc2", "-", "/", "-", "sections", "is", "presented", "as", "a", "percentage", "of", "pooled", "Kcc2", "+", "/", "+", "and", "Kcc2", "+", "/", "-", "values", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "Kcc2", "+", "/", "+", "+", "Kcc2", "+", "/", "-", ")", "=", "14", "embryos", ";", "n", "(", "Kcc2", "-", "/", "-", ")", "=", "9", "embryos", ".", "F", "Number", "of", "EGFP", "+", "neurons", "in", "Kcc2", "-", "/", "-", "embryos", "migrating", "above", "(", "II", "-", "IV", ")", "and", "below", "(", "V", "-", "VI", "/", "IZ", "-", "SVZ", ")", "the", "upper", "border", "of", "layer", "V", "normalized", "to", "respective", "pooled", "data", "from", "Kcc2", "+", "/", "+", "and", "Kcc2", "+", "/", "-", "embryos", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Holm", "-", "Sidak", "'", "s", "post", "hoc", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "to", "Kcc2", "+", "/", "+", "+", "Kcc2", "+", "/", "-", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ",", "n", "(", "Kcc2", "+", "/", "+", "+", "Kcc2", "+", "/", "-", ")", "=", "14", "embryos", ";", "n", "(", "Kcc2", "-", "/", "-", ")", "=", "9", "embryos", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Representative image of E18.5 coronal cortical sections stained for layer V marker Ctip2 (red) in Kcc2-/- and Kcc2+/+ embryos electroporated in utero at E14.5 with a plasmid encoding EGFP (green). DAPI staining (blue) marks cell nuclei. Upper boundary of layer V indicted with dotted line. Sp, subplate; IZ, intermediate zone. Scale bar = 50 µm. E Neurons from the brain sections in (D) were quantified and the total number of EGFP+ neurons in the Kcc2-/- sections is presented as a percentage of pooled Kcc2+/+ and Kcc2+/- values. Statistical significance was determined using one-tailed Student's t test, *P < 0.05. Data are presented as mean ± S.E.M., n (Kcc2+/+ + Kcc2+/-) = 14 embryos; n (Kcc2-/-) = 9 embryos. F Number of EGFP+ neurons in Kcc2-/- embryos migrating above (II-IV) and below (V-VI/IZ-SVZ) the upper border of layer V normalized to respective pooled data from Kcc2+/+ and Kcc2+/- embryos. Statistical significance was determined using one-way ANOVA with Holm-Sidak's post hoc test, **P < 0.01 to Kcc2+/+ + Kcc2+/-. Data are presented as mean ± S.E.M., n (Kcc2+/+ + Kcc2+/-) = 14 embryos; n (Kcc2-/-) = 9 embryos. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Homer1c", "-", "GFP", "signal", "(", "magenta", ")", "and", "immunostaining", "for", "surface", "AMPARs", "(", "cyan", ")", "and", "SP", "(", "green", ")", "in", "neurons", "treated", "for", "48h", "with", "TTX", ",", "or", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "µm", "(", "low", "magnification", ")", ",", "5", "µm", "(", "insets", ")", ".", "Dotted", "lines", "indicate", "the", "outline", "of", "dendrites", ".", "Arrowheads", "indicate", "SP", "+", "synapses", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "SP", "+", "synapses", "for", "untreated", "(", "UT", ")", "and", "TTX", "-", "treated", "neurons", "(", "dot", "plots", "represent", "different", "cells", ";", "UT", ":", "n", "=", "26", ";", "TTX", ":", "n", "=", "33", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "2", "cultures", ")", ".", "%", "SP", "+", "spines", ":", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "019", "(", "Mann", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Homer1c-GFP signal (magenta) and immunostaining for surface AMPARs (cyan) and SP (green) in neurons treated for 48h with TTX, or untreated (UT). Scale bars: 10 µm (low magnification), 5 µm (insets). Dotted lines indicate the outline of dendrites. Arrowheads indicate SP+ synapses. (B) Percentage of SP+ synapses for untreated (UT) and TTX-treated neurons (dot plots represent different cells; UT: n = 26; TTX: n = 33, n indicates the number of cells, from 2 cultures). % SP+ spines: **P = 0.019 (Mann Whitney test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "AMPAR", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "for", "SP", "+", "versus", "SP", "-", "synapses", "in", "UT", "and", "TTX", "-", "treated", "neurons", ".", "AMPAR", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "was", "normalized", "to", "SP", "-", "or", "small", "synapses", ",", "respectively", ",", "from", "UT", "condition", ".", "(", "UT", ":", "SP", "-", ",", "n", "=", "1455", ",", "SP", "+", ",", "n", "=", "516", ";", "TTX", ":", "SP", "-", ",", "n", "=", "1529", ",", "SP", "+", ",", "n", "=", "724", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "synapses", ",", "from", "2", "cultures", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) AMPAR synaptic fluorescence intensity for SP+ versus SP- synapses in UT and TTX-treated neurons. AMPAR synaptic fluorescence intensity was normalized to SP- or small synapses, respectively, from UT condition. (UT: SP-, n = 1455, SP +, n = 516; TTX: SP-, n = 1529, SP+, n = 724, n indicates the number of synapses, from 2 cultures). **P < 0.01, ****P < 0.0001, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Example", "images", "of", "a", "FRAP", "experiment", ":", "SP", "-", "and", "SP", "+", "spines", "from", "the", "same", "cultured", "hippocampal", "neuron", "transfected", "with", "SEP", "-", "GluA2", "(", "gray", "and", "color", "-", "coded", ")", "+", "RFP", "-", "SP", "(", "red", ")", "10s", "before", ",", "and", "0", ",", "370", ",", "750", "s", "after", "the", "photobleaching", ".", "Scale", "bars", ":", "1", "µm", ".", "Dotted", "lines", "represent", "the", "outline", "of", "dendrites", ".", "Arrowheads", "indicate", "dendritic", "spines", "which", "were", "targeted", "for", "photobleaching", ".", "(", "B", ")", "SEP", "-", "GluA2", "fluorescence", "intensity", "at", "SP", "-", "vs", "SP", "+", "spines", ".", "Each", "pair", "of", "dot", "plots", "represents", "average", "fluorescence", "for", "SP", "-", "and", "SP", "+", "spines", "from", "a", "same", "neuron", "(", "4", "cultures", ")", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0061", "(", "two", "-", "tailed", "paired", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "FRAP", "dynamics", "for", "SP", "-", "vs", "SP", "+", "spines", ".", "Recovery", "curves", "represent", "SEP", "-", "GluA2", "fluorescence", "average", "per", "cell", "(", "n", "=", "14", "cells", ",", "from", "4", "cultures", ")", ".", "The", "two", "traces", "were", "fitted", "using", "double", "exponential", "components", "equations", "and", "the", "convergence", "of", "the", "traces", "to", "a", "common", "fit", "was", "tested", "using", "the", "extra", "sum", "of", "squares", "F", "test", ".", "The", "F", "test", "indicates", "that", "the", "traces", "are", "best", "fitted", "by", "two", "divergent", "models", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "recovery", "fraction", "750", "s", "after", "the", "photobleaching", ".", "Each", "pair", "of", "dot", "plots", "represents", "average", "recovery", "for", "SP", "-", "and", "SP", "+", "spines", "from", "a", "same", "neuron", "(", "4", "cultures", ")", ".", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0067", "(", "Wilcoxon", "matched", "-", "pairs", "signed", "rank", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Example images of a FRAP experiment: SP- and SP+ spines from the same cultured hippocampal neuron transfected with SEP-GluA2 (gray and color-coded) + RFP-SP (red) 10s before, and 0, 370, 750 s after the photobleaching. Scale bars: 1 µm. Dotted lines represent the outline of dendrites. Arrowheads indicate dendritic spines which were targeted for photobleaching. (B) SEP-GluA2 fluorescence intensity at SP- vs SP+ spines. Each pair of dot plots represents average fluorescence for SP- and SP+ spines from a same neuron (4 cultures). **P = 0.0061 (two-tailed paired Student's t test). (C) Quantification of FRAP dynamics for SP- vs SP+ spines. Recovery curves represent SEP-GluA2 fluorescence average per cell (n = 14 cells, from 4 cultures). The two traces were fitted using double exponential components equations and the convergence of the traces to a common fit was tested using the extra sum of squares F test. The F test indicates that the traces are best fitted by two divergent models (P < 0.0001). (D) Quantification of the recovery fraction 750 s after the photobleaching. Each pair of dot plots represents average recovery for SP- and SP+ spines from a same neuron (4 cultures). **P = 0.0067 (Wilcoxon matched-pairs signed rank test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "SP", "in", "lysates", "from", "COS", "-", "7", "cells", "which", "were", "untransfected", ",", "transfected", "with", "RFP", "-", "SP", "+", "empty", "vector", "or", "co", "-", "transfected", "with", "SP", "-", "shRNA", "-", "GFP", "+", "RFP", "-", "SP", "(", "knock", "-", "down", ")", "or", "shRNA", "-", "resistant", "RFP", "-", "SP", "(", "rescue", ")", ".", "β", "-", "actin", "and", "GFP", "signals", "illustrate", "equal", "protein", "loading", "and", "SP", "-", "shRNA", "expression", "level", ",", "respectively", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "SP", "expression", "from", "6", "different", "experiments", ",", "normalized", "to", "the", "β", "-", "actin", "signal", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblot analysis of SP in lysates from COS-7 cells which were untransfected, transfected with RFP-SP + empty vector or co-transfected with SP-shRNA-GFP + RFP-SP (knock-down) or shRNA-resistant RFP-SP (rescue). β-actin and GFP signals illustrate equal protein loading and SP-shRNA expression level, respectively. (B) Quantification of SP expression from 6 different experiments, normalized to the β-actin signal. *P < 0.05, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data represent mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Homer", "-", "DsRed", "(", "green", ")", "and", "immunostained", "endogenous", "SP", "(", "red", ")", "in", "dendrites", "from", "neurons", "transfected", "with", "either", "empty", "vector", ",", "scramble", "shRNA", "or", "SP", "-", "shRNA", "with", "GFP", "reporter", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "(", "D", ")", "Average", "SP", "intensity", "for", "same", "conditions", "(", "EV", ":", "n", "=", "47", ";", "Scr", "-", "shRNA", ":", "n", "=", "53", ";", "SP", "-", "shRNA", ":", "n", "=", "62", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ";", "normalized", "to", "empty", "vector", "condition", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "(", "E", ")", "Fraction", "of", "SP", "+", "synapses", "for", "same", "conditions", ".", "(", "EV", ":", "n", "=", "47", ";", "Scr", "-", "shRNA", ":", "n", "=", "53", ";", "SP", "-", "shRNA", ":", "n", "=", "62", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Homer-DsRed (green) and immunostained endogenous SP (red) in dendrites from neurons transfected with either empty vector, scramble shRNA or SP-shRNA with GFP reporter (blue). Scale bar: 10 µm. (D) Average SP intensity for same conditions (EV: n = 47; Scr-shRNA: n = 53; SP-shRNA: n = 62, n indicates the number of cells, from 3 cultures; normalized to empty vector condition). **P < 0.01, ****P < 0.0001 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). (E) Fraction of SP+ synapses for same conditions. (EV: n = 47; Scr-shRNA: n = 53; SP-shRNA: n = 62, n indicates the number of cells from 3 cultures). *P < 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data represent mean ± SEM."}
{"words": ["(", "F", ")", "Homer1c", "-", "DsRed", "(", "red", ")", "and", "immunostained", "surface", "AMPARs", "(", "green", ")", "in", "dendrites", "from", "neurons", "transfected", "with", "either", "SP", "-", "shRNA", "-", "GFP", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "with", "GFP", "reporter", "(", "blue", ")", "and", "treated", "with", "TTX", "or", "left", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "µm", ".", "(", "G", ")", "AMPAR", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "normalized", "to", "untreated", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "condition", "(", "EV", ":", "UT", ",", "n", "=", "42", ",", "TTX", ",", "n", "=", "33", ";", "SP", "-", "shRNA", ":", "UT", ",", "n", "=", "30", ",", "TTX", ",", "n", "=", "31", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Homer1c-DsRed (red) and immunostained surface AMPARs (green) in dendrites from neurons transfected with either SP-shRNA-GFP or empty vector (EV) with GFP reporter (blue) and treated with TTX or left untreated (UT). Scale bar: 5 µm. (G) AMPAR synaptic fluorescence intensity normalized to untreated empty vector (EV) condition (EV: UT, n = 42, TTX, n = 33; SP-shRNA: UT, n = 30, TTX, n = 31, n indicates the number of cells, from 3 cultures). *P < 0.05, **P < 0.01, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data represent mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Micrographs", "showing", "Homer1c", "-", "GFP", "(", "green", ")", "and", "immunostaining", "for", "surface", "AMPARs", "(", "blue", ")", "and", "endogenous", "SP", "(", "red", ")", "in", "neurons", "transfected", "with", "miR", "-", "124", "or", "control", "miR", "-", "67", "(", "miR", "-", "Ctrl", ")", ",", "and", "treated", "with", "TTX", ",", "or", "left", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "µ", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "SP", "+", "synapses", "for", "same", "conditions", "as", "in", "(", "A", ")", "(", "miR", "-", "Ctrl", ":", "UT", ",", "n", "=", "25", ",", "TTX", ",", "n", "=", "26", ";", "miR", "-", "124", ":", "UT", ",", "n", "=", "30", ",", "TTX", ",", "n", "=", "30", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "(", "C", ")", "Homer1c", "-", "GFP", "intensity", "for", "same", "condition", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "normalized", "to", "untreated", "miR", "-", "Ctrl", "(", "miR", "-", "Ctrl", ":", "UT", ",", "n", "=", "25", ",", "TTX", ",", "n", "=", "26", ";", "miR", "-", "124", ":", "UT", ",", "n", "=", "30", ",", "TTX", ",", "n", "=", "30", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "(", "D", ")", "AMPAR", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "for", "same", "condition", "as", "in", "(", "A", ")", ",", "normalized", "to", "untreated", "miR", "-", "Ctrl", "(", "miR", "-", "Ctrl", ":", "UT", ",", "n", "=", "25", ",", "TTX", ",", "n", "=", "26", ",", "miR", "-", "124", ":", "UT", ",", "n", "=", "30", ",", "TTX", ",", "n", "=", "30", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Micrographs showing Homer1c-GFP (green) and immunostaining for surface AMPARs (blue) and endogenous SP (red) in neurons transfected with miR-124 or control miR-67 (miR-Ctrl), and treated with TTX, or left untreated (UT). Scale bar: 5 µ (B) Percentage of SP+ synapses for same conditions as in (A) (miR-Ctrl: UT, n = 25, TTX, n = 26; miR-124: UT, n = 30, TTX, n = 30, n indicates the number of cells, from 3 cultures). ****P < 0.0001, ns, not significant, P > 0.05 (two-way ANOVA test followed by Tukey's multiple comparison test). (C) Homer1c-GFP intensity for same condition as in (A), normalized to untreated miR-Ctrl (miR-Ctrl: UT, n = 25, TTX, n = 26; miR-124: UT, n = 30, TTX, n = 30, n indicates the number of cells, from 3 cultures). ns, not significant, P > 0.05 (two-way ANOVA test followed by Tukey's multiple comparison test). (D) AMPAR synaptic fluorescence intensity for same condition as in (A), normalized to untreated miR-Ctrl (miR-Ctrl: UT, n = 25, TTX, n = 26, miR-124: UT, n = 30, TTX, n = 30, n indicates the number of cells, from 3 cultures). ***P < 0.001, *P < 0.01, ns, not significant, P > 0.05 (two-way ANOVA test followed by Tukey's multiple comparison test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Micrographs", "showing", "dendrites", "from", "neurons", "transfected", "with", "Homer1c", "-", "DsRed", "(", "magenta", ")", "and", "SEP", "-", "GluA2", "constructs", "containing", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutated", "(", "MUT", ")", "3", "'", "UTR", "(", "green", ")", "and", "treated", "with", "TTX", "for", "48", "h", ",", "or", "left", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "(", "B", ")", "SEP", "-", "GluA2", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "for", "each", "condition", ",", "normalized", "to", "GluA2", "-", "3", "'", "UTR", "-", "WT", "untreated", "neurons", "(", "3", "'", "UTR", "-", "WT", ":", "UT", ",", "n", "=", "29", ",", "TTX", ",", "n", "=", "37", ";", "3", "'", "UTR", "-", "MUT", ":", "UT", ",", "n", "=", "18", ",", "TTX", ",", "n", "=", "14", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Micrographs showing dendrites from neurons transfected with Homer1c-DsRed (magenta) and SEP-GluA2 constructs containing wild-type (WT) or mutated (MUT) 3'UTR (green) and treated with TTX for 48 h, or left untreated (UT). Scale bar: 10 µm. (B) SEP-GluA2 synaptic fluorescence intensity for each condition, normalized to GluA2-3'UTR-WT untreated neurons (3'UTR-WT: UT, n = 29, TTX, n = 37; 3'UTR-MUT: UT, n = 18, TTX, n = 14; n indicates the number of cells, from 3 cultures). *P < 0.05, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Micrographs", "showing", "dendrites", "from", "neurons", "transfected", "with", "Homer1c", "-", "BFP", "(", "magenta", ")", ",", "GFP", "-", "SP", "-", "shRNA", "(", "gray", ")", "and", "a", "rescue", "RFP", "-", "SP", "construct", "containing", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutated", "(", "MUT", ")", "3", "'", "UTR", "(", "geen", ")", "and", "treated", "with", "TTX", ",", "or", "left", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "(", "D", ")", "Percentage", "of", "SP", "+", "synapses", "for", "each", "condition", "(", "3", "'", "UTR", "-", "WT", ":", "UT", ",", "n", "=", "26", ",", "TTX", ",", "n", "=", "28", ";", "3", "'", "UTR", "-", "MUT", ":", "UT", ",", "n", "=", "26", ",", "TTX", ",", "n", "=", "24", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", "test", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Micrographs showing dendrites from neurons transfected with Homer1c-BFP (magenta), GFP-SP-shRNA (gray) and a rescue RFP-SP construct containing wild-type (WT) or mutated (MUT) 3'UTR (geen) and treated with TTX, or left untreated (UT). Scale bar: 10 µm. (D) Percentage of SP+ synapses for each condition (3'UTR-WT: UT, n = 26, TTX, n = 28; 3'UTR-MUT: UT, n = 26, TTX, n = 24; n indicates the number of cells, from 3 cultures). **P < 0.01, ***P < 0.001, ns, not significant, P > 0.05 (two-way ANOVA test followed by Tukey's multiple comparison test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "E", ")", "Micrographs", "showing", "Homer1c", "-", "GFP", "(", "magenta", ")", "and", "immunostaining", "for", "surface", "AMPARs", "(", "cyan", ")", "and", "endogenous", "SP", "(", "green", ")", "in", "neurons", "transfected", "with", "or", "without", "50", "nM", "SP", "TSB", "-", "LNA", "and", "treated", "with", "TTX", ",", "or", "left", "untreated", "(", "UT", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "(", "F", ")", "Percentage", "of", "SP", "+", "synapses", "for", "each", "condition", "(", "Control", ":", "UT", ",", "n", "=", "36", ",", "TTX", ",", "n", "=", "52", ";", "SP", "TSB", "-", "LNA", ":", "UT", ",", "n", "=", "62", ",", "TTX", ",", "n", "=", "29", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "(", "G", ")", "AMPAR", "synaptic", "fluorescence", "intensity", "for", "each", "condition", ",", "normalized", "to", "control", "untreated", "neurons", "(", "Control", ":", "UT", ",", "n", "=", "30", ",", "TTX", ",", "n", "=", "36", ";", "SP", "TSB", "-", "LNA", ":", "UT", ",", "n", "=", "37", ",", "TTX", ",", "n", "=", "20", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", "from", "2", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "ns", ",", "not", "significant", ",", "P", ">", "0", ".", "05", "(", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Micrographs showing Homer1c-GFP (magenta) and immunostaining for surface AMPARs (cyan) and endogenous SP (green) in neurons transfected with or without 50 nM SP TSB-LNA and treated with TTX, or left untreated (UT). Scale bar: 10 µm. (F) Percentage of SP+ synapses for each condition (Control: UT, n = 36, TTX, n = 52; SP TSB-LNA: UT, n = 62, TTX, n = 29; n indicates the number of cells from 3 cultures). *P < 0.05, **P < 0.01, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). (G) AMPAR synaptic fluorescence intensity for each condition, normalized to control untreated neurons (Control: UT, n = 30, TTX, n = 36; SP TSB-LNA: UT, n = 37, TTX, n = 20; n indicates the number of cells from 2 cultures). *P < 0.05, ns, not significant, P > 0.05 (Kruskal-Wallis test followed by Dunn's multiple comparison test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Micrographs", "showing", "puro", "-", "PLA", "staining", "of", "newly", "synthesized", "SP", "(", "green", ")", "in", "neurons", "immunostained", "for", "MAP", "-", "2", "(", "magenta", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "and", "treated", "with", "TTX", "for", "24", "h", "or", "left", "untreated", ".", "The", "images", "on", "bottom", "panels", "show", "no", "staining", "in", "the", "absence", "of", "puromycin", "treatment", "or", "when", "omitting", "SP", "primary", "antibody", ".", "Scale", "bars", ":", "30", "µm", "(", "large", "view", ")", ",", "5", "µm", "(", "insets", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Micrographs showing puro-PLA staining of newly synthesized SP (green) in neurons immunostained for MAP-2 (magenta) and DAPI (blue) and treated with TTX for 24 h or left untreated. The images on bottom panels show no staining in the absence of puromycin treatment or when omitting SP primary antibody. Scale bars: 30 µm (large view), 5 µm (insets)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Density", "of", "SP", "puro", "-", "PLA", "puncta", ",", "normalized", "to", "the", "untreated", "condition", "(", "UT", ")", "(", "UT", ":", "n", "=", "62", ";", "TTX", ":", "n", "=", "57", ",", "n", "represents", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "(", "D", ")", "SP", "puro", "-", "PLA", "cluster", "fluorescence", "intensity", "normalized", "to", "the", "untreated", "condition", "(", "UT", ")", "(", "UT", ":", "n", "=", "62", ";", "TTX", ":", "n", "=", "57", ",", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "3", "cultures", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "(", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Density of SP puro-PLA puncta, normalized to the untreated condition (UT) (UT: n = 62; TTX: n = 57, n represents the number of cells, from 3 cultures). *P < 0.05 (Mann-Whitney test). (D) SP puro-PLA cluster fluorescence intensity normalized to the untreated condition (UT) (UT: n = 62; TTX: n = 57, n indicates the number of cells, from 3 cultures). ****P < 0.0001 (Mann-Whitney test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "E", ")", "Micrographs", "showing", "puro", "-", "PLA", "staining", "of", "newly", "synthesized", "SP", "(", "green", ")", "in", "neurons", "transfected", "with", "Homer1c", "-", "GFP", "(", "magenta", ")", "and", "treated", "with", "TTX", "for", "24", "h", "or", "left", "untreated", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "µm", ".", "Arrowheads", "indicate", "puro", "-", "PLA", "+", "spines", ".", "(", "F", ")", "Percentage", "of", "SP", "puro", "-", "PLA", "+", "synapses", "(", "UT", ",", "n", "=", "26", ",", "TTX", ",", "n", "=", "33", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "cells", ",", "from", "2", "cultures", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ",", "not", "significant", "(", "Mann", "-", "Whitney", "test", ")", ".", "(", "G", ")", "Homer1c", "-", "GFP", "integrated", "fluorescence", "intensity", "at", "SP", "puro", "-", "PLA", "-", "vs", "SP", "puro", "-", "PLA", "+", "synapses", "(", "n", "=", "32", "cells", ",", "from", "2", "cultures", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "ns", ",", "not", "significant", "(", "Wilcoxon", "matched", "-", "pairs", "signed", "rank", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Micrographs showing puro-PLA staining of newly synthesized SP (green) in neurons transfected with Homer1c-GFP (magenta) and treated with TTX for 24 h or left untreated. Scale bar: 5 µm. Arrowheads indicate puro-PLA+ spines. (F) Percentage of SP puro-PLA+ synapses (UT, n = 26, TTX, n = 33; n indicates the number of cells, from 2 cultures). **P < 0.01, ns, not significant (Mann-Whitney test). (G) Homer1c-GFP integrated fluorescence intensity at SP puro-PLA- vs SP puro-PLA+ synapses (n = 32 cells, from 2 cultures). ****P < 0.0001, ns, not significant (Wilcoxon matched-pairs signed rank test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "images", "showing", "dendrites", "from", "CA3", "pyramidal", "cells", "transfected", "with", "RFP", "-", "SP", "(", "green", ")", "containing", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutated", "(", "MUT", ")", "3", "'", "UTR", "+", "SP", "-", "shRNA", "-", "BFP", "(", "magenta", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "SP", "+", "spines", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "(", "B", ")", "Graph", "plot", "showing", "spine", "head", "volume", "vs", "SP", "integrated", "intensity", "(", "n", "=", "5", "cells", ")", ".", "Each", "plot", "represents", "a", "single", "spine", "for", "which", "SP", "integrated", "intensity", "has", "been", "normalized", "to", "average", "SP", "intensity", "of", "SP", "+", "spines", "in", "the", "same", "neuron", ".", "Plots", "for", "SP", "-", "and", "SP", "+", "spines", "appear", "in", "grey", "and", "magenta", ",", "respectively", ".", "The", "black", "dotted", "line", "represents", "linear", "regression", "(", "R2", "=", "0", ".", "25", ",", "P", "=", "0", ".", "0004", ")", ".", "(", "C", ")", "Paired", "data", "showing", "spine", "head", "volume", "for", "SP", "-", "vs", "SP", "+", "spines", ".", "Each", "pair", "of", "plot", "represents", "average", "values", "for", "SP", "-", "vs", "SP", "+", "spines", "for", "a", "given", "neuron", ".", "*", "P", "=", "0", ".", "0031", "(", "two", "-", "tailed", "Student", "t", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal images showing dendrites from CA3 pyramidal cells transfected with RFP-SP (green) containing wild-type (WT) or mutated (MUT) 3'UTR + SP-shRNA-BFP (magenta). Arrowheads indicate SP+ spines. Scale bar: 10 µm. (B) Graph plot showing spine head volume vs SP integrated intensity (n = 5 cells). Each plot represents a single spine for which SP integrated intensity has been normalized to average SP intensity of SP+ spines in the same neuron. Plots for SP- and SP+ spines appear in grey and magenta, respectively. The black dotted line represents linear regression (R2 = 0.25, P = 0.0004). (C) Paired data showing spine head volume for SP- vs SP+ spines. Each pair of plot represents average values for SP- vs SP+ spines for a given neuron. *P = 0.0031 (two-tailed Student t test). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "F", ")", "Higher", "magnification", "of", "dendritic", "spines", "from", "neurons", "transfected", "with", "rescue", "RFP", "-", "SP", "(", "magenta", ")", "containing", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutated", "(", "MUT", ")", "3", "'", "UTR", "and", "BFP", "-", "shRNA", "-", "SP", "(", "grey", ")", "and", "contacted", "by", "GFP", "-", "Syp", "+", "terminals", "(", "green", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "putative", "synaptic", "contacts", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "μm", ".", "(", "G", ")", "Percentage", "of", "SP", "+", "spines", "in", "neurons", "expressing", "RFP", "-", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "WT", "vs", "-", "MUT", "and", "depending", "on", "the", "apposition", "or", "not", "to", "a", "GFP", "-", "Syp", "+", "terminal", "(", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "WT", ":", "TetTx", "-", ",", "n", "=", "220", ",", "TetTx", "+", ",", "n", "=", "26", ";", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "MUT", ":", "TetTx", "-", ",", "n", "=", "616", ",", "TetTx", "+", ",", "n", "=", "25", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "spines", "from", "5", "-", "7", "pairs", ")", ".", "(", "H", ")", "Spine", "head", "volume", "in", "same", "conditions", "as", "in", "(", "G", ")", "(", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "WT", ":", "TetTx", "-", ",", "n", "=", "26", ",", "TetTx", "+", ",", "n", "=", "26", "spines", "from", "5", "pairs", ",", "4", "slices", ";", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "MUT", ":", "TetTx", "-", ",", "n", "=", "25", ",", "TetTx", "+", ",", "n", "=", "25", ";", "n", "indicates", "the", "number", "of", "spines", "from", "7", "pairs", ",", "7", "slices", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "ns", ",", "not", "significant", "(", "Kruskall", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "Dunn", "'", "s", "multiple", "test", ")", ".", "(", "I", ")", "Cumulative", "probability", "distributions", "of", "spine", "head", "volumes", "for", "TetTx", "-", "and", "TetTx", "+", "spines", "from", "neurons", "expressing", "RFP", "-", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "WT", "(", "SP", "-", "WT", ",", "light", "gray", "and", "light", "green", ")", "or", "RFP", "-", "SP", "-", "3", "'", "UTR", "-", "MUT", "(", "SP", "-", "MUT", ",", "dark", "gray", "and", "dark", "green", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Higher magnification of dendritic spines from neurons transfected with rescue RFP-SP (magenta) containing wild-type (WT) or mutated (MUT) 3'UTR and BFP-shRNA-SP (grey) and contacted by GFP-Syp+ terminals (green). Arrowheads indicate putative synaptic contacts. Scale bar: 5 μm. (G) Percentage of SP+ spines in neurons expressing RFP-SP-3'UTR-WT vs -MUT and depending on the apposition or not to a GFP-Syp+ terminal (SP-3'UTR-WT: TetTx-, n = 220, TetTx+, n = 26; SP-3'UTR-MUT: TetTx-, n = 616, TetTx+, n = 25; n indicates the number of spines from 5-7 pairs). (H) Spine head volume in same conditions as in (G) (SP-3'UTR-WT: TetTx-, n = 26, TetTx+, n = 26 spines from 5 pairs, 4 slices; SP-3'UTR-MUT: TetTx-, n = 25, TetTx+, n = 25; n indicates the number of spines from 7 pairs, 7 slices). ***P < 0.001, *P < 0.05, ns, not significant (Kruskall-Wallis test followed by Dunn's multiple test). (I) Cumulative probability distributions of spine head volumes for TetTx- and TetTx+ spines from neurons expressing RFP-SP-3'UTR-WT (SP-WT, light gray and light green) or RFP-SP-3'UTR-MUT (SP-MUT, dark gray and dark green). Data information: Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["Colony", "formation", "assay", "of", "miRNA", "mimic", "transfected", "-", "Dgcr8", "-", "/", "-", "ESCs", ".", "There", "were", "17", "miRNAs", "that", "decreased", "the", "colony", "forming", "ability", ",", "15", "miRNAs", "that", "did", "not", "affect", "colony", "formation", "and", "8", "miRNAs", "enhanced", "colony", "formation", "of", "ESCs", ".", "Representative", "pictures", "are", "shown", ".", "Full", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Colony formation assay of miRNA mimic transfected-Dgcr8-/- ESCs. There were 17 miRNAs that decreased the colony forming ability, 15 miRNAs that did not affect colony formation and 8 miRNAs enhanced colony formation of ESCs. Representative pictures are shown. Full data are shown in Supplementary Fig S1."}
{"words": ["Alkaline", "phosphatase", "staining", "of", "ESCs", "after", "miRNA", "mimic", "transfection", ".", "There", "were", "21", "miRNAs", "that", "decreased", "the", "AP", "activity", ",", "11", "miRNAs", "that", "mildly", "affected", "the", "AP", "activity", "and", "8", "miRNAs", "boosted", "the", "AP", "activity", "of", "ESCs", ".", "Representative", "pictures", "are", "shown", ".", "Full", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Alkaline phosphatase staining of ESCs after miRNA mimic transfection. There were 21 miRNAs that decreased the AP activity, 11 miRNAs that mildly affected the AP activity and 8 miRNAs boosted the AP activity of ESCs. Representative pictures are shown. Full data are shown in Supplementary Fig S2."}
{"words": ["Cell", "cycle", "distribution", "in", "representative", "miRNAs", "evoking", "G1", "phase", "accumulation", "in", "miRNA", "mimic", "transfected", "Dgcr8", "-", "/", "-", "ESCs", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Full", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S3A", ",", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell cycle distribution in representative miRNAs evoking G1 phase accumulation in miRNA mimic transfected Dgcr8-/- ESCs. Error bars indicate s. d. (n=3). Full data are shown in Supplementary Fig S3A, B."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "Oct4", "in", "miRNA", "mimic", "transfected", "ESCs", ".", "20", "miRNAs", "decreased", "Oct4", "expression", "and", "produced", "small", "and", "grossly", "differentiated", "cell", "colonies", ",", "12", "miRNAs", "mildly", "affected", "Oct4", "expression", ",", "and", "8", "miRNAs", "improved", "Oct4", "expression", "and", "yielded", "compact", "and", "undifferentiated", "cell", "colonies", ".", "Representative", "pictures", "are", "shown", ".", "Full", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S3C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of Oct4 in miRNA mimic transfected ESCs. 20 miRNAs decreased Oct4 expression and produced small and grossly differentiated cell colonies, 12 miRNAs mildly affected Oct4 expression, and 8 miRNAs improved Oct4 expression and yielded compact and undifferentiated cell colonies. Representative pictures are shown. Full data are shown in Supplementary Fig S3C."}
{"words": ["AP", "staining", "of", "V6", ".", "5", "ESCs", "after", "mimic", "transfection", "(", "Full", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", "S4B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AP staining of V6.5 ESCs after mimic transfection (Full data are shown in Supplementary Fig S4B)."}
{"words": ["B", ",", "C", ".", "Northern", "blot", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "23a", ",", "miR", "-", "27a", "and", "miR", "-", "24", "during", "EB", "formation", "(", "B", ")", "and", "RA", "induced", "differentiation", "of", "V6", ".", "5", "ESCs", "(", "C", ")", ".", "The", "heatmap", "was", "representive", "of", "the", "results", "of", "quantitative", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B,C. Northern blot analysis of the expression of miR-23a, miR-27a and miR-24 during EB formation (B) and RA induced differentiation of V6.5 ESCs (C). The heatmap was representive of the results of quantitative analysis."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "The", "expression", "of", "primary", "miR", "-", "23a", "~", "27a", "~", "24", "-", "2", "transcript", "during", "EB", "formation", "(", "D", ")", "and", "RA", "induced", "differentiation", "(", "E", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D,E. The expression of primary miR-23a~27a~24-2 transcript during EB formation (D) and RA induced differentiation (E). Error bars indicate s.d. (n=3)."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "The", "expression", "of", "primary", "miR", "-", "23a", "~", "27a", "~", "24", "-", "2", "transcript", "during", "EB", "formation", "(", "D", ")", "and", "RA", "induced", "differentiation", "(", "E", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D,E. The expression of primary miR-23a~27a~24-2 transcript during EB formation (D) and RA induced differentiation (E). Error bars indicate s.d. (n=3)."}
{"words": ["F", ".", "Q", "-", "PCR", "analysis", "of", "miR", "-", "23a", ",", "miR", "-", "27a", "and", "miR", "-", "24", "expression", "in", "ESCs", "(", "JM8A3", ")", "and", "a", "variety", "of", "C57BL", "/", "6J", "adult", "tissues", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Q-PCR analysis of miR-23a, miR-27a and miR-24 expression in ESCs (JM8A3) and a variety of C57BL/6J adult tissues. Data are shown as mean + s.d. (n=3)."}
{"words": ["G", ".", "Relative", "protein", "levels", "of", "Oct4", ",", "Sox2", "and", "Nanog", "in", "miRNA", "mimic", "transfected", "Dgcr8", "-", "/", "-", "ESCs", "and", "wild", "-", "type", "ESCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Relative protein levels of Oct4, Sox2 and Nanog in miRNA mimic transfected Dgcr8-/- ESCs and wild- type ESCs."}
{"words": ["H", ",", "I", ".", "Oct4", ",", "Nanog", ",", "Foxa2", ",", "Gata2", "and", "Nestin", "immunofluorescence", "staining", "of", "mimic", "transfected", "Dgcr8", "-", "/", "-", "(", "H", ")", "and", "wild", "-", "type", "ESCs", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H,I. Oct4, Nanog, Foxa2, Gata2 and Nestin immunofluorescence staining of mimic transfected Dgcr8-/- (H) and wild- type ESCs(I)."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "target", "genes", "in", "miR", "-", "27a", "or", "miR", "-", "24", "over", "-", "expressed", "V6", ".", "5", "ESCs", ".", "Candidate", "target", "genes", "whose", "expression", "was", "decreased", "were", "framed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of the expression of target genes in miR-27a or miR-24 over-expressed V6.5 ESCs. Candidate target genes whose expression was decreased were framed."}
{"words": ["The", "relative", "luciferase", "activity", "of", "the", "reporter", "constructs", "co", "-", "transfected", "with", "scramble", "or", "miR", "-", "27a", "and", "miR", "-", "24", "mimics", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ".", "Candidate", "target", "genes", "whose", "luciferase", "activity", "was", "decreased", "were", "framed", ".", "PC", "group", "was", "positive", "reporter", "control", "which", "harbored", "reverse", "complementary", "sequence", "of", "miR", "-", "27a", "or", "miR", "-", "24", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "The relative luciferase activity of the reporter constructs co-transfected with scramble or miR-27a and miR-24 mimics. Error bars indicate s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05. Candidate target genes whose luciferase activity was decreased were framed. PC group was positive reporter control which harbored reverse complementary sequence of miR-27a or miR-24."}
{"words": ["The", "relative", "luciferase", "activity", "of", "the", "wild", "-", "type", "3", "′", "UTR", "or", "mutated", "3", "′", "UTR", "reporter", "co", "-", "transfected", "with", "scramble", "or", "miR", "-", "27a", "and", "miR", "-", "24", "mimics", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The relative luciferase activity of the wild-type 3′ UTR or mutated 3′ UTR reporter co-transfected with scramble or miR-27a and miR-24 mimics. Data are shown as mean + s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05."}
{"words": ["F", ",", "G", "RT", "-", "PCR", "and", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "in", "vivo", "binding", "of", "the", "miRNAs", "with", "their", "targets", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F,G RT-PCR and qRT-PCR analysis of in vivo binding of the miRNAs with their targets. Error bars indicate s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05; ** indicates P-value < 0.01; *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["H", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "c", "-", "Myc", "expression", "in", "siRNA", "treated", "V6", ".", "5", "ESCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Western blot analysis of c-Myc expression in siRNA treated V6.5 ESCs."}
{"words": ["I", ".", "Q", "-", "PCR", "analysis", "of", "primary", "-", "23a", "~", "27a", "~", "24", "-", "2", ",", "miR", "-", "23a", ",", "miR", "-", "27a", "and", "miR", "-", "24", "expression", "in", "c", "-", "Myc", "knocked", "down", "ESCs", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Q-PCR analysis of primary-23a~27a~24-2, miR-23a, miR-27a and miR-24 expression in c-Myc knocked down ESCs. Error bars indicate s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05; ** indicates P-value < 0.01; *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["K", ".", "ChIP", "-", "PCR", "and", "ChIP", "-", "q", "-", "PCR", "analysis", "of", "c", "-", "Myc", "binding", "to", "the", "putative", "sites", "in", "the", "promoter", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K. ChIP-PCR and ChIP-q-PCR analysis of c-Myc binding to the putative sites in the promoter. Error bars indicate s.d. (n=3); *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["L", ".", "Relative", "luciferase", "activity", "of", "the", "wild", "-", "type", "and", "-", "15", "binding", "site", "mutated", "promoter", "in", "NIH3T3", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "c", "-", "Myc", "or", "the", "blank", "vector", "(", "NC", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Relative luciferase activity of the wild-type and -15 binding site mutated promoter in NIH3T3 cells co-transfected with c-Myc or the blank vector (NC). Error bars indicate s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05."}
{"words": ["M", ".", "Relative", "luciferase", "activity", "of", "wild", "-", "type", "and", "-", "15", "binding", "site", "mutated", "promoter", "in", "V6", ".", "5", "ESCs", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ";", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. Relative luciferase activity of wild-type and -15 binding site mutated promoter in V6.5 ESCs. Error bars indicate s.d. (n=3); * indicates P-value < 0.05."}
{"words": ["Validation", "of", "the", "effect", "of", "miRNA", "inhibition", "in", "MEFs", "by", "q", "-", "PCR", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Validation of the effect of miRNA inhibition in MEFs by q-PCR. Error bars indicate s.d. (n=3)."}
{"words": ["AP", "staining", "of", "the", "iPSC", "colonies", "in", "reprogramming", "with", "OSK", "combined", "with", "scramble", "control", ",", "inhibitors", "of", "miR", "-", "23a", ",", "miR", "-", "27a", ",", "miR", "-", "24", "and", "let", "-", "7c", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "AP staining of the iPSC colonies in reprogramming with OSK combined with scramble control, inhibitors of miR-23a, miR-27a, miR-24 and let-7c respectively."}
{"words": ["Fold", "increase", "in", "Oct4", "-", "GFP", "-", "positive", "cell", "colonies", "in", "the", "above", "cells", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "5", ")", ";", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Fold increase in Oct4-GFP-positive cell colonies in the above cells. Data are shown as mean + s.d. (n=5); ** indicates P-value < 0.01; *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["Morphology", "of", "typical", "Oct4", "-", "GFP", "-", "positive", "iPSC", "colonies", "that", "were", "reprogrammed", "by", "OSK", "combined", "with", "miRNA", "inhibitors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "Morphology of typical Oct4-GFP-positive iPSC colonies that were reprogrammed by OSK combined with miRNA inhibitors."}
{"words": ["Detection", "of", "endogenous", "and", "exogenous", "Oct4", ",", "Sox2", ",", "Klf4", "and", "Nanog", "expression", "in", "iPSCs", ",", "ESCs", "and", "MEFs", "by", "RT", "-", "PCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Detection of endogenous and exogenous Oct4, Sox2, Klf4 and Nanog expression in iPSCs, ESCs and MEFs by RT-PCR."}
{"words": ["Immunofluorescence", "staining", "of", "Oct4", ",", "Nanog", "and", "SSEA1", "of", "the", "iPSC", "colonies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence staining of Oct4, Nanog and SSEA1 of the iPSC colonies."}
{"words": ["Q", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "self", "-", "renewal", "(", "Oct4", ",", "Sox2", ",", "Nanog", ")", "and", "differentiation", "(", "Cdx2", ",", "Foxa2", ",", "Brachyury", ",", "Hand1", ",", "Nestin", ",", "FGF5", ")", "relative", "markers", "in", "EBs", "derived", "from", "the", "iPSCs", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Q-PCR analysis of the expression of self-renewal (Oct4, Sox2, Nanog) and differentiation (Cdx2, Foxa2, Brachyury, Hand1, Nestin, FGF5) relative markers in EBs derived from the iPSCs. Error bars indicate s.d. (n=3)."}
{"words": ["Hematoxylin", "and", "eosin", "staining", "of", "teratoma", "derived", "from", "the", "iPSC", "colonies", ".", "Neuronal", "rosette", "(", "Ectoderm", ")", ",", "Cartilage", "(", "Mesoderm", ")", "and", "respiratory", "epithelium", "(", "Endoderm", ")", "are", "marked", "with", "black", "arrows", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hematoxylin and eosin staining of teratoma derived from the iPSC colonies. Neuronal rosette (Ectoderm), Cartilage (Mesoderm) and respiratory epithelium (Endoderm) are marked with black arrows."}
{"words": ["Genomic", "PCR", "of", "the", "specific", "fragments", "spanning", "miR", "-", "23", "~", "27", "~", "24", "clusters", ".", "WT", "indicate", "wild", "-", "type", "ESCs", ";", "DKO", "indicate", "miR", "-", "23a", "~", "27a", "~", "24", "-", "2", "-", "/", "-", ",", "miR", "-", "23b", "~", "27b", "~", "24", "-", "1", "-", "/", "-", "ESCs", ";", "KO", "indicate", "miR", "-", "23a", "~", "27a", "~", "24", "-", "2", "-", "/", "-", "ESCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genomic PCR of the specific fragments spanning miR-23~27~24 clusters. WT indicate wild-type ESCs; DKO indicate miR-23a~27a~24-2-/-, miR-23b~27b~24-1-/- ESCs; KO indicate miR-23a~27a~24-2-/- ESCs."}
{"words": ["Real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "mature", "miR", "-", "23a", "/", "b", ",", "miR", "-", "27a", "/", "b", "and", "miR", "-", "24", "expression", "in", "wild", "-", "type", ",", "DKO", "and", "KO", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Real-time PCR analysis of mature miR-23a/b, miR-27a/b and miR-24 expression in wild-type, DKO and KO ESCs. Data are shown as mean + s.d. (n=3)."}
{"words": ["AP", "staining", "of", "wild", "-", "type", "and", "miR", "-", "23", "~", "27", "~", "24", "cluster", "knockout", "ESCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AP staining of wild-type and miR-23~27~24 cluster knockout ESCs."}
{"words": ["Real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "Oct4", ",", "Sox2", "and", "Nanog", "expression", "in", "wild", "-", "type", "and", "miR", "-", "23", "~", "27", "~", "24", "cluster", "knockout", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Real-time PCR analysis of Oct4, Sox2 and Nanog expression in wild-type and miR-23~27~24 cluster knockout ESCs. Data are shown as mean + s.d. (n=3)."}
{"words": ["Oct4", ",", "Sox2", "and", "Nanog", "immunofluorescence", "staining", "of", "wild", "-", "type", "and", "the", "knockout", "ESCs", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4, Sox2 and Nanog immunofluorescence staining of wild-type and the knockout ESCs."}
{"words": ["Real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "Oct4", "and", "several", "lineage", "differentiation", "markers", "expression", "during", "EB", "formation", "of", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Real-time PCR analysis of Oct4 and several lineage differentiation markers expression during EB formation of wild-type and knockout ESCs. Data are shown as mean ± s.d. (n=3)."}
{"words": ["Beating", "EB", "incidence", "during", "cardiac", "differentiation", "of", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Beating EB incidence during cardiac differentiation of wild-type and knockout ESCs. Data are shown as mean + s.d. (n=3). * indicates P-value < 0.05; ** indicates P-value < 0.01; *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["Real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "several", "cardiac", "markers", "expression", "during", "cardiac", "differentiation", "of", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Real-time PCR analysis of several cardiac markers expression during cardiac differentiation of wild-type and knockout ESCs. Data are shown as mean ± s.d. (n=3)."}
{"words": ["Actinin", ",", "ANP", "and", "Troponin", "Iimmunofluorescence", "staining", "of", "differentiation", "cultures", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Actinin, ANP and Troponin Iimmunofluorescence staining of differentiation cultures derived from wild-type and knockout ESCs."}
{"words": ["Volumes", "of", "teratomas", "at", "different", "days", "after", "injection", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Volumes of teratomas at different days after injection. Data are shown as mean + s.d. (n=4). * indicates P-value < 0.05; ** indicates P-value < 0.01; *** indicates P-value < 0.001."}
{"words": ["Weight", "of", "teratomas", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", "*", "*", "indicates", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Weight of teratomas derived from wild-type and knockout ESCs. Data are shown as mean ± s.d. ** indicates P-value < 0.01."}
{"words": ["Oct4", "immunohistochemistry", "staining", "of", "teratomas", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Representative", "Oct4", "positive", "regions", "are", "shown", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oct4 immunohistochemistry staining of teratomas derived from wild-type and knockout ESCs. Representative Oct4 positive regions are shown."}
{"words": ["Hematoxylin", "and", "eosin", "staining", "of", "teratomas", "derived", "from", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "ESCs", ".", "Ectoderm", ",", "Mesoderm", "and", "Endoderm", "are", "marked", "with", "different", "color", "arrows", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hematoxylin and eosin staining of teratomas derived from wild-type and knockout ESCs. Ectoderm, Mesoderm and Endoderm are marked with different color arrows."}
{"words": ["Orthotopic", "MPNST", "xenografts", "at", "passages", "1", "(", "OT", "P1", ")", "and", "4", "(", "OT", "P4", ")", "were", "histopathologically", "similar", "to", "their", "corresponding", "primary", "MPNST", "(", "PT", ")", "in", "hematoxylin", "-", "eosin", "staining", "of", "paraffin", "-", "embedded", "tumor", "sections", "from", "patients", "MPNST", "-", "NF1", "-", "001", "and", "MPNST", "-", "SP", "-", "002", ".", "Main", "panels", "show", "a", "general", "view", "of", "the", "tumors", "at", "low", "magnification", "(", "40", "×", ")", ";", "inset", "pictures", "were", "taken", "at", "higher", "magnification", "(", "400", "×", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Orthotopic MPNST xenografts at passages 1 (OT P1) and 4 (OT P4) were histopathologically similar to their corresponding primary MPNST (PT) in hematoxylin-eosin staining of paraffin-embedded tumor sections from patients MPNST-NF1-001 and MPNST-SP-002. Main panels show a general view of the tumors at low magnification (40×); inset pictures were taken at higher magnification (400×)."}
{"words": ["Orthotopic", "xenograft", "and", "primary", "MPNSTs", "exhibited", "similar", "immunohistochemical", "features", ".", "A", "representative", "immunostained", "section", "of", "vimentin", ",", "CD34", ",", "S100", ",", "and", "Ki", "-", "67", "is", "shown", "for", "primary", "tumors", "(", "PT", ")", "and", "orthotopic", "tumors", "(", "OT", ")", "from", "patientsMPNST", "-", "NF1", "-", "001", "and", "MPNST", "-", "SP", "-", "002", ".", "Positive", "antibody", "signals", "are", "shown", "in", "brown", ",", "and", "the", "hematoxylin", "counterstain", "in", "blue", ".", "Main", "panels", "show", "pictures", "at", "high", "magnification", "(", "400", "×", ")", ";", "inset", "pictures", "show", "mitotic", "cells", "present", "in", "these", "tumors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Orthotopic xenograft and primary MPNSTs exhibited similar immunohistochemical features. A representative immunostained section of vimentin, CD34, S100, and Ki-67 is shown for primary tumors (PT) and orthotopic tumors (OT) from patientsMPNST-NF1-001 and MPNST-SP-002. Positive antibody signals are shown in brown, and the hematoxylin counterstain in blue. Main panels show pictures at high magnification (400×); inset pictures show mitotic cells present in these tumors."}
{"words": ["Stromal", "elements", "of", "the", "primary", "tumors", "were", "labeled", "with", "anti", "-", "humanCD34", "but", "not", "anti", "-", "mouseCD34", ";", "patient", "-", "derived", "xenografts", "are", "labeled", "with", "anti", "-", "mouseCD34", "only", "and", "no", "anti", "-", "human", "marker", ".", "Representative", "sections", "(", "at", "40", "×", "and", "400", "×", "magnification", ")", "of", "the", "primary", "tumors", "(", "PT", ")", "and", "the", "orthoxenograft", "tumors", "at", "passages", "1", "(", "OT", "P1", ")", "and", "4", "(", "OT", "P4", ")", "were", "labeled", "with", "anti", "-", "humanCD34", "(", "H", ")", "and", "anti", "-", "mouseCD34", "(", "M", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Stromal elements of the primary tumors were labeled with anti-humanCD34 but not anti-mouseCD34; patient-derived xenografts are labeled with anti-mouseCD34 only and no anti-human marker. Representative sections (at 40× and 400× magnification) of the primary tumors (PT) and the orthoxenograft tumors at passages 1 (OT P1) and 4 (OT P4) were labeled with anti-humanCD34 (H) and anti-mouseCD34 (M)."}
{"words": ["Sanger", "sequencing", "of", "the", "germline", "NF1", "mutation", "c", ".", "350T", ">", "A", "present", "in", "the", "patient", "that", "developed", "two", "different", "tumors", "(", "MPNST", "-", "NF1", "-", "001", "and", "MPNST", "-", "NF1", "-", "002", ")", ".", "Sequencing", "results", "from", "normal", "tissue", ",", "primary", "tumor", "(", "PT", ")", ",", "and", "orthotopic", "xenograft", "tumors", "(", "OT", ")", "are", "shown", ".", "The", "sequence", "of", "the", "NF1", "region", "revealed", "WT", "NF1", "alleles", "in", "primary", "tumor", "samples", ",", "and", "not", "in", "the", "corresponding", "derived", "orthoxenografts", ",", "indicating", "probable", "loss", "of", "the", "human", "stromal", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Sanger sequencing of the germline NF1 mutation c.350T>A present in the patient that developed two different tumors (MPNST-NF1-001 and MPNST-NF1-002). Sequencing results from normal tissue, primary tumor (PT), and orthotopic xenograft tumors (OT) are shown. The sequence of the NF1 region revealed WT NF1 alleles in primary tumor samples, and not in the corresponding derived orthoxenografts, indicating probable loss of the human stromal cells."}
{"words": ["SNP", "array", "of", "primary", "tumor", "(", "PT", ")", "and", "orthotopic", "xenograft", "passages", "1", "(", "OT", "P1", ")", "and", "4", "(", "OT", "P4", ")", "for", "MPNST", "-", "NF1", "-", "001", "and", "MPNST", "-", "NF1", "-", "002", "tumors", ".", "Results", "correspond", "to", "chromosome", "17", ".", "Images", "show", "the", "B", "-", "allele", "frequency", "(", "BAF", ")", "for", "the", "different", "samples", "as", "scatter", "plots", "and", "the", "copy", "number", "callings", "below", "them", "represented", "by", "thick", "horizontal", "lines", ":", "2n", "regions", "are", "shown", "in", "gray", ",", "gained", "regions", "in", "orange", ",", "lost", "regions", "in", "green", ",", "and", "LOH", "regions", "are", "represented", "in", "blue", ".", "The", "vertical", "red", "line", "indicates", "the", "location", "of", "the", "NF1", "locus", ".", "In", "addition", ",", "the", "percentage", "of", "tumor", "versus", "stromal", "cells", "for", "each", "sample", "is", "represented", "in", "a", "pie", "chart", "(", "blue", ",", "stromal", "cells", ";", "red", ",", "tumor", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SNP array of primary tumor (PT) and orthotopic xenograft passages 1 (OT P1) and 4 (OT P4) for MPNST-NF1-001 and MPNST-NF1-002 tumors. Results correspond to chromosome 17. Images show the B-allele frequency (BAF) for the different samples as scatter plots and the copy number callings below them represented by thick horizontal lines: 2n regions are shown in gray, gained regions in orange, lost regions in green, and LOH regions are represented in blue. The vertical red line indicates the location of the NF1 locus. In addition, the percentage of tumor versus stromal cells for each sample is represented in a pie chart (blue, stromal cells; red, tumor cells)."}
{"words": ["Tumor", "growth", "effects", "of", "treatment", "with", "doxorubicin", ",", "sorafenib", ",", "rapamycin", "and", "combinations", "thereof", "in", "the", "five", "MPNST", "xenograft", "models", ".", "Results", "are", "plotted", "as", "an", "average", "of", "the", "log2", "ratio", "of", "tumor", "volume", "at", "different", "days", "relative", "to", "the", "initial", "value", ".", "Statistically", "significant", "differences", "are", "shown", "as", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "versus", "control", "group", "by", "the", "Bonferroni", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Tumor growth effects of treatment with doxorubicin, sorafenib, rapamycin and combinations thereof in the five MPNST xenograft models. Results are plotted as an average of the log2 ratio of tumor volume at different days relative to the initial value. Statistically significant differences are shown as *P < 0.05 and **P < 0.001 versus control group by the Bonferroni test."}
{"words": ["For", "long", "-", "term", "studies", ",", "a", "subgroup", "of", "treated", "mice", "(", "n", "=", "3", "-", "5", "mice", "/", "group", ")", "was", "kept", "alive", "for", "a", "maximum", "period", "of", "4", "months", "and", "sacrificed", "over", "time", "when", "relapsed", "tumor", "masses", "grew", "as", "large", "solid", "masses", "(", "usually", "1", ",", "500", "-", "2", ",", "000", "mm3", ")", ".", "The", "graph", "illustrates", "differences", "in", "the", "time", "delay", "(", "in", "days", ")", "of", "relapsed", "tumor", "masses", "for", "the", "different", "treatments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "For long-term studies, a subgroup of treated mice (n = 3-5 mice/group) was kept alive for a maximum period of 4 months and sacrificed over time when relapsed tumor masses grew as large solid masses (usually 1,500-2,000 mm3). The graph illustrates differences in the time delay (in days) of relapsed tumor masses for the different treatments."}
{"words": ["D", "Distributions", "of", "pairwise", "Ka", "/", "Ks", "(", "nonsynonymous", "to", "synonymous", "nucleotide", "substitution", "rates", ")", "ratios", "between", "PIWI", "duplicates", "in", "arthropods", "(", "n", "=", "17", "in", "Drosophila", "and", "n", "=", "37", "in", "others", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "The", "center", "line", "of", "the", "boxplots", "represents", "median", "value", ",", "the", "bounds", "of", "the", "box", "represent", "75th", "and", "25th", "percentile", ",", "and", "the", "whiskers", "represent", "maximum", "and", "minimum", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Distributions of pairwise Ka/Ks (nonsynonymous to synonymous nucleotide substitution rates) ratios between PIWI duplicates in arthropods (n = 17 in Drosophila and n = 37 in others, Mann-Whitney U test, *P<0.05). The center line of the boxplots represents median value, the bounds of the box represent 75th and 25th percentile, and the whiskers represent maximum and minimum value."}
{"words": ["A", "PIWI", "genes", "are", "present", "in", "the", "locust", "brain", ".", "Rp49", "served", "as", "a", "loading", "control", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A PIWI genes are present in the locust brain. Rp49 served as a loading control (n=4 biological replicates). Data information: data are presented as mean ± SEM."}
{"words": ["C", "The", "fluorescence", "signals", "of", "PIWI", "proteins", "were", "determined", "in", "locust", "brains", ".", "Hochest33342", "was", "used", "to", "label", "cell", "nuclei", "in", "locust", "brains", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C The fluorescence signals of PIWI proteins were determined in locust brains. Hochest33342 was used to label cell nuclei in locust brains. The scale bars represent 20 µm."}
{"words": ["G", "Food", "intake", "by", "dsPiwi1", "-", "treated", "locusts", "and", "dsGFP", "-", "treated", "control", "locusts", "within", "1", "h", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "assays", "were", "performed", "on", "fourth", "-", "instar", "locusts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Food intake by dsPiwi1-treated locusts and dsGFP-treated control locusts within 1 h (n=5 biological replicates) , ***P<0.001 (Student's t-test). Data information: All assays were performed on fourth-instar locusts."}
{"words": ["C", "Representative", "images", "of", "Nile", "red", "staining", "of", "lipid", "droplets", "in", "the", "fat", "bodies", "of", "dsPiwi1", "-", "treated", "locusts", "and", "dsGFP", "-", "treated", "control", "locusts", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "50", "µm", ".", "D", "Quantification", "of", "lipid", "droplet", "staining", "in", "dsPiwi1", "-", "treated", "locusts", "and", "dsGFP", "-", "treated", "control", "locusts", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "E", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "not", "significant", ")", ".", "All", "assays", "were", "performed", "on", "four", "-", "day", "-", "old", "fourth", "-", "instar", "locusts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Representative images of Nile red staining of lipid droplets in the fat bodies of dsPiwi1-treated locusts and dsGFP-treated control locusts (n=5 biological replicates). The scale bars represent 50 µm. D Quantification of lipid droplet staining in dsPiwi1-treated locusts and dsGFP-treated control locusts (n=5 biological replicates). E Data information: All data are presented as the mean ± SEM (Student's t-test, **P<0.01, ***P<0.001, ns: not significant). All assays were performed on four-day-old fourth-instar locusts."}
{"words": ["E", ",", "F", "Measurements", "of", "glycogen", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", "and", "TAGs", "(", "n", "=", "10", "biological", "replicates", ")", "in", "fat", "bodies", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "not", "significant", ")", ".", "All", "assays", "were", "performed", "on", "four", "-", "day", "-", "old", "fourth", "-", "instar", "locusts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Measurements of glycogen (n=5 biological replicates) and TAGs (n=10 biological replicates) in fat bodies. Data information: All data are presented as the mean ± SEM (Student's t-test, **P<0.01, ***P<0.001, ns: not significant). All assays were performed on four-day-old fourth-instar locusts."}
{"words": ["B", "Food", "intake", "within", "1", "h", "following", "treatment", "with", "candidate", "genes", "(", "dsNPF1", "-", "treated", ",", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ";", "dsCG10621", "-", "treated", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ";", "dsMFS3", "-", "treated", ",", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ",", "the", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Food intake within 1 h following treatment with candidate genes (dsNPF1-treated, n=4 biological replicates; dsCG10621-treated, n=5 biological replicates; dsMFS3-treated, n=5 biological replicates), the data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, **P<0.01)."}
{"words": ["D", ",", "E", "Representative", "images", "(", "D", ")", "and", "quantification", "(", "E", ")", "of", "Nile", "red", "staining", "of", "fat", "body", "lipid", "droplets", "in", "dsNPF1", "-", "treated", "locusts", "and", "dsGFP", "-", "treated", "controls", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "scale", "bars", "represent", "50", "µm", ",", "the", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Representative images (D) and quantification (E) of Nile red staining of fat body lipid droplets in dsNPF1-treated locusts and dsGFP-treated controls (n=5 biological replicates). The scale bars represent 50 µm, the data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, **P<0.01)."}
{"words": ["G", "Food", "intake", "within", "1", "h", "in", "the", "food", "instake", "assays", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ",", "the", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "H", "Food", "intake", "within", "2", "h", "in", "the", "food", "instake", "assays", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Five", "locusts", "were", "included", "in", "each", "replicate", ",", "the", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Food intake within 1 h in the food instake assays (n=5 biological replicates), the data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, ***P<0.001) . H Food intake within 2 h in the food instake assays (n=5 biological replicates). Five locusts were included in each replicate, the data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01)."}
{"words": ["B", "mRNA", "levels", "of", "differentially", "expressed", "piRNAs", "located", "within", "the", "flanking", "region", "of", "the", "NPF1", "gene", "in", "dsPiwi1", "-", "treated", "locusts", "and", "dsGFP", "-", "treated", "control", "locusts", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "The", "qPCR", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B mRNA levels of differentially expressed piRNAs located within the flanking region of the NPF1 gene in dsPiwi1-treated locusts and dsGFP-treated control locusts (n=5 biological replicates). Data information: The qPCR data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001)."}
{"words": ["C", "The", "mRNA", "expression", "of", "NPF1", "was", "measured", "by", "qPCR", "after", "a", "mixture", "of", "inhibitors", "or", "mimics", "of", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "was", "injected", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "The", "qPCR", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C The mRNA expression of NPF1 was measured by qPCR after a mixture of inhibitors or mimics of piRs-3-I2 and piRs-3-I3 was injected (n=5 biological replicates). Data information: The qPCR data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001)."}
{"words": ["E", "Body", "weight", "measurement", "of", "locusts", "administered", "inhibitors", "(", "NC", ",", "n", "=", "25", "locusts", ";", "Inhibitors", "-", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "+", "I3", ",", "n", "=", "23", "locusts", ")", "and", "mimics", "(", "NC", ",", "n", "=", "37", "locusts", ";", "Inhibitors", "-", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "+", "I3", ",", "n", "=", "39", "locusts", ")", "of", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", ".", "The", "center", "line", "of", "the", "boxplots", "represents", "median", "value", ",", "the", "bounds", "of", "the", "box", "represent", "75th", "and", "25th", "percentile", ",", "and", "the", "whiskers", "represent", "maximum", "and", "minimum", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Body weight measurement of locusts administered inhibitors (NC, n=25 locusts; Inhibitors- piRs-3-I2+I3, n=23 locusts) and mimics (NC, n=37 locusts; Inhibitors-piRs-3-I2+I3, n=39 locusts) of piRs-3-I2 and piRs-3-I3. The center line of the boxplots represents median value, the bounds of the box represent 75th and 25th percentile, and the whiskers represent maximum and minimum value."}
{"words": ["F", "RNA", "-", "binding", "protein", "immunoprecipitation", "assay", "of", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "in", "Piwi1", "immunoprecipitates", "from", "brain", "tissue", "extracts", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Normal", "mouse", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F RNA-binding protein immunoprecipitation assay of piRs-3-I2 and piRs-3-I3 in Piwi1 immunoprecipitates from brain tissue extracts (n=6 biological replicates). Normal mouse IgG was used as a negative control."}
{"words": ["A", "U6", "RNA", "was", "used", "as", "a", "nuclear", "RNA", "control", "(", "relative", "value", "set", "to", "1", "in", "the", "nuclear", "fraction", ")", ",", "and", "glycine", "tRNA", "was", "used", "as", "the", "cytoplasmic", "RNA", "control", "(", "relative", "value", "set", "to", "1", "in", "the", "cytoplasmic", "fraction", ")", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ",", "U6", "and", "tRNA", "-", "Gly", "was", "used", "as", "an", "endogenous", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A U6 RNA was used as a nuclear RNA control (relative value set to 1 in the nuclear fraction), and glycine tRNA was used as the cytoplasmic RNA control (relative value set to 1 in the cytoplasmic fraction) (n=4 biological replicates), U6 and tRNA-Gly was used as an endogenous control."}
{"words": ["B", "Relative", "expressions", "of", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "determined", "by", "qPCR", "and", "high", "-", "throughput", "sequencing", "in", "the", "nucleus", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "brain", "tissues", "were", "homogenized", "and", "then", "divided", "into", "two", "parts", "of", "equal", "volume", ";", "one", "was", "prepared", "for", "high", "-", "throughput", "sequencing", "and", "the", "other", "was", "used", "for", "piRNA", "quantification", "in", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "fractions", "after", "subcellular", "RNA", "fractionation", ".", "The", "relative", "piRNA", "expression", "in", "nucleus", "was", "determined", "by", "multiplying", "the", "relative", "nuclear", "piRNA", "fraction", "estimate", "by", "qPCR", "quantification", "by", "the", "normalized", "count", "of", "piRNA", "in", "high", "-", "throughput", "sequencing", "libraries", ".", "Data", "information", ":", "The", "qPCR", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Relative expressions of piRs-3-I2 and piRs-3-I3 determined by qPCR and high-throughput sequencing in the nucleus (n=3 biological replicates). The brain tissues were homogenized and then divided into two parts of equal volume; one was prepared for high-throughput sequencing and the other was used for piRNA quantification in nuclear and cytoplasmic fractions after subcellular RNA fractionation. The relative piRNA expression in nucleus was determined by multiplying the relative nuclear piRNA fraction estimate by qPCR quantification by the normalized count of piRNA in high-throughput sequencing libraries. Data information: The qPCR data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001)."}
{"words": ["C", "Expression", "level", "of", "pre", "-", "NPF1", "in", "the", "nucleus", "after", "a", "mixture", "of", "inhibitors", "(", "piRs", "-", "3", "-", "I2", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", ")", "was", "injected", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "D", "qPCR", "expression", "analyses", "of", "pre", "-", "NPF1", ".", "The", "precursor", "mRNA", "expression", "level", "was", "measured", "by", "qPCR", "after", "the", "dsPiwi1", "treatments", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "E", "Data", "information", ":", "The", "qPCR", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Expression level of pre-NPF1 in the nucleus after a mixture of inhibitors (piRs-3-I2 and piRs-3-I3) was injected (n=4 biological replicates). D qPCR expression analyses of pre-NPF1. The precursor mRNA expression level was measured by qPCR after the dsPiwi1 treatments (n=6 biological replicates). E Data information: The qPCR data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001)."}
{"words": ["F", "Analysis", "was", "performed", "to", "amplify", "pre", "-", "NPF1", "and", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "in", "hnRNP", "F", "/", "H", "immunoprecipitates", "from", "extracts", "of", "brain", "tissue", "treated", "with", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "mimics", "compared", "to", "the", "negative", "controls", "(", "pre", "-", "NPF1", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ";", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "G", "Analysis", "was", "performed", "to", "amplify", "pre", "-", "NPF1", "in", "U2AF65", "immunoprecipitates", "from", "extracts", "of", "brain", "tissue", "treated", "with", "piRs", "-", "3", "-", "I3", "mimics", "compared", "to", "the", "negative", "controls", "(", "pre", "-", "NPF1", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Analysis was performed to amplify pre-NPF1 and piRs-3-I3 in hnRNP F/H immunoprecipitates from extracts of brain tissue treated with piRs-3-I3 mimics compared to the negative controls (pre-NPF1 n=3 biological replicates; piRs-3-I3 n=4 biological replicates). G Analysis was performed to amplify pre-NPF1 in U2AF65 immunoprecipitates from extracts of brain tissue treated with piRs-3-I3 mimics compared to the negative controls (pre-NPF1 n=3 biological replicates). H"}
{"words": ["J", "Expression", "level", "of", "the", "mature", "NPF1", "gene", "and", "pre", "-", "NPF1", "in", "293T", "cells", "transfected", "with", "pre", "-", "NPF1", "and", "mutated", "pre", "-", "NPF1", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "NC", "means", "negative", "control", ".", "The", "center", "line", "of", "the", "boxplots", "represents", "median", "value", ",", "the", "bounds", "of", "the", "box", "represent", "75th", "and", "25th", "percentile", ",", "and", "the", "whiskers", "represent", "maximum", "and", "minimum", "value", ".", "Data", "information", ":", "The", "qPCR", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Expression level of the mature NPF1 gene and pre-NPF1 in 293T cells transfected with pre-NPF1 and mutated pre-NPF1 (n=5 biological replicates). NC means negative control. The center line of the boxplots represents median value, the bounds of the box represent 75th and 25th percentile, and the whiskers represent maximum and minimum value. Data information: The qPCR data are shown as the mean ± SEM (Student's t-test, *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001)."}
{"words": ["NE", "activates", "mTORC2", "in", "vitro", "via", "cAMP", ",", "PI3K", "and", "Epac1", ".", "(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "cells", "stimulated", "with", "norepinephrine", "(", "NE", ")", "for", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NE activates mTORC2 in vitro via cAMP, PI3K and Epac1. (A) Immunoblot analysis of BAT cells stimulated with norepinephrine (NE) for the indicated proteins."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "cells", "stimulated", "with", "NE", "for", "5", "minutes", "in", "the", "presence", "of", "Rapamycin", "(", "Rapa", ")", ",", "Torin", "or", "Wortmannin", "(", "Wrtm", ")", "for", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of BAT cells stimulated with NE for 5 minutes in the presence of Rapamycin (Rapa), Torin or Wortmannin (Wrtm) for the indicated proteins."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "cells", "stimulated", "with", "8", "-", "Br", "-", "cAMP", "for", "5", "minutes", "in", "the", "presence", "of", "Rapa", ",", "Torin", "or", "Wrtm", "for", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of BAT cells stimulated with 8-Br-cAMP for 5 minutes in the presence of Rapa, Torin or Wrtm for the indicated proteins."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "cells", "stimulated", "with", "NE", "for", "5", "minutes", "in", "the", "presence", "of", "Wrtm", ",", "H89", "or", "ESI", "-", "09", "for", "the", "indicated", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of BAT cells stimulated with NE for 5 minutes in the presence of Wrtm, H89 or ESI-09 for the indicated proteins."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "cells", "stimulated", "with", "8", "-", "Br", "-", "cAMP", "for", "5", "minutes", "in", "the", "presence", "of", "Wrtm", ",", "H89", "or", "ESI", "-", "09", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "All", "experiments", "were", "performed", "in", "triplicates", ",", "a", "representative", "replicate", "is", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of BAT cells stimulated with 8-Br-cAMP for 5 minutes in the presence of Wrtm, H89 or ESI-09 for the indicated proteins. All experiments were performed in triplicates, a representative replicate is presented."}
{"words": ["NE", "and", "cold", "activate", "mTORC2", "in", "vivo", ".", "(", "A", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "control", "mice", "treated", "with", "either", "norepinephrine", "(", "NE", ")", "or", "vehicle", "for", "30", "minutes", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "3", "/", "group", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "NE and cold activate mTORC2 in vivo. (A) Immunoblot analysis of BAT from control mice treated with either norepinephrine (NE) or vehicle for 30 minutes for the indicated proteins (n=3/group)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "treated", "with", "either", "norepinephrine", "(", "NE", ")", "or", "vehicle", "for", "30", "minutes", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "3", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice treated with either norepinephrine (NE) or vehicle for 30 minutes for the indicated proteins (n=3/group)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "either", "22", "°", "C", "or", "4", "°", "C", "for", "2h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice housed at either 22°C or 4°C for 2h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Body", "temperature", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "(", "n", "=", "11", "(", "control", ")", ",", "n", "=", "9", "(", "AdRiKO", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Body temperature of AdRiKO and control mice housed at 22°C (n=11 (control), n=9 (AdRiKO))."}
{"words": ["(", "E", ")", "Body", "temperature", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "30", "°", "C", "for", "2", "weeks", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Body temperature of AdRiKO and control mice housed at 30°C for 2 weeks (n=8/group)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Body", "temperature", "loss", "upon", "cold", "exposure", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "20", "(", "control", ")", ",", "n", "=", "17", "(", "AdRiKO", ")", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "asterisks", "(", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "temperatures", "are", "indicated", "with", "a", "number", "sign", "(", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "#", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "value", "for", "each", "significant", "difference", "can", "be", "found", "in", "Appendix", "Table", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Body temperature loss upon cold exposure of AdRiKO and control mice (n=20 (control), n=17 (AdRiKO)). Data represent mean ± SEM. Statistically significant differences between AdRiKO and control mice were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with asterisks (*=p<0.05; **=p<0.01, ***=p<0.001). Statistically significant differences between temperatures are indicated with a number sign (#=p<0.05; ##=p<0.01; ###=p<0.001). The exact p-value for each significant difference can be found in Appendix Table S2."}
{"words": ["mTORC2", "in", "adipose", "tissue", "is", "not", "required", "for", "cold", "-", "induced", "lipid", "droplet", "mobilization", ".", "(", "A", ")", "Representative", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", "of", "sWAT", "sections", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "mTORC2 in adipose tissue is not required for cold-induced lipid droplet mobilization. (A) Representative H&amp;amp;E staining of sWAT sections from AdRiKO and control mice (n=5/group)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Non", "-", "esterified", "fatty", "acids", "(", "NEFAs", ")", "in", "plasma", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Non-esterified fatty acids (NEFAs) in plasma of AdRiKO and control mice (n=6/group)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Glycerol", "in", "plasma", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Glycerol in plasma of AdRiKO and control mice (n=6/group)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "H", "&", "amp", ";", "amp", ";", "E", "staining", "of", "BAT", "sections", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "5", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative H&amp;amp;E staining of BAT sections from AdRiKO and control mice (n=5/group)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Triglycerides", "(", "TGs", ")", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "4", "°", "C", "for", "8h", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Triglycerides (TGs) in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or 4°C for 8h (n=6/group)."}
{"words": ["(", "F", ")", "NEFAs", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "asterisks", "(", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "temperatures", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "a", "number", "sign", "(", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "#", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "value", "for", "each", "significant", "difference", "can", "be", "found", "in", "Appendix", "Table", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) NEFAs in BAT of AdRiKO and control mice (n=6/group). Data represent mean ± SEM. Statistically significant differences between AdRiKO and control mice were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with asterisks (*=p<0.05; **=p<0.01, ***=p<0.001). Statistically significant differences between temperatures were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with a number sign (#=p<0.05; ##=p<0.01; ###=p<0.001). The exact p-value for each significant difference can be found in Appendix Table S2."}
{"words": ["mTORC2", "in", "adipose", "tissue", "is", "not", "required", "for", "cold", "-", "induced", "mitochondrial", "uncoupling", "and", "β", "-", "oxidation", ".", "(", "A", ")", "mRNA", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "mTORC2 in adipose tissue is not required for cold-induced mitochondrial uncoupling and β-oxidation. (A) mRNA levels of the indicated genes in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h (n=6/group)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "C", ")", "mRNA", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) mRNA levels of the indicated genes in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Mitochondrial", "DNA", "content", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Mitochondrial DNA content of BAT from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h (n=6/group)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "electronmicrographs", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "3", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative electronmicrographs of BAT from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=3/group)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", "of", "BAT", "explants", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "7", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Oxygen consumption rate (OCR) of BAT explants from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=7/group)."}
{"words": ["H", ")", "Maximal", "respiration", "(", "VO2", "max", ")", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "(", "n", "=", "9", "(", "control", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "7", "(", "AdRiKO", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "8", "(", "control", "4", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "8", "(", "AdRiKO", "4", "°", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H) Maximal respiration (VO2 max) of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h (n=9 (control 22°C), n=7 (AdRiKO 22°C), n=8 (control 4°C), n=8 (AdRiKO 4°C)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Respiration", "(", "VO2", ")", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "upon", "cold", "exposure", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "asterisks", "(", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "temperatures", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "a", "number", "sign", "(", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "#", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "value", "for", "each", "significant", "difference", "can", "be", "found", "in", "Appendix", "Table", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Respiration (VO2) of AdRiKO and control mice upon cold exposure (n=8/group). Data represent mean ± SEM. Statistically significant differences between AdRiKO and control mice were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with asterisks (*=p<0.05; **=p<0.01, ***=p<0.001). Statistically significant differences between temperatures were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with a number sign (#=p<0.05; ##=p<0.01; ###=p<0.001). The exact p-value for each significant difference can be found in Appendix Table S2."}
{"words": ["mTORC2", "in", "adipose", "tissue", "is", "required", "for", "cold", "-", "induced", "glucose", "uptake", "and", "glycolysis", "(", "A", ")", "2", "-", "Deoxyglucose", "-", "6", "-", "phosphate", "(", "2DG6P", ")", "accumulation", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ")", ".", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "mTORC2 in adipose tissue is required for cold-induced glucose uptake and glycolysis (A) 2-Deoxyglucose-6-phosphate (2DG6P) accumulation in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=6/group). ("}
{"words": ["(", "B", ")", "Extracellular", "acidification", "rate", "(", "ECAR", ")", "of", "BAT", "explants", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "7", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Extracellular acidification rate (ECAR) of BAT explants from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=7/group)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "isolated", "plasma", "membranes", "from", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "8h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoblot analysis of isolated plasma membranes from BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 8h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "mitochondrial", "and", "cytosolic", "fractions", "from", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "for", "the", "indicated", "proteins", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of mitochondrial and cytosolic fractions from BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h for the indicated proteins (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Cytosolic", "hexokinase", "activity", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "5", "(", "control", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "5", "(", "AdRiKO", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "7", "(", "control", "4", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "7", "AdRiKO", "4", "°", "C", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Cytosolic hexokinase activity in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=5 (control 22°C), n=5 (AdRiKO 22°C), n=7 (control 4°C), n=7 AdRiKO 4°C))."}
{"words": ["(", "G", ")", "Mitochondrial", "hexokinase", "activity", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "housed", "at", "22", "°", "C", "or", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "5", "(", "control", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "5", "(", "AdRiKO", "22", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "7", "(", "control", "4", "°", "C", ")", ",", "n", "=", "7", "AdRiKO", "4", "°", "C", ")", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "asterisks", "(", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "temperatures", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "a", "number", "sign", "(", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "#", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "value", "for", "each", "significant", "difference", "can", "be", "found", "in", "Appendix", "Table", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Mitochondrial hexokinase activity in BAT of AdRiKO and control mice housed at 22°C or at 4°C for 4h (n=5 (control 22°C), n=5 (AdRiKO 22°C), n=7 (control 4°C), n=7 AdRiKO 4°C)). Data represent mean ± SEM. Statistically significant differences between AdRiKO and control mice were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with asterisks (*=p<0.05; **=p<0.01, ***=p<0.001). Statistically significant differences between temperatures were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with a number sign (#=p<0.05; ##=p<0.01; ###=p<0.001). The exact p-value for each significant difference can be found in Appendix Table S2."}
{"words": ["Restoration", "of", "glucoseuptake", "or", "Akt", "signaling", "suppresses", "the", "thermogenic", "defect", "in", "AdRiKO", "mice", ".", "(", "A", ")", "HKII", "mRNA", "expression", "level", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV9", "-", "HKII", "or", "AAV9", "-", "empty", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Restoration of glucoseuptake or Akt signaling suppresses the thermogenic defect in AdRiKO mice. (A) HKII mRNA expression level in BAT of AdRiKO and control mice infected with either AAV9-HKII or AAV9-empty (n=8/group)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cold", "-", "induced", "2", "-", "Deoxyglucose", "-", "6", "-", "phosphate", "(", "2DG6P", ")", "accumulation", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV9", "-", "HKII", "or", "AAV9", "-", "empty", "housed", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cold-induced 2-Deoxyglucose-6-phosphate (2DG6P) accumulation in BAT of AdRiKO and control mice infected with either AAV9-HKII or AAV9-empty housed at 4°C for 4h (n=8/group)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Body", "temperature", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV9", "-", "HKII", "or", "AAV9", "-", "empty", "housed", "at", "22", "°", "C", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Body temperature of AdRiKO and control mice infected with either AAV9-HKII or AAV9-empty housed at 22°C (n=8/group)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Body", "temperature", "upon", "cold", "exposure", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV9", "-", "HKII", "or", "AAV9", "-", "empty", ".", "The", "left", "panel", "represents", "body", "temperature", "after", "each", "hour", "of", "cold", "exposure", "while", "the", "right", "panel", "represents", "body", "temperature", "as", "a", "bar", "graph", "for", "the", "3h", "cold", "exposure", "time", "point", "(", "n", "=", "8", "/", "group", ")", ".", "a", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "AAV9", "-", "empty", ",", "b", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "AAV9", "-", "HKII", ",", "d", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "mice", "infected", "with", "AAV9", "-", "empty", "and", "AAV9", "-", "HKII", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Body temperature upon cold exposure of AdRiKO and control mice infected with either AAV9-HKII or AAV9-empty. The left panel represents body temperature after each hour of cold exposure while the right panel represents body temperature as a bar graph for the 3h cold exposure time point (n=8/group). a=significant difference between AdRiKO and control mice infected with AAV9-empty, b= significant difference between AdRiKO and control mice infected with AAV9-HKII, d= significant difference between AdRiKO mice infected with AAV9-empty and AAV9-HKII."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "BAT", "from", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV8", "-", "Akt2S474D", "or", "AAV8", "-", "empty", "(", "n", "=", "6", "/", "group", ",", "each", "lane", "represents", "a", "mix", "of", "3", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblot analysis of BAT from AdRiKO and control mice infected with either AAV8-Akt2S474D or AAV8-empty (n=6/group, each lane represents a mix of 3 mice)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Body", "temperature", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV8", "-", "Akt2S474D", "or", "AAV8", "-", "empty", "housed", "at", "22", "°", "C", "(", "n", "=", "11", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Body temperature of AdRiKO and control mice infected with either AAV8-Akt2S474D or AAV8-empty housed at 22°C (n=11/group)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Body", "temperature", "upon", "cold", "exposure", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV8", "-", "Akt2S474D", "or", "AAV8", "-", "empty", ".", "The", "left", "panel", "represents", "body", "temperature", "after", "each", "hour", "of", "cold", "exposure", "while", "the", "right", "panel", "represents", "body", "temperature", "as", "a", "bar", "graph", "for", "the", "3h", "cold", "exposure", "time", "point", "(", "n", "=", "11", "/", "group", ")", ".", "a", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "AAV8", "-", "empty", ",", "b", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "AAV8", "-", "Akt2S474D", ",", "d", "=", "significant", "difference", "between", "AdRiKO", "mice", "infected", "with", "AAV8", "-", "empty", "and", "AAV8", "-", "Akt2S474D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(G) Body temperature upon cold exposure of AdRiKO and control mice infected with either AAV8-Akt2S474D or AAV8-empty. The left panel represents body temperature after each hour of cold exposure while the right panel represents body temperature as a bar graph for the 3h cold exposure time point (n=11/group). a=significant difference between AdRiKO and control mice infected with AAV8-empty, b= significant difference between AdRiKO and control mice infected with AAV8-Akt2S474D, d= significant difference between AdRiKO mice infected with AAV8-empty and AAV8-Akt2S474D."}
{"words": ["(", "H", ")", "Cold", "-", "induced", "2", "-", "Deoxyglucose", "-", "6", "-", "phosphate", "(", "2DG6P", ")", "accumulation", "in", "BAT", "of", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "infected", "with", "either", "AAV8", "-", "Akt2S474D", "or", "AAV8", "-", "empty", "housed", "at", "4", "°", "C", "for", "4h", "(", "n", "=", "7", "(", "control", "AAV8", "-", "null", ")", ",", "n", "=", "6", "(", "AdRiKO", "AAV8", "-", "null", ")", ",", "n", "=", "6", "(", "control", "AAV8", "-", "AktS474D", ")", ",", "n", "=", "6", "(", "AdRiKO", "AAV8", "-", "AktS474D", ")", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "AdRiKO", "and", "control", "mice", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "asterisks", "(", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Statistically", "significant", "differences", "between", "viruses", "were", "determined", "with", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "and", "are", "indicated", "with", "a", "number", "sign", "(", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "#", "#", "#", "=", "p", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "The", "exact", "p", "-", "value", "for", "each", "significant", "difference", "can", "be", "found", "in", "Appendix", "Table", "S2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Cold-induced 2-Deoxyglucose-6-phosphate (2DG6P) accumulation in BAT of AdRiKO and control mice infected with either AAV8-Akt2S474D or AAV8-empty housed at 4°C for 4h (n=7 (control AAV8-null), n=6 (AdRiKO AAV8-null), n=6 (control AAV8-AktS474D), n=6 (AdRiKO AAV8-AktS474D)). Data represent mean ± SEM. Statistically significant differences between AdRiKO and control mice were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with asterisks (*=p<0.05; **=p<0.01, ***=p<0.001). Statistically significant differences between viruses were determined with unpaired Student's t-test and are indicated with a number sign (#=p<0.05; ##=p<0.01; ###=p<0.001). The exact p-value for each significant difference can be found in Appendix Table S2."}
{"words": ["Blistered", "samples", "at", "P1", ".", "(", "B", ")", "Hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ",", "top", ")", "and", "alkaline", "phosphatase", "(", "AP", ",", "bottom", ")", "staining", ".", "Hair", "follicles", "(", "HFs", ")", "remaining", "in", "the", "dermis", "(", "indicated", "by", "arrows", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "500", "μm", ".", "(", "C", ")", "α6", "Integrin", "(", "ITGA6", ",", "indicated", "by", "arrowheads", ")", "and", "type", "IV", "collagen", "(", "COL4", ",", "arrows", ")", "labeling", "(", "left", ")", ".", "Laminin", "332", "(", "L332", ",", "arrows", ")", "staining", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "(", "D", ")", "Ultrastructural", "findings", "of", "blistered", "skin", "(", "left", "image", ":", "blister", "roof", ",", "right", "image", ":", "blister", "bottom", ")", ".", "Hemidesmosomes", "(", "white", "arrowheads", ")", "and", "lamina", "densa", "(", "arrows", ")", "are", "indicated", ".", "Scale", "bar", ":", "1", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Blistered samples at P1. (B) Hematoxylin and eosin (H&E, top) and alkaline phosphatase (AP, bottom) staining. Hair follicles (HFs) remaining in the dermis (indicated by arrows). Scale bar: 500 μm. (C) α6 Integrin (ITGA6, indicated by arrowheads) and type IV collagen (COL4, arrows) labeling (left). Laminin 332 (L332, arrows) staining (right). Scale bar: 100 μm. (D) Ultrastructural findings of blistered skin (left image: blister roof, right image: blister bottom) . Hemidesmosomes (white arrowheads) and lamina densa (arrows) are indicated. Scale bar: 1 μm."}
{"words": ["Keratin", "14", "(", "K14", ")", "and", "keratin", "10", "(", "K10", ")", "staining", "of", "the", "nonlesional", "(", "intact", ")", "and", "lesional", "(", "blistered", ")", "skin", "at", "P2", "(", "upper", "images", "and", "inlets", ":", "sections", ",", "lower", "images", ":", "whole", "-", "mount", "imaging", ")", ".", "HFs", "are", "indicated", "by", "arrows", "in", "the", "whole", "-", "mount", "images", ".", "Scale", "bar", ":", "30", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Keratin 14 (K14) and keratin 10 (K10) staining of the nonlesional (intact) and lesional (blistered) skin at P2 (upper images and inlets: sections, lower images: whole-mount imaging). HFs are indicated by arrows in the whole-mount images. Scale bar: 30 μm."}
{"words": ["H", "&", "E", "(", "left", ")", ",", "PCK", "(", "middle", ")", ",", "and", "LOR", "staining", "(", "right", ")", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H&E (left), PCK (middle), and LOR staining (right) at P4. Scale bar: 200 μm."}
{"words": ["Scatter", "plots", "of", "differentially", "expressed", "genes", "in", "the", "regenerated", "epidermis", ".", "The", "red", "dots", "represent", "upregulated", "genes", ",", "and", "the", "blue", "dots", "represent", "downregulated", "genes", ".", "The", "gray", "dotted", "lines", "indicate", "|", "logFC", "|", ">", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Scatter plots of differentially expressed genes in the regenerated epidermis. The red dots represent upregulated genes, and the blue dots represent downregulated genes. The gray dotted lines indicate |logFC|>1."}
{"words": ["Hair", "canals", "in", "the", "regenerated", "(", "lesional", ")", "and", "nonlesional", "epidermis", "at", "P4", "(", "indicated", "by", "asterisks", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "300", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hair canals in the regenerated (lesional) and nonlesional epidermis at P4 (indicated by asterisks). Scale bar: 300 μm."}
{"words": ["BrdU", "labeling", "of", "blistered", "samples", "at", "P2", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "BrdU", "-", "positive", "cells", "are", "indicated", "by", "arrows", ".", "Blisters", "are", "indicated", "by", "stars", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "BrdU", "-", "positive", "cells", "in", "the", "epidermis", "(", "left", ")", "and", "HFs", "(", "right", ")", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SE", ".", "*", "0", ".", "01", "test", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BrdU labeling of blistered samples at P2. Scale bar: 100 μm. BrdU-positive cells are indicated by arrows. Blisters are indicated by stars. (Bottom) Quantification of BrdU-positive cells in the epidermis (left) and HFs (right) (n=4 biological replicates). The data are shown as the mean ± SE. *0.01 test, followed by Tukey's test. NS, no significance. "}
{"words": ["α5", "integrin", "(", "ITGA5", ")", "labeling", "at", "P2", "(", "left", "image", ":", "section", ",", "right", "image", ":", "whole", "-", "mount", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Blister", "edges", "(", "epidermal", "tongue", ")", "and", "HFs", "are", "indicated", "by", "arrowheads", "and", "arrows", ",", "respectively", ".", "Blisters", "are", "indicated", "by", "stars", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "α5 integrin (ITGA5) labeling at P2 (left image: section, right image: whole-mount). Scale bar: 100 μm. Blister edges (epidermal tongue) and HFs are indicated by arrowheads and arrows, respectively. Blisters are indicated by stars."}
{"words": ["Sections", "of", "K14CreER", ":", "H2B", "-", "mCherry", "mice", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "mCherry", "-", "positive", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", ".", ".", "The", "data", "from", "individual", "mice", "are", "connected", "by", "lines", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", ".", "Whole", "-", "mount", "imaging", "of", "K14CreER", ":", "R26R", "-", "confetti", "samples", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "μm", ".", "Sections", "of", "Lrig1CreER", ":", "H2B", "-", "mCherry", "mouse", "skin", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "mCherry", "-", "positive", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "data", "from", "individual", "mice", "are", "connected", "by", "lines", ".", "*", "0", ".", "01", "test", ".", "Whole", "-", "mount", "imaging", "of", "Lrig1CreER", ":", "R26R", "-", "confetti", "mouse", "samples", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Sections of K14CreER:H2B-mCherry mice at P4. Scale bar: 100 μm. (Bottom) Quantification of mCherry-positive cells (n=3).. The data from individual mice are connected by lines. Student's t-test. NS, no significance. Whole-mount imaging of K14CreER:R26R-confetti samples at P4. Scale bar: 200 μm. Sections of Lrig1CreER:H2B-mCherry mouse skin at P4. Scale bar: 100 μm. (Bottom) Quantification of mCherry-positive cells (n=3). The data from individual mice are connected by lines. *0.01 test. Whole-mount imaging of Lrig1CreER:R26R-confetti mouse samples at P4. Scale bar: 200 μm. "}
{"words": ["H", "&", "E", "(", "P2", ",", "left", ")", ",", "ITGA6", "(", "P2", ",", "middle", ")", "and", "LOR", "staining", "(", "P4", ",", "right", ")", "of", "Col17a1", "-", "/", "-", "mice", "(", "top", ")", "and", "littermate", "controls", "(", "bottom", ")", ".", "The", "regenerated", "epidermis", "is", "indicated", "by", "arrowheads", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H&E (P2, left), ITGA6 (P2, middle) and LOR staining (P4, right) of Col17a1-/- mice (top) and littermate controls (bottom) . The regenerated epidermis is indicated by arrowheads. Scale bar: 200 μm."}
{"words": ["BrdU", "labeling", "of", "Col17a1", "-", "/", "-", "skin", "at", "P2", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "(", "Bottom", ")", "Quantification", "of", "BrdU", "-", "positive", "cells", "in", "the", "epidermis", "surrounding", "blisters", "(", "n", "=", "3", "(", "control", ")", "and", "4", "(", "Col17a1", "-", "/", "-", ")", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "±", "SE", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BrdU labeling of Col17a1-/- skin at P2. Scale bar: 100 μm. (Bottom) Quantification of BrdU-positive cells in the epidermis surrounding blisters (n= 3 (control) and 4 (Col17a1-/-) biological replicates). The data are shown as the mean ± SE. Student's t-test. NS, no significance."}
{"words": ["Lineage", "tracing", "of", "K14CreER", ":", "R26R", "-", "mCherry", ":", "Col17a1", "-", "/", "-", "at", "P4", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lineage tracing of K14CreER:R26R-mCherry:Col17a1-/- at P4. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["K10", "/", "K14", "(", "low", "magnification", ",", "left", ")", "and", "K14", "(", "high", "magnification", ",", "middle", "and", "right", ")", "labeling", "of", "Col7a1", "-", "/", "-", "mouse", "(", "bottom", ")", "and", "littermate", "control", "(", "top", ")", "blistered", "skin", "at", "P2", ".", "Scale", "bar", ":", "30", "μm", ".", "Quantification", "of", "BrdU", "-", "positive", "cells", "per", "μm", "HF", "length", "(", "n", "=", "55", "HFs", "from", "three", "control", "and", "143", "HFs", "from", "four", "Col7a1", "-", "/", "-", "mice", ")", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "violin", "plots", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", ".", "Length", "of", "the", "major", "axis", "of", "keratinocytes", "in", "the", "regenerated", "epidermis", "(", "n", "=", "244", "(", "control", ",", "L", ")", ",", "and", "132", "(", "Col7a1", "-", "/", "-", ",", "L", ")", "cells", "from", "four", "mice", ",", "respectively", ")", "and", "in", "the", "surrounding", "intact", "epidermis", "(", "basal", "cells", ";", "n", "=", "200", "(", "control", ",", "NL", ")", ",", "299", "(", "Col7a1", "-", "/", "-", ",", "NL", ")", ",", "from", "four", "mice", ",", "respectively", ")", ".", "NL", ":", "nonlesional", "area", ".", "L", ":", "lesional", "area", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "violin", "plots", ".", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K10/K14 (low magnification, left) and K14 (high magnification, middle and right) labeling of Col7a1-/- mouse (bottom) and littermate control (top) blistered skin at P2. Scale bar: 30 μm. Quantification of BrdU-positive cells per μm HF length (n=55 HFs from three control and 143 HFs from four Col7a1-/- mice). The data are shown as violin plots. Student's t-test. NS, no significance. Length of the major axis of keratinocytes in the regenerated epidermis (n=244 (control, L), and 132 (Col7a1-/-, L) cells from four mice, respectively) and in the surrounding intact epidermis (basal cells; n=200 (control, NL), 299 (Col7a1-/-, NL), from four mice, respectively). NL: nonlesional area. L: lesional area. The data are shown as violin plots. ****p<0.0001, one-way ANOVA test, followed by Tukey's test. NS, no significance."}
{"words": ["K10", "/", "K14", "(", "left", ")", "and", "K14", "(", "high", "magnification", ",", "right", ")", "labeling", "of", "WT", "blistered", "skin", "treated", "with", "CaCl2", "(", "middle", "and", "bottom", ")", "or", "PBS", "(", "top", ")", "at", "P2", ".", "Scale", "bar", ":", "30", "μm", ".", "Quantification", "of", "BrdU", "-", "positive", "cells", "per", "μm", "HF", "length", "(", "n", "=", "83", "(", "PBS", ")", ",", "95", "(", "1", ".", "8", "mM", "CaCl2", ")", ",", "and", "97", "(", "9", ".", "0", "mM", "CaCl2", ")", "HFs", "from", "four", "mice", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "test", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", ".", "Length", "of", "the", "major", "axis", "of", "keratinocytes", "in", "the", "regenerated", "epidermis", "(", "n", "=", "433", "(", "PBS", ",", "L", ")", ",", "451", "(", "1", ".", "8", "mM", "CaCl2", ",", "L", ")", ",", "and", "425", "(", "9", ".", "0", "mM", "CaCl2", ",", "L", ")", "cells", "from", "four", "mice", ")", "and", "in", "the", "surrounding", "intact", "epidermis", "(", "basal", "cells", ";", "n", "=", "311", "(", "PBS", ",", "NL", ")", ",", "279", "(", "1", ".", "8", "mM", "CaCl2", ",", "NL", ")", ",", "302", "(", "9", ".", "0", "mM", "CaCl2", ",", "NL", ")", "cells", "from", "four", "mice", ")", ".", "NL", ":", "nonlesional", "area", ".", "L", ":", "lesional", "area", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "violin", "plots", ".", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "NS", ",", "no", "significance", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K10/K14 (left) and K14 (high magnification, right) labeling of WT blistered skin treated with CaCl2 (middle and bottom) or PBS (top) at P2. Scale bar: 30 μm. Quantification of BrdU-positive cells per μm HF length (n=83 (PBS), 95 (1.8 mM CaCl2), and 97 (9.0 mM CaCl2) HFs from four mice). One-way ANOVA test, followed by Tukey's test. NS, no significance. Length of the major axis of keratinocytes in the regenerated epidermis (n=433 (PBS, L), 451 (1.8 mM CaCl2, L), and 425 (9.0 mM CaCl2, L) cells from four mice) and in the surrounding intact epidermis (basal cells; n=311 (PBS, NL), 279 (1.8 mM CaCl2, NL), 302 (9.0 mM CaCl2, NL) cells from four mice). NL: nonlesional area. L: lesional area. The data are shown as violin plots. ****p<0.0001, one-way ANOVA test, followed by Tukey's test. NS, no significance."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "indicated", "amounts", "of", "recombinant", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "PPM1H", "or", "PPM1J", "(", "with", "a", "His", "-", "Sumo", "N", "-", "terminal", "tag", ",", "expressed", "in", "E", ".", "coli", ")", "were", "incubated", "in", "vitro", "with", "2", ".", "5", "µg", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "(", "left", ")", "or", "pThr73", "phosphorylated", "Rab10", "(", "right", ")", "for", "20", "min", "in", "the", "presence", "of", "10", "mM", "MgCl2", "in", "40", "mM", "HEPES", "pH", "7", ".", "5", "buffer", ".", "Reactions", "were", "terminated", "by", "addition", "of", "SDS", "Sample", "Buffer", "and", "analyzed", "by", "Phos", "-", "tag", "gel", "electrophoresis", "that", "separates", "phosphorylated", "(", "slow", "migrating", ")", "and", "dephosphorylated", "Rabs", ".", "The", "gel", "was", "stained", "with", "Instant", "Blue", "Coomassie", ".", "D288A", "is", "a", "substrate", "-", "trapping", "(", "inactive", ")", "variant", "of", "PPM1H", "and", "was", "used", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The indicated amounts of recombinant wild-type and mutant PPM1H or PPM1J (with a His-Sumo N-terminal tag, expressed in E. coli) were incubated in vitro with 2.5 µg pThr72 phosphorylated Rab8a (left) or pThr73 phosphorylated Rab10 (right) for 20 min in the presence of 10 mM MgCl2 in 40 mM HEPES pH 7.5 buffer. Reactions were terminated by addition of SDS Sample Buffer and analyzed by Phos-tag gel electrophoresis that separates phosphorylated (slow migrating) and dephosphorylated Rabs. The gel was stained with Instant Blue Coomassie. D288A is a substrate-trapping (inactive) variant of PPM1H and was used as a control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Kinetics", "of", "phosphate", "hydrolysis", ".", "25", "nM", "recombinant", "wild", "-", "type", "PPM1H", "was", "incubated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "(", "GTPγS", "or", "GDP", ")", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Initial", "velocity", "(", "V0", ")", "was", "calculated", "by", "dividing", "the", "concentration", "of", "released", "phosphatase", "(", "μM", ")", "by", "time", "(", "min", ")", "and", "plotted", "against", "substrate", "concentration", "for", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "[", "GTP", "bound", "conformation", "]", "(", "blue", ")", "and", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "[", "GDP", "bound", "conformation", "]", "(", "red", ")", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "twice", ",", "and", "both", "data", "points", "are", "shown", "in", "curves", ".", "Line", "fittings", "for", "the", "left", "and", "middle", "panel", "were", "performed", "using", "the", "mean", "of", "the", "two", "values", ".", "Kinetic", "constants", "(", "Kcat", ",", "Vmax", ",", "Km", ")", "were", "obtained", "using", "GraphPad", "software", ",", "and", "their", "uncertainties", "(", "±", ")", "correspond", "to", "the", "SE", "of", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Kinetics of phosphate hydrolysis. 25 nM recombinant wild-type PPM1H was incubated with increasing concentrations of pThr72 phosphorylated Rab8a (GTPγS or GDP) as described in Materials and Methods. Initial velocity (V0) was calculated by dividing the concentration of released phosphatase (μM) by time (min) and plotted against substrate concentration for pThr72 phosphorylated Rab8a[GTP bound conformation] (blue) and pThr72 phosphorylated Rab8a[GDP bound conformation] (red). The experiments were repeated twice, and both data points are shown in curves. Line fittings for the left and middle panel were performed using the mean of the two values. Kinetic constants (Kcat, Vmax, Km) were obtained using GraphPad software, and their uncertainties (±) correspond to the SE of mean."}
{"words": ["(", "E", ")", "Kinetic", "analysis", "of", "PPM1H", "as", "in", "(", "D", ")", "using", "50", "nM", "PPM1H", "and", "phosphopeptide", "substrates", ",", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Initial", "velocity", "(", "V0", ")", "was", "calculated", "by", "dividing", "the", "concentration", "of", "phosphatase", "(", "μM", ")", "by", "time", "(", "min", ")", "and", "plotted", "against", "substrate", "concentration", "for", "pThr72", "Rab8a", "phospho", "-", "peptide", "(", "blue", ")", "and", "Rab10", "pThr73", "phospho", "-", "peptide", "(", "red", ")", ".", "Each", "experiment", "was", "performed", "twice", "(", "individual", "data", "points", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Kinetic analysis of PPM1H as in (D) using 50 nM PPM1H and phosphopeptide substrates, as described in Materials and Methods. Initial velocity (V0) was calculated by dividing the concentration of phosphatase (μM) by time (min) and plotted against substrate concentration for pThr72 Rab8a phospho-peptide (blue) and Rab10 pThr73 phospho-peptide (red). Each experiment was performed twice (individual data points shown)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Side", "by", "side", "comparison", "of", "the", "catalytic", "activity", "against", "protein", "and", "peptide", "by", "in", "vitro", "malachite", "green", "time", "course", "analysis", ".", "50", "nM", "recombinant", "wild", "-", "type", "PPM1H", "was", "incubated", "with", "16", "μM", "Rab8a", "GTPγS", "pThr72", "phosphorylated", "protein", "(", "blue", ")", "or", "Rab8a", "pThr72", "phosphorylated", "peptide", "(", "red", ")", "for", "indicated", "times", "and", "analysed", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "3", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "SE", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Side by side comparison of the catalytic activity against protein and peptide by in vitro malachite green time course analysis. 50 nM recombinant wild-type PPM1H was incubated with 16 μM Rab8a GTPγS pThr72 phosphorylated protein (blue) or Rab8a pThr72 phosphorylated peptide (red) for indicated times and analysed as described in Materials and Methods. The experiments were repeated 3 times. The error bars represent SE of mean of the technical replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "His6", "-", "SUMO", "-", "tagged", "full", "-", "length", "variants", "of", "PPM1H", "were", "used", "for", "catalytic", "assays", "(", "left", "panel", ")", ".", "3", "μg", "of", "recombinant", "wild", "-", "type", "or", "indicated", "mutant", "PPM1H", "proteins", "were", "resolved", "on", "4", "-", "12", "%", "Bis", "-", "Tris", "gradient", "gel", "and", "stained", "with", "Instant", "Blue", "Coomassie", ".", "Right", ",", "mass", "photometry", "histogram", "for", "40nM", "His6", "-", "SUMO", "-", "PPM1H", "WT", "(", "blue", ")", "and", "His6", "-", "SUMO", "-", "PPM1H", "2Glu", "(", "brown", ")", ",", "where", "WT", "is", "130kDa", "(", "±", "15", ".", "8", "kDa", ",", "with", "1004", "single", "molecules", "counted", ")", "and", "2Glu", "is", "83kDa", "(", "±", "13", ".", "9", "kDa", ",", "with", "4117", "single", "molecules", "counted", ")", ".", "The", "calculated", "molecular", "weight", "of", "the", "fusion", "protein", "is", "approximately", "68", ".", "5", "kDa", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) His6-SUMO-tagged full-length variants of PPM1H were used for catalytic assays (left panel). 3 μg of recombinant wild-type or indicated mutant PPM1H proteins were resolved on 4-12% Bis-Tris gradient gel and stained with Instant Blue Coomassie. Right, mass photometry histogram for 40nM His6-SUMO-PPM1H WT (blue) and His6-SUMO-PPM1H 2Glu (brown), where WT is 130kDa (±15.8 kDa, with 1004 single molecules counted) and 2Glu is 83kDa (±13.9 kDa, with 4117 single molecules counted). The calculated molecular weight of the fusion protein is approximately 68.5 kDa."}
{"words": ["(", "D", ")", "In", "vitro", "malachite", "green", "assay", "time", "course", "of", "recombinant", "His6", "-", "SUMO", "-", "tagged", "PPM1H", "wild", "-", "type", "(", "blue", ")", ",", "2Glu", "(", "red", ")", ",", "or", "D288A", "(", "grey", ")", "against", "16", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "protein", "(", "GTPγS", ",", "left", ")", ",", "32", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "peptide", "(", "middle", ")", ",", "or", "32", "μM", "pThr73", "phosphorylated", "Rab10", "peptide", "(", "right", ")", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "4", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "SE", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) In vitro malachite green assay time course of recombinant His6-SUMO-tagged PPM1H wild-type (blue), 2Glu (red), or D288A (grey) against 16 μM pThr72 phosphorylated Rab8a protein (GTPγS, left), 32 μM pThr72 phosphorylated Rab8a peptide (middle), or 32 μM pThr73 phosphorylated Rab10 peptide (right). The experiments were repeated 4 times. The error bars represent SE of mean of the technical replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "In", "vitro", "malachite", "green", "assay", "time", "course", "to", "determine", "enzyme", "activity", "of", "recombinant", "PPM", "proteins", "(", "25", "nM", "for", "the", "protein", "substrate", ",", "50", "nM", "for", "the", "peptide", "substrate", ")", "against", "16", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "protein", "(", "GTPγS", ")", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "3", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "SE", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", ".", "(", "D", ")", "In", "vitro", "malachite", "green", "assay", "against", "32", "μM", "pThr72", "-", "Rab8a", "peptide", "(", "left", ")", "and", "pThr73", "-", "Rab10", "peptide", "mimic", "(", "right", ")", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "3", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "standard", "error", "(", "SE", ")", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) In vitro malachite green assay time course to determine enzyme activity of recombinant PPM proteins (25 nM for the protein substrate, 50 nM for the peptide substrate) against 16 μM pThr72 phosphorylated Rab8a protein (GTPγS). The experiments were repeated 3 times. The error bars represent SE of mean of the technical replicates. (D) In vitro malachite green assay against 32 μM pThr72-Rab8a peptide (left) and pThr73-Rab10 peptide mimic (right). The experiments were repeated 3 times. The error bars represent standard error (SE) of mean of the technical replicates."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "(", "E", ")", "HEK293", "cells", "overexpressing", "indicated", "constructs", "were", "treated", "with", "±", "200", "nM", "MLi", "-", "2", "for", "90", "min", "and", "then", "lysed", ".", "10", "μg", "whole", "cell", "lysate", "was", "subjected", "to", "immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "at", "1", "μg", "/", "ml", "final", "concentration", "and", "membranes", "were", "analysed", "using", "the", "OdysseyClx", "Western", "Blot", "imaging", "system", ".", "Left", ",", "each", "lane", "represents", "cell", "extract", "obtained", "from", "a", "different", "dish", "of", "cells", "(", "two", "biological", "replicates", "per", "condition", "without", "MLi", "-", "2", "treatment", ",", "one", "biological", "replicate", "per", "condition", "with", "MLi", "-", "2", "treatment", ")", ".", "Right", ",", "the", "ratio", "of", "phospho", "-", "Rab8a", "/", "total", "Rab8a", "was", "quantified", "using", "Image", "Studio", "software", "and", "data", "presented", "relative", "to", "the", "phosphorylation", "ratio", "observed", "in", "PPM1H", "wild", "-", "type", "expressing", "cells", ".", "(", "F", ")", "As", "in", "(", "E", ")", "assessing", "phospho", "-", "Rab10", "levels", ".", "For", "quantitation", "the", "two", "replicates", "from", "the", "presented", "blots", "were", "used", ".", "The", "data", "points", "are", "shown", "on", "the", "graphs", "with", "the", "bar", "levels", "representing", "the", "mean", "value", "of", "the", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) (E) HEK293 cells overexpressing indicated constructs were treated with ± 200 nM MLi-2 for 90 min and then lysed. 10 μg whole cell lysate was subjected to immunoblot analysis with the indicated antibodies at 1 μg/ml final concentration and membranes were analysed using the OdysseyClx Western Blot imaging system. Left, each lane represents cell extract obtained from a different dish of cells (two biological replicates per condition without MLi-2 treatment, one biological replicate per condition with MLi-2 treatment). Right, the ratio of phospho-Rab8a/total Rab8a was quantified using Image Studio software and data presented relative to the phosphorylation ratio observed in PPM1H wild-type expressing cells. (F) As in (E) assessing phospho-Rab10 levels. For quantitation the two replicates from the presented blots were used. The data points are shown on the graphs with the bar levels representing the mean value of the biological replicates."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vitro", "malachite", "green", "assay", "time", "course", "of", "recombinant", "PPM1H", "mutants", "against", "16", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "protein", "(", "GTPγS", ",", "left", ")", ",", "32", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "peptide", "(", "middle", ")", ",", "or", "32", "μM", "pThr73", "phosphorylated", "Rab10", "peptide", "(", "right", ")", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "4", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "SE", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) In vitro malachite green assay time course of recombinant PPM1H mutants against 16 μM pThr72 phosphorylated Rab8a protein (GTPγS, left), 32 μM pThr72 phosphorylated Rab8a peptide (middle), or 32 μM pThr73 phosphorylated Rab10 peptide (right). The experiments were repeated 4 times. The error bars represent SE of mean of the technical replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "3", "μg", "of", "recombinant", "wild", "-", "type", "or", "indicated", "mutant", "PPM1H", "proteins", "were", "resolved", "on", "4", "-", "12", "%", "Bis", "-", "Tris", "gradient", "gel", "and", "stained", "with", "Instant", "Blue", "Coomassie", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "(C) 3 μg of recombinant wild-type or indicated mutant PPM1H proteins were resolved on 4-12% Bis-Tris gradient gel and stained with Instant Blue Coomassie."}
{"words": ["(", "E", ")", "Activity", "of", "25", "nM", "PPM1H", "flap", "domain", "mutants", "against", "16", "μM", "pThr72", "phosphorylated", "Rab8a", "protein", "(", "GTPγS", ")", "using", "the", "malachite", "green", "assay", "time", "course", ".", "The", "experiments", "were", "repeated", "3", "times", ".", "The", "error", "bars", "represent", "SE", "of", "mean", "of", "the", "technical", "replicates", ".", "Quality", "of", "purified", "proteins", "(", "right", "panel", ")", "is", "shown", "using", "the", "protocol", "in", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Activity of 25 nM PPM1H flap domain mutants against 16 μM pThr72 phosphorylated Rab8a protein (GTPγS) using the malachite green assay time course. The experiments were repeated 3 times. The error bars represent SE of mean of the technical replicates. Quality of purified proteins (right panel) is shown using the protocol in (C)."}
{"words": ["(", "F", ")", "HEK293", "cells", "overexpressing", "indicated", "constructs", "were", "treated", "and", "analysed", "as", "described", "in", "(", "D", ")", ",", "with", "pRab10", "analysed", "in", "the", "upper", "panel", ",", "and", "pRab8a", "in", "the", "lower", "panel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HEK293 cells overexpressing indicated constructs were treated and analysed as described in (D), with pRab10 analysed in the upper panel, and pRab8a in the lower panel."}
{"words": ["(", "B", ")", "Incremental", "deletions", "of", "the", "N", "-", "terminus", "from", "residues", "1", "-", "37", "to", "1", "-", "44", ",", "one", "residue", "at", "a", "time", ".", "Upon", "deletion", "of", "R43", "(", "44", "-", "end", ")", ",", "a", "reduced", "level", "of", "soluble", "PPM1H", "expression", "has", "no", "significant", "catalytic", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Incremental deletions of the N-terminus from residues 1-37 to 1-44, one residue at a time. Upon deletion of R43 (44-end), a reduced level of soluble PPM1H expression has no significant catalytic activity."}
{"words": ["(", "A", ")", "In", "vitro", "Methyltransferase", "activity", ".", "Recombinant", "proteins", "Nsp10", "and", "Nsp16", "wt", "or", "Nsp16mut", "were", "combined", "with", "cap0", "RNA", "and", "Adenosyl", "-", "L", "-", "methionine", "(", "[", "methyl", "-", "3H", "]", "SAM", ")", "for", "90", "min", "at", "37", "°", "C", ".", "Methylation", "of", "cap0", "RNA", "was", "quantified", "using", "a", "scintillation", "counter", "(", "Beckmann", ")", ".", "(", "-", ")", "control", "did", "not", "contain", "any", "recombinant", "protein", ".", "Results", "are", "plotted", "as", "mean", "of", "triplicate", "reactions", "with", "error", "bars", "representing", "SD", ".", "One", "out", "of", "three", "independent", "biological", "repeats", "is", "shown", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "analysis", "was", "done", "using", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) In vitro Methyltransferase activity. Recombinant proteins Nsp10 and Nsp16 wt or Nsp16mut were combined with cap0 RNA and Adenosyl-L-methionine ([methyl-3H] SAM) for 90 min at 37°C. Methylation of cap0 RNA was quantified using a scintillation counter (Beckmann).(-) control did not contain any recombinant protein. Results are plotted as mean of triplicate reactions with error bars representing SD. One out of three independent biological repeats is shown. Data information: Statistical analysis was done using a one-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test."}
{"words": ["(", "B", ")", "MTase", "activity", "of", "Nsp16", "upon", "viral", "infection", ".", "Cellular", "mRNA", "was", "purified", "24", "h", "postinfection", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "or", "Nsp16mut", "(", "triplicate", "infections", ",", "biological", "replicates", ")", ".", "Purified", "mRNA", "was", "incubated", "with", "100U", "of", "the", "recombinant", "MTase", "VACV", "VP39", "(", "NEB", ")", "and", "[", "methyl", "-", "3H", "]", "SAM", "for", "90", "min", "at", "37", "°", "C", ".", "Methylation", "of", "mRNA", "from", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infected", "cells", "was", "quantified", "using", "a", "scintillation", "counter", "(", "DPM3H", ";", "Beckmann", ")", ".", "(", "-", ")", "control", "did", "not", "contain", "cellular", "RNA", ".", "Results", "are", "plotted", "as", "mean", "of", "triplicate", "infections", "with", "error", "bars", "representing", "SD", ".", "One", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "analysis", "was", "done", "using", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) MTase activity of Nsp16 upon viral infection. Cellular mRNA was purified 24 h postinfection with SARS-CoV-2 wt or Nsp16mut (triplicate infections, biological replicates). Purified mRNA was incubated with 100U of the recombinant MTase VACV VP39 (NEB) and [methyl-3H] SAM for 90 min at 37 °C. Methylation of mRNA from SARS-CoV-2 infected cells was quantified using a scintillation counter (DPM3H; Beckmann). (-) control did not contain cellular RNA. Results are plotted as mean of triplicate infections with error bars representing SD. One out of three independent experiments is shown (n=3). Data information: Statistical analysis was done using a one-way ANOVA followed by Tukey's multiple comparisons test."}
{"words": ["(", "A", ")", "Calu", "-", "3", "cells", "were", "incubated", "with", "the", "indicated", "amounts", "of", "type", "I", "IFN", "24", "h", "prior", "to", "infection", "with", "normalized", "amounts", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "(", "WT", ")", "or", "Nsp16mut", "at", "0", ".", "015", "RNA", "copies", "/", "cell", ".", "Viral", "load", "in", "the", "supernatant", "was", "quantified", "at", "the", "indicated", "time", "points", "by", "RT", "-", "qPCR", "targeting", "viral", "polymerase", "RdRp", ".", "Results", "are", "plotted", "as", "mean", "of", "triplicate", "infections", "with", "error", "bars", "representing", "the", "SD", "(", "biological", "replicates", ")", ".", "One", "out", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Three", "days", "postinfection", ",", "protein", "expression", "of", "IFIT1", "was", "analyzed", "by", "immunoblot", "to", "control", "for", "type", "I", "IFN", "treatment", ".", "Membranes", "were", "probed", "with", "antibodies", "targeting", "IFIT1", "and", "the", "housekeeping", "gene", "HSP90", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "analysis", "was", "done", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "ns", "=", "not", "significant", "(", "p", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Calu-3 cells were incubated with the indicated amounts of type I IFN 24 h prior to infection with normalized amounts of SARS-CoV-2 wt (WT) or Nsp16mut at 0.015 RNA copies/cell. Viral load in the supernatant was quantified at the indicated time points by RT-qPCR targeting viral polymerase RdRp. Results are plotted as mean of triplicate infections with error bars representing the SD (biological replicates). One out of three independent experiments is shown (n=3). Three days postinfection, protein expression of IFIT1 was analyzed by immunoblot to control for type I IFN treatment. Membranes were probed with antibodies targeting IFIT1 and the housekeeping gene HSP90. Data information: Statistical analysis was done using two-way ANOVA followed by Bonferroni's multiple comparisons test. ns = not significant (p>0.05)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Calu", "-", "3", "cells", "lacking", "MDA5", "(", "MDA5", "KO", ")", ",", "RIG", "-", "I", "(", "RIG", "-", "I", "KO", ")", ",", "or", "control", "KO", "cells", "(", "Ctrl", ")", "were", "seeded", "into", "96well", "plates", "and", "infected", "with", "increasing", "amounts", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "(", "WT", ")", "or", "Nsp16mut", "in", "triplicates", "(", "biological", "replicates", ")", ".", "Type", "I", "IFN", "release", "was", "quantified", "after", "48", "h", "by", "incubating", "supernatants", "with", "HEK", "-", "Blue", "IFN", "-", "α", "/", "β", "reporter", "cells", ".", "SEAP", "activity", "in", "the", "supernatant", "of", "the", "reporter", "cells", "is", "shown", "as", "mean", "of", "quadruplicates", "with", "error", "bars", "representing", "SD", ".", "(", "D", ")", "Calu", "-", "3", "cells", "(", "Ctrl", ")", "were", "seeded", "into", "96", "well", "plates", "and", "infected", "with", "10", "RNA", "copies", "/", "cell", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "(", "WT", ")", "or", "Nsp16mut", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "amounts", "of", "Remdesivir", "(", "RDV", ")", ".", "Type", "I", "IFN", "release", "was", "quantified", "after", "48", "h", "by", "IFN", "bioassay", "on", "HEK", "-", "Blue", "IFN", "-", "α", "/", "β", "and", "is", "depicted", "as", "mean", "of", "quadruplicates", "with", "error", "bars", "representing", "SD", ".", "In", "parallel", ",", "infectivity", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "and", "Nsp16", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "amounts", "of", "RDV", "was", "determined", "at", "the", "indicated", "time", "points", "by", "RT", "-", "qPCR", "targeting", "viral", "polymerase", "RdRp", "transcripts", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "ns", "=", "not", "significant", "(", "p", ">", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Calu-3 cells lacking MDA5 (MDA5 KO), RIG-I (RIG-I KO), or control KO cells (Ctrl) were seeded into 96well plates and infected with increasing amounts of SARS-CoV-2 wt (WT) or Nsp16mut in triplicates (biological replicates). Type I IFN release was quantified after 48 h by incubating supernatants with HEK-Blue IFN-α/β reporter cells. SEAP activity in the supernatant of the reporter cells is shown as mean of quadruplicates with error bars representing SD. (D) Calu-3 cells (Ctrl) were seeded into 96 well plates and infected with 10 RNA copies/cell of SARS-CoV-2 wt (WT) or Nsp16mut in the presence of increasing amounts of Remdesivir (RDV). Type I IFN release was quantified after 48 h by IFN bioassay on HEK-Blue IFN-α/β and is depicted as mean of quadruplicates with error bars representing SD. In parallel, infectivity of SARS-CoV-2 wt and Nsp16 in the presence of increasing amounts of RDV was determined at the indicated time points by RT-qPCR targeting viral polymerase RdRp transcripts. Data information: Statistical analysis was performed using two-way ANOVA followed by Bonferroni's multiple comparisons test. ns = not significant (p>0.05)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Three", "days", "after", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "Nsp16mut", "infection", "of", "A549", "cells", "described", "in", "(", "A", ")", ",", "expression", "of", "IFIT1", "and", "viral", "nucleocapsid", "protein", "N", "was", "analyzed", "by", "immunoblot", ".", "Membranes", "were", "probed", "with", "antibodies", "targeting", "IFIT1", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "N", "protein", ",", "and", "the", "housekeeping", "gene", "HSP90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(B) Three days after SARS-CoV-2 Nsp16mut infection of A549 cells described in (A), expression of IFIT1 and viral nucleocapsid protein N was analyzed by immunoblot. Membranes were probed with antibodies targeting IFIT1, SARS-CoV-2 N protein, and the housekeeping gene HSP90."}
{"words": ["(", "D", ")", "IFIT1", "expression", "levels", "in", "Calu", "-", "3", "Ctrl", ",", "IFIT1", "KO", "#", "1", "and", "#", "2", "lines", "treated", "with", "type", "I", "IFN", "(", "24", "h", ";", "100", "U", "/", "ml", ")", "were", "analyzed", "by", "immunoblot", ".", "Membranes", "were", "probed", "with", "antibodies", "targeting", "IFIT1", "or", "the", "housekeeping", "gene", "HSP90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) IFIT1 expression levels in Calu-3 Ctrl, IFIT1 KO #1 and #2 lines treated with type I IFN (24 h; 100 U/ml) were analyzed by immunoblot. Membranes were probed with antibodies targeting IFIT1 or the housekeeping gene HSP90."}
{"words": ["(", "F", ")", "Three", "days", "postinfection", ",", "A549", "cells", "described", "in", "(", "E", ")", "were", "analyzed", "by", "immunoblot", ".", "Membranes", "were", "probed", "with", "antibodies", "targeting", "IFIT1", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "N", "protein", ",", "or", "the", "housekeeping", "gene", "HSP90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(F) Three days postinfection, A549 cells described in (E) were analyzed by immunoblot. Membranes were probed with antibodies targeting IFIT1, SARS-CoV-2 N protein, or the housekeeping gene HSP90."}
{"words": ["(", "H", ")", "IFIT1", "expression", "was", "analyzed", "in", "mock", "treated", ",", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "wt", "(", "WT", ")", "or", "Nsp16mut", "infected", "cells", "at", "48", "hpi", "by", "immunoblot", ".", "Membranes", "were", "probed", "with", "antibodies", "targeting", "IFIT1", "and", "the", "housekeeping", "gene", "HSP90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(H) IFIT1 expression was analyzed in mock treated, SARS-CoV-2 wt (WT) or Nsp16mut infected cells at 48 hpi by immunoblot. Membranes were probed with antibodies targeting IFIT1 and the housekeeping gene HSP90."}
{"words": ["(", "D", ")", "Top", ":", "Schematic", "of", "GFP", "expression", "reporter", "system", ",", "with", "the", "CBASS", "promoter", ",", "capH", ",", "and", "capP", "genes", "from", "E", ".", "coli", "MS115", "-", "1", "and", "the", "CBASS", "core", "genes", "replaced", "with", "GFP", ".", "Bottom", ":", "Western", "blot", "showing", "GFP", "expression", "in", "cells", "with", "the", "wild", "-", "type", "GFP", "reporter", "or", "constructs", "lacking", "either", "capP", "or", "capH", "genes", ".", "RNAP", ":", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(D) Top: Schematic of GFP expression reporter system, with the CBASS promoter, capH, and capP genes from E. coli MS115-1 and the CBASS core genes replaced with GFP. Bottom: Western blot showing GFP expression in cells with the wild-type GFP reporter or constructs lacking either capP or capH genes. RNAP: RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blots", "of", "the", "CBASS", "expression", "reporter", "system", "with", "FLAG", "-", "NucC", "showing", "FLAG", "-", "NucC", "expression", "after", "infection", "with", "phage", "λ", "cI", "-", "(", "multiplicity", "of", "infection", ":", "10", ")", ".", "MPI", ":", "minutes", "post", "infection", ".", "α", "-", "RNAP", ":", "anti", "-", "RNA", "polymerase", "loading", "control", ".", "Low", "RNAP", "expression", "at", "later", "time", "points", "is", "due", "to", "cell", "death", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blots of the CBASS expression reporter system with FLAG-NucC showing FLAG-NucC expression after infection with phage λ cI- (multiplicity of infection: 10). MPI: minutes post infection. α-RNAP: anti-RNA polymerase loading control. Low RNAP expression at later time points is due to cell death."}
{"words": ["(", "B", ")", "Fluorescence", "polarization", "assay", "showing", "binding", "of", "E", ".", "coli", "MS115", "-", "1", "CapH", "(", "His6", "-", "MBP", "tagged", ")", "to", "three", "40", "-", "bp", "DNAs", ":", "1", "-", "40", "(", "black", "circles", ")", ",", "31", "-", "70", "(", "Site", "1", ";", "green", "squares", ")", ",", "and", "81", "-", "120", "(", "Site", "2", ";", "orange", "triangles", ")", ".", "Fit", "Kd", "and", "Hill", "coefficient", "for", "each", "DNA", "is", "shown", ".", "Error", "bars", "indicate", "standard", "deviation", "from", "three", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Fluorescence polarization assay showing binding of E. coli MS115-1 CapH (His6-MBP tagged) to three 40-bp DNAs: 1-40 (black circles), 31-70 (Site 1; green squares), and 81-120 (Site 2; orange triangles). Fit Kd and Hill coefficient for each DNA is shown. Error bars indicate standard deviation from three technical replicates."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fluorescence", "polarization", "assay", "showing", "binding", "of", "E", ".", "coli", "MS115", "-", "1", "CapH", "(", "His6", "-", "MBP", "tagged", ";", "wild", "-", "type", "or", "indicated", "point", "mutants", ")", "to", "the", "Site", "2", "DNA", "(", "bases", "81", "-", "120", "in", "panel", "A", ")", ".", "Fit", "Kd", "and", "Hill", "coefficient", "for", "each", "DNA", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(D) Fluorescence polarization assay showing binding of E. coli MS115-1 CapH (His6-MBP tagged; wild-type or indicated point mutants) to the Site 2 DNA (bases 81-120 in panel A). Fit Kd and Hill coefficient for each DNA is shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "GFP", "expression", "reporter", "assay", "showing", "loss", "of", "suppression", "upon", "mutation", "of", "CapH", ".", "RNAP", ":", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(E) GFP expression reporter assay showing loss of suppression upon mutation of CapH. RNAP: RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fluorescence", "polarization", "assay", "showing", "binding", "of", "E", ".", "coli", "MS115", "-", "1", "CapH", "(", "His6", "-", "MBP", "tagged", ";", "full", "-", "length", "(", "black", "circles", ")", "or", "NTD", "(", "green", "squares", ")", ")", "to", "the", "Site", "2", "DNA", ".", "WT", "Kd", "=", "0", ".", "30", "+", "/", "-", "0", ".", "08", "μM", ",", "Hill", "coefficient", "=", "2", ".", "0", "+", "/", "-", "0", ".", "7", ";", "no", "binding", "detected", "for", "CapHNTD", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "standard", "deviation", "from", "three", "technical", "replicates", ".", "(", "E", ")", "Fluorescence", "polarization", "assay", "showing", "binding", "of", "E", ".", "coli", "MS115", "-", "1", "CapH", "(", "His6", "-", "MBP", "tagged", ")", "to", "the", "Site", "1", "(", "bases", "31", "-", "70", ")", "and", "Site", "2", "(", "bases", "81", "-", "120", ")", "DNAs", ".", "Wild", "-", "type", "CapH", "binding", "Site", "1", "is", "shown", "in", "orange", "triangles", ",", "and", "binding", "Site", "2", "is", "shown", "in", "blue", "diamonds", ".", "CapH", "(", "I99M", ")", "binding", "Site", "1", "is", "shown", "in", "black", "circles", ",", "and", "binding", "Site", "2", "is", "shown", "in", "green", "squares", ".", "Fit", "Kd", "and", "Hill", "coefficient", "for", "each", "combination", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Fluorescence polarization assay showing binding of E. coli MS115-1 CapH (His6-MBP tagged; full-length (black circles) or NTD(green squares)) to the Site 2 DNA. WT Kd = 0.30 +/- 0.08 μM, Hill coefficient = 2.0 +/- 0.7; no binding detected for CapHNTD). Error bars indicate standard deviation from three technical replicates. (E) Fluorescence polarization assay showing binding of E. coli MS115-1 CapH (His6-MBP tagged) to the Site 1 (bases 31-70) and Site 2 (bases 81-120) DNAs. Wild-type CapH binding Site 1 is shown in orange triangles, and binding Site 2 is shown in blue diamonds. CapH(I99M) binding Site 1 is shown in black circles, and binding Site 2 is shown in green squares. Fit Kd and Hill coefficient for each combination is shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Anti", "-", "GFP", "western", "blot", "showing", "coexpression", "in", "E", ".", "coli", "of", "an", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "fusion", "construct", "with", "wild", "-", "type", "or", "catalytic", "-", "dead", "(", "E98Q", ")", "CapP", ".", "Full", "-", "length", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "is", "indicated", "with", "a", "yellow", "arrowhead", ",", "and", "the", "C", "-", "terminal", "product", "of", "CapP", "cleavage", "is", "indicated", "with", "a", "white", "arrowhead", ".", "RNAP", ":", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Anti-GFP western blot showing coexpression in E. coli of an MBP-CapH-GFP fusion construct with wild-type or catalytic-dead (E98Q) CapP. Full-length MBP-CapH-GFP is indicated with a yellow arrowhead, and the C-terminal product of CapP cleavage is indicated with a white arrowhead. RNAP: RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "In", "vitro", "cleavage", "of", "purified", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "(", "yellow", "arrowhead", ")", "into", "N", "-", "terminal", "and", "C", "-", "terminal", "products", "(", "white", "arrowheads", ")", "by", "CapP", "is", "stimulated", "by", "DNA", ".", "For", "both", "ssDNA", "and", "dsDNA", ",", "the", "highest", "concentration", "is", "350", "ng", "/", "μL", ",", "followed", "by", "three", "5", "-", "fold", "dilutions", ".", "Red", "asterisk", "indicates", "the", "band", "that", "was", "analyzed", "by", "Edman", "degradation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) In vitro cleavage of purified MBP-CapH-GFP (yellow arrowhead) into N-terminal and C-terminal products (white arrowheads) by CapP is stimulated by DNA. For both ssDNA and dsDNA, the highest concentration is 350 ng/μL, followed by three 5-fold dilutions. Red asterisk indicates the band that was analyzed by Edman degradation."}
{"words": ["(", "E", ")", "In", "vitro", "cleavage", "of", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "(", "wild", "-", "type", "or", "R83A", "mutant", ")", "by", "CapP", ",", "in", "the", "presence", "of", "10", "μM", "ssDNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(E) In vitro cleavage of MBP-CapH-GFP (wild-type or R83A mutant) by CapP, in the presence of 10 μM ssDNA."}
{"words": ["(", "F", ")", "GFP", "reporter", "assay", "showing", "effect", "of", "a", "CapP", "E98Q", "catalytic", "-", "dead", "mutant", ",", "CapH", "R83A", "mutant", ",", "or", "removal", "of", "CapH", "residues", "83", "-", "107", "(", "capH", "1", "-", "82", ")", "on", "GFP", "expression", ".", "RNAP", ":", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(F) GFP reporter assay showing effect of a CapP E98Q catalytic-dead mutant, CapH R83A mutant, or removal of CapH residues 83-107 (capH 1-82) on GFP expression. RNAP: RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "G", ")", "CBASS", "expression", "reporter", "system", "with", "FLAG", "-", "NucC", ",", "showing", "effect", "of", "a", "CapH", "R83A", "mutant", ",", "or", "removal", "of", "CapH", "residues", "83", "-", "107", "(", "capH", "1", "-", "82", ")", "on", "FLAG", "-", "NucC", "expression", ".", "α", "-", "RNAP", ":", "anti", "-", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(G) CBASS expression reporter system with FLAG-NucC, showing effect of a CapH R83A mutant, or removal of CapH residues 83-107 (capH 1-82) on FLAG-NucC expression. α-RNAP: anti-RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "A", ")", "Anti", "-", "GFP", "western", "blot", "showing", "coexpression", "in", "E", ".", "coli", "of", "an", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "fusion", "construct", "with", "wild", "-", "type", "CapP", "after", "exposure", "to", "zeocin", "(", "100", "μg", "/", "mL", ")", ".", "Full", "-", "length", "MBP", "-", "CapH", "-", "GFP", "is", "indicated", "with", "a", "yellow", "arrowhead", ",", "and", "the", "C", "-", "terminal", "product", "of", "CapP", "cleavage", "is", "indicated", "with", "a", "white", "arrowhead", ".", "α", "-", "RNAP", ":", "anti", "-", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Anti-GFP western blot showing coexpression in E. coli of an MBP-CapH-GFP fusion construct with wild-type CapP after exposure to zeocin (100 μg/mL). Full-length MBP-CapH-GFP is indicated with a yellow arrowhead, and the C-terminal product of CapP cleavage is indicated with a white arrowhead. α-RNAP: anti-RNA polymerase loading control."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blot", "of", "the", "CBASS", "expression", "reporter", "system", "with", "FLAG", "-", "NucC", ",", "showing", "FLAG", "-", "NucC", "expression", "after", "exposure", "to", "zeocin", "(", "100", "μg", "/", "mL", ")", ".", "α", "-", "RNAP", ":", "anti", "-", "RNA", "polymerase", "loading", "control", ".", "(", "C", ")", "Western", "blot", "of", "the", "CBASS", "expression", "reporter", "system", "with", "FLAG", "-", "NucC", ",", "showing", "FLAG", "-", "NucC", "expression", "after", "exposure", "to", "mitomycin", "C", "(", "1", "μg", "/", "mL", ")", ".", "α", "-", "RNAP", ":", "anti", "-", "RNA", "polymerase", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blot of the CBASS expression reporter system with FLAG-NucC, showing FLAG-NucC expression after exposure to zeocin (100 μg/mL). α-RNAP: anti-RNA polymerase loading control. (C) Western blot of the CBASS expression reporter system with FLAG-NucC, showing FLAG-NucC expression after exposure to mitomycin C (1 μg/mL). α-RNAP: anti-RNA polymerase loading control."}
{"words": ["A", ")", "Representative", "zooms", "of", "WT", "MEFs", "transfected", "with", "GFP", "-", "tagged", "Miro1", "and", "Miro2", "(", "GFPMiro1", "and", "GFPMiro2", ")", ".", "Control", "is", "GFP", "fused", "to", "the", "first", "70", "amino", "acids", "of", "Tom70", ".", "Tom20", "and", "catalase", "stain", "mitochondria", "and", "peroxisomes", ",", "respectively", ".", "Merge", "is", "of", "Miro", "(", "green", ")", "and", "catalase", "(", "magenta", ")", "with", "colocalisation", "shown", "as", "white", ".", "White", "arrowheads", "highlight", "an", "area", "where", "an", "isolated", "peroxisome", "is", "situated", ".", "B", ")", "Quantification", "of", "the", "extent", "of", "GFP", "signal", "on", "peroxisomes", ".", "Data", "information", ":", "B", ")", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "hoc", "test", "was", "used", "for", "all", "comparisons", "(", "n", "=", "18", "cells", "per", "condition", "over", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", "in", "comparison", "to", "Control", ",", "respectively", ",", "and", "#", "#", "and", "#", "#", "#", "denote", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", "in", "comparison", "to", "GFPMiro1", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Representative zooms of WT MEFs transfected with GFP-tagged Miro1 and Miro2 (GFPMiro1 and GFPMiro2). Control is GFP fused to the first 70 amino acids of Tom70. Tom20 and catalase stain mitochondria and peroxisomes, respectively. Merge is of Miro (green) and catalase (magenta) with colocalisation shown as white. White arrowheads highlight an area where an isolated peroxisome is situated. B) Quantification of the extent of GFP signal on peroxisomes. Data information: B) One-way ANOVA with Newman-Keuls post hoc test was used for all comparisons (n=18 cells per condition over 3 independent experiments). *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001 in comparison to Control, respectively, and ## and ### denote p < 0.01 and p < 0.001 in comparison to GFPMiro1, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 5 μm."}
{"words": ["C", ")", "Pulldown", "of", "overexpressed", "Pex19", "in", "Cos7", "cells", "with", "a", "Pex19", "antibody", "shows", "interaction", "with", "full", "-", "length", "Miro1", ",", "but", "not", "Miro1", "lacking", "the", "transmembrane", "domain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Pulldown of overexpressed Pex19 in Cos7 cells with a Pex19 antibody shows interaction with full-length Miro1, but not Miro1 lacking the transmembrane domain."}
{"words": ["E", ")", "Representative", "images", "of", "Miro1", "truncation", "constructs", "expressed", "in", "DKO", "MEFs", ".", "Mitochondria", "and", "peroxisomes", "are", "stained", "with", "Tom20", "and", "catalase", ",", "respectively", ".", "White", "arrowheads", "highlight", "an", "area", "where", "an", "isolated", "peroxisome", "is", "situated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Representative images of Miro1 truncation constructs expressed in DKO MEFs. Mitochondria and peroxisomes are stained with Tom20 and catalase, respectively. White arrowheads highlight an area where an isolated peroxisome is situated.F"}
{"words": [".", "F", ")", "Quantification", "of", "the", "extent", "of", "peroxisomal", "localisation", "of", "the", "Miro1", "truncation", "constructs", ".", "Data", "information", ":", "F", ")", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "hoc", "test", "was", "used", "for", "all", "comparisons", "(", "n", "=", "18", "cells", "per", "condition", "over", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", "in", "comparison", "to", "Control", ",", "respectively", ",", "and", "#", "#", "and", "#", "#", "#", "denote", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", "in", "comparison", "to", "GFPMiro1", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ".F) Quantification of the extent of peroxisomal localisation of the Miro1 truncation constructs. Data information: F) One-way ANOVA with Newman-Keuls post hoc test was used for all comparisons (n=18 cells per condition over 3 independent experiments). *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001 in comparison to Control, respectively, and ## and ### denote p < 0.01 and p < 0.001 in comparison to GFPMiro1, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 5 μm."}
{"words": ["G", ")", "Co", "-", "immunoprecipation", "of", "Miro1", "truncation", "constructs", "and", "mycPex19", "following", "transfection", "into", "Cos7", "cells", ".", "GFP", "-", "tagged", "Miro1", "truncation", "constructs", "were", "pulled", "down", "with", "GFP", "-", "Trap", "agarose", "beads", "and", "Pex19", "was", "probed", "with", "myc", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "G) Co-immunoprecipation of Miro1 truncation constructs and mycPex19 following transfection into Cos7 cells. GFP-tagged Miro1 truncation constructs were pulled down with GFP-Trap agarose beads and Pex19 was probed with myc antibody."}
{"words": ["A", ")", "Six", "consecutive", "frames", "of", "live", "trafficking", "of", "peroxisomes", "(", "pxDsRed", "signal", "at", "1", ".", "5", "seconds", "per", "frame", ")", ".", "Yellow", "arrows", "show", "the", "trajectory", "of", "a", "fast", "-", "moving", "peroxisome", "in", "both", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Six consecutive frames of live trafficking of peroxisomes (pxDsRed signal at 1.5 seconds per frame). Yellow arrows show the trajectory of a fast-moving peroxisome in both WT and DKO MEFs. Scale bar is 5 μm."}
{"words": ["B", ")", "Blind", "scoring", "of", "the", "number", "of", "long", "-", "range", "peroxisomal", "trafficking", "events", "in", "WT", ",", "Miro1KO", "and", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "42", "cells", "over", "six", "independent", "experiments", ".", "Two", "different", "MEFs", "lines", "were", "used", "for", "each", "genotype", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "B", ")", "a", "Kruskall", "-", "Wallis", "with", "a", "Dunn", "'", "s", "correction", "posthoc", "test", "was", "used", "to", "test", "for", "significance", ".", "For", "B", ")", "no", "statistical", "difference", "between", "conditions", "was", "observed", ",", "unless", "stated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Blind scoring of the number of long-range peroxisomal trafficking events in WT, Miro1KO and Miro2KO and DKO MEFs (n=42 cells over six independent experiments. Two different MEFs lines were used for each genotype). Data information: For B) a Kruskall-Wallis with a Dunn's correction posthoc test was used to test for significance. For B) no statistical difference between conditions was observed, unless stated. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["C", ")", "and", "D", ")", "Quantification", "of", "individual", "track", "length", "and", "velocity", ",", "respectively", "(", "n", "=", "24", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Analysis", "for", "C", ")", ",", "D", ")", "is", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", ".", "*", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "For", "C", ")", ",", "D", ")", "no", "statistical", "difference", "between", "conditions", "was", "observed", ",", "unless", "stated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) and D) Quantification of individual track length and velocity, respectively (n=24 cells over three independent experiments). Data information: Analysis for C), D) is a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc test. ** denotes p < 0.01. For C), D) no statistical difference between conditions was observed, unless stated. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["E", ")", "Representative", "blots", "of", "Miro1", ",", "Miro2", "and", "actin", "from", "whole", "cell", "lysates", "of", "wild", "-", "type", "and", "Miro1", "-", "floxed", "ERT", "Cre", "-", "recombinase", "MEFs", "treated", "with", "and", "without", "4", "-", "OH", "tamoxifen", "for", "48", "hours", ".", "Lysates", "were", "taken", "one", "day", "after", "the", "end", "of", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Representative blots of Miro1, Miro2 and actin from whole cell lysates of wild-type and Miro1-floxed ERT Cre-recombinase MEFs treated with and without 4-OH tamoxifen for 48 hours. Lysates were taken one day after the end of treatment."}
{"words": ["F", ")", "Quantification", "of", "long", "-", "range", "peroxisomal", "trafficking", "events", "by", "blind", "scoring", "of", "pxDsRed", "signal", "from", "a", "two", "-", "minute", "movie", "(", "n", "=", "18", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "significance", "in", "F", ")", "was", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ".", "For", "F", ")", "no", "statistical", "difference", "between", "conditions", "was", "observed", ",", "unless", "stated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Quantification of long-range peroxisomal trafficking events by blind scoring of pxDsRed signal from a two-minute movie (n=18 cells per condition over three independent experiments). Data information: Statistical significance in F) was calculated by two-way ANOVA. For F) no statistical difference between conditions was observed, unless stated. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["G", ")", "Representative", "blot", "of", "Miro1", "and", "Miro2", "following", "knockdown", "of", "either", "Miro1", "or", "Pex14", "in", "HeLa", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Representative blot of Miro1 and Miro2 following knockdown of either Miro1 or Pex14 in HeLa cells."}
{"words": ["H", ")", "Quantification", "of", "long", "-", "range", "peroxisomal", "trafficking", "events", "(", "visualised", "with", "pxGFP", ")", "in", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "scrambled", ",", "Miro1", "and", "Pex14", "siRNA", ",", "by", "blind", "scoring", "of", "a", "five", "-", "minute", "movie", "(", "n", "=", "18", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "H", ")", "is", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", ".", "*", "*", "denotes", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "For", "H", ")", ",", "no", "statistical", "difference", "between", "conditions", "was", "observed", ",", "unless", "stated", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H) Quantification of long-range peroxisomal trafficking events (visualised with pxGFP) in HeLa cells transfected with scrambled, Miro1 and Pex14 siRNA, by blind scoring of a five-minute movie (n=18 cells over three independent experiments). Data information: For H) is a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc test. ** denotes p < 0.01. For H), no statistical difference between conditions was observed, unless stated. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["A", ")", "Representative", "images", "of", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "seeded", "onto", "Y", "-", "shaped", "fibronectin", "micropatterns", "stained", "for", "mitochondria", "(", "Tom20", "in", "red", ")", "and", "peroxisomes", "(", "Catalase", "in", "white", ")", ".", "Scale", "bar", "represents", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "60", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Representative images of WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs seeded onto Y-shaped fibronectin micropatterns stained for mitochondria (Tom20 in red) and peroxisomes (Catalase in white). Scale bar represents 10 μm. Data information: n = 60 cells over three independent experiments."}
{"words": ["B", ")", "Normalised", "cumulative", "distribution", "of", "mitochondria", "in", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", ".", "C", ")", "Distance", "at", "which", "95", "%", "of", "mitochondria", "are", "distributed", "(", "Mito95", ")", "for", "all", "four", "genotypes", "of", "MEF", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "60", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "C", ")", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", "was", "used", "to", "test", "for", "statistical", "significance", ".", "*", "*", "*", "represents", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Normalised cumulative distribution of mitochondria in WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs. C) Distance at which 95% of mitochondria are distributed (Mito95) for all four genotypes of MEF. Data information: n = 60 cells over three independent experiments. For C) one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc test was used to test for statistical significance. *** represents p < 0.001. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["D", ")", "Normalised", "cumulative", "distribution", "curves", "comparing", "the", "peroxisomal", "distribution", "from", "the", "centre", "of", "the", "cell", "to", "the", "periphery", "of", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", ".", "E", ")", "Bar", "graph", "comparing", "the", "average", "distance", "at", "which", "95", "%", "of", "the", "peroxisomal", "signal", "is", "distributed", "(", "Perox95", ")", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "60", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "E", ")", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", "was", "used", "to", "test", "for", "statistical", "significance", ".", "*", "*", "*", "represents", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Normalised cumulative distribution curves comparing the peroxisomal distribution from the centre of the cell to the periphery of WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs. E) Bar graph comparing the average distance at which 95% of the peroxisomal signal is distributed (Perox95). Data information: n = 60 cells over three independent experiments. For E) a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc test was used to test for statistical significance. *** represents p < 0.001. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["A", ")", "Snapshots", "and", "tracks", "of", "pxDsRed", "signal", "in", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "following", "live", "imaging", "at", "1", ".", "5", "seconds", "per", "frame", "for", "two", "minutes", ".", "B", ")", "Quantification", "of", "median", "net", "displacement", "of", "individual", "peroxisomes", "(", "pxDsRed", "signal", ")", "for", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "42", "cells", "over", "six", "independent", "experiments", ".", "Two", "different", "MEFs", "lines", "were", "used", "for", "each", "genotype", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "multiple", "comparisons", "in", "B", ")", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", "was", "used", "to", "test", "for", "statistical", "significance", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Snapshots and tracks of pxDsRed signal in WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs following live imaging at 1.5 seconds per frame for two minutes. B) Quantification of median net displacement of individual peroxisomes (pxDsRed signal) for WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs (n=42 cells over six independent experiments. Two different MEFs lines were used for each genotype). Data information: For multiple comparisons in B) a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc test was used to test for statistical significance."}
{"words": ["C", ")", "Still", "images", "every", "30", "seconds", "of", "ER", "and", "peroxisomes", "(", "ER", "-", "DsRed", "pseudo", "-", "coloured", "to", "green", "and", "pxGFP", "pseudo", "-", "coloured", "to", "magenta", ",", "respectively", ")", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", "taken", "from", "two", "-", "minute", "movies", "by", "live", "-", "cell", "spinning", "-", "disk", "microscopy", ".", "Arrows", "track", "individual", "peroxisomes", "associated", "with", "an", "ER", "tubule", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Still images every 30 seconds of ER and peroxisomes (ER-DsRed pseudo-coloured to green and pxGFP pseudo-coloured to magenta, respectively) in WT and DKO MEFs taken from two-minute movies by live-cell spinning-disk microscopy. Arrows track individual peroxisomes associated with an ER tubule. Scale bar is 5 μm."}
{"words": ["D", ")", "Quantification", "of", "the", "relative", "ER", "displacement", "over", "a", "two", "-", "minute", "movie", "using", "ER", "-", "DsRed", "signal", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "20", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "used", "to", "calculate", "statistical", "significance", ".", "*", "and", "*", "*", "*", "represent", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Quantification of the relative ER displacement over a two-minute movie using ER-DsRed signal in WT and DKO MEFs (n=20 cells per condition over three independent experiments). Data information: Student's t-test was used to calculate statistical significance. * and *** represent p<0.05 and p<0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["E", ")", "Median", "net", "displacement", "of", "peroxisomes", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "n", "=", "20", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Median net displacement of peroxisomes in WT and DKO MEFs. n=20 cells per condition over three independent experiments."}
{"words": ["F", ")", "Median", "net", "displacement", "of", "peroxisomes", "in", "DKO", "MEFs", "with", "and", "without", "myc", "-", "tagged", "variant", "4", "of", "Miro1", "(", "mycv4", ")", "(", "n", "=", "12", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "used", "to", "calculate", "statistical", "significance", ".", "*", "and", "*", "*", "*", "represent", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Median net displacement of peroxisomes in DKO MEFs with and without myc-tagged variant 4 of Miro1 (mycv4) (n=12 cells per condition over three independent experiments). Data information: Student's t-test was used to calculate statistical significance. * and *** represent p<0.05 and p<0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["A", ")", "Representative", "images", "of", "catalase", "staining", "(", "peroxisomes", ")", "in", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Representative images of catalase staining (peroxisomes) in WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs."}
{"words": ["B", ")", "Bar", "graph", "comparing", "average", "peroxisomal", "area", "of", "WT", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "60", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Calculation", "of", "statistical", "significance", "in", "B", ")", "was", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Scale", "bar", "in", "zooms", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Bar graph comparing average peroxisomal area of WT Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs ( n = 60 cells per condition over three independent experiments). Data information: Calculation of statistical significance in B) was a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 10 μm. Scale bar in zooms is 5 μm."}
{"words": ["C", ")", "Comparison", "of", "total", "peroxisomal", "number", "between", "WT", ",", "Miro1KO", ",", "Miro2KO", "and", "DKO", "MEFs", ".", "n", "=", "60", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Calculation", "of", "statistical", "significance", "in", "C", ")", "was", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Scale", "bar", "in", "zooms", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Comparison of total peroxisomal number between WT, Miro1KO, Miro2KO and DKO MEFs. n = 60 cells per condition over three independent experiments. Data information: Calculation of statistical significance in C) was a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 10 μm. Scale bar in zooms is 5 μm."}
{"words": ["D", ")", "Representative", "images", "of", "Control", "(", "GFP", "-", "tagged", "1", "-", "70", "of", "Tom70", ")", ",", "GFPMiro1", "and", "GFPMiro2", "in", "WT", "MEFs", "stained", "with", "catalase", "(", "peroxisomes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Representative images of Control (GFP-tagged 1-70 of Tom70), GFPMiro1 and GFPMiro2 in WT MEFs stained with catalase (peroxisomes)."}
{"words": ["E", ")", "Representative", "images", "of", "Pex14", "(", "peroxisomes", ")", "in", "DKO", "MEFs", "expressing", "either", "GFP", "(", "control", ")", "or", "GFP", "-", "tagged", "variant", "4", "of", "Miro1", "(", "GFPv4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "E) Representative images of Pex14 (peroxisomes) in DKO MEFs expressing either GFP (control) or GFP-tagged variant 4 of Miro1 (GFPv4)."}
{"words": ["F", ")", "Bar", "graph", "comparing", "average", "peroxisomal", "area", "of", "Control", ",", "GFPMiro1", "and", "GFPMiro2", "overexpressing", "WT", "MEFs", "(", "n", "=", "60", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Calculation", "of", "statistical", "significance", "in", "F", ")", "was", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Scale", "bar", "in", "zooms", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Bar graph comparing average peroxisomal area of Control, GFPMiro1 and GFPMiro2 overexpressing WT MEFs (n=60 cells per condition over three independent experiments). Data information: Calculation of statistical significance in F) was a one-way ANOVA with Newman-Keuls post-hoc. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 10 μm. Scale bar in zooms is 5 μm."}
{"words": ["G", ")", "Comparison", "of", "average", "area", "of", "individual", "peroxisomes", "between", "DKO", "MEFs", "expressing", "either", "GFP", "(", "control", ")", "or", "GFP", "-", "tagged", "variant", "4", "of", "Miro1", "(", "GFPv4", ")", "(", "n", "=", "30", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "Statistical", "test", "used", "in", "G", ")", "was", "a", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Scale", "bar", "in", "zooms", "is", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Comparison of average area of individual peroxisomes between DKO MEFs expressing either GFP (control) or GFP-tagged variant 4 of Miro1 (GFPv4) (n=30 cells per condition over three independent experiments). Data information: Statistical test used in G) was a two-tailed Student's t test. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM. Scale bar is 10 μm. Scale bar in zooms is 5 μm."}
{"words": ["A", ")", "Representative", "images", "of", "proximity", "-", "ligation", "assay", "(", "PLA", ")", "of", "Fis1", "and", "Drp1", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Red", "dots", "indicate", "interaction", "of", "Fis1", "and", "Drp1", ".", "Blue", "is", "DAPI", ".", "B", ")", "Quantification", "of", "fluorescent", "dots", "from", "PLA", "of", "Fis1", "and", "Drp1", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "Dotted", "line", "indicates", "the", "sum", "of", "the", "Fis1", "and", "Drp1", "single", "antibody", "controls", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "B", ")", "statistical", "significance", "was", "quantified", "by", "a", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Representative images of proximity-ligation assay (PLA) of Fis1 and Drp1 in WT and DKO MEFs. Scale bar is 10 μm. Red dots indicate interaction of Fis1 and Drp1. Blue is DAPI. B) Quantification of fluorescent dots from PLA of Fis1 and Drp1 in WT and DKO MEFs. Dotted line indicates the sum of the Fis1 and Drp1 single antibody controls (n=3 experiments). Data information: For B) statistical significance was quantified by a two-tailed Student's t test. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["C", ")", "Representative", "images", "of", "a", "Fis1", "-", "Drp1", "PLA", "in", "DKO", "MEFs", "expressing", "either", "GFP", ",", "GFPv1", "(", "GFP", "-", "tagged", "variant", "1", "of", "Miro1", ")", "or", "GFPv4", "(", "GFP", "-", "tagged", "variant", "4", "of", "Miro1", ")", "n", "=", "30", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Scale", "bar", "is", "10", "μm", ".", "Red", "dots", "indicate", "interaction", "of", "Fis1", "and", "Drp1", ".", "Blue", "is", "DAPI", ".", "D", ")", "Quantification", "of", "PLA", "fluorescent", "dots", "per", "cells", "between", "GFP", ",", "GFPv1", "or", "GFPv4", "transfected", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "30", "cells", "over", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "D", ")", "a", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "a", "Newman", "-", "Keuls", "post", "-", "hoc", "test", "was", "used", "to", "calculate", "statistical", "significance", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Representative images of a Fis1-Drp1 PLA in DKO MEFs expressing either GFP, GFPv1 (GFP-tagged variant 1 of Miro1) or GFPv4 (GFP-tagged variant 4 of Miro1) n=30 cells per condition over three independent experiments). Scale bar is 10 μm. Red dots indicate interaction of Fis1 and Drp1. Blue is DAPI. D) Quantification of PLA fluorescent dots per cells between GFP, GFPv1 or GFPv4 transfected DKO MEFs (n=30 cells over three independent experiments). Data information: In D) a one-way ANOVA with a Newman-Keuls post-hoc test was used to calculate statistical significance. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["E", ")", "Western", "blot", "of", "Drp1", ",", "Fis1", "and", "actin", "from", "WT", "and", "DKO", "whole", "cell", "lysates", ".", "F", ")", "Quantification", "of", "normalised", "band", "intensity", "of", "Drp1", "and", "Fis1", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", "F", ")", ",", "statistical", "significance", "was", "quantified", "by", "a", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Western blot of Drp1, Fis1 and actin from WT and DKO whole cell lysates. F) Quantification of normalised band intensity of Drp1 and Fis1 in WT and DKO MEFs (n=3). Data information F), statistical significance was quantified by a two-tailed Student's t test."}
{"words": ["G", ")", "Zooms", "of", "endogenous", "Drp1", ",", "mitochondria", "(", "Mitotracker", ")", "and", "peroxisomes", "(", "PMP70", ")", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "Scale", "bar", "is", "5", "μm", ".", "H", ")", "Integrated", "density", "of", "Drp1", "signal", "on", "Mitotracker", "-", "positive", "and", "PMP70", "-", "negative", "structures", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "I", ")", "Integrated", "density", "of", "Drp1", "signal", "on", "PMP70", "-", "positive", "and", "Mitotracker", "-", "negative", "structures", "in", "WT", "and", "DKO", "MEFs", ".", "Data", "information", "G", "-", "I", "n", "=", "42", "cells", "per", "condition", "over", "three", "independent", "experiments", ".", "For", ",", "H", ")", "statistical", "significance", "was", "quantified", "by", "a", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", ",", "*", "*", "and", "*", "*", "*", "denote", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "and", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "respectively", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Zooms of endogenous Drp1, mitochondria (Mitotracker) and peroxisomes (PMP70) in WT and DKO MEFs. Scale bar is 5 μm. H) Integrated density of Drp1 signal on Mitotracker-positive and PMP70-negative structures in WT and DKO MEFs. I) Integrated density of Drp1 signal on PMP70-positive and Mitotracker-negative structures in WT and DKO MEFs. Data information G-I n=42 cells per condition over three independent experiments. For , H) statistical significance was quantified by a two-tailed Student's t test. *, ** and *** denote p < 0.05, p < 0.01 and p < 0.001, respectively. Data are represented as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "A", ")", "Beclin", "1", "(", "BCN1", ")", "interactors", "identified", "by", "yeast", "two", "‐", "hybrid", "technology", ".", "Proteins", "binding", "to", "BCN1", "are", "listed", "and", "their", "interacting", "domains", "are", "indicated", "by", "black", "bars", ".", "Numbers", "refer", "to", "amino", "‐", "acid", "positions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Beclin 1 (BCN1) interactors identified by yeast two‐hybrid technology. Proteins binding to BCN1 are listed and their interacting domains are indicated by black bars. Numbers refer to amino‐acid positions."}
{"words": ["(", "B", ")", "Identification", "of", "TAB2", "and", "TAB3", "fragments", "interacting", "with", "BCN1", "in", "the", "yeast", "two", "‐", "hybrid", "system", ".", "Blue", "lines", "depict", "the", "fragments", "of", "TAB2", "or", "TAB3", "that", "were", "found", "to", "interact", "with", "BCN1", "(", "numbers", "on", "the", "right", "refer", "to", "the", "amount", "of", "yeast", "clones", "identified", "for", "each", "fragment", ")", ".", "The", "minimal", "domain", "required", "for", "the", "interaction", "is", "referred", "to", "as", "Beclin", "‐", "binding", "domain", "(", "BBD", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Identification of TAB2 and TAB3 fragments interacting with BCN1 in the yeast two‐hybrid system. Blue lines depict the fragments of TAB2 or TAB3 that were found to interact with BCN1 (numbers on the right refer to the amount of yeast clones identified for each fragment). The minimal domain required for the interaction is referred to as Beclin‐binding domain (BBD)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Constructs", "derived", "from", "TAB2", "and", "TAB3", "used", "in", "this", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Constructs derived from TAB2 and TAB3 used in this study."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Co", "‐", "immunoprecipitation", "of", "TAB2", "or", "TAB3", "with", "BCN1", ".", "The", "indicated", "constructs", ",", "namely", "HA", "‐", "tagged", "and", "T7", "‐", "tagged", "TAB2", ",", "and", "TAB3", "constructs", "in", "(", "D", ")", "and", "(", "E", ")", ",", "respectively", ",", "and", "Flag", "‐", "tagged", "Beclin", "1", "(", "Flag", "-", "BCN1", ")", "were", "transfected", "into", "HeLa", "cells", "alone", "or", "in", "combination", ".", "Twenty", "‐", "four", "hours", "later", ",", "TAB2", "and", "TAB3", "were", "immunoprecipitated", "with", "antibodies", "specific", "for", "HA", "(", "D", ")", "or", "T7", "(", "E", ")", "and", "the", "precipitate", "was", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "revealed", "with", "an", "antibody", "specific", "for", "Flag", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D, E) Co‐immunoprecipitation of TAB2 or TAB3 with BCN1. The indicated constructs, namely HA‐tagged and T7‐tagged TAB2, and TAB3 constructs in (D) and (E), respectively, and Flag‐tagged Beclin 1 (Flag-BCN1) were transfected into HeLa cells alone or in combination. Twenty‐four hours later, TAB2 and TAB3 were immunoprecipitated with antibodies specific for HA (D) or T7 (E) and the precipitate was separated by SDS-PAGE and revealed with an antibody specific for Flag."}
{"words": ["(", "F", ")", "Immunoprecipitation", "of", "endogenous", "BCN1", "with", "endogenous", "TAB2", "or", "TAB3", ".", "HeLa", "cells", "were", "subjected", "to", "autophagy", "induction", "with", "starvation", "conditions", ",", "1", "μM", "rapamycin", "or", "30", "μM", "pifithrin", "α", "(", "PFTα", ")", "for", "the", "indicated", "time", "and", "then", "processed", "for", "TAB2", "or", "TAB3", "immunoprecipitation", "followed", "by", "the", "immunodetection", "of", "BCN1", ",", "TAK1", ",", "TAB2", "and", "TAB3", ".", "Results", "in", "(", "E", ")", "and", "(", "F", ")", "are", "representative", "for", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Immunoprecipitation of endogenous BCN1 with endogenous TAB2 or TAB3. HeLa cells were subjected to autophagy induction with starvation conditions, 1 μM rapamycin or 30 μM pifithrin α (PFTα) for the indicated time and then processed for TAB2 or TAB3 immunoprecipitation followed by the immunodetection of BCN1, TAK1, TAB2 and TAB3. Results in (E) and (F) are representative for three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Inhibition", "of", "autophagy", "by", "dominant", "‐", "negative", "(", "DN", ")", "TAK1", ".", "HeLa", "cells", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "‐", "encoding", "construct", "plus", "pcDNA3", ".", "1", "(", "empty", "vector", ")", ",", "or", "plasmids", "for", "the", "expression", "of", "WT", "TAK1", "(", "TAK1WT", ")", "or", "the", "DN", "TAK1K63W", "mutant", ".", "One", "day", "later", ",", "cells", "were", "either", "left", "untreated", "(", "control", ")", "or", "driven", "into", "autophagy", "by", "starvation", "or", "by", "the", "administration", "of", "1", "μM", "rapamycin", "or", "30", "μM", "pifithrin", "α", "(", "PFTα", ")", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "for", "the", "detection", "of", "TAK1", "and", "endogenous", "LC3", "(", "A", ")", "or", "immunofluorescence", "microscopy", "for", "the", "quantification", "of", "cells", "with", "cytosolic", "GFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", ")", "(", "B", ")", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "control", "cells", ")", ".", "GAPDH", "levels", "were", "monitored", "to", "ensure", "equal", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Inhibition of autophagy by dominant‐negative (DN) TAK1. HeLa cells were co‐transfected with a GFP-LC3‐encoding construct plus pcDNA3.1 (empty vector), or plasmids for the expression of WT TAK1 (TAK1WT) or the DN TAK1K63W mutant. One day later, cells were either left untreated (control) or driven into autophagy by starvation or by the administration of 1 μM rapamycin or 30 μM pifithrin α (PFTα), followed by immunoblotting for the detection of TAK1 and endogenous LC3 (A) or immunofluorescence microscopy for the quantification of cells with cytosolic GFP-LC3 puncta (GFP-LC3VAC cells) (B) (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus control cells). GAPDH levels were monitored to ensure equal loading."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Inhibition", "of", "autophagy", "by", "knockdown", "of", "VPS34", ",", "Beclin", "1", "(", "BCN1", ")", "and", "TAK1", ".", "siRNAs", "that", "effectively", "deplete", "VPS34", ",", "BCN1", "and", "TAK1", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "‐", "encoding", "plasmid", "in", "HeLa", "cells", ".", "Autophagy", "was", "then", "induced", "as", "in", "(", "A", ")", "and", "the", "frequency", "of", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "control", "cells", ")", "was", "determined", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Inhibition of autophagy by knockdown of VPS34, Beclin 1 (BCN1) and TAK1. siRNAs that effectively deplete VPS34, BCN1 and TAK1 were co‐transfected with a GFP-LC3‐encoding plasmid in HeLa cells. Autophagy was then induced as in (A) and the frequency of GFP-LC3VAC cells (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus control cells) was determined."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "The", "same", "setting", "shown", "in", "(", "C", ",", "D", ")", "was", "performed", "with", "U2OS", "cells", "and", "FYVE", "-", "RFP", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "P0", ".", "001", "versus", "control", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) The same setting shown in (C, D) was performed with U2OS cells and FYVE-RFP (mean values±s.d., n=3; *P0.01, **P0.001 versus control cells)."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Detection", "of", "autophagic", "GFP", "-", "LC3", "+", "puncta", ".", "HeLa", "or", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "targeting", "TAK1", ",", "TAB1", ",", "TAB2", "or", "TAB3", "or", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siUNR", ")", ".", "One", "day", "later", ",", "the", "subcellular", "localization", "and", "abundance", "of", "GFP", "-", "LC3", "or", "immunostained", "TAB2", "or", "TAB3", "was", "determined", "by", "epifluorescence", "microscopy", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "A", ")", "(", "HeLa", "cells", ")", "and", "quantitative", "results", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", "are", "depicted", "in", "(", "B", ")", "(", "U2OS", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Detection of autophagic GFP-LC3+ puncta. HeLa or U2OS cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with siRNAs targeting TAK1, TAB1, TAB2 or TAB3 or with a control siRNA (siUNR). One day later, the subcellular localization and abundance of GFP-LC3 or immunostained TAB2 or TAB3 was determined by epifluorescence microscopy. Representative images are shown in (A) (HeLa cells) and quantitative results (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells) are depicted in (B) (U2OS cells)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Lipidation", "of", "LC3", "induced", "by", "TAB2", "or", "TAB3", "knockdown", ".", "Representative", "immunoblots", "showing", "the", "conversion", "of", "non", "‐", "lipidated", "LC3", "(", "LC3", "‐", "I", ")", "to", "its", "lipidated", "variant", "(", "LC3", "‐", "II", ")", "as", "well", "as", "SQSTM1", "/", "p62", "protein", "levels", "are", "shown", ".", "GAPDH", "levels", "were", "monitored", "to", "ensure", "equal", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Lipidation of LC3 induced by TAB2 or TAB3 knockdown. Representative immunoblots showing the conversion of non‐lipidated LC3 (LC3‐I) to its lipidated variant (LC3‐II) as well as SQSTM1/p62 protein levels are shown. GAPDH levels were monitored to ensure equal loading."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Quantification", "of", "autophagosomes", "and", "autophagolysosomes", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ".", "Representative", "images", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "siUNR", "or", "with", "TAB2", "‐", "or", "TAB3", "‐", "targeting", "siRNAs", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", ",", "and", "quantitative", "results", "are", "depicted", "in", "(", "E", ")", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Quantification of autophagosomes and autophagolysosomes by transmission electron microscopy. Representative images of HeLa cells transfected with siUNR or with TAB2‐ or TAB3‐targeting siRNAs are shown in (D), and quantitative results are depicted in (E) (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Epistatic", "analysis", "of", "the", "effects", "of", "TAB2", "and", "TAB3", "depletion", "on", "autophagy", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "specific", "for", "TAB2", "or", "TAB3", "and", "/", "or", "with", "cDNAs", "coding", "for", "full", "‐", "length", "HA", "‐", "tagged", "TAB2", "(", "HA", "-", "TAB2", ")", "or", "TAB3", "(", "HA", "-", "TAB3", ")", ".", "Twenty", "‐", "four", "hours", "later", ",", "the", "frequency", "of", "cells", "exhibiting", ">", "5", "GFP", "-", "LC3", "+", "cytosolic", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", ")", "was", "determined", ".", "Results", "are", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Epistatic analysis of the effects of TAB2 and TAB3 depletion on autophagy. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with siRNAs specific for TAB2 or TAB3 and/or with cDNAs coding for full‐length HA‐tagged TAB2 (HA-TAB2) or TAB3 (HA-TAB3). Twenty‐four hours later, the frequency of cells exhibiting >5 GFP-LC3+cytosolic puncta (GFP-LC3VAC cells) was determined. Results are mean values±s.d. (n=3; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "G", ")", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "FYVE", "-", "RFP", "were", "transfected", "with", "siUNR", ",", "or", "with", "siRNAs", "specific", "for", "TAB2", ",", "TAB3", ",", "VPS34", ",", "Beclin", "1", "(", "BCN1", ")", "and", "TAK1", ",", "in", "the", "indicated", "combinations", ".", "Forty", "‐", "eight", "hours", "later", ",", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "RFP", "-", "FYVE", "+", "puncta", "cells", "was", "determined", ".", "Results", "are", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) U2OS cells stably expressing FYVE-RFP were transfected with siUNR, or with siRNAs specific for TAB2, TAB3, VPS34, Beclin 1 (BCN1) and TAK1, in the indicated combinations. Forty‐eight hours later, the percentage of cells with RFP-FYVE+ puncta cells was determined. Results are mean values±s.d. (n=3; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Impact", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "BafA1", ")", "on", "the", "induction", "of", "GFP", "-", "LC3", "+", "puncta", "by", "TAB2", "and", "TAB3", "depletion", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siUNR", ")", "or", "with", "siRNAs", "targeting", "TAB2", "and", "TAB3", "for", "24", "h", ".", "During", "the", "last", "12", "h", "of", "this", "period", ",", "BafA1", "was", "optionally", "added", ".", "After", "fixation", "and", "permeabilization", ",", "LAMP2", "was", "detected", "by", "immunofluorescence", ".", "Representative", "confocal", "microphotographs", "for", "the", "TAB2", "siRNA", "are", "shown", "(", "A", ")", ",", "together", "with", "the", "profiles", "of", "colocalization", "of", "fluorescent", "signals", "(", "B", ")", "along", "the", "indicated", "direction", "(", "α", "-", "ω", ")", ".", "Columns", "in", "(", "C", ")", "represent", "the", "percentage", "of", "colocalization", "of", "GFP", "-", "LC3", "and", "LAMP2", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", ",", "as", "quantified", "in", "at", "least", "50", "cells", "for", "each", "condition", ".", "The", "frequency", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ")", "of", "cells", "with", ">", "5", "GFP", "-", "LC3", "+", "cytosolic", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3VACcells", ")", "is", "plotted", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) Impact of bafilomycin A1 (BafA1) on the induction of GFP-LC3+ puncta by TAB2 and TAB3 depletion. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with a control siRNA (siUNR) or with siRNAs targeting TAB2 and TAB3 for 24 h. During the last 12 h of this period, BafA1 was optionally added. After fixation and permeabilization, LAMP2 was detected by immunofluorescence. Representative confocal microphotographs for the TAB2 siRNA are shown (A), together with the profiles of colocalization of fluorescent signals (B) along the indicated direction (α-ω). Columns in (C) represent the percentage of colocalization of GFP-LC3 and LAMP2 (mean values±s.d.; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells), as quantified in at least 50 cells for each condition. The frequency (mean±s.d.) of cells with >5 GFP-LC3+cytosolic puncta (GFP-LC3VACcells) is plotted in (D)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Impact", "of", "BafA1", "on", "LC3", "lipidation", ".", "MEFs", "with", "the", "indicated", "genotypes", "were", "cultured", "in", "complete", "medium", "supplemented", "with", "BafA1", "for", "12", "h", "and", "the", "proportion", "of", "LC3", "‐", "I", "/", "LC3", "‐", "II", "was", "determined", "by", "immunoblotting", ".", "GAPDH", "levels", "were", "monitored", "to", "ensure", "equal", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Impact of BafA1 on LC3 lipidation. MEFs with the indicated genotypes were cultured in complete medium supplemented with BafA1 for 12 h and the proportion of LC3‐I/LC3‐II was determined by immunoblotting. GAPDH levels were monitored to ensure equal loading."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Impact", "of", "autophagy", "‐", "relevant", "proteins", "and", "of", "the", "TAK1", "‐", "IKK", "signalling", "axis", "on", "GFP", "-", "LC3", "aggregation", "induced", "by", "the", "depletion", "of", "TAB2", "or", "TAB3", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "siUNR", "or", "with", "siRNAs", "targeting", "the", "indicated", "proteins", ",", "alone", "or", "in", "combination", ",", "and", "48", "h", "later", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "were", "quantified", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "4", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Impact of autophagy‐relevant proteins and of the TAK1‐IKK signalling axis on GFP-LC3 aggregation induced by the depletion of TAB2 or TAB3. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with siUNR or with siRNAs targeting the indicated proteins, alone or in combination, and 48 h later GFP-LC3VAC cells were quantified (mean values±s.d., n=4; *P0.01 versus siUNR‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Inhibition", "of", "autophagy", "by", "dominant", "‐", "negative", "(", "DN", ")", "TAK1", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "(", "empty", "vector", ")", "or", "with", "plasmids", "encoding", "WT", "(", "TAK1WT", ")", "or", "a", "DN", "TAK1", "variant", "(", "TAK1K63W", ")", "together", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "the", "quantification", "of", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ",", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", ",", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Inhibition of autophagy by dominant‐negative (DN) TAK1. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were co‐transfected with pcDNA3.1 (empty vector) or with plasmids encoding WT (TAK1WT) or a DN TAK1 variant (TAK1K63W) together with the indicated siRNAs for 24 h, followed by the quantification of GFP-LC3VAC cells (mean values±s.d., n=3, *P0.01 versus siUNR‐, pcDNA3.1‐transfected cells)"}
{"words": ["(", "A", ")", "Effects", "of", "full", "‐", "length", "TAB2", "and", "TAB3", "or", "their", "deletion", "mutants", "(", "as", "in", "Figure", "1C", ")", "on", "autophagy", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "(", "empty", "vector", ")", "or", "with", "plasmids", "encoding", "the", "indicated", "TAB2", "and", "TAB3", "variants", "for", "24", "h", ",", "then", "driven", "into", "autophagy", "by", "starvation", "or", "by", "the", "administration", "of", "1", "μM", "rapamycin", "or", "30", "μM", "pifithrin", "α", "(", "PFTα", ")", "for", "4", "h", ".", "Finally", ",", "the", "frequency", "(", "mean", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "of", "cells", "with", ">", "5", "GFP", "-", "LC3", "+", "cytosolic", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", ")", "was", "assessed", "(", "*", "P0", ".", "01", "versus", "control", "cells", "transfected", "with", "the", "same", "plasmid", ";", "#", "P0", ".", "01", "versus", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", "treated", "with", "the", "same", "pro", "‐", "autophagic", "trigger", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Effects of full‐length TAB2 and TAB3 or their deletion mutants (as in Figure 1C) on autophagy. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with pcDNA3.1 (empty vector) or with plasmids encoding the indicated TAB2 and TAB3 variants for 24 h, then driven into autophagy by starvation or by the administration of 1 μM rapamycin or 30 μM pifithrin α (PFTα) for 4 h. Finally, the frequency (mean±s.d., n=3) of cells with >5 GFP-LC3+cytosolic puncta (GFP-LC3VAC cells) was assessed (*P0.01 versus control cells transfected with the same plasmid; #P0.01 versus pcDNA3.1‐transfected cells treated with the same pro‐autophagic trigger)."}
{"words": ["(", "B", ")", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "FYVE", "-", "RFP", "were", "co", "‐", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "or", "with", "vectors", "encoding", "TAB2C", "or", "TAB3C", "together", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siUNR", ")", "or", "with", "siRNAs", "specific", "for", "VPS34", ",", "Beclin", "1", "(", "BCN1", ")", "or", "TAK1", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "the", "quantification", "of", "cells", "exhibiting", "FYVE", "-", "RFP", "+", "dots", "(", "FYVE", "-", "RFP", "+", ")", ".", "Results", "are", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", ",", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) U2OS cells stably expressing FYVE-RFP were co‐transfected with pcDNA3.1 or with vectors encoding TAB2C or TAB3C together with a control siRNA (siUNR) or with siRNAs specific for VPS34, Beclin 1 (BCN1) or TAK1 for 24 h, followed by the quantification of cells exhibiting FYVE-RFP+ dots (FYVE-RFP+). Results are mean values±s.d. (n=3; *P0.01 versus siUNR‐, pcDNA3.1‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Inhibition", "of", "the", "interaction", "between", "endogenous", "TAB2", ",", "TAB3", "and", "BCN1", "by", "C", "‐", "terminal", "fragments", "of", "TAB2", "and", "TAB3", ".", "Forty", "‐", "eight", "hours", "after", "transfection", "with", "pcDNA3", ".", "1", "or", "plasmids", "coding", "for", "the", "indicated", "proteins", ",", "cells", "were", "lysed", ",", "TAB2", "or", "TAB3", "was", "immunoprecipitated", "and", "BCN1", "was", "immunodetected", ".", "GAPDH", "levels", "were", "monitored", "to", "ensure", "equal", "loading", ".", "This", "experiment", "has", "been", "done", "three", "times", ",", "yielding", "comparable", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Inhibition of the interaction between endogenous TAB2, TAB3 and BCN1 by C‐terminal fragments of TAB2 and TAB3. Forty‐eight hours after transfection with pcDNA3.1 or plasmids coding for the indicated proteins, cells were lysed, TAB2 or TAB3 was immunoprecipitated and BCN1 was immunodetected. GAPDH levels were monitored to ensure equal loading. This experiment has been done three times, yielding comparable results."}
{"words": ["(", "D", ")", "Mechanisms", "of", "autophagy", "induction", "by", "the", "Beclin", "‐", "binding", "domain", "(", "BBD", ")", "‐", "containing", "C", "‐", "terminal", "fragments", "of", "TAB2", "and", "TAB3", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", ",", "TAB2C", "‐", "or", "TAB3C", "‐", "encoding", "plasmids", "in", "combination", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "the", "quantification", "of", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", ",", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Mechanisms of autophagy induction by the Beclin‐binding domain (BBD)‐containing C‐terminal fragments of TAB2 and TAB3. HeLa cells were transfected with pcDNA3.1, TAB2C‐ or TAB3C‐encoding plasmids in combination with the indicated siRNAs for 24 h, followed by the quantification of GFP-LC3VAC cells (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus siUNR‐, pcDNA3.1‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Determination", "of", "the", "TAB", "‐", "binding", "domain", "(", "TBD", ")", "within", "Beclin", "1", "(", "BCN1", ")", ".", "Yeast", "two", "‐", "hybrid", "technology", "was", "used", "to", "screen", "for", "positive", "(", "+", ")", "or", "negative", "interactions", "(", "−", ")", "between", "BCN1", "fragments", "and", "full", "‐", "length", "TAB2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Determination of the TAB‐binding domain (TBD) within Beclin 1 (BCN1). Yeast two‐hybrid technology was used to screen for positive (+) or negative interactions (−) between BCN1 fragments and full‐length TAB2."}
{"words": ["(", "C", ")", "Confirmation", "of", "the", "TBD", "by", "immunoprecipitation", ".", "The", "indicated", "constructs", "were", "transfected", "into", "HeLa", "cells", ",", "followed", "by", "lysis", ",", "immunoprecipitation", "of", "HA", "‐", "tagged", "full", "‐", "length", "TAB2", "or", "TAB3", "and", "detection", "of", "His", "‐", "tagged", "constructs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Confirmation of the TBD by immunoprecipitation. The indicated constructs were transfected into HeLa cells, followed by lysis, immunoprecipitation of HA‐tagged full‐length TAB2 or TAB3 and detection of His‐tagged constructs."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Inhibition", "of", "the", "interaction", "between", "endogenous", "BCN1", ",", "TAB2", "and", "TAB3", "by", "a", "BCN1", "fragment", "corresponding", "to", "the", "TBD", ".", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "(", "empty", "vector", ")", "or", "with", "plasmids", "encoding", "the", "TBD", "or", "a", "His", "-", "tagged", "Beclin", "1", "variant", "lacking", "the", "TBD", "(", "His", "-", "BCN1ΔTBD", ")", ",", "followed", "by", "co", "‐", "immunoprecipitation", "of", "endogenous", "TAB2", "(", "D", ")", "or", "TAB3", "(", "E", ")", "and", "detection", "of", "BCN1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D, E) Inhibition of the interaction between endogenous BCN1, TAB2 and TAB3 by a BCN1 fragment corresponding to the TBD. HeLa cells were transfected with pcDNA3.1 (empty vector) or with plasmids encoding the TBD or a His-tagged Beclin 1 variant lacking the TBD (His-BCN1ΔTBD), followed by co‐immunoprecipitation of endogenous TAB2 (D) or TAB3 (E) and detection of BCN1."}
{"words": ["(", "F", ")", "Induction", "of", "autophagy", "by", "the", "TBD", ".", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "or", "constructs", "encoding", "the", "indicated", "BCN1", "variants", ".", "After", "24", "h", ",", "Flag", "‐", "tagged", "proteins", "were", "detected", "by", "immunoblotting", "and", "the", "frequency", "of", "cells", "with", ">", "5", "GFP", "-", "LC3", "+", "cytosolic", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", ")", "was", "assessed", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", ",", "*", "*", "P0", ".", "001", "versus", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Induction of autophagy by the TBD. HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with pcDNA3.1 or constructs encoding the indicated BCN1 variants. After 24 h, Flag‐tagged proteins were detected by immunoblotting and the frequency of cells with >5 GFP-LC3+cytosolic puncta (GFP-LC3VAC cells) was assessed (mean values±s.d., n=3; *P0.01, **P0.001 versus pcDNA3.1‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "G", ",", "H", ")", "Mechanisms", "of", "autophagy", "induction", "by", "the", "TBD", ".", "(", "G", ")", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "RFP", "-", "FYVE", "were", "transfected", "pcDNA3", ".", "1", "or", "plasmids", "for", "the", "expression", "of", "TBD", ",", "BCN1", "or", "BCN1ΔTBD", "in", "combination", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siUNR", ")", "or", "siRNAs", "that", "effectively", "deplete", "VPS4", ",", "BCN1", "and", "TAK1", ".", "Forty", "‐", "eight", "hours", "later", ",", "the", "percentage", "of", "cells", "exhibiting", "FYVE", "-", "RFP", "+", "dots", "(", "FYVE", "-", "RFP", "+", ")", "was", "assessed", ".", "(", "G", ")", ".", "Alternatively", ",", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LC3", "were", "transfected", "with", "pcDNA3", ".", "1", "or", "with", "a", "TBD", "‐", "encoding", "plasmids", "plus", "siUNR", "or", "siRNAs", "specific", "the", "indicated", "proteins", ".", "Forty", "‐", "eight", "hours", "later", ",", "the", "percentage", "of", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "was", "determined", "(", "H", ")", ".", "Results", "are", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ",", "*", "P0", ".", "01", "versus", "siUNR", "‐", ",", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G, H) Mechanisms of autophagy induction by the TBD. (G) U2OS cells stably expressing RFP-FYVE were transfected pcDNA3.1 or plasmids for the expression of TBD, BCN1 or BCN1ΔTBD in combination with a control siRNA (siUNR) or siRNAs that effectively deplete VPS4, BCN1 and TAK1. Forty‐eight hours later, the percentage of cells exhibiting FYVE-RFP+ dots (FYVE-RFP+) was assessed. (G). Alternatively, HeLa cells stably expressing GFP-LC3 were transfected with pcDNA3.1 or with a TBD‐encoding plasmids plus siUNR or siRNAs specific the indicated proteins. Forty‐eight hours later, the percentage of GFP-LC3VAC cells was determined (H). Results are mean values±s.d. (n=3, *P0.01 versus siUNR‐, pcDNA3.1‐transfected cells)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Inhibition", "of", "TBD", "‐", "induced", "autophagy", "by", "dominant", "‐", "negative", "(", "DN", ")", "TAK1", ".", "Cells", "were", "co", "‐", "transfected", "pcDNA3", ".", "1", "or", "vectors", "encoding", "WT", "TAK1", "(", "TAK1WT", ")", "or", "a", "DN", "TAK1", "variant", "(", "TAK1K63W", ")", "alone", "or", "together", "with", "a", "TBD", "‐", "encoding", "plasmid", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "the", "quantification", "of", "GFP", "-", "LC3VAC", "cells", "(", "mean", "values", "±", "s", ".", "d", ".", ",", "n", "=", "3", ";", "*", "P0", ".", "01", "versus", "pcDNA3", ".", "1", "‐", "transfected", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Inhibition of TBD‐induced autophagy by dominant‐negative (DN) TAK1. Cells were co‐transfected pcDNA3.1 or vectors encoding WT TAK1 (TAK1WT) or a DN TAK1 variant (TAK1K63W) alone or together with a TBD‐encoding plasmid for 24 h, followed by the quantification of GFP-LC3VAC cells (mean values±s.d., n=3; *P0.01 versus pcDNA3.1‐transfected cells)."}
{"words": ["A", "Double", "-", "plotted", "representative", "actograms", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Flies", "are", "monitored", "in", "LD", "for", "4", "days", "and", "then", "DD", "for", "7", "days", ".", "Dicer2", "(", "dcr2", ")", "is", "co", "-", "expressed", "to", "enhance", "the", "effects", "of", "RNAi", ".", "White", "boxes", "indicate", "the", "light", "phase", "and", "black", "boxes", "indicate", "the", "dark", "phase", ".", "Gray", "shades", "indicate", "DD", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Double-plotted representative actograms of the indicated genotypes. Flies are monitored in LD for 4 days and then DD for 7 days. Dicer2 (dcr2) is co-expressed to enhance the effects of RNAi. White boxes indicate the light phase and black boxes indicate the dark phase. Gray shades indicate DD. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["B", "-", "D", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythms", "of", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", "and", "controls", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", "-", "H", ")", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ".", "Digits", "on", "the", "bars", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "GAL4", "controls", ";", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "controls", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-D The period of DD locomotor rhythms of flies with Nipped-A knocked down and controls. Data information: (B-H) Error bars represent standard error of the mean (SEM). Digits on the bars are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using One-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###P<0.001, * compared with the GAL4 controls; # compared with the UAS controls. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["E", ",", "F", "Using", "temperature", "-", "sensitive", "GAL80", "system", "to", "control", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "expression", ".", "(", "E", ")", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythms", "of", "flies", "raised", "at", "18ºC", "and", "tested", "at", "29ºC", ".", "(", "F", ")", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythms", "of", "flies", "raised", "at", "29ºC", "and", "tested", "at", "18ºC", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", "-", "H", ")", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ".", "Digits", "on", "the", "bars", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "GAL4", "controls", ";", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "controls", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F Using temperature-sensitive GAL80 system to control Nipped-A RNAi expression. (E) The period of DD locomotor rhythms of flies raised at 18ºC and tested at 29ºC. (F) The period of DD locomotor rhythms of flies raised at 29ºC and tested at 18ºC. Data information: (B-H) Error bars represent standard error of the mean (SEM). Digits on the bars are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using One-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###P<0.001, * compared with the GAL4 controls; # compared with the UAS controls. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["G", ",", "H", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythms", "of", "flies", "treated", "with", "RU486", "to", "activate", "the", "pdfG4", "-", "geneswitch", "(", "pdf", "-", "GS", ")", "driver", "(", "G", ")", "or", "vehicle", "control", "(", "H", ")", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", "-", "H", ")", "Error", "bars", "represent", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", ".", "Digits", "on", "the", "bars", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "GAL4", "controls", ";", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "controls", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H The period of DD locomotor rhythms of flies treated with RU486 to activate the pdfG4-geneswitch (pdf-GS) driver (G) or vehicle control (H). Data information: (B-H) Error bars represent standard error of the mean (SEM). Digits on the bars are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using One-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###P<0.001, * compared with the GAL4 controls; # compared with the UAS controls. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["A", "Plots", "of", "relative", "mRNA", "abundance", "vs", "circadian", "time", "(", "CT", ")", "for", "clock", "genes", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "whole", "head", "extracts", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", "-", "1", "/", "+", ")", "and", "control", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "+", ")", "collected", "on", "DD1", "(", "tim", "/", "cry", ",", "n", "=", "5", ";", "Pdp1ε", "/", "per", "/", "clk", "/", "cyc", ",", "n", "=", "3", ";", "vri", ",", "n", "=", "6", ")", ".", "For", "each", "time", "series", ",", "the", "value", "of", "the", "lowest", "time", "point", "was", "set", "to", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Plots of relative mRNA abundance vs circadian time (CT) for clock genes determined by qRT-PCR in whole head extracts of Nipped-A RNAi (timG4/+;Udcr2/UNipped-ARNAi-1/+) and control (timG4/+;Udcr2/+) collected on DD1 (tim/cry, n=5; Pdp1ε/per/clk/cyc, n=3; vri, n=6). For each time series, the value of the lowest time point was set to 1."}
{"words": ["B", "Western", "blots", "of", "proteins", "from", "whole", "head", "extracts", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "and", "control", "flies", "collected", "on", "DD1", "and", "probed", "with", "TIM", ",", "PDP1ε", "and", "PER", "antibodies", ".", "C", "Quantification", "of", "TIM", "(", "n", "=", "5", ")", ",", "PDP1ε", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "PER", "(", "n", "=", "3", ")", "protein", "levels", "of", "blots", "in", "(", "B", ")", ".", "TIM", ",", "PDP1ε", "and", "PER", "protein", "levels", "were", "normalized", "to", "that", "of", "HSP70", ".", "For", "each", "time", "series", ",", "the", "value", "of", "the", "control", "at", "the", "peak", "time", "point", "was", "set", "to", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blots of proteins from whole head extracts of Nipped-A RNAi and control flies collected on DD1 and probed with TIM, PDP1ε and PER antibodies. C Quantification of TIM (n=5), PDP1ε (n=3) and PER (n=3) protein levels of blots in (B). TIM, PDP1ε and PER protein levels were normalized to that of HSP70. For each time series, the value of the control at the peak time point was set to 1. "}
{"words": ["D", "Brains", "from", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", "and", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", "flies", "collected", "at", "CT0", ",", "4", ",", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "20", "on", "DD1", "were", "immunostained", "with", "TIM", "(", "green", ")", ",", "PDP1ε", "(", "red", ")", ",", "PER", "(", "green", ")", "and", "PDF", "(", "red", "or", "green", ")", "antisera", ".", "The", "scale", "bar", "represents", "10µm", ".", "E", "Quantification", "of", "TIM", ",", "PDP1ε", "and", "PER", "protein", "levels", "in", "the", "s", "-", "LNvs", "of", "images", "in", "(", "D", ")", "(", "TIM", ":", "CT8", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "89", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", ",", "n", "=", "58", ";", "CT20", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "130", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", ",", "n", "=", "80", ";", "PDP1ε", ":", "CT4", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "46", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "RNAi", ",", "n", "=", "26", ";", "CT16", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "65", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", ",", "n", "=", "41", ";", "PER", ":", "CT0", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "90", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", ",", "n", "=", "58", ";", "CT12", ":", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "+", ",", "n", "=", "86", ";", "Udcr2", "/", "+", ";", "cryG4", "-", "16", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", ",", "n", "=", "64", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Brains from Udcr2/+;cryG4-16/+ and Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi flies collected at CT0, 4, 8, 12, 16, 20 on DD1 were immunostained with TIM (green) , PDP1ε (red), PER (green) and PDF (red or green) antisera. The scale bar represents 10µm. E Quantification of TIM, PDP1ε and PER protein levels in the s-LNvs of images in (D) (TIM: CT8: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=89; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi, n=58; CT20: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=130; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi, n=80; PDP1ε: CT4: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=46; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped- RNAi, n=26; CT16: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=65; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi, n=41; PER: CT0: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=90; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi, n=58; CT12: Udcr2/+;cryG4-16/+, n=86; Udcr2/+;cryG4-16/UNipped-ARNAi, n=64). "}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythm", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", "over", "-", "expressing", "tim", "(", "A", ")", "or", "carrying", "heterozygous", "tim01", "mutation", "(", "B", ")", ".", "Ptim", "is", "a", "tim", "cDNA", "construct", "driven", "by", "tim", "promoter", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "over", "-", "expression", "or", "mutant", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B The period of DD locomotor rhythm of Nipped-A RNAi flies over-expressing tim (A) or carrying heterozygous tim01 mutation (B). Ptim is a tim cDNA construct driven by tim promoter. Data information: Error bars represent SEM. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the over-expression or mutant flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated core clock gene. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated core clock gene and Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["C", ",", "D", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythm", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", "over", "-", "expressing", "Pdp1ε", "(", "C", ")", "or", "carrying", "heterozygous", "Pdp1ε3135", "mutation", "(", "D", ")", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "over", "-", "expression", "or", "mutant", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D The period of DD locomotor rhythm of Nipped-A RNAi flies over-expressing Pdp1ε (C) or carrying heterozygous Pdp1ε3135 mutation (D). Data information: Error bars represent SEM. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the over-expression or mutant flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated core clock gene. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated core clock gene and Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["E", ",", "F", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythm", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", "over", "-", "expressing", "per", "(", "E", ")", "or", "carrying", "perL", "mutation", "(", "F", ")", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "over", "-", "expression", "or", "mutant", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "core", "clock", "gene", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F The period of DD locomotor rhythm of Nipped-A RNAi flies over-expressing per (E) or carrying perL mutation (F). Data information: Error bars represent SEM. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, *P<0.05, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the over-expression or mutant flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated core clock gene. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated core clock gene and Nipped-A knocked down. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["A", "Plots", "of", "relative", "mRNA", "abundance", "of", "Nipped", "-", "A", "in", "whole", "head", "extracts", "of", "w1118", "flies", "in", "LD", "and", "DD1", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Plots of relative mRNA abundance of Nipped-A in whole head extracts of w1118 flies in LD and DD1 determined by qRT-PCR (n=3)."}
{"words": ["B", "Left", "panel", ":", "Western", "blots", "of", "proteins", "from", "whole", "heads", "of", "w1118", "and", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", "collected", "during", "LD", "or", "DD1", "and", "probed", "with", "NIPPED", "-", "A", "antibody", ".", "Right", "panel", ":", "quantification", "of", "NIPPED", "-", "A", "protein", "levels", "of", "blots", "in", "the", "left", "panel", "(", "LD", ",", "n", "=", "3", ";", "DD1", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Left panel: Western blots of proteins from whole heads of w1118 and Nipped-A RNAi flies collected during LD or DD1 and probed with NIPPED-A antibody. Right panel: quantification of NIPPED-A protein levels of blots in the left panel (LD, n=3; DD1, n=5)."}
{"words": ["C", "Chromatin", "immunoprecipitation", "(", "ChIP", ")", "assays", "to", "detect", "NIPPED", "-", "A", "binding", "at", "E", "-", "box", ",", "transcription", "start", "site", "(", "TSS", ")", "and", "gene", "body", "of", "tim", ",", "Pdp1ε", "and", "per", "using", "w1118", "flies", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "significant", "effect", "between", "NIPPED", "-", "A", "and", "IgG", "were", "found", "for", "tim", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "Pdp1ε", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "per", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "tim", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "Pdp1ε", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "per", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "tim", "gene", "body", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ",", "Pdp1ε", "gene", "body", "and", "per", "gene", "body", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays to detect NIPPED-A binding at E-box, transcription start site (TSS) and gene body of tim, Pdp1ε and per using w1118 flies (n=3). Data information: Error bars represent SEM. Two-way ANOVA, significant effect between NIPPED-A and IgG were found for tim E-box (P<0.001), Pdp1ε E-box (P<0.001), per E-box (P<0.001), tim TSS (P<0.001), Pdp1ε TSS (P<0.001), per TSS (P<0.001), tim gene body (P<0.001), Pdp1ε gene body and per gene body (P<0.001). Student's t-test, *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001. G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["A", "Plots", "of", "relative", "pre", "-", "mRNA", "abundance", "of", "tim", "(", "n", "=", "5", ")", "and", "Pdp1ε", "(", "n", "=", "3", ")", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "the", "whole", "head", "extracts", "of", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", "-", "1", ")", "and", "control", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "+", ")", "flies", "during", "DD1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Plots of relative pre-mRNA abundance of tim (n=5) and Pdp1ε (n=3) determined by qRT-PCR in the whole head extracts of Nipped-A RNAi (timG4/+;Udcr2/UNipped-ARNAi-1) and control (timG4/+;Udcr2/+) flies during DD1."}
{"words": ["B", "ChIP", "assays", "to", "detect", "ub", "-", "H2B", "binding", "at", "E", "-", "box", ",", "TSS", "and", "gene", "body", "of", "tim", ",", "Pdp1ε", ",", "per", "and", "clk", "in", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "UNipped", "-", "ARNAi", "-", "1", ")", "and", "control", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "+", ")", "(", "n", "≥", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "significant", "effect", "between", "ub", "-", "H2B", "and", "IgG", "were", "found", "for", "all", "genomic", "regions", "tested", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "Significant", "effect", "of", "genotypes", "were", "found", "for", "tim", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ",", "Pdp1ε", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ",", "tim", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", "and", "Pdp1ε", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B ChIP assays to detect ub-H2B binding at E-box, TSS and gene body of tim, Pdp1ε, per and clk in Nipped-A RNAi (timG4/+;Udcr2/UNipped-ARNAi-1) and control (timG4/+;Udcr2/+) (n≥3). Data information: Student's t-test, *P < 0.05. Two-way ANOVA, significant effect between ub-H2B and IgG were found for all genomic regions tested (P<0.001). Significant effect of genotypes were found for tim E-box (P<0.05), Pdp1ε E-box (P<0.01), tim TSS (P<0.01) and Pdp1ε TSS (P<0.001)."}
{"words": ["A", ",", "B", "The", "period", "(", "A", ")", "and", "power", "(", "B", ")", "of", "DD", "locomotor", "rhythms", "of", "flies", "with", "not", "knocked", "down", "and", "controls", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "not", "overexpression", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "not", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "not", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "A, B The period (A) and power (B) of DD locomotor rhythms of flies with not knocked down and controls. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the not overexpression flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated not. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated not and Nipped-A knocked down."}
{"words": ["C", "Plots", "of", "relative", "mRNA", "abundance", "vs", "CT", "for", "clock", "genes", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "whole", "head", "extracts", "of", "not", "RNAi", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "UnotRNAi", ")", "and", "control", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "+", ")", "collected", "on", "DD1", "(", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Plots of relative mRNA abundance vs CT for clock genes determined by qRT-PCR in whole head extracts of not RNAi (timG4/+;Udcr2/UnotRNAi) and control (timG4/+;Udcr2/+) collected on DD1 (n=5)."}
{"words": ["D", "ChIP", "assays", "to", "detect", "ub", "-", "H2B", "binding", "at", "E", "-", "box", ",", "TSS", "and", "gene", "body", "of", "tim", "and", "Pdp1ε", "in", "not", "RNAi", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "UnotRNAi", ")", "and", "control", "(", "timG4", "/", "+", ";", "Udcr2", "/", "+", ")", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "significant", "effect", "of", "genotypes", "were", "found", "for", "tim", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ",", "Pdp1ε", "E", "-", "box", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ",", "tim", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "and", "Pdp1ε", "TSS", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "and", "tim", "gene", "body", "(", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "G4", ",", "GAL4", ";", "U", ",", "UAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D ChIP assays to detect ub-H2B binding at E-box, TSS and gene body of tim and Pdp1ε in not RNAi (timG4/+;Udcr2/UnotRNAi) and control (timG4/+;Udcr2/+) (n=3). Student's t-test, *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001. Statistical difference is measured using two-way ANOVA, P<0.001, significant effect of genotypes were found for tim E-box (P<0.01), Pdp1ε E-box (P<0.05), tim TSS (P<0.05) and Pdp1ε TSS (P<0.001) and tim gene body (P<0.01). G4, GAL4; U, UAS."}
{"words": ["E", ",", "F", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythm", "of", "flies", "when", "knocking", "down", "Nipped", "-", "A", "and", "over", "-", "expressing", "not", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "not", "overexpression", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "not", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "not", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "E, F The period of DD locomotor rhythm of flies when knocking down Nipped-A and over-expressing not. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the not overexpression flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated not. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated not and Nipped-A knocked down."}
{"words": ["G", "The", "period", "of", "DD", "locomotor", "rhythm", "of", "flies", "co", "-", "expressing", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "and", "not", "RNAi", ".", "Digits", "on", "the", "bar", "are", "the", "number", "of", "flies", "tested", ".", "Percentage", "of", "rhythmicity", "is", "indicated", "above", "the", "bars", ".", "Statistical", "difference", "is", "measured", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", ",", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "/", "#", "#", "#", "/", "+", "+", "+", "/", "$", "$", "$", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "compared", "with", "the", "G4", "control", ",", "#", "compared", "with", "the", "UAS", "control", ",", "+", "compared", "with", "the", "Nipped", "-", "A", "RNAi", "flies", ",", "$", "compared", "with", "the", "not", "overexpression", "flies", ".", "White", "bar", "indicates", "UAS", "or", "GAL4", "controls", ".", "Dashed", "bar", "indicates", "flies", "with", "genetically", "manipulated", "not", ".", "Gray", "bar", "indicates", "flies", "with", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", ".", "Checked", "bar", "indicates", "flies", "with", "both", "genetically", "manipulated", "not", "and", "Nipped", "-", "A", "knocked", "down", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "G The period of DD locomotor rhythm of flies co-expressing Nipped-A RNAi and not RNAi. Digits on the bar are the number of flies tested. Percentage of rhythmicity is indicated above the bars. Statistical difference is measured using one-way ANOVA, P<0.001, Tukey's multiple comparison test, **P<0.01, ***/###/+++/$$$P<0.001, * compared with the G4 control, # compared with the UAS control, + compared with the Nipped-A RNAi flies, $ compared with the not overexpression flies. White bar indicates UAS or GAL4 controls. Dashed bar indicates flies with genetically manipulated not. Gray bar indicates flies with Nipped-A knocked down. Checked bar indicates flies with both genetically manipulated not and Nipped-A knocked down."}
{"words": ["A", ":", "Volcano", "plot", "showing", "significantly", "regulated", "genes", "between", "control", "and", "ATP", "-", "treated", "msEGCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Volcano plot showing significantly regulated genes between control and ATP-treated msEGCs."}
{"words": ["G", "-", "I", ":", "qPCR", "analysis", "of", "indicated", "gliosis", "genes", "in", "ATP", "-", "treated", "EGCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "G-I: qPCR analysis of indicated gliosis genes in ATP-treated EGCs."}
{"words": ["J", ":", "qPCR", "analysis", "of", "IL", "-", "6", "in", "msEGCs", "that", "were", "treated", "for", "6h", "with", "ATP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "J: qPCR analysis of IL-6 in msEGCs that were treated for 6h with ATP."}
{"words": ["K", ":", "IL", "-", "6", "protein", "levels", "in", "supernatants", "from", "msEGCs", "collected", "after", "24h", "treatment", "with", "ATP", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "K: IL-6 protein levels in supernatants from msEGCs collected after 24h treatment with ATP."}
{"words": ["A", ":", "Effect", "of", "P2", "receptor", "antagonism", "on", "ATP", "induced", "IL", "-", "6", "release", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "P2", "-", "antagonist", "suramin", "(", "1", ",", "10", "and", "100µM", ")", "alone", "or", "together", "with", "ATP", "(", "100µM", ")", "for", "24h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: Effect of P2 receptor antagonism on ATP induced IL-6 release. Cells were treated with P2-antagonist suramin (1, 10 and 100µM) alone or together with ATP (100µM) for 24h."}
{"words": ["B", ":", "ATP", "induced", "IL", "-", "6", "release", "in", "msEGCs", "measured", "by", "ELISA", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "ATP", "-", "and", "ATPɣS", "for", "24h", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "B: ATP induced IL-6 release in msEGCs measured by ELISA. Cells were treated with the indicated concentrations of ATP-and ATPɣS for 24h."}
{"words": ["C", ":", "Effects", "of", "P2X", "antagonists", "on", "ATP", "induced", "IL", "-", "6", "release", ".", "Cells", "were", "treated", "for", "24h", "alone", "or", "together", "with", "ATP", "(", "100µM", ")", "in", "absence", "or", "presence", "of", "P2X2", ",", "P2X4", "and", "P2X7", "-", "antagonists", "PSB", "-", "1011", ",", "5", "-", "BD", "-", "BD", "and", "A740003", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "C: Effects of P2X antagonists on ATP induced IL-6 release. Cells were treated for 24h alone or together with ATP (100µM) in absence or presence of P2X2, P2X4 and P2X7-antagonists PSB-1011, 5-BD-BD and A740003, respectively."}
{"words": ["D", ":", "P2X2", "antagonism", "of", "ATP", "induced", "mRNA", "expression", "of", "IL", "-", "6", ",", "GFAP", "and", "RCAN", "by", "qPCR", "in", "msEGCs", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "the", "P2X2", "-", "antagonist", "PSB", "-", "1011", "(", "20µM", ")", "alone", "or", "together", "with", "ATP", "(", "10µM", ")", "for", "6h", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D: P2X2 antagonism of ATP induced mRNA expression of IL-6, GFAP and RCAN by qPCR in msEGCs. Cells were treated with the P2X2-antagonist PSB-1011 (20µM) alone or together with ATP (10µM) for 6h."}
{"words": ["E", ":", "Representative", "confocal", "images", "of", "P2X2", "(", "green", ")", "and", "GFAP", "(", "violet", ")", "positive", "msEGCs", "in", "vivo", "and", "in", "vitro", ".", "White", "arrows", "mark", "double", "positive", "(", "white", ")", "cells", ".", "Scale", "bar", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Representative confocal images of P2X2 (green) and GFAP (violet) positive msEGCs in vivo and in vitro. White arrows mark double positive (white) cells. Scale bar 50µm."}
{"words": ["F", ":", "P2X2", "-", "siRNA", "reduces", "P2X2", "-", "mRNA", "and", "dampens", "the", "gliosis", "gene", "expression", "after", "ATPɣS", "(", "100µM", ")", "treatment", "for", "6h", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: P2X2-siRNA reduces P2X2-mRNA and dampens the gliosis gene expression after ATPɣS (100µM) treatment for 6h."}
{"words": ["G", ":", "P2X2", "-", "siRNA", "reduces", "IL", "-", "6", "release", "after", "ATPɣS", "treatment", "(", "10µM", ",", "100µM", ")", "for", "6h", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G: P2X2-siRNA reduces IL-6 release after ATPɣS treatment (10µM, 100µM) for 6h."}
{"words": ["A", ":", "ATP", "measurement", "at", "the", "indicated", "postoperative", "time", "points", "in", "peritoneal", "lavages", "of", "mice", "that", "underwent", "intestinal", "manipulation", "(", "IM", ")", "or", "were", "naïve", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A: ATP measurement at the indicated postoperative time points in peritoneal lavages of mice that underwent intestinal manipulation (IM) or were naïve."}
{"words": ["B", ":", "PCA", "plot", "of", "gene", "expression", "from", "POI", "mice", "at", "different", "disease", "stages", "and", "naïve", "mice", ";", "n", "=", "3", "for", "each", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B: PCA plot of gene expression from POI mice at different disease stages and naïve mice; n=3 for each group."}
{"words": ["F", "-", "H", ":", "qPCR", "analysis", "of", "indicated", "gliosis", "marker", "in", "mice", "that", "underwent", "IM", "(", "n", "=", "7", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H: qPCR analysis of indicated gliosis marker in mice that underwent IM (n=7)."}
{"words": ["I", ":", "Histological", "analysis", "of", "EGC", "proliferation", "in", "vivo", ".", "Representative", "confocal", "images", "and", "quantification", "show", "Sox10", "(", "green", ")", "and", "Ki67", "(", "violet", ")", "positive", "EGCs", "(", "white", "arrows", ")", "in", "the", "small", "bowel", "muscularis", "externa", "at", "naïve", ",", "IM6h", "and", "24h", ".", "Scale", "bar", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I: Histological analysis of EGC proliferation in vivo. Representative confocal images and quantification show Sox10 (green) and Ki67 (violet) positive EGCs (white arrows) in the small bowel muscularis externa at naïve, IM6h and 24h. Scale bar 50µm."}
{"words": ["K", "-", "M", ":", "qPCR", "analysis", "of", "indicated", "gliosis", "markers", "in", "td", "+", "glia", "cells", "from", "naïve", "mice", "and", "mice", "that", "underwent", "IM", "(", "n", "=", "5", "-", "7", ",", "POI", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K-M: qPCR analysis of indicated gliosis markers in td+ glia cells from naïve mice and mice that underwent IM (n=5-7, POI mice)."}
{"words": ["Postoperative", "gene", "expression", "analyses", "of", "indicated", "gliosis", "marker", "in", "the", "ME", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Postoperative gene expression analyses of indicated gliosis marker in the ME."}
{"words": ["Postoperative", "gene", "expression", "analyses", "of", "indicated", "gliosis", "marker", "in", "the", "ME", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Postoperative gene expression analyses of indicated gliosis marker in the ME."}
{"words": ["E", ":", "Histological", "analysis", "of", "EGC", "proliferation", "by", "quantification", "of", "Ki67", "(", "violet", ")", "and", "Sox10", "positive", "EGCs", "at", "IM24h", ".", "Mice", "were", "treated", "as", "seen", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: Histological analysis of EGC proliferation by quantification of Ki67 (violet) and Sox10 positive EGCs at IM24h. Mice were treated as seen in (A)."}
{"words": ["F", ":", "Histological", "counting", "of", "infiltrating", "myeloperoxidase", "(", "MPO", ")", "-", "positive", "leukocytes", "in", "the", "postoperative", "ME", "(", "n", "=", "6", "-", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: Histological counting of infiltrating myeloperoxidase (MPO)-positive leukocytes in the postoperative ME (n=6-8)."}
{"words": ["G", ":", "FACS", "analysis", "of", "infiltrating", "cells", "in", "the", "ME", "of", "mice", "treated", "with", "ambroxol", "or", "vehicle", ".", "CD45", ",", "Ly6C", "and", "CX3CR1", "were", "used", "to", "distinguish", "resident", "macrophages", "(", "CD45", "+", "/", "Ly6C", "-", "/", "CX3CR1", "+", ")", ",", "infiltrating", "monocytes", "(", "CD45", "+", "/", "Ly6C", "+", "/", "CX3CR1", "-", ")", "and", "infiltrated", "monocyte", "-", "derived", "macrophages", "(", "CD45", "+", "/", "Ly6C", "+", "/", "CX3CR1", "+", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "G: FACS analysis of infiltrating cells in the ME of mice treated with ambroxol or vehicle. CD45, Ly6C and CX3CR1 were used to distinguish resident macrophages (CD45+/Ly6C-/CX3CR1+), infiltrating monocytes (CD45+/Ly6C+/CX3CR1-) and infiltrated monocyte-derived macrophages (CD45+/Ly6C+/CX3CR1+)."}
{"words": ["H", ":", "Postoperative", "in", "vivo", "GI", "transit", "measurement", "in", "mice", "treated", "with", "ambroxol", "or", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "H: Postoperative in vivo GI transit measurement in mice treated with ambroxol or vehicle."}
{"words": ["E", ":", "IL", "-", "6", "protein", "release", "in", "hEGC", "cultures", "upon", "stimulation", "with", "ATP", "(", "200µM", ")", "or", "ATPɣS", "(", "100µM", ")", "after", "6h", "and", "24h", "treatment", "(", "n", "=", "4", "-", "6", ",", "hEGCs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E: IL-6 protein release in hEGC cultures upon stimulation with ATP (200µM) or ATPɣS (100µM) after 6h and 24h treatment (n=4-6, hEGCs)."}
{"words": ["F", ":", "IL", "-", "6", "protein", "release", "in", "hEGC", "cultures", "upon", "stimulation", "with", "NTPDase", "inhibitor", "ARL67156", "at", "indicated", "concentrations", ";", "n", "=", "4", "-", "6", ",", "hEGCs", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F: IL-6 protein release in hEGC cultures upon stimulation with NTPDase inhibitor ARL67156 at indicated concentrations; n=4-6, hEGCs."}
{"words": ["G", ":", "Immunofluorescence", "microscopy", "revealed", "P2X2", "expression", "(", "green", ")", "in", "a", "majority", "of", "s100β", "+", "(", "violet", ")", "hEGCs", "in", "intact", "myenteric", "ganglia", "of", "the", "human", "colon", ".", "White", "arrows", "mark", "double", "positive", "glia", "cells", "and", "green", "arrows", "mark", "P2X2", "positive", "neurons", ".", "Scale", "bar", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G: Immunofluorescence microscopy revealed P2X2 expression (green) in a majority of s100β+ (violet) hEGCs in intact myenteric ganglia of the human colon. White arrows mark double positive glia cells and green arrows mark P2X2 positive neurons. Scale bar, 50µm."}
{"words": ["H", ":", "Effect", "of", "the", "P2X2", "antagonism", "on", "ATP", "-", "induced", "IL", "-", "6", "release", ".", "ELISA", "measurement", "of", "IL", "-", "6", "in", "hEGCs", "upon", "treatment", "with", "P2X2", "-", "antagonist", "PSB", "-", "1011", "(", "20µM", ")", "alone", "or", "together", "with", "ATP", "(", "200µM", ")", "treated", "for", "24h", "(", "n", "=", "6", ",", "hEGCs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H: Effect of the P2X2 antagonism on ATP-induced IL-6 release. ELISA measurement of IL-6 in hEGCs upon treatment with P2X2-antagonist PSB-1011 (20µM) alone or together with ATP (200µM) treated for 24h (n=6, hEGCs)."}
{"words": ["I", ":", "PSB", "-", "1011", "(", "20μM", ")", "treatment", "inhibited", "ATP", "-", "triggered", "calcium", "responses", "in", "HEK", "cells", "transfected", "with", "P2X2", ".", "Data", "are", "represented", "as", "ΔF", "/", "F0", "+", "SEM", ";", "n", "=", "102", "HEK", "cells", ".", "J", ":", "The", "P2X2", "receptor", "antagonist", "PSB", "-", "0711", "(", "20μM", ")", "nearly", "abolished", "the", "ATP", "-", "triggered", "calcium", "response", "in", "HEK", "cells", "transfected", "with", "P2X2", ".", "n", "=", "219", "HEK", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I: PSB-1011 (20μM) treatment inhibited ATP-triggered calcium responses in HEK cells transfected with P2X2. Data are represented as ΔF/F0 +SEM; n=102 HEK cells. J: The P2X2 receptor antagonist PSB-0711 (20μM) nearly abolished the ATP-triggered calcium response in HEK cells transfected with P2X2. n=219 HEK cells."}
{"words": ["K", ":", "Ambroxol", "blocks", "ATP", "-", "induced", "IL", "-", "6", "release", "in", "hEGCs", ";", "Protein", "release", "measurement", "by", "ELISA", "of", "IL", "-", "6", "in", "hEGCs", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "ATP", "(", "200", "µM", ")", "alone", "or", "together", "with", "ambroxol", "(", "20", "µM", ")", "for", "24h", ";", "n", "=", "6", ",", "hEGCs", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K: Ambroxol blocks ATP-induced IL-6 release in hEGCs; Protein release measurement by ELISA of IL-6 in hEGCs. Cells were treated with ATP (200 µM) alone or together with ambroxol (20 µM) for 24h; n=6, hEGCs."}
{"words": ["L", "-", "N", ":", "qPCR", "analysis", "of", "several", "gliosis", "and", "ATP", "-", "target", "genes", "in", "the", "mechanically", "manipulated", "surgical", "specimens", "incubated", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ambroxol", "(", "20µM", ")", ".", "(", "n", "=", "7", ",", "4", "human", "patients", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L-N: qPCR analysis of several gliosis and ATP-target genes in the mechanically manipulated surgical specimens incubated in the presence or absence of ambroxol (20µM). (n=7, 4 human patients)."}
{"words": ["A", ".", "Ovaries", "from", "control", "heterozygous", "Rpp3018", ".", "2", "flies", "(", "left", ")", ",", "homozygous", "Rpp3018", ".", "2", "or", "transheterozygous", "Rpp3018", ".", "2", "/", "Rpp30PE", "flies", "(", "middle", ")", "and", "homozygous", "Rpp3018", ".", "2", "carrying", "a", "copy", "of", "ubiRpp30GFP", "transgene", "(", "right", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Ovaries from control heterozygous Rpp3018.2 flies (left), homozygous Rpp3018.2 or transheterozygous Rpp3018.2/Rpp30PE flies (middle) and homozygous Rpp3018.2 carrying a copy of ubiRpp30GFP transgene (right). Scale bar, 100µm."}
{"words": ["D", ".", "Ovaries", "were", "dissected", ",", "lysed", "and", "protein", "extracts", "analyzed", "by", "Western", "Blot", "using", "anti", "-", "Rpp30", ",", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "tubulin", "antibodies", ".", "Orange", "arrows", "indicate", "overexpressed", "and", "endogenous", "Rpp30", "signals", ".", "Genotypes", "are", "numbered", "as", "1", ",", "2", ",", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Ovaries were dissected, lysed and protein extracts analyzed by Western Blot using anti-Rpp30, anti- GFP or anti-tubulin antibodies. Orange arrows indicate overexpressed and endogenous Rpp30 signals. Genotypes are numbered as 1,2,3."}
{"words": ["E", ".", "Rpp30", "-", "dependent", "early", "oogenesis", "arrest", "is", "restored", "by", "expression", "of", "Rpp30GFP", "transgene", "in", "two", "different", "genetic", "backgrounds", ":", "Left", ".", "Homozygous", "Rpp3018", ".", "2", "ovariole", "expressing", "ubiquitous", "ubiRpp30GFP", "(", "st", ",", "stage", ")", ".", "Right", ".", "Transheterozygous", "Rpp3018", ".", "2", "/", "Rpp30PE", "ovarioles", "overexpressing", "germline", "specific", "nanosGal4", ",", "UASRpp30GFP", ".", "Note", "follicular", "somatic", "cells", "with", "no", "Rpp30GFP", "expression", "(", "arrowhead", ")", ".", "Magnifications", "show", "nuclear", "Rpp30", "localization", ",", "Rpp30", "perinuclear", "foci", "(", "arrows", ")", ",", "and", "Orb", "(", "a", "specific", "oocyte", "marker", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Rpp30-dependent early oogenesis arrest is restored by expression of Rpp30GFP transgene in two different genetic backgrounds: Left. Homozygous Rpp3018.2 ovariole expressing ubiquitous ubiRpp30GFP (st, stage). Right. Transheterozygous Rpp3018.2/Rpp30PE ovarioles overexpressing germline specific nanosGal4,UASRpp30GFP. Note follicular somatic cells with no Rpp30GFP expression (arrowhead). Magnifications show nuclear Rpp30 localization, Rpp30 perinuclear foci (arrows), and Orb (a specific oocyte marker). Scale bar, 10µm."}
{"words": ["F", ".", "flp", "/", "FRT", "clones", "mutant", "for", "Rpp3018", ".", "2specifically", "in", "the", "germline", "(", "star", ")", "and", "/", "or", "the", "follicular", "cells", "(", "arrows", ")", "are", "detected", "by", "the", "absence", "of", "GFP", ".", "Magnifications", "show", "mutant", "oocytes", "with", "Orb", "mislocalization", "next", "to", "the", "karyosome", "(", "dotted", "circle", ")", "instead", "of", "being", "localized", "to", "the", "posterior", ",", "as", "seen", "in", "stage", "3", "(", "st", ".", "3", ")", "wild", "-", "type", "clones", ".", "Scale", "bar", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. flp/FRT clones mutant for Rpp3018.2specifically in the germline (star) and/or the follicular cells (arrows) are detected by the absence of GFP. Magnifications show mutant oocytes with Orb mislocalization next to the karyosome (dotted circle) instead of being localized to the posterior, as seen in stage 3 (st.3) wild-type clones. Scale bar, 10µm."}
{"words": ["Figure", "2", ".", "Rpp30", "is", "required", "for", "pre", "-", "tRNA", "processing", ".", "Whole", "fly", "RNA", "extracts", "were", "used", "to", "study", "tRNA", "processing", "by", "Northern", "Blot", ".", "Top", "box", ":", "the", "three", "different", "probes", "used", "are", "depicted", ":", "5", "'", "and", "3", "'", "probes", "(", "red", "and", "green", ",", "respectively", ")", "can", "detect", "full", "pre", "-", "tRNAs", "and", "tRNAs", "intermediates", ",", "but", "will", "not", "detect", "mature", "tRNAs", ".", "An", "Internal", "Probe", "(", "IP", ",", "blue", ")", "corresponding", "to", "the", "anti", "-", "codon", "region", "was", "used", "to", "detect", "all", "non", "-", "mature", "and", "mature", "tRNAs", ".", "The", "genotypes", "used", "in", "this", "experiment", "are", "numbered", "at", "the", "bottom", "(", "1", "-", "6", ")", ".", "Northern", "Blot", "panels", ":", "tRNA", "-", "his", "5", "'", "probe", "(", "top", ")", ",", "tRNA", "-", "his", "3", "'", "probe", "(", "middle", ")", "and", "tRNA", "-", "his", "IP", "(", "bottom", ")", ".", "U6", "probe", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Figure 2. Rpp30 is required for pre-tRNA processing.Whole fly RNA extracts were used to study tRNA processing by Northern Blot. Top box : the three different probes used are depicted : 5' and 3' probes (red and green, respectively) can detect full pre-tRNAs and tRNAs intermediates, but will not detect mature tRNAs. An Internal Probe (IP, blue) corresponding to the anti-codon region was used to detect all non-mature and mature tRNAs. The genotypes used in this experiment are numbered at the bottom (1-6). Northern Blot panels: tRNA-his 5' probe (top), tRNA-his 3' probe (middle) and tRNA-his IP (bottom). U6 probe was used as loading control."}
{"words": ["A", ".", "Rpp3018", ".", "2", "homozygous", "early", "oogenesis", "arrest", "is", "partially", "rescued", "by", "p53", "mutation", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Rpp3018.2 homozygous early oogenesis arrest is partially rescued by p53 mutation. Scale bar,100μm."}
{"words": ["B", ".", "Early", "oogenesis", "arrest", "found", "in", "Rpp3018", ".", "2", "homozygous", "ovaries", "is", "rescued", "by", "chk2", "mutation", "(", "Rpp3018", ".", "2", ",", "mnkp6", "and", "Rpp3018", ".", "2", "/", "Rpp30PE", ",", "mnkp6", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", ".", "Star", ":", "example", "of", "one", "rescued", "stage", "9", "egg", "chamber", ".", "Arrow", ":", "example", "of", "non", "-", "rescued", "egg", "chambers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Early oogenesis arrest found in Rpp3018.2 homozygous ovaries is rescued by chk2 mutation (Rpp3018.2 , mnkp6 and Rpp3018.2/ Rpp30PE, mnkp6). Scale bar, 100μm. Star: example of one rescued stage 9 egg chamber. Arrow: example of non-rescued egg chambers."}
{"words": ["C", ".", "Germline", "clones", "mutant", "for", "Rpp3018", ".", "2", "were", "immunostained", "for", "PCNA", "(", "red", ")", ".", "DAPI", "is", "in", "blue", ".", "Magnifications", ":", "PCNA", "signal", "in", "a", "control", "or", "mutant", "nurse", "cell", ".", "Scale", "bar", ",", "10μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Germline clones mutant for Rpp3018.2 were immunostained for PCNA (red). DAPI is in blue. Magnifications: PCNA signal in a control or mutant nurse cell. Scale bar, 10μm."}
{"words": ["D", ".", "Germline", "clones", "mutant", "for", "Rpp3018", ".", "2", "were", "immunostained", "for", "Brf", "(", "pol", "-", "III", ")", "(", "red", ")", ".", "DAPI", "is", "in", "blue", ".", "A", "Z", "-", "projection", "of", "Brf", "staining", "is", "shown", ".", "The", "arrow", "points", "Brf", "aggregates", "in", "a", "mutant", "chamber", ".", "Scale", "bar", ",", "10μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Germline clones mutant for Rpp3018.2 were immunostained for Brf (pol-III) (red). DAPI is in blue. A Z-projection of Brf staining is shown. The arrow points Brf aggregates in a mutant chamber. Scale bar, 10μm."}
{"words": ["E", ".", "Early", "oogenesis", "arrest", "found", "in", "Rpp3018", ".", "2", "homozygous", "ovaries", "is", "partially", "rescued", "by", "claspin", "mutation", "(", "Rpp3018", ".", "2", ";", "claspinEP", "/", "TM3", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "100μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Early oogenesis arrest found in Rpp3018.2 homozygous ovaries is partially rescued by claspin mutation (Rpp3018.2; claspinEP/TM3). Scale bar, 100μm."}
{"words": ["G", ".", "Top", "panel", ".", "Early", "oogenesis", "arrest", "found", "in", "Rpp30182", ".", "/", "PEtransheterozygous", "ovaries", "is", "rescued", "by", "sqd", "-", "S", "-", "HAoverexpression", ".", "Scale", "bars", ":", "100µm", ".", "Low", "panel", ".", "Rpp3018", ".", "2", "/", "PE", ";", "sqd", "-", "S", "-", "HA", "/", "sqd", "-", "S", "-", "HA", "ovaries", "were", "dissected", "and", "stained", "for", "Orb", "(", "green", ")", ",", "HA", "(", "squid", ",", "red", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Top panel. Early oogenesis arrest found in Rpp30182./PEtransheterozygous ovaries is rescued by sqd-S-HAoverexpression. Scale bars: 100µm. Low panel. Rpp3018.2/PE ; sqd-S-HA/sqd-S-HA ovaries were dissected and stained for Orb (green), HA (squid, red) and DAPI (blue). Scale bar, 10µm."}
{"words": [".", "D", ".", "Nuage", "specific", "markers", "(", "Aub", ",", "Ago3", "and", "Mael", ")", "are", "shown", "in", "stage", "3", "wild", "-", "type", "and", "germline", "mutant", "clones", "for", "Rpp3018", ".", "2", ".", "Scale", "bar", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". D. Nuage specific markers (Aub, Ago3 and Mael) are shown in stage 3 wild-type and germline mutant clones for Rpp3018.2. Scale bar, 10µm."}
{"words": ["E", "-", "H", ".", "Double", "mutant", "ovaries", "for", "Rpp30", "and", "chk2", "(", "Rpp3018", ".", "2", ",", "mnkp6", ")", "rescued", "the", "specific", "and", "general", "piRNA", "populations", ",", "nuage", "morphology", "and", "the", "characteristic", "ping", "-", "pong", "signal", ".", "Scale", "bar", ",", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E-H. Double mutant ovaries for Rpp30 and chk2 (Rpp3018.2, mnkp6) rescued the specific and general piRNA populations, nuage morphology and the characteristic ping-pong signal. Scale bar, 10µm."}
{"words": ["D", ".", "Testes", "from", "control", "heterozygous", ",", "transheterozygous", "Rpp3018", ".", "2", "/", "Rpp30PE", "or", "aubHN", "/", "QC42", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "Stellate", "crystal", "formation", ".", "Z", "-", "projections", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Testes from control heterozygous, transheterozygous Rpp3018.2/Rpp30PE or aubHN/QC42 were fixed and stained for Stellate crystal formation. Z-projections are shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "Enrichment", "of", "proteins", "detected", "by", "mass", "spectrometry", "on", "a", "pool", "of", "TATA", "-", "box", "promoters", "over", "control", "DNA"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Enrichment of proteins detected by mass spectrometry on a pool of TATA-box promoters over control DNA sequences"}
{"words": ["(", "D", ")", "over", "a", "pool", "of", "DRE", "promoters", ".", "3", "biological", "replicates", "were", "performed", "for", "each", "promoter", "and", "control", "pool", ",", "significance", "measured", "with", "a", "Limma", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) over a pool of DRE promoters. 3 biological replicates were performed for each promoter and control pool, significance measured with a Limma p-value<0.05."}
{"words": ["D", ".", "Western", "blots", "of", "the", "DNA", "-", "bound", "fraction", "eluted", "off", "the", "beads", "in", "a", "DNA", "-", "affinity", "purification", "assay", ".", "Super", "core", "promoter", "1", "(", "SCP1", ")", "was", "used", "a", "positive", "control", "to", "bind", "TFIIA", "-", "β", "-", "FLAG", "(", "top", "panel", ")", ".", "DRE", "promoter", "pools", "of", "varying", "lengths", "were", "assayed", "for", "their", "ability", "to", "bind", "TFIIA", ".", "Sonicated", "salmon", "sperm", "DNA", "was", "used", "as", "competitor", "DNA", "and", "titrated", "from", "100ng", "to", "1", ".", "6ug", "per", "reaction", ".", "Histone", "H3", "was", "used", "as", "an", "abundant", "non", "-", "specific", "DNA", "interacting", "protein", "for", "loading", "control", ".", "From", "top", "to", "bottom", "we", "have", "used", "promoter", "fragments", "ranging", "at", "121bp", ",", "350bp", "and", "1kb", "in", "length", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Western blots of the DNA-bound fraction eluted off the beads in a DNA-affinity purification assay. Super core promoter 1 (SCP1) was used a positive control to bind TFIIA-β-FLAG (top panel). DRE promoter pools of varying lengths were assayed for their ability to bind TFIIA. Sonicated salmon sperm DNA was used as competitor DNA and titrated from 100ng to 1.6ug per reaction. Histone H3 was used as an abundant non-specific DNA interacting protein for loading control. From top to bottom we have used promoter fragments ranging at 121bp, 350bp and 1kb in length."}
{"words": ["E", ".", "ChIP", "-", "seq", "signal", "of", "GTFs", "and", "select", "housekeeping", "promoter", "binders", "from", "Drosophila", "S2", "cells", "and", "embryos", "normalized", "to", "nascent", "transcription", "level", "as", "measured", "by", "PRO", "-", "seq", "at", "the", "respective", "promoter", "types", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. ChIP-seq signal of GTFs and select housekeeping promoter binders from Drosophila S2 cells and embryos normalized to nascent transcription level as measured by PRO-seq at the respective promoter types."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "on", "FLAG", "tagged", "TBP", "and", "DREF", "0", ",", "1", "and", "3", "hours", "after", "auxin", "addition", "showing", "protein", "degradation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot on FLAG tagged TBP and DREF 0,1 and 3 hours after auxin addition showing protein degradation."}
{"words": ["E", ".", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "for", "motif", "enrichment", "in", "TBP", "and", "DREF", "downregulated", "promoters", "compared", "to", "all", "expressed", "promoters", ".", "Log2", "of", "the", "Odds", "ratio", "displayed", ".", "The", "dashed", "line", "are", "set", "at", "a", "value", "of", "1", "and", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Fisher's exact test for motif enrichment in TBP and DREF downregulated promoters compared to all expressed promoters. Log2 of the Odds ratio displayed. The dashed line are set at a value of 1 and -1."}
{"words": ["E", ".", "ChIP", "-", "seq", "coverage", "(", "input", "normalized", ")", "of", "TBP", "and", "TRF2", "at", "TBP", "and", "/", "or", "TRF2", "dependent", "promoters", ",", "and", "all", "other", "active", "promoters", "(", "'", "unchanged", "'", ")", ".", "Orange", ":", "TBP", "dependent", "promoters", "(", "i", ".", "e", ".", "promoters", "downregulated", "upon", "TBP", "depletion", ")", ";", "blue", ":", "TRF2", "dependent", "promoters", ";", "purple", ":", "promoters", "downregulated", "when", "both", ",", "TBP", "and", "Trf2", "are", "depleted", "(", "orange", ",", "blue", "and", "purple", "are", "not", "mutually", "exclusive", "sets", "of", "genes", ")", ";", "white", ":", "unaffected", "promoters", ".", "Boxes", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "with", "the", "middle", "band", "at", "the", "median", ".", "The", "whiskers", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "5th", "percentiles", ".", "Data", "was", "taken", "from", "two", "merged", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. ChIP-seq coverage (input normalized) of TBP and TRF2 at TBP and/or TRF2 dependent promoters, and all other active promoters ('unchanged'). Orange: TBP dependent promoters (i.e. promoters downregulated upon TBP depletion); blue: TRF2 dependent promoters; purple: promoters downregulated when both, TBP and Trf2 are depleted (orange, blue and purple are not mutually exclusive sets of genes); white: unaffected promoters. Boxes represent the upper and lower quartiles, with the middle band at the median. The whiskers represent the upper and lower 5th percentiles. Data was taken from two merged biological replicates."}
{"words": ["F", ".", "Western", "blot", "of", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "of", "TBP", "-", "AID", ",", "Trf2", "-", "AID", "and", "a", "double", "tagged", "TBP", "-", "AID", "+", "Trf2", "-", "AID", "cell", "lines", "from", "a", "multi", "-", "day", "time", "course", "of", "auxin", "treatment", "showing", "prolonged", "depletion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Western blot of anti-FLAG antibody of TBP-AID, Trf2-AID and a double tagged TBP-AID + Trf2-AID cell lines from a multi-day time course of auxin treatment showing prolonged depletion."}
{"words": ["J", ".", "qPCR", "on", "an", "auxin", "treatment", "time", "course", "of", "TBP", "and", "Trf2", "dependent", "genes", "upon", "individual", "depletion", "of", "TBP", "or", "Trf2", "and", "a", "double", "depletion", "of", "both", ".", "Error", "bars", "represent", "the", "standard", "deviation", "across", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. qPCR on an auxin treatment time course of TBP and Trf2 dependent genes upon individual depletion of TBP or Trf2 and a double depletion of both. Error bars represent the standard deviation across three biological replicates."}
{"words": ["C", ".", "PRO", "-", "seq", "signal", "at", "all", "expressed", "promoters", ",", "represented", "according", "to", "their", "motif", "content", "in", "box", "plots", ".", "Boxes", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "quartiles", ",", "with", "the", "middle", "band", "at", "the", "median", ".", "The", "whiskers", "represent", "the", "upper", "and", "lower", "5th", "percentiles", "across", "two", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. PRO-seq signal at all expressed promoters, represented according to their motif content in box plots. Boxes represent the upper and lower quartiles, with the middle band at the median. The whiskers represent the upper and lower 5th percentiles across two biological replicates."}
{"words": ["E", ".", "Luciferase", "assay", "in", "which", "Gal4", "DNA", "binding", "domain", "fusion", "proteins", "were", "recruited", "to", "4xUAS", "sites", "upstream", "of", "a", "minimal", "housekeeping", "Rps12", "promoter", ".", "Measurements", "are", "normalized", "to", "Renilla", "luciferase", "(", "transfection", "control", ")", "and", "GFP", ".", "*", "denotes", "proteins", "activating", "a", "housekeeping", "promoter", "with", "a", "log2FC", ">", "1", ".", "5", "and", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "tailed", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "across", "four", "biological", "replices", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Luciferase assay in which Gal4 DNA binding domain fusion proteins were recruited to 4xUAS sites upstream of a minimal housekeeping Rps12 promoter. Measurements are normalized to Renilla luciferase (transfection control) and GFP. * denotes proteins activating a housekeeping promoter with a log2FC>1.5 and p-value<0.05, two-tailed student's t-test. Error bars represent standard deviation across four biological replices."}
{"words": ["A", ".", "Distribution", "of", "CAGE", "signal", "from", "mixed", "D", ".", "mel", "embryos", "(", "0", "-", "24h", ")", "centered", "on", "the", "location", "of", "promoter", "DNA", "motif", "sequence", "set", "at", "position", "0", "across", "the", "6", "main", "promoter", "types", "investigated", "in", "this", "study", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Distribution of CAGE signal from mixed D. mel embryos (0-24h) centered on the location of promoter DNA motif sequence set at position 0 across the 6 main promoter types investigated in this study."}
{"words": ["D", ".", "Box", "plot", "of", "the", "percent", "of", "STAP", "-", "seq", "signal", "(", "i", ".", "e", ".", "percent", "of", "initiation", ")", "originating", "at", "the", "dominant", "TSS", "at", "core", "promoters", "(", "CPs", ";", "N", "=", "1266", ")", "and", "random", "regions", "(", "N", "=", "639", ")", "that", "are", "activated", "to", "similar", "extent", "by", "both", "GFZF", "and", "MED25", "recruitment", ".", "Cofactor", "recruitment", "STAP", "-", "seq", "data", "from", "(", "Haberle", "et", "al", ",", "2019", ")", ",", "three", "independent", "biological", "replicates", "merged", ".", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ";", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Box plot of the percent of STAP-seq signal (i.e. percent of initiation) originating at the dominant TSS at core promoters (CPs; N = 1266) and random regions (N = 639) that are activated to similar extent by both GFZF and MED25 recruitment. Cofactor recruitment STAP-seq data from (Haberle et al, 2019), three independent biological replicates merged. *P≤0.01; Wilcoxon rank sum test."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Measurement", "of", "autophagy", "during", "nutrient", "starvation", "in", "HT29", "cells", "stably", "expressing", "YFP", "-", "LC3", ".", "(", "A", ")", "Increased", "LC3", "puncta", "per", "cell", "following", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "with", "siRNA", "compared", "with", "a", "non", "‐", "targeting", "(", "NT", ")", "control", "siRNA", ".", "Columns", "show", "autophagosome", "numbers", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", ">", "200", "cells", "in", ">", "20", "fields", "of", "view", "per", "experiment", "of", "three", "independent", "treatments", ")", "assessed", "under", "normal", "and", "starved", "(", "2", " ", "h", ")", "conditions", "with", "β", "‐", "catenin", "or", "non", "‐", "targeting", "(", "NT", ")", "siRNA", ".", "Representative", "images", "(", "B", ")", "of", "YFP", "-", "LC3", "puncta", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "nuclei", "staining", "(", "blue", ")", "are", "shown", ".", "(", "C", ")", "Upper", "panel", ":", "western", "blotting", "showed", "increased", "LC3", "‐", "II", "expression", "in", "HT29", "cells", "with", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "compared", "to", "control", "cells", "after", "2", " ", "h", "starvation", ".", "Lower", "panel", ":", "quantification", "of", "the", "LC3", "‐", "II", "/", "β", "‐", "actin", "ratio", "by", "densitometry", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "four", "independent", "treatments", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "011", "in", "nutrient", "conditions", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "035", "under", "starvation", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Measurement of autophagy during nutrient starvation in HT29 cells stably expressing YFP-LC3. (A) Increased LC3 puncta per cell following β‐catenin knockdown with siRNA compared with a non‐targeting (NT) control siRNA. Columns show autophagosome numbers (mean±s.e.m., n>200 cells in >20 fields of view per experiment of three independent treatments) assessed under normal and starved (2 h) conditions with β‐catenin or non‐targeting (NT) siRNA. Representative images (B) of YFP-LC3 puncta (green) and DAPI nuclei staining (blue) are shown. (C) Upper panel: western blotting showed increased LC3‐II expression in HT29 cells with β‐catenin knockdown compared to control cells after 2 h starvation. Lower panel: quantification of the LC3‐II/β‐actin ratio by densitometry (mean±s.e.m. of four independent treatments, *P=0.011 in nutrient conditions, *P=0.035 under starvation)."}
{"words": ["(", "D", "and", "E", ")", "HCT116", "β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "cells", "overexpressing", "a", "control", "or", "β", "‐", "cateninS33Y", "plasmid", "nutrient", "starved", "for", "24", " ", "h", ".", "(", "D", ")", "Immunostaining", "of", "LC3", "(", "green", ")", "with", "DAPI", "nuclei", "staining", "(", "blue", ")", "showed", "decreased", "LC3", "puncta", "with", "β", "‐", "cateninS33Y", "overexpression", ".", "(", "E", ")", "By", "western", "blotting", ",", "LC3", "‐", "II", "decreased", "with", "β", "‐", "cateninS33Y", "overexpression", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Lower", "panel", ":", "quantification", "of", "the", "LC3", "‐", "II", "/", "β", "‐", "actin", "ratio", "by", "densitometry", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "four", "independent", "treatments", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "015", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D and E) HCT116 β‐cateninWT/− cells overexpressing a control or β‐cateninS33Y plasmid nutrient starved for 24 h. (D) Immunostaining of LC3 (green) with DAPI nuclei staining (blue) showed decreased LC3 puncta with β‐cateninS33Y overexpression. (E) By western blotting, LC3‐II decreased with β‐cateninS33Y overexpression (upper panel). Lower panel: quantification of the LC3‐II/β‐actin ratio by densitometry (mean±s.e.m. of four independent treatments, *P=0.015)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Comparison", "of", "isogenic", "β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "and", "β", "‐", "cateninHCT116", "cells", ".", "Upper", "panel", ":", "western", "blotting", "showed", "decreased", "LC3", "‐", "II", "in", "HCT116β", "‐", "catenin", "cells", ".", "Lower", "panel", ":", "western", "blotting", "confirmed", "by", "quantification", "using", "densitometry", "of", "the", "LC3", "‐", "II", "/", "β", "‐", "actin", "ratio", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "three", "independent", "treatments", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "046", ")", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Comparison of isogenic β‐cateninWT/− and β‐cateninHCT116 cells. Upper panel: western blotting showed decreased LC3‐II in HCT116β‐catenin cells. Lower panel: western blotting confirmed by quantification using densitometry of the LC3‐II/β‐actin ratio (mean±s.e.m. of three independent treatments, *P=0.046).Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "A", ")", "Protein", "expression", "of", "p62", "increased", "following", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "under", "normal", "and", "starved", "conditions", "in", "HT29", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Protein expression of p62 increased following β‐catenin knockdown under normal and starved conditions in HT29 cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "Comparison", "of", "HCT116", "expression", "in", "isogenic", "HCT116β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "and", "HCT116β", "‐", "catenin", "−", "/", "ΔS45", "cells", "by", "western", "blotting", "showed", "decreased", "p62", "expression", "in", "β", "‐", "catenin", "−", "/", "ΔS45", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Comparison of HCT116 expression in isogenic HCT116β‐cateninWT/− and HCT116β‐catenin−/ΔS45 cells by western blotting showed decreased p62 expression in β‐catenin−/ΔS45 cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "LC3", "puncta", "number", "per", "cell", "during", "starvation", "and", "nutrient", "addback", "post", "starvation", ".", "Left", "panel", ":", "LC3", "puncta", "number", "reduces", "in", "non", "‐", "targeting", "(", "NT", ")", "siRNA", "control", "with", "nutrient", "addback", ".", "Right", "panel", ":", "LC3", "puncta", "number", "reduces", "in", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "cells", "with", "nutrient", "addback", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "three", "independent", "treatments", ";", "n", ">", "200", "cells", "in", ">", "20", "fields", "of", "view", "per", "experiment", ")", ".", "Western", "blotting", "for", "β", "‐", "catenin", "confirmed", "knockdown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) LC3 puncta number per cell during starvation and nutrient addback post starvation. Left panel: LC3 puncta number reduces in non‐targeting (NT) siRNA control with nutrient addback. Right panel: LC3 puncta number reduces in β‐catenin knockdown cells with nutrient addback (mean±s.e.m. of three independent treatments; n>200 cells in >20 fields of view per experiment). Western blotting for β‐catenin confirmed knockdown."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blotting", "of", "LC3", "and", "p62", "in", "HT29", "cells", "following", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "and", "starvation", "with", "lysosomal", "inhibitors", ".", "LC3", "‐", "II", "and", "p62", "protein", "expression", "showed", "an", "increase", "with", "β", "‐", "catenin", "siRNA", "in", "the", "presence", "of", "autophagy", "flux", "inhibitors", "chloroquine", "(", "10", " ", "μM", ")", "or", "bafilomycin", "A1", "(", "100", " ", "nM", ";", "applied", "for", "the", "final", "30", " ", "min", "of", "the", "8", " ", "h", ")", "compared", "to", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "alone", ".", "Quantification", "by", "densitometry", "of", "the", "LC3", "‐", "II", "/", "β", "‐", "actin", "ratio", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "four", "independent", "experiments", ")", ".", "See", "also", "Supplementary", "Figure", "S1A", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blotting of LC3 and p62 in HT29 cells following β‐catenin knockdown and starvation with lysosomal inhibitors. LC3‐II and p62 protein expression showed an increase with β‐catenin siRNA in the presence of autophagy flux inhibitors chloroquine (10 μM) or bafilomycin A1 (100 nM; applied for the final 30 min of the 8 h) compared to β‐catenin knockdown alone. Quantification by densitometry of the LC3‐II/β‐actin ratio (mean±s.e.m. of four independent experiments). See also Supplementary Figure S1A.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "LC3", "staining", "(", "red", ")", "in", "mouse", "intestinal", "crypt", "and", "villus", "epithelium", "increased", "(", "white", "arrowheads", ")", "2", "days", "post", "β", "‐", "catenin", "deletion", "in", "β", "‐", "catenin", "−", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", "(", "C", "and", "D", ")", "compared", "to", "control", "β", "‐", "catenin", "+", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", "(", "A", "and", "B", ")", ".", "Further", "magnification", "of", "the", "areas", "marked", "by", "white", "squares", "is", "shown", "(", "lower", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) LC3 staining (red) in mouse intestinal crypt and villus epithelium increased (white arrowheads) 2 days post β‐catenin deletion in β‐catenin−/lox‐villin‐creERT2 mice (C and D) compared to control β‐catenin+/lox‐villin‐creERT2 mice (A and B). Further magnification of the areas marked by white squares is shown (lower panels)."}
{"words": ["(", "E", "-", "H", ")", "p62", "staining", "(", "green", ")", "increased", "in", "the", "crypt", "and", "villus", "epithelium2", "days", "after", "β", "‐", "catenin", "deletion", "in", "β", "‐", "catenin", "−", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", "(", "G", "and", "H", ")", "compared", "to", "control", "in", "β", "‐", "catenin", "+", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", "(", "E", "and", "F", ")", ".", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "identifies", "nuclei", ".", "β", "‐", "Catenin", "deletion", "was", "confirmed", "by", "immunofluorescence", "(", "Supplementary", "Figure", "S1B", ")", ".", "Red", "and", "green", "channel", "levels", "were", "adjusted", "post", "acquisition", "for", "clarity", "(", "equal", "level", "changes", "applied", "across", "the", "entire", "figure", ")", ".", "Further", "magnification", "of", "the", "areas", "marked", "by", "white", "squares", "is", "shown", "(", "lower", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-H)p62 staining (green) increased in the crypt and villus epithelium2 days after β‐catenin deletion in β‐catenin−/lox‐villin‐creERT2 mice (G and H) compared to control in β‐catenin+/lox‐villin‐creERT2 mice (E and F). DAPI staining (blue) identifies nuclei. β‐Catenin deletion was confirmed by immunofluorescence ( Supplementary Figure S1B). Red and green channel levels were adjusted post acquisition for clarity (equal level changes applied across the entire figure). Further magnification of the areas marked by white squares is shown (lower panels)."}
{"words": ["(", "I", "and", "J", ")", "Western", "blotting", "on", "extracts", "from", "mouse", "intestinal", "epithelial", "tissue", "demonstrated", "increased", "p62", "and", "LC3", "‐", "II", "protein", "expression", "2", "(", "I", ")", "and", "4", "(", "J", ")", "days", "post", "β", "‐", "catenin", "deletion", "in", "β", "‐", "catenin", "−", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", "compared", "to", "control", "β", "‐", "catenin", "+", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", "mice", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I and J) Western blotting on extracts from mouse intestinal epithelial tissue demonstrated increased p62 and LC3‐II protein expression 2 (I) and 4 (J) days post β‐catenin deletion in β‐catenin−/lox‐villin‐creERT2 mice compared to control β‐catenin+/lox‐villin‐creERT2 mice.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "A", ")", "Relative", "p62", "/", "SQSTM1", "mRNA", "levels", "by", "quantitative", "real", "‐", "time", "‐", "PCR", "(", "qRT", "-", "PCR", ")", "increased", "following", "β", "‐", "catenin", "knockdown", "in", "HT29", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ")", ".", "β", "‐", "Catenin", "knockdown", "was", "confirmed", "by", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Relative p62/SQSTM1 mRNA levels by quantitative real‐time‐PCR (qRT-PCR) increased following β‐catenin knockdown in HT29 cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001). β‐Catenin knockdown was confirmed by western blotting."}
{"words": ["(", "B", ")", "Relative", "p62", "mRNA", "levels", "by", "qRT", "-", "PCR", "decreased", "with", "β", "‐", "cateninS33Yoverexpression", "after", "24", " ", "h", "of", "starvation", "in", "HCT116", "β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ")", ".", "β", "‐", "CateninS33Y", "overexpression", "was", "confirmed", "by", "western", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Relative p62 mRNA levels by qRT-PCR decreased with β‐cateninS33Yoverexpression after 24 h of starvation in HCT116 β‐cateninWT/− cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001). β‐CateninS33Y overexpression was confirmed by western blotting."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "increase", "in", "p62", "protein", "expression", "induced", "by", "β", "‐", "catenin", "siRNA", "was", "attenuated", "in", "HT29", "cells", "treated", "with", "10", " ", "μg", "/", "μl", "cycloheximide", "and", "starvation", "for", "8", "and", "24", " ", "h", "compared", "to", "vehicle", "control", ".", "A", "complementary", "experiment", "using", "the", "transcription", "inhibitor", "actinomycin", "D", "is", "shown", "in", "Supplementary", "Figure", "S1C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) The increase in p62 protein expression induced by β‐catenin siRNA was attenuated in HT29 cells treated with 10 μg/μl cycloheximide and starvation for 8 and 24 h compared to vehicle control. A complementary experiment using the transcription inhibitor actinomycin D is shown in Supplementary Figure S1C."}
{"words": ["(", "D", ")", "Overexpression", "of", "Fzd6", "(", "green", ",", "left", "panel", ")", "increased", "p62", "(", "red", ",", "right", "panel", ")", "protein", "expression", "in", "HEK293T", "cells", ".", "As", "an", "internal", "control", ",", "cells", "not", "overexpressing", "Fzd6", "are", "shown", "in", "the", "field", "of", "view", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Overexpression of Fzd6 (green, left panel) increased p62 (red, right panel) protein expression in HEK293T cells. As an internal control, cells not overexpressing Fzd6 are shown in the field of view."}
{"words": ["(", "E", ")", "Doxycycline", "induction", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "of", "DNTCF4", "increased", "p62", "and", "LC3", "‐", "II", "protein", "expression", "in", "doxycycline", "‐", "inducible", "DNTCF4", "LS174T", "‐", "L8", "cells", ".", "LGR5", "downregulation", "by", "DNTCF4", "confirmed", "inhibition", "of", "β", "‐", "catenin", "/", "TCF4", "signalling", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "(E) Doxycycline induction (1 μg/ml) of DNTCF4 increased p62 and LC3‐II protein expression in doxycycline‐inducible DNTCF4 LS174T‐L8 cells. LGR5 downregulation by DNTCF4 confirmed inhibition of β‐catenin/TCF4 signalling."}
{"words": ["(", "F", ")", "Relative", "p62", "mRNA", "levels", "(", "48", "h", ")", "by", "qRT", "-", "PCR", "increased", "following", "doxycycline", "induction", "of", "DNTCF4", "in", "LS174T", "‐", "L8", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Relative p62 mRNA levels (48 h) by qRT-PCR increased following doxycycline induction of DNTCF4 in LS174T‐L8 cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Upper", "panel", ":", "Wnt3a", "(", "200", " ", "ng", "/", "ml", ")", "treatment", "of", "HCT116", "β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "cells", "(", "24", " ", "h", ")", "decreased", "LC3", "‐", "II", "and", "p62", "protein", "expression", "by", "western", "blotting", ".", "Lower", "panel", ":", "quantification", "by", "densitometry", "of", "the", "LC3", "‐", "II", "/", "β", "‐", "actin", "ratio", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "three", "independent", "experiments", ")", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Upper panel: Wnt3a (200 ng/ml) treatment of HCT116 β‐cateninWT/− cells (24 h) decreased LC3‐II and p62 protein expression by western blotting. Lower panel: quantification by densitometry of the LC3‐II/β‐actin ratio (mean±s.e.m. of three independent experiments).Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "A", ")", "Chromatin", "immunoprecipitation", "(", "ChIP", ")", "demonstrates", "β", "‐", "catenin", "and", "TCF4", "binding", "to", "the", "p62", "promoter", ".", "HT29", "cells", "were", "grown", "in", "normal", "or", "starvation", "conditions", "for", "2", " ", "h", "and", "subjected", "to", "ChIP", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ")", ".", "Binding", "of", "RNA", "Pol", "II", ",", "β", "‐", "catenin", "and", "TCF4", "to", "the", "p62", "promoter", "region", "was", "measured", "by", "quantitative", "PCR", "and", "expressed", "as", "percent", "enrichment", "relative", "to", "the", "input", "chromatin", ".", "During", "nutrient", "deprivation", ",", "binding", "of", "RNA", "Pol", "II", "to", "the", "p62", "promoter", "increased", ";", "binding", "of", "β", "‐", "catenin", "to", "the", "p62", "promoter", "decreased", ";", "TCF4", "binding", "did", "not", "change", "(", "data", "are", "from", "one", "representative", "experiment", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ")", ".", "PCR", "products", "subjected", "to", "agarose", "gel", "electrophoresis", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Figure", "S2A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Chromatin immunoprecipitation (ChIP) demonstrates β‐catenin and TCF4 binding to the p62 promoter. HT29 cells were grown in normal or starvation conditions for 2 h and subjected to ChIP analysis with the indicated antibodies (IgG was used as a negative control). Binding of RNA Pol II, β‐catenin and TCF4 to the p62 promoter region was measured by quantitative PCR and expressed as percent enrichment relative to the input chromatin. During nutrient deprivation, binding of RNA Pol II to the p62 promoter increased; binding of β‐catenin to the p62 promoter decreased; TCF4 binding did not change (data are from one representative experiment of at least three independent experiments performed in triplicate). PCR products subjected to agarose gel electrophoresis are shown in Supplementary Figure S2A."}
{"words": ["(", "B", ")", "Relative", "p62", "mRNA", "expression", "by", "qRT", "-", "PCR", "increases", "∼", "14", "‐", "fold", "after", "24", " ", "h", "starvation", "in", "HT29", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Relative p62 mRNA expression by qRT-PCR increases ∼14‐fold after 24 h starvation in HT29 cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Binding", "of", "acetyl", "‐", "Histone", "H3", "to", "the", "p62", "promoter", "increased", "under", "starvation", "conditions", ",", "suggesting", "p62", "gene", "derepression", "(", "data", "are", "from", "one", "representative", "experiment", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Binding of acetyl‐Histone H3 to the p62 promoter increased under starvation conditions, suggesting p62 gene derepression (data are from one representative experiment of at least three independent experiments performed in triplicate)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Binding", "of", "β", "‐", "catenin", "to", "the", "p62", "promoter", "(", "relative", "to", "β", "‐", "catenin", "binding", "to", "a", "non", "‐", "target", "gene", "promoter", ",", "GAPDH", ")", "significantly", "decreased", "under", "starvation", "conditions", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Binding of β‐catenin to the p62 promoter (relative to β‐catenin binding to a non‐target gene promoter, GAPDH) significantly decreased under starvation conditions (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, **P0.01)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blotting", "showing", "that", "autophagy", "was", "induced", "after", "2", " ", "h", "starvation", ",", "as", "evidenced", "by", "decreased", "p62", "protein", "and", "increased", "LC3", "‐", "II", "protein", "expression", ".", "β", "‐", "Catenin", "protein", "expression", "decreased", "over", "a", "24", "‐", "h", "period", "of", "starvation", "in", "HT29", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blotting showing that autophagy was induced after 2 h starvation, as evidenced by decreased p62 protein and increased LC3‐II protein expression. β‐Catenin protein expression decreased over a 24‐h period of starvation in HT29 cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "Autophagy", "decreased", "following", "Atg7", "knockdown", "as", "shown", "by", "increased", "p62", "and", "decreased", "LC3", "‐", "II", "protein", "expression", ".", "β", "‐", "Catenin", "protein", "expression", "increased", "following", "Atg7", "siRNA", ".", "Reduction", "of", "LC3", "puncta", "with", "Atg7", "siRNA", "was", "confirmed", "by", "immunofluorescence", "and", "is", "shown", "in", "Supplementary", "Figure", "S2B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Autophagy decreased following Atg7 knockdown as shown by increased p62 and decreased LC3‐II protein expression. β‐Catenin protein expression increased following Atg7 siRNA. Reduction of LC3 puncta with Atg7 siRNA was confirmed by immunofluorescence and is shown in Supplementary Figure S2B."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Reduction", "of", "TopFlash", "activity", "in", "HT29", "cells", "after", "24", " ", "h", "of", "autophagy", "induction", "using", "(", "C", ")", "starvation", "or", "(", "D", ")", "100", " ", "nM", "mTOR", "inhibitor", "PP242", "(", "C", "and", "D", ",", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ")", ".", "Autophagy", "induction", "was", "confirmed", "by", "western", "blotting", "and", "is", "shown", "in", "Supplementary", "Figures", "S2C", "and", "S2D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Reduction of TopFlash activity in HT29 cells after 24 h of autophagy induction using (C) starvation or (D) 100 nM mTOR inhibitor PP242 (C and D, mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001). Autophagy induction was confirmed by western blotting and is shown in Supplementary Figures S2C and S2D)."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "shows", "reduction", "of", "Wnt", "‐", "target", "gene", "expression", "(", "E", ")", "Axin2", "(", "*", "P", "=", "0", ".", "017", ")", "and", "(", "F", ")", "Cyclin", "D1", "(", "*", "*", "P", "=", "0", ".", "0036", ")", "after", "8", " ", "h", "starvation", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "(", "Axin2", ")", "or", "six", "(", "Cyclin", "D1", ")", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) qRT-PCR shows reduction of Wnt‐target gene expression (E) Axin2 (*P=0.017) and (F) Cyclin D1 (**P=0.0036) after 8 h starvation (mean±s.e.m., three (Axin2) or six (Cyclin D1) independent experiments performed in triplicate)."}
{"words": ["(", "G", "-", "I", ")", "Inhibition", "of", "Wnt", "‐", "induced", "TopFlash", "activity", "by", "autophagy", "induction", "in", "(", "G", ")", "HCT116", "β", "‐", "cateninWT", "/", "−", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "P0", ".", "01", ")", "and", "(", "H", ")", "RKO", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "P0", ".", "05", ")", ".", "(", "I", ")", "Reduction", "of", "Wnt3a", "‐", "induced", "Cyclin", "D1", "gene", "expression", "RKO", "cells", "after", "12", " ", "h", "treatment", "with", "autophagy", "induction", "using", "starvation", "or", "PP242", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "two", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-I) Inhibition of Wnt‐induced TopFlash activity by autophagy induction in (G) HCT116 β‐cateninWT/− cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, **P0.01) and (H) RKO cells (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, *P0.05). (I) Reduction of Wnt3a‐induced Cyclin D1 gene expression RKO cells after 12 h treatment with autophagy induction using starvation or PP242 (mean±s.e.m., two independent experiments)."}
{"words": ["(", "J", ",", "K", ")", "TopFlash", "activity", "following", "Atg7", "knockdown", "in", "(", "J", ")", "HT29", "cells", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "four", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0488", ")", "and", "(", "K", ")", "RKO", "cells", "with", "24", " ", "hWnt3a", "treatment", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "P", "=", "0", ".", "0282", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J, K) TopFlash activity following Atg7 knockdown in (J) HT29 cells (mean±s.e.m., four independent experiments performed in triplicate, *P=0.0488) and (K) RKO cells with 24 hWnt3a treatment (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate, *P=0.0282)."}
{"words": ["(", "L", ")", "A", "representative", "western", "blot", "of", "RKO", "cells", "following", "Wnt3a", "treatment", "and", "Atg7", "siRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(L) A representative western blot of RKO cells following Wnt3a treatment and Atg7 siRNA."}
{"words": ["(", "M", ")", "Relative", "β", "‐", "catenin", "mRNA", "levels", "did", "not", "change", "after", "8", " ", "h", "starvation", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Relative β‐catenin mRNA levels did not change after 8 h starvation by qRT-PCR (mean±s.e.m., three independent experiments performed in triplicate)."}
{"words": ["(", "N", ")", "Western", "blot", "showing", "prevented", "β", "‐", "catenin", "protein", "degradation", "during", "starvation", "in", "the", "presence", "of", "lysosomal", "autophagy", "inhibitors", "chloroquine", "(", "10", " ", "μM", ")", "and", "bafilomycin", "A1", "(", "100", " ", "nM", ")", "compared", "to", "starvation", "alone", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) Western blot showing prevented β‐catenin protein degradation during starvation in the presence of lysosomal autophagy inhibitors chloroquine (10 μM) and bafilomycin A1 (100 nM) compared to starvation alone."}
{"words": ["(", "O", ")", "Inhibition", "of", "autophagy", "using", "wortmannin", "(", "50", " ", "nM", ")", "prevented", "β", "‐", "catenin", "protein", "degradation", "during", "starvation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O) Inhibition of autophagy using wortmannin (50 nM) prevented β‐catenin protein degradation during starvation."}
{"words": ["(", "P", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "RKO", "cells", "expressing", "a", "myc", "-", "tagged", "β", "‐", "catenin", "mutant", "(", "S33A", ",", "S37A", ",", "T41A", ",", "S45A", ")", "resistant", "to", "proteasomal", "degradation", "(", "myc", "-", "β", "‐", "cateninAAAA", ")", ".", "RKO", "cells", "were", "subject", "to", "nutrient", "starvation", "for", "2", ",", "8", "and", "24", " ", "h", ",", "and", "autophagy", "induction", "was", "confirmed", "by", "increased", "LC3", "‐", "II", "and", "decreased", "p62", "protein", "expression", ".", "Both", "endogenous", "β", "‐", "catenin", "and", "myc", "-", "β", "‐", "cateninAAAA", "protein", "expression", "decreased", "during", "starvation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) Western blot analysis of RKO cells expressing a myc-tagged β‐catenin mutant (S33A, S37A, T41A, S45A) resistant to proteasomal degradation (myc-β‐cateninAAAA). RKO cells were subject to nutrient starvation for 2, 8 and 24 h, and autophagy induction was confirmed by increased LC3‐II and decreased p62 protein expression. Both endogenous β‐catenin and myc-β‐cateninAAAA protein expression decreased during starvation."}
{"words": ["(", "Q", ")", "Proteasome", "inhibition", "with", "MG132", "(", "10", " ", "μM", ")", "did", "not", "prevent", "starvation", "‐", "induced", "decrease", "in", "β", "‐", "catenin", "protein", "expression", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Q) Proteasome inhibition with MG132 (10 μM) did not prevent starvation‐induced decrease in β‐catenin protein expression.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["LC3", "and", "β", "‐", "catenin", "co", "‐", "localise", "in", "the", "mouseintestinal", "epithelium", ".", "(", "A", "and", "B", ")", "Immunofluorescence", "of", "LC3", "(", "red", ")", "and", "β", "‐", "catenin", "(", "green", ")", "expression", "in", "the", "intestinal", "epithelium", "following", "2", "daystamoxifen", "treatment", "in", "control", "(", "A", ":", "β", "‐", "catenin", "+", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", ")", "and", "β", "‐", "catenin", "deleted", "(", "B", ":", "β", "‐", "catenin", "−", "/", "lox", "‐", "villin", "‐", "creERT2", ")", "mice", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "Magnified", "areas", "from", "B", "revealing", "co", "‐", "localisation", "of", "β", "‐", "catenin", "(", "red", ")", "and", "β", "‐", "catenin", "(", "green", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "co", "‐", "localisation", "of", "LC3", "and", "β", "‐", "catenin", ".", "(", "E", ")", "Linescan", "analyses", "from", "C", "and", "D", "showing", "staining", "intensity", "of", "indicated", "co", "‐", "localised", "puncta", ".", "Red", "and", "green", "channel", "levels", "were", "adjusted", "post", "acquisition", "(", "equal", "changes", "applied", "across", "the", "entire", "figure", ")", "and", "the", "blue", "channel", "was", "removed", "for", "clarity", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "LC3 and β‐catenin co‐localise in the mouseintestinal epithelium. (A and B) Immunofluorescence of LC3 (red) and β‐catenin (green) expression in the intestinal epithelium following 2 daystamoxifen treatment in control (A: β‐catenin+/lox‐villin‐creERT2) and β‐catenin deleted (B: β‐catenin−/lox‐villin‐creERT2) mice. (C and D) Magnified areas from B revealing co‐localisation of β‐catenin (red) and β‐catenin (green). Arrowheads indicate co‐localisation of LC3 and β‐catenin. (E) Linescan analyses from C and D showing staining intensity of indicated co‐localised puncta. Red and green channel levels were adjusted post acquisition (equal changes applied across the entire figure) and the blue channel was removed for clarity."}
{"words": ["(", "A", ")", "Co", "‐", "immunoprecipitation", "of", "YFP", "-", "LC3", "or", "negative", "control", "YFP", "in", "HT29", "cells", ".", "Binding", "of", "endogenous", "β", "‐", "catenin", "to", "YFP", "-", "LC3", "was", "detected", "after", "8", " ", "h", "of", "autophagy", "induction", "by", "starvation", "and", "starvation", "in", "the", "presence", "of", "lysosomal", "autophagy", "flux", "inhibitor", "chloroquine", "(", "10", " ", "μM", ")", ".", "Input", "and", "immunodepleted", "lysates", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Co‐immunoprecipitation of YFP-LC3 or negative control YFP in HT29 cells. Binding of endogenous β‐catenin to YFP-LC3 was detected after 8 h of autophagy induction by starvation and starvation in the presence of lysosomal autophagy flux inhibitor chloroquine (10 μM). Input and immunodepleted lysates are shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoprecipitation", "of", "endogenous", "LC3", "in", "HT29", "cells", ".", "IgG", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoprecipitation of endogenous LC3 in HT29 cells. IgG was used as a negative control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Pulldown", "assays", "using", "recombinant", "GST", "or", "GST", "-", "LC3B", "and", "lysates", "from", "HEK293", "cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "wild", "‐", "type", "β", "‐", "catenin", "(", "HA", "-", "β", "‐", "cateninWT", ")", "or", "W504A", "/", "I507A", "β", "‐", "catenin", "(", "HA", "-", "β", "‐", "cateninW504A", "/", "I507A", ")", ".", "HA", "-", "β", "‐", "cateninW504A", "/", "I507A", "exhibited", "reduced", "GST", "-", "LC3B", "binding", "compared", "to", "HA", "-", "β", "‐", "cateninWT", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(D) Pulldown assays using recombinant GST or GST-LC3B and lysates from HEK293 cells expressing HA-tagged wild‐type β‐catenin (HA-β‐cateninWT) or W504A/I507A β‐catenin (HA-β‐cateninW504A/I507A). HA-β‐cateninW504A/I507A exhibited reduced GST-LC3B binding compared to HA-β‐cateninWT."}
{"words": ["(", "E", ")", "Recombinant", "myc", "-", "tagged", "His", "-", "LC3", "(", "His", "-", "LC3", "-", "myc", ")", "interacted", "with", "recombinant", "GST", "-", "β", "‐", "cateninWTin", "vitro", ",", "but", "binding", "to", "GST", "-", "β", "‐", "cateninW504A", "/", "I507A", "was", "reduced", "(", "upper", "panel", ")", ".", "Input", "recombinant", "proteins", "visualised", "with", "Coomassie", "blue", "are", "shown", "(", "lower", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Recombinant myc-tagged His-LC3 (His-LC3-myc) interacted with recombinant GST-β‐cateninWTin vitro, but binding to GST-β‐cateninW504A/I507A was reduced (upper panel). Input recombinant proteins visualised with Coomassie blue are shown (lower panels)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Co", "‐", "immunoprecipitation", "experiments", "using", "lysates", "from", "HEK293", "cells", "transiently", "expressing", "YFP", "-", "LC3", "with", "β", "‐", "cateninWT", "or", "β", "‐", "cateninW504A", "/", "I507A", "starved", "for", "8", " ", "h", "with", "chloroquine", "(", "10", " ", "μM", ")", ".", "YFP", "-", "LC3", "immunoprecipitated", "β", "‐", "cateninWT", "but", "not", "β", "‐", "cateninW504A", "/", "I507A", ".", "Input", "lysates", "are", "shown", "and", "immunoprecipitated", "p62", "and", "YFP", "-", "LC3", "served", "as", "positive", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Co‐immunoprecipitation experiments using lysates from HEK293 cells transiently expressing YFP-LC3 with β‐cateninWT or β‐cateninW504A/I507A starved for 8 h with chloroquine (10 μM). YFP-LC3 immunoprecipitated β‐cateninWT but not β‐cateninW504A/I507A. Input lysates are shown and immunoprecipitated p62 and YFP-LC3 served as positive controls."}
{"words": ["(", "G", ")", "HA", "-", "β", "‐", "cateninS33A", "/", "S37A", "/", "T41A", "/", "S45A", "/", "W504A", "/", "I507A", "(", "HA", "-", "β", "‐", "catenin6A", ")", "was", "more", "resistant", "to", "the", "starvation", "‐", "induced", "reduction", "in", "β", "‐", "catenin", "protein", "expression", "than", "HA", "-", "β", "‐", "cateninS33Y", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "(G) HA-β‐cateninS33A/S37A/T41A/S45A/W504A/I507A (HA-β‐catenin6A) was more resistant to the starvation‐induced reduction in β‐catenin protein expression than HA-β‐cateninS33Y."}
{"words": ["(", "H", ")", "Relative", "cell", "death", "in", "HT29", "cells", "subject", "to", "nutrient", "starvation", "for", "24", " ", "h", ".", "Atg7", "knockdown", "increased", "cell", "survival", ".", "The", "increase", "in", "cell", "survival", "following", "Atg7", "knockdown", "was", "significantly", "reversed", "by", "simultaneously", "depleting", "β", "‐", "catenin", "(", "double", "knockdown", "of", "Atg7", "and", "β", "‐", "catenin", ")", ".", "Data", "are", "the", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "performed", "in", "triplicate", ",", "*", "*", "*", "P0", ".", "001", ";", "*", "*", "P0", ".", "01", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Relative cell death in HT29 cells subject to nutrient starvation for 24 h. Atg7 knockdown increased cell survival. The increase in cell survival following Atg7 knockdown was significantly reversed by simultaneously depleting β‐catenin (double knockdown of Atg7 and β‐catenin). Data are the mean±s.e.m. of three independent experiments performed in triplicate, ***P0.001; **P0.01.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "b", "-", "c", ")", "Western", "blot", "for", "p53", "and", "select", "p53", "targets", "post", "-", "radiation", "in", "(", "b", ")", "oscillatory", "and", "(", "c", ")", "rising", "conditions", ".", "Actin", "is", "shown", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b-c) Western blot for p53 and select p53 targets post-radiation in (b) oscillatory and (c) rising conditions. Actin is shown as a loading control."}
{"words": ["(", "d", "-", "e", ")", "Average", "levels", "of", "(", "d", ")", "mRNA", "quantified", "by", "RNAseq", "(", "red", ")", "or", "qRT", "-", "PCR", "(", "grey", ")", "or", "(", "e", ")", "protein", "quantified", "by", "mass", "spectrometry", "(", "light", "green", ")", "or", "western", "blot", "(", "grey", ")", "for", "select", "p53", "target", "genes", "under", "oscillatory", "p53", ".", "Data", "information", ":", ",", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ",", "error", "bars", "represent", "std", "dev", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-e) Average levels of (d) mRNA quantified by RNAseq (red) or qRT-PCR (grey) or (e) protein quantified by mass spectrometry (light green) or western blot (grey) for select p53 target genes under oscillatory p53. Data information: , n=2 biological replicates, error bars represent std dev."}
{"words": ["(", "f", "-", "g", ")", "Average", "levels", "of", "(", "f", ")", "mRNA", "quantified", "by", "RNAseq", "(", "blue", ")", "or", "qRT", "-", "PCR", "(", "grey", ")", "or", "(", "g", ")", "protein", "quantified", "by", "mass", "spectrometry", "(", "dark", "green", ")", "or", "western", "blot", "(", "grey", ")", "for", "select", "p53", "target", "genes", "under", "rising", "p53", ".", "Data", "information", ":", "n", "=", "2", "biological", "replicates", ",", "error", "bars", "represent", "std", "dev", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f-g) Average levels of (f) mRNA quantified by RNAseq (blue) or qRT-PCR (grey) or (g) protein quantified by mass spectrometry (dark green) or western blot (grey) for select p53 target genes under rising p53. Data information: n=2 biological replicates, error bars represent std dev."}
{"words": ["[", "Ca2", "+", "]", "i", "changes", "in", "individual", "BMDMs", "were", "measured", "(", "A", ")", "using", "fura", "-", "2", "during", "frustrated", "phagocytosis", "(", "n", "=", "46", "-", "113", ")", "and", "(", "B", ")", "by", "dropping", "beads", "onto", "adherent", "cells", "loaded", "with", "Calbryte", "520", "(", "n", "=", "64", "-", "159", ")", ",", "in", "1", ".", "8", "mM", "extracellular", "Ca2", "+", "(", "+", "Ca2", "+", "o", ")", "or", "Ca2", "+", "-", "free", "medium", "containing", "100", "μM", "EGTA", "(", "-", "Ca2", "+", "o", ")", "with", "or", "without", "prior", "loading", "with", "25", "μM", "EGTA", "/", "AM", "or", "25", "μM", "BAPTA", "/", "AM", ".", "The", "maximum", "fura", "-", "2", "ratio", "changes", "(", "∆", "350", "/", "380", ")", "or", "fluorescence", "changes", "normalized", "to", "initial", "fluorescence", "(", "∆", "F", "/", "F0", ")", "are", "plotted", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "[Ca2+]i changes in individual BMDMs were measured (A) using fura-2 during frustrated phagocytosis (n = 46-113) and (B) by dropping beads onto adherent cells loaded with Calbryte 520 (n = 64-159), in 1.8 mM extracellular Ca2+ (+Ca2+o) or Ca2+-free medium containing 100 μM EGTA (-Ca2+o) with or without prior loading with 25 μM EGTA/AM or 25 μM BAPTA/AM. The maximum fura-2 ratio changes (∆ 350/380) or fluorescence changes normalized to initial fluorescence (∆ F/F0) are plotted."}
{"words": ["FcγR", "-", "mediated", "phagocytosis", "was", "monitored", "using", "beads", "conjugated", "to", "Alexa", "Fluor", "488", "(", "in", "green", ")", ".", "External", "beads", "were", "differentially", "labelled", "with", "anti", "-", "IgG", "(", "in", "red", ")", "and", "distinguished", "by", "their", "dual", "labelling", "(", "in", "yellow", ")", ".", "Cytochalasin", "D", "(", "10", "μM", ",", "Cyt", "D", ")", "prevented", "bead", "internalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FcγR-mediated phagocytosis was monitored using beads conjugated to Alexa Fluor 488 (in green). External beads were differentially labelled with anti-IgG (in red) and distinguished by their dual labelling (in yellow). Cytochalasin D (10 μM, Cyt D) prevented bead internalization."}
{"words": ["Bead", "uptake", "in", "15", "min", ",", "under", "conditions", "as", "in", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "n", "=", "80", "-", "91", "cells", "with", "representative", "images", "of", "individual", "cells", "delineated", "by", "a", "dotted", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Bead uptake in 15 min, under conditions as in (A, B), n = 80-91 cells with representative images of individual cells delineated by a dotted line."}
{"words": ["Experiments", "conducted", "in", "-", "Ca2", "+", "o", ":", "(", "F", ")", "1", "μM", "thapsigarin", "(", "Tg", ")", "or", "10", "μM", "CPA", "pre", "-", "treatment", ",", "all", "but", "eliminated", "the", "1", "μM", "ionomycin", "(", "iono", ")", "response", ";", "single", "-", "cell", "Ca2", "+", "traces", "and", "mean", "∆", "F", "/", "F0", ",", "n", "=", "450", "-", "603", "cells", ".", "(", "G", ")", "FcγR", "activation", "(", "as", "in", "B", ")", "evoked", "Ca2", "+", "oscillations", "that", "were", "blocked", "with", "Tg", "or", "CPA", "treatment", ",", "whilst", "bead", "phagocytosis", "was", "not", "affected", "(", "H", ")", ",", "n", "=", "312", "-", "428", "cells", ".", "(", "I", ")", "1", "μM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", "for", "3h", ",", "or", "Ca2", "+", "-", "binding", "dextran", "(", "Cal520", "-", "dx", ")", "and", "non", "-", "Ca2", "+", "-", "binding", "dextrans", "(", "FITC", "-", "dx", "and", "Texas", "red", "-", "dx", ")", "trafficked", "to", "lysosomes", ",", "minimally", "affected", "global", "Ca2", "+", "signals", "evoked", "by", "FcγR", "activation", "(", "J", ")", ";", "in", "parallel", ",", "bead", "uptake", "was", "only", "reduced", "by", "bafilomycin", "A1", "or", "by", "chelating", "Ca2", "+", "within", "the", "lysosome", "with", "Cal520", "-", "dx", "(", "K", ")", ",", "n", "=", "100", "-", "162", "cells", ".", "All", "cells", "are", "WT", "BMDM", "and", "all", "beads", "are", "3", "-", "μm", "IgG", "-", "opsonized", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Experiments conducted in -Ca2+o: (F) 1 μM thapsigarin (Tg) or 10 μM CPA pre-treatment, all but eliminated the 1 μM ionomycin (iono) response; single-cell Ca2+ traces and mean ∆ F/F0, n = 450-603 cells. (G) FcγR activation (as in B) evoked Ca2+ oscillations that were blocked with Tg or CPA treatment, whilst bead phagocytosis was not affected (H), n = 312-428 cells. (I) 1 μM bafilomycin A1 (Baf) for 3h, or Ca2+- binding dextran (Cal520-dx) and non-Ca2+-binding dextrans (FITC-dx and Texas red-dx) trafficked to lysosomes, minimally affected global Ca2+ signals evoked by FcγR activation (J); in parallel, bead uptake was only reduced by bafilomycin A1 or by chelating Ca2+ within the lysosome with Cal520-dx (K), n = 100-162 cells. All cells are WT BMDM and all beads are 3-μm IgG-opsonized."}
{"words": ["The", "Ca2", "+", "signal", "elicited", "by", "frustrated", "phagocytosis", "was", "significantly", "reduced", "in", "Ned", "-", "19", "(", "10", "μM", ")", "-", "treated", "WT", "and", "in", "all", "TPC", "-", "KO", "BMDMs", ";", "maximum", "Ca2", "+", "amplitude", ",", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "WT", "control", "(", "n", "=", "314", "-", "641", "cells", ")", ".", "Phagocytosis", "of", "opsonized", "3", "-", "µm", "(", "B", "and", "C", ")", "and", "6", "-", "μm", "(", "D", ")", "beads", "was", "inhibited", "by", "Ned", "-", "19", "(", "B", ")", "and", "in", "BMDMs", "from", "Tpcn", "-", "/", "-", "mice", "compared", "to", "WT", "(", "n", "=", "134", "-", "280", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " The Ca2+ signal elicited by frustrated phagocytosis was significantly reduced in Ned-19 (10 μM)-treated WT and in all TPC-KO BMDMs; maximum Ca2+ amplitude, expressed as a percentage of WT control (n = 314-641 cells). Phagocytosis of opsonized 3-µm (B and C) and 6-μm (D) beads was inhibited by Ned-19 (B) and in BMDMs from Tpcn-/- mice compared to WT (n = 134-280 cells)."}
{"words": ["The", "Ca2", "+", "signal", "elicited", "by", "frustrated", "phagocytosis", "was", "significantly", "reduced", "in", "Ned", "-", "19", "(", "10", "μM", ")", "-", "treated", "WT", "and", "in", "all", "TPC", "-", "KO", "BMDMs", ";", "maximum", "Ca2", "+", "amplitude", ",", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "WT", "control", "(", "n", "=", "314", "-", "641", "cells", ")", ".", "Phagocytosis", "of", "opsonized", "3", "-", "µm", "(", "B", "and", "C", ")", "and", "6", "-", "μm", "(", "D", ")", "beads", "was", "inhibited", "by", "Ned", "-", "19", "(", "B", ")", "and", "in", "BMDMs", "from", "Tpcn", "-", "/", "-", "mice", "compared", "to", "WT", "(", "n", "=", "134", "-", "280", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The Ca2+ signal elicited by frustrated phagocytosis was significantly reduced in Ned-19 (10 μM)-treated WT and in all TPC-KO BMDMs; maximum Ca2+ amplitude, expressed as a percentage of WT control (n = 314-641 cells). Phagocytosis of opsonized 3-µm (B and C) and 6-μm (D) beads was inhibited by Ned-19 (B) and in BMDMs from Tpcn-/- mice compared to WT (n = 134-280 cells)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Phagocytosis", "of", "3", "-", "µm", "beads", "was", "unchanged", "in", "MCOLN1", "-", "/", "-", "BMDMs", ",", "but", "was", "impaired", "using", "6", "-", "µm", "beads", "(", "F", ")", ",", "n", "=", "89", "-", "157", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Phagocytosis of 3-µm beads was unchanged in MCOLN1-/- BMDMs, but was impaired using 6-µm beads (F), n = 89-157."}
{"words": ["Heterologous", "expression", "of", "mouse", "TPCs", "tagged", "with", "TagRFP", "-", "T", "(", "in", "red", ")", "rescues", "the", "phagocytic", "defect", "of", "Tpcn1", "-", "/", "-", "and", "Tpcn2", "-", "/", "-", "BMDM", ",", "but", "a", "pore", "-", "dead", "TPC2", "-", "mutant", "(", "N257A", ")", "does", "not", ",", "n", "=", "39", "-", "94", ".", "Images", "taken", "40", "min", "post", "-", "3", "-", "μm", "bead", "addition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heterologous expression of mouse TPCs tagged with TagRFP-T (in red) rescues the phagocytic defect of Tpcn1-/- and Tpcn2-/- BMDM, but a pore-dead TPC2-mutant (N257A) does not, n = 39-94. Images taken 40 min post- 3-μm bead addition."}
{"words": ["Raising", "cytosolic", "Ca2", "+", "with", "ionomycin", "(", "1", "μM", ")", "rescues", "the", "Tpcn1", "-", "/", "-", "and", "Tpcn2", "-", "/", "-", "phagocytic", "defect", ",", "whilst", "UTP", "(", "100", "μM", ")", "and", "ML", "-", "SA1", "(", "50", "μM", ")", "only", "weakly", "rescue", "(", "n", "=", "84", "-", "192", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Raising cytosolic Ca2+ with ionomycin (1 μM) rescues the Tpcn1-/- and Tpcn2-/- phagocytic defect, whilst UTP (100 μM) and ML-SA1 (50 μM) only weakly rescue (n = 84-192 cells)."}
{"words": ["Internalization", "of", "bacteria", "is", "reduced", "in", "Tpcn", "-", "/", "-", "BMDM", ",", "as", "assessed", "by", "single", "-", "cell", "imaging", "of", "BMDM", "allowed", "to", "internalise", "M", ".", "smegmatis", "tagged", "with", "mCherry", "(", "in", "red", ")", "for", "1", "h", ".", "Internalization", "of", "bacteria", "assessed", "discontinuously", "in", "BMDM", "populations", ":", "(", "B", ")", "The", "resultant", "growth", "of", "bacteria", "colonies", "on", "agar", "plates", "following", "lysis", "of", "BMDM", "infected", "with", "M", ".", "smegmatis", "and", "(", "C", ")", "quantification", "of", "colony", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "WT", "control", "(", "n", "=", "12", ")", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Internalization of bacteria is reduced in Tpcn-/- BMDM, as assessed by single-cell imaging of BMDM allowed to internalise M. smegmatis tagged with mCherry (in red) for 1 h. Internalization of bacteria assessed discontinuously in BMDM populations: (B) The resultant growth of bacteria colonies on agar plates following lysis of BMDM infected with M. smegmatis and (C) quantification of colony forming units (CFU) expressed as a percentage of WT control (n = 12);"}
{"words": ["Real", "-", "time", "internalization", "of", "fluorescent", "bacteria", "into", "BMDM", "populations", ":", "(", "D", ")", "Relative", "Fluorescence", "Units", "(", "RFU", ")", "of", "internalised", "mCherry", "-", "tagged", "M", ".", "smegmatis", "(", "E", ")", "and", "mCherry", "-", "tagged", "BCG", "over", "time", ",", "read", "using", "a", "plate", "reader", "(", "n", "=", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Real-time internalization of fluorescent bacteria into BMDM populations: (D) Relative Fluorescence Units (RFU) of internalised mCherry-tagged M. smegmatis (E) and mCherry-tagged BCG over time, read using a plate reader (n = 8)."}
{"words": ["BMDMs", "were", "co", "-", "loaded", "with", "2", "µM", "Calbryte590", "/", "AM", "(", "50", "min", ")", "and", "200", "nM", "Lysotracker", "Green", "(", "LTG", ",", "5", "min", ")", "and", ",", "at", "room", "temperature", ",", "presented", "with", "3", "-", "µm", "opsonized", "beads", "labelled", "with", "Alexa", "Fluor", "647", "(", "blue", ")", ".", "A", "three", "-", "channel", "image", "was", "recorded", "every", "10", "s", ".", "The", "LTG", "brightness", "has", "been", "enhanced", "post", "hoc", "to", "visualize", "the", "dimmer", ",", "peripheral", "lysosomes", ".", "Time", "Zero", "is", "defined", "as", "the", "frame", "when", "the", "first", "Ca2", "+", "signal", "was", "observed", ".", "(", "A", ")", "Images", "represent", "Ca2", "+", "responses", "or", "an", "overlay", "of", "LTG", "and", "bead", "fluorescence", ".", "Times", "of", "each", "image", "are", "relative", "to", "the", "first", "Ca2", "+", "spike", ".", "(", "B", ")", "Enlargement", "of", "the", "first", "contact", "point", "between", "lysosomes", "and", "bead", "(", "red", "arrow", ")", "as", "depicted", "by", "the", "dashed", "box", ",", "80", "s", "post", "-", "Ca2", "+", ".", "(", "C", ")", "Whole", "-", "cell", "Ca2", "+", "responses", "from", "the", "cell", "in", "A", ".", "(", "D", ")", "Collation", "of", "the", "post", "-", "Ca2", "+", "contact", "time", ",", "displayed", "as", "a", "scatter", "plot", "of", "individual", "cells", "and", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "(", "n", "=", "27", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were co-loaded with 2 µM Calbryte590/AM (50 min) and 200 nM Lysotracker Green (LTG, 5 min) and, at room temperature, presented with 3-µm opsonized beads labelled with Alexa Fluor 647 (blue). A three-channel image was recorded every 10 s. The LTG brightness has been enhanced post hoc to visualize the dimmer, peripheral lysosomes. Time Zero is defined as the frame when the first Ca2+ signal was observed. (A) Images represent Ca2+ responses or an overlay of LTG and bead fluorescence. Times of each image are relative to the first Ca2+ spike. (B) Enlargement of the first contact point between lysosomes and bead (red arrow) as depicted by the dashed box, 80 s post-Ca2+. (C) Whole-cell Ca2+ responses from the cell in A. (D) Collation of the post-Ca2+ contact time, displayed as a scatter plot of individual cells and the mean ± S.E.M. (n = 27 cells)."}
{"words": ["BMDMs", "were", "co", "-", "loaded", "with", "2", "µM", "Calbryte590", "/", "AM", "(", "50", "min", ")", "and", "200", "nM", "Lysotracker", "Green", "(", "LTG", ",", "5", "min", ")", "and", ",", "at", "room", "temperature", ",", "presented", "with", "3", "-", "µm", "opsonized", "beads", "labelled", "with", "Alexa", "Fluor", "647", "(", "blue", ")", ".", "A", "three", "-", "channel", "image", "was", "recorded", "every", "10", "s", ".", "The", "LTG", "brightness", "has", "been", "enhanced", "post", "hoc", "to", "visualize", "the", "dimmer", ",", "peripheral", "lysosomes", ".", "Time", "Zero", "is", "defined", "as", "the", "frame", "when", "the", "first", "Ca2", "+", "signal", "was", "observed", ".", "(", "A", ")", "Images", "represent", "Ca2", "+", "responses", "or", "an", "overlay", "of", "LTG", "and", "bead", "fluorescence", ".", "Times", "of", "each", "image", "are", "relative", "to", "the", "first", "Ca2", "+", "spike", ".", "(", "B", ")", "Enlargement", "of", "the", "first", "contact", "point", "between", "lysosomes", "and", "bead", "(", "red", "arrow", ")", "as", "depicted", "by", "the", "dashed", "box", ",", "80", "s", "post", "-", "Ca2", "+", ".", "(", "C", ")", "Whole", "-", "cell", "Ca2", "+", "responses", "from", "the", "cell", "in", "A", ".", "(", "D", ")", "Collation", "of", "the", "post", "-", "Ca2", "+", "contact", "time", ",", "displayed", "as", "a", "scatter", "plot", "of", "individual", "cells", "and", "the", "mean", "±", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "(", "n", "=", "27", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were co-loaded with 2 µM Calbryte590/AM (50 min) and 200 nM Lysotracker Green (LTG, 5 min) and, at room temperature, presented with 3-µm opsonized beads labelled with Alexa Fluor 647 (blue). A three-channel image was recorded every 10 s. The LTG brightness has been enhanced post hoc to visualize the dimmer, peripheral lysosomes. Time Zero is defined as the frame when the first Ca2+ signal was observed. (A) Images represent Ca2+ responses or an overlay of LTG and bead fluorescence. Times of each image are relative to the first Ca2+ spike. (B) Enlargement of the first contact point between lysosomes and bead (red arrow) as depicted by the dashed box, 80 s post-Ca2+. (C) Whole-cell Ca2+ responses from the cell in A. (D) Collation of the post-Ca2+ contact time, displayed as a scatter plot of individual cells and the mean ± S.E.M. (n = 27 cells)."}
{"words": ["RAW246", ".", "7", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "TPC1", "-", "TagRFP", "-", "T", "or", "TPC2", "-", "TagRFP", "-", "T", "(", "red", ")", "and", "presented", "with", "3", "-", "µm", "opsonized", "beads", "labelled", "with", "Alexa", "Fluor", "647", "(", "blue", ")", ".", "Acute", "time", "-", "series", "of", "bead", "engagement", "were", "collected", ".", "Contact", "between", "TPCs", "and", "beads", "are", "depicted", "in", "the", "time", "-", "stamped", "micrographs", ",", "where", "time", "is", "arbitrary", "after", "the", "start", "of", "the", "image", "stack", "(", "E", ",", "F", ")", "i", ".", "e", ".", "110", "s", "is", "still", "prior", "to", "engagement", ".", "The", "spatial", "relationship", "between", "TPCs", "and", "beads", "was", "quantified", "using", "a", "target", "graticule", "of", "0", ".", "5", "-", "µm", "bands", "centred", "on", "the", "engulfed", "bead", ";", "the", "mean", "fluorescence", "within", "each", "band", "was", "normalized", "to", "the", "fluorescence", "of", "the", "maximum", "band", "and", "plotted", "against", "this", "radial", "distance", "(", "G", ",", "H", ")", ";", "n", "=", "35", "-", "36", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAW246.7 cells were transfected with either TPC1-TagRFP-T or TPC2-TagRFP-T (red) and presented with 3-µm opsonized beads labelled with Alexa Fluor 647 (blue). Acute time-series of bead engagement were collected. Contact between TPCs and beads are depicted in the time-stamped micrographs, where time is arbitrary after the start of the image stack (E,F) i.e. 110 s is still prior to engagement. The spatial relationship between TPCs and beads was quantified using a target graticule of 0.5-µm bands centred on the engulfed bead; the mean fluorescence within each band was normalized to the fluorescence of the maximum band and plotted against this radial distance (G,H); n = 35-36 cells."}
{"words": ["RAW", "247", ".", "6", "macrophages", "loaded", "with", "a", "cytosolic", "chemical", "dye", "(", "Cyto", "dye", ")", "to", "detect", "global", "cytosolic", "Ca2", "+", ",", "and", "heterologously", "expressing", "(", "B", ")", "TPC1", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "TPC1", "-", "GG", ")", "or", "(", "C", "-", "E", ")", "TPC2", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "TPC2", "-", "GG", ")", "to", "detect", "peri", "-", "endo", "-", "lysosomal", "Ca2", "+", "domains", ",", "which", "were", "not", "detected", "by", "(", "F", ")", "a", "TPC2", "mutant", "(", "D276K", ")", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "that", "blocks", "ion", "permeation", "or", "(", "A", ")", "unfused", "cytosolic", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "Cyto", "GG", ")", ".", "(", "A", "-", "F", ")", "Single", "-", "cell", "Ca2", "+", "traces", "upon", "FcγR", "activation", "by", "opsonized", "3", "-", "μm", "beads", "in", "-", "Ca2", "+", "o", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "maximum", "fluorescence", "of", "the", "indicator", ",", "determined", "by", "adding", "2", "μM", "ionomycin", "and", "10", "mM", "CaCl2", "at", "the", "end", "of", "each", "experiment", "(", "%", "Fmax", ")", "(", "D", ")", "TPC2", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "activity", "was", "inhibited", "by", "10", "µM", "Ned", "-", "19", ",", "but", "was", "unaffected", "by", "(", "E", ")", "chelating", "global", "Ca2", "+", "with", "EGTA", "/", "AM", "(", "100", "μM", "for", "2", "min", "prior", "to", "bead", "addition", ")", ".", "Summary", "data", "of", "the", "first", "spike", "from", "cells", "A", "-", "F", "(", "subsequent", "spikes", "show", "the", "same", "pattern", ";", "Appendix", "Fig", ".", "S4B", ")", ",", "n", "=", "87", "-", "274", "cells", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "Cyto", "GG", ",", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "TPC2", "-", "GG", "ctrl", ",", "†", "†", "†", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "Cyto", "GG", ".", "Fusion", "of", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "to", "TPC2", "did", "not", "alter", "the", "affinity", "of", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "for", "Ca2", "+", "determined", "in", "permeabilized", "cells", "(", "n", "=", "34", "-", "71", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAW 247.6 macrophages loaded with a cytosolic chemical dye (Cyto dye) to detect global cytosolic Ca2+, and heterologously expressing (B) TPC1-G-GECO1.2 (TPC1-GG) or (C-E) TPC2-G-GECO1.2 (TPC2-GG) to detect peri-endo-lysosomal Ca2+ domains, which were not detected by (F) a TPC2 mutant (D276K)-G-GECO1.2 that blocks ion permeation or (A) unfused cytosolic G-GECO1.2 (Cyto GG). (A-F) Single-cell Ca2+ traces upon FcγR activation by opsonized 3-μm beads in -Ca2+o expressed as a percentage of the maximum fluorescence of the indicator, determined by adding 2 μM ionomycin and 10 mM CaCl2 at the end of each experiment (% Fmax) (D) TPC2-G-GECO1.2 activity was inhibited by 10 µM Ned-19, but was unaffected by (E) chelating global Ca2+ with EGTA/AM (100 μM for 2 min prior to bead addition). Summary data of the first spike from cells A-F (subsequent spikes show the same pattern; Appendix Fig. S4B), n = 87-274 cells; ***P<0.001 vs Cyto GG, ### P<0.001 vs TPC2-GG ctrl, ††† P<0.001 vs Cyto GG. Fusion of G-GECO1.2 to TPC2 did not alter the affinity of G-GECO1.2 for Ca2+ determined in permeabilized cells (n = 34-71 cells)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Single", "-", "cell", "Ca2", "+", "traces", "upon", "FcγR", "activation", "by", "opsonized", "3", "-", "μm", "beads", "in", "-", "Ca2", "+", "o", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "Fmax", ".", "(", "I", ",", "J", ")", "Pre", "-", "emptying", "the", "ER", "stores", "with", "CPA", "or", "thapsigargin", "(", "Tg", ")", "abolished", "the", "global", "cytosolic", "Ca2", "+", "response", "evoked", "by", "beads", ",", "but", "a", "TPC2", "-", "G", "‑", "GECO1", ".", "2", "component", "remained", ",", "n", "=", "17", "-", "121", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Single-cell Ca2+ traces upon FcγR activation by opsonized 3-μm beads in -Ca2+o expressed as a percentage of Fmax. (I, J) Pre-emptying the ER stores with CPA or thapsigargin (Tg) abolished the global cytosolic Ca2+ response evoked by beads, but a TPC2-G‑GECO1.2 component remained, n = 17 - 121 cells."}
{"words": ["(", "I", ")", "Single", "-", "cell", "Ca2", "+", "traces", "upon", "FcγR", "activation", "by", "opsonized", "3", "-", "μm", "beads", "in", "-", "Ca2", "+", "o", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "Fmax", ".", "(", "I", ",", "J", ")", "Pre", "-", "emptying", "the", "ER", "stores", "with", "CPA", "or", "thapsigargin", "(", "Tg", ")", "abolished", "the", "global", "cytosolic", "Ca2", "+", "response", "evoked", "by", "beads", ",", "but", "a", "TPC2", "-", "G", "‑", "GECO1", ".", "2", "component", "remained", ",", "n", "=", "17", "-", "121", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Single-cell Ca2+ traces upon FcγR activation by opsonized 3-μm beads in -Ca2+o expressed as a percentage of Fmax. (I, J) Pre-emptying the ER stores with CPA or thapsigargin (Tg) abolished the global cytosolic Ca2+ response evoked by beads, but a TPC2-G‑GECO1.2 component remained, n = 17 - 121 cells."}
{"words": ["No", "local", "Ca2", "+", "signal", "was", "detected", "with", "TPC2", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "when", "Ca2", "+", "spiking", "was", "evoked", "by", "ER", "-", "Ca2", "+", "release", "with", "100", "μM", "UTP", "(", "K", ",", "L", ")", "or", "10", "μM", "CPA", "(", "M", ")", ";", "only", "a", "bystander", "response", "equivalent", "to", "unfused", "cytosolic", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "was", "detected", "(", "n", "=", "121", "-", "182", "cells", ";", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "No local Ca2+ signal was detected with TPC2-G-GECO1.2 when Ca2+ spiking was evoked by ER-Ca2+ release with 100 μM UTP (K, L) or 10 μM CPA (M); only a bystander response equivalent to unfused cytosolic G-GECO1.2 was detected (n = 121-182 cells; *P<0.05)."}
{"words": ["Translocation", "of", "CB", ",", "a", "non", "-", "Ca2", "+", "binding", "CB", "mutant", "(", "CB", "mut", ")", "or", "a", "triple", "mTagBFP2", "(", "BFP", ")", "to", "the", "lysosome", "(", "LAMP1", ")", ",", "as", "indicated", "by", "the", "increase", "in", "the", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficient", "was", "induced", "by", "250", "nM", "rapalog", "(", "30", "mins", ")", "compared", "with", "ethanol", "(", "EtOH", ")", "control", "-", "treated", "RAW", "247", ".", "6", "cells", ".", "n", "=", "11", "-", "25", "cells", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Translocation of CB, a non-Ca2+ binding CB mutant (CB mut) or a triple mTagBFP2 (BFP) to the lysosome (LAMP1), as indicated by the increase in the Pearson's correlation coefficient was induced by 250 nM rapalog (30 mins) compared with ethanol (EtOH) control-treated RAW 247.6 cells. n = 11-25 cells; ***P<0.001."}
{"words": ["Images", "of", "a", "single", "RAW", "247", ".", "6", "cell", "displaying", "yellow", "puncta", "indicative", "of", "successful", "re", "-", "positioning", "of", "CB", "(", "in", "green", ")", "to", "the", "lysosome", "(", "in", "red", ")", "in", "the", "presence", "of", "rapalog", "but", "not", "EtOH", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Images of a single RAW 247.6 cell displaying yellow puncta indicative of successful re-positioning of CB (in green) to the lysosome (in red) in the presence of rapalog but not EtOH."}
{"words": ["When", "CB", "was", "brought", "to", "the", "lysosome", "(", "+", "rapalog", ")", "uptake", "of", "beads", "was", "inhibited", ",", "whilst", "the", "non", "-", "Ca2", "+", "binding", "CB", "(", "CB", "mut", ";", "n", "=", "46", "-", "187", "cells", ")", "or", "triple", "mTagBFP2", "(", "BFP", ";", "n", "=", "38", "-", "52", "cells", ")", "did", "not", "block", "phagocytosis", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "When CB was brought to the lysosome (+rapalog) uptake of beads was inhibited, whilst the non-Ca2+ binding CB (CB mut; n = 46-187 cells) or triple mTagBFP2 (BFP; n = 38-52 cells) did not block phagocytosis;***P<0.001."}
{"words": ["Bead", "uptake", "in", "BMDMs", "with", "and", "without", "loading", "of", "25", "µM", "EGTA", "/", "AM", "and", "10", "μM", "Ned", "-", "19", ".", "EGTA", "-", "insensitive", "phagocytosis", "of", "beads", "was", "inhibited", "by", "Ned", "-", "19", "(", "n", "=", "75", "-", "102", "cells", ")", "in", "WT", "BMDM", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Bead uptake in BMDMs with and without loading of 25 µM EGTA/AM and 10 μM Ned-19. EGTA-insensitive phagocytosis of beads was inhibited by Ned-19 (n= 75-102 cells) in WT BMDM; ***P<0.001."}
{"words": ["RAW", "247", ".", "6", "macrophages", "expressing", "cytosolic", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "Cyto", "GG", ")", ",", "TPC2", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "TPC2", "-", "GG", ")", "or", "TRPML1", "-", "G", "-", "GECO1", ".", "2", "(", "TRPML1", "-", "GG", ")", ".", "(", "F", ")", "Single", "-", "cell", "Ca2", "+", "traces", "upon", "FcγR", "activation", "by", "opsonized", "3", "-", "μm", "or", "6", "-", "μm", "beads", "in", "-", "Ca2", "+", "o", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "the", "maximum", "indicator", "fluorescence", "(", "%", "Fmax", "=", "2", "μM", "ionomycin", "and", "10", "mM", "CaCl2", ")", ".", "(", "G", ")", "Summary", "of", "first", "Ca2", "+", "spike", ";", "n", "=", "69", "-", "121", "(", "3", "-", "μm", "bead", ")", ",", "22", "-", "46", "(", "6", "-", "μm", "beads", ")", "cells", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "vs", "Cyto", "GG", ",", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", "TPC2", "-", "GG", "vs", "TRPML1", "-", "GG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "RAW 247.6 macrophages expressing cytosolic G-GECO1.2 (Cyto GG), TPC2-G-GECO1.2 (TPC2-GG) or TRPML1-G-GECO1.2 (TRPML1-GG). (F) Single-cell Ca2+ traces upon FcγR activation by opsonized 3-μm or 6-μm beads in -Ca2+o expressed as a percentage of the maximum indicator fluorescence (% Fmax = 2 μM ionomycin and 10 mM CaCl2). (G) Summary of first Ca2+ spike; n = 69-121 (3-μm bead), 22-46 (6-μm beads) cells; ***P<0.001, **P<0.01 vs Cyto GG, ### P<0.001 TPC2-GG vs TRPML1-GG."}
{"words": ["Dynamin", "inhibitors", "(", "80", "μM", "Dynasore", "or", "20", "μM", "Dyngo", "-", "4a", ")", "inhibit", "phagocytosis", "of", "opsonized", "3", "-", "μm", "beads", "in", "WT", "BMDM", ";", "n", "=", "101", "-", "149", "cells", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dynamin inhibitors (80 μM Dynasore or 20 μM Dyngo-4a) inhibit phagocytosis of opsonized 3-μm beads in WT BMDM; n = 101-149 cells, ***P<0.001."}
{"words": ["Rescue", "of", "the", "TPC", "-", "KO", "dynamin", "defect", "by", "the", "dynamin", "activator", ",", "Ryngo", "-", "1", "-", "23", "(", "80", "μM", ")", ":", "mean", "number", "of", "internalised", "beads", "per", "cell", "as", "a", "percentage", "of", "the", "WT", "control", ";", "n", "=", "128", "-", "241", "cells", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rescue of the TPC-KO dynamin defect by the dynamin activator, Ryngo-1-23 (80 μM): mean number of internalised beads per cell as a percentage of the WT control; n = 128-241 cells, **P<0.01, ***P<0.001."}
{"words": ["In", "WT", "BMDM", ",", "expression", "of", "a", "dominant", "-", "negative", "dynamin", "-", "2", "mutant", "(", "Dyn2", "K44A", ")", "reduced", "phagocytosis", "(", "n", "=", "68", "-", "184", ")", ".", "Expression", "of", "wildtype", "dynamin", "-", "2", "(", "Dyn2", ")", "or", "constitutively", "active", "dynamin", "-", "2", "(", "S764A", "mutant", ",", "mimicking", "the", "dephosphorylated", "state", ")", "in", "Tpcn1", "-", "/", "-", "macrophages", "restored", "phagocytosis", "of", "3", "-", "μm", "beads", "after", "10", "min", ",", "n", "=", "10", "-", "76", "cells", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "WT", "control", ",", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "Tpcn1", "-", "/", "-", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In WT BMDM, expression of a dominant-negative dynamin-2 mutant (Dyn2 K44A) reduced phagocytosis (n = 68-184). Expression of wildtype dynamin-2 (Dyn2) or constitutively active dynamin-2 (S764A mutant, mimicking the dephosphorylated state) in Tpcn1-/- macrophages restored phagocytosis of 3-μm beads after 10 min, n = 10-76 cells; ***P<0.001 vs WT control, ### P<0.001 vs Tpcn1-/- control."}
{"words": ["Single", "WT", "BMDM", "expressing", "HA", "-", "tagged", "dynamin", "-", "2", "(", "immunolabelled", "with", "anti", "-", "HA", ",", "in", "red", ")", "undergoing", "phagocytosis", "of", "IgG", "-", "3", "-", "μm", "beads", "(", "blue", ")", ".", "Images", "were", "taken", "10", "or", "30", "min", "post", "-", "addition", "of", "beads", ";", "actin", "(", "green", ")", "labelled", "with", "Phalloidin", "Alexa", "488", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0], "text": "Single WT BMDM expressing HA-tagged dynamin-2 (immunolabelled with anti-HA, in red) undergoing phagocytosis of IgG-3-μm beads (blue). Images were taken 10 or 30 min post-addition of beads; actin (green) labelled with Phalloidin Alexa 488."}
{"words": ["Calcineurin", "inhibitors", ",", "FK506", "(", "10", "μM", ")", "or", "cyclosporin", "A", "(", "CsA", ",", "10", "μM", ")", "inhibited", "phagocytosis", "in", "WT", "cells", ",", "n", "=", "65", "-", "159", "cells", ".", "Ryngo", "(", "80", "μM", ")", "rescued", "phagocytosis", "defects", "in", "Tpcn1", "-", "/", "-", "BMDM", "even", "in", "the", "presence", "of", "FK506", "or", "CsA", ",", "n", "=", "103", "-", "208", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Calcineurin inhibitors, FK506 (10 μM) or cyclosporin A (CsA, 10 μM) inhibited phagocytosis in WT cells, n = 65-159 cells. Ryngo (80 μM) rescued phagocytosis defects in Tpcn1-/- BMDM even in the presence of FK506 or CsA, n = 103-208 cells."}
{"words": ["Calcineurin", "activity", "and", "cytosolic", "Ca2", "+", "responses", "simultaneously", "monitored", "in", "single", "RAW", "247", ".", "6", "using", "CaNAR2", "and", "jRGECO1a", ",", "respectively", ",", "upon", "addition", "of", "3", "-", "μm", "beads", ".", "CaNAR2", "signals", "(", "FRET", "Y", "/", "C", ")", "were", "inhibited", "by", "FK506", "(", "10", "μM", ")", "and", "Ned", "-", "19", "(", "10", "μM", ")", ";", "(", "H", ")", "single", "-", "cell", "traces", "and", "(", "I", ")", "mean", "maximum", "responses", ".", "n", "=", "65", "-", "169", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "vs", "control", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Calcineurin activity and cytosolic Ca2+ responses simultaneously monitored in single RAW 247.6 using CaNAR2 and jRGECO1a, respectively, upon addition of 3-μm beads. CaNAR2 signals (FRET Y/C) were inhibited by FK506 (10 μM) and Ned-19 (10 μM); (H) single-cell traces and (I) mean maximum responses. n = 65-169; ***P<0.001 vs control."}
{"words": ["Phagocytosis", "induced", "dephosphorylation", "of", "dynamin", "-", "2", "(", "ratio", "of", "phospho", "-", "dynamin", "to", "total", "dynamin", "-", "2", "expressed", "as", "a", "percentage", "of", "WT", "at", "time", "zero", ")", "in", "WT", "BMDM", ",", "but", "not", "in", "Tpcn1", "-", "/", "-", "BMDM", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "time", "-", "point", "matched", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "n", "=", "10", "-", "15", ".", "Measured", "using", "in", "-", "cell", "western", "assay", ",", "representative", "wells", "of", "plate", "image", ":", "total", "dyn2", "(", "red", ")", "and", "phospho", "-", "dyn2", "(", "green", ")", ".", "See", "also", "Appendix", "Figures", "S6", "and", "S7", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phagocytosis induced dephosphorylation of dynamin-2 (ratio of phospho-dynamin to total dynamin-2 expressed as a percentage of WT at time zero) in WT BMDM, but not in Tpcn1-/- BMDM; **P<0.01, ***P<0.001 (time-point matched unpaired t-test) n = 10-15. Measured using in-cell western assay, representative wells of plate image: total dyn2 (red) and phospho-dyn2 (green). See also Appendix Figures S6 and S7."}
{"words": ["RAW", "246", ".", "7", "macrophages", "expressing", "the", "dynein", "-", "binding", "protein", "(", "mTagBFP2", "-", "BicD2", "-", "FKBP12", ")", "for", "rapalog", "-", "induced", "lysosome", "repositioning", "to", "the", "MTOC", ",", "also", "co", "-", "expressed", "HsLAMP1", "-", "mCherry", "with", "or", "without", "a", "C", "-", "terminal", "FRB", "*", "(", "LAMP", "-", "FRB", "*", "or", "LAMP", ",", "in", "red", ")", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "0", ".", "1", "%", "ethanol", "or", "250", "nM", "rapalog", "for", "2", "h", ".", "Only", "the", "tripartite", "complex", "of", "FKBP12", "-", "rapalog", "-", "FRB", "induced", "clustering", "of", "lysosomes", "at", "the", "MTOC", "(", "A", ",", "B", ")", ".", "This", "clustering", "was", "selective", "for", "lysosomes", "because", "ER", "and", "mitochondria", "(", "KDEL", "-", "GFP", "and", "MitoTracker", "Green", ")", "were", "not", "affected", "(", "C", ")", ".", "(", "A", ",", "B", ")", "Phagocytosis", "of", "IgG", "-", "3", "-", "μm", "beads", "was", "reduced", "by", "immobilizing", "lysosomes", "at", "the", "MTOC", ",", "n", "=", "80", "-", "564", "cells", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RAW 246.7 macrophages expressing the dynein-binding protein (mTagBFP2-BicD2-FKBP12) for rapalog-induced lysosome repositioning to the MTOC, also co-expressed HsLAMP1-mCherry with or without a C-terminal FRB* (LAMP-FRB* or LAMP, in red). Cells were treated with 0.1% ethanol or 250 nM rapalog for 2 h. Only the tripartite complex of FKBP12-rapalog-FRB induced clustering of lysosomes at the MTOC (A, B). This clustering was selective for lysosomes because ER and mitochondria (KDEL-GFP and MitoTracker Green) were not affected (C). (A, B) Phagocytosis of IgG-3-μm beads was reduced by immobilizing lysosomes at the MTOC, n = 80-564 cells; ***P<0.001."}
{"words": ["Activation", "of", "dynamin", "-", "2", "with", "Ryngo", "1", "-", "23", "or", "expression", "of", "constitutively", "active", "dynamin", "-", "2", "(", "S764A", "mutant", ",", "expression", "confirmed", "by", "the", "grayscale", "image", ")", "restored", "phagocytosis", "of", "IgG", "-", "3", "-", "μm", "beads", "(", "n", "=", "34", "-", "51", "cells", ")", ",", "but", "had", "no", "effect", "on", "the", "phagocytosis", "of", "IgG", "-", "6", "-", "μm", "beads", ",", "n", "=", "36", "-", "72", "cells", "(", "E", ")", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "EtOH", "Ctrl", "vs", "rapalog", "Ctrl", ",", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", "rapalog", "Ctrl", "vs", "rapalog", "Ryngo", "/", "Dyn2S764A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0], "text": "Activation of dynamin-2 with Ryngo 1-23 or expression of constitutively active dynamin-2 (S764A mutant, expression confirmed by the grayscale image) restored phagocytosis of IgG-3-μm beads (n = 34-51 cells), but had no effect on the phagocytosis of IgG-6-μm beads, n = 36-72 cells (E); ***P<0.001 EtOH Ctrl vs rapalog Ctrl, ###P<0.001 rapalog Ctrl vs rapalog Ryngo/Dyn2S764A."}
{"words": ["Activation", "of", "dynamin", "-", "2", "with", "Ryngo", "1", "-", "23", "or", "expression", "of", "constitutively", "active", "dynamin", "-", "2", "(", "S764A", "mutant", ",", "expression", "confirmed", "by", "the", "grayscale", "image", ")", "restored", "phagocytosis", "of", "IgG", "-", "3", "-", "μm", "beads", "(", "n", "=", "34", "-", "51", "cells", ")", ",", "but", "had", "no", "effect", "on", "the", "phagocytosis", "of", "IgG", "-", "6", "-", "μm", "beads", ",", "n", "=", "36", "-", "72", "cells", "(", "E", ")", ";", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "EtOH", "Ctrl", "vs", "rapalog", "Ctrl", ",", "#", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "001", "rapalog", "Ctrl", "vs", "rapalog", "Ryngo", "/", "Dyn2S764A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0], "text": "Activation of dynamin-2 with Ryngo 1-23 or expression of constitutively active dynamin-2 (S764A mutant, expression confirmed by the grayscale image) restored phagocytosis of IgG-3-μm beads (n = 34-51 cells), but had no effect on the phagocytosis of IgG-6-μm beads, n = 36-72 cells (E); ***P<0.001 EtOH Ctrl vs rapalog Ctrl, ###P<0.001 rapalog Ctrl vs rapalog Ryngo/Dyn2S764A."}
{"words": ["(", "A", ")", "mRNA", "expressions", "of", "PINK1", "in", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) mRNA expressions of PINK1 in CSCs and non-CSCs. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "PINK1", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "9", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Immunoblot analysis of PINK1 protein in non-CSCs and CSCs. Representative and mean±SEM from 9 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", "-", "E", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "p", "-", "PINK1", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "7", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-E) Immunoblot analysis of p-PINK1 protein in non-CSCs and CSCs. Representative and mean±SEM from 7 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "Parkin", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of Parkin protein in non-CSCs and CSCs."}
{"words": ["analysis", "of", "Parkin", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "8", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "analysis of Parkin protein in non-CSCs and CSCs. Representative and mean±SEM from 8 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "PINK1", "and", "Parkin", "protein", "levels", "in", "mitochondrial", "fractions", "and", "whole", "cell", "lyses", "of", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "8", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) PINK1 and Parkin protein levels in mitochondrial fractions and whole cell lyses of CSCs and non-CSCs. Representative and mean±SEM from 8 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "Intracellular", "levels", "of", "p", "-", "Parkin", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", "were", "analyzed", "using", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "histograms", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) Intracellular levels of p-Parkin protein in non-CSCs and CSCs were analyzed using flow cytometry. Representative histograms and mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["Immunoblot", "analysis", "of", "p", "-", "Parkin", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblot analysis of p-Parkin protein in non-CSCs and CSCs."}
{"words": ["analysis", "of", "p", "-", "Parkin", "protein", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "11", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "analysis of p-Parkin protein in non-CSCs and CSCs. Representative and mean±SEM from 11 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "N", "-", "P", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "Mdivi", "-", "1", "(", "50", "μM", ")", "and", "analyzed", "for", "sphere", "formation", "plus", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Scale", "bar", "20", "mm", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N-P) CSCs were treated with Mdivi-1 (50 μM) and analyzed for sphere formation plus tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Scale bar 20 mm. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "Q", ")", "CSCs", "transfected", "with", "PINK1", "shRNA", "or", "the", "control", "were", "analysed", "for", "sphere", "formation", "and", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Q) CSCs transfected with PINK1 shRNA or the control were analysed for sphere formation and tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "R", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", "and", "analysed", "for", "sphere", "formation", "and", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(R) CSCs were treated with DAPT (10 μM) and analysed for sphere formation and tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "S", ")", "CSCs", "were", "transfected", "with", "PINK1", "shRNA", "or", "control", ",", "and", "analysed", "for", "activated", "Notch1", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(S) CSCs were transfected with PINK1 shRNA or control, and analysed for activated Notch1. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "T", ")", "CSCs", "with", "or", "without", "transfection", "of", "Notch1", "ICD", "were", "treated", "with", "Mdivi", "-", "1", "(", "50", "μM", ")", "and", "analyzed", "for", "sphere", "formation", "plus", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(T) CSCs with or without transfection of Notch1 ICD were treated with Mdivi-1 (50 μM) and analyzed for sphere formation plus tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Lysosomal", "DNA", "was", "identified", "with", "anti", "-", "LAMP1", "and", "anti", "-", "DNA", "antibodies", "in", "non", "-", "CSCs", "and", "CSCs", ".", "Scale", "bar", "5μm", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "with", "50", "cells", "from", "5", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Lysosomal DNA was identified with anti-LAMP1 and anti-DNA antibodies in non-CSCs and CSCs. Scale bar 5μm. Representative and mean±SEM with 50 cells from 5 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "Lysosomal", "content", "of", "mtDNA", "in", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", "was", "determined", "with", "qPCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Lysosomal content of mtDNA in CSCs and non-CSCs was determined with qPCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "Mdivi", "-", "1", "(", "50", "μM", ")", "and", "analysed", "for", "lysosomal", "mtDNA", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs were treated with Mdivi-1 (50 μM) and analysed for lysosomal mtDNA. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "CSCs", "with", "or", "without", "transfection", "of", "PINK1", "shRNA", "were", "analysed", "for", "lysosomal", "mtDNA", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) CSCs with or without transfection of PINK1 shRNA were analysed for lysosomal mtDNA. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Protein", "expressions", "of", "TLR9", "and", "MyD88", "in", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) Protein expressions of TLR9 and MyD88 in CSCs and non-CSCs. Representative and mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "H", ")", "TLR9", "proteins", "were", "immunoprecipitated", "from", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", "and", "analyzed", "for", "the", "binding", "load", "of", "mtDNA", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) TLR9 proteins were immunoprecipitated from CSCs and non-CSCs and analyzed for the binding load of mtDNA. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "I", ")", "CSCs", "were", "transfected", "with", "mtDNA", "and", "analysed", "for", "expressions", "of", "TLR9", "plus", "MyD88", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) CSCs were transfected with mtDNA and analysed for expressions of TLR9 plus MyD88. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "J", "-", "K", ")", "CSCs", "treated", "with", "EtBr", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "were", "analysed", "for", "lysosomal", "mtDNA", ",", "TLR9", ",", "and", "MyD88", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-K) CSCs treated with EtBr (50 ng/ml) were analysed for lysosomal mtDNA, TLR9, and MyD88. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "L", ")", "CSCs", "transfected", "with", "DNase", "II", "expression", "vector", "or", "the", "control", "were", "analyzed", "for", "lysosomal", "DNA", "plus", "MyD88", "protein", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "(", "M", ")", "CSCs", "transfected", "with", "DNase", "II", "shRNA", "or", "the", "control", "were", "analyzed", "for", "lysosomal", "DNA", "plus", "MyD88", "protein", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) CSCs transfected with DNase II expression vector or the control were analyzed for lysosomal DNA plus MyD88 protein. Mean±SEM from 6 patients. (M) CSCs transfected with DNase II shRNA or the control were analyzed for lysosomal DNA plus MyD88 protein. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CSCs", "were", "stimulated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "or", "control", "and", "analysed", "for", "sphere", "formation", "and", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CSCs were stimulated with CpG ODN (10 μg/ml) or control and analysed for sphere formation and tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["CSCs", "transfected", "with", "mtDNA", "were", "analyzed", "for", "sphere", "formation", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSCs transfected with mtDNA were analyzed for sphere formation Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["CSCs", "transfected", "with", "mtDNA", "were", "analyzed", "for", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CSCs transfected with mtDNA were analyzed for tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "were", "transfected", "with", "2", "different", "TLR9", "shRNAs", "or", "the", "control", ",", "and", "analysed", "for", "sphere", "formation", "and", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs were transfected with 2 different TLR9 shRNAs or the control, and analysed for sphere formation and tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "CSCs", "transfected", "with", "DNase", "II", "expression", "vector", ",", "DNase", "II", "shRNA", ",", "or", "the", "control", "was", "analyzed", "for", "sphere", "formation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) CSCs transfected with DNase II expression vector, DNase II shRNA, or the control was analyzed for sphere formation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "G", ")", "CpG", "promoted", "tumor", "growth", "of", "PDX", "chimeras", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CpG promoted tumor growth of PDX chimeras. Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "H", ")", "TLR9", "inhibitor", "chloroquine", "abrogated", "the", "effect", "of", "CpG", "on", "tumor", "growth", "in", "PDX", "chimeras", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) TLR9 inhibitor chloroquine abrogated the effect of CpG on tumor growth in PDX chimeras. Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "I", ")", "CpG", "treatment", "increased", "the", "frequency", "of", "CD133", "-", "expressing", "CSCs", "in", "PDX", "chimeras", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) CpG treatment increased the frequency of CD133-expressing CSCs in PDX chimeras. Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "J", ")", "Chloroquine", "impeded", "the", "function", "of", "CpG", "in", "elevating", "CD133", "-", "expressing", "CSCs", "of", "PDX", "chimeras", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Chloroquine impeded the function of CpG in elevating CD133-expressing CSCs of PDX chimeras. Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CSCs", "transfected", "with", "TLR9", "shRNA", "or", "control", "were", "analysed", "for", "protein", "expressions", "of", "activated", "Notch1", "plus", "HES1", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CSCs transfected with TLR9 shRNA or control were analysed for protein expressions of activated Notch1 plus HES1. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "CSCs", "treated", "with", "or", "without", "EtBr", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "were", "analyzed", "for", "activated", "Notch1", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CSCs treated with or without EtBr (50 ng/ml) were analyzed for activated Notch1. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "CSCs", "transfected", "with", "DNase", "II", "expression", "vector", "or", "control", "were", "analyzed", "for", "activated", "Notch1", "expression", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CSCs transfected with DNase II expression vector or control were analyzed for activated Notch1 expression. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "with", "or", "without", "CpG", "treatment", "were", "analysed", "for", "interaction", "between", "TLR9", "and", "Notch1", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs with or without CpG treatment were analysed for interaction between TLR9 and Notch1. Representative and mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", ",", "and", "analyzed", "for", "sphere", "formation", "plus", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) CSCs were treated with CpG ODN (10 μg/ml) in the presence or absence of DAPT (10 μM), and analyzed for sphere formation plus tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "CSCs", "were", "transfected", "with", "2", "different", "Notch1", "shRNAs", "or", "control", ",", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", ",", "and", "analyzed", "for", "sphere", "formation", "plus", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CSCs were transfected with 2 different Notch1 shRNAs or control, treated with CpG ODN (10 μg/ml), and analyzed for sphere formation plus tumorgenicity. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["PDX", "chimeras", "treated", "by", "CpG", "with", "or", "without", "DAPT", "were", "analysed", "for", "tumor", "growth", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PDX chimeras treated by CpG with or without DAPT were analysed for tumor growth Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["PDX", "chimeras", "treated", "by", "CpG", "with", "or", "without", "DAPT", "were", "analysed", "for", "CD133", "-", "expressing", "CSCs", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "mice", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PDX chimeras treated by CpG with or without DAPT were analysed for CD133-expressing CSCs. Mean±SEM from 6 mice. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CSCs", "and", "non", "-", "CSCs", "were", "analyzed", "for", "mitochondrial", "metabolism", "using", "seahorse", "assay", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "(", "A", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CSCs and non-CSCs were analyzed for mitochondrial metabolism using seahorse assay. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method (A, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "2", "-", "DG", "(", "10", "mM", ")", "or", "Malonate", "(", "10", "mM", ")", ",", "and", "assayed", "for", "sphere", "formation", "plus", "tumorgenicity", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "ANOVA", "test", "with", "Turkey", "'", "s", "method", "(", "B", ")", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CSCs were treated with 2-DG (10 mM) or Malonate (10 mM), and assayed for sphere formation plus tumorgenicity. Mean±SEM from 6 patients. Data information: ANOVA test with Turkey's method (B). **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "CSCs", "treated", "with", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", "were", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CSCs treated with DAPT (10 μM) were analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "transfected", "with", "Notch1", "shRNA", "or", "control", "shRNA", "were", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs transfected with Notch1 shRNA or control shRNA were analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "CSCs", "treated", "with", "EtBr", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "were", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) CSCs treated with EtBr (50 ng/ml) were analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "CSCs", "transfected", "with", "DNase", "II", "expression", "vector", "or", "control", "were", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CSCs transfected with DNase II expression vector or control were analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "G", ")", "CSCs", "treated", "with", "chloroquine", "(", "50", "μM", ")", "were", "analyzed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CSCs treated with chloroquine (50 μM) were analyzed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CSCs", "stimulated", "with", "or", "without", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "were", "analyzed", "for", "expression", "of", "phosphor", "-", "AMPKα", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CSCs stimulated with or without CpG ODN (10 μg/ml) were analyzed for expression of phosphor-AMPKα. Representative and mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "B", ")", "CSCs", "were", "stimulated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", ",", "and", "analyzed", "for", "phosphor", "-", "AMPKα", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CSCs were stimulated with CpG ODN (10 μg/ml) in the presence or absence of DAPT (10 μM), and analyzed for phosphor-AMPKα. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "C", ")", "CSCs", "transfected", "with", "Notch1", "shRNA", "or", "control", "were", "stimulated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analyzed", "for", "phosphor", "-", "AMPKα", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CSCs transfected with Notch1 shRNA or control were stimulated with CpG ODN (10 μg/ml) and analyzed for phosphor-AMPKα. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "were", "treated", "with", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "A769662", "(", "10", "μM", ")", ",", "and", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Ctrl", "represents", "CSCs", "without", "any", "treatment", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "ANOVA", "with", "Turkey", "method", "(", "D", ")", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs were treated with DAPT (10 μM) in the presence or absence of A769662 (10 μM), and analysed for mitochondrial OCR. Ctrl represents CSCs without any treatment. Mean±SEM from 6 patients. Data information: ANOVA with Turkey method (D), **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "E", ")", "CSCs", "were", "stimulated", "with", "or", "without", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analyzed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) CSCs were stimulated with or without CpG ODN (10 μg/ml) and analyzed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "F", ")", "CSCs", "were", "stimulated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Compound", "C", "(", "10", "μM", ")", "and", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CSCs were stimulated with CpG ODN (10 μg/ml) in the presence or absence of Compound C (10 μM) and analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "G", ")", "CSCs", "were", "transfected", "with", "2", "different", "AMPKα", "shRNA", "or", "the", "control", ",", "stimulated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", ",", "and", "analysed", "for", "mitochondrial", "OCR", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CSCs were transfected with 2 different AMPKα shRNA or the control, stimulated with CpG ODN (10 μg/ml), and analysed for mitochondrial OCR. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method , **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "CSCs", "transfected", "with", "or", "without", "Notch1", "ICD", "were", "analyzed", "for", "AMP", "/", "ATP", "ratio", "plus", "LKB1", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CSCs transfected with or without Notch1 ICD were analyzed for AMP/ATP ratio plus LKB1 phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "CSCs", "treated", "with", "or", "without", "DAPT", "(", "10", "μM", ")", "were", "analyzed", "for", "AMP", "/", "ATP", "ratio", "plus", "LKB1", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CSCs treated with or without DAPT (10 μM) were analyzed for AMP/ATP ratio plus LKB1 phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "CSCs", "treated", "with", "or", "without", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "were", "analysed", "for", "interactions", "between", "Notch1", "and", "AMPK", ".", "Representative", "and", "mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CSCs treated with or without CpG ODN (10 μg/ml) were analysed for interactions between Notch1 and AMPK. Representative and mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSCs", "transfected", "with", "LKB1", "shRNA", "（", "right", "）", "or", "the", "control", "(", "left", ")", "were", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analysed", "for", "AMPK", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSCs transfected with LKB1 shRNA（right）or the control (left) were treated with CpG ODN (10 μg/ml) and analysed for AMPK phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "E", ")", "CSCs", "transfected", "with", "TAK1", "shRNA", "or", "the", "control", "were", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analysed", "for", "AMPK", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) CSCs transfected with TAK1 shRNA or the control were treated with CpG ODN (10 μg/ml) and analysed for AMPK phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "F", ")", "CSCs", "transfected", "with", "LAMTOR1", "shRNA", "or", "the", "control", "were", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analysed", "for", "AMPK", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CSCs transfected with LAMTOR1 shRNA or the control were treated with CpG ODN (10 μg/ml) and analysed for AMPK phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "G", ")", "CSCs", "transfected", "with", "AXIN1", "shRNA", "or", "the", "control", "were", "treated", "with", "CpG", "ODN", "(", "10", "μg", "/", "ml", ")", "and", "analysed", "for", "AMPK", "phosphorylation", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "patients", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CSCs transfected with AXIN1 shRNA or the control were treated with CpG ODN (10 μg/ml) and analysed for AMPK phosphorylation. Mean±SEM from 6 patients. Data information: Paired t-test with Bonferroni method, **p < 0.01, ***p < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "NSCLC", "PDX", "models", "treated", "with", "or", "without", "chemotherapy", "for", "the", "first", "2", "weeks", "were", "analyzed", "for", "tumor", "growth", "at", "the", "indicated", "time", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) NSCLC PDX models treated with or without chemotherapy for the first 2 weeks were analyzed for tumor growth at the indicated time. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method. **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "B", ")", "Frequencies", "of", "CD133", "-", "expressing", "CSCs", "from", "NSCLC", "xenografts", "treated", "with", "or", "without", "chemotherapy", "were", "determined", "after", "4", "weeks", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Frequencies of CD133-expressing CSCs from NSCLC xenografts treated with or without chemotherapy were determined after 4 weeks. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method. **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "Flow", "cytometric", "analyses", "of", "protein", "expressions", "of", "TLR9", ",", "activated", "Notch1", ",", "and", "phosphor", "-", "AMPKα", "in", "cancer", "cells", "from", "NSCLC", "xenografts", "treated", "with", "or", "without", "chemotherapy", "after", "4", "weeks", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "Paired", "t", "-", "test", "with", "Bonferroni", "method", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) Flow cytometric analyses of protein expressions of TLR9, activated Notch1, and phosphor-AMPKα in cancer cells from NSCLC xenografts treated with or without chemotherapy after 4 weeks. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: Paired t-test with Bonferroni method. **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["(", "F", ")", "NSCLC", "PDX", "models", "were", "treated", "with", "chemotherapy", "alone", "or", "together", "with", "the", "indicated", "inhibitors", ",", "respectively", ",", "for", "the", "first", "2", "weeks", ".", "Tumor", "volume", "was", "determined", "at", "the", "indicated", "time", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "(", "G", ")", "Frequencies", "of", "CD133", "-", "expressing", "CSCs", "from", "NSCLC", "xenografts", "treated", "with", "chemotherapy", "alone", "or", "with", "the", "indicated", "inhibitors", "after", "4", "weeks", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "6", "experiments", ".", "Data", "information", ":", "ANOVA", "test", "with", "Turkey", "'", "s", "method", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) NSCLC PDX models were treated with chemotherapy alone or together with the indicated inhibitors, respectively, for the first 2 weeks. Tumor volume was determined at the indicated time. Mean±SEM from 6 experiments. (G) Frequencies of CD133-expressing CSCs from NSCLC xenografts treated with chemotherapy alone or with the indicated inhibitors after 4 weeks. Mean±SEM from 6 experiments. Data information: ANOVA test with Turkey's method. **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001."}
{"words": ["C", "-", "F", "(", "C", ",", "E", ")", "Immunofluorescence", "labelling", "with", "an", "antibody", "that", "recognizes", "both", "full", "-", "length", "and", "cleaved", "Xkr8", "in", "developing", "(", "P0", ",", "P8", ")", "and", "adult", "S1", "cortex", "and", "hippocampus", ".", "(", "D", ",", "F", ")", "Immunofluorescence", "labelling", "with", "an", "antibody", "recognizing", "full", "-", "length", "uncleaved", "Xkr8", "in", "developing", "(", "P0", ",", "P8", ")", "and", "adult", "S1", "cortex", "and", "hippocampus", ".", "Loss", "of", "Xkr8", "immunosignal", "in", "double", "transgenic", "Xkr8flx", "/", "flx", ";", "Emx1", ":", ":", "Cre", "animals", "(", "Xkr8", "cKO", ")", "is", "observed", "with", "both", "Xkr8", "antibodies", "(", "C", "-", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F (C, E) Immunofluorescence labelling with an antibody that recognizes both full-length and cleaved Xkr8 in developing (P0, P8) and adult S1 cortex and hippocampus. (D, F) Immunofluorescence labelling with an antibody recognizing full-length uncleaved Xkr8 in developing (P0, P8) and adult S1 cortex and hippocampus. Loss of Xkr8 immunosignal in double transgenic Xkr8flx/flx;Emx1::Cre animals (Xkr8 cKO) is observed with both Xkr8 antibodies (C-F)."}
{"words": ["A", ",", "B", "Organotypic", "slices", "of", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "hippocampus", "with", "Thy1", ":", ":", "GFP", "neurons", "(", "green", ")", "were", "labelled", "with", "PtdSer", "-", "binding", "fluorescently", "tagged", "Annexin", "V", "(", "magenta", ")", "at", "16", "-", "19", "DIV", ".", "The", "fluorescence", "of", "bound", "Annexin", "V", "was", "quantified", "on", "ImageJ", "by", "measuring", "the", "integrated", "density", "of", "fluorescent", "structures", "within", "the", "same", "volume", "for", "each", "slice", "and", "expressing", "the", "value", "as", "fluorescence", "units", "(", "f", ".", "u", ".", ";", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "slice", "preparation", ",", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Organotypic slices of Xkr8 WT and cKO hippocampus with Thy1::GFP neurons (green) were labelled with PtdSer-binding fluorescently tagged Annexin V (magenta) at 16-19 DIV. The fluorescence of bound Annexin V was quantified on ImageJ by measuring the integrated density of fluorescent structures within the same volume for each slice and expressing the value as fluorescence units (f.u.; two-tailed Student's t-test, each dot represents an individual slice preparation, n = 4)."}
{"words": ["C", "Immunofluorescence", "labelling", "of", "active", "caspase", "-", "3", "in", "developing", "brain", "from", "P8", "to", "P28", "in", "Xkr8", "WT", "and", "Xkr8", "cKO", "brains", "was", "quantified", "and", "compared", "by", "nested", "design", "and", "mixed", "model", "ANOVA", "(", "F", "(", "2", ",", "30", ")", "=", "0", ".", "86", ",", "p", "=", "0", ".", "433", ")", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", "(", "n", "=", "6", "per", "age", "group", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Immunofluorescence labelling of active caspase-3 in developing brain from P8 to P28 in Xkr8 WT and Xkr8 cKO brains was quantified and compared by nested design and mixed model ANOVA (F(2,30) = 0.86, p = 0.433), each dot represents an individual mouse (n = 6 per age group)"}
{"words": ["A", "-", "C", "The", "size", "and", "density", "of", "axonal", "boutons", "on", "Thy1", ":", ":", "GFP", "axons", "(", "green", ")", "in", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "animals", "(", "nested", "design", "and", "mixed", "model", "ANOVA", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", ",", "n", "=", "6", "per", "age", "and", "genotype", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C The size and density of axonal boutons on Thy1::GFP axons (green) in Xkr8 WT and cKO animals (nested design and mixed model ANOVA, each dot represents an individual mouse, n = 6 per age and genotype group)."}
{"words": ["D", ",", "E", "Dendritic", "spine", "morphology", "(", "D", ")", "and", "density", "(", "E", ")", "of", "Thy1", ":", ":", "GFP", "+", "CA1", "neurons", "in", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "animals", "from", "P8", "to", "P28", "(", "nested", "design", "and", "mixed", "model", "ANOVA", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", ",", "n", "=", "5", "-", "6", "per", "age", "and", "genotype", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Dendritic spine morphology (D) and density (E) of Thy1::GFP+ CA1 neurons in Xkr8 WT and cKO animals from P8 to P28 (nested design and mixed model ANOVA, each dot represents an individual mouse, n = 5-6 per age and genotype group)."}
{"words": ["J", "-", "L", "The", "density", "of", "cortical", "(", "vGluT1", "+", ",", "J", ")", "and", "thalamic", "(", "vGluT2", "+", ",", "K", ")", "and", "the", "ratio", "of", "vGluT1", "+", "and", "vGluT2", "+", "inputs", "(", "L", ")", "in", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "brains", "(", "nested", "design", "and", "mixed", "model", "ANOVA", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", ",", "n", "=", "6", "per", "age", "and", "genotype", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-L The density of cortical (vGluT1+, J) and thalamic (vGluT2+, K) and the ratio of vGluT1+ and vGluT2+ inputs (L) in Xkr8 WT and cKO brains (nested design and mixed model ANOVA, each dot represents an individual mouse, n = 6 per age and genotype group)."}
{"words": ["A", "-", "F", "The", "immunolabelling", "of", "internalized", "pan", "-", "axonal", "material", "(", "A", ",", "B", ")", ",", "pre", "-", "synaptic", "vGluT1", "particles", "(", "C", ",", "D", ")", "and", "post", "-", "synaptic", "PSD95", "particles", "(", "E", ",", "F", ")", "within", "Iba1", "+", "microglia", "in", "P8", "cortex", "of", "Xkr8", "WT", "and", "Xkr8", "cKO", "mice", "was", "quantified", "per", "individual", "3D", "reconstructed", "microglial", "cell", ".", "The", "total", "volume", "of", "internalized", "particles", "was", "normalized", "to", "microglial", "cell", "volume", "and", "compared", "by", "nested", "design", "and", "mixed", "model", "ANOVA", ",", "each", "dot", "represents", "an", "individual", "mouse", "(", "n", "=", "3", "per", "genotype", "group", ")", ".", "Data", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "scale", "bar", "10", "µm", ",", "grid", "cell", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F The immunolabelling of internalized pan-axonal material (A, B), pre-synaptic vGluT1 particles (C, D) and post-synaptic PSD95 particles (E, F) within Iba1+ microglia in P8 cortex of Xkr8 WT and Xkr8 cKO mice was quantified per individual 3D reconstructed microglial cell. The total volume of internalized particles was normalized to microglial cell volume and compared by nested design and mixed model ANOVA, each dot represents an individual mouse (n = 3 per genotype group). Data presented as mean ± SEM; ** p < 0.01, **** p < 0.0001; scale bar 10 µm, grid cell 10 µm."}
{"words": ["A", ",", "B", "Corticospinal", "axons", "of", "the", "axonal", "bundles", "of", "pyramidal", "tracts", "in", "medulla", "of", "P8", "and", "P28", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "mice", "were", "visualized", "by", "Palmgren", "staining", "and", "quantified", "per", "each", "bundle", ",", "delineated", "by", "a", "dashed", "line", "(", "Mann", "-", "Whitney", "test", ",", "n", "=", "6", "mice", "per", "genotype", ",", "the", "data", "are", "presented", "as", "median", "and", "quartiles", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Corticospinal axons of the axonal bundles of pyramidal tracts in medulla of P8 and P28 Xkr8 WT and cKO mice were visualized by Palmgren staining and quantified per each bundle, delineated by a dashed line (Mann-Whitney test, n = 6 mice per genotype, the data are presented as median and quartiles)."}
{"words": ["To", "label", "callosal", "projections", "in", "vivo", ",", "cholera", "toxin", "subunit", "B", "(", "CTB", ")", "was", "injected", "stereotactically", "into", "corpus", "callosum", "of", "Xkr8", "WT", "and", "cKO", "brains", "at", "P30", "-", "32", ".", "Back", "-", "labelled", "neurons", "were", "quantified", "in", "L4", "of", "primary", "(", "S1", ")", "and", "secondary", "(", "S2", ")", "somatosensory", "cortex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "To label callosal projections in vivo, cholera toxin subunit B (CTB) was injected stereotactically into corpus callosum of Xkr8 WT and cKO brains at P30-32. Back-labelled neurons were quantified in L4 of primary (S1) and secondary (S2) somatosensory cortex."}
{"words": ["Xkr8", "cKO", "neurons", "had", "increased", "mean", "sEPSC", "amplitude", "Data", "were", "analyzed", "by", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "n", "=", "7", "-", "14", "neurons", "per", "genotype", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Xkr8 cKO neurons had increased mean sEPSC amplitude Data were analyzed by two-tailed Student's t-test ; n = 7-14 neurons per genotype."}
{"words": ["F", "-", "H", "Evoked", "excitatory", "postsynaptic", "currents", "(", "eEPSC", ")", "of", "Xkr8", "cKO", "neurons", "showed", "a", "trend", "to", "decrease", "(", "p", "=", "0", ".", "08", ")", "(", "F", ",", "G", ")", "and", "the", "ratio", "of", "eEPSC", "and", "sEPSC", "amplitudes", "was", "lower", "in", "Xkr8", "knockout", "neurons", "(", "H", ")", ".", "two", "-", "way", "repeated", "measures", "ANOVA", "(", "H", ")", ";", "n", "=", "7", "-", "14", "neurons", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H Evoked excitatory postsynaptic currents (eEPSC) of Xkr8 cKO neurons showed a trend to decrease (p = 0.08) (F, G) and the ratio of eEPSC and sEPSC amplitudes was lower in Xkr8 knockout neurons (H). two-way repeated measures ANOVA (H); n = 7-14 neurons per genotype."}
{"words": ["A", "Brain", "regions", "with", "significantly", "increased", "functional", "connectivity", "in", "Xkr8", "cKO", "mice", "compared", "to", "Xkr8", "WT", "mice", "as", "identified", "by", "seed", "-", "based", "mapping", "of", "rsfMRI", "networks", "(", "t", "-", "test", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "FWE", "cluster", "-", "corrected", ",", "with", "cluster", "-", "defining", "threshold", "of", "t24", ">", "2", ".", "07", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "Colored", "regions", "represent", "the", "areas", "of", "the", "brain", "exhibiting", "increased", "functional", "connectivity", "in", "Xkr8", "cKO", "compared", "to", "Xkr8", "WT", "brains", ";", "color", "scale", "represents", "the", "level", "of", "functional", "correlation", ";", "abbreviations", "specify", "anatomical", "designations", "of", "identified", "regions", ".", "ACA", ":", "anterior", "cingulate", "cortex", ",", "AI", ":", "agranular", "insular", "area", ",", "AUD", ":", "auditory", "areas", "MOp", ":", "primary", "motor", "area", ",", "MOs", ":", "secondary", "motor", "area", ",", "PL", ":", "prelimbic", "area", ",", "SSp", ":", "primary", "somatosensory", "area", ",", "STR", ":", "striatum", ",", "STRd", ":", "striatum", "dorsal", "region", ",", "SUB", ":", "subiculum", ",", "TH", ":", "thalamus", ",", "VIS", ":", "visual", "areas", ",", "VISC", ":", "visceral", "area", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Brain regions with significantly increased functional connectivity in Xkr8 cKO mice compared to Xkr8 WT mice as identified by seed-based mapping of rsfMRI networks (t-test, p < 0.05 FWE cluster-corrected, with cluster-defining threshold of t24 > 2.07, p < 0.05; Colored regions represent the areas of the brain exhibiting increased functional connectivity in Xkr8 cKO compared to Xkr8 WT brains; color scale represents the level of functional correlation; abbreviations specify anatomical designations of identified regions. ACA: anterior cingulate cortex, AI: agranular insular area, AUD: auditory areas MOp: primary motor area, MOs: secondary motor area, PL: prelimbic area, SSp: primary somatosensory area, STR: striatum, STRd: striatum dorsal region, SUB: subiculum, TH: thalamus, VIS: visual areas, VISC: visceral area."}
{"words": ["(", "B", ")", "Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "mean", "tumor", "volumes", "in", "KP", "mice", "derived", "from", "50", "randomly", "-", "selected", "tumors", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "18", "mice", ",", "21", "mice", ",", "21", "mice", ",", "and", "20", "mice", ",", "respectively", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Quantification by micro-CT of mean tumor volumes in KP mice derived from 50 randomly-selected tumors at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3 (n = 18 mice, 21 mice, 21 mice, and 20 mice, respectively)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "total", "tumor", "volume", "per", "mouse", "in", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification by micro-CT of total tumor volume per mouse in KP mice after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3 at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection."}
{"words": ["(", "D", ")", "Depictions", "and", "quantitation", "of", "total", "tumor", "burden", "(", "total", "tumor", "area", "/", "total", "lung", "area", ")", "in", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "at", "21", "weeks", "after", "infection", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Depictions and quantitation of total tumor burden (total tumor area/total lung area) in KP mice after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3 at 21 weeks after infection. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "E", ")", "Distribution", "of", "histological", "tumor", "grades", "in", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "50", "tumors", "each", ")", "at", "21", "weeks", "after", "infection", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Distribution of histological tumor grades in KP mice after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3 (n = 50 tumors each) at 21 weeks after infection. For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Assessment", "of", "the", "mitotic", "index", "of", "tumor", "cells", "by", "phosphorylated", "-", "histone", "H3", "(", "pHH3", ")", "-", "positive", "nuclei", "density", "in", "KP", "mice", "LUAD", "tumors", "at", "21", "weeks", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "50", "tumors", "each", ")", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Assessment of the mitotic index of tumor cells by phosphorylated-histone H3 (pHH3)-positive nuclei density in KP mice LUAD tumors at 21 weeks after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3 (n = 50 tumors each). For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "G", ")", "Nf1", "mRNA", "expression", "in", "LUAD", "tumor", "sections", "21", "weeks", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Nf1 mRNA expression in LUAD tumor sections 21 weeks after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "E", ")", "and", "p", "-", "Fak1", "immunohistochemical", "(", "IHC", ")", "staining", "of", "LUAD", "tumor", "sections", "21", "weeks", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", "(", "grade", "1", "depicted", ")", ",", "sgNf1", ".", "1", "(", "grade", "3", "depicted", ")", ",", "sgNf1", ".", "2", "(", "grade", "3", "depicted", ")", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "grade", "3", "depicted", ")", "(", "n", "=", "50", "tumors", "each", ")", ".", "H", "&", "E", "scale", "bars", "(", "low", "-", "magnification", "top", "row", "=", "100", "μm", ",", "high", "-", "magnification", "bottom", "row", "=", "250", "μm", ")", ";", "p", "-", "Fak1", "IHC", "scale", "bars", "(", "low", "-", "magnification", "top", "row", "=", "250", "μm", ",", "high", "-", "magnification", "bottom", "row", "=", "500", "μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative hematoxylin and eosin (H&E) and p-Fak1 immunohistochemical (IHC) staining of LUAD tumor sections 21 weeks after infection with control sgTom (grade 1 depicted), sgNf1.1 (grade 3 depicted), sgNf1.2 (grade 3 depicted), or sgNf1.3 (grade 3 depicted) (n = 50 tumors each). H&E scale bars (low-magnification top row = 100 μm, high-magnification bottom row = 250 μm); p-Fak1 IHC scale bars (low-magnification top row = 250 μm, high-magnification bottom row = 500 μm)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Quantification", "of", "p", "-", "Fak1", "IHC", "signals", "in", "LUAD", "tumor", "sections", "21", "weeks", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Quantification of p-Fak1 IHC signals in LUAD tumor sections 21 weeks after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "J", ")", "Quantification", "of", "p", "-", "Fak1", "IHC", "signals", "in", "sgNf1", ".", "3", "LUAD", "tumor", "sections", "analyzed", "by", "tumor", "grade", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Quantification of p-Fak1 IHC signals in sgNf1.3 LUAD tumor sections analyzed by tumor grade. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "K", ")", "Quantification", "of", "Psat1", "mRNA", "expression", "in", "LUAD", "tumor", "sections", "21", "weeks", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", ",", "sgNf1", ".", "1", ",", "sgNf1", ".", "2", ",", "or", "sgNf1", ".", "3", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Quantification of Psat1 mRNA expression in LUAD tumor sections 21 weeks after infection with control sgTom, sgNf1.1, sgNf1.2, or sgNf1.3. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "L", ")", "Quantification", "of", "Psat1", "mRNA", "expression", "in", "sgNf1", ".", "3", "LUAD", "tumor", "sections", "analyzed", "by", "tumor", "grade", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Quantification of Psat1 mRNA expression in sgNf1.3 LUAD tumor sections analyzed by tumor grade. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blotting", "analysis", "of", "p53", "expression", "in", "various", "p53", "/", "TP53", "-", "WT", "cell", "lines", "incubated", "with", "the", "DNA", "-", "intercalating", "agent", "doxorubicin", "(", "DOXO", ",", "0", ".", "2", "µg", "/", "ml", "for", "6", "hours", ")", "to", "induce", "p53", "stabilization", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blotting analysis of p53 expression in various p53/TP53-WT cell lines incubated with the DNA-intercalating agent doxorubicin (DOXO, 0.2 µg/ml for 6 hours) to induce p53 stabilization (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Western", "blotting", "analysis", "confirming", "NF1", "upregulation", "and", "p", "-", "FAK1", "downregulation", "in", "(", "B", ")", "DOXO", "-", "treated", "PDKN1", "cells", "and", "(", "C", ")", "DOXO", "-", "treated", "PDKN2", "cells", "transduced", "with", "PGK", "-", "NF1", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Western blotting analysis confirming NF1 upregulation and p-FAK1 downregulation in (B) DOXO-treated PDKN1 cells and (C) DOXO-treated PDKN2 cells transduced with PGK-NF1 (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blotting", "analysis", "confirming", "NF1", "downregulation", "and", "p", "-", "FAK1", "upregulation", "in", "DOXO", "-", "treated", "SW1573", "cells", "transduced", "with", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blotting analysis confirming NF1 downregulation and p-FAK1 upregulation in DOXO-treated SW1573 cells transduced with sgNf1.3 (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Western", "blotting", "analysis", "confirming", "Nf1", "downregulation", "and", "p", "-", "Fak1", "upregulation", "in", "(", "E", ")", "DOXO", "-", "treated", "LKR10", "and", "(", "F", ")", "DOXO", "-", "treated", "LKR13", "clones", "transduced", "with", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Western blotting analysis confirming Nf1 downregulation and p-Fak1 upregulation in (E) DOXO-treated LKR10 and (F) DOXO-treated LKR13 clones transduced with sgNf1.3 (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["(", "G", ")", "FAK1", "target", "gene", "expression", "in", "DOXO", "-", "treated", "PDKN1", "cells", "transduced", "with", "PGK", "-", "control", "or", "PGK", "-", "NF1", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) FAK1 target gene expression in DOXO-treated PDKN1 cells transduced with PGK-control or PGK-NF1 (n = 3 biological replicates). For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "H", ",", "I", ")", "Subcutaneous", "tumor", "volumes", "of", "DOXO", "-", "treated", "PDKN1", "and", "PDKN2", "cells", "transduced", "with", "PGK", "-", "control", "or", "PGK", "-", "NF1", "(", "n", "=", "18", "each", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H, I) Subcutaneous tumor volumes of DOXO-treated PDKN1 and PDKN2 cells transduced with PGK-control or PGK-NF1 (n=18 each)."}
{"words": ["(", "J", "-", "L", ")", "Subcutaneous", "tumor", "volumes", "of", "(", "J", ")", "SW1573", ",", "(", "K", ")", "LKR10", ",", "and", "(", "L", ")", "LKR13", "cells", "transfected", "with", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "18", "each", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-L) Subcutaneous tumor volumes of (J) SW1573, (K) LKR10, and (L) LKR13 cells transfected with sgTom or sgNf1.3 (n=18 each)."}
{"words": ["(", "M", ")", "Depictions", "and", "quantitation", "of", "KrasG12D", "/", "+", ";", "p53", "+", "/", "+", "(", "K", "-", "only", ")", "autochthonous", "tumor", "burden", "(", "total", "tumor", "area", "/", "total", "lung", "area", ")", "in", "pSECC", "-", "sgTom", "(", "n", "=", "18", "mice", ")", "or", "pSECC", "-", "sgNf1", ".", "3", "mice", "(", "n", "=", "21", "mice", ")", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Depictions and quantitation of KrasG12D/+; p53+/+ (K-only) autochthonous tumor burden (total tumor area/total lung area) in pSECC-sgTom (n = 18 mice) or pSECC-sgNf1.3 mice (n = 21 mice). For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "N", ")", "Analysis", "of", "tumor", "grades", "in", "K", "-", "only", "autochthonous", "tumors", "derived", "from", "pSECC", "-", "sgTom", "(", "n", "=", "18", "mice", ")", "or", "pSECC", "-", "sgNf1", ".", "3", "mice", "(", "n", "=", "21", "mice", ")", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) Analysis of tumor grades in K-only autochthonous tumors derived from pSECC-sgTom (n = 18 mice) or pSECC-sgNf1.3 mice (n = 21 mice). For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "O", ")", "Quantification", "of", "Ki", "-", "67", "-", "positive", "nuclei", "per", "mm2", "in", "K", "-", "only", "autochthonous", "tumors", "derived", "from", "pSECC", "-", "sgTom", "(", "n", "=", "18", "mice", ")", "or", "pSECC", "-", "sgNf1", ".", "3", "mice", "(", "n", "=", "21", "mice", ")", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O) Quantification of Ki-67-positive nuclei per mm2 in K-only autochthonous tumors derived from pSECC-sgTom (n = 18 mice) or pSECC-sgNf1.3 mice (n = 21 mice). For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["(", "A", ")", "Glucose", "consumption", "and", "lactate", "excretion", "in", "KP", "and", "KPΔNF1", "clones", "normalized", "by", "cell", "count", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Glucose consumption and lactate excretion in KP and KPΔNF1 clones normalized by cell count (n = 4 biological replicates). For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Glutamine", "consumption", "in", "KP", "and", "KPΔNF1", "clones", "normalized", "by", "cell", "count", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Glutamine consumption in KP and KPΔNF1 clones normalized by cell count (n = 4 biological replicates). For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Relative", "viability", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "cells", "after", "72", "h", "of", "GPNA", "treatment", "assayed", "by", "cell", "-", "titer", "glo", "(", "relative", "luminescent", "units", ")", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Relative viability of KP and KPΔNF1 cells after 72 h of GPNA treatment assayed by cell-titer glo (relative luminescent units) (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cumulative", "population", "doublings", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "cells", "cultured", "with", "2", ".", "0", "or", "0", ".", "5", "mM", "glutamine", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cumulative population doublings of KP and KPΔNF1 cells cultured with 2.0 or 0.5 mM glutamine (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Two", "patient", "-", "derived", "KRAS", ";", "NF1", "-", "mutant", "LUAD", "cell", "lines", "(", "PDKN1", ",", "PDKN2", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "control", "patient", "-", "derived", "KRAS", "-", "mutant", "/", "NF1", "-", "WT", "LUAD", "cell", "line", "(", "PDK", ")", ",", "were", "passaged", "for", "14", "population", "doublings", "prior", "to", "collection", ".", "The", "heatmap", "displays", "the", "most", "significantly", "upregulated", "genes", "in", "the", "PDKN1", "and", "PDKN2", "cell", "lines", "(", "relative", "to", "the", "PDK", "control", ")", ",", "with", "the", "degree", "of", "upregulation", "depicted", "by", "color", "as", "indicated", "in", "the", "legend", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Two patient-derived KRAS;NF1-mutant LUAD cell lines (PDKN1, PDKN2), as well as the control patient-derived KRAS-mutant/NF1-WT LUAD cell line (PDK), were passaged for 14 population doublings prior to collection. The heatmap displays the most significantly upregulated genes in the PDKN1 and PDKN2 cell lines (relative to the PDK control), with the degree of upregulation depicted by color as indicated in the legend."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "expression", "of", "the", "six", "key", "altered", "genes", "in", "cultured", "PDKN1", "cells", "(", "passaged", "for", "14", "population", "doublings", ")", "vs", ".", "their", "respective", "original", "patient", "tumor", "samples", "using", "qPCR", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the expression of the six key altered genes in cultured PDKN1 cells (passaged for 14 population doublings) vs. their respective original patient tumor samples using qPCR. For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["Quantification", "of", "the", "expression", "of", "the", "six", "key", "altered", "genes", "in", "cultured", "PDKN2", "cells", "(", "passaged", "for", "14", "population", "doublings", ")", "vs", ".", "their", "respective", "original", "patient", "tumor", "samples", "using", "qPCR", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of the expression of the six key altered genes in cultured PDKN2 cells (passaged for 14 population doublings) vs. their respective original patient tumor samples using qPCR. For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Western", "blotting", "analysis", "of", "Psat1", "expression", "in", "KP", "and", "KPΔNF1", "cells", "infected", "with", "sgTom", "or", "sgPsat1", "following", "selection", ".", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Western blotting analysis of Psat1 expression in KP and KPΔNF1 cells infected with sgTom or sgPsat1 following selection. GAPDH was used as a loading control."}
{"words": ["(", "I", ")", "Cumulative", "population", "doublings", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "cells", "after", "transduction", "with", "sgTom", "-", "or", "sgPsat1", "-", "containing", "vectors", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Cumulative population doublings of KP and KPΔNF1 cells after transduction with sgTom- or sgPsat1-containing vectors (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "J", "-", "L", ")", "Cumulative", "population", "doublings", "of", "patient", "-", "derived", "KRAS", "-", "mutant", "LUAD", "cell", "lines", "that", "are", "either", "(", "J", ",", "K", ")", "NF1", "-", "mutant", "(", "PDKN1", "and", "PDKN2", ")", "or", "(", "L", ")", "NF1", "-", "WT", "(", "PDK", ")", "after", "selection", "with", "sgTom", "-", "or", "sgPsat1", "-", "containing", "vectors", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J-L) Cumulative population doublings of patient-derived KRAS-mutant LUAD cell lines that are either (J, K) NF1-mutant (PDKN1 and PDKN2) or (L) NF1-WT (PDK) after selection with sgTom- or sgPsat1-containing vectors (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["Relative", "viability", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "clones", "after", "CB", "-", "839", "treatment", "(", "IC50", ":", "18", "nM", ")", "for", "72", "h", "assayed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", "(", "relative", "luminescence", "units", ")", ".", "All", "data", "points", "are", "relative", "to", "vehicle", "-", "treated", "controls", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative viability of KP and KPΔNF1 clones after CB-839 treatment (IC50: 18 nM) for 72 h assayed via CellTiter-Glo (relative luminescence units). All data points are relative to vehicle-treated controls (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["Relative", "viability", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "clones", "after", "AOA", "treatment", "(", "IC50", ":", "6", "µM", ")", "for", "72", "h", "assayed", "via", "CellTiter", "-", "Glo", "(", "relative", "luminescence", "units", ")", ".", "All", "data", "points", "are", "relative", "to", "vehicle", "-", "treated", "controls", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative viability of KP and KPΔNF1 clones after AOA treatment (IC50: 6 µM) for 72 h assayed via CellTiter-Glo (relative luminescence units). All data points are relative to vehicle-treated controls (n = 4 biological replicates)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cumulative", "population", "doublings", "of", "KP", "and", "KPΔNF1", "cells", "incubated", "with", "vehicle", ",", "18", "nM", "CB", "-", "839", ",", "or", "6", "µM", "AOA", "after", "6", "d", "in", "culture", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cumulative population doublings of KP and KPΔNF1 cells incubated with vehicle, 18 nM CB-839, or 6 µM AOA after 6 d in culture (n = 4 biological replicates). For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Relative", "viability", "of", "the", "indicated", "human", "KRAS", "-", "mutant", "lung", "cancer", "cell", "lines", "by", "trypan", "blue", "exclusion", "assay", ".", "Cells", "were", "incubated", "with", "vehicle", ",", "18", "nM", "CB", "-", "839", ",", "or", "6", "µM", "AOA", "for", "72", "h", "(", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ")", ".", "All", "data", "points", "are", "normalized", "to", "vehicle", "-", "treated", "cell", "lines", ".", "For", "bar", "charts", ",", "data", "presented", "as", "means", "with", "error", "bars", "representing", "standard", "deviations", "(", "SDs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Relative viability of the indicated human KRAS-mutant lung cancer cell lines by trypan blue exclusion assay. Cells were incubated with vehicle, 18 nM CB-839, or 6 µM AOA for 72 h (n = 4 biological replicates). All data points are normalized to vehicle-treated cell lines. For bar charts, data presented as means with error bars representing standard deviations (SDs)."}
{"words": ["Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "mean", "tumor", "volumes", "in", "(", "B", ")", "CB", "-", "839", "-", ",", "or", "vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "derived", "from", "50", "randomly", "-", "selected", "tumors", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", "with", "control", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "21", "mice", "and", "21", "mice", ",", "respectively", ")", ".", "Vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "are", "the", "same", "control", "group", "for", "(", "B", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification by micro-CT of mean tumor volumes in (B) CB-839-, or vehicle-treated KP mice derived from 50 randomly-selected tumors at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection with control sgTom or sgNf1.3 (n = 21 mice and 21 mice, respectively). Vehicle-treated KP mice are the same control group for (B)"}
{"words": ["Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "mean", "tumor", "volumes", "in", "(", "C", ")", "AOA", "-", ",", "or", "vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "derived", "from", "50", "randomly", "-", "selected", "tumors", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", "with", "control", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "(", "n", "=", "21", "mice", "and", "21", "mice", ",", "respectively", ")", ".", "Vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "are", "the", "same", "control", "group", "for", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification by micro-CT of mean tumor volumes in (C) AOA-, or vehicle-treated KP mice derived from 50 randomly-selected tumors at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection with control sgTom or sgNf1.3 (n = 21 mice and 21 mice, respectively). Vehicle-treated KP mice are the same control group for (C)."}
{"words": ["Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "total", "tumor", "volume", "per", "mouse", "in", "(", "D", ")", "CB", "-", "839", "-", ",", "or", "vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", ".", "Vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "are", "the", "same", "control", "group", "for", "(", "D", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification by micro-CT of total tumor volume per mouse in (D) CB-839-, or vehicle-treated KP mice after infection with control sgTom or sgNf1.3 at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection. Vehicle-treated KP mice are the same control group for (D)"}
{"words": ["E", ")", "Quantification", "by", "micro", "-", "CT", "of", "total", "tumor", "volume", "per", "mouse", "in", ",", "(", "E", ")", "AOA", "-", ",", "or", "vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "at", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "and", "20", "weeks", "post", "-", "infection", ".", "Vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "are", "the", "same", "control", "group", "for", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Quantification by micro-CT of total tumor volume per mouse in , (E) AOA-, or vehicle-treated KP mice after infection with control sgTom or sgNf1.3 at 8, 12, 16, and 20 weeks post-infection. Vehicle-treated KP mice are the same control group for (E)."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "KP", "mice", "tumors", "treated", "with", "(", "F", ")", "CB", "-", "839", ",", "or", "vehicle", "starting", "from", "week", "8", "post", "-", "infection", "and", "measured", "until", "week", "20", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of KP mice tumors treated with (F) CB-839, or vehicle starting from week 8 post-infection and measured until week 20. Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "KP", "mice", "tumors", "treated", "with", "(", "G", ")", "AOA", ",", "or", "vehicle", "starting", "from", "week", "8", "post", "-", "infection", "and", "measured", "until", "week", "20", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of KP mice tumors treated with (G) AOA, or vehicle starting from week 8 post-infection and measured until week 20. Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["(", "H", ")", "Depictions", "and", "quantitation", "of", "total", "tumor", "burden", "(", "total", "tumor", "area", "/", "total", "lung", "area", ")", "in", "CB", "-", "839", "-", ",", "AOA", "-", ",", "or", "vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "after", "infection", "with", "control", "sgTom", "or", "sgNf1", ".", "3", "at", "20", "weeks", "post", "-", "infection", ".", "Vehicle", "-", "treated", "KP", "mice", "are", "the", "same", "control", "group", "in", "both", "boxplots", ".", "For", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Depictions and quantitation of total tumor burden (total tumor area/total lung area) in CB-839-, AOA-, or vehicle-treated KP mice after infection with control sgTom or sgNf1.3 at 20 weeks post-infection. Vehicle-treated KP mice are the same control group in both boxplots. For boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "KP", "and", "KPΔNF1", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "B", ")", "CB", "-", "839", ",", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "6", "tumors", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous KP and KPΔNF1 tumors treated with vehicle, (B) CB-839, starting from day 12 and measured until day 27 (n = 6 tumors per cell line per treatment) Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": [")", "Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "KP", "and", "KPΔNF1", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "C", ")", "AOA", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "6", "tumors", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ") Relative responses of subcutaneous KP and KPΔNF1 tumors treated with vehicle, C) AOA starting from day 12 and measured until day 27 (n = 6 tumors per cell line per treatment) Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "KP", "and", "KPΔNF1", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "CB", "-", "839", ",", "or", "AOA", "(", "D", ")", "the", "final", "masses", "of", "these", "tumors", ".", "or", "boxplots", ",", "whiskers", "indicate", "the", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "the", "upper", "and", "lower", "perimeters", "represent", "the", "first", "and", "third", "quartiles", ",", "the", "midline", "represents", "the", "median", "value", ",", "and", "the", "x", "symbol", "represents", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous KP and KPΔNF1 tumors treated with vehicle, CB-839, or AOA (D) the final masses of these tumors. or boxplots, whiskers indicate the minimum and maximum values, the upper and lower perimeters represent the first and third quartiles, the midline represents the median value, and the x symbol represents the mean."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "orthotopic", "KP", "and", "KPΔNF1", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "E", ")", "CB", "-", "839", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "24", "mice", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", ".", "Quantification", "of", "tumor", "growth", "by", "photon", "flux", "luminescence", "after", "orthotopic", "transplantation", "with", "KP", "or", "KPΔNF1", "cells", "transduced", "with", "a", "luciferase", "vector", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Relative responses of orthotopic KP and KPΔNF1 tumors treated with vehicle, (E) CB-839 starting from day 12 and measured until day 27 (n = 24 mice per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle. Quantification of tumor growth by photon flux luminescence after orthotopic transplantation with KP or KPΔNF1 cells transduced with a luciferase vector."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "orthotopic", "KP", "and", "KPΔNF1", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "F", ")", "AOA", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "24", "mice", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", ".", "Quantification", "of", "tumor", "growth", "by", "photon", "flux", "luminescence", "after", "orthotopic", "transplantation", "with", "KP", "or", "KPΔNF1", "cells", "transduced", "with", "a", "luciferase", "vector", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Relative responses of orthotopic KP and KPΔNF1 tumors treated with vehicle, (F) AOA starting from day 12 and measured until day 27 (n = 24 mice per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle. Quantification of tumor growth by photon flux luminescence after orthotopic transplantation with KP or KPΔNF1 cells transduced with a luciferase vector."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "KP", "-", "ix", "tumors", "harboring", "doxycycline", "(", "DOX", ")", "-", "inducible", "gain", "-", "of", "-", "function", "(", "GOF", ")", "-", "Fak1", "cDNA", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "G", ")", "CB", "-", "839", ",", "with", "or", "without", "DOX", "/", "PIP2", "(", "n", "=", "36", "mice", "per", "treatment", "group", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous KP-ix tumors harboring doxycycline (DOX)-inducible gain-of-function (GOF)-Fak1 cDNA treated with vehicle, (G) CB-839, with or without DOX/PIP2 (n = 36 mice per treatment group). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "KP", "-", "ix", "tumors", "harboring", "doxycycline", "(", "DOX", ")", "-", "inducible", "gain", "-", "of", "-", "function", "(", "GOF", ")", "-", "Fak1", "cDNA", "treated", "with", "vehicle", "(", "H", ")", "AOA", "with", "or", "without", "DOX", "/", "PIP2", "(", "n", "=", "36", "mice", "per", "treatment", "group", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous KP-ix tumors harboring doxycycline (DOX)-inducible gain-of-function (GOF)-Fak1 cDNA treated with vehicle (H) AOA with or without DOX/PIP2 (n = 36 mice per treatment group). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "patient", "-", "derived", "NF1", "-", "mutant", "(", "PDKN1", "and", "PDKN2", ")", "and", "NF1", "-", "WT", "(", "PDK", ")", "LUAD", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "I", ")", "CB", "-", "839", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "30", "(", "n", "=", "6", "tumors", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous patient-derived NF1-mutant (PDKN1 and PDKN2) and NF1-WT (PDK) LUAD tumors treated with vehicle, (I) CB-839 starting from day 12 and measured until day 30 (n = 6 tumors per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "subcutaneous", "patient", "-", "derived", "NF1", "-", "mutant", "(", "PDKN1", "and", "PDKN2", ")", "and", "NF1", "-", "WT", "(", "PDK", ")", "LUAD", "tumors", "treated", "with", "vehicle", "(", "J", ")", "AOA", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "30", "(", "n", "=", "6", "tumors", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Relative responses of subcutaneous patient-derived NF1-mutant (PDKN1 and PDKN2) and NF1-WT (PDK) LUAD tumors treated with vehicle (J) AOA starting from day 12 and measured until day 30 (n = 6 tumors per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "orthotopic", "patient", "-", "derived", "NF1", "-", "mutant", "(", "PDKN1", "and", "PDKN2", ")", "and", "NF1", "-", "WT", "(", "PDK", ")", "LUAD", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "K", ")", "CB", "-", "839", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "12", "mice", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", ".", "Quantification", "of", "tumor", "growth", "by", "photon", "flux", "luminescence", "after", "orthotopic", "transplantation", "with", "KP", "or", "KPΔNF1", "cells", "transduced", "with", "a", "luciferase", "vector", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Relative responses of orthotopic patient-derived NF1-mutant (PDKN1 and PDKN2) and NF1-WT (PDK) LUAD tumors treated with vehicle, (K) CB-839 starting from day 12 and measured until day 27 (n = 12 mice per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle. Quantification of tumor growth by photon flux luminescence after orthotopic transplantation with KP or KPΔNF1 cells transduced with a luciferase vector."}
{"words": ["Relative", "responses", "of", "orthotopic", "patient", "-", "derived", "NF1", "-", "mutant", "(", "PDKN1", "and", "PDKN2", ")", "and", "NF1", "-", "WT", "(", "PDK", ")", "LUAD", "tumors", "treated", "with", "vehicle", ",", "(", "L", ")", "AOA", "starting", "from", "day", "12", "and", "measured", "until", "day", "27", "(", "n", "=", "12", "mice", "per", "cell", "line", "per", "treatment", ")", ".", "Relative", "response", "=", "average", "tumor", "volume", "with", "treatment", "/", "average", "tumor", "volume", "with", "vehicle", ".", "Quantification", "of", "tumor", "growth", "by", "photon", "flux", "luminescence", "after", "orthotopic", "transplantation", "with", "KP", "or", "KPΔNF1", "cells", "transduced", "with", "a", "luciferase", "vector", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Relative responses of orthotopic patient-derived NF1-mutant (PDKN1 and PDKN2) and NF1-WT (PDK) LUAD tumors treated with vehicle, (L) AOA starting from day 12 and measured until day 27 (n = 12 mice per cell line per treatment). Relative response = average tumor volume with treatment / average tumor volume with vehicle. Quantification of tumor growth by photon flux luminescence after orthotopic transplantation with KP or KPΔNF1 cells transduced with a luciferase vector."}
{"words": ["A", "Indicated", "tail", "-", "anchored", "(", "TA", ")", "proteins", "were", "in", "vitro", "translated", "in", "rabbit", "reticulocyte", "lysate", "(", "RRL", ")", "using", "RNAs", "containing", "a", "stop", "codon", ".", "Translations", "were", "carried", "out", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "or", "HisTrx", "-", "SGTA", "(", "HT", "-", "SGTA", ")", ",", "followed", "by", "incubation", "with", "HisPur", "Cobalt", "resin", "Bound", "proteins", "were", "eluted", "at", "high", "imidazole", "concentration", ",", "samples", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "results", "visualised", "by", "phosphorimaging", ".", "Sec61β", "3R", "carries", "three", "Arg", "residues", "within", "Sec61β", "transmembrane", "domain", "(", "TMD", ")", "which", "abolish", "its", "hydrophobic", "character", "and", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "for", "SGTA", "binding", ".", "A", "schematic", "representation", "of", "a", "TA", "-", "protein", "is", "also", "shown", ".", "Open", "circles", "indicate", "TA", "-", "proteins", "selectively", "bound", "by", "HisTrx", "-", "SGTA", ".", "RAMP4", "-", "stress", "-", "associated", "endoplasmic", "reticulum", "protein", "1", ";", "Syb2", "-", "synaptobrevin", "2", ";", "Synt5", "-", "syntaxin", "5", ".", "B", "As", "for", "(", "A", ")", "but", "total", "translation", "products", "(", "input", ")", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "results", "visualised", "by", "phosphorimaging", ".", "When", "total", "products", "are", "analysed", "high", "amounts", "of", "haemoglobin", "in", "the", "RRL", "distort", "the", "migration", "of", "Sec61β", "and", "its", "variant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A Indicated tail-anchored (TA) proteins were in vitro translated in rabbit reticulocyte lysate (RRL) using RNAs containing a stop codon. Translations were carried out in the presence of 2 μM HisTrx or HisTrx-SGTA (HT-SGTA), followed by incubation with HisPur Cobalt resin Bound proteins were eluted at high imidazole concentration, samples resolved by SDS-PAGE and results visualised by phosphorimaging. Sec61β 3R carries three Arg residues within Sec61β transmembrane domain (TMD) which abolish its hydrophobic character and was used as a negative control for SGTA binding. A schematic representation of a TA-protein is also shown. Open circles indicate TA-proteins selectively bound by HisTrx-SGTA. RAMP4 - stress-associated endoplasmic reticulum protein 1; Syb2 - synaptobrevin 2; Synt5 - syntaxin 5. B As for (A) but total translation products (input) were resolved by SDS-PAGE and results visualised by phosphorimaging. When total products are analysed high amounts of haemoglobin in the RRL distort the migration of Sec61β and its variant. "}
{"words": ["RNAs", "coding", "for", "C99", "variants", "and", "containing", "a", "stop", "codon", "introduced", "either", "after", "the", "complete", "coding", "sequence", "or", "before", "the", "predicted", "TMD", "were", "used", ".", "E", "As", "for", "(", "D", ")", "but", "total", "translation", "products", "were", "subjected", "to", "immunoprecipation", "with", "either", "anti", "-", "C99", "antibody", "(", "for", "the", "full", "-", "length", "variants", ")", "or", "with", "anti", "-", "β", "-", "amyloid", "antibody", "(", "for", "products", "lacking", "the", "TMD", ")", ".", "A", "filled", "square", "indicates", "inefficiently", "translated", "APP", "-", "C99", "-", "TMD", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "β", "-", "amyloid", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "RNAs coding for C99 variants and containing a stop codon introduced either after the complete coding sequence or before the predicted TMD were used. E As for (D) but total translation products were subjected to immunoprecipation with either anti-C99 antibody (for the full-length variants) or with anti-β-amyloid antibody (for products lacking the TMD). A filled square indicates inefficiently translated APP-C99-TMD immunoprecipitated with anti-β-amyloid antibody. "}
{"words": ["A", "Full", "-", "length", "polypeptides", "were", "translated", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "or", "HisTrx", "-", "SGTA", "using", "RNAs", "lacking", "a", "stop", "codon", "and", "either", "stabilised", "at", "the", "ribosome", "with", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "or", "released", "with", "puromycin", "(", "puro", ")", ".", "Reactions", "were", "incubated", "with", "HisPur", "Cobalt", "resin", ",", "bound", "proteins", "eluted", "at", "high", "imidazole", "concentration", ",", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "visualised", "by", "phosphorimaging", "Filled", "circles", "indicate", "slower", "migrating", "species", "of", "radiolabelled", "products", "selectively", "enriched", "in", "CHX", "-", "treated", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A Full-length polypeptides were translated in the presence of 2 μM HisTrx or HisTrx-SGTA using RNAs lacking a stop codon and either stabilised at the ribosome with cycloheximide (CHX) or released with puromycin (puro). Reactions were incubated with HisPur Cobalt resin, bound proteins eluted at high imidazole concentration, resolved by SDS-PAGE and visualised by phosphorimaging Filled circles indicate slower migrating species of radiolabelled products selectively enriched in CHX-treated samples."}
{"words": ["total", "translation", "reactions", "were", "treated", "with", "RNaseA", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "C99"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "total translation reactions were treated with RNaseA and immunoprecipitated with anti-C99 antibody"}
{"words": ["Following", "in", "vitro", "translation", "of", "the", "indicated", "proteins", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "-", "SGTA", "and", "recovery", "on", "HisPur", "Cobalt", "resin", "the", "eluted", "fractions", "were", "subjected", "to", "RNaseA", "treatment", "(", "C", ")", "-", "tRNA", "\"", "and", "\"", "+", "tRNA", "\"", "indicate", "tRNA", "-", "lacking", "and", "tRNA", "-", "bound", "protein", "species", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Following in vitro translation of the indicated proteins in the presence of 2 μM HisTrx-SGTA and recovery on HisPur Cobalt resin the eluted fractions were subjected to RNaseA treatment (C) -tRNA\" and \"+ tRNA\" indicate tRNA-lacking and tRNA-bound protein species, respectively."}
{"words": ["D", "Following", "in", "vitro", "translation", "of", "the", "indicated", "proteins", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "-", "SGTA", "and", "recovery", "on", "HisPur", "Cobalt", "resin", "precipitation", "with", "hexadecyltrimethylammonium", "bromide", "(", "CTAB", ")", "(", "D", ")", ";", "-", "tRNA", "\"", "and", "\"", "+", "tRNA", "\"", "indicate", "tRNA", "-", "lacking", "and", "tRNA", "-", "bound", "protein", "species", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Following in vitro translation of the indicated proteins in the presence of 2 μM HisTrx-SGTA and recovery on HisPur Cobalt resin precipitation with hexadecyltrimethylammonium bromide (CTAB) (D) ;-tRNA\" and \"+ tRNA\" indicate tRNA-lacking and tRNA-bound protein species, respectively."}
{"words": ["B", "Variants", "of", "PPLssKO", "-", "C99", "were", "translated", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "-", "SGTA", "using", "templates", "lacking", "a", "stop", "codon", "and", "terminating", "either", "before", "(", "\"", "-", "TMD", "\"", ")", "or", "at", "indicated", "amino", "acid", "distance", "after", "the", "TMD", ".", "Pull", "-", "down", "with", "HisPur", "Cobalt", "resin", "was", "carried", "out", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ",", "eluted", "material", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "results", "visualised", "by", "phosphorimaging", ".", "tRNA", "-", "bound", "species", "were", "verified", "by", "treating", "PPLssKO", "-", "C99", "variant", "terminating", "immediately", "after", "the", "TMD", "(", "TMD", "+", "0", ")", "with", "RNaseA", "(", "lane", "9", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Variants of PPLssKO-C99 were translated in the presence of 2 μM HisTrx-SGTA using templates lacking a stop codon and terminating either before (\"-TMD\") or at indicated amino acid distance after the TMD. Pull-down with HisPur Cobalt resin was carried out as described in Materials and Methods, eluted material resolved by SDS-PAGE and results visualised by phosphorimaging. tRNA-bound species were verified by treating PPLssKO-C99 variant terminating immediately after the TMD (TMD + 0) with RNaseA (lane 9)."}
{"words": ["translation", "reactions", "were", "carried", "out", "using", "RNAs", "coding", "for", "the", "indicated", "TA", "-", "proteins", "and", "lacking", "a", "stop", "codon", ".", "Sec61β", "3R", "was", "used", "as", "a", "control", "protein", "without", "a", "functional", "TMD", ".", "Filled", "circles", "indicate", "tRNA", "-", "bound", "TA", "-", "protein", "species", "recovered", "with", "HisTrx", "-", "SGTA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "translation reactions were carried out using RNAs coding for the indicated TA-proteins and lacking a stop codon. Sec61β 3R was used as a control protein without a functional TMD. Filled circles indicate tRNA-bound TA-protein species recovered with HisTrx-SGTA."}
{"words": ["D", "Rabbit", "reticulocyte", "lysate", "was", "left", "untreated", "(", "\"", "untreat", ".", "\"", ")", ",", "incubated", "with", "control", "immobilised", "antibodies", "(", "\"", "contr", ".", "depl", ".", "\"", ")", "or", "immunodepleted", "of", "Hbs1L", ",", "a", "factor", "that", "together", "with", "Pelota", "and", "ABCE1", "[", "4", "]", ",", "mediates", "splitting", "of", "ribosomes", "stalled", "on", "truncated", "mRNAs", "(", "see", "diagram", ")", ".", "These", "lysates", "were", "used", "to", "translate", "FLAG", "-", "tagged", "Sec61β", "from", "an", "mRNA", "lacking", "a", "stop", "codon", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "or", "HisTrx", "-", "SGTA", "and", "samples", "were", "processed", "as", "described", "for", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Rabbit reticulocyte lysate was left untreated (\"untreat.\"), incubated with control immobilised antibodies (\"contr. depl.\") or immunodepleted of Hbs1L, a factor that together with Pelota and ABCE1 [4], mediates splitting of ribosomes stalled on truncated mRNAs (see diagram). These lysates were used to translate FLAG-tagged Sec61β from an mRNA lacking a stop codon in the presence of 2 μM HisTrx or HisTrx-SGTA and samples were processed as described for (B)."}
{"words": ["E", "tRNA", "-", "bound", "species", "of", "FLAG", "-", "tagged", "Sec61β", "from", "experiment", "shown", "in", "panel", "(", "D", ")", "were", "quantified", "and", "expressed", "relative", "to", "the", "value", "obtained", "for", "the", "control", "-", "depleted", "RRL", ".", "Shown", "is", "the", "mean", "with", "standard", "error", "of", "mean", "for", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "unpaired", "t", "test", "with", "Welch", "'", "s", "correction", ".", "ns", "-", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E tRNA-bound species of FLAG-tagged Sec61β from experiment shown in panel (D) were quantified and expressed relative to the value obtained for the control-depleted RRL. Shown is the mean with standard error of mean for n=4 biological replicates. Statistical significance was calculated using unpaired t test with Welch's correction. ns - not significant."}
{"words": ["Sec61β", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "the", "3R", "variant", "tagged", "at", "their", "N", "-", "terminus", "with", "the", "FLAG", "epitope", "were", "translated", "in", "RRL", "from", "RNAs", "lacking", "a", "stop", "codon", ".", "Ribosome", "-", "nascent", "chain", "complexes", "(", "RNCs", ")", "were", "recovered", "using", "anti", "-", "FLAG", "affinity", "resin", ",", "beads", "were", "washed", ",", "bound", "proteins", "eluted", "with", "3xFLAG", "peptide", "and", "RNCs", "isolated", "by", "pelleting", "through", "a", "sucrose", "cushion", "Samples", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotted", "for", "endogenous", "rabbit", "SGTA", ",", "FLAG", "-", "tagged", "translation", "products", ",", "proteins", "of", "the", "40S", "(", "Rps3", ")", "and", "60S", "(", "Rpl17", ")", "ribosomal", "subunits", "or", "analysed", "by", "phosphorimaging", "(", "35S", ")", ".", "The", "3xFLAG", "peptide", "eluted", "material", "(", "lanes", "4", "and", "5", ")", "corresponds", "to", "~", "10", "%", "of", "the", "sedimented", "RNCs", "(", "lanes", "7", "and", "8", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Sec61β wild-type (WT) and the 3R variant tagged at their N-terminus with the FLAG epitope were translated in RRL from RNAs lacking a stop codon. Ribosome-nascent chain complexes (RNCs) were recovered using anti-FLAG affinity resin, beads were washed, bound proteins eluted with 3xFLAG peptide and RNCs isolated by pelleting through a sucrose cushion Samples were resolved by SDS-PAGE and immunoblotted for endogenous rabbit SGTA, FLAG-tagged translation products, proteins of the 40S (Rps3) and 60S (Rpl17) ribosomal subunits or analysed by phosphorimaging (35S). The 3xFLAG peptide eluted material (lanes 4 and 5) corresponds to ~10% of the sedimented RNCs (lanes 7 and 8)."}
{"words": ["A", ",", "B", "PPL", "-", "C99", "-", "TMD", "(", "A", ")", "and", "PPL", "-", "C99FL", "(", "B", ")", "were", "in", "vitro", "translated", "in", "RRL", "from", "mRNAs", "lacking", "a", "stop", "codon", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "or", "HisTrx", "-", "SGTA", "and", "ε", "-", "TDBA", "-", "Lys", "-", "tRNA", "analogue", ".", "Reactions", "were", "irradiated", "with", "the", "UV", "light", "to", "induce", "photo", "-", "cross", "-", "linking", ",", "RNCs", "isolated", "and", "adducts", "immunoprecipitated", "with", "mouse", "anti", "-", "SRP54", ",", "mouse", "anti", "-", "SGTA", "or", "a", "control", "antibody", "as", "described", "in", "Materials", "and", "Methods", ".", "Samples", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "results", "visualised", "by", "phosphorimaging", ".", "C", "-", "terminal", "40", "amino", "acid", "residues", "located", "in", "the", "ribosomal", "exit", "tunnel", "are", "indicated", ".", "\"", "x", "SRP54", "\"", "and", "\"", "x", "HisTrx", "-", "SGTA", "\"", "indicate", "cross", "-", "linking", "adducts", "between", "the", "translated", "nascent", "chain", "and", "endogenous", "SRP54", "or", "recombinant", "HisTrx", "-", "SGTA", ",", "respectively", ".", "Arrows", "indicate", "unmodified", "translation", "products", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B PPL-C99-TMD (A) and PPL-C99FL (B) were in vitro translated in RRL from mRNAs lacking a stop codon in the presence of 2 μM HisTrx or HisTrx-SGTA and ε-TDBA-Lys-tRNA analogue. Reactions were irradiated with the UV light to induce photo-cross-linking, RNCs isolated and adducts immunoprecipitated with mouse anti-SRP54, mouse anti-SGTA or a control antibody as described in Materials and Methods. Samples were resolved by SDS-PAGE and results visualised by phosphorimaging. C-terminal 40 amino acid residues located in the ribosomal exit tunnel are indicated. \"x SRP54\" and \"x HisTrx-SGTA\" indicate cross-linking adducts between the translated nascent chain and endogenous SRP54 or recombinant HisTrx-SGTA, respectively. Arrows indicate unmodified translation products."}
{"words": ["C", "PPL", "-", "C99FL", "variants", "lacking", "a", "stop", "codon", "and", "carrying", "the", "indicated", "Lys", "to", "Arg", "substitutions", "were", "in", "vitro", "translated", "in", "the", "presence", "of", "2", "μM", "HisTrx", "-", "SGTA", ".", "Reactions", "were", "processed", "using", "chicken", "anti", "-", "SGTA", "antibody", "for", "immunoprecipitation", "of", "SGTA", "adducts", ".", "D", "Cross", "-", "linking", "adducts", "between", "ribosome", "-", "stalled", "PPL", "-", "C99FL", "lysine", "mutants", "and", "recombinant", "HisTrx", "-", "SGTA", "shown", "in", "panel", "(", "C", ")", "were", "quantified", ",", "any", "differences", "in", "translation", "efficiency", "accounted", "for", "and", "cross", "-", "linking", "efficiency", "expressed", "relative", "to", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "protein", ".", "Shown", "is", "the", "mean", "with", "standard", "error", "of", "mean", "for", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "unpaired", "t", "test", "with", "Welch", "'", "s", "correction", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C PPL-C99FL variants lacking a stop codon and carrying the indicated Lys to Arg substitutions were in vitro translated in the presence of 2 μM HisTrx-SGTA. Reactions were processed using chicken anti-SGTA antibody for immunoprecipitation of SGTA adducts. D Cross-linking adducts between ribosome-stalled PPL-C99FL lysine mutants and recombinant HisTrx-SGTA shown in panel (C) were quantified, any differences in translation efficiency accounted for and cross-linking efficiency expressed relative to the wild-type (WT) protein. Shown is the mean with standard error of mean for n=3 biological replicates. Statistical significance was calculated using unpaired t test with Welch's correction."}
{"words": ["A", ",", "B", "PPL", "-", "C99FL", "lacking", "a", "stop", "codon", "was", "in", "vitro", "translated", "in", "RRL", "in", "the", "presence", "of", "canine", "pancreatic", "microsomes", "or", "buffer", "control", "in", "reactions", "supplemented", "with", "ε", "-", "TDBA", "-", "Lys", "-", "tRNA", "analogue", ".", "Reactions", "were", "carried", "out", "in", "the", "presence", "(", "A", ")", "or", "absence", "(", "B", ")", "of", "2", "μM", "HisTrx", "-", "SGTA", ".", "Samples", "were", "subjected", "to", "UV", "light", "-", "induced", "photo", "-", "cross", "-", "linking", "and", "processed", "as", "described", "for", "Fig", "5", ".", "\"", "x", "SRP54", "\"", "and", "\"", "x", "HisTrx", "-", "SGTA", "\"", "indicate", "cross", "-", "linking", "adducts", "between", "the", "translated", "nascent", "chain", "and", "endogenous", "SRP54", "or", "recombinant", "HisTrx", "-", "SGTA", ",", "respectively", ",", "whilst", "\"", "endo", ".", "SGTA", "\"", "indicates", "cross", "-", "linking", "adducts", "with", "endogenous", "SGTA", ".", "Cross", "-", "linking", "products", "between", "stalled", "PPL", "-", "C99FL", "and", "SGTA", "are", "also", "indicated", "with", "arrowheads", ",", "whilst", "arrows", "indicate", "unmodified", "translation", "products", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B PPL-C99FL lacking a stop codon was in vitro translated in RRL in the presence of canine pancreatic microsomes or buffer control in reactions supplemented with ε-TDBA-Lys-tRNA analogue. Reactions were carried out in the presence (A) or absence (B) of 2 μM HisTrx-SGTA. Samples were subjected to UV light-induced photo-cross-linking and processed as described for Fig 5. \"x SRP54\" and \"x HisTrx-SGTA\" indicate cross-linking adducts between the translated nascent chain and endogenous SRP54 or recombinant HisTrx-SGTA, respectively, whilst \"endo. SGTA\" indicates cross-linking adducts with endogenous SGTA. Cross-linking products between stalled PPL-C99FL and SGTA are also indicated with arrowheads, whilst arrows indicate unmodified translation products."}
{"words": ["C", ",", "D", "chemical", "cross", "-", "linking", "using", "DSS", "reagent", "was", "carried", "out", ".", "E", "DSS", "-", "mediated", "HisTrx", "-", "SGTA", "cross", "-", "linking", "efficiency", "to", "PPL", "-", "C99FL", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "ER", "-", "derived", "microsomes", "was", "quantified", ".", "For", "each", "repeat", ",", "intensity", "of", "the", "cross", "-", "linked", "SGTA", "adduct", "in", "the", "absence", "of", "microsomes", "was", "set", "as", "100", "%", ".", "Shown", "is", "the", "mean", "with", "standard", "error", "of", "mean", "for", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "unpaired", "t", "test", "with", "Welch", "'", "s", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D chemical cross-linking using DSS reagent was carried out. E DSS-mediated HisTrx-SGTA cross-linking efficiency to PPL-C99FL in the absence or presence of ER-derived microsomes was quantified. For each repeat, intensity of the cross-linked SGTA adduct in the absence of microsomes was set as 100%. Shown is the mean with standard error of mean for n=3 biological replicates. Statistical significance was calculated using unpaired t test with Welch's correction."}
{"words": ["A", "Indicated", "precursor", "proteins", "were", "translated", "in", "vitro", "using", "RRL", "supplemented", "with", "20", "μM", "HA", "-", "tagged", "ubiquitin", "and", "2", "μM", "of", "either", "HisTrx", "or", "HisTrx", "-", "SGTA", ".", "RNCs", "were", "isolated", ",", "ubiquitinated", "nascent", "chains", "recovered", "using", "anti", "-", "HA", "agarose", ",", "samples", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "and", "analysed", "by", "phosphorimaging", ".", "Ubiquitinated", "precursor", "protein", "species", "were", "assigned", "based", "on", "SDS", "-", "PAGE", "electrophoretic", "mobility", "and", "are", "indicated", "in", "red", ".", "A", "schematic", "diagram", "of", "the", "proteins", "used", "is", "shown", "and", "the", "~", "40", "residues", "of", "the", "nascent", "chain", "located", "in", "the", "ribosomal", "exit", "tunnel", "are", "indicated", ".", "\"", "ss", "\"", "-", "signal", "sequence", ",", "\"", "TMD", "\"", "-", "transmembrane", "domain", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Indicated precursor proteins were translated in vitro using RRL supplemented with 20 μM HA-tagged ubiquitin and 2 μM of either HisTrx or HisTrx-SGTA. RNCs were isolated, ubiquitinated nascent chains recovered using anti-HA agarose, samples resolved by SDS-PAGE and analysed by phosphorimaging. Ubiquitinated precursor protein species were assigned based on SDS-PAGE electrophoretic mobility and are indicated in red. A schematic diagram of the proteins used is shown and the ~40 residues of the nascent chain located in the ribosomal exit tunnel are indicated. \"ss\" - signal sequence, \"TMD\" - transmembrane domain."}
{"words": ["B", "Individual", ",", "clearly", "resolved", "ubiquitinated", "species", "of", "the", "indicated", "proteins", "(", "labelled", "1", "to", "4", ")", "were", "quantified", "and", "their", "intensity", "in", "HisTrx", "-", "SGTA", "containing", "samples", "shown", "relative", "to", "samples", "supplemented", "with", "HisTrx", "control", "protein", ".", "Shown", "is", "the", "mean", "with", "standard", "error", "of", "mean", "for", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "using", "unpaired", "t", "test", "with", "Welch", "'", "s", "correction", ".", "ns", "-", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Individual, clearly resolved ubiquitinated species of the indicated proteins (labelled 1 to 4) were quantified and their intensity in HisTrx-SGTA containing samples shown relative to samples supplemented with HisTrx control protein. Shown is the mean with standard error of mean for n=3 biological replicates. Statistical significance was calculated using unpaired t test with Welch's correction. ns - not significant."}
{"words": ["In", "panels", "(", "A", ")", "violin", "plots", "show", "the", "variability", "in", "continuous", "leaf", "16", ",", "ear", "phenotypes", "among", "the", "60", "individual", "plants", "used", "in", "downstream", "analyses", ".", "Data", "information", ":", "In", "all", "violin", "plots", ",", "the", "median", "is", "indicated", "by", "the", "white", "circle", ".", "The", "black", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "the", "75th", "percentile", ",", "and", "black", "whiskers", "extend", "from", "each", "end", "of", "the", "box", "to", "the", "most", "extreme", "values", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "respective", "end", ".", "Data", "points", "beyond", "this", "range", "are", "shown", "as", "black", "dots", ".", "The", "red", "open", "circle", "indicates", "the", "mean", "of", "the", "distribution", ",", "with", "red", "whiskers", "extending", "to", "1", "standard", "deviation", "above", "and", "below", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In panels (A) violin plots show the variability in continuous leaf 16, ear phenotypes among the 60 individual plants used in downstream analyses. Data information: In all violin plots, the median is indicated by the white circle. The black box extends from the 25th to the 75th percentile, and black whiskers extend from each end of the box to the most extreme values within 1.5 times the interquartile range from the respective end. Data points beyond this range are shown as black dots. The red open circle indicates the mean of the distribution, with red whiskers extending to 1 standard deviation above and below the mean."}
{"words": ["In", "panels", "(", "E", ")", ",", "violin", "plots", "show", "the", "variability", "in", "plant", "height", "phenotypes", "among", "the", "60", "individual", "plants", "used", "in", "downstream", "analyses", ".", "Data", "information", ":", "In", "all", "violin", "plots", ",", "the", "median", "is", "indicated", "by", "the", "white", "circle", ".", "The", "black", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "the", "75th", "percentile", ",", "and", "black", "whiskers", "extend", "from", "each", "end", "of", "the", "box", "to", "the", "most", "extreme", "values", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "from", "the", "respective", "end", ".", "Data", "points", "beyond", "this", "range", "are", "shown", "as", "black", "dots", ".", "The", "red", "open", "circle", "indicates", "the", "mean", "of", "the", "distribution", ",", "with", "red", "whiskers", "extending", "to", "1", "standard", "deviation", "above", "and", "below", "the", "mean", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "In panels (E), violin plots show the variability in plant height phenotypes among the 60 individual plants used in downstream analyses. Data information: In all violin plots, the median is indicated by the white circle. The black box extends from the 25th to the 75th percentile, and black whiskers extend from each end of the box to the most extreme values within 1.5 times the interquartile range from the respective end. Data points beyond this range are shown as black dots. The red open circle indicates the mean of the distribution, with red whiskers extending to 1 standard deviation above and below the mean."}
{"words": ["Boxplots", "showing", "differences", "of", "the", "APTT", "time", "(", "left", ")", "and", "ME1", "-", "enriched", "protein", "expressions", "(", "right", ")", "between", "mild", "(", "n", "=", "13", ")", "and", "severe", "(", "n", "=", "18", ")", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Differences", "between", "groups", "were", "estimated", "using", "Mann", "-", "Whitney", "-", "Wilcoxon", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "The", "horizontal", "box", "lines", "in", "the", "boxplots", "represent", "the", "first", "quartile", ",", "the", "median", ",", "and", "the", "third", "quartile", ".", "Whiskers", "denote", "the", "range", "of", "points", "within", "the", "first", "quartile", "−", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "and", "the", "third", "quartile", "+", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplots showing differences of the APTT time (left) and ME1-enriched protein expressions (right) between mild (n=13) and severe (n=18) COVID-19 patients. Differences between groups were estimated using Mann-Whitney-Wilcoxon test. * p <0.05, ** p <0.01, *** p <0.001. The horizontal box lines in the boxplots represent the first quartile, the median, and the third quartile. Whiskers denote the range of points within the first quartile − 1.5× the interquartile range and the third quartile + 1.5× the interquartile range."}
{"words": ["Boxplots", "showing", "differences", "of", "IL", "-", "6", "level", ",", "IL", "-", "10", "level", "(", "left", ")", "and", "ME15", "-", "enriched", "protein", "expressions", "(", "right", ")", "between", "mild", "(", "n", "=", "13", ")", "and", "severe", "(", "n", "=", "18", ")", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Differences", "between", "groups", "were", "estimated", "using", "Mann", "-", "Whitney", "-", "Wilcoxon", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "The", "horizontal", "box", "lines", "in", "the", "boxplots", "represent", "the", "first", "quartile", ",", "the", "median", ",", "and", "the", "third", "quartile", ".", "Whiskers", "denote", "the", "range", "of", "points", "within", "the", "first", "quartile", "−", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "and", "the", "third", "quartile", "+", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplots showing differences of IL-6 level, IL-10 level (left) and ME15-enriched protein expressions (right) between mild (n=13) and severe (n=18) COVID-19 patients. Differences between groups were estimated using Mann-Whitney-Wilcoxon test. * p <0.05, ** p <0.01, *** p <0.001. The horizontal box lines in the boxplots represent the first quartile, the median, and the third quartile. Whiskers denote the range of points within the first quartile − 1.5× the interquartile range and the third quartile + 1.5× the interquartile range."}
{"words": ["Rose", "plots", "indicating", "the", "number", "of", "all", "detected", "and", "differently", "expressed", "tissues", "-", "enhanced", "proteins", "in", "mild", "(", "left", ")", "and", "severe", "patients", "(", "right", ")", "compared", "with", "healthy", "controls", ".", "Tissues", "labeled", "in", "orange", "represented", "tissues", "with", "the", "largest", "proportions", "(", "100", "%", "of", "all", "detected", "tissue", "-", "enhanced", "proteins", ")", "of", "altered", "tissues", "-", "enhanced", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Rose plots indicating the number of all detected and differently expressed tissues-enhanced proteins in mild (left) and severe patients (right) compared with healthy controls. Tissues labeled in orange represented tissues with the largest proportions (100% of all detected tissue-enhanced proteins) of altered tissues-enhanced proteins."}
{"words": ["Boxplots", "indicating", "the", "expression", "level", "of", "known", "brain", "dysfunctional", "biomarkers", "in", "control", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "mild", "(", "n", "=", "13", ")", "and", "severe", "(", "n", "=", "18", ")", "patients", ".", "Differences", "between", "groups", "were", "estimated", "using", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "The", "horizontal", "box", "lines", "in", "the", "boxplots", "represent", "the", "first", "quartile", ",", "the", "median", ",", "and", "the", "third", "quartile", ".", "Whiskers", "denote", "the", "range", "of", "points", "within", "the", "first", "quartile", "−", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "and", "the", "third", "quartile", "+", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplots indicating the expression level of known brain dysfunctional biomarkers in control (n=12), mild (n=13) and severe (n=18) patients. Differences between groups were estimated using Kruskal-Wallis test. The horizontal box lines in the boxplots represent the first quartile, the median, and the third quartile. Whiskers denote the range of points within the first quartile − 1.5× the interquartile range and the third quartile + 1.5× the interquartile range."}
{"words": ["Boxplot", "showing", "the", "selected", "cell", "type", "specific", "proteins", "among", "control", "(", "n", "=", "12", ")", ",", "mild", "(", "n", "=", "13", ")", "and", "severe", "(", "n", "=", "18", ")", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Differences", "between", "groups", "were", "estimated", "using", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "The", "horizontal", "box", "lines", "in", "the", "boxplots", "represent", "the", "first", "quartile", ",", "the", "median", ",", "and", "the", "third", "quartile", ".", "Whiskers", "denote", "the", "range", "of", "points", "within", "the", "first", "quartile", "−", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "and", "the", "third", "quartile", "+", "1", ".", "5", "×", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplot showing the selected cell type specific proteins among control (n=12), mild (n=13) and severe (n=18) COVID-19 patients. Differences between groups were estimated using Kruskal-Wallis test. The horizontal box lines in the boxplots represent the first quartile, the median, and the third quartile. Whiskers denote the range of points within the first quartile − 1.5× the interquartile range and the third quartile + 1.5× the interquartile range."}
{"words": ["Heatmap", "of", "IFNG", ",", "GZMB", "and", "PRF1", "gene", "expression", "in", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Average", "expression", "values", "were", "centered", "and", "scaled", ".", "Red", "indicates", "a", "higher", "expression", "and", "blue", "indicates", "a", "lower", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap of IFNG, GZMB and PRF1 gene expression in COVID-19 patients. Average expression values were centered and scaled. Red indicates a higher expression and blue indicates a lower expression."}
{"words": ["Heatmap", "of", "the", "expression", "of", "genes", "enriched", "in", "IL", "-", "17", "signaling", "pathway", "between", "healthy", "control", "and", "COVID", "-", "19", "patients", ".", "Average", "expression", "values", "were", "centered", "and", "scaled", ".", "Red", "indicates", "a", "higher", "expression", "and", "blue", "indicates", "a", "lower", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap of the expression of genes enriched in IL-17 signaling pathway between healthy control and COVID-19 patients. Average expression values were centered and scaled. Red indicates a higher expression and blue indicates a lower expression."}
{"words": ["COVID", "-", "19", "severity", "is", "associated", "with", "significant", "changes", "in", "lipoprotein", "subclasses", "including", "high", "-", "density", "lipoprotein", "subclass", "-", "1", "(", "HDL1", ")", ",", "HDL4", ",", "low", "-", "density", "lipoprotein", "subclasses", "(", "LDL1", ",", "LDL4", ",", "LDL5", ")", ",", "very", "low", "-", "density", "lipoprotein", "subclass", "-", "5", "(", "VLDL5", ")", "and", "their", "compositional", "components", "(", "ApoA1", ",", "triglycerides", ",", "cholesterol", ")", ".", "TG", ":", "triglycerides", ";", "FC", ":", "free", "cholesterol", ";", "CE", ":", "cholesteryl", "esters", ";", "CH", ":", "total", "cholesterol", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "FC", "+", "CE", ")", ";", "PL", ":", "total", "phospholipids", ";", "A1", ":", "ApoA1", ";", "A2", ":", "ApoA2", ";", "L1TG", ":", "TG", "in", "LDL1", ";", "L1TG", "%", ":", "percentages", "of", "L1TG", "in", "total", "lipids", "of", "LDL1", ";", "L1", "%", ":", "percentage", "of", "LDL1", "in", "all", "LDL", ";", "L", "-", "TG", "%", ":", "percentages", "of", "L", "-", "TG", "(", "TG", "in", "LDL", ")", "in", "total", "lipids", "of", "LDL", ";", "V5FC", "%", ",", "V5CE", "%", ":", "percentages", "of", "V5FC", "(", "FC", "in", "VLDL5", ")", "and", "V5CE", "(", "CE", "in", "VLDL5", ")", "in", "total", "lipids", "of", "VLDL5", ";", "L5CE", "%", ",", "L5CH", "%", ":", "percentages", "of", "L5CE", "(", "CE", "in", "LDL5", ")", "and", "L5CH", "(", "CH", "in", "LDL5", ")", "in", "total", "lipids", "of", "LDL5", ";", "H1FC", "%", ":", "percentages", "of", "H1FC", "(", "FC", "in", "HDL1", ")", "in", "total", "lipids", "of", "HDL1", ";", "H", "-", "A2", ":", "ApoA2", "in", "both", "HDL", "and", "nascent", "HDL", ";", "H4A1", ",", "H4A2", ",", "H4CE", ",", "H4CH", ",", "H4FC", ",", "H4PL", ":", "ApoA1", ",", "ApoA2", ",", "CE", ",", "CH", ",", "FC", "and", "PL", "in", "HDL4", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "COVID-19 severity is associated with significant changes in lipoprotein subclasses including high-density lipoprotein subclass-1 (HDL1), HDL4, low-density lipoprotein subclasses (LDL1, LDL4, LDL5), very low-density lipoprotein subclass-5 (VLDL5) and their compositional components (ApoA1, triglycerides, cholesterol). TG: triglycerides; FC: free cholesterol; CE: cholesteryl esters; CH: total cholesterol (i.e., FC + CE); PL: total phospholipids; A1: ApoA1; A2: ApoA2; L1TG: TG in LDL1; L1TG%: percentages of L1TG in total lipids of LDL1; L1%: percentage of LDL1 in all LDL; L-TG%: percentages of L-TG(TG in LDL) in total lipids of LDL; V5FC%, V5CE%: percentages of V5FC(FC in VLDL5) and V5CE(CE in VLDL5) in total lipids of VLDL5; L5CE%, L5CH%: percentages of L5CE(CE in LDL5) and L5CH(CH in LDL5) in total lipids of LDL5; H1FC%: percentages of H1FC (FC in HDL1) in total lipids of HDL1; H-A2: ApoA2 in both HDL and nascent HDL; H4A1, H4A2, H4CE, H4CH, H4FC, H4PL: ApoA1, ApoA2, CE, CH, FC and PL in HDL4;"}
{"words": ["Plasma", "levels", "of", "key", "enzymes", "and", "proteins", "directly", "involving", "lipoprotein", "metabolism", "are", "indicators", "for", "COVID", "-", "19", "severity", ".", "Data", "were", "represented", "as", "means", "±", "SD", "and", "differences", "between", "groups", "were", "estimated", "using", "a", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Control", ",", "n", "=", "12", ";", "mild", ",", "n", "=", "29", ";", "severe", ",", "n", "=", "17", ";", "discharge", ",", "n", "=", "16", ";", "sLDLR", ":", "soluble", "low", "-", "density", "lipoprotein", "receptor", ";", "LCAT", ":", "lecithin", "-", "cholesterol", "acyltransferase", ";", "CEPT", ":", "cholesteryl", "-", "ester", "transfer", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "Plasma levels of key enzymes and proteins directly involving lipoprotein metabolism are indicators for COVID-19 severity. Data were represented as means ± SD and differences between groups were estimated using a Student's t test. * p < 0.05; ** p < 0.01; *** p < 0.001. Control, n=12; mild, n=29; severe, n=17; discharge, n=16; sLDLR: soluble low-density lipoprotein receptor; LCAT: lecithin-cholesterol acyltransferase; CEPT: cholesteryl-ester transfer protein."}
{"words": ["A", ".", "EGFR", "(", "pY1068", ",", "left", ")", ",", "Akt", "(", "pS473", ",", "middle", ")", "and", "Erk", "(", "pT202", "and", "pY204", ",", "right", ")", "phosphorylation", "response", "in", "WT", "(", "red", ")", "compared", "to", "p22phox", "-", "KO", "(", "green", ")", "MCF7", "cells", "as", "function", "of", "EGF", "concentration", "(", "ng", "/", "ml", ";", "nM", ")", "upon", "5", "'", "stimulation", "with", "different", "doses", "of", "EGF", "-", "Alexa647", "quantified", "from", "Western", "blot", "analysis", ".", "N", "=", "4", "biological", "replicates", "with", "mean", "±", "SD", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "B", ".", "Same", "as", "(", "A", ")", "comparing", "WT", "(", "red", ")", "to", "RPTPγ", "-", "KO", "(", "blue", ")", "MCF7", "cells", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", "with", "mean", "±", "SD", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "C", ".", "Quantitative", "Western", "blot", "analysis", "as", "in", "(", "A", ")", "comparing", "WT", "(", "red", ")", "and", "RPTPγ", "-", "KO", "(", "blue", ")", "MCF7", "cells", "after", "EGF", "stimulus", "(", "20", ",", "80", ",", "160", "ng", "/", "ml", "from", "(", "B", ")", ",", "left", "column", ":", "w", "/", "o", "gef", ".", ")", "to", "the", "cells", "from", "the", "corresponding", "cell", "line", "treated", "with", "10", "μM", "of", "the", "EGFR", "-", "inhibitor", "Gefitinib", "for", "1", "h", "and", "the", "indicated", "EGF", "concentration", "for", "the", "last", "5", "'", "(", "ng", "/", "ml", ")", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", "with", "mean", "±", "SD", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ".", "D", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. EGFR (pY1068, left), Akt (pS473, middle) and Erk (pT202 and pY204, right) phosphorylation response in WT (red) compared to p22phox-KO (green) MCF7 cells as function of EGF concentration (ng/ml; nM) upon 5' stimulation with different doses of EGF-Alexa647 quantified from Western blot analysis. N=4 biological replicates with mean±SD, P:unpaired two-tailed t-test. B. Same as (A) comparing WT (red) to RPTPγ-KO (blue) MCF7 cells. N=3 biological replicates with mean±SD, P: unpaired two-tailed t-test. C. Quantitative Western blot analysis as in (A) comparing WT (red) and RPTPγ-KO (blue) MCF7 cells after EGF stimulus (20, 80, 160 ng/ml from (B), left column: w/o gef.) to the cells from the corresponding cell line treated with 10 μM of the EGFR-inhibitor Gefitinib for 1 h and the indicated EGF concentration for the last 5' (ng/ml). N=3 biological replicates with mean±SD, P: unpaired two-tailed t-test. D."}
{"words": ["E", ".", "Comparison", "of", "normalized", "EGFR", "-", "(", "pY1068", "-", ")", "phosphorylation", "as", "a", "function", "of", "EGF", "concentration", "(", "N", "=", "10", ",", "from", "Figs", "1A", ",", "1B", ",", "EV1E", ",", "red", ")", "to", "EGF", "-", "Alexa647", "bound", "to", "WT", "MCF7", "cells", "at", "the", "corresponding", ",", "indicated", "concentrations", "normalized", "to", "the", "160", "ng", "/", "mL", ",", "measured", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "N", "=", "5", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "16", "-", "19", "fields", "of", "view", ",", "mean", "±", "SD", ",", "P", ":", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Comparison of normalized EGFR- (pY1068-) phosphorylation as a function of EGF concentration (N=10, from Figs 1A, 1B, EV1E, red) to EGF-Alexa647 bound to WT MCF7 cells at the corresponding, indicated concentrations normalized to the 160 ng/mL, measured by fluorescence microscopy. N=5 biological replicates, n=16-19 fields of view, mean±SD, P: One-way ANOVA with Tukey's multiple comparison test. "}
{"words": ["A", ".", "Left", "panel", ":", "comparison", "of", "normalized", "EGF", "-", "Alexa647", "(", "160", "ng", "/", "ml", ";", "5", "'", ")", "fluorescence", "intensity", "bound", "to", "individual", "endogenous", "EGFR", "expressing", "MCF10A", "(", "yellow", ")", ",", "to", "exogenous", "EGFR", "-", "mCitrine", "expressing", "EmCit", "_", "MCF7", "cells", "(", "black", ")", "and", "WT", "MCF7", "cells", "(", "red", ")", ";", "Right", "panel", ":", "normalized", "EGF", "-", "Alexa647", "fluorescence", "plotted", "against", "normalized", "EGFR", "-", "mCitrine", "fluorescence", "intensity", "in", "WT", "(", "red", ")", "and", "EmCit", "_", "MCF7", "(", "black", ",", "with", "2nd", "order", "polynomal", "fit", ":", "grey", "line", ")", "cells", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", ">", "75", "cells", ",", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Left panel: comparison of normalized EGF-Alexa647 (160 ng/ml; 5') fluorescence intensity bound to individual endogenous EGFR expressing MCF10A (yellow), to exogenous EGFR-mCitrine expressing EmCit_MCF7 cells (black) and WT MCF7 cells (red); Right panel: normalized EGF-Alexa647 fluorescence plotted against normalized EGFR-mCitrine fluorescence intensity in WT (red) and EmCit_MCF7 (black, with 2nd order polynomal fit: grey line) cells. N=3 biological replicates, n>75 cells, mean±SD."}
{"words": ["D", ".", "Gray", ":", "αL", "upon", "each", "administered", "dose", "for", "individual", "EmCit", "_", "MCF7", "cells", "to", "cumulative", "doses", "of", "EGF", "-", "Alexa647", "(", "2", ".", "5", "-", "640", "ng", "/", "ml", ")", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "13", "cells", ".", "Black", ":", "EGF", "-", "Alexa647", "bound", "to", "WT", "MCF7", "cells", "at", "the", "indicated", "concentrations", "normalized", "to", "the", "mean", "fluorescence", "intensity", "at", "160", "ng", "/", "ml", "EGF", "-", "Alexa647", "(", "Fig", "1E", ";", "mean", "±", "SD", ",", "N", "=", "5", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "16", "-", "19", "fields", "of", "view", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Gray: αL upon each administered dose for individual EmCit_MCF7 cells to cumulative doses of EGF-Alexa647 (2.5-640 ng/ml). N=3 biological replicates, n=13 cells. Black: EGF-Alexa647 bound to WT MCF7 cells at the indicated concentrations normalized to the mean fluorescence intensity at 160 ng/ml EGF-Alexa647 (Fig 1E; mean±SD, N=5 biological replicates, n=16-19 fields of view)."}
{"words": ["F", ".", "Left", ":", "EGFR", "-", "(", "pY1068", "-", ")", "phosphorylation", "response", "in", "WT", "MCF7", "cells", "obtained", "from", "western", "blots", "normalized", "to", "maximal", "phosphorylation", "obtained", "by", "inhibiting", "all", "phosphatases", "by", "0", ".", "33", "mM", "pervanadate", "(", "N", "=", "6", ";", "red", "symbols", "with", "mean", "±", "SD", "and", "fit", "to", "the", "hill", "equation", "(", "solid", "line", ")", ")", "at", "0", "(", "plotted", "as", "0", ".", "001", "to", "fit", "the", "logarithmic", "x", "-", "axis", ")", ",", "0", ".", "5", ",", "1", ",", "2", ",", "5", ",", "10", ",", "20", ",", "40", "and", "80", "ng", "/", "ml", "plotted", "against", "corresponding", "αL", "(", "obtained", "from", "in", "cell", "dose", "response", "experiments", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "cells", "(", "D", ")", ")", ".", "Correspondig", "molecular", "RPTPγ", "/", "EGFR", "-", "ratio", "(", "see", "G", ",", "H", ",", "Fig", "EV2H", ")", "is", "depicted", "above", "the", "graphs", ";", "Inserted", "into", "each", "graph", "are", "the", "values", "of", "Hill", "coefficient", "(", "HC", ")", "and", "EC50", "of", "the", "fitted", "hill", "equation", "(", "95", "%", "confidence", "interval", ")", ".", "2nd", "graph", ":", "Same", "as", "left", "graph", "with", "αp", "plotted", "vs", "αL", "both", "obtained", "from", "in", "cell", "dose", "response", "experiments", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "cells", ".", "3rd", "-", "5th", "graph", ":", "Same", "as", "2nd", "graph", "for", "EmCit", "_", "MCF7", "RPTPγ", "-", "KO", "with", "RPTPγ", "-", "mTFP", "ectopic", "expression", "clustered", "by", "RPTPγ", "/", "EGFR", "-", "expression", "ratio", "and", "HC", "(", "Fig", "EV2G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Left: EGFR- (pY1068-) phosphorylation response in WT MCF7 cells obtained from western blots normalized to maximal phosphorylation obtained by inhibiting all phosphatases by 0.33 mM pervanadate (N=6; red symbols with mean±SD and fit to the hill equation (solid line)) at 0 (plotted as 0.001 to fit the logarithmic x-axis), 0.5, 1, 2, 5, 10, 20, 40 and 80 ng/ml plotted against corresponding αL (obtained from in cell dose response experiments in EmCit_MCF7 cells (D)). Correspondig molecular RPTPγ/EGFR-ratio (see G, H, Fig EV2H) is depicted above the graphs; Inserted into each graph are the values of Hill coefficient (HC) and EC50 of the fitted hill equation (95% confidence interval). 2nd graph: Same as left graph with αp plotted vs αL both obtained from in cell dose response experiments in EmCit_MCF7 cells. 3rd-5th graph: Same as 2nd graph for EmCit_MCF7 RPTPγ-KO with RPTPγ-mTFP ectopic expression clustered by RPTPγ/EGFR-expression ratio and HC (Fig EV2G)."}
{"words": ["G", ".", "Number", "of", "molecules", "obtained", "by", "normalizing", "background", "-", "subtracted", "fluorescence", "intensities", "of", "individual", "transfected", "cells", "against", "the", "mean", "background", "intensity", "of", "untransfected", "cells", ",", "yielding", "relative", "expressions", "levels", "independent", "on", "the", "fluorophore", "(", "methods", ")", ".", "This", "value", "was", "then", "set", "into", "proportion", "to", "the", "known", "mean", "number", "of", "EGFR", "per", "MCF10A", "cell", "to", "yield", "absolute", "molecule", "count", "/", "cell", ".", "1st", "column", ":", "EGFR", "-", "mCitrine", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "cells", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "102", "cells", ")", ";", "2nd", "column", "EGFR", "-", "mCitrine", "expressed", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "RPTPγ", "-", "KO", "expressing", "RPTPγ", "-", "mTFP", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "26", "cells", ")", ";", "3rd", "column", ":", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "in", "MCF7", "cells", "expressing", "additionally", "EGFR", "-", "mCherry", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "253", "cells", ")", ";", "4th", "column", ":", "RPTPγ", "-", "mTFP", "expressed", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "RPTPγ", "-", "KO", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "26", "cells", ")", "(", "individual", "cells", "with", "mean", "+", "SD", ")", ".", "Color", "code", "in", "2nd", "and", "4th", "column", "is", "attribution", "to", "respective", "cluster", "(", "H", "and", "EV2G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Number of molecules obtained by normalizing background-subtracted fluorescence intensities of individual transfected cells against the mean background intensity of untransfected cells, yielding relative expressions levels independent on the fluorophore (methods). This value was then set into proportion to the known mean number of EGFR per MCF10A cell to yield absolute molecule count/cell. 1st column: EGFR-mCitrine in EmCit_MCF7 cells (N=3 biological replicates, n=102 cells); 2nd column EGFR-mCitrine expressed in EmCit_MCF7 RPTPγ-KO expressing RPTPγ-mTFP (N=3 biological replicates, n=26 cells); 3rd column: RPTPγ-mCitrine in MCF7 cells expressing additionally EGFR-mCherry (N=3 biological replicates, n=253 cells); 4th column: RPTPγ-mTFP expressed in EmCit_MCF7 RPTPγ-KO (N=3 biological replicates, n=26 cells) (individual cells with mean+SD). Color code in 2nd and 4th column is attribution to respective cluster (H and EV2G)."}
{"words": ["C", "-", "E", "(", "C", ")", "in", "cell", "EGF", "-", "dose", "response", "imaging", "for", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "oxidation", ".", "Left", "panel", ":", "Representative", "confocal", "micrographs", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "in", "EmTFP", "_", "MCF7", "cells", "(", "top", "row", ")", "together", "with", "its", "oxidized", "fraction", "estimated", "using", "DyTo", "-", "FLIM", "(", "αox", ",", "bottom", "row", ")", ",", "upon", "10", "'", "stimulation", "with", "EGF", "-", "Alexa647", "(", "0", "-", "160", "ng", "/", "ml", ")", "including", "5", "'", "together", "with", "0", ".", "5", "mM", "DyTo", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", ".", "Right", "panel", ":", "Quantification", "depicting", "the", "PM", "-", "proximal", "(", "orange", ")", "and", "PM", "-", "distal", "(", "blue", ")", "oxidized", "fractions", "as", "functions", "of", "receptor", "occupancy", "(", "αL", ")", "and", "corresponding", "EGF", "-", "Alexa647", ",", "or", "H2O2", "concentration", "in", "EmTFP", "MCF7", "cells", "expressing", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "WT", ")", "or", "RPTPγC1060S", "-", "mCitrine", "(", "C1060S", ")", "as", "well", "as", "WT", "cells", "treated", "with", "0", ".", "5", "mM", "atto590", "instead", "of", "DyTo", "(", "atto590", ")", ".", "Mean", "of", "individual", "cells", "(", "symbols", ")", "with", "mean", "±", "SD", "(", "black", "lines", ")", ",", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "13", "-", "15", "cells", "per", "EGF", "dose", ".", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ",", "between", "PM", "(", "serpentine", "peripheral", "structures", ")", "and", "endosomal", "(", "vesicular", "structures", ")", "fractions", ".", "(", "D", ")", "Same", "as", "in", "(", "C", ")", ",", "for", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "oxidation", "in", "p22phox", "-", "KO", "cells", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "14", "-", "26", "cells", "per", "EGF", "dose", ".", "(", "E", ")", "Same", "as", "in", "(", "C", ")", ",", "for", "TCPTP", "-", "mCitrine", "or", "TCPTPC216S", "-", "mCitrine", "(", "C216S", ")", "oxidation", "in", "EmTFP", "_", "MCF7", "cells", ".", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "18", "-", "21", "cells", "per", "EGF", "dose", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C-E (C) in cell EGF-dose response imaging for RPTPγ-mCitrine oxidation. Left panel: Representative confocal micrographs of RPTPγ-mCitrine in EmTFP_MCF7 cells (top row) together with its oxidized fraction estimated using DyTo-FLIM (αox, bottom row), upon 10' stimulation with EGF-Alexa647 (0-160 ng/ml) including 5' together with 0.5 mM DyTo. Scale bar: 10 μm. Right panel: Quantification depicting the PM-proximal (orange) and PM-distal (blue) oxidized fractions as functions of receptor occupancy (αL) and corresponding EGF-Alexa647, or H2O2 concentration in EmTFP MCF7 cells expressing RPTPγ-mCitrine (WT) or RPTPγC1060S-mCitrine (C1060S) as well as WT cells treated with 0.5 mM atto590 instead of DyTo (atto590). Mean of individual cells (symbols) with mean±SD (black lines), N=3 biological replicates, n=13-15 cells per EGF dose. P: unpaired two-tailed t-test, between PM (serpentine peripheral structures) and endosomal (vesicular structures) fractions. (D) Same as in (C), for RPTPγ-mCitrine oxidation in p22phox-KO cells. N=3 biological replicates, n=14-26 cells per EGF dose. (E) Same as in (C), for TCPTP-mCitrine or TCPTPC216S-mCitrine (C216S) oxidation in EmTFP_MCF7 cells. N=3 biological replicates, n=18-21 cells per EGF dose. "}
{"words": ["A", ".", "Representative", "confocal", "micrographs", "of", "MCF7", "WT", "cells", "showing", "the", "co", "-", "localization", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "1st", "column", ":", "green", ";", "3rd", "column", ":", "blue", ")", "and", "EGFR", "-", "mCherry", "(", "2nd", "column", ":", "green", ";", "3rd", "column", ":", "yellow", ")", "with", "recycling", "-", "endosome", "defined", "by", "immunostaining", "against", "Rab11a", "(", "magenta", ")", ",", "without", "(", "top", "row", ")", "or", "after", "30", "'", "EGF", "-", "DyLight405", "stimulus", "(", "160", "ng", "/", "ml", ";", "bottom", "row", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative confocal micrographs of MCF7 WT cells showing the co-localization of RPTPγ-mCitrine (1st column: green; 3rd column: blue) and EGFR-mCherry (2nd column: green; 3rd column: yellow) with recycling-endosome defined by immunostaining against Rab11a (magenta), without (top row) or after 30' EGF-DyLight405 stimulus (160 ng/ml; bottom row). Scale bar: 10 μm."}
{"words": ["B", ".", "Fraction", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "cyan", ")", "or", "EGFR", "-", "mCherry", "(", "green", ")", "that", "spatially", "overlaps", "with", "Rab11a", "(", "top", "left", ",", "N", "=", "3", ",", "n", "=", "23", "-", "26", "cells", "per", "timepoint", ")", ",", "PM", "(", "bottom", "left", ",", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "15", "-", "17", "cells", ")", ",", "EEA1", "-", "positive", "early", "endosomes", "(", "top", "right", ",", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "25", "-", "28", "cells", ")", "or", "Rab7", "-", "positive", "late", "endosomes", "(", "bottom", "right", ",", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "23", "-", "27", "cells", ")", "in", "MCF7", "cells", "as", "function", "of", "time", "after", "160", "ng", "/", "ml", "EGF", "-", "stimulus", ".", "Orange", "symbols", "/", "dotted", "line", ":", "same", "for", "EGFR", "-", "mCitrine", "in", "RPTPγ", "-", "KO", "cells", "(", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", "=", "17", "-", "21", "cells", ")", ".", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ";", "colored", "P", "values", "compare", "to", "the", "respective", "species", "before", "stimulation", ",", "black", "in", "between", "species", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Fraction of RPTPγ-mCitrine (cyan) or EGFR-mCherry (green) that spatially overlaps with Rab11a (top left, N=3, n=23-26 cells per timepoint), PM (bottom left, N=3 biological replicates, n=15-17 cells), EEA1-positive early endosomes (top right, N=3 biological replicates, n=25-28 cells) or Rab7-positive late endosomes (bottom right, N=3 biological replicates, n=23-27 cells) in MCF7 cells as function of time after 160 ng/ml EGF-stimulus. Orange symbols/dotted line: same for EGFR-mCitrine in RPTPγ-KO cells (N=3 biological replicates, n=17-21 cells). P: unpaired two-tailed t-test; colored P values compare to the respective species before stimulation, black in between species."}
{"words": ["C", ".", "Left", ":", "Representative", "confocal", "micrographs", "of", "MCF7", "cells", "depicting", "the", "steady", "state", "localization", "of", "expressed", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "cyan", ")", ",", "without", "(", "top", ")", "or", "with", "co", "-", "expression", "of", "BFP", "-", "Rab11a", "(", "yellow", ",", "bottom", ")", ".", "Top", "right", ":", "Quantification", "of", "PM", "-", "localized", "fraction", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "without", "(", "WT", ")", "and", "with", "co", "-", "expression", "of", "BFP", "-", "Rab11a", ".", "Bottom", "right", ":", "Fraction", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "localized", "to", "the", "PM", "in", "individual", "cells", "as", "a", "function", "of", "BFP", "-", "Rab11a", "expression", "level", ",", "measured", "by", "mean", "BFP", "-", "fluorescence", "intensity", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", ".", "N", "=", "2", "biological", "replicates", ",", "n", ">", "40", "per", "condition", ",", "mean", "±", "SD", ",", ";", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Left: Representative confocal micrographs of MCF7 cells depicting the steady state localization of expressed RPTPγ-mCitrine (cyan), without (top) or with co-expression of BFP-Rab11a (yellow, bottom). Top right: Quantification of PM-localized fraction of RPTPγ-mCitrine without (WT) and with co-expression of BFP-Rab11a. Bottom right: Fraction of RPTPγ-mCitrine localized to the PM in individual cells as a function of BFP-Rab11a expression level, measured by mean BFP-fluorescence intensity. Scale bar: 10 μm. N=2 biological replicates, n>40 per condition, mean±SD,; P: unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["E", ".", "Upper", "panel", ":", "Dual", "-", "color", "widefield", "images", "(", "1st", "column", ")", ",", "SRRF", "reconstructions", "(", "2nd", "column", ")", "with", "magnifications", "of", "boxed", "areas", "(", "3rd", "column", ")", "of", "Alexa647", "-", "SNAP", "-", "EGFR", "(", "green", ")", "and", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "magenta", ")", "of", "cryo", "-", "arrested", "MCF7", "cells", ",", "unstimulated", "(", "top", "row", ")", "or", "stimulated", "with", "100", "ng", "/", "ml", "EGF", "(", "bottom", "row", ")", "for", "15", "'", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "μm", ".", "Lower", "panel", ":", "corresponding", "Manders", "colocalization", "coefficients", "for", "Alexa647", "-", "Snap", "-", "EGFR", "/", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "from", "SRRF", "reconstructions", "on", "intracellular", "compartments", "or", "PM", "area", "for", "unstimulated", "(", "n", "=", "12", "-", "18", ")", "and", "15", "'", "EGF", "-", "stimulated", "(", "n", "=", "13", "-", "14", ")", "cells", ".", "mean", "±", "SD", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Upper panel: Dual-color widefield images (1st column), SRRF reconstructions (2nd column) with magnifications of boxed areas (3rd column) of Alexa647-SNAP-EGFR (green) and RPTPγ-mCitrine (magenta) of cryo-arrested MCF7 cells, unstimulated (top row) or stimulated with 100 ng/ml EGF (bottom row) for 15'. Scale bar: 10 μm. Lower panel: corresponding Manders colocalization coefficients for Alexa647-Snap-EGFR/RPTPγ-mCitrine from SRRF reconstructions on intracellular compartments or PM area for unstimulated (n=12-18) and 15' EGF-stimulated (n=13-14) cells. mean±SD, P: unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["F", ".", "Left", ":", "Representative", "IP", "-", "western", "blot", "showing", "co", "-", "IP", "of", "EGFR", "(", "2nd", "row", ")", "upon", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "(", "1st", "row", ":", "lanes", "1", "-", "6", ")", "or", "RPTPγC1060S", "-", "mCitrine", "(", "lane", "7", ")", "pull", "-", "down", "by", "anti", "-", "GFP", "antibody", "from", "lysates", "of", "MCF7", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "EGFR", "and", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "or", "RPTPγC1060S", "-", "mCitrine", ":", "without", "stimulus", "(", "0", "ng", "/", "ml", ")", ",", "upon", "10", "'", "stimulus", "with", "EGF", "-", "Alexa647", "(", "5", "-", "320", "ng", "/", "ml", ",", "also", "displayed", "as", "corresponding", "receptor", "-", "occupancy", "αL", ",", "Fig", "2D", ")", "or", "8", "mM", "of", "H2O2", ".", "3rd", "and", "4th", "row", ":", "total", "protein", "concentrations", "of", "RPTPγ", "-", "mCitrine", "and", "EGFR", "in", "the", "lysate", "measured", "by", "western", "blot", "as", "input", "control", "for", "the", "Co", "-", "IP", ".", "Right", ":", "corresponding", "ratiometric", "quantification", "of", "co", "-", "immunoprecipitated", "EGFR", "over", "pulled", "down", "RPTPg", "-", "mCitrine", "or", "RPTPγC1060S", "-", "mCitrine", "protein", "bands", "(", "mean", "±", "SD", ",", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Left: Representative IP-western blot showing co-IP of EGFR (2nd row) upon RPTPγ-mCitrine (1st row: lanes 1-6) or RPTPγC1060S-mCitrine (lane 7) pull-down by anti-GFP antibody from lysates of MCF7 cells co-transfected with EGFR and RPTPγ-mCitrine or RPTPγC1060S-mCitrine: without stimulus (0 ng/ml), upon 10' stimulus with EGF-Alexa647 (5-320 ng/ml, also displayed as corresponding receptor-occupancy αL, Fig 2D) or 8 mM of H2O2. 3rd and 4th row: total protein concentrations of RPTPγ-mCitrine and EGFR in the lysate measured by western blot as input control for the Co-IP. Right: corresponding ratiometric quantification of co-immunoprecipitated EGFR over pulled down RPTPg-mCitrine or RPTPγC1060S-mCitrine protein bands (mean±SD, N=4 biological replicates, P: unpaired two-tailed t-test)"}
{"words": [".", "C", ".", "Catalytic", "(", "ε1", " ", "−", " ", "ε4", ")", "and", "autocatalytic", "(", "α1", " ", "−", " ", "α4", ")", "rate", "constants", "obtained", "from", "iterative", "global", "fitting", "the", "ODEs", "in", "(", "B", ")", "solved", "for", "steady", "state", "(", "dEGFR", "p", "/", "T", "/", "dt", "=", "dEGF", "-", "EGFRp", "/", "T", "/", "dt", "=", "dRPTPγA", "/", "T", "/", "dt", "=", "0", ")", "to", "EGF", "-", "dose", "response", "(", "aL", " ", "−", " ", "aP", ")", "data", "from", "all", "EGFR", "and", "PTP", "expression", "conditions", "(", "Fig", "2E", ",", "F", ",", "I", ")", ".", "EGFRp", ",", "EGF", "-", "EGFRp", ":", "product", "of", "the", "corresponding"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". C. Catalytic (ε1 − ε4) and autocatalytic (α1 − α4) rate constants obtained from iterative global fitting the ODEs in (B) solved for steady state (dEGFR p/T/dt = dEGF-EGFRp/T/dt = dRPTPγA/T/dt = 0) to EGF-dose response (aL − aP) data from all EGFR and PTP expression conditions (Fig 2E, F, I). EGFRp, EGF-EGFRp: product of the corresponding reaction"}
{"words": [".", "F", ".", "Change", "of", "the", "free", "parameter", "groups", "Γ1", " ", "=", " ", "γ1RPTPγ", "/", "EGFRT", "and", "Β", " ", "=", " ", "β", "EGFRT", "/", "k1", "in", "EmCit", "_", "MCF7", "RPTPγ", "-", "KO", "(", "blue", ")", ",", "EmCit", "_", "MCF7", "(", "red", ")", ",", "EmCit", "_", "MCF7", "RPTPγ", "-", "KO", "expressing", "RPTPγ", "-", "mTFP", "splitted", "in", "3", "clusters", "with", "increasing", "RPTPγ", "−", "mTFP", "/", "EGFR", "-", "mCitrine", "ratio", "(", "yellow", ",", "green", ",", "purple", ";", "Fig", "2H", ",", "EV2G", ")", "and", "WT", "MCF7", "cells", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". F. Change of the free parameter groups Γ1 = γ1RPTPγ/EGFRT and Β = β EGFRT/k1 in EmCit_MCF7 RPTPγ-KO (blue), EmCit_MCF7 (red), EmCit_MCF7 RPTPγ-KO expressing RPTPγ-mTFP splitted in 3 clusters with increasing RPTPγ−mTFP/EGFR-mCitrine ratio (yellow, green, purple; Fig 2H, EV2G) and WT MCF7 cells (black"}
{"words": ["C", ".", "Top", ":", "Representative", "Western", "blot", "against", "Erk", "and", "phosphorylated", "Erk", "(", "pT202", "and", "pY204", ")", "in", "WT", "(", "red", ")", "compared", "to", "p22phox", "-", "KO", "(", "green", ")", "MCF7", "cells", "after", "the", "indicated", "times", "of", "sustained", "stimulation", "with", "20", "ng", "/", "ml", "EGF", "-", "Alexa647", ".", "Bottom", ":", "Corresponding", "quantification", "of", "the", "fraction", "of", "phosphorylated", "ERK", "as", "a", "function", "of", "stimulation", "time", ".", "Mean", "±", "SD", ",", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Top: Representative Western blot against Erk and phosphorylated Erk (pT202 and pY204) in WT (red) compared to p22phox-KO (green) MCF7 cells after the indicated times of sustained stimulation with 20 ng/ml EGF-Alexa647. Bottom: Corresponding quantification of the fraction of phosphorylated ERK as a function of stimulation time. Mean±SD, N=4 biological replicates, P: unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "cell", "proliferation", "using", "retinoblastoma", "(", "Rb", ")", "protein", "phosphorylation", "detected", "by", "immunofluorescence", ",", "for", "WT", "(", "red", ")", ",", "RPTPγ", "-", "KO", "(", "blue", ")", "and", "p22phox", "-", "KO", "(", "green", ")", "MCF7", "cells", "without", "or", "post", "24", "h", "of", "EGF", "-", "Alexa647", "treatment", "(", "1", ",", "20", ",", "160", "ng", "/", "ml", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "N", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "n", ">", "2000", "cells", "per", "EGF", "stimulus", "per", "cell", "line", ",", "P", ":", "two", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "multiple", "comparisons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of cell proliferation using retinoblastoma (Rb) protein phosphorylation detected by immunofluorescence, for WT (red), RPTPγ-KO (blue) and p22phox-KO (green) MCF7 cells without or post 24 h of EGF-Alexa647 treatment (1, 20, 160 ng/ml). Mean±SEM, N=3 biological replicates, n>2000 cells per EGF stimulus per cell line, P: two-way ANOVA with Tukey multiple comparisons."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "the", "culture", "-", "well", "area", "(", "%", ")", "occupied", "by", "proliferating", "cell", "-", "colonies", ",", "obtained", "from", "clonogenic", "assays", "of", "WT", ",", "RPTPγ", "-", "KO", "and", "p22phox", "-", "KO", "MCF7", "cells", ",", "plated", "either", "in", "medium", "containing", "20", "ng", "/", "ml", "EGF", "and", "0", ".", "5", "%", "FCS", "(", "left", ":", "orange", "bars", ",", "N", "=", "3", "-", "4", "biological", "replicates", ",", "11", "-", "12", "wells", "each", ")", "or", "complete", "serum", "growth", "medium", "containing", "10", "%", "FCS", "(", "right", ":", "pink", "bars", ",", "N", "=", "4", "biological", "replicates", ",", "12", "wells", "each", ")", ".", "Mean", "±", "SEM", ",", "P", ":", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "with", "Welch", "'", "s", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of the culture-well area (%) occupied by proliferating cell-colonies, obtained from clonogenic assays of WT, RPTPγ-KO and p22phox-KO MCF7 cells, plated either in medium containing 20 ng/ml EGF and 0.5% FCS (left: orange bars, N=3-4 biological replicates, 11-12 wells each) or complete serum growth medium containing 10% FCS (right: pink bars, N=4 biological replicates, 12 wells each). Mean±SEM, P: unpaired two-tailed t-test with Welch's correction."}
{"words": ["(", "a", ")", "Relative", "quantification", "(", "RQ", ")", "of", "CG7630", "transcript", "after", "RNAi", "with", "a", "120", "-", "bp", "inverted", "-", "repeat", "sequence", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "UAS", "-", "CG7630RNAi", ")", "compared", "to", "control", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "+", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Relative quantification (RQ) of CG7630 transcript after RNAi with a 120-bp inverted-repeat sequence (act5c-gal4>UAS-CG7630RNAi) compared to control (act5c-gal4>+)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Relative", "percentage", "of", "egg", "to", "adult", "viability", "of", "CG7630", "RNAi", "cross", "(", "act5c", "-", "gal4", "/", "CyO", ".", "GFP", "x", "UAS", "-", "CG7630RNAi", ")", "and", "control", "cross", "(", "act5c", "-", "gal4", "/", "CyO", ".", "GFP", "x", "w1118", ")", ",", "calculated", "at", "three", "developmental", "stages", "(", "eggs", ",", "pupae", "and", "adults", ")", ",", "(", "n", ">", "250", ",", "Chi", "-", "square", "test", "9", ".", "920", "df", "(", "2", ")", ",", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "007", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Relative percentage of egg to adult viability of CG7630 RNAi cross (act5c-gal4/CyO.GFP x UAS-CG7630RNAi) and control cross (act5c-gal4/CyO.GFP x w1118), calculated at three developmental stages (eggs, pupae and adults), (n > 250, Chi-square test 9.920 df(2), **p = 0.007)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Kinetic", "enzyme", "activity", "of", "individual", "MRC", "complexes", "in", "CG7630", "RNAi", "and", "control", "individuals", "normalized", "by", "citrate", "synthase", "(", "CS", ")", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(d) Kinetic enzyme activity of individual MRC complexes in CG7630 RNAi and control individuals normalized by citrate synthase (CS) activity."}
{"words": ["(", "e", ")", "In", "gel", "-", "activity", "assays", "for", "MRC", "complexes", "II", "and", "IV", "in", "DDM", "-", "solubilized", "mitochondria", "from", "RNAi", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "UAS", "-", "CG7630RNAi", ")", "and", "control", "larvae", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "+", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) In gel-activity assays for MRC complexes II and IV in DDM-solubilized mitochondria from RNAi (act5c-gal4>UAS-CG7630RNAi) and control larvae (act5c-gal4>+)."}
{"words": ["(", "f", ")", "BN", "-", "PAGE", ",", "Western", "blot", "immunodetection", "of", "MRC", "complexes", "from", "CG7630", "RNAi", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "UAS", "-", "CG7630RNAi", ")", "and", "control", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "+", ")", "larvae", "using", "antibodies", "against", "specific", "subunits", ":", "anti", "-", "UQCRC2", "(", "complex", "III", ")", ",", "anti", "-", "NDUFS3", "(", "complex", "I", ")", ",", "anti", "-", "COX4", "(", "complex", "IV", ")", "and", "anti", "-", "SDHA", "(", "complex", "II", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) BN-PAGE, Western blot immunodetection of MRC complexes from CG7630 RNAi (act5c-gal4>UAS-CG7630RNAi) and control (act5c-gal4>+) larvae using antibodies against specific subunits: anti-UQCRC2 (complex III), anti-NDUFS3 (complex I), anti-COX4 (complex IV) and anti-SDHA (complex II)."}
{"words": ["(", "g", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "steady", "state", "levels", "(", "SDS", "-", "PAGE", ")", "of", "MRC", "subunits", "COX4", "(", "complex", "IV", ")", ",", "SDHA", "(", "complex", "II", ")", "and", "UQCR", "-", "C2", "(", "complex", "III", ")", "in", "whole", "lysates", "from", "CG7630", "RNAi", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "UAS", "-", "CG7630RNAi", ")", "and", "control", "(", "act5c", "-", "gal4", ">", "+", ")", "larvae", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Western blot analysis of steady state levels (SDS-PAGE) of MRC subunits COX4 (complex IV), SDHA (complex II) and UQCR-C2 (complex III) in whole lysates from CG7630 RNAi (act5c-gal4>UAS-CG7630RNAi) and control (act5c-gal4>+) larvae."}
{"words": ["(", "h", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "anti", "-", "HA", "affinity", "purified", "samples", "from", "S2R", "+", "D", ".", "melanogaster", "cells", ".", "EV", "=", "samples", "from", "cells", "carrying", "the", "empty", "expression", "vector", ".", "CG7630", "-", "HA", "=", "samples", "from", "cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "CG7630", ".", "Tot", "=", "total", "mitochondrial", "-", "enriched", "fractions", ";", "unb", "=", "unbound", "material", ";", "IP", ":", "HA", "=", "immunoprecipitated", "material", ".", "Samples", "were", "probed", "with", "antibodies", "against", "MRC", "subunits", "of", "complexes", "I", "(", "NDUFS3", ")", ",", "II", "(", "SDHA", ")", ",", "III", "(", "UQCR", "-", "C2", ")", ",", "IV", "(", "COX4", ")", "and", "V", "(", "ATP5A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(h) Western blot analysis of anti-HA affinity purified samples from S2R+ D. melanogaster cells. EV = samples from cells carrying the empty expression vector. CG7630-HA = samples from cells expressing HA-tagged CG7630. Tot = total mitochondrial-enriched fractions; unb = unbound material; IP:HA = immunoprecipitated material. Samples were probed with antibodies against MRC subunits of complexes I (NDUFS3), II (SDHA), III (UQCR-C2), IV (COX4) and V (ATP5A)."}
{"words": ["(", "a", ")", "Relative", "quantification", "(", "RQ", ")", "of", "CG7630", "transcript", "in", "wild", "-", "type", "D", ".", "melanogaster", "S2R", "+", "cells", "treated", "with", "a", "dsRNA", "targeting", "CG7630", "(", "CG7630", "KD", ")", "and", "a", "mock", "control", "dsRNA", "(", "mock", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Relative quantification (RQ) of CG7630 transcript in wild-type D. melanogaster S2R+ cells treated with a dsRNA targeting CG7630 (CG7630 KD) and a mock control dsRNA (mock)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Relative", "quantification", "(", "RQ", ")", "of", "CG7630", "and", "COX7B", "transcripts", "in", "stable", "S2R", "+", "cell", "lines", "carrying", "the", "empty", "expression", "vector", "(", "EV", ":", "GFP", ";", "neo", ")", ",", "and", "expression", "vectors", "carrying", "HA", "-", "tagged", "forms", "of", "human", "COX7B", "(", "hCOX7B", "-", "HA", ";", "neo", ")", "and", "CG7630", "(", "CG7630", "-", "HA", ";", "neo", ")", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "a", "dsRNA", "targeting", "CG7630", "(", "striped", "bars", ",", "CG7630", "KD", ")", "and", "a", "mock", "control", "dsRNA", "(", "solid", "bars", ",", "mock", ")", ".", "N", "/", "D", "=", "not", "detected", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Relative quantification (RQ) of CG7630 and COX7B transcripts in stable S2R+ cell lines carrying the empty expression vector (EV:GFP;neo), and expression vectors carrying HA-tagged forms of human COX7B (hCOX7B-HA;neo) and CG7630 (CG7630-HA;neo). Cells were treated with a dsRNA targeting CG7630 (striped bars, CG7630 KD) and a mock control dsRNA (solid bars, mock). N/D = not detected."}
{"words": ["(", "c", ")", "Immunoblot", "analysis", "of", "stable", "S2R", "+", "cell", "lines", "carrying", "the", "empty", "expression", "vector", "(", "EV", ":", "GFP", ";", "neo", ")", ",", "and", "expression", "vectors", "carrying", "HA", "-", "tagged", "forms", "of", "human", "COX7B", "(", "hCOX7B", "-", "HA", ";", "neo", ")", "and", "CG7630", "(", "CG7630", "-", "HA", ";", "neo", ")", ".", "The", "CG7630", "transcript", "was", "knocked", "-", "down", "(", "KD", ")", "in", "cells", "by", "a", "dsRNA", "targeting", "CG7630", "and", "compared", "with", "cells", "treated", "with", "a", "mock", "control", "dsRNA", "(", "mock", ")", ".", "Samples", "were", "probed", "with", "an", "antibody", "anti", "HA", "tag", "and", "with", "an", "antibody", "against", "Hsp70", "as", "an", "endogenous", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Immunoblot analysis of stable S2R+ cell lines carrying the empty expression vector (EV:GFP;neo), and expression vectors carrying HA-tagged forms of human COX7B (hCOX7B-HA;neo) and CG7630 (CG7630-HA;neo). The CG7630 transcript was knocked-down (KD) in cells by a dsRNA targeting CG7630 and compared with cells treated with a mock control dsRNA (mock). Samples were probed with an antibody anti HA tag and with an antibody against Hsp70 as an endogenous control."}
{"words": ["(", "d", ")", "Kinetic", "enzyme", "activity", "of", "COX", "normalized", "by", "citrate", "synthase", "activity", "(", "CS", ")", "in", "stable", "S2R", "+", "cell", "lines", "carrying", "the", "empty", "expression", "vector", "(", "EV", ":", "GFP", ";", "neo", ")", ",", "and", "expression", "vectors", "carrying", "HA", "-", "tagged", "forms", "of", "human", "COX7B", "(", "hCOX7B", "-", "HA", ";", "neo", ")", "and", "CG7630", "(", "CG7630", "-", "HA", ";", "neo", ")", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "a", "dsRNA", "targeting", "CG7630", "(", "striped", "bars", ",", "CG7630", "KD", ")", "and", "a", "mock", "control", "dsRNA", "(", "solid", "bars", ",", "mock", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Kinetic enzyme activity of COX normalized by citrate synthase activity (CS) in stable S2R+ cell lines carrying the empty expression vector (EV:GFP;neo), and expression vectors carrying HA-tagged forms of human COX7B (hCOX7B-HA;neo) and CG7630 (CG7630-HA;neo). Cells were treated with a dsRNA targeting CG7630 (striped bars, CG7630 KD) and a mock control dsRNA (solid bars, mock)."}
{"words": ["(", "e", ")", "Steady", "-", "state", "levels", "of", "MRC", "subunits", "in", "samples", "from", "rescue", "experiment", "performed", "as", "in", "(", "d", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) Steady-state levels of MRC subunits in samples from rescue experiment performed as in (d)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "immunoblot", "analysis", "of", "CALHM6", "expression", "in", "BMDM", "and", "BMDC", "stimulated", "for", "6", "or", "24", "h", "with", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "50", "μg", "/", "ml", ")", "or", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "(", "one", "representative", "experiment", "of", "two", "is", "shown", ",", "n", "=", "2", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative immunoblot analysis of CALHM6 expression in BMDM and BMDC stimulated for 6 or 24 h with Poly(I:C) (50 μg/ml) or LPS (100 ng/ml) (one representative experiment of two is shown, n = 2 mice)."}
{"words": ["(", "G", "and", "H", ")", "Calhm6", "mRNA", "expression", "measured", "by", "qPCR", "in", "naïve", "or", "IFN", "-", "γ", "(", "10", "ng", "/", "ml", ")", "primed", "(", "6", "h", ")", "BMDM", "stimulated", "with", "(", "G", ")", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "50", "μg", "/", "ml", ")", "(", "one", "representative", "experiment", "of", "two", "is", "shown", ",", "n", "=", "2", "mice", ",", "biological", "replicates", ")", ",", "or", "(", "H", ")", "Zymosan", "(", "100", "μg", "/", "ml", ")", "for", "2", "to", "24h", "(", "one", "representative", "experiment", "is", "shown", ",", "n", "=", "3", "mice", ",", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G and H) Calhm6 mRNA expression measured by qPCR in naïve or IFN-γ (10 ng/ml) primed (6 h) BMDM stimulated with (G) Poly(I:C) (50 μg/ml) (one representative experiment of two is shown, n = 2 mice, biological replicates), or (H) Zymosan (100 μg/ml) for 2 to 24h (one representative experiment is shown, n = 3 mice, biological replicates)."}
{"words": ["CFU", "/", "g", "of", "spleen", "are", "shown", "(", "B", ")", "after", "24", "h", "(", "pooled", "results", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "WT", "mice", "=", "9", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "12", ",", "Man", "Whitney", "test", ")", ",", "(", "C", ")", "72", "h", "(", "pooled", "results", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "WT", "mice", "=", "16", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "17", ",", "Man", "Whitney", "test", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CFU/g of spleen are shown (B) after 24 h (pooled results from two independent experiments, WT mice = 9, Calhm6-/- mice = 12, Man Whitney test), (C) 72 h (pooled results from two independent experiments, WT mice = 16, Calhm6-/- mice = 17, Man Whitney test)"}
{"words": ["Serum", "collected", "from", "infected", "mice", "at", "peak", "infection", "(", "day", "3", ")", "and", "serum", "cytokines", "quantified", "using", "LEGENDplex", "Mouse", "Inflammation", "Panel", "assay", "to", "determine", "IFN", "-", "γ", "(", "F", ")", ",", "IL", "-", "6", "(", "G", ")", "and", "IL", "-", "10", "(", "H", ")", "concentration", "(", "pooled", "results", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "WT", "mice", "=", "16", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "17", ",", "Mann", "Whitney", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Serum collected from infected mice at peak infection (day 3) and serum cytokines quantified using LEGENDplex Mouse Inflammation Panel assay to determine IFN-γ (F), IL-6 (G) and IL-10 (H) concentration (pooled results from two independent experiments, WT mice = 16, Calhm6-/- mice = 17, Mann Whitney test)."}
{"words": ["(", "F", "-", "J", ")", "WT", "and", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "200", "μg", "/", "mouse", ")", "or", "PBS", "for", "3", "h", "(", "F", "-", "H", ")", "or", "12", "h", "(", "I", "-", "J", ")", ",", "spleens", "were", "collected", "and", "processed", "as", "in", "(", "A", "-", "E", ")", ".", "Representative", "contour", "plots", "(", "F", ",", "I", ")", ",", "pooled", "frequency", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "in", "CD3", "-", "NK1", ".", "1", "+", "cells", "of", "WT", "vs", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "(", "G", ",", "J", ")", "and", "ratio", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "cells", "that", "are", "NK1", ".", "1", "+", "or", "CD3", "+", "normalised", "as", "in", "C", "(", "H", ")", "(", "For", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "3", "h", ":", "pooled", "results", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "WT", "mice", "=", "10", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "10", ",", "control", "WT", "mice", "=", "2", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "2", ",", "One", "way", "ANOVA", "with", "multiple", "comparisons", ".", "For", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "12", "h", ":", "results", "from", "one", "experiment", ",", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "WT", "mice", "=", "6", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "5", ",", "control", "WT", "mice", "=", "1", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "1", "mice", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "multiple", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-J) WT and Calhm6-/- mice were injected i.p. with Poly(I:C) (200 μg/mouse) or PBS for 3 h (F-H) or 12 h (I-J), spleens were collected and processed as in (A-E). Representative contour plots (F, I), pooled frequency of IFN-γ+ in CD3-NK1.1+ cells of WT vs Calhm6-/- mice (G,J) and ratio of IFN-γ+ cells that are NK1.1+ or CD3+ normalised as in C (H) (For Poly(I:C) 3 h: pooled results from two independent experiments, Poly(I:C) WT mice = 10, Calhm6-/- mice = 10, control WT mice = 2, Calhm6-/- mice = 2, One way ANOVA with multiple comparisons. For Poly(I:C) 12 h: results from one experiment, Poly(I:C) WT mice = 6, Calhm6-/- mice = 5, control WT mice = 1, Calhm6-/- mice = 1 mice, One-way ANOVA with multiple comparisons)."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "WT", "and", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "were", "injected", "i", ".", "p", ".", "with", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "200", "μg", "/", "mouse", ")", "or", "PBS", ".", "On", "day", "3", "spleens", "were", "collected", ",", "stained", "with", "antibodies", "against", "NK", "cell", "-", "maturation", "markers", "and", "analysed", "by", "flow", "cytometry", ".", "Representative", "contour", "plots", "(", "A", ")", "and", "pooled", "flow", "cytometry", "results", "(", "B", ")", "are", "shown", "(", "results", "from", "one", "experiment", ",", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "WT", "mice", "=", "5", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "5", ",", "control", "WT", "mice", "=", "2", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "2", "mice", ",", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "multiple", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) WT and Calhm6-/- mice were injected i.p. with Poly(I:C) (200 μg/mouse) or PBS. On day 3 spleens were collected, stained with antibodies against NK cell-maturation markers and analysed by flow cytometry. Representative contour plots (A) and pooled flow cytometry results (B) are shown (results from one experiment, Poly(I:C) WT mice = 5, Calhm6-/- mice = 5, control WT mice = 2, Calhm6-/- mice = 2 mice, One-way ANOVA with multiple comparisons)."}
{"words": ["(", "F", ")", "NO", "production", "in", "WT", "and", "Calhm6", "-", "/", "-", "BMDM", "treated", "overnight", "with", "LPS", "or", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "quantified", "with", "a", "Griess", "test", "on", "cell", "supernatant", "(", "results", "from", "one", "experiment", ",", "WT", "mice", "=", "3", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "3", ",", "Kruskal", "Wallis", "test", "with", "multiple", "comparisons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) NO production in WT and Calhm6-/- BMDM treated overnight with LPS or Poly(I:C) quantified with a Griess test on cell supernatant (results from one experiment, WT mice = 3, Calhm6-/- mice = 3, Kruskal Wallis test with multiple comparisons)."}
{"words": ["(", "G", ")", "BMDM", "with", "or", "without", "IFN", "−", "γ", "priming", "were", "grown", "overnight", "in", "antibiotic", "free", "medium", ".", "Cells", "were", "infected", "with", "L", ".", "monocytogenes", "(", "MOI", "1", ")", "for", "30", "min", ".", "Gentamicin", "(", "5", "ng", "/", "ml", ")", "was", "then", "added", "to", "the", "medium", "to", "kill", "extracellular", "bacteria", ".", "At", "0", ",", "4", "and", "8", "h", "cells", "were", "harvested", ",", "lysed", "with", "0", ".", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "and", "the", "lysate", "was", "plated", "on", "antibiotic", "free", "BHI", "plates", "for", "24", "h", ",", "and", "CFU", "were", "quantified", "(", "pooled", "results", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "WT", "mice", "=", "3", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "3", ",", "Two", "-", "way", "ANOVA", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) BMDM with or without IFN−γ priming were grown overnight in antibiotic free medium. Cells were infected with L. monocytogenes (MOI 1) for 30 min. Gentamicin (5 ng/ml) was then added to the medium to kill extracellular bacteria. At 0, 4 and 8 h cells were harvested, lysed with 0.1% Triton X-100 and the lysate was plated on antibiotic free BHI plates for 24 h, and CFU were quantified (pooled results from three independent experiments, WT mice = 3, Calhm6-/- mice = 3, Two-way ANOVA test)."}
{"words": ["(", "D", "-", "G", ")", "BMDM", "were", "transduced", "with", "a", "retroviral", "vector", "expressing", "CALHM6", "-", "eGFP", ".", "BMDM", "(", "3x105", ")", "were", "plated", "on", "coverslips", "and", "pre", "-", "treated", "with", "IFN", "-", "γ", "and", "LPS", "for", "6", "h", ".", "(", "D", ")", "Freshly", "isolated", "primary", "CD3", "-", "NK1", ".", "1", "+", "cells", "isolated", "from", "mouse", "spleens", "were", "added", "for", "0", ",", "10", ",", "20", ",", "or", "40", "min", "on", "top", "of", "plated", "BMDMs", "that", "were", "generated", "from", "bone", "marrow", "cells", "transduced", "with", "a", "retroviral", "vector", "expressing", "CALHM6", "-", "eGFP", ".", "The", "interacting", "cells", "were", "then", "fixed", "and", "stained", "with", "phalloidin", "to", "identify", "actin", "and", "DAPI", "to", "identify", "nucleus", ".", "Synaptic", "interaction", "between", "BMDM", "and", "NK", "cell", "is", "indicated", "by", "white", "arrowheads", ";", "entire", "collapsed", "imaging", "Z", "-", "stack", "is", "shown", ".", "(", "E", ")", "Images", "were", "blinded", "and", "CALHM6", "-", "eGFP", "polarisation", "towards", "CD3", "-", "NK1", ".", "1", "+", "cells", "manually", "scored", "only", "in", "Z", "-", "slices", "where", "BMDM", "-", "NK", "interaction", "was", "identified", "(", "p", "-", "value", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "of", "polarisation", "and", "time", "points", ")", ".", "Numbers", "on", "top", "of", "each", "bar", "indicate", "number", "of", "synapses", "scored", "for", "that", "time", "point", ".", "(", "F", ")", "IgG2a", "-", "opsonised", "sRBC", "labelled", "with", "PHK26", "were", "added", "on", "top", "of", "plated", "CALHM", "-", "eGFP", "-", "expressing", "BMDM", ".", "One", "single", "Z", "-", "slice", "containing", "BMDM", "-", "sRBC", "interaction", "plane", "is", "shown", ".", "Synaptic", "interaction", "between", "BMDM", "and", "sRBC", "cell", "is", "indicated", "by", "white", "arrowheads", "(", "G", ")", "Quantified", "results", "of", "experiment", "in", "F", ".", "Numbers", "on", "top", "of", "each", "bar", "indicate", "number", "of", "synapses", "scored", "for", "that", "time", "point", ".", "Longer", "time", "points", "were", "not", "possible", "to", "score", "for", "opsonised", "sRBC", "because", "of", "the", "speed", "of", "the", "phagocytosis", "as", "sRBC", "were", "quickly", "internalised", ".", "Images", "taken", "with", "60x", "objective", "(", "p", "-", "value", "calculated", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", "of", "polarisation", "and", "time", "points", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-G) BMDM were transduced with a retroviral vector expressing CALHM6-eGFP. BMDM (3x105) were plated on coverslips and pre-treated with IFN-γ and LPS for 6 h. (D) Freshly isolated primary CD3-NK1.1+ cells isolated from mouse spleens were added for 0, 10, 20, or 40 min on top of plated BMDMs that were generated from bone marrow cells transduced with a retroviral vector expressing CALHM6-eGFP. The interacting cells were then fixed and stained with phalloidin to identify actin and DAPI to identify nucleus. Synaptic interaction between BMDM and NK cell is indicated by white arrowheads; entire collapsed imaging Z-stack is shown. (E) Images were blinded and CALHM6-eGFP polarisation towards CD3-NK1.1+ cells manually scored only in Z-slices where BMDM-NK interaction was identified (p-value calculated by two-way ANOVA of polarisation and time points). Numbers on top of each bar indicate number of synapses scored for that time point. (F) IgG2a-opsonised sRBC labelled with PHK26 were added on top of plated CALHM-eGFP-expressing BMDM. One single Z-slice containing BMDM-sRBC interaction plane is shown. Synaptic interaction between BMDM and sRBC cell is indicated by white arrowheads (G) Quantified results of experiment in F. Numbers on top of each bar indicate number of synapses scored for that time point. Longer time points were not possible to score for opsonised sRBC because of the speed of the phagocytosis as sRBC were quickly internalised. Images taken with 60x objective (p-value calculated by two-way ANOVA of polarisation and time points)."}
{"words": ["(", "B", ")", "WT", "or", "Calhm6", "-", "/", "-", "BMDM", "stimulated", "with", "IFN", "-", "γ", "(", "10", "ng", "/", "ml", ")", "for", "24", "h", "were", "lysed", "with", "1", "%", "Triton", "X100", "-", "containing", "buffer", "with", "cOmplete", "protease", "inhibitor", "cocktail", "and", "treated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "DTT", ".", "The", "samples", ",", "without", "boiling", ",", "were", "resolved", "by", "SDS", "-", "PAGE", "gel", "(", "one", "representative", "experiment", "of", "two", "is", "shown", ",", "n", "=", "4", "mice", ")", ".", "Lack", "of", "DTT", "influences", "solubilisation", "of", "GADPH", "monomer", ",", "and", "its", "detection", "for", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) WT or Calhm6-/- BMDM stimulated with IFN-γ (10 ng/ml) for 24 h were lysed with 1% Triton X100-containing buffer with cOmplete protease inhibitor cocktail and treated with increasing concentrations of DTT. The samples, without boiling, were resolved by SDS-PAGE gel (one representative experiment of two is shown, n = 4 mice). Lack of DTT influences solubilisation of GADPH monomer, and its detection for immunoblotting."}
{"words": ["(", "G", ")", "Current", "-", "voltage", "(", "I", "-", "V", ")", "relations", "for", "WT", "-", "mCALHM6", ",", "E119R", "-", "mCALHM6", "and", "control", "(", "ASO", ")", "in", "2", "-", "mM", "Ba2", "+", "bath", "solution", "(", "pooled", "individual", "whole", "-", "cell", "patches", ",", "WT", "-", "mCALHM6", "n", "=", "13", ",", "E119R", "-", "mCALHM6", "n", "=", "4", ",", "control", "=", "4", ",", "SEM", "error", "bars", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Current-voltage (I-V) relations for WT-mCALHM6, E119R-mCALHM6 and control (ASO) in 2-mM Ba2+ bath solution (pooled individual whole-cell patches, WT-mCALHM6 n = 13, E119R-mCALHM6 n = 4, control = 4, SEM error bars)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Fura", "-", "2", "fluorescence", "ratio", "(", "F340", "/", "380", ")", "recorded", "in", "N2a", "cells", "expressing", "human", "CALHM1", "(", "hCALHM1", ")", ",", "mouse", "CALHM6", "(", "mCALHM6", ")", "or", "control", "(", "vector", ")", "in", "response", "to", "removal", "and", "subsequent", "add", "-", "back", "of", "extracellular", "Ca2", "+", ".", "Traces", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", "for", "each", ",", "normalized", "to", "baseline", "ratio", ".", "Right", ":", "Resting", "F340", "/", "380", "ratio", "in", "N2a", "cells", "expressing", "hCALHM1", ",", "mCALHM6", "or", "vector", "in", "2", "mM", "Ca2", "+", "(", "the", "error", "bars", "represent", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Fura-2 fluorescence ratio (F340/380) recorded in N2a cells expressing human CALHM1 (hCALHM1), mouse CALHM6 (mCALHM6) or control (vector) in response to removal and subsequent add-back of extracellular Ca2+. Traces representative of four independent experiments for each, normalized to baseline ratio. Right: Resting F340/380 ratio in N2a cells expressing hCALHM1, mCALHM6 or vector in 2 mM Ca2+ (the error bars represent SEM)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Steady", "-", "state", "ATP", "release", "from", "activated", "macrophages", ":", "BMDMs", "were", "plated", "at", "150", ",", "000", "cells", "/", "well", "in", "a", "48", "-", "well", "plate", ",", "and", "incubated", "for", "3", "h", "with", "Poly", "(", "I", ":", "C", ")", "(", "50", "μg", "/", "ml", ")", ",", "LPS", "(", "100", "ng", "/", "ml", ")", "and", "ATPase", "inhibitor", "ARL67156", "(", "1", "mM", ")", "in", "culture", "medium", ".", "Control", "cells", "were", "incubated", "with", "1", "mM", "ARL67156", "only", ".", "ATP", "release", "(", "nM", ")", "measured", "using", "Sigma", "ATP", "Bioluminescent", "Assay", ":", "WT", "without", "stimulation", ":", "9", ".", "12", "±", "0", ".", "76", ";", "WT", "with", "stimulation", ":", "22", ".", "16", "±", "1", ".", "83", ";", "Calhm6", "-", "/", "-", "cells", "without", "stimulation", ":", "8", ".", "76", "±", "0", ".", "55", ";", "KO", "cells", "with", "stimulation", ":", "12", ".", "19", "±", ".", "75", ".", "(", "pooled", "results", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "WT", "mice", "=", "3", ",", "Calhm6", "-", "/", "-", "mice", "=", "3", ",", "Two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "T", "test", ",", "error", "bars", "represent", "SEM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Steady-state ATP release from activated macrophages: BMDMs were plated at 150,000 cells/well in a 48-well plate, and incubated for 3 h with Poly(I:C) (50 μg/ml), LPS (100 ng/ml) and ATPase inhibitor ARL67156 (1 mM) in culture medium. Control cells were incubated with 1 mM ARL67156 only. ATP release (nM) measured using Sigma ATP Bioluminescent Assay: WT without stimulation: 9.12 ± 0.76; WT with stimulation: 22.16 ± 1.83; Calhm6-/- cells without stimulation: 8.76 ± 0.55; KO cells with stimulation: 12.19 ± .75. (pooled results from three independent experiments, WT mice = 3, Calhm6-/- mice = 3, Two-tailed unpaired Student's T test, error bars represent SEM)."}
{"words": ["(", "left", ")", "Luciferase", "expression", "in", "HEK293", "cells", "driven", "by", "deletion", "constructs", "of", "POLG", "proximal", "promoter", ".", "(", "right", ")", "Luciferase", "expression", "with", "mutated", "CAAT", "-", "boxes", "in", "POLG", "promoter", ".", "The", "error", "bars", "indicate", "standard", "deviation", "in", "3", "biological", "replicates", ".", "AU", ";", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(left) Luciferase expression in HEK293 cells driven by deletion constructs of POLG proximal promoter. (right) Luciferase expression with mutated CAAT-boxes in POLG promoter. The error bars indicate standard deviation in 3 biological replicates. AU; arbitrary units."}
{"words": ["Expression", "pattern", "driven", "by", "500", "bp", "Polg", "proximal", "promoter", "in", "E12", ".", "5", "mouse", "embryo", ".", "LacZ", "-", "positive", "cell", "populations", "in", "the", "developing", "midbrain", "(", "black", "arrows", ")", ",", "dorsal", "root", "ganglia", "(", "grey", "arrows", ")", "and", "motoneuron", "progenitors", "(", "arrowhead", ")", "of", "the", "neural", "tube", ".", "Somites", "show", "some", "expression", "(", "white", "arrow", ")", ".", "Sectioning", "planes", "indicated", "by", "red", "lines", ".", "Scale", "bars", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression pattern driven by 500 bp Polg proximal promoter in E12.5 mouse embryo. LacZ-positive cell populations in the developing midbrain (black arrows), dorsal root ganglia (grey arrows) and motoneuron progenitors (arrowhead) of the neural tube. Somites show some expression (white arrow). Sectioning planes indicated by red lines. Scale bars 100 µm."}
{"words": ["-", "(", "G", ")", "POLG", "enhancer", "elements", "are", "functional", "in", "vivo", "and", "drive", "expression", "in", "E12", ".", "5", "transgenic", "mice", ".", "Sectioning", "planes", "indicated", "by", "red", "lines", ".", "Black", "line", "in", "(", "E", ")", "marks", "the", "expression", "in", "the", "dorsal", "neural", "tube", ",", "whereas", "rostral", "and", "caudal", "regions", "lack", "dorsal", "expression", "(", "black", "arrows", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "- (G) POLG enhancer elements are functional in vivo and drive expression in E12.5 transgenic mice. Sectioning planes indicated by red lines. Black line in (E) marks the expression in the dorsal neural tube, whereas rostral and caudal regions lack dorsal expression (black arrows)."}
{"words": ["(", "H", ")", "-", "(", "J", ")", "Neural", "tube", "lacZ", "expression", "driven", "by", "(", "H", ")", "EE1", ":", "immature", "neuronal", "precursors", "(", "grey", "arrow", ")", ",", "(", "I", ")", "EE2", ":", "dorsal", "neural", "tube", "(", "grey", "arrow", ")", "and", "dorsal", "root", "ganglia", "(", "black", "arrow", ")", ",", "and", "(", "J", ")", "EE3", ":", "dorsal", "neural", "tube", "(", "grey", "arrow", ")", ".", "Scale", "bars", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H)- (J) Neural tube lacZ expression driven by (H) EE1: immature neuronal precursors (grey arrow), (I) EE2: dorsal neural tube (grey arrow) and dorsal root ganglia (black arrow), and (J) EE3: dorsal neural tube (grey arrow). Scale bars 100 µm."}
{"words": ["K", ")", "-", "(", "M", ")", "Midbrain", "lacZ", "expression", ",", "driven", "by", "(", "K", ")", "EE1", ",", "(", "L", ")", "EE2", "and", "(", "M", ")", "EE3", ".", "Black", "arrow", "indicates", "neuronal", "population", "from", "EE1", "embryo", "stained", "in", "(", "N", ")", ".", "Scale", "bars", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " K)- (M) Midbrain lacZ expression, driven by (K) EE1, (L) EE2 and (M) EE3. Black arrow indicates neuronal population from EE1 embryo stained in (N). Scale bars 100 µm. "}
{"words": ["(", "N", ")", "EE1", "drives", "expression", "in", "oculomotor", "complex", ";", "immunofluorescent", "co", "-", "staining", "with", "antibodies", "against", "ISL1", "/", "2", "(", "motoneurons", "of", "oculomotor", "complex", ";", "red", ")", "and", "β", "-", "Gal", "(", "green", ")", ".", "LacZ", "-", "staining", "of", "the", "region", "in", "(", "k", ")", ";", "black", "arrow", ".", "Scale", "bars", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) EE1 drives expression in oculomotor complex; immunofluorescent co-staining with antibodies against ISL1/2 (motoneurons of oculomotor complex; red) and β-Gal (green). LacZ-staining of the region in (k); black arrow. Scale bars 50 µm."}
{"words": ["Sagittal", "section", "of", "adult", "mouse", "brain", "showing", "lacZ", "expression", "driven", "by", "EE2", ".", "HC", ",", "hippocampus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Sagittal section of adult mouse brain showing lacZ expression driven by EE2. HC, hippocampus."}
{"words": ["EE2", "-", "driven", "expression", "in", "rostral", "migratory", "stream", "(", "black", "arrow", ")", "and", "in", "subventricular", "zone", "(", "white", "arrow", ")", ".", "Scale", "bar", "760", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EE2-driven expression in rostral migratory stream (black arrow) and in subventricular zone (white arrow). Scale bar 760 µm."}
{"words": ["Adult", "mouse", "spinal", "cord", ",", "EE2", "and", "(", "D", ")", "EE3", "expression", "pattern", ".", "Dorsal", "horns", ",", "laminae", "I", "-", "III", "(", "black", "arrows", ")", "and", "central", "canal", "(", "arrowheads", ")", ".", "LacZ", "staining", ".", "Dashed", "lines", "in", "(", "C", ")", "indicates", "the", "region", "of", "dorsal", "horn", "shown", "in", "(", "D", ")", ",", "(", "F", ")", "and", "(", "G", ")", ".", "Inlets", "in", "(", "C", ")", "and", "(", "E", ")", "show", "POLG", "immunohistochemistry", "of", "dorsal", "horn", "and", "central", "canal", "(", "grey", "arrow", ")", ",", "respectively", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "µm", "if", "not", "indicated", "otherwise", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Adult mouse spinal cord, EE2 and (D) EE3 expression pattern. Dorsal horns, laminae I-III (black arrows) and central canal (arrowheads). LacZ staining. Dashed lines in (C) indicates the region of dorsal horn shown in (D), (F) and (G). Inlets in (C) and (E) show POLG immunohistochemistry of dorsal horn and central canal (grey arrow), respectively. Scale bars: 100 µm if not indicated otherwise."}
{"words": ["(", "F", ")", "-", "(", "G", ")", "Calbindin", "(", "red", ")", "and", "β", "-", "Gal", "(", "green", ")", "expression", "in", "interneurons", "of", "the", "dorsal", "horn", "laminae", "I", "-", "III", "of", "(", "F", ")", "EE2", "and", "(", "G", ")", "EE3", "transgenic", "adult", "mice", ".", "Immunofluorescence", ".", "Scale", "bars", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F)-(G) Calbindin (red) and β-Gal (green) expression in interneurons of the dorsal horn laminae I-III of (F) EE2 and (G) EE3 transgenic adult mice. Immunofluorescence. Scale bars 20 µm."}
{"words": ["The", "number", "of", "distal", "DNAse", "I", "hypersensitive", "sites", "(", "DHSs", ")", "of", "mtDNA", "maintenance", "genes", "and", "genes", "in", "the", "genomic", "POLG", "locus", "correlating", ">", "0", ".", "85", "with", "target", "promoter", "DHS", "across", "125", "cell", "lines", ".", "Abbreviations", ":", "TWNK", ",", "Twinkle", "protein", ";", "POLG", ",", "DNA", "Polymerase", "gamma", ",", "catalytic", "subunit", ";", "POLG2", ",", "DNA", "Polymerase", "gamma", ",", "accessory", "subunit", ";", "SSBP1", ",", "Single", "stranded", "DNA", "binding", "protein", "1", ";", "TFAM", ",", "mitochondrial", "transcription", "factor", "A", ";", "FANCI", ",", "Fanconi", "anemia", "group", "I", "protein", ";", "RHCG", ",", "Ammonium", "transporter", "Rh", "type", "C", ";", "TICRR", ",", "Treslin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "The number of distal DNAse I hypersensitive sites (DHSs) of mtDNA maintenance genes and genes in the genomic POLG locus correlating >0.85 with target promoter DHS across 125 cell lines. Abbreviations: TWNK, Twinkle protein; POLG, DNA Polymerase gamma, catalytic subunit; POLG2, DNA Polymerase gamma, accessory subunit; SSBP1, Single stranded DNA binding protein 1; TFAM, mitochondrial transcription factor A; FANCI, Fanconi anemia group I protein; RHCG, Ammonium transporter Rh type C; TICRR, Treslin."}
{"words": ["Distribution", "histogram", "of", "DHSs", "for", "mtDNA", "maintenance", "genes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution histogram of DHSs for mtDNA maintenance genes."}
{"words": ["Genomic", "distribution", "of", "POLG", "DHSs", ".", "Black", "arrow", "shows", "a", "cluster", "upstream", "from", "POLG", "coding", "region", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Genomic distribution of POLG DHSs. Black arrow shows a cluster upstream from POLG coding region."}
{"words": ["Expression", "of", "LINC00925", "and", "POLG", "in", "different", "human", "tissues", "and", "cell", "types", ".", "Quantitative", "PCR", "amplification", "of", "cDNA", ".", "Abbreviations", ":", "iPS", ",", "induced", "pluripotent", "stem", "cell", ";", "SH5Y", ",", "neuroblastoma", "line", ";", "HepG2", ",", "liver", "hepatocellular", "carcinoma", "line", ";", "U2OS", "bone", "osteosarcoma", "line", ".", "Error", "bars", "indicate", "standard", "deviation", "in", "3", "technical", "replicates", ".", "AU", ";", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of LINC00925 and POLG in different human tissues and cell types. Quantitative PCR amplification of cDNA. Abbreviations: iPS, induced pluripotent stem cell; SH5Y, neuroblastoma line; HepG2, liver hepatocellular carcinoma line; U2OS bone osteosarcoma line. Error bars indicate standard deviation in 3 technical replicates. AU; arbitrary units."}
{"words": ["Polg", "and", "long", "-", "non", "-", "coding", "RNA", "Ai854517", "(", "mouse", "homologue", "of", "human", "LINC00925", ")", "correlate", "tightly", "in", "mouse", "cerebellar", "development", ".", "Time", "points", ":", "E18", ",", "postnatal", "days", "0", ",", "3", ",", "6", ",", "9", ";", "three", "mice", "per", "time", "point", ".", "Expression", "calculated", "as", "cap", "analysis", "of", "gene", "expression", "(", "CAGE", ")", "hits", "in", "the", "transcription", "start", "site", "(", "CTSS", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Polg and long-non-coding RNA Ai854517 (mouse homologue of human LINC00925) correlate tightly in mouse cerebellar development. Time points: E18, postnatal days 0, 3, 6, 9; three mice per time point. Expression calculated as cap analysis of gene expression (CAGE) hits in the transcription start site (CTSS)."}
{"words": ["Ai854517", "and", "Polg", "transcripts", "colocalize", "in", "adult", "mouse", "brain", ";", "in", "situ", "hybridization", ".", "HC", ",", "hippocampus", ";", "cerebellar", "molecular", "layer", "(", "M", ")", ",", "Purkinje", "cell", "layer", "(", "PC", ")", ",", "granular", "cell", "layer", "(", "GC", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "hippocampus", "760", "µm", ",", "cerebellum", "300", "µm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ai854517 and Polg transcripts colocalize in adult mouse brain; in situ hybridization. HC, hippocampus; cerebellar molecular layer (M), Purkinje cell layer (PC), granular cell layer (GC). Scale bars: hippocampus 760 µm, cerebellum 300 µm."}
{"words": ["Expression", "levels", "of", "MIR9", "-", "3", "and", "Ai854517", "correlate", "in", "mouse", "cerebellar", "development", ".", "Time", "points", ":", "E18", ",", "postnatal", "day", "0", ",", "3", ",", "6", ",", "9", ";", "three", "mice", "per", "time", "point", ".", ".", "Expression", "calculated", "as", "cap", "analysis", "of", "gene", "expression", "(", "CAGE", ")", "hits", "in", "the", "transcription", "start", "site", "(", "CTSS", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression levels of MIR9-3 and Ai854517 correlate in mouse cerebellar development. Time points: E18, postnatal day 0, 3, 6, 9; three mice per time point.. Expression calculated as cap analysis of gene expression (CAGE) hits in the transcription start site (CTSS)."}
{"words": ["RNA", "expressions", "of", "MIR9", ",", "NR2E2", ",", "LDLDRAP1", "and", "MTHFD2", "in", "HEK293", "untransfected", "controls", "and", "in", "cells", "transfected", "with", "pre", "-", "MIR9", "or", "scrambled", "RNA", ".", "Shown", "is", "mean", "with", "standard", "error", "of", "the", "mean", ".", "Statistical", "testing", "was", "performed", "using", "1", "-", "way", "ANOVA", "with", "Dunnet", "'", "s", "correction", "for", "multiple", "comparisons", ".", "Abbreviations", ":", "AU", ";", "arbitrary", "units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA expressions of MIR9, NR2E2, LDLDRAP1 and MTHFD2 in HEK293 untransfected controls and in cells transfected with pre-MIR9 or scrambled RNA. Shown is mean with standard error of the mean. Statistical testing was performed using 1-way ANOVA with Dunnet's correction for multiple comparisons. Abbreviations: AU; arbitrary units."}
{"words": ["Spinal", "cord", "(", "C8", "-", "level", ")", "of", "MIRAS", "patient", ",", "neurofilament", "staining", ".", "Dorsal", "columns", ",", "especially", "the", "gracile", ",", "show", "pallor", "(", "star", ")", ";", "motoneurons", "in", "the", "anterior", "horns", "are", "preserved", "(", "black", "arrow", ")", ".", "Scale", "bar", "1", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Spinal cord (C8-level) of MIRAS patient, neurofilament staining. Dorsal columns, especially the gracile, show pallor (star); motoneurons in the anterior horns are preserved (black arrow). Scale bar 1 mm."}
{"words": ["Oculomotor", "complex", "of", "POLG", "patient", "with", "progressive", "ophthalmoplegia", ";", "midbrain", "level", ".", "Hematoxylin", "-", "eosin", "staining", ".", "The", "whole", "area", "shows", "spongiotic", "degeneration", ".", "Scale", "bar", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oculomotor complex of POLG patient with progressive ophthalmoplegia; midbrain level. Hematoxylin-eosin staining. The whole area shows spongiotic degeneration. Scale bar 50 µm."}
{"words": ["Seedling", "phenotype", "under", "GA", "treatment", ".", "After", "germination", ",", "Five", "-", "day", "-", "old", "seedlings", "with", "the", "same", "growth", "stage", "were", "transferred", "to", "0", ".", "5", "MS", "liquid", "media", "without", "or", "with", "different", "concentrations", "of", "GA3", ".", "PA", "from", "soybean", "was", "added", "to", "the", "media", "at", "a", "final", "concentration", "of", "20", "μM", ".", "Pictures", "were", "taken", "7", "days", "after", "transfer", ".", "The", "horizontal", "red", "line", "separates", "different", "plants", "and", "the", "vertical", "red", "scale", "bar", "represents", "2", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Seedling phenotype under GA treatment. After germination, Five-day-old seedlings with the same growth stage were transferred to 0.5 MS liquid media without or with different concentrations of GA3. PA from soybean was added to the media at a final concentration of 20 μM. Pictures were taken 7 days after transfer. The horizontal red line separates different plants and the vertical red scale bar represents 2 cm."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "His", "-", "tagged", "PLDα6", "(", "arrow", ")", "expressed", "in", "E", ".", "coli", "as", "separated", "on", "an", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", "and", "blotted", "to", "a", "membrane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblotting of His-tagged PLDα6 (arrow) expressed in E. coli as separated on an 10% SDS-PAGE and blotted to a membrane."}
{"words": ["Lipid", "hydrolyzing", "activity", "assayed", "in", "the", "presence", "of", "different", "phospholipids", "using", "purified", "PLDα6", "from", "E", ".", "coli", ".", "Solid", "bars", "are", "activities", "assayed", "using", "purified", "PLDα6", "whereas", "open", "bars", "were", "empty", "vector", "control", "that", "used", "an", "equal", "volume", "of", "eluents", "from", "bacteria", "containing", "the", "empty", "vector", "that", "was", "identically", "processed", "as", "those", "expressing", "PLDα6", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Lipid hydrolyzing activity assayed in the presence of different phospholipids using purified PLDα6 from E. coli. Solid bars are activities assayed using purified PLDα6 whereas open bars were empty vector control that used an equal volume of eluents from bacteria containing the empty vector that was identically processed as those expressing PLDα6. Values are means ± SD (n = 3 biological replicates)."}
{"words": ["Total", "lipid", "levels", "in", "WT", ",", "pldα6", "and", "COM", "without", "and", "with", "10", "μM", "GA3", ".", "Leaf", "samples", "(", "15", "seedling", "each", ")", "from", "4", "-", "leaf", "stage", "rice", "(", "Dongjin", "background", ")", "were", "collected", "and", "lipids", "were", "extracted", "and", "profiled", "using", "ESI", "-", "tandem", "mass", "spectrometry", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ")", ".", "MGDG", ",", "monogalactosyldiacylglycerol", ";", "DGDG", ",", "digalactosyldiacylglycerol", ";", "PC", ",", "phosphatidylcholine", ";", "PE", ",", "phosphatidylethanolamine", ";", "PG", ",", "phosphatidylglycerol", ";", "PS", ",", "phosphatidylserine", ";", "PA", ",", "phosphatidic", "acid", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 0], "text": "Total lipid levels in WT, pldα6 and COM without and with 10 μM GA3. Leaf samples (15 seedling each) from 4-leaf stage rice (Dongjin background) were collected and lipids were extracted and profiled using ESI-tandem mass spectrometry. Values are means ± SD (n = 3 biological replicates)). MGDG, monogalactosyldiacylglycerol; DGDG, digalactosyldiacylglycerol; PC, phosphatidylcholine; PE, phosphatidylethanolamine; PG, phosphatidylglycerol; PS, phosphatidylserine; PA, phosphatidic acid."}
{"words": ["Phospholipid", "species", "in", "WT", ",", "pldα6", "and", "COM", ".", "Leaf", "samples", "(", "15", "seedling", "each", ")", "from", "4", "-", "leaf", "stage", "rice", "(", "Dongjin", "background", ")", "were", "collected", "and", "the", "different", "phospholipid", "species", "including", "carbon", "number", "and", "double", "bond", "number", "were", "determined", ".", "Values", "are", "means", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "GA3", "was", "dissolved", "in", "ethanol", "and", "seedlings", "treated", "with", "the", "same", "ethanol", "concentration", "were", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phospholipid species in WT, pldα6 and COM. Leaf samples (15 seedling each) from 4-leaf stage rice (Dongjin background) were collected and the different phospholipid species including carbon number and double bond number were determined. Values are means ± SD (n = 3 biological replicates). GA3 was dissolved in ethanol and seedlings treated with the same ethanol concentration were used as control."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "His", "-", "GID1", "proteins", "using", "constructs", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "Proteins", "were", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "His", "-", "tag", "antibodies", ".", "The", "PA", "binding", "activity", "of", "different", "truncation", "mutations", "were", "analyzed", "by", "fat", "-", "immunoblotting", ".", "The", "red", "arrowheads", "indicate", "truncated", "proteins", "with", "different", "molecular", "weights", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblotting of His-GID1 proteins using constructs shown in (D). Proteins were separated by SDS-PAGE, followed by immunoblotting with anti-His-tag antibodies. The PA binding activity of different truncation mutations were analyzed by fat-immunoblotting. The red arrowheads indicate truncated proteins with different molecular weights."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "His", "-", "GID1", "mutants", "and", "lipid", "-", "immunoblotting", "of", "PA", "binding", "by", "GID1", "mutant", "proteins", "on", "a", "filter", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblotting of His-GID1 mutants and lipid-immunoblotting of PA binding by GID1 mutant proteins on a filter."}
{"words": ["PLDα6", "-", "GFP", "distribution", "in", "rice", "protoplasts", "with", "different", "concentrations", "of", "GA3", "or", "IAA", ".", "Protoplasts", "from", "12", "-", "day", "old", "rice", "(", "ZH11", "background", ")", "leaf", "sheath", "tissue", "were", "collected", ".", "Rice", "protoplasts", "were", "transfected", "with", "pM999", "-", "PLDα6", "for", "12", "hours", ".", "After", "that", ",", "GA3", "or", "IAA", "was", "added", "to", "protoplasts", "and", "2", "hours", "later", ",", "confocal", "images", "of", "protoplasts", "are", "shown", ".", "pM999", "-", "GFP", "refers", "to", "the", "empty", "vector", "with", "GFP", "only", "that", "was", "transformed", "as", "control", "and", "Ghd7", "-", "RFP", "was", "a", "nucleus", "marker", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "μm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PLDα6-GFP distribution in rice protoplasts with different concentrations of GA3 or IAA. Protoplasts from 12-day old rice (ZH11 background) leaf sheath tissue were collected. Rice protoplasts were transfected with pM999-PLDα6 for 12 hours. After that, GA3 or IAA was added to protoplasts and 2 hours later, confocal images of protoplasts are shown. pM999-GFP refers to the empty vector with GFP only that was transformed as control and Ghd7-RFP was a nucleus marker. Scale bar = 10 μm."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "PLDα6", "in", "subcellular", "fractions", ".", "Total", "(", "T", ")", ",", "soluble", "(", "S", ")", "and", "nuclear", "(", "N", ")", "proteins", "were", "isolated", "from", "PLDα6", ":", "GFP", "expressed", "in", "rice", "protoplasts", "treated", "with", "10", "μM", "GA3", "or", "IAA", ".", "Equal", "amount", "of", "each", "sample", "was", "loaded", "for", "SDS", "-", "PAGE", "and", "blotting", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblotting of PLDα6 in subcellular fractions. Total (T), soluble (S) and nuclear (N) proteins were isolated from PLDα6:GFP expressed in rice protoplasts treated with 10 μM GA3 or IAA. Equal amount of each sample was loaded for SDS-PAGE and blotting."}
{"words": ["Subcellular", "location", "of", "GID1", "in", "WT", "and", "pldα6", "protoplasts", "with", "or", "without", "GA3", "treatments", ".", "Cells", "for", "12", "hours", "after", "transformation", "were", "treated", "with", "or", "without", "10", "μM", "GA3", "for", "two", "hours", ".", "Bars", "=", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Subcellular location of GID1 in WT and pldα6 protoplasts with or without GA3 treatments. Cells for 12 hours after transformation were treated with or without 10 μM GA3 for two hours. Bars = 10 μm."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "subcellular", "fractions", "of", "GID1", "expressed", "in", "WT", "and", "pldα6", "protoplasts", ".", "After", "2", "-", "hour", "treatment", "with", "10", "μM", "GA3", ",", "total", "(", "T", ")", ",", "soluble", "(", "S", ")", "and", "nuclear", "(", "N", ")", "protein", "fractions", "were", "isolated", "from", "10", "samples", "of", "protoplasts", ".", "Equal", "amount", "of", "each", "sample", "was", "loaded", "for", "SDS", "-", "PAGE", "and", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoblotting of subcellular fractions of GID1 expressed in WT and pldα6 protoplasts. After 2-hour treatment with 10 μM GA3, total (T), soluble (S) and nuclear (N) protein fractions were isolated from 10 samples of protoplasts. Equal amount of each sample was loaded for SDS-PAGE and immunoblotting."}
{"words": ["Protoplasts", "of", "WT", "and", "pldα6", "from", "12", "-", "day", "old", "stage", "leaf", "sheath", "were", "collected", "and", "transfected", "with", "a", "pM999", "-", "SLR1", "construct", ",", "incubated", "for", "12", "hours", "and", "then", "treated", "with", "10", "μM", "GA3", "for", "0", ",", "3", ",", "and", "9", "hours", ".", "The", "first", "column", ",", "fluorescence", "from", "GFP", ";", "the", "second", ",", "red", "fluorescence", "from", "the", "nucleus", "marker", "Ghd7", ";", "the", "third", ",", "bright", "field", ",", "and", "the", "fourth", ",", "overlay", "of", "the", "three", "channels", ".", "All", "confocal", "images", "were", "scanned", "using", "similar", "laser", "gain", "and", "offset", "settings", ".", "Bars", "=", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Protoplasts of WT and pldα6 from 12-day old stage leaf sheath were collected and transfected with a pM999-SLR1 construct, incubated for 12 hours and then treated with 10 μM GA3 for 0, 3, and 9 hours. The first column, fluorescence from GFP; the second, red fluorescence from the nucleus marker Ghd7; the third, bright field, and the fourth, overlay of the three channels. All confocal images were scanned using similar laser gain and offset settings. Bars = 10 μm."}
{"words": ["Immunoblotting", "of", "SLR1", "-", "GFP", "proteins", "from", "protoplast", "cells", ".", "Equal", "amounts", "of", "proteins", "from", "each", "sample", "were", "used", "for", "SDS", "-", "PAGE", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "GFP", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Immunoblotting of SLR1-GFP proteins from protoplast cells. Equal amounts of proteins from each sample were used for SDS-PAGE, followed by immunoblotting with anti-GFP antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "Graph", "derived", "from", "two", "published", "data", "available", "in", "the", "PubMed", "GEO", "database", "(", "GSE6919", "and", "GSE35988", ")", ".", "The", "box", "charts", "depict", "the", "relative", "expression", "of", "ESM1", "in", "benign", ",", "primary", ",", "and", "metastatic", "prostate", "cancer", "patients", ".", "The", "centre", "line", "donates", "the", "median", "value", "while", "the", "box", "contains", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", "of", "dataset", ".", "The", "whiskers", "mark", "the", "5th", "and", "95th", "percentiles", ",", "and", "values", "beyond", "these", "upper", "and", "lower", "bounds", "are", "considered", "outliers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Graph derived from two published data available in the PubMed GEO database (GSE6919 and GSE35988). The box charts depict the relative expression of ESM1 in benign, primary, and metastatic prostate cancer patients. The centre line donates the median value while the box contains the 25th to 75th percentiles of dataset. The whiskers mark the 5th and 95th percentiles, and values beyond these upper and lower bounds are considered outliers."}
{"words": ["(", "B", ")", "Relative", "ESM1", "mRNA", "expression", "and", "ESM1", "protein", "expression", "in", "two", "sets", "of", "human", "metastatic", "PCa", "cell", "lines", ".", "P", ":", "parental", "cells", ",", "M", ":", "metastatic", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Relative ESM1 mRNA expression and ESM1 protein expression in two sets of human metastatic PCa cell lines. P: parental cells, M: metastatic cells."}
{"words": ["(", "C", ")", "Cell", "invasion", "assays", "of", "22Rv1", "-", "M", "and", "PC3", "-", "M", "cells", "transfected", "with", "either", "Scramble", "-", "shRNA", "or", "ESM1", "-", "shRNA", ".", "The", "data", "are", "shown", "as", "the", "relative", "fold", "change", "of", "invasive", "cells", "compared", "with", "the", "shScramble", "group", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Cell invasion assays of 22Rv1-M and PC3-M cells transfected with either Scramble-shRNA or ESM1-shRNA. The data are shown as the relative fold change of invasive cells compared with the shScramble group. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "images", "of", "lungs", ",", "livers", ",", "intestines", ",", "and", "kidneys", "from", "mice", "8", "weeks", "after", "orthotopical", "injection", "of", "22Rv1", "-", "M", "cells", "transfected", "with", "either", "Scramble", "-", "shRNA", "or", "ESM1", "-", "shRNA", ".", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "cm", ".", "Tumors", "were", "removed", "and", "weighed", ".", "Quantitative", "summary", "of", "tumor", "luminescence", "in", "different", "metastases", "measured", "in", "photons", "/", "second", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative images of lungs, livers, intestines, and kidneys from mice 8 weeks after orthotopical injection of 22Rv1-M cells transfected with either Scramble-shRNA or ESM1-shRNA. Scale bar: 0.5 cm. Tumors were removed and weighed. Quantitative summary of tumor luminescence in different metastases measured in photons/second are shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "Formalin", "-", "fixed", ",", "paraffin", "-", "embedded", "tissue", "microarray", "sections", "of", "59", "normal", "prostate", "tissues", "and", "65", "prostate", "adenocarcinoma", "tissues", "with", "and", "without", "metastasis", "(", "n", "=", "16", "and", "n", "=", "49", ",", "respectively", ")", "were", "stained", "with", "an", "anti", "-", "ESM1", "antibody", ".", "Tissue", "-", "bound", "ESM1", "is", "shown", "in", "brown", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "Arrowheads", "indicate", "positively", "stained", "nucleus", "of", "cancer", "cells", ".", "Plot", "representation", "of", "scores", "according", "to", "immunohistochemical", "expression", "of", "ESM1", "in", "normal", "prostate", "tissue", "related", "to", "the", "prostate", "adenocarcinoma", "tissue", "with", "and", "without", "metastasis", ".", "The", "scores", "are", "calculated", "by", "intensity", "(", "score", "1", "-", "3", ")", "x", "percentage", "(", "score", "1", "-", "4", ")", "of", "stained", "cells", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the", "median", ".", "The", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", ".", "Whiskers", "above", "and", "below", "the", "box", "indicate", "the", "5th", "and", "95th", "percentiles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Formalin-fixed, paraffin-embedded tissue microarray sections of 59 normal prostate tissues and 65 prostate adenocarcinoma tissues with and without metastasis (n=16 and n=49, respectively) were stained with an anti-ESM1 antibody. Tissue-bound ESM1 is shown in brown. Scale bar: 50 μm. Arrowheads indicate positively stained nucleus of cancer cells. Plot representation of scores according to immunohistochemical expression of ESM1 in normal prostate tissue related to the prostate adenocarcinoma tissue with and without metastasis. The scores are calculated by intensity (score 1-3) x percentage (score 1-4) of stained cells. The line in the middle of the box is plotted at the median. The box extends from the 25th to 75th percentiles. Whiskers above and below the box indicate the 5th and 95th percentiles."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunoblotting", "analysis", "of", "ESM1", "in", "supernatant", "(", "S", ")", ",", "nucleus", "(", "N", ")", ",", "and", "cytoplasm", "(", "C", ")", "was", "performed", ".", "Ponceau", "S", ",", "Lamin", "A", "/", "C", ",", "and", "α", "-", "tubulin", "were", "used", "as", "loading", "control", "in", "supernatant", ",", "nucleus", ",", "and", "cytoplasm", ",", "respectively", ".", "P", ":", "parental", "cells", ",", "M", ":", "metastatic", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunoblotting analysis of ESM1 in supernatant (S), nucleus (N), and cytoplasm (C) was performed. Ponceau S, Lamin A/C, and α-tubulin were used as loading control in supernatant, nucleus, and cytoplasm, respectively. P: parental cells, M: metastatic cells."}
{"words": ["(", "B", ")", "Left", ",", "representative", "images", "of", "cells", "in", "the", "transwell", "invasion", "assay", ".", "Right", ",", "quantification", "of", "cells", "that", "invaded", "through", "the", "matrigel", "-", "coated", "membrane", "following", "treatment", "with", "PBS", "or", "human", "recombinant", "ESM1", "(", "rhESM1", ")", "or", "normal", "goat", "IgG", "control", "or", "anti", "-", "ESM1", "neutralizing", "antibody", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Left, representative images of cells in the transwell invasion assay. Right, quantification of cells that invaded through the matrigel-coated membrane following treatment with PBS or human recombinant ESM1 (rhESM1) or normal goat IgG control or anti-ESM1 neutralizing antibody. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Elicitation", "of", "ESM1", "overexpression", "using", "HA", "-", "tag", "antibody", "results", "in", "detectable", "ESM1", "expression", "in", "the", "nucleus", "and", "cytoplasm", "of", "22Rv1", "-", "P", "cells", ".", "Lamin", "A", "/", "C", "and", "α", "-", "tubulin", "were", "used", "as", "loading", "control", "in", "the", "nucleus", "and", "cytoplasm", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Elicitation of ESM1 overexpression using HA-tag antibody results in detectable ESM1 expression in the nucleus and cytoplasm of 22Rv1-P cells. Lamin A/C and α-tubulin were used as loading control in the nucleus and cytoplasm, respectively."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoblotting", "of", "ESM1", "expression", "with", "different", "expressing", "patterns", "in", "the", "supernatant", "(", "S", ")", "of", "22Rv1", "-", "P", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoblotting of ESM1 expression with different expressing patterns in the supernatant (S) of 22Rv1-P cells."}
{"words": ["(", "F", ")", "Left", ",", "representative", "images", "of", "22Rv1", "-", "P", "cells", "in", "the", "transwell", "invasion", "assay", ".", "Right", ",", "statistic", "data", "of", "invasive", "ability", "of", "ESM1", "expressing", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Left, representative images of 22Rv1-P cells in the transwell invasion assay. Right, statistic data of invasive ability of ESM1 expressing cells. Scale bar: 100 μm."}
{"words": ["(", "G", ")", "Left", ",", "representative", "bioluminescence", "images", "of", "lung", "metastasis", "in", "mice", "after", "tail", "vein", "injection", "of", "22Rv1", "-", "Luc", "cells", "with", "different", "ESM1", "expression", "patterns", ".", "Scale", "bar", ":", "0", ".", "5", "cm", ".", "Right", ",", "quantification", "of", "the", "lung", "bioluminescence", "by", "photons", "/", "seconds", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Left, representative bioluminescence images of lung metastasis in mice after tail vein injection of 22Rv1-Luc cells with different ESM1 expression patterns. Scale bar: 0.5 cm. Right, quantification of the lung bioluminescence by photons/ seconds."}
{"words": ["(", "A", ")", "Tumor", "spheroid", "formation", ".", "Representative", "images", "of", "tumor", "spheres", "formed", "and", "quantitative", "data", "comparing", "the", "average", "number", "of", "spheres", "formed", "in", "the", "indicated", "cells", "treated", "with", "PBS", "or", "human", "recombinant", "ESM1", "(", "rhESM1", ")", "or", "normal", "goat", "IgG", "control", "or", "anti", "-", "ESM1", "neutralizing", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(A) Tumor spheroid formation. Representative images of tumor spheres formed and quantitative data comparing the average number of spheres formed in the indicated cells treated with PBS or human recombinant ESM1 (rhESM1) or normal goat IgG control or anti-ESM1 neutralizing antibody."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "images", "of", "tumor", "spheres", ".", "Spheres", "were", "cultured", "for", "14", "days", "before", "counting", ".", "Histogram", "shows", "the", "mean", "numbers", "of", "spheres", "cultured", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative images of tumor spheres. Spheres were cultured for 14 days before counting. Histogram shows the mean numbers of spheres cultured. Scale bar: 100 μm. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "22Rv1", "-", "P", "cells", "stably", "expressing", "ESM1", "were", "treated", "with", "docetaxel", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "48", "h", ".", "*", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) 22Rv1-P cells stably expressing ESM1 were treated with docetaxel at the indicated concentrations for 48 h. **"}
{"words": ["(", "D", ")", "Cells", "with", "or", "without", "ESM1", "-", "NLS", "overexpression", "were", "subcutaneously", "injected", "(", "10", ",", "100", ",", "1000", "cells", "per", "mouse", ")", "into", "NOD", "/", "SCID", "mice", ".", "Tumor", "formation", "ability", "and", "tumor", "weight", "were", "analyzed", ".", "Scale", "bar", ":", "1", "cm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "indicated", "(", "n", ")", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cells with or without ESM1-NLS overexpression were subcutaneously injected (10, 100, 1000 cells per mouse) into NOD/SCID mice. Tumor formation ability and tumor weight were analyzed. Scale bar: 1 cm. Bars are the mean ± SD of indicated (n) independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Flow", "cytometry", "analysis", "of", "the", "ratio", "of", "CD44", "+", "and", "CD133", "+", "cells", "in", "the", "indicated", "cells", "with", "different", "subcellular", "localization", "types", "of", "ESM1", "overexpression", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Flow cytometry analysis of the ratio of CD44+ and CD133+ cells in the indicated cells with different subcellular localization types of ESM1 overexpression were performed."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "mRNA", "levels", "of", "the", "indicated", "genes", "in", "cells", "with", "different", "types", "of", "ESM1", "overexpression", ".", "Differences", "in", "mRNA", "levels", "compared", "with", "vector", "cells", "are", "shown", "as", "fold", "changes", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "*"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR analysis of the mRNA levels of the indicated genes in cells with different types of ESM1 overexpression. Differences in mRNA levels compared with vector cells are shown as fold changes presented as the mean ± SD of three independent experiments. *"}
{"words": ["(", "A", ")", "IPA", "analysis", "of", "RNA", "-", "seq", "data", "showing", "the", "14", "top", "-", "predicted", "upstream", "regulators", "of", "differentially", "expressed", "genes", ".", "Positive", "Z", "-", "scores", "(", "orange", ")", "represent", "activated", "upstream", "regulators", ",", "negative", "Z", "-", "scores", "(", "blue", ")", "represent", "inhibited", "upstream", "regulators", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) IPA analysis of RNA-seq data showing the 14 top-predicted upstream regulators of differentially expressed genes. Positive Z-scores (orange) represent activated upstream regulators, negative Z-scores (blue) represent inhibited upstream regulators."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "transcriptional", "activity", "of", "β", "-", "catenin", "in", "22Rv1", "-", "P", "cells", "with", "different", "patterns", "of", "ESM1", "overexpression", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The transcriptional activity of β-catenin in 22Rv1-P cells with different patterns of ESM1 overexpression. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "F", ")", "Manipulating", "ESM1", "expression", "impacts", "transcriptional", "activity", "of", "NFκB", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Manipulating ESM1 expression impacts transcriptional activity of NFκB. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "mRNA", "levels", "of", "the", "genes", "related", "to", "β", "-", "catenin", "downstream", "signaling", "pathway", ".", "Differences", "in", "mRNA", "levels", "compared", "with", "vector", "cells", "are", "shown", "as", "fold", "changes", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) qRT-PCR analysis of the mRNA levels of the genes related to β-catenin downstream signaling pathway. Differences in mRNA levels compared with vector cells are shown as fold changes presented as the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "mRNA", "levels", "of", "NFκB", "targeting", "genes", ".", "Differences", "in", "mRNA", "levels", "compared", "with", "vector", "cells", "are", "shown", "as", "fold", "changes", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) qRT-PCR analysis of the mRNA levels of NFκB targeting genes. Differences in mRNA levels compared with vector cells are shown as fold changes presented as the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblotting", "analysis", "of", "22Rv1", "-", "P", "cells", "with", "different", "ESM1", "overexpression", "in", "the", "nucleus", "and", "cytoplasm", "were", "performed", "with", "the", "antibodies", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblotting analysis of 22Rv1-P cells with different ESM1 overexpression in the nucleus and cytoplasm were performed with the antibodies indicated."}
{"words": ["(", "D", ")", "Suppression", "of", "β", "-", "catenin", "or", "NFκB", "in", "22Rv1", "-", "P", "cells", "stably", "expressing", "ESM1", "-", "NLS", "were", "treated", "with", "docetaxel", "at", "the", "indicated", "concentrations", "for", "48", "h", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "when", "compared", "to", "vector", "-", "shScramble", "cells", "by", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "and", "error", "bars", "represent", "the", "standard", "deviation", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Suppression of β-catenin or NFκB in 22Rv1-P cells stably expressing ESM1-NLS were treated with docetaxel at the indicated concentrations for 48 h. ** P < 0.01 when compared to vector-shScramble cells by two-tailed Student's t test and error bars represent the standard deviation of three independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Tumor", "spheres", "formed", "by", "22Rv1", "-", "P", "cells", "stably", "expressing", "ESM1", "-", "NLS", "with", "either", "β", "-", "catenin", "or", "NFκB", "shRNAs", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "01", "when", "compared", "to", "vector", "-", "shScramble", "cells", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "when", "compared", "to", "ESM1", "-", "NLS", "-", "shScramble", "cells", "by", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Tumor spheres formed by 22Rv1-P cells stably expressing ESM1-NLS with either β-catenin or NFκB shRNAs. Scale bar: 100 μm. Bars are the mean ± SD of three independent experiments. ## P< 0.01 when compared to vector-shScramble cells, ** P< 0.01 when compared to ESM1-NLS-shScramble cells by two-tailed Student's t test."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "images", "and", "quantitative", "data", "comparing", "cell", "invasion", "of", "the", "indicated", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "#", "#", "P", "<", "0", ".", "01", "when", "compared", "to", "vector", "-", "shScramble", "cells", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "when", "compared", "to", "ESM1", "-", "NLS", "-", "shScramble", "cells", "by", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative images and quantitative data comparing cell invasion of the indicated cells. Scale bar: 100 μm. Bars are the mean ± SD of three independent experiments. ## P< 0.01 when compared to vector-shScramble cells, ** P< 0.01 when compared to ESM1-NLS-shScramble cells by two-tailed Student's t test."}
{"words": ["(", "A", ")", "Nuclear", "and", "cytosolic", "extracts", "of", "22Rv1", "-", "M", "cells", "transfected", "with", "either", "shScramble", "or", "shCTNNB1", "were", "prepared", "and", "the", "levels", "of", "indicated", "proteins", "were", "detected", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Nuclear and cytosolic extracts of 22Rv1-M cells transfected with either shScramble or shCTNNB1 were prepared and the levels of indicated proteins were detected by immunoblotting."}
{"words": ["(", "B", ")", "Nuclear", "or", "cytosolic", "extracts", "of", "22Rv1", "-", "M", "cells", "were", "immunoprecipitated", "with", "an", "ESM1", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Nuclear or cytosolic extracts of 22Rv1-M cells were immunoprecipitated with an ESM1 antibody."}
{"words": ["(", "C", ")", "Human", "recombinant", "His", "-", "ESM1", "and", "GST", "-", "β", "-", "catenin", "protein", "were", "pull", "down", "with", "either", "Ni", "sepharose", "or", "Glutathione", "sepharose", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0], "text": "(C) Human recombinant His-ESM1 and GST-β-catenin protein were pull down with either Ni sepharose or Glutathione sepharose."}
{"words": ["(", "E", ")", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "the", "indicated", "β", "-", "catenin", "-", "Flag", "and", "ESM1", "-", "HA", "constructs", ".", "Cell", "extracts", "were", "immunoprecipitated", "with", "Flag", "-", "M2", "agarose", "beads", ".", "Light", "chain", "was", "labeled", "as", "l", ".", "c", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) HEK293T cells were co-transfected with the indicated β-catenin-Flag and ESM1-HA constructs. Cell extracts were immunoprecipitated with Flag-M2 agarose beads. Light chain was labeled as l.c."}
{"words": ["(", "F", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "ESM1", "-", "HA", "constructs", "and", "pull", "-", "down", "was", "carried", "out", "with", "different", "purified", "GST", "-", "ARM", "fragments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HEK293T cells were transfected with ESM1-HA constructs and pull-down was carried out with different purified GST-ARM fragments."}
{"words": ["(", "G", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "ESM1", "-", "GFP", "constructs", ".", "Cell", "extracts", "were", "pulled", "down", "with", "purified", "GST", "-", "ARM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(G) HEK293T cells were transfected with the indicated ESM1-GFP constructs. Cell extracts were pulled down with purified GST-ARM."}
{"words": ["(", "B", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "ESM1", "point", "mutant", "constructs", ".", "Cell", "extracts", "were", "pulled", "down", "with", "purified", "GST", "-", "ARM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) HEK293T cells were transfected with the indicated ESM1 point mutant constructs. Cell extracts were pulled down with purified GST-ARM."}
{"words": ["(", "C", ")", "Cell", "extracts", "of", "22Rv1", "-", "M", "transfected", "with", "either", "Scramble", "-", "shRNA", "or", "ESM1", "-", "shRNA", "were", "immunoprecipitated", "with", "an", "β", "-", "catenin", "antibody", "and", "blotted", "with", "anti", "-", "TCF4", "and", "anti", "-", "BCL9", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Cell extracts of 22Rv1-M transfected with either Scramble-shRNA or ESM1-shRNA were immunoprecipitated with an β-catenin antibody and blotted with anti-TCF4 and anti-BCL9 antibody."}
{"words": ["(", "E", ")", "Upper", ",", "Schematic", "diagram", "of", "ESM1", "-", "targeting", "short", "peptides", ".", "Lower", ",", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "ESM1", "-", "HA", "constructs", ".", "Cell", "extracts", "were", "treated", "with", "the", "short", "peptides", ",", "pulled", "down", "with", "purified", "GST", "-", "ARM", "and", "blotted", "with", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "TCF4", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(E) Upper, Schematic diagram of ESM1-targeting short peptides. Lower, HEK293T cells were transfected with ESM1-HA constructs. Cell extracts were treated with the short peptides, pulled down with purified GST-ARM and blotted with anti-HA and anti-TCF4 antibody."}
{"words": ["(", "F", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "ESM1", "point", "mutant", "constructs", ".", "Cell", "extracts", "were", "pulled", "down", "with", "purified", "GST", "-", "ARM", "and", "blotted", "with", "an", "anti", "-", "TCF4", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) HEK293T cells were transfected with the indicated ESM1 point mutant constructs. Cell extracts were pulled down with purified GST-ARM and blotted with an anti-TCF4 antibody."}
{"words": ["(", "G", ")", "ChIP", "-", "qPCR", "validation", "of", "β", "-", "catenin", "binding", "to", "the", "CCND1", "and", "c", "-", "Myc", "promoter", "in", "22Rv1", "-", "M", "cells", "transfected", "with", "either", "Scramble", "-", "shRNA", "or", "ESM1", "-", "shRNA", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) ChIP-qPCR validation of β-catenin binding to the CCND1 and c-Myc promoter in 22Rv1-M cells transfected with either Scramble-shRNA or ESM1-shRNA. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "Upper", ",", "Schematic", "diagram", "of", "ChIP", "-", "qPCR", "primers", "targeting", "regions", "upstream", "of", "the", "CCND1", "and", "c", "-", "Myc", "transcription", "start", "sites", "(", "TSSs", ")", ".", "Bar", "graphs", "show", "β", "-", "catenin", "and", "ESM1", "binding", "at", "the", "CCND1", "and", "c", "-", "Myc", "promoter", "regions", ".", "Differences", "in", "DNA", "levels", "compared", "with", "IgG", "control", "are", "shown", "as", "fold", "changes", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Upper, Schematic diagram of ChIP-qPCR primers targeting regions upstream of the CCND1 and c-Myc transcription start sites (TSSs). Bar graphs show β-catenin and ESM1 binding at the CCND1 and c-Myc promoter regions. Differences in DNA levels compared with IgG control are shown as fold changes presented as the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "I", ")", "The", "effects", "of", "ESM1", "targeting", "peptides", "on", "tumor", "invasion", "and", "spheroid", "formation", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) The effects of ESM1 targeting peptides on tumor invasion and spheroid formation. Scale bar: 100 μm. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "J", ")", "The", "effects", "of", "ESM1", "point", "mutants", "on", "tumor", "invasion", "and", "spheroid", "formation", ".", "Scale", "bar", ":", "100", "μm", ".", "Bars", "are", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) The effects of ESM1 point mutants on tumor invasion and spheroid formation. Scale bar: 100 μm. Bars are the mean ± SD of three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Correlation", "between", "replicate", "mock", "infections", ".", "Path", "-", "seq", "reads", "were", "recovered", "from", "samples", "of", "macrophage", "RNA", "spiked", "with", "0", ".", "1", "%", "MTB", "RNA", ".", "Scatter", "plot", "of", "log2", "RPKM", "values", "is", "shown", "with", "Pearson", "correlation", ",", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", ".", "Inset", "summarizes", "the", "mock", "infection", "replicates", "and", "their", "fraction", "of", "MTB", "reads", "(", "of", "all", "aligned", "reads", ")", "from", "Path", "-", "seq", "and", "standard", "RNA", "-", "seq", "methods", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Correlation between replicate mock infections. Path-seq reads were recovered from samples of macrophage RNA spiked with 0.1% MTB RNA. Scatter plot of log2 RPKM values is shown with Pearson correlation, P-value < 0.0001. Inset summarizes the mock infection replicates and their fraction of MTB reads (of all aligned reads) from Path-seq and standard RNA-seq methods."}
{"words": ["(", "C", ")", "Correlation", "between", "MTB", "RNA", "sequenced", "by", "RNA", "-", "seq", "(", "Illumina", "TruSeq", "library", "prep", ")", "and", "the", "same", "MTB", "RNA", "sample", "combined", "with", "macrophage", "RNA", "at", "1", ":", "1000", "ratio", "and", "processed", "using", "Path", "-", "seq", "method", ".", "Scatter", "plot", "of", "log2", "RPKM", "values", "is", "shown", "with", "Pearson", "correlation", ",", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Correlation between MTB RNA sequenced by RNA-seq (Illumina TruSeq library prep) and the same MTB RNA sample combined with macrophage RNA at 1:1000 ratio and processed using Path-seq method. Scatter plot of log2 RPKM values is shown with Pearson correlation, P-value < 0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Path", "-", "seq", "profiles", "of", "desA1", ",", "desA2", "in", "MTB", "infected", "BMDMs", ".", "Error", "bars", "show", "the", "standard", "deviation", "from", "three", "biological", "samples", ".", "Representative", "results", "from", "two", "experiments", "are", "presented", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Path-seq profiles of desA1, desA2 in MTB infected BMDMs. Error bars show the standard deviation from three biological samples. Representative results from two experiments are presented."}
{"words": ["(", "B", ")", "Upper", "panel", ":", "dissolved", "oxygen", "curve", "over", "120", "h", "time", "course", "showing", "controlled", "depletion", "(", "1", ")", ",", "sustained", "hypoxia", "(", "2", ")", "and", "controlled", "reaeration", "(", "3", ")", ".", "Points", "represent", "the", "average", "of", "three", "biological", "replicates", "and", "were", "measured", "via", "fiber", "optic", "technology", "that", "non", "-", "invasively", "probes", "oxygen", "levels", "in", "the", "culture", "(", "PreSens", "Precision", "Sensing", "GmbH", ")", ".", "Lower", "panel", ":", "expression", "profiles", "(", "RNA", "-", "seq", ")", "of", "desA1", "and", "desA2", "over", "the", "time", "course", "and", "oxygen", "levels", ".", "Error", "bars", "show", "the", "standard", "deviation", "from", "three", "biological", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Upper panel: dissolved oxygen curve over 120 h time course showing controlled depletion (1), sustained hypoxia (2) and controlled reaeration (3). Points represent the average of three biological replicates and were measured via fiber optic technology that non-invasively probes oxygen levels in the culture (PreSens Precision Sensing GmbH). Lower panel: expression profiles (RNA-seq) of desA1 and desA2 over the time course and oxygen levels. Error bars show the standard deviation from three biological samples."}
{"words": ["(", "B", ")", "Heatmap", "of", "TFs", "with", "decreased", "(", "purple", ")", "or", "increased", "(", "green", ")", "activity", "at", "specific", "time", "points", "during", "in", "vitro", "or", "in", "vivo", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Heatmap of TFs with decreased (purple) or increased (green) activity at specific time points during in vitro or in vivo infection."}
{"words": ["(", "C", ")", "Rv0681", "regulon", "genes", "differentially", "expressed", "in", "vitro", "and", "the", "evidence", "for", "predicted", "high", "Rv0681", "activity", "(", "induced", "expression", "of", "target", "genes", ")", ".", "(", "D", ")", "Zur", "regulon", "genes", "differentially", "expressed", "in", "vitro", "and", "the", "evidence", "for", "decreased", "Zur", "activity", "(", "de", "-", "represses", "target", "genes", ")", ".", "(", "E", ")", "Rv0691c", "regulon", "genes", "differentially", "expressed", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", ";", "evidence", "for", "increased", "Rv0691c", "activity", "(", "increased", "up", "-", "and", "down", "-", "regulation", "of", "target", "genes", ")", "at", "24", "h", "from", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Rv0681 regulon genes differentially expressed in vitro and the evidence for predicted high Rv0681 activity (induced expression of target genes). (D) Zur regulon genes differentially expressed in vitro and the evidence for decreased Zur activity (de-represses target genes). (E) Rv0691c regulon genes differentially expressed in vitro and in vivo; evidence for increased Rv0691c activity (increased up- and down-regulation of target genes) at 24 h from both in vitro and in vivo infection."}
{"words": ["(", "B", ")", "Plot", "of", "read", "pile", "-", "ups", "from", "MSM", "with", "inducible", "overexpression", "of", "MSMEG", "_", "0916", "shows", "ChIP", "-", "binding", "in", "the", "promoters", "of", "desA1", "and", "desA2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(B) Plot of read pile-ups from MSM with inducible overexpression of MSMEG_0916 shows ChIP-binding in the promoters of desA1 and desA2."}
{"words": ["Boxplots", "representing", "RPKM", "values", "from", "RNA", "-", "seq", "of", "MSM", "with", "inducible", "overexpression", "of", "MSMEG", "_", "0916", ".", "Significant", "log2", "fold", "change", "(", "FC", ")", "between", "uninduced", "(", "-", "ATc", ")", "and", "induced", "(", "+", "ATc", ")", "samples", "for", "MSMEG", "_", "0916", "(", "log2", "FC", "=", "4", ".", "99", ")", ",", "desA1", "(", "log2", "FC", "=", "-", "1", ".", "32", ")", "and", "desA2", "(", "log2", "FC", "=", "-", "1", ".", "8", ")", "with", "multiple", "hypothesis", "adjusted", "P", "-", "values", "<", "0", ".", "0001", ".", "Data", "is", "from", "three", "biological", "samples", "(", "induced", ")", "and", "nine", "biological", "samples", "(", "uninduced", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Boxplots representing RPKM values from RNA-seq of MSM with inducible overexpression of MSMEG_0916. Significant log2 fold change (FC) between uninduced (-ATc) and induced (+ATc) samples for MSMEG_0916 (log2 FC = 4.99), desA1 (log2 FC = -1.32) and desA2 (log2 FC = -1.8) with multiple hypothesis adjusted P-values < 0.0001. Data is from three biological samples (induced) and nine biological samples (uninduced)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Serial", "ten", "-", "fold", "dilutions", "of", "MTB", "H37Rv", "wild", "type", "(", "wt", ")", "and", "MTB", "with", "inducible", "overexpression", "of", "Rv0472c", "were", "spotted", "on", "7H10", "agar", "plates", "with", "or", "without", "ATc", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(A) Serial ten-fold dilutions of MTB H37Rv wild type (wt) and MTB with inducible overexpression of Rv0472c were spotted on 7H10 agar plates with or without ATc."}
{"words": ["(", "B", ")", "Argentation", "TLC", "of", "14C", "-", "labeled", "methyl", "esters", "of", "mycolic", "acids", "(", "MAMEs", ")", "obtained", "from", "apolar", "lipids", "and", "delipidated", "cell", "wall", "fractions", "of", "MSM", "wt", "and", "MSM", "with", "inducible", "overexpression", "of", "MSMEG", "_", "0916", ".", "The", "α", ",", "αʹ", ",", "epoxy", "(", "e", ")", "and", "cyclopropanated", "α", "-", "(", "X1", ")", "MAMES", "species", "are", "labeled", ".", "Faster", "-", "migrating", "species", "that", "co", "-", "migrated", "with", "α", "-", "MAMES", "and", "accumulate", "with", "induced", "MSMEG", "_", "0916", "overexpression", "are", "indicated", "as", "X2", "and", "X3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Argentation TLC of 14C-labeled methyl esters of mycolic acids (MAMEs) obtained from apolar lipids and delipidated cell wall fractions of MSM wt and MSM with inducible overexpression of MSMEG_0916. The α, αʹ, epoxy (e) and cyclopropanated α- (X1) MAMES species are labeled. Faster-migrating species that co-migrated with α-MAMES and accumulate with induced MSMEG_0916 overexpression are indicated as X2 and X3."}
{"words": ["(", "C", ")", "BCG", "wt", "and", "BCG", "with", "inducible", "overexpression", "of", "Rv0472c", "cultures", ",", "labeled", "with", "14C", "-", "acetate", ",", "were", "induced", "(", "+", "ATc", ")", "or", "uninduced", "(", "-", "ATc", ")", "for", "4", "h", "or", "8", "h", ".", "The", "total", "FAMEs", "and", "MAMEs", "were", "extracted", "and", "analyzed", "by", "autoradiography", "-", "TLC", "using", "equal", "counts", "(", "15", ",", "000", "cpm", ")", "for", "each", "lane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) BCG wt and BCG with inducible overexpression of Rv0472c cultures, labeled with 14C-acetate, were induced (+ATc) or uninduced (-ATc) for 4 h or 8 h. The total FAMEs and MAMEs were extracted and analyzed by autoradiography-TLC using equal counts (15,000 cpm) for each lane."}
{"words": ["IF", "by", "confocal", "microscopy", "performed", "on", "KRAB", "-", "HA", "overexpressing", "cells", ".", "Staining", "was", "performed", "with", "anti", "-", "HA", "(", "Alexa", "-", "488", ",", "green", ")", ",", "anti", "-", "HSPA5", "(", "Alexa", "-", "647", ",", "red", ")", "and", "DNA", "was", "stained", "with", "Dapi", "(", "blue", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "IF by confocal microscopy performed on KRAB-HA overexpressing cells. Staining was performed with anti-HA (Alexa-488, green), anti-HSPA5 (Alexa-647, red) and DNA was stained with Dapi (blue)."}
{"words": ["HA", "immunoprecipitation", "of", "stably", "expressed", "ZNF282", "-", "HA", "in", "cells", "previously", "transfected", "with", "ΔDUF3669", "-", "ZNF398", "-", "GFP", "and", "WT", "-", "ZNF398", "-", "GFP", "followed", "by", "detection", "of", "ZNF398", "constructs", "in", "the", "IPs", "through", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Bottom", ":", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "on", "the", "IPs", ".", "Input", "=", "Cellular", "lysate", ",", "IP", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HA immunoprecipitation of stably expressed ZNF282-HA in cells previously transfected with ΔDUF3669-ZNF398-GFP and WT-ZNF398-GFP followed by detection of ZNF398 constructs in the IPs through Western-Blot using an anti-GFP antibody. Bottom: Western-Blot using an anti-HA antibody on the IPs. Input = Cellular lysate, IP = Immunoprecipitate"}
{"words": ["Left", ":", "DUF3669", "-", "only", "and", "KRAB", "domain", "constructs", "used", ".", "Right", ":", "HA", "immunoprecipitation", "in", "cells", "previously", "co", "-", "transfected", "with", "ZNF398", "-", "DUF3669", "-", "HA", "and", "either", "ZNF282", "-", "KRAB", "-", "Flag", "or", "ZNF282", "-", "DUF3669", "-", "Flag", "followed", "by", "detection", "of", "either", "of", "these", "protein", "constructs", "in", "the", "IPs", "through", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "Bottom", ":", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "on", "the", "IPs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Left: DUF3669-only and KRAB domain constructs used. Right: HA immunoprecipitation in cells previously co-transfected with ZNF398-DUF3669-HA and either ZNF282-KRAB-Flag or ZNF282-DUF3669-Flag followed by detection of either of these protein constructs in the IPs through Western-Blot using an anti-Flag antibody. Bottom: Western-Blot using an anti-HA antibody on the IPs."}
{"words": ["Histograms", "representing", "the", "percentage", "of", "KZFPs", "(", "identified", "in", "Fig", ".", "3B", ")", "binding", "sites", "falling", "in", "TEs", "(", "red", ")", "or", "TSSs", "(", "blue", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Histograms representing the percentage of KZFPs (identified in Fig. 3B) binding sites falling in TEs (red) or TSSs (blue)."}
{"words": ["KZFPs", "binding", "sites", "on", "L1PA5", "and", "L1PA6", ".", "Top", ":", "boxes", "containing", "the", "interactors", "of", "KZFPs", "found", "enriched", "on", "L1PA5", ",", "6", ".", "Middle", ":", "plot", "showing", "the", "average", "ChIP", "-", "exo", "signals", "(", "scaled", "between", "0", "and", "1", ")", "for", "each", "selected", "KZFP", "plotted", "on", "top", "of", "L1PA5", "and", "L1PA6", "multiple", "sequence", "alignment", "(", "MSA", ")", ".", "Bottom", ":", "schematic", "representation", "of", "L1PA5", ",", "6", "different", "domains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KZFPs binding sites on L1PA5 and L1PA6. Top: boxes containing the interactors of KZFPs found enriched on L1PA5,6. Middle: plot showing the average ChIP-exo signals (scaled between 0 and 1) for each selected KZFP plotted on top of L1PA5 and L1PA6 multiple sequence alignment (MSA). Bottom: schematic representation of L1PA5,6 different domains."}
{"words": ["Human", "KZFPs", "KRAB", "domain", "A", "-", "boxes", "protein", "phylogenetic", "tree", "associated", "with", "their", "corresponding", "amino", "acid", "sequences", "colored", "according", "to", "the", "Clustal", "ZAPPO", "color", "scheme", "(", "residues", "sharing", "common", "physicochemical", "properties", "display", "the", "same", "color", ":", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "jal", "-", "view", ".", "org", "/", "help", "/", "html", "/", "colourSchemes", "/", "zappo", ".", "html", ")", ".", "This", "figure", "also", "displays", "a", "zoom", "-", "in", "on", "the", "variant", "KRAB", "domain", "cluster", "(", "right", ")", ".", "On", "this", "zoom", "-", "in", ",", "the", "tested", "vKZFPs", ",", "whose", "interactomes", "were", "defined", "in", "our", "study", ",", "were", "marked", "by", "an", "asterisk", ".", "D", ".", "Box", "plot", "representing", "KAP1FC", "values", "in", "function", "of", "KZFPs", "age", ".", "On", "a", "superimposed", "swarm", "plot", ",", "the", "individual", "vKZFPs", "corresponding", "KAP1FC", "values", "were", "represented", "by", "red", "dots", "and", "for", "their", "sKZFPs", "counterparts", ",", "by", "blue", "dots", ".", "Mann", "-", "Whitney", "two", "-", "sided", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human KZFPs KRAB domain A-boxes protein phylogenetic tree associated with their corresponding amino acid sequences colored according to the Clustal ZAPPO color scheme (residues sharing common physicochemical properties display the same color: http://www.jal- view.org/ help/html/colourSchemes/zappo.html). This figure also displays a zoom-in on the variant KRAB domain cluster (right). On this zoom-in, the tested vKZFPs, whose interactomes were defined in our study, were marked by an asterisk. D. Box plot representing KAP1FC values in function of KZFPs age. On a superimposed swarm plot, the individual vKZFPs corresponding KAP1FC values were represented by red dots and for their sKZFPs counterparts, by blue dots. Mann-Whitney two-sided rank test."}
{"words": ["Immunoprecipitations", "of", "HA", "-", "tagged", "KRAB", "domains", "in", "order", "to", "check", "
", "interaction", "with", "cKAP1", ".", "Co", "-", "transfection", "of", "Flag", "-", "tagged", "cKAP1", "(", "upper", "panel", ")", "or", "Flag", "-", "tagged", "hKAP1", "(", "lower", "panel", ")", "and", "HA", "-", "tagged", "ZNF398", "DUF3669", "domain", "negative", "control", ",", "H2ZYM4", "and", "M3XKG1", "cKRAB", "domains", "and", "ZNF93", "hKRAB", "domain", "in", "KAP1", "KO", "HAP1", "cells", "followed", "by", "HA", "-", "immunoprecipitation", ".", "cKAP1", "and", "hKAP1", "presence", "was", "revealed", "by", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "Input", "=", "Cellular", "lysate", ",", "IP", "=", "Immunoprecipitate", ".", "Western", "-", "Blot", "using", "an", "HA", "antibody", "on", "the", "IPs", "at", "the", "bottom", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitations of HA-tagged KRAB domains in order to check
 interaction with cKAP1. Co-transfection of Flag-tagged cKAP1 (upper panel) or Flag-tagged hKAP1 (lower panel) and HA-tagged ZNF398 DUF3669 domain negative control, H2ZYM4 and M3XKG1 cKRAB domains and ZNF93 hKRAB domain in KAP1 KO HAP1 cells followed by HA-immunoprecipitation. cKAP1 and hKAP1 presence was revealed by Western-Blot using an anti-Flag antibody. Input = Cellular lysate, IP = Immunoprecipitate. Western-Blot using an HA antibody on the IPs at the bottom."}
{"words": ["(", "D", ")", "smFISH", "images", "showing", "LAT", "RNA", "in", "Ntrk1", "-", "positive", "neurons", ".", "SCG", "-", "derived", "cultures", "were", "infected", "with", "HSV", "-", "1", "in", "the", "presence", "of", "ACV", "and", "allowed", "to", "establish", "latency", "over", "7", "days", "before", "being", "processed", "for", "smFISH", "using", "probes", "for", "HSV", "-", "1", "LAT", "(", "green", ")", "and", "neuronal", "marker", "Ntrk1", "(", "TrkA", ")", "(", "red", ")", "or", "fibroblast", "marker", "Col3a1", "(", "red", ")", ".", "Signal", "intensities", "for", "the", "LAT", "probe", "were", "quantified", "in", "neurons", "and", "fibroblasts", "and", "plotted", "by", "ImageJ", ".", "The", "percentage", "of", "LAT", "-", "positive", "cells", "were", "quantified", "and", "displayed", "as", "bar", "graphs", "with", "mean", "±", "SEM", ".", "Left", ":", "3", "biological", "replicates", ",", "signal", "intensities", "of", "50", "cells", "were", "quantified", "for", "each", "replicate", ".", "Middle", ":", "3", "biological", "replicates", ",", "signal", "intensities", "of", "30", "cells", "were", "quantified", "for", "each", "replicate", ".", "Right", ":", "the", "blue", "and", "red", "dots", "represent", "the", "number", "of", "biological", "replicates", "done", "for", "quantification", "of", "each", "cell", "type", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "P", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) smFISH images showing LAT RNA in Ntrk1-positive neurons. SCG-derived cultures were infected with HSV-1 in the presence of ACV and allowed to establish latency over 7 days before being processed for smFISH using probes for HSV-1 LAT (green) and neuronal marker Ntrk1 (TrkA) (red) or fibroblast marker Col3a1 (red). Signal intensities for the LAT probe were quantified in neurons and fibroblasts and plotted by ImageJ. The percentage of LAT-positive cells were quantified and displayed as bar graphs with mean ± SEM. Left: 3 biological replicates, signal intensities of 50 cells were quantified for each replicate. Middle: 3 biological replicates, signal intensities of 30 cells were quantified for each replicate. Right: the blue and red dots represent the number of biological replicates done for quantification of each cell type. Scale bar, 10 μm. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test. P values > 0.05 were not significant (ns)."}
{"words": ["(", "A", ")", "smFISH", "images", "showing", "selected", "viral", "mRNAs", "in", "reactivating", "neurons", "probed", "for", "ICP27", "(", "immediate", "-", "early", ")", ",", "UL30", "(", "early", ")", ",", "UL36", "(", "true", "-", "late", ")", "or", "cellular", "markers", ",", "Ntrk", "(", "neurons", ")", ",", "or", "Col3a1", "(", "fibroblasts", ")", ".", "Nuclear", "DNA", "was", "visualized", "using", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "To", "induce", "reactivation", ",", "latently", "-", "infected", "SCG", "-", "derived", "cultures", "were", "simultaneously", "treated", "with", "LY294002", "(", "20", "μM", ")", "and", "WAY", "-", "150138", "(", "20", "μg", "/", "mL", ")", "and", "cultured", "for", "48", "hrs", "prior", "to", "processing", "for", "smFISH", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) smFISH images showing selected viral mRNAs in reactivating neurons probed for ICP27 (immediate-early), UL30 (early), UL36 (true-late) or cellular markers, Ntrk (neurons), or Col3a1 (fibroblasts). Nuclear DNA was visualized using DAPI (blue). To induce reactivation, latently-infected SCG-derived cultures were simultaneously treated with LY294002 (20 μM) and WAY-150138 (20 μg/mL) and cultured for 48 hrs prior to processing for smFISH. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "percentage", "of", "cells", "positive", "for", "a", "viral", "mRNA", "or", "for", "GFP", "fluorescence", "was", "quantified", "at", "different", "time", "points", "and", "displayed", "as", "bar", "graphs", "with", "mean", "±", "SEM", ".", "Latently", "-", "infected", "cultures", "were", "untreated", "(", "latent", ")", "or", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "18", ",", "48", ",", "or", "72", "hrs", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "the", "value", "from", "each", "biological", "replicate", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The percentage of cells positive for a viral mRNA or for GFP fluorescence was quantified at different time points and displayed as bar graphs with mean ± SEM. Latently-infected cultures were untreated (latent) or treated with LY294002 and WAY-150138 for 18, 48, or 72 hrs. Each dot corresponds to the value from each biological replicate. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Reactivating", "neurons", "probed", "simultaneously", "for", "two", "separate", "viral", "productive", "cycle", "mRNAs", ".", "Signal", "overlap", "is", "evident", "as", "white", "or", "yellow", "nuclear", "foci", "in", "the", "merge", ".", "Bar", ",", "10", "μm", ".", "In", "(", "D", ")", ",", "the", "percentage", "of", "positive", "nuclei", "with", "overlapping", "UL30", "and", "UL36", "smFISH", "signals", "were", "quantified", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Reactivating neurons probed simultaneously for two separate viral productive cycle mRNAs. Signal overlap is evident as white or yellow nuclear foci in the merge. Bar, 10 μm. In (D), the percentage of positive nuclei with overlapping UL30 and UL36 smFISH signals were quantified as the mean ± SEM (n=3 biological replicates). Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test."}
{"words": ["(", "B", ")", "Differential", "gene", "expression", "analysis", "of", "cellular", "transcripts", "showed", "a", "significant", "upregulation", "of", "at", "least", "19", "viral", "transcript", "units", "(", "TU", ")", "and", "a", "subset", "of", "cellular", "genes", "in", "neurons", "undergoing", "reactivation", "Three", "host", "transcripts", "were", "also", "downregulated", ".", "Gadd45b", "is", "highlighted", "with", "a", "green", "asterisk", ".", "Vertical", "hashed", "blue", "lines", "indicate", "Log2", "fold", "changes", ">", "1", ".", "5", "and", "<", "-", "1", ".", "5", ",", "while", "the", "horizontal", "hashed", "blue", "line", "indicates", "an", "adjusted", "p", "-", "value", "of", "0", ".", "01", ".", "Significantly", "regulated", "genes", "are", "named", "and", "shown", "as", "magenta", "circles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Differential gene expression analysis of cellular transcripts showed a significant upregulation of at least 19 viral transcript units (TU) and a subset of cellular genes in neurons undergoing reactivation Three host transcripts were also downregulated. Gadd45b is highlighted with a green asterisk. Vertical hashed blue lines indicate Log2 fold changes >1.5 and < -1.5, while the horizontal hashed blue line indicates an adjusted p-value of 0.01. Significantly regulated genes are named and shown as magenta circles."}
{"words": ["(", "A", ")", "smFISH", "images", "showing", "nuclear", "Gadd45b", "mRNA", "in", "latent", "(", "UL36", "-", "negative", ")", "neurons", "and", "nuclear", "/", "cytoplasmic", "Gadd45b", "mRNA", "in", "viral", "UL36", "-", "positive", "neurons", ".", "Latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "48", "hrs", "were", "processed", "using", "smFISH", "to", "detect", "Gadd45b", "(", "green", ")", "and", "viral", "UL36", "(", "red", ")", "mRNA", "levels", "and", "colocalization", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "(", "B", ")", "smFISH", "images", "processed", "as", "in", "(", "A", ")", "showing", "nuclear", "Gadd45b", "mRNA", "in", "uninfected", "neurons", "at", "48", "hrs", "post", "treatment", "with", "LY294002", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) smFISH images showing nuclear Gadd45b mRNA in latent (UL36-negative) neurons and nuclear/cytoplasmic Gadd45b mRNA in viral UL36-positive neurons. Latently-infected SCG neurons treated with LY294002 and WAY-150138 for 48 hrs were processed using smFISH to detect Gadd45b (green) and viral UL36 (red) mRNA levels and colocalization. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bar, 10 μm. (B) smFISH images processed as in (A) showing nuclear Gadd45b mRNA in uninfected neurons at 48 hrs post treatment with LY294002. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "percentage", "of", "HSV", "-", "1", "latently", "-", "infected", "neurons", "or", "reactivating", "neurons", "at", "48", "hrs", "post", "treatment", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "were", "scored", "for", "either", "predominantly", "nuclear", "or", "nuclear", "/", "cytoplasmic", "Gadd45b", "mRNA", "localization", "and", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "purple", "dot", "represents", "a", "biological", "replicate", "experiment", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "nuclear", "or", "nuclear", "/", "cytoplasmic", "Gadd45b", "mRNA", "in", "uninfected", "neurons", "at", "48", "hrs", "post", "treatment", "with", "either", "LY294002", "or", "in", "DMSO", ".", "Each", "light", "blue", "dot", "represents", "a", "biological", "replicate", "experiment", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The percentage of HSV-1 latently-infected neurons or reactivating neurons at 48 hrs post treatment with LY294002 and WAY-150138 were scored for either predominantly nuclear or nuclear/cytoplasmic Gadd45b mRNA localization and displayed as mean ± SEM. Each purple dot represents a biological replicate experiment. (F) Quantification of nuclear or nuclear/cytoplasmic Gadd45b mRNA in uninfected neurons at 48 hrs post treatment with either LY294002 or in DMSO. Each light blue dot represents a biological replicate experiment. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ****, p<0.0001)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Combined", "smFISH", "and", "immunofluorescence", "(", "IF", ")", "images", "showing", "high", "GFP", "-", "expressing", "neurons", "(", "GFP", "-", "positive", ")", "or", "low", "GFP", "-", "expressing", "(", "GFP", "absent", ")", "neurons", "simultaneously", "probed", "for", "Gadd45b", "mRNA", ".", "Reactivation", "was", "induced", "by", "treatment", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "60", "hrs", "and", "processed", "for", "simultaneous", "smFISH", "and", "IF", "staining", ".", "Right", "panel", "shows", "quantification", "(", "as", "in", "G", ")", "of", "the", "smFISH", "signal", "intensity", "of", "Gadd45b", "mRNA", "and", "IF", "signal", "intensity", "of", "GFP", "protein", "at", "48", "hrs", "post", "treatment", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "The", "signal", "intensity", "was", "quantified", ",", "plotted", ",", "and", "analysed", "by", "ImageJ", ".", "Bar", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", ":", "R", "and", "R", "square", "values", "were", "calculated", "using", "Correlation", "analysis", "by", "Prism", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Combined smFISH and immunofluorescence (IF) images showing high GFP-expressing neurons (GFP-positive) or low GFP-expressing (GFP absent) neurons simultaneously probed for Gadd45b mRNA. Reactivation was induced by treatment with LY294002 and WAY-150138 for 60 hrs and processed for simultaneous smFISH and IF staining. Right panel shows quantification (as in G) of the smFISH signal intensity of Gadd45b mRNA and IF signal intensity of GFP protein at 48 hrs post treatment with LY294002 and WAY-150138 (n=3 biological replicates). The signal intensity was quantified, plotted, and analysed by ImageJ. Bar, 10 μm. Data information: : R and R square values were calculated using Correlation analysis by Prism 8."}
{"words": ["(", "A", ")", "Viral", "DNA", "polymerase", "inhibitor", "phosphonoacetic", "acid", "(", "PAA", ",", "300", "μg", "/", "ml", ")", "treatment", "suppressed", "Gadd45b", "mRNA", "expression", ".", "Latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "were", "treated", "with", "LY294002", "for", "18", "hrs", "to", "induce", "reactivation", "then", "treated", "with", "or", "without", "PAA", "until", "the", "termination", "time", "-", "points", "indicated", ".", "RNA", "was", "then", "collected", "and", "levels", "of", "Gadd45b", "mRNA", "quantified", "by", "RT", "-", "qPCR", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ",", "the", "bars", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ")", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Viral DNA polymerase inhibitor phosphonoacetic acid (PAA, 300 μg/ml) treatment suppressed Gadd45b mRNA expression. Latently-infected SCG neurons were treated with LY294002 for 18 hrs to induce reactivation then treated with or without PAA until the termination time-points indicated. RNA was then collected and levels of Gadd45b mRNA quantified by RT-qPCR (n=3 biological replicates, the bars and error bars are mean ± SD). Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunofluorescence", "images", "showing", "nuclear", "-", "enriched", "Gadd45b", "in", "uninfected", "neurons", "at", "72", "hrs", "post", "treatment", "with", "LY294002", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", ".", "(", "D", ")", "The", "signal", "intensity", "quantification", "showing", "the", "ratio", "of", "nuclear", "/", "cytoplasmic", "Gadd45b", "at", "72", "hrs", "post", "treatment", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "neurons", ".", "The", "signal", "intensity", "was", "quantified", "by", "ImageJ", ".", "3", "biological", "replicates", ",", "10", "EdU", "positive", "cells", "and", "10", "EdU", "negative", "cells", "were", "quantified", "for", "each", "replicate", ".", "The", "horizonal", "line", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ".", "(", "E", ")", "The", "percentage", "of", "Gadd45b", "nuclear", "puncta", "-", "localized", "neurons", "were", "quantified", "from", "latent", "neurons", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "72", "hrs", ".", "Each", "dot", "represents", "each", "biological", "replicate", ";", "20", "cells", "were", "quantified", "for", "each", "replicate", ".", "The", "bars", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunofluorescence images showing nuclear-enriched Gadd45b in uninfected neurons at 72 hrs post treatment with LY294002. Scale bar, 20 μm. (D) The signal intensity quantification showing the ratio of nuclear/cytoplasmic Gadd45b at 72 hrs post treatment with LY294002 and WAY-150138 neurons. The signal intensity was quantified by ImageJ. 3 biological replicates, 10 EdU positive cells and 10 EdU negative cells were quantified for each replicate. The horizonal line and error bars are mean ± SD. (E) The percentage of Gadd45b nuclear puncta-localized neurons were quantified from latent neurons treated with LY294002 and WAY-150138 for 72 hrs. Each dot represents each biological replicate; 20 cells were quantified for each replicate. The bars and error bars are mean ± SD. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test."}
{"words": ["(", "G", ")", "Latent", "SCG", "neurons", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "72", "hrs", ",", "the", "Gadd45b", "nuclear", "puncta", "-", "presenting", "neurons", "were", "ICP4", "negative", "(", "none", "observed", "in", "over", "60", "Gadd45b", "nuclear", "puncta", "-", "positive", "neurons", ")", ",", "but", "a", "small", "population", "(", "~", "5", "%", ")", "in", "Gadd45b", "nuclear", "-", "enriched", "neurons", "were", "ICP4", "positive", ".", "Scale", "bar", ",", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Latent SCG neurons treated with LY294002 and WAY-150138 for 72 hrs, the Gadd45b nuclear puncta-presenting neurons were ICP4 negative (none observed in over 60 Gadd45b nuclear puncta-positive neurons), but a small population (~5%) in Gadd45b nuclear-enriched neurons were ICP4 positive. Scale bar, 20 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Depletion", "of", "Gadd45b", "expression", "using", "lentiviral", "-", "transduced", "shRNAs", "in", "latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "case", "cause", "HSV", "-", "1", "reactivation", ".", "HSV1", "-", "GFP", "-", "Us11", "latently", "-", "infected", "cultures", "were", "infected", "with", "lentiviruses", "expressing", "either", "two", "different", "shRNAs", "against", "Gadd45b", "mRNA", "or", "a", "non", "-", "silencing", "shRNA", "(", "NS", ")", ".", "Reactivation", "was", "quantified", "by", "scoring", "the", "percentage", "of", "wells", "expressing", "GFP", "after", "5", "days", ".", "Knockdown", "efficiencies", "for", "individual", "shRNAs", "in", "latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "were", "confirmed", "by", "RT", "-", "qPCR", "using", "RNA", "collected", "in", "parallel", ".", "Reactivation", "rates", "were", "quantified", "from", "30", "wells", "for", "each", "condition", ",", "3", "biological", "replicates", ".", "RT", "-", "qPCR", "were", "quantified", "from", "3", "biological", "replicates", ".", "The", "bars", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "P", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Depletion of Gadd45b expression using lentiviral-transduced shRNAs in latently-infected SCG neurons case cause HSV-1 reactivation. HSV1-GFP-Us11 latently-infected cultures were infected with lentiviruses expressing either two different shRNAs against Gadd45b mRNA or a non-silencing shRNA (NS). Reactivation was quantified by scoring the percentage of wells expressing GFP after 5 days. Knockdown efficiencies for individual shRNAs in latently-infected SCG neurons were confirmed by RT-qPCR using RNA collected in parallel. Reactivation rates were quantified from 30 wells for each condition, 3 biological replicates. RT-qPCR were quantified from 3 biological replicates. The bars and error bars are mean ± SD. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test. P values > 0.05 were not significant (ns)."}
{"words": ["(", "B", ")", "smFISH", "shows", "that", "depletion", "of", "Gadd45b", "leads", "to", "increased", "UL36", "expression", ".", "smFISH", "was", "performed", "3", "days", "post", "-", "lentiviral", "transduction", ".", "smFISH", "signals", "were", "quantified", "and", "plotted", "using", "ImageJ", "and", "Prism", ".", "Left", ":", "3", "biological", "replicates", ",", "30", "cells", "were", "quantified", "for", "each", "replicate", ".", "The", "horizonal", "lines", "are", "mean", ".", "Right", ":", "3", "biological", "replicates", ".", "The", "horizonal", "lines", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) smFISH shows that depletion of Gadd45b leads to increased UL36 expression. smFISH was performed 3 days post-lentiviral transduction. smFISH signals were quantified and plotted using ImageJ and Prism. Left: 3 biological replicates, 30 cells were quantified for each replicate. The horizonal lines are mean. Right: 3 biological replicates. The horizonal lines and error bars are mean ± SD."}
{"words": ["(", "C", ")", "Ectopic", "expression", "of", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "inhibits", "viral", "mRNA", "expression", ".", "Lentivirus", "-", "delivered", "ectopic", "expression", "of", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "in", "SCG", "neurons", "was", "confirmed", "by", "immunoblotting", ".", "Latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "were", "transduced", "with", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "for", "3", "days", "and", "then", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "to", "induce", "reactivation", ".", "RNA", "was", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "-", "points", "(", "LY", "treatment", "for", "18", "or", "72", "hours", ")", "and", "levels", "of", "viral", "UL36", "mRNA", "quantified", "by", "RT", "-", "qPCR", ".", "3", "biological", "replicates", ".", "The", "bars", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "P", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Ectopic expression of Gadd45b-Myc-Flag inhibits viral mRNA expression. Lentivirus-delivered ectopic expression of Gadd45b-Myc-Flag in SCG neurons was confirmed by immunoblotting. Latently-infected SCG neurons were transduced with Gadd45b-Myc-Flag for 3 days and then treated with LY294002 and WAY-150138 to induce reactivation. RNA was collected at the indicated time-points (LY treatment for 18 or 72 hours) and levels of viral UL36 mRNA quantified by RT-qPCR. 3 biological replicates. The bars and error bars are mean ± SD. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test. P values > 0.05 were not significant (ns)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Ectopic", "expression", "of", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "antagonizes", "LY294002", "-", "induced", "HSV", "-", "1", "reactivation", ".", "Latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "were", "either", "transduced", "with", "vector", "control", "(", "Ctrl", ")", "or", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "from", "lentivirus", "for", "3", "days", "prior", "to", "addition", "of", "LY294002", ".", "Reactivation", "was", "quantified", "by", "scoring", "the", "percentage", "of", "wells", "expressing", "GFP", "fluorescence", "at", "the", "indicated", "days", ".", "The", "percentage", "of", "wells", "expressing", "GFP", "-", "positive", "was", "scored", "as", "the", "mean", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Reactivation", "rates", "were", "quantified", "from", "30", "wells", "for", "each", "condition", ",", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Ectopic expression of Gadd45b-Myc-Flag antagonizes LY294002-induced HSV-1 reactivation. Latently-infected SCG neurons were either transduced with vector control (Ctrl) or Gadd45b-Myc-Flag from lentivirus for 3 days prior to addition of LY294002. Reactivation was quantified by scoring the percentage of wells expressing GFP fluorescence at the indicated days. The percentage of wells expressing GFP-positive was scored as the mean ± SEM (n=3 biological replicates). Reactivation rates were quantified from 30 wells for each condition, 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "F", ")", "Ectopic", "expression", "of", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "suppressed", "viral", "ICP4", "mRNA", "expression", ".", "Latently", "-", "infected", "SCG", "neurons", "were", "transduced", "with", "Gadd45b", "for", "3", "days", "and", "then", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "for", "72", "hrs", ".", "Viral", "ICP4", "mRNA", "was", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "3", "biological", "replicates", ".", "The", "bars", "and", "error", "bars", "are", "mean", "±", "SD", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "P", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Ectopic expression of Gadd45b-Myc-Flag suppressed viral ICP4 mRNA expression. Latently-infected SCG neurons were transduced with Gadd45b for 3 days and then treated with LY294002 and WAY-150138 for 72 hrs. Viral ICP4 mRNA was quantified by qRT-PCR. 3 biological replicates. The bars and error bars are mean ± SD. Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test. P values > 0.05 were not significant (ns)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Immunoblots", "for", "viral", "ICP4", "protein", "in", "latent", "SCG", "neurons", "treated", "with", "LY294002", "and", "WAY", "-", "150138", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Gadd45b", "-", "Myc", "-", "Flag", "was", "quantified", "by", "ImageJ", "(", "n", "=", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "P", "values", "equal", "to", "or", "less", "than", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", ",", "asterisks", "denote", "statistical", "significance", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "using", "two", "-", "tailed", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "P", "values", ">", "0", ".", "05", "were", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Immunoblots for viral ICP4 protein in latent SCG neurons treated with LY294002 and WAY-150138 in the presence or absence of Gadd45b-Myc-Flag was quantified by ImageJ (n=3 biological replicates). Data information: P values equal to or less than 0.05 were considered significant, asterisks denote statistical significance (*, p<0.05; ***, p<0.001; ****, p<0.0001). P values are calculated using two-tailed unpaired Student's t test. P values > 0.05 were not significant (ns)."}
{"words": ["(", "A", ")", "PKH26", "(", "PE", ")", "-", "labelled", "RM1", "(", "V500", "/", "eCFP", ")", "cells", "were", "injected", "intracardiac", "(", "IC", ")", "into", "C57BL", "/", "6", "mice", "and", "FACS", "-", "isolated", "from", "bones", "with", "evident", "tumor", "burden", "(", "8", "individual", "mice", "across", "5", "independent", "experiments", ")", "from", "day", "16", "onward", "and", "individual", "dormant", "and", "proliferating", "cells", "were", "isolated", "for", "scRNA", "-", "seq", ".", "Representative", "tumor", "burden", "at", "the", "whole", "mouse", "level", "and", "in", "bone", "shown", "by", "bioluminescence", "with", "representative", "FACS", "plots", "of", "PKH", "+", "(", "PE", "/", "V500", ")", "and", "PKH", "-", "(", "V500", ")", "RM1", "cells", "and", "bone", "marrow", "cells", "(", "grey", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PKH26 (PE)-labelled RM1 (V500/eCFP) cells were injected intracardiac (IC) into C57BL/6 mice and FACS-isolated from bones with evident tumor burden (8 individual mice across 5 independent experiments) from day 16 onward and individual dormant and proliferating cells were isolated for scRNA-seq. Representative tumor burden at the whole mouse level and in bone shown by bioluminescence with representative FACS plots of PKH+ (PE/V500) and PKH- (V500) RM1 cells and bone marrow cells (grey)."}
{"words": ["(", "B", ")", "goana", "gene", "ontology", "(", "GO", ")", "analysis", "(", "limma", ")", "of", "all", "DE", "genes", "enriched", "in", "proliferating", "(", "PKH", "-", ";", "n", "=", "32", ")", "cells", "compared", "to", "dormant", "cells", "(", "PKH", "+", ";", "n", "=", "28", ")", ".", "Gene", "sets", "appear", "in", "order", "of", "significance", "(", "p", "value", ")", "with", "color", "representing", "fold", "enrichment", "and", "bar", "width", "indicating", "the", "number", "of", "genes", "in", "each", "process", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) goana gene ontology (GO) analysis (limma) of all DE genes enriched in proliferating (PKH-; n = 32) cells compared to dormant cells (PKH+; n = 28). Gene sets appear in order of significance (p value) with color representing fold enrichment and bar width indicating the number of genes in each process."}
{"words": ["(", "C", ")", "goana", "GO", "analysis", "(", "limma", ")", "of", "all", "DE", "genes", "uniquely", "enriched", "in", "PKH", "+", "compared", "to", "PKH", "-", "cells", ".", "Gene", "sets", "appear", "in", "order", "of", "significance", "(", "p", "value", ")", "with", "color", "representing", "fold", "enrichment", "and", "bar", "width", "indicating", "the", "number", "of", "genes", "in", "each", "process", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) goana GO analysis (limma) of all DE genes uniquely enriched in PKH+ compared to PKH- cells. Gene sets appear in order of significance (p value) with color representing fold enrichment and bar width indicating the number of genes in each process."}
{"words": ["(", "E", ")", "Heatmap", "of", "relative", "BASiCS", "-", "derived", "log2", "(", "denoised", "counts", "+", "1", ")", "of", "type", "I", "IRGs", "(", "upregulated", ">", "2", "-", "fold", "in", "the", "INTERFEROME", "in", "at", "least", "one", "dataset", ")", "that", "are", "differentially", "expressed", "between", "all", "dormant", "and", "active", "cells", "with", "no", "residual", "over", "-", "dispersion", ".", "Mice", "IDs", "for", "each", "sample", "are", "indicated", ",", "along", "with", "type", "I", "IRGs", "that", "are", "identified", "as", "such", "in", "at", "least", "30", "INTERFEROME", "datasets", ".", "Genes", "are", "displayed", "if", "detected", "in", "at", "least", "10", "samples", "per", "population", ".", "Samples", "with", "zero", "counts", "for", "individual", "genes", "are", "represented", "in", "white", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Heatmap of relative BASiCS-derived log2(denoised counts + 1) of type I IRGs (upregulated > 2-fold in the INTERFEROME in at least one dataset) that are differentially expressed between all dormant and active cells with no residual over-dispersion. Mice IDs for each sample are indicated, along with type I IRGs that are identified as such in at least 30 INTERFEROME datasets. Genes are displayed if detected in at least 10 samples per population. Samples with zero counts for individual genes are represented in white."}
{"words": ["(", "F", ")", "Dot", "plot", "of", "BASiCS", "-", "derived", "log2", "(", "denoised", "counts", "+", "1", ")", "of", "key", "DE", "IRGs", "expressed", "in", ">", "5", "dormant", "cells", "associated", "with", "immune", "-", "activatory", "processes", "(", "among", "one", "of", "the", "most", "enriched", "types", "of", "biological", "pathway", "determined", "by", "GO", "analyses", ")", "present", "for", "all", "single", "cells", "ranked", "by", "ExpLogFC", "(", "Fig", ".", "1c", ")", ".", "Open", "circles", "are", "zero", "counts", ".", "Bars", "indicate", "mean", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Dot plot of BASiCS-derived log2(denoised counts + 1) of key DE IRGs expressed in > 5 dormant cells associated with immune-activatory processes (among one of the most enriched types of biological pathway determined by GO analyses) present for all single cells ranked by ExpLogFC (Fig. 1c). Open circles are zero counts. Bars indicate mean expression."}
{"words": ["(", "A", "Bulk", "RNA", "-", "seq", "analysis", "of", "DE", "genes", "(", "DEG", ")", "significantly", "suppressed", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ";", "generalized", "linear", "model", "extraction", "(", "GLM", ")", "by", "edgeR", ")", "in", "proliferating", "RM1", "bone", "-", "derived", "(", "BD", ")", "cells", "compared", "to", "parental", "RM1", "and", "lung", "metastases", ".", "Tumor", "-", "intrinsic", "type", "I", "IFN", "signaling", "is", "suppressed", "in", "proliferating", "bone", "lesions", "(", "n", "=", "1", ")", "compared", "to", "parental", "RM1", "(", "n", "=", "2", ")", "cells", "as", "shown", "by", "(", "A", ")", "camera", "analysis", "of", "Hallmark", "gene", "set", "responses", "associated", "with", "bone", "metastasis", "(", "bar", "length", "is", "the", "-", "log10FDR", ";", "false", "discovery", "rate", ")", ".", "Color", "indicates", "mean", "log2fold", "change", "(", "FC", ")", "of", "all", "genes", "in", "gene", "set", ".", "Bar", "width", "is", "relative", "gene", "set", "size", ".", "Dashed", "line", "shows", "FDR", "=", "0", ".", "05", ";", "(", "B", ")", "barcode", "plot", "showing", "enrichment", "of", "the", "Hallmark", "IFN", "-", "α", "response", "gene", "set", "in", "genes", "suppressed", "in", "bone", "metastases", ",", "using", "the", "signed", "log", "-", "likelihood", "ratio", "statistic", "(", "EdgeR", ")", ".", "Bars", "indicate", "value", "of", "the", "statistic", "for", "each", "gene", "in", "the", "gene", "set", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A Bulk RNA-seq analysis of DE genes (DEG) significantly suppressed (FDR < 0.05; generalized linear model extraction (GLM) by edgeR) in proliferating RM1 bone-derived (BD) cells compared to parental RM1 and lung metastases. Tumor-intrinsic type I IFN signaling is suppressed in proliferating bone lesions (n = 1) compared to parental RM1 (n = 2) cells as shown by (A) camera analysis of Hallmark gene set responses associated with bone metastasis (bar length is the -log10FDR; false discovery rate). Color indicates mean log2fold change (FC) of all genes in gene set. Bar width is relative gene set size. Dashed line shows FDR = 0.05; (B) barcode plot showing enrichment of the Hallmark IFN-α response gene set in genes suppressed in bone metastases, using the signed log-likelihood ratio statistic (EdgeR). Bars indicate value of the statistic for each gene in the gene set;"}
{"words": ["(", "C", ")", "log2FC", "values", "of", "key", "downregulated", "IRGs", ",", "with", "genes", "retained", "in", "dormant", "cells", "and", "classical", "downstream", "IFN", "signaling", "targets", "indicated", ".", "Altered", "IRGs", "directly", "involved", "in", "IFN", "-", "α", "/", "β", "production", "(", "light", "blue", ")", "compared", "to", "downstream", "IFN", "targets", "(", "dark", "blue", ")", "are", "segregated", ".", "p", "values", "represented", "as", "*", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "<", "0", ".", "005", "and", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0005", ";", "GLM", "by", "edgeR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) log2FC values of key downregulated IRGs, with genes retained in dormant cells and classical downstream IFN signaling targets indicated. Altered IRGs directly involved in IFN-α/β production (light blue) compared to downstream IFN targets (dark blue) are segregated. p values represented as * < 0.05, ** < 0.005 and *** < 0.0005; GLM by edgeR."}
{"words": ["(", "E", ")", "Heatmap", "of", "mean", "normalized", "voom", "expression", "of", "IRGs", "suppressed", "in", "RM1", "bone", "metastases", "(", "n", "=", "1", ")", "compared", "to", "lung", "metastases", "(", "n", "=", "1", ")", "and", "parental", "cells", "(", "n", "=", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Heatmap of mean normalized voom expression of IRGs suppressed in RM1 bone metastases (n = 1) compared to lung metastases (n = 1) and parental cells (n = 2)."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "validation", "of", "Irf7", "and", "Irf9", "downregulation", "in", "RM1", "cells", "from", "bone", "metastases", "(", "RMI", "BD", ")", "compared", "to", "parental", "RM1", "cells", ",", "lung", "metastases", "(", "RM1", "lung", ")", "and", "naïve", "bone", "marrow", "(", "BM", ")", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ")", ".", "p", "values", "represented", "as", "*", "*", "<", "0", ".", "005", "and", "*", "*", "*", "<", "0", ".", "0005", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR validation of Irf7 and Irf9 downregulation in RM1 cells from bone metastases (RMI BD) compared to parental RM1 cells, lung metastases (RM1 lung) and naïve bone marrow (BM) (n = 3 mice per group). p values represented as ** < 0.005 and *** < 0.0005 (Student's t test)."}
{"words": ["(", "G", ")", "qRT", "-", "PCR", "of", "Irf7", "and", "Irf9", "downregulation", "in", "parental", "RM1", "cells", ",", "RM1", "cells", "from", "bone", "metastases", "(", "RM1", "BD", ")", "in", "WT", "and", "Ifnar1", "deficient", "(", "-", "/", "-", ")", "mice", ",", "with", "naïve", "BM", "from", "WT", "and", "Ifnar1", "(", "-", "/", "-", ")", "animals", "for", "reference", ".", "(", "n", "=", "3", "mice", "per", "group", ";", "n", "=", "1", "for", "-", "/", "-", "BM", "control", ")", ".", "p", "values", "represented", "as", "*", "<", "0", ".", "05", "and", "*", "*", "<", "0", ".", "005", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) qRT-PCR of Irf7 and Irf9 downregulation in parental RM1 cells, RM1 cells from bone metastases (RM1 BD) in WT and Ifnar1 deficient (-/-) mice, with naïve BM from WT and Ifnar1 (-/-) animals for reference. (n = 3 mice per group; n = 1 for -/- BM control). p values represented as * < 0.05 and ** < 0.005 (Student's t test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Stability", "of", "Irf7", "and", "Irf9", "mRNA", "suppression", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "ex", "vivo", "bone", "-", "derived", "cells", "(", "RM1", "BD", "Irf", "-", ";", "n", "=", "7", ")", "in", "culture", "compared", "to", "a", "bone", "-", "derived", "line", "that", "showed", "initial", "loss", "during", "early", "passage", "(", "RM1", "BD", "REV", "(", "EP", ")", ";", "n", "=", "3", ")", "then", "reverted", "to", "parental", "expression", "levels", "at", "late", "passage", "(", "RM1", "BD", "REV", "(", "LP", ")", ";", "n", "=", "4", ")", "compared", "to", "parental", "RM1", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Stability of Irf7 and Irf9 mRNA suppression by qRT-PCR in ex vivo bone-derived cells (RM1 BD Irf-; n = 7) in culture compared to a bone-derived line that showed initial loss during early passage (RM1 BD REV (EP); n = 3) then reverted to parental expression levels at late passage (RM1 BD REV (LP); n = 4) compared to parental RM1 (n = 3)."}
{"words": ["(", "B", ")", "ELISA", "of", "IFN", "-", "α", "production", "by", "RM1", "parental", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "RM1", "bone", "-", "derived", "Irf", "low", "(", "RM1", "BD", "Irf", "-", ";", "n", "=", "4", ")", "and", "RM1", "BD", "REV", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", "subsequent", "to", "poly", "I", ":", "C", "stimulation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "(B) ELISA of IFN-α production by RM1 parental (n = 3), RM1 bone-derived Irf low (RM1 BD Irf-; n = 4) and RM1 BD REV cells (n = 3) subsequent to poly I:C stimulation."}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Irf7", "and", "Irf9", "expression", "in", "RM1", "BD", "Irf", "-", "cells", "±", "48", "h", "treatment", "with", "MS275", "(", "1", "μM", ")", "(", "n", "=", "7", "-", "9", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qRT-PCR analysis of Irf7 and Irf9 expression in RM1 BD Irf- cells ± 48 h treatment with MS275 (1 μM) (n = 7-9)."}
{"words": ["(", "e", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Irf7", "and", "Irf9", "expression", "in", "parental", "RM1", "cells", "(", "n", "=", "4", ")", "48", "h", "post", "-", "contact", "culture", "with", "naïve", "BM", "(", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) qRT-PCR analysis of Irf7 and Irf9 expression in parental RM1 cells (n = 4) 48 h post-contact culture with naïve BM (n = 6)."}
{"words": ["(", "F", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Irf9", "expression", "in", "parental", "RM1", "cells", "±", "48", "h", "co", "-", "culture", "with", "naïve", "BM", "under", "contact", "(", "non", "-", "transwell", ";", "NT", ")", "and", "transwell", "(", "0", ".", "4", "μm", "filters", "that", "prevent", "cell", "contact", ")", "conditions", "(", "n", "=", "6", "-", "8", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) qRT-PCR analysis of Irf9 expression in parental RM1 cells ± 48 h co-culture with naïve BM under contact (non-transwell; NT) and transwell (0.4 μm filters that prevent cell contact) conditions (n = 6-8 per condition)."}
{"words": ["(", "G", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "Irf9", "expression", "in", "parental", "RM1", "cells", "±", "48", "h", "contact", "co", "-", "culture", "with", "naïve", "BM", "±", "MS275", "(", "1", "μM", ")", "(", "n", "=", "3", "-", "6", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) qRT-PCR analysis of Irf9 expression in parental RM1 cells ± 48 h contact co-culture with naïve BM ± MS275 (1 μM) (n = 3-6 per condition)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Bone", "metastasis", "-", "free", "survival", "in", "WT", "C57BL", "/", "6", "mice", "harboring", "RM1", "parental", ",", "RM1", "BD", "Irf", "-", "and", "RM1", "BD", "REV", "(", "LP", ")", "tumors", "(", "n", "=", "5", "per", "group", ";", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0043", "by", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Bone metastasis-free survival in WT C57BL/6 mice harboring RM1 parental, RM1 BD Irf- and RM1 BD REV (LP) tumors (n = 5 per group; **p = 0.0043 by log-rank (Mantel-Cox) test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "ELISA", "of", "IFN", "-", "α", "production", "by", "RM1", "parental", ",", "RM1", "BD", "Irf", "-", "base", "vector", "(", "BV", ")", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "over", "-", "expressing", "(", "OE", ")", "with", "24", "h", "poly", "I", ":", "C", "stimulation", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) ELISA of IFN-α production by RM1 parental, RM1 BD Irf- base vector (BV) and RM1 BD Irf7 over-expressing (OE) with 24 h poly I:C stimulation (n = 4)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Bone", "metastasis", "-", "free", "survival", "in", "WT", "C57BL", "/", "6", "mice", "subsequent", "to", "IC", "inoculation", "of", "RM1", "BD", "Irf", "-", "BV", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "(", "n", "=", "7", ")", "cells", "(", "*", "*", "p", "=", "0", ".", "0028", "by", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Bone metastasis-free survival in WT C57BL/6 mice subsequent to IC inoculation of RM1 BD Irf- BV (n = 9) and RM1 BD Irf7 OE (n = 7) cells (**p = 0.0028 by log-rank (Mantel-Cox) test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bone", "metastasis", "-", "free", "survival", "in", "Ifnar1", "-", "/", "-", "mice", "harboring", "RM1", "BD", "Irf", "-", "BV", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "tumors", "(", "n", "=", "4", "per", "group", ")", "and", "representative", "bioluminescent", "imaging", "of", "tumor", "burden", "in", "leg", "bones", "(", "also", "shown", "in", "Appendix", "Fig", "S4F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bone metastasis-free survival in Ifnar1 -/- mice harboring RM1 BD Irf- BV and RM1 BD Irf7 OE tumors (n = 4 per group) and representative bioluminescent imaging of tumor burden in leg bones (also shown in Appendix Fig S4F)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Immunohistochemical", "(", "IHC", ")", "staining", "for", "cerulean", "(", "anti", "-", "eCFP", ";", "green", ")", "on", "naïve", "WT", "bone", ",", "RM1", "parental", ",", "RM1", "BD", "Irf", "-", "BV", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "tumor", "-", "bearing", "bones", "derived", "from", "WT", "animals", ";", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "tumor", "-", "bearing", "bones", "derived", "from", "Ifnar1", "-", "/", "-", "animals", "at", "survival", "assay", "endpoints", ".", "Blue", "represents", "DAPI", "nuclear", "staining", ".", "Scale", "bar", ",", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Immunohistochemical (IHC) staining for cerulean (anti-eCFP; green) on naïve WT bone, RM1 parental, RM1 BD Irf- BV and RM1 BD Irf7 OE tumor-bearing bones derived from WT animals; and RM1 BD Irf7 OE tumor-bearing bones derived from Ifnar1 -/- animals at survival assay endpoints. Blue represents DAPI nuclear staining. Scale bar, 100 μm."}
{"words": ["(", "G", "-", "I", ")", "FACS", "analysis", "of", "dormant", "(", "claret", "+", ")", "RM1", "BD", "Irf", "-", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "cells", "from", "bone", "at", "(", "G", ")", "day", "11", "post", "-", "IC", "injection", "(", "n", "=", "4", "per", "group", ")", "and", "(", "h", ")", "day", "17", "(", "n", "=", "4", "-", "6", "mice", "group", "/", "time", "point", ")", "with", "(", "I", ")", "D17", "active", "(", "claret", "-", ")", "colony", "quantitation", "(", "mean", "+", "1", ")", "determined", "by", "multiphoton", "imaging", "and", "IMARIS", "interrogation", "(", "n", "=", "9", "bones", "from", "3", "mice", "per", "condition", ")", ".", "Median", "shown", ".", "Upper", "and", "low", "box", "hinges", "denote", "first", "and", "third", "quartiles", ".", "Whiskers", "mark", "value", "limits", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-I) FACS analysis of dormant (claret+) RM1 BD Irf- and RM1 BD Irf7 OE cells from bone at (G) day 11 post-IC injection (n = 4 per group) and (h) day 17 (n = 4-6 mice group/time point) with (I) D17 active (claret-) colony quantitation (mean +1) determined by multiphoton imaging and IMARIS interrogation (n = 9 bones from 3 mice per condition). Median shown. Upper and low box hinges denote first and third quartiles. Whiskers mark value limits."}
{"words": ["(", "J", ")", "FACS", "analysis", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "and", "TNF", "-", "α", "+", "CD8", "+", "T", "cells", "(", "%", ")", "post", "-", "ICS", "induction", "of", "T", "cell", "(", "spleen", "-", "derived", "from", "tumor", "-", "bearing", "mice", ")", "activation", "by", "RM1", "parental", ",", "RM1", "BD", "Irf", "-", "BV", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "cells", "(", "n", "=", "6", "per", "condition", "/", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) FACS analysis of IFN-γ+ and TNF-α+ CD8+ T cells (%) post-ICS induction of T cell (spleen-derived from tumor-bearing mice) activation by RM1 parental, RM1 BD Irf- BV and RM1 BD Irf7 OE cells (n = 6 per condition/group)."}
{"words": ["(", "K", ")", "Mean", "quantitation", "of", "TRAP", "-", "stained", "osteoclasts", "differentiated", "with", "M", "-", "CSF", "±", "RANKL", "in", "co", "-", "culture", "with", "RM1", "BD", "Irf", "-", "BV", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "cells", "with", "representative", "wells", "shown", "(", "n", "=", "3", "per", "condition", "M", "-", "CSF", ";", "n", "=", "6", "per", "condition", "M", "-", "CSF", "+", "RANKL", ";", "also", "shown", "in", "Appendix", "Fig", "S4J", ")", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Mean quantitation of TRAP-stained osteoclasts differentiated with M-CSF ± RANKL in co-culture with RM1 BD Irf- BV and RM1 BD Irf7 OE cells with representative wells shown (n = 3 per condition M-CSF; n = 6 per condition M-CSF + RANKL; also shown in Appendix Fig S4J). Scale bar represents 100 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "ELISA", "of", "IFN", "-", "α", "production", "by", "RM1", "BD", "Irf", "-", "cells", "±", "single", "agent", "MS275", "and", "poly", "I", ":", "C", "treatment", "or", "48", "h", "pre", "-", "treatment", "with", "MS275", "(", "pMS", ")", "prior", "to", "poly", "I", ":", "C", "stimulation", "(", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) ELISA of IFN-α production by RM1 BD Irf- cells ± single agent MS275 and poly I:C treatment or 48 h pre-treatment with MS275 (pMS) prior to poly I:C stimulation (n = 6)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Mean", "fluorescence", "intensity", "of", "H2", "-", "Kb", "staining", "on", "RM1", "BD", "Irf", "-", "cells", "by", "FACS", "±", "MS275", ",", "poly", "I", ":", "C", "or", "combination", "treatment", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Mean fluorescence intensity of H2-Kb staining on RM1 BD Irf- cells by FACS ± MS275, poly I:C or combination treatment (n = 3)."}
{"words": ["(", "C", ")", "FACS", "analysis", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "CD8", "+", "T", "cells", "(", "%", ")", "post", "-", "ICS", "induction", "of", "T", "cell", "(", "spleen", "-", "derived", "from", "RM1", "BD", "Irf", "-", "tumor", "-", "bearing", "mice", ")", "activation", "upon", "re", "-", "stimulation", "with", "RM1", "cells", "and", "MS275", ",", "poly", "I", ":", "C", "or", "combination", "treatment", ",", "with", "NAC", "(", "no", "antigen", "-", "presenting", "cells", ")", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "controls", "(", "n", "=", "3", ";", "Irf7", "OE", "control", "(", "C", ")", ",", "n", "=", "1", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) FACS analysis of IFN-γ+ CD8+ T cells (%) post-ICS induction of T cell (spleen-derived from RM1 BD Irf- tumor-bearing mice) activation upon re-stimulation with RM1 cells and MS275, poly I:C or combination treatment, with NAC (no antigen-presenting cells) and RM1 BD Irf7 OE controls (n = 3; Irf7 OE control (C), n = 1)"}
{"words": ["FACS", "analysis", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "CD8", "+", "T", "cells", "(", "%", ")", "post", "-", "ICS", "induction", "of", "T", "cell", "(", "spleen", "-", "derived", "from", "RM1", "BD", "Irf", "-", "tumor", "-", "bearing", "mice", ")", "activation", "upon", "re", "-", "stimulation", "with", "RM1", "cells", "and", "MS275", ",", "poly", "I", ":", "C", "or", "combination", "treatment", ",", "with", "NAC", "(", "no", "antigen", "-", "presenting", "cells", ")", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "controls", "(", "n", "=", "3", ";", "Irf7", "OE", "control", "(", "C", ")", ",", "n", "=", "1", ")", "with", "(", "D", ")", "representative", "FACS", "plots", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "FACS analysis of IFN-γ+ CD8+ T cells (%) post-ICS induction of T cell (spleen-derived from RM1 BD Irf- tumor-bearing mice) activation upon re-stimulation with RM1 cells and MS275, poly I:C or combination treatment, with NAC (no antigen-presenting cells) and RM1 BD Irf7 OE controls (n = 3; Irf7 OE control (C), n = 1) with (D) representative FACS plots shown."}
{"words": ["(", "E", ")", "Bone", "metastasis", "-", "free", "survival", "in", "WT", "C57BL", "/", "6", "mice", "harboring", "RM1", "BD", "Irf", "-", "cells", "±", "MS275", ",", "poly", "I", ":", "C", "or", "combination", "treatment", "(", "n", "=", "6", "per", "group", ";", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Bone metastasis-free survival in WT C57BL/6 mice harboring RM1 BD Irf- cells ± MS275, poly I:C or combination treatment (n = 6 per group; log-rank (Mantel-Cox) test)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Mean", "total", "tumor", "burden", "in", "bone", "(", "femurs", ",", "tibias", ",", "spine", "and", "humerus", ")", "at", "endpoint", "by", "bioluminescent", "intensity", "score", "(", "log2", "p", "/", "sec", "/", "cm2", "/", "sr", ")", "with", "values", "<", "4", ".", "0x104", "representing", "zero", "burden", "(", "n", "=", "24", "bones", "per", "group", ";", "6", "mice", "per", "group", ")", "and", "representative", "bioluminescent", "imaging", "of", "tumor", "burden", "in", "spine", "(", "all", "shown", "in", "Appendix", "Figure", "S5E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Mean total tumor burden in bone (femurs, tibias, spine and humerus) at endpoint by bioluminescent intensity score (log2 p/sec/cm2/sr) with values < 4.0x104 representing zero burden (n = 24 bones per group; 6 mice per group) and representative bioluminescent imaging of tumor burden in spine (all shown in Appendix Figure S5E)."}
{"words": ["(", "A", ",", "FACS", "analysis", "of", "peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "T", "and", "NK", "lymphocyte", "representation", "and", "activation"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, FACS analysis of peripheral blood (PB) T and NK lymphocyte representation and activation status"}
{"words": ["B", ")", "FACS", "analysis", "of", "FoxP3", "+", "CD4", "+", "and", "CD4", "+", "effector", "memory", "T", "cell", "status", "at", "days", "4", "and", "10", "post", "-", "IC", "tumor", "cell", "inoculation", "across", "treatment", "settings", "(", "n", "=", "4", "-", "6", "per", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) FACS analysis of FoxP3+ CD4+ and CD4+ effector memory T cell status at days 4 and 10 post-IC tumor cell inoculation across treatment settings (n = 4-6 per group)."}
{"words": ["(", "C", ",", "Bioluminescent", "imaging", "(", "C", ")", "of", "a", "combination", "group", "mouse", "with", "tumor", "clearance", "from", "day", "7", "to", "41", "(", "full", "experimental", "cohort", "shown", "in", "Appendix", "Fig", "S5E", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, Bioluminescent imaging (C) of a combination group mouse with tumor clearance from day 7 to 41 (full experimental cohort shown in Appendix Fig S5E)"}
{"words": ["D", ")", "post", "-", "IC", "inoculation", "with", "associated", "specific", "CD8", "+", "memory", "T", "cell", "response", ".", "This", "is", "represented", "by", "FACS", "analysis", "of", "IFN", "-", "γ", "+", "CD8", "+", "T", "cells", "(", "%", ")", "post", "-", "ICS", "induction", "of", "T", "cell", "(", "spleen", "-", "derived", "from", "tumor", "-", "bearing", "mice", ")", "activation", "upon", "re", "-", "stimulation", "with", "RM1", "BD", "Irf", "-", "cells", "and", "MS275", ",", "poly", "I", ":", "C", "or", "combination", "treatments", "in", "vitro", ",", "with", "NAC", "and", "RM1", "BD", "Irf7", "OE", "controls", "(", "n", "=", "3", ";", "Irf7", "OE", "control", "(", "C", ")", ",", "n", "=", "1", ")", ".", "Representative", "FACS", "plots", "shown", "on", "right", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) post-IC inoculation with associated specific CD8+ memory T cell response. This is represented by FACS analysis of IFN-γ+ CD8+ T cells (%) post-ICS induction of T cell (spleen-derived from tumor-bearing mice) activation upon re-stimulation with RM1 BD Irf- cells and MS275, poly I:C or combination treatments in vitro, with NAC and RM1 BD Irf7 OE controls (n = 3; Irf7 OE control (C), n = 1). Representative FACS plots shown on right."}
{"words": ["Compositional", "analysis", "of", "RNA", "-", "seq", "data", "(", "FDR", "<", "0", ".", "05", ";", "GLM", "by", "edgeR", ")", "from", "bone", "metastases", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "primary", "tumors", "(", "n", "=", "12", ")", "revealed", "(", "A", ")", "immune", "cells", "and", "(", "B", ")", "tumor", "cells", "were", "relative", "(", "%", "of", "total", ")", "across", "all", "samples", ",", "with", "a", "mean", "tumor", "purity", ">", "85", "%", "as", "determined", "by", "ARMET", ".", "Median", "shown", ".", "Upper", "and", "low", "box", "hinges", "denote", "first", "and", "third", "quartiles", ".", "Upper", "and", "lower", "whiskers", "mark", "the", "values", "±", "1", ".", "5IQR", "from", "the", "hinge", ".", "Data", "points", "beyond", "the", "whiskers", "are", "shown", "individually", ".", "p", "values", "not", "significant", "by", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "(", "R", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Compositional analysis of RNA-seq data (FDR < 0.05; GLM by edgeR) from bone metastases (n = 9) and primary tumors (n = 12) revealed (A) immune cells and (B) tumor cells were relative (% of total) across all samples, with a mean tumor purity >85% as determined by ARMET. Median shown. Upper and low box hinges denote first and third quartiles. Upper and lower whiskers mark the values ± 1.5IQR from the hinge. Data points beyond the whiskers are shown individually. p values not significant by Wilcoxon rank sum test (R)."}
{"words": ["Hallmark", "gene", "set", "responses", "associated", "with", "bone", "metastasis", "by", "camera", "analysis", "shows", "(", "C", ")", "enrichment", "of", "type", "I", "(", "IFN", "-", "α", ")", "IFN", "responses", "in", "suppressed", "genes", "(", "barcode", "plot", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Hallmark gene set responses associated with bone metastasis by camera analysis shows (C) enrichment of type I (IFN-α) IFN responses in suppressed genes (barcode plot)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Heatmap", "of", "type", "I", "IFN", "DE", "IRGs", "(", "normalized", "log2CPM", ";", "counts", "per", "million", ")", "significantly", "suppressed", "in", "bone", "metastases", "(", "n", "=", "9", ")", "compared", "to", "primary", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "benign", "(", "n", "=", "3", ")", "tumors", ",", "grouped", "by", "type", "I", "IFN", "specific", ",", "and", "type", "II", "and", "III", "IFN", "co", "-", "regulation", "status", ".", "Scale", "truncated", "at", "±", "5", "relative", "log2CPM", ".", "GLM", "by", "edgeR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Heatmap of type I IFN DE IRGs (normalized log2CPM; counts per million) significantly suppressed in bone metastases (n = 9) compared to primary (n = 12) and benign (n = 3) tumors, grouped by type I IFN specific, and type II and III IFN co-regulation status. Scale truncated at ± 5 relative log2CPM. GLM by edgeR."}
{"words": ["(", "E", ")", "IHC", "for", "IRF9", "expression", "in", "primary", "prostate", "tumors", "and", "bone", "metastases", "with", "matched", "samples", "indicated", ".", "IRF9", "indicated", "by", "brown", "(", "DAB", ")", "staining", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", "μm", ".", "Full", "-", "face", "slides", "shown", "in", "Appendix", "Fig", "S7C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) IHC for IRF9 expression in primary prostate tumors and bone metastases with matched samples indicated. IRF9 indicated by brown (DAB) staining. Scale bar represents 100 μm. Full-face slides shown in Appendix Fig S7C."}
{"words": ["(", "F", ")", "Heatmap", "of", "HLA", "genes", "(", "normalized", "log2CPM", ")", "suppressed", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "FDR", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "bone", "metastases", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "primary", "tumors", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "benign", "tumors", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "truncated", "at", "±", "5", "relative", "log2CPM", ".", "GLM", "by", "edgeR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Heatmap of HLA genes (normalized log2CPM) suppressed (p <0.05; FDR <0.05) in bone metastases (n = 9), primary tumors (n = 12) and benign tumors (n = 3). Scale truncated at ±5 relative log2CPM. GLM by edgeR."}
{"words": ["(", "G", ")", "CIBERSORT", "analysis", "of", "absolute", "leukocyte", "proportions", "(", "arbitrary", "units", ",", "AU", ")", "in", "mRNA", "samples", "of", "bone", "metastases", "(", "n", "=", "9", ")", ",", "primary", "tumors", "(", "n", "=", "12", ")", "and", "benign", "tumors", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "p", "values", "by", "Mann", "-", "Whitney", "U", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CIBERSORT analysis of absolute leukocyte proportions (arbitrary units, AU) in mRNA samples of bone metastases (n = 9), primary tumors (n = 12) and benign tumors (n = 3). p values by Mann-Whitney U."}
{"words": ["(", "H", ")", "Kaplan", "Meier", "Curve", "of", "human", "prostate", "(", "n", "=", "499", "from", "498", "TCGA", "samples", ")", "biochemical", "recurrence", "based", "on", "primary", "tumor", "alterations", "in", "a", "core", "8", "-", "IRG", "signature", "(", "Appendix", "Fig", "S7D", ")", ".", "Patient", "groups", "stratified", "by", "mRNA", "z", "-", "Score", "(", "RNA", "-", "seq", "V2", "RSEM", ")", "±", "1", ".", "5", ".", "Hazard", "ratio", "1", ".", "674", "(", "95", "%", "confidence", "interval", "(", "CI", ")", "2", ".", "707", "to", "1", ".", "035", ")", ";", "*", "p", "=", "0", ".", "03", "by", "log", "-", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Kaplan Meier Curve of human prostate (n = 499 from 498 TCGA samples) biochemical recurrence based on primary tumor alterations in a core 8-IRG signature (Appendix Fig S7D). Patient groups stratified by mRNA z-Score (RNA-seq V2 RSEM) ± 1.5. Hazard ratio 1.674 (95% confidence interval (CI) 2.707 to 1.035); *p = 0.03 by log-rank test."}
{"words": ["B", "-", "F", "Live", "confocal", "images", "of", "ddaC", "clones", "expressing", "mCD8", ":", ":", "GFP", "driven", "by", "ppk", "-", "Gal4", "at", "WP", "stage", "or", "16", "h", "APF", ".", "l", "(", "3", ")", "810", "and", "l", "(", "3", ")", "924", "mutant", "ddaC", "clones", "(", "C", ",", "E", ")", "displayed", "dendrite", "arborization", "defects", "at", "WP", "stage", "and", "pruning", "defects", "at", "16", "h", "APF", ".", "(", "D", ",", "F", ")", "Introduction", "of", "one", "genomic", "construct", "of", "msps", ",", "HN267", "/", "g", "-", "msps", ",", "rescued", "dendrite", "pruning", "defects", "in", "msps810", "and", "msps924", "clones", ".", "Red", "arrowheads", "point", "to", "the", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-F Live confocal images of ddaC clones expressing mCD8::GFP driven by ppk-Gal4 at WP stage or 16 h APF. l(3)810 and l(3)924 mutant ddaC clones (C, E) displayed dendrite arborization defects at WP stage and pruning defects at 16 h APF. (D, F) Introduction of one genomic construct of msps, HN267/g-msps, rescued dendrite pruning defects in msps810 and msps924 clones. Red arrowheads point to the ddaC somas."}
{"words": ["G", "Percentages", "of", "ddaC", "clones", "showing", "severing", "defects", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Percentages of ddaC clones showing severing defects at 16 h APF."}
{"words": ["H", "Quantitative", "analysis", "of", "unpruned", "dendrite", "lengths", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Quantitative analysis of unpruned dendrite lengths at 16 h APF."}
{"words": ["A", "Pan", "-", "neuronal", "driver", "elav", "-", "Gal4", "was", "used", "to", "co", "-", "express", "GFP", "-", "Msps", "and", "TACC", "in", "postmitotic", "neurons", ".", "elav", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "expression", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "TACC", "was", "pulled", "down", "by", "GFP", "-", "Msps", "but", "not", "by", "mCD8", ":", ":", "GFP", ".", "Alpha", "-", "tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "and", "probing", "control", ".", "Neither", "mCD8", ":", ":", "GFP", "nor", "GFP", "-", "Msps", "could", "pull", "down", "alpha", "-", "tubulin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "A Pan-neuronal driver elav-Gal4 was used to co-express GFP-Msps and TACC in postmitotic neurons. elav-Gal4 driven mCD8::GFP expression was used as a control. TACC was pulled down by GFP-Msps but not by mCD8::GFP. Alpha-tubulin was used as a loading and probing control. Neither mCD8::GFP nor GFP-Msps could pull down alpha-tubulin."}
{"words": ["B", "Endogenous", "Msps", "proteins", "were", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "Venus", "-", "TACC", "by", "GFP", "beads", "but", "not", "by", "control", "IgG", "beads", ".", "Alpha", "-", "tubulin", "was", "used", "as", "loading", "and", "probing", "control", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Endogenous Msps proteins were co-immunoprecipitated with Venus-TACC by GFP beads but not by control IgG beads. Alpha-tubulin was used as loading and probing control."}
{"words": ["C", "Endogenous", "Msps", "or", "TACC", "was", "pulled", "down", "by", "their", "respective", "antibodies", ",", "and", "the", "other", "protein", "was", "simultaneously", "detected", "in", "the", "immunoprecipitated", "contents", ".", "Alpha", "-", "tubulin", "was", "used", "as", "loading", "and", "probing", "control", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Endogenous Msps or TACC was pulled down by their respective antibodies, and the other protein was simultaneously detected in the immunoprecipitated contents. Alpha-tubulin was used as loading and probing control."}
{"words": ["D", "-", "G", "Confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "expressing", "control", "RNAi", "(", "D", ")", ",", "msps", "RNAi", "(", "E", ")", ",", "tacc", "RNAi", "(", "F", ")", "and", "αTub84B", "RNAi", "(", "G", ")", "that", "were", "immunostained", "for", "TACC", "at", "wL3", "stage", ".", "ddaC", "somas", "are", "labeled", "by", "dashed", "lines", ".", "ddaC", "neurons", "are", "identified", "by", "ppk", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "(", "green", "channel", ")", "expression", ",", "as", "shown", "at", "the", "top", "right", "corner", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-G Confocal images of ddaC neurons expressing control RNAi (D), msps RNAi (E), tacc RNAi (F) and αTub84B RNAi (G) that were immunostained for TACC at wL3 stage. ddaC somas are labeled by dashed lines. ddaC neurons are identified by ppk-Gal4 driven mCD8::GFP (green channel) expression, as shown at the top right corner."}
{"words": ["H", "Quantitative", "analysis", "of", "normalized", "TACC", "fluorescence", "intensity", "in", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Quantitative analysis of normalized TACC fluorescence intensity in ddaC somas."}
{"words": ["I", "-", "L", "Confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "expressing", "control", "RNAi", "(", "I", ")", ",", "msps", "RNAi", "(", "J", ")", ",", "tacc", "RNAi", "(", "K", ")", "and", "αTub84B", "RNAi", "(", "L", ")", "that", "were", "immunostained", "for", "Msps", "at", "wL3", "stage", ".", "ddaC", "somas", "are", "labeled", "by", "dashed", "lines", ".", "ddaC", "neurons", "are", "identified", "by", "ppk", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "(", "green", "channel", ")", "expression", ",", "as", "shown", "at", "the", "top", "right", "corner", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I-L Confocal images of ddaC neurons expressing control RNAi (I), msps RNAi (J), tacc RNAi (K) and αTub84B RNAi (L) that were immunostained for Msps at wL3 stage. ddaC somas are labeled by dashed lines. ddaC neurons are identified by ppk-Gal4 driven mCD8::GFP (green channel) expression, as shown at the top right corner."}
{"words": ["M", "Quantitative", "analysis", "of", "normalized", "Msps", "fluorescence", "intensity", "in", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M Quantitative analysis of normalized Msps fluorescence intensity in ddaC somas."}
{"words": ["N", ",", "O", "Protein", "expression", "of", "Msps", "and", "TACC", "in", "brain", "tissues", ".", "(", "N", ")", "Larval", "brains", "of", "msps810", "/", "mspsP", "transheterozygotes", "at", "early", "wL3", "stage", "were", "immunoblotted", "and", "probed", "with", "α", "-", "Msps", "and", "α", "-", "TACC", "antibody", ".", "Actin", "blotting", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "The", "dot", "plot", "on", "the", "right", "depicts", "the", "quantitative", "analysis", "of", "total", "TACC", "levels", "in", "control", "and", "msps", "transheterozygous", "larvae", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "N, O Protein expression of Msps and TACC in brain tissues. (N) Larval brains of msps810/mspsP transheterozygotes at early wL3 stage were immunoblotted and probed with α-Msps and α-TACC antibody. Actin blotting was used as loading control. The dot plot on the right depicts the quantitative analysis of total TACC levels in control and msps transheterozygous larvae."}
{"words": ["O", "Protein", "expression", "of", "Msps", "and", "TACC", "in", "brain", "tissues", ".", "(", "O", ")", "Adult", "brains", "of", "tacc59", "/", "tacc74", "transheterozygotes", "were", "immunoblotted", "and", "probed", "with", "α", "-", "Msps", "and", "α", "-", "TACC", "antibody", ".", "Actin", "blotting", "was", "used", "as", "loading", "and", "probing", "control", ".", "The", "dot", "plot", "on", "the", "right", "displays", "the", "quantitative", "analysis", "of", "total", "Msps", "level", "in", "control", "and", "tacc", "transheterozygotes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "O Protein expression of Msps and TACC in brain tissues. (O) Adult brains of tacc59/ tacc74 transheterozygotes were immunoblotted and probed with α-Msps and α-TACC antibody. Actin blotting was used as loading and probing control. The dot plot on the right displays the quantitative analysis of total Msps level in control and tacc transheterozygotes."}
{"words": ["A", "-", "C", "Live", "confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "visualized", "by", "ppk", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "expression", "at", "WP", "or", "16", "h", "APF", ".", "While", "expression", "of", "control", "RNAi", "in", "ddaC", "neurons", "(", "A", ")", "did", "not", "affect", "the", "dendrite", "morphogenesis", "nor", "the", "pruning", "processes", ",", "knockdown", "of", "tacc", "using", "RNAi", "#", "1", "(", "B", ")", "or", "tacc59", "/", "tacc74", "transheterozygous", "mutant", "(", "C", ")", "severely", "perturbed", "the", "dendrite", "arborization", "as", "well", "as", "pruning", ".", "Red", "arrowheads", "point", "to", "the", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C Live confocal images of ddaC neurons visualized by ppk-Gal4 driven mCD8::GFP expression at WP or 16 h APF. While expression of control RNAi in ddaC neurons (A) did not affect the dendrite morphogenesis nor the pruning processes, knockdown of tacc using RNAi #1 (B) or tacc59/tacc74 transheterozygous mutant (C) severely perturbed the dendrite arborization as well as pruning. Red arrowheads point to the ddaC somas."}
{"words": ["D", "Percentages", "of", "ddaC", "neurons", "showing", "severing", "defects", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Percentages of ddaC neurons showing severing defects in (A-C) at 16 h APF."}
{"words": ["E", "Quantitative", "analysis", "of", "unpruned", "dendrite", "lengths", "in", "(", "A", "-", "C", ")", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantitative analysis of unpruned dendrite lengths in (A-C) at 16 h APF."}
{"words": ["F", "-", "H", "Live", "confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "visualized", "by", "ppk", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "expression", "at", "WP", "or", "16", "h", "APF", ".", "Simultaneous", "knockdown", "of", "tacc", "and", "msps", "via", "co", "-", "expressing", "tacc", "RNAi", "and", "msps", "RNAi", "(", "H", ")", "in", "the", "ddaC", "neurons", "did", "not", "enhance", "the", "pruning", "defects", ",", "compared", "to", "those", "neurons", "co", "-", "expressing", "control", "RNAi", "and", "msps", "RNAi", "(", "F", ")", ".", "Red", "arrowheads", "point", "to", "the", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-H Live confocal images of ddaC neurons visualized by ppk-Gal4 driven mCD8::GFP expression at WP or 16 h APF. Simultaneous knockdown of tacc and msps via co-expressing tacc RNAi and msps RNAi (H) in the ddaC neurons did not enhance the pruning defects, compared to those neurons co-expressing control RNAi and msps RNAi (F). Red arrowheads point to the ddaC somas."}
{"words": ["I", "Percentages", "of", "ddaC", "neurons", "showing", "severing", "defects", "in", "(", "F", "-", "H", ")", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Percentages of ddaC neurons showing severing defects in (F-H) at 16 h APF."}
{"words": ["J", "Quantitative", "analysis", "of", "unpruned", "dendrite", "lengths", "in", "(", "F", "-", "H", ")", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Quantitative analysis of unpruned dendrite lengths in (F-H) at 16 h APF."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "expressing", "UAS", "-", "mCD8", ":", ":", "GFP", ",", "UAS", "-", "Nod", "-", "lacZ", "or", "UAS", "-", "Kin", "-", "lacZ", "and", "immunostained", "for", "β", "-", "galactosidase", "at", "wL3", "stages", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "Wild", "-", "type", "ddaC", "neurons", "(", "A", ")", "displayed", "normal", "distribution", "of", "Nod", "-", "lacZ", "signals", "in", "dendrites", ".", "In", "contrast", ",", "in", "msps810", "mutants", "(", "B", ")", "and", "tacc59", "/", "tacc74", "mutants", "(", "C", ")", ",", "ddaC", "neurons", "exhibited", "altered", "Nod", "-", "lacZ", "distribution", "patterns", ",", "with", "highly", "enriched", "stainings", "in", "the", "somas", "and", "decreased", "signals", "in", "the", "dendrites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of ddaC neurons expressing UAS-mCD8::GFP, UAS-Nod-lacZ or UAS-Kin-lacZ and immunostained for β-galactosidase at wL3 stages. (A-C) Wild-type ddaC neurons (A) displayed normal distribution of Nod-lacZ signals in dendrites. In contrast, in msps810 mutants (B) and tacc59/tacc74 mutants (C), ddaC neurons exhibited altered Nod-lacZ distribution patterns, with highly enriched stainings in the somas and decreased signals in the dendrites."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "(", "D", "-", "F", ")", "Kin", "-", "lacZ", "signals", "were", "present", "in", "axons", "but", "not", "detectable", "in", "dendrites", "of", "the", "control", "ddaC", "neurons", "(", "D", ")", ",", "whereas", "part", "of", "the", "Kin", "-", "lacZ", "were", "mislocalized", "to", "dendrites", "in", "msps", "RNAi", "(", "E", ")", "and", "tacc", "RNAi", "(", "F", ")", "ddaC", "neurons", ".", "Asterisks", "indicate", "the", "location", "of", "ddaC", "somas", ".", "White", "arrows", "indicate", "the", "location", "of", "axons", ".", "Curly", "brackets", "mark", "the", "dendritic", "regions", "where", "fluorescence", "intensity", "of", "Nod", "-", "lacZ", "was", "measured", ".", "White", "arrowheads", "point", "to", "dendritically", "localized", "Kin", "-", "lacZ", "signals", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Confocal images of ddaC neurons (D-F) Kin-lacZ signals were present in axons but not detectable in dendrites of the control ddaC neurons (D), whereas part of the Kin-lacZ were mislocalized to dendrites in msps RNAi (E) and tacc RNAi (F) ddaC neurons. Asterisks indicate the location of ddaC somas. White arrows indicate the location of axons. Curly brackets mark the dendritic regions where fluorescence intensity of Nod-lacZ was measured. White arrowheads point to dendritically localized Kin-lacZ signals."}
{"words": ["G", "Percentages", "of", "ddaC", "neurons", "showing", "defective", "Nod", "-", "lacZ", "distribution", "in", "mutants", "or", "RNAi", "-", "expressing", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Percentages of ddaC neurons showing defective Nod-lacZ distribution in mutants or RNAi-expressing neurons."}
{"words": ["H", "Quantitative", "analysis", "of", "normalized", "Nod", "-", "lacZ", "intensity", "for", "20", "μm", "of", "major", "dendrite", "located", "40", "μm", "away", "from", "the", "soma", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Quantitative analysis of normalized Nod-lacZ intensity for 20 μm of major dendrite located 40 μm away from the soma."}
{"words": ["I", "Percentages", "of", "ddaC", "neurons", "showing", "defective", "Kin", "-", "lacZ", "distribution", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "I Percentages of ddaC neurons showing defective Kin-lacZ distribution."}
{"words": ["A", "-", "F", "Representative", "kymographs", "depicting", "EB1", "comet", "movement", "patterns", "in", "the", "proximal", "dendrites", "of", "ddaC", "neurons", "at", "96", "h", "AEL", ".", "Horizontal", "arrow", "indicates", "the", "direction", "towards", "the", "somas", ",", "and", "vertical", "arrow", "indicates", "the", "time", ".", "EB1", ":", ":", "GFP", "expression", "was", "driven", "under", "Gal44", "-", "77", ".", "In", "the", "control", "ddaC", "neurons", "(", "A", ",", "D", ")", ",", "EB1", "comets", "move", "predominantly", "in", "retrograde", "direction", ".", "EB1", "comets", "were", "largely", "diminished", "in", "msps810", "/", "mspsP", "mutant", "neurons", "(", "B", ")", ".", "Interestingly", ",", "in", "msps810", "/", "mspsP18", "mutants", "(", "C", ")", ",", "tacc", "RNAi", "(", "E", ")", "and", "tacc59", "/", "tacc74", "mutant", "(", "F", ")", ",", "increased", "anterograde", "comets", "were", "detected", "in", "ddaC", "dendrites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-F Representative kymographs depicting EB1 comet movement patterns in the proximal dendrites of ddaC neurons at 96 h AEL. Horizontal arrow indicates the direction towards the somas, and vertical arrow indicates the time. EB1::GFP expression was driven under Gal44-77. In the control ddaC neurons (A, D), EB1 comets move predominantly in retrograde direction. EB1 comets were largely diminished in msps810/mspsP mutant neurons (B). Interestingly, in msps810/mspsP18 mutants (C), tacc RNAi (E) and tacc59/tacc74 mutant (F), increased anterograde comets were detected in ddaC dendrites."}
{"words": ["G", "-", "J", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "percentages", "of", "anterograde", "EB1", ":", ":", "GFP", "comets", ",", "the", "track", "length", ",", "the", "number", "(", "per", "30", "µm", ")", "and", "the", "velocity", "of", "the", "comets", "in", "each", "neuron", "imaged", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J Quantitative analysis of the percentages of anterograde EB1::GFP comets, the track length, the number (per 30 µm) and the velocity of the comets in each neuron imaged."}
{"words": ["A", "-", "F", "Confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "expressing", "UAS", "-", "mCD8", ":", ":", "GFP", "(", "Green", "channel", ")", ",", "UAS", "-", "Nod", "-", "lacZ", "and", "immunostained", "for", "β", "-", "galactosidase", "at", "wL3", "stages", ".", "Simultaneous", "knockdown", "of", "klp10A", "and", "msps", "(", "B", ")", "significantly", "restored", "Nod", "-", "lacZ", "localization", "in", "the", "dendrites", ",", "compared", "to", "msps", "and", "control", "RNAi", "(", "A", ")", ".", "ddaC", "neurons", "with", "colchicine", "treatment", "(", "D", ")", "or", "with", "Kat", "-", "60", "overexpression", "(", "F", ")", "exhibited", "perturbed", "Nod", "-", "lacZ", "distribution", "with", "highly", "enriched", "staining", "in", "the", "soma", "and", "decreased", "signals", "in", "the", "dendrites", ".", "Asterisks", "indicate", "the", "location", "of", "ddaC", "somas", ".", "White", "arrows", "indicate", "the", "location", "of", "axons", ".", "Curly", "brackets", "mark", "the", "dendritic", "regions", "where", "fluorescence", "intensity", "of", "Nod", "-", "lacZ", "was", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A-F Confocal images of ddaC neurons expressing UAS-mCD8::GFP (Green channel), UAS-Nod-lacZ and immunostained for β-galactosidase at wL3 stages. Simultaneous knockdown of klp10A and msps (B) significantly restored Nod-lacZ localization in the dendrites, compared to msps and control RNAi (A). ddaC neurons with colchicine treatment (D) or with Kat-60 overexpression (F) exhibited perturbed Nod-lacZ distribution with highly enriched staining in the soma and decreased signals in the dendrites. Asterisks indicate the location of ddaC somas. White arrows indicate the location of axons. Curly brackets mark the dendritic regions where fluorescence intensity of Nod-lacZ was measured."}
{"words": ["G", "-", "L", "Live", "confocal", "images", "of", "ddaC", "neurons", "visualized", "by", "ppk", "-", "Gal4", "driven", "mCD8", ":", ":", "GFP", "expression", "at", "WP", "or", "16", "h", "APF", ".", "Simultaneous", "knockdown", "klp10A", "and", "msps", "(", "H", ")", "almost", "fully", "rescued", "the", "dendrite", "morphological", "defects", "and", "the", "pruning", "defects", "compared", "with", "the", "msps", ",", "control", "RNAi", "neurons", ".", "Wild", "type", "larvae", "fed", "with", "colchicine", "(", "J", ")", "showed", "pruning", "defects", "in", "comparison", "with", "those", "feed", "with", "DMSO", "(", "I", ")", ".", "ddaC", "neurons", "with", "Kat", "-", "60", "overexpression", "(", "L", ")", "exhibited", "abnormal", "dendrite", "arborization", "and", "pruning", "defects", ".", "Red", "arrowheads", "point", "to", "the", "ddaC", "somas", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-L Live confocal images of ddaC neurons visualized by ppk-Gal4 driven mCD8::GFP expression at WP or 16 h APF. Simultaneous knockdown klp10A and msps (H) almost fully rescued the dendrite morphological defects and the pruning defects compared with the msps, control RNAi neurons. Wild type larvae fed with colchicine (J) showed pruning defects in comparison with those feed with DMSO (I). ddaC neurons with Kat-60 overexpression (L) exhibited abnormal dendrite arborization and pruning defects. Red arrowheads point to the ddaC somas."}
{"words": ["M", ",", "N", "Quantitative", "analysis", "of", "normalized", "Nod", "-", "lacZ", "intensity", "for", "20", "μm", "of", "major", "dendrite", "located", "55", "μm", "or", "40", "μm", "away", "from", "the", "soma", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M, N Quantitative analysis of normalized Nod-lacZ intensity for 20 μm of major dendrite located 55 μm or 40 μm away from the soma respectively."}
{"words": ["O", "Percentages", "of", "ddaC", "neurons", "showing", "severing", "defects", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "O Percentages of ddaC neurons showing severing defects at 16 h APF."}
{"words": ["P", "Quantitative", "analysis", "of", "unpruned", "dendrite", "lengths", "at", "16", "h", "APF", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "P Quantitative analysis of unpruned dendrite lengths at 16 h APF."}
{"words": ["-", "F", "Representative", "kymographs", "depicting", "EB1", "comet", "movement", "patterns", "in", "the", "proximal", "dendrites", "of", "ddaC", "neurons", "at", "96", "h", "AEL", ".", "Horizontal", "arrow", "indicates", "the", "direction", "towards", "the", "somas", ",", "and", "vertical", "arrow", "indicates", "the", "time", ".", "(", "B", ")", "RNAi", "knockdown", "of", "klp10A", "in", "msps810", "/", "mspsP18", "mutants", "restored", "the", "retrograde", "movement", "pattern", "of", "EB1", "comets", ".", "MT", "depolymerization", "or", "severing", "induced", "by", "Colchicine", "treatment", "(", "D", ")", "or", "overexpression", "of", "Kat", "-", "60", "(", "F", ")", "led", "to", "mixed", "MT", "orientation", "in", "ddaC", "neurons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "-F Representative kymographs depicting EB1 comet movement patterns in the proximal dendrites of ddaC neurons at 96 h AEL. Horizontal arrow indicates the direction towards the somas, and vertical arrow indicates the time. (B) RNAi knockdown of klp10A in msps810/mspsP18 mutants restored the retrograde movement pattern of EB1 comets. MT depolymerization or severing induced by Colchicine treatment (D) or overexpression of Kat-60 (F) led to mixed MT orientation in ddaC neurons."}
{"words": ["G", "-", "J", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "percentages", "of", "anterograde", "EB1", "comets", ",", "the", "track", "length", ",", "number", "(", "per", "30", "µm", ")", "and", "the", "velocity", "of", "EB1", "comets", "in", "each", "neuron", "imaged", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J Quantitative analysis of the percentages of anterograde EB1 comets, the track length, number (per 30 µm) and the velocity of EB1 comets in each neuron imaged."}
{"words": ["(", "A", ")", "p53", "-", "dependent", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", ".", "p53", "+", "/", "+", "and", "p53", "−", "/", "−", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "Dead", "cells", "(", "%", ")", "indicates", "the", "population", "of", "apoptotic", "cells", "assessed", "by", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", "staining", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "A", "semiquantitative", "analysis", "of", "protein", "expression", "is", "shown", "in", "Fig", ".", "EV1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) p53-dependent dephosphorylation of Ulk1 at Ser637. p53+/+ and p53−/−MEFs were treated with etoposide (10 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. Dead cells (%) indicates the population of apoptotic cells assessed by propidium iodide (PI) staining. α-Tubulin was used as a loading control. A semiquantitative analysis of protein expression is shown in Fig. EV1."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "PPM1D", "-", "dependent", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", "and", "the", "induction", "of", "autophagy", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "and", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "Dead", "cells", "(", "%", ")", "indicates", "the", "population", "of", "apoptotic", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) PPM1D-dependent dephosphorylation of Ulk1 at Ser637 and the induction of autophagy. PPM1D+/+MEFs and PPM1D−/−MEFs were treated with etoposide (10 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. Dead cells (%) indicates the population of apoptotic cells."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "PPM1D", "-", "dependent", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", "and", "the", "induction", "of", "autophagy", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "and", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "Dead", "cells", "(", "%", ")", "indicates", "the", "population", "of", "apoptotic", "cells", ".", "(", "C", ")", "Semiquantitative", "analysis", "of", "protein", "expression", "is", "shown", "(", "n", "=", "3", ";", "mean", "±", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", ".", "(", "D", "-", "I", ")", "Suppression", "of", "etoposide", "-", "induced", "autophagy", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) PPM1D-dependent dephosphorylation of Ulk1 at Ser637 and the induction of autophagy. PPM1D+/+MEFs and PPM1D−/−MEFs were treated with etoposide (10 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. Dead cells (%) indicates the population of apoptotic cells. (C) Semiquantitative analysis of protein expression is shown (n = 3; mean ± SD). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant. (D-I) Suppression of etoposide-induced autophagy in PPM1D−/−MEFs."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "The", "indicated", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", "and", "then", "immunostained", "with", "an", "anti", "-", "LC3", "antibody", "(", "green", ")", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "LC3", "puncta", "are", "observed", "in", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", ".", "(", "E", ")", "The", "proportion", "of", "cells", "with", "LC3", "puncta", "was", "calculated", "(", "n", ">", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) The indicated MEFs were treated with etoposide (10 µM) for 6 hr and then immunostained with an anti-LC3 antibody (green). Representative images are shown in (D). LC3 puncta are observed in etoposide-treated PPM1D+/+MEFs. (E) The proportion of cells with LC3 puncta was calculated (n > 100 cells in each experiment). Data are shown as the mean  ±  SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, **p < 0.01."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "The", "indicated", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", "and", "then", "analyzed", "using", "electron", "microscopy", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "F", ")", ".", "Many", "autophagic", "vacuoles", "(", "arrows", ")", "can", "be", "seen", "in", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "cells", "(", "upper", "panel", ")", ".", "\"", "N", "\"", "indicates", "the", "nucleus", ".", "Bar", "=", "2", "µm", ".", "A", "representative", "autophagosome", "(", "AP", ")", "and", "autolysosome", "(", "AL", ")", "are", "shown", "in", "the", "insets", ".", "(", "G", ")", "The", "number", "of", "autophagosomes", "and", "autolysosomes", "in", "each", "cell", "were", "counted", "(", "n", ">", "8", "cells", ")", ".", "Red", "lines", "indicate", "the", "mean", "value", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) The indicated MEFs were treated with etoposide (10 µM) for 6 hr and then analyzed using electron microscopy. Representative images are shown in (F). Many autophagic vacuoles (arrows) can be seen in etoposide-treated PPM1D+/+cells (upper panel). \"N\" indicates the nucleus. Bar = 2 µm. A representative autophagosome (AP) and autolysosome (AL) are shown in the insets. (G) The number of autophagosomes and autolysosomes in each cell were counted (n > 8 cells). Red lines indicate the mean value. *p < 0.05."}
{"words": ["(", "H", ",", "I", ")", "Analysis", "of", "autophagic", "flux", ".", "The", "indicated", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "10", "nM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "included", "as", "a", "loading", "control", ".", "(", "I", ")", "Semiquantitative", "analyses", "of", "protein", "expression", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "mean", " ", "±", " ", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", " ", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H, I) Analysis of autophagic flux. The indicated MEFs were treated with etoposide (10 µM) for 6 hr in the presence or absence of bafilomycin A1 (10 nM), and the expression of each protein was examined by western blotting. α-Tubulin was included as a loading control. (I) Semiquantitative analyses of protein expression (n = 3; mean  ±  SD). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "Effect", "of", "stable", "expression", "of", "PPM1D", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", ".", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", "and", "PPM1D", "-", "transfected", "PPM1D", "−", "/", "−", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "(", "B", ")", "Semiquantitative", "analyses", "of", "protein", "expression", "in", "(", "A", ")", "(", "n", "=", "3", ";", "mean", "±", " ", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) Effect of stable expression of PPM1D in PPM1D−/−MEFs. PPM1D−/−MEFs and PPM1D-transfected PPM1D−/−MEFs were treated with etoposide (10 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. (B) Semiquantitative analyses of protein expression in (A) (n = 3; mean ±  SD). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Effect", "of", "a", "PPM1D", "inhibitor", "on", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "GSK2830371", "(", "30", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "(", "D", ")", "Semiquantitative", "analysis", "of", "protein", "expression", "in", "(", "C", ")", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "mean", " ", "±", " ", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Effect of a PPM1D inhibitor on etoposide-treated PPM1D+/+MEFs. PPM1D+/+MEFs were treated with etoposide (10 µM) in the presence or absence of GSK2830371 (30 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. (D) Semiquantitative analysis of protein expression in (C) (n = 3; mean  ±  SD). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Effect", "of", "the", "transient", "overexpression", "of", "PPM1D", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "transfected", "with", "a", "PPM1D", "-", "Flag", "plasmid", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "10", "nM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "(", "F", ")", "Semiquantitative", "analyses", "of", "protein", "expression", "in", "(", "E", ")", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "mean", " ", "±", " ", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Effect of the transient overexpression of PPM1D. PPM1D+/+MEFs were transfected with a PPM1D-Flag plasmid in the presence or absence of bafilomycin A1 (10 nM), and the expression of each protein was examined by western blotting. (F) Semiquantitative analyses of protein expression in (E) (n = 3; mean  ±  SD). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "A", ")", "Physical", "interaction", "between", "endogenous", "Ulk1", "and", "endogenous", "PPM1D", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "or", "left", "untreated", "for", "6", "hr", ".", "Cells", "were", "then", "lysed", "and", "immunoprecipitated", "with", "an", "anti", "-", "Ulk1", "antibody", "or", "a", "control", "IgG", ".", "Immune", "complexes", "and", "total", "lysates", "(", "1", ".", "8", "%", "input", ")", "were", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "anti", "-", "PPM1D", "and", "anti", "-", "Ulk1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) Physical interaction between endogenous Ulk1 and endogenous PPM1D. PPM1D+/+MEFs were treated with etoposide (10 µM) or left untreated for 6 hr. Cells were then lysed and immunoprecipitated with an anti-Ulk1 antibody or a control IgG. Immune complexes and total lysates (1.8% input) were analyzed by western blotting using anti-PPM1D and anti-Ulk1 antibodies."}
{"words": ["(", "B", ")", "Interaction", "between", "endogenous", "Ulk1", "and", "recombinant", "PPM1D", ".", "Lysates", "from", "healthy", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "incubated", "with", "GST", "-", "PPM1D", "or", "GST", ".", "Binding", "molecules", "were", "then", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "anti", "-", "Ulk1", "and", "anti", "-", "GST", "antibodies", ".", "\"", "Total", "lysate", "\"", "indicates", "7", "%", "of", "the", "lysates", "that", "were", "incubated", "with", "GST", "fusion", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) Interaction between endogenous Ulk1 and recombinant PPM1D. Lysates from healthy PPM1D+/+ MEFs were incubated with GST-PPM1D or GST. Binding molecules were then analyzed by western blotting using anti-Ulk1 and anti-GST antibodies. \"Total lysate\" indicates 7% of the lysates that were incubated with GST fusion protein."}
{"words": ["(", "C", ")", "In", "vitro", "Ulk1", "dephosphorylation", "assay", ".", "Immunoprecipitated", "Ulk1", "from", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEF", "lysates", "was", "incubated", "with", "GST", "-", "PPM1D", "(", "1", "µg", ")", "with", "or", "without", "a", "phosphatase", "inhibitor", "cocktail", "for", "1", "hr", ".", "Then", ",", "the", "extent", "of", "Ulk1", "dephosphorylation", "was", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "anti", "-", "phospho", "-", "Ulk1637", "and", "anti", "-", "phospho", "-", "Ulk1757", "antibodies", ".", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "in", "Fig", ".", "EV2B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) In vitro Ulk1 dephosphorylation assay. Immunoprecipitated Ulk1 from PPM1D+/+ MEF lysates was incubated with GST-PPM1D (1 µg) with or without a phosphatase inhibitor cocktail for 1 hr. Then, the extent of Ulk1 dephosphorylation was analyzed by western blotting using anti-phospho-Ulk1637 and anti-phospho-Ulk1757 antibodies. Semiquantitative analyses are shown in Fig. EV2B."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "presence", "of", "cytosolic", "PPM1D", "puncta", "in", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", ",", "immunostained", "with", "an", "anti", "-", "PPM1D", "antibody", ",", "and", "their", "nuclei", "stained", "with", "Hoechst", "33342", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", ".", "Representative", "images", "of", "anti", "-", "PPM1D", "(", "green", ";", "upper", "panels", ")", "and", "Hoechst", "33342", "(", "blue", ";", "lower", "panels", ")", "are", "shown", ".", "Arrowheads", "indicate", "cytoplasmic", "PPM1D", "puncta", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) The presence of cytosolic PPM1D puncta in etoposide-treated PPM1D+/+MEFs. PPM1D+/+MEFs were treated with etoposide (10 µM) for 6 hr, immunostained with an anti-PPM1D antibody, and their nuclei stained with Hoechst 33342 (50 ng/ml). Representative images of anti-PPM1D (green; upper panels) and Hoechst 33342 (blue; lower panels) are shown. Arrowheads indicate cytoplasmic PPM1D puncta."}
{"words": ["(", "E", ")", "Colocalization", "of", "endogenous", "PPM1D", "and", "endogenous", "Ulk1", "in", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", ",", "immunostained", "with", "anti", "-", "PPM1D", "and", "anti", "-", "Ulk1", "antibodies", ",", "and", "their", "nuclei", "stained", "with", "Hoechst", "33342", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", ".", "Representative", "images", "of", "anti", "-", "PPM1D", "(", "red", ";", "left", ")", ",", "anti", "-", "Ulk1", "(", "green", ";", "middle", ")", ",", "and", "a", "merged", "image", "(", "right", ")", "are", "shown", ".", "Magnified", "images", "of", "the", "areas", "within", "the", "dashed", "squares", "are", "shown", "at", "the", "bottom", ".", "Arrowheads", "indicate", "cytoplasmic", "PPM1D", "colocalized", "with", "Ulk1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Colocalization of endogenous PPM1D and endogenous Ulk1 in etoposide-treated PPM1D+/+MEFs. PPM1D+/+MEFs were treated with etoposide (10 µM) for 6 hr, immunostained with anti-PPM1D and anti-Ulk1 antibodies, and their nuclei stained with Hoechst 33342 (50 ng/ml). Representative images of anti-PPM1D (red; left), anti-Ulk1 (green; middle), and a merged image (right) are shown. Magnified images of the areas within the dashed squares are shown at the bottom. Arrowheads indicate cytoplasmic PPM1D colocalized with Ulk1."}
{"words": ["(", "F", "-", "J", ")", "The", "crucial", "role", "of", "Ulk1", "dephosphorylation", "at", "Ser637", "in", "etoposide", "-", "induced", "autophagy", ".", "(", "F", "-", "H", ")", "Ulk1", "/", "Ulk2", "DKO", "MEFs", "that", "were", "stably", "transfected", "with", "HA", "-", "Ulk1", "or", "its", "mutants", ",", "S637D", "and", "S637A", ",", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", ".", "Then", ",", "the", "cell", "lysates", "were", "collected", "time", "-", "dependently", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "Asterisks", "in", "the", "Ulk1", "blots", "are", "nonspecific", "bands", ".", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "in", "Fig", ".", "EV2E", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-J) The crucial role of Ulk1 dephosphorylation at Ser637 in etoposide-induced autophagy. (F-H) Ulk1/Ulk2 DKO MEFs that were stably transfected with HA-Ulk1 or its mutants, S637D and S637A, were treated with etoposide (10 µM). Then, the cell lysates were collected time-dependently, and the expression of each protein was examined by western blotting. Asterisks in the Ulk1 blots are nonspecific bands. Semiquantitative analyses are shown in Fig. EV2E."}
{"words": ["(", "F", "-", "J", ")", "The", "crucial", "role", "of", "Ulk1", "dephosphorylation", "at", "Ser637", "in", "etoposide", "-", "induced", "autophagy", ".", "(", "I", ",", "J", ")", "The", "indicated", "MEFs", "were", "treated", "with", "or", "without", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "6", "hr", ",", "followed", "by", "immunostaining", "with", "an", "anti", "-", "LC3", "antibody", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "I", ")", ".", "LC3", "puncta", "are", "markedly", "observed", "in", "DKO", "MEFs", "transfected", "with", "wild", "-", "type", "HA", "-", "Ulk1", ".", "Puncta", "were", "absent", "and", "weakly", "observed", "in", "MEFs", "expressing", "the", "mutants", "S637D", "and", "S637A", ",", "respectively", ".", "(", "J", ")", "The", "population", "of", "cells", "with", "LC3", "puncta", "was", "calculated", "(", "n", " ", ">", " ", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-J) The crucial role of Ulk1 dephosphorylation at Ser637 in etoposide-induced autophagy. (I, J) The indicated MEFs were treated with or without etoposide (10 µM) for 6 hr, followed by immunostaining with an anti-LC3 antibody. Representative images are shown in (I). LC3 puncta are markedly observed in DKO MEFs transfected with wild-type HA-Ulk1. Puncta were absent and weakly observed in MEFs expressing the mutants S637D and S637A, respectively. (J) The population of cells with LC3 puncta was calculated (n > 100 cells in each experiment). Data are shown as the mean  ±  SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, **p < 0.01."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Ulk1", "puncta", "formation", "was", "induced", "by", "etoposide", "in", "a", "PPM1D", "-", "dependent", "manner", ".", "The", "indicated", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "with", "or", "without", "GSK2830371", "(", "20", "µM", ")", "for", "the", "indicated", "times", ",", "followed", "by", "immunostaining", "with", "an", "anti", "-", "Ulk1", "antibody", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "Ulk1", "puncta", "are", "observed", "in", "etoposide", "-", "treated", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", ".", "(", "B", "-", "D", ")", "The", "proportion", "of", "cells", "with", "Ulk1", "puncta", "was", "calculated", "(", "n", ">", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) Ulk1 puncta formation was induced by etoposide in a PPM1D-dependent manner. The indicated MEFs were treated with etoposide (10 µM) with or without GSK2830371 (20 µM) for the indicated times, followed by immunostaining with an anti-Ulk1 antibody. Representative images are shown in (A). Ulk1 puncta are observed in etoposide-treated PPM1D+/+MEFs. (B-D) The proportion of cells with Ulk1 puncta was calculated (n > 100 cells in each experiment). Data are shown as the mean  ± SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "E", "-", "I", ")", "Role", "of", "the", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", "on", "etoposide", "-", "induced", "Ulk1", "puncta", "formation", "and", "Atg13", "phosphorylation", ".", "Ulk1", "/", "Ulk2", "DKO", "MEFs", "stably", "transfected", "with", "HA", "-", "Ulk1", "or", "its", "mutants", ",", "S637D", "and", "S637A", ",", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "(", "E", ",", "F", ")", "Cells", "were", "immunostained", "with", "an", "anti", "-", "Ulk1", "antibody", "(", "E", ")", ",", "and", "the", "population", "of", "cells", "with", "Ulk1", "puncta", "was", "calculated", "(", "n", ">", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", "(", "F", ")", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", " ", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-I) Role of the dephosphorylation of Ulk1 at Ser637 on etoposide-induced Ulk1 puncta formation and Atg13 phosphorylation. Ulk1/Ulk2 DKO MEFs stably transfected with HA-Ulk1 or its mutants, S637D and S637A, were treated with etoposide (10 µM) for the indicated times. (E, F) Cells were immunostained with an anti-Ulk1 antibody (E), and the population of cells with Ulk1 puncta was calculated (n > 100 cells in each experiment) (F). Data are shown as the mean  ±  SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, **p < 0.01."}
{"words": ["(", "E", "-", "I", ")", "Role", "of", "the", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", "on", "etoposide", "-", "induced", "Ulk1", "puncta", "formation", "and", "Atg13", "phosphorylation", ".", "Ulk1", "/", "Ulk2", "DKO", "MEFs", "stably", "transfected", "with", "HA", "-", "Ulk1", "or", "its", "mutants", ",", "S637D", "and", "S637A", ",", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "(", "G", "-", "I", ")", "Cell", "lysates", "were", "collected", "in", "a", "time", "-", "dependent", "manner", ",", "and", "Atg13", "protein", "levels", "and", "its", "phosphorylation", "at", "Ser317", "were", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "in", "Fig", ".", "EV3D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-I) Role of the dephosphorylation of Ulk1 at Ser637 on etoposide-induced Ulk1 puncta formation and Atg13 phosphorylation. Ulk1/Ulk2 DKO MEFs stably transfected with HA-Ulk1 or its mutants, S637D and S637A, were treated with etoposide (10 µM) for the indicated times. (G-I) Cell lysates were collected in a time-dependent manner, and Atg13 protein levels and its phosphorylation at Ser317 were examined by western blotting. Semiquantitative analyses are shown in Fig. EV3D."}
{"words": ["(", "J", ")", "EGFP", "-", "DFCP1", "-", "expressing", "PPM1D", "+", "/", "+", "MEFs", "were", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "the", "indicated", "times", ",", "followed", "by", "immunostaining", "with", "an", "anti", "-", "Ulk1", "antibody", ".", "Representative", "images", "of", "EGFP", "-", "DFCP1", "(", "green", ";", "left", ")", ",", "anti", "-", "Ulk1", "(", "red", ";", "center", ")", ",", "and", "a", "merged", "image", "(", "right", ")", "are", "shown", ".", "The", "nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", "33342", "in", "the", "merged", "image", ".", "A", "magnified", "image", "of", "the", "area", "within", "the", "dashed", "square", "is", "also", "shown", ".", "Arrowheads", "indicate", "DFCP1", "puncta", "localized", "close", "to", "Ulk1", "puncta", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(J) EGFP-DFCP1-expressing PPM1D+/+MEFs were treated with etoposide (10 µM) for the indicated times, followed by immunostaining with an anti-Ulk1 antibody. Representative images of EGFP-DFCP1 (green; left), anti-Ulk1 (red; center), and a merged image (right) are shown. The nuclei were stained with Hoechst 33342 in the merged image. A magnified image of the area within the dashed square is also shown. Arrowheads indicate DFCP1 puncta localized close to Ulk1 puncta."}
{"words": ["(", "K", ",", "L", ")", "The", "role", "of", "Ulk1", "dephosphorylation", "at", "Ser637", "on", "etoposide", "-", "induced", "DFCP1", "puncta", "formation", ".", "Ulk1", "/", "Ulk2", "DKO", "MEFs", "stably", "transfected", "with", "HA", "-", "Ulk1", "or", "its", "mutants", ",", "S637D", "and", "S637A", ",", "were", "transfected", "with", "EGFP", "-", "DFCP1", "and", "treated", "with", "etoposide", "(", "10", "µM", ")", "for", "the", "indicated", "hours", ",", "followed", "by", "immunostaining", "with", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Representative", "merged", "images", "of", "EGFP", "-", "DFCP1", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "HA", "(", "red", ")", ",", "and", "Hoechst", "33342", "(", "blue", ")", "are", "shown", "in", "(", "K", ")", ".", "Arrowheads", "indicate", "DFCP1", "puncta", "localized", "close", "to", "Ulk1", "puncta", ".", "The", "number", "of", "DFCP1", "puncta", "in", "each", "cell", "was", "calculated", "and", "is", "shown", "in", "(", "L", ")", "(", "n", ">", "8", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Red", "lines", "indicate", "the", "mean", "values", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K, L) The role of Ulk1 dephosphorylation at Ser637 on etoposide-induced DFCP1 puncta formation. Ulk1/Ulk2 DKO MEFs stably transfected with HA-Ulk1 or its mutants, S637D and S637A, were transfected with EGFP-DFCP1 and treated with etoposide (10 µM) for the indicated hours, followed by immunostaining with an anti-HA antibody. Representative merged images of EGFP-DFCP1 (green), anti-HA (red), and Hoechst 33342 (blue) are shown in (K). Arrowheads indicate DFCP1 puncta localized close to Ulk1 puncta. The number of DFCP1 puncta in each cell was calculated and is shown in (L) (n > 8 cells in each experiment). Red lines indicate the mean values. **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "A", ")", "PPM1D", "-", "dependent", "dephosphorylation", "of", "Ulk1", "at", "Ser637", ",", "induction", "of", "autophagy", ",", "and", "degradation", "of", "Noxa", ".", "PPM1D", "+", "/", "+", "and", "PPM1D", "−", "/", "−", "primary", "thymocytes", "were", "X", "-", "rayirradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "thymocytes", "were", "lysed", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "in", "Fig", ".", "EV5B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PPM1D-dependent dephosphorylation of Ulk1 at Ser637, induction of autophagy, and degradation of Noxa. PPM1D+/+ and PPM1D−/− primary thymocytes were X-rayirradiated (5 Gy), and 3 hr later, thymocytes were lysed and the expression of each protein was examined by western blotting. α-Tubulin was used as a loading control. Semiquantitative analyses are shown in Fig. EV5B."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Suppression", "of", "X", "-", "ray", "-", "induced", "autophagy", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "thymocytes", ".", "(", "B", ",", "C", ")", "The", "indicated", "thymocytes", "were", "X", "-", "rayirradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "thymocytes", "were", "immunostained", "with", "an", "anti", "-", "LC3", "antibody", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", "33342", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", ".", "LC3", "puncta", "can", "be", "seen", "in", "irradiatedPPM1D", "+", "/", "+", "thymocytes", "(", "arrowheads", ")", ".", "In", "(", "C", ")", ",", "the", "proportion", "of", "cells", "with", "LC3", "puncta", "was", "calculated", "(", "n", ">", "100", "cells", "in", "each", "experiment", ")", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Suppression of X-ray-induced autophagy in PPM1D−/−thymocytes. (B, C) The indicated thymocytes were X-rayirradiated (5 Gy), and 3 hr later, thymocytes were immunostained with an anti-LC3 antibody. Nuclei were stained with Hoechst 33342. Representative images are shown in (B). LC3 puncta can be seen in irradiatedPPM1D+/+thymocytes (arrowheads). In (C), the proportion of cells with LC3 puncta was calculated (n > 100 cells in each experiment). Data are shown as the mean  ± SD (n = 3 experiments). *p < 0.05."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Suppression", "of", "X", "-", "ray", "-", "induced", "autophagy", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "thymocytes", ".", "(", "D", ")", "The", "indicated", "thymocytes", "were", "X", "-", "ray", "irradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "thymocytes", "were", "subjected", "to", "EM", "analysis", ".", "An", "autophagic", "vacuole", "(", "arrowhead", ")", "can", "be", "seen", "in", "an", "irradiated", "PPM1D", "+", "/", "+", "thymocyte", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Suppression of X-ray-induced autophagy in PPM1D−/−thymocytes. (D) The indicated thymocytes were X-ray irradiated (5 Gy), and 3 hr later, thymocytes were subjected to EM analysis. An autophagic vacuole (arrowhead) can be seen in an irradiated PPM1D+/+thymocyte."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Suppression", "of", "X", "-", "ray", "-", "induced", "autophagy", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "thymocytes", ".", "(", "E", ")", "The", "indicated", "thymocytes", "were", "X", "-", "ray", "irradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "thymocytes", "were", "stained", "with", "Cyto", "-", "IDTM", ".", "Representative", "flow", "cytometry", "data", "are", "shown", ".", "Quantitative", "data", "are", "shown", "in", "Fig", ".", "EV5C", ".", "Cyto", "-", "ID", "fluorescence", "in", "irradiated", "PPM1D", "+", "/", "+", "thymocytes", "was", "higher", "than", "that", "in", "the", "other", "thymocytes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Suppression of X-ray-induced autophagy in PPM1D−/−thymocytes. (E) The indicated thymocytes were X-ray irradiated (5 Gy), and 3 hr later, thymocytes were stained with Cyto-IDTM. Representative flow cytometry data are shown. Quantitative data are shown in Fig. EV5C. Cyto-ID fluorescence in irradiated PPM1D+/+thymocytes was higher than that in the other thymocytes."}
{"words": ["(", "B", "-", "F", ")", "Suppression", "of", "X", "-", "ray", "-", "induced", "autophagy", "in", "PPM1D", "−", "/", "−", "thymocytes", ".", "(", "F", ")", "Analysis", "of", "autophagic", "flux", ".", "The", "indicated", "thymocytes", "were", "X", "-", "rayirradiated", "(", "5", "Gy", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "chloroquine", "(", "120", "µM", ")", ",", "and", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "included", "as", "a", "loading", "control", ".", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "in", "Figure", "EV4D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-F) Suppression of X-ray-induced autophagy in PPM1D−/−thymocytes. (F) Analysis of autophagic flux. The indicated thymocytes were X-rayirradiated (5 Gy) in the presence or absence of chloroquine (120 µM), and the expression of each protein was examined by western blotting. α-Tubulin was included as a loading control. Semiquantitative analyses are shown in Figure EV4D."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Contribution", "of", "PPM1D", "/", "Ulk1", "-", "dependent", "autophagy", "to", "irradiation", "-", "induced", "apoptosis", ".", "(", "G", ")", "Thymocytes", "were", "X", "-", "ray", "irradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "6", "hr", "later", ",", "cell", "death", "was", "determined", "using", "the", "PI", "assay", ".", "Data", "represent", "the", "mean", " ", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "independent", "thymi", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Contribution of PPM1D/Ulk1-dependent autophagy to irradiation-induced apoptosis. (G) Thymocytes were X-ray irradiated (5 Gy), and 6 hr later, cell death was determined using the PI assay. Data represent the mean  ± SD (n = 3 independent thymi). *p < 0.05, **p < 0.01, NS: not significant."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Contribution", "of", "PPM1D", "/", "Ulk1", "-", "dependent", "autophagy", "to", "irradiation", "-", "induced", "apoptosis", ".", "(", "H", ",", "I", ")", "Thymocytes", "were", "X", "-", "rayirradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "the", "expression", "of", "each", "protein", "was", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "α", "-", "Tubulin", "was", "included", "as", "a", "loading", "control", ".", "(", "I", ")", "Semiquantitative", "analyses", "are", "shown", "(", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "mean", " ", "±", " ", "SD", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Contribution of PPM1D/Ulk1-dependent autophagy to irradiation-induced apoptosis. (H, I) Thymocytes were X-rayirradiated (5 Gy), and 3 hr later, the expression of each protein was examined by western blotting. α-Tubulin was included as a loading control. (I) Semiquantitative analyses are shown (n = 3; mean  ±  SD). *p < 0.05, **p < 0.01."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Contribution", "of", "PPM1D", "/", "Ulk1", "-", "dependent", "autophagy", "to", "irradiation", "-", "induced", "apoptosis", ".", "(", "J", ")", "Indicated", "thymocytes", "were", "X", "-", "ray", "irradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "3", "hr", "later", ",", "caspase3", "/", "7", "activity", "was", "examined", "using", "the", "Caspase", "-", "Glo", "3", "/", "7", "assay", "(", "Promega", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "protocol", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Contribution of PPM1D/Ulk1-dependent autophagy to irradiation-induced apoptosis. (J) Indicated thymocytes were X-ray irradiated (5 Gy), and 3 hr later, caspase3/7 activity was examined using the Caspase-Glo 3/7 assay (Promega) according to the manufacturer's protocol. Data are shown as the mean  ± SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, **p < 0.01."}
{"words": ["(", "K", ")", "The", "effect", "of", "Noxa", "siRNA", "on", "thymocytes", ".", "The", "indicated", "thymocytes", "were", "transfected", "with", "the", "pmaxGFP", "vector", "and", "siRNAs", ".", "After", "12", "hr", ",", "cells", "were", "X", "-", "ray", "irradiated", "(", "5", "Gy", ")", ",", "and", "6", "hr", "or", "10", "hr", "later", ",", "the", "population", "of", "dead", "cells", "among", "the", "GFP", "-", "positive", "cells", "was", "determined", "using", "the", "PI", "assay", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", " ", "±", "SD", "(", "n", "=", "3", "experiments", ")", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "NS", ":", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) The effect of Noxa siRNA on thymocytes. The indicated thymocytes were transfected with the pmaxGFP vector and siRNAs. After 12 hr, cells were X-ray irradiated (5 Gy), and 6 hr or 10 hr later, the population of dead cells among the GFP-positive cells was determined using the PI assay. Data are shown as the mean  ± SD (n = 3 experiments). *p < 0.05, NS: not significant."}
{"words": ["(", "F", ")", "Single", "tube", "qPCR", "experiments", "showing", "the", "down", "-", "regulation", "of", "the", "synaptic", "genes", "NLGN3", ",", "SLC6A", ",", "TRIM9", ",", "SYT1", ",", "SYNGR1", ",", "and", "SNAP91", "in", "ALSC9orf72", "MN", "(", "Welch", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "cultures", "for", "each", "hiPSC", "line", ".", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Single tube qPCR experiments showing the down-regulation of the synaptic genes NLGN3, SLC6A, TRIM9, SYT1, SYNGR1, and SNAP91 in ALSC9orf72 MN (Welch's t-test). n=3 independent cultures for each hiPSC line. Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "Time", "course", "analysis", "of", "nuclear", "pCREBS133", "levels", "and", "MN", "survival", "in", "ALSC9orf72", "and", "Healthy", "cultures", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "cultures", "for", "each", "hiPSC", "line", "(", "for", "each", "time", "point", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "25", "µm", ".", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) Time course analysis of nuclear pCREBS133 levels and MN survival in ALSC9orf72 and Healthy cultures (two-way ANOVA). n=3 independent cultures for each hiPSC line (for each time point). Scale bar: 25 µm. Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "A", ")", "Both", "K", "+", "channel", "blockers", "exert", "a", "neuroprotective", "effect", "in", "ALSC9orf72", "cultures", "by", "increasing", "the", "neurite", "length", "of", "mutant", "MN", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "with", "each", "hiPSC", "line", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "µm", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Both K+ channel blockers exert a neuroprotective effect in ALSC9orf72 cultures by increasing the neurite length of mutant MN (one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparison test). n=3 independent treatments with each hiPSC line. Scale bar: 50 µm Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "C", ")", "Apamin", "and", "XE991", "decrease", "the", "size", "of", "aberrant", "aggresomes", ",", "confirming", "enhanced", "autophagy", "degradation", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "with", "the", "ALSC9orf72", "I", "line", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Apamin and XE991 decrease the size of aberrant aggresomes, confirming enhanced autophagy degradation (one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparison test). n=3 independent treatments with the ALSC9orf72 I line. Scale bar: 5 Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "E", ")", "The", "load", "of", "aggregated", "SQSTM1", "/", "p62", "is", "also", "reduced", "by", "the", "treatments", "in", "ALSC9orf72", "cultures", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "for", "each", "cell", "line", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", ".", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) The load of aggregated SQSTM1/p62 is also reduced by the treatments in ALSC9orf72 cultures (one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparison test). n=3 independent treatments for each cell line. Scale bar: 20 µm. Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "F", ")", "Treatment", "with", "the", "K", "+", "channel", "blockers", "reduces", "the", "number", "of", "GGGGCC", "toxic", "RNA", "foci", "in", "ALSC9orf72", "MN", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "with", "each", "hiPSC", "line", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "µm", ".", "Dashed", "line", "represents", "the", "cell", "soma", ".", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Arrow", "indicates", "the", "structure", "displayed", "at", "higher", "magnification", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Treatment with the K+ channel blockers reduces the number of GGGGCC toxic RNA foci in ALSC9orf72 MN. n=3 independent treatments with each hiPSC line (one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparison test). Scale bar: 5 µm. Dashed line represents the cell soma. Data information: *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001. Error bars represent SEM. Arrow indicates the structure displayed at higher magnification. Exact p-values are reported in Appendix Table S1. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Apamin", "and", "XE991", "increase", "the", "levels", "of", "pCREBS133", "in", "all", "the", "ALSC9orf72", "lines", "(", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "with", "each", "hiPSC", "line", ".", "Scale", "bar", ":", "10", "µm", ".", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Apamin and XE991 increase the levels of pCREBS133 in all the ALSC9orf72 lines (one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparison test). n=3 independent treatments with each hiPSC line. Scale bar: 10 µm. Data information: *p<0.05; **p<0.01. Error bars represent SEM. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "F", ")", "ALSC9orf72", "MN", "showed", "an", "increased", "number", "of", "Homer1b", "/", "c", "+", "synaptic", "contacts", "after", "treatment", "with", "the", "K", "+", "channel", "blockers", ",", "which", "in", "contrast", "had", "no", "significant", "effect", "on", "Healthy", "MN", ".", "n", "=", "3", "independent", "treatments", "with", "each", "hiPSC", "line", "(", "two", "-", "way", "ANOVA", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "µm", "Data", "information", ":", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", ".", "Exact", "p", "-", "values", "are", "reported", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) ALSC9orf72 MN showed an increased number of Homer1b/c+ synaptic contacts after treatment with the K+ channel blockers, which in contrast had no significant effect on Healthy MN. n=3 independent treatments with each hiPSC line (two-way ANOVA). Scale bar: 5 µm Data information: *p<0.05; **p<0.01. Error bars represent SEM. Exact p-values are reported in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "K", ")", "Synapse", "-", "and", "neuronal", "processes", "-", "related", "proteins", "significantly", "up", "-", "regulated", "by", "both", "treatments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Synapse- and neuronal processes-related proteins significantly up-regulated by both treatments."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Levels", "of", "miR", "-", "122", "in", "Huh7", "cells", "and", "released", "EVs", "either", "untreated", "(", "Fed", ")", "or", "subjected", "to", "starvation", "for", "metabolites", "including", "amino", "acids", "for", "16h", "(", "Starved", ")", ".", "miR", "-", "122", "signals", "were", "detected", "by", "Northern", "blotting", "and", "position", "of", "the", "32P", "-", "labelled", "Oligos", "that", "served", "as", "size", "markers", "are", "shown", "in", "the", "lane", "(", "A", ")", ".", "U6", "snRNA", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Levels of miR-122 in Huh7 cells and released EVs either untreated (Fed) or subjected to starvation for metabolites including amino acids for 16h (Starved). miR-122 signals were detected by Northern blotting and position of the 32P-labelled Oligos that served as size markers are shown in the lane (A). U6 snRNA was used as loading control."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Levels", "of", "miR", "-", "122", "in", "Huh7", "cells", "and", "released", "EVs", "either", "untreated", "(", "Fed", ")", "or", "subjected", "to", "starvation", "for", "metabolites", "including", "amino", "acids", "for", "16h", "(", "Starved", ")", ".", "Cellular", "CAT", "-", "1", "levels", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "using", "GAPDH", "mRNA", "as", "control", "(", "B", ")", ".", "A", "scheme", "of", "experiment", "is", "shown", "in", "the", "top", "panel", "in", "B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Levels of miR-122 in Huh7 cells and released EVs either untreated (Fed) or subjected to starvation for metabolites including amino acids for 16h (Starved). Cellular CAT-1 levels were measured by qRT-PCR using GAPDH mRNA as control (B). A scheme of experiment is shown in the top panel in B."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Cellular", "and", "extracellular", "levels", "of", "different", "miRNAs", "and", "EV", "associated", "proteins", "in", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "Relative", "changes", "in", "cellular", "and", "extracellular", "levels", "(", "EV", "associated", ")", "of", "miR", "-", "122", "and", "miR", "-", "24", "in", "Fed", "or", "8h", "Starved", "Huh7", "cells", "were", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", "and", "plotted", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "Levels", "of", "individual", "miRNAs", "in", "Fed", "condition", "were", "taken", "as", "unit", ".", "Fold", "change", "(", "with", "SD", ")", "in", "the", "cellular", "level", "of", "all", "miRNAs", "and", "pre", "-", "miR", "-", "122", "measured", "were", "shown", "in", "the", "bottom", "panel", "(", "C", ")", ".", "Cellular", "miRNA", "levels", "were", "normalized", "against", "U6", "snRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C-D) Cellular and extracellular levels of different miRNAs and EV associated proteins in Fed and Starved Huh7 cells. Relative changes in cellular and extracellular levels (EV associated) of miR-122 and miR-24 in Fed or 8h Starved Huh7 cells were quantified by qRT-PCR and plotted (mean+/- s.e.m., n=3). Levels of individual miRNAs in Fed condition were taken as unit. Fold change (with SD) in the cellular level of all miRNAs and pre-miR-122 measured were shown in the bottom panel (C). Cellular miRNA levels were normalized against U6 snRNA."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Cellular", "and", "extracellular", "levels", "of", "different", "miRNAs", "and", "EV", "associated", "proteins", "in", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "different", "exosomal", "proteins", "and", "Ago2", "in", "EVs", "isolated", "under", "Fed", "or", "Starved", "conditions", ".", "CD63", "is", "an", "exosomal", "marker", "protein", "and", "levels", "of", "HuR", "in", "EVs", "were", "quantified", "against", "respective", "CD63", "levels", ".", "Mean", "of", "three", "independent", "measurements", "are", "plotted", "(", "middle", "panel", "in", "D", ")", ".", "Calnexin", "and", "GAPDH", "are", "not", "detected", "in", "EVs", "but", "visible", "in", "the", "cellular", "extract", ".", "EV", "associated", "HA", "-", "HuR", "levels", "for", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", "expressing", "HA", "-", "HuR", "were", "also", "detected", "in", "the", "bottom", "panel", "in", "D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Cellular and extracellular levels of different miRNAs and EV associated proteins in Fed and Starved Huh7 cells. Western blot analysis of different exosomal proteins and Ago2 in EVs isolated under Fed or Starved conditions. CD63 is an exosomal marker protein and levels of HuR in EVs were quantified against respective CD63 levels. Mean of three independent measurements are plotted (middle panel in D). Calnexin and GAPDH are not detected in EVs but visible in the cellular extract. EV associated HA-HuR levels for Fed and Starved Huh7 cells expressing HA-HuR were also detected in the bottom panel in D."}
{"words": ["(", "E", ")", "Effect", "of", "GW4869", "treatment", "on", "cellular", "miRNA", "content", "in", "Fed", "and", "Starved", "cells", ".", "Levels", "of", "miRNAs", "were", "measured", "by", "real", "-", "time", "quantification", "and", "normalized", "against", "U6", "snRNA", ".", "Mean", "data", "are", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "DMSO", "treatment", "was", "used", "as", "control", "for", "GW4869", "treated", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(E) Effect of GW4869 treatment on cellular miRNA content in Fed and Starved cells. Levels of miRNAs were measured by real-time quantification and normalized against U6 snRNA. Mean data are from three independent experiments. DMSO treatment was used as control for GW4869 treated cells."}
{"words": ["(", "F", ")", "CAT", "-", "1", "and", "Aldolase", "mRNA", "expression", "in", "DMSO", "or", "GW4869", "treated", "starved", "Huh7", "cells", ".", "qRT", "-", "PCR", "techniques", "was", "adopted", "for", "quantification", "using", "18S", "rRNA", "values", "for", "normalization", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CAT-1 and Aldolase mRNA expression in DMSO or GW4869 treated starved Huh7 cells. qRT-PCR techniques was adopted for quantification using 18S rRNA values for normalization (mean +/- s.e.m., n=3)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Effect", "of", "siSMPD2", "treatment", "on", "miR", "-", "122", "content", "of", "EVs", "from", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "EVs", "from", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ",", "depleted", "for", "SMPD2", ",", "were", "isolated", "and", "miR", "-", "122", "content", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "and", "normalized", "against", "protein", "content", "of", "EVs", ".", "Fold", "change", "in", "EV", "associated", "miR", "-", "122", "levels", "upon", "starvation", "both", "for", "control", "and", "siSMPD2", "treated", "cells", "were", "shown", "above", "the", "respective", "bars", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Effect of siSMPD2 treatment on miR-122 content of EVs from Fed and Starved Huh7 cells. EVs from Fed and Starved Huh7 cells, depleted for SMPD2, were isolated and miR-122 content were measured by qRT-PCR and normalized against protein content of EVs. Fold change in EV associated miR-122 levels upon starvation both for control and siSMPD2 treated cells were shown above the respective bars."}
{"words": ["(", "H", ")", "Effect", "of", "siSMPD2", "treatment", "on", "CAT", "-", "1", "mRNA", "content", "(", "left", "panel", ")", "and", "miR", "-", "122", "levels", "(", "right", "panel", ")", "in", "Huh7", "cells", ".", "RNAs", ",", "from", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ",", "depleted", "for", "SMPD2", ",", "were", "isolated", "and", "miR", "-", "122", "and", "CAT", "-", "1", "mRNA", "contents", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "miR", "-", "122", "contents", "were", "normalized", "against", "U6", "snRNA", ".", "GAPDH", "mRNA", "was", "used", "for", "normalization", "of", "CAT", "-", "1", "mRNA", "levels", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "miR", "-", "122", "levels", "for", "siCon", "treated", "cells", "(", "Fed", "and", "Starved", ")", "were", "considered", "as", "units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Effect of siSMPD2 treatment on CAT-1 mRNA content (left panel) and miR-122 levels (right panel) in Huh7 cells. RNAs, from Fed and Starved Huh7 cells, depleted for SMPD2, were isolated and miR-122 and CAT-1 mRNA contents were measured by qRT-PCR. miR-122 contents were normalized against U6 snRNA. GAPDH mRNA was used for normalization of CAT-1 mRNA levels (mean +/- s.e.m., n=3). miR-122 levels for siCon treated cells (Fed and Starved) were considered as units."}
{"words": ["(", "I", "-", "J", ")", "A", "schematic", "representation", "of", "the", "experiment", "to", "separate", "Extracellular", "Vesicles", "(", "EVs", ")", "on", "OptiPrep", "@", "density", "gradient", "(", "left", "panel", ")", ".", "Densities", "of", "fractions", "1", "-", "10", "are", "plotted", "and", "a", "best", "-", "fit", "curve", "is", "drawn", "(", "right", "upper", "panel", ")", ".", "CD63", "levels", "in", "individual", "fractions", "of", "Fed", "and", "Starved", "cells", "were", "detected", "by", "western", "blots", "to", "confirm", "the", "presence", "of", "exosomes", "of", "Fed", "and", "Straved", "cells", "(", "right", "lower", "panel", ")", ".", "Mean", "Ct", "values", "of", "miR", "-", "122", "in", "RNAs", "isolated", "from", "Exosome", "enriched", "(", "8", "-", "9", ")", "vs", "Non", "-", "exosomal", "(", "1", "-", "3", ")", "fractions", "were", "analyzed", "and", "plotted", "(", "J", ")", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I-J) A schematic representation of the experiment to separate Extracellular Vesicles (EVs) on OptiPrep@ density gradient (left panel). Densities of fractions 1-10 are plotted and a best-fit curve is drawn (right upper panel). CD63 levels in individual fractions of Fed and Starved cells were detected by western blots to confirm the presence of exosomes of Fed and Straved cells (right lower panel). Mean Ct values of miR-122 in RNAs isolated from Exosome enriched (8-9) vs Non-exosomal (1-3) fractions were analyzed and plotted (J) (mean +/- s.e.m., n=3)."}
{"words": ["(", "K", ")", "Effect", "of", "Starvation", "on", "apoptic", "cell", "numbers", "in", "Huh7", "cells", ".", "Western", "Blot", "detection", "of", "apoptosis", "marker", "Cytochrome", "C", "in", "cellular", "and", "in", "EV", "associated", "fractions", "of", "Fed", "and", "Starved", "Huh", "7", "cells", ".", "β", "-", "Actin", "and", "CD63", "are", "used", "as", "loading", "control", "for", "cellular", "and", "EV", "associated", "fraction", "respectively", "(", "left", "panel", ")", ".", "TUNEL", "positive", "cells", "in", "Fed", "and", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "TUNEL", "assays", "of", "Fed", "and", "Starved", "Huh", "7", "cells", "were", "performed", "and", "TUNEL", "positive", "cells", "were", "quantified", ".", "Fed", ",", "but", "DNase", "treated", ",", "cells", "were", "used", "as", "positive", "control", "(", "+", "ve", "control", ")", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Effect of Starvation on apoptic cell numbers in Huh7 cells. Western Blot detection of apoptosis marker Cytochrome C in cellular and in EV associated fractions of Fed and Starved Huh 7 cells. β-Actin and CD63 are used as loading control for cellular and EV associated fraction respectively (left panel). TUNEL positive cells in Fed and Starved Huh7 cells. TUNEL assays of Fed and Starved Huh 7 cells were performed and TUNEL positive cells were quantified. Fed, but DNase treated, cells were used as positive control (+ve control) (right panel)."}
{"words": ["(", "L", ")", "Effect", "of", "thapsigargain", "(", "TG", ")", "treatment", "of", "Huh7", "cells", "on", "cellular", "and", "EV", "associated", "miR", "-", "122", "level", ".", "A", "schematic", "representation", "of", "the", "experiment", "(", "upper", "panel", ")", ".", "miR", "-", "122", "levels", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "in", "total", "cellular", "RNA", "and", "in", "EVs", "released", "by", "the", "treated", "cells", ".", "Values", "were", "normalized", "either", "against", "U6", "snRNA", "or", "protein", "content", "of", "EVs", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "(", "lower", "panels", ")", "for", "cellular", "and", "EV", "associated", "RNA", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Effect of thapsigargain (TG) treatment of Huh7 cells on cellular and EV associated miR-122 level. A schematic representation of the experiment (upper panel). miR-122 levels were measured by qRT-PCR in total cellular RNA and in EVs released by the treated cells. Values were normalized either against U6 snRNA or protein content of EVs (mean+/- s.e.m., n=3) (lower panels) for cellular and EV associated RNA respectively."}
{"words": ["(", "M", ")", "Effect", "of", "TG", "on", "cellular", "level", "of", "eIF2", "-", "a", "and", "its", "phosphorylated", "form", ",", "and", "Ago2", "and", "CD63", "in", "EVs", ".", "b", "-", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "for", "cellular", "samples", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Effect of TG on cellular level of eIF2-a and its phosphorylated form, and Ago2 and CD63 in EVs. b-Actin was used as loading control for cellular samples."}
{"words": ["(", "A", ")", "Relative", "amount", "of", "miRNAs", "bound", "to", "HuR", "that", "are", "immunoprecipitated", "either", "from", "Fed", "or", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "Immunoprecipitated", "materials", "were", "separated", "into", "two", "equal", "halves", "to", "do", "western", "blot", "analysis", "of", "HuR", "and", "relative", "quantification", "of", "associated", "miR", "-", "122", "and", "miR", "-", "21", "were", "done", "by", "quantitative", "RT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "GFP", "used", "as", "negative", "control", "to", "confer", "the", "specificity", "of", "the", "anti", "-", "HuR3A2", "antibody", "in", "immunoprecipitating", "HuR", ".", "The", "miR", "-", "122", "content", "in", "the", "GFP", "-", "antibody", "immunoprecipitated", "materials", "was", "too", "low", "to", "get", "detected", "reliably", "using", "the", "qRT", "-", "PCR", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Relative amount of miRNAs bound to HuR that are immunoprecipitated either from Fed or Starved Huh7 cells. Immunoprecipitated materials were separated into two equal halves to do western blot analysis of HuR and relative quantification of associated miR-122 and miR-21 were done by quantitative RT-PCR (mean +/- s.e.m., n=3). GFP used as negative control to confer the specificity of the anti-HuR3A2 antibody in immunoprecipitating HuR. The miR-122 content in the GFP-antibody immunoprecipitated materials was too low to get detected reliably using the qRT-PCR."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Effect", "of", "HuR", "depletion", "on", "cellular", "and", "EV", "content", "of", "miRNAs", "in", "Huh7", "cells", ".", "Schemes", "of", "HuR", "depletion", "experiments", "in", "Huh7", "cells", "(", "B", ")", ".", "In", "siHuR", "treated", "cells", ",", "depletion", "of", "HuR", "was", "monitored", "by", "western", "blotting", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "4", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Effect of HuR depletion on cellular and EV content of miRNAs in Huh7 cells. Schemes of HuR depletion experiments in Huh7 cells (B). In siHuR treated cells, depletion of HuR was monitored by western blotting (mean+/- s.e.m., n=4)"}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Effect", "of", "HuR", "depletion", "on", "cellular", "and", "EV", "content", "of", "miRNAs", "in", "Huh7", "cells", ".", "Relative", "levels", "of", "miRNAs", "were", "measured", "in", "EVs", "released", "from", "siCon", "or", "siHuR", "treated", "cells", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "Cellular", "miRNA", "contents", "were", "normalized", "against", "U6", "snRNA", ".", "Levels", "of", "each", "miRNA", "in", "control", "siRNA", "(", "siCon", ")", "treated", "set", "were", "taken", "as", "unit", ".", "(", "C", ")", ".", "CAT", "-", "1", "and", "Aldolase", "mRNA", "levels", "of", "siHuR", "and", "siCon", "treated", "Fed", "Huh7", "cells", "were", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", "and", "normalized", "against", "GAPDH", "mRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B-C) Effect of HuR depletion on cellular and EV content of miRNAs in Huh7 cells. Relative levels of miRNAs were measured in EVs released from siCon or siHuR treated cells by qRT-PCR. Cellular miRNA contents were normalized against U6 snRNA. Levels of each miRNA in control siRNA (siCon) treated set were taken as unit. (C). CAT-1 and Aldolase mRNA levels of siHuR and siCon treated Fed Huh7 cells were quantified by qRT-PCR and normalized against GAPDH mRNA."}
{"words": ["(", "D", ")", "Effect", "of", "HuR", "knockdown", "on", "cellular", "level", "of", "different", "miRNAs", "in", "starved", "Huh7", "cells", ".", "Relative", "levels", "were", "estimated", "by", "real", "time", "qPCR", ",", "normalized", "with", "respect", "to", "U6", "snRNA", "and", "plotted", "in", "the", "left", "panel", ".", "Levels", "of", "miR", "-", "122", "in", "EVs", "of", "starved", "siHuR", "and", "siCon", "treated", "Huh7", "cells", "were", "also", "measured", "by", "RT", "-", "PCR", "and", "plotted", "in", "the", "right", "panel", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Effect of HuR knockdown on cellular level of different miRNAs in starved Huh7 cells. Relative levels were estimated by real time qPCR, normalized with respect to U6 snRNA and plotted in the left panel. Levels of miR-122 in EVs of starved siHuR and siCon treated Huh7 cells were also measured by RT-PCR and plotted in the right panel (mean+/- s.e.m., n=3)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Level", "of", "eIF", "-", "2a", "and", "its", "phosphorylated", "form", ",", "estimated", "by", "western", "blot", "using", "specific", "antibodies", ",", "in", "siCon", "or", "siHuR", "treated", "and", "starved", "Huh7", "cell", "extracts", ".", "Western", "blot", "data", "of", "HuR", "confirm", "reduction", "of", "this", "protein", "upon", "siRNA", "treatment", ".", "CAT", "-", "1", "and", "Aldolase", "mRNA", "levels", "were", "estimated", "by", "real", "time", "quantification", "and", "normalized", "against", "GAPDH", "level", ".", "Values", "of", "siCon", "treated", "samples", "were", "taken", "as", "unit", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "In", "the", "right", "panel", "the", "relative", "quantity", "of", "phosphorylated", "eIF", "-", "2a", "measured", "by", "densitometry", "were", "plotted", ".", "Levels", "of", "p38", "and", "phosphor", "-", "p38", "levels", "in", "siCon", "and", "siHuR", "treated", "Starved", "Huh7", "cells", "were", "detected", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Level of eIF-2a and its phosphorylated form, estimated by western blot using specific antibodies, in siCon or siHuR treated and starved Huh7 cell extracts. Western blot data of HuR confirm reduction of this protein upon siRNA treatment. CAT-1 and Aldolase mRNA levels were estimated by real time quantification and normalized against GAPDH level. Values of siCon treated samples were taken as unit (mean+/- s.e.m., n=3). In the right panel the relative quantity of phosphorylated eIF-2a measured by densitometry were plotted. Levels of p38 and phosphor-p38 levels in siCon and siHuR treated Starved Huh7 cells were detected by western blot."}
{"words": ["(", "F", ")", "Western", "blot", "analysis", "to", "detect", "the", "level", "of", "phosphorylated", "eIF", "-", "2a", "and", "eIF", "-", "4E", "-", "BP1", "in", "lysates", "of", "Starved", "and", "HuR", "depleted", "Huh7", "cells", "either", "transfected", "with", "ant", "-", "let", "-", "7a", "or", "anti", "-", "miR", "-", "122", "oligos", ".", "miR", "-", "122", "inactivation", "was", "monitored", "by", "measuring", "cat", "-", "1", "level", "by", "qRT", "-", "PCR", "using", "GAPDH", "as", "control", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "denotes", "the", "phosphorylated", "eIF", "-", "4E", "-", "BP1", ".", "b", "-", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Relative", "levels", "of", "phosphorylated", "eIF", "-", "2a", "were", "measured", "by", "densitometric", "estimation", "of", "three", "independent", "measurements", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Western blot analysis to detect the level of phosphorylated eIF-2a and eIF-4E-BP1 in lysates of Starved and HuR depleted Huh7 cells either transfected with ant-let-7a or anti-miR-122 oligos. miR-122 inactivation was monitored by measuring cat-1 level by qRT-PCR using GAPDH as control (mean+/- s.e.m., n=3). * denotes the phosphorylated eIF-4E-BP1. b-Actin was used as loading control. Relative levels of phosphorylated eIF-2a were measured by densitometric estimation of three independent measurements."}
{"words": ["(", "A", ")", "Northern", "blot", "of", "miR", "-", "122", "in", "Huh7", "cells", "expressing", "the", "Control", "and", "HA", "-", "HuR", "expression", "plasmids", ".", "The", "U6", "was", "used", "for", "loading", "control", ".", "Position", "of", "the", "32P", "-", "labelled", "Oligos", ",", "blotted", "to", "the", "membrane", "used", "for", "Northern", "blotting", ",", "served", "as", "size", "markers", "are", "shown", "in", "the", "M", "lane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Northern blot of miR-122 in Huh7 cells expressing the Control and HA-HuR expression plasmids. The U6 was used for loading control. Position of the 32P-labelled Oligos, blotted to the membrane used for Northern blotting, served as size markers are shown in the M lane."}
{"words": ["(", "B", ")", "Schematic", "representation", "of", "experiments", "done", "in", "Huh7", "cells", "expressing", "HA", "-", "HuR", "(", "bottom", ")", ".", "For", "control", ",", "pCIneo", "transfected", "Huh7", "cells", "were", "used", ".", "Relative", "expression", "of", "HuR", "in", "transfected", "cells", "were", "analysed", "by", "western", "blot", "(", "top", ")", ".", "b", "-", "actin", "blots", "were", "used", "as", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Schematic representation of experiments done in Huh7 cells expressing HA-HuR (bottom). For control, pCIneo transfected Huh7 cells were used. Relative expression of HuR in transfected cells were analysed by western blot (top). b-actin blots were used as loading controls."}
{"words": ["(", "C", ")", "Cellular", "and", "EV", "-", "associated", "miRNA", "levels", "were", "measured", "in", "Huh7", "cells", "either", "expressing", "the", "pCIneo", "or", "HA", "-", "HuR", "expressing", "vectors", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", ".", "Cellular", "miRNA", "levels", "were", "normalized", "against", "U6", "snRNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Cellular and EV-associated miRNA levels were measured in Huh7 cells either expressing the pCIneo or HA-HuR expressing vectors by qRT-PCR (mean+/- s.e.m., n=5). Cellular miRNA levels were normalized against U6 snRNA."}
{"words": ["(", "E", ")", "Effect", "of", "HA", "-", "HuR", "expression", "on", "miRNA", "levels", "on", "EV", "and", "non", "-", "EV", "fractions", "of", "the", "culture", "supernatant", "collected", "from", "control", "and", "HA", "-", "HuR", "encoding", "plasmid", "transfected", "Huh7", "cells", ".", "For", "isolation", "of", "non", "-", "EV", "fraction", ",", "supernatant", "obtained", "after", "removal", "of", "EVs", "by", "ultracentrifugation", "was", "used", "for", "RNA", "preparation", "(", "left", "panel", ")", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "Effect", "of", "HuR", "expression", "on", "CD63", ",", "Alix", "and", "HuR", "levels", "in", "EVs", ".", "Extracts", "from", "EVs", "isolated", "from", "control", "or", "HA", "-", "HuR", "expressing", "Huh7", "cells", "were", "western", "blotted", "for", "respective", "proteins", "(", "right", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Effect of HA-HuR expression on miRNA levels on EV and non-EV fractions of the culture supernatant collected from control and HA-HuR encoding plasmid transfected Huh7 cells. For isolation of non-EV fraction, supernatant obtained after removal of EVs by ultracentrifugation was used for RNA preparation (left panel) (mean+/- s.e.m., n=3). Effect of HuR expression on CD63, Alix and HuR levels in EVs. Extracts from EVs isolated from control or HA-HuR expressing Huh7 cells were western blotted for respective proteins (right panel)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Relative", "miR", "-", "122", "levels", "in", "CD63", "positive", "affinity", "purified", "EVs", "isolated", "from", "HA", "-", "HuR", "and", "pCIneo", "transfected", "Huh7", "cells", "were", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "levels", "of", "miR", "-", "122", "were", "normalized", "against", "CD63", "content", "of", "EVs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Relative miR-122 levels in CD63 positive affinity purified EVs isolated from HA-HuR and pCIneo transfected Huh7 cells were quantified by qRT-PCR (mean+/- s.e.m., n=3). The levels of miR-122 were normalized against CD63 content of EVs."}
{"words": ["(", "G", ")", "Effect", "of", "GW4869", "on", "EV", "associated", "content", "of", "three", "different", "miRNAs", "in", "HA", "-", "HuR", "expressing", "Huh7", "cells", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", ".", "EVs", "from", "DMSO", "treated", "cells", "were", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Effect of GW4869 on EV associated content of three different miRNAs in HA-HuR expressing Huh7 cells quantified by qRT-PCR (mean+/- s.e.m., n=5). EVs from DMSO treated cells were used as control."}
{"words": ["(", "H", ")", "A", "schematic", "representation", "of", "the", "experiment", "done", "to", "characterize", "EVs", "isolated", "from", "Huh7", "cells", "expressing", "HA", "-", "HuR", "or", "pCIneo", "respectively", "by", "running", "OptiPrepTM", "density", "gradient", "(", "left", "panel", ")", "and", "western", "blotting", "for", "CD63", "(", "right", "upper", "panel", ")", ".", "Relative", "miR", "-", "122", "levels", "in", "fractions", "1", "-", "2", "and", "8", "-", "9", "were", "compared", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "right", "lower", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) A schematic representation of the experiment done to characterize EVs isolated from Huh7 cells expressing HA-HuR or pCIneo respectively by running OptiPrepTM density gradient (left panel) and western blotting for CD63 (right upper panel). Relative miR-122 levels in fractions 1-2 and 8-9 were compared by qRT-PCR (right lower panel)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Levels", "of", "apoptic", "cells", "in", "HA", "-", "HuR", "expressing", "Huh7", "cells", ".", "Western", "Blot", "detection", "of", "apoptosis", "marker", "Cytochrome", "C", "was", "done", "(", "top", ")", "for", "EV", "associated", "and", "cellular", "fractions", "of", "HA", "-", "HuR", "and", "pCIneo", "(", "control", ")", "expressing", "Huh", "7", "cells", "respectively", ".", "Western", "blot", "for", "HA", "-", "HuR", "was", "done", "to", "analyse", "the", "expression", "of", "HA", "-", "HuR", "in", "EVs", "isolated", "from", "HA", "-", "HuR", "and", "pCIneo", "expressing", "Huh7", "cells", ".", "CD63", "and", "β", "-", "actin", "are", "used", "as", "loading", "control", "for", "EV", "associated", "fractions", "and", "cellular", "fractions", "respectively", "(", "upper", "panels", ")", ".", "TUNEL", "assay", "of", "HA", "-", "HuR", "and", "pCIneo", "expressing", "and", "non", "-", "transfected", "Huh", "7", "cells", "was", "performed", "and", "representative", "pictures", "of", "HA", "-", "HuR", "and", "pCIneo", "expressing", "cells", "along", "with", "picture", "of", "non", "-", "transfected", "but", "DNase", "treated", "(", "positive", "control", ")", "cells", "were", "compared", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Scale", "bar", "50", "µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Levels of apoptic cells in HA-HuR expressing Huh7 cells. Western Blot detection of apoptosis marker Cytochrome C was done (top) for EV associated and cellular fractions of HA-HuR and pCIneo (control) expressing Huh 7 cells respectively. Western blot for HA-HuR was done to analyse the expression of HA-HuR in EVs isolated from HA-HuR and pCIneo expressing Huh7 cells. CD63 and β-actin are used as loading control for EV associated fractions and cellular fractions respectively (upper panels). TUNEL assay of HA-HuR and pCIneo expressing and non-transfected Huh 7 cells was performed and representative pictures of HA-HuR and pCIneo expressing cells along with picture of non-transfected but DNase treated (positive control ) cells were compared (lower panels). Scale bar 50 µM."}
{"words": ["(", "B", ")", "Change", "in", "miR", "-", "122", "level", "in", "starved", "mouse", "liver", ".", "Endogenous", "miR", "-", "122", "(", "left", "panel", ")", "and", "CAT", "-", "1", "mRNA", "(", "middle", "panel", ")", "levels", "in", "mouse", "liver", "starved", "for", "12h", "were", "quantified", "by", "qRT", "-", "PCR", ".", "miR", "-", "122", "levels", "in", "the", "blood", "serum", "of", "corresponding", "animals", "were", "also", "measured", "(", "right", "panel", ")", ".", "The", "Ct", "values", "of", "miR", "-", "122", "and", "CAT", "-", "1", "mRNA", "obtained", "for", "each", "individual", "animal", "liver", "and", "blood", "serum", "were", "plotted", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Change in miR-122 level in starved mouse liver. Endogenous miR-122 (left panel) and CAT-1 mRNA (middle panel) levels in mouse liver starved for 12h were quantified by qRT-PCR. miR-122 levels in the blood serum of corresponding animals were also measured (right panel). The Ct values of miR-122 and CAT-1 mRNA obtained for each individual animal liver and blood serum were plotted (mean+/- s.e.m., n=5)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Relative", "level", "of", "HuR", "in", "both", "liver", "and", "lung", "of", "Fed", "and", "Starved", "mice", "were", "analysed", "by", "western", "blots", ",", "β", "-", "actin", "was", "used", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C)Relative level of HuR in both liver and lung of Fed and Starved mice were analysed by western blots, β-actin was used as loading control ."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "Blot", "analysis", "to", "check", "expression", "of", "HA", "-", "HuR", "in", "liver", "samples", "of", "injected", "mice", ".", "β", "-", "Actin", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "HA", "-", "HuR", "expressing", "Huh7", "cells", "lysate", "was", "used", "as", "positive", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western Blot analysis to check expression of HA-HuR in liver samples of injected mice. β-Actin was used as loading control. HA-HuR expressing Huh7 cells lysate was used as positive control."}
{"words": ["(", "F", ")", ".", "Change", "in", "miR", "-", "122", "level", "upon", "expression", "of", "HA", "-", "HuR", "in", "mouse", "liver", ".", "Endogenous", "miR", "-", "122", "level", "in", "HA", "-", "HuR", "expression", "plasmid", "injected", "mouse", "liver", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "PCR", "and", "compared", "against", "liver", "RNA", "samples", "collected", "from", "control", "(", "pCIneo", "injected", ")", "group", "of", "animals", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F). Change in miR-122 level upon expression of HA-HuR in mouse liver. Endogenous miR-122 level in HA-HuR expression plasmid injected mouse liver were quantified by RT-PCR and compared against liver RNA samples collected from control (pCIneo injected) group of animals (mean+/- s.e.m., n=5)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Endogenous", "miR", "-", "122", "target", "CAT", "-", "1", "(", "left", "panel", ")", "and", "Aldolase", "(", "right", "panel", ")", "mRNA", "levels", "in", "HA", "-", "HuR", "or", "pCIneo", "(", "control", ")", "injected", "mouse", "liver", "were", "quantified", "by", "RT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Endogenous miR-122 target CAT-1 (left panel) and Aldolase (right panel) mRNA levels in HA-HuR or pCIneo (control) injected mouse liver were quantified by RT-PCR (mean+/- s.e.m., n=4)."}
{"words": ["(", "H", ")", "miR", "-", "122", "levels", "in", "the", "blood", "serum", "of", "pCIneo", "(", "control", ")", "or", "HA", "-", "HuR", "expression", "plasmid", "injected", "mice", "were", "measured", ".", "The", "Ct", "values", "of", "miR", "-", "122", "and", "CAT", "-", "1", "and", "Aldolase", "mRNAs", "obtained", "for", "each", "individual", "animal", "liver", "and", "blood", "serum", "were", "plotted", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) miR-122 levels in the blood serum of pCIneo (control) or HA-HuR expression plasmid injected mice were measured. The Ct values of miR-122 and CAT-1 and Aldolase mRNAs obtained for each individual animal liver and blood serum were plotted (mean+/- s.e.m., n=5)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Time", "course", "experiment", "of", "HuR", "binding", "of", "miR", "-", "122", "replaced", "from", "Ago2miRNPs", ".", "A", "schematic", "representation", "of", "in", "vitro", "miRNA", "binding", "assay", "of", "HuR", "(", "left", "panel", ")", ".", "Equal", "amounts", "of", "recombinant", "HuR", "(", "rHuR", ")", ",", "after", "indicated", "time", "of", "the", "miRNP", "interaction", "on", "FLAG", "-", "beads", ",", "were", "immunoprecipitated", "and", "HuR", "associated", "miR", "-", "122", "levels", "were", "detected", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "right", "top", "panel", ")", ".", "Ago2western", "blot", "detects", "its", "presence", "in", "the", "FLAG", "beads", "used", "in", "the", "assay", "and", "its", "absence", "in", "HuRimmunoprecipitated", "materials", ".", "HuRwestern", "blot", "was", "used", "to", "confirm", "its", "presence", "and", "quantification", "of", "its", "levels", "in", "the", "immunoprecipitated", "materials", ",", "at", "different", "time", "points", "(", "right", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Time course experiment of HuR binding of miR-122 replaced from Ago2miRNPs. A schematic representation of in vitro miRNA binding assay of HuR (left panel). Equal amounts of recombinant HuR (rHuR), after indicated time of the miRNP interaction on FLAG-beads, were immunoprecipitated and HuR associated miR-122 levels were detected by qRT-PCR (right top panel). Ago2western blot detects its presence in the FLAG beads used in the assay and its absence in HuRimmunoprecipitated materials. HuRwestern blot was used to confirm its presence and quantification of its levels in the immunoprecipitated materials, at different time points (right bottom panel)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Coomassie", "stained", "gel", "picture", "denotes", "the", "purity", "of", "the", "recombinant", "HuR", "used", "in", "the", "assay", ".", "The", "same", "proteins", "were", "western", "blotted", "for", "HuR", "to", "show", "the", "specificity", "of", "the", "antibody", "used", "for", "immunoprecipitation", ".", "The", "recombinant", "P", "protein", "and", "N", "protein", "of", "Chandipura", "virus", "was", "used", "as", "negative", "control", "to", "confirm", "the", "specificity", "of", "3A2", "anti", "-", "HuR", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Coomassie stained gel picture denotes the purity of the recombinant HuR used in the assay. The same proteins were western blotted for HuR to show the specificity of the antibody used for immunoprecipitation. The recombinant P protein and N protein of Chandipura virus was used as negative control to confirm the specificity of 3A2 anti-HuR antibody."}
{"words": ["(", "D", ")", "HuR", "western", "blot", "in", "middle", "right", "panel", "confirmed", "the", "presence", "of", "HuR", "and", "the", "truncated", "version", "of", "it", "in", "the", "immunoprecipitated", "materials", ".", "A", "representative", "domain", "picture", "of", "HuR", "and", "HuRΔIII", "are", "shown", "in", "the", "upper", "panel", ".", "Relative", "levels", "of", "HuR", "bound", "miR", "-", "122", "were", "determined", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "(", "middle", "left", "panel", ")", ".", "Amount", "of", "miR", "-", "122", "recovered", "from", "the", "immunoprecipitated", "materials", "were", "normalized", "against", "the", "amount", "of", "HuR", "or", "HuRΔIII", "present", "in", "the", "Immunoprecipitated", "materials", ".", "Ago2", "western", "blot", "confirmed", "its", "presence", "in", "the", "FLAG", "beads", "used", "in", "the", "assay", "while", "Ago2", "was", "not", "detected", "in", "HuR", "immunoprecipitated", "materials", "(", "bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HuR western blot in middle right panel confirmed the presence of HuR and the truncated version of it in the immunoprecipitated materials. A representative domain picture of HuR and HuRΔIII are shown in the upper panel. Relative levels of HuR bound miR-122 were determined by qRT-PCR (mean+/- s.e.m., n=3) (middle left panel). Amount of miR-122 recovered from the immunoprecipitated materials were normalized against the amount of HuR or HuRΔIII present in the Immunoprecipitated materials. Ago2 western blot confirmed its presence in the FLAG beads used in the assay while Ago2 was not detected in HuR immunoprecipitated materials (bottom panel)."}
{"words": ["(", "E", ")", "RNA", "electrophoretic", "mobility", "shift", "assay", "done", "with", "32P", "-", "labeled", "synthetic", "miR", "-", "122", "and", "recombinant", "HuR", "proteins", ".", "Radiolabelled", "miR", "-", "122", "(", "100", "fmol", ")", "was", "incubated", "with", "increasing", "concentration", "of", "FL", "-", "HuR", "(", "5", "-", "100nM", ")", "or", "HuRΔIII", "(", "100", "nM", ")", "and", "gel", "shifting", "of", "miR", "-", "122", "were", "marked", "by", "arrowhead", ".", "Position", "of", "the", "free", "probes", "is", "marked", "by", "an", "arrow", ".", "In", "the", "right", "panel", ",", "1pmol", "of", "unlabelled", "TNF", "-", "alpha", "AU", "-", "rich", "element", "encoding", "synthetic", "RNA", "was", "used", "to", "compete", "with", "miR", "-", "122", "binding", "of", "full", "length", "HuR", ".", "Amount", "of", "HuR", "or", "HuRΔIII", "used", "for", "gel", "shift", "assay", "were", "premeasured", "by", "densitometric", "estimation", "of", "coomassie", "stained", "gel", "bands", "from", "SDS", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) RNA electrophoretic mobility shift assay done with 32P-labeled synthetic miR-122 and recombinant HuR proteins. Radiolabelled miR-122 (100 fmol) was incubated with increasing concentration of FL-HuR (5-100nM) or HuRΔIII (100 nM) and gel shifting of miR-122 were marked by arrowhead. Position of the free probes is marked by an arrow. In the right panel, 1pmol of unlabelled TNF-alpha AU-rich element encoding synthetic RNA was used to compete with miR-122 binding of full length HuR. Amount of HuR or HuRΔIII used for gel shift assay were premeasured by densitometric estimation of coomassie stained gel bands from SDS page."}
{"words": ["(", "F", ")", "Association", "of", "miRNAs", "with", "recombinant", "HuR", "in", "vitro", ".", "Small", "RNA", "pool", "of", "Huh7", "cell", "isolated", "by", "miRVana", "miRNA", "isolation", "kit", "were", "incubated", "with", "recombinant", "HuR", "in", "an", "in", "vitro", "binding", "reaction", "and", "HuR", "associated", "RNA", ",", "recovered", "from", "immunoprecipitated", "HuR", "after", "the", "binding", "reaction", ",", "were", "quantified", "along", "with", "the", "input", "RNA", "used", "for", "binding", ".", "The", "mean", "Ct", "values", "of", "RNA", "from", "samples", "from", "three", "independent", "binding", "reactions", "along", "with", "input", "RNA", "were", "measured", "and", "plotted", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "The", "Input", "recombinant", "HuR", "used", "in", "the", "binding", "assay", "and", "in", "the", "immunoprecipitated", "materials", "were", "detected", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Association of miRNAs with recombinant HuR in vitro. Small RNA pool of Huh7 cell isolated by miRVana miRNA isolation kit were incubated with recombinant HuR in an in vitro binding reaction and HuR associated RNA, recovered from immunoprecipitated HuR after the binding reaction, were quantified along with the input RNA used for binding. The mean Ct values of RNA from samples from three independent binding reactions along with input RNA were measured and plotted (mean+/- s.e.m., n=3). The Input recombinant HuR used in the binding assay and in the immunoprecipitated materials were detected by western blot."}
{"words": ["(", "A", ")", "Subcellular", "distribution", "of", "HuR", "and", "Ago2", "in", "Huh7", "cells", ".", "Isotonic", "lysates", "of", "Huh7", "cells", "transfected", "with", "HA", "-", "HuR", "expression", "or", "pCIneo", "control", "vector", "were", "analyzed", "on", "3", "-", "30", "%", "OptiprepTM", "gradients", "for", "separation", "of", "organelles", "and", "localization", "of", "Ago2", "and", "HuR", "were", "determined", "by", "western", "blotting", "analysis", ".", "Alix", "and", "Calnexin", "were", "used", "as", "markers", "of", "late", "endosome", "/", "MVB", "and", "ER", "respectively", ".", "Positions", "of", "specific", "organelle", "containing", "fractions", "were", "marked", "above", "the", "panels", ".", "*", "denotes", "the", "position", "of", "the", "high", "molecular", "weight", "HuR", "bands", "detected", "in", "the", "MVB", "fractions", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Subcellular distribution of HuR and Ago2 in Huh7 cells. Isotonic lysates of Huh7 cells transfected with HA-HuR expression or pCIneo control vector were analyzed on 3-30% OptiprepTM gradients for separation of organelles and localization of Ago2 and HuR were determined by western blotting analysis. Alix and Calnexin were used as markers of late endosome/MVB and ER respectively. Positions of specific organelle containing fractions were marked above the panels. * denotes the position of the high molecular weight HuR bands detected in the MVB fractions."}
{"words": ["(", "B", ")", "Detection", "of", "ubiquitinated", "HuR", "in", "Huh7", "cells", "expressing", "HA", "-", "Ub", ".", "HuR", "was", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "HuR", "antibody", "from", "cell", "lysate", "of", "Huh7", "cells", "transfected", "with", "HA", "-", "Ub", "expression", "or", "pCIneo", "(", "control", ")", "plasmids", "and", "western", "blotted", "for", "HA", "or", "HuR", "(", "left", "panel", ")", ".", "In", "vitro", "ubiquitination", "assay", "was", "done", "with", "recombinant", "His", "-", "tagged", "HuR", "and", "cell", "extract", "of", "Huh7", "cells", "expressing", "HA", "-", "Ub", ".", "The", "scheme", "of", "the", "experiment", "and", "western", "blot", "data", "for", "input", "and", "cell", "extract", "along", "with", "immunoprecipitated", "materials", "are", "shown", ".", "Specific", "bands", "of", "Ub", "-", "HuR", "are", "marked", "by", "arrows", "and", "HuR", "is", "marked", "by", "arrowhead", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Detection of ubiquitinated HuR in Huh7 cells expressing HA-Ub. HuR was immunoprecipitated with anti-HuR antibody from cell lysate of Huh7 cells transfected with HA-Ub expression or pCIneo (control) plasmids and western blotted for HA or HuR (left panel). In vitro ubiquitination assay was done with recombinant His-tagged HuR and cell extract of Huh7 cells expressing HA-Ub. The scheme of the experiment and western blot data for input and cell extract along with immunoprecipitated materials are shown. Specific bands of Ub-HuR are marked by arrows and HuR is marked by arrowhead."}
{"words": ["(", "C", ")", "Changes", "in", "relative", "level", "of", "miR", "-", "122", "in", "the", "subcellular", "ER", "and", "MVB", "associated", "fractions", "of", "OptiprepTM", "gradients", "done", "with", "the", "cell", "lysates", "from", "pCIneo", "or", "HA", "-", "HuR", "expression", "vector", "transfected", "cells", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Changes in relative level of miR-122 in the subcellular ER and MVB associated fractions of OptiprepTM gradients done with the cell lysates from pCIneo or HA-HuR expression vector transfected cells were measured by qRT-PCR (mean+/- s.e.m., n=5)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Detection", "of", "ubiquitinated", "HuR", "in", "HuR", "-", "immunoprecipitated", "materials", "obtained", "from", "ER", "and", "MVB", "enriched", "fractions", "of", "Huh7", "cells", ".", "Organelles", "were", "separated", "on", "OptiprepTM", "gradients", ",", "and", "HuR", "in", "organeller", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "HuR", "specific", "antibody", "and", "western", "blotted", "for", "ubiquitin", "to", "detect", "ubiquitinated", "form", "of", "HuR", ".", "Whole", "cell", "lysates", "used", "for", "optiprep", "analysis", "were", "western", "blotted", "for", "ubiquitinated", "proteins", ".", "Positions", "of", "the", "high", "molecular", "weight", "bands", "of", "ubiquitinated", "HuR", "are", "marked", "by", "arrowheads", ".", "Levels", "of", "HuR", "in", "the", "immunoprecipitated", "materials", "were", "detected", "using", "anti", "-", "HuR", "antibody", ".", "Anti", "-", "GFP", "antibody", "immnoprecipitated", "materials", "were", "used", "as", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Detection of ubiquitinated HuR in HuR-immunoprecipitated materials obtained from ER and MVB enriched fractions of Huh7 cells. Organelles were separated on OptiprepTM gradients, and HuR in organeller lysates were immunoprecipitated with HuR specific antibody and western blotted for ubiquitin to detect ubiquitinated form of HuR. Whole cell lysates used for optiprep analysis were western blotted for ubiquitinated proteins. Positions of the high molecular weight bands of ubiquitinated HuR are marked by arrowheads. Levels of HuR in the immunoprecipitated materials were detected using anti-HuR antibody. Anti-GFP antibody immnoprecipitated materials were used as control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Detection", "of", "ubiquitinated", "HuR", "in", "HuR", "-", "immunoprecipitated", "materials", "obtained", "from", "ER", "and", "MVB", "enriched", "fractions", "of", "cells", "co", "-", "expressing", "HA", "-", "Ubiquitin", "and", "FLAG", "-", "HuR", ".", "Cells", "were", "lysed", "and", "organelles", "were", "separated", "on", "OptiprepTM", "gradients", ",", "and", "HuR", "in", "organeller", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "HuR", "specific", "antibody", "and", "western", "blotted", "for", "HA", "to", "detect", "ubiquitinated", "form", "of", "HuR", ".", "HuR", "in", "the", "lysate", "of", "the", "FLAG", "-", "HuR", "and", "HA", "-", "Ub", "co", "expressing", "cells", "were", "detected", "by", "HuR", "specific", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(E) Detection of ubiquitinated HuR in HuR-immunoprecipitated materials obtained from ER and MVB enriched fractions of cells co-expressing HA-Ubiquitin and FLAG-HuR. Cells were lysed and organelles were separated on OptiprepTM gradients, and HuR in organeller lysates were immunoprecipitated with HuR specific antibody and western blotted for HA to detect ubiquitinated form of HuR. HuR in the lysate of the FLAG-HuR and HA-Ub co expressing cells were detected by HuR specific antibody."}
{"words": ["(", "F", ")", "Loss", "of", "miRNA", "association", "of", "HuR", "on", "MVB", ".", "HA", "-", "HuR", "expressing", "Huh7", "cell", "lysates", "separated", "on", "OptiprepTM", "gradients", "were", "used", "for", "immunoprecipitation", "of", "HA", "-", "HuR", "and", "associated", "miRNA", "levels", "were", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "and", "normalized", "against", "immunoprecipitated", "proteins", ".", "Levels", "of", "immunoprecipitated", "HA", "-", "HuR", "were", "detected", "by", "western", "blotting", "and", "quantified", "by", "densitometry", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Loss of miRNA association of HuR on MVB. HA-HuR expressing Huh7 cell lysates separated on OptiprepTM gradients were used for immunoprecipitation of HA-HuR and associated miRNA levels were measured by qRT-PCR and normalized against immunoprecipitated proteins. Levels of immunoprecipitated HA-HuR were detected by western blotting and quantified by densitometry. Data represented as mean+/- s.e.m., n=3."}
{"words": ["(", "G", ")", "Loss", "of", "miRNA", "from", "ubiquitinated", "form", "of", "HuR", ".", "Scheme", "of", "the", "double", "immunoprecipitation", "experiment", "is", "shown", "in", "the", "left", "panel", ".", "Western", "blot", "analysis", "for", "HuR", "in", "the", "anti", "-", "HA", "and", "anti", "-", "HuRimmunoprecipitatedFLAG", "-", "HuR", "along", "with", "the", "input", "of", "FLAG", "-", "HuR", "used", ".", "Lysates", "of", "cell", "expressing", "the", "FLAG", "-", "HuR", "and", "used", "for", "FLAGHuR", "purification", "is", "also", "shown", "(", "right", "upper", "panels", ")", ".", "qRT", "-", "PCR", "based", "estimation", "of", "the", "miRNA", "per", "unit", "of", "HuRimmunoprecipitated", "were", "estimated", "for", "both", "HA", "and", "HuRimmunoprecipitated", "materials", "and", "normalized", "against", "respective", "protein", "levels", "quantified", "by", "densitometric", "quantification", "of", "western", "blots", "(", "right", "lower", "panel", ")", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ".", "Position", "of", "ubiquitinated", "band", "of", "FLAG", "-", "HuR", "is", "marked", "by", "arrow", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Loss of miRNA from ubiquitinated form of HuR. Scheme of the double immunoprecipitation experiment is shown in the left panel. Western blot analysis for HuR in the anti-HA and anti-HuRimmunoprecipitatedFLAG-HuR along with the input of FLAG-HuR used. Lysates of cell expressing the FLAG-HuR and used for FLAGHuR purification is also shown (right upper panels). qRT-PCR based estimation of the miRNA per unit of HuRimmunoprecipitated were estimated for both HA and HuRimmunoprecipitated materials and normalized against respective protein levels quantified by densitometric quantification of western blots (right lower panel). Data represented as mean+/- s.e.m., n=3. Position of ubiquitinated band of FLAG-HuR is marked by arrow."}
{"words": ["(", "H", ")", "Increase", "in", "ubiquitinated", "form", "of", "HuR", "in", "Starved", "Huh7", "cells", ".", "Levels", "of", "ubiquitinated", "HuR", "in", "Fed", "and", "Starved", "(", "5h", ")", "HA", "-", "Ub", "expressing", "Huh7", "cells", "treated", "either", "with", "ethanol", "or", "MG132", "(", "20µM", ")", "for", "same", "duration", ".", "The", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "HuR", "and", "western", "blotted", "for", "HA", "and", "HuR", ".", "Position", "of", "ubiquitinated", "bands", "were", "marked", "by", "arrows", ".", "The", "levels", "of", "ubiquitinated", "HuR", "were", "measured", "by", "densitometry", "and", "relative", "increase", "in", "ubiquitinated", "HuR", "levels", "against", "the", "non", "-", "ubiquitinated", "form", "were", "measured", "and", "plotted", "(", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Increase in ubiquitinated form of HuR in Starved Huh7 cells. Levels of ubiquitinated HuR in Fed and Starved (5h) HA-Ub expressing Huh7 cells treated either with ethanol or MG132 (20µM) for same duration. The lysates were immunoprecipitated with HuR and western blotted for HA and HuR. Position of ubiquitinated bands were marked by arrows. The levels of ubiquitinated HuR were measured by densitometry and relative increase in ubiquitinated HuR levels against the non-ubiquitinated form were measured and plotted (mean+/- s.e.m., n=3)."}
{"words": ["(", "I", ")", "Full", "length", "and", "a", "truncated", "version", "of", "HA", "-", "HuR", "without", "the", "hinge", "region", "(", "graphical", "scheme", "in", "upper", "panel", ")", "was", "used", "to", "score", "the", "effect", "of", "deletion", "of", "hinge", "region", "on", "EV", "associated", "miR", "-", "122", "content", "measured", "by", "qRT", "-", "PCR", "(", "bottom", "panel", ")", ".", "Western", "blots", "to", "check", "expression", "of", "HuR", "and", "its", "truncated", "variants", "are", "also", "shown", ".", "\"", "*", "\"", "denotes", "the", "HA", "-", "HuR", "band", "(", "left", "lower", "panel", ")", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Full length and a truncated version of HA-HuR without the hinge region (graphical scheme in upper panel) was used to score the effect of deletion of hinge region on EV associated miR-122 content measured by qRT-PCR (bottom panel). Western blots to check expression of HuR and its truncated variants are also shown.\" * \" denotes the HA-HuR band (left lower panel). Data represented as mean+/- s.e.m., n=3."}
{"words": ["(", "J", ")", "Ubiquitination", "status", "of", "full", "length", "and", "a", "truncated", "version", "of", "HA", "-", "HuR", "without", "the", "hinge", "region", "between", "RRMII", "and", "RRMIII", "in", "Huh7", "cells", ".", "HuR", "(", "full", "lenght", "or", "truncated", "version", ")", "were", "immunoprecipitated", "from", "cell", "lysates", "of", "Huh7", "cells", "expressing", "these", "proteins", "and", "the", "immunoprecipitated", "materials", "were", "western", "blotted", "for", "HA", "-", "HuR", "and", "ubiquitination", ".", "Ubiquinitated", "HuR", "bands", "are", "marked", "by", "arrows", ".", "postion", "of", "non", "-", "ubiquitinated", "proteins", "were", "marked", "by", "arrowheads", "(", "upper", "panel", ")", ".", "qRT", "-", "PCR", "based", "estimation", "of", "associated", "miRNA", "per", "unit", "of", "HA", "-", "HuR", "immunoprecipitated", "materials", "were", "estimated", "and", "normalized", "against", "respective", "protein", "levels", "quantified", "by", "densitometric", "quantification", "of", "western", "blots", "(", "lower", "panel", ")", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "+", "/", "-", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "n", "=", "3", ".", "PCIneo", "transfected", "cells", "were", "used", "as", "control", "in", "immunoprecipitation", "reaction", "but", "no", "amplification", "of", "miR", "-", "122", "were", "detected", "for", "HA", "immunoprecipitated", "materials", "from", "pCIneo", "tranfected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Ubiquitination status of full length and a truncated version of HA-HuR without the hinge region between RRMII and RRMIII in Huh7 cells. HuR (full lenght or truncated version) were immunoprecipitated from cell lysates of Huh7 cells expressing these proteins and the immunoprecipitated materials were western blotted for HA-HuR and ubiquitination. Ubiquinitated HuR bands are marked by arrows. postion of non-ubiquitinated proteins were marked by arrowheads (upper panel). qRT-PCR based estimation of associated miRNA per unit of HA-HuR immunoprecipitated materials were estimated and normalized against respective protein levels quantified by densitometric quantification of western blots (lower panel). Data represented as mean+/- s.e.m., n=3. PCIneo transfected cells were used as control in immunoprecipitation reaction but no amplification of miR-122 were detected for HA immunoprecipitated materials from pCIneo tranfected cells."}
{"words": ["C", ")", "RNA", "binding", "-", "deficient", "TDP", "-", "43", "mutants", "generated", "by", "site", "-", "directed", "substitutions", "in", "RRM1", "(", "F2L", ")", "or", "in", "both", "RRM", "domains", "(", "F4L", ")", "and", "substitution", "of", "RRM1", "and", "RRM2", "with", "monomeric", "GFP", "(", "N", "-", "GFP", "-", "C", ")", ".", "Phase", "separation", "of", "the", "mutants", "without", "added", "RNA", "(", "control", ")", "or", "in", "the", "presence", "A", "(", "GU", ")", "6", "(", "8", "μM", ")", ",", "A", "(", "GU", ")", "18", "(", "2", ".", "6", "μM", ")", ",", "or", "A", "(", "CA", ")", "6", "(", "8", "μM", ")", "at", "150", "mM", "NaCl", "(", "4", "µM", "protein", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) RNA binding-deficient TDP-43 mutants generated by site-directed substitutions in RRM1 (F2L) or in both RRM domains (F4L) and substitution of RRM1 and RRM2 with monomeric GFP (N-GFP-C). Phase separation of the mutants without added RNA (control) or in the presence A(GU)6 (8 μM), A(GU)18 (2.6 μM), or A(CA)6 (8 μM) at 150 mM NaCl (4 µM protein)."}
{"words": ["B", ")", "TDP", "-", "43", "condensates", "in", "the", "presence", "of", "the", "different", "RNA", "sequences", ".", "TDP", "-", "43", "and", "RNA", "oligonucleotide", "concentration", "is", "4", "μM", "and", "3", ".", "9", "μM", ",", "respectively", ".", "Representative", "images", "for", "3", "biological", "replicates", "using", "2", "different", "protein", "preparations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "C", ")", "LLPS", "measured", "by", "turbidity", "in", "the", "same", "experimental", "conditions", "as", "panel", "B", ".", "Mean", "and", "SD", "from", "3", "biological", "replicates", "with", "2", "different", "protein", "preparations", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) TDP-43 condensates in the presence of the different RNA sequences. TDP-43 and RNA oligonucleotide concentration is 4 μM and 3.9 μM, respectively. Representative images for 3 biological replicates using 2 different protein preparations. Scale bars, 10 μm. C) LLPS measured by turbidity in the same experimental conditions as panel B. Mean and SD from 3 biological replicates with 2 different protein preparations. "}
{"words": ["D", ")", "Lysate", "from", "HEK", "293", "cells", "expressing", "a", "GFP", "-", "tagged", "copy", "of", "either", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "F147", "/", "149", "/", "229", "/", "231L", "(", "F4L", ")", "TDP", "-", "43", "was", "added", "to", "a", "mixture", "of", "recombinant", "WT", "or", "F4L", "TDP", "-", "43", "(", "5", ".", "3", "μM", ",", "10", "%", "Cy3", "-", "labeled", "protein", ")", "and", "A", "(", "GU", ")", "6", "(", "22", ".", "8", "μM", ")", ",", "A", "(", "CA", ")", "18", "(", "7", ".", "6", "μM", ")", ",", "A", "(", "GU", ")", "18", "(", "7", ".", "6", "μM", ")", ",", "or", "no", "RNA", "control", "at", "250", "mM", "NaCl", ".", "Droplets", "were", "imaged", "by", "brightfield", "and", "fluorescence", "microscopy", ".", "Representative", "images", "for", "3", "biological", "replicates", "using", "2", "protein", "preparations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "E", ")", "LLPS", "measured", "by", "turbidity", "in", "the", "same", "experimental", "conditions", "as", "panel", "D", ".", "Mean", "and", "SD", "of", "4", "biological", "replicates", "using", "2", "recombinant", "protein", "preparations", ".", "Analyzed", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "(", "F", "(", "7", ",", "24", ")", "=", "69", ".", "30", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "used", "to", "compare", "selected", "groups", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Lysate from HEK 293 cells expressing a GFP-tagged copy of either wild-type (WT) or F147/149/229/231L (F4L) TDP-43 was added to a mixture of recombinant WT or F4L TDP-43 (5.3 μM, 10% Cy3-labeled protein) and A(GU)6 (22.8 μM), A(CA)18 (7.6 μM), A(GU)18 (7.6 μM), or no RNA control at 250 mM NaCl. Droplets were imaged by brightfield and fluorescence microscopy. Representative images for 3 biological replicates using 2 protein preparations. Scale bars, 10 μm. E) LLPS measured by turbidity in the same experimental conditions as panel D. Mean and SD of 4 biological replicates using 2 recombinant protein preparations. Analyzed by one-way ANOVA (F(7,24)=69.30, P<0.0001). Sidak's multiple comparisons test was used to compare selected groups. *P<0.05, ****P<0.0001. "}
{"words": ["A", ")", "Liquid", "droplets", "observed", "by", "brightfield", "and", "fluorescence", "microscopy", "when", "Oregon", "green", "labeled", "TDP", "-", "43", "(", "4", "μM", ",", "10", "%", "labeled", "protein", ")", "was", "mixed", "with", "no", "RNA", "control", "or", "increasing", "A", "(", "GU", ")", "18", "RNA", "concentration", "at", "250", "mM", "salt", ".", "Representative", "images", "from", "3", "biological", "replicates", "using", "2", "different", "protein", "preparations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Liquid droplets observed by brightfield and fluorescence microscopy when Oregon green labeled TDP-43 (4 μM, 10% labeled protein) was mixed with no RNA control or increasing A(GU)18 RNA concentration at 250 mM salt. Representative images from 3 biological replicates using 2 different protein preparations. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["D", ")", "Phase", "separation", "of", "TDP", "-", "43", "(", "4", "μM", ")", "at", "increasing", "salt", "concentration", "without", "RNA", "or", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "A", "(", "GU", ")", "18", "concentration", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Inlay", "added", "to", "top", "right", "panel", "for", "increased", "visibility", ",", "scale", "bar", "1", "μm", ".", "E", ")", "Phase", "diagram", "derived", "from", "panel", "D", ",", "denoting", "either", "no", "droplets", "or", "droplet", "formation", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Phase separation of TDP-43 (4 μM) at increasing salt concentration without RNA or in the presence of increasing A(GU)18 concentration. Scale bars, 10 μm. Inlay added to top right panel for increased visibility, scale bar 1 μm. E) Phase diagram derived from panel D, denoting either no droplets or droplet formation for each condition. "}
{"words": ["A", ")", "TDP", "-", "43", "droplets", "observed", "by", "brightfield", "and", "fluorescence", "microscopy", "when", "Oregon", "green", "labeled", "TDP", "-", "43", "(", "4", "μM", ",", "10", "%", "labeled", "protein", ")", "was", "mixed", "with", "no", "RNA", "control", "or", "GU", "-", "repeat", "RNA", "oligonucleotides", "of", "increasing", "length", "at", "250", "mM", "salt", ".", "As", "indicated", ",", "RNA", "concentration", "varied", "to", "maintain", "a", "constant", "total", "number", "of", "TDP", "-", "43", "binding", "sites", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "B", ")", "The", "plot", "shows", "droplet", "area", "quantified", "as", "a", "function", "of", "GU", "-", "repeat", "length", ".", "Mean", "and", "SD", "of", ">", "300", "droplets", "from", "3", "biological", "replicates", "using", "3", "different", "protein", "preparations", ".", "C", ")", "TDP", "-", "43", "concentration", "in", "the", "light", "phase", "(", "Cout", ")", "as", "a", "function", "of", "GU", "(", "blue", ")", "or", "CA", "(", "red", ")", "-", "repeat", "length", "quantified", "by", "Bradford", "protein", "assay", ".", "Mean", "and", "SD", "from", ">", "5", "biological", "replicates", "using", "2", "different", "protein", "preparations", ".", "(", "250", "mM", "NaCl", ",", "4", "µM", "TDP", "-", "43", ")"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0], "text": "A) TDP-43 droplets observed by brightfield and fluorescence microscopy when Oregon green labeled TDP-43 (4 μM, 10% labeled protein) was mixed with no RNA control or GU-repeat RNA oligonucleotides of increasing length at 250 mM salt. As indicated, RNA concentration varied to maintain a constant total number of TDP-43 binding sites. Scale bars, 10 μm. B) The plot shows droplet area quantified as a function of GU-repeat length. Mean and SD of >300 droplets from 3 biological replicates using 3 different protein preparations. C) TDP-43 concentration in the light phase (Cout) as a function of GU (blue) or CA (red)-repeat length quantified by Bradford protein assay. Mean and SD from >5 biological replicates using 2 different protein preparations. (250 mM NaCl, 4 µM TDP-43) "}
{"words": ["B", ")", "Phase", "separation", "of", "full", "-", "length", "and", "TDP", "-", "43", "variants", "(", "4", "μM", ")", "mixed", "with", "A", "(", "GU", ")", "30", "RNA", "(", "0", ".", "8", "μM", ")", "or", "no", "RNA", "control", "at", "250", "mM", "NaCl", "observed", "by", "brightfield", "microscopy", ".", "Representative", "images", "for", "3", "biological", "replicates", "using", "2", "different", "protein", "preparations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Phase separation of full-length and TDP-43 variants (4 μM) mixed with A(GU)30 RNA (0.8 μM) or no RNA control at 250 mM NaCl observed by brightfield microscopy. Representative images for 3 biological replicates using 2 different protein preparations. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["A", ")", "TDP", "-", "43", "ALS", "-", "linked", "amino", "acid", "substitutions", "K181E", ",", "A315T", "/", "E", ",", "A321G", ",", "Q331K", ",", "M337V", ",", "and", "A382T", ".", "Boxed", "in", "the", "C", "-", "terminal", "domain", "is", "the", "α", "-", "helical", "structure", "within", "the", "conserved", "region", "(", "a", ".", "a", ".", "320", "-", "343", ")", ".", "Droplets", "formed", "by", "TDP", "-", "43", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "the", "different", "mutants", "(", "4", "μM", ")", "observed", "by", "brightfield", "microscopy", "in", "the", "presence", "of", "no", "RNA", "control", "or", "A", "(", "GU", ")", "18", "RNA", "(", "3", ".", "9", "μM", ")", "at", "250", "mM", "NaCl", ".", "Mutations", "A321G", "and", "M337V", ",", "showing", "decreased", "liquidity", "of", "the", "condensates", "in", "the", "presence", "of", "A", "(", "GU", ")", "18", ",", "are", "boxed", "in", "red", ".", "Representative", "images", "for", "3", "biological", "replicates", "using", "3", "different", "protein", "preparations", "of", "WT", "and", "M337V", ",", "2", "preparations", "of", "A321G", ",", "Q331K", ",", "K181E", "and", "one", "preparation", "of", "A315T", "/", "E", "and", "A382T", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) TDP-43 ALS-linked amino acid substitutions K181E, A315T/E, A321G, Q331K, M337V, and A382T. Boxed in the C-terminal domain is the α-helical structure within the conserved region (a.a. 320-343). Droplets formed by TDP-43 wild-type (WT) and the different mutants (4 μM) observed by brightfield microscopy in the presence of no RNA control or A(GU)18 RNA (3.9 μM) at 250 mM NaCl. Mutations A321G and M337V, showing decreased liquidity of the condensates in the presence of A(GU)18, are boxed in red. Representative images for 3 biological replicates using 3 different protein preparations of WT and M337V, 2 preparations of A321G, Q331K, K181E and one preparation of A315T/E and A382T. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["B", ")", "Phase", "separation", "of", "WT", "(", "4", "μM", ",", "10", "%", "Oregon", "green", "-", "labeled", "protein", ")", "and", "M337V", "(", "4", "μM", ",", "10", "%", "Cy", "-", "3", "-", "labeled", "protein", ")", "observed", "by", "brightfield", "and", "fluorescence", "microscopy", "in", "the", "presence", "of", "A", "(", "GU", ")", "18", "(", "3", ".", "9", "μM", ")", "at", "250", "mM", "NaCl", ".", "The", "middle", "panel", "shows", "mixing", "of", "these", "WT", "(", "2", "μM", ")", "and", "M337V", "(", "2", "μM", ")", "samples", ".", "Representative", "images", "for", "3", "biological", "replicates", "using", "2", "protein", "preparations", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Phase separation of WT (4 μM, 10% Oregon green-labeled protein) and M337V (4 μM, 10% Cy-3-labeled protein) observed by brightfield and fluorescence microscopy in the presence of A(GU)18 (3.9 μM) at 250 mM NaCl. The middle panel shows mixing of these WT (2 μM) and M337V (2 μM) samples. Representative images for 3 biological replicates using 2 protein preparations. Scale bars, 10 μm."}
{"words": ["A", ")", "Binding", "of", "TDP", "-", "43", "to", "GU", "-", "rich", "RNA", "promotes", "liquid", "properties", "of", "TDP", "-", "43", "condensates", ",", "as", "shown", "by", "the", "fusion", "of", "small", "condensates", "into", "larger", "droplets", ".", "This", "fluidity", "is", "impaired", "by", "the", "loss", "of", "RNA", "binding", "affinity", "or", "disease", "-", "linked", "mutations", "that", "alter", "phase", "separation", ",", "such", "as", "M337V", "and", "A321G", ",", "which", "could", "explain", "increased", "TDP", "-", "43", "aggregation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "A) Binding of TDP-43 to GU-rich RNA promotes liquid properties of TDP-43 condensates, as shown by the fusion of small condensates into larger droplets. This fluidity is impaired by the loss of RNA binding affinity or disease-linked mutations that alter phase separation, such as M337V and A321G, which could explain increased TDP-43 aggregation."}
{"words": ["C", ",", "Survival", "assays", "against", "substrates", "of", "QacA", "showed", "loss", "of", "activity", "against", "monovalent", "cationic", "antibacterials", "(", "TPP", ":", "Tetraphenylphosphonium", ",", "Et", ":", "Ethidium", ")", ",", "while", "still", "retaining", "partial", "activity", "against", "divalent", "cations", "(", "Dq", ":", "Dequalinium", ",", "Ch", ":", "Chlorhexidine", ")", ".", "EV", ":", "pBAD", "empty", "vector", ".", "n", "=", "3", "for", "biological", "replicates", ".", "CFU", "indicates", "colony", "forming", "units", ".", "Image", "color", "was", "inverted", "from", "black", "to", "white", "background", "to", "enhance", "clarity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Survival assays against substrates of QacA showed loss of activity against monovalent cationic antibacterials (TPP: Tetraphenylphosphonium, Et: Ethidium), while still retaining partial activity against divalent cations (Dq: Dequalinium, Ch:Chlorhexidine). EV: pBAD empty vector. n = 3 for biological replicates. CFU indicates colony forming units. Image color was inverted from black to white background to enhance clarity."}
{"words": ["E", ",", "Population", "shift", "-", "based", "titration", "of", "QacA", "-", "GFP", "against", "ICabs", "yielded", "an", "apparent", "Kd", "of", "65", "±", "4", "nM", "for", "QacA", "-", "A4", "complex", "and", "100", "±", "10", "nM", "for", "QacA", "-", "B7", ".", "n", "=", "3", "for", "independent", "replicates", ".", "Error", "bars", "denote", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "and", "each", "datapoint", "represents", "mean", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, Population shift-based titration of QacA-GFP against ICabs yielded an apparent Kd of 65 ± 4 nM for QacA-A4 complex and 100 ± 10 nM for QacA-B7. n = 3 for independent replicates. Error bars denote S.E.M. and each datapoint represents mean value."}
{"words": ["G", ",", "Colocalization", "of", "QacAWT", "or", "QacAD411N", "(", "tagged", "with", "GFP", ")", "on", "E", ".", "coli", "spheroplasts", "(", "stained", "with", "DAPI", "for", "viability", ")", "with", "ICabs", "(", "labelled", "with", "NHS", "-", "Rhodamine", ")", "was", "screened", "against", "ICab", "A4", "(", "left", ")", "and", "ICab", "B7", "(", "right", ")", ".", "n", "=", "10", "-", "30", "spheroplasts", "were", "imaged", "for", "each", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, Colocalization of QacAWT or QacAD411N (tagged with GFP) on E. coli spheroplasts (stained with DAPI for viability) with ICabs (labelled with NHS-Rhodamine) was screened against ICab A4 (left) and ICab B7 (right). n = 10-30 spheroplasts were imaged for each sample."}
{"words": ["H", ",", "Representative", "reference", "-", "free", "2D", "classes", "of", "QacAD411N", "embedded", "in", "UDM", "micelle", ",", "in", "complex", "with", "ICab", "A4", "(", "top", ")", "and", "with", "ICabs", "A4", "and", "B7", "(", "bottom", ")", ",", "pointed", "with", "pink", "and", "green", "arrows", "respectively", ".", "Representative", "classes", "shown", "for", "QacA", "-", "A4", "complex", "are", "from", "a", "set", "of", "68", ",", "000", "particles", "and", "QacA", "-", "A4", "/", "B7", "complex", "are", "from", "218", ",", "040", "particles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H, Representative reference-free 2D classes of QacAD411N embedded in UDM micelle, in complex with ICab A4 (top) and with ICabs A4 and B7 (bottom), pointed with pink and green arrows respectively. Representative classes shown for QacA-A4 complex are from a set of 68,000 particles and QacA-A4/B7 complex are from 218,040 particles."}
{"words": ["A", ",", "CryoEM", "model", "of", "QacA", "(", "blue", ")", "in", "complex", "with", "ICab", "A4", "(", "pink", ")", "and", "ICab", "B7", "(", "green", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, CryoEM model of QacA (blue) in complex with ICab A4 (pink) and ICab B7 (green)"}
{"words": ["C", ",", "Whole", "cell", "ethidium", "efflux", "assay", "with", "overexpressed", "EL7", "deletion", "construct", "in", "the", "background", "of", "wild", "type", "and", "D411N", "mutant", ".", "n", "=", "3", "for", "independent", "replicates", ",", "one", "of", "which", "is", "shown", "here", ".", "Error", "bars", "represent", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "from", "six", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Whole cell ethidium efflux assay with overexpressed EL7 deletion construct in the background of wild type and D411N mutant. n = 3 for independent replicates, one of which is shown here. Error bars represent S.E.M. from six technical replicates."}
{"words": ["D", ",", "Survival", "assays", "of", "QacAΔEL7", "and", "QacAD411N", "/", "ΔEL7", "mutants", "in", "the", "presence", "of", "10", "μM", "Tetraphenylphosphonium", "(", "TPP", ")", "and", "16", "μM", "Chlorhexidine", "(", "Ch", ")", ".", "Data", "from", "one", "representative", "biological", "replicate", "is", "shown", "here", ".", "Image", "colors", "were", "inverted", "for", "improved", "clarity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Survival assays of QacAΔEL7 and QacAD411N/ΔEL7 mutants in the presence of 10 μM Tetraphenylphosphonium (TPP) and 16 μM Chlorhexidine (Ch). Data from one representative biological replicate is shown here. Image colors were inverted for improved clarity."}
{"words": ["C", "Whole", "cell", "ethidium", "efflux", "assay", "done", "with", "E", ".", "coli", "JD838", "cells", "expressing", "QacAWT", "or", "QacA5A", ".", "Empty", "vector", "(", "EV", ")", "was", "used", "as", "a", "control", "for", "the", "experiment", ".", "A", "graph", "of", "one", "independent", "replicate", "is", "shown", "with", "error", "bars", "representing", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "of", "6", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Whole cell ethidium efflux assay done with E.coli JD838 cells expressing QacAWT or QacA5A. Empty vector (EV) was used as a control for the experiment. A graph of one independent replicate is shown with error bars representing S.E.M. of 6 technical replicates."}
{"words": ["D", "A", "single", "representative", "replicate", "of", "survival", "assays", "shown", "for", "the", "same", "cells", "spotted", "in", "10", "-", "fold", "dilution", "series", "on", "12", "μM", "TPP", "and", "16", "μM", "Ch", ".", "Image", "colors", "were", "inverted", "for", "clarity", "in", "the", "figure", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D A single representative replicate of survival assays shown for the same cells spotted in 10-fold dilution series on 12 μM TPP and 16 μM Ch. Image colors were inverted for clarity in the figure."}
{"words": ["G", "Survival", "assays", "of", "solely", "EL7", "chimeric", "constructs", "compared", "against", "empty", "vector", "(", "EV", ")", "and", "QacAWT", ".", "One", "representative", "biological", "replicate", "is", "shown", ".", "Image", "color", "inverted", "for", "clarity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Survival assays of solely EL7 chimeric constructs compared against empty vector (EV) and QacAWT. One representative biological replicate is shown. Image color inverted for clarity."}
{"words": ["Whole", "cell", "-", "based", "ethidium", "efflux", "assay", "done", "with", "E", ".", "coli", "JD838", "cells", "expressing", "QacAWT", ",", "its", "EL7", "deletion", "construct", "(", "QacAΔEL7", ")", ",", "and", "the", "chimeric", "mutants", "of", "LfrA", "and", "SmvA", ".", "All", "assays", "were", "done", "in", "at", "least", "2", "independent", "replicates", ".", "One", "representative", "replicate", "shown", "with", "data", "normalized", "to", "highest", "value", "in", "each", "trace", ".", "Error", "bars", "depict", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "for", "six", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole cell-based ethidium efflux assay done with E.coli JD838 cells expressing QacAWT, its EL7 deletion construct (QacAΔEL7), and the chimeric mutants of LfrA and SmvA. All assays were done in at least 2 independent replicates. One representative replicate shown with data normalized to highest value in each trace. Error bars depict S.E.M. for six technical replicates."}
{"words": ["I", "Whole", "cell", "-", "based", "ethidium", "efflux", "assay", "done", "with", "E", ".", "coli", "JD838", "cells", "expressing", "QacAWT", ",", "its", "EL7", "deletion", "construct", "(", "QacAΔEL7", ")", ",", "and", "the", "chimeric", "mutants", "of", "LfrA", "and", "SmvA", ".", "All", "assays", "were", "done", "in", "at", "least", "2", "independent", "replicates", ".", "One", "representative", "replicate", "shown", "with", "data", "normalized", "to", "highest", "value", "in", "each", "trace", ".", "Error", "bars", "depict", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "for", "six", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Whole cell-based ethidium efflux assay done with E.coli JD838 cells expressing QacAWT, its EL7 deletion construct (QacAΔEL7), and the chimeric mutants of LfrA and SmvA. All assays were done in at least 2 independent replicates. One representative replicate shown with data normalized to highest value in each trace. Error bars depict S.E.M. for six technical replicates."}
{"words": ["J", "Everted", "vesicles", "-", "based", "assays", "of", "chimeric", "and", "EL7", "deletion", "constructs", "of", "QacA", ".", "Traces", "represent", "mean", "values", "of", "three", "replicates", "performed", "on", "vesicles", "made", "with", "a", "single", "batch", "of", "cells", "for", "each", "construct", ".", "Timepoints", "indicated", "as", "1", "-", "3", "above", "the", "traces", "indicate", "addition", "of", "100", "μM", "ATP", ",", "1", "mM", "TPP", "and", "2", "μM", "Nigericin", "respectively", ".", "One", "representative", "shown", "for", "data", "obtained", "from", "biological", "triplicates", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "for", "technical", "triplicates", "from", "one", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J Everted vesicles-based assays of chimeric and EL7 deletion constructs of QacA. Traces represent mean values of three replicates performed on vesicles made with a single batch of cells for each construct. Timepoints indicated as 1-3 above the traces indicate addition of 100 μM ATP, 1 mM TPP and 2 μM Nigericin respectively. One representative shown for data obtained from biological triplicates. Error bars represent SEM for technical triplicates from one of three biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "renewed", "ECs", "(", "RFP", "-", "only", "labelled", "cells", ")", ",", "left", "graph", ",", "and", "number", "of", "ISC", "and", "EB", "cells", "(", "double", "RFP", "+", "GFP", "+", "cells", ")", ",", "right", "graph", ",", "in", "posterior", "midguts", "after", "7", ",", "14", ",", "or", "21", "days", "of", "tracing", "in", "normal", "(", "'", "Variable", "'", ":", "gut", "scored", "n", "=", "9", ",", "8", ",", "4", ")", "and", "low", "demand", "(", "'", "Low", "'", ":", "n", "=", "6", ",", "4", ",", "7", ")", "culturing", "conditions", ".", "Asterisks", "denote", "significances", "from", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "Test", "(", "*", "*", ",", "P", "=", "0", ".", "0016", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Data", "information", "In", "the", "boxplots", ",", "the", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", "and", "whiskers", "show", "all", "points", ",", "min", "to", "max", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification of renewed ECs (RFP-only labelled cells), left graph, and number of ISC and EB cells (double RFP+ GFP+ cells), right graph, in posterior midguts after 7, 14, or 21 days of tracing in normal ('Variable': gut scored n= 9, 8, 4) and low demand ('Low': n= 6, 4, 7) culturing conditions. Asterisks denote significances from one-way ANOVA with Bonferroni's Multiple Comparison Test (**, P = 0.0016; ****, P < 0.0001). Data information In the boxplots, the box extends from the 25th to 75th percentiles and whiskers show all points, min to max. The line in the middle of the box is plotted at the median"}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "mitosis", "(", "phospho", "-", "histone", "H3", "(", "PH3", ")", "+", "cells", ")", "in", "low", "demand", "midguts", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "*", "*", ",", "P", "=", "0", ".", "0015", ";", "n", ".", "s", ".", "not", "significant", "from", "one", "-", "way", "ANOVA", "test", ".", "Data", "information", ":", "In", "the", "boxplots", ",", "the", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", "and", "whiskers", "show", "all", "points", ",", "min", "to", "max", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of mitosis (phospho-histone H3 (PH3)+ cells) in low demand midguts at the indicated time points. **, P = 0.0015; n.s. not significant from one-way ANOVA test. Data information: In the boxplots, the box extends from the 25th to 75th percentiles and whiskers show all points, min to max. The line in the middle of the box is plotted at the median"}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "adult", "midgut", "from", "control", "esgReDDM", "at", "day", "14", "after", "temperature", "shift", "in", "variable", "demand", ".", "ECs", "renewed", "are", "marked", "positively", "by", "persistent", "RFP", "labelling", "(", "red", "-", "only", "cells", ")", ".", "(", "F", "and", "G", ")", "Few", "ECs", "had", "been", "renewed", "in", "'", "Low", "'", "midguts", "after", "14", "(", "F", ")", "and", "21", "(", "G", ")", "days", "of", "tracing", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative adult midgut from control esgReDDM at day 14 after temperature shift in variable demand. ECs renewed are marked positively by persistent RFP labelling (red-only cells). (F and G) Few ECs had been renewed in 'Low' midguts after 14 (F) and 21 (G) days of tracing. Data information: Scale bars, 50µm."}
{"words": ["(", "H", "-", "J", ")", "Age", "-", "synchronized", "posterior", "midguts", "of", "control", "(", "esgReDDM", ">", ",", "H", ")", "and", "p35", "overexpression", "in", "stem", "and", "progenitor", "cells", "(", "esgReDDM", ">", "p35", ",", "p35", "I", "and", "J", ")", "at", "7", "days", "after", "temperature", "shift", ".", "Arrows", "in", "(", "H", ",", "I", ")", "point", "to", "newly", "differentiated", "ECs", ".", "In", "(", "J", ")", ",", "tumour", "mass", "is", "found", "in", "the", "anterior", "midgut", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-J) Age-synchronized posterior midguts of control (esgReDDM>, H) and p35 overexpression in stem and progenitor cells (esgReDDM>p35, p35 I and J) at 7 days after temperature shift. Arrows in (H, I) point to newly differentiated ECs. In (J), tumour mass is found in the anterior midgut. Data information: Scale bars, 50µm."}
{"words": ["(", "K", ")", ",", "Quantification", "of", "mitosis", "PH3", "+", "cells", "in", "posterior", "midgut", "(", "pmg", ")", "(", "control", ":", "gut", "scored", "n", "=", "13", "and", "esg", ">", "p35", ",", "p35", ":", "n", "=", "22", "]", ")", ".", "Student", "t", "-", "test", "(", "*", "*", "*", "*", "=", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "the", "boxplots", ",", "the", "box", "extends", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", "and", "whiskers", "show", "all", "points", ",", "min", "to", "max", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K), Quantification of mitosis PH3+ cells in posterior midgut (pmg) (control: gut scored n=13 and esg>p35, p35: n=22]). Student t-test (**** = P < 0.0001). Data information: In the boxplots, the box extends from the 25th to 75th percentiles and whiskers show all points, min to max."}
{"words": ["(", "L", ")", ",", "Diap1", "is", "monitored", "by", "the", "GFP", ".", "4", ".", "3", ".", "(", "green", ")", "reporter", "(", "Djiane", "et", "al", ".", ",", "2013", ";", "Zhang", "et", "al", ".", ",", "2008", ")", ".", "Diap1", "-", "GFP", "is", "detected", "in", "a", "subset", "of", "adult", "midgut", "esg", "+", "cells", "that", "are", "negative", "for", "the", "mitotic", "marker", "PH3", "(", "red", ",", "inset", ")", "and", "for", "EE", "marker", "Prospero", "(", "Pros", ",", "grey", "in", "inset", ")", ".", "Diap1", "-", "GFP", "is", "not", "detected", "in", "mature", "EC", "(", "large", "nuclei", "cells", ",", "DAPI", "in", "blue", ")", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L), Diap1 is monitored by the GFP.4.3. (green) reporter (Djiane et al., 2013; Zhang et al., 2008). Diap1-GFP is detected in a subset of adult midgut esg+ cells that are negative for the mitotic marker PH3 (red, inset) and for EE marker Prospero (Pros, grey in inset). Diap1-GFP is not detected in mature EC (large nuclei cells, DAPI in blue). Data information: Scale bars, 50µm."}
{"words": ["(", "M", "-", "O", ")", ",", "Diap1", "-", "GFP", "(", "green", ")", "co", "-", "localized", "almost", "100", "%", "with", "the", "EB", "marker", "GBE", "-", "Su", "(", "H", ")", "-", "lacZ", "(", "red", ",", "M", "and", "O", ")", ".", "Arrow", "points", "to", "a", "Diap1", "-", "GFP", "-", "negative", "GBE", "-", "Su", "(", "H", ")", "-", "lacZ", "-", "positive", "cell", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ",", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M-O), Diap1-GFP (green) co-localized almost 100% with the EB marker GBE-Su(H)-lacZ (red, M and O). Arrow points to a Diap1-GFP-negative GBE-Su(H)-lacZ-positive cell. Data information: Scale bars, 50µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Lineage", "tracing", "using", "the", "initiator", "caspase", "sensor", "act", "-", "DBS", "-", "S", "-", "QF", "(", "14", "days", "of", "tracing", ")", "combined", "with", "QUAS", "-", "FLP", "and", "act", ">", "FRT", ">", "lacZ", "are", "visualized", "by", "ßGalactosidase", "(", "ßGal", ",", "green", ")", ".", "ISCs", "are", "labelled", "by", "anti", "-", "Dl", "(", "red", ",", "insets", ")", ".", "Red", "arrowhead", "points", "to", "the", "ISC", ".", "Gut", "is", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "and", "DAPI", "(", "grey", ",", "in", "the", "inset", ")", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Lineage tracing using the initiator caspase sensor act-DBS-S-QF (14 days of tracing) combined with QUAS-FLP and act>FRT>lacZ are visualized by ßGalactosidase (ßGal, green). ISCs are labelled by anti-Dl (red, insets). Red arrowhead points to the ISC. Gut is counterstained with DAPI (blue) and DAPI (grey, in the inset). Data information: Scale bars, 100µm"}
{"words": ["(", "C", ")", "Control", "GBE", "-", "Su", "(", "H", ")", "ReDDM", ">", "and", "(", "D", ")", "GBE", "-", "Su", "(", "H", ")", "ReDDM", ">", "p35", ",", "p35", "midguts", "after", "7", "days", "of", "tracing", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Control GBE-Su(H)ReDDM> and (D) GBE-Su(H)ReDDM>p35, p35 midguts after 7 days of tracing. Data information: Scale bars, 100µm"}
{"words": ["(", "E", "-", "E", "'", "'", ")", "Adult", "midgut", "klu", ">", "mCD8", ":", ":", "GFP", ",", "GBE", "-", "Su", "(", "H", ")", "-", "lacZ", "stained", "for", "ß", "-", "Gal", "(", "red", ")", "and", "GFP", "(", "green", ")", ".", "DAPI", "counterstaining", "in", "blue", "(", "E", "'", "and", "E", "'", "'", ")", ".", "The", "arrows", "point", "to", "examples", "of", "klu", "-", "negative", "Su", "(", "H", ")", "-", "lacZ", "-", "positive", "cells", ".", "The", "green", "label", "(", "asterisk", ",", "E", ")", "is", "in", "the", "overlying", "muscle", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-E'') Adult midgut klu>mCD8::GFP, GBE-Su(H)-lacZ stained for ß-Gal (red) and GFP (green). DAPI counterstaining in blue (E' and E''). The arrows point to examples of klu-negative Su(H)-lacZ-positive cells. The green label (asterisk, E) is in the overlying muscle. Data information: Scale bars 50µm."}
{"words": ["(", "F", "-", "J", ")", "Adult", "midguts", "of", "(", "F", ")", "control", "kluReDDM", ">", "(", "G", ")", "kluReDDM", ">", "Debcl", "-", "RNAi", ",", "(", "H", ")", "kluReDDM", ">", "Drice", "-", "RNAi", ",", "(", "I", ")", "kluReDDM", ">", "Diap1", "-", "RNAi", ",", "(", "J", ")", "kluReDDM", ">", "Diap1", "midguts", "after", "7", "days", "of", "tracing", ".", "The", "arrows", "point", "to", "examples", "of", "PH3", "+", "labelled", "ISCs", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bars", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-J) Adult midguts of (F) control kluReDDM> (G) kluReDDM>Debcl-RNAi, (H) kluReDDM>Drice-RNAi, (I) kluReDDM>Diap1-RNAi, (J) kluReDDM>Diap1 midguts after 7 days of tracing. The arrows point to examples of PH3+ labelled ISCs. Data information: Scale bars, 100µm"}
{"words": ["(", "K", ")", "Quantification", "of", "klu", "+", "cells", "in", "the", "indicated", "midguts", "at", "day", "7", "in", "low", "demand", "(", "Low", ")", "or", "standard", "(", "Variable", ")", "culturing", "conditions", "(", "n", "=", "7", ",", "5", ",", "9", ",", "7", ")", ".", "ata", "information", ":", "ox", "and", "whisker", "plot", "showing", "min", "to", "max", "values", "and", "the", "box", "is", "extending", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the", "median", ".", "P", "values", "(", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0261", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0021", ")", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Quantification of klu+ cells in the indicated midguts at day 7 in low demand (Low) or standard (Variable) culturing conditions (n=7, 5, 9, 7). ata information: ox and whisker plot showing min to max values and the box is extending from the 25th to 75th percentiles. The line in the middle of the box is plotted at the median. P values (*, P<0.0261; **, P<0.005; ***, P<0.0021) calculated by one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["(", "L", ")", "Intestinal", "cell", "turnover", "measured", "by", "quantification", "of", "the", "number", "of", "newly", "renewed", "ECs", "(", "RFP", "-", "only", "cells", ":", "gut", "scored", "n", "=", "9", ",", "13", ",", "9", ",", "13", ")", ".", "Data", "information", ":", "Box", "and", "whisker", "plot", "showing", "min", "to", "max", "values", "and", "the", "box", "is", "extending", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the", "median", ".", "P", "values", "(", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0261", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0021", ")", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Intestinal cell turnover measured by quantification of the number of newly renewed ECs (RFP-only cells: gut scored n=9, 13, 9, 13). Data information: Box and whisker plot showing min to max values and the box is extending from the 25th to 75th percentiles. The line in the middle of the box is plotted at the median. P values (*, P<0.0261; **, P<0.005; ***, P<0.0021) calculated by one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["(", "M", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "progenitor", "cells", "(", "esg", "+", ")", "measured", "as", "GFP", "+", "TUNEL", "+", "cells", "(", "n", "=", "9", ",", "9", ",", "9", ",", "9", ")", ".", "Data", "information", ":", "Box", "and", "whisker", "plot", "showing", "min", "to", "max", "values", "and", "the", "box", "is", "extending", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the", "median", ".", "P", "values", "(", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0261", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0021", ")", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Quantification of apoptotic progenitor cells (esg+) measured as GFP+ TUNEL+ cells (n= 9, 9, 9, 9). Data information: Box and whisker plot showing min to max values and the box is extending from the 25th to 75th percentiles. The line in the middle of the box is plotted at the median. P values (*, P<0.0261; **, P<0.005; ***, P<0.0021) calculated by one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["(", "N", ")", "Quantification", "of", "klu", "+", "cells", "and", "renewed", "ECs", "in", "kluReDDM", ">", "Diap1", "posterior", "midguts", "(", "n", "=", "8", ")", "relative", "to", "'", "Low", "'", "control", "in", "K", "and", "L", ",", "respectively", ".", "Data", "information", ":", "ox", "and", "whisker", "plot", "showing", "min", "to", "max", "values", "and", "the", "box", "is", "extending", "from", "the", "25th", "to", "75th", "percentiles", ".", "The", "line", "in", "the", "middle", "of", "the", "box", "is", "plotted", "at", "the", "median", ".", "P", "values", "(", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0261", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0021", ")", "calculated", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) Quantification of klu+ cells and renewed ECs in kluReDDM>Diap1 posterior midguts (n=8) relative to 'Low' control in K and L, respectively. Data information: ox and whisker plot showing min to max values and the box is extending from the 25th to 75th percentiles. The line in the middle of the box is plotted at the median. P values (*, P<0.0261; **, P<0.005; ***, P<0.0021) calculated by one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["(", "A", "-", "E", ")", "Confocal", "images", "of", "representative", "midguts", "of", "the", "indicated", "genotypes", "using", "kluReDDM", "for", "tracing", "and", "age", "-", "and", "EB", "-", "specific", "transgene", "expression", "at", "day", "7", "after", "temperature", "shift", ".", "ISC", "mitosis", "was", "monitored", "by", "using", "PH3", "labelling", "(", "white", ")", "in", "all", "guts", ".", "(", "B", "-", "E", ")", "Accumulation", "and", "loss", "of", "klu", "+", "cells", "by", "loss", "(", "B", "and", "E", ")", "and", "gain", "(", "C", "and", "D", ")", "of", "N", "and", "EGFR", "signalling", ".", "In", "(", "C", ")", ",", "the", "accumulation", "of", "EC", "-", "committed", "EBs", "(", "klu", "+", "cells", ")", "in", "midguts", "with", "constitutively", "activated", "EGFR", "(", "kluReDDM", ">", "EGFRact", ")", "is", "accompanied", "with", "a", "non", "-", "autonomous", "increase", "in", "ISC", "mitosis", ".", "Inset", "in", "(", "C", ")", "shows", "labelling", "with", "Dl", "(", "blue", ")", ",", "revealing", "symmetric", "ISC", "mitoses", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ",", "100µm", "for", "all", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-E) Confocal images of representative midguts of the indicated genotypes using kluReDDM for tracing and age- and EB-specific transgene expression at day 7 after temperature shift. ISC mitosis was monitored by using PH3 labelling (white) in all guts. (B-E) Accumulation and loss of klu+ cells by loss (B and E) and gain (C and D) of N and EGFR signalling. In (C), the accumulation of EC-committed EBs (klu+ cells) in midguts with constitutively activated EGFR (kluReDDM> EGFRact) is accompanied with a non-autonomous increase in ISC mitosis. Inset in (C) shows labelling with Dl (blue), revealing symmetric ISC mitoses Data information: Scale bar, 100µm for all images."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "klu", "+", "(", "EBs", ")", "in", "the", "indicated", "midguts", "(", "n", "=", "21", ",", "14", ",", "5", ",", "6", ",", "8", ",", "6", ",", "4", ",", "10", ",", "12", ",", "9", ",", "13", ",", "14", ")", ".", "Data", "information", ":", "Note", "that", "impaired", "cell", "renewal", "reduces", "the", "intestinal", "width", ".", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of the number of klu+ (EBs) in the indicated midguts (n= 21, 14, 5, 6, 8, 6, 4, 10, 12, 9, 13, 14). Data information: Note that impaired cell renewal reduces the intestinal width. **, P< 0.01; ****, P< 0.0001, one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["(", "G", ")", "Quantification", "of", "apoptotic", "esg", "+", "(", "TUNEL", "+", "GFP", "+", ")", "cells", "in", "the", "indicated", "midguts", "(", "n", "=", "28", ",", "4", ",", "7", ",", "7", ",", "16", ",", "8", ",", "8", ",", "7", ",", "10", ",", "7", ",", "20", ",", "24", ")", ".", "Data", "information", ":", "Note", "that", "impaired", "cell", "renewal", "reduces", "the", "intestinal", "width", ".", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Quantification of apoptotic esg+ (TUNEL+ GFP+) cells in the indicated midguts (n= 28, 4, 7, 7, 16, 8, 8, 7, 10, 7, 20, 24). Data information: Note that impaired cell renewal reduces the intestinal width. **, P< 0.01; ****, P< 0.0001, one-way ANOVA with Bonferroni correction."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "representative", "midguts", "of", "the", "indicated", "genotypes", "Rescue", "of", "the", "loss", "of", "EBs", "induced", "by", "gain", "of", "Notch", "(", "H", "-", "RNAi", ")", "by", "expressing", "Debcl", "-", "RNAi", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ",", "100µm", "for", "all", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of representative midguts of the indicated genotypes Rescue of the loss of EBs induced by gain of Notch (H-RNAi) by expressing Debcl-RNAi. Data information: Scale bar, 100µm for all images."}
{"words": ["Confocal", "images", "of", "representative", "midguts", "of", "the", "indicated", "genotypes", "escue", "of", "the", "loss", "of", "EBs", "induced", "by", "loss", "of", "EGFR", "(", "EGFRDN", ")", "by", "expressing", "Debcl", "-", "RNAi", ".", "(", "J", "and", "K", ")", "Impact", "of", "gain", "of", "expression", "(", "J", ")", "and", "loss", "by", "RNAi", "expression", "(", "K", ")", "of", "lz", "using", "kluReDDM", "White", "arrowheads", "point", "to", "examples", "of", "mitosis", "labelled", "by", "PH3", "+", ".", "(", "L", "and", "M", ")", "Impact", "of", "gain", "of", "expression", "(", "L", ")", "or", "loss", "by", "RNAi", "expression", "(", "M", ")", "of", "klu", "(", "M", ")", "using", "kluReDDM", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ",", "100µm", "for", "all", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal images of representative midguts of the indicated genotypes escue of the loss of EBs induced by loss of EGFR (EGFRDN) by expressing Debcl-RNAi. (J and K) Impact of gain of expression (J) and loss by RNAi expression (K) of lz using kluReDDM White arrowheads point to examples of mitosis labelled by PH3+. (L and M) Impact of gain of expression (L) or loss by RNAi expression (M) of klu (M) using kluReDDM. Data information: Scale bar, 100µm for all images."}
{"words": ["(", "N", "-", "R", ")", "Images", "of", "representative", "midguts", "of", "esgReDDM", "at", "day", "7", "after", "temperature", "shift", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "PH3", "labelling", "(", "white", ")", "detected", "rare", "mitoses", "in", "the", "mutant", "genotypes", ".", "Data", "information", ":", "Scale", "bar", ",", "100µm", "for", "all", "images", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N-R) Images of representative midguts of esgReDDM at day 7 after temperature shift of the indicated genotypes. PH3 labelling (white) detected rare mitoses in the mutant genotypes. Data information: Scale bar, 100µm for all images."}
{"words": ["(", "C", ")", "All", "EBs", "show", "Diap1", "-", "GFP", "expression", "but", "at", "varying", "levels", ",", "consistent", "with", "EB", "death", "fate", "being", "tuned", "by", "apoptotic", "input", "counteracting", "survival", "signals", ".", "Data", "information", ":", "(", "n", "=", "17", ",", "13", ",", "12", ",", "10", ",", "21", ",", "24", ")", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "Bonferroni", "corrected", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ",", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) All EBs show Diap1-GFP expression but at varying levels, consistent with EB death fate being tuned by apoptotic input counteracting survival signals. Data information: (n= 17, 13, 12, 10, 21, 24). P values were calculated using one-way ANOVA Bonferroni corrected (****, P < 0,0001)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "Diap1", "-", "GFP", "+", ".", "Note", "that", "in", "p35", "-", "expressing", "midguts", "reared", "in", "'", "Low", "'", ",", "GFP", "levels", "are", "not", "increased", ",", "consistent", "with", "the", "p35", "protein", "suppressing", "apoptosis", "downstream", "of", "Diap1", ".", "Data", "information", "(", "n", "=", "17", ",", "13", ",", "12", ",", "10", ",", "21", ",", "24", ")", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "Bonferroni", "corrected", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ",", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of the number of Diap1-GFP+. Note that in p35-expressing midguts reared in 'Low', GFP levels are not increased, consistent with the p35 protein suppressing apoptosis downstream of Diap1. Data information (n= 17, 13, 12, 10, 21, 24). P values were calculated using one-way ANOVA Bonferroni corrected (****, P < 0,0001)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "newly", "renewed", "ECs", "in", "the", "indicated", "genotypes", "after", "7", "days", "Increase", "in", "EB", "numbers", "and", "EC", "turnover", "in", "the", "EGFRact", "midgut", "reflects", "both", "suppression", "of", "EB", "deaths", "and", "the", "non", "-", "autonomous", "stimulation", "of", "ISC", "in", "this", "background", ".", "Data", "information", ":", "(", "n", "=", "17", ",", "13", ",", "12", ",", "10", ",", "21", ",", "24", ")", ".", "P", "values", "were", "calculated", "using", "one", "-", "way", "ANOVA", "Bonferroni", "corrected", "(", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ",", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of the number of newly renewed ECs in the indicated genotypes after 7 days Increase in EB numbers and EC turnover in the EGFRact midgut reflects both suppression of EB deaths and the non-autonomous stimulation of ISC in this background. Data information: (n= 17, 13, 12, 10, 21, 24). P values were calculated using one-way ANOVA Bonferroni corrected (****, P < 0,0001)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "images", "acquired", "using", "the", "same", "laser", "intensity", "are", "shown", "for", "Diap1", "-", "GFP", "in", "the", "indicated", "illustrative", "examples", ".", "Scale", "bar", ",", "100µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative images acquired using the same laser intensity are shown for Diap1-GFP in the indicated illustrative examples. Scale bar, 100µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunostaining", "of", "ES", "cells", "(", "Oct4", ")", ",", "NPCs", "(", "day4", ",", "Nestin", ")", ",", "and", "neurons", "(", "day", "8", ",", "Tuj1", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "200µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Immunostaining of ES cells (Oct4), NPCs (day4, Nestin), and neurons (day 8, Tuj1). Scale bar: 200µm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunostaining", "of", "ES", "cells", "(", "Oct4", ")", ",", "NPCs", "(", "day4", ",", "Nestin", ")", ",", "and", "neurons", "(", "day", "8", ",", "Tuj1", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "200µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunostaining of ES cells (Oct4), NPCs (day4, Nestin), and neurons (day 8, Tuj1). Scale bar: 200µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "levels", "of", "candidate", "lncRNAs", "during", "three", "stages", "of", "differentiation", ",", "measured", "by", "RNA", "-", "seq", ".", "Gene", "models", "of", "lncRNAs", "appear", "in", "green", ",", "adjacent", "protein", "-", "coding", "genes", "appear", "in", "grey", ".", "Blue", "depicts", "transcripts", "from", "the", "'", "+", "'", "strand", ",", "orange", "represents", "transcripts", "from", "the", "'", "-", "'", "strand", ".", "All", "three", "RNA", "-", "seq", "tracks", "were", "scaled", "separately", "to", "the", "maximum", "coverage", "in", "each", "locus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression levels of candidate lncRNAs during three stages of differentiation, measured by RNA-seq. Gene models of lncRNAs appear in green, adjacent protein-coding genes appear in grey. Blue depicts transcripts from the '+' strand, orange represents transcripts from the '-' strand. All three RNA-seq tracks were scaled separately to the maximum coverage in each locus."}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "of", "Reno1", ",", "Cox10as1", ",", "and", "lnc", "-", "Nr2f1", "in", "ES", "cells", "(", "top", ")", "and", "following", "eight", "days", "of", "neuronal", "differentiation", "(", "bottom", ")", ",", "following", "knockdown", "using", "two", "different", "shRNAs", ",", "normalized", "to", "sh", "-", "NT", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "3", "-", "6", "independent", "experiments", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) qRT-PCR of Reno1, Cox10as1, and lnc-Nr2f1 in ES cells (top) and following eight days of neuronal differentiation (bottom), following knockdown using two different shRNAs, normalized to sh-NT. Mean ± SEM is shown for 3-6 independent experiments, * P<0.05, ** P<0.01 (unpaired two sample t-test). "}
{"words": ["(", "C", ")", "qRT", "-", "PCR", "of", "Reno1", ",", "Cox10as1", ",", "and", "lnc", "-", "Nr2f1", "in", "ES", "cells", "(", "top", ")", "and", "following", "eight", "days", "of", "neuronal", "differentiation", "(", "bottom", ")", ",", "following", "knockdown", "using", "two", "different", "shRNAs", ",", "normalized", "to", "sh", "-", "NT", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "3", "-", "6", "independent", "experiments", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qRT-PCR of Reno1, Cox10as1, and lnc-Nr2f1 in ES cells (top) and following eight days of neuronal differentiation (bottom), following knockdown using two different shRNAs, normalized to sh-NT. Mean ± SEM is shown for 3-6 independent experiments, * P<0.05, ** P<0.01 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunostaining", "using", "anti", "-", "TUJ1", "antibody", "of", "ES", "-", "cell", "-", "derived", "neurons", "following", "infection", "with", "either", "non", "-", "targeting", "shRNA", "(", "sh", "-", "NT", ")", ",", "or", "two", "different", "shRNAs", "targeting", "Reno1", ".", "Scale", "bar", ":", "200µm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "cell", "numbers", "and", "neurite", "lengths", "of", "ten", "images", "of", "non", "-", "overlapping", "fields", "for", "each", "shRNA", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Immunostaining using anti-TUJ1 antibody of ES-cell-derived neurons following infection with either non-targeting shRNA (sh-NT), or two different shRNAs targeting Reno1. Scale bar: 200µm. (B) Quantification of cell numbers and neurite lengths of ten images of non-overlapping fields for each shRNA. Mean ± SEM is shown, ** P<0.01 (unpaired two sample t-test). "}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunostaining", "using", "anti", "-", "TUJ1", "antibody", "of", "ES", "-", "cell", "-", "derived", "neurons", "following", "infection", "with", "either", "non", "-", "targeting", "shRNA", "(", "sh", "-", "NT", ")", ",", "or", "two", "different", "shRNAs", "targeting", "Reno1", ".", "Scale", "bar", ":", "200µm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "cell", "numbers", "and", "neurite", "lengths", "of", "ten", "images", "of", "non", "-", "overlapping", "fields", "for", "each", "shRNA", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunostaining using anti-TUJ1 antibody of ES-cell-derived neurons following infection with either non-targeting shRNA (sh-NT), or two different shRNAs targeting Reno1. Scale bar: 200µm. (B) Quantification of cell numbers and neurite lengths of ten images of non-overlapping fields for each shRNA. Mean ± SEM is shown, ** P<0.01 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Mean", "expression", "levels", "of", "genes", "which", "were", "down", "-", "or", "upregulated", "following", "knockdown", "(", "KD", ")", "of", "Reno1", "or", "lnc", "-", "Nr2f1", "during", "an", "eight", "time", "point", "neuronal", "differentiation", "and", "maturation", "of", "mouse", "ES", "cells", ":", "Neurons1", "corresponds", "to", "day", "in", "vitro", "(", "DIV", ")", "1", ";", "Neurons2", "-", "DIV7", ";", "Neurons3", "-", "DIV16", ";", "Neurons4", "-", "DIV21", ";", "and", "Neurons5", "-", "DIV28", "(", "Hubbard", "et", "al", ".", ",", "2013", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Mean expression levels of genes which were down- or upregulated following knockdown (KD) of Reno1 or lnc-Nr2f1 during an eight time point neuronal differentiation and maturation of mouse ES cells: Neurons1 corresponds to day in vitro (DIV)1; Neurons2 - DIV7; Neurons3 - DIV16; Neurons4 - DIV21; and Neurons5 - DIV28 (Hubbard et al., 2013). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Mean", "expression", "levels", "of", "genes", "which", "were", "down", "-", "or", "upregulated", "following", "knockdown", "(", "KD", ")", "of", "Reno1", "or", "lnc", "-", "Nr2f1", "during", "an", "eight", "time", "point", "neuronal", "differentiation", "and", "maturation", "of", "mouse", "ES", "cells", ":", "Neurons1", "corresponds", "to", "day", "in", "vitro", "(", "DIV", ")", "1", ";", "Neurons2", "-", "DIV7", ";", "Neurons3", "-", "DIV16", ";", "Neurons4", "-", "DIV21", ";", "and", "Neurons5", "-", "DIV28", "(", "Hubbard", "et", "al", ".", ",", "2013", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Mean expression levels of genes which were down- or upregulated following knockdown (KD) of Reno1 or lnc-Nr2f1 during an eight time point neuronal differentiation and maturation of mouse ES cells: Neurons1 corresponds to day in vitro (DIV)1; Neurons2 - DIV7; Neurons3 - DIV16; Neurons4 - DIV21; and Neurons5 - DIV28 (Hubbard et al., 2013)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Transcriptional", "response", "of", "cell", "cycle", "and", "neuron", "-", "related", "genes", ".", "Heatmaps", "show", "log2FC", "of", "cells", "infected", "with", "shRNAs", "targeting", "Reno1", "or", "lnc", "-", "Nr2f1", "compared", "to", "cells", "infected", "with", "sh", "-", "NT", ",", "following", "eight", "days", "of", "neuronal", "differentiation", ",", "and", "of", "day", "eight", "of", "differentiation", "compared", "to", "ES", "cells", "during", "differentiation", "of", "WT", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Transcriptional response of cell cycle and neuron-related genes. Heatmaps show log2FC of cells infected with shRNAs targeting Reno1 or lnc-Nr2f1 compared to cells infected with sh-NT, following eight days of neuronal differentiation, and of day eight of differentiation compared to ES cells during differentiation of WT cells."}
{"words": ["(", "A", ")", "Reno1", "locus", "in", "six", "vertebrate", "species", ".", "Shaded", "region", "indicates", "the", "Reno1", "locus", ".", "Blue", "gene", "models", "are", "from", "RefSeq", "or", "Ensembl", ",", "red", "gene", "models", "are", "based", "on", "PLAR", "transcript", "reconstructions", "(", "Hezroni", "et", "al", ".", ",", "2015", ")", ".", "RNA", "-", "seq", "datasets", "from", "indicated", "tissues", "were", "taken", "from", "publicly", "-", "available", "datasets", ":", "BodyMap", "(", "Li", "et", "al", ",", "2017a", ")", "(", "mouse", ")", ",", "Reference", "Epigenome", "(", "human", ")", ",", "FAANG", "(", "sheep", ")", ",", "SRP011985", "(", "opossum", ")", ",", "SRP016501", "(", "chicken", ")", ",", "DRP000627", "(", "coelacanth", ")", ".", "RNA", "-", "seq", "data", "was", "scaled", "separately", "in", "each", "species", "to", "the", "highest", "coverage", "in", "the", "window", ",", "except", "for", "opossum", "and", "chicken", ",", "where", "a", "custom", "upper", "threshold", "was", "set", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Reno1 locus in six vertebrate species. Shaded region indicates the Reno1 locus. Blue gene models are from RefSeq or Ensembl, red gene models are based on PLAR transcript reconstructions (Hezroni et al., 2015). RNA-seq datasets from indicated tissues were taken from publicly-available datasets: BodyMap (Li et al, 2017a) (mouse), Reference Epigenome (human), FAANG (sheep), SRP011985 (opossum), SRP016501 (chicken), DRP000627 (coelacanth). RNA-seq data was scaled separately in each species to the highest coverage in the window, except for opossum and chicken, where a custom upper threshold was set as indicated. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Reno1", "locus", "in", "six", "vertebrate", "species", ".", "Shaded", "region", "indicates", "the", "Reno1", "locus", ".", "Blue", "gene", "models", "are", "from", "RefSeq", "or", "Ensembl", ",", "red", "gene", "models", "are", "based", "on", "PLAR", "transcript", "reconstructions", "(", "Hezroni", "et", "al", ".", ",", "2015", ")", ".", "RNA", "-", "seq", "datasets", "from", "indicated", "tissues", "were", "taken", "from", "publicly", "-", "available", "datasets", ":", "BodyMap", "(", "Li", "et", "al", ",", "2017a", ")", "(", "mouse", ")", ",", "Reference", "Epigenome", "(", "human", ")", ",", "FAANG", "(", "sheep", ")", ",", "SRP011985", "(", "opossum", ")", ",", "SRP016501", "(", "chicken", ")", ",", "DRP000627", "(", "coelacanth", ")", ".", "RNA", "-", "seq", "data", "was", "scaled", "separately", "in", "each", "species", "to", "the", "highest", "coverage", "in", "the", "window", ",", "except", "for", "opossum", "and", "chicken", ",", "where", "a", "custom", "upper", "threshold", "was", "set", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Reno1 locus in six vertebrate species. Shaded region indicates the Reno1 locus. Blue gene models are from RefSeq or Ensembl, red gene models are based on PLAR transcript reconstructions (Hezroni et al., 2015). RNA-seq datasets from indicated tissues were taken from publicly-available datasets: BodyMap (Li et al, 2017a) (mouse), Reference Epigenome (human), FAANG (sheep), SRP011985 (opossum), SRP016501 (chicken), DRP000627 (coelacanth). RNA-seq data was scaled separately in each species to the highest coverage in the window, except for opossum and chicken, where a custom upper threshold was set as indicated."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "mouse", "Reno1", "locus", ".", "Expression", "levels", "during", "neuronal", "differentiation", "of", "ES", "cells", ",", "in", "different", "cellular", "fractions", "of", "ES", "cells", "(", "data", "from", "(", "Engreitz", "et", "al", ",", "2016", ")", ")", "and", "motor", "neurons", "(", "GSE90913", ")", ",", "and", "in", "forebrain", "during", "different", "stages", "of", "embryonic", "development", "(", "data", "from", "the", "ENCODE", "project", ")", ".", "Each", "set", "of", "tracks", "was", "normalized", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) The mouse Reno1 locus. Expression levels during neuronal differentiation of ES cells, in different cellular fractions of ES cells (data from (Engreitz et al, 2016)) and motor neurons (GSE90913), and in forebrain during different stages of embryonic development (data from the ENCODE project). Each set of tracks was normalized separately. "}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "mouse", "Reno1", "locus", ".", "Expression", "levels", "during", "neuronal", "differentiation", "of", "ES", "cells", ",", "in", "different", "cellular", "fractions", "of", "ES", "cells", "(", "data", "from", "(", "Engreitz", "et", "al", ",", "2016", ")", ")", "and", "motor", "neurons", "(", "GSE90913", ")", ",", "and", "in", "forebrain", "during", "different", "stages", "of", "embryonic", "development", "(", "data", "from", "the", "ENCODE", "project", ")", ".", "Each", "set", "of", "tracks", "was", "normalized", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The mouse Reno1 locus. Expression levels during neuronal differentiation of ES cells, in different cellular fractions of ES cells (data from (Engreitz et al, 2016)) and motor neurons (GSE90913), and in forebrain during different stages of embryonic development (data from the ENCODE project). Each set of tracks was normalized separately."}
{"words": ["(", "C", ")", "RENO1", "locus", "in", "human", ".", "Expression", "levels", "in", "dorsolateral", "prefrontal", "cortex", "across", "six", "age", "groups", ",", "and", "in", "different", "cellular", "fractions", "in", "fetal", "and", "adult", "cells", ".", "Each", "set", "of", "tracks", "was", "normalized", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) RENO1 locus in human. Expression levels in dorsolateral prefrontal cortex across six age groups, and in different cellular fractions in fetal and adult cells. Each set of tracks was normalized separately. "}
{"words": ["(", "C", ")", "RENO1", "locus", "in", "human", ".", "Expression", "levels", "in", "dorsolateral", "prefrontal", "cortex", "across", "six", "age", "groups", ",", "and", "in", "different", "cellular", "fractions", "in", "fetal", "and", "adult", "cells", ".", "Each", "set", "of", "tracks", "was", "normalized", "separately", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) RENO1 locus in human. Expression levels in dorsolateral prefrontal cortex across six age groups, and in different cellular fractions in fetal and adult cells. Each set of tracks was normalized separately."}
{"words": ["(", "D", ")", "Reno1", "smFISH", "signal", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "in", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", "at", "day", "eight", "of", "neuronal", "differentiation", ",", "imaged", "using", "100x", "objective", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Reno1 smFISH signal (red) and DAPI staining (blue) in WT and Reno1m/m cells at day eight of neuronal differentiation, imaged using 100x objective. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Reno1", "smFISH", "signal", "(", "red", ")", "and", "DAPI", "staining", "(", "blue", ")", "in", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", "at", "day", "eight", "of", "neuronal", "differentiation", ",", "imaged", "using", "100x", "objective", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Reno1 smFISH signal (red) and DAPI staining (blue) in WT and Reno1m/m cells at day eight of neuronal differentiation, imaged using 100x objective."}
{"words": ["(", "E", ")", "Expression", "levels", "of", "Reno1", "and", "Bahcc1", "in", "30", "adult", "and", "embryonic", "tissues", ".", "Data", "from", "the", "ENCODE", "project", ",", "quantification", "was", "done", "using", "RSEM", "(", "Li", "&", "Dewey", ",", "2011", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Expression levels of Reno1 and Bahcc1 in 30 adult and embryonic tissues. Data from the ENCODE project, quantification was done using RSEM (Li & Dewey, 2011). "}
{"words": ["(", "E", ")", "Expression", "levels", "of", "Reno1", "and", "Bahcc1", "in", "30", "adult", "and", "embryonic", "tissues", ".", "Data", "from", "the", "ENCODE", "project", ",", "quantification", "was", "done", "using", "RSEM", "(", "Li", "&", "Dewey", ",", "2011", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Expression levels of Reno1 and Bahcc1 in 30 adult and embryonic tissues. Data from the ENCODE project, quantification was done using RSEM (Li & Dewey, 2011)."}
{"words": ["(", "F", ")", "Targeted", "Chromosome", "Conformation", "Capture", "(", "4C", ")", "using", "the", "Reno1", "promoter", "as", "bait", ".", "Top", ",", "smoothed", "trend", "lines", "and", "raw", "counts", "of", "the", "contact", "profile", "in", "ES", "cells", "(", "red", ")", "or", "differentiated", "neurons", "(", "black", ")", ";", "bottom", ",", "domainogram", "showing", "mean", "contact", "per", "fragment", "end", "for", "a", "series", "of", "window", "sizes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Targeted Chromosome Conformation Capture (4C) using the Reno1 promoter as bait. Top, smoothed trend lines and raw counts of the contact profile in ES cells (red) or differentiated neurons (black); bottom, domainogram showing mean contact per fragment end for a series of window sizes."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "levels", "of", "Reno1", "(", "both", "the", "spliced", "and", "unspliced", "isoforms", ")", "and", "Bahcc1", "following", "four", "days", "of", "differentiation", "of", "the", "indicated", "cells", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "3", "-", "4", "independent", "experiments", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression levels of Reno1 (both the spliced and unspliced isoforms) and Bahcc1 following four days of differentiation of the indicated cells. Mean ± SEM is shown for 3-4 independent experiments, * P<0.05, ** P<0.01 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Left", ":", "Oct4", "staining", "of", "the", "indicated", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "µm", ".", "Right", ":", "Cell", "count", "of", "the", "indicated", "ES", "cells", "grown", "in", "ES", "medium", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Left: Oct4 staining of the indicated cells. Scale bar: 200 µm. Right: Cell count of the indicated ES cells grown in ES medium. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Left", ":", "Oct4", "staining", "of", "the", "indicated", "cells", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "µm", ".", "Right", ":", "Cell", "count", "of", "the", "indicated", "ES", "cells", "grown", "in", "ES", "medium", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Left: Oct4 staining of the indicated cells. Scale bar: 200 µm. Right: Cell count of the indicated ES cells grown in ES medium. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "Left", ":", "Nestin", "staining", "of", "the", "indicated", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "µm", ".", "Right", ":", "Cell", "count", "of", "the", "indicated", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Left: Nestin staining of the indicated cells following four days of differentiation. Scale bar: 200 µm. Right: Cell count of the indicated cells following four days of differentiation. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments. ** P<0.01 (unpaired two sample t-test). "}
{"words": ["(", "D", ")", "Left", ":", "Nestin", "staining", "of", "the", "indicated", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "µm", ".", "Right", ":", "Cell", "count", "of", "the", "indicated", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Left: Nestin staining of the indicated cells following four days of differentiation. Scale bar: 200 µm. Right: Cell count of the indicated cells following four days of differentiation. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments. ** P<0.01 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Flow", "cytometry", "analyses", "of", "dead", "and", "live", "cells", "in", "the", "indicated", "ES", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Y", "axis", ":", "forward", "scatter", ";", "X", "axis", ":", "PI", "fluorescence", "intensity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": " (E) Flow cytometry analyses of dead and live cells in the indicated ES cells following four days of differentiation. Y axis: forward scatter; X axis: PI fluorescence intensity. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Flow", "cytometry", "analyses", "of", "dead", "and", "live", "cells", "in", "the", "indicated", "ES", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ".", "Y", "axis", ":", "forward", "scatter", ";", "X", "axis", ":", "PI", "fluorescence", "intensity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0], "text": "(E) Flow cytometry analyses of dead and live cells in the indicated ES cells following four days of differentiation. Y axis: forward scatter; X axis: PI fluorescence intensity."}
{"words": ["(", "A", ")", ".", "Heatmap", "showing", "log2", "-", "transformed", "fold", "changes", "of", "Reno1", "depleted", "cells", "compared", "to", "their", "respective", "controls", ".", "All", "genes", "which", "were", "significantly", "differentially", "expressed", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "any", "of", "the", "treatments", "are", "shown", ".", "(", "B", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", ",", "and", "5th", "and", "95th", "percentiles", "of", "changes", "in", "expression", "levels", "of", "Reno1m", "/", "m", "cells", "compared", "to", "WT", "cells", ",", "for", "genes", "with", "significant", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "change", "in", "cells", "where", "Reno1", "was", "perturbed", "with", "the", "indicated", "method", ".", "Number", "of", "genes", "in", "each", "group", "is", "indicated", "in", "the", "x", "axis", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A). Heatmap showing log2-transformed fold changes of Reno1 depleted cells compared to their respective controls. All genes which were significantly differentially expressed (P<0.05) in any of the treatments are shown. (B) Boxplots indicating the median, quartiles, and 5th and 95th percentiles of changes in expression levels of Reno1m/m cells compared to WT cells, for genes with significant (P<0.05) change in cells where Reno1 was perturbed with the indicated method. Number of genes in each group is indicated in the x axis. ** P<0.01 (two-sided Wilcoxon rank sum test). "}
{"words": ["(", "A", ")", ".", "Heatmap", "showing", "log2", "-", "transformed", "fold", "changes", "of", "Reno1", "depleted", "cells", "compared", "to", "their", "respective", "controls", ".", "All", "genes", "which", "were", "significantly", "differentially", "expressed", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "any", "of", "the", "treatments", "are", "shown", ".", "(", "B", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", ",", "and", "5th", "and", "95th", "percentiles", "of", "changes", "in", "expression", "levels", "of", "Reno1m", "/", "m", "cells", "compared", "to", "WT", "cells", ",", "for", "genes", "with", "significant", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "change", "in", "cells", "where", "Reno1", "was", "perturbed", "with", "the", "indicated", "method", ".", "Number", "of", "genes", "in", "each", "group", "is", "indicated", "in", "the", "x", "axis", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A). Heatmap showing log2-transformed fold changes of Reno1 depleted cells compared to their respective controls. All genes which were significantly differentially expressed (P<0.05) in any of the treatments are shown. (B) Boxplots indicating the median, quartiles, and 5th and 95th percentiles of changes in expression levels of Reno1m/m cells compared to WT cells, for genes with significant (P<0.05) change in cells where Reno1 was perturbed with the indicated method. Number of genes in each group is indicated in the x axis. ** P<0.01 (two-sided Wilcoxon rank sum test)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Mean", "expression", "levels", "of", "genes", "in", "genes", "which", "were", "significantly", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "dysregulated", "by", "at", "least", "two", "out", "of", "three", "Reno1", "perturbations", "at", "day", "2", "in", "fig", ".", "5A", "(", "n", "=", "168", "down", "-", "regulated", "and", "94", "up", "-", "regulated", ")", ",", "during", "an", "eight", "time", "point", "neuronal", "differentiation", "and", "maturation", "of", "mouse", "ES", "cells", ":", "Neurons1", "corresponds", "to", "day", "in", "vitro", "(", "DIV", ")", "1", ";", "Neurons2", "-", "DIV7", ";", "Neurons3", "-", "DIV16", ";", "Neurons4", "-", "DIV21", ";", "and", "Neurons5", "-", "DIV28", "(", "Hubbard", "et", "al", ".", ",", "2013", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Mean expression levels of genes in genes which were significantly (P<0.05) dysregulated by at least two out of three Reno1 perturbations at day 2 in fig. 5A (n= 168 down-regulated and 94 up-regulated), during an eight time point neuronal differentiation and maturation of mouse ES cells: Neurons1 corresponds to day in vitro (DIV)1; Neurons2 - DIV7; Neurons3 - DIV16; Neurons4 - DIV21; and Neurons5 - DIV28 (Hubbard et al., 2013). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Mean", "expression", "levels", "of", "genes", "in", "genes", "which", "were", "significantly", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "dysregulated", "by", "at", "least", "two", "out", "of", "three", "Reno1", "perturbations", "at", "day", "2", "in", "fig", ".", "5A", "(", "n", "=", "168", "down", "-", "regulated", "and", "94", "up", "-", "regulated", ")", ",", "during", "an", "eight", "time", "point", "neuronal", "differentiation", "and", "maturation", "of", "mouse", "ES", "cells", ":", "Neurons1", "corresponds", "to", "day", "in", "vitro", "(", "DIV", ")", "1", ";", "Neurons2", "-", "DIV7", ";", "Neurons3", "-", "DIV16", ";", "Neurons4", "-", "DIV21", ";", "and", "Neurons5", "-", "DIV28", "(", "Hubbard", "et", "al", ".", ",", "2013", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Mean expression levels of genes in genes which were significantly (P<0.05) dysregulated by at least two out of three Reno1 perturbations at day 2 in fig. 5A (n= 168 down-regulated and 94 up-regulated), during an eight time point neuronal differentiation and maturation of mouse ES cells: Neurons1 corresponds to day in vitro (DIV)1; Neurons2 - DIV7; Neurons3 - DIV16; Neurons4 - DIV21; and Neurons5 - DIV28 (Hubbard et al., 2013)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "levels", "of", "Reno1", "following", "Dox", "addition", "in", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Expression levels of Reno1 following Dox addition in WT and Reno1m/m cells. Mean ± SEM is shown for three independent experiments, * P<0.05 (unpaired two sample t-test). "}
{"words": ["(", "D", ")", "Expression", "levels", "of", "Reno1", "following", "Dox", "addition", "in", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Expression levels of Reno1 following Dox addition in WT and Reno1m/m cells. Mean ± SEM is shown for three independent experiments, * P<0.05 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Cell", "count", "of", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ",", "with", "or", "without", "Dox", "addition", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Cell count of WT and Reno1m/m cells following four days of differentiation, with or without Dox addition. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments. * P<0.05 (unpaired two sample t-test). "}
{"words": ["(", "E", ")", "Cell", "count", "of", "WT", "and", "Reno1m", "/", "m", "cells", "following", "four", "days", "of", "differentiation", ",", "with", "or", "without", "Dox", "addition", ".", "Cells", "were", "harvested", "from", "one", "well", "of", "a", "6", "-", "well", "plate", ",", "and", "counted", "using", "Orflo", "MOXI", "Z", "Mini", "Automated", "Cell", "Counter", ".", "Mean", "±", "SEM", "is", "shown", "for", "three", "independent", "experiments", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "(", "unpaired", "two", "sample", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Cell count of WT and Reno1m/m cells following four days of differentiation, with or without Dox addition. Cells were harvested from one well of a 6-well plate, and counted using Orflo MOXI Z Mini Automated Cell Counter. Mean ± SEM is shown for three independent experiments. * P<0.05 (unpaired two sample t-test)."}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", ",", "and", "5th", "and", "95th", "percentiles", "of", "changes", "in", "expression", "levels", "of", "WT", "(", "F", ")", "or", "Reno1m", "/", "m", "(", "G", ")", "cell", "treated", "with", "Dox", "for", "the", "first", "two", "days", "of", "differentiation", "compared", "to", "untreated", "cells", ",", "in", "genes", "which", "were", "significantly", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "downregulated", "(", "n", "=", "252", ")", "or", "upregulated", "(", "n", "=", "223", ")", "by", "at", "least", "two", "out", "of", "three", "Reno1", "perturbations", "at", "day", "2", "in", "fig", ".", "5A", ",", "compared", "to", "all", "genes", "(", "n", "=", "16", ",", "511", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F-G) Boxplots indicating the median, quartiles, and 5th and 95th percentiles of changes in expression levels of WT (F) or Reno1m/m (G) cell treated with Dox for the first two days of differentiation compared to untreated cells, in genes which were significantly (P<0.05) downregulated (n=252) or upregulated (n=223) by at least two out of three Reno1 perturbations at day 2 in fig. 5A, compared to all genes (n=16,511). ** P<0.01 (two-sided Wilcoxon rank sum test). "}
{"words": ["(", "F", "-", "G", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", ",", "and", "5th", "and", "95th", "percentiles", "of", "changes", "in", "expression", "levels", "of", "WT", "(", "F", ")", "or", "Reno1m", "/", "m", "(", "G", ")", "cell", "treated", "with", "Dox", "for", "the", "first", "two", "days", "of", "differentiation", "compared", "to", "untreated", "cells", ",", "in", "genes", "which", "were", "significantly", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "downregulated", "(", "n", "=", "252", ")", "or", "upregulated", "(", "n", "=", "223", ")", "by", "at", "least", "two", "out", "of", "three", "Reno1", "perturbations", "at", "day", "2", "in", "fig", ".", "5A", ",", "compared", "to", "all", "genes", "(", "n", "=", "16", ",", "511", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-G) Boxplots indicating the median, quartiles, and 5th and 95th percentiles of changes in expression levels of WT (F) or Reno1m/m (G) cell treated with Dox for the first two days of differentiation compared to untreated cells, in genes which were significantly (P<0.05) downregulated (n=252) or upregulated (n=223) by at least two out of three Reno1 perturbations at day 2 in fig. 5A, compared to all genes (n=16,511). ** P<0.01 (two-sided Wilcoxon rank sum test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "ratios", "of", "ATAC", "-", "seq", "signal", "for", "the", "indicated", "group", "of", "peaks", ",", "comparing", "the", "indicated", "genotypes", "or", "treatments", ".", "Core", "promoter", "peaks", "are", "<", "300", "nt", "from", "a", "TSS", ";", "Extended", "promoter", "are", "more", "than", "300", "nt", "but", "<", "2", "Kb", "for", "a", "TSS", ";", "Gene", "body", "peaks", "overlap", "transcription", "units", ",", "and", "Intergenic", "do", "not", ".", "Each", "group", "of", "peaks", "was", "compared", "to", "the", "intergenic", "peaks", ".", "In", "addition", ",", "for", "each", "group", "of", "peaks", ",", "the", "peaks", "within", "1", "Mb", "of", "Reno1", "where", "compared", "to", "peaks", "further", "away", ".", "P", "-", "values", "computed", "using", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ",", "and", "shown", "only", "for", "cases", "where", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Number", "of", "data", "points", "(", "from", "left", "to", "right", ")", ":", "39", ";", "10", ",", "777", ";", "11", ";", "3", ",", "550", ";", "17", ";", "14", ",", "380", ";", "18", ";", "20", ",", "930", ".", "(", "B", ")", "Changes", "in", "ATAC", "-", "seq", "signal", "for", "peaks", "assigned", "as", "falling", "within", "core", "or", "extended", "promoters", ",", "of", "genes", "in", "the", "indicated", "group", "(", "up", "/", "down", "-", "regulated", "by", "at", "least", "30", "%", "and", "with", "adjusted", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "cells", "with", "Reno1", "(", "left", ")", "or", "Bahcc1", "(", "right", ")", "KD", ".", "P", "-", "values", "computed", "using", "two", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of ratios of ATAC-seq signal for the indicated group of peaks, comparing the indicated genotypes or treatments. Core promoter peaks are <300 nt from a TSS; Extended promoter are more than 300 nt but <2 Kb for a TSS; Gene body peaks overlap transcription units, and Intergenic do not. Each group of peaks was compared to the intergenic peaks. In addition, for each group of peaks, the peaks within 1 Mb of Reno1 where compared to peaks further away. P-values computed using two-sided Wilcoxon rank sum test, and shown only for cases where P<0.05. Number of data points (from left to right): 39; 10,777; 11; 3,550; 17; 14,380; 18; 20,930. (B) Changes in ATAC-seq signal for peaks assigned as falling within core or extended promoters, of genes in the indicated group (up/down-regulated by at least 30% and with adjusted P<0.05) in cells with Reno1 (left) or Bahcc1 (right) KD. P-values computed using two sided Wilcoxon rank sum test. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "ratios", "of", "ATAC", "-", "seq", "signal", "for", "the", "indicated", "group", "of", "peaks", ",", "comparing", "the", "indicated", "genotypes", "or", "treatments", ".", "Core", "promoter", "peaks", "are", "<", "300", "nt", "from", "a", "TSS", ";", "Extended", "promoter", "are", "more", "than", "300", "nt", "but", "<", "2", "Kb", "for", "a", "TSS", ";", "Gene", "body", "peaks", "overlap", "transcription", "units", ",", "and", "Intergenic", "do", "not", ".", "Each", "group", "of", "peaks", "was", "compared", "to", "the", "intergenic", "peaks", ".", "In", "addition", ",", "for", "each", "group", "of", "peaks", ",", "the", "peaks", "within", "1", "Mb", "of", "Reno1", "where", "compared", "to", "peaks", "further", "away", ".", "P", "-", "values", "computed", "using", "two", "-", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", ",", "and", "shown", "only", "for", "cases", "where", "P", "<", "0", ".", "05", ".", "Number", "of", "data", "points", "(", "from", "left", "to", "right", ")", ":", "39", ";", "10", ",", "777", ";", "11", ";", "3", ",", "550", ";", "17", ";", "14", ",", "380", ";", "18", ";", "20", ",", "930", ".", "(", "B", ")", "Changes", "in", "ATAC", "-", "seq", "signal", "for", "peaks", "assigned", "as", "falling", "within", "core", "or", "extended", "promoters", ",", "of", "genes", "in", "the", "indicated", "group", "(", "up", "/", "down", "-", "regulated", "by", "at", "least", "30", "%", "and", "with", "adjusted", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "cells", "with", "Reno1", "(", "left", ")", "or", "Bahcc1", "(", "right", ")", "KD", ".", "P", "-", "values", "computed", "using", "two", "sided", "Wilcoxon", "rank", "sum", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of ratios of ATAC-seq signal for the indicated group of peaks, comparing the indicated genotypes or treatments. Core promoter peaks are <300 nt from a TSS; Extended promoter are more than 300 nt but <2 Kb for a TSS; Gene body peaks overlap transcription units, and Intergenic do not. Each group of peaks was compared to the intergenic peaks. In addition, for each group of peaks, the peaks within 1 Mb of Reno1 where compared to peaks further away. P-values computed using two-sided Wilcoxon rank sum test, and shown only for cases where P<0.05. Number of data points (from left to right): 39; 10,777; 11; 3,550; 17; 14,380; 18; 20,930. (B) Changes in ATAC-seq signal for peaks assigned as falling within core or extended promoters, of genes in the indicated group (up/down-regulated by at least 30% and with adjusted P<0.05) in cells with Reno1 (left) or Bahcc1 (right) KD. P-values computed using two sided Wilcoxon rank sum test."}
{"words": ["(", "C", ")", "Top", ":", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "changes", "in", "ATAC", "-", "seq", "signal", "on", "day", "2", "of", "neuronal", "differentiation", "of", "peaks", "from", "indicated", "Reno1", "perturbation", ",", "classified", "according", "to", "the", "underlying", "chromatin", "state", "in", "mouse", "ES", "cells", ";", "Bottom", ":", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "ChIP", "-", "seq", "coverage", "of", "the", "indicated", "chromatin", "marks", "in", "ENCODE", "mouse", "ES", "data", "in", "the", "peak", "regions", ".", "Number", "of", "peaks", "in", "each", "group", "is", "indicated", "at", "the", "bottom", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Top: Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of changes in ATAC-seq signal on day 2 of neuronal differentiation of peaks from indicated Reno1 perturbation, classified according to the underlying chromatin state in mouse ES cells; Bottom: Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of ChIP-seq coverage of the indicated chromatin marks in ENCODE mouse ES data in the peak regions. Number of peaks in each group is indicated at the bottom. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Top", ":", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "changes", "in", "ATAC", "-", "seq", "signal", "on", "day", "2", "of", "neuronal", "differentiation", "of", "peaks", "from", "indicated", "Reno1", "perturbation", ",", "classified", "according", "to", "the", "underlying", "chromatin", "state", "in", "mouse", "ES", "cells", ";", "Bottom", ":", "Boxplots", "indicating", "the", "median", ",", "quartiles", "and", "1", ".", "5", "time", "the", "interquartile", "range", "of", "ChIP", "-", "seq", "coverage", "of", "the", "indicated", "chromatin", "marks", "in", "ENCODE", "mouse", "ES", "data", "in", "the", "peak", "regions", ".", "Number", "of", "peaks", "in", "each", "group", "is", "indicated", "at", "the", "bottom", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Top: Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of changes in ATAC-seq signal on day 2 of neuronal differentiation of peaks from indicated Reno1 perturbation, classified according to the underlying chromatin state in mouse ES cells; Bottom: Boxplots indicating the median, quartiles and 1.5 time the interquartile range of ChIP-seq coverage of the indicated chromatin marks in ENCODE mouse ES data in the peak regions. Number of peaks in each group is indicated at the bottom."}
{"words": ["(", "D", ")", "Correlation", "between", "changes", "in", "chromatin", "accessibility", "on", "day", "2", "of", "neuronal", "differentiation", "in", "the", "indicated", "perturbations", "and", "H3K4me3", "or", "Fam60a", "ChIP", "coverage", "from", "mouse", "ES", "cells", "(", "H3K4me3", "is", "from", "ENCODE", "project", "and", "Fam60a", "from", "(", "Streubel", "et", "al", ".", ",", "2017", ")", ")", ".", "Coefficient", "and", "P", "-", "value", "computed", "using", "Spearman", "'", "s", "correlation", ".", "n", "=", "49", ",", "722", "peaks", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Correlation between changes in chromatin accessibility on day 2 of neuronal differentiation in the indicated perturbations and H3K4me3 or Fam60a ChIP coverage from mouse ES cells (H3K4me3 is from ENCODE project and Fam60a from (Streubel et al., 2017)). Coefficient and P-value computed using Spearman's correlation. n=49,722 peaks. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Correlation", "between", "changes", "in", "chromatin", "accessibility", "on", "day", "2", "of", "neuronal", "differentiation", "in", "the", "indicated", "perturbations", "and", "H3K4me3", "or", "Fam60a", "ChIP", "coverage", "from", "mouse", "ES", "cells", "(", "H3K4me3", "is", "from", "ENCODE", "project", "and", "Fam60a", "from", "(", "Streubel", "et", "al", ".", ",", "2017", ")", ")", ".", "Coefficient", "and", "P", "-", "value", "computed", "using", "Spearman", "'", "s", "correlation", ".", "n", "=", "49", ",", "722", "peaks", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Correlation between changes in chromatin accessibility on day 2 of neuronal differentiation in the indicated perturbations and H3K4me3 or Fam60a ChIP coverage from mouse ES cells (H3K4me3 is from ENCODE project and Fam60a from (Streubel et al., 2017)). Coefficient and P-value computed using Spearman's correlation. n=49,722 peaks."}
{"words": ["(", "A", ")", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "∆", "C", "protein", "could", "support", "CSR", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "cells", ".", "Left", ",", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "is", "schematically", "illustrated", "with", "each", "component", "listed", ".", "Right", ",", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "initiated", "CSR", "levels", "to", "IgA", ".", "Blue", "arrows", "represent", "multiple", "CRISPR", "recognition", "sites", ".", "The", "number", "in", "the", "parentheses", "indicates", "CRISPR", "recognition", "sites", "in", "each", "S", "region", ".", "Three", "biological", "replicates", "are", "plotted", "by", "dots", "and", "mean", "with", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "panels", "A", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "used", "for", "significance", "assessment", ".", "For", "all", "panels", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CRISPR-guided AID∆C protein could support CSR in Aicda-/- CH12F3 cells. Left, CRISPR-guided AID is schematically illustrated with each component listed. Right, CRISPR-guided AID initiated CSR levels to IgA. Blue arrows represent multiple CRISPR recognition sites. The number in the parentheses indicates CRISPR recognition sites in each S region. Three biological replicates are plotted by dots and mean with standard deviation (SD). Data information: For panels A one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was used for significance assessment. For all panels, ****, p<0.0001; ***, p<0.001; **, p<0.01; *, p<0.05; ns, p>0.05."}
{"words": ["(", "B", ")", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "generated", "breaks", "at", "the", "S", "region", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "cells", "were", "quantitatively", "detected", "by", "PEM", "-", "seq", ".", "Top", ",", "schematic", "illustration", "shows", "the", "bait", "SaCas9", "site", "at", "Iγ3", "region", "and", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "variants", "targeting", "sites", "at", "S", "regions", ".", "Bottom", ",", "percentages", "of", "translocation", "junctions", "between", "Iγ3", "and", "Sμ", "or", "Sα", "regions", "are", "plotted", "as", "mean", "with", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "in", "the", "bar", "plot", ".", "Data", "information", ":", "For", "panels", "B", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "used", "for", "significance", "assessment", ".", "For", "all", "panels", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CRISPR-guided AID generated breaks at the S region in Aicda-/- CH12F3 cells were quantitatively detected by PEM-seq. Top, schematic illustration shows the bait SaCas9 site at Iγ3 region and CRISPR-guided AID variants targeting sites at S regions. Bottom, percentages of translocation junctions between Iγ3 and Sμ or Sα regions are plotted as mean with SD of three biological replicates in the bar plot. Data information: For panels B, one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was used for significance assessment. For all panels, ****, p<0.0001; ***, p<0.001; **, p<0.01; *, p<0.05; ns, p>0.05."}
{"words": ["(", "C", ")", "AID", "-", "AIDE58Q", "dimer", "proteins", "were", "expressed", "in", "AID", "-", "deficient", "CSR", "-", "activated", "B", "cells", ",", "AID", "dimer", "is", "schematically", "illustrated", "on", "top", "and", "CSR", "levels", "to", "IgG1", "are", "shown", ".", "Three", "biological", "replicates", "are", "plotted", "by", "dots", "and", "mean", "with", "SD", "is", "shown", ".", "Data", "information", ":", "For", "panels", "C", ",", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "used", "for", "significance", "assessment", ".", "For", "all", "panels", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) AID-AIDE58Q dimer proteins were expressed in AID-deficient CSR-activated B cells, AID dimer is schematically illustrated on top and CSR levels to IgG1 are shown. Three biological replicates are plotted by dots and mean with SD is shown. Data information: For panels C, one-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was used for significance assessment. For all panels, ****, p<0.0001; ***, p<0.001; **, p<0.01; *, p<0.05; ns, p>0.05."}
{"words": ["(", "D", ")", "CSR", "levels", "to", "IgA", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "-", "miniS", "cells", "with", "indicated", "AID", "variants", "or", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "variants", ".", "Levels", "of", "CSR", "to", "IgA", "are", "plotted", "and", "mean", "with", "SD", "of", "three", "to", "six", "biological", "replicates", ".", "Data", "information", ":", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", "for", "panel", "D", ".", "For", "all", "panels", ",", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CSR levels to IgA in Aicda-/- CH12F3-miniS cells with indicated AID variants or CRISPR-guided AID variants. Levels of CSR to IgA are plotted and mean with SD of three to six biological replicates. Data information: Unpaired two-tailed Student's t-test was performed for panel D. For all panels, ****, p<0.0001; ***, p<0.001; **, p<0.01; *, p<0.05; ns, p>0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "Mutation", "profiles", "of", "miniS", "region", "in", "Ung", "-", "/", "-", "Msh2", "-", "/", "-", "Aicda", "-", "/", "-", "miniS", "cell", "lines", "complemented", "with", "indicated", "AID", ".", "Mutation", "frequency", "at", "each", "nucleotide", "along", "the", "756", "-", "bp", "miniS", "region", "is", "plotted", "as", "a", "bar", "graph", "with", "green", "error", "bars", ",", "representing", "mean", "with", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Positions", "of", "AID", "-", "preferred", "AGCT", "and", "other", "RGYW", "motifs", "are", "marked", "with", "orange", "and", "yellow", "respectively", "under", "each", "plot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Mutation profiles of miniS region in Ung-/-Msh2-/-Aicda-/- miniS cell lines complemented with indicated AID. Mutation frequency at each nucleotide along the 756-bp miniS region is plotted as a bar graph with green error bars, representing mean with standard error of the mean (SEM) of three biological replicates. Positions of AID-preferred AGCT and other RGYW motifs are marked with orange and yellow respectively under each plot."}
{"words": ["(", "F", ")", "Mutation", "profiles", "of", "miniS", "region", "in", "Ung", "-", "/", "-", "Msh2", "-", "/", "-", "Aicda", "-", "/", "-", "miniS", "cell", "lines", "expressing", "CRISPR", "-", "guided", "AID", "variants", ".", "Mutation", "frequency", "at", "each", "nucleotide", "is", "plotted", "as", "mean", "with", "SEM", "of", "three", "biological", "replicates", "in", "the", "bar", "graph", "with", "green", "error", "bar", ".", "Plots", "are", "labeled", "as", "in", "(", "B", ")", ".", "The", "sgRNA", "targeting", "position", "is", "indicated", "with", "blue", "lines", "at", "the", "bottom", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Mutation profiles of miniS region in Ung-/-Msh2-/-Aicda-/- miniS cell lines expressing CRISPR-guided AID variants. Mutation frequency at each nucleotide is plotted as mean with SEM of three biological replicates in the bar graph with green error bar. Plots are labeled as in (B). The sgRNA targeting position is indicated with blue lines at the bottom."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "images", "showing", "the", "localization", "of", "AID", "(", "green", ")", ",", "AIDR190X", "(", "green", ")", ",", "and", "endogenous", "IgH", "loci", "(", "red", ")", "in", "nucleofected", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "cells", ".", "The", "IgH", "loci", "are", "visualized", "using", "Sμ", "-", "gRNA", "and", "indicated", "by", "white", "arrows", ".", "An", "illustration", "of", "CRISPR", "-", "Sirius", "IgH", "locus", "visualization", "is", "shown", "on", "top", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative images showing the localization of AID (green), AIDR190X (green), and endogenous IgH loci (red) in nucleofected Aicda-/- CH12F3 cells. The IgH loci are visualized using Sμ-gRNA and indicated by white arrows. An illustration of CRISPR-Sirius IgH locus visualization is shown on top. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "OptoDroplet", "formation", "in", "CH12F3", "cells", ".", "Schematic", "illustration", "of", "light", "-", "induced", "optoDroplet", "system", "is", "depicted", "on", "top", ".", "AID", "variants", "were", "tagged", "to", "the", "N", "terminus", "of", "the", "optoDroplet", "construct", "and", "blue", "light", "was", "employed", "to", "promote", "the", "formation", "of", "puncta", "three", "times", "followed", "by", "imaging", "each", "time", ".", "Representative", "images", "after", "the", "third", "blue", "light", "activation", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "cells", "with", "the", "indicated", "AID", "variants", "are", "shown", "at", "the", "bottom", ".", "White", "dashed", "line", "and", "green", "line", "depict", "the", "shapes", "of", "nucleus", "and", "nucleolus", "based", "on", "Hoechst", "staining", "or", "GFP", "-", "FBL", ",", "respectively", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) OptoDroplet formation in CH12F3 cells. Schematic illustration of light-induced optoDroplet system is depicted on top. AID variants were tagged to the N terminus of the optoDroplet construct and blue light was employed to promote the formation of puncta three times followed by imaging each time. Representative images after the third blue light activation in Aicda-/- CH12F3 cells with the indicated AID variants are shown at the bottom. White dashed line and green line depict the shapes of nucleus and nucleolus based on Hoechst staining or GFP-FBL, respectively. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "showing", "optoDroplet", "formation", "of", "indicated", "AID", "variants", "in", "HEK293T", "cells", ".", "CRM1", "inhibitor", "(", "CRM1i", ")", "was", "used", "for", "selective", "trapping", "of", "AID", "in", "nuclei", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images showing optoDroplet formation of indicated AID variants in HEK293T cells. CRM1 inhibitor (CRM1i) was used for selective trapping of AID in nuclei. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "D", ")", "The", "fluorescence", "intensity", "of", "indicated", "AID", "variants", "in", "each", "HEK293T", "cell", "nucleus", "was", "measured", "and", "normalized", "relative", "to", "the", "fluorescence", "intensity", "of", "the", "whole", "cell", ".", "Data", "are", "shown", "as", "box", "plots", ".", "Values", "between", "lower", "quartile", "and", "upper", "quartile", "are", "represented", "by", "box", "ranges", ",", "a", "horizontal", "line", "within", "the", "box", "represents", "the", "median", ",", "and", "whisker", "extends", "from", "the", "minimum", "value", "to", "the", "maximum", "value", ".", "\"", "+", "\"", "indicates", "the", "mean", "level", ".", "Each", "dot", "indicates", "one", "cell", ",", "and", "more", "than", "20", "cells", "represent", "two", "biological", "replicate", "samples", "were", "counted", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "p", ">", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) The fluorescence intensity of indicated AID variants in each HEK293T cell nucleus was measured and normalized relative to the fluorescence intensity of the whole cell. Data are shown as box plots. Values between lower quartile and upper quartile are represented by box ranges, a horizontal line within the box represents the median, and whisker extends from the minimum value to the maximum value. \"+\" indicates the mean level. Each dot indicates one cell, and more than 20 cells represent two biological replicate samples were counted. One-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was performed. ****, p<0.0001; *, p<0.05; ns, p>0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "Intensity", "recovery", "lines", "for", "optoAID", "∆", "C", "droplets", "in", "FRAP", "experiment", "in", "HEK293T", "cells", ".", "Bleaching", "occurs", "at", "t", "=", "0", "s", ".", "The", "background", "-", "subtracted", "fluorescence", "intensities", "are", "normalized", "by", "pre", "-", "bleach", "values", ".", "The", "mean", "with", "SD", "of", "10", "pairs", "of", "optoAIDR190X", "and", "10", "pairs", "of", "optoAIDcry", "is", "shown", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Intensity recovery lines for optoAID∆C droplets in FRAP experiment in HEK293T cells. Bleaching occurs at t = 0 s. The background-subtracted fluorescence intensities are normalized by pre-bleach values. The mean with SD of 10 pairs of optoAIDR190X and 10 pairs of optoAIDcry is shown, respectively."}
{"words": ["(", "F", ")", "Formation", "of", "puncta", "in", "primary", "B", "cells", "complemented", "with", "AID", "-", "FUS", "-", "GFP", "or", "AID", "-", "FUSm", "-", "GFP", ".", "FUSm", "contains", "13", "mutations", "on", "either", "Y", "or", "R", "residue", ".", "Left", ":", "Representative", "images", "showing", "cellular", "localization", "of", "AID", "-", "FUS", "-", "GFP", "and", "AID", "-", "FUSm", "-", "GFP", "with", "and", "without", "CRM1", "inhibitor", "(", "CRM1i", ")", "treatment", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "primary", "B", "cells", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", ".", "Right", ":", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "cells", "with", "condensed", "puncta", "(", "3", "biological", "replicates", ")", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Formation of puncta in primary B cells complemented with AID-FUS-GFP or AID-FUSm-GFP. FUSm contains 13 mutations on either Y or R residue. Left: Representative images showing cellular localization of AID-FUS-GFP and AID-FUSm-GFP with and without CRM1 inhibitor (CRM1i) treatment in Aicda-/- primary B cells. Scale bar, 5 µm. Right: Quantification of the number of cells with condensed puncta (3 biological replicates). Unpaired two-tailed Student's t-test was performed. ****, p<0.0001."}
{"words": ["(", "G", ")", "CSR", "levels", "to", "IgG1", "in", "activated", "Aicda", "-", "/", "-", "primary", "B", "cells", "complemented", "with", "the", "indicated", "protein", ".", "Left", ",", "representative", "flow", "cytometry", "plots", "measuring", "CSR", "to", "IgG1", ".", "Co", "-", "expressed", "GFP", "was", "used", "to", "indicate", "the", "infected", "fractions", ".", "Right", ",", "the", "mean", "with", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "is", "shown", "in", "the", "bar", "plot", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) CSR levels to IgG1 in activated Aicda-/- primary B cells complemented with the indicated protein. Left, representative flow cytometry plots measuring CSR to IgG1. Co-expressed GFP was used to indicate the infected fractions. Right, the mean with SD of three biological replicates is shown in the bar plot. Unpaired two-tailed Student's t-test was performed. ****, p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "endogenous", "AID", "in", "the", "presence", "of", "ectopically", "-", "expressed", "EV", ",", "AID", ",", "AIDR190X", ",", "or", "AIDcry", "in", "cytokine", "-", "stimulated", "CH12F3", "cells", ".", "EV", ",", "empty", "vector", "control", ".", "An", "antibody", "against", "AID", "C", "terminus", "(", "185", "-", "198", "aa", ")", "detected", "both", "endogenous", "and", "ectopically", "-", "expressed", "full", "-", "length", "AID", ".", "The", "nucleolus", "is", "indicated", "by", "co", "-", "nucleofected", "mCherry", "-", "FBL", ".", "The", "white", "dashed", "line", "depicts", "the", "shape", "of", "the", "nucleus", "based", "on", "Hoechst", "staining", ".", "Arrows", "indicate", "the", "location", "of", "puncta", "formed", "by", "endogenous", "AID", ".", "The", "images", "were", "taken", "by", "the", "N", "-", "SIM", "microscope", "and", "processed", "via", "N", "-", "SIM", "software", ".", "A", "middle", "slice", "of", "the", "images", "was", "shown", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative immunofluorescence images of endogenous AID in the presence of ectopically-expressed EV, AID, AIDR190X, or AIDcry in cytokine-stimulated CH12F3 cells. EV, empty vector control. An antibody against AID C terminus (185-198 aa) detected both endogenous and ectopically-expressed full-length AID. The nucleolus is indicated by co-nucleofected mCherry-FBL. The white dashed line depicts the shape of the nucleus based on Hoechst staining. Arrows indicate the location of puncta formed by endogenous AID. The images were taken by the N-SIM microscope and processed via N-SIM software. A middle slice of the images was shown. Scale bar, 5 µm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Co", "-", "condensation", "of", "AID", "and", "AIDR190X", "in", "the", "nucleus", "of", "CH12F3", "cells", "in", "the", "early", "G1", "phase", ".", "Top", ":", "experimental", "layout", ".", "GFP", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "AID", "(", "green", ")", "and", "mCherry", "-", "tagged", "AID", "variants", "(", "red", ")", "were", "co", "-", "nucleofected", "in", "Aicda", "-", "/", "-", "CH12F3", "cells", ".", "The", "resulting", "cells", "were", "arrested", "with", "nocodazole", "for", "12", "hours", "after", "transfection", ".", "Six", "hours", "later", ",", "nocodazole", "was", "removed", "from", "the", "system", "for", "1", ".", "5", "hours", "before", "imaging", ".", "Bottom", "left", ":", "representative", "images", "showing", "subcellular", "localization", "of", "indicated", "AID", "variants", ".", "The", "white", "dashed", "line", "depicts", "the", "shape", "of", "the", "nucleus", "based", "on", "Hoechst", "staining", ".", "The", "white", "arrow", "indicates", "the", "location", "of", "the", "co", "-", "condensed", "puncta", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", ".", "Bottom", "right", ":", "plot", "profiles", "of", "the", "images", ".", "Cyto", ":", "cytoplasm", ",", "Nuc", ":", "nucleus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Co-condensation of AID and AIDR190X in the nucleus of CH12F3 cells in the early G1 phase. Top: experimental layout. GFP-tagged wild-type AID (green) and mCherry-tagged AID variants (red) were co-nucleofected in Aicda-/- CH12F3 cells. The resulting cells were arrested with nocodazole for 12 hours after transfection. Six hours later, nocodazole was removed from the system for 1.5 hours before imaging. Bottom left: representative images showing subcellular localization of indicated AID variants. The white dashed line depicts the shape of the nucleus based on Hoechst staining. The white arrow indicates the location of the co-condensed puncta. Scale bar, 5 µm. Bottom right: plot profiles of the images. Cyto: cytoplasm, Nuc: nucleus."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "the", "relative", "fluorescence", "intensity", "of", "AID", "-", "GFP", "in", "the", "diluted", "phase", "of", "cells", "shown", "in", "(", "B", ")", ".", "The", "fluorescence", "intensity", "of", "AID", "-", "GFP", "in", "the", "diluted", "nuclear", "phase", "was", "normalized", "by", "the", "total", "intensity", "from", "the", "whole", "cell", ".", "Data", "are", "shown", "as", "box", "plots", ".", "Values", "between", "lower", "quartile", "and", "upper", "quartile", "are", "represented", "by", "box", "ranges", ",", "a", "horizontal", "line", "within", "the", "box", "represents", "the", "median", ",", "and", "whisker", "extends", "from", "the", "minimum", "value", "to", "the", "maximum", "value", ".", "\"", "+", "\"", "indicates", "the", "mean", "level", ".", "Each", "dot", "indicates", "one", "cell", "(", "n", "=", "25", ")", ",", "and", "representative", "result", "from", "three", "biological", "replicates", "were", "shown", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification of the relative fluorescence intensity of AID-GFP in the diluted phase of cells shown in (B). The fluorescence intensity of AID-GFP in the diluted nuclear phase was normalized by the total intensity from the whole cell. Data are shown as box plots. Values between lower quartile and upper quartile are represented by box ranges, a horizontal line within the box represents the median, and whisker extends from the minimum value to the maximum value. \"+\" indicates the mean level. Each dot indicates one cell (n = 25), and representative result from three biological replicates were shown. Unpaired two-tailed Student's t-test was performed. ****, p<0.0001."}
{"words": ["(", "D", ")", "Dynamics", "of", "trapping", "of", "wild", "-", "type", "AID", "in", "optoAIDR190X", "condensates", ".", "Top", ",", "representative", "fluorescence", "images", "at", "different", "time", "points", ".", "Dashed", "circles", "indicate", "the", "co", "-", "condensed", "puncta", "formation", "of", "AID", "-", "GFP", ".", "Scale", "bar", ",", "5", "µm", ".", "Bottom", ",", "a", "summary", "of", "12", "observed", "cells", "is", "shown", "as", "mean", "±", "SD", "in", "a", "bar", "graph", ".", "Percentages", "of", "optoAIDR190X", "puncta", "with", "trapped", "wild", "-", "type", "AID", "are", "plotted", "for", "the", "second", "and", "third", "blue", "-", "light", "activations", ",", "and", "the", "colored", "dot", "indicates", "one", "cell", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Dynamics of trapping of wild-type AID in optoAIDR190X condensates. Top, representative fluorescence images at different time points. Dashed circles indicate the co-condensed puncta formation of AID-GFP. Scale bar, 5 µm. Bottom, a summary of 12 observed cells is shown as mean ±SD in a bar graph. Percentages of optoAIDR190X puncta with trapped wild-type AID are plotted for the second and third blue-light activations, and the colored dot indicates one cell."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "optoDroplet", "formation", "of", "indicated", "AID", "mutants", "along", "with", "light", "stimulation", ".", "Top", ",", "the", "procedure", "of", "optoDroplet", "assay", "is", "illustrated", "with", "indicated", "light", "stimulation", "(", "blue", "arrow", ")", "and", "image", "acquisition", "(", "black", "arrow", ")", "time", "points", ".", "Bottom", ",", "line", "plots", "show", "quantification", "of", "cells", "with", "optoDroplet", "formation", "as", "mean", "±", "SD", "at", "each", "acquisition", "time", "point", ".", "The", "total", "acquired", "cell", "numbers", "of", "each", "genotype", "are", "indicated", "in", "parentheses", ".", "Significance", "assessment", "between", "AIDR190X", "and", "AIDR190X", "-", "4R", "was", "shown", "at", "each", "time", "point", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The optoDroplet formation of indicated AID mutants along with light stimulation. Top, the procedure of optoDroplet assay is illustrated with indicated light stimulation (blue arrow) and image acquisition (black arrow) time points. Bottom, line plots show quantification of cells with optoDroplet formation as mean ± SD at each acquisition time point. The total acquired cell numbers of each genotype are indicated in parentheses. Significance assessment between AIDR190X and AIDR190X-4R was shown at each time point. Unpaired two-tailed Student's t-test was performed. ****, p<0.0001."}
{"words": ["(", "C", ")", "CSR", "levels", "of", "ectopically", "-", "expressed", "AID", "variants", "in", "AID", "-", "proficient", "CH12F3", "cells", ".", "Left", ",", "representative", "flow", "cytometry", "plots", "of", "CSR", "to", "IgA", ".", "Co", "-", "expressed", "GFP", "indicates", "the", "infected", "cell", "fractions", ".", "Right", ",", "the", "CSR", "mean", "with", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "is", "shown", "in", "the", "bar", "plot", ".", "(", "D", ")", "CSR", "levels", "of", "ectopically", "-", "expressed", "AID", "variants", "in", "CSR", "-", "activated", "B", "cells", ".", "Left", ",", "representative", "flow", "cytometry", "plots", "of", "CSR", "to", "IgG1", ".", "Right", ",", "the", "bar", "plot", "shows", "the", "CSR", "mean", "with", "SD", "of", "four", "biological", "replicates", ".", "Data", "information", ":", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "performed", "for", "(", "C", ")", "and", "(", "D", ")", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CSR levels of ectopically-expressed AID variants in AID-proficient CH12F3 cells. Left, representative flow cytometry plots of CSR to IgA. Co-expressed GFP indicates the infected cell fractions. Right, the CSR mean with SD of three biological replicates is shown in the bar plot. (D) CSR levels of ectopically-expressed AID variants in CSR-activated B cells. Left, representative flow cytometry plots of CSR to IgG1. Right, the bar plot shows the CSR mean with SD of four biological replicates. Data information: One-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was performed for (C) and (D). ***, p<0.001; **, p<0.01; *, p<0.05."}
{"words": ["(", "A", ")", "Left", ",", "representative", "images", "of", "MBP", "-", "GFP", "-", "AID", "in", "the", "presence", "of", "10", "%", "PEG8000", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "and", "2", "µm", ",", "respectively", ".", "Right", ",", "the", "schematic", "protein", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Left, representative images of MBP-GFP-AID in the presence of 10% PEG8000. Scale bar, 10 µm and 2 µm, respectively. Right, the schematic protein sequences."}
{"words": ["(", "B", ")", "Left", ",", "representative", "images", "of", "MBP", "-", "GFP", "-", "AIDcry", "+", "CTT", "or", "MBP", "-", "GFP", "-", "AIDcry", "in", "the", "presence", "10", "%", "PEG8000", "at", "the", "indicated", "protein", "concentrations", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", "Right", ",", "sizes", "of", "MBP", "-", "GFP", "-", "AIDcry", "+", "CTT", "or", "MBP", "-", "GFP", "-", "AIDcry", "protein", "condensates", "are", "plotted", "as", "box", "plots", "with", "three", "technical", "replicates", ".", "The", "box", "represents", "values", "between", "the", "lower", "quartile", "and", "the", "upper", "quartile", ",", "a", "horizontal", "line", "within", "the", "box", "represents", "the", "median", ",", "and", "whisker", "extends", "from", "the", "minimum", "value", "to", "the", "maximum", "value", ".", "All", "points", "are", "listed", "and", "mean", "is", "indicated", "by", "\"", "+", "\"", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Left, representative images of MBP-GFP-AIDcry+CTT or MBP-GFP-AIDcry in the presence 10% PEG8000 at the indicated protein concentrations. Scale bar, 10 µm. Right, sizes of MBP-GFP-AIDcry+CTT or MBP-GFP-AIDcry protein condensates are plotted as box plots with three technical replicates. The box represents values between the lower quartile and the upper quartile, a horizontal line within the box represents the median, and whisker extends from the minimum value to the maximum value. All points are listed and mean is indicated by \"+\". Unpaired two-tailed Student's t-test was performed. ****, p<0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "AID", "deamination", "assay", "was", "performed", "in", "vitro", ".", "Left", ",", "a", "schematic", "diagram", "of", "deamination", "activity", "assay", ".", "Right", ",", "the", "deamination", "reaction", "with", "indicated", "protein", "combinations", "was", "processed", "and", "visualized", ".", "\"", "+", "\"", ":", "0", ".", "25", "μM", "of", "indicated", "protein", ";", "\"", "+", "+", "\"", ":", "0", ".", "5", "μM", "of", "indicated", "protein", ";", "\"", "-", "\"", ":", "not", "added", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) AID deamination assay was performed in vitro. Left, a schematic diagram of deamination activity assay. Right, the deamination reaction with indicated protein combinations was processed and visualized. \"+\": 0.25 μM of indicated protein; \"++\": 0.5 μM of indicated protein; \"-\": not added."}
{"words": ["(", "B", ")", "CSR", "to", "IgA", "induced", "by", "AID", "variants", "in", "CH12F3", "cells", ".", "Left", ",", "representative", "flow", "cytometry", "plots", ".", "Right", ",", "the", "CSR", "mean", "with", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "is", "shown", "in", "the", "bar", "plot", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "performed", ".", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) CSR to IgA induced by AID variants in CH12F3 cells. Left, representative flow cytometry plots. Right, the CSR mean with SD of three biological replicates is shown in the bar plot. One-way ANOVA followed by Dunnett's multiple comparisons test was performed. ***, p<0.001; **, p<0.01."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "the", "co", "-", "condensation", "of", "MBP", "-", "mCherry", "-", "AIDcry", "and", "MBP", "-", "GFP", "-", "AID", ".", "The", "protein", "concentrations", "and", "molecular", "ratios", "are", "indicated", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images of the co-condensation of MBP-mCherry-AIDcry and MBP-GFP-AID. The protein concentrations and molecular ratios are indicated. Scale bar, 10 µm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Microcomputed", "tomography", "(", "micro", "-", "CT", ")", "images", "of", "the", "proximal", "femur", "from", "12", "-", "week", "-", "old", "male", "WT", "and", "Sigmar1", "gKO", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", "(", "BV", "/", "TV", ")", ",", "trabecular", "number", "(", "Tb", ".", "N", ")", ",", "trabecular", "separation", "(", "Tb", ".", "Sp", ")", ",", "trabecular", "thickness", "(", "Tb", ".", "Th", ")", ",", "cortical", "region", "BV", "/", "TV", "(", "Ct", ".", "BV", "/", "TV", ")", "and", "cortical", "thickness", "(", "Ct", ".", "Th", ",", "mm", ")", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "B", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Microcomputed tomography (micro-CT) images of the proximal femur from 12-week-old male WT and Sigmar1 gKO mice. Scale bars, 1 mm. (B) Quantification of bone volume per tissue volume (BV/TV), trabecular number (Tb. N), trabecular separation (Tb. Sp), trabecular thickness (Tb. Th), cortical region BV/TV (Ct. BV/TV) and cortical thickness (Ct. Th, mm) (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. Unpaired two-tailed Student's t-test (B was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "C", ")", "Coronal", "images", "of", "the", "fifth", "lumbar", "spine", ".", "Scale", "Bars", ",", "1", "mm", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "trabecular", "bone", "parameters", "of", "lumbar", "spine", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "D", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Coronal images of the fifth lumbar spine. Scale Bars, 1 mm. (D) Quantification of trabecular bone parameters of lumbar spine (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. Unpaired two-tailed Student's t-test D, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "E", ")", "TRAP", "staining", "of", "tibias", "from", "male", "WT", "and", "Sigmar1", "gKO", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "50", "μm", ".", "(", "F", "and", "G", ")", "Quantification", "of", "osteoclast", "number", "per", "bone", "surface", "(", "N", ".", "Oc", "/", "BS", ")", "and", "percentage", "of", "osteoclast", "surface", "per", "bone", "surface", "(", "Oc", ".", "S", "/", "BS", ")", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "F", "-", "G", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) TRAP staining of tibias from male WT and Sigmar1 gKO mice. Scale bars, 50 μm. (F and G) Quantification of osteoclast number per bone surface (N. Oc/BS) and percentage of osteoclast surface per bone surface (Oc. S/BS) (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. Unpaired two-tailed Student's t-test F-G, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "H", "and", "I", ")", "Representative", "images", "and", "quantitative", "analysis", "of", "calcein", "double", "labeling", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "Unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "I", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H and I) Representative images and quantitative analysis of calcein double labeling. Scale bars, 20 μm. (n = 6 biological replicates) Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. Unpaired two-tailed Student's t-test , I was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "A", ")", "Micro", "-", "CT", "images", "of", "the", "proximal", "femur", "from", "female", "WT", "or", "Sigmar1", "gKO", "mice", "that", "received", "sham", "or", "ovariectomy", "surgery", "for", "6", "weeks", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", "(", "BV", "/", "TV", ")", ",", "trabecular", "number", "(", "Tb", ".", "N", ")", ",", "trabecular", "separation", "(", "Tb", ".", "Sp", ")", "and", "trabecular", "thickness", "(", "Tb", ".", "Th", ")", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "B", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Micro-CT images of the proximal femur from female WT or Sigmar1 gKO mice that received sham or ovariectomy surgery for 6 weeks. Scale bars, 1 mm. (B) Quantification of bone volume per tissue volume (BV/TV), trabecular number (Tb. N), trabecular separation (Tb. Sp) and trabecular thickness (Tb. Th) (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test (B were used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "C", ")", "TRAP", "staining", "of", "femur", "sections", "from", "the", "four", "groups", ".", "Scale", "Bars", ",", "200", "μm", ".", "(", "D", "and", "E", ")", "Quantification", "of", "osteoclast", "number", "per", "bone", "surface", "(", "N", ".", "Oc", "/", "BS", ")", "and", "percentage", "of", "osteoclast", "surface", "per", "bone", "surface", "(", "Oc", ".", "S", "/", "BS", ")", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ",", "D", "and", "E", ")", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) TRAP staining of femur sections from the four groups. Scale Bars, 200 μm. (D and E) Quantification of osteoclast number per bone surface (N. Oc/BS) and percentage of osteoclast surface per bone surface (Oc. S/BS) (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test , D and E) were used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "F", ")", "TRAP", "staining", "to", "detect", "osteoclastogenesis", "of", "BMMs", "from", "WT", "or", "Sigmar1", "gKO", "mice", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "(", "G", "and", "H", ")", "Quantification", "of", "the", "size", "and", "nuclei", "numbers", "of", "TRAP", "-", "positive", "multinuclear", "cells", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", "for", "G", "and", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "for", "H", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "G", "-", "H", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) TRAP staining to detect osteoclastogenesis of BMMs from WT or Sigmar1 gKO mice. Scale bars, 200 μm. (G and H) Quantification of the size and nuclei numbers of TRAP-positive multinuclear cells (n = 6 biological replicates for G and n = 3 biological replicates for H). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with unpaired two-tailed Student's t-test (G-H were used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "I", "and", "J", ")", "Representative", "images", "and", "quantification", "of", "the", "relative", "pit", "resorption", "area", "of", "hydroxyapatite", "-", "coated", "plates", ".", "WT", "or", "Sigamr1", "gKO", "BMMs", "were", "seeded", "on", "hydroxyapatite", "-", "coated", "plates", "and", "treated", "with", "50", "ng", "/", "mL", "RANKL", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "J", ")", "were", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I and J) Representative images and quantification of the relative pit resorption area of hydroxyapatite-coated plates. WT or Sigamr1 gKO BMMs were seeded on hydroxyapatite-coated plates and treated with 50 ng/mL RANKL (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with unpaired two-tailed Student's t-test J) were used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "B", ")", "Micro", "-", "CT", "images", "of", "the", "proximal", "femur", "from", "sham", "or", "OVX", "mice", "with", "different", "AAV", "injections", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Micro-CT images of the proximal femur from sham or OVX mice with different AAV injections. Scale bars, 1 mm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Quantification", "of", "bone", "volume", "per", "tissue", "volume", "(", "BV", "/", "TV", ")", ",", "trabecular", "number", "(", "Tb", ".", "N", ")", ",", "trabecular", "separation", "(", "Tb", ".", "Sp", ")", "and", "trabecular", "thickness", "(", "Tb", ".", "Th", ")", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "C", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Quantification of bone volume per tissue volume (BV/TV), trabecular number (Tb. N), trabecular separation (Tb. Sp) and trabecular thickness (Tb. Th) (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test (C was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "D", ")", "TRAP", "staining", "of", "femur", "sections", "from", "the", "three", "groups", ".", "Scale", "Bars", ",", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) TRAP staining of femur sections from the three groups. Scale Bars, 200 μm."}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Quantification", "of", "osteoclast", "number", "per", "bone", "surface", "(", "N", ".", "Oc", "/", "BS", ")", "and", "percentage", "of", "osteoclast", "surface", "per", "bone", "surface", "(", "Oc", ".", "S", "/", "BS", ")", "(", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "E", "-", "F", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Quantification of osteoclast number per bone surface (N. Oc/BS) and percentage of osteoclast surface per bone surface (Oc. S/BS) (n = 5 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test E-F, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "G", ")", "TRAP", "staining", "to", "detect", "osteoclastogenesis", "of", "BMMs", "treated", "with", "different", "Sigmar1", "agonists", "(", "10μM", ")", "or", "vector", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "(", "H", "and", "I", ")", "Quantification", "of", "the", "size", "and", "nuclei", "numbers", "of", "TRAP", "-", "positive", "multinuclear", "cells", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", "for", "H", "and", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "for", "I", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ",", "I", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) TRAP staining to detect osteoclastogenesis of BMMs treated with different Sigmar1 agonists (10μM) or vector. Scale bars, 200 μm. (H and I) Quantification of the size and nuclei numbers of TRAP-positive multinuclear cells (n = 6 biological replicates for H and n = 3 biological replicates for I). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test , I, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "A", ")", "SERCA2", "peptides", "identified", "through", "mass", "spectrometry", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) SERCA2 peptides identified through mass spectrometry are shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "HEK", "-", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "and", "then", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "followed", "by", "western", "blotting", "to", "detect", "exogenous", "interactions", "between", "Sigmar1", "and", "SERCA2", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HEK-293T cells were transfected with the indicated plasmids and then subjected to immunoprecipitation followed by western blotting to detect exogenous interactions between Sigmar1 and SERCA2. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "The", "lysates", "from", "mouse", "BMMs", "were", "incubated", "with", "either", "anti", "-", "Sigmar1", "antibody", "or", "normal", "rabbit", "IgG", ",", "and", "the", "pellets", "were", "detected", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) The lysates from mouse BMMs were incubated with either anti-Sigmar1 antibody or normal rabbit IgG, and the pellets were detected with the indicated antibodies. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blots", "showing", "SERCA2", "expression", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "different", "amounts", "of", "Sigmar1", "plasmids", ".", "The", "cells", "were", "transfected", "with", "1", "μg", "SERCA2", "plasmid", "and", "Sigmar1", "plasmid", "(", "0", ".", "125", "μg", ",", "0", ".", "25", "μg", ",", "0", ".", "5", "μg", ",", "1", "μg", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blots showing SERCA2 expression in HEK-293T cells transfected with different amounts of Sigmar1 plasmids. The cells were transfected with 1 μg SERCA2 plasmid and Sigmar1 plasmid (0.125 μg, 0.25 μg, 0.5 μg, 1 μg). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Upper", ":", "schematic", "representation", "of", "various", "Sigmar1", "truncations", ".", "Bottom", ":", "mapping", "of", "Sigmar1", "domains", "critical", "for", "SERCA2", "binding", ".", "HEK", "-", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "different", "Sigmar1", "truncations", ",", "and", "cell", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "and", "subjected", "to", "western", "blotting", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Upper: schematic representation of various Sigmar1 truncations. Bottom: mapping of Sigmar1 domains critical for SERCA2 binding. HEK-293T cells were transfected with different Sigmar1 truncations, and cell lysates were immunoprecipitated and subjected to western blotting. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "F", ")", "Upper", ":", "schematic", "representation", "of", "various", "SERCA2", "truncations", ".", "Bottom", ":", "mapping", "of", "SERCA2", "domains", "crucial", "for", "Sigmar1", "binding", ".", "Different", "truncated", "SERCA2", "plasmids", "were", "transfected", "into", "HEK", "-", "293T", "cells", ".", "After", "immunoprecipitation", ",", "the", "interaction", "between", "truncated", "SERCA2", "and", "Sigmar1", "was", "detected", "by", "western", "blotting", ".", "Red", "asterisks", "indicate", "specific", "SERCA2", "truncation", "bands", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Upper: schematic representation of various SERCA2 truncations. Bottom: mapping of SERCA2 domains crucial for Sigmar1 binding. Different truncated SERCA2 plasmids were transfected into HEK-293T cells. After immunoprecipitation, the interaction between truncated SERCA2 and Sigmar1 was detected by western blotting. Red asterisks indicate specific SERCA2 truncation bands. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "Western", "blots", "showing", "Q615A", "mutant", "truncated", "SERCA2", "expression", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "different", "amounts", "of", "Sigmar1", "plasmids", ".", "The", "cells", "were", "transfected", "with", "1", "μg", "Q615A", "mutant", "of", "truncated", "SERCA2", "plasmid", "and", "Sigmar1", "plasmid", "(", "0", ".", "125", "μg", ",", "0", ".", "25", "μg", ",", "0", ".", "5", "μg", ",", "1", "μg", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Western blots showing Q615A mutant truncated SERCA2 expression in HEK-293T cells transfected with different amounts of Sigmar1 plasmids. The cells were transfected with 1 μg Q615A mutant of truncated SERCA2 plasmid and Sigmar1 plasmid (0.125 μg, 0.25 μg, 0.5 μg, 1 μg). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "I", ")", "Interactions", "between", "Sigmar1", "and", "WT", "or", "Q615", "mutants", "of", "truncated", "SERCA2", "were", "detected", "by", "Co", "-", "IP", "assays", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Interactions between Sigmar1 and WT or Q615 mutants of truncated SERCA2 were detected by Co-IP assays. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "J", ")", "TRAP", "staining", "to", "detect", "osteoclastogenesis", "of", "BMMs", "from", "WT", "and", "gKO", "mice", "treated", "with", "different", "siRNAs", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) TRAP staining to detect osteoclastogenesis of BMMs from WT and gKO mice treated with different siRNAs. Scale bars, 200 μm. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "Western", "blots", "showing", "SERCA2", "expression", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "with", "or", "without", "Sigmar1", "cotransfection", "treated", "with", "eeyarestatin", "I", "or", "MG132", "at", "the", "indicated", "concentration", ".", "All", "inhibitors", "were", "applied", "to", "cells", "8", "hours", "prior", "to", "protein", "collection", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) Western blots showing SERCA2 expression in HEK-293T cells with or without Sigmar1 cotransfection treated with eeyarestatin I or MG132 at the indicated concentration. All inhibitors were applied to cells 8 hours prior to protein collection. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blots", "showing", "changes", "in", "SERCA2", "expression", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "in", "the", "presence", "of", "different", "doses", "of", "flag", "-", "tagged", "Hrd1", "plasmids", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blots showing changes in SERCA2 expression in HEK-293T cells in the presence of different doses of flag-tagged Hrd1 plasmids. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blots", "showing", "alterations", "of", "SERCA2", "expression", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "pretreated", "with", "negative", "control", "siRNA", "(", "si", "-", "NC", ")", "or", "Sel1L", "siRNA", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "Sigmar1", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Western blots showing alterations of SERCA2 expression in HEK-293T cells pretreated with negative control siRNA (si-NC) or Sel1L siRNA in the presence or absence of Sigmar1. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Truncated", "myc", "-", "tagged", "SERCA2", "ubiquitination", "levels", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "or", "Sigmar1", "were", "analyzed", "by", "immunoprecipitation", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "8", "hours", "before", "harvest", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Truncated myc-tagged SERCA2 ubiquitination levels in HEK-293T cells transfected with empty vector or Sigmar1 were analyzed by immunoprecipitation. Cells were treated with MG132 (10 μM) 8 hours before harvest. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "F", ")", "Expression", "of", "different", "truncated", "SERCA2", "lysine", "mutants", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "different", "amounts", "of", "Sigmar1", "plasmid", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Expression of different truncated SERCA2 lysine mutants in HEK-293T cells transfected with different amounts of Sigmar1 plasmid. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "Expression", "of", "WT", "or", "2KR", "(", "K460A", "and", "K541A", ")", "mutants", "of", "full", "-", "length", "SERCA2", "in", "HEK", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "different", "amounts", "of", "Sigmar1", "plasmid", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Expression of WT or 2KR (K460A and K541A) mutants of full-length SERCA2 in HEK-293T cells transfected with different amounts of Sigmar1 plasmid. Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Micro", "-", "CT", "images", "of", "calvaria", "from", "mice", "that", "received", "sham", "or", "LPS", "injection", "with", "PBS", "or", "dimemorfan", "treatment", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "bone", "volume", "/", "tissue", "volume", "(", "BV", "/", "TV", ")", "of", "calvaria", "from", "different", "groups", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "C", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Micro-CT images of calvaria from mice that received sham or LPS injection with PBS or dimemorfan treatment. Scale bars, 1 mm. (C) Quantification of bone volume/tissue volume (BV/TV) of calvaria from different groups (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test (C, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "D", ")", "H", "&", "E", "and", "TRAP", "staining", "of", "calvaria", "from", "the", "three", "groups", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "Quantification", "of", "osteoclast", "number", "per", "bone", "surface", "(", "N", ".", "Oc", "/", "BS", ")", "and", "percentage", "of", "osteoclast", "surface", "per", "bone", "surface", "(", "Oc", ".", "S", "/", "BS", ")", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "E", "-", "F", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) H&E and TRAP staining of calvaria from the three groups. Scale bars, 100 μm. (E and F) Quantification of osteoclast number per bone surface (N. Oc/BS) and percentage of osteoclast surface per bone surface (Oc. S/BS) (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test E-F, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "H", ")", "Micro", "-", "CT", "images", "of", "proximal", "femurs", "from", "sham", "or", "ovariectomized", "mice", "with", "different", "treatments", ".", "Scale", "bars", ",", "1", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Micro-CT images of proximal femurs from sham or ovariectomized mice with different treatments. Scale bars, 1 mm."}
{"words": ["(", "I", ")", "Quantification", "of", "bone", "volume", "/", "tissue", "volume", "(", "BV", "/", "TV", ")", ",", "trabecular", "number", "(", "Tb", ".", "N", ")", ",", "trabecular", "separation", "(", "Tb", ".", "Sp", ")", "and", "trabecular", "thickness", "(", "Tb", ".", "Th", ")", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ",", "I", ",", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Quantification of bone volume/tissue volume (BV/TV), trabecular number (Tb. N), trabecular separation (Tb. Sp) and trabecular thickness (Tb. Th) (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test , I, was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "J", ")", "TRAP", "staining", "of", "femurs", "from", "the", "three", "groups", ".", "Scale", "bars", ",", "200", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) TRAP staining of femurs from the three groups. Scale bars, 200 μm."}
{"words": ["(", "K", "and", "L", ")", "Quantification", "of", "osteoclast", "number", "per", "bone", "surface", "(", "N", ".", "Oc", "/", "BS", ")", "and", "percentage", "of", "osteoclast", "surface", "per", "bone", "surface", "(", "Oc", ".", "S", "/", "BS", ")", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K and L) Quantification of osteoclast number per bone surface (N. Oc/BS) and percentage of osteoclast surface per bone surface (Oc. S/BS) (n = 6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test was used for statistical analysis."}
{"words": ["(", "A", ")", "TRAP", "staining", "of", "hPBMCs", "treated", "with", "human", "RANKL", "(", "50", "ng", "/", "mL", ")", "or", "dimemorfan", "for", "12", "days", ".", "Scale", "bars", ",", "500", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) TRAP staining of hPBMCs treated with human RANKL (50 ng/mL) or dimemorfan for 12 days. Scale bars, 500 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "NFATc1", "expression", "during", "a", "7", "-", "day", "induction", "of", "hPBMCs", "to", "osteoclasts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blot analysis of NFATc1 expression during a 7-day induction of hPBMCs to osteoclasts."}
{"words": ["(", "C", ")", "hPBMCs", "were", "induced", "to", "differentiate", "into", "osteoclasts", "for", "7", "days", ",", "and", "the", "relative", "mRNA", "levels", "of", "marker", "genes", "were", "evaluated", "by", "RT", "-", "qPCR", "(", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "information", ":", "All", "results", "are", "representative", "data", "generated", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", "(", "C", ")", "was", "used", "for", "statistical", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) hPBMCs were induced to differentiate into osteoclasts for 7 days, and the relative mRNA levels of marker genes were evaluated by RT-qPCR (n=6 biological replicates). Data information: All results are representative data generated from at least three independent experiments. Data are presented as mean ± SD. One-way ANOVA with Tukey's multiple comparisons test (C) was used for statistical analysis."}
{"words": ["A", ",", "B", "Detection", "of", "γb", "palmitoylation", "through", "the", "biotin", "-", "switch", "assay", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "The", "γb", "-", "3xFlag", "and", "γb3CS", "-", "3xFlag", "proteins", "were", "treated", "with", "(", "Hyd", "+", ")", "or", "without", "(", "Hyd", "-", ")", "hydroxylamine", ",", "the", "thioester", "cleavage", "reagent", ".", "Lanes", "labelled", "'", "Palmitoylation", "'", "show", "γb", "-", "3xFlag", "or", "γb3CS", "-", "3xFlag", "amounts", "recovered", "from", "the", "neutravidin", "beads", ".", "The", "loading", "controls", "indicate", "sample", "loading", "onto", "the", "neutravidin", "beads", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "A", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Detection of γb palmitoylation through the biotin-switch assay in N. benthamiana. The γb-3xFlag and γb3CS-3xFlag proteins were treated with (Hyd+) or without (Hyd-) hydroxylamine, the thioester cleavage reagent. Lanes labelled ' Palmitoylation ' show γb-3xFlag or γb3CS-3xFlag amounts recovered from the neutravidin beads. The loading controls indicate sample loading onto the neutravidin beads. Data information: In (A, representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["D", "Western", "blot", "detection", "of", "viral", "accumulation", "in", "BSMV", "-", "and", "BSMV3CS", "-", "infected", "N", ".", "benthamiana", "plants", "with", "anti", "-", "TGB1", "or", "anti", "-", "γb", "antibodies", ".", "SL8", ",", "eighth", "systemically", "infected", "leaf", ";", "SL9", ",", "ninth", "systemically", "infected", "leaf", ".", "Ino", ",", "agroinfiltrated", "leaves", ".", "Rubisco", "large", "subunit", "(", "RbcL", ")", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Data", "information", ":", "In", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Western blot detection of viral accumulation in BSMV- and BSMV3CS-infected N. benthamiana plants with anti-TGB1 or anti-γb antibodies. SL8, eighth systemically infected leaf; SL9, ninth systemically infected leaf. Ino, agroinfiltrated leaves. Rubisco large subunit (RbcL) was used as a loading control. Data information: In representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["F", "Western", "blot", "analysis", "of", "protein", "accumulation", "in", "BSMV", "-", "and", "BSMV3CS", "-", "systemically", "infected", "barley", "leaves", "with", "anti", "-", "TGB1", "or", "anti", "-", "γb", "antibodies", ".", "RbcL", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Data", "information", ":", "In", "F", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Western blot analysis of protein accumulation in BSMV- and BSMV3CS- systemically infected barley leaves with anti-TGB1 or anti-γb antibodies. RbcL was used as a loading control. Data information: In F), representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["A", "Effects", "of", "γb", "palmitoylation", "on", "BSMV", "replication", ".", "Movement", "-", "deficient", "BSMV", "(", "RNAα", "+", "RNAγ", "/", "RNAγ3CS", ")", "was", "agroinfiltrated", "into", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "At", "3", "dpi", ",", "total", "protein", "and", "RNA", "were", "extracted", "for", "Western", "and", "Northern", "blot", "analyses", ".", "Antibodies", "and", "probes", "used", "for", "molecular", "analyses", "are", "indicated", "on", "the", "right", "of", "each", "panel", ".", "Actin", "was", "used", "to", "monitor", "equal", "protein", "loading", ",", "and", "methylene", "blue", "-", "stained", "rRNAs", "served", "as", "RNA", "loading", "controls", ".", "Data", "information", ":", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Effects of γb palmitoylation on BSMV replication. Movement-deficient BSMV (RNAα + RNAγ/RNAγ3CS) was agroinfiltrated into N. benthamiana leaves. At 3 dpi, total protein and RNA were extracted for Western and Northern blot analyses. Antibodies and probes used for molecular analyses are indicated on the right of each panel. Actin was used to monitor equal protein loading, and methylene blue-stained rRNAs served as RNA loading controls. Data information: representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["B", "Western", "blot", "analyses", "of", "chloroplast", "localization", "of", "γb", "and", "γb3CS", ".", "Transiently", "expressed", "αa", "-", "GFP", "in", "intact", "chloroplasts", "isolated", "from", "BSMVγb", "-", "3xFlag", "-", "or", "BSMV3CS", "-", "3xFlag", "-", "infected", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "at", "4", "dpi", ".", "Detection", "of", "γb", "-", "3xFlag", "and", "γb3CS", "-", "3xFlag", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ";", "TGB1", "analysis", "with", "an", "anti", "-", "TGB1", "antibody", ";", "αa", "-", "GFP", "detection", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "NTRC", "was", "a", "loading", "control", "for", "intact", "chloroplasts", "Phosphoenolpyruvate", "carboxylase", "(", "PEPC", ")", "was", "used", "to", "assess", "cytosolic", "contamination", "of", "isolated", "chloroplasts", ".", "Data", "information", ":", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blot analyses of chloroplast localization of γb and γb3CS. Transiently expressed αa-GFP in intact chloroplasts isolated from BSMVγb-3xFlag- or BSMV3CS-3xFlag-infected N. benthamiana leaves at 4 dpi. Detection of γb-3xFlag and γb3CS-3xFlag with an anti-Flag antibody; TGB1 analysis with an anti-TGB1 antibody; αa-GFP detection with an anti-GFP antibody. NTRC was a loading control for intact chloroplasts Phosphoenolpyruvate carboxylase (PEPC) was used to assess cytosolic contamination of isolated chloroplasts. Data information: , representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["C", "Subcellular", "localization", "of", "γb", "-", "GFP", "and", "γb3CS", "-", "GFP", "in", "N", ".", "benthamiana", "epidermal", "leaf", "cells", ".", "The", "first", "and", "second", "rows", "show", "subcellular", "localization", "of", "γb", "-", "GFP", "and", "γb3CS", "-", "GFP", "transient", "expression", "in", "leaves", ".", "The", "third", "and", "fourth", "rows", "show", "localization", "of", "γb", "-", "GFP", "and", "γb3CS", "-", "GFP", "in", "BSMVγb", "-", "GFP", "-", "and", "BSMV3CS", "-", "GFP", "-", "infected", "leaves", "at", "3", "dpi", ".", "Figures", "on", "the", "right", "indicate", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "GFP", "(", "green", ")", "or", "the", "chloroplast", "autofluorescence", "(", "red", ")", "channels", "along", "the", "dashed", "white", "lines", "shown", "in", "the", "merged", "images", "of", "the", "left", "panel", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Subcellular localization of γb-GFP and γb3CS-GFP in N. benthamiana epidermal leaf cells. The first and second rows show subcellular localization of γb-GFP and γb3CS-GFP transient expression in leaves. The third and fourth rows show localization of γb-GFP and γb3CS-GFP in BSMVγb-GFP- and BSMV3CS-GFP-infected leaves at 3 dpi. Figures on the right indicate the normalized fluorescence intensities of the GFP (green) or the chloroplast autofluorescence (red) channels along the dashed white lines shown in the merged images of the left panel. Scale bars, 20 μm. Data information: representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["D", "Subcellular", "localization", "of", "γb", "-", "GFP", "or", "γb3CS", "-", "GFP", "in", "isolated", "N", ".", "benthamiana", "protoplasts", "harvested", "at", "3", "dpi", ".", "The", "fifth", "and", "sixth", "columns", "show", "γb", "localization", "in", "BSMVγb", "-", "GFP", "-", "(", "movement", "-", "deficient", ")", "N", ".", "benthamiana", "protoplasts", "after", "treatment", "with", "200", "μM", "2", "-", "BP", "inhibitor", ".", "The", "released", "protoplasts", "were", "collected", "after", "48", "h", "incubation", "in", "DMSO", "or", "2", "-", "BP", "followed", "by", "confocal", "microscopy", "visualization", ".", "Figures", "at", "the", "bottom", "indicate", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "GFP", "(", "green", ")", "and", "the", "chloroplast", "autofluorescence", "(", "red", ")", "channels", "along", "the", "dashed", "white", "lines", "in", "the", "merged", "images", "above", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Subcellular localization of γb-GFP or γb3CS-GFP in isolated N. benthamiana protoplasts harvested at 3 dpi. The fifth and sixth columns show γb localization in BSMVγb-GFP- (movement-deficient) N. benthamiana protoplasts after treatment with 200 μM 2-BP inhibitor. The released protoplasts were collected after 48 h incubation in DMSO or 2-BP followed by confocal microscopy visualization. Figures at the bottom indicate the normalized fluorescence intensities of the GFP (green) and the chloroplast autofluorescence (red) channels along the dashed white lines in the merged images above. Scale bars, 20 μm. Data information: representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["A", "Effects", "of", "γb", "palmitoylation", "on", "virus", "cell", "-", "to", "-", "cell", "movement", "at", "3", "dpi", "with", "the", "BSMV", "duplex", "fluorescence", "(", "dfBSMV", ")", "reporter", "system", "The", "dfBSMVmγb", "mutant", "control", "contains", "an", "ATG", "substitution", "of", "the", "γb", "initiation", "codon", "Red", "fluorescence", "produced", "from", "the", "mCherry", "expression", "cassette", "illustrates", "the", "primary", "infection", "foci", ",", "whereas", "GFP", "fluorescence", "outside", "the", "red", "region", "shows", "invaded", "cells", "surrounding", "the", "primary", "infection", "foci", ".", "Fluorescence", "was", "evaluated", "by", "confocal", "microscopy", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "B", "Quantification", "of", "virus", "movement", "in", "Panel", "A", ".", "To", "determine", "the", "movement", "capacity", "of", "the", "viruses", "depicted", "in", "each", "panel", ",", "the", "mCherry", "and", "GFP", "fluorescent", "intensities", "were", "first", "determined", "by", "ImageJ", "software", ".", "Then", ",", "the", "intensities", "within", "the", "secondarily", "invaded", "cells", "were", "divided", "by", "the", "fluorescent", "mCherry", "plus", "the", "GFP", "intensities", "in", "the", "primary", "infection", "foci", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "The", "Y", "-", "axis", "indicates", "the", "relative", "sizes", "of", "the", "green", "areas", "in", "comparison", "to", "that", "of", "the", "red", "-", "colored", "areas", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "A", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", ".", "In", "(", "B", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Effects of γb palmitoylation on virus cell-to-cell movement at 3 dpi with the BSMV duplex fluorescence (dfBSMV) reporter system The dfBSMVmγb mutant control contains an ATG substitution of the γb initiation codon Red fluorescence produced from the mCherry expression cassette illustrates the primary infection foci, whereas GFP fluorescence outside the red region shows invaded cells surrounding the primary infection foci. Fluorescence was evaluated by confocal microscopy. Scale bars, 100 μm. B Quantification of virus movement in Panel A. To determine the movement capacity of the viruses depicted in each panel, the mCherry and GFP fluorescent intensities were first determined by ImageJ software. Then, the intensities within the secondarily invaded cells were divided by the fluorescent mCherry plus the GFP intensities in the primary infection foci (n = 10). The Y-axis indicates the relative sizes of the green areas in comparison to that of the red-colored areas. Data information: In (A, representative data are shown and three biological replicates had similar results. In (B), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["D", "Biotin", "-", "switch", "assay", "to", "access", "palmitoylation", "of", "γb", "in", "BSMV", "-", "infected", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "at", "different", "timepoints", ".", "BSMVγb", "-", "3xFlag", "was", "treated", "with", "the", "hydroxylamine", "(", "Hyd", "+", ")", "thioester", "cleavage", "reagent", ".", "Equal", "sample", "amounts", "used", "for", "palmitoylation", "analyses", "were", "monitored", "by", "Western", "blot", "analysis", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ".", "Data", "information", ":", "In", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Biotin-switch assay to access palmitoylation of γb in BSMV-infected N. benthamiana leaves at different timepoints. BSMVγb-3xFlag was treated with the hydroxylamine (Hyd+) thioester cleavage reagent. Equal sample amounts used for palmitoylation analyses were monitored by Western blot analysis with an anti-Flag antibody. Data information: In representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["E", "Subcellular", "localization", "of", "BSMVγb", "-", "GFP", "and", "BSMV3CS", "-", "GFP", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "epidermal", "cells", ".", "The", "mCherry", "-", "HDEL", "and", "mTalin", "-", "RFP", "reporters", "were", "used", "as", "markers", "to", "indicate", "the", "ER", "and", "actin", "localization", "Figures", "at", "the", "bottom", "indicate", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "GFP", "and", "mCherry", "channels", "along", "the", "white", "dashed", "lines", "in", "the", "merged", "images", "above", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "E", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Subcellular localization of BSMVγb-GFP and BSMV3CS-GFP in N. benthamiana leaf epidermal cells. The mCherry-HDEL and mTalin-RFP reporters were used as markers to indicate the ER and actin localization Figures at the bottom indicate the normalized fluorescence intensities of the GFP and mCherry channels along the white dashed lines in the merged images above. Scale bars, 10 μm. Data information: In E), representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["F", ",", "G", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "extracted", "from", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "tissues", "at", "3", "dpi", ".", "S3", "indicates", "the", "supernatant", "separated", "by", "centrifugation", "at", "3", ",", "000", "g", ";", "and", "S30", "is", "the", "30", ",", "000", "g", "supernatant", ";", "P30", "is", "the", "30", ",", "000", "g", "pellet", ".", "The", "association", "of", "γb", "with", "membranes", "was", "determined", "by", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "extraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "F, G Western blot analysis of subcellular fractions extracted from N. benthamiana leaf tissues at 3 dpi. S3 indicates the supernatant separated by centrifugation at 3,000 g; and S30 is the 30,000 g supernatant; P30 is the 30,000 g pellet. The association of γb with membranes was determined by 1% Triton X-100 extraction."}
{"words": ["A", "BiFC", "co", "-", "localization", "analyses", "of", "αa", "and", "TGB1", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "cells", "at", "3", "dpi", ".", "YFPn", "and", "YFPc", "was", "fused", "to", "the", "TGB1", "and", "the", "αa", "proteins", ",", "respectively", ".", "Combinations", "of", "γb", ",", "γb3CS", "and", "the", "TBSV", "P19", "control", "are", "shown", "above", "the", "micrographs", ".", "YFP", "signals", "were", "visualized", "by", "confocal", "microscopy", "at", "3", "dpi", "and", "depicted", "as", "a", "false", "-", "green", "color", ".", "Scale", "bars", ",", "30", "μm", ".", "B", "Quantification", "of", "the", "numbers", "of", "YFP", "foci", "per", "visual", "field", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "A", ",", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", ".", "In", "(", "B", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A BiFC co-localization analyses of αa and TGB1 in N. benthamiana leaf cells at 3 dpi. YFPn and YFPc was fused to the TGB1 and the αa proteins, respectively. Combinations of γb, γb3CS and the TBSV P19 control are shown above the micrographs. YFP signals were visualized by confocal microscopy at 3 dpi and depicted as a false-green color. Scale bars, 30 μm. B Quantification of the numbers of YFP foci per visual field (n = 10). Data information: In (A, , representative data are shown and three biological replicates had similar results. In (B, the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["C", "Co", "-", "IP", "assays", "to", "determine", "in", "vivo", "interactions", "between", "TGB1", "and", "γb", "or", "γb3CS", ".", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "tissues", "co", "-", "agroinfiltrated", "with", "RNAα", ",", "RNAγγb", "-", "GFP", "or", "RNAγ3CS", "-", "GFP", ",", "and", "TGB1", "-", "3xFlag", "plasmids", "were", "harvested", "at", "3", "dpi", ".", "Total", "proteins", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "beads", ".", "Input", "and", "immunoprecipitated", "proteins", "(", "IP", ")", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Flag", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C Co-IP assays to determine in vivo interactions between TGB1 and γb or γb3CS. N. benthamiana leaf tissues co-agroinfiltrated with RNAα, RNAγγb-GFP or RNAγ3CS-GFP, and TGB1-3xFlag plasmids were harvested at 3 dpi. Total proteins were immunoprecipitated with anti-Flag beads. Input and immunoprecipitated proteins (IP) were analyzed by Western blotting with anti-GFP or anti-Flag antibodies."}
{"words": ["D", "Confocal", "microscopy", "analyses", "showing", "RFP", "-", "TGB1", "localization", "at", "the", "chloroplast", "periphery", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "agroinfiltrated", "with", "αa", "-", "GFP", "and", "CFP", "-", "γb", "plasmids", ".", "CFP", "-", "γb", "or", "CFP", "-", "γb3CS", "were", "co", "-", "expressed", "with", "RFP", "-", "TGB1", "and", "αa", "-", "GFP", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "Chloroplast", "autofluorescence", "was", "displayed", "in", "false", "pink", "color", ".", "The", "third", "and", "fourth", "rows", "show", "leaves", "treated", "with", "400", "μM", "2", "-", "BP", "inhibitor", "or", "the", "DMSO", "control", "at", "1", "dpi", ".", "Two", "days", "later", ",", "confocal", "microscopy", "observations", "of", "RFP", "-", "TGB1", ",", "αa", "-", "GFP", ",", "and", "CFP", "-", "γb", "were", "performed", ".", "Figures", "on", "the", "right", "indicate", "the", "normalized", "fluorescence", "intensity", "of", "GFP", ",", "RFP", ",", "and", "CFP", "channels", "along", "the", "white", "dashed", "line", "in", "the", "merged", "confocal", "images", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Confocal microscopy analyses showing RFP-TGB1 localization at the chloroplast periphery in N. benthamiana leaves agroinfiltrated with αa-GFP and CFP-γb plasmids. CFP-γb or CFP-γb3CS were co-expressed with RFP-TGB1 and αa-GFP in N. benthamiana leaves. Chloroplast autofluorescence was displayed in false pink color. The third and fourth rows show leaves treated with 400 μM 2-BP inhibitor or the DMSO control at 1 dpi. Two days later, confocal microscopy observations of RFP-TGB1, αa-GFP, and CFP-γb were performed. Figures on the right indicate the normalized fluorescence intensity of GFP, RFP, and CFP channels along the white dashed line in the merged confocal images. Scale bars, 10 μm. Data information: In , representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["E", "Statistical", "analyses", "of", "the", "GFP", "and", "RFP", "co", "-", "localization", "in", "panel", "D", ".", "Pearson", "correlation", "coefficient", "(", "Pearson", "'", "s", "r", ")", "of", "GFP", "and", "RFP", "at", "the", "periphery", "of", "the", "chloroplasts", "was", "measured", "with", "the", "ImageJ", "PSC", "colocalization", "tool", "(", "n", "=", "8", ")", ".", "F", "Relative", "percentages", "of", "RFP", "-", "TGB1", "foci", "that", "co", "-", "localized", "with", "αa", "-", "GFP", "and", "CFP", "-", "γb", "at", "the", "periphery", "of", "the", "chloroplast", "images", "shown", "in", "panel", "D", "(", "n", "=", "8", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "E", "and", "F", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Statistical analyses of the GFP and RFP co-localization in panel D. Pearson correlation coefficient (Pearson's r) of GFP and RFP at the periphery of the chloroplasts was measured with the ImageJ PSC colocalization tool (n = 8). F Relative percentages of RFP-TGB1 foci that co-localized with αa-GFP and CFP-γb at the periphery of the chloroplast images shown in panel D (n = 8). Data information: In E and F), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["G", "Chloroplast", "extraction", "experiment", "for", "detection", "of", "TGB1", "chloroplast", "localization", ".", "Plasmids", "harboring", "αa", "-", "GFP", "and", "RFP", "-", "TGB1", "were", "co", "-", "infiltrated", "into", "N", ".", "benthamiana", "along", "with", "CFP", "-", "γb", "or", "CFP", "-", "γb3CS", ".", "Intact", "chloroplast", "preparations", "isolated", "from", "infiltrated", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "at", "4", "dpi", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analyses", ".", "RFP", "-", "TGB1", "was", "analyzed", "with", "an", "anti", "-", "TGB1", "antibody", ".", "The", "αa", "-", "GFP", ",", "CFP", "-", "γb", ",", "and", "CFP", "-", "γb3CS", "proteins", "were", "detected", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "NTRC", "was", "the", "loading", "control", "for", "the", "chloroplast", "preparations", "Phosphoenolpyruvate", "carboxylase", "(", "PEPC", ")", "served", "as", "a", "control", "to", "assess", "cytosolic", "contamination", "of", "isolated", "chloroplasts", ".", "Data", "information", ":", "In", "G", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Chloroplast extraction experiment for detection of TGB1 chloroplast localization. Plasmids harboring αa-GFP and RFP-TGB1 were co-infiltrated into N. benthamiana along with CFP-γb or CFP-γb3CS. Intact chloroplast preparations isolated from infiltrated N. benthamiana leaves at 4 dpi were subjected to Western blot analyses. RFP-TGB1 was analyzed with an anti-TGB1 antibody. The αa-GFP, CFP-γb, and CFP-γb3CS proteins were detected with an anti-GFP antibody. NTRC was the loading control for the chloroplast preparations Phosphoenolpyruvate carboxylase (PEPC) served as a control to assess cytosolic contamination of isolated chloroplasts. Data information: In G), representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["B", "Analysis", "of", "γb", "palmitoylation", "in", "NbPAT15", "-", "or", "NbPAT21", "-", "silenced", "N", ".", "benthamiana", "plants", ".", "NbPAT15", "and", "NbPAT21", "were", "silenced", "by", "intron", "-", "spliced", "hairpin", "RNA", "-", "mediated", "RNAi", "approaches", "The", "γb", "-", "3xFlag", "plasmid", "was", "agroinfiltrated", "into", "the", "leaves", ",", "followed", "by", "biotin", "-", "switch", "assays", "at", "3", "dpi", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "B", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Analysis of γb palmitoylation in NbPAT15- or NbPAT21-silenced N. benthamiana plants. NbPAT15 and NbPAT21 were silenced by intron-spliced hairpin RNA-mediated RNAi approaches The γb-3xFlag plasmid was agroinfiltrated into the leaves, followed by biotin-switch assays at 3 dpi. Data information: In (B representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["C", "Effects", "of", "γb", "palmitoylation", "by", "NbPAT15", "or", "NbPAT21", "on", "BSMV", "cell", "-", "to", "-", "cell", "movement", ".", "Infiltrated", "leaves", "were", "observed", "by", "confocal", "microscopy", "at", "3", "dpi", ".", "Red", "fluorescence", "produced", "from", "the", "mCherry", "expression", "cassette", "shows", "the", "primary", "infection", "foci", ",", "and", "GFP", "fluorescence", "outside", "the", "red", "regions", "shows", "virus", "spread", "into", "secondary", "infected", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "C", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Effects of γb palmitoylation by NbPAT15 or NbPAT21 on BSMV cell-to-cell movement. Infiltrated leaves were observed by confocal microscopy at 3 dpi. Red fluorescence produced from the mCherry expression cassette shows the primary infection foci, and GFP fluorescence outside the red regions shows virus spread into secondary infected cells. Scale bars, 100 μm. Data information: In C), representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["D", "Quantification", "of", "BSMV", "movement", ".", "The", "green", "and", "red", "fluorescent", "areas", "were", "measured", "by", "ImageJ", "software", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "D", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Quantification of BSMV movement. The green and red fluorescent areas were measured by ImageJ software (n = 10). Data information: In (D), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["A", ",", "B", "BiFC", "assays", "to", "identify", "interactions", "of", "γb", "with", "NbPAT15", "and", "NbPAT21", "during", "BSMV", "infection", "in", "N", ".", "benthamiana", "at", "3", "dpi", ".", "PAT15", "-", "YFPn", "and", "PAT21", "-", "YFPn", "were", "co", "-", "expressed", "with", "BSMVγb", "-", "YFPc", ".", "Chloroplast", "autofluorescence", "is", "depicted", "as", "a", "false", "red", "color", "and", "mCherry", "-", "HDEL", "provides", "the", "ER", "marker", ".", "Figures", "on", "the", "right", "show", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "GFP", ",", "mCherry", "and", "the", "chloroplast", "autofluorescence", "channels", "along", "the", "white", "dashed", "lines", "in", "the", "merged", "images", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "A", ",", "B", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B BiFC assays to identify interactions of γb with NbPAT15 and NbPAT21 during BSMV infection in N. benthamiana at 3 dpi. PAT15-YFPn and PAT21-YFPn were co-expressed with BSMVγb-YFPc. Chloroplast autofluorescence is depicted as a false red color and mCherry-HDEL provides the ER marker. Figures on the right show the normalized fluorescence intensities of GFP, mCherry and the chloroplast autofluorescence channels along the white dashed lines in the merged images. Scale bars, 20 μm. Data information: In (A, B, representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["C", "Co", "-", "localization", "analyses", "of", "αa", "-", "GFP", ",", "RFP", "-", "TGB1", ",", "and", "CFP", "-", "γb", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "at", "3", "dpi", ".", "Mixtures", "of", "A", ".", "tumefaciens", "containing", "αa", "-", "GFP", ",", "RFP", "-", "TGB1", ",", "and", "CFP", "-", "γb", "were", "infiltrated", "into", "NbPATs", "-", "silenced", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "or", "the", "non", "-", "silenced", "TRV", ":", "GUS", "control", ".", "Chloroplast", "autofluorescence", "is", "displayed", "as", "a", "false", "pink", "color", ".", "Figures", "on", "the", "right", "show", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "GFP", ",", "RFP", ",", "CFP", "and", "the", "chloroplast", "autofluorescence", "channels", "along", "the", "white", "dashed", "lines", "in", "the", "merged", "images", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Co-localization analyses of αa-GFP, RFP-TGB1, and CFP-γb in N. benthamiana leaves at 3 dpi. Mixtures of A. tumefaciens containing αa-GFP, RFP-TGB1, and CFP-γb were infiltrated into NbPATs-silenced N. benthamiana leaves or the non-silenced TRV:GUS control. Chloroplast autofluorescence is displayed as a false pink color. Figures on the right show the normalized fluorescence intensities of GFP, RFP, CFP and the chloroplast autofluorescence channels along the white dashed lines in the merged images. Scale bars, 10 μm. Data information: In , representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["D", "Co", "-", "IP", "assays", "of", "interactions", "between", "γb", "and", "TGB1", "in", "NbPAT15", "-", "and", "NbPAT21", "-", "silenced", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ",", "TRV", ":", "GUS", "and", "TRV", ":", "GUS", "combined", "with", "the", "2", "-", "BP", "inhibitor", "provided", "positive", "and", "negative", "controls", ",", "respectively", ".", "The", "silenced", "leaves", "were", "inoculated", "with", "BSMV3xFlag", "-", "TGB1", "/", "γb", "-", "GFP", "mixtures", "(", "RNAα", "+", "RNAβ3xFlag", "-", "TGB1", "+", "RNAγγb", "-", "GFP", ")", "and", "harvested", "at", "3", "dpi", ".", "Total", "proteins", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "beads", ".", "Input", "and", "IP", "proteins", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Flag", "antibodies", ".", "E", "Average", "amounts", "of", "RFP", "-", "TGB1", "foci", "co", "-", "localizing", "with", "αa", "-", "GFP", "and", "CFP", "-", "γb", "at", "the", "chloroplast", "peripheries", "shown", "in", "panel", "C", "(", "n", "=", "12", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "E", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", ".", "In", "(", "E", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Co-IP assays of interactions between γb and TGB1 in NbPAT15- and NbPAT21-silenced N. benthamiana leaves, TRV:GUS and TRV:GUS combined with the 2-BP inhibitor provided positive and negative controls, respectively. The silenced leaves were inoculated with BSMV3xFlag-TGB1/γb-GFP mixtures (RNAα + RNAβ3xFlag-TGB1 + RNAγγb-GFP) and harvested at 3 dpi. Total proteins were immunoprecipitated with anti-Flag beads. Input and IP proteins were analyzed by Western blotting with anti-GFP or anti-Flag antibodies. E Average amounts of RFP-TGB1 foci co-localizing with αa-GFP and CFP-γb at the chloroplast peripheries shown in panel C (n = 12). Data information: In E), representative data are shown and three biological replicates had similar results. In (E), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["B", "Fractionation", "assay", "to", "detect", "γb", "membrane", "-", "associations", ".", "Separation", "of", "total", "protein", "(", "T", ")", "extracted", "from", "BSMV", "infected", "leaves", "into", "soluble", "(", "S", ")", "and", "membrane", "(", "M", ")", "fractions", "by", "ultracentrifugation", "at", "100", ",", "000", "g", ".", "PEPC", "and", "BiP", ",", "respectively", ",", "provide", "soluble", "and", "membrane", "fraction", "markers", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Fractionation assay to detect γb membrane-associations. Separation of total protein (T) extracted from BSMV infected leaves into soluble (S) and membrane (M) fractions by ultracentrifugation at 100,000 g. PEPC and BiP, respectively, provide soluble and membrane fraction markers."}
{"words": ["C", "Aqueous", "two", "-", "phase", "partitioning", "of", "γb", "PM", "localization", ".", "The", "microsomal", "pellet", "from", "BSMVγb", "-", "GFP", "-", "infected", "leaves", "was", "obtained", "by", "ultracentrifugation", "at", "100", ",", "000", "g", ",", "and", "the", "two", "-", "phase", "fractionation", "procedure", "was", "used", "to", "separate", "the", "plasma", "membrane", "(", "upper", "phase", ")", "from", "other", "cellular", "membranes", "(", "lower", "phase", ")", ".", "H", "+", "-", "ATPase", "is", "a", "PM", "marker", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Aqueous two-phase partitioning of γb PM localization. The microsomal pellet from BSMVγb-GFP-infected leaves was obtained by ultracentrifugation at 100,000 g, and the two-phase fractionation procedure was used to separate the plasma membrane (upper phase) from other cellular membranes (lower phase). H+-ATPase is a PM marker."}
{"words": ["D", "PM", "associations", "of", "γb", "-", "GFP", "and", "γb3CS", "-", "GFP", "in", "N", ".", "benthamiana", "protoplasts", ".", "The", "first", "and", "second", "columns", "show", "localization", "of", "γb", "at", "3", "dpi", "after", "infiltrations", "for", "transient", "expression", "of", "γb", "-", "GFP", "and", "γb3CS", "-", "GFP", ".", "The", "third", "and", "fourth", "columns", "show", "γb", "localization", "in", "BSMVγb", "-", "GFP", "and", "BSMV3CS", "-", "GFP", "-", "infected", "leaves", ".", "PIP2A", "provided", "a", "PM", "marker", "(", "Nelson", "et", "al", ".", ",", "2007", ")", ".", "Figures", "below", "the", "confocal", "images", "show", "the", "normalized", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "GFP", "and", "mCherry", "proteins", "along", "the", "white", "dashed", "lines", "in", "the", "merged", "images", ".", "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "D", ",", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D PM associations of γb-GFP and γb3CS-GFP in N. benthamiana protoplasts. The first and second columns show localization of γb at 3 dpi after infiltrations for transient expression of γb-GFP and γb3CS-GFP. The third and fourth columns show γb localization in BSMVγb-GFP and BSMV3CS-GFP-infected leaves. PIP2A provided a PM marker (Nelson et al., 2007). Figures below the confocal images show the normalized fluorescence intensities of the GFP and mCherry proteins along the white dashed lines in the merged images. Scale bars, 10 μm. Data information: In D, , representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["E", "Western", "blot", "analysis", "of", "subcellular", "fractions", "of", "BSMV", "infected", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "at", "3", "dpi", ".", "The", "S3", "and", "S30", "fractions", "are", "the", "3000", "and", "30000", "g", "supernatants", ",", "and", "P30", "is", "the", "30000", "g", "pellet", ".", "Membrane", "associated", "γb", "was", "released", "by", "1", "%", "Triton", "X", "-", "100", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "E Western blot analysis of subcellular fractions of BSMV infected N. benthamiana leaves at 3 dpi. The S3 and S30 fractions are the 3000 and 30000 g supernatants, and P30 is the 30000 g pellet. Membrane associated γb was released by 1% Triton X-100 treatment."}
{"words": ["F", "Western", "blot", "detection", "of", "BSMV", "accumulation", "in", "N", ".", "benthamiana", "plants", ".", "A", ".", "tumefaciens", "mixtures", "harboring", "RNAα", "and", "RNAβmTGB2", ",", "along", "with", "RNAγ", ",", "RNAγγb", "-", "ROP", ",", "or", "RNAγγb", "-", "mROP", ",", "were", "agroinfiltrated", "into", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "Western", "blotting", "to", "detect", "virus", "accumulation", "at", "3", "dpi", "used", "anti", "-", "TGB1", "or", "anti", "-", "CP", "antibodies", ".", "Actin", "provided", "loading", "controls", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "F Western blot detection of BSMV accumulation in N. benthamiana plants. A. tumefaciens mixtures harboring RNAα and RNAβmTGB2, along with RNAγ, RNAγγb-ROP, or RNAγγb-mROP, were agroinfiltrated into N. benthamiana leaves. Western blotting to detect virus accumulation at 3 dpi used anti-TGB1 or anti-CP antibodies. Actin provided loading controls."}
{"words": ["G", "Analysis", "of", "the", "effects", "of", "enhanced", "PM", "association", "of", "γb", "on", "cell", "-", "to", "-", "cell", "virus", "movement", "with", "the", "BSMV", "duplex", "fluorescence", "(", "dfBSMV", ")", "reporter", "system", ".", "Mixtures", "of", "A", ".", "tumefaciens", "containing", "dfBSMV", ",", "dfBSMVγb", "-", "GFP", "-", "ROP", ",", "and", "dfBSMVγb", "-", "GFP", "-", "mROP", "were", "infiltrated", "into", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "Infiltrated", "leaves", "were", "observed", "by", "confocal", "microscope", "at", "3", "dpi", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "G", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", ".", "In", "(", "G", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Analysis of the effects of enhanced PM association of γb on cell-to-cell virus movement with the BSMV duplex fluorescence (dfBSMV) reporter system. Mixtures of A. tumefaciens containing dfBSMV, dfBSMVγb-GFP-ROP, and dfBSMVγb-GFP-mROP were infiltrated into N. benthamiana leaves. Infiltrated leaves were observed by confocal microscope at 3 dpi. Scale bars, 100 μm. (n = 6). Data information: In G), representative data are shown and three biological replicates had similar results. In (G), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["B", "Co", "-", "IP", "analyses", "to", "analyze", "interactions", "of", "NbREM1", "with", "γb", "or", "γb3CS", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "tissues", "infiltrated", "with", "A", ".", "tumefaciens", "mixtures", "containing", "movement", "-", "deficient", "BSMV", "plasmids", "(", "RNAα", "+", "RNAγγb", "-", "GFP", "or", "RNAγ3CS", "-", "GFP", ")", "and", "NbREM1", "-", "3xFlag", ".", "Total", "proteins", "were", "extracted", "at", "3", "dpi", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Flag", "beads", ".", "Input", "and", "immunoprecipitated", "proteins", "(", "IP", ")", "were", "analyzed", "by", "Western", "blot", "analyses", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Flag", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "In", "B", ",", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Co-IP analyses to analyze interactions of NbREM1 with γb or γb3CS in N. benthamiana leaf tissues infiltrated with A. tumefaciens mixtures containing movement-deficient BSMV plasmids (RNAα + RNAγγb-GFP or RNAγ3CS-GFP) and NbREM1-3xFlag. Total proteins were extracted at 3 dpi and immunoprecipitated with anti-Flag beads. Input and immunoprecipitated proteins (IP) were analyzed by Western blot analyses with an anti-GFP or anti-Flag antibodies. Data information: In B, , representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["D", "Analysis", "of", "the", "cleaved", "5", "(", "6", ")", "-", "carboxyfluorescein", "(", "CF", ")", "movement", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "RNAα", "+", "RNAγ", "/", "RNAγ3CS", "were", "co", "-", "infiltrated", "into", "transiently", "overexpressed", "NbREM1", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ",", "and", "1", "μL", "CFDA", "was", "loaded", "onto", "the", "adaxial", "leaf", "blade", "surface", "and", "incubated", "for", "5", "min", "followed", "by", "confocal", "analysis", "at", "3", "dpi", ".", "The", "areas", "of", "dye", "diffusion", "are", "marked", "by", "dashed", "white", "circles", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "D", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Analysis of the cleaved 5(6)-carboxyfluorescein (CF) movement in N. benthamiana leaves. RNAα + RNAγ/RNAγ3CS were co-infiltrated into transiently overexpressed NbREM1 N. benthamiana leaves, and 1 μL CFDA was loaded onto the adaxial leaf blade surface and incubated for 5 min followed by confocal analysis at 3 dpi. The areas of dye diffusion are marked by dashed white circles. Scale bars, 100 μm. Data information: In D, representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["E", "Quantification", "of", "CF", "movement", ".", "Dye", "diffusion", "areas", "identified", "by", "the", "dashed", "white", "circles", "in", "panel", "D", "were", "measured", "by", "image", "J", "software", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "E", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Quantification of CF movement. Dye diffusion areas identified by the dashed white circles in panel D were measured by image J software (n = 6). Data information: In (E, the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["F", "Aniline", "blue", "staining", "of", "callose", "in", "N", ".", "benthamiana", "leaf", "tissues", ".", "Leaves", "were", "infiltrated", "with", "mixtures", "of", "different", "A", ".", "tumefaciens", "constructs", "indicated", "beside", "the", "panels", ".", "At", "3", "dpi", ",", "the", "0", ".", "1", "%", "aniline", "blue", "fluorochrome", "was", "infiltrated", "into", "N", ".", "benthamiana", "leaves", ".", "After", "incubation", "at", "5", "min", "in", "the", "dark", ",", "the", "leaves", "were", "observed", "by", "confocal", "microscopy", "at", "405", "nm", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Aniline blue staining of callose in N. benthamiana leaf tissues. Leaves were infiltrated with mixtures of different A. tumefaciens constructs indicated beside the panels. At 3 dpi, the 0.1% aniline blue fluorochrome was infiltrated into N. benthamiana leaves. After incubation at 5 min in the dark, the leaves were observed by confocal microscopy at 405 nm. Scale bars, 20 μm. Data information: representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["G", "Quantification", "of", "callose", "staining", "intensity", "as", "shown", "in", "panel", "F", ".", "The", "relative", "callose", "staining", "intensity", "was", "set", "to", "1", "in", "the", "REM", "samples", "(", "n", "=", "10", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Quantification of callose staining intensity as shown in panel F. The relative callose staining intensity was set to 1 in the REM samples (n = 10). Data information: In , the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["H", "Aniline", "blue", "staining", "of", "callose", "in", "leaves", "with", "different", "treatments", "above", "the", "panel", "in", "NbPAT15", "and", "NbPAT21", "RNAi", "plants", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "Data", "information", ":", "In", "H", ")", ",", "representative", "data", "are", "shown", "and", "three", "biological", "replicates", "had", "similar", "results", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H Aniline blue staining of callose in leaves with different treatments above the panel in NbPAT15 and NbPAT21 RNAi plants. Scale bars, 20 μm. Data information: In H), representative data are shown and three biological replicates had similar results."}
{"words": ["I", "Quantification", "of", "callose", "staining", "intensity", "as", "shown", "in", "panel", "H", ".", "The", "relative", "callose", "staining", "intensity", "was", "set", "as", "1", "in", "the", "samples", "of", "EV", "(", "n", "=", "8", ")", ".", "Data", "information", ":", "In", "I", ")", ",", "the", "box", "boundaries", "indicate", "the", "upper", "(", "25th", "percentile", ")", "and", "lower", "(", "75th", "percentile", ")", "quartiles", ",", "whiskers", "indicate", "minimum", "and", "maximum", "values", ",", "central", "band", "indicates", "the", "median", ".", "Letters", "in", "the", "chart", "denote", "statistically", "significant", "differences", "among", "groups", "according", "to", "the", "Duncan", "'", "s", "multiple", "range", "test", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Quantification of callose staining intensity as shown in panel H. The relative callose staining intensity was set as 1 in the samples of EV (n = 8). Data information: In I), the box boundaries indicate the upper (25th percentile) and lower (75th percentile) quartiles, whiskers indicate minimum and maximum values, central band indicates the median. Letters in the chart denote statistically significant differences among groups according to the Duncan's multiple range test (p < 0.05)."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "were", "exposed", "to", "5", "Gy", "ionizing", "radiation", "(", "γIR", ")", ",", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "and", "γH2AX", ".", "Images", "for", "representative", "intra", "-", "nuclear", "RASSF1A", "foci", "distribution", "are", "shown", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells were exposed to 5 Gy ionizing radiation (γIR), collected at the indicated time points and stained for RASSF1A and γH2AX. Images for representative intra-nuclear RASSF1A foci distribution are shown. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines."}
{"words": ["(", "B", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "cells", "with", "RASSF1A", "foci", "at", "the", "time", "points", "presented", "in", "(", "A", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Quantification of the number of cells with RASSF1A foci at the time points presented in (A). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "5", "Gy", "γIR", "and", "2", "h", "post", "treatment", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "(", "D", ")", "HeLa", "cells", "were", "irradiated", "with", "5", "Gy", "and", "2", "h", "post", "treatment", "stained", "for", "RASSF1A", "(", "R1A", ")", "and", "NUCLEOLIN", "(", "NCL", ")", ".", "(", "E", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "50", "ng", "/", "ml", "NCS", "for", "30", "min", ",", "washed", "and", "2", "h", "later", "fixed", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "The", "distance", "of", "RASSF1A", "+", "/", "γH2AX", "+", "foci", "or", "RASSF1A", "-", "/", "γH2AX", "+", "foci", "to", "the", "closest", "nucleolus", "(", "based", "on", "Fibrillarin", "(", "Fb", ")", "staining", ")", "was", "measured", ".", "Middle", "line", "represents", "the", "median", "and", "the", "boxes", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "The", "whiskers", "mark", "the", "smallest", "and", "largest", "values", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HeLa cells were treated with 5 Gy γIR and 2 h post treatment fixed and stained with the indicated antibodies. (D) HeLa cells were irradiated with 5 Gy and 2 h post treatment stained for RASSF1A (R1A) and NUCLEOLIN (NCL). (E) HeLa cells were treated with 50 ng/ml NCS for 30 min, washed and 2 h later fixed and stained with the indicated antibodies. The distance of RASSF1A+/γH2AX+ foci or RASSF1A-/γH2AX+ foci to the closest nucleolus (based on Fibrillarin (Fb) staining) was measured. Middle line represents the median and the boxes 25th and 75th percentiles. The whiskers mark the smallest and largest values."}
{"words": ["(", "F", ")", "AsiSI", "expression", "in", "U2OS", "cells", "was", "induced", "by", "OHT", "and", "cells", "were", "stained", "for", "RASSF1A", "and", "γH2AX", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "in", "higher", "magnification", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "cells", "with", "RASSF1A", "foci", "in", "(", "F", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) AsiSI expression in U2OS cells was induced by OHT and cells were stained for RASSF1A and γH2AX. Boxed areas are shown in higher magnification. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines. (G) Quantification of the number of cells with RASSF1A foci in (F). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "U2OS", "cells", "with", "stable", "integration", "of", "a", "Lac", "operator", "(", "LacO", ")", "sequence", "adjacent", "to", "an", "I", "-", "SceI", "endonuclease", "site", "were", "transfected", "with", "Lac", "Repressor", "(", "LacR", ")", "-", "mCherry", "and", "GFP", "or", "GFP", "-", "NLS", "-", "HA", "-", "I", "-", "SceI", ".", "24", "h", "post", "transfection", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "53BP1", "or", "RASSF1A", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "the", "LacO", "arrays", "enriched", "for", "53BP1", "or", "RASSF1A", "in", "(", "H", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) U2OS cells with stable integration of a Lac operator (LacO) sequence adjacent to an I-SceI endonuclease site were transfected with Lac Repressor (LacR)-mCherry and GFP or GFP-NLS-HA-I-SceI. 24 h post transfection cells were fixed and stained for 53BP1 or RASSF1A. (I) Quantification of the LacO arrays enriched for 53BP1 or RASSF1A in (H). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "J", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "endonuclease", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "and", "γH2AX", ".", "Fluorescence", "intensity", "profiles", "of", "RASSF1A", "(", "green", ")", "and", "γH2AX", "(", "red", ")", "signals", "across", "the", "HeLa", "nuclei", "are", "shown", ".", "Position", "of", "line", "scan", "indicated", "by", "the", "yellow", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) HeLa cells were transfected with I-PpoI endonuclease and stained for RASSF1A and γH2AX. Fluorescence intensity profiles of RASSF1A (green) and γH2AX (red) signals across the HeLa nuclei are shown. Position of line scan indicated by the yellow line."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Cells", "were", "co", "-", "stained", "for", "RASSF1A", "(", "R1A", ")", "and", "NBS1", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "in", "higher", "magnification", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "(", "A", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells were transfected with I-PpoI mRNA and collected at the indicated time points. Cells were co-stained for RASSF1A (R1A) and NBS1. Boxed areas are shown in higher magnification. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines. (B) Quantification of (A). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Assessment", "of", "RASSF1A", "localisation", "after", "induction", "of", "rDNA", "DSBs", "using", "the", "I", "-", "PpoI", "endonuclease", "in", "methanol", "fixed", "HeLa", "cells", ".", "Fluorescence", "intensity", "profile", "of", "RASSF1A", "(", "green", ")", "and", "LAMIN", "A", "/", "C", "(", "red", ")", "signals", "across", "the", "HeLa", "nuclei", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "rDNA", "DSBs", "in", "control", "and", "I", "-", "PpoI", "treated", "cells", ".", "Position", "of", "line", "scan", "indicated", "by", "the", "yellow", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Assessment of RASSF1A localisation after induction of rDNA DSBs using the I-PpoI endonuclease in methanol fixed HeLa cells. Fluorescence intensity profile of RASSF1A (green) and LAMIN A/C (red) signals across the HeLa nuclei in the presence and absence of rDNA DSBs in control and I-PpoI treated cells. Position of line scan indicated by the yellow line."}
{"words": ["(", "D", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "6", "h", "later", "stained", "for", "RASSF1A", "-", "pS131", "(", "R1A", "-", "pS131", ")", "and", "γH2AX", ".", "Fluorescence", "intensity", "profile", "of", "RASSF1A", "-", "pS131", "(", "green", ")", "and", "γH2AX", "(", "red", ")", "signals", "across", "the", "HeLa", "nuclei", "are", "shown", ".", "Position", "of", "line", "scan", "indicated", "by", "the", "yellow", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HeLa cells were transfected with the I-PpoI mRNA and 6 h later stained for RASSF1A-pS131 (R1A-pS131) and γH2AX. Fluorescence intensity profile of RASSF1A-pS131 (green) and γH2AX (red) signals across the HeLa nuclei are shown. Position of line scan indicated by the yellow line."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "cells", "with", "RASSF1A", "-", "pS131", "positive", "nucleolar", "caps", "6", "h", "post", "I", "-", "PpoI", "transfection", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Representative", "images", "are", "shown", "in", "Fig", "EV3A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of cells with RASSF1A-pS131 positive nucleolar caps 6 h post I-PpoI transfection. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments. Representative images are shown in Fig EV3A."}
{"words": ["(", "F", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "the", "ATMi", "or", "ATRi", "prior", "to", "transfection", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "6", "h", "post", "mRNA", "transfection", "cells", "were", "stained", "for", "RASSF1A", "-", "pS131", "(", "R1A", "-", "pS131", ")", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "(", "F", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) HeLa cells were treated with the ATMi or ATRi prior to transfection with I-PpoI mRNA. 6 h post mRNA transfection cells were stained for RASSF1A-pS131 (R1A-pS131). (G) Quantification of (F). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "or", "not", "with", "ATM", "inhibitor", "(", "ATMi", ")", "followed", "by", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "transfection", "and", "6", "h", "later", "cell", "lysates", "were", "analyzed", "by", "western", "blot", "for", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) HeLa cells were treated or not with ATM inhibitor (ATMi) followed by I-PpoI mRNA transfection and 6 h later cell lysates were analyzed by western blot for the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "I", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "or", "not", "with", "ATMi", "followed", "by", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "transfection", "and", "6", "h", "later", "cells", "were", "fixed", "and", "RASSF1A", "recruitment", "at", "rDNA", "DSBs", "was", "assessed", ".", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "(", "I", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) HeLa cells were treated or not with ATMi followed by I-PpoI mRNA transfection and 6 h later cells were fixed and RASSF1A recruitment at rDNA DSBs was assessed. (J) Quantification of (I). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "with", "I", "-", "PpoI", "induced", "rDNA", "breaks", "were", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Intra", "-", "nucleolar", "cap", "localization", "for", "RASSF1A", "and", "53BP1", "in", "correlation", "with", "other", "proteins", "was", "accessed", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "in", "higher", "magnification", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells with I-PpoI induced rDNA breaks were stained with the indicated antibodies. Intra-nucleolar cap localization for RASSF1A and 53BP1 in correlation with other proteins was accessed. Boxed areas are shown in higher magnification."}
{"words": ["(", "B", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "and", "53BP1", ".", "Fluorescence", "intensity", "profiles", "of", "RASSF1A", "(", "green", ")", "and", "53BP1", "(", "red", ")", "signals", "across", "the", "HeLa", "nuclei", "are", "shown", ".", "Position", "of", "line", "scan", "indicated", "by", "the", "yellow", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HeLa cells were transfected with I-PpoI mRNA and stained for RASSF1A and 53BP1. Fluorescence intensity profiles of RASSF1A (green) and 53BP1 (red) signals across the HeLa nuclei are shown. Position of line scan indicated by the yellow line."}
{"words": ["(", "C", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siRNAs", "against", "LUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "53BP1", "(", "si53BP1", ")", ",", "48", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ",", "fixed", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "(", "R1A", ")", "and", "γH2AX", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "(", "C", ")", "and", "western", "blot", "analysis", "from", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "si53BP1", "treated", "cells", "for", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HeLa cells were treated with siRNAs against LUCIFERASE (siLUC) or 53BP1 (si53BP1), 48 h later transfected with I-PpoI mRNA, fixed and stained for RASSF1A (R1A) and γH2AX. (D) Quantification of (C) and western blot analysis from siLUCIFERASE (siLUC) or si53BP1 treated cells for the indicated antibodies. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siRNAs", "against", "LUSIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "RNF8", "(", "siRNF8", ")", ",", "48", "h", "later", "transfected", "for", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ",", "fixed", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "and", "γH2AX", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "(", "E", ")", "and", "western", "blot", "analysis", "from", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siRNF8", "treated", "cells", "for", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) HeLa cells were treated with siRNAs against LUSIFERASE (siLUC) or RNF8 (siRNF8), 48 h later transfected for I-PpoI mRNA, fixed and stained for RASSF1A and γH2AX. (F) Quantification of (E) and western blot analysis from siLUCIFERASE (siLUC) or siRNF8 treated cells for the indicated antibodies. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siRNA", "against", "53BP1", ",", "or", "an", "ATM", "inhibitor", "(", "ATMi", ")", "followed", "by", "5", "Gy", "of", "ionizing", "radiation", "(", "γIR", ")", ".", "Cells", "were", "fixed", "2", "h", "post", "treatment", "and", "stained", "for", "RASSF1A", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "cells", "with", "RASSF1A", "foci", "in", "(", "G", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) HeLa cells were treated with siRNA against 53BP1, or an ATM inhibitor (ATMi) followed by 5 Gy of ionizing radiation (γIR). Cells were fixed 2 h post treatment and stained for RASSF1A. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines. (H) Quantification of cells with RASSF1A foci in (G). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "I", ")", "Western", "blot", "analysis", "from", "total", "cell", "extracts", "with", "the", "indicated", "treatments", "and", "RASSF1A", "immuneprecipitates", "(", "IPs", ")", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "IgG", "immunoprecipitation", "served", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Western blot analysis from total cell extracts with the indicated treatments and RASSF1A immuneprecipitates (IPs) with the indicated antibodies. IgG immunoprecipitation served as a control."}
{"words": ["(", "J", ")", "Western", "blot", "analysis", "from", "total", "cell", "extracts", "and", "RASSF1A", "immunoprecipitates", "with", "the", "indicated", "treatments", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "IgG", "immunoprecipitation", "served", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Western blot analysis from total cell extracts and RASSF1A immunoprecipitates with the indicated treatments with the indicated antibodies. IgG immunoprecipitation served as a control."}
{"words": ["(", "K", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "FLAG", "-", "RASSF1A", "(", "FLAG", "-", "R1A", ")", ",", "FLAG", "-", "RASSF1A131A", "(", "FLAG", "-", "R1A131A", ")", "or", "pcDNA3", "and", "24", "h", "later", "transfected", "with", "the", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "against", "FLAG", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "total", "cell", "extracts", "and", "the", "IPs", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) U2OS cells were transfected with FLAG-RASSF1A (FLAG-R1A), FLAG-RASSF1A131A (FLAG-R1A131A) or pcDNA3 and 24 h later transfected with the I-PpoI mRNA. Cell lysates were subjected to immunoprecipitation against FLAG. Western blot analysis of total cell extracts and the IPs is shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "HA", "-", "53BP1WT", "(", "aa1", "-", "1972", ")", ",", "HA", "-", "53BP1ΔBRCT", "(", "aa", "1", "-", "1709", ")", ",", "HA", "-", "53BP1ΔΝterminus", "(", "aa", "921", "-", "1972", ")", "or", "empty", "pcDNA3", "vector", "and", "24", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "an", "HA", "tag", "antibody", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "total", "cell", "extracts", "and", "the", "IPs", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) U2OS cells were transfected with either HA-53BP1WT (aa1-1972), HA-53BP1ΔBRCT (aa 1-1709), HA-53BP1ΔΝterminus (aa 921-1972) or empty pcDNA3 vector and 24 h later transfected with I-PpoI mRNA. Cell lysates were subjected to immunoprecipitation with an HA tag antibody. Western blot analysis of total cell extracts and the IPs is shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "full", "length", "MYC", "-", "RASSF1A", "or", "with", "the", "indicated", "RASSF1A", "deletion", "mutants", "and", "24", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "a", "MYC", "-", "tag", "antibody", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "total", "cell", "extracts", "and", "the", "IPs", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) U2OS cells were transfected with either full length MYC-RASSF1A or with the indicated RASSF1A deletion mutants and 24 h later transfected with I-PpoI mRNA. Cell lysates were subjected to immunoprecipitation with a MYC-tag antibody. Western blot analysis of the total cell extracts and the IPs is shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "si53BP1", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "stained", "for", "ATM", "-", "pS1981", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "(", "C", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or si53BP1 and 48 h later transfected with I-PpoI mRNA and stained for ATM-pS1981. (D) Quantification of (C). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "E", "-", "H", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "two", "different", "siRNAs", "against", "RASSF1A", "(", "siR1A", "_", "1", "and", "siR1A", "_", "2", ")", "and", "48", "h", "later", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "to", "induce", "rDNA", "DSBs", ".", "6", "h", "post", "mRNA", "transfection", ",", "cells", "were", "stained", "for", "V5", "to", "identify", "I", "-", "PpoI", "transfected", "cells", "and", "the", "other", "indicated", "antibodies", ".", "Representative", "images", "(", "E", ",", "F", ")", "and", "quantification", "of", "staining", "(", "G", ",", "H", ")", "for", "the", "indicated", "antibodies", "are", "shown", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-H) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or two different siRNAs against RASSF1A (siR1A_1 and siR1A_2) and 48 h later cells were transfected with I-PpoI mRNA to induce rDNA DSBs. 6 h post mRNA transfection, cells were stained for V5 to identify I-PpoI transfected cells and the other indicated antibodies. Representative images (E, F) and quantification of staining (G, H) for the indicated antibodies are shown. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "I", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", ",", "siRASSF1A", "or", "si53BP1", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "the", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "underwent", "ImmunoFISH", "against", "UBF", "and", "an", "rDNA", "probe", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "in", "higher", "magnification", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", ".", "(", "J", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", ",", "siRASSF1A", "or", "si53BP1", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "the", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "fixed", "and", "underwent", "ImmunoFISH", "against", "ATM", "-", "pS1981", "and", "an", "rDNA", "probe", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "in", "higher", "magnification", ".", "Nucleolar", "boundaries", "are", "marked", "with", "dashed", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC), siRASSF1A or si53BP1 and 48 h later transfected with the I-PpoI mRNA. Cells were fixed and underwent ImmunoFISH against UBF and an rDNA probe. Boxed areas are shown in higher magnification. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines. (J) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC), siRASSF1A or si53BP1 and 48 h later transfected with the I-PpoI mRNA. Cells were fixed and underwent ImmunoFISH against ATM-pS1981 and an rDNA probe. Boxed areas are shown in higher magnification. Nucleolar boundaries are marked with dashed lines."}
{"words": ["(", "K", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siRASSF1A", "followed", "by", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "transfection", ".", "6", "h", "later", "cells", "were", "stained", "for", "53BP1", ".", "(", "L", ")", "Quantification", "of", "(", "K", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or siRASSF1A followed by I-PpoI mRNA transfection. 6 h later cells were stained for 53BP1. (L) Quantification of (K). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "M", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "340", ")", "or", "a", "RASSF1A", "mutant", "that", "lacks", "the", "SARAH", "domain", ",", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "288", ")", ".", "Cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "stained", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) U2OS cells were transfected with MYC-RASSF1A (1-340) or a RASSF1A mutant that lacks the SARAH domain, MYC-RASSF1A (1-288). Cells were transfected with I-PpoI mRNA and stained with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "N", ")", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "340", ")", "or", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "288", ")", ".", "24", "h", "later", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "harvested", "after", "6", "h", ".", "Cell", "lysates", "underwent", "cell", "fractionation", "and", "the", "chromatin", "bound", "fraction", "was", "analyzed", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) U2OS cells were transfected with MYC-RASSF1A (1-340) or MYC-RASSF1A (1-288). 24 h later cells were transfected with I-PpoI mRNA and harvested after 6 h. Cell lysates underwent cell fractionation and the chromatin bound fraction was analyzed by western blot."}
{"words": ["(", "O", ")", "U2OS", "cells", "were", "treated", "with", "siRNA", "against", "RASSF1A", "followed", "by", "transfection", "with", "MYC", "-", "tag", ",", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "340", ")", "or", "MYC", "-", "RASSF1A", "(", "1", "-", "288", ")", ".", "24", "h", "later", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "stained", "for", "MYC", "expression", "and", "ATM", "-", "pS1981", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(O) U2OS cells were treated with siRNA against RASSF1A followed by transfection with MYC-tag, MYC-RASSF1A (1-340) or MYC-RASSF1A (1-288). 24 h later cells were transfected with I-PpoI mRNA and stained for MYC expression and ATM-pS1981."}
{"words": ["(", "P", ")", "Quantification", "of", "cells", "with", "ATM", "-", "pS1981", "positive", "nucleolar", "caps", "in", "(", "O", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) Quantification of cells with ATM-pS1981 positive nucleolar caps in (O). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "HeLa", "cells", "were", "pre", "-", "treated", "with", "the", "ATMi", "or", "ATRi", "prior", "to", "transfection", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "stained", "for", "RPA", "and", "quantified", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "(", "B", ")", "HeLa", "cells", "were", "pre", "-", "treated", "with", "the", "ATMi", "or", "ATRi", "prior", "to", "transfection", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "stained", "for", "RAD51", "and", "quantified", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HeLa cells were pre-treated with the ATMi or ATRi prior to transfection with I-PpoI mRNA. Cells were stained for RPA and quantified. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments. (B) HeLa cells were pre-treated with the ATMi or ATRi prior to transfection with I-PpoI mRNA. Cells were stained for RAD51 and quantified. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", "-", "F", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "two", "different", "siRNAs", "against", "RASSF1A", "(", "siR1A", "_", "1", "and", "siR1A", "_", "2", ")", "and", "48", "h", "later", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "to", "induce", "rDNA", "DSBs", ".", "6", "h", "post", "mRNA", "transfection", ",", "cells", "were", "stained", "for", "V5", "to", "identify", "I", "-", "PpoI", "transfected", "cells", "and", "the", "other", "indicated", "antibodies", ".", "Representative", "images", "(", "C", ",", "E", ")", "and", "quantification", "of", "staining", "(", "D", ",", "F", ")", "for", "the", "indicated", "antibodies", "are", "shown", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-F) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or two different siRNAs against RASSF1A (siR1A_1 and siR1A_2) and 48 h later cells were transfected with I-PpoI mRNA to induce rDNA DSBs. 6 h post mRNA transfection, cells were stained for V5 to identify I-PpoI transfected cells and the other indicated antibodies. Representative images (C, E) and quantification of staining (D, F) for the indicated antibodies are shown. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "Western", "blot", "analysis", "from", "HeLa", "cell", "extracts", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "for", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Western blot analysis from HeLa cell extracts treated with the indicated siRNAs for the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "H", ")", "Cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "si53BP1", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "and", "stained", "for", "RPA", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "(", "H", ")", ".", "107", "values", "were", "analysed", "in", "siLUC", "and", "90", "values", "were", "analysed", "in", "si53BP1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or si53BP1 and 48 h later transfected with I-PpoI mRNA and stained for RPA. (I) Quantification of (H). 107 values were analysed in siLUC and 90 values were analysed in si53BP1."}
{"words": ["(", "J", ")", "U2OS", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", ",", "siRASSF1A", "(", "siR1A", ")", "or", "si53BP1", ",", "treated", "with", "10", "μM", "BrdU", "for", "24", "h", "prior", "to", "I", "-", "PpoI", "mRNA", "transfection", ".", "6", "h", "post", "I", "-", "PpoI", "treated", "cells", "were", "pre", "-", "extracted", ",", "fixed", "and", "stained", "for", "BrdU", "under", "non", "denaturing", "conditions", "to", "visualize", "ssDNA", ".", "(", "K", ")", "Quantification", "of", "(", "J", ")", ".", "Fold", "change", "of", "nuclear", "BrdU", "signal", "relative", "to", "siLUC", "is", "shown", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) U2OS cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC), siRASSF1A (siR1A) or si53BP1, treated with 10 μM BrdU for 24 h prior to I-PpoI mRNA transfection. 6 h post I-PpoI treated cells were pre-extracted, fixed and stained for BrdU under non denaturing conditions to visualize ssDNA. (K) Quantification of (J). Fold change of nuclear BrdU signal relative to siLUC is shown. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "L", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "endonuclease", "and", "stained", "for", "MST2", "and", "γH2AX", ".", "Fluorescence", "intensity", "profiles", "of", "MST2", "(", "green", ")", "and", "γH2AX", "(", "red", ")", "signals", "across", "the", "HeLa", "nuclei", "are", "shown", ".", "Position", "of", "line", "scan", "indicated", "by", "the", "yellow", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) HeLa cells were transfected with I-PpoI endonuclease and stained for MST2 and γH2AX. Fluorescence intensity profiles of MST2 (green) and γH2AX (red) signals across the HeLa nuclei are shown. Position of line scan indicated by the yellow line."}
{"words": ["(", "M", ")", "Validation", "of", "the", "MST2", "siRNA", "with", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) Validation of the MST2 siRNA with western blot."}
{"words": ["(", "N", ")", "HeLa", "cells", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siMST2", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "5", "-", "EU", "for", "30", "min", "prior", "to", "fixation", "and", "assessed", "for", "incorporation", ".", "(", "O", ")", "Quantification", "of", "5", "-", "EU", "intensity", "in", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siMST2", "treated", "cells", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Middle", "line", "represents", "the", "median", "and", "the", "boxes", "25th", "and", "75th", "percentiles", ".", "The", "whiskers", "mark", "the", "smallest", "and", "largest", "values", ".", "100", "values", "were", "analyzed", "in", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(N) HeLa cells treated with siLUCIFERASE (siLUC) or siMST2 and 48 h later transfected with I-PpoI mRNA. Cells were treated with 5-EU for 30 min prior to fixation and assessed for incorporation. (O) Quantification of 5-EU intensity in siLUCIFERASE (siLUC) or siMST2 treated cells transfected with I-PpoI mRNA. Middle line represents the median and the boxes 25th and 75th percentiles. The whiskers mark the smallest and largest values. 100 values were analyzed in each condition."}
{"words": ["(", "P", ")", "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siMST2", "and", "48", "h", "post", "transfection", "cells", "were", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "6", "h", "post", "transfection", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "for", "RASSF1A", "(", "R1A", ")", "and", "γH2AX", ".", "(", "Q", ")", "Quantification", "of", "(", "P", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(P) HeLa cells were treated with siLUCIFERASE (siLUC) or siMST2 and 48 h post transfection cells were transfected with I-PpoI mRNA. 6 h post transfection cells were fixed and stained for RASSF1A (R1A) and γH2AX. (Q) Quantification of (P). Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "R", "-", "W", ")", "HeLa", "cells", "treated", "with", "siLUCIFERASE", "(", "siLUC", ")", "or", "siMST2", "and", "48", "h", "later", "transfected", "with", "I", "-", "PpoI", "mRNA", ".", "Cells", "were", "stained", "for", "ATM", "-", "pS1981", "(", "R", ")", ",", "KAP1", "-", "pS824", "(", "T", ")", "and", "RPA", "(", "V", ")", "and", "quantified", "(", "S", ",", "U", ",", "W", ")", ".", "108", "values", "in", "(", "S", ")", ",", "95", "values", "in", "(", "U", ")", "and", "100", "values", "in", "(", "W", ")", "were", "analysed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(R-W) HeLa cells treated with siLUCIFERASE (siLUC) or siMST2 and 48 h later transfected with I-PpoI mRNA. Cells were stained for ATM-pS1981 (R), KAP1-pS824 (T) and RPA (V) and quantified (S, U, W). 108 values in (S), 95 values in (U) and 100 values in (W) were analysed."}
{"words": ["(", "Β", ")", "Clonogenic", "survival", "analysis", "of", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "and", "the", "indicated", "doses", "of", "Ionizing", "radiation", "(", "γIR", ")", ".", "Survival", "fraction", "was", "calculated", ".", "Error", "bars", "represent", "SEM", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(Β) Clonogenic survival analysis of HeLa cells treated with the indicated siRNAs and the indicated doses of Ionizing radiation (γIR). Survival fraction was calculated. Error bars represent SEM and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Clonogenic", "survival", "analysis", "and", "representative", "images", "of", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "followed", "by", "I", "‐", "PpoI", "WT", "or", "I", "-", "PpoI", "H98A", "mRNA", "transfections", ".", "Survival", "ratio", "I", "-", "PpoI", "WT", "/", "I", "-", "PpoI", "H98A", "in", "each", "siRNA", "condition", "is", "presented", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", "and", "derive", "from", "3", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Clonogenic survival analysis and representative images of HeLa cells treated with the indicated siRNAs followed by I‐PpoI WT or I-PpoI H98A mRNA transfections. Survival ratio I-PpoI WT/I-PpoI H98A in each siRNA condition is presented. Error bars represent standard deviation and derive from 3 independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "45S", "rDNA", "copy", "number", "analysis", "in", "patients", "'", "tumors", "compared", "to", "adjacent", "controls", "in", "the", "LUAD", "cohort", ".", "67", "tumor", "samples", "and", "43", "samples", "from", "adjacent", "tissue", "were", "analyzed", ".", "(", "F", ")", "45S", "rDNA", "copy", "number", "analysis", "in", "the", "LUAD", "patient", "samples", "based", "on", "RASSF1A", "CpG", "promoter", "methylation", ".", "67", "samples", "were", "analysed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) 45S rDNA copy number analysis in patients' tumors compared to adjacent controls in the LUAD cohort. 67 tumor samples and 43 samples from adjacent tissue were analyzed. (F) 45S rDNA copy number analysis in the LUAD patient samples based on RASSF1A CpG promoter methylation. 67 samples were analysed."}
{"words": ["F", "-", "M", ")", "Total", "cellularity", "of", "F", ")", "HSPCs", ",", "G", ")", "LT", "-", "HSCs", ",", "H", ")", "ST", "-", "HSCs", ",", "I", ")", "Tom", "+", "HSCs", ",", "J", ")", "GFP", "+", "drHSCs", ",", "K", ")", "MPP2", ",", "L", ")", "MPP3", ",", "M", ")", "MPP4", "in", "E16", ".", "5", "fetuses", "following", "saline", "or", "maternal", "infection", "with", "Pru", "or", "RH", "as", "shown", "in", "Fig", ".", "1A", ".", "n", "=", "9", "-", "15", "fetuses", "from", "at", "least", "3", "litters", "/", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-M) Total cellularity of F) HSPCs, G) LT-HSCs, H) ST-HSCs, I) Tom+ HSCs, J) GFP+ drHSCs, K) MPP2, L) MPP3, M) MPP4 in E16.5 fetuses following saline or maternal infection with Pru or RH as shown in Fig. 1A. n = 9-15 fetuses from at least 3 litters/condition."}
{"words": ["N", "-", "O", ")", "Frequency", "of", "N", ")", "HSCs", "(", "CD150hi", ")", "O", ")", "MPPs", "(", "CD150", "-", "HSPCs", ")", "expressing", "Ki67", "(", "G1", "+", "G2", "-", "M", "-", "S", ")", "at", "E16", ".", "5", "following", "saline", "or", "maternal", "infection", "with", "Pru", "or", "RH", "n", "=", "9", "-", "15", "fetuses", "from", "at", "least", "3", "litters", "/", "condition", ".", "For", "all", "analysis", "above", "bars", "represent", "mean", "+", "SEM", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N-O) Frequency of N) HSCs (CD150hi) O) MPPs (CD150- HSPCs) expressing Ki67 (G1+G2-M-S) at E16.5 following saline or maternal infection with Pru or RH n = 9-15 fetuses from at least 3 litters/condition. For all analysis above bars represent mean + SEM. One-way ANOVA with Tukey's test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["B", ")", "Ratio", "of", "primary", "recipients", "with", "long", "-", "term", "multi", "-", "lineage", "reconstitution", "(", "LTMR", ":", ">", "1", "%", "peripheral", "blood", "chimerism", "within", "each", "mature", "lineage", ")", "in", "all", "4", "lineages", "(", "granulocyte", "/", "macrophages", "[", "GM", "]", ",", "platelets", ",", "B", "-", "and", "T", "-", "cells", ")", ",", "n", "is", "shown", "as", "the", "numerator", ".", "Statistical", "significance", "determined", "by", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "(", "2", "-", "tailed", ")", ".", "*", "p", "≤", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Ratio of primary recipients with long-term multi-lineage reconstitution (LTMR: > 1% peripheral blood chimerism within each mature lineage) in all 4 lineages (granulocyte/macrophages [GM], platelets, B- and T-cells), n is shown as the numerator. Statistical significance determined by Fisher's exact test (2-tailed). *p ≤ 0.05"}
{"words": ["C", "-", "F", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "primary", "Tom", "+", "HSC", "transplant", "recipient", "mice", "with", "LTMR", "in", "C", ")", "granulocytes", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "D", ")", "platelets", ",", "E", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "F", ")", "T", "-", "cells", "at", "week", "16", "post", "-", "transplantation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-F) Peripheral blood (PB) chimerism of primary Tom+ HSC transplant recipient mice with LTMR in C) granulocytes/macrophages (GM), D) platelets, E) B-cells, and F) T-cells at week 16 post-transplantation."}
{"words": ["G", "-", "J", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "primary", "GFP", "+", "drHSC", "transplant", "recipient", "mice", "with", "LTMR", "in", "G", ")", "granulocytes", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "H", ")", "platelets", ",", "I", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "J", ")", "T", "-", "cells", "at", "week", "16", "post", "-", "transplantation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J) Peripheral blood (PB) chimerism of primary GFP+ drHSC transplant recipient mice with LTMR in G) granulocytes/macrophages (GM), H) platelets, I) B-cells, and J) T-cells at week 16 post-transplantation."}
{"words": ["K", ")", "Ratio", "of", "secondary", "recipients", "with", "long", "-", "term", "multi", "-", "lineage", "reconstitution", "(", "LTMR", ";", ">", "0", ".", "1", "%", "PB", "chimerism", ")", "in", "all", "4", "lineages", "(", "GM", ",", "platelets", ",", "B", "-", "and", "T", "-", "cells", ")", ",", "n", "is", "shown", "as", "the", "numerator", ".", "Statistical", "significance", "determined", "by", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "(", "2", "-", "tailed", ")", ".", "*", "p", "≤", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K) Ratio of secondary recipients with long-term multi-lineage reconstitution (LTMR; > 0.1% PB chimerism) in all 4 lineages (GM, platelets, B- and T-cells), n is shown as the numerator. Statistical significance determined by Fisher's exact test (2-tailed). *p ≤ 0.05"}
{"words": ["L", "-", "O", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "secondary", "recipients", "of", "Tom", "+", "HSC", "with", "LTMR", "in", "L", ")", "granulocytes", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "M", ")", "platelets", ",", "N", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "O", ")", "T", "-", "cells", "at", "week", "16", "post", "-", "transplantation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L-O) Peripheral blood (PB) chimerism of secondary recipients of Tom+ HSC with LTMR in L) granulocytes/macrophages (GM), M) platelets, N) B-cells, and O) T-cells at week 16 post-transplantation."}
{"words": ["P", "-", "S", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "secondary", "recipients", "of", "GFP", "+", "drHSCs", "with", "LTMR", "in", "P", ")", "granulocytes", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "Q", ")", "Platelets", ",", "R", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "S", ")", "T", "-", "cells", "at", "week", "16", "post", "-", "transplantation", ".", "No", "reconstitution", "(", "nr", ")", "was", "present", "in", "recipients", "of", "GFP", "+", "drHSCs", "in", "RH", ".", "Graphs", "C", "-", "J", "and", "L", "-", "S", "are", "plotted", "as", "the", "mean", "+", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "P-S) Peripheral blood (PB) chimerism of secondary recipients of GFP+ drHSCs with LTMR in P) granulocytes/macrophages (GM), Q) Platelets, R) B-cells, and S) T-cells at week 16 post-transplantation. No reconstitution (nr) was present in recipients of GFP+ drHSCs in RH. Graphs C-J and L-S are plotted as the mean + SD. One-way ANOVA with Tukey's test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["A", "-", "I", "Measurement", "of", "A", ")", "IFNγ", ",", "B", ")", "IFNβ", ",", "C", ")", "IL", "-", "1β", ",", "D", ")", "IL", "-", "10", ",", "E", ")", "IL", "-", "1α", ",", "F", ")", "TNFα", ",", "G", ")", "IL", "-", "6", ",", "H", ")", "IL", "-", "27", ",", "and", "I", ")", "GM", "-", "CSF", "cytokines", "in", "fetal", "amniotic", "fluid", "at", "E15", ".", "5", "following", "prenatal", "infection", ".", "n", "=", "8", "-", "9", "fetuses", "from", "at", "least", "3", "litters", "/", "condition", ".", "For", "all", "analysis", "above", "bars", "represent", "mean", "+", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-I Measurement of A) IFNγ, B) IFNβ, C) IL-1β, D) IL-10, E) IL-1α, F) TNFα, G) IL-6, H) IL-27, and I) GM-CSF cytokines in fetal amniotic fluid at E15.5 following prenatal infection. n=8-9 fetuses from at least 3 litters/condition. For all analysis above bars represent mean + SD. One-way ANOVA with Tukey's test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; **p≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["U", "-", "C", "'", ")", "Measurement", "of", "U", ")", "IFNγ", ",", "V", ")", "IFNβ", ",", "W", ")", "IL", "-", "1β", ",", "X", ")", "IL", "-", "10", ",", "Y", ")", "IL", "-", "1α", ",", "Z", ")", "TNFα", ",", "A", "'", ")", "IL", "-", "6", "B", "'", ")", "IL", "-", "27", ",", "and", "C", "'", ")", "GM", "-", "CSF", "cytokines", "in", "maternal", "serum", "at", "E15", ".", "5", "following", "prenatal", "infection", ";", "n", "=", "3", "mice", "/", "condition", ".", "For", "all", "analysis", "above", "bars", "represent", "mean", "+", "SD", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "U-C') Measurement of U) IFNγ, V) IFNβ, W) IL-1β, X) IL-10, Y) IL-1α, Z) TNFα, A') IL-6 B') IL-27, and C') GM-CSF cytokines in maternal serum at E15.5 following prenatal infection; n=3 mice/condition. For all analysis above bars represent mean + SD. One-way ANOVA with Tukey's test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; **p≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["A", "-", "H", ")", "Total", "cellularity", "of", "A", ")", "HSPCs", ",", "B", ")", "LT", "-", "HSCs", ",", "C", ")", "Tom", "+", "HSCs", ",", "D", ")", "GFP", "+", "drHSCs", ",", "E", ")", "ST", "-", "HSCs", ",", "F", ")", "MPP2", ",", "G", ")", "MPP3", ",", "and", "H", ")", "MPP4", "at", "E15", ".", "5", "following", "maternal", "IFNγ", "injection", ".", "For", "all", "analysis", "above", ",", "bars", "represent", "mean", "+", "SEM", ".", "n", "=", "9", "-", "13", "fetuses", "from", "3", "-", "4", "litters", "/", "condition", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "unpaired", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-H) Total cellularity of A) HSPCs, B) LT-HSCs, C) Tom+ HSCs, D) GFP+ drHSCs, E) ST-HSCs, F) MPP2, G) MPP3, and H) MPP4 at E15.5 following maternal IFNγ injection. For all analysis above, bars represent mean + SEM. n = 9-13 fetuses from 3-4 litters/condition. Statistical significance was determined by unpaired student's t-test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["A", ")", "Ratio", "of", "recipients", "with", "long", "-", "term", "multi", "-", "lineage", "reconstitution", "(", "LTMR", ":", ">", "1", "%", "PB", "chimerism", ")", "in", "all", "4", "lineages", "(", "GM", ",", "platelets", ",", "B", "-", "and", "T", "-", "cells", ")", ".", "N", "of", "mice", "is", "shown", "as", "the", "numerator", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Ratio of recipients with long-term multi-lineage reconstitution (LTMR: > 1% PB chimerism) in all 4 lineages (GM, platelets, B- and T-cells). N of mice is shown as the numerator."}
{"words": ["B", "-", "E", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "B", ")", "granulocyte", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "C", ")", "platelets", ",", "D", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "E", ")", "T", "-", "cells", "in", "Tom", "+", "HSC", "transplant", "recipients", "at", "16", "weeks", "post", "-", "transplantation", ".", "F", "-", "I", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "F", ")", "granulocyte", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "G", ")", "platelets", ",", "H", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "I", ")", "T", "-", "cells", "in", "GFP", "+", "drHSC", "transplant", "recipients", "of", "mice", "at", "16", "weeks", "post", "-", "transplantation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B-E) Peripheral blood (PB) chimerism of B) granulocyte/macrophages (GM), C) platelets, D) B-cells, and E) T-cells in Tom+ HSC transplant recipients at 16 weeks post-transplantation. F-I) Peripheral blood (PB) chimerism of F) granulocyte/macrophages (GM), G) platelets, H) B-cells, and I) T-cells in GFP+ drHSC transplant recipients of mice at 16 weeks post-transplantation."}
{"words": ["J", ")", "Ratio", "of", "secondary", "transplant", "recipients", "with", "long", "-", "term", "multi", "-", "lineage", "reconstitution", "(", "LTMR", ">", "0", ".", "1", "%", "PB", "chimerism", ")", "in", "all", "4", "lineages", "(", "GM", ",", "platelets", ",", "B", "-", "and", "T", "-", "cells", ")", ".", "N", "of", "mice", "is", "shown", "as", "the", "numerator", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J) Ratio of secondary transplant recipients with long-term multi-lineage reconstitution (LTMR > 0.1% PB chimerism) in all 4 lineages (GM, platelets, B- and T-cells). N of mice is shown as the numerator."}
{"words": ["K", "-", "N", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "K", ")", "granulocyte", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "L", ")", "platelets", ",", "M", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "N", ")", "T", "-", "cells", "in", "secondary", "Tom", "+", "HSC", "transplant", "recipients", "at", "16", "weeks", "post", "-", "transplantation", ".", "O", "-", "R", ")", "Peripheral", "blood", "(", "PB", ")", "chimerism", "of", "Q", ")", "granulocyte", "/", "macrophages", "(", "GM", ")", ",", "R", ")", "Platelets", ",", "S", ")", "B", "-", "cells", ",", "and", "T", ")", "T", "-", "cells", "in", "secondary", "transplant", "recipients", "of", "GFP", "+", "drHSCs", "at", "16", "weeks", "post", "-", "transplantation", ".", "For", "all", "%", "chimerism", "experiments", ",", "mice", "not", "demonstrating", "LTMR", "were", "not", "included", "in", "analysis", ".", "Bars", "represent", "mean", "+", "SD", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "unpaired", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K-N) Peripheral blood (PB) chimerism of K) granulocyte/macrophages (GM), L) platelets, M) B-cells, and N) T-cells in secondary Tom+ HSC transplant recipients at 16 weeks post-transplantation. O-R) Peripheral blood (PB) chimerism of Q) granulocyte/macrophages (GM), R) Platelets, S) B-cells, and T) T-cells in secondary transplant recipients of GFP+ drHSCs at 16 weeks post-transplantation. For all % chimerism experiments, mice not demonstrating LTMR were not included in analysis. Bars represent mean + SD. Statistical significance was determined by unpaired student's t-test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01."}
{"words": ["A", ")", "IFNγ", "cytokine", "measured", "in", "the", "amniotic", "fluid", "(", "AF", ")", "and", "fetal", "liver", "supernatant", "(", "FL", ")", "of", "IFNγKO", "(", "IFNγ", "-", "/", "-", ")", "mice", "one", "day", "following", "injection", "of", "cytokine", "on", "E14", ".", "5", ".", "ND", "=", "not", "detectable", ".", "Data", "represent", "mean", "of", "3", "fetuses", "/", "condition", "and", "error", "bars", "represent", "+", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) IFNγ cytokine measured in the amniotic fluid (AF) and fetal liver supernatant (FL) of IFNγKO (IFNγ-/-) mice one day following injection of cytokine on E14.5. ND = not detectable. Data represent mean of 3 fetuses/condition and error bars represent + SD."}
{"words": ["C", "-", "H", ")", "Total", "cellularity", "of", "C", ")", "HSPCs", ",", "D", ")", "LT", "-", "HSCs", ",", "E", ")", "ST", "-", "HSCs", ",", "F", ")", "MPP2", ",", "G", ")", "MPP3", ",", "and", "H", ")", "MPP4", "in", "saline", "or", "IFNγ", "exposed", "littermates", "of", "each", "genotype", "(", "IFNγ", "+", "/", "-", "or", "-", "/", "-", ")", ",", "as", "derived", "from", "the", "cross", "(", "IFNγR", "+", "/", "-", "dam", ")", ".", "n", "=", "19", "-", "23", "fetuses", "from", "3", "litters", "/", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-H) Total cellularity of C) HSPCs, D) LT-HSCs, E) ST-HSCs, F) MPP2, G) MPP3, and H) MPP4 in saline or IFNγ exposed littermates of each genotype (IFNγ +/- or -/-), as derived from the cross (IFNγR +/- dam). n = 19-23 fetuses from 3 litters/condition."}
{"words": ["J", "-", "O", ")", "Total", "cellularity", "of", "J", ")", "HSPCs", ",", "K", ")", "LT", "-", "HSCs", ",", "L", ")", "ST", "-", "HSCs", ",", "M", ")", "MPP2", ",", "N", ")", "MPP3", ",", "and", "O", ")", "MPP4", "in", "saline", "or", "IFNγ", "exposed", "littermates", "of", "each", "genotype", "(", "IFNγ", "+", "/", "-", "or", "-", "/", "-", ")", ",", "(", "IFNγR", "-", "/", "-", "dam", ")", ".", "n", "=", "19", "-", "21", "fetuses", "from", "3", "litters", "/", "condition", ".", "For", "all", "analysis", "bars", "represent", "mean", ".", "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "unpaired", "student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "0001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J-O) Total cellularity of J) HSPCs, K) LT-HSCs, L) ST-HSCs, M) MPP2, N) MPP3, and O) MPP4 in saline or IFNγ exposed littermates of each genotype (IFNγ +/- or -/-), (IFNγR -/- dam). n = 19-21 fetuses from 3 litters/condition. For all analysis bars represent mean. Statistical significance was determined by unpaired student's t-test. *p ≤ 0.05; **p ≤ 0.01; ***p ≤ 0.001; ****p ≤ 0.0001."}
{"words": ["(", "A", ")", "siRNA", "-", "treated", "BMDMs", "were", "infected", "for", "16", "hours", "with", "S", ".", "Typhimurium", "(", "orgA", "-", ")", "and", "LDH", "and", "IL", "-", "1β", "release", "were", "measured", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) siRNA-treated BMDMs were infected for 16 hours with S. Typhimurium (orgA-) and LDH and IL-1β release were measured."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cell", "death", "(", "LDH", ")", "and", "IL", "-", "1β", "release", "evaluation", "in", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "GBPChr3", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMDMs", "infected", "for", "16", "hours", "with", "different", "Gram", "-", "negative", "bacteria", "(", "MOI", "25", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cell death (LDH) and IL-1β release evaluation in WT, Irgm2-/-, GBPChr3-/- and Casp11-/- BMDMs infected for 16 hours with different Gram-negative bacteria (MOI 25)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blot", "examination", "of", "processed", "caspase", "-", "1", "(", "p20", ")", "and", "gasdermin", "-", "D", "(", "p30", ")", "in", "supernatants", "and", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "(", "p45", ")", ",", "pro", "-", "gasdermin", "-", "D", "(", "p55", ")", "and", "GAPDH", "in", "cell", "lysates", "of", "WT", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMDMs", "infected", "for", "16", "h", "with", "different", "Gram", "-", "negative", "bacterial", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blot examination of processed caspase-1 (p20) and gasdermin-D (p30) in supernatants and pro-caspase-1 (p45), pro-gasdermin-D (p55) and GAPDH in cell lysates of WT and Irgm2-/- BMDMs infected for 16 h with different Gram-negative bacterial strains."}
{"words": ["(", "D", ")", "IL", "-", "1β", "and", "cell", "death", "(", "%", "LDH", ")", "evaluation", "in", "immortalized", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "Irgm2", "-", "/", "-", "(", "referred", "as", "sgIrgm2", ")", "BMDMs", "after", "16", "hours", "of", "E", ".", "coli", ",", "S", ".", "Typhimurium", "orgA", "-", "and", "OMV", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) IL-1β and cell death (% LDH) evaluation in immortalized WT, Irgm2-/-, Casp11-/- and Casp11-/-Irgm2-/- (referred as sgIrgm2) BMDMs after 16 hours of E. coli, S. Typhimurium orgA- and OMV treatment."}
{"words": ["(", "E", ")", "Cell", "death", "(", "%", "LDH", ")", "evaluation", "in", "IFNγ", "-", "primed", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMDMs", "4", "hours", "after", "electroporation", "or", "not", "with", "1µg", "of", "E", ".", "coli", "LPS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(E) Cell death (% LDH) evaluation in IFNγ-primed WT, Irgm2-/- and Casp11-/- BMDMs 4 hours after electroporation or not with 1µg of E. coli LPS."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "Survival", "of", "WT", ",", "Casp11", "-", "/", "-", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "mice", "primed", "with", "100µg", "poly", "(", "I", ":", "C", ")", "for", "6", "hours", "and", "injected", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "with", "5mg", "/", "k", "-", "1", "LPS", "or", "5", "and", "25", "µg", "of", "OMVs", "(", "n", "=", "6", "animals", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) Survival of WT, Casp11-/- and Irgm2-/- mice primed with 100µg poly(I:C) for 6 hours and injected (i.p.) with 5mg/k-1 LPS or 5 and 25 µg of OMVs (n=6 animals per condition)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Measure", "of", "LDH", "and", "IL", "-", "1β", "release", "in", "WT", ",", "GBPChr3", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMDMs", "were", "Irgm2", "was", "knocked", "down", "16", "hours", "after", "exposure", "to", "2", ",", "5", "µg", "/", "2", ".", "105", "cells", "of", "OMVs", ".", "Si", "Scramble", "(", "siScr", ".", ")", "refers", "to", "RNAi", "pools", "with", "non", "-", "targeting", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Measure of LDH and IL-1β release in WT, GBPChr3-/- and Casp11-/- BMDMs were Irgm2 was knocked down 16 hours after exposure to 2,5 µg/2.105 cells of OMVs. Si Scramble (siScr.) refers to RNAi pools with non-targeting sequences."}
{"words": ["(", "B", ")", "Cell", "death", "(", "LDH", ")", "and", "IL", "-", "1β", "release", "evaluation", "in", "Irgm2", "-", "silenced", "WT", "and", "GBPChr3", "-", "/", "-", "BMDMs", "infected", "for", "16", "hours", "with", "either", "S", ".", "Tm", "orgA", "-", "or", "F", ".", "novicida", "(", "MOI", "25", ")", ".", "Si", "Scramble", "(", "siScr", ".", ")", "refers", "to", "RNAi", "pools", "with", "non", "-", "targeting", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Cell death (LDH) and IL-1β release evaluation in Irgm2-silenced WT and GBPChr3-/- BMDMs infected for 16 hours with either S.Tm orgA- or F. novicida (MOI 25). Si Scramble (siScr.) refers to RNAi pools with non-targeting sequences."}
{"words": ["(", "C", ")", "Florescence", "microscopy", "and", "associated", "quantifications", "of", "GBP", "-", "2", "(", "green", ")", "recruitments", "to", "intracellular", "S", ".", "Tm", "orgA", "-", "-", "mCherry", "(", "MOI", "10", ",", "red", ")", "in", "IFNγ", "-", "primed", "WT", "and", "Irgm2", "-", "/", "-", "BMDMs", ".", "Nucleus", "was", "stained", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", ".", "Confocal", "images", "shown", "are", "from", "one", "experiment", "and", "are", "representative", "of", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "scale", "bars", "5", "µm", ".", "For", "quantifications", ",", "the", "percentage", "of", "GBP", "-", "associated", "bacteria", "was", "quantified", "and", "'", "n", "=", "'", "refers", "to", "the", "number", "of", "intracellular", "bacteria", "counted", "in", "each", "experiment", ";", "quantifications", "from", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "were", "then", "plotted", "and", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Florescence microscopy and associated quantifications of GBP-2 (green) recruitments to intracellular S. Tm orgA--mCherry (MOI 10, red) in IFNγ-primed WT and Irgm2-/-BMDMs. Nucleus was stained with Hoechst (blue). Confocal images shown are from one experiment and are representative of n=3 independent experiments; scale bars 5 µm. For quantifications, the percentage of GBP-associated bacteria was quantified and 'n=' refers to the number of intracellular bacteria counted in each experiment; quantifications from n=3 independent experiments were then plotted and expressed as mean ± SEM."}
{"words": ["(", "D", ")", "Confocal", "fluorescence", "microscopy", "images", "and", "associated", "quantifications", "of", "caspase", "-", "11", "-", "C254G", "-", "GFP", "(", "green", ")", "recruitment", "to", "S", ".", "Tm", "-", "mCherry", "(", "orgA", "-", ",", "red", ")", "in", "IFNγ", "-", "primed", "iWT", ",", "iIrgm2", "-", "/", "-", ",", "iGBPChr3", "-", "/", "-", "and", "iGBPChr3", "-", "/", "-", "/", "sgIrgm2", "BMDMs", "after", "8", "hours", "of", "infection", ".", "Nucleus", "(", "blue", ")", "was", "stained", "with", "Hoescht", ";", "scale", "bar", "5µm", ".", "For", "quantifications", ",", "the", "percentage", "of", "bacteria", "positive", "for", "caspase", "-", "11", "-", "C254G", "-", "GFP", "was", "determined", "by", "combining", "the", "bacterial", "counts", "from", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "and", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "for", "the", "indicated", "comparisons", "using", "t", "-", "test", "with", "bonferroni", "correction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Confocal fluorescence microscopy images and associated quantifications of caspase-11-C254G-GFP (green) recruitment to S.Tm-mCherry (orgA-, red) in IFNγ-primed iWT, iIrgm2-/-, iGBPChr3-/- and iGBPChr3-/-/sgIrgm2 BMDMs after 8 hours of infection. Nucleus (blue) was stained with Hoescht; scale bar 5µm. For quantifications, the percentage of bacteria positive for caspase-11-C254G-GFP was determined by combining the bacterial counts from n=3 independent experiments and expressed as mean ± SEM. ***p ≤ 0.001 for the indicated comparisons using t-test with bonferroni correction."}
{"words": ["(", "A", ")", "GFP", "-", "Trap", "coupled", "to", "mass", "spectrometry", "strategy", "used", ".", "The", "volcano", "plot", "represents", "3", "independent", "combined", "experiments", ".", "Threshold", "selection", "of", "enriched", "proteins", "(", "red", "dots", ")", "in", "Irgm2", "-", "GFP", "fraction", "was", "set", "at", "2", "fold", "enrichment", "(", "x", "axis", ")", "and", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "(", "y", "axis", ")", ".", "Blacks", "and", "Grey", "dots", "indicate", "proteins", "that", "did", "not", "reach", "a", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "using", "t", "-", "test", "with", "bonferroni", "correction", ".", "Labelled", "proteins", "represent", "the", "top", "6", "enriched", "proteins", "in", "the", "Irgm2", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) GFP-Trap coupled to mass spectrometry strategy used. The volcano plot represents 3 independent combined experiments. Threshold selection of enriched proteins (red dots) in Irgm2-GFP fraction was set at 2 fold enrichment (x axis) and p-value <0.05 (y axis). Blacks and Grey dots indicate proteins that did not reach a p-value <0.05 using t-test with bonferroni correction. Labelled proteins represent the top 6 enriched proteins in the Irgm2 fraction."}
{"words": ["(", "B", ")", "Green", "Florescent", "Protein", "(", "GFP", ")", "-", "Trap", "assay", "of", "the", "presence", "of", "Gate16", "in", "Irgm2", "-", "GFP", "-", "enriched", "fraction", "from", "the", "lysates", "of", "IFNγ", "-", "primed", "iIrgm2", "-", "/", "-", "BMDMs", "complemented", "with", "lentiviral", "constructs", "coding", "for", "a", "fusion", "of", "Irgm2", "withGFP", "(", "Irgm2", "-", "GFP", ")", "or", "GFP", "alone", ".", "Arrows", "show", "the", "presence", "or", "not", "of", "Gate16", ",", "Irgm2", "-", "GFP", "and", "GAPDH", "in", "the", "Irgm2", "-", "GFP", "-", "enriched", "fractions", ",", "flow", "-", "through", "and", "total", "cell", "lysates", ".", "*", "means", "non", "-", "specific"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Green Florescent Protein (GFP)-Trap assay of the presence of Gate16 in Irgm2-GFP-enriched fraction from the lysates of IFNγ-primed iIrgm2-/- BMDMs complemented with lentiviral constructs coding for a fusion of Irgm2 withGFP (Irgm2-GFP) or GFP alone. Arrows show the presence or not of Gate16, Irgm2-GFP and GAPDH in the Irgm2-GFP-enriched fractions, flow-through and total cell lysates. * means non-specific band"}
{"words": ["(", "C", ")", "LDH", "and", "IL", "-", "1β", "release", "from", "siRNA", "-", "treated", "WT", "BMDMs", ",", "and", "then", "exposed", "to", "2", ".", "5", "µg", "/", "2", ".", "105", "cells", "of", "OMVs", "for", "16", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) LDH and IL-1β release from siRNA-treated WT BMDMs, and then exposed to 2.5 µg/2.105 cells of OMVs for 16 hours."}
{"words": ["(", "D", ")", "LDH", "and", "IL", "-", "1β", "release", "from", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "and", "Casp11", "-", "/", "-", "BMDMs", "silenced", "for", "Gate16", "and", "treated", "for", "16", "hours", "with", "2", ",", "5µg", "/", "2", ".", "105", "cells", "of", "OMVs", ".", "Si", "Scramble", "(", "siScr", ".", ")", "refers", "to", "RNAi", "pools", "with", "non", "-", "targeting", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) LDH and IL-1β release from WT, Irgm2-/- and Casp11-/- BMDMs silenced for Gate16 and treated for 16 hours with 2,5µg/2.105 cells of OMVs. Si Scramble (siScr.) refers to RNAi pools with non-targeting sequences."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blot", "examination", "of", "caspase", "-", "11", "and", "processed", "caspase", "-", "1", "(", "p20", ")", "and", "gasdermin", "-", "D", "(", "p30", ")", "in", "supernatants", "and", "pro", "-", "caspase", "-", "1", "(", "p45", ")", ",", "pro", "-", "gasdermin", "-", "D", "(", "p55", ")", ",", "pro", "-", "caspase", "-", "11", ",", "Gate16", "and", "GAPDH", "in", "cell", "lysates", "of", "Gate16", "-", "silenced", "WT", ",", "Irgm2", "-", "/", "-", "and", "GBPChr3", "-", "/", "-", "BMDMs", "exposed", "to", "2", ",", "5", ".", "105µg", "/", "2", ".", "105", "cells", "of", "OMVs", "for", "16", "hours", ".", "Si", "Scramble", "(", "siScr", ".", ")", "refers", "to", "RNAi", "pools", "with", "non", "-", "targeting", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Western blot examination of caspase-11 and processed caspase-1 (p20)and gasdermin-D (p30) in supernatants and pro-caspase-1 (p45), pro-gasdermin-D (p55), pro-caspase-11, Gate16 and GAPDH in cell lysates of Gate16-silenced WT, Irgm2-/- and GBPChr3-/- BMDMs exposed to 2,5.105µg/2.105 cells of OMVs for 16 hours. Si Scramble (siScr.) refers to RNAi pools with non-targeting sequences."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "confocal", "fluorescence", "microscopy", "images", "and", "associated", "quantifications", "of", "caspase", "-", "11", "-", "C254G", "-", "GFP", "(", "green", ")", "recruitment", "to", "S", ".", "Tm", "-", "mCherry", "(", "orgA", "-", ",", "red", ",", "MOI", "10", ")", "in", "IFNγ", "-", "primed", "iWT", "BMDMs", "silenced", "for", "Gate16", "after", "4", "and", "8", "hours", "of", "infection", ".", "Nucleus", "(", "blue", ")", "was", "stained", "with", "Hoechst", ";", "scale", "bar", "5µm", ".", "For", "quantifications", ",", "the", "percentage", "of", "bacteria", "positive", "for", "caspase", "-", "11", "-", "C254G", "-", "GFP", "was", "determined", "by", "combining", "the", "bacterial", "counts", "from", "n", "=", "3", "independent", "experiments", "and", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "for", "the", "indicated", "comparisons", "using", "t", "-", "test", "with", "bonferroni", "correction", ".", "Si", "Scramble", "(", "siScr", ".", ")", "refers", "to", "RNAi", "pools", "with", "non", "-", "targeting", "sequences", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative confocal fluorescence microscopy images and associated quantifications of caspase-11-C254G-GFP (green) recruitment to S.Tm-mCherry (orgA-, red, MOI 10) in IFNγ-primed iWT BMDMs silenced for Gate16 after 4 and 8 hours of infection. Nucleus (blue) was stained with Hoechst; scale bar 5µm. For quantifications, the percentage of bacteria positive for caspase-11-C254G-GFP was determined by combining the bacterial counts from n=3 independent experiments and expressed as mean ± SEM. **p ≤ 0.01, ***p ≤ 0.001 for the indicated comparisons using t-test with bonferroni correction. Si Scramble (siScr.) refers to RNAi pools with non-targeting sequences."}
{"words": ["(", "A", ")", "LDH", "and", "IL", "-", "1B", "release", "from", "siRNA", "-", "treated", "primary", "human", "Monocyte", "-", "Derived", "Macrophages", "(", "hMDMs", ")", "infected", "with", "S", ".", "Typhimurium", "orgA", "-", "(", "MOI25", ")", "for", "16", "hours", ".", "When", "specified", ",", "the", "caspase", "-", "4", "/", "5", "inhibitor", "Z", "-", "LEVD", "(", "25µM", ")", "or", "the", "NLRP3", "inhibitor", "MCC950", "(", "10µM", ")", "were", "added", "to", "the", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) LDH and IL-1B release from siRNA-treated primary human Monocyte-Derived Macrophages (hMDMs) infected with S. Typhimurium orgA- (MOI25) for 16 hours. When specified, the caspase-4/5 inhibitor Z-LEVD (25µM) or the NLRP3 inhibitor MCC950 (10µM) were added to the experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "LDH", "and", "IL", "-", "1B", "release", "from", "siRNA", "-", "treated", "primary", "human", "Monocyte", "-", "Derived", "Macrophages", "(", "hMDMs", ")", ",", "primed", "with", "IFNγ", "(", "10UI", "/", "mL", ")", "and", "PAM3CSK4", "(", "100ng", "/", "mL", ")", "and", "then", "stimulated", "with", "Nigericin", "(", "20µM", ")", "for", "4", "hours", ".", "When", "specified", ",", "the", "caspase", "-", "4", "/", "5", "inhibitor", "Z", "-", "LEVD", "(", "25µM", ")", "or", "the", "NLRP3", "inhibitor", "MCC950", "(", "10µM", ")", "were", "added", "to", "the", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) LDH and IL-1B release from siRNA-treated primary human Monocyte-Derived Macrophages (hMDMs), primed with IFNγ (10UI/mL) and PAM3CSK4 (100ng/mL) and then stimulated with Nigericin (20µM) for 4 hours. When specified, the caspase-4/5 inhibitor Z-LEVD (25µM) or the NLRP3 inhibitor MCC950 (10µM) were added to the experiments."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "LDH", "and", "IL", "-", "1B", "release", "from", "siRNA", "-", "treated", "WT", "or", "GBP1", "/", "2", "/", "5", "-", "/", "-", "U937", "Monocytic", "cell", "line", ",", "primed", "with", "IFNγ", "(", "10UI", "/", "mL", ")", "and", "PAM3CSK4", "(", "100ng", "/", "mL", ")", "and", "then", "infected", "with", "(", "C", ")", "with", "S", ".", "Typhimurium", "orgA", "-", "(", "MOI25", ")", "for", "10", "hours", "or", "(", "D", ")", "electroporated", "with", "1µg", "of", "E", ".", "coli", "LPS", "for", "4", "hours", ".", "Φ", "indicates", "that", "no", "LPS", "electroporation", "was", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) LDH and IL-1B release from siRNA-treated WT or GBP1/2/5-/- U937 Monocytic cell line, primed with IFNγ (10UI/mL) and PAM3CSK4 (100ng/mL) and then infected with (C) with S. Typhimurium orgA- (MOI25) for 10 hours or (D) electroporated with 1µg of E. coli LPS for 4 hours. Φ indicates that no LPS electroporation was performed."}
{"words": ["E", ")", "H2AQ105me", "and", "H3K56ac", "levels", "in", "deletions", "of", "genes", "important", "for", "H3K56ac"], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1], "text": "E) H2AQ105me and H3K56ac levels in deletions of genes important for H3K56ac deposition"}
{"words": ["G", "-", "J", ")", "ChIP", "-", "qPCR", "for", "indicated", "antibodies", "after", "treatment", "with", "5nM", "rapamycin", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Samples", "were", "either", "normalized", "to", "input", "or", "to", "the", "core", "histone", ".", "n", "=", "3", ",", "biological", "replicates", ",", "error", "bars", "are", "standard", "error", "of", "the", "mean", ".", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "relative", "to", "t", "=", "0", ",", "based", "on", "unpaired", ",", "2", "-", "tailed", "t", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J) ChIP-qPCR for indicated antibodies after treatment with 5nM rapamycin for the indicated time points. Samples were either normalized to input or to the core histone. n=3, biological replicates, error bars are standard error of the mean. *, p<0.05, relative to t=0, based on unpaired, 2-tailed t-test"}
{"words": ["B", ")", "Volcano", "plot", "of", "quantitative", "SILAC", "experiments", ".", "Left", "upper", "quadrant", "indicates", "significantly", ",", "2", "-", "fold", "enriched", "proteins", "bound", "specifically", "to", "H2AQ105me", ".", "Members", "of", "the", "FACT", "complex", "(", "SPT16", "/", "POB3", ")", "are", "highlighted", "in", "red", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Volcano plot of quantitative SILAC experiments. Left upper quadrant indicates significantly, 2-fold enriched proteins bound specifically to H2AQ105me. Members of the FACT complex (SPT16/POB3) are highlighted in red."}
{"words": ["C", ")", "Peptide", "pulldown", "using", "recombinantly", "purified", "Nhp2", ".", "Eluted", "peptides", "were", "slot", "blotted", "and", "detected", "using", "streptavidine", "-", "HRP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "C) Peptide pulldown using recombinantly purified Nhp2. Eluted peptides were slot blotted and detected using streptavidine-HRP."}
{"words": ["E", ")", "ChIP", "-", "seq", "profile", "of", "Nhp2", "(", "orange", ")", "and", "its", "respective", "input", "(", "black", ")", "across", "the", "entire", "chromosome", "XII", "of", "yeast", ".", "H2A", "-", "normalised", "H2AQ105me", "(", "grey", ")", "was", "directly", "taken", "as", "comparison", ".", "Magnification", "shows", "the", "two", "annotated", "rDNA", "loci", "in", "the", "yeast", "genome", "indicated", "by", "the", "black", "bars", "below", "the", "tracks", ".", "Scale", "bar", "is", "for", "the", "magnification", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) ChIP-seq profile of Nhp2 (orange) and its respective input (black) across the entire chromosome XII of yeast. H2A-normalised H2AQ105me (grey) was directly taken as comparison. Magnification shows the two annotated rDNA loci in the yeast genome indicated by the black bars below the tracks. Scale bar is for the magnification."}
{"words": ["D", ")", "Proteomic", "analysis", "of", "Nhp2", "interactors", ".", "Highlighted", "in", "red", "are", "the", "known", "members", "of", "the", "H", "/", "ACA", "pseudouridylation", "complex", ".", "The", "red", "dashed", "line", "indicates", "significance"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Proteomic analysis of Nhp2 interactors. Highlighted in red are the known members of the H/ACA pseudouridylation complex. The red dashed line indicates significance cutoff"}
{"words": ["G", ")", "Peptide", "pulldowns", "from", "human", "cells", "(", "HEK293T", ")", "to", "test", "for", "conservation", "of", "the", "reported", "interactions", "between", "Nhp2", "and", "members", "of", "the", "SSU", "processome", "complex", "on", "H2AQ105me", ".", "Dyskering", "(", "Cbf5", "homolog", ")", "was", "probed", "to", "test", "for", "the", "presence", "of", "members", "of", "the", "H", "/", "ACA", "complex", ".", "Pulldown", "efficiency", "was", "analyzed", "by", "western", "blotting", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Peptide pulldowns from human cells (HEK293T) to test for conservation of the reported interactions between Nhp2 and members of the SSU processome complex on H2AQ105me. Dyskering (Cbf5 homolog) was probed to test for the presence of members of the H/ACA complex. Pulldown efficiency was analyzed by western blotting using the indicated antibodies."}
{"words": ["I", ")", "Quantification", "of", "Northern", "Blot", "results", ".", "Normalised", "to", "GAPDH", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", "are", "standard", "error", "of", "the", "mean", ".", "Asterix", "indicates", "p", "-", "value", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "based", "on", "unpaired", ",", "2", "-", "tailed", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I) Quantification of Northern Blot results. Normalised to GAPDH, n=3, error bars are standard error of the mean. Asterix indicates p-value (*, p<0.05, based on unpaired, 2-tailed t-test)."}
{"words": ["A", "Hypocotyl", "lengths", "of", "wild", "-", "type", "and", "suc2", "seedlings", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", "°", "C", "for", "7", "days", "or", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "The", "seedlings", "were", "grown", "on", "the", "medium", "with", "or", "without", "3", "%", "sucrose", ".", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "the", "upper", "panel", ".", "Different", "letters", "above", "each", "box", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", "=", "10", ")", ".", "Numbers", "indicate", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", ".", "In", "the", "box", "plots", "(", "A", "-", "D", ")", ",", "the", "thick", "lines", "indicate", "median", "values", ",", "the", "lower", "and", "upper", "ends", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "and", "the", "ends", "of", "the", "whiskers", "are", "set", "at", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Hypocotyl lengths of wild-type and suc2 seedlings grown under continuous white light at 20 °C for 7 days or at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. The seedlings were grown on the medium with or without 3% sucrose. Representative seedlings are shown in the upper panel. Different letters above each box indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n = 10). Numbers indicate the ratio of hypocotyl lengths (28 °C/20 °C). In the box plots (A-D), the thick lines indicate median values, the lower and upper ends of the boxes represent the 25th and 75th percentiles, and the ends of the whiskers are set at 1.5 times the interquartile range."}
{"words": ["B", "Hypocotyl", "lengths", "of", "wild", "-", "type", "and", "tps1", "-", "2", ";", "GVG", ":", ":", "TPS1", "seedlings", "grown", "under", "the", "same", "growth", "conditions", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "the", "upper", "panel", ".", "Different", "letters", "above", "each", "box", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "10", ")", ".", "Numbers", "indicate", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Hypocotyl lengths of wild-type and tps1-2;GVG::TPS1 seedlings grown under the same growth conditions Representative seedlings are shown in the upper panel. Different letters above each box indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n > 10). Numbers indicate the ratio of hypocotyl lengths (28 °C/20 °C)."}
{"words": ["C", "Hypocotyl", "lengths", "of", "wild", "-", "type", "and", "tps1", "-", "2", ";", "GVG", ":", ":", "TPS1", "seedlings", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "The", "seedlings", "were", "grown", "on", "the", "medium", "containing", "either", "mock", "or", "20", "µM", "of", "dexamethasone", "(", "DEX", ")", ".", "ns", ",", "not", "significant", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "P", "≥", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "10", ")", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ";", "n", ">", "10", ".", "Number", "indicates", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "Dex", "/", "Mock", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "C Hypocotyl lengths of wild-type and tps1-2;GVG::TPS1 seedlings grown under continuous white light at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. The seedlings were grown on the medium containing either mock or 20 µM of dexamethasone (DEX). ns, not significant (Student's t-test P ≥ 0.05; n > 10). **P < 0.01 (Student's t-test); n > 10. Number indicates the ratio of hypocotyl lengths (Dex/Mock)."}
{"words": ["D", "Hypocotyl", "lengths", "of", "wild", "-", "type", "and", "tps1", "-", "2", ";", "GVG", ":", ":", "TPS1", "seedlings", "grown", "in", "the", "dark", "at", "20", "°", "C", "for", "7", "days", ".", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "the", "left", "panel", ".", "ns", ",", "not", "significant", "(", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "P", "≥", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "10", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Hypocotyl lengths of wild-type and tps1-2;GVG::TPS1 seedlings grown in the dark at 20 °C for 7 days. Representative seedlings are shown in the left panel. ns, not significant (Student's t-test P ≥ 0.05; n > 10)."}
{"words": ["F", "-", "I", "The", "qRT", "-", "PCR", "analyses", "of", "the", "transcript", "levels", "of", "YUC8", ",", "IAA19", ",", "IAA29", ",", "and", "PIF4", ".", "Transcript", "levels", "of", "each", "gene", "were", "normalized", "to", "those", "of", "PP2A", "and", "presented", "as", "values", "relative", "to", "those", "of", "wild", "-", "type", "seedlings", "at", "20", "°", "C", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Different", "letters", "above", "each", "bar", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "Numbers", "indicate", "the", "ratio", "of", "transcript", "levels", "in", "seedlings", "grown", "at", "two", "different", "temperatures", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F-I The qRT-PCR analyses of the transcript levels of YUC8, IAA19, IAA29, and PIF4. Transcript levels of each gene were normalized to those of PP2A and presented as values relative to those of wild-type seedlings at 20 °C. Error bars indicate s.d. (n = 3). Different letters above each bar indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05). Numbers indicate the ratio of transcript levels in seedlings grown at two different temperatures (28 °C/20 °C)."}
{"words": ["A", "Western", "blotting", "with", "anti", "-", "PIF4", "antibody", "shows", "that", "PIF4", "protein", "levels", "are", "decreased", "in", "the", "tps1", "-", "2", ";", "GVG", ":", ":", "TPS1", "mutants", "compared", "to", "wild", "-", "type", "plants", ".", "Seedlings", "were", "maintained", "under", "12", "-", "h", "light", "/", "12", "-", "h", "dark", "cycles", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "and", "then", "transferred", "under", "continuous", "light", "on", "the", "5th", "day", ".", "The", "growth", "temperature", "was", "increased", "to", "28", "°", "C", "or", "kept", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "hours", "at", "ZT", "20", "-", "24", "before", "harvesting", "for", "total", "protein", "extraction", ".", "Equal", "loading", "of", "samples", "is", "shown", "by", "Ponceau", "S", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0], "text": "A Western blotting with anti-PIF4 antibody shows that PIF4 protein levels are decreased in the tps1-2;GVG::TPS1 mutants compared to wild-type plants. Seedlings were maintained under 12-h light/12-h dark cycles at 20 °C for 4 days and then transferred under continuous light on the 5th day. The growth temperature was increased to 28 °C or kept at 20°C for 4 hours at ZT 20-24 before harvesting for total protein extraction. Equal loading of samples is shown by Ponceau S staining."}
{"words": ["B", "Western", "blotting", "showing", "the", "levels", "of", "PIF4", "-", "Myc", "protein", "in", "PIF4", "-", "OX", "and", "PIF4", "-", "OX", ";", "tps1", "-", "2", ";", "GVG", ":", ":", "TPS1", "seedlings", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "from", "the", "seedlings", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", "°", "C", "for", "7", "days", "or", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "Western", "blotting", "was", "probed", "using", "an", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "is", "shown", "for", "equal", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blotting showing the levels of PIF4-Myc protein in PIF4-OX and PIF4-OX;tps1-2;GVG::TPS1 seedlings. Total protein was extracted from the seedlings grown under continuous white light at 20 °C for 7 days or at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. Western blotting was probed using an anti-Myc antibody. Ponceau S staining is shown for equal loading."}
{"words": ["C", ",", "D", "Hypocotyl", "lengths", "in", "seedlings", "of", "different", "genotypes", ".", "Seedlings", "were", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", " ", "°", "C", "for", "7", "days", "or", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "(", "C", ")", ".", "Numbers", "in", "(", "D", ")", "indicate", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", ".", "Different", "letters", "above", "each", "box", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "12", ")", ".", "In", "the", "box", "plots", ",", "the", "thick", "lines", "indicate", "median", "values", ",", "the", "lower", "and", "upper", "ends", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "and", "the", "ends", "of", "the", "whiskers", "are", "set", "at", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D Hypocotyl lengths in seedlings of different genotypes. Seedlings were grown under continuous white light at 20 °C for 7 days or at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. Representative seedlings are shown in (C). Numbers in (D) indicate the ratio of hypocotyl lengths (28 °C/20 °C). Different letters above each box indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n > 12). In the box plots, the thick lines indicate median values, the lower and upper ends of the boxes represent the 25th and 75th percentiles, and the ends of the whiskers are set at 1.5 times the interquartile range."}
{"words": ["A", ",", "B", "Hypocotyl", "lengths", "of", "wild", "-", "type", "and", "KIN10", "-", "OX", "seedlings", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", " ", "°", "C", "for", "7", "days", "or", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "Numbers", "indicate", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", ".", "Different", "letters", "above", "each", "box", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "15", ")", ".", "In", "the", "box", "plots", ",", "the", "thick", "lines", "indicate", "median", "values", ",", "the", "lower", "and", "upper", "ends", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "and", "the", "ends", "of", "the", "whiskers", "are", "set", "at", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B Hypocotyl lengths of wild-type and KIN10-OX seedlings grown under continuous white light at 20 °C for 7 days or at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. Representative seedlings are shown in (A). Numbers indicate the ratio of hypocotyl lengths (28 °C/20 °C). Different letters above each box indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n > 15). In the box plots, the thick lines indicate median values, the lower and upper ends of the boxes represent the 25th and 75th percentiles, and the ends of the whiskers are set at 1.5 times the interquartile range."}
{"words": ["C", "Transient", "gene", "expression", "assays", ".", "The", "reporter", "vector", "containing", "35S", ":", ":", "Renilla", "luciferase", "and", "IAA19p", ":", ":", "Firefly", "luciferase", "was", "co", "-", "transfected", "with", "35S", ":", ":", "PIF4", "and", "35S", ":", ":", "KIN10", "into", "Arabidopsis", "mesophyll", "protoplasts", ".", "The", "activity", "of", "Firefly", "luciferase", "under", "the", "control", "of", "IAA19", "promoter", "was", "normalized", "to", "that", "of", "Renilla", "luciferase", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "Different", "letters", "above", "each", "bar", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "T", ",", "35S", "terminator", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Transient gene expression assays. The reporter vector containing 35S::Renilla luciferase and IAA19p::Firefly luciferase was co-transfected with 35S::PIF4 and 35S::KIN10 into Arabidopsis mesophyll protoplasts. The activity of Firefly luciferase under the control of IAA19 promoter was normalized to that of Renilla luciferase. Error bars indicate s.d. (n = 4). Different letters above each bar indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05). T, 35S terminator."}
{"words": ["D", ",", "E", "Hypocotyl", "lengths", "of", "seedlings", "grown", "under", "continuous", "white", "light", "at", "20", "°", "C", "for", "7", "days", "or", "at", "20", "°", "C", "for", "4", "days", "followed", "by", "3", "days", "at", "28", "°", "C", ".", "Representative", "seedlings", "are", "shown", "in", "(", "D", ")", ".", "Numbers", "indicate", "the", "ratio", "of", "hypocotyl", "lengths", "(", "28", "°", "C", "/", "20", "°", "C", ")", ".", "Different", "letters", "above", "each", "box", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", ">", "15", ")", ".", "In", "the", "box", "plots", ",", "the", "thick", "lines", "indicate", "median", "values", ",", "the", "lower", "and", "upper", "ends", "of", "the", "boxes", "represent", "the", "25th", "and", "75th", "percentiles", ",", "and", "the", "ends", "of", "the", "whiskers", "are", "set", "at", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, E Hypocotyl lengths of seedlings grown under continuous white light at 20 °C for 7 days or at 20 °C for 4 days followed by 3 days at 28 °C. Representative seedlings are shown in (D). Numbers indicate the ratio of hypocotyl lengths (28 °C/20 °C). Different letters above each box indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n > 15). In the box plots, the thick lines indicate median values, the lower and upper ends of the boxes represent the 25th and 75th percentiles, and the ends of the whiskers are set at 1.5 times the interquartile range."}
{"words": ["B", ",", "C", "Yeast", "two", "-", "hybrid", "assays", "showing", "the", "direct", "interaction", "between", "PIF4", "and", "KIN10", ".", "Yeast", "clones", "were", "grown", "on", "the", "synthetic", "dropout", "medium", "with", "histidine", "(", "+", "HIS", ")", "or", "without", "histidine", "(", "-", "HIS", ")", "plus", "25", "mM", "of", "3", "-", "amino", "-", "1", ",", "2", ",", "4", "-", "triazole", "(", "3", "-", "AT", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "B, C Yeast two-hybrid assays showing the direct interaction between PIF4 and KIN10. Yeast clones were grown on the synthetic dropout medium with histidine (+HIS) or without histidine (-HIS) plus 25 mM of 3-amino-1,2,4-triazole (3-AT)."}
{"words": ["D", "Co", "-", "IP", "assays", "showing", "the", "interaction", "between", "PIF4", "and", "KIN10", "in", "vivo", ".", "Protein", "extracts", "from", "protoplasts", "expressing", "PIF4", "-", "Myc", "and", "KIN10", "-", "GFP", "(", "or", "GFP", ")", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "GFP", "antibody", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Myc", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D Co-IP assays showing the interaction between PIF4 and KIN10 in vivo. Protein extracts from protoplasts expressing PIF4-Myc and KIN10-GFP (or GFP) were immunoprecipitated with anti-GFP antibody and analyzed by immunoblotting with anti-GFP or anti-Myc antibody."}
{"words": ["E", "GRIK1", "-", "activated", "KIN10", "phosphorylates", "PIF4", ".", "In", "vitro", "phosphorylation", "assays", "were", "performed", "at", "30", "°", "C", "for", "30", "min", "using", "1", "μg", "of", "purified", "recombinant", "proteins", "(", "KIN10", ",", "GRIK1", ",", "or", "PIF4", ")", ".", "32P", "-", "labeled", "proteins", "were", "visualized", "by", "autoradiography", ".", "CBB", ",", "coomassie", "brilliant", "blue", "-", "stained", "gel", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "E GRIK1-activated KIN10 phosphorylates PIF4. In vitro phosphorylation assays were performed at 30 °C for 30 min using 1 μg of purified recombinant proteins (KIN10, GRIK1, or PIF4). 32P-labeled proteins were visualized by autoradiography. CBB, coomassie brilliant blue-stained gel."}
{"words": ["F", "T6P", "inhibits", "PIF4", "phosphorylation", "by", "KIN10", ".", "This", "assay", "was", "performed", "with", "1", "μg", "of", "each", "protein", "at", "30", "°", "C", "for", "30", "min", "in", "the", "presence", "of", "1", "mM", "T6P", "or", "sucrose", "(", "Suc", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0], "text": "F T6P inhibits PIF4 phosphorylation by KIN10. This assay was performed with 1 μg of each protein at 30 °C for 30 min in the presence of 1 mM T6P or sucrose (Suc)."}
{"words": ["The", "levels", "of", "PIF4", "-", "Myc", "are", "negatively", "correlated", "with", "the", "levels", "of", "KIN10", "-", "GFP", ".", "Total", "proteins", "were", "extracted", "from", "mesophyll", "protoplasts", "transfected", "with", "different", "amounts", "of", "KIN10", "-", "GFP", "and", "PIF4", "-", "Myc", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "is", "shown", "for", "equal", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The levels of PIF4-Myc are negatively correlated with the levels of KIN10-GFP. Total proteins were extracted from mesophyll protoplasts transfected with different amounts of KIN10-GFP and PIF4-Myc and analyzed by immunoblotting with anti-GFP or anti-Myc antibody. Ponceau S staining is shown for equal loading."}
{"words": ["KIN10", "reduces", "the", "stability", "of", "PIF4", "through", "26S", "proteasome", "-", "mediated", "degradation", ".", "Transfected", "mesophyll", "protoplasts", "were", "pre", "-", "treated", "with", "or", "without", "20", "µM", "MG132", "for", "4", "hours", "and", "then", "incubated", "in", "the", "presence", "of", "100", "µM", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "from", "the", "protoplasts", ",", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "is", "shown", "for", "equal", "protein", "loading", ".", "Representative", "western", "blots", "are", "shown", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KIN10 reduces the stability of PIF4 through 26S proteasome-mediated degradation. Transfected mesophyll protoplasts were pre-treated with or without 20 µM MG132 for 4 hours and then incubated in the presence of 100 µM cycloheximide (CHX) for the indicated time. Total protein was extracted from the protoplasts, and analyzed by immunoblotting with anti-GFP or anti-Myc antibody. Ponceau S staining is shown for equal protein loading. Representative western blots are shown in (B)."}
{"words": ["KIN10", "reduces", "the", "stability", "of", "PIF4", "through", "26S", "proteasome", "-", "mediated", "degradation", ".", "Transfected", "mesophyll", "protoplasts", "were", "pre", "-", "treated", "with", "or", "without", "20", "µM", "MG132", "for", "4", "hours", "and", "then", "incubated", "in", "the", "presence", "of", "100", "µM", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "from", "the", "protoplasts", ",", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "GFP", "or", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "Quantification", "of", "relative", "PIF4", "-", "Myc", "levels", "is", "shown", "in", "(", "C", ")", ".", "PIF4", "-", "Myc", "levels", "are", "presented", "as", "values", "relative", "to", "those", "at", "0", "h", ".", "In", "(", "C", ")", ",", "different", "letters", "above", "each", "point", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "(", "ANOVA", "and", "Tukey", "'", "s", "HSD", ";", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "n", "=", "3", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "KIN10 reduces the stability of PIF4 through 26S proteasome-mediated degradation. Transfected mesophyll protoplasts were pre-treated with or without 20 µM MG132 for 4 hours and then incubated in the presence of 100 µM cycloheximide (CHX) for the indicated time. Total protein was extracted from the protoplasts, and analyzed by immunoblotting with anti-GFP or anti-Myc antibody. Quantification of relative PIF4-Myc levels is shown in (C). PIF4-Myc levels are presented as values relative to those at 0 h. In (C), different letters above each point indicate statistically significant differences (ANOVA and Tukey's HSD; P < 0.05; n = 3). Error bars indicate s.d. (n = 3)."}
{"words": ["Western", "blotting", "showing", "endogenous", "PIF4", "protein", "levels", "in", "the", "seedlings", "grown", "Total", "protein", "extracted", "from", "the", "seedlings", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "PIF4", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "shows", "equal", "protein", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting showing endogenous PIF4 protein levels in the seedlings grown Total protein extracted from the seedlings was analyzed by immunoblotting with anti-PIF4 antibody. Ponceau S staining shows equal protein loading."}
{"words": ["Western", "blotting", "showing", "endogenous", "PIF4", "protein", "levels", "in", "the", "seedlings", "grown", "Total", "protein", "extracted", "from", "the", "seedlings", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "PIF4", "antibody", ".", "Ponceau", "S", "staining", "shows", "equal", "protein", "loading", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting showing endogenous PIF4 protein levels in the seedlings grown Total protein extracted from the seedlings was analyzed by immunoblotting with anti-PIF4 antibody. Ponceau S staining shows equal protein loading."}
{"words": ["Western", "blotting", "showing", "the", "expression", "of", "RAP1", "and", "TRF2", "in", "MRC", "-", "5", "cells", "of", "different", "population", "doublings", "(", "PD", ")", ".", "Senescent", "cells", "(", "PD", "72", ")", "were", "left", "in", "culture", "for", "at", "least", "4", "weeks", "before", "harvesting", "for", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blotting showing the expression of RAP1 and TRF2 in MRC-5 cells of different population doublings (PD). Senescent cells (PD 72) were left in culture for at least 4 weeks before harvesting for analysis."}
{"words": ["ChIP", "analysis", "of", "young", "(", "PD", "30", ")", "and", "senescent", "(", "PD", "72", ")", "MRC", "-", "5", "cells", "performed", "with", "either", "anti", "-", "RAP1", ",", "anti", "-", "TRF2", "or", "an", "IgG", "antibody", ".", "The", "immunoprecipitated", "and", "input", "products", "were", "loaded", "into", "a", "slot", "blot", "membrane", "and", "hybridized", "with", "a", "telomere", "probe", ",", "stripped", "and", "hybridized", "to", "an", "Alu", "probe", "in", "order", "to", "determine", "unspecific", "binding", ".", "Quantification", "was", "performed", "by", "normalizing", "the", "telomere", "signal", "of", "the", "immunoprecipitated", "to", "that", "of", "the", "input", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIP analysis of young (PD 30) and senescent (PD 72) MRC-5 cells performed with either anti-RAP1, anti-TRF2 or an IgG antibody. The immunoprecipitated and input products were loaded into a slot blot membrane and hybridized with a telomere probe, stripped and hybridized to an Alu probe in order to determine unspecific binding. Quantification was performed by normalizing the telomere signal of the immunoprecipitated to that of the input. Data represent mean +/- SD of three biological replicates."}
{"words": ["Immunofluorescence", "detection", "of", "53BP1", "(", "red", ")", "and", "a", "FISH", "probe", "staining", "telomeres", "(", "green", ")", "in", "young", "(", "PD", "26", ")", ",", "pre", "-", "senescent", "(", "PD", "66", ")", "and", "senescent", "(", "PD", "72", "+", "4", "weeks", ")", "MRC", "-", "5", "fibroblasts", ".", "The", "upper", "graph", "shows", "the", "percentage", "of", "telomere", "co", "-", "localizing", "with", "53BP1", "(", "TIFs", ")", ".", "Total", "DNA", "damage", "was", "measured", "by", "immunofluourescence", "detection", "of", "53BP1", ".", "The", "lower", "graph", "shows", "the", "total", "number", "of", "53BP1", "foci", "per", "nucleus", ".", "Approximately", "40", "-", "50", "cells", "were", "analyzed", "per", "replicate", "and", "per", "condition", ".", "Bars", "represent", "SEM", "of", "2", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence detection of 53BP1 (red) and a FISH probe staining telomeres (green) in young (PD 26), pre-senescent (PD 66) and senescent (PD 72 + 4 weeks) MRC-5 fibroblasts. The upper graph shows the percentage of telomere co-localizing with 53BP1 (TIFs). Total DNA damage was measured by immunofluourescence detection of 53BP1. The lower graph shows the total number of 53BP1 foci per nucleus. Approximately 40-50 cells were analyzed per replicate and per condition. Bars represent SEM of 2 biological replicates."}
{"words": ["Number", "of", "telomere", "fusions", "performed", "by", "PCR", "using", "3", "subtelomeric", "primers", "in", "the", "same", "reaction", "(", "16p1", ",", "21q1", "and", "XpYpM", ")", ".", "The", "primer", "16p1", "is", "able", "to", "bind", "the", "subtelomeric", "region", "of", "1p", "9q", ",", "12p", ",", "15q", ",", "16p", ",", "XqYq", "and", "the", "interstitial", "2q14", "region", ";", "the", "21q1", "primer", "binds", "the", "subtelomeric", "region", "of", "1q", ",", "2q", ",", "5q", ",", "6q", ",", "6p", ",", "8p", ",", "10q", ",", "13q", ",", "19p", ",", "19q", ",", "21q", ",", "22q", "and", "the", "interstitial", "2q13", "site", ".", "The", "PCR", "-", "fusion", "assay", "was", "performed", "in", "MRC", "-", "5", "primary", "fibroblasts", "of", "different", "population", "doublings", "(", "PD", ")", "with", "or", "without", "depletion", "of", "RAP1", "(", "shRAP1", "or", "shControl", "respectively", ")", ".", "Lentiviral", "infection", "was", "performed", "for", "10", "days", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "(", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "Southern", "blotting", "showing", "the", "hybridization", "of", "the", "16p", "probe", "for", "the", "conditions", "described", "in", "A", ".", "Number", "of", "fusions", "per", "1", "µg", "of", "DNA", "is", "shown", "at", "the", "bottom", "of", "the", "gels", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of telomere fusions performed by PCR using 3 subtelomeric primers in the same reaction (16p1, 21q1 and XpYpM). The primer 16p1 is able to bind the subtelomeric region of 1p 9q, 12p, 15q, 16p, XqYq and the interstitial 2q14 region; the 21q1 primer binds the subtelomeric region of 1q, 2q, 5q, 6q, 6p, 8p, 10q, 13q, 19p, 19q, 21q, 22q and the interstitial 2q13 site. The PCR-fusion assay was performed in MRC-5 primary fibroblasts of different population doublings (PD) with or without depletion of RAP1 (shRAP1 or shControl respectively). Lentiviral infection was performed for 10 days. Data represent mean +/- SD of 3 biological replicates. Statistical analyses were performed using Mann-Whitney U test (**p < 0.001; ***p < 0.0001). Southern blotting showing the hybridization of the 16p probe for the conditions described in A. Number of fusions per 1 µg of DNA is shown at the bottom of the gels."}
{"words": ["Number", "of", "fusions", "per", "1", "µg", "of", "DNA", "in", "MRC", "-", "5", "senescent", "cells", ".", "Lentiviral", "transfections", "with", "shRNAs", "were", "carried", "out", "for", "10", "days", "while", "transfections", "with", "siRNAs", "for", "6", "days", "(", "two", "subsequent", "transfections", "of", "3", "days", "each", ")", ".", "Representative", "southern", "blot", "membranes", "hybridized", "with", "the", "16p", "probe", "are", "shown", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of fusions per 1 µg of DNA in MRC-5 senescent cells. Lentiviral transfections with shRNAs were carried out for 10 days while transfections with siRNAs for 6 days (two subsequent transfections of 3 days each). Representative southern blot membranes hybridized with the 16p probe are shown. Data represent mean +/- SD of 3 biological replicates. Statistical analyses were performed using Mann-Whitney U test (*p < 0.05; **p < 0.001; ***p < 0.0001)."}
{"words": ["Distribution", "of", "the", "telomere", "repeat", "array", "found", "at", "the", "junction", "between", "two", "fused", "chromosomes", "of", "senescent", "cells", "transduced", "with", "lentiviral", "vectors", "expressing", "either", "shControl", "or", "shRAP1", ".", "Variant", "telomere", "repeats", "were", "included", "in", "the", "estimation", "of", "the", "telomere", "array", "length", ".", "Data", "represent", "median", "+", "/", "-", "interquartile", "range", "(", "green", "lines", ")", "of", "3", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Distribution of the telomere repeat array found at the junction between two fused chromosomes of senescent cells transduced with lentiviral vectors expressing either shControl or shRAP1. Variant telomere repeats were included in the estimation of the telomere array length. Data represent median +/- interquartile range (green lines) of 3 biological replicates. Statistical analysis was performed using Mann-Whitney U test ***p < 0.0001)."}
{"words": ["RAP1", "expression", "in", "HeLa", "cells", "treated", "with", "the", "telomerase", "inhibitor", "BIBR1532", "for", "25", "days", "(", "20", "µM", "final", "concentration", ")", ".", "Fifteen", "days", "before", "cell", "harvesting", ",", "doxycycline", "(", "DOX", ";", "1", "µg", "/", "µl", "final", "concentration", ")", "was", "added", "to", "deplete", "the", "expression", "of", "RAP1", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "RAP1 expression in HeLa cells treated with the telomerase inhibitor BIBR1532 for 25 days (20 µM final concentration). Fifteen days before cell harvesting, doxycycline (DOX; 1 µg/µl final concentration) was added to deplete the expression of RAP1."}
{"words": ["Telomere", "length", "analysis", "by", "southern", "blotting", "of", "the", "samples", "described", "in", "A", ".", "The", "size", "of", "the", "main", "intensity", "peak", "is", "indicated", "at", "the", "bottom", "of", "the", "gel", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Telomere length analysis by southern blotting of the samples described in A. The size of the main intensity peak is indicated at the bottom of the gel."}
{"words": ["Number", "of", "fusions", "in", "HeLa", "cells", "after", "25", "days", "in", "culture", ".", "Cells", "were", "maintained", "with", "BIBR1532", "during", "the", "whole", "period", "of", "the", "experiment", ",", "while", "doxycycline", "(", "1", "µg", "/", "µl", "final", "concentration", ")", "and", "the", "infection", "with", "shControl", ",", "shLIG3", "or", "shLIG4", "was", "carried", "out", "for", "the", "last", "15", "days", "of", "the", "experiment", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "are", "shown", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Number of fusions in HeLa cells after 25 days in culture. Cells were maintained with BIBR1532 during the whole period of the experiment, while doxycycline (1 µg/µl final concentration) and the infection with shControl, shLIG3 or shLIG4 was carried out for the last 15 days of the experiment. Data represent mean +/- SD of three biological replicates are shown. Statistical analyses were performed using Mann-Whitney U test (*p < 0.05; **p < 0.001; ***p < 0.0001)."}
{"words": ["Examples", "of", "metaphase", "spreads", "hybridized", "with", "a", "telomeric", "PNA", "probe", "(", "green", ")", "when", "RAP1", "was", "depleted", "(", "+", "DOX", ")", ".", "Telomerase", "was", "inhibited", "with", "BIBR1532", "for", "25", "days", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", ".", "Quantification", "of", "chromosome", "aberrations", "observed", "in", "RAP1", "depleted", "cells", "(", "+", "DOX", ")", "or", "control", "(", "-", "DOX", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Approximately", "15", "metaphase", "spreads", "were", "analyzed", "per", "replicate", "with", "a", "total", "of", "2300", "chromosomes", "examined", "per", "condition", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Examples of metaphase spreads hybridized with a telomeric PNA probe (green) when RAP1 was depleted (+DOX). Telomerase was inhibited with BIBR1532 for 25 days. Scale bar = 10 µm. Quantification of chromosome aberrations observed in RAP1 depleted cells (+DOX) or control (-DOX). Data represent mean +/- SD of three biological replicates. Approximately 15 metaphase spreads were analyzed per replicate with a total of 2300 chromosomes examined per condition. *p < 0.05; two-tailed Student's t test."}
{"words": ["Growth", "curve", "of", "MRC", "-", "5", "fibroblasts", ".", "Cells", "were", "grown", "until", "senescence", "and", "after", "three", "weeks", "of", "no", "growth", "detection", ",", "lentiviral", "infections", "containing", "either", "shp21CIP1", "or", "shp21CIP1", "+", "shRAP1", "sequences", "were", "performed", ".", "Cells", "were", "harvested", "15", "days", "post", "infection", "(", "dpi", ")", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "measured", "after", "8", "and", "15", "dpi", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Growth curve of MRC-5 fibroblasts. Cells were grown until senescence and after three weeks of no growth detection, lentiviral infections containing either shp21CIP1 or shp21CIP1 + shRAP1 sequences were performed. Cells were harvested 15 days post infection (dpi). Data represent mean +/- SD of three biological replicates measured after 8 and 15 dpi."}
{"words": ["Expression", "of", "p21CIP1", "and", "RAP1", "after", "15", "dpi", "of", "cells", "transduced", "with", "shControl", ",", "shp21CIP1", "or", "shp21CIP1", "+", "shRAP1", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of p21CIP1 and RAP1 after 15 dpi of cells transduced with shControl, shp21CIP1 or shp21CIP1 + shRAP1."}
{"words": ["Dividing", "cells", "(", "magenta", ")", "were", "identified", "by", "EdU", "staining", "(", "1", "µM", "EdU", "for", "24", "h", ")", ".", "The", "percentage", "of", "dividing", "cells", "after", "15", "dpi", "is", "shown", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Dividing cells (magenta) were identified by EdU staining (1 µM EdU for 24 h). The percentage of dividing cells after 15 dpi is shown (n = 3). Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["Senescence", "-", "associated", "β", "-", "galactosidase", "(", "SA", "-", "β", "-", "gal", ")", "staining", "in", "senescent", "and", "post", "-", "senescent", "fibroblasts", "(", "1", "and", "15", "dpi", ")", "is", "shown", ".", "Percentage", "of", "SA", "-", "β", "-", "gal", "positive", "cells", "is", "indicated", "for", "each", "condition", ".", "Three", "biological", "replicates", "were", "performed", ",", "with", "approximately", "300", "cells", "analyzed", "per", "condition", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Senescence-associated β-galactosidase (SA-β-gal) staining in senescent and post-senescent fibroblasts (1 and 15 dpi) is shown. Percentage of SA-β-gal positive cells is indicated for each condition. Three biological replicates were performed, with approximately 300 cells analyzed per condition. Scale bar = 50 µm."}
{"words": ["Senescent", "cells", ",", "transduced", "with", "shp21CIP1", "or", "shp21CIP1", "+", "shRAP1", "for", "15", "days", ",", "were", "stained", "with", "CytoCalcein", "violet", "(", "live", "cells", ")", ",", "Apopxin", "Green", "(", "apoptotic", "cells", ")", "and", "7", "-", "aminoactinomycin", "D", "(", "7", "-", "AAD", ")", "(", "late", "apoptostic", "/", "necrotic", "cells", ")", "and", "visualized", "by", "flow", "cytometry", ".", "Quantification", "of", "apoptotic", "cells", "from", "the", "conditions", "described", "in", "E", ".", "Data", "represent", "mean", "+", "/", "-", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", "(", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ";", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Senescent cells, transduced with shp21CIP1 or shp21CIP1+shRAP1 for 15 days, were stained with CytoCalcein violet (live cells), Apopxin Green (apoptotic cells) and 7-aminoactinomycin D (7-AAD) (late apoptostic/necrotic cells) and visualized by flow cytometry. Quantification of apoptotic cells from the conditions described in E. Data represent mean +/- SD of three biological replicates (**P < 0.001; two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["A", ".", "Spike", "-", "binding", "antibodies", "in", "serum", ".", "Binding", "by", "antibodies", "of", "classes", "M", ",", "G", ",", "and", "A", "is", "detected", "with", "secondary", "antibodies", "conjugated", "to", "different", "fluorochromes", ",", "and", "the", "results", "are", "shown", "on", "the", "left", ",", "middle", ",", "and", "right", "plots", ",", "respectively", ".", "Binding", "(", "geometric", "mean", "fluorescence", "intensity", "-", "GMFI", "-", "of", "corresponding", "secondary", "antibody", ")", "to", "TE", "cells", "expressing", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "spike", "protein", "is", "plotted", "on", "the", "vertical", "axis", ",", "and", "binding", "to", "untransfected", "cells", "on", "the", "horizontal", "axis", ".", "Each", "point", "represents", "a", "value", "from", "one", "donor", ".", "Samples", "from", "donors", "with", "no", "known", "exposure", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "antigens", "(", "n", "=", "86", ")", "are", "plotted", "with", "blue", "circles", ",", "recently", "infected", "donors", "(", "n", "=", "34", ")", "with", "red", "circles", ",", "and", "vaccinated", "donors", "(", "n", "=", "14", ")", "with", "green", "diamonds", ".", "Red", "circles", "with", "black", "triangles", "correspond", "to", "donors", "from", "whose", "B", "cells", "monoclonal", "antibodies", "were", "isolated", "(", "n", "=", "5", ",", "P", "values", "are", "derived", "from", "a", "two", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", "to", "compare", "the", "specific", "binding", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "(", "binding", "to", "spike", "-", "expressing", "cells", ")", "/", "(", "binding", "to", "untransfected", "cells", ")", "between", "conditions", "(", "convalescent", "or", "vaccinated", "against", "unexposed", ")", "within", "each", "antibody", "class", ".", "The", "experiment", "was", "independently", "repeated", "three", "times", ",", "and", "results", "shown", "come", "from", "the", "third", "replicate", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Spike-binding antibodies in serum. Binding by antibodies of classes M, G, and A is detected with secondary antibodies conjugated to different fluorochromes, and the results are shown on the left, middle, and right plots, respectively. Binding (geometric mean fluorescence intensity - GMFI- of corresponding secondary antibody) to TE cells expressing SARS-CoV-2 spike protein is plotted on the vertical axis, and binding to untransfected cells on the horizontal axis. Each point represents a value from one donor. Samples from donors with no known exposure to SARS-CoV-2 antigens (n = 86) are plotted with blue circles, recently infected donors (n = 34) with red circles, and vaccinated donors (n = 14) with green diamonds. Red circles with black triangles correspond to donors from whose B cells monoclonal antibodies were isolated (n = 5, P values are derived from a two-way analysis of variance followed by Tukey's test to compare the specific binding, i.e., (binding to spike-expressing cells)/(binding to untransfected cells) between conditions (convalescent or vaccinated against unexposed) within each antibody class. The experiment was independently repeated three times, and results shown come from the third replicate."}
{"words": ["B", ".", "Change", "in", "antibody", "binding", "following", "vaccination", "against", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", ".", "Binding", "of", "antibodies", "from", "sera", "assessed", "in", "the", "experiment", "shown", "in", "(", "A", ")", ",", "is", "shown", "for", "two", "samples", "of", "serum", "from", "each", "of", "7", "donors", ".", "Data", "are", "plotted", "as", "in", "(", "A", ")", "with", "binding", "to", "spike", "-", "expressing", "cells", "on", "the", "vertical", "axis", ",", "and", "to", "untransfected", "cells", "on", "the", "horizontal", ",", "using", "blue", "symbols", "for", "samples", "from", "before", "vaccination", ",", "and", "red", "symbols", "for", "samples", "from", "15", "-", "29", "days", "after", "the", "first", "vaccination", "(", "but", "before", "any", "second", "vaccination", ")", ".", "Black", "lines", "connect", "points", "corresponding", "to", "pre", "/", "post", "pairs", "of", "samples", "from", "each", "donor", ".", "Left", "plot", "shows", "results", "for", "IgM", "and", "right", "plot", "for", "IgG", ".", "C", ".", "Comparison", "of", "post", "-", "vaccination", "increase", "in", "binding", "to", "untransfected", "cells", "between", "IgG", "and", "IgM", ".", "The", "increase", "in", "binding", "to", "untransfected", "TE", "0", "cells", "between", "pre", "-", "and", "post", "-", "vaccination", "samples", "is", "shown", "on", "the", "left", "with", "blue", "symbols", "for", "IgG", "and", "on", "the", "right", "with", "black", "symbols", "for", "IgM", ".", "The", "horizontal", "line", "at", "y", "=", "0", "is", "the", "expected", "result", "when", "no", "increased", "binding", "is", "observed", ".", "P", "value", "is", "derived", "from", "a", "two", "-", "tailed", ",", "Wilcoxon", "matched", "pairs", "signed", "rank", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Change in antibody binding following vaccination against SARS-CoV-2. Binding of antibodies from sera assessed in the experiment shown in (A), is shown for two samples of serum from each of 7 donors. Data are plotted as in (A) with binding to spike-expressing cells on the vertical axis, and to untransfected cells on the horizontal, using blue symbols for samples from before vaccination, and red symbols for samples from 15-29 days after the first vaccination (but before any second vaccination). Black lines connect points corresponding to pre/post pairs of samples from each donor. Left plot shows results for IgM and right plot for IgG. C. Comparison of post-vaccination increase in binding to untransfected cells between IgG and IgM. The increase in binding to untransfected TE 0 cells between pre- and post-vaccination samples is shown on the left with blue symbols for IgG and on the right with black symbols for IgM. The horizontal line at y=0 is the expected result when no increased binding is observed. P value is derived from a two-tailed, Wilcoxon matched pairs signed rank test."}
{"words": ["D", ".", "Comparison", "of", "spike", "-", "specific", "IgM", ",", "as", "measured", "by", "flow", "cytometry", "or", "ELISA", ".", "The", "left", "two", "\"", "FC", "\"", "are", "the", "results", "of", "flow", "cytometry", ",", "and", "the", "left", "verical", "axis", "shows", "the", "ratio", "of", "serum", "IgM", "binding", "to", "spike", "-", "expressing", "cells", ",", "vs", "binding", "to", "non", "-", "expressing", "control", "cells", ",", "as", "plottted", "in", "A", ".", "The", "right", "two", "columns", "show", "spike", "-", "RBD", "-", "specific", "IgM", "as", "measured", "by", "an", "IgM", "-", "capture", "ELISA", ",", "and", "the", "right", "vertical", "axis", "shows", "the", "optical", "densities", "(", "OD", ")", ".", "P", "values", "are", "calculated", "by", "two", "-", "way", "analysis", "of", "variance", ",", "followed", "by", "Sidak", "'", "s", "multiple", "comparisons", "test", ".", "The", "entire", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", ",", "and", "the", "data", "shown", "are", "derived", "from", "the", "third", "replicate", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Comparison of spike-specific IgM, as measured by flow cytometry or ELISA. The left two \"FC\" are the results of flow cytometry, and the left verical axis shows the ratio of serum IgM binding to spike-expressing cells, vs binding to non-expressing control cells, as plottted in A. The right two columns show spike-RBD-specific IgM as measured by an IgM-capture ELISA, and the right vertical axis shows the optical densities (OD). P values are calculated by two-way analysis of variance, followed by Sidak's multiple comparisons test. The entire experiment was repeated three times, and the data shown are derived from the third replicate."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "blood", "B", "cells", ".", "B", "cells", "from", "15", "ml", "of", "peripheral", "blood", "from", "each", "of", "three", "convalescent", "donors", "were", "isolated", "by", "negative", "selection", "with", "magnetic", "beads", ",", "exposed", "to", "adherent", "cells", "expressing", "spike", "-", "mCherry", "for", "3", "hours", ",", "then", "retrieved", "and", "labeled", "with", "fluorescent", "antibodies", "and", "measured", "by", "flow", "cytometry", ".", "(", "A", ")", "UMAP", "algorithm", "(", "5000", "randomly", "selected", "cells", "/", "sample", ")", "was", "used", "to", "depict", "the", "major", "B", "cell", "subsets", "clustered", "according", "to", "marker", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of blood B cells. B cells from 15 ml of peripheral blood from each of three convalescent donors were isolated by negative selection with magnetic beads, exposed to adherent cells expressing spike-mCherry for 3 hours, then retrieved and labeled with fluorescent antibodies and measured by flow cytometry. (A) UMAP algorithm (5000 randomly selected cells/sample) was used to depict the major B cell subsets clustered according to marker expression."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "blood", "B", "cells", ".", "B", "cells", "from", "15", "ml", "of", "peripheral", "blood", "from", "each", "of", "three", "convalescent", "donors", "were", "isolated", "by", "negative", "selection", "with", "magnetic", "beads", ",", "exposed", "to", "adherent", "cells", "expressing", "spike", "-", "mCherry", "for", "3", "hours", ",", "then", "retrieved", "and", "labeled", "with", "fluorescent", "antibodies", "and", "measured", "by", "flow", "cytometry", ".", "FlowSOM", "-", "based", "B", "cell", "subpopulations", "are", "overlaid", "as", "a", "color", "dimension", ",", "and", "the", "colors", "of", "the", "clusters", "are", "shown", "on", "the", "left", "of", "heatmap", "(", "B", ")", ".", "B", ".", "Heatmap", "showing", "mean", "population", "expression", "levels", "of", "markers", "used", "for", "UMAP", "visualization", "and", "FlowSOM", "-", "clustering", ".", "Colors", "shown", "in", "the", "legend", "on", "the", "left", "are", "also", "used", "in", "the", "UMAP", "representation", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of blood B cells. B cells from 15 ml of peripheral blood from each of three convalescent donors were isolated by negative selection with magnetic beads, exposed to adherent cells expressing spike-mCherry for 3 hours, then retrieved and labeled with fluorescent antibodies and measured by flow cytometry. FlowSOM-based B cell subpopulations are overlaid as a color dimension, and the colors of the clusters are shown on the left of heatmap (B). B. Heatmap showing mean population expression levels of markers used for UMAP visualization and FlowSOM-clustering. Colors shown in the legend on the left are also used in the UMAP representation in (A)."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "blood", "B", "cells", ".", "B", "cells", "from", "15", "ml", "of", "peripheral", "blood", "from", "each", "of", "three", "convalescent", "donors", "were", "isolated", "by", "negative", "selection", "with", "magnetic", "beads", ",", "exposed", "to", "adherent", "cells", "expressing", "spike", "-", "mCherry", "for", "3", "hours", ",", "then", "retrieved", "and", "labeled", "with", "fluorescent", "antibodies", "and", "measured", "by", "flow", "cytometry", ".", "C", ".", "Gating", "strategy", "to", "define", "CD69", "-", "high", ",", "mCherry", "-", "high", ",", "spike", "-", "capturing", "B", "cells", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "membrane", "antigen", "capture", "activated", "cells", ",", "MACAC", ",", "red", "box", ")", ".", "Dot", "plot", "shows", "CD69", "and", "mCherry", "fluorescence", "for", "B", "cells", "from", "one", "of", "three", "donors", "gated", "by", "forward", "and", "side", "scatter", ",", "and", "negative", "for", "the", "dye", "used", "to", "mark", "the", "antigen", "donor", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of blood B cells. B cells from 15 ml of peripheral blood from each of three convalescent donors were isolated by negative selection with magnetic beads, exposed to adherent cells expressing spike-mCherry for 3 hours, then retrieved and labeled with fluorescent antibodies and measured by flow cytometry. C. Gating strategy to define CD69-high, mCherry-high, spike-capturing B cells (i.e., membrane antigen capture activated cells, MACAC, red box). Dot plot shows CD69 and mCherry fluorescence for B cells from one of three donors gated by forward and side scatter, and negative for the dye used to mark the antigen donor cells."}
{"words": ["Phenotypes", "of", "blood", "B", "cells", ".", "B", "cells", "from", "15", "ml", "of", "peripheral", "blood", "from", "each", "of", "three", "convalescent", "donors", "were", "isolated", "by", "negative", "selection", "with", "magnetic", "beads", ",", "exposed", "to", "adherent", "cells", "expressing", "spike", "-", "mCherry", "for", "3", "hours", ",", "then", "retrieved", "and", "labeled", "with", "fluorescent", "antibodies", "and", "measured", "by", "flow", "cytometry", ".", "D", ".", "Relative", "fractions", "of", "different", "B", "cell", "subpopulations", ",", "from", "three", "donors", ",", "as", "shown", "in", "A", "-", "B", ",", "in", "all", "B", "cells", "compared", "to", "within", "MACAC", "B", "cells", ".", "P", "values", "are", "based", "on", "two", "-", "tailed", "t", "-", "tests", "between", "the", "groups", ".", "Correlation", "coefficients", "(", "r", ")", "were", "calculated", "from", "the", "z", "-", "statistic", "of", "the", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "test", ".", "A", "black", "horizontal", "line", "represents", "the", "median", ".", "Boxplots", "represent", "the", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", ".", "Whiskers", "extend", "to", "the", "farthest", "data", "point", "within", "a", "maximum", "of", "1", ".", "5", "×", "IQR", ".", "Every", "point", "represents", "one", "donor", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Phenotypes of blood B cells. B cells from 15 ml of peripheral blood from each of three convalescent donors were isolated by negative selection with magnetic beads, exposed to adherent cells expressing spike-mCherry for 3 hours, then retrieved and labeled with fluorescent antibodies and measured by flow cytometry. D. Relative fractions of different B cell subpopulations, from three donors, as shown in A-B, in all B cells compared to within MACAC B cells. P values are based on two-tailed t-tests between the groups. Correlation coefficients (r) were calculated from the z-statistic of the Wilcoxon-Mann-Whitney test. A black horizontal line represents the median. Boxplots represent the interquartile range (IQR). Whiskers extend to the farthest data point within a maximum of 1.5× IQR. Every point represents one donor."}
{"words": ["E", ".", "Gating", "strategy", "in", "MACAC", "sorting", ".", "Single", "cells", "are", "selected", "based", "on", "scatter", ",", "antigen", "-", "expressing", "TE", "spike", "-", "mCherry", "cells", "excluded", "on", "Cell", "Trace", "Violet", "label", ",", "and", "the", "spike", "-", "capturing", "(", "mCherry", "-", "high", ")", ",", "activated", "(", "CD69", "-", "high", ")", "B", "cells", "(", "population", "labeled", "\"", "MACAC", "\"", "in", "red", "on", "the", "right", "-", "most", "plot", ")", "are", "sorted", ".", "The", "middle", "plot", "shows", "B", "cells", "that", "did", "not", "adhere", "to", "the", "TE", "-", "spike", "-", "cherry", "antigen", "-", "expressing", "cells", "(", "putatively", "antigen", "-", "irrelevant", ")", ",", "and", "the", "right", "plot", "those", "that", "did", "(", "putatively", "antigen", "-", "recognizing", ")", ".", "Plots", "show", "data", "from", "one", "of", "five", "convalescent", "donors", "Cells", "in", "the", "MACAC", "gate", "were", "singly", "distributed", "into", "wells", "of", "384", "-", "well", "plates", "and", "cultured", "for", "9", "days", "with", "IL", "-", "21", "and", "CD40L", ",", "and", "then", "the", "single", "well", "culture", "supernatants", "were", "screened", "for", "anti", "-", "spike", "antibody", "binding", "and", "virus", "neutralization", "as", "described", "below", ".", "F", ".", "Results", "of", "single", "well", "supernatant", "screening", "for", "antibody", "binding", "to", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "spike", "protein", ".", "Results", "from", "3266", "wells", "from", "5", "donors", "are", "shown", "for", "IgM", "(", "left", ")", ",", "IgG", "(", "middle", ")", ",", "and", "IgA", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Gating strategy in MACAC sorting. Single cells are selected based on scatter, antigen-expressing TE spike-mCherry cells excluded on Cell Trace Violet label, and the spike-capturing (mCherry-high), activated (CD69-high) B cells (population labeled \"MACAC\" in red on the right-most plot) are sorted. The middle plot shows B cells that did not adhere to the TE-spike-cherry antigen-expressing cells (putatively antigen-irrelevant), and the right plot those that did (putatively antigen-recognizing). Plots show data from one of five convalescent donors Cells in the MACAC gate were singly distributed into wells of 384-well plates and cultured for 9 days with IL-21 and CD40L, and then the single well culture supernatants were screened for anti-spike antibody binding and virus neutralization as described below. F. Results of single well supernatant screening for antibody binding to SARS-CoV-2 spike protein. Results from 3266 wells from 5 donors are shown for IgM (left), IgG (middle), and IgA (right)."}
{"words": ["A", ".", "Example", "of", "neutralization", "of", "chimeric", "VSV", "*", "∆", "G", "-", "S", "∆", "21", "by", "donor", "-", "derived", "IgG", ",", "IgM", "and", "IgA", "antibodies", ".", "100", "pfu", "VSV", "*", "∆", "G", "-", "S", "∆", "21", "was", "mixed", "with", "antibody", "at", "specified", "concentrations", "for", "1", "hour", ",", "then", "added", "to", "Vero", "cells", ".", "After", "24", "hours", ",", "the", "cells", "were", "imaged", ",", "and", "infected", "wells", "identified", "by", "GFP", "expression", ",", "here", "pseudocolored", "with", "GFP", "-", "bright", "shown", "in", "black", "against", "a", "white", "background", ".", "Virus", "neutralization", "is", "manifested", "as", "reduction", "in", "GFP", ".", "Images", "shown", "here", "come", "from", "wells", "infected", "with", "virus", "alone", "(", "left", "column", ")", ",", "virus", "pre", "-", "incubated", "with", "the", "moderately", "neutralizing", "IgG", "1I12", "(", "second", "and", "third", "columns", ")", ",", "the", "potent", "neutralizing", "IgM", "2J17", "(", "fourth", "and", "fitfh", "columns", ")", ",", "or", "with", "the", "moderately", "potent", "IgA", "1B17", "(", "sixth", "and", "seventh", "columns", ")", ".", "Each", "antibody", "was", "tested", "in", "the", "range", "of", "concentrations", "shown", "to", "the", "left", "of", "the", "images", ",", "from", "10000", "down", "to", "0", ".", "1", "ng", "/", "ml", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Example of neutralization of chimeric VSV*∆G-S∆21 by donor-derived IgG, IgM and IgA antibodies. 100 pfu VSV*∆G-S∆21 was mixed with antibody at specified concentrations for 1 hour, then added to Vero cells. After 24 hours, the cells were imaged, and infected wells identified by GFP expression, here pseudocolored with GFP-bright shown in black against a white background. Virus neutralization is manifested as reduction in GFP. Images shown here come from wells infected with virus alone (left column), virus pre-incubated with the moderately neutralizing IgG 1I12 (second and third columns), the potent neutralizing IgM 2J17 (fourth and fitfh columns), or with the moderately potent IgA 1B17 (sixth and seventh columns). Each antibody was tested in the range of concentrations shown to the left of the images, from 10000 down to 0.1 ng/ml."}
{"words": ["B", ".", "Neutralization", "curves", "from", "each", "of", "the", "cloned", "antibodies", "using", "plaque", "reduction", "assay", "of", "VSV", "*", "∆", "G", "-", "S", "∆", "21", ".", "The", "horizontal", "axis", "shows", "the", "serial", "dilution", "of", "the", "antibodies", ".", "The", "vertical", "axis", "shows", ",", "for", "each", "well", "exposed", "to", "antibody", ",", "the", "ratio", "of", "infected", "cell", "plaque", "count", "to", "the", "corresponding", "value", "from", "control", "wells", "without", "antibody", ".", "Each", "point", "is", "the", "mean", "of", "9", "values", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", "each", "with", "triplicate", "wells", ".", "Error", "bars", "indicate", "standard", "error", ".", "Antibodies", "tested", "are", "listed", "below", "the", "figure", "and", "include", "3", "IgM", "(", "black", "lines", "and", "symbols", ")", ",", "11", "IgG", "(", "blue", "lines", "and", "symbols", ")", "and", "6", "IgA", "(", "red", "lines", "and", "symbols", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Neutralization curves from each of the cloned antibodies using plaque reduction assay of VSV*∆G-S∆21. The horizontal axis shows the serial dilution of the antibodies. The vertical axis shows, for each well exposed to antibody, the ratio of infected cell plaque count to the corresponding value from control wells without antibody. Each point is the mean of 9 values pooled from three independent experiments each with triplicate wells. Error bars indicate standard error. Antibodies tested are listed below the figure and include 3 IgM (black lines and symbols), 11 IgG (blue lines and symbols) and 6 IgA (red lines and symbols)."}
{"words": ["C", ".", "Quantification", "of", "results", "from", "(", "B", ")", ".", "Area", "under", "the", "curve", "is", "plotted", "for", "every", "antibody", "and", "compared", "between", "different", "antibody", "classes", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", "(", "mean", "from", "three", "biological", "replicates", "and", "SEM", ")", ".", "Area", "under", "the", "curve", "was", "chosen", "as", "a", "measure", "of", "neutralization", "capacity", ",", "rather", "than", "ND50", "(", "as", "used", "in", "subsequent", "figures", ")", ",", "because", "some", "antibodies", "included", "in", "this", "figure", "exhibited", "no", "neutralization", "at", "the", "concentrations", "tested", ",", "precluding", "the", "calculation", "of", "an", "ND50", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantification of results from (B). Area under the curve is plotted for every antibody and compared between different antibody classes by one-way ANOVA followed by Tukey's test (mean from three biological replicates and SEM). Area under the curve was chosen as a measure of neutralization capacity, rather than ND50 (as used in subsequent figures), because some antibodies included in this figure exhibited no neutralization at the concentrations tested, precluding the calculation of an ND50."}
{"words": ["E", ".", "Flow", "cytometric", "determination", "of", "antibody", "-", "dependent", "complement", "deposition", "on", "cells", ".", "Cells", "expressing", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "spike", "protein", "and", "untransfected", "control", "cells", "were", "incubated", "with", "various", "concentrations", "of", "antibody", "in", "the", "presence", "of", "fresh", "human", "serum", "(", "from", "a", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "unexposed", "donor", ")", ".", "Activation", "of", "the", "complement", "cascade", "was", "measured", "by", "flow", "cytometric", "assessment", "of", "complement", "component", "C3b", "deposition", "on", "the", "surface", "of", "the", "cells", ".", "Results", "for", "the", "3", "IgM", ",", "(", "black", ")", ",", "11", "IgG", ",", "(", "blue", ")", ",", "and", "6", "IgA", "antibodies", "(", "red", ")", "are", "shown", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "-", "way", "analysis", "of", "variance", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Flow cytometric determination of antibody-dependent complement deposition on cells. Cells expressing SARS-CoV-2 spike protein and untransfected control cells were incubated with various concentrations of antibody in the presence of fresh human serum (from a SARS-CoV-2 unexposed donor). Activation of the complement cascade was measured by flow cytometric assessment of complement component C3b deposition on the surface of the cells. Results for the 3 IgM, (black), 11 IgG, (blue), and 6 IgA antibodies (red) are shown. P values were calculated by two-way analysis of variance, followed by Tukey's test."}
{"words": ["F", ".", "Influence", "of", "complement", "on", "virus", "neutralization", ".", "A", "plaque", "reduction", "neutralization", "assay", "like", "that", "shown", "in", "Fig", "3A", "-", "C", "was", "conducted", "with", "IgM", "2J17", "in", "the", "presence", "of", "either", "fresh", ",", "complement", "-", "sufficient", "human", "serum", ",", "or", "heat", "inactivated", "serum", ".", "The", "concentration", "of", "2J17", "is", "shown", "on", "the", "horizontal", "axis", ".", "The", "vertical", "axis", "shows", ",", "for", "each", "well", "exposed", "to", "antibody", ",", "the", "ratio", "of", "infected", "cell", "plaque", "count", "to", "the", "corresponding", "value", "from", "control", "wells", "with", "serum", "(", "either", "fresh", "or", "inactivated", ")", "but", "without", "antibody", ".", "The", "points", "plotted", "with", "filled", "red", "symbols", "correspond", "to", "the", "condition", "with", "heat", "inactivated", "serum", ",", "and", "the", "open", "blue", "symbols", "results", "with", "fresh", "serum", ".", "Each", "symbol", "corresponds", "to", "the", "mean", "of", "nine", "wells", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "each", "with", "triplicate", "wells", ".", "Error", "bars", "correspond", "to", "standard", "error", ".", "P", "value", "was", "calculated", "using", "a", "paired", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Influence of complement on virus neutralization. A plaque reduction neutralization assay like that shown in Fig 3A-C was conducted with IgM 2J17 in the presence of either fresh, complement-sufficient human serum, or heat inactivated serum. The concentration of 2J17 is shown on the horizontal axis. The vertical axis shows, for each well exposed to antibody, the ratio of infected cell plaque count to the corresponding value from control wells with serum (either fresh or inactivated) but without antibody. The points plotted with filled red symbols correspond to the condition with heat inactivated serum, and the open blue symbols results with fresh serum. Each symbol corresponds to the mean of nine wells pooled from three independent experiments, each with triplicate wells. Error bars correspond to standard error. P value was calculated using a paired, two-tailed t-test."}
{"words": ["A", ".", "The", "effect", "of", "competition", "on", "concentration", "versus", "binding", "curves", "of", "three", "spike", "-", "specific", ",", "class", "-", "switched", "antibodies", ".", "Antibodies", "were", "expressed", "either", "as", "IgM", ",", "as", "originally", "isolated", "(", "black", "symbols", "and", "lines", ")", ",", "or", "artificially", "switched", "to", "IgG1", "(", "blue", "lines", "and", "symbols", ")", ".", "For", "each", "antibody", ",", "identified", "by", "name", "at", "the", "top", "of", "each", "plot", ",", "the", "binding", "of", "the", "antibody", "alone", "(", "\"", "alone", "\"", ",", "open", "symbols", ")", ",", "or", "the", "competitive", "binding", "of", "the", "antibody", "in", "a", "mixture", "of", "IgM", "and", "IgG1", "(", "\"", "compet", ".", "\"", ",", "filled", "symbols", ")", "is", "shown", ".", "In", "the", "competition", "scenario", ",", "each", "of", "the", "two", "classes", "of", "the", "antibody", "were", "added", "together", "at", "the", "concentration", "shown", "on", "the", "horizontal", "axis", ".", "The", "vertical", "axis", "shows", "the", "ratio", "of", "geometric", "mean", "fluorescence", "of", "human", "IgM", ",", "or", "IgG", "on", "spike", "-", "expressing", "cells", "divided", "by", "the", "corresponding", "signal", "on", "spike", "-", "non", "-", "expressing", "control", "cells", ".", "Each", "point", "shows", "the", "mean", "of", "3", "values", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Error", "bars", "show", "standard", "error", ".", "P", "value", "was", "calculated", "by", "comparing", "the", "area", "under", "the", "curve", "of", "each", "antibody", "class", "in", "the", "\"", "alone", "\"", "condition", "with", "the", "binding", "of", "the", "\"", "competition", "\"", "condition", "by", "paired", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. The effect of competition on concentration versus binding curves of three spike-specific, class-switched antibodies. Antibodies were expressed either as IgM, as originally isolated (black symbols and lines), or artificially switched to IgG1 (blue lines and symbols). For each antibody, identified by name at the top of each plot, the binding of the antibody alone (\"alone\", open symbols), or the competitive binding of the antibody in a mixture of IgM and IgG1 (\"compet.\", filled symbols) is shown. In the competition scenario, each of the two classes of the antibody were added together at the concentration shown on the horizontal axis. The vertical axis shows the ratio of geometric mean fluorescence of human IgM, or IgG on spike-expressing cells divided by the corresponding signal on spike-non-expressing control cells. Each point shows the mean of 3 values from three independent experiments. Error bars show standard error. P value was calculated by comparing the area under the curve of each antibody class in the \"alone\" condition with the binding of the \"competition\" condition by paired, two-tailed t-test."}
{"words": ["B", ".", "Virus", "neutralization", "by", "antibodies", "expressed", "as", "IgM", "or", "IgG1", ".", "A", "plaque", "reduction", "neutralization", "assay", "as", "described", "in", "Fig", "3A", "-", "B", "was", "used", "to", "measure", "neutralization", "by", "the", "three", ",", "donor", "-", "derived", "IgM", "(", "black", "lines", "and", "open", "symbols", ")", "and", "their", "artificially", "class", "-", "switched", "IgG1", "equivalents", "(", "blue", "lines", "and", "filled", "symbols", ")", ".", "Horizontal", "axis", "shows", "the", "antibody", "concentration", "and", "the", "vertical", "axis", "shows", "the", "level", "of", "infection", "expressed", "as", "percentage", "GFP", "expression", "compared", "to", "control", "wells", "with", "no", "antibody", "added", ".", "Each", "point", "shows", "the", "mean", "of", "nine", "replicate", "values", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "each", "with", "triplicate", "wells", ".", "Error", "bars", "show", "standard", "error", ".", "C", ".", "Comparison", "of", "virus", "neutralization", "by", "antibodies", "expressed", "as", "IgM", "or", "IgG1", "shown", "in", "B", ".", "Area", "under", "the", "curve", "was", "calculated", "from", "each", "of", "the", "three", "independently", "performed", "experiments", ".", "P", "was", "calculated", "by", "paired", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Virus neutralization by antibodies expressed as IgM or IgG1. A plaque reduction neutralization assay as described in Fig 3A-B was used to measure neutralization by the three, donor-derived IgM (black lines and open symbols) and their artificially class-switched IgG1 equivalents (blue lines and filled symbols). Horizontal axis shows the antibody concentration and the vertical axis shows the level of infection expressed as percentage GFP expression compared to control wells with no antibody added. Each point shows the mean of nine replicate values pooled from three independent experiments, each with triplicate wells. Error bars show standard error. C. Comparison of virus neutralization by antibodies expressed as IgM or IgG1 shown in B. Area under the curve was calculated from each of the three independently performed experiments. P was calculated by paired, two-tailed t-test."}
{"words": ["Virus", "neutralization", "by", "antibodies", "artificially", "class", "switched", "from", "IgA", "or", "IgG1", "to", "IgM", ".", "A", "plaque", "reduction", "neutralization", "assay", "as", "described", "in", "Fig", "3A", "-", "B", "was", "used", "to", "measure", "neutralization", "by", "the", "two", "donor", "-", "derived", "IgA", "(", "pink", "and", "light", "blue", "lines", ")", "and", "one", "donor", "-", "derived", "IgG", "(", "bordeaux", "lines", ")", ".", "The", "antibodies", "expressed", "in", "their", "original", "classes", "(", "IgA", "or", "IgG", ")", "are", "plotted", "with", "filled", "symbols", "of", "the", "same", "colors", "as", "the", "lines", ",", "and", "their", "artificially", "class", "-", "switched", "IgM", "equivalents", "are", "plotted", "with", "open", "symbols", ".", "Horizontal", "axis", "shows", "the", "antibody", "concentration", "and", "the", "vertical", "axis", "shows", "the", "level", "of", "infection", "expressed", "as", "percentage", "GFP", "expression", "compared", "to", "control", "wells", "with", "no", "antibody", "added", ".", "Each", "point", "shows", "the", "mean", "of", "nine", "replicate", "values", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", ",", "each", "with", "triplicate", "wells", ".", "ND50", "was", "calculated", "from", "each", "of", "the", "three", "independently", "performed", "experiments", ".", "P", "was", "calculated", "by", "paired", ",", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "for", "each", "antibody", "pair", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Virus neutralization by antibodies artificially class switched from IgA or IgG1 to IgM. A plaque reduction neutralization assay as described in Fig 3A-B was used to measure neutralization by the two donor-derived IgA (pink and light blue lines) and one donor-derived IgG (bordeaux lines). The antibodies expressed in their original classes (IgA or IgG) are plotted with filled symbols of the same colors as the lines, and their artificially class-switched IgM equivalents are plotted with open symbols. Horizontal axis shows the antibody concentration and the vertical axis shows the level of infection expressed as percentage GFP expression compared to control wells with no antibody added. Each point shows the mean of nine replicate values pooled from three independent experiments, each with triplicate wells. ND50 was calculated from each of the three independently performed experiments. P was calculated by paired, two-tailed t-test for each antibody pair."}
{"words": ["Affinities", "of", "donor", "-", "derived", "spike", "-", "binding", "IgG1", "(", "n", "=", "8", ")", "and", "donor", "-", "derived", "IgM", "(", "n", "=", "3", ")", "expressed", "as", "IgG1", ",", "measured", "by", "surface", "plasmon", "resonance", ".", "P", "value", "was", "calculated", "by", "unpaired", "two", "-", "tailed", "t", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Affinities of donor-derived spike-binding IgG1 (n = 8) and donor-derived IgM (n = 3) expressed as IgG1, measured by surface plasmon resonance. P value was calculated by unpaired two-tailed t-test."}
{"words": ["A", ".", "Heatmap", "of", "antibody", "binding", "to", "spike", "protein", "subdomains", "(", "complete", "spike", "extracellular", "domain", "\"", "spike", "\"", ",", "S1", ",", "S2", ",", "RBD", "and", "NTD", "in", "ELISA", ".", "Color", "gradient", "shown", "on", "right", "represents", "optical", "density", "at", "450", "nm", "(", "OD", ")", ".", "Values", "are", "mean", "OD", "from", "two", "independent", "experiments", ".", "Analogous", "ELISA", "results", "for", "3", "IgM", "and", "their", "IgG1", "-", "class", "-", "switched"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Heatmap of antibody binding to spike protein subdomains (complete spike extracellular domain \"spike\", S1, S2, RBD and NTD in ELISA. Color gradient shown on right represents optical density at 450 nm (OD). Values are mean OD from two independent experiments. Analogous ELISA results for 3 IgM and their IgG1-class-switched derivatives"}
{"words": ["C", ".", "Flow", "-", "cytometric", "epitope", "binning", "of", "monoclonal", "IgM", ",", "utilizing", "competitive", "displacement", "of", "IgG", "by", "IgM", "with", "identical", "variable", "region", "Cells", "expressing", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "spike", "protein", "and", "untransfected", "control", "cells", "were", "incubated", "with", "each", "of", "3", "neutralizing", "IgM", "antibodies", "artificially", "switched", "to", "IgG1", ",", "either", "alone", ",", "or", "mixed", "with", "one", "of", "the", "3", "antibodies", "expressed", "as", "IgM", ".", "The", "binding", "of", "each", "IgG1", "alone", "is", "shown", "in", "the", "last", "column", "of", "the", "heatmap", ",", "and", "in", "competition", "with", "each", "other", "IgM", "in", "columns", "1", "-", "3", ".", "Color", "shade", "represents", "the", "specific", "IgG", "binding", "(", "ratio", "of", "GMFI", "on", "TE", "spike", "-", "mCherry", "cells", "to", "TE", "0", "cells", ")", ".", "Values", "are", "mean", "GMFI", "ratios", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "When", "IgM", "binds", "the", "same", "epitope", "as", "the", "IgG", "(", "automatically", "the", "case", "when", "the", "source", "antibody", "is", "the", "same", ")", ",", "the", "IgM", "will", "displace", "the", "IgG", ",", "resulting", "in", "a", "reduction", "in", "the", "IgG", "signal", ".", "Asterisks", "mark", "those", "combinations", "of", "antibodies", "with", "a", "statistically", "significant", "decrease", "in", "binding", "of", "the", "IgG1", "in", "the", "presence", "of", "IgM", ",", "compared", "to", "the", "IgG", "alone", "across", "3", "independent", "experiments", ",", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "two", "-", "way", "analysis", "of", "variance", ",", "followed", "by", "Tukey", "'", "s", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Flow-cytometric epitope binning of monoclonal IgM, utilizing competitive displacement of IgG by IgM with identical variable region Cells expressing SARS-CoV-2 spike protein and untransfected control cells were incubated with each of 3 neutralizing IgM antibodies artificially switched to IgG1, either alone, or mixed with one of the 3 antibodies expressed as IgM. The binding of each IgG1 alone is shown in the last column of the heatmap, and in competition with each other IgM in columns 1-3. Color shade represents the specific IgG binding (ratio of GMFI on TE spike-mCherry cells to TE 0 cells). Values are mean GMFI ratios from three independent experiments. When IgM binds the same epitope as the IgG (automatically the case when the source antibody is the same), the IgM will displace the IgG, resulting in a reduction in the IgG signal. Asterisks mark those combinations of antibodies with a statistically significant decrease in binding of the IgG1 in the presence of IgM, compared to the IgG alone across 3 independent experiments, (* p<0.05, two-way analysis of variance, followed by Tukey's test)."}
{"words": ["B", ".", "ST2", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "As", "a", "control", ",", "cells", "were", "first", "solubilized", "and", "SF", "-", "IL", "-", "17", "was", "added", "only", "post", "lysis", ".", "Number", "of", "identified", "peptides", "(", "unique", "+", "razor", ")", "and", "iBAQ", "intensities", "for", "each", "protein", "in", "five", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. ST2 cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. As a control, cells were first solubilized and SF-IL-17 was added only post lysis. Number of identified peptides (unique + razor) and iBAQ intensities for each protein in five independent experiments are shown."}
{"words": ["C", ".", "The", "stoichiometry", "of", "IL", "-", "17RSC", "calculated", "as", "the", "ratio", "between", "iBAQ", "intensities", "of", "individual", "IL", "-", "17RSC", "components", "to", "iBAQ", "intensity", "of", "IL", "-", "17RC", ".", "The", "recruitment", "of", "kinases", "TBK1", "and", "IKKε", "as", "compared", "to", "related", "kinases", "IKKα", "and", "IKKβ", "is", "significantly", "enhanced", ".", "Mean", "from", "five", "performed", "MS", "experiments", "is", "shown", ",", "the", "statistical", "significance", "was", "determined", "using", "unpaired", "two", "‐", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The stoichiometry of IL-17RSC calculated as the ratio between iBAQ intensities of individual IL-17RSC components to iBAQ intensity of IL-17RC. The recruitment of kinases TBK1 and IKKε as compared to related kinases IKKα and IKKβ is significantly enhanced. Mean from five performed MS experiments is shown, the statistical significance was determined using unpaired two‐tailed Student's t‐test."}
{"words": ["D", ".", "ST2", "cells", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "TNF", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", ",", "or", "IL", "-", "1α", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", "points", "and", "activation", "of", "signaling", "pathways", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "A", "representative", "of", "two", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. ST2 cells were stimulated with IL-17 (500 ng/ml), TNF (50 ng/ml), or IL-1α (50 ng/ml) for indicated time points and activation of signaling pathways was analyzed by immunoblotting. A representative of two independent experiments is shown."}
{"words": ["ST2", "cells", "were", "either", "left", "untreated", "(", "A", ")", "followed", "by", "stimulation", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "2", "hours", ".", "Transcription", "response", "induced", "by", "IL", "-", "17", "stimulation", "as", "compared", "to", "unstimulated", "cells", "was", "analyzed", "by", "RNA", "sequencing", ".", "In", "red", "are", "transcripts", "considered", "to", "be", "significantly", "changed", "(", "log2", "fold", "change", ">", "1", "or", "<", "-", "1", ",", "-", "log10", "Benjamini", "-", "Hochberg", "adjusted", "p", "-", "value", ">", "2", ",", "based", "on", "the", "analysis", "of", "three", "independent", "experiments", ";", "tringle", "is", "used", "for", "transcripts", "with", "-", "log10", "adjusted", "p", "-", "value", ">", "100", ")", ".", "Names", "of", "several", "significantly", "upregulated", "transcripts", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 cells were either left untreated (A) followed by stimulation with IL-17 (500 ng/ml) for 2 hours. Transcription response induced by IL-17 stimulation as compared to unstimulated cells was analyzed by RNA sequencing. In red are transcripts considered to be significantly changed (log2 fold change > 1 or < -1, - log10 Benjamini-Hochberg adjusted p-value > 2, based on the analysis of three independent experiments; tringle is used for transcripts with - log10 adjusted p-value > 100). Names of several significantly upregulated transcripts are indicated."}
{"words": ["ST2", "cells", "were", "pretreated", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", "for", "30", "minutes", "(", "B", ")", ",", "followed", "by", "stimulation", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "2", "hours", ".", "Transcription", "response", "induced", "by", "IL", "-", "17", "stimulation", "as", "compared", "to", "unstimulated", "cells", "was", "analyzed", "by", "RNA", "sequencing", ".", "In", "red", "are", "transcripts", "considered", "to", "be", "significantly", "changed", "(", "log2", "fold", "change", ">", "1", "or", "<", "-", "1", ",", "-", "log10", "Benjamini", "-", "Hochberg", "adjusted", "p", "-", "value", ">", "2", ",", "based", "on", "the", "analysis", "of", "three", "independent", "experiments", ";", "tringle", "is", "used", "for", "transcripts", "with", "-", "log10", "adjusted", "p", "-", "value", ">", "100", ")", ".", "Names", "of", "several", "significantly", "upregulated", "transcripts", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 cells were pretreated with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM) for 30 minutes (B), followed by stimulation with IL-17 (500 ng/ml) for 2 hours. Transcription response induced by IL-17 stimulation as compared to unstimulated cells was analyzed by RNA sequencing. In red are transcripts considered to be significantly changed (log2 fold change > 1 or < -1, - log10 Benjamini-Hochberg adjusted p-value > 2, based on the analysis of three independent experiments; tringle is used for transcripts with - log10 adjusted p-value > 100). Names of several significantly upregulated transcripts are indicated."}
{"words": ["D", "-", "E", ".", "Comparison", "of", "IL", "-", "17", "-", "induced", "transcriptional", "response", "in", "presence", "or", "absence", "of", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", ".", "(", "D", ")", "Transcripts", "that", "are", "significantly", "changed", "in", "both", "conditions", ".", "(", "E", ")", "Transcripts", "that", "pass", "significance", "threshold", "for", "induction", "only", "in", "presence", "of", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", ".", "Dashed", "lines", "indicate", "significantly", "upregulated", "transcripts", "(", "log2", "fold", "change", ">", "1", ")", ";", "red", "lines", "separates", "transcripts", "that", "are", "more", "upregulated", "upon", "IL", "-", "17", "stimulation", "in", "the", "presence", "of", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "as", "compared", "to", "IL", "-", "17", "alone", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0], "text": "D-E. Comparison of IL-17-induced transcriptional response in presence or absence of TBK1/IKKε inhibitor. (D) Transcripts that are significantly changed in both conditions. (E) Transcripts that pass significance threshold for induction only in presence of TBK1/IKKε inhibitor. Dashed lines indicate significantly upregulated transcripts (log2 fold change > 1); red lines separates transcripts that are more upregulated upon IL-17 stimulation in the presence of TBK1/IKKε inhibitor as compared to IL-17 alone."}
{"words": ["F", ".", "ST2", "cells", "pretreated", "or", "not", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", "were", "left", "unstimulated", "or", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "2", "hours", "and", "induction", "of", "mRNA", "for", "selected", "genes", "was", "analyzed", "by", "real", "time", "PCR", ".", "Mean", "+", "SEM", "from", "five", "independent", "experiments", "is", "shown", ",", "statistical", "significance", "was", "determined", "using", "unpaired", "two", "‐", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ST2 cells pretreated or not with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM) were left unstimulated or stimulated with IL-17 (500 ng/ml) for 2 hours and induction of mRNA for selected genes was analyzed by real time PCR. Mean + SEM from five independent experiments is shown, statistical significance was determined using unpaired two‐tailed Student's t‐test."}
{"words": ["G", ".", "ST2", "cells", "were", "pretreated", "or", "not", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", ",", "stimulated", "with", "IL17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", "points", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. ST2 cells were pretreated or not with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM), stimulated with IL17 (500 ng/ml) for indicated time points and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["H", ".", "ST2", "wild", "type", ",", "TBK1", "KO", ",", "IKKε", "KO", ",", "or", "cells", "lacking", "both", "kinases", "(", "DKO", ")", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. ST2 wild type, TBK1 KO, IKKε KO, or cells lacking both kinases (DKO) were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["I", ".", "TBK1", "/", "IKKε", "DKO", "cells", "reconstituted", "with", "either", "wild", "type", "or", "kinase", "dead", "mutant", "(", "K38A", ")", "version", "of", "both", "kinases", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. TBK1/IKKε DKO cells reconstituted with either wild type or kinase dead mutant (K38A) version of both kinases were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "TBK1", "/", "IKKε", "DKO", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "(", "A", ")", "The", "heatmap", "shows", "the", "row", "-", "normalized", "Z", "-", "Score", "calculated", "from", "log2", "transformed", "iBAQ", "intensities", "from", "five", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or TBK1/IKKε DKO cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. (A) The heatmap shows the row-normalized Z-Score calculated from log2 transformed iBAQ intensities from five independent experiments."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "TBK1", "/", "IKKε", "DKO", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "(", "B", ")", "The", "ratio", "between", "iBAQ", "intensities", "of", "selected", "IL", "-", "17RSC", "components", "to", "iBAQ", "intensity", "of", "IL", "-", "17RC", ".", "Mean", "+", "SEM", "from", "five", "independent", "experiments", "is", "shown", ",", "statistical", "significance", "was", "determined", "by", "two", "‐", "tailed", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or TBK1/IKKε DKO cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. (B) The ratio between iBAQ intensities of selected IL-17RSC components to iBAQ intensity of IL-17RC. Mean + SEM from five independent experiments is shown, statistical significance was determined by two‐tailed Mann-Whitney test."}
{"words": ["C", ".", "ST2", "wild", "type", "or", "TBK1", "/", "IKKε", "DKO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "15", "minutes", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "to", "isolate", "IL", "-", "17RSC", "and", "samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "ACT1", "phosphorylation", "detected", "as", "upper", "band", "in", "WT", "cells", "is", "absent", "in", "TBK1", "/", "IKKε", "DKO", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C. ST2 wild type or TBK1/IKKε DKO cells were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) for 15 minutes or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. Lysates were subjected to anti-Flag immunoprecipitation to isolate IL-17RSC and samples were analyzed by immunoblotting. ACT1 phosphorylation detected as upper band in WT cells is absent in TBK1/IKKε DKO cells."}
{"words": ["D", ".", "Cells", "were", "pretreated", "with", "TAK1", "inhibitor", "7", "-", "oxozeanol", "(", "2", "µM", ")", "and", "/", "or", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", ",", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", "points", "and", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Cells were pretreated with TAK1 inhibitor 7-oxozeanol (2 µM) and/or TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM), stimulated with IL-17 (500 ng/ml) for indicated time points and lysates were analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["E", ".", "ST2", "wild", "type", "or", "HOIP", "-", "deficient", "cells", "were", "pretreated", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", ",", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", ",", "solubilized", ",", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "*", "indicates", "unspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. ST2 wild type or HOIP-deficient cells were pretreated with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM), stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated, solubilized, and analyzed by immunoblotting. * indicates unspecific band."}
{"words": ["F", ".", "ST2", "cells", "pretreated", "or", "not", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "for", "15", "minutes", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "and", "analyzed", "via", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ST2 cells pretreated or not with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 were stimulated with SF-IL-17 for 15 minutes or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. IL-17RSC was isolated and analyzed via immunoblotting."}
{"words": ["A", ".", "ST2", "wild", "type", "and", "ACT1", "-", "deficient", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "As", "a", "control", ",", "cells", "were", "first", "solubilized", "and", "SF", "-", "IL", "-", "17", "was", "added", "only", "post", "lysis", ".", "Number", "of", "identified", "peptides", "(", "unique", "+", "razor", ")", "and", "iBAQ", "intensities", "for", "each", "protein", "in", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. ST2 wild type and ACT1-deficient cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. As a control, cells were first solubilized and SF-IL-17 was added only post lysis. Number of identified peptides (unique + razor) and iBAQ intensities for each protein in two independent experiments are shown."}
{"words": ["B", ".", "ST2", "wild", "type", ",", "ACT1", "KO", "or", "TRAF6", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "to", "isolate", "IL", "-", "17RSC", "and", "samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. ST2 wild type, ACT1 KO or TRAF6 KO cells were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. Lysates were subjected to anti-Flag immunoprecipitation to isolate IL-17RSC and samples were analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["C", ".", "ST2", "cells", "deficient", "in", "TRAF6", "reconstituted", "with", "TRAF6", "(", "WT", ")", "or", "enzymatically", "inactive", "TRAF6", "(", "C70A", ")", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "Number", "of", "identified", "peptides", "(", "unique", "+", "razor", ")", "and", "iBAQ", "intensities", "for", "each", "protein", "in", "two", "independent", "experiments", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. ST2 cells deficient in TRAF6 reconstituted with TRAF6(WT) or enzymatically inactive TRAF6(C70A) were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. Number of identified peptides (unique + razor) and iBAQ intensities for each protein in two independent experiments are shown."}
{"words": ["D", ".", "TRAF6", "deficient", "cells", "reconstituted", "with", "TRAF6", "(", "WT", ")", ",", "TRAF6", "(", "C70A", ")", "or", "empty", "vector", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "from", "lysates", "by", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "Short", "and", "long", "exposure", "of", "the", "same", "membrane", "stained", "for", "Act1", "are", "shown", "for", "lysate", "and", "IP", "samples", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. TRAF6 deficient cells reconstituted with TRAF6(WT), TRAF6(C70A) or empty vector were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. IL-17RSC was isolated from lysates by anti-Flag immunoprecipitation and analyzed by immunoblotting. Short and long exposure of the same membrane stained for Act1 are shown for lysate and IP samples, respectively."}
{"words": ["TRAF6", "deficient", "cells", "reconstituted", "with", "the", "indicated", "constructs", "were", "pretreated", "or", "not", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", "and", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", ".", "(", "E", ")", "The", "activation", "of", "signaling", "pathways", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "TRAF6 deficient cells reconstituted with the indicated constructs were pretreated or not with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM) and stimulated with IL-17 (500 ng/ml) for indicated time. (E) The activation of signaling pathways analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["TRAF6", "deficient", "cells", "reconstituted", "with", "the", "indicated", "constructs", "were", "pretreated", "or", "not", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", "and", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", ".", "The", "induction", "of", "mRNA", "for", "selected", "genes", "analyzed", "by", "real", "time", "PCR", ".", "Mean", "+", "SEM", "from", "four", "independent", "experiments", "is", "shown", ",", "statistical", "significance", "was", "determined", "using", "unpaired", "two", "‐", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "TRAF6 deficient cells reconstituted with the indicated constructs were pretreated or not with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM) and stimulated with IL-17 (500 ng/ml) for indicated time. The induction of mRNA for selected genes analyzed by real time PCR. Mean + SEM from four independent experiments is shown, statistical significance was determined using unpaired two‐tailed Student's t‐test."}
{"words": ["G", ".", "ST2", "cells", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", "points", ",", "solubilized", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. ST2 cells wild type or NEMO KO were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) for indicated time points, solubilized and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "to", "isolate", "IL", "-", "17RSC", ".", "Samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. Lysates were subjected to anti-Flag immunoprecipitation to isolate IL-17RSC. Samples were analyzed by immunoblotting (H)."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "results", "from", "four", "independent", "experiments", "were", "quantified", "by", "densitometry", "and", "mean", "+", "SEM", "from", "four", "independent", "experiments", "is", "shown", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated with SF-IL-17 or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. results from four independent experiments were quantified by densitometry and mean + SEM from four independent experiments is shown (I)."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "(", "A", ")", "The", "heatmap", "shows", "the", "row", "-", "normalized", "Z", "-", "Score", "calculated", "from", "log2", "transformed", "iBAQ", "values", "from", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. (A) The heatmap shows the row-normalized Z-Score calculated from log2 transformed iBAQ values from two independent experiments."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "for", "15", "minutes", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", ",", "solubilized", "and", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "consecutive", "Flag", "and", "Strep", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "(", "B", ")", "The", "ratio", "between", "iBAQ", "intensities", "of", "selected", "IL", "-", "17RSC", "components", "to", "iBAQ", "intensity", "of", "IL", "-", "17RC", ".", "Mean", "+", "SEM", "from", "two", "independent", "experiments", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated for 15 minutes with SF-IL-17 (500 ng/ml), solubilized and IL-17RSC was isolated via consecutive Flag and Strep immunoprecipitation and analyzed by MS. (B) The ratio between iBAQ intensities of selected IL-17RSC components to iBAQ intensity of IL-17RC. Mean + SEM from two independent experiments is shown."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "to", "isolate", "IL", "-", "17RSC", "(", "C", ")", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. Lysates were subjected to anti-Flag immunoprecipitation to isolate IL-17RSC (C) and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "Lysates", "were", "tested", "for", "activation", "of", "signaling", "pathways", "(", "D", ")", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. Lysates were tested for activation of signaling pathways (D) and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["E", ".", "ST2", "cells", "were", "pretreated", "with", "TBK1", "/", "IKKε", "inhibitor", "MRT67307", "(", "2", "µM", ")", "or", "IKKα", "/", "IKKβ", "inhibitor", "TPCA1", "(", "10", "µM", ")", ",", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. ST2 cells were pretreated with TBK1/IKKε inhibitor MRT67307 (2 µM) or IKKα/IKKβ inhibitor TPCA1 (10 µM), stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["F", ".", "ST2", "wild", "type", "or", "NEMO", "KO", "cells", "were", "stimulated", "with", "TNF", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "for", "indicated", "time", "points", "and", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ST2 wild type or NEMO KO cells were stimulated with TNF (50 ng/ml) for indicated time points and lysates were analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["B", ".", "Analysis", "of", "ACT1", "structure", "using", "three", "different", "algorithms", "predicting", "disordered", "regions", ".", "Detected", "phosphorylation", "sites", "are", "all", "in", "the", "disordered", "region", "of", "the", "protein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Analysis of ACT1 structure using three different algorithms predicting disordered regions. Detected phosphorylation sites are all in the disordered region of the protein."}
{"words": ["ACT1", "KO", "cells", "were", "reconstituted", "with", "either", "wild", "type", "ACT1", "or", "indicated", "mutants", "or", "ACT1", "with", "all", "nine", "identified", "phospho", "-", "sites", "mutated", "to", "alanines", "(", "9ST", "mut", ")", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "*", "indicates", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ACT1 KO cells were reconstituted with either wild type ACT1 or indicated mutants or ACT1 with all nine identified phospho-sites mutated to alanines (9ST mut). Cells were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and lysates were analyzed by immunoblotting. * indicates nonspecific band."}
{"words": ["ACT1", "KO", "cells", "were", "reconstituted", "with", "either", "wild", "type", "ACT1", "or", "indicated", "mutants", "or", "ACT1", "with", "all", "nine", "identified", "phospho", "-", "sites", "mutated", "to", "alanines", "(", "9ST", "mut", ")", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "*", "indicates", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ACT1 KO cells were reconstituted with either wild type ACT1 or indicated mutants or ACT1 with all nine identified phospho-sites mutated to alanines (9ST mut). Cells were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and lysates were analyzed by immunoblotting. * indicates nonspecific band."}
{"words": ["E", ".", "ACT1", "KO", "cells", "expressing", "either", "ACT1", "(", "WT", ")", "or", "ACT1", "(", "9ST", "mut", ")", "were", "stimulated", "with", "SF", "-", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "or", "were", "left", "unstimulated", "and", "IL", "-", "17", "was", "added", "post", "lysis", ".", "IL", "-", "17RSC", "was", "isolated", "via", "anti", "-", "Flag", "immunoprecipitation", "and", "analyzed", "by", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. ACT1 KO cells expressing either ACT1(WT) or ACT1(9ST mut) were stimulated with SF-IL-17 (500 ng/ml) as indicated or were left unstimulated and IL-17 was added post lysis. IL-17RSC was isolated via anti-Flag immunoprecipitation and analyzed by immunoblotting."}
{"words": ["F", ".", "ACT1", "KO", "cells", "were", "reconstituted", "with", "either", "ACT1", "(", "WT", ")", "or", "ACT1", "(", "Δ20", "-", "380", ")", ".", "Cells", "were", "stimulated", "with", "IL", "-", "17", "(", "500", "ng", "/", "ml", ")", "as", "indicated", "and", "lysates", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "*", "indicates", "nonspecific", "band", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. ACT1 KO cells were reconstituted with either ACT1(WT) or ACT1(Δ20-380). Cells were stimulated with IL-17 (500 ng/ml) as indicated and lysates were analyzed by immunoblotting. * indicates nonspecific band."}
{"words": ["G", ".", "Analysis", "of", "iBAQ", "intensity", "of", "ACT1", "normalized", "to", "iBAQ", "intensity", "of", "IL", "-", "17RC", ".", "Data", "are", "composite", "of", "all", "14", "MS", "analyses", "of", "IL", "-", "17RSC", "from", "wild", "type", "ST2", "cells", "performed", "in", "this", "study", ".", "Mean", "+", "SEM", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Analysis of iBAQ intensity of ACT1 normalized to iBAQ intensity of IL-17RC. Data are composite of all 14 MS analyses of IL-17RSC from wild type ST2 cells performed in this study. Mean + SEM is shown."}
{"words": ["B", ",", "single", "optical", "plane", "in", "the", "HPuHG", "of", "wildtype", "mice", "and", "Alk1EndoKO", "mice", "showing", "dramatic", "vascular", "defect", "in", "Alk1EndoKO", "mice", ".", "Severely", "tangled", "and", "tortuous", "vasculatures", "were", "outlined", "in", "white", "dotted", "rectangles", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, single optical plane in the HPuHG of wildtype mice and Alk1EndoKO mice showing dramatic vascular defect in Alk1EndoKO mice. Severely tangled and tortuous vasculatures were outlined in white dotted rectangles."}
{"words": ["C", ",", "8", "μm", "skin", "section", "of", "Cre", "-", "control", "(", "CT", ")", "and", "Alk1EndoKO", "mice", "stained", "for", "Cdh5", "(", "red", ")", ",", "Ki67", "(", "green", ")", ",", "Erg", "(", "white", ")", ",", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", ".", "Examples", "of", "Cdh5", "/", "Ki67", "double", "positive", "cells", "were", "enlarged", "in", "the", "white", "dotted", "inset", "for", "visualization", "purposes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, 8 μm skin section of Cre- control (CT) and Alk1EndoKO mice stained for Cdh5 (red), Ki67 (green), Erg (white), and Dapi (blue). Examples of Cdh5/Ki67 double positive cells were enlarged in the white dotted inset for visualization purposes."}
{"words": ["D", "-", "G", ",", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", ".", "Each", "bar", "represents", "one", "individual", "mouse", ",", "and", "each", "dot", "represents", "measurement", "from", "one", "image", ".", "N", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "and", "n", "=", "9", "-", "16", "images", "per", "mouse", ".", "Restricted", "maximum", "likelihood", "(", "REML", ")", "analysis", "with", "unbounded", "variance", "components", "was", "used", "as", "statistical", "test", "and", "individual", "mouse", "was", "treated", "as", "random", "effect", "to", "take", "into", "the", "account", "of", "mouse", "-", "to", "-", "mouse", "variability", ".", "D", ",", "Quantification", "of", "number", "of", "ECs", "in", "HPuHG", "area", "from", "C", ".", "E", ",", "Percentage", "of", "proliferative", "ECs", "(", "percentage", "of", "Ki67", "+", "Cdh5", "+", "cells", "in", "total", "Cdh5", "+", "cells", ")", "in", "HPuHG", "from", "C", ".", "F", ",", "Percentage", "of", "proliferative", "ECs", "(", "percentage", "of", "Ki67", "+", "/", "Cdh5", "+", "cells", "in", "total", "skin", "Cdh5", "+", "cells", ")", "from", "C", "G", ",", "Percentage", "of", "proliferative", "ECs", "(", "percentage", "of", "BrdU", "+", "Cdh5", "+", "cells", "in", "total", "Cdh5", "+", "cells", ")", "in", "total", "skin", "from", "PD17", "-", "24", "BrdU", "-", "pulsed", "CT", "and", "Alk1EndoKO"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1], "text": "D-G, Error bars represent standard deviation. Each bar represents one individual mouse, and each dot represents measurement from one image. N = 3 mice per group, and n = 9-16 images per mouse. Restricted maximum likelihood (REML) analysis with unbounded variance components was used as statistical test and individual mouse was treated as random effect to take into the account of mouse-to-mouse variability. D, Quantification of number of ECs in HPuHG area from C. E, Percentage of proliferative ECs (percentage of Ki67+ Cdh5+ cells in total Cdh5+ cells) in HPuHG from C. F, Percentage of proliferative ECs (percentage of Ki67+/Cdh5+ cells in total skin Cdh5+ cells) from C G, Percentage of proliferative ECs (percentage of BrdU+ Cdh5+ cells in total Cdh5+ cells) in total skin from PD17-24 BrdU-pulsed CT and Alk1EndoKO mice"}
{"words": ["A", "-", "C", ",", "Immunofluorescence", "staining", "images", "of", "12", "μm", "skin", "section", "from", "PD17", "induced", "PD20", "telogen", "CT", ",", "PD25", "early", "anagen", "CT", ",", "and", "PD25", "telogen", "Alk1EndoKO", "mice", "stained", "for", "Endomucin", "(", "EMCN", ",", "red", ")", ",", "CD31", "(", "green", ")", ",", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", ".", "HPuHG", "region", "was", "outlined", "in", "yellow", "dotted", "lines", ".", "D", "-", "F", ",", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", ".", "Each", "bar", "represents", "one", "individual", "mouse", ",", "and", "each", "dot", "represents", "measurement", "from", "one", "image", ".", "N", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "and", "n", "=", "8", "-", "9", "images", "per", "mouse", ".", "Restricted", "maximum", "likelihood", "(", "REML", ")", "analysis", "with", "unbounded", "variance", "components", "was", "used", "to", "calculate", "p", "-", "values", "and", "individual", "mouse", "was", "treated", "as", "random", "effect", "to", "take", "into", "the", "account", "of", "mouse", "-", "to", "-", "mouse", "variability", ".", "D", ",", "Quantification", "of", "EMCN", "+", "/", "CD31", "+", "area", "from", "images", "like", "those", "in", "A", "-", "C", ",", "shown", "as", "percentage", "of", "BV", "in", "the", "HPuHG", ".", "E", ",", "Quantification", "of", "absolute", "EMCN", "+", "area", "(", "e", ".", "g", ".", "BV", "area", ")", "in", "HPuHG", "in", "images", "like", "those", "in", "A", "-", "C", ".", "F", ",", "Quantification", "of", "EMCN", "-", "/", "CD31", "+", "area", "from", "images", "like", "those", "in", "A", "-", "C", "as", "LV", "area", "in", "the", "HPuHG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C, Immunofluorescence staining images of 12 μm skin section from PD17 induced PD20 telogen CT, PD25 early anagen CT, and PD25 telogen Alk1EndoKO mice stained for Endomucin (EMCN, red), CD31 (green), and Dapi (blue). HPuHG region was outlined in yellow dotted lines. D-F, Error bars represent standard deviation. Each bar represents one individual mouse, and each dot represents measurement from one image. N = 3 mice per group, and n = 8-9 images per mouse. Restricted maximum likelihood (REML) analysis with unbounded variance components was used to calculate p-values and individual mouse was treated as random effect to take into the account of mouse-to-mouse variability. D, Quantification of EMCN+/CD31+ area from images like those in A-C, shown as percentage of BV in the HPuHG. E, Quantification of absolute EMCN+ area (e.g. BV area) in HPuHG in images like those in A-C. F, Quantification of EMCN-/CD31+ area from images like those in A-C as LV area in the HPuHG."}
{"words": ["G", "-", "J", ",", "Maximum", "projection", "through", "optical", "Z", "-", "stacks", "of", "60", "μm", "skin", "sections", "from", "mice", "TM", "-", "induced", "at", "PD17", "and", "sacrificed", "at", "PD20", "telogen", "CT", ",", "PD25", "early", "anagen", "CT", ",", "PD32", "Anagen", "CT", ",", "and", "PD25", "telogen", "Alk1EndoKO", "mice", "stained", "for", "VEGFR3", "(", "red", ")", ",", "LYVE1", "(", "green", ")", ",", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", ".", "Lymphatic", "capillaries", "were", "outlined", "in", "white", "dotted", "lines", ".", "K", ",", "Quantification", "of", "lymphatic", "capillary", "caliber", "from", "images", "like", "those", "in", "G", "-", "J", "in", "PD20", "telogen", "CT", ",", "PD25", "early", "anagen", "CT", ",", "and", "PD25", "telogen", "Alk1EndoKO", "mice", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", ".", "Each", "bar", "represents", "one", "individual", "mouse", ",", "and", "each", "dot", "represents", "measurement", "from", "one", "lymphatic", "capillary", ".", "N", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "and", "n", "=", "9", "-", "25", "measurements", "per", "mouse", ".", "Restricted", "maximum", "likelihood", "(", "REML", ")", "analysis", "with", "unbounded", "variance", "components", "was", "used", "to", "calculate", "p", "-", "values", "and", "individual", "mouse", "was", "treated", "as", "random", "effect", "to", "take", "into", "the", "account", "of", "mouse", "-", "to", "-", "mouse", "variability", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J, Maximum projection through optical Z-stacks of 60 μm skin sections from mice TM-induced at PD17 and sacrificed at PD20 telogen CT, PD25 early anagen CT, PD32 Anagen CT, and PD25 telogen Alk1EndoKO mice stained for VEGFR3 (red), LYVE1 (green), and Dapi (blue). Lymphatic capillaries were outlined in white dotted lines. K, Quantification of lymphatic capillary caliber from images like those in G-J in PD20 telogen CT, PD25 early anagen CT, and PD25 telogen Alk1EndoKO mice Error bars represent standard deviation. Each bar represents one individual mouse, and each dot represents measurement from one lymphatic capillary. N = 3 mice per group, and n = 9-25 measurements per mouse. Restricted maximum likelihood (REML) analysis with unbounded variance components was used to calculate p-values and individual mouse was treated as random effect to take into the account of mouse-to-mouse variability."}
{"words": ["B", ",", "Immunofluorescence", "image", "of", "12", "μm", "skin", "section", "from", "mice", "treated", "as", "shown", "in", "A", ",", "stained", "for", "VEGFR3", "(", "green", ")", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", ".", "C", ",", "Quantification", "of", "tdTomato", "+", "/", "VEGFR3", "+", "area", "from", "images", "like", "those", "in", "B", ",", "shows", "high", "induction", "efficiency", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", ".", "Each", "bar", "represents", "one", "individual", "mouse", ",", "and", "each", "dot", "represents", "measurement", "from", "one", "image", ".", "N", "=", "3", "mice", ",", "and", "n", "=", "7", "-", "8", "images", "per", "mouse", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Immunofluorescence image of 12 μm skin section from mice treated as shown in A, stained for VEGFR3 (green) and Dapi (blue). C, Quantification of tdTomato+/VEGFR3+ area from images like those in B, shows high induction efficiency. Error bars represent standard deviation. Each bar represents one individual mouse, and each dot represents measurement from one image. N = 3 mice, and n = 7-8 images per mouse."}
{"words": ["F", ",", "Quantification", "of", "lymphatic", "capillary", "caliber", "from", "images", "like", "those", "in", "D", "in", "CT", "and", "Alk1LymphKO", "mice", "Error", "bars", "represent", "standard", "deviation", ".", "Each", "bar", "represents", "one", "individual", "mouse", ",", "and", "each", "dot", "represents", "measurement", "of", "one", "lymphatic", "capillary", ".", "N", "=", "3", "mice", "per", "group", ",", "and", "n", "=", "13", "-", "16", "measurements", "per", "mouse", ".", "Restricted", "maximum", "likelihood", "(", "REML", ")", "analysis", "with", "unbounded", "variance", "components", "was", "used", "as", "statistical", "test", "and", "individual", "mouse", "was", "treated", "as", "random", "effect", "to", "take", "into", "the", "account", "of", "mouse", "-", "to", "-", "mouse", "variability", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, Quantification of lymphatic capillary caliber from images like those in D in CT and Alk1LymphKO mice Error bars represent standard deviation. Each bar represents one individual mouse, and each dot represents measurement of one lymphatic capillary. N = 3 mice per group, and n = 13-16 measurements per mouse. Restricted maximum likelihood (REML) analysis with unbounded variance components was used as statistical test and individual mouse was treated as random effect to take into the account of mouse-to-mouse variability."}
{"words": ["G", ",", "Immunofluorescence", "images", "of", "12", "μm", "skin", "section", "of", "PD17", "induced", "PD25", "CT", "and", "Alk1LymphKO", "mice", "stained", "for", "Ki67", "(", "red", ")", ",", "Itga6", "(", "green", ")", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", "showing", "representative", "hair", "follicle", ".", "Hair", "follicles", "were", "outlined", "with", "yellow", "dotted", "lines", ".", "Note", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "hair", "germ", "(", "HG", ")", "area", "indicative", "of", "HFSC", "activation", ".", "Telogen", "hair", "follicle", "is", "defined", "as", "no", "Ki67", "in", "the", "hair", "germ", ".", "Anagen", "I", "is", "defined", "as", "≤", "7", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "unenlarged", "hair", "germ", ".", "Anagen", "II", "is", "defined", "as", ">", "7", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "hair", "germ", "or", "enlarged", "hair", "germ", "with", "changed", "shape", "that", "starts", "to", "enclose", "the", "DP", ".", "Experiments", "were", "repeated", "at", "least", "2", "times", "with", "at", "least", "3", "skin", "sections", "/", "each", "mouse", "analyzed", "with", "N", "=", "6", "/", "4", "mice", "/", "group", ".", "See", "Table", "1", "for", "quantification", "detail", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, Immunofluorescence images of 12 μm skin section of PD17 induced PD25 CT and Alk1LymphKO mice stained for Ki67 (red), Itga6 (green) and Dapi (blue) showing representative hair follicle. Hair follicles were outlined with yellow dotted lines. Note Ki67+ cells in the hair germ (HG) area indicative of HFSC activation. Telogen hair follicle is defined as no Ki67 in the hair germ. Anagen I is defined as ≤7 Ki67+ cells in the unenlarged hair germ. Anagen II is defined as >7 Ki67+ cells in the hair germ or enlarged hair germ with changed shape that starts to enclose the DP. Experiments were repeated at least 2 times with at least 3 skin sections/each mouse analyzed with N = 6/4 mice/group. See Table 1 for quantification detail."}
{"words": ["B", ",", "Immunofluorescence", "image", "of", "12", "μm", "skin", "section", "from", "CT", "and", "Alk1EndoKO", "mice", "used", "for", "RNA", "-", "seq", "stained", "for", "Ki67", "(", "red", ")", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", "show", "that", "HFSCs", "are", "in", "quiescence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Immunofluorescence image of 12 μm skin section from CT and Alk1EndoKO mice used for RNA-seq stained for Ki67 (red) and Dapi (blue) show that HFSCs are in quiescence."}
{"words": ["C", ",", "Images", "of", "20", "μm", "skin", "section", "of", "PD20", "and", "PD25", "BMP4", "-", "LacZ", ";", "Alk1f", "/", "f", ";", "Cdh5", "-", "CreERT2", "negative", ",", "injected", "with", "tamoxifen", "TM", "at", "PD17", "(", "labelled", "as", "CT", ")", ",", "and", "PD20", "/", "PD25", "Cdh5CreERT2", ";", "Alk1f", "/", "f", ";", "BMP4", "-", "LacZ", "mice", "(", "labelled", "as", "Alk1EndoKO", ")", "TM", "injected", "at", "PD17", ",", "all", "stained", "for", "CD31", "(", "IHC", "method", ",", "brown", ")", "and", "X", "-", "gal", "(", "blue", ")", ".", "Hair", "follicles", "(", "HF", ")", "were", "outlined", "with", "black", "dotted", "lines", ".", "Arrows", "point", "to", "X", "-", "Gal", "+", "vascular", "structure", "in", "HPuHG", "area", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, Images of 20 μm skin section of PD20 and PD25 BMP4-LacZ; Alk1f/f; Cdh5-CreERT2 negative, injected with tamoxifen TM at PD17 (labelled as CT), and PD20/PD25 Cdh5CreERT2; Alk1f/f; BMP4-LacZ mice (labelled as Alk1EndoKO) TM injected at PD17, all stained for CD31 (IHC method, brown) and X-gal (blue). Hair follicles (HF) were outlined with black dotted lines. Arrows point to X-Gal+ vascular structure in HPuHG area."}
{"words": ["G", "-", "J", ",", "Immunofluorescence", "images", "of", "12", "μm", "skin", "section", "of", "PD17", "induced", "stained", "for", "(", "Top", "panel", ")", "Ki67", "(", "red", ")", ",", "Itga6", "(", "green", ")", ",", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", "and", "(", "Bottom", "panel", ")", "CD31", "(", "red", ")", "and", "Dapi", "(", "blue", ")", ".", "HPuHG", "region", "was", "outlined", "with", "white", "dotted", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G-J, Immunofluorescence images of 12 μm skin section of PD17 induced stained for (Top panel) Ki67 (red), Itga6 (green), and Dapi (blue) and (Bottom panel) CD31 (red) and Dapi (blue). HPuHG region was outlined with white dotted lines."}
{"words": ["K", ",", "Quantification", "of", "hair", "follicle", "percentage", "of", "PD17", "-", "induced", "PD25", "CT", ",", "Alk1EndoKO", ",", "Alk1", "BMP4dKO", ",", "and", "BMP4EndoKO", "at", "telogen", ",", "anagen", "I", ",", "and", "anagen", "II", "stages", ".", "Telogen", "hair", "follicle", "is", "defined", "as", "no", "Ki67", "in", "the", "hair", "germ", ".", "Anagen", "I", "is", "defined", "as", "≤", "7", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "unenlarged", "hair", "germ", ".", "Anagen", "II", "is", "defined", "as", ">", "7", "Ki67", "+", "cells", "in", "the", "hair", "germ", "or", "enlarged", "hair", "germ", "with", "changed", "shape", "that", "starts", "to", "enclose", "the", "DP", ".", "P", "-", "value", "was", "generated", "from", "Chi", "-", "square", "test", ".", "See", "Table", "1", "for", "quantification", "detail", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K, Quantification of hair follicle percentage of PD17-induced PD25 CT, Alk1EndoKO, Alk1 BMP4dKO, and BMP4EndoKO at telogen, anagen I, and anagen II stages. Telogen hair follicle is defined as no Ki67 in the hair germ. Anagen I is defined as ≤7 Ki67+ cells in the unenlarged hair germ. Anagen II is defined as >7 Ki67+ cells in the hair germ or enlarged hair germ with changed shape that starts to enclose the DP. P-value was generated from Chi-square test. See Table 1 for quantification detail."}
{"words": ["(", "A", ")", "Laser", "injured", "DRG", "axons", "showing", "growth", "cone", "regeneration", "(", "upper", "panels", ")", "and", "regenerative", "failure", "(", "lower", "panels", ")", ".", "Arrows", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Laser injured DRG axons showing growth cone regeneration (upper panels) and regenerative failure (lower panels). Arrows as indicated."}
{"words": ["(", "B", ")", "Upper", "graph", "shows", "percentage", "of", "regenerating", "axons", "of", "DIV", "1", "-", "2", "adult", "DRG", "neurons", "in", "the", "presence", "of", "p110", "inhibitors", ",", "2", "h", "after", "injury", ".", "Lower", "graph", "shows", "time", "taken", "to", "regenerate", "a", "new", "growth", "cone", ".", "Inhibitors", "were", "added", "1hr", "before", "axons", "were", "injured", ",", "and", "maintained", "throughout", ":", "LY294002", ",", "20", "μM", ".", "A66", "5", "μM", ".", "XL", "-", "147", "5", "μM", ".", "TGX221", "500", "nM", ".", "IC", "-", "87114", "10μM", ".", "Idelalisib", "500", "nM", ".", "Upper", "graph", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "statistical", "significance", "analysed", "by", "Fishers", "exact", "(", "upper", "graph", ")", "or", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "(", "lower", "graph", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Upper graph shows percentage of regenerating axons of DIV 1-2 adult DRG neurons in the presence of p110 inhibitors, 2 h after injury. Lower graph shows time taken to regenerate a new growth cone. Inhibitors were added 1hr before axons were injured, and maintained throughout: LY294002, 20 μM. A66 5 μM. XL-147 5 μM. TGX221 500 nM. IC-87114 10μM. Idelalisib 500 nM. Upper graph data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate statistical significance analysed by Fishers exact (upper graph) or Kruskal-Wallis test (lower graph)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Examples", "of", "static", "vs", ".", "growing", "uninjured", "axons", "treated", "with", "p110α", "or", "δ", "inhibitors", "as", "indicated", ".", "Both", "arrows", "in", "bottom", "right", "image", "indicate", "growing", "axons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Examples of static vs. growing uninjured axons treated with p110α or δ inhibitors as indicated. Both arrows in bottom right image indicate growing axons."}
{"words": ["(", "D", ")", "Percentage", "of", "uninjured", ",", "growing", "axons", "in", "the", "presence", "of", "p110", "inhibitors", ".", "Inhibitors", "were", "added", "as", "for", "(", "B", ")", ".", "Lower", "graph", "shows", "length", "grown", "in", "2", "h", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "significance", "measured", "by", "Fishers", "exact", "test", "(", "upper", "graph", ")", "or", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "analysis", "(", "lower", "graph", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Percentage of uninjured, growing axons in the presence of p110 inhibitors. Inhibitors were added as for (B). Lower graph shows length grown in 2 h. Data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate significance measured by Fishers exact test (upper graph) or ANOVA with Tukey's post-hoc analysis (lower graph)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Adult", "DRG", "neurons", "in", "microfluidic", "compartmental", "chambers", ".", "Cell", "bodies", "on", "the", "left", "side", ",", "axons", "extending", "through", "microchannels", "on", "the", "right", ".", "Lower", "panels", "are", "schematics", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Adult DRG neurons in microfluidic compartmental chambers. Cell bodies on the left side, axons extending through microchannels on the right. Lower panels are schematics."}
{"words": ["(", "F", ")", "Upper", "graph", "shows", "percentage", "of", "regenerating", "axons", "in", "microfluidic", "chambers", ".", "p110α", "or", "δ", "inhibitors", "were", "applied", "to", "either", "soma", "or", "axons", ".", "Lower", "graph", "shows", "time", "taken", "to", "regenerate", "a", "new", "growth", "cone", ".", "Inhibitors", "were", "added", "1hr", "before", "axons", "were", "injured", ",", "and", "maintained", "throughout", ":", "A66", "5", "μM", ".", "Idelalisib", "500", "nM", ".", "Upper", "graph", "data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "statistical", "significance", "as", "measured", "by", "Fishers", "exact", "test", "(", "upper", "graph", ")", "or", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "(", "lower", "graph", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Upper graph shows percentage of regenerating axons in microfluidic chambers. p110α or δ inhibitors were applied to either soma or axons. Lower graph shows time taken to regenerate a new growth cone. Inhibitors were added 1hr before axons were injured, and maintained throughout: A66 5 μM. Idelalisib 500 nM. Upper graph data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate statistical significance as measured by Fishers exact test (upper graph) or by Kruskal-Wallis test (lower graph)."}
{"words": ["(", "A", ")", "DIV", "3", "cortical", "neurons", "immunolabelled", "for", "PIP3", ".", "Spectrum", "heatmap", "shows", "fluorescence", "intensity", ".", "(", "B", ")", "DIV", "8", "cortical", "neuron", "transfected", "with", "GFP", "and", "immunolabelled", "for", "PIP3", ".", "Spectrum", "heatmap", "shows", "fluorescence", "intensity", ".", "(", "C", ")", "DIV", "16", "cortical", "neuron", "transfected", "GFP", "and", "immunolabelled", "for", "PIP3", ".", "Spectrum", "heatmap", "shows", "fluorescence", "intensity", ".", "(", "D", ")", "Somatic", "PIP3", "quantification", "in", "the", "soma", "at", "increasing", "days", "in", "vitro", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "are", "significance", "measured", "by", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "analysis", ".", "N", "=", "3", "experiments", ",", "60", "neurons", ".", "(", "E", ")", "Growth", "cone", "PIP3", "quantification", "at", "increasing", "days", "in", "vitro", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "significance", "measured", "by", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "analysis", ".", "N", "=", "3", "experiments", ",", "60", "growth", "cones", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) DIV 3 cortical neurons immunolabelled for PIP3. Spectrum heatmap shows fluorescence intensity. (B) DIV 8 cortical neuron transfected with GFP and immunolabelled for PIP3. Spectrum heatmap shows fluorescence intensity. (C) DIV 16 cortical neuron transfected GFP and immunolabelled for PIP3. Spectrum heatmap shows fluorescence intensity. (D) Somatic PIP3 quantification in the soma at increasing days in vitro. Data are shown as the mean +/- SEM. P values are significance measured by ANOVA with Tukey's post-hoc analysis. N=3 experiments, 60 neurons. (E) Growth cone PIP3 quantification at increasing days in vitro. Data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate significance measured by ANOVA with Tukey's post-hoc analysis. N=3 experiments, 60 growth cones. "}
{"words": ["(", "A", ")", "PIP3", "immunofluorescence", "in", "the", "soma", "of", "DIV", "16", "cortical", "neurons", "expressing", "p110", "isoforms", "and", "GFP", ".", "Spectrum", "heatmap", "shows", "fluorescence", "intensity", ".", "(", "B", ")", "PIP3", "immunofluorescence", "at", "the", "axonal", "growth", "cone", "of", "DIV", "16", "neurons", "expressing", "p110", "isoforms", "and", "GFP", ".", "Spectrum", "heatmap", "shows", "fluorescence", "intensity", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "PIP3", "immunofluorescence", "in", "the", "soma", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "significance", "as", "measured", "by", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "analysis", ".", "N", "=", "3", "experiments", ",", "60", "neurons", ".", "(", "D", ")", "Graph", "showing", "PIP3", "quantification", "of", "immunofluorescence", "at", "the", "axon", "growth", "cone", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "significance", "measured", "by", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "analysis", ".", "N", "=", "3", "experiments", ",", "60", "growth", "cones", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PIP3 immunofluorescence in the soma of DIV 16 cortical neurons expressing p110 isoforms and GFP. Spectrum heatmap shows fluorescence intensity. (B) PIP3 immunofluorescence at the axonal growth cone of DIV 16 neurons expressing p110 isoforms and GFP. Spectrum heatmap shows fluorescence intensity. (C) Quantification of PIP3 immunofluorescence in the soma. Data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate significance as measured by ANOVA with Tukey's post-hoc analysis. N=3 experiments, 60 neurons. (D) Graph showing PIP3 quantification of immunofluorescence at the axon growth cone. Data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate significance measured by ANOVA with Tukey's post-hoc analysis. N=3 experiments, 60 growth cones. "}
{"words": ["(", "A", ")", "DIV", "4", "cortical", "neurons", "expressing", "p110", "isoforms", "and", "GFP", ".", "Arrow", "marks", "the", "axon", "tip", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "axon", "length", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "45", "neurons", "per", "group", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "dendrite", "length", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "45", "neurons", "per", "group", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "the", "axon", ":", "dendrite", "length", "ratio", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "45", "neurons", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) DIV 4 cortical neurons expressing p110 isoforms and GFP. Arrow marks the axon tip. (B) Quantification of axon length. n = 3 experiments, 45 neurons per group. (C) Quantification of dendrite length. n = 3 experiments, 45 neurons per group. (D) Quantification of the axon:dendrite length ratio. n = 3 experiments, 45 neurons per group. "}
{"words": ["(", "E", ")", "DIV", "14", "cortical", "neurons", "expressing", "p110", "isoforms", "and", "GFP", ",", "immunolabelled", "for", "pS6", ".", "(", "F", ")", "Sholl", "analysis", "of", "branches", ".", "n", "=", "60", "neurons", "per", "group", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "P", "values", "indicate", "significance", "measured", "by", "repeated", "measure", "ANOVA", "with", "Bonferonni", "'", "s", "post", "-", "hoc", "test", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "the", "total", "neurite", "length", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "60", "neurons", "per", "group", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "soma", "area", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "60", "neurons", "per", "group", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "the", "pS6", "immunofluorescence", ".", "n", "=", "3", "experiments", ",", "60", "neurons", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) DIV 14 cortical neurons expressing p110 isoforms and GFP, immunolabelled for pS6. (F) Sholl analysis of branches. n = 60 neurons per group. Data are shown as the mean +/- SEM. P values indicate significance measured by repeated measure ANOVA with Bonferonni's post-hoc test. (G) Quantification of the total neurite length. n = 3 experiments, 60 neurons per group. (H) Quantification of soma area. n = 3 experiments, 60 neurons per group. (I) Quantification of the pS6 immunofluorescence. n = 3 experiments, 60 neurons per group. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Axotomised", "DIV", "14", "-", "16", "rat", "cortical", "neurons", "expressing", "p110δ", "and", "GFP", "or", "GFP", "alone", ".", "Axons", "were", "cut", ">", "1000", "μm", "from", "the", "soma", "imaged", "for", "14", "h", ".", "Black", "arrows", "mark", "the", "cut", "site", ",", "white", "arrows", "marks", "the", "axon", "tip", ".", "See", "also", "Movies", "EV7", "and", "EV8", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "regenerating", "axons", "14", "h", "after", "laser", "axotomy", ".", "Numbers", "on", "bars", "are", "injured", "axons", "per", "group", ",", "from", "4", "experiments", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "axon", "regeneration", "length", "14", "h", "post", "-", "axotomy", ".", "n", "=", "9", "axons", "for", "GFP", ",", "9", "for", "p110α", ",", "25", "for", "p110αH1047R", "and", "27", "for", "p110δ", "from", "4", "experiments", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "time", "to", "start", "of", "regeneration", ".", "n", "=", "9", "axons", "for", "GFP", ",", "9", "for", "p110α", ",", "25", "for", "p110αH1047R", "and", "27", "for", "p110δ", "from", "4", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Axotomised DIV 14-16 rat cortical neurons expressing p110δ and GFP or GFP alone. Axons were cut >1000 μm from the soma imaged for 14 h. Black arrows mark the cut site, white arrows marks the axon tip. See also Movies EV7 and EV8. (B) Percentage of regenerating axons 14 h after laser axotomy. Numbers on bars are injured axons per group, from 4 experiments. (C) Quantification of axon regeneration length 14 h post-axotomy. n=9 axons for GFP, 9 for p110α, 25 for p110αH1047R and 27 for p110δ from 4 experiments. (D) Quantification of time to start of regeneration. n=9 axons for GFP, 9 for p110α, 25 for p110αH1047R and 27 for p110δ from 4 experiments. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Axotomised", "human", "embryonic", "stem", "cell", "neurons", "p110δ", "and", "GFP", "or", "GFP", "alone", ".", "Black", "arrow", "marks", "the", "cut", "site", ",", "white", "arrows", "mark", "the", "axon", "tip", ".", "(", "F", ")", "Percentage", "of", "regenerating", "axons", "of", "human", "hESC", "neurons", ",", "Numbers", "on", "bars", "are", "injured", "axons", "per", "group", ",", "from", "5", "experiments", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "axon", "regeneration", "length", ".", "n", "=", "22", "axons", "for", "GFP", ",", "44", "for", "p110δ", ",", "from", "5", "experiments", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "Data", "were", "analysed", "by", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", ".", "(", "H", ")", "Quantification", "of", "time", "to", "start", "of", "regeneration", ".", "n", "=", "22", "axons", "for", "GFP", ",", "44", "for", "p110δ", ",", "from", "5", "experiments", ".", "Data", "are", "shown", "as", "the", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ".", "Data", "were", "analysed", "by", "two", "tailed", "Student", "'", "s", "T", "-", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Axotomised human embryonic stem cell neurons p110δ and GFP or GFP alone. Black arrow marks the cut site, white arrows mark the axon tip. (F) Percentage of regenerating axons of human hESC neurons, Numbers on bars are injured axons per group, from 5 experiments. (G) Quantification of axon regeneration length. n=22 axons for GFP, 44 for p110δ, from 5 experiments. Data are shown as the mean +/- SEM. Data were analysed by two tailed Student's T-test. (H) Quantification of time to start of regeneration. n=22 axons for GFP, 44 for p110δ, from 5 experiments. Data are shown as the mean +/- SEM. Data were analysed by two tailed Student's T-test. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Percentage", "of", "regenerating", "axons", "after", "laser", "axotomy", "of", "DIV", "14", "-", "17", "rat", "cortical", "neurons", "expressing", "either", "GFP", "(", "control", ")", "or", "GFP", "and", "p110δ", "in", "the", "presence", "of", "the", "indicated", "inhibitors", ",", "14h", "after", "laser", "injury", ".", "Numbers", "on", "bars", "are", "injured", "axons", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Percentage of regenerating axons after laser axotomy of DIV 14-17 rat cortical neurons expressing either GFP (control) or GFP and p110δ in the presence of the indicated inhibitors, 14h after laser injury. Numbers on bars are injured axons per group."}
{"words": ["(", "B", ")", "Single", "confocal", "section", "through", "a", "DIV", "16", "neuron", "expressing", "p110δ", "and", "GFP", "(", "upper", "panels", ")", ".", "Green", "colour", "is", "GFP", ",", "red", "is", "overexpressed", "p110δ", ",", "detected", "with", "anti", "-", "p110δ", ".", "Lower", "panels", "show", "p110δ", "and", "GFP", "in", "a", "distal", "axon", "section", ",", "and", "at", "the", "growth", "cone", ".", "Arrow", "indicates", "the", "axon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Single confocal section through a DIV 16 neuron expressing p110δ and GFP (upper panels). Green colour is GFP, red is overexpressed p110δ, detected with anti-p110δ. Lower panels show p110δ and GFP in a distal axon section, and at the growth cone. Arrow indicates the axon."}
{"words": ["(", "C", ")", "Active", "ARF", "and", "total", "ARF6", "(", "red", ")", "in", "axons", "of", "DIV", "16", "rat", "cortical", "neurons", "expressing", "GFP", "or", "GFP", "and", "p110δ", ",", "as", "indicated", ".", "Arrows", "indicate", "axons", ".", "(", "D", ")", "Quantification", "of", "mean", "axonal", "ARF", "activity", "and", "total", "(", "mean", ")", "ARF6", "in", "DIV", "16", "neurons", "expressing", "GFP", "or", "GFP", "and", "p110δ", "n", "=", "60", "axons", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Active ARF and total ARF6 (red) in axons of DIV 16 rat cortical neurons expressing GFP or GFP and p110δ, as indicated. Arrows indicate axons. (D) Quantification of mean axonal ARF activity and total (mean) ARF6 in DIV 16 neurons expressing GFP or GFP and p110δ n=60 axons for each condition. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Kymographs", "showing", "dynamics", "of", "α9", "integrin", "-", "GFP", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "(", "F", ")", "Quantification", "of", "α9", "integrin", "-", "GFP", "dynamics", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "numbers", "are", "axon", "sections", "analysed", "for", "each", "condition", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "total", "α9", "integrin", "-", "GFP", "number", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "=", "43", "for", "control", ",", "47", "for", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "numbers", "are", "axon", "sections", "analysed", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Kymographs showing dynamics of α9 integrin-GFP in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. (F) Quantification of α9 integrin-GFP dynamics in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. n numbers are axon sections analysed for each condition. (G) Quantification of total α9 integrin-GFP number in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. n=43 for control, 47 for co-transfected with p110δ. n numbers are axon sections analysed for each condition."}
{"words": ["(", "H", ")", "Kymographs", "showing", "dynamics", "of", "Rab11", "-", "GFP", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "(", "I", ")", "Quantification", "of", "Rab11", "-", "GFP", "dynamics", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "numbers", "are", "axon", "sections", "analysed", "for", "each", "condition", ".", "(", "J", ")", "Quantification", "of", "total", "Rab11", "-", "GFP", "in", "the", "distal", "axons", "of", "DIV", "14", "-", "16", "neurons", ",", "control", "or", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "=", "43", "for", "control", ",", "53", "for", "co", "-", "transfected", "with", "p110δ", ".", "n", "numbers", "are", "axon", "sections", "analysed", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Kymographs showing dynamics of Rab11-GFP in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. (I) Quantification of Rab11-GFP dynamics in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. n numbers are axon sections analysed for each condition. (J) Quantification of total Rab11-GFP in the distal axons of DIV 14-16 neurons, control or co-transfected with p110δ. n=43 for control, 53 for co-transfected with p110δ. n numbers are axon sections analysed for each condition. "}
{"words": ["C", ")", "Retinal", "sections", "from", "AAV", "-", "injected", "mice", ",", "immunolabelled", "for", "phospho", "-", "S6", ".", "Blue", "colour", "is", "DAPI", "to", "indicate", "nuclei", ".", "Inset", "images", "show", "individual", "colours", "at", "the", "same", "scale", "as", "the", "full", "image", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Retinal sections from AAV-injected mice, immunolabelled for phospho-S6. Blue colour is DAPI to indicate nuclei. Inset images show individual colours at the same scale as the full image."}
{"words": ["(", "D", ")", "Percentage", "of", "phospho", "-", "S6", "positive", "cells", "in", "the", "RGC", "layer", "2", "weeks", "after", "delivery", "of", "AAV", "-", "Cre", "-", "GFP", "or", "AAV", "-", "GFP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Percentage of phospho-S6 positive cells in the RGC layer 2 weeks after delivery of AAV-Cre-GFP or AAV-GFP."}
{"words": ["(", "E", ")", "Retinal", "whole", "mounts", "of", "AAV", "-", "injected", "mice", "immunolabelled", "for", "the", "RGC", "marker", "Brn3A", "to", "indicate", "cell", "survival", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Retinal whole mounts of AAV-injected mice immunolabelled for the RGC marker Brn3A to indicate cell survival."}
{"words": ["(", "F", ")", "Analysis", "of", "RGC", "survival", "28", "days", "after", "optic", "nerve", "crush", "(", "counts", "of", "Brn3A", "positive", "RGC", "neurons", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Analysis of RGC survival 28 days after optic nerve crush (counts of Brn3A positive RGC neurons)."}
{"words": ["G", ")", "Representative", "images", "of", "CTB", "-", "labelled", "RGC", "axons", "4", "weeks", "after", "optic", "nerve", "crush", "in", "wild", "type", "(", "c57bl", "/", "6", ")", ",", "Rosa26", "-", "p110αH1047R", ",", "and", "Rosa26", "-", "p110δ", "transgenic", "mice", "injected", "with", "AAV2", ".", "Cre", ".", "GFP", ".", "Dashed", "line", "indicates", "crush", "site", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) Representative images of CTB-labelled RGC axons 4 weeks after optic nerve crush in wild type (c57bl/6), Rosa26-p110αH1047R, and Rosa26-p110δ transgenic mice injected with AAV2.Cre.GFP. Dashed line indicates crush site."}
{"words": ["(", "H", ")", "Regenerating", "axons", "at", "different", "distances", "distal", "to", "lesion", "sites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Regenerating axons at different distances distal to lesion sites."}
{"words": ["(", "A", ")", "Retinal", "sections", "from", "mice", "injected", "with", "AAV2", "viruses", "as", "indicated", ",", "immunolabeled", "for", "phospho", "-", "S6", ".", "Blue", "colour", "is", "DAPI", "to", "indicate", "nuclei", ".", "Inset", "images", "show", "individual", "colours", "at", "the", "same", "scale", "as", "the", "full", "image", ".", "(", "B", ")", "Percentage", "of", "phospho", "S6", "positive", "cells", "in", "the", "retinal", "ganglion", "layer", "of", "mice", "injected", "with", "AAV2", ".", "shScramble", ".", "GFP", "or", "AAV2", ".", "shPTEN", ".", "GFP", ".", "(", "C", ")", "Number", "of", "pS6", "-", "postive", "RGCs", "of", "mice", "injected", "with", "AAV2", ".", "GFP", "or", "AAV2", ".", "p110δ", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Retinal sections from mice injected with AAV2 viruses as indicated, immunolabeled for phospho-S6. Blue colour is DAPI to indicate nuclei. Inset images show individual colours at the same scale as the full image. (B) Percentage of phospho S6 positive cells in the retinal ganglion layer of mice injected with AAV2.shScramble.GFP or AAV2.shPTEN.GFP. (C) Number of pS6-postive RGCs of mice injected with AAV2.GFP or AAV2.p110δ."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "images", "of", "retinal", "whole", "mounts", "from", "AAV", "-", "injected", "mice", "stained", "for", "the", "RGC", "marker", "Brn3A", "to", "indicate", "RGC", "survival", ".", "(", "E", ")", "RGC", "survival", "28", "days", "after", "optic", "nerve", "crush", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative images of retinal whole mounts from AAV-injected mice stained for the RGC marker Brn3A to indicate RGC survival. (E) RGC survival 28 days after optic nerve crush. "}
{"words": ["(", "F", ")", "CTB", "-", "labelled", "RGC", "axons", "4", "weeks", "after", "optic", "nerve", "crush", ".", "Boxes", "i", ".", "to", "iv", ".", "show", "regenerating", "axons", ".", "Dashed", "line", "indicates", "crush", "site", ".", "White", "arrows", "mark", "the", "end", "of", "axons", ".", "Graph", "shows", "quantification", "of", "regenerating", "axons", "at", "different", "distances", "distal", "to", "the", "lesion", "sites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) CTB-labelled RGC axons 4 weeks after optic nerve crush. Boxes i. to iv. show regenerating axons. Dashed line indicates crush site. White arrows mark the end of axons. Graph shows quantification of regenerating axons at different distances distal to the lesion sites."}
{"words": ["(", "C", ")", "NAD", "+", "/", "NADH", "ratio", "was", "measured", "in", "mBA", "cell", "lines", "and", "17", ".", "5", "days", "embryo", "liver", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "obtained", "from", "three", "different", "cell", "line", "and", "embryo", "liver", ".", "Significance", "determined", "by", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "two", "-", "tailed", ",", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) NAD+/NADH ratio was measured in mBA cell lines and 17.5 days embryo liver. Data represented as mean ±SEMs, and obtained from three different cell line and embryo liver. Significance determined by Student's t test, two-tailed, *P < 0.05, **P < 0.01."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunostaining", "of", "17", ".", "5", "days", "embryo", "tissues", "(", "mid", "-", "brain", ",", "heart", ",", "liver", ",", "and", "skin", ")", "with", "anti", "-", "PAR", "antibody", ".", "Insets", "show", "higher", "magnification", ".", "Scale", "bar", "indicates", "100", "μm", "(", "insert", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunostaining of 17.5 days embryo tissues (mid-brain, heart, liver, and skin) with anti-PAR antibody. Insets show higher magnification. Scale bar indicates 100 μm (insert)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ews", "-", "/", "-", "embryos", "mid", "-", "brain", "at", "E17", ".", "5", "days", "were", "subjected", "to", "TUNEL", "assay", ".", "Scale", "bar", "indicates", "100", "μm", "(", "lnsert", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Wild-type (WT) and Ews-/- embryos mid-brain at E17.5 days were subjected to TUNEL assay. Scale bar indicates 100 μm (lnsert)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "Parp1", "and", "DNA", "damage", "markers", "in", "Wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ews", "-", "/", "-", "mBA", "cells", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ")", "in", "a", "time", "dependent", "manner", ".", "Proteins", "were", "fractionated", "into", "two", "groups", ",", "chromatin", "-", "bound", "(", "Chro", ")", "proteins", "and", "soluble", "(", "Solu", ")", "proteins", ".", "(", "B", ")", "After", "treatment", "with", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ",", "1hour", ")", ",", "the", "media", "was", "replaced", "to", "release", "the", "DNA", "damage", ".", "The", "proteins", "were", "fractionated", "and", "the", "specific", "protein", "kinetics", "at", "chromatin", "was", "analyzed", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis of Parp1 and DNA damage markers in Wild-type (WT) and Ews-/- mBA cells. Cells were treated with MMS (0.02%) in a time dependent manner. Proteins were fractionated into two groups, chromatin-bound (Chro) proteins and soluble (Solu) proteins. (B) After treatment with MMS (0.02%, 1hour), the media was replaced to release the DNA damage. The proteins were fractionated and the specific protein kinetics at chromatin was analyzed by western blot."}
{"words": ["(", "C", ")", "GFP", "-", "PARP1", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "siControl", "and", "siEWS", ".", "Local", "DNA", "damage", "was", "induced", "by", "micro", "-", "irradiation", "using", "a", "405nm", "laser", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", "and", "more", "than", "six", "cells", "were", "analyzed", "from", "six", "independent", "experiments", ".", "The", "statistical", "significance", "determined", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Scale", "bar", "indicates", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) GFP-PARP1 U2OS cells were transfected with siControl and siEWS. Local DNA damage was induced by micro-irradiation using a 405nm laser. Data represented as mean ±SEMs and more than six cells were analyzed from six independent experiments. The statistical significance determined by One-way ANOVA, ***P< 0.001. Scale bar indicates 5 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Fluorescence", "correlation", "spectroscopy", "(", "FCS", ")", "was", "measured", "after", "15", "minutes", "later", "following", "micro", "-", "irradiation", "(", "Upper", ")", "or", "under", "normal", "condition", "in", "GFP", "-", "PARP1", "U2OS", "cells", "with", "either", "siControl", "or", "siEWS", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "more", "than", "50", "cells", "were", "analyzed", ",", "and", "significance", "determined", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Scale", "bar", "indicate", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Fluorescence correlation spectroscopy (FCS) was measured after 15 minutes later following micro-irradiation (Upper) or under normal condition in GFP-PARP1 U2OS cells with either siControl or siEWS. Data represented as mean ±SEMs, more than 50 cells were analyzed, and significance determined by One-way ANOVA, ***P< 0.001. Scale bar indicate 5 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "AsiSI", "endonuclease", "-", "integrated", "U2OS", "cells", "were", "transfected", "with", "siControl", "and", "siEWS", ".", "Cells", "were", "incubated", "with", "doxycycline", "for", "4", "hours", "to", "induce", "DSBs", ".", "With", "or", "without", "changing", "the", "Dox", "-", "added", "media", "to", "fresh", "media", "for", "2", "hours", "(", "for", "release", "samples", ")", ",", "the", "amount", "of", "chromatin", "-", "associated", "PARP1", "was", "measured", "using", "ChIP", "assay", ".", "(", "N", ".", "T", ":", "Non", "-", "treat", ",", "T", ":", "AsiSI", "treat", ",", "Release", ":", "Damage", "released", "samples", ")", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "significance", "determined", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) AsiSI endonuclease-integrated U2OS cells were transfected with siControl and siEWS. Cells were incubated with doxycycline for 4 hours to induce DSBs. With or without changing the Dox-added media to fresh media for 2 hours (for release samples), the amount of chromatin-associated PARP1 was measured using ChIP assay. (N.T: Non-treat, T: AsiSI treat, Release: Damage released samples). Data represented as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3), significance determined by two-way ANOVA, ***P< 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Total", "levels", "of", "PAR", "in", "whole", "cell", "lysate", "were", "measured", "using", "western", "blot", "analysis", ".", "Wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Ews", "-", "/", "-", "mBA", "cells", "were", "treated", "with", "H2O2", ",", "(", "1", "mM", ",", "20", "minutes", ")", "with", "or", "without", "Olaparib", "(", "5", "μM", ",", "7", "hours", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Total levels of PAR in whole cell lysate were measured using western blot analysis. Wild-type (WT) and Ews-/- mBA cells were treated with H2O2, (1 mM, 20 minutes) with or without Olaparib (5 μM, 7 hours)."}
{"words": ["(", "B", ")", "The", "kinetics", "of", "PAR", "accumulation", "was", "analyzed", "by", "western", "blotting", ".", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "were", "treated", "with", "H2O2", "(", "1", "mM", ",", "20", "minutes", ")", ",", "followed", "by", "incubation", "in", "fresh", "media", "for", "the", "indicated", "times", "to", "allow", "release", "of", "DNA"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) The kinetics of PAR accumulation was analyzed by western blotting. WT and Ews-/- cells were treated with H2O2 (1 mM, 20 minutes), followed by incubation in fresh media for the indicated times to allow release of DNA damage"}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunohistochemistry", "detection", "of", "PAR", "by", "ADP", "-", "ribose", "antibody", "in", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "after", "H2O2", "treatment", "(", "1", "mM", ",", "20", "minutes", ")", "and", "recovery", "from", "DNA", "damage", ".", "Right", "graph", "displays", "mean", "of", "intensities", "measured", "from", "500", "cells", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "significance", "determined", "by", "One", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Scale", "bar", "indicate", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunohistochemistry detection of PAR by ADP-ribose antibody in WT and Ews-/- cells after H2O2 treatment (1 mM, 20 minutes) and recovery from DNA damage. Right graph displays mean of intensities measured from 500 cells. Data represented as mean ±SEMs, significance determined by One-way ANOVA, ***P < 0.001. Scale bar indicate 20 μm."}
{"words": ["(", "D", ",", "E", ")", "Whole", "cell", "level", "of", "PAR", "was", "measured", "in", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "mBA", "cells", "upon", "treatment", "with", "(", "D", ")", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ",", "60", "minutes", ")", "(", "E", ")", "with", "or", "without", "recovery", "from", "DNA", "damage", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D, E) Whole cell level of PAR was measured in WT and Ews-/- mBA cells upon treatment with (D) MMS (0.02%, 60 minutes) (E) with or without recovery from DNA damage."}
{"words": ["(", "F", ")", "NAD", "+", "/", "NADH", "ratio", "was", "measured", "in", "mBA", "cell", "lines", "following", "treatment", "of", "H2O2", "(", "1", "mM", ",", "10", "minutes", ")", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "two", "-", "tailed", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) NAD+/NADH ratio was measured in mBA cell lines following treatment of H2O2 (1 mM, 10 minutes). Data represented as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Student's t test, two-tailed, **P < 0.01, ***P< 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "PARP1", "and", "EWS", "interaction", "was", "visualized", "in", "cells", "using", "the", "CUPID", "system", ".", "After", "transfection", "of", "mRCD", "-", "EWS", "and", "GC3", "-", "PARP1", "(", "EGFP", "-", "PARP1", ")", "plasmid", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "either", "H2O2", "(", "1", "mM", ",", "10", "minutes", ")", "or", "PMA", ".", "Scale", "bar", "indicates", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) PARP1 and EWS interaction was visualized in cells using the CUPID system. After transfection of mRCD-EWS and GC3-PARP1 (EGFP-PARP1) plasmid, the cells were treated with either H2O2 (1 mM, 10 minutes) or PMA. Scale bar indicates 5 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Endogenous", "interaction", "between", "EWS", "and", "PARP1", "was", "measured", "using", "immunoprecipitation", "western", "blot", "analysis", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "H2O2", "(", "1", "mM", ",", "10", "minutes", ")", "with", "or", "without", "Olaparib", "(", "5", "μM", ",", "7", "hours", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Endogenous interaction between EWS and PARP1 was measured using immunoprecipitation western blot analysis. Cells were treated with H2O2 (1 mM, 10 minutes) with or without Olaparib (5 μM, 7 hours)."}
{"words": ["(", "C", ")", "MMS", "-", "treated", "cells", ",", "with", "or", "without", "Olaparib", ",", "were", "immunoprecipitated", "using", "an", "anti", "-", "EWS", "antibody", "and", "immunoblotted", "by", "anti", "-", "PAR", "antibody", "(", "upper", ")", ".", "Pre", "-", "Olaparib", "group", "was", "treated", "with", "Olaparib", "for", "3", "hours", "before", "MMS", "treatment", "(", "0", ".", "02", "%", "30", "minutes", ")", "and", "after", "-", "Olaparib", "group", "treated", "Olaparib", "after", "10", "minutes", "following", "treatment", "of", "MMS", ".", "Lower", "blot", "indicates", "input", "of", "anti", "-", "EWS", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) MMS-treated cells, with or without Olaparib, were immunoprecipitated using an anti-EWS antibody and immunoblotted by anti-PAR antibody (upper). Pre-Olaparib group was treated with Olaparib for 3 hours before MMS treatment (0.02% 30 minutes) and after-Olaparib group treated Olaparib after 10 minutes following treatment of MMS. Lower blot indicates input of anti-EWS antibody."}
{"words": ["(", "D", ")", "In", "vitro", "PAR", "binding", "assay", ".", "THRAP3", "binding", "to", "PAR", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", "and", "BSA", "binding", "to", "PAR", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) In vitro PAR binding assay. THRAP3 binding to PAR was used as a positive control and BSA binding to PAR was used as a negative control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Schematic", "map", "of", "nine", "EWS", "mutants", "(", "left", ")", "and", "IP", "-", "western", "blot", "analysis", "(", "right", ")", ".", "GFP", "-", "PARP1", "and", "siPARG", "were", "transfected", "into", "HEK", "-", "293", "cells", "with", "each", "EWS", "mutants", "plasmid", ".", "After", "H2O2", "treatment", ",", "the", "cells", "were", "conducted", "to", "IP", "with", "anti", "-", "Flag", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(E) Schematic map of nine EWS mutants (left) and IP-western blot analysis (right). GFP-PARP1 and siPARG were transfected into HEK-293 cells with each EWS mutants plasmid. After H2O2 treatment, the cells were conducted to IP with anti-Flag antibody."}
{"words": ["(", "F", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "PARP1", "accumulation", "on", "chromatin", ".", "EWS", "-", "WT", "and", "M4", "mutants", "were", "transfected", "into", "EWS", "depleted", "HEK", "-", "293", "cells", ".", "After", "treatment", "of", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ",", "1", "hour", ")", ",", "the", "proteins", "were", "fractionated", "to", "either", "chromatin", "-", "bound", "or", "soluble", "fraction", ".", "(", "G", ")", "Quantification", "of", "relative", "amount", "of", "PARP1", "and", "γH2AX", "on", "chromatin", ",", "divided", "by", "chromatin", "H3", ",", "from", "three", "independent", "western", "experiments", "are", "presented", ".", "Data", "represented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "were", "measured", "from", "3", "independent", "experiments", ".", "Significance", "determined", "by", "t", "-", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "n", ".", "s", "indicate", "non", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Western blot analysis of PARP1 accumulation on chromatin. EWS-WT and M4 mutants were transfected into EWS depleted HEK-293 cells. After treatment of MMS (0.02%, 1 hour), the proteins were fractionated to either chromatin-bound or soluble fraction. (G) Quantification of relative amount of PARP1 and γH2AX on chromatin, divided by chromatin H3, from three independent western experiments are presented. Data represented as mean ±SEMs, were measured from 3 independent experiments. Significance determined by t-test. * P < 0.05, **P < 0.01. n.s indicate non-significance"}
{"words": ["(", "H", ")", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "were", "transfected", "with", "EWS", "-", "WT", "and", "-", "M4", "mutant", "and", "cell", "viability", "was", "measured", "24", "hours", "after", "MMS", "treatment", "(", "indicated", "concentration", ")", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ".", "n", ".", "s", "indicate", "non", "-", "significance", ","], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) WT and Ews-/- cells were transfected with EWS-WT and -M4 mutant and cell viability was measured 24 hours after MMS treatment (indicated concentration). Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, **P < 0.01. n.s indicate non-significance,"}
{"words": ["(", "A", ")", "Relative", "cell", "viability", "of", "cells", "transfected", "with", "siCon", "(", "WT", ")", ",", "siEWS", "(", "EWS", "KD", ")", ",", "PARP1", "(", "PARP", "-", "1", "KD", ")", ",", "and", "double", "siRNA", "(", "DKD", ")", "after", "MMS", "treatment", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "Analysis", "(", "*", "*", "*", ")", "indicates", "differences", "between", "DKD", "with", "EWS", "KD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(A) Relative cell viability of cells transfected with siCon (WT), siEWS (EWS KD), PARP1 (PARP-1 KD), and double siRNA (DKD) after MMS treatment. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001. Analysis (***) indicates differences between DKD with EWS KD."}
{"words": ["(", "B", ")", "Additional", "Parp1", "knockout", "in", "Ews", "knockout", "cells", "(", "DKO", ")", "were", "subjected", "to", "viability", "test", "after", "MMS", "treatment", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", ".", "*", "*", "*", "indicated", "differences", "between", "DKO", "with", "EWS", "-", "KO", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(B) Additional Parp1 knockout in Ews knockout cells (DKO) were subjected to viability test after MMS treatment. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001. *** indicated differences between DKO with EWS-KO."}
{"words": ["C", ")", "After", "transfection", "of", "siCon", ",", "siEWS", ",", "PARP1", ",", "and", "double", "siRNA", ",", "the", "effect", "of", "co", "-", "depletion", "of", "PARP1", "and", "EWS", "on", "the", "γH2AX", "and", "phosphorylated", "CHK1", "upon", "MMS", "treatment", "was", "analyzed", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " C) After transfection of siCon, siEWS, PARP1, and double siRNA, the effect of co-depletion of PARP1 and EWS on the γH2AX and phosphorylated CHK1 upon MMS treatment was analyzed by western blot. "}
{"words": ["C", ")", "After", "transfection", "of", "siCon", ",", "siEWS", ",", "PARP1", ",", "and", "double", "siRNA", ",", "the", "effect", "of", "co", "-", "depletion", "of", "PARP1", "and", "EWS", "on", "the", "γH2AX", "and", "phosphorylated", "CHK1", "upon", "MMS", "treatment", "was", "analyzed", "by", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) After transfection of siCon, siEWS, PARP1, and double siRNA, the effect of co-depletion of PARP1 and EWS on the γH2AX and phosphorylated CHK1 upon MMS treatment was analyzed by western blot."}
{"words": ["D", ")", "After", "treatment", "of", "MMS", ",", "the", "effect", "of", "additional", "Parp1", "knockout", "in", "Ews", "knockout", "cells", "(", "Double", "KO", ")", "to", "the", "γH2AX", "and", "phosphorylated", "CHK1", "were", "analyzed", "using", "western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) After treatment of MMS, the effect of additional Parp1 knockout in Ews knockout cells (Double KO) to the γH2AX and phosphorylated CHK1 were analyzed using western blot."}
{"words": ["E", ")", "Whole", "cell", "expression", "of", "PAR", "in", "mBA", "(", "WT", ":", "Ews", "-", "WT", ",", "KO", ":", "Ews", "-", "KO", ",", "DKO", ":", "double", "KO", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) Whole cell expression of PAR in mBA (WT: Ews-WT, KO: Ews-KO, DKO: double KO)."}
{"words": ["F", ")", "Relative", "NAD", "+", "/", "NADH", "ratios", "were", "measured", "in", "WT", ",", "Ews", "-", "/", "-", "and", "DKO", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Relative NAD+/NADH ratios were measured in WT, Ews-/- and DKO cells. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001."}
{"words": ["G", ")", "PARGi", "(", "5", "μM", ",", "24", "hours", ")", "treated", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "were", "subjected", "to", "cellular", "viability", "assay", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) PARGi (5 μM, 24 hours) treated WT and Ews-/- cells were subjected to cellular viability assay. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA."}
{"words": ["H", ")", "Relative", "cellular", "viability", "was", "measured", "after", "NMN", "treatment", ",", "with", "or", "without", "MMS", "pretreatment", ",", "in", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H) Relative cellular viability was measured after NMN treatment, with or without MMS pretreatment, in WT and Ews-/- cells. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001."}
{"words": ["I", ")", "Chromatin", "-", "bound", "PARP1", "was", "quantified", "by", "western", "blot", "in", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "treated", "with", "Olaparib", "(", "5", "μM", ",", "24", "hours", ")", "treatment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I) Chromatin-bound PARP1 was quantified by western blot in WT and Ews-/- cells treated with Olaparib (5 μM, 24 hours) treatment."}
{"words": ["J", ")", "Relative", "viability", "was", "measured", "in", "WT", "and", "Ews", "-", "/", "-", "cells", "upon", "treatment", "of", "Olaparib", "for", "24", "hours", ".", "Error", "bars", "represent", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "technical", "repeats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J) Relative viability was measured in WT and Ews-/- cells upon treatment of Olaparib for 24 hours. Error bars represent as mean ±SEMs, and technical repeats (n=3). Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "PARP1", "in", "chromatin", ".", "Two", "Ewing", "Sarcoma", "cells", "(", "CHP100", "and", "A4573", ")", "were", "treated", "with", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ",", "1", "hour", ")", "with", "or", "without", "release", "(", "1", "hour", ")", "from", "MMS", "(", "N", ".", "T", ":", "non", "treat", ",", "T", ":", "treat", ",", "R", ":", "release", "sample", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Western blot analysis of PARP1 in chromatin. Two Ewing Sarcoma cells (CHP100 and A4573) were treated with MMS (0.02%, 1 hour) with or without release (1 hour) from MMS (N.T: non treat, T: treat, R: release sample)."}
{"words": ["(", "B", ")", "U2OS", "and", "two", "Ewing", "Sarcoma", "cells", "were", "treated", "MMS", "(", "0", ".", "02", "%", ",", "30", "minutes", ")", "and", "subjected", "to", "immunofluorescence", "by", "PARP1", "antibody", "after", "chromatin", "bound", "fraction", ".", "Scale", "bar", "indicates", "20", "μm", "(", "left", ")", ".", "Red", "line", "indicates", "mean", "and", "more", "than", "300", "cells", "were", "analyzed", ".", "Significance", "determined", "by", "Two", "-", "way", "ANOVA", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) U2OS and two Ewing Sarcoma cells were treated MMS (0.02%, 30 minutes) and subjected to immunofluorescence by PARP1 antibody after chromatin bound fraction. Scale bar indicates 20 μm (left). Red line indicates mean and more than 300 cells were analyzed. Significance determined by Two-way ANOVA, ***P < 0.001."}
{"words": ["(", "C", ")", "Human", "Ewing", "Sarcoma", "histology", "samples", "were", "analyzed", "by", "immuno", "-", "histochemistry", "using", "PAR", "antibody", ".", "Scale", "bar", "represents", "100", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Human Ewing Sarcoma histology samples were analyzed by immuno-histochemistry using PAR antibody. Scale bar represents 100 mm."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Atg7", "+", "/", "+", "and", "Atg7", "-", "/", "-", "MEFs", "stably", "expressing", "GFP", "‐", "Gal3", "(", "A", ",", "C", ")", "or", "GFP", "‐", "Ub", "(", "B", ")", "were", "treated", "with", "1000", " ", "μM", "LLOMe", "or", "250", " ", "μg", "/", "ml", "silica", "for", "3", " ", "h", ".", "Cells", "were", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "using", "the", "following", "antibodies", ":", "anti", "‐", "LC3", "and", "anti", "‐", "Lamp1", "(", "A", ")", ",", "anti", "‐", "p62", "and", "anti", "‐", "Lamp1", "(", "B", ")", ",", "or", "anti", "‐", "FK2", "and", "anti", "‐", "p62", "(", "C", ")", ".", "Bars", ":", "10", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Atg7+/+ and Atg7-/- MEFs stably expressing GFP‐Gal3 (A, C) or GFP‐Ub (B) were treated with 1000 μM LLOMe or 250 μg/ml silica for 3 h. Cells were subjected to immunocytochemistry using the following antibodies: anti‐LC3 and anti‐Lamp1 (A), anti‐p62 and anti‐Lamp1 (B), or anti‐FK2 and anti‐p62 (C). Bars: 10 μm."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "NIH3T3", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "‐", "Gal3", "and", "either", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "mStrawberry", "‐", "Atg4BC74A", "(", "Atg4B", "mutant", ")", "were", "treated", "with", "1000", "μM", "LLOMe", "for", "1", "h", ".", "After", "LLOMe", "washout", ",", "cells", "were", "fixed", "at", "the", "indicated", "time", "points", "and", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "for", "Lamp1", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "(", "A", ")", ".", "The", "number", "of", "GFP", "‐", "Gal3", "or", "Lamp1", "puncta", "per", "cell", "was", "quantified", "using", "G", "‐", "Count", "(", "see", "also", "Supplementary", "Figure", "S4A", "and", "B", ")", ".", "Then", ",", "the", "percent", "of", "GFP", "‐", "Gal3", "‐", "positive", "Lamp1", "puncta", "was", "determined", "(", "B", ")", ".", "The", "data", "represent", "means", "±", "s", ".", "d", ".", "At", "least", "70", "cells", "were", "counted", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Bars", ":", "20", "μm", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) NIH3T3 cells stably expressing GFP‐Gal3 and either empty vector (control) or mStrawberry‐Atg4BC74A (Atg4B mutant) were treated with 1000 μM LLOMe for 1 h. After LLOMe washout, cells were fixed at the indicated time points and subjected to immunocytochemistry for Lamp1 and DAPI (blue) (A). The number of GFP‐Gal3 or Lamp1 puncta per cell was quantified using G‐Count (see also Supplementary Figure S4A and B). Then, the percent of GFP‐Gal3‐positive Lamp1 puncta was determined (B). The data represent means±s.d. At least 70 cells were counted (n=3). Bars: 20 μm.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "tfGal3", "and", "either", "One", "‐", "STrEP", "‐", "FLAG", "‐", "tagged", "Atg4BC74A", "(", "Atg4B", "mutant", ")", "or", "empty", "vector", "(", "control", ")", "were", "observed", "by", "confocal", "microscopy", "after", "treatment", "as", "shown", "in", "Figure", "2A", "and", "B", ".", "The", "number", "of", "GFP", "±", "RFP", "+", "or", "GFP", "+", "RFP", "+", "puncta", "per", "cell", "was", "quantified", "using", "G", "‐", "Count", "(", "D", ")", ".", "Then", ",", "the", "percent", "of", "GFP", "+", "RFP", "+", "tfGal3", "puncta", "was", "calculated", "(", "E", ")", ".", "The", "data", "represent", "means", "±", "s", ".", "d", ".", "At", "least", "30", "cells", "were", "counted", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Bar", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) HeLa cells transfected with tfGal3 and either One‐STrEP‐FLAG‐tagged Atg4BC74A (Atg4B mutant) or empty vector (control) were observed by confocal microscopy after treatment as shown in Figure 2A and B. The number of GFP±RFP+ or GFP+RFP+ puncta per cell was quantified using G‐Count (D). Then, the percent of GFP+RFP+tfGal3 puncta was calculated (E). The data represent means±s.d. At least 30 cells were counted (n=3). Bar: 10 μm."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "NIH3T3", "cells", "stably", "expressing", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "mStrawberry", "‐", "Atg4BC74A", "(", "Atg4B", "mutant", ")", "were", "treated", "with", "1000", " ", "μM", "LLOMe", "for", "1", " ", "h", ".", "After", "LLOMe", "washout", ",", "cells", "were", "cultured", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "both", "10", " ", "μg", "/", "ml", "E64d", "and", "Pepstatin", "A", ",", "fixed", "at", "the", "indicated", "time", "points", ",", "and", "subjected", "to", "immunocytochemistry", "for", "Gal3", "(", "green", ")", "and", "DAPI", "(", "blue", ")", "(", "F", ")", ".", "The", "number", "of", "endogenous", "Gal3", "puncta", "per", "control", "(", "G", ")", "or", "Atg4B", "‐", "mutant", "(", "H", ")", "cells", "was", "quantified", "by", "G", "‐", "Count", ".", "The", "data", "represent", "means", "±", "s", ".", "d", ".", "At", "least", "50", "cells", "were", "counted", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Bars", ":", "20", " ", "μm", ".", "Source", "data", "for", "this", "figure", "is", "available", "on", "the", "online", "supplementary", "information", "page", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) NIH3T3 cells stably expressing empty vector (control) or mStrawberry‐Atg4BC74A (Atg4B mutant) were treated with 1000 μM LLOMe for 1 h. After LLOMe washout, cells were cultured in the presence or absence of both 10 μg/ml E64d and Pepstatin A, fixed at the indicated time points, and subjected to immunocytochemistry for Gal3 (green) and DAPI (blue) (F). The number of endogenous Gal3 puncta per control (G) or Atg4B‐mutant (H) cells was quantified by G‐Count. The data represent means±s.d. At least 50 cells were counted (n=3). Bars: 20 μm.Source data for this figure is available on the online supplementary information page."}
{"words": ["(", "A", "-", "F", ")", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "‐", "LC3", "were", "transfected", "with", "mStrawberry", "‐", "Gal3", ",", "and", "treated", "with", "1000", " ", "μM", "LLOMe", "for", "1", " ", "h", ".", "Then", ",", "cells", "were", "fixed", "and", "observed", "by", "confocal", "microscopy", "(", "A", ")", ".", "The", "same", "specimens", "were", "further", "examined", "by", "transmission", "electron", "microscopy", "(", "B", "-", "F", ")", ".", "Green", ":", "LC3", ";", "magenta", ":", "Gal3", ";", "blue", ":", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-F) HeLa cells stably expressing GFP‐LC3 were transfected with mStrawberry‐Gal3, and treated with 1000 μM LLOMe for 1 h. Then, cells were fixed and observed by confocal microscopy (A). The same specimens were further examined by transmission electron microscopy (B-F). Green: LC3; magenta: Gal3; blue: DAPI."}
{"words": ["(", "G", "-", "I", ")", "NIH3T3", "cells", "stably", "expressing", "CFP", "‐", "Gal3", "and", "YFP", "‐", "LC3", ",", "and", "either", "empty", "vector", "(", "control", ")", "(", "G", ",", "H", ")", "or", "mStrawberry", "‐", "Atg4BC74A", "(", "I", ")", "were", "treated", "with", "1000", " ", "μM", "LLOMe", "for", "2", " ", "h", ",", "fixed", ",", "and", "observed", "by", "confocal", "microscopy", ".", "The", "electron", "micrographs", "were", "taken", "in", "the", "same", "sample", "field", "as", "the", "transmission", "electron", "microscope", ".", "Green", ":", "LC3", ";", "blue", ":", "Gal3", "and", "DAPI", ";", "black", "arrow", ":", "single", "membrane", ";", "white", "arrow", ":", "autophagosome", ";", "white", "arrowhead", ":", "ER", "membrane", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-I) NIH3T3 cells stably expressing CFP‐Gal3 and YFP‐LC3, and either empty vector (control) (G, H) or mStrawberry‐Atg4BC74A (I) were treated with 1000 μM LLOMe for 2 h, fixed, and observed by confocal microscopy. The electron micrographs were taken in the same sample field as the transmission electron microscope. Green: LC3; blue: Gal3 and DAPI; black arrow: single membrane; white arrow: autophagosome; white arrowhead: ER membrane."}
{"words": ["(", "A", ")", "Plasmacreatinine", "and", "ureanitrogen", "in", "Atg5F", "/", "F", "and", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAPmice", "treated", "with", "vehicle", "or", "UA", "+", "OA", ".", "The", "values", "displayed", "represent", "means", "±", "s", ".", "e", ".", "Statistically", "significant", "differences", "(", "*", "P0", ".", "05", ")", "are", "indicated", ".", "F", "/", "F", ":", "Atg5F", "/", "Fmice", ";", "F", "/", "F", ";", "KAP", ":", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAPmice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) Plasmacreatinine and ureanitrogen in Atg5F/F and Atg5F/F;KAPmice treated with vehicle or UA+OA. The values displayed represent means±s.e. Statistically significant differences (*P0.05) are indicated. F/F: Atg5F/Fmice; F/F;KAP: Atg5F/F;KAPmice."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "PAS", "‐", "stained", "renal", "cortical", "region", "of", "Atg5F", "/", "F", "and", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAP", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "UA", "+", "OA", "(", "n", "=", "4", "-", "7", ")", ".", "Bars", ":", "40", "μm", "(", "B", ")", ".", "Kidney", "injury", "score", "of", "Atg5F", "/", "F", "and", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAP", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "UA", "+", "OA", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) PAS‐stained renal cortical region of Atg5F/F and Atg5F/F;KAP mice treated with vehicle or UA+OA (n=4-7). Bars: 40 μm (B). Kidney injury score of Atg5F/F and Atg5F/F;KAP mice treated with vehicle or UA+OA (C)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Kidney", "cortexes", "from", "Atg5F", "/", "F", "and", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAP", "mice", "treated", "with", "vehicle", "or", "UA", "+", "OA", "were", "subjected", "to", "immunohistocheminal", "analysis", "of", "Lamp1", "and", "LC3", ".", "Green", ":", "LC3", ";", "magenta", ":", "Lamp1", ";", "blue", ":", "DAPI", ".", "F", "/", "F", ":", "Atg5F", "/", "F", "mice", ";", "F", "/", "F", ";", "KAP", ":", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAP", "mice", ".", "Bar", ":", "5", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Kidney cortexes from Atg5F/F and Atg5F/F;KAP mice treated with vehicle or UA+OA were subjected to immunohistocheminal analysis of Lamp1 and LC3. Green: LC3; magenta: Lamp1; blue: DAPI. F/F: Atg5F/F mice; F/F;KAP: Atg5F/F;KAP mice. Bar: 5 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Electron", "micrographs", "of", "kidney", "proximal", "tubules", "in", "Atg5", " ", "F", "/", "F", "and", "Atg5F", "/", "F", ";", "KAP", "mice", "treated", "with", "UA", "+", "OA", ".", "Yellow", "arrowhead", ":", "autophagosome", ";", "asterisk", ":", "lysosome", ";", "Mt", ":", "mitochondrion", ".", "Bar", ":", "1", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Electron micrographs of kidney proximal tubules in Atg5 F/F and Atg5F/F;KAP mice treated with UA+OA. Yellow arrowhead: autophagosome; asterisk: lysosome; Mt: mitochondrion. Bar: 1 μm."}
{"words": ["Wild", "-", "type", ",", "apg12", "-", "1", "mutant", "and", "Δapg12", "cells", "were", "cultured", "in", "nitrogen", "-", "starvation", "medium", "containing", "1", "mM", "PMSF", ".", "After", "incubation", "for", "6", "h", ",", "cells", "were", "observed", "under", "a", "phase", "-", "contrast", "microscope", ".", "Arrows", "indicate", "autophagic", "bodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild-type, apg12-1 mutant and Δapg12 cells were cultured in nitrogen-starvation medium containing 1 mM PMSF. After incubation for 6 h, cells were observed under a phase-contrast microscope. Arrows indicate autophagic bodies."}
{"words": ["c", ",", "Wild", "-", "type", "(", "squares", ")", "and", "Δapg12", "(", "circles", ")", "were", "cultured", "in", "nitrogen", "-", "starvation", "medium", "and", "their", "viability", "was", "determined", "by", "phloxine", "B", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Wild-type (squares) and Δapg12 (circles) were cultured in nitrogen-starvation medium and their viability was determined by phloxine B staining."}
{"words": ["d", ",", "Quantification", "of", "autophagic", "activity", "of", "wild", "-", "type", "and", "Δapg12", "cells", "by", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "assay", "before", "(", "black", "bars", ")", "and", "after", "(", "white", "bars", ")", "nitrogen", "starvation", "for", "4", " ", "h", ".", "Error", "bars", "indicate", "s", ".", "d", ".", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Quantification of autophagic activity of wild-type and Δapg12 cells by alkaline phosphatase (ALP) assay before (black bars) and after (white bars) nitrogen starvation for 4 h. Error bars indicate s.d. of three independent experiments."}
{"words": ["a", ",", "b", ",", "Lysates", "from", "Δapg12", "cells", "carrying", "only", "vector", "or", "3", "×", "HA", "-", "APG12", "(", "a", ")", ",", "and", "Δapg5", ",", "apg7", "-", "1", ",", "apg10", "-", "1", "and", "Δapg1", "cells", "carrying", "3", "×", "HA", "-", "Apg12", "plasmid", "(", "b", ")", "were", "immunoblotted", "using", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "The", "positions", "of", "3", "×", "HA", "-", "Apg12", "and", "the", "larger", "product", "(", "asterisks", ")", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a, b, Lysates from Δapg12 cells carrying only vector or 3 × HA-APG12 (a), and Δapg5, apg7-1, apg10-1 and Δapg1 cells carrying 3 × HA-Apg12 plasmid (b) were immunoblotted using anti-HA antibody. The positions of 3 × HA-Apg12 and the larger product (asterisks) are indicated."}
{"words": ["c", ",", "Immunoblot", "analysis", "of", "wild", "-", "type", "and", "Δapg12", "cells", "harbouring", "HA", "-", "APG5", "plasmid", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "c, Immunoblot analysis of wild-type and Δapg12 cells harbouring HA-APG5 plasmid."}
{"words": ["d", ",", "Δapg5", "Δapg12", "cells", "were", "co", "-", "transformed", "with", "Myc", "-", "APG12", "and", "HA", "-", "APG5", ".", "Their", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "Myc", "or", "anti", "-", "HA", "antibodies", "and", "detected", "by", "immunoblotting", "using", "anti", "-", "Myc", "antibody", ".", "The", "position", "of", "the", "crossreacting", "IgG", "heavy", "chain", "is"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d, Δapg5 Δapg12 cells were co-transformed with Myc-APG12 and HA-APG5. Their lysates were immunoprecipitated with anti-Myc or anti-HA antibodies and detected by immunoblotting using anti-Myc antibody. The position of the crossreacting IgG heavy chain is indicated"}
{"words": ["b", ",", "Δapg12", "cells", "were", "transformed", "with", "the", "mutant", "plasmids", "and", "their", "lysates", "were", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "b, Δapg12 cells were transformed with the mutant plasmids and their lysates were immunoblotted with anti-HA antibody."}
{"words": ["c", ",", "Autophagic", "activity", "was", "measured", "as", "described", "for", "Fig", ".", "1d", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, Autophagic activity was measured as described for Fig. 1d."}
{"words": ["d", ",", "Transport", "of", "pro", "-", "API", "to", "the", "vacuole", "was", "examined", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "API", "antiserum", ".", "The", "positions", "of", "pro", "-", "API", "and", "mature", "API", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "d, Transport of pro-API to the vacuole was examined by immunoblotting with anti-API antiserum. The positions of pro-API and mature API are indicated."}
{"words": ["Δapg5", "cells", "were", "transformed", "with", "vector", "alone", ",", "wild", "-", "type", "APG5", "or", "APG5K149R", ",", "and", "then", "immunoblotted", "with", "anti", "-", "HA", "(", "b", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "Δapg5 cells were transformed with vector alone, wild-type APG5 or APG5K149R, and then immunoblotted with anti-HA (b)"}
{"words": ["Autophagic", "activity", "was", "determined", "by", "alkaline", "phosphatase", "assay", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Autophagic activity was determined by alkaline phosphatase assay (c)."}
{"words": ["Δapg5", "cells", "were", "transformed", "with", "vector", "alone", ",", "wild", "-", "type", "APG5", "or", "APG5K149R", ",", "and", "then", "immunoblotted", "anti", "-", "API", "(", "d", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Δapg5 cells were transformed with vector alone, wild-type APG5 or APG5K149R, and then immunoblotted anti-API (d)."}
{"words": ["c", ",", "In", "vitro", "conjugation", "of", "Apg5", "and", "Apg12", ".", "A", "cell", "lysate", "of", "Δapg12", "carrying", "HA", "-", "APG5", "(", "lane", "1", ")", "was", "incubated", "with", "an", "equal", "amount", "of", "lysate", "from", "Δapg5", "carrying", "HA", "-", "APG12", "(", "2", "µ", "plasmid", ")", "(", "lane", "2", ")", "at", "30", "°", "C", "with", "(", "lane", "4", "-", "6", ")", "or", "without", "(", "lane", "7", ")", "5", "mM", "ATP", ".", "Samples", "were", "mixed", "with", "SDS", "-", "sample", "buffer", "at", "the", "times", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c, In vitro conjugation of Apg5 and Apg12. A cell lysate of Δapg12 carrying HA-APG5 (lane 1) was incubated with an equal amount of lysate from Δapg5 carrying HA-APG12 (2 µ plasmid) (lane 2) at 30 °C with (lane 4-6) or without (lane 7) 5 mM ATP. Samples were mixed with SDS-sample buffer at the times indicated."}
{"words": ["Spheroplasts", "were", "generated", "from", "cells", "expressing", "either", "HA", "-", "Apg12", "or", "HA", "-", "Apg5", ".", "Their", "lysates", "were", "mixed", "and", "layered", "on", "top", "of", "a", "10", "-", "step", "(", "18", "-", "54", "%", "w", "/", "w", ")", "sucrose", "gradient", ",", "and", "centrifuged", "at", "174", ",", "000g", "for", "2", ".", "5", "h", "(", "ref", ".", "29", ")", ".", "Fifteen", "fractions", "were", "collected", "and", "the", "positions", "of", "free", "Apg5", ",", "free", "Apg12", "and", "Apg5", "/", "Apg12", "conjugate", "were", "examined", "by", "western", "blotting", ".", "The", "peak", "fractions", "of", "alcohol", "dehydrogenase", "(", "ADH", ")", "(", "cytosol", ")", ",", "ALP", "(", "vacuole", ")", ",", "Kex2", "(", "Golgi", ")", "and", "Sec12", "(", "endoplasmic", "reticulum", ")", "are", "indicated", "by", "arrows", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Spheroplasts were generated from cells expressing either HA-Apg12 or HA-Apg5. Their lysates were mixed and layered on top of a 10-step (18-54 % w/w) sucrose gradient, and centrifuged at 174,000g for 2.5 h (ref. 29). Fifteen fractions were collected and the positions of free Apg5, free Apg12 and Apg5/Apg12 conjugate were examined by western blotting. The peak fractions of alcohol dehydrogenase (ADH)(cytosol), ALP (vacuole), Kex2 (Golgi) and Sec12 (endoplasmic reticulum) are indicated by arrows."}
{"words": ["b", ")", "Caco", "-", "2", "cells", "were", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "as", "per", "Figure", "1A", ".", "Cells", "were", "washed", ",", "fixed", "and", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", "to", "visualise", "cell", "nuclei", "and", "incubated", "with", "anti", "-", "N", "protein", "(", "red", ")", "to", "visualise", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infected", "cells", ".", "Scale", "bar", "denotes", "10", "µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b) Caco-2 cells were infected with SARS-CoV-2 as per Figure 1A. Cells were washed, fixed and stained with DAPI (blue) to visualise cell nuclei and incubated with anti-N protein (red) to visualise SARS-CoV-2 infected cells. Scale bar denotes 10 µM."}
{"words": ["c", ")", "Infection", "rates", "were", "calculated", "using", "automated", "imaging", "software", "(", "see", "materials", "and", "methods", ")", "calculated", "from", "six", "fields", "of", "view", "per", "time", "point", "per", "biological", "replicate", ".", "Data", "point", "indicates", "the", "sample", "means", "and", "the", "error", "bars", "the", "standard", "error", "of", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "d", ")", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "detected", "proteins", "plotted", "as", "a", "function", "of", "time", "where", "each", "data", "point", "denotes", "a", "different", "replicate", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) Infection rates were calculated using automated imaging software (see materials and methods) calculated from six fields of view per time point per biological replicate. Data point indicates the sample means and the error bars the standard error of the mean (SEM) (n=3). d) SARS-CoV-2 detected proteins plotted as a function of time where each data point denotes a different replicate (n=3)."}
{"words": ["a", ")", "Total", "number", "of", "significantly", "up", "-", "or", "down", "-", "regulated", "proteins", "(", "|", "z", "-", "score", "|", ">", "1", ".", "96", ",", "q", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ")", "per", "time", "point", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infected", "Caco", "-", "2", "cells", "as", "described", "in", "1A", ".", "Proteins", "that", "were", "significantly", "changed", "in", "abundance", "(", "left", ")", "and", "stability", "(", "right", ")", "are", "sub", "-", "grouped", "according", "to", "either", "down", "-", "regulation", "/", "destabilization", "(", "red", ")", "or", "up", "-", "regulation", "/", "stabilisation", "(", "turquoise", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a) Total number of significantly up- or down-regulated proteins (|z-score| >1.96, q-value <0.05) per time point of SARS-CoV-2 infected Caco-2 cells as described in 1A. Proteins that were significantly changed in abundance (left) and stability (right) are sub-grouped according to either down-regulation/destabilization (red) or up-regulation/stabilisation (turquoise)."}
{"words": ["c", ")", "SAFB", "phosphopeptide", "abundance", "changes", "during", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infection", ".", "Vero", "cell", "phosphopeptide", "data", "from", "(", "Bouhaddou", "et", "al", ",", "2020", ")", ".", "Data", "previously", "acquired", "from", "Vero", "cells", "infected", "with", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "(", "Bouhaddou", "et", "al", ",", "2020", ")", ".", "S604", "phosphosite", "that", "temporally", "coincides", "with", "SAFB", "thermal", "destabilisation", "(", "Potel", "et", "al", ",", "2020", ")", ".", "Shown", "above", "the", "line", "plot", "are", "the", "thermostability", "and", "abundance", "profiles", "of", "SAFB", "in", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "infected", "Caco", "-", "2", "cells", "as", "described", "in", "1A", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Asterisk", "denotes", "significant", "regulation", "(", "see", "methods", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) SAFB phosphopeptide abundance changes during SARS-CoV-2 infection. Vero cell phosphopeptide data from(Bouhaddou et al, 2020). Data previously acquired from Vero cells infected with SARS-CoV-2 (Bouhaddou et al, 2020). S604 phosphosite that temporally coincides with SAFB thermal destabilisation (Potel et al, 2020). Shown above the line plot are the thermostability and abundance profiles of SAFB in SARS-CoV-2 infected Caco-2 cells as described in 1A (n=3). Asterisk denotes significant regulation (see methods)."}
{"words": ["D", ")", "Thermal", "stability", "profile", "for", "all", "unmodified", "SAFB", "peptides", "(", "green", ")", "and", "the", "phosphorylated", "S604", "(", "pS604", ")", "(", "purple", ")", "in", "HeLa", "cells", ".", "Data", "from", "(", "Potel", "et", "al", ",", "2020", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Thermal stability profile for all unmodified SAFB peptides (green) and the phosphorylated S604 (pS604) (purple) in HeLa cells. Data from (Potel et al, 2020)."}
{"words": ["b", ")", "The", "corresponding", "HSP90", "inhibitor", ",", "Tanespimycin", ",", "effectively", "suppressed", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "proliferation", "(", "n", "=", "2", ")", ".", "Calu", "-", "3", "cells", "were", "pre", "-", "incubated", "with", "the", "compound", ",", "followed", "by", "the", "addition", "of", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "and", "subsequent", "co", "-", "incubation", "in", "the", "presence", "of", "the", "compound", "for", "20", "-", "24", "hours", ".", "Viral", "load", "was", "quantified", "in", "parallel", "using", "antibody", "-", "based", "detection", "of", "double", "stranded", "RNA", "(", "orange", ")", ".", "Compound", "toxicity", "in", "Calu", "-", "3", "cells", "was", "assessed", "(", "purple", ")", "treated", "with", "the", "compound", "alone", "for", "20", "-", "24", "hours", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b) The corresponding HSP90 inhibitor, Tanespimycin, effectively suppressed SARS-CoV-2 proliferation (n=2). Calu-3 cells were pre-incubated with the compound, followed by the addition of SARS-CoV-2 and subsequent co-incubation in the presence of the compound for 20-24 hours. Viral load was quantified in parallel using antibody-based detection of double stranded RNA (orange). Compound toxicity in Calu-3 cells was assessed (purple) treated with the compound alone for 20-24 hours."}
{"words": ["d", ")", "The", "Cyp1a1", "inhibitor", "suppressed", "SARS", "-", "CoV", "-", "2", "proliferation", "(", "n", "=", "2", ")", ".", "Dose", "response", "curves", "were", "performed", "as", "described", "in", "4A", ".", "See", "Appendix", "Figure", "S7", "for", "additional", "tested", "drugs", ".", "Data", "displayed", "as", "described", "in", "5B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) The Cyp1a1 inhibitor suppressed SARS-CoV-2 proliferation (n=2). Dose response curves were performed as described in 4A. See Appendix Figure S7 for additional tested drugs. Data displayed as described in 5B."}
{"words": ["B", ".", "Coomassie", "-", "stained", "SDS", "-", "PAGE", "(", "from", "left", "to", "right", ")", "of", "Hchim", ",", "V1ΔH", ",", "VoND", ",", "and", "C", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Coomassie-stained SDS-PAGE (from left to right) of Hchim, V1ΔH, VoND, and C."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "ATPase", "activity", "assay", "(", "ATP", "regenerating", "system", ")", ".", "At", "the", "indicated", "time", ",", "200", "nM", "ConA", "is", "added", "to", "the", "assay", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative ATPase activity assay (ATP regenerating system). At the indicated time, 200 nM ConA is added to the assay."}
{"words": ["C", ".", "Growth", "phenotypes", "of", "wild", "type", "and", "c", "″", "-", "mutant", "yeast", "strains", "probed", "on", "(", "1", ")", "rich", "media", "buffered", "to", "pH", "5", "(", "YPD", "pH", "5", ")", ";", "(", "2", ")", "synthetic", "dropout", "(", "SD", ")", "plus", "all", "amino", "acids", "(", "SD", "+", "all", "a", ".", "a", ".", ")", ";", "(", "3", ")", "SD", "minus", "uracil", "(", "SD", "-", "ura", ")", ";", "(", "4", ",", "5", ")", "YPD", "buffered", "to", "pH", "7", "plus", "4", "mM", "Zn2", "+", "or", "60", "mM", "Ca2", "+", ",", "respectively", ";", "(", "6", ")", "YPD", "buffered", "to", "pH", "7", ";", "(", "7", ")", "YPD", "plus", "60", "mM", "Ca2", "+", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "C. Growth phenotypes of wild type and c″-mutant yeast strains probed on (1) rich media buffered to pH 5 (YPD pH 5); (2) synthetic dropout (SD) plus all amino acids (SD + all a.a.); (3) SD minus uracil (SD - ura); (4,5) YPD buffered to pH 7 plus 4 mM Zn2+ or 60 mM Ca2+, respectively; (6) YPD buffered to pH 7; (7) YPD plus 60 mM Ca2+."}
{"words": ["B", ".", "Mass", "spectrometry", "analysis", "of", "V1Hchim", ".", "Protein", "IDs", "are", "plotted", "as", "a", "function", "of", "overall", "peptide", "spectrum", "matches", "(", "PSM", ")", "and", "the", "posterior", "error", "probability", "(", "PEP", ")", "scores", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Mass spectrometry analysis of V1Hchim. Protein IDs are plotted as a function of overall peptide spectrum matches (PSM) and the posterior error probability (PEP) scores."}
{"words": ["A", ".", "Size", "exclusion", "chromatography", "elution", "profile", "(", "1", ".", "6", "cm", "×", "50", "cm", "Superdex", "S75", ")", "and", "SDS", "-", "PAGE", "of", "full", "-", "length", "N", "-", "terminally", "7", "×", "His", "tagged", "yeast", "Oxr1", ".", "B", ".", "Inhibition", "of", "V1ΔH", "and", "V1Hchim", "'", "s", "MgATPase", "activity", "by", "Oxr1", "in", "absence", "and", "presence", "of", "subunit", "C", ".", "The", "data", "from", "one", "representative", "of", "two", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "are", "shown", ".", "Individual", "data", "points", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "mean", "from", "one", "representative", "of", "two", "biological", "replicates", "are", "shown", "with", "error", "bars", "representing", "S", ".", "E", ".", "M", ".", ".", "C", ".", "Oxr1", "binds", "wild", "type", "V1", ".", "Samples", "of", "V1", ",", "Oxr1", ",", "and", "mixtures", "of", "V1", "with", "a", "2", "-", "fold", "molar", "ratio", "of", "Oxr1", "in", "absence", "or", "presence", "of", "a", "3", "-", "fold", "molar", "ratio", "of", "subunit", "C", "were", "subjected", "to", "size", "exclusion", "chromatography", "on", "a", "1", "cm", "×", "30", "cm", "Superose", "6", "Increase", "column", ".", "SDS", "-", "PAGE", "is", "shown", "for", "all", "four", "samples", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "column", "fractions", "using", "a", "penta", "-", "His", "antibody", "is", "shown", "for", "samples", "containing", "Oxr1", "and", "Oxr1", "plus", "C", ".", "Note", "that", "incubation", "of", "V1", "with", "Oxr1", "in", "presence", "of", "excess", "subunit", "C", "leads", "to", "partial", "release", "of", "subunit", "H", "(", "highlighted", "by", "the", "rectangular", "box", "in", "the", "V1", "+", "Oxr1", "+", "C", "gel", ")", ".", "Also", ",", "some", "degradation", "of", "Oxr1", "'", "s", "unstructured", "N", "-", "terminus", "is", "observed", "as", "indicated", "by", "the", "asterisk", "(", "only", "the", "full", "-", "length", "protein", "is", "detected", "by", "the", "αHis", "-", "tag", "antibody", ")", ".", "The", "data", "from", "one", "representative", "of", "two", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Size exclusion chromatography elution profile (1.6 cm × 50 cm Superdex S75) and SDS-PAGE of full-length N-terminally 7×His tagged yeast Oxr1. B. Inhibition of V1ΔH and V1Hchim's MgATPase activity by Oxr1 in absence and presence of subunit C. The data from one representative of two experiments using two different preparations are shown. Individual data points (n=2) and mean from one representative of two biological replicates are shown with error bars representing S.E.M. . C. Oxr1 binds wild type V1. Samples of V1, Oxr1, and mixtures of V1 with a 2-fold molar ratio of Oxr1 in absence or presence of a 3-fold molar ratio of subunit C were subjected to size exclusion chromatography on a 1 cm × 30 cm Superose 6 Increase column. SDS-PAGE is shown for all four samples and immunoblot analysis of column fractions using a penta-His antibody is shown for samples containing Oxr1 and Oxr1 plus C. Note that incubation of V1 with Oxr1 in presence of excess subunit C leads to partial release of subunit H (highlighted by the rectangular box in the V1 + Oxr1 + C gel). Also, some degradation of Oxr1's unstructured N-terminus is observed as indicated by the asterisk (only the full-length protein is detected by the αHis-tag antibody). The data from one representative of two experiments using two different preparations are shown."}
{"words": ["D", ".", "Dissociation", "kinetics", "of", "Hwt", "and", "Hchim", "from", "V1ΔH", "in", "presence", "of", "Oxr1", "and", "subunit", "C", "as", "probed", "by", "BLI", ".", "Recombinant", "wild", "type", "(", "left", ")", "and", "chimeric", "subunit", "H", "(", "right", ")", "with", "an", "N", "-", "terminal", "fusion", "to", "maltose", "binding", "protein", "(", "MBP", ")", "was", "immobilized", "on", "anti", "-", "mouse", "Fc", "(", "AMC", ")", "BLI", "sensors", "via", "an", "αMBP", "monoclonal", "antibody", ".", "The", "sensors", "were", "then", "dipped", "into", "wells", "with", "V1ΔH", "followed", "by", "wells", "with", "buffer", "in", "absence", "or", "presence", "of", "Oxr1", "and", "C", "to", "monitor", "the", "kinetics", "of", "V1ΔH", "dissociation", ".", "Only", "the", "dissociation", "phase", "is", "shown", ".", "The", "data", "from", "one", "representative", "of", "three", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Dissociation kinetics of Hwt and Hchim from V1ΔH in presence of Oxr1 and subunit C as probed by BLI. Recombinant wild type (left) and chimeric subunit H (right) with an N-terminal fusion to maltose binding protein (MBP) was immobilized on anti-mouse Fc (AMC) BLI sensors via an αMBP monoclonal antibody. The sensors were then dipped into wells with V1ΔH followed by wells with buffer in absence or presence of Oxr1 and C to monitor the kinetics of V1ΔH dissociation. Only the dissociation phase is shown. The data from one representative of three experiments using two different preparations are shown."}
{"words": ["E", ".", "Oxr1", "mediated", "inhibition", "of", "assembly", "of", "holo", "V", "-", "ATPase", "from", "V1Hchim", ",", "subunit", "C", "and", "VoND", ".", "The", "data", "from", "one", "representative", "of", "two", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "are", "shown", ".", "Individual", "data", "points", "(", "n", "=", "2", ")", "and", "mean", "from", "one", "representative", "of", "two", "biological", "replicates", "are", "shown", "with", "error", "bars", "representing", "S", ".", "E", ".", "M", ".", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Oxr1 mediated inhibition of assembly of holo V-ATPase from V1Hchim, subunit C and VoND. The data from one representative of two experiments using two different preparations are shown. Individual data points (n=2) and mean from one representative of two biological replicates are shown with error bars representing S.E.M. ."}
{"words": ["F", ".", "Oxr1", "prevents", "binding", "of", "V1Hchim", "to", "VoND", "as", "probed", "by", "BLI", ".", "Streptavidin", "coated", "BLI", "sensors", "were", "loaded", "with", "Vo", "in", "lipid", "nanodiscs", "containing", "biotinylated", "MSP", ",", "and", "sensors", "were", "then", "dipped", "into", "wells", "containing", "recombinant", "C", "and", "V1Hchim", "in", "absence", "and", "presence", "of", "Oxr1", ".", "Only", "the", "V1Hchim", "association", "and", "dissociation", "phase", "from", "one", "representative", "of", "two", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Oxr1 prevents binding of V1Hchim to VoND as probed by BLI. Streptavidin coated BLI sensors were loaded with Vo in lipid nanodiscs containing biotinylated MSP, and sensors were then dipped into wells containing recombinant C and V1Hchim in absence and presence of Oxr1. Only the V1Hchim association and dissociation phase from one representative of two experiments using two different preparations is shown."}
{"words": ["G", ".", "Oxr1", "mediated", "dissociation", "of", "holo", "V", "-", "ATPase", "as", "analyzed", "by", "negative", "stain", "electron", "microscopy", ".", "V1HchimVoND", "was", "incubated", "without", "and", "with", "a", "3", "-", "fold", "molar", "ratio", "of", "Oxr1", "for", "16", "h", ".", "Samples", "were", "then", "spotted", "on", "carbon", "coated", "copper", "grids", ",", "stained", "with", "1", "%", "uranyl", "acetate", "and", "observed", "by", "transmission", "electron", "microscopy", ".", "Number", "of", "assembled", "V1Vo", "and", "disassembled", "V1", "and", "Vo", "particles", "were", "counted", "on", "a", "total", "of", "20", "micrographs", "each", ".", "The", "horizontal", "dotted", "lines", "indicate", "the", "mean", ".", "A", "few", "holoenzyme", "and", "free", "V1", "and", "VoND", "particles", "are", "highlighted", "by", "white", "circles", "and", "boxes", ",", "respectively", ".", "Bar", "=", "50", "nm", ".", "The", "data", "from", "one", "representative", "of", "two", "experiments", "using", "two", "different", "preparations", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Oxr1 mediated dissociation of holo V-ATPase as analyzed by negative stain electron microscopy. V1HchimVoND was incubated without and with a 3-fold molar ratio of Oxr1 for 16 h. Samples were then spotted on carbon coated copper grids, stained with 1% uranyl acetate and observed by transmission electron microscopy. Number of assembled V1Vo and disassembled V1 and Vo particles were counted on a total of 20 micrographs each. The horizontal dotted lines indicate the mean. A few holoenzyme and free V1 and VoND particles are highlighted by white circles and boxes, respectively. Bar = 50 nm. The data from one representative of two experiments using two different preparations are shown."}
{"words": ["SIRT1", "activity", "is", "required", "for", "resveratrol", "-", "induced", "autophagy", "but", "not", "for", "spermidine", "-", "mediated", "autophagy", "induction", "in", "mammalian", "cultured", "cells", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "Human", "colon", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "left", "untransfected", "(", "Co", ",", "control", ")", "or", "transfected", "with", "an", "irrelevant", "siRNA", "(", "UNR", ",", "unrelated", ")", "or", "siRNAs", "specific", "for", "ATG5", ",", "ATG7", ",", "or", "SIRT1", "and", "then", "retransfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "-", "encoding", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "left", "untreated", "or", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "-", "µM", "resveratrol", "(", "Resv", ")", "or", "spermidine", "(", "Spd", ")", ".", "The", "same", "experiment", "was", "performed", "in", "the", "presence", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "BafA1", ")", ",", "which", "inhibits", "the", "fusion", "between", "lysosomes", "and", "autophagosomes", ",", "to", "evaluate", "the", "autophagic", "flux", ".", "(", "A", ")", "Representative", "images", ".", "(", "B", ")", "Quantitative", "data", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SIRT1 activity is required for resveratrol-induced autophagy but not for spermidine-mediated autophagy induction in mammalian cultured cells. (A-C) Human colon carcinoma HCT 116 cells were left untransfected (Co, control) or transfected with an irrelevant siRNA (UNR, unrelated) or siRNAs specific for ATG5, ATG7, or SIRT1 and then retransfected with a GFP-LC3-encoding plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and left untreated or treated for 4 h with 100-µM resveratrol (Resv) or spermidine (Spd). The same experiment was performed in the presence of bafilomycin A1 (BafA1), which inhibits the fusion between lysosomes and autophagosomes, to evaluate the autophagic flux. (A) Representative images. (B) Quantitative data."}
{"words": ["SIRT1", "activity", "is", "required", "for", "resveratrol", "-", "induced", "autophagy", "but", "not", "for", "spermidine", "-", "mediated", "autophagy", "induction", "in", "mammalian", "cultured", "cells", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "Human", "colon", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "left", "untransfected", "(", "Co", ",", "control", ")", "or", "transfected", "with", "an", "irrelevant", "siRNA", "(", "UNR", ",", "unrelated", ")", "or", "siRNAs", "specific", "for", "ATG5", ",", "ATG7", ",", "or", "SIRT1", "and", "then", "retransfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "-", "encoding", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "left", "untreated", "or", "treated", "for", "4", "h", "with", "100", "-", "µM", "resveratrol", "(", "Resv", ")", "or", "spermidine", "(", "Spd", ")", ".", "The", "same", "experiment", "was", "performed", "in", "the", "presence", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "BafA1", ")", ",", "which", "inhibits", "the", "fusion", "between", "lysosomes", "and", "autophagosomes", ",", "to", "evaluate", "the", "autophagic", "flux", ".", "(", "A", ")", "Representative", "images", ".", "(", "B", ")", "Quantitative", "data", ".", "(", "C", ")", "Representative", "immunoblots", "of", "HCT", "116", "cells", "transfected", "either", "with", "an", "unrelated", "siRNA", "or", "with", "a", "SIRT1", "-", "specific", "siRNA", "showing", "LC3", "lipidation", "after", "treatment", "with", "100", "-", "µM", "spermidine", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "bafilomycin", "A1", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0], "text": "SIRT1 activity is required for resveratrol-induced autophagy but not for spermidine-mediated autophagy induction in mammalian cultured cells. (A-C) Human colon carcinoma HCT 116 cells were left untransfected (Co, control) or transfected with an irrelevant siRNA (UNR, unrelated) or siRNAs specific for ATG5, ATG7, or SIRT1 and then retransfected with a GFP-LC3-encoding plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and left untreated or treated for 4 h with 100-µM resveratrol (Resv) or spermidine (Spd). The same experiment was performed in the presence of bafilomycin A1 (BafA1), which inhibits the fusion between lysosomes and autophagosomes, to evaluate the autophagic flux. (A) Representative images. (B) Quantitative data. (C) Representative immunoblots of HCT 116 cells transfected either with an unrelated siRNA or with a SIRT1-specific siRNA showing LC3 lipidation after treatment with 100-µM spermidine in the presence or absence of bafilomycin A1."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "HCT", "116", "cells", "were", "left", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "treated", "with", "either", "vehicle", "(", "Co", ")", ",", "100", "-", "µM", "resveratrol", ",", "or", "100", "-", "µM", "spermidine", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "SIRT1", "inhibitor", "EX527", "for", "4", "h", ".", "(", "D", ")", "Representative", "images", ".", "(", "E", ")", "Quantitative", "data", ".", "(", "B", "and", "E", ")", "Bars", "depict", "the", "percentages", "of", "cells", "showing", "accumulation", "of", "GFP", "-", "LC3", "in", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3vac", ";", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ")", ".", "(", "F", ")", "Representative", "immunoblots", "showing", "LC3", "lipidation", "in", "HCT", "116", "cells", "treated", "with", "100", "-", "µM", "spermidine", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "EX527", ".", "GAPDH", ",", "glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) HCT 116 cells were left transfected with a GFP-LC3 plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and treated with either vehicle (Co), 100-µM resveratrol, or 100-µM spermidine in the presence or absence of the SIRT1 inhibitor EX527 for 4 h. (D) Representative images. (E) Quantitative data. (B and E) Bars depict the percentages of cells showing accumulation of GFP-LC3 in puncta (GFP-LC3vac; means ± SEM; n = 3; *, P < 0.05). (F) Representative immunoblots showing LC3 lipidation in HCT 116 cells treated with 100-µM spermidine in the presence or absence of EX527. GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase."}
{"words": ["The", "lifespan", "-", "extending", "and", "autophagy", "-", "inducing", "effects", "of", "spermidine", "in", "yeast", "are", "not", "mediated", "by", "Sir2", ".", "(", "A", "-", "E", ")", "EGFP", "-", "Atg8p", "was", "ectopically", "expressed", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "Δsir2", "S", ".", "cerevisiae", "undergoing", "chronological", "aging", "on", "small", "synthetic", "2", "%", "glucose", "media", "with", "or", "without", "(", "Co", ",", "control", ")", "supplementation", "of", "4", "-", "mM", "spermidine", "(", "Spd", ")", ".", "(", "A", ")", "Representative", "images", ".", "EGFP", "-", "Atg8p", "localization", "(", "bottom", ")", "was", "visualized", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "Yeast", "cells", "undergoing", "autophagy", "(", "in", "which", "EGFP", "-", "Atg8p", "exhibits", "a", "prominent", "vacuolar", "localization", ")", "are", "indicated", "by", "arrows", ".", "Yeast", "morphology", "was", "monitored", "by", "differential", "interference", "contrast", "(", "DIC", ";", "top", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The lifespan-extending and autophagy-inducing effects of spermidine in yeast are not mediated by Sir2. (A-E) EGFP-Atg8p was ectopically expressed in wild-type (WT) or Δsir2 S. cerevisiae undergoing chronological aging on small synthetic 2% glucose media with or without (Co, control) supplementation of 4-mM spermidine (Spd). (A) Representative images. EGFP-Atg8p localization (bottom) was visualized by fluorescence microscopy. Yeast cells undergoing autophagy (in which EGFP-Atg8p exhibits a prominent vacuolar localization) are indicated by arrows. Yeast morphology was monitored by differential interference contrast (DIC; top)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "immunoblots", "against", "EGFP", ".", "Free", "EGFP", "indicates", "the", "vacuolar", "degradation", "of", "EGFP", "-", "Atg8p", "fusion", ",", "thereby", "representing", "the", "autophagic", "flux", ".", "Notice", "that", "both", "WT", "and", "Δsir2", "yeast", "cells", "show", "similar", "free", "EGFP", "levels", "after", "spermidine", "-", "mediated", "autophagy", "induction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative immunoblots against EGFP. Free EGFP indicates the vacuolar degradation of EGFP-Atg8p fusion, thereby representing the autophagic flux. Notice that both WT and Δsir2 yeast cells show similar free EGFP levels after spermidine-mediated autophagy induction."}
{"words": ["(", "C", ")", "Relative", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "activity", "indicative", "of", "autophagy", ".", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Relative alkaline phosphatase (ALP) activity indicative of autophagy. n = 3."}
{"words": ["(", "E", ")", "Quantification", "of", "reactive", "oxygen", "species", ".", "Bars", "indicate", "the", "percentages", "of", "cells", "exhibiting", "the", "reactive", "oxygen", "species", "-", "mediated", "conversion", "of", "dihydroethidine", "(", "DHE", ")", "into", "ethidium", "(", "Eth", ";", "n", "=", "4", ")", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SEM", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "001", "as", "compared", "with", "untreated", "cells", "of", "the", "same", "genotype", ".", "GAPDH", ",", "glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", ".", "RFU", ",", "relative", "fluorescence", "unit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Quantification of reactive oxygen species. Bars indicate the percentages of cells exhibiting the reactive oxygen species-mediated conversion of dihydroethidine (DHE) into ethidium (Eth; n = 4). Data represent means ± SEM; *, P < 0.001 as compared with untreated cells of the same genotype. GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase. RFU, relative fluorescence unit."}
{"words": ["The", "life", "-", "extending", "and", "autophagy", "-", "inducing", "effects", "of", "spermidine", "in", "C", ".", "elegans", "are", "not", "mediated", "by", "Sir2", ".", "(", "A", ")", "Fluorescence", "microscopy", "of", "C", ".", "elegans", "transgenic", "embryos", "expressing", "a", "full", "-", "length", "plgg", "-", "1DsRed", ":", ":", "LGG", "-", "1", "fusion", "protein", "indicative", "of", "autophagic", "activity", ".", "Two", "representative", "pictures", "of", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "sir", "-", "2", ".", "1", "embryos", "untreated", "(", "Co", ",", "control", ")", "or", "treated", "with", "0", ".", "2", "-", "mM", "spermidine", "(", "Spd", ")", "supplementation", "of", "food", "are", "shown", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "autophagic", "activity", "through", "the", "measurement", "of", "DsRed", ":", ":", "LGG", "-", "1", "pixel", "intensity", "from", "images", "of", "WT", "animals", "shown", "in", "A", ".", "Data", "represent", "means", "±", "SEM", "(", "n", "=", "3", ")", "with", "≥", "25", "images", "processed", "for", "each", "trial", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The life-extending and autophagy-inducing effects of spermidine in C. elegans are not mediated by Sir2. (A) Fluorescence microscopy of C. elegans transgenic embryos expressing a full-length plgg-1DsRed::LGG-1 fusion protein indicative of autophagic activity. Two representative pictures of wild-type (WT) and sir-2.1 embryos untreated (Co, control) or treated with 0.2-mM spermidine (Spd) supplementation of food are shown. (B) Quantification of autophagic activity through the measurement of DsRed::LGG-1 pixel intensity from images of WT animals shown in A. Data represent means ± SEM (n = 3) with ≥25 images processed for each trial."}
{"words": ["C", ")", "Survival", "of", "WT", "C", ".", "elegans", "during", "aging", "with", "and", "without", "(", "control", ")", "supplementation", "of", "food", "(", "UV", "-", "killed", "E", ".", "coli", ")", "with", "0", ".", "2", "-", "mM", "spermidine", "(", "n", "=", "110", ";", "P", "<", "0", ".", "005", ")", ".", "(", "D", ")", "Survival", "of", "sir", "-", "2", ".", "1", "C", ".", "elegans", "(", "ok434", "phenotype", ")", "during", "aging", "with", "and", "without", "(", "control", ")", "supplementation", "of", "food", "(", "UV", "-", "killed", "E", ".", "coli", ")", "with", "0", ".", "2", "-", "mM", "spermidine", "(", "n", "=", "110", ";", "P", "<", "0", ".", "01", ")", ".", "P", "-", "values", "were", "calculated", "using", "the", "log", "-", "rank", "test", "as", "described", "in", "Materials", "and", "methods", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Survival of WT C. elegans during aging with and without (control) supplementation of food (UV-killed E. coli) with 0.2-mM spermidine (n = 110; P < 0.005). (D) Survival of sir-2.1 C. elegans (ok434 phenotype) during aging with and without (control) supplementation of food (UV-killed E. coli) with 0.2-mM spermidine (n = 110; P < 0.01). P-values were calculated using the log-rank test as described in Materials and methods."}
{"words": ["Convergent", "alterations", "in", "the", "phosphoproteome", "status", "after", "resveratrol", "and", "/", "or", "spermidine", "treatment", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "Human", "colon", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "treated", "for", "2", "h", "with", "vehicle", "(", "Co", ",", "control", ")", ",", "100", "-", "µM", "resveratrol", "(", "Resv", ")", ",", "and", "100", "-", "µM", "spermidine", "(", "Spd", ")", ",", "alone", "or", "in", "combination", "(", "Resv", "+", "Spd", ")", ".", "(", "A", ")", "Representative", "phosphoprotein", "arrays", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Convergent alterations in the phosphoproteome status after resveratrol and/or spermidine treatment. (A-C) Human colon carcinoma HCT 116 cells were treated for 2 h with vehicle (Co, control), 100-µM resveratrol (Resv), and 100-µM spermidine (Spd), alone or in combination (Resv + Spd). (A) Representative phosphoprotein arrays are shown."}
{"words": ["(", "B", ")", "Clustering", "analysis", "for", "the", "effects", "on", "protein", "kinase", "phosphorylation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Clustering analysis for the effects on protein kinase phosphorylation."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "immunoblots", "of", "selected", "kinases", "whose", "phosphorylation", "status", "was", "unaffected", "(", "PRKAA1", ",", "RPS6KB1", ",", "and", "acetyl", "-", "CoA", "carboxylase", "a", "[", "ACACA", "]", ")", "or", "affected", "by", "resveratrol", "or", "/", "and", "spermidine", "treatment", "(", "PTKB", ",", "AKT1", ",", "MAPK8", ",", "and", "CDKN1B", ")", ",", "validating", "phosphoprotein", "array", "data", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative immunoblots of selected kinases whose phosphorylation status was unaffected (PRKAA1, RPS6KB1, and acetyl-CoA carboxylase a [ACACA]) or affected by resveratrol or/and spermidine treatment (PTKB, AKT1, MAPK8, and CDKN1B), validating phosphoprotein array data."}
{"words": ["(", "D", ")", "Human", "colorectal", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "-", "encoding", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "then", "treated", "with", "either", "vehicle", "or", "the", "indicated", "dose", "of", "resveratrol", "or", "spermidine", ",", "alone", "or", "in", "combination", ",", "for", "2", "h", ".", "Quantitative", "data", ".", "Bars", "depict", "the", "percentages", "(", "means", "±", "SD", ";", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "of", "cells", "showing", "the", "accumulation", "of", "GFP", "-", "LC3", "in", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3vac", ")", ".", "GAPDH", ",", "glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Human colorectal carcinoma HCT 116 cells were transfected with a GFP-LC3-encoding plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and then treated with either vehicle or the indicated dose of resveratrol or spermidine, alone or in combination, for 2 h. Quantitative data. Bars depict the percentages (means ± SD; n = 3; *, P < 0.05) of cells showing the accumulation of GFP-LC3 in puncta (GFP-LC3vac). GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase."}
{"words": ["Convergent", "acetylproteome", "modification", "after", "resveratrol", "or", "spermidine", "treatment", ".", "(", "A", "-", "C", ")", "Colon", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "cultured", "for", "2", "wk", "in", "three", "different", "SILAC", "media", "containing", "different", "arginine", "and", "lysine", "isotopes", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "100", "-", "µM", "resveratrol", "(", "Resv", ")", "or", "spermidine", "(", "Spd", ")", "for", "2", "h", ",", "fractioned", "into", "cytoplasmic", ",", "nuclear", ",", "and", "mitochondrial", "extracts", ",", "processed", "for", "acetyl", "lysine", "peptide", "enrichment", ",", "and", "analyzed", "by", "MS", ".", "(", "A", ")", "Hierarchical", "clustering", "of", "drug", "-", "specific", "organellar", "distributions", "of", "all", "acetylated", "sites", "quantified", "in", "at", "least", "one", "fraction", ".", "Fold", "changes", "are", "calculated", "relative", "to", "untreated", "cells", ".", "Only", "sites", "regulated", ">", "1", ".", "5", "-", "fold", "were", "included", "in", "statistical", "analyses", ".", "(", "B", ")", "Graphical", "representation", "of", "peptides", "whose", "acetylation", "status", "was", "affected", "in", "a", "convergent", "or", "divergent", "way", ".", "n", "=", "560", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Convergent acetylproteome modification after resveratrol or spermidine treatment. (A-C) Colon carcinoma HCT 116 cells were cultured for 2 wk in three different SILAC media containing different arginine and lysine isotopes. Cells were treated with 100-µM resveratrol (Resv) or spermidine (Spd) for 2 h, fractioned into cytoplasmic, nuclear, and mitochondrial extracts, processed for acetyl lysine peptide enrichment, and analyzed by MS. (A) Hierarchical clustering of drug-specific organellar distributions of all acetylated sites quantified in at least one fraction. Fold changes are calculated relative to untreated cells. Only sites regulated >1.5-fold were included in statistical analyses. (B) Graphical representation of peptides whose acetylation status was affected in a convergent or divergent way. n = 560."}
{"words": ["Significant", "motifs", "among", "sites", "undergoing", "acetylation", ".", "(", "A", ")", "Hierarchical", "clustering", "of", "the", "organellar", "distributions", "of", "sites", "whose", "acetylation", "was", "increased", "by", ">", "1", ".", "5", "-", "fold", "in", "response", "to", "resveratrol", "or", "spermidine", ",", "at", "least", "in", "one", "organellar", "fraction", ".", "(", "B", ")", "Consensus", "acetylation", "motifs", "identified", "upon", "resveratrol", "(", "left", ")", "or", "spermidine", "(", "right", ")", "treatment", "are", "depicted", "using", "the", "MotifX", "algorithm", "(", "Schwartz", "and", "Gygi", ",", "2005", ")", ".", "Among", "sites", "that", "were", "hyperacetylated", "in", "response", "to", "both", "agents", ",", "the", "K", "(", "F", "/", "Y", ")", "motif", "is", "significantly", "enriched", "when", "tested", "against", "the", "whole", "proteome", "(", "P", "<", "0", ".", "00001", ")", ".", "(", "C", ")", "When", "testing", "against", "the", "largest", "acetylation", "site", "dataset", "from", "Choudhary", "et", "al", ".", "(", "2009", ")", "(", "acetylation", "background", "dataset", "[", "ABD", "]", ")", ",", "the", "SxK", "motif", "is", "significant", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", "for", "sites", "whose", "acetylation", "increased", "upon", "spermidine", "treatment", ".", "No", "general", "consensus", "motifs", "were", "found", "for", "sites", "whose", "acetylation", "increased", "in", "response", "to", "both", "agents", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Significant motifs among sites undergoing acetylation. (A) Hierarchical clustering of the organellar distributions of sites whose acetylation was increased by >1.5-fold in response to resveratrol or spermidine, at least in one organellar fraction. (B) Consensus acetylation motifs identified upon resveratrol (left) or spermidine (right) treatment are depicted using the MotifX algorithm (Schwartz and Gygi, 2005). Among sites that were hyperacetylated in response to both agents, the K(F/Y) motif is significantly enriched when tested against the whole proteome (P < 0.00001). (C) When testing against the largest acetylation site dataset from Choudhary et al. (2009) (acetylation background dataset [ABD]), the SxK motif is significant (P < 0.0001) for sites whose acetylation increased upon spermidine treatment. No general consensus motifs were found for sites whose acetylation increased in response to both agents."}
{"words": ["Significant", "motifs", "among", "sites", "undergoing", "deacetylation", ".", "(", "A", ")", "Hierarchical", "clustering", "of", "the", "organellar", "distributions", "of", "sites", "whose", "deacetylation", "was", "increased", "by", ">", "1", ".", "5", "-", "fold", "in", "response", "to", "resveratrol", "or", "spermidine", ",", "at", "least", "in", "one", "organellar", "fraction", ".", "(", "B", ")", "Among", "sites", "that", "were", "hypoacetylated", "in", "response", "to", "both", "agents", ",", "the", "KP", "motif", "is", "significantly", "enriched", "when", "tested", "against", "ABD", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "When", "tested", "against", "the", "ABD", "(", "C", ")", "or", "the", "whole", "proteome", "(", "D", ")", ",", "the", "KP", "motif", "is", "significant", "for", "sites", "undergoing", "hypoacetylation", "upon", "spermidine", "treatment", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "No", "general", "consensus", "motifs", "were", "found", "for", "sites", "whose", "acetylation", "decreased", "in", "response", "to", "both", "agents", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Significant motifs among sites undergoing deacetylation. (A) Hierarchical clustering of the organellar distributions of sites whose deacetylation was increased by >1.5-fold in response to resveratrol or spermidine, at least in one organellar fraction. (B) Among sites that were hypoacetylated in response to both agents, the KP motif is significantly enriched when tested against ABD (P < 0.001). (C and D) When tested against the ABD (C) or the whole proteome (D), the KP motif is significant for sites undergoing hypoacetylation upon spermidine treatment (P < 0.0001). No general consensus motifs were found for sites whose acetylation decreased in response to both agents."}
{"words": ["Autophagy", "can", "be", "efficiently", "regulated", "by", "cytoplasmic", "(", "de", ")", "acetylation", "reactions", ".", "(", "A", "and", "B", ")", "HCT", "116", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "-", "encoding", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "enucleated", "to", "obtain", "cytoplasts", ".", "The", "cytoplasts", "were", "treated", "with", "either", "vehicle", "(", "Co", ",", "control", ")", ",", "100", "-", "µM", "resveratrol", "(", "Resv", ")", ",", "or", "100", "-", "µM", "spermidine", "(", "Spd", ")", "for", "4", "h", ".", "1", "-", "µM", "rapamycin", "(", "Rapa", ")", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", ".", "(", "A", ")", "Representative", "images", "of", "cytoplasts", "indicative", "of", "autophagic", "activity", ".", "Arrows", "indicate", "GFP", "-", "LC3", "-", "transfected", "cytoplasts", ",", "whereas", "insets", "show", "nonenucleated", "transfected", "cells", ".", "(", "B", ")", "Quantitative", "data", ".", "Bars", "show", "the", "percentages", "of", "cells", "or", "cytoplasts", "showing", "the", "accumulation", "of", "GFP", "-", "LC3", "in", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3vac", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "Autophagy can be efficiently regulated by cytoplasmic (de)acetylation reactions. (A and B) HCT 116 cells were transfected with a GFP-LC3-encoding plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and enucleated to obtain cytoplasts. The cytoplasts were treated with either vehicle (Co, control), 100-µM resveratrol (Resv), or 100-µM spermidine (Spd) for 4 h. 1-µM rapamycin (Rapa) was used as a positive control. (A) Representative images of cytoplasts indicative of autophagic activity. Arrows indicate GFP-LC3-transfected cytoplasts, whereas insets show nonenucleated transfected cells. (B) Quantitative data. Bars show the percentages of cells or cytoplasts showing the accumulation of GFP-LC3 in puncta (GFP-LC3vac)."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "HCT", "116", "cells", "were", "cotransfected", "with", "a", "plasmid", "for", "the", "expression", "of", "RFP", "-", "LC3", "together", "with", "an", "empty", "vector", "(", "pcDNA3", ")", "or", "plasmids", "encoding", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "SIRT1", "or", "a", "SIRT1", "variant", "with", "a", "mutation", "in", "the", "nuclear", "localization", "signal", "fused", "to", "GFP", "(", "WT", "GFP", "-", "SIRT1", "and", "mtNLS", "GFP", "-", "SIRT1", ",", "respectively", ")", "for", "12", "or", "24", "h", ",", "fixed", ",", "and", "analyzed", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "(", "C", ")", "Representative", "images", "indicative", "of", "24", "-", "h", "autophagic", "activity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) HCT 116 cells were cotransfected with a plasmid for the expression of RFP-LC3 together with an empty vector (pcDNA3) or plasmids encoding wild-type (WT) SIRT1 or a SIRT1 variant with a mutation in the nuclear localization signal fused to GFP (WT GFP-SIRT1 and mtNLS GFP-SIRT1, respectively) for 12 or 24 h, fixed, and analyzed by fluorescence microscopy. (C) Representative images indicative of 24-h autophagic activity."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantitative", "data", ".", "Bars", "depict", "the", "percentages", "of", "cells", "exhibiting", "the", "accumulation", "of", "RFP", "-", "LC3", "in", "puncta", "(", "RFP", "-", "LC3vac", ")", ".", "(", "B", "and", "D", ")", "Means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantitative data. Bars depict the percentages of cells exhibiting the accumulation of RFP-LC3 in puncta (RFP-LC3vac). (B and D) Means ± SEM; n = 3; *, P < 0.05."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "immunoblots", "for", "24", "-", "h", "endogenous", "LC3", "lipidation", ".", "The", "asterisk", "stands", "for", "a", "nonspecific", "band", ".", "GAPDH", ",", "glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative immunoblots for 24-h endogenous LC3 lipidation. The asterisk stands for a nonspecific band. GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase."}
{"words": ["Low", "doses", "of", "resveratrol", "and", "spermidine", "synergistically", "induce", "autophagy", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", ".", "(", "A", ")", "Human", "colorectal", "carcinoma", "HCT", "116", "cells", "were", "transfected", "with", "a", "GFP", "-", "LC3", "-", "encoding", "plasmid", ",", "cultured", "in", "complete", "medium", "for", "24", "h", ",", "and", "then", "treated", "with", "either", "vehicle", "(", "Co", ",", "control", ")", "or", "the", "indicated", "dose", "of", "resveratrol", "(", "Resv", ")", "or", "spermidine", "(", "Spd", ")", ",", "alone", "or", "in", "combination", ",", "for", "2", "h", ".", "(", "top", ")", "Quantitative", "data", ".", "Bars", "depict", "the", "percentages", "(", "means", "±", "SD", ";", "n", "=", "3", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "of", "cells", "showing", "the", "accumulation", "of", "GFP", "-", "LC3", "in", "puncta", "(", "GFP", "-", "LC3vac", ")", ".", "(", "bottom", ")", "Representative", "immunoblots", "showing", "endogenous", "LC3", "lipidation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Low doses of resveratrol and spermidine synergistically induce autophagy in vitro and in vivo. (A) Human colorectal carcinoma HCT 116 cells were transfected with a GFP-LC3-encoding plasmid, cultured in complete medium for 24 h, and then treated with either vehicle (Co, control) or the indicated dose of resveratrol (Resv) or spermidine (Spd), alone or in combination, for 2 h. (top) Quantitative data. Bars depict the percentages (means ± SD; n = 3; **, P < 0.05) of cells showing the accumulation of GFP-LC3 in puncta (GFP-LC3vac). (bottom) Representative immunoblots showing endogenous LC3 lipidation."}
{"words": ["B", ")", "Representative", "immunoblots", "showing", "endogenous", "LC3", "lipidation", "in", "the", "presence", "of", "bafilomycin", "A1", "(", "BafA1", ")", ".", "(", "C", "-", "E", ")", "Transgenic", "C57BL", "/", "6", "mice", "expressing", "a", "GFP", "-", "LC3", "fusion", "protein", "were", "injected", "with", "resveratrol", "and", "spermidine", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "3", "h", "later", ",", "mice", "were", "killed", ",", "and", "tissues", "were", "processed", "for", "immunofluorescence", "microscopy", "determinations", "of", "GFP", "-", "LC3vac", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "B) Representative immunoblots showing endogenous LC3 lipidation in the presence of bafilomycin A1 (BafA1). (C-E) Transgenic C57BL/6 mice expressing a GFP-LC3 fusion protein were injected with resveratrol and spermidine at the indicated concentrations. 3 h later, mice were killed, and tissues were processed for immunofluorescence microscopy determinations of GFP-LC3vac."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantitative", "results", ".", "Bars", "represent", "the", "percentages", "(", "means", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "and", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", "as", "compared", "with", "the", "same", "tissue", "from", "untreated", "animals", ")", "of", "cells", "exhibiting", "GFP", "-", "LC3vac", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(D) Quantitative results. Bars represent the percentages (means ± SEM; n = 3; *, P < 0.05; and **, P < 0.01 as compared with the same tissue from untreated animals) of cells exhibiting GFP-LC3vac."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "immunoblots", "showing", "endogenous", "LC3", "lipidation", "and", "p62", "protein", "content", "in", "WT", "C57BL", "/", "6", "mouse", "tissues", ".", "GAPDH", ",", "glyceraldehyde", "3", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative immunoblots showing endogenous LC3 lipidation and p62 protein content in WT C57BL/6 mouse tissues. GAPDH, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase."}
{"words": ["A", ".", "Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "protocol", ".", "Abbreviations", ":", "LCM", ",", "laser", "capture", "microdissection", ".", "B", ",", "C", ".", "RT", "-", "PCR", "performed", "on", "RNA", "extracted", "from", "axons", "collected", "by", "LCM", "(", "Ax", ")", "or", "from", "eyes", ".", "(", "B", ")", "β", "-", "Actin", "mRNA", "is", "present", "both", "in", "eyes", "and", "axons", ",", "while", "MAP2", "and", "H4", "are", "present", "only", "in", "the", "eye", "sample", ",", "suggesting", "the", "absence", "of", "contamination", "from", "cell", "bodies", "or", "other", "cells", "in", "LCM", "axonal", "samples", "(", "Bellon", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "Abbreviations", ":", "Ax", ",", "axonal", "sample", ";", "Eye", ",", "stage", "37", "/", "38", "eye", ";", "LCM", ",", "laser", "capture", "microdissection", ";", "-", ",", "PCR", "no", "template", "control", ";", "NT", ",", "RT", "no", "template", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Schematic representation of the experimental protocol. Abbreviations: LCM, laser capture microdissection. B, C. RT-PCR performed on RNA extracted from axons collected by LCM (Ax) or from eyes. (B) β-Actin mRNA is present both in eyes and axons, while MAP2 and H4 are present only in the eye sample, suggesting the absence of contamination from cell bodies or other cells in LCM axonal samples (Bellon et al, 2017). Abbreviations: Ax, axonal sample; Eye, stage 37/38 eye; LCM, laser capture microdissection; -, PCR no template control; NT, RT no template control. "}
{"words": ["F", ".", "Thermal", "denaturation", "profiles", "of", "MB", ",", "in", "the", "absence", "(", "solid", "line", ")", "and", "presence", "(", "dashed", "line", ")", "of", "increasing", "target", "concentration", ".", "Each", "melting", "curve", "represents", "the", "average", "of", "three", "separate", "replicates", ".", "Yellow", "boxes", "indicate", "the", "range", "of", "working", "temperatures", "for", "ex", "vivo", "trafficking", "experiments", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "Tm", ",", "MB", "melting", "temperature", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Thermal denaturation profiles of MB, in the absence (solid line) and presence (dashed line) of increasing target concentration. Each melting curve represents the average of three separate replicates. Yellow boxes indicate the range of working temperatures for ex vivo trafficking experiments. Abbreviations: MB, molecular beacon; Tm, MB melting temperature."}
{"words": ["H", ".", "Quantification", "of", "the", "expression", "levels", "of", "pre", "-", "mir", "-", "181a", "-", "1", "using", "the", "2", "-", "ΔCt", "method", "and", "U6", "as", "normalizer", "from", "small", "total", "RNA", "fraction", "(", "<", "~", "150", "nt", ")", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Quantification of the expression levels of pre-mir-181a-1 using the 2-ΔCt method and U6 as normalizer from small total RNA fraction (<~150 nt). Each data point corresponds to one independent experiment. n=3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant."}
{"words": ["I", ".", "Total", "number", "of", "MB", "puncta", "normalized", "to", "axon", "length", "(", "µm", ")", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "928", "puncta", ",", "61", "axons", "(", "WT", ")", ",", "226", "puncta", ",", "15", "axons", "(", "co", "-", "MO", ")", ",", "208", "puncta", ",", "35", "axons", "(", "MO", ")", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", ";", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ";", "pri", "-", "miR", "-", "MO", ",", "morpholino", "blocking", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "processing", "by", "targeting", "the", "Drosha", "cleavage", "site", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Total number of MB puncta normalized to axon length (µm). Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta and axons analyzed: 928 puncta, 61 axons (WT), 226 puncta, 15 axons (co-MO), 208 puncta, 35 axons (MO). n=4 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant; co-MO, control morpholino; pri-miR-MO, morpholino blocking pre-miR-181a-1 processing by targeting the Drosha cleavage site."}
{"words": ["J", ".", "Representative", "axons", ".", "MB", "puncta", "are", "indicated", "(", "white", "arrows", ")", ".", "Dashed", "white", "lines", "delineate", "axons", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Representative axons. MB puncta are indicated (white arrows). Dashed white lines delineate axons. Abbreviations: MB, molecular beacon. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["M", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "puncta", "colocalization", "between", "MB", "and", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "#", "MB", "+", "/", "pre", "-", "miR", "+", ")", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "354", "puncta", ",", "32", "axons", "(", "MB", ")", ",", "337", "puncta", ",", "32", "axons", "(", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ")", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "M. Frequency (in percentage) of puncta colocalization between MB and cy5-pre-miR-181a-1 (#MB+/pre-miR+). Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta and axons analyzed: 354 puncta, 32 axons (MB), 337 puncta, 32 axons (cy5-pre-miR-181a-1). n=5 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: MB, molecular beacon."}
{"words": ["N", ".", "Representative", "image", "of", "RGC", "axons", ".", "White", ",", "red", "and", "blue", "arrows", "indicate", ",", "respectively", ",", "co", "-", "localized", ",", "single", "MB", ",", "and", "single", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "puncta", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "N. Representative image of RGC axons. White, red and blue arrows indicate, respectively, co-localized, single MB, and single pre-miR-181a-1 puncta. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "image", "of", "a", "single", "distal", "RGC", "axon", "from", "MB", "-", "electroporated", "retina", ".", "Growth", "cone", "wrist", "and", "central", "domain", "are", "indicated", "with", "white", "arrow", "and", "star", ",", "respectively", ".", "Dashed", "white", "line", "delineates", "the", "axon", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", ".", "C", ".", "Illustrative", "kymograph", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative image of a single distal RGC axon from MB-electroporated retina. Growth cone wrist and central domain are indicated with white arrow and star, respectively. Dashed white line delineates the axon. Abbreviations: MB, molecular beacon. Scale bars: 5µm. C. Illustrative kymograph. Scale bars: 5µm. "}
{"words": ["D", ".", "Frequency", "distribution", "(", "in", "percentage", ")", "of", "MB", "(", "endo", ")", "and", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "exo", ")", "puncta", "along", "the", "RGC", "axon", "shaft", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "353", "puncta", ",", "20", "axons", "(", "endo", ")", ",", "484", "puncta", ",", "29", "axons", "(", "exo", ")", ".", "n", "=", "3", "(", "endo", ")", ",", "n", "=", "4", "(", "exo", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Frequency distribution (in percentage) of MB (endo) and cy3-pre-miR-181a-1 (exo) puncta along the RGC axon shaft. Each data point corresponds to one independent experiment. Total number of puncta and axons analyzed: 353 puncta, 20 axons (endo), 484 puncta, 29 axons (exo). n=3 (endo), n=4 (exo) independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: MB, molecular beacon; ns, not significant."}
{"words": ["E", ".", "Average", "velocity", "of", "MB", "(", "endo", ")", "and", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "exo", ")", "puncta", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "punctum", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "353", "puncta", ",", "20", "axons", "(", "endo", ")", ",", "484", "puncta", ",", "29", "axons", "(", "exo", ")", ".", "n", "=", "3", "(", "endo", ")", ",", "n", "=", "4", "(", "exo", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "antero", ",", "anterograde", "movement", ";", "retro", ",", "retrograde", "movement", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Average velocity of MB (endo) and cy3-pre-miR-181a-1 (exo) puncta. Each data point corresponds to one punctum. Total number of puncta and axons analyzed: 353 puncta, 20 axons (endo), 484 puncta, 29 axons (exo). n=3 (endo), n=4 (exo) independent experiments. Values are median with interquartile range. Abbreviations: MB, molecular beacon; ns, not significant; antero, anterograde movement; retro, retrograde movement."}
{"words": ["F", ".", "MSD", "data", "for", "MB", "(", "endo", ")", "and", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "exo", ")", "tracked", "particles", "were", "fitted", "with", "an", "anomalous", "diffusion", "model", "and", "α", "thus", "calculated", "(", "red", ")", ".", "Total", "number", "of", "particles", "and", "axons", "analyzed", ":", "67", "particles", ",", "20", "axons", "(", "endo", ")", ",", "82", "particles", ",", "29", "axons", "(", "exo", ")", ".", "n", "=", "3", "(", "endo", ")", ",", "n", "=", "4", "(", "exo", ")", "independent", "experiment", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. MSD data for MB (endo) and cy3-pre-miR-181a-1 (exo) tracked particles were fitted with an anomalous diffusion model and α thus calculated (red). Total number of particles and axons analyzed: 67 particles, 20 axons (endo), 82 particles, 29 axons (exo). n=3 (endo), n=4 (exo) independent experiment. Values are mean ± SEM. Abbreviations: MB, molecular beacon."}
{"words": ["G", ".", "MSD", "alpha", "coefficient", "distribution", "for", "each", "single", "MB", "(", "endo", ")", "and", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "exo", ")", "tracked", "particle", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "particle", ".", "Total", "number", "of", "particles", "and", "axons", "analyzed", ":", "67", "particles", ",", "20", "axons", "(", "endo", ")", ",", "82", "particles", ",", "29", "axons", "(", "exo", ")", ".", "n", "=", "3", "(", "endo", ")", ",", "n", "=", "4", "(", "exo", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. MSD alpha coefficient distribution for each single MB (endo) and cy3-pre-miR-181a-1 (exo) tracked particle. Each data point corresponds to one particle. Total number of particles and axons analyzed: 67 particles, 20 axons (endo), 82 particles, 29 axons (exo). n=3 (endo), n=4 (exo) independent experiments. Values are median with interquartile range."}
{"words": ["H", ".", "Relative", "frequency", "distribution", "(", "percentage", ")", "of", "MB", "(", "endo", ")", "and", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "exo", ")", "tracked", "particles", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "Total", "number", "of", "particles", "and", "axons", "analyzed", ":", "67", "particles", ",", "20", "axons", "(", "endo", ")", ",", "82", "particles", ",", "29", "axons", "(", "exo", ")", ".", "n", "=", "3", "(", "endo", ")", ",", "n", "=", "4", "(", "exo", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Relative frequency distribution (percentage) of MB (endo) and cy3-pre-miR-181a-1 (exo) tracked particles. Each data point corresponds to one independent experiment. Total number of particles and axons analyzed: 67 particles, 20 axons (endo), 82 particles, 29 axons (exo). n=3 (endo), n=4 (exo) independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: MB, molecular beacon; ns, not significant."}
{"words": ["J", ".", "Representative", "kymographs", "before", "Nocodazole", "(", "top", "panel", ";", "-", "Noco", ")", "and", "30", "min", "after", "2", ".", "4μM", "Noco", "bath", "-", "application", "(", "bottom", "panel", ";", "+", "Noco", ")", ".", "Stationary", "puncta", "in", "both", "panels", "are", "indicated", "with", "black", "arrows", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Representative kymographs before Nocodazole (top panel; - Noco) and 30 min after 2.4μM Noco bath-application (bottom panel; +Noco). Stationary puncta in both panels are indicated with black arrows. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["K", ".", "Frequency", "distribution", "(", "in", "percentage", ")", "of", "MB", "punctum", "speed", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "358", "puncta", ",", "25", "axons", "(", "-", "Noco", ")", ";", "503", "puncta", ",", "34", "axons", "(", "+", "Noco", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "Noco", ",", "nocodazole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "K. Frequency distribution (in percentage) of MB punctum speed. Each data point corresponds to one independent experiment. Total number of puncta and axons analyzed: 358 puncta, 25 axons (-Noco); 503 puncta, 34 axons (+Noco). n=3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: MB, molecular beacon; ns, not significant; Noco, nocodazole."}
{"words": ["L", ".", "Frequency", "distribution", "of", "MB", "punctum", "speed", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "punctum", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "358", "puncta", ",", "25", "axons", "(", "-", "Noco", ")", ",", "503", "puncta", ",", "34", "axons", "(", "+", "Noco", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "Noco", ",", "nocodazole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "L. Frequency distribution of MB punctum speed. Each data point corresponds to one punctum. Total number of puncta and axons analyzed: 358 puncta, 25 axons (-Noco), 503 puncta, 34 axons (+Noco). n=3 independent experiments. Values are median with interquartile range. Abbreviations: MB, molecular beacon; ns, not significant; Noco, nocodazole."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "axon", "where", "MB", "-", "labeled", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "red", ")", "and", "CD63", "-", "eGFP", "-", "labeled", "vesicles", "(", "green", ")", "are", "co", "-", "trafficked", "(", "white", "arrows", ")", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative axon where MB-labeled pre-miR-181a-1 (red) and CD63-eGFP-labeled vesicles (green) are co-trafficked (white arrows). Abbreviations: MB, molecular beacon. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "kymographs", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ";", "MB", ",", "molecular", "beacon", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative kymographs. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP; MB, molecular beacon. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["D", ".", "Composite", "kymograph", "shown", "in", "(", "C", ")", "where", "the", "individual", "traces", "where", "drawn", "and", "color", "coded", ".", "Yellow", "trajectories", "represent", "co", "-", "trafficking", "MB", "-", "labeled", "pre", "-", "miRNA", "(", "red", ")", "and", "CD63", "-", "eGFP", "-", "labeled", "vesicle", "(", "green", ")", ".", "Abbreviations", ":", "MB", ",", "molecular", "beacon", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Composite kymograph shown in (C) where the individual traces where drawn and color coded. Yellow trajectories represent co-trafficking MB-labeled pre-miRNA (red) and CD63-eGFP-labeled vesicle (green). Abbreviations: MB, molecular beacon. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "time", "-", "lapse", "depicting", "MB", "-", "labeled", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "(", "red", "arrow", ")", "and", "CD63", "-", "eGFP", "-", "positive", "vesicle", "(", "green", "arrow", ")", "co", "-", "trafficked", "along", "the", "axon", "shaft", "to", "the", "growth", "cone", "(", "delineated", "with", "dashed", "white", "lines", ")", "wrist", "(", "white", "arrowhead", ")", "and", "central", "domain", "(", "white", "star", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative time-lapse depicting MB-labeled pre-miR-181a-1 (red arrow) and CD63-eGFP-positive vesicle (green arrow) co-trafficked along the axon shaft to the growth cone (delineated with dashed white lines) wrist (white arrowhead) and central domain (white star). Scale bars: 5µm."}
{"words": ["F", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "MB", "-", "labeled", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "co", "-", "trafficked", "with", "CD63", "-", "eGFP", "-", "positive", "vesicles", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "253", "puncta", ",", "22", "axons", "(", "MB", "+", ")", ",", "306", "puncta", ",", "22", "axons", "(", "CD63", "+", ")", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ";", "MB", ",", "molecular", "beacon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Frequency (in percentage) of MB-labeled pre-miR-181a-1 co-trafficked with CD63-eGFP-positive vesicles. Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta and axons analyzed: 253 puncta, 22 axons (MB+), 306 puncta, 22 axons (CD63+). n=5 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP; MB, molecular beacon."}
{"words": ["G", ".", "Frequency", "distribution", "(", "in", "percentage", ")", "of", "MB", "-", "labeled", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "co", "-", "trafficked", "with", "CD63", "-", "eGFP", "-", "positive", "vesicles", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", "and", "axons", "analyzed", ":", "92", "puncta", ",", "22", "axons", "(", "anterograde", ")", ",", "78", "puncta", ",", "22", "axons", "(", "retrograde", ")", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ";", "MB", ",", "molecular", "beacon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Frequency distribution (in percentage) of MB-labeled pre-miR-181a-1 co-trafficked with CD63-eGFP-positive vesicles. Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta and axons analyzed: 92 puncta, 22 axons (anterograde), 78 puncta, 22 axons (retrograde). n=5 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP; MB, molecular beacon."}
{"words": ["I", ".", "Representative", "image", "of", "an", "electroporated", "and", "dissociated", "RGC", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Representative image of an electroporated and dissociated RGC. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP. Scale bars: 5µm."}
{"words": ["K", ",", "L", ".", "Fluorescence", "intensity", "of", "MB", "(", "K", ")", "or", "CD63", "-", "eGFP", "(", "L", ")", "measured", "in", "axons", "and", "growth", "cone", "central", "domains", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", "or", "a", "growth", "cone", "central", "domain", ".", "Total", "number", "of", "axons", "analyzed", ":", "16", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ";", "MB", ",", "molecular", "beacon", ";", "GC", ",", "growth", "cone", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "K,L. Fluorescence intensity of MB (K) or CD63-eGFP (L) measured in axons and growth cone central domains. Each data point corresponds to one axon or a growth cone central domain. Total number of axons analyzed: 16. n=5 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP; MB, molecular beacon; GC, growth cone."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "co", "-", "electroporated", "axons", ".", "Dashed", "white", "lines", "delineate", "axons", ".", "White", "arrows", "indicate", "colocalized", "puncta", ".", "Colored", "arrows", "represent", "non", "-", "colocalized", "signal", "as", "follows", ":", "magenta", "for", "CD63", "and", "yellow", "for", "Lamp1", "or", "Rab5a", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", "or", "CD63", "-", "mRFP", ";", "Lamp1", ",", "Lamp1", "-", "eGFP", ";", "Rab5a", ",", "Rab5a", "-", "eGFP", "or", "Rab5a", "-", "mRFP", ".", "Scale", "bars", ":", "5μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative images of co-electroporated axons. Dashed white lines delineate axons. White arrows indicate colocalized puncta. Colored arrows represent non-colocalized signal as follows: magenta for CD63 and yellow for Lamp1 or Rab5a. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP or CD63-mRFP; Lamp1, Lamp1-eGFP; Rab5a, Rab5a-eGFP or Rab5a-mRFP. Scale bars: 5μm."}
{"words": ["D", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "CD63", "colocalization", "with", "specific", "organelle", "markers", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", ",", "axons", ",", "and", "independent", "experiments", "analyzed", ":", "540", "puncta", ",", "23", "axons", ",", "n", "=", "4", "(", "CD63", "/", "Rab7a", ")", ",", "416", "puncta", ",", "18", "axons", ",", "n", "=", "3", "(", "CD63", "/", "LysoTracker", ")", ",", "584", "puncta", ",", "17", "axons", ",", "n", "=", "2", "(", "CD63", "/", "Lamp1", ")", ",", "649", "puncta", ",", "19", "axons", ",", "n", "=", "3", "(", "CD63", "/", "Rab5a", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", "or", "CD63", "-", "mRFP", ";", "Lamp1", ",", "Lamp1", "-", "eGFP", ";", "Rab5a", ",", "Rab5a", "-", "eGFP", "or", "Rab5a", "-", "mRFP", ";", "Rab7a", ",", "Rab7a", "-", "eGFP", "or", "Rab7a", "-", "mRFP", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "D. Frequency (in percentage) of CD63 colocalization with specific organelle markers. Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta, axons, and independent experiments analyzed: 540 puncta, 23 axons, n=4 (CD63/Rab7a), 416 puncta, 18 axons, n=3 (CD63/LysoTracker), 584 puncta, 17 axons, n=2 (CD63/Lamp1), 649 puncta, 19 axons, n=3 (CD63/Rab5a). Values are mean ± SEM. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP or CD63-mRFP; Lamp1, Lamp1-eGFP; Rab5a, Rab5a-eGFP or Rab5a-mRFP; Rab7a, Rab7a-eGFP or Rab7a-mRFP."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "of", "co", "-", "electroporated", "axons", ".", "Dashed", "white", "lines", "delineate", "axons", ".", "White", "arrows", "indicate", "colocalized", "puncta", ".", "Colored", "arrows", "represent", "non", "-", "colocalized", "signal", "as", "follows", ":", "cyan", "for", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "and", "yellow", "for", "Lamp1", "or", "Rab5a", ".", "Abbreviations", ":", "Lamp1", ",", "Lamp1", "-", "eGFP", ";", "Rab5a", ",", "Rab5a", "-", "eGFP", "or", "Rab5a", "-", "mRFP", ";", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "or", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ".", "Scale", "bars", ":", "5μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images of co-electroporated axons. Dashed white lines delineate axons. White arrows indicate colocalized puncta. Colored arrows represent non-colocalized signal as follows: cyan for pre-miR-181a-1 and yellow for Lamp1 or Rab5a. Abbreviations: Lamp1, Lamp1-eGFP; Rab5a, Rab5a-eGFP or Rab5a-mRFP; pre-miR-181a-1, cy3-pre-miR-181a-1 or cy5-pre-miR-181a-1. Scale bars: 5μm."}
{"words": ["F", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "colocalization", "with", "specific", "organelle", "markers", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", ",", "axons", "and", "independent", "experiments", "analyzed", ":", "825", "puncta", ",", "41", "axons", ",", "n", "=", "8", "(", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "CD63", ")", ",", "732", "puncta", ",", "33", "axons", ",", "n", "=", "7", "(", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "Rab7a", ")", ",", "681", "puncta", ",", "29", "axons", ",", "n", "=", "5", "(", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "LysoTracker", ")", ",", "501", "puncta", ",", "17", "axons", ",", "n", "=", "2", "(", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "Lamp1", ")", ",", "791", "puncta", ",", "25", "axons", ",", "n", "=", "3", "(", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "Rab5a", ")", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", "or", "CD63", "-", "mRFP", ";", "Rab7a", ",", "Rab7a", "-", "eGFP", "or", "Rab7a", "-", "mRFP", ",", "Lamp1", ",", "Lamp1", "-", "eGFP", ";", "Rab5a", ",", "Rab5a", "-", "eGFP", "or", "Rab5a", "-", "mRFP", ";", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "or", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "F. Frequency (in percentage) of pre-miR-181a-1 colocalization with specific organelle markers. Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta, axons and independent experiments analyzed: 825 puncta, 41 axons, n=8 (pre-miR-181a-1/CD63), 732 puncta, 33 axons, n=7 (pre-miR-181a-1/Rab7a), 681 puncta, 29 axons, n=5 (pre-miR-181a-1/LysoTracker), 501 puncta, 17 axons, n=2 (pre-miR-181a-1/Lamp1), 791 puncta, 25 axons, n=3 (pre-miR-181a-1/Rab5a). Values are median with interquartile range. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP or CD63-mRFP; Rab7a, Rab7a-eGFP or Rab7a-mRFP, Lamp1, Lamp1-eGFP; Rab5a, Rab5a-eGFP or Rab5a-mRFP; pre-miR-181a-1, cy3-pre-miR-181a-1 or cy5-pre-miR-181a-1."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "images", "of", "co", "-", "electroporated", "axons", ".", "Dashed", "white", "lines", "delineate", "axons", ".", "White", "arrows", "indicate", "colocalized", "puncta", ".", "Colored", "arrows", "represent", "non", "-", "colocalized", "signal", "as", "follows", ":", "magenta", "for", "CD63", ",", "cyan", "for", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "yellow", "for", "Rab7a", "and", "blue", "for", "LysoTracker", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", "or", "CD63", "-", "mRFP", ";", "Rab7a", ",", "Rab7a", "-", "eGFP", "or", "Rab7a", "-", "mRFP", ";", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "or", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ".", "Scale", "bar", ":", "5μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative images of co-electroporated axons. Dashed white lines delineate axons. White arrows indicate colocalized puncta. Colored arrows represent non-colocalized signal as follows: magenta for CD63, cyan for pre-miR-181a-1, yellow for Rab7a and blue for LysoTracker. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP or CD63-mRFP; Rab7a, Rab7a-eGFP or Rab7a-mRFP; pre-miR-181a-1, cy3-pre-miR-181a-1 or cy5-pre-miR-181a-1. Scale bar: 5μm."}
{"words": ["H", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "colocalization", "with", "vesicles", "double", "positive", "for", "organelle", "markers", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "axon", ".", "Total", "number", "of", "puncta", ",", "axons", "and", "independent", "experiments", "analyzed", ":", "745", "puncta", ",", "23", "axons", ",", "n", "=", "5", "(", "CD63", "/", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "Rab7a", ")", ",", "577", "puncta", ",", "18", "axons", ",", "n", "=", "3", "(", "CD63", "/", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "/", "LysoTracker", ")", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", ";", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", "or", "CD63", "-", "mRFP", ";", "Rab7a", ",", "Rab7a", "-", "eGFP", "or", "Rab7a", "-", "mRFP", ";", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "or", "cy5", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "H. Frequency (in percentage) of pre-miR-181a-1 colocalization with vesicles double positive for organelle markers. Each data point corresponds to one axon. Total number of puncta, axons and independent experiments analyzed: 745 puncta, 23 axons, n=5 (CD63/pre-miR-181a-1/Rab7a), 577 puncta, 18 axons, n=3 (CD63/pre-miR-181a-1/LysoTracker). Values are median with interquartile range. Abbreviations: ns, not significant; CD63, CD63-eGFP or CD63-mRFP; Rab7a, Rab7a-eGFP or Rab7a-mRFP; pre-miR-181a-1, cy3-pre-miR-181a-1 or cy5-pre-miR-181a-1."}
{"words": ["I", ".", "Representative", "3D", "-", "STED", "super", "-", "resolution", "image", ".", "Total", "number", "of", "puncta", ",", "axons", "and", "growth", "cones", "analyzed", ":", "99", "puncta", ",", "16", "axons", "and", "10", "growth", "cones", "(", "MB", ")", ",", "291", "puncta", ",", "36", "axons", "and", "15", "growth", "cones", "(", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ")", ".", "n", "=", "2", "(", "MB", ")", ",", "n", "=", "3", "(", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ")", "independent", "experiments", ".", "Abbreviations", ":", "CD63", ",", "CD63", "-", "eGFP", ";", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ",", "cy3", "-", "pre", "-", "miR", "-", "181a", "-", "1", ";", "MB", ";", "molecular", "beacon", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Representative 3D-STED super-resolution image. Total number of puncta, axons and growth cones analyzed: 99 puncta, 16 axons and 10 growth cones (MB), 291 puncta, 36 axons and 15 growth cones (cy3-pre-miR-181a-1). n=2 (MB), n=3 (cy3-pre-miR-181a-1) independent experiments. Abbreviations: CD63, CD63-eGFP; pre-miR-181a-1, cy3-pre-miR-181a-1; MB; molecular beacon."}
{"words": ["A", ".", "Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "protocol", ".", "B", ".", "Representative", "Xenopus", "growth", "cones", "stained", "with", "anti", "-", "Dicer", "and", "anti", "-", "Ago2", ".", "White", "dashed", "lines", "delineate", "growth", "cones", ".", "Scale", "bars", ":", "5µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Schematic representation of the experimental protocol. B. Representative Xenopus growth cones stained with anti-Dicer and anti-Ago2. White dashed lines delineate growth cones. Scale bars: 5µm. "}
{"words": ["C", ".", "Representative", "E13", ".", "5", "mice", "brain", "cross", "-", "section", "(", "dashed", "red", "line", "in", "the", "schematic", ")", "comprising", "the", "optic", "nerve", "(", "ON", ")", "stained", "with", "anti", "-", "neurofilament", "and", "anti", "-", "HA", "antibodies", "to", "detect", "RGC", "axons", "and", "(", "FLAG", "-", "HA2", ")", "-", "Dicer", ",", "respectively", ".", "Note", "the", "absence", "of", "HA", "signal", "in", "wild", "type", "(", "WT", ")", "mice", ".", "The", "white", "dashed", "line", "delineates", "the", "ON", ".", "Zoom", "of", "the", "triple", "stained", "ON", "(", "right", "panel", ")", ":", "Dicer", "signal", "is", "detected", "inside", "ON", "cells", "surrounding", "axon", "bundles", "but", "not", "in", "axons", "per", "se", "(", "arrowheads", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Abbreviations", ":", "WT", ",", "wild", "type", ";", "HA", ",", "(", "FLAG", "-", "HA2", ")", "-", "Dicer", ";", "E13", ".", "5", ",", "embryonic", "day", "13", ".", "5", ";", "ONH", ",", "optic", "nerve", "head", ";", "ON", ",", "optic", "nerve", ".", "Scale", "bars", ":", "30µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative E13.5 mice brain cross-section (dashed red line in the schematic) comprising the optic nerve (ON) stained with anti-neurofilament and anti-HA antibodies to detect RGC axons and (FLAG-HA2)-Dicer, respectively. Note the absence of HA signal in wild type (WT) mice. The white dashed line delineates the ON. Zoom of the triple stained ON (right panel): Dicer signal is detected inside ON cells surrounding axon bundles but not in axons per se (arrowheads). n=3 independent experiments. Abbreviations: WT, wild type; HA, (FLAG-HA2)-Dicer; E13.5, embryonic day 13.5; ONH, optic nerve head; ON, optic nerve. Scale bars: 30µm."}
{"words": ["D", ".", "Representative", "P0", "superior", "colliculus", "stratum", "griseum", "superficiale", "(", "SGS", ")", "(", "sagittal", "sectioning", "of", "P0", "brains", "along", "the", "dashed", "red", "line", "in", "the", "schematic", ",", "maximal", "projection", "of", "5", "µm", "depth", ")", ".", "Note", "the", "presence", "of", "Dicer", "within", "the", "SGS", "marked", "with", "neurofilament", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Abbreviations", ":", "WT", ",", "wild", "type", ";", "P0", ",", "postnatal", "day", "0", ".", "Scale", "bars", ":", "30µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Representative P0 superior colliculus stratum griseum superficiale (SGS) (sagittal sectioning of P0 brains along the dashed red line in the schematic, maximal projection of 5 µm depth). Note the presence of Dicer within the SGS marked with neurofilament. n=3 independent experiments. Abbreviations: WT, wild type; P0, postnatal day 0. Scale bars: 30µm."}
{"words": ["Quantification", "of", "miRNA", "and", "pre", "-", "miRNA", "expression", "levels", "using", "the", "2", "-", "ΔCt", "method", "and", "U6", "as", "normalizer", ",", "upon", "Sema3A", "(", "B", ")", "stimulation", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "PBS", "control", ".", "Each", "data", "point", "represents", "a", "single", "RT", "-", "qPCR", "reaction", ".", "n", "=", "3", "(", "B", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of miRNA and pre-miRNA expression levels using the 2-ΔCt method and U6 as normalizer, upon Sema3A (B) stimulation. Data are normalized to PBS control. Each data point represents a single RT-qPCR reaction. n=3 (B) independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant."}
{"words": ["Quantification", "of", "miRNA", "and", "pre", "-", "miRNA", "expression", "levels", "using", "the", "2", "-", "ΔCt", "method", "and", "U6", "as", "normalizer", ",", "upon", "Slit2", "(", "C", ")", "stimulation", ".", "Data", "are", "normalized", "to", "PBS", "control", ".", "Each", "data", "point", "represents", "a", "single", "RT", "-", "qPCR", "reaction", ".", "n", "=", "4", "(", "C", ")", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of miRNA and pre-miRNA expression levels using the 2-ΔCt method and U6 as normalizer, upon Slit2 (C) stimulation. Data are normalized to PBS control. Each data point represents a single RT-qPCR reaction. n=4 (C) independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant."}
{"words": ["Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "collapsed", "growth", "cones", "from", "stage", "37", "/", "38", "embryos", ",", "following", "a", "10", "min", "Sema3A", "bath", "application", ".", "Concentration", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "(", "Sema3A", ")", ",", "2µM", "(", "MOs", "-", "5p", ")", "(", "E", ")", "Total", "number", "of", "counted", "growth", "cones", "is", "reported", "in", "the", "column", ".", "Each", "data", "point", "represents", "one", "independent", "experiment", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", ";", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Frequency (in percentage) of collapsed growth cones from stage 37/38 embryos, following a 10 min Sema3A bath application. Concentration used: 200ng/mL (Sema3A), 2µM (MOs-5p) (E) Total number of counted growth cones is reported in the column. Each data point represents one independent experiment. n=3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant; co-MO, control morpholino."}
{"words": ["Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "collapsed", "growth", "cones", "from", "stage", "37", "/", "38", "embryos", ",", "following", "a", "10", "min", "Sema3A", "bath", "application", ".", "Concentration", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "(", "Sema3A", ")", ",", "2µM", "(", "MOs", "-", "3p", ")", "(", "F", ")", ".", "Total", "number", "of", "counted", "growth", "cones", "is", "reported", "in", "the", "column", ".", "Each", "data", "point", "represents", "one", "independent", "experiment", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", ";", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "Frequency (in percentage) of collapsed growth cones from stage 37/38 embryos, following a 10 min Sema3A bath application. Concentration used: 200ng/mL (Sema3A), 2µM (MOs-3p) (F). Total number of counted growth cones is reported in the column. Each data point represents one independent experiment. n=3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant; co-MO, control morpholino."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "of", "RGC", "axons", "within", "the", "optic", "tectum", ".", "A", "subset", "of", "aberrantly", "projecting", "axons", "are", "indicated", "(", "red", "arrows", ")", ".", "Note", "that", "a", "few", "straying", "axons", "are", "always", "observed", "within", "the", "wild", "type", "tectum", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ".", "Scale", "bars", ":", "20µm", ".", "C", ".", "Quantification", "of", "misprojecting", "axons", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "brain", ".", "Total", "number", "of", "brains", "analyzed", ":", "45", "brains", "(", "co", "-", "MO", ")", ",", "52", "brains", "(", "miR", "-", "181", "-", "MO", ")", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "B. Representative images of RGC axons within the optic tectum. A subset of aberrantly projecting axons are indicated (red arrows). Note that a few straying axons are always observed within the wild type tectum. Abbreviations: co-MO, control morpholino. Scale bars: 20µm. C. Quantification of misprojecting axons. Each data point corresponds to one brain. Total number of brains analyzed: 45 brains (co-MO), 52 brains (miR-181-MO). n=4 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: co-MO, control morpholino. "}
{"words": ["D", ".", "Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "paradigm", ".", "Concentrations", "used", ":", "0", ".", "5μg", "/", "μL", "pCS2", "-", "mCherry", "or", "pCS2", "-", "eGFP", "plasmids", ";", "250μM", "miR", "-", "181", "-", "MO", "or", "control", "MO", "cocktail", ";", "50μM", "miR", "-", "181", "or", "control", "mimics", "(", "top", ")", ".", "Representative", "images", "of", "RGC", "axons", "within", "the", "optic", "tectum", ".", "White", "arrows", "indicate", "axons", "targeted", "both", "by", "MO", "(", "green", ")", "and", "miRNA", "mimics", "(", "red", ")", "(", "bottom", ")", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ".", "Scale", "bars", ":", "20µm", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "misprojecting", "axons", ".", "The", "number", "reported", "on", "the", "bars", "are", "the", "total", "number", "of", "co", "-", "electroporated", "axons", ".", "Note", "how", "miR", "-", "181", "mimics", "rescued", "aberrant", "misprojection", "of", "morphant", "axons", "in", "vivo", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "Total", "number", "of", "axons", "and", "brains", "analyzed", ":", "96", "axons", ",", "4", "brains", "(", "co", "-", "MO", "+", "ctrl", "mimics", ")", ",", "101", "axons", ",", "4", "brains", "(", "miR", "-", "181", "-", "MO", "+", "ctrl", "mimics", ")", ",", "134", "axons", ",", "4", "brains", "(", "miR", "-", "181", "-", "MO", "+", "miR", "-", "181", "mimics", ")", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Schematic representation of the experimental paradigm. Concentrations used: 0.5μg/μL pCS2-mCherry or pCS2-eGFP plasmids; 250μM miR-181-MO or control MO cocktail; 50μM miR-181 or control mimics (top). Representative images of RGC axons within the optic tectum. White arrows indicate axons targeted both by MO (green) and miRNA mimics (red) (bottom). Abbreviations: co-MO, control morpholino. Scale bars: 20µm. E. Quantification of misprojecting axons. The number reported on the bars are the total number of co-electroporated axons. Note how miR-181 mimics rescued aberrant misprojection of morphant axons in vivo. Each data point corresponds to one independent experiment. Total number of axons and brains analyzed: 96 axons, 4 brains (co-MO+ctrl mimics), 101 axons, 4 brains (miR-181-MO + ctrl mimics), 134 axons, 4 brains (miR-181-MO+miR-181 mimics). n=4 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: co-MO, control morpholino; ns, not significant. "}
{"words": ["F", ".", "Representative", "images", "of", "RGC", "axons", "within", "the", "optic", "tectum", ".", "A", "subset", "of", "aberrantly", "projecting", "axons", "are", "indicated", "(", "red", "arrows", ")", ".", "Note", "that", "a", "few", "straying", "axons", "are", "always", "observed", "within", "the", "wild", "type", "tectum", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ".", "Scale", "bars", ":", "20µm", ".", "G", ".", "Quantification", "of", "misprojecting", "axons", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "brain", ".", "Total", "number", "of", "brains", "analyzed", ":", "21", "brains", "(", "co", "-", "MO", ")", ",", "31", "brains", "(", "miR", "-", "181", "-", "MO", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "F. Representative images of RGC axons within the optic tectum. A subset of aberrantly projecting axons are indicated (red arrows). Note that a few straying axons are always observed within the wild type tectum. Abbreviations: co-MO, control morpholino. Scale bars: 20µm. G. Quantification of misprojecting axons. Each data point corresponds to one brain. Total number of brains analyzed: 21 brains (co-MO), 31 brains (miR-181-MO). n=3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: co-MO, control morpholino. "}
{"words": ["I", ".", "Frequency", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "amount", "of", "time", "embryos", "spent", "on", "black", "background", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "embryo", ".", "Total", "number", "of", "embryos", "analyzed", ":", "43", "embryos", "(", "co", "-", "MO", ")", ",", "45", "embryos", "(", "miR", "-", "181", "-", "MO", ")", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0], "text": "I. Frequency (in percentage) of the amount of time embryos spent on black background. Each data point corresponds to one embryo. Total number of embryos analyzed: 43 embryos (co-MO), 45 embryos (miR-181-MO). n=4 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: co-MO, control morpholino."}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Concentrations", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", ";", "100µM", "cycloheximide", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "(", "B", ")", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", "was", "bath", "applied", "with", "or", "without", "100µM", "cycloheximide", "(", "CHX", ",", "a", "translational", "blocker", ")", ".", "Mutating", "TUBB3", "3", "'", "UTR", "did", "not", "affect", "fluorescence", "recovery", "in", "basal", "conditions", "compared", "to", "WT", "indicating", "that", "mature", "miRNAs", "do", "not", "regulate", "the", "constitutive", "TUBB3", "expression", "in", "distal", "axons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Concentrations used: 200ng/mL Sema3A; 100µM cycloheximide Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). (B) 200ng/mL Sema3A was bath applied with or without 100µM cycloheximide (CHX, a translational blocker). Mutating TUBB3 3'UTR did not affect fluorescence recovery in basal conditions compared to WT indicating that mature miRNAs do not regulate the constitutive TUBB3 expression in distal axons."}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Concentrations", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", ";", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", ",", "isolated", "axons", "(", "C", ")", "were", "used", "for", "FRAP", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Concentrations used: 200ng/mL Sema3A; Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). , isolated axons (C) were used for FRAP analysis."}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Concentrations", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", ";", "2µM", "co", "-", "MO", "or", "MOs", "-", "3p", ".", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "isolated", "transfected", "axons", "(", "D", ")", "were", "used", "for", "FRAP", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Concentrations used: 200ng/mL Sema3A; 2µM co-MO or MOs-3p. Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). isolated transfected axons (D) were used for FRAP analysis."}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "In", "vivo", "(", "E", ")", ",", "whole", "embryos", "with", "exposed", "brain", "were", "used", ".", "The", "electroporated", "eye", "was", "removed", "prior", "to", "mounting", "the", "embryo", "to", "eliminate", "somatic", "contribution", ".", "(", "E", ")", "The", "red", "area", "on", "the", "brain", "schematic", "indicate", "Sema3A", "expressing", "territories", ".", "Numbers", "of", "axons", "analyzed", "are", "reported", "between", "brackets", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). In vivo (E), whole embryos with exposed brain were used. The electroporated eye was removed prior to mounting the embryo to eliminate somatic contribution. (E) The red area on the brain schematic indicate Sema3A expressing territories. Numbers of axons analyzed are reported between brackets."}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Concentrations", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "Ex", "vivo", ",", "whole", "explants", "were", "used", "for", "FRAP", "analysis", ".", "APP", ",", "Amyloid", "beta", "precursor"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Concentrations used: 200ng/mL Sema3A Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). Ex vivo, whole explants were used for FRAP analysis. APP, Amyloid beta precursor protein"}
{"words": ["Quantification", "(", "in", "percentage", ")", "of", "the", "axonal", "fluorescence", "recovery", "after", "photobleaching", "(", "FRAP", ")", "of", "different", "Venus", "-", "3", "'", "UTR", "constructs", "ex", "vivo", "and", "in", "vivo", ".", "Concentrations", "used", ":", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", "Growth", "cones", "expressing", "Venus", "alone", "(", "no", "3", "'", "UTR", ")", "displayed", "a", "minimal", "amount", "of", "recovery", "after", "photobleaching", "corresponding", "to", "Venus", "diffusion", "from", "adjacent", ",", "non", "-", "bleached", "regions", "to", "the", "bleached", "growth", "cone", "(", "Wong", "et", "al", ",", "2017", ")", ".", "Ex", "vivo", ",", "whole", "explants", "were", "used", "for", "FRAP", "analysis", ".", "THBS1", ",", "Thrombospondin"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1], "text": "Quantification (in percentage) of the axonal fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) of different Venus-3'UTR constructs ex vivo and in vivo. Concentrations used: 200ng/mL Sema3A Growth cones expressing Venus alone (no 3'UTR) displayed a minimal amount of recovery after photobleaching corresponding to Venus diffusion from adjacent, non-bleached regions to the bleached growth cone (Wong et al, 2017). Ex vivo, whole explants were used for FRAP analysis. THBS1, Thrombospondin 1"}
{"words": ["H", ",", "I", ".", "Representative", "growth", "cones", "depicting", "Venus", "fluorescence", "intensity", "as", "a", "heatmap", ".", "Dashed", "white", "lines", "delineate", "the", "growth", "cones", ".", "Abbreviations", ":", "wt", ",", "wild", "type", ";", "mut", ",", "miR", "-", "181", "-", "5p", "responsive", "elements", "mutated", ";", "CHX", ",", "cycloheximide", ";", "TUBB3", ",", "tubulin", "beta", "3", "class", "III", ".", "Scale", "bars", ":", "10µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H,I. Representative growth cones depicting Venus fluorescence intensity as a heatmap. Dashed white lines delineate the growth cones. Abbreviations: wt, wild type; mut, miR-181-5p responsive elements mutated; CHX, cycloheximide; TUBB3, tubulin beta 3 class III. Scale bars: 10µm."}
{"words": ["B", ".", "Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "paradigm", ".", "Representative", "images", "of", "local", "translation", "events", "of", "TUBB3", "in", "the", "growth", "cone", ".", "Dashed", "white", "line", "delineates", "the", "growth", "cone", ".", "Each", "white", "arrow", "points", "to", "a", "puro", "-", "PLA", "puncta", ".", "Abbreviations", ":", "TUBB3", ",", "tubulin", "beta", "3", "class", "III", ";", "Puro", ",", "puromycin", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "Quantification", "of", "number", "of", "puncta", "per", "growth", "cone", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "growth", "cone", ".", "Total", "number", "of", "growth", "cones", "analyzed", ":", "30", "(", "PBS", ")", ",", "36", "(", "Sema3A", ")", ".", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Schematic representation of the experimental paradigm. Representative images of local translation events of TUBB3 in the growth cone. Dashed white line delineates the growth cone. Each white arrow points to a puro-PLA puncta. Abbreviations: TUBB3, tubulin beta 3 class III; Puro, puromycin. Scale bars: 5 μm. Quantification of number of puncta per growth cone. Each data point corresponds to one growth cone. Total number of growth cones analyzed: 30 (PBS), 36 (Sema3A). n= 2 independent experiments. Values are median with interquartile range."}
{"words": ["D", ".", "Schematic", "representation", "of", "the", "experimental", "paradigm", ".", "Concentrations", "used", ":", "2", "μM", "co", "-", "MO", ";", "2", "μM", "MOs", "-", "3p", ";", "200ng", "/", "mL", "Sema3A", ".", "Representative", "images", "of", "local", "translation", "events", "of", "TUBB3", "in", "the", "growth", "cone", "of", "transfected", "axons", ".", "Dashed", "white", "line", "delineates", "the", "growth", "cone", ".", "White", "arrows", "represent", "number", "of", "puro", "-", "PLA", "puncta", "per", "growth", "cone", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "μm", ".", "E", ".", "Quantification", "of", "number", "of", "puncta", "per", "growth", "cone", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "growth", "cone", ".", "Total", "number", "of", "growth", "cones", "analyzed", ":", "32", "(", "co", "-", "MO", "+", "PBS", ")", ",", "45", "(", "co", "-", "MO", "+", "Sema3A", ")", ",", "27", "(", "MOs", "-", "3p", "+", "Sema3A", ")", ".", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "median", "with", "interquartile", "range", ".", "Abbreviations", ":", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ";", "ns", ",", "not", "significant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Schematic representation of the experimental paradigm. Concentrations used: 2 μM co-MO; 2 μM MOs-3p; 200ng/mL Sema3A. Representative images of local translation events of TUBB3 in the growth cone of transfected axons. Dashed white line delineates the growth cone. White arrows represent number of puro-PLA puncta per growth cone. Abbreviations: co-MO, control morpholino. Scale bars: 5 μm. E. Quantification of number of puncta per growth cone. Each data point corresponds to one growth cone. Total number of growth cones analyzed: 32 (co-MO + PBS), 45 (co-MO + Sema3A), 27 (MOs-3p + Sema3A). n=2 independent experiments. Values are median with interquartile range. Abbreviations: co-MO, control morpholino; ns, not significant."}
{"words": ["G", ".", "Percentage", "of", "collapsed", "growth", "cones", "in", "axons", "transfected", "with", "co", "-", "MO", ",", "MOs", "-", "3p", "+", "co", "-", "MO", "and", "MOs", "-", "3p", "+", "MOs", "-", "TUBB3", ".", "Each", "data", "point", "corresponds", "to", "one", "independent", "experiment", ".", "Total", "number", "of", "growth", "cones", "counted", ":", "152", "(", "co", "-", "MO", ")", ",", "155", "(", "MOs", "-", "3p", "+", "coMO", ")", ",", "179", "(", "MOs", "-", "3p", "+", "MOs", "-", "TUBB3", ")", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", ".", "Abbreviations", ":", "ns", ",", "not", "significant", ";", "co", "-", "MO", ",", "control", "morpholino", ";", "TUBB3", ",", "tubulin", "beta", "3", "class", "III", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0], "text": "G. Percentage of collapsed growth cones in axons transfected with co-MO, MOs-3p + co-MO and MOs-3p + MOs-TUBB3. Each data point corresponds to one independent experiment. Total number of growth cones counted: 152 (co-MO), 155 (MOs-3p + coMO), 179 (MOs-3p + MOs-TUBB3). n= 3 independent experiments. Values are mean ± SEM. Abbreviations: ns, not significant; co-MO, control morpholino; TUBB3, tubulin beta 3 class III."}
{"words": ["B", ".", "Blood", "stage", "growth", "rate", "of", "mutated", "parasite", "lines", ".", "A", "single", "parasite", "was", "injected", "i", ".", "v", ".", "into", "a", "mouse", "and", "the", "growth", "rate", "was", "calculated", "from", "parasitemia", "at", "day", "6", "-", "9", "for", "each", "mouse", "(", "black", "dots", ")", ".", "Bars", "represent", "the", "mean", "of", "4", "-", "7", "mice", ".", "Significance", "for", "(", "B", ")", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Blood stage growth rate of mutated parasite lines. A single parasite was injected i.v. into a mouse and the growth rate was calculated from parasitemia at day 6-9 for each mouse (black dots). Bars represent the mean of 4-7 mice. Significance for (B) determined by One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test."}
{"words": ["C", ".", "Infected", "midgut", "showing", "oocysts", "stained", "with", "mercurochrome", ";", "scale", "bar", ",", "100", "μm", ".", "The", "graph", "shows", "oocyst", "numbers", "per", "infected", "mosquito", ".", "Numbers", "of", "mosquitoes", "that", "were", "analyzed", "are", "indicated", "above", "the", "graph", ".", "Data", "derived", "from", "at", "least", "two", "independent", "cage", "feeds", "originating", "from", "independently", "infected", "mice", ".", "Box", "‐", "and", "‐", "whisker", "plots", "depict", "the", "25", "%", "quantile", ",", "median", ",", "75", "%", "quantile", ",", "and", "nearest", "observations", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "(", "whiskers", ")", ".", "Significance", "for", "(", "C", ")", "determined", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Infected midgut showing oocysts stained with mercurochrome; scale bar, 100 μm. The graph shows oocyst numbers per infected mosquito. Numbers of mosquitoes that were analyzed are indicated above the graph. Data derived from at least two independent cage feeds originating from independently infected mice. Box‐and‐whisker plots depict the 25% quantile, median, 75% quantile, and nearest observations within 1.5 times the interquartile range (whiskers). Significance for (C) determined by Kruskal-Wallis test with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["D", ".", "Ratio", "of", "salivary", "gland", "to", "midgut", "sporozoites", "of", "the", "indicated", "parasite", "lines", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "experiments", "with", "10", "-", "20", "mosquitoes", ".", "Bars", ":", "mean", ".", "Significance", "for", ",", "(", "D", ")", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Ratio of salivary gland to midgut sporozoites of the indicated parasite lines. Black dots: individual experiments with 10-20 mosquitoes. Bars: mean. Significance for , (D) determined by One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test."}
{"words": ["E", ".", "Hemolymph", "sporozoites", "were", "isolated", "and", "observed", "on", "glass", "slides", "by", "live", "cell", "imaging", ".", "Arrow", "indicates", "direction", "of", "a", "motile", "sporozoite", ".", "The", "graph", "shows", "the", "fraction", "of", "motile", "hemolymph", "sporozoites", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "experiments", "with", "10", "-", "20", "mosquitoes", ".", "Bars", ":", "mean", ".", "Significance", "for", "(", "E", ")", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Hemolymph sporozoites were isolated and observed on glass slides by live cell imaging. Arrow indicates direction of a motile sporozoite. The graph shows the fraction of motile hemolymph sporozoites. Black dots: individual experiments with 10-20 mosquitoes. Bars: mean. Significance for (E) determined by One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test."}
{"words": ["F", ".", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "schizonts", "and", "oocysts", "of", "the", "PbMyoA", "3", "'", "dhfs", "parasite", "line", ".", "Individual", "data", "points", "correspond", "to", "the", "mean", "of", "three", "technical", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. qRT-PCR analysis of schizonts and oocysts of the PbMyoA 3'dhfs parasite line. Individual data points correspond to the mean of three technical replicates."}
{"words": ["C", ".", "Blood", "stage", "growth", "rate", "of", "clonal", "parasite", "lines", ".", "A", "single", "parasite", "or", "100", "iRBCs", "were", "injected", "i", ".", "v", ".", "into", "a", "mouse", "and", "the", "growth", "rate", "was", "calculated", "from", "parasitemia", "at", "day", "6", "-", "9", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "mice", ";", "bars", ":", "mean", ".", "Statistical", "analysis", ":", "(", "C", ")", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "multiple", "comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Blood stage growth rate of clonal parasite lines. A single parasite or 100 iRBCs were injected i.v. into a mouse and the growth rate was calculated from parasitemia at day 6-9. Black dots: individual mice; bars: mean. Statistical analysis: (C) One-way analysis of variance with Tukeys multiple comparison test."}
{"words": ["D", ".", "Proportion", "of", "motile", "ookinetes", ".", "Black", "dots", ":", "Individual", "movie", ";", "bars", ":", "mean", ".", "Data", "pooled", "from", "three", "independent", "biological", "replicates", "with", "1", "-", "3", "movies", "taken", "per", "experiment", ".", "Statistical", "analysis", ":", "(", "D", ")", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "(", "D", ")", "Dunn", "'", "s", "multiple", "comparisons"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Proportion of motile ookinetes. Black dots: Individual movie; bars: mean. Data pooled from three independent biological replicates with 1 - 3 movies taken per experiment. Statistical analysis: (D) Kruskal-Wallis test with (D) Dunn's multiple comparisons test"}
{"words": ["E", ".", "Speed", "of", "ookinetes", "of", "the", "different", "lines", ".", "Numbers", "of", "analysed", "parasites", "are", "shown", "above", "the", "graph", ".", "Data", "pooled", "from", "three", "independent", "experiments", "(", "biological", "replicates", ")", ".", "Violin", "plots", "show", "median", "(", "line", ")", "and", "quartiles", "(", "dashed", "lines", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Speed of ookinetes of the different lines. Numbers of analysed parasites are shown above the graph. Data pooled from three independent experiments (biological replicates). Violin plots show median (line) and quartiles (dashed lines)."}
{"words": ["F", ".", "Number", "of", "oocysts", "per", "infected", "mosquito", ".", "Numbers", "of", "analyzed", "mosquitoes", "are", "shown", "above", "the", "graph", ".", "Data", "pooled", "from", "at", "least", "three", "independent", "cage", "feeds", "originating", "from", "independently", "infected", "mice", ".", "Box", "‐", "and", "‐", "whisker", "plots", "depict", "the", "25", "%", "quantile", ",", "median", ",", "75", "%", "quantile", ",", "and", "nearest", "observations", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "(", "whiskers", ")", ".", "Statistical", "analysis", ":", "(", "F", ")", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "(", "F", ")", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Number of oocysts per infected mosquito. Numbers of analyzed mosquitoes are shown above the graph. Data pooled from at least three independent cage feeds originating from independently infected mice. Box‐and‐whisker plots depict the 25% quantile, median, 75% quantile, and nearest observations within 1.5 times the interquartile range (whiskers). Statistical analysis: (F) Kruskal-Wallis test with (F) Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["A", ".", "Ratio", "of", "hemolymph", "to", "midgut", "sporozoites", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "experiments", "with", "10", "-", "20", "mosquitoes", ".", "Bars", ":", "mean", ".", "B", ".", "Ratio", "of", "salivary", "gland", "to", "midgut", "sporozoites", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "experiments", "with", "10", "-", "20", "mosquitoes", ".", "Bars", ":", "mean", ".", "Statistical", "analysis", ":", "(", "A", ")", "and", "(", "B", ")", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Ratio of hemolymph to midgut sporozoites. Black dots: individual experiments with 10-20 mosquitoes. Bars: mean. B. Ratio of salivary gland to midgut sporozoites. Black dots: individual experiments with 10-20 mosquitoes. Bars: mean. Statistical analysis: (A) and (B) One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test."}
{"words": ["C", ".", "Blood", "stage", "infection", "of", "mice", "after", "transmission", "by", "mosquito", "bite", ".", "Shown", "is", "the", "mean", "±", "standard", "deviation", ".", "D", ".", "Blood", "stage", "infection", "of", "mice", "after", "i", ".", "v", ".", "injection", "of", "1000", "sporozoites", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Blood stage infection of mice after transmission by mosquito bite. Shown is the mean ± standard deviation. D. Blood stage infection of mice after i.v. injection of 1000 sporozoites."}
{"words": ["AFraction", "(", "left", ")", "and", "speed", "(", "right", ")", "of", "motile", "hemolymph", "sporozoites", "on", "glass", ".", "Dots", "correspond", "to", "individual", "experiments", "and", "bars", "indicate", "the", "mean", ".", "Box", "‐", "and", "‐", "whisker", "plots", "depict", "the", "25", "%", "quantile", ",", "median", ",", "75", "%", "quantile", ",", "and", "nearest", "observations", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "(", "whiskers", ")", ".", "Significance", "for", "(", "A", "left", ")", "and", "(", "B", "left", ")", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", ".", "Significance", "for", "(", "A", "right", ")", "and", "(", "B", "right", ")", "determined", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "AFraction (left) and speed (right) of motile hemolymph sporozoites on glass . Dots correspond to individual experiments and bars indicate the mean. Box‐and‐whisker plots depict the 25% quantile, median, 75% quantile, and nearest observations within 1.5 times the interquartile range (whiskers). Significance for (A left) and (B left) determined by One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test. Significance for (A right) and (B right) determined by Kruskal-Wallis test with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["C", ".", "Selected", "trajectories", "of", "20", "manually", "tracked", "sporozoites", "isolated", "from", "hemolymph", "and", "moving", "over", "a", "period", "of", "3", "min", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", ".", "D", ".", "Selected", "trajectories", "of", "20", "manually", "tracked", "sporozoites", "isolated", "from", "salivary", "glands", "and", "moving", "over", "a", "period", "of", "3", "min", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Selected trajectories of 20 manually tracked sporozoites isolated from hemolymph and moving over a period of 3 min. Scale bar, 10 μm. D. Selected trajectories of 20 manually tracked sporozoites isolated from salivary glands and moving over a period of 3 min. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["A", ".", "Scheme", "depicting", "the", "setup", "of", "optical", "tweezers", "for", "measuring", "the", "forces", "that", "a", "sporozoite", "can", "generate", "to", "pull", "a", "bead", "out", "of", "an", "optical", "trap", ".", "The", "bead", "is", "placed", "at", "the", "apical", "end", "of", "the", "sporozoite", ".", "The", "graph", "shows", "the", "fraction", "of", "sporozoites", "that", "pulled", "the", "bead", "out", "of", "the", "optical", "trap", ".", "Black", "dots", ":", "individual", "experiments", ".", "Bars", ":", "mean", ".", "73", "-", "131", "sporozoites", "were", "probed", "for", "each", "line", ".", "Significance", "determined", "by", "One", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Tukeys", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Scheme depicting the setup of optical tweezers for measuring the forces that a sporozoite can generate to pull a bead out of an optical trap. The bead is placed at the apical end of the sporozoite. The graph shows the fraction of sporozoites that pulled the bead out of the optical trap. Black dots: individual experiments. Bars: mean. 73-131 sporozoites were probed for each line. Significance determined by One-way analysis of variance with Tukeys Multiple Comparison test."}
{"words": ["B", ".", "Scheme", "showing", "a", "sporozoite", "moving", "through", "a", "polymeric", "network", "in", "3D", ".", "The", "graph", "shows", "sporozoite", "speeds", "as", "measured", "by", "manual", "tracking", "from", "imaging", "of", "sporozoites", "in", "a", "3D", "hydrogel", ".", "Box", "‐", "and", "‐", "whisker", "plots", "depict", "the", "25", "%", "quantile", ",", "median", ",", "75", "%", "quantile", ",", "and", "nearest", "observations", "within", "1", ".", "5", "times", "the", "interquartile", "range", "(", "whiskers", ")", ".", "Significance", "determined", "by", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "Bonferroni", "'", "s", "Multiple", "Comparison", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Scheme showing a sporozoite moving through a polymeric network in 3D. The graph shows sporozoite speeds as measured by manual tracking from imaging of sporozoites in a 3D hydrogel. Box‐and‐whisker plots depict the 25% quantile, median, 75% quantile, and nearest observations within 1.5 times the interquartile range (whiskers). Significance determined by Kruskal-Wallis test with Bonferroni's Multiple Comparison test."}
{"words": ["C", ".", "Selected", "trajectories", "of", "20", "moving", "sporozoites", "observed", "over", "a", "period", "of", "3", "min", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Selected trajectories of 20 moving sporozoites observed over a period of 3 min. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "transmission", "electron", "microscope", "(", "TEM", ")", "image", "showing", "the", "presence", "of", "EVs", "in", "the", "CSF", "in", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative transmission electron microscope (TEM) image showing the presence of EVs in the CSF in two independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "NanoSightquantification", "of", "the", "amount", "of", "particles", "in", "the", "CSF", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "4", "and", "6", "hours", "after", "i", ".", "p", ".", "LPS", "injection", "(", "n", "=", "3", "-", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) NanoSightquantification of the amount of particles in the CSF 0, 1, 2, 4 and 6 hours after i.p. LPS injection (n=3-5)."}
{"words": ["(", "C", ")", "Size", "distribution", "of", "the", "EVsin", "vivo", "in", "the", "CSF", "before", "(", "black", ";", "n", "=", "5", ")", "and", "6", "h", "after", "(", "grey", ";", "n", "=", "3", ")", "LPS", "treatment", "determined", "by", "NanoSight", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Size distribution of the EVsin vivo in the CSF before (black; n=5) and 6 h after (grey; n=3) LPS treatment determined by NanoSight analysis."}
{"words": ["(", "D", "-", "G", ")", "Quantitative", "real", "-", "time", "polymerase", "chain", "reaction", "analysis", "of", "miR", "-", "1a", "(", "D", ")", ",", "miR", "-", "9", "(", "E", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "F", ")", ",", "and", "miR", "-", "155", "(", "G", ")", "(", "n", "=", "4", ")", ".", "RNA", "was", "isolated", "from", "pooled", "CSF", "(", "50", "µl", ")", "from", "different", "mice", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "are", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "0", ".", "001", "≤", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-G) Quantitative real-time polymerase chain reaction analysis of miR-1a (D), miR-9 (E), miR-146a (F), and miR-155 (G) (n=4). RNA was isolated from pooled CSF (50 µl) from different mice (n=3). Data are displayed as mean ± SEM and analyzed by Student's t-test. Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05; **, 0.001 ≤ P < 0.01."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "In", "vitro", "quantification", "(", "A", ")", "and", "size", "distribution", "(", "B", ")", "of", "EVs", "isolated", "from", "conditioned", "medium", "of", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "transwell", "system", "after", "12", "h", "in", "the", "absence", "(", "black", ")", "or", "presence", "(", "grey", ")", "of", "LPS", "(", "n", "=", "5", ")", "determined", "by", "NanoSight", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) In vitro quantification (A) and size distribution (B) of EVs isolated from conditioned medium of primary CPE cells grown in transwell system after 12 h in the absence (black) or presence (grey) of LPS (n=5) determined by NanoSight analysis."}
{"words": ["(", "C", "-", "E", ")", "TaqMan", "qPCR", "assay", "for", "the", "quantification", "of", "miR", "-", "9", "(", "C", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "D", ")", "and", "miR", "-", "155", "(", "E", ")", "on", "the", "exosomal", "pellet", "isolated", "from", "conditioned", "medium", "of", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "a", "transwell", "system", "and", "stimulated", "for", "12", "h", "with", "LPS", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-E) TaqMan qPCR assay for the quantification of miR-9 (C), miR-146a (D) and miR-155 (E) on the exosomal pellet isolated from conditioned medium of primary CPE cells grown in a transwell system and stimulated for 12 h with LPS (n=3)."}
{"words": ["(", "F", "-", "I", ")", "Quantification", "of", "the", "miRNAs", "miR", "-", "1a", "(", "F", ")", ",", "miR", "-", "9", "(", "G", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "H", ")", "and", "miR", "-", "155", "(", "I", ")", "by", "TaqMan", "qPCR", "assay", "from", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "a", "transwell", "system", "without", "or", "with", "LPS", "stimulation", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "0", ".", "001", "≤", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-I) Quantification of the miRNAs miR-1a (F), miR-9 (G), miR-146a (H) and miR-155 (I) by TaqMan qPCR assay from primary CPE cells grown in a transwell system without or with LPS stimulation (n=3). Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05; **, 0.001 ≤ P < 0.01."}
{"words": ["(", "A", ")", "In", "vitro", "quantification", "of", "EVs", "isolated", "from", "conditioned", "medium", "of", "LPS", "-", "stimulated", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "a", "transwell", "system", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "the", "exosome", "inhibitor", "GW4869", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) In vitro quantification of EVs isolated from conditioned medium of LPS-stimulated primary CPE cells grown in a transwell system in the absence or presence of the exosome inhibitor GW4869 (n=3)."}
{"words": ["(", "B", "-", "D", ")", "TaqMan", "assay", "quantification", "of", "the", "miRNAs", "miR", "-", "9", "(", "B", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "C", ")", "and", "miR", "-", "155", "(", "D", ")", "in", "supernatant", "of", "LPS", "-", "stimulated", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "a", "transwell", "system", "and", "either", "left", "untreated", "or", "pretreated", "with", "GW4869", "to", "inhibit", "exosome", "secretion", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "miR", "-", "1a", "levels", "were", "below", "detection", "limit", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-D) TaqMan assay quantification of the miRNAs miR-9 (B), miR-146a (C) and miR-155 (D) in supernatant of LPS-stimulated primary CPE cells grown in a transwell system and either left untreated or pretreated with GW4869 to inhibit exosome secretion (n=3). miR-1a levels were below detection limit."}
{"words": ["(", "E", "-", "H", ")", "TaqMan", "assay", "quantification", "of", "the", "miRNAs", "miR", "-", "1a", "(", "E", ")", ",", "miR", "-", "9", "(", "F", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "G", ")", "and", "miR", "-", "155", "(", "H", ")", "in", "cell", "lysate", "of", "LPS", "-", "stimulated", "primary", "CPE", "cells", "grown", "in", "a", "transwell", "system", "left", "untreated", "or", "treated", "with", "GW4869", "to", "inhibit", "exosome", "secretion", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "are", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "0", ".", "001", "≤", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-H) TaqMan assay quantification of the miRNAs miR-1a (E), miR-9 (F), miR-146a (G) and miR-155 (H) in cell lysate of LPS-stimulated primary CPE cells grown in a transwell system left untreated or treated with GW4869 to inhibit exosome secretion (n=3). Data are displayed as mean ± SEM and analyzed by Student's t-test. Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05; **, 0.001 ≤ P < 0.01."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "CD63", ",", "RAB5", "and", "ANXA2", "(", "red", ")", "in", "the", "choroid", "plexus", "(", "CP", ")", "0", ",", "4", "and", "8", "h", "after", "LPS", "treatment", ".", "Hoechst", "(", "blue", ")", "was", "used", "to", "stain", "the", "nucleus", ".", "The", "dotted", "line", "indicates", "the", "ependymal", "cells", "that", "line", "the", "ventricle", "and", "the", "square", "boxes", "indicate", "the", "zoomed", "insert", "images", "displayed", "at", "the", "right", "corner", "of", "each", "image", ".", "Scalebar", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative confocal images of CD63, RAB5 and ANXA2 (red) in the choroid plexus (CP) 0, 4 and 8 h after LPS treatment. Hoechst (blue) was used to stain the nucleus. The dotted line indicates the ependymal cells that line the ventricle and the square boxes indicate the zoomed insert images displayed at the right corner of each image. Scalebar = 100 µm."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Representative", "TEM", "images", "showing", "the", "presence", "of", "MVBs", "in", "the", "CPE", "cells", "before", "(", "B", ")", "and", "6", "hours", "after", "(", "C", ")", "LPS", "administration", "in", "vivo", ".", "White", "arrow", "heads", "point", "to", "exosomes", "present", "in", "MVBs", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "9", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Representative TEM images showing the presence of MVBs in the CPE cells before (B) and 6 hours after (C) LPS administration in vivo. White arrow heads point to exosomes present in MVBs (n=3). Scale bar = 9 µm."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "Quantification", "of", "amount", "of", "MVBs", "per", "cell", "section", "(", "D", ")", ",", "amount", "of", "exosomes", "per", "MVB", "(", "E", ")", ",", "and", "amount", "of", "exosomes", "per", "cell", "section", "(", "F", ")", ",", "based", "on", "TEM", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) Quantification of amount of MVBs per cell section (D), amount of exosomes per MVB (E), and amount of exosomes per cell section (F), based on TEM analysis."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Quantitative", "real", "-", "time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "qPCR", ")", "analysis", "of", "miR", "-", "1a", "(", "G", ")", ",", "miR", "-", "9", "(", "H", ")", ",", "miR", "-", "146a", "(", "I", ")", ",", "and", "miR", "-", "155", "(", "J", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "relative", "expression", "normalized", "with", "housekeeping", "miRs", "by", "TaqMan", "qPCR", "assay", "(", "0", "h", ",", "n", "=", "4", ";", "1", "h", ",", "n", "=", "5", ";", "6", "h", ",", "n", "=", "5", ";", "24", "h", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) analysis of miR-1a (G), miR-9 (H), miR-146a (I), and miR-155 (J). Data are presented as relative expression normalized with housekeeping miRs by TaqMan qPCR assay (0 h, n=4; 1 h, n=5; 6 h, n=5; 24 h, n=3)."}
{"words": ["(", "K", ")", "NanoSight", "analysis", "of", "CSF", "isolated", "from", "LPS", "-", "injected", "mice", "followed", "by", "icv", "injection", "of", "vehicle", "or", "GW4869", ",", "a", "neutral", "sphingomyelinase", "inhibitor", "that", "inhibits", "exosome", "secretion", "(", "n", "=", "8", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) NanoSight analysis of CSF isolated from LPS-injected mice followed by icv injection of vehicle or GW4869, a neutral sphingomyelinase inhibitor that inhibits exosome secretion (n = 8)."}
{"words": ["(", "L", ")", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "1a", ",", "miR", "-", "9", ",", "miR", "-", "146a", "and", "miR", "-", "155", "in", "the", "choroid", "plexus", "of", "mice", "injected", "with", "LPS", "and", "then", "icv", "injected", "with", "vehicle", "(", "black", ")", "or", "GW4869", "(", "grey", ")", ",", "a", "neutral", "sphingomyelinase", "inhibitor", "that", "inhibits", "exosome", "secretion", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) qPCR analysis of the expression of miR-1a, miR-9, miR-146a and miR-155 in the choroid plexus of mice injected with LPS and then icv injected with vehicle (black) or GW4869 (grey), a neutral sphingomyelinase inhibitor that inhibits exosome secretion (n = 4)."}
{"words": ["(", "M", ")", "NanoSight", "analysis", "of", "supernatant", "of", "choroid", "plexus", "explants", "from", "PBS", "-", "or", "LPS", "-", "injected", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "Data", "are", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "0", ".", "001", "≤", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0001", "≤", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M) NanoSight analysis of supernatant of choroid plexus explants from PBS- or LPS-injected mice (n = 6). Data are displayed as mean ± SEM and analyzed by Student's t-test. Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05; **, 0.001 ≤ P < 0.01; ***, 0.0001 ≤ P < 0.001."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Representative", "confocal", "images", "of", "choroid", "plexus", "(", "CP", ")", "on", "brain", "sections", "from", "naive", "mice", "and", "four", "hours", "after", "LPS", "injection", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Brain", "sections", "were", "stained", "for", "TLR4", "(", "A", ")", "and", "TNFR1", "(", "B", ")", "(", "red", ")", ",", "pan", "-", "cytokeratine", "(", "panCK", ";", "green", ")", "and", "the", "nuclei", "were", "stained", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", ".", "The", "ependymal", "cells", "aligning", "the", "ventricles", "are", "marked", "with", "a", "dotted", "line", ".", "Scalebar", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Representative confocal images of choroid plexus (CP) on brain sections from naive mice and four hours after LPS injection (n=3). Brain sections were stained for TLR4 (A) and TNFR1 (B) (red), pan-cytokeratine (panCK; green) and the nuclei were stained with Hoechst (blue). The ependymal cells aligning the ventricles are marked with a dotted line. Scalebar = 100 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "NanoSight", "analysis", "of", "EVs", "in", "the", "CSF", "in", "sham", "-", "operated", "(", "black", ")", "relative", "to", "CLP", "-", "treated", "(", "grey", ")", "mice", "10", "hours", "after", "surgery", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) NanoSight analysis of EVs in the CSF in sham-operated (black) relative to CLP-treated (grey) mice 10 hours after surgery."}
{"words": ["(", "D", ")", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "1a", ",", "miR", "-", "9", ",", "miR", "-", "146a", "and", "miR", "-", "155", "in", "the", "choroid", "plexus", "of", "sham", "-", "operated", "mice", "(", "black", ")", "and", "mice", "subjected", "to", "CLP", "(", "grey", ")", "10", "hours", "after", "surgery", ".", "(", "E", ")", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "1a", ",", "miR", "-", "9", ",", "miR", "-", "146a", "and", "miR", "-", "155", "in", "the", "CSF", "of", "sham", "-", "operated", "mice", "(", "black", ")", "and", "mice", "subjected", "to", "CLP", "(", "grey", ")", "10", "hours", "after", "surgery", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) qPCR analysis of the expression of miR-1a, miR-9, miR-146a and miR-155 in the choroid plexus of sham-operated mice (black) and mice subjected to CLP (grey) 10 hours after surgery. (E) qPCR analysis of the expression of miR-1a, miR-9, miR-146a and miR-155 in the CSF of sham-operated mice (black) and mice subjected to CLP (grey) 10 hours after surgery."}
{"words": ["(", "F", ")", "NanoSight", "analysis", "of", "EVs", "in", "CSF", "of", "control", "(", "black", ")", "and", "TNF", "-", "injected", "(", "25", "µg", "/", "20", "g", ";", "grey", ")", "mice", "6", "hours", "after", "TNF", "challenge", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) NanoSight analysis of EVs in CSF of control (black) and TNF-injected (25 µg/20 g; grey) mice 6 hours after TNF challenge."}
{"words": ["(", "G", ")", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "1a", ",", "miR", "-", "9", ",", "miR", "-", "146a", "and", "miR", "-", "155", "in", "the", "choroid", "plexus", "of", "control", "mice", "(", "black", ")", "and", "in", "mice", "injected", "with", "TNF", "(", "grey", ")", "6", "hours", "after", "injection", ".", "(", "H", ")", "qPCR", "analysis", "of", "the", "expression", "of", "miR", "-", "1a", ",", "miR", "-", "9", ",", "miR", "-", "146a", "and", "miR", "-", "155", "in", "the", "CSF", "of", "control", "mice", "(", "black", ")", "and", "on", "mice", "6", "hours", "after", "TNF", "injection", "(", "grey", ")", ".", "Data", "are", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Scalebar", "100", "µm", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "0", ".", "001", "≤", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "0", ".", "0001", "≤", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) qPCR analysis of the expression of miR-1a, miR-9, miR-146a and miR-155 in the choroid plexus of control mice (black) and in mice injected with TNF (grey) 6 hours after injection. (H) qPCR analysis of the expression of miR-1a, miR-9, miR-146a and miR-155 in the CSF of control mice (black) and on mice 6 hours after TNF injection (grey). Data are displayed as mean ± SEM and analyzed by Student's t-test. Scalebar 100 µm. Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05; **, 0.001 ≤ P < 0.01; ***, 0.0001 ≤ P < 0.001."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "confocal", "image", "of", "brain", "parenchyma", ",", "four", "hours", "after", "intracerebroventricular", "injection", "of", "PKH26", "labelled", "EVs", "(", "red", ")", ".", "Astrocytes", "are", "stained", "with", "GFAP", "(", "white", ")", ",", "nuclei", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", ",", "and", "pan", "-", "cytokeratin", "(", "panCK", ";", "green", ")", "was", "used", "to", "label", "the", "choroid", "plexus", ".", "The", "dotted", "line", "shows", "the", "ventricular", "border", "and", "the", "white", "arrow", "heads", "point", "to", "EVs", "that", "crossed", "the", "ependymal", "cell", "layer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative confocal image of brain parenchyma, four hours after intracerebroventricular injection of PKH26 labelled EVs (red). Astrocytes are stained with GFAP (white), nuclei with Hoechst (blue), and pan-cytokeratin (panCK; green) was used to label the choroid plexus. The dotted line shows the ventricular border and the white arrow heads point to EVs that crossed the ependymal cell layer."}
{"words": ["(", "B", "-", "C", ")", "Representative", "confocal", "images", "showing", "the", "uptake", "of", "double", "-", "labelled", "EVs", "(", "Ribogreen", ";", "green", ",", "PKH26", ",", "red", ")", "by", "astrocytes", "stained", "with", "GFAP", "(", "white", ")", "(", "B", ")", "and", "microglia", "cells", "stained", "with", "IBA1", "(", "white", ")", "(", "C", ")", "incubated", "on", "mixed", "cortical", "cultures", ".", "Boxed", "areas", "are", "shown", "as", "zoomed", "images", "on", "right", ".", "Cell", "nuclei", "are", "stained", "with", "Hoechst", "(", "blue", ")", ".", "The", "in", "vivo", "and", "in", "vitro", "uptake", "experiments", "were", "performed", "3", "and", "2", "times", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "respectively", ".", "Scalebar", "100", "=", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B-C) Representative confocal images showing the uptake of double-labelled EVs (Ribogreen; green, PKH26, red) by astrocytes stained with GFAP (white) (B) and microglia cells stained with IBA1 (white) (C) incubated on mixed cortical cultures. Boxed areas are shown as zoomed images on right. Cell nuclei are stained with Hoechst (blue). The in vivo and in vitro uptake experiments were performed 3 and 2 times (n=3), respectively. Scalebar 100 = µm."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "qPCR", "gene", "expression", "analysis", "of", "miRNA", "target", "genes", "Mapk3", ",", "Notch1", ",", "Dicer", ",", "Tab2", ",", "Sox2", ",", "Calm2", ",", "Smad2", ",", "Smad5", ",", "Dnmt3", "and", "Irak1", "in", "mixed", "cortical", "cultures", "incubated", "with", "EVs", "isolated", "from", "CSF", "from", "untreated", "(", "black", ")", "or", "LPS", "treated", "(", "grey", ")", "mice", "(", "A", ")", "and", "in", "brain", "tissue", "(", "B", ")", "before", "(", "black", ")", "and", "8", "h", "after", "LPS", "injection", "(", "grey", ")", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) qPCR gene expression analysis of miRNA target genes Mapk3, Notch1, Dicer, Tab2, Sox2, Calm2, Smad2, Smad5, Dnmt3 and Irak1 in mixed cortical cultures incubated with EVs isolated from CSF from untreated (black) or LPS treated (grey) mice (A) and in brain tissue (B) before (black) and 8 h after LPS injection (grey) (n=3)."}
{"words": ["(", "C", ")", "qPCR", "gene", "expression", "analysis", "of", "inflammatory", "genes", "Il", "-", "1β", ",", "Tnf", ",", "Il", "-", "6", ",", "iNos", "and", "iκbα", "by", "qPCR", "in", "mixed", "cortical", "cultures", "(", "left", ";", "in", "vitro", ")", "incubated", "with", "EVs", "isolated", "from", "CSF", "from", "untreated", "(", "black", ")", "or", "LPS", "treated", "(", "grey", ")", "mice", "and", "in", "brain", "tissue", "(", "right", ";", "in", "vivo", ")", "before", "(", "black", ")", "and", "8", "h", "after", "LPS", "injection", "(", "grey", ")", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) qPCR gene expression analysis of inflammatory genes Il-1β, Tnf, Il-6, iNos and iκbα by qPCR in mixed cortical cultures (left; in vitro) incubated with EVs isolated from CSF from untreated (black) or LPS treated (grey) mice and in brain tissue (right; in vivo) before (black) and 8 h after LPS injection (grey) (n=3)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Cytokine", "analysis", "(", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "1β", "and", "TNF", ")", "of", "supernatant", "of", "mixed", "cortical", "cultures", "(", "left", ";", "in", "vitro", ")", "incubated", "with", "EVs", "isolated", "from", "untreated", "(", "black", ";", "n", "=", "3", ")", "or", "LPS", "treated", "(", "grey", ";", "n", "=", "3", ")", "mice", "and", "of", "CSF", "(", "right", ";", "in", "vivo", ")", "from", "untreated", "(", "black", ";", "n", "=", "3", ")", "and", "LPS", "treated", "mice", "(", "grey", ";", "n", "=", "6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Cytokine analysis (IL-6, IL-1β and TNF) of supernatant of mixed cortical cultures (left; in vitro) incubated with EVs isolated from untreated (black; n=3) or LPS treated (grey; n=3) mice and of CSF (right; in vivo) from untreated (black; n=3) and LPS treated mice (grey; n=6)."}
{"words": ["(", "E", "-", "F", ")", "qPCR", "gene", "expression", "analysis", "of", "inflammatory", "genes", "Il", "-", "1β", ",", "Tnf", ",", "Il", "-", "6", ",", "iNos", "and", "iκbα", "(", "E", ")", "and", "miRNA", "target", "genes", "Mapk3", ",", "Notch1", ",", "Dicer", ",", "Tab2", ",", "Sox2", ",", "Calm2", ",", "Smad2", ",", "Smad5", ",", "Dnmt3", "and", "Irak1", "(", "F", ")", "in", "mixed", "cortical", "cultures", "incubated", "with", "CD63", "-", "depleted", "EVs", "isolated", "from", "untreated", "mice", "(", "black", ")", "and", "mice", "treated", "with", "LPS", "for", "6", "h", "(", "grey", ")", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-F) qPCR gene expression analysis of inflammatory genes Il-1β, Tnf, Il-6, iNos and iκbα (E) and miRNA target genes Mapk3, Notch1, Dicer, Tab2, Sox2, Calm2, Smad2, Smad5, Dnmt3 and Irak1 (F) in mixed cortical cultures incubated with CD63-depleted EVs isolated from untreated mice (black) and mice treated with LPS for 6 h (grey) (n=3)."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "qPCR", "gene", "expression", "analysis", "of", "miRNA", "target", "genes", "Mapk3", ",", "Notch1", ",", "Dicer", ",", "Tab2", ",", "Sox2", ",", "Calm2", ",", "Smad2", ",", "Smad5", ",", "Dnmt3", "and", "Irak1", "(", "G", ")", "and", "inflammatory", "genes", "Il", "-", "1β", ",", "Tnf", ",", "Il", "-", "6", ",", "iNos", "and", "iκbα", "(", "H", ")", "in", "brain", "tissue", "from", "LPS", "-", "injected", "mice", "icv", "injected", "with", "vehicle", "(", "black", ")", "or", "GW4869", "(", "grey", ";", "n", "=", "7", ")", ".", "Data", "are", "displayed", "as", "mean", "±", "SEM", "and", "analyzed", "by", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Significance", "levels", "are", "indicated", "on", "the", "graphs", ":", "*", ",", "0", ".", "01", "≤", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) qPCR gene expression analysis of miRNA target genes Mapk3, Notch1, Dicer, Tab2, Sox2, Calm2, Smad2, Smad5, Dnmt3 and Irak1 (G) and inflammatory genes Il-1β, Tnf, Il-6, iNos and iκbα (H) in brain tissue from LPS-injected mice icv injected with vehicle (black) or GW4869 (grey; n=7). Data are displayed as mean ± SEM and analyzed by Student's t-test. Significance levels are indicated on the graphs: *, 0.01 ≤ P < 0.05."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "BRD7", "and", "γH2AX", "protein", "levels", "in", "breast", "cancer", "cell", "lines", ":", "MCF7", "parental", "or", "doxorubicin", "-", "resistant", "MCF7", "/", "ADR", "(", "ADR", ",", "0", ".", "5μg", "/", "ml", ")", "and", "irradiation", "-", "resistant", "MCF7", "/", "IR", "(", "IR", ",", "10Gy", ")", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "parental", "or", "doxorubicin", "-", "resistant", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "/", "ADR", "(", "ADR", ",", "0", ".", "5μg", "/", "ml", ")", "or", "cisplatin", "-", "resistant", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "/", "DDP", "(", "1μg", "/", "ml", ")", ",", "non", "-", "small", "lung", "cancer", "cell", "lines", ":", "A549", "parental", "or", "cisplatin", "-", "resistant", "A549", "/", "DDP", "(", "1μg", "/", "ml", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of BRD7 and γH2AX protein levels in breast cancer cell lines: MCF7 parental or doxorubicin-resistant MCF7/ADR (ADR, 0.5μg/ml) and irradiation-resistant MCF7/IR (IR, 10Gy), MDA-MB-231 parental or doxorubicin-resistant MDA-MB-231/ADR (ADR, 0.5μg/ml) or cisplatin-resistant MDA-MB-231/DDP (1μg/ml), non-small lung cancer cell lines: A549 parental or cisplatin-resistant A549/DDP (1μg/ml)."}
{"words": ["MCF7", ",", "MCF7", "/", "ADR", "and", "MCF7", "/", "IR", ",", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "/", "ADR", "cells", "were", "harvested", "and", "mRNA", "levels", "of", "BRD7", "were", "determined", "by", "real", "-", "time", "PCR", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Values", "are", "mean", "±", "SEM", "and", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MCF7, MCF7/ADR and MCF7/IR, MDA-MB-231 and MDA-MB-231/ADR cells were harvested and mRNA levels of BRD7 were determined by real-time PCR (n=3). Values are mean ± SEM and Error bars indicate SEM."}
{"words": ["Western", "blot", "analysis", "of", "BRD7", "protein", "levels", "in", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cell", "after", "treatment", "with", "ADR", "(", "5", "μM", ")", "or", "camptothecin", "(", "CPT", ")", "(", "1", "μM", ")", "for", "different", "intervals", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot analysis of BRD7 protein levels in MDA-MB-468 and MDA-MB-231 cell after treatment with ADR (5 μM) or camptothecin (CPT) (1 μM) for different intervals (n=3)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "endogenous", "BRD7", "(", "green", ")", "and", "γH2AX", "foci", "(", "red", ")", "in", "paraformaldehyde", "-", "fixed", "MDA", "-", "MB", "-", "468", "cells", "after", "treatment", "with", "CPT", "(", "1", "μM", ")", "for", "different", "intervals", ".", "Visualized", "by", "immunofluorescence", "using", "anti", "-", "BRD7", "and", "Alexa", "Fluor", "555", "anti", "-", "γH2AX", "antibodies", ".", "DNA", "staining", "with", "DAPI", ";", "Scale", "bars", ",", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of endogenous BRD7 (green) and γH2AX foci (red) in paraformaldehyde-fixed MDA-MB-468 cells after treatment with CPT (1 μM) for different intervals. Visualized by immunofluorescence using anti-BRD7 and Alexa Fluor 555 anti-γH2AX antibodies. DNA staining with DAPI; Scale bars, 2 μm."}
{"words": ["Quantification", "of", "average", "fluorescence", "intensity", "of", "BRD7", "of", "cells", "in", "(", "E", ")", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ";", "n", ">", "100", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Quantification of average fluorescence intensity of BRD7 of cells in (E). Error bars indicate SEM; n>100."}
{"words": ["Silver", "staining", "of", "the", "BRD7", "complex", "separated", "by", "SDS", "-", "PAGE", ".", "HEK293T", "cells", "stably", "expressing", "SFB", "-", "tagged", "BRD7", "were", "used", "for", "tandem", "affinity", "purification", "(", "TAP", ")", "of", "protein", "complexes", ".", "BRD7", "-", "interacting", "proteins", ",", "including", "PARP1", "and", "PIK3R2", ",", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Silver staining of the BRD7 complex separated by SDS-PAGE. HEK293T cells stably expressing SFB-tagged BRD7 were used for tandem affinity purification (TAP) of protein complexes. BRD7-interacting proteins, including PARP1 and PIK3R2, are indicated."}
{"words": ["HEK293T", "cells", "transiently", "transfected", "with", "Flag", "-", "PARP1", "and", "Myc", "-", "BRD7", "for", "24", "h", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ".", "Followed", "by", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "using", "antibodies", "to", "Myc", "(", "C", ")", "conjugated", "to", "agarose", "followed", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK293T cells transiently transfected with Flag-PARP1 and Myc-BRD7 for 24 h were lysed with RIPA buffer. Followed by immunoprecipitation (IP) using antibodies to Myc (C) conjugated to agarose followed by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HEK293T", "cells", "transiently", "transfected", "with", "Flag", "-", "PARP1", "and", "Myc", "-", "BRD7", "for", "24", "h", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ".", "Followed", "by", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "using", "antibodies", "to", "Flag", "(", "D", ")", "conjugated", "to", "agarose", "followed", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HEK293T cells transiently transfected with Flag-PARP1 and Myc-BRD7 for 24 h were lysed with RIPA buffer. Followed by immunoprecipitation (IP) using antibodies to Flag (D) conjugated to agarose followed by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ",", "and", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "using", "either", "anti", "-", "IgG", ",", "or", "BRD7", "or", "PARP1", "antibodies", ",", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa and MDA-MB-231 cells were lysed with RIPA buffer, and lysates were subjected to immunoprecipitation using either anti-IgG, or BRD7 or PARP1 antibodies, and analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "treated", "first", "with", "Olaparib", "(", "10", "μM", ")", "for", "6", "h", "and", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ",", "and", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "using", "either", "anti", "-", "IgG", "or", "PARP1", "antibodies", ",", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cells were treated first with Olaparib (10 μM) for 6 h and lysed with RIPA buffer, and lysates were subjected to immunoprecipitation using either anti-IgG or PARP1 antibodies, and analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["Association", "of", "endogenous", "BRD7", "with", "PARP1", "in", "HeLa", "cells", "was", "performed", "by", "co", "-", "immunoprecipitation", "using", "anti", "-", "BRD7", "or", "anti", "-", "PARP1", "antibody", ".", "HeLa", "cell", "were", "treated", "with", "CPT", "(", "1", "μM", ",", "1", "h", ")", ",", "followed", "by", "IP", "using", "indicated", "antibodies", ",", "and", "Western", "blot", "was", "performed", ".", "γH2AX", "was", "used", "as", "a", "marker", "of", "DNA", "damage", "induced", "by", "CPT", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Association of endogenous BRD7 with PARP1 in HeLa cells was performed by co-immunoprecipitation using anti-BRD7 or anti-PARP1 antibody. HeLa cell were treated with CPT (1 μM, 1 h), followed by IP using indicated antibodies, and Western blot was performed. γH2AX was used as a marker of DNA damage induced by CPT (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "untreated", "or", "treated", "with", "CPT", "(", "1", "μM", ")", "for", "1", "h", "followed", "by", "lysing", "with", "RIPA", "buffer", "and", "lysates", "were", "then", "immunoprecipitated", "using", "anti", "-", "IgG", "or", "anti", "-", "PAR", "antibodies", "and", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were untreated or treated with CPT (1 μM) for 1 h followed by lysing with RIPA buffer and lysates were then immunoprecipitated using anti-IgG or anti-PAR antibodies and immunoblotted with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "untreated", "or", "treated", "with", "CPT", "(", "1", "μM", ")", "for", "1", "h", "and", "cellular", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "using", "anti", "-", "IgG", "or", "anti", "-", "BRD7", "antibodies", "and", "immunoblotted", "were", "performed", "using", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were untreated or treated with CPT (1 μM) for 1 h and cellular lysates were immunoprecipitated using anti-IgG or anti-BRD7 antibodies and immunoblotted were performed using the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "and", "293T", "cells", "transfected", "with", "Myc", "-", "BRD7", "plasmid", "for", "24", "h", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ".", "Lysates", "were", "then", "immunoprecipitated", "using", "anti", "-", "Myc", "agarose", "and", "immunoblotted", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Ribosylation", "levels", "of", "exogenous", "BRD7", "were", "detected", "using", "anti", "-", "PAR", "antibody", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa and 293T cells transfected with Myc-BRD7 plasmid for 24 h were lysed with RIPA buffer. Lysates were then immunoprecipitated using anti-Myc agarose and immunoblotted using the indicated antibodies. Ribosylation levels of exogenous BRD7 were detected using anti-PAR antibody (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "transfected", "with", "Myc", "-", "BRD7", "plasmid", ".", "After", "24", "hours", ",", "cells", "were", "treated", "with", "either", "CPT", "(", "1", "μM", ")", "or", "ADR", "(", "5", "μM", ")", "combined", "with", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "indicated", "times", ".", "Cellular", "lysates", "were", "immunoprecipitated", "using", "anti", "-", "Myc", "agarose", "and", "immunoblotted", "using", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells transfected with Myc-BRD7 plasmid. After 24 hours, cells were treated with either CPT (1 μM) or ADR (5 μM) combined with MG132 (10 μM) for indicated times. Cellular lysates were immunoprecipitated using anti-Myc agarose and immunoblotted using the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "PARP1", "wild", "-", "type", "and", "PARP1", "knockout", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "BRD7", "for", "24", "h", ",", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "using", "anti", "-", "Myc", "agarose", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa PARP1 wild-type and PARP1 knockout cells were transfected with Myc-BRD7 for 24 h, lysates were subjected to immunoprecipitation using anti-Myc agarose and analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "were", "transfected", "with", "BRD7", "wild", "-", "type", "and", "various", "BRD7", "mutant", "plasmids", "for", "24", "h", ",", "lysed", "with", "RIPA", ",", "followed", "by", "anti", "-", "Myc", "IP", "and", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibody", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa were transfected with BRD7 wild-type and various BRD7 mutant plasmids for 24 h, lysed with RIPA, followed by anti-Myc IP and Western blot with indicated antibody (n=3)."}
{"words": ["Ribosylation", "of", "BRD7", "by", "PARP1", "in", "vitro", ".", "Recombinant", "BRD7", "was", "subjected", "to", "in", "vitro", "ribosylation", "either", "in", "absence", "or", "presence", "of", "biotin", "-", "labeled", "NAD", "+", ".", "Recombinant", "proteins", "were", "detected", "by", "indicated", "antibodies", ",", "and", "ribosylated", "proteins", "were", "determined", "with", "anti", "-", "biotin", "antibody", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ribosylation of BRD7 by PARP1 in vitro. Recombinant BRD7 was subjected to in vitro ribosylation either in absence or presence of biotin-labeled NAD+. Recombinant proteins were detected by indicated antibodies, and ribosylated proteins were determined with anti-biotin antibody (n=3)."}
{"words": ["PAR", "-", "binding", "motif", "of", "BRD7", "is", "required", "for", "its", "ribosylation", "by", "PARP1", ".", "Recombinant", "Myc", "-", "BRD7", "-", "WT", "and", "Myc", "-", "BRD7", "-", "mutant", "were", "subjected", "to", "in", "vitro", "ribosylation", "assay", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "as", "indicated", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PAR-binding motif of BRD7 is required for its ribosylation by PARP1. Recombinant Myc-BRD7-WT and Myc-BRD7-mutant were subjected to in vitro ribosylation assay and analysed by Western blot as indicated (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "Flag", "-", "PARP1", "and", "Myc", "-", "BRD7", "for", "24", "h", ",", "then", "treated", "with", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "for", "additional", "4", "h", ",", "and", "proteins", "were", "detected", "by", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with Flag-PARP1 and Myc-BRD7 for 24 h, then treated with MG132 (10 μM) for additional 4 h, and proteins were detected by Western blot with indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "scrambled", "or", "PARP1", "siRNAs", "for", "48", "h", ",", "protein", "levels", "were", "detected", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with either scrambled or PARP1 siRNAs for 48 h, protein levels were detected by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["Expression", "of", "BRD7", ",", "p21", "and", "PARP1", "measured", "in", "PARP1", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "HeLa", "cells", "using", "PARP1", "sgRNA", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Expression of BRD7, p21 and PARP1 measured in PARP1 wild-type and knockout HeLa cells using PARP1 sgRNA by Western blot (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cell", "were", "treated", "with", "different", "concentration", "of", "PARG", "inhibitor", "PDD0017273", "for", "48", "h", ",", "cell", "lysates", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cell were treated with different concentration of PARG inhibitor PDD0017273 for 48 h, cell lysates were analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cell", "were", "treated", "with", "10", "μM", "of", "PDD0017273", "for", "indicated", "times", ",", "cell", "lysates", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cell were treated with 10 μM of PDD0017273 for indicated times, cell lysates were analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["Wild", "-", "type", "and", "PARP1", "knockout", "HeLa", "cells", "were", "incubated", "with", "10", "μg", "/", "ml", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Lysates", "were", "harvested", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", ".", "Quantification", "of", "BRD7", "protein", "are", "shown", "in", "F", "(", "n", "=", "3", ")", "and", "results", "represent", "mean", "±", "SEM", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "Relative", "amounts", "normalized", "to", "the", "BRD7", "protein", "level", "at", "0", "h", "of", "Control", "or", "sgPARP1", "cells", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Wild-type and PARP1 knockout HeLa cells were incubated with 10 μg/ml cycloheximide (CHX) for the indicated times. Lysates were harvested and analysed by Western blot. Quantification of BRD7 protein are shown in F (n=3) and results represent mean ± SEM. Error bars indicate SEM. Relative amounts normalized to the BRD7 protein level at 0 h of Control or sgPARP1 cells, respectively."}
{"words": ["PARP1", "wild", "-", "type", "and", "knockout", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "ubiquitin", "for", "24", "h", ",", "and", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "for", "an", "additional", "4", "h", ",", "cells", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ";", "followed", "by", "anti", "-", "BRD7", "IP", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "PARP1 wild-type and knockout HeLa cells were transfected with HA-ubiquitin for 24 h, and MG132 (10 μM) was added for an additional 4 h, cells were lysed with RIPA buffer; followed by anti-BRD7 IP and analysed by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["SFB", "-", "BRD7", "stably", "overexpressing", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "scramble", "or", "PARP1", "siRNA", "for", "24", "h", "were", "transfected", "with", "vector", "or", "HA", "-", "ubiquitin", "(", "Lys48", "or", "Lys63", "only", ")", "for", "24", "h", ",", "and", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "for", "an", "additional", "4", "h", ",", "lysed", "with", "RIPA", ",", "subjected", "to", "IP", "using", "S", "tag", "beads", "followed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "SFB-BRD7 stably overexpressing HeLa cells transfected with scramble or PARP1 siRNA for 24 h were transfected with vector or HA-ubiquitin (Lys48 or Lys63 only) for 24 h, and MG132 (10 μM) was added for an additional 4 h, lysed with RIPA, subjected to IP using S tag beads followed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "either", "wild", "-", "type", "or", "BRD7", "mutant", "with", "Flag", "-", "PARP1", "for", "24", "h", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were co-transfected either wild-type or BRD7 mutant with Flag-PARP1 for 24 h and analysed by Western blot (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "either", "wild", "-", "type", "or", "BRD7", "mutant", "plus", "HA", "-", "ubiquitin", "for", "24", "h", ",", "and", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "for", "an", "additional", "4", "h", "and", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ",", "followed", "by", "anti", "-", "Myc", "agarose", "IP", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were co-transfected with either wild-type or BRD7 mutant plus HA-ubiquitin for 24 h, and MG132 (10 μM) was added for an additional 4 h and lysed with RIPA buffer, followed by anti-Myc agarose IP and analysed by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "scrambled", "or", "RNF146", "siRNAs", "(", "48", "h", ")", ".", "Protein", "levels", "were", "detected", "by", "Western", "blot", ".", "PTEN", ",", "which", "is", "a", "known", "RNF146", "-", "interacting", "protein", ",", "was", "included", "as", "a", "positive", "control", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa and MDA-MB-231 cells were transfected with either scrambled or RNF146 siRNAs (48 h). Protein levels were detected by Western blot. PTEN, which is a known RNF146-interacting protein, was included as a positive control (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "either", "scrambled", "or", "RNF146", "siRNAs", "for", "48", "h", ",", "followed", "by", "incubation", "with", "10", "μg", "/", "ml", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "the", "indicated", "periods", "of", "time", ".", "Lysates", "were", "harvested", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Quantification", "of", "BRD7", "protein", "levels", "from", "B", ",", "n", "=", "3", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "Relative", "amounts", "normalized", "to", "the", "BRD7", "protein", "level", "at", "0", "h", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with either scrambled or RNF146 siRNAs for 48 h, followed by incubation with 10 μg/ml cycloheximide (CHX) for the indicated periods of time. Lysates were harvested and analysed by Western blot (n=3). Quantification of BRD7 protein levels from B, n=3. Error bars indicate SEM. Relative amounts normalized to the BRD7 protein level at 0 h."}
{"words": ["Control", "and", "RNF146", "stably", "overexpressing", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "BRD7", "-", "WT", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "incubation", "with", "10", "μg", "/", "ml", "cycloheximide", "(", "CHX", ")", "for", "indicated", "periods", "of", "time", ".", "Lysates", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Quantification", "of", "BRD7", "protein", "levels", "from", "D", ",", "n", "=", "3", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "Relative", "amounts", "normalized", "to", "the", "BRD7", "protein", "level", "at", "0", "h", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Control and RNF146 stably overexpressing HeLa cells were transfected with Myc-BRD7-WT for 24 h, followed by incubation with 10 μg/ml cycloheximide (CHX) for indicated periods of time. Lysates were subjected to Western blot analysis (n=3). Quantification of BRD7 protein levels from D, n=3. Error bars indicate SEM. Relative amounts normalized to the BRD7 protein level at 0 h."}
{"words": ["HeLa", "cells", "transfected", "with", "either", "RNF146", "or", "control", "siRNA", "for", "24", "h", "followed", "by", "transfection", "of", "HA", "-", "ubiquitin", "for", "another", "24", "h", ";", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "for", "4", "h", "and", "lysed", "with", "RIPA", ",", "followed", "by", "anti", "-", "BRD7", "IP", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "the", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells transfected with either RNF146 or control siRNA for 24 h followed by transfection of HA-ubiquitin for another 24 h; MG132 (10 μM) was added for 4 h and lysed with RIPA, followed by anti-BRD7 IP and analysed by Western blot with the indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "RNF146", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "ubiquitin", "for", "24", "h", ";", "MG132", "(", "10", "μM", ")", "was", "added", "for", "an", "additional", "4", "h", ",", "followed", "by", "anti", "-", "BRD7", "IP", "and", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing RNF146 were transfected with HA-ubiquitin for 24 h; MG132 (10 μM) was added for an additional 4 h, followed by anti-BRD7 IP and Western blot (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ";", "after", "24", "h", ",", "cells", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", "followed", "by", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "using", "either", "anti", "-", "Myc", "or", "anti", "-", "Flag", "agarose", "and", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibody", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells transfected with the indicated plasmids; after 24 h, cells were lysed with RIPA buffer followed by immunoprecipitation (IP) using either anti-Myc or anti-Flag agarose and Western blot with indicated antibody (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "and", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "lysed", "with", "RIPA", "buffer", ",", "and", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "using", "either", "anti", "-", "IgG", ",", "anti", "-", "BRD7", "or", "anti", "-", "RNF146", "antibodies", "followed", "by", "analysis", "with", "Western", "blot", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa and MDA-MB-231 cells were lysed with RIPA buffer, and lysates were subjected to IP using either anti-IgG, anti-BRD7 or anti-RNF146 antibodies followed by analysis with Western blot (n=3)."}
{"words": ["Association", "of", "endogenous", "BRD7", "with", "RNF146", "in", "HeLa", "cells", "was", "performed", "by", "co", "-", "IP", "using", "anti", "-", "RNF146", "antibody", ".", "Cell", "lysates", "were", "incubated", "with", "protein", "-", "G", "agarose", "beads", "conjugated", "with", "indicated", "antibodies", ",", "and", "Western", "blot", "was", "performed", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Association of endogenous BRD7 with RNF146 in HeLa cells was performed by co-IP using anti-RNF146 antibody. Cell lysates were incubated with protein-G agarose beads conjugated with indicated antibodies, and Western blot was performed (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "with", "wild", "-", "type", "or", "PARP1", "knockout", "were", "transfected", "with", "Myc", "-", "BRD7", "-", "WT", "for", "24", "h", ",", "their", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "using", "anti", "-", "Myc", "agarose", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells with wild-type or PARP1 knockout were transfected with Myc-BRD7-WT for 24 h, their lysates were subjected to IP using anti-Myc agarose and analysed by Western blot with indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "stably", "expressing", "Flag", "-", "RNF146", "were", "transfected", "with", "either", "Myc", "-", "BRD7", "-", "WT", "or", "Myc", "-", "BRD7", "-", "mutant", "for", "24", "h", ",", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "using", "anti", "-", "Flag", "agarose", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells stably expressing Flag-RNF146 were transfected with either Myc-BRD7-WT or Myc-BRD7-mutant for 24 h, lysates were subjected to IP using anti-Flag agarose and analysed by Western blot with indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "transfected", "twice", "with", "indicated", "siRNAs", ",", "the", "absorbance", "values", "of", "indicated", "cell", "lines", "was", "measured", "at", "different", "time", "points", "by", "CCK8", "assay", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Error", "bars", "indicate", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cells were transfected twice with indicated siRNAs, the absorbance values of indicated cell lines was measured at different time points by CCK8 assay (n=3). Data from three independent experiments are expressed as mean ± SEM. Error bars indicate SEM."}
{"words": ["Cell", "lysates", "treated", "in", "A", "were", "analysed", "by", "western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cell lysates treated in A were analysed by western blot with indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "treated", "with", "Olaparib", "(", "10", "μM", ")", "combined", "with", "ADR", "(", "0", ".", "5", "μM", ")", ",", "CPT", "(", "0", ".", "5", "μM", ")", "or", "VP16", "(", "10", "μM", ")", "for", "72", "h", ",", "and", "CCK8", "activity", "of", "the", "cells", "was", "detected", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Results", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "experiments", "and", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "N", ".", "S", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cells were treated with Olaparib (10 μM) combined with ADR (0.5 μM), CPT (0.5 μM) or VP16 (10 μM) for 72 h, and CCK8 activity of the cells was detected (n=3). Results represent mean ± SEM of three experiments and Error bars indicate SEM. N.S., not significant; **P < 0.01, Student's t test."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "treated", "with", "Olaparib", "(", "10", "μM", ")", "combined", "with", "ADR", "(", "0", ".", "5", "μM", ")", "for", "72", "h", ",", "and", "their", "lysates", "were", "subjected", "to", "IP", "using", "anti", "-", "BRD7", "antibodies", "and", "analysed", "by", "Western", "blot", "with", "indicated", "antibodies", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cells were treated with Olaparib (10 μM) combined with ADR (0.5 μM) for 72 h, and their lysates were subjected to IP using anti-BRD7 antibodies and analysed by Western blot with indicated antibodies (n=3)."}
{"words": ["MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", "were", "transfected", "twice", "with", "BRD7", "siRNAs", ",", "and", "these", "cells", "were", "subjected", "to", "CCK8", "assay", "after", "treatment", "with", "Olaparib", "(", "10", "μM", ")", "combined", "with", "either", "ADR", "(", "0", ".", "5", "μM", ")", "or", "VP16", "(", "10", "μM", ")", "for", "72", "h", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Results", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "experiments", "and", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "N", ".", "S", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MDA-MB-231 cells were transfected twice with BRD7 siRNAs, and these cells were subjected to CCK8 assay after treatment with Olaparib (10 μM) combined with either ADR (0.5 μM) or VP16 (10 μM) for 72 h (n=3). Results represent mean ± SEM of three experiments and Error bars indicate SEM. N.S., not significant; **P < 0.01, Student's t test."}
{"words": ["Resistance", "of", "BRD7", "-", "depleted", "cells", "to", "Olaparib", "was", "reversed", "by", "the", "expression", "of", "wild", "-", "type", "BRD7", "but", "not", "mutant", "BRD7", ".", "shRNA", "-", "resistant", "BRD7", "wild", "-", "type", "and", "BRD7", "mutant", "plasmids", "were", "transduced", "into", "BRD7", "-", "depleted", "MDA", "-", "MB", "-", "231", "cells", ",", "and", "cell", "viability", "was", "determined", "as", "indicated", "above", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Results", "represent", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "experiments", "and", "Error", "bars", "indicate", "SEM", ".", "N", ".", "S", ".", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "Student", "'", "s", "t", "test", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Resistance of BRD7-depleted cells to Olaparib was reversed by the expression of wild-type BRD7 but not mutant BRD7. shRNA-resistant BRD7 wild-type and BRD7 mutant plasmids were transduced into BRD7-depleted MDA-MB-231 cells, and cell viability was determined as indicated above (n=3). Results represent mean ± SEM of three experiments and Error bars indicate SEM. N.S., not significant; **P < 0.01, Student's t test."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "TGF", "ligands", ",", "TGF", "receptors", ",", "and", "TGF", "target", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", ".", "(", "NS", ":", "not", "significant", "compared", "to", "control", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "-", "actin", "was", "used", "for", "sample", "loading", "normalization", ".", "Histogram", "of", "qRT", "-", "PCR", "results", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) qRT-PCR analysis of TGF ligands, TGF receptors, and TGF target expression in control and FRS2 knockdown HASMCs. (NS: not significant compared to control, *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001 compared to control; unpaired two-tailed Student's t test). -actin was used for sample loading normalization. Histogram of qRT-PCR results are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "C", ")", "Left", ":", "Immunoblot", "analysis", "of", "TGFRs", ",", "phosphorylated", "Smad2", "(", "p", "-", "Smad2", ")", ",", "and", "phosphorylated", "Smad3", "(", "p", "-", "Smad3", ")", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", ".", "Blots", "are", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", ".", "Right", ":", "Band", "intensities", "of", "p", "-", "Smad2", ",", "p", "-", "Smad3", ",", "TGFR1", ",", "and", "TGFR2", "were", "normalized", "to", "Smad2", "/", "3", "or", "GAPDH", "and", "expressed", "as", "a", "fraction", "of", "a", "control", "value", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "means", "±", "SD", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Left: Immunoblot analysis of TGFRs, phosphorylated Smad2 (p-Smad2), and phosphorylated Smad3 (p-Smad3) in control and FRS2 knockdown HASMCs. Blots are representative of four independent experiments. Right: Band intensities of p-Smad2, p-Smad3, TGFR1, and TGFR2 were normalized to Smad2/3 or GAPDH and expressed as a fraction of a control value. Results are expressed as means ± SD (*p<0.05; ***p<0.001 compared to control; unpaired two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Left", ":", "Immunoblot", "analysis", "of", "smooth", "muscle", "marker", "gene", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", ".", "Blots", "are", "representative", "of", "four", "independent", "experiments", ".", "Right", ":", "Band", "intensities", "of", "SM", "-", "actin", ",", "SM22", ",", "and", "SM", "-", "calponin", "were", "normalized", "to", "-", "tubulin", "and", "expressed", "as", "a", "fraction", "of", "a", "control", "value", ".", "Results", "are", "expressed", "as", "means", "±", "SD", "(", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Left: Immunoblot analysis of smooth muscle marker gene expression in control and FRS2 knockdown HASMCs. Blots are representative of four independent experiments. Right: Band intensities of SM -actin, SM22, and SM-calponin were normalized to -tubulin and expressed as a fraction of a control value. Results are expressed as means ± SD (**p<0.01; ***p<0.001 compared to control; unpaired two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["(", "B", ")", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "SMC", "transcription", "factor", "gene", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", ".", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "N", "=", "3", ")", ".", "-", "actin", "was", "used", "for", "sample", "loading", "normalization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) qRT-PCR analysis of SMC transcription factor gene expression in control and FRS2 knockdown HASMCs. (*p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001 compared to control; unpaired two-tailed Student's t test. N=3). -actin was used for sample loading normalization."}
{"words": ["(", "C", ")", "Collagen", "gel", "contraction", "assays", "were", "used", "to", "determine", "the", "contractile", "ability", "of", "control", "or", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "compared", "to", "control", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", "N", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Collagen gel contraction assays were used to determine the contractile ability of control or FRS2 knockdown HASMCs (*p<0.05 compared to control; unpaired two-tailed Student's t test. N=3)."}
{"words": ["(", "D", "-", "F", ")", "Upper", "panels", ":", "Immunoblots", "of", "smooth", "muscle", "markers", ",", "phosphorylated", "Smad2", "(", "p", "-", "Smad2", ")", ",", "and", "TGFR1", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", "treated", "with", "SB431542", "(", "10", "m", ")", ",", "TGFR2", "or", "Smad2", "shRNA", "lentiviruses", ".", "Blots", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Bottom", "panels", ":", "Band", "intensities", "of", "SM", "-", "calponin", "and", "p", "-", "Smad2", "were", "normalized", "to", "-", "tubulin", ",", "HSP90", ",", "or", "Smad2", "and", "expressed", "as", "a", "fraction", "of", "a", "control", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D-F) Upper panels: Immunoblots of smooth muscle markers, phosphorylated Smad2 (p-Smad2), and TGFR1 expression in control and FRS2 knockdown HASMCs treated with SB431542 (10 m), TGFR2 or Smad2 shRNA lentiviruses. Blots are representative of three independent experiments. Bottom panels: Band intensities of SM-calponin and p-Smad2 were normalized to -tubulin, HSP90, or Smad2 and expressed as a fraction of a control value."}
{"words": ["(", "A", ")", "Quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "mature", "let", "-", "7", "family", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", ".", "SNORD47", "was", "used", "to", "normalize", "the", "variability", "in", "template", "loading", ".", "Histogram", "of", "qRT", "-", "PCR", "results", "are", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Quantitative real-time PCR analysis of mature let-7 family in control and FRS2 knockdown HASMCs. SNORD47 was used to normalize the variability in template loading. Histogram of qRT-PCR results are three independent experiments."}
{"words": ["(", "B", ")", "Upper", "panel", ":", "Immunoblots", "of", "SM", "-", "calponin", ",", "phosphorylated", "Smad2", "(", "p", "-", "Smad2", ")", ",", "and", "TGFR1", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", "transduced", "with", "or", "without", "let", "-", "7b", "lentiviruses", ".", "Blots", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "Bottom", "panels", ":", "Band", "intensities", "of", "SM", "-", "calponin", "and", "p", "-", "Smad2", "were", "normalized", "to", "GAPDH", "or", "Smad2", "and", "expressed", "as", "a", "fraction", "of", "a", "control", "value", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Upper panel: Immunoblots of SM-calponin, phosphorylated Smad2 (p-Smad2), and TGFR1 expression in control and FRS2 knockdown HASMCs transduced with or without let-7b lentiviruses. Blots are representative of three independent experiments. Bottom panels: Band intensities of SM-calponin and p-Smad2 were normalized to GAPDH or Smad2 and expressed as a fraction of a control value."}
{"words": ["(", "C", ")", "Phase", "-", "contrast", "and", "immunofluorescence", "staining", "of", "smooth", "muscle", "markers", "(", "red", ")", "in", "HASMCs", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "12", "m", ".", "Images", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Phase-contrast and immunofluorescence staining of smooth muscle markers (red) in HASMCs. Nuclei were counterstained with DAPI (blue). Scale bar: 12 m. Images are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "D", ")", "HASMCs", "were", "cultured", "in", "the", "growth", "medium", "(", "M231", "+", "SMGS", ")", "at", "day", "0", "then", "switched", "from", "growth", "conditions", "to", "differentiation", "medium", "(", "M231", "+", "SMDS", ")", "for", "8", "days", ".", "Quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "analysis", "of", "mature", "let", "-", "7", "family", "in", "HASMCs", ".", "SNORD47", "was", "used", "to", "normalize", "the", "variability", "in", "template", "loading", ".", "Histogram", "of", "qRT", "-", "PCR", "results", "are", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HASMCs were cultured in the growth medium (M231 + SMGS) at day 0 then switched from growth conditions to differentiation medium (M231 + SMDS) for 8 days. Quantitative real-time PCR analysis of mature let-7 family in HASMCs. SNORD47 was used to normalize the variability in template loading. Histogram of qRT-PCR results are three independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", "were", "cultured", "in", "the", "growth", "medium", "(", "M231", "+", "SMGS", ")", "at", "day", "0", "then", "switched", "from", "growth", "conditions", "to", "differentiation", "medium", "(", "M231", "+", "SMDS", ")", "for", "6", "days", "with", "or", "without", "let", "-", "7b", "lentiviruses", ".", "Immunoblots", "of", "smooth", "muscle", "markers", ",", "phosphorylated", "Smad2", "(", "p", "-", "Smad2", ")", ",", "and", "TGFR1", "expression", "in", "control", "and", "FRS2", "knockdown", "HASMCs", "with", "or", "without", "let", "-", "7b", "lentiviruses", ".", "Blots", "are", "representative", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Control and FRS2 knockdown HASMCs were cultured in the growth medium (M231 + SMGS) at day 0 then switched from growth conditions to differentiation medium (M231 + SMDS) for 6 days with or without let-7b lentiviruses. Immunoblots of smooth muscle markers, phosphorylated Smad2 (p-Smad2), and TGFR1 expression in control and FRS2 knockdown HASMCs with or without let-7b lentiviruses. Blots are representative of three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Coronary", "arteries", "dissected", "from", "the", "human", "heart", ".", "Left", "main", "(", "LM", ")", ",", "left", "anterior", "descending", "(", "LAD", ")", ",", "and", "left", "circumflex", "(", "LCX", ")", "branches", ".", "Scale", "bar", ":", "1", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Coronary arteries dissected from the human heart. Left main (LM), left anterior descending (LAD), and left circumflex (LCX) branches. Scale bar: 1 cm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Elastic", "-", "Van", "Gieson", "(", "EVG", ")", "staining", "of", "human", "coronary", "arteries", "demonstrating", "various", "degrees", "of", "atherosclerosis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Elastic-Van Gieson (EVG) staining of human coronary arteries demonstrating various degrees of atherosclerosis."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "staining", "for", "CD31", "(", "green", ")", "and", "SM", "-", "actin", "(", "red", ")", "or", "SM", "-", "MHC", "(", "red", ")", "in", "No", "/", "mild", ",", "moderate", ",", "and", "severe", "disease", "human", "left", "main", "coronary", "arteries", ".", "No", ":", "no", "-", "disease", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "(", "b", ")", "&", "amp", ";", "(", "d", ")", "&", "amp", ";", "(", "f", ")", "are", "high", "-", "magnification", "view", "from", "(", "a", ")", "&", "amp", ";", "(", "c", ")", "&", "amp", ";", "(", "e", ")", ".", "Images", "are", "representative", "of", "ten", "No", "/", "mild", ",", "nine", "moderate", "and", "ten", "severe", "disease", "human", "left", "main", "coronary", "artery", "samples", ".", "L", ":", "lumen", ".", "Scale", "bar", ":", "16", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Representative images of immunofluorescence staining for CD31 (green) and SM -actin (red) or SM-MHC (red) in No/mild, moderate, and severe disease human left main coronary arteries. No: no-disease. Nuclei were stained with DAPI (blue). (b)&amp;(d)&amp;(f) are high-magnification view from (a)&amp;(c)&amp;(e). Images are representative of ten No/mild, nine moderate and ten severe disease human left main coronary artery samples. L: lumen. Scale bar: 16 m."}
{"words": ["(", "E", "&", "amp", ";", "G", ")", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "staining", "for", "p", "-", "FGFR1", "(", "red", ")", "or", "FGFR1", "(", "red", ")", "in", "the", "same", "patient", "cohort", ".", "Nuclei", "were", "counter", "-", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "16", "m", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E&amp;G) Representative images of immunofluorescence staining for p-FGFR1 (red) or FGFR1 (red) in the same patient cohort. Nuclei were counter-stained with DAPI (blue). Scale bar: 16 m."}
{"words": ["(", "F", "&", "amp", ";", "H", ")", "Percentage", "of", "medial", "p", "-", "FGFR1", "+", "SMC", "and", "FGFR1", "+", "SMC", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "No", "/", "mild", "disease", ",", "NS", ":", "not", "significant", "compared", "to", "No", "/", "mild", "disease", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "hoc", "test", "for", "multiple", "comparison", "correction", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F&amp;H) Percentage of medial p-FGFR1+ SMC and FGFR1+ SMC (***p<0.001 compared to No/mild disease, NS: not significant compared to No/mild disease; one-way ANOVA with Newman-Keuls post hoc test for multiple comparison correction)."}
{"words": ["Figure", "5", ".", "TGFβ", "signaling", "activity", "in", "smooth", "muscle", "cells", "in", "human", "left", "main", "coronary", "arteries", "with", "various", "degrees", "of", "atherosclerosis", ".", "(", "A", "&", "C", "&", "E", ")", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "staining", "for", "TGF", "(", "red", ")", ",", "p", "-", "Smad2", "(", "red", ")", ",", "or", "p", "-", "Smad3", "(", "red", ")", "from", "patients", "with", "No", "/", "mild", ",", "moderate", ",", "or", "severe", "disease", ".", "Nuclei", "were", "counter", "-", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "16", "m", ".", "(", "B", "&", "D", "&", "F", ")", "Medial", "TGF", "area", "and", "percentage", "of", "medial", "p", "-", "Smad2", ",", "and", "p", "-", "Smad3", "positive", "SMCs", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "No", "/", "mild", "disease", ";", "one", "-", "way", "ANOVA", "with", "Newman", "-", "Keuls", "post", "hoc", "test", "for", "multiple", "comparison", "correction", ")", ".", "A", "full", "table", "of", "p", "-", "values", "for", "this", "figure", "is", "shown", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Figure 5. TGFβ signaling activity in smooth muscle cells in human left main coronary arteries with various degrees of atherosclerosis. (A&C&E) Representative images of immunofluorescence staining for TGF (red), p-Smad2 (red), or p-Smad3 (red) from patients with No/mild, moderate, or severe disease. Nuclei were counter-stained with DAPI (blue). Scale bar: 16 m. (B&D&F) Medial TGF area and percentage of medial p-Smad2, and p-Smad3 positive SMCs (***p<0.001 compared to No/mild disease; one-way ANOVA with Newman-Keuls post hoc test for multiple comparison correction). A full table of p-values for this figure is shown in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "A", ")", "Dissected", "mouse", "aorta", "demonstrating", "lipid", "-", "rich", "plaques", "in", "brachiocephalic", "artery", "after", "4", "months", "of", "high", "fat", "diet", "compared", "to", "the", "normal", "diet", "in", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", ".", "(", "b", ")", "&", "(", "d", ")", "Cross", "-", "section", "of", "brachiocephalic", "artery", "from", "(", "a", ")", "&", "(", "c", ")", "stained", "with", "Oil", "Red", "O", ".", "L", ":", "lumen", ".", "Scale", "bar", ":", "4", "mm", ".", "3", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Dissected mouse aorta demonstrating lipid-rich plaques in brachiocephalic artery after 4 months of high fat diet compared to the normal diet in Apoe-/- mice. (b) & (d) Cross-section of brachiocephalic artery from (a) & (c) stained with Oil Red O. L: lumen. Scale bar: 4 mm. 3 mice per group."}
{"words": ["(", "B", ")", "Histological", "analysis", "of", "mouse", "normal", "artery", "or", "atherosclerotic", "plaque", "in", "brachiocephalic", "artery", "with", "anti", "-", "SM", "-", "actin", ",", "anti", "-", "Notch3", ",", "and", "anti", "-", "SM", "-", "MHC", "antibodies", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "L", ":", "lumen", ".", "Scale", "bar", ":", "62", "m", ".", "3", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Histological analysis of mouse normal artery or atherosclerotic plaque in brachiocephalic artery with anti-SM -actin, anti-Notch3, and anti-SM-MHC antibodies. Nuclei were counterstained with DAPI (blue). L: lumen. Scale bar: 62 m. 3 mice per group."}
{"words": ["(", "C", "-", "F", ")", "Analysis", "of", "brachiocephalic", "artery", "of", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "maintained", "for", "4", "months", "on", "either", "normal", "or", "high", "fat", "diet", "using", "anti", "-", "CD31", "(", "green", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "FGFR1", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "FGFR1", "(", "red", ")", ",", "anti", "-", "p", "-", "Smad2", "(", "red", ")", ",", "and", "anti", "-", "p", "-", "Smad3", "(", "red", ")", "antibodies", ".", "Nuclei", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "62", "m", ".", "L", ":", "lumen", ".", "M", ":", "Media", ".", "6", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-F) Analysis of brachiocephalic artery of Apoe-/- mice maintained for 4 months on either normal or high fat diet using anti-CD31 (green), anti-p-FGFR1 (red), anti-FGFR1 (red), anti-p-Smad2 (red), and anti-p-Smad3 (red) antibodies. Nuclei counterstained with DAPI (blue). Scale bar: 62 m. L: lumen. M: Media. 6 mice per group."}
{"words": ["(", "G", "-", "J", ")", "Quantification", "of", "the", "number", "of", "medial", "smooth", "muscle", "cells", "expressing", "p", "-", "FGFR1", ",", "FGFR1", ",", "p", "-", "Smad2", ",", "and", "p", "-", "Smad3", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "ND", ",", "NS", ":", "not", "significant", "compared", "to", "ND", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ".", ")", ".", "ND", ":", "Normal", "diet", ".", "HFD", ":", "High", "fat", "diet", ".", "A", "full", "table", "of", "p", "-", "values", "for", "this", "figure", "is", "shown", "in", "Appendix", "Table", "S1", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-J) Quantification of the number of medial smooth muscle cells expressing p-FGFR1, FGFR1, p-Smad2, and p-Smad3 (***p<0.001 compared to ND, NS: not significant compared to ND; unpaired two-tailed Student's t test.). ND: Normal diet. HFD: High fat diet. A full table of p-values for this figure is shown in Appendix Table S1."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "photomicrographs", "of", "Oil", "Red", "O", "-", "stained", "atherosclerotic", "lesions", "in", "the", "aortic", "arch", ",", "of", "Apoe", "-", "/", "-", "or", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "after", "16", "weeks", "of", "high", "fat", "diet", ".", "3", "mice", "per", "group", ".", "Scale", "bar", ":", "5", "mm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative photomicrographs of Oil Red O-stained atherosclerotic lesions in the aortic arch, of Apoe-/- or Frs2SMCKO/Apoe-/- mice after 16 weeks of high fat diet. 3 mice per group. Scale bar: 5 mm."}
{"words": ["(", "B", ")", "(", "Left", ")", "Microphotographs", "of", "aortas", "(", "en", "face", ")", "from", "Apoe", "-", "/", "-", "and", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "after", "16", "weeks", "of", "high", "fat", "diet", "after", "staining", "with", "Oil", "Red", "O", ".", "(", "Right", ")", "Lesion", "area", "quantification", ".", "All", "data", "shown", "as", "mean", "±", "SD", ".", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "Apoe", "-", "/", "-", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", ".", "12", "mice", "per", "group", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) (Left) Microphotographs of aortas (en face) from Apoe-/- and Frs2SMCKO/Apoe-/- mice after 16 weeks of high fat diet after staining with Oil Red O. (Right) Lesion area quantification. All data shown as mean ± SD. (***p<0.001 compared to Apoe-/-; unpaired two-tailed Student's t test). 12 mice per group."}
{"words": ["(", "C", "-", "D", ")", "Representative", "cross", "-", "sections", "of", "brachiocephalic", "arteries", "Apoe", "-", "/", "-", "and", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "stained", "with", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "H", "&", "amp", ";", "E", ")", "(", "C", ")", "and", "Movat", "(", "D", ")", ".", "(", "b", ")", "&", "amp", ";", "(", "d", ")", "are", "high", "-", "magnification", "view", "from", "(", "a", ")", "&", "amp", ";", "(", "c", ")", ".", "NC", ":", "necrotic", "core", ".", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "9", ",", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "12", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C-D) Representative cross-sections of brachiocephalic arteries Apoe-/- and Frs2SMCKO/Apoe-/- mice stained with hematoxylin and eosin (H&amp;E) (C) and Movat (D). (b)&amp;(d) are high-magnification view from (a)&amp;(c). NC: necrotic core. Apoe-/- mice N=9, Frs2SMCKO/Apoe-/- mice N=12."}
{"words": ["(", "E", ")", "Histological", "analysis", "of", "atheosclerotic", "plaque", "with", "anti", "-", "Ki67", "antibody", ".", "Nuclei", "were", "counterstained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "(", "b", ")", "&", "(", "d", ")", "are", "high", "-", "magnification", "images", "from", "(", "a", ")", "&", "(", "c", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "62", "m", "(", "low", "-", "magnification", "images", ")", ";", "10", "m", "(", "high", "-", "magnification", "images", ")", ".", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "9", ",", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "12", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Histological analysis of atheosclerotic plaque with anti-Ki67 antibody. Nuclei were counterstained with DAPI (blue). (b)&(d) are high-magnification images from (a)&(c). Scale bar: 62 m (low-magnification images); 10 m (high-magnification images). Apoe-/- mice N=9, Frs2SMCKO/Apoe-/- mice N=12."}
{"words": ["(", "F", ")", "Quantification", "of", "plaque", "cellularity", ";", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "9", ",", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", "N", "=", "12", "(", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "Apoe", "-", "/", "-", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Quantification of plaque cellularity; Apoe-/- mice N=9, Frs2SMCKO/Apoe-/- mice N=12 (***p<0.001 compared to Apoe-/-; unpaired two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Quantifications", "of", "the", "extent", "of", "fibrous", "cap", "and", "necrotic", "areas", "in", "brachiocephalic", "artery", "of", "Apoe", "-", "/", "-", "and", "Frs2SMCKO", "/", "Apoe", "-", "/", "-", "mice", ".", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", "compared", "to", "Apoe", "-", "/", "-", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Quantifications of the extent of fibrous cap and necrotic areas in brachiocephalic artery of Apoe-/- and Frs2SMCKO/Apoe-/- mice. (*p<0.05, **p<0.01 compared to Apoe-/-; unpaired two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Measurement", "of", "Ki67", "+", "cells", "(", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "compared", "to", "Apoe", "-", "/", "-", ";", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Measurement of Ki67+ cells (*p<0.05, ***p<0.001 compared to Apoe-/-; unpaired two-tailed Student's t test)."}
{"words": ["(", "D", ")", "RipAC", "overexpression", "inhibits", "flg22", "-", "triggered", "MAPK", "activation", "in", "Arabidopsis", ".", "100", "nM", "flg22Pto", "was", "used", "to", "treat", "Arabidopsis", "seedlings", "and", "the", "samples", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", ".", "Immunoblots", "were", "analysed", "using", "anti", "-", "pMAPK", "and", "anti", "-", "RipAC", "antibodies", ".", "Coomassie", "brilliant", "blue", "(", "CBB", ")", "staining", "and", "a", "non", "-", "specific", "band", "were", "used", "as", "loading", "control", ".", "Molecular", "weight", "(", "kDa", ")", "marker", "bands", "are", "indicated", "for", "reference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) RipAC overexpression inhibits flg22-triggered MAPK activation in Arabidopsis. 100 nM flg22Pto was used to treat Arabidopsis seedlings and the samples were collected at indicated time points. Immunoblots were analysed using anti-pMAPK and anti-RipAC antibodies. Coomassie brilliant blue (CBB) staining and a non-specific band were used as loading control. Molecular weight (kDa) marker bands are indicated for reference."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Interaction", "between", "RipAC", "and", "SlPUB4", "/", "AtPUB4", "was", "confirmed", "by", "Split", "-", "LUC", "assay", "qualitatively", "(", "A", ")", "and", "quantitatively", "(", "B", ")", "in", "Nicotiana", "benthamiana", ".", "Values", "are", "means", "±", "SE", "(", "n", "=", "8", "biological", "replicates", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "significant", "differences", "compared", "to", "RipAC", "-", "nLUC", "/", "cLUC", "-", "AtPIP2A", "negative", "control", "(", "Student", "'", "s", "t", "test", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ".", "RLU", ":", "relative", "luminescence", "units", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Interaction between RipAC and SlPUB4/AtPUB4 was confirmed by Split-LUC assay qualitatively (A) and quantitatively (B) in Nicotiana benthamiana. Values are means ± SE (n=8 biological replicates). Asterisks indicate significant differences compared to RipAC-nLUC/cLUC-AtPIP2A negative control (Student's t test, **** p<0.0001). RLU: relative luminescence units."}
{"words": ["(", "C", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "SlPUB4", "/", "AtPUB4", "-", "GFP", "and", "RipAC", "-", "nLUC", "after", "co", "-", "expression", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "Two", "days", "after", "Agrobacterium", "infiltration", ",", "the", "plant", "tissues", "were", "collected", "and", "then", "subjected", "to", "anti", "-", "GFP", "immunoprecipitation", ".", "Immunoblots", "were", "analyzed", "using", "anti", "-", "LUC", "and", "anti", "-", "GFP", "antibodies", ".", "Molecular", "weight", "(", "kDa", ")", "marker", "bands", "are", "indicated", "for", "reference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Co-immunoprecipitation of SlPUB4/AtPUB4-GFP and RipAC-nLUC after co-expression in N. benthamiana. Two days after Agrobacterium infiltration, the plant tissues were collected and then subjected to anti-GFP immunoprecipitation. Immunoblots were analyzed using anti-LUC and anti-GFP antibodies. Molecular weight (kDa) marker bands are indicated for reference."}
{"words": ["(", "E", ")", "flg22", "-", "triggered", "MAPK", "activation", "in", "pub4", "T", "-", "DNA", "mutants", ".", "100", "nM", "flg22Pto", "was", "used", "to", "treat", "Arabidopsis", "seedlings", "and", "the", "samples", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "for", "western", "blots", ".", "Immunoblots", "were", "analyzed", "using", "anti", "-", "pMAPK", "and", "anti", "-", "FLS2", "antibodies", ".", "Coomassie", "brilliant", "blue", "(", "CBB", ")", "staining", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "Molecular", "weight", "(", "kDa", ")", "marker", "bands", "are", "indicated", "for", "reference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) flg22-triggered MAPK activation in pub4 T-DNA mutants. 100 nM flg22Pto was used to treat Arabidopsis seedlings and the samples were collected at indicated time points for western blots. Immunoblots were analyzed using anti-pMAPK and anti-FLS2 antibodies. Coomassie brilliant blue (CBB) staining was used as loading control. Molecular weight (kDa) marker bands are indicated for reference."}
{"words": ["(", "B", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "PUB4", "and", "BIK1", "in", "N", ".", "benthamiana", ".", "PUB4", "-", "GFP", "or", "GFP", "-", "LTI6b", "were", "transiently", "co", "-", "expressed", "with", "BIK1", "-", "HA", "in", "the", "leaves", "of", "N", ".", "benthamiana", ".", "After", "treatment", "with", "mock", "or", "1", "μM", "flg22Paer", "for", "10", "min", ",", "total", "proteins", "(", "input", ")", "were", "extracted", "and", "subjected", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "GFP", "beads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Co-immunoprecipitation of PUB4 and BIK1 in N. benthamiana. PUB4-GFP or GFP-LTI6b were transiently co-expressed with BIK1-HA in the leaves of N. benthamiana. After treatment with mock or 1 μM flg22Paer for 10 min, total proteins (input) were extracted and subjected for immunoprecipitation with anti-GFP beads."}
{"words": ["(", "C", ")", "Co", "-", "immunoprecipitation", "of", "PUB4", "with", "PRR", "complex", "members", "in", "Arabidopsis", ".", "PUB4", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "FLS2", "and", "BAK1", "specifically", "after", "10", "min", "of", "1", "μM", "flg22Paer", "treatment", ",", "and", "constantly", "with", "BIK1", ".", "Total", "protein", "extracts", "(", "input", ")", "from", "Col", "-", "0", "and", "PUB4", "-", "FLAG", "plants", "were", "subjected", "to", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "FLAG", "beads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Co-immunoprecipitation of PUB4 with PRR complex members in Arabidopsis. PUB4 co-immunoprecipitated with FLS2 and BAK1 specifically after 10 min of 1 μM flg22Paer treatment, and constantly with BIK1. Total protein extracts (input) from Col-0 and PUB4-FLAG plants were subjected to immunoprecipitation with anti-FLAG beads."}
{"words": ["(", "D", ")", "PUB4", "directly", "interacts", "with", "BIK1", "in", "vitro", ".", "Immunoblots", "were", "analyzed", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Molecular", "weight", "(", "kDa", ")", "marker", "bands", "are", "indicated", "for", "reference", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) PUB4 directly interacts with BIK1 in vitro. Immunoblots were analyzed using the indicated antibodies. Molecular weight (kDa) marker bands are indicated for reference."}
{"words": ["RipAC", "does", "not", "affect", "PUB4", "association", "with", "PRR", "complex", "members", ".", "PUB4", "-", "FLAG", ",", "PUB4", "-", "FLAG", "RipAC", "-", "GFP", "and", "Col", "-", "0", "plants", "were", "treated", "for", "10", "min", "with", "water", "(", "as", "mock", ")", "or", "1", "μM", "flg22Paer", "and", "elf18Ecol", "treatment", ".", "Total", "protein", "extracts", "(", "input", ")", "were", "subjected", "for", "immunoprecipitation", "with", "anti", "-", "FLAG", "beads", ".", "Immunoblots", "were", "analyzed", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Molecular", "weight", "(", "kDa", ")", "marker", "bands", "are", "indicated", "for", "reference", ".", "Data", "information", ":", "The", "experiment", "was", "performed", "3", "times", "with", "similar", "results", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RipAC does not affect PUB4 association with PRR complex members. PUB4-FLAG, PUB4-FLAG RipAC-GFP and Col-0 plants were treated for 10 min with water (as mock) or 1 μM flg22Paer and elf18Ecol treatment. Total protein extracts (input) were subjected for immunoprecipitation with anti-FLAG beads. Immunoblots were analyzed using the indicated antibodies. Molecular weight (kDa) marker bands are indicated for reference. Data information: The experiment was performed 3 times with similar results."}
{"words": ["(", "A", ")", "PUB4", "has", "auto", "-", "ubiquitination", "activity", "in", "vitro", ".", "PUB4", "autoubiquitination", "assay", "using", "His", "-", "Ubiquitin", ",", "UBA1", "(", "E1", ")", ",", "HA", "-", "UBC8", "(", "E2", ")", "and", "MBP", "-", "PUB4", "or", "MBP", "-", "PUB4", "Cys239Ala", "inactive", "mutant", "reconstituted", "in", "bacteria", ".", "Ubiquitinated", "products", "were", "purified", "under", "denaturing", "conditions", "by", "immobilized", "metal", "ion", "chromatography", "(", "IMAC", ")", ".", "Input", "and", "precipitated", "proteins", "were", "resolved", "in", "10", "%", "and", "8", "%", "acrylamide", "gels", ",", "respectively", ",", "and", "analyzed", "by", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", ".", "The", "line", "indicates", "autoubiquitinated", "PUB4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(A) PUB4 has auto-ubiquitination activity in vitro. PUB4 autoubiquitination assay using His-Ubiquitin, UBA1 (E1), HA-UBC8 (E2) and MBP-PUB4 or MBP-PUB4 Cys239Ala inactive mutant reconstituted in bacteria. Ubiquitinated products were purified under denaturing conditions by immobilized metal ion chromatography (IMAC). Input and precipitated proteins were resolved in 10% and 8% acrylamide gels, respectively, and analyzed by immunoblot with indicated antibodies. The line indicates autoubiquitinated PUB4."}
{"words": ["(", "B", ")", "PUB4", "ubiquitinates", "non", "-", "active", "BIK1", ",", "and", "does", "not", "ubiquitinate", "active", "BIK1", ".", "Operon", "containing", "His", "-", "Ubiquitin", ",", "UBA1", "(", "E1", ")", ",", "HA", "-", "UBC8", "(", "E2", ")", ",", "and", "MBP", "-", "PUB4", "were", "co", "-", "transformed", "with", "GST", ",", "GST", "-", "BIK1", ",", "or", "GST", "-", "BIK1", "kinase", "dead", "(", "BIK1", "-", "KD", ")", "in", "the", "presence", "of", "PUB4", ".", "Ubiquitinated", "products", "were", "purified", "under", "denaturing", "conditions", "by", "IMAC", ",", "and", "modified", "proteins", "further", "enriched", "by", "GSH", "chromatography", ".", "Input", "and", "precipitated", "proteins", "were", "resolved", "in", "10", "%", "and", "8", "%", "acrylamide", "gels", ",", "respectively", ",", "and", "analyzed", "by", "immunoblot", "with", "indicated", "antibodies", ".", "The", "line", "indicates", "the", "ubiquitination", "products", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) PUB4 ubiquitinates non-active BIK1, and does not ubiquitinate active BIK1. Operon containing His-Ubiquitin, UBA1 (E1), HA-UBC8 (E2), and MBP-PUB4 were co-transformed with GST, GST-BIK1, or GST-BIK1 kinase dead (BIK1-KD) in the presence of PUB4. Ubiquitinated products were purified under denaturing conditions by IMAC, and modified proteins further enriched by GSH chromatography. Input and precipitated proteins were resolved in 10% and 8% acrylamide gels, respectively, and analyzed by immunoblot with indicated antibodies. The line indicates the ubiquitination products."}
{"words": ["(", "A", ")", "Analysis", "of", "BIK1", "-", "HA", "protein", "accumulation", "in", "BIK1", "-", "HA", "+", "/", "-", ",", "pub4", "-", "/", "-", "BIK1", "-", "HA", "+", "/", "-", ",", "and", "PUB4", "-", "FLAG", "+", "/", "-", "BIK1", "-", "HA", "+", "/", "-", "in", "4", "-", "to", "5", "-", "week", "-", "old", "plants", ".", "Prior", "to", "protein", "extraction", "leave", "disks", "were", "treated", "for", "6", "h", "with", "100", "mM", "MG132", ",", "50", "mM", "CHX", ",", "and", "for", "10", "min", "with", "water", "(", "as", "mock", ")", "or", "1", "mM", "flg22Paer", ".", "Proteins", "were", "extracted", "in", "SDS", "buffer", "and", "analysed", "by", "western", "blot", ".", "BAK1", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "Numbers", "correspond", "to", "the", "quantitation", "of", "the", "BIK1", "-", "HA", "band", ",", "normalized", "to", "the", "quantitation", "of", "the", "BAK1", "control", "band", "in", "the", "same", "sample", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Analysis of BIK1-HA protein accumulation in BIK1-HA+/-, pub4-/- BIK1-HA+/-, and PUB4-FLAG+/- BIK1-HA+/- in 4- to 5-week-old plants. Prior to protein extraction leave disks were treated for 6 h with 100 mM MG132, 50 mM CHX, and for 10 min with water (as mock) or 1 mM flg22Paer. Proteins were extracted in SDS buffer and analysed by western blot. BAK1 was used as a loading control. Numbers correspond to the quantitation of the BIK1-HA band, normalized to the quantitation of the BAK1 control band in the same sample."}
{"words": ["(", "B", ")", "BIK1", "-", "HA", "accumulation", "is", "reduced", "in", "PUB4", "-", "FLAG", "+", "/", "-", "BIK1", "-", "HA", "+", "/", "-", "line", "compared", "to", "BIK1", "-", "HA", "+", "/", "-", "line", "in", "the", "absence", "of", "PAMP", "treatment", ".", "Total", "protein", "extracts", "were", "analysed", "by", "western", "blot", ".", "Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BIK1-HA accumulation is reduced in PUB4-FLAG+/- BIK1-HA+/- line compared to BIK1-HA+/- line in the absence of PAMP treatment. Total protein extracts were analysed by western blot. Tubulin was used as a loading control."}
{"words": ["(", "E", ")", "BIK1", "-", "HA", "accumulation", "is", "reduced", "in", "RipAC", "-", "GFP", "/", "BIK1", "-", "HA", "line", "compared", "to", "Col", "-", "0", "/", "BIK1", "-", "HA", "line", ".", "Total", "protein", "extracts", "were", "analysed", "by", "western", "blot", ".", "Actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) BIK1-HA accumulation is reduced in RipAC-GFP/BIK1-HA line compared to Col-0/BIK1-HA line. Total protein extracts were analysed by western blot. Actin was used as a loading control."}
{"words": ["D", ")", "Cells", "expressing", "empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "or", "PRKAA1", "-", "myc", ",", "PRKAB2", "and", "PRKAG2", "-", "FLAG", "(", "AMPK", ")", "alone", "or", "with", "myc", "-", "Ulk1", "WT", "(", "ULK", ")", "were", "cultured", "in", "full", "medium", "(", "F", ")", ",", "EBSS", "(", "St", ")", ",", "or", "serum", "-", "free", "medium", "(", "SFM", ")", "alone", "or", "in", "the", "presence", "of", "991", "(", "1µM", ")", "or", "MRT68921", "(", "1μM", ")", "for", "90", "minutes", "as", "indicated", ".", "2", "%", "Loading", "control", "and", "pull", "down", "samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Cells expressing empty vector (EV), or PRKAA1-myc, PRKAB2 and PRKAG2-FLAG (AMPK) alone or with myc-Ulk1 WT (ULK) were cultured in full medium (F), EBSS (St), or serum-free medium (SFM) alone or in the presence of 991 (1µM) or MRT68921 (1μM) for 90 minutes as indicated. 2% Loading control and pull down samples were analysed by Western blot."}
{"words": ["A", ")", "VPS15", "-", "ZZ", "was", "co", "-", "expressed", "with", "Ulk1", "and", "Ulk2", "wild", "type", "(", "WT", ")", "or", "kinase", "inactive", "(", "KI", ")", "before", "analysis", "by", "Western", "blot", ".", "An", "electrophoretic", "mobility", "shift", "in", "VPS15", "-", "ZZ", "was", "noted", "with", "WT", "only", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) VPS15-ZZ was co-expressed with Ulk1 and Ulk2 wild type (WT) or kinase inactive (KI) before analysis by Western blot. An electrophoretic mobility shift in VPS15-ZZ was noted with WT only."}
{"words": ["A", ")", "Lysates", "from", "3", "control", "clones", "and", "7", "VPS15", "CRISPR", "clones", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", ".", "LC3", "and", "p62", "accumulation", "as", "well", "as", "depletion", "of", "VPS34", "CI", "components", "was", "observed", "in", "all", "6", "sgA", "-", "derived", "clones", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Lysates from 3 control clones and 7 VPS15 CRISPR clones were analysed by Western blot. LC3 and p62 accumulation as well as depletion of VPS34 CI components was observed in all 6 sgA-derived clones."}
{"words": ["B", ")", "Controls", "and", "6", "VPS15", "CRISPR", "KO", "clones", "were", "starved", "for", "1", "hr", ",", "fixed", "and", "imaged", "for", "WIPI2", "(", "green", ")", ".", "Depletion", "of", "VPS15", "was", "associated", "with", "a", "block", "in", "WIPI2", "puncta", "formation", "and", "large", "vacuoles", "(", "red", "asterisks", ")", ".", "Quantification", "of", "WIPI2", "spots", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Controls and 6 VPS15 CRISPR KO clones were starved for 1 hr, fixed and imaged for WIPI2 (green). Depletion of VPS15 was associated with a block in WIPI2 puncta formation and large vacuoles (red asterisks). Quantification of WIPI2 spots, mean +/- SEM, n=3."}
{"words": ["D", ")", "Wild", "type", "(", "WT", ")", ",", "6SA", "or", "6SE", "VPS15", "-", "HA", ",", "or", "empty", "vector", "(", "EV", ")", ",", "were", "expressed", "in", "VPS15", "KO", "or", "HEK293A", "cells", ".", "Cells", "were", "starved", "for", "1", "hr", "and", "the", "distributions", "of", "WIPI2", "(", "green", ")", ",", "HA", "(", "red", ")", "and", "LC3", "(", "blue", ")", "were", "assessed", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Wild type (WT), 6SA or 6SE VPS15-HA, or empty vector (EV), were expressed in VPS15 KO or HEK293A cells. Cells were starved for 1 hr and the distributions of WIPI2 (green), HA (red) and LC3 (blue) were assessed, mean +/- SEM, n=4."}
{"words": ["D", ")", "VPS34", "CI", "components", "expressed", "with", "Ulk1", "1", "-", "427", "WT", "or", "KI", "as", "indicated", ".", "After", "starvation", "for", "1", "hr", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "MRT68921", "(", "ULK", "inhibitor", ")", ",", "cells", "were", "lysed", "and", "VPS34", "CI", "coimmunoprecipitated", "via", "ATG14", "-", "ZZ", ".", "VPS15", "S861", "phosphorylation", "was", "increased", "in", "the", "presence", "of", "active", "Ulk1", ".", "VPS15", "pS861", "/", "total", "VPS15", "was", "quantified", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "3", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) VPS34 CI components expressed with Ulk1 1-427 WT or KI as indicated. After starvation for 1 hr in the presence or absence of MRT68921 (ULK inhibitor), cells were lysed and VPS34 CI coimmunoprecipitated via ATG14-ZZ. VPS15 S861 phosphorylation was increased in the presence of active Ulk1. VPS15 pS861/total VPS15 was quantified, mean +/- SEM, n=3."}
{"words": ["E", ")", "HEK293A", "were", "transfected", "with", "VPS34", "CII", "components", "and", "Ulk1", "1", "-", "427", "WT", "or", "KI", "and", "treated", "as", "indicated", "before", "VPS34", "CII", "co", "-", "immunopurification", "via", "UVRAG", "-", "ZZ", ".", "Samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blot", "as", "in", "D", ",", "revealing", "that", "Ulk1", "can", "similarly", "phosphorylate", "VPS15", "at", "S861", "when", "incorporated", "into", "CII", ".", "Quantifications", "show", "mean", "of", "4", "independent", "experiments", "+", "/", "-", "SEM", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", "[", "one", "-", "tailed", "ANOVA", "]", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) HEK293A were transfected with VPS34 CII components and Ulk1 1-427 WT or KI and treated as indicated before VPS34 CII co-immunopurification via UVRAG-ZZ. Samples were analysed by Western blot as in D, revealing that Ulk1 can similarly phosphorylate VPS15 at S861 when incorporated into CII. Quantifications show mean of 4 independent experiments +/-SEM, ***p<0.001 [one-tailed ANOVA]."}
{"words": ["A", ")", "HEK293A", ",", "VPS15", "KO", "control", "and", "stably", "rescued", "VPS15", "KOs", "(", "sgA", "-", "B3", ")", "were", "starved", "for", "1", "hr", "before", "WIPI2", "(", "green", ")", ",", "LC3", "(", "red", ")", "and", "DNA", "(", "Hoechst", ",", "blue", ")", "were", "visualised", ".", "Quantification", "of", "WIPI2", "puncta", "number", "per", "cell", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) HEK293A, VPS15 KO control and stably rescued VPS15 KOs (sgA-B3) were starved for 1 hr before WIPI2 (green), LC3 (red) and DNA (Hoechst, blue) were visualised. Quantification of WIPI2 puncta number per cell, mean +/-SEM, n=5."}
{"words": ["B", ")", "Stably", "rescued", "VPS15", "KO", "(", "sgA", "-", "B3", ")", ",", "HEK293A", "and", "VPS15", "KO", "control", "cells", "were", "starved", "for", "1", "hr", "with", "(", "SB", ")", "or", "without", "(", "St", ")", "100nM", "Bafilomycin", "A1", ",", "or", "cultured", "in", "full", "media", "(", "F", ")", ".", "Quantification", "shows", "LC3II", "/", "Actin", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Stably rescued VPS15 KO (sgA-B3), HEK293A and VPS15 KO control cells were starved for 1 hr with (SB) or without (St) 100nM Bafilomycin A1, or cultured in full media (F). Quantification shows LC3II/Actin, mean +/-SEM, n=5."}
{"words": ["A", ")", "HEK293A", "were", "treated", "with", "VPS34", "-", "IN1", "(", "1μM", ")", "alone", "or", "in", "the", "presence", "of", "MRT68921", "(", "1μM", ")", "for", "the", "indicated", "time", ".", "Untreated", "VPS15", "KOs", "were", "included", "as", "a", "positive", "control", "and", "lysates", "analysed", "by", "Western", "blot", ".", "Identical", "samples", "were", "loaded", "in", "parallel", "for", "VPS34", ",", "ATG13", ",", "PRKAB2", "analysis", ",", "indicated", "by", "dashed", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) HEK293A were treated with VPS34-IN1 (1μM) alone or in the presence of MRT68921 (1μM) for the indicated time. Untreated VPS15 KOs were included as a positive control and lysates analysed by Western blot. Identical samples were loaded in parallel for VPS34, ATG13, PRKAB2 analysis, indicated by dashed line."}
{"words": ["E", ")", "HEK293A", "and", "VPS15", "KO", "cells", "were", "fed", ",", "or", "starved", "for", "2", "hrs", "before", "fixation", ",", "and", "labelling", "with", "ULK1", "(", "green", ")", ",", "ATG9A", "(", "red", ")", "and", "GM130", "(", "blue", ")", ".", "Dashed", "boxes", "show", "magnified", "regions", "of", "interest", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) HEK293A and VPS15 KO cells were fed, or starved for 2 hrs before fixation, and labelling with ULK1 (green), ATG9A (red) and GM130 (blue). Dashed boxes show magnified regions of interest."}
{"words": ["B", ")", "HEK293A", "were", "transfected", "with", "siRNAs", "targeting", "ATG14", ",", "UVRAG", "or", "p62", ",", "or", "with", "non", "-", "targeting", "siRNA", "(", "RISC", "-", "free", ",", "RF", ")", "and", "cells", "were", "treated", "with", "VPS34", "-", "IN1", "(", "IN1", ";", "1μM", ")", "for", "0", ",", "4", "or", "18", "hrs", "as", "indicated", ".", "Quantification", "of", "ATG13", "pS318", "/", "Total", "ATG13", ",", "mean", "+", "/", "-", "SEM", ",", "n", "=", "3", ".", "Identical", "samples", "were", "loaded", "onto", "2", "separate", "SDS", "PAGE", "gels", "for", "Western", "blot", "analysis", ",", "indicated", "by", "dashed", "line", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) HEK293A were transfected with siRNAs targeting ATG14, UVRAG or p62, or with non-targeting siRNA (RISC-free, RF) and cells were treated with VPS34-IN1 (IN1; 1μM) for 0, 4 or 18 hrs as indicated. Quantification of ATG13 pS318/Total ATG13, mean +/- SEM, n=3. Identical samples were loaded onto 2 separate SDS PAGE gels for Western blot analysis, indicated by dashed line."}
{"words": ["C", ")", "Cells", "transfected", "as", "in", "B", "were", "treated", "with", "IN1", "for", "18", "hours", "as", "indicated", ",", "fixed", "and", "labelled", "for", "ubiquitin", "(", "green", ")", ",", "FIP200", "(", "red", ")", "and", "p62", "(", "blue", ")", ".", "FIP200", "-", "positive", "bodies", "were", "quantified", "from", "4", "independent", "experiments", "with", "mean", "+", "/", "-", "SEM", "plotted", ".", "Cells", "transfected", "with", "ATG14", "siRNA", "generated", "significantly", "more", "FIP200", "bodies", "per", "cell", "than", "all", "other", "conditions", "tested", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Cells transfected as in B were treated with IN1 for 18 hours as indicated, fixed and labelled for ubiquitin (green), FIP200 (red) and p62 (blue). FIP200-positive bodies were quantified from 4 independent experiments with mean +/- SEM plotted. Cells transfected with ATG14 siRNA generated significantly more FIP200 bodies per cell than all other conditions tested."}
{"words": ["Validation", "of", "upregulated", "lncRNAs", "(", "ΔCT", ")", "in", "PBMC", "-", "derived", "M2", "-", "like", "macrophages", "(", "stimulated", "with", "IL", "-", "4", "stimulated", "for", "24", "hours", ",", "M2", ")", ".", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "M1", "-", "like", "macrophages", "(", "LPS", "/", "IFNɣ", "-", "stimulated", "for", "24", "hours", ",", "M1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Validation of upregulated lncRNAs (ΔCT) in PBMC-derived M2-like macrophages (stimulated with IL-4 stimulated for 24 hours, M2). n = 6 biological replicates, *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01, ***p ≤ 0.001 compared with M1-like macrophages (LPS/IFNɣ-stimulated for 24 hours, M1)."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "fluorescence", "in", "-", "situ", "hybridization", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "(", "magenta", ")", "and", "nuclei", "(", "blue", ")", "in", "IL", "-", "4", "stimulated", "M2", "-", "like", "macrophages", ".", "β", "-", "actin", "served", "as", "the", "cytoplasmic", "control", "and", "MALAT1", "as", "the", "nuclear", "control", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of fluorescence in-situ hybridization of ADPGK-AS1 (magenta) and nuclei (blue) in IL-4 stimulated M2-like macrophages. β-actin served as the cytoplasmic control and MALAT1 as the nuclear control. Scale bar = 10 µm."}
{"words": ["RNA", "expression", "analysis", "of", "ADPGK", "-", "AS1", ",", "47S", "ribosomal", "RNA", "(", "nuclear", "control", ")", ",", "and", "β", "-", "Tubulin", "(", "cytoplasmic", "control", ")", "in", "IL", "-", "4", "stimulated", "M2", "-", "like", "macrophages", "after", "subcellular", "fractionation", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "Data", "represent", "the", "percentage", "of", "total", "detected", "RNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "RNA expression analysis of ADPGK-AS1, 47S ribosomal RNA (nuclear control), and β-Tubulin (cytoplasmic control) in IL-4 stimulated M2-like macrophages after subcellular fractionation. n = 3 independent experiments. Data represent the percentage of total detected RNA."}
{"words": ["Subcellular", "fractionation", "of", "IL", "-", "4", "-", "stimulated", "M2", "-", "like", "macrophages", "and", "isolation", "and", "analysis", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "abundance", "in", "the", "cytoplasmic", "and", "mitochondrial", "fractions", "The", "mitochondrial", "encoded", "RNA", "mtATP6", "served", "as", "the", "mitochondrial", "control", "and", "β", "-", "tubulin", "as", "the", "cytoplasmic", "control", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ",", "Data", "represent", "the", "percentage", "of", "total", "detected", "RNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Subcellular fractionation of IL-4-stimulated M2-like macrophages and isolation and analysis of ADPGK-AS1 abundance in the cytoplasmic and mitochondrial fractions The mitochondrial encoded RNA mtATP6 served as the mitochondrial control and β-tubulin as the cytoplasmic control. n = 3 independent experiments, Data represent the percentage of total detected RNA."}
{"words": ["(", "A", ")", "Validation", "of", "the", "ADPGK", "-", "AS1", "-", "interacting", "protein", "MRPL35", "by", "RNA", "immunoprecipitation", "(", "RIP", ")", "with", "followed", "by", "qPCR", "for", "ADPGK", "-", "AS1", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "IgG", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Validation of the ADPGK-AS1-interacting protein MRPL35 by RNA immunoprecipitation (RIP) with followed by qPCR for ADPGK-AS1. n = 4 independent experiments, ***p ≤ 0.001 compared with IgG control."}
{"words": ["(", "B", ",", "C", ")", "Co", "-", "staining", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "(", "magenta", ")", "and", "MRPL35", "or", "MRPL15", "(", "yellow", ")", "with", "respective", "fluorescence", "intensity", "across", "co", "-", "stained", "macrophages", "(", "see", "white", "line", ")", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "and", "MRPL35", "or", "MRPL15", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "µm", "(", "left", ")", ",", "5", "µm", "(", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B, C) Co-staining for ADPGK-AS1 (magenta) and MRPL35 or MRPL15 (yellow) with respective fluorescence intensity across co-stained macrophages (see white line) for ADPGK-AS1 and MRPL35 or MRPL15. Scale bar = 10 µm (left), 5 µm (right)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Number", "of", "M1", "-", "like", "or", "M2", "-", "like", "macrophages", "based", "on", "TMA", "data", "for", "lung", "cancer", "patients", "with", "either", "high", "(", "above", "median", ")", "or", "low", "(", "below", "median", ")", "expression", "of", "MRPL35", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Number of M1-like or M2-like macrophages based on TMA data for lung cancer patients with either high (above median) or low (below median) expression of MRPL35."}
{"words": ["(", "F", ",", "G", ")", "Kaplan", "-", "Meier", "curve", "estimate", "of", "disease", "-", "free", "survival", "(", "DFS", ")", "or", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "of", "patients", "with", "high", "(", "above", "median", ")", "or", "low", "(", "below", "median", ")", "expression", "of", "MRPL35", "in", "M2", "-", "like", "macrophages", ".", "n", "=", "200", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F, G) Kaplan-Meier curve estimate of disease-free survival (DFS) or overall survival (OS) of patients with high (above median) or low (below median) expression of MRPL35 in M2-like macrophages. n = 200 biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ",", "Representative", "images", "and", "quantification", "of", "mitochondria", "by", "MitoTracker", "(", "red", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "200", "µm", "(", "left", ")", ",", "100", "µm", "(", "right", ",", "magnification", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, Representative images and quantification of mitochondria by MitoTracker (red) in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bar = 200 µm (left), 100 µm (right, magnification)."}
{"words": ["D", ")", "Representative", "images", "and", "quantification", "of", "mitochondria", "by", "TOM20", "(", "green", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "200", "µm", "(", "left", ")", ",", "100", "µm", "(", "right", ",", "magnification", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Representative images and quantification of mitochondria by TOM20 (green) in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. Nuclei were stained with DAPI (blue). Scale bar = 200 µm (left), 100 µm (right, magnification)."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "immunoblot", "for", "mitochondrial", "protein", "expression", "(", "TOM20", ",", "αb", "-", "crystallin", ",", "PCG", "-", "1", ",", "MRPL35", ",", "cytochrome", "C", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative immunoblot for mitochondrial protein expression (TOM20, αb-crystallin, PCG-1, MRPL35, cytochrome C) in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. n = 4 independent experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "Gene", "expression", "analysis", "(", "fold", "change", ")", "of", "mitochondrially", "encoded", "genes", "(", "ND1", ",", "ND2", ",", "ND4", ",", "ATP6", ",", "ATP8", ",", "CO1", ",", "CO2", ",", "CyB", ")", "after", "isolation", "of", "mtDNA", "from", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Gene expression analysis (fold change) of mitochondrially encoded genes (ND1, ND2, ND4, ATP6, ATP8, CO1, CO2, CyB) after isolation of mtDNA from THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. n = 3 independent experiments. *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01, ***p ≤ 0.001 compared with control."}
{"words": ["I", ")", "full", "oxygen", "consumption", "plot", "(", "n", "=", "8", ")", "by", "the", "seahorse", "assay", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I) full oxygen consumption plot (n = 8) by the seahorse assay in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. **p ≤ 0.01, ***p ≤ 0.001 compared with control."}
{"words": ["(", "K", ")", "Representative", "confocal", "fluorescence", "images", "and", "quantification", "of", "mitochondrial", "shape", "with", "the", "mitochondrial", "marker", "TOM20", "(", "yellow", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "n", "=", "35", "cells", ",", "Scale", "bar", "=", "10µm", "(", "left", ")", ",", "5µm", "(", "magnification", ",", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Representative confocal fluorescence images and quantification of mitochondrial shape with the mitochondrial marker TOM20 (yellow) in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. Nuclei were stained with DAPI (blue). n = 35 cells, Scale bar=10µm (left), 5µm (magnification, right)."}
{"words": ["(", "L", ")", "Transmission", "electron", "microscopy", "images", "of", "mitochondrial", "shapes", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "4", "cells", ",", "Scale", "bar", "=", "5", "µm", "(", "left", ")", ",", "1", "µm", "(", "right", ",", "magnification", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(L) Transmission electron microscopy images of mitochondrial shapes in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. n = 4 cells, Scale bar = 5 µm (left), 1 µm (right, magnification)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Expression", "analysis", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "and", "MRPL35", "(", "fold", "change", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "macrophages", "transfected", "with", "a", "siRNA", "against", "ADPGK", "-", "AS1", ",", "MRPL35", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "siRNA", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Expression analysis of ADPGK-AS1 and MRPL35 (fold change) in THP1 control and ADPGK-AS1 OE macrophages transfected with a siRNA against ADPGK-AS1, MRPL35 or negative control. n = 4 independent experiments. ***p ≤ 0.001 compared with ADPGK-AS1 OE siRNA control."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "images", "of", "JC", "-", "1", "monomers", "(", "green", ")", "and", "aggregates", "(", "red", ")", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "overexpressing", "macrophages", "transfected", "with", "a", "siRNA", "against", "ADPGK", "-", "AS1", ",", "MRPL35", ",", "or", "negative", "control", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative images of JC-1 monomers (green) and aggregates (red) in THP1 control and ADPGK-AS1 overexpressing macrophages transfected with a siRNA against ADPGK-AS1, MRPL35, or negative control. Scale bar = 100 µm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "images", "(", "left", "panel", ")", "and", "quantification", "(", "right", "panel", ")", "of", "ROS", "accumulation", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", "transfected", "with", "a", "siRNA", "against", "ADPGK", "-", "AS1", ",", "MRPL35", ",", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "7", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "to", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative images (left panel) and quantification (right panel) of ROS accumulation in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells transfected with a siRNA against ADPGK-AS1, MRPL35, or negative control. n = 7. ***p ≤ 0.001 compared to control."}
{"words": ["(", "F", ")", "Spare", "capacity", "(", "oxygen", "consumption", "rate", ")", "measured", "with", "the", "seahorse", "assay", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", "transfected", "with", "a", "siRNA", "against", "ADPGK", "-", "AS1", ",", "MRPL35", ",", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", ",", "§", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "§", "§", "§", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "siRNA", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Spare capacity (oxygen consumption rate) measured with the seahorse assay in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells transfected with a siRNA against ADPGK-AS1, MRPL35, or negative control. n = 3 independent experiments. ***p ≤ 0.001 compared with control, §p ≤ 0.05, §§§p ≤ 0.001 compared with ADPGK-AS1 OE siRNA negative control."}
{"words": ["(", "B", ")", "mRNA", "expression", "analysis", "(", "ΔCT", ")", "of", "macrophage", "markers", "(", "TNFα", ",", "IL", "-", "8", ",", "CD206", ",", "CSF", "-", "1R", ")", "in", "co", "-", "cultured", "PBMC", "-", "derived", "macrophages", "with", "tumor", "cells", "or", "macrophage", "control", "(", "M0", ")", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", "compared", "with", "M0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) mRNA expression analysis (ΔCT) of macrophage markers (TNFα, IL-8, CD206, CSF-1R) in co-cultured PBMC-derived macrophages with tumor cells or macrophage control (M0). n = 4 biological replicates. *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01 compared with M0."}
{"words": ["(", "C", ")", "Expression", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "lncRNA", "in", "macrophages", "co", "-", "cultured", "with", "tumor", "cells", "(", "A549", ")", "or", "macrophage", "controls", "(", "M0", ")", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "compared", "with", "M0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Expression of ADPGK-AS1 lncRNA in macrophages co-cultured with tumor cells (A549) or macrophage controls (M0). n = 4 biological replicates. *p ≤ 0.05, compared with M0."}
{"words": ["(", "D", ")", "Mass", "spectrometry", "analysis", "of", "TCA", "cycle", "metabolites", "(", "fumarate", ",", "malate", ",", "citrate", ",", "succinate", ")", "in", "macrophages", "co", "-", "cultured", "with", "tumor", "cells", "(", "A549", ")", "and", "macrophage", "control", "(", "M0", ")", ".", "n", "=", "4", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", "compared", "with", "M0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Mass spectrometry analysis of TCA cycle metabolites (fumarate, malate, citrate, succinate) in macrophages co-cultured with tumor cells (A549) and macrophage control (M0). n = 4 biological replicates. *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01 compared with M0."}
{"words": ["(", "G", ")", "Expression", "of", "IDH", "mRNA", "in", "A549", "cells", "transfected", "with", "siRNA", "specific", "for", "IDH", "(", "IDH", "KD", ")", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "A549", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Expression of IDH mRNA in A549 cells transfected with siRNA specific for IDH (IDH KD) or negative control. n = 5 independent experiments. ***p ≤ 0.001 compared with A549 control."}
{"words": ["(", "H", ")", "RNA", "expression", "analysis", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "in", "THP1", "macrophages", "stimulated", "to", "have", "an", "M1", "-", "like", "or", "M2", "-", "like", "phenotype", ",", "untreated", "(", "M0", ")", "or", "treated", "with", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "of", "A549", "cells", "transfected", "with", "a", "siRNA", "specific", "for", "IDH", "(", "IDH", "KD", ")", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ",", "compared", "with", "tumor", "cell", "control", "CM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) RNA expression analysis of ADPGK-AS1 in THP1 macrophages stimulated to have an M1-like or M2-like phenotype, untreated (M0) or treated with conditioned medium (CM) of A549 cells transfected with a siRNA specific for IDH (IDH KD) or negative control. n = 5 biological replicates. ***p ≤ 0.001, compared with tumor cell control CM."}
{"words": ["(", "A", ",", "B", ")", "mRNA", "expression", "analysis", "(", "ΔCT", ")", "of", "M1", "(", "TNFα", ",", "IL", "-", "8", ",", "CXCL10", ")", "and", "M2", "(", "CSF", "-", "1R", ",", "CD206", ",", "IL", "-", "10", ",", "ALOX15", ",", "TGFβ", ",", "IL", "-", "1Ra", ")", "macrophage", "marker", "genes", "in", "THP1", "control", "and", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A, B) mRNA expression analysis (ΔCT) of M1 (TNFα, IL-8, CXCL10) and M2 (CSF-1R, CD206, IL-10, ALOX15, TGFβ, IL-1Ra) macrophage marker genes in THP1 control and ADPGK-AS1 OE cells. n = 4 independent experiments. *p ≤ 0.05, ***p ≤ 0.001 compared with control."}
{"words": ["(", "E", ")", "Migration", "(", "right", "panel", ")", "of", "A549", "cells", "treated", "with", "CM", "from", "THP1", "control", "or", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "macrophages", ".", "Representative", "membrane", "images", "are", "shown", "in", "the", "left", "panel", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", ".", "Scale", "bar", "=", "400", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Migration (right panel) of A549 cells treated with CM from THP1 control or ADPGK-AS1 OE macrophages. Representative membrane images are shown in the left panel. n = 5 independent experiments. ***p ≤ 0.001 compared with control. Scale bar = 400 µm."}
{"words": ["(", "G", "-", "H", ")", "mRNA", "expression", "analysis", "(", "ΔCT", ")", "of", "M1", "(", "TNFα", ",", "IL", "-", "8", ",", "CD80", ",", "CCR7", ")", "and", "M2", "(", "CSF", "-", "1R", ",", "CD206", ",", "IL", "-", "10", ",", "TGFβ", ")", "macrophage", "marker", "genes", "in", "primary", "M1", "-", "like", "(", "M1", ")", "and", "M2", "-", "like", "(", "M2", ")", "macrophages", "transfected", "with", "antisense", "LNA", "GapmeRs", "specific", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "or", "negative", "control", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "compared", "to", "M2", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G-H) mRNA expression analysis (ΔCT) of M1 (TNFα, IL-8, CD80, CCR7) and M2 (CSF-1R, CD206, IL-10, TGFβ) macrophage marker genes in primary M1-like (M1) and M2-like (M2) macrophages transfected with antisense LNA GapmeRs specific for ADPGK-AS1 or negative control. n = 5 biological replicates, *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01, compared to M2 control."}
{"words": ["(", "K", ")", "Migration", "(", "right", "panel", ")", "of", "tumor", "cells", "(", "A549", ")", "treated", "with", "CM", "from", "PBMC", "-", "derived", "M1", "-", "like", "(", "M1", ")", "or", "M2", "-", "like", "(", "M2", ")", "macrophages", "transfected", "with", "antisense", "LNA", "GapmeRs", "specific", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "or", "negative", "control", ".", "Representative", "membrane", "images", "are", "shown", "in", "the", "left", "panel", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "compared", "with", "M2", "control", ".", "Scale", "bar", "=", "400", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Migration (right panel) of tumor cells (A549) treated with CM from PBMC-derived M1-like (M1) or M2-like (M2) macrophages transfected with antisense LNA GapmeRs specific for ADPGK-AS1 or negative control. Representative membrane images are shown in the left panel. n = 5 biological replicates. *p ≤ 0.05, compared with M2 control. Scale bar = 400 µm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "brightfield", "images", "of", "tumors", "(", "scale", "bar", "=", "2mm", ")", "and", "fluorescence", "images", "(", "Ki67", ",", "cleaved", "caspase", "3", ",", "scale", "bar", "=", "100", "µm", ";", "cleaved", "caspase", "3", "(", "green", ")", "and", "cytokeratin", "18", "(", "magenta", ")", ",", "scale", "bar", "=", "50", "µm", ")", "and", "LDH", "enzyme", "activity", "(", "scale", "bar", "=", "25", "µm", ")", "after", "co", "-", "injection", "with", "M1", "-", "like", "(", "M1", ")", "or", "M2", "-", "like", "(", "M2", ")", "macrophages", "transfected", "with", "antisense", "LNA", "GapmeRs", "specific", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "or", "negative", "control", "(", "ctrl", ")", "together", "with", "A549", "tumor", "cells", "or", "A549", "cells", "alone", "as", "a", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative brightfield images of tumors (scale bar = 2mm) and fluorescence images (Ki67, cleaved caspase 3, scale bar = 100 µm; cleaved caspase 3 (green) and cytokeratin 18 (magenta), scale bar = 50 µm) and LDH enzyme activity (scale bar = 25 µm) after co-injection with M1-like (M1) or M2-like (M2) macrophages transfected with antisense LNA GapmeRs specific for ADPGK-AS1 or negative control (ctrl) together with A549 tumor cells or A549 cells alone as a control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Quantification", "of", "Ki67", "+", "cells", "and", "cleaved", "caspase", "3", "+", "of", "co", "-", "injected", "tumors", ".", "n", "=", "5", "biological", "replicates", ".", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "M2", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Quantification of Ki67+ cells and cleaved caspase 3+ of co-injected tumors. n = 5 biological replicates. **p ≤ 0.01, ***p ≤ 0.001 compared with M2 control."}
{"words": ["(", "G", ")", "Representative", "immunoblot", "of", "the", "mitochondrial", "-", "related", "proteins", "MRPL35", ",", "Opa1", ",", "Mfn1", ",", "pDRP1", ",", "and", "DRP1", "about", "β", "-", "actin", "in", "isolated", "tumor", "tissue", ".", "n", "=", "3", "biological", "replicates", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Representative immunoblot of the mitochondrial-related proteins MRPL35, Opa1, Mfn1, pDRP1, and DRP1 about β-actin in isolated tumor tissue. n = 3 biological replicates."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Representative", "fluorescence", "images", "of", "PCLS", "with", "proliferative", "(", "EdU", "+", ")", "and", "apoptotic", "(", "TUNEL", "+", ")", "cells", "(", "red", ")", "and", "nuclear", "dye", "(", "DAPI", "+", ",", "blue", ")", "in", "the", "tumor", "area", "(", "cytokeratin", "+", ",", "green", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "250", "µm", "(", "c", ",", "upper", "panel", ")", ",", "150", "µm", "(", "d", ",", "upper", "panel", ")", ",", "and", "50", "µm", "(", "c", "and", "d", "lower", "panel", ",", "magnification", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Representative fluorescence images of PCLS with proliferative (EdU+) and apoptotic (TUNEL+) cells (red) and nuclear dye (DAPI+, blue) in the tumor area (cytokeratin+, green). Scale bar = 250 µm (c, upper panel), 150 µm (d, upper panel), and 50 µm (c and d lower panel, magnification)."}
{"words": ["(", "F", ")", "RNA", "expression", "analysis", "of", "ADPGK", "-", "AS1", "and", "MRPL35", "in", "tumor", "PCLS", "treated", "with", "antisense", "LNA", "GapmeRs", "specific", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "or", "a", "negative", "control", "or", "seeded", "with", "THP1", "control", "or", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "5", "independent", "experiments", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "control", "GapmeR", ",", "§", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "§", "§", "§", "p", "≤", "0", ".", "001", "compared", "with", "EV", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) RNA expression analysis of ADPGK-AS1 and MRPL35 in tumor PCLS treated with antisense LNA GapmeRs specific for ADPGK-AS1 or a negative control or seeded with THP1 control or ADPGK-AS1 OE cells. n = 5 independent experiments. *p ≤ 0.05, ***p ≤ 0.001 compared with control GapmeR, §p ≤ 0.05, §§§p ≤ 0.001 compared with EV control."}
{"words": ["(", "G", ")", "Multispectral", "flow", "cytometry", "analysis", "of", "M1", "-", "like", "and", "M2", "-", "like", "macrophage", "populations", "in", "tumor", "PCLS", "treated", "with", "antisense", "LNA", "GapmeRs", "specific", "for", "ADPGK", "-", "AS1", "or", "a", "negative", "control", "or", "seeded", "with", "THP1", "control", "or", "ADPGK", "-", "AS1", "OE", "cells", ".", "n", "=", "6", "biological", "replicates", ".", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", "compared", "with", "Gapmer", "negative", "control", ",", "§", "p", "≤", "0", ".", "05", "compared", "with", "EV", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Multispectral flow cytometry analysis of M1-like and M2-like macrophage populations in tumor PCLS treated with antisense LNA GapmeRs specific for ADPGK-AS1 or a negative control or seeded with THP1 control or ADPGK-AS1 OE cells. n = 6 biological replicates. *p ≤ 0.05 compared with Gapmer negative control, §p ≤ 0.05 compared with EV control."}
{"words": ["(", "A", ")", "Acyl", "-", "RAC", "assay", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "EtOH", ":", "ethanol", ";", "HAM", ":", "hydroxylamine", ";", "2", "-", "BP", ":", "2", "-"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2], "text": "(A) Acyl-RAC assay of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids for 24 h. Data information: EtOH: ethanol; HAM: hydroxylamine; 2-BP: 2-bromopalmitate"}
{"words": ["(", "B", ")", "Acyl", "-", "RAC", "assay", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "FL", ":", "full", "length", ";", "N", ":", "N", "-", "terminal", "domain", ";", "C", ":", "C", "-", "terminal"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Acyl-RAC assay of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids for 24 h. Data information: FL: full length; N: N-terminal domain; C: C-terminal domain"}
{"words": ["(", "C", ")", "Click", "chemistry", "was", "applied", "to", "detect", "endogenous", "cGAS", "palmitoylation", "in", "RAW264", ".", "7", "cells", ".", "Data", "information", ":", "PA", ":", "palmitic", "acid", ";", "17", "-", "ODYA", ":", "17", "-", "octadecanoic", "acid", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0], "text": "(C) Click chemistry was applied to detect endogenous cGAS palmitoylation in RAW264.7 cells. Data information: PA: palmitic acid; 17-ODYA: 17-octadecanoic acid."}
{"words": ["(", "D", "and", "E", ")", "In", "vitro", "palmitoylation", "assay", "for", "the", "indicated", "proteins", ".", "NBD", "-", "Palm", "-", "CoA", ":", "(", "N", "-", "[", "(", "7", "-", "nitro", "-", "2", "-", "1", ",", "3", "-", "benzoxadiazol", "-", "4", "-", "yl", ")", "-", "methyl", "]", "amino", ")", "palmitoyl", "-", "CoA", ".", "The", "recombinant", "cGAS", "protein", "used", "in", "the", "assay", "was", "indicated", "by", "Coomassie", "blue", "staining", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D and E) In vitro palmitoylation assay for the indicated proteins. NBD-Palm-CoA: (N-[(7-nitro-2-1,3-benzoxadiazol-4-yl)-methyl] amino) palmitoyl-CoA. The recombinant cGAS protein used in the assay was indicated by Coomassie blue staining."}
{"words": ["(", "F", ")", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "of", "palmitoylated", "peptides", "of", "cGAS", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(F) LC-MS/MS analysis of palmitoylated peptides of cGAS."}
{"words": ["(", "G", ")", "Acyl", "-", "RAC", "assay", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "HAM", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "(G) Acyl-RAC assay of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids for 24 h. Data information: HAM: hydroxylamine"}
{"words": ["(", "H", "-", "I", ")", "THP", "-", "1", "cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "2", "-", "BP", "(", "50", "μM", ")", "(", "H", ")", "or", "palmitic", "acid", "(", "100", "μM", ")", "(", "I", ")", "for", "12", "h", ".", "Six", "hours", "after", "transfection", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", ",", "cGAMP", "was", "extracted", "and", "quantified", "by", "cGAMP", "ELISA", ".", "Data", "information", ":", "2", "-", "BP", ":", "2", "-", "bromopalmitate", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H-I) THP-1 cells were treated with DMSO or 2-BP (50 μM) (H) or palmitic acid (100 μM) (I) for 12 h. Six hours after transfection with HT-DNA (2 μg/mL), cGAMP was extracted and quantified by cGAMP ELISA. Data information: 2-BP: 2-bromopalmitate Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.005; ***, P˂0.001"}
{"words": ["(", "J", ")", "THP", "-", "1", "cells", "were", "treated", "with", "palmitic", "acid", "(", "0", ",", "50", "μM", ",", "or", "100", "μM", ")", "for", "12", "h", "before", "a", "cGAMP", "bioassay", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) THP-1 cells were treated with palmitic acid (0, 50 μM, or 100 μM) for 12 h before a cGAMP bioassay. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.005; ***, P˂0.001"}
{"words": ["BMDMs", "were", "treated", "with", "palmitic", "acid", "(", "0", ",", "100", "μM", ",", "or", "200", "μM", ")", "for", "12", "h", "and", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "6", "h", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Ifna4", "(", "K", ")", ",", "IFNb1", "(", "L", ")", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were treated with palmitic acid (0, 100 μM, or 200 μM) for 12 h and transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for 6 h before RT-qPCR analysis of Ifna4 (K), IFNb1 (L) expression. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.005; ***, P˂0.001"}
{"words": ["BMDMs", "were", "treated", "with", "palmitic", "acid", "(", "0", ",", "100", "μM", ",", "or", "200", "μM", ")", "for", "12", "h", "and", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "6", "h", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", ",", "Cxcl10", "(", "M", ")", "and", "Rantes", "(", "N", ")", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BMDMs were treated with palmitic acid (0, 100 μM, or 200 μM) for 12 h and transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for 6 h before RT-qPCR analysis of , Cxcl10 (M) and Rantes (N) expression. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.005; ***, P˂0.001"}
{"words": ["(", "O", ")", "L929", "cells", "were", "treated", "with", "BSA", "and", "palmitic", "acid", "(", "100", "μM", ")", "and", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "immunoblotting", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(O) L929 cells were treated with BSA and palmitic acid (100 μM) and transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for the indicated times before immunoblotting analysis with the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "A", ")", "Acyl", "-", "RAC", "assay", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "cGAS", "24", "h", "after", "transfection", "with", "the", "indicated", "shRNA", ".", "(", "B", ")", "Quantification", "of", "palmitoylation", "levels", "of", "Flag", "-", "cGAS", "in", "(", "A", ")", ".", "Data", "information", ":"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Acyl-RAC assay of HEK293T cells transfected with Flag-cGAS 24 h after transfection with the indicated shRNA. (B) Quantification of palmitoylation levels of Flag-cGAS in (A). Data information:"}
{"words": ["(", "C", ")", "Acyl", "-", "RAC", "assay", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "HAM", ":", "hydroxylamine", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0], "text": "(C) Acyl-RAC assay of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids for 24 h. HAM: hydroxylamine."}
{"words": ["(", "D", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "cGAS", "(", "WT", "or", "C474S", "mutant", ")", "(", "200", "ng", ")", ",", "Flag", "-", "STING", "(", "200", "ng", ")", "and", "Myc", "-", "ZDHHC18", "(", "200", "ng", ")", "expression", "plasmids", "for", "24", "h", "before", "luciferase", "reporter", "assays", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) HEK293T cells were transfected with HA-cGAS (WT or C474S mutant) (200 ng), Flag-STING (200 ng) and Myc-ZDHHC18 (200 ng) expression plasmids for 24 h before luciferase reporter assays. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; **, P˂0.005; ***, P˂0.001 (D"}
{"words": ["(", "E", "and", "F", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", ";", "FL", ":", "full"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E and F) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids for 24 h. Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation; FL: full length"}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "plasmids", "encoding", "HA", "-", "cGAS", "and", "Flag", "-", "ZDHHC18", "truncations", "or", "GFP", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", ";", "FL", ":", "full"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with plasmids encoding HA-cGAS and Flag-ZDHHC18 truncations or GFP for 24 h. Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation; FL: full length"}
{"words": ["(", "J", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "plasmids", "encoding", "HA", "-", "ZDHHC18", "and", "Flag", "-", "cGAS", "truncates", "or", "GFP", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with plasmids encoding HA-ZDHHC18 and Flag-cGAS truncates or GFP for 24 h. Data information: WCL: whole-cell lysate"}
{"words": ["(", "K", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "HA", "-", "cGAS", "(", "green", ")", "and", "Flag", "-", "ZDHHC18", "(", "red", ")", "in", "HT", "-", "DNA", "-", "stimulated", "(", "or", "not", ")", "HeLa", "cells", ".", "Scale", "bars", ":", "7", "μm", ".", "(", "L", ")", "Colocalization", "(", "merged", "volume", "of", "total", "cGAS", "signal", ")", "of", "cGAS", "and", "ZDHHC18", "in", "(", "K", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "005", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "L", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(K) Immunofluorescence analysis of HA-cGAS (green) and Flag-ZDHHC18 (red) in HT-DNA-stimulated (or not) HeLa cells. Scale bars: 7 μm. (L) Colocalization (merged volume of total cGAS signal) of cGAS and ZDHHC18 in (K). Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; **, P˂0.005; ***, P˂0.001 L)."}
{"words": ["(", "M", "-", "N", ")", "Comparison", "of", "the", "binding", "free", "energy", "(", "M", ")", "and", "binding", "energy", "decomposition", "of", "a", "per", "-", "residue", "to", "the", "binding", "affinity", "between", "ZDHHC18", "and", "cGAS", "(", "N", ")", "in", "different", "complexes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(M-N) Comparison of the binding free energy (M) and binding energy decomposition of a per-residue to the binding affinity between ZDHHC18 and cGAS (N) in different complexes."}
{"words": ["(", "A", ")", "Immunofluorescence", "analysis", "of", "GFP", "-", "cGAS", ",", "the", "nucleus", "(", "DAPI", ")", ",", "the", "ER", "(", "calnexin", ")", ",", "the", "Golgi", "apparatus", "(", "GM130", ")", ",", "and", "early", "endosomes", "(", "EEA1", ")", "in", "HeLa", "cells", ".", "2", "-", "BP", ":", "2", "-", "bromopalmitate", ";", "ISD", ":", "IFN", "-", "stimulatory", "DNA", ".", "Arrows", "indicate", "cGAS", "puncta", ".", "Scale", "bars", ":", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Immunofluorescence analysis of GFP-cGAS, the nucleus (DAPI), the ER (calnexin), the Golgi apparatus (GM130), and early endosomes (EEA1) in HeLa cells. 2-BP: 2-bromopalmitate; ISD: IFN-stimulatory DNA. Arrows indicate cGAS puncta. Scale bars: 10 μm."}
{"words": ["(", "F", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ".", "Biotin", "-", "conjugated", "ISD", "was", "transfected", "into", "cells", "6", "h", "before", "harvesting", ".", "Lysates", "were", "coprecipitated", "with", "streptavidin", "beads", "and", "then", "assessed", "by", "immunoblot", "analysis", "as", "shown", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", ".", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F HEK293T cells were transfected with the indicated plasmids. Biotin-conjugated ISD was transfected into cells 6 h before harvesting. Lysates were coprecipitated with streptavidin beads and then assessed by immunoblot analysis as shown. Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation. Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["G", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ".", "Biotin", "-", "conjugated", "ISD", "was", "transfected", "into", "cells", "6", "h", "before", "harvesting", ".", "Lysates", "were", "coprecipitated", "with", "streptavidin", "beads", "and", "then", "assessed", "by", "immunoblot", "analysis", "as", "shown", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G) HEK293T cells were transfected with the indicated plasmids. Biotin-conjugated ISD was transfected into cells 6 h before harvesting. Lysates were coprecipitated with streptavidin beads and then assessed by immunoblot analysis as shown. Data information: WCL: whole-cell lysate; Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "H", ")", "Confocal", "microscopy", "of", "BMDMs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "−", "/", "−", ")", "transfected", "with", "FITC", "-", "conjugated", "ISD", "for", "6", "h", "(", "left", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Confocal microscopy of BMDMs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18−/−) transfected with FITC-conjugated ISD for 6 h (left). Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Cross", "-", "correlated", "motions", "of", "the", "Cα", "atoms", "of", "the", "WT", "and", "palmitoylated", "cGAS", "proteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Cross-correlated motions of the Cα atoms of the WT and palmitoylated cGAS proteins."}
{"words": ["(", "D", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "plasmids", "encoding", "Flag", "-", "cGAS", ",", "HA", "-", "cGAS", ",", "and", "Myc", "-", "ZDHHC18", "(", "WT", "or", "CS", "mutant", ")", "for", "24", "h", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", ";", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with plasmids encoding Flag-cGAS, HA-cGAS, and Myc-ZDHHC18 (WT or CS mutant) for 24 h. Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation; Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "E", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "followed", "by", "the", "addition", "of", "DMSO", ",", "2", "-", "BP", "(", "50", "μM", ")", "or", "palmitic", "acid", "(", "100", "μM", ")", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", ";", "2", "-", "BP", ":", "2", "-", "bromopalmitate", ".", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with the indicated plasmids followed by the addition of DMSO, 2-BP (50 μM) or palmitic acid (100 μM). Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation; 2-BP: 2-bromopalmitate. Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "F", ")", "FRET", "assay", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", "with", "the", "addition", "of", "DMSO", ",", "2", "-", "BP", "(", "50", "μM", ")", "or", "palmitic", "acid", "(", "100", "μM", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "8", "μm", ".", "(", "G", ")", "FRET", "efficiency", "of", "cGAS", "-", "GFP", "and", "cGAS", "-", "mCherry", "in", "(", "F", ")", ".", "Data", "information", ":", "2", "-", "BP", ":", "2", "-", "bromopalmitate", ".", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) FRET assay of HeLa cells transfected with the indicated plasmids with the addition of DMSO, 2-BP (50 μM) or palmitic acid (100 μM). Scale bar: 8 μm. (G) FRET efficiency of cGAS-GFP and cGAS-mCherry in (F). Data information: 2-BP: 2-bromopalmitate. Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; *, P˂0.01. ***, P˂0.001 (G"}
{"words": ["(", "H", ")", "Immunoprecipitation", "(", "with", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", ")", "and", "immunoblot", "analysis", "of", "HEK293T", "cells", "transfected", "with", "Flag", "-", "cGAS", "and", "HA", "-", "cGAS", "(", "WT", ",", "C405S", ",", "C409S", "and", "C474S", ")", "expression", "plasmids", ".", "Data", "information", ":", "WCL", ":", "whole", "-", "cell", "lysate", ";", "IP", ":", "immunoprecipitation", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Immunoprecipitation (with an anti-Flag antibody) and immunoblot analysis of HEK293T cells transfected with Flag-cGAS and HA-cGAS (WT, C405S, C409S and C474S) expression plasmids. Data information: WCL: whole-cell lysate; IP: immunoprecipitation Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "I", ")", "FRET", "assay", "of", "HeLa", "cells", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ".", "Scale", "bar", ":", "8", "μm", ".", "(", "J", ")", "FRET", "efficiency", "of", "cGAS", "-", "GFP", "and", "cGAS", "-", "mCherry", "in", "(", "I", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "J", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) FRET assay of HeLa cells transfected with the indicated plasmids. Scale bar: 8 μm. (J) FRET efficiency of cGAS-GFP and cGAS-mCherry in (I). Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; *, P˂0.01. ***, P˂0.001 J)."}
{"words": ["(", "A", ")", "HEK293T", "cells", "(", "5", "×", "105", ")", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "cGAS", "(", "200", "ng", ")", ",", "Flag", "-", "STING", "(", "200", "ng", ")", "and", "Myc", "-", "ZDHHC18", "(", "WT", "or", "CS", "mutant", ")", "expression", "plasmids", "(", "0", ",", "50", ",", "100", ",", "or", "200", "ng", ")", "for", "24", "h", "before", "luciferase", "reporter", "assays", "were", "conducted", ".", "Data", "information", ":", "ZDHHC18", "(", "CS", ")", ":", "a", "catalytic", "mutant", "with", "a", "cysteine", "-", "to", "-", "serine", "substitution", "in", "the", "DHHC", "motif", "of", "ZDHHC18", "All", "data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) HEK293T cells (5×105) were transfected with HA-cGAS (200 ng), Flag-STING (200 ng) and Myc-ZDHHC18 (WT or CS mutant) expression plasmids (0, 50, 100, or 200 ng) for 24 h before luciferase reporter assays were conducted. Data information: ZDHHC18(CS): a catalytic mutant with a cysteine-to-serine substitution in the DHHC motif of ZDHHC18 All data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.01; ***, P˂0.001 (A"}
{"words": ["(", "B", ")", "HEK293T", "cells", "(", "1", "×", "106", ")", "were", "transfected", "with", "HA", "-", "cGAS", "(", "500", "ng", ")", ",", "Flag", "-", "STING", "(", "500", "ng", ")", "and", "Myc", "-", "ZDHHC18", "(", "500", "ng", ")", "expression", "plasmids", "for", "24", "h", ".", "TBK1", "phosphorylation", "was", "detected", "by", "immunoblotting", ".", "Data", "information", ":", "ZDHHC18", "(", "CS", ")", ":", "a", "catalytic", "mutant", "with", "a", "cysteine", "-", "to", "-", "serine", "substitution", "in", "the", "DHHC", "motif", "of"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) HEK293T cells (1×106) were transfected with HA-cGAS (500 ng), Flag-STING (500 ng) and Myc-ZDHHC18 (500 ng) expression plasmids for 24 h. TBK1 phosphorylation was detected by immunoblotting. Data information: ZDHHC18(CS): a catalytic mutant with a cysteine-to-serine substitution in the DHHC motif of ZDHHC18"}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "plasmids", ",", "and", "the", "amount", "of", "cGAMP", "in", "the", "lysates", "was", "quantified", "by", "LC", "-", "MS", "/", "MS", ".", "Data", "information", ":", "ZDHHC18", "(", "CS", ")", ":", "a", "catalytic", "mutant", "with", "a", "cysteine", "-", "to", "-", "serine", "substitution", "in", "the", "DHHC", "motif", "of", "ZDHHC18", ";", "LC", "-", "MS", "/", "MS", ":", "liquid", "chromatography", "-", "tandem", "mass", "spectrometry", ";"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C and D) HEK293T cells were transfected with the indicated plasmids, and the amount of cGAMP in the lysates was quantified by LC-MS/MS. Data information: ZDHHC18(CS): a catalytic mutant with a cysteine-to-serine substitution in the DHHC motif of ZDHHC18; LC-MS/MS: liquid chromatography-tandem mass spectrometry;"}
{"words": ["L929", "cells", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "ZDHHC18", "shRNA", "The", "knockdown", "efficiency", "of", "ZDHHC18", "is", "shown", "by", "RT", "-", "qPCR", "(", "E", ")", "results", ".", "Data", "information", ":", "NC", ":", "negative", "control", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L929 cells stably transfected with control shRNA or ZDHHC18 shRNA The knockdown efficiency of ZDHHC18 is shown by RT-qPCR (E) results. Data information: NC: negative control. All data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.01; ***, P˂0.001"}
{"words": ["L929", "cells", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "ZDHHC18", "shRNA", "efficiency", "of", "ZDHHC18", "is", "shown", "by", "western", "blotting", "(", "F", ")", "results", ".", "Data", "information", ":", "NC", ":", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L929 cells stably transfected with control shRNA or ZDHHC18 shRNA efficiency of ZDHHC18 is shown by western blotting (F) results. Data information: NC: negative control."}
{"words": ["L929", "cells", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "ZDHHC18", "shRNA", "were", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Ifna4", "(", "G", ")", ",", "expression", ".", "Data", "information", ":", "HT", "-", "DNA", ":", "herring", "testis", "DNA", ";", "NC", ":", "negative", "control", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L929 cells stably transfected with control shRNA or ZDHHC18 shRNA were transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for the indicated times before RT-qPCR analysis of Ifna4 (G), expression. Data information: HT-DNA: herring testis DNA; NC: negative control. All data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.01; ***, P˂0.001"}
{"words": ["L929", "cells", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "ZDHHC18", "shRNA", "were", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "IFNb1", "(", "H", ")", ",", "and", "Cxcl10", "(", "I", ")", "expression", ".", "Data", "information", ":", "HT", "-", "DNA", ":", "herring", "testis", "DNA", ";", "NC", ":", "negative", "control", ".", "All", "data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "ns", ",", "not", "significant", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L929 cells stably transfected with control shRNA or ZDHHC18 shRNA were transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for the indicated times before RT-qPCR analysis of IFNb1 (H), and Cxcl10 (I) expression. Data information: HT-DNA: herring testis DNA; NC: negative control. All data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; ns, not significant; **, P˂0.01; ***, P˂0.001"}
{"words": ["(", "J", ")", "L929", "cells", "stably", "transfected", "with", "control", "shRNA", "or", "ZDHHC18", "shRNA", "were", "transfected", "with", "HT", "-", "DNA", "(", "2", "μg", "/", "mL", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "immunoblotting", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Data", "information", ":", "HT", "-", "DNA", ":", "herring", "testis", "DNA", ";", "NC", ":", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) L929 cells stably transfected with control shRNA or ZDHHC18 shRNA were transfected with HT-DNA (2 μg/mL) for the indicated times before immunoblotting analysis with the indicated antibodies. Data information: HT-DNA: herring testis DNA; NC: negative control."}
{"words": ["(", "A", ")", "Survival", "analysis", "of", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "and", "Zdhhc18", "-", "/", "-", "mice", "(", "n", "=", "8", "each", ",", "6", "-", "8", "weeks", "old", ")", "intranasally", "injected", "with", "VACV", "(", "5", "×", "107", "PFU", "per", "mouse", ")", "and", "monitored", "daily", "for", "survival", "for", "13", "days", "using", "Kaplan", "-", "Meier", "curves", "and", "a", "log", "-", "rank", "(", "Mantel", "-", "Cox", ")", "test", ".", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Survival analysis of Zdhhc18+/+ and Zdhhc18-/- mice (n = 8 each, 6-8 weeks old) intranasally injected with VACV (5 × 107 PFU per mouse) and monitored daily for survival for 13 days using Kaplan-Meier curves and a log-rank (Mantel-Cox) test. ***, P˂0.001."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "photomicrographs", "of", "H", "&", "E", "-", "stained", "liver", "and", "kidney", "tissue", "sections", "from", "mice", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "intravenously", "injected", "with", "HSV", "-", "1", "-", "FS", "(", "5", "×", "107", "PFU", "per", "mouse", ")", "or", "not", "after", "2", "days", ".", "Scale", "bars", ":", "100", "μm", "(", "liver", ")", ",", "200", "μm", "(", "kidney", ")", ".", "Data", "information", ":", "PFU", ":", "plaque", "-", "forming", "units", ";", "H", "&", "E", ":", "hematoxylin", "-", "eosin", ".", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative photomicrographs of H&E-stained liver and kidney tissue sections from mice (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) intravenously injected with HSV-1-FS (5 × 107 PFU per mouse) or not after 2 days. Scale bars: 100 μm (liver), 200 μm (kidney). Data information: PFU: plaque-forming units; H&E: hematoxylin-eosin. Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "C", "BMDMs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "were", "infected", "with", "HSV", "-", "1", "(", "MOI", "=", "2", ")", "for", "8", "h", ",", "and", "viral", "titers", "in", "the", "supernatants", "were", "quantified", "by", "plaque", "assay", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C BMDMs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) were infected with HSV-1 (MOI=2) for 8 h, and viral titers in the supernatants were quantified by plaque assay. Data information: Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["D", ")", "BMDMs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "were", "infected", "with", "HSV", "-", "1", "(", "MOI", "=", "2", ")", "for", "8", "h", ",", "and", "viral", "titers", "in", "the", "supernatants", "were", "quantified", "by", "plaque", "assay", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "Ns", ":", "no", "significance", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "0001", "("], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) BMDMs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) were infected with HSV-1 (MOI=2) for 8 h, and viral titers in the supernatants were quantified by plaque assay. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; Ns: no significance; *, P˂0.05; **, P˂0.01; ****, P˂0.0001 (D"}
{"words": ["(", "E", "Frequency", "of", "GFP", "+", "cells", "among", "infected", "cells", "(", "E", ")", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "Ns", ":", "no", "significance", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E Frequency of GFP+ cells among infected cells (E). Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; Ns: no significance; *, P˂0.05; **, P˂0.01; ****, P˂0.0001"}
{"words": ["F", ")", "Microscopy", "of", "BMDMs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "infected", "with", "GFP", "-", "HSV", "-", "1", "(", "MOI", "=", "1", ")", "for", "10", "h", ".", "Scale", "bar", ":", "200", "μm", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) Microscopy of BMDMs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) infected with GFP-HSV-1 (MOI=1) for 10 h. Scale bar: 200 μm. Data information: Data are representative of at least two independent experiments."}
{"words": ["(", "G", ")", "MEFs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "were", "infected", "with", "VACV", "(", "1", ":", "200", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "immunoblot", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) MEFs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) were infected with VACV (1:200) for the indicated times before immunoblot analysis."}
{"words": ["(", "H", "and", "I", ")", "MEFs", "(", "Zdhhc18", "+", "/", "+", "or", "Zdhhc18", "-", "/", "-", ")", "were", "infected", "with", "VACV", "(", "1", ":", "200", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "Cxcl10", "(", "H", ")", "and", "Ifnb1", "(", "I", ")", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "Ns", ":", "no", "significance", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H and I) MEFs (Zdhhc18+/+ or Zdhhc18-/-) were infected with VACV (1:200) for the indicated times before RT-qPCR analysis of Cxcl10 (H) and Ifnb1 (I) expression. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; Ns: no significance; *, P˂0.05; **, P˂0.01; ****, P˂0.0001"}
{"words": ["(", "J", ")", "PBMCs", "from", "healthy", "people", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "ZDHHC18", "siRNA", "(", "cocktail", ")", "for", "48", "h", "and", "then", "infected", "with", "VACV", "(", "1", ":", "200", ")", "for", "the", "indicated", "times", "before", "RT", "-", "qPCR", "analysis", "of", "IFNB1", "expression", ".", "Data", "information", ":", "Data", "are", "representative", "of", "at", "least", "two", "independent", "experiments", ".", "Mean", "±", "SEM", "from", "triplicates", "of", "technical", "replicates", ",", "unpaired", "t", "test", ";", "Ns", ":", "no", "significance", ";", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "05", ";", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", ".", "01", ";", "*", "*", "*", "*", ",", "P", "˂", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) PBMCs from healthy people were transfected with scrambled siRNA or ZDHHC18 siRNA (cocktail) for 48 h and then infected with VACV (1:200) for the indicated times before RT-qPCR analysis of IFNB1 expression. Data information: Data are representative of at least two independent experiments. Mean ± SEM from triplicates of technical replicates, unpaired t test; Ns: no significance; *, P˂0.05; **, P˂0.01; ****, P˂0.0001"}
{"words": ["Western", "blots", "showing", "changing", "protein", "levels", "on", "the", "path", "to", "senescence", "in", "IMR90", "and", "HUVECs", ".", "Passage", "6", "cells", "represent", "the", "proliferating", "state", ",", "and", "passages", "21", "and", "34", "the", "senescent", "state", "for", "HUVECs", "and", "IMR90", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blots showing changing protein levels on the path to senescence in IMR90 and HUVECs. Passage 6 cells represent the proliferating state, and passages 21 and 34 the senescent state for HUVECs and IMR90, respectively."}
{"words": ["Super", "-", "resolution", "(", "gSTED", ")", "imaging", "of", "HMGB1", "distribution", "in", "proliferating", "HUVEC", "nuclei", "counterstained", "with", "DAPI", ".", "Bar", ":", "2μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Super-resolution (gSTED) imaging of HMGB1 distribution in proliferating HUVEC nuclei counterstained with DAPI. Bar: 2μm."}
{"words": ["Representative", "immunofluorescence", "images", "of", "IMR90", "and", "HUVECs", "(", "left", ")", "showing", "reduced", "HMGB1", "levels", "in", "senescent", "nuclei", ";", "bean", "plots", "quantify", "this", "reduction", "(", "right", ";", "N", "is", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", "per", "each", "condition", "/", "cell", "type", ")", ".", "Bars", ":", "5", "μm", ".", "*", ":", "P", "<", "0", ".", "01", ";", "Wilcoxon", "-", "Mann", "-", "Whitney", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative immunofluorescence images of IMR90 and HUVECs (left) showing reduced HMGB1 levels in senescent nuclei; bean plots quantify this reduction (right; N is the number of cells analyzed per each condition/cell type). Bars: 5 μm. *: P<0.01; Wilcoxon-Mann-Whitney test."}
{"words": ["Genome", "browser", "view", "of", "HMGB1", "ChIP", "-", "seq", "(", "normalized", "to", "input", ";", "mean", "from", "two", "replicates", ")", "from", "proliferating", "HUVEC", "(", "red", ")", "or", "proliferating", "/", "senescent", "IMR90", "(", "grey", "/", "green", ")", "in", "the", "TMEM92", "locus", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genome browser view of HMGB1 ChIP-seq (normalized to input; mean from two replicates) from proliferating HUVEC (red) or proliferating/senescent IMR90 (grey/green) in the TMEM92 locus."}
{"words": ["Heatmap", "showing", "protein", "(", "SASP", ",", "from", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "saspatlas", ".", "com", "/", ";", "log", "fold", "ratio", ")", "and", "gene", "expression", "levels", "(", "log2FC", ")", "of", "IMR90", "SASP", "-", "related", "genes", "embedded", "in", "high", "-", "HMGB1", "(", "red", ")", "TADs", "like", "those", "in", "panel", "C", ".", "*", "*", ":", "genes", "bound", "by", "HMGB1", "in", "ChIP", "-", "seq", "data", "are", "more", "than", "expected", "by", "chance", ";", "P", ">", "0", ".", "001", ",", "hypergeometric", "test", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Heatmap showing protein (SASP, from http://www.saspatlas.com/; log fold ratio)and gene expression levels (log2FC) of IMR90 SASP-related genes embedded in high-HMGB1 (red) TADs like those in panel C. **: genes bound by HMGB1 in ChIP-seq data are more than expected by chance; P>0.001, hypergeometric test."}
{"words": ["Immunofluorescence", "(", "top", ")", ",", "western", "blot", "(", "middle", ")", "and", "RT", "-", "qPCR", "analyses", "(", "bottom", ";", "mean", "fold", "-", "change", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "two", "biological", "replicates", ")", "confirm", "HMGB1", "knockdown", "in", "IMR90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence (top), western blot (middle) and RT-qPCR analyses (bottom; mean fold-change ±S.D. from two biological replicates) confirm HMGB1 knockdown in IMR90."}
{"words": ["Representative", "images", "of", "IMR90", "overexpressing", "HMGB1", "-", "GFP", ",", "immunostained", "for", "p21", "and", "CTCF", ",", "and", "counterstained", "with", "DAPI", ".", "IMR90", "transfected", "with", "empty", "vectors", "provide", "a", "control", ".", "Bar", ":", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Representative images of IMR90 overexpressing HMGB1-GFP, immunostained for p21 and CTCF, and counterstained with DAPI. IMR90 transfected with empty vectors provide a control. Bar: 5 μm."}
{"words": ["Genome", "browser", "views", "showing", "HMGB1", "sCLIP", "data", "(", "black", ")", "along", "the", "ASH1L", ",", "CCNL2", "and", "TET2", "loci", ";", "input", "tracks", "(", "grey", ")", "provide", "background", "levels", ".", "*", ":", "significantly", "-", "enriched", "peaks", ".", "The", "consensus", "motif", "for", "HMGB1", "binding", "on", "RNA", "is", "also", "shown", "(", "bottom", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Genome browser views showing HMGB1 sCLIP data (black) along the ASH1L, CCNL2 and TET2 loci; input tracks (grey) provide background levels. *: significantly-enriched peaks. The consensus motif for HMGB1 binding on RNA is also shown (bottom right)."}
{"words": ["Bar", "graphs", "showing", "mean", "fold", "-", "change", "of", "selected", "mRNAs", "(", "over", "±", "S", ".", "D", ".", "from", "two", "biological", "replicates", ")", "from", "ILF3", "-", "(", "purple", ")", ",", "RBMX", "-", "(", "white", ")", "or", "PNN", "-", "knockdown", "experiments", "(", "blue", ")", "in", "proliferating", "IMR90", ".", "*", ":", "significantly", "different", "to", "siRNA", "controls", ";", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "unpaired", "two", "-", "tailed", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "Dashed", "line", "indicates", "no", "change", "in", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Bar graphs showing mean fold-change of selected mRNAs (over ±S.D. from two biological replicates) from ILF3- (purple), RBMX- (white) or PNN-knockdown experiments (blue) in proliferating IMR90. *: significantly different to siRNA controls; P<0.01, unpaired two-tailed Student's t-test. Dashed line indicates no change in expression."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "RAB6A", "/", "A", "'", "and", "RAB6B", "protein", "levels", "in", "WT", ",", "Emx1", "-", "Cre", ";", "RAB6loxP", "/", "loxP", "(", "RAB6A", "KO", ")", ",", "RAB6B", "-", "/", "-", "(", "RAB6B", "KO", ")", "and", "Emx1", "-", "Cre", ";", "RAB6AloxP", "/", "loxP", ";", "RAB6B", "-", "/", "-", "(", "RAB6A", "/", "B", "dKO", ")", "E15", ".", "5", "cortical", "extracts", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot analysis of RAB6A/A' and RAB6B protein levels in WT, Emx1-Cre; RAB6loxP/loxP (RAB6A KO), RAB6B-/- (RAB6B KO) and Emx1-Cre; RAB6AloxP/loxP; RAB6B-/- (RAB6A/B dKO) E15.5 cortical extracts."}
{"words": ["A", ".", "PAX6", "staining", "in", "WT", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "E15", ".", "5", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "B", ".", "Percentage", "of", "PAX6", "+", "cells", "located", "in", "the", "upper", "half", "of", "the", "cortex", "of", "WT", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "E15", ".", "5", "brains", ".", "WT", ":", "4282", "cells", "from", "N", "=", "6", "brains", ".", "RAB6A", "/", "B", "dKO", ":", "1241", "cells", "from", "N", "=", "3", "brains", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ".", "Data", "information", ":", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. PAX6 staining in WT and RAB6A/B dKO E15.5 brains. Scale bar = 50µm. B. Percentage of PAX6+ cells located in the upper half of the cortex of WT and RAB6A/B dKO E15.5 brains. WT: 4282 cells from N=6 brains. RAB6A/B dKO: 1241 cells from N=3 brains. Mann-Whitney U test. Data information: All error bars indicate SD."}
{"words": ["C", ".", "Phospho", "-", "Vimentin", "(", "p", "-", "Vim", ")", "staining", "in", "WT", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "E15", ".", "5", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", ".", "D", ".", "Percentage", "p", "-", "VIM", "+", "cells", "dividing", "ectopically", ",", "in", "the", "upper", "half", "of", "the", "cortex", "of", "WT", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "E15", ".", "5", "brains", ".", "WT", ":", "1713", "cells", "from", "N", "=", "6", "brains", ".", "RAB6A", "/", "B", "dKO", ":", "506", "cells", "from", "N", "=", "3", "brains", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ".", "Data", "information", ":", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Phospho-Vimentin (p-Vim) staining in WT and RAB6A/B dKO E15.5 brains. Scale bar = 50µm. D. Percentage p-VIM+ cells dividing ectopically, in the upper half of the cortex of WT and RAB6A/B dKO E15.5 brains. WT: 1713 cells from N=6 brains. RAB6A/B dKO: 506 cells from N=3 brains. Mann-Whitney U test. Data information: All error bars indicate SD."}
{"words": ["G", ".", "Electroporation", "of", "RAB6AloxP", "/", "loxP", ";", "RAB6B", "-", "/", "-", "E14", ".", "5", "embryos", "with", "mCherry", "(", "control", ")", "or", "mCherry", "+", "CRE", "(", "RAB6A", "/", "B", "dKO", ")", "and", "live", "imaging", "of", "delamination", "events", "at", "E17", ".", "5", ".", "H", ".", "Apical", "endfoot", "detachment", "and", "retraction", "events", "during", "20", "hours", "movies", "in", "mCherry", "or", "mCherry", "+", "CRE", "electroporated", "cells", "at", "E17", ".", "5", ".", "mCherry", ":", "N", "=", "69", "cells", "from", "5", "movies", ".", "mCherry", "+", "CRE", ":", "N", "=", "52", "cells", "from", "4", "movies", ".", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ".", "Data", "information", ":", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Electroporation of RAB6AloxP/loxP; RAB6B-/- E14.5 embryos with mCherry (control) or mCherry + CRE (RAB6A/B dKO) and live imaging of delamination events at E17.5. H. Apical endfoot detachment and retraction events during 20 hours movies in mCherry or mCherry + CRE electroporated cells at E17.5. mCherry: N=69 cells from 5 movies. mCherry + CRE: N=52 cells from 4 movies. Fisher's exact test, *p ≤ 0.05. Data information: All error bars indicate SD."}
{"words": ["A", ".", "Localization", "of", "the", "Golgi", "apparatus", "(", "ManII", "-", "GFP", ")", "and", "the", "centrosome", "(", "𝛾", "-", "tubulin", ")", "in", "E15", ".", "5", "mCherry", "-", "electroporated", "radial", "glial", "cell", ".", "The", "Golgi", "apparatus", "is", "localized", "basally", ",", "away", "from", "the", "centrosome", ".", "Scale", "bar", "=", "5µm", ".", "B", ".", "Average", "distance", "between", "the", "apical", "-", "most", "part", "of", "the", "Golgi", "apparatus", "and", "the", "apical", "surface", "in", "aRG", "cells", ".", "N", "=", "224", "cells", "from", "3", "independent", "brains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Localization of the Golgi apparatus (ManII-GFP) and the centrosome (𝛾-tubulin) in E15.5 mCherry-electroporated radial glial cell. The Golgi apparatus is localized basally, away from the centrosome. Scale bar = 5µm. B. Average distance between the apical-most part of the Golgi apparatus and the apical surface in aRG cells. N=224 cells from 3 independent brains."}
{"words": ["E", ".", "Live", "imaging", "of", "GFP", "-", "RAB6A", "in", "aRG", "cells", "at", "E15", ".", "5", "allows", "tracking", "of", "individual", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "situ", ",", "from", "the", "basal", "Golgi", "apparatus", "towards", "the", "apical", "surface", ".", "Scale", "bar", "=", "5µm", ".", "Distance", "=", "5µm", ",", "time", "=", "30", "seconds", ".", "F", ".", "RAB6A", "+", "vesicle", "directionality", "in", "apical", "processes", "of", "aRG", "cells", "over", "one", "-", "minute", "movies", ".", "G", ".", "Relative", "time", "spent", "by", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "apical", ",", "basal", "or", "static", "phases", ".", "H", ".", "Velocity", "of", "apically", "and", "basally", "moving", "RAB6A", "+", "vesicles", ".", "Data", "information", ":", "(", "F", ",", "G", ",", "H", ")", "N", "=", "388", "vesicles", "from", "30", "cells", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "All", "boxplots", ":", "whiskers", "indicate", "min", "and", "max", ",", "boxes", "indicate", "25th", "and", "75th", "percentile", ",", "and", "central", "band", "indicates", "the", "median", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Live imaging of GFP-RAB6A in aRG cells at E15.5 allows tracking of individual RAB6A+ vesicles in situ, from the basal Golgi apparatus towards the apical surface. Scale bar = 5µm. Distance = 5µm, time = 30 seconds. F. RAB6A+ vesicle directionality in apical processes of aRG cells over one-minute movies. G. Relative time spent by RAB6A+ vesicles in apical, basal or static phases. H. Velocity of apically and basally moving RAB6A+ vesicles. Data information: (F, G, H) N= 388 vesicles from 30 cells. Mann-Whitney U test *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01, *** p ≤ 0.001. All boxplots: whiskers indicate min and max, boxes indicate 25th and 75th percentile, and central band indicates the median."}
{"words": ["I", "Live", "imaging", "of", "GFP", "-", "RAB6A", "in", "control", ",", "dynarrestin", "-", "treated", "and", "CC1", "-", "p150", "-", "expressing", "aRG", "cells", "at", "E15", ".", "5", ".", "Scale", "bars", "=", "5µm", ".", "Distance", "=", "5µm", ",", "time", "=", "30", "seconds", ".", "J", ".", "Number", "of", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "the", "apical", "process", "of", "DMSO", "and", "dynarrestin", "-", "treated", "mouse", "aRG", "cells", ".", "K", ".", "Relative", "time", "spent", "by", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "apical", "movement", "phase", ",", "in", "DMSO", "and", "dynarrestin", "-", "treated", "mouse", "aRG", "cells", ".", "L", ".", "Number", "of", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "the", "apical", "process", "of", "mCherry", "and", "CC1", "-", "p150", "-", "expressing", "aRG", "cells", ".", "M", ".", "Relative", "time", "spent", "by", "RAB6A", "+", "vesicles", "in", "apical", "movement", "phase", ",", "in", "mCherry", "and", "CC1", "-", "p150", "-", "expressing", "aRG", "cells", ".", "DMSO", "treatment", "slightly", "affected", "RAB6A", "dynamics", ",", "as", "compared", "to", "mCherry", "control", ".", "Data", "information", ":", "(", "J", ",", "K", ",", "L", ",", "M", ")", "216", "vesicles", "from", "N", "=", "11", "cells", "for", "DMSO", ",", "145", "vesicles", "from", "N", "=", "25", "cells", "for", "dynarrestin", ",", "173", "vesicles", "from", "N", "=", "17", "cells", "for", "mCherry", "control", ",", "71", "vesicles", "from", "N", "=", "15", "cells", "for", "CC1", "-", "p150", ".", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "All", "boxplots", ":", "whiskers", "indicate", "min", "and", "max", ",", "boxes", "indicate", "25th", "and", "75th", "percentile", ",", "and", "central", "band", "indicates", "the", "median", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I Live imaging of GFP-RAB6A in control, dynarrestin-treated and CC1-p150-expressing aRG cells at E15.5. Scale bars = 5µm. Distance = 5µm, time = 30 seconds. J. Number of RAB6A+ vesicles in the apical process of DMSO and dynarrestin-treated mouse aRG cells. K. Relative time spent by RAB6A+ vesicles in apical movement phase, in DMSO and dynarrestin-treated mouse aRG cells. L. Number of RAB6A+ vesicles in the apical process of mCherry and CC1-p150-expressing aRG cells. M. Relative time spent by RAB6A+ vesicles in apical movement phase, in mCherry and CC1-p150-expressing aRG cells. DMSO treatment slightly affected RAB6A dynamics, as compared to mCherry control. Data information: (J, K, L, M) 216 vesicles from N=11 cells for DMSO, 145 vesicles from N=25 cells for dynarrestin, 173 vesicles from N=17 cells for mCherry control, 71 vesicles from N=15 cells for CC1-p150. Mann-Whitney U test *p ≤ 0.05, **p ≤ 0.01, *** p ≤ 0.001. All boxplots: whiskers indicate min and max, boxes indicate 25th and 75th percentile, and central band indicates the median."}
{"words": ["C", ".", "RUSH", "assay", "for", "CRB3", "-", "GFP", "in", "control", "(", "mcherry", ")", "and", "dynactin", "-", "inhibited", "radial", "glial", "cells", "(", "CC1", "-", "p150", "-", "dsRed", ")", ",", "electroporated", "at", "E", ".", "15", ".", "5", "and", "imaged", "at", "E16", ".", "5", ".", "Scale", "bar", "=", "5µm", ".", "D", ".", "CRB3", "localization", "at", "the", "apical", "surface", "upon", "release", ".", "E", ".", "Percentage", "of", "cells", "with", "100", "%", "of", "CRB3", "signal", "at", "the", "apical", "surface", "upon", "release", ".", "Data", "information", ":", "(", "D", ",", "E", ")", "mCherry", "(", "control", ")", ":", "N", "=", "3", "brains", "per", "timepoint", "(", "361", "cells", "total", ")", ".", "CC1", "-", "p150", ":", "N", "=", "3", "brains", "per", "timepoint", "(", "2", "brains", "for", "T0", ")", "(", "268", "cells", "total", ")", ".", "Fisher", "'", "s", "exact", "test", "and", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. RUSH assay for CRB3-GFP in control (mcherry) and dynactin-inhibited radial glial cells (CC1-p150-dsRed), electroporated at E.15.5 and imaged at E16.5. Scale bar = 5µm. D. CRB3 localization at the apical surface upon release. E. Percentage of cells with 100% of CRB3 signal at the apical surface upon release. Data information: (D, E) mCherry (control): N= 3 brains per timepoint (361 cells total). CC1-p150: N=3 brains per timepoint (2 brains for T0) (268 cells total). Fisher's exact test and Benjamini-Hochberg procedure, *** p ≤ 0.001. All error bars indicate SD."}
{"words": ["A", ".", "PAX6", "and", "phospho", "-", "Histone", "3", "(", "p", "-", "H3", ")", "staining", "in", "WT", "and", "LIS1", "KO", "E12", ".", "5", "brains", ".", "Cortices", "were", "subdivided", "into", "5", "bins", "of", "equal", "size", "along", "the", "radial", "axis", ".", "Scale", "bar", "=", "25µm", ".", "B", ".", "Percentage", "of", "PH3", "+", "/", "PAX6", "+", "cells", "located", "above", "the", "ventricular", "surface", "of", "WT", "and", "LIS1", "KO", "E12", ".", "5", "brains", ".", "WT", ":", "1192", "cells", "from", "N", "=", "6", "brains", ".", "LIS1", "KO", ":", "589", "cells", "from", "N", "=", "3", "brains", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ".", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. PAX6 and phospho-Histone 3 (p-H3) staining in WT and LIS1 KO E12.5 brains. Cortices were subdivided into 5 bins of equal size along the radial axis. Scale bar = 25µm. B. Percentage of PH3+/PAX6+ cells located above the ventricular surface of WT and LIS1 KO E12.5 brains. WT: 1192 cells from N=6 brains. LIS1 KO: 589 cells from N=3 brains. Data information: (B, Mann-Whitney U test, *p ≤ 0.05. All error bars indicate SD."}
{"words": ["C", ".", "Phospho", "-", "Vimentin", "(", "p", "-", "VIM", ")", "staining", "in", "WT", "and", "LIS1", "KO", "E12", ".", "5", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "25µm", ".", "D", ".", "Percentage", "p", "-", "VIM", "+", "cells", "dividing", "ectopically", ",", "away", "from", "the", "ventricular", "surface", "of", "WT", "and", "LIS1", "KO", "E12", ".", "5", "brains", ".", "WT", ":", "1056", "cells", "from", "N", "=", "6", "brains", ".", "LIS1", "KO", ":", "879", "cells", "from", "N", "=", "3", "brains", ".", "Data", "information", ":", "D", ")", "Mann", "-", "Whitney", "U", "test", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ".", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Phospho-Vimentin (p-VIM) staining in WT and LIS1 KO E12.5 brains. Scale bar = 25µm. D. Percentage p-VIM+ cells dividing ectopically, away from the ventricular surface of WT and LIS1 KO E12.5 brains. WT: 1056 cells from N=6 brains. LIS1 KO: 879 cells from N=3 brains. Data information: D) Mann-Whitney U test, *p ≤ 0.05. All error bars indicate SD."}
{"words": ["A", ".", "CRB3", "and", "PALS1", "staining", "in", "WT", ",", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "(", "E15", ".", "5", ")", "and", "LIS1", "KO", "(", "E12", ".", "5", ")", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "25µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. CRB3 and PALS1 staining in WT, RAB6A/B dKO (E15.5) and LIS1 KO (E12.5) brains. Scale bar = 25µm."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "CRB3", "staining", "interruptions", "along", "the", "ventricular", "boundary", "of", "WT", "(", "E12", ".", "5", "and", "E15", ".", "5", ";", "N", "=", "13", "brains", ")", ",", "LIS1", "KO", "(", "E12", ".", "5", ",", "N", "=", "4", "brains", ")", ")", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "(", "E15", ".", "5", ",", "N", "=", "4", "brains", ")", ".", "Data", "information", ":", "(", "B", ",", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "a", "Dunn", "post", "-", "hoc", "test", "and", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of CRB3 staining interruptions along the ventricular boundary of WT (E12.5 and E15.5; N=13 brains), LIS1 KO (E12.5, N=4 brains)) and RAB6A/B dKO (E15.5, N=4 brains). Data information: (B, Kruskal-Wallis test with a Dunn post-hoc test and Benjamini-Hochberg procedure, *p ≤ 0.05, *** p ≤ 0.001. All error bars indicate SD."}
{"words": ["C", ".", "N", "-", "Cadherin", "staining", "in", "WT", ",", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "(", "E15", ".", "5", ")", "and", "LIS1", "KO", "(", "E12", ".", "5", ")", "brains", ".", "Scale", "bar", "=", "25µm", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. N-Cadherin staining in WT, RAB6A/B dKO (E15.5) and LIS1 KO (E12.5) brains. Scale bar = 25µm."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "N", "-", "Cadh", "staining", "interruptions", "along", "the", "ventricular", "boundary", "of", "WT", "(", "E12", ".", "5", "and", "E15", ".", "5", ";", "N", "=", "6", "brains", ")", ",", "LIS1", "KO", "(", "E12", ".", "5", ",", "N", "=", "3", "brains", ")", "and", "RAB6A", "/", "B", "dKO", "(", "E15", ".", "5", ",", "N", "=", "3", "brains", ")", ".", "Data", "information", ":", "D", ")", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "with", "a", "Dunn", "post", "-", "hoc", "test", "and", "Benjamini", "-", "Hochberg", "procedure", ",", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ".", "All", "error", "bars", "indicate", "SD", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of N-Cadh staining interruptions along the ventricular boundary of WT (E12.5 and E15.5; N=6 brains), LIS1 KO (E12.5, N=3 brains) and RAB6A/B dKO (E15.5, N=3 brains). Data information: D) Kruskal-Wallis test with a Dunn post-hoc test and Benjamini-Hochberg procedure, *p ≤ 0.05, *** p ≤ 0.001. All error bars indicate SD."}
{"words": ["A", ")", "SH", "-", "SY5Y", "neuroblastoma", "cells", "were", "either", "cultivated", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", "or", "starved", "in", "HBSS", "with", "or", "without", "addition", "of", "LY294002", "or", "rapamycin", ".", "After", "16", "h", "PINK1", "mRNA", "expression", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "and", "the", "PINK1", "mRNA", "content", "of", "cells", "kept", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", "was", "set", "as", "1", ".", "Induction", "of", "autophagy", "by", "starvation", "or", "rapamycin", "resulted", "in", "an", "induction", "of", "PINK1", "expression", ",", "comparable", "to", "the", "positive", "control", "LY294002", ";", "n", " ", "=", " ", "4", ";", "*", "expression", "changes", "compared", "to", "the", "PINK1", "expression", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", ":", "LY294002", ":", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "rapamycin", ":", "p", "<", "1", "×", "10", "−", "4", ";", "HBSS", ":", "p", "<", "0", ".", "005", ";", "HBSS", "+", "LY294002", ":", "p", "<", "5", "×", "10", "−", "6", ";", "HBSS", "+", "rapamycin", ":", "p", "<", "0", ".", "0005", ";", "#", "expression", "changes", "compared", "to", "the", "PINK1", "expression", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", "+", "LY294002", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "+", "expression", "changes", "compared", "to", "the", "PINK1", "expression", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", "+", "rapamycin", ":", "p", "<", "0", ".", "0005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) SH-SY5Y neuroblastoma cells were either cultivated in RPMI+10% FCS or starved in HBSS with or without addition of LY294002 or rapamycin. After 16 h PINK1 mRNA expression was determined by RT-qPCR and the PINK1 mRNA content of cells kept in RPMI+10% FCS was set as 1. Induction of autophagy by starvation or rapamycin resulted in an induction of PINK1 expression, comparable to the positive control LY294002; n = 4; * expression changes compared to the PINK1 expression in RPMI+10% FCS: LY294002: p<0.01; rapamycin: p<1×10−4; HBSS: p<0.005; HBSS+LY294002: p<5×10−6; HBSS+ rapamycin: p<0.0005; # expression changes compared to the PINK1 expression in RPMI+10% FCS+LY294002: p<0.05; + expression changes compared to the PINK1 expression in RPMI+10% FCS+rapamycin: p<0.0005."}
{"words": ["B", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "either", "stably", "transduced", "with", "a", "control", "(", "nt", ")", "shRNA", "or", "a", "shRNA", "directed", "against", "PINK1", "and", "cultivated", "in", "RPMI", "medium", "containing", "5", "%", "or", "10", "%", "FCS", ".", "Their", "PINK1", "mRNA", "content", "was", "determined", "by", "RT", "-", "qPCR", "and", "PINK1", "mRNA", "content", "of", "nt", "cells", "kept", "in", "medium", "with", "10", "%", "FCS", "was", "set", "as", "1", ".", "Serum", "reduction", "increased", "PINK1", "mRNA", "in", "nt", "cells", "in", "accordance", "with", "the", "data", "shown", "in", "Fig", ".", "1A", ",", "while", "stable", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "reduced", "PINK1", "content", "under", "both", "conditions", ";", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "*", "expression", "changes", "compared", "to", "the", "PINK1", "expression", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", ":", "PINK1", "kd", "10", "%", "FCS", "p", "<", "0", ".", "0005", ";", "PINK1", "induction", "by", "5", "%", "FCS", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "#", "expression", "changes", "compared", "to", "the", "PINK1", "expression", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", ":", "PINK1", "kd", "5", "%", "FCS", ":", "p", "<", "0", ".", "005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) SH-SY5Y cells were either stably transduced with a control (nt) shRNA or a shRNA directed against PINK1 and cultivated in RPMI medium containing 5% or 10% FCS. Their PINK1 mRNA content was determined by RT-qPCR and PINK1 mRNA content of nt cells kept in medium with 10% FCS was set as 1. Serum reduction increased PINK1 mRNA in nt cells in accordance with the data shown in Fig. 1A, while stable PINK1 knockdown (kd) reduced PINK1 content under both conditions; n = 3; * expression changes compared to the PINK1 expression in RPMI+10% FCS: PINK1 kd 10% FCS p<0.0005; PINK1 induction by 5% FCS: p<0.05; # expression changes compared to the PINK1 expression in RPMI+5% FCS: PINK1 kd 5% FCS: p<0.005."}
{"words": ["C", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "without", "(", "nt", ")", "or", "with", "stable", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "were", "kept", "in", "medium", "with", "5", "%", "FCS", "and", "either", "untreated", "or", "treated", "for", "2", "h", "with", "CCCP", "to", "stabilize", "PINK1", ".", "Afterwards", "the", "PINK1", "63", "kDa", "protein", "(", "arrowhead", ")", "and", "actin", "protein", "levels", "were", "determined", "by", "western", "blotting", "(", "see", "representative", "gel", "on", "the", "right", ")", ".", "The", "quantification", "revealed", "a", "reduction", "of", "PINK1", "protein", "under", "both", "conditions", "in", "PINK1", "kd", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C) SH-SY5Y cells without (nt) or with stable PINK1 knockdown (kd) were kept in medium with 5% FCS and either untreated or treated for 2 h with CCCP to stabilize PINK1. Afterwards the PINK1 63 kDa protein (arrowhead) and actin protein levels were determined by western blotting (see representative gel on the right). The quantification revealed a reduction of PINK1 protein under both conditions in PINK1 kd cells."}
{"words": ["2A", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "starved", "for", "2", "h", "in", "HBSS", "with", "Bafilomycin", "(", "+", "Baf", ")", "or", "left", "untreated", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", "(", "-", "Baf", ")", ".", "The", "LC3", "-", "II", "and", "actin", "content", "were", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "is", "shown", "on", "the", "right", ",", "showing", "only", "LC3", "-", "II", "bands", "in", "the", "Bafilomycin", "-", "treated", "samples", ".", "The", "LC3", "-", "II", "bands", "of", "Bafilomycin", "treated", "samples", "were", "normalized", "to", "actin", "and", "the", "relative", "LC3", "-", "II", "content", "of", "nt", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "Cells", "with", "stable", "PINK1", "knockdown", "exhibited", "a", "reduced", "LC3", "-", "II", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "the", "control", "(", "nt", ")", "cells", ";", "n", " ", "=", " ", "4", ",", "p", "<", "0", ".", "005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "2A) SH-SY5Y cells were starved for 2 h in HBSS with Bafilomycin (+Baf) or left untreated in RPMI+5% FCS (- Baf). The LC3-II and actin content were determined by western blotting. A representative blot is shown on the right, showing only LC3-II bands in the Bafilomycin-treated samples. The LC3-II bands of Bafilomycin treated samples were normalized to actin and the relative LC3-II content of nt cells was set as 1. Cells with stable PINK1 knockdown exhibited a reduced LC3-II/actin ratio compared to the control (nt) cells; n = 4, p<0.005."}
{"words": ["2B", ")", "Cortical", "neurons", "from", "3", "different", "isolations", "(", "10", "-", "20", "DIV", ")", "of", "WT", "and", "PINK1", "KO", "mice", "were", "either", "non", "-", "starved", "or", "starved", "for", "2", "h", "in", "HBSS", "and", "the", "LC3", "-", "II", "and", "actin", "content", "was", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "The", "relative", "LC3", "-", "II", "content", "of", "WT", "and", "PINK1", "KO", "mice", ",", "respectively", ",", "was", "set", "as", "1", ".", "Primary", "neurons", "showed", "a", "strong", "upregulation", "of", "autophagy", "in", "reaction", "to", "starvation", "but", "cells", "derived", "from", "PINK1", "KO", "mice", "exhibited", "a", "reduced", "LC3", "-", "II", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "the", "WT", "cells", ";", "n", " ", "=", " ", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "2B) Cortical neurons from 3 different isolations (10-20 DIV) of WT and PINK1 KO mice were either non-starved or starved for 2 h in HBSS and the LC3-II and actin content was determined by western blotting. A representative blot is shown on the right. The relative LC3-II content of WT and PINK1 KO mice, respectively, was set as 1. Primary neurons showed a strong upregulation of autophagy in reaction to starvation but cells derived from PINK1 KO mice exhibited a reduced LC3-II/actin ratio compared to the WT cells; n = 5, p<0.001."}
{"words": ["2C", ")", "HeLa", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "PINK1", "siRNA", ".", "After", "48", "h", "the", "LC3", "-", "II", "and", "actin", "content", "was", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "The", "relative", "LC3", "-", "II", "content", "of", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "was", "set", "as", "1", ".", "Transient", "PINK1", "knockdown", "resulted", "in", "a", "reduced", "LC3", "-", "II", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "the", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", ";", "n", " ", "=", " ", "6", ";", "p", "<", "0", ".", "005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "2C) HeLa cells were transiently transfected with scrambled siRNA or PINK1 siRNA. After 48 h the LC3-II and actin content was determined by western blotting. A representative blot is shown on the right. The relative LC3-II content of cells transfected with scrambled siRNA was set as 1. Transient PINK1 knockdown resulted in a reduced LC3-II/actin ratio compared to the cells transfected with scrambled siRNA; n = 6; p<0.005."}
{"words": ["2D", ")", "HeLa", "cells", "were", "transiently", "transfected", "with", "PINK1", "-", "GFP", ",", "PINK1G309D", "-", "GFP", "or", "GFP", ".", "After", "24", "h", "cells", "were", "starved", "for", "2", "h", "in", "HBSS", ".", "Afterwards", "the", "LC3", "-", "II", "and", "actin", "content", "were", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "The", "relative", "LC3", "-", "II", "content", "of", "cells", "transfected", "with", "GFP", "was", "set", "as", "1", ".", "Transient", "PINK1", "or", "PINK1G309D", "overexpression", "resulted", "in", "an", "increased", "LC3", "-", "II", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "cells", "transfected", "with", "GFP", ";", "n", " ", "=", " ", "3", ",", "PINK1", ":", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "PINK1G309D", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "2D) HeLa cells were transiently transfected with PINK1-GFP, PINK1G309D-GFP or GFP. After 24 h cells were starved for 2 h in HBSS. Afterwards the LC3-II and actin content were determined by western blotting. A representative blot is shown on the right. The relative LC3-II content of cells transfected with GFP was set as 1. Transient PINK1 or PINK1G309D overexpression resulted in an increased LC3-II/actin ratio compared to cells transfected with GFP; n = 3, PINK1: p<0.01; PINK1G309D: p<0.05."}
{"words": ["3A", ")", "Regular", ",", "non", "-", "transduced", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "cultivated", "either", "in", "RPMI", "+", "10", "%", "FCS", "or", "starved", "in", "HBSS", "medium", "for", "24", "and", "40", "h", ".", "The", "LAMP", "-", "2", "and", "actin", "content", "were", "determined", "by", "western", "blotting", "and", "the", "relative", "LAMP", "-", "2", "content", "of", "untreated", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "Starvation", "enhanced", "LAMP", "-", "2protein", "levels", ";", "n", " ", "=", " ", "3", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3A) Regular, non-transduced SH-SY5Y cells were cultivated either in RPMI+10% FCS or starved in HBSS medium for 24 and 40 h. The LAMP-2 and actin content were determined by western blotting and the relative LAMP-2 content of untreated cells was set as 1. Starvation enhanced LAMP-2protein levels; n = 3, p<0.05."}
{"words": ["3B", ")", "Transduced", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "cultivated", "either", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", "or", "starved", "for", "24", "h", "and", "40", "h", "in", "HBSS", ".", "The", "LAMP", "-", "2", "and", "actin", "content", "were", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "after", "40", "h", "starvation", "in", "HBSS", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "The", "relative", "LAMP", "-", "2", "content", "of", "untreated", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "Cells", "with", "stable", "PINK1", "knockdown", "exhibited", "after", "40", "h", "a", "reduced", "LAMP", "-", "2", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "the", "nt", "cells", ";", "n", " ", "=", " ", "4", ",", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3B) Transduced nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were cultivated either in RPMI+5% FCS or starved for 24 h and 40 h in HBSS. The LAMP-2 and actin content were determined by western blotting. A representative blot after 40 h starvation in HBSS is shown on the right. The relative LAMP-2 content of untreated cells was set as 1. Cells with stable PINK1 knockdown exhibited after 40 h a reduced LAMP-2/actin ratio compared to the nt cells; n = 4, p<0.05."}
{"words": ["3C", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "starved", "for", "the", "indicated", "times", "with", "HBSS", "and", "afterwards", "stained", "for", "Lamp", "-", "2", ".", "Micrographs", "were", "taken", "with", "constant", "microscopical", "settings", ".", "LAMP", "-", "2", "positive", "signals", "in", "each", "cell", "were", "quantified", "with", "ImageJ", "as", "described", "in", "Material", "and", "Methods", ".", "Knockdown", "of", "PINK1", "resulted", "in", "a", "decreased", "amount", "of", "LAMP", "-", "2", "positive", "stainings", "/", "cell", "after", "starvation", ";", "n", " ", "=", " ", "2", ",", "at", "least", "8", "fields", "of", "view", "/", "condition", ",", "89", "-", "124", "cells", "/", "condition", ";", "24", "h", ":", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "40", "h", ":", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3C) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were starved for the indicated times with HBSS and afterwards stained for Lamp-2. Micrographs were taken with constant microscopical settings. LAMP-2 positive signals in each cell were quantified with ImageJ as described in Material and Methods. Knockdown of PINK1 resulted in a decreased amount of LAMP-2 positive stainings/cell after starvation; n = 2, at least 8 fields of view/condition, 89-124 cells/condition; 24 h: p<0.001; 40 h: p<0.05."}
{"words": ["3D", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "stained", "with", "the", "photo", "-", "reactive", "dye", "MTR", "and", "either", "irradiated", "for", "45", "min", "or", "left", "untreated", ".", "24", "h", "and", "48", "h", "after", "irradiation", "the", "LAMP", "-", "2", "and", "actin", "content", "were", "determined", "by", "western", "blotting", ".", "A", "representative", "blot", "48", "h", "after", "irradiation", "is", "shown", "on", "the", "right", ".", "The", "relative", "LAMP", "-", "2", "content", "of", "untreated", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "Cells", "with", "stable", "PINK1", "knockdown", "exhibited", "after", "48", "h", "a", "reduced", "Lamp", "-", "2", "/", "actin", "ratio", "compared", "to", "the", "control", "(", "nt", ")", "cells", ";", "n", " ", "=", " ", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3D) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were stained with the photo-reactive dye MTR and either irradiated for 45 min or left untreated. 24 h and 48 h after irradiation the LAMP-2 and actin content were determined by western blotting. A representative blot 48 h after irradiation is shown on the right. The relative LAMP-2 content of untreated cells was set as 1. Cells with stable PINK1 knockdown exhibited after 48 h a reduced Lamp-2/actin ratio compared to the control (nt) cells; n = 5, p<0.001."}
{"words": ["3E", ")", "Acid", "phosphatase", "activity", "as", "parameter", "for", "lysosomal", "activity", "was", "quantified", "in", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "cultivated", "in", "RPMI", "medium", "with", "5", "%", "FCS", ".", "The", "phosphatase", "activity", "was", "measured", "and", "normalized", "to", "the", "protein", "content", ".", "The", "phosphatase", "activity", "of", "nt", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "PINK1", "knockdown", "mediated", "a", "reduction", "of", "lysosomal", "activity", ";", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "3E) Acid phosphatase activity as parameter for lysosomal activity was quantified in nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells cultivated in RPMI medium with 5% FCS. The phosphatase activity was measured and normalized to the protein content. The phosphatase activity of nt cells was set as 1. PINK1 knockdown mediated a reduction of lysosomal activity; n = 3; p<0.05."}
{"words": ["4A", ")", "Oxygen", "consumption", "rate", "(", "OCR", ")", "was", "measured", "in", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "without", "(", "nt", ")", "or", "with", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "cultivated", "in", "RPMI", "medium", "with", "5", "%", "FCS", ".", "Although", "oxygen", "consumption", "appeared", "to", "be", "slightly", "impaired", "in", "cells", "with", "PINK1", "kd", ",", "no", "significant", "changes", "were", "observed", ";", "n", " ", "=", " ", "1", "(", "quadruplicates", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "4A) Oxygen consumption rate (OCR) was measured in nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells without (nt) or with PINK1 knockdown (kd) cultivated in RPMI medium with 5% FCS. Although oxygen consumption appeared to be slightly impaired in cells with PINK1 kd, no significant changes were observed; n = 1 (quadruplicates)."}
{"words": ["4B", ")", "Energy", "charge", "(", "EC", ")", "of", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "grown", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", "was", "determined", "as", "detailed", "in", "Material", "Methods", ".", "PINK1", "knockdown", "resulted", "in", "a", "lower", "EC", "compared", "to", "nt", "cells", ";", "n", " ", "=", " ", "5", ",", "p0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "4B) Energy charge (EC) of nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells grown in RPMI+5% FCS was determined as detailed in Material Methods. PINK1 knockdown resulted in a lower EC compared to nt cells; n = 5, p0.05."}
{"words": ["4C", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "grown", "for", "2", "months", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", "and", "their", "population", "doublings", "were", "determined", ".", "Starting", "from", "day", "12", "cells", "with", "PINK1", "kd", "exhibited", "impaired", "cell", "population", "growth", ";", "n", " ", "=", " ", "1", "(", "triplicates", ")", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "day", "12", ")", "-", "p", "<", "1", "×", "10", "−", "6", "(", "day", "61", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "4C) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were grown for 2 months in RPMI+5% FCS and their population doublings were determined. Starting from day 12 cells with PINK1 kd exhibited impaired cell population growth; n = 1 (triplicates); * p<0.05 (day 12) - p<1×10−6 (day 61)."}
{"words": ["4D", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "grown", "in", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", "and", "the", "amount", "of", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "cells", "in", "S", "-", "phase", "was", "determined", "by", "BrdU", "incorporation", ".", "No", "differences", "in", "cell", "proliferation", "were", "visible", "between", "cells", "without", "(", "nt", ")", "and", "with", "PINK1", "kd", ";", "n", " ", "=", " ", "3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "4D) SH-SY5Y cells were grown in RPMI+5% FCS and the amount of nt and PINK1 knockdown (kd) cells in S-phase was determined by BrdU incorporation. No differences in cell proliferation were visible between cells without (nt) and with PINK1 kd; n = 3."}
{"words": ["5A", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "either", "kept", "in", "RPMI", "medium", "with", "5", "%", "FCS", "or", "starved", "with", "HBSS", "for", "12", "h", ".", "DEVD", "cleavage", "as", "parameter", "for", "caspase", "-", "3", "activity", "was", "analyzed", "and", "normalized", "to", "the", "protein", "content", ".", "Cells", "with", "PINK1", "knockdown", "demonstrated", "a", "significantly", "increased", "caspase", "-", "3", "activity", "under", "both", "conditions", ";", "n", " ", "=", " ", "4", ";", "RPMI", "+", "5", "%", "FCS", ":", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "HBSS", ":", "p", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "5A) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were either kept in RPMI medium with 5% FCS or starved with HBSS for 12 h. DEVD cleavage as parameter for caspase-3 activity was analyzed and normalized to the protein content. Cells with PINK1 knockdown demonstrated a significantly increased caspase-3 activity under both conditions; n = 4; RPMI+5% FCS: p<0.05; HBSS: p<0.01."}
{"words": ["5B", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "either", "kept", "in", "RPMI", "medium", "with", "5", "%", "FCS", "for", "48", "h", "or", "starved", "with", "HBSS", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "In", "the", "representative", "western", "blot", "the", "appearance", "of", "the", "PARP", "89", "kDa", "cleaved", "product", "is", "depicted", "as", "well", "as", "GAPDH", "for", "normalizing", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "5B) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were either kept in RPMI medium with 5% FCS for 48 h or starved with HBSS for the indicated time points. In the representative western blot the appearance of the PARP 89 kDa cleaved product is depicted as well as GAPDH for normalizing."}
{"words": ["5C", ")", "nt", "and", "PINK1", "knockdown", "(", "kd", ")", "SH", "-", "SY5Y", "cells", "were", "either", "kept", "in", "RPMI", "medium", "with", "5", "%", "FCS", "for", "48", "h", "or", "starved", "with", "HBSS", "for", "the", "indicated", "time", "points", ".", "For", "quantification", "the", "cleaved", "PARP", "89", "kDa", "product", "was", "normalized", "to", "the", "full", "length", "113", "kDa", "PARP", "and", "the", "resulting", "value", "normalized", "to", "GAPDH", ".", "Cells", "with", "PINK1", "knockdown", "demonstrated", "increased", "PARP", "cleavage", "that", "was", "significant", "after", "24", "h", "starvation", ";", "n", " ", "=", " ", "4", ";", "24", "h", ":", "p", "<", "0", ".", "005", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "5C) nt and PINK1 knockdown (kd) SH-SY5Y cells were either kept in RPMI medium with 5% FCS for 48 h or starved with HBSS for the indicated time points. For quantification the cleaved PARP 89 kDa product was normalized to the full length 113 kDa PARP and the resulting value normalized to GAPDH. Cells with PINK1 knockdown demonstrated increased PARP cleavage that was significant after 24 h starvation; n = 4; 24 h: p<0.005."}
{"words": ["5D", ")", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "PINK1", "siRNA", "and", "GFP", "or", "GFP", "-", "Parkin", "or", "PINK1", "-", "GFP", "or", "PINK1G309D", "-", "GFP", ".", "After", "transfection", "cells", "were", "starved", "for", "additional", "24", "h", "with", "HBSS", "and", "afterwards", "the", "amount", "of", "adherent", "cells", "was", "determined", ".", "The", "number", "of", "adherent", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "and", "the", "indicated", "plasmid", "was", "set", "as", "1", ".", "Starvation", "-", "mediated", "increased", "cell", "loss", "after", "PINK1", "knockdown", "could", "be", "rescued", "by", "PINK1", "or", "PINK1G309D", "-", "GFP", "but", "not", "by", "GFP", "or", "Parkin", ";", "GFP", ":", "n", " ", "=", " ", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "005", ";", "Parkin", ":", "n", " ", "=", " ", "3", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "PINK1", ":", "n", " ", "=", " ", "5", ",", "ns", ";", "PINK1G309D", "-", "GFP", ":", "n", " ", "=", " ", "3", ",", "ns", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "5D) HeLa cells were transfected with scrambled siRNA or PINK1 siRNA and GFP or GFP-Parkin or PINK1-GFP or PINK1G309D-GFP. After transfection cells were starved for additional 24 h with HBSS and afterwards the amount of adherent cells was determined. The number of adherent cells transfected with scrambled siRNA and the indicated plasmid was set as 1. Starvation-mediated increased cell loss after PINK1 knockdown could be rescued by PINK1 or PINK1G309D-GFP but not by GFP or Parkin; GFP: n = 5, p<0.005; Parkin: n = 3, p<0.05; PINK1: n = 5, ns; PINK1G309D-GFP: n = 3, ns."}
{"words": ["5E", ")", "HeLa", "cells", "and", "HeLa", "cells", "stably", "overexpressing", "LC3", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "PINK1", " ", "siRNA", ".", "After", "48", "h", "cells", "were", "starved", "in", "HBSS", "for", "additional", "24", "h", "and", "afterwards", "DEVD", "cleavage", "as", "parameter", "for", "caspase", "-", "3", "activity", "was", "analyzed", "and", "normalized", "to", "1", ",", "000", ",", "000", "cells", ".", "PINK1", "knockdown", "increased", "caspase", "-", "3", "activity", "significantly", ",", "which", "was", "prevented", "by", "LC3", "overexpression", ";", "n", " ", "=", " ", "3", ";", "p", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "5E) HeLa cells and HeLa cells stably overexpressing LC3 were transfected with scrambled siRNA or PINK1 siRNA. After 48 h cells were starved in HBSS for additional 24 h and afterwards DEVD cleavage as parameter for caspase-3 activity was analyzed and normalized to 1,000,000 cells. PINK1 knockdown increased caspase-3 activity significantly, which was prevented by LC3 overexpression; n = 3; p<0.05."}
{"words": ["5F", ")", "HeLa", "cells", "and", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "LC3", "were", "transfected", "with", "scrambled", "or", "PINK1", " ", "siRNA", ".", "48", "h", "post", "transfection", "cells", "were", "either", "left", "untreated", "(", "+", "medium", ")", "or", "starved", "(", "+", "HBSS", ")", "for", "additional", "24", "h", "and", "afterwards", "the", "amount", "of", "adherent", "cells", "was", "determined", ".", "The", "amount", "of", "non", "-", "starved", "cells", "was", "set", "as", "1", ".", "PINK1", "knockdown", "resulted", "in", "elevated", "cell", "loss", ",", "which", "was", "prevented", "by", "LC3", "overexpression", ";", "HeLa", ":", "n", " ", "=", " ", "6", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "HeLa", " ", "LC3", ":", "n", " ", "=", " ", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "5F) HeLa cells and HeLa cells stably expressing LC3 were transfected with scrambled or PINK1 siRNA. 48 h post transfection cells were either left untreated (+ medium) or starved (+HBSS) for additional 24 h and afterwards the amount of adherent cells was determined. The amount of non-starved cells was set as 1. PINK1 knockdown resulted in elevated cell loss, which was prevented by LC3 overexpression; HeLa: n = 6, p<0.05; HeLa LC3: n = 5."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "left", "panel", ")", "and", "Myc", "-", "hFis1", "(", "right", "panel", ")", ",", "stained", "with", "MitoTracker", "(", "red", ")", "followed", "by", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal images of mitochondrial morphology in wild-type (WT) and Drp1-/- 293T cells transfected with empty vector (left panel) and Myc-hFis1 (right panel), stained with MitoTracker (red) followed by immunostaining with anti-Myc antibody (green)."}
{"words": ["B", ".", "Quantitative", "analyses", "of", "fragmented", "mitochondria", "size", "(", "mean", "area", "(", "μm2", ")", "per", "mitochondrion", ")", "after", "Myc", "-", "hFis1", "overexpression", "in", "WT", "and", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "using", "Image", "J", "software", "(", "Particle", "analysis", ")", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "In", "each", "cell", ",", "only", "dispersed", "individual", "mitochondria", "were", "analyzed", ".", "The", "total", "number", "of", "mitochondria", "(", "mito", ")", "analyzed", "is", "indicated", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantitative analyses of fragmented mitochondria size (mean area (μm2) per mitochondrion) after Myc-hFis1 overexpression in WT and Drp1-/- 293T cells using Image J software (Particle analysis) in three independent experiments. In each cell, only dispersed individual mitochondria were analyzed. The total number of mitochondria (mito) analyzed is indicated for each condition."}
{"words": ["C", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "mean", "mitochondria", "number", "per", "cell", "in", "WT", "and", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "overexpressing", "Myc", "-", "hFis1", "using", "Image", "J", "software", "(", "Particle", "analysis", ")", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantitative analysis of mean mitochondria number per cell in WT and Drp1-/- 293T cells overexpressing Myc-hFis1 using Image J software (Particle analysis) in three independent experiments."}
{"words": ["E", ".", "Percentages", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "WT", "and", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "control", ")", ",", "Myc", "-", "hFis1", "and", "either", "Myc", "-", "or", "GFP", "-", "tagged", "mutants", "as", "indicated", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Percentages of cells with indicated mitochondrial morphologies in WT and Drp1-/- 293T cells transfected with empty vector (control), Myc-hFis1 and either Myc- or GFP-tagged mutants as indicated in three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "WT", "293T", "cells", "treated", "with", "scrambled", "siRNA", "(", "control", ")", "and", "Dyn2", "siRNA", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "transfection", "with", "empty", "vector", "(", "left", "panel", ")", "and", "Myc", "-", "hFis1", "(", "right", "three", "panels", ")", "as", "indicated", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "MitoTracker", "(", "red", ")", "followed", "by", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal images of mitochondrial morphology in WT 293T cells treated with scrambled siRNA (control) and Dyn2 siRNA as indicated, followed by transfection with empty vector (left panel) and Myc-hFis1 (right three panels) as indicated. Cells were stained with MitoTracker (red) followed by immunostaining with anti-Myc antibody (green)."}
{"words": ["B", ".", "Western", "blot", "of", "Dyn2", ",", "Myc", "-", "hFis1", ",", "Drp1", "and", "GAPDH", "in", "WT", "293T", "cells", "collected", "from", "the", "experiments", "in", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Western blot of Dyn2, Myc-hFis1, Drp1 and GAPDH in WT 293T cells collected from the experiments in (A)."}
{"words": ["C", ".", "Percentages", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "WT", "293T", "cells", "treated", "with", "scrambled", "siRNA", "and", "Dyn2", "siRNA", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "transfection", "with", "empty", "vector", "or", "Myc", "-", "hFis1", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Percentages of cells with indicated mitochondrial morphologies in WT 293T cells treated with scrambled siRNA and Dyn2 siRNA as indicated, followed by transfection with empty vector or Myc-hFis1 in three independent experiments."}
{"words": ["D", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "treated", "with", "scrambled", "siRNA", "and", "Dyn2", "siRNA", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "transfection", "with", "empty", "vector", "(", "left", "panel", ")", "and", "Myc", "-", "hFis1", "(", "right", "three", "panels", ")", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "MitoTracker", "(", "red", ")", "followed", "by", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "green", ")", ".", "Representative", "examples", "of", "tubular", ",", "fragmented", "and", "tubular", "cluster", "phenotypes", "are", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Confocal images of mitochondrial morphology in Drp1-/- 293T cells treated with scrambled siRNA and Dyn2 siRNA as indicated, followed by transfection with empty vector (left panel) and Myc-hFis1 (right three panels). Cells were stained with MitoTracker (red) followed by immunostaining with anti-Myc antibody (green). Representative examples of tubular, fragmented and tubular cluster phenotypes are indicated."}
{"words": ["E", ".", "Western", "blot", "of", "Dyn2", ",", "Myc", "-", "hFis1", "and", "GAPDH", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "collected", "from", "the", "experiments", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Western blot of Dyn2, Myc-hFis1 and GAPDH in Drp1-/- 293T cells collected from the experiments in (D)."}
{"words": ["F", ".", "Percentages", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "treated", "with", "scrambled", "siRNA", "or", "Dyn2", "siRNA", ",", "followed", "by", "transfection", "with", "empty", "vector", "or", "Myc", "-", "hFis1", "as", "indicated", "in", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Percentages of cells with indicated mitochondrial morphologies in Drp1-/- 293T cells treated with scrambled siRNA or Dyn2 siRNA, followed by transfection with empty vector or Myc-hFis1 as indicated in three independent experiments."}
{"words": ["A", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "(", "control", ")", "or", "with", "hFis1", "-", "siRNA", "and", "then", "stained", "with", "MitoTracker", "(", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Confocal images of mitochondrial morphology in Drp1-/- 293T cells transfected with scrambled siRNA (control) or with hFis1-siRNA and then stained with MitoTracker (red)."}
{"words": ["B", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "either", "Mfn1", "-", "Myc", ",", "Mfn2", "-", "Myc", "or", "OPA1", "-", "Myc", ",", "stained", "with", "MitoTracker", "(", "red", ")", "followed", "by", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Confocal images of mitochondrial morphology in Drp1-/- 293T cells transfected with either Mfn1-Myc, Mfn2-Myc or OPA1-Myc, stained with MitoTracker (red) followed by immunostaining with anti-Myc antibody (green)."}
{"words": ["C", ".", "Percentages", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ")", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "either", "scrambled", "siRNA", "(", "Ctr", ")", ",", "hFis1", "siRNA", ",", "Mfn1", "-", "Myc", ",", "Mfn2", "-", "Myc", "or", "OPA1", "-", "Myc", "in", "three", "independent", "experiments", "for", "each", "condition", "(", "n", "represents", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Percentages (mean ± s.e.m.) of cells with indicated mitochondrial morphologies in Drp1-/- 293T cells transfected with either scrambled siRNA (Ctr), hFis1 siRNA, Mfn1-Myc, Mfn2-Myc or OPA1-Myc in three independent experiments for each condition (n represents the number of cells analyzed)."}
{"words": ["D", ".", "hFis1", "interacts", "with", "Mfn1", ",", "Mfn2", "and", "OPA1", "as", "well", "as", "Drp1", ",", "but", "not", "with", "Dyn2", "at", "endogenous", "levels", "following", "chemical", "crosslinking", ".", "Wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "and", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "were", "in", "vivo", "crosslinked", "with", "1", "%", "formaldehyde", "(", "FA", ")", "and", "cell", "lysates", "were", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "rabbit", "normal", "IgG", "(", "negative", "control", ")", "or", "rabbit", "anti", "-", "hFis1", "antibody", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. hFis1 interacts with Mfn1, Mfn2 and OPA1 as well as Drp1, but not with Dyn2 at endogenous levels following chemical crosslinking. Wild-type (WT) and Drp1-/- 293T cells were in vivo crosslinked with 1% formaldehyde (FA) and cell lysates were used for co-immunoprecipitation (IP) with Protein G beads bound to rabbit normal IgG (negative control) or rabbit anti-hFis1 antibody as indicated, followed by immunoblotting with indicated antibodies."}
{"words": ["hFis1", "binds", "to", "Mfn1", ",", "Mfn2", "and", "OPA1", "at", "endogenous", "levels", "also", "in", "the", "absence", "of", "chemical", "crosslinking", ".", "Cell", "lysates", "prepared", "from", "WT", "293T", "(", "E", ")", "cells", "without", "chemical", "crosslinking", "were", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "rabbit", "normal", "IgG", "(", "negative", "control", ")", "or", "rabbit", "anti", "-", "hFis1", "antibody", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "Western", "blotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "hFis1 binds to Mfn1, Mfn2 and OPA1 at endogenous levels also in the absence of chemical crosslinking. Cell lysates prepared from WT 293T (E) cells without chemical crosslinking were used for co-immunoprecipitation (IP) with Protein G beads bound to rabbit normal IgG (negative control) or rabbit anti-hFis1 antibody as indicated, followed by Western blotting with indicated antibodies."}
{"words": ["F", ".", "hFis1", "binds", "to", "Mfn1", ",", "Mfn2", "and", "OPA1", "at", "endogenous", "levels", "also", "in", "the", "absence", "of", "chemical", "crosslinking", ".", "Cell", "lysates", "prepared", "from", "HeLa", "(", "F", ")", "cells", "without", "chemical", "crosslinking", "were", "used", "for", "co", "-", "immunoprecipitation", "(", "IP", ")", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "rabbit", "normal", "IgG", "(", "negative", "control", ")", "or", "rabbit", "anti", "-", "hFis1", "antibody", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "Western", "blotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. hFis1 binds to Mfn1, Mfn2 and OPA1 at endogenous levels also in the absence of chemical crosslinking. Cell lysates prepared from HeLa (F) cells without chemical crosslinking were used for co-immunoprecipitation (IP) with Protein G beads bound to rabbit normal IgG (negative control) or rabbit anti-hFis1 antibody as indicated, followed by Western blotting with indicated antibodies."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Interaction", "of", "hFis1", "with", "Mfn1", "/", "2", "and", "with", "OPA1", "are", "independent", "events", ".", "WT", "293T", "cells", "were", "treated", "with", "control", ",", "OPA1", "(", "G", ")", "or", "Mfn1", "plus", "Mfn2", "(", "H", ")", "siRNA", ",", "followed", "by", "in", "vivo", "crosslinking", "with", "1", "%", "FA", ".", "Cell", "lysates", "were", "used", "for", "co", "-", "IP", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "rabbit", "normal", "IgG", "(", "negative", "control", ")", "or", "rabbit", "anti", "-", "hFis1", "antibody", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Interaction of hFis1 with Mfn1/2 and with OPA1 are independent events. WT 293T cells were treated with control, OPA1 (G) or Mfn1 plus Mfn2 (H) siRNA, followed by in vivo crosslinking with 1% FA. Cell lysates were used for co-IP with Protein G beads bound to rabbit normal IgG (negative control) or rabbit anti-hFis1 antibody as indicated, followed by immunoblotting with indicated antibodies."}
{"words": ["I", ".", "Interactions", "between", "Mfn1", "/", "2", "and", "OPA1", "occur", "independent", "of", "hFis1", ".", "WT", "293T", "cells", "were", "treated", "with", "control", "or", "hFis1", "siRNA", ",", "followed", "by", "in", "vivo", "crosslinking", "with", "1", "%", "FA", ".", "Cell", "lysates", "were", "used", "for", "co", "-", "IP", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "mouse", "normal", "IgG", "(", "negative", "control", ")", "or", "mouse", "anti", "-", "OPA1", "antibody", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Interactions between Mfn1/2 and OPA1 occur independent of hFis1. WT 293T cells were treated with control or hFis1 siRNA, followed by in vivo crosslinking with 1% FA. Cell lysates were used for co-IP with Protein G beads bound to mouse normal IgG (negative control) or mouse anti-OPA1 antibody as indicated, followed by immunoblotting with indicated antibodies."}
{"words": ["J", ".", "Interaction", "between", "Mfn1", "and", "Mfn2", "is", "not", "affected", "by", "hFis1", "overexpression", ".", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "vector", "or", "Myc", "-", "hFis1", ",", "followed", "by", "in", "vivo", "crosslinking", "with", "1", "%", "FA", ".", "Cell", "lysates", "were", "used", "for", "co", "-", "IP", "with", "Protein", "G", "beads", "bound", "to", "mouse", "normal", "IgG", "or", "mouse", "anti", "-", "Mfn1", "antibody", ",", "followed", "by", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J. Interaction between Mfn1 and Mfn2 is not affected by hFis1 overexpression. 293T cells were transfected with empty vector or Myc-hFis1, followed by in vivo crosslinking with 1% FA. Cell lysates were used for co-IP with Protein G beads bound to mouse normal IgG or mouse anti-Mfn1 antibody, followed by immunoblotting with indicated antibodies."}
{"words": ["B", ".", "Interaction", "of", "different", "hFis1", "mutants", "with", "Mfns", "and", "OPA1", ".", "hFis1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "full", "-", "length", "and", "the", "truncated", "hFis1", "mutants", "as", "indicated", ",", "followed", "by", "in", "vivo", "crosslinking", "with", "1", "%", "FA", ".", "Cell", "lysates", "were", "used", "for", "co", "-", "IP", "with", "anti", "-", "Myc", "or", "anti", "-", "GFP", "agarose", "beads", "and", "the", "immunoprecipitates", "were", "analyzed", "by", "Western", "blotting", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Interaction of different hFis1 mutants with Mfns and OPA1. hFis1-/- 293T cells were transfected with the full-length and the truncated hFis1 mutants as indicated, followed by in vivo crosslinking with 1% FA. Cell lysates were used for co-IP with anti-Myc or anti-GFP agarose beads and the immunoprecipitates were analyzed by Western blotting with indicated antibodies."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "WT", "293T", "polykaryons", "in", "cultures", "subjected", "to", "the", "PEG", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "exogenous", "hFis1", ".", "WT", "293T", "cells", "stably", "expressing", "mitoGFP", "or", "mitoRFP", "were", "co", "-", "cultured", ",", "subsequently", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "with", "Myc", "-", "hFis1", "as", "indicated", "and", "then", "treated", "with", "PEG", "for", "cell", "fusion", ".", "Mitochondrial", "fusion", "is", "indicated", "by", "co", "-", "localization", "of", "mitoGFP", "and", "mitoRFP", "(", "i", ".", "e", ".", "yellow", "mitochondria", ")", ".", "Left", "panel", ":", "empty", "vector", "transfected", ";", "right", "panel", ":", "Myc", "-", "hFis1transfected", ".", "Insets", "represent", "magnification", "of", "the", "boxed", "areas", "in", "upper", "panel", "(", "A", ")", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "extent", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "individual", "hybrid", "cells", "was", "performed", "by", "the", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficient", "(", "PCC", ")", "in", "three", "independent", "experiments", "for", "each", "condition", "and", "data", "summarized", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Representative confocal images of mitochondrial fusion in WT 293T polykaryons in cultures subjected to the PEG-based fusion assay in the presence or absence of exogenous hFis1. WT 293T cells stably expressing mitoGFP or mitoRFP were co-cultured, subsequently transfected with empty vector (control) or with Myc-hFis1 as indicated and then treated with PEG for cell fusion. Mitochondrial fusion is indicated by co-localization of mitoGFP and mitoRFP (i.e. yellow mitochondria). Left panel: empty vector transfected; right panel: Myc-hFis1transfected. Insets represent magnification of the boxed areas in upper panel (A). Quantitative analysis of the extent of mitochondrial fusion in individual hybrid cells was performed by the Pearson's correlation coefficient (PCC) in three independent experiments for each condition and data summarized in (B)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "WT", "293T", "cells", "assessed", "by", "the", "mito", "-", "PAGFP", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "exogenous", "hFis1", ".", "WT", "293T", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "mito", "-", "PAGFP", "(", "0", ".", "5", "µg", ")", ",", "mito", "-", "DsRed", "(", "0", ".", "2", "µg", ")", ",", "and", "either", "empty", "vector", "(", "0", ".", "5", "µg", ",", "the", "upper", "panel", ")", "or", "hFis1", "(", "0", ".", "5", "µg", ",", "the", "lower", "panel", ")", "were", "photoactivated", "in", "a", "small", "region", "of", "interest", "(", "ROI", ")", "(", "white", "circle", ",", "3", "µm", "diameter", ")", "in", "preactivation", "images", "of", "mitochondria", "seen", "by", "mito", "-", "DsRed", "(", "red", ")", ".", "After", "photoactivation", ",", "sequential", "Z", "-", "stack", "images", "with", "photoactivated", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mitochondrial", "marker", "(", "mito", "-", "DsRed", ")", "were", "collected", "at", "indicated", "time", "points", "using", "series", "of", "Z", "-", "sections", "from", "the", "top", "to", "the", "cell", "bottom", "with", "intervals", "between", "sections", "set", "to", "0", ".", "5", "-", "0", ".", "75", "μm", "(", "C", ")", ".", "Mitochondrial", "fusion", "was", "quantified", "by", "analyzing", "changes", "in", "fluorescence", "intensity", "of", "photoactivated", "mito", "-", "PAGFP", "in", "ROIs", "at", "40", "sec", ",", "15", ",", "30", ",", "45", "min", "after", "photoactivation", ".", "The", "dilution", "rates", "(", "percentage", ")", "of", "the", "GFP", "fluorescence", "intensity", "at", "different", "time", "points", "were", "normalized", "by", "the", "fluorescence", "intensity", "at", "40", "sec", "after", "photoactivation", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Representative confocal images of mitochondrial fusion in WT 293T cells assessed by the mito-PAGFP-based fusion assay in the presence or absence of exogenous hFis1. WT 293T cells co-transfected with mito-PAGFP (0.5 µg), mito-DsRed (0.2 µg), and either empty vector (0.5 µg, the upper panel) or hFis1 (0.5 µg, the lower panel) were photoactivated in a small region of interest (ROI) (white circle, 3 µm diameter) in preactivation images of mitochondria seen by mito-DsRed (red). After photoactivation, sequential Z-stack images with photoactivated GFP (green) and mitochondrial marker (mito-DsRed) were collected at indicated time points using series of Z-sections from the top to the cell bottom with intervals between sections set to 0.5-0.75 μm (C). Mitochondrial fusion was quantified by analyzing changes in fluorescence intensity of photoactivated mito-PAGFP in ROIs at 40 sec, 15, 30, 45 min after photoactivation. The dilution rates (percentage) of the GFP fluorescence intensity at different time points were normalized by the fluorescence intensity at 40 sec after photoactivation (D)."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "WT", "293T", "polykaryons", "in", "cultures", "subjected", "to", "the", "PEG", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "endogenous", "hFis1", ".", "Both", "WT", "293T", "cells", "stably", "expressing", "mitoGFP", "or", "mitoRFP", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "(", "control", "siRNA", ")", "or", "hFis1", "-", "siRNA", "as", "indicated", "and", "then", "co", "-", "cultured", "and", "fused", "using", "PEG", "treatment", ".", "Left", "panel", ":", "control", "siRNA", "transfected", ";", "right", "panel", ":", "hFis1", "-", "siRNA", "transfected", "(", "E", ")", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "the", "mitochondrial", "fusion", "in", "individual", "hybrid", "cells", "was", "performed", "by", "the", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficient", "in", "three", "independent", "experiments", "and", "data", "summarized", "in", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. Representative confocal images of mitochondrial fusion in WT 293T polykaryons in cultures subjected to the PEG-based fusion assay in the presence or absence of endogenous hFis1. Both WT 293T cells stably expressing mitoGFP or mitoRFP were transfected with scrambled siRNA (control siRNA) or hFis1-siRNA as indicated and then co-cultured and fused using PEG treatment. Left panel: control siRNA transfected; right panel: hFis1-siRNA transfected (E). Quantitative analysis of the mitochondrial fusion in individual hybrid cells was performed by the Pearson's correlation coefficient in three independent experiments and data summarized in (F)."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "WT", "293T", "cells", "assessed", "by", "the", "mito", "-", "PAGFP", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "endogenous", "hFis1", ".", "Scrambled", "siRNA", "or", "hFis1", "siRNA", "treated", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "mito", "-", "PAGFP", "and", "mito", "-", "DsRed", "and", "were", "subsequently", "photoactivated", "(", "G", ")", "as", "described", "in", "(", "C", ")", ".", "Mitochondrial", "fusion", "was", "quantified", "(", "H", ")", "as", "described", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Representative confocal images of mitochondrial fusion in WT 293T cells assessed by the mito-PAGFP-based fusion assay in the presence or absence of endogenous hFis1. Scrambled siRNA or hFis1 siRNA treated cells were co-transfected with mito-PAGFP and mito-DsRed and were subsequently photoactivated (G) as described in (C). Mitochondrial fusion was quantified (H) as described in (D)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "polykaryons", "in", "cultures", "subjected", "to", "the", "PEG", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "exogenous", "hFis1", ".", "Drp1", "-", "/", "-", "cells", "stably", "expressing", "mitoGFP", "or", "mitoRFP", "were", "co", "-", "cultured", ",", "subsequently", "transfected", "with", "empty", "vector", "(", "control", ")", "or", "Myc", "-", "hFis1", "as", "indicated", "and", "then", "stimulated", "with", "PEG", "treatment", "for", "cell", "fusion", ",", "followed", "by", "immunostaining", "with", "anti", "-", "Myc", "antibody", "(", "green", ")", ".", "Mitochondrial", "fusion", "was", "indicated", "by", "co", "-", "localization", "of", "mitoGFP", "and", "mitoRFP", "(", "i", ".", "e", ".", "yellow", "mitochondria", ")", ".", "Left", "panel", ":", "empty", "vector", "transfected", ";", "right", "panel", ":", "Myc", "-", "hFis1", "transfected", ".", "Insets", "represent", "magnification", "of", "the", "boxed", "areas", "in", "upper", "panel", "(", "A", ")", ".", "Quantitative", "analyses", "for", "measuring", "the", "extent", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "individual", "hybrid", "cells", "were", "performed", "by", "the", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficient", "(", "PCC", ")", "in", "three", "independent", "experiments", "and", "summarized", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. Representative confocal images of mitochondrial fusion in Drp1-/- 293T polykaryons in cultures subjected to the PEG-based fusion assay in the presence or absence of exogenous hFis1. Drp1-/- cells stably expressing mitoGFP or mitoRFP were co-cultured, subsequently transfected with empty vector (control) or Myc-hFis1 as indicated and then stimulated with PEG treatment for cell fusion, followed by immunostaining with anti-Myc antibody (green). Mitochondrial fusion was indicated by co-localization of mitoGFP and mitoRFP (i.e. yellow mitochondria). Left panel: empty vector transfected; right panel: Myc-hFis1 transfected. Insets represent magnification of the boxed areas in upper panel (A). Quantitative analyses for measuring the extent of mitochondrial fusion in individual hybrid cells were performed by the Pearson's correlation coefficient (PCC) in three independent experiments and summarized in (B)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "assessed", "by", "the", "mito", "-", "PAGFP", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "exogenous", "hFis1", ".", "Drp1", "-", "/", "-", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "mito", "-", "PAGFP", ",", "mito", "-", "DsRed", ",", "and", "either", "empty", "vector", "(", "the", "upper", "panel", ")", "or", "hFis1", "(", "the", "lower", "panel", ")", "were", "photoactivated", "in", "a", "small", "region", "of", "interest", "(", "ROI", ")", "(", "white", "circle", ",", "3", "µm", "diameter", ")", "as", "indicated", "in", "preactivation", "images", "of", "mitochondria", "seen", "by", "mito", "-", "DsRed", "(", "red", ")", ".", "After", "photoactivation", ",", "Z", "-", "stack", "images", "with", "photoactivated", "GFP", "(", "green", ")", "and", "mitochondrial", "marker", "(", "mito", "-", "DsRed", ")", "were", "collected", "at", "times", "40", "sec", ",", "15", ",", "30", ",", "45", "min", "as", "indicated", "(", "C", ")", ".", "Mitochondrial", "fusion", "was", "quantified", "by", "analysis", "of", "changes", "in", "the", "fluorescence", "intensity", "of", "photoactivated", "mito", "-", "PAGFP", "in", "ROIs", "at", "40", "sec", ",", "15", ",", "30", ",", "45", "min", "after", "photoactivation", ".", "The", "dilution", "rates", "(", "percentage", ")", "of", "the", "GFP", "fluorescence", "intensity", "at", "different", "time", "points", "were", "normalized", "by", "the", "fluorescence", "intensity", "at", "40", "sec", "after", "photoactivation", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. Representative confocal images of mitochondrial fusion in Drp1-/- 293T cells assessed by the mito-PAGFP-based fusion assay in the presence or absence of exogenous hFis1. Drp1-/- cells co-transfected with mito-PAGFP, mito-DsRed, and either empty vector (the upper panel) or hFis1 (the lower panel) were photoactivated in a small region of interest (ROI) (white circle, 3 µm diameter) as indicated in preactivation images of mitochondria seen by mito-DsRed (red). After photoactivation, Z-stack images with photoactivated GFP (green) and mitochondrial marker (mito-DsRed) were collected at times 40 sec, 15, 30, 45 min as indicated (C). Mitochondrial fusion was quantified by analysis of changes in the fluorescence intensity of photoactivated mito-PAGFP in ROIs at 40 sec, 15, 30, 45 min after photoactivation. The dilution rates (percentage) of the GFP fluorescence intensity at different time points were normalized by the fluorescence intensity at 40 sec after photoactivation (D)."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "polykaryons", "in", "cultures", "subjected", "to", "the", "PEG", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "endogenous", "hFis1", ".", "Drp1", "-", "/", "-", "cells", "stably", "expressing", "mitoGFP", "or", "mitoRFP", "were", "transfected", "with", "scrambled", "siRNA", "(", "control", "siRNA", ")", "or", "with", "hFis1", "-", "siRNA", "as", "indicated", "and", "then", "co", "-", "cultured", "and", "fused", "by", "PEG", "treatment", ".", "Left", "panel", ":", "control", "siRNA", "transfected", ";", "right", "panel", ":", "hFis1", "-", "siRNA", "transfected", "(", "E", ")", ".", "Quantitative", "analysis", "of", "extent", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "individual", "hybrid", "cells", "was", "performed", "by", "the", "Pearson", "'", "s", "correlation", "coefficient", "(", "PCC", ")", "in", "three", "independent", "experiments", "and", "summarized", "in", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. Representative confocal images of mitochondrial fusion in Drp1-/- 293T polykaryons in cultures subjected to the PEG-based fusion assay in the presence or absence of endogenous hFis1. Drp1-/- cells stably expressing mitoGFP or mitoRFP were transfected with scrambled siRNA (control siRNA) or with hFis1-siRNA as indicated and then co-cultured and fused by PEG treatment. Left panel: control siRNA transfected; right panel: hFis1-siRNA transfected (E). Quantitative analysis of extent of mitochondrial fusion in individual hybrid cells was performed by the Pearson's correlation coefficient (PCC) in three independent experiments and summarized in (F)."}
{"words": ["G", ",", "H", ".", "Representative", "confocal", "images", "of", "mitochondrial", "fusion", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "monitored", "by", "the", "mito", "-", "PAGFP", "-", "based", "fusion", "assay", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "endogenous", "hFis1", ".", "Scrambled", "siRNA", "or", "hFis1", "siRNA", "treated", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "mito", "-", "PAGFP", "and", "mito", "-", "DsRed", "and", "were", "subsequently", "photoactivated", "(", "G", ")", "as", "described", "in", "(", "C", ")", ".", "Mitochondrial", "fusion", "was", "quantified", "by", "analysis", "of", "changes", "in", "the", "fluorescence", "intensity", "of", "photoactivated", "mito", "-", "PAGFP", "(", "H", ")", "as", "described", "in", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G, H. Representative confocal images of mitochondrial fusion in Drp1-/- 293T cells monitored by the mito-PAGFP-based fusion assay in the presence or absence of endogenous hFis1. Scrambled siRNA or hFis1 siRNA treated cells were co-transfected with mito-PAGFP and mito-DsRed and were subsequently photoactivated (G) as described in (C). Mitochondrial fusion was quantified by analysis of changes in the fluorescence intensity of photoactivated mito-PAGFP (H) as described in (D)."}
{"words": ["A", ",", "B", ".", "GTP", "hydrolysis", "activities", "of", "Mfn1", ",", "Mfn2", ",", "Mfn2K109A", "and", "OPA1", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "or", "GST", "(", "negative", "control", ")", "were", "determined", "by", "measuring", "the", "concentration", "of", "free", "phosphate", "(", "Pi", ")", "released", "from", "GTP", ".", "Myc", "-", "tagged", "Mfn1", ",", "Mfn2", ",", "Mfn2K109A", "and", "OPA1", "were", "transiently", "expressed", "separately", "in", "293T", "cells", "and", "immunopurified", "by", "anti", "-", "Myc", "agarose", "beads", ".", "GTPase", "activities", "of", "immunopurified", "Myc", "-", "tagged", "Mfn1", ",", "Mfn2", ",", "Mfn2K109A", "and", "OPA1", "were", "determined", "after", "treatment", "with", "or", "without", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "or", "GST", "protein", "(", "A", ")", ".", "The", "input", "levels", "of", "immunopurified", "Mfn1", "-", "Myc", ",", "Mfn2", "-", "Myc", "and", "OPA1", "-", "Myc", "(", "left", "panel", ")", "as", "well", "as", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "(", "~", "42", "kDa", ")", "and", "GST", "(", "~", "26", "kDa", ")", "(", "right", "panel", ")", "were", "assessed", "by", "immunoblotting", "with", "indicated", "antibodies", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, B. GTP hydrolysis activities of Mfn1, Mfn2, Mfn2K109A and OPA1 in the presence or absence of recombinant GST-hFis1 or GST (negative control) were determined by measuring the concentration of free phosphate (Pi) released from GTP. Myc-tagged Mfn1, Mfn2, Mfn2K109A and OPA1 were transiently expressed separately in 293T cells and immunopurified by anti-Myc agarose beads. GTPase activities of immunopurified Myc-tagged Mfn1, Mfn2, Mfn2K109A and OPA1 were determined after treatment with or without recombinant GST-hFis1 or GST protein (A). The input levels of immunopurified Mfn1-Myc, Mfn2-Myc and OPA1-Myc (left panel) as well as recombinant GST-hFis1 (~42 kDa) and GST (~26 kDa) (right panel) were assessed by immunoblotting with indicated antibodies (B)."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "GTP", "hydrolysis", "activities", "of", "Drp1", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "or", "GST", "(", "negative", "control", ")", "were", "determined", "as", "described", "in", "(", "A", ")", ".", "Untagged", "WT", "Drp1", "and", "Drp1Q34A", "were", "transiently", "expressed", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "and", "immunopurified", "by", "protein", "G", "beads", "pre", "-", "incubated", "with", "Drp1", "antibody", ".", "GTPase", "activities", "of", "immunopurified", "Drp1", "and", "Drp1Q34A", "were", "determined", "after", "treatment", "with", "or", "without", "recombinant", "hFis1", "or", "GST", "protein", "(", "C", ")", ".", "The", "input", "levels", "of", "immunopurified", "Drp1", "and", "Drp1Q34A", "were", "assessed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "Drp1", "antibody", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, D. GTP hydrolysis activities of Drp1 in the presence or absence of recombinant GST-hFis1 or GST (negative control) were determined as described in (A). Untagged WT Drp1 and Drp1Q34A were transiently expressed in Drp1-/- 293T cells and immunopurified by protein G beads pre-incubated with Drp1 antibody. GTPase activities of immunopurified Drp1 and Drp1Q34A were determined after treatment with or without recombinant hFis1 or GST protein (C). The input levels of immunopurified Drp1 and Drp1Q34A were assessed by immunoblotting with anti-Drp1 antibody (D)."}
{"words": ["E", ",", "F", ".", "GTP", "hydrolysis", "activities", "of", "Dyn2", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "or", "GST", "(", "negative", "control", ")", "were", "determined", "as", "described", "in", "(", "A", ")", ".", "Endogenous", "Dyn2", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "was", "immunopurified", "by", "protein", "G", "beads", "pre", "-", "incubated", "with", "anti", "-", "Dyn2", "antibody", ".", "GTPase", "activity", "of", "immunopurified", "Dyn2", "was", "determined", "after", "treatment", "with", "or", "without", "recombinant", "GST", "-", "hFis1", "or", "GST", "protein", "(", "E", ")", ".", "The", "input", "levels", "of", "immunopurified", "Dyn2", "were", "assessed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "Dyn2", "antibody", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E, F. GTP hydrolysis activities of Dyn2 in the presence or absence of recombinant GST-hFis1 or GST (negative control) were determined as described in (A). Endogenous Dyn2 in Drp1-/- 293T cells was immunopurified by protein G beads pre-incubated with anti-Dyn2 antibody. GTPase activity of immunopurified Dyn2 was determined after treatment with or without recombinant GST-hFis1 or GST protein (E). The input levels of immunopurified Dyn2 were assessed by immunoblotting with anti-Dyn2 antibody (F)."}
{"words": ["G", ".", "Summary", "of", "the", "effects", "of", "pro", "-", "fusion", "GTPases", "(", "Mfns", "and", "OPA1", ")", "on", "hFis1", "-", "induced", "mitochondrial", "fragmentation", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "cells", ".", "Percentages", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ")", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "co", "-", "expressing", "Myc", "-", "hFis1", "and", "either", "empty", "vector", ",", "Mfn1", "-", "Myc", ",", "Mfn2", "-", "Myc", "or", "OPA1", "-", "Myc", "in", "three", "independent", "experiments", ".", "n", "represents", "the", "number", "of", "cells", "analyzed", ".", "Corresponding", "confocal", "images", "shown", "in", "Fig", "EV4", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Summary of the effects of pro-fusion GTPases (Mfns and OPA1) on hFis1-induced mitochondrial fragmentation in Drp1-/- cells. Percentages (mean ± s.e.m.) of cells with indicated mitochondrial morphologies in Drp1-/- 293T cells co-expressing Myc-hFis1 and either empty vector, Mfn1-Myc, Mfn2-Myc or OPA1-Myc in three independent experiments. n represents the number of cells analyzed. Corresponding confocal images shown in Fig EV4."}
{"words": ["A", ".", "Ablation", "of", "OPA1", "using", "CRISPR", "-", "Cas9", "gene", "editing", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "was", "confirmed", "by", "Western", "blotting", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Ablation of OPA1 using CRISPR-Cas9 gene editing in Drp1-/- 293T cells was confirmed by Western blotting analysis."}
{"words": ["B", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "(", "left", "panel", ")", "and", "Drp1", "/", "OPA1DKO", "293T", "(", "right", "panel", ")", "cells", ".", "(", "Aggr", "/", "frag", ":", "aggregation", "/", "fragmentation", "of", "mitochondria", ";", "Bulb", "/", "tubular", ":", "bulb", "-", "like", "/", "tubular", "mitochondria", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Confocal images of mitochondrial morphology in Drp1-/- (left panel) and Drp1/OPA1DKO 293T (right panel) cells. (Aggr/frag: aggregation/fragmentation of mitochondria; Bulb/tubular: bulb-like/tubular mitochondria)."}
{"words": ["C", ".", "Confocal", "images", "of", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "/", "OPA1DKO", "293T", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNAs", ",", "combinations", "of", "siRNAs", "or", "with", "Myc", "-", "hFis1", "plasmid", "(", "lower", "three", "panels", ")", "compared", "to", "mitochondrial", "morphology", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "overexpressing", "Myc", "-", "hFis1", "or", "not", "(", "upper", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Confocal images of mitochondrial morphology in Drp1/OPA1DKO 293T cells treated with the indicated siRNAs, combinations of siRNAs or with Myc-hFis1 plasmid (lower three panels) compared to mitochondrial morphology in Drp1-/- 293T cells overexpressing Myc-hFis1 or not (upper panel)."}
{"words": ["D", ".", "Percentages", "(", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ")", "of", "cells", "with", "indicated", "mitochondrial", "morphologies", "in", "Drp1", "-", "/", "-", "293T", "cells", "transfected", "with", "empty", "vector", "or", "Myc", "-", "hFis1", "plasmid", ",", "and", "in", "Drp1", "/", "OPA1DKO", "293T", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "siRNA", ",", "combinations", "of", "siRNA", "or", "Myc", "-", "hFis1", "plasmid", ".", "The", "data", "were", "collected", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "Total", "cell", "numbers", "(", "n", ")", "used", "for", "statistical", "analysis", "are", "indicated", "for", "each", "condition", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Percentages (mean ± s.e.m.) of cells with indicated mitochondrial morphologies in Drp1-/- 293T cells transfected with empty vector or Myc-hFis1 plasmid, and in Drp1/OPA1DKO 293T cells treated with the indicated siRNA, combinations of siRNA or Myc-hFis1 plasmid. The data were collected from three independent experiments. Total cell numbers (n) used for statistical analysis are indicated for each condition."}
{"words": ["E", ".", "Knockdown", "of", "the", "indicated", "proteins", "by", "siRNA", "in", "Drp1", "/", "OPA1DKO", "293T", "cells", "was", "confirmed", "by", "Western", "blotting", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Knockdown of the indicated proteins by siRNA in Drp1/OPA1DKO 293T cells was confirmed by Western blotting analysis."}
{"words": ["Schematic", "diagram", "of", "ATXN8OS", "(", "top", "strand", ")", "and", "ATXN8", "(", "bottom", "strand", ")", ".", "RNA", "-", "seq", "read", "coverage", "visualized", "by", "Integrative", "Genomic", "Viewer", "across", "the", "ATXN8", "/", "ATXN8OS", "locus", "is", "depicted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Schematic diagram of ATXN8OS (top strand) and ATXN8 (bottom strand). RNA-seq read coverage visualized by Integrative Genomic Viewer across the ATXN8/ATXN8OS locus is depicted."}
{"words": ["B", "Bar", "graph", "showing", "relative", "mRNA", "levels", "of", "ATXN8", "and", "ATXN8OS", ".", "FPKM", "values", "for", "each", "transcript", "are", "normalized", "to", "FPKM", "value", "for", "ATXN8OS", ".", "(", "*", "*", "*", "*", ";", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "FPKM", "=", "fragments", "per", "kilo", "base", "of", "transcript", "per", "million", "mapped", "reads", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Bar graph showing relative mRNA levels of ATXN8 and ATXN8OS. FPKM values for each transcript are normalized to FPKM value for ATXN8OS. (****; p<0.0001; mean ± SEM; unpaired t test) FPKM= fragments per kilo base of transcript per million mapped reads."}
{"words": ["D", "Immunohistochemistry", "of", "10", "-", "12", "month", "old", "end", "-", "stage", "SCA8", "BAC", "mice", "brain", "tissue", "shows", "accumulation", "of", "novel", "polySer", "RAN", "protein", "(", "detected", "by", "unique", "antibody", "to", "the", "polySer", "protein", "C", "-", "terminus", ",", "α", "-", "SerCT", ")", "in", "cerebellar", "white", "matter", ",", "brainstem", ",", "hippocampus", "and", "layer", "II", "of", "the", "frontal", "cortex", ".", "Representative", "polySer", "aggregates", "are", "indicated", "by", "black", "arrows", ".", "No", "aggregates", "are", "found", "in", "age", "matched", "non", "-", "transgenic", "(", "NT", ")", "littermates", "(", "n", "=", "6", "for", "each", "cohort", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Immunohistochemistry of 10-12 month old end-stage SCA8 BAC mice brain tissue shows accumulation of novel polySer RAN protein (detected by unique antibody to the polySer protein C-terminus, α-SerCT) in cerebellar white matter, brainstem, hippocampus and layer II of the frontal cortex. Representative polySer aggregates are indicated by black arrows. No aggregates are found in age matched non-transgenic (NT) littermates (n=6 for each cohort)."}
{"words": ["F", "Immunohistochemistry", "of", "human", "SCA8", "autopsy", "tissue", "(", "n", "=", "4", "-", "7", ")", "shows", "accumulation", "of", "novel", "polySer", "RAN", "protein", "in", "cerebellar", "white", "matter", ",", "brainstem", "and", "frontal", "cortex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Immunohistochemistry of human SCA8 autopsy tissue (n=4-7) shows accumulation of novel polySer RAN protein in cerebellar white matter, brainstem and frontal cortex."}
{"words": ["A", "Immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "of", "end", "-", "stage", "SCA8", "BAC", "mouse", "cerebellum", "shows", "that", "polySer", "but", "not", "polyGln", "is", "found", "in", "the", "molecular", "layer", "and", "cerebellar", "white", "matter", "and", "that", "polyGln", "but", "not", "polySer", "accumulates", "in", "Purkinje", "cells", ".", "Representative", "polySer", "aggregates", "are", "indicated", "by", "black", "arrows", ".", "Inset", ":", "higher", "magnification", "of", "molecular", "layer", "and", "white", "matter", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Immunohistochemistry (IHC) of end-stage SCA8 BAC mouse cerebellum shows that polySer but not polyGln is found in the molecular layer and cerebellar white matter and that polyGln but not polySer accumulates in Purkinje cells. Representative polySer aggregates are indicated by black arrows. Inset: higher magnification of molecular layer and white matter."}
{"words": ["B", "IF", "double", "staining", "shows", "no", "co", "-", "localization", "of", "polyGln", "and", "polySer", "in", "frontal", "cortex", ",", "pons", "or", "hippocampus", "of", "end", "-", "stage", "SCA8", "BAC", "mice", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B IF double staining shows no co-localization of polyGln and polySer in frontal cortex, pons or hippocampus of end-stage SCA8 BAC mice."}
{"words": ["C", "IF", "double", "staining", "of", "end", "-", "stage", "SCA8", "BAC", "frontal", "cortex", "shows", "exclusive", "localization", "of", "polyGln", "(", "mouse", "α", "-", "Gln", ",", "red", ",", "bottom", "panel", ")", "in", "neurons", "(", "rabbit", "α", "-", "NeuN", ",", "green", ",", "bottom", "panel", ")", ".", "In", "contrast", ",", "polySer", "(", "Rabbit", "α", "-", "SerCT", ",", "red", ",", "top", "panel", ")", "shows", "widespread", "accumulation", "in", "the", "frontal", "cortex", "including", "within", "neurons", "(", "mouse", "α", "-", "NeuN", ",", "green", ",", "top", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C IF double staining of end-stage SCA8 BAC frontal cortex shows exclusive localization of polyGln (mouse α-Gln, red, bottom panel) in neurons (rabbit α-NeuN, green, bottom panel). In contrast, polySer (Rabbit α-SerCT, red, top panel) shows widespread accumulation in the frontal cortex including within neurons (mouse α-NeuN, green, top panel)."}
{"words": ["D", "IHC", "of", "SCA8", "human", "cerebellum", "shows", "that", "PolySer", "accumulates", "in", "the", "white", "matter", "but", "not", "in", "the", "Purkinje", "cells", "(", "left", "panels", ")", "while", "polyGln", "accumulates", "in", "Purkinje", "cells", "but", "not", "cerebellar", "white", "matter", "(", "right", "panels", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D IHC of SCA8 human cerebellum shows that PolySer accumulates in the white matter but not in the Purkinje cells (left panels) while polyGln accumulates in Purkinje cells but not cerebellar white matter (right panels)."}
{"words": ["A", "Representative", "images", "of", "the", "vestibular", "nucleus", "(", "upper", "panels", ")", ",", "cuneate", "nucleus", "(", "middle", "panels", ")", "and", "motor", "cortex", "layers", "II", "/", "III", "(", "lower", "panels", ")", "of", "SCA8", "BAC", "mice", "at", "2", "months", "(", "left", "panels", ")", ",", "6", "months", "(", "middle", "panels", ")", "and", "end", "-", "stage", "(", "10", "months", ",", "right", "panels", ")", "stained", "with", "α", "-", "SerCT", ".", "Representative", "aggregates", "are", "indicated", "by", "black", "arrows", ".", "Corresponding", "quantifications", "of", "polySer", "aggregates", "for", "each", "region", "on", "the", "right", "(", "n", "=", "3", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "One", "-", "way", "ANOVA", "with", "Tukey", "'", "s", "post", "-", "hoc", "test", ";", "*", "p", "<", "0", ".", "025", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "005", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0005", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ")"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Representative images of the vestibular nucleus (upper panels), cuneate nucleus (middle panels) and motor cortex layers II/III (lower panels) of SCA8 BAC mice at 2 months (left panels), 6 months (middle panels) and end-stage (10 months, right panels) stained with α-SerCT. Representative aggregates are indicated by black arrows. Corresponding quantifications of polySer aggregates for each region on the right (n=3; mean ± SEM; One-way ANOVA with Tukey's post-hoc test; * p<0.025, ** p<0.005, *** p<0.0005, **** p<0.0001)"}
{"words": ["B", "Open", "field", "analysis", "of", "2", "month", "old", "animals", "show", "a", "significant", "decrease", "in", "ambulatory", "distance", "(", "cm", ")", "and", "ambulatory", "time", "(", "s", ")", "and", "a", "significant", "increase", "in", "resting", "time", "(", "s", ")", "(", "NT", "n", "=", "19", ",", "SCA8", "BAC", "n", "=", "23", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Open field analysis of 2 month old animals show a significant decrease in ambulatory distance (cm) and ambulatory time (s) and a significant increase in resting time (s) (NT n=19, SCA8 BAC n=23, ** p<0.01, *** p<0.001; mean ± SEM; unpaired t test)."}
{"words": ["A", "Disease", "-", "specific", "sensitivity", "to", "vacuolization", "after", "prolonged", "storage", "in", "ethanol", "shown", "by", "H", "&", "E", "in", "cerebellar", "white", "matter", "and", "brainstem", "of", "10", "-", "12", "month", "old", "end", "-", "stage", "SCA8", "BAC", "mice", "but", "not", "in", "age", "matched", "NT", "(", "n", "=", "3", ")", "(", "panels", "1", "&", "2", ")", ".", "Demyelination", "shown", "by", "luxol", "fast", "blue", "staining", "(", "LFB", ")", "(", "panel", "3", ")", "and", "axonal", "degeneration", "shown", "by", "α", "-", "SMI", "-", "32", "(", "panel", "4", ";", "degenerated", "axons", "are", "indicated", "by", "black", "arrows", ")", "observed", "in", "sites", "of", "polySer", "accumulation", "shown", "by", "α", "-", "SerCT", "(", "panel", "5", ";", "representative", "aggregates", "are", "indicated", "by", "black", "arrows", ")", "in", "deep", "cerebellar", "white", "matter", "and", "brainstem", "in", "SCA8", "BAC", "mice", "(", "lower", "panels", ")", "but", "not", "in", "NT", "mice", "(", "upper", "panels", ")", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Disease-specific sensitivity to vacuolization after prolonged storage in ethanol shown by H&E in cerebellar white matter and brainstem of 10-12 month old end-stage SCA8 BAC mice but not in age matched NT (n=3) (panels 1&2). Demyelination shown by luxol fast blue staining (LFB) (panel 3) and axonal degeneration shown by α-SMI-32 (panel 4; degenerated axons are indicated by black arrows) observed in sites of polySer accumulation shown by α-SerCT (panel 5; representative aggregates are indicated by black arrows) in deep cerebellar white matter and brainstem in SCA8 BAC mice (lower panels) but not in NT mice (upper panels) (n=3)."}
{"words": ["Demyelination", "shown", "by", "luxol", "fast", "blue", "staining", "(", "LFB", ")", "(", "panel", "1", ")", "and", "axonal", "degeneration", "shown", "by", "α", "-", "SMI", "-", "32", "(", "panel", "2", ")", "observed", "sites", "of", "polySer", "accumulation", "shown", "by", "a", "-", "SerCT2", "(", "panel", "3", ")", "in", "deep", "cerebellar", "white", "matter", "was", "found", "in", "SCA8", "autopsy", "tissue", "but", "not", "in", "control", "brains", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Demyelination shown by luxol fast blue staining (LFB) (panel 1) and axonal degeneration shown by α-SMI-32 (panel 2) observed sites of polySer accumulation shown by a-SerCT2 (panel 3) in deep cerebellar white matter was found in SCA8 autopsy tissue but not in control brains (n=3)."}
{"words": ["C", "Immunohistochemistry", "using", "CC1", "(", "α", "-", "APC", ")", "antibody", "shows", "significantly", "lower", "numbers", "of", "mature", "oligodendrocytes", "in", "SCA8", "BAC", "mice", "compared", "to", "NT", "mice", "(", "NT", "n", "=", "5", ",", "SCA8", "BAC", "n", "=", "5", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0001", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Immunohistochemistry using CC1 (α- APC) antibody shows significantly lower numbers of mature oligodendrocytes in SCA8 BAC mice compared to NT mice (NT n=5, SCA8 BAC n=5; **** p<0.0001; mean ± SEM; unpaired t test)."}
{"words": ["D", "Immunofluorescence", "using", "α", "-", "GFAP", "antibody", "shows", "significant", "increase", "in", "astrogliosis", "in", "SCA8", "BAC", "mice", "compared", "to", "NT", "mice", "(", "NT", "n", "=", "3", ",", "SCA8", "BAC", "n", "=", "3", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Immunofluorescence using α-GFAP antibody shows significant increase in astrogliosis in SCA8 BAC mice compared to NT mice (NT n=3, SCA8 BAC n=3, ** p<0.01; mean ± SEM; unpaired t test)."}
{"words": ["E", "Cell", "death", "measured", "by", "lactase", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "assay", "in", "T98", "cells", "transfected", "with", "codon", "replacement", "constructs", "expressing", "polyGln", "(", "light", "blue", ")", "or", "polySer", "(", "dark", "blue", ")", ".", "NT", "=", "nontransfected", ",", "EV", "=", "empty", "vector", "(", "n", "=", "5", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "003", ";", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "0003", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Cell death measured by lactase dehydrogenase (LDH) assay in T98 cells transfected with codon replacement constructs expressing polyGln (light blue) or polySer (dark blue). NT=nontransfected, EV=empty vector (n=5, ** p<0.003; *** p< 0.0003; mean ± SEM; unpaired t test)."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "showing", "Eif3f", "expression", "levels", "are", "increased", "2", "-", "fold", "in", "SCA8", "cerebellar", "white", "matter", "compared", "to", "SCA8", "cerebellar", "grey", "matter", "(", "n", "=", "3", ",", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR showing Eif3f expression levels are increased 2-fold in SCA8 cerebellar white matter compared to SCA8 cerebellar grey matter (n=3, **p<0.01; mean ± SEM; unpaired t test)."}
{"words": ["C", "Dot", "blot", "detection", "of", "polySer", "expressionin", "using", "α", "-", "FLAG", "antibody", "showing", "decrease", "in", "RAN", "polySer", "but", "not", "ATG", "-", "polySer", "when", "HEK293", "cells", "are", "co", "-", "transfected", "with", "eIF3F", "siRNA", ".", "D", "Quantification", "of", "polySer", "detection", "(", "n", "=", "5", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", "no", "significance", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Dot blot detection of polySer expressionin using α-FLAG antibody showing decrease in RAN polySer but not ATG-polySer when HEK293 cells are co-transfected with eIF3F siRNA. D Quantification of polySer detection (n=5, * p<0.01; n.s. no significance; mean ± SEM; unpaired t test). "}
{"words": ["E", "Detection", "of", "polyAla", "expression", "using", "α", "-", "HA", "antibody", "showing", "decrease", "in", "RAN", "polyAla", "but", "not", "ATG", "-", "polyAla", "when", "HEK293", "cells", "are", "co", "-", "transfected", "with", "eIF3F", "siRNA", ".", "F", "Detection", "of", "polyGP", "expression", "using", "α", "-", "FLAG", "antibody", "showing", "a", "decrease", "in", "RAN", "polyGP", "when", "HEK293", "cells", "are", "co", "-", "transfected", "with", "eIF3F", "siRNA", ".", ".", "G", "Quantification", "of", "polyAla", "and", "polyGP", "detection", "(", "n", "=", "5", ",", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ";", "n", ".", "s", ".", "no", "significance", ";", "mean", "±", "SEM", ";", "unpaired", "t", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Detection of polyAla expression using α-HA antibody showing decrease in RAN polyAla but not ATG-polyAla when HEK293 cells are co-transfected with eIF3F siRNA. F Detection of polyGP expression using α-FLAG antibody showing a decrease in RAN polyGP when HEK293 cells are co-transfected with eIF3F siRNA.. G Quantification of polyAla and polyGP detection (n=5, * p<0.01; n.s. no significance; mean ± SEM; unpaired t test). "}
{"words": ["(", "A", "and", "B", ")", "FACS", "-", "sorted", "T", "cell", "populations", "and", "Monocyte", "-", "derived", "Macrophages", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "stimuli", ":", "Nigericin", "(", "Nig", ".", "4h", ")", ",", "NeedleTox", "(", "4h", ")", ",", "Val", "-", "boroPro", "(", "VbP", "22h", ")", ",", "ABT737", "/", "S63845", "(", "A", "/", "S", "22h", ")", ".", "When", "indicated", ",", "cells", "were", "primed", "with", "LPS", "for", "2", "hours", "prior", "to", "stimulation", ".", "When", "indicated", ",", "MCC950", "was", "added", "to", "the", "media", "30", "minutes", "prior", "to", "the", "addition", "of", "Nigericin", ".", "LDH", "-", "activity", "(", "A", ")", "and", "IL", "-", "1β", "and", "IL", "-", "18", "concentration", "(", "B", "and", "C", ",", "respectively", ")", "in", "the", "supernatant", "were", "determined", "by", "LDH", "cytotoxicity", "assay", "and", "ELISA", "respectively", ".", "Individual", "data", "points", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "donors", "are", "shown", ".", "Statistics", "indicate", "significance", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "01", ";", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Dunnett", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A and B) FACS-sorted T cell populations and Monocyte-derived Macrophages were treated with the indicated stimuli: Nigericin (Nig. 4h), NeedleTox (4h), Val-boroPro (VbP 22h), ABT737/S63845 (A/S 22h). When indicated, cells were primed with LPS for 2 hours prior to stimulation. When indicated, MCC950 was added to the media 30 minutes prior to the addition of Nigericin. LDH-activity (A) and IL-1β and IL-18 concentration (B and C, respectively) in the supernatant were determined by LDH cytotoxicity assay and ELISA respectively. Individual data points ± SEM from three independent donors are shown. Statistics indicate significance by two-way ANOVA: ***p ≤ 0.001; **p ≤ 0.01; *p ≤ 0.05; ns, not significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Dunnett)."}
{"words": ["A", ")", "Macrophages", "and", "CD4", "T", "cells", "from", "the", "same", "donor", "were", "subjected", "to", "the", "indicated", "treatments", "and", "morphologic", "changes", "as", "well", "as", "PI", "-", "uptake", "were", "monitored", "by", "live", "-", "cell", "imaging", "microscopy", "using", "a", "25x", "objective", ".", "Representative", "images", "from", "indicated", "time", "points", "are", "shown", ".", "Cyan", "color", "coding", "is", "used", "for", "the", "fluorescent", "PI", "-", "signal", ".", "One", "donor", "out", "of", "two", "is", "shown", ".", "(", "B", ")", "Representative", "images", "were", "acquired", "with", "a", "63x", "objective", "at", "the", "end", "of", "the", "experiment", "shown", "in", "(", "A", ")", "at", "16", "hours", ".", "One", "donor", "out", "of", "two", "is", "shown", ".", "Scale", "bars", ":", "25", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) Macrophages and CD4 T cells from the same donor were subjected to the indicated treatments and morphologic changes as well as PI-uptake were monitored by live-cell imaging microscopy using a 25x objective. Representative images from indicated time points are shown. Cyan color coding is used for the fluorescent PI-signal. One donor out of two is shown. (B) Representative images were acquired with a 63x objective at the end of the experiment shown in (A) at 16 hours. One donor out of two is shown. Scale bars: 25 µm. "}
{"words": ["(", "C", ")", "CD4", "T", "cells", "were", "treated", "with", "VbP", "or", "ABT737", "/", "S63845", ".", "Lysate", "and", "supernatant", "samples", "were", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "Samples", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", ".", "αSS", "and", "αLS", "indicate", "the", "use", "of", "a", "small", "subunit", "or", "large", "subunit", "-", "specific", "caspase", "-", "1", "antibody", "respectively", ".", "(", "Lys", "=", "lysate", ",", "SN", "=", "supernatant", ",", "FL", "=", "full", "length", ")", ".", "One", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) CD4 T cells were treated with VbP or ABT737/S63845. Lysate and supernatant samples were collected at the indicated time points. Samples were analyzed by immunoblotting. αSS and αLS indicate the use of a small subunit or large subunit-specific caspase-1 antibody respectively. (Lys = lysate, SN = supernatant, FL = full length). One representative experiment out of three is shown."}
{"words": ["(", "A", ")", "Gene", "expression", "profile", "of", "15", "inflammasome", "-", "related", "genes", "in", "human", "T", "cell", "and", "monocyte", "subsets", ".", "TPM", "values", "were", "retrieved", "from", "a", "public", "RNASeq", "dataset", "and", "log2", "transformed", ".", "Both", ",", "rows", "and", "columns", "are", "clustered", "using", "euclidean", "distance", "and", "complete", "linkage", ".", "(", "Tfh", ",", "T", "follicular", "helper", "cells", ";", "Tregs", ",", "T", "regulatory", "cells", ";", "Th", ",", "T", "helper", "cells", ";", "CM", ",", "central", "memory", "T", "cells", ";", "EM", ",", "effector", "memory", "T", "cells", ";", "TE", ",", "terminal", "effector", "T", "cells", ";", "CD14", "+", "C16", "-", ",", "classical", "monocytes", ";", "CD14", "+", "CD16", "+", ",", "intermediate", "monocytes", ";", "CD14", "-", "CD16", "+", ",", "non", "-", "classical", "monocytes", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Gene expression profile of 15 inflammasome-related genes in human T cell and monocyte subsets. TPM values were retrieved from a public RNASeq dataset and log2 transformed. Both, rows and columns are clustered using euclidean distance and complete linkage. (Tfh, T follicular helper cells; Tregs, T regulatory cells; Th, T helper cells; CM, central memory T cells; EM, effector memory T cells; TE, terminal effector T cells; CD14+ C16-, classical monocytes; CD14+ CD16+, intermediate monocytes; CD14- CD16+, non-classical monocytes)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblotting", "of", "CD4", "T", "cells", "and", "MDMs", "treated", "with", "Pam3CSK4", "for", "6", "hours", ".", "*", "indicates", "an", "unspecific", "band", ".", "One", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Immunoblotting of CD4 T cells and MDMs treated with Pam3CSK4 for 6 hours. * indicates an unspecific band. One representative experiment out of three is shown."}
{"words": ["(", "C", ")", "Immunoblotting", "of", "polyclonal", "CD4", "T", "cells", "targeted", "with", "two", "gRNAs", "for", "each", "indicated", "target", "gene", ".", "One", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Immunoblotting of polyclonal CD4 T cells targeted with two gRNAs for each indicated target gene. One representative experiment out of three is shown."}
{"words": ["(", "D", ")", "CD4", "T", "cells", "from", "the", "indicated", "polyclonal", "gene", "targeting", "approach", "were", "treated", "with", "the", "indicated", "stimuli", "for", "18", "hours", ".", "Individual", "data", "points", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "donors", "are", "shown", ".", "Statistics", "indicate", "significance", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "ns", ",", "not", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Dunnett", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) CD4 T cells from the indicated polyclonal gene targeting approach were treated with the indicated stimuli for 18 hours. Individual data points ± SEM from three independent donors are shown. Statistics indicate significance by two-way ANOVA: ***p ≤ 0.001; ns, not significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Dunnett)."}
{"words": ["(", "B", ")", "MiSeq", "analysis", "of", "the", "indicated", "gene", "targeting", "approaches", "from", "samples", "collected", "at", "the", "indicated", "time", "points", "post", "editing", ".", "DPP9", "and", "DPP8", "were", "targeted", "with", "one", "gRNA", "/", "target", "gene", ",", "CARD8", "was", "targeted", "with", "two", "gRNAs", ".", "On", "the", "day", "of", "nucleofection", ",", "T", "cells", "were", "activated", "with", "human", "T", "activator", "CD3", "/", "CD28", "beads", "and", "expanded", "in", "the", "presence", "of", "IL", "-", "2", ".", "On", "day", "10", ",", "cells", "were", "switched", "to", "IL", "-", "7", "/", "IL", "-", "15", "containing", "medium", ".", "(", "C", ")", "Fraction", "of", "wildtype", "and", "in", "-", "frame", "reads", "are", "depicted", ".", "One", "representative", "experiment", "out", "of", "three", "is", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) MiSeq analysis of the indicated gene targeting approaches from samples collected at the indicated time points post editing. DPP9 and DPP8 were targeted with one gRNA/target gene, CARD8 was targeted with two gRNAs. On the day of nucleofection, T cells were activated with human T activator CD3/CD28 beads and expanded in the presence of IL-2. On day 10, cells were switched to IL-7/IL-15 containing medium. (C) Fraction of wildtype and in-frame reads are depicted. One representative experiment out of three is shown. "}
{"words": ["(", "A", ")", "CD4", "T", "cells", "were", "activated", "with", "human", "T", "activator", "CD3", "/", "CD28", "beads", "(", "bead", ":", "cell", "ratio", "1", ":", "5", ")", "for", "4", "days", ".", "Controls", "were", "kept", "resting", "in", "the", "presence", "of", "IL", "-", "7", "and", "IL", "-", "15", ".", "On", "day", "4", "cells", "were", "stimulated", "as", "indicated", "for", "18", "hours", "and", "cytotoxicity", "was", "assessed", "by", "LDH", "-", "activity", "in", "the", "supernatant", ".", "Individual", "data", "points", "±", "SEM", "from", "four", "independent", "donors", ".", "Statistics", "indicate", "significance", "by", "two", "-", "way", "ANOVA", ":", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "ns", ",", "not", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Sidak", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) CD4 T cells were activated with human T activator CD3/CD28 beads (bead:cell ratio 1:5) for 4 days. Controls were kept resting in the presence of IL-7 and IL-15. On day 4 cells were stimulated as indicated for 18 hours and cytotoxicity was assessed by LDH-activity in the supernatant. Individual data points ± SEM from four independent donors. Statistics indicate significance by two-way ANOVA: ***p ≤ 0.001; ns, not significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Sidak)."}
{"words": ["(", "B", ")", "Immunoblotting", "of", "CD4", "T", "cell", "lysates", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", "for", "3", "to", "4", "days", ".", "*", "indicates", "an", "unspecific", "band", ".", "(", "C", ")", "Quantification", "of", "immunoblots", "shown", "in", "(", "B", ")", "and", "additional", "donors", "(", "n", "=", "9", "for", "all", "but", "GSDMD", ",", "GSDMD", "n", "=", "8", ",", "for", "one", "donor", "quantification", "of", "the", "GSDMD", "band", "was", "considered", "unreliable", "due", "to", "uneven", "substrate", "distribution", ")", ".", "Individual", "data", "points", "±", "SEM", "are", "shown", ".", "Statistics", "indicate", "significance", "by", "one", "-", "way", "ANOVA", "of", "log2", "-", "transformed", "fold", "change", "values", "of", "band", "intensities", "(", "activated", "/", "non", "-", "activated", "T", "cells", ")", "normalized", "to", "β", "-", "Actin", ":", "*", "*", "*", "p", "≤", "0", ".", "001", ";", "*", "p", "≤", "0", ".", "05", ";", "ns", ",", "not", "significant", ".", "P", "-", "values", "were", "corrected", "for", "multiple", "comparisons", "(", "Sidak", ")", ".", "All", "band", "intensity", "ratios", "were", "tested", "against", "β", "-", "Actin", ".", "CARD8", "full", "length", "was", "additionally", "tested", "against", "CARD8", "cleaved", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(B) Immunoblotting of CD4 T cell lysates treated as in (A) for 3 to 4 days. * indicates an unspecific band. (C) Quantification of immunoblots shown in (B) and additional donors (n= 9 for all but GSDMD, GSDMD n=8, for one donor quantification of the GSDMD band was considered unreliable due to uneven substrate distribution). Individual data points ± SEM are shown. Statistics indicate significance by one-way ANOVA of log2-transformed fold change values of band intensities (activated/non-activated T cells) normalized to β-Actin: ***p ≤ 0.001; *p ≤ 0.05; ns, not significant. P-values were corrected for multiple comparisons (Sidak). All band intensity ratios were tested against β-Actin. CARD8 full length was additionally tested against CARD8 cleaved. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "scr", "or", "miR", "-", "30c", "transfected", "TREx", "cells", "analysed", "for", "ORF65", "expression", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "performed", "on", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative western blot of scr or miR-30c transfected TREx cells analysed for ORF65 expression with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis performed on n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "scr", "or", "miR", "-", "29b", "transfected", "TREx", "cells", "analysed", "for", "ORF65", "expression", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "performed", "on", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative western blot of scr or miR-29b transfected TREx cells analysed for ORF65 expression with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis performed on n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "ORF65", "levels", "in", "scr", "and", "circHIPK3", "KD", "cell", "lines", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "of", "n", "=", "3", "western", "blots", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative western blot of ORF65 levels in scr and circHIPK3 KD cell lines with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis of n=3 western blots. Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "DLL4", "expression", "in", "TREx", "cells", "0", "and", "24", "hours", "post", "induction", ".", "GAPDH", "was", "used", "a", "loading", "control", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative western blot of DLL4 expression in TREx cells 0 and 24 hours post induction. GAPDH was used a loading control (n=3). Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "DLL4", "levels", "in", "scr", "and", "circHIPK3", "stable", "TREx", "cells", "at", "0", "and", "24", "hours", "post", "induction", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "of", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative western blot of DLL4 levels in scr and circHIPK3 stable TREx cells at 0 and 24 hours post induction with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis of n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "DLL4", "levels", "in", "scr", "or", "miR", "-", "30c", "transfected", "TREx", "cells", "at", "0", ",", "24", "and", "48", "hours", "post", "induction", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "of", "n", "=", "3", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Representative western blot of DLL4 levels in scr or miR-30c transfected TREx cells at 0, 24 and 48 hours post induction with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis of n=3 Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "J", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "DLL4", "levels", "in", "scr", "or", "miR", "-", "30c", "antagomiR", "transfected", "TREx", "cells", "at", "0", ",", "24", "and", "48", "hours", "post", "induction", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ".", "Densitometry", "analysis", "of", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(J) Representative western blot of DLL4 levels in scr or miR-30c antagomiR transfected TREx cells at 0, 24 and 48 hours post induction with GAPDH as a loading control. Densitometry analysis of n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "DLL4", "levels", "in", "scr", "and", "DLL4", "KD", "TREx", "cells", "with", "GAPDH", "as", "a", "loading", "control", ",", "densitometry", "analysis", "is", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative western blot of DLL4 levels in scr and DLL4 KD TREx cells with GAPDH as a loading control, densitometry analysis is n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "western", "blot", "of", "ORF65", "levels", "at", "0", ",", "24", "and", "48", "hours", "post", "induction", "in", "scr", "and", "DLL4", "KD", "TREx", "cells", ",", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "and", "densitometry", "analysis", "performed", "on", "n", "=", "3", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "(", "Unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", ".", "All", "repeats", "are", "biological", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative western blot of ORF65 levels at 0, 24 and 48 hours post induction in scr and DLL4 KD TREx cells, GAPDH was used as a loading control and densitometry analysis performed on n=3. Data information: data are presented as mean ± SD. *P<0.05, **P<0.01, ***P<0.001 (Unpaired Student's t-test). All repeats are biological."}
{"words": ["A", ".", "Histograms", "of", "spindle", "angle", "of", "GFP", "-", "H2B", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "either", "GAPDH", "or", "Spindly", "siRNA", "and", "filmed", "on", "rectangular", "micropatterns", ".", "Cells", "were", "filmed", "48", "hours", "post", "-", "transfection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Histograms of spindle angle of GFP-H2B U2OS cells transfected with either GAPDH or Spindly siRNA and filmed on rectangular micropatterns. Cells were filmed 48 hours post-transfection."}
{"words": ["B", ".", "Mitotic", "timing", "of", "control", "-", "depleted", "U2OS", "cells", "or", "CLIP", "-", "170", "-", "depleted", "cells", ".", "CLIP", "-", "170", "-", "depeleted", "cells", "are", "split", "in", "two", "categories", ";", "'", "aligned", "'", "and", "'", "misaligned", "'", ",", "relating", "to", "the", "observed", "chromosome", "misalignment"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Mitotic timing of control-depleted U2OS cells or CLIP-170-depleted cells. CLIP-170-depeleted cells are split in two categories; 'aligned' and 'misaligned', relating to the observed chromosome misalignment phenotype"}
{"words": ["C", ".", "The", "histograms", "of", "spindle", "angles", "for", "the", "two", "different", "categories", "of", "CLIP", "-", "170", "-", "depleted", "U2OS", "cells", "(", "Left", "graph", "with", "alignment", "defect", ",", "right", "graph", "without", "alignment", "defect", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. The histograms of spindle angles for the two different categories of CLIP-170-depleted U2OS cells (Left graph with alignment defect, right graph without alignment defect)."}
{"words": ["D", "and", "E", ".", "Mitotic", "timing", "and", "spindle", "angle", "histograms", "of", "control", "(", "GAPDH", ")", "-", "depleted", "U2OS", "cells", "and", "CENP", "-", "E", "-", "depleted", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "D and E. Mitotic timing and spindle angle histograms of control (GAPDH)-depleted U2OS cells and CENP-E-depleted cells."}
{"words": ["A", ".", "HeLa", "cell", "stably", "expressing", "GFP", "-", "LGN", "and", "transiently", "expressing", "RFP", "-", "H2B", "was", "treated", "with", "noscapine", "to", "induce", "chromosome", "misalignments", ".", "Cells", "were", "imaged", "every", "5", "minutes", ".", "The", "time", "is", "relative", "to", "NEB", ".", "The", "red", "arrows", "indicate", "cortical", "regions", "where", "the", "chromosomes", "are", "in", "close", "proximity", "to", "the", "cell", "boundaries", ",", "accompanied", "by", "the", "displacement", "of", "LGN", "from", "the", "cortex", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A. HeLa cell stably expressing GFP-LGN and transiently expressing RFP-H2B was treated with noscapine to induce chromosome misalignments. Cells were imaged every 5 minutes. The time is relative to NEB. The red arrows indicate cortical regions where the chromosomes are in close proximity to the cell boundaries, accompanied by the displacement of LGN from the cortex."}
{"words": ["B", ".", "Similar", "assay", "as", "described", "in", "supplementary", "figure", "2D", "was", "carried", "out", "in", "the", "presence", "of", "a", "small", "molecule", "inhibitor", "against", "Aurora", "-", "B", "(", "ZM447439", ")", "in", "combination", "with", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG", "-", "132", "to", "keep", "cells", "arrested", "in", "mitosis", "and", "in", "B", ".", "with", "an", "inhibitor", "against", "Plk1", "(", "BI2536", ")", ".", "Drugs", "were", "added", "at", "the", "same", "timing", "as", "Hoechst", ",", "30", "minutes", "prior", "to", "imaging", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Similar assay as described in supplementary figure 2D was carried out in the presence of a small molecule inhibitor against Aurora-B (ZM447439) in combination with the proteasome inhibitor MG-132 to keep cells arrested in mitosis and in B. with an inhibitor against Plk1 (BI2536). Drugs were added at the same timing as Hoechst, 30 minutes prior to imaging."}
{"words": ["A", ".", "Immunofluorescence", "images", "and", "quantifications", "of", "KT", "-", "localized", "Plk1", "in", "U2OS", "cells", "after", "PBIP1", "depletion", ".", "Cells", "were", "either", "Mock", "transfected", "or", "with", "PBIP1", "siRNA", "for", "72", "hours", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "nocodazole", "for", "1", "hour", "and", "fixed", ".", "Cells", "were", "stained", "with", "the", "centromere", "marker", "ACA", ",", "Plk1", "and", "DAPI", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A. Immunofluorescence images and quantifications of KT-localized Plk1 in U2OS cells after PBIP1 depletion. Cells were either Mock transfected or with PBIP1 siRNA for 72 hours. Cells were treated with nocodazole for 1 hour and fixed. Cells were stained with the centromere marker ACA, Plk1 and DAPI."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "and", "histograms", "showing", "the", "effect", "of", "chromosome", "position", "on", "cortical", "LGN", "enrichment", "after", "72", "hours", "of", "Mock", "and", "PBIP1", "depletion", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B. Representative images and histograms showing the effect of chromosome position on cortical LGN enrichment after 72 hours of Mock and PBIP1 depletion."}
{"words": ["C", ".", "Live", "cellimages", "and", "histograms", "of", "GFP", "-", "H2B", "U2OS", "cells", "Mock", "transfected", "or", "with", "siPBIP1", "filmed", "on", "rectangular", "micropatterns", "in", "the", "presence", "of", "a", "CENP", "-", "E", "inhibitor", ".", "The", "spindle", "angles", "for", "both", "conditions", "were", "scored", "at", "32", "minutes", "after", "NEB", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Live cellimages and histograms of GFP-H2B U2OS cells Mock transfected or with siPBIP1 filmed on rectangular micropatterns in the presence of a CENP-E inhibitor. The spindle angles for both conditions were scored at 32 minutes after NEB."}
{"words": [".", "D", ".", "The", "total", "spindle", "angle", "displacement", "within", "the", "first", "hour", "of", "mitosis", "was", "determined", "by", "measuring", "the", "spindle", "angle", "at", "each", "time", "point", "and", "calculating", "the", "sum", "of", "the", "Δ", "spindle", "angle", "between", "each", "time", "points", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ". D. The total spindle angle displacement within the first hour of mitosis was determined by measuring the spindle angle at each time point and calculating the sum of the Δ spindle angle between each time points."}
{"words": ["C", ".", "RADX", "interacts", "with", "ssDNA", ".", "Extracts", "of", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "GFP", "-", "RADX", "WT", "or", "mutants", "were", "incubated", "with", "biotin", "-", "coupled", "ssDNA", "oligo", "immobilized", "on", "Streptavidin", "beads", ",", "washed", "extensively", "and", "immunoblotted", "with", "GFP", "and", "RPA1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "C. RADX interacts with ssDNA. Extracts of U2OS cells stably expressing GFP-RADX WT or mutants were incubated with biotin-coupled ssDNA oligo immobilized on Streptavidin beads, washed extensively and immunoblotted with GFP and RPA1 antibodies."}
{"words": ["D", ".", "ssDNA", "-", "bound", "Streptavidin", "beads", "incubated", "with", "cell", "extracts", "as", "in", "(", "C", ")", "were", "washed", "with", "buffer", "containing", "indicated", "salt", "concentrations", "prior", "to", "immunoblotting", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. ssDNA-bound Streptavidin beads incubated with cell extracts as in (C) were washed with buffer containing indicated salt concentrations prior to immunoblotting."}
{"words": ["E", ".", "Lysates", "of", "untransfected", "HCT116", "cells", "were", "incubated", "with", "immobilized", "ssDNA", "or", "dsDNA", "probes", "as", "in", "(", "C", ")", "and", "immunoblotted", "with", "RADX", "and", "RPA1", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0], "text": "E. Lysates of untransfected HCT116 cells were incubated with immobilized ssDNA or dsDNA probes as in (C) and immunoblotted with RADX and RPA1 antibodies."}
{"words": ["F", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "RADX", "expression", "in", "human", "cell", "lines", ".", "See", "also", "Fig", "EV1B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Immunoblot analysis of RADX expression in human cell lines. See also Fig EV1B."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "images", "from", "in", "situ", "proximity", "ligation", "assays", "(", "PLAs", ")", "in", "BrdU", "-", "labeled", "U2OS", "and", "GFP", "/", "GFP", "-", "RADX", "cell", "lines", "(", "Fig", "EV1E", ",", "F", ")", "using", "GFP", "and", "BrdU", "antibodies", "under", "native", "conditions", ".", "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative images from in situ proximity ligation assays (PLAs) in BrdU-labeled U2OS and GFP/GFP-RADX cell lines (Fig EV1E,F) using GFP and BrdU antibodies under native conditions. Scale bar, 10 μm."}
{"words": ["I", ".", "Soluble", "and", "chromatin", "-", "enriched", "fractions", "of", "U2OS", "cell", "lines", "stably", "expressing", "GFP", "-", "RADX", "alleles", "were", "immunoblotted", "with", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Soluble and chromatin-enriched fractions of U2OS cell lines stably expressing GFP-RADX alleles were immunoblotted with indicated antibodies."}
{"words": ["A", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "chromatin", "fractions", "of", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "and", "treated", "or", "not", "with", "HU", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "A. Immunoblot analysis of chromatin fractions of U2OS cells transfected with indicated siRNAs and treated or not with HU."}
{"words": ["B", ".", "U2OS", "cells", "treated", "with", "HU", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "ATR", "inhibitor", "(", "ATRi", ")", "were", "fractionated", "and", "immunoblotted", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Relative", "RADX", "levels", "on", "chromatin", "were", "quantified", "and", "normalized", "to", "histone", "H3", ".", "See", "also", "Fig", "EV2A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. U2OS cells treated with HU in the presence or absence of ATR inhibitor (ATRi) were fractionated and immunoblotted with indicated antibodies. Relative RADX levels on chromatin were quantified and normalized to histone H3. See also Fig EV2A."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "images", "of", "U2OS", "cells", "stably", "expressing", "indicated", "GFP", "-", "RADX", "alleles", "that", "were", "subjected", "to", "laser", "microirradiation", ",", "fixed", "with", "methanol", "/", "acetone", "immediately", "afterwards", "and", "immunostained", "with", "γH2AX", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "C. Representative images of U2OS cells stably expressing indicated GFP-RADX alleles that were subjected to laser microirradiation, fixed with methanol/acetone immediately afterwards and immunostained with γH2AX antibody."}
{"words": ["D", ".", "As", "in", "(", "C", ")", ",", "except", "cells", "were", "fixed", "with", "paraformaldehyde", "20", "min", "after", "DNA", "damage", "infliction", "and", "immunostained", "with", "PCNA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D. As in (C), except cells were fixed with paraformaldehyde 20 min after DNA damage infliction and immunostained with PCNA antibody."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "images", "from", "PLAs", "with", "GFP", "and", "RPA2", "antibodies", "in", "U2OS", "and", "U2OS", "/", "GFP", "-", "RADX", "cell", "lines", "labeled", "with", "EdU", "for", "30", "min", "and", "then", "fixed", "or", "exposed", "to", "HU", "or", "CPT", "for", "4", "h", "before", "fixation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative images from PLAs with GFP and RPA2 antibodies in U2OS and U2OS/GFP-RADX cell lines labeled with EdU for 30 min and then fixed or exposed to HU or CPT for 4 h before fixation."}
{"words": ["A", ".", "Immunoblot", "analysis", "of", "HCT116", "cells", "transfected", "with", "indicated", "RADX", "siRNAs", "and", "RADX", "knockout", "cell", "lines", "(", "RADXΔ", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "A. Immunoblot analysis of HCT116 cells transfected with indicated RADX siRNAs and RADX knockout cell lines (RADXΔ)."}
{"words": ["C", ".", "Cells", "in", "(", "A", ")", "were", "labeled", "with", "consecutive", "pulses", "of", "CldU", "and", "IdU", "as", "shown", "in", "(", "B", ")", ".", "Replication", "fork", "speeds", "were", "calculated", "as", "length", "of", "labeled", "track", "divided", "by", "pulse", "time", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "400", "fibers", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Cells in (A) were labeled with consecutive pulses of CldU and IdU as shown in (B). Replication fork speeds were calculated as length of labeled track divided by pulse time (bars, mean; n=400 fibers, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["D", ".", "Bidirectional", "replication", "fork", "symmetry", "was", "calculated", "as", "percentage", "of", "shorter", "divided", "by", "longer", "tracks", "from", "(", "C", ")", ".", "Concordance", "is", "100", "%", ",", "representing", "equal", "rates", "of", "bidirectional", "elongation", "for", "both", "daughter", "forks", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "50", "bidirectional", "forks", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Bidirectional replication fork symmetry was calculated as percentage of shorter divided by longer tracks from (C). Concordance is 100%, representing equal rates of bidirectional elongation for both daughter forks (bars, mean; n=50 bidirectional forks, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["E", ".", "Proportion", "of", "stalled", "forks", "(", "CldU", "-", "only", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "from", "(", "C", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "200", "fibers", "analyzed", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Proportion of stalled forks (CldU-only tracks) among DNA fibers from (C) (bars, mean; 200 fibers analyzed per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["F", ".", "Proportion", "of", "new", "origins", "(", "IdU", "-", "only", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "C", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "20", "fields", "of", "view", "quantified", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Proportion of new origins (IdU-only tracks) among DNA fibers in (C) (bars, mean; 20 fields of view quantified per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["H", ".", "Proportion", "of", "stalled", "forks", "(", "CldU", "-", "only", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "from", "cells", "labeled", "as", "in", "(", "G", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "200", "fibers", "analyzed", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Proportion of stalled forks (CldU-only tracks) among DNA fibers from cells labeled as in (G) (bars, mean; 200 fibers analyzed per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["I", ".", "Proportion", "of", "restarted", "forks", "(", "CldU", "-", "and", "IdU", "-", "positive", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "G", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "200", "fibers", "analyzed", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "I. Proportion of restarted forks (CldU- and IdU-positive tracks) among DNA fibers in (G) (bars, mean; 200 fibers analyzed per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["A", ".", "Replication", "fork", "speeds", "in", "U2OS", "or", "U2OS", "/", "GFP", "-", "RADX", "cells", "transfected", "with", "control", "(", "−", ")", "or", "RADX", "(", "#", "6", ")", "siRNA", "targeting", "the", "3", "'", "UTR", "and", "labeled", "with", "CldU", "and", "IdU", "as", "in", "Fig", "3B", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "400", "fibers", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Replication fork speeds in U2OS or U2OS/GFP-RADX cells transfected with control (−) or RADX(#6) siRNA targeting the 3'UTR and labeled with CldU and IdU as in Fig 3B (bars, mean; n=400 fibers, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["B", ".", "Fork", "symmetry", "in", "cells", "treated", "as", "in", "(", "A", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "50", "bidirectional", "forks", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Fork symmetry in cells treated as in (A) (bars, mean; n=50 bidirectional forks, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["C", ".", "Proportion", "of", "stalled", "forks", "(", "CldU", "-", "only", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "A", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "200", "fibers", "analyzed", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Proportion of stalled forks (CldU-only tracks) among DNA fibers in (A) (bars, mean; 200 fibers analyzed per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["D", ".", "Proportion", "of", "new", "origins", "(", "IdU", "-", "only", "tracks", ")", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "A", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "20", "fields", "of", "view", "quantified", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Proportion of new origins (IdU-only tracks) among DNA fibers in (A) (bars, mean; 20 fields of view quantified per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["E", ".", "Parental", "U2OS", "and", "derivative", "lines", "stably", "expressing", "GFP", "-", "RADX", "alleles", "or", "all", "three", "RPA", "isoforms", "at", "near", "-", "endogenous", "levels", "(", "U2OS", "/", "Super", "-", "RPA", ")", "(", "Fig", "EV4A", ")", "were", "transfected", "with", "control", "(", "−", ")", "or", "RADX", "siRNA", ".", "Replication", "fork", "speeds", "were", "determined", "as", "in", "(", "A", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "400", "fibers", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Parental U2OS and derivative lines stably expressing GFP-RADX alleles or all three RPA isoforms at near-endogenous levels (U2OS/Super-RPA) (Fig EV4A) were transfected with control (−) or RADX siRNA. Replication fork speeds were determined as in (A) (bars, mean; n=400 fibers, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["F", ".", "Replication", "fork", "speeds", "in", "HCT116", "cells", "with", "indicated", "genotypes", "transfected", "with", "control", "(", "−", ")", ",", "RPA1", "(", "0", ".", "2", "nM", "concentration", "[", "17", "]", ")", "or", "RAD51", "siRNAs", "(", "Fig", "EV4B", ")", "and", "labeled", "with", "CldU", "and", "IdU", "as", "in", "Fig", "3B", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "400", "fibers", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Replication fork speeds in HCT116 cells with indicated genotypes transfected with control (−), RPA1 (0.2 nM concentration [17]) or RAD51 siRNAs (Fig EV4B) and labeled with CldU and IdU as in Fig 3B (bars, mean; n=400 fibers, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["G", ".", "Fork", "symmetry", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "F", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "50", "bidirectional", "forks", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Fork symmetry among DNA fibers in (F) (bars, mean; n=50 bidirectional forks, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["H", ".", "New", "origin", "firing", "among", "DNA", "fibers", "in", "(", "F", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "20", "fields", "of", "view", "quantified", "per", "condition", ";", "n", "=", "2", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. New origin firing among DNA fibers in (F) (bars, mean; 20 fields of view quantified per condition; n=2 independent experiments)."}
{"words": ["B", ".", "Replication", "fork", "degradation", "(", "IdU", "/", "CldU", "ratio", ")", "in", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "and", "processed", "as", "in", "(", "A", ")", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "200", "fibers", ",", "pooled", "from", "two", "independent", "experiments", ",", "per", "condition", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Replication fork degradation (IdU/CldU ratio) in U2OS cells transfected with indicated siRNAs and processed as in (A) (bars, mean; n=200 fibers, pooled from two independent experiments, per condition)."}
{"words": ["C", ".", "As", "in", "(", "B", ")", ",", "except", "fork", "degradation", "was", "analyzed", "in", "U2OS", "/", "GFP", "-", "RADX", "cell", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "C. As in (B), except fork degradation was analyzed in U2OS/GFP-RADX cell lines."}
{"words": ["D", ".", "U2OS", "or", "U2OS", "/", "GFP", "-", "RADX", "cells", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "and", "exposed", "to", "HU", "for", "4", "h", "were", "co", "-", "immunostained", "with", "RPA1", "and", "γ", "-", "H2AX", "antibodies", "and", "analyzed", "by", "QIBC", ".", "Proportion", "of", "cells", "displaying", "maximal", "RPA", "chromatin", "loading", "accompanied", "by", "H2AX", "hyperphosphorylation", "(", "Fig", "EV5A", ")", ",", "reflecting", "replication", "fork", "catastrophe", "[", "17", "]", ",", "is", "indicated", "(", "bars", ",", "mean", ";", "n", "=", "5", "independent", "experiments", "(", "≥", "3000", "cells", "analyzed", "per", "condition", ")", ";", "*", "P", "≤", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤", "0", ".", "0001", ",", "unpaired", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. U2OS or U2OS/GFP-RADX cells transfected with indicated siRNAs and exposed to HU for 4 h were co-immunostained with RPA1 and γ-H2AX antibodies and analyzed by QIBC. Proportion of cells displaying maximal RPA chromatin loading accompanied by H2AX hyperphosphorylation (Fig EV5A), reflecting replication fork catastrophe [17], is indicated (bars, mean; n=5 independent experiments (≥3000 cells analyzed per condition); *P≤0.05,**P≤0.01,***P≤0.001,****P≤0.0001, unpaired t-test)."}
{"words": ["E", ".", "As", "in", "(", "D", ")", ",", "but", "using", "U2OS", "or", "U2OS", "/", "Super", "-", "RPA", "cells", "exposed", "or", "not", "to", "HU", "(", "n", "=", "6", "independent", "experiments", ")", ".", "See", "also", "Fig", "EV5B", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. As in (D), but using U2OS or U2OS/Super-RPA cells exposed or not to HU (n=6 independent experiments). See also Fig EV5B."}
{"words": ["F", ".", "Clonogenic", "survival", "of", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "indicated", "siRNAs", "and", "subjected", "to", "different", "CPT", "doses", "for", "24", "h", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", ".", "LQ", "(", "Linear", "Quadratic", ")", "model", "was", "fitted", "to", "the", "fractional", "survival", "data", ",", "using", "non", "-", "linear", "least", "square", "method", ".", "Overlap", "between", "confidence", "intervals", "of", "the", "fitting", "coefficients", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "statistical", "difference", "between", "cell", "survival", "after", "siRADX", "and", "siCTRL", "treatment", "(", "*", "No", "overlap", "of", "95", "%", "confidence", "interval", "with", "siCTRL", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Clonogenic survival of U2OS cells transfected with indicated siRNAs and subjected to different CPT doses for 24 h (mean±SEM;n=3 independent experiments). LQ (Linear Quadratic) model was fitted to the fractional survival data, using non-linear least square method. Overlap between confidence intervals of the fitting coefficients was used to evaluate the statistical difference between cell survival after siRADX and siCTRL treatment (*No overlap of 95% confidence interval with siCTRL)."}
{"words": ["G", ".", "As", "in", "(", "F", ")", ",", "except", "cells", "were", "treated", "with", "indicated", "doses", "of", "HU", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. As in (F), except cells were treated with indicated doses of HU (mean±SEM;n=3 independent experiments)."}
{"words": ["H", ".", "As", "in", "(", "F", ")", ",", "using", "U2OS", "and", "U2OS", "/", "Super", "-", "RPA", "cells", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", "independent", "experiments", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. As in (F), using U2OS and U2OS/Super-RPA cells (mean±SEM;n=3 independent experiments)."}
{"words": ["A", "-", "B", "Time", "dependent", "effects", "of", "ingesting", "0", ",", "0", ".", "1", ",", "1", ",", "5", ",", "10", ",", "30", ",", "and", "50", "mM", "vitamin", "C", "without", "any", "further", "nutrition", "on", "the", "survival", "of", "wild", "-", "type", "control", "flies", "(", "w1118", ")", "(", "A", ")", "males", "(", "B", ")", "females", ",", "n", "=", "6", ".", "Kaplan", "-", "Meier", "survival", "analyses", "were", "performed", "to", "compare", "the", "survival", "rates", "of", "agar", "only", "and", "fed", "conditions", "at", "different", "concentrations", "of", "vitamin"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2], "text": "A-B Time dependent effects of ingesting 0, 0.1, 1, 5, 10, 30, and 50 mM vitamin C without any further nutrition on the survival of wild-type control flies (w1118) (A) males (B) females, n = 6. Kaplan-Meier survival analyses were performed to compare the survival rates of agar only and fed conditions at different concentrations of vitamin C"}
{"words": ["F", "Electrophysiology", "mapping", "of", "31", "sensilla", "with", "control", "to", "50", "mM", "vitamin", "C", ",", "n", "=", "10", "-", "18", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Electrophysiology mapping of 31 sensilla with control to 50 mM vitamin C, n = 10-18."}
{"words": ["G", "Tip", "recordings", "from", "the", "L4", "and", "L6", "sensilla", "of", "specific", "GRN", "-", "ablated", "flies", "with", "50", "mM", "vitamin", "C", ".", "+", "/", "-", "indicates", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "transgene", ",", "respectively", ",", "n", "=", "10", "-", "13", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G Tip recordings from the L4 and L6 sensilla of specific GRN-ablated flies with 50 mM vitamin C. +/- indicates the presence or absence of the transgene, respectively, n = 10-13."}
{"words": ["C", "Genetically", "recovered", "flies", "of", "Ir25a2", "and", "Ir76b1", "driven", "by", "their", "own", "GAL4", "or", "Gr64f", "-", "GAL4", "with", "the", "wild", "-", "type", "cDNA", "transgene", ".", "+", "/", "-", "indicate", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "transgene", ",", "respectively", ",", "n", "=", "10", "-", "15", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Genetically recovered flies of Ir25a2 and Ir76b1 driven by their own GAL4 or Gr64f-GAL4 with the wild-type cDNA transgene. +/- indicate the presence or absence of the transgene, respectively, n = 10-15."}
{"words": ["D", "Genetically", "recovered", "flies", "of", "Gr5a", ",", "Gr61a", ",", "Gr64b", ",", "Gr64c", ",", "and", "Gr64e", "mutants", "driven", "by", "their", "own", "GAL4", "or", "Gr64f", "-", "GAL4", ".", "+", "/", "-", "indicate", "the", "presence", "or", "absence", "of", "the", "transgene", ",", "respectively", ",", "n", "=", "10", "-", "21", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Genetically recovered flies of Gr5a, Gr61a, Gr64b, Gr64c, and Gr64e mutants driven by their own GAL4 or Gr64f-GAL4. +/- indicate the presence or absence of the transgene, respectively, n = 10-21."}
{"words": ["D", "Behavioral", "rescue", "of", "Gr5a", "∆", "5", ",", "Gr61a1", ",", "Gr64bLEXA", ",", "Gr64cLEXA", ",", "and", "Gr64eLEXA", "deficits", "in", "the", "vitamin", "C", "attraction", "via", "the", "expression", "of", "the", "respective", "UAS", "transgenes", "under", "the", "control", "of", "their", "specific", "GAL4s", "or", "Gr64f", "-", "GAL4", ",", "n", "=", "6", "-", "8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Behavioral rescue of Gr5a∆5, Gr61a1, Gr64bLEXA, Gr64cLEXA, and Gr64eLEXA deficits in the vitamin C attraction via the expression of the respective UAS transgenes under the control of their specific GAL4s or Gr64f-GAL4, n = 6-8."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blot", "showing", "that", "Hel2", "(", "1", "-", "315", ")", "is", "defective", "in", "RQC", "but", "not", "in", "NGD", ".", "The", "arrest", "products", "derived", "from", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", "in", "ltn1", "∆", "cells", "expressing", "truncated", "Hel2", "mutant", "protein", "were", "detected", "with", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(C) Western blot showing that Hel2(1-315) is defective in RQC but not in NGD. The arrest products derived from the R(CGN)12 reporter in ltn1∆ cells expressing truncated Hel2 mutant protein were detected with an anti-GFP antibody."}
{"words": ["(", "D", ")", "Northern", "blot", "showing", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "derived", "from", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", "in", "ski2", "∆", "cells", "expressing", "the", "indicated", "Hel2", "mutant", "proteins", ".", "5", "'", "NGD", "-", "IMs", "were", "detected", "with", "a", "DIG", "-", "labelled", "GFP", "probe", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Northern blot showing the 5' NGD-IM derived from the R(CGN)12 reporter in ski2∆ cells expressing the indicated Hel2 mutant proteins. 5' NGD-IMs were detected with a DIG-labelled GFP probe."}
{"words": ["(", "E", ")", "Primer", "extension", "mapping", "of", "5", "'", "ends", "of", "3", "'", "NGD", "-", "intermediates", "in", "Hel2", "-", "WT", "or", "Hel2", "(", "1", "-", "315", ")", "mutant", "cells", "at", "nucleotide", "resolution", ".", ".", "The", "primer", "extension", "samples", "were", "analysed", "using", "5", "%", "TBE", "-", "Urea", "-", "PAGE", "and", "detected", "by", "fluorescence", ".", "Non", "-", "specific", "reverse", "transcription", "(", "ReTr", ")", "products", "are", "indicated", "by", "asterisks", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Primer extension mapping of 5' ends of 3' NGD-intermediates in Hel2-WT or Hel2(1-315) mutant cells at nucleotide resolution. . The primer extension samples were analysed using 5% TBE-Urea-PAGE and detected by fluorescence. Non-specific reverse transcription (ReTr) products are indicated by asterisks."}
{"words": ["(", "A", ")", "Northern", "blot", "analysis", "demonstrating", "that", "K63", "-", "linked", "ubiquitination", "was", "required", "for", "an", "endonucleolytic", "cleavage", "by", "R", "(", "CGN", ")", "12", ".", "The", "ski2", "∆", "UB", "-", "WT", "and", "ski2", "∆", "ub", "-", "K63R", "cells", "were", "transformed", "with", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", ",", "and", "total", "RNA", "samples", "were", "separated", "by", "2", "%", "agarose", "/", "MOPS", "gel", ".", "5", "'", "NGD", "-", "IMs", "in", "the", "cells", "were", "detected", "as", "in", "Fig", "1D", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Northern blot analysis demonstrating that K63-linked ubiquitination was required for an endonucleolytic cleavage by R(CGN)12. The ski2∆UB-WT and ski2∆ub-K63R cells were transformed with the R(CGN)12 reporter, and total RNA samples were separated by 2% agarose/MOPS gel. 5'NGD-IMs in the cells were detected as in Fig 1D."}
{"words": ["(", "B", ")", "Western", "blot", "showing", "that", "K63", "-", "linked", "ubiquitination", "was", "required", "for", "RQC", ".", "Protein", "samples", "from", "UB", "-", "WT", ",", "UB", "-", "WT", "ltn1", "∆", ",", "ub", "-", "K63R", ",", "ub", "-", "K63R", "ltn1", "∆", "cells", "expressing", "the", "GFP", "-", "R", "(", "CGN", ")", "12", "-", "HIS3", "reporter", "were", "subjected", "to", "Western", "blot", "analysis", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", "to", "detect", "the", "arrest", "products", ".", "Note", "the", "accumulation", "of", "RQC", "-", "specific", "CAT", "-", "tails", "in", "lane", "2", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Western blot showing that K63-linked ubiquitination was required for RQC. Protein samples from UB-WT, UB-WT ltn1∆, ub-K63R, ub-K63R ltn1∆ cells expressing the GFP-R(CGN)12-HIS3 reporter were subjected to Western blot analysis using an anti-GFP antibody to detect the arrest products. Note the accumulation of RQC-specific CAT-tails in lane 2."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blot", "analysis", "demonstrating", "polyubiquitination", "of", "uS10", ":", "Affinity", "-", "tagged", "Hel2", "-", "Flag", "-", "TEV", "-", "ProteinA", "(", "FTP", ")", "was", "co", "-", "purified", "with", "ribosomes", "harbouring", "HA", "-", "tagged", "wild", "type", "uS10", "(", "uS10", "-", "3HA", "ribosomes", ")", "or", "uS10", "mutated", "in", "its", "ubiquitination", "sites", "(", "K6", "/", "8R", ")", ".", "Western", "blots", "of", "whole", "protein", "extracts", "were", "performed", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "to", "detect", "polyubiquitinated", "uS10", "-", "3HA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blot analysis demonstrating polyubiquitination of uS10: Affinity-tagged Hel2-Flag-TEV-ProteinA (FTP) was co-purified with ribosomes harbouring HA-tagged wild type uS10 (uS10-3HA ribosomes) or uS10 mutated in its ubiquitination sites (K6/8R). Western blots of whole protein extracts were performed using an anti-HA antibody to detect polyubiquitinated uS10-3HA."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "analysis", "showing", "that", "uS10", "-", "polyubiquitination", "in", "Hel2", "-", "bound", "ribosomes", "was", "mainly", "K63", "-", "linked", ":", "Affinity", "tagged", "Hel2", "(", "Hel2", "-", "ProteinA", "-", "TEV", "-", "His6", ";", "PTH", "-", "Hel2", ")", "was", "co", "-", "purified", "with", "ribosomes", "from", "a", "strain", "expressing", "wild", "type", "ubiquitin", "(", "UB", "-", "WT", ")", "or", "K63R", "mutant", "ubiquitin", "(", "ub", "-", "K63R", ")", "and", "HA", "-", "tagged", "uS10", "(", "uS10", "-", "3HA", ")", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "whole", "protein", "extracts", "was", "performed", "using", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Western blot analysis showing that uS10-polyubiquitination in Hel2-bound ribosomes was mainly K63-linked: Affinity tagged Hel2(Hel2-ProteinA-TEV-His6; PTH-Hel2) was co-purified with ribosomes from a strain expressing wild type ubiquitin (UB-WT) or K63R mutant ubiquitin (ub-K63R) and HA-tagged uS10 (uS10-3HA). Western blot analysis of whole protein extracts was performed using anti-HA antibody."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blot", "of", "in", "vitro", "polyubiquitination", "assays", "of", "uS10", ".", "Reactions", "were", "performed", "with", "the", "indicated", "components", "including", "His", "-", "tagged", "ubiquitin", "and", "several", "ubiquitin", "mutants", ".", "Polyubiquitinated", "HA", "-", "tagged", "uS10", "(", "uS10", "-", "3HA", ")", "was", "detected", "by", "Western", "blot", "analysis", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(E) Western blot of in vitro polyubiquitination assays of uS10. Reactions were performed with the indicated components including His-tagged ubiquitin and several ubiquitin mutants. Polyubiquitinated HA-tagged uS10 (uS10-3HA) was detected by Western blot analysis using an anti-HA antibody."}
{"words": ["(", "F", "-", "H", ")", "Northern", "blot", "analysis", "of", "NGD", "-", "cleavage", "sites", "in", "the", "absence", "of", "uS10", "ubiquitination", "or", "RQT", "complex", "components", ":", "The", "full", "-", "length", "GFP", "-", "R", "(", "CGN", ")", "12", "-", "FLAG", "-", "HIS3", "mRNA", "and", "5", "'", "NGD", "-", "intermediates", "(", "5", "'", "NGD", "-", "IM", ")", "or", "3", "'", "NGD", "-", "intermediates", "(", "3", "'", "NGD", "-", "IM", ")", "were", "detected", "in", "the", "indicated", "mutant", "cells", "by", "Northern", "blotting", "with", "DIG", "-", "labelled", "probes", ".", "5", "'", "NGD", "-", "intermediates", "were", "detected", "by", "DIG", "-", "labelled", "GFP", "probe", "and", "3", "'", "NGD", "-", "intermediates", "were", "detected", "by", "the", "DIG", "-", "labelled", "HIS3", "probe", ".", "SCR1", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "FL", "=", "full", "-", "length", ".", "Note", "the", "upstream", "shift", "of", "NGD", "cleavage", "sites", "in", "lanes", "F4", ",", "G4", ",", "H6", ",", "and", "H8", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F-H) Northern blot analysis of NGD-cleavage sites in the absence of uS10 ubiquitination or RQT complex components: The full-length GFP-R(CGN)12-FLAG-HIS3 mRNA and 5' NGD-intermediates (5' NGD-IM) or 3' NGD-intermediates (3' NGD-IM) were detected in the indicated mutant cells by Northern blotting with DIG-labelled probes. 5' NGD-intermediates were detected by DIG-labelled GFP probe and 3' NGD-intermediates were detected by the DIG-labelled HIS3 probe. SCR1 was used as loading control. FL = full-length. Note the upstream shift of NGD cleavage sites in lanes F4, G4, H6, and H8."}
{"words": ["(", "I", ")", "Mapping", "of", "5", "'", "ends", "of", "3", "'", "NGD", "-", "intermediates", "as", "demonstrated", "in", "Fig", "1E", ".", "Non", "-", "specific", "reverse", "transcription", "(", "ReTr", ")", "products", "are", "indicated", "by", "asterisks", ".", "Note", "that", "both", "uS10", "ubiquitination", "and", "Slh1", "/", "Rqt2", "were", "required", "for", "an", "endonucleolytic", "cleavage", "within", "the", "road", "-", "blocked", "ribosome", "(", "X1", "-", "X4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(I) Mapping of 5' ends of 3' NGD-intermediates as demonstrated in Fig 1E. Non-specific reverse transcription (ReTr) products are indicated by asterisks. Note that both uS10 ubiquitination and Slh1/Rqt2 were required for an endonucleolytic cleavage within the road-blocked ribosome (X1-X4)."}
{"words": ["Both", "RQC", "and", "NGDRQC", "+", "are", "triggered", "by", "a", "(", "CGA", "-", "CCG", ")", "dicodon", "containing", "arrest", "sequence", "in", "vivo", ".", "(", "B", ")", "Western", "blot", "showing", "the", "arrest", "products", "derived", "from", "the", "GFP", "-", "X", "-", "FLAG", "-", "HIS3", "reporter", ".", "Translation", "products", "were", "detected", "by", "western", "blot", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Both RQC and NGDRQC+ are triggered by a (CGA-CCG) dicodon containing arrest sequence in vivo. (B) Western blot showing the arrest products derived from the GFP-X-FLAG-HIS3 reporter. Translation products were detected by western blot using an anti-GFP antibody."}
{"words": ["Both", "RQC", "and", "NGDRQC", "+", "are", "triggered", "by", "a", "(", "CGA", "-", "CCG", ")", "dicodon", "containing", "arrest", "sequence", "in", "vivo", ".", "(", "C", ")", "Northern", "blot", "for", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "derived", "from", "the", "(", "CGA", "-", "CCG", ")", "reporter", "in", "ski2", "∆", "cells", ".", "5", "'", "-", "NGD", "-", "IMs", "were", "detected", "with", "a", "DIG", "-", "labelled", "GFP", "probe", ".", "SCR1", "was", "used", "as", "a", "load", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Both RQC and NGDRQC+ are triggered by a (CGA-CCG) dicodon containing arrest sequence in vivo. (C) Northern blot for the 5' NGD-IM derived from the (CGA-CCG) reporter in ski2∆ cells. 5'-NGD-IMs were detected with a DIG-labelled GFP probe. SCR1 was used as a load control."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "of", "test", "translations", "using", "the", "(", "CGA", "-", "CCG", ")", "dicodon", "stalling", "mRNA", "reporter", "shown", "in", "(", "A", ")", ".", "The", "mRNA", "reporter", "was", "added", "to", "a", "yeast", "in", "vitro", "translation", "extract", "obtained", "from", "a", "ski2", "∆", "uS10", "-", "3HA", "strain", ".", "Expression", "of", "the", "translation", "products", "(", "free", "His", "-", "and", "V5", "tagged", "truncated", "uL4", "protein", "and", "the", "same", "protein", "attached", "to", "tRNA", ")", "was", "visualized", "with", "an", "anti", "-", "V5", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Western blot of test translations using the (CGA-CCG) dicodon stalling mRNA reporter shown in (A). The mRNA reporter was added to a yeast in vitro translation extract obtained from a ski2∆uS10-3HA strain. Expression of the translation products (free His- and V5 tagged truncated uL4 protein and the same protein attached to tRNA) was visualized with an anti-V5 antibody."}
{"words": ["(", "E", ")", "Sucrose", "gradient", "fractions", "(", "top", ")", "and", "western", "blot", "analysis", "(", "bottom", ")", "of", "the", "(", "CGA", "-", "CCG", ")", "dicodon", "-", "stalled", "RNC", "samples", ".", "After", "the", "translation", "reaction", ",", "the", "RNCs", "were", "affinity", "-", "purified", "as", "indicated", "in", "(", "C", ")", ".", "The", "eluate", "was", "loaded", "on", "a", "10", "-", "50", "%", "sucrose", "gradient", "and", "fractionated", ".", "Each", "collected", "fraction", "was", "analysed", "using", "anti", "-", "HA", "antibody", "to", "detect", "uS10", "-", "HA", ".", "Note", "that", "disomes", "are", "preferentially", "polyubiquitinated", "over", "monosomes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Sucrose gradient fractions (top) and western blot analysis (bottom) of the (CGA-CCG) dicodon-stalled RNC samples. After the translation reaction, the RNCs were affinity-purified as indicated in (C). The eluate was loaded on a 10-50 % sucrose gradient and fractionated. Each collected fraction was analysed using anti-HA antibody to detect uS10-HA. Note that disomes are preferentially polyubiquitinated over monosomes."}
{"words": ["(", "A", ")", "Western", "blot", "analysis", "after", "overexpression", "of", "Hel2", "in", "strains", "expressing", "HA", "-", "tagged", "ribosomal", "proteins", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "Note", "the", "increase", "of", "the", "polyubiquitinated", "eS7", "as", "well", "as", "uS10", "and", "uS3", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(A) Western blot analysis after overexpression of Hel2 in strains expressing HA-tagged ribosomal proteins using an anti-HA antibody. Note the increase of the polyubiquitinated eS7 as well as uS10 and uS3."}
{"words": ["(", "C", ")", "Western", "blot", "analysis", "showing", "the", "role", "of", "Hel2", "and", "Not4", "in", "eS7A", "ubiquitination", ":", "Both", "copies", "of", "eS7", "(", "eS7A", "and", "eS7B", ")", "were", "deleted", "and", "transformed", "with", "a", "plasmid", "containing", "HA", "-", "tagged", "eS7A", "(", "eS7", "-", "WT", ")", "or", "eS7A", "mutated", "in", "the", "four", "potential", "ubiquitination", "sites", "(", "4KR", ")", ".", "Whole", "protein", "extracts", "we", "obtained", "from", "eS7AΔeS7BΔ", "cells", "or", "cells", "with", "an", "additional", "deletion", "in", "E3", "ligases", "Hel2", "and", "Not4", "(", "hel2Δ", "and", "not4Δ", ")", ".", "Note", "that", "the", "four", "mutated", "lysine", "residues", "were", "responsible", "for", "Not4", "-", "dependent", "monoubiquitination", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Western blot analysis showing the role of Hel2 and Not4 in eS7A ubiquitination: Both copies of eS7 (eS7A and eS7B) were deleted and transformed with a plasmid containing HA-tagged eS7A (eS7-WT) or eS7A mutated in the four potential ubiquitination sites (4KR). Whole protein extracts we obtained from eS7AΔeS7BΔ cells or cells with an additional deletion in E3 ligases Hel2 and Not4 (hel2Δ and not4Δ). Note that the four mutated lysine residues were responsible for Not4-dependent monoubiquitination."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "showing", "that", "Not4", "was", "required", "for", "Hel2", "-", "mediated", "polyubiquitination", "of", "eS7", "in", "Hel2", "-", "bound", "ribosomal", "complexes", ":", "Cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "eS7A", "or", "the", "eS7", "-", "4KR", "mutant", ",", "as", "well", "as", "PTH", "-", "tagged", "Hel2", "in", "eS7AΔeS7BΔ", "and", "eS7AΔeS7BΔnot4Δ", "background", "were", "probed", "for", "eS7", "-", "ubiquitination", ".", "Either", "cell", "lysates", "or", "affinity", "-", "purified", "Hel2", "-", "ribosome", "complexes", "were", "used", ".", "The", "levels", "of", "the", "ubiquitinated", "eS7A", "in", "the", "lysates", "and", "in", "the", "affinity", "-", "purified", "samples", "with", "PTH", "-", "Hel2", "were", "determined", "by", "Western", "blot", "analysis", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "to", "detect", "eS7", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Western blot showing that Not4 was required for Hel2-mediated polyubiquitination of eS7 in Hel2-bound ribosomal complexes: Cells expressing HA-tagged eS7A or the eS7-4KR mutant, as well as PTH-tagged Hel2 in eS7AΔeS7BΔ and eS7AΔeS7BΔnot4Δ background were probed for eS7-ubiquitination. Either cell lysates or affinity-purified Hel2-ribosome complexes were used. The levels of the ubiquitinated eS7A in the lysates and in the affinity-purified samples with PTH-Hel2 were determined by Western blot analysis using an anti-HA antibody to detect eS7."}
{"words": ["(", "E", ")", "Western", "blotting", "of", "in", "vitro", "ubiquitination", "assays", "of", "eS7A", ".", "The", "reactions", "were", "performed", "with", "the", "indicated", "components", "including", "His", "-", "tagged", "ubiquitin", ".", "Ribosomes", "were", "purified", "from", "Hel2Δ", "cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "eS7A", ".", "Polyubiquitinated", "HA", "-", "tagged", "eS7A", "(", "eS7A", "-", "3HA", ")", "was", "detected", "by", "Western", "blot", "analysis", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", ".", "We", "observed", "Hel2", "-", "mediated", "polyubiquitination", "of", "the", "monoubiquitinated", "eS7A", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(E) Western blotting of in vitro ubiquitination assays of eS7A. The reactions were performed with the indicated components including His-tagged ubiquitin. Ribosomes were purified from Hel2Δ cells expressing HA-tagged eS7A. Polyubiquitinated HA-tagged eS7A (eS7A-3HA) was detected by Western blot analysis using an anti-HA antibody. We observed Hel2-mediated polyubiquitination of the monoubiquitinated eS7A."}
{"words": ["(", "F", ")", "Western", "blot", "analysis", "of", "eS7A", "in", "vitro", "ubiquitination", "assays", "showing", "that", "Hel2", "-", "mediated", "polyubiquitination", "of", "eS7", "was", "mainly", "K63", "-", "linked", "and", "required", "Not4", "-", "dependent", "monoubiquitination", ":", "These", "assays", "were", "performed", "similarly", "as", "described", "in", "(", "E", ")", "except", "yeast", "strains", "were", "lacking", "Not4", "(", "not4Δ", ")", ".", "Reactions", "were", "performed", "with", "the", "indicated", "components", "including", "His", "-", "tagged", "ubiquitin", "and", "several", "ubiquitin", "mutants", "and", "eS7A", "-", "ubiquitination", "was", "monitored", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(F) Western blot analysis of eS7A in vitro ubiquitination assays showing that Hel2-mediated polyubiquitination of eS7 was mainly K63-linked and required Not4-dependent monoubiquitination: These assays were performed similarly as described in (E) except yeast strains were lacking Not4 (not4Δ). Reactions were performed with the indicated components including His-tagged ubiquitin and several ubiquitin mutants and eS7A-ubiquitination was monitored using an anti-HA antibody."}
{"words": ["(", "A", "-", "C", ")", "Northern", "blots", "probing", "for", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "in", "mutant", "cells", "expressing", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", ".", "(", "A", ")", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "detection", "in", "not4", "∆", "ski2", "∆", ",", "hel2", "∆", "ski2", "∆", ",", "slh1", "∆", "ski2", "∆", ",", "not4", "∆", "slh1", "∆", "ski2", "∆", ".", "Quantification", "of", "full", "length", "and", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "relative", "to", "the", "loading", "control", "(", "SCR1", ")", "is", "given", "below", ".", "Note", "the", "size", "difference", "of", "5", "'", "-", "NGD", "IMs", "resulting", "from", "NGDRQC", "+", "and", "NGDRQC", "-", "and", "that", "the", "shorter", "5", "'", "-", "NGD", "intermediate", "(", "representing", "intermediates", "of", "the", "NGDRQC", "-", "pathway", ")", "was", "reduced", "in", "not4", "∆", "slh1", "∆", "ski2", "∆", "mutant", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-C) Northern blots probing for the 5' NGD-IM in mutant cells expressing the R(CGN)12 reporter. (A) 5' NGD-IM detection in not4∆ski2∆, hel2∆ski2∆, slh1∆ski2∆, not4∆ slh1∆ski2∆. Quantification of full length and the 5'NGD-IM relative to the loading control (SCR1) is given below. Note the size difference of 5'-NGD IMs resulting from NGDRQC+ and NGDRQC- and that the shorter 5'-NGD intermediate (representing intermediates of the NGDRQC- pathway) was reduced in not4∆slh1∆ski2∆ mutant cells."}
{"words": ["Northern", "blots", "probing", "for", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "in", "mutant", "cells", "expressing", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", ".", "(", "B", ")", "Northern", "blot", "as", "in", "(", "A", ")", "except", "uS10", "-", "WTski2", "∆", "or", "uS10", "-", "K6", "/", "8Rski2", "∆", "mutant", "cells", "with", "or", "without", "a", "deletion", "of", "Not4", "(", "not4", "∆", ")", "were", "used", ".", "Note", "that", "the", "shorter", "5", "'", "-", "NGD", "intermediates", "are", "also", "reduced", "in", "ski2", "∆", "not4", "∆", "uS10", "-", "K6", "/", "8R", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Northern blots probing for the 5' NGD-IM in mutant cells expressing the R(CGN)12 reporter. (B) Northern blot as in (A) except uS10-WTski2∆ or uS10-K6/8Rski2∆ mutant cells with or without a deletion of Not4 (not4∆) were used. Note that the shorter 5'-NGD intermediates are also reduced in ski2∆not4∆uS10-K6/8R cells."}
{"words": ["Northern", "blots", "probing", "for", "the", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "in", "mutant", "cells", "expressing", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", ".", "(", "C", ")", "Cells", "expressing", "HA", "-", "tagged", "eS7A", "or", "the", "eS7A", "-", "4KR", "mutant", "in", "a", "ski2ΔeS7AΔeS7BΔ", "or", "ski2ΔeS7AΔeS7BΔslh1Δ", "backgrounds", "were", "probed", "for", "5", "'", "-", "NGD", "intermediates", "by", "Northern", "blotting", ".", "Note", "that", "the", "four", "mutated", "lysine", "residues", "in", "eS7", "were", "responsible", "for", "NGDRQC", "-", "in", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Northern blots probing for the 5' NGD-IM in mutant cells expressing the R(CGN)12 reporter. (C) Cells expressing HA-tagged eS7A or the eS7A-4KR mutant in a ski2ΔeS7AΔeS7BΔ or ski2ΔeS7AΔeS7BΔslh1Δ backgrounds were probed for 5'-NGD intermediates by Northern blotting. Note that the four mutated lysine residues in eS7 were responsible for NGDRQC- in the R(CGN)12 reporter."}
{"words": ["(", "D", ")", "Western", "blot", "analysis", "showing", "that", "K83", "and", "K84", "of", "eS7A", "are", "main", "target", "sites", "for", "Hel2", "and", "Not4", "-", "mediated", "ubiquitination", ":", "Similarly", ",", "as", "in", "Fig", "6C", ",", "eS7AΔeS7BΔ", "mutant", "cells", "were", "used", "and", "wild", "type", "and", "single", "mutants", "of", "HA", "-", "tagged", "eS7A", "were", "expressed", ".", "Ubiquitinated", "eS7", "-", "HA", "was", "monitored", "using", "an", "anti", "-", "HA", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "(D) Western blot analysis showing that K83 and K84 of eS7A are main target sites for Hel2 and Not4-mediated ubiquitination: Similarly, as in Fig 6C, eS7AΔeS7BΔ mutant cells were used and wild type and single mutants of HA-tagged eS7A were expressed. Ubiquitinated eS7-HA was monitored using an anti-HA antibody."}
{"words": ["(", "E", ")", "Northern", "Blot", "analysis", "probing", "for", "the", "levels", "of", "5", "'", "NGD", "-", "IM", "derived", "from", "the", "R", "(", "CGN", ")", "12", "reporter", "expressed", "in", "eS7AΔeS7BΔski2Δ", "cells", "and", "HA", "-", "tagged", "eS7", "or", "eS7", "mutants", ".", "We", "observed", ",", "that", "ubiquitination", "at", "K83", "or", "K84", "of", "eS7A", "is", "mainly", "responsible", "for", "NGDRQC", "-", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Northern Blot analysis probing for the levels of 5' NGD-IM derived from the R(CGN)12 reporter expressed in eS7AΔeS7BΔski2Δ cells and HA-tagged eS7 or eS7 mutants. We observed, that ubiquitination at K83 or K84 of eS7A is mainly responsible for NGDRQC-."}
{"words": ["(", "F", ")", "The", "levels", "of", "polyubiquitinated", "eS7A", "were", "increased", "by", "the", "overproduction", "of", "wild", "-", "type", "Hel2", "(", "FL", ")", "but", "neither", "Hel2ΔRING", "nor", "Hel2", "(", "1", "-", "315", ")", "mutants", ".", "eS7A", "-", "3HAhel2Δ", "mutant", "cells", "harbouring", "the", "indicated", "plasmids", "expressing", "wild", "-", "type", "Hel2", "(", "FL", ")", ",", "Hel2ΔRING", "or", "Hel2", "(", "1", "-", "315", ")", "mutant", "proteins", "were", "harvested", ".", "Protein", "samples", "were", "analysed", "by", "Western", "blotting", "with", "an", "anti", "-", "HA", "(", "Top", "panel", ")", "or", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "(", "Bottom", "panel", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) The levels of polyubiquitinated eS7A were increased by the overproduction of wild-type Hel2 (FL) but neither Hel2ΔRING nor Hel2(1-315) mutants. eS7A-3HAhel2Δ mutant cells harbouring the indicated plasmids expressing wild-type Hel2 (FL), Hel2ΔRING or Hel2(1-315) mutant proteins were harvested. Protein samples were analysed by Western blotting with an anti-HA (Top panel) or anti-FLAG antibody (Bottom panel)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Hel2", "(", "1", "-", "315", ")", "polyubiquitinates", "eS7A", "but", "not", "uS10", ".", "Western", "blotting", "after", "an", "in", "vitro", "ubiquitination", "assay", "using", "the", "Hel2", "-", "(", "1", "-", "315", ")", "mutant", "and", "purified", "ribosomes", "containing", "HA", "-", "tagged", "uS10", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "(G) Hel2(1-315) polyubiquitinates eS7A but not uS10. Western blotting after an in vitro ubiquitination assay using the Hel2-(1-315) mutant and purified ribosomes containing HA-tagged uS10."}
{"words": ["Decreased", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "PINK1", "-", "null", "HEK293", "cells", "Lysates", "of", "PINK1", "-", "null", "(", "PINK1KO", ")", "and", "parkin", "-", "null", "(", "parkinKO", ")", "HEK293", "cells", "(", "a", ")", "and", "their", "matched", "wildtype", "controls", "(", "WT", ")", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", ",", "phospho", "(", "Ser637", ")", "-", "Drp1", "(", "pS637", ")", "or", "Drp1", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "for", "each", "experiment", "is", "shown", "Two", "independent", "PINK1KO", "and", "parkinKO", "HEK293", "cell", "lines", "(", "1", ",", "2", ")", "were", "shown", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Decreased Drp1S616 phosphorylation in PINK1-null HEK293 cells Lysates of PINK1-null (PINK1KO) and parkin-null (parkinKO) HEK293 cells (a) and their matched wildtype controls (WT) were immuno-detected with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616), phospho (Ser637)-Drp1 (pS637) or Drp1. β-actin was detected as a loading control. Quantitation of pS616/Drp1 for each experiment is shown Two independent PINK1KO and parkinKO HEK293 cell lines (1, 2) were shown. Student's test. *p<0.05, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["Decreased", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "PINK1", "-", "null", "MEF", "cells", "Lysates", "of", "PINK1", "-", "null", "(", "PINK1KO", ")", "and", "parkin", "-", "null", "(", "parkinKO", ")", "MEF", "cells", "(", "c", ")", "and", "their", "matched", "wildtype", "controls", "(", "WT", ")", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", ",", "phospho", "(", "Ser637", ")", "-", "Drp1", "(", "pS637", ")", "or", "Drp1", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "for", "each", "experiment", "is", "shown", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Decreased Drp1S616 phosphorylation in PINK1-null MEF cells Lysates of PINK1-null (PINK1KO) and parkin-null (parkinKO) MEF cells (c) and their matched wildtype controls (WT) were immuno-detected with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616), phospho (Ser637)-Drp1 (pS637) or Drp1. β-actin was detected as a loading control. Quantitation of pS616/Drp1 for each experiment is shown Student's test. *p<0.05, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["Decreased", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "PINK1", "-", "null", "mouse", "substantial", "nigra", "tissues", ".", "Lysates", "of", "PINK1", "-", "null", "(", "PINK1KO", ")", "and", "parkin", "-", "null", "(", "parkinKO", ")", "mouse", "substantial", "nigra", "tissues", "(", "e", ")", ",", "and", "their", "matched", "wildtype", "controls", "(", "WT", ")", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", ",", "phospho", "(", "Ser637", ")", "-", "Drp1", "(", "pS637", ")", "or", "Drp1", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "for", "each", "experiment", "is", "shown", "Two", "independent", "PINK1KO", "and", "parkinKO", "substantial", "nigra", "from", "two", "separate", "PINK1KO", "and", "parkinKO", "mice", "(", "1", ",", "2", ")", "were", "shown", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Decreased Drp1S616 phosphorylation in PINK1-null mouse substantial nigra tissues. Lysates of PINK1-null (PINK1KO) and parkin-null (parkinKO) mouse substantial nigra tissues (e), and their matched wildtype controls (WT) were immuno-detected with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616), phospho (Ser637)-Drp1 (pS637) or Drp1. β-actin was detected as a loading control. Quantitation of pS616/Drp1 for each experiment is shown Two independent PINK1KO and parkinKO substantial nigra from two separate PINK1KO and parkinKO mice (1, 2) were shown. Student's test. *p<0.05, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "g", ",", "h", ")", ".", "Overexpression", "of", "PINK1", ",", "not", "PINK1", "kinase", "mutants", ",", "reverses", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "PINK1KO", "HEK293", "cells", ".", "Lysates", "of", "PINK1KO", "and", "PINK1WT", "control", "(", "WT", ")", "HEK293", "cells", "expressing", "PINK1", "variants", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "an", "anti", "-", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "antibody", "(", "pS616", ")", ",", "an", "anti", "-", "Drp1", "antibody", "(", "Drp1", ")", "and", "an", "anti", "-", "PINK1", "antibody", "(", "PINK1", ")", ".", "Cells", "with", "mock", "transfection", "(", "Blank", ")", "and", "transfected", "with", "an", "empty", "plasmid", "(", "3", ".", "1", ")", "were", "included", "as", "controls", "(", "g", ")", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "is", "shown", "(", "h", ")", ".", "PINK1", ":", "wildtype", "PINK1", ";", "D384N", ":", "PINK1", "kinase", "-", "dead", "mutant", ";", "G309D", ",", "pathogenic", "PINK1", "mutant", ";", "∆", "110", ":", "PINK1", "mito", "-", "target", "deficient", "mutant", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g, h). Overexpression of PINK1, not PINK1 kinase mutants, reverses Drp1S616 phosphorylation in PINK1KO HEK293 cells. Lysates of PINK1KO and PINK1WT control (WT) HEK293 cells expressing PINK1 variants were immuno-detected with an anti-phospho(Ser616)-Drp1 antibody (pS616), an anti-Drp1 antibody (Drp1) and an anti-PINK1 antibody (PINK1). Cells with mock transfection (Blank) and transfected with an empty plasmid (3.1) were included as controls (g). Quantitation of pS616/Drp1 is shown (h). PINK1: wildtype PINK1; D384N: PINK1 kinase-dead mutant; G309D, pathogenic PINK1 mutant; ∆110: PINK1 mito-target deficient mutant. Student's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "i", ",", "j", ")", ".", "PINK1", "deficiency", "does", "not", "affect", "expression", "and", "kinase", "activity", "of", "CDK1", "and", "ERK1", "/", "2", ".", "Lysates", "of", "PINK1KO", "and", "PINK1WT", "control", "(", "WT", ")", "HEK293", "cells", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "an", "anti", "-", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "antibody", "(", "pS616", ")", ",", "an", "anti", "-", "Drp1", "antibody", "(", "Drp1", ")", ",", "an", "anti", "-", "PINK1", "antibody", "(", "PINK1", ")", ",", "an", "anti", "-", "CDK1", "antibody", "(", "CDK1", ")", ",", "an", "anti", "-", "p44", "/", "p42", "MAPK", "antibody", "(", "ERK1", "/", "2", ")", ",", "an", "anti", "-", "phospho", "(", "Thr161", ")", "-", "CDK1", "antibody", "(", "pThr161", ")", ",", "and", "an", "anti", "-", "phospho", "(", "Thr202", "/", "204", ")", "-", "p44", "/", "p42", "MAPK", "antibody", "(", "pThr202", "/", "204", ")", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", "(", "i", ")", ".", "Quantitation", "of", "CDK1Thr161", "phosphorylation", "(", "pThr161", ")", "and", "ERK1", "/", "2Thr202", "/", "204", "phosphorylation", "(", "pThr202", "/", "204", ")", "was", "shown", "(", "j", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i, j). PINK1 deficiency does not affect expression and kinase activity of CDK1 and ERK1/2. Lysates of PINK1KO and PINK1WT control (WT) HEK293 cells were immuno-detected with an anti-phospho(Ser616)-Drp1 antibody (pS616), an anti-Drp1 antibody (Drp1), an anti-PINK1 antibody (PINK1), an anti-CDK1 antibody(CDK1), an anti-p44/p42 MAPK antibody (ERK1/2), an anti-phospho(Thr161)-CDK1 antibody (pThr161), and an anti-phospho(Thr202/204)-p44/p42 MAPK antibody (pThr202/204). β-actin was detected as a loading control (i). Quantitation of CDK1Thr161 phosphorylation (pThr161) and ERK1/2Thr202/204 phosphorylation (pThr202/204) was shown (j). Student's test. ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "l", ",", "m", ")", ".", "PINK1", "phosphorylates", "Drp1S616", "in", "vitro", ".", "Recombinant", "TcPINK1", "was", "incubated", "with", "either", "GST", "-", "Drp1518", "-", "736", "(", "WT", ")", "or", "GST", "-", "Drp1518", "-", "736", ",", "S616A", "(", "S616A", ")", "in", "the", "presence", "(", "+", ")", "/", "absence", "(", "-", ")", "of", "ATP", ".", "After", "heat", "inactivation", ",", "reactions", "were", "treated", "with", "(", "+", ")", "/", "without", "(", "-", ")", "shrimp", "alkaline", "phosphatase", "(", "SAP", ")", ".", "Phosphorylation", "of", "Drp1S616", "(", "pS616", ")", "was", "immuno", "-", "detected", "(", "l", ",", "upper", "panel", ")", ".", "Total", "Drp1", "(", "l", ",", "middle", "panel", ")", "and", "protein", "loading", "stained", "with", "Coomassie", "blue", "staining", "(", "l", ",", "lower", "panel", ")", "were", "shown", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "ratio", "was", "shown", "(", "m", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(l, m). PINK1 phosphorylates Drp1S616 in vitro. Recombinant TcPINK1 was incubated with either GST-Drp1518-736 (WT) or GST-Drp1518-736, S616A (S616A) in the presence (+)/absence (-) of ATP. After heat inactivation, reactions were treated with (+)/without (-) shrimp alkaline phosphatase (SAP). Phosphorylation of Drp1S616 (pS616) was immuno-detected (l, upper panel). Total Drp1 (l, middle panel) and protein loading stained with Coomassie blue staining (l, lower panel) were shown. Quantitation of pS616/Drp1 ratio was shown (m). One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "n", ",", "o", ")", ".", "Label", "-", "free", "relative", "quantitative", "mass", "spectrum", "analysis", "of", "Drp1S616", "phosphorylation", ".", "Representative", "spectra", "for", "the", "Drp1", "phospho", "-", "peptide", "(", "S616", ")", "SKPIPMPA", "(", "p", ")", "SPQK", "and", "non", "-", "phospho", "-", "peptide", "SKPIPMPA", "(", "p", ")", "SPQK", ".", "Spectra", "obtained", "for", "peptides", "from", "PINK1WT", "HEK293", "cells", "are", "shown", "(", "n", ")", ".", "The", "relative", "ratios", "of", "the", "phospho", "-", "peptides", "containing", "phosphor", "-", "Ser616", "to", "peptides", "containing", "Ser616", "from", "PINK1WT", "and", "PINK1KO", "HEK293", "samples", "were", "calculated", "and", "plotted", "(", "o", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(n, o). Label-free relative quantitative mass spectrum analysis of Drp1S616 phosphorylation. Representative spectra for the Drp1 phospho-peptide (S616) SKPIPMPA(p)SPQK and non-phospho-peptide SKPIPMPA(p)SPQK. Spectra obtained for peptides from PINK1WT HEK293 cells are shown (n). The relative ratios of the phospho-peptides containing phosphor-Ser616 to peptides containing Ser616 from PINK1WT and PINK1KO HEK293 samples were calculated and plotted (o)."}
{"words": ["(", "p", ",", "q", ")", ".", "Km", "and", "Kcat", "for", "PINK1", "-", "mediated", "phosphorylation", "of", "ubiquitin", "and", "Drp1", ".", "In", "vitro", "kinase", "assays", "were", "performed", "with", "different", "concentrations", "of", "ubiquitin", "(", "p", ")", "or", "Drp1", "(", "q", ")", "with", "TcPINK1", "at", "fixed", "ATP", "concentration", "(", "500", "μM", ")", ".", "Results", "were", "analyzed", "on", "phos", "‐", "tag", "gels", "and", "modeled", "to", "the", "Michaelis", "-", "Menten", "equation", ".", "The", "given", "graphs", "represent", "global", "fits", "to", "data", "collected", "from", "3", "sets", "of", "reactions", "for", "both", "Ub", "and", "Drp1", "performed", "independently", ".", "Km", ":", "michaelis", "constant", ".", "Kcat", ":", "catalytic", "constant", ".", "Bars", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(p, q). Km and Kcat for PINK1-mediated phosphorylation of ubiquitin and Drp1. In vitro kinase assays were performed with different concentrations of ubiquitin (p) or Drp1 (q) with TcPINK1 at fixed ATP concentration (500 μM). Results were analyzed on phos‐tag gels and modeled to the Michaelis-Menten equation. The given graphs represent global fits to data collected from 3 sets of reactions for both Ub and Drp1 performed independently. Km: michaelis constant. Kcat: catalytic constant. Bars represent the mean ± SEM."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", ".", "Decreased", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "PINK1", "-", "null", "primary", "neurons", ".", "Lysates", "of", "DIV6", "neurons", "generated", "from", "PINK1KO", "and", "PINK1WT", "control", "mice", "were", "immune", "-", "detected", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", "or", "Drp1", ".", "Tuj1", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", "(", "a", ")", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "for", "each", "experiment", "is", "shown", "(", "b", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b). Decreased Drp1S616 phosphorylation in PINK1-null primary neurons. Lysates of DIV6 neurons generated from PINK1KO and PINK1WT control mice were immune-detected with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616) or Drp1. Tuj1 was detected as a loading control (a). Quantitation of pS616/Drp1 for each experiment is shown (b). Student's test. **p<0.01. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", ".", "TEM", "analysis", "of", "mitochondria", "in", "mouse", "substantial", "nigra", ".", "Sections", "of", "substantial", "nigra", "from", "18", "-", "month", "-", "old", "PINK1KO", "and", "PINK1WT", "control", "mice", "were", "analyzed", "under", "TEM", "(", "c", ",", "left", "panels", ",", "scale", "bar", "=", "2", "µm", ")", ".", "Amplified", "images", "of", "mitochondria", "from", "dot", "line", "frames", "gated", "region", "are", "shown", "(", "c", ",", "right", "panels", ",", "scale", "bar", "=", "1", "µm", ")", ".", "Asterisks", "indicate", "abnormal", "elongated", "mitochondria", ".", "A", "quantitative", "analysis", "of", "mitochondria", "with", "perimeter", ">", "2µm", "is", "shown", "(", "d", ")", ".", "Over", "300", "identifiable", "mitochondria", "(", "cristae", "and", "/", "or", "double", "membrane", ")", "per", "mice", "were", "randomly", "and", "blindly", "selected", "for", "perimeter", "measurement", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c, d). TEM analysis of mitochondria in mouse substantial nigra. Sections of substantial nigra from 18-month-old PINK1KO and PINK1WT control mice were analyzed under TEM (c, left panels, scale bar=2 µm). Amplified images of mitochondria from dot line frames gated region are shown (c, right panels, scale bar=1 µm). Asterisks indicate abnormal elongated mitochondria. A quantitative analysis of mitochondria with perimeter >2µm is shown (d). Over 300 identifiable mitochondria (cristae and/or double membrane) per mice were randomly and blindly selected for perimeter measurement. Student's test. *p<0.05. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "e", ",", "f", ")", ".", "Overexpression", "of", "Drp1WT", ",", "but", "not", "phosphorylation", "mutant", "Drp1S616A", ",", "suppresses", "mitochondrial", "fusion", "in", "dendrites", "of", "PINK1KO", "primary", "neurons", ".", "(", "e", ")", ".", "DIV4", "neurons", "generated", "from", "PINK1", "WT", "control", "or", "PINK1KO", "mice", "were", "co", "-", "transfected", "mito", "-", "GFP", "with", "either", "pcDNA3", ".", "1", "(", "3", ".", "1", ")", "or", "Drp1WT", "or", "Drp1S616A", ".", "Neurons", "were", "immuno", "-", "detected", "with", "an", "antibody", "against", "myc", "-", "tag", "(", "Myc", ")", "(", "red", ",", "to", "detect", "exogenous", "Drp1", ")", ".", "Mito", "-", "GFP", ":", "green", ",", "to", "detect", "mitochondria", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ".", "Magnified", "dendritic", "shafts", "gated", "by", "a", "dot", "line", "frame", "are", "shown", "(", "Zoom", ",", "right", "panels", ",", "scale", "bar", "=", "5", "μm", ")", ".", "(", "f", ")", ".", "Quantification", "of", "Mito", "-", "index", "in", "dendrites", "of", "neurons", "from", "experiments", "of", "(", "e", ")", ".", "10", "neurons", "were", "randomly", "selected", "and", "analyzed", "in", "each", "experiment", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e, f). Overexpression of Drp1WT, but not phosphorylation mutant Drp1S616A, suppresses mitochondrial fusion in dendrites of PINK1KO primary neurons. (e). DIV4 neurons generated from PINK1 WT control or PINK1KO mice were co-transfected mito-GFP with either pcDNA3.1 (3.1) or Drp1WT or Drp1S616A. Neurons were immuno-detected with an antibody against myc-tag (Myc) (red, to detect exogenous Drp1). Mito-GFP: green, to detect mitochondria. Representative images were shown, scale bar=25 μm. Magnified dendritic shafts gated by a dot line frame are shown (Zoom, right panels, scale bar=5 μm).(f). Quantification of Mito-index in dendrites of neurons from experiments of (e). 10 neurons were randomly selected and analyzed in each experiment. One-way ANOVA followed with Tukey's test. *p<0.05, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", ".", "Drp1", "is", "required", "for", "mitochondrial", "fission", "induced", "by", "PINK1", ".", "Drp1", "-", "null", "HeLa", "cells", "(", "Drp1KO", ")", "and", "their", "wildtype", "controls", "(", "Drp1WT", ")", "were", "co", "-", "transfected", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "with", "FRB", "-", "MTS", ".", "Cells", "were", "induced", "with", "250", "nM", "rapalog", "for", "2", "hours", "to", "activate", "PINK1", "kinase", ",", "followed", "by", "immunodetecting", "mitochondria", "(", "TOM20", ",", "red", ")", "and", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "/", "FRB", "-", "MTS", "(", "Δ110", "-", "PINK1", ",", "green", ")", ".", "Nuclei", "were", "labeled", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "used", "as", "a", "treatment", "control", ".", "Representative", "images", "were", "shown", "(", "a", ",", "upper", "panel", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ")", ".", "Higher", "magnification", "images", "are", "also", "included", "(", "a", ",", "lower", "panel", ",", "scale", "bar", "=", "10", "μm", ")", ".", "Mitochondrial", "morphology", "in", "different", "transfections", "was", "quantified", ".", "(", "b", ",", "c", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-c). Drp1 is required for mitochondrial fission induced by PINK1. Drp1-null HeLa cells (Drp1KO) and their wildtype controls (Drp1WT) were co-transfected Δ110-PINK1-GFP-FKBP with FRB-MTS. Cells were induced with 250 nM rapalog for 2 hours to activate PINK1 kinase, followed by immunodetecting mitochondria (TOM20, red) and Δ110-PINK1-GFP-FKBP /FRB-MTS (Δ110-PINK1, green). Nuclei were labeled with DAPI (blue). Cells treated with solvent (DMSO) were used as a treatment control. Representative images were shown (a, upper panel, scale bar=25 μm). Higher magnification images are also included (a, lower panel, scale bar=10 μm). Mitochondrial morphology in different transfections was quantified. (b, c). Student's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >100 cells were analyzed."}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", ".", "Drp1S616", "phosphorylation", "is", "required", "for", "mitochondrial", "fission", "induced", "by", "PINK1", ".", "Drp1KO", "HeLa", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "/", "FRB", "-", "MTS", "with", "either", "a", "plasmid", "encoding", "Drp1WT", "or", "a", "Drp1", "dephosphorylation", "mimic", "mutant", "Drp1S616A", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "250", "nM", "rapalog", "for", "2", "hours", "to", "activate", "PINK1", "kinase", ",", "followed", "by", "immunodetecting", "mitochondria", "(", "TOM20", ",", "blue", ")", ",", "exogenous", "Drp1", "(", "myc", ",", "red", ")", ",", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "/", "FRB", "-", "MTS", "(", "PINK1", "-", "FKBP", ",", "green", ")", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "used", "as", "a", "treatment", "control", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", "(", "d", ")", ".", "Higher", "magnification", "images", "are", "also", "included", "(", "d", ",", "Zoom", ",", "scale", "bar", "=", "5", "μm", ")", ".", "Mitochondrial", "morphology", "in", "different", "transfections", "was", "quantified", "(", "e", ",", "f", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f). Drp1S616 phosphorylation is required for mitochondrial fission induced by PINK1. Drp1KO HeLa cells were co-transfected Δ110-PINK1-GFP-FKBP /FRB-MTS with either a plasmid encoding Drp1WT or a Drp1 dephosphorylation mimic mutant Drp1S616A. Cells were treated with 250 nM rapalog for 2 hours to activate PINK1 kinase, followed by immunodetecting mitochondria (TOM20, blue), exogenous Drp1 (myc, red), Δ110-PINK1-GFP-FKBP /FRB-MTS (PINK1-FKBP, green). Cells treated with solvent (DMSO) were used as a treatment control. Representative images were shown, scale bar=25 μm (d). Higher magnification images are also included (d, Zoom, scale bar=5 μm). Mitochondrial morphology in different transfections was quantified (e, f). Student's test. **p<0.01, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >100 cells were analyzed."}
{"words": ["(", "g", ",", "h", ")", ".", "Targeting", "PINK1", "kinase", "domain", "to", "OMM", "increases", "mitochondrial", "localization", "of", "phosphorylated", "Drp1S616", ".", "HEK293", "cells", "co", "-", "transfected", "FRB", "-", "MTS", "with", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "were", "treated", "with", "250", "nM", "rapalog", "(", "Rapalog", ")", ".", "After", "2hours", "treatment", ",", "cytosol", "protion", "(", "cyto", ")", "and", "mitochondria", "(", "Mito", ")", "were", "fractionated", "and", "immunobloted", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", ",", "Drp1", "(", "Drp1", ")", ",", "or", "GFP", "(", "PINK1", ")", ".", "Tom20", "and", "β", "-", "actin", "were", "detected", "as", "mitochondrial", "loading", "control", "and", "cytosol", "loading", "control", ",", "respectively", "(", "g", ")", ".", "Quantitation", "of", "pS616", "/", "Drp1", "in", "various", "conditions", "was", "shown", "(", "h", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g, h). Targeting PINK1 kinase domain to OMM increases mitochondrial localization of phosphorylated Drp1S616. HEK293 cells co-transfected FRB-MTS with Δ110-PINK1-GFP-FKBP were treated with 250 nM rapalog (Rapalog). After 2hours treatment, cytosol protion (cyto) and mitochondria (Mito) were fractionated and immunobloted with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616), Drp1 (Drp1), or GFP (PINK1). Tom20 and β-actin were detected as mitochondrial loading control and cytosol loading control, respectively (g). Quantitation of pS616/Drp1 in various conditions was shown (h). Student's test. **p<0.01, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "i", ",", "j", ")", ".", "Targeting", "PINK1", "kinase", "domain", "to", "the", "OMM", "increases", "mitochondrial", "localization", "of", "Drp1", ".", "HeLa", "cells", "co", "-", "transfected", "FRB", "-", "MTS", "with", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "(", "FKBP", "-", "PINK1", ")", "were", "treated", "with", "250", "nM", "rapalog", "(", "Rapalog", ")", "for", "2", "hours", "to", "activate", "PINK1", "kinase", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "included", "as", "a", "control", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "against", "either", "Tom20", ",", "Drp1", "and", "GFP", "(", "PINK1", "-", "FKBP", ")", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "2", "μm", "(", "i", ")", ".", "Higher", "magnification", "images", "from", "gated", "box", "are", "shown", "(", "bottom", "panels", ")", ".", "Arrows", "indicate", "Drp1", "puncta", ".", "Mitochondria", "-", "associated", "(", "yellow", ")", "and", "non", "-", "associated", "Drp1", "(", "Red", ")", "are", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "1", "μm", ".", "Mitochondria", "-", "associated", "Drp1", "puncta", "were", "analyzed", "by", "using", "an", "ImageJ", "plugin", "-", "Coloc", "2", "and", "expressed", "as", "the", "Manders", "'", "Colocalization", "Coefficients", "(", "MCC", ")", "(", "j", ")", ".", "Three", "different", "regions", "from", "each", "cell", "and", ">", "15", "cells", "for", "each", "experimental", "group", "were", "analyzed", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i, j). Targeting PINK1 kinase domain to the OMM increases mitochondrial localization of Drp1. HeLa cells co-transfected FRB-MTS with Δ110-PINK1-GFP-FKBP (FKBP-PINK1) were treated with 250 nM rapalog (Rapalog) for 2 hours to activate PINK1 kinase. Cells treated with solvent (DMSO) were included as a control. Cells were immunostained with antibodies against either Tom20, Drp1 and GFP (PINK1-FKBP). Representative images were shown, scale bar=2 μm (i). Higher magnification images from gated box are shown (bottom panels). Arrows indicate Drp1 puncta. Mitochondria-associated (yellow) and non-associated Drp1(Red) are shown, scale bar=1 μm. Mitochondria-associated Drp1 puncta were analyzed by using an ImageJ plugin-Coloc 2 and expressed as the Manders' Colocalization Coefficients (MCC) (j). Three different regions from each cell and >15 cells for each experimental group were analyzed. Student's test. **p<0.01. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "k", ",", "l", ")", ".", "PINK1", "regulates", "S616", "and", "S637", "phosphorylation", "of", "Drp1", "via", "independent", "mechanisms", ".", "DRP1KO", "HEK293", "cells", "co", "-", "transfected", "FRB", "-", "MTS", "/", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "(", "PINK1WT", ")", "with", "either", "myc", "-", "Drp1WT", "or", "myc", "-", "Drp1S616A", "were", "treated", "with", "250", "nM", "rapalog", "(", "Rapalog", ")", "for", "2", "hours", "to", "activate", "PINK1", "kinase", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "included", "as", "a", "control", ".", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotting", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", ",", "phospho", "-", "(", "Ser637", ")", "-", "Drp1", "(", "pS637", ")", ",", "Drp1", "and", "GFP", "(", "to", "detect", "PINK1", "-", "FKBP", ")", "(", "k", ")", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Quantitation", "of", "pS637", "/", "Drp1", "in", "various", "conditions", "was", "shown", "(", "l", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(k, l). PINK1 regulates S616 and S637 phosphorylation of Drp1 via independent mechanisms. DRP1KO HEK293 cells co-transfected FRB-MTS/Δ110-PINK1-GFP-FKBP (PINK1WT) with either myc-Drp1WT or myc-Drp1S616A were treated with 250 nM rapalog (Rapalog) for 2 hours to activate PINK1 kinase. Cells treated with solvent (DMSO) were included as a control. Cell lysates were immunoblotting with antibodies against either phospho (Ser616)-Drp1 (pS616), phospho-(Ser637)-Drp1 (pS637), Drp1 and GFP (to detect PINK1-FKBP) (k). β-actin was detected as a loading control. Quantitation of pS637/Drp1 in various conditions was shown (l). One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "a", "-", "e", ")", ".", "ATG5", "is", "dispensable", "for", "PINK1", "-", "mediated", "mitochondrial", "fission", ".", "MEF", "cells", "derived", "from", "ATG5", "-", "null", "(", "ATG5KO", ")", "and", "their", "wildtype", "control", "mice", "(", "ATG5WT", ")", "were", "co", "-", "transfected", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "/", "FRB", "-", "MTS", "with", "either", "PINK1WT", "or", "a", "kinase", "-", "dead", "mutant", "PINK1D384N", ".", "Cells", "were", "induced", "with", "250", "nM", "rapalog", "(", "Rapalog", ")", "for", "2", "hours", "to", "activate", "PINK1", "kinase", ",", "followed", "by", "immunodetecting", "mitochondria", "(", "TOM20", ",", "red", ")", "and", "Δ110", "-", "PINK1", "-", "GFP", "-", "FKBP", "/", "FRB", "-", "MTS", "(", "PINK1", "-", "FKBP", ",", "green", ")", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "used", "as", "a", "treatment", "control", ".", "Representative", "images", "are", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", "(", "a", ")", ".", "Higher", "magnification", "images", "are", "also", "included", "(", "panels", "beneath", "the", "large", "cell", "images", ",", "scale", "bar", "=", "10", "μm", ")", ".", "Mitochondrial", "morphology", "in", "different", "transfections", "was", "quantified", "(", "b", "-", "e", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-e). ATG5 is dispensable for PINK1-mediated mitochondrial fission. MEF cells derived from ATG5-null (ATG5KO) and their wildtype control mice (ATG5WT) were co-transfected Δ110-PINK1-GFP-FKBP /FRB-MTS with either PINK1WT or a kinase-dead mutant PINK1D384N. Cells were induced with 250 nM rapalog (Rapalog) for 2 hours to activate PINK1 kinase, followed by immunodetecting mitochondria (TOM20, red) and Δ110-PINK1-GFP-FKBP /FRB-MTS (PINK1-FKBP, green). Cells treated with solvent (DMSO) were used as a treatment control. Representative images are shown, scale bar=25 μm (a). Higher magnification images are also included (panels beneath the large cell images, scale bar=10 μm). Mitochondrial morphology in different transfections was quantified (b-e). Student's test. *p<0.05, ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >100 cells were analyzed."}
{"words": ["(", "f", "-", "i", ")", ".", "Drp1", "is", "dispensable", "for", "recruitment", "of", "parkin", "to", "mitochondria", ".", "Drp1WT", "and", "Drp1KO", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "parkin", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "20", "μM", "CCCP", "for", "2", "hours", "(", "f", ")", "followed", "by", "immunodetecting", "mitochondria", "(", "TOM20", ",", "red", ")", "and", "parkin", "(", "GFP", "-", "parkin", ",", "green", ")", ".", "Nuclei", "were", "labeled", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "used", "as", "a", "treatment", "control", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ".", "Cell", "with", "mitochondrial", "parkin", "(", "%", ")", "in", "different", "experimental", "group", "was", "quantified", "(", "g", ",", "i", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f-i). Drp1 is dispensable for recruitment of parkin to mitochondria. Drp1WT and Drp1KO HeLa cells were transfected with GFP-parkin. Cells were treated with 20 μM CCCP for 2 hours (f) followed by immunodetecting mitochondria (TOM20, red) and parkin (GFP-parkin, green). Nuclei were labeled with DAPI (blue). Cells treated with solvent (DMSO) were used as a treatment control. Representative images were shown, scale bar=25 μm. Cell with mitochondrial parkin (%) in different experimental group was quantified (g, i). One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >100 cells were analyzed."}
{"words": ["(", "f", "-", "i", ")", ".", "Drp1", "is", "dispensable", "for", "recruitment", "of", "parkin", "to", "mitochondria", ".", "Drp1WT", "and", "Drp1KO", "HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "parkin", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "150", "μM", "actinonin", "for", "6", "hours", "(", "h", ")", ",", "followed", "by", "immunodetecting", "mitochondria", "(", "TOM20", ",", "red", ")", "and", "parkin", "(", "GFP", "-", "parkin", ",", "green", ")", ".", "Nuclei", "were", "labeled", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ".", "Cells", "treated", "with", "solvent", "(", "DMSO", ")", "were", "used", "as", "a", "treatment", "control", ".", "Representative", "images", "were", "shown", ",", "scale", "bar", "=", "25", "μm", ".", "Cell", "with", "mitochondrial", "parkin", "(", "%", ")", "in", "different", "experimental", "group", "was", "quantified", "(", "g", ",", "i", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "100", "cells", "were", "analyzed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f-i). Drp1 is dispensable for recruitment of parkin to mitochondria. Drp1WT and Drp1KO HeLa cells were transfected with GFP-parkin. Cells were treated with 150 μM actinonin for 6 hours (h), followed by immunodetecting mitochondria (TOM20, red) and parkin (GFP-parkin, green). Nuclei were labeled with DAPI (blue). Cells treated with solvent (DMSO) were used as a treatment control. Representative images were shown, scale bar=25 μm. Cell with mitochondrial parkin (%) in different experimental group was quantified (g, i). One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >100 cells were analyzed."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", ".", "Drp1WT", "and", "Drp1S616D", ",", "but", "not", "Drp1S616A", ",", "rescue", "PINK1", "-", "null", "induced", "crushed", "thorax", "in", "Drosophila", ".", "Representative", "thorax", "images", "of", "PINK1WT", "and", "PINK1", "-", "deficiency", "(", "PINK1KO", ")", "Drosophila", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", ",", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1wt", "(", "Mhc", ">", "hDrp1WT", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", ".", "Images", "were", "taken", "either", "under", "light", "microscopy", "(", "a", ",", "upper", "panels", ",", "yellow", "arrowhead", "indicates", "the", "collapsed", "throax", ")", "or", "SEM", "(", "b", ",", "lower", "panels", ")", ".", "Quantitation", "of", "crushed", "thorax", "is", "shown", "(", "b", ")", ".", ">", "200", "flies", "for", "each", "experiment", "are", "analyzed", ".", "Scale", "bar", "=", "200µm", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "For", "each", "condition", ",", ">", "200", "flies", "were", "quantified", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b). Drp1WT and Drp1S616D, but not Drp1S616A, rescue PINK1-null induced crushed thorax in Drosophila. Representative thorax images of PINK1WT and PINK1-deficiency (PINK1KO) Drosophila expressing either mhc-gal4 (Mhc/+), mhc-gal4 driven human Drp1wt (Mhc>hDrp1WT) or mhc-gal4 driven human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D) are shown. Images were taken either under light microscopy (a, upper panels, yellow arrowhead indicates the collapsed throax) or SEM (b, lower panels). Quantitation of crushed thorax is shown (b). > 200 flies for each experiment are analyzed. Scale bar=200µm. One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. For each condition, >200 flies were quantified."}
{"words": ["(", "c", ")", "Drp1WT", "and", "Drp1S616D", ",", "but", "not", "Drp1S616A", ",", "restore", "abnormal", "ATP", "production", "in", "PINK1", "-", "null", "flies", ".", "ATP", "production", "was", "measured", "using", "muscle", "lysates", "generated", "from", "PINK1WT", "flies", "expressing", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", "(", "as", "a", "control", ")", "and", "PINK1KO", "flies", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", ",", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1wt", "(", "Mhc", ">", "hDrp1wt", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Drp1WT and Drp1S616D, but not Drp1S616A, restore abnormal ATP production in PINK1-null flies. ATP production was measured using muscle lysates generated from PINK1WT flies expressing mhc-gal4 (Mhc/+) (as a control) and PINK1KO flies expressing either mhc-gal4 (Mhc/+), mhc-gal4 driven human Drp1wt (Mhc>hDrp1wt) or mhc-gal4 driven human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D). One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["Drp1WT", "and", "Drp1S616D", ",", "but", "not", "Drp1S616A", ",", "rescue", "mitochondrial", "structures", "in", "PINK1KO", "flies", ".", "Representative", "images", "of", "Mito", "-", "GFP", "(", "green", ")", "labeled", "mitochondria", "(", "d", ")", "from", "PINK1WT", "flies", "expressing", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", "(", "as", "a", "control", ")", "and", "PINK1KO", "flies", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", ",", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1wt", "(", "Mhc", ">", "hDrp1wt", ")", "or", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "μm", "(", "d", ")", "Average", "mitochondrial", "size", "was", "quantified", ",", ">", "3", "flies", "/", "group", "and", "3", "-", "6", "pictures", "of", "different", "microscopic", "fields", "from", "each", "fly", "were", "analyzed", "per", "repeat", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "e", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drp1WT and Drp1S616D, but not Drp1S616A, rescue mitochondrial structures in PINK1KO flies. Representative images of Mito-GFP (green) labeled mitochondria (d) from PINK1WT flies expressing mhc-gal4 (Mhc/+) (as a control) and PINK1KO flies expressing either mhc-gal4 (Mhc/+), Mhc-gal4 driven human Drp1wt (Mhc>hDrp1wt) or Mhc-gal4 driven human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D) are shown. Scale bar=10 μm (d) Average mitochondrial size was quantified, >3 flies/group and 3-6 pictures of different microscopic fields from each fly were analyzed per repeat. One-way ANOVA followed with Tukey's test. *p<0.05, ***p<0.001. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments (e)."}
{"words": ["Drp1WT", "and", "Drp1S616D", ",", "but", "not", "Drp1S616A", ",", "rescue", "mitochondrial", "structures", "in", "PINK1KO", "flies", ".", "Representative", "images", "of", "TEM", "analysis", "(", "f", ")", "of", "IFMs", "from", "PINK1WT", "flies", "expressing", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", "(", "as", "a", "control", ")", "and", "PINK1KO", "flies", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", ",", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1wt", "(", "Mhc", ">", "hDrp1wt", ")", "or", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "μm", "(", "f", ")", ".", "Average", "mitochondrial", "size", "was", "quantified", ",", ">", "3", "flies", "/", "group", "and", "3", "-", "6", "pictures", "of", "different", "microscopic", "fields", "from", "each", "fly", "were", "analyzed", "per", "repeat", ".", "Normal", "and", "abnormal", "mitochondrial", "number", "per", "mm2", "were", "quantified", ".", ">", "3", "flies", "/", "group", "and", "3", "-", "6", "pictures", "of", "different", "microscopic", "fields", "from", "each", "fly", "were", "analyzed", "per", "repeat", ".", "Bars", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "g", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drp1WT and Drp1S616D, but not Drp1S616A, rescue mitochondrial structures in PINK1KO flies. Representative images of TEM analysis (f) of IFMs from PINK1WT flies expressing mhc-gal4 (Mhc/+) (as a control) and PINK1KO flies expressing either mhc-gal4 (Mhc/+), Mhc-gal4 driven human Drp1wt (Mhc>hDrp1wt) or Mhc-gal4 driven human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D) are shown. Scale bar= 1 μm (f). Average mitochondrial size was quantified, >3 flies/group and 3-6 pictures of different microscopic fields from each fly were analyzed per repeat. Normal and abnormal mitochondrial number per mm2 were quantified. >3 flies/group and 3-6 pictures of different microscopic fields from each fly were analyzed per repeat. Bars represent the mean ± SEM of three independent experiments (g)."}
{"words": ["(", "h", ",", "i", ")", ".", "Drp1WT", "and", "Drp1S616D", ",", "but", "not", "Drp1S616A", ",", "suppress", "cell", "death", "in", "PINK1KO", "flies", ".", "Representative", "TUNEL", "staining", "(", "Red", ")", "images", "of", "IFM", "sections", "from", "PINK1WT", "and", "PINK1KO", "flies", "expressing", "either", "Mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", ",", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1wt", "(", "Mhc", ">", "hDrp1WT", ")", "or", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", ".", "Nuclei", "were", "counter", "-", "stained", "with", "DAPI", "(", "blue", ")", ",", "scale", "bar", "=", "10", "μm", ".", "Apoptotic", "cells", "(", "%", ")", "in", "different", "genotype", "flies", "were", "quantified", "(", "i", ")", ".", ">", "5", "flies", "/", "group", "and", "3", "-", "6", "pictures", "of", "different", "microscopic", "fields", "from", "each", "fly", "were", "analyzed", "per", "repeat", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(h, i). Drp1WT and Drp1S616D, but not Drp1S616A, suppress cell death in PINK1KO flies. Representative TUNEL staining (Red) images of IFM sections from PINK1WT and PINK1KO flies expressing either Mhc-gal4 (Mhc/+), Mhc-gal4 driven human Drp1wt (Mhc>hDrp1WT) or Mhc-gal4 driven human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D) are shown. Nuclei were counter-stained with DAPI (blue), scale bar=10 μm. Apoptotic cells (%) in different genotype flies were quantified (i). >5 flies/group and 3-6 pictures of different microscopic fields from each fly were analyzed per repeat.One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "j", ")", ".", "Expression", "and", "phosphorylation", "of", "hDrp1", "in", "Drosophila", ".", "Fly", "muscle", "lysates", "generated", "from", "PINK1WT", "or", "PINK1KO", "flies", "expressing", "mhc", "-", "gal4", "driven", "hDrp1WT", "(", "WT", ")", "and", "hDrp1S616A", "(", "S616A", ")", "were", "immunoblotted", "with", "antibodies", "against", "either", "phospho", "(", "Ser616", ")", "-", "Drp1", "(", "pS616", ")", "(", "to", "detect", "phosphorylated", "hDrp1S616", ")", ",", "Drp1", "(", "to", "detect", "both", "endogenous", "and", "exogenous", "Drp1", ")", ",", "myc", "-", "tag", "(", "to", "detect", "exogenous", "Drp1", ")", ".", "α", "-", "tubulin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", ".", "Flies", "expressing", "mhc", "-", "gal4", "(", "-", ")", "were", "included", "as", "an", "expression", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(j). Expression and phosphorylation of hDrp1 in Drosophila. Fly muscle lysates generated from PINK1WT or PINK1KO flies expressing mhc-gal4 driven hDrp1WT (WT) and hDrp1S616A (S616A) were immunoblotted with antibodies against either phospho(Ser616)-Drp1(pS616) (to detect phosphorylated hDrp1S616), Drp1 (to detect both endogenous and exogenous Drp1), myc-tag (to detect exogenous Drp1). α-tubulin was detected as a loading control. Flies expressing mhc-gal4 (-) were included as an expression control."}
{"words": ["(", "a", ",", "b", ")", ".", "Drp1", "rescues", "PINK1KO", "induced", "collapsed", "thorax", "phenotype", "in", "dATG7", "-", "deficient", "Drosophila", ".", "Representative", "SEM", "images", "of", "thorax", "from", "PINK1WT", ",", "(", "upper", "panels", ")", "and", "PINK1KO", "(", "lower", "panels", ")", "flies", "combined", "with", "dATP7", "deficiency", "(", "dATG7KO", ")", "or", "their", "controls", "(", "dATG7WT", ")", ",", "followed", "by", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", "alone", ",", "or", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1", "(", "Mhc", ">", "hDrp1WT", ")", ",", "mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", "(", "a", ")", ".", "Quantitation", "of", "crushed", "thorax", "in", "flies", "with", "indicated", "genotypes", "is", "presented", "(", "b", ")", ".", ">", "100", "flies", "for", "each", "experiment", "are", "analyzed", ".", "Scale", "bar", "=", "200µm", ".", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a, b). Drp1 rescues PINK1KO induced collapsed thorax phenotype in dATG7-deficient Drosophila. Representative SEM images of thorax from PINK1WT, (upper panels) and PINK1KO (lower panels) flies combined with dATP7 deficiency (dATG7KO) or their controls (dATG7WT), followed by expressing either mhc-gal4 (Mhc/+) alone, or Mhc-gal4 driven expression of human Drp1 (Mhc>hDrp1WT), mhc-gal4 driven expression of human Drp1S616A (Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven expression of human Drp1S616D (Mhc>hDrp1S616D) are shown (a). Quantitation of crushed thorax in flies with indicated genotypes is presented (b). > 100 flies for each experiment are analyzed. Scale bar=200µm. One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments. "}
{"words": ["(", "c", ",", "d", ")", "Drp1", "rescues", "PINK1KO", "induced", "mitochondrial", "defects", "in", "dATG7KO", "Drosophila", ".", "Representative", "TEM", "images", "of", "indirect", "flight", "muscle", "from", "PINK1WT", "(", "upper", "panels", ")", "and", "PINK1KO", "(", "lower", "panels", ")", "flies", "combined", "with", "dATG7KO", "or", "their", "controls", "(", "dATG7WT", ")", ",", "followed", "by", "expressing", "either", "mhc", "-", "gal4", "(", "Mhc", "/", "+", ")", "alone", ",", "or", "Mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1", "(", "Mhc", ">", "hDrp1WT", ")", ",", "mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1S616A", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616A", ")", "or", "mhc", "-", "gal4", "driven", "expression", "of", "human", "Drp1S616D", "(", "Mhc", ">", "hDrp1S616D", ")", "are", "shown", "(", "c", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "1", "μm", ".", "Normal", "and", "abnormal", "mitochondrial", "number", "per", "mm2", "from", "each", "experimental", "group", "were", "and", "quantified", ".", ">", "3", "flies", "/", "group", "and", "3", "-", "6", "pictures", "of", "different", "microscopic", "fields", "from", "each", "fly", "were", "analyzed", "per", "repeat", ".", "Bars", "represent", "the", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "d", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c, d) Drp1 rescues PINK1KO induced mitochondrial defects in dATG7KO Drosophila. Representative TEM images of indirect flight muscle from PINK1WT (upper panels) and PINK1KO (lower panels) flies combined with dATG7KO or their controls (dATG7WT), followed by expressing either mhc-gal4 (Mhc/+) alone, or Mhc-gal4 driven expression of human Drp1(Mhc>hDrp1WT), mhc-gal4 driven expression of human Drp1S616A(Mhc>hDrp1S616A) or mhc-gal4 driven expression of human Drp1S616D(Mhc>hDrp1S616D) are shown (c). Scale bar=1 μm. Normal and abnormal mitochondrial number per mm2 from each experimental group were and quantified. >3 flies/group and 3-6 pictures of different microscopic fields from each fly were analyzed per repeat. Bars represent the mean ± SEM of three independent experiments (d)."}
{"words": ["(", "e", ")", ".", "Drp1", "rescues", "PINK1KO", "induced", "ATP", "reduction", "in", "Drosophila", ".", "ATP", "contents", "of", "thorax", "muscle", "tissues", "from", "the", "indicated", "genotypes", "were", "measured", "and", "normalized", "against", "the", "protein", "levels", "One", "-", "way", "ANOVA", "followed", "with", "Tukey", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "001", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e). Drp1 rescues PINK1KO induced ATP reduction in Drosophila. ATP contents of thorax muscle tissues from the indicated genotypes were measured and normalized against the protein levels One-way ANOVA followed with Tukey's test. ***p<0.001, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "g", ",", "h", ")", ".", "Reduction", "of", "Drp1S616", "phosphorylation", "in", "dermal", "fibroblasts", "derived", "from", "PD", "patients", "with", "PINK1", "mutations", ".", "Lysates", "of", "cells", "derived", "from", "three", "unrelated", "normal", "control", "individuals", "(", "Control", ",", "C", ")", "and", "four", "familial", "PD", "patients", "with", "PINK1", "mutations", "(", "PINK1mutant", ")", "were", "immunoblotted", "with", "antibodies", "recognizing", "either", "phosphor", "-", "Drp1S616", "(", "pS616", ")", "or", "Drp1", "protein", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", "(", "g", ")", ".", "A", "quantitative", "analysis", "of", "phospho", "-", "Drp1S616", "(", "pS616", "/", "Drp1", ")", "is", "shown", "(", "h", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "*", "p", "<", "0", ".", "01", ",", "ns", ":", "no", "significance", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g, h). Reduction of Drp1S616 phosphorylation in dermal fibroblasts derived from PD patients with PINK1 mutations. Lysates of cells derived from three unrelated normal control individuals (Control, C) and four familial PD patients with PINK1 mutations (PINK1mutant) were immunoblotted with antibodies recognizing either phosphor-Drp1S616 (pS616) or Drp1 protein. β-actin was detected as a loading control (g). A quantitative analysis of phospho-Drp1S616 (pS616/Drp1) is shown (h). Student's test. **p<0.01, ns: no significance. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["Drp1S616", "phosphorylation", "in", "dermal", "fibroblasts", "derived", "from", "sporadic", "PD", "patients", ".", "Lysates", "of", "cells", "derived", "from", "five", "unrelated", "normal", "control", "individuals", "(", "Control", ",", "C", ")", "and", "seven", "unrelated", "sporadic", "PD", "patients", "(", "Sporadic", "PD", ",", "SP", ")", "were", "immunoblotted", "with", "antibodies", "recognizing", "either", "phospho", "-", "Drp1S616", "(", "pS616", ")", "or", "Drp1", "protein", ".", "β", "-", "actin", "was", "detected", "as", "a", "loading", "control", "(", "i", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drp1S616 phosphorylation in dermal fibroblasts derived from sporadic PD patients. Lysates of cells derived from five unrelated normal control individuals (Control, C) and seven unrelated sporadic PD patients (Sporadic PD, SP) were immunoblotted with antibodies recognizing either phospho-Drp1S616 (pS616) or Drp1 protein. β-actin was detected as a loading control (i)."}
{"words": ["Drp1S616", "phosphorylation", "in", "dermal", "fibroblasts", "derived", "from", "sporadic", "PD", "patients", ".", "A", "quantitative", "analysis", "of", "phospho", "-", "Drp1S616", "(", "pS616", "/", "Drp1", ")", "in", "sporadic", "cases", "is", "shown", "(", "j", ")", ".", "Student", "'", "s", "test", ".", "*", "p", "<", "0", ".", "05", ".", "Data", "was", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Drp1S616 phosphorylation in dermal fibroblasts derived from sporadic PD patients. A quantitative analysis of phospho-Drp1S616 (pS616/Drp1) in sporadic cases is shown (j). Student's test. *p<0.05. Data was presented as mean ± SEM of three independent experiments."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "endogenous", "p150Glued", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "EB1", "in", "shCTL", "or", "shSTIM1", "ECs", "(", "left", ")", "and", "its", "quantification", "by", "normalized", "densitometry", "(", "right", ")", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "mouse", "IgG", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "assays", ".", "shCTL", "value", "of", "each", "biological", "replicate", "was", "normalized", "on", "itself", "and", "so", "shSTIM1", "experimental", "value", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "and", "shSTIM1", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative Western Blot analysis of the endogenous p150Glued co-immunoprecipitated with EB1 in shCTL or shSTIM1 ECs (left) and its quantification by normalized densitometry (right). Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty mouse IgG. Results are the average ± SD of three independent assays. shCTL value of each biological replicate was normalized on itself and so shSTIM1 experimental value. Results were analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL and shSTIM1 p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "of", "three", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "p150Glued", ",", "light", "-", "intermediate", "chain", "(", "LIC", ")", "of", "cytoplasmic", "dynein", "1", "and", "EB1", "immunoprecipitated", "with", "STIM1", "in", "wild", "-", "type", "ECs", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "rabbit", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Representative of three Western Blot analysis of endogenous p150Glued, light-intermediate chain (LIC) of cytoplasmic dynein 1 and EB1 immunoprecipitated with STIM1 in wild-type ECs. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty rabbit IgG. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "of", "three", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "p150Glued", ",", "light", "-", "intermediate", "chain", "(", "LIC", ")", "of", "cytoplasmic", "dynein", "1", "and", "EB1", "immunoprecipitated", "with", "STIM1", "in", "wild", "-", "type", "ECs", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "rabbit", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative of three Western Blot analysis of endogenous p150Glued, light-intermediate chain (LIC) of cytoplasmic dynein 1 and EB1 immunoprecipitated with STIM1 in wild-type ECs. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty rabbit IgG."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "increasing", "amount", "of", "GST", "-", "STIM1", "(", "cytoplasmic", "domain", ")", "pulled", "down", "by", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "-", "V5", "-", "coated", "beads", ",", "in", "absence", "or", "presence", "of", "FLAG", "-", "EB1", "C", "-", "terminal", ".", "Colors", "label", "the", "protein", "as", "in", "(", "c", ")", ".", "Negative", "control", "was", "performed", "using", "equal", "amount", "of", "empty", "GST", "protein", ",", "together", "with", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(D) Representative Western Blot analysis of increasing amount of GST-STIM1 (cytoplasmic domain) pulled down by Cap-Gly-CC1-p150Glued-V5-coated beads, in absence or presence of FLAG-EB1 C-terminal. Colors label the protein as in (c). Negative control was performed using equal amount of empty GST protein, together with Cap-Gly-CC1-p150Glued."}
{"words": ["(", "E", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "mCherry", "-", "p150Glued", "WT", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "GFP", "-", "STIM1", "WT", ",", "NN", ",", "ΔCC1", "-", "3", "/", "WT", "(", "ΔCC", "/", "WT", ")", "or", "ΔCC1", "-", "3", "/", "NN", "(", "ΔCC", "/", "NN", ")", "in", "co", "-", "transfected", "HEK", "293T", "cells", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "from", "HEK", "293T", "co", "-", "transfected", "with", "an", "empty", "GFP", "vector", "together", "with", "mCherry", "-", "P150Glued", "WT", "with", "pre", "-", "cleared", "protein", "A", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "the", "rabbit", "GFP", "antibody", ".", "Below", ",", "its", "quantification", "by", "normalized", "densitometry", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "assays", ".", "The", "value", "of", "P150Glued", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "from", "each", "biological", "replicate", "was", "normalized", "on", "itself", "and", "so", "those", "immunoprecipitated", "with", "GFP", "-", "STIM1", "NN", ",", "ΔCC", "/", "WT", "or", "ΔCC", "/", "NN", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "STIM1", "WT", "and", "NN", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "STIM1", "WT", "and", "ΔCC", "/", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "and", "for", "STIM1", "WT", "and", "ΔCC", "/", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Representative Western Blot analysis of mCherry-p150Glued WT co-immunoprecipitated with GFP-STIM1 WT, NN, ΔCC1-3/WT (ΔCC/WT) or ΔCC1-3/NN (ΔCC/NN) in co-transfected HEK 293T cells. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate from HEK 293T co-transfected with an empty GFP vector together with mCherry-P150Glued WT with pre-cleared protein A or G-Sepharose and the rabbit GFP antibody. Below, its quantification by normalized densitometry. Results are the average ± SD of three independent assays. The value of P150Glued co-immunoprecipitated with GFP-STIM1 WT from each biological replicate was normalized on itself and so those immunoprecipitated with GFP-STIM1 NN, ΔCC/WT or ΔCC/NN. Results were analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for STIM1 WT and NN p> 0.05 not significant (ns), for STIM1 WT and ΔCC/WT p> 0.05 not significant (ns) and for STIM1 WT and ΔCC/NN p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "GST", "-", "STIM1", "(", "cytoplasmic", "domain", ")", "pulled", "down", "by", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "-", "V5", "-", "coated", "beads", ",", "in", "presence", "of", "FLAG", "-", "EB1", "C", "-", "terminal", "WT", "or", "ΔY", ".", "Negative", "control", "was", "performed", "using", "equal", "amount", "of", "empty", "GST", "protein", ",", "together", "with", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0], "text": " (F) Representative Western Blot analysis of GST-STIM1 (cytoplasmic domain) pulled down by Cap-Gly-CC1-p150Glued-V5-coated beads, in presence of FLAG-EB1 C-terminal WT or ΔY. Negative control was performed using equal amount of empty GST protein, together with Cap-Gly-CC1-p150Glued. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "GST", "-", "STIM1", "(", "cytoplasmic", "domain", ")", "pulled", "down", "by", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "-", "V5", "-", "coated", "beads", ",", "in", "presence", "of", "FLAG", "-", "EB1", "C", "-", "terminal", "WT", "or", "ΔY", ".", "Negative", "control", "was", "performed", "using", "equal", "amount", "of", "empty", "GST", "protein", ",", "together", "with", "Cap", "-", "Gly", "-", "CC1", "-", "p150Glued", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(F) Representative Western Blot analysis of GST-STIM1 (cytoplasmic domain) pulled down by Cap-Gly-CC1-p150Glued-V5-coated beads, in presence of FLAG-EB1 C-terminal WT or ΔY. Negative control was performed using equal amount of empty GST protein, together with Cap-Gly-CC1-p150Glued."}
{"words": ["(", "G", ")", "Confocal", "microscopy", "analysis", "of", "wild", "-", "type", "ECs", ",", "transiently", "transfected", "with", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "or", ",", "NN", "or", "ΔCC1", "-", "3", "/", "WT", "(", "ΔCC", "/", "WT", ")", "together", "with", "mCherry", "-", "P150Glued", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "μm", ".", "Right", "insets", "are", "shown", "to", "highlight", "MT", "-", "bound", "p150Glued", "+", "punctae", "(", "arrows", ")", ",", "colocalized", "with", "STIM1", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", ".", "(", "H", ")", "Average", "number", "of", "the", "mCherry", "-", "P150Glued", "+", "punctae", "in", "the", "same", "cells", "as", "in", "(", "g", ")", ".", "Counts", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "150", "punctae", "(", "30", "cells", ")", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "STIM1", "WT", "and", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "STIM1", "WT", "and", "ΔCC", "/", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ".", "(", "I", ")", "Co", "-", "localization", "analysis", "of", "mCherry", "-", "P150Glued", "with", "GFP", "-", "STIM1", "WT", ",", "NN", "or", "ΔCC1", "-", "3", "/", "WT", "(", "ΔCC", "/", "WT", ")", ",", "transiently", "co", "-", "transfected", "in", "ECs", ",", "as", "in", "(", "g", ")", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "150", "punctae", "(", "30", "cells", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "STIM1", "WT", "and", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "STIM1", "WT", "and", "ΔCC", "/", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Confocal microscopy analysis of wild-type ECs, transiently transfected with GFP-STIM1 WT or, NN or ΔCC1-3/WT (ΔCC/WT) together with mCherry-P150Glued. Scale bar = 10 μm. Right insets are shown to highlight MT-bound p150Glued+ punctae (arrows), colocalized with STIM1. Scale bar = 5 μm. (H) Average number of the mCherry-P150Glued+ punctae in the same cells as in (g). Counts are the average ± SEM of three independent experiments for a total of 150 punctae (30 cells). Results were analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for STIM1 WT and NN p≤ 0,001 *** and for STIM1 WT and ΔCC/WT p> 0.05 not significant (ns). (I) Co-localization analysis of mCherry-P150Glued with GFP-STIM1 WT, NN or ΔCC1-3/WT (ΔCC/WT), transiently co-transfected in ECs, as in (g). Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total of 150 punctae (30 cells) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for STIM1 WT and NN p≤ 0,001 *** and for STIM1 WT and ΔCC/WT p> 0.05 not significant (ns). "}
{"words": ["(", "G", ")", "Confocal", "microscopy", "analysis", "of", "wild", "-", "type", "ECs", ",", "transiently", "transfected", "with", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "or", ",", "NN", "or", "ΔCC1", "-", "3", "/", "WT", "(", "ΔCC", "/", "WT", ")", "together", "with", "mCherry", "-", "P150Glued", ".", "Scale", "bar", "=", "10", "μm", ".", "Right", "insets", "are", "shown", "to", "highlight", "MT", "-", "bound", "p150Glued", "+", "punctae", "(", "arrows", ")", ",", "colocalized", "with", "STIM1", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Confocal microscopy analysis of wild-type ECs, transiently transfected with GFP-STIM1 WT or, NN or ΔCC1-3/WT (ΔCC/WT) together with mCherry-P150Glued. Scale bar = 10 μm. Right insets are shown to highlight MT-bound p150Glued+ punctae (arrows), colocalized with STIM1. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "to", "visualize", "LEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1) and stained for endogenous LAMP-1 (in green) to visualize LEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Distribution", "of", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "249", "endosomes", "(", "15", "siCTL", "cells", ")", "and", "441", "endosomes", "(", "13", "siSTIM1", "cells", ")", ".", "In", "the", "right", "inset", ",", "the", "cumulative", "distribution", "used", "for", "the", "Kolmogorov", "-", "Smirnov", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "is", "shown", ".", "The", "p", "-", "value", "refers", "to", "the", "rejection", "of", "the", "null", "hypothesis", "in", "favor", "of", "the", "alternative", "hypothesis", "that", "siCTL", "LE", "distribution", "has", "longer", "tail", "than", "siSTIM1", "LE", "one", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Distribution of size, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 249 endosomes (15 siCTL cells) and 441 endosomes (13 siSTIM1 cells). In the right inset, the cumulative distribution used for the Kolmogorov-Smirnov test, p≤ 0,001 ***, is shown. The p-value refers to the rejection of the null hypothesis in favor of the alternative hypothesis that siCTL LE distribution has longer tail than siSTIM1 LE one."}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "249", "late", "endosomes", "in", "15", "siCTL", "cells", "(", "16", "±", "2", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "441", "late", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "34", "±", "3", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Average number, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total of 249 late endosomes in 15 siCTL cells (16 ± 2 endosomes per cell) and 441 late endosomes in 13 siSTIM1 cells (34 ± 3 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "249", "late", "endosomes", "in", "15", "siCTL", "cells", "(", "16", "±", "2", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "441", "late", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "34", "±", "3", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 249 late endosomes in 15 siCTL cells (16 ± 2 endosomes per cell) and 441 late endosomes in 13 siSTIM1 cells (34 ± 3 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "E", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "shSTIM1", ")", ",", "rescued", "for", "GFP", "expression", "alone", "(", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", ")", "or", "for", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", ")", ",", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", ")", "or", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "LEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (shSTIM1), rescued for GFP expression alone (shCTL/GFP and shSTIM1/GFP) or for GFP- STIM1 WT (shSTIM1/GFP-STIM1 WT), GFP- STIM1 NN (shSTIM1/GFP-STIM1 NN) or GFP- STIM1 AA (shSTIM1/GFP-STIM1 AA) and stained for endogenous LAMP-1 (in red) to visualize LEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Upper", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "498", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "Lower", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "498", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1057", "late", "endosomes", "in", "11", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "96", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "346", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "35", "±", "2", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Upper panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell) and 498 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (50 ± 5 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 *** (orange) and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 *** (green). Lower panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from of two independent experiments for a total of 498 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (50 ± 5 endosomes per cell), 1057 late endosomes in 11 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (96 ± 12 endosomes per cell) and 346 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (35 ± 2 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for shSTIM1/GFP-STIM1 WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 * (orange) and for shSTIM1/GFP-STIM1 NN and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p≤ 0,05 * (green). "}
{"words": ["(", "F", ")", "Upper", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "498", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "Lower", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "498", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1057", "late", "endosomes", "in", "11", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "96", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "346", "late", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "35", "±", "2", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Upper panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell) and 498 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (50 ± 5 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 *** (orange) and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 *** (green). Lower panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from of two independent experiments for a total of 498 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (50 ± 5 endosomes per cell), 1057 late endosomes in 11 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (96 ± 12 endosomes per cell) and 346 late endosomes in 10 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (35 ± 2 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for shSTIM1/GFP-STIM1 WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 * (orange) and for shSTIM1/GFP-STIM1 NN and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p≤ 0,05 * (green)."}
{"words": ["(", "G", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "615", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "51", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1278", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "106", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "506", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "42", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Average size, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell), 615 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (51 ± 5 endosomes per cell), 1278 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (106 ± 15 endosomes per cell) and 506 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (42 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 ***, for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p> 0.05 not significant (ns). "}
{"words": ["(", "G", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "615", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "51", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1278", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "106", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "506", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "42", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Average size, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell), 615 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (51 ± 5 endosomes per cell), 1278 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (106 ± 15 endosomes per cell) and 506 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (42 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 ***, for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p> 0.05 not significant (ns)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "615", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "51", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1278", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "106", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "506", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "42", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (H) Average number, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell), 615 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (51 ± 5 endosomes per cell), 1278 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (106 ± 15 endosomes per cell) and 506 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (42 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 ***, for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 *, for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,01 ** and for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p> 0.05 not significant (ns). "}
{"words": ["(", "H", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "436", "late", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "34", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1452", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "121", "±", "13", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "615", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "51", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1278", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "106", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "506", "late", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "cells", "(", "42", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "AA", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Average number, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total of 436 late endosomes in 13 shCTL/GFP cells (34 ± 6 endosomes per cell), 1452 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP cells (121 ± 13 endosomes per cell), 615 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (51 ± 5 endosomes per cell), 1278 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (106 ± 15 endosomes per cell) and 506 late endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 AA cells (42 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 ***, for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 *, for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,01 ** and for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 AA p> 0.05 not significant (ns)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "Rab5", "(", "in", "green", ")", "and", "EEA", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1) and stained for endogenous Rab5 (in green) and EEA-1 (in red) to visualize EEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "Rab5", "(", "in", "green", ")", "and", "EEA", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1) and stained for endogenous Rab5 (in green) and EEA-1 (in red) to visualize EEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "as", "in", "a", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "4483", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "299", "±", "33", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2454", "early", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "189", "±", "17", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Average size, normalized on cell size, of EEA-1+ endosomes as in a. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total 4483 early endosomes in 18 siCTL cells (299 ± 33 endosomes per cell) and 2454 early endosomes in 13 siSTIM1 cells (189 ± 17 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "as", "in", "a", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "4483", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "299", "±", "33", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2454", "early", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "189", "±", "17", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Average size, normalized on cell size, of EEA-1+ endosomes as in a. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total 4483 early endosomes in 18 siCTL cells (299 ± 33 endosomes per cell) and 2454 early endosomes in 13 siSTIM1 cells (189 ± 17 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "as", "in", "a", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "4483", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "299", "±", "33", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2454", "early", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "189", "±", "17", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Average number, normalized on cell size, of EEA-1+ endosomes as in a. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total 4483 early endosomes in 18 siCTL cells (299 ± 33 endosomes per cell) and 2454 early endosomes in 13 siSTIM1 cells (189 ± 17 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,01 **. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "as", "in", "a", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "4483", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "299", "±", "33", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2454", "early", "endosomes", "in", "13", "siSTIM1", "cells", "(", "189", "±", "17", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Average number, normalized on cell size, of EEA-1+ endosomes as in a. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total 4483 early endosomes in 18 siCTL cells (299 ± 33 endosomes per cell) and 2454 early endosomes in 13 siSTIM1 cells (189 ± 17 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,01 **."}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV1", "and", "EV2", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "60", "seconds", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "903", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "935", "early", "endosomes", "in", "20", "siSTIM1", "cells", "(", "47", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV1 and EV2) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 60 seconds. Results are from three independent experiments for a total of 903 early endosomes in 18 siCTL cells (50 ± 5 endosomes per cell) and 935 early endosomes in 20 siSTIM1 cells (47 ± 9 endosomes per cell). Data are analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,01 **. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV1", "and", "EV2", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "60", "seconds", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "903", "early", "endosomes", "in", "18", "siCTL", "cells", "(", "50", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "935", "early", "endosomes", "in", "20", "siSTIM1", "cells", "(", "47", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV1 and EV2) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 60 seconds. Results are from three independent experiments for a total of 903 early endosomes in 18 siCTL cells (50 ± 5 endosomes per cell) and 935 early endosomes in 20 siSTIM1 cells (47 ± 9 endosomes per cell). Data are analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,01 **."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "shSTIM1", ")", ",", "rescued", "for", "GFP", "expression", "alone", "(", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", ")", "or", "for", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", ")", "or", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (shSTIM1), rescued for GFP expression alone (shCTL/GFP and shSTIM1/GFP) or for GFP-STIM1 WT (shSTIM1/GFP-STIM1 WT) or GFP- STIM1 NN (shSTIM1/GFP-STIM1 NN) and stained for endogenous EEA-1 (in red) to visualize EEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "shSTIM1", ")", ",", "rescued", "for", "GFP", "expression", "alone", "(", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", ")", "or", "for", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", ")", "or", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "(", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (shSTIM1), rescued for GFP expression alone (shCTL/GFP and shSTIM1/GFP) or for GFP-STIM1 WT (shSTIM1/GFP-STIM1 WT) or GFP- STIM1 NN (shSTIM1/GFP-STIM1 NN) and stained for endogenous EEA-1 (in red) to visualize EEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Upper", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "Lower", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Upper panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from two independent experiments for a total of 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell) and 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 *** (orange) and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 *** (green). Lower panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from two independent experiments for a total of 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Upper", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "Lower", "panel", ",", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Upper panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from two independent experiments for a total of 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell) and 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 *** (orange) and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p≤ 0,001 *** (green). Lower panel, Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from two independent experiments for a total of 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Average size, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell), 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 *. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Average", "size", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Average size, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell), 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,001 ***, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "D", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Average number, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell), 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,01 **, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Average", "number", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "a", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "830", "early", "endosomes", "in", "13", "shCTL", "/", "GFP", "cells", "(", "64", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "719", "early", "endosomes", "in", "10", "shSTIM1", "/", "GFP", "cells", "(", "60", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "820", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "cells", "(", "68", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "400", "early", "endosomes", "in", "12", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "cells", "(", "33", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", ",", "for", "shCTL", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "WT", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", ",", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM", "WT", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "and", "for", "shSTIM1", "/", "GFP", "and", "shSTIM1", "/", "GFP", "-", "STIM1", "NN", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Average number, normalized on cell size, quantified by image (as in a) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are the average ± SEM of two independent experiments for a total 830 early endosomes in 13 shCTL/GFP cells (64 ± 6 endosomes per cell), 719 early endosomes in 10 shSTIM1/GFP cells (60 ± 6 endosomes per cell), 820 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 WT cells (68 ± 6 endosomes per cell) and 400 early endosomes in 12 shSTIM1/GFP-STIM1 NN cells (33 ± 7 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP p≤ 0,01 **, for shCTL/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 WT p> 0.05 not significant (ns), for shSTIM1/GFP-STIM WT and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 *** and for shSTIM1/GFP and shSTIM1/GFP-STIM1 NN p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "E", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "untreated", "ECs", "(", "UT", ")", "or", "treated", "with", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Confocal microscopy images of untreated ECs (UT) or treated with Ciliobrevin D (CilioD) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "untreated", "ECs", "(", "UT", ")", "or", "treated", "with", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Confocal microscopy images of untreated ECs (UT) or treated with Ciliobrevin D (CilioD) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", "and", "EV4", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "treatment", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "and", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "untreated", "(", "UT", ")", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "657", "early", "endosomes", "in", "9", "CilioD", "cells", "(", "73", "±", "23", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3 and EV4) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during Ciliobrevin D (CilioD) treatment. Results are from three independent experiments for a total of and 853 early endosomes in 6 untreated (UT) cells (142 ±22 endosomes per cell) and 657 early endosomes in 9 CilioD cells (73 ± 23 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", "and", "EV4", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "treatment", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "and", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "untreated", "(", "UT", ")", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "657", "early", "endosomes", "in", "9", "CilioD", "cells", "(", "73", "±", "23", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3 and EV4) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during Ciliobrevin D (CilioD) treatment. Results are from three independent experiments for a total of and 853 early endosomes in 6 untreated (UT) cells (142 ±22 endosomes per cell) and 657 early endosomes in 9 CilioD cells (73 ± 23 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "G", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "432", "late", "endosomes", "in", "12", "untreated", "(", "UT", ")", "cells", "(", "36", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1184", "late", "endosomes", "in", "18", "CilioD", "cells", "(", "66", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 432 late endosomes in 12 untreated (UT) cells (36 ± 9 endosomes per cell) and 1184 late endosomes in 18 CilioD cells (66 ± 9 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "G", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "e", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "432", "late", "endosomes", "in", "12", "untreated", "(", "UT", ")", "cells", "(", "36", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1184", "late", "endosomes", "in", "18", "CilioD", "cells", "(", "66", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in e) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of LAMP-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 432 late endosomes in 12 untreated (UT) cells (36 ± 9 endosomes per cell) and 1184 late endosomes in 18 CilioD cells (66 ± 9 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "A", ")", "mRNA", "levels", "of", "KIFC1", ",", "KIFC2", "and", "KIFC3", "in", "ECs", ".", "Values", "are", "normalized", "on", "GAPDH", "mRNA", "levels", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "KIFC1", "and", "KIFC2", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "and", "for", "KIFC1", "and", "KIFC3", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) mRNA levels of KIFC1, KIFC2 and KIFC3 in ECs. Values are normalized on GAPDH mRNA levels. Results are the average ± SD of three independent experiments and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for KIFC1 and KIFC2 p≤ 0,01 ** and for KIFC1 and KIFC3 p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "KIFC1", "and", "STIM1", "proteins", "(", "both", "normalized", "on", "total", "tubulin", "levels", ")", "in", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "KIFC1", "(", "siKIFC1", ")", "or", "two", "control", "siRNAs", "(", "siCTLsiCTL", ")", "or", "two", "targeting", "KIFC1", "and", "STIM1", "(", "siKIFC1siSTIM1", ")", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siKIFC1", ",", "KIFC1", "expression", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", ",", "STIM1", "expression", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "ns", ")", "and", "for", "siCTLsiCTL", "and", "siKIFC1siSTIM1", ",", "KIFC1", "expression", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", ",", "STIM1", "expression", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative Western Blot analysis of endogenous KIFC1 and STIM1 proteins (both normalized on total tubulin levels) in ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting KIFC1 (siKIFC1) or two control siRNAs (siCTLsiCTL) or two targeting KIFC1 and STIM1 (siKIFC1siSTIM1). Results are the average ± SD of three independent experiments and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for siCTL and siKIFC1, KIFC1 expression p≤ 0,001 ***, STIM1 expression p> 0.05 not significant (ns) and for siCTLsiCTL and siKIFC1siSTIM1, KIFC1 expression p≤ 0,01 **, STIM1 expression p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "C", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "KIFC1", "(", "siKIFC1", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", "or", "two", "targeting", "both", "(", "siKIFC1siSTIM1", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting KIFC1 (siKIFC1) or one targeting STIM1 (siSTIM1) or two targeting both (siKIFC1siSTIM1) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "KIFC1", "(", "siKIFC1", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", "or", "two", "targeting", "both", "(", "siKIFC1siSTIM1", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting KIFC1 (siKIFC1) or one targeting STIM1 (siSTIM1) or two targeting both (siKIFC1siSTIM1) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "c", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "in", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "4091", "early", "endosomes", "in", "19", "siCTL", "cells", "(", "215", "±", "20", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2275", "early", "endosomes", "in", "20", "siKIFC1", "cells", "(", "114", "±", "10", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in c) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes in siCTL and siKIFC1 ECs. Results are from three independent experiments for a total of 4091 early endosomes in 19 siCTL cells (215 ± 20 endosomes per cell) and 2275 early endosomes in 20 siKIFC1 cells (114 ± 10 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "c", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", "in", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "4091", "early", "endosomes", "in", "19", "siCTL", "cells", "(", "215", "±", "20", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2275", "early", "endosomes", "in", "20", "siKIFC1", "cells", "(", "114", "±", "10", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in c) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes in siCTL and siKIFC1 ECs. Results are from three independent experiments for a total of 4091 early endosomes in 19 siCTL cells (215 ± 20 endosomes per cell) and 2275 early endosomes in 20 siKIFC1 cells (114 ± 10 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "E", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "c", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "4091", "early", "endosomes", "in", "19", "siCTL", "cells", "(", "215", "±", "20", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "2275", "early", "endosomes", "in", "20", "siKIFC1", "cells", "(", "114", "±", "10", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "3257", "early", "endosomes", "in", "18", "siKIFC1", "/", "siSTIM1", "cells", "(", "181", "±", "14", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "siKIFC1", "and", "siSTIM1", "/", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "On", "the", "right", "-", "hand", "side", "of", "the", "plot", ",", "colored", "bands", "represent", "the", "average", "cell", "diameter", ",", "significantly", "changing", "throughout", "the", "conditions", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "orange", "ns", ")", "and", "for", "siKIFC1", "and", "siSTIM1", "/", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Distribution of distance to nucleus quantified by image (as in c) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 4091 early endosomes in 19 siCTL cells (215 ± 20 endosomes per cell), 2275 early endosomes in 20 siKIFC1 cells (114 ± 10 endosomes per cell) and 3257 early endosomes in 18 siKIFC1/siSTIM1 cells (181 ± 14 endosomes per cell). Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siKIFC1 ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for siKIFC1 and siSTIM1/siKIFC1 ECs p≤ 0,001 *** (green). On the right-hand side of the plot, colored bands represent the average cell diameter, significantly changing throughout the conditions. Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for siCTL and siKIFC1 ECs p> 0.05 not significant (orange ns) and for siKIFC1 and siSTIM1/siKIFC1 ECs p≤ 0,01 ** (green). "}
{"words": ["(", "E", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "c", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "4091", "early", "endosomes", "in", "19", "siCTL", "cells", "(", "215", "±", "20", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "2275", "early", "endosomes", "in", "20", "siKIFC1", "cells", "(", "114", "±", "10", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "3257", "early", "endosomes", "in", "18", "siKIFC1", "/", "siSTIM1", "cells", "(", "181", "±", "14", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "siKIFC1", "and", "siSTIM1", "/", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "On", "the", "right", "-", "hand", "side", "of", "the", "plot", ",", "colored", "bands", "represent", "the", "average", "cell", "diameter", ",", "significantly", "changing", "throughout", "the", "conditions", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "01", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siKIFC1", "ECs", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "orange", "ns", ")", "and", "for", "siKIFC1", "and", "siSTIM1", "/", "siKIFC1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Distribution of distance to nucleus quantified by image (as in c) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 4091 early endosomes in 19 siCTL cells (215 ± 20 endosomes per cell), 2275 early endosomes in 20 siKIFC1 cells (114 ± 10 endosomes per cell) and 3257 early endosomes in 18 siKIFC1/siSTIM1 cells (181 ± 14 endosomes per cell). Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siKIFC1 ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for siKIFC1 and siSTIM1/siKIFC1 ECs p≤ 0,001 *** (green). On the right-hand side of the plot, colored bands represent the average cell diameter, significantly changing throughout the conditions. Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,01; Bonferroni for siCTL and siKIFC1 ECs p> 0.05 not significant (orange ns) and for siKIFC1 and siSTIM1/siKIFC1 ECs p≤ 0,01 ** (green)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "untreated", "(", "UT", ")", "or", "treated", "with", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "or", "AZ82", "or", "both", "treatments", "simultaneously", "(", "CilioD", "+", "AZ82", ")", "ECs", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "Draq5", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Confocal microscopy images of untreated (UT) or treated with Ciliobrevin D (CilioD) or AZ82 or both treatments simultaneously (CilioD + AZ82) ECs and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and Draq5 (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "untreated", "(", "UT", ")", "or", "treated", "with", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", ")", "or", "AZ82", "or", "both", "treatments", "simultaneously", "(", "CilioD", "+", "AZ82", ")", "ECs", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "Draq5", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal microscopy images of untreated (UT) or treated with Ciliobrevin D (CilioD) or AZ82 or both treatments simultaneously (CilioD + AZ82) ECs and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and Draq5 (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "B", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", "and", "EV5", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "AZ82", "treatment", "in", "ECs", ",", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "untreated", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "355", "early", "endosomes", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "51", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3 and EV5) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during AZ82 treatment in ECs, compared to untreated cells (UT). Results are from two independent experiments for a total of 853 early endosomes in 6 untreated cells (142 ± 22 endosomes per cell) and 355 early endosomes in 7 AZ82 cells (51±12 endosomes per cell). Data are analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", "and", "EV5", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "AZ82", "treatment", "in", "ECs", ",", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "untreated", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "355", "early", "endosomes", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "51", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3 and EV5) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during AZ82 treatment in ECs, compared to untreated cells (UT). Results are from two independent experiments for a total of 853 early endosomes in 6 untreated cells (142 ± 22 endosomes per cell) and 355 early endosomes in 7 AZ82 cells (51±12 endosomes per cell). Data are analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "C", ")", "Distribution", "of", "retrograde", "velocity", "overtime", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", ",", "EV4", "and", "EV5", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", "D", ")", "or", "AZ82", "treatment", "in", "ECs", ",", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "580", "EEs", "in", "6", "UT", "cells", "(", "97", "±", "18", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "432", "EEs", "in", "9", "CilioD", "cells", "(", "48", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "223", "EEs", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "32", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "CilioD", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "and", "for", "UT", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Distribution of retrograde velocity overtime, quantified by image (data correspond to movies EV3, EV4 and EV5) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during Ciliobrevin D (CilioD D) or AZ82 treatment in ECs, compared to untreated cells (UT). Results are from three independent experiments for a total of 580 EEs in 6 UT cells (97 ± 18 endosomes per cell), 432 EEs in 9 CilioD cells (48 ± 15 endosomes per cell) and from two independent experiments for a total of 223 EEs in 7 AZ82 cells (32 ± 6 endosomes per cell). Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and CilioD treated ECs p≤ 0,01 ** and for UT and AZ82 treated ECs p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Distribution", "of", "retrograde", "velocity", "overtime", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", ",", "EV4", "and", "EV5", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "Ciliobrevin", "D", "(", "CilioD", "D", ")", "or", "AZ82", "treatment", "in", "ECs", ",", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "580", "EEs", "in", "6", "UT", "cells", "(", "97", "±", "18", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "432", "EEs", "in", "9", "CilioD", "cells", "(", "48", "±", "15", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "223", "EEs", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "32", "±", "6", "endosomes", "per", "cell", ")", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "CilioD", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "and", "for", "UT", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Distribution of retrograde velocity overtime, quantified by image (data correspond to movies EV3, EV4 and EV5) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during Ciliobrevin D (CilioD D) or AZ82 treatment in ECs, compared to untreated cells (UT). Results are from three independent experiments for a total of 580 EEs in 6 UT cells (97 ± 18 endosomes per cell), 432 EEs in 9 CilioD cells (48 ± 15 endosomes per cell) and from two independent experiments for a total of 223 EEs in 7 AZ82 cells (32 ± 6 endosomes per cell). Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and CilioD treated ECs p≤ 0,01 ** and for UT and AZ82 treated ECs p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", ",", "EV5", "and", "EV6", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "AZ82", "treatment", "(", "as", "in", "b", ")", ",", "alone", "or", "in", "combination", "with", "CilioD", "treatment", "(", "CilioD", "+", "AZ82", ")", ",", "compared", "to", "untreated", "EC", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "UT", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "355", "EEs", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "51", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1106", "EEs", "in", "8", "CilioD", "+", "AZ82", "cells", "(", "136", "±", "42", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "CilioD", "and", "CilioD", "+", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3, EV5 and EV6) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during AZ82 treatment (as in b), alone or in combination with CilioD treatment (CilioD + AZ82), compared to untreated EC cells (UT). Results are from two independent experiments for a total of 853 early endosomes in 6 UT cells (142 ±22 endosomes per cell), 355 EEs in 7 AZ82 cells (51 ± 12 endosomes per cell) and 1106 EEs in 8 CilioD+AZ82 cells (136 ± 42 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and AZ82 treated ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for CilioD and CilioD + AZ82 treated ECs p≤ 0,001 *** (green). "}
{"words": ["(", "D", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "overtime", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "data", "correspond", "to", "movies", "EV3", ",", "EV5", "and", "EV6", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Live", "imaging", "experiments", ")", "of", "Rab5", "+", "endosomes", ",", "appearing", "for", "30", "seconds", ",", "during", "AZ82", "treatment", "(", "as", "in", "b", ")", ",", "alone", "or", "in", "combination", "with", "CilioD", "treatment", "(", "CilioD", "+", "AZ82", ")", ",", "compared", "to", "untreated", "EC", "cells", "(", "UT", ")", ".", "Results", "are", "from", "two", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "853", "early", "endosomes", "in", "6", "UT", "cells", "(", "142", "±", "22", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "355", "EEs", "in", "7", "AZ82", "cells", "(", "51", "±", "12", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1106", "EEs", "in", "8", "CilioD", "+", "AZ82", "cells", "(", "136", "±", "42", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "CilioD", "and", "CilioD", "+", "AZ82", "treated", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Distribution of distance to nucleus overtime, normalized on cell size, quantified by image (data correspond to movies EV3, EV5 and EV6) segmentation (see Material and Method, Live imaging experiments) of Rab5+ endosomes, appearing for 30 seconds, during AZ82 treatment (as in b), alone or in combination with CilioD treatment (CilioD + AZ82), compared to untreated EC cells (UT). Results are from two independent experiments for a total of 853 early endosomes in 6 UT cells (142 ±22 endosomes per cell), 355 EEs in 7 AZ82 cells (51 ± 12 endosomes per cell) and 1106 EEs in 8 CilioD+AZ82 cells (136 ± 42 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and AZ82 treated ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for CilioD and CilioD + AZ82 treated ECs p≤ 0,001 *** (green)."}
{"words": ["(", "A", ")", "Representative", "of", "three", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "light", "-", "intermediate", "chain", "(", "LIC", ")", "of", "cytoplasmic", "dynein", "1", ",", "KIFC1", "and", "p150Glued", "immunoprecipitated", "with", "HOOK1", "in", "wild", "-", "type", "ECs", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "rabbit", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Representative of three Western Blot analysis of endogenous light-intermediate chain (LIC) of cytoplasmic dynein 1, KIFC1 and p150Glued immunoprecipitated with HOOK1 in wild-type ECs. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty rabbit IgG."}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "of", "three", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "p150Glued", ",", "HOOK3", "and", "p50", "(", "or", "Dynamitin", ")", "immunoprecipitated", "with", "KIFC1", "in", "wild", "-", "type", "ECs", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "mouse", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (B) Representative of three Western Blot analysis of endogenous p150Glued, HOOK3 and p50 (or Dynamitin) immunoprecipitated with KIFC1 in wild-type ECs. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty mouse IgG. "}
{"words": ["(", "B", ")", "Representative", "of", "three", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "p150Glued", ",", "HOOK3", "and", "p50", "(", "or", "Dynamitin", ")", "immunoprecipitated", "with", "KIFC1", "in", "wild", "-", "type", "ECs", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "mouse", "IgG", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) Representative of three Western Blot analysis of endogenous p150Glued, HOOK3 and p50 (or Dynamitin) immunoprecipitated with KIFC1 in wild-type ECs. Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty mouse IgG."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "HOOK1", "or", "HOOK3", "and", "total", "tubulin", "proteins", "in", "ECs", ",", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK1", "(", "siHOOK1", ";", "on", "the", "left", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK3", "(", "siHOOK3", ";", "on", "the", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Representative Western Blot analysis of endogenous HOOK1 or HOOK3 and total tubulin proteins in ECs, silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting HOOK1 (siHOOK1; on the left) or one targeting HOOK3 (siHOOK3; on the right). "}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "HOOK1", "or", "HOOK3", "and", "total", "tubulin", "proteins", "in", "ECs", ",", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK1", "(", "siHOOK1", ";", "on", "the", "left", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK3", "(", "siHOOK3", ";", "on", "the", "right", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative Western Blot analysis of endogenous HOOK1 or HOOK3 and total tubulin proteins in ECs, silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting HOOK1 (siHOOK1; on the left) or one targeting HOOK3 (siHOOK3; on the right)."}
{"words": ["(", "D", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK1", "(", "siHOOK1", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK3", "(", "siHOOK3", ")", "or", "two", "targeting", "both", "(", "siHOOK1siHOOK3", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (D) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting HOOK1 (siHOOK1) or one targeting HOOK3 (siHOOK3) or two targeting both (siHOOK1siHOOK3) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm. "}
{"words": ["(", "D", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "siRNA", "(", "siCTL", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK1", "(", "siHOOK1", ")", "or", "one", "targeting", "HOOK3", "(", "siHOOK3", ")", "or", "two", "targeting", "both", "(", "siHOOK1siHOOK3", ")", "and", "stained", "for", "endogenous", "EEA", "-", "1", "(", "in", "green", ")", "and", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "EEs", "and", "LEs", ",", "respectively", ",", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "The", "yellow", "line", "is", "drawn", "to", "define", "cell", "periphery", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "On", "the", "right", ",", "inset", "panels", "to", "highlight", "respective", "perinuclear", "and", "peripheral", "area", "of", "the", "cell", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control siRNA (siCTL) or one targeting HOOK1 (siHOOK1) or one targeting HOOK3 (siHOOK3) or two targeting both (siHOOK1siHOOK3) and stained for endogenous EEA-1 (in green) and LAMP-1 (in red) to visualize EEs and LEs, respectively, and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. The yellow line is drawn to define cell periphery. Scale bar = 20 μm. On the right, inset panels to highlight respective perinuclear and peripheral area of the cell. Scale bar = 5 μm."}
{"words": ["(", "E", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1104", "early", "endosomes", "in", "21", "siHOOK1", "cells", "(", "53", "±", "4", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (E) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 9 endosomes per cell) and 1104 early endosomes in 21 siHOOK1 cells (53 ± 4 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "E", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "9", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1104", "early", "endosomes", "in", "21", "siHOOK1", "cells", "(", "53", "±", "4", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 9 endosomes per cell) and 1104 early endosomes in 21 siHOOK1 cells (53 ± 4 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "F", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1282", "early", "endosomes", "in", "22", "siHOOK3", "cells", "(", "58", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (F) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 7 endosomes per cell) and 1282 early endosomes in 22 siHOOK3 cells (58 ± 5 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "F", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", ",", "normalized", "on", "cell", "size", ",", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "1282", "early", "endosomes", "in", "22", "siHOOK3", "cells", "(", "58", "±", "5", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(F) Distribution of distance to nucleus, normalized on cell size, quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 7 endosomes per cell) and 1282 early endosomes in 22 siHOOK3 cells (58 ± 5 endosomes per cell) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***."}
{"words": ["(", "G", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1104", "EEs", "in", "21", "siHOOK1", "cells", "(", "53", "±", "4", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2340", "EEs", "in", "19", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "cells", "(", "123", "±", "11", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siHOOK1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "siHOOK1", "and", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "On", "the", "right", "hand", "side", "of", "the", "plot", ",", "colored", "bands", "represent", "the", "average", "cell", "diameter", ",", "significantly", "changing", "throughout", "the", "conditions", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siHOOK1", "ECs", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "orange", "ns", ")", "and", "for", "siHOOK1", "and", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (G) Distribution of distance to nucleus quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 7 endosomes per cell), 1104 EEs in 21 siHOOK1 cells (53 ± 4 endosomes per cell) and 2340 EEs in 19 siHOOK1/siHOOK3 cells (123 ± 11 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siHOOK1 ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for siHOOK1 and siHOOK1/siHOOK3 ECs p≤ 0,001 *** (green). On the right hand side of the plot, colored bands represent the average cell diameter, significantly changing throughout the conditions. Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siHOOK1 ECs p> 0.05 not significant (orange ns) and for siHOOK1 and siHOOK1/siHOOK3 ECs p≤ 0,001 *** (green). "}
{"words": ["(", "G", ")", "Distribution", "of", "distance", "to", "nucleus", "quantified", "by", "image", "(", "as", "in", "d", ")", "segmentation", "(", "see", "Material", "and", "Method", ",", "Confocal", "microscopy", "and", "early", "/", "late", "quantification", ")", "of", "EEA", "-", "1", "+", "endosomes", ".", "Results", "are", "from", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "1193", "early", "endosomes", "in", "12", "siCTL", "cells", "(", "99", "±", "7", "endosomes", "per", "cell", ")", ",", "1104", "EEs", "in", "21", "siHOOK1", "cells", "(", "53", "±", "4", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "2340", "EEs", "in", "19", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "cells", "(", "123", "±", "11", "endosomes", "per", "cell", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siHOOK1", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "orange", ")", "and", "for", "siHOOK1", "and", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", ".", "On", "the", "right", "hand", "side", "of", "the", "plot", ",", "colored", "bands", "represent", "the", "average", "cell", "diameter", ",", "significantly", "changing", "throughout", "the", "conditions", ".", "Data", "are", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "siCTL", "and", "siHOOK1", "ECs", "p", ">", "0", ".", "05", "not", "significant", "(", "orange", "ns", ")", "and", "for", "siHOOK1", "and", "siHOOK1", "/", "siHOOK3", "ECs", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "(", "green", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(G) Distribution of distance to nucleus quantified by image (as in d) segmentation (see Material and Method, Confocal microscopy and early/late quantification) of EEA-1+ endosomes. Results are from three independent experiments for a total of 1193 early endosomes in 12 siCTL cells (99 ± 7 endosomes per cell), 1104 EEs in 21 siHOOK1 cells (53 ± 4 endosomes per cell) and 2340 EEs in 19 siHOOK1/siHOOK3 cells (123 ± 11 endosomes per cell) and analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siHOOK1 ECs p≤ 0,001 *** (orange) and for siHOOK1 and siHOOK1/siHOOK3 ECs p≤ 0,001 *** (green). On the right hand side of the plot, colored bands represent the average cell diameter, significantly changing throughout the conditions. Data are analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for siCTL and siHOOK1 ECs p> 0.05 not significant (orange ns) and for siHOOK1 and siHOOK1/siHOOK3 ECs p≤ 0,001 *** (green)."}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "endogenous", "P150Glued", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "HOOK1", "in", "untreated", "(", "UT", ")", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "(", "left", ")", "and", "its", "quantification", "by", "normalized", "densitometry", "(", "right", ")", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "rabbit", "IgG", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "assays", ".", "UT", "value", "of", "each", "biological", "replicate", "was", "normalized", "on", "itself", "and", "so", "AZ82", "experimental", "value", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "AZ82", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (H) Representative Western Blot analysis of the endogenous P150Glued co-immunoprecipitated with HOOK1 in untreated (UT) and AZ82 treated ECs (left) and its quantification by normalized densitometry (right). Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty rabbit IgG. Results are the average ± SD of three independent assays. UT value of each biological replicate was normalized on itself and so AZ82 experimental value. Results were analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and AZ82 p≤ 0,05 *. "}
{"words": ["(", "H", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "the", "endogenous", "P150Glued", "co", "-", "immunoprecipitated", "with", "HOOK1", "in", "untreated", "(", "UT", ")", "and", "AZ82", "treated", "ECs", "(", "left", ")", "and", "its", "quantification", "by", "normalized", "densitometry", "(", "right", ")", ".", "Negative", "control", "(", "CTL", ")", "was", "performed", "incubating", "cell", "lysate", "with", "protein", "A", "-", "or", "G", "-", "Sepharose", "and", "empty", "rabbit", "IgG", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "assays", ".", "UT", "value", "of", "each", "biological", "replicate", "was", "normalized", "on", "itself", "and", "so", "AZ82", "experimental", "value", ".", "Results", "were", "analyzed", "by", "a", "parametric", "two", "-", "tailed", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "with", "Bonferroni", "post", "hoc", "analysis", ".", "ANOVA", "p", "≤", "0", ",", "001", ";", "Bonferroni", "for", "UT", "and", "AZ82", "p", "≤", "0", ",", "05", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(H) Representative Western Blot analysis of the endogenous P150Glued co-immunoprecipitated with HOOK1 in untreated (UT) and AZ82 treated ECs (left) and its quantification by normalized densitometry (right). Negative control (CTL) was performed incubating cell lysate with protein A- or G-Sepharose and empty rabbit IgG. Results are the average ± SD of three independent assays. UT value of each biological replicate was normalized on itself and so AZ82 experimental value. Results were analyzed by a parametric two-tailed analysis of variance (ANOVA) with Bonferroni post hoc analysis. ANOVA p≤ 0,001; Bonferroni for UT and AZ82 p≤ 0,05 *."}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "shSTIM1", ")", ",", "to", "which", "the", "pH", "-", "sensitive", "dye", "pHrodo", "Green", "was", "given", "and", "then", "cells", "were", "stained", "for", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "LEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", ".", "(", "B", ")", "Relative", "amount", "of", "LAMP", "-", "1", "+", "LEs", "positive", "to", "the", "pH", "-", "sensitive", "dye", "pHrodo", "(", "as", "in", "a", ")", "in", "shCTL", "and", "shSTIM1", "ECs", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "for", "a", "total", "of", "90", "cells", "(", "30", "cell", "for", "experiment", ")", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "001", "*", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (shSTIM1), to which the pH-sensitive dye pHrodo Green was given and then cells were stained for LAMP-1 (in red) to visualize LEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. Scale bar = 20 μm. (B) Relative amount of LAMP-1+ LEs positive to the pH-sensitive dye pHrodo (as in a) in shCTL and shSTIM1 ECs. Results are the average ± SEM of three independent experiments for a total of 90 cells (30 cell for experiment) and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,001 ***. "}
{"words": ["(", "A", ")", "Confocal", "microscopy", "images", "of", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "shSTIM1", ")", ",", "to", "which", "the", "pH", "-", "sensitive", "dye", "pHrodo", "Green", "was", "given", "and", "then", "cells", "were", "stained", "for", "LAMP", "-", "1", "(", "in", "red", ")", "to", "visualize", "LEs", "and", "DAPI", "(", "in", "blue", ")", "to", "highlight", "the", "nucleus", ".", "Scale", "bar", "=", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) Confocal microscopy images of ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (shSTIM1), to which the pH-sensitive dye pHrodo Green was given and then cells were stained for LAMP-1 (in red) to visualize LEs and DAPI (in blue) to highlight the nucleus. Scale bar = 20 μm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "Raptor", ",", "total", "and", "phospho", "-", "Thr389", "S6K1", "proteins", "(", "normalized", "on", "total", "tubulin", "levels", ")", "in", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", ".", "Numbers", "above", "each", "band", "represent", "respective", "N", ".", "O", ".", "D", ".", "average", "(", "two", "biological", "replicates", ")", "quantification", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": " (C) Representative Western Blot analysis of endogenous Raptor, total and phospho-Thr389 S6K1 proteins (normalized on total tubulin levels) in ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1). Numbers above each band represent respective N.O.D. average (two biological replicates) quantification. "}
{"words": ["(", "C", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "Raptor", ",", "total", "and", "phospho", "-", "Thr389", "S6K1", "proteins", "(", "normalized", "on", "total", "tubulin", "levels", ")", "in", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", ".", "Numbers", "above", "each", "band", "represent", "respective", "N", ".", "O", ".", "D", ".", "average", "(", "two", "biological", "replicates", ")", "quantification", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Representative Western Blot analysis of endogenous Raptor, total and phospho-Thr389 S6K1 proteins (normalized on total tubulin levels) in ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1). Numbers above each band represent respective N.O.D. average (two biological replicates) quantification."}
{"words": ["(", "D", ")", "Representative", "Western", "Blot", "analysis", "of", "endogenous", "LC3", "-", "I", "and", "-", "II", "proteins", "(", "both", "normalized", "on", "total", "tubulin", "levels", "and", "represented", "as", "ratio", "LC3", "-", "II", "/", "LC3", "-", "I", ")", "in", "ECs", "silenced", "with", "a", "control", "shRNA", "(", "shCTL", ")", "or", "one", "targeting", "STIM1", "(", "siSTIM1", ")", ".", "Results", "are", "the", "average", "±", "SD", "of", "three", "independent", "experiments", "and", "analyzed", "by", "a", "two", "-", "tailed", "heteroscedastic", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "p", "≤", "0", ",", "01", "*", "*", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(D) Representative Western Blot analysis of endogenous LC3-I and -II proteins (both normalized on total tubulin levels and represented as ratio LC3-II/LC3-I) in ECs silenced with a control shRNA (shCTL) or one targeting STIM1 (siSTIM1). Results are the average ± SD of three independent experiments and analyzed by a two-tailed heteroscedastic Student's t-test, p≤ 0,01 **."}
{"words": ["(", "a", ")", "Brains", "of", "the", "'", "rescued", "'", "mice", "(", "Becn1", "−", "/", "−", ";", "Becn1EGFP", "/", "+", ")", "and", "of", "control", "Becn1", "+", "/", "+", "littermates", "were", "lysed", "and", "subjected", "to", "immune", "isolation", "using", "an", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Proteins", "bound", "to", "anti", "-", "GFP", "antibody", "were", "isolated", ",", "detected", "and", "identified", "by", "SDS", "-", "PAGE", ",", "Coomassie", "brilliant", "blue", "staining", "and", "mass", "spectrometry", ".", "Seven", "bands", "pulled", "down", "by", "anti", "-", "GFP", "antibody", "specifically", "from", "'", "rescued", "'", "mice", "lysate", "are", "numbered", "(", "this", "is", "a", "copy", "of", "image", "from", "our", "previous", "report", "with", "modification", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Brains of the 'rescued' mice (Becn1−/−; Becn1EGFP/+) and of control Becn1+/+ littermates were lysed and subjected to immune isolation using an anti-GFP antibody. Proteins bound to anti-GFP antibody were isolated, detected and identified by SDS-PAGE, Coomassie brilliant blue staining and mass spectrometry. Seven bands pulled down by anti-GFP antibody specifically from 'rescued' mice lysate are numbered (this is a copy of image from our previous report with modification)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Mouse", "brain", "lysates", "were", "subjected", "to", "co", "-", "immunoprecipitation", "(", "co", "-", "IP", ")", "followed", "by", "WB", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Mouse brain lysates were subjected to co-immunoprecipitation (co-IP) followed by WB analysis using the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "c", ")", "Mouse", "brain", "lysates", "were", "subjected", "to", "co", "-", "IP", "by", "NRBF2", "antibody", "and", "followed", "by", "WB", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Mouse brain lysates were subjected to co-IP by NRBF2 antibody and followed by WB analysis using the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "d", ")", "Gel", "filtration", "analysis", ".", "The", "supernatant", "fraction", "of", "mouse", "brain", "lysates", "was", "subjected", "to", "a", "Superdex", "200", "HR", "10", "/", "30", "column", "and", "each", "fraction", "was", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "antibodies", ".", "Relative", "amounts", "of", "each", "fraction", "determined", "by", "Odyssey", "software", "are", "plotted", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Gel filtration analysis. The supernatant fraction of mouse brain lysates was subjected to a Superdex 200 HR 10/30 column and each fraction was immunoblotted with the indicated antibodies. Relative amounts of each fraction determined by Odyssey software are plotted."}
{"words": ["(", "e", ")", "The", "deficiency", "of", "Atg14L", "impairs", "the", "protein", "interaction", "between", "Beclin", "1", "and", "NRBF2", ".", "NIH3T3", "cells", "were", "transfected", "with", "Atg14L", "or", "NRBF2", "RNAi", "for", "72", "h", ",", "respectively", ",", "and", "then", "were", "lysed", "and", "subjected", "to", "IP", "using", "Beclin", "1", "antibody", ".", "The", "immunoprecipitants", "were", "immunoblotted", "using", "the", "indicated", "antibodies", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) The deficiency of Atg14L impairs the protein interaction between Beclin 1 and NRBF2. NIH3T3 cells were transfected with Atg14L or NRBF2 RNAi for 72 h, respectively, and then were lysed and subjected to IP using Beclin 1 antibody. The immunoprecipitants were immunoblotted using the indicated antibodies."}
{"words": ["(", "f", ")", "Direct", "binding", "between", "Atg14L", "and", "NRBF2", ".", "Flag", "-", "tagged", "Atg14L", "purified", "from", "HEK293T", "cells", "overexpressing", "Flag", "-", "Atg14L", "was", "incubated", "with", "GST", "or", "NRBF2", "-", "GST", "purified", "from", "Escherichia", "coli", ".", "The", "GST", "pull", "-", "down", "assay", "was", "performed", "to", "examine", "the", "direct", "binding", "between", "Flag", "-", "Atg14L", "and", "NRBF2", "-", "GST", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], "text": "(f) Direct binding between Atg14L and NRBF2. Flag-tagged Atg14L purified from HEK293T cells overexpressing Flag-Atg14L was incubated with GST or NRBF2-GST purified from Escherichia coli. The GST pull-down assay was performed to examine the direct binding between Flag-Atg14L and NRBF2-GST."}
{"words": ["(", "b", ")", "NRBF2", "KO", "MEFs", "were", "transfected", "with", "CFP", ",", "NRBF2", "-", "CFP", ",", "dMIT", "-", "CFP", "or", "dCCD", "-", "CFP", "for", "48", " ", "h", ".", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34", "was", "pulled", "down", "by", "an", "anti", "-", "Atg14L", "antibody", "and", "subjected", "to", "KA", ".", "IP", "products", "and", "inputs", "were", "immunoblotted", "using", "the", "antibodies", "indicated", ".", "(", "c", ")", "Quantification", "of", "IPed", "Vps34", "kinase", "activity", "(", "PI", "(", "3", ")", "P", ")", ",", "Vps34", "and", "Vps15", "protein", "versus", "IPed", "Atg14L", "protein", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "multiple", "t", "-", "test", "are", "followed", "by", "Bonferroni", "correction", ",", "n", "=", "4", "(", "otherwise", "indicated", ",", "n", "means", "number", "of", "independent", "experiments", ";", "NS", ",", "not", "significant", ")", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) NRBF2 KO MEFs were transfected with CFP, NRBF2-CFP, dMIT-CFP or dCCD-CFP for 48 h. Atg14L-linked Vps34 was pulled down by an anti-Atg14L antibody and subjected to KA. IP products and inputs were immunoblotted using the antibodies indicated. (c) Quantification of IPed Vps34 kinase activity (PI(3)P), Vps34 and Vps15 protein versus IPed Atg14L protein. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, multiple t-test are followed by Bonferroni correction, n=4 (otherwise indicated, n means number of independent experiments; NS, not significant))."}
{"words": ["(", "d", ")", "Overexpression", "of", "NRBF2", "enhances", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34kinase", "activity", ".", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "Vps34", "-", "Vps15", "-", "His", "and", "Flag", "-", "Atg14L", "in", "the", "presence", "of", "CFP", "or", "NRBF2", "-", "CFP", ".", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34", "is", "pulled", "down", "by", "an", "anti", "-", "Flag", "antibody", "and", "subjected", "to", "KA", "(", "upper", "panel", ")", ".", "IP", "products", "and", "inputs", "were", "immunoblotted", "using", "the", "antibodies", "indicated", "(", "upper", "panel", ")", ".", "(", "e", ")", "Quantification", "of", "Vps34kinase", "activity", "(", "lower", "panel", ")", "shows", "the", "significant", "difference", "between", "two", "groups", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "value", "is", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", "versus", "hypothetical", "mean", "1", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Overexpression of NRBF2 enhances Atg14L-linked Vps34kinase activity. HEK293T cells were co-transfected with Myc-Vps34-Vps15-His and Flag-Atg14L in the presence of CFP or NRBF2-CFP. Atg14L-linked Vps34 is pulled down by an anti-Flag antibody and subjected to KA (upper panel). IP products and inputs were immunoblotted using the antibodies indicated (upper panel). (e) Quantification of Vps34kinase activity (lower panel) shows the significant difference between two groups. (Data are shown as mean±s.e.m., P value is indicated on the figures, one sample t-test versus hypothetical mean 1, n=5)."}
{"words": ["(", "a", ")", "Starvation", "-", "induced", "long", "-", "lived", "protein", "degradation", "is", "impaired", "after", "NRBF2", "knockdown", ".", "Compared", "with", "control", "(", "con", ")", "siRNA", ",", "NRBF2", "siRNA", "decreases", "long", "-", "lived", "protein", "degradation", "(", "proteolysis", "rate", ")", "in", "NIH3T3", "cells", "under", "starvation", "(", "ST", ")", "condition", ".", "This", "difference", "is", "diminished", "when", "the", "starved", "cells", "are", "co", "-", "treated", "with", "wortmannin", "(", "WM", ",", "100", " ", "nM", ")", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "one", "-", "way", "analysis", "of", "variance", "with", "Dunnett", "as", "post", "hoc", "test", ",", "n", "=", "4", ";", "NS", ",", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) Starvation-induced long-lived protein degradation is impaired after NRBF2 knockdown. Compared with control (con) siRNA, NRBF2 siRNA decreases long-lived protein degradation (proteolysis rate) in NIH3T3 cells under starvation (ST) condition. This difference is diminished when the starved cells are co-treated with wortmannin (WM, 100 nM). (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, one-way analysis of variance with Dunnett as post hoc test, n=4; NS, not significant)."}
{"words": ["(", "b", ")", "Rapamycin", "(", "Rap", ")", "-", "induced", "autophagy", "is", "impaired", "in", "the", "NRBF2", "KO", "cells", ".", "The", "MEFs", "were", "treated", "with", "(", "dimethyl", "sulfoxide", ")", "DMSO", "or", "50", " ", "μg", " ", "ml", "−", "1", "of", "Rap", "for", "4", " ", "h", "then", "the", "cell", "lysates", "were", "immunoprobed", "with", "anti", "-", "LC3", "and", "anti", "-", "p62", "antibodies", ".", "(", "c", ")", "LC3", "-", "II", "and", "p62", "levels", "were", "quantified", "and", "normalized", "with", "β", "-", "actin", ".", "Quantification", "results", "show", "that", "Rap", "-", "induced", "LC3", "lipidation", "(", "upper", ")", "and", "p62", "degradation", "(", "lower", ")", "were", "markedly", "impaired", "in", "the", "NRBF2", "KO", "MEFs", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", "(", "WT", "con", "versus", "KO", "con", ")", "or", "unpaired", "t", "-", "test", "(", "WT", "Rap", "versus", "KO", "Rap", ")", ")", ".", "p62", "blots", "quantification", ",", "n", "=", "6", ";", "LC3", "blots", "quantification", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) Rapamycin (Rap)-induced autophagy is impaired in the NRBF2 KO cells. The MEFs were treated with (dimethyl sulfoxide) DMSO or 50 μg ml−1 of Rap for 4 h then the cell lysates were immunoprobed with anti-LC3 and anti-p62 antibodies. (c) LC3-II and p62 levels were quantified and normalized with β-actin. Quantification results show that Rap-induced LC3 lipidation (upper) and p62 degradation (lower) were markedly impaired in the NRBF2 KO MEFs. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, one sample t-test (WT con versus KO con) or unpaired t-test (WT Rap versus KO Rap)). p62 blots quantification, n=6; LC3 blots quantification, n=3)."}
{"words": ["(", "d", ",", "e", ")", "The", "MEFs", "were", "subjected", "to", "Rap", "(", "50", " ", "μg", " ", "ml", "−", "1", ")", "or", "starvation", "(", "HBSS", ")", "treatment", "then", "stained", "with", "anti", "-", "LC3", "(", "d", ")", "or", "anti", "-", "WIPI2", "(", "e", ")", "antibody", ".", "(", "f", ")", "The", "LC3", "and", "WIPI2", "puncta", "per", "cell", "were", "counted", "and", "quantified", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "independent", "samples", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "pairwise", "comparisons", ",", "n", "=", "30", "randomly", "selected", "cells", ",", "a", "representative", "result", "from", "three", "independent", "repeats", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d,e) The MEFs were subjected to Rap (50 μg ml−1) or starvation (HBSS) treatment then stained with anti-LC3 (d) or anti-WIPI2 (e) antibody. (f) The LC3 and WIPI2 puncta per cell were counted and quantified. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, independent samples Kruskal-Wallis test followed by pairwise comparisons, n=30 randomly selected cells, a representative result from three independent repeats)."}
{"words": ["(", "g", ")", "NRBF2", "-", "CFP", "stable", "cells", "were", "starved", "in", "HBSS", "for", "4", " ", "h", "and", "then", "subjected", "to", "WIPI2", "staining", ".", "Under", "starved", "condition", ",", "NRBF2", "-", "CFP", "forms", "puncta", "structures", "that", "co", "-", "localized", "with", "WIPI2", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) NRBF2-CFP stable cells were starved in HBSS for 4 h and then subjected to WIPI2 staining. Under starved condition, NRBF2-CFP forms puncta structures that co-localized with WIPI2. This is a representative image from three independent experiments."}
{"words": ["(", "h", ")", "The", "NRBF2", "KO", "MEFs", "were", "transfected", "with", "CFP", ",", "NRBF2", "-", "CFP", ",", "dMIT", "-", "CFP", "or", "dCCD", "-", "CFP", "for", "24", " ", "h", "and", "then", "followed", "by", "co", "-", "immunostaining", "with", "GFP", "and", "WIPI2", "antibodies", ".", "(", "i", ")", "The", "WIPI2", "puncta", "number", "per", "cell", "in", "GFP", "-", "positive", "cells", "were", "counted", "and", "quantified", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "independent", "samples", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "pairwise", "comparisons", ",", "n", "=", "30", "randomly", "selected", "cells", ",", "a", "representative", "result", "from", "two", "independent", "repeats", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "20", " ", "μm", ",", "or", "length", "indicated", "on", "the", "figure", ".", "CM", ",", "culture", "medium", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(h) The NRBF2 KO MEFs were transfected with CFP, NRBF2-CFP, dMIT-CFP or dCCD-CFP for 24 h and then followed by co-immunostaining with GFP and WIPI2 antibodies. (i) The WIPI2 puncta number per cell in GFP-positive cells were counted and quantified. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, independent samples Kruskal-Wallis test followed by pairwise comparisons, n=30 randomly selected cells, a representative result from two independent repeats). Scale bars, 20 μm, or length indicated on the figure. CM, culture medium."}
{"words": ["(", "a", ")", "NRBF2", "KO", "MEFs", "display", "impaired", "autophagosome", "acidification", ".", "WT", "and", "NRBF2", "KO", "MEFs", "are", "transiently", "transfected", "with", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3B", ".", "WT", "MEFs", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3B", "contain", "many", "red", "-", "only", "puncta", "along", "with", "yellow", "(", "presence", "of", "both", "red", "and", "green", ")", "puncta", ".", "The", "number", "of", "both", "red", "-", "only", "puncta", "and", "yellow", "puncta", "markedly", "increases", "after", "rapamycin", "(", "Rap", ";", "50", " ", "μg", " ", "ml", "−", "1", ",", "4", " ", "h", ")", "or", "starvation", "(", "HBSS", ",", "4", " ", "h", ")", "treatment", ",", "suggesting", "the", "increased", "autophagolysosomes", "and", "nascent", "autophagosomes", ".", "In", "contrast", ",", "NRBF2", "KO", "MEFs", "expressing", "mCherry", "-", "GFP", "-", "LC3B", "contain", "quite", "fewer", "red", "-", "only", "puncta", "and", "yellow", "puncta", ",", "even", "after", "Rap", "or", "starvation", "treatment", ".", "(", "b", ")", "The", "quantification", "results", "show", "that", "both", "the", "numbers", "of", "red", "-", "only", "puncta", "and", "percentage", "of", "red", "-", "only", "puncta", "(", "verses", "total", "puncta", ")", "in", "KO", "MEFs", "were", "markedly", "reduced", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ",", "n", "=", "20", "randomly", "selected", "cells", ",", "a", "representative", "result", "from", "three", "independent", "repeats", ")", ",", "indicating", "both", "the", "autophagolysome", "number", "and", "autophagosome", "acidification", "rate", "are", "reduced", "in", "KO", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "20", " ", "μm", "or", "10", " ", "μm", "(", "amplified", "regions", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) NRBF2 KO MEFs display impaired autophagosome acidification. WT and NRBF2 KO MEFs are transiently transfected with mCherry-GFP-LC3B. WT MEFs expressing mCherry-GFP-LC3B contain many red-only puncta along with yellow (presence of both red and green) puncta. The number of both red-only puncta and yellow puncta markedly increases after rapamycin (Rap; 50 μg ml−1, 4 h) or starvation (HBSS, 4 h) treatment, suggesting the increased autophagolysosomes and nascent autophagosomes. In contrast, NRBF2 KO MEFs expressing mCherry-GFP-LC3B contain quite fewer red-only puncta and yellow puncta, even after Rap or starvation treatment. (b) The quantification results show that both the numbers of red-only puncta and percentage of red-only puncta (verses total puncta) in KO MEFs were markedly reduced. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, Mann-Whitney U-test, n=20 randomly selected cells, a representative result from three independent repeats), indicating both the autophagolysome number and autophagosome acidification rate are reduced in KO cells. Scale bars, 20 μm or 10 μm (amplified regions)."}
{"words": ["(", "c", ")", "Autophagolysome", "formation", "is", "impaired", "in", "NRBF2", "KO", "MEFs", ".", "WT", "and", "NRBF2", "KO", "MEFs", "were", "transiently", "transfected", "with", "RFP", "-", "LC3", "then", "stained", "with", "LAMP2", "antibody", ".", "The", "co", "-", "localization", "between", "RFP", "-", "LC3", "and", "LAMP2", "are", "illustrated", "by", "line", "profile", ".", "RFP", "-", "LC3", "puncta", "recruit", "much", "stronger", "LAMP2", "signal", "in", "WT", "MEFs", "than", "in", "NRBF2", "KO", "MEFs", "(", "as", "indicated", "by", "white", "arrows", ")", ",", "suggesting", "the", "impairment", "of", "autophagolysosome", "formation", "in", "KO", "cells", ".", "Scale", "bars", ",", "20", " ", "μm", "or", "10", " ", "μm", "(", "amplified", "regions", ")", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Autophagolysome formation is impaired in NRBF2 KO MEFs. WT and NRBF2 KO MEFs were transiently transfected with RFP-LC3 then stained with LAMP2 antibody. The co-localization between RFP-LC3 and LAMP2 are illustrated by line profile. RFP-LC3 puncta recruit much stronger LAMP2 signal in WT MEFs than in NRBF2 KO MEFs (as indicated by white arrows), suggesting the impairment of autophagolysosome formation in KO cells. Scale bars, 20 μm or 10 μm (amplified regions). This is a representative image from three independent experiments."}
{"words": ["(", "d", ")", "Overexpression", "of", "NRBF2", "enhances", "UVRAG", "-", "linked", "Vps34", "kinase", "activity", ".", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "Vps34", "-", "Vps15", "-", "His", "and", "FLAG", "-", "UVRAG", ",", "in", "the", "presence", "of", "CFP", "or", "NRBF2", "-", "CFP", ".", "UVRAG", "-", "linked", "Vps34", "was", "pulled", "down", "by", "an", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "and", "subjected", "to", "KA", ".", "IP", "products", "and", "inputs", "are", "immunoblotted", "using", "the", "antibodies", "indicated", ".", "(", "e", ")", "Quantification", "of", "Vps34", "kinase", "activity", "normalized", "with", "immunoprecipitated", "Vps34", "shows", "the", "significant", "difference", "between", "two", "groups", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "value", "is", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", "versus", "hypothetical", "mean", "1", ",", "n", "=", "5", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Overexpression of NRBF2 enhances UVRAG-linked Vps34 kinase activity. HEK293T cells were co-transfected with Myc-Vps34-Vps15-His and FLAG-UVRAG, in the presence of CFP or NRBF2-CFP. UVRAG-linked Vps34 was pulled down by an anti-FLAG antibody and subjected to KA. IP products and inputs are immunoblotted using the antibodies indicated. (e) Quantification of Vps34 kinase activity normalized with immunoprecipitated Vps34 shows the significant difference between two groups. (Data are shown as mean±s.e.m., P value is indicated on the figures, one sample t-test versus hypothetical mean 1, n=5)."}
{"words": ["(", "a", ")", "The", "gross", "anatomical", "views", "of", "representative", "4", "%", "paraformaldehyde", "-", "fixed", "livers", "and", "quantification", "of", "liver", "index", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", "mice", "each", "group", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "1", " ", "cm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) The gross anatomical views of representative 4% paraformaldehyde-fixed livers and quantification of liver index. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, unpaired Student's t-test, n=3 mice each group). Scale bar, 1 cm."}
{"words": ["(", "b", ")", "The", "haematoxylin", "and", "eosin", "(", "HE", ")", "and", "CD45", "staining", "of", "10", "-", "month", "-", "old", "WT", "and", "NRBF2", "KO", "mice", "livers", ".", "The", "NRBF2", "KO", "liver", "shows", "mild", "increase", "of", "ductular", "reaction", "(", "yellow", "arrow", ")", "and", "isolated", "necrosis", "(", "red", "arrows", ")", ".", "The", "necrotic", "foci", "were", "further", "confirmed", "by", "CD45", "staining", "(", "black", "arrow", ")", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "four", "mice", "per", "genotype", ".", "Scale", "bar", ",", "50", " ", "μm", ".", "(", "c", ")", "The", "number", "of", "necrotic", "foci", "and", "ductular", "reaction", "scores", "were", "recorded", "under", "bright", "-", "field", "microscope", ".", "At", "least", "10", "randomly", "selected", "fields", "(", "10", "×", ")", "from", "each", "mouse", "and", "four", "mice", "per", "genotype", "were", "analysed", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ".", "Ductular", "reaction", "scores", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "necrotic", "foci", ",", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ")", ".", "BD", ",", "bile", "duct", ";", "CV", ",", "central", "vein", ";", "PV", ",", "portal", "vein", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) The haematoxylin and eosin (HE) and CD45 staining of 10-month-old WT and NRBF2 KO mice livers. The NRBF2 KO liver shows mild increase of ductular reaction (yellow arrow) and isolated necrosis (red arrows). The necrotic foci were further confirmed by CD45 staining (black arrow). This is a representative image from four mice per genotype. Scale bar, 50 μm. (c) The number of necrotic foci and ductular reaction scores were recorded under bright-field microscope. At least 10 randomly selected fields (10 × ) from each mouse and four mice per genotype were analysed. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures. Ductular reaction scores, unpaired Student's t-test; necrotic foci, Mann-Whitney U-test, n=4 mice each group). BD, bile duct; CV, central vein; PV, portal vein."}
{"words": ["(", "a", ")", "WB", "analysis", "shows", "accumulation", "of", "p62", "in", "the", "liver", "of", "NRBF2", "KO", "mice", ".", "Liver", "lysates", "were", "immunoprobed", "with", "antibodies", "indicated", ".", "p62", "protein", "levels", "are", "upregulated", "in", "the", "KO", "mouse", "liver", ".", "(", "b", ")", "The", "quantification", "result", "shows", "that", "the", "p62", "level", "increased", "more", "than", "threefold", "in", "the", "NRBF2", "KO", "miceliver", "compared", "with", "WT", "miceliver", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "WT", ",", "n", "=", "5", "mice", ";", "KO", ",", "n", "=", "4", "mice", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) WB analysis shows accumulation of p62 in the liver of NRBF2 KO mice. Liver lysates were immunoprobed with antibodies indicated. p62 protein levels are upregulated in the KO mouse liver. (b) The quantification result shows that the p62 level increased more than threefold in the NRBF2 KO miceliver compared with WT miceliver. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, unpaired Student's t-test; WT, n=5 mice; KO, n=4 mice)."}
{"words": ["(", "c", ")", "WB", "analysis", "shows", "accumulation", "of", "high", "-", "molecular", "weight", "(", "HMW", ")", "ubiquitin", "in", "the", "liver", "of", "NRBF2", "KO", "mice", ".", "Insoluble", "fractions", "of", "liver", "lysates", "were", "immunoprobed", "with", "an", "anti", "-", "ubiquitin", "antibody", ",", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) WB analysis shows accumulation of high-molecular weight (HMW) ubiquitin in the liver of NRBF2 KO mice. Insoluble fractions of liver lysates were immunoprobed with an anti-ubiquitin antibody, n=4 mice per genotype."}
{"words": ["(", "d", ")", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34kinase", "activity", "is", "impaired", "in", "the", "mice", "of", "NRBF2", "KO", "mice", ".", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34", "is", "pulled", "down", "by", "an", "anti", "-", "Atg14L", "antibody", "and", "is", "subjected", "to", "KA", ".", "IP", "products", "and", "inputs", "were", "immunoblotted", "using", "the", "antibodies", "indicated", ".", "(", "e", ")", "Quantification", "of", "IPed", "Vps34kinase", "activity", "versus", "IPed", "Atg14L", "shows", "the", "significant", "difference", "between", "WT", "and", "NRBF2", "KO", "miceliver", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figure", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "mice", "each", "group", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Atg14L-linked Vps34kinase activity is impaired in the mice of NRBF2 KO mice. Atg14L-linked Vps34 is pulled down by an anti-Atg14L antibody and is subjected to KA. IP products and inputs were immunoblotted using the antibodies indicated. (e) Quantification of IPed Vps34kinase activity versus IPed Atg14L shows the significant difference between WT and NRBF2 KO miceliver. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figure, unpaired Student's t-test, n=4 mice each group)."}
{"words": ["(", "f", ")", "Focal", "accumulation", "of", "p62", "in", "the", "liver", "of", "NRBF2", "KO", "mice", ".", "Liver", "frozen", "sections", "(", "15", " ", "μm", "in", "thickness", ")", "were", "stained", "with", "an", "anti", "-", "p62", "antibody", ".", "Focal", "accumulation", "of", "p62", "is", "observed", "in", "the", "KO", "mice", "liver", "but", "not", "in", "the", "WT", "mice", "liver", ".", "Scale", "bars", ",", "100", " ", "μm", "or", "20", " ", "μm", "(", "amplified", "regions", ")", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "four", "mice", "per", "genotype", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f) Focal accumulation of p62 in the liver of NRBF2 KO mice. Liver frozen sections (15 μm in thickness) were stained with an anti-p62 antibody. Focal accumulation of p62 is observed in the KO mice liver but not in the WT mice liver. Scale bars, 100 μm or 20 μm (amplified regions). This is a representative image from four mice per genotype."}
{"words": ["(", "g", ")", "Accumulated", "p62", "colocalizes", "with", "NQO1", ".", "Liver", "frozen", "sections", "were", "double", "stained", "with", "an", "anti", "-", "p62", "antibody", "and", "an", "anti", "-", "NQO1", "antibody", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "four", "mice", "per", "genotype", ".", "Scale", "bars", ",", "20", " ", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(g) Accumulated p62 colocalizes with NQO1. Liver frozen sections were double stained with an anti-p62 antibody and an anti-NQO1 antibody. This is a representative image from four mice per genotype. Scale bars, 20 μm."}
{"words": ["WT", "and", "NRBF2", "KO", "MEFs", "were", "treated", "with", "DMSO", ",", "1", "μM", "thapsigargin", "(", "TP", ")", "or", "1", "μM", "tunicamycin", "(", "TN", ")", "for", "24", "or", "48", "h", ".", "(", "a", ")", "Then", "cells", "were", "either", "imaged", "under", "phase", "-", "contrast", "microscope", "or", "(", "b", ")", "stained", "with", "propidium", "iodide", "(", "PI", ")", "and", "subjected", "to", "cell", "death", "rate", "analysis", "by", "flow", "cytometry", ".", "The", "representative", "images", "of", "cell", "morphology", "after", "treatments", "and", "quantitative", "analysis", "of", "PI", "-", "positive", "cells", "rate", "show", "marked", "increase", "of", "cell", "death", "in", "the", "NRBF2", "KO", "MEFs", "compared", "with", "WT", "MEFs", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figure", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "5", ")", ".", "Scale", "bars", ",", "100", "μm", ";", "Con", ",", "control", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "WT and NRBF2 KO MEFs were treated with DMSO, 1 μM thapsigargin(TP) or 1 μM tunicamycin (TN) for 24 or 48 h. (a) Then cells were either imaged under phase-contrast microscope or (b) stained with propidium iodide (PI) and subjected to cell death rate analysis by flow cytometry. The representative images of cell morphology after treatments and quantitative analysis of PI-positive cells rate show marked increase of cell death in the NRBF2 KO MEFs compared with WT MEFs. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figure, unpaired Student's t-test, n=5). Scale bars, 100 μm; Con, control."}
{"words": ["(", "c", ")", "Re", "-", "introducing", "NRBF2", "to", "NRBF2", "KO", "MEFs", "reverses", "the", "vulnerability", "of", "cells", "to", "ER", "stress", ".", "NRBF2", "-", "CFP", "stably", "expressing", "cells", "were", "established", "in", "the", "NRBF2", "KO", "background", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "1", " ", "μM", "TP", "for", "24", " ", "h", "then", "stained", "with", "PI", "and", "subjected", "to", "cell", "death", "rate", "analysis", "by", "flow", "cytometry", ".", "The", "cell", "death", "rate", "in", "CFP", "-", "positive", "(", "+", ")", "population", "(", "NRBF2", "-", "CFP", "expression", ")", "and", "negative", "(", "−", ")", "population", "(", "no", "NRBF2", "-", "CFP", "expression", ")", "were", "recorded", "and", "analysed", ",", "respectively", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figure", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) Re-introducing NRBF2 to NRBF2 KO MEFs reverses the vulnerability of cells to ER stress. NRBF2-CFP stably expressing cells were established in the NRBF2 KO background. Cells were treated with DMSO or 1 μM TP for 24 h then stained with PI and subjected to cell death rate analysis by flow cytometry. The cell death rate in CFP-positive (+) population (NRBF2-CFP expression) and negative (−) population (no NRBF2-CFP expression) were recorded and analysed, respectively. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figure, unpaired Student's t-test, n=3)."}
{"words": ["(", "d", ")", "ER", "stress", "inducers", "trigger", "caspase", "-", "8", "and", "caspase", "-", "3", "activation", "in", "NRBF2", "KO", "MEFs", ".", "MEFs", "were", "treated", "with", "DMSO", ",", "1", " ", "μM", "TP", "or", "1", " ", "μM", "TN", "for", "24", " ", "h", ",", "and", "then", "immunoprobed", "with", "indicated", "antibodies", ".", "Marked", "accumulation", "of", "cleaved", "caspase", "-", "8", "(", "C", "-", "Cas", "8", ";", "p43", "and", "p18", "units", ")", "and", "cleaved", "caspase", "-", "3", "(", "C", "-", "Cas", "3", ")", "are", "observed", "in", "the", "NRBF2", "KO", "MEFs", "but", "not", "WT", "MEFs", "treated", "with", "TP", "or", "TN", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) ER stress inducers trigger caspase-8 and caspase-3 activation in NRBF2 KO MEFs. MEFs were treated with DMSO, 1 μM TP or 1 μM TN for 24 h, and then immunoprobed with indicated antibodies. Marked accumulation of cleaved caspase-8 (C-Cas 8; p43 and p18 units) and cleaved caspase-3 (C-Cas 3) are observed in the NRBF2 KO MEFs but not WT MEFs treated with TP or TN. This is a representative image from three independent experiments."}
{"words": ["(", "e", ")", "C", "-", "Cas", "8", "preferentially", "localizes", "at", "p62", "aggregation", "foci", ".", "MEFs", "were", "treated", "with", "DMSO", "or", "1", " ", "μM", "TP", "for", "24", " ", "h", ",", "and", "then", "co", "-", "stained", "with", "an", "anti", "-", "p62", "antibody", "and", "an", "anti", "-", "cleaved", "caspase", "-", "8", "antibody", ".", "The", "C", "-", "Cas", "8", "fluorescence", "signals", "are", "triggered", "in", "NRBF2", "KO", "MEFs", "treated", "with", "TP", "and", "preferentially", "localize", "at", "p62", "aggregation", "foci", ".", "Scale", "bars", ",", "20", "μm", ".", "This", "is", "a", "representative", "image", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(e) C-Cas 8 preferentially localizes at p62 aggregation foci. MEFs were treated with DMSO or 1 μM TP for 24 h, and then co-stained with an anti-p62 antibody and an anti-cleaved caspase-8 antibody. The C-Cas 8 fluorescence signals are triggered in NRBF2 KO MEFs treated with TP and preferentially localize at p62 aggregation foci. Scale bars, 20 μm. This is a representative image from three independent experiments."}
{"words": ["(", "a", ")", "NRBF2", "is", "critical", "for", "the", "assembly", "of", "Vps34", "-", "Vps15", "and", "Atg14L", "-", "Beclin", "1", "complex", ".", "Brain", "lysate", "from", "WT", "and", "NRBF2", "KO", "mice", "were", "subjected", "to", "co", "-", "IP", "by", "Vps34", "antibody", "and", "Atg14L", "antibody", ".", "The", "IP", "products", "were", "subjected", "to", "in", "vitro", "lipid", "KA", "and", "WB", "analysis", "using", "the", "indicated", "antibodies", ".", "(", "b", ",", "c", ")", "Quantification", "results", "shows", "that", "Vps34", "-", "Vps15", "and", "Atg14L", "-", "Beclin", "1", "complex", "interactions", "as", "well", "as", "Atg14L", "-", "linked", "Vps34", "kinase", "activity", "are", "markedly", "impaired", "in", "NRBF2", "KO", "mice", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ",", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ",", "n", "=", "4", "mice", "in", "each", "group", ";", "NS", ",", "not", "significant", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) NRBF2 is critical for the assembly of Vps34-Vps15 and Atg14L-Beclin 1 complex. Brain lysate from WT and NRBF2 KO mice were subjected to co-IP by Vps34 antibody and Atg14L antibody. The IP products were subjected to in vitro lipid KA and WB analysis using the indicated antibodies. (b,c) Quantification results shows that Vps34-Vps15 and Atg14L-Beclin 1 complex interactions as well as Atg14L-linked Vps34 kinase activity are markedly impaired in NRBF2 KO mice. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures, unpaired Student's t-test, n=4 mice in each group; NS, not significant)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Overexpression", "of", "NRBF2", "enhances", "overall", "Vps34kinase", "activity", ".", "HEK293T", "cells", "were", "co", "-", "transfected", "with", "Myc", "-", "Vps34", "-", "Vps15", "-", "His", "and", "CFP", ",", "NRBF2", "-", "CFP", ",", "dMIT", "-", "CFP", "or", "dCCD", "-", "CFP", ".", "Total", "Vps34", "was", "pulled", "down", "by", "an", "anti", "-", "myc", "antibody", "and", "subjected", "to", "KA", ".", "IP", "products", "and", "inputs", "are", "immunoblotted", "using", "the", "antibodies", "indicated", ".", "(", "e", ")", "Quantification", "of", "IPed", "Vps34kinase", "activity", ",", "Vps15", "protein", "normalized", "with", "IPed", "Vps34", "shows", "that", "NRBF2", "-", "CFP", ",", "but", "not", "CFP", ",", "dMIT", "-", "CFP", "or", "dCCD", "-", "CFP", "significantly", "enhance", "Vps34kinase", "activity", "and", "Vps34", "-", "Vps15", "interaction", ".", "(", "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "s", ".", "e", ".", "m", ".", ",", "P", "values", "are", "indicated", "on", "the", "figures", ".", "IPed", "Vps15", "/", "IPed", "Vps34", ",", "one", "sample", "t", "-", "test", "versus", "hypothetical", "mean", "1", ",", "Bonferroni", "correction", ",", "n", "=", "3", ";", "IPed", "Vps34kinase", "activity", "/", "IPed", "Vps34", ",", "multiple", "t", "-", "test", "followed", "by", "Bonferroni", "correction", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Overexpression of NRBF2 enhances overall Vps34kinase activity. HEK293T cells were co-transfected with Myc-Vps34-Vps15-His and CFP, NRBF2-CFP, dMIT-CFP or dCCD-CFP. Total Vps34 was pulled down by an anti-myc antibody and subjected to KA. IP products and inputs are immunoblotted using the antibodies indicated. (e) Quantification of IPed Vps34kinase activity, Vps15 protein normalized with IPed Vps34 shows that NRBF2-CFP, but not CFP, dMIT-CFP or dCCD-CFP significantly enhance Vps34kinase activity and Vps34-Vps15 interaction. (Data are shown as mean±s.e.m., P values are indicated on the figures. IPed Vps15/IPed Vps34, one sample t-test versus hypothetical mean 1, Bonferroni correction, n=3; IPed Vps34kinase activity/IPed Vps34, multiple t-test followed by Bonferroni correction, n=3)."}
{"words": ["b", "-", "d", ")", "Comparative", "characterization", "of", "CHO", "cell", "bulk", "transfection", "cultures", ",", "selected", "for", "stable", "expression", "of", "the", "UnaG", "-", "or", "EGFP", "-", "encoding", "reporter", "constructs", ".", "b", ")", "Flow", "cytometry", "revealed", "efficient", "induction", "of", "green", "fluorescence", ",", "after", "treatment", "of", "both", "UnaG", "and", "EGFP", "-", "expressing", "CHO", "bulk", "cultures", "with", "CoCl2", ",", "while", "growth", "under", "hypoxia", "(", "1", "%", "oxygen", ")", "for", "12", "hours", ",", "selectively", "induced", "green", "fluorescence", "only", "in", "dUnaG", "expressing", "cells", ".", "Under", "normoxia", "(", "21", "%", "oxygen", ")", "only", "background", "fluorescence", "was", "observed", ".", "c", ")", "Assessment", "of", "the", "mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "to", "determine", "the", "activity", "of", "the", "5xHRE", "-", "CMV", "promoter", "after", "12", "and", "24hrs", ".", "Fluorescence", "intensity", "increased", "between", "12", "and", "24hrs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b - d) Comparative characterization of CHO cell bulk transfection cultures, selected for stable expression of the UnaG- or EGFP-encoding reporter constructs.b) Flow cytometry revealed efficient induction of green fluorescence, after treatment of both UnaG and EGFP-expressing CHO bulk cultures with CoCl2, while growth under hypoxia (1% oxygen) for 12 hours, selectively induced green fluorescence only in dUnaG expressing cells. Under normoxia (21% oxygen) only background fluorescence was observed.c) Assessment of the mean fluorescence intensity (MFI) to determine the activity of the 5xHRE-CMV promoter after 12 and 24hrs. Fluorescence intensity increased between 12 and 24hrs."}
{"words": ["d", ")", "Representative", "images", "of", "dUnaG", "-", "or", "dEGFP", "-", "expressing", "CHO", "cells", "grown", "either", "under", "normoxia", "(", "21", "%", "oxygen", ")", ",", "CoCl2", "-", "treatment", "or", "hypoxia", "(", "1", "%", "oxygen", ")", "for", "12", "hours", ".", "Scale", "bars", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) Representative images of dUnaG- or dEGFP-expressing CHO cells grown either under normoxia (21% oxygen), CoCl2-treatment or hypoxia (1% oxygen) for 12 hours. Scale bars= 50µm"}
{"words": ["e", ")", "Fluorescence", "intensity", "in", "dUnaG", "-", "or", "dEGFP", "-", "expressing", "CHO", "cell", "bulks", "grown", "under", "increasingly", "hypoxic", "conditions", "of", "10", "%", ",", "5", "%", "and", "1", "%", "oxygen", "for", "24", "hrs", "indicated", "efficient", "induction", "of", "the", "dUnaG", "sensor", "at", "oxygen", "concentrations", "below", "5", "%", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e) Fluorescence intensity in dUnaG- or dEGFP-expressing CHO cell bulks grown under increasingly hypoxic conditions of 10%, 5% and 1% oxygen for 24 hrs indicated efficient induction of the dUnaG sensor at oxygen concentrations below 5%."}
{"words": ["f", ")", "Maximal", "fluorescence", "of", "the", "UnaG", "-", "based", "hypoxia", "reporter", "in", "CHO", "cells", "grown", "at", "1", "%", "oxygen", "for", "24", "hrs", "hours", "was", "only", "observed", "at", "serum", "concentrations", "of", "5", "%", "FCS", "or", "higher", ",", "reflecting", "the", "dependence", "of", "UnaG", "on", "its", "serum", "cofactor", "bilirubin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "f) Maximal fluorescence of the UnaG-based hypoxia reporter in CHO cells grown at 1% oxygen for 24 hrs hours was only observed at serum concentrations of 5% FCS or higher, reflecting the dependence of UnaG on its serum cofactor bilirubin."}
{"words": ["b", ")", "Microscopic", "assessment", "of", "the", "averaged", "fluorescence", "intensity", "(", "AFI", ")", "of", "CHO", "cell", "bulk", "cultures", "stably", "expressing", "the", "indicated", "UnaG", "variants", "or", "destabilized", "EGFP", ".", "Expression", "under", "hypoxia", "was", "induced", "by", "incubation", "in", "1", "%", "oxygen", "for", "16", "hrs", "and", "then", "culture", "was", "continued", "for", "24", "hrs", "under", "normoxia", ".", "Fluorescence", "hysteresis", "after", "switching", "to", "normoxia", "was", "markedly", "reduced", "in", "the", "singly", "-", "destabilized", "UnaG", "-", "variants", ",", "while", "the", "doubly", "destabilized", "doUnaG", "displayed", "the", "most", "rapid", "switching", "behavior", ",", "but", "the", "least", "brightness", ".", "To", "reduce", "phototoxicity", ",", "illumination", "intensity", "was", "kept", "minimal", ".", "Data", "points", "represent", "one", "viewfield", "of", "425", "µm2", "±", "SEM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b) Microscopic assessment of the averaged fluorescence intensity (AFI) of CHO cell bulk cultures stably expressing the indicated UnaG variants or destabilized EGFP. Expression under hypoxia was induced by incubation in 1% oxygen for 16 hrs and then culture was continued for 24 hrs under normoxia. Fluorescence hysteresis after switching to normoxia was markedly reduced in the singly-destabilized UnaG-variants, while the doubly destabilized doUnaG displayed the most rapid switching behavior, but the least brightness. To reduce phototoxicity, illumination intensity was kept minimal. Data points represent one viewfield of 425 µm2 ± SEM."}
{"words": ["c", ")", "Flow", "cytometry", "analysis", "of", "the", "induction", "and", "decay", "kinetics", "of", "the", "fluorescence", "intensity", "in", "CHO", "cells", "stably", "expressing", "either", "dUnaG", "or", "oUnaG", ".", "Open", "bars", "represent", "control", "cultures", "grown", "under", "normoxia", ".", "Solid", "bars", "indicate", "culture", "for", "4", ",", "8", ",", "12", ",", "16", ",", "20", "or", "24", "hrs", "under", "hypoxia", "(", "1", "%", "oxygen", ")", ".", "To", "assess", "deactivation", ",", "cultures", "previously", "kept", "under", "hypoxia", "(", "1", "%", "oxygen", ")", "for", "24hrs", "were", "shifted", "to", "normoxia", "(", "21", "%", "oxygen", ")", "for", "the", "indicated", "times", ".", "Error", "bars", "represent", "standard", "errors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) Flow cytometry analysis of the induction and decay kinetics of the fluorescence intensity in CHO cells stably expressing either dUnaG or oUnaG. Open bars represent control cultures grown under normoxia. Solid bars indicate culture for 4, 8, 12, 16, 20 or 24 hrs under hypoxia (1% oxygen). To assess deactivation, cultures previously kept under hypoxia (1% oxygen) for 24hrs were shifted to normoxia (21% oxygen) for the indicated times. Error bars represent standard errors."}
{"words": ["d", ")", "Representative", "maximum", "intensity", "projections", "(", "MIPs", ")", "from", "the", "life", "cell", "cultures", "depicted", "in", "b", ".", "Cells", "were", "grown", "for", "the", "indicated", "times", "at", "hypoxic", "(", "1", "%", "oxygen", ")", "conditions", "and", "subsequently", "switched", "for", "the", "indicated", "times", "to", "normoxia", "(", "21", "%", "oxygen", ")", "(", "red", "arrows", "in", "b", ")", "to", "illustrate", "the", "dynamics", "of", "the", "different", "UnaG", "-", "based", "hypoxia", "sensors", ".", "Increasing", "destabilization", "is", "associated", "with", "reduced", "brightness", "but", ",", "also", "reduced", "background", "and", "improved", "switching", "behavior", ".", "Scale", "bars", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) Representative maximum intensity projections (MIPs) from the life cell cultures depicted in b. Cells were grown for the indicated times at hypoxic (1% oxygen) conditions and subsequently switched for the indicated times to normoxia (21% oxygen)(red arrows in b) to illustrate the dynamics of the different UnaG-based hypoxia sensors. Increasing destabilization is associated with reduced brightness but, also reduced background and improved switching behavior. Scale bars = 50 µm."}
{"words": ["a", ")", "UnaG", "-", "based", "hypoxia", "sensing", "is", "applicable", "in", "vivo", "as", "shown", "here", "using", "the", "human", "Gli36", "glioblastoma", "model", ".", "500", "Gli36", "glioblastoma", "cells", ",", "constitutively", "expressing", "mCherry", "and", "stably", "transfected", "with", "the", "HRE", "-", "dUnaG", "sensor", "construct", ",", "were", "stereotactically", "transplanted", "into", "the", "cortex", "of", "a", "SCIDmouse", ".", "Shown", "is", "a", "30", "µm", "cryosection", "of", "a", "growing", "tumor", "10", "days", "after", "transplantation", ".", "Tumor", "cells", "are", "distinguished", "from", "the", "surrounding", "cortex", "by", "mCherry", "expression", ".", "Blood", "vessels", "were", "contrasted", "by", "immunostaining", "against", "PECAM", "-", "1", ".", "Expression", "of", "dUnaG", "was", "visualized", "by", "its", "green", "fluorescence", "and", "predominates", "in", "areas", "with", "reduced", "vascular", "density", "(", "outlined", "by", "white", "line", "in", "the", "composite", "panel", "(", "bottom", "right", ")", ".", "b", ")", "Representative", "area", "from", "the", "tumor", "shown", "in", "a", ")", ",", "which", "is", "located", "outside", "the", "viewfield", "in", "a", ")", "positioned", "more", "closely", "to", "the", "tumor", "border", ".", "Also", "at", "the", "tumor", "border", "UnaG", "-", "expressing", "cells", "are", "preferentially", "observed", "at", "a", "distance", "to", "PECAM", "-", "1", "+", "vessels", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0], "text": "a) UnaG-based hypoxia sensing is applicable in vivo as shown here using the human Gli36 glioblastoma model. 500 Gli36 glioblastoma cells, constitutively expressing mCherry and stably transfected with the HRE-dUnaG sensor construct, were stereotactically transplanted into the cortex of a SCIDmouse. Shown is a 30 µm cryosection of a growing tumor 10 days after transplantation. Tumor cells are distinguished from the surrounding cortex by mCherry expression. Blood vessels were contrasted by immunostaining against PECAM-1. Expression of dUnaG was visualized by its green fluorescence and predominates in areas with reduced vascular density (outlined by white line in the composite panel (bottom right).b) Representative area from the tumor shown in a), which is located outside the viewfield in a) positioned more closely to the tumor border. Also at the tumor border UnaG-expressing cells are preferentially observed at a distance to PECAM-1+ vessels."}
{"words": ["c", ")", "Areas", "of", "dUnaG", "expression", "correlate", "well", "with", "HIF", "-", "1α", "stabilization", ".", "Immunostaining", "for", "HIF", "-", "1α", "(", "cyan", ")", "revealed", "the", "predominantly", "nuclear", "localization", "of", "stabilized", "HIF", "-", "1α", "in", "cells", "that", "were", "also", "dUnaG", "-", "positive", "(", "green", ")", ".", "d", ")", "Analysis", "of", "dUnaG", "expressing", "cells", "in", "c", ")", "for", "mCherry", "fluorescence", "and", "HIF", "-", "1α", "stabilization", ".", "dUnaG", "-", "positive", "cells", "were", "classified", "according", "to", "their", "average", "fluorescence", "intensity", "into", "background", "level", "and", "above", "background", "level", "expression", "for", "mCherry", "and", "HIF", "-", "1α", "The", "threshold", "was", "set", "in", "either", "case", "to", "channel", "70", "of", "256", "intensity", "channels", ".", "Using", "this", "classification", ">", "60", "%", "of", "UnaG", "positive", "cells", "displayed", "only", "background", "level", "mCherry", "fluorescence", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", ">", "98", "%", "of", "the", "UnaG", "expressing", "cells", "also", "expressed", "HIF", "-", "1α", ",", "which", "together", "suggests", "that", "here", "UnaG", "acts", "preferentially", "as", "a", "hypoxia", "sensor", "in", "vivo", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) Areas of dUnaG expression correlate well with HIF-1α stabilization. Immunostaining for HIF-1α (cyan) revealed the predominantly nuclear localization of stabilized HIF-1α in cells that were also dUnaG-positive (green).d) Analysis of dUnaG expressing cells in c) for mCherry fluorescence and HIF-1α stabilization. dUnaG-positive cells were classified according to their average fluorescence intensity into background level and above background level expression for mCherry and HIF-1α The threshold was set in either case to channel 70 of 256 intensity channels. Using this classification >60% of UnaG positive cells displayed only background level mCherry fluorescence. On the other hand, >98% of the UnaG expressing cells also expressed HIF-1α , which together suggests that here UnaG acts preferentially as a hypoxia sensor in vivo."}
{"words": ["e", ")", "The", "dUnaG", "-", "based", "senor", "was", "efficiently", "applied", "in", "intravital", "microscopy", ".", "500", "Gli36", "glioblastoma", "cells", "stably", "expressing", "mCherry", "and", "harboring", "the", "dUnaG", "-", "sensor", "construct", "were", "positioned", "at", "200µm", "depth", "subcortically", "in", "a", "SCIDmouse", "and", "observed", "4", "days", "later", "through", "a", "cranial", "window", "using", "multiphoton", "microscopy", ".", "We", "noted", "two", "distinct", "areas", "of", "intense", "UnaG", "fluorescence", "(", "red", "lines", ")", ".", "Shown", "is", "a", "MIP", "of", "a", "60", "µm", "z", "stack", ".", "The", "vasculature", "was", "contrasted", "by", "intravenous", "injection", "of", "non", "-", "functionalized", "Qdots", ".", "f", ")", "Depth", "color", "coding", "of", "the", "MIP", "shown", "in", "e", ")", "revealed", "the", "spatial", "relation", "between", "the", "vasculature", ",", "(", "contrasted", "by", "Qdots", ")", ",", "areas", "of", "increased", "dUnaG", "expression", "(", "bordered", "by", "green", "lines", ")", "and", "tumor", "cells", "expressing", "residual", "levels", "of", "mCherry", ".", "The", "hypoxic", "areas", "were", "located", "towards", "the", "top", "of", "the", "imaged", "tissue", "cube", "and", "therefore", "at", "different", "levels", "compared", "to", "the", "large", "vessel", "at", "the", "lower", "left", "corner", "(", "red", "asterisk", ")", "and", "the", "smaller", "vessels", "with", "a", "more", "axial", "orientation", "(", "white", "arrows", ")", ".", "Scale", "bars", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e) The dUnaG-based senor was efficiently applied in intravital microscopy. 500 Gli36 glioblastoma cells stably expressing mCherry and harboring the dUnaG-sensor construct were positioned at 200µm depth subcortically in a SCIDmouse and observed 4 days later through a cranial window using multiphoton microscopy. We noted two distinct areas of intense UnaG fluorescence (red lines). Shown is a MIP of a 60 µm z stack. The vasculature was contrasted by intravenous injection of non-functionalized Qdots.f) Depth color coding of the MIP shown in e) revealed the spatial relation between the vasculature, (contrasted by Qdots), areas of increased dUnaG expression (bordered by green lines) and tumor cells expressing residual levels of mCherry. The hypoxic areas were located towards the top of the imaged tissue cube and therefore at different levels compared to the large vessel at the lower left corner (red asterisk) and the smaller vessels with a more axial orientation (white arrows). Scale bars = 100µm"}
{"words": ["b", ")", "Microscopic", "assessment", "of", "the", "averaged", "fluorescence", "intensity", "(", "AFI", ")", "in", "CHO", "cells", "stably", "transfected", "with", "the", "dUnOHR", "sensor", ".", "Hypoxia", "was", "induced", "by", "incubation", "in", "1", "%", "oxygen", "for", "18", "hrs", ",", "then", "the", "culture", "was", "switched", "to", "normoxia", "for", "24", "hrs", ",", "followed", "by", "another", "14", "hrs", "hypoxia", "and", "finally", "normoxia", "again", ".", "As", "expected", "UnaG", "fluorescence", "is", "efficiently", "induced", "under", "hypoxia", ",", "while", "mOrange", "fluorescence", "only", "appears", "after", "the", "switch", "to", "normoxia", "only", ".", "The", "increase", "in", "both", "green", "and", "orange", "fluorescence", "is", "limited", "under", "normoxia", "by", "the", "subsiding", "HRE", "-", "mCMV", "promoter", "activity", ".", "This", "behavior", "is", "repeated", "in", "subsequent", "hypoxia", "/", "normoxia", "cycles", ".", "The", "increase", "in", "absolute", "fluorescence", "intensity", "is", "due", "to", "proliferation", "during", "the", "72hrs", "culture", "period", ".", "Plotted", "is", "the", "average", "of", "the", "mean", "±", "SEM", ".", "c", ")", "Visualization", "of", "the", "fluorescence", "of", "the", "dUnOHR", "reporter", "during", "alternating", "hypoxia", "/", "normoxia", "cycles", "as", "described", "in", "b", ".", ")", "MIPs", "of", "life", "cell", "cultures", "stably", "transfected", "with", "the", "dUnOHR", "sensor", "construct", "illustrate", "the", "temporally", "asynchronous", "fluorescence", "of", "UnaG", "and", "mOrange", ".", "Scale", "bars", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "b) Microscopic assessment of the averaged fluorescence intensity (AFI) in CHO cells stably transfected with the dUnOHR sensor. Hypoxia was induced by incubation in 1% oxygen for 18 hrs, then the culture was switched to normoxia for 24 hrs, followed by another 14 hrs hypoxia and finally normoxia again. As expected UnaG fluorescence is efficiently induced under hypoxia, while mOrange fluorescence only appears after the switch to normoxia only. The increase in both green and orange fluorescence is limited under normoxia by the subsiding HRE-mCMV promoter activity. This behavior is repeated in subsequent hypoxia / normoxia cycles. The increase in absolute fluorescence intensity is due to proliferation during the 72hrs culture period. Plotted is the average of the mean ± SEM.c) Visualization of the fluorescence of the dUnOHR reporter during alternating hypoxia / normoxia cycles as described in b.) MIPs of life cell cultures stably transfected with the dUnOHR sensor construct illustrate the temporally asynchronous fluorescence of UnaG and mOrange. Scale bars = 100 µm."}
{"words": ["a", ")", "Overview", "of", "a", "tumor", "induced", "by", "deep", "cortical", "deposition", "of", "approximately", "500", "Gli36", "cells", "stably", "transfected", "with", "the", "dUnOHR", "sensor", "construct", ".", "The", "perimeter", "of", "the", "developing", "tumor", "(", "white", "line", "in", "the", "merged", "picture", ",", "lower", "right", "panel", ")", "was", "delineated", "by", "Hoechst", "33342", "staining", ".", "As", "observed", "for", "dUnaG", "the", "reoxygenation", "sensor", "was", "expressed", "in", "compact", "areas", "with", "low", "vascular", "density", ".", "Vascular", "endothelium", "was", "identified", "by", "PECAM", "-", "1", "staining", ".", "30", "µm", "cryosection", ".", "Scale", "bar", "=", "500µm", ".", "b", ")", "Details", "of", "the", "tumor", "shown", "in", "a", ")", ".", "Sparse", ",", "distinct", "cells", "are", "characterized", "by", "intense", "green", "and", "orange", "fluorescence", "(", "shown", "as", "orange", ")", "and", "are", "located", "preferentially", "to", "the", "edge", "of", "the", "hypoxic", "phalanx", "(", "white", "arrows", ")", ".", "A", "number", "of", "cells", "in", "close", "proximity", "of", "the", "nearest", "blood", "vessel", "display", "weak", "green", "and", "orange", "fluorescence", "(", "asterisks", ")", ",", "indicative", "of", "previously", "hypoxic", "environment", "and", "subsequent", "reoxygenation", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "a) Overview of a tumor induced by deep cortical deposition of approximately 500 Gli36 cells stably transfected with the dUnOHR sensor construct. The perimeter of the developing tumor (white line in the merged picture, lower right panel) was delineated by Hoechst 33342 staining. As observed for dUnaG the reoxygenation sensor was expressed in compact areas with low vascular density. Vascular endothelium was identified by PECAM-1 staining. 30 µm cryosection. Scale bar = 500µm.b) Details of the tumor shown in a). Sparse, distinct cells are characterized by intense green and orange fluorescence (shown as orange) and are located preferentially to the edge of the hypoxic phalanx (white arrows). A number of cells in close proximity of the nearest blood vessel display weak green and orange fluorescence (asterisks), indicative of previously hypoxic environment and subsequent reoxygenation. Scale bar = 50 µm."}
{"words": ["c", ")", "Recently", "reoxygenated", "cells", "(", "arrows", ")", "cluster", "at", "the", "edge", "of", "hypoxic", "areas", "and", "are", "often", "detected", "in", "the", "proximity", "of", "vessels", "with", "a", "homogeneous", "caliber", "(", "double", "arrows", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "100", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "c) Recently reoxygenated cells (arrows) cluster at the edge of hypoxic areas and are often detected in the proximity of vessels with a homogeneous caliber (double arrows). Scale bar = 100 µm."}
{"words": ["d", ")", "Previously", "hypoxic", "cells", ",", "frequently", "undergo", "apoptosis", "after", "reoxygenation", ".", "We", "noted", "an", "accumulation", "of", "intensely", "orange", "fluorescing", "spots", "at", "the", "edges", "of", "compact", "UnaG", "positive", "areas", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "d) Previously hypoxic cells, frequently undergo apoptosis after reoxygenation. We noted an accumulation of intensely orange fluorescing spots at the edges of compact UnaG positive areas. Scale bar = 50µm."}
{"words": ["e", ")", "TUNEL", "staining", "of", "tumor", "sections", "revealed", "that", "the", "tissue", "areas", "rich", "in", "intense", "mOrange", "aggregates", "colocalized", "with", "areas", "of", "increased", "apoptosis", ".", "Scale", "bar", "=", "50µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e) TUNEL staining of tumor sections revealed that the tissue areas rich in intense mOrange aggregates colocalized with areas of increased apoptosis. Scale bar = 50µm."}
{"words": ["Ookinete", "formation", "in", "vitro", ".", "After", "12", "h", "of", "culture", ",", "the", "ookinetes", "were", "Giemsa", "-", "stained", "and", "analyzed", "for", "ookinete", "morphology", ".", "The", "ookinete", "conversion", "rate", "was", "calculated", "as", "the", "number", "of", "mature", "ookinetes", "per", "100", "female", "gametocytes", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Ookinete formation in vitro. After 12 h of culture, the ookinetes were Giemsa-stained and analyzed for ookinete morphology. The ookinete conversion rate was calculated as the number of mature ookinetes per 100 female gametocytes."}
{"words": ["Oocyst", "counts", "in", "the", "mosquitoes", "at", "day", "7", "post", "blood", "-", "feeding", ".", "x", "/", "y", "on", "the", "top", "is", "the", "number", "of", "mosquitoes", "containing", "oocyst", "/", "the", "number", "of", "mosquitoes", "dissected", ";", "the", "percentage", "number", "is", "the", "mosquito", "infection", "prevalence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oocyst counts in the mosquitoes at day 7 post blood-feeding. x/y on the top is the number of mosquitoes containing oocyst/the number of mosquitoes dissected; the percentage number is the mosquito infection prevalence."}
{"words": ["Co", "-", "staining", "of", "P28", "and", "GAP45", "(", "IMC", "protein", ")", "in", "female", "gametes", "(", "P28", "+", "only", ")", "and", "zygotes", "(", "P28", "+", "/", "GAP45", "+", ")", "of", "the", "17XNL", ",", "Δap2", "-", "o3", "and", "Δcdpk4", "strains", ".", "Percentages", "of", "female", "gametes", "and", "zygotes", "were", "indicated", "respectively", ".", "n", "is", "the", "number", "of", "cells", "counted", ".", "Scale", "bars", "=", "5", "μm", ".", "Note", ":", "the", "signal", "of", "P28", "and", "GAP45", "is", "reduced", "similarly", "in", "all", "Δap2", "-", "o3", "female", "gametes", "and", "zygotes", "compared", "to", "that", "of", "17XNL", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Co-staining of P28 and GAP45 (IMC protein) in female gametes (P28+ only) and zygotes (P28+/GAP45+) of the 17XNL, Δap2-o3 and Δcdpk4 strains. Percentages of female gametes and zygotes were indicated respectively. n is the number of cells counted. Scale bars = 5 μm. Note: the signal of P28 and GAP45 is reduced similarly in all Δap2-o3 female gametes and zygotes compared to that of 17XNL."}
{"words": ["Day", "7", "midgut", "oocyst", "counts", "from", "mosquitoes", "infected", "with", "parasites", ",", "including", "17XNL", ",", "Δap2", "-", "o3", ",", "Δmap2", ",", "or", "Δnek4", "strain", "alone", "as", "well", "as", "mixtures", "of", "Δmap2", "/", "Δnek4", ",", "Δap2", "-", "o3", "/", "Δmap2", ",", "and", "Δap2", "-", "o3", "/", "Δnek4", ".", "Δnek4", "and", "Δmap2", "are", "female", "and", "male", "gamete", "-", "defect", "parasites", ",", "respectively", ".", "n", "is", "the", "number", "of", "mosquitoes", "dissected", ",", "Mann", "-", "Whitney", "test", "applied", ",", "two", "experiments", "repeated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Day 7 midgut oocyst counts from mosquitoes infected with parasites, including 17XNL, Δap2-o3, Δmap2, or Δnek4 strain alone as well as mixtures of Δmap2/Δnek4, Δap2-o3/Δmap2, and Δap2-o3/Δnek4. Δnek4 and Δmap2 are female and male gamete-defect parasites, respectively. n is the number of mosquitoes dissected, Mann-Whitney test applied, two experiments repeated."}
{"words": ["Transcript", "expression", "heatmap", "by", "RNA", "-", "seq", "of", "26", "genes", "involving", "DNA", "replication", "and", "DNA", "repair", "between", "DFsc7", "(", "WT", ")", "and", "DFsc7", ";", "Δap2", "-", "o3", "(", "KO", ")", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Transcript expression heatmap by RNA-seq of 26 genes involving DNA replication and DNA repair between DFsc7 (WT) and DFsc7;Δap2-o3 (KO) strains."}
{"words": ["Representative", "fluorescence", "microscopy", "images", "of", "mCherry", "and", "DPOD2", ":", ":", "GFP", "expression", "in", "female", "and", "male", "gametocytes", "of", "the", "DTS1", "(", "ccp2", ":", ":", "mCherry", ";", "dpod2", ":", ":", "gfp", ")", "and", "DTS1", ";", "Δap2", "-", "o3", "strains", ".", "mCherry", "is", "specifically", "expressed", "in", "female", "gametocytes", ".", "Flow", "cytometry", "detection", "of", "mCherry", "and", "DPOD2", ":", ":", "GFP", "expression", "in", "female", "and", "male", "gametocytes", "of", "the", "DTS1", "and", "DTS1", ";", "Δap2", "-", "o3", "strains", ".", "The", "female", "and", "male", "gametocyte", "populations", "are", "circled", "by", "solid", "and", "dashed", "line", "respectively", ".", "E", ",", "F", "Similar", "analysis", "(", "as", "in", "C", ",", "D", ")", "in", "DTS2", "(", "ccp2", ":", ":", "mCherry", ";", "dpod1", ":", ":", "gfp", ")", "and", "DTS2", ";", "Δap2", "-", "o3", "strains", ".", "G", ",", "H", "Similar", "analysis", "(", "as", "in", "C", ",", "D", ")", "in", "DTS3", "(", "ccp2", ":", ":", "mCherry", ";", "rpa1", ":", ":", "gfp", ")", "and", "DTS3", ";", "Δap2", "-", "o3", "strains", ".", "I", ",", "J", "Similar", "analysis", "(", "as", "in", "C", ",", "D", ")", "in", "DTS4", "(", "ccp2", ":", ":", "mCherry", ";", "mcm7", ":", ":", "gfp", ")", "and", "DTS4", ";", "Δap2", "-", "o3", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0], "text": "Representative fluorescence microscopy images of mCherry and DPOD2::GFP expression in female and male gametocytes of the DTS1 (ccp2::mCherry;dpod2::gfp) and DTS1;Δap2-o3 strains. mCherry is specifically expressed in female gametocytes. Flow cytometry detection of mCherry and DPOD2::GFP expression in female and male gametocytes of the DTS1 and DTS1;Δap2-o3 strains. The female and male gametocyte populations are circled by solid and dashed line respectively. E,F Similar analysis (as in C, D) in DTS2 (ccp2::mCherry;dpod1::gfp) and DTS2;Δap2-o3 strains. G,H Similar analysis (as in C, D) in DTS3 (ccp2::mCherry;rpa1::gfp) and DTS3;Δap2-o3 strains. I,J Similar analysis (as in C, D) in DTS4 (ccp2::mCherry;mcm7::gfp) and DTS4;Δap2-o3 strains."}
{"words": ["EMSA", "using", "the", "recombinant", "GST", "-", "fused", "AP2", "domain", "of", "AP2", "-", "O3", "and", "a", "synthesized", "DNA", "probe", "containing", "three", "repeats", "of", "predicted", "motif", ".", "GST", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", ".", "An", "arrowhead", "indicates", "the", "shifted", "band", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "EMSA using the recombinant GST-fused AP2 domain of AP2-O3 and a synthesized DNA probe containing three repeats of predicted motif. GST was used as a negative control. An arrowhead indicates the shifted band."}
{"words": ["ChIP", "-", "qPCR", "validation", "of", "the", "binding", "between", "AP2", "-", "O3", "and", "the", "upstream", "region", "of", "four", "male", "genes", "The", "regions", "detected", "via", "ChIP", "-", "qPCR", "are", "indicated", "by", "pink", "line", "(", "in", "the", "peak", ")", "and", "purple", "line", "(", "out", "of", "the", "peak", ")", ".", "mean", "±", "SEM", "from", "three", "independent", "experiments", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "ChIP-qPCR validation of the binding between AP2-O3 and the upstream region of four male genes The regions detected via ChIP-qPCR are indicated by pink line (in the peak) and purple line (out of the peak). mean±SEM from three independent experiments."}
{"words": ["qRT", "-", "PCR", "detecting", "mRNA", "transcript", "level", "of", "ten", "selected", "highly", "expressed", "genes", "The", "numbers", "indicate", "the", "gene", "ID", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "qRT-PCR detecting mRNA transcript level of ten selected highly expressed genes The numbers indicate the gene ID."}
{"words": ["Western", "blot", "of", "GAP45", "protein", "expression", "in", "non", "-", "activated", "(", "NAG", ")", "and", "activated", "gametocyte", "(", "AG", ")", "of", "17XNL", "and", "Δap2", "-", "o3", "strains", ".", "BiP", "as", "loading", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Western blot of GAP45 protein expression in non-activated (NAG) and activated gametocyte (AG) of 17XNL and Δap2-o3 strains. BiP as loading control."}
{"words": ["IFA", "of", "AP2", "-", "O3", "protein", "expression", "in", "activated", "gametocytes", "of", "Pccp2", "strains", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "IFA of AP2-O3 protein expression in activated gametocytes of Pccp2 strains."}
{"words": ["Oocyst", "counts", "in", "the", "mosquitoes", "at", "day", "7", "post", "blood", "-", "feeding", ".", "x", "/", "y", "on", "the", "top", "is", "the", "number", "of", "mosquitoes", "containing", "oocyst", "/", "the", "number", "of", "mosquitoes", "dissected", ";", "the", "percentage", "number", "is", "the", "mosquito", "infection", "prevalence", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Oocyst counts in the mosquitoes at day 7 post blood-feeding. x/y on the top is the number of mosquitoes containing oocyst/the number of mosquitoes dissected; the percentage number is the mosquito infection prevalence."}
{"words": ["52", "-", "day", "-", "old", "(", "A", ")", "plants", "of", "the", "genotypes", "indicated", "grown", "in", "LDs", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "cm", ".", "B", "-", "C", "The", "number", "of", "rosette", "leaves", "and", "the", "time", "to", "flowering", "at", "the", "time", "of", "flowering", "of", "the", "genotypes", "shown", "in", "A", "the", "numbers", "indicate", "independent", "transgenic", "lines", ".", "The", "letters", "\"", "a", "\"", "to", "\"", "c", "\"", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "between", "flowering", "time", "or", "leaf", "numbers", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "B", "-", "C", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "n", "≥", "15", "per", "genotypes", "indicated", ".", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Tukey", "'", "s", "HSD", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "52-day-old (A) plants of the genotypes indicated grown in LDs. Scale bars: 5 cm. B-C The number of rosette leaves and the time to flowering at the time of flowering of the genotypes shown in A the numbers indicate independent transgenic lines. The letters \"a\" to \"c\" indicate statistically significant differences between flowering time or leaf numbers of the indicated genotypes. Data information: In (B-C data are presented as mean ± SD, n ≥ 15 per genotypes indicated. P≤0.05 (Tukey's HSD test)."}
{"words": ["D", "-", "E", "qPCR", "results", "showing", "mRNA", "expression", "of", "CIB1", ",", "FT", "in", "the", "genotypes", "indicated", ".", "The", "numbers", "indicate", "independent", "transgenic", "lines", ".", "The", "transcript", "levels", "of", "CIB1", "or", "FT", "in", "Col", "were", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Samples", "were", "collected", "from", "7", "-", "day", "-", "old", "LD", "grown", "seedlings", "at", "ZT16", ".", "Data", "information", ":", "error", "bars", "indicate", "standard", "error", "within", "three", "biological", "replicates", "and", "for", "each", "of", "these", "two", "technical", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D-E qPCR results showing mRNA expression of CIB1, FT in the genotypes indicated. The numbers indicate independent transgenic lines. The transcript levels of CIB1 or FT in Col were set to 1.0. Samples were collected from 7-day-old LD grown seedlings at ZT16. Data information: error bars indicate standard error within three biological replicates and for each of these two technical replicates were performed."}
{"words": ["F", ".", "25", "-", "day", "-", "old", "plants", "(", "F", ")", "of", "the", "genotypes", "indicated", "grown", "in", "LDs", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "cm", ".", ",", "G", "-", "H", ".", "The", "number", "of", "rosette", "leaves", "and", "the", "time", "to", "flowering", "at", "the", "time", "of", "flowering", "of", "the", "genotypes", "shown", "in", "the", "numbers", "indicate", "independent", "transgenic", "lines", ".", "The", "letters", "\"", "a", "\"", "to", "\"", "c", "\"", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "between", "flowering", "time", "or", "leaf", "numbers", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Data", "information", ":", "In", "G", "-", "H", ")", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "n", "≥", "15", "per", "genotypes", "indicated", ".", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Tukey", "'", "s", "HSD", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. 25-day-old plants (F) of the genotypes indicated grown in LDs. Scale bars: 5 cm. , G-H. The number of rosette leaves and the time to flowering at the time of flowering of the genotypes shown in the numbers indicate independent transgenic lines. The letters \"a\" to \"c\" indicate statistically significant differences between flowering time or leaf numbers of the indicated genotypes. Data information: In G-H), data are presented as mean ± SD, n ≥ 15 per genotypes indicated. P≤0.05 (Tukey's HSD test)."}
{"words": [",", "I", "-", "J", ".", "qPCR", "results", "showing", "mRNA", "expression", "of", "CO", ",", "FT", "in", "the", "genotypes", "indicated", ".", "The", "numbers", "indicate", "independent", "transgenic", "lines", ".", "The", "transcript", "levels", "of", "CO", "or", "FT", "in", "Col", "were", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Samples", "were", "collected", "from", "7", "-", "day", "-", "old", "LD", "grown", "seedlings", "at", "ZT16", ".", "Data", "information", ":", "error", "bars", "indicate", "standard", "error", "within", "three", "biological", "replicates", "and", "for", "each", "of", "these", "two", "technical", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": ", I-J. qPCR results showing mRNA expression of CO, FT in the genotypes indicated. The numbers indicate independent transgenic lines. The transcript levels of CO or FT in Col were set to 1.0. Samples were collected from 7-day-old LD grown seedlings at ZT16. Data information: error bars indicate standard error within three biological replicates and for each of these two technical replicates were performed."}
{"words": ["Immunoblots", "showing", "CIB1", "(", "A", ")", "protein", "levels", "in", "WT", "and", "co", "-", "1", "backgrounds", "(", "A", ")", "over", "the", "course", "of", "20", "hours", "under", "LDs", ".", "Samples", "were", "separated", "on", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "blotted", ",", "probed", "with", "the", "anti", "-", "Myc", "antibody", ",", "stripped", "and", "re", "-", "probed", "with", "the", "anti", "-", "actin", "antibody", "(", "ACT", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "Immunoblots showing CIB1 (A) protein levels in WT and co-1 backgrounds (A) over the course of 20 hours under LDs. Samples were separated on 10% SDS-PAGE, blotted, probed with the anti-Myc antibody, stripped and re-probed with the anti-actin antibody (ACT)."}
{"words": ["B", ".", "Immunoblots", "showing", "CO", "(", "B", ")", "protein", "levels", "in", "WT", "and", "cibh", "backgrounds", "(", "B", ")", "over", "the", "course", "of", "20", "hours", "under", "LDs", ".", "Samples", "were", "separated", "on", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "blotted", ",", "probed", "with", "the", "anti", "-", "Myc", "antibody", ",", "stripped", "and", "re", "-", "probed", "with", "the", "anti", "-", "actin", "antibody", "(", "ACT", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "B. Immunoblots showing CO (B) protein levels in WT and cibh backgrounds (B) over the course of 20 hours under LDs. Samples were separated on 10% SDS-PAGE, blotted, probed with the anti-Myc antibody, stripped and re-probed with the anti-actin antibody (ACT)."}
{"words": ["The", "relative", "levels", "of", "CIB1", "in", "WT", "and", "co", "-", "1", "backgrounds", "over", "the", "course", "of", "20", "hours", "under", "LDs", "were", "calculated", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "the", "standard", "deviation", "of", "three", "biological", "replicates", "of", "the", "Western", "blots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The relative levels of CIB1 in WT and co-1 backgrounds over the course of 20 hours under LDs were calculated Data information: Error bars represent the standard deviation of three biological replicates of the Western blots."}
{"words": ["D", ".", "The", "relative", "levels", "of", "CO", "proteins", "in", "WT", "and", "cibh", "backgrounds", "over", "the", "course", "of", "20", "hours", "under", "LDs", "were", "calculated", "Data", "information", ":", "Error", "bars", "represent", "the", "standard", "deviation", "of", "three", "biological", "replicates", "of", "the", "Western", "blots", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. The relative levels of CO proteins in WT and cibh backgrounds over the course of 20 hours under LDs were calculated Data information: Error bars represent the standard deviation of three biological replicates of the Western blots."}
{"words": ["A", ".", "Fluorescent", "microscopy", "images", "showing", "that", "CIB1", "co", "-", "localizes", "with", "CO", "in", "nuclear", "speckles", ".", "Scale", "bars", ":", "2", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Fluorescent microscopy images showing that CIB1 co-localizes with CO in nuclear speckles. Scale bars: 2 μm."}
{"words": ["B", ".", "BiFC", "assays", "to", "show", "in", "vivo", "protein", "interactions", ".", "Epidermal", "cells", "of", "N", ".", "benthamiana", "leaves", "were", "co", "-", "transformated", "with", "cCFP", "-", "CO", "and", "nYFP", "-", "CIB1", ",", "with", "cCFP", "-", "CO", "and", "nYFP", ",", "or", "with", "cCFP", "and", "nYFP", "-", "CIB1", ".", "BF", ",", "bright", "field", ".", "Merge", ",", "overlay", "of", "the", "YFP", "and", "bright", "field", "images", ".", "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ".", "Data", "information", ":", "For", "each", "experiment", ",", "two", "or", "more", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. BiFC assays to show in vivo protein interactions. Epidermal cells of N. benthamiana leaves were co-transformated with cCFP-CO and nYFP-CIB1, with cCFP-CO and nYFP, or with cCFP and nYFP-CIB1. BF, bright field. Merge, overlay of the YFP and bright field images. Scale bars: 50 μm. Data information: For each experiment, two or more biological replicates were performed."}
{"words": ["C", ".", "Split", "-", "LUC", "assay", "showing", "that", "CIB1", "interacts", "with", "CO", ".", "Leaf", "epidermal", "cells", "of", "N", ".", "benthamiana", "were", "co", "-", "transformed", "with", "CO", "-", "nLUC", "and", "cLUC", "-", "CIB1", "or", "cLUC", "or", "nLUC", "with", "cLUC", "-", "CIB", "or", "cLUC", ".", "Data", "information", ":", "For", "each", "experiment", ",", "two", "or", "more", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Split-LUC assay showing that CIB1 interacts with CO. Leaf epidermal cells of N. benthamiana were co-transformed with CO-nLUC and cLUC-CIB1 or cLUC or nLUC with cLUC-CIB or cLUC. Data information: For each experiment, two or more biological replicates were performed."}
{"words": ["D", ".", "Co", "-", "IP", "assays", "of", "samples", "prepared", "from", "10", "-", "day", "-", "old", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", ",", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "or", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "seedlings", "grown", "in", "LDs", ".", "Data", "information", ":", "For", "each", "experiment", ",", "two", "or", "more", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Co-IP assays of samples prepared from 10-day-old 35S:Myc-CIB1, 35S:CO-Flag or 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag seedlings grown in LDs. Data information: For each experiment, two or more biological replicates were performed."}
{"words": ["F", ".", "In", "vitro", "pull", "-", "down", "assays", "showing", "the", "interaction", "between", "CIBC", "and", "CO", ",", "or", "CIBC", "and", "COΔN", "and", "the", "lack", "of", "interaction", "between", "CIB1C", "and", "COΔC", ".", "His", "-", "TF", "tagged", "CO", ",", "COΔN", ",", "COΔC", "or", "His", "-", "TF", "tagged", "UVR8", "were", "mixed", "with", "GST", "-", "CIB1C", "purified", "from", "E", ".", "coli", ",", "and", "His", "antibody", "was", "used", "for", "the", "in", "vitro", "pull", "-", "down", "assay", ".", "The", "products", "were", "analyzed", "by", "immunoblots", "probed", "with", "the", "anti", "-", "CIB1C", "antibody", "or", "the", "anti", "-", "His", "antibody", "(", "UVR8", ",", "CO", ",", "COΔC", ",", "COΔN", ")", ".", "Data", "information", ":", "For", "each", "experiment", ",", "two", "or", "more", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. In vitro pull-down assays showing the interaction between CIBC and CO, or CIBC and COΔN and the lack of interaction between CIB1C and COΔC. His-TF tagged CO, COΔN, COΔC or His-TF tagged UVR8 were mixed with GST-CIB1C purified from E. coli, and His antibody was used for the in vitro pull-down assay. The products were analyzed by immunoblots probed with the anti-CIB1C antibody or the anti-His antibody (UVR8, CO, COΔC, COΔN). Data information: For each experiment, two or more biological replicates were performed."}
{"words": ["A", ".", "28", "-", "day", "-", "old", "plants", "of", "the", "genotypes", "indicated", "grown", "in", "LDs", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "cm", ".", "B", ",", "C", ".", "The", "number", "of", "rosette", "leaves", "and", "the", "time", "to", "flowering", "at", "the", "time", "of", "flowering", "of", "the", "genotypes", "shown", "in", "A", ".", "The", "letters", "\"", "a", "\"", "to", "\"", "c", "\"", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "between", "flowering", "time", "or", "leaf", "numbers", "of", "the", "indicated", "genotypes", ".", "Data", "information", ":", "In", "(", "B", ",", "C", ")", ",", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "n", "≥", "15", "per", "genotypes", "indicated", ".", "P", "≤", "0", ".", "05", "(", "Tukey", "'", "s", "HSD", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. 28-day-old plants of the genotypes indicated grown in LDs. Scale bars: 5 cm. B, C. The number of rosette leaves and the time to flowering at the time of flowering of the genotypes shown in A. The letters \"a\" to \"c\" indicate statistically significant differences between flowering time or leaf numbers of the indicated genotypes. Data information: In (B, C), data are presented as mean ± SD, n ≥ 15 per genotypes indicated. P≤0.05 (Tukey's HSD test)."}
{"words": ["D", ".", "Immunoblots", "showing", "Myc", "-", "CIB1", "and", "CO", "-", "Flag", "protein", "levels", "in", "the", "genotypes", "indicated", ".", "Samples", "were", "separated", "on", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "blotted", ",", "probed", "with", "the", "anti", "-", "Myc", "antibody", ",", "stripped", "and", "re", "-", "probed", "with", "the", "anti", "-", "Flag", "antibody", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0], "text": "D. Immunoblots showing Myc-CIB1 and CO-Flag protein levels in the genotypes indicated. Samples were separated on 10% SDS-PAGE, blotted, probed with the anti-Myc antibody, stripped and re-probed with the anti-Flag antibody."}
{"words": ["E", ".", "qPCR", "results", "showing", "mRNA", "expression", "of", "FT", "in", "the", "genotypes", "indicated", ".", "The", "transcript", "levels", "in", "Col", "are", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Samples", "were", "collected", "from", "7", "-", "day", "-", "old", "seedlings", "of", "the", "genotypes", "indicated", "at", "ZT16", ".", "Data", "information", ":", "error", "bars", "indicate", "standard", "error", "within", "three", "biological", "replicates", "and", "for", "each", "of", "these", "two", "technical", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. qPCR results showing mRNA expression of FT in the genotypes indicated. The transcript levels in Col are set to 1.0. Samples were collected from 7-day-old seedlings of the genotypes indicated at ZT16. Data information: error bars indicate standard error within three biological replicates and for each of these two technical replicates were performed."}
{"words": ["G", ".", "Box", "plots", "(", "the", "minimum", ",", "first", "quartile", ",", "median", ",", "third", "quartile", ",", "and", "maximum", "are", "shown", ",", "with", "data", ">", "1", ".", "5", "interquartile", "ranges", "denoted", "with", "circles", ")", "for", "relative", "reporter", "activity", "(", "LUC", "/", "REN", ")", "in", "plants", "expressing", "different", "reportors", "and", "effectors", ".", "The", "relative", "LUC", "activities", "normalized", "to", "the", "REN", "activity", "are", "shown", ".", "The", "LUC", "/", "REN", "in", "plants", "expressing", "ProFT", "alone", "is", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Data", "information", ":", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SD", ",", "n", "=", "4", ".", "The", "letters", "\"", "a", "\"", "to", "\"", "g", "\"", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "determined", "by", "Tukey", "'", "s", "HSD", "test", "(", "P", "≤", "0", ".", "05", ")", ".", "Two", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Box plots (the minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum are shown, with data >1.5 interquartile ranges denoted with circles) for relative reporter activity (LUC/REN) in plants expressing different reportors and effectors. The relative LUC activities normalized to the REN activity are shown. The LUC/REN in plants expressing ProFT alone is set to 1.0. Data information: data are presented as mean ± SD, n=4. The letters \"a\" to \"g\" indicate statistically significant differences determined by Tukey's HSD test (P≤0.05). Two biological replicates were performed."}
{"words": ["A", ".", "Fluorescent", "microscopy", "images", "showing", "that", "CRY2", ",", "CIB1", "and", "CO", "co", "-", "localized", "to", "the", "nucleus", ".", "Scale", "bars", ":", "2"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Fluorescent microscopy images showing that CRY2, CIB1 and CO co-localized to the nucleus. Scale bars: 2 μ"}
{"words": ["B", ".", "Co", "-", "IP", "assays", "showing", "that", "CRY2", ",", "CIB1", "and", "CO", "form", "a", "protein", "complex", ".", "Samples", "were", "prepared", "from", "10", "-", "day", "-", "old", "WT", "or", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "or", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "/", "cry2", "-", "1", "seedlings", "grown", "in", "LDs", "(", "16L", "/", "8D", ")", ",", "and", "samples", "were", "collected", "at", "ZT16", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Co-IP assays showing that CRY2, CIB1 and CO form a protein complex. Samples were prepared from 10-day-old WT or 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag or 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag /cry2-1 seedlings grown in LDs (16L/8D), and samples were collected at ZT16."}
{"words": ["C", ".", "Co", "-", "IP", "assays", "of", "samples", "prepared", "from", "10", "-", "day", "-", "old", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "/", "cry2", "-", "1", "seedlings", "grown", "in", "LDs", "(", "16L", "/", "8D", ")", ".", "Samples", "were", "collected", "at", "the", "times", "indicated", "over", "the", "course", "of", "one", "day", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Co-IP assays of samples prepared from 10-day-old 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag /cry2-1 seedlings grown in LDs (16L/8D). Samples were collected at the times indicated over the course of one day."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "results", "of", "the", "ChIP", "-", "qPCR", "assays", ".", "Chromatin", "fragments", "(", "~", "500", "bp", ")", "were", "prepared", "from", "10", "-", "day", "-", "old", "35S", ":", "Myc", "-", "CIB1", "/", "35S", ":", "CO", "-", "Flag", "seedlings", ",", "immunoprecipitated", "by", "the", "anti", "-", "CRY2", ",", "anti", "-", "Flag", "(", "CO", "-", "Flag", ")", ",", "anti", "-", "Myc", "(", "Myc", "-", "CIB1", ")", "antibody", "or", "anti", "-", "preimmune", "IgG", ",", "and", "the", "precipitated", "DNA", "was", "analyzed", "by", "qPCR", "using", "the", "primer", "pairs", "indicated", ".", "The", "IP", "/", "input", "ratio", "of", "anti", "-", "preimmune", "is", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Data", "information", ":", "the", "relative", "IP", "/", "input", "ratios", "are", "shown", "with", "their", "standard", "deviation", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Two", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative results of the ChIP-qPCR assays. Chromatin fragments (~500 bp) were prepared from 10-day-old 35S:Myc-CIB1/35S:CO-Flag seedlings, immunoprecipitated by the anti-CRY2, anti-Flag (CO-Flag) , anti-Myc (Myc-CIB1) antibody or anti-preimmune IgG, and the precipitated DNA was analyzed by qPCR using the primer pairs indicated. The IP/input ratio of anti-preimmune is set to 1.0. Data information: the relative IP/input ratios are shown with their standard deviation (n = 3). Two biological replicates were performed."}
{"words": ["F", ".", "Box", "plots", "(", "the", "minimum", ",", "first", "quartile", ",", "median", ",", "third", "quartile", ",", "and", "maximum", "are", "shown", ",", "with", "data", ">", "1", ".", "5", "interquartile", "ranges", "denoted", "with", "circles", ")", "for", "relative", "reporter", "activity", "(", "LUC", "/", "REN", ")", "in", "plants", "expressing", "different", "reportors", "and", "effectors", ".", "The", "LUC", "/", "REN", "in", "plants", "expressing", "ProFT", "alone", "is", "set", "to", "1", ".", "0", ".", "Immunoblots", "were", "done", "to", "show", "GFP", "-", "CRY2W374A", ",", "Myc", "-", "CIB1", "and", "Myc", "-", "CO", "protein", "levels", "in", "the", "transient", "Dual", "-", "LUC", "assay", ".", "Samples", "were", "separated", "on", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "blotted", ",", "probed", "with", "the", "anti", "-", "Myc", "antibody", ",", "and", "with", "the", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Data", "information", ":", "the", "relative", "LUC", "activities", "normalized", "to", "the", "REN", "activity", "are", "shown", "(", "LUC", "/", "REN", ")", "with", "their", "standard", "deviation", "(", "n", "=", "6", ")", ".", "The", "letters", "\"", "a", "\"", "to", "\"", "f", "\"", "indicate", "statistically", "significant", "differences", "determined", "by", "Tukey", "'", "s", "HSD", "test", "(", "P", "≤", "0", ".", "05", ")", ".", "Two", "biological", "replicates", "were", "performed", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Box plots (the minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum are shown, with data >1.5 interquartile ranges denoted with circles) for relative reporter activity (LUC/REN) in plants expressing different reportors and effectors. The LUC/REN in plants expressing ProFT alone is set to 1.0. Immunoblots were done to show GFP-CRY2W374A, Myc-CIB1 and Myc-CO protein levels in the transient Dual-LUC assay. Samples were separated on 10% SDS-PAGE, blotted, probed with the anti-Myc antibody, and with the anti-GFP antibody. Data information: the relative LUC activities normalized to the REN activity are shown (LUC/REN) with their standard deviation (n =6). The letters \"a\" to \"f\" indicate statistically significant differences determined by Tukey's HSD test (P≤0.05). Two biological replicates were performed."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "of", "the", "indicated", "genotypes", "and", "age", ",", "labeled", "with", "membrane", "bound", "GFP", "(", "mCD8", "-", "GFP", ";", "CD8", ")", "driven", "by", "the", "γ", "-", "specific", "Gal4", "driver", "GMR71G10", "-", "Gal4", "(", "γ", "-", "Gal4", ")", ".", "While", "γ", "-", "axons", "of", "control", "flies", "project", "through", "the", "entire", "lobe", "(", "C", "is", "the", "RNAi", "control", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ",", "E", ";", "is", "the", "tsCRISPR", "control", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ")", ",", "knockdown", "of", "dpr12", "by", "RNAi", "(", "D", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", "or", "knockout", "by", "tsCRISPR", "(", "F", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ")", "resulted", "in", "short", "axons", ".", "At", "L3", ",", "γ", "-", "axons", "in", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "homozygotus", "mutant", "animals", "(", "K", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", "resemble", "WT", "γ", "-", "axons", "(", "G", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", ".", "At", "48hr", "APF", ",", "γ", "-", "axons", "normally", "re", "-", "extend", "to", "form", "the", "adult", "lobe", "(", "H", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", ".", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "γ", "-", "axons", "(", "L", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ")", "fail", "to", "extend", "to", "the", "end", "of", "the", "lobe", ".", "This", "defect", "persists", "to", "adult", "(", "I", ";", "n", "=", "11", "/", "11", "vs", ".", "M", ";", "n", "=", "18", "/", "18", ")", ".", "Expressing", "a", "UAS", "-", "Dpr12", "transgene", "within", "γ", "-", "KCs", "in", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "homozygote", "mutant", "animals", "rescued", "the", "axon", "regrowth", "defect", "(", "N", ";", "n", "=", "23", "/", "24", ",", "J", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ")", ".", "The", "adult", "γ", "-", "lobe", "and", "α", "/", "β", "lobes", "are", "outlined", "in", "(", "C", ",", "D", ")", "in", "yellow", "and", "orange", ",", "respectively", ",", "for", "clarity", ".", "Asterisks", "demarcate", "the", "distal", "part", "of", "the", "lobe", ".", "Green", "and", "white", "indicate", "mCD8", "-", "GFP", ".", "Magenta", "represents", "FasII", "staining", ".", "Scale", "bar", "is", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections of the indicated genotypes and age, labeled with membrane bound GFP (mCD8-GFP; CD8) driven by the γ-specific Gal4 driver GMR71G10-Gal4 (γ-Gal4). While γ-axons of control flies project through the entire lobe (C is the RNAi control; n=12/12, E; is the tsCRISPR control; n=14/14), knockdown of dpr12 by RNAi (D; n=12/12) or knockout by tsCRISPR (F; n=14/14) resulted in short axons. At L3, γ-axons in dpr12∆50-81 homozygotus mutant animals (K; n=20/20) resemble WT γ-axons (G; n=20/20). At 48hr APF, γ-axons normally re-extend to form the adult lobe (H; n=12/12). dpr12∆50-81 γ-axons (L; n=14/14) fail to extend to the end of the lobe. This defect persists to adult (I; n=11/11 vs. M; n=18/18). Expressing a UAS-Dpr12 transgene within γ-KCs in dpr12∆50-81 homozygote mutant animals rescued the axon regrowth defect (N; n=23/24, J; n=14/14). The adult γ-lobe and α/β lobes are outlined in (C, D) in yellow and orange, respectively, for clarity. Asterisks demarcate the distal part of the lobe. Green and white indicate mCD8-GFP. Magenta represents FasII staining. Scale bar is 20 µm."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "of", "MARCM", "neuroblast", "(", "NB", ",", "A", "-", "F", ")", "and", "single", "-", "cell", "(", "SC", ",", "G", "-", "L", ")", "clones", "labeled", "with", "membrane", "bound", "GFP", "(", "mCD8", "-", "GFP", ";", "CD8", ")", "driven", "by", "the", "γ", "specific", "Gal4", "driver", "GMR71G10", "-", "Gal4", "(", "γ", "-", "Gal4", ")", ".", "At", "L3", ",", "NB", "and", "SC", "clones", "expressing", "dpr12", "RNAi", "are", "similar", "to", "equivalent", "WT", "clones", "(", "A", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ",", "D", ";", "n", "=", "15", "/", "15", ",", "G", ";", "n", "=", "15", "/", "15", "and", "J", ";", "n", "=", "17", "/", "17", ")", ".", "At", "48hr", "APF", "and", "adult", "stage", ",", "WT", "NB", "(", "B", ";", "n", "=", "15", "/", "15", ",", "C", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", "and", "SC", "(", "H", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ",", "I", ";", "n", "=", "13", "/", "13", ")", "clones", "extend", "their", "axons", "to", "form", "the", "full", "adult", "lobe", ".", "In", "contrast", ",", "clones", "expressing", "dpr12", "RNAi", "(", "E", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ",", "F", ";", "n", "=", "22", "/", "2", ",", "K", ";", "n", "=", "18", "/", "24", ",", "L", ";", "n", "=", "19", "/", "27", ")", "fail", "to", "extend", "their", "axons", "to", "the", "distal", "part", "of", "the", "medial", "lobe", "(", "asterisks", ")", ".", "I", "'", "and", "L", "'", "are", "traces", "of", "multiple", "single", "-", "cell", "clones", "depicting", "each", "cell", "in", "a", "different", "color", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections of MARCM neuroblast (NB, A-F) and single-cell (SC, G-L) clones labeled with membrane bound GFP (mCD8-GFP; CD8) driven by the γ specific Gal4 driver GMR71G10-Gal4 (γ-Gal4). At L3, NB and SC clones expressing dpr12 RNAi are similar to equivalent WT clones (A; n=20/20, D; n=15/15, G; n=15/15 and J; n=17/17). At 48hr APF and adult stage, WT NB (B; n=15/15, C; n=10/10) and SC (H; n=16/16, I; n=13/13) clones extend their axons to form the full adult lobe. In contrast, clones expressing dpr12 RNAi (E; n=14/14, F; n=22/2, K; n=18/24, L; n=19/27) fail to extend their axons to the distal part of the medial lobe (asterisks). I' and L' are traces of multiple single-cell clones depicting each cell in a different color."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "of", "brains", "expressing", "MiMIC", "mediated", "Dpr12GFSTF", "(", "Dpr12", "-", "GFP", ";", "A", "-", "D", ")", "and", "DIP", "-", "δGFSTF", "(", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", ";", "E", "-", "H", ")", "fusion", "proteins", "at", "the", "indicated", "time", "points", ".", "See", "Figures", "EV", "1", "and", "4", "for", "more", "details", "on", "the", "fusion", "protein", "structure", ".", "(", "A", "-", "D", ")", "Dpr12", "-", "GFP", "is", "localized", "to", "the", "distal", "part", "of", "the", "γ", "-", "lobe", "at", "L3", "(", "A", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", ",", "48hr", "APF", "(", "C", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", "and", "the", "adult", "stage", "(", "D", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", ",", "where", "it", "colocalizes", "with", "the", "γ4", ">", "γ1γ2", "MBON", "(", "γ4", ";", "labeled", "by", "GMR18H09", "-", "Gal4", "driving", "the", "expression", "of", "CD4", "-", "tdT", ")", ".", "At", "24hr", "APF", "(", "B", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", ",", "Dpr12", "-", "GFP", "appears", "diffuse", ".", "(", "E", "-", "H", ")", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", "is", "localized", "to", "the", "distal", "part", "of", "the", "γ", "-", "lobe", "throughout", "development", ":", "L3", "(", "E", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ")", ",", "24hr", "APF", "(", "F", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", ",", "48hr", "APF", "(", "G", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", "and", "adult", "(", "H", ";", "n", "=", "24", "/", "24", ")", ".", "At", "the", "adult", "stage", ",", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", "is", "colocalized", "with", "the", "γ4", ">", "γ1γ2", "MBON", "(", "γ4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections of brains expressing MiMIC mediated Dpr12GFSTF (Dpr12-GFP; A-D) and DIP-δGFSTF (DIP-δ-GFP; E-H) fusion proteins at the indicated time points. See Figures EV 1 and 4 for more details on the fusion protein structure. (A-D) Dpr12-GFP is localized to the distal part of the γ-lobe at L3 (A; n=10/10), 48hr APF (C; n=12/12) and the adult stage (D; n=20/20), where it colocalizes with the γ4>γ1γ2 MBON (γ4; labeled by GMR18H09-Gal4 driving the expression of CD4-tdT). At 24hr APF (B; n=10/10), Dpr12-GFP appears diffuse. (E-H) DIP-δ-GFP is localized to the distal part of the γ-lobe throughout development: L3 (E; n=16/16), 24hr APF (F; n=10/10), 48hr APF (G; n=12/12) and adult (H; n=24/24). At the adult stage, DIP-δ-GFP is colocalized with the γ4>γ1γ2 MBON (γ4)."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "DIP", "-", "δ", "hetero", "-", "and", "homozygous", "brains", "in", "which", "γ", "-", "KCs", "were", "labeled", "by", "expressing", "membrane", "bound", "tandem", "tomato", "(", "mtdT", "-", "HA", ")", "driven", "by", "the", "γ", "specific", "QF2", "driver", "R71G10", "-", "QF2", "(", "γ", "-", "QF2", ")", ".", "Larval", "(", "L3", ")", "γ", "-", "axons", "grow", "normally", "in", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "heterozygotes", "(", "A", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ")", "and", "homozygotes", "(", "E", ";", "n", "=", "24", "/", "24", ")", ".", "In", "contrast", ",", "at", "48hr", "APF", "and", "adult", ",", "γ", "-", "axons", "within", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "homozygotes", "do", "not", "enter", "the", "distal", "part", "of", "the", "lobe", "(", "asterisks", ";", "F", ";", "n", "=", "8", "/", "8", ",", "G", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", ",", "while", "they", "grow", "normally", "in", "heterozygotes", "(", "B", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ",", "C", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", ".", "Overexpression", "of", "a", "DIP", "-", "δ", "transgene", "driven", "by", "the", "Gal4", "activity", "of", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "(", "see", "also", "Figure", "S4", ")", "does", "not", "affect", "normal", "growth", "(", "D", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", "and", "rescues", "mutant", "phenotypes", "(", "H", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", ".", "Note", "that", "while", "the", "R71G10", "driver", "is", "consistently", "expressed", "in", "γ", "-", "KCs", ",", "it", "is", "also", "expressed", "in", "α", "/", "β", "-", "KCs", "in", "a", "stochastic", "manner", ".", "The", "adult", "γ", "-", "lobe", "and", "α", "/", "β", "lobes", "are", "outlined", "in", "C", "-", "D", "in", "yellow", "and", "orange", ",", "respectively", ",", "for", "clarity", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections DIP-δ hetero- and homozygous brains in which γ-KCs were labeled by expressing membrane bound tandem tomato (mtdT-HA) driven by the γ specific QF2 driver R71G10-QF2 (γ-QF2). Larval (L3) γ-axons grow normally in DIP-δT2A-Gal4 heterozygotes (A; n=16/16) and homozygotes (E; n=24/24). In contrast, at 48hr APF and adult, γ-axons within DIP-δT2A-Gal4 homozygotes do not enter the distal part of the lobe (asterisks; F; n=8/8, G; n=20/20), while they grow normally in heterozygotes (B; n=12/12, C; n=12/12). Overexpression of a DIP-δ transgene driven by the Gal4 activity of DIP-δT2A-Gal4 (see also Figure S4) does not affect normal growth (D; n=10/10) and rescues mutant phenotypes (H; n=20/20). Note that while the R71G10 driver is consistently expressed in γ-KCs, it is also expressed in α/β-KCs in a stochastic manner. The adult γ-lobe and α/β lobes are outlined in C-D in yellow and orange, respectively, for clarity."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "of", "brains", "expressing", "DIP", "-", "δ", "-", "RNAi", "driven", "by", "the", "indicated", "Gal4", ".", "γ", "-", "KCs", "are", "labeled", "by", "mtdT", "-", "HA", "driven", "by", "R71G10", "-", "QF2", "(", "γ", "-", "QF2", ")", ".", "Expression", "of", "DIP", "-", "δ", "-", "RNAi", "in", "all", "glia", "(", "Repo", "-", "Gal4", ",", "J", ";", "n", "=", "28", "/", "28", ")", "or", "all", "KCs", "(", "OK107", "-", "Gal4", ",", "K", ";", "n", "=", "12", "/", "12", ")", "did", "not", "affect", "γ", "-", "neuron", "regrowth", ".", "In", "contrast", ",", "expression", "of", "DIP", "-", "δ", "-", "RNAi", "in", "all", "postmitotic", "neurons", "(", "C155", "-", "Gal4", ",", "L", ";", "n", "=", "9", "/", "12", ")", "or", "DIP", "-", "δ", "expressing", "neurons", "(", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", ",", "M", ";", "n", "=", "21", "/", "22", ")", "induced", "a", "defect", "in", "γ4", "/", "5", "innervation", "by", "γ", "-", "axons", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections of brains expressing DIP-δ-RNAi driven by the indicated Gal4. γ-KCs are labeled by mtdT-HA driven by R71G10-QF2 (γ-QF2). Expression of DIP-δ-RNAi in all glia (Repo-Gal4, J; n=28/28) or all KCs (OK107-Gal4, K; n=12/12) did not affect γ-neuron regrowth. In contrast, expression of DIP-δ-RNAi in all postmitotic neurons (C155-Gal4, L; n=9/12) or DIP-δ expressing neurons (DIP-δT2A-Gal4, M; n=21/22) induced a defect in γ4/5 innervation by γ-axons."}
{"words": ["(", "A", "-", "D", ")", "Confocal", "z", "-", "projections", "of", "brains", "expressing", "DIP", "-", "δGFSTF", "(", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", ")", "together", "with", "the", "indicated", "Gal4s", "and", "transgenes", ".", "Expressing", "diphtheria", "toxin", "(", "DTi", ")", "and", "the", "membrane", "bound", "RFP", "(", "mCD8", "-", "RFP", ";", "CD8", ")", "driven", "by", "the", "γ4", ">", "γ1γ2", "MBON", "driver", "MB294B", "-", "Gal4", "(", "MBONγ4", ">", "γ1γ2", "-", "Gal4", ")", "did", "not", "affect", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", "expression", "(", "A", ",", "n", "=", "16", "/", "16", ";", "B", ",", "n", "=", "14", "/", "14", ")", ".", "In", "contrast", ",", "similar", "expression", "of", "DTi", "and", "membrane", "bound", "Tomato", "(", "CD4", "-", "tdT", ";", "CD4", ")", "in", "PAM", "-", "DANs", "(", "using", "the", "GMR58E02", "-", "Gal4", ";", "PAM", "-", "DAN", "-", "Gal4", ")", "abolished", "the", "normal", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", "expression", "in", "the", "γ4", "/", "5", "zone", "(", "compare", "D", ",", "n", "=", "18", "/", "18", ",", "to", "C", ",", "n", "=", "16", "/", "16", ")", "and", "within", "the", "PAM", "-", "DAN", "cell", "bodies", "(", "compare", "D", "'", "to", "C", "'", ")", ".", "Magenta", "is", "CD8", "-", "RFP", "(", "A", "-", "B", ")", ",", "CD4", "-", "mtdT", "(", "C", "-", "D", ")", ".", "Green", "is", "GFP", ",", "grayscale", "depict", "individual", "channels", "as", "labeled", ".", "Scale", "bar", "is", "20", "µm", ".", "Yellow", "dashed", "line", "demarcates", "the", "γ", "-", "lobe", "based", "on", "FasII", "staining", "(", "not", "shown", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-D) Confocal z-projections of brains expressing DIP-δGFSTF (DIP-δ-GFP) together with the indicated Gal4s and transgenes. Expressing diphtheria toxin (DTi) and the membrane bound RFP (mCD8-RFP; CD8) driven by the γ4>γ1γ2 MBON driver MB294B-Gal4 (MBONγ4>γ1γ2-Gal4) did not affect DIP-δ-GFP expression (A, n=16/16; B, n=14/14). In contrast, similar expression of DTi and membrane bound Tomato (CD4-tdT; CD4) in PAM-DANs (using the GMR58E02-Gal4; PAM-DAN-Gal4) abolished the normal DIP-δ-GFP expression in the γ4/5 zone (compare D, n=18/18, to C, n=16/16) and within the PAM-DAN cell bodies (compare D' to C'). Magenta is CD8-RFP (A-B), CD4-mtdT (C-D). Green is GFP, grayscale depict individual channels as labeled. Scale bar is 20 µm. Yellow dashed line demarcates the γ-lobe based on FasII staining (not shown)."}
{"words": ["(", "E", "-", "G", ")", "Confocal", "z", "-", "projections", "of", "MARCM", "clones", "labeled", "by", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "(", "DIP", "-", "δ", "Gal4", ")", "driving", "the", "expression", "of", "membrane", "bound", "GFP", "(", "mCD8", "-", "GFP", ";", "CD8", ")", "and", "heat", "shocked", "at", "24hr", "after", "egg", "laying", ".", "Clones", "innervate", "the", "γ4", "/", "5", "zones", "at", "24hr", "APF", "(", "E", ";", "n", "=", "8", ")", ",", "48hr", "APF", "(", "F", ";", "n", "=", "8", ")", "and", "adult", "(", "G", ";", "n", "=", "16", ")", ".", "Clones", "become", "tyrosine", "hydroxylase", "(", "TH", ")", "positive", "only", "at", "48hr", "APF", "onwards", "(", "F", ",", "G", ")", ".", "Magenta", "is", "FasII", ",", "green", "is", "mCD8", "-", "GFP", ",", "cyan", "is", "TH", "antibody", "staining", ",", "grayscale", "single", "channels", "are", "shown", "as", "indicated", ".", "White", "dashed", "line", "demarcates", "the", "γ", "-", "lobe", ".", "Scale", "bar", "is", "20", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E-G) Confocal z-projections of MARCM clones labeled by DIP-δT2A-Gal4 (DIP-δ Gal4) driving the expression of membrane bound GFP (mCD8-GFP; CD8) and heat shocked at 24hr after egg laying. Clones innervate the γ4/5 zones at 24hr APF (E; n=8), 48hr APF (F; n=8) and adult (G; n=16). Clones become tyrosine hydroxylase (TH) positive only at 48hr APF onwards (F,G). Magenta is FasII, green is mCD8-GFP, cyan is TH antibody staining, grayscale single channels are shown as indicated. White dashed line demarcates the γ-lobe. Scale bar is 20 µm."}
{"words": ["(", "A", "-", "J", ")", "Confocal", "z", "-", "projections", "of", "brains", "expressing", "MiMIC", "mediated", "Dpr12GFSTF", "(", "Dpr12", "-", "GFP", ")", "and", "DIP", "-", "δGFSTF", "(", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", ")", "fusion", "proteins", "of", "the", "indicated", "genotypes", "and", "time", "points", ".", "(", "A", "-", "D", ")", "Dpr12", "-", "GFP", "expression", "is", "diffuse", "in", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "homozygotes", "mutant", "brains", "at", "L3", "(", "A", ";", "n", "=", "20", "/", "20", ")", ",", "24hr", "APF", "(", "B", ";", "n", "=", "14", "/", "14", ")", ",", "48hr", "APF", "(", "C", ";", "n", "=", "28", "/", "28", ")", "and", "adult", "(", "D", ";", "n", "=", "26", "/", "26", ")", ".", "(", "E", "-", "H", ")", "DIP", "-", "δ", "-", "GFP", "expression", "in", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "homozygotes", "mutant", "brains", "remains", "localized", "to", "the", "distal", "part", "of", "the", "γ", "-", "lobe", "at", "L3", "(", "E", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ")", ",", "24hr", "APF", "(", "F", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ")", ",", "and", "48hr", "APF", "(", "G", ";", "n", "=", "10", "/", "10", ")", "but", "cannot", "be", "identified", "in", "adult", "brains", "(", "H", ";", "n", "=", "16", "/", "16", ")", ".", "(", "I", "-", "J", ")", "Dpr12", "-", "GFP", "expression", "in", "WT", "animals", "(", "I", ",", "n", "=", "8", "/", "8", ")", "or", "in", "those", "ectopically", "expressing", "DIP", "-", "δ", "in", "PAM", "-", "DANs", "that", "innervate", "the", "γ3", "zone", "(", "J", ",", "n", "=", "14", "/", "14", ")", "driven", "by", "MB441B", "-", "Gal4", "(", "PAM", "-", "DAN", "-", "γ3", "-", "Gal4", ")", ".", "DIP", "-", "δ", "expression", "in", "PAM", "-", "DAN", "-", "γ3", "resulted", "in", "Dpr12", "-", "GFP", "localization", "within", "the", "γ3", "zone", "(", "arrow", ")", ",", "in", "addition", "to", "its", "normal", "γ4", "/", "γ5", "localization", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-J) Confocal z-projections of brains expressing MiMIC mediated Dpr12GFSTF (Dpr12-GFP) and DIP-δGFSTF (DIP-δ-GFP) fusion proteins of the indicated genotypes and time points. (A-D) Dpr12-GFP expression is diffuse in DIP-δT2A-Gal4 homozygotes mutant brains at L3 (A; n=20/20), 24hr APF (B; n=14/14), 48hr APF (C; n=28/28) and adult (D; n=26/26). (E-H) DIP-δ-GFP expression in dpr12∆50-81 homozygotes mutant brains remains localized to the distal part of the γ-lobe at L3 (E; n=16/16), 24hr APF (F; n=16/16), and 48hr APF (G; n=10/10) but cannot be identified in adult brains (H; n=16/16). (I-J) Dpr12-GFP expression in WT animals (I, n=8/8) or in those ectopically expressing DIP-δ in PAM-DANs that innervate the γ3 zone (J, n=14/14) driven by MB441B-Gal4 (PAM-DAN-γ3-Gal4). DIP-δ expression in PAM-DAN-γ3 resulted in Dpr12-GFP localization within the γ3 zone (arrow), in addition to its normal γ4/γ5 localization."}
{"words": ["Confocal", "z", "-", "projections", "of", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "heterozygous", "(", "A", ",", "n", "=", "15", ";", "C", ",", "n", "=", "10", ";", "E", ",", "n", "=", "10", ")", "and", "homozygous", "brains", "(", "B", ",", "n", "=", "8", ";", "D", ",", "n", "=", "18", ";", "F", ",", "n", "=", "24", ")", "expressing", "mCD8", "-", "GFP", "(", "CD8", ")", "driven", "by", "(", "E", ",", "F", ")", "R18H09", "-", "Gal4", "(", "MBONγ4", ">", "γ1γ2", "-", "Gal4", ")", ".", "The", "greyscale", "channels", "are", "sub", "-", "z", "-", "projections", "comprised", "of", "slices", "restricted", "to", "the", "γ", "-", "lobe", "region", ".", "White", "dashed", "line", "demarcates", "the", "γ", "-", "lobe", ".", "Bottom", ":", "Cartoons", "schematizing", "MB", "lobe", "structure", "and", "innervation", "by", "specific", "PAM", "-", "DANs", "or", "MBON", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Confocal z-projections of dpr12∆50-81 heterozygous (A, n=15; C, n=10; E, n=10) and homozygous brains (B, n=8; D, n=18; F, n=24) expressing mCD8-GFP (CD8) driven by (E, F) R18H09-Gal4 (MBONγ4>γ1γ2 -Gal4). The greyscale channels are sub-z-projections comprised of slices restricted to the γ-lobe region. White dashed line demarcates the γ-lobe. Bottom: Cartoons schematizing MB lobe structure and innervation by specific PAM-DANs or MBON."}
{"words": ["Single", "confocal", "slices", "of", "WT", "(", "G", ",", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "and", "dpr12", "∆", "50", "-", "81", "homozygous", "brains", "(", "H", ",", "n", "=", "5", "/", "5", ")", "stained", "with", "anti", "-", "Brp", ".", "Dashed", "lines", "demarcate", "neuropil", "boundaries", ",", "schematic", "shown", "below", ".", "Cre", ",", "crepine", ",", "a", "neuropil", "that", "surrounds", "the", "medial", "MB", "lobes", ";", "AL", ",", "antenna", "lobe", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Single confocal slices of WT (G, n=5/5) and dpr12∆50-81 homozygous brains (H, n=5/5) stained with anti-Brp. Dashed lines demarcate neuropil boundaries, schematic shown below. Cre, crepine, a neuropil that surrounds the medial MB lobes; AL, antenna lobe."}
{"words": ["(", "C", ",", "D", ")", "Confocal", "z", "-", "projections", "of", "adult", "DIP", "-", "δT2A", "-", "Gal4", "/", "1", "-", "119", "trans", "-", "heterozygous", "mutant", "(", "D", ")", "or", "DIP", "-", "δ1", "-", "119", "/", "+", "heterozygous", "(", "C", ")", "brains", ",", "which", "express", "MiMIC", "mediated", "Dpr12GFSTF", "(", "Dpr12", "-", "GFP", ";", "green", ")", ",", "in", "which", "DIP", "-", "δ", "-", "Gal4", "either", "drives", "expression", "or", "UAS", "-", "DIP", "-", "α", "(", "D", ")", "or", "not", "(", "C", ")", ".", "Grayscale", "panels", "represent", "single", "channels", ",", "as", "indicated", ".", "The", "γ", "-", "lobe", "is", "outlined", "in", "white", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C, D) Confocal z-projections of adult DIP-δT2A-Gal4/1-119 trans-heterozygous mutant (D) or DIP-δ1-119/+ heterozygous (C) brains, which express MiMIC mediated Dpr12GFSTF (Dpr12-GFP; green), in which DIP-δ-Gal4 either drives expression or UAS-DIP-α (D) or not (C). Grayscale panels represent single channels, as indicated. The γ-lobe is outlined in white."}
{"words": ["(", "E", ",", "F", ")", "Confocal", "z", "-", "projections", "of", "adult", "dpr12Δ50", "-", "81", "homozygous", "mutant", "brains", ",", "in", "which", "DIP", "-", "δ", "-", "Gal4", "drives", "expression", "of", "either", "UAS", "-", "mtdT", "(", "E", ")", "or", "UAS", "-", "DIP", "-", "α", "-", "T2A", "-", "tdT", "(", "F", ";", "expected", "to", "induce", "expression", "of", "DIP", "-", "α", "as", "well", "as", "tdT", "encoded", "by", "a", "polycistronic", "message", ")", ".", "In", "orange", "are", "longitudinal", "sections", "across", "the", "γ", "-", "lobe", "at", "the", "indicated", "location", ".", "The", "γ", "-", "lobe", "is", "outlined", "in", "white", ",", "as", "determined", "by", "FasII", "staining", "(", "grey", "in", "E", "'", "-", "F", "'", ")", ".", "Cyan", "is", "tdT", "within", "DIP", "-", "δ", "+", "cells", ".", "Grey", "boxes", "below", "the", "images", "describe", "the", "relevant", "components", "within", "PAM", "-", "DANs", "and", "γ", "-", "KCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E, F) Confocal z-projections of adult dpr12Δ50-81 homozygous mutant brains, in which DIP-δ-Gal4 drives expression of either UAS-mtdT (E) or UAS-DIP-α-T2A-tdT (F; expected to induce expression of DIP-α as well as tdT encoded by a polycistronic message). In orange are longitudinal sections across the γ-lobe at the indicated location. The γ-lobe is outlined in white, as determined by FasII staining (grey in E'-F'). Cyan is tdT within DIP-δ+ cells. Grey boxes below the images describe the relevant components within PAM-DANs and γ-KCs."}
{"words": ["(", "h", ")", "The", "cellular", "levels", "of", "Ca2", "+", "ions", "after", "ligand", "(", "C10ORF99", ")", "stimulation", "of", "GPR15", "in", "human", ",", "mouse", ",", "Japanese", "quail", ",", "painted", "turtle", ".", "YM", ".", "254890", "inhibits", "Ca2", "+", "ion", "levels", "in", "cells", "transfected", "with", "GPR15", "receptors", "of", "vertebrates", ".", "The", "fold", "-", "change", "in", "calcium", "levels", "was", "calculated", "based", "on", "the", "fluorescence", "intensity", "(", "excitation", "and", "emission", "wavelengths", ":", "490", "and", "520", "nm", ",", "respectively", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(h) The cellular levels of Ca2+ ions after ligand (C10ORF99) stimulation of GPR15 in human, mouse, Japanese quail, painted turtle. YM.254890 inhibits Ca2+ ion levels in cells transfected with GPR15 receptors of vertebrates. The fold-change in calcium levels was calculated based on the fluorescence intensity (excitation and emission wavelengths: 490 and 520 nm, respectively)."}
{"words": ["(", "i", ",", "j", ")", "The", "cellular", "levels", "of", "Ca2", "+", "ions", "after", "ligand", "(", "C10ORF99", ")", "stimulation", "of", "GPR15", "in", "coelacanth", ",", "Asian", "bony", "tongue", ",", "and", "their", "mutants", ".", "(", "k", ",", "l", ")", "The", "cellular", "levels", "of", "Ca2", "+", "ions", "after", "ligand", "(", "C10ORF99", ")", "stimulating", "GPR15", "in", "Japanese", "quail", "and", "its", "mutants", ".", "The", "fold", "-", "change", "in", "calcium", "levels", "was", "calculated", "based", "on", "the", "fluorescence", "intensity", "(", "excitation", "and", "emission", "wavelengths", ":", "490", "and", "520", "nm", ",", "respectively", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i, j) The cellular levels of Ca2+ ions after ligand (C10ORF99) stimulation of GPR15 in coelacanth, Asian bony tongue, and their mutants. (k, l) The cellular levels of Ca2+ ions after ligand (C10ORF99) stimulating GPR15 in Japanese quail and its mutants. The fold-change in calcium levels was calculated based on the fluorescence intensity (excitation and emission wavelengths: 490 and 520 nm, respectively)."}
{"words": ["(", "a", "-", "h", ")", "The", "migration", "of", "HEK293", "cells", "expressing", "mGPR15", ",", "qGPR15", ",", "tGPR15", ",", "cGPR15", ",", "aGPR15", ",", "and", "their", "mutants", "induced", "by", "ligand", "C10ORF99", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "generated", "from", "at", "least", "three", "technical", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "(", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-h) The migration of HEK293 cells expressing mGPR15, qGPR15, tGPR15, cGPR15, aGPR15, and their mutants induced by ligand C10ORF99. Data information: All data shown are generated from at least three technical replicates. Error bars indicate SD (n=3). ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05 (t-test)."}
{"words": ["(", "i", "-", "p", ")", "The", "migration", "of", "CD4", "+", "cells", "from", "GPR15", "-", "knockout", "mice", ",", "engineered", "to", "express", "mGPR15", ",", "qGPR15", ",", "tGPR15", ",", "cGPR15", ",", "aGPR15", ",", "and", "their", "mutants", "induced", "by", "ligand", "C10ORF99", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "generated", "from", "at", "least", "three", "technical", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "(", "t", "-", "test", ")", ".", "Ad", "-", "NC", "represents", "adeno", "-", "virus", "-", "based", "gene", "-", "delivery", "vector", "as", "negative", "control", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i-p) The migration of CD4+ cells from GPR15-knockout mice, engineered to express mGPR15, qGPR15, tGPR15, cGPR15, aGPR15, and their mutants induced by ligand C10ORF99. Data information: All data shown are generated from at least three technical replicates. Error bars indicate SD (n=3). ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05 (t-test). Ad-NC represents adeno-virus-based gene-delivery vector as negative control."}
{"words": ["(", "a", ")", "CCR9", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Gallus", "gallus", "and", "Lonchura", "striata", ".", "(", "b", ")", "CCR9", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Chrysemys", "picta", "bellii", "and", "Pelodiscus", "sinensis", ".", "(", "c", ")", "CCR9", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Rana", "catesbiana", "Shaw", "and", "Rana", "nigromaculata", ".", "(", "d", ")", "GPR15", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Gallus", "gallus", "and", "Lonchura", "striata", ".", "(", "e", ")", "GPR15", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Chrysemys", "picta", "bellii", "and", "Pelodiscus", "sinensis", ".", "(", "f", ")", "C10ORF99", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Gallus", "gallus", "and", "Lonchura", "striata", ".", "(", "g", ")", "C10ORF99", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Chrysemys", "picta", "bellii", "and", "Pelodiscus", "sinensis", ".", "(", "h", ")", "GPR15", "and", "C10ORF99", "expression", "in", "the", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "of", "Rana", "catesbeiana", "Shaw", "and", "Rana", "nigromaculata", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "technical", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "UD", ",", "undetermined", ",", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) CCR9 expression in the small intestine (SI) and colon of Gallus gallus and Lonchura striata. (b) CCR9 expression in the small intestine (SI) and colon of Chrysemys picta bellii and Pelodiscus sinensis. (c) CCR9 expression in the small intestine (SI) and colon of Rana catesbiana Shaw and Rana nigromaculata. (d) GPR15 expression in the small intestine (SI) and colon of Gallus gallus and Lonchura striata. (e) GPR15 expression in the small intestine (SI) and colon of Chrysemys picta bellii and Pelodiscus sinensis. (f) C10ORF99 expression in the small intestine (SI) and colon of Gallus gallus and Lonchura striata. (g) C10ORF99 expression in the small intestine (SI) and colon of Chrysemys picta bellii and Pelodiscus sinensis. (h) GPR15 and C10ORF99 expression in the small intestine (SI) and colon of Rana catesbeiana Shaw and Rana nigromaculata. Data information: All data shown are representative of at least three independent technical replicates. Error bars indicate SD (n=3). UD, undetermined, ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; NS: no significance (t-test)."}
{"words": ["(", "i", ")", "GPR15", "expression", "in", "CD4", "+", "T", "cell", "from", "chicken", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "technical", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "UD", ",", "undetermined", ",", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i) GPR15 expression in CD4+ T cell from chicken small intestine (SI) and colon. Data information: All data shown are representative of at least three independent technical replicates. Error bars indicate SD (n=3). UD, undetermined, ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; NS: no significance (t-test)."}
{"words": ["(", "j", ")", "The", "migration", "of", "CD4", "+", "cells", "from", "chicken", "small", "intestine", "(", "SI", ")", "and", "colon", "induced", "by", "ligand", "C10ORF99", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "technical", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "UD", ",", "undetermined", ",", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "t", "-", "test", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(j) The migration of CD4+ cells from chicken small intestine (SI) and colon induced by ligand C10ORF99. Data information: All data shown are representative of at least three independent technical replicates. Error bars indicate SD (n=3). UD, undetermined, ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; NS: no significance (t-test)."}
{"words": ["The", "expression", "levels", "of", "GPR15", ",", "C10ORF99", ",", "FOXP3", "in", "mice", "fed", "with", "corn", ",", "chicken", ",", "and", "mixture", "of", "corn", "plus", "chicken", ",", "commercial", "food", "chow", "and", "a", "positive", "control", "(", "propionate", "added", "to", "commercial", "food", "chow", ")", "at", "different", "times", "(", "weanling", "mice", "were", "defined", "as", "w", "-", "1", ")", "in", "colonic", "tissue", "were", "determined", "by", "q", "-", "RT", "-", "PCR", ".", "Each", "symbol", "or", "bar", "represents", "pooled", "RNA", "from", "colon", "tissues", "from", "three", "mice", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The expression levels of GPR15, C10ORF99, FOXP3 in mice fed with corn, chicken, and mixture of corn plus chicken, commercial food chow and a positive control (propionate added to commercial food chow) at different times (weanling mice were defined as w-1) in colonic tissue were determined by q-RT-PCR. Each symbol or bar represents pooled RNA from colon tissues from three mice. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["The", "expression", "levels", "of", "IL", "-", "10", "in", "mice", "fed", "with", "corn", ",", "chicken", ",", "and", "mixture", "of", "corn", "plus", "chicken", ",", "commercial", "food", "chow", "and", "a", "positive", "control", "(", "propionate", "added", "to", "commercial", "food", "chow", ")", "at", "different", "times", "(", "weanling", "mice", "were", "defined", "as", "w", "-", "1", ")", "in", "colonic", "tissue", "were", "determined", "by", "q", "-", "RT", "-", "PCR", ".", "Each", "symbol", "or", "bar", "represents", "pooled", "RNA", "from", "colon", "tissues", "from", "three", "mice", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "The expression levels of IL-10 in mice fed with corn, chicken, and mixture of corn plus chicken, commercial food chow and a positive control (propionate added to commercial food chow) at different times (weanling mice were defined as w-1) in colonic tissue were determined by q-RT-PCR. Each symbol or bar represents pooled RNA from colon tissues from three mice. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "f", ",", "g", ")", "SCFAs", "and", "acetic", "acid", "content", "in", "dietary", "experiments", ".", "Faecal", "samples", "from", "mice", "on", "the", "indicated", "diets", "were", "analysed", "for", "SCFAs", "by", "gas", "chromatography", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(f, g) SCFAs and acetic acid content in dietary experiments. Faecal samples from mice on the indicated diets were analysed for SCFAs by gas chromatography. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "h", ")", "TNF", "-", "α", "and", "IL", "-", "6", "levels", "in", "faecal", "samples", "from", "mice", "on", "the", "indicated", "diet", "demonstrated", "no", "colitis", "in", "all", "mouse", "groups", ".", "IL", "-", "6", "and", "TNF", "-", "α", "protein", "production", "levels", ",", "as", "determined", "by", "performing", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assays", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(h) TNF-α and IL-6 levels in faecal samples from mice on the indicated diet demonstrated no colitis in all mouse groups. IL-6 and TNF-α protein production levels, as determined by performing enzyme-linked immunosorbent assays. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "i", ")", "Luciferase", "activities", "of", "constructs", "with", "the", "mouse", "C10ORF99", "promoter", "in", "HEK293", "cells", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(i) Luciferase activities of constructs with the mouse C10ORF99 promoter in HEK293 cells. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["Luciferase", "activities", "of", "constructs", "with", "the", "Japanese", "quail", "C10ORF99", "promoter", "in", "HEK293", "cells", ".", "Data", "information", ":", "All", "data", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "biological", "replicates", ".", "Error", "bars", "indicate", "SD", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "*", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "0001", "*", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ";", "NS", ":", "no", "significance", "(", "One", "-", "way", "ANOVA", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Luciferase activities of constructs with the Japanese quail C10ORF99 promoter in HEK293 cells. Data information: All data shown are representative of at least three independent biological replicates.Error bars indicate SD (n=3). ****P-value < 0.0001 ***P-value < 0.001; **P-value < 0.01; *P-value < 0.05; NS: no significance (One-way ANOVA)."}
{"words": ["(", "C", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "inactive", "and", "activated", "Rx", "-", "NRC2", ".", "C", "-", "terminally", "6xHA", "tagged", "Rx", "and", "C", "-", "terminally", "4xMyc", "-", "tagged", "NRC2EEE", "were", "co", "-", "expressed", "with", "either", "free", "GFP", "or", "C", "-", "terminally", "GFP", "-", "tagged", "CP", ".", "Free", "mCherry", "-", "4xMyc", "and", "mCherry", "-", "6xHA", "fusions", "were", "used", "as", "controls", "in", "the", "treatments", "without", "NRC2", "and", "Rx", ",", "respectively", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "Tris", "-", "HCl", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Red", "asterisks", "indicate", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "NRC2", "complex", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) BN-PAGE and SDS-PAGE assays with inactive and activated Rx-NRC2. C-terminally 6xHA tagged Rx and C-terminally 4xMyc-tagged NRC2EEE were co-expressed with either free GFP or C-terminally GFP-tagged CP. Free mCherry-4xMyc and mCherry-6xHA fusions were used as controls in the treatments without NRC2 and Rx, respectively. Total protein was extracted with a Tris-HCl-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. Red asterisks indicate bands corresponding to the activated NRC2 complex. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["(", "B", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "inactive", "and", "activated", "Rx", "-", "NRC2", "using", "different", "heavy", "and", "light", "sensor", "-", "helper", "combinations", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "Tris", "-", "HCl", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Red", "asterisk", "indicates", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "NRC2", "complex", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BN-PAGE and SDS-PAGE assays with inactive and activated Rx-NRC2 using different heavy and light sensor-helper combinations. Total protein was extracted with a Tris-HCl-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. Red asterisk indicates bands corresponding to the activated NRC2 complex. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["(", "B", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "inactive", "and", "activated", "Rx", "-", "NRC2", "using", "different", "\"", "heavy", "\"", "and", "\"", "light", "\"", "helper", "combinations", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "Tris", "-", "HCl", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "A", "non", "-", "specific", "band", "was", "observed", "at", "~", "110", "kDa", "for", "the", "anti", "-", "FLAG", "antibody", ".", "Red", "asterisks", "indicate", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "\"", "heavy", "\"", "NRC2", "complexes", ".", "Blue", "asterisks", "indicate", "bands", "corresponding", "to", "\"", "light", "\"", "NRC2", "complexes", ".", "Purple", "bands", "indicate", "intermediate", "molecular", "weight", "complexes", "combining", "\"", "heavy", "\"", "and", "\"", "light", "\"", "NRC2", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BN-PAGE and SDS-PAGE assays with inactive and activated Rx-NRC2 using different \"heavy\" and \"light\" helper combinations. Total protein was extracted with a Tris-HCl-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. A non-specific band was observed at ~110 kDa for the anti-FLAG antibody. Red asterisks indicate bands corresponding to the activated \"heavy\" NRC2 complexes. Blue asterisks indicate bands corresponding to \"light\" NRC2 complexes. Purple bands indicate intermediate molecular weight complexes combining \"heavy\" and \"light\" NRC2. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["(", "B", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "inactive", "and", "activated", "NRC", "-", "dependent", "sensors", "and", "NRC2", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "Tris", "-", "HCl", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Red", "asterisk", "indicates", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "NRC2", "complexes", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BN-PAGE and SDS-PAGE assays with inactive and activated NRC-dependent sensors and NRC2. Total protein was extracted with a Tris-HCl-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. Red asterisk indicates bands corresponding to the activated NRC2 complexes. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "inactive", "and", "activated", "NRC", "-", "dependent", "sensors", "and", "NRC4AAA", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "HEPES", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Red", "asterisk", "indicates", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "NRC4", "complexes", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BN-PAGE and SDS-PAGE assays with inactive and activated NRC-dependent sensors and NRC4AAA. Total protein was extracted with a HEPES-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. Red asterisk indicates bands corresponding to the activated NRC4 complexes. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["C", "-", "terminally", "GFP", "-", "tagged", "NRC2EEE", "and", "C", "-", "terminally", "RFP", "-", "tagged", "Rx", "were", "co", "-", "expressed", "either", "with", "an", "EV", "-", "4xMyc", "construct", "or", "a", "CP", "-", "4xMyc", "construct", "in", "leaves", "of", "nrc2", "/", "3", "/", "4", "N", ".", "benthamiana", "CRISPR", "mutant", "lines", ".", "(", "A", "-", "B", ")", "Single", "-", "plane", "confocal", "micrographs", "show", "the", "localization", "of", "both", "components", "of", "the", "inactive", "and", "active", "Rx", "-", "NRC2", "system", ",", "together", "with", "PM", "marker", "RPW8", ".", "2", "-", "BFP", ".", "Scale", "bars", "represent", "10", "µm", ".", "(", "A", ")", "NRC2EEE", "-", "GFP", "and", "Rx", "-", "RFP", "co", "-", "localize", "in", "the", "cytoplasm", "prior", "to", "activation", ".", "(", "B", ")", "Upon", "co", "-", "expression", "of", "CP", "and", "activation", "of", "the", "system", ",", "NRC2EEE", "forms", "puncta", "associated", "with", "the", "PM", "while", "Rx", "remains", "in", "the", "cytoplasm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C-terminally GFP-tagged NRC2EEE and C-terminally RFP-tagged Rx were co-expressed either with an EV-4xMyc construct or a CP-4xMyc construct in leaves of nrc2/3/4 N. benthamiana CRISPR mutant lines. (A-B) Single-plane confocal micrographs show the localization of both components of the inactive and active Rx-NRC2 system, together with PM marker RPW8.2-BFP. Scale bars represent 10 µm. (A) NRC2EEE-GFP and Rx-RFP co-localize in the cytoplasm prior to activation. (B) Upon co-expression of CP and activation of the system, NRC2EEE forms puncta associated with the PM while Rx remains in the cytoplasm."}
{"words": ["(", "C", ")", "Membrane", "enrichment", "assays", "are", "consistent", "with", "microscopy", ",", "showing", "that", "inactive", "NRC2EEE", "-", "GFP", "is", "mostly", "present", "in", "the", "soluble", "(", "cytoplasmic", ")", "fraction", ",", "whereas", "activated", "NRC2EEE", "-", "GFP", "exhibits", "equal", "distribution", "across", "soluble", "and", "membrane", "fractions", ".", "Rx", "is", "mostly", "present", "in", "the", "soluble", "fraction", "and", "exhibits", "no", "change", "upon", "activation", "of", "the", "system", "with", "CP", ".", "T", "=", "total", ",", "S", "=", "soluble", ",", "M", "=", "membrane", ".", "ATPase", "was", "used", "as", "a", "membrane", "marker", ".", "Rubisco", "was", "used", "as", "a", "marker", "for", "total", "and", "soluble", "fractions", "and", "visualized", "by", "Ponceau", "staining", "(", "PS", ")", ".", "Red", "asterisks", "indicate", "bands", "matching", "the", "expected", "MW", "for", "each", "protein", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "two", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) Membrane enrichment assays are consistent with microscopy, showing that inactive NRC2EEE-GFP is mostly present in the soluble (cytoplasmic) fraction, whereas activated NRC2EEE-GFP exhibits equal distribution across soluble and membrane fractions. Rx is mostly present in the soluble fraction and exhibits no change upon activation of the system with CP. T = total, S = soluble, M = membrane. ATPase was used as a membrane marker. Rubisco was used as a marker for total and soluble fractions and visualized by Ponceau staining (PS). Red asterisks indicate bands matching the expected MW for each protein. The experiment was repeated two times."}
{"words": ["(", "B", ")", "BN", "-", "PAGE", "and", "SDS", "-", "PAGE", "assays", "with", "infected", "and", "uninfected", "leaves", "expressing", "Rx", "and", "NRC2", ".", "Total", "protein", "was", "extracted", "with", "a", "Tris", "-", "HCl", "-", "based", "buffer", ",", "as", "described", "in", "materials", "and", "methods", ".", "Extracts", "were", "run", "on", "native", "and", "denaturing", "PAGE", "assays", "in", "parallel", "and", "immunoblotted", "with", "the", "appropriate", "antisera", "labelled", "on", "the", "left", ".", "Approximate", "molecular", "weights", "(", "kDa", ")", "of", "the", "proteins", "are", "shown", "on", "the", "right", ".", "Red", "asterisks", "indicate", "bands", "corresponding", "to", "the", "activated", "NRC2", "complexes", ".", "Rubisco", "loading", "control", "was", "carried", "out", "using", "Ponceau", "stain", "(", "PS", ")", ".", "The", "experiment", "was", "repeated", "three", "times", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(B) BN-PAGE and SDS-PAGE assays with infected and uninfected leaves expressing Rx and NRC2. Total protein was extracted with a Tris-HCl-based buffer, as described in materials and methods. Extracts were run on native and denaturing PAGE assays in parallel and immunoblotted with the appropriate antisera labelled on the left. Approximate molecular weights (kDa) of the proteins are shown on the right. Red asterisks indicate bands corresponding to the activated NRC2 complexes. Rubisco loading control was carried out using Ponceau stain (PS). The experiment was repeated three times."}
{"words": ["(", "A", "-", "B", ")", "Single", "-", "plane", "confocal", "micrographs", "show", "the", "localization", "of", "NRC2", "together", "with", "Rx", "or", "free", "RFP", "during", "PVX", "infection", ".", "C", "-", "terminally", "GFP", "-", "tagged", "NRC2EEE", "was", "co", "-", "infiltrated", "with", "either", "EV", "-", "RFP", "or", "Rx", "-", "RFP", "in", "leaves", "of", "nrc2", "/", "3", "/", "4", "N", ".", "benthamiana", "CRISPR", "mutant", "lines", "and", "infected", "with", "PVX", "by", "agroinfection", ".", "Scale", "bars", "represent", "10", "µm", ".", "(", "A", ")", "In", "the", "absence", "of", "Rx", ",", "NRC2EEE", "-", "GFP", "is", "localized", "to", "the", "cytoplasm", "during", "PVX", "infection", ".", "(", "B", ")", "When", "Rx", "is", "present", ",", "NRC2EEE", "forms", "puncta", "associated", "with", "the", "PM", "during", "PVX", "infection", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A-B) Single-plane confocal micrographs show the localization of NRC2 together with Rx or free RFP during PVX infection. C-terminally GFP-tagged NRC2EEE was co-infiltrated with either EV-RFP or Rx-RFP in leaves of nrc2/3/4 N. benthamiana CRISPR mutant lines and infected with PVX by agroinfection. Scale bars represent 10 µm. (A) In the absence of Rx, NRC2EEE-GFP is localized to the cytoplasm during PVX infection. (B) When Rx is present, NRC2EEE forms puncta associated with the PM during PVX infection."}
{"words": ["(", "A", ")", "MEFs", "were", "transfected", "with", "GFP", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "or", "mutant", "Parkin", "expression", "plasmid", "followed", "by", "an", "18", "-", "h", "treatment", "of", "CCCP", ".", "Cells", "are", "immunostained", "with", "a", "Tom20", "antibody", "to", "visualize", "mitochondria", "(", "red", ")", ".", "GFP", "-", "parkin", "-", "transfected", "cells", "are", "marked", "by", "dotted", "lines", ".", "Arrows", "indicate", "parkin", "-", "positive", "mitochondria", "or", "mitochondrial", "aggregates", ".", "Bar", ",", "10", "µm", ".", "(", "B", ")", "The", "average", "percentages", "of", "mitochondria", "-", "free", "cells", "from", "three", "independent", "experiments", "from", "A", "are", "presented", "with", "standard", "deviation", "as", "error", "bar", ".", "*", "*", ",", "P", "<", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) MEFs were transfected with GFP-tagged wild-type (WT) or mutant Parkin expression plasmid followed by an 18-h treatment of CCCP. Cells are immunostained with a Tom20 antibody to visualize mitochondria (red). GFP-parkin-transfected cells are marked by dotted lines. Arrows indicate parkin-positive mitochondria or mitochondrial aggregates. Bar, 10 µm. (B) The average percentages of mitochondria-free cells from three independent experiments from A are presented with standard deviation as error bar. **, P < 0.01"}
{"words": ["(", "C", ")", "MEFs", "were", "transfected", "and", "treated", "with", "CCCP", "as", "described", "in", "A", ",", "followed", "by", "an", "immunoblotting", "analysis", "with", "antibodies", "for", "cytochrome", "c", ",", "actin", ",", "and", "parkin", ".", "Note", "that", "levels", "of", "parkin", "R275W", "and", "R42P", "mutant", "were", "lower", ",", "as", "previously", "reported", "(", "Wang", "et", "al", ".", ",", "2005", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(C) MEFs were transfected and treated with CCCP as described in A, followed by an immunoblotting analysis with antibodies for cytochrome c, actin, and parkin. Note that levels of parkin R275W and R42P mutant were lower, as previously reported (Wang et al., 2005)."}
{"words": ["CCCP", "-", "induced", "parkin", "-", "mitochondrial", "aggregate", "formation", "is", "an", "intermediate", "step", "for", "mitophagy", ".", "(", "A", ")", "MEFs", "expressing", "WT", "GFP", "-", "parkin", "were", "treated", "with", "CCCP", "or", "CCCP", "and", "nocodazole", "(", "NOC", ",", "10", "µM", ")", "for", "8", ",", "16", ",", "and", "24", "h", "as", "indicated", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "anti", "-", "Tom20", "to", "visualize", "mitochondria", ".", "GFP", "-", "parkin", "-", "positive", "cells", "are", "marked", "by", "dotted", "lines", ".", "Arrows", "indicate", "parkin", "-", "positive", "mitochondria", "or", "mitochondrial", "aggregates", ".", "Bar", ",", "25", "µm", ".", "(", "B", ")", "The", "average", "percentages", "of", "cells", "with", "mitochondrial", "aggregates", "or", "without", "mitochondria", "from", "three", "independent", "experiments", "from", "A", "are", "presented", "with", "standard", "deviation", "as", "error", "bar", ".", "*", "*", ",", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "CCCP-induced parkin-mitochondrial aggregate formation is an intermediate step for mitophagy. (A) MEFs expressing WT GFP-parkin were treated with CCCP or CCCP and nocodazole (NOC, 10 µM) for 8, 16, and 24 h as indicated. Cells were immunostained with anti-Tom20 to visualize mitochondria. GFP-parkin-positive cells are marked by dotted lines. Arrows indicate parkin-positive mitochondria or mitochondrial aggregates. Bar, 25 µm. (B) The average percentages of cells with mitochondrial aggregates or without mitochondria from three independent experiments from A are presented with standard deviation as error bar. **, P < 0.01."}
{"words": ["(", "A", ")", "MEFs", "were", "transfected", "with", "GFP", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", ",", "A240R", ",", "and", "T415N", "mutant", "parkin", "followed", "by", "CCCP", "treatment", "for", "8", "h", ".", "Cells", "were", "immunostained", "with", "antibodies", "for", "cytochrome", "c", "(", "red", ")", "and", "ubiquitin", "(", "blue", ")", ".", "Arrows", "indicate", "mitochondrial", "aggregates", ".", "Bar", ",", "10", "µm", ".", "(", "B", ")", "The", "average", "percentages", "of", "ubiquitin", "-", "positive", "mitochondrial", "aggregates", "from", "three", "independent", "experiments", "from", "A", "are", "presented", "with", "standard", "deviation", "as", "error", "bar", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(A) MEFs were transfected with GFP wild-type (WT), A240R, and T415N mutant parkin followed by CCCP treatment for 8 h. Cells were immunostained with antibodies for cytochrome c (red) and ubiquitin (blue). Arrows indicate mitochondrial aggregates. Bar, 10 µm. (B) The average percentages of ubiquitin-positive mitochondrial aggregates from three independent experiments from A are presented with standard deviation as error bar."}
{"words": ["(", "C", "and", "D", ")", "MEFs", "were", "transfected", "and", "treated", "with", "CCCP", "as", "described", "in", "A", ".", "Cells", "were", "subjected", "to", "the", "fractionation", "to", "isolate", "crude", "mitochondria", ".", "Cytoplasmic", "and", "mitochondrial", "fractions", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "analysis", "using", "antibodies", "for", "ubiquitin", ",", "parkin", ",", "cytochrome", "c", ",", "and", "cytosolic", "Hsp90", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0], "text": "(C and D) MEFs were transfected and treated with CCCP as described in A. Cells were subjected to the fractionation to isolate crude mitochondria. Cytoplasmic and mitochondrial fractions were subjected to immunoblotting analysis using antibodies for ubiquitin, parkin, cytochrome c, and cytosolic Hsp90."}
{"words": ["Parkin", "-", "mediated", "ubiquitination", "recruits", "p62", "and", "HDAC6", ".", "MEFs", "were", "transfected", "with", "WT", ",", "A240R", ",", "and", "T415N", "mutant", "GFP", "-", "parkin", "followed", "by", "CCCP", "treatment", "for", "8", "h", ".", "Cells", "were", "double", "immunostained", "with", "cytochrome", "c", "(", "red", ")", "and", "p62", "antibody", "(", "blue", ")", "in", "A", ",", "and", "cytochrome", "c", "(", "red", ")", "and", "HDAC6", "antibody", "in", "C", ".", "Arrows", "indicate", "mitochondrial", "aggregates", ".", "(", "B", "and", "D", ")", "The", "average", "percentages", "of", "p62", "-", "or", "HDAC6", "-", "positive", "mitochondrial", "aggregates", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "presented", "with", "standard", "deviation", "as", "error", "bar", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Parkin-mediated ubiquitination recruits p62 and HDAC6. MEFs were transfected with WT, A240R, and T415N mutant GFP-parkin followed by CCCP treatment for 8 h. Cells were double immunostained with cytochrome c (red) and p62 antibody (blue) in A, and cytochrome c (red) and HDAC6 antibody in C. Arrows indicate mitochondrial aggregates. (B and D) The average percentages of p62- or HDAC6-positive mitochondrial aggregates from three independent experiments are presented with standard deviation as error bar."}
{"words": ["Parkin", "-", "mediated", "ubiquitination", "recruits", "p62", "and", "HDAC6", ".", "MEFs", "were", "transfected", "with", "WT", ",", "A240R", ",", "and", "T415N", "mutant", "GFP", "-", "parkin", "followed", "by", "CCCP", "treatment", "for", "8", "h", ".", "Cells", "were", "double", "immunostained", "with", "cytochrome", "c", "(", "red", ")", "and", "p62", "antibody", "(", "blue", ")", "in", "A", ",", "and", "cytochrome", "c", "(", "red", ")", "and", "HDAC6", "antibody", "in", "C", ".", "Arrows", "indicate", "mitochondrial", "aggregates", ".", "(", "B", "and", "D", ")", "The", "average", "percentages", "of", "p62", "-", "or", "HDAC6", "-", "positive", "mitochondrial", "aggregates", "from", "three", "independent", "experiments", "are", "presented", "with", "standard", "deviation", "as", "error", "bar", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Parkin-mediated ubiquitination recruits p62 and HDAC6. MEFs were transfected with WT, A240R, and T415N mutant GFP-parkin followed by CCCP treatment for 8 h. Cells were double immunostained with cytochrome c (red) and p62 antibody (blue) in A, and cytochrome c (red) and HDAC6 antibody in C. Arrows indicate mitochondrial aggregates. (B and D) The average percentages of p62- or HDAC6-positive mitochondrial aggregates from three independent experiments are presented with standard deviation as error bar."}
{"words": ["(", "E", ")", "Wild", "-", "type", "and", "HDAC6", "knockout", "(", "KO", ")", "MEFs", "were", "transfected", "with", "parkin", "-", "GFP", "or", "cotransfected", "with", "a", "Flag", "-", "tagged", "HDAC6", "followed", "by", "CCCP", "treatment", "for", "16", "h", "as", "indicated", ".", "Cells", "are", "immunostained", "with", "Tom20", "(", "red", ")", "and", "Flag", "(", "blue", ")", "antibodies", ".", "Bar", ",", "25", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(E) Wild-type and HDAC6 knockout (KO) MEFs were transfected with parkin-GFP or cotransfected with a Flag-tagged HDAC6 followed by CCCP treatment for 16 h as indicated. Cells are immunostained with Tom20 (red) and Flag (blue) antibodies. Bar, 25 µm."}
{"words": ["(", "F", ")", "Wild", "-", "type", "MEFs", "were", "transfected", "with", "control", "or", "HDAC6", "siRNA", "and", "parkin", "-", "GFP", ",", "and", "treated", "with", "or", "without", "CCCP", "for", "16", "h", ".", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "analysis", "using", "antibodies", "for", "Tom20", ",", "parkin", ",", "HDAC6", ",", "and", "actin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "(F) Wild-type MEFs were transfected with control or HDAC6 siRNA and parkin-GFP, and treated with or without CCCP for 16 h. Cell lysates were subjected to immunoblotting analysis using antibodies for Tom20, parkin, HDAC6, and actin."}
{"words": ["MEFs", "were", "transfected", "with", "control", "or", "cortactin", "RNAi", "and", "parkin", "-", "GFP", ",", "and", "incubated", "with", "or", "without", "CCCP", "for", "16", "h", "as", "indicated", ".", "(", "A", ")", "Cells", "were", "subjected", "to", "immunostaining", "with", "antibodies", "for", "Tom20", "and", "parkin", ".", "Bar", ",", "10", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MEFs were transfected with control or cortactin RNAi and parkin-GFP, and incubated with or without CCCP for 16 h as indicated. (A) Cells were subjected to immunostaining with antibodies for Tom20 and parkin. Bar, 10 µm."}
{"words": ["MEFs", "were", "transfected", "with", "control", "or", "cortactin", "RNAi", "and", "parkin", "-", "GFP", ",", "and", "incubated", "with", "or", "without", "CCCP", "for", "16", "h", "as", "indicated", ".", "(", "B", ")", "Cell", "lysates", "were", "subjected", "to", "immunoblotting", "with", "antibodies", "for", "Tom20", ",", "parkin", ",", "cortactin", ",", "and", "actin", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0], "text": "MEFs were transfected with control or cortactin RNAi and parkin-GFP, and incubated with or without CCCP for 16 h as indicated.(B) Cell lysates were subjected to immunoblotting with antibodies for Tom20, parkin, cortactin, and actin."}
{"words": ["(", "b", ")", "A53T", "α", "-", "synuclein", "(", "α", "-", "syn", ")", "expression", "was", "induced", "in", "stable", "PC12", "cells", "for", "48", "h", ",", "then", "switched", "off", "for", "24", "h", ".", "Cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "or", "with", "0", ".", "94", "μM", ",", "4", ".", "7", "μM", "or", "47", "μM", "of", "SMER10", ";", "0", ".", "86", "μM", ",", "4", ".", "3", "μM", "or", "43", "μM", "of", "SMER18", ";", "or", "0", ".", "9", "μM", ",", "4", ".", "7", "μM", "or", "47", "μM", "of", "SMER28", "added", "in", "the", "switch", "-", "off", "period", ".", "A53T", "α", "-", "syn", "levels", "were", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "antibody", "against", "HA", "(", "left", ")", "and", "densitometry", "analysis", "relative", "to", "actin", "(", "right", ")", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "=", "0", ".", "0917", ",", "P", "=", "0", ".", "009", ",", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "for", "increasing", "concentrations", "of", "SMER10", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0068", ",", "P", "=", "0", ".", "0023", ",", "P", "=", "0", ".", "0002", "(", "for", "increasing", "concentrations", "of", "SMER18", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0016", ",", "P", "0", ".", "0001", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "for", "increasing", "concentrations", "of", "SMER28", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) A53T α-synuclein (α-syn) expression was induced in stable PC12 cells for 48 h, then switched off for 24 h. Cells were treated with DMSO (control), or with 0.94 μM, 4.7 μM or 47 μM of SMER10; 0.86 μM, 4.3 μM or 43 μM of SMER18; or 0.9 μM, 4.7 μM or 47 μM of SMER28 added in the switch-off period. A53T α-syn levels were analyzed by immunoblotting with antibody against HA (left) and densitometry analysis relative to actin (right). Error bars denote s.e.m. P = 0.0917, P = 0.009, P = 0.0001 (for increasing concentrations of SMER10); P = 0.0068, P = 0.0023, P = 0.0002 (for increasing concentrations of SMER18); P = 0.0016, P 0.0001, P 0.0001 (for increasing concentrations of SMER28)."}
{"words": ["(", "c", ")", "COS", "-", "7", "cells", "transfected", "with", "EGFP", "-", "HDQ74", "construct", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "0", ".", "2", "μM", "rapamycin", "(", "Rap", ")", ",", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", "for", "48", "h", ",", "and", "we", "assessed", "the", "proportions", "of", "apoptotic", "or", "aggregate", "-", "containing", "transfected", "cells", ".", "Error", "bars", ":", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "P", "0", ".", "0001", "(", "Rap", "and", "SMER28", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "013", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "019", "(", "SMER18", ")", "(", "aggregation", ")", ";", "P", "0", ".", "0001", "(", "Rap", ",", "SMER18", "and", "SMER28", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "004", "(", "SMER10", ")", "(", "cell", "death", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) COS-7 cells transfected with EGFP-HDQ74 construct were treated with DMSO (control), 0.2 μM rapamycin (Rap), 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28 for 48 h, and we assessed the proportions of apoptotic or aggregate-containing transfected cells. Error bars: 95% confidence interval. P 0.0001 (Rap and SMER28), P = 0.013 (SMER10), P = 0.019 (SMER18) (aggregation); P 0.0001 (Rap, SMER18 and SMER28), P = 0.004 (SMER10) (cell death)."}
{"words": ["(", "d", ")", "Wild", "-", "type", "(", "Atg5", "+", "/", "+", ")", "and", "knockout", "(", "Atg5", "−", "/", "−", ")", "Atg5", "MEFs", "were", "transfected", "with", "EGFP", "-", "HDQ74", "and", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", "for", "24", "h", ",", "and", "we", "assessed", "the", "percentages", "of", "aggregate", "-", "containing", "transfected", "cells", ".", "The", "control", "(", "DMSO", "-", "treated", ")", "values", "were", "fixed", "at", "1", "for", "both", "cell", "lines", ".", "Error", "bars", ":", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "P", "=", "0", ".", "039", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "and", "SMER28", ")", "(", "in", "Atg5", "+", "/", "+", "cells", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "092", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "271", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "358", "(", "SMER28", ")", "(", "in", "Atg5", "−", "/", "−", "cells", ")", ".", "Note", "that", "EGFP", "-", "HDQ74", "aggregation", "was", "higher", "in", "Atg5", "−", "/", "−", "than", "in", "Atg5", "+", "/", "+", "cells", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "3a", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d) Wild-type (Atg5+/+) and knockout (Atg5−/−) Atg5 MEFs were transfected with EGFP-HDQ74 and treated with DMSO (control), 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28 for 24 h, and we assessed the percentages of aggregate-containing transfected cells. The control (DMSO-treated) values were fixed at 1 for both cell lines. Error bars: 95% confidence interval. P = 0.039 (SMER10), P 0.0001 (SMER18 and SMER28) (in Atg5+/+ cells); P = 0.092 (SMER10), P = 0.271 (SMER18), P = 0.358 (SMER28) (in Atg5−/− cells). Note that EGFP-HDQ74 aggregation was higher in Atg5−/− than in Atg5+/+ cells (Supplementary Fig. 3a)."}
{"words": ["e", ")", "The", "percentages", "of", "EGFP", "-", "positive", "COS", "-", "7", "cells", "with", "EGFP", "-", "HDQ74", "aggregates", "as", "in", "c", ",", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "10", "μM", "lactacystin", "(", "proteasome", "inhibitor", ")", "or", "both", "10", "μM", "lactacystin", "along", "with", "either", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", "for", "48", "h", ",", "expressed", "as", "odds", "ratios", ".", "Error", "bars", ":", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "P", "0", ".", "0001", "(", "control", "versus", "Lact", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "014", "(", "SMER10", "versus", "Lact", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "versus", "Lact", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "001", "(", "SMER28", "versus", "Lact", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "0", ".", "05", ";", "NS", ",", "nonsignificant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "e) The percentages of EGFP-positive COS-7 cells with EGFP-HDQ74 aggregates as in c, treated with DMSO (control), 10 μM lactacystin (proteasome inhibitor) or both 10 μM lactacystin along with either 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28 for 48 h, expressed as odds ratios. Error bars: 95% confidence interval. P 0.0001 (control versus Lact), P = 0.014 (SMER10 versus Lact), P 0.0001 (SMER18 versus Lact), P = 0.001 (SMER28 versus Lact). ***P 0.001; **P 0.01; *P 0.05; NS, nonsignificant."}
{"words": ["(", "a", ")", "COS", "-", "7", "cells", "transfected", "with", "EGFP", "-", "LC3", "construct", "for", "4", "h", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "0", ".", "2", "μM", "rapamycin", "(", "positive", "control", ")", ",", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", "for", "16", "h", ",", "and", "analyzed", "by", "fluorescence", "microscopy", ".", "The", "effects", "of", "treatment", "on", "the", "percentage", "of", "EGFP", "-", "positive", "cells", "with", ">", "5", "EGFP", "-", "LC3", "vesicles", "are", "shown", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "0", ".", "0001", "(", "all", "SMERs", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a) COS-7 cells transfected with EGFP-LC3 construct for 4 h were treated with DMSO (control), 0.2 μM rapamycin (positive control), 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28 for 16 h, and analyzed by fluorescence microscopy. The effects of treatment on the percentage of EGFP-positive cells with >5 EGFP-LC3 vesicles are shown. Error bars denote s.e.m. P 0.0001 (all SMERs)."}
{"words": ["(", "b", ")", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "LC3", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", "for", "24", "h", ".", "Confocal", "sections", "show", "cells", "containing", "EGFP", "-", "positive", "autophagic", "vesicles", ".", "Nuclei", "are", "stained", "with", "DAPI", ".", "Bar", ",", "20", "μM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(b) HeLa cells stably expressing EGFP-LC3 were treated with DMSO (control), 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28 for 24 h. Confocal sections show cells containing EGFP-positive autophagic vesicles. Nuclei are stained with DAPI. Bar, 20 μM."}
{"words": ["(", "c", ")", "HeLa", "cells", "stably", "expressing", "EGFP", "-", "LC3", "were", "treated", "for", "4", "h", "with", "DMSO", "(", "control", ")", "or", "200", "nM", "bafilomycin", "A1", "(", "Baf", ")", ",", "or", "with", "200", "nM", "bafilomycin", "A1", "and", "47", "μM", "SMER10", ",", "43", "μM", "SMER18", "or", "47", "μM", "SMER28", ".", "Cells", "were", "left", "untreated", "or", "pretreated", "with", "SMERs", "for", "24", "h", "before", "adding", "bafilomycin", "A1", ".", "Levels", "of", "EGFP", "-", "LC3", "-", "II", "were", "determined", "by", "immunoblotting", "with", "antibody", "against", "EGFP", "(", "above", ")", "and", "densitometry", "analysis", "relative", "to", "actin", "(", "below", ")", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "=", "0", ".", "0259", "(", "baf", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0003", "(", "SMER18", "and", "SMER28", ")", "versus", "control", ";", "P", "=", "0", ".", "0025", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0218", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0195", "(", "SMER28", ")", "versus", "bafilomycin", "A1", ".", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(c) HeLa cells stably expressing EGFP-LC3 were treated for 4 h with DMSO (control) or 200 nM bafilomycin A1 (Baf), or with 200 nM bafilomycin A1 and 47 μM SMER10, 43 μM SMER18 or 47 μM SMER28. Cells were left untreated or pretreated with SMERs for 24 h before adding bafilomycin A1. Levels of EGFP-LC3-II were determined by immunoblotting with antibody against EGFP (above) and densitometry analysis relative to actin (below). Error bars denote s.e.m. P = 0.0259 (baf), P 0.0001 (SMER10), P = 0.0003 (SMER18 and SMER28) versus control; P = 0.0025 (SMER10), P = 0.0218 (SMER18), P = 0.0195 (SMER28) versus bafilomycin A1. ***P 0.001; **P 0.01; *P 0.05."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", "Flies", "treated", "with", "100", "μM", "SMER10", "(", "a", ")", ",", "200", "μM", "SMER18", "(", "b", ")", "or", "100", "μM", "SMER28", "(", "c", ")", "show", "a", "shift", "in", "the", "distribution", "of", "the", "number", "of", "rhabdomeres", "compared", "with", "flies", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", "alone", "(", "2", "d", "after", "eclosion", ")", ".", "Rhabdomere", "counts", "from", "all", "three", "independent", "experiments", "are", "included", ".", "n", "=", "600", "ommatidia", "(", "SMER10", ")", ",", "n", "=", "1", ",", "500", "ommatidia", "(", "SMER18", ")", "and", "n", "=", "600", "ommatidia", "(", "SMER28", ")", ".", "Mann", "-", "Whitney", "test", "values", "P", "0", ".", "0001", "(", "all", "SMERs", ")", ".", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", "(", "1", "-", "tailed", ")", "P", "=", "0", ".", "005", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "004", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "03", "(", "SMER28", ")", "comparing", "means", "of", "distributions", "from", "independent", "experiments", ".", "These", "SMER", "concentrations", "cause", "no", "overt", "toxicity", "to", "flies", "(", "see", "Supplementary", "Methods", ")", ".", "Distributions", "of", "DMSO", "-", "treated", "flies", "may", "vary", "when", "SMERs", "are", "treated", "in", "different", "experiments", "at", "different", "times", ".", "For", "instance", ",", "an", "individual", "experiment", "may", "have", "lasted", "slightly", "longer", "or", "shorter", "and", "photoreceptor", "degeneration", "is", "progressive", "and", "time", "-", "dependent", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-c) Flies treated with 100 μM SMER10 (a), 200 μM SMER18 (b) or 100 μM SMER28 (c) show a shift in the distribution of the number of rhabdomeres compared with flies treated with DMSO (control) alone (2 d after eclosion). Rhabdomere counts from all three independent experiments are included. n = 600 ommatidia (SMER10), n = 1,500 ommatidia (SMER18) and n = 600 ommatidia (SMER28). Mann-Whitney test values P 0.0001 (all SMERs). Student's t-test (1-tailed) P = 0.005 (SMER10), P = 0.004 (SMER18), P = 0.03 (SMER28) comparing means of distributions from independent experiments. These SMER concentrations cause no overt toxicity to flies (see Supplementary Methods). Distributions of DMSO-treated flies may vary when SMERs are treated in different experiments at different times. For instance, an individual experiment may have lasted slightly longer or shorter and photoreceptor degeneration is progressive and time-dependent."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", "Clearance", "of", "A53T", "α", "-", "synuclein", "in", "stable", "PC12", "cells", "as", "in", "Figure", "1b", "-", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "or", "with", "0", ".", "2", "μM", "rapamycin", "alone", ",", "SMER", "alone", "(", "140", "μM", "SMER10", "(", "a", ")", ",", "43", "μM", "SMER18", "(", "b", ")", "or", "47", "μM", "SMER28", "(", "c", ")", ")", "or", "both", "for", "the", "8", "h", "switch", "-", "off", "period", "-", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "antibody", "against", "HA", "(", "above", ")", "and", "densitometry", "analysis", "relative", "to", "actin", "(", "below", ")", ".", "The", "concentration", "of", "rapamycin", "is", "saturating", "for", "its", "effect", "on", "the", "clearance", "of", "A53T", "α", "-", "synuclein", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "=", "0", ".", "0025", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0018", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER10", "+", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "Rap", "or", "SMER10", "versus", "SMER10", "+", "Rap", ")", "(", "a", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0069", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0498", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0038", "(", "Rap", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0007", "(", "SMER18", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", "(", "b", ")", ";", "P", "0", ".", "0001", "(", "Rap", ",", "SMER28", ",", "Rap", "versus", "SMER28", "+", "Rap", ",", "SMER28", "versus", "SMER28", "+", "Rap", ")", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-c) Clearance of A53T α-synuclein in stable PC12 cells as in Figure 1b-treated with DMSO (control), or with 0.2 μM rapamycin alone, SMER alone (140 μM SMER10 (a), 43 μM SMER18 (b) or 47 μM SMER28 (c)) or both for the 8 h switch-off period-was analyzed by immunoblotting with antibody against HA (above) and densitometry analysis relative to actin (below). The concentration of rapamycin is saturating for its effect on the clearance of A53T α-synuclein. Error bars denote s.e.m. P = 0.0025 (Rap), P = 0.0018 (SMER10), P 0.0001 (SMER10 + Rap), P 0.0001 (Rap or SMER10 versus SMER10 + Rap) (a); P = 0.0069 (Rap), P = 0.0498 (SMER18), P 0.0001 (SMER18 + Rap), P = 0.0038 (Rap versus SMER18 + Rap), P = 0.0007 (SMER18 versus SMER18 + Rap) (b); P 0.0001 (Rap, SMER28, Rap versus SMER28 + Rap, SMER28 versus SMER28 + Rap) (c)."}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", "The", "percentage", "of", "EGFP", "-", "positive", "cells", "with", "EGFP", "-", "HDQ74", "aggregates", "(", "above", ")", "and", "cell", "death", "(", "below", ")", "in", "COS", "-", "7", "cells", ",", "as", "in", "Figure", "1c", "-", "treated", "with", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "or", "with", "0", ".", "2", "μM", "rapamycin", "alone", ",", "SMER", "alone", "(", "140", "μM", "SMER10", "(", "d", ")", ",", "43", "μM", "SMER18", "(", "e", ")", "or", "47", "μM", "SMER28", "(", "f", ")", ")", "or", "both", "for", "24", "h", "-", "were", "expressed", "as", "odds", "ratios", ".", "Error", "bars", ":", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "Aggregation", "(", "top", "panels", ")", ":", "P", "=", "0", ".", "248", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "217", "(", "SMER10", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER10", "+", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "001", "(", "Rap", "or", "SMER10", "versus", "SMER10", "+", "Rap", ")", "(", "d", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "248", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "543", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "008", "(", "Rap", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "SMER18", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", "(", "e", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "248", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "SMER28", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER28", "+", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "Rap", "versus", "SMER28", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "012", "(", "SMER28", "versus", "SMER28", "+", "Rap", ")", "(", "f", ")", ".", "Cell", "death", "(", "bottom", "panels", ")", ":", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER10", ",", "SMER10", "+", "Rap", ",", "Rap", "or", "SMER10", "versus", "SMER10", "+", "Rap", ")", "(", "d", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "948", "(", "SMER18", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "015", "(", "Rap", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", "versus", "SMER18", "+", "Rap", ")", "(", "e", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "Rap", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER28", ",", "SMER28", "+", "Rap", ",", "Rap", "or", "SMER28", "versus", "SMER28", "+", "Rap", ")", "(", "f", ")", ".", "Note", "that", "we", "have", "treated", "cells", "for", "a", "shorter", "time", "in", "this", "experiment", "(", "24", "h", ")", ",", "compared", "with", "Figure", "1c", "(", "48", "h", ")", ".", "This", "probably", "accounts", "for", "the", "failure", "of", "the", "protective", "trends", "of", "rapamycin", "and", "some", "of", "the", "SMERs", "to", "reach", "significance", "for", "aggregation", "on", "their", "own", "in", "some", "of", "the", "experiments", ".", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "0", ".", "05", ";", "NS", ",", "nonsignificant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f) The percentage of EGFP-positive cells with EGFP-HDQ74 aggregates (above) and cell death (below) in COS-7 cells, as in Figure 1c-treated with DMSO (control), or with 0.2 μM rapamycin alone, SMER alone (140 μM SMER10 (d), 43 μM SMER18 (e) or 47 μM SMER28 (f)) or both for 24 h-were expressed as odds ratios. Error bars: 95% confidence interval. Aggregation (top panels): P = 0.248 (Rap), P = 0.217 (SMER10), P 0.0001 (SMER10 + Rap), P 0.001 (Rap or SMER10 versus SMER10 + Rap) (d); P = 0.248 (Rap), P = 0.543 (SMER18), P 0.0001 (SMER18 + Rap), P = 0.008 (Rap versus SMER18 + Rap), P = 0.002 (SMER18 versus SMER18 + Rap) (e); P = 0.248 (Rap), P = 0.002 (SMER28), P 0.0001 (SMER28 + Rap), P 0.0001 (Rap versus SMER28 + Rap), P = 0.012 (SMER28 versus SMER28 + Rap) (f). Cell death (bottom panels): P = 0.002 (Rap), P 0.0001 (SMER10, SMER10 + Rap, Rap or SMER10 versus SMER10 + Rap) (d); P = 0.002 (Rap), P = 0.948 (SMER18), P 0.0001 (SMER18 + Rap), P = 0.015 (Rap versus SMER18 + Rap), P 0.0001 (SMER18 versus SMER18 + Rap) (e); P = 0.002 (Rap), P 0.0001 (SMER28, SMER28 + Rap, Rap or SMER28 versus SMER28 + Rap) (f). Note that we have treated cells for a shorter time in this experiment (24 h), compared with Figure 1c (48 h). This probably accounts for the failure of the protective trends of rapamycin and some of the SMERs to reach significance for aggregation on their own in some of the experiments. ***P 0.001; **P 0.01; *P 0.05; NS, nonsignificant."}
{"words": ["(", "a", "-", "c", ")", "Clearance", "of", "A53T", "α", "-", "synuclein", "in", "stable", "PC12", "cells", "as", "in", "Figure", "1b", "-", "treated", "for", "24", "h", "with", "either", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "or", "with", "47", "μM", "SMER10", "and", "its", "analogs", "(", "SMER10a", "-", "c", ")", "(", "a", ")", ",", "43", "μM", "SMER18", "and", "its", "analogs", "(", "SMER18a", "-", "l", ")", "(", "b", ")", ",", "or", "47", "μM", "SMER28", "and", "its", "analogs", "(", "SMER28a", "-", "k", ")", "(", "c", ")", "-", "was", "analyzed", "by", "immunoblotting", "with", "anti", "-", "HA", "antibody", "(", "above", ")", "and", "densitometry", "analysis", "relative", "to", "actin", "(", "below", ")", ".", "All", "the", "analogs", "were", "used", "in", "the", "cell", "culture", "medium", "at", "1", ":", "400", "dilution", "of", "5", "mg", "ml", "−", "1", "stock", "solution", "(", "in", "DMSO", ")", ".", "Error", "bars", "denote", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "P", "=", "0", ".", "0058", "(", "SMER10a", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "6736", "(", "SMER10b", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "9507", "(", "SMER10c", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0481", "(", "SMER10", ")", "(", "a", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0006", "(", "SMER18a", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0249", "(", "SMER18b", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0167", "(", "SMER18c", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0117", "(", "SMER18d", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0269", "(", "SMER18e", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0165", "(", "SMER18f", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0148", "(", "SMER18g", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0011", "(", "SMER18h", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "7369", "(", "SMER18i", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0012", "(", "SMER18j", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "1531", "(", "SMER18k", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0006", "(", "SMER18l", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "SMER18", ")", "(", "b", ")", ";", "P", "=", "0", ".", "0014", "(", "SMER28a", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0002", "(", "SMER28b", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0001", "(", "SMER28d", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0048", "(", "SMER28h", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0002", "(", "SMER28i", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "0162", "(", "SMER28j", ")", ",", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER28c", ",", "SMER28e", "-", "g", ",", "SMER28k", ",", "SMER28", ")", "(", "c", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(a-c) Clearance of A53T α-synuclein in stable PC12 cells as in Figure 1b-treated for 24 h with either DMSO (control), or with 47 μM SMER10 and its analogs (SMER10a-c) (a), 43 μM SMER18 and its analogs (SMER18a-l) (b), or 47 μM SMER28 and its analogs (SMER28a-k) (c)-was analyzed by immunoblotting with anti-HA antibody (above) and densitometry analysis relative to actin (below). All the analogs were used in the cell culture medium at 1:400 dilution of 5 mg ml−1 stock solution (in DMSO). Error bars denote s.e.m. P = 0.0058 (SMER10a), P = 0.6736 (SMER10b), P = 0.9507 (SMER10c), P = 0.0481 (SMER10) (a); P = 0.0006 (SMER18a), P = 0.0249 (SMER18b), P = 0.0167 (SMER18c), P = 0.0117 (SMER18d), P = 0.0269 (SMER18e), P = 0.0165 (SMER18f), P = 0.0148 (SMER18g), P = 0.0011 (SMER18h), P = 0.7369 (SMER18i), P = 0.0012 (SMER18j), P = 0.1531 (SMER18k), P = 0.0006 (SMER18l), P = 0.0001 (SMER18) (b); P = 0.0014 (SMER28a), P = 0.0002 (SMER28b), P = 0.0001 (SMER28d), P = 0.0048 (SMER28h), P = 0.0002 (SMER28i), P = 0.0162 (SMER28j), P 0.0001 (SMER28c, SMER28e-g, SMER28k, SMER28) (c)."}
{"words": ["(", "d", "-", "f", ")", "The", "percentage", "of", "EGFP", "-", "positive", "cells", "with", "EGFP", "-", "HDQ74", "aggregates", "in", "COS", "-", "7", "cells", "as", "in", "Figure", "1c", "-", "treated", "for", "48", "h", "with", "either", "DMSO", "(", "control", ")", ",", "or", "with", "47", "μM", "SMER10", "and", "its", "analog", "(", "SMER10a", ")", "(", "d", ")", ",", "43", "μM", "SMER18", "and", "its", "analogs", "(", "SMER18a", ",", "SMER18c", "-", "h", ",", "SMER18j", ",", "SMER18l", ")", "(", "e", ")", ",", "or", "47", "μM", "SMER28", "and", "its", "analogs", "(", "SMER28a", "-", "k", ")", "(", "f", ")", "-", "were", "expressed", "as", "odds", "ratios", ".", "All", "the", "analogs", "were", "used", "in", "the", "cell", "culture", "medium", "at", "1", ":", "400", "dilution", "of", "5", "mg", "ml", "−", "1", "stock", "solution", "(", "in", "DMSO", ")", ".", "Error", "bars", ":", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "P", "=", "0", ".", "003", "(", "SMER10a", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "004", "(", "SMER10", ")", "(", "d", ")", ";", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER18a", ",", "SMER18c", ",", "SMER18d", ",", "SMER18f", ",", "SMER18h", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "009", "(", "SMER18e", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "001", "(", "SMER18g", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "382", "(", "SMER18j", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "067", "(", "SMER18l", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "031", "(", "SMER18", ")", "(", "e", ")", ";", "P", "0", ".", "0001", "(", "SMER28a", ",", "SMER28c", ",", "SMER28e", "-", "g", ",", "SMER28i", "-", "k", ",", "SMER28", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "574", "(", "SMER28b", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "041", "(", "SMER28d", ")", ",", "P", "=", "0", ".", "002", "(", "SMER28h", ")", "(", "f", ")", ".", "*", "*", "*", "P", "0", ".", "001", ";", "*", "*", "P", "0", ".", "01", ";", "*", "P", "0", ".", "05", ";", "NS", ",", "nonsignificant", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "(d-f) The percentage of EGFP-positive cells with EGFP-HDQ74 aggregates in COS-7 cells as in Figure 1c-treated for 48 h with either DMSO (control), or with 47 μM SMER10 and its analog (SMER10a) (d), 43 μM SMER18 and its analogs (SMER18a, SMER18c-h, SMER18j, SMER18l) (e), or 47 μM SMER28 and its analogs (SMER28a-k) (f)-were expressed as odds ratios. All the analogs were used in the cell culture medium at 1:400 dilution of 5 mg ml−1 stock solution (in DMSO). Error bars: 95% confidence interval. P = 0.003 (SMER10a), P = 0.004 (SMER10) (d); P 0.0001 (SMER18a, SMER18c, SMER18d, SMER18f, SMER18h), P = 0.009 (SMER18e), P = 0.001 (SMER18g), P = 0.382 (SMER18j), P = 0.067 (SMER18l), P = 0.031 (SMER18) (e); P 0.0001 (SMER28a, SMER28c, SMER28e-g, SMER28i-k, SMER28), P = 0.574 (SMER28b), P = 0.041 (SMER28d), P = 0.002 (SMER28h) (f). ***P 0.001; **P 0.01; *P 0.05; NS, nonsignificant."}
{"words": ["B", ".", "RIBEYE", "mutations", "do", "not", "alter", "mouse", "survival", ".", "Data", "show", "surviving", "post", "-", "weaning", "mice", "(", "at", ">", "P21", ")", "derived", "from", "matings", "between", "mice", "heterozygous", "for", "the", "RBEKI", "allele", "(", "dark", "red", ")", "or", "the", "RBEKO", "allele", "(", "bright", "red", ")", "normalized", "for", "the", "total", "number", "of", "mice", "(", "absolute", "numbers", "per", "genotype", "/", "absolute", "number", "of", "all", "mice", "per", "respective", "breeding", "strategy", ")", "The", "expected", "Mendelian", "ratio", "is", "indicated", "by", "the", "dashed", "line", ".", "Statistical", "analysis", "using", "the", "2", "-", "test", "revealed", "no", "statistical", "difference", "between", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "mice", "(", "RBEKI", "allele", "p", "=", "0", ".", "33", ";", "RBEKO", "allele", "p", "=", "0", ".", "11", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. RIBEYE mutations do not alter mouse survival. Data show surviving post-weaning mice (at >P21) derived from matings between mice heterozygous for the RBEKI allele (dark red) or the RBEKO allele (bright red) normalized for the total number of mice (absolute numbers per genotype/absolute number of all mice per respective breeding strategy) The expected Mendelian ratio is indicated by the dashed line. Statistical analysis using the 2-test revealed no statistical difference between wild-type and mutant mice (RBEKI allele p=0.33; RBEKO allele p=0.11)."}
{"words": ["C", ".", "Representative", "immunoblot", "of", "retina", "homogenates", "from", "homozygous", "RBEWT", "/", "WT", ",", "RBEKI", "/", "KI", "and", "RBEKO", "/", "KO", "mice", "probed", "with", "antibodies", "to", "CtBP2", "(", "to", "detect", "the", "B", "-", "domain", "of", "RIBEYE", "and", "CtBP2", ")", "and", "to", "EGFP", "(", "to", "detect", "GCamP3", "in", "the", "RIBEYE", "A", "-", "domain", "GCamP3", "fusion", "protein", "referred", "to", "as", "RIB", "-", "G3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative immunoblot of retina homogenates from homozygous RBEWT/WT, RBEKI/KI and RBEKO/KO mice probed with antibodies to CtBP2 (to detect the B-domain of RIBEYE and CtBP2) and to EGFP (to detect GCamP3 in the RIBEYE A-domain GCamP3 fusion protein referred to as RIB-G3)."}
{"words": ["D", ".", "Measurements", "by", "RT", "-", "PCR", "of", "the", "relative", "abundance", "of", "CtBP2", "and", "RIBEYE", "mRNAs", "using", "an", "assay", "that", "simultaneously", "measures", "both", "mRNAs", "in", "retina", "and", "in", "brain", "from", "control", "wild", "-", "type", "mice", "(", "RBEWT", "/", "WT", ")", ",", "KI", "-", "mice", "expressing", "the", "RIBEYE", "-", "A", "-", "domain", "fusion", "protein", "with", "GCamP3", "(", "RBEKI", "/", "KI", ")", ",", "and", "KO", "mice", "(", "RBEKO", "/", "KO", ")", ".", "These", "measurements", "were", "performed", "to", "test", "the", "relative", "expression", "of", "RIBEYE", "and", "CtBP2", "in", "retina", ",", "and", "to", "examine", "whether", "the", "RIBEYE", "A", "-", "domain", "KO", "impairs", "CtBP2", "expression", "in", "brain", ",", "which", "expresses", "little", "RIBEYE", ".", "Assays", "are", "based", "on", "a", "qRT", "-", "PCR", "strategy", "detecting", "mRNAs", "containing", "the", "spliced", "connection", "between", "exon", "2", "and", "3", "which", "is", "common", "to", "both", "transcript", "isoforms", "(", "RIBEYE", "and", "CtBP2", ")", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "*", "*", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "001", ";", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Measurements by RT-PCR of the relative abundance of CtBP2 and RIBEYE mRNAs using an assay that simultaneously measures both mRNAs in retina and in brain from control wild-type mice (RBEWT/WT), KI-mice expressing the RIBEYE-A-domain fusion protein with GCamP3 (RBEKI/KI), and KO mice (RBEKO/KO). These measurements were performed to test the relative expression of RIBEYE and CtBP2 in retina, and to examine whether the RIBEYE A-domain KO impairs CtBP2 expression in brain, which expresses little RIBEYE. Assays are based on a qRT-PCR strategy detecting mRNAs containing the spliced connection between exon 2 and 3 which is common to both transcript isoforms (RIBEYE and CtBP2). Statistical analyses were performed using Student's t-test; data are presented as mean ± SEM (***, p<0.001; n=4 mice per genotype)."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "immunofluorescence", "labeling", "of", "cryostat", "sections", "from", "littermate", "wild", "-", "type", "and", "RBEKI", "/", "KI", "mice", "for", "EGFP", "(", "green", ",", "to", "detect", "GCamP3", "in", "RIB", "-", "G3", ")", "and", "SV2", "(", "red", ",", "to", "label", "synapses", ")", "demonstrates", "expression", "of", "the", "A", "-", "domain", "/", "GCamP3", "fusion", "protein", "in", "knockin", "mice", "(", "OPL", ",", "outer", "plexiform", "layer", ";", "INL", ",", "inner", "nuclear", "layer", ";", "IPL", ",", "inner", "plexiform", "layer", ";", "GCL", ",", "granule", "cell", "layer", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative immunofluorescence labeling of cryostat sections from littermate wild-type and RBEKI/KI mice for EGFP (green, to detect GCamP3 in RIB-G3) and SV2 (red, to label synapses) demonstrates expression of the A-domain/GCamP3 fusion protein in knockin mice (OPL, outer plexiform layer; INL, inner nuclear layer; IPL, inner plexiform layer; GCL, granule cell layer). Scale bar = 5 µm."}
{"words": ["F", ".", "Levels", "of", "CtBP2", "and", "of", "synaptic", "proteins", "in", "retina", "homogenates", "from", "littermate", "RBEWT", "/", "WT", "and", "RBEKO", "/", "KO", "mice", ".", "Levels", "were", "determined", "by", "quantitative", "immunoblotting", "using", "fluorescently", "labeled", "secondary", "antibodies", ";", "results", "are", "normalized", "to", "loading", "controls", "depending", "on", "molecular", "weights", "(", "actin", ",", "fodrin", ",", "VCP", ",", "and", "GDI", ")", "and", "to", "wild", "-", "type", "controls", ".", "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ";", "data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "(", "*", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "n", "=", "4", "mice", "per", "genotype", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Levels of CtBP2 and of synaptic proteins in retina homogenates from littermate RBEWT/WT and RBEKO/KO mice. Levels were determined by quantitative immunoblotting using fluorescently labeled secondary antibodies; results are normalized to loading controls depending on molecular weights (actin, fodrin, VCP, and GDI) and to wild-type controls. Statistical analyses were performed using Student's t-test; data are presented as mean ± SEM (*, p<0.05; n=4 mice per genotype)."}
{"words": ["G", ".", "Immunofluoresence", "labeling", "for", "CtBP2", "(", "green", ",", "to", "label", "RIBEYE", ")", "and", "mGluR6", "(", "red", ",", "to", "label", "photoreceptorsynapses", ")", "in", "cryostat", "sections", "from", "littermate", "RBEWT", "/", "WT", "and", "RBEKO", "/", "KOmouseretinas", "demonstrates", "that", "the", "KO", "abolishes", "RIBEYE", "expression", "(", "OPL", ",", "outer", "plexiform", "layer", ")", ".", "Scale", "bars", ":", "5", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Immunofluoresence labeling for CtBP2 (green, to label RIBEYE) and mGluR6 (red, to label photoreceptorsynapses) in cryostat sections from littermate RBEWT/WT and RBEKO/KOmouseretinas demonstrates that the KO abolishes RIBEYE expression (OPL, outer plexiform layer). Scale bars: 5 µm."}
{"words": ["A", ".", "Overview", "of", "the", "synaptic", "organization", "of", "the", "retina", "in", "RBEWT", "/", "WT", "and", "RBEKO", "/", "KOmice", ".", "Cryostat", "sections", "from", "littermate", "mice", "were", "labeled", "by", "double", "immunofluorescence", "for", "the", "RIBEYE", "B", "-", "domain", "(", "CtBP2", ";", "green", ")", "and", "SV2", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", ";", "abbreviations", ":", "ONL", ",", "outer", "nuclear", "layer", ";", "OPL", ",", "outer", "plexiform", "layer", ";", "INL", ",", "inner", "nuclear", "layer", ";", "IPL", ",", "inner", "plexiform", "layer", ";", "GCL", ",", "ganglion", "cell", "layer", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Overview of the synaptic organization of the retina in RBEWT/WT and RBEKO/KOmice. Cryostat sections from littermate mice were labeled by double immunofluorescence for the RIBEYE B-domain (CtBP2; green) and SV2. Scale bar: 20 µm; abbreviations: ONL, outer nuclear layer; OPL, outer plexiform layer; INL, inner nuclear layer; IPL, inner plexiform layer; GCL, ganglion cell layer."}
{"words": ["B", ".", "Double", "immunofluorescence", "staining", "of", "retinas", "from", "RBEWT", "/", "WT", "and", "RBEKO", "/", "KO", "mice", "for", "PSD95", "(", "green", ",", "to", "label", "postsynaptic", "specializations", ")", "and", "mGluR6", "(", "red", ",", "to", "label", "specifically", "postsynaptic", "sites", "formed", "by", "bipolar", "neurons", "in", "photoreceptorsynapses", ")", ".", "Abbreviations", "are", "as", "in", "A", ".", "Scale", "bars", ":", "20", "µm", "(", "left", "and", "right", "overview", ")", ",", "5", "µm", "(", "left", "panel", "magnification", ")", ",", "2", "µm", "(", "right", "panel", "magnification", ")", ".", "C", ".", "Same", "as", "B", ",", "except", "that", "retinas", "were", "stained", "for", "PKCα", "(", "green", ",", "to", "label", "bipolar", "neurons", ")", "and", "PSD95", "(", "red", ",", "to", "label", "amacrine", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Double immunofluorescence staining of retinas from RBEWT/WT and RBEKO/KO mice for PSD95 (green, to label postsynaptic specializations) and mGluR6 (red, to label specifically postsynaptic sites formed by bipolar neurons in photoreceptorsynapses). Abbreviations are as in A. Scale bars: 20 µm (left and right overview), 5 µm (left panel magnification), 2 µm (right panel magnification).C. Same as B, except that retinas were stained for PKCα (green, to label bipolar neurons) and PSD95 (red, to label amacrine cells)."}
{"words": ["A", "and", "B", ".", "Double", "immunofluorescence", "staining", "of", "retinas", "from", "RBEWT", "/", "WT", "and", "RBEKO", "/", "KO", "mice", ",", "respectively", ",", "for", "PSD95", "(", "green", ",", "to", "label", "presynaptic", "photoreceptor", "terminals", ")", "and", "Cav1", ".", "4", "(", "red", ",", "to", "label", "presynaptic", "Ca2", "+", "-", "channel", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "µm", ";", "abbreviations", ":", "ONL", ",", "outer", "nuclear", "layer", ";", "OPL", ",", "outer", "plexiform", "layer", ";", "INL", ",", "inner", "nuclear", "layer", ".", "(", "A1", "to", "A4", ")", "Magnification", "of", "Cav1", ".", "4", "staining", "in", "the", "outer", "plexiform", "layer", "(", "OPL", ")", "in", "the", "retina", "of", "RBEWT", "/", "WT", "and", "(", "B1", "to", "B4", ")", "RBEKO", "/", "KO", "mice", ".", "White", "arrow", "heads", "indicate", "Ca2", "+", "-", "channel", "distribution", "at", "selected", "synapses", ".", "Images", "represent", "2", "µm", "z", "-", "stack", "projections", ".", "Scale", "bar", ":", "2", "µm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B. Double immunofluorescence staining of retinas from RBEWT/WT and RBEKO/KO mice, respectively, for PSD95 (green, to label presynaptic photoreceptor terminals) and Cav1.4 (red, to label presynaptic Ca2+-channel). Scale bar: 20 µm; abbreviations: ONL, outer nuclear layer; OPL, outer plexiform layer; INL, inner nuclear layer. (A1 to A4) Magnification of Cav1.4 staining in the outer plexiform layer (OPL) in the retina of RBEWT/WT and (B1 to B4) RBEKO/KO mice. White arrow heads indicate Ca2+-channel distribution at selected synapses. Images represent 2 µm z-stack projections. Scale bar: 2 µm."}
{"words": ["A", ".", "Transmission", "EM", "demonstrates", "the", "absence", "of", "synaptic", "ribbons", "in", "presynaptic", "terminals", "of", "photoreceptorribbon", "synapses", "in", "RBEKO", "/", "KOmice", ",", "while", "synaptic", "ribbons", "are", "readily", "visible", "in", "the", "terminals", "of", "RBEWT", "/", "WTmice", ".", "Asterisks", "in", "A2", "and", "A3", "denote", "photoreceptor", "active", "zones", "of", "RBEKO", "/", "KOmice", "in", "which", "the", "synaptic", "ribbon", "is", "absent", ".", "Except", "for", "the", "absence", "of", "synaptic", "ribbons", ",", "the", "ultrastructural", "appearance", "of", "the", "presynaptic", "terminals", "is", "comparable", "to", "that", "of", "RBEWT", "/", "WTmice", ".", "Abbreviations", ":", "sr", ",", "synaptic", "ribbon", ";", "pre", ",", "presynaptic", ";", "post", ",", "postsynaptic", ".", "Scale", "bars", ":", "500", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Transmission EM demonstrates the absence of synaptic ribbons in presynaptic terminals of photoreceptorribbon synapses in RBEKO/KOmice, while synaptic ribbons are readily visible in the terminals of RBEWT/WTmice. Asterisks in A2 and A3 denote photoreceptor active zones of RBEKO/KOmice in which the synaptic ribbon is absent. Except for the absence of synaptic ribbons, the ultrastructural appearance of the presynaptic terminals is comparable to that of RBEWT/WTmice. Abbreviations: sr, synaptic ribbon; pre, presynaptic; post, postsynaptic. Scale bars: 500 nm."}
{"words": ["B", ".", "Transmission", "EM", "demonstrates", "absence", "of", "synaptic", "ribbons", "in", "presynaptic", "terminals", "of", "bipolar", "cellribbon", "synapses", "in", "RBEKO", "/", "KOmice", ",", "while", "synaptic", "ribbons", "are", "readily", "visible", "in", "the", "terminals", "of", "RBEWT", "/", "WTmice", ".", "Except", "for", "the", "absence", "of", "synaptic", "ribbons", ",", "the", "ultrastructural", "appearance", "of", "the", "presynaptic", "terminals", "is", "comparable", "to", "RBEWT", "/", "WTmice", ".", "Abbreviations", "are", "the", "same", "as", "in", "A", ".", "Scale", "bars", ":", "1", "µm", "(", "B1", ",", "B2", ",", "B4", ",", "B5", ")", ";", "300", "nm", "(", "B3", ",", "B6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Transmission EM demonstrates absence of synaptic ribbons in presynaptic terminals of bipolar cellribbon synapses in RBEKO/KOmice, while synaptic ribbons are readily visible in the terminals of RBEWT/WTmice. Except for the absence of synaptic ribbons, the ultrastructural appearance of the presynaptic terminals is comparable to RBEWT/WTmice. Abbreviations are the same as in A. Scale bars: 1 µm (B1, B2, B4, B5); 300 nm (B3, B6)."}
{"words": ["A", "and", "B", ".", "Representative", "transmission", "EM", "pictures", "of", "RBEWT", "/", "WT", "(", "A", ")", "and", "RBEKO", "/", "KO", "(", "B", ")", "photoreceptor", "ribbon", "synapses", "(", "blue", "rectangles", ",", "area", "adjacent", "to", "synaptic", "junction", "used", "for", "measuring", "junction", "-", "associated", "vesicle", "density", "[", "size", "=", "200", "nm", "x", "300", "nm", "]", ";", "black", "squares", ",", "are", "in", "the", "presynaptic", "cytosol", "used", "to", "measure", "cytosolic", "synaptic", "vesicles", "[", "size", "=", "200", "nm", "x", "200", "nm", "]", ")", ".", "C", ".", "Average", "vesicle", "ratio", "(", "expressed", "as", "vesicle", "numbers", "in", "the", "area", "adjacent", "to", "synaptic", "junctions", "(", "blue", "rectangle", ")", "or", "the", "cytosol", "(", "black", "square", ")", "normalized", "to", "RBEWT", "/", "WT", ".", "D", ".", "Average", "number", "of", "docked", "vesicles", "within", "a", "150", "nm", "range", "in", "the", "vicinity", "of", "the", "active", "zone", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A and B. Representative transmission EM pictures of RBEWT/WT (A) and RBEKO/KO (B) photoreceptor ribbon synapses (blue rectangles, area adjacent to synaptic junction used for measuring junction-associated vesicle density [size = 200 nm x 300 nm]; black squares, are in the presynaptic cytosol used to measure cytosolic synaptic vesicles [size = 200 nm x 200 nm]).C. Average vesicle ratio (expressed as vesicle numbers in the area adjacent to synaptic junctions (blue rectangle) or the cytosol (black square) normalized to RBEWT/WT.D. Average number of docked vesicles within a 150 nm range in the vicinity of the active zone."}
{"words": ["A", ".", "Experimental", "design", "and", "representative", "traces", "for", "analysis", "of", "synaptic", "transmission", "in", "retinas", "from", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "RIBEYE", "KO", "mice", "(", "red", ")", ".", "Presynaptic", "bipolar", "neurons", "were", "depolarized", "in", "voltage", "-", "clamp", "mode", "from", "-", "70", "mV", "to", "-", "10", "mV", "for", "0", ".", "5", "s", "as", "indicated", "on", "top", "to", "open", "Ca2", "+", "-", "channels", "and", "trigger", "release", ".", "Presynaptic", "Ca2", "+", "-", "currents", "and", "postsynaptic", "EPSCs", "were", "measured", "simultaneously", "as", "indicated", "in", "the", "traces", ";", "dotted", "box", "displays", "an", "expansion", "of", "the", "initial", "Ca2", "+", "-", "currents", "and", "EPSCs", ".", "B", ".", "RIBEYE", "KO", "does", "not", "alter", "presynaptic", "Ca2", "+", "-", "currents", ".", "Summary", "graphs", "show", "average", "peak", "Ca2", "+", "-", "currents", "and", "Ca2", "+", "-", "current", ".", "C", ".", "RIBEYE", "KO", "severely", "impairs", "EPSCs", "triggered", "by", "presynaptic", "depolarization", ".", "Plot", "shows", "integrated", "EPSC", "charge", "as", "a", "function", "of", "time", ";", "both", "initial", "and", "sustained", "neurotransmitter", "release", "are", "impaired", ".", "D", ".", "RIBEYE", "KO", "strongly", "reduces", "initial", "synchronous", "release", "induced", "by", "presynaptic", "depolarization", "as", "indicated", "by", "the", "summary", "graph", "of", "the", "peak", "EPSC", "amplitude", ".", "E", ".", "RIBEYE", "KO", "suppresses", "both", "the", "initial", "synchronous", "and", "the", "sustained", "phase", "of", "release", "induced", "by", "presynaptic", "depolarization", ".", "Summary", "graphs", "display", "integrated", "EPSC", "charges", "for", "the", "initial", "phase", "(", "0", "-", "50", "ms", ")", "and", "the", "sustained", "phase", "(", "50", "-", "500", "ms", ")", ".", "F", ".", "RIBEYE", "KO", "does", "not", "alter", "the", "kinetics", "of", "EPSCs", ".", "Summary", "graphs", "depict", "the", "mean", "synaptic", "delays", "(", "left", ")", ",", "rise", "times", "(", "center", ")", "and", "decay", "time", "constants", "(", "right", ")", "of", "EPSCs", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Experimental design and representative traces for analysis of synaptic transmission in retinas from wild-type (black) and RIBEYE KO mice (red). Presynaptic bipolar neurons were depolarized in voltage-clamp mode from -70 mV to -10 mV for 0.5 s as indicated on top to open Ca2+-channels and trigger release. Presynaptic Ca2+-currents and postsynaptic EPSCs were measured simultaneously as indicated in the traces; dotted box displays an expansion of the initial Ca2+-currents and EPSCs.B. RIBEYE KO does not alter presynaptic Ca2+-currents. Summary graphs show average peak Ca2+-currents and Ca2+-current.C. RIBEYE KO severely impairs EPSCs triggered by presynaptic depolarization. Plot shows integrated EPSC charge as a function of time; both initial and sustained neurotransmitter release are impaired.D. RIBEYE KO strongly reduces initial synchronous release induced by presynaptic depolarization as indicated by the summary graph of the peak EPSC amplitude.E. RIBEYE KO suppresses both the initial synchronous and the sustained phase of release induced by presynaptic depolarization. Summary graphs display integrated EPSC charges for the initial phase (0-50 ms) and the sustained phase (50-500 ms).F. RIBEYE KO does not alter the kinetics of EPSCs. Summary graphs depict the mean synaptic delays (left), rise times (center) and decay time constants (right) of EPSCs."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "mEPSCs", "recorded", "from", "AII", "cells", "in", "wild", "-", "type", "(", "black", ")", "and", "RIBEYE", "KO", "mice", "(", "red", ")", ".", "The", "insets", "in", "dashed", "boxes", "show", "mEPSCs", "on", "expanded", "scales", ",", "while", "the", "inset", "in", "a", "continuous", "box", "on", "the", "right", "shows", "the", "averaged", "mEPSC", "waveforms", "(", "average", "of", "100", "-", "200", "isolated", "mini", "events", ")", "of", "the", "example", "cells", ".", "Calibration", "bars", "apply", "to", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "EPSCs", ".", "B", ".", "RIBEYE", "KO", "does", "not", "alter", "fundamental", "parameters", "of", "mEPSCs", ".", "Summary", "graphs", "show", "mean", "mEPSC", "frequency", ",", "amplitude", ",", "integrated", "charge", ",", "rise", "time", ",", "and", "decay", "time", "constant", ".", "Note", "that", "the", "only", "excitatory", "inputs", "into", "AII", "amacrine", "cells", "is", "provided", "by", "bipolar", "cell", "synapses", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative mEPSCs recorded from AII cells in wild-type (black) and RIBEYE KO mice (red). The insets in dashed boxes show mEPSCs on expanded scales, while the inset in a continuous box on the right shows the averaged mEPSC waveforms (average of 100-200 isolated mini events) of the example cells. Calibration bars apply to wild-type and mutant EPSCs.B. RIBEYE KO does not alter fundamental parameters of mEPSCs. Summary graphs show mean mEPSC frequency, amplitude, integrated charge, rise time, and decay time constant. Note that the only excitatory inputs into AII amacrine cells is provided by bipolar cell synapses."}
{"words": ["C", "and", "D", ".", "RIBEYE", "KO", "renders", "mEPSCs", "sensitive", "to", "the", "slow", "Ca2", "+", "-", "buffer", "EGTA", "(", "C", ",", "representative", "mEPSCs", "traces", "recorded", "from", "AII", "cells", "after", "30", "minutes", "incubation", "in", "DMSO", "or", "EGTA", "-", "AM", "[", "0", ".", "2", "mM", "]", ";", "D", ",", "summary", "graphs", "of", "the", "mean", "mEPSC", "frequency", "(", "left", ")", "and", "amplitude", "(", "right", ")", "after", "incubation", "in", "DMSO", "or", "EGTA", "-", "AM", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0], "text": "C and D. RIBEYE KO renders mEPSCs sensitive to the slow Ca2+-buffer EGTA (C, representative mEPSCs traces recorded from AII cells after 30 minutes incubation in DMSO or EGTA-AM [0.2 mM]; D, summary graphs of the mean mEPSC frequency (left) and amplitude (right) after incubation in DMSO or EGTA-AM)."}
{"words": ["E", "and", "F", ".", "mEPSCs", "in", "AII", "amacrine", "cells", "are", "largely", "triggered", "by", "Ca2", "+", "-", "influx", "via", "presynaptic", "L", "-", "type", "Ca2", "+", "-", "channels", "(", "E", ",", "representative", "mEPSCs", "traces", "recorded", "in", "regular", "[", "2", "mM", "]", "or", "reduced", "extracellular", "Ca2", "+", "-", "concentration", "[", "0", ".", "3", "mM", "]", ",", "or", "in", "the", "presence", "of", "nimodipine", "[", "50", "µM", "]", "in", "regular", "Ca2", "+", ";", "F", ",", "summary", "graphs", "of", "the", "mean", "mEPSC", "frequency", "and", "amplitude", "under", "the", "conditions", "described", "for", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E and F. mEPSCs in AII amacrine cells are largely triggered by Ca2+-influx via presynaptic L-type Ca2+-channels (E, representative mEPSCs traces recorded in regular [2 mM] or reduced extracellular Ca2+-concentration [0.3 mM], or in the presence of nimodipine [50 µM] in regular Ca2+; F, summary graphs of the mean mEPSC frequency and amplitude under the conditions described for E)."}
{"words": ["G", "and", "H", ".", "mEPSCs", "in", "AII", "amacrine", "cells", "are", "suppressed", "by", "the", "fast", "Ca2", "+", "-", "buffer", "BAPTA", "(", "G", ",", "representative", "mEPSCs", "traces", "recorded", "after", "30", "min", "incubations", "with", "DMSO", "or", "BAPTA", "-", "AM", "[", "30", "µM", "]", ";", "H", ",", "summary", "graphs", "of", "the", "mean", "mEPSC", "frequency", "and", "amplitude", "under", "the", "conditions", "described", "for", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G and H. mEPSCs in AII amacrine cells are suppressed by the fast Ca2+-buffer BAPTA (G, representative mEPSCs traces recorded after 30 min incubations with DMSO or BAPTA-AM [30 µM]; H, summary graphs of the mean mEPSC frequency and amplitude under the conditions described for G)."}
{"words": ["Autophagy", "components", "promote", "CHIKV", "infection", "and", "control", "virus", "‐", "induced", "cell", "death", "in", "HeLa", "cells", ".", "Cells", "were", "mock", "infected", "or", "infected", "and", "immunoblotted", "for", "actin", ",", "p62", "(", "A", ")", "or", "LC3", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Autophagy components promote CHIKV infection and control virus‐induced cell death in HeLa cells. Cells were mock infected or infected and immunoblotted for actin, p62 (A) or LC3 (B)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "for", "15", " ", "h", "and", "labeled", "using", "antibodies", "to", "p62", "and", "capsid", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected for 15 h and labeled using antibodies to p62 and capsid (C)."}
{"words": ["Cells", "were", "transfected", "with", "GFP", "‐", "LC3", "‐", "B", ",", "infected", "for", "15", " ", "h", "and", "labeled", "with", "anti", "‐", "capsid", "antibody", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were transfected with GFP‐LC3‐B, infected for 15 h and labeled with anti‐capsid antibody (D)."}
{"words": ["Mice", "were", "infected", "for", "3", "days", ",", "then", "whole", "‐", "cell", "lysates", "of", "muscle", "were", "immunoblotted", "for", "LC3", "or", "actin", "(", "E", ")", "and", "muscle", "sections", "were", "labeled", "with", "p62", "and", "capsid", "antibodies", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Mice were infected for 3 days, then whole‐cell lysates of muscle were immunoblotted for LC3 or actin (E) and muscle sections were labeled with p62 and capsid antibodies (F)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "DMSO", "(", "CTRL", ")", "or", "rapamycin", "and", "then", "infected", ".", "Viral", "replication", "(", "G", ")", "and", "production", "(", "H", ")", "were", "assessed", "and", "whole", "‐", "cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "capsid", "or", "actin", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with DMSO (CTRL) or rapamycin and then infected. Viral replication (G) and production (H) were assessed and whole‐cell lysates were immunoblotted for capsid or actin (I)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", ",", "Beclin1", "(", "left", ")", "or", "Atg7", "(", "right", ")", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "J", ")", ",", "viral", "replication", "(", "K", ")", "and", "production", "(", "L", ")", "were", "assessed", "and", "whole", "‐", "cell", "lysates", "of", "siRNA", "‐", "treated", "cells", "were", "immunoblotted", "for", "Beclin1", ",", "Atg7", ",", "capsid", "and", "actin", "(", "M", ")", ".", "Images", "and", "graphs", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "and", "data", "presented", "in", "graphs", "correspond", "to", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", " ", "μm", ".", "CHIKV", ",", "Chikungunya", "virus", ";", "CTRL", ",", "control", ";", "GFP", ",", "green", "fluorescent", "protein", ";", "DMSO", ",", "dimethylsulphoxide", ";", "siRNA", ",", "short", "interfering", "RNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL, Beclin1 (left) or Atg7 (right) siRNA, then infected for 24 h. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (J), viral replication (K) and production (L) were assessed and whole‐cell lysates of siRNA‐treated cells were immunoblotted for Beclin1, Atg7, capsid and actin (M). Images and graphs shown are representative of at least three independent experiments and data presented in graphs correspond to mean+s.d. (n=3). Scale bar, 10 μm. CHIKV, Chikungunya virus; CTRL, control; GFP, green fluorescent protein; DMSO, dimethylsulphoxide; siRNA, short interfering RNA."}
{"words": ["Autophagy", "receptors", "p62", "and", "NDP52", "localize", "to", "distinct", "pools", "of", "capsid", "and", "have", "distinct", "effects", "on", "CHIKV", "infection", "in", "Hela", "cells", ".", "Cells", "were", "infected", "for", "15", " ", "h", "and", "labeled", "using", "antibodies", "to", "NDP52", "and", "capsid", "(", "A", ")", ",", "to", "p62", ",", "NDP52", "and", "capsid", "(", "B", ")", ",", "to", "NDP52", ",", "LC3", "‐", "C", "or", "capsid", "(", "C", ")", ",", "to", "p62", ",", "ubiquitin", "(", "FK2", ")", "and", "capsid", "(", "D", ")", ",", "or", "to", "NDP52", ",", "ubiquitin", "(", "FK2", ")", ",", "and", "capsid", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Autophagy receptors p62 and NDP52 localize to distinct pools of capsid and have distinct effects on CHIKV infection in Hela cells. Cells were infected for 15 h and labeled using antibodies to NDP52 and capsid (A), to p62, NDP52 and capsid (B), to NDP52, LC3‐C or capsid (C), to p62, ubiquitin (FK2) and capsid (D), or to NDP52, ubiquitin (FK2), and capsid (E)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "p62", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "F", ")", ",", "viral", "replication", "(", "left", ")", "and", "qRT", "‐", "PCR", "(", "right", ")", "(", "G", ")", ",", "and", "viral", "production", "(", "H", ")", "were", "assessed", "and", "whole", "‐", "cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "p62", ",", "capsid", "or", "actin", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL or p62 siRNA, then infected for 24 h. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (F), viral replication (left) and qRT‐PCR (right) (G), and viral production (H) were assessed and whole‐cell lysates were immunoblotted for p62, capsid or actin (I)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "NDP52", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "J", ")", ",", "viral", "replication", "(", "left", ")", "and", "qRT", "‐", "PCR", "(", "right", ")", "(", "K", ")", "and", "production", "were", "assessed", "(", "L", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL or NDP52 siRNA, then infected for 24 h. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (J), viral replication (left) and qRT‐PCR (right) (K) and production were assessed (L)."}
{"words": ["Whole", "‐", "cell", "lysates", "of", "siRNA", "‐", "treated", "cells", "were", "immunoblotted", "for", "NDP52", ",", "capsid", "or", "actin", "(", "M", ")", ".", "Images", "and", "graphs", "shown", "are", "representative", "of", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "and", "data", "presented", "in", "graphs", "correspond", "to", "mean", "+", "s", ".", "d", ".", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Scale", "bar", ",", "10", " ", "μm", ".", "C", ",", "capsid", ";", "CHIKV", ",", "Chikungunya", "virus", ";", "CTRL", ",", "control", ";", "NDP52", ",", "nuclear", "dot", "protein", "52", " ", "kDa", ";", "qRT", "‐", "PCR", ",", "quantitative", "reverse", "transcription", "polymerase", "chain", "reaction", ";", "siRNA", ",", "short", "interfering", "RNA", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Whole‐cell lysates of siRNA‐treated cells were immunoblotted for NDP52, capsid or actin (M). Images and graphs shown are representative of at least three independent experiments and data presented in graphs correspond to mean+s.d. (n=3). Scale bar, 10 μm. C, capsid; CHIKV, Chikungunya virus; CTRL, control; NDP52, nuclear dot protein 52 kDa; qRT‐PCR, quantitative reverse transcription polymerase chain reaction; siRNA, short interfering RNA."}
{"words": ["p62", "associates", "with", "ubiquitinated", "capsid", "and", "controls", "cell", "death", "induced", "by", "cytotoxic", "capsid", "in", "HeLa", "cells", ".", "Cells", "were", "infected", "for", "24", " ", "h", "and", "immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "using", "antibodies", "to", "FK2", ",", "capsid", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "using", "antibodies", "to", "FK2", "or", "capsid", "(", "A", ",", "B", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "p62 associates with ubiquitinated capsid and controls cell death induced by cytotoxic capsid in HeLa cells. Cells were infected for 24 h and immunoprecipitation experiments were performed using antibodies to FK2, capsid or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed using antibodies to FK2 or capsid (A,B)."}
{"words": ["Cells", "were", "transfected", "with", "Ub", "‐", "HA", "and", "capsid", "‐", "3XFLAG", ".", "Immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "24", " ", "h", "p", ".", "i", ".", "using", "antibodies", "to", "FLAG", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "with", "anti", "‐", "HA", "antibody", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were transfected with Ub‐HA and capsid‐3XFLAG. Immunoprecipitation experiments were performed 24 h p.i. using antibodies to FLAG or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed with anti‐HA antibody (C)."}
{"words": ["Immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "using", "antibodies", "to", "p62", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "using", "antibodies", "to", "p62", ",", "FK2", "or", "capsid", "(", "D", ",", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunoprecipitation experiments were performed using antibodies to p62 or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed using antibodies to p62, FK2 or capsid (D,E)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "for", "3", " ", "h", "and", "then", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", "or", "p62WT", "‐", "3XFLAG", "or", "p62deltaUBA", "‐", "3XFLAG", ".", "Immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "24", " ", "h", "p", ".", "i", ".", "with", "anti", "‐", "FLAG", "antibody", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "using", "antibodies", "to", "FLAG", "or", "capsid", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected for 3 h and then transfected with empty plasmid (CTRL) or p62WT‐3XFLAG or p62deltaUBA‐3XFLAG. Immunoprecipitation experiments were performed 24 h p.i. with anti‐FLAG antibody. Immunoprecipitated proteins were revealed using antibodies to FLAG or capsid (F)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "p62", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "using", "antibodies", "to", "FK2", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "using", "anti", "‐", "capsid", "antibody", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL or p62 siRNA, then infected for 24 h. Immunoprecipitation experiments were performed using antibodies to FK2 or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed using anti‐capsid antibody (G)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "for", "15", " ", "h", "and", "labeled", "with", "antibodies", "to", "p62", ",", "LAMP", "‐", "1", "or", "capsid", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected for 15 h and labeled with antibodies to p62, LAMP‐1 or capsid (H)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "for", "9", ",", "15", "or", "24", " ", "h", "and", "treated", "with", "DMSO", "(", "CTRL", ")", "or", "bafilomycin", "3", " ", "h", "before", "the", "end", "of", "experiment", ".", "Whole", "‐", "cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "for", "capsid", "or", "actin", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected for 9, 15 or 24 h and treated with DMSO (CTRL) or bafilomycin 3 h before the end of experiment. Whole‐cell lysates were immunoblotted for capsid or actin (I)."}
{"words": ["HeLa", "cells", "were", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", ",", "control", "protein", "(", "cherry", "‐", "3XFLAG", ")", "or", "capsid", "‐", "3XFLAG", "at", "fixed", "(", "750", "ng", ")", "or", "at", "the", "indicated", "concentrations", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "%", "of", "dead", "cells", ")", "was", "measured", "24", "h", "post", "transfection", "(", "J", ",", "K", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "HeLa cells were transfected with empty plasmid (CTRL), control protein (cherry‐3XFLAG) or capsid‐3XFLAG at fixed (750 ng) or at the indicated concentrations. Cell mortality (that is, % of dead cells) was measured 24 h post transfection (J,K)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "p62", "siRNA", "and", "transfected", "with", "NT", "or", "capsid", "‐", "3XFLAG", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "was", "measured", "48", " ", "h", "post", "transfection", "(", "L", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL or p62 siRNA and transfected with NT or capsid‐3XFLAG. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) was measured 48 h post transfection (L)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "with", "CHIKV", "for", "3", " ", "h", "and", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", ",", "p62WT", "‐", "3XFLAG", ",", "p62deltaUBA", "‐", "3XFLAG", "or", "p62deltaLIR", "‐", "3XFLAG", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "was", "measured", "24", " ", "h", "post", "transfection", "(", "M", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected with CHIKV for 3 h and transfected with empty plasmid (CTRL), p62WT‐3XFLAG, p62deltaUBA‐3XFLAG or p62deltaLIR‐3XFLAG. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) was measured 24 h post transfection (M)."}
{"words": ["Human", "NDP52", "binds", "nsP2", ",", "localizes", "near", "CHIKV", "RCs", ",", "and", "restricts", "cell", "shutoff", "promoting", "cell", "survival", "in", "HeLa", "cells", ".", "Yeast", "cells", "expressing", "Gal4", "DNA", "BD", "fused", "alone", "(", "empty", "vector", ")", "or", "to", "nsP2", "were", "cotransformed", "with", "a", "plasmid", "encoding", "the", "Gal4", "AD", "fused", "to", "NDP52", "or", "the", "indicated", "NDP52", "deletion", "mutants", "(", "top", ")", ".", "Yeast", "cells", "expressing", "BD", "fused", "to", "nsP2", "or", "the", "indicated", "nsP2", "deletion", "mutants", "were", "cotransformed", "with", "a", "plasmid", "encoding", "the", "Gal4", "AD", "fused", "alone", "(", "empty", "vector", ")", "or", "to", "NDP52", "(", "bottom", ")", "(", "A", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Human NDP52 binds nsP2, localizes near CHIKV RCs, and restricts cell shutoff promoting cell survival in HeLa cells. Yeast cells expressing Gal4 DNA BD fused alone (empty vector) or to nsP2 were cotransformed with a plasmid encoding the Gal4 AD fused to NDP52 or the indicated NDP52 deletion mutants (top). Yeast cells expressing BD fused to nsP2 or the indicated nsP2 deletion mutants were cotransformed with a plasmid encoding the Gal4 AD fused alone (empty vector) or to NDP52 (bottom) (A)."}
{"words": ["Cells", "were", "infected", "for", "15", " ", "h", ",", "then", "labeled", "using", "antibodies", "to", "NDP52", "and", "nsP2", "(", "B", ")", ",", "or", "to", "TGN46", ",", "nsP2", "and", "nsP3", "(", "C", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were infected for 15 h, then labeled using antibodies to NDP52 and nsP2 (B), or to TGN46, nsP2 and nsP3 (C)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "control", "(", "CTRL", ")", "(", "left", ")", "or", "NDP52", "(", "right", ")", "siRNA", ",", "infected", "for", "15", " ", "h", ",", "then", "labeled", "using", "antibodies", "to", "NDP52", ",", "nsP2", "and", "puromycin", ".", "Quantitative", "analysis", "was", "performed", "by", "counting", "the", "percentage", "of", "infected", "cells", "with", "TGN", "‐", "associated", "RCs", "(", "n", "=", "30", "cells", "per", "experiment", ")", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with control (CTRL) (left) or NDP52 (right) siRNA, infected for 15 h, then labeled using antibodies to NDP52, nsP2 and puromycin. Quantitative analysis was performed by counting the percentage of infected cells with TGN‐associated RCs (n=30 cells per experiment) (D)."}
{"words": ["Cells", "were", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", "or", "nsP2wt", "‐", "3XFLAG", "or", "nsP2R606A", "‐", "3XFLAG", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "%", "of", "dead", "cells", ")", "was", "measured", "24", " ", "h", "post", "transfection", "(", "E", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were transfected with empty plasmid (CTRL) or nsP2wt‐3XFLAG or nsP2R606A‐3XFLAG. Cell mortality (that is, % of dead cells) was measured 24 h post transfection (E)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "control", "(", "CTRL", ")", "or", "NDP52", "siRNA", ",", "then", "mock", "infected", "(", "M", ")", "or", "infected", "(", "C", ")", "for", "24", " ", "h", ".", "Cytoplasmic", "and", "nuclear", "fractions", "were", "isolated", "and", "immunoblotted", "for", "nsP2", "and", "NDP52", ".", "The", "amounts", "of", "the", "cytoplasmic", "and", "nuclear", "fractions", "of", "nsP2", "were", "quantified", "by", "densitometry", "and", "expressed", "as", "the", "ratio", "of", "nuclear", "to", "cytoplasmic", "fraction", "of", "nsP2", "(", "F", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with control (CTRL) or NDP52 siRNA, then mock infected (M) or infected (C) for 24 h. Cytoplasmic and nuclear fractions were isolated and immunoblotted for nsP2 and NDP52. The amounts of the cytoplasmic and nuclear fractions of nsP2 were quantified by densitometry and expressed as the ratio of nuclear to cytoplasmic fraction of nsP2 (F)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "control", "(", "CTRL", ")", "or", "NDP52", "siRNA", ",", "infected", "for", "15", "and", "24", " ", "h", "and", "treated", "with", "puromycin", ".", "Whole", "‐", "cell", "lysates", "of", "siRNA", "‐", "treated", "cells", "were", "immunoblotted", "for", "NDP52", ",", "capsid", "or", "actin", ".", "Puromycin", "incorporation", "into", "newly", "synthesized", "protein", "was", "revealed", "using", "antibodies", "to", "puromycin", "(", "G", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with control (CTRL) or NDP52 siRNA, infected for 15 and 24 h and treated with puromycin. Whole‐cell lysates of siRNA‐treated cells were immunoblotted for NDP52, capsid or actin. Puromycin incorporation into newly synthesized protein was revealed using antibodies to puromycin (G)."}
{"words": ["Cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "NDP52", "siRNA", ",", "then", "transfected", "with", "NT", "or", "nsP2", "‐", "3XFLAG", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "was", "measured", "48", " ", "h", "post", "transfection", "(", "H", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Cells were treated with CTRL or NDP52 siRNA, then transfected with NT or nsP2‐3XFLAG. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) was measured 48 h post transfection (H)."}
{"words": ["NDP52", "promotes", "CHIKV", "infection", "in", "a", "species", "‐", "specific", "manner", ".", "MEF", "cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "NDP52", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "A", ")", "and", "viral", "production", "(", "B", ")", "were", "measured", ".", "Yeast", "cells", "expressing", "Gal4", "DNA", "BD", "fused", "alone", "(", "empty", "vector", ")", "or", "to", "nsP2", "were", "cotransformed", "with", "a", "plasmid", "encoding", "the", "Gal4", "AD", "fused", "to", "hNDP52", "or", "mouse", "NDP52", "(", "C", ")", "."], "labels": ["B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "NDP52 promotes CHIKV infection in a species‐specific manner. MEF cells were treated with CTRL or NDP52 siRNA, then infected for 24 h. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (A) and viral production (B) were measured. Yeast cells expressing Gal4 DNA BD fused alone (empty vector) or to nsP2 were cotransformed with a plasmid encoding the Gal4 AD fused to hNDP52 or mouse NDP52 (C)."}
{"words": ["MEF", "cells", "were", "infected", "for", "3", "h", "and", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", "or", "hNDP52", "‐", "3XFLAG", ".", "Immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "24", "h", "p", ".", "i", ".", "using", "antibodies", "to", "FLAG", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "with", "anti", "‐", "nsP2", "antibody", "(", "D", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MEF cells were infected for 3 h and transfected with empty plasmid (CTRL) or hNDP52‐3XFLAG. Immunoprecipitation experiments were performed 24 h p.i. using antibodies to FLAG or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed with anti‐nsP2 antibody (D)."}
{"words": ["MEF", "cells", "were", "infected", "for", "3", " ", "h", "and", "transfected", "with", "empty", "plasmid", "(", "CTRL", ")", ",", "hNDP52", ",", "hLC3", "‐", "C", "or", "hNDP52", "and", "hLC3", "‐", "C", ".", "Viral", "production", "(", "E", ")", "and", "cell", "mortality", "(", "F", ")", "were", "assessed", "24", " ", "h", "post", "transfection", ".", "Isogenic", "wt", "or", "Atg5", "−", "/", "−", "MEFs", "were", "infected", "for", "24", " ", "h", "and", "cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "G", ")", "and", "viral", "production", "(", "H", ")", "were", "assessed", ".", "MEF", "cells", "were", "infected", "and", "immunoprecipitation", "experiments", "were", "performed", "24", " ", "h", "p", ".", "i", ".", "using", "antibodies", "to", "p62", "or", "nonspecific", "IgG", "controls", ".", "Immunoprecipitated", "proteins", "were", "revealed", "with", "anti", "‐", "capsid", "antibody", "(", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "MEF cells were infected for 3 h and transfected with empty plasmid (CTRL), hNDP52, hLC3‐C or hNDP52 and hLC3‐C. Viral production (E) and cell mortality (F) were assessed 24 h post transfection. Isogenic wt or Atg5−/− MEFs were infected for 24 h and cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (G) and viral production (H) were assessed. MEF cells were infected and immunoprecipitation experiments were performed 24 h p.i. using antibodies to p62 or nonspecific IgG controls. Immunoprecipitated proteins were revealed with anti‐capsid antibody (I)."}
{"words": ["MEF", "cells", "were", "treated", "with", "CTRL", "or", "p62", "siRNA", ",", "then", "infected", "for", "24", " ", "h", ".", "Cell", "mortality", "(", "that", "is", ",", "fold", "change", "relative", "to", "mock", "‐", "infected", "cells", ")", "(", "J", ")", "and", "viral", "production", "were", "assessed", ".", "Whole", "‐", "cell", "lysates", "of", "siRNA", "‐", "treated", "cells", "were", "immunoblotted", "for", "p62", "or", "actin", "(", "K", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "MEF cells were treated with CTRL or p62 siRNA, then infected for 24 h. Cell mortality (that is, fold change relative to mock‐infected cells) (J) and viral production were assessed. Whole‐cell lysates of siRNA‐treated cells were immunoblotted for p62 or actin (K)."}
{"words": ["A", ".", "Endogenous", "Cyclin", "B1", "-", "YFP", "localisation", "during", "mitosis", "live", "in", "RPE1", "cells", "(", "still", "from", "Movie", "EV1", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Endogenous Cyclin B1-YFP localisation during mitosis live in RPE1 cells (still from Movie EV1)."}
{"words": ["Immunofluorescence", "images", "(", "B", ")", "of", "relative", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "levels", "at", "unattached", "and", "attached", "kinetochores", "in", "cells", "arrested", "in", "STLC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Immunofluorescence images (B) of relative Cyclin B1 and MAD1 levels at unattached and attached kinetochores in cells arrested in STLC."}
{"words": ["C", ".", "Immunofluorescence", "quantifications", "(", "C", ")", "of", "relative", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "levels", "at", "unattached", "and", "attached", "kinetochores", "in", "cells", "arrested", "in", "STLC", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "kinetochore", ",", "data", "is", "from", "40", "kinetochore", "pairs", "(", "13", "cells", ",", "max", "5", "kinetochore", "pairs", "/", "cell", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Immunofluorescence quantifications (C) of relative Cyclin B1 and MAD1 levels at unattached and attached kinetochores in cells arrested in STLC. Each dot represents a kinetochore, data is from 40 kinetochore pairs (13 cells, max 5 kinetochore pairs/cell)."}
{"words": ["D", ",", "E", ".", "Quantification", "of", "relative", "kinetochore", "intensities", "of", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "cells", "(", "noco", ")", "treated", "with", "the", "MPS1", "inhibitors", ",", "AZ", "-", "3146", "(", "5μM", ")", "or", "Reversine", "(", "500nM", ")", ",", "either", "before", "(", "D", ")", "or", "after", "(", "E", ")", "mitotic", "entry", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D,E. Quantification of relative kinetochore intensities of Cyclin B1 and MAD1 in nocodazole-arrested cells (noco) treated with the MPS1 inhibitors, AZ-3146 (5μM) or Reversine (500nM), either before (D) or after (E) mitotic entry."}
{"words": ["F", ".", "Immunofluorescence", "images", "of", "LacI", "-", "MAD1", "and", "Cyclin", "B1", "in", "U2OS", "cells", "containing", "a", "LacO", "arrays", "on", "chromosome"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "F. Immunofluorescence images of LacI-MAD1 and Cyclin B1 in U2OS cells containing a LacO arrays on chromosome 1"}
{"words": ["G", ".", "Live", "imaging", "of", "Cyclin", "B1", "-", "mCherry", "(", "CycB1", "-", "mCh", ")", "in", "LacO", "-", "U2OS", "cells", "transfected", "with", "LacI", "-", "MAD1", "-", "FL", "(", "full", "length", ":", "aa1", "-", "718", ")", "or", "various", "LacI", "-", "MAD1", "truncations", "(", "amino", "acid", "numbers", "indicated", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Live imaging of Cyclin B1-mCherry (CycB1-mCh) in LacO-U2OS cells transfected with LacI-MAD1-FL (full length: aa1-718) or various LacI-MAD1 truncations (amino acid numbers indicated)."}
{"words": ["H", ",", "I", ".", "Immunofluorescence", "images", "(", "H", ")", "and", "quantifications", "(", "I", ")", "of", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "kinetochore", "levels", "in", "control", "(", "MAD1", "-", "WT", ")", "or", "MAD1β", "HeLa", "cells", "(", "two", "independent", "clones", ":", "C13", "or", "C24", ")", "treated", "with", "nocodazole", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0], "text": "H,I. Immunofluorescence images (H) and quantifications (I) of Cyclin B1 and MAD1 kinetochore levels in control (MAD1-WT) or MAD1β HeLa cells (two independent clones: C13 or C24) treated with nocodazole."}
{"words": ["J", ",", "K", ".", "Immunofluorescence", "images", "(", "J", ")", "and", "quantification", "(", "K", ")", "of", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "kinetochore", "localisation", "in", "doxycycline", "-", "inducible", "MAD1α", "and", "β", "knockouts", "treated", "with", "or", "without", "dox", "for", "10", "days", "and", "then", "arrested", "in", "nocodazole", ".", "Cells", "were", "selected", "that", "had", "full", "MAD1", "knockout", "in", "the", "doxycycline", "treatment", "(", "this", "constituted", "approximately", "30", "%", "of", "cells", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "J,K. Immunofluorescence images (J) and quantification (K) of Cyclin B1 and MAD1 kinetochore localisation in doxycycline-inducible MAD1α and β knockouts treated with or without dox for 10 days and then arrested in nocodazole. Cells were selected that had full MAD1 knockout in the doxycycline treatment (this constituted approximately 30% of cells)."}
{"words": ["L", ".", "Relative", "kinetochore", "volumes", "occupied", "by", "Cyclin", "B1", "and", "MAD1", "(", "relative", "to", "CenpC", ")", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "MAD1α", "and", "MAD1β", "cells", "(", "calculated", "from", "experiments", "shown", "in", "(", "H", ",", "I", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "L. Relative kinetochore volumes occupied by Cyclin B1 and MAD1 (relative to CenpC) in nocodazole-arrested MAD1α and MAD1β cells (calculated from experiments shown in (H,I)."}
{"words": ["A", ".", "Elution", "profiles", "and", "SDS", "-", "PAGE", "for", "SEC", "runs", "on", "the", "indicated", "column", "of", "the", "Cyclin", "B1", ":", "CDK1", "complex", "(", "blue", "profile", ")", ",", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "(", "red", ")", ",", "and", "their", "combination", "(", "green", ")", ".", "Note", "that", "the", "same", "Cyclin", "B1", ":", "CDK1", "elution", "profile", "and", "SDS", "-", "PAGE", "is", "also", "displayed", "as", "reference", "in", "panels", "D", "and", "F", "to", "improve", "clarity", ".", "For", "the", "same", "reason", ",", "the", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "elution", "profile", "and", "SDS", "-", "PAGE", "is", "also", "displayed", "in", "panels", "2A", "-", "C", ".", "B", ".", "Elution", "profiles", "and", "SDS", "-", "PAGE", "for", "SEC", "runs", "on", "the", "indicated", "column", "of", "CDK1", "(", "blue", ")", ",", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "(", "red", ")", ",", "and", "their", "combination", "(", "green", ")", ".", "C", ".", "Elution", "profiles", "and", "SDS", "-", "PAGE", "for", "SEC", "runs", "on", "the", "indicated", "column", "of", "Cyclin", "B1", "(", "blue", ")", ",", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "(", "red", ")", ",", "and", "their", "combination", "(", "green", ")", ".", "D", ".", "Elution", "profiles", "and", "SDS", "-", "PAGE", "for", "SEC", "runs", "of", "the", "Cyclin", "B1", ":", "CDK1", "complex", "(", "blue", ")", ",", "MBP", "-", "MAD1", "∆", "93", ":", "MAD2", "(", "green", ")", ",", "and", "their", "combination", "(", "red", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Elution profiles and SDS-PAGE for SEC runs on the indicated column of the Cyclin B1:CDK1 complex (blue profile), MBP-MAD1:MAD2 (red), and their combination (green). Note that the same Cyclin B1:CDK1 elution profile and SDS-PAGE is also displayed as reference in panels D and F to improve clarity. For the same reason, the MBP-MAD1:MAD2 elution profile and SDS-PAGE is also displayed in panels 2A-C. B. Elution profiles and SDS-PAGE for SEC runs on the indicated column of CDK1 (blue), MBP-MAD1:MAD2 (red), and their combination (green). C. Elution profiles and SDS-PAGE for SEC runs on the indicated column of Cyclin B1 (blue), MBP-MAD1:MAD2 (red), and their combination (green). D. Elution profiles and SDS-PAGE for SEC runs of the Cyclin B1:CDK1 complex (blue), MBP-MAD1∆93:MAD2 (green), and their combination (red). "}
{"words": ["F", ".", "Elution", "profiles", "and", "SDS", "-", "PAGE", "for", "SEC", "runs", "of", "Cyclin", "B1", ":", "CDK1", "(", "blue", ")", ",", "MBP", "-", "MAD13EK", ":", "MAD2", "(", "E52K", ",", "E53K", ",", "and", "E56K", "mutations", ";", "red", ")", ",", "and", "their", "combination", "(", "green", ")", ".", "In", "A", "-", "D", ",", "individual", "potential", "binding", "partners", "were", "combined", "at", "a", "concentration", "of", "5", "µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Elution profiles and SDS-PAGE for SEC runs of Cyclin B1:CDK1 (blue), MBP-MAD13EK:MAD2 (E52K, E53K, and E56K mutations; red), and their combination (green). In A-D, individual potential binding partners were combined at a concentration of 5 µM."}
{"words": ["A", ".", "Western", "blot", "analysis", "of", "indicated", "vsv", "-", "MAD1", "-", "WT", "or", "3EK", "HeLa", "clones", "treated", "with", "or", "without", "doxycycline", "for", "10", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Western blot analysis of indicated vsv-MAD1-WT or 3EK HeLa clones treated with or without doxycycline for 10 days."}
{"words": ["B", ".", "Immunofluorescence", "images", "showing", "MAD1", "and", "ZW10", "kinetochore", "levels", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "MAD1", "-", "WT", "-", "C13", "AND", "3EK", "-", "C14", "just", "after", "nuclear", "envelope", "breakdown", "(", "early", "prometaphase", ")", "or", "later", "in", "mitosis", "when", "the", "chromatin", "is", "condensed", "(", "late", "prometaphase", ")", ".", "Note", ",", "that", "early", "and", "late", "prometaphase", "was", "defined", "based", "on", "the", "level", "of", "chromatin", "condensation", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Immunofluorescence images showing MAD1 and ZW10 kinetochore levels in nocodazole-arrested MAD1-WT-C13 AND 3EK-C14 just after nuclear envelope breakdown (early prometaphase) or later in mitosis when the chromatin is condensed (late prometaphase). Note, that early and late prometaphase was defined based on the level of chromatin condensation."}
{"words": ["C", ",", "D", ".", "Relative", "kinetochore", "volumes", "occupied", "by", "MAD1", "(", "C", ")", "and", "ZW10", "(", "D", ")", "(", "relative", "to", "CenpC", ")", "in", "MAD1", "-", "WT", "and", "-", "3EK", "cells", "in", "early", "and", "late", "prometaphase", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C,D. Relative kinetochore volumes occupied by MAD1 (C) and ZW10 (D) (relative to CenpC) in MAD1-WT and -3EK cells in early and late prometaphase."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "MAD1", "kinetochore", "intensity", "from", "indicated", "MAD1", "-", "WT", "and", "3EK", "clones", "treated", "as", "in", "(", "B", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of MAD1 kinetochore intensity from indicated MAD1-WT and 3EK clones treated as in (B)."}
{"words": ["A", "-", "C", ".", "Immunofluorescence", "images", "(", "A", ")", "and", "quantifications", "(", "B", ",", "C", ")", "of", "relative", "MAD1", "and", "MAD2", "kinetochore", "levels", "in", "indicated", "cells", "lines", "arrested", "in", "nocodazole", "and", "treated", "with", "/", "without", "AZ", "-", "3146", "for", "30", "min", "to", "inhibit", "MPS1", ".", "In", "all", "kinetochore", "intensity", "graphs", ",", "each", "dot", "represents", "a", "cell", ",", "horizontal", "lines", "indicate", "the", "median", "and", "vertical", "bars", "show", "the", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "Note", ",", "when", "these", "vertical", "bars", "do", "not", "overlap", "the", "difference", "is", "considered", "statistically", "significant", "at", "a", "level", "of", "at", "least", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "see", "methods", ")", ".", "All", "kinetochore", "intensity", "graphs", "display", "data", "that", "is", "relative", "to", "WT", "C11", "controls", "in", "nocodazole", ",", "which", "are", "normalised", "to", "1", ".", "The", "mean", "level", "of", "the", "normalised", "controls", "is", "indicated", "by", "the", "dotted", "lines", ".", "30", "cells", "from", "3", "experiments", ".", "Scale", "bars", "=", "5µM", ".", "D", ".", "Duration", "of", "mitotic", "arrest", "in", "indicated", "cell", "lines", "arrested", "in", "nocodazole", "and", "then", "treated", "with", "1", ".", "25", "µM", "AZ", "-", "3146", ".", "Graph", "shows", "cumulative", "mean", "(", "±", "SEM", ")", "of", "3", "experiments", ",", "50", "cells", "per", "condition", "per", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A-C. Immunofluorescence images (A) and quantifications (B,C) of relative MAD1 and MAD2 kinetochore levels in indicated cells lines arrested in nocodazole and treated with/without AZ-3146 for 30 min to inhibit MPS1. In all kinetochore intensity graphs, each dot represents a cell, horizontal lines indicate the median and vertical bars show the 95% confidence interval. Note, when these vertical bars do not overlap the difference is considered statistically significant at a level of at least p<0.05 (see methods). All kinetochore intensity graphs display data that is relative to WT C11 controls in nocodazole, which are normalised to 1. The mean level of the normalised controls is indicated by the dotted lines. 30 cells from 3 experiments. Scale bars = 5µM. D. Duration of mitotic arrest in indicated cell lines arrested in nocodazole and then treated with 1.25 µM AZ-3146. Graph shows cumulative mean (±SEM) of 3 experiments, 50 cells per condition per experiment. "}
{"words": ["A", ".", "Immunofluorescence", "images", "of", "MAD1", "and", "MAD1", "-", "pT716", "kinetochore", "levels", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "RPE1", "cells", "treated", "with", "or", "without", "AZ", "-", "3146", ".", "Scale", "bars", "=", "5µM", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Immunofluorescence images of MAD1 and MAD1-pT716 kinetochore levels in nocodazole-arrested RPE1 cells treated with or without AZ-3146. Scale bars = 5µM."}
{"words": ["B", ".", "Electron", "micrographs", "of", "rotary", "-", "shadowed", "MAD193", "-", "718", ":", "MAD2", "(", "top", "row", ")", ",", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "(", "middle", "row", ")", ",", "and", "MBP", "-", "MAD1", ":", "MAD2", "in", "complex", "with", "GST", "-", "CDK1", ":", "Cyclin", "B1", "(", "bottom", "row", ")", ".", "Scale", "bar", "=", "50", "nm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Electron micrographs of rotary-shadowed MAD193-718:MAD2 (top row), MBP-MAD1:MAD2 (middle row), and MBP-MAD1:MAD2 in complex with GST-CDK1:Cyclin B1 (bottom row). Scale bar = 50 nm."}
{"words": ["C", ".", "Quantifications", "(", "top", ")", "and", "corresponding", "immunofluorescence", "images", "(", "underneath", ")", "of", "relative", "kinetochore", "MAD1", "and", "MAD1", "-", "pT716", "levels", "in", "nocodazole", "-", "arrested", "of", "MAD1", "-", "WT", "-", "C14", "and", "MAD1", "-", "3EK", "-", "C12", "cells", "treated", "with", "different", "doses", "of", "AZ", "-", "3146", "for", "30", "min", ".", "MG132", "was", "included", "at", "the", "time", "of", "AZ", "-", "3146", "addition", "to", "prevent", "mitotic", "exit", ".", "Each", "dot", "represents", "a", "cell", ",", "horizontal", "lines", "indicate", "the", "median", "and", "error", "bars", "show", "the", "95", "%", "confidence", "interval", ".", "Note", ",", "when", "these", "vertical", "bars", "do", "not", "overlap", "the", "difference", "is", "considered", "statistically", "significant", "at", "a", "level", "of", "at", "least", "p", "<", "0", ".", "05", "(", "see", "methods", ")", ".", "30", "cells", "from", "3", "experiments", ".", "Both", "kinetochore", "intensity", "graphs", "display", "data", "that", "is", "relative", "to", "the", "WT", "-", "C14", "untreated", "controls", ",", "which", "are", "normalised", "to", "1", ".", "The", "mean", "level", "of", "the", "normalised", "controls", "is", "indicated", "by", "the", "dotted", "lines", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantifications (top) and corresponding immunofluorescence images (underneath) of relative kinetochore MAD1 and MAD1-pT716 levels in nocodazole-arrested of MAD1-WT-C14 and MAD1-3EK-C12 cells treated with different doses of AZ-3146 for 30 min. MG132 was included at the time of AZ-3146 addition to prevent mitotic exit. Each dot represents a cell, horizontal lines indicate the median and error bars show the 95% confidence interval. Note, when these vertical bars do not overlap the difference is considered statistically significant at a level of at least p<0.05 (see methods). 30 cells from 3 experiments. Both kinetochore intensity graphs display data that is relative to the WT-C14 untreated controls, which are normalised to 1. The mean level of the normalised controls is indicated by the dotted lines."}
{"words": ["D", ".", "Duration", "of", "mitotic", "arrest", "in", "MAD1", "-", "WT", "C14", "or", "MAD1", "-", "3EK", "C12", "cells", "arrested", "in", "nocodazole", "and", "then", "treated", "with", "indicated", "concentrations", "of", "AZ", "-", "3146", ".", "Note", ",", "the", "1", ".", "25", "µM", "AZ", "-", "3146", "data", "is", "displayed", "in", "Figure", "4D", ",", "but", "also", "included", "here", "to", "allow", "comparison", "with", "other", "drug", "doses", ".", "Graph", "shows", "cumulative", "mean", "(", "±", "SEM", ")", "of", "3", "experiments", ",", "50", "cells", "per", "condition", "per", "experiment", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Duration of mitotic arrest in MAD1-WT C14 or MAD1-3EK C12 cells arrested in nocodazole and then treated with indicated concentrations of AZ-3146. Note, the 1.25 µM AZ-3146 data is displayed in Figure 4D, but also included here to allow comparison with other drug doses. Graph shows cumulative mean (±SEM) of 3 experiments, 50 cells per condition per experiment."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "of", "α", "-", "smooth", "muscle", "actin", "(", "α", "-", "SMA", ")", ",", "pan", "Cytokeratin", ",", "Pan", "-", "hMENA", ",", "hMENA11a", "and", "E", "-", "cadherin", "expression", "in", "CAFs", "and", "autologous", "cancer", "cells", "(", "Ep", "-", "PDAC", ")", "obtained", "from", "enzymatically", "digested", "primary", "PDAC", "tissue", "of", "patient", "#", "36", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "4", "′", ",", "6", "-", "diamidino", "-", "2", "-", "phenylindole", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of immunofluorescence of α-smooth muscle actin (α-SMA), pan Cytokeratin, Pan-hMENA, hMENA11a and E-cadherin expression in CAFs and autologous cancer cells (Ep-PDAC) obtained from enzymatically digested primary PDAC tissue of patient #36. Nuclei were stained with 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bar: 20 μm."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "immunoblot", "(", "top", ")", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "levels", "(", "detected", "by", "Pan", "-", "hMENA", "mAb", "and", "by", "the", "specific", "anti", "-", "hMENAΔv6", "antibody", ")", "in", "normal", "fibroblasts", "derived", "from", "transplant", "donor", "(", "P", "-", "NF", ")", ",", "pancreatic", "serous", "cystadenoma", "#", "71", "and", "cancer", "associated", "fibroblasts", "(", "n", "=", "10", ")", "obtained", "from", "primary", "PDAC", "tissues", ".", "Densitometry", "quantified", "data", "(", "bottom", ")", "of", "hMENA", "∆", "v6", "expression", ".", "Quantification", "of", "P", "#", "110", "is", "relative", "to", "the", "sample", "shown", "in", "the", "WB", "on", "the", "left", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative immunoblot (top) of hMENA/hMENA∆v6 expression levels (detected by Pan-hMENA mAb and by the specific anti-hMENAΔv6 antibody) in normal fibroblasts derived from transplant donor (P-NF), pancreatic serous cystadenoma #71 and cancer associated fibroblasts (n=10) obtained from primary PDAC tissues. Densitometry quantified data (bottom) of hMENA∆v6 expression. Quantification of P#110 is relative to the sample shown in the WB on the left. "}
{"words": ["C", ".", "Representative", "immunoblot", "(", "top", ")", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "levels", "(", "detected", "by", "Pan", "-", "hMENA", "mAb", "and", "by", "the", "specific", "anti", "-", "hMENAΔv6", "antibody", ")", "in", "normal", "lung", "fibroblasts", "(", "L", "-", "NF", ")", ",", "cancer", "associated", "fibroblasts", "obtained", "from", "NSCLC", "tissues", "(", "n", "=", "4", ")", "and", "normal", "dermal", "fibroblasts", "(", "HNF", ")", ".", "Densitometry", "quantified", "data", "(", "bottom", ")", "of", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Representative immunoblot (top) of hMENA/hMENA∆v6 expression levels (detected by Pan-hMENA mAb and by the specific anti-hMENAΔv6 antibody) in normal lung fibroblasts (L-NF), cancer associated fibroblasts obtained from NSCLC tissues (n=4) and normal dermal fibroblasts (HNF). Densitometry quantified data (bottom) of hMENA∆v6 expression."}
{"words": ["A", ".", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "of", "Pan", "-", "hMENA", "(", "yellow", ")", "and", "α", "-", "SMA", "(", "red", ")", "in", "the", "primary", "PDAC", "tissue", "of", "patient", "#", "138", "from", "whom", "high", "hMENA", "∆", "v6", "CAFs", "were", "obtained", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "4", "′", ",", "6", "-", "diamidino", "-", "2", "-", "phenylindole", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "The", "inset", "of", "the", "dashed", "area", "is", "provided", "on", "the", "right", "as", "a", "zoomed", "-", "in", "and", "cropped", "fluorescence", "image", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", ".", "αSMA", "‑", "positive", "CAFs", "are", "also", "positive", "for", "Pan", "-", "hMENA", "(", "arrow", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Representative images of immunofluorescence of Pan-hMENA (yellow) and α-SMA (red) in the primary PDAC tissue of patient #138 from whom high hMENA∆v6 CAFs were obtained. Nuclei were stained with 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bar: 50 μm. The inset of the dashed area is provided on the right as a zoomed-in and cropped fluorescence image. Scale bar: 20 μm. αSMA‑positive CAFs are also positive for Pan-hMENA (arrow)."}
{"words": ["B", ".", "Representative", "images", "of", "immunofluorescence", "of", "Pan", "-", "hMENA", "(", "yellow", ")", "and", "α", "-", "SMA", "(", "red", ")", "in", "NSCLC", "case", "#", "484", "from", "whom", "high", "hMENA", "∆", "v6", "CAFs", "were", "obtained", ".", "Nuclei", "were", "stained", "with", "4", "′", ",", "6", "-", "diamidino", "-", "2", "-", "phenylindole", "(", "DAPI", ")", ".", "Scale", "bar", ":", "50", "μm", ".", "The", "inset", "of", "the", "dashed", "area", "is", "provided", "on", "the", "right", "as", "a", "zoomed", "-", "in", "and", "cropped", "fluorescence", "image", ".", "Scale", "bar", ":", "20", "μm", ".", "As", "in", "A", ",", "α", "-", "SMA", "signal", "is", "evident", "in", "stromal", "cells", "which", "are", "also", "positive", "for", "Pan", "-", "hMENA", "(", "arrow", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Representative images of immunofluorescence of Pan-hMENA (yellow) and α-SMA (red) in NSCLC case #484 from whom high hMENA∆v6 CAFs were obtained. Nuclei were stained with 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bar: 50 μm. The inset of the dashed area is provided on the right as a zoomed-in and cropped fluorescence image. Scale bar: 20 μm. As in A, α-SMA signal is evident in stromal cells which are also positive for Pan-hMENA (arrow)."}
{"words": ["C", ".", "Boxplots", "showing", "the", "mean", "mRNA", "expression", "of", "ENAH", "gene", "(", "hMENA", ")", "for", "22", "patients", "in", "the", "10", "groups", "of", "cell", "types", "(", "Peng", "et", "al", ".", ",", "2019", ")", "(", "total", "number", "of", "cells", ":", "38487", ",", "mean", "of", "cells", "for", "patient", ":", "1603", ")", ".", "Shown", "in", "each", "boxplot", "are", "the", "median", "value", "(", "horizontal", "line", ")", ",", "25th", "-", "75th", "percentiles", "(", "box", "outline", ")", ",", "and", "highest", "and", "lowest", "values", "within", "1", ".", "5x", "of", "the", "inter", "-", "quartile", "range", "(", "vertical", "line", ")", ".", "Expressions", "from", "each", "cell", "-", "type", "group", "were", "compared", "to", "all", "other", "groups", "by", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "(", "two", "-", "sided", ")", "and", "P", "-", "values", "were", "adjusted", "for", "multiple", "testing", "using", "the", "Benjamini", "-", "Hochberg", "method", ".", "Stromal", "cell", "-", "type", "groups", "with", "significantly", "up", "-", "regulated", "ENAH", "expression", "respect", "to", "other", "stromal", "groups", "are", ":", "Fibroblast", ",", "*", "*", "*", "q", "=", "0", ".", "0002", ";", "Stellate", ",", "*", "*", "*", "q", "=", "1", ".", "5e", "-", "07", ".", "Non", "-", "stromal", "cell", "-", "type", "groups", "with", "significantly", "up", "-", "regulated", "ENAH", "expression", "with", "respect", "to", "other", "non", "-", "stromal", "groups", "are", ":", "Ductal", "1", ",", "*", "*", "q", "=", "0", ".", "0013", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Boxplots showing the mean mRNA expression of ENAH gene (hMENA) for 22 patients in the 10 groups of cell types (Peng et al., 2019) (total number of cells: 38487, mean of cells for patient: 1603). Shown in each boxplot are the median value (horizontal line), 25th-75th percentiles (box outline), and highest and lowest values within 1.5x of the inter-quartile range (vertical line). Expressions from each cell-type group were compared to all other groups by using Mann-Whitney U-test (two-sided) and P-values were adjusted for multiple testing using the Benjamini-Hochberg method. Stromal cell-type groups with significantly up-regulated ENAH expression respect to other stromal groups are: Fibroblast, ***q=0.0002; Stellate, ***q= 1.5e-07. Non-stromal cell-type groups with significantly up-regulated ENAH expression with respect to other non-stromal groups are: Ductal 1, **q=0.0013."}
{"words": ["D", ".", "Boxplots", "showing", "the", "mRNA", "expression", "of", "ENAH", "gene", "(", "hMENA", ")", "in", "the", "7", "groups", "of", "cell", "types", "from", "(", "Lambrechts", "et", "al", ".", ",", "2018", ")", "(", "total", "n", "=", "52", ")", ".", "Shown", "in", "each", "boxplot", "are", "the", "median", "value", "(", "horizontal", "line", ")", ",", "25th", "-", "75th", "percentiles", "(", "box", "outline", ")", ",", "and", "highest", "and", "lowest", "values", "within", "1", ".", "5x", "of", "the", "inter", "-", "quartile", "range", "(", "vertical", "line", ")", ".", "Cell", "expression", "from", "each", "group", "were", "compared", "to", "all", "other", "stromal", "/", "not", "-", "stromal", "cells", "by", "using", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "(", "two", "-", "sided", ")", "and", "P", "-", "values", "were", "adjusted", "for", "multiple", "testing", "using", "the", "Benjamini", "-", "Hochberg", "method", "(", "Fibroblast", "group", "vs", "other", "stromal", "groups", ",", "*", "*", "q", "=", "0", ".", "0022", ";", "Other", "comparisons", ",", "q", ">", "0", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Boxplots showing the mRNA expression of ENAH gene (hMENA) in the 7 groups of cell types from (Lambrechts et al., 2018) (total n=52). Shown in each boxplot are the median value (horizontal line), 25th-75th percentiles (box outline), and highest and lowest values within 1.5x of the inter-quartile range (vertical line). Cell expression from each group were compared to all other stromal/not-stromal cells by using Mann-Whitney U-test (two-sided) and P-values were adjusted for multiple testing using the Benjamini-Hochberg method (Fibroblast group vs other stromal groups, **q=0.0022; Other comparisons, q>0.05"}
{"words": ["A", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "(", "bottom", ")", "of", "P", "-", "CAF", "and", "L", "-", "CAF", "(", "P", "-", "CAF", "#", "36", ",", "138", "and", "L", "-", "CAF", "#", "189", ",", "484", ")", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "CNT", ")", "or", "hMENA", "siRNA", "(", "hMENA", "(", "t", ")", ")", "indicating", "that", "the", "siRNA", "‐", "mediated", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "reduces", "the", "invasive", "ability", "of", "CAFs", "with", "respect", "to", "siCNT", "CAFs", ".", "Number", "of", "invading", "cells", "was", "measured", "by", "counting", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ",", "performed", "in", "triplicates", "each", ".", "Immunoblot", "showing", "hMENA", "/", "hMENAΔv6", "expression", "(", "detected", "by", "Pan", "-", "hMENA", "mAb", "and", "by", "the", "specific", "anti", "-", "hMENAΔv6", "antibody", ")", "of", "the", "CAFs", "employed", "is", "reported", "(", "top", ")", ".", "TUBULIN", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Quantification of in vitro matrigel invasion assay (bottom) of P-CAF and L-CAF (P-CAF # 36, 138 and L-CAF #189, 484) transfected with control siRNA (CNT) or hMENA siRNA (hMENA(t)) indicating that the siRNA‐mediated knock‐down of hMENA/hMENA∆v6 reduces the invasive ability of CAFs with respect to siCNT CAFs. Number of invading cells was measured by counting 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates, performed in triplicates each. Immunoblot showing hMENA/hMENAΔv6 expression (detected by Pan-hMENA mAb and by the specific anti-hMENAΔv6 antibody) of the CAFs employed is reported (top). TUBULIN was used as loading control. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test. *P<0.05, ***P<0.001."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "(", "bottom", ")", "of", "P", "-", "NF", "and", "L", "-", "NF", "and", "P", "-", "CAF", "#", "110", "and", "L", "-", "CAF", "#", "400", "transfected", "with", "control", "or", "hMENA", "∆", "v6", "expressing", "vectors", ",", "demonstrating", "that", "the", "overexpression", "of", "hMENA", "∆", "v6", "isoform", "induced", "the", "invasiveness", "of", "P", "-", "NFs", "and", "L", "-", "NFs", "and", "/", "or", "P", "-", "and", "L", "-", "CAFs", ".", "Number", "of", "invading", "cells", "was", "measured", "by", "counting", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ",", "performed", "in", "triplicates", "each", ".", "Immunoblot", "of", "hMENAΔv6", "expression", "(", "detected", "by", "the", "specific", "anti", "-", "hMENAΔv6", "antibody", ")", "in", "fibroblasts", "employed", "is", "reported", "(", "top", ")", ".", "TUBULIN", "was", "used", "as", "loading", "control", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of in vitro matrigel invasion assay (bottom) of P-NF and L-NF and P-CAF#110 and L-CAF#400 transfected with control or hMENA∆v6 expressing vectors, demonstrating that the overexpression of hMENA∆v6 isoform induced the invasiveness of P-NFs and L-NFs and/or P-and L-CAFs. Number of invading cells was measured by counting 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates, performed in triplicates each. Immunoblot of hMENAΔv6 expression (detected by the specific anti-hMENAΔv6 antibody) in fibroblasts employed is reported (top). TUBULIN was used as loading control. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test. *P<0.05, ***P<0.001."}
{"words": ["A", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "PANC", "-", "1", "cells", "cultured", "for", "48", " ", "h", "with", "conditioned", "media", "(", "CM", ")", "of", "NFs", "(", "P", "-", "NFs", "-", "CM", ")", ",", "CAF", "low", "#", "44", "and", "#", "110", "and", "CAFs", "high", "#", "36", "and", "138", ".", "Histograms", "show", "the", "number", "of", "invading", "cells", "measured", "by", "counting", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ",", "performed", "at", "least", "in", "duplicate", "each", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of PANC-1 cells cultured for 48 h with conditioned media (CM) of NFs (P-NFs-CM), CAF low #44 and #110 and CAFs high #36 and 138. Histograms show the number of invading cells measured by counting 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of three biological replicates, performed at least in duplicate each. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P<0.0001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. * P <0.05, **P<0.01, ***P<0.001."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "PANC", "-", "1", "cultured", "for", "48", " ", "h", "with", "CM", "derived", "from", "control", "P", "-", "CAFs", "#", "36", "(", "siCNT", "-", "P", "-", "CAF", "-", "CM", "#", "36", ")", "and", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "silenced", "P", "-", "CAFs", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", "-", "P", "-", "CAF", "-", "CM", "#", "36", ")", ",", "showing", "that", "the", "siRNA", "‐", "mediated", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "affects", "PANC", "-", "1", "invasive", "ability", "mediated", "by", "CAF", "-", "CM", ".", "Culture", "medium", "(", "DMEM", ")", "was", "used", "as", "control", ".", "Cells", "invading", "matrigel", "were", "counted", "in", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "=", "0", ".", "006", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of PANC-1 cultured for 48 h with CM derived from control P-CAFs#36 (siCNT-P-CAF-CM#36) and hMENA/hMENA∆v6 silenced P-CAFs (sihMENA(t)-P-CAF-CM#36), showing that the siRNA‐mediated knock‐down of hMENA/hMENA∆v6 affects PANC-1 invasive ability mediated by CAF-CM. Culture medium (DMEM) was used as control. Cells invading matrigel were counted in 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of three biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P=0.006, followed by Bonferroni's multiple comparison test. *P < 0.05, **P<0.01."}
{"words": ["C", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "H1975", "cells", "cultured", "for", "48", " ", "h", "with", "control", "media", "(", "culture", "medium", ")", "or", "conditioned", "media", "(", "CM", ")", "of", "L", "-", "CAF", "low", "#", "400", "and", "CAFs", "high", "#", "189", ",", "as", "described", "above", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ",", "performed", "in", "triplicates", "each", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of H1975 cells cultured for 48 h with control media (culture medium) or conditioned media (CM) of L-CAF low #400 and CAFs high #189, as described above. Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates, performed in triplicates each. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P<0.0001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. ***P<0.001."}
{"words": ["D", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "H1975", "cultured", "for", "48", " ", "h", "with", "CM", "derived", "from", "control", "L", "-", "CAFs", "#", "484", "(", "siCNT", "-", "L", "-", "CAF", "-", "CM", "#", "484", ")", "and", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "silenced", "L", "-", "CAFs", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", "-", "L", "-", "CAF", "-", "CM", "#", "484", ")", ",", "showing", "that", "the", "siRNA", "‐", "mediated", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "affects", "H1975", "invasive", "ability", "mediated", "by", "CAF", "-", "CM", ".", "Culture", "medium", "(", "DMEM", ")", "was", "used", "as", "control", ".", "Cells", "invading", "matrigel", "were", "counted", "in", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "six", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "=", "0", ".", "006", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of H1975 cultured for 48 h with CM derived from control L-CAFs#484 (siCNT-L-CAF-CM#484) and hMENA/hMENA∆v6 silenced L-CAFs (sihMENA(t)-L-CAF-CM#484), showing that the siRNA‐mediated knock‐down of hMENA/hMENA∆v6 affects H1975 invasive ability mediated by CAF-CM. Culture medium (DMEM) was used as control. Cells invading matrigel were counted in 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of six replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P=0.006, followed by Bonferroni's multiple comparison test. *P < 0.05, **P<0.01."}
{"words": ["E", ".", "Representative", "immunoblot", "(", "top", ")", "and", "densitometry", "quantification", "(", "bottom", ")", "of", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "level", "in", "P", "-", "NFs", "grown", "in", "RPMI", "control", "medium", "(", "-", ")", "or", "PANC", "-", "1", "-", "CM", "for", "24", " ", "h", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "fold", "increase", "with", "respect", "to", "control", "medium", "±", "SD", "(", "set", "as", "1", ")", ".", "Data", "were", "analyzed", "using", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Representative immunoblot (top) and densitometry quantification (bottom) of hMENA∆v6 expression level in P-NFs grown in RPMI control medium (-) or PANC-1-CM for 24 h (n = 3). Data are represented as fold increase with respect to control medium ± SD (set as 1). Data were analyzed using two‐sided Student's t‐test. *P < 0.05."}
{"words": ["F", ".", "Representative", "images", "(", "top", ")", "and", "quantification", "(", "bottom", ")", "of", "collagen", "gel", "-", "contraction", "ability", "of", "CAFs", "(", "monoculture", ")", "or", "CAFs", "co", "-", "cultured", "with", "siCNT", "(", "co", "-", "siCNT", ")", "or", "sihMENA", "(", "t", ")", "PANC", "-", "1", "cells", "(", "co", "-", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", ".", "Dashed", "white", "circles", "illustrate", "the", "margins", "of", "the", "gel", "area", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "=", "0", ".", "005", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", "ANOVA", ":", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Representative images (top) and quantification (bottom) of collagen gel-contraction ability of CAFs (monoculture) or CAFs co-cultured with siCNT (co-siCNT) or sihMENA(t) PANC-1 cells (co-sihMENA(t)). Dashed white circles illustrate the margins of the gel area. Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P=0.005, followed by Bonferroni's multiple comparison test ANOVA: *P<0.05, **P<0.01."}
{"words": ["G", ".", "Representative", "immunoblot", "(", "top", ")", "and", "quantification", "(", "bottom", ")", "of", "hMENA", "∆", "v6", "and", "α", "-", "SMA", "expression", "in", "P", "-", "CAFs", "#", "110", "treated", "with", "DMEM", "medium", "(", "-", ")", "or", "with", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "derived", "from", "siCNT", "(", "siCNT", "PANC", "-", "1", ")", "or", "sihMENA", "(", "t", ")", "PANC", "-", "1", "cells", "(", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", "PANC", "-", "1", ")", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "fold", "increase", "with", "respect", "to", "DMEM", "(", "set", "as", "1", "±", "SD", ")", ".", "Data", "presented", "were", "analyzed", "using", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ":", "*", "P", "<", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "G. Representative immunoblot (top) and quantification (bottom) of hMENA∆v6 and α-SMA expression in P-CAFs #110 treated with DMEM medium (-) or with conditioned medium (CM) derived from siCNT (siCNT PANC-1) or sihMENA(t) PANC-1 cells ((sihMENA(t) PANC-1) (n = 3). Data are represented as fold increase with respect to DMEM (set as 1± SD). Data presented were analyzed using two‐sided Student's t‐test: *P<0.05."}
{"words": ["A", ".", "Heat", "map", "of", "proteins", "identified", "by", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "as", "differentially", "secreted", "in", "CM", "of", "normal", "fibroblasts", "(", "P", "-", "NF", "#", "1", "and", "P", "-", "NF", "#", "2", ")", ",", "CAFs", "with", "low", "level", "of", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "(", "P", "-", "CAFs", "low", "#", "44", "and", "#", "49", ")", ",", "CAFs", "with", "high", "level", "of", "hMENA", "∆", "v6", "expression", "(", "P", "-", "CAFs", "high", "#", "67", "and", "#", "36", ")", ".", "The", "boxed", "hMENA", "∆", "v6", "associated", "signature", "represents", "proteins", "exclusively", "present", "in", "the", "CM", "derived", "from", "CAFs", "high", ".", "Color", "code", "is", "shown", "in", "the", "upper", "left", "corner", ".", "Co", "-", "variance", "=", "0", ".", "2", ",", "q", "value", "=", "0", ".", "1", "(", "10", "%", "false", "discovery", "rate", ")", ",", "adjusted", "P", "value", "=", "0", ".", "0074542", ".", "N", "=", "36", ".", "The", "values", "of", "mass", "spec", "identified", "for", "each", "protein", "were", "plotted", "in", "log2", "scale", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Heat map of proteins identified by LC-MS/MS analysis as differentially secreted in CM of normal fibroblasts (P-NF#1 and P-NF#2), CAFs with low level of hMENA∆v6 expression (P-CAFs low#44 and #49), CAFs with high level of hMENA∆v6 expression (P-CAFs high #67 and #36). The boxed hMENA∆v6 associated signature represents proteins exclusively present in the CM derived from CAFs high. Color code is shown in the upper left corner. Co-variance = 0.2, q value = 0.1 (10% false discovery rate), adjusted P value = 0.0074542. N = 36. The values of mass spec identified for each protein were plotted in log2 scale."}
{"words": ["B", ".", "Quantification", "of", "GAS6", "secretion", "levels", ",", "as", "detected", "by", "ELISA", ",", "in", "the", "CM", "of", "P", "-", "NF", "(", "#", "1", ")", ",", "P", "-", "CAFlow", "(", "#", "44", "and", "#", "49", ")", "and", "P", "-", "CAF", "high", "(", "#", "67", "and", "#", "36", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Quantification of GAS6 secretion levels, as detected by ELISA, in the CM of P-NF (#1), P-CAFlow (#44 and #49) and P-CAF high (#67 and #36). Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P<0.0001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. ***P<0.001."}
{"words": ["C", ".", "Real", "time", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "relative", "GAS6", "mRNA", "expression", "level", "in", "NFs", "(", "P", "-", "NF", "#", "1", ")", ",", "P", "-", "CAF", "low", "and", "P", "-", "CAF", "high", ",", "as", "described", "above", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "=", "0", ".", "001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Real time qRT-PCR analysis of the relative GAS6 mRNA expression level in NFs (P-NF#1), P-CAF low and P-CAF high, as described above. Data are presented as the mean ± SD of three replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P=0.001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. *P< 0.05, **P<0.01."}
{"words": ["D", ".", "Real", "time", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "relative", "GAS6", "mRNA", "expression", "level", "in", "PANC", "-", "1", "and", "P", "-", "CAF", "(", "n", "=", "3", ")", ",", "showing", "a", "low", "GAS6", "expression", "in", "PANC", "-", "1", "cells", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Real time qRT-PCR analysis of the relative GAS6 mRNA expression level in PANC-1 and P-CAF (n=3), showing a low GAS6 expression in PANC-1 cells. Data are presented as the mean ± SD. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test. ***P<0.001."}
{"words": ["E", ".", "Boxplots", "showing", "the", "mRNA", "expression", "of", "GAS6", "in", "normal", "lung", "fibroblasts", "(", "white", ")", "(", "n", "=", "15", ")", "versus", "primary", "NSCLC", "fibroblasts", "(", "light", "blue", ")", "(", "n", "=", "15", ")", "(", "GSE22862", "data", "set", ")", ".", "In", "each", "boxplot", "the", "median", "value", "(", "horizontal", "line", ")", ",", "25th", "-", "75th", "percentiles", "(", "box", "outline", ")", ",", "and", "highest", "and", "lowest", "values", "within", "1", ".", "5x", "of", "the", "inter", "-", "quartile", "range", "(", "vertical", "line", ")", "are", "shown", ".", "Statistical", "significance", "was", "calculated", "by", "Mann", "-", "Whitney", "U", "-", "test", "(", "two", "-", "sided", ")", "(", "P", "=", "0", ".", "0208", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Boxplots showing the mRNA expression of GAS6 in normal lung fibroblasts (white) (n=15) versus primary NSCLC fibroblasts (light blue) (n=15) (GSE22862 data set). In each boxplot the median value (horizontal line), 25th-75th percentiles (box outline), and highest and lowest values within 1.5x of the inter-quartile range (vertical line) are shown. Statistical significance was calculated by Mann-Whitney U-test (two-sided) (P=0.0208)."}
{"words": ["F", ",", "G", ".", "Real", "time", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "P", "#", "138", "CAF", "(", "F", ")", "and", "L", "#", "189", "CAF", "(", "G", ")", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "siCNT", ")", "or", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", "as", "representative", "cases", ".", "The", "siRNA", "‐", "mediated", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "resulted", "in", "a", "significant", "reduction", "of", "GAS6", "mRNA", "expression", "levels", "compared", "to", "siCNT", "cells", "(", "set", "as", "100", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "replicates", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F, G. Real time qRT-PCR analysis of P#138 CAF (F) and L#189 CAF (G) transfected with control siRNA (siCNT) or hMENA(t) siRNA (sihMENA(t)) as representative cases. The siRNA‐mediated knock‐down of hMENA/hMENA∆v6 resulted in a significant reduction of GAS6 mRNA expression levels compared to siCNT cells (set as 100). Data are presented as the mean ± SD of three replicates. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test **P<0.01, ***P<0.001."}
{"words": ["H", ".", "Quantification", "of", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "PANC", "-", "1", "cultured", "for", "48", "h", "with", "DMEM", "(", "culture", "medium", ")", ",", "or", "conditioned", "medium", "(", "CM", ")", "derived", "from", "control", "siRNA", "P", "#", "106", "CAFs", "(", "siCNT", "P", "-", "CAF", "-", "CM", ")", ",", "GAS6", "siRNA", "(", "siGAS6", "P", "-", "CAF", "-", "CM", ")", ",", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", "P", "-", "CAF", "-", "CM", ")", ",", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", "plus", "rGAS6", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", "P", "-", "CAF", "-", "CM", "+", "rGAS6", ")", ".", "Number", "of", "invaded", "PANC", "-", "1", "cells", "after", "48", "h", "of", "treatment", "was", "measured", "by", "counting", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "=", "0", ".", "004", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H. Quantification of matrigel invasion assay of PANC-1 cultured for 48 h with DMEM (culture medium), or conditioned medium (CM) derived from control siRNA P#106 CAFs (siCNT P-CAF-CM), GAS6 siRNA (siGAS6 P-CAF-CM), hMENA(t) siRNA (sihMENA(t) P-CAF-CM), hMENA(t) siRNA plus rGAS6 (sihMENA(t) P-CAF-CM +rGAS6). Number of invaded PANC-1 cells after 48 h of treatment was measured by counting 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of three biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P=0.004, followed by Bonferroni's multiple comparison test. *P< 0.05, **P<0.01."}
{"words": ["A", ".", "Immunoblot", "of", "AXL", "expression", "in", "PANC", "-", "1", "and", "A549", "cancer", "cells", "upon", "transfection", "of", "control", "siRNA", "(", "CNT", ")", "or", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", ",", "indicating", "that", "the", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "isoforms", ",", "resulted", "in", "a", "reduction", "of", "AXL", "protein", "expression", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0], "text": "A. Immunoblot of AXL expression in PANC-1 and A549 cancer cells upon transfection of control siRNA (CNT) or hMENA(t) siRNA (sihMENA(t)), indicating that the knock‐down of hMENA isoforms, resulted in a reduction of AXL protein expression."}
{"words": ["B", ".", "Real", "time", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "relative", "AXL", "mRNA", "expression", "in", "PANC", "-", "1", "and", "A549", "cancer", "cells", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "siCNT", ")", "or", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", ",", "indicating", "that", "the", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "isoforms", ",", "resulted", "in", "a", "significant", "reduction", "of", "mRNA", "AXL", "expression", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "replicates", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Real time qRT-PCR analysis of the relative AXL mRNA expression in PANC-1 and A549 cancer cells transfected with control siRNA (siCNT) or hMENA(t) siRNA (sihMENA(t)), indicating that the knock‐down of hMENA isoforms, resulted in a significant reduction of mRNA AXL expression. Data are presented as the mean ± SD of three replicates. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test. **P<0.01, ***P<0.001."}
{"words": ["C", ".", "Real", "time", "qRT", "-", "PCR", "analysis", "of", "the", "relative", "levels", "of", "mature", "AXL", "mRNA", "or", "AXL", "pre", "-", "mRNA", "in", "PANC", "-", "1", "(", "left", ")", "and", "A549", "(", "right", ")", "cell", "lines", ",", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "siCNT", ")", "or", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", ",", "sihMENA", "(", "t", ")", ".", "Data", "represent", "percent", "of", "AXL", "mRNA", "or", "pre", "-", "mRNA", "levels", "in", "hMENA", "(", "t", ")", "silenced", "cells", "relative", "to", "siCNT", "control", "cells", "(", "set", "at", "100", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "two", "biological", "replicates", ".", "P", "values", "were", "calculated", "by", "two", "‐", "sided", "Student", "'", "s", "t", "‐", "test", ".", "*", "P", "<", "0", ".", "05", ",", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C. Real time qRT-PCR analysis of the relative levels of mature AXL mRNA or AXL pre-mRNA in PANC-1 (left) and A549 (right) cell lines, transfected with control siRNA (siCNT) or hMENA(t) siRNA, sihMENA(t). Data represent percent of AXL mRNA or pre-mRNA levels in hMENA(t) silenced cells relative to siCNT control cells (set at 100). Data are presented as the mean ± SD of two biological replicates. P values were calculated by two‐sided Student's t‐test. *P< 0.05, ***P<0.001."}
{"words": ["D", ".", "Immunoblot", "analysis", "with", "the", "indicated", "antibodies", "of", "PANC", "-", "1", "cells", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "CNT", ")", "or", "hMENA", "(", "t", ")", "siRNA", ",", "showing", "that", "the", "knock", "‐", "down", "of", "total", "hMENA", "isoforms", ",", "(", "hMENA", "(", "t", ")", ")", "inhibits", "GAS6", "-", "mediated", "pAXL", "and", "pAKT", "expression", ".", "Cells", "were", "serum", "starved", "overnight", "and", "subsequently", "stimulated", "with", "DMSO", "(", "0", ".", "02", "%", ")", "in", "control", "culture", "medium", "(", "-", ")", "or", "rGAS6", "(", "200", "ng", "/", "mL", ")", ",", "for", "30", "and", "60", "min", ".", "The", "fold", "change", "of", "pAXL", "or", "pAKT", "expression", "respect", "to", "siCNT", "untreated", "cells", "is", "reported", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D. Immunoblot analysis with the indicated antibodies of PANC-1 cells transfected with control siRNA (CNT) or hMENA(t) siRNA, showing that the knock‐down of total hMENA isoforms, (hMENA(t)) inhibits GAS6-mediated pAXL and pAKT expression. Cells were serum starved overnight and subsequently stimulated with DMSO (0.02%) in control culture medium (-) or rGAS6 (200 ng/mL), for 30 and 60 min. The fold change of pAXL or pAKT expression respect to siCNT untreated cells is reported."}
{"words": ["E", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "PANC", "-", "1", "siCNT", "cells", "(", "siCNT", ")", "and", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "silenced", "cells", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", "toward", "rGAS6", "as", "chemo", "-", "attractant", "(", "siCNT", "+", "rGAS6", "and", "sihMENA", "(", "t", ")", "+", "rGAS6", ")", ",", "showing", "that", "the", "knock", "‐", "down", "of", "hMENA", "(", "t", ")", "reduced", "cancer", "cell", "invasion", "toward", "GAS6", ".", "The", "number", "of", "invading", "cells", "were", "counted", "in", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of PANC-1 siCNT cells (siCNT) and hMENA/hMENA∆v6 silenced cells (sihMENA(t)) toward rGAS6 as chemo-attractant (siCNT + rGAS6 and sihMENA(t) + rGAS6), showing that the knock‐down of hMENA(t) reduced cancer cell invasion toward GAS6. The number of invading cells were counted in 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of three biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P<0.0001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. **P<0.01."}
{"words": ["F", ".", "Quantification", "of", "in", "vitro", "matrigel", "invasion", "assay", "of", "PANC", "-", "1", "siCNT", "cells", "(", "siCNT", ")", "and", "hMENA", "/", "hMENA", "∆", "v6", "silenced", "cells", "(", "sihMENA", "(", "t", ")", ")", ",", "untreated", "(", "-", ")", "or", "treated", "with", "conditioned", "media", "derived", "from", "CAFs", "(", "P", "-", "CAF", "#", "36", "-", "CM", ")", "for", "48", "h", ".", "The", "number", "of", "invaded", "cells", "were", "counted", "in", "6", "random", "fields", ".", "Data", "are", "presented", "as", "the", "mean", "±", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "Statistical", "analysis", "was", "performed", "with", "one", "-", "way", "ANOVA", "P", "<", "0", ".", "0001", ",", "followed", "by", "Bonferroni", "'", "s", "multiple", "comparison", "test", ".", "*", "*", "*", "P", "<", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F. Quantification of in vitro matrigel invasion assay of PANC-1 siCNT cells (siCNT) and hMENA/hMENA∆v6 silenced cells (sihMENA(t)), untreated (-) or treated with conditioned media derived from CAFs (P-CAF#36-CM) for 48 h. The number of invaded cells were counted in 6 random fields. Data are presented as the mean ± SD of three biological replicates. Statistical analysis was performed with one-way ANOVA P<0.0001, followed by Bonferroni's multiple comparison test. *** P< 0.001."}
{"words": ["A", ".", "Overall", "survival", "(", "OS", ")", "curves", "in", "Pancreatic", "Adenocarcinoma", "patients", "(", "PDAC", ")", "(", "n", "=", "172", ")", "from", "The", "Cancer", "Genome", "Atlas", "(", "TCGA", ")", ",", "showed", "that", "combined", "expression", "of", "AXL", ",", "GAS6", "and", "ENAH", "(", "hMENA", ")", ",", "is", "a", "prognostic", "signature", "in", "PDAC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A. Overall survival (OS) curves in Pancreatic Adenocarcinoma patients (PDAC) (n=172) from The Cancer Genome Atlas (TCGA), showed that combined expression of AXL, GAS6 and ENAH (hMENA), is a prognostic signature in PDAC."}
{"words": ["B", ".", "Overall", "survival", "(", "OS", ")", "curves", "in", "Lung", "Squamous", "cancer", "patients", "(", "LUSC", ")", "(", "n", "=", "501", ")", "from", "The", "Cancer", "Genome", "Atlas", "(", "TCGA", ")", ",", "showed", "that", "combined", "expression", "of", "AXL", ",", "GAS6", "and", "ENAH", "(", "hMENA", ")", ",", "is", "a", "prognostic", "signature", "in", "LUSC", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B. Overall survival (OS) curves in Lung Squamous cancer patients (LUSC) (n=501) from The Cancer Genome Atlas (TCGA), showed that combined expression of AXL, GAS6 and ENAH (hMENA), is a prognostic signature in LUSC."}
{"words": ["Components", "of", "the", "RLCco", "-", "precipitate", "with", "ER", "markers", "in", "density", "gradient", "fractionation", ".", "The", "post", "-", "nuclear", "supernatant", "of", "cortical", "neurons", "was", "loaded", "underneath", "a", "continuous", "Optiprep", "density", "gradient", ".", "ER", "markers", "Calnexin", ",", "Ribophorin", "I", "and", "Climp63", ",", "co", "-", "sedimented", "with", "ribosomes", "(", "RPS6", ",", "ribosomal", "protein", "subunit", "6", ")", ",", "mitochondria", "(", "Tim23", ")", "and", "RLC", "proteins", "at", "fractions", "3", "-", "5", ".", "The", "bottom", "graph", "shows", "the", "density", "of", "each", "fraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Components of the RLCco-precipitate with ER markers in density gradient fractionation. The post-nuclear supernatant of cortical neurons was loaded underneath a continuous Optiprep density gradient. ER markers Calnexin, Ribophorin I and Climp63, co-sedimented with ribosomes (RPS6, ribosomal protein subunit 6), mitochondria (Tim23) and RLC proteins at fractions 3-5. The bottom graph shows the density of each fraction."}
{"words": ["B", ")", "TRBP", ",", "PACT", "and", "Ago2", "partially", "co", "-", "localize", "with", "the", "ER", "marker", "mCherry", "-", "CLIMP63", ".", "Hippocampal", "neurons", "(", "10", "DIV", ")", "expressing", "mCherry", "-", "CLIMP63", "were", "immunostained", "with", "TRBP", ",", "PACT", "or", "Ago2", "antibodies", ".", "Boxed", "insets", "are", "magnifications", "of", "primary", "dendrites", "as", "depicted", "by", "the", "adjacent", "letters", "(", "scale", "bars", ";", "10μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) TRBP, PACT and Ago2 partially co-localize with the ER marker mCherry-CLIMP63. Hippocampal neurons (10 DIV) expressing mCherry-CLIMP63 were immunostained with TRBP, PACT or Ago2 antibodies. Boxed insets are magnifications of primary dendrites as depicted by the adjacent letters (scale bars; 10μm)."}
{"words": ["C", ")", "GFP", "-", "Dicer", "partially", "co", "-", "localizes", "with", "mCherry", "-", "CLIMP63", "at", "the", "neuronal", "soma", "and", "primary", "dendrites", "of", "hippocampal", "neurons", ".", "Neurons", "were", "imaged", "at", "10", "DIV", "using", "total", "internal", "reflection", "fluorescence", "(", "TIRF", ")", "microscopy", "using", "a", "penetration", "depth", "of", "150nm", ".", "Boxed", "insets", "are", "magnifications", "of", "primary", "dendrites", "as", "depicted", "by", "the", "adjacent", "letters", "(", "scale", "bars", ";", "2μm", "or", "10μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) GFP-Dicer partially co-localizes with mCherry-CLIMP63 at the neuronal soma and primary dendrites of hippocampal neurons. Neurons were imaged at 10 DIV using total internal reflection fluorescence (TIRF) microscopy using a penetration depth of 150nm. Boxed insets are magnifications of primary dendrites as depicted by the adjacent letters (scale bars; 2μm or 10μm)."}
{"words": ["D", ")", "The", "majority", "of", "Dicer", ",", "TRBP", "and", "PACT", "are", "associated", "with", "neuronal", "membranes", ".", "Sequential", "detergent", "extraction", "was", "used", "to", "separate", "cytoplasmic", "from", "membrane", "fractions", "in", "7", "DIV", "cortical", "neurons", ".", "The", "relative", "quantity", "of", "depicted", "proteins", "was", "analyzed", "in", "three", "independent", "experiments", "(", "p", "<", "0", ".", "005", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", "s", ".", "d", ".", ")", ".", "Actin", "and", "ribophorin", "I", "were", "used", "as", "loading", "controls", "for", "cytoplasmic", "and", "membrane", "fractions", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) The majority of Dicer, TRBP and PACT are associated with neuronal membranes. Sequential detergent extraction was used to separate cytoplasmic from membrane fractions in 7 DIV cortical neurons. The relative quantity of depicted proteins was analyzed in three independent experiments (p<0.005, t-test type 3, n=3, error bars s.d.). Actin and ribophorin I were used as loading controls for cytoplasmic and membrane fractions, respectively."}
{"words": ["E", ")", "TRBP", "is", "cytoplasmic", "in", "primary", "astrocytes", ".", "Sequential", "detergent", "extraction", "was", "performed", "in", "primary", "astrocyte", "cultures", ".", "Actin", "and", "calnexin", "were", "used", "as", "loading", "controls", "for", "cytoplasmic", "and", "membrane", "fractions", ",", "respectively", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) TRBP is cytoplasmic in primary astrocytes. Sequential detergent extraction was performed in primary astrocyte cultures. Actin and calnexin were used as loading controls for cytoplasmic and membrane fractions, respectively."}
{"words": ["F", ")", "The", "majority", "of", "Dicer", ",", "TRBP", "and", "PACT", "proteins", "are", "present", "in", "cytoplasmic", "fractions", "in", "HEK293T", "cells", ",", "isolated", "using", "sequential", "detergent", "extraction", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) The majority of Dicer, TRBP and PACT proteins are present in cytoplasmic fractions in HEK293T cells, isolated using sequential detergent extraction."}
{"words": ["A", ")", "BDNF", "stimulation", "leads", "to", "a", "decrease", "in", "TRBP", "levels", "from", "ER", "microsomes", ".", "Cortical", "neurons", "were", "stimulated", "BDNF", "with", "or", "vehicle", "control", "and", "ER", "microsomes", "were", "isolated", "using", "differential", "centrifugation", ".", "Protein", "intensity", "values", "were", "normalized", "to", "calnexin", "in", "each", "of", "three", "independent", "experiments", "(", "p", "=", "0", ".", "008", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) BDNF stimulation leads to a decrease in TRBP levels from ER microsomes. Cortical neurons were stimulated BDNF with or vehicle control and ER microsomes were isolated using differential centrifugation. Protein intensity values were normalized to calnexin in each of three independent experiments (p=0.008, t-test type 3, n=3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["B", ")", "Endogenous", "TRBP", "partially", "co", "-", "localizes", "with", "calnexin", "at", "the", "neuronal", "cell", "soma", "and", "primary", "dendrites", ".", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "GFP", "at", "7DIV", "and", "fixed", "at", "10DIV", "following", "BDNF", "or", "control", "stimulation", ".", "Boxed", "insets", "are", "magnifications", "of", "the", "primary", "dendrite", "(", "15μm", "in", "length", ")", ".", "Arrows", "point", "to", "overlapping", "puncta", "(", "scale", "bars", ";", "20μm", "(", "GFP", ")", "or", "10μm", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Endogenous TRBP partially co-localizes with calnexin at the neuronal cell soma and primary dendrites. Hippocampal neurons were transfected with GFP at 7DIV and fixed at 10DIV following BDNF or control stimulation. Boxed insets are magnifications of the primary dendrite (15μm in length). Arrows point to overlapping puncta (scale bars; 20μm (GFP) or 10μm)."}
{"words": ["C", ")", "BDNF", "leads", "to", "a", "decrease", "in", "co", "-", "localization", "between", "TRBP", "and", "calnexin", "at", "the", "soma", "and", "primary", "dendrites", "of", "hippocampal", "neurons", ".", "Manders", "co", "-", "localization", "co", "-", "efficients", "between", "TRBP", "and", "Calnexin", "were", "measured", "in", "the", "cell", "soma", "or", "primary", "dendrites", "(", "15μm", ")", "using", "GFP", "as", "a", "morphological", "mask", ".", "Average", "co", "-", "localization", "values", "were", "normalized", "to", "controls", "in", "each", "experiment", "(", "p", "<", "0", ".", "008", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "n", "=", "4", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) BDNF leads to a decrease in co-localization between TRBP and calnexin at the soma and primary dendrites of hippocampal neurons. Manders co-localization co-efficients between TRBP and Calnexin were measured in the cell soma or primary dendrites (15μm) using GFP as a morphological mask. Average co-localization values were normalized to controls in each experiment (p<0.008, t-test type 3, n=4, error bars; s.d.)."}
{"words": ["D", ")", "BDNF", "decreases", "mCherry", "-", "CLIMP63", "co", "-", "localization", "with", "TRBP", ",", "but", "not", "with", "PACT", "or", "Ago2", ".", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "GFP", "and", "mCherry", "-", "CLIMP63", "at", "7DIV", "and", "immunostained", "three", "days", "later", ",", "following", "BDNF", "or", "control", "stimulation", ".", "Manders", "co", "-", "localization", "was", "measured", "at", "the", "cell", "soma", "using", "GFP", "as", "a", "mask", "as", "indicated", "(", "p", "=", "0", ".", "01", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "n", "=", "4", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) BDNF decreases mCherry-CLIMP63 co-localization with TRBP, but not with PACT or Ago2. Hippocampal neurons were transfected with GFP and mCherry-CLIMP63 at 7DIV and immunostained three days later, following BDNF or control stimulation. Manders co-localization was measured at the cell soma using GFP as a mask as indicated (p=0.01, t-test type 3, n=4, error bars; s.d.)."}
{"words": ["E", ")", "BDNF", "leads", "to", "an", "increase", "in", "the", "levels", "of", "TRBP", "(", "p", "=", "0", ".", "03", ")", "and", "PACT", "(", "p", "=", "0", ".", "004", ")", "in", "the", "cytoplasmic", "fraction", ".", "Cortical", "neurons", "(", "7", "DIV", ")", "were", "control", "-", "or", "BDNF", "-", "stimulated", "and", "cytoplasmic", "fractions", "were", "isolated", "using", "digitonin", ".", "Protein", "intensity", "values", "were", "normalized", "to", "actin", "in", "each", "experiment", ".", "The", "position", "of", "the", "star", "corresponds", "to", "the", "TRBP", "band", "used", "for", "analysis", "(", "~", "43kDa", ")", "(", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "n", "=", "4", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) BDNF leads to an increase in the levels of TRBP (p=0.03) and PACT (p=0.004) in the cytoplasmic fraction. Cortical neurons (7 DIV) were control- or BDNF-stimulated and cytoplasmic fractions were isolated using digitonin. Protein intensity values were normalized to actin in each experiment. The position of the star corresponds to the TRBP band used for analysis (~43kDa) (t-test type 3, n=4, error bars; s.d.)."}
{"words": ["F", ")", "The", "BDNF", "-", "induced", "increase", "in", "cytoplasmic", "TRBP", "is", "dependent", "on", "intracellular", "calcium", ".", "Cortical", "neurons", "(", "7", "DIV", ")", "were", "treated", "with", "vehicle", "control", ",", "BDNF", "and", "BAPTA", "-", "AM", "as", "indicated", ",", "and", "cytoplasmic", "fractions", "were", "isolated", "using", "digitonin", ".", "Protein", "intensity", "values", "were", "normalized", "to", "actin", "in", "each", "independent", "experiment", "(", "p", "=", "0", ".", "03", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F) The BDNF-induced increase in cytoplasmic TRBP is dependent on intracellular calcium. Cortical neurons (7 DIV) were treated with vehicle control, BDNF and BAPTA-AM as indicated, and cytoplasmic fractions were isolated using digitonin. Protein intensity values were normalized to actin in each independent experiment (p=0.03, n=3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["BDNF", "stimulation", "causes", "a", "decrease", "in", "the", "TRBP", "-", "Dicer", "interaction", ".", "Young", "cortical", "neurons", "were", "treated", "with", "BDNF", "or", "vehicle", "control", "and", "co", "-", "immunoprecipitations", "(", "co", "-", "IPs", ")", "were", "performed", "using", "2μg", "control", "IgG", "or", "polyclonal", "anti", "-", "TRBP", "antibodies", ".", "Dicer", "binding", "in", "co", "-", "IP", "was", "normalized", "to", "inputs", "in", "each", "experiment", "(", "p", "=", "0", ".", "001", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", "represent", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "BDNF stimulation causes a decrease in the TRBP-Dicer interaction. Young cortical neurons were treated with BDNF or vehicle control and co-immunoprecipitations (co-IPs) were performed using 2μg control IgG or polyclonal anti-TRBP antibodies. Dicer binding in co-IP was normalized to inputs in each experiment (p=0.001, t-test type 2, n=3, error bars represent s.d.)."}
{"words": ["B", ")", "Short", "BDNF", "stimulation", "changes", "the", "levels", "of", "only", "a", "few", "microRNAs", ",", "such", "as", "miR", "-", "16", "-", "5p", "and", "miR", "-", "551b", "-", "5p", ".", "Volcano", "plot", "of", "small", "RNA", "sequencing", "data", "from", "BDNF", "-", "or", "control", "-", "treated", "cortical", "neurons", "(", "6DIV", ")", "was", "based", "on", "differential", "expression", "analysis", "using", "the", "edgeR", "package", ".", "Individual", "points", "represent", "the", "average", "fold", "change", "obtained", "in", "three", "independent", "experiments", "for", "each", "miRNA", ",", "and", "plotted", "against", "obtained", "p", "-", "values", ".", "MiRNAs", "above", "the", "red", "dashed", "line", "are", "significant", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Short BDNF stimulation changes the levels of only a few microRNAs, such as miR-16-5p and miR-551b-5p. Volcano plot of small RNA sequencing data from BDNF- or control-treated cortical neurons (6DIV) was based on differential expression analysis using the edgeR package. Individual points represent the average fold change obtained in three independent experiments for each miRNA, and plotted against obtained p-values. MiRNAs above the red dashed line are significant (p<0.05, t-test type 2, n=3)."}
{"words": ["C", ")", "BDNF", "stimulation", "leads", "to", "a", "transient", "decrease", "in", "mature", "miR", "-", "16", "-", "5p", "levels", ".", "6DIV", "cortical", "neurons", "were", "treated", "with", "BDNF", "for", "10", "or", "20", "minutes", "and", "mature", "miRNA", "levels", "were", "measured", "in", "rtPCR", ".", "Ct", "values", "for", "each", "miRNA", "were", "normalized", "to", "U6", "and", "to", "20", "minutes", "of", "control", "stimulation", "(", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) BDNF stimulation leads to a transient decrease in mature miR-16-5p levels. 6DIV cortical neurons were treated with BDNF for 10 or 20 minutes and mature miRNA levels were measured in rtPCR. Ct values for each miRNA were normalized to U6 and to 20 minutes of control stimulation (n=3, p=0.02, t-test type 3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["D", ")", "BDNF", "stimulation", "leads", "to", "a", "transient", "increase", "in", "the", "levels", "of", "pre", "-", "miR16", "after", "10", "minutes", "of", "BDNF", "stimulation", ".", "Ct", "values", "obtained", "in", "rtPCR", "were", "normalized", "to", "U6", "and", "to", "20", "minutes", "control", "stimulation", "(", "n", "=", "4", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) BDNF stimulation leads to a transient increase in the levels of pre-miR16 after 10 minutes of BDNF stimulation. Ct values obtained in rtPCR were normalized to U6 and to 20 minutes control stimulation (n=4, t-test type 3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["E", ")", "BDNF", "causes", "a", "decrease", "in", "pre", "-", "miR16", "binding", "to", "TRBP", ".", "Cortical", "neurons", "were", "treated", "with", "BDNF", "or", "vehicle", "control", "and", "RNA", "IPs", "were", "performed", "using", "a", "mouse", "monoclonal", "anti", "-", "TRBP", "antibody", ".", "Ct", "values", "measured", "in", "rtPCR", "were", "normalized", "to", "respective", "inputs", "(", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "002", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", "represent", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E) BDNF causes a decrease in pre-miR16 binding to TRBP. Cortical neurons were treated with BDNF or vehicle control and RNA IPs were performed using a mouse monoclonal anti-TRBP antibody. Ct values measured in rtPCR were normalized to respective inputs (n=3, p=0.002, t-test type 3, error bars represent s.d.)."}
{"words": ["A", ")", "BDNF", "changes", "the", "canonical", "isomiR", "proportion", "of", "a", "subset", "of", "miRNAs", ".", "IsomiR", "levels", "were", "compared", "to", "the", "total", "amount", "of", "the", "corresponding", "miRNA", ".", "Shown", "are", "the", "miRNAs", "that", "had", "significant", "changes", "in", "the", "canonical", "isomiR", "(", "annotated", "as", "'", "0", "'", ",", "p", "<", "0", ".", "05", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "n", "=", "3", ")", ".", "Results", "are", "shown", "in", "order", "of", "decreasing", "significance", ".", "Shown", "in", "red", "are", "miRNAs", "of", "the", "miR16", "family", ",", "miR", "-", "16", "-", "5p", "and", "miR", "-", "15b", "-", "5p", ".", "Black", "squares", "correspond", "non", "-", "existing", "isomiRs", ".", "Numbers", "on", "the", "top", "of", "the", "table", "represent", "the", "trimming", "(", "negative", ")", "or", "addition", "(", "positive", ")", "of", "nucleotides", "to", "the", "3", "'", "-", "or", "5", "'", "-", "end", "of", "the", "canonical", "5p", "or", "3p", "isomiRs", ",", "respectively", ".", "Only", "templated", "nucleotide", "additions", "and", "trimmings", ",", "which", "might", "reflect", "Dicer", "-", "mediated", "pre", "-", "miRNA", "cleavage", ",", "were", "considered", "for", "analysis", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A) BDNF changes the canonical isomiR proportion of a subset of miRNAs. IsomiR levels were compared to the total amount of the corresponding miRNA. Shown are the miRNAs that had significant changes in the canonical isomiR (annotated as '0', p<0.05, t-test type 2, n=3). Results are shown in order of decreasing significance. Shown in red are miRNAs of the miR16 family, miR-16-5p and miR-15b-5p. Black squares correspond non-existing isomiRs. Numbers on the top of the table represent the trimming (negative) or addition (positive) of nucleotides to the 3'- or 5'-end of the canonical 5p or 3p isomiRs, respectively. Only templated nucleotide additions and trimmings, which might reflect Dicer-mediated pre-miRNA cleavage, were considered for analysis."}
{"words": ["B", ")", "BDNF", "stimulation", "leads", "to", "a", "decrease", "in", "the", "canonical", "(", "22", "nucleotides", ")", "isomiRs", "of", "the", "miR16", "family", ",", "miR", "-", "16", "-", "5p", "(", "p", "=", "0", ".", "005", ")", "and", "miR", "-", "15b", "-", "5p", "(", "p", "=", "0", ".", "02", ")", ".", "In", "both", "cases", ",", "this", "is", "accompanied", "by", "an", "increase", "in", "the", "levels", "of", "shorter", "isomiRs", ";", "the", "19", "-", "nucleotide", "isoform", "of", "miR", "-", "16", "-", "5p", "(", "p", "=", "0", ".", "04", ")", "and", "the", "21", "-", "nucleotide", "isoform", "of", "miR", "-", "15b", "-", "5p", "(", "p", "=", "0", ".", "007", ")", ".", "The", "relative", "isomiRs", "proportion", "was", "calculated", "as", "described", "in", "A", "(", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "n", "=", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) BDNF stimulation leads to a decrease in the canonical (22 nucleotides) isomiRs of the miR16 family, miR-16-5p (p=0.005) and miR-15b-5p (p=0.02). In both cases, this is accompanied by an increase in the levels of shorter isomiRs; the 19-nucleotide isoform of miR-16-5p (p=0.04) and the 21-nucleotide isoform of miR-15b-5p (p=0.007). The relative isomiRs proportion was calculated as described in A (t-test type 2, n=3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["B", ")", "Endogenous", "miR", "-", "16", "-", "5p", "activity", "in", "developing", "hippocampal", "neurons", ".", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "500ng", "miR16", "or", "control", "sensor", "at", "4", "DIV", "and", "with", "or", "without", "LNA", "control", "(", "'", "LNA", "Ctrl", "'", ")", "or", "the", "anti", "-", "sense", "miR", "-", "16", "-", "5p", "inhibitor", "(", "'", "LNA", "-", "miR16", "'", ")", ".", "Cells", "were", "fixed", "at", "7", "DIV", "and", "the", "number", "of", "neurons", "expressing", "GFP", "and", "not", "dsRed", "(", "'", "GFP", "-", "only", "'", ")", "was", "compared", "to", "the", "total", "number", "of", "transfected", "neurons", ".", "LNA", "-", "miR16", "reduces", "the", "amount", "of", "repression", "of", "the", "miR16", "sensor", "compared", "to", "LNA", "-", "Ctrl", "(", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "error", "bars", "represent", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) Endogenous miR-16-5p activity in developing hippocampal neurons. Hippocampal neurons were transfected with 500ng miR16 or control sensor at 4 DIV and with or without LNA control ('LNA Ctrl') or the anti-sense miR-16-5p inhibitor ('LNA-miR16'). Cells were fixed at 7 DIV and the number of neurons expressing GFP and not dsRed ('GFP-only') was compared to the total number of transfected neurons. LNA-miR16 reduces the amount of repression of the miR16 sensor compared to LNA-Ctrl (n=4, p=0.02, t-test type 2, error bars represent s.d.)."}
{"words": ["C", ")", "Short", "-", "term", "BDNF", "stimulation", "inhibits", "endogenous", "miR", "-", "16", "-", "5p", "activity", ".", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "at", "4", "DIV", "and", "treated", "with", "BDNF", "either", "24h", "or", "20", "minutes", "before", "fixation", "and", "neurons", "were", "counted", "as", "in", "B", ".", "Repression", "index", "was", "obtained", "by", "normalizing", "the", "miR16", "sensor", "to", "the", "control", "sensor", "condition", "in", "each", "experiment", "(", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) Short-term BDNF stimulation inhibits endogenous miR-16-5p activity. Hippocampal neurons were transfected at 4 DIV and treated with BDNF either 24h or 20 minutes before fixation and neurons were counted as in B. Repression index was obtained by normalizing the miR16 sensor to the control sensor condition in each experiment (n=4, p=0.02, t-test type 3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["D", "&", "E", ")", "Inhibition", "of", "miR", "-", "16", "-", "5p", "increases", "dendritic", "complexity", "and", "occludes", "BDNF", "-", "induced", "dendritogenesis", ".", "D", ")", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "the", "control", "sensor", "(", "A", ")", ",", "and", "stimulated", "with", "control", "or", "BDNF", "24", "hours", "before", "fixation", ".", "Pictures", "were", "obtained", "on", "a", "confocal", "microscope", "and", "thresholds", "were", "set", "to", "dsRed", "signal", "fluorescence", "in", "order", "to", "distinguish", "individual", "dendrites", "(", "scale", "bars", "are", "10μm", ")", ".", "E", ")", "To", "quantify", "dendritic", "complexity", "the", "total", "number", "of", "dendritic", "intersections", "was", "calculated", "using", "Sholl", "analysis", ".", "Values", "were", "normalized", "to", "LNA", "-", "Ctrl", "and", "control", "treatment", "(", "n", "=", "3", ",", "p", "<", "0", ".", "04", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", "represent", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D&E) Inhibition of miR-16-5p increases dendritic complexity and occludes BDNF-induced dendritogenesis. D) Hippocampal neurons were transfected with the control sensor (A), and stimulated with control or BDNF 24 hours before fixation. Pictures were obtained on a confocal microscope and thresholds were set to dsRed signal fluorescence in order to distinguish individual dendrites (scale bars are 10μm). E) To quantify dendritic complexity the total number of dendritic intersections was calculated using Sholl analysis. Values were normalized to LNA-Ctrl and control treatment (n=3, p<0.04, t-test type 3, error bars represent s.d.)."}
{"words": ["F", "&", "G", ")", "Overexpression", "of", "miR", "-", "16", "-", "5p", "blocks", "BDNF", "-", "induced", "dendritogenesis", ".", "F", ")", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "control", "sensor", "and", "either", "control", "miRNA", "mimic", "(", "miR", "-", "Ctrl", ")", "or", "a", "miR", "-", "16", "-", "5p", "mimic", "(", "miR16", ")", "and", "treated", "two", "days", "later", "with", "BDNF", "or", "control", "vehicle", ".", "DsRed", "signal", "fluorescence", "was", "used", "to", "set", "a", "threshold", "on", "images", "obtained", "on", "a", "confocal", "microscope", "(", "scale", "bars", ";", "10μm", ")", ".", "G", ")", "Total", "number", "of", "intersections", "was", "quantified", "in", "Sholl", "analysis", "and", "values", "were", "normalized", "to", "miR", "-", "Ctrl", ",", "control", "treatment", "in", "each", "experiment", "(", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F&G) Overexpression of miR-16-5p blocks BDNF-induced dendritogenesis. F) Hippocampal neurons were transfected with control sensor and either control miRNA mimic (miR-Ctrl) or a miR-16-5p mimic (miR16) and treated two days later with BDNF or control vehicle. DsRed signal fluorescence was used to set a threshold on images obtained on a confocal microscope (scale bars; 10μm). G) Total number of intersections was quantified in Sholl analysis and values were normalized to miR-Ctrl, control treatment in each experiment (n=4, p=0.02, t-test type 3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["H", "&", "I", ")", "Overexpression", "of", "the", "Dicer", "-", "binding", "deficient", "deletion", "mutant", "of", "TRBP", "(", "GFP", "-", "TRBP", "Δ", ")", "occludes", "BDNF", "-", "induced", "dendritogenesis", ".", "H", ")", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "200ng", "dsRed", "and", "either", "50ng", "GFP", "or", "200ng", "GFP", "-", "TRBP", "Δ", ",", "and", "treated", "two", "days", "later", "with", "BDNF", "or", "control", "vehicle", ".", "DsRed", "signal", "fluorescence", "was", "used", "to", "set", "a", "threshold", "on", "images", "obtained", "on", "a", "confocal", "microscope", "(", "scale", "bars", ";", "10μm", ")", ".", "I", ")", "Total", "number", "of", "intersections", "was", "quantified", "in", "Sholl", "analysis", "and", "values", "were", "normalized", "to", "control", "treatment", "in", "each", "experiment", "(", "n", "=", "5", ",", "p", "<", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "H&I) Overexpression of the Dicer-binding deficient deletion mutant of TRBP (GFP-TRBP Δ) occludes BDNF-induced dendritogenesis. H) Hippocampal neurons were transfected with 200ng dsRed and either 50ng GFP or 200ng GFP-TRBP Δ, and treated two days later with BDNF or control vehicle. DsRed signal fluorescence was used to set a threshold on images obtained on a confocal microscope (scale bars; 10μm). I) Total number of intersections was quantified in Sholl analysis and values were normalized to control treatment in each experiment (n=5, p<0.02, t-test type 3, error bars; s.d.)."}
{"words": ["B", ")", "MiR", "-", "16", "-", "5p", "targets", "the", "3", "'", "UTR", "of", "the", "BDNFmRNA", ".", "Cortical", "neurons", "were", "transfected", "with", "100ng", "pmiRGlo", "dual", "-", "luciferase", "reporter", "consisting", "of", "the", "3", "'", "UTR", "of", "BDNF", "(", "3", "'", "UTR", "WT", ")", "or", "a", "miR", "-", "16", "-", "5p", "-", "binding", "site", "mutant", "(", "3", "'", "UTR", "Mut", ")", "and", "either", "miR", "-", "Ctrl", "or", "miR", "-", "16", ".", "The", "Firefly", "to", "Renilla", "luciferase", "ratio", "was", "measured", "and", "values", "were", "normalized", "to", "the", "respective", "reporter", "expression", "without", "miRNA", "mimic", "co", "-", "transfection", "(", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) MiR-16-5p targets the 3'UTR of the BDNFmRNA. Cortical neurons were transfected with 100ng pmiRGlo dual-luciferase reporter consisting of the 3'UTR of BDNF (3'UTR WT) or a miR-16-5p-binding site mutant (3'UTR Mut) and either miR-Ctrl or miR-16. The Firefly to Renilla luciferase ratio was measured and values were normalized to the respective reporter expression without miRNA mimic co-transfection (n=3, p=0.02, t-test type 2)."}
{"words": ["C", ")", "BDNFstimulation", "leads", "to", "an", "increase", "in", "the", "translation", "of", "3", "'", "UTR", "WT", "(", "p", "=", "0", ".", "02", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ")", "but", "not", "3", "'", "UTR", "Mut", "luciferase", "reporter", ",", "which", "is", "rescued", "by", "miR", "-", "16", "-", "5p", "overexpression", "(", "p", "=", "0", ".", "002", ";", "t", "-", "test", "type", "2", ")", ".", "Cortical", "neurons", "were", "transfected", "as", "in", "(", "B", ")", ",", "stimulated", "with", "BDNF", "or", "vehicle", "control", "for", "20", "minutes", ",", "and", "lysed", "two", "hours", "after", "stimulation", "(", "n", "=", "4", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "I-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C) BDNFstimulation leads to an increase in the translation of 3'UTR WT (p=0.02, t-test type 3) but not 3'UTR Mut luciferase reporter, which is rescued by miR-16-5p overexpression (p=0.002; t-test type 2). Cortical neurons were transfected as in (B), stimulated with BDNF or vehicle control for 20 minutes, and lysed two hours after stimulation (n=4)."}
{"words": ["D", ")", "Pre", "-", "miR16", "is", "present", "in", "the", "neuronal", "cell", "soma", "and", "processes", "of", "hippocampal", "neurons", ".", "Neurons", "were", "plated", "on", "compartmentalized", "chambers", "and", "RNA", "was", "isolated", "from", "the", "neuronal", "cell", "body", "and", "processes", "separately", ".", "Pre", "-", "miR137", "and", "pre", "-", "miR341", "were", "used", "to", "assay", "somatic", "and", "neurite", "enrichment", ",", "respectively", ".", "Raw", "Ct", "values", "were", "normalized", "to", "GAPDH", "mRNA", "in", "each", "experiment", "(", "n", "=", "3", ")", "."], "labels": ["O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D) Pre-miR16 is present in the neuronal cell soma and processes of hippocampal neurons. Neurons were plated on compartmentalized chambers and RNA was isolated from the neuronal cell body and processes separately. Pre-miR137 and pre-miR341 were used to assay somatic and neurite enrichment, respectively. Raw Ct values were normalized to GAPDH mRNA in each experiment (n=3)."}
{"words": ["More", "Dicer", "binds", "to", "membrane", "-", "targeted", "GFP", "-", "TRBP", "(", "mGFP", "-", "TRBP", ")", "compared", "to", "GFP", "-", "TRBP", ".", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "GFP", ",", "GFP", "-", "TRBP", "or", "mGFP", "-", "TRBP", "and", "cell", "lysates", "were", "processed", "for", "co", "-", "IP", "using", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "Dicer", "binding", "was", "normalized", "to", "respective", "input", "lanes", "in", "each", "condition", "(", "n", "=", "4", ",", "p", "=", "0", ".", "02", ";", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "error", "bars", "are", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "More Dicer binds to membrane-targeted GFP-TRBP (mGFP-TRBP) compared to GFP-TRBP. HEK293T cells were transfected with GFP, GFP-TRBP or mGFP-TRBP and cell lysates were processed for co-IP using anti-GFP antibody. Dicer binding was normalized to respective input lanes in each condition (n=4, p=0.02; t-test type 2, error bars are s.d.)."}
{"words": ["B", ")", "mGFP", "-", "TRBP", "but", "not", "GFP", "-", "TRBP", "blocks", "the", "BDNF", "-", "induced", "decrease", "in", "miR", "-", "16", "-", "5p", "activity", "in", "dual", "-", "fluorescence", "sensor", "assay", ".", "Hippocampal", "neurons", "were", "transfected", "with", "200ng", "miR16", "-", "or", "control", "-", "sensor", "(", "see", "Fig", "5A", ")", "plus", "50ng", "GFP", ",", "400ng", "GFP", "-", "TRBP", "or", "400ng", "mGFP", "-", "TRBP", ".", "Neurons", "were", "treated", "with", "BDNF", "or", "vehicle", "control", "prior", "to", "fixation", "and", "immunostained", "with", "anti", "-", "GFP", "antibody", ".", "BDNF", "led", "to", "a", "decrease", "in", "miR", "-", "16", "-", "5p", "activity", "in", "GFP", "-", "transfected", "neurons", "(", "p", "=", "0", ".", "03", ",", "n", "=", "4", ",", "t", "-", "test", "type", "3", ")", ",", "which", "was", "significantly", "different", "from", "mGFP", "-", "TRBP", "-", "expressing", "neurons", "(", "p", "=", "0", ".", "04", ",", "n", "=", "4", ",", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "error", "bars", "are", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B) mGFP-TRBP but not GFP-TRBP blocks the BDNF-induced decrease in miR-16-5p activity in dual-fluorescence sensor assay. Hippocampal neurons were transfected with 200ng miR16- or control-sensor (see Fig 5A) plus 50ng GFP, 400ng GFP-TRBP or 400ng mGFP-TRBP. Neurons were treated with BDNF or vehicle control prior to fixation and immunostained with anti-GFP antibody. BDNF led to a decrease in miR-16-5p activity in GFP-transfected neurons (p=0.03, n=4, t-test type 3), which was significantly different from mGFP-TRBP-expressing neurons (p=0.04, n=4, t-test type 2, error bars are s.d.)."}
{"words": ["C", "&", "D", ")", "BDNF", "-", "induced", "dendritogenesis", "is", "blocked", "by", "mGFP", "-", "TRBP", "overexpression", ".", "C", ")", "Hippocampal", "neurons", "(", "4DIV", ")", "were", "transfected", "for", "three", "days", "with", "200ng", "dsRed", "and", "50ng", "GFP", ",", "400ng", "GFP", "-", "TRBP", "or", "400ng", "mGFP", "-", "BDNF", ".", "Neurons", "were", "treated", "with", "BDNF", "or", "vehicle", "control", "24", "hours", "before", "fixation", ".", "Pictures", "were", "obtained", "on", "a", "confocal", "microscope", "and", "threshold", "was", "set", "for", "dsRed", "to", "distinguish", "individual", "dendrites", "(", "scale", "bars", "are", "10μm", ")", ".", "D", ")", "The", "total", "number", "of", "intersections", "was", "calculated", "in", "Sholl", "analysis", ",", "and", "values", "were", "normalized", "to", "control", "treatment", "in", "each", "of", "three", "independent", "experiments", ".", "BDNF", "led", "to", "a", "significant", "increase", "in", "dendritic", "complexity", "(", "p", "=", "0", ".", "04", ";", "t", "-", "test", "type", "3", ")", ",", "which", "was", "significantly", "different", "in", "cells", "transfected", "with", "mGFP", "-", "TRBP", ",", "but", "not", "GFP", "-", "TRBP", "(", "n", "=", "3", ",", "p", "=", "0", ".", "03", ";", "t", "-", "test", "type", "2", ",", "error", "bars", ";", "s", ".", "d", ".", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C&D) BDNF-induced dendritogenesis is blocked by mGFP-TRBP overexpression. C) Hippocampal neurons (4DIV) were transfected for three days with 200ng dsRed and 50ng GFP, 400ng GFP-TRBP or 400ng mGFP-BDNF. Neurons were treated with BDNF or vehicle control 24 hours before fixation. Pictures were obtained on a confocal microscope and threshold was set for dsRed to distinguish individual dendrites (scale bars are 10μm). D) The total number of intersections was calculated in Sholl analysis, and values were normalized to control treatment in each of three independent experiments. BDNF led to a significant increase in dendritic complexity (p=0.04; t-test type 3), which was significantly different in cells transfected with mGFP-TRBP, but not GFP-TRBP (n=3, p=0.03; t-test type 2, error bars; s.d.)."}
{"words": ["B", ",", "Boxplots", "showing", "the", "cell", "size", "(", "y", "-", "axis", ")", "over", "time", "(", "x", "-", "axis", ")", "of", "all", "the", "samples", "as", "they", "progressed", "in", "the", "cell", "cycle", ".", "The", "boxplot", "graphs", "were", "generated", "with", "R", "language", "functions", ".", "Each", "box", "is", "drawn", "from", "the", "first", "to", "the", "third", "quartile", ",", "with", "a", "horizontal", "line", "drawn", "in", "the", "middle", "to", "denote", "the", "median", ".", "The", "whiskers", "show", "the", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", ",", "and", "they", "were", "drawn", "at", "1", ".", "5xIQR", ".", "The", "replicates", "were", "all", "biological", "ones", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Boxplots showing the cell size (y-axis) over time (x-axis) of all the samples as they progressed in the cell cycle. The boxplot graphs were generated with R language functions. Each box is drawn from the first to the third quartile, with a horizontal line drawn in the middle to denote the median. The whiskers show the interquartile range (IQR), and they were drawn at 1.5xIQR. The replicates were all biological ones."}
{"words": ["Each", "plot", "shows", "the", "relative", "mass", "isotopomer", "distribution", "(", "MID", ")", "values", "for", "metabolite", "species", "detected", "from", "cell", "extracts", "in", "each", "of", "the", "five", "independent", "experiments", "shown", "in", "Figure", "1", ".", "Each", "value", "was", "divided", "by", "the", "average", "value", "of", "the", "entire", "time", "series", "(", "x", "-", "axis", ")", "for", "that", "species", "from", "the", "same", "experiment", ",", "and", "Log2", "-", "transformed", "(", "y", "-", "axis", ")", ".", "Loess", "curves", "and", "the", "std", "errors", "at", "a", "0", ".", "95", "level", "are", "shown", ".", "The", "Log2", "(", "relative", "abundance", ")", "values", "of", "pyruvate", "(", "M1", ")", "and", "leucine", "(", "M6", ")", "showed", "the", "most", "significant"], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "Each plot shows the relative mass isotopomer distribution (MID) values for metabolite species detected from cell extracts in each of the five independent experiments shown in Figure 1. Each value was divided by the average value of the entire time series (x-axis) for that species from the same experiment, and Log2-transformed (y-axis). Loess curves and the std errors at a 0.95 level are shown. The Log2(relative abundance) values of pyruvate(M1) and leucine(M6) showed the most significant changes"}
{"words": ["B", ",", "The", "indicated", "strains", "(", "all", "in", "the", "prototrophic", "CEN", ".", "PK", "background", ";", "were", "spotted", "at", "10", "-", "fold", "serial", "dilutions", "on", "solid", "Synthetic", "Minimal", "Medium", "(", "SMM", ")", "agar", "plates", ".", "Exogenous", "amino", "acids", "were", "added", "at", "1mM", "final", "concentration", ",", "as", "indicated", "in", "each", "case", ".", "The", "plates", "were", "incubated", "at", "30", "°", "C", "and", "photographed", "after", "3", "-", "days", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, The indicated strains (all in the prototrophic CEN.PK background; were spotted at 10-fold serial dilutions on solid Synthetic Minimal Medium (SMM) agar plates. Exogenous amino acids were added at 1mM final concentration, as indicated in each case. The plates were incubated at 30 °C and photographed after 3-days."}
{"words": ["C", ",", "DNA", "content", "profiles", "of", "BAT1", "and", "bat1Δ", "cells", "from", "asynchronous", "cultures", ",", "in", "SMM", "medium", ".", "Where", "indicated", ",", "exogenous", "amino", "acids", "were", "added", "at", "1mM", "final", "concentration", ".", "On", "the", "x", "-", "axis", "of", "the", "histograms", "is", "fluorescence", "per", "cell", ",", "while", "on", "the", "y", "-", "axis", "is", "the", "cell", "number", ".", "Peaks", "corresponding", "to", "cells", "in", "G1", "with", "unreplicated", "(", "1N", ")", "and", "cells", "in", "G2", "and", "M", "phases", "with", "fully", "replicated", "(", "2N", ")", "DNA", "are", "indicated", ".", "The", "percentage", "of", "cells", "with", "G1", "DNA", "content", "(", "%", "G1", ")", "from", "3", "independent", "measurements", "is", "shown", "in", "each", "case", "(", "mean", "and", "sd", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C, DNA content profiles of BAT1 and bat1Δ cells from asynchronous cultures, in SMM medium. Where indicated, exogenous amino acids were added at 1mM final concentration. On the x-axis of the histograms is fluorescence per cell, while on the y-axis is the cell number. Peaks corresponding to cells in G1 with unreplicated (1N) and cells in G2 and M phases with fully replicated (2N) DNA are indicated. The percentage of cells with G1 DNA content (%G1) from 3 independent measurements is shown in each case (mean and sd)."}
{"words": ["A", ",", "The", "indicated", "strains", "were", "spotted", "at", "10", "-", "fold", "serial", "dilutions", "on", "solid", "Synthetic", "Minimal", "Medium", "(", "SMM", ")", "agar", "plates", ".", "Rapamycin", "was", "added", "at", "30", "ng", "/", "mL", ",", "as", "shown", "in", "each", "case", ".", "The", "plates", "were", "incubated", "at", "30", "°", "C", "and", "photographed", "after", "5", "and", "7", "days", ",", "as", "indicated", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, The indicated strains were spotted at 10-fold serial dilutions on solid Synthetic Minimal Medium (SMM) agar plates. Rapamycin was added at 30 ng/mL, as shown in each case. The plates were incubated at 30 °C and photographed after 5 and 7 days, as indicated."}
{"words": ["B", ",", "Immunoblots", "of", "total", "cell", "extracts", "from", "asynchronous", "BAT1", "and", "bat1Δ", "cells", ",", "from", "four", "independent", "experiments", ".", "The", "signal", "from", "Pgk1", "(", "α", "-", "Pgk1", ")", "is", "shown", "on", "the", "blot", "at", "the", "bottom", ",", "and", "from", "phosphorylated", "Rps6", "(", "α", "-", "Rps6", "-", "P", ")", "is", "on", "the", "blot", "above", ",", "indicated", "for", "two", "exposures", "(", "2", "min", ",", "top", ";", "20", "sec", ",", "middle", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Immunoblots of total cell extracts from asynchronous BAT1 and bat1Δ cells, from four independent experiments. The signal from Pgk1 (α-Pgk1) is shown on the blot at the bottom, and from phosphorylated Rps6 (α-Rps6-P) is on the blot above, indicated for two exposures (2 min, top; 20 sec, middle)."}
{"words": ["D", ",", "Exogenous", "addition", "of", "valine", "leads", "to", "sustained", "activation", "of", "TORC1", "and", "phosphorylation", "of", "Rps6", "in", "cells", "lacking", "Bat1", ".", "Wild", "type", "(", "BAT1", "+", ")", "and", "bat1", "∆", "(", "two", "independent", "isolates", ",", "#", "4", ",", "and", "#", "5", ")", "strains", "were", "grown", "overnight", "in", "minimal", "(", "SMM", ")", "medium", ",", "diluted", "to", "1E", "+", "06", "cells", "/", "mL", "in", "fresh", "SMM", "media", "containing", "the", "indicated", "amino", "acid", "(", "at", "1mM", ")", ",", "and", "harvested", "when", "they", "reached", "5E", "+", "06", "cells", "/", "mL", ".", "The", "levels", "of", "phosphorylated", "Rps6", "(", "α", "-", "Rps6", "-", "P", ")", "and", "Pgk1", "(", "α", "-", "Pgk1", ")", "are", "shown", "in", "immunoblots", "from", "total", "cell", "extracts", "in", "each", "case", ".", "The", "relative", "levels", "of", "Rps6", "-", "P", "/", "Pgk1", "are", "shown", "in", "each", "case", "at", "the", "bottom", ".", "The", "boxplot", "graphs", "were", "generated", "with", "R", "language", "functions", ".", "Each", "box", "is", "drawn", "from", "the", "first", "to", "the", "third", "quartile", ",", "with", "a", "horizontal", "line", "drawn", "in", "the", "middle", "to", "denote", "the", "median", ".", "The", "whiskers", "show", "the", "interquartile", "range", "(", "IQR", ")", ",", "and", "they", "were", "drawn", "at", "1", ".", "5xIQR", ".", "The", "replicates", "were", "all", "biological", "ones", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D, Exogenous addition of valine leads to sustained activation of TORC1 and phosphorylation of Rps6 in cells lacking Bat1. Wild type (BAT1+) and bat1∆ (two independent isolates, #4, and #5) strains were grown overnight in minimal (SMM) medium, diluted to 1E+06 cells/mL in fresh SMM media containing the indicated amino acid (at 1mM), and harvested when they reached 5E+06 cells/mL. The levels of phosphorylated Rps6 (α-Rps6-P) and Pgk1 (α-Pgk1) are shown in immunoblots from total cell extracts in each case. The relative levels of Rps6-P/Pgk1 are shown in each case at the bottom. The boxplot graphs were generated with R language functions. Each box is drawn from the first to the third quartile, with a horizontal line drawn in the middle to denote the median. The whiskers show the interquartile range (IQR), and they were drawn at 1.5xIQR. The replicates were all biological ones."}
{"words": ["A", ",", "Immunoblots", "of", "total", "cell", "extracts", "from", "synchronous", ",", "elutriated", "wild", "-", "type", "(", "CEN", ".", "PK", ")", "cells", "in", "minimal", "(", "SMM", ")", "medium", "with", "exogenous", "Leu", "or", "Val", "added", "at", "1mM", "immediately", "after", "elutriation", ".", "At", "the", "top", ",", "the", "percent", "of", "budded", "cells", "(", "%", "B", ")", ",", "cell", "size", "(", "in", "fL", ")", ",", "and", "time", "(", "in", "min", ")", "are", "indicated", ".", "The", "levels", "of", "phosphorylated", "Rps6", "(", "α", "-", "Rps6", "-", "P", ")", "and", "Pgk1", "(", "α", "-", "Pgk1", ")", "are", "shown", "in", "each", "case", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A, Immunoblots of total cell extracts from synchronous, elutriated wild-type (CEN.PK) cells in minimal (SMM) medium with exogenous Leu or Val added at 1mM immediately after elutriation. At the top, the percent of budded cells (%B), cell size (in fL), and time (in min) are indicated. The levels of phosphorylated Rps6 (α-Rps6-P) and Pgk1 (α-Pgk1) are shown in each case."}
{"words": ["B", ",", "Quantification", "of", "the", "levels", "of", "phosphorylated", "Rps6", "and", "Pgk1", "from", "independent", "experiments", "done", "as", "in", "A", ".", "The", "relative", "levels", "of", "each", "protein", "across", "the", "cell", "cycle", "is", "shown", "on", "the", "y", "-", "axis", ",", "as", "a", "function", "of", "cell", "size", "(", "x", "-", "axis", ")", ".", "Loess", "curves", "and", "the", "std", "errors", "at", "a", "0", ".", "95", "level", "are", "shown", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B, Quantification of the levels of phosphorylated Rps6 and Pgk1 from independent experiments done as in A. The relative levels of each protein across the cell cycle is shown on the y-axis, as a function of cell size (x-axis). Loess curves and the std errors at a 0.95 level are shown."}
{"words": ["B", "Western", "blot", "analysis", "of", "liver", "lysates", "(", "100", "µg", ")", "shows", "that", "intein", "-", "mediated", "protein", "trans", "-", "splicing", "efficiently", "reconstitutes", "full", "-", "length", "eGFP", ".", "Single", "AAV", ":", "n", "=", "5", ";", "AAV", "-", "intein", ":", "n", "=", "5", ".", "Arrows", "indicate", "both", "full", "-", "length", "eGFP", "and", "excised", "inteins", ".", "C", "Quantification", "of", "eGFP", "protein", "bands", ".", "Values", "are", "reported", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "represents", "the", "eGFP", "protein", "band", "quantification", "from", "animals", "injected", "with", "either", "single", "AAV", "n", "=", "5", "or", "AAV", "intein", "n", "=", "5", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blot analysis of liver lysates (100 µg) shows that intein-mediated protein trans-splicing efficiently reconstitutes full-length eGFP. Single AAV: n=5; AAV-intein: n=5. Arrows indicate both full-length eGFP and excised inteins. C Quantification of eGFP protein bands. Values are reported as mean±SEM. Each dot represents the eGFP protein band quantification from animals injected with either single AAV n=5 or AAV intein n=5."}
{"words": ["B", "Western", "blot", "analysis", "of", "lysates", "of", "HEK293", "cells", "72", "hours", "post", "-", "transfection", "with", "the", "various", "F8", "variants", ".", "Neg", ",", "non", "-", "transfected", "cells", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CONTROLLED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Western blot analysis of lysates of HEK293 cells 72 hours post-transfection with the various F8 variants. Neg, non-transfected cells."}
{"words": ["C", "Chromogenic", "assay", "of", "F8", "activity", "in", "the", "medium", "of", "transfected", "cells", "are", "reported", "as", "International", "Units", "/", "deciliter", "(", "IU", "/", "dl", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "within", "the", "same", "group", "corresponds", "to", "a", "biological", "replicate", ":", "Neg", "n", "=", "5", ";", "Wild", "-", "type", "n", "=", "8", ";", "N6", "n", "=", "8", ";", "SQ", "n", "=", "7", ";", "V3", "n", "=", "6", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "The", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "followed", "by", "the", "posthoc", "analysis", ":", "Nemenyi", "'", "s", "All", "-", "Pairs", "Rank", "Comparison", "Test", ".", "The", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "p", "value", "=", "2", ".", "88e", "-", "05", ".", "*", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "N6", "and", "the", "Wild", "-", "type", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "01", ".", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "V3", "and", "the", "Wild", "-", "type", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Chromogenic assay of F8 activity in the medium of transfected cells are reported as International Units/deciliter (IU/dl). Data are presented as mean±SEM. Each dot within the same group corresponds to a biological replicate: Neg n=5; Wild-type n=8; N6 n=8; SQ n=7; V3 n=6. Significant differences between groups were assessed using The Kruskal-Wallis test followed by the posthoc analysis: Nemenyi's All-Pairs Rank Comparison Test. The Kruskal-Wallis test p value = 2.88e-05. **indicates the significant difference between the N6 and the Wild-type groups: p value ≤ 0.01.*indicates the significant difference between the V3 and the Wild-type groups: p value ≤ 0.05."}
{"words": ["A", "Western", "blot", "(", "WB", ")", "of", "protein", "lysates", "of", "HEK293", "cells", "72", "hours", "post", "-", "transfection", "(", "n", "=", "3", ";", "biological", "replicates", ")", "with", "either", "Npu", "inteins", "or", "Heterologous", "(", "N", "-", "intein", "DnaB", "+", "C", "-", "intein", "DnaE", ")", "split", "-", "inteins", ".", "I", "+", "II", ",", "N6", "split", "-", "intein", "proteins", ";", "I", "+", "II", "(", "Het", ".", ")", ",", "heterologous", "split", "-", "intein", "proteins", ";", "I", ",", "5", "'", "N6", "coding", "sequence", "(", "CDS", ")", "-", "N", "-", "DnaE", "protein", ";", "I", "(", "N", "-", "int", "B", ")", ",", "5", "'", "N6", "CDS", "-", "N", "-", "DnaB", ".", "II", ",", "C", "-", "DnaE", "-", "3", "'", "N6", "CDS", "protein", ".", "Excised", "inteins", "(", "∼", "12kDa", ")", "are", "present", "only", "in", "the", "down", "part", "of", "the", "blot", "when", "I", "+", "II", "(", "Npu", "inteins", ")", "are", "provided", ".", "Arrows", "indicate", "the", "full", "-", "length", "N6", "protein", ",", "single", "halves", "and", "excised", "inteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Western blot (WB) of protein lysates of HEK293 cells 72 hours post-transfection (n=3; biological replicates) with either Npu inteins or Heterologous (N-intein DnaB + C-intein DnaE) split-inteins. I + II, N6 split-intein proteins; I+II (Het.), heterologous split-intein proteins; I, 5'N6 coding sequence (CDS)-N-DnaE protein; I (N-int B), 5'N6 CDS-N-DnaB. II, C-DnaE-3'N6 CDS protein. Excised inteins (∼12kDa) are present only in the down part of the blot when I + II (Npu inteins) are provided. Arrows indicate the full-length N6 protein, single halves and excised inteins."}
{"words": ["B", "WB", "of", "medium", "of", "the", "transfected", "cells", "showing", "the", "secreted", "proteins", "(", "n", "=", "3", ";", "biological", "replicates", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "full", "-", "length", "N6", "protein", "as", "well", "as", "single", "halves", "and", "excised", "inteins", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B WB of medium of the transfected cells showing the secreted proteins (n=3; biological replicates). Arrows indicate the full-length N6 protein as well as single halves and excised inteins."}
{"words": ["C", "Chromogenic", "assay", "performed", "on", "the", "medium", "of", "transfected", "cells", "to", "detect", "F8", "activity", "levels", "reported", "as", "International", "Units", "/", "deciliter", "(", "IU", "/", "dl", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "within", "each", "group", "represent", "a", "different", "biological", "replicate", "(", "n", ")", ":", "I", "+", "II", "n", "=", "3", ";", "I", "+", "II", "(", "Het", ".", ")", "n", "=", "3", ";", "I", "(", "N", "-", "int", "E", ")", "n", "=", "3", ";", "I", "(", "N", "-", "int", "B", ")", "n", "=", "3", ";", "II", "(", "C", "-", "int", "E", ")", "n", "=", "3", ";", "Neg", "n", "=", "4", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "Kruskal", "-", "Wallis", "rank", "sum", "test", "Kruskal", "−", "Wallis", ",", "p", "value", "=", "0", ".", "013", ".", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "I", "+", "II", "and", "the", "I", "(", "N", "-", "int", "E", ")", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "I", "+", "II", "and", "the", "Neg", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "001", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Chromogenic assay performed on the medium of transfected cells to detect F8 activity levels reported as International Units/deciliter (IU/dl). Data are presented as mean ±SEM. Each dot within each group represent a different biological replicate (n): I + II n=3; I+II (Het.) n=3; I (N-int E) n=3; I (N-int B) n=3; II (C-int E) n=3; Neg n=4. Significant differences between groups were assessed using Kruskal-Wallis rank sum test Kruskal−Wallis, p value = 0.013. *indicates the significant difference between the I+II and the I (N-int E) groups: p value ≤ 0.05. ***indicates the significant difference between the I+II and the Neg groups: p value ≤0.001."}
{"words": ["A", "Western", "blot", "(", "WB", ")", "of", "protein", "lysates", "of", "HEK293", "cells", "72", "hpt", "with", "the", "AAV", "-", "N6", "split", "-", "intein", "plasmids", "and", "with", "the", "codon", "-", "optimised", "set", ".", "I", "+", "II", ",", "N6", "split", "-", "intein", "proteins", ";", "I", ",", "5", "'", "N6", "CDS", "-", "N", "-", "DnaE", "protein", ";", "II", ",", "C", "-", "DnaE", "-", "3", "'", "N6", "CDS", "protein", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "biological", "replicates", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "full", "-", "length", "N6", "protein", ",", "excised", "inteins", "and", "both", "single", "halves", ".", "Codop", ":", "codon", "-", "optimised", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Western blot (WB) of protein lysates of HEK293 cells 72 hpt with the AAV-N6 split- intein plasmids and with the codon-optimised set. I + II, N6 split-intein proteins; I, 5' N6 CDS-N-DnaE protein; II, C-DnaE-3'N6 CDS protein. (n=3; biological replicates). Arrows indicate the full-length N6 protein, excised inteins and both single halves. Codop: codon-optimised."}
{"words": ["B", "WB", "of", "medium", "from", "the", "transfected", "cells", "showing", "increased", "secretion", "of", "the", "Codop", "-", "N6", "full", "-", "length", "protein", "compared", "to", "the", "non", "-", "codon", "-", "optimised", ".", "(", "n", "=", "3", ";", "biological", "replicates", ")", ".", "Arrows", "indicate", "the", "full", "-", "length", "N6", "protein", ",", "excised", "inteins", "and", "both", "single", "halves", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B WB of medium from the transfected cells showing increased secretion of the Codop-N6 full-length protein compared to the non-codon-optimised. (n=3; biological replicates). Arrows indicate the full-length N6 protein, excised inteins and both single halves."}
{"words": ["C", "Chromogenic", "assay", "performed", "on", "the", "medium", "from", "transfected", "cells", "to", "measure", "F8", "activity", "levels", "reported", "as", "International", "Units", "/", "deciliter", "(", "IU", "/", "dl", ")", "(", "n", "=", "3", ";", "biological", "replicates", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "p", "value", "=", "0", ".", "027", ".", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "I", "+", "II", "(", "N6", "split", "-", "intein", ")", "and", "the", "II", "(", "C", "-", "DnaE", "-", "3", "'", "N6", "CDS", ")", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", ".", "*", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "Codop", "I", "+", "II", "and", "the", "I", "(", "5", "'", "N6", "CDS", "-", "N", "-", "DnaE", ")", "codop", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "01", ".", "*", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "Codop", "I", "+", "II", "and", "the", "II", "(", "C", "-", "DnaE", "-", "3", "'", "N6", "CDS", ")", "codop", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Chromogenic assay performed on the medium from transfected cells to measure F8 activity levels reported as International Units/deciliter (IU/dl) (n=3; biological replicates).Data are presented as mean ±SEM. Significant differences between groups were assessed using Kruskal-Wallis test p value = 0.027. *indicates the significant difference between the I+II (N6 split-intein) and the II (C-DnaE-3'N6 CDS) groups: p value ≤ 0.05. **indicates the significant difference between the Codop I+II and the I (5' N6 CDS-N-DnaE) codop groups: p value ≤ 0.01. **indicates the significant difference between the Codop I+II and the II (C-DnaE-3'N6 CDS) codop groups: p value ≤ 0.01."}
{"words": ["A", "Alkaline", "gel", "Southern", "blot", "analysis", "of", "AAV", "DNA", ".", "AAV", "DNA", "was", "hybridized", "to", "a", "probe", "specific", "for", "the", "HLP", "promoter", ".", "Neg", ",", "AAV", "DNA", "treated", "with", "Dnase", "I", ";", "CodopV3", ",", "AAV", "-", "CodopV3", ";", "I", ",", "AAV", "-", "5", "'", "N6", "-", "N", "-", "intein", ";", "II", ",", "AAV", "-", "C", "-", "intein", "-", "3", "'", "N6", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A Alkaline gel Southern blot analysis of AAV DNA. AAV DNA was hybridized to a probe specific for the HLP promoter. Neg, AAV DNA treated with Dnase I; CodopV3, AAV-CodopV3; I, AAV-5'N6-N-intein; II, AAV-C-intein-3' N6."}
{"words": ["B", "Chromogenic", "assay", "performed", "on", "plasma", "samples", "to", "detect", "F8", "activity", "in", "AAV", "-", "treated", "mice", "compared", "to", "controls", "groups", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "The", "same", "animals", "were", "analysed", "at", "the", "various", "time", "-", "points", ".", "Each", "dot", "within", "the", "same", "group", "and", "within", "different", "groups", "of", "treatment", "corresponds", "to", "a", "single", "animal", ".", "The", "baseline", "includes", "all", "animals", "(", "n", "=", "20", ")", "before", "the", "treatment", ":", "CodopV3", ":", "n", "=", "8", ";", "N6", "intein", ":", "n", "=", "5", ";", "CodopN6", "intein", ":", "n", "=", "5", ".", "The", "statistical", "difference", "between", "groups", "has", "been", "assessed", "at", "4weeks", "post", "-", "injection", "(", "wpi", ")", "with", "the", "One", "-", "way", "Anova", "p", "value", "=", "0", ".", "056", ";", "at", "8", "wpi", "with", "the", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "p", "value", "=", "0", ".", "68", ";", "at", "12wpi", "with", "the", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "p", "value", "=", "0", ".", "45", ";", "at", "16wpi", "with", "the", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", "p", "value", "=", "0", ".", "58", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Chromogenic assay performed on plasma samples to detect F8 activity in AAV-treated mice compared to controls groups. Data are presented as mean ±SEM. The same animals were analysed at the various time-points. Each dot within the same group and within different groups of treatment corresponds to a single animal. The baseline includes all animals (n=20) before the treatment: CodopV3: n=8; N6 intein: n=5; CodopN6 intein: n=5. The statistical difference between groups has been assessed at 4weeks post-injection (wpi) with the One-way Anova p value = 0.056; at 8 wpi with the Kruskal-Wallis test p value = 0.68; at 12wpi with the Kruskal-Wallis test p value = 0.45; at 16wpi with the Kruskal-Wallis test p value = 0.58."}
{"words": ["C", "Activated", "partial", "thromboplastin", "time", "(", "aPTT", ")", "assay", "performed", "on", "plasma", "samples", "both", "at", "the", "baseline", "and", "at", "the", "last", "time", "-", "point", "of", "the", "analysis", "(", "16", "wpi", ")", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "within", "each", "group", "of", "treatment", "corresponds", "to", "different", "animals", ":", "The", "baseline", "includes", "all", "animals", "before", "the", "treatment", "n", "=", "21", ";", "CodopV3", ":", "n", "=", "8", ";", "N6", "intein", ":", "n", "=", "5", ";", "CodopN6", "intein", ":", "n", "=", "5", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "the", "Kruskal", "-", "Wallis", "test", ".", "*", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "baseline", "and", "the", "N6", "intein", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "01", ".", "*", "indicates", "the", "significant", "difference", "between", "the", "baseline", "and", "the", "CodopN6", "intein", "groups", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Activated partial thromboplastin time (aPTT) assay performed on plasma samples both at the baseline and at the last time-point of the analysis (16 wpi). Data are presented as mean ±SEM. Each dot within each group of treatment corresponds to different animals: The baseline includes all animals before the treatment n=21; CodopV3: n=8; N6 intein: n=5; CodopN6 intein: n=5. Significant differences between groups were assessed using the Kruskal-Wallis test. **indicates the significant difference between the baseline and the N6 intein groups: p value ≤ 0.01.*indicates the significant difference between the baseline and the CodopN6 intein groups: p value ≤ 0.05."}
{"words": ["D", "Tail", "-", "clip", "assay", "reported", "as", "bleeding", "time", "in", "seconds", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "One", "-", "way", "Anova", "test", "p", "value", "is", "=", "0", ".", "11", ".", "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "a", "different", "animal", ".", "Knockout", "(", "K", ".", "O", ".", ")", "group", ":", "n", "=", "4", ";", "CodopV3", ":", "n", "=", "4", ";", "N6", "intein", ":", "n", "=", "4", ";", "CodopN6", "intein", ":", "n", "="], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "D Tail-clip assay reported as bleeding time in seconds. Significant differences between groups were assessed using One-way Anova test p value is = 0.11.Data are presented as mean±SEM. Each dot corresponds to a different animal. Knockout (K.O.) group: n=4; CodopV3: n=4; N6 intein: n=4; CodopN6 intein: n="}
{"words": ["E", "Haemoglobin", "content", "measured", "as", "Optical", "Density", "(", "OD", ")", "at", "416", "nm", "after", "the", "tail", "-", "clip", "assay", ".", "Significant", "differences", "between", "groups", "were", "assessed", "using", "One", "-", "way", "Anova", "test", ".", "Data", "are", "reported", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Each", "dot", "corresponds", "to", "a", "single", "animal", ".", "Knockout", "(", "K", ".", "O", ".", ")", "group", ":", "n", "=", "4", ";", "CodopV3", ":", "n", "=", "4", ";", "N6", "intein", ":", "n", "=", "4", ";", "CodopN6", "intein", ":", "n", "=", "6", "."], "labels": ["O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "E Haemoglobin content measured as Optical Density (OD) at 416 nm after the tail-clip assay. Significant differences between groups were assessed using One-way Anova test. Data are reported as mean±SEM. Each dot corresponds to a single animal. Knockout (K.O.) group: n=4; CodopV3: n=4; N6 intein: n=4; CodopN6 intein: n=6."}
{"words": ["F", "Western", "blot", "analysis", "of", "liver", "lysates", "(", "100", "µg", ")", "from", "either", "CodopN6", "intein", "-", "treated", "mice", "(", "n", "=", "6", ")", "or", "untreated", "haemophilic", "mice", "(", "n", "=", "2", ")", ".", "A", "lysate", "from", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "the", "N6", "full", "-", "length", "plasmid", "was", "used", "as", "positive", "control", "(", "50", "µg", ")", ".", "Arrows", "point", "at", "N6", "full", "-", "length", "protein", "(", "N6", ")", ",", "the", "5", "'", "half", "of", "N6", "(", "5", "'", "N6", ")", "and", "3", "'", "half", "of", "N6", "(", "3", "'", "N6", ")", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "F Western blot analysis of liver lysates (100 µg) from either CodopN6 intein-treated mice (n=6) or untreated haemophilic mice (n=2). A lysate from HEK293 cells transfected with the N6 full-length plasmid was used as positive control (50 µg). Arrows point at N6 full-length protein (N6), the 5' half of N6 (5'N6) and 3' half of N6 (3'N6)."}
{"words": ["A", "The", "amount", "of", "anti", "-", "F8", "antibodies", "analysed", "by", "indirect", "ELISA", "is", "reported", "in", "Arbitrary", "Units", "/", "milliliter", "(", "AU", "/", "ml", ")", ".", "Each", "numbered", "bar", "represents", "a", "single", "mouse", ".", "CodopV3", ",", "AAV", "-", "CodopV3", "injected", "group", "n", "=", "8", ";", "N6", "intein", ",", "AAV", "-", "N6", "intein", "injected", "group", "n", "=", "5", ";", "CodopN6", "intein", ",", "AAV", "-", "CodopN6", "intein", "injected", "group", "n", "=", "5", ".", "Significant", "differences", "were", "assessed", "as", "follow", ":", "Paired", "T", "-", "test", "has", "been", "used", "for", "CodopV3", "n", "=", "5", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "001", ";", "Wilcoxon", "test", "for", "CodopV3", "n", "=", "3", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", ";", "Paired", "T", "-", "test", "has", "been", "used", "for", "N6", "intein", "n", "=", "5", ":", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", ";", "Paired", "T", "-", "test", "has", "been", "used", "for", "CodopN6", "intein", "n", "=", "5", "p", "value", "≤", "0", ".", "01", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "A The amount of anti-F8 antibodies analysed by indirect ELISA is reported in Arbitrary Units/milliliter (AU/ml). Each numbered bar represents a single mouse. CodopV3, AAV-CodopV3 injected group n=8; N6 intein, AAV-N6 intein injected group n=5; CodopN6 intein, AAV-CodopN6 intein injected group n=5. Significant differences were assessed as follow: Paired T-test has been used for CodopV3 n=5: p value ≤ 0.001; Wilcoxon test for CodopV3 n=3: p value ≤ 0.05; Paired T-test has been used for N6 intein n=5: p value ≤ 0.05; Paired T- test has been used for CodopN6 intein n=5 p value ≤ 0.01."}
{"words": ["B", "Bethesda", "assay", "performed", "on", "plasma", "samples", "mice", "injected", "with", "AAV", "-", "CodopV3", ";", "on", "the", "plasma", "of", "animals", "injected", "with", "AAV", "-", "N6", "intein", "n", "=", "3", "and", "the", "plasma", "of", "animals", "injected", "with", "AAV", "-", "CodopN6", "intein", "n", "=", "2", ";", "plasma", "of", "a", "wild", "-", "type", "animal", "was", "used", "as", "a", "control", ".", "The", "dotted", "line", "indicates", "the", "threshold", "above", "which", "anti", "F8", "-", "antibodies", "are", "considered", "inhibitors", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "B Bethesda assay performed on plasma samples mice injected with AAV-CodopV3; on the plasma of animals injected with AAV-N6 intein n=3 and the plasma of animals injected with AAV-CodopN6 intein n=2; plasma of a wild-type animal was used as a control. The dotted line indicates the threshold above which anti F8-antibodies are considered inhibitors."}
{"words": ["C", "Pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "levels", "followed", "over", "-", "time", "and", "reported", "as", "percentage", "of", "the", "baseline", "levels", "(", "time", "point", "before", "the", "injection", ")", ".", "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "Five", "animals", "belonging", "to", "the", "CodopV3", "group", "were", "analysed", ".", "Significant", "differences", "were", "assessed", "using", "the", "Kruskal", "−", "Wallis", "test", ";", "for", "IP", "-", "10", ":", "*", "indicates", "the", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "between", "0", "and", "4", "wpi", ";", "*", "indicates", "the", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "between", "0", "and", "8", "wpi", ";", "*", "indicates", "the", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "between", "0", "and", "16", "wpi", ".", "(", "n", "=", "20", ")", ";", "for", "eotaxin", ":", "*", "indicates", "the", "p", "value", "≤", "0", ".", "05", "."], "labels": ["O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-MEASURED_VAR", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"], "is_category": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], "text": "C Pro-inflammatory cytokines levels followed over-time and reported as percentage of the baseline levels (time point before the injection). Data are represented as mean±SEM. Five animals belonging to the CodopV3 group were analysed. Significant differences were assessed using the Kruskal−Wallis test; for IP-10: * indicates the p value ≤ 0.05 between 0 and 4 wpi; * indicates the p value ≤ 0.05 between 0 and 8 wpi; * indicates the p value ≤ 0.05 between 0 and 16 wpi. (n=20); for eotaxin: * indicates the p value ≤ 0.05."}